KR102204279B1

KR102204279B1 - 자궁내막암 대상의 렌바티닙 화합물에 대한 반응성을 예측 및 평가하기 위한 생체표지

Info

Publication number: KR102204279B1
Application number: KR1020157032202A
Authority: KR
Inventors: 야스히로 후나하시; 다다시 카도와키; 팔라비 사치데브
Original assignee: 에자이 알앤드디 매니지먼트 가부시키가이샤
Priority date: 2013-05-14
Filing date: 2014-05-12
Publication date: 2021-01-15
Also published as: KR20160009551A; US20160089366A1; EP2997377A1; SG11201509278XA; JP2016522879A; WO2014185540A1; CA2912219C; NZ714049A; JP6411379B2; US10517861B2; AU2014266223A1; RU2015148193A; ES2687968T3; MX368099B; CA2912219A1; CN105264380B; EP2997377B1; MX2015015605A; CN105264380A; RU2658601C2

Abstract

자궁내막암을 갖는 대상이 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 반응할 것인지 여부를 예측하는 생체표지가 제공된다. 본원에 기술되는 생체표지, 조성물 및 방법은 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상에 대한 적절한 치료 양상 및 치료를 선택하는 데 유용하다.

Description

자궁내막암 대상의 렌바티닙 화합물에 대한 반응성을 예측 및 평가하기 위한 생체표지{BIOMARKERS FOR PREDICTING AND ASSESSING RESPONSIVENESS OF ENDOMETRIAL CANCER SUBJECTS TO LENVATINIB COMPOUNDS}

관련 출원에 대한 상호-참조

본원은 2013년 5월 14일에 출원된 미국 가출원 제61/823,034호의 이익을 주장하고, 이의 개시는 본원에 전체가 참조로써 포함된다.

본 발명은 일반적으로 생체표지 및 자궁내막암에 관한 것이다.

많은 키나제 저해제가 항암제로서 개발되어 있다. 예를 들어, 혈관 내피 성장 인자 수용체(VEGFR)와 같은 수용체 타이로신 키나제에 대한 저해 활성을 갖는 일군의 화합물이 혈관형성을 저해하는 것으로 알려져 있고 새로운 항암제 계열로서 간주된다. (E7080으로도 알려져 있는) 렌바티닙 메실레이트는 VEGFR1-3, 섬유아세포 성장 인자 수용체(FGFR) 1-4, RET 수용체(rearranged during transfection receptor), KIT, 및 혈소판-유래 성장 인자 수용체(PDGFR)를 표적으로 하는 경구용 타이로신 키나제 저해제이다. 렌바티닙 메실레이트의 I 상 임상 연구에서, 다양한 종양 유형, 예를 들어 자궁내막암에서의 치료에 대한 반응이 관찰되었다.

유감스럽게도, 대부분의 항암 치료는 오심, 구토, 또는 심한 피로감과 같은 원치 않는 부작용과 관련된다. 또한, 항암 치료가 성공적인 동안, 이를 수용하는 모든 환자에서 유의성 있는 임상적 반응을 생산하지는 못하며, 원치 않는 부작용, 지연, 및 비효과적인 치료와 관련된 비용을 야기한다. 따라서, 투여 전 항암제에 대한 대상의 반응을 예상하는 데 사용할 수 있는 생체표지가 극히 요구된다.

WO 2012/157672는 야생형 B-raf 및 PTEN이나 돌연변이된 B-raf 및 PTEN을 갖는 흑색종 환자의 서브-그룹에서, 고농도의 Ang2, IL6, CXCR4, COL4A3, MEIS1, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, 또는 VEGFR1 및 저농도의 SHC1, NRP2, ARHGAP22, SCG2, 또는 PML이 렌바티닙 화합물에 대한 반응성을 예측하는 것을 개시한다.

WO 2012/166899는 갑상선 또는 신장암이 있는 환자에서 저농도의 Ang2, VEGFA, IFNG, 또는 가용성 KDR 또는 고농도의 IL-6, IL-13, PDGFAB, CSF3, CCL3, CCL4, FLT4, 또는 FGF2가 렌바티닙 화합물에 대한 반응성을 예측하는 것을 개시한다. 그러나, WO 2012/166899는 Ang2가 자궁내막암 환자에서 렌바티닙 화합물에 대한 반응성의 예측에 사용될 수 있다는 것은 개시하거나 제시하지 않는다.

Llovet et al. Clin . Cancer Res., 18(8):2290-2300 (2012)에서는 후기 간세포 암종이 있는 환자에서 혈관형성 생체표지 Ang2 및 VEGF가 생존의 예측변수인 한편, 이들 생체표지가 혈관형성 저해제인 소라페닙(sorafenib)에 대한 반응성을 예측하지 못하는 것을 보고한다.

따라서, Ang2와 같은 혈관형성 생체표지가 모든 암에서 혈관형성 저해제에 대한 반응성의 생체표지로서 작용하는 것으로 예상되지는 않는다.

본원은, 적어도 부분적으로, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 대한 자궁내막암 대상의 반응성을 예측하는 생체표지의 확인에 근거한다. 치료 전 어떤 유전자(예를 들어, 표 1에 수록된 유전자의 mRNA 및 단백질)의 발현 수준은 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 대한 반응성(예를 들어, 생존 및/또는 종양 반응)의 유용한 예측변수로서 확인된다. 따라서, 본원에 기술되는 생체표지 및 조성물은, 예를 들어 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)의 치료로부터 혜택을 받을 수 있는 자궁내막암을 갖는 환자 또는 환자의 부분집합을 확인, 계층화, 및/또는 선택하는 데 유용하다. 또한, 본원에 기술되는 방법은, 예를 들어 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상을 위한 적절한 치료 양상(예를 들어, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료, 또는 대안적인 자궁내막암 치료)을 선택하는 데 유용하다.

일 양태에서, 본 개시는 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상의, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대한 반응을 예측하는 방법을 제공한다. 이 방법은 대상으로부터 얻은 생물학적 샘플을 분석하고 이 생물학적 샘플에서 Ang2 단백질의 농도가 대조값과 비교하여 낮은지를 결정하는 단계를 포함한다. 생물학적 샘플에서 저농도의 Ang2 단백질을 갖는 대상은 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대하여 반응할 가능성이 있는 것으로 확인된다.

또한, 본 개시는 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상의, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대한 반응을 예측하는 방법을 제공한다. 이 방법은 대상으로부터 얻은 생물학적 샘플을 분석하고 이 생물학적 샘플에서 HGF, IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1α, PGF, sIL-2Rα, Tie-2, TNF-α, 또는 VEGFA 단백질의 농도가 대조값과 비교하여 낮은지를 결정하는 단계를 포함한다. 생물학적 샘플에서 저농도의 HGF, IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1α, PGF, sIL-2Rα, Tie-2, TNF-α, 또는 VEGFA 단백질을 갖는 대상은 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대하여 반응할 가능성이 있는 것으로 확인된다.

제2 양태에서, 본 개시는 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상의, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대한 반응을 예측하는 방법을 제공한다. 이 방법은 대상으로부터 얻은 생물학적 샘플을 분석하고 이 생물학적 샘플에서 Ang2 단백질의 농도가 대조값과 비교하여 높은지를 결정하는 단계를 포함한다. 생물학적 샘플에서 고농도의 Ang2 단백질을 갖는 대상은 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대하여 반응할 가능성이 없는 것으로 확인된다.

또한, 본 개시는 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상의, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대한 반응을 예측하는 방법을 제공한다. 이 방법은 대상으로부터 얻은 생물학적 샘플을 분석하고 이 생물학적 샘플에서 HGF, IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1α, PGF, sIL-2Rα, Tie-2, TNF-α, 또는 VEGFA 단백질의 농도가 대조값과 비교하여 높은지를 결정하는 단계를 포함한다. 생물학적 샘플에서 고농도의 HGF, IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1α, PGF, sIL-2Rα, Tie-2, TNF-α, 또는 VEGFA 단백질을 갖는 대상은 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대하여 반응할 가능성이 없는 것으로 확인된다.

제3 양태에서, 본 개시는 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료를 위하여, 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상을 선택하는 방법을 제공한다. 이 방법은 인간 대상으로부터 얻은 생물학적 샘플을 분석하고 이 생물학적 샘플에서 Ang2 단백질의 농도가 대조값과 비교하여 낮은지를 결정하는 단계를 포함한다. 이 방법은 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료를 위하여, 생물학적 샘플에서 저농도의 Ang2 단백질을 갖는 인간 대상을 선택하는 단계를 추가로 포함한다.

또한, 본 개시는 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료를 위하여, 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상을 선택하는 방법을 제공한다. 이 방법은 인간 대상으로부터 얻은 생물학적 샘플을 분석하고 이 생물학적 샘플에서 HGF, IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1α, PGF, sIL-2Rα, Tie-2, TNF-α, 또는 VEGFA 단백질의 농도가 대조값과 비교하여 낮은지를 결정하는 단계를 포함한다. 이 방법은 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료를 위하여, 생물학적 샘플에서 저농도의 HGF, IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1α, PGF, sIL-2Rα, Tie-2, TNF-α, 또는 VEGFA 단백질을 갖는 인간 대상을 선택하는 단계를 추가로 포함한다.

제4 양태에서, 본 개시는 자궁내막암을 치료하는 방법을 제공한다. 이 방법은 자궁내막암을 갖는 대상으로부터 얻은 생물학적 샘플을 제공하고; 이 생물학적 샘플에서 대조값과 비교하여 낮은 Ang2 단백질 발현 수준을 측정하고; 그리고 이 대상에게 치료적으로 유효한 양의 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 투여하는 단계를 포함한다.

또한, 이 방법은 자궁내막암을 갖는 대상으로부터 얻은 생물학적 샘플을 제공하고; 이 생물학적 샘플에서 대조값과 비교하여 낮은 HGF, IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1α, PGF, sIL-2Rα, Tie-2, TNF-α, 또는 VEGFA 단백질 발현 수준을 측정하고; 그리고 이 대상에게 치료적으로 유효한 양의 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 투여하는 단계를 포함한다.

제5 양태에서, 본 개시는 자궁내막암을 치료하는 방법을 제공한다. 이 방법은 자궁내막암을 갖는 대상에게 치료적으로 유효한 양의 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 투여하는 단계를 포함하는데, 여기에서 이 대상은 대조값과 비교하여 낮은 Ang2 단백질 발현 수준을 갖는 것으로 확인된다. 어떤 구현예에서, 이 대상은 인간 대상으로부터 얻은 생물학적 샘플에서 저농도의 Ang2 단백질을 갖는 것으로 확인된다.

또한, 이 방법은 자궁내막암을 갖는 대상에게 치료적으로 유효한 양의 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 투여하는 단계를 포함하는데, 여기에서 이 대상은 대조값과 비교하여 낮은 HGF, IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1α, PGF, sIL-2Rα, Tie-2, TNF-α, 또는 VEGFA 단백질 발현 수준을 갖는 것으로 확인된다. 어떤 구현예에서, 이 대상은 인간 대상으로부터 얻은 생물학적 샘플에서 저농도의 HGF, IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1α, PGF, sIL-2Rα, Tie-2, TNF-α, 또는 VEGFA 단백질을 갖는 것으로 확인된다.

다음 구현예는 위의 양태 모두에서 예상된다.

일 구현예에서, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염은 렌바티닙 메실레이트이다.

일 구현예에서, 자궁내막암은 후기 자궁내막암이다. 다른 구현예에서, 자궁내막암은 재발성 자궁내막암이다. 일 구현예에서, 자궁내막암은 단계 III 자궁내막암이다. 일 구현예에서, 자궁내막암은 단계 IV 자궁내막암이다. 일 구현예에서, 자궁내막암은 절제불가능 형태의 단계 III 또는 단계 IV 자궁내막암이다.

일부 구현예에서, 생물학적 샘플은 혈액 샘플, 혈청 샘플, 혈장 샘플, 자궁내액 샘플, 뇨 샘플, 자궁내막의 보관된 종양 샘플, 및 자궁내막의 생검 샘플로 구성되는 군으로부터 선택된다.

일부 구현예에서, 대조값은 사전 설정된 절단값(cut-off value)이다. 일 구현예에서, 사전 설정된 절단값은, 비 절단(no cut-off)과 비교하여 더 높은 양성의 예측 값을 갖는 종양 반응을 예측하는 수용자 조작 특성(ROC, receiver operating characteristic) 분석에 근거하여 결정된 Ang2 단백질 농도이고 여기에서 사전 설정된 절단값과 같거나 아래인 Ang2 단백질의 농도는 Ang2의 낮은 농도이고, 사전 설정된 절단값보다 높은 값은 Ang2의 높은 농도이다. 종양 반응은 목적 반응 비율(ORR, objective response rate), 임상적 혜택 비율(CBR, clinical benefit rate), 또는 최대 종양 위축의 %이다. 다른 구현예에서, 사전 설정된 절단값은 생존을 예측하는 모의실험 모델을 근거로 결정되는 Ang2 단백질 농도이고, 여기에서 사전 설정된 절단값과 같거나 아래인 Ang2 단백질의 농도는 Ang2의 낮은 농도이고 사전 설정된 절단값보다 높은 값은 Ang2의 높은 농도이다. 이와 관련하여, 생존은 무진행 생존(PFS, progression free survival) 또는 전체 생존(OS, overall survival)이다. 특정 구현예에서, 사전 설정된 절단값은 1866.5 내지 6024.5(예를 들어, 2082.5 pg/mL) 범위 내에 있는 Ang2 단백질 농도이고, 여기에서 사전 설정된 절단값과 같거나 아래인 Ang2 단백질의 농도는 Ang2의 낮은 농도이고 사전 설정된 절단값보다 높은 값은 Ang2의 높은 농도이다.

일부 구현예에서, 이 방법은 시험 결과를 대상의 의료인과 의사소통하는 단계를 추가로 포함한다. 어떤 구현예에서, 이 방법은, 이 대상이 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있거나 없음을 표시하도록 이 대상의 의료 기록을 변경하는 단계를 추가로 포함한다. 특정 구현예에서, 이 기록은 컴퓨터 판독 가능한 매체에 생성된다. 어떤 구현예에서, 이 방법은, 이 대상이 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 반응할 것임을 생체표지 발현 프로파일이 예측할 경우, 이 대상에게 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료를 처방하는 단계를 추가로 포함한다. 어떤 구현예에서, 이 방법은, 이 대상이 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 반응하지 않을 것임을 생체표지 발현 프로파일이 예측할 경우, 이 대상에게 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하지 않는 치료를 처방하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 이 방법은, 이 대상이 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 반응할 것임을 생체표지 발현 프로파일이 예측할 경우, 이 대상에게 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 이 방법은, 이 대상이 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 반응하지 않을 것임을 생체표지 발현 프로파일이 예측할 경우, 이 대상에게 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하지 않는 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다.

일 구현예에서, 이 단백질의 농도는 면역학적 방법에 의해 측정된다. 일부 구현예에서, 이 면역학적 방법은 효소 면역분석, 방사성 면역분석, 화학발광 면역분석, 전기화학발광 면역분석, 라텍스 비탁 면역분석, 라텍스 광도 면역분석, 면역-크로마토그래피 분석, 및 웨스턴 블로팅으로 구성되는 군으로부터 선택된다. 다른 구현예에서, 이 단백질의 농도는 질량 분석법에 의해 측정된다.

제6 양태에서, 본 개시는 인간 대상에서 자궁내막암을 치료하는 데 사용하기 위한 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 제공하는데, 여기에서 인간 대상은 위에 기술된 방법에 의해 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있는 대상으로서 확인된다. 일부 구현예에서, 약제학적으로 허용 가능한 렌바티닙의 염은 렌바티닙 메실레이트이다. 일 구현예에서, 자궁내막암은 후기 자궁내막암이다. 다른 구현예에서, 자궁내막암은 재발성 자궁내막암이다. 일 구현예에서, 자궁내막암은 단계 III 자궁내막암이다. 일 구현예에서, 자궁내막암은 단계 IV 자궁내막암이다. 일 구현예에서, 자궁내막암은 절제불가능 형태의 단계 III 또는 단계 IV 자궁내막암이다.

제7 양태에서, 본 개시는 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상의, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대한 반응을 예측하는 데 사용하기 위한 Ang2 단백질 검출 물질을 제공한다. 일 구현예에서, 이 Ang2 단백질 검출 물질은 항-Ang2 항체이다.

또한, 본 개시는 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상의, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대한 반응을 예측하는 데 사용하기 위한 HGF, IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1α, PGF, sIL-2Rα, Tie-2, TNF-α, 또는 VEGFA 단백질 검출 물질을 제공한다. 일 구현예에서, 이 HGF, IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1α, PGF, sIL-2Rα, Tie-2, TNF-α, 또는 VEGFA 단백질 검출 물질은 항-HGF, IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1α, PGF, sIL-2Rα, Tie-2, TNF-α, 또는 VEGFA 항체이다.

제8 양태에서, 본 개시는 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상의, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대한 반응을 예측하는 데 사용하기 위한 Ang2 단백질 검출 물질을 포함하는 키트(kit)를 특징으로 한다. 어떤 구현예에서, 이 Ang2 단백질 검출 물질은 항-Ang2 항체이다. 어떤 구현예에서, 이 항-Ang2 항체는 단클론 항체이다. 다른 구현예에서, 이 항-Ang2 항체는 다클론 항체이다. 어떤 구현예에서, 이 항체는 검출 가능한 물질에 결합된다. 일 구현예에서, 이 검출 가능한 물질은 호스 래디쉬 퍼옥시다제, 비오틴, 형광성 잔기, 방사성 잔기, 히스티딘 태그, 또는 펩타이드 태그이다. 일 구현예에서, 검출 가능하게 표지된 항체는 마이크로플레이트 상에 코팅된다. 어떤 구현예에서, 이 마이크로플레이트는 96 웰 마이크로플레이트이다. 어떤 구현예에서, 이 키트는 하나 이상의 농도 표준, 하나 이상의 완충제(예를 들어, 세척 완충액), 하나 이상의 희석제(예를 들어, 분석 및/또는 검정 희석제), 및 Ang2 단백질 검출 물질이 대상으로부터 얻은 생물학적 샘플에서 Ang2에 특이적으로 결합하는지 여부를 검출하는 것을 용이하게 하는 하나 이상의 시약(예를 들어, 착색 시약, 정지액)을 선택적으로 포함한다.

