CN102713618B - 蛋白激酶复合物和抑制剂 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及一种含有蛋白激酶的蛋白复合物，所述蛋白激酶含有半胱氨酸残基和抑制剂，所述半胱氨酸残基位于ATP结合位点，所述抑制剂共价地且不可逆地结合到所述的半胱氨酸残基上，以使所述蛋白激酶的活性被不可逆地抑制。本发明也涉及用于不可逆地抑制蛋白激酶的化合物。

Description

蛋白激酶复合物和抑制剂
相关申请
本申请要求2009年9月16日提交的美国专利申请No.61/242,988的优先权，该申请的全部内容引入本申请中以作参考。
序列表
本申请包括以ASCII格式通过EFS网站提交的序列表，并在此一并引用作为参考。该ASCII版本创建于2010年11月12日，命名为83278020.txt且大小为10,285b。
背景技术
近年来，对疾病相关的酶和其它生物分子的结构的深入理解极大地帮助了新型治疗剂的寻找。已成为广泛研究主题的一类重要的酶是蛋白激酶。
蛋白激酶构成了结构上相关的酶的大族，这种酶负责控制细胞内的多种信号转导过程。由于结构和催化功能的保守性，蛋白激酶被认为是从常见的祖传基因进化而来的。几乎所有的激酶都含有相似的250-300个氨基酸催化结构域。该激酶可以根据其磷酸化的底物（例如，蛋白-酪氨酸、蛋白-丝氨酸/苏氨酸、脂质等等）被分类成家族。
通常，蛋白激酶通过影响磷酰基从三磷酸核苷中迁移至参与信号传导途径的蛋白质受体来介导细胞内信号转导。这些磷酸化事件作为分子开/关转换，能够调节和调控靶蛋白生物功能。最终这些磷酸化事件在对多种细胞外和其它刺激的应答中被引发。这些刺激的例子包括环境和化学应激信号（例如，渗压休克（osmotic shock）、热休克、紫外线辐射、细菌内毒素和H2O2）、细胞因子（例如，白细胞介素-1（IL-1）和肿瘤坏死因子（TNF-））和生长因子（例如，粒细胞巨噬细胞集落刺激因子（GM-CSF）以及成纤维细胞生长因子（FGF））。细胞外刺激可以影响一个或更多个与细胞生长、迁移、分化、激素分泌、转录因子激活、肌肉收缩、葡萄糖代谢、蛋白合成控制和细胞循环调节相关的细胞应答。
许多疾病与上述描述的蛋白激酶介导的事件所引发的非正常细胞应答 相关。这些疾病包括但不限于自免疫疾病、炎症性疾病、骨质疾病、代谢疾病、神经学的疾病和神经变性的疾病、癌症、心血管疾病、过敏、哮喘、阿尔塞梅茨病（Alzheimer’s disease）和与激素相关的疾病。因而，仍然需要找到用作治疗剂的蛋白激酶抑制剂。
蛋白复合物（其中目标蛋白共价连接到该蛋白的抑制剂上）可用于多个目的。例如，该复合物能够被用于研究蛋白结构和功能。另外，如果该抑制剂具有治疗潜力，从患者获得的样品中复合物的存在或数量的确定能够提供关于抑制剂效率和靶蛋白代谢的信息。因而，仍然需要新的蛋白复合物。
发明内容
本发明已确定蛋白激酶能够基于特定非保守的半胱氨酸的存在来分组，该半胱氨酸位于ATP结合位点内或附近。在本发明中，所述常见的非保守的半胱氨酸被称为CYS1-CYS13，并且作为共价修饰的靶标以形成蛋白激酶复合物。不可逆抑制剂能够与含有所述靶半胱氨酸残基的蛋白激酶选择性地形成复合物，所述不可抑制剂与所述靶半胱氨酸残基中的一个形成共价键。适合于形成本发明的复合物的不可逆抑制剂含有结合部分和弹头部分（warhead moiety），所述结合部分结合在所述蛋白激酶的ATP结合位点内或附近。
通常，所述复合物具有的化学式为：
X-M-S-CH2-Prot
其中，Prot是蛋白激酶或其部分，其含有在所述ATP结合位点内或附近的半胱氨酸；
S-CH2是所述半胱氨酸残基的侧链上的硫原子和亚甲基基团；
M是修饰部分（modifer moiety），其由弹头基团与所述半胱氨酸残基的侧链共价键合形成；以及
X是化学部分，其结合在所述蛋白激酶的ATP结合位点内或附近。
本发明也涉及在此公开的不可逆抑制蛋白激酶的化合物。
附图说明
图1是表明在使用EOL-1细胞的“淘汰（washout）”实验中，血小板衍生生长因子受体（PDGFR）与参考化合物索拉非尼（sorafenib）和不可逆抑制剂（XVIII-11）的抑制的统计直方图。
图2A和2B是表明在cKIT磷酸化测试中，不可逆抑制剂（XVIII-11）相比索拉非尼引起的cKIT活性的延长抑制（2A）以及测量ERK磷酸化的下游信号转导测试（2B）的直方图。
图3表明在可逆抑制剂XVIII-11抑制后，C-KIT的胰蛋白酶消化（tryptic digest）的质谱分析结果。
图4表明在可逆抑制剂II-2抑制后，KDR的胰蛋白酶消化的质谱分析结果。
具体实施方式
定义
本发明的化合物包括上述通常描述的那些，并通过本文公开的纲、亚纲、种类来进一步阐述。如本发明所使用的，除非有其它的说明，否则将应用下述定义。为了本发明的目的，化学元素与元素周期表（CAS译本，化学和物理手册，第75版）一致。另外，在“有机化学”（Thomas Sorrell，大学科学书，Sausalito:1999）和“March的高等有机化学”（第5版,Ed.:Smith,M.B.and March,J.,John Wiley & Sons,New York:2001）中描述了有机化学的普遍原理，它们的全部内容在此引入以作参考。
如本文中所使用的，所述术语“脂肪族的”或“脂肪基”意思是直链（即， 没有分支）或支链的、取代或未取代的烃链，其是完全饱和的或含有一个或多个不饱和单元，或者是完全饱和的或含有一个或多个不饱和单元的单环烃或二环烃，但其不是芳香的（在本文也称作为“碳环”、“环状脂肪族”或“环烷基”），其是单点与分子的其余基团连接。除非有其它具体限定，脂肪基含有1-6个脂肪族碳原子。在一些实施方式中，脂肪基含有1-5个脂肪族碳原子。在其它实施方式中，脂肪基含有1-4个脂肪族碳原子，依然在其它的实施方式中，脂肪基含有1-3个脂肪族碳原子，并且，在另外其他的实施方式中，脂肪基含有1-2个脂肪族碳原子。在某些实施方式中，“环状脂肪族”（或“碳环”或“环烷基”）指单环的C3-C6的烃，其为完全饱和的或含有一个或多个不饱和单元，但不是芳香的，其是单点与分子的其余基团连接。适合的脂肪基包括但不限于：线形的或支链的，取代的或未取代的烷基基团，烯基基团、炔基基团及其杂合体例如（环烷基烷基、环烯基烷基或环烷基烯基。
如在本文中所使用的，所述术语“桥联双环（bridged bicyclic）”指的是任意双环环体系，即，碳环或杂环，饱和或部分不饱和，具有至少有一个桥。如IUPAC所定义的，“桥”是非支链原子或原子或连接两个桥头（bridgehead）的价键，而“桥头”是键接三个或更多个骨架原子（不包括氢）的环体系中的任意骨架原子。在一些实施方式中，桥联双环基团具有7-12个环成员以及独立地选自氮、氧或硫的0-4个杂原子。这种桥联双环基团是本领域众所周知的且包括下面阐述的这些基团，其中，每一基团在任意取代的碳或氮原子上与分子的其余基团相连接。除非有其它的特别定义，桥联双环基团被一个或多个取代基如下所阐述的脂肪族基团任选取代。附加地或可选择地，桥联双环基团的任意可取代的氮被任选取代。桥联双环的实例包括：
所述术语“低级烷基”指的是C1-4直链或支链烷基基团。低级烷基基团的实例是甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、异丁基和叔丁基。
所述术语“低级卤烷基”是C1-4直链或支链的用一个或多个卤素原子取代的烷基基团。
所述术语“低级环烷基”是C3-5饱和的环状基团，且所述低级环烷基包括环丙基、环丁基和环戊基。
所述术语“杂原子”意思是一个或多个氧、硫、氮、磷或硅（包括任意的氮、硫、磷或硅的氧化形式；任何碱性氮的季铵化形式或杂环的可取代的氮，例如N(如在3,4-二氢-2H-吡咯基中）、NH(如在吡咯烷基中)或NR+(如在N-取代吡咯烷基中)）。
所述术语“不饱和”，如在本文中所使用的，意思是具有一个或多个不饱和单元的基团。
如本文所使用的，所述术语“饱和或不饱和的、直链或支链的C1-8（或C1-6、C2-8、C2-6）的二价烃链”指的是如本文所定义的直链或支链的二价的亚 烷基链、亚烯基链和亚炔基链。
所述术语“亚烷基”指的是二价的烷基基团。一个“亚烷基链”是聚甲烯基团，如-(CH2)n-，其中，n是从1到8、从1到6、从1到4、从1到3、从1到2、从2到8、从2到6或从2到3的正整数。取代的亚烷基链是聚甲烯基团，其中，一个或多个亚甲基氢原子被取代基取代。适合的取代基包括下面描述的这些取代的脂肪族基团。
所述术语“亚烯基”指的是二价的烯基基团。取代的亚烯基链是至少含有一个双键的聚甲烯基团，其中，一个或多个氢原子被取代基取代。适合的取代基包括下面描述的这些取代的脂肪族基团。
如本文所使用的，所述术语“环吡咯”指的是具有下面结构的二价的环丙基基团： 
所述术语“卤素”意思是F、Cl、Br或I。
所述术语“芳基”单独使用或作为如在“芳烷基”、“芳香族氧基（aralkoxy）”或“芳香族烷氧基（aryloxyalkyl）”中的一部分或一大部分基团来使用，指的是总共有5到14或5到10元环的单环和双环体系，其中，体系中至少有一个环是芳香族的且体系中的每个环含有3到7个环单元。所述术语“芳基”可以与所述术语“芳基环”相互交换使用。在本发明的某个实施方式中，“芳基”指的是一个芳香族环体系，其包括但不限定于：苯基、联苯基、萘基、蒽基等等，其可以带有一个或多个取代基。如本文所使用的，这样一种基团：芳香族环与一个或多个非芳香族环例如茚满基（indanyl）、苯邻二酰亚胺基、萘嘧啶、菲啶基（phenanthridinyl）或四氢化萘基等等融合在一起，也包含在所述术语“芳基”范围内。
所述术语“杂芳基（heteroaryl）”和“异芳香基（heteroar-）”单独使用或作为如在“异芳烷基”或“异芳香族氧基”中的一部分或一大部分基团来使用， 指的是含有5到10个环原子的基团，优选5、6或9个环原子；含有6、10或14个分配到循环阵列中的电子的基团；以及除了碳原子之外，含有1到5个杂原子的基团。所述术语“杂原子”指的是氮、氧或硫，以及包括任意的氮或硫的氧化形式，以及任何碱性氮的季铵化形式。所述异芳香基（heteroaryl）包括但不限制于：噻吩基、呋喃基、吡咯基、咪唑基、吡唑基、***基、四唑基、唑基、异噁唑基、氧杂二唑基、偶氮基、异噻唑基、硫杂二唑基、吡啶基、哒嗪基、嘧啶基、吡嗪基、中氮茚基、嘌呤基、奈啶基和碟啶（pteridinyl）。本文中所使用的术语“杂芳基”和“异芳香基”也包括在杂芳族环中与一个或多个芳基、脂环族的或杂环基环相结合的基团，其中，自由基或连接点在杂芳族环上。非限制性的实施例包括：吲哚基、异吲哚基、苯噻吩、苯并呋喃基、磺酸二苯基膦、吲唑基、苯并咪唑基、苯并二唑基、喹啉基、异喹啉基、噌嗪基、酞嗪基、喹唑啉基、对二氨萘基、4H-喹唑啉基、氮芴基、吖啶基、吩嗪基、吩噻嗪基、吩恶嗪、四氢化喹唑啉基、四氢化异喹唑啉基和吡啶并[2,3-b]-1,4-杂氧嗪-3(4H)-酮（pyrido[2,3-b]-1,4-oxazin-3(4H)-one）。杂芳基基团可以是单环或双环。所述术语“杂芳基”可以与所述术语“杂芳环”、“杂芳基基团”或“杂芳族”相互交换使用，其中，任意一种所述的术语包括那些被可选取代的环。所述术语“异芳烷基”指的是具有杂芳基取代的烷基，其中，所述烷基和杂芳基部分各自独立地被可选取代。
如本文所使用的，所述术语“杂环”、“杂环基”、“杂环自由基”和“杂环化合物的环”被交换使用，且指的是稳定的5-到7-元单环，或是7-10元的饱和或部分不饱和的双环，并且除了碳原子外它们还含有一个或多个，优选1-4个如上述所定义的杂原子。当被用于指代杂环的环原子时，所述术语“氮”包括可取代的氮。如实施例中，饱和或不饱和环含有选自氧、硫或氮的0-3个杂原子，所述氮可以为N(如在3,4-二氢-2H-吡咯基中）、NH(如在吡咯烷基中)或NR+(如在N-取代吡咯烷基中)）。
杂环可以与它的侧基在任意杂原子或碳原子相连接，结果导致结构稳定，以及任意环原子能够被可选取代。这种饱和或部分不饱和杂环自由基的实例包括但不限制于：四氢呋喃、四氢苯硫基、吡咯烷基、哌啶基、吡咯啉基、四氢喹唑啉基、四氢异喹唑啉基、十氢喹唑啉基、杂氧噻唑烷基、哌嗪基、二氧杂环己烷基、二氧戊环基（dioxolanyl）、二氮杂卓（diazepinyl）、杂氧氮杂卓（oxazepinyl）、三氮杂卓（thiazepinyl）、吗啉基和奎宁环基。所述术语“杂环”、“杂环基”、“杂环基环”、“杂环基团”、“杂环基”和“杂环自由基”在本文中交换使用，这种饱和或部分不饱和的杂环自由基的实例还包括杂环与一个或多个芳基、杂芳基或脂环族环相结合的基团，例如，吲哚、3H-吲哚、苯并二氢吡喃基、菲啶基或四氢喹唑啉基，其中，自由基或连接点在杂芳族环上。杂环基团可以是单环或双环。所述术语“杂环烷基”指的是被杂环取代的烷基基团，其中，所述烷基和杂环部分各自独立地被可选取代。
如本文所使用的，所述术语“部分不饱和”指的是包括至少一个双键或三键的环基。所述术语“部分不饱和”意欲包括多个不饱和位置的环，但不包括此处定义的烷基或杂环基。
如本文所使用的，所述术语“增溶性基团”指的是能够促进它所连接的化合物的溶解度的化学基。适合的增溶性基团包括：例如饱和杂环，如寡核苷酸、哌嗪和哌啶；以及氨基基团，如二甲基氨基和甲氧基丙基氨基。
如本文所描述的，本发明的化合物可以含有“可选取代的”基团。通常，所述术语“取代的”不管是否是“可选”与否，意思是一个或多个特定基团的氢被适合的取代基取代。除非有其它的说明，“可选取代的”基团可以在每个基团的取代基位置上有适合的取代基，而当在所给定的结构中有多个位置被多个选自特定基团的取代基取代时，在每个位置上的所述取代基可以相同或不同。本发明设想取代基的结合，优选为能导致稳定的或化学柔韧性的化合物形式的那些。本文所使用的术语“稳定的”指的是当化合物在制备、检测、以 及在某些实施方式中用于在此公开的一个或多个目的回收、纯净的条件下没有被取代基改变的化合物。
在“可选取代的”基团中的取代碳原子上，合适的单价取代基是各自独立的卤素、–(CH2)0-4R°、–(CH2)0-4OR°、-O(CH2)0-4Ro、–O–(CH2)0-4C(O)OR°、–(CH2)0-4CH(OR°)2、–(CH2)0-4SR°、-(CH2)0-4苯基（苯基可以被R°取代）、-(CH2)0-4O(CH2)0–1苯基（苯基可以被R°取代）、-CH=CH苯基（苯基可以被R°取代）、-(CH2)0-4O(CH2)0–1-吡啶（吡啶可以被R°取代）、-NO2、–CN、-N3、-(CH2)0-4N(R°)2、–(CH2)0-4N(R°)C(O)R°、-N(R°)C(S)R°、–(CH2)0–4N(R°)C(O)NR°2、-N(R°)C(S)NR°2、–(CH2)0–4N(R°)C(O)OR°、-N(R°)N(R°)C(O)R°、-N(R°)N(R°)C(O)NR°2、-N(R°)N(R°)C(O)OR°、–(CH2)0-4C(O)R°、–C(S)R°、–(CH2)0-4C(O)OR°、–(CH2)0-4C(O)SR°、-(CH2)0-4C(O)OSiR°3、–(CH2)0-4OC(O)R°、–OC(O)(CH2)0-4SR-、SC(S)SR°、–(CH2)0-4SC(O)R°、–(CH2)0-4C(O)NR°2、-C(S)NR°2、-C(S)SR°、-SC(S)SR°、-(CH2)0-4OC(O)NR°2、-C(O)N(OR°)R°、–C(O)C(O)R°、–C(O)CH2C(O)R°、–C(NOR°)R°、-(CH2)0-4S SR°、–(CH2)0-4S(O)2R°、(CH2)0-4S(O)2OR°、(CH2)0-4OS(O)2R°、–S(O)2NR°2、-(CH2)0-4S(O)R°、-N(R°)S(O)2NR°2、-N(R°)S(O)2R°、-N(OR°)R°、-C(NH)NR°2、P(O)2R°、-P(O)R°2、-OP(O)R°2、OP(O)(OR°)2、SiR°3、-(C1-4直链或支链亚烃基)O-N(R°)2或-(C1-4直链或支链亚烃基)C(O)O-N(R°)2,其中，每个R°可以为如下面所定义的取代基，且每个R°独立的是氢、C1-6脂肪族、-CH2苯基、-O(CH2)0-1苯基、-CH2-(5-6元杂芳基环),或5-6元饱和的或部分不饱和的环，或芳基环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-4个杂原子；或者尽管有上述定义但两个独立出现的R°与它们的中间原子可以形成饱和的、部分饱和的3-12元环，或芳基单环或双环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-4个杂原子,它们可以如下面所定义的被取 代。
在R°上（或由两个独立出现的R°与它们的中间原子一起形成的环）适合的单价取代基各自独立的是卤素、–(CH2)0–2R●、–(haloR●)、–(CH2)0–2OH、–(CH2)0–2OR●、–(CH2)0–2CH(OR●)2、-O(haloR●)、–CN、-N3、–(CH2)0–2C(O)R●、–(CH2)0–2C(O)OH、–(CH2)0–2C(O)OR●、–(CH2)0-2SR●、–(CH2)0-2SH、–(CH2)0–2NH2、–(CH2)0–2NHR●、–(CH2)0–2NR● 2、-NO2、–SiR● 3、–OSiR● 3、-C(O)SR●、–(C1-4直链或支链亚烯基)C(O)OR●或–SSR●，其中，每个R●是未取代的，或是指在前面加上“卤素”的位置只用一个或多个氢取代，以及R●各自独立地选自C1-4脂肪族、–CH2苯基、–O(CH2)0–1苯基、5–6元饱和或部分不饱和的基团、或具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-4个杂原子的芳基环。R°的饱和碳原子上的适合的二价取代基包括=O和=S。
“可选取代的”基团中的饱和碳原子上，适合的二价取代基包括下述基团：=O、=S、=NNR* 2、=NNHC(O)R*、=NNHC(O)OR*、=NNHS(O)2R*、=NR*、=NOR*、-O(C(R* 2))2–3O-或-S(C(R* 2))2–3S-，其中，每个独立出现的R*选自氢、可以如下面所定义的被取代的C1–6脂肪族，或未取代的5-6元饱和的或部分不饱和的环或具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-4个杂原子的芳基环。与“可选取代的”基团中的临位取代的碳相连接的适合的二价取代基包括：-O(CR* 2)2–3O-，其中，每个独立出现的R*选自氢、可以如下面所定义被取代的C1-6脂肪族，或芳基环或者未取代的5-6元饱和的或部分不饱和的环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-4个杂原子。
所述脂肪族基团R*中适合的取代基包括：卤素、-(haloR●)、-OH、OR●、-O(haloR●)、-CN、-C(O)OH、C(O)OR●、NH2、-NHR●、-NR● 2或-NO2，其中，每个R●是未取代的或在前面加上“卤素”的位置只用一个或多个氢取代，以及R●各自独立地选自C1-4脂肪族、CH2苯基、O(CH2)0-1苯基、芳基环或5-6元饱和或部分不饱和的环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或 硫的0-4个杂原子。
在“可选取代的”基团中的取代氮原子上，适合的取代基包括  其中，每个 独立的是氢原子、可以如下面所定义的被取代的C1–6脂肪族、未取代的–O苯基，或芳基环或者5-6元饱和的部分不饱和的环，所述具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-4个杂原子；尽管有上述定义但两个独立出现的 与它们的中间原子可以形成未取代的饱和的、部分不饱和的3-12元环，或芳基单环或双环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-4个杂原子。
在 的脂肪族基团上适合的取代基各自独立地是：卤素、–R●、-(haloR●)、–OH、–OR●、–O(haloR●)、–CN、–C(O)OH、–C(O)OR●、–NH2、-NHR●、-NR● 2或-NO2，其中，每个R●是未取代的或在前面加上“卤素”的位置只用一个或多个氢取代，以及R●各自独立地选自C1-4脂肪族、–CH2苯基、–O(CH2)0–1苯基、饱和或部分不饱和的5-6元环，或芳基环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-4个杂原子的。
如本文所使用的，所述术语“药学上可接受的盐”指的是在健全的医疗判断的范围内，适合用在与人类或低级动物组织接触而没有过度的毒性、发炎、过敏反应等等的那些盐，并符合一个合理的效率/风险比率。本领域众所周知的药学上可接受的盐。例如，S.M.Berge等人在药物科学期刊（1977,66,1-19）上详细描述的内容引入本发明以做参考。本发明的化合物药学上可接受的盐包括：来源于适合的无机酸和碱和有机酸和碱。药学上可接受的无毒性的酸添加盐的实例是：氨基基团与无机酸或有机酸通过本领域公知的方法如离子交换形成的盐，所述无机酸例如盐酸、氢溴酸、磷酸、硫酸和高氯酸，所述有机酸例如乙酸、乙二酸、马来酸、酒石酸、柠檬酸、丁二酸或丙二酸。其它的药学上可接受的盐包括：己二酸盐、藻蛋白酸盐、抗坏血酸盐、天冬 氨酸盐、苯磺酸盐、苯（甲）酸盐、重硫酸盐、硼酸盐、酪酸盐、樟脑酸盐、咪噻芬(camphorsulfonate)、柠檬酸盐、环戊烷丙酸盐(cyclopentanepropionate)、二葡萄糖酸酯、十二烷基硫酸盐、乙磺酸盐、甲酸盐、延胡索酸盐、葡庚糖酸盐、甘油磷酸盐、葡萄糖酸盐、脲硫酸盐(hemisulfate)、庚酸盐(heptanoate)、己酸盐、碘化氢盐、2-OH-乙磺酸盐、乳糖酸盐(lactobionate)、乳酸盐、月桂酸盐、十二烷基硫酸盐(lauryl sulfate)、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、甲磺酸盐、2-萘磺酸盐、烟酸盐、硝酸盐、油酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐(pamoate)、果胶酸盐(pectinate)、高硫酸盐、3-苯丙酸盐(3–phenylpropionate)、磷酸盐、三甲基乙酸盐、丙酸盐、硬脂酸酯（或盐）、琥珀酸盐、硫酸盐、酒石酸盐(或酯)、硫氰酸盐、p-甲苯磺酸盐、十一酸盐、戊酸酯盐等等。
来源于适合碱的盐包括：碱金属、碱土金属、氨和N+(C1-4烷基)4盐。代表性的碱和碱土金属盐包括：钠盐、锂盐、钾盐、钙盐、镁盐等等。更进一步，药学上可接受的盐包括：无毒性的氨、季铵以及使用抗衡离子如卤化物、氢氧化物、羧酸盐、硫酸盐、磷酸盐、硝酸盐、低级烷基磺酸盐和芳基磺酸酯形成的氨离子。
除非有其它的说明，本文所描述的结构也意味着包括所有的同分异构形式（例如，对映异构体、非对映异构和几何结构（或构象的））的结构；例如，每个不对称中心的R和S构型、Z和E双键结构体以及Z和E构象异构体。因而，本发明的化合物的单个立体化学异构体和对映异构体、非对映异构和几何结构（或构象的）的混合物一样在本发明的范围之内。除非有其它的说明，本发明的化合物的所有互变异构的形式在本发明的范围之内。另外，除非有其它的说明，本发明描述的结构也意味着包括区别只在于存在一个或多个同位素富集原子的化合物。例如，存在着由重氢或超重氢中的氢取代或由13C-或14C富集的碳中的碳取代的结构的化合物在本发明的范围之 内。这些化合物是有用的，例如，作为解析工具、作为生物检测的探测或作为治疗剂与本发明是一致的。在某个实施方式中，含有一个或多个重氢原子提供的化合物的弹头基团R3。
如本文所使用的，所述术语“不可逆的”或“不可逆抑制剂”指的是在基本上不可逆模式中在靶蛋白激酶中，能够与靶半胱氨酸残基以共价键连接的抑制剂（例如，化合物）。也就是说，可逆抑制剂能够与靶蛋白激酶相结合（但通常不能够与其形成共价键），因而，可逆抑制剂能够从靶蛋白激酶中变为游离的，不可逆抑制剂一旦形成共价键保持基本上与靶蛋白激酶的结合。不可逆抑制剂通常显示出时间依赖性，而抑制的程度随着时间、随着所述抑制剂与酶的结合而增加。在某些实施方式中，不可逆抑制剂一旦形成共价键保持基本上与靶蛋白激酶的结合，并在一段比蛋白质的存活还长的时期内保留着结合。
如果化合物作为不可逆抑制剂，那么识别方法是本领域普通的技术人员所公知的。所述方法包括带有靶蛋白激酶的化合物的抑制剂数据的酶动力学的分析，在所述抑制剂化合物存在下修饰的靶蛋白药物的质谱分析，非连续性暴晒，众所周知的“淘汰”研究以及使用标记例如放射性标记抑制剂以表明酶的共价修饰，但并不限定于此，还有本领域技术人员公知的其它方法。
本领域普通技术人员能识别出某些能够作为“弹头”的非活性的官能团。如本文所使用的，所述术语“弹头”或“弹头基团”指的是存在于本发明的化合物中的官能团，其中，所述官能团能够与氨基酸残基（例如，半胱氨酸、赖氨酸、组氨酸或其它能够共价键修饰的残基）共价结合，所述氨基酸残基存在于靶蛋白的结合袋(binding pocket)中，从而不可逆抑制剂蛋白质。如本文所定义和描述的L-Y基团提供了这种弹头基团用于共价键地、不可逆地抑制蛋白质将是值得重视的。
如本文所使用的，所述术语“抑制剂”被定义为作为一种具有显著影响的 亲和力的与靶蛋白激酶结合和/或抑制的化合物。在某些实施方式中，抑制剂具有IC50和/或结合常数少于50M、少于1M、少于500nM、少于100nM、少于10nM或少于1nM。
本发明的化合物可以被限定为可检测基团中。本领域普通技术人员能识别出可检测基团可以通过适合的取代基与所提供的化合物相连接。如本文所使用的，所述术语“适合的取代基”指的是能够以共价键连接到可检测基团上的基团。这些基团对本领域技术人员来说是众所周知的并且包括下列基团，例如，羧酸基团、氨基基团、硫醇基团或氢氧根基团，这仅仅例举的一小部分。这些基团可以通过限定基团例如饱和的或不饱和的二价烃链直接连接到所提供的化合物上是值得重视的。在某些实施方式中，在铜催化剂的存在下，这些基团可以通过叠氮化物的1,3-环加成作用可选地连接到炔属烃上。使用点击化学的方法在本领域是众所周知的，所述方法包括Rostovtsev等人在Angew.Chem.Int.Ed.2002,41,2596-99上和Sun等人在Bioconjugate Chem.,2006,17,52-57所描述的内容。
如本文所描述的，所述术语“可检测基团”可与所述术语“用标记表明”相互交换使用，且涉及能够被检测的任何基团，例如，初始标记和二次标记。初始标记如放射性同位素（例如，超重氢，32P，33P，35S或14C），质量标记（mass-tags）以及荧光标记都是信号生长的能够不需要进一步改性而被检测出的信息基团。可检测基团也包括发光的和发出磷光的基团。
本文所使用的所述术语“二次标记”指的是例如维生素H和需要存在于二次媒介中用来长生可检测信号的各种蛋白抗原基团。用于维生素H，所述二次媒介可以包括链酶亲和素-酶复合物。用于抗原标记，二次媒介可以包括抗毒素-酶复合物。某些荧光基团在非辐射荧光共振能量转移（FRET）中因其将能量转换为另一种基团而作为二次标记，且所述二次基团产生所检测的信号。
本文中所使用的所述术语“荧光标记”、“荧光染料”和“荧光团”指的是在所定义的激发波长吸收光能量以及在不同的波长内发射能量的基团。荧光标记的实施例包括，但并不限定于此：Alexa Fluor染料(Alexa Fluor 350,Alexa Fluor 488,Alexa Fluor 532,Alexa Fluor 546,Alexa Fluor 568,Alexa Fluor 594,Alexa Fluor 633,Alexa Fluor 660以及Alexa Fluor 680)、AMCA、AMCA-S、BODIPY染料(BODIPY FL,BODIPY R6G， BODIPY TMR,BODIPY TR,BODIPY 530/550,BODIPY 558/568,BODIPY 564/570,BODIPY 576/589,BODIPY 581/591,BODIPY 630/650,BODIPY 650/665)、羧基罗丹明6G、羧基-X-罗丹明(ROX)、Cascade蓝、Cascade黄、香豆素343(Coumarin 343)、花青染料(Cy3,Cy5,Cy3.5,Cy5.5)、丹磺酰(Dansyl)、Dapoxyl染料、二烷基氨基香豆素(Dialkylaminocoumarin)、4′,5′-二氯-2′,7′-二甲氧基-荧光黄(4′,5′-Dichloro-2′,7′-dimethoxy-fluorescein)、DM-NERF、曙红、赤鲜红、荧光黄、FAM、羟基香豆素、IR染料(IRD40,IRD 700,IRD 800)、JOE染料、丽丝胺若丹明B、Marina蓝、甲氧基香豆素(Methoxycoumarin)、萘并荧光素荧光用95+%(Naphthofluorescein)、Oregon绿488、Oregon绿500、Oregon绿514、海水蓝(Pacific Blue)、PyMPO染料、芘(嵌二萘)、若丹明B(RhodamineB)、若丹明6G、若丹明绿、若丹明红、Rhodol绿、2′,4′,5′,7′-四-溴砜-荧光黄(2′,4′,5′,7′-Tetra-bromosulfone-fluorescein)、四甲基-若丹明(Tetramethyl-rhodamine(TMR))、羧基四甲基罗丹明(Carboxytetramethylrhodamine(TAMRA))、Texas红、Texas红-X。
本文所使用的所述术语“质量标记”指的是使用质谱（MS）检测技术凭借其质量能够独特地检测的任何基团。质量标记的实施例包括电泳释放标记例如N-[3-[4’-[(p-甲氧基四氟苯甲基)氧]苯基]-3-甲基甘油基]异哌啶酸（N-[3-[4’-[(p-Methoxytetrafluorobenzyl)oxy]phenyl]-3-methylglyceronyl]isonipecotic Acid）、4’-[2,3,5,6-四氟-4-(五氟苯氧基)]对甲基苯乙酮 （4’-[2,3,5,6-Tetrafluoro-4-(pentafluorophenoxyl)]methyl acetophenone）和它们的衍生物。这些质量标记的合成和应用在美国专利4,650,750,4,709,016,5,360,8191,5,516,931,5,602,273,5,604,104,5,610,020和5,650,270中描述。所述质量标记的其它的实施例包括各种长度和碱性成分的核甘酸、双脱氧核苷酸、寡核苷酸、低聚肽、低聚糖，以及各种长度和单体成分的其它合成高分子，但并不限定于此。多种适合质量范围（100-2000 Daltons）的有机分子、中性和带电荷的（生物分子或合成化合物）也可以被用作质量标记。
本文所使用的所述术语“显著影响的亲和力”和“显著影响的抑制剂”意味着含有本发明的化合物的样品或成分、蛋白质以及含有所述蛋白激酶的等价样品之间的蛋白激酶活性上的显著改变。
蛋白激酶复合物
本发明涉及一种含有蛋白激酶的复合物，所述蛋白激酶含有：位于在腺嘌呤核苷三磷酸（APT）结合位点内的半胱氨酸残基，以及与ATP结合位点结合的抑制剂。在本发明的复合物中，所述抑制剂在所述蛋白激酶的ATP结合位点上以共价键地且不可逆地结合到所述半胱氨酸残基上，所以所述蛋白激酶的活性被不可逆地抑制。
本文所描述的复合物具有多种用途。例如，在生物样品中共轭目标多肽相对于非共轭目标多肽的数量在抑制多肽活性中能够被用于生物标记以追踪定量给料和功效，所述生物样品从用不可逆抑制剂处理过的患者上获得的。因而，当不可逆抑制剂被用于治疗时，所述复合物能被用于修饰不可逆抑制剂的定量给料（例如，介于用药之间的用药数量和/或时间间隔）以便获得所期望的治疗效果。
如本文所描述的，在非保守的半胱氨酸的存在下，蛋白激酶可以被分组，所述非保守的半胱氨酸存在于ATP结合位点或位于其附近的。通常非保守的 半胱氨酸在本文中被称为CYS1-CYS13且作为靶用于在本发明的复合物中的共价修饰。表1代表具有靶CYS的蛋白激酶，用于蛋白激酶的氨基酸序列的序列码，所述氨基酸序列含有我们所感兴趣的所述半胱氨酸，以及在所述氨基酸序列中我们所感兴趣的所述半胱氨酸残基量。例如，从表1中CYS1指的是JAK3的Cys945、FGFR1的Cys619、FGFR2的Cys622、FGFR3的Cys613、FGFR4的CYS607、CKIT的Cys788CKIT、CSFR1的Cys744、PDGRF-A的Cys814、FAK2的Cys545、FLT3的Cys807、FER的Cys680、FES的Cys679、CDKL1的Cys122、CDKL4的Cys122、FLT4的Cys1033、KDR的Cys1024、FLT1的Cys1018和PDGFR-B的Cys822是明显的。类似的，CYS2、CYS3、CYS4、CYS5、CYS6、CYS7、CYS8、CYS11、CYS12和CYS13指的是表1中列出的特殊蛋白激酶中的特殊半胱氨酸残基。表1中的用于将蛋白激酶分组的被识别的半胱氨酸在所述蛋白激酶族中是非保守的，但所述被识别的半胱氨酸是普通的且在所述特殊的蛋白质中被发现，所述特殊的蛋白质组成表1中被识别的蛋白激酶基团，例如CYS1激酶。
表1
本发明的复合物含有蛋白激酶或蛋白激酶部分。优选所述蛋白激酶或蛋 白激酶部分是人类的蛋白激酶或蛋白激酶部分。然而，本发明含有的复合物含有来自任何期望的种类例如啮齿目动物（鼠、老鼠）或灵长类动物（猕猴、黑猩猩）的蛋白激酶或蛋白激酶部分。用于人类蛋白激酶的序列码在表1中提供。本发明没有对含有蛋白激酶或与表1提供的数据库序列相同的序列的蛋白激酶部分的复合物进行限定。区别于序列数据库中的氨基酸序列的特定激酶两个或多个序列在本领域是众所周知的。这些蛋白质仍然被看作是同一种激酶。所述序列变异可以归功于自然序列变异，例如等位基因变异或自然形成的突变。本发明的复合物含有所有的蛋白激酶形式，包括等位基因变异和突变蛋白质。
同所述靶Cys残基(CYS1–CYS13)中的一个形成共价键的不可逆抑制剂，能够选择地同含有靶半胱氨酸残基的蛋白激酶形成复合物。适合形成本发明的复合物的不可逆抑制剂包括：结合基团以及弹头基团，所述结合基团在蛋白激酶的ATP结合位点或位于其附近。如本文所描述的，所述弹头基团能够与所述蛋白激酶的靶半胱氨酸反应，并且所述弹头基团由基团L-Y来提供。
通常，所述复合物具有的化学式为：
X-M-S-CH2-Prot
其中，Prot是蛋白激酶，或者是含有位于ATP结合位点或其附近的半胱氨酸的蛋白激酶部分；
S-CH2是所述半胱氨酸残基的侧链上的硫原子和亚甲基基团；
M是通过弹头基团与所述半胱氨酸残基的侧链共价键合形成的修饰基；
以及
X是结合在所述蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近的化学基。
所述修饰基通过弹头基团与所述半胱氨酸残基的侧链共价连接来形成。
所述修饰基能够由本文所描述的任何弹头与靶半胱氨酸的反应来提供。可以理解的是本文所描述的L和Y组分能够以多种方式结合，以提供化学式–L-Y的弹头，且本发明的复合物含有半胱氨酸和本文所描述的L和Y基团的任何组合物的反应产物。在某个实施例中，所述修饰基团由–L-Y与靶半胱氨酸的反应来提供，其中，
L是共价键，或者是饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-8的二价烃链，其中，L的一个、两个或三个亚甲基单元被可选地且各自独立地由亚环丙基、-NR-、-N(R)C(O)-、-C(O)N(R)-、-N(R)SO2-、-SO2N(R)-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-C(O)O-、-S-、-SO-、-SO2-、-C(=S)-、-C(=NR)-、-N=N-或-C(=N2)-代替。
