JP2008253251A - 核酸類縁体並びに診断薬および分析方法におけるその使用方法 - Google Patents

核酸類縁体並びに診断薬および分析方法におけるその使用方法 Download PDF

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Abstract

【課題】化学的または微生物的個体単位についてその捕捉、認識、検出、同定または定量化に使用する核酸類縁体の提供。
【解決手段】(a)主鎖に沿ったそれぞれ空間を置いた異なる位置において複数のリガンドを有するポリアミド主鎖から構成されるPNAにおいて、前記リガンドは各々前記主鎖の窒素原子に直接または間接に結合され、かつ前記リガンドが4つから8つまでの介在する原子によって前記主鎖のなかで相互に分離された窒素原子を有するものである、PNA、(b)相補的配列の核酸とハイブリッド形成して、公知のデオキシリボヌクレオチドと前記核酸との間で形成されたハイブリッドよりも熱による変性に対する安定性がより高いハイブリッドを形成する能力を有する核酸類縁体;または(c)一本鎖が前記類縁体に相補的である配列を有する二重鎖核酸とハイブリッド形成し一本鎖からもう一方の鎖を置換せしめる能力を有する核酸類縁体。
【選択図】図1B

Description

本発明は、診断薬の分野において、例えば一つまたはそれ以上の化学的または微生物学的個体単位についてその捕捉、認識、検出、同定または定量化などを行うために幾つかの核酸類縁体を使用することに関する。
オリゴジオキシリボヌクレオチド(オリゴ−DNA類)は、診断薬の手法においてますます頻繁に用いられおり、例えば、特異的な微生物の確認を行う試験、例えば疾病など一般的な素因を確認するための試験、法医学分野および微生物学全般などにおいて用いられている。このような分野におけるオリゴ−DNA類の用途は、当然のことながら、かかるオリゴ−DNA類が相補的核酸の塩基配列とハイブリドを形成することができる能力に依拠している。例として挙げれば、標識したオリゴ−DNAプロ−ブは、固定化した標的DNA類を探索して特異的な塩基配列の存在を確認するためのハイブリダイゼ−ション測定法に用いられている。増幅操作法においては、オリゴ−DNA類の有するこのようなハイブリダイゼ−ション特性を利用して、増幅するべき鋳型分子にオリゴ−DNAプライマ−をハイブリッドさせているのである。
長さが100塩基対に達するオリゴ−DNA類は現在、固体支持体法を用いて合成されており、完全自動合成装置が幾つか市販されている。しかしながら、これまで注目が払われてきたのは、塩基配列に特異的に天然DNAとハイブリド形成しながら、なおDNAそれ自体とは有利に異なる化学的特性を有する能力がある合成DNA類縁体を構築・構成することが出来るか否かということであった。このような研究は大半は、”アンチセンス”治療薬にこのような化合物が用いる可能性があるのではないかという動機の基づいているのであるが、この場合従来のオリゴ−DNA類を使用すると幾つかの困難が伴うのである。その理由は、このような非修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレア−ゼが天然に存在するため生体内(インビボ)で半減期が短く、また量の多少を問わず製造コストが高くしかも細胞膜透過性能が劣るからである。
例えば、国際特許出願(PCT)WO86/0518号において、おそらくは天然の核酸と塩基配列に特異的にハイブリダイゼ−ションする能力を有するリガンドの、典型的にはヌクレオチド塩基の配列を有する主鎖を持ったDNA類縁体が開示されており、また主鎖として、異なったものが数多く開示されている。このような化合物を提供する方法について、具体的な例示は一切示されておらず、請求されている化合物のDNAに対する親和性を示すデ−タも一切ない。国際特許出願(PCT)WO86/05519号は、同種のDNA類縁体から成る診断薬試薬および診断薬システムを特許請求しているが、やはりここでも具体的な例示は全くない。
国際特許出願(PCT)WO89/12060号においては、合成の原料たる種々の構成単位に基づいたオリゴヌクレオチド類縁体が記載されている。このような構成単位の例示はなされているが、これら構成単位からオリゴヌクレオチド類縁体を現実に製造する実施例は全くなく、従ってこのような類縁体の有する性能について明示も一切されていない。
更には、ヌクレア−ゼに対する抵抗性を高めかつアンチセンセンス治療方法に用いるDNAの安定性を全般的に改良する目的で、DNA主鎖を修飾することが知られている。またDNA類縁体を設計する別の試みも幾つか、上記したWO86/05518の導入部において議論されている。
一般的な経験としては、天然DNAの主鎖を修飾すると、修飾されたオリゴヌクレオチドとその相補的である通常のオリゴヌクレオチドとの間において形成されるハイブリッドの安定性は、Tm値の測定によって求めた場合低下する、ということであった。従って、この領域における従来の知恵は、主鎖を種々に修飾すると、必ずハイブリッドが不安定になる、即ちTm値が低下することになるということであり、従って、実現可能な最良の結果としてTm値を若干低下させたハイブリッドを得るために、このような修飾は出来るだけ少なくするべきであるということである。
本発明は、好ましくは、相補的配列の従来公知の核酸とハイブリッドを形成し、而もそのハイブリッドのTm値における安定性を相当する配列を持つ従来公知の核酸が形成するハイブリッドよりも高くするような特性および/または相当する配列を持つ前記従来公知の相当する核酸よりも不適合の程度に関与する配列と比較した相補的配列に対する選択性をより大きくする特性といった、従来知られていない特性を有する新規な構造の核酸類縁体及びを診断薬または分析にかかる核酸類縁体を使用する方法に関する。
本発明は、一つまたはそれ以上の化学的または微生物学的個体単位についてその捕捉、認識、検出、同定または定量化を行うために使用する核酸類縁体であって、かかる類縁体が以下であるものを提供する:即ち、(a)主鎖に沿ったそれぞれ空間を置いた異なる位置において複数のリガンドを有するポリアミド主鎖から構成されるペプチド核酸(PNA)において、前記リガンドがそれぞれ独立して天然の核酸塩基、非天然の核酸塩基または核酸塩基結合基であり、前記リガンドは各々前記主鎖の窒素原子に直接または間接に結合せしめられ、かつ前記リガンドが4つから8つまでの介在する原子によって前記主鎖のなかで相互に分離された窒素原子を有するものである、前記ペプチド核酸(PNA)、(b)核酸類縁体であって、相補的配列の核酸とハイブリッド形成して、前記類縁体に相当する従来公知のデオキシリボヌクレオチドと前記核酸との間で形成されたハイブリッドよりも熱による変性に対する安定性がより高いハイブリッドを形成する能力を有する前記核酸類縁体;または(c)核酸類縁体であって、一本鎖が前記類縁体に相補的である配列を有する二重鎖核酸とハイブリッド形成して、かくして前記一本鎖からもう一方の鎖を置換せしめる能力を有する前記核酸類縁体。
上記第(a)項において定義された核酸類縁体(PNA類)の主鎖に原子を有する該窒素の分離は、好ましくは五つの原子によって行われるのが好ましい。式(I)(下記)を有する核酸類縁体において、かかる分離によって、DNAに対する親和性が最も強くなることが見出されたのである。しかしながら、一つまたはそれ以上のリガンドを最適以下の間隔で間に入れることによって、即ち5つ以上の原子の間隔、例えば14個までの原子おいて間に入れることによって、該PNA類とDNAとの間の結合力を減少させるのが所望される場合もある。リガンド間の間隔の25%以下が6個の原子またはそれ以上であるのが好ましい。更に好ましくは、リガンド間の間隔の10ないし15%以下が、6個の原子またはそれ以上である。該リガンドを有する(直接または結合基を介して)アザ窒素原子はそれ自体は、上記した間隔においてカウントしない。
DNA結合力を減少させる別の方法またはもう一つの方法は、このようなリガンドの内幾つかを除外し、その代わりに例えば水素のようなDNAの結合に殆どまたは全く寄与しない原子部を導入することである。好ましくは、このようなリガンド位置の25%以下は、例えば10から25%以下が非結合性原子部によって占められる。
典型的なリガンドとしては、四つの主要天然DNA塩基(即ち、チミン、シトシン、アデニンまたはグアニン)またはその他の天然の核酸塩基(例えば、イノシン、ウラシル、5−メチルシトシンまたはチオウラシル)または適当な結合基を介してペプチド主鎖に結合された人工の塩基類(例えば、ブロモウラシル、アザアデニン類またはアザグアニン類など)が挙げられる。
好ましい実施態様において、本発明において使用される核酸類縁体は、以下の一般式(I)を有する:
(化I)
Figure 2008253251

なお上式において:nは、少なくとも2である、L1−Lnのそれぞれは独立して、水素、ヒドロキシ、(C1−C4)アルカノイル、天然の核酸塩基類、非天然の核酸塩基類、芳香族原子残基、DNA挿入基、核酸塩基結合基およびリポ−タリガンドから構成される群から選択されるが、L1−Lnの内の少なくとも一つは、天然の核酸塩基、非天然の核酸塩基、DNA挿入基または核酸塩基結合基である;A1−Anのそれぞれは、一重結合、メチレン基または下記式(IIa)又は(IIb)で表される基である:
(化IIa)
Figure 2008253251


又は
(化IIb)
Figure 2008253251

なお本式において;Xは、O、S、Se、NR3、CH2またはC(CH32である;Yは、一重結合、O、SまたはNR4である;pおよびqのそれぞれは、1から5までの整数であり、p+qの和は、10以下である;rおよびsのそれぞれは、ゼロまたは1から5までの整数であり、r+sの和は、10以下である;R1およびR2はそれぞれ独立して、水素、ヒドロキシもしくはアルコキシもしくはアルキルチオで置換されていてもよい(C1−C4)アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、アルキルチオ、アミノおよびハロゲンから構成される群から選択される;またR3およびR4のそれぞれは独立して、水素、(C1−C4)アルキル、ヒドロキシもしくはアルコキシもしくはアルキルチオで置換された(C1−C4)アルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、アルキルチオおよびアミノから構成される群から選択される;B1−Bnのそれぞれは、NまたはR3+であり、ここにおいてR3は上記において定義された通りである;C1−Cnのそれぞれは、CR67、CHR6CHR7またはCR67CH2であり、ここにおいてR6は、水素でありまたR7は、天然のアルファアミノ酸の側鎖から構成される群から選択され、またはR6およびR7は独立して、水素、(C2−C6)アルキル、アリ−ル、アラルキル、ヘテロアリ−ル、ヒドロキシ、(C1−C6)アルコキシ、(C1−C6)アルキルチオ、NR34およびSR5から構成される群から選択されるが、ここにおいてR3およびR4は、上記において定義された通りであり、R5は、水素、(C1−C6)アルキル、ヒドロキシもしくはアルコキシもしくはアルキルチオで置換された(C1−C6)アルキルであり、またはR6およびR7とは一緒になって、脂環系または異項環系を形成する;D1−Dnのそれぞれは、CR67、CH2CR67またはCHR6CHR7であり、ここにおいてR6およびR7は、上記において定義された通りである;G1−Gn-1のそれぞれは、いずれかの方向での−CONR3−、CSNR3−、−SONR3−または−SO2NR3−であって、なおここにおいてR3は、上記において定義した通りである;Qは、−CO2H、−CONR'R"、−SO3Hもしくは−SO2NR'R"または−CO2Hもしくは−SO3Hの活性化誘導体である;またIは、−NHR"'R""または−NR"'C(O)R""であり、ここにおいてR'、R"、R'"およびR""は独立して、水素、アルキル、アミノ保護基、リポ−タリガンド、挿入基、キレ−ト化剤、ペプチド、タンパク質、炭水化物、脂質、ステロイド、オリゴヌクレオチドならびに可溶および不溶のポリマ−から構成される群から選択されるものであって、何れも一つの検出可能な標識を含んで成るか又は該標識に共役複合せしめられたものである1
好ましいペプチド核酸は、以下の一般式(III)を有する:
(化III)
Figure 2008253251

なお本式において:Lはそれぞれ独立して、水素、フェニル、天然の核酸塩基および非天然の核酸塩基から構成される群から選択される;R7'は、水素および天然のアルファアミノ酸の側鎖から構成される群から選択される;nは、1から60までの整数である;kおよびmのそれぞれは独立して、ゼロまたは1である;またlは独立して、ゼロから5である;Rhは、OH、NH2または−NHLysNH2である;およびRiは、HまたはCOCH3であって、何れも一つの検出可能な標識を含んで成るか又は該標識に共役複合せしめられたものである.
特に好ましいのは、式(III)においてLが独立して、核酸塩基であるチミン(T)、アデニン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)およびウラシル(U)とから成る群から選択され、特にチミンであり、またnが1から30までの整数であり、特に4から20までの整数である化合物である。このような化合物の一例は第1図に示してあるが、この図によれば、かかる化合物と一本鎖DNAとの間の構造上の類似性が明らかである。
本発明のペプチド核酸類は、溶液中または固相上の何れかで標準ペプチド合成方法を採用して合成してもよい。用いたこれらのシントンは、特別に設計したモノマ−アミノ酸またはそれらの活性化誘導体であって、標準的な保護基で保護されたものであればよい。このようなオリゴヌクレオチド類縁体はまた、相当する二酸とジアミンを用いることによって合成することもできる。
即ち、本発明に使用する化合物を得るために用いたモノマ−シントンは、以下の一般式(IV)、(V)及び(VI)でそれぞれ表されるアミノ酸、二酸およびジアミンから成る群から選択されてもよい。
(化(IV)、(V)及び(VI))
Figure 2008253251

なお本式においてL、A、B、CおよびDは、上記のいて定義した通りである。但し、本式におけるアミノ基は全て、アミノ保護基によって保護されていてもよい;Eは、COOH、CSOH、SOOH、SO2OHまたはこれらの活性化された誘導体であればよい;およびFは、NHR3またはNPgR3であり、ここにおいてR3は上記において定義された通りであり、Pgはアミノ保護基である。
好ましいモノマ−シントンは、以下の式(VII)を有するアミノ酸である:
(化VII)
Figure 2008253251