또한, 본 개시는 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상의, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대한 반응을 예측하는 데 사용하기 위한 HGF, IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1α, PGF, sIL-2Rα, Tie-2, TNF-α, 또는 VEGFA 단백질 검출 물질을 포함하는 키트를 특징으로 한다. 어떤 구현예에서, 이 HGF, IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1α, PGF, sIL-2Rα, Tie-2, TNF-α, 또는 VEGFA 단백질 검출 물질은 항-HGF, IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1α, PGF, sIL-2Rα, Tie-2, TNF-α, 또는 VEGFA 항체이다. 어떤 구현예에서, 이 항체는 단클론 항체이다. 다른 구현예에서, 이 항체는 다클론 항체이다. 어떤 구현예에서, 이 항체는 검출 가능한 물질에 결합된다. 일 구현예에서, 이 검출 가능한 물질은 호스 래디쉬 퍼옥시다제, 비오틴, 형광성 잔기, 방사성 잔기, 히스티딘 태그, 또는 펩타이드 태그이다. 일 구현예에서, 검출 가능하게 표지된 항체는 마이크로플레이트 상에 코팅된다. 어떤 구현예에서, 이 마이크로플레이트는 96 웰 마이크로플레이트이다. 어떤 구현예에서, 이 키트는 하나 이상의 농도 표준, 하나 이상의 완충제(예를 들어, 세척 완충액), 하나 이상의 희석제(예를 들어, 분석 및/또는 검정 희석제), 및 이 단백질 검출 물질이 대상으로부터 얻은 생물학적 샘플에서 HGF, IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1α, PGF, sIL-2Rα, Tie-2, TNF-α, 또는 VEGFA에 특이적으로 결합하는지 여부를 검출하는 것을 용이하게 하는 하나 이상의 시약(예를 들어, 착색 시약, 정지액)을 선택적으로 포함한다.

달리 정의되지 않는 한, 본원에서 사용되는 모든 기술적 및 과학적 용어는 본 발명이 속하는 분야의 당업자에 의해 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다. 비록 본원에서 기술되는 것과 유사하거나 균등의 방법 및 재료가 본 발명의 실시 또는 시험에서 사용될 수 있지만, 예시적인 방법 및 재료가 아래에 기술된다. 본원에 언급된 모든 발표, 특허 출원, 특허, 및 다른 참고문헌은 전체로서 참조로 도입된다. 저촉의 경우, 정의를 포함하여 본원에서 제어할 것이다. 이들 재료, 방법 및 실시예는 단지 예시일 뿐이고 한정으로 의도되지 않는다.

본 발명의 다른 특징 및 이점은 다음 구체적인 설명으로부터, 그리고 청구범위로부터 명백할 것이다.

도 1은 E7080 치료 후 혈액 생체표지의 농도 변화를 그래프로 표시한 것이다.
도 2는 기초선 사이토카인, 케모카인, 및 혈관형성 인자(CAFs)와 종양 반응 사이의 상호관계를 보여주는 일련의 그래프이다.
도 3은 체중, 연령, 및 조직학과 무진행 생존(PFS) 및 전체 생존(OS) 사이에 유의성 있는 상관관계가 없음을 보여주는 일련의 그래프이다.
도 4는 임상적 결과의 예측을 개선하는 것으로서 Ang-2와의 잠재적 조합 인자를 확인하지 못한 다변량 분석의 결과를 도시한다.
도 5는 기초선 Ang-2 농도에 의해 계층화된 자궁내막암 환자의 서브-그룹의 중간값 PFS 및 중간값 OS를 보여주는 2 개의 그래프를 포함한다.
도 6은 기초선 Ang-2 농도에 근거하여 더 나은 목적 반응 비율(ORR)을 갖는 환자 집단의 강화를 보여주는 2 개의 그래프를 포함한다.

본 개시는 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 대한 자궁내막암 대상(인간 환자와 같은)의 반응을 예측하기 위한 방법 및 조성물을 제공한다. 본 개시는 자궁내막암(예를 들어, 후기 또는 재발성 자궁내막암)을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상에게 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료제의 투여가 유효 또는 무효인지 확인하기 위한 예측성 생체표지(예를 들어, 단백질 또는 RNA 발현 수준)를 제공한다. 본원에 기술되는 생체표지, 조성물 및 방법은 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상을 위해 적절한 치료적 양상(예를 들어, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트) 치료 또는 대안적인 치료)을 선택하는 데 유용하다. 또한, 본원은 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료로부터 혜택을 받을 수 있는, 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 환자를 선택하는 방법뿐 아니라 치료 방법을 제공한다.

정의

용어 "감소된 발현 수준(decreased/reduced expression level)"은 대조군에서의 발현 수준보다 더 낮은 발현 수준(양)을 의미한다.

용어 "증가된 발현 수준(elevated expression level)"은 대조군에서의 발현 수준보다 더 높은 발현 수준(양)을 의미한다.

용어 "유전자의 발현 수준(expression level of a gene)"은 유전자에 의해 코딩되는 단백질 또는 유전자로부터 전사된 RNA의 발현 수준(양)을 의미한다.

용어 "낮은 농도(low concentration)"는 대조군에서의 물질의 농도보다 더 낮은 분석 물질의 농도를 의미한다.

용어 "높은 농도(high concentration)"는 대조군에서의 물질의 농도보다 더 높은 분석 물질의 농도를 의미한다.

용어 "렌바티닙(lenvatinib)"은 4-(3-클로로-4-(사이클로프로필아미노카보닐)아미노페녹시)-7-메톡시-6-퀴놀린카복사마이드를 말한다. 이 화합물은 미국특허 제7,253,286호의 실시예 368(컬럼 270 참조)에 개시된다. 미국특허 제7,253,286호는 전체로서 본원에 참조로 도입된다. 용어 "렌바티닙 화합물(lenvatinib compound)"은 "렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(lenvatinib or a pharmaceutically acceptable salt thereof)"을 말한다. 약제학적으로 허용 가능한 렌바티닙의 염의 예는 렌바티닙 메실레이트이다. 렌바티닙 메실레이트는 E7080로도 언급된다.

용어 "약제학적으로 허용 가능한 염(pharmaceutically acceptable salt)"은 염의 종류로 특별히 제한되지는 않는다. 이러한 염의 예로는, 염산염, 황산염, 카본산염, 중탄산염, 브롬화수소산염 및 요오드화수소산염과 같은 무기산 부가염; 아세트산염, 말레산염, 락트산염, 타르타르산염 및 트리플루오로아세트산염과 같은 유기카복실산 부가염; 메탄설폰산염, 하이드록시메탄설폰산염, 하이드록시에탄설폰산염, 벤젠설폰산염, 톨루엔설폰산염 및 타우린염과 같은 유기설폰산 부가염; 트리메틸아민염, 트리에틸아민염, 피리딘염, 프로카인염, 피콜린염, 디사이클로헥실아민염, N,N'-디벤질에틸렌디아민염, N-메틸글루카민염, 디에탄올아민염, 트리에탄올아민염, 트리스(하이드록시메틸아미노)메탄염 및 페네틸벤질아민염과 같은 아민 부가염; 그리고 아르기닌염, 리신염, 세린염, 글리신염, 아스파르트산염 및 글루타민산염과 같은 아미노산 부가염이 포함되지만, 이에 제한되지 않는다. 일 구현예에서, 약제학적으로 허용 가능한 이의 염은 메탄설폰산염("메실레이트")이다. 4-(3-클로로-4-(사이클로프로필아미노카보닐)아미노페녹시)-7-메톡시-6-퀴놀린카복사마이드의 메탄설폰산염 형태(즉, 메실레이트)는, 전체로서 본원에 참조로 도입되는 미국특허 제7,612,208호에 개시된다.

"폴리펩타이드(polypeptide)" 및 "단백질(protein)"은 본원에서 상호교환적으로 사용되고, 길이 또는 번역-후 변형과 무관하게, 임의의 펩타이드-연결된 아미노산의 사슬을 의미한다. 전형적으로, 본원에 기술되는 폴리펩타이드는 제제에서 총 단백질의 적어도 60 중량%, 예를 들어 샘플에서 총 단백질의 60%를 구성할 때 "분리된다". 일부 구현예에서, 본원에 기술되는 폴리펩타이드는 제제에서 총 단백질의 적어도 75 중량%, 적어도 90 중량%, 또는 적어도 99 중량%로 구성된다.

용어 "치료에 반응하다/반응성(responds/responsive to a therapy)"은 치료제가 투여된 대상이 제공된 치료제에 대한 양성 반응을 보이는 것을 의미한다. 이러한 양성 반응의 비-제한적 예는: 종양 크기의 감소, 종양 전이의 감소, 또는 증가된 치료후 생존 기간이다.

용어 "대상(subject)"은 인간, 침팬지, 오랑우탄, 고릴라, 개코원숭이, 원숭이, 마우스, 쥐(rat), 돼지, 말, 개, 및 소를 포함하지만, 이에 제한되지 않는 포유동물을 의미한다.

자궁내막암

자궁내막암은 자궁의 내막 또는 내벽으로부터 발생하는 몇 가지 유형의 악성 종양을 말한다. 대부분의 자궁내막암은 암종(일반적으로 선암)이다. 즉, 이들은 자궁내막을 싸고 자궁내막 선(gland)을 형성하는 단일층의 상피 세포로부터 유래된다. 자궁내막 암종은 때때로 두 그룹으로 분류된다: I형은 폐경-전 및 폐경-전후의 여성에서 발견되고 보통 최소한으로 침습성인 암을 포함하고; II형은 더 나이 든 폐경-후 여성에서 발생하고 I형보다 더 불량한 예후를 갖는 암을 포함한다. 자궁내막 암종과 대조적으로, 흔치 않은 자궁내막 간질성 육종은 자궁내막의 비-선성 결합 조직에서 유래되는 암이다.

환자를 위한 치료 계획을 선택하기 위해, 의사들은 환자에서 어떻게 자궁내막암이 확산되는지를 결정하거나, 또는 달리 말하면 자궁내막암을 "단계화(stage)"할 필요가 있다. 자궁내막암은 수술(수술 단계) 중에 제거된 조직의 검사를 근거로 단계화된다. 이 단계화 시스템은 암이 얼마나 많이 확산되었는지를 본다. 자궁내막암은 가까이는 경부 및 자궁의 다른 부위까지 확산될 수 있다. 이는 또한 림프절 근처까지 국지적으로 확산될 수 있다. 또한, 이 암은 먼 림프절, 상복부, 장막, 또는 폐, 간, 뼈 및 뇌와 같은 다른 기관까지 전이될 수 있다.

자궁내막암을 단계화하는 두 시스템은 FIGO(International Federation of Gynecology and Obstetrics) 시스템 및 AJCC(American Joint Committee on Cancer) 단계화 시스템이다. 이들 시스템은 기본적으로 동일한데; AJCC 시스템과 FIGO 시스템의 차이는 FIGO 시스템이 단계 0을 포함하지 않는다는 것이다. 두 단계화 시스템은 자궁내막암을 3가지 인자를 근거로 분류한다: 종양의 규모(T), 암이 림프절까지 확산되었는지 여부(N) 및 먼 부위까지 확산되었는지 여부(M). 다음에 종양, 림프절, 및 임의의 암 확산에 관한 정보를, 단계 그룹화라고 불리우는 과정인 질병의 단계를 할당하기 위해 조합한다. 단계는 숫자 0 및 로마 숫자 I부터 IV까지를 사용하여 기술된다. 일부 단계는 문자와 숫자로 나타내는 서브-스테이지로 분류된다.

단계 0: Tis, N0, M0 - 이 단계는 원위치(in situ) 암종으로도 알려져 있다. 암세포는 세포 아래의 층까지 성장하지 않고 자궁내막 세포의 표면층에서만 발견된다. 이 암은 가까운 림프절 또는 먼 부위까지 확산되지 않았다. 이는 암 발병-전 병변이다. 이 단계는 FIGO 단계화 시스템에서는 포함되지 않는다.

단계 I: T1, N0, M0 - 암은 자궁의 본체에서만 성장한다. 이는 또한 경부의 선으로 성장할 수 있지만 경부의 지지 결합 조직으로는 성장하지 않는다. 암은 림프절 또는 먼 부위까지 확산되지 않았다.

단계 IA: T1a, N0, M0 - 이 단계 I의 가장 초기 형태에서, 암은 자궁내막에 존재하고 자궁내막으로부터 밑에 있는 자궁의 근층(자궁근층)을 통해 절반보다 적게 성장했을 수 있다. 이는 림프절 또는 먼 부위까지 확산되지 않았다.

단계 IB: T1b, N0, M0 - 암은 자궁내막으로부터 자궁근층으로 성장하여, 자궁근층을 통해 절반 넘게 성장한다. 암은 자궁의 본체를 넘어 확산되지 않았다.

단계 II: T2, N0, M0 - 암은 자궁의 본체로부터 확산되고 경부의 지지 결합 조직(경부 기질)으로 성장한다. 암은 자궁 밖으로 확산되지 않았다. 암은 림프절 또는 먼 부위까지 확산되지 않았다.

단계 III: T3, N0, M0 - 암은 자궁 밖으로 확산되었거나, 골반 부위에서 가까운 조직으로 확산되었다.

단계 IIIA: T3a, N0, M0 - 암은 자궁의 외부 표면(장막으로 불리우는) 및/또는 나팔관 또는 난소(부속기)까지 확산되었다. 암은 림프절 또는 먼 부위까지 확산되지 않았다.

단계 IIIB: T3b, N0, M0 - 암은 질 또는 자궁 주변의 조직(자궁주위조직)까지 확산되었다. 암은 림프절 또는 먼 부위까지 확산되지 않았다.

단계 IIIC1: T1 내지 T3, N1, M0 - 암은 자궁의 본체에서 성장 중이다. 일부 가까운 조직까지 확산되었을 수 있으나, 방광 또는 직장의 내부로 성장하고 있지 않다. 암은 골반 림프절까지 확산되었지만 대동맥 또는 먼 부위 주변의 림프절까지는 아니다.

단계 IIIC2: T1 내지 T3, N2, M0 - 암은 자궁의 본체에서 성장 중이다. 일부 가까운 조직까지 확산되었을 수 있으나, 방광 또는 직장의 내부로 성장하고 있지 않다. 암은 대동맥 주변 림프절(대동맥-주위 림프절)까지 확산했지만 먼 부위까지는 아니다.

단계 IV: 암은 방광 또는 직장의 내측 표면까지 서혜부의 림프절까지, 및/또는 뼈, 장막 또는 폐와 같은 먼 기관까지 확산되었다.

단계 IVA: T4, 임의의 N, M0 - 암은 직장 또는 방광의 내벽(점막으로 불리움)까지 확산되었다. 가까운 림프절까지 확산되거나 되지 않았을 수 있으나 먼 부위까지 확산되지 않았다.

단계 IVB: 임의의 T, 임의의 N, M1 - 암은 먼 림프절, 상복부, 장막, 또는 뼈, 장막, 또는 폐와 같은 자궁으로부터 멀리 떨어진 기관까지 확산되었다. 암은 임의의 크기일 수 있으며, 림프절까지 확산되거나 되지 않았을 수 있다.

렌바티닙 화합물을 포함하는 치료에 대한 반응성을 예측하는 방법

많은 유전자가 그 발현 수준(예를 들어, mRNA 또는 단백질 발현 수준)이 자궁내막암을 갖는 대상의, 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 대한 반응성을 예측하는 데 유용한 것으로 확인되었다. 유전자 ID, 관련 URL, 단백질 ID 및 UniProtKB 수탁번호로 확인되는 이들 유전자가 표 1에 수록된다.

[표 1]

생체표지 목록

안지오포이에틴(angiopoietin)은 혈관형성(이미 존재하는 혈관으로부터 혈관의 형성) 및 종양 혈관의 성숙을 촉진하는 단백질 성장 인자이다. 마우스 녹아웃 연구에서는 성숙한 혈관의 형성을 위해 안지오포이에틴 2(Ang2)가 필요한 것을 보여준다. 내피 세포에서 Ang2의 발현은 골수성 세포를 모집하고 선행되는 전염증성 자극의 부재에서도 염증을 유도하기에 충분하다.

간세포 성장 인자(HGF)는 측분비 세포 성장, 이동성 및 형태형성 인자이다. 이는 중간엽 세포에 의해 분비되고 일차적으로 상피 세포 및 내피 세포를 표적으로 하여 작용하지만, 조혈 모세포에도 작용한다. 이는 배아 기관 발생, 성인 기관 재생 및 상처 치유에 중요한 역할을 한다. HGF는 원-발암유전자 c-Met 수용체에 결합 후 타이로신 키나제 신호전달 캐스케이드를 활성화시킴으로써 세포 성장, 세포 이동성, 및 형태발생을 조절한다.

인터류킨 8(IL-8)은 대식세포와 상피 세포 및 내피 세포와 같은 다른 세포 유형에 의해 생산되는 케모카인이다. Il-8은 CXCR1, 및 CXCR2를 포함하는 몇 가지 수용체에 결합할 수 있다.

인터페론 감마-유도된 단백질 10(IP-10)은 CXC 케모카인 패밀리에 속하는 작은 사이토카인이다. 이는 IFN-γ에 반응하여 몇 가지 세포 유형(예를 들어, 단핵구, 내피 세포 및 섬유아세포)에 의해 분비된다. 이 단백질은 단핵구/대식세포, T 세포, NK 세포, 및 수지상 세포에 대한 화학주성, 내피 세포에 대한 T 세포 부착의 촉진, 항종양 활성, 그리고 골수 콜로니 형성 및 혈관형성의 저해와 같은 몇 가지 역할에 기여한다.