Y是氢，腈，由一个或多个OH、NRxRy、酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族，或饱和的或部分不饱和的3-10元单环或双环，或芳基环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子，以及其中所述的环被1-4个Re基团取代；以及
Rx和Ry各自独立的是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Re各自独立地选自-Q-Z，OH，酮，NO2，卤素，CN，适合的离去基团(leaving group)，或被酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族，其中：
Q是共价键，或者是饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-6的二价烃链，其中，Q的一个或两个亚甲基单元被可选地且各自独立地由-N(R)-、-S-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-C(O)O-、-SO-或-SO2-、-N(R)C(O)-、-C(O)N(R)-、-N(R)SO2-或-SO2N(R)-代替；以及
Z是氢，或是被与酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族。
本文详细描述了L-Y的能够同半胱氨酸反应，以形成修饰基的更进一步的实施方式和实施例。表2表示的是与半胱氨酸（表2中表明了结构中的 S-CH2）的侧链结合的修饰基的非限定性的实例的数量结构。在某些实施方式中，所述修饰基从非限定性的示例性修饰基中选择，所述修饰基与半胱氨酸（S-CH2）的侧链相结合。在某些实施方式中，所述复合物含有选自表2中表示的结构。
表2.示例性的修饰:
如上述所描述的，通常，所述复合物具有的化学式为：
X-M-S-CH2-Prot
其中，Prot是蛋白激酶或含有在ATP结合位点或ATP结合位点附近的半胱氨酸的蛋白激酶部分；
S-CH2是所述半胱氨酸残基的侧链上的硫原子和亚甲基基团；
M是通过弹头基团与所述半胱氨酸残基的侧链共价键合形成的修饰基；
以及
X是结合在所述蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近的化学基。
在一方面，所述复合物含有CYS1激酶、CYS5激酶、CYS6激酶、CYS7激酶、CYS8激酶、CYS9激酶、CYS10激酶、CYS11激酶、CYS12激酶、CYS13激酶或含有所述靶半胱氨酸的任何前述激酶的部分（例如，CYS1或CYS5-CYS13)。
所述复合物能够含有任何适合的化学基，所述化学基是在所述蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近。结合在激酶的ATP结合位点的许多适合的化学基在本领域是众所周知的。另外，许多这种化学基的结合方式是熟知的且能够被用于区别其它的通过使用传统方法结构设计的与ATP结合的基团。例如，尼罗替尼(nilotinib)、伊马替尼(imatinib)、索拉非尼(sorafenib)(US7,235,576)、VX-680(US6,664,247)、BI2536(US2006/018182)、TAE226(US2008/01322504)、PF-573,228,CP-562,271-26,CPP690550等等，是众所周知的结合在所述蛋白激酶的ATP结合位点上的化合物。这些化合物、这些化合物的部分及其衍生物能够被用作与所述蛋白激酶的ATP结合位点结合的化学基，例如，通过使所述化合物、这些化合物的部分及其衍生物连接弹头。
本发明涉及一种含有蛋白激酶的复合物和抑制剂，所述蛋白激酶含有CYS1，所述抑制剂结合在所述CYS1激酶的ATP结合位点上。在本发明的所述复合物中，所述抑制剂被共价键地且不可逆地结合到CYS1上，以使蛋白激酶活性被不可逆地抑制。
在某些实施中，所述复合物的化学式为：
X-M-S-CH2-Prot
其中，Prot是蛋白激酶或含有CYS1的蛋白激酶部分；
S-CH2是所述CYS1的侧链上的硫原子和亚甲基基团；
M是通过弹头基团与所述CYS1的侧链共价键合形成的修饰基；以及
X是结合在含有CYS1的蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近的化学基。
在这些实施方式中，Prot选自由JAK3、FGFR(例如,FGFR1,FGFR2,FGFR3,FGFR4)、CKIT、CSFR1、FAK2、FLT3、FER、FES、CDKL1、CDKL4、FLT4、KDR、FLT1、PDGFR(例如,PDGRF-A,PDGFR-B)以及含有CYS1的前述任何激酶的部分组成的组。
所述复合物可以含有基本上整个成熟蛋白激酶或含有CYS1的蛋白激酶部分。通常，Prot至少含有具有选自由以下氨基酸序列组成的组的氨基酸序列的蛋白激酶部分：RC*VHRDL(SEQ ID NO:1)、KC*IHRDL(SEQ IDNO:2)、NC*IHRDL(SEQ ID NO:3)、NC*IHRDV(SEQ ID NO:4)、NC*VHRDL(SEQ ID NO:5)、NC*VHRDI(SEQ ID NO:6)、SC*VHRDL(SEQ ID NO:7)、CC*IHRDL(SEQ ID NO:8)或NC*IHRDI(SEQ ID NO:9)，其中C*是CYS 1。
这些实施方式中的某些复合物含有选自表2中所示的基团的修饰基。
所述复合物能够含有任何适合的化学基，所述化学基结合在所述蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近。结合在激酶的ATP结合位点的许多适合的化学基在本领域是众所周知的。另外，许多这种化学基的结合方式是熟知的且能够被用于区别其它的通过使用传统方法结构设计的与ATP结合的基团。例如，尼罗替尼、伊马替尼、索拉非尼是众所周知的蛋白激酶抑制剂，所述蛋白激酶含有CYS1，例如C-KIT、PDGFR(PDGFRA,PDGFRB)、FLT3、CSF1R和/或KDR。在某些复合物的实施方式中，其中，弹头是共价键地且不可逆地结合到CYS1上，Prot是C-KIT、PDGFR(PDGFRA、PDGFRB)、FLT3、CSF1R或KDR，且X是尼罗替尼、伊马替尼、索拉非尼 或是能够结合C-KIT、PDGFR(PDGFRA,PDGFRB)、FLT3、CSF1R或KDR的它们的部分、或衍生物。
如果需要，在2008年6月3日提交的US 12/132,537公开的化学式为I、II或III的化合物，能够被用于结合在所述CYS1激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近的化学基，例如C-KIT或PDGFR。引入US12/132,537，包括化学式I、II或III及其描述的全部内容以作参考。其它用于结合所述CYS1激酶的ATP结合位点内或附近的化学基包括：本文所描述的化学式为XVIII–XX的化合物。
本发明涉及一种含有蛋白激酶的复合物和抑制剂，所述蛋白激酶含有CYS1，所述抑制剂结合在所述CYS1激酶的ATP结合位点上。在本发明的所述复合物中，所述抑制剂被共价键地且不可逆地结合到CYS1上，以使所述蛋白激酶活性被不可逆地抑制。
在某些实施中，所述复合物的化学式为：
X-M-S-CH2-Prot
其中，Prot是蛋白激酶或含有CYS5的蛋白激酶部分；
S-CH2是所述CYS5的侧链上的硫原子和亚甲基基团；
M是通过弹头基团与所述CYS5的侧链共价键合形成的修饰基；以及
X是结合在所述含有CYS5的蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近的化学基。
在这些实施方式中，Prot是选自由PFTAIRE1、JNK(例如，JNK1、JNK2、JNK3)和BMPR2，以及含有CYS5的前述任何蛋白激酶的部分组成的组。
所述复合物能含有基本上整个成熟蛋白激酶或含有CYS5的蛋白激酶部分。通常，Prot至少含有具有选自由以下氨基酸序列组成的组的氨基酸序列的蛋白激酶部分：DLC*QYMD(SEQ ID NO:26)、NLC*QVIH(SEQ ID NO:27)、NLC*QVIQ(SEQ ID NO:28)和SLC*KYLSL(SEQ ID NO:29)，其中C*是 CYS5。
这些实施方式中的某些复合物含有选自表2中所示的基团的修饰基。
所述复合物能够含有任何适合的化学基，所述化学基结合在所述蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近。用于结合所述CYS5激酶的ATP结合位点的适合的化学基团包括，例如，本文所描述的化学式为VI–VIII、IX、IX-a、X、X-a、XI、XII和XII-a的化合物。
在某些实施中，所述复合物的化学式为：
X-M-S-CH2-Prot
其中，Prot是蛋白激酶或含有CYS6的蛋白激酶部分；
S-CH2是所述CYS6的侧链上的硫原子和亚甲基基团；
M是通过弹头基团与所述CYS6的侧链共价键合形成的修饰基；以及
X是结合在所述含有CYS6的蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近的化学基。
在这些实施方式中，Prot是选自由PTNK1、YES、FGR、SRC、LIMK1、FGFR(例如,FGFR1,FGFR2,FGFR3和FGFR4)以及含有CYS6的前述任何蛋白激酶部分组成的组。
所述复合物可以含有基本上整个成熟蛋白激酶或含有CYS6的蛋白激酶部分。通常，Prot至少含有具有选自由以下氨基酸序列组成的组的氨基酸序列的蛋白激酶部分：SGC*FGV(SEQ ID NO:30)、QGC*FGE(SEQ ID NO:31)、TGC*FGD(SEQ ID NO:32)、KGC*FGQ(SEQ ID NO:33)和EGC*FGQ(SEQID NO:34)，其中C*是CYS6。
这些实施方式中的某些复合物含有选自表2中所示的基团的修饰基。
所述复合物能够含有任何适合的化学基，所述化学基结合在所述蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近。
在某些实施中，所述复合物的化学式为：
X-M-S-CH2-Prot
其中，Prot是蛋白激酶或含有CYS7的蛋白激酶部分；
S-CH2是所述CYS7的侧链上的硫原子和亚甲基基团；
M是通过弹头基团与所述CYS7的侧链共价键合形成的修饰基；以及
X是结合在所述含有CYS7的蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近的化学基。
在这些实施方式中，Prot是选自由FAK、ALK(例如,ALK1,ALK2)以及含有CYS7的前述蛋白激酶的部分。
所述复合物可以含有基本上整个成熟蛋白激酶或含有CYS7的蛋白激酶部分。通常，Prot至少含有具有选自由以下氨基酸序列组成的组的氨基酸序列的蛋白激酶部分：GRC*IGEGQFGD(SEQ ID NO:35)、VEC*VGKGRYG(SEQ ID NO:36)和LEC*VGKGRYG(SEQ ID NO:37)，其中C*是CYS7。
这些实施方式中的某些复合物含有选自表2中所示的基团的修饰基。
所述复合物能够含有任何适合的化学基，所述化学基是结合在所述蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近。用作结合在所述CYS7激酶的ATP结合位点的适合的化学基团包括，例如，本文所描述的化合物化学式IV以及所熟知的化合物TAE226(US2008/01322504),PF-573,228和CP-562,271-26。
在某些实施中，所述复合物的化学式为：
X-M-S-CH2-Prot
其中，Prot是蛋白激酶或含有CYS8的蛋白激酶部分；
S-CH2是所述CYS8的侧链上的硫原子和亚甲基基团；
M是通过弹头基团与所述CYS8的侧链共价键合形成的修饰基；以及
X是结合在所述含有CYS8的蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近的化学基。
在这些实施方式中，Prot是选自由ZAP70、CRIK、ERK3、CK1g1、CK1g2,和CK1g3以及含有CYS8的前述蛋白激酶的部分组成的组。
所述复合物可以含有基本上整个成熟蛋白激酶或含有CYS8的蛋白激酶部分。通常，Prot至少含有具有选自由以下氨基酸序列组成的组的氨基酸序列的蛋白激酶部分：GC*GNF(SEQ ID NO:38)、GC*GHF(SEQ ID NO:39)和GC*GGN(SEQ ID NO:40)，其中C*是CYS8。
这些实施方式中的某些复合物含有选自表2中所示的基团的修饰基。
所述复合物能够含有任何适合的化学基，所述化学基是结合在所述蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近。用作结合在所述CYS8激酶的ATP结合位点的适合的化学基团包括，例如，本文所描述的化学式为I-a、I-b、I-c、I-d、I-e和I-f的化合物以及所熟知的化合物伊马替尼、尼罗替尼和CP-562,271-26，以及在US 2006/0247246中公开的化合物，尤其是实施例6中的化合物。
在某些实施中，所述复合物的化学式为：
X-M-S-CH2-Prot
其中，Prot是蛋白激酶或含有CYS9的蛋白激酶部分；
S-CH2是所述CYS9的侧链上的硫原子和亚甲基基团；
M是通过弹头基团与所述CYS9的侧链共价键合形成的修饰基；以及
X是结合在所述含有CYS9的蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近的化学基。
在这些实施方式中，Prot是ROR1或含有CYS9的蛋白激酶部分。
这些实施方式中的某些复合物含有选自表2中所示的基团的修饰基。
所述复合物能够含有任何适合的化学基，所述化学基结合在所述蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近。
在某些实施中，所述复合物的化学式为：
X-M-S-CH2-Prot
其中，Prot是蛋白激酶或含有CYS10的蛋白激酶部分；
S-CH2是所述CYS10的侧链上的硫原子和亚甲基基团；
M是通过弹头基团与所述CYS10的侧链共价键合形成的修饰基；以及
X是结合在所述含有CYS10的蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近的化学基。
在这些实施方式中，Prot是MELK或含有CYS10的蛋白激酶部分。
所述复合物可以含有基本上整个成熟的蛋白激酶或含有CYS10的蛋白激酶部分。
这些实施方式中的某些复合物含有选自表2中所示的基团的修饰基。
所述复合物能够含有任何适合的化学基，所述化学基结合在所述蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近。
在某些实施中，所述复合物的化学式为：
X-M-S-CH2-Prot
其中，Prot是蛋白激酶或含有CYS11的蛋白激酶部分；
S-CH2是所述CYS11的侧链上的硫原子和亚甲基基团；
M是通过弹头基团与所述CYS11的侧链共价键合形成的修饰基；以及
X是结合在所述含有CYS11的蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近的化学基。
在这些实施方式中，Prot是选自由c-KIT、FMS、RON、FLT3和FGR)以及含有CYS11的前述任何蛋白激酶的部分组成的组。
所述复合物可以含有基本上整个成熟的蛋白激酶或含有CYS11的蛋白激酶部分。通常，Prot至少含有具有选自由以下氨基酸序列组成的组的氨基酸序列的蛋白激酶部分：YCC*YG(SEQ ID NO:41)、YMC*HG(SEQ IDNO:42)和FMC*HG(SEQ ID NO:43)，其中C*是CYS11。
这些实施方式中的某些复合物含有选自表2中所示的基团的修饰基。
所述复合物能够含有任何适合的化学基，所述化学基结合在所述蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近。用于结合所述CYS11激酶的ATP结合位点的适合的化学基团包括，例如，本文所描述的化学式为XIII-a、XIII-b、XIII-c、XIII-d和XIV–XVII的化合物。
在某些实施中，所述复合物的化学式为：
X-M-S-CH2-Prot
其中，Prot是蛋白激酶或含有CYS12的蛋白激酶部分；
S-CH2是所述CYS12的侧链上的硫原子和亚甲基基团；
M是通过弹头基团与所述CYS12的侧链共价键合形成的修饰基；以及
X是结合在所述含有CYS12的蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近的化学基。
在这些实施方式中，Prot是ALK激酶或含有CYS12的蛋白激酶部分。
所述复合物能含有基本上整个成熟的蛋白激酶或含有CYS12的蛋白激酶部分。通常，Prot至少含有具有以下氨基酸序列的蛋白激酶部分：AARNCLLTC*PGPGRVAKIGD(SEQ ID NO:44)，其中C*是CYS12。
这些实施方式中的某些复合物含有选自表2中所示的基团的修饰基。
所述复合物能够含有任何适合的化学基，所述化学基结合在所述蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近。
在某些实施中，所述复合物的化学式为：
X-M-S-CH2-Prot
其中，Prot是蛋白激酶或含有CYS13的蛋白激酶部分；
S-CH2是所述CYS13的侧链上的硫原子和亚甲基基团；
M是通过弹头基团与所述CYS13的侧链共价键合形成的修饰基；以及
X是结合在所述含有CYS13的蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位 点附近的化学基。
在这些实施方式中，Prot是B-RAF或是含有CYS13的蛋白激酶部分。
所述复合物能含有基本上整个成熟的蛋白激酶或含有CYS13的蛋白激酶部分。通常，Prot至少含有具有以下氨基酸序列的蛋白激酶部分：TKPQLAIVTQWC*EGSSLYHH(SEQ ID NO:45)，其中C*是CYS13。
这些实施方式中的某些复合物含有选自表2中所示的基团的修饰基。
所述复合物能够含有任何适合的化学基，所述化学基结合在所述蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近。
本发明还涉及含有蛋白激酶和本文所公开的抑制剂的复合物，其中，所述蛋白激酶含有位于ATP结合位点的半胱氨酸残基，所述抑制剂共价键地且不可逆地结合到ATP结合位点的所述半胱氨酸残基上，以使所示蛋白激酶的活性被不可逆地抑制。在一个实施方式中，所述复合物含有本文公开的抑制剂和蛋白激酶，其中，所述抑制剂是共价键地且不可逆地结合到所述蛋白激酶的ATP结合位点的所述半胱氨酸残基上。
在某些实施方式中，所述复合物含有：C-KIT或含有C-KIT(Cys788)中的CYS1的任何部分，以及以共价键地且不可逆地被结合到C-KIT(Cys788)中的CYS1上的化学式为XVIII、XIX、XIX-a,XIX-b、XIX-c、XX或XX-a的化合物，以使C-KIT被不可逆地抑制。
在某些实施方式中，所述复合物含有：KDR或含有KDR(Cys1024)中的CYS1任何部分，以及以共价键地且不可逆地被结合到KDR(Cys1024)中的CYS1上的化学式为XVIII、XIX、XIX-a、XIX-b、XIX-c、XX或XX-a的化合物，以使KDR被不可逆地抑制。
在某些实施方式中，所述复合物含有：PDGFRA或含有PDGFRA(Cys814)中的CYS1的任何部分，以及以共价键地且不可逆地被结合到PDGFRA(Cys814)中的CYS1上的化学式为XVIII、XIX、XIX-a、XIX-b、XIX-c,XX 或XX-a的化合物，以使PDGFRA被不可逆地抑制。
在某些实施方式中，所述复合物含有：PDGFRB或含有PDGFRB(Cys822)中的CYS1的任何部分，以及以共价键地且不可逆地被结合到PDGFRB(Cys822)中的CYS1上的化学式为XVIII、XIX、XIX-a、XIX-b、XIX-c、XX或XX-a的化合物，以使PDGFRB被不可逆地抑制。
在某些实施方式中，所述复合物含有：FLT3或含有FLT3(Cys807)中的CYS1的任何部分，以及以共价键地或不可逆地被结合到FLT3(Cys807)中的CYS1上的化学式为XVIII、XIX、XIX-a、XIX-b、XIX-c、XX或XX-a的化合物，以使FLT3被不可逆地抑制。
在某些实施方式中，所述复合物含有：CSF1R或含有CSF1R(Cys744)中的CYS1的任何部分，以及以共价键地且不可逆地被结合到CSF1R(Cys744)中的CYS1上的化学式为XVIII、XIX、XIX-a、XIX-b、XIX-c,XX或XX-a的化合物，以使CSF1R被不可逆地抑制。
在某些实施方式中，所述复合物含有：B-RAF或含有B-RAF(Cys532)中的CYS13的任何部分，以及以共价键地且不可逆地被结合到B-RAF(Cys532)中的CYS13上的化学式为XVIII、XIX、XIX-a、XIX-b、XIX-c、XX或XX-a的化合物，以使B-RAF被不可逆地抑制。
在某些实施方式中，所述复合物含有：FLT3或含有FLT3(Cys828)中的CYS2的任何部分，以及以共价键地且不可逆地被结合到FLT3(Cys828)中的CYS2上的化学式为II-a、II-b、II-c或II-d的化合物，以使FLT3被不可逆地抑制。
在某些实施方式中，所述复合物含有：MEK1或含有MEK1(Cys207)中的CYS2的任何部分，以及以共价键地且不可逆地被结合到MEK1(Cys207)中的CYS2上的化学式为II-a、II-b、II-c或II-d的化合物，以使MEK1被不可逆地抑制。
在某些实施方式中，所述复合物含有：JAK3或含有JAK3(Cys909)中的CYS3的任何部分，以及以共价键地且不可逆地被结合到JAK3(Cys909)中的CYS3上的化学式为V的化合物，以使JAK3被不可逆地抑制。
在某些实施方式中，所述复合物含有：PLK1或含有PLK1(Cys67)中的CYS4的任何部分，以及以共价键地且不可逆地被结合到PLK1(Cys67)中的CYS4上的化学式为III的化合物，以使PLK1被不可逆地抑制。
在某些实施方式中，所述复合物含有：FAK或含有FAK(Cys427)中的CYS7的任何部分，以及以共价键地且不可逆地被结合到FAK(Cys427)中的CYS7上的化学式为IV、IVa或IVb的化合物，以使FAK被不可逆地抑制。
在某些实施方式中，所述复合物含有：JNK1或含有JNK1(Cys116)中的CYS5的任何部分，以及以共价键地且不可逆地被结合到JNK1(Cys116)中的CYS5上的化学式为V1、VII、VIII、IX、IX-a、X、X-a、XI、XII、或XII-a的化合物，以使JNK1被不可逆地抑制。
在某些实施方式中，所述复合物含有：ZAP70或含有ZAP70(Cys346)中的CYS8的任何部分，以及以共价键地且不可逆地被结合到ZAP70(Cys346)中的CYS8上的化学式为I-a、I-b、I-c、I-d、I-e或I-f的化合物，以使ZAP70被不可逆地抑制。
在某些实施方式中，所述复合物含有：RON或含有RON(Cys1165)中的CYS11的任何部分，以及以共价键地且不可逆地被结合到RON(Cys1165)中的CYS11上的化学式为XIII-a、XIII-b、XIII-c、XIII-d、XIV、XV、XVI或XVII的化合物，以使RON被不可逆地抑制。
不可逆地抑制蛋白激酶的化合物
本发明涉及不可逆地抑制一种或多种蛋白激酶的化合物以及它们的药学上可接受的盐及组合物。没有被任何特殊的理论所束缚，可以确信的是本 文所描述的化合物中的所述弹头基团特别适合于与某些蛋白激酶的连接位点上的重要的半胱氨酸残基共价地连接。本文所公开的化合物是至少一种蛋白激酶的抑制剂，且为了便于描述被称作为特殊激酶的抑制剂。
A.弹头基团
本发明的所述化合物含有本文所描述的化学式中由–L-Y提供的弹头基团。下面详细描述将由–L-Y提供的弹头基团应用到每一个所述化合物中以及本文所描述的化学式。可以理解的是L和Y能够被多种形式地结合到所提供的弹头基上。本文所描述的所述特殊的L和Y基团能够被结合到任何所期望的化合物中以用来提供用于本文所描述的任何实施方式中的化合物中的弹头基上。
通常，弹头基团由-L-Y提供，其中：
L是共价键，或者是饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-8的二价烃链，其中，L的一个、两个或三个亚甲基单元被可选地且各自独立地由亚环丙基、-NR-、-N(R)C(O)-、-C(O)N(R)-、-N(R)SO2-、-SO2N(R)-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-C(O)O-、-S-、-SO-、-SO2-、-C(=S)-、-C(=NR)-、-N=N-或-C(=N2)-代替；
Y是氢，腈，由一个或多个OH、NRxRy、酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族，或饱和的或部分不饱和的3-10元单环或双环，或芳基环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子，以及其中所述的环被1-4个Re基团取代；以及
Rx和Ry各自独立的是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Re是各自独立地选自-Q-Z，OH，酮，NO2，卤素，CN，适合的离去基团，或被酮，卤素，NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族，其中：
Q是共价键，或者为饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-6的二价烃 链，其中，Q的一个或两个亚甲基单元被可选地且各自独立地由-N(R)-、-S-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-C(O)O-、-SO-或-SO2-、-N(R)C(O)-、-C(O)N(R)-、-N(R)SO2-或–SO2N(R)-代替；以及
Z是氢或与酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族。
在某些实施方式中，L是共价键。
在某些实施方式中，L是饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-8二价烃链。在某些实施方式中，L是–CH2-。
在某些实施方式中，L是共价键、–CH2-、-NH-、-CH2NH-、-NHCH2-、-NHC(O)-、-NHC(O)CH2OC(O)-、-CH2NHC(O)-、-NHSO2-、-NHSO2CH2-、-NHC(O)CH2OC(O)-或-SO2NH-。
在某些实施方式中，L是直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L至少具有一个双键，且L的一个或两个另外的亚甲基单元可选地且各自独立地由-NRC(O)-、-C(O)NR-、-N(R)SO2-、-SO2N(R)-、–S-、-S(O)-、-SO2-、-OC(O)-、-C(O)O-、亚环丙基、O-、-N(R)-或-C(O)-代替。
在某些实施方式中，L是直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L至少具有一个双键，且L的至少一个亚甲基单元由-C(O)-、-NRC(O)-、-C(O)NR-、-N(R)SO2-、-SO2N(R)-、–S-、-S(O)-、-SO2-、-OC(O)-或–C(O)O-代替，以及L的一个或两个另外的亚甲基单元可选地且各自独立地由O-、-N(R)-或-C(O)-代替。
在某些实施方式中，L是直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L至少具有一个双键，且L的至少一个亚甲基单元由-C(O)-代替，以及L的一个或两个另外的亚甲基单元可选地且各自独立地由-O-、-N(R)-或-C(O)-代替。
如上述所述，在某些实施方式中，L是C2-8直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L至少具有一个双键。本领域的一个普通技术人员能够识别出这种双键可以存在于烃链的骨架中，或可以被“取代在侧链上”到所述骨架链 上因而形成亚烷基基团。举例来说，这种具有亚烷基支链的L基团包括：-CH2C(=CH2)CH2-。因而，在某些实施方式中，L是C2-8直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L至少具有一个亚烷基双键。L基团的实例包括：-NHC(O)C(=CH2)CH2-。
在某些实施方式中，L是直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L至少具有一个双键，且L的至少一个亚甲基单元由-C(O)-代替。在某些实施方式中，L是-C(O)CH=CH(CH3)-、
-C(O)CH=CHCH2NH(CH3)-、-C(O)CH=CH(CH3)-、–C(O)CH=CH-、
-CH2C(O)CH=CH-、-CH2C(O)CH=CH(CH3)-、-CH2CH2C(O)CH=CH-、
-CH2CH2C(O)CH=CHCH2-、-CH2CH2C(O)CH=CHCH2NH(CH3)-
或-CH2CH2C(O)CH=CH(CH3)-或–CH(CH3)OC(O)CH=CH-。
在某些实施方式中：L是直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L至少具有一个双键，且L的至少一个亚甲基单元由-OC(O)-代替。
在某些实施方式中，L是直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L至少具有一个双键，且L的至少一个亚甲基单元由-NRC(O)-、-C(O)NR-、-N(R)SO2-、-SO2N(R)-、-S-、-S(O)-、-SO2-、-OC(O)-或-C(O)O-代替，以及L的一个或两个另外的亚甲基单元可选地且各自独立地由–O-、-N(R)-或-C(O)-代替。在某些实施方式中，L是-CH2OC(O)CH=CH CH2-、-CH2OC(O)CH=CH-、或-CH(CH=CH2)OC(O)CH=CH-。
在某些实施方式中：L是-NRC(O)CH=CH-、
-NRC(O)CH=CHCH2N(CH3)-、-NRC(O)CH=CHCH2O-、-CH2NRC(O)CH=CH-、-NRSO2CH=CH-、-NRSO2CH=CHCH2-、-NRC(O)(C=N2)C(O)-、-NRC(O)CH=CHCH2N(CH3)-、-NRSO2CH=CH-、-NRSO2CH=CHCH2-、-NRC(O)CH=CHCH2O-、-NRC(O)C(=CH2)CH2-、-CH2NRC(O)-、-CH2NRC(O)CH=CH-、-CH2CH2NRC(O)-或-CH2NRC(O)亚 环丙基-，其中，每个R各自独立地是氢或被可选取代的C1-6脂肪族。
在某些实施方式中，L是-NHC(O)CH=CH-、
-NHC(O)CH=CHCH2N(CH3)-、-NHC(O)CH=CHCH2O-、-CH2NHC(O)CH=CH-、-NHSO2CH=CH-、-NHSO2CH=CHCH2-、-NHC(O)(C=N2)C(O)-、-NHC(O)CH=CHCH2N(CH3)-、-NHSO2CH=CH-、-NHSO2CH=CHCH2-、-NHC(O)CH=CHCH2O-、-NHC(O)C(=CH2)CH2-、-CH2NHC(O)-、-CH2NHC(O)CH=CH-、-CH2CH2NHC(O)-或-CH2NHC(O)亚环丙基-。
在某些实施方式中，L是直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L至少具有一个三键（triple bond）。在某些实施方式中，L是直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L至少具有一个三键，以及L的一个或两个另外的亚甲基单元可选地且各自独立地由-NRC(O)-、-C(O)NR-、–S-、-S(O)-、-SO2-、-C(=S)-、-C(=NR)-、–O-、-N(R)-或-C(O)-代替。在某些实施方式中，L至少具有一个三键，且L的至少一个亚甲基单元由-N(R)-、-N(R)C(O)-、-C(O)-、-C(O)O-或–OC(O)-或-O-代替。
L基团的实例包括：-C≡C-、-C≡CCH2N(异丙基)-、-NHC(O)C≡CCH2CH2-、-CH2-C≡C-CH2-、-C≡CCH2O-、-CH2C(O)C≡C-、-C(O)C≡C-或-CH2OC(=O)C≡C-。
在某些实施方式中，L是直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L的一个亚甲基单元由亚环丙基取代，以及L的一个或两个另外的亚甲基单元各自独立地由-C(O)-、-NRC(O)-、-C(O)NR-、-N(R)SO2-或-SO2N(R)-代替。L基团的实例包括：-NHC(O)-亚环丙基-SO2-和-NHC(O)-亚环丙基-。
通常如上述所定义的，Y是氢，由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族、或饱和的或部分不饱和的3-10元单环或双环，或芳基环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子，且其中所述的环由1-4个Re 基团取代，每个Re各自独立地选自–Q-Z、酮、NO2、卤素、CN或C1-6脂肪族，其中，Q是共价键，或者是饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-6的二价烃链，其中，Q的一个或两个亚甲基单元被可选地且各自独立地由-N(R)-、-S-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-C(O)O-、-SO-或-SO2-、-N(R)C(O)-、-C(O)N(R)-、-N(R)SO2-或–SO2N(R)-代替；以及，Z是氢，或是被酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族。
在某些实施方式中，Y是氢。
在某些实施方式中，Y是由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族。在某些实施方式中，Y是由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C2-6烯基。在某些实施方式中，Y是由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C2-6炔基。在某些实施方式中，Y是C2-6烯基。在某些实施方式中，Y是C2-4炔基。
在某些实施方式中，Y是由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6烷基。这种Y基团包括：–CH2F、-CH2Cl、–CH2CN和-CH2NO2。
在某些实施方式中，Y是饱和的3-6元单环，所述单环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子，其中，Y被1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。