またはアミノ−保護酸および/またはこれらの末端活性化誘導体であるが、ここにおいてLは、水素、フェニル、異項環、天然の核酸塩基、非天然の核酸塩基およびこれらの保護された誘導体から成る群から選択される;およびR7は独立して、水素および天然のアルファアミノ酸の側鎖から成る群から選択される。特に好ましいのは、式(4)においてR7'が水素でありかつLは核酸塩基であるチミン(T)、アデニン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)およびウラシル(U)ならびにこれらの保護された誘導体から成る群から選択されるシントンである。
本発明に従えば、一つまたはそれ以上の化学的または微生物学的個体単位についてその捕捉、認識、検出、同定または定量化などを行うために上記において定義された核酸類縁体を使用することが包含される。検出されるかかる個体単位としては先ず第一に、核酸でありかつ前記固体単位はハイブリダイゼ−ションによってその特異的な核酸塩基配列を経由して検出されることが、通常は意図される。
前記において定義された核酸類縁体は、固体支持体に固定化された本発明において用いられる核酸類縁体にハイブリッド形成条件下で核酸に接触せしめることから成る核酸を捕捉する方法において、該固定化核酸類縁体が、補足されるべき前記核酸または核酸類縁体とハイブリッド形成に適したリガンドの配列を有している前記核酸捕捉方法に使用してもよい。
該固体支持体は、親和性捕捉に使用する従来公知のオリゴヌクレオチドを固定化することに関連して公知である種々の形態を取ってもよい。固体支持体は例えば、プレ−ト、フィルタ−、マルチウェルプレ−トまたはディップスティックであればよく、またビ−ズのような個別の粒子の形状を取ってもよく、かかる粒子はカラムに保持し、次いで核酸を含有する溶液をこのカラムに流して所望の種を溶液から捕捉させればよい。
捕捉された核酸は、極めて多くの方法によって認識され、検出され、同定されまたは定量化されることが出来る。洗浄後はかかる捕捉された核酸は系内に残留する唯一の核酸であり得るので、捕捉された配列に特異的か否かを問わず、核酸の存在を証明するのに適した試薬系であれば如何なるものによっても検出され得る。即ち、例として挙げれば、捕捉された核酸がDNAでありかつ比較的短いPNAによって一本鎖の形態で捕捉された場合、懸垂状態の一重鎖DNAは、ヌクレア−ゼによって消化してもよく、かつこのような消化物は通常の方法に依って検出すればよい。このDNAが二本鎖でありかつ該PNAが再び比較的短い場合は、該DNAのうち当初の二本鎖の形態で残留している(即ち、PNAによって変位・置換されていない)部分は、PNA−DNA二重らせんには結合しない通常のDNA挿入基によって検出することが出来る。核酸を認識する抗体を、固定化した核酸類縁体に結合せしめた核酸(RNA、dsDNAまたはssDNA)を検出するために使用してもよい。
固体支持体に固定化した通常のオリゴヌクレオチドを用いて核酸種のアフィニティ−(親和性)捕捉を行うに際しては、標的核酸を生成することが通常は必要である。試料中に含まれてもよいヌクレア−ゼは、固定化した核酸を攻撃する傾向がある。実際においては、非特異性が極めて高い結合を用いると、特定な結合は殆ど得られない。更には、当該捕捉が生起しないうちに、かかるDNAを一本鎖にまで編変性せることが必要である。
上記式Iの核酸類縁体は、ヌクレア−ゼの攻撃を受けにくく、典型的には相補的配列の核酸に対する親和性が高いため、固定化した種として通常のオリゴヌクレオチドを用いて得た場合よりもより高度の特異的結合を与えるのである。更には、本発明に従って使用された核酸類縁体は定型的には、相補的配列の核酸とハイブリッドを形成する能力を有しているが、かかる核酸を先ず一本鎖に変性せしめることはない。一旦標的核酸が捕捉されると、固定化された核酸類縁体および捕捉された核酸を例えば加熱とジメチルホルムアミドなどのような脱ハイブリダイゼ−ションの条件に供することによって、固定化された核酸類縁体から開放・放出させればよい。
例として挙げれば、かかる固定化した核酸類縁体は、mRNAのポリA尾部とハイブリッド形成可能であってかくして当該mRNAを捕捉する、例えばチミンなど連続リガンドから構成されていればよい。
本発明は、上記したような固定化した核酸類縁体から構成される親和性捕捉カラムを包含する。
すなわち、本発明はまた、固相生化学(例えば、”Solid−PhaseBiochemistry− Analytical and Synthetic Aspects”、 W.H. Scouten編著、John Wiley & Sons、New York、1983を参照)、特に固相バイオシステム、特にバイオアッセイまたは種々の固相技法であって、診断的検出/定量化または相補的核酸の親和性生成に関するもの(例えば、”AffnityChromatography− A Practical Approach”、P.D.G. Dean、W.S.Johnson and F.A.Middle編著、IRL Press Ltd.、Oxford1986;”Nucleic Acid Hybridization − A Practical Approach”、B.D. Harnes and S.J.Higgins、IRLPress Ltd.、Oxford 1987を参照)に係ることが、理解可能であろう。かかるバイオアッセイまたは精製法を実行する今日的方法は、セルロ−ス、気孔率をコントロ−ルしたものを含むガラスビ−ズ(Mizutani、etal.。J. Chromatogr.、1986、356、202)ビ−ドにした固体支持体、”Sephadex”、”Sepharose”、アガロ−ス、ポリアクリルアミド、多孔性粒状アルミナ、メタアクリル酸ヒドロキシアルキルエステルのゲル、ジオ−ル結合シリカ、多孔性セラミック、またはナイロンやニトロセルロ−スのフィルタ−ディスクなどの連続材料に物理的に吸着させたかまたは実質的に永久的な共有結合によるアンカリング結合を介して結合させた”通常の”または若干修飾したオリゴヌクレオチドを用いるのが殆ど専らである。一つの例において、mRNAを含むポリAテイルを親和性単離するためのセルロ−スビ−ズ上でオリゴ−dTを化学的に合成することを用いている(”Methodsin Enzymology”におけるGilham、L. GrossmannおよびK. Moldave編著、21巻、part D、ペ−ジ191、AcademicPress、New York and London、1971)。上記した方法は全て、本発明の文脈において適用可能である。しかしながら、可能ならば、共有結合の方が、該当する分子の物理的吸着よりも好ましいのである。その理由は、後者の方法には、固定化した分子の内のいくつかがハイブリダイゼ−ションまたは親和性過程において洗い流され得る(脱着される)という欠点があるからである。すなわち、支持体材料の表面に吸着された種は、支持体が当該バイオアッセイ/精製方法の過程において供される種々の処理の間において失われるのであるが、そのような逸失の程度を制御することが殆ど出来ない。このような問題の重大さは勿論ことながら、吸着された種と”遊離状態の”種との間における平衡が確立する差異の速度に大幅に依存して変わるであろう。場合によっては、許容可能な精度および/または再現性をもって定量的なバイオアッセイを実施することは、実際上不可能であるかもしれない。このような支持体を体液、水性試薬または洗浄媒体で処理する過程において吸着された種が逸失することは、一般的にいえば分子量が比較的低い種について最も深刻となることが期待されるであろう。オリゴヌクレオチドと比較して、PNA分子は、強度に求核性および/または親電子性の中心を包含しているために固体支持体により付着し易いのである。更には、固体支持体の上においてオリゴヌクレオチドを直接的に組み立て・構築することは、固定化した分子をロ−ドするに際して極めてわずかしかロ−ド出来ないという欠点が生じるのである。その理由は主として、オリゴヌクレオチドを構築するためにの最高技術水準であるホスホルアミダイト(phosphoramidite)化学の利用を可能ならしめる種々の物質・材料の表面性能・能力が低くなるためである(Beaucageand Caruthers、Tetrahedron Lett.、1981、22、1859;Caruthers、Science、1985、232、281)。またこのようなことには、表面/ロ−ディング性能が高い固体支持体に適している別のフォスファイトトリエステル法を用いることによって(Letsingerand Mahadevan、J.Am.Chem.Soc.、1976、98、3655)、比較的短いオリゴヌクレオチドしか得ることが出来ないという事実が伴う。しかしながら、通常の固相ペプチド合成に関しては、後者の支持体は、固定化したPNA分子を構築するうえで優れた材料である(側鎖保護基は、このような鎖を固体支持体に保持するアンカ−リング結合を開裂させることなく、合成されたPNAから除去することが可能である)。すなわち、PNA種は、相補的核酸に対する結合親和性が極めて高いことに関して、上記した固相技法から利点を受け、また二重鎖構造で存在する核酸をさらにユニ−クに配列特異的に認識すること(およびかかる核酸に強力な結合すること)をからも利点を受けるのである。このようなPNA種はまた、大量に固体支持体にロ−ドすることが可能であり、かくして当該固相法の感度/能力を増大せしめることになる。更には、固相生化学でのPNAの使用に関するいくつかの種類の研究が、最近報告された”光−指示された、空間的に取組可能な、平衡化学的合成”技術、すなわち固相化学と写真石版術とを組み合わせて実質的に同時に極めて多種の、但し同定可能で、永久的に固定化された化合物(例えばペプチド)を精製せしめる技法を利用することによって着手され、容易にされまたは大いに加速されることが可能である。
式IのPNA類は、以前では認められたことがなかった特性を示すことが見出されたのである。すなわち、かかる核酸類縁体が二本鎖の形態で存在する通常の核酸とハイブリッドを形成する能力を有しておりまたこのような条件下において、当該類縁体に相補的な配列を有する鎖とハイブリッドを形成しかつ当初の核酸二重らせんからもう一方の鎖を置換せしめる能力を有しているということである。このような認識は、塩基対として5−60対の長さであるdsDNA配列に対して行い得るのである。塩基が10と20との間にある配列は、原核細胞および真核細胞のDNAの独自配列が認められる範囲に相当するので、興味深いのである。17−18の塩基を認識する試薬は、ヒトゲノムにおける独自配列の長さに相当するので、特に興味の対象となる。
このようなハイブリダイゼ−ション反応を溶液中で行うと、該核酸類縁体の最初の鎖配と同じ配列を有する二番目の鎖もやはり、相補的配列を有する核酸鎖とハイブリッドを形成し、その結果PNAの二つの鎖が通常の核酸の単一鎖とハイブリッドせしめられている三重らせん構造を形成することが見出されたのである。この最初のPNA鎖が通常の型式の塩基間水素結合によってハイブリダイゼ−ションを行い、他方ではPNAの二番目の鎖がHoogsteenの対合によって当初の二重らせんの主要な溝の中で受容されることが観察されている。PNAが固体支持体に固定化された場合、二本鎖核酸とのハイブリダイゼ−ションが、一本鎖がそれから置換・変位さするのを伴って観察されるが、三重らせん構造の形成は、該PNAの固定化によって阻止され得るのである。
本発明は、検出可能な標識を包含するかまたはこれと接合した上記において定義された核酸類縁体を包含する。目下のところ公知であるペプチド、DNAおよび/またはRNAを標識化する方法は、一般的にPNA類にも適用され得る。すなわち、標識化の方法は、放射性同位元素標識、酵素標識、ビオチン、スピン標識、発蛍光団、化学発光標識、抗原標識または抗体標識を使用することからなるであろう。
上記した標識PNA類は、標的核酸を認識し、検出しまたは定量化する方法において、充分相補的配列を有する上記において定義した標識核酸類縁体に前記標的をハイブリダイゼ−ションさせて、かくしてハイブリッドする条件においてハイブリダイゼ−ションを起こさせ、次いでこうして前記標的にハイブリッドさせた該核酸類縁体の前記標識を検出するかまたは定量化することから成る前記認識、検出または定量化方法に使用してもよい。
好ましくは、該標的は、該ハイブリダイゼ−ションを行う前に基質に固定化させてもよい。
このような方法において、このような標的は、該標的の第一の領域を前記第一の領域に充分相補的である配列を有しかつそれ自体前記基質に固定化されている捕捉核酸または核酸類縁体にハイブリダイゼ−ションさせて、かくしてハイブリッドさせることによって基質に固定化させてもよく、次いで標識核酸類縁体を該標的の第二の領域にハイブリッドさせればよい。
本発明に従った少なくとも好ましい核酸類縁体が、二本鎖標的核酸とハイブリッドしかつその一本の鎖を置換させることが出来る能力については、上記において記載した通りである。本発明は、核酸の二重らせんから一本鎖を置換する方法において、前記二重ラセンから一本鎖を置換することができる程充分な、前記二重らせんの内のもう一方の鎖に対する親和性を有する上記において定義した核酸類縁体を前記二重らせんにハイブリッドさせることから成る前記置換方法を包含する。
本発明は、前記において定義した置換核酸類縁体に相補的な配列を一方の鎖が有する二本鎖標的から他の一本鎖を置換する能力がある前記核酸類縁体を二本鎖標的にハイブリッドさせるに際して、前記置換核酸類縁体が、ハイブリダイゼ−ションさせるに充分な、前記二本鎖標的の内の前記もう一方の鎖に対する相補的配列を有しており、その結果一本鎖の形態における前記標的の前記一本鎖を置換するものであり、次いで前記二本鎖標的からの置換後に前記一本鎖の存在を検出しまたはこれを定量化することから成る、二本鎖標的核酸を検出し、同定しまたは定量化する方法を包含する。
このように置換された一本鎖を断片に破断し、次いで前記斑だの存在を検出してもよい。置換された一本鎖は好ましくは、ヌクレア−ゼによる作用によって破断させてもよい。すなわち、特異的な二本鎖標的核酸配列の存在の検出を、該標的核酸配列に相補的PNAをハイブリッドさせて鎖置換を行わしめ、かくして該反応混合物中において一本鎖DNAを生成せしめ、次いでヌクレア−ゼを用いて一本鎖DNAを消化させてヌクレオチド類を生成させることによって行うことが出来るが、この際かかるヌクレオチドの存在を、当該標的二本鎖DNAが当初に存在していたという指標・標識として検出することが可能である。
本発明は更には、上記において定義した核酸類縁体を少なくとも一種組み込んで成り、かつ好ましくはかかる核酸類縁体を標識化したものを少なくとも一種、例えば一つの標識PNAおよび前記標識を検出するのに使用する検出試薬を少なくとも一種とを含んで成る診断薬に使用出来るキットを包含する。
一般的にいって、かかる核酸類縁体は、ハイブリダイゼ−ション緩衝液として溶液状で提供される。このようなキットは通常は、洗浄緩衝溶液を少なくとも一種包含する。
該核酸類縁体を例えばビオチンで間接的に標識化した場合、当該キットは、酵素標識と該核酸類縁体の標識と結合する能力がある物質、例えばアビジンとの間の抱合体を含有して成るものであってもよい。
該核酸類縁体を直接的または間接的に酵素で標識化した場合は、該キットは、該酵素によって仲介されるモニタ−可能な反応を行うに適している該酵素の基質を包含して成るものであってもよい。
式Iで表されるPNA類およびその製造に用いたモノマ−シントンにおいて、リガンドLは主として、自然界において見出される位置、すなわちアデニンまたはグアニンについては9位の位置またチミンまたはシトシンについては1位の位置に結合させた天然の核酸塩基である。その代わりに、これらリガンドLの内のいくつかはそれぞれ、非天然の核酸塩基(核酸塩基類縁体)、他の塩基結合性原子部、芳香族原子部、(C1−C4)アルカノイル、ヒドロキシまたは水素であってもよい。いくつかの典型的な核酸塩基リガンドおよび具体的な合成リガンドは、第2図に示してある。更には、Lは、DNA挿入基、例えば発蛍光団、ラジオ標識、スピン標識、ハプテンなどのリポ−タ−リガンド、またはビオチンなどのタンパク質認識リガンドであり得る。
モノマ−シントンにおいては、Lには、保護基を設けていてもよい。このことは、第4図に図示してあるが、本図においてPg1は、酸、塩基または例えばt−ブトキシカルボニル(Boc)、フルオレニルメチルオキシカルボニル(Fmoc)または2−ニトロベンジル(2Nb)などの水素分解性もしくは光化学的に開裂可能な保護基である。
結合基Aは、例えば−CR12CO−、−CR12CS、CR12Cse−、−CR12CNHR3−、−CR12C=CHや−CR12C=C(CH32−、−なおR1 、R2およびR3は上記において定義した通りである−などの種々の基であり得る。Aは、メチレンカルボニル(−CH2CO−)である。また、Aは、プロパノイル、ブタノイルまたはペンタノイルなどのより長鎖の原子部またはそれに相当する誘導体であって、その酸素原子がその他のXで表される原子で置換されるかまたはその原子鎖がR12で置換されるかYを含む不均一であるものであってもよい。さらに、Aは、(C2−C6)アルキレン鎖、R12で置換された(C2−C6)アルキレン鎖であってもよく、またはYを含む不均一なものであってもよい。場合によっては、Aは単に一重結合であればよい。
本発明の好ましい形態においては、Bは窒素原子であり、かくしてアキラル主鎖の可能性が生じる。BはまたR3N+−本式においてR3は上記において定義した通りである−であってもよい。
本発明の好ましい形態においては、Cは−CR67−であるが、また二つの炭素単位、すなわち−CHR6CHR7−または−CR6CR7CH2−−本式において、R6およびR7は上記において定義された通りである−であってもよい。R6およびR7はまた、例えばピロ−ロリル、フリル、チオニル、イミダゾリル、ピリジル、ピリミジニル、インドリルなどのヘテロアリ−ル基であってもよく、または両者は共同して例えば1、2−シクロブタンジイル、1、2−シクロペンタンジイルまたは1、2−シクロヘキサンヂイルなどの脂環系を形成してもよい。
本発明の好ましい形態においては、モノマ−シントンにおけるEはCOOHまたはその活性化された誘導体であり、またオリゴマ−におけるGは、−CONR3−である。(好ましくは、式Iにおける−R3NOCの方向において)。上記において定義したように、Eはまた、CSOH、SOOH、SO2OH、またはそれらの活性化された誘導体であってもよく、またこの時オリゴマ−におけるGは、−CSNR3−、−SONR3−および−SO2NR3−となる。かかる活性化は、例えば酸無水物または活性エステル誘導体を用いて行えばよく、この際Eで表される基における水素は、成長する主鎖を精製させるために適した解離する基によって置換されている。
かかる主鎖を形成するアミノ酸は、同じでもまたは異なっていてもよい。本発明者らは、2−アミノエチルグリシンに基づいたものが本発明の目的に特に適していることを見出したのである。
場合によっては、何れかの端末(Q、I)においてリガンドを結合させて、PNA類の結合特性を変調させることは興味深いことであり得る。代表的なリガンドとしては、dsDNAの結合を改善するDNA挿入基または例えばリシンまたはポリリシンなどの、静電的相互作用によってPNAの結合を強化する塩基性基が挙げられる。カルボキシやスルフォ基などのマイナスに荷電した基を減少させる基を使用することも可能であろう。シントンの設計によって更には、その他の原子部を端末でない位置に移動させることもできる。
PNAオリゴマ−は、例えばヌクレア−ゼ活性またはアルキル化活性を有するリガンドまたはリポ−タ−リガンドなどの(発蛍光団、スピン標識、放射性物質、タンパク質認識リガンド、たとえばビオチンまたはハプテン)低分子量の作動リガンドに共軛・接合させてもよい。本発明のまた別の局面においては、このようなPNA類は、ペプチドまたはタンパク質に共軛・接合させるのであるが、かかるペプチドは信号発信活性を有しかつかかるタンパク質はたとえば酵素、転写因子または抗体である。また、PNA類は、水溶性または非水溶性のポリマ−に結合させることもできる。本発明の別の局面において、これらのPNA類は、オリゴヌクレオチドまたは炭水化物に共軛・接合させられる。保証された場合は、PNAオリゴマ−は、固体支持体に結合された何らかの原子部(たとえば、ペプチド鎖、リポ−タ−、挿入基またはその他の種類のリガンド含有基)の上において合成することも出来る。
本発明に使用されるこれらのPNA類の合成は、以下において詳細に議論されるが、ここにおいて第1図は好ましいPNAの例の一つを表し、その構造を相補的DNAの構造になぞらえている。
PNAオリゴマ−およびポリマ−の合成分子を固体マトリックスにアンカ−止めする原理は、化学変化の過程において中間生成物を解明するうえで役に立つのであるが、固相合成またはメリフィ−ルド合成として知られている(たとえば、J.Am.Chem.Soc.、1963、85、2149およびSCIENCE、1986、232、341を参照のこと)。アミノ酸を段階的にまたは断片的に組み立ててペプチドにする方法として確立されているのは通常は、若干架橋処理されたスチレン−ジビニルベンゼンコポリマ−から成るビ−ズにしたマトリックスを用いるが、このような架橋処理したコポリマ−は、ジビニルベンゼン類の混合物を添加したスチレンをパ−ル重合させることによって形成させられたものである。架橋密度・程度として1−2%が通常は用いられ、かかるマトリックスも、本発明に従って固相PNA合成に使用することが出来る(第1図)。
このような固相を当初において機能化させることに関して、五十以上の方法が、従来の固相ペプチド合成に関連して記載されている(たとえば、”ThePeptides” Vol.2におけるBarany and Merrified、Academic Press、New York、1979、pp.1−284、およびStewartand Young、”Solid Phase Peptide Synthesis”、2nd Ed.、PierceChemical Company、Illinois、1984)。クロロメチル官能性(Merrifiedresin;クロロメチルメチルエ−テル/SnCl4反応を経由),アミノメチル官能性(N−ヒドロキシメチルフタルイミド反応を経由して;Mitchellら、TetrahedronLett.、1976、3795)およびベンゾヒドリルアミノ官能性(Piettaら、J.Chem.Soc.、1970、650)を導入する反応が、最も広く用いられている。その本質如何に拘らず、このような官能性の目的は、通常はかかるコポリマ−の固体支持体とその固体支持体にカップリング結合させるべき第一のアミノ酸のC−末端との間にアンカ−止め結合を形成させることである。官能基の”濃度”をグラム当たりミリモル(mmole/g)で表すことが一般的には好都合である。当初に導入した他の反応性官能性としては、4−メチルベンゾヒドリルアミノおよび4−メトキシベンゾヒドリルアミノが挙げられる。これらの確立された方法は全て、原則として本発明の文脈の範囲内において有用である。PNA合成の好ましい方法は、当初官能性としてアミノメチルを使用するが、それは、アミノメチルが、スペ−サ−形成試薬の一端においてカルボキシル酸へのアミド結合を本質的に定量的に形成させることに関連してアミノメチル官能性のアミノ基が持つ反応性が高いために”スペ−サ−”または”ハンドル(handle)”基を導入することに関して有利であるから。該当するスペ−サ−またはハンドル形成性二官能性基について膨大な数の基が記載されている(Barranyら、Int.J.PeptideProtein Res.、1987、30、705を参照)が、特にたとえばアミノメチル官能において見出されているようなアミノ基に対する反応性の高い試薬が記載されている。代表的な二官能性試薬としては、たとえば4−(ブロモメチル)フェニル酢酸などの4−(ハロアルキル)アリ−ル−低級アルカン酸、たとえばBoc−アミノアシル−4−(オキシメチル)フェニル酢酸などのBoc−アミノアシル−4−(オキシメチル)アリ−ル−低級アルカノン酸、たとえばN−Boc−p−グルタロイルベンゾヒドリルアミンなどのN−Boc−p−アシルベンゾヒドリルアミン、たとえばN−Boc−4’−メチル−p−グルタロイルベンゾヒドリルアミンなどのN−Boc−4’−低級アルキル−p−アシルベンゾヒドリルアミン、たとえばN−Boc−4’−メトキシ−p−グルタロイル−ベンゾヒドリリルアミンなどのN−Boc−4’−低級アルコキシ−p−アシルベンゾヒドリルアミン、および4−ヒドロキシメチルフェノキシ酢酸が挙げられる。本発明の文脈の範囲内において特に該当するスペ−サ−基の一種類は、フェニルアセトアミドメチル(Pam)ハンドル(Mitchelland Merrifield、J.Org.Chem.、1976、41、2015)であり、これは4−フェニルアセトアミドメチル基の電子吸引効果から派生して、Boc−アミノ脱保護試薬であるトリフルオロ酢酸(TFA)に対する古典的なベンジルエステル結合よりもほぼ100倍安定である。
PNA鎖のC−末端がアミドの形態となるように合成したPNA鎖を固体支持体から開裂させる目的のために導入させてもよいいくつかの官能性(たとえば、ベンゾヒドリルアミノ、4−メチルベンゾヒドリルアミノおよび4−メトキシベンゾヒドリルアミノ)は、スペ−サ−基の導入を一切必要としない。このような官能性は何れも、有利には本発明の文脈において使用することが出来る。
スペ−サ−またはハンドル基の導入に関するもう一つの戦略は、所謂”予備形成したハンドル”戦略(Tamら、Synthesis、1979、955−957を参照)であって、これは、第一のアミノ酸をカップリング結合させることを完璧に制御することが出来またペプチドまたはPNA合成に関係しない所望しない官能基が存在することから起因する複雑な状況が生ずる可能性を排除するものである。この戦略においては、スペ−サ−またはハンドル基は、前記したものと同様の種類の基であるがこれらを固体支持体に結合させたいと希望する第一のアミノ酸と反応させるが、該アミノ酸はN−保護されておりかつ随意には所望のPNA鎖の伸張について該当しないその他の側鎖において保護される。すなわち、スペ−サ−またはキハンドル基が望ましい場合においては、固体支持体にカップリングさせるべき第一のアミノ酸は、当初に導入した官能性(たとえば、アミノメチル基)に導入させておいたスペ−サ−基の遊離の反応性末端にカップリング・結合させることが出来るかまたはスペ−サ−形成試薬と反応させることが出来る。スペ−サ−形成性試薬は、次いで当初に導入した官能性と反応させる。他の有用なアンカ−止めスキ−ムとしては、”多重脱離可能な(multi−detachable)”樹脂(Tamら、TetrahedronLett.、1979、4935およびJ.Am.Chem.Soc.、1980、102、611;Tam、J.Org.Chem.、1985、505291))であり、この樹脂は、一つ以上の放出・解離型式が可能であり、かくして合成デザインにおいて一層の柔軟性をもたらすものである。
N−保護のための適当な選択策としては、通常は側鎖の保護のためのベンジルに関連した基と組合せて用いる第三級−ブチルオキシカルボニル(Boc)基(Carpino、J.Am.Chem.Soc.、1957、79、4427;McKayら、J.Am.Chem.Soc.、1957、79、4686;Andersonら、J.Am.Chem.Soc.、1957、79、6180)および如何なる側鎖をも保護するための第三級ブチル(tBu)と組合せて用いる9−フルオレニルメチルオキシカルボニル(Fmoc)基(Carpinoら、J.Am.CHem.Soc.、1970、92、5748およびJ.Org.Chem.、1972、37、3404)である。尤も、通常の固相ペプチド合成において公知であるその他の多くの可能性がある。すなわち、種々のその他のアミノ保護基が存在するのであり、その内のいくつかは、Adoc(Hassら、J.Am.Chem.Soc.、1966、88、1988)。Bpoc(Sieber、Helv.Chem.Acta.、1968、51、614)、Mcb(Bradyら、J.Org.Chem.、1977、42、143),Bic(Kepmら、Tetrahedron、1975、4624),o−ニトロフェニルスルフェニル(Nps)(Zervesら、J.Am.Chem.Soc.、1963、85、3660)およびジチアスクシノイル(Dts)(Baranyら、J.Am.Chem.Soc,、1977、99、7363)である。これらのアミノ保護基は、特にウレタン官能性に基づく保護基は、大半のアルファ−アミノ酸のカップリングの過程においてラセミ化(容易に生成するオキサゾリノン(アスラクトン)中間体の互変異性化によって仲介される)を成功裏に抑止する。このようなアミノ保護基以外に、それ以外では”無用の”非ウレタン型式のアミノ保護基の全体は、PNA分子、特にアキラル単位から構築したPNA分子を構築するに際しては適用可能である。すなわち、上記したアミノ保護基(またはこれらの基から誘導されたもの)は、本発明の文脈の範囲内において有用であるばかりでなく、以下の要件をほぼ満たすアミノ保護基の実際上全てのものが有用である:(1)温和な酸に対する安定性(カルボキシル基によって有意に攻撃されない);(2)温和な酸または求核試薬に対する安定性(問題となるアミノ基によって有意に攻撃されない);(3)アセチル化に対する抵抗性(活性化されたアミノ基によって有意に攻撃されない);さらに(4)該保護基は、重大な副反応を伴うことなく定量的な除去可能性に近いものでなくてはならない;および(5)導入されるアミノ酸の光学的完全さが、好ましくはカップリングに際して高度に保存されるべきである。最後に、側鎖保護基の選択は一般的に、側鎖官能性の保護は繰り返されるアミノ脱保護サイクルの条件に耐えるものでなくてはならないので、アミノ保護基の選択に依存して異なる。PNAを化学的に構築する全般的な戦略が、たとえばアミノと側鎖保護基の特異的な酸安定性に依拠しようとも(たとえば上記した”Boc−ベンジル”の手法)、または直交的な、すなわち化学選択的な保護スキ−ムを用いようとも(たとえば、上記した”Fmoc−tBu”手法の当てはまる)、このことは真実である。
第一のアミノ酸をカップリングさせた後、固相合成の次ぎの工程は、所望するPNA鎖を系統的に合成することである。このような合成は、繰り返し行う脱保護/カップリングサイクルを包含する。たとえばBocやFmoc基などの、最後にカップリングしたアミノ酸の暫定的な保護基は、たとえばBocの場合はトリフルオロ酢酸を用いた酸分解、Fmocの場合はピペリジンを用いた塩基処理などの適当な処理に依って定量的に除去し、かくしてN−末端アミノ機能を遊離せしめるのである。
所望一歩前のN−保護されたアミノ酸は次いで、最後にカップリングさせたアミノ酸のN−末端にカップリングさせる。アミノ酸のC−末端に最後にカップリングさせたアミノ酸のN−末端をこのようにカップリングさせることは、いくつかの方法で行い得る。たとえば、2、4、5−トリクロロフェニルエステル(Plessら、Helv.Chim.Acta、1963、46、1609)、フタルイミドエステル(Nefkensら、J.Am.Chem.Sco.、1961、83、1263)、ペンタクロロフェニルエステル(Kupryszewski、Rocz.Chem.、1961、35、595)、ペンタフロロフェニルエステル(Kovacsら、J.Am.Chem.Soc.、1963、85、183)、o−ニトロフェニルエステル(Bodanzsky、Nature、1955、175、685)、イミダゾ−ルエステル(Liら、J.Am.Chem.Soc.、1970、92、7608)および3−ヒドロキシ−4−オキソ−3、4−ジヒドロキナゾリン(Dhbt−OH)エステル(Konigら、Chem.Ber.、1973、103、2024および2034)などの活性エステル誘導体を当初に形成させること、またはたとえば対称無水物などの無水物を当初に形成させることを含む、いくつかの方法の何れを用いてある形態の導入アミノ酸にカルボキシル基を付与する事によって結合させることが出来る。その代わりに、導入するアミノ酸のカルボキシル基には直接的に、たとえばジシクロヘキシルカルボジイミド(Seehanら、J.Am.Chem.Soc.、1955、77、1076)またはその誘導体などの縮合試薬を用いて最後にカップリングしたアミノ酸のN−端末と反応させることが出来る。ベンゾトリアゾリルN−オキシトリス−ジメチルアミノホスホニウム ヘキサフルオロホスフェ−ト(BOP)、すなわち”カストロの試薬”(たとえば、Rivailleら、Tetrahedron、1980、36、3413)が、第二級アミノ基を含むPNA分子を構築する場合勧められる。最後に、最近報告されたアミノ酸弗化物(Carpino、J.Am.Chem.Soc.、1990、112、9651)niruijisita活性化PNAモノマ−も、PNA合成においても使用できる相当な見込みがある。
保護基を含む所望のPNA鎖を構築した後、次ぎの工程は、通常はPNA鎖のアミノ酸部位の脱保護と合成したPNAを固体支持体から開裂させることであろう。これらのプロセスは、実質的に同時に生起させて、その結果所望の形状で遊離のPNA分子を得ることが可能である。その代わりに、これら二つの別々に合成されたPNA鎖を縮合させねばならない場合は、合成のスタ−ト時に適当なスペ−サ−基を選択して、かくして所望のPNA鎖をそれぞれの固体支持体から開裂させ(両方のペプチド鎖ともなおそれぞれ側鎖保護基を含んでいる)、次いで最後に、たとえば二つの側鎖保護されたペプチド鎖をカップリングさせた後側鎖保護基を除去して、かくしてより長いPNA鎖を形成せしめることによって、このような反応は可能である。
上記した”Boc−ベンジル”保護スキ−ムにおいて、側鎖の最終的な脱保護およびPNA分子の固体支持体からの開放は、たとえば無水HF(Sakakibaraら、Bull.Chem.Soc.Jpn.、1965、38、4921)、トリス(トリフルオロ酢酸)ホウ素(Plessら、Helv.Chim.Acta、1973、46、1609)およびトリフルオロメタンスルホン酸やメタンスルホン酸(Yajimaら、J.Am.Chem.Soc.、Chem.Comm.、1974、107)などのスルホン酸類などの強酸を使用することに依って実施されるのがもっとも多い。このような通常の強酸(たとえば、無水HF)による脱保護方法は、極めて反応性の強いカルボカチオンを生成し、それによってPNA鎖の中における敏感な残基のアルキル化やアシル化が起きる可能性がある。このような副反応は、アニソ−ル、フェノ−ル、ジメチルサルファイドやメルカプトエタノ−ルなどのスカベンジャ−(捕捉剤)を存在させることによっては部分的にしか回避出来ないので、従ってサルファイドを用いた酸加水分解的SN2脱保護法(Tamら、J.Am.Chem.Soc.、1983、105、6442およびJ.Am,Chem.Soc.、1986、108、5242),所謂”低い”方法は、有害なカルボカチオンの前駆体を除いて、不活性なスルフォニウム塩を形成させるのであるが、ペプチドやPNA合成においては単独でまたは”高い”方法と組合せて頻繁に用いられる。それ程頻繁ではないが、特別の場合には、脱保護することおよび/またはPNA−固体支持体との結合を最終的に開裂させるために用いられる方法としては、たとえば、塩基接触アルコ−ル分解(Bartonら、J.Am.Chem.soc.、1973、95、4501)やアンモニア分解ならびにヒドラジン分解(Bodanszkyら、Chem.Ind.、1964、1423)、水素分解(Jones、TetrahedronLett.、1977、2853およびSchlatterら、Tetrahedron Lett.、1977、2861)および光分解(Rich and Gurwara、J.Am.Chem.Sco.、1975、97、1575)などの方法が挙げられる。
最後に、”通常の”ペプチドの化学的合成と異なって、たとえばアミノエチルグリシル主鎖単位に基づいたPNA類などのアキラルPNA類の段階的鎖構築は、かかるカップリング反応はラセミ化を伴わないので、N−端末またはC−端末の何れかから出発することが出来る。
大半の走査は、固相ペプチド合成の合成サイクルにおけるのと同一である(固相PNA合成についても当てはまるように)事実を認識することに基づいて、新規のマトリックス、すなわちPEPSが多数のペプチド類の合成を容易にするために最近導入された(Bergら、J.Am.Chem.Soc.、1989、111、8024および国際特許出願WO 90/02749号)。このようなマトリックスは、長鎖のポリスチレン(PS)グラフト(106のオ−ダ−の分子量)をぶら下げたポリエチレン(PE)フィルムから構成される。このフィルムのロ−ディングの能力は、ビ−ズマトリックスと同じ程度に高いが、PEPSには、多段合成に同時に適合させる別の柔軟性がある。すなわち、新規な固相ペプチド合成方法においては、かかるPEPSフィルムは、不連続の標識されたシ−トに加工されるが、それぞれのシ−トは、個別の分画部として機能する。このような合成サイクルの同一の工程の全てにおいて、これらのシ−トは、単一の反応容器の中において一体に保持され、かくして通常の方法による単一ペプチドの合成と近似した速度で複数のペプチド合成を同時に実施せしめることが可能である。
このPEPSフィルム支持体は、該当する特殊化学に適合せしめられた結合基またはスペ−サ−基を含んで成り、複数のPNA分子の合成において特に有用で貴重であるはずと推定された。それというのも、四つの”プソイド−ヌクレオチド”単位のそれぞれに対して一つずつ、僅かに四つの異なる反応分画部しか通常は必要とされないので、概念上合成が簡単であるからである。すなわち、PEPSフィルム支持体は、平行したかつ実質的に同時の態様でかす多くのPNA合成において試験されて、何れも成功している。PEPSから得られた製品の収率と品質は、伝統的なポリスチレンビ−ズ支持体を使用することによって得られた収率と品質に比肩し得るものであった。また、たとえば不織フェルト、編みネット、スティックまたはマイクロウエルプレ−トなどその他の外観形状のPEPSポリマ−を用いた実験の意結果では、合成効率に何等の制限もないことが判っている。多数のペプチドを同時に合成するために提案された他の二つの方法もやはり、多数の異なるPNA分子を調製製造するために適用され得る。これらの方法の最初の方法は(Geysenら、Porc.Natl.Acad.Sci,USA、1984、84、3998)、アクリル酸グラフトポリエチレン製ロッドおよび96個のマイクロリットルウエルを用いて、成長するペプチド鎖を固定化しかつ分画化した合成を実施するものである。この方法は、極めて効率がよいものの、マイクログラムのスケ−ルでのみ適用可能であるに過ぎない。第二の方法は(Houghten、Proc.Natl.Acad.Sci.USA、1985、82、5131)、伝統的に使用されてきたポリマ−ビ−ズを用いるものである。その他多重ペプチドまたはPNA合成のために提案された方法で、本発明の文脈の範囲内に入る方法には、密度の異なる二つの相異なる支持体を同時に用いる方法(Tregaer、”Chemistryand Biology ofPeptides”、J.Meierhofer編著、Ann ArborSci,Publ.、Ann Arbor、1972 pp.175−178)、マニホルドを介して異なる反応容器を組み合わせる方法(Gorman、Anal.Biochem.、1984、136、397)、マルチカラム固相合成法(たとえば、Krscnakら、Int.J.PeptideProtein Res.、1989、33、209およびHolm and Meldal、”Proceedings of the 20th European PeptideSympodium”、G.JungおよびE.Bayer編著、Walter de Gruyter & Co.、Berlin、1989pp208−210)およびセルロ−スペ−パ−を使用する方法(Eichlerら、Collect.Czech.Chem.Commun.、1989、54、1746)がある。従来からある架橋スチレン/ジビニルベンゼンコポリマ−マトリックスおよびPEPS支持体が目下とのところ固相PNA合成の文脈において好ましいのであるが、該当し得る固体支持体の例として、これに限定されないリストには以下のものが含まれる:すなわち(1)既知量のN−第三級−ブトキシカルボニル−ベ−タ−アラニル−N’−ヘキサメチレンジアミンを含むN、N’−ビサクリロイルエチレンジアミンで架橋されたジメチルアクリルアミドのコポリマ−を用いた粒子。いくつかのスペ−サ−分子は、典型的にはベ−タアラニル基を介して、次いでアミノ酸残基によって付加される。また、このベ−タアラニル含有モノマ−は、重合過程においてアクロイルサルコシンモノマ−で置換して、樹脂ビ−ズを形成するのである。かかる重合を行ったあとで、ビ−ズにエチレジアミンを反応させて、共有結合で結合させた官能基として一級アミンを含有する樹脂粒子を形成する。このポリアクリルアミドを用いた支持体は、相対的にポリスチレンを用いた支持体よりも親水性が高く、ジメチルホルムアミド、ジメチルアセトアミド、N−メチルピロリドンなどを含む極性の高い、非水性の溶媒とともに通常は使用される(Athertonら、J.Am.Chem.Soc.、1975、97、6584、Bioorg.Chem.、1979、8、351およびJ.C.S.、PerkinI、538(1981)を参照);(2)第二の固体支持体のグル−プは、たとえば、多孔質のガラスビ−ズやシリカゲルなどのシリカ含有粒子を用いるものである。一つの例は、WatersAssociates、Framingham、MA、USAが”PORASIL”なる商標で市販されているトリクロロ−[3−(−クロロメチル)−フェニル]プロピルシランおよび多孔質のガラスビ−ズとの反応生成物(Parrand Grohmann、Angew.Chem.Internal.Ed.、1972、11、314を参照)である。同様に、1,4−ジヒドロキシメチルベンゼンとシリカとのモノエステル(WatersAssociatesによって”BIOPAK”なる商標で販売されている)が、有用であると報告されている(Bayer and Jung、Tetrahedron Lett.、1970、4503);(3)有用な固体支持体の三番目の種類は、二種の主要成分を含有しているという意味で複合物と称することが出来る:すなわち、樹脂および使用した有機合成反応条件に対して実質的にに不活性であるたの材料である。一つの複合物の例は(Scottら、J.Chrom.Sci、1971、9、577を参照)、疎水性の架橋処理したクロロメチル基を含むスチレンポリマ−で被覆したガラス粒子を用いたものであり、Hamden、CT、USAのNorthgateLaboratories、Inc.によって製造販売されていたものである。もう一つの複合物の例は、ポリスチレンがグラフトされているフッ素化エチレンポリマ−のコア−を含有するものである(Kentand Merrifield、Israel J.Chem.、1978、17、243およびvanRietschoten,”Peptides 1974”、Y.Wolman編著、Wileyand Sons、New York、1975、pp.113−116を参照);(4)たとえばコトンシ−トなどのPEPS以外の同一種に属する固体支持体(Lebl andEichler、PeptideRes.、1989、2、232)およびヒドロキシプロピルアクリレ−トでコ−トされたポリプロピレン膜(Danielsら、TetrahedronLett.、1989、4345)もPNA合成に適している。