단핵구 화학주성 단백질-1(MCP-1)은 CC 케모카인 패밀리에 속하는 작은 사이토카인이다. 이는 조직 손상 또는 감염에 의해 생산된 염증 부위로 단핵구, 메모리 T 세포, 및 수지상 세포를 모집하는 역할을 한다.

대식세포 염증성 단백질-1a(MIP-1a)는 화학주성 사이토카인의 패밀리에 속한다. 이 단백질은 감염 및 염증에 대한 면역 반응에 중대하다. 이는 급성 호중구 염증을 유도할 수 있는 과립구(호중구, 호산구 및 호염기성구)를 활성화시킨다. 또한, 이는 섬유아세포 및 대식세포로부터 인터류킨 1(IL-1), IL-6 및 TNF-α와 같은 다른 전염증성 사이토카인의 합성 및 분비를 유도한다.

태반 성장 인자(PGF)는 혈관 내피 성장 인자 서브-패밀리의 구성원이다. 인간 아테롬성 동맥 경화 병변 내에서 태반 성장 인자-발현은 플라크 염증 및 신생혈관 성장과 연계된다.

가용성 인터류킨-2 수용체 알파(sIL-2Ra)는 IL-2R 알파의 분비된 세포외 영역이고 백혈병 세포, 림프종 세포, NK 세포의 분획뿐 아니라 최근에 활성화된 T 및 B 세포에 의해 발현된다.

Tie-2는 안지오포이에틴(Ang1, Ang2, Ang3, Ang4)을 결합시키고 이에 의해 조절되는 세포 표면 수용체 타이로신 키나제이다. 이 수용체는 인간에서 주로 내피 세포에서 발현된다. 이는 3 개의 피브로넥틴 타입 III-유사 반복부와 연결되는 3 개의 상피 성장 인자-유사 반복부에 의해 분리된 2 개의 면역글로불린-유사 루프를 포함하는 독특한 세포외 영역을 갖는다. TIE-2 신호전달 경로는 정맥 형태발생에서 내피 세포-평활근 세포 전달에 중대한 것으로 보인다. TIE-2의 손상은 유전적 정맥 기형과 관련된다.

종양 괴사 인자 알파(TNF-α)는 종양 퇴행, 패혈성 쇼크, 및 악액질에 연루되는 단핵구-유래의 세포 독소이다.

혈관 내피 성장 인자 A(VEGF-A)는 내피 세포에 특이적으로 작용하고, 증가된 혈관 투과성 중개, 혈관형성, 맥관형성 및 내피 세포 성장 유도, 세포 이동 촉진 및 세포자멸 저해를 포함하는 다양한 효과를 갖는 글리코실화된 미토겐이다.

표 1에 수록된 하나 이상(예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 또는 11)의 유전자의, 대조값에 비해 낮은 발현(예를 들어, 단백질 또는 mRNA 발현) 수준은, 대상이 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 반응할 것임을 표시/예측한다. 예를 들어, 렌바티닙 화합물을 포함하는 치료제로 치료 전 대상으로부터 얻은 생물학적 샘플에서 Ang2 단백질의 (대조값과 비교하여) 낮은 농도는, 이 대상이 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 반응할 것임을 예측한다.

어떤 구현예에서, 대상이 이 치료제로 치료 후 부분 반응을 보이는 경우, 이 대상은 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 반응하는 것으로 결정된다. "부분 반응(Partial Response)"은 기초선 합산 LD를 기준으로 하여 표적 병변의 가장 긴 직경(LD)의 합에서 적어도 30% 감소를 의미한다. 일부 구현예에서, 대상이 이 치료제로 치료 후 종양 위축을 보이는 경우, 이 대상은 렌바티닙 화합물을 포함하는 치료에 반응하는 것으로 결정된다. "최대 종양 위축의 %(% of maximum tumor shrinkage)"(MTS)는 기초선 직경 합을 기준으로 할 때 표적 병변의 직경의 합의 변화 백분율을 의미한다. 다른 구현예에서, 대상이 무진행 생존을 보이는 경우, 이 대상은 렌바티닙 화합물을 포함하는 치료에 반응하는 것으로 결정된다. "무진행 생존(Progression Free Survival)"(PFS)은 치료의 개시일부터 진행성 질환(Progressive Disease, PD) 상태로 들어가기 전 최종일까지의 기간을 말한다. PD는 치료 시작 또는 하나 이상의 새로운 병변이 나타난 이후 기록된 가장 작은 합의 LD를 기준으로 하여, 표적 병변의 LD의 합에서 적어도 20% 증가를 의미한다. 일부 구현예에서, 대상이 무진행 생존 및 종양 위축 둘 다를 보이는 경우, 이 대상은 렌바티닙 화합물을 포함하는 치료에 반응하는 것으로 결정된다.

본 개시는 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료 후 생존 혜택(예를 들어, PFS) 및 종양 위축 둘 다 가질 가능성이 있는 자궁내막암을 갖는 대상을 확인하는 방법을 제공한다. 이 방법에서, 렌바티닙 화합물을 포함하는 치료제로 치료 전 얻어진 대상의 생물학적 샘플은 분석되고 Ang2 단백질의 농도가 측정된다. 대조값과 비교하여 Ang2 단백질의 낮은 농도는, 이 대상이 렌바티닙 화합물을 포함하는 치료 후 생존 혜택(예를 들어, PFS) 및 종양 위축 둘 다 가질 가능성이 있음을 표시한다. 역으로, 대조값과 비교하여 Ang2 단백질의 높은 농도는, 이 대상이 렌바티닙 화합물을 포함하는 치료 후 생존 혜택(예를 들어, PFS) 및 종양 위축 둘 다를 가질 가능성이 없음을 표시한다.

본원에 기술되는 방법은 또한 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료 후 생존 혜택(예를 들어, PFS)을 가질 가능성이 있는 자궁내막암을 갖는 대상의 확인을 허용한다. 이 방법에서, 렌바티닙 화합물을 포함하는 치료제로 치료 전 얻어진 대상의 생물학적 샘플은 분석되고 Ang2, HGF, IL-8, IP-10, MCP-1, MIP-1a, PGF, sIL-2Ra, Tie-2, TNFα, 및 VEGFA 단백질 중 적어도 하나, 적어도 둘, 적어도 셋, 적어도 넷, 적어도 다섯, 적어도 여섯, 적어도 일곱, 적어도 여덟, 적어도 아홉, 적어도 열, 또는 하나, 둘, 셋, 넷, 다섯, 여섯, 일곱, 여덟, 아홉, 열 또는 열하나의 농도가 측정된다. 대조값과 비교하여 임의의 이들 단백질(단독으로나 위에 수록된 다른 것과 조합하여)의 낮은 농도는, 이 대상이 렌바티닙 화합물을 포함하는 치료 후 생존 혜택(예를 들어, PFS)을 가질 가능성이 있음을 표시한다. 역으로, 대조값과 비교하여 임의의 이들 단백질(단독으로나 위에 수록된 다른 것과 조합하여)의 높은 농도는, 이 대상이 렌바티닙 화합물을 포함하는 치료 후 생존 혜택(예를 들어, PFS)을 가질 가능성이 없음을 표시한다. 어떤 구현예에서, 위에 수록된 하나 이상의 단백질의 낮은 농도를 갖는 대상은 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월, 11개월, 12개월, 13개월, 14개월, 15개월, 16개월, 17개월, 18개월, 19개월, 20개월, 21개월, 22 또는 23개월, 또는 24개월의 무진행 생존을 가질 가능성이 있다.

본 개시는 또한 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료 후 종양 위축을 가질 가능성이 있는 자궁내막암을 갖는 대상을 확인하는 방법을 제공한다. 이 방법에서, 대상의 생물학적 샘플은 분석되고 Ang2 및/또는 IL-8 단백질의 농도가 측정된다. 대조값과 비교하여 Ang2 및/또는 IL-8의 낮은 농도는, 이 대상이 종양 위축을 가질 가능성이 있음을 표시한다. 역으로, 대조값과 비교하여 Ang2 및/또는 IL-8의 높은 농도는, 이 대상이 종양 위축을 나타낼 가능성이 없음을 표시한다.

일 구현예에서, 대상은 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있다. 일부 구현예에서, 자궁내막암은 후기 자궁내막암이다. 다른 구현예에서, 자궁내막암은 재발성 자궁내막암이다. 어떤 구현예에서, 자궁내막암은 단계 III 암이다. 일부 구현예에서, 자궁내막암은 단계 IV 암이다. 어떤 구현예에서, 자궁내막암은 절제불가능 단계 III 또는 단계 IV 암이다.

흥미 있는 단백질 또는 단백질들의 농도는 면역학적 분석과 같은 해당 분야에 알려진 임의의 방법을 사용하여 측정할 수 있다. 이러한 방법의 비-제한적 예는 효소 면역분석, 방사성면역분석, 화학발광 면역분석, 전기화학발광 면역분석, 라텍스 비탁 면역분석, 라텍스 광도 면역분석, 면역-크로마토그래피 분석, 및 웨스턴 블로팅을 포함한다. 어떤 구현예에서, 흥미 있는 단백질 또는 단백질들의 농도는 질량 분석법에 의해 측정된다.

대조군

위에서 설명한 바와 같이, 본 발명의 방법들은 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상의 생물학적 시료에 있는 하나 이상의 유전자들(예를 들어, 표 1에서 설명된 하나 이상의 유전자)의 발현 수준(예를 들어, mRNA 또는 단백질 농도)을 측정하는 것을 포함하고, 대조군에 비하여, 하나 이상의 유전자들의 발현 수준은 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 대한 대상의 반응을 예측한다. 어떤 구현예에서, 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상의 생물학적 시료에서 표 1의 단백질 농도가 대조군보다 낮으면, 대상은 렌바티닙 화합물을 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있는 것으로 확인된다. 본 문맥에서, "대조군(control)"이란 용어는 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 반응하지 않는 것으로 알려진 대상으로부터 얻어진 (동일 조직의) 시료를 포함한다. "대조군"이란 용어는 렌바티닙 화합물을 포함하는 치료에 반응하지 않는 것으로 알고 있는 대상으로부터 과거에 얻어져서 치료적인 반응이 예측될 대상들로부터 취한 시험 시료들과 향후의 비교를 위해 기준으로 사용되는 (동일 조직의) 시료 또한 포함한다. 특정 세포종 또는 조직 내 특정 단백질에 대한 "대조군" 발현 수준/농도는 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)로 한 치료에 반응하지 않았던 동일 종의 하나 이상(예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 또는 40 이상)의 대상들에서 단백질 발현의 분석에 의해 사전 설정될 수 있다. 이렇게 사전 설정된 기준 값(치료에 반응하지 않았던 다수의 대상들로부터 취한 평균 또는 중간값 발현 수준/농도일 수 있음)은 이후 검사 시료와의 비교에서 단백질 또는 핵산의 "대조군" 농도/발현 수준에 대하여 사용될 수 있다. 이러한 비교에서, 분석되는 유전자의 발현 수준이 사전 설정된 기준보다 낮으면 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 대상이 반응하는 것으로 예측한다.

특정 세포종 또는 조직 내 특정 단백질에 대한 "대조군" 농도는 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)로 한 치료에 반응했던 하나 이상의 대상들에서 단백질 발현의 분석에 의해 대안적으로 사전 설정될 수 있다. 이렇게 사전 설정된 기준 값(치료에 반응했던 다수의 대상들로부터 취한 평균 또는 중간값 발현 수준일 수 있음)은 이후 검사 시료와의 비교에서 "대조군" 발현 수준으로서 사용될 수 있다. 이러한 비교에서, 분석되는 단백질의 농도가 사전 설정된 기준과 동일하거나 비슷(기준의 85% 이상 100% 미만)하면 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 대상이 반응하는 것으로 예상한다.

어떤 구현예에서, "대조군"은 미리 결정된 절단값(cut-off value)이다.

절단값

일부 구현예에서, 본원에 기재된 방법들은 흥미 있는 단백질(들)(예를 들어, 표 1에 수록된 하나 이상의 단백질)의 농도가 기준 절단값보다 큰지 아니면 작은지를 판단하는 단계를 포함한다.

절단값은 일반적으로 이 값의 초과 또는 미만시 관련 치료에 대한 대상의 반응성을 예측하는 것으로 여겨지는 단백질의 농도이다. 따라서, 본원에 기재된 방법들 및 조성들에 따르면, 기준 농도(예를 들어, 표 1의 단백질의)는 절단값으로 확인되고, 이 기준 농도의 초과 또는 미만은 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 대한 반응성을 예측한다. 임상적 상관관계가 차단의 어느 한쪽 범위에 있는 값들에 대하여 여전히 중요할 수 있다는 점에서 일부 절단값들은 절대적이지는 않다; 그러나, 특정 시료종에 대한 단백질의 농도의 최적의 절단값(예를 들어, 가변적인 H-점수)을 선택하는 것이 가능하다. 본원에 기재된 방법들에서 사용하기 위해 결정된 절단값들은 가령 공개된 농도 범위와 비교될 수 있지만 사용된 방법론 및 환자 인구에 개별화될 수 있다. 최적의 절단값들의 개선은 다른 유전자들 및 시료종들에 대한 기준 레벨값을 결정하기 위해 사용된 통계적 방법들의 세련도 및 사용된 시료들의 수 및 출처에 따라 결정될 수 있다고 이해한다. 그러므로, 구축된 절단값들은 방법론 및 인구 분포에서의 주기적인 재평가 또는 변화들을 근거로 상, 하로 조절 가능하다.

하나 이상의 단백질들의 기준 농도는 다양한 방법에 의해 결정될 수 있다. 기준 레벨은, 가령, 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)를 포함하는 치료에 반응하거나 렌바티닙 화합물을 포함하는 치료에 반응하지 않는 대상들(예를 들어, 환자들)의 집단에서 흥미 있는 단백질 농도의 비교에 의해 결정될 수 있다. 이는, 예를 들어, 히스토그램 분석에 의해 이루어질 수 있는데, 이 분석에서 환자들의 전체 코호트(cohort)는 그래프로 제시되고, 제1축은 흥미 있는 단백질의 농도를 나타내고 제2축은 그의 시료가 하나 이상의 농도를 포함하는 코호트에서 대상들의 수를 나타낸다. 이후, 단백질의 기준 농도는 이들 별개의 군들을 가장 잘 구분하는 농도의 양을 근거로 결정된다. 기준 레벨은 모든 대상에 동일하게 적용 가능한 하나의 숫자일 수 있고, 혹은 기준 레벨은 대상들의 특정 하위집단에 따라 가변될 수 있다. 예를 들어, 동일한 암에 대하여 연령이 높은 대상들은 연령이 낮은 대상들과 다른 기준 레벨을 가질 수 있다. 아울러, 더 진행된 질병(예를 들어, 자궁내막암의 더 진행된 형태)을 가진 대상은 더 가벼운 질병 형태를 가진 대상과 다른 기준값을 가질 수 있다.

사전 설정된 절단값은 수용자 조작 특성(ROC) 분석을 근거로 결정된 단백질 농도일 수 있다. ROC 곡선들은 임상시험을 위한 절단값을 결정하기 위해 사용된다. 두 환자 그룹이 있고, 구축된 표준 기술을 사용하여 일 그룹은 렌바티닙 화합물에 반응하는 것으로 알고 있고 다른 그룹은 렌바티닙 화합물에 반응하지 않는 것으로 알고 있는 상황을 생각하라. 두 그룹의 모든 구성원들로부터 얻은 생물학적 시료를 사용한 측정은 렌바티닙 화합물에 대한 반응성 검사에 사용된다. 이 검사로 전부는 아니지만 일부 반응자들이 렌바티닙 화합물에 반응한다는 것을 알게 될 것이다. 전체 반응자 수(구축된 표준 기술로 알게 된)에 대하여 이 검사에 의해 알게 된 반응자들의 비율은 진양성율(민감도라고도 함)이다. 이 검사로 전부는 아니지만 일부 비반응자들이 렌바티닙 화합물에 반응하지 않는다는 것을 알게 될 것이다. (구축된 표준 기술로 알게 된) 비반응자들의 총수에 대하여 이 검사에 의해 알게 된 비반응자들의 비율은 진음성율(특이도라고도 함)이다. 렌바티닙 반응성 검사의 ROC 곡선 분석으로 위양성들 및 위음성들의 수를 최소화하게 될 절단값을 찾게 될 것이라는 것이 희망이다. ROC는 그의 식별역이 변화됨에 따라 바이너리 클래스 스트래티파이어 시스템(binary class stratifier system)의 성능을 예시한 그래프 구성이다. 이것은 다양한 임계치 설정들에서 양성들 중 진양성들의 비율 대 음성들 중 진음성자들의 비율을 플로팅하여 생성된다.

일 구현예에서, 단백질 농도는 양성예측도(positive predictive value)로 종양 반응을 예측하는 ROC 분석을 근거로 결정되고, 여기서 사전 설정된 절단값과 같거나 아래인 흥미 있는 단백질(예를 들어, Ang2)의 농도는 흥미 있는 단백질의 낮은 농도이고 사전 설정된 절단값보다 높은 값은 흥미 있는 단백질의 높은 농도이다. 양성예측도는 진양성들인 양성 시험 결과들의 비율이고; 이는 양성 검사가 아래에 놓인 검사할 조건을 반영한 확율을 반영한다. ROC 곡선을 구성하고 양성예측도를 결정하는 방법은 당업계에 공지되어 있다. 어떤 구현예에서, 종양 반응은 목적 반응율(objective response rate: ORR), 임상이득률(CBR) 또는 최대 종양 위축 %이다.

다른 구현예에서, 사전 설정된 절단값은 생존을 예측하는 모의실험 모델을 근거로 결정된 단백질 농도로서, 여기서 사전 설정된 절단값과 같거나 아래인 흥미 있는 단백질(예를 들어, Ang2)의 농도는 흥미 있는 단백질의 낮은 농도이고 사전 설정된 절단값보다 높은 값은 흥미 있는 단백질의 높은 농도이다. 일부 구현예에서, 생존은 무진행 생존(progression free survival: PFS)이다. 다른 구현예에서, 생존은 전체 생존(overall survival:OS)이다.