在某些实施方式中，Y是饱和的3-4元杂环，所述杂环具有1个选自氮或氧的杂原子，其中，所述环由1-2个Re基团取代，其中，每个Re如上述以及如本文所描述的定义。这种环的实例是：环氧环和氧杂丁烷环，其中，每个环由1-2个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。
在某些实施方式中，Y是饱和的5-6元杂环，所述杂环具有选自氧或氮的1-2个杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re如上述以及如本文所描述的定义。这种环的实例是：哌啶和吡咯烷，其中，每个环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。 在某些实施方式中，Y是 其中，每个R、Q、Z和Re如上述以及如本文所描述的定义。
在某些实施方式中，Y是饱和的3-6元碳环，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re如上述以及如本文所描述的定义。在某些实施方式中，Y是环丙基、环丁基、环戊基或环己基，其中，每个环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。
在某些实施方式中，Y是 其中，Re如上述以及如本文所描述的定义。在某些实施方式中，Y是由卤素、CN或NO2可选取代的环丙基。
在某些实施方式中，Y是部分不饱和的3-6元单环，所述单环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。
在某些实施方式中，Y是部分不饱和的3-6元碳环，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。在某些实施方式中，Y是亚环丙基基、环丁烯基、环戊烯基或环己烯基，其中，每个环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。在某些实施方式中，Y是 其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。
在某些实施方式中，Y是部分不饱和的4-6元杂环，所述杂环具有各自独立地选自氮、氧或硫的1-2个杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。在某些实施方式中，Y选自：
其中，每个R和Re是如上述以及如本文所描述的定义。
在某些实施方式中，Y是6元芳香族环，所述芳香族环具有0-2个氮原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。在某些实施方式中，Y是苯基、吡啶基或吡嘧啶基，其中，每个环由个1-4Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。
在某些实施方式中，Y选自：
其中，每个Re如上述以及如本文所描述的定义。
在其它的实施方式中，Y是5元杂芳基环，所述杂芳基环具有各自独立地选自氮、氧或硫的1-3个杂原子，其中，所述环由1-3个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。在其它的实施方式中，Y是部分不饱和的5元环或芳基环，所述5元环或芳基环具有各自独立地选自氮、氧或硫的1-3个杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。这种环的实例是：异恶唑(isoxazolyl)、恶唑(oxazolyl)、噻唑兰(thiazolyl)、咪唑基(imidazolyl)、吡唑基(pyrazolyl),碘苯基(pyrrolyl)、呋喃基、噻嗯基、***基、噻二唑(thiadiazole)以及噁二唑(oxadiazole)，其中，每个环由1-3个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。在某些实施方式中，Y选自：
其中，每个R和Re上述以及如本文所描述的定义。
在某些实施方式中，Y是芳基环或饱和的或部分不饱和的8-10元双环，所述环具有0-3个各自独立地选自氮、氧或硫的杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。根据另一种实施方式，Y是芳基环或部分不饱和的9-10元双环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的1-3个杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。这种环的实例包括：2,3-二氢苯并[d]异噻唑(2,3-dihydrobenzo[d]isothiazole)，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。
通常如上述所述，每个Re各自独立地选自–Q-Z，酮，NO2，卤素，CN，适合的离去基团，或被酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族，Q是共价键，或饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-6的二价烃链，其中，Q的一个或两个亚甲基单元被可选地且各自独立地由-N(R)-、-S-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-C(O)O-、-SO-或-SO2-、-N(R)C(O)-、-C(O)N(R)-、-N(R)SO2-或-SO2N(R)-代替；以及，Z是氢，或是被酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族。
在某些实施方式中，Re是与酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族。在其它的实施方式中，Re是酮、NO2、卤素或CN。在某些实施方式中，Re是-Q-Z，其中，Q是共价键且Z是氢（例如，Re是氢）。在其它的实施 方式中，Re是–Q-Z，其中，Q是饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-6的二价烃链，其中，Q的一个或两个亚甲基单元被可选地且各自独立地由-NR-、-NRC(O)-、-C(O)NR-、-S-、-O-、-C(O)-、-SO-或-SO2-代替。在其它的实施方式中，Q是直链的或支链的至少具有一个双键的C2-6的二价烃链，其中，Q的一个或两个亚甲基单元被可选地且各自独立地由-NR-、-NRC(O)-、-C(O)NR-、-S-、-O-、-C(O)-、-SO-或-SO2-代替。在某些实施方式中，所述Re的Z基团是氢。在某些实施方式中，Q是NHC(O)CH=CH2或-C(O)CH=CH2。
在某些实施方式中，每个Re各自独立地选自酮、NO2、CN、氟、氯、-NHC(O)CH=CH2、-C(O)CH=CH2、-CH2CH=CH2、-C≡CH  、-C(O)OCH2Cl、-C(O)OCH2F、-C(O)OCH2CN、-C(O)CH2Cl、-C(O)CH2F、-C(O)CH2CN或–CH2C(O)CH3。
在某些实施方式中，Re是适合的离去基团，也就是具有亲核置换倾向的基团。“适合的离去基团”是一种化学基团，所述化学基团容易被所期望引入的化学基团例如我们感兴趣的半胱氨酸的硫醇基取代。适合的离去基团是本领域所熟知的。如，见“新型有机化学”Jerry March,5th Ed.,pp.351-357,John Wiley and Sons,N.Y。这种离去基团包括但不限定于：卤素、烷氧基、甲磺酸氧基(ulphonyloxy)可选取代的甲磺酸氧基(ptionally substituted alkylsulphonyloxy)可选取代的烯基甲磺酸氧基(ptionally sub stituted alkenylsulfonyloxy)可选取代的芳基甲磺酸氧基(ptionally sub stituted arylsulfonyloxy)酰基和重氮基基团。这种离去基团的实例包括：氯、碘、溴、氟、乙酰基、甲烷磺酰氧基(methanesulfonyloxy)（甲磺酰氧基(mesyloxy)）、甲苯磺酰氧基(tosyloxy)、甲磺酸氧基(triflyloxy)、硝酸-苯基磺酰基氧(nitro-phenylsulfonyloxy)（氮磺酰氧基(nosyloxy)）以及溴-苯基磺酰基氧(bromo-phenylsulfonyloxy)（溴磺酰氧基(brosyloxy)）。
在某些实施方式中，下面的实施方式和结合物中-L-Y的应用：
(a)L是直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L至少具有一个双键，且L的一个或两个另外的亚甲基单元可选地且各自独立地由-NRC(O)-、-C(O)NR-、-N(R)SO2-、-SO2N(R)-、–S-、-S(O)-、-SO2-、-OC(O)-、–C(O)O-、亚环丙基、–O-、-N(R)-或-C(O)-代替；以及Y是氢，或由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族；或
(b)L是直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L至少具有一个双键，且L的至少一个亚甲基单元由-C(O)-、-NRC(O)-、-C(O)NR-、-N(R)SO2-、-SO2N(R)-、–S-、-S(O)-、-SO2-、-OC(O)-或–C(O)O-代替，以及L的一个或两个另外的亚甲基单元可选地且各自独立地由–O-、-N(R)-或-C(O)-代替；以及Y是氢，或由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族；或
(c)L是直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L至少具有一个双键，且L的至少一个亚甲基单元由-C(O)-代替，以及L的一个或两个另外的亚甲基单元可选地且各自独立地由–O-、-N(R)-或-C(O)-代替；以及Y是氢，或由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族；或
(d)L是直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L至少具有一个双键，且L的至少一个亚甲基单元由-C(O)-代替；以及Y是氢，或由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族；或
(e)L是直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L至少具有一个双键，且L的至少一个亚甲基单元由–OC(O)-；以及Y是氢，或由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族；或
(f)L是
-NRC(O)CH=CH-、-NRC(O)CH=CHCH2N(CH3)-、-NRC(O)CH=CHCH 2O-、-CH2NRC(O)CH=CH-、-NRSO2CH=CH-、-NRSO2CH=CHCH2-、-NRC(O)(C=N2)-、-NRC(O)(C=N2)C(O)-、-NRC(O)CH=CHCH2N(CH3)-、
-NRSO2CH=CH-、-NRSO2CH=CHCH2-、-NRC(O)CH=CHCH2O-、
-NRC(O)C(=CH2)CH2-、
-CH2NRC(O)-、-CH2NRC(O)CH=CH-、-CH2CH2NRC(O)-或-CH2NRC(O)亚环丙基-；其中，R是氢，或可选取代的C1-6脂肪族；以及Y是氢，或由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族；或
(g)L是
-NHC(O)CH=CH-、-NHC(O)CH=CHCH2N(CH3)-、-NHC(O)CH=CHCH2O-、-CH2NHC(O)CH=CH-、-NHSO2CH=CH-、-NHSO2CH=CHCH2-、-NHC(O)(C=N2)-、-NHC(O)(C=N2)C(O)-、-NHC(O)CH=CHCH2N(CH3)-、-NHSO2CH=CH-、-NHSO2CH=CHCH2-、-NHC(O)CH=CHCH2O-、
-NHC(O)C(=CH2)CH2-、
-CH2NHC(O)-、-CH2NHC(O)CH=CH-、-CH2CH2NHC(O)-或-CH2NHC(O)亚环丙基-；以及Y是氢，或由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族；或
(h)L是直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L至少具有一个亚烷基双键，且L的至少一个亚甲基单元由-C(O)-、-NRC(O)-、-C(O)NR-、-N(R)SO2-、-SO2N(R)-、-S-、-S(O)-、-SO2-、-OC(O)-或C(O)O-代替，以及L的一个或两个另外的亚甲基单元可选地且各自独立地由亚环丙基、–O-、-N(R)-或-C(O)-代替；以及Y是氢，或由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族；或
(i)L是直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L至少具有一个三键，以及L的一个或两个另外的亚甲基单元可选地且各自独立地由-NRC(O)-、-C(O)NR-、-N(R)SO2-、-SO2N(R)-、-S-、-S(O)-、-SO2-、-OC(O)-或C(O)O-代替；以及Y是氢，或由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族；或
(j)L  是-C≡C-、-C≡CCH2N(异丙基)-、-NHC(O)C≡CCH2CH2-、-CH2-C≡C-CH2-、-C≡CCH2O-、-CH2C(O)C≡C-、-C(O)C≡C-或 -CH2OC(=O)C≡C-；以及Y是氢，或由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族；或
(k)L是直链的或支链的C2-8的二价烃链，其中，L的亚甲基单元被亚环丙基取代，以及L的一个或两个另外的亚甲基单元各自独立地由-NRC(O)-、-C(O)NR-、-N(R)SO2-、-SO2N(R)-、–S-、-S(O)-、-SO2-、-OC(O)-或–C(O)O-代替；以及Y是氢，或由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族；或
(l)L是共价键以及Y选自：
(i)由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6烷基；
(ii)由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C2-6烯基；
(iii)由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C2-6炔基；
(iv)饱和的3-4元杂环，所述杂环具有1个选自氮或氧的杂原子，其中，所述环由1-2个Re基团取代，其中，每个Re如上述以及如本文所描述的定义；或
(v)饱和的5-6元杂环，所述杂环具有1-2个选自氧或氮的杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个R、Q、Z和Re如上述以及如本文所描述的定义；或
(vii)饱和的3-6元碳环，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re如上述以及如本文所描述的定义；或
(viii)部分不饱和的3-6元单环，所述单环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(ix)部分不饱和的3-6元碳环，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(xi)部分不饱和的4-6元杂环，所述杂环具有各自独立地选自氮、氧或硫的1-2个杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个R和Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(xiii)6元芳香族环，所述芳香族环具有0-2个氮原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个Re如上述以及如本文所描述的定义；或
(xv)5元杂芳基环，所述杂芳基环具有各自独立地选自氮、氧或硫的1-3个杂原子，其中，所述环由1-3个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(xvii)饱和的或部分不饱和的8-10元双环或芳基环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子，其中，所述环由1-4Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；
(m)L是–C(O)-以及Y选自：
(i)由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6烷基；
(ii)由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C2-6烯基；
(iii)由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C2-6炔基；
(iv)饱和的3-4元杂环，所述杂环具有1个选自氮或氧的杂原子，其中，所述环由1-2个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(v)饱和的5-6元杂环，所述杂环具有1-2个选自氧或氮的杂原子，其中，所述环由个1-4Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个R、Q、Z和Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(vii)饱和的3-6元碳环，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(viii)部分不饱和的3-6元单环，所述单环具有0-3个各自独立地选自氮、氧或硫的杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(ix)部分不饱和的3-6元碳环，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(xi)部分不饱和的4-6元杂环，所述杂环具有1-2个各自独立地选自氮、氧或硫的杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个R和Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(xiii)6元芳香族环，所述芳香族环具有0-2个氮原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(xv)5元杂芳基环，所述杂芳基环具有1-3个各自独立地选自氮、氧或硫的杂原子，其中，所述环由1-3个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个R和Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(xvii)饱和的或部分不饱和的8-10元双环或芳基环，所述环具有0-3个各自独立地选自氮、氧或硫的杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；
(n)L是-N(R)C(O)-以及Y选自：
(i)由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6烷基；
(ii)由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C2-6烯基；
(iii)由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C2-6炔基；
(iv)饱和的3-4元杂环，所述杂环具有1个选自氮或氧的杂原子，其中，所述环由1-2个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(v)饱和的5-6元杂环，所述杂环具有1-2个选自氧或氮的杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个R、Q、Z和 Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(vii)饱和的3-6元碳环，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(viii)部分不饱和的3-6元单环，所述单环具有0-3个各自独立地选自氮、氧或硫的杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(ix)部分不饱和的3-6元碳环，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(xi)部分不饱和的4-6元杂环，所述杂环具有1-2个各自独立地选自氮、氧或硫的杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个R和Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(xiii)6元芳香族环，所述芳香族环具有0-2个氮原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义； 或
其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(xv)5元杂芳基环，所述杂芳基环具有1-3个各自独立地选自氮、氧或硫的杂原子，其中，所述环由1-3个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(xvii)饱和的或部分不饱和的8-10元双环或芳基环，所述环具有0-3个各自独立地选自氮、氧或硫的杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；
(o)L是饱和的或不饱和的、直链的或支链的C2-8的二价烃链；以及Y选自：
(i)由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6烷基；
(ii)由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C2-6烯基；
(iii)由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C2-6炔基；
(iv)饱和的3-4元杂环，所述杂环具有1个选自氮或氧的杂原子，其中，所述环由1-2个Re基团取代，其中，每个Re如上述以及如本文所描述的定义；或
(v)饱和的5-6元杂环，所述杂环具有1-2个选自氧或氮的杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个R、Q、Z和Re如上述以及如本文所描述的定义；或
(vii)饱和的3-6元碳环，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re如上述以及如本文所描述的定义；或
(viii)部分不饱和的3-6元单环，所述单环具有0-3个各自独立地选自氮、氧或硫的杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(ix)部分不饱和的3-6元碳环，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(xi)部分不饱和的4-6元杂环，所述杂环具有1-2个各自独立地选自氮、氧或硫的杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个R和Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(xiii)6元芳香族环，所述芳香族环具有0-2个氮原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个Re如上述以及如本文所描述的定义；或
(xv)5元杂芳基环，所述杂芳基环具有1-3个各自独立地选自氮、氧或硫的杂原子，其中，所述环由1-3个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(xvii)饱和的或部分不饱和8-10元双环的或芳基环，所述芳基环具有0-3个各自独立地选自氮、氧或硫的杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；
(p)L是共价键，-CH2-,-NH-,-C(O)-,-CH2NH-,-NHCH2-,-NHC(O)-,-NHC(O)CH2OC(O)-,-CH2NHC(O)-,-NHSO2-,-NHSO2CH2-,-NHC(O)CH2OC(O)-或-SO2NH-；以及Y选自：
(i)由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6烷基；
(ii)由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C2-6烯基；
(iii)由酮、卤素、NO2或CN可选取代的C2-6炔基；
(iv)饱和的3-4元杂环，所述杂环具有1个选自氮或氧的杂原子，其中，所述环由1-2个Re基团取代，其中，每个Re如上述以及如本文所描述的定义；或
(v)饱和的5-6元杂环，所述杂环具有1-2个选自氧或氮的杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个R、Q、Z和Re如上述以及如本文所描述的定义；或
(vii)饱和的3-6元碳环，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re如上述以及如本文所描述的定义；或
(viii)部分不饱和的3-6元单环，所述单环具有0-3个各自独立地选自氮、氧或硫的杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(ix)部分不饱和的3-6元碳环，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(xi)部分不饱和的4-6元杂环，所述杂环具有1-2个各自独立地选自氮、氧或硫的杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个R和Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(xiii)6元芳香族环，所述芳香族环具有0-2个氮原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义； 或
其中，每个Re如上述以及如本文所描述的定义；或
(xv)5元杂芳基环，所述杂芳基环具有1-3个各自独立地选自氮、氧或硫的杂原子，其中，所述环由1-3个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义；或
(xvii)饱和的或部分不饱和的8-10元双环或芳基环，所述环具有0-3个各自独立地选自氮、氧或硫的杂原子，其中，所述环由1-4个Re基团取代，其中，每个Re是如上述以及如本文所描述的定义。
在某些实施方式中，所述Y基团选自下面表3中列举的那些，其中，每个波浪线表示连接到其它分子上。
表3.Y基团实例：
其中，表2中的每个Re基团各自独立地选自卤素。
在某些实施方式中：
R1是-C≡CH、-C≡CCH2NH、-NHC(O)C≡CCH2CH3、-CH2-C≡C-CH3、-C≡CCH2OH、-CH2C(O)C≡CH、-C(O)C≡CH或-CH2OC(=O)C≡CH。在某些实施方式中，R1是选自-NHC(O)CH=CH2、-NHC(O)CH=CHCH2N(CH3)2,或-CH2NHC(O)CH=CH2。
在某些实施方式中，R1是选自下面表4中列举的那些，其中，每个波浪线表示连接到其它分子上。
表4:R 1 基团实例：
其中，每个Re各自独立地为适合离去基团、NO2,CN或酮。
B.ZAP70抑制剂
本发明的一方面是化学式为I-a,I-b或I-c的化合物或它们的药学上可接受的盐：
其中：
每个Ra、Rb、Rc、Rd和Rf各自独立地选自R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R或–C(O)NHRz；
Rg是R、OR、卤素、–CF3和芳基环或饱和的或部分不饱和的5-10元单环或双环，所述环含有0-3个各自独立地选自由氮、氧和硫组成的组中的杂原子，所述氮、氧和硫被R、OR、卤素或–CF3可选地取代；
每个R各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
X1是-NH-C(O)-或–C(O)-NH-；
环A是芳基环或饱和的、部分不饱和的4-10元单环或双环，所述环含有0-3个各自独立地选自由氮、氧和硫组成的组中的杂原子；以及
R1是-L-Y。本文所描述的所述-L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，Rb是结合到所述嘧啶碱基环(pyrimidinyl ring)的5位上，且所述化合物是化学式为I-d、I-e或I-f的。
在化学式为I-a、I-b、I-c、I-d、I-e或I-f的化合物，某些实施方式中，环A选自的组的组成为：
在特别的实施方式中，R1的特征在于所述–L-Y基能够共价地结合到ZAP70的Cys 346上，因而不可逆地抑制所述的酶。
ZAP70化合物实例： 
C.FLT3抑制剂
本发明的另一方面是化学式为II-a、II-b、II-c或II-d的化合物或它们的药学上可接受的盐，：
其中：
Wy是N或C-Rb；
W是N或CH；
X是NH、CH2、O或S；
每个Ra和Rb是各自独立地选自R、OR、卤素、-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy或-C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地选自氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
Z是氢或增溶性基团：
环A是芳基环或饱和的、部分不饱和的4-10元单环或双环，所述环含有0-3个各自独立地选自由氮、氧和硫组成的组中的杂原子；以及
R1或R1’是–L-Y，当R1是–L-Y时，R1’是R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R或–C(O)NHRz；以及当R1’是–L-Y时，R1是R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R或–C(O)NHRz。本文所描述的所述–L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，所述化学式为II-a、II-b、II-c或II-d的化合物，以及Z是甲氧基丙胺基、二甲基乙酰胺，或Z是选自由：
组成的组；
其中，Rd是氢、R、OR、卤素、-CF3、-CN、-C≡C-R或-C(O)NHRz。
在某些实施方式中，所述化学式为II-c或II-d的化合物，以及环A选自的组的组成为：
其中，W”和W”’各自独立地是氮或碳原子。在这些实施方式中，Z是甲氧基丙胺基、二甲基乙酰胺，或Z是选自由：
组成的组；
其中，Rd是氢、R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R或–C(O)NHRz。
在某些实施方式中，R1的特征在于，所述–L-Y基能够共价地结合到蛋白激酶的Cys2残基上，所述蛋白激酶选自FLT3(Cys 828)和MEK1(Cys207)，因而不可逆地抑制所述的酶。在特别的实施方式中，R1的特征在于，所述–L-Y基能够共价地结合到FLT3的Cys 828上，因而不可逆地抑制所述的酶。
FLT3抑制剂实例：
D．PLK抑制剂：
本发明的另一方面是化学式为III的化合物或它们的药学上可接受的盐：
其中：
Ra和Rb各自独立地选自氢、R、OR、卤素、-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy或-C(O)NRxRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
X是饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-8的二价烃链，其中，L的一个、两个或三个亚甲基单元被可选地且各自独立地由亚环丙基、-NR-、-N(R)C(O)-、-C(O)N(R)-、-N(R)SO2-、-SO2N(R)-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-C(O)O-、-S-、-SO-、-SO2-、-C(=S)-、-C(=NR)-、-N=N-或-C(=N2)-代替；
Z是氢、低级烷基或芳香族环或饱和的、部分不饱和的5或6元环，所述环含有0-3个选自氮、氧或硫的杂原子并含有0-3个选自由酮、低级烷基、-O-低级烷基、卤素和-CF3组成的组中的取代基；
W和W1是各自独立地N或CH；
Wy是N或C-Rc；
Rc是R、OR、卤素、-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy、-C(O)Rx或–C(O)NRxRz；
R1是-L-Y；
Rc和R1及与它们结合的原子一起形成5或6元的部分不饱和的环或芳香族环，所述环含有选自氮、硫和氧的0-3个杂原子，并且所述环被-L-Y和选自由酮、低级烷基、-O-低级烷基、卤素和-CF3组成的组的至多两个的其它的取代基所取代；
本文所描述的所述-L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，Wy是N-Rc，W是CH以及W1是N；
在某些实施方式中，Wy是N-Rc，而Rc和R1结合在一起以形成
其中，R’是氢、低级烷基或芳基环或饱和的或部分不饱和的3-10元单环或双环，所述环具有各自独立地选自氮、氧和硫的0-3个杂原子。
化合物化学式III的一些实施方式中，Z可能为
其中，W2和W3各自独立地是CH或N，以及Rf和Rd各自独立地是氢、R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy、-C(O)Rx或–C(O)NRxRz；
在某些实施方式中，R1的特征在于，所述-L-Y基能够共价地结合到蛋白激酶的Cys4残基上，所述蛋白激酶选自PLK1(Cys 67)、PLK2(Cys 96)和PLK3(Cys 76)，因而不可逆地抑制所述的酶。在特别的实施方式中，R1的特征在于，所述–L-Y基能够共价地结合到PLK1的Cys96上，因而不可逆地抑制所述的酶。