操作が手動または自動であれ、本発明の文脈における固相PNA合成は、通常はバッチ法で行われる。しかしながら、このような合成の大半は、支持体をカラムに充填して(Bayerら、TetrahedronLett.、1970、4503およびScottら、J.Chromatogr.Sci.、1971、9、577)連続フロ−の型式で同様に実施してもよい。連続フロ−固相合成に関して、硬質のポリ(ジメチルアクリルアミド)−珪藻土(Kieselguhr)支持体(Athertonら、J.Chem.Soc.Chem.Commu.、1981、1151)が、特に成功しているように見えるが、もう一つの有用で貴重な方法は、標準的なコポリ(スチレン−1%−ジビニルベンゼン)支持体のために工夫されたものに関するものである(Krchnakら、TetrahedronLett.、1987、4469)。
固相方法は目下のところPNA合成の文脈において好ましいのであるが、その他の方法論またはたとえばそれらとこのような固相法との組合せも適用される:すなわち、(1)ペプチドの古典的な溶液相法(たとえば、Bodanszky、”Principlesof Peptide Synthesis”、Springer−Verlag、Berlin−New York 1984)であって段階的な構築法によるかまたはセグメント/フラグメント縮合法によるものが、PNA化合物の特に大規模な製造(グラム。キログラムまたはトンまでも)を考慮する場合に特別に該当する;(2)所謂”液相”戦略であって、たとえば線状ポリスチレンなどの溶解性ポリマ−支持体(Shemyakinら、TetrahdronLett.、1965、2323)やポリエチレングリコ−ル(PEG)(Mutter and Bayer、Angew.Chem.、Int.Ed.Engl.、1974、13、88)を用いるものが有用である;(3)種々の分子量の(”poly−disperse”)ペプチドまたはPNA分子を生成するランダム重合(たとえば、Oidan、”Principlesof Polymerization”、 McGraw−Hill、New York(1970)を参照)抗ウイルス効果のスクリ−ニングの目的のために特に該当する;(4)ポリマ−に支持されたアミノ酸の活性エステル(Fridkinら、J.Am.Chem.Soc.、1965、87、4646)を使用した方法であって、”逆Merrifield合成法”または”ポリメリック試薬合成法”とも称される方法には、中間物の単離および精製ができるという利点があり、従って、中間の大きさの任意に保護されたPNA分子で、後刻引き続いてフラグメント縮合してより大きいサイズのPNA分子に変換することが出来るPNAbunsiを合成するための特に適した方法を提供し得るものである;(5)PNA分子をたとえばプロテア−ゼまたは新規な特異性を有するその誘導体(たとえばタンパク質工学などの人工的手段によって得られる)を用いて酵素的に構築することが見込まれる。また、数多くのPNAフラグメントを縮合して極めて大きなPNA分子に変えるための”PNAリガ−ゼ”を開発することも見込むことが出来る;(6)抗体は、興味の対象とする実質的に如何なる分子としても生成させることが出来るので、Lerner(Tramantanoら、Science、1986、234、1566)とSchultz(Pollackら、Science、1986、234、1570))のグル−プによって同時に発見された、最近開発された接触抗体(abzymes)も、PNA分子を構築するための潜在的な候補として考慮されるべきであろう。すなわち、アシル−トランスファ−反応を接触・触媒するabzymesを産生させるのに顕著な成功が成されている(たとえば、Shokatら、Nature、1989、338、269およびそれに引用されている文献を参照).saigoni、対細菌Stewartのグル−プ(Hanら、Science、1990、248、1544)によって開拓された完全に人工的な酵素を、PNA合成に適するように開発することも出来るであろう。
一般的に適用可能な酵素、リガ−ゼおよび接触抗体など、特異的なカップリング反応を仲介することが可能なものの設計は、”通常の”ペプチド合成よりもPNA合成のための方がより容易に実施されるはずである。その理由は、PNA分子は、ペプチドを構成する二十個の天然の(タンパク質生成性−proteinogenic−)アミノ酸と比較して、僅か四つの異なるアミノ酸(四つの天然の塩基のそれぞれの一つに対応するもの)から構成されている場合が多いからである。結論として、特異的なPNA分子を合成するためには単一の戦略では如何なるものも適合することはなく、従って時にはいくつかの方法の組合せが最善に機能することがあり得るであろう。
(a)モノマ−構成単位の合成実験これらのモノマ−は好ましくは、第8図において概略を示した一般的スキ−ムによって合成される。この合成は、実施例21−23において記載した保護/脱保護方法を用いて(Bocアミノエチル)グリシンのメチルまたはエチルエステルの何れかの製造を包含して成る。チミンモノマ−の合成は、実施例24−25において記載されており、また保護されたシトシンモノマ−の合成は実施例26において記載されている。
保護されたアデニンモノマ−の合成(第14図)は、臭化酢酸エチルによるアルキル化(実施例27)およびX線結晶学を用いた置換位置の確認−所望とする9位−を包含して成るものであった。次いでN6−アミノ基をN−エチル−ベンジルオキシカルボニルイミダゾ−ルテトラフルオロ硼酸エステル試薬を用いてベンジルオキシカルボニル基で保護した(実施例28)。このエステル生成物を単に加水分解すると、N6−ベンジルオキシカルボニル−9−カルボキシメチルアデニンが得られ、これを次ぎに標準方法に用いた(実施例10−11、第8図)。このアデニンモノマ−を構築して、二つの異なるPNA−オリゴマ−とした(実施例30および31)。
保護されたG−モノマ−の合成を、第15図において概略を示してある。この出発物質である2−アミノ−6−クロロプリンを臭化酢酸でアルキル化し(実施例32)、次いでこの塩素原子をベンジルオキシ基で置換した(実施例36)。得られた酸を試薬PyBroptmを用いて(Bocアミノエチル)グリシンメチルエステル(実施例36)とカップリングさせ、次いで得られれたエステルを加水分解した(実施例23)。このO6−ベンジル基をPNA−オリゴマ−の合成において最終のHF−開裂工程で除去した。開裂は、縮合剤としてジイソプロピルカルボジイミドを用いてPNA−オリゴマ−に組み込んだ場合、最終のPNA−オリゴマ−の予期した量を測定することによって確認した(実施例52)。以下に記載する略記号を実験実施例において使用する:DMF、N、N−ジメチルホルムアミド;DCC、N、N−ジシクロヘキシルカルボジイミド;DCU、N、N−ジシクロヘキシル尿素;THF、テトラヒドロフラン;aeg、N−アセチル(2’−アミノエチル)グリシン;pfp、ペンタフルオロフェニル;Boc、第三級−ブトキシカルボニル;Z、ベンジルオキシカルボニル;NMR、核磁気共鳴;s、一重項;d、二重項;t、三重項;q、四重項;m、多重項;b、ブロ−ド;δ、化学シフト。
NMRスペクトルは、テトラメチルシランを内部標準として用いてJEOLFX90Q 分光計またはBruker 250MHzで記録した。質量分光測定は、VG FAB源およびプロ−ブを備えたMassLab VG 12−250四極子装置で行った。融点は、Buchi融点測定装置で記録し、補正は行わなかった。N、N−ジメチルホルムアミドは、4Åモレキュラ−シ−ブで乾燥し、蒸留し次いで4Åモレキュラ−シ−ブ上で保存した。ピリジン(HPLCグレ−ド)は、4Åモレキュラ−シ−ブ上で乾燥し、保存した。その他の溶媒は、入手可能な最高級品質のものかまたは使用前に蒸留した。ジオキサンは、使用前に塩基性アルミナを通した。Boc無水物、4−ニトロフェノ−ル、臭化酢酸メチル、塩化ベンジルオキシカルボニル、ペンタフルオロフェノ−ルは全て、AldrichChemical Companyを介して入手した。チミン、シトシン、アデニンは全て、Sigma を介して入手した。
薄層クロマトグラフィ−(Tlc)は、以下の溶媒系を用いて行った:(1)クロロホルム:トリエチルアミン:メタノ−ル、7:1:2;(2)塩化メチレン:メタノ−ル、9:1;(3)クロロホルム:メタノ−ル:酢酸85:10:5。スポットは、UV(254nm)によってまたは/および120℃において5分間加熱後ニンヒドリン溶液(100mlの1−ブタノ−ルおよび30ml酢酸中に3gニンヒドリン)を噴霧し次いで噴霧後再度加熱することによって可視化させた。
鎖延長した主鎖グル−プA、CおよびD(第16図)の変化は、モノマ−構成単位を合成し、PNA−オリゴマ−に組み入れることによって証明される。一つの例において、グル−プCはCH(CH3)基である。相応するモノマ−の合成は、第17図において概略を示すが、Boc−保護された1−アミノ−2、3−プロパンジオ−ル(実施例35)の製造を包含して成り、このものは、過ヨウ素酸塩で開裂してbocアミノアセトアルデヒドとし、このものを直接次の反応に用いる。このbocアミノアセトアルデヒドを種々のアミンと縮合させることが出来る;実施例36において、アラニンエチルエステルを使用した。実施例17−19において、相当するチミンモノマ−類を調製した。このようなモノマ−は、DCC−カップリングプロトコ−ルによって8−量体に組み入れた(実施例30および31)。
別の例において、第−グル−プは(CH23である。相当するモノマ−の合成は、第18a図において概略を示し、かつ実施例40および46において記載してある。
また別の例において、Cグル−プは、(CH22CO基である。チミンおよび保護されたシトシンモノマ−の合成は、第19図および実施例46から51にまでにおいて概略を示してある。一つのユニットを包含するPNA−オリゴマ−を用いたハイブリダイゼ−ション実験は、実施例61に記載しており、これによれば、親和性が著しく低下しているが特異性は保持されていることが示される。
実施例1
4−ニトロフェニル炭酸第三級−ブチルエステル炭酸ナトリウム(29.14g;0.275mol)および4−ニトロフェノ−ル(12.75g;91.6mol)をジオキサン(250ml)と混合した。Boc−無水物(20.0g:91.6mol)をジオキサン(50ml)tとともにこの混合物に移した。この混合物を1時間還流し、0℃にまで冷却し、ろ過し、1/3にまで濃縮し、次いで0℃において水(350ml)に注いだ。1/2時間攪拌した後、この生成物を濾取し、水で洗浄し、次いで真空下でsicapent上で乾燥した。収率、21.3g(97%)。m.p.73.0−74.5℃(litt.78.5−79.5℃)。元素分析、C1113NO5、実験値(理論値) C:55.20(55.23) H:5.61(5.48)N:5.82(5.85)
実施例2
(N’−Boc−2’−アミノエチル)グリシン(2)
表題化合物をHeimerらによる方法の変法によって調製した。N−(2−アミノエチル)グリシン(1、3.00g;25.4mol)を水(50ml)に溶解し、ジオキサン(50ml)を加え、次いでpHを2N水酸化ナトリウムで11.2に調節した。第三級−ブチル−4−ニトロフェノ−ル炭酸エステル(7.29g;30.5mmol)をジオキサン(40ml)に溶解し、2時間かけて滴下したが、この間においてpHは2N水酸化ナトリウムで11.2に維持した。pHは、3時間以上定期的に11.2に調節し、次いで溶液を一夜放置した。溶液を0℃にまで冷却し、pHを注意深く0.5M塩酸で3.5に調節した。この水溶液を0.5Mクロロホルム(3x 200ml)で洗浄し、pHを2N水酸化ナトリウムで9.5に調節し、この溶液を真空下で(14mmHg)蒸発乾凅した。残渣をDMF(25+2x10ml)で抽出し、抽出液をろ過して、過剰の塩を除去した。こうすることによって、表題化合物の溶液が収率約60%でかつtlc(溶媒系1、ニンヒドリンで可視化した、Rf=0.3)による純度が95%以上で得られる。この溶液をこれ以上精製することなく以後のBoc−aegの製造に使用した。
実施例3
N−1−カルボキシメチルチミン(4)
この方法は、文献奇さの方法とは異なるが、より容易簡単であり、高い収率が得られ、製品中に未反応のチミンが残留しない。DMF(900ml)中にチミン(3、40.0g;0.317mol)および炭酸カリウム(87.7g;0.634mmol)を分散させた分散液に、臭化酢酸メチルエステル(30.00ml;0.317mmol)を加えた。この混合物を窒素雰囲気下で一夜激しく攪拌した。この混合物をろ過し、真空下で蒸発乾凅した。固形の残渣を水(300ml)および4N塩酸(12ml)で処理し、0℃において15分間攪拌し、ろ過し、水(2x75ml)で洗浄した。沈殿物を水(120ml)および2N水酸化ナトリウム(60ml)で処理し、10分間沸騰させた。この混合物を0℃に冷却し、ろ過し、次いで純粋の表題化合物を4N塩酸(70ml)を添加することによって沈殿させた。sicapent上で真空下乾燥させた後での収率、37.1g(64%)。1H−NMR(90MHz;DMSO−d6):11.33 ppm(s,1H,N);7.49(d,J=0.92Hz,1H,Ar);4.38(s,2H,C 2;1.76(d,J=0.92Hz,T−C 3)。
実施例4
N−1−カルボキシメチルチミン ペンタフルオロフェニルエステル(5)
N−1−カルボキシメチルチミン(4、10.0g;54.3mmol)およびペンタフルオロフェノ−ル(10.0g;54.3mmol)をDMF(100ml)中に溶解し、氷水で0℃にまで冷却した。DCC(13.45g;65.2mmol)を次ぎに添加した。温度が5℃以下になったとき、氷浴を取り除き、混合物を常温で3時間攪拌した。沈殿したDCUをろ過して除去し、DMF(2x 10ml)で二度洗浄した。濾液を合わせてエ−テル(1400ml)に注ぎ、0℃にまで冷却した。石油エ−テル(1400ml)を添加し、混合物を一夜放置した。表題化合物をろ過して単離し、石油エ−テルで完全に洗浄した。収率:14.8g(78%)。この製品は、次ぎの反応を実施する出来るほど純粋であったが、分析用サンプルを2−プロパノ−ルから再結晶して得た。m.p.200.5−206℃。元素分析、C137524、実験値(理論値)C:44.79(44.59) H:2.14(2.01)N:8.13(8.00)。FAB−MS:443(M+1+グリセリン)、351(M+1)。1H−NMR(90MHz;DMSO−d6):11.52ppm(s,1H,N);7.64(s,1H,Ar);4.99(s,2H,C 2);1.76(s,3H,C 3)。
実施例5
1−(Boc−seg)チミン(6)
DMF−溶液に上から、トリエチルアミン(7/08ml;50.8mmol)を加え、次いでN−1−カルボキシメチルチミンペンタフルオロフェニルエステル(5、4.45g;12.7mmol)を加えた。生じた溶液は、1時間攪拌し、0℃に冷却しカチオン交換物質(”Dowex 50W X−8”、40g)で20分間処理した。このカチオン交換物質をろ過して除去し、ジクロロメタン(2x 15ml)で洗浄し、ジクロロメタン(150ml)を加えた。生じた溶液を飽和塩化ナトリウム溶液で洗浄し、硫酸マグネシウム上で乾燥し、真空下で蒸発乾凅したが、先ず水アスピレ−タで、次いでオイルポンプで行った。残渣を水(50ml)で振盪し、蒸発乾凅した。この方法をもう一度繰り返した。残渣を次いでメタノ−ル(75ml)に溶解し、エ−テル(600m)と石油エ−テル(1.4L)に注いだ。一夜攪拌した後で、白色固体をろ過して単離し、石油エ−テルで洗浄した。真空下でsicapent上で乾燥して、3.50g(71.7%)が得られた。m.p.142−147℃。元素分析、C162447、実験値(理論値) C:49.59(50.00)H:6.43(6.29) N:14.58(14.58)。1H−NMR(250MHz,DMSO−d6)。二級アミド結合の周囲の回転が限定されているため、シグナルのいくつかが、2:1の比率で二重化した(リストにおいて大きい方はmjでまた小さい方はmiで示してある)。12.73ppm(b,1H,−COOH);11.27ppm(s,mj.,イミド);11.25ppm(s,mi.,イミド);7.30ppm(s,mj.,ArH);7.26ppm(s,mi.,ArH);6.92ppm(unres.t,mj.,BocNH);6.73ppm(ures.t;mi.,BocNH)4.64ppm(s,mj.,T−CH2−CO−);4.47ppm(s,mi.,T−CH2−CO−);4.19ppm(s,mi.,CONRC 2CO2H);3.97ppm(s,mj.,CONRC 2CO2H);3.41−2.89ppm(ures.m,−CH2CH2−および水);1.75ppm(s,3H,T−CH3);1.38ppm(s,9H,t−Bu);13C−NMR:170.68ppm(CO);170.34(CO);167.47(CO;167.08(CO);164.29(CO);150.9(C5”);141.92(C6”);108.04(C2’);77.95および77.68(Thy−C 2CO);48.96、47.45および46.70(−C 2 2−およびNC 2CO2);37.98(Thy−C 3);28.07(t−Bu)。FAB−MS:407(M+Na+);385(M+H+)。
実施例6
1−(Boc−aeg)チミンペンタフルオロフェニルエステル(7、Boc−Taeg.0Pfp)
1−(Boc−aeg)チミン(6)(2.00g;5.20mmol)をDMF(5ml)に溶解し、次いで塩化メチレン(15ml)を加えた。ペンタフルオロフェノ−ル(1.05g;5,72mmol)を炭化し、溶液を氷浴中で0℃にまで冷却した。次いでDDCを加え(1.29g;6.24mmol)、次いで2分後に氷浴を取りはずした。常温で攪拌しつつ3時間経過後、沈殿したDCUをろ過して除去し、塩化メチレンで洗浄した。濾液を合わせて、重炭酸ナトリウム溶液で二度洗浄しまた飽和塩化ナトリウム溶液で一度洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し、真空化で蒸発乾凅した。固体の残渣をジオキサン(150ml)に溶解し、0℃で水(200m)に注いだ。表題化合物をろ過して単離し、水で洗浄し真空化でsicapent上で乾燥した。収率:2.20g(77%)。分析用試料を2−プロパノ−ルから再結晶化して得た。m.p.174−175.5℃。元素分析、C2223475、実験値(理論値) C:48.22(50.00) H:4.64(4.21) N:9.67(10.18)。1H−NMR(250MHz、CDCl3):二級アミド結合の周囲の回転が限定されているため、シグナルのいくつかが、6:1の比率で二重化した(リストにおいて大きい方はmjでまた小さい方はmiで示してある)。7.01ppm(s,mi.,ArH);6.99ppm(s,mj.,ArH);5.27ppm(unres.t,BocN);4.67ppm(s,mj.,T−CH2−CO−);4.60ppm(s,mi.,T−CH2−CO−);4.45(s,mj.,CONRC 2CO2Pfp);4.42ppm(s,mi.,CONRC 2CO2Pfp);3.64ppm(t,2H,BocNHCH2 2−);3.87ppm(”q”,2H,BocNHC 2CH2−);1.44(s,9H,t−Bu)。FAB−MS:551(10;M+1);495(10;M+1−tBu);451(80;−Boc).
実施例7
4−ベンジルオキシカルボニルシトシン(9)
ほぼ1時間かけて、塩化ベンジルオキシカルボニル(52ml;0.36mol)を、乾燥ピリジン(1000ml)にシトシン(8、20.0g;0.18mol)を分散させた分散液に0℃において、オ−ブンで乾燥させた装置の中で窒素雰囲気中にて滴下した。この溶液を一夜攪拌し、その後このピリジン分散液を真空下で蒸発乾凅させた。水(200ml)と4N塩酸を添加して、pH〜1にした。生じた白色沈殿をろ過して除き、水で洗浄し、空気をサクションして部分的に乾燥した。まだ湿潤している沈殿を無水アルコ−ル(500ml)と一緒に10分間沸騰させ、0℃にまで冷却し、ろ過し、エ−テルデで完全に洗浄し、真空下で乾燥した。収率、24.7g(54%)。m.p.>250℃。元素分析、C141133、実験値(理論値) C:58.59(58.77) H:4.55(4.52) N:17.17(17.13)。NMRスペクトルは、本製品を溶解出来なかったため一切記録しなかった。
実施例8
4−ベンジルオキシカルボニル−N1−カルボキシメチルシトシン(10)
メカニカル攪拌装置と窒素封入装置を備えた三口丸底フラスコに臭化酢酸メチルエステル(7.82ml;82.6mmol)およびN4−ベンジルオキシカルボニルシトシン(9、21.0g;82.6mmol)と炭酸カリウム(11.4g;82.6mmol)を乾燥DMF(900ml)中に分散させた分散液を入れた。この混合物を一夜激しく攪拌し、ろ過し、真空下で蒸発乾凅した。水(300ml)と4N塩酸(10ml)とを加え、混合物を0℃で15分間攪拌し、ろ過し、水(2x 75ml)で洗浄した。単離した沈殿を水(120ml)、2N水酸化ナトリウム(60ml)処理し、30分間攪拌し、ろ過し、0℃に冷却し4N塩酸(35ml)を加えた。表題化合物をろ過して単離し、よく水で洗浄し、メタノ−ル(1000ml)から再結晶し、よくエ−テルで洗浄した。こうして、7.70g(31%)の純品を得た。再結晶母液を200mlの容積にまで濃縮し、0℃に冷却した。こうすることによって、さらに2.30gの物質を得たが、このものは、tlcで純品でありことが判り、淡赤色を呈していた。m.p.266−274℃。元素分析、C141335、実験値(理論値) C:55.41(55.45)H:4.23(4.532) N:14.04(13.86)。 1H− NMR(90MHz;DMSO−d6):8.02ppm(d,J=7.32Hz,1H,H−6);7.39(s,5H,Ph);7.01(d,J=7.32Hz,1H,H−5);5.19(s,2H,PhC 2−);4.52(s,2H)。
実施例9
N4−ベンジルオキシカルボニル−N1−カルボキシメチルシトシンペンタフルオロフェノ−ルエステル(11)
4−ベンジルオキシカルボニル−N−カルボキシメチルシトシン(10、4.00g;13.2mmol)およびペンタフルオロフェノ−ル(2.67g;14.5mmol)をDMF(70m)と混合し、氷浴で0℃にまで冷却し、DCC(3.27g;15.8mmol)を添加した。この氷浴を3分後に取りはずし、混合物を室温で3時間攪拌した。沈殿したDCUをろ過して除去し、DMFで洗浄し、次いで濾液を真空下で(0.2mmHg)蒸発乾凅した。固体の残渣を塩化メチレン(250ml)で処理し、15分間激しく攪拌し、溶かし、希重炭酸ナトリウム溶液で二度また飽和塩化ナトリウム液で一度洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し、真空下で蒸発乾凅した。固体の残渣を2−プロパノ−ル(150ml)で再結晶し、結晶をよくエ−テルで洗浄した。収率、3.40g(55%)。m.p.241−245℃。元素分析、C2012355、実験値(理論値) C:51.56(51.18) H:2.77(2.58) N:9.24(8.95)。 1H− NMR(90MHz;CDCl3):7.66ppm(d,J=7.63Hz,1H,H−6);7.37(s,5H,Ph);7.31(d,J=7.63Hz,1H,H−5);5.21(s,2H,PhC 2−);4.97(s,2H,NC 2)。FAB−MS:470(M+1)。
実施例10
4−ベンジルオキシカルボニル−1−Boc−aeg−シトシン(12)
上記において調製した(N−Boc−2−アミノエチル)グリシン(2)をDMFに溶かした溶液に、トリエチルアミン(7.00ml;50.8mmol)およびN4−ベンジルオキシカルボニル−N1−カルボキシメチルシトシンペンタフルオロフェノ−ルエステル(11、2,70g;5,75mmol))を加えた。この溶液を室温で1時間攪拌した後、塩化メチレン(150ml)、飽和塩化ナトリウム液(250ml)、およびpH〜1までの4N塩酸を加えた。有機層を分離し、飽和塩化ナトリウム液で二度洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し、真空下で蒸発乾凅したが、先ず最初は水アスピレ−タ−、次ぎにオイルポンプを用いて蒸発乾凅した。油状の残渣を水(25ml)で処理し、再度、真空下で蒸発乾凅した。この方法を繰り返した。油状残渣(2.80g)を次ぎに塩化メチレン(100ml)に溶解し、石油エ−テル(250ml)を加え、この混合物を一夜攪拌した。表題化合物をろ過して単離し、石油エ−テルで洗浄した。Tlc(溶媒系1)の結果、実際量のペンタフルオロフェノ−ルが存在することが判ったが、これを除去しようとする試みは行わなかった。収率:1,72g(59%)。1H−NMR(250MHz、CDCl3)。二級アミド結合の周囲の回転が限定されているため、シグナルのいくつかが、2:1の比率で二重化した(リストにおいて大きい方はmjでまた小さい方はmiで示してある)。7.88ppm(dd,1H,H−6);7.39(m,5H,Ph);7.00(dd,1H,H−5);6.92(b,1H,BocN);6.74(b,1H,ZN)−?;5.19(s,2H,Ph−C 3);4.81ppm(s,mj.,Cyt−CH2−CO−);4.62ppm(s,mi.,Cyt−CH−CO=);4.23(s,mi.,CONRC 2CO2H);3.98ppm(s,mj.,CONRC 2CO2H);3.42−3.02(unres.m,−CH2CH2−および水);1.37(s,9H,tBu)。FAB−MS:504(M+1);448(M+1−tBu)。
実施例11
4−ベンジルオキシカルボニル−1−Boc−aeg−シトシンペンタフルオロフェノ−ルエステル(13)
4−ベンジルオキシカルボニル−1−Boc−aeg−シトシン(12、1.50g;2.98mmol))およびペンタフルオロフェノ−ル(548mg;2.98mmol)をDMF(10m)に溶解し、塩化メチレン(10ml)を添加し、反応混合物を氷浴中で0℃にまで冷却し、DDC(676mg;3.28mmol)を添加した。この氷浴を3分後に取り除き、混合物を常温で3時間攪拌した。沈殿をろ過して単離し、塩化メチレンで一度洗浄した。この沈殿を、沸騰ジオキサン(150ml)に溶解し、生じた溶液を15℃にまで冷却したが、この際DCUが沈殿した。このDCUをろ過して除去し、生じた濾液を0℃において水(250ml)に注いだ。表題化合物をろ過して単離し、水で洗浄し真空下においてsicapent上で乾燥した。収率:1.30g(65%)。元素分析、C2928585、実験値(理論値) C:52.63(52.02) H:4.41(4.22) N:10.55(10.46)。1H−NMR(250MHz,DMSO−d6):本質的の上記酸のスペクトルを示したが、該エステルが加水分解したことに起因するのが最も可能性が高い。FAB−MS:670(M+1);614(M+1−tBu).
実施例12
4−クロロカルボキシ−9−クロロアクリジン4−カルボキシアクリジン(6.25g;26.1mmol)、塩化チオニル(25ml)および4滴のDMFを、固体の物質が全て溶解するまで窒素を流しながら緩やかに加熱した。次いでこの溶液を40分間還流し、過剰の塩化チオニルを真空下で除去した。塩化チオニルの最後の痕跡量を乾燥ベンゼン(Na−Pbで乾燥)と一緒に二度蒸発させて除去した。残留する黄色の粉末を直接次ぎの反応にそまま用いた。
実施例13
4−(5−メトキシカルボニルペンチルアミドカルボニル)−9−クロロアクリジン6−アミノヘキサノン酸メチル塩酸塩(4.70g;25.9mmol)を塩化メチレン(90ml)に溶解し、0℃にまで冷却し、トリエチルアミン(15ml)を加え、生じた溶液を直ちに酸の塩化物に上から加えた。この酸塩化物を入れた丸底のフラスコを氷浴中で0℃にまで冷却した。この混合物を0℃で30分間また室温で3時間激しく攪拌し、この混合物をろ過して残留する固形物除去したが、この固形物を塩化メチレン(20ml)で洗浄した。この赤−茶色の塩化メチレンろ液を飽和重炭酸ナトリウムで二度洗浄しまた飽和塩化ナトリウムで一度洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し、真空下で蒸発乾凅した。得られた油状の物質に、乾燥ベンゼン(35ml)およびリグロイン(60−80℃、Na−Pbで乾燥)を加えた。この混合物を還流するまで加熱した。活性炭およびセライトを加えて、この混合物を3分間還流した。ろ過した後で、表題化合物は、磁気攪拌下で冷却すると結晶化した。この藻をろ過して単離し、石油エ−テルで洗浄した。本品は、固形の水酸化カリウム上で保存した。収率:5.0g(50%)。
実施例14
4−(5−メトキシカルボニルペンチル)アミドカルボニル)−9−[6’−(4”−ニトロベンズアミド)ヘキシルアミノ]−アミノアクリジン4−(5−メトキシカルボニルペンチルアミドカルボニル)−9−クロロアクリジン(1.30g;3.38mmol)およびフェノ−ル(5g)を、窒素気流下で30分間で80℃にまで加熱し、その後6−(4’−ニトロベンズアミド)−1−ヘキシルアミン(897mg;3,38mmol)を加えた。温度は2時間で120℃まで上昇した。反応混合物を冷却し、塩化メチレン(80ml)を加えた。生じた溶液は2N水酸化ナトリウム(60ml)で三度また水で一度洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し、真空下で蒸発乾凅した。得た赤色オイル(1.8g)を塩化メチレン(40ml)に溶解し、0℃にまで冷却した。エ−テル(120ml)を加え、出た溶液を一夜攪拌した。こうすることによって、固形物質とオイルの混合物が得られた。この固形ブツヲろ過して単離した。固形物とオイルとを塩化メチレン(80ml)に再度溶解し、冷エ−テル(150ml)に滴下した。20分間攪拌したあと、表題化合物をろ過してオレンジ色の結晶として単離した。本品をエ−テル出洗浄し、水酸化カリウム上で真空にて乾燥した。収率:1.60g(77%)。m.p.145−147℃。
実施例15
4−(5−カルボキシペンチル)アミドカルボニル)−9−[6’−(4”−ニトロベンズアミド)ヘキシルアミノ]−アミノアクリジン4−(5−メトキシカルボニルペンチル)アミドカルボニル)−9−[6’−(4”−ニトロベンズアミド)ヘキシルアミノ]−アミノアクリジン(503mg;0.82mmol)をDMF(30ml)に溶解し、2N水酸化ナトリウム(30ml)を添加した。15分間攪拌した後、2N塩酸(35ml)および水(50ml)を0℃で加えた。30分間攪拌したあとで、溶液をデカントしたところ、オイル状の物質が得られ、これを沸騰メタノ−ル(150ml)に溶解し、ろ過し、1/3の容積にまで濃縮した。このメタノ−ル溶液に、エ−テル(125ml)およびエタノ−ルに溶かした塩酸5−6滴を加えた。この溶液を0℃において1時間攪拌した後でデカントした。オイル状の物質を再びメタノ−ル(25ml)に溶解し、エ−テル(150ml)で沈殿させた。一夜攪拌した後で表題化合物が黄色結晶として単離された。収率:417mg(80%)。m.p.173℃(分解)。
実施例16
(a)4−(5−ペンタフルオロフェニルメオシカルボニルペンチル)アミドカルボニル)−9−[6’−(4”−ニトロベンズアミド)ヘキシルアミノ]−アミノアクリジン(Acr1Opfp)
上記の酸(300mg;0.,480mmol)をDMF(2ml)と塩化メチレン(8ml)に溶解し、ペンタフルオロフェノ−ル(97mg;0.53mmol)を2x 2mlの塩化メチレンと共に移して添加した。生じた溶液を0℃まで冷却し、この後DCC(124mg;0.60mmol)を加えた。氷浴を5分後に取り除き、混合物を一夜攪拌しつつ放置した。沈殿したDCUを遠心分離して除去し、遠心分離液を真空下で蒸発乾凅したが、先ず水アスピレ−タで次いでオイルポンプで蒸発乾凅した。残渣を塩化メチレン(20ml)中に溶解し、ろ過し、真空にて蒸発乾凅した。残渣を再び塩化メチレンと石油エ−テル(150ml)に溶解した。エ−テル中の5N塩酸1mlを添加し、0℃で30分間攪拌した後、溶媒をデカンテ−ションで除去した。残留するオイル状物質を塩化メチレン(100ml)に溶解し、石油エ−テルを加え、混合物を一夜攪拌しつつ放置した。翌日、黄色の沈殿結晶物をろ過して単離し、大量の石油エ−テルで洗浄した。収率:300mg(78%)、乾燥後。m.p.97,5℃(分解)。全ての試料は、帰属するべき元素分析結果、1H−および13C−NMRおよび質量スペクトルを示した。
(b)PNA化合物の合成実験、第8図を参照。
材料:Boc−Lys(ClZ)、ベンゾヒドリルアミン−コポリ(スチレン−1%−ジビニルベンゼン)樹脂(BHA樹脂)およびp−メチルベンゾヒドリルアミン−コポリ(スチレン−1%−ジビニルベンゼン)樹脂(MBHA樹脂)をPneinsulaLaboratoriesから購入した。その他の試薬および溶媒は、それぞれ以下から購入した:即ち、Biogradeのトリフルオロ酢酸は、Halocarbon Products社から;ジイソプロピルエチルアミン(99%;これ以上蒸留しなかった)およびN−アセチルイミダゾ−ル(98%)は、Aldrich社から;H2Oは、二度蒸留した;無水HFは、UnionCarbide社から;合成グレ−ドのN、N−ジメチルホルムアミドおよび分析グレ−ドの塩化メチレン(これ以上蒸留しなかった)は、Merck社から;HPLCグレ−ドのアセトニトリルは、Lab−Scan社から;purumグレ−ドのアニソ−ル、N、N−ジシクロヘキシルカルボジイミドおよびpuriss.グレ−ドの2、2、2−トリフルオロエタノ−ルは、Fluka社から購入した。
(b)一般的方法および注記別段に特記しない限り、以下を適用する。PNA化合物は、”一時的な”N−保護のためにTFA−反応活性な第三級−ブチルオキシカルボニル(Boc)基を用い(Merrifield、J.Am.Chem.Sco,、1964、86、304)また”永久的な”側鎖保護のためにもっと酸に安定なベンジルオキシカルボニル(Z)および2−クロロベンジルオキシカルボニル(ClZ)を用いて段階的固相方法(Merrifield、J.Am.Chem.Soc.、1963、85、2149)によって合成した。C−末端アミドを得るために、PNA類は、HF−反応活性なBHAまたはMBHA樹脂(このMBHA樹脂は、未置換BHA樹脂を基準として最終HF開裂を受け易い(Matsuedaら、Peptides、1981、2、45))の上において構築した。全ての反応は(HF反応を除いて)、粗いガラスフリットを備えた、手動操作する標準固相反応容器において行った(Merrifieldら、Biochemistry、1982、21、5020)。元来”通常の”アミノ酸を包含するペプチドのためにMerrifieldおよびその共同研究者(Sarinら、Anal.Biochem.、1981、117、147)によって開発された定量的なニンヒドリン反応が、全ての樹脂に対して”通常”用いられてきた有効吸光係数ε=15000M-1cm-1を用いると、うまく適用され、個別のカップリングの完結度ならびに成長するペプチド鎖の数を測定出来た。カップリング時の残留基nの理論的置換度Sn−1は(合成サイクルの過程において脱保護とカップリングが完璧でありかつPNAの鎖終了もその逸失も一切ないことを前提とする)、以下の式から算定される:
Sn=Sn−1 x (1 + (Sn−1 xΔMWx 10-3 mmol/mol))-1
なお本式において、ΔMWは、分子量の増大分([ΔMW]=g/mol)であり、またSn−1は、先行する残留基n−1のカップリング時の理論的置換度である([S]=mmol/g)。個別のカップリングの程度の推定値(%)は、測定した置換度を基準として算出され(Sが決定されない限り)かつ先立つサイクルのあとの残留する遊離アミノ酸基の数について補正はしていない。HF反応は、TohoKasei(Osaka、Japan)製のDiaflonHF装置で実施した。Vydac C18(5ミクロン、0.46 x 25cmおよび5ミクロン。1 x 25cm)逆相カラムは、それぞれSP8000計器において分析用および半−合成用HPLCに用いた。緩衝液液Aは、1リットル当たり445マイクロリットルのトリフルオロ酢酸を含む60容量%のアセトニトリル/水溶液であり、また緩衝液Bは、1リットル当たり390マイクロリットルのトリフルオロ酢酸を含む60容量%のアセトニトリル/水溶液である。直線勾配は、30分で0−100%の緩衝液Bで、流速は1.2ml/分(分析用)と5ml/分(半製造用)であった。溶出液は215nm(分析用)と230nm(半製造用)においてモニタ−した。PNA類の分子量は、最も多い同位元素の平均値から252Cfプラズマ脱着の飛行時間質量分光測定法によって決定した。
実施例17
Acr1−[Taeg]15−NH2およびより短い誘導体の固相合成(a)Boc−[Taeg]15−BHA樹脂の段階的合成この合成は、事前膨潤させ、中和したBHA樹脂100mgの上で(定量的ニンヒドリン反応によって0.57mmol/NH2/g含有する旨決定された)、3.2等量のBocTaeg−OPfpをほぼ33%のDMF/CH2Cl2中で用いて開始した。個別のカップリング反応は、手動操作する、6mlの標準固相反応容器内で少なくとも12時間振盪することによって実施し、未反応のアミノ基は、合成の選択された段階でアセチル化することによってブロックした。鎖延長の過程は、定量的ニンヒドリン反応によっていくつかの段階でモニタ−した(第I表を参照)。保護されたBoc−[Taeg]5−BHA、Boc−[Taeg]10−BHAおよびBoc−[Taeg]15−BHAの一部を、それぞれ5、10および15の残基を構築した後で取り出した。
Figure 2008253251