어떤 구현예에서, Ang2 단백질에 대해 사전 설정된 절단값은 1866.5 내지 6024.5 pg/ml의 농도 범위 내이다. 일부 구현예에서, Ang2 단백질에 대해 사전 설정된 절단값은 1866.5 내지 2500 pg/ml의 농도 범위 내이다. 일부 구현예에서, Ang2 단백질에 대해 사전 설정된 절단값은 1866.5 내지 3000 pg/ml의 농도 범위 내이다. 일부 구현예에서, Ang2 단백질에 대해 사전 설정된 절단값은 1866.5 내지 3500 pg/ml의 농도 범위 내이다. 다른 구현예에서, Ang2 단백질에 대해 사전 설정된 절단값은 2000 내지 3000 pg/ml의 농도 범위 내이다. 다른 구현예에서, Ang2 단백질에 대해 사전 설정된 절단값은 2000 내지 4000 pg/ml의 농도 범위 내이다. 다른 구현예에서, Ang2 단백질에 대해 사전 설정된 절단값은 2000 내지 5000 pg/ml의 농도 범위 내이다. 다른 구현예에서, Ang2 단백질에 대해 사전 설정된 절단값은 3000 내지 4000 pg/ml의 농도 범위 내이다. 어떤 구현예에서, Ang2 단백질에 대해 사전 설정된 절단값은 3000 내지 5000 pg/ml의 농도 범위 내이다. 다른 구현예에서, Ang2 단백질에 대해 사전 설정된 절단값은 3000 내지 6000 pg/ml의 농도 범위 내이다. 다른 구현예에서, Ang2 단백질에 대해 사전 설정된 절단값은 4000 내지 5000 pg/ml의 농도 범위 내이다. 다른 구현예에서, Ang2 단백질에 대해 사전 설정된 절단값은 4000 내지 6000 pg/ml의 농도 범위 내이다. 일부 구현예에서, Ang2 단백질에 대해 사전 설정된 절단값은 5000 내지 6000 pg/ml의 농도 범위 내이다. 특정 구현예에서, Ang2 단백질에 대해 사전 설정된 절단값은 2082.5 pg/ml의 농도 범위이다. 이들 모든 구현예에서, 사전 설정된 절단값과 같거나 아래인 Ang2 단백질의 농도는 Ang2의 낮은 농도이고 사전 설정된 절단값보다 높은 값은 Ang2의 높은 농도이다. 본 문맥에서, "약(about)"은 ±10%를 의미한다.

생물학적 샘플

본원에 기재된 방법들을 위한 적합한 생물학적 샘플들은 단백질 또는 핵산(예를 들어, DNA 또는 mRNA)과 같은 관련 분석 생체분자들을 포함하는 어떤 생물학적 유체, 세포, 조직, 또는 그의 단편을 포함한다. 생물학적 샘플은, 예를 들어, 대상(예를 들어, 인간과 같은 포유류)으로부터 얻어진 시료일 수 있고, 또는 이러한 대상으로부터 얻어질 수 있다. 예를 들어, 샘플은 생검으로 얻어진 조직 부분, 보관된 종양 조직, 또는 조직 배양에 놓여 있거나 맞추어진 세포들일 수 있다. 생물학적 샘플은 또한 혈액, 혈장, 혈청, 뇨, 또는 기판(예를 들어, 유리, 폴리머, 종이) 위로 흡수된 샘플과 같은 생물학적 유체일 수 있다. 생물학적 샘플은 또한 자궁 내막의 조직 샘플을 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 생물학적 샘플은 종양 세포(들) 또는 종양 또는 전암성병변을 포함하는 것으로 의심되는 대상의 부위로부터 얻어진 종양 조직이다. 예를 들어, 생물학적 샘플은 자궁 내막 종양 샘플일 수 있다. 원하면, 생물학적 샘플은 특정 세포종들을 포함하는 부분으로 더 분획될 수 있다. 예를 들어, 혈액 샘플은 혈청 또는 적혈구 또는 백혈구(류코사이트)와 같은 특정 종의 혈액 세포들을 포함하는 부분들로 분획될 수 있다. 원하면, 샘플은 조직과 유체 샘플의 조합과 같은 샘플들의 조합일 수 있다.

생물학적 샘플들은 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상으로부터 얻어질 수 있다. 어떤 구현예에서, 대상은 후기 자궁내막암을 갖고 있다. 다른 구현예에서, 자궁내막암은 재발성 자궁내막암이다. 다른 구현예에서, 대상은 단계 III 자궁내막암을 갖고 있다. 어떤 구현예에서, 대상은 단계 IV 자궁내막암을 갖고 있다. 다른 구현예에서, 대상은 절제 불가능한 단계 III 또는 단계 IV 자궁내막암을 갖고 있다.

예시적인 방법들이, 예를 들어 정맥절개술, 세침흡인생검법을 포함하고는 있지만, 생물학적 샘플들을 얻기 위한 임의의 적합한 방법들이 채용될 수 있다. 샘플들은 또한, 예를 들어 현미해부(예를 들어, 레이저 포착 현미해부(LCM) 또는 레이저 현미해부(LMD))에 의해 수집될 수 있다.

샘플에서 분자들(예를 들어, 핵산 또는 단백질)의 활성 또는 완전한 상태를 보존하는 샘플들을 얻고/얻거나 저장하기 위한 방법들은 공지되어 있다. 예를 들어 생물학적 샘플은, 하나 이상의 뉴클레아제, 프로테아제, 및 포스파타아제를 포함해서, 샘플에서 분자들(예를 들어, 핵산 또는 단백질)의 변화를 보존하거나 최소화하는, 완충제 및/또는 억제제와 같은 하나 이상의 추가적인 제제들과 더 접촉될 수 있다. 이러한 억제제들은, 예를 들어 에틸렌디아민 테라아세트산(EDTA), 에틸렌 글리콜 비스(P-아미노에틸에테르) N,N,N1,N1-테라아세트산(EGTA)와 같은 킬레이트, 페닐메틸술포닐플루오라이드(PMSF), 아프로티닌, 류펩틴, 안티페인 등과 같은 프로테아제 억제제, 및 인산염, 플루오르화나트륨, 바나듐산염 등과 같은 포스파타아제 억제제를 포함한다. 분자들을 분리하기 위한 적합한 완충제들 및 조건들은 공지되어 있고, 예를 들어, 특징이 있는 샘플내 분자의 종류에 따라 가변될 수 있다(예를 들어, Ausubel et al. Current Protocols in Molecular Biology (Supplement 47), John Wiley & Sons, New York (1999); Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory Press (1988); Harlow and Lane, Using Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press (1999); Tietz Textbook of Clinical Chemistry, 3rd ed. Burtis and Ashwood, eds. W.B. Saunders, Philadelphia, (1999) 참조). 간섭 물질들의 존재를 없애거나 최소화하기 위해 샘플을 처리할 수도 있다. 예를 들어, 흥미롭지 않은 하나 이상의 물질들을 제거하기 위해 샘플을 분획할 수 있다. 생물학적 샘플을 분획 또는 정제하는 방법들은 액체 크로마토그래피, 이온-교환 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 또는 친화성 크로마토그래피와 같은 크로마토그래피 방법을 포함하지만, 거기에 제한되지는 않는다. 본원에 기재된 방법들에서 사용하기 위해, 샘플은 다양한 물리적 상태에 있을 수 있다. 예를 들어, 샘플은 액체 또는 고체일 수 있고, 액체에 용해되거나 현탁될 수 있고, 에멀젼 또는 겔로 있을 수 있고, 또는 물질에 흡수될 수 있다.

생체표지의 발현 수준/농도 결정

유전자 발현은, 예를 들어 표적 유전자의 단백질 또는 RNA 발현으로서 검출될 수 있다. 즉, 유전자의 존재 또는 발현 수준(양)은 유전자의 mRNA 또는 단백질 발현 수준을 검출 및/또는 측정함으로써 결정될 수 있다. 일부 구현예에서, 유전자 발현은 표 1에 나타낸 유전자와 같은 유전자로 코딩되는 단백질의 활성으로서 검출될 수 있다.

일 구현예에서, 유전자의 발현은 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현 또는 농도를 검출 및/또는 측정함으로써 결정될 수 있다. 단백질 발현/농도를 결정하는 방법은 당업계에 공지되어 있다. 일반적으로 사용되는 방법은 흥미 있는 표적 단백질에 특정한 항체들의 사용을 포함한다. 예를 들어, 단백질 발현을 결정하는 방법은 웨스턴 블롯 또는 도트 블롯 분석, 면역조직화학(예를 들어, 정량적 면역조직화학), 면역세포화학, 효소-결합 면역흡수 분석(ELISA), 효소-결합 면역흡수 스폿(ELISPOT; Coligan, J. E., et al., eds. (1995) Current Protocols in Immunology. Wiley, New York), 방사면역분석, 화학발광 면역분석, 전계발광 면역분석, 라텍스 비탁 면역분석, 라텍스 측광 면역분석, 면역-크로마토그래피 분석, 및 항체 배열 분석을 포함하지만, 이들에 제한되지는 않는다(예를 들어, 전체가 참조로서 본원에 포함된 미국특허 공개 제20030013208호 및 제2004171068호 참조). 단백질 발현을 검출하기 위한 위의 방법들 및 추가적인 방법들의 많은 것들 중 또 다른 기재는, 예를 들어, Sambrook 등(상동)에서 볼 수 있다.

일례에서, 유전자(예를 들어, 표 1에 수록된 유전자)의 단백질 발현의 존재 또는 양은 웨스턴 블롯 기술을 사용하여 결정될 수 있다. 예를 들어, 용해물이 생물학적 샘플로부터 준비될 수 있고, 혹은 생물학적 샘플 자체가 Laemmli 완충액과 접촉하여 SDS-PAGE(sodium-dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis)를 받을 수 있다. SDS-PAGE가 용해되고 크기별로 분리된 단백질은 이후 필터 멤브레인(예를 들어, 니트로셀룰로오스)으로 옮겨져서 흥미 있는 단백질에게 특이한 검출가능하게 표지된 항체를 사용하는 면역블로팅 기술을 처방받을 수 있다. 검출가능하게 표지된 결합된 항체의 존재 또는 양은 생물학적 샘플 내 단백질의 존재 또는 양을 나타낸다.

다른 예에서, 면역분석은 유전자(예를 들어, 표 1에 나타낸 유전자)의 단백질 발현을 검출 및/또는 측정하기 위해 사용될 수 있다. 위에서처럼, 검출 목적으로, 검출 잔기(예를 들어, 형광제 또는 효소)를 갖는 항체로 면역분석이 수행될 수 있다. 생물학적 샘플에서 얻어진 단백질은 고상 기판(예를 들어, 멀티-웰 분석판, 니트로셀룰로오스, 아가로스, 세파로스, 코딩된 입자들, 또는 마그네틱 비드)에 직접 접합될 수 있거나 혹은 특정 결합쌍(예를 들어, 스트렙타비딘 또는 비오틴)의 제2구성원에 결합시 고상 기판에 부착되는 특정 결합쌍(예를 들어, 비오틴 또는 스트렙타비딘)의 제1구성원에 접합될 수 있다. 고상 기판에 대한 이러한 부착은 검출 항체와 접촉 전에 단백질이 생물학적 샘플의 간섭하거나 상관없는 다른 성분들과 떨어져서 정제되도록 하고 또한 결합되지 않은 항체의 후속 세척을 허용한다. 여기서도 위에서처럼, 검출가능하게 표지된 결합된 항체의 존재 또는 양은 생물학적 샘플 내 단백질의 존재 또는 양을 나타낸다.

항체의 형태에 대한 특별한 제한은 없고 본 개시는 단클론 항체들뿐만 아니라 다클론 항체들을 포함한다. 모든 계층의 다클론 및 단클론 항체, 인간 항체, 및 유전자 재조합에 의해 생산된 인간화 항체뿐만 아니라 토끼와 같은 동물들을 본 발명의 단백질 또는 단백질 단편(즉, 표 1의 단백질 또는 단백질의 면역학적 단편) 또한 포함된다.

온전한 단백질 또는 그의 부분적 폴리펩타이드는 면역을 위한 항원으로서 사용될 수 있다. 단백질의 부분적 폴리펩타이드, 예를 들어, 단백질의 아미노 (N)-말단 단편 및 카복시 (C)-말단 단편이 제공될 수 있다.

흥미 있는 단백질 또는 그의 단편(예를 들어, 면역학적 단편)을 코딩하는 유전자는 공지의 발현 벡터로 삽입되고, 숙주 세포를 본원에 기재된 벡터로 변형시켜서, 원하는 단백질 또는 그의 단편이 표준 방법을 사용한 숙주 세포 내외부로부터 회수된다. 이 단백질은 감작항원으로서 사용될 수 있다. 또한, 단백질을 발현하는 세포, 세포 용해물, 또는 본 발명의 화학적으로 감작된 단백질 또한 감작항원으로서 사용될 수 있다.

감작항원에 의해 면역력을 얻는 포유동물은 제한되지는 않는다; 그러나, 세포 융합에서 사용된 모 세포와의 양립성을 고려함으로써 동물들을 선택하는 것이 바람직하다. 일반적으로, 쥐목, 토끼목, 또는 영장류목에 속하는 동물들이 사용된다. 사용될 수 있는 쥐목에 속하는 동물들의 예는, 예를 들어, 마우스(mice), 쥐(rats), 햄스터를 포함한다. 사용될 수 있는 토끼목에 속하는 동물들의 예는, 예를 들어 토끼를 포함한다. 사용될 수 있는 영장류목에 속하는 동물들의 예는, 예를 들어 원숭이를 포함한다. 사용될 원숭이의 예는 협비원류 하목(긴꼬리 원숭이), 예를 들어 필리핀 원숭이(Macaca fascicularis), 붉은털 원숭이, 망토개코 원숭이, 및 침팬지를 포함한다.

감작항원으로 동물들이 면역력을 갖게 하기 위하여 공지된 방법들이 사용될 수 있다. 예를 들어, 감작항원은 포유동물에게 복막 내 또는 피하 주입된다. 구체적으로, 감작항원은 생리식염수, PBS(phosphate-bufered saline) 등에서 적합하게 희석되어 현탁되고, 원하면 적합한 양의 일반 보강제, 예를 들어 완전 프로인드 보강제와 혼합된다. 이후, 용액은 에멀션화되어 포유동물에게 주입된다. 그 후, 불완전 프로인드 보강제와 적합하게 혼합된 감작항원은 바람직하게는 4~21일마다 여러 번 제공된다. 감작항원으로 동물이 면역력을 갖게 하기 위하여 적합한 담체가 사용될 수도 있다. 면역화 후, 혈청 항체 레벨의 상승을 보통 방법으로 검출한다.

본 개시의 단백질들에 대항하는 다클론 항체들은 다음과 같이 준비될 수 있다. 원하는 혈청 항체 레벨이 도달되었음을 확인한 후, 항원으로 감작된 포유동물로부터 혈액을 뽑는다. 통상적인 방법을 사용하여 이 혈액으로부터 혈청을 분리한다. 다클론 항체를 포함하는 혈청은 다클론 항체로서 사용될 수 있고, 또는 필요에 따라, 다클론 항체를 포함하는 단편을 혈청으로부터 더 분리할 수 있다. 예를 들어, 본 발명의 단백질을 특이적으로 인식하는 항체들의 단편은 단백질이 결합되는 친화도 컬럼을 사용하여 준비될 수 있다. 이후, 면역글로불린 G 또는 M을 준비하기 위하여 단백질 A 또는 단백질 G를 사용하여 단편을 더 정제할 수 있다.

단클론 항체들을 얻기 위하여, 상기한 항원으로 감작된 포유동물에서 원하는 혈청 항체 레벨이 도달되었음을 확인한 후, 면역세포는 포유동물로부터 추출되어 세포 융합을 위해 사용된다. 이 목적을 위하여, 비장세포가 바람직한 면역세포로서 언급될 수 있다. 위의 면역세포와 융합된 모 세포로서, 바람직하게는 포유동물의 골수종 세포가 사용된다. 보다 바람직하게는, 그 특징을 획득한, 제제에 의해 융합 세포를 구분하기 위해 사용될 수 있는 골수종 세포가 모 세포로서 사용된다.

위의 면역세포 및 골수종 세포 사이의 세포 융합은 공지된 방법, 예를 들어 Galfre 및 Milstein에 의한 방법(Methods Enzymol. 73:3-46, 1981)에 의해 수행될 수 있다.

세포 융합으로부터 얻어진 융합세포는 표준 선택 배지, 예를 들어 HAT 배양 배지(하이포크산틴, 아미놉테린, 및 티미딘을 포함하는 배지)에 세포를 배양함으로써 선택된다. 이 HAT 배지에서 배양은 목적 융합세포외의 세포들(비융합 세포)이 사멸하기에 충분한 기간, 보통 수일 내지 수주동안 계속된다. 이후, 보통의 제한적 희석 방법을 수행하고, 목적 항체를 생산한 융합 세포를 가려내어 복제한다.

융합세포를 얻기 위한 상기 방법 외에, 이 항원으로 인간 이외의 동물이 면역력을 갖게 함으로써, 단백질에 결합하는 활성을 갖는 목적 인간 항체를 생산하는 융합세포는 인간 림프구, 예를 들어 EB 바이러스로 감염되고 단백질을 가진 인간 림프구, 단백질 발현 세포, 또는 그의 체외 용해물을 감작하고 감작된 림프구를 인간으로부터 유래된 골수종 세포, 예를 들어 영구적인 세포 분할능을 갖는 U266으로 융합함으로써 얻어질 수 있다.

얻어진 융합세포를 마우스(mouse)의 복강으로 이식하고 복수를 추출하여 얻은 단클론 항체는 본 개시의 단백질이 결합되는, 예를 들어 황산암모늄 침전, 단백질 A 또는 단백질 G 컬럼, DEAE 이온 교환 크로마토그래피, 친화도 컬럼에 의해 정제될 수 있다.