PLK抑制剂实例 
E.FAK抑制剂
本发明的另一方面是化学式为IV的化合物或它们的生理上可接受的盐：
其中
Ra、Rb和Rc各自独立地选自R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy或–C(O)NRxRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
R’是
W是CH或N；
Rd是氢、低级烷基、-O-低级烷基、-CF3或卤素；
Rv是-C(O)NRxRy、-N(Rx)C(O)Rz、-S(O)2NRxRy或-N(Rx)S(O)2Rz；
R1是-T-L-Y；或
Ra和R1及与它们结合的原子一起形成5或6元的部分不饱和的环或芳香族环，所述环含有选自氮、硫和氧的0-3个杂原子，并且所述环被–L-Y和选自由酮、低级烷基、-O-低级烷基、卤素和-CF3组成的组的至多两个的其它取代基所取代；
T不存在，或者为芳基环或饱和的或部分不饱和的3-10元单环或双环，所述环具有0-3各自独立地选自氮、氧和硫的杂原子，并且所述环由1-4个Re可选取代；
每个Re各自独立地选自–Q-Z、OH、酮、NO2、卤素、CN、适合的离去基团，或被酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族，其中：
Q是共价键，或者为饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-6的二价烃链，其中，Q的一个或两个亚甲基单元被可选地且各自独立地由-N(R)-、-S-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-C(O)O-、-SO-或-SO2-、-N(R)C(O)-、-C(O)N(R)-、-N(R)SO2-或–SO2N(R)-代替；以及
Z是氢，或为被酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族。
本文所描述的所述–L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，Ra和R1一起结合形成 
在某些实施方式中，所述FAK抑制剂为化学式IVa为的化合物或它们的生理上可接受的盐：
其中：
环A是饱和的或部分不饱和的5或6元环或芳香族环，所述环含有0-3个选自氮、硫和氧的杂原子，并且所述环被-L-Y和选自由酮、低级烷基、-O-低级烷基、卤素和-CF3组成的组中的至多两个其它的取代基所取代；
Ra、Rb、Rc、R1和R’如化学式IV中所描述的。
在其它的实施方式中，所述FAK抑制剂为具有化学式IVb的化合物或它们的生理上可接受的盐：
其中：
Rf选自R、OR、卤素、–CF3、-CN,-C≡C-R、-NRxRy或–C(O)NRxRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
环A和环B各自独立地是5或6元的饱和的、部分不饱和的环或芳香族环，所述饱和的、部分不饱和的环或芳香族环含有选自氮、硫和氧的0-3个杂原子；
L2不存在，或者是共价键，或者是饱和的或不饱和的、直链或支链的C1-8的二价烃链，其中，L的一个、两个或三个亚甲基单元被可选地且各自独立地由亚环丙基、-NR-、-N(R)C(O)-、-C(O)N(R)-、-N(R)SO2-、-SO2N(R)-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-C(O)O-、-S-、-SO-、-SO2-、-C(=S)-、-C(=NR)-、-N=N-或-C(=N2)-代替。当L2不存在时，环A和环B通过螺旋原子融合或结合在一起。
Ra、Rb、Rc和R’如化学式IV中所描述的。
R1是-L-Y；以及本文所描述的所述-L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，环A和环B各自独立地是哌啶、四氢吡喃、四氢噻喃(tetrahydrothiopyran)、哌嗪、二氧杂环己烷(dioxane)、二噻烷(dithiane)、吗啉(morpholine)、吡咯烷(pyrrolidine)、四氢呋喃、四氢噻吩(tetrahydrothiophene)、苯(benzene)、吡啶(pyridine)、吡咯(pyrrole)、噻吩(thiophene)。
FAK抑制剂的实例
F.JAK3抑制剂
本发明的另一方面是化学式为V的化合物或它们的生理上可接受的盐：
其中
Ra、Rb、Rc、Rd和Rf各自独立地选自R、OR、卤素和-CF3；
每个R各自独立地是氢、C1-C6烷基,C1-C6烯基、C1-C6炔基(alkynl)或低级卤烷基；
R1或R1’是–L-Y，当R1是–L-Y时，R1’是氢或低级烷基；以及当R1’是–L-Y时，R1是氢或低级烷基；
本文所描述的所述–L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，每个Ra、Rb、Rc、Rd和Rf是氢。在特定实施方式中，R1是–L-Y。
在某些实施方式中，R1的特征在于所述–L-Y基能够共价地结合到JAK3的Cys909上，因而不可逆地抑制所述的酶。
JAK-3抑制剂
G.JNK抑制剂
1.化学式VI
本发明的一方面是化学式为VI的化合物或它们的生理上可接受的盐：
其中：
Ra、Rb、Rc、Rd和Rf各自独立地选自R、OR、卤素、-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和-C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
环A是芳基环或饱和的、部分不饱和的3-10元单环或双环，所述环含有各自独立地选自由氮、氧和硫组成的组中的0-3个杂原子；
X是键，或是饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-C6的二价烃链，其中，所述二价烃链的一个、两个或三个亚甲基单元被可选地且各自独立地由-NR-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-C(O)O-、-S-、-SO-、-SO2-、-C(=S)-、-C(=NR)-、-N=N-或-C(=N2)-代替；
X1是键，或者是芳基环或饱和的或部分不饱和的3-10元单环或双环，所述环含有各自独立地选自由氮、氧和硫组成的组中的0-3个杂原子；
R1是–L-Y。本文所描述的所述–L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，X1是一种二价的6元环，其中，R1是被结合到所述环原子的对位上，所述环原子被结合到X上。在特定的实施方式中，X1是
其中，*表示连接到X上的点，以及**表示连接到R1上的点。
在某些实施方式中，X和X1都是键，并且环A是
在某些实施方式中，R1的特征在于所述-L-Y基能够共价地结合到蛋 白激酶的Cys5残基上，所述蛋白激酶选自JNK1(Cys 116)、JNK2(Cys 116)和JNK3(Cys 154)，因而不可逆地抑制所述的酶。在特别的实施方式中，R1的特征在于所述–L-Y基能够共价地结合到JNK1的Cys 116上，因而不可逆地抑制所述的酶。
化学式为VI的JNK抑制剂实例
2.化学式VII
本发明的另一方面是化学式为VII的化合物或它们的药学上可接受的盐：
其中：
n是1、2或3；
Ra,Rb,Rc和Rd各自独立地选自R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和–C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
R’和R”各自独立地是氢或卤素；
X是键，或是选自由
组成的组；
X1是O、NH或S；
W是CH2或NH； 
R1是–L-Y。本文所描述的所述–L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，Ra、Rb和Rc是氢，Rd是甲基,以及X是
在某些实施方式中，R1的特征在于，所述-L-Y基能够共价地结合到蛋白激酶的Cys5残基上，所述蛋白激酶选自JNK1(Cys 116)、JNK2(Cys 116)和JNK3(Cys 154)，因而不可逆地抑制所述的酶。在特别的实施方式中，R1的特征在于所述–L-Y基能够共价地结合到JNK1的Cys 116上，因而不可逆地抑制所述的酶。
化学式为VII的JNK抑制剂实例
3.化学式VIII
本发明的另一方面是化学式为VIII的化合物或它们的药学上可接受的盐：
其中：
n和n1是各自独立地0、1、2、3或4；
Ra,Rb,Rc和Rd各自独立地选自R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和-C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
R’是卤素；
X1和Z1是各自独立地的N(Ry)-C(O)-、-C(O)-N(Ry)-；
Z2是键，或者是芳基环或饱和的或部分不饱和的4-10元单环或双环，所述环具有各自对立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子；
R1是-L-Y。本文所描述的所述-L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，每个R’是氯，以及Ra、Rb和Rc是氢。
在某些实施方式中，X1是-N(Ry)-C(O)-，n是3，以及Ry和Rz都是甲基。在其它的实施方式中，Z1是-C(O)-N(Ry)-，n1是0，以及Z2是芳基环或 5或6元的饱和的单环，所述环具有选自氮、氧或硫的0-3个杂原子。在另外的实施方式中，Z1是–C(O)-N(Ry)-，以及Z2是键。
在某些实施方式中，R1的特征在于所述–L-Y基能够共价地结合到蛋白激酶的Cys5残基上，所述蛋白激酶选自JNK1(Cys 116)、JNK2(Cys 116)和JNK3(Cys 154)，因而不可逆地抑制所述的酶。在特别的实施方式中，R1的特征在于所述–L-Y基能够共价地结合到JNK1的Cys 116上，因而不可逆地抑制所述的酶。
化学式为VIII的JNK抑制剂实例
4.化学式IX和IX-a
本发明的另一方面是化学式为IX或IX-a的化合物或它们的药学上可接受的盐：
其中：
Ra,Rb,Rc,Rd,Rf和Rg各自独立地选自R、OR、卤素、-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和-C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
R’是卤素；
X是键，或者饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-8的二价烃链，其中，L的一个、两个或三个亚甲基单元被可选地且各自独立地由-NR-、-N(R)C(O)-、-C(O)N(R)-、-N(R)SO2-、-SO2N(R)-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-C(O)O-、-S-、-SO-、-SO2-、-C(=S)-、-C(=NR)-、-N=N-或-C(=N2)-代替；
环A是芳基环或饱和的、部分不饱和的3-10元单环或双环，所述环含有各自独立地选自由氮、氧和硫组成的组中的0-3个杂原子；
R1是–L-Y。本文所描述的所述–L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，所述化合物具有化学式IX的结构，其中，R’是氟，Ra是甲氧基，以及每个Rb、Rc、Rd和Rf是氢。
在某些实施方式中，所述化合物具有化学式IX-a的结构，其中，R’是氟，Ra是甲氧基，以及每个Rb、Rc、Rd和Rf是氢，以及环A是6元芳香族环。
在某些实施方式中，R1的特征在于所述-L-Y基能够共价地结合到蛋白激酶的Cys5残基上，所述蛋白激酶选自JNK1(Cys 116)、JNK2(Cys 116)和JNK3(Cys 154)，因而不可逆地抑制所述的酶。在特别的实施方式中，R1的特征在于所述-L-Y基能够共价地结合到JNK1的Cys 116上，因而不可逆地抑制所述的酶。
JKN抑制剂或化学式为IX或IX-a的实例
5.化学式X和X-a
本发明的另一方面是化学式为X或X-a的化合物或它们的药学上可接受的盐：
其中：
n是1、2或3；
Ra、Rb、Rc、Rd和Rf各自独立地选自R、OR、卤素、-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和-C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
R’是卤素； 
X是–C(O)NRx-或-NRx-C(O)-；
环A是芳基环或饱和的、部分不饱和的4-10元单环或双环，所述环含有各自独立地选自由氮、氧和硫组成的组中的0-3个杂原子；
R1是–L-Y。本文所描述的所述–L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
在其它的实施方式中，所述化合物具有化学式X的结构，其中，R1是氟，以及每个Ra、Rb、Rc和Rd是氢。
在其它的实施方式中，所述化合物具有化学式X-a的结构，其中，R’是氟，以及每个Ra、Rb、Rc和Rd是氢，以及环A是6元芳香族环。
在某些实施方式中，R1的特征在于所述–L-Y基能够共价地结合到蛋白激酶的Cys5残基上，所述蛋白激酶选自JNK1(Cys 116)、JNK2(Cys 116)和JNK3(Cys 154)，因而不可逆地抑制所述的酶。在特别的实施方式中，R1的特征在于所述–L-Y基能够共价地结合到JNK1的Cys 116上，因而不可逆地抑制所述的酶。
化学式为X和X-a的JNK抑制剂的实例
6.化学式XI
本发明的另一方面是化学式为XI的化合物或它们的药学上可接受的盐：
其中：
Ra、Rb、Rc和Rd各自独立地选自R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和–C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
X是–C(O)NRx-或-NRx-C(O)-；
R1是–L-Y。本文所描述的所述–L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，X是–C(O)NRx，以及Ra、Rb、Rc和Rd是氢。
在某些实施方式中，R1的特征在于所述–L-Y基能够共价地结合到蛋白激酶的Cys5残基上，所述蛋白激酶选自JNK1(Cys 116)、JNK2(Cys 116)和JNK3(Cys 154)，因而不可逆地抑制所述的酶。在特别的实施方式中，R1的特征在于所述–L-Y基能够共价地结合到JNK1的Cys 116上，因而不可逆地抑制所述的酶。
化学式为XI的JNK的实例
7.化学式XII和XII-a
本发明的另一方面是化学式为XII或XII-a的化合物或它们的药学上可接受的盐：
其中：
Ra、Rb和Rc各自独立地选自R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和–C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
R’是卤素；
X是-C(O)NRx-或-NRx-C(O)-；
环A是芳基环或饱和的、部分不饱和的4-10元单环或双环，所述环含有各自独立地选自由氮、氧和硫组成的组中的0-3个杂原子；
R1是-L-Y。本文所描述的所述-L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，所述化合物具有化学式XII以及环A是
在其它的实施方式中，R’是氟，X是-C(O)NRx-，以及每个Ra、Rb和Rc是氢。
在某些实施方式中，R1的特征在于所述–L-Y基能够共价地结合到蛋白激酶的Cys5残基上，所述蛋白激酶选自JNK1(Cys 116)、JNK2(Cys 116)和JNK3(Cys 154)，因而不可逆地抑制所述的酶。在特别的实施方式中，R1的特征在于所述–L-Y基能够共价地结合到JNK1的Cys 116上，因而不可逆地抑制所述的酶。
化学式为XII和XII-a的JNK抑制剂的实例
H.RON抑制剂
1.化学式XIII-a和XIII-b
本发明的另一方面是化学式为XIII-a或XIII-b的化合物它们的药学上可接受的盐：
其中：
Ra、Rb、Rc和Rd是各自独立地选自R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和-C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
R2是氢被可选取代的芳基，或氢被可选取代的杂芳基；
X是键，或是饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-C6的二价烃链，其中，所述二价烃链的一个、两个或三个亚甲基单元被可选地且各自独立地由-NR-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-C(O)O-、-S-、-SO-、-SO2-、-C(=S)-、-C(=NR)-、-N=N-或-C(=N2)-代替；
环A是芳基环或者是饱和的、部分不饱和的4-10元单环或双环，所述环含有各自独立地选自由氮、氧和硫组成的组中的0-3个杂原子；
R1是–L-Y。本文所描述的所述–L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
优选在化学式为XIII-a或化学式为XIII-b的化合物中，所述含有X的基团以及R1是结合到喹啉环系中的6、7或8位置上，如化学式XIII-a和XIII-b中所示。更优选所述含有X的基团以及R1是结合到喹啉环系中的7位置上，所示，所述化合物是化学式为XIII-c或XIII-d。
在某些化学式为XIII-a、XIII-b、XIII-c或XIII-d的化合物的实施方式中，X是键、或者是-O-、-NH-、-S-、-O-CH2-C≡C-、-NH-CH2-C≡C-或-S-CH2-C≡C-。
在某些化学式为XIII-a、XIII-b、XIII-c或XIII-d的化合物的实施方式中，R2是苯基或由Rf取代的苯基，其中，Rf选自R、OR、卤素、-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和-C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
在某些实施方式中，所述化物的化学式为XIII-d，其中，X是–O-以及环A是选自：
在某个实施方式中，R1的特征在于所述–L-Y基能够共价地结合到RON(Cys 1165)的Cys11残基上，因而不可逆地抑制所述的酶。
化学式为XIII-a和XIII-b的Ron抑制剂的实例
2.化学式XIV
本发明的另一方面是化学式为XIV的化合物或它们的药学上可接受的盐：
其中：
Ra和Rb各自独立地选自R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和–C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
R2是氢被可选取代的芳基，或氢被可选取代的杂芳基；
X是键，或是饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-C6的二价烃链，其中，所述二价烃链的一个、两个或三个亚甲基单元被各自独立地由-NR-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-C(O)O-、-S-、-SO-、-SO2-、-C(=S)-、-C(=NR)-、-N=N-或-C(=N2)-代替；
R1是-L-Y。本文所描述的所述-L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，Ra和Rb都是氢，以及R2是苯基或由Rc取代的苯基，其中，Rc选自R、OR、卤素、-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和-C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基。在特定的实施方式中，R2是苯基。
在某些实施方式中，X是-O-CH2-CH2-O-、-O-(CH2)3-或-O-(CH2)2-C(CH3)2-。
在具体的实施方式中，R1的特征在于所述–L-Y基能够共价地结合到RON(Cys 1165)的Cys11残基上，因而不可逆地抑制所述的酶。
化学式为XIV的RON抑制剂的实例
3.化学式XV
本发明的另一方面是化学式为XV的化合物或它们的药学上可接受的盐：
其中：
Ra、Rb、Rc和Rd是各自独立地选自R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和–C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
R2是氢被可选取代的芳基，或氢被可选取代的杂芳基；
R3和R4各自独立地是R、OR、-OH或卤素；
R’是卤素；
X是键，或是饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-C6的二价烃链，其中，所述二价烃链的一个、两个或三个亚甲基单元被各自独立地由-NR-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-C(O)O-、-S-、-SO-、-SO2-、-C(=S)-、-C(=NR)-、-N=N-或-C(=N2)-代替；
R1是-L-Y。本文所描述的所述-L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，以及R2是苯基或由Rf、R”或Rf和R”取代的苯基，其中，Rf选自R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和–C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基。
R”是卤素。例如，在某些实施方式中，R2是对-卤苯基(p-halophenyl),如对-氟苯基(p-fluorophenyl)、对-氯苯基(p-chlorophenyl)、对-溴苯基(p-bromophenyl)、对-碘苯基(p-iodophenyl)。
在某些实施方式中，Ra、Rb、Rc和Rd各自的是氢，以及R”是氟。
在某些实施方式中，R3和R4各自的是氢。
在某些实施方式中，R1的特征在于所述–L-Y基能够共价地结合到RON(Cys 1165)的Cys11残基上，因而不可逆地抑制所述的酶。
化学式为XV的Ron抑制剂的实例
4.化学式XVI
本发明的另一方面是化学式为XVI的化学式或它们的药学上可接受的盐：
其中：
Ra和Rb各自独立地选自R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和–C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
R2是氢被可选取代的芳基，或氢被可选取代的杂芳基；
R3和R4各自独立地是R、OR、-OH或卤素；
R’是卤素；
R”和R”’各自独立地选自R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和–C(O)NHRz；
X是键，或是饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-C6的二价烃链，其中，所述二价烃链的一个、两个或三个亚甲基单元被各自独立地由-NR-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-C(O)O-、-S-、-SO-、-SO2-、-C(=S)-、-C(=NR)-、-N=N-或-C(=N2)-代替；
R1是–L-Y。本文所描述的所述–L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，R2是苯基或由Rc取代的苯基，由R””或由Rc以及R””取代的，其中，Rc是选自R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和-C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基。
R””是卤素。例如，在某些实施方式中，R2是对-卤苯基(p-halophenyl)，例如对-氟苯基(p-fluorophenyl)、对-氯苯基(p-chlorophenyl)、对-溴苯基(p-bromophenyl)或对-碘苯基(p-iodophenyl)。
在某些实施方式中，Ra和Rb各自的是氢，以及R’是氟。
在某些实施方式中，R3和R4是各自的氢。
在特定的实施方式中，所述化合物的化学式为XVI-b或XVI-c为
其中，Ra、Rb、Rc、X和R1如化学式XVI中所定义的。在某些实施方式中，Ra、Rb和Rc各自的是氢。
在某些实施方式中，R1的特征在于所述–L-Y基能够共价地结合到RON(Cys 1165)的Cys11残基上，因而不可逆地抑制所述的酶。
化学式为XVI的Ron抑制剂的实例
5.化学式XVII
本发明的另一方面是化学式为XVII的化学式或它们的药学上可接受的盐：
其中：
Ra、Rb和Rc是各自独立地选自R、OR、卤素、-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和-C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
R2是氢、低级烷基、低级卤烷基、低级环烷基、可选取代的芳基，或可选取代的杂芳基；
R’和R”各自独立地是氢或低级烷基；
X是键，或是饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-C6的二价烃链，其中，所述二价烃链的一个、两个或三个亚甲基单元被各自独立地由-NR-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-C(O)O-、-S-、-SO-、-SO2-、-C(=S)-、-C(=NR)-、-N=N-或-C(=N2)-代替；
R1是–L-Y。本文所描述的所述–L-Y基团如在所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，R2是苯基或由Rd、Rd和R”’或R”’取代的苯基，其中，Rd是选自R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和–C(O)NHRz；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基。
R”’是卤素。例如，在某些实施方式中，R2是间-卤苯基(m-halophenyl)，例如间-氯苯基(m-chlorophenyl)、间-氟苯基(m-fluorophenyl)、间-溴苯基(m-bromophenyl)或间-碘苯基(p-iodophenyl)。
在某些实施方式中，R’和R”都是甲基。
在某些实施方式中，Ra、Rb和Rc都各自的是氢。
在某些实施方式中，R1的特征在于所述-L-Y基能够共价地结合到RON(Cys 1165)的Cys11残基上，因而不可逆地抑制所述的酶。
化学式为XVII的Ron抑制剂的实例
I.C-KIT、PDGFR、CSF1R、FLT3、KDR抑制剂
1.化学式XVIII
本发明的另一方面是化学式为XVIII的化合物或它们的药学上可接受的盐：
其中：
Ra、Rb和Rc各自独立地选自氢、R、OR、卤素、–CF3、-O-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy、–C(O)NHRz，以及芳基环或饱和的或部分不饱和的3-10元单环或双环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子，其中，所述环由1-4个R取代；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
X是-C(O)-NRxRy-或-NRxRy-C(O)-Rz；
R1或R1’是-L-Y；当R1是-L-Y时，R1’是选自氢、R、OR、卤素、-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy、C(O)NHRz，以及芳基环或饱和的、部分不饱和的3-10元单环或双环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子，以及其中所述环由1-4个R取代；且当R1’是-L-Y时，R1选自氢、R、OR、卤素、-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy、-C(O)NHRz，以及芳基环或饱和的、部分不饱和的3-10元单环或双环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子，以及其中所述环由1-4个R取代。
所述–L-Y基团如在本文中所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，R1是–L-Y。
在优选实施方式中，R1’是–L-Y,以及R1是CF3。
在某些实施方式中，Ra、Rb和Rc各自的是氢。
在某些实施方式中，X是–C(O)-NRxRy，Rx是氢，以及Ry是甲基。
在某个实施方式中，R1或R1’的特征在于所述–L-Y基团能够共价键地结合到C-KIT、PDGFR、CSF1R、FLT3和/或KDR的Cys1残基上，因而，不可逆地抑制所述酶。
化学式XVIII的抑制剂的实例
J.c-KIT、PDGFR抑制剂
1.化学式XIX
本发明的另一方面是化学式为XIX的化合物或它们的药学上可接受的盐：
其中：
Ra和Rb是各自独立地选自氢、R、OR、卤素、–CF3、-O-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy、–C(O)NHRz，以及芳基环或饱和的或部分不饱和的3-10元单环或双环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子，其中，所述环由1-4个R取代；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
X是–C(O)-NRxRy-或-NRx-C(O)-Rz；
W是O、NH或N-Rc；
Rc是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
R1或R1’是-L-Y；当R1是-L-Y时，R1’是选自氢、R、OR、卤素、-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy、–C(O)NHRz，以及芳基环或饱和的、部分不饱和的3-10元单环或双环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子，以及其中所述环由1-4个R取代；且当R1’是-L-Y时，R1选自氢、R、OR、卤素、-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy、-C(O)NHRz，以及芳基环或饱和的、部分不饱和的3-10元单环或双环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子，以及其中所述环由1-4个R取代。
所述-L-Y基团如在本文中所述弹头基中详细描述的。
在某个实施方式中，化学式为XIX-a、XIX-b或XIX-c的化合物为
其中，X、Ra、Rb、Rc、R1和R1’如在化学式XIX中所定义的。优选地，在化学式为XIX-a、XIX-b和XIX-c的化合物中，X是-C(O)-NRxRy，其中，Rx是氢，以及Ry是甲基。
在化学式为XIX-a或XIX-b的化合物的某些实施方式中，Ra和Rb各自的是氢。在化学式为XIX-c的某些实施方式中，Ra和Rb各自的是氢，以及Rc是甲基。
在某个实施方式中，R1或R1’的特征在于所述–L-Y基团能够以共价键地结合到c-KIT和/或PDGFR的Cys 1残基上，因而，不可逆地抑制所述酶。
化学式为XIX的化合物的实例
2.化学式XX
本发明的另一方面是化学式为XX的化合物或它们的药学上可接受的盐：
其中：
Ra、Rb、Rc和Rd各自独立地选自氢、R、OR、卤素、–CF3、-O-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy、–C(O)NHRz，以及芳基环或饱和的或部分不饱和的3-10元单环或双环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子，其中，所述环被1-4个选自低级烷基、低级卤烷基、低级环烷基、低级烷氧基、低级卤烷氧基、低级环烷氧基、–CF3、-O-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和–C(O)NHRz的基团可选地取代；
每个R、Rx和Ry各自独立地是氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基；
每个Rz各自独立地是氢、脂肪族或芳基；
X是–C(O)-NRxRy-或-NRx-C(O)-Rz；
或Ra和X及与它们结合的中间碳原子一起形成苯并环，该苯并环具有Rf、Rf1、Rf2和Rf3中的一个或多个可选取代；
Rf、Rf1、Rf2和Rf3各自独立地选自低级烷基、低级卤烷基、低级环烷基、低级烷氧基、低级卤烷氧基、低级环烷氧基、-CF3、-O-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy和-C(O)NHRz；
R1或R1’是-L-Y；当R1是-L-Y时，R1’是选自氢、R、OR、卤素、-CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy、-C(O)NHRz，以及芳基环或饱和的、部分不饱和 的3-10元单环或双环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子，以及其中所述环由1-4个R可选取代；且当R1’是–L-Y时，R1选自氢、R、OR、卤素、–CF3、-CN、-C≡C-R、-NRxRy、–C(O)NHRz，以及芳基环或饱和的、部分不饱和的3-10元单环或双环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子，以及其中所述环由1-4个R可选取代。
所述–L-Y基团如在本文中所述弹头基中详细描述的。
在某些实施方式中，X是–C(O)NRxRy，Rx是氢，以及Ry是甲基。
在某些实施方式中，Ra、Rb、Rc以及Rd各自的是氢。
在某些实施方式中，R1是–L-Y，以及R1’是CF3；或R1是CF3以及R1’是–L-Y。
在某些实施方式中，X和Ra及与它们结合的中间碳原子一起结合形成取代的苯环，以及所述化合物具有化学式为：
其中，Rf、Rf1、Rb、Rc、Rd、R1和R1’如在化学式XX中所描述的。
在化学式为XX-a的某些实施方式中，Rf和Rf1都是甲氧基。在其它的实施方式中，Rb、Rc和Rd是各自的氢。在某些实施方式中，R1是-L-Y以及R1’是CF3，或R1是CF3以及R1’是-L-Y。