(b)Acr1−[Taeg]15−BHA樹脂の合成残留Boc−[Taeg]15−BHA樹脂(推定乾燥重量はほぼ30mg;0.002mmol成長鎖)の脱保護を行ったあと、3mlの固相反応容器において、H−[Taeg]15−BHA樹脂を66%ほぼDMF/CH2Cl21ml中ほぼ50当量(80mg;0.11mmol)のAcr1−OPfp(即ち、ペンタフルオロフェノ−ル0.11M溶液)に反応させた。定量的ニンヒドリン反応によって判定されたように、アクリジン部のカップリングはほぼ定量的に近似していた。
(c)H−[Taeg]15−NH2の開裂、精製および同定保護されたBoc−[Taeg]5−BHA樹脂の一部を、塩化メチレン中50%のトリフルオロ酢酸と反応させて、HF開裂に先だってN−末端Boc(これは、潜在的に有害な三級−ブチルの前駆体である)を除去した。中和しかつ洗浄し(”合成実験記録”工程2−4の方法と同様の方法で)次いで真空で2時間乾燥した後、生じた67.1mg(乾燥重量)のH−[Taeg]15−BHA樹脂を0℃において60分間攪拌しつつ5mlのHF:アニソ−ルで開裂させた。HFを除去した後、残渣を乾燥ジエチルエ−テル(4x 15ml、それぞれ15分間)とともに攪拌して、アニソ−ルを除去し、フリット処理したガラス漏とで重力ろ過し、乾燥させた。PNAを次ぎに60ml(4 x 15ml、それぞれ15分間攪拌)の酢酸水溶液に抽出した。この溶液のいくつかのアリコ−トを分析用逆相HPLCによって分析して、この粗製PNAの純度を測定した。13.0分における主ピ−クは、前吸光率のほぼ93%を占めていた。残りの溶液は、凍らせ、次いで凍結乾燥すると、粗製物がほぼ22.9mgが得られた。最後に、19.0mgのこの粗製物をそれぞれ1mlの水に3.8mgを含む五つのバッチから精製した。この主ピ−クは、半合成用逆相カラムを用いて集めた。アセトニトリルをスピ−ドvacで除き、残留溶液を凍結し(ドライアイス)、その後凍結乾燥させると、99%以上の純度のH−[Taeg]5−NH2が13.1mg得られた。このPNA分子は、直ちに水に溶解し、質量分光分析による測定に基づいて正確な分子量を有していた。(M+H)+について、計算したm/z値は1349.3でありまた測定したm/z値は1347.8であった。
(d)H−[Taeg]10−NH2の開裂、精製および同定保護したBoc−[Taeg]10−BHAの一部を上記(c)項において記載したように処理し、18.9mgの乾燥H−[Taeg]10−BHA樹脂をHF開裂すると11.0mgの粗製物が得られた。15.5分における主ピ−クは、全吸光度のほぼ53%を占めていた。ほぼ1mgのこの粗製物を繰り返して(下記する理由によって)、少なくとも80%の、恐らくは99%以上の純度のH−[Taeg]10−NH2がほぼ1mg得られた。標的ピ−クの後で溶出しかつ全吸光度のほぼ20%を占めるもう少しブロ−ドのテイル部は、繰り返し精製しても除去出来なかった(若干減少しただけ)。質量スペクトルは正確な分子量のH−[Taeg]10−NH2の存在を確認するものであったが、そのスペクトルから判定して、このようなテイル現象は、多少とも充分に定義された、いくつかの凝集/配座状態にある標的分子によるものである。従って、この粗製物は、標的分子を上記した53%以上は含有している可能性がある。H−[Taeg]10−NH2は、水に容易に溶解する。(M+H)+については、計算m/z値は2679.6でありかつ測定m/z値は2681.5であった。
(e)H−[Taeg]15−NH2の開裂、精製および同定保護したBoc−[Taeg]10−BHA樹脂の一部を(c)項において記載したと同様に処理して、13.9mgの乾燥Boc−[Taeg]15−BHA樹脂をHF開裂して3.2mgの粗製物を得た。22.6分における主ピ−クは、ブロ−ドな膨れ部に位置し、全吸光度のほぼ60%を占めていた(第12a図)。再び(前項を参照)、この膨れ部は、質量スペクトルによってこの集積した”膨れ部”を分析したところ、他の分子の存在がないことが判ったので、いくつかの凝集/配座状態の標的分子H−[Taeg]15−NH2によるものである。この粗製物を全て”膨れ部”を集めて精製したところ、ほぼ2.8mgの物質を得た。(M+H)+については、計算m/z値は4033.9でありかつ測定m/z値は4032.9であった。
(f)Acr1−[Taeg]15−NH2の開裂、精製および同定保護されたAcr1−[Taeg]15−BHA樹脂の一部を(b)項において記載したように処理して29.7mgの乾燥Acr1−[Taeg]15−BHA樹脂をHF開裂して14.3mgの粗製物を得た。全て合わせると、23.7に分における主ピ−クおよび29.2分における”ダイマ−”(下記を参照)は、全吸光度のほぼ40%を占めていた(第12b図)。この粗製物を繰り返し精製して、恐らくは99%以上の純度のAcr1−[Taeg]15−NH2 −27.4分、29.2分および最後に100%緩衝液Bで溶出する大きく、ブロ−ドな膨れ部として溶出する自己凝集分子で”汚染された”−がほぼ1mg得られた(第12c図)。このような解釈は、これらのピ−クが酢酸水溶液中において放置すると(数時間)成長し、最後に定量的に下降するという観察結果と一致する。(M+H)+については、計算m/z値は4593.6でありかつ測定m/z値は4588.7であった。
(g)合成実験記録1(1)TFA/CH2Cl2(1:1、v/v)によるBoc−脱保護、3ml、3x1分および1x30分;(2)CH2Cl2による洗浄、3ml、6x1分;(3)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)による中和、3ml、3x2分;(4)CH2Cl2による洗浄、3ml、6x1分、および1分間のドレ−ン;(5)2−5mgのPNA−樹脂試料を取り出し、完全に乾燥してニンヒドリン定量分析に供して置換度を測定する;(6)1mlのCH2Cl2に溶解した3.2当量の(0.18mmol;100mg)BocTaeg−OPfpを添加し、次いで0.5mlのDMF(最終のペンタフルオロフェノ−ル濃度^0.12M))を添加する;(7)DMFによる洗浄、3ml、1x2分;(8)CH2Cl2による洗浄、3ml、4x1分;(9)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)による中和、3ml、2x2分;(10)CH2Cl2による洗浄、3ml、6x1分;(11)2−5mgの保護PNA樹脂試料を取り出し、迅速ニンヒドリン定量試験に供し、さらに2−5mgをよく乾燥してニンヒドリン定量分析に供して、カップリング度を測定する(サイクル7、10および15の後で、未反応アミノ基を塩化メチレン中でN−アセチルイミダゾ−ルによるアセチル化を行いブロックした)。
実施例18
Acr1−[Taeg]15−Lys−NH2および短鎖誘導体の固相合成
(a)Acr1−[Taeg]15−Lys(CIZ)−BHA樹脂の段階的構築この合成は、Boc−Lys(CIZ)を予め膨潤させ、中和したBHA樹脂(0.57mmolNH2/g)100mgに定量的にロ−ディング(純CHCl中での標準的DCCによるin−situカップリング)することによって開始した。この保護したPNA樹脂鎖をさらに延長するために、ほぼ33%DMF/CH2Cl2中3.2当量のBocTaeg−OPfpを用いて、サイクル1から5までおよび10から15までについて単一カップリング(”合成実験記録2”)を用いた。サイクル5から10までは、ほぼ33%SMF/CH2Cl2中遊離の酸BocTaeg−OHをまた別のストレ−トDCC(即ち、insitu)カップリングさせる方法を用いた。全てのアカップリング反応を手動操作式の6ml標準固相反応容器中において少なくとも12時間振盪することによって実施した。未反応のアミノ基を、実施例17において行ったと同様に、この合成の同じ段階においてアエチル化することによってブロックした。保護したBoc−[Taeg]5−Lys(CIZ)−BHA樹脂およびBoc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−BHA樹脂を一部ずつ、5および10PNA残基を組み立てた後で取り出した。Boc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−BHA樹脂の分析用HPLCクロマトグラムから判定して((e)項を参照)、PNA残基5から10までにさらに”遊離酸”カップリングさせても、実施例17における完全単一カップリングした残基と比較して、合成収率は改善されることはなかった。
(b)Acr1−[Taeg]10−Lys(CIZ)−BHA樹脂の合成Boc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−BHA樹脂の一部を脱保護した後で(推定乾燥重量はほぼ90mg;^0.01mmolの成長鎖)、このH−[Taeg]15−BHA樹脂に3mlの固相反応容器のおいてほぼ66%DMF/CH2Cl2中ほぼ20当量の(141mg;0.19mmol)のAcr1−OPfpを反応させた。定量的ニンヒドリン反応から判定して、アクリジン部のカップリングは、定量的に近かった。
(c)Acr1−[Taeg]15−Lys(CIZ)−BHA樹脂の合成残留Boc−[Taeg]15−Lys(CIZ)−BHA樹脂(推定乾燥重量はほぼ70mg;0.005mmol成長鎖)を脱保護したあとで、このH−[Taeg]15−Lys(CIZ)−BHA樹脂に3mlの固相反応容器のおいてほぼ66%DMF/CH2Cl2中ほぼ25当量の(91mg;0.12mmol)のAcr1−OPfpを反応させた。定量的ニンヒドリン反応から判定して、アクリジン部のカップリングは、定量的に近かった。
(d)H−[Taeg]5−NH2の開裂、精製および同定保護したBoc−[Taeg]5−Lys(CIZ)−BHA樹脂の一部を実施例17cにおいて記載したように処理し、19.0mgの乾燥H−[Taeg]5−Lys(CIZ)−BHA樹脂をHF開裂すると8.9mgの粗製物が得られた。12.2分における主ピ−クは(10%酢酸溶液の代わりに水溶液から注入すると14.2分において溶出)、全吸光度のほぼ90%を占めていた。ほぼ2.2mgの粗製物を精製すると、99%純度のH−[Taeg]5−Lys−NH2がほぼ1.5mg得られた。
(e)H−[Taeg]10−Lys−NH2の開裂、精製および同定保護したBoc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−BHA樹脂の一部を実施例17cにおいて記載したように処理し、7.0mgの乾燥H−[Taeg]10−Lys(CIZ)−BHA樹脂をHF開裂すると1.7mgの粗製物が得られた。15.1分における主ピ−クは(10%酢酸溶液の代わりに水溶液から注入すると17.0分において溶出)、全吸光度のほぼ50%を占めていた。ほぼ1.2mgの粗製物を精製すると、95%以上の純度のH−[Taeg]10−Lys−NH2がほぼ0.2mg得られた。(M+H)+については、計算m/z値は2807.8でありかつ測定m/z値は2808.2であった。
(f)Acr1−[Taeg]10−Lys−NH2の開裂、精製および同定保護したBoc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−BHA樹脂の99.1mg(乾燥重量)を実施例17cにおいて記載したように処理し、42.2mgの粗製物を得た。25.3分における主ピ−クは(10%酢酸溶液の代わりに水溶液から注入する23.5分において溶出)、全吸光度のほぼ45%を占めていた。8.87mgの粗製物を精製すると、97%以上の純度のH−[Taeg]10−Lys−NH2がほぼ5.3mg得られた。(M+H)+については、計算m/z値は2850.8でありかつ測定m/z値は2849.8であった。
(g)Acr1−[Taeg]15−Lys−NH2の開裂、精製および同定保護したAcr1−[Taeg]10−Lys(CIZ)−BHA樹脂の78.7mg(乾燥重量)を実施例1(c)項において記載したように開裂させ、34.8mgの粗製物を得た。23.5分における主ピ−ク(10%酢酸溶液の代わりに水溶液から注入しても同じ溶出時刻において溶出)および28.2分における”ダイマ−”は、全吸光度のほぼ35%を占めていた。ほぼ4.5mgの粗製物を精製すると、95%以上の純度のH−[Taeg]10−Lys−NH2がほぼ1.6mg得られた。この化合物は、”ダイマ−”ピ−クを無くすことは出来ず、酢酸水溶液中に放置すると増大した。
(h)合成実験記録2(1)TFA/CH2Cl2(1:1、v/v)によるBoc−脱保護、3ml、3x1分および1x30分;(2)CH2Cl2による洗浄、3ml、6x1分;(3)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)による中和、3ml、3x2分;(4)CH2Cl2による洗浄、3ml、6x1分、および1分間のドレ−ン;(5)2−5mgのPNA−樹脂試料を取り出し、完全に乾燥してニンヒドリン定量分析に供する;(6)サイクル1から5までおよびサイクる10から15までに就いては、カップリング反応は、1mlのCH2Cl2に溶解した3.2当量の(0.18mmol;100mg)BocTaeg−OPfpを添加し、次いで0.5mlのDMF(最終のペンタフルオロフェノ−ル濃度^0.12M))を添加することによって実施した;このカップリング反応は、振盪しつつ全体として12−24時間進行させた;サイクル5から10までは、1.5mlのDMF/CH2Cl2(1:2、v/v)中で0.12MBocTaeg−OHをさらに0.12MDCCでカップリングさせた;(7)DMFによる洗浄、3ml、1x2分;(8)CH2Cl2による洗浄、3ml、4x1分;(9)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)による中和、3ml、2x2分;(10)CH2Cl2による洗浄、3ml、6x1分;(11)2−5mgの保護PNA樹脂試料を取り出し、迅速ニンヒドリン定量試験に供し、さらに2−5mgをよく乾燥してニンヒドリン定量分析に供してる(サイクル7、10および15の後で、未反応アミノ基を塩化メチレン中でN−アセチルイミダゾ−ルによるアセチル化を行いブロックした)。
実施例19
H−[Taeg]10−Lys−NH2の改善された固相合成保護されたPNAをMBHA樹脂の上で、前記実施例において使用したBHA樹脂のロ−ディングのほぼ半分を用いて構築した。更には、一つのサイクルを除いて全てのサイクルは、カップリングしないアミノ基をアセチル化することによってこれに従った。以下にこの合成法を詳細に記述する:
(a)当初置換度が0.3mmol/gのBoc−Lys(CIZ)−NH−CH(p−CH3−C64)−C6H4樹脂(MBHA樹脂)の製造Boc−Lys(CIZ)−MBHA樹脂の所望の置換度は0.25−0.30mmol/gであった。この数値を得るために、1.5mmolのBoc−Lys(CIZ)を、60mlのCH2Cl2中にて単一in−situカップリング(1.5mmolのDCC)剤を用いて、中和し、事前に膨潤させたMBHA樹脂(定量ニンヒドリン反応によって0.64mmolNH2/gを含有することが測定された)5.0gにカップリングさせた。この反応は、手動操作式の225ml標準固相反応容器の中において3時間振盪することによって実施した。未反応のアミノ基を無水酢酸.ピリジン/CH2Cl2(1:1:2、v/v/v)の混合物を用いて18時間アセチル化してブロックした。中和した樹脂の上での定量的ニンヒドリン反応を行ったところ、僅か0.00093mmol/gの遊離アミンが残留すること(第I表を参照)、即ち原初のアミノ基の0.15が残留していることが判った。置換度は、脱保護しニンヒドリン分析して決定したが、中和したH−Lys(CIZ)−MBHA樹脂について0.32mmol/gであることが判った。0.30mmolBoc0Lys(CIZ)/g樹脂なる定量的カップリングに対する最大値0.28mmol/gと充分に比肩できるものである(第II表を参照)。
(b)Boc−[Taeg]3−Lys(CIZ)−MBHA樹脂の段階的構築(a)項で製造したH−Lys(CIZ)−MBHA樹脂の全バッチをそのまま(同じ反応容器中において)用いて、2.5当量のBocTaeg−OPfpを純CH2Cl2中において用いて単一カップリング(”合成実験記録3”)によってBoc−[Taeg]3−Lys(CIZ)−MBHA樹脂を構築した。定量的ニンヒドリン反応を、この合成全体にわたって適用した(第II表を参照)。
(c)Boc−[Taeg]8−Lys(CIZ)−MBHA樹脂の段階的合成湿潤Boc−[Taeg]3−Lys(CIZ)−MBHA樹脂ほぼ4.5g(^0.36mmolの成長鎖;(b)項において製造した全部で19gの湿潤樹脂から取り出した)を、55mlのSPPS反応容器のなかに入れた。Boc−[Taeg]8−Lys(CIZ)−MBHA樹脂を、ほぼ30%DMF/CH2Cl2中において2.5当量のBocTaeg−OPfpを用いて単一カップリング(”合成実験記録4”)で構築した。合成の進行は、全ての段階において定量的ニンヒドリン反応によってモニタ−した(第II表を参照)。
(d)Boc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−MBHA樹脂の段階的構築湿潤Boc−[Taeg]3−Lys(CIZ)−MBHA樹脂ほぼ1g(0.09mmoloの成長鎖;(c)項におい手製造した全部で4gの湿潤樹脂から取り出した)を、20mlのSPPS反応容器のなかに入れた。Boc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−MBHA樹脂を、ほぼ30%DMF/CH2Cl2中において2.5当量のBocTaeg−OPfpを用いて前記した項において使用した単一カップリング合成実験記録によって構築した。反応容量は3mlであった(激しく振盪)。合成は、定量的ニンヒドリン反応によってモニタ−した(第II表を参照)。
Figure 2008253251