단클론 항체들은 유전공학기술(예를 들어, Borrebaeck C.A.K. and Larrick, J.W., THERAPEUTIC MONOCLONAL ANTIBODIES, Published in the United Kingdom by MACMILLAN PUBLISHERS LTD (1990))을 사용하여 생산된 재조합 항체들로서 얻어질 수도 있다. 재조합 항체들은 코딩된 DNA를 융합세포 또는 항체 생산 감작 림프구와 같은 면역세포들로부터 복제하고, 적합한 벡터에 포함시키고, 이 벡터를 숙주에 도입하여 항체를 생산함으로써 생산된다. 본 개시는 이러한 재조합 항체들도 포함한다.

하나 이상의 생체표지로 코딩되는 단백질에 특이적인 항체들 또는 항체 단편들은 파지 디스플레이와 같은 체외 방법들에 의해 생성될 수도 있다.

더욱이, 본 개시의 항체는 발명의 생체표지에 의해 코딩되는 단백질에 결합하기만 하면, 항체 단편 또는 변형 항체일 수 있다. 예를 들어, H 쇄 Fv 및 L 쇄 Fv가 링커에 의해 적합하게 연결된 Fab, F(ab')2, Fv, 또는 단쇄 Fv(scFv)(Huston et al., Proc . Natl . Acad . Sci . USA, 85:5879-5883, (1988))가 항체 단편들로서 제공될 수 있다. 구체적으로, 항체 단편들은 항체를 효소, 예를 들어 파파인 또는 펩신으로 처리함으로써 생성된다. 대안적으로, 항체 단편들은 항체 단편을 코딩하는 유전자를 구성하고, 이 유전자를 발현 벡터에 도입하고, 그리고 이 벡터를 적합한 숙주 세포에서 발현함으로써 생성될 수 있다(예를 들어, Co et al., J. Immunol., 152:2968-2976, 1994; Better et al., Methods Enzymol., 178:476-496, 1989; Pluckthun et al., Methods Enzymol., 178:497-515, 1989; Lamoyi, Methods Enzymol., 121:652-663, 1986; Rousseaux et al., Methods Enzymol., 121:663-669, 1986; Bird et al., Trends Biotechnol., 9:132-137, 1991 참조).

항체들은 형광 물질, 방사성 물질, 및 발광성 물질과 같은 다양한 분자들과 접합될 수 있다. 이러한 잔기들을 항체에 부착하는 방법들은 이미 확립되어 있고 본 분야에서는 종래에 해당한다(예를 들어, US 5,057,313 및 5,156,840 참조).

항체들의 항원-결합 활성을 분석하는 방법들의 예는, 예를 들어 흡수의 측정, 효소-결합 면역흡수 분석(ELISA), 효소 면역 분석(EIA), 방사선 면역 분석(RIA), 및/또는 면역형광을 포함한다. 예를 들어, ELISA를 사용할 때, 발명의 생체표지에 의해 코딩되는 단백질을 본 개시의 항체들로 코팅된 플레이트에 첨가하고, 이후, 항체 샘플, 예를 들어 항체 생성 세포들의 배양 상청액, 또는 정제된 항체들을 첨가한다. 이후, 알카리성 포스파타제 및 이러한 효소들에 의하여 표지되는, 1차 항체를 인식하는 2차 항체를 첨가하고, 플레이트를 배양 및 세척하고, p-니트로페닐 포스페이트와 같은 효소 기질을 첨가한 후 항원 결합 활성을 평가하기 위해 흡수도를 측정한다. 단백질로서, 단백질 단편, 예를 들어 C-말단을 포함하는 단편, 또는 N-말단을 포함하는 단편이 사용될 수 있다. 발명의 항체의 활성을 평가하기 위해, BIAcore(GE Healthcare)가 사용될 수 있다.

이들 방법을 사용함으로써, 발명의 항체 및 발명의 단백질을 포함하는 것으로 추정되는 샘플이 접촉되고, 발명의 생체표지에 의해 코딩되는 단백질은 상기한 항체 및 단백질 사이에 형성된 면역 복합체를 검출하거나 분석함으로써 검출되거나 분석된다.

질량분석법을 근거로 하는 정량 분석 방법들은, 거기에 제한되지는 않지만, 예를 들어 안정한 동위원소로 치환된 내부 표준과 조합한 MRM(multiple reaction monitoring)을 근거로 하는 접근은 단백질의 정량적 측정을 위한 면역분석법의 대안이다. 이들 접근들은 항체들의 사용을 요구하지 않고 그래서 비용 및 시간 효율적인 방식으로 수행될 수 있다(예를 들어, Addona et al., Nat. Biotechnol ., 27:633-641, 2009; Kuzyk et al., Mol . Cell Proteomics, 8:1860-1877, 2009; Paulovich et al., Proteomics Clin . Appl ., 2:1386-1402, 2008 참조). 아울러, MRM은 수많은 단백질의 병렬적 동시 정량화를 허용하면서, 우수한 멀티플렉싱 능력을 제공한다. 이들 방법들의 기본적 이론은 작은 분자들의 약물대사 및 약동학 분석을 위해 잘 구축되어 있고 광범위하게 이용되었다.

다른 구현예에서, 흥미 있는 유전자의 발현 수준은 RNA 레벨들을 측정함으로써 결정된다. 유전자의 mRNA 발현 수준을 검출 및/또는 측정하기 위해 다양한 적합 방법들이 채용될 수 있다. 예를 들어, mRNA 발현은 노던 블롯 또는 도트 블롯 분석, 리버스 트랜스크립타제-PCR(RT-PCR; 예를 들어, 정량적 RT-PCR), 원위치 혼성화(예를 들어, 정량적 원위치 혼성화) 또는 핵산 어레이(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 어레이 또는 유전자 칩) 분석을 이용하여 결정될 수 있다. 이러한 방법들의 상세한 내용은 아래에서 그리고 예를 들어 Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual Second Edition vol. 1, 2 및 3. Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, New York, USA, Nov. 1989; Gibson et al. (1999) Genome Res., 6(10):995-1001; 및 Zhang et al. (2005) Environ. Sci . Technol., 39(8):2777-2785; 미국 공개 제2004086915호; 유럽특허 제0543942호; 및 미국특허 제7,101,663호에 기재되어 있고, 이들 각각의 개시들은 전체가 본원에 참조로서 포함된다.

일례에서, 생물학적 샘플에서 하나 이상의 이산적 mRNA 인구의 존재 또는 양은 생물학적 샘플로부터 총 mRNA를 분리하고(예를 들어, Sambrook et al.(상동) 및 미국특허 제6,812,341호) 분리된 mRNA에 대한 아가로스 겔 전기영동을 수행하여 크기별로 mRNA를 분리함으로써 결정될 수 있다. 이후, 크기별로 분리된 mRNA들은 니트로셀룰로오스 멤브레인과 같은 고상 운반체로 옮겨진다(예를 들어, 확산에 의해). 이후, 생물학적 샘플에서 하나 이상의 mRNA 인구의 존재 또는 양은 하나 이상의 검출가능하게 표지된, 흥미 있는 mRNA 서열에 상보적인, 결합되는 폴리뉴클레오티드 프로브를 사용하여 결정되고, 그리하여 그들의 해당 mRNA 인구들을 검출할 수 있게 된다. 검출가능한 라벨들은, 예를 들어 형광성(예를 들어, 움벨리페롬, 플루오레세인, 플루오레세인 이소티오시아네이트, 로다민, 디클로로트리아지닐아민 플루오레세인, 단실 클로라이드, 알로피코시아닌(APC), 또는 피코에리트린), 발광성(예를 들어, 유로퓸, 테르븀, CA, Palo Alto의 Quantum Dot사가 공급하는 Qdot™ 나노입자), 방사성(예를 들어, ¹²⁵I, ¹³¹I, ³⁵S, ³²P, ³³P, or ³H), 및 효소성(호스래디쉬 퍼옥시다제, 알카라인 포스파타제, 베타-갈락토스, 또는 아세틸콜린에스테라제) 라벨들을 포함한다.

다른 예에서, 생물학적 샘플에서 mRNA(예를 들어, 표 1에 나타낸 하나 이상의 유전자들에 의해 코딩되는 mRNA)의 이산적 집단의 존재 또는 양은 핵산(또는 올리고뉴클레오티드) 어레이(예를 들어, 아래에서 "Arrays" 밑에 기재된 어레이)를 사용하여 결정될 수 있다. 예를 들어, 생물학적 샘플로부터 분리된 mRNA는 RT-PCR을 사용하여, 예를 들어 랜덤 핵사머 또는 올리고(dT)-프라이머 매개 제1가닥 합성으로 증폭될 수 있다. 앰플리콘은 더 짧은 세그먼트로 분획될 수 있다. RT-PCR 단계는 앰플리콘을 검출가능하게 표지하기 위해 사용될 수 있고, 또는 선택적으로, 앰플리콘은 RT-PCR 단계 후 검출가능하게 표지될 수 있다. 예를 들어, 검출가능한 라벨은 다양한 적합 기술을 사용하여 효소적으로(예를 들어, 틈 번역 또는 T4 폴리뉴클레오티드 키나제와 같은 키나제에 의해) 또는 화학적으로 앰플리콘에 접합된다(예를 들어, Sambrook 등, 상동 참조). 검출가능하게 표지된 앰플리콘은 이후 각각이 해당 앰플리콘에 특이적인(그리고 결합될 수 있는) 하나 이상의 폴리뉴클레오티드(예를 들어, 올리고뉴클레오티드) 프로브를 포함하는 다수의 폴리뉴클레오티드 프로브 세트들과 접촉되고, 여기서 다수개는 각각이 다른 앰플리콘에 대응하는 많은 프로브 세트들을 포함한다. 일반적으로, 프로브 세트들은 고상 운반체에 결합되고 각 프로브 세트의 위치는 고상 운반체 위에 사전결정된다. 프로브 세트의 해당 프로브에게 검출가능하게 표지된 앰플리콘은 생물학적 샘플에서 표적 mRNA의 존재 또는 양을 나타낸다. 핵산 어레이를 사용하여 mRNA 발현을 검출하기 위한 추가적인 방법들은, 예를 들어, 미국특허 제5,445,934호; 제6,027,880호; 제6,057,100호; 제6,156,501호; 제6,261,776호; 및 제6,576,424호에 기재되어 있고, 이들 각각의 개시는 전체가 본원에 참조로서 포함되어 있다.

검출가능한 라벨을 검출하는 그리고/또는 정량화하기 위한 방법들은 라벨의 성질에 의존한다. 적절한 효소들(검출가능한 라벨이 효소인 경우; 위쪽 참조)에 의해 촉진되는 반응 생성물들은 제한없이 형광성, 발광성, 또는 방사성일 수 있고, 또는 이들은 가시광 또는 자외선을 흡수할 수 있다. 이러한 검출가능한 라벨을 검출하기 위해 적합한 검출자의 예는 x-선 필름, 방사성 카운터, 신틸레이션 카운터, 분광광도계, 색도계, 형광광도계, 발광광도계, 및 농도계를 제한없이 포함한다.

유전자 발현(예를 들어, 단백질 또는 mRNA 발현)을 검출 또는 측정하기 위한 방법들은 다수의 샘플들의 빠른 준비, 처리, 및 분석을 허용하는 포맷으로 선택적으로 수행될 수 있다. 이는, 예를 들어 다중웰을 가진 분석 플레이트(예를 들어, 96웰 또는 386웰) 또는 어레이(예를 들어, 핵산 칩 또는 단백질 칩)에 있을 수 있다. 다양한 시약들을 위한 저장 용액들은 수동으로 또는 로봇으로 제공될 수 있고, 후속 샘플 준비(예를 들어, RT-PCR, 표지화, 또는 세포 고정), 피펫팅, 희석, 혼합, 분배, 세척, 배양(예를 들어, 혼성화), 샘플 해독, 데이터 수집(광학 데이터) 및/또는 분석(컴퓨터 이용 이미지 분석)은 상업적으로 이용가능한 분석 소프트웨어, 로봇공학, 및 분석으로부터 생성된 신호를 검출할 수 있는 검출 기기를 사용하여 로봇으로 수행될 수 있다. 이러한 검출기들의 예는 분광광도계, 발광광도계, 형광광도계, 및 방사성 동위원소 붕괴를 측정하는 장치들을 포함하지만, 이들에 제한되지는 않는다. 예시적인 고처리량 세포 기반 분석법들(예를 들어, 세포 내 표적 단백질의 존재 또는 레벨을 검출)은 ArrayScan® VTI HCS Reader 또는 KineticScan® HCS Reader 기술(Cellomics Inc., Pittsburg, PA)을 이용할 수 있다.

일부 구현예에서, 표 1로부터 2개 유전자, 3개 유전자, 4개 유전자, 5개 유전자, 6개 유전자, 7개 유전자, 8개 유전자, 9개 유전자, 10개 유전자, 11개 유전자, 또는 적어도 2개 유전자, 적어도 3개 유전자, 적어도 4개 유전자, 적어도 5개 유전자, 적어도 6개 유전자, 적어도 7개 유전자, 적어도 8개 유전자, 적어도 9개 유전자, 또는 적어도 10개 유전자를 평가하고/평가하거나 측정할 수 있다.

표 1에 나타낸 하나 이상의 유전자들의 존재 또는 발현 수준을 검출하는 것을 돕기 위해, 이 유전자들의 핵산 서열의 임의의 일부가, 예를 들어 혼성화 폴리뉴클레오티드 프로브 또는 프라이머(예를 들어, 증폭 또는 역전사를 위해)로서 사용될 수 있다. 프로브 및 프라이머는 RNA, DNA, cDNA, 또는 생물학적 샘플로부터 분리된 그의 단편들에 특이적 혼성화를 제공하기에 충분한 길이를 가진 올리고뉴클레오티드들일 수 있다. 특이적 적용에 따라 혼성화 조건을 변화시키는 것은 프로브 또는 프라이머의 선택도를 표적 서열쪽으로 변화시키는 것을 이루기 위해 채용될 수 있다. 프라이머 및 프로브는 검출을 쉽게 하는 시약으로 검출가능하게 표지될 수 있다(예를 들어, 형광성 라벨, 화학적 라벨(예를 들어, 미국특허 제4,582,789호 및 제4,563,417호 참조), 또는 변형 염기).

표준 엄격성 조건은 Sambrook 등(상동) 및 Haymes 등의 Nucleic Acid Hybridization, A Practical Approach, IRL Press, Washington, D.C. (1985)에 기재되어 있다. 핵산 분자가 프라이머 또는 프로브로서 작용하도록 하기 위해, 특별한 혼성화 조건(예를 들어, 사용된 용매 및 염 농도) 하에서 안정한 이중가닥 구조를 형성할 수 있다는 것은 서열에서 단지 충분히 충분히 상보적일 필요가 있다.

혼성화는 두 개의 핵산 서열간 상동성을 평가하기 위해 사용될 수 있다. 본원에 기재된 핵산 서열, 또는 그의 단편은 표준 혼성화 기술에 따라 혼성화 프로브로서 사용될 수 있다. 시험원으로부터 DNA, RNA, cDNA, 또는 그의 단편들에 대한 흥미 있는 프로브(예를 들어, 본원에 기재된 뉴클레오티드 서열의 일부를 포함하는 프로브 또는 그의 상보체)의 혼성화는 시험원 내 프로브에 대응하는 DNA 또는 RNA의 존재의 표시이다. 혼성화 조건은 공지되어 있고 Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N.Y., 6.3.1-6.3.6, 1991에서 알 수 있다. 보통의 혼성화 조건들은 50℃의 1 X SSC, 0.1% SDS에서 세척 전에 30℃의 2X 염화나트륨/구연산나트륨(SSC)에서의 혼성화로서 정의된다. 매우 엄격한 조건들은 65℃의 0.2X SSC, 0.1% SDS에서 세척 전에 45℃의 6X SSC에서의 혼성화로서 정의된다.

프라이머들은 다양한 PCR-타입 방법들에서 사용될 수 있다. 예를 들어, 중합효소 연쇄반응(PCR) 기술은, 총 유전체 DNA 또는 총 세포 RNA로부터 서열들을 포함하여, RNA뿐만 아니라 DNA로부터 특이적 서열들을 증폭하기 위해 사용될 수 있다. PCR 프라이머는 증폭에 흥미 있는 영역을 옆에 배치하도록 설계된다. 프라이머들은 5' 말단, 3' 말단 가까이 또는 증폭될 뉴클레오티드 서열 내 어디든지 위치될 수 있다. 앰플리콘 길이는 실험 목표에 좌우된다. qPCR의 경우, 목표 길이는 100 bp에 더 가깝고 표준 PCR의 경우, 500 bp에 가깝다. 일반적으로, 흥미 있는 영역의 말단으로부터 또는 저편에서 서열 정보는 증폭될 템플릿의 반대 가닥들과 서열이 동일하거나 유사한 올리고뉴클레오티드 프라이머들을 설계하기 위해 사용된다. PCR 프라이머는 단일 핵산 분자(예를 들어, 포스포라미디트(phosphoramidite) 기술을 이용한 3' 내지 5' 방향으로 자동화 DNA 합성을 이용하여)로서 또는 일련의 올리고뉴클레오티드들 중 어느 하나로서 화학적으로 합성될 수 있다. 예를 들어, 원하는 서열을 포함하는 긴 올리고뉴클레오티드(예를 들어, >100 뉴클레오티드)의 하나 이상의 쌍이 합성될 수 있고, 올리고뉴클레오티드가 어닐링될 때 이배체(duplex)가 형성되도록 각 쌍은 짧은 상보성 세그먼트(예를 들어, 약 15 뉴클레오티드)를 포함한다. DNA 중합효소(polymerase)는 올리고뉴클레오티드를 늘려서 결국 올리고뉴클레오티드 쌍마다 하나의 이중가닥 핵산 분자가 되도록 하기 위해 사용된다.