在某个实施方式中，R1的特征在于所述-L-Y基能够共价地结合到 c-KIT和/或PDGF的Cys1残基上，因而不可逆地抑制所述的酶。
化学式为XX的化合物实例
4.应用、***的阐述和实施
A．药学上可接受的盐
根据其它的实施方式，本发明提供了一种组合物，所述组合物含有本发明的一种化合物或它们的药学上可接受的衍生物以及药学上可接受的载体、佐剂或赋形剂。在本发明的组合物中的化合物的量是有效的可预计地抑制靶蛋白激酶，尤其是在生物样本或在病体中的ZAP70、FLT3、PLK、FAK、JAK3、JNK、RON或其突变中的至少一种。在某个实施方式中，本发明的组合物中的化合物的量是有效的可预计地抑制生物样本或在病体中的ZAP70、FLT3、PLK、FAK、JAK3、JNK、RON或其突变中的至少一种。在某个实施方式中，在给需要这种组合物的病体用药方面确切地明确叙述本发明的组合物。在某个实施方式中，在给病体口服用药方面上确切地明确叙述本发明的组合物。
所述术语“患者”，如本文所使用的，意指动物，优选为哺乳动物，更优选为人类。
所述术语“药学上可接受的载体、佐剂或赋形剂”指的是无毒的没有对所明确叙述的化合物的药物活性造成毁坏的载体、佐剂或赋形剂。可以在本发明的组合物中使用的所述载体、佐剂或赋形剂包括但不限定于：离子交换器（ion exchanger）、氧化铝、硬脂酸铝(aluminum stearate)、卵磷脂、血清蛋白如人类血清蛋白、缓冲剂物质(buffer substances)如磷酸盐、甘氨酸、山梨酸、山梨酸钾、饱和的植物脂肪酸、水、盐或电解质类的部分甘油酯混合物如鱼精蛋白硫酸盐(protamine sulfate)、磷酸氢二钠(disodium hydrogen phosphate)、磷酸氢钾、氯化钠、锌盐、硅胶、三硅酸镁、聚乙烯吡咯烷酮、纤维素基物质、聚乙二醇、聚丙烯酸酯、羧甲基纤维素钠(sodium carboxymethylcellulose)、聚丙烯酸酯、蜡、聚乙烯-聚氧化丙烯聚合物、聚乙二醇以及羊毛脂。
“药学上可接受的衍生物”意指本发明的遵照用药给受体的化合物中的任何无毒的盐、酯、盐酯或其它的衍生物，“药学上可接受的衍生物”是能够直接地或非直接地提供一种本发明的化合物或一种抑制活性的代谢物或抑制活性的代谢物残基。
如本文所使用的，所述术语“抑制活性的代谢物或抑制活性的代谢物残基”意指一种代谢物或一种代谢物残基，也是一种抑制剂，其至少是ZAP70、FLT3、PLK、FAK、JAK3、NK、RON或其突变中的一种。
本发明的组合物可以通过局部地(topically)、直肠地(rectally)、鼻地(nasally)、向颊地(buccally)、***地(vaginally)、口服地不经肠道地雾化吸入(inhalation spray)用药。如本文所使用的所述术语“不经肠道”包括皮下的、静脉内的、肌肉内的、关节内的、滑膜内的(intra-synovial)、胸骨内的、脑脊髓膜内的、肝内的、损害（部）内的以及颅内注射(intracranial injection)或输液技术(infusion techniques)。优选地，所述组合物口服地、腹腔地 (intraperitoneally)或通过静脉地(intravenously)用药。本发明的组合物的无菌注射形式可以是水溶液或含油的悬浮液(oleaginous suspension)。根据本领域所熟知的技术通过使用适合的分散的或湿润的药剂以及悬浮药剂来明确叙述这些悬浮液。所述无菌注射的制备也可以是无毒的不经肠道采用的稀释液或试剂中的无菌注射溶液或悬浮液，例如1,3-丁二醇溶液。所述可采用的辅助剂和试剂中可以是水、林格氏液(Ringer’s solution)和生理盐溶液(isotonic sodium chloride solution)。另外，无毒的不挥发性油(fixed oil)通常被用作试剂或悬浮液媒介。
为了这个目的，可以使用一些含有合成的单酸甘油酯或双甘油酯的清淡的不挥发性油。在制备血管剂方面脂肪酸例如油酸及其甘油酯衍生物是有用的，天然的药学上可接受的油也是有用的例如橄榄油或蓖麻油，尤其是它们的聚氧乙烯说明。这些油溶液或悬浮液也可以含有长链的乙醇稀释剂或分散剂，例如羧甲基纤维素或类似的分散剂试剂，所述分散剂试剂通常用于含有乳胶和悬浮液的药学上可接受的剂型(dosage forms)的配方。其它的通常使用的表面活性剂例如Tweens（为聚氧乙烯去水山梨醇单月桂酸酯和一部分聚氧乙烯双去水山梨醇单月桂酸酯的混合物）、Spans和其它的乳化剂或生物利用度促进剂(bioavailability enhancers)，或其它剂型也可以被用于配方的目的，所述生物利用度促进剂通常被用于药学上可接受的固体、液体或其它剂型的制备上。
本发明的药学上可接受的组合物也可以被口服实施于任何可口服的剂型上，所述剂型包括但并不限定于胶囊、片剂、水悬液或溶液。如果口服使用片剂，通常使用的载体包括乳糖和玉米淀粉。通常也添加润滑试剂例如硬脂酸镁。用于口服实施的胶囊形式，有益的稀释剂包括乳糖和玉米淀粉。当需要口服使用水悬液时，所述活性成分与乳化的且悬浮的试剂相结合。如果需要，也可以添加某种甜味剂、风味剂或色素溶解。
另外，本发明的药学上可接受的组合物可以以用于直肠上的栓剂形式来实施。可以通过将试剂酮适合的无刺激性的赋形剂混合来制备这些栓剂，所述赋形剂在常温下是固体的但在直肠温度下是液体的，因而，所述赋形剂在直肠中能溶解以释放药物。这种材料含有可可奶油、蜜蜡以及聚乙烯二醇。
本发明的药学上可接受的组合物也可以局部地实施，尤其是当所处理的对象包括的区域或器官易于通过局部用药时，所处理的对象包括眼、皮肤或肠道下部分的疾病。适合的局部配方被容易地制备以用于每个区域或器官。
所述肠道下部分的局部用药在直肠栓剂配方上（如上述）或在适合的灌肠剂配方上是有效的。也可以使用局部地皮肤用膏药。
所提供的用于局部用药的药学上可接受的组合物可以被配方在适合的软膏中，所述软膏含有存在于或溶解于一种或多种的载体上的活性成分。用于本发明的的化合物的局部实施的载体包括但并不限定于矿物油、液体凡士林、白凡士林丙二醇、聚氧乙烯、聚氧丙烯化合物、乳化蜡和水。或者，所提供的药学上可接受的组合物能够被配方在适合的药水或油脂中，所述油脂含有存在于或溶解于一种或多种的载体上的活性成分。适合的载体包括但并不限定于矿物油、山梨醇酐单硬脂酸酯(sorbitan monostearate)、聚山梨醇酯60(polysorbate 60)、十六烷基酯蜡(cetyl esters wax)、十六硬脂酸酯(cetearyl alcohol)、2-油脂剂(2-octyldodecanol)、苯甲醇(benzyl alcohol)和水。
所提供的用于眼炎的药学上可接受的组合物可以被配方在等渗压的微粉化悬浮液、pH调节的无毒生理盐溶液上，或有选为等渗压的溶液、pH调节的无毒生理盐溶液上，带有或不带有如苯扎氯铵(benzylalkonium chloride)防腐剂。或者，在眼炎应用上，所述药学上可接受的组合物可以被配方在如矿脂的软膏中。
本发明的药学上可接受的组合物也可以通过烟雾剂或吸入剂来实施。根据药物配方领域众所周知的技术来制备此种组合物，且可以以生理盐溶液作 为溶液、使用苯甲酸乙醇(benzyl alcohol)或其它的适合的防腐剂、吸收促进以促进生物利用度、氟化碳、和/或其它的常用的增试剂或分散剂来制备。
更优选地，本发明的药学上可接受的组合物被配方以用于口服(oral administration)。
本发明的化合物的量会根据所治疗的对象而不同，尤其是实施的模式，所述的化合物的量可以与载体材料结合在一起以制备一种单一剂型的组合物。优选地，应该将所提供的组合物配方以使抑制剂介于0.01-100mg/kg体重/天的药剂能够实施给承受这些组合物的患者上。
也可以理解为对于一些具体的患者将根据多种因素进行特殊的药剂和实物疗法，所述多种因素包括使用的具体化合物的活性、年龄、体重、健康、性别、食谱、实施时间、分泌率、药剂混合(drug combination)以及治疗医师的判断和处理过的特殊疾病的严重程度。本发明的在组合物中的化合物的量也会取决于所述的组合物中的特殊化合物。
药学上可接受的化合物的应用
本文所描述的化合物和组合物通常被用于一种或多种酶的蛋白激酶活性的抑制剂上。所述的化合物也能够被用来形成如本文所描述的能够被使用的复合物，例如，作为生物标志物以检测使用不可逆的抑制剂的治疗效果。所述的化合物也能够被用作显像剂(imaging agents)，例如医学影像学(medical imaging)。含有可检测的基团或标签的化合物能够与所述靶蛋白激酶结合且被用于检测所形成的复合物的位置。本文描述了适合的可检测的基团和标签。
耐药性是随着靶标治疗的巨大挑战而兴起的。例如，已报道耐药性用于 以及几种其它的正在研究的激酶抑制剂。另外，已报道耐药性用于cKit和PDGFR受体。已报道了不可逆的抑制剂可以有效地抵抗 蛋白激酶的耐药性形式（Kwak,E.L.,R.Sordella等人.“EGF受体的不可逆抑制剂可以避免获得对吉非替尼(gefitinib)的抗药性。”2005年.PNAS 102(21):7665-7670.）。通过任何具体的理论没有受限于此，可以确信的是本发明的化合物可以是有效的蛋白激酶的耐药性形式的抑制剂。
如本文所使用的所述术语“临床耐药性(clinical drug resistance)”指的是在药物指标(drug target)中，作为突变的一系列过程，将药物指标的敏感性(susceptibility)失去以达到药物治疗上。
如本文所使用的所述术语“耐、抗”指的是野生型核酸系列编码靶蛋白上的改变和/或所述的靶蛋白系列，所述的靶蛋白系列改变了靶蛋白上的所述抑制剂的抑制效果的降低或彻底破坏。
由本文所描述的化合物和组合物抑制的激酶的实施例以及抵抗本文所描述的使用的方法包括ZAP70、FLT3、PLK、FAK、JAK3、JNK、RON或其突变。
可以在试管内、在生物体内或在细胞系(cell line)上检测本发明所使用的作为靶激酶的抑制剂的化合物，尤其是ZAP70、FLT3、PLK、FAK、JAK3、JNK、RON或其突变。在试管内检测包括决定磷酸化作用活性和/或随后的功能性结果、或活性靶蛋白的ATPase活性或其突变的抑制的检测。试管内检测的改变用数量来表示所述抑制剂结合到靶蛋白例如ZAP70、FLT3、PLK、FAK、JAK3、JNK、RON的能力。抑制剂的结合可以在结合之前通过放射性同位素示踪所述抑制剂、离析所述抑制剂/靶蛋白复合物以及决定放射性同位素示踪结合的数量来测量。或者，抑制剂的结合可以通过追踪竞争实验(competition experiment)来测量，其中，新的抑制剂与靶蛋白孵育(incubated)结合为熟知的放射性配件。在下面的实施例中阐述用于检测本发明所使用的作为某种蛋白激酶的抑制剂或其突变的详细情况条件。
蛋白激酶是一种酶，所述的酶将ATP或GTP的磷酸基团催化转化为一种氨基酸残基受体（例如，酪氨酸、丝氨酸、苏氨酸），所述残基位于蛋白基底上。受体激酶的作用为通过磷酸化作用结果由于第二次信息作用的活性而将细胞外地信号传送到内部。这些信号促使各种各样的细胞的过程，包括激增(proliferation)、碳水化合物的使用(carbohydrate utilization)、蛋白质合成、血管生成(angiogenesis)、细胞生长和细胞存活。
如本文所使用的所述术语“治疗”、“治”和“治疗中”指的是反向、减少、延缓如本文所描述的疾病或失调或其一个或多个综合症的初期或抑制整个过程。在某些实施方式中，可以在一个或多个综合症发生之后进行实施治疗。在另一个实施方式中，可以在没有综合症时进行实施治疗。例如，可以在综合症（例如，按照综合症的历史和/或按照基因或其它的敏感因素）初期之前对敏感的个体实施进行治疗。也可以在已消除了综合症之后继续进行治疗，例如阻止或延缓它们的再复发。
所提供的化合物是一个或多个靶激酶例如ZAP70、FLT3、PLK、FAK、JAK3、JNK、RON的抑制剂，因而是有利于治疗一个或多个与一个或多个所述靶激酶活性相关的失调。因而，在某个实施方式中，本发明提供了一种用于治疗ZAP70-调解(ZAP70-mediated)、FLT3-调解、PLK-调解、FAK-调解、JAK3-mediate、JNK-调解或RON-调解失调的方法，所述的失调包括对于需要本发明的化合物的病体进行实施的步骤或本发明的药学上可接受的组合物。
如本文所使用的所述术语“ZAP70-调解”、“FLT3-调解”、“PLK-调解”、“FAK-调解”、“JAK3-调解”、“JNK-调解”或“RON-调解”本文所使用的失调或情况条件意指一些疾病或其它对身心有害的情况条件，其中，众所周知一个或多个ZAP70、FLT3、PLK、FAK、JAK3、JNK、RON或其突变起着重要的作用。因而，本发明的另一种实施方式涉及治疗或减少疾病或增生导致失 调的情况条件的方法，其中，所述的方法包括对于需要本发明的化合物或组合物的病体进行实施。
在某些实施方式中，本发明提供了一种用于治疗或减少一种或多种癌症导致的失调的方法。在某些实施方式中，所述癌症与固体瘤相关。在某个实施方式中，所述癌症是胸部癌、成胶质细胞瘤(glioblastoma)、肺癌、头部和颈部癌、结肠直肠的癌、膀胱癌或非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer)。在某些实施方式中，本发明提供了一种治疗或减少一种或多种鳞状细胞癌(squamous cell carcinoma)、唾腺癌(salivary gland carcinoma)、卵巢癌或胰腺癌导致的失调的方法。在其它的实施方式中，所述癌与可溶性瘤相关，例如白血病、淋巴瘤或骨髓癌。
在某些实施方式中，本发明提供了一种用于治疗或减少一种或多种免疫或过敏失调例如哮喘、过敏症、移植排异(transplant rejection)、移植物抗宿主病(graft versus host disease)，以及自我免疫的疾病例如风湿性关节炎(rheumatoid arthritis)、肌萎缩性脊髓侧索硬化症(amyotrophic lateral sclerosis)，以及多发性硬化症(multiple sclerosis)，以及在固体上和血液学上的恶性肿瘤例如白血病、淋巴瘤(lymphoma)和骨髓瘤的方法，其中，所述的方法包括对于需要本发明的化合物或组合物的病体进行实施。
取决于具体的情况条件或要处理的疾病，额外的治疗试剂（通常实施给所处理的情况条件）也可以存在于本发明的组合物中。如本文所使用的，通常实施给所处理的情况的额外的治疗试剂或条件作为“适合疾病或处理的情况条件”是众所周知的。
例如，本发明的化合物或药学上可接受那个的组合物以结合的方式实施给化学疗法的(chemotherapeutic)试剂中以用于治疗增生疾病和癌症。众所周知的化学疗法的试剂的实施例包括但并不限定于阿霉素(Adriamycin)、***(dexamethasone)、长春新碱(vincristine)、环磷酰胺(cyclophosphamide)、 五氟脲嘧啶(fluorouracil)、拓扑替康(topotecan)、泰克索(taxol)、干扰素(interferons)、铂衍生物(platinum derivatives)、紫杉烷(taxane)(例如，紫杉醇)、长春花生物碱(vinca alkaloids)(例如，长春花碱vinblastine)、蒽环类(anthracyclines)(例如，阿霉素),鬼臼素(epipodophyllotoxins)(例如，足叶乙甙etoposide)、顺氯氨铂(cisplatin)、一种mTOR抑制剂(例如，纳巴霉素rapamycin)、氨甲蝶呤(methotrexate)、放线菌素D(actinomycin D)、海洋肽10(dolastatin 10)、秋水仙碱(colchicine)、依米丁(emetine)、三甲曲沙(trimetrexate)、氯苯氨啶(metoprine)、拒绝反应抑止药(cyclosporine)、正定霉素(daunorubicin)、替尼泊甙(teniposide)、两性霉素(amphotericin)、注射用奥沙利铂(alkylating agents)(例如，苯丁酸氮芥chlorambucil)、5-五氟脲嘧啶(5-fluorouracil)、化疗药物(campthothecin)、顺氯氨铂(cisplatin)、甲硝唑(灭滴灵)(metronidazole)、和抗癌药(GleevecTM)。在其它的实施方式中，本发明的化合物与生物试剂结合在一起实施，例如Avastin或VECTIBIX。
在某个实施方式中，本发明的化合物或药学上可接受的组合物与抗增殖的或化学疗法的试剂一起施用，所述试剂选自促性腺素释放激素(GnRH)拮抗剂(Abarelix)、阿地白介素(aldesleukin)、阿地白介素(Aldesleukin)、阿来组单抗(Alemtuzumab)、阿利维甲酸凝胶(Alitretinoin)、别嘌醇(Allopurinol)、六甲蜜胺(Altretamine)、氨磷汀(Amifostine)、阿那曲唑(Anastrozole)、三氧化二砷(Arsenic trioxide)、门冬酰胺酶(Asparaginase)、阿扎胞苷(Azacitidine)、卡介苗(BCG)活菌(BCG Live)、像阿瓦斯丁(Bevacuzimab)、五氟脲嘧啶(Fluorouracil)、蓓萨罗丁(Bexarotene)、博来霉素(Bleomycin)、硼替佐米(Bortezomib)、白消安(Busulfan)、卡普睾酮(Calusterone)、卡培他滨(Capecitabine)、喜树碱(Camptothecin)、卡铂(Carboplatin)、卡莫司汀(Carmustine)、塞来昔布(Celecoxib)、爱必妥(Cetuximab)、苯丁酸氮芥(Chlorambucil)、克拉屈滨(Cladribine)、克罗拉滨(Clofarabine)、环磷酰胺 (Cyclophosphamide)、阿糖胞苷(Cytarabine)、放线菌素(Dactinomycin)、阿法达贝泊汀(Darbepoetin alfa)、柔红霉素(Daunorubicin)、地尼白介素(Denileukin)、右雷佐生(Dexrazoxane)、多西他赛(Docetaxel)、阿霉素(Doxorubicin)中性的(neutral)、盐酸阿霉素(Doxorubicin hydrochloride)、屈他雄酮丙酸酯(Dromostanolone Propionate)、表柔比星(Epirubicin)、阿法依伯汀(Epoetin alfa)、厄洛替尼(Erlotinib)、雌莫司汀(Estramustine)、磷酸依托泊苷(Etoposide Phosphate)、依托泊苷(Etoposide)、依西美坦(Exemestane)、非格司亭(Filgrastim)、氟达拉滨(floxuridine fludarabine)、氟维司群(Fulvestrant)、吉非替尼(Gefitinib)、吉西他滨(Gemcitabine)、吉姆单抗(Gemtuzumab)、醋酸性瑞林(Goserelin Acetate)、醋酸组氨瑞林(Histrelin Acetate)、羟(基)脲(Hydroxyurea)、替伊莫(Ibritumomab)、伊达比星(Idarubicin)、异环磷酰胺(Ifosfamide)、伊马替尼(Imatinib Mesylate)、干扰素Alfa-2a(Interferon Alfa-2a)、干扰素Alfa-2b(Interferon Alfa-2b)、伊立替康(Irinotecan)、来那度胺(Lenalidomide)、来曲唑(Letrozole)、甲酰四氢叶酸(Leucovorin)、醋酸亮丙瑞林(Leuprolide Acetate)、左旋咪唑(Levamisole)、洛莫司汀(Lomustine)、甲地孕酮(Megestrol Acetate)、美法仑(Melphalan)、巯嘌呤(Mercaptopurine)、巯(基)嘌呤(6-MP)、美司钠(Mesna)、甲氨蝶呤(Methotrexate)、甲氧沙林(Methoxsalen)、丝裂霉素C(Mitomycin C)、米托坦(Mitotane)、米托蒽醌(Mitoxantrone)、诺龙(Nandrolone)、奈拉滨(Nelarabine)、若莫单抗(Nofetumomab)、奥普瑞白介素(Oprelvekin)、奥沙利铂(Oxaliplatin)、紫杉醇(Paclitaxel)、帕利夫明(Palifermin)、帕米德诺内(Pamidronate)、培加酶(Pegademase)、培门冬酶(Pegaspargase)、聚乙二醇非格司亭(Pegfilgrastim)、培美曲塞二钠(Pemetrexed Disodium)、喷司他丁(Pentostatin)、哌泊溴烷(Pipobroman)、普卡霉素(Plicamycin)、卟吩姆钠(Porfimer Sodium)、丙卡巴肼(Procarbazine)、奎纳克林(Quinacrine)、拉布立酶(Rasburicase)、利妥昔 (Rituximab)、沙格司亭(Sargramostim)、索拉非尼(Sorafenib)、链佐星(Streptozocin)、苹果酸舒尼替尼(Sunitinib Maleate)、滑石(Talc)、他莫昔芬(Tamoxifen)、替莫唑胺(Temozolomide)、替尼泊苷(Teniposide)、替尼泊甙(VM-26)、睾内酪(Testolactone)、硫鸟嘌呤(Thioguanine)、６－巯鸟嘌呤(6-TG)、塞替派(Thiotepa)、拓扑替康(Topotecan)、托瑞米芬(Toremifene)、托西莫单抗(Tositumomab)、曲妥珠单抗(Trastuzumab)、维甲酸(Tretinoin)、全反式维甲酸(ATRA)、尿嘧啶氮芥(Uracil Mustard)、戊柔比星(Valrubicin)、长春花碱(Vinblastine)、长春新碱(Vincristine)、长春瑞滨(Vinorelbine)、唑来磷酸(Zoledronat)或唑来磷酸(Zoledronic acid)中的一种或多种。
本发明的抑制剂的其它的实例也可以包括但不限定于：用于治疗老年痴呆症(Alzheimer’s Disease)例如 用于治疗帕金森病(Parkinson’s Disease)例如左旋多巴(L-DOPA)/卡比多巴（carbidopa)、恩他卡朋(entacapone)、罗匹尼罗(ropinrole)、普拉克索(pramipexole)、溴隐亭(bromocriptine)、培高利特(pergolide)、trihexephendyl和金刚烷胺(amantadine)；用于治疗多发性硬化症(MS)的试剂如β干扰素(beta interferon)(例如， )、 和米托蒽醌(mitoxantrone)；用于治疗哮喘例如舒喘灵(albuterol)和 用于治疗精神***症的试剂例如奥氮平片(zyprexa)、利培酮(risperdal)、思乐康（seroquel)和氟哌啶醇（haloperidol)；抗炎性（anti-inflammatory)试剂例如皮质激素类（corticosteroids)、肿瘤坏死因子（TNF blockers)、IL-1RA、硫唑嘌呤(azathioprine)、环磷酰胺(cyclophosphamide)和硫氮磺胺吡啶(sulfasalazine)；免疫调制(immunomodulatory)和免疫抑(immunosuppressive)试剂例如环孢菌素(cyclosporin)、他克莫司(tacrolimus)、纳巴霉素(rapamycin)、麦考酚酸酯(mycophenolate mofetil)、干扰素、皮质激素类、环磷酰胺(cyclophophamide)、硫唑嘌呤(azathioprine)和硫氮磺胺吡啶(sulfasalazine)；神经营养的神经营养 因子(neurotrophic)因素例如乙酰胆碱酯酶抑制剂(acetylcholinesterase inhibitors)、MAO抑制剂、干扰素、抗痉挛(anti-convulsants)、离子通道阻滞剂(ion channel blockers)、利鲁唑(riluzole)和抗帕金森(anti-Parkinsonian)试剂；用于治疗心血管疾病的试剂例如β受体阻滞药品(beta-blockers)、ACE抑制剂、利尿药(diuretics)、硝酸盐(nitrates)、钙通道阻滞剂(calcium channel blockers)和抑制素(statins)；用于治疗肝脏疾病的试剂例如皮质激素类、消胆胺考来烯胺(cholestyramine)、干扰素和抗病毒性(anti-viral)试剂；用于治疗血液***疾病(blood disorders)的试剂例如皮质激素类、抗白血病(anti-leukemic)试剂和生长因子；以及用于治疗免疫缺陷病(immunodeficiency disorders)的试剂，例如伽马球蛋白(gamma globulin)。
在某个实施方式中，本发明的化合物或药学上可接受的组合物与单环抗体或一种siRNA治疗剂一起施用。
这些额外的试剂可以作为多种药剂成分的一部分，与发明的含有组合物的化合物分开施用。或者，这些试剂可以作为单一试剂形式的一部分，同本发明的单一组合物中的化合物混合在一起。如果作为多种药剂成分的一部分，那么双活性试剂可以被同时地、连续地提交或通常与一种在一段时间内与另外一种在五小时之内递送。
如本文所使用的所述术语“结合体”、“结合”以及相关术语指的是根据本发明治疗试剂同时或连续的实施。例如，本发明的化合物可以同另外的治疗试剂以单独的单位剂量形式或与单一的单位剂量形式一起同时地或连续地施用。因而，本发明提供了单一的单位剂量形式，所述的单一的单位剂量形式含有公式I的化合物、额外的治疗试剂以及药学上可接受的载体、佐剂或赋形剂。
可以同载体物质结合在一起以制备单一的剂量形式的发明的化合物和额外的治疗试剂（这些组合物含有如上所述的额外的治疗试剂）的数量会根 据治疗主体和特定的实施形式而变化。优选地，明确叙述本发明的组合物以便能够使本发明的剂量介于0.01-100mg/kg体重/天，来施用。
这些组合物含有额外的治疗试剂，所述的额外的治疗试剂以及本发明的化合物可以写作起作用。因而，此种组合物中额外治疗试剂的量要少于仅仅使用治疗试剂的单一治疗需要的量。此种组合物中额外治疗试剂的剂量介于0.01-100μg/kg体重/天，来施用。
本发明的组合物中额外治疗试剂的量药不多于含有治疗试剂作为唯一的活性试剂的组合物中通常实施的量。优选本发明公开的组合物中的额外治疗试剂的量介于含有唯一的治疗活性试剂作为试剂的组合物中通常存在的量的50%到100%左右范围之内。
本发明的化合物或药学上的组合物也可以合并到组合物中用于一种可植入医药装置的图层，例如假体(prostheses)、人造瓣膜(artificial valves)、人造血管(vascular grafts)、支架(stents)和导尿管。例如，人造支架已被用来克服再狭窄（受伤后血管壁的再狭窄）。然而，使用支架或其它的可植入的装置的患者有凝块形成(clot formation)或血小板活化的危险。这些不期望的结果可以通过用含有激酶抑制剂的药学上可接受的组合物将装置预涂层来阻止或减轻。涂有本发明的化合物的可植入的装置是本发明的另一种实施方式。
C血管生成的抑制
本发明涉及用于抑制血管生成的制剂和方法。所述方法包括：局部的、以及优选局部的，给药血管生成靶标的不可逆抑制剂。血管生成指的是新的血管器官生长，以及对一些病理条件具有重要的贡献。例如，血管生成的重要性是促进和支撑生长以及固体瘤的发育能力被较好地纪实性地描述。血管生成也对其它的病理条件具有重要的贡献，例如牛皮癣和哮喘，以及眼部病 理条件例如老年性黄斑退化症(age-related macular degeneration)(AMD)、糖尿病视网膜病变(diabetic retinopathy)、糖尿病引起之黄斑部水肿(diabetic macular edema)以及不成熟的视网膜病变(retinopathy of prematurity)的湿型(wet form)形成。
不可逆抑制剂在用于抑制促血管新生蛋白的活性到抑制血管生成上提供了优势，例如，用于治疗眼部疾病相关的眼部血管生成。不可逆抑制剂产生持续稳定的靶蛋白抑制。尽管有新的靶蛋白生成，一旦蛋白活性被抑制，其是唯一的回复。因而，短期暴晒不可逆抑制剂能够产生长期效果，在延长期限内不需要保持饱和的不可逆抑制剂，其能够对毒性的以及副效果起作用，以及通过局部用药难以达到和维持效果。
本发明提供了一种用于治疗血管生成的方法，所述血管生成包括：将一个或多个血管生成靶蛋白的不可逆抑制剂，局部给药至期望血管生成被一只的区域。本发明提供了一种用于治疗眼部血管生成的方法，该方法包括：将一个或多个血管生成靶蛋白的不可逆抑制剂，局部给药至需要治疗的患者的眼部。适合的血管生成靶蛋白包括新血管器官生长所涉及的任意蛋白质。熟知的许多激酶和非激酶在血管生成上起着重要的作用。是激酶的血管生成靶标的实例包括：VEGF受体2/KDR、PDGFR(例如,PDGFRA,PDGFRB)、SRC、FAK、PI3K、MEK、FGFR(例如,FGFR1,FGFR2,FGFR3,FGFR4)、PLK(例如,PLK-1,PLK-2,PLK-3)和Eph受体。非激酶的血管生成靶标包括：蛋氨酸氨基酸肽-2(methionine aminopeptide-2)和Hsp90。本发明的这方面，不可逆抑制剂能同半胱氨酸残基或同任意适合的残基形成共价键。
抑制血管生成靶标的不可逆抑制剂能够与另外治疗药剂一起施用，例如抗血管内皮生长因子(anti-VEGF)试剂或另外的抑制不同的血管生成靶标的不可逆抑制剂。这种途径能够提供附加的或合成的效果。当施用两个或多个试剂时，它们被实施以提供重复的治疗效果，可以肯定不需要同时实施。例 如，抗血管内皮生长因子试剂，例如，结合VEGFA的抗体的片段兰尼单抗(ranibizumab)通过眼内注射大约每隔4到6周实施一次。使用兰尼单抗和血管生成靶标的不可逆抑制剂共同治疗，兰尼单抗能够通过每隔4到6周实施注射一次，以及能够局部地实施不可逆抑制剂，例如一天一次。
在某个实施方式中，施用能够抑制多个血管生成靶标的不可逆抑制剂。通过这种途径，使用单一治疗试剂能够达到优良的治疗。使用于局部给药的制剂制剂化所产生的优势在于，减少组分的量，以及考虑研发和测试的安全性、有效性和稳定性所带来的变化。例如，可以施用能够不可逆地抑制KDR和PDGFR的不可逆抑制剂。
所述不可逆抑制剂被制成用于局部施用。例如，所述不可逆抑制剂能够被制成用于局部的传递给肺部（例如，以干燥粉末或液体形式的气雾剂）以治疗哮喘，以乳霜、软膏、液体等等形式用于局部涂覆到皮肤上以治疗牛皮癣，或以眼内形式以用于局部涂覆到眼部以治疗眼内疾病。这些制剂包含了不可逆抑制剂和药学上可接受的载体。其他的成分，例如防腐剂以及提高此种天然的或合成的化合物中的粘度的试剂也可以存在。所述眼部制剂可以是任何适合的形式，例如液体、气雾剂、水凝胶或粉末。
有效量的不可逆抑制剂的被局部地施用到如眼部、肺部或皮肤上。用于局部施用的有效量，是足以获得所期望的效果的量，例如足以大量地抑制血管生成靶标的活性的量、抑制新血管器官形成的量，或足以减少或阻止疾病进展的量。
一方面，本发明是一种用于治疗与血管生成相关的眼病的方法，该方法包括：对需要治疗的患者的眼部局部给药有效量的血管生成靶标的不可逆抑制剂。所述不可逆抑制剂可以为选自由VEGF受体2/KDR、PDGFR(例如,PDGFRA,PDGFRB)、SRC、FAK、PI3K、MEK、FGFR(例如,FGFR1,FGFR2,FGFR3,FGFR4)、PLK(例如,PLK-1,PLK-2,PLK-3)、Eph受体、蛋氨酸脾氨 肽-2和Hsp90组成的组中的一种或多种蛋白质的不可逆抑制剂。在特定的实施方式中，被治疗的患者患有湿老年性黄斑退化症、糖尿病视网膜病变、糖尿病引起之黄斑部水肿以及不成熟的视网膜病变。在特定的实施方式中，实施了KDR的不可逆抑制剂和PDGFR的不可逆抑制剂。在另一种特定的实施方式中，实施了抑制KDR和PDGFR的单一的不可逆抑制剂。
一方面，本发明是一种用于治疗牛皮癣的方法，该方法包括：对需要治疗的患者局部给药有效量的血管生成靶标的不可逆抑制剂。所述不可逆抑制剂可以是由选自由VEGF受体2/KDR、PDGFR(例如,PDGFRA,PDGFRB)、SRC、FAK、PI3K、MEK、FGFR(例如,FGFR1,FGFR2,FGFR3,FGFR4)、PLK(例如,PLK-1,PLK-2,PLK-3)、Eph受体、蛋氨酸脾氨肽-2和Hsp90组成的组中的一种或多种蛋白质。在特定的实施方式中，所述不可逆抑制剂被局部实施给皮肤。在特定的实施方式中，实施了KDR的不可逆抑制剂和PDGFR的不可逆抑制剂。在另一种特定的实施方式中，实施了抑制KDR和PDGFR的单一的不可逆抑制剂。
一方面，本发明是一种用于治疗哮喘的方法，该方法包括：对需要治疗的患者局部给药有效量的血管生成靶标的不可逆抑制剂。所述不可逆抑制剂可以是由选自由VEGF受体2/KDR、PDGFR(例如,PDGFRA,PDGFRB)、SRC、FAK、PI3K、MEK、FGFR(例如,FGFR1,FGFR2,FGFR3,FGFR4)、PLK(例如,PLK-1,PLK-2,PLK-3)、Eph受体、蛋氨酸脾氨肽-2和Hsp90组成的组中的一种或多种蛋白质。在特定的实施方式中，所述不可逆抑制剂被局部实施给肺部，例如气雾剂。在特定的实施方式中，实施了KDR的不可逆抑制剂和PDGFR的不可逆抑制剂。在另一种特定的实施方式中，实施了抑制KDR和PDGFR的单一的不可逆抑制剂。
实施例
实施例1
N-(4-(4-(5-氰基噻唑基-2-氨基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-2-硫基)苯基)丙烯酰胺II-1
2-(6-氯-2-甲基硫尿嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈
将4,6-双氯-2-甲基硫尿嘧啶(3.00g,15.4mmol)和2-氨基-噻唑基-5-甲基(1.92g,15.4mmol)溶解于N，N-二甲基甲酰胺(40mL)中。将磷酸三钾（Potassium phosphate tribasic）添加到反应混合物中且在100°C温度下加热5h。在真空中在65°C温度下去除该溶剂。该滤渣溶解于水(50mL)中。用浓HCl将pH调节至4-5。结果分离出固体，用水和二***冲洗，然后真空干燥标题的化合物，得到砖红色固体(2.397g,55%产量)。
2-(6-氯-2-甲基磺酰基-嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈
将溶解于水(30mL)中的过硫酸氢钾(oxone)(15.5g,25.3mmol)的悬浮液添加到溶解于丙酮(100mL)中的2-(6-氯-2-甲基硫尿嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈(2.39g,8.42mmol)中。将混合物在55°C温度下加热2h。过滤该热的混合物。 在真空中过滤除去丙酮，结果得到过滤的橙色固体，用水冲洗且在真空中干燥。将该固体放置在硅胶圆柱容器的顶部并用EtOAc洗提。标题的化合物为橙色泡沫状从EtOAc(1.56g,59%产量)中分离出。
2-(2-(4-氨基苯基硫基)-6-氯嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈
将2-(2-氯-6-甲基磺酰基-嘧啶基-4-氨基)-噻唑基-5-甲腈(800mg,2.53mmol)溶解于四氢呋喃(40mL)和三乙基胺(0.5mL,3.6mmol)中。用几个真空循环和氮气冲洗除去该溶液。在N2下反应，将4-胺苯并噻吩(380mg，3.04mol)添加到四氢呋喃溶液(5mL)中。在室温下在N2下搅拌2.5h。在真空下通过蒸发使该反应体积减少到约5mL，然后将剩余溶液应用到干燥的硅胶圆柱容器(40g)中。该容器用己烷：醋酸乙酯=1：1洗提以得到标题的化合物(351mg,38%产量). 