(e)Boc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−MBHA樹脂の合成Boc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−MBHA樹脂の一部を(推定乾燥重量はほぼ45mg)脱保護した後、この樹脂を3mlの固相反応容器の中において無水酢酸/ピリジン/CH2Cl2(1:1:1、v/v/v)の混合液2mlを用いて2時間定量的にアセチル化した。
(f)H−[Taeg]10−Lys−NH2の開裂、精製および同定保護したBoc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−BHA樹脂の一部を実施例17cにおいて記載したように処理して、76mgの乾燥H−[Taeg]5−Lys(CIZ)−BHA樹脂をHF開裂すると24mgの粗製物が得られた。15.2分における主ピ−クは(欠失ペプチドや種々の副生物などの不純物を含む)、全吸光度のほぼ78%を占めていた。このピ−クはまた、”主ピ−クおよび欠失ピ−ク”吸光度のほぼ88%を占めていたが、このことは、第II表における個別のカップリング収率をまとめて得た全推定カップリング収率としての90.1%と用く合致している。7.2mgの粗製物を二つのバッチから半合成用逆相カラムを用いて精製した(主ピ−クをドライアイス/2−イソプロパノ−ルで冷却したビ−カ−に集める)。それぞれは、H2O1ml中に3.6mgを含有していた。凍結した溶液をそのまま凍結乾燥して(speed vacにおいてアセトニトリルを予め除去することなく)82%純度のH−[Taeg]10−Lys−NH2がほぼ4.2mg得られた。
(g)Ac−[Taeg]10−Lys−NH2の開裂、精製および同定保護したAc−[Taeg]10−Lys(CIZ)−BHA樹脂の400.0mg(乾燥重量)を実施例17cにおいて記載したように開裂させたが、TFA処理を行うことはせずに、11.9mgの粗製物を得た。15.8分における主ピ−クは、全吸光度のほぼ75%を占めていた。4.8mgの粗製物を精製すると、95%以上の純度のH−[Taeg]10−Lys−NH2がほぼ3.5mg得られた。(M+H)+については、計算m/z値は2849.8でありかつ測定m/z値は2848.8であった。
(h)合成実験記録3(1)TFA/CH2Cl2(1:1、v/v)によるBoc−脱保護、3ml、3x1分および1x30分;(2)CH2Cl2による洗浄、100ml、6x1分;(3)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)による中和、100ml、3x2分;(4)CH2Cl2による洗浄、100ml、6x1分、および1分間のドレ−ン;(5)2−5mgのPNA−樹脂試料を取り出し、完全に乾燥してニンヒドリン定量分析に供して、置換度を測定する;(6)35mlのCH2Cl2に溶解した2.5当量の(3.75mmol;2.064g)BocTaeg−OPfpを添加(最終ペンタフルオロフェノ−ルの濃度は〜0.1M);カップリング反応は、振盪しつつ合わせて20−24時間進行させた;(7)DMFによる洗浄、100ml、1x2分(BocTaeg−OHの沈殿を除去するため);(8)CH2Cl2による洗浄、100ml、4x1分;(9)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)による中和、100ml、2x2分;(10)CH2Cl2による洗浄、100ml、6x1分;(11)2−5mgの保護PNA樹脂試料を取り出し、迅速ニンヒドリン定量試験に供し、さらに2−5mgをよく乾燥してニンヒドリン定量分析に供してカップリング度を測定;(12)無水酢酸/ピリジン/CH2Cl2(1:1:1、v/v/v)の混合液100mlを用いて2時間アセチル化を行って未反応アミノ基をブロックする;(13)CH2Cl2による洗浄、100ml、6x1分;(14)2x 2−5mgの保護PNA樹脂試料を取り出し、DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)で中和し次いでCH2Cl2で洗浄してニンヒドリン定性および定量分析に供する。
(i)合成実験記録4(1)TFA/CH2Cl2(1:1、v/v)によるBoc−脱保護、25ml、3x1分および1x30分;(2)CH2Cl2による洗浄、25ml、6x1分;(3)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)による中和、25ml、3x2分;(4)CH2Cl2による洗浄、25ml、6x1分、および1分間のドレ−ン;(5)2−5mgのPNA−樹脂試料を取り出し、完全に乾燥してニンヒドリン定量分析に供して、置換度を測定する;(6)6mlのCH2Cl2に溶解した2.5当量の(0.92mmol;0.506g)BocTaeg−OPfpを添加si,次いで3mlのDMFを添加(最終ペンタフルオロフェノ−ルの濃度は〜0.1M);カップリング反応は、振盪しつつ合わせて20−24時間進行させた;(7)DMFによる洗浄、25ml、1x2分;(8)CH2Cl2による洗浄、25ml、4x1分;(9)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)による中和、100ml、2x2分;(10)CH2Cl2による洗浄、25ml、6x1分;(11)2−5mgの保護PNA樹脂試料を取り出し、迅速ニンヒドリン定量試験に供し、さらに2−5mgをよく乾燥してニンヒドリン定量分析に供してカップリング度を測定;(12)無水酢酸/ピリジン/CH2Cl2(1:1:2、v/v/v)の混合液25mlを用いて2時間アセチル化を行って未反応アミノ基をブロックする(最初のサイクルの後は除く);(13)CH2Cl2による洗浄、100ml、6x1分;(14)2x 2−5mgの保護PNA樹脂試料を取り出し、DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)で中和し次いでCH2Cl2で洗浄してニンヒドリン定量分析に供する。
実施例20H−[Taeg]5−Caeg−[Taeg]5−Lys−NH2の固相合成
(a)Boc−[Taeg]5−Caeg−[Taeg]5−Lys(CIZ)−MBHA樹脂の段階的合成湿潤Boc−[Taeg]3−Caeg−Lys(CIZ)−MBHA樹脂をほぼ2.5g(残留するほぼ16gの全湿潤樹脂の〜1/6;〜0.75g乾燥樹脂〜0.15mmolの成長鎖)6mlのSPPS反応容器に入れた。Boc−[Taeg]5−Caeg−[Taeg]4−Lys(CIZ)−MBHA樹脂を、ほぼ30%のDMF/CH2Cl22.5mlの中において通常の2.5当量のBocTaeg−OPfpを用いて全てのTaeg残基を二重カップリングさせて構築した。但し、最初の残基は単一カップルさせた。C(Z)aeg−残基の導入は、THF/CH2Cl2(1:2、v/v)中においてBocC(Z)aeg−OPfpの2当量でカップリングさせて行った。この合成の進行は、定量的ニンヒドリン反応によって全ての段階でモニタ−した(表III)。
Figure 2008253251