아울러, 핵산 서열 또는 그의 단편(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 프로브)은 유전자 발현의 검출 및/또는 정량화를 위해 (아래에서 "Arrays" 밑에 기재된 핵산 어레이와 같은) 핵산 어레이에서 사용될 수 있다.

반응 프로파일 생성

본원에 기재된 방법들은 자궁내막암이 있는 대상에 대한 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트) 치료 반응 프로파일을 생성하기 위해서 사용될 수도 있다. 프로파일은, 예를 들어 렌바티닙 또는 그의 약제학적으로 허용 가능한 염으로 전- 및 후-치료에서 하나 이상의 유전자(예를 들어, 표 1에 나타낸 하나 이상의 유전자)의 발현 수준을 나타내는 정보; 및/또는 임의의 자궁내막 종양들의 조직학적 분석를 포함한다. 본원에 기재된 반응 프로파일은 표 1에 수록된 적어도 2개, 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 8개, 또는 적어도 10개 유전자들의 발현 또는 발현 수준에 대한 정보를 포함한다. 결과적인 정보(렌바티닙 치료 반응 프로파일)는 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상(예를 들어, 인간 환자)의 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 대한 반응을 예측하기 위해 사용될 수 있다.

렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트) 반응 프로파일은 전자적 형태(예를 들어, 컴퓨터 또는 DVD, CD, 또는 플로피 디스크와 같은 기타 전자(컴퓨터가 읽을 수 있는) 매체) 또는 문서 형태로 있을 수 있는 것으로 이해한다. 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트) 반응 프로파일은 또한 몇몇(2, 3, 4, 5, 10, 20, 30, 50, 또는 100명 이상) 대상들(예를 들어, 인간 환자)에 대한 정보를 포함할 수 있다. 이러한 다수 환자 반응 프로파일은, 예를 들어 대상 코호트들의 특이한 특징의 분석(예를 들어, 통계적 분석)에서 사용될 수 있다.

렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 대한 대상의 반응성은 여러가지 방식으로 분류될 수 있고 분류는 환자의 질병(예를 들어, 후기 또는 재발성 자궁내막암), 질병의 중증도, 및 환자가 투여받은 특별한 약에 따른다. 가장 간단한 의미에서, 반응성은 전치료에 비하여 질병 상태에서 임의의 감소이고, 비반응성은 전치료에 비하여 질병 상태에서 임의의 변화의 부족이다. 자궁내막암을 가진 대상(예를 들어, 인간)의 반응성은 제한되지는 않지만 종양 크기, 임상적 혜택(Clinical Benifit: CB), 무진행 생존(PFS), 전체 생존(OS), 최대 종양 위축 %(MTS), 또는 목적 반응 비율(ORR)과 같은 하나 이상의 많은 목적 임상 지표들을 근거로 분류될 수 있다.

"임상적 혜택"은 완전 반응(Complete Response: CR), 부분 반응(Partial Response: PR), 또는 6개월 이상 무진행 생존(PFS)을 가진 안정 병변(Stable Disease: SD) 중 하나의 상태를 갖는 것을 말한다. "완전 반응"은 모든 표적 병변들의 완전한 소멸을 의미한다. "부분 반응"은, 기준선 합산 LD를 기준으로 할 때, 표적 병변들의 가장 긴 직경의 합이 적어도 30% 감소하는 것을 의미한다. "진행성 질병(PD)은, 치료가 시작된 이후 기록된 가장 작은 합산 LD를 기준으로 할 때, 표적 병변의 LD의 합이 적어도 20% 증가하거나, 하나 이상의 새로운 병변이 출현하는 것을 의미한다. "안정 병변"은, 치료가 시작된 이후 가장 작은 합산 LD를 기준으로 할 때, PR에 적합한 표적 병변의 충분한 위축도 진행성 질병(PD)에 적합한 충분한 증가도 없음을 의미한다.

"전체 생존(Overall Survival: OS)"은 무작위추출시 어떤 원인으로 인한 사망까지 걸린 시간으로서 정의된다. "무작위추출(Randomization)"은 환자를 위한 치료 계획이 결정될 때 환자를 시험군 또는 대조군으로 무작위추출 하는 것을 의미한다.

"무진행 생존(PFS)"은 치료 시작일부터 PD 상태로 들어가기 전 마지막날까지의 기간을 말한다.

"최대 종양 위축(MTS) %"는, 기초선 합 직경들을 기준으로 할 때, 표적 병변들의 직경의 합의 백분율 변화를 의미한다.

"목적 반응 비율(ORR)"은 완전 반응(CR) 또는 부분 반응(PR) 중 어느 하나를 갖는 대상들을 안정 병변(SD) 또는 진행성 질병(PD) 중 어느 하나를 갖는 대상들과 비교한다.

치료 방법

본원에 개시된 방법들은 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상이 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 반응할 것 같은지 여부의 평가를 가능하게 한다. 렌바티닙 화합물에 반응할 것 같은 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상은 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 투여받을 수 있다. 반대로, 렌바티닙 화합물에 반응할 것 같지 않은 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상은 자궁내막암의 치료에 적합한 다른 치료를 처방받을 수 있다.

본 개시의 방법들은 또한 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상들을 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료로부터 혜택이 더 많이 될 것 같은 대상들의 그룹, 및 혜택이 덜 될 것 같은 대상들의 그룹으로 계층화 하는 것을 가능하게 한다. 렌바티닙 화합물로 치료하기 위해 고려되고 있는 자궁내막암 대상들의 풀로부터 이러한 대상들을 선택하는 능력은 대상에 대한 효과적인 치료를 위해 혜택이 된다.

렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)는 부분적으로 혈관형성을 억제함으로써 강력한 항-종양 효과들을 보여준다. 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료를 위해 고려되는 대상들은, 제한되지는 않지만, 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 대상들을 포함한다. 일 구현예에서, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)으로 치료될 대상은 후기 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 발생 위험이 있다. 어떤 구현예에서, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)으로 치료될 대상은 재발성 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 발생 위험이 있다. 또 다른 구현예에서, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)으로 치료될 대상은 단계 I 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 발생 위험이 있다. 일 구현예에서, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)으로 치료될 대상은 단계 II 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 발생 위험이 있다. 또 다른 구현예에서, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)으로 치료될 대상은 단계 III 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 발생 위험이 있다. 또 다른 구현예에서, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)으로 치료될 대상은 단계 IV 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 발생 위험이 있다. 일부 구현예에서, 자궁내막암은 절제 불가능한 단계 III 또는 단계 IV 암이다.

자궁내막암을 갖는 대상이 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(위에 기재된 하나 이상의 생체표지(예를 들어, Ang2 단백질)의 농도를 근거로)을 포함하는 치료에 더 잘 반응할 것 같으면, 이후 이 대상은 유효한 양의 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 투여받을 수 있다. 이 화합물의 유효한 양은, 예를 들어 환자의 특성(연령, 성별, 체중, 종족, 등), 질병의 진행, 및 약물에 대한 사전 노출을 고려하여 의사에 의해 적합하게 결정될 수 있다. 자궁내막암을 갖는 대상이 렌바티닙 화합물을 포함하는 치료에 덜 반응할 것 같으면, 이후 이 대상은 렌바티닙을 포함하지 않는 치료를 선택적으로 처방받을 수 있다. 이들 치료들은, 제한되지는 않지만, 방사성 요오드, 독소루비신, 카보플라틴, 시스플라틴, 파클리탁셀, 소라페닙, 도세탁셀, 트라스투주맙, 인터루킨-2, 인터페론, 에베로리무스, 수니투닙, 파조파닙, 벤데타닙, 및 임상시험용 약물 및 화학요법과 같은 "표준 치료(standard of care)" 치료법을 포함한다.

모든 연령의 대상들은 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)로 치료가능한 장애로 영향을 받을 수 있다. 그러므로, 본원에 기재된 방법에 사용된 생물학적 샘플은 어린이, 청소년, 또는 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 발생 위험이 있는 성인과 같은 성인을 포함하는 임의 연령의 대상(예를 들어, 인간)으로부터 얻어질 수 있다.

이 방법들은 또한 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)로 치료가능한 자궁내막암의 발생 위험이 있는 개인들에게 적용될 수 있다. 이러한 개인들은 (i) 이러한 장애들(에 대한 유전적 소인의) 가족력을 가진 사람 또는 (ii) 이러한 장애를 발생시키기 위한 하나 이상의 위험 인자를 가진 사람을 포함한다.

대상이 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)에 더 잘 반응할지 아니면 덜 반응할지를 근거로 대상을 계층화 또는 선택한 후, 의료인(예를 들어, 의사)은 대상에게 적절한 치료 양상을 집행할 수 있다. 렌바티닙 치료를 처방하는 방법은 당업계에 공지되어 있다.

본원에 기재된 어떤 치료(예를 들어, 렌바티닙을 포함하는 치료 또는 렌바티닙을 포함하지 않는 치료)는 하나 이상의 추가적인 치료제들을 포함할 수 있다는 것을 이해한다. 즉, 본원에 기재된 임의의 치료는, 제한되지는 않지만, 독소루비신, 카보플라틴, 시스플라틴, 파클리탁셀, 도세탁셀, 트라스투주맙, 및 에베로리무스와 같은 하나 이상의 추가적인 치료제들과 함께 투여(병용 투여)될 수 있다. 또한, 본원에 기재된 임의의 치료는 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)의, 예를 들어, 통증, 메스꺼움, 및/또는 하나 이상의 부작용을 치료하기 위한 하나 이상의 제제를 포함할 수 있다.

병용 치료(예를 들어, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트) 및 하나 이상의 추가적인 치료제를 포함하는 치료의 병용 투여)는, 예를 들어 동시이거나 연속적일 수 있다. 예를 들어, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트) 및 하나 이상의 추가적인 치료제는 동시에 투여될 수 있고 또는 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)은 먼저 투여되고 하나 이상의 추가적인 치료제가 두 번째로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 추가적인 치료제가 먼저 투여되고 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)이 두 번째로 투여될 수 있다.

자궁내막암을 갖고 있고 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)에 반응하는 것으로 예측되는 대상이 이미 하나 이상의 비-렌바티닙 치료를 받은 경우, 렌바티닙 화합물을 포함하는 치료는 이미 또는 현재 투여된 치료를 대체하거나 높일 수 있다. 예를 들어, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료로 처치시, 비-렌바티닙 치료의 이행은 중단되거나 감소, 예를 들어 더 낮은 레벨로 투여될 수 있다. 이전 치료의 이행은 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료가 이행되는 동안 유지될 수 있다. 일부 구현예에서, 이전 치료는 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)의 레벨이 치료 효과를 제공하기에 충분한 레벨에 도달할 때까지 유지될 수 있다.

어레이(Arrays)

본원에 기재된 핵산 생체표지들을 포함하는 핵산 어레이들은, 예를 들어 유전자 발현 검출 및/또는 유전자 발현 수준 측정에 유용하다. 어레이들은 또한 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 대한 자궁내막암을 가진 대상의 반응을 예측하고, 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료로부터 혜택이 될 수 있는 자궁내막암을 가진 대상들을 확인하고, 그리고 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료로부터 혜택을 받지 못할 것 같은 자궁내막암을 가진 대상들을 다른 암 치료로 전환시키는데 유용하다.

어레이는 공지된 그리고 공지되지 않은 DNA 샘플들의 매칭이 염기쌍 규칙(예를 들어, 티민 또는 우라실을 가진 아데노신 쌍; 시토신을 가진 구아노신 쌍)을 근거로 이루어지는 샘플들의 질서있는 배열이다. 전형적인 마이크로어레이 실험은 그 실험이 기원하거나 유래된 DNA 템플릿에 대한 mRNA, cDNA 분자, 또는 그의 단편들의 혼성화를 포함한다. 많은 DNA 샘플들이 어레이를 구성하기 위해 사용된다. 표 1에 있는 유전자들 중 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 또는 11개의 DNA들은 어레이를 구성하기 위해 사용될 수 있다. 어레이 실험은 마이크로플레이트 또는 표준 블로팅 멤브레인과 같은 일반적인 분석 시스템들을 사용한다. 샘플의 스폿 사이즈는 전형적으로 직경이 200 마이크론 미만이고 어레이는 보통 수천개의 스폿들을 포함한다. (공지된 식별성을 가진) 프로브로 알려져 있는 수천개의 스폿된 샘플들은 기판(예를 들어, 현미경 유리 슬라이드, 실리콘 칩, 나일론 멤브레인) 위에 고정된다. 스폿들은 DNA, cDNA, 또는 올리고뉴클레오티드일 수 있다. 이들은 미지의 서열들의 상보적 결합을 결정하여 유전자 발현 및 유전자 발견에 대한 병렬적 분석을 할 수 있게 하기 위해 사용된다. 하나의 DNA 칩으로 하는 실험은 수천개의 유전자들에 대한 정보를 동시에 제공할 수 있다. 서포트 상에서 프로브들의 질서 있는 배열은 어레이 상의 각 스폿의 위치가 유전자의 식별을 위해 사용되기 때문에 중요하다. 어레이 상의 각 부위에 결합된 mRNA의 양은 어레이 상에 포함된 다양한 유전자들의 발현 수준을 나타낸다. 많은 DNA 샘플들을 포함하는 어레이를 사용함으로써, 하나의 실험에서, 어레이 상의 각 부위에 결합된 mRNA의 양을 측정함으로써 수백 또는 수천개의 유전자들의 발현 수준을 결정할 수 있다. 컴퓨터의 도움으로, 마이크로어레이 상의 스폿들에 결합된 mRNA의 양은 정확하게 측정되어, 세포 내 유전자 발현의 프로파일을 생성할 수 있다.

일반적으로 사용되는 두 개의 주요 DNA 마이크로어레이 플랫폼은 cDNA 및 올리고뉴클레오티드 마이크로어레이이다. cDNA 마이크로어레이는 PCR(Schena,M. et al., Science, 270:467-470 (1995))과 같은 효소 반응에 의해 발생된 긴 이중가닥 DNA 분자들로 만들어지고, 반면에 올리고뉴클레오티드 마이크로어레이는 기질 상에서 로봇 침전 또는 원위치 합성 중 어느 하나에 의해 스폿된 올리고뉴클레오티드 프로브를 채용한다(Lockhart,D.J. et al., Nat. Biotechnol., 14, 1675-1680 (1996)).

키트 (Kits)

본 출원은 또한 키트를 제공한다. 어떤 구현예에서, 키트는 표 1에 수록된 생체표지들 중 하나 이상 또는 그들의 농도 또는 발현 수준을 검출하기 위해 사용될 수 있는 항체 또는 항체들을 포함할 수 있다. 예를 들어, 키트는 Ang2를 특이적으로 결합하는 항체를 포함할 수 있다. 키트 내 항체들은 단클론 또는 다클론일 수 있고 검출가능한 라벨과 더 접합될 수 있다. 일부 구현예에서, 키트는 표 1의 생체표지들 중 어느 것을 확인하거나 검출하기 위해 사용될 수 있는 프로브를 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 본원에 기재된 핵산 어레이들 중 어느 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 표 1의 생체표지들 중 어느 것 또는 그들의 발현 또는 발현 수준을 확인하거나 검출하기 위해 사용될 수 있는 프로브 및 항체를 포함한다. 키트는 생물학적 샘플에서 하나 이상의 단백질의 농도 또는 mRNA의 레벨을 검출 및/또는 측정하기 위한 명령들을 선택적으로 포함할 수 있다.

키트는, 예를 들어 대조(예를 들어, 평가되는 단백질에 대한 농도 표준) 또는 어레이의 핵산 프로브들에 의해 인식되는 공지된 양의 하나 이상의 앰플리콘들을 포함하는 대조 표지된 앰플리콘 세트를 선택적으로 포함할 수 있다. 일부 예에서, 대조는 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)을 포함하는 치료에 대한 반응을 예측하는 하나 이상의 단백질 또는 RNA들의 발현 수준 또는 발현 수준 범위를 포함하는 인서트(예를 들어, 종이 인서트 또는 CD, DVD, 또는 플로피 디스크와 같은 전자 매체)일 수 있다.

일부 구현예에서, 키트는 생물학적 샘플을 처리하기 위한 하나 이상의 시약(예를 들어, 검정 시약, 완충제, 희석제, 착색 시약, 반응 정지 시약)을 포함할 수 있다. 예를 들어, 키트는 생물학적 샘플로부터 단백질을 분리하기 위한 시약 및/또는 생물학적 샘플 내 단백질의 존재 및/또는 양을 검출하기 위한 시약(예를 들어, 검출 분석의 대상인 단백질에 결합된 항체 및/또는 단백질에 결합된 항체에 결합된 항체)을 포함할 수 있다.

어떤 구현예에서, 키트는 적어도 하나의 마이크로플레이트(예를 들어, 96웰 플레이트; 즉, 8웰의 12 스트립)을 포함한다. 마이크로플레이트는 그의 해당 플레이트 커버를 장착할 수 있다. 마이크로플레이트는 폴리스티렌이거나 다른 어떤 적합한 물질로 이루어질 수 있다. 마이크로플레이트는 각 웰 내에 코팅된 특별한 생체표지의 존재를 확인하기 위해 사용되는 항체를 가질 수 있다. 항체는 검출가능한 라벨과 접합될 수 있다. 키트는 또한 적어도 하나의 접착 스트립을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, 키트는, 예를 들어, 발현 프로파일 또는 마이크로어레이 분석의 결과들을 분석하기 위한 소프트웨어 패키지를 포함할 수 있다.

키트는 또한 본원에 기재된 유전자들 중 어느 것의 단백질 발현을 검출하기 위한 하나 이상의 항체들을 포함할 수 있다. 예를 들어, 키트는 표 1에 나타낸 유전자들 중 어느 것에 의해 코딩되는 하나 이상의 단백질에 특이적으로 결합될 수 있는 하나 또는 다수의 항체들 및 하나 이상의 단백질 및/또는 다수의 항체들 중 적어도 한 항체에 결합될 수 있는 검출가능하게 표지된 항체를 포함하는 검출 항체의 농도를 검출 및/또는 측정하기 위한 명령들을 선택적으로 포함할(또는 일부 경우에서, 구성될) 수 있다. 일부 구현예에서, 키트는 표 1에 수록된 유전자들에 의해 코딩되는 단백질 중 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 또는 11개를 인식하는 항체들을 포함할 수 있다.