2-(2-(4-氨基苯基硫基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈
将1-甲基哌嗪(2.7mL,24mmol)添加到2-(2-(4-氨基苯基硫基)-6-氯嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈(385mg,1.07mmol)中。在100°C温度下加热该混合物3h。将水(25mL)添加到该冷却反应中，结果得到过滤的固体。用水(2x10mL)冲洗该固体，在45°C温度下真空干燥3h以得到标题的化合物(385mg,85%产量)。
N-(4-(4-(5-氰基噻唑基-2-氨基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-2-硫基)苯基)丙烯酰胺II-1
溶解于四氢呋喃(6mL)和三乙基胺(0.5mL,1.4mmol)中的2-(2-(4-氨基苯基硫基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈(150mg,0.35mmol)悬浮液，在N2下在冰浴中冷却。添加丙烯酰氯(0.034mL,0.42mmol)。20min后将该反应加热到室温。用高效液相色谱（HPLC）测试该反应结果。2.5h后添加额外的丙烯酰氯(0.010mL,0.11mmol)。6hr后蒸发该溶剂以得到黄色固体。该固体用水(2x2mL)研成粉末，然后在室温下真空干燥2h。在硅胶上急骤层析（Flash Chromatography），用氯仿：MeOH：氨=17：3：0.1洗提以得到标题的化合物(10.3mg，6%产量)：MS(ES+)479(M+H,100%);1H NMR(DMSO-d6,300MHz)(ppm):12.0(broad s,1H),10.35(s,1H),8.07(s,1H),7.84(d,2H,J=3.9Hz),7.58(d,2H,J=3.9Hz),6.44(m,1H),6.40(d,1H,J=10Hz)5.89(s,1H),5.73(d,1H,J=5.7Hz),3.47(s,3H),2.34(m,4H),2.20(m,4H).
可逆的参考化合物1
N-(4-(4-(5-氰基噻唑基-2-氨基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-yl)嘧啶基-2-硫基)苯基)丙酰胺
将2-(2-(4-氨基苯基硫基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈(70mg,0.16mmol)悬浮液保留在四氢呋喃(6mL)和三乙基胺(0.1mL，0.7mmol)中，然后在N2下在冰浴中冷却。在四氢呋喃(1mL)中添加丙酰氯(0.017mL,0.19mmol)。10min后将该反应加热到室温。50分钟后添加丙酰氯(0.005mL,0.055mmol)。2h后蒸发该溶剂以得到略带灰(或黄)色的白色的固体。该固体用水(2x2mL)和EtOAc(2x2mL)研成粉末，然后在真空中45°C温度下干燥16h以得到标题的化合物(56mg，78%产量)：MS(ES+)503(M+Na,25%),481(M+H,100%);1H NMR(DMSO-d6,300MHz)(ppm):12.0(s,1H),10.07(s,1H),8.08(s,1H),7.77(d,2H,J=3.7Hz),7.54(d,2H,J=3.7Hz),5.92(s,1H),3.54(s,3H),2.48(m,4H),2.34(m,4H),1.07(m,3H,J=1.5Hz)。
实施例2
2-(2-(1-丙烯酰哌啶基-4-硫基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈II-2
叔丁基4-(4-氯-6-(5-氰基噻唑基-2-氨基)嘧啶基-2-硫基)哌啶基-1-甲腈
将溶解于无水THF(20ml)中的4-氢硫基-哌啶基-1-羧酸、叔丁基酯(482mg,2.22mmol)，(参考WO2007/030366,pg.136中所描述的制备)的搅拌过的溶液在氮气下用氢化钠(60%分散剂，189mg，4.72mmol)处理15分钟后，将2-(6-氯-2-甲基黄酰基-哌啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈(700mg,2.22mmol)一次添加，且在环境温度下搅拌该反应混合物18小时。在真空下用水萃取过量的试剂以及除去有机溶剂。该滤渣在水和醋酸乙酯之间被分隔开，以及干燥(MgSO4)该有机层，在真空中过滤且浓缩该滤渣。通过闪蒸塔洗提该原产品(硅胶60，230-400网目,3:2=己烷:EtOAc)以得到标题的化合物，橙色、非结晶固体、50mg(25%).MS(ES+):(M+Na)+=475;1H-NMR(DMSO-d6).:12.82(brs,1H),8.38(s,1H),6.79(s,1H),4.02(m,1H),3.80(m,4H),1.98-2.08(m,2H),1.55(m,2H),1.39(s,9H)。
叔丁基4-(4-(5-氰基噻唑基-2-氨基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)哌啶基-2-硫基)哌啶基-1-甲腈
将溶解于n-丁醇(7ml)中的叔丁基4-(4-氯-6-(5-氰基噻唑基-2-氨基)哌啶基-2-硫基)哌啶基-1-甲腈(250mg,0.55mmol)、N-甲基哌嗪(0.187ml,1.66mmol)和N,N-二异丙基乙胺(0.289ml,1.66mmol)混合物，在120°C温度下加热1.5 小时。浓缩该反应混合物且该滤渣同水泥浆状混合。过滤该获得的产品，并且用水和丙酮冲洗以得到标题的化合物225mg(79%)。MS(ES+):(M+1)+=517,(M+Na)+=539;1H-NMR(DMSO-d6):12.00(br s,1H),8.25(s,1H),5.93(s,1H),3.92(m,1H),3.83(m,2H),3.50(m,4H),3.04(m,2H),2.36(m,4H),2.20(s,3H),2.06(m,2H),1.52(m,2H),1.40(s,9H)。
2-(2-(哌啶基-4-硫基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈
将溶解于3.0N HCl溶液中的叔丁基4-(4-(5-氰基噻唑基-2-氨基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)哌啶基-2-硫基)哌啶基-1-甲腈(292mg,0.57mmol)的混合物溶解于甲醇(8mL)中，在环境温度下搅拌19小时。浓缩该反应混合物且该滤渣盘旋卷曲在饱和的碳酸氢钠水溶液中几分钟。该淡黄色，非结晶固体用水冲洗后收集且在真空中在40-50°C温度下干燥以得到187mg(79%)的标题的化合物。MS(ES+)(M+1)+=417。
2-(2-(1-丙烯酰哌啶基-4-硫基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈II-2
将三乙基胺(0.188ml,1.35mmol)和丙烯酰氯(0.044ml,0.54mmol)添加到2-(2-(哌啶基-4-硫基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈(225mg)的无水THF(2ml)中溶液中。在环境温度下搅拌该反应混合物1小时且在真空下浓缩。通过闪蒸塔(硅胶60,230-400网目,5%2.0M NH3-甲醇氯仿溶液至10%2.0M NH3-甲醇氯仿溶液)洗提该滤渣。用三乙基胺氢氧化物一起洗脱出该产品，且在环境温度下该混合物盘旋卷曲在水中12小时。收集剩余的不溶性固体，用水冲洗，且在真空下在40-50°C温度下干燥以得到21.5mg(10%)标题的化合物。MS(ES+):(M+1)+=471;1H-NMR(DMSO-d6).:12.00(brs,1H),8.25(s,1H),6.90(m,1H),6.10(d,1H),5.94(s,1H),5.68(d,1H),4.40(m,1H),4.00(m,2H),3.60(m,4H),3.10(m,2H),2.37(m,4H),2.21(s,3H),2.12(m,2H),1.60(m,2H)。
实施例3
(E)-2-(2-(1-(4-二甲氨基)丁基-2-烯酰基)哌啶基-4-硫基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈II-5
在0°C温度下在N2下将乙二酰氯(0.18mL,2.063mmol)逐滴（通过注射器）添加到溶解于10mL THF中的4-二甲氨基-丁基-2-丁烯酸，氢氧化物(0.322g,1.944mmol)的正搅拌着的悬浮液中，其中，该THF含有5滴DMF。立即开始形成气体。该样品在0°C温度下搅拌30min，在室温温度下搅拌4h，在0°C温度下冷却，然后用逐滴加入50mL的THF中的2-(2-(哌啶基-4-硫基)-6-(4-甲基哌嗪-1-基)嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈(0.405g,0.972mmol)的悬浮液进行处理，随后用三乙基胺(0.34mL,2.439mmol)处理。去除该冰 浴并且在室温下搅拌该样品2h。浓缩该样品，然后在EtOAc和NaHCO3的盐溶液之间分隔出该样品。用饱和的NaCl水溶液冲洗、(MgSO4)干燥，过滤、浓缩该有机萃取物，以及用色谱分析法(MPLC,硅胶,CHCl3中的10%MeOH200mL，然后1%浓缩的氢氧化铵-10%甲醇)得到全部的略带灰(或黄)色的白色化合物0.201g(39%)。1H NMR(DMSO-d6)1.59(m,2H),2.16-2.21(m,11H),2.36-2.38(m,4H),3.03(m,4H),3.52(m,4H),3.97-4.01(m,2H),4.19-4.21(m,1H),5.95(b,1H),6.61(m,2H),8.26(s,1H)and 12.0(bs,1H).MS(APCI)m/z 528(M+1,100%)。
实施例4
2-(2-(1-丁基-2-炔酰基)哌啶基-4-硫基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈II-3
在0°C温度下在N2下将氯甲酸异丁酯(0.097mL,0.748mmol)添加到溶解于5mL THF中的2-丁炔酸(0.63g,0.749mmol)和三乙基胺(0.104mL,0.746mmol)的正在搅拌着的溶液中。在0°C温度下搅拌该混合物15min，然后，将2-(2-(哌啶基-4-硫基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈(0.250g,0.600mmol)的20mL THF溶液逐滴加入。在0°C温度下搅拌该样品1h，然后在EtOAc和NaHCO3的盐溶液之间分隔出该样品。在真空中用饱和的NaCl水溶液冲洗、(MgSO4)干燥，过滤、浓缩该有机萃取物。用色谱分析法分析该残留物(硅胶,CHCl3中1%NH4OH-10%MeOH)以得到淡黄色的标题的化合物0.067g(23%)。1H NMR(DMSO-d6)1.35-1.66(m,2H),2.03-2.21(m,7H),2.38(bs,3H),3.10(m,1H),3.34-3.52(m,which also contains the water  peak,~7H),3.98(bs,1H),4.08-4.16(m,2H),5.95(s,1H),8.26(s,1H)and 12.10(bs,1H).MS(APCI)m/z 483(M+1,100%)。
可逆的参考化合物2
2-(2-(1-丙酰哌嗪基-4-硫基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈
在0°C温度下在N2下将丙酰氯(0.05mL,0.576mmol)添加到溶解于5mLTHF中的2-(2-(哌啶基-4-硫基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈(0.200g,0.480mmol)和三乙基胺(0.20mL,1.435mmol)的正在搅拌着的悬浮液中。在0°C温度下搅拌该样品1h，然后在EtOAc和NaHCO3的盐溶液之间分隔出该样品。在真空中用饱和的NaCl水溶液冲洗、(MgSO4)干燥，过滤、浓缩该有机萃取物。用色谱分析法分析该残留物(硅胶,CHCl3中1%NH4OH-10%MeOH)以得到全部的淡黄色化合物0.169g(74%)。1H NMR(DMSO-d6)0.99(m,3H),1.49-1.60(m,2H),2.0-2.6(m,which also containsDMSO,~11H),2.97(m,1H),3.2-3.6(m,which also contains water,~5H),3.81-4.19(m,3H),5.95(s,1H),8.26(s,1H)and 12.06(bs,1H).MS(APCI)m/z 473(M+1,100%)。
实施例5
N-(2-(4-(5-氰基噻唑基-2-氨基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-2-硫基)乙基)丙烯酰胺II-4
叔丁基2-(4-氯-6-(5-氰基噻唑基-2-氨基)嘧啶基-2-硫基)乙基氨基甲酸酯
在室温下在N2下将溶解于10mL THF的叔丁氧羰基-半胱胺（Boc-cysteamine）(2.00g,11.28mmol)溶液逐滴加入到2-(6-氯-2-甲基磺酰基嘧啶基-4-氨基)噻唑基-5-甲腈(2.80g,8.87mmol)和三乙基胺(3.1mL,22.24mmol)的50ml THF的正在搅拌着的溶液中。该反应搅拌4h，浓缩，然后在EtOAc和NaHCO3的盐溶液之间分隔出该样品。在真空中用饱和的NaCl水溶液冲洗、(MgSO4)干燥，过滤、浓缩该有机萃取物以得到棕油色固体。将该样品保留在30mL EtOAc中，在室温温度下搅拌30min并且过滤。用冷却的EtOAc冲洗该固体并且在真空中干燥以得到全部的棕褐色固体化合物1.44g(39%)。MS(APCI)m/z 435/437(M+23,100/43%),413/415(M+1,10/4%)和357/359(M-55,20/8%).TLC(SiO2,己烷中50%EtOAc),在Rf 0.37的单一化合物。
叔丁基2-(4-(5-氰基噻唑基-2-氨基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-2-硫基)乙基氨基甲酸酯
在密封瓶中，将溶解于20mL EtOH中的叔丁基2-(4-氯-6-(5-氰基噻唑基-2-氨基)嘧啶基-2-硫基)乙基氨基甲酸酯(1.44g,3.48mmol)，1-甲基哌嗪基(0.48mL,4.32mmol)和二异丙基乙胺(diisopropylethylamin)(1.30mL,.46mmol)混合物在80°C温度下加热24h。冷却且过滤该样品。用冷EtOH冲洗该固体且在真空中干燥该固体以得到全部的略带灰(或黄)色的白色的固体化合物1.16g(70%)。MS(APCI)m/z 477(M+1,100%)。TLC(SiO2,CHCl3中的10%MeOH),在Rf0.28的单一化合物。
2-(4-(5-氰基噻唑基-2-氨基-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-2-硫基)乙胺
在室温下在N2下，用20mL三氟乙酸处理溶解于20mL CH2Cl2中的叔丁基2-(4-(5-氰基噻唑基-2-氨基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-2-硫基)乙基氨基甲酸酯(1.13g,2.37mmol)的正在搅拌着的悬浮液。根据添加，所有的固体倒入溶液中。在室温下搅拌该溶液2h，然后在真空中浓缩以得到黑棕油色。NaHCO3盐溶液滤渣的碱化制备出一种固体。在室温下搅拌该样品2h，过滤，用水冲洗，且在真空中干燥以得到淡棕色固体的标题的化合物0.913g(>100%)。
N-(2-(4-(5-氰基噻唑基-2-氨基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-2-硫基)乙基)丙烯酰胺II-4
在0°C温度下在N2下将丙烯酰氯(0.13mL,1.60mmol)添加到溶解于25mLTHF中的2-(4-(5-氰基噻唑基-2-氨基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-2-硫基)乙胺(0.473g,1.256mmol)和三乙基胺(0.35mL,2.51mmol)的正在搅拌着的悬浮液中。可以将该样品在整个晚上缓慢加热到室温，然后，在EtOAc和1NNaOH溶液之间分隔出该样品。用饱和的NaCl水溶液冲洗、(MgSO4)干燥，过滤、浓缩该有机萃取物，以及用色谱分析法(硅胶,CHCl3中的1%浓缩的NH4OH-10%MeOH)得到全部的略带灰(或黄)色的白色化合物。1H NMR(DMSO-d6)2.12-2.61(m,其也含有DMSO,~7H),3.16-3.67(m,其也含有水,~8H),5.59-5.61(m,1H),5.95(s,1H),6.11(m,1H),6.19-6.21(m,2H),8.249s,1H)and 8.37(bs,1H).MS(APCI)m/z 431(M+1,100%)。
实施例6
N-(4-(4-(3-甲基-1H-吡唑基-5-氨基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-2硫基)苯基)丙烯酰胺II-53
4,6-双氯-2-甲磺酰嘧啶 
将4,6-双氯-2-(甲硫基)哌啶(24g,0.123mol)在搅拌和冰浴条件下溶解于500ml CH2Cl2中。在40min之内缓慢地添加间氯过氧苯甲酸(Meta-chloroperoxybenzoic acid)(约0.29mol)。搅拌该反应混合物4h，用CH2Cl2洗提，然后用50%Na2S2O3/NaHCO3溶液处理。用饱和的NaCl水溶液冲洗、MgSO4干燥，过滤该有机相。在真空下除去溶剂生产出约24g全部的淡紫色冷却的固体化合物。
叔丁基1N-(4-氢硫基苯基)氨基甲酸酯
将4-氨基苯硫酚(4-Aminothiophenol)(25g,0.2mol)溶解于250ml EtOAc中。用冰浴冷却该溶液，并且将二叔丁基碳酸氢钠(di-t-butyldicarbonate)(48g,0.22mol)一边搅拌一边逐滴加入。搅拌1h后，添加溶解于200ml水中的饱和的NaHCO3。搅拌该反应混合物整个晚上。用水、饱和的NaCl水溶液冲洗、MgSO4干燥、然后过滤该有机相。在真空下除去有机溶剂生产出约68g黄油状物，用己烷处理以得到约50g的标题的化合物如黄色固体。
叔丁基4-(4,6-双氯嘧啶基-2-硫基)苯基氨基甲酸酯
将溶解于150ml t-BuOH中的叔丁基1N-(4-氨基苯硫酚基)氨基甲酸酯(5g,0.022mol)和4,6-双氯-2-甲磺酰嘧啶(5g,0.026mol)的混合物在回流下加热1h，然后加入NaOAc(0.5g)。在回流下另外加热该反应14h。在真空相 爱除去溶剂，且将该滤渣溶解于醋酸乙酯中。用K2CO3溶液连续地冲洗、MgSO4干燥、然后过滤该有机相。除去溶剂生产出约5g的全部黄色固体化合物。
叔丁基4-(4-氯-6-(3-甲基-1H-吡唑基-5-氨基)嘧啶基-2-硫基)苯基氨基甲酸酯
将溶解于1ml DMF中的叔丁基4-(4,6-双氯嘧啶基-2-硫基)苯基氨基甲酸酯(100mg,0.27mmol)、3-甲基-5-氨基-1H-吡唑(28.7mg,0.3mmol)、二异丙基乙胺(41.87mg)和NaI(48.6mg,0.324mmol)溶液在85°C加热4h。随后冷却，并且用20mL醋酸乙酯洗提，用水和饱和的NaCl水溶液连续地冲洗、MgSO4干燥、然后过滤该有机相。在真空中除去溶剂生产出约120mg的原产物，用硅胶(30%EtOAc/己烷)提纯以得到64mg标题的化合物。
叔丁基4-(4-(3-甲基-1H-吡唑基-5-氨基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-2-硫基)苯基氨基甲酸酯
将叔丁基4-(4-氯-6-(3-甲基-1H-吡唑基-5-氨基)嘧啶基-2-硫基)苯基氨基甲酸酯(61mg,0.14mmol)和1ml甲基哌嗪的混合物在110°C温度下加热2h。用醋酸乙酯洗提该反应混合物。用水冲洗、MgSO4干燥、然后过滤该有机 相。在真空中除去溶剂生产出约68.2mg的原产物如淡棕色固体，用硅胶(30%EtOAc/己烷)提纯以得到49.5mg标题的化合物。MS(M+H+):497.36。
2-(4-氨基苯硫酚基)-N-(3-甲基-1H-吡唑基-5-氨基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-4-胺
用溶解于2ml 5N HCl处理5ml MeOH中的叔丁基4-(4-(3-甲基-1H-吡唑基-5-氨基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-2-硫基)苯基氨基甲酸酯(44.5mg)溶液。当TLC表明没有初始原料剩余时，用醋酸乙酯洗提该反应混合物。用NaHCO3和饱和的NaCl水溶液洗提、MgSO4干燥、然后过滤该有机相。在真空中除去溶剂生产出约32.1mg标题的化合物。1H NMR(300MHz,DMSO-d6):11.68(s,1H),9.65(s,1H),9.25(s,1H),7.60(d,2H),7.45(d,2H),6.00(s,1H),5.43(s,1H),2.38(m,4H),2.20(m,2H),2.05(m,2H),1.52(s,6H),MS(M+H+):397.18。
N-(4-(4-(3-甲基-1H-吡唑基-5-氨基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-2硫基)苯基)丙烯酰胺II-53
在0°C温度下将丙烯酰氯(6.85mL,7.33mg,0.081mmol)添加到溶解于3mlCH2Cl2的2-(4-氨基苯硫酚基)-N-(3-甲基-1H-吡唑基-5-基)-6-(4-甲基哌嗪基-1-基)嘧啶基-4-胺(32.1mg,0.081mmol)溶液中。30min后，用醋酸乙酯洗提该反应混合物。用NaHCO3溶液和饱和的NaCl水溶液洗提、MgSO4干燥、然 后过滤该有机相。除去溶剂生产出原产物，用硅胶提纯以得到20mg的标题的化合物。MS(M+H+):451.36。
实施例7
4-(4-(3-(4-丙烯酰胺基-3-(三氟甲基)苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺XVIII-11
C,C’-双-叔-丁基N-4-氨基-2-三氟甲基苯基)亚氨基碳酸氢钠(iminodicarbonate)
在室温下将4-DMAP(1.22g,10mmol)和二碳酸二叔丁酯(Boc anhydride)(13.13g,50mmol)添加到溶解于1,4-二氧杂环已烷(50mL)中的4-硝基-2-三氟甲基苯胺(4.12g,20mmol)搅拌过的溶液中。在110℃温度下加热该反应混合物2h。在减压下冷却、浓缩该反应混合物，并且将该滤渣溶解于EtOAc(25mL)中。用10%柠檬酸溶液(5mL)、水(5mL)和饱和的NaCl(2mL)水溶液冲洗该反应混合物。随后，在减压下通过浓缩用Na2SO4干燥得到滤渣，用柱状色谱分析法提纯该滤渣(SiO2,60-120,聚对苯二甲酸乙二醇酯***(pet ether)/醋酸乙酯,6/4)以得到5.3g(13mmol)双-叔丁氧羰基(bis-Boc)中间 产物如暗淡黄色固体。将这原料溶解于50mL甲醇中。在氮气气氛下将乙酸(3mL)加入到该溶液中，随后加入铁粉末(1.71g,19.4g-atom)。在70℃温度下加热该反应混合物2h，在室温下冷却并且通过 床过滤。在减压下浓缩该过滤物，且用EtOAc(30mL)洗提该滤渣。用水(2mL)和饱和的NaCl水溶液(2mL)洗提、Na2SO4干燥该过滤物。在减少压力下浓缩得到滤渣，用柱状色谱分析法进一步提纯(SiO2,60-120,聚对苯二甲酸乙二醇***/醋酸乙酯,6/4)以得到3.19g全部的略带灰(或黄)色的白色固体化合物。
4-(4-(3-(4-氨基-3-(三氟甲基)苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺
将氧氯化碳(phosgene)(20%甲苯溶液,0.91mL,1.85mmol)添加到溶解于甲苯(5mL)中的C,C’-双-叔-丁基N-4-氨基-2-三氟甲基苯基)亚氨基碳酸氢钠(0.5g,1.32mmol)和Et3N(0.6mL,5.97mmol)的搅拌过的溶液中。在回流下加热该反应混合物16h，然后冷却到室温(rt)。加入4-(4-氨基苯硫酚)-N-甲基-2-哌啶甲酰胺(0.32g,1.32mmol)，且在回流下加热该反应混合物2h。之后，在通风橱中用水(5mL)淬火该反应混合物，用EtOAc(2x20mL)萃取。用饱和的NaCl水溶液(15mL)冲洗、Na2SO4干燥以及在减压下浓缩该醋酸乙酯萃取物以得到0.62g标题的化合物。
4-(4-(3-(4-丙烯酰胺基-3-(三氟甲基)苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺XVIII-11
在0°C温度下将丙烯酰氯(0.03g,0.33mmol)添加到溶解于DMF(5mL)中的4-(4-(3-(4-氨基-3-(三氟甲基)苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺(0.1g,0.22mmol)和吡啶(0.035g,0.45mmol)的搅拌过的溶液中。该反应可以在室温下进行且进一步搅拌12h，用冰冷水(10mL)淬火，且用EtOAc(2x20mL)萃取。用饱和的NaCl水溶液(5mL)冲洗、Na2SO4干燥以及在减压下浓缩该醋酸乙酯萃取物以得到原XVIII-11。该原产物最初用中性氧化铝柱色谱分析法提纯，然后用各个步骤提纯。HPLC以得到全部白色固体化合物18mg。1HNMR(MeOD)ppm:2.94(s,3H),5.82(d,J=10.0Hz,1H),6.37(dd,J=1.76&17.16Hz,1H),6.50(dd,J=10.28&17.16Hz,1H),7.06(dd,J=2.6&5.94Hz,1H),7.11-7.15(m,2H),7.45(d,J=8.64Hz,1H),7.56-7.61(m,3H),7.67(dd,J=2.24&8.48Hz,1H),8.0(s,1H),8.45-8.55(m,1H);LCMS:m/e501(M+2)。