(b)H−[Taeg]5−Caeg−[Taeg]4−Lys−NH2の開裂、精製および同定保護したBoc−[Taeg]5−Caeg−[Taeg]4−Lys(CIZ)−BHA樹脂の一部を実施例1の第c項において記載したように処理し、66.9mgの乾燥したH−[Taeg]5−Caeg−[Taeg]4−Lys(CIZ)−BHA樹脂をHFで開裂させて14.4mgの粗製物を得た。14.5分における主ピ−クは、全吸光度のほぼ50%を占めていた。100mgの粗製物を精製すると(8バッチ;それぞれ1mlのH2Oに溶解)、96%の純度のH−[Taeg]5−Caeg−[Taeg]4−Lys−NH2がほぼ9.1mg得られた。(M+H)+については、計算m/z値は2793.8でありかつ測定m/z値は2790.6であった。
実施例21
N−ベンジルオキシカルボニル−N−(bocアミノエチル)グリシンアミノエチルグリシン(52.86g;0.447mol)を水(900ml)に溶解し、ジオキサン(900ml)を加えた。このpHを2N−NaOHで11.2に調節した。pHを11.2に保持しつつ、三級−ブチル−p−ニトロフェニル炭酸エステル(128.4g;0.537mol)をジオキサン(720ml)に溶解し、2時間かけて滴下した。このpHを少なくともさらに3時間保持し、次いで攪拌しつつ一夜放置した。黄色の溶液を0℃に冷却し、次いでpHを2N−HClで3.5に調節した。混合物をクロロホルム(4x 100ml)で洗浄し、水相のpHを0℃で2N−NaOHで再び9.5に調節した。塩化ベンジルオキシカルボニル(73.5ml; 0.515ml)を、pHを2N−NaOHで9.5に保持しつつ半時間かけて添加した。このpHをこの後4時間頻繁に調節し、この溶液を攪拌しつつ一夜放置した。翌日、この溶液をエ−テル(3x 600ml)で洗浄し、そのpHを0℃において2N−HClで1.5に調節した。表題化合物を酢酸エチル(5 x 1000ml)で抽出して単離した。この酢酸エチル溶液を硫酸マグネシウムで乾燥し、真空において蒸発乾凅した。こうして138gが得られたが、こののもをエ−テル(300ml)に溶解し、石油エ−テル(1800ml)を加えて沈殿させた。収率:124.7g(79%)。m.p.64.5−85℃。C172426の元素分析、測定値(理論値) C:58.40(57.94);H:7.02(6.86);N:7.94(7.95)。1H−NMR(250MHz、CDCl3)7.33 & 7.32(5H,Ph);5.15 & 5.12(2H,PhCH2);4.03& 4.01(2H.NCH2COH);3.46(b,2H,BocNHCH2CH2);3.28(b,2H,BocNHCH2CH2);1.43 & 1.40(9H,t−Bu)。HPLC(260nm)20.71min.(80.2%)および21.57min.(19.8%)。UV−スペクトル(200nm−300nm)は同一であり、小さいピ−クはBis−Z−AEGから成ることが明かとなっている。
実施例22
N’−Boc−アミノエチルグリシネチルエ−テルN−ベンジルオキシカルボニル−N’−(bocアミノエチル)グリシン(60.0g;0.170mol)およびN,N−ジメチル−4−アミノピリジン(6.00g)を無水エタノ−ル(500ml)に溶解し、0℃に冷却して、その後にDCC(42.2g;0.204mol)を添加した。5分後に氷浴を取り除いて、攪拌をさらに2時間継続した。沈殿したDCU(乾燥して32.5g)をろ過して除去し、エ−テル(3x 100ml)で洗浄した。濾液を併せて、希硫酸水素ナトリウム液(2 x 400ml)、希炭酸水素ナトリウム液(2 x 400ml)および飽和塩化ナトリウム液(1x 400ml)で次々に洗浄した。有機相をろ過し、次いで硫酸マグネシウムで乾燥し、真空において蒸発乾凅し、その結果DCUを含有するオイル状物質66.1gが得られた。この油状物を無水エタノ−ル(600ml)に溶解し、パラジムカ−ボン(6.6g)を加えた。この溶液を大気圧で水素添加したが、この際保存容器は2N−水酸化ナトリウムで満たした。4時間後、4.2Lの理論値に比較して、3.3Lが費消された。この反応混合物をセライトでろ過し、真空において蒸発乾凅したところ、油状物質が39.5g(94%)が得られた。この油状物質13gをシリカゲル(600gSiO2)クロマトグラフィ−で精製した。塩化メチレン中20%の石油エ−テル300mlで溶出した後で、表題化合物を塩化メチレン中5%メタノ−ル1700mlで溶出させた。溶媒を満足するべき純度のフラクションから真空において揮散させた。収率は8.49gであった。その代わりに、粗製物10gをKugelRohr蒸留で精製した。1H−NMR(250MHz、CD3OD)4.77(b,sNH);4.18(q,2H,MeCH2−);3.38(s,2H,NCH2CO2Et);3.16(t,2H,BocNHCH2CH2);2.68(t,2H.BocNHCH2CH2);1.43(s,9H,tBu)および1.26(t,3H,CH3)。13C−NMR171.4(COEt);156.6(CO);78.3((CH3)C);59.9(CH2);49.0(CH2);39.0(CH2);26.9(CH2)および12.6(CH3)。
実施例23
N’−Boc−アミノエチルグリシンエチルエ−テルメタノ−ルをエタノ−ルの代わりに変えて、上記した方法を用いた。最終製品は、カラム精製法で精製した。
実施例24
1−(Boc−aeg)チミンエチルエステルN’−Boc−アミノエチルグリシンエチルエ−テル(13.5g;54.8mmol)、DhbtOH(9.84g;60.3mmol)および1−カルボキシメチルチミン(11.1g;60,3mmol)をDMF(210ml)に溶解した。塩化メチレン(210ml)を次に加えた。この溶液をエタノ−ル/氷浴で0℃にまで冷却し、DCC(13.6g;65.8mmol)を加えた。氷浴を1時間後に取り除き、攪拌をさらに常温で2時間続行した。沈殿したDCUをろ過して除き、塩化メチレン(2x 75ml)で二度洗浄した。濾液を合わせて、これにさらに塩化メチレン(650ml)を加えた。この溶液を稀重炭酸ナトリウム液(3 x 500ml)、希硫酸水素ナトリウム液(2x500ml)および飽和塩化ナトリウム液(1 x 500ml)で連続して洗浄した。若干の沈殿をろ過して有機相から除去し、有機相を硫酸マグネシウムで乾燥し、真空において蒸発乾凅した。オイル状の残渣を塩化メチレン(150ml)に溶解し、ろ過し、表題化合物を0℃において石油エ−テル(300ml)を加えて沈殿させた。この塩化メチレン/石油エ−テルの方法をもう一度繰り返し、これによって物質16.0g(71%)が得られたが、これは、HPLCによって99%以上の純度であった。
実施例25
1−(Boc−aeg)チミン上記で得た物質をTHF(194ml.0.2M溶液が得られる)中に溶解し、1Mの水酸化リチウム水溶液(116ml)を加えた。この混合物を常温で45分間攪拌し、次いでろ過して残留DCUを除去した。水(40ml)をこの溶液に加え、次に塩化メチレン(300ml)で洗浄した。さらに追加の水(30ml)を加え、このアルカリ性の溶液をさらにもう一度塩化メチレン(150ml)で洗浄した。この水溶液を0℃にまで冷却し、pHを1N−HCl(ほぼ110ml)を滴下して2に調節した。表題化合物を酢酸エチル(9x 200ml)で抽出し、抽出液を併せて、硫酸マグネシウムで乾燥し、真空中において蒸発乾凅した。残渣をもう一度メタノ−ルから蒸発させて、一夜乾燥させると、無色のガラス様の固体が得られた。収率:9.57g(64%)。HPLC>98%RT = 14.8min。元素分析、C162447C・0.25H2O、実験値(理論値)C:49.29(49.42) H:6.52(6.35); N:14.11(14.41)。二級アミド結合の周囲の回転が限定されているため、シグナルのいくつかが2:1の比率で二重化した(リストにおいて大きい方はmjでまた小さい方はmiで示してある)。1H−NMR(250MHz、DMSO−d6):12.75(b.s,1H,CO2H);11.28(s,”1H”,mj.,imideNH);11.26(b.s..1H,CO2H);7.30(s,”1H”,mj.,TH−6);7.26(s,”1H”,mi.,T H−6);6.92(b.t.,”1H”,mj.,BocNH));6.73(b.t.,”1H”,mi.,BcoNH));4.64(s,”2H”,mj.,C 2CON);4.46(s,”2H”,mj.,C 2CON);4.19(s,”2H”,mi.,C 2CO2H);3.97(s,”2H”,mj.,C 2CO2H);3.63−3.01(分解されないm,水を含む,C 2 2);1.75(s,3H,C 3)および(s,9H,tBu)。
実施例26
4−ベンジルオキシカルボニル−1−(Boc−aeg)シトシンN’−Boc−アミノエチルグリシンエチルエステル(5.00g;20.3mmol)、DhbtOH(3.64g;22.3mmol)およびN4−ベンジルオキシカルボニル−1−カルボキシメチルシトシン(6.77g;22.3mmol)をDMF(100ml)に分散させた。塩化メチレン(100ml)を次に加え、この溶液を0℃にまで冷却し、DCC(5.03g;24.4mmol)を添加した。2時間後に氷浴を取り除き、攪拌を常温でさらに1時間継続した。この反応混合物を真空において蒸発乾凅し、残渣をエ−テル(100ml)中に分散させ、30分間激しく攪拌した。固形物をろ過して単離し、エ−テル洗浄処理方法を二度繰り返した。希重炭酸ナトリウム液(ほぼ4%溶液、100ml)とともに15分間激しく攪拌し、ろ過して、水で洗浄した。この方法をもう一度繰り返し、乾燥後、放置すると淡黄色の固体物質が17.9g得られた。この固体をジオキサン(200ml)とともに煮沸し、熱時ろ過した。冷却後、水(200ml)を加えた。沈殿した物質をろ過して単離し、水で洗浄して、乾燥した。HPLC(260nmにおいて観察)によれば、この物質は、DCUの他に純度として99%であった。このエステルをTHF(100ml)中に分散させ、0℃にまで冷却して、1N−LiOH(61ml)を加えた。15分間攪拌した後で、混合物をろ過し、濾液を塩化メチレン(2x 150ml)で洗浄した。このアルカリ性の溶液を0℃にまで冷却し、pHを1N−HClで2.0に調節した。表題化合物をろ過して単離して、水で一度洗浄すると、乾燥後に白色の粉体が11.3gが得られた。この物質を塩化メチレン(300ml)中に懸濁させ、石油エ−テル(300ml)を加えた。ろ過し、次いで洗浄すると、乾燥後で7.1g(69%)が得られた。HPLCの結果、RT=19.5分で純度が99%でありまた12.6分において、恐らくはZ−で保護されたモノマ−である不純物(ほぼ1%)があることが判った。元素分析、C232958、実験値(理論値) C:54.16(54.87)H:5.76(5.81); N:13.65(13.91)。1H−NMR(250MHz、DMSO−d6):10.78(b.s,1H,CO2H);7.88(二つのオ−バ−ラップする二重線,”1H”,CytH−5);7.41−7.32(m,5H,Ph);7.01(二つのオ−バ−ラップする二重線,”1H”,CytH−5);6.94& 6.78(unres.三重線、1H,BocN);5.19(s,2H,PhC 2));4.81& 4.62(s,2H,C 2CON);4.17& 3.98(s,2H,C 2CO2H);3.42−3.03(m,水を含有,C 2 2)および1.38 &1.37(s,9H,tBu)。13C−NMR、150.88;128.52;128.18;127.96;93.90;66.53;49.58および28.22。IR:周波数、cm−1(強度)。3423(26.4,3035(53.2)、2978(41.4))、1736(17.3)、1658(3.8)、1563(23.0)、1501(6。8)および1456(26.2)
実施例27
9−カルボキシメチルアデニンエチルエステルアデニン(10.0g;74mmol)および炭酸カリウム(10.29g;74.0mmol)をDMFに懸濁させ、臭化酢酸エチル(8.24ml;74mmol)を加えた。この懸濁液を室温で窒素雰囲気下で2.5時間攪拌し、次いでろ過した。固形の残渣をDMF(10ml)三酸度洗浄した。濾液を併せて、真空において蒸発乾凅し、黄−オレンジ色の固形物質を水(200ml)に注ぎ、4N−HClをpH〜6になるように加えた。0℃で10分間攪拌した後で、固形物をろ過して除き、水で洗浄し、96%エタノ−ルから再結晶した。表題化合物をろ過して単離し、エ−テルでよく洗浄した.収率:3。4g(20%)。m.p.215.−220℃。元素分析、C91152、実験値(理論値) C:48.86(48.65)H:5.01(4.91); N:31.66(31.42)。1H−NMR(250MHz、DMSO−d6):(s,2H,H−2 & H−8);7.25(b.s.,2H,NH2);5.06(s,2H,NCH2));4.17(q,2H,J=7.11Hz,OCH2)および1.21(t,3H,J=7.13Hz,NCH2)。13C−NMR。152.70、141.30、61.41、43.97および14.07。FAB−MS.222(MH+)。IR:周波数、cm−1(強度)。3855(54.3),3274(10.4)、3246(14.0))、3117(5.3)、2989(22.3)、2940(33.9)、2876(43.4),2753(49.0),2346(56.1),2106(57.1),1899(55.7),1762(14.2),1742(14.2),1742(1.0),1671(1.8),1644(10.9),1606(0.6),1582(7.1),1522(43.8),1477(7.2),1445(35.8)および1422(8.6)。アルキル化の位置は、96%エタノ−ルから再結晶して得た結晶についてのX−線結晶学によって確認した。
実施例28
6−ベンジルオキシカルボニル−9−カルボキシメチルアデニンエチルエステル9−カルボキシメチルアデニンエチルエステル(3.40g;15.4mmol)を乾燥DMF(50ml)に緩やかに加熱して溶解させて、20℃にまで冷却し塩化メチレン(50ml)にN−エチルベンジルオキシカルボニルイミダゾ−ルN−エチル テトラフルオロ硼酸エステル(62mmol)を溶かした溶液に氷で冷却しながら15分かけて加えた。若干の沈殿が認められた。氷浴を取り除いて、溶液を一夜攪拌した。この反応混合物を飽和重炭酸ナトリウム液(100ml)で処理し、10分間攪拌した後、二相を分離し、有機相を当量の水、希流酸水素ナトリウム液(二度)で、および飽和塩化ナトリウム液で連続して洗浄した。この溶液を硫酸マグネシウムで乾燥し、真空において蒸発乾凅したところ、油状物11gが得られた。この物質を塩化メチレン(25ml)に溶解し、0℃に冷却し、石油エ−テル(50ml)で沈殿させた。この方法をもう一度繰り返して、表題化合物3.45g(63%)が得られた。m.p.132−35℃。元素分析、C171754、実験値(理論値) C:56.95(57.46)H:4.71(4.82); N:19.35(19.71)。1H−NMR(250MHz、CDCl3):8.77(s,1H,H−2 & H−8);7.99(s.,1H,H−2またはH−8);7.45−7.26(m,5H,Ph);5.31(s,2H,NC 2));4.96(s,2H,Ph−C 2);4.27(q,2H,J=7.15Hz,C 2CH2)および1.30(t,3H,J=7.15Hz,CH2 3)。13C−NMR。153.09;143.11;67.84;62.51;44.24および14.09。FAB−MS:356(MH+)および312(MH+−CO2)。IR:周波数、cm−1(強度)。3423(52.1);3182(52.8);3115(52.4));3031(47.9);2981(38.6);1747(1.1);1617(4.8),1587(8.4);1552(25.2);1511(45.2);1492(37.9);1645(14.0)および1413(37.3)。
実施例29
6−ベンジルオキシカルボニル−9−カルボキシメチルアデニンN6−ベンジルオキシカルボニル−9−カルボキシメチルアデニンエチルエステル(3.20g;9.01mmol)をメタノ−ル(50ml)と混合し、0℃に冷却した。水酸化ナトリウム溶液(50ml;2N)を加えたところ、この物質が急速に溶解した。0℃において30分経過して、このアルカリ性溶液を塩化メチレン(2x 50ml)で洗浄し、0℃において4N−JClでpH1.0に調節したところ、表題化合物が沈殿した。ろ過し、水で洗浄しかつ乾燥後の収率は、3.08g(104%)であった。この製品は塩を含有しており、元素分析にこのことが反映されていた。元素分析、C151354、実験値(理論値) C:46.32(55.05)H:4.24(4.00); N:18.10(21.40)およびC/N:2.57(2.56)。1H−NMR(250MHz、DMSO−d6):8.70(s,1H,H−2& H−8);7.50−7.35(m,5H,Ph);5.27(s,2H,NC 2)および5.15(s,2H,pH−C 2)。13C−NMR。168.77;152.54;151.36;148.75;145.13;128.51;128.17;127.98;66.67および44.67。IR:周波数、(KBr)。3484(18.3);3109(15.9);3087(15.0));2966(17.1);2927(19.9);2383(53.8);1960(62.7),1739(2.5);1688(5.2);1655(0.9);1594(11.7);1560(12.3);1530(26.3);1499(30.5);1475(10.4);1455(14.0);1429(24.5)および1411(23.6)。FAB−MS:328(MH+)および284(MH+−CO2)。HPLC(215nm、260nm)、溶媒系1:15.18分、マイナ−な不純物は全てで2%以下。
実施例30
6−ベンジルオキシカルボニル−1−(Boc−aeg)アデニンエチルエステルN’−Boc−アミノエチルグリシンエチルエステル(2.00g;8.12mmol)、DhbtOH(1.46g;8.93mmol)およびN6−ベンジルオキシカルボニル−9−カルボキシメチルアデニン82.92g;8.93mmol)をDMF(15ml)に溶解した。塩化メチレン(15ml)を加え、この溶液をエタノ−ル/氷浴で0℃にまで冷却した。DCC(2.01g;9.74mmol)を加え、2.5時間後に氷浴を取り除いて常温で1.5時間攪拌を継続した。沈殿したDCUを濾して除去し、DMF(15ml)で一度、塩化メチレン(2x 15ml)で二度洗浄した。濾液を併せ、これにさらに塩化メチレン(100ml)を添加した。この溶液を希重炭酸ナトリウム液(2x 100ml)、希流酸水素カリウム液(2x 100ml)および飽和塩化ナトリウム液(1 X 100 ml)で連続して洗浄した。有機層を真空において蒸発乾凅し、こうして淡黄色の油状物質3.28g(73%)が得られた。この粗製物のHPLCの結果、純度は僅かに66%に過ぎず、主ピ−クよりも極性が高いかまたは低い不純物がいくつか含まれていることが判った。油状物を無視エタノ−ル(50ml)に溶解し、活性炭を加えた。5分間攪拌した後で、溶液をろ過し、濾液を水(30ml)と混合し一夜攪拌しつつ放置した。翌日、白色の沈殿をろ過して除去して、水で洗浄し、乾燥したところ、HPLCによる純度が98%以上である物質1.16g(26%)が得られた。母液に水を加えたところ、純度がほぼ95%である物質がさらに0.53g得られた。元素分析、C263377・H2O、実験値(理論値) C:55.01(54.44);H:6.85(6.15)およびN:16.47(17.09)。1H−NMR(250MHz、CDCl3):8.74(s,1H,AdeH−2);8.18(b.s,1H,ZNH);8.10& 8.04(s,1H,H−8);7.46−7.34(m,5H,Ph);5.63(unres.t,1H,BocNH);5.30(s,2H,PhCH2);5.16& 5.00(s,2H,C 2CON);4.29& 4.06(s,2H,C 2CO2H);4.20(q,2H,OC 2CH3);3.67−3.29(m,4H,C 2 2);1.42(s,9H,tBu)および1.27(t,3H,OCH2 3)。スペクトルの結果、痕跡量のエタノ−ルおよびDCUの存在が明となった。
実施例31
N−ベンジルオキシカルボニル−1−(Boc−aeg)アデニンN6−ベンジルオキシカルボニル−1−(Boc−aeg)アデニンエチルエステル(1.48g;2.66mmol)をTHF(13ml)中に懸濁させ、混合物を0℃に冷却した。水酸化リチウム(8ml;1N)を添加し、15分間攪拌した後で反応混合物をろ過し、さらに水(25ml)を添加し、この溶液を塩化メチレン(2x 25ml)で洗浄した。この水溶液のpHを1N−HClでpH2.0に調節した。沈殿をろ過して単離して、水で洗浄し、乾燥して、0.82g(58%)が得られた。本品を塩化メチレン/石油エ−テルで二度再度沈殿させ、乾燥後0.77g(55%)が得られた。m.p.119℃(分解)。元素分析、C242977・H2O、実験値(理論値) C:56.32(52.84) H:5.71(5.73); N:17.68(17.97)。FAB−MS。528.5(MH+)。1H−NMR(250MHz、DMSO−d6):12.75(veryb,1H,CO2H);10.65(b.s,1H,ZNH);8.59(d,1H,J=2.14Hz,AdeH−2);8.31(s,1H,Ade H−8);7.49−7.31(m,5H,Ph);7.03&6.75(unresolv.t,1H,BocNH);5.33 &5.16(s,2H,CH2CON);5.22(s,2H,PhC 2));4.34−3.99(s,2H,CH2CO2H);3.54−3.03(m’s、水を含有、C 2 2)および1.39 & 1.37(s,9H,tBu)。13C−NMR。170.4;166.6;152.3;151.5;149.5;145.2;128.5;128.0;127.9;66.32;47.63;47.03;43.87および28.24。
実施例32
2−アミノ−6−クロロ−9−カルボキシメチルプリン2−アミノ−6−クロロプリン(5.02g;29.6mmol)と炭酸カリウム(12.91g;93.5mmol)をDMF(50ml)に溶かした溶液に、臭化酢酸(4.70g;22.8mmol)を加えた。この混合物を20時間窒素雰囲気下で激しく攪拌し、水(150ml)を添加し、溶液をセライトを通してろ過したところ、透明な黄色溶液が得られた。この溶液を4N−塩酸でpH3に酸性化し、沈殿物をろ過し、sicapent上で真空下で乾燥した。収率83.02g;44.8%)。1H−NMR(DMSO−d6):d=4.88ppm(s,2H);6.95(s,2H);8.10(s,1H)。
実施例33
2−アミノ−6−ベンジルオキシ−9−カルボキシメチルプリンナトリム(2.0g;87.0mmol)をベンジルアルコ−ル(20ml)に溶解し、130℃で2時間加熱した。0℃にまで冷却したあとで、2−アミノ−6−クロロ−9−カルボキシメチルプリン(4.05g;18.0mmol)をDMF(85ml)中に溶かした溶液をゆっくりと添加し、生じた懸濁液を20℃において一夜攪拌した。水酸化ナトリウム溶液(1N、100m)を加え、、透明な溶液を酢酸エチル(3x 100ml)で洗浄した。水相を4N塩酸でpH3に酸性化した。沈殿物を酢酸エチル(200ml)にとり、水相を酢酸エチル(2 x 100ml)で抽出した。有機層を併せて、飽和塩化ナトリウム液(2x 75ml)で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥し、真空下で蒸発乾凅させた。残渣をエタノ−ルから再結晶化させた。真空下でのsicapent上での乾燥後の収率:2,76g(52%)。m.p.159−65℃。元素分析、実験値(理論値)C:(56.18;55.97) H(4.38;4.32)、 N(23.4;23.10)。1H−NMR(250MHz、DMSO−d6):4.82ppm(s,2H);5.51(s,2H);6.45(2,2H);7.45(m,5H);7.82(s,1H)。
実施例34
N−([2−アミノ−6−ベンジルオキシ−プリン−9イル]−アセチル)−N−(2−Boc−アミノエチル)−グリシン[BocGaeg−OHモノマ−]
2−アミノ−6−ベンジルオキシ−9−カルボキシメチルプリン(0.050g;1.67mmol)、メチル−N(2−[第三級−ブトキシカルボニルアミノ]エチル)−グリシンエステル(0.65g;2.80mmol)、ジイソプロピルエチルアミン(0.54g;4.19mmol)およびブロモ−トリス−ピロリジノ−ホスホニウム−ヘキサフロロホスフェ−ト(PyBroP(R))(0.798g;1.71mmol)をDMF(2ml)中で4時間攪拌した。透明な溶液を重炭酸ナトリウムの氷冷液(3x 40 ml)に注ぎ、酢酸エチル(3 x 40ml)で抽出した。有機相を硫酸水素カリウム溶液(1N;2 x 40 ml)、重炭酸ナトリウム溶液(1N;1 x40ml)および飽和塩化ナトリウム溶液(60ml)で洗浄した。無水硫酸ナトリウムで乾燥し、真空下で蒸発したあとで、固形残渣を酢酸エチル/ヘキサン(20ml(2:1))から再結晶化して、収率63%でメチルエステルを得た(MS−FAB514(M+1)。このエステルを濃水酸化ナトリウム液(1ml)を含むエタノ−ル/水(30ml(1:2))に溶解することによって加水分解を行った。2時間攪拌した後で、この溶液をろ過し、4N−塩酸を酸化してpH3に酸性化した。表題化合物を、ろ過して得た。収率:370mg(加水分解に対して72%)。HPLCによる純度は、99%以上であった。二級アミドの回転が制限されていたために、シグナルのいくつかは、2:1の比率で二重化した(リストにおいては、主要ピ−クについてmj.でまた小さいピ−クはmi.で表してある)。1H−NMR(250MHz、DMSO−d6):d=1.4ppm.(s,9H);3.2(m,2H);3.6(m,2H);4.1(s,mj.,CONRC 2COOH);4.4(s,mi.,CONRC 2COOH);5.0(s,mj.,Gua−C 2CO−);5.2(s,mj.,Gua−C 2CO);5.6(s,2H);6.5(s,2H);6.9(m,mi.,BocNH);7.1(m.mj.,BocNH);7.5(m.,3H);7.8(s,1H);12.8(s,1H)。13C−NMR。170.95;170.52;167.29;166.85;160.03;159.78;155.84;154.87;140.63;136.76;128.49;128.10;113.04;78.19;77.86;66.95;49.22;47.70;46.94;45.96;43.62;43.31および28.25。
実施例35
3−Boc−アミノ−1、2−プロパンジオ−ル
3−アミノ−1、2−プロパンジオ−ル(40.00g;0.440mol、1、0eq.)を水(1000ml)に溶解し、0℃にまで冷却した。ジ−三級−ブチル炭酸エステル(115.0g、0.526mol、1,2eq.)を一度に加えた。この反応混合物を攪拌しつつ水浴上で室温にまで加温した。pHを水(120ml)に溶かした水酸化ナトリウム(17.56g、0.440mol,1.0eq.)で10.5に維持した。水酸化ナトリウム溶液を添加し終えたとき、反応混合物を室温で一夜攪拌した。その後、酢酸エチル(750ml)を反応混合物に加え、次に0℃に冷却した。pHを激しく攪拌しつつ4N−硫酸で2.5に調節した。二つの相を分離し、水相を別の酢酸エチル(6x 350ml)で洗浄した。有機相の容量を減圧下で蒸発させて900mlにまで減少させた。有機相を飽和硫酸水素カリウム溶液を二倍量に希釈したもの(1 x1000ml)および飽和塩化ナトリウム溶液(1x 500ml)で洗浄した。有機相を乾燥させ(MgSO4)、減圧下で蒸発させて、表題化合物を50.12g(60%)を得た。このものは、塩化メチレンから蒸発させ次いで凍結させて、固化させることが出来た。1H−NMR(CDCl3/TMS):d=1.43(s,9H,Me3C)、3.25(m,2H,CH2)、3.57(m,2H,CH2)、3.73(m,1H,CH)、13C−NMR(CDCl3/TMS):d=28.2(Me3C)、42.6(CH2)、63.5、71.1(CH2OH,CHOH)、79.5(Me3C)、157(C=O)。
実施例36
2−(Boc−アミノ)エチル−L−アラニンメチルエステル
3−Boc−アミノ−1、2−プロパンジオ−ル(20.76g;0.1090mol。1eq.)を水(150ml)に溶解した。m−過ヨウ素酸カリウム(24.97g;0.190mol、1eq.)を加え、反応混合物を窒素雰囲気中で室温で2時間攪拌した。反応混合物をろ過し、水相をクロロホルム(6x250ml)で抽出した。有機相を乾燥し(MgSO2)、蒸発させると無色の油状物としてBoc−アミノアセトアルデヒドが殆ど定量的な収率で得られ、このものを精製することなく次の処理法に用いた。パラジウム−カ−ボン(10%、0.8g)を窒素雰囲気中で冷却し(0℃)かつ激しく攪拌しつつMeOH(250ml)に加え、無水酢酸ナトリウム(4.49g;54.7mmol、2eq.)およびL−アラニンメチルエステル塩酸塩(3.82g;27.4mmol、1eq.)を加えた。Boc−アミノアセトアルデヒド(4.79g;30.1mmol、1.1eq.)をMeOH(150ml)に溶かし、反応混合物に加えた。反応混合物を常圧、常温で、水素吸収が止むまで水素添加した。反応混合物をセライトを通してろ過させたが、セライトをさらにMeOHで洗浄した。このMeOHを減圧下で除去し、残渣を水(150ml)に溶解し、pHを激しく攪拌しつつ0.5N−NaOHを滴下することによって8.0に調節した。水相を塩化メチレン(4x 250ml)で抽出し、有機相を乾燥し(MgSO)、セライトでろ過し、減圧下で蒸発させて透明で、若干黄色の油状物として表題化合物が6.36g(94%)得られた。MS(FAB−MS):m/z(%)=247(100,M+1,191(90),147(18)。1H−NMR(250MHz、CDCl3):1.18(d,J=7.0Hz,3H,Me)、1.36(s,9H,Me3C)、1.89(b,1H,NH)、2.51(m,1H,CH2)、2.66(m,1H,CH2)、3.10(m,2H,CH2)、3.27(、J=7.0Hz,1H,CH)、3.64(s,3H,OMe)、5.06(b,1H,カルバメ−トNH)。13C−NMR d=18.8(Me)、28.2(Me3C)、40.1、47.0(CH2)、51.6(MeO),56.0(CH),155.8(カルバメ−トC=O)、175.8(エステルC=O)。