어떤 구현에에서, 키트는 또한 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)의 하나 이상의 단위 복용량을 선택적으로 포함할 수 있다.

본원에 기재된 키트는 또한 렌바티닙 화합물을 포함하는 치료를 관리하기 위한 명령들을 선택적으로 포함할 수 있고, 여기서 하나 이상의 단백질의 농도 또는 하나 이상의 RNA들의 발현 수준은 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 발생 위험이 있는 대상이 렌바티닙 화합물(예를 들어, 렌바티닙 메실레이트)를 포함하는 치료에 반응할 것이라는 것을 예측한다.

특정 구현예에서, 키트는 다음 중 하나 이상을 포함한다:

(i) 마이크로플레이트(예를 들어, 96웰 플레이트). 마이크로플레이트는 검출가능한 라벨과 접합되는 항-Ang2 항체로 코팅될 수 있다. 항-Ang2 항체는 단클론 또는 다클론일 수 있다. 항체는, 예를 들어, 마우스, 토끼, 쥐(rat) 또는 기니 피그의 것일 수 있다. 검출가능한 라벨은, 예를 들어 호스 래디쉬 퍼옥시다제, 비오틴, 형광 부분, 방사성 부분, 히스티딘 태그, 또는 펩타이드 태그일 수 있다. 마이크로플레이트는 커버를 장착할 수 있고, 선택적으로 하나 이상의 접착 스트립을 장착할 수 있다.

(ii) 검출가능한 라벨과 접합되는 항-Ang2를 포함하는 바이알. 검출가능한 라벨은, 예를 들어 호스 래디쉬 퍼옥시다제, 비오틴, 형광 부분, 히스티딘 태그, 펩타이드 태그일 수 있다. 바이알은 또한 방부제를 포함할 수 있다.

(iii) 공지된 농도의 Ang2 표준을 포함하는 바이알. Ang2는 재조합 인간 Ang2일 수 있다.

(iv) 분석 희석제를 포함하는 바이알.

(v) 검정기 희석제(calibrator diluent)를 포함하는 바이알.

(vi) 세척 완충제(wash buffer)를 포함하는 바이알. 완충제는 농축물로서 제공될 수 있다.

(vii) 착색 시약을 포함하는 하나 이상의 바이알.

(viii) 비색 반응(colorimetric reaction)을 멈추는 정지 용액을 포함하는 바이알.

다음은 본 발명의 실시예들이다. 이 실시예들은 어떠한 식으로든 발명의 범주를 한정하는 것으로 해석되지 말아야 한다.

실시예

실시예 1: E7080( 렌바티닙 메실레이트 )로 치료하기 위한 자궁내막암 환자들을 선택하기 위한 예측성 생체표지들을 확인하기

목적: 혈관형성은 VEGF 수용체 및 FGF 수용체와 같은 다수의 성장 인자 수용체들을 통한 시그널링에 의해 조절된다. VEGF 수용체 시그널링은 또한 면역 세포 기능과 관련된다. E7080은 다수의 수용체 티로신 키나제(VEGFR1-3, FGFR1-4, RET, KIT, 및 PDGFRβ)를 표적으로 하는 경구성 혈관형성 저해제이다. 1 또는 2회의 백금 기반 우선 치료(Tx) 후 진행되거나 재발한 자궁내막암(EC)을 가진 환자들에서 단계 II 연구를 수행하였다. EC에서 혈관형성의 중요성은 항-혈관형성 치료로부터 벗어나는 임상 메카니즘들을 이해하는 필요성을 강조한다. E7080 치료시 EC 환자들에서 임상적 혜택을 예측하는 표지자들을 확인하기 위해 이러한 임상 생체표지 분석을 수행하였다. ELISA 및 멀티플렉스 분석 플랫폼을 사용하여 혈액 샘플들에서 순환하는 사이토킨 및 혈관형성 인자들(Circulating cytokine and angiogenic factors: CAFs)을 측정할 수 있다. 본 연구에서 조사한 CAF들을 아래의 표 2에 나열하였다. 괄호 내 숫자는 각 분석물질에 대한 비드 영역을 나타낸다.

[표 2]

조사한 CAF들의 목록

본 분석의 목적은 E7080으로 치료 전후 모두에서 임상시험을 받은 환자로부터 얻은, 혈장 및 혈장과 같은 혈액 샘플에서 사이토킨, 케모킨, 및 혈관형성 인자를 측정하여 환자들이 E7080으로 한 치료에 반응할 것인지를 예측하기 위해 사용될 수 있는 생체표지를 확인하기 위한 것이었다. 이들 분석을 위하여, 다음의 반응 기준을 채용하였다. 즉:

(a) 종양 반응: 목적 반응 비율(ORR) 및 최대 종양 위축(MTS)의 %; 및

(b) 생존 혜택: 무진행 생존(PFS)/전체 생존(OS).

반응 기준을 아래에 정의한다.

"완전 반응"은 모든 표적 병변의 완전한 소멸을 의미한다.

"부분 반응"은 기초선 합산 LD를 기준으로 할 때, 표적 병변의 가장 긴 직경(LD)의 합이 최소 30% 감소함을 의미한다.

"진행성 질병"(PD)은 치료 시작 또는 하나 이상의 새로운 병변의 출현 후 기록된 가장 작은 합산 LD를 기준으로 할 때, 표적 병변들의 LD의 합이 최소 20% 증가함을 의미한다.

"안정 병변(Stable Disease)"은 치료 시작 후 가장 작은 합산 LD를 기준으로 할 때, PR에 적합한 표적 병변의 충분한 위축도 진행성 질병(PD)에 적합한 충분한 증가도 없음을 의미한다.

"목적 반응 비율"(ORR)은 "완전 반응"(CR) 또는 "부분 반응"(PR) 중 어느 하나를 갖는 대상들을 안정 병변(SD) 또는 진행성 질병(PD) 중 어느 하나를 갖는 대상들과 비교한다.

"최대 종양 위축의 %"(MTS)는 기초선 직경 합을 기준으로 할 때 표적 병변의 직경의 합의 변화 백분율을 의미하고 TS에 대한 유전자 돌연변이의 상관관계는 피어슨 적률 상관계수(Pearson product-moment correlation coefficient) 및 스피어만의 순위 상관관계(Spearman's rank correlation coefficient) 시험에 의해 분석된다.

"무진행 생존"(PFS)은 치료의 개시일부터 진행성 질환(PD) 상태로 들어가기 전 최종일까지의 기간을 말하고, 무진행 생존(PFS)에 대한 유전자 돌연변이의 상관관계는 로그랭크(Logrank) 시험 및 콕스 비례 위험 모델(Cox proportional hazards model)에 의해 분석된다.

"전체 생존"(OS)은 무작위추출부터 어떤 원인으로 사망까지 걸린 시간을 말한다. "무작위추출(Randomization)"은 환자를 위한 치료 계획이 결정될 때 환자를 시험군 또는 대조군으로 무작위추출 하는 것을 의미한다.

재료 및 방법: 1 또는 2회의 사전 백금 기반 치료 후 전이성/절제 불가능 자궁내막암을 가진 환자들은 질병 진행 또는 관리할 수 없는 독성의 발생까지 렌바티닙을 처방받는다. 환자들은 24 mg의 시작 복용량으로 E7080을 매일 1회 28일 주기로 처방받는다. 133명의 환자들을 치료하였고 효능 및 분자 상관 분석을 평가하였다. 본 연구는 렌바티닙의 단계 2 멀티센터 연구의 일부였다(ClinicalTrial.gov Identifier: NCT01111461). 분자 분석을 위해 기초선 및 치료후 혈장 샘플들을 수집하였다. 1사이클, 1일(치료전) 및 2사이클, 1일(즉, 39일 치료후)에 혈장 샘플을 수집하였다. 6 mL의 정맥 혈액을 EDTA 진공채혈기 튜브로 뽑아 내었다. 튜브를 6~8회 부드럽게 뒤집었고 이후 적혈구 층으로부터 혈장을 분리하기 위해 3000 RPM으로 10분 동안 원심분리하였다. 튜브에서 혈장을 모아서 전용 피펫을 사용하여 3.5 mL 크리오바이알(cryovial)에 넣은 후 -20℃로 즉시 보관하였다. 혈장 샘플을 드라이아이스 위에 올린 후 결국 -80℃ 저장소로 옮겼다. 122명 환자들의 혈장 샘플을 혈액 생체표지 분석을 위해 사용하였다. 이 분석에서 1사이클, 1일(기초선) 및 2사이클, 1일의 혈장을 사용하였다. 무진행 생존(PFS) 및 전체 생존(OS)의 관련성을 분석하였다. 동일 대상의 제시점 모두 동일자로 분석되는 배치 포맷으로 혈장 샘플을 시험하였다. 분석 날에, 샘플들을 -80℃에서 제거하고 녹여서 상온까지 이르도록 하였다. 제조사의 지시에 따라 ELISA의 패널 및 멀티플렉스 키트에서 혈장 샘플을 시험하였다. 표 3은 분석에서 사용된 분석 키트들을 기재한다. SoftMax Pro 5.2 소프트웨어가 설치된 Molecular Devices UVmax kinetic microplate reader를 사용하여 ELISA 플레이트들을 측정하였다. Bio-Plex Manager 4.1 소프트웨어가 설치된 Bio-Rad Bio-Plex 시스템을 사용하여 멀티플렉스 분석을 수행하였다. 각 분석에 대한 표준 곡선으로부터 최종 단백질 농도(pg/mL)를 계산하였다. 분석에 따라, 혈장 샘플들은 시험 전에 분석 완충제에 희석될 수 있었다. 이들 경우에서, 단백질 농도를 희석 인자와 곱하였다.

[표 3]

분석 키트

호 내 숫자는 각 분석물질에 대한 비드 영역을 나타낸다.

결과 및 토의: 133명의 환자 샘플 중에서 122명 환자들의 샘플을 분석을 위해 사용하였다. 치료전 레벨(1사이클 1일)(기초선)에 비하여 E7080으로 치료한 환자들의 혈장에서 치료후(2사이클 1일) 시험한 50 CAF 중 19 CAF의 레벨에서 유의성 있는 변화를 관찰하였다(도 1).

CAF들의 기초선 레벨로 무진행 생존을 예측하는 혈액 생체표지들을 확인하기 위해 콕스 비례 위험 모델을 수행하였다. ANG2(90), Ang-2, HGF(86), IL-8(40), MCP-1(58), MIP-1a(58), PGF(91), sIL-2Ra(76), Tie-2, TNFa(80), 및 VEGFA(100)의 기초선 레벨들은 더 긴 OS와 유의성 있는 관련성이 있었는데, 이는 이들 인자들이 질병의 예측 또는 E7080에 대한 반응의 예측을 위한 생체표지로서 사용될 수 있다는 것을 나타낸다(표 4).

[표 4]

OS와 관련된 혈액 생체표지들의 기초선 레벨

OS: 단변수 콕스 비례 위험 모델, HRperSD: 1 S.D. 증가에 대한 위험 비율

OOR=범위 외

기초선 CAF 레벨 근거 4분위 서브-그룹 분석은 ANG2(90), Ang-2, HGF(86), IL-8(40), MCP-1(58), MIP-1a(58), PGF(91), sIL-2Ra(76), Tie-2, 및 TNFa(80)의 가장 낮은 기초선 그룹들이 가장 긴 중간값 OS를 가졌고, 반면에 Ang-2, HGF(86), IL-8(40), MCP-1(58), MIP-1a(58), PGF(91), sIL-2Ra(76), Tie-2, TNFa(80), 및 VEGFA(100)의 가장 높은 기초선 그룹들은 가장 짧은 중간값 OS를 가졌다는 것을 보여주었다(표 5).

[표 5]

기초선 CAF에 근거한 4 서브-그룹을 갖는 중간값 OS

CAF의 기초선 레벨로 무진행 생존을 예측하는 혈액 생체표지를 확인하기 위해 콕스 비례 위험 모델을 수행하였다. ANG2(90), Ang-2, HGF(86), IL-8(40), IP-10(56), MCP-1(58), MIP-1a(64), PGF(91), sIL-2Ra(76), Tie-2, TNFa(80), VEGFA(100)의 낮은 기초선 레벨들은 더 긴 PFS와 유의성 있는 관련성이 있었다(표 6).

[표 6]

PFS와 관련된 혈액 생체표지들의 기초선 레벨

PFS: 단변수 콕스 비례 위험 모델, HRperSD: 1 S.D. 증가에 대한 위험 비율

OOR=범위 외

기초선 CAF 레벨 근거 4분위 서브-그룹 분석은 ANG2(90), Ang-2, HGF(86), IL-8(40), MCP-1(58), MIP-1a(64), sIL-2Ra(76), Tie-2, 및 TNFa(80)의 가장 낮은 기초선 그룹들이 가장 긴 중간값 PFS를 가졌고, 반면에 ANG2(90), Ang-2, HGF(86), IL-8(40), IP-10(56), MCP-1(58), PGF(91), sIL-2Ra(76), Tie-2, TNFa(80), VEGFA(100)의 가장 높은 기초선 그룹들은 가장 짧은 중간값 PFS를 가졌다는 것을 보여주었다(표 7).

[표 7]

기초선 CAF 발현에 근거한 4 서브-그룹을 갖는 중간값 PFS

음으로, 기초선 CAF 레벨이 종양 반응(ORR 및 MTS)과 관련 있는지를 평가하였다. 정확한 윌콕스(Wilcox) 시험은 "기타" 그룹(SD 또는 PD를 가진 환자들)에 비해 E7080 치료(CR 또는 PR 그룹)에 반응했던 환자들에서 Ang-2 및 ANG-2(90)의 중간값 기초선 레벨이 상당히 달랐다는 것을 보여주었다(표 8 및 도 2).

[표 8]

ORR과 관련된 혈액 생체표지의 기초선 레벨

N; 수, NN(ORR+:ORR-); median.difference(diff)(ORR+:ORR-);OOR=범위 외

피어만의 순위 상관관계 시험은 Ang-2, ANG-2, 및 IL-8의 중간값 기초선 레벨이 MTS와 유의성 있는 관련성이 있었다는 것을 보여주었다(표 9 및 도 2)

[표 9]

MTS와 관련된 혈액 생체표지의 기초선 레벨

MTS: 스피어만의 순위 상관관계 시험

령, 체중 및 조직학에 근거한 콕스 비례 위험 모델 및 4분위 서브-그룹 분석은 이들 변수들 및 생존 혜택 간 상관이 없었다는 것을 보여주었다(도 3).

표 10은 종양 반응 및 생존 혜택 모두에 대하여 임상결과와 기초선 CAF들의 상관관계 분석을 요약한다. 11 CAF들(Ang-2, IL-8, HGF, VEGFA, PlGF, Tie-2, MCP-1, MIP1a, sIL2Ra, TNFa, IP-10)의 기초선 레벨들은 생존 혜택과 유의성 있는 관련성이 있었다. 그러나, 안지오포이에틴-2(angiopoietin-2)의 기초선 레벨만이 종양 반응(ORR 및 MTS) 및 생존 혜택(OS 및 PFS) 모두와 관련되었다. 이들 데이터는 기초선 안지오포이에틴-2 레벨이 E7080치료와의 임상결과를 예측하고 다른 CAF들의 다른 기초선 레벨들은 EC에서의 예측과 관련되었다는 것을 나타낸다.

[표 10]

기초선 CAF 레벨은 임상결과와 관련된다.

S: 전체 생존-단변수 콕스 비례 위험 모델; PFS: 무진행 생존-단변수 콕스 비례 위험 모델; ORR: 목적 반응 비율-정확한 윌콕스 시험; %MTS: 최대 종양 위축의 %-스피어만의 순위 상관관계 시험.

둘 이상의 인자들의 결합이 임상결과의 예측을 개선하였는지를 조사하기 위해 다변수의 분석을 수행하였다. 흥미 있는 독립 변수들로서, 즉 생체표지 후보자들로서, 모든 인자들(즉, 체중, 연령, Ang-1, Ang-2, ANG2(90), FGF-2(6), FGF4(75), HGF(86), IL-8(40), PDGF-AA, PDGFAB(68), PDGFBB(73), PGF(91), Tie-2, VEGF(86), VEGFA(100), VEGFD(78))을 사용하였다. 단변수 분석 및 생물학적 통찰력에 의해 확인되는 변수들을 이용하는 순방향 선택 방법을 갖는 콕스 비례 위험 모델로 모델들을 확인하였다. 이 분석에서, PFS 및 OS를 독립 변수, 즉, 임상결과 중 하나로서 사용하였다. 처음에는, 단일 인자를 가진 콕스 비례 위험 모델로 계산된 p-값들에 따라서 모든 인자들을 가렸다. 두 번째로, 인자들의 모든 조합에서 중요한 인자를 찾기 위하여 가려졌던 인자들의 모든 조합들을 콕스 비례 위험 모델로 시험하였다. PFS 모델은 Ang-2를 하나의 인자로서 확인하였다. Ang-2가 훨씬 더 유의성 있는 인자로서 선택되었지만, OS 모델은 FGF-2, PGF 및 HGF를 추가적인 인자들로서 확인하였다(도 4).