实施例8
(E)-4-(4-(3-(4-(双甲基氨基)丁烯-2-酰氨基)-3-(三氟甲基)苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺XVIII-12
在0℃温度下将乙二酰氯(0.171g,1.34mmol)添加到溶解于CH3CN(2.0mL)中的4-双甲基氨基-2-丁烯酸(0.186g,1.12mmol)的搅拌过的溶液中。可以将该反应混合物在0℃温度下搅拌1/2h，然后在常温下搅拌2h。最后，在45°C温度下加热5min，后冷却，且所述反应混合物不需进一步纯化被取出以进行下一步骤。
在0℃温度下将上述4-双甲基氨基丁烯-2-烯酰氯添加到溶解于NMP(2.0mL)中的4-(4-(3-(4-氨基-3-(三氟甲基)苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺(0.1g,0.224mmol)的搅拌过的溶液中。在0℃至10℃搅拌该反应混合物2h，用冷水(10mL)淬火，用三乙基胺碱化，以及用三氯甲烷萃取(3x10mL)。用水(10mL)和饱和的NaCl水溶液(10mL)连续地冲洗该结合的有机萃取物，且用Na2SO4干燥。随后，在减压下通过柱状色谱分析法(中性Al203,CHCl3/MeOH,99/1)纯化来浓缩以得到全部淡黄色固体化合物(0.04g)。 1H NMR(DMSO-d6)ppm:2.17(s,6H),2.77(d,J=4.84Hz,3H),3.04(d,J=5.8Hz,2H),6.32(d,J=14.84Hz,1H),6.69(td,J=5.92&15.44Hz,1H),7.13-7.18(m,3H),7.37-7.40(m,2H),7.58-7.60(m,3H),8.00(d,J=2.36Hz,1H),8.49(d,J=5.6Hz,1H),8.77(q,J=4.52Hz,1H),8.95(s,1H),9.10(s,1H),9.55(s,1H);LCMS:m/e 557.2(M+1)。
实施例9
4-(4-(3-(4-(2-氯乙酰胺基)-3-(三氟甲基)苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺XVIII-13
在0℃温度下在N2下将氯乙酰氯(0.045g,0.404mmol)逐滴添加到溶剂为dry THF(10mL)的4-(4-(3-(4-氨基-3-(三氟甲基)苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺(0.15,0.34mmol)和Et3N(0.05g,0.51mmol)的搅拌过的溶液中。可以将该反应混合物置于室温下且在此室温温度下搅拌12h。在减压下浓缩，用水(10mL)淬火，用EtOAc(2x25mL)萃取该混合物。用水(10mL)和饱和的NaCl(10mL)水溶液冲洗该结合的EtOAc萃取物，用Na2SO4干燥以及在减压下浓缩该结合的EtOAc萃取物以得到滤渣。用柱状色谱分析法进一步纯化(中性Al2O3,CHCl3/MeOH混合物)以得到全部的乳脂色固体化合物(0.025g)。1HNMR(DMSO-d6)ppm:2.77(d,J=4.8Hz,3H),4.28(s,2H),7.13-7.18(m,3H),7.37-7.39(m,2H),7.58-7.63(m,3H),8.20(d,J=2.28Hz,1H),8.50(d,J=5.6Hz,1H),8.70-8.80(m,1H),8.96(s,1H),9.13(s,1H),9.83(s,1H);LCMS:m/e522.2(M+1)。
实施例10
4-(4-(3-(4-(2-氯丙酰胺基)-3-(三氟甲基)苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺XVIII-14
将Et3N(0.07mL,0.51mmol)添加到溶解于THF(5mL)中的4-(4-(3-(4-氨基-3-(三氟甲基)苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺(0.15g,0.34mmol)的搅拌过的溶液中，且将该反应混合物冷却至0℃。在同样的温度（0℃）下将2-氯丙酰氯(0.064g,0.51mmol)逐滴加入其中。可以将该反应混合物置于室温下且在此室温温度下搅拌12h。用醋酸乙酯(5mL)洗提，用水(2mL)和饱和的NaCl水溶液(2mL)冲洗，以及用Na2SO4干燥。随后，在减压下浓缩过滤得到滤渣，该滤渣用柱状色谱分析法纯化(SiO2,60-120,氯仿/甲醇,9/1)以得到全部的白色固体化合物(0.01g)。1H NMR(DMSO-d6)ppm:1.61(d,J=6.8Hz,3H),2.79(d,J=5.2Hz,3H),4.75(q,J=6.8Hz,1H),7.14-7.19(m,3H),7.35-7.39(m,2H),7.59-7.65(m,3H),8.02(d,J=2.4Hz,1H),8.51(d,J=5.6Hz,1H),8.70-8.80(m,1H),8.98(s,1H),9.15(s,1H),9.85(s,1H);LCMS:m/e536.1(M+1)。
可逆的参考化合物3
4-(4-(3-(4-(丙酰胺基)-3-(三氟甲基)苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺
在0℃温度下将丙酰氯(0.023g,0.25mmol)逐滴添加到溶解于DMF(2mL)中的4-(4-(3-(4-氨基-3-(三氟甲基)苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺(0.1g,0.23mmol)和Et3N(0.04g,0.43mmol)的搅拌过的溶液中。可以将该反应混合物置于室温下且在此室温温度下搅拌16h。在减压下浓缩以及将该滤渣取出放入水(2mL)中，且用EtOAc(2x20mL)萃取。用饱和的NaCl水溶液(2mL)冲洗，以及用Na2SO4干燥。随后，在减压下用柱状色谱分析法(SiO2,230-400,CHCl3/MeOH的混合物)纯化浓缩得到全部的略带灰(或黄)色的白色固体化合物(0.024g)。1H NMR(MeOD)ppm:1.23(t,J=7.6Hz,3H),2.35-2.55(m,2H),2.94(s,3H),7.05-7.07(m,1H),7.11-7.15(m,2H),7.39(d,J=8.7Hz,1H),7.56-7.60(m,3H),7.63-7.66(dd,J=2.32&8.44Hz,1H),7.98(d,J=2.36Hz,1H),8.47(d,J=5.64Hz,1H);LCMS:m/e 503.2(M+1)。
实施例11
4-(4-(3-(3-丙烯酰胺基)-4-氯苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺XVIII-15
C,C’-双-叔-丁基N-3-硝基-5-氯苯基)亚氨基碳酸氢钠
在室温下将4-DMAP(1g,8.7mmol)和二碳酸二叔丁酯(Boc anhydride)(9.5g,43.6mmol)添加到溶解于1,4-二氧杂环已烷(50mL)中的3-硝基-5-氯苯胺(3g,17.4mmol)的搅拌过的溶液中。冷却该反应混合物，在减压下浓缩该混合物且将该滤渣溶解于EtOAc(25mL)中。用10%柠檬酸溶液(5mL)、水(5mL)和饱和的NaCl(2mL)水溶液冲洗。随后，在减压下通过浓缩用Na2SO4干燥已得到滤渣，用柱状色谱分析法(SiO2,60-120,聚对苯二甲酸乙二醇***/醋酸乙酯,6/4)纯化以得到4.2g全部的淡黄色固体化合物。
(2)C,C’-双-叔-丁基N-3-氨基-5-氯苯基)亚氨基碳酸氢钠
将乙酸(2.5mL)添加到甲醇(25mL)中的C,C’-双-叔-丁基N-3-硝基-5-氯苯基)亚氨基碳酸氢钠(1.9g,5.1mmol)的搅拌过的溶液中，随后，在氮气下，加入铁粉末(0.45g,7.6g-atom(克分子（摩尔）))。在70℃温度下加热该反应混合物2h，在室温下冷去以及通过 bed过滤。在在减压下浓缩该混合物且用EtOAc(10mL)洗提该滤渣。用水(2mL)和饱和的NaCl(2mL)水溶液连续地冲洗。随后，在减压下通过浓缩用Na2SO4干燥已得到滤渣，用柱状 色谱分析法(SiO2,60-120,聚对苯二甲酸乙二醇***/醋酸乙酯,6/4)纯化以得到1.2g全部的略带灰(或黄)色的白色固体化合物。
4-(4-(3-(3-叔-丁基-氧羰基氨基)-4-氯苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺
在0℃温度下将氧氯化碳溶液(20%甲苯溶液,1.01g,2.19mmol)添加到溶解于CH2Cl2(5mL)中的4-(4-氨基苯氧基)-N-甲基-2-哌啶甲酰胺(0.36g,1.4mmol)的搅拌过的溶液中以及在室温下搅拌该反应混合物15min。再将其冷却到0℃温度且将Et3N(0.44g,4.38mmol)添加到其中。然后，在350C温度下搅拌该反应混合物3h直至当TLC分析表明没有初始原料时。再次将该反应混合物冷去到0℃温度且将C,C’-双-叔-丁基N-3-氨基-5-氯苯基)亚氨基碳酸氢钠(0.5g,1.4mmol)加入其中。可以可以将该反应混合物置于室温下且在此室温温度下搅拌16h。冷却该混合物至室温，用水(2mL)淬火以及分离开二氯甲烷层，以及用Na2SO4干燥。随后，在减压下浓缩过滤得到滤渣，该滤渣用柱状色谱分析法纯化(SiO2,60-120,氯仿/甲醇,9/1)以得到0.4g全部的棕色固体化合物。
4-(4-(3-(3-丙烯酰胺基)-4-氯苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺XVIII-15
在0℃温度下将TFA(0.195g,1.71mmol)添加到溶解于CH2Cl2(5mL)中的4-(4-(3-(3-双-叔-丁氧羰氨基)-4-氯苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺(0.35g,0.59mmol)的搅拌过的溶液中。可以将该反应混合物置于室温下且在此室温温度下搅拌3h。用NaHCO3溶液(5mL)淬火，分离开有机层以及用Na2SO4干燥。随后，在减压下通过浓缩来过滤以得到滤渣，用柱状色谱分析法(SiO2,60-120,氯仿/甲醇,9/1)纯化该滤渣以得到淡棕色固体的氨基中间产物(0.15g)。将该材料溶解于NMP(3mL)中以及在0℃温度下添加丙烯酰氯。可以将该反应混合物置于室温下且在此室温温度下搅拌1h。用CH2Cl2(2mL)洗提该混合物，用NaHCO3溶液(1mL)、水(1mL)、饱和的NaCl水溶液(1mL)冲洗该混合物，并且用Na2SO4干燥。随后，在减压下通过浓缩来过滤以得到滤渣，用柱状色谱分析法(SiO2,60-120,氯仿/甲醇,9/1)纯化该滤渣以得到0.07g全部的白色固体化合物。1H NMR(DMSO-d6)ppm:2.77(d,J=4.84Hz,3H),5.78(dd,J=1.8&10.12Hz,1H),6.28(dd,J=1.84&16.96Hz,1H),6.62(dd,J=10.16&16.92Hz,1H),7.12-7.17(m,3H),7.35-7.41(m,3H),7.56-7.58(m,2H),7.95(d,J=1.96Hz,1H),8.49(d,J=5.6Hz,1H),8.76-8.81(m,2H),8.95(s,1H),9.85(s,1H);LCMS:m/e 464(M+1)。
实施例12
4-(4-(3-(4-(N-甲基丙烯酰胺基)苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺XVIII-16
叔丁基N-甲基-N-(4-硝基苯基)氨基甲酸酯
在0℃温度下将溶解于THF(4.0mL)中叔丁基N-(4-硝基苯基)氨基甲酸酯液(1.0g,4.19mmol)添加到溶解于THF(6.0mL)中的NaH溶液中(60%分散到石蜡油中)(251mg,6.28mmol)超过15min。在同样温度下搅拌该反应混合物15min，以及将甲基碘(590.8mg,4.19mmol)添加到其中。将该反应混合物加热到室温，以及在50℃下搅拌16h。冷却该混合物，用冰冷水(10.0mL)淬以及用EtOAc(3x50mL)萃取。在减压下用水(50mL)、饱和的NaCl水溶液(50mL)冲洗、用Na2SO4干燥该结合EtOAc的萃取物。用柱状色谱分析法进一步提纯该滤渣(SiO2,60-120,己烷/醋酸乙酯90/10)以得到全部的黄色固体化合物(300mg)。
叔丁基N-甲基-N-(4-氨基苯基)氨基甲酸酯
将10%Pd/C(0.012g)添加到溶解于EtOAc(5mL)中的叔丁基N-甲基-N-(4-硝基苯基)氨基甲酸酯(0.090g,0.356mmol)，以及可以在H2大气压下(1.5Kg氢压力)在室温下搅拌该反应混合物16h。通过一打 过滤该反 应混合物，以及在减压下浓缩该反应混合物以得到全部的褐色粘稠的油状化合物(42mg)。
4-(4-(3-(4-叔-丁氧基羰基甲基氨基苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺
在0℃温度下将氧氯化碳(20%甲苯溶液,0.85mL,1.61mmol)添加到溶解于甲苯(4mL)中的叔丁基N-甲基-N-(4-氨基苯基)氨基甲酸酯(0.2g,0.89mmol)和Et3N(318mg,3.14mmol)中。可以将该反应混合物回流16h，冷却倒室温以及将4-(4-氨基苯氧基)-N-甲基-2-哌啶甲酰胺(0.218g,0.89mmol)加入到该反应混合物中，以及再次将该反应混合物回流4h中。在通风橱中用水(5mL)淬火该反应混合物，用EtOAc(2x20mL)萃取该反应混合物以及用饱和的NaCl(15mL)水溶液冲洗该醋酸乙酯萃取物，用Na2SO4干燥以及在减压下浓缩该反应混合物。用柱状色谱分析法(SiO2,60-120,己烷/醋酸乙酯：60/40)进一步提纯该滤渣以得到全部的略带灰(或黄)色的白色固体化合物(78mg)。
4-(4-(3-(4-甲基氨基苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺
在0℃温度下将三氟乙酸(0.38mL)添加到溶解于CH2Cl2(2.5mL)中的4-(4-(3-(4-叔-丁氧基羰基甲基氨基苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺(76mg,0.154mmol)的搅拌过的溶液中。可以将该反应混合物置于室温下且在此室温温度下搅拌16h。然后，用冰冷水(3mL)淬火以及用10%NaHCO3碱化该反应混合物。用EtOAc(2x25mL)萃取该反应混合物。以及用饱和的NaCl(5mL)水溶液冲洗该结合的EtOAc萃取物，用Na2SO4干燥以及在减压下浓缩该反应混合物以得到标题的化合物(24mg)。
4-(4-(3-(4-(N-甲基丙烯酰胺基)苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺XVIII-16
在0℃温度下将丙烯酰氯(11.53mg,0.127mmol)添加到溶解于NMP(1.0mL)中的4-(4-(3-(4-甲基氨基苯基)苯基)脲基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺(20mg,0.051mmol)的搅拌过得溶液中。在0℃温度下搅拌该反应混合物30min，可以将该反应混合物置于室温下以及在同样的温度下搅拌该反应混合物90min。用水(2mL)淬火，用10%NaHCO3溶液碱化该反应混合物，以及用二氯甲烷(2x20mL)萃取该反应混合物。用水(5mL)冲洗该结合的CH2Cl2萃取物，然后，用Na2SO4干燥以及在减压下浓缩该反应混合物。用柱状色谱分析法(SiO2,230-400,MeOH/CHCl3:1/99)进一步提纯得到的滤渣以得到全部的略带灰(或黄)色的白色固体化合物(5mg)。1H NMR(CDCl3)ppm:3.05(d,J=5.2Hz,3H),3.33(s,3H),5.51(d,J=9.6Hz,1H),6.08-6.15(m,1H), 6.35(bd,J=17.2Hz,1H),6.98(d,J=8.44Hz,2H),7.07-7.12(m,3H),7.39(d,J=8.4Hz,2H),7.49(d,J=6.8Hz,2H),7.64(s,1H),8.16(s,1H),8.25(s,1H),8.43(d,J=5.6Hz,1H);LCMS:m/e 446(M+1)。
实施例13
4-{4-[4-(2-氯-乙酰基)-哌嗪基-1-yl]-5-三氟甲基-嘧啶基-2-氨基}-3-甲氧基-N-(1-甲基-哌啶基-4-基)-苯甲酰胺(III-26)
根据如下描述的步骤和中间产物制备标题的化合物。
步骤1:中间产物13a
在N2下，在0°C温度下，将溶解于10mL N-甲基-吡咯烷酮(NMP)的526mg 4-氨基-3-甲氧基-N-(1-甲基-哌啶基-4-基)-苯甲酰胺(2.0mmol)添加到 溶解于20mL二氯甲烷-甲醇(v/v 1/1)的500mg 2,4-二氯-5-三氟甲基-嘧啶(2.31mmol)和780mg溴化锌(3.46mmol)的正在搅拌的溶液中。在°C温度下搅拌30min后，LC-MS用所期望的MS m/z=444.1(ES+)表明步骤1的反应完成。由于中间产物13a的湿敏感性,该反应混合物被分成四等份(每份0.5mmol)，且被直接用于下一步骤中。
步骤2：中间产物13b
将N-叔丁氧羰基-哌嗪(N-Boc-piperizine)(0.75mmol)和100mg无水K2CO3添加到每一等份中。在常温下搅拌该反应混合物整个晚上。用50mL EtOAc萃取该反应混合物，用水和浓盐水冲洗该反应混合物，以及用无水硫酸钠干燥该反应混合物。浓缩后，该滤渣保留在***-正庚烷中。该白色固体被过滤出作为期望产物13b(120mg),MS m/z=594.2(ES+).
步骤3:中间产物13c
将2mL三氟乙酸添加到溶解于4mL无水二氯甲烷中的120mg中间产物13b(202mol)的正在搅拌的溶液中。30min后，LC-MS表明完成了去-叔丁氧羰基保护装置(de-Boc protection)，MS m/z=492.2(ES+)。在减压下除去该 溶剂，以及同甲醇/DCM一起共同蒸发几次以确保完全除尽三氟乙酸。该旅债是中间产物13c，以及可以被直接用于下一步骤。
步骤4：4-{4-[4-(2-氯-乙酰基)-哌嗪基-1-基]-5-三氟甲基-嘧啶基-2-氨基}-3-甲氧基-N-(1-甲基-哌啶基-4-基)-苯甲酰胺(III-26)
将150μL 2-氯乙酰氯添加到中间产物13c(100μmol)、溶解于2mL无水二氯甲烷中的250μL哌啶以及1mL N，N-二甲基乙酰胺的正在搅拌的溶液中。10min后，LC-MS表明完成酰化作用，以及用制备型高效液相色谱
（pre-HPLC）纯化，得到39.5mg产物III-26。MS m/z=570.2(ES+),568.2(ES-)。
实施例14
4-[4-(4-丙烯酰-哌嗪基-1-基)-5-三氟甲基-嘧啶基-2-氨基]-3-甲氧基-N-(1-甲基-哌啶基-4-基)-苯甲酰胺(III-27)
在-20℃温度下，将丙烯酰氯(acryoyl chloride)(1.2当量)添加到中间产物13c(100μmol)、溶解于2mL无水二氯甲烷的250μL哌啶以及1mL N，N-二甲基乙酰胺的正在搅拌的溶液中。10min后，用添加的200μL水淬火该反应物。浓缩该反应混合物，以及用制备型高效液相色谱纯化，得到III-27。MS m/z=548.3(ES+),546.2(ES-)。
实施例15
4-{4-[2-(2-氯-乙酰氨基)-乙氨基]-5-三氟甲基-嘧啶基-2-氨基}-3-甲氧基-N-(1-甲基-哌啶基-4-基)-苯甲酰胺(III-28)
根据下述所描述的步骤和中间产物与III-26类似的方法来制备标题的化合物。
步骤1:中间产物15b
与中间产物13b相同的方法合成中间产物15b，所不同的是使用2-N-Boc-乙胺而不是N-Boc-哌啶。MS m/z=568.2(ES+),566.2(ES-)。
步骤2:中间产物15c
与中间产物1c相同的方法制备中间产物15c，所不同的是从中间产物15B开始。MS m/z:468.2(ES+)。
步骤3:-{4-[2-(2-氯-乙酰氨基)-乙氨基]-5-三氟甲基-嘧啶基-2-氨基}-3-甲氧基-N-(1-甲基-哌啶基-4-基)-苯甲酰胺(III-28)
根据中间产物15c与III-26相类似的方法合成III-28。MS m/z=544.2(ES+),542.3(ES-)。
实施例16
4-[4-(2-丙烯酰氨基-乙氨基)-5-三氟甲基-嘧啶基-2-氨基]-3-甲氧基-N-(1-甲基-哌啶基-4-基)-苯甲酰胺(III-29)
根据中间产物15c与III-27相类似的方法合成III-29。MS m/z=522.3(ES+),520.2(ES-)。
实施例17生物化学检测
A.KDR和FLT-3Omnia检测能力评价：
下面标准描述了一种用于测量抗活性KDR和FLT-3酶的Avila Therapeutics’化合物的固有能力的连续型读取的激酶。基本上按照供应商所描述的实施该检测：(Invitrogen Carlsbad，CA；http://www.invitrogen.com/content.cfm？pageid＝11338.) 
简要地，在1倍的激酶反应缓冲剂中制备进货于Invitrogen或BPS生物科学(PV3660或40301)的10倍（10X）库存品的KDR和FLT-3(PV3182)酶、1.13X ATP(AS001A)以及Y9-Sox或Y12-Sox缩氨酸物质(KCZ1001)，所述1倍的激酶反应缓冲剂由20mM Tris、pH7.5、5mM MgCl2、1mM EGTA、 5mM-甘油磷酸盐、5%甘油(10X库存品,KB002A)以及0.2mM DTT(DS001A)组成。在27°C温度下在康宁(Corning)(#3574)384-工具槽(well)、白色、无粘结的表面微孔板(康宁，NY)中，用0.5μL体积的50%DMSO预诱导5μL的酶30min，以及在50%DMSO中逐次地制备洗提的化合物。随着45μLATP/Y9或Y5-Sox缩氨酸物质混合物的加入，开始激酶反应，以及在来自BioTek(Winooski,VT)的Synergy4板读者(plate reader)中在λex360/λem485处60分钟内每隔30-90秒跟踪激酶反应。在每次检测结束时，用线性反应动力学以及合适的数据统计(R2,95%置信区间(confidence interval),绝对平方和(absolute sum of squares))检测每个工具槽的进展曲线。每个反应的初始速度(0分钟至20+分钟)由相对荧光单位相对于时间（分钟）的线的斜率来决定，然后，用标绘的抗抑制剂浓度来估算IC50，所述IC50是GraphPad软件(San Diego,CA)中的GraphPad Prism中的多种斜率形式的抑制剂的对数相对于相应值(Log[Inhibitor]vs Response)。
[试剂]优化标准中使用的：
[PDGFR]=2-5nM,[ATP]=60μM以及[Y9-Sox缩氨酸]=10μM(ATPKMapp=61μM) 
[FLT-3]=15nM,[ATP]=500μM以及[Y5-Sox缩氨酸]=10μM(ATPKMapp=470μM) 
B.抗BTK的Omnia检测标准能力评价：
下面使用EGFR-WT和EGFR-T790M/L858R描述了标准，然后，描述了该标准BTK-优化试剂条件。
根据供应商(Invitrogen,Carlsbad,CA)他们因特网上标准的网页（资源）的地址最好地描述了所述检测平台机制(The mechanics of the assay platform)：
http://www.invitrogen.com/content.cfm?pageid=11338或 http://www.invitrogen.com/site/us/en/home/Products-and-Services/Applications/Drug-Discovery/Target-and-Lead-Identification-and-Validation/KinaseBiology/KB-Misc/Biochemical-Assays/Omnia-Kinase-Assays.html.
简要地，在1倍的激酶反应缓冲剂中制备进货于Invitrogen的10倍（10X）库存品的EGFR-WT(PV3872)或进货于BPS  生物科学的EGFR-T790M/L858R(40350)、San Diego、CA、1.13X ATP(AS001A)以及Tyr-Sox结合缩氨酸的物质(KCZ1001)，所述1倍的激酶反应缓冲剂由20mMTris、pH7.5、5mM MgCl2、1mM EGTA、5mM  -甘油磷酸盐、5%甘油(10X库存品,KB002A)以及0.2mM DTT(DS001A)组成。在27°C温度下在康宁(Corning)(#3574)384-工具槽(well)、白色、无粘结的表面微孔板(康宁，NY)中，用0.5μL体积的50%DMSO预诱导5μL的酶30min，以及在50%DMSO中逐次地制备洗提的化合物。随着45μL的ATP/Tyr-Sox缩氨酸物质混合物的加入，开始激酶反应，以及在来自BioTek(Winooski,VT)的Synergy4板读者(plate reader)中在λex360/λem485处60分钟内每隔30-90秒跟踪激酶反应。在每次检测结束时，用线性反应动力学以及合适的数据统计(R2,95%置信区间(confidence interval),绝对平方和(absolute sum of squares))检测每个工具槽的进展曲线。每个反应的初始速度(0分钟至30分钟)由相对荧光单位相对于时间（分钟）的线的斜率来决定，然后，用标绘的抗抑制剂浓度来估算IC50，所述IC50是GraphPad软件(San Diego,CA)中的GraphPad Prism中的多种斜率形式的抑制剂的对数相对于相应值(Log[Inhibitor]vs Response)。
用于上述标准的所述修饰的BTK-优化试剂条件是：
[BTK]=5nM,[ATP]=40mM,[Y5-Sox]=10mM(ATP KMapp~36mM).