実施例37
N−(Boc−アミノエチル)−N−(1−チミニルアセチル)−L−アラニンメチルエステル
Boc−アミノエチル−(L)−アラニンメチルエステル(1.23g,5.0mmol)をDMF(10ml)に溶かした溶液に、Dhbt−OH(0./90g,5.52mmol)および1−チミニル酢酸(1.01g,5.48mmol)を添加した。1−チミニル酢酸が溶解した時に、クロロメタン(10ml)を加え、溶液を氷浴で冷却した。この反応混合物が0に達した時に、DCC(1.24g,601mmol)を加え、添加後5分でDCUの沈殿が認められた。二時間後に、TLC分析の結果、反応が完結したのを確認した。この混合物をろ過し、沈殿をジクロロメタン(199ml)で洗浄した。得た溶液を5%重炭酸ナトリウム(150ml)で二度、また飽和硫酸水素カリウム液(25ml)を水(100m)に溶かした液で二度洗浄した。飽和塩化ナトリウム液で最終的に抽出した後、溶液を硫酸マグネシウムで乾燥し、蒸発させると、白色発泡物を得た。この発泡物を、メタノ−ル傾斜のジクロロメタンを溶出溶媒として用いてシリカゲルカラムクロマトグラフィ−によって精製した。これによって、純品を得た(HPLCで99%以上)(1.08g,52.8%)。FAB−MS*413(M+1)および431(M+1+水)。1H−NMR(CDCl3):4.52(s,2H,CH’2);3.73(s,3H,OMe);3.2−3.6(m,4H,エチルCH2‘s)、1.90(s,3H,TにおけるMe);1.49(d,3H,AlaにおけるMe);1.44(s,9H,Boc)。
実施例38
N−(Boc−アミノエチル)0N−(1−チミニルアセチル)−L−アラニン
表題化合物のメチルエステル(2.07g,5.02mmol)をメタノ−ル(100ml)に溶解し、氷浴で冷却し、2N水酸化ナトリウム(100ml)を加えた。10分間攪拌した後で、混合物のpHを4M−塩化水素で3に調節した。その後この溶液を酢酸エチル(3x 100ml)で抽出し、有機抽出液を併せて、硫酸マグネシウムで乾燥した。蒸発後、得た発泡物を酢酸エチル(400ml)と数mlのメタノ−ルに溶かして、この固形物を溶解した。石油エ−テルを沈殿物が生成し始めるまで加え、−20℃で一夜放置した後、沈殿物をろ過して除いた。こうすることによって、純品を1.01g(50.5%)得た(HPLCで99%以上)。この化合物を2−プロパノ−ルから再結晶した。FAB−MS:399(M+1)。1H−NMR(DMSO−d6):11.35(s,1H,COO);7.42(s,1H,H’6);4.69(s,2H,CH’2);1.83(s,3H,TにおけるMe);1.50−1.40(M、12H、Ala+ BocにおけるMe)。
実施例39
(a)N−(Boc−アミノエチル)−N−(1−チミニルアセチル)−D−アラニンメチルエステル
Boc−アミノエチルアラニンメチルエステル(2.48g;10.1mmol)をDMF(20ml)に溶かした溶液にDhhbt−OH(1.80g;11.0mmol)およびチミニル酢酸(2.14g;11.6mmol)を添加した。1−チミニル酢酸が溶解した後で、塩化メチレン(20m)を加え、この溶液を氷浴で冷却した。反応混合物が0℃に達した時に、DCC(2.88g;14.0mmol)を加えた。添加後5分でDCUの沈殿が認められた。35分後に、氷浴を取り除き、3.5時間後に反応混合物をろ過し、沈殿を塩化メチレン(200ml)で洗浄した。得た溶液を5%重炭酸ナトリウム液(200ml)で二度、また飽和流酸水素カリウム水溶液(100ml)で二度抽出し、飽和塩化ナトリウム液(250ml)で最終的に抽出した後で、硫酸マグネシウムで乾燥し、蒸発させると油状物を得た。この油状物をメタノ−ル傾斜の塩化メチレンを溶出溶媒として用いて、短いカラムシリカゲルクロマトグラフィ−で精製した。こうすることによって、石油エ−テルで沈殿させた後でHPLCによる純度が96%の化合物が得られた(1.05g;25.3%)。FAB−MS:413(M+1)。1H−NMR(CDCl3):5.64(t,1H,BocNH,J=5.89Hz);4.56(d,2H,CH’2);4.35(q,1,H,AlaにおけるCH,J=7.25);3.74(s,3H,OMe);3.64−3.27(m,4H,エチルのH’);1.90(s,3H,TにおけるMe);1.52−1.44(t,12H,AlaにけるBoc+Me)。
(b)N−(Boc−アミノエチル)−N−(1−チミニルアセチル)−D−アラニン
表題化合物のメチルエステル(1.57g,3.81mmol)をメタノ−ル(100ml)に溶解し、氷浴で冷却し、水酸化ナトリウム(100ml;2M)を加えた。10分間攪拌した後で、混合物のpHを4M−塩化水素で3に調節した。その後この溶液を酢酸エチル(3x 100ml)で抽出し、有機抽出液を併せて、硫酸マグネシウムで乾燥した。蒸発後、得た油状物を酢酸エチル(200ml)に溶かし、石油エ−テルを沈殿物が生成し始めるまで加え、−20℃で一夜放置した後、沈殿物をろ過して除いた。こうすることによって、表題化合物を1.02g(67.3%)得たが、純度はHPLCで99%以上であった。FAB−MS:399(M+1)。1H−NMR:11.34(s,1H,COOH);7.42(s,1H,H’6);4.69(s,2H,CH’2);4.40(q,1H,AlaにおけるCH、J=7。20Hz);1.83(s,3H,TにおけるMe);1.52−1.40(m、12H、AlaにおけるBoc+Me)。
実施例40
N−(N’−Boc−3’−アミノエチル)−N−[(1−チミニル)アセチル]グリシンメチルエステル
N(N’−Boc−3’−アミノプロピル)グリシンメチルエステル(2.84g;0.0115mol)をDMF(35ml)に溶解し、その後DhbtOH(2.07g;0.0127mol)と1−チミニル酢酸(2.34g;0.0127mol)を加えた。塩化メチレン(35ml)を加えて、混合物を氷浴で0℃に冷却した。DCC(2.85g;0.0138mol)を加えた後、混合物を2時間0℃で攪拌し、その後室温で1時間攪拌した。沈殿したDCUをろ過して除去し、塩化メチレン(25ml)で洗浄し、更に追加量の塩化メチレン(150ml)を濾液に加えた。有機相を重炭酸ナトリウム(飽和液を当量の水で希釈、6x 250ml)で抽出し、硫酸カリウム(飽和液を4倍量の水で希釈、3 x 250ml)次いで飽和塩化ナトリウムで洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し真空下で蒸発乾凅した。固体の残渣を塩化メチレン(35ml)に懸濁させて、1時間攪拌した。沈殿したDCUは、ろ過して除去し、塩化メチレン(25ml)で洗浄した。濾液を真空下で蒸発乾凅して、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィ−で、メタノ−ルと塩化メチレン(塩化メチレン中3−7%メタノ−ルの傾斜)の混合物で溶出して精製した。こうすることによって、表題化合物を白色固体として得た(3.05g、64%)。m.p.76−79℃(分解)。元素分析、C182847、実験値(理論値) C:52.03(52.42)H:6.90(6.84); N:13.21(13.58)。この化合物は、満足すべき1Hおよび13C−NMRスペクトルを示した。
実施例41
N−(N’−Boc−3’−アミノプロピル)−N−[(1−チミニル)アセチル]グリシン
N−(N’−Boc−3’−アミノプロピル)−N−[(1−チミニル)アセチル]グリシンメチルエステルをメタノ−ル(25ml)に溶解し、2M−水酸化ナトリウム(25ml)と共に1.5時間攪拌した。メタノ−ルを真空下で蒸発させて除去し、pHを4M−塩酸で0℃において2に調節した。本製品をろ過して白色結晶として単離し、水(3x 10ml)で洗浄し、真空下でsicapentで乾燥した。収率:2.19(75%)。元素分析、C172647・H2O、実験値(理論値) C:49.95(49.03)H:6.47(6.29); N:13.43(13.45)。この化合物は、満足すべき1H−および13C−NMRスペクトルを示した。
実施例42
3−(1−チミニル)−プロパン酸メチルエステル
チミン(14.0g;0.11mol)をメタノ−ルに懸濁させ、メタアクリル酸メチル(39.6ml;0.44mol)を触媒量の水酸化ナトリウムとともに加えた。この溶液を45時間暗所で還流させ、真空下において蒸発乾凅させ、残渣を加熱しつつメタノ−ル(8ml)に溶解させた。氷浴で冷却した後、生成物をエ−テル(20ml)を加えて沈殿させ、ろ過して単離し、エ−テル(20ml)で洗浄し、真空下でsicapent上で乾燥させた。収率;11.23g(48%)。m.p.112−119℃。元素分析、C91224、実験値(理論値) C:51.14(50.94)H:5.78(5.70);N:11.52(13.20)。この化合物は、満足すべき1H−および13C−NMRスペクトルを示した。
実施例43
3−(1−チミニル)−プロパン酸
3(1−チミニル)−プロパン酸メチル(1.0g;0.0047mol)を2M−水酸化ナトリウム(15ml)に溶解し、10分間煮沸させた。pHを濃塩酸を用いて0.3に調節した。この溶液を酢酸エチル(10x 25ml)で抽出し、有機層を飽和塩化ナトリウム液で抽出し、硫酸マグネシウムで乾燥し、真空下で蒸発乾凅させると、表題化合物が白色固体として得られた(0.66g;71%)。m.p.118−121℃。元素分析、C81024、実験値(理論値) C:48.38(48.49)H:5.09(5.09); N:13.98(14.14)。この化合物は、満足すべき1H−および13C−NMRスペクトルを示した。
実施例44
N−(N’−Boc−3’−アミノエチル)−N−[(1−チミニル)プロパノイル]グリシンエチルエステル
N(N’−Boc−アミノエチル)グリシンエチルエステル(1.0g;0.0041mol)をDMF(12ml)に溶解し、その後DhbtOH(0.73g;0.0045mol)と1−チミニルプロパン酸(0.89g;0.0045mol)を加えた。塩化メチレン(12ml)を加えて、混合物を氷浴で0℃に冷却した。DCC(1.01g;0.0049mol)を加えた後、混合物を2時間0℃で攪拌し、その後室温で1時間攪拌した。沈殿したDCUをろ過して除去し、塩化メチレン(25ml)で洗浄し、更に追加量の塩化メチレン(50ml)を濾液に加えた。有機相を重炭酸ナトリウム(飽和液を当量の水で希釈、6x 100ml)で抽出し、硫酸カリウム(飽和液を4倍量の水で希釈、3 x 100ml)次いで飽和塩化ナトリウム(1 x 100ml)で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し真空下で蒸発乾凅した。固体の残渣を塩化メチレン(15ml)に懸濁させて、1時間攪拌した。沈殿したDCUは、ろ過して除去し、塩化メチレン(25ml)で洗浄した。濾液を真空下で蒸発乾凅して、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィ−で、メタノ−ルと塩化メチレン(塩化メチレン中3−7%メタノ−ルの傾斜)の混合物で溶出して精製した。こうすることによって、表題化合物を白色固体として得た(1.02g、59%)。元素分析C193047、実験値(理論値) C:53.15(53.51)H:6.90(7.09); N:12.76(13.13)。この化合物は、満足すべき1Hおよび13C−NMRスペクトルを示した。
実施例45
N−(N’−Boc−3’−アミノエチル)−N−[(1−チミニル)プロパノイル]グリシン
N−(N’−Boc−3’−アミノエチル)−N−[(1−チミニル)プロパノイル]グリシンエチルエステル(0.83g;0.00195mol)をメタノ−ル(25ml)に溶解した。水酸化ナトリウム(25ml;2M)を加え、この溶液を1時間攪拌した。メタノ−ルを真空下で蒸発させて除き、pHを4M−塩酸で0℃において2に調節した。本品をろ過して単離し、エ−テル(3x15ml)で抽出し、真空下でsicapentの上で乾燥させた。収率:0.769g(99%)。m.p.213℃(分解)
実施例46
モノ−Boc−エチレンジアミン(2)
第三級−ブチル−4−ニトロフェニル炭酸エステル(1)(10.0g;0.0418mol)をDMF(50ml)に溶解し溶液を、30分かけてエチレンジアミン(27.9ml;0.418mol)およびDMF(50ml)の溶液に加え、一夜攪拌した。この混合物を真空下で蒸発乾凅させて、得られた油状物を水(250ml)に溶解した。0℃に冷却した後、pHを 4M−塩酸で3.5に調節した。この溶液をろ過し、クロロホルム(3 x 250ml)で抽出した。このpHを2M−水酸化ナトリウムで0℃において12に調節し、水溶液を塩化メチレン(3x 300ml)で抽出した。飽和塩化ナトリウム水溶液で(250ml)処理した後で、塩化メチレン溶液を硫酸マグネシウム上で乾燥し、ろ過して、生じた溶液を真空下で蒸発乾凅して、本品(油状物)94.22gが得られた。1H−NMR(90MHz;CDCl3):δ1.44(s,9H);2.87(t,2H);3.1(q,2H);5.62(s,broad)。
実施例47
(N−Boc−3’−アミノエチル)−β−アラニンメチルエステル塩酸塩
モノ−Boc−エチレンジアミン(2)(16.28g;0.102mol)をアセトニトリル(440ml)に溶解し、アクリル酸メチル(91.50ml;1.02mol)をアセトニトリル(200ml)と一緒にこの混合物に移した。この溶液を暗所で窒素雰囲気下で一夜還流して、アクリル酸メチルの重合を回避した。真空下で蒸発乾凅した後で、水とエ−テルの混合物(200+ 200ml)を加え、生じた溶液をろ過して、激しく攪拌した。水相をもう一度エ−テルで抽出し、次いで凍結乾燥して、黄色の固体を得た。酢酸エチルから再結晶して、表題化合物を13.09gを得た。m.p.138−140℃。元素分析C112324Cl、実験値(理論値) C:46.49(46.72)H:8.38(8.20); N:9.83(9.91);Cl:12.45(12.54)。1H−NMR(DMSO−d6):δ1.39s,9H);2.9(m.8H);3.64(s,3H).
実施例48
N−[(1−チミニル)アセチル]−N’−Boc−アミノエチル−β−アラニンメチルエステル
(N−Boc−アミノ−エチル)−β−アラニンメチルエステル・塩酸塩(3)(2.0g;0.0071mol))および1−チミニル酢酸ペンタフルオロフェニルエステル(5)(2.828g;0.00812mol)をDMF(50ml)に溶解した。トリエチルアミン(1.12ml;0.00812mol)を加え、混合物を一夜攪拌した。塩化メチレン(200ml)を添加後、有機層を重炭酸ナトリウム水溶液(3x 250ml)、半飽和流酸水素カリウム水溶液(3 x 250ml)と飽和塩化ナトリウム水溶液(250ml)で抽出し、硫酸マグネシウムで乾燥した。ろ過し、次いで真空下で蒸発乾凅すると、2.9g(99%)の収量で生成物が得られた(油状物)。1H−NMR(250MHz;CDCl3:二級アミドの周囲の回転が制限されるため、信号のいくつかが二重化した。δ1.43(s,9H);1.88(s,3H);2.63(t,1H);2.74(t,1H);3.25−3.55(4xt,8H);3.65(2xt,2H);3.66(s,1.5);3.72(s,1.5);4.61(s,1H);5.72(s,2H);5.59(s,0.5H);5.96(s,0.5H);7.11(s,1H);10.33(s,1H)。
実施例49
N−[(1−チミニル)アセチル]−N’−Boc−アミノエチル−β−アラニン
N−[(1−チミニル)アセチル]−N’−Boc−アミノエチル−β−アラニンメチルエステル(3.0g;0.0073mol)を2M−水酸化ナトリウム(30ml)に溶解し、pHを4M−塩酸で0℃において2に調節し、溶液を2時間攪拌した。沈殿をろ過して単離し、冷水で三度洗浄し、真空下においてsicapent上で乾燥した。収率、2.23g(77%)。m.p.170−176℃。元素分析C172647・H2O、実験値(理論値) C:49.49(49.03) H:6.31(6.78); N:13.84(13.45);1H−NMR(DMSO−d6):δ1.38(s,9H);1.76(s,3H);2.44および3.29(m,8H);4.55(s,2H);7.3(s,1H);11.23(s,1H)。FAB−MS:399(M+1)
実施例50
N−[(1−(N4−Z)−シトシル)アセチル]−N’−Boc−アミノエチル−β−アラニンメチルエステル
(N−Boc−アミノ−エチル)−β−アラニンメチルエステル・塩酸塩(3)(2.0g;0.0071mol)および1−(N−4−Z)−シトシル酢酸ペンタフルオロフェニルエステル(5)(3.319g;0.0071mol)をDMF(50ml)に溶解した。トリエチルアミン(0.99ml;0.0071mol)wo加え、混合物を一夜攪拌した。塩化メチレン(200,l)を添加した後で、有機層を重炭酸ナトリウム水溶液(3x 250ml)、半飽和硫酸水素カリウム水溶液(3 x 250ml)および飽和塩化ナトリウム水溶液で抽出し、硫酸マグネシウムで乾燥した。ろ過して、真空下で蒸発乾凅して、3.36gの固体の化合物が得られたが、このものをメタノ−ルから再結晶した。収率:2.42g(64%)。m.p.158−161℃。元素分析C253358、実験値(理論値) C:55.19(56.49)H:6.19(6.26); N:12.86(13.18)。1H−NMR(250MHz;CDCl3):二級アミドの周囲の回転が制限されるため、信号のいくつかが二重化した;δ1.43(s,9H);2.57(t,1H);3.60−3.23(m’s,6H);3.60(s,1.5H);3.66(s,1.5H);4.80(s,1H);4.88(s,1H);5.20(s,2H);7.80−7.25(m’s,7H)。FAB−MS:532(M+1)
実施例51
N−[(1−(N4−Z)−シトシル)アセチル]−N’−Boc−アミノエチル−β−アラニン
N−[(1−(N4−Z)−シトシル)アセチル]−N’−Boc−アミノエチル−β−アラニンメチルエステル(0.621g;0.0012mol)を2M−水酸化ナトリウム(8.5ml)に溶解して2時間攪拌した。その後に、pHを4M−塩酸で0℃において2に調節し、この溶液を2時間攪拌した。沈殿をろ過して単離して、冷水で三度洗浄し、真空下でsicapent上で乾燥した。収率:0.326g(54%)。この白色固体を2−プロパノ−ルから再結晶し、石油エ−テルで洗浄した。m.p.163第(分解)。元素分析C243158、実験値(理論値) C:49.49(49.03)H:6.31(6.78); N:13.84(13.45)。1H−NMR(250MHz;CDCl3):二級アミドの周囲の回転が制限されるため、信号のいくつかが二重化した;δ1.40(s,9H);2.57(t,1H);2.65(t,1H);3.60−3.32(m’s,6H);4.85(s,1H);4.98(s,1H);5.21(s,2H);5.71(s,1H,broad);7.99−7.25(m’s,7H)。FAB−MS:518(M+1)
実施例52
グアニン残基を有するPNA−オリゴマ−の例
(a)H−[Taeg]−[Gaeg]−[Taeg]4−Lys−NHの固相合成保護されたPNAを、置換度がほぼ0.15であるBoc−Lys(CIZ)で修飾したMBHA樹脂の上で構築した(定量的ニンヒドリン反応で測定)。カップルしていないアミノ基のキャッピングは、BocBaeg−OHモノマ−を導入する前に初めて行った。
(b)H−[Taeg]5−[Gaeg]−[Taeg]4−Lys−NH2の段階的合成(合成実験記録)
合成は、予備膨潤(DCM中で一夜)させかつ中和したBoc−Lys(CIZ)−MBHA樹脂102mg(乾燥重量)において開始した。実施した工程は以下の通りである:(1)TFA/CH2Cl2(1:1、v/v)によるBoc−脱保護、1x2分および1x1/2時間、3ml;(2)DCMによる洗浄、4x20秒、3ml;DMFによる洗浄、2x20秒、3ml;DCMによる洗浄、2x20秒、3ml、および30秒間のドレ−ン;(3)DIEA/DCM(1:19、v/v)による中和、2x3分、3ml;(4)DCMによる洗浄、4x20秒、3mlおよび1分間のドレ−ン;(5)4当量のジイソプロピルカルボジイミド(0.06mmol;9.7μl)および4当量(0.06mmol;24mg)のBocTaeg−OHまたは(0.06mmol;30mg)のBocGaeg−OHを0.6mlのDCM/DMF(1:1、v/v)に溶解して添加、このカップリング反応は、室温で振盪させながら1/2時間進行させた;(6)サクションを20秒間適用した;(7)DMFによる洗浄、2x20秒及び1x2分、3ml;(8)DIEA/DCM(1:19、v/v)による中和、2x3分、3ml;(9)DCMによる洗浄、4x20秒、3mlおよび1分間のドレ−ン;(10)定性的Kaiser試験;(11)未反応アミノ基をAc2O/ピリジン/DCM(1:1:2、v/v)。1x1/2時間、3ml;および(12)DCMによる洗浄、4x20秒、2x2分;2x20秒。工程1−12は、所望の配列が得られるまで繰り返した。定性的Kaiser試験は全て、マイナスであり(わら様の黄色、ビ−ズには一切着色しない)、カップリング収率はほぼ100%であることを示していた。PNA−オリゴマ−を開裂させ、通常の方法で精製した。FAB−MS:2832.11[M+1](計算値2832.15)。
実施例53
H−Taeg−Aaeg−[Taeg]8−Lys−NH2の固相合成
(a)Boc−Taeg−A(Z)aeg−[Taeg]8−Lys(CIZ)−MBHAの固相合成
湿潤Boc−[Taeg]8−Lys(CIZ)−MBH樹脂ほぼ0.3gを3mlのSPPS反応容器に入れた。Boc−Taeg−A(Z)aeg−[Taeg]8−Lys(CIZ)−MBHA樹脂を、2.5mlの50%DMF/CH2Cl2中0.15M−DCCと共に0.19MのBoc(A)(Z)aeg−OHを用いたinsituDCCカップリング(単一)および純CH2Cl2中において0.15MのBocTaeg−OPfpとの単一カップリングによって組み立て・構築した(”合成実験記録5”)。この合成は、定量的ニンヒドリン反応によってモニタ−したが、これによってA(Z)aegの導入率はほぼ50%でありまたTaegの導入率はほぼ96%であることが明らかになった。
(b)H−Taeg−Aeg−[Taeg]8−Lys−NH2の開裂、精製および同定
保護されたBoc−Taeg−A(Z)aeg−[Taeg]8−Lys(CIZ)−BHA樹脂を実施例40cにおいて記載したように処理して、乾燥H−Taeg−A(Z)aeg−[Taeg]8−Lys(CIZ)−BHA樹脂53.1mgをHF開裂すると粗製物質がほぼ15.6mgが得られた。14.4分における主ピ−クは、全吸光度の50%以下を占めていた。この粗製物0.5mgを精製して、H−Taeg−Aaeg−[Taeg]8−Lys−NH2が0.1mg得られた。(MH+)+について、計算m/z値は、2816.16でありかつ測定m/z値は2816.28。
(c)合成実験記録5
(1)TFA/CH2Cl2(1:1、v/v)によるBoc−脱保護、2.5ml、3x1分および1x30分;(2)CH2Cl2による洗浄、2.5ml、6x1分;(3)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)による中和、2.5ml、3x2分;(4)CH2Cl2による洗浄、2.5ml、6x1分、および1分間のドレ−ン;(5)2−5mgのPNA−樹脂試料を取り出し、完全に乾燥してニンヒドリン定量分析に供して置換度を測定する;(6)1.25mlのDMFに溶解した0.47mmol(0.25g)のBocTaeg−OHを添加し、次いで1.25mlのCH2Cl2に溶かした0.47mmol(1g)のDCCまたは2.5mlのCH2Cl2に溶かした0.36mmol(0.20g)のBocTaeg−OPfpを添加する;カップリング反応は、振盪しつつ全部で20−24時間進行させた;(7)DMFによる洗浄、2.5ml、1x2分;(8)CH2Cl2による洗浄、2.5ml、4x1分;(9)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)による中和、2.5ml、2x2分;(10)CH2Cl2による洗浄、2.5ml、6x1分;(11)2−5mgの保護PNA樹脂試料を取り出し、よく乾燥してニンヒドリン定量分析に供して、カップリング度を測定する;(12)未反応アミノ基を無水酢酸/ピリジン/CH2Cl2(1:1:2、v/v/v)の混合物25ml用いて2時間アセチル化することによってブロックする(最後のサイクルを除く);および(13)CH2Cl2による洗浄、2.5ml、6x1分;(14)保護されたPNA−樹脂の2x2−5mg試料を取り出し、DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)による中和し、CH2Cl2で洗浄してニンヒドリン分析を行った。
実施例54
H−[Taeg]2−Aaeg−[Taeg]5−Lys−NH2の固相合成
(a)Boc−[Taeg]2−A(Z)aeg−[Taeg]5−Lys(CIZ)−MBHA樹脂の段階的合成
湿潤Boc−[Taeg]5−Lys(CIZ)−MBHA樹脂ほぼ0.5gを5mlのSPPS反応容器に入れた。Boc−[Taeg]2−A(Z)aeg−[Taeg]8−Lys(CIZ)−MBHA樹脂を、2mlの/CH2Cl2中の当量のDCCと共に0.15Mから0.20Mの保護されたPNAモノマ−(遊離酸)を用いたA(Z)aegとTaeg残基とのinsituDCCカップリングを行うことによって組み立て・構築した(”合成実験記録6”)。この合成は、定量的ニンヒドリン反応によってモニタ−したが、これによって三回のカップリングを行った後でA(Z)aegの導入率はほぼ82%であり(一回目のカップリングでは、導入率はほぼ50%であった;50%DMF/CH2Cl2中での四回目のHOBt仲介カップリングでは、全カップリング収率は有意には増大しなかった)またTaeg残基の導入率は定量的であることが明らかになった。
(b)H−Taeg−Aeg−[Taeg]2−Lys−NH2の開裂、精製および同定
保護されたBoc−[Taeg]2−A(Z)aeg−[Taeg]5−Lys(CIZ)−BHA樹脂を実施例40cにおいて記載したように処理して、乾燥H−[Taeg]2−A(Z)aeg−[Taeg]5−Lys(CIZ)−BHA樹脂102.5mgをHF開裂すると粗製物質がほぼ16.2mgが得られた。この粗製物の一部を精製した。(MH+)+について、計算m/z値は、2050.85でありかつ測定m/z値は2050.90であった。
(c)合成実験記録6
(1)TFA/CH2Cl2(1:1、v/v)によるBoc−脱保護,2ml,3x1分および1x30分;(2)CH2Cl2による洗浄、2ml、6x1分;(3)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)による中和、2ml、3x2分;(4)CH2Cl2による洗浄、2.5ml、6x1分、および1分間のドレ−ン;(5)2−5mgのPNA−樹脂試料を取り出し、完全に乾燥してニンヒドリン定量分析に供して置換度を測定する;(6)1.5mlのCH2Cl2に溶解した0.44mmol(0.23g)のBocA(Z)aeg−OHを添加し、次いで0.5mlのCH2Cl2に溶かした0.47mmol(1g)のDCCまたは1.5mlのCH2Cl2に溶かした0.33mmol(0.13g)のBocTaeg−OHを添加する;カップリング反応は、振盪しつつ全部で20−24時間進行させた;(7)DMFによる洗浄、2ml、1x2分;(8)CH2Cl2による洗浄、2ml、4x1分;(9)DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)による中和、2ml、2x2分;(10)CH2Cl2による洗浄、2ml、6x1分;(11)2−5mgの保護PNA樹脂試料を取り出し、よく乾燥してニンヒドリン定量分析に供して、カップリング度を測定する;(12)未反応アミノ基を無水酢酸/ピリジン/CH2Cl2(1:1:2、v/v/v)の混合物25ml用いて2時間アセチル化することによってブロックする(最後のサイクルを除く);(13)CH2Cl2による洗浄、2ml、6x1分;および(14)保護されたPNA−樹脂の2x2−5mg試料を取り出し、DIEA/CH2Cl2(1:19、v/v)による中和し、CH2Cl2で洗浄してニンヒドリン分析を行った。
実施例55
”ゼロ塩基”置換の例。
(化VII−1)
Figure 2008253251