기초선 Ang-2 레벨을 가진 환자들이 ORR, PFS, 및 OS와 같은 더 나은 임상결과를 가지는지 시험하기 위해 Ang-2의 절단값을 사용하였다. ORR을 사용한 경우, 수용자 조작 특성(ROC) 분석을 적용할 수 있다. ROC에 제공된 지수들에서, 양(positive)의 예측값(PPV)은 더 나은 임상결과를 갖는 서브-그룹의 성과를 제공한다. 가능한 절단값은 표적 PPV, 예를 들어 30% 이상을 설정함으로써 정의된 Ang-2의 범위로부터 선택될 수 있다. 또한, PFS를 사용한 경우, 절단값, 예를 들어 로그랭크 시험의 p-값에 의해 분리된 두 그룹의 Kaplan-Meier 곡선의 분리가 척도로서 적용될 수 있다. 가능한 절단값은 표적 p-값을, 예를 들어 P=0.001로 설정함으로써 정의된 Ang-2의 범위로부터 선택될 수 있다. 아울러, Ang-2의 범위는 ORR 및 PFS에 대한 두 가지 방법을 결합함으로써 정의될 수 있다. ORR에 대한 첫 번째 방법은 Ang-2의 상한을 6024.5 pg/ml로 확인하였고 PFS에 대한 두 번째 방법은 Ang-2의 하한을 1866.5 pg/ml로서 확인하였다. 주어진 범위에서, Youden 및 MCC 지수 전 ROC 분석은 더 나은 ORR을 갖는 서브-그룹을 예측하기 위한 최적의 Ang-2 절단값을 2082.5 pg/ml로서 제공할 수 있다(표 11).

[표 11]

OS에 대한 로그-랭크 시험 전 수용자 조작 특성(ROC) 분석

은 기초선 Ang-2 혈장 레벨(즉, <2082 pg/ml)을 가진 24명의 환자들을 높은 기초선 Ang-2(즉, >2082 pg/ml)를 가진 98명의 환자들과 비교하였다. 정의된 절단값들을 이용하는 로그-랭크 시험은 높은 기초선 Ang-2 레벨을 가진 서브-그룹에 비해 낮은 기초선 Ang-2 레벨을 가진 서브-그룹에서 개선된 평균 PFS(9.5 v.3.7개월) 및 평균 OS(23 v. 8.9개월)을 나타내었다(도 5). 높은 기초선 Ang-2 레벨을 가진 서브-그룹에 비해 낮은 기초선 Ang-2 레벨을 가진 서브-그룹에서 개선된 ORR(61% v. 18%)이 또한 나타났었다(도 6). 이들 분석들은 E7080 치료로 확실한 혜택을 받은 자궁내막암(EC)를 가진 환자들을 기초선 Ang-2 레벨이 확인한다는 것을 나타낸다. 본 문맥에서, Ang-2 레벨에 근거한 계층화가 없는 ORR, mPFS 및 mOS이 각각 21.1%, 5.4개월, 및 10.6개월이라는 것은 주목할만 하다(표 12).

[표 12]

EC 환자들 중 낮은 그리고 높은 Ang-2 서브-그룹들의 임상결과

결론: 11 CAF들의 기초선 레벨들은 OS 및 PFS 둘 모두와 관련되었다. Ang-2만의 기초선 레벨들은 생존 혜택(OS 및 PFS) 및 종양 반응(ORR)둘 모두와 관련되었다. 이처럼, Ang-2의 낮은 기초선 레벨들은 자궁내막암 환자들 중 E7080 치료에 대한 민감도를 예측함에 있어 독립적인 역할을 가진다.

실시예 2: E7080( 렌바티닙 메실레이트 ) 으로 치료하기 위한 갑상선 및 자궁내막암 환자들을 선택하기 위한 특이한 예측성 생체표지로서 Ang2를 확인하기

목적: 갑상선(thyroid) 및 자궁내막암에 대한 Ang2의 예측성 역할이 제시되었다. 다른 암 표시에 대한 예측성 역할은 평가되지 않았다. Ang2가 암에 대한 강력한 생체표지인지 아니면 특정 암에 대한 특이적 생체표지인지는 확인되지 않는다. 이 분석의 목적은 Ang2가 E7080 치료를 위한 환자들을 선택하기 위한, 갑상선 및 자궁내막암에 특이적인 생체표지라는 것을 확인하기 위한 것이었다. 이 분석을 위하여, 다음의 반응 기준들을 채용하였다. 즉:

(a) 종양 반응: 목적 반응 비율(ORR); 및

(b) 생존 혜택: 전체 생존(OS).

반응 기준을 아래에 정의한다.

"완전 반응"은 모든 표적 병변의 완전한 소멸을 의미한다.

재료 및 방법: 질병 진행 또는 관리할 수 없는 독성들까지 환자들은 렌바티닙을 투여받았다. 본 연구는 다음과 같은 렌바티닙의 단계 2 연구의 일부였다:

수질(Medullary) 및 요오드-131 불응성의, 절제불가능하게 분화되고, 조직학으로 계층화된 갑상선 암에서 경구용 E7080의 안전성 및 효능(ClinicalTrials.gov Identifier: NCT00784303)

후기 간세포암을 가진 환자들에서 E7080의 연구(ClinicalTrials.gov Identifier: NCT00946153)

악성 뇌교종을 가진 환자들의 연구(ClinicalTrials.gov Identifier: NCT01137604)

후기 자궁내막암 및 질병 진행을 가진 환자들에서 E7080의 연구 (ClinicalTrials.gov Identifier: NCT01111461)

절제 불가능한 단계 III 또는 단계 IV 흑색종을 가진 이전에 치료받은 대상들에서 E7080의 오픈-라벨, 2-코호트, 멀티센터 연구(ClinicalTrials.gov Identifier: NCT01136967)

분자 분석을 위해 기초선 및 치료후 혈장 또는 혈청 샘플들을 모았고 이 분석에 기초선 샘플들을 사용하였다. 제조사의 지시에 따라 ELISA 및 멀티플렉스 키트에서 샘플들을 시험하였다. 표 13은 분석에서 사용된 분석 키트들을 기재한다. SoftMax Pro 5.2 소프트웨어가 설치된 Molecular Devices UVmax kinetic microplate reader를 사용하여 ELISA 플레이트들을 측정하였다. Bio-Plex Manager 4.1 소프트웨어가 설치된 Bio-Rad Bio-Plex 시스템을 사용하여 멀티플렉스 분석을 수행하였다. 각 분석에 대해 표준 곡선으로부터 최종 Ang2 농도(pg/mL)를 계산하였다. 분석에 따라서, 시험 전 분석 완충제에서 샘플들을 희석하였다. 이들 경우들에서, 농도를 희석 인자와 곱하였다. 목적 반응 비율(ORR) 및 전체 생존(OS) 간 관련성을 분석하였다.

[표 13]

분석 키트

괄호 내 숫자는 각 분석물질에 대한 비드 영역을 나타낸다.

결과 및 토의: 분석된 5가지 제2상 연구들(7 코호트)로부터, 483명의 환자들의 샘플들을 분석을 위해 사용하였다. OS뿐만 아니라 ORR과 기초선 Ang2의 유의성 있는 관련성을 갑상선(분화된 갑상선 암(DTC) 및 갑상선 수질암(MTC) 둘 모두) 및 자궁내막암에 대하여 관찰하였다(표 14). 간세포암(HCC) 및 교아종(GBM) 내 Ang2 레벨은 ORR 및 OS 모두에 대해 유의성 있는 관련성을 보여주지 못하였다. 흑색종(BRAF 야생형(wt) 및 돌연변이(mut) 모두)에서, Ang2 기초선 레벨은 ORR이 아니라 OS와 관련된다.

[표 14]

ORR 및 OS와 Ang2의 기초선 레벨의 관련성

ORR: Wilcoxon 서명 순위 시험

OS: 단변수 콕스 비례 위험 모델

결론: 갑상선 및 자궁내막암에서 Ang2 기초선 레벨은 ORR 및 OS 모두와 관련되어 있다. 시험된 다른 암 종류들(HCC, GBM 및 흑색종)은 ORR 및 OS 모두와 유의성 있는 관련성을 보이지 않았다. 이 관찰은 Ang2가 갑상선 및 자궁내막암과 같은 특정 암에 대해서는 특이적 생체표지라는 것을 암시한다.

특정 구현예

본 발명의 특정 구현예들은 다음과 같다:

[1] 자궁내막암을 치료하는 방법으로서, 자궁내막암을 가진 인간 대상에게 유효한 양의 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 투여하는 단계를 포함하고, 인간 대상은 대조값에 비해 낮은 Ang2 단백질 발현 수준을 갖는 것으로 확인되었던 방법.

[2] [1]의 방법에 있어서, 인간 대상은 인간 대상으로부터 얻어진 생물학적 샘플 내 저농도의 Ang2 단백질을 갖는 것으로 확인되었던 방법.

[3] 자궁내막암을 치료하는 방법으로서,

자궁내막암을 가진 인간 대상으로부터 얻어진 생물학적 샘플을 제공하는 단계;

생물학적 샘플에서, 대조값에 비해 낮은 Ang2 단백질 발현을 측정하는 단계; 및

인간 대상에게 치료적으로 유효한 양의 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 투여하는 단계를 포함하는 방법.

[4] 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 인간 대상에 대하여 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대한 반응을 예측하는 방법으로서,

인간 대상으로부터 얻어진 생물학적 샘플을 분석하여 생물학적 샘플 내 Ang2 단백질의 농도가 대조값과 비교하여 낮은지를 결정하는 단계; 및

생물학적 샘플 내 저농도의 Ang2 단백질을 가진 인간 대상을 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대하여 반응할 가능성이 있는 것으로 확인하는 단계를 포함하는 방법.

[5] 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 인간 대상에 대하여 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대한 반응을 예측하는 방법으로서,

인간 대상으로부터 얻어진 생물학적 샘플을 분석하여 생물학적 샘플 내 Ang2 단백질의 농도가 대조값과 비교하여 높은지를 결정하는 단계; 및

생물학적 샘플 내 고농도의 Ang2 단백질을 가진 인간 대상을 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대하여 반응할 가능성이 없는 것으로 확인하는 단계를 포함하는 방법.

[6] 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 인간 대상에 대하여 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대한 반응의 예측을 돕는 방법으로서,

[7] 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 인간 대상에 대하여 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대한 반응의 예측을 돕는 방법으로서,

[8] [2] 내지 [7] 중 어느 하나에 있어서, 생물학적 시료는 혈액 샘플, 혈청 샘플, 혈장 샘플, 자궁내막 보존 종양 샘플, 및 자궁내막 생검 샘플로 구성되는 군으로부터 선택된 것인 방법.

[9] [2] 내지 [7] 중 어느 하나에 있어서, 생물학적 샘플은 혈장 샘플인 방법.

[10] [1] 내지 [9] 중 어느 하나에 있어서, 자궁내막암은 후기 자궁내막암인 방법.

[11] [1] 내지 [9] 중 어느 하나에 있어서, 자궁내막암은 절제불가능 형태의 단계 III 또는 단계 IV 자궁내막암인 방법.

[12] [1] 내지 [9] 중 어느 하나에 있어서, 자궁내막암은 재발성 자궁내막암인 방법.

[13] [1] 내지 [12] 중 어느 하나에 있어서, 대조값은 사전 설정된 절단값인 방법.

[14] [13]에 있어서, 사전 설정된 절단값은, 비 절단과 비교하여 더 높은 양성의 예측 값을 갖는 종양 반응을 예측하는 수용자 조작 특성 분석에 근거하여 결정된 Ang2 단백질 농도이고 여기에서 사전 설정된 절단값과 같거나 아래인 Ang2 단백질의 농도는 Ang2의 낮은 농도이고, 사전 설정된 절단값보다 높은 값은 Ang2의 높은 농도인 방법.

[15] [14]에 있어서, 종양 반응은 목적 반응 비율, 임상적 혜택 비율 또는 적어도 30%의 최대 종양 위축의 %인 방법.

[16] [13]에 있어서, 사전 설정된 절단값은, 절단에 의하여 분할된 두 개의 분리 그룹에 대한 모의실험 모델을 사용하여 생존을 예측하는 것에 근거하여 결정된 Ang2 단백질 농도이고 여기에서 사전 설정된 절단값과 같거나 아래인 Ang2 단백질의 농도는 Ang2의 낮은 농도이고 사전 설정된 절단값보다 높은 값은 Ang2의 높은 농도인 방법.

[17] [16]에 있어서, 생존은 무진행 생존 또는 전체 생존인 방법.

[18] [13]에 있어서, 사전 설정된 절단값은 1866.5 내지 6024.5 pg/mL 범위 내에 있는 Ang2 단백질 농도이고, 여기에서 사전 설정된 절단값과 같거나 아래인 Ang2 단백질의 농도는 Ang2의 낮은 농도이고 사전 설정된 절단값보다 높은 값은 Ang2의 높은 농도인 것인 방법.

[19] [1] 내지 [18] 중 어느 하나에 있어서, 단백질의 농도는 면역학적 방법에 의해 측정되는 것인 방법.

[20] [19]에 있어서, 면역학적 방법은 효소 면역분석, 방사성 면역분석, 화학발광 면역분석, 전기화학발광 면역분석, 라텍스 비탁 면역분석, 라텍스 광도 면역분석, 면역-크로마토그래피 분석, 및 웨스턴 블로팅으로 구성되는 군으로부터 선택되는 것인 방법.

[21] [1] 내지 [18] 중 어느 하나에 있어서, 단백질의 농도는 질량 분석법에 의해 측정되는 것인 방법.

[22] [1] 내지 [21] 중 어느 하나에 있어서, 렌바티닙의 약제학적으로 허용 가능한 이의 염은 렌바티닙 메실레이트인 방법.

[23] 인간 대상에서 자궁내막암을 치료하는데 사용하기 위한 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염으로서, 여기에서 인간 대상은 [4]의 방법에 의해 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대하여 반응할 가능성이 있는 대상으로 확인되는 것인 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염.

[24] 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 인간 대상에 대하여 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대한 반응을 예측하는데 사용하기 위한 Ang2 단백질 검출제.

[25] [24]에 있어서, Ang2 단백질 검출제는 항-Ang2 항체인 Ang2 단백질 검출제.

[26] 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는, 인간 대상의 자궁내막암을 치료하기 위한 약제학적 조성물로서, 인간 대상은 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있는 대상으로 확인되는 것인 조성물.

다른 구현예

본 발명이 그의 상세한 설명과 함께 기재되었지만, 앞서의 설명은 첨부된 청구범위의 범주에 의해 정의되는 발명의 범위를 예시하기 위한 것이지 제한하려는 것은 아니다. 다른 양태, 이점, 및 변경들은 다음의 청구범위의 범위 내이다.

Claims

렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대한, 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 인간 대상의 반응에 대한 정보를 제공하는 방법으로서,
인간 대상으로부터 얻어진 생물학적 샘플을 분석하여 생물학적 샘플 내 Ang2 단백질의 농도가 대조값과 비교하여 낮은지를 결정하는 단계를 포함하고,
생물학적 샘플 내 낮은 농도의 Ang2 단백질은 인간 대상이 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대하여 반응하는 것을 나타내는 방법.
렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대한, 자궁내막암을 갖거나, 갖는 것으로 의심되거나, 또는 이의 발생 위험이 있는 인간 대상의 반응에 대한 정보를 제공하는 방법으로서,
인간 대상으로부터 얻어진 생물학적 샘플을 분석하여 생물학적 샘플 내 Ang2 단백질의 농도가 대조값과 비교하여 높은지를 결정하는 단계를 포함하고,
생물학적 샘플 내 높은 농도의 Ang2 단백질은 인간 대상이 렌바티닙 또는 약제학적으로 허용 가능한 이의 염을 포함하는 치료에 대하여 반응하지 않는 것을 나타내는 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 생물학적 샘플은 혈액 샘플, 혈청 샘플, 혈장 샘플, 자궁내막 보존 종양 샘플, 및 자궁내막 생검 샘플로 구성되는 군으로부터 선택된 것인 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 생물학적 샘플은 혈장 샘플인 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 자궁내막암은 후기 자궁내막암인 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 자궁내막암은 절제불가능 형태의 단계 III 또는 단계 IV 자궁내막암인 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 자궁내막암은 재발성 자궁내막암인 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 대조값은 사전 설정된 절단값인 방법.
제8항에 있어서, 사전 설정된 절단값은, 비 절단과 비교하여 더 높은 양성의 예측 값을 갖는 종양 반응을 예측하는 수용자 조작 특성 분석에 근거하여 결정된 Ang2 단백질 농도이고, 사전 설정된 절단값과 같거나 아래인 Ang2 단백질의 농도는 Ang2의 낮은 농도이고, 사전 설정된 절단값보다 높은 값은 Ang2의 높은 농도인 방법.
제9항에 있어서, 종양 반응은 목적 반응 비율, 임상적 혜택 비율 또는 적어도 30%의 최대 종양 위축의 %인 방법.
제8항에 있어서, 사전 설정된 절단값은, 절단에 의하여 분할된 두 개의 분리 그룹에 대한 모의실험 모델을 사용하여 생존을 예측하는 것에 근거하여 결정된 Ang2 단백질 농도이고, 사전 설정된 절단값과 같거나 아래인 Ang2 단백질의 농도는 Ang2의 낮은 농도이고, 사전 설정된 절단값보다 높은 값은 Ang2의 높은 농도인 방법.
제11항에 있어서, 생존은 무진행 생존 또는 완전 생존인 방법.
제8항에 있어서, 사전 설정된 절단값은 1866.5 내지 6024.5 pg/mL 범위 내에 있는 Ang2 단백질 농도이고, 사전 설정된 절단값과 같거나 아래인 Ang2 단백질의 농도는 Ang2의 낮은 농도이고 사전 설정된 절단값보다 높은 값은 Ang2의 높은 농도인 것인 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 단백질의 농도는 면역학적 방법에 의해 측정되는 것인 방법.
제14항에 있어서, 면역학적 방법은 효소 면역분석, 방사성 면역분석, 화학발광 면역분석, 전기화학발광 면역분석, 라텍스 비탁 면역분석, 라텍스 광도 면역분석, 면역-크로마토그래피 분석, 및 웨스턴 블로팅으로 구성되는 군으로부터 선택되는 것인 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 단백질의 농도는 질량 분석법에 의해 측정되는 것인 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, 렌바티닙의 약제학적으로 허용 가능한 염은 렌바티닙 메실레이트인 방법.
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