C.c-Kit (V654A和T670I)Omnia检测标准能力评价:
简要地，在1倍的激酶反应缓冲剂中制备进货于Millipore(14-733)的10倍（10X）库存品的c-Kit(V654A)或进货于Cell Signaling(7922)的c-Kit(T670I)、1.13X ATP(AS001A)以及Y9-Sox或Y12-Sox缩氨酸的物质(KCZ1001)，所述1倍的激酶反应缓冲剂由20mM Tris、pH7.5、5mM MgCl2、1mM EGTA、5mM-甘油磷酸盐、5%甘油(10X库存品,KB002A)以及0.2mMDTT(DS001A)组成。在27℃温度下在康宁(Corning)(#3574)384-工具槽(well)、白色、无粘结的表面微孔板(康宁，NY)中，用0.5L体积的50%DMSO预诱导5μL的酶30min，以及在50%DMSO中逐次地制备洗提的化合物。随着45μL Y9或Y12-Sox缩氨酸物质混合物的加入，开始激酶反应，以及在来自BioTek(Winooski,VT)的Synergy4板读者(plate reader)中在λex360/λem485处60分钟内每隔30-90秒跟踪激酶反应。在每次检测结束时，用线性反应动力学以及合适的数据统计(R2,95%置信区间(confidence interval),绝对平方和(absolute sum of squares))检测每个工具槽的进展曲线。每个反应的初始速度(0分钟至20+分钟)由相对荧光单位相对于时间（分钟）的线的斜率来决定，然后，用标绘的抗抑制剂浓度来估算IC50，所述IC50是GraphPad软件(San Diego,CA)中的GraphPad Prism中的多种斜率形式的抑制剂的对数相对于相应值(Log[Inhibitor]vs Response)。
[c-Kit V654A]=5nM,[ATP]=220μM以及[Y9-Sox]=10μM(ATPKMapp=240μM) 
[c-Kit T670I]=5nM,[ATP]=220μM以及[Y12-Sox]=10μM(ATPKMapp=220μM) 
D.用于PDGFRA的检测
简要地，在1倍的激酶反应缓冲剂中制备10倍（10X）库存品的PDGFRα(PV3811)酶、1.13X ATP(AS001A)以及Y12-Sox缩氨酸的物质(KCZ1001)， 所述1倍的激酶反应缓冲剂由20mM Tris、pH7.5、5mM MgCl2、1mM EGTA、5mM  -甘油磷酸盐、5%甘油(10X库存品,KB002A)以及0.2mM DTT(DS001A)组成。在27°C温度下在康宁(Corning)(#3574)384-工具槽(well)、白色、无粘结的表面微孔板(康宁，NY)中，用0.5μL体积的50%DMSO预诱导5μL的酶30min，以及在50%DMSO中逐次地制备洗提的化合物。随着45μL的ATP/Y9或Y12-Sox缩氨酸物质混合物的加入，开始激酶反应，以及在来自BioTek(Winooski,VT)的Synergy4板读者(plate reader)中在λex360/λem485处60分钟内每隔30-90秒跟踪激酶反应。在每次检测结束时，用线性反应动力学以及合适的数据统计(R2,95%置信区间(confidence interval),绝对平方和(absolute sum of squares))检测每个工具槽的进展曲线。每个反应的初始速度(0分钟至20+分钟)由相对荧光单位相对于时间（分钟）的线的斜率来决定，然后，用标绘的抗抑制剂浓度来估算IC50，所述IC50是GraphPad软件(San Diego,CA)中的GraphPad Prism中的多种斜率形式的抑制剂的对数相对于相应值(Log[Inhibitor]vs Response)。
[PDGFRα]=2-5nM,[ATP]=60μM以及[Y9-Sox缩氨酸]=10μM(ATPKMapp=61μM) 
下面列出了该生物化学检测的结果。所报告的IC50_APP和IC50的值的单位是nM。
II-53抑制了具有IC50的FLT3_接近于3.7625;具有IC50的KDR_接近于15.155,具有IC50的CKIT_接近于114.40,具有IC50的CKIT D816V_接近于127.13。
XVIII-11抑制了具有IC50的FLT3_接近于1.9935;具有IC50的KDR_接近于26.923,具有IC50的CKIT_接近于31.129,具有IC50的CKITD816V_接近于3.4233。
XVIII-12抑制了具有IC50的FLT3_接近于1.0740;具有IC50的KDR_接近于148.50,具有IC50的CKIT_接近于10.450,具有IC50的CKITD816V_接近于2.5040。
XVIII-13抑制了具有IC50的FLT3_接近于0.5080;具有IC50的KDR_接近于0.9499,具有IC50的PDGFRA_接近于0.5080。
XVIII-14抑制了具有IC50的FLT3_接近于106.90;具有IC50的KDR_接近于6.9410,具有IC50的PDGFRA_接近于1.5450。
XVIII-15抑制了具有IC50的KDR_接近于462.50。
XVIII-16抑制了具有IC50的KDR_接近于1335.0。
II-1抑制了具有IC50的FLT3_接近于3.1510;具有IC50的KDR_接近于39.259,具有IC50的BTK_接近于6169.5。
II-2抑制了具有IC50的FLT3接近于0.5080;具有IC50的KDR_接近于51.384,具有IC50的BTK_接近于0.5715。
II-4抑制了具有IC50的FLT3KDR_接近于111.49,具有IC50的BTK_接近于05080.5。
II-3抑制了具有IC50的KDR_接近于290.2,具有IC50的BTK_接近于458.50。
II-5抑制了具有IC50的KDR_接近于39.700,具有IC50的BTK_接近于105.91。
可逆的参考化合物1抑制了5.8445处的具有IC50的FLT3 of；253.89处的具有IC50的KDR，640.5处的BTK。
可逆的参考化合物2抑制了95.669处的具有IC50的KDR of；183.69处的具有IC50的BTK。
可逆的参考化合物3抑制了16.309处的具有IC50的CKIT of，4.1550处的具有IC50的PDGFRA，0.4606处的具有IC50的FLT3，39.375处的具有IC50的KDR。
实施例18EOL-1细胞淘汰检测
购自DSMZ(ACC 386)的EOL-1细胞保留在RPMI(Invitrogen#21870)+10%FBS+1%青霉素/链霉素(Invitrogen#15140-122)中。EOL-1细胞在完全媒介中在悬浮液中生长，以及与每小时每个样品中加入的2x106个细胞相混合。1小时后，将该细胞压成片，将该媒介去除以及用游离的混合物媒介（compound-free media）替换。每隔2小时冲洗一次细胞且将该细胞再次保留在新鲜的游离的混合物媒介中。在特定的时间点收集细胞，在细胞萃取缓冲剂中将该细胞裂解以及每个靶道（each lane）里负荷15μg全部蛋白质裂解物。由具有Santa Cruz抗体sc-12910的蛋白质印迹（western blot）检测PDGFR磷酸化作用。实验结果在图1中描述，其中，图1表明与DMSO控制和可逆的参考化合物有关，在“淘汰实验”0到4小时后，EOL-1细胞中XVIII-11维持PDGFR酶抑制剂。
实施例19cKIT淘汰检测
在完全媒介中在6个工具槽片中以密度为8x105细胞/每个工具槽来种植GIST882细胞(参考,Bauer等人,癌症研究,66(18):9153-9161(2006))。第二天，用1uM的在完全媒介中洗提90分钟的化合物处理细胞。90分钟后，去除该媒介且用游离的混合物媒介冲洗该细胞。每隔2小时冲洗一次细胞且将该细胞再次保留在新鲜的游离的混合物媒介中。在特定的时间点收集细胞，在细胞萃取缓冲剂(Invitrogen FNN0011)中将该细胞裂解，所述细胞萃取缓冲剂附带罗氏完整蛋白酶抑制剂片(Roche 11697498001)和磷酸酶抑制剂 (Roche 04906837001)，以及每个裂解物通过28.5标准注射器10遍而被减碎。测量蛋白质的浓度以及每个靶道里负荷10μg全部蛋白质裂解物。由具有细胞信号技术（Cell Signaling Technology）的pTyr(4G 10)抗体和全部kit抗体的蛋白质印迹检测C-kit磷酸化作用。
在1微摩尔浓度时在GIST882细胞系(cell line)中检测索拉非尼和XVIII-11以用于细胞活性。实验结果在图2a和2b中描述，其中，图2a和2b表明在“淘汰实验”至少8小时后，GIST430细胞中XVIII-11维持c-KIT酶抑制剂。两种化合物都抑制了cKIT自身磷酸化以及也抑制了ERK的下流信号(downstream signaling)。为了理解是否有具有不可逆抑制剂的延长性抑制，该细胞被游离的化合物冲洗。对于可逆抑制剂索拉非尼，克服了cKIT的抑制性活性和下流信号，而XVIII-11的不可逆抑制性持续保留至少8小时。这些数据在持续作用时间方面上，所述不可逆抑制剂XVIII-11比可逆抑制剂索拉非尼具有优越性。
实施例20质谱分析
A.C-KIT和XVIII-11
在胰蛋白酶消化前以10X的量用XVIII-11(150pmols)诱导C-kit(15pmols)3小时。碘乙酰胺在化合物诱导之后被用作烷基化试剂。也制备了没有添加XVIII-11的控制样品。使用肉桂酸(alpha cyano-4-hydroxy cinnamic acid)作为基质(5mg/ml、0.1%TFA:乙腈为50:50)用于胰蛋白酶消化，在microC18Zip之前，用10ul的0.1%TFA洗提2ul等份量(3.3pmols)，其中，所述micro C18Zip为直接地倾斜倒入MALDI靶中。
对于胰蛋白酶消化，该仪器被设置在脉冲萃取设定在2200的反射方式(Reflectron mode)上。使用激光内切酶磷酸烯醇式丙酮酸混合标准(Laser Biolabs Pep Mix standard)(1046.54,1296.69,1672.92,2093.09,2465.20)进行 校准。使用光标选定缩氨酸以设定离子门定时(ion gate timing)用于CID/PSD分析，以及在激光粉末约20%以上时发生碎裂过程，以及缩氨酸被用作碰撞气体以用于CID。使用用于曲线场反射器的P14R片段校准仪进行片段的校准。
可以看到在1141.49的MH+处修饰的缩氨酸(NCIHR;SEQ ID NO:46)。(图3)是分子量为499.15Da的XVIII-11化合物的质谱分析。通过在110处的Immonium离子和在175处的C-terminal Arg的尝试，修饰缩氨酸的XVIII-11片段产生非常弱的CID光谱，其中，所述光谱提供了1141.49缩氨酸的一些确定的迹象。也有数据用于表明ICDFGLAR的半胱酸可能被修饰。
B.KDR和II-2
在胰蛋白酶消化前以10X的量用II-2(395pmols)诱导KDR激酶(40pmols)3小时。碘乙酰胺在化合物诱导之后被用作烷基化试剂。使用肉桂酸作为基质(5mg/ml、0.1%TFA:乙腈为50:50)用于胰蛋白酶消化，在micro C18Zip之前，用10ul的0.1%TFA洗提5ul等份量(6.7pmols)，其中，所述microC18Zip为直接地倾斜倒入MALDI靶中。
对于胰蛋白酶消化，该仪器被设置在脉冲萃取设定在1800的反射方式上。使用激光内切酶磷酸烯醇式丙酮酸混合标准(Laser Biolabs Pep Mixstandard)(1046.54,1296.69,1672.92,2093.09,2465.20)进行校准。使用光标选定缩氨酸以设定离子门定时(ion gate timing)用于CID/PSD分析，以及在激光粉末约20%以上时发生碎裂过程，以及缩氨酸被用作碰撞气体以用于CID。使用用于曲线场反射器的P14R片段校准仪进行片段的校准。
可以看到在1141.49的MH+处修饰的缩氨酸，其被预见为具有序列ICDFGLAR(SEQ ID NO:47)。(图4)是当将II-2(470.17)加成化合物的质量添加到894.45的缩氨酸时的质谱分析。在这种情况下，在1364.63缩氨酸 的PSD光谱上法相化合物的迹象。也有数据确定在1364.63处的修饰的缩氨酸。
制备实施例
该实施例表明用于制备FAK抑制剂(IV-29–IV-31)的一般结构。
过程1
过程1通常描述描述2-甲氧基-4-取代氨基苯胺的合成。4-甲基-4-N-丁氧羰基-哌啶B(4-methyl-4-N-Boc-piperidine B)同4-氟-2-甲氧基-硝基苯A在碳酸钾存在下反应以生成F-取代产物C.，其被用于制备FAK抑制剂的中间产物。
过程2
由p-TsOH催化的化合物E将中间产物D冷凝。然后，使用溶解于二氧杂环已烷中的HCl将丁氧羰基保护物(Boc protection)去除，随后，与4-N-丁氧羰基-苯甲酸结合以产生激酶。最后，在最终的化合物中除去丁氧羰基以及建立具有丙烯酰氯的弹头。
实施例21
2-(2-(4-(4-(4-丙烯酰氨基苯甲酰氨基)-4-甲基哌啶基-1-yl)-2-甲氧基苯基氨基)-5-氯嘧啶基-4-氨基)-N-甲基苯甲酰氨(IV-21)：
根据下述所描述的步骤和中间产物来制备标题的化合物。
中间产物21-1
叔丁基1-(3-甲氧基-4-硝基苯基)-4-甲基哌啶基-4-基氨基甲酸酯(C，在制备实施例过程1中)：171mg的4-氟-2-甲氧基-1-硝基苯基(1mmol)，214mg的4-N-丁氧羰基-4-甲基-哌啶(1mmol)，以及200mg的K2CO3溶解于5mL的N，N-二甲基乙酰胺(DMA)在70°C加热24小时。向下冷却后，用60mLEtOAc洗提该反应混合物，用水10mLx2、浓盐水10mL冲洗，以及用无水Na2SO4干燥。浓缩后，用洗提液(庚烷/EtOAc 2/1)在硅胶上急骤柱状层析(flash column chromatography)后，得到350mg所期望的黄色固体产品(96%).LC-MS:m/z 366.2(ES+)。
中间产物21-2
叔丁基[1-(4-氨基-3-甲氧基-苯基)-4-甲基-哌啶基-4-基]-含氧酸的盐、酯(D，在制备实施例过程1中)：在1个大气氢下，用10%Pd/C在15mL MeOH中将350mg化合物21-1氢化整个晚上。过滤后得到300mg所期望的苯胺21-2。LC-MS:m/z 336.2(ES+)。
中间产物21-3
2-(2,5-双氯-嘧啶-4-氨基)-N-甲基-苯甲酰胺(E，在制备实施例过程2中):1.0g 2-氨基-N-甲基-苯甲酰胺(6.64mmol)，1.22g 2,4,5-三氯嘧啶(6.64mmol)，以及1.3g K2CO3溶解于5mL DMA中在室温下搅拌整个晚上。然后，该反应混合物被灌入50mL冰水中，将该沉淀过滤，在真空中干燥得到淡黄色固体1.7g(86%)。LC-MS:m/z 297.0(ES+),295.0(ES-)。
中间产物21-4
叔丁基(1-{4-[5-氯-4-(2-甲基氨基甲酰基-苯基氨基)-嘧啶基-2-氨基]-3-甲氧基-苯基}-4-甲基-哌啶基-4-基)-氨基甲酸酯(F，在制备实施例过程2中)：300mg中间产物21-2(0.895mmol,1.2当量)以及220mg中间产物21-3(0.746mmol,1当量)溶解于6mL、0.1M的溶于p-TsOH的二氧杂环已烷溶液中(0.8equiv)在100℃温度下加热60小时。然后，用EtOAc萃取该反应混合物，用NaHCO3溶液冲洗该反应混合物，以及用硫酸钠干燥该反应混合物。浓缩后，用洗提液(庚烷/EtOAc 1/1)在硅胶上柱状色谱分析后，得到100mg所期望的黄色固体产品(20%)。LC-MS:m/z 596.3(ES+),594.2(ES-)。
中间产物21-5
叔丁基[4-(1-{4-[5-氯-4-(2-甲基氨基甲酰基-苯基氨基)-嘧啶基-2-氨基]-3-甲氧基-苯基}-4-甲基-哌啶基-4-基)-氨基甲酸酯(G，在制备实施例过程2中)：将溶解于二氧杂环已烷中的2mL 4M的HCl添加到溶解于1mL无水二氯甲 烷中的100mg中间产物21-4。在室温下搅拌30min后，在减压下除去该溶剂，得到所期望的去-丁氧羰基(de-Boc)中间产物，该中间产物被直接用于下面的结合步骤中。LC-MS:m/z:496.2(ES+),494.2(ES-)。
在50uL DIPEA存在下，将27mg去-丁氧羰基中间产物与12mg 4-N-丁氧羰基-苯甲酸反应，40mg HATU在常温下溶解于2mL乙腈中2小时。用40mL EtOAc洗提该反应混合物，用NaHCO3溶液冲洗该反应混合物，以及用硫酸钠干燥该反应混合物。浓缩后，用洗提液(1/3v/v)在硅胶上柱状色谱分析后，得到29mg中间产物21-5。LC-MS:m/z 715.2(ES+),713.3(ES-)。
2-(2-(4-(4-(4-丙烯酰氨基苯甲酰氨基)-4-甲基哌啶基-1-yl)-2-甲氧基苯基氨基)-5-氯嘧啶基-4-氨基)-N-甲基苯甲酰氨(IV-29)：将溶解于二氧杂环已烷中的1mL 4M的HCl添加到溶解于0.5mL无水二氯甲烷中的29mg中间产物21-5。在室温下搅拌1小时后，在减压下除去该溶剂，得到所期望的去-丁氧羰基中间产物，该中间产物被直接用于下面的结合步骤中。
在-20°C，将溶解于二氯甲烷(1.3equiv)中的55uL 1.1M丙烯酰氯溶液添加到溶解2mL二氯甲烷中的去-丁氧羰基中间产物和100uL DIPEA中。5min后，用水淬火该反应，以及浓缩该反应混合物且进行预-HPLC纯化得到6mg最终产物。LC-MS:m/z 669.3(ES+),667.2(ES-)。
实施例22
2-{2-[4-(9-丙烯酰基-2,9-二氮杂-螺环基[5.5]十一-2-基)-2-甲氧基-苯基氨基]-5-氯-嘧啶基-4-氨基}-N-甲基-苯甲酰胺(IV-30)：
按照实施例21中所描述的类似过程来制备该标题化合物，所不同的是在制备实施例过程1中，使用2,9-二氮杂-螺环基[5.5]十一烷-9-羧酸叔丁酯而不是4-N-丁氧羰基-4-Me-哌啶作为中间产物B。该去-丁氧羰基和酰化作用以及丙烯酰氯如在实施例21中以相同的方法进行。LC-MS:m/z 590.2(ES+),588.3(ES-)。
实施例23
2-(2-{4-[4-(4-丙烯酰氨基-苯磺酰基)-哌嗪基-1-基]-2-甲氧基-苯基氨基}-5-氯-嘧啶基-4-氨基)-N-甲基-苯甲酰胺(IV-31)
按照实施例21中所描述的类似过程来制备该标题化合物，所不同的是在制备实施例过程1中，使用4-N-丁氧羰基-哌嗪而不是4-N-丁氧羰基-4-Me-哌啶作为中间产物B，以及在制备实施例过程2中，4-硝基苯磺酰氯替代4-N-丁氧羰基-苯甲酸。在回流MeOH中用SnCl2完成该硝基损失。按照实施例21中相同的方法进行具有丙烯酰氯的最终酰化作用。LC-MS:m/z 677.2(ES+)。
实施例24FAK生物化学检测
在 激酶检测(Invitrogen,Carlsbad,CA)中，使用预活化FAK酶检测FAK抑制剂的活性。简要地，在1倍的激酶反应缓冲剂中制备进货于Invitrogen(Madison,WI)的10倍（10X）库存品的预活化FAK酶(M4446)、1.13X ATP(AS001A)以及Y3-Sox复合缩氨酸物质(YP003A)，所述1倍的激酶反应缓冲剂由20mM Tris、pH 7.5、5mM MgCl2、1mM EGTA、5mM  -甘油磷酸盐、5%甘油(10X库存品,KB002A)以及0.2mM DTT(DS001A)组成。在27℃温度下在康宁(Corning)(#3574)384-工具槽(well)、白色、无粘结的表面微孔板(康宁，NY)中，用0.5μL体积的50%DMSO预诱导5μL的酶30min，以及在50%DMSO中逐次地制备洗提的化合物。随着45μLATP/Y3-Sox缩氨酸物质混合物的加入，开始激酶反应，以及在来自BioTek(Winooski,VT)的Synergy4板读者(plate reader)中在λex360/λem485处60分钟内每隔30-90秒跟踪激酶反应。在每次检测结束时，用线性反应动力学以及合适的数据统计(R2,95%置信区间(confidence interval),绝对平方和(absolute sum of squares))检测每个工具槽的进展曲线。每个反应的初始速度(0分钟至30分钟)由相对荧光单位相对于时间（分钟）的线的斜率来决定，然后，用标绘的抗抑制剂浓度来估算IC50，所述IC50是GraphPad软件(San Diego,CA)中的GraphPad Prism中的多种斜率形式的抑制剂的对数相对于 相应值(Log[Inhibitor]vs Response)。使用下述试剂浓度进行测试FAK=15nM,Y3-Sox=10μM,ATP=100μM,(ATP KMapp 92μM)。
化合物IV-29在检测5.24nM处的IC50，以及化合物IV-30在检测5.89nM处的IC50。
实施例25质谱分析
完整无损的FAK(PTK2)在10X倍化合物IV-29的通道处被引诱1小时成为蛋白质。使用芥子酸(Sinapinic acid)作为解吸基质(10mg/ml、0.1%TFA:乙腈为50:50)，在micro C4Zip之前，用10ul的0.1%TFA洗提3ul等份样品，其中，所述micro C4Zip为直接地倾斜倒入MALDI靶中。在完整无损的FAK(PTK2)蛋白质(m/z 146,672Da)以及在FAK上进行质谱分析，所述FAK用化合物IV-29(mw=669.2)引诱。该质量中心质量(m/z=147,037Da)表明最小的未修饰蛋白质正向移动约365Da，残留的未修饰蛋白质几乎表明由化合物IV-29完全修饰的FAK。化合物IV-30没有修饰FAK与质谱检测的一样，以及化合物IV-31表明部分修饰FAK。
所有专利的教导、公开申请以及本申请引用的参考文献的全部内容引入本申请中以作参考。尽管本发明特别地表明且描述了相关的具体实施方式，但本领域技术人员可以理解的是，在不背离所附权利要求中限定的本发明的范围的条件下，可以作出形式和细节上的不同的改变。

Claims (35)

1.一种蛋白激酶复合物，所述蛋白激酶复合物具有的化学式为，
X-M-S-CH2-Prot
其中，Prot是蛋白激酶或含有半胱氨酸残基的蛋白激酶部分，所述半胱氨酸残基选自由CYS1、CYS5、CYS6、CYS7、CYS8、CYS9、CYS10、CYS11、CYS12和CYS13组成的组；
S-CH2是所述半胱氨酸残基的侧链上的硫原子和亚甲基基团；
M是通过弹头基团与所述半胱氨酸残基的侧链共价键合形成的修饰基；以及
X是结合在所述蛋白激酶的ATP结合位点或ATP结合位点附近的化学基。
2.根据权利要求1所述的蛋白激酶复合物，其中，所述弹头基团是–L-Y，其中，
L是共价键，或者为饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-8的二价烃链；其中，L的一个、两个或三个亚甲基单元被可选地且各自独立地由亚环丙基、-NR-、-N(R)C(O)-、-C(O)N(R)-、-N(R)SO2-、-SO2N(R)-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-CH(OH)-、-C(O)O-、-S-、-SO-、-SO2-、-C(＝S)-、-C(＝NR)-、-N＝N-或-C(＝N2)-代替；
Y是氢，腈，由一个或多个OH、NRxRy、酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族，或芳基环或饱和的或部分不饱和的3-10元单环或双环，所述环具有各自独立地选自氮、氧或硫的0-3个杂原子，并且所述的环被1-4个Re基团取代；以及
R、Rx和Ry各自独立的为氢、低级烷基、低级卤烷基或低级环烷基，其中，低级烷基为C1-4直链或支链烷基基团，低级卤烷基为C1-4直链或支链的用一个或多个卤素原子取代的烷基基团，低级环烷基为C3-5饱和的环状基团；
每个Re各自独立地选自–Q-Z，OH，酮，NO2，卤素，CN，适合的离去基团，或被酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族，其中，适合的离去基团是一种化学基团，所述化学基团容易被所期望引入的化学基团取代，以及其中：
Q是共价键，或者为饱和的或不饱和的、直链的或支链的C1-6的二价烃链，其中，Q的一个或两个亚甲基单元被可选地且各自独立地由–N(R)-、-S-、-O-、-C(O)-、-OC(O)-、-C(O)O-、-SO-或-SO2-、-N(R)C(O)-、-C(O)N(R)-、-N(R)SO2-或–SO2N(R)-代替；以及
Z是氢，或为被酮、卤素、NO2或CN可选取代的C1-6脂肪族。
3.根据权利要求1所述的蛋白激酶复合物，其中，所述弹头基团是
其中，每个Re各自独立地为适合的离去基团、NO2、CN、或酮，其中，适合的离去基团是一种化学基团，所述化学基团容易被所期望引入的化学基团取代。
4.根据权利要求1所述的蛋白激酶复合物，其中，所述修饰基与所述半胱氨酸的侧链硫和亚甲基整体具有选自以下组成的组中的化学式，
5.根据权利要求1-4中任意一项所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot是激酶或含有CYS1的激酶部分，且Prot是选自由JAK3、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、CKIT、CSFR1、PDGFR-A、FAK2、FLT3、FER、FES、CDKL1、CDKL4、FLT4、KDR、FLT1、PDGFR-B以及含有CYS1的前述任何一种的部分组成的组。
6.根据权利要求5所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot含有氨基酸序列，所述氨基酸序列选自由RC*VHRDL(SEQ ID NO:1)、KC*IHRDL(SEQID NO:2)、NC*IHRDL(SEQ ID NO:3)、NC*IHRDV(SEQ ID NO:4)、NC*VHRDL(SEQ ID NO:5)、NC*VHRDI(SEQ ID NO:6)、SC*VHRDL(SEQID NO:7)、CC*IHRDL(SEQ ID NO:8)或NC*IHRDI(SEQ ID NO:9)组成的组，其中，C*是CYS1。
7.根据权利要求1-4中任意一项所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot是激酶或含有CYS5的激酶部分，且Prot是选自由PFTAIRE1、JNK1、JNK2、JNK3BMPR2以及含有CYS5的前述任何一种的部分组成的组。
8.根据权利要求7所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot含有氨基酸序列，所述氨基酸序列选自由DLC*QYMD(SEQ ID NO:26)、NLC*QVIH(SEQID NO:27)、NLC*QVIQ(SEQ ID NO:28)和SLC*KYLSL(SEQ ID NO:29)组成的组，其中，C*是CYS5。
9.根据权利要求1-4中任意一项所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot是激酶或含有CYS6的激酶部分，且Prot是选自由TNK1、YES、FGR、SRC、LIMK1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4以及含有CYS6的前述任何一种的部分组成的组。
10.根据权利要求9所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot含有氨基酸序列，所述氨基酸序列选自由SGC*FGV(SEQ ID NO:30)、QGC*FGE(SEQ IDNO:31)、TGC*FGD(SEQ ID NO:32)、KGC*FGQ(SEQ ID NO:33)和EGC*FGQ(SEQ ID NO:34)组成的组，其中，C*是CYS6。
11.根据权利要求1-4中任意一项所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot是激酶或含有CYS7的激酶部分，且Prot是选自由FAK、ALK1、ALK2以及含有CYS7的前述任何一种的部分组成的组。
12.根据权利要求11所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot含有氨基酸序列，所述氨基酸序列选自由GRC*IGEGQFGD(SEQ ID NO:35)、VEC*VGKGRYG(SEQ ID NO:36)和LEC*VGKGRYG(SEQ ID NO:37)组成的组，其中，C*是CYS7。
13.根据权利要求1-4中任意一项所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot是激酶或含有CYS8的激酶部分，且Prot是选自由ZAP70、CRIK、ERK3、CK1g1、CK1g2、CK1g3以及含有CYS8的前述任何一种的部分组成的组。
14.根据权利要求13所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot含有氨基酸序列，所述氨基酸序列选自由GC*GNF(SEQ ID NO:38)、GC*GHF(SEQID NO:39)和GC*GGN(SEQ ID NO:40)组成的组，其中，C*是CYS8。
15.根据权利要求1-4中任意一项所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot是激酶或含有CYS9的激酶部分，且Prot是ROR1或含有CYS9的部分。
16.根据权利要求1-4中任意一项所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot是激酶或含有CYS10的激酶部分，且Prot是MELK或含有CYS10的部分。
17.根据权利要求1-4中任意一项所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot是激酶或含有CYS11的激酶部分，且Prot是选自由c-KIT、FMS、RON、FLT3、FGR以及含有CYS11的前述任何一种的部分组成的组。
18.根据权利要求17所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot含有氨基酸序列，所述氨基酸序列选自由YCC*YG(SEQ ID NO:41)、YMC*HG(SEQID NO:42)和FMC*HG(SEQ ID NO:43)组成的组，其中，C*是CYS11。
19.根据权利要求1-4中任意一项所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot是激酶或含有CYS12的激酶部分，且Prot是ALK或含有CYS12的部分。
20.根据权利要求19所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot含有氨基酸序列，所述氨基酸序列为AARNCLLTC*PGPGRVAKIGD(SEQ ID NO:44)，其中，C*是CYS12。
21.根据权利要求1-4中任意一项所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot是激酶或含有CYS13的激酶部分，且Prot是B-RAF或含有CYS13的部分。
22.根据权利要求21所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot含有氨基酸序列，所述氨基酸序列为TKPQLAIVTQWC*EGSSLYHH(SEQ ID NO:45)，其中，C*是CYS13。
23.根据权利要求1所述的蛋白激酶复合物，其中，所述Prot含有：C-KIT或具有CYS1的C-KIT部分，其中，所述CYS1为Cys788，以及其中，所述蛋白激酶复合物含有：以共价键地且不可逆地结合到CYS1上的化学式XVIII、XIX、XIX-a、XIX-b、XIX-c、XX或XX-a所示的化合物；或者
其中，所述Prot含有：B-RAF或具有CYS13的B-RAF部分，其中，所述CYS13为Cys532，以及其中，所述蛋白激酶复合物含有：以共价键地且不可逆地结合到CYS13上的化学式XVIII、XIX、XIX-a、XIX-b、XIX-c、XX或XX-a所示的化合物；或者
其中，所述Prot含有：FAK或具有CYS7的FAK部分，其中，所述CYS7为Cys427，以及其中，所述蛋白激酶复合物含有：以共价键地且不可逆地结合到CYS7上的化学式为IV、IVa或IVb所示的化合物；或者
其中，所述Prot含有：JNK1或具有CYS5的JNK1部分，其中，所述CYS5为Cys116，以及其中，所述蛋白激酶复合物含有：以共价键地且不可逆地结合到CYS5上的化学式VI、VII、VIII、IX、IX-a、X、X-a、XI、XII或XII-a所示的化合物；或者
其中，所述Prot含有：ZAP70或具有CYS8的ZAP70部分，其中，所述CYS8为Cys346，以及其中，所述蛋白激酶复合物含有：以共价键地且不可逆地结合到CYS8上的化学式I-a、I-b、I-c、I-d、I-e和I-f所示的化合物；或者
其中，所述Prot含有：RON或含有CYS11的RON部分，其中，所述CYS11为Cys1165，以及其中，所述蛋白激酶复合物含有：以共价键地且不可逆地结合到CYS11上的化学式XIII-a、XIII-b、XIII-c、XIII-d、XIV、XV、XVI或XVII所示的化合物；或者
其中，所述蛋白激酶复合物含有：化学式I-a、I-b、I-c、I-d、I-e、I-f、II-a、II-b、II-c、II-d、III、IV、IVa、IVb、V、VI、VII、VIII、IX、IX-a、X、X-a、XI、XII、XII-a、XIII-a、XIII-b、XIII-c、XIII-d、XIV、XV、XVI、XVI-a、XVI-b、XVI-c、XVII、XVIII、XIX、XIX-a、XIX-b、XIX-c、XX或XX-a所示的化合物。
24.根据权利要求1所述的蛋白激酶复合物，其中，如果所述蛋白激酶为JAK3，则所述半胱氨酸残基为Cys945。
25.根据权利要求1所述的蛋白激酶复合物，其中，所述Prot为含有半胱氨酸残基的C-KIT或C-KIT部分，所述半胱氨酸残基选自由CYS1和CYS11组成的组，其中CYS1为Cys788，CYS11为Cys674。
26.根据权利要求6所述的蛋白激酶复合物，其中，所述激酶或激酶部分为含有CYS1的C-KIT或C-KIT部分，其中，CYS1为Cys788。
27.根据权利要求18所述的蛋白激酶复合物，其中，所述激酶或激酶部分为含有CYS11的C-KIT或C-KIT部分，其中，CYS11为Cys674。
28.根据权利要求1所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot含有氨基酸序列，所述氨基酸序列为SEQ ID NO:3。
29.根据权利要求6所述的蛋白激酶复合物，其中，所述氨基酸序列为SEQ ID NO:3。
30.根据权利要求18所述的蛋白激酶复合物，其中，所述氨基酸序列为SEQ ID NO:41。
31.根据权利要求1所述的蛋白激酶复合物，其中，所述Prot为含有半胱氨酸残基的FLT3或FLT3部分，所述半胱氨酸残基选自由CYS1和CYS11组成的组，其中CYS1为Cys807，CYS11为Cys695。
32.根据权利要求6所述的蛋白激酶复合物，其中，所述激酶或激酶部分为含有CYS1的FLT3或FLT3部分，其中，CYS1为Cys807。
33.根据权利要求18所述的蛋白激酶复合物，其中，所述激酶或激酶部分为含有CYS11的FLT3或FLT3部分，其中CYS11为Cys695。
34.根据权利要求1所述的蛋白激酶复合物，其中，Prot含有氨基酸序列，所述氨基酸序列为SEQ ID NO:7。
35.根据权利要求6所述的蛋白激酶复合物，其中，所述氨基酸序列为SEQ ID NO:7。
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