Figure 2008253251

即ち、H−T10−LysNH2と比べて、一つのチミンリガンドをHで置換すると、Tmが73℃から48℃まで低下することが判る。また単一塩基ミスマッチを導入する効果も示してある。
PNAオリゴマ−のいくつかの生化学的/生物学的性質を、以下の実験によって説明する。
1.dsDNAレベルの配列識別(実施例63、第20図)
S1−ヌクレア−ゼプロ−ビング技法を用いて、プラスミドpUC19のBamHI、SalIまたはPSTIにクロ−ンした認識配列A10、A5GA4(A9G)&A2GA2GA4(A82)に対するT10、T5CT4(T9C)&T2CT2CT4(T82)PNAの結合の識別を解析した。この結果(第20図)、三つのPNAは、以下の相対的な効率でそれぞれの認識配列に結合することが判った:PNA−T10:A10>A9G≫A82、PNA−T9C:A9G>A10≫A82、PNA−T82:A82≧A9G≫A10。即ち、37℃において、10につき1のミスマッチがあると、効率が減少し(5−10倍と推定)、他方では二つのミスマッチは受け入れられない。
2.PNAsT10/T9C/T82のハイブリダイゼ−ションによるds−DNAからの単一鎖DNAの置換(第20図)−実施例63。
3.PNA−T10−dsDNAの鎖置換複合体形成の速度論(実施例64、第21図)
複合体形成は、PNAと32P−end標識dsDNAフラグメントを混合した後異なる時点でS1−ヌクレア−ゼによってプロ−ブした(第21図)。
4.PNA−dsDNA複合体の安定性PNA−Tn32P−DSDNA(A10/T10)標識との複合体を形成させた(60分、37℃)。これらの複合体は、過剰のオリゴ−dA10の存在下所望の温度において培養し、室温に冷却しKMnO4でプロ−ブした。その結果(第22図)、PNA−dsDNA複合体の熱安定性はPNAオリゴヌクレオチド複合体の熱安定性を”Tm”とういう点で反映していることが判る。
5.PNAによる制限酵素開列の抑制(実施例64、第23図)
プラスミド構成、pT10は、pUC19中のBamHI部位にクロ−ンしたdA10/dT10 tractを含有している。即ち、BamHIおよびPvuIIによるPT10の開裂を行うと、211と111bpなる二つの小さいDNAフラグメントが生じる。PNA−T10の存在下では、336bpフラグメントが得られるが、これはPvuIIのみに因る開裂に相当する(第23図)。即ち、BあMIIによる開裂は、制限酵素部位に近接して結合したPNAによって抑制される。このような結果も、PNA−dsDNA複合体を100%収率で形成させることが出来ることを示している。
6.125I−標識したPNAのオリゴヌクレチドへの結合(実施例63、第24図)
Tyr−PNA−T10−Lys−NH2をNa125Iおよびクロラミン−Tを用いて125Iで標識し、HPLCで精製した。この125I−PNA−T10は、PAGEおよびオ−トラジオグラフィ−によってオリゴ−dA10に結合することが判った。このような結合は、過剰の変成した子牛胸腺DNAによって拮抗させることが出来た。
上記(1)項に戻って論じると、dsDNAの配列特異的認識は、10のチミン置換2−アミノエチルグリシル単位から成るPNA−そのC−終末はリシンアミドでありまたN−終末は複合9−アミノアクリジンリガンド(9−Acr1−(taeg)10−Lys−NH2、第11aおよび11b図)である−がdA10/dT10標的配列に結合することよって説明される。この標的は、248bp32P−end(末端)−標識DNA−フラグメントに含まれる。
1)この9−Acr1は(第5図)、照射時のDNAの開裂を確実にするため4−ニトロベンズアミドを付しており、その結合部位に極めて近接してDNAを開裂させることが予期されるに過ぎない。上記248bp DNAフラグメントとともにPNAを照射すると、dA10/dT10配列における選択的開裂が認められる(第3a図)。
2)所謂ホトフットプリンティング検定において、合成ジアゾ結合アクリジンは紫外線照射下において、DNAと相互作用した場合にDNAを開裂させる(但し、DNAが前記結合性物質で保護されている場合は除く)。このような実験は、上記した248bpdsDNAを用いて行ったが、その結果PNA結合部位の光開裂に対する保護が明らかとなった(第3b図)。
3)様様な種類の実験において、DNA−開裂性酵素であるMicrococcusヌクレア−ゼは、矢張り大抵のDNA−結合性試薬によってその作用が阻害されるが、T10−標識における開裂を増大させた(第3c図)。
4)また別の種類の実験において、一本鎖チミンリガンドは(二本鎖チミンリガンドとは異なって)過マンガン酸カリウムによる酸化を極めて受け易いのであるが、この性質を利用した。この試薬の存在下で248bpを酸化したところ、標的のT10−鎖の酸化のみが起こることが判った(第3b図)。
5)同種の証明実験において、S1ヌクレア−ゼが持つ一本鎖特異性によって、標的のT10−鎖のみが攻撃されたことが判った(第3d図)。
(Taeg)10、(Taeg)10−Lys−NH2およびAcr1−(taeg)10−Lys−NH2(第5図)が相当するdA10に極めて効率よく結合することは、以下の二つの方法で説明・証明された:
1.以下の実施例56 におい手示す様に、PNA−オリゴヌクレオチッド複合体は、ポリアクリルアミドゲル中での電気泳動を行うと一本鎖オリゴヌクレオチッドよりも泳動速度が遅いはずである。従って、このような実験は、Acr1−(Taeg)10−Lys−NH2および32P−endで標識したdT10について行った。この結果、通常のdA10/dT10二重らせんが安定である条件においてはまたこのような二重らせんが不安定である(変成性ゲル)条件下においても泳動が遅延することが判った。対照実験を、Acr1−(Taeg)10−Lys−NH232P−endで標識したdT10との混合物で行ったが、その結果上記した条件下では全く遅延しないことが判った。
2.一本鎖DNAからDNA二重らせん(dsDNA)を形成させると、吸光度係数は減少する(淡色効果)。即ち、DNAの変性は、吸光率の変化をたとえば、二重らせんの50%が消失して一本鎖を生じる温度であるTmを函数として測定することによって追跡することができる。二重らせんは、一本鎖オリゴデオキシリブヌクレオチドと以下に列挙するPNA類とから形成した。典型的には、T−リッチ鎖の0.3OD260を1当量の他の鎖と、90℃において5分間加熱し、次いで室温にまで冷却することによハイブリダイゼ−ションさせ、次いで30分間保持し、最後に5℃の冷蔵庫に少なくとも30分間保存した。使用した緩衝液は全て、りん酸が10mMかつEDTAが1mKであった。低塩緩衝液は塩化ナトリウムを一切含有しておらず、一方中塩緩衝液は、140mMのNaClを含有しまた高塩緩衝液は500mMのNaClを含有していた。これら緩衝液の全ては、pHが7.2であった。ハイブリッドの融点は、GilfordResponse装置で測定した。以下に記載する吸光度係数を用いた:通常のオリゴヌクレオチッドおよびPNAの双方とも、A:15.4ml/μmol・cm;T:8,8;G:11.7およびC:7.3とした。融解曲線を0.5℃/分刻みで記録した。Tmは、A260と温度との曲線の一次微分係数も最大値から求めた。
オリゴデオキシリボヌクレオチッドのリスト:
1.5’−AAA−AAA−AA
2.5’−AAA−AAA−AAA−A
3.5’−TTT−TTT−TTT−T
4.5’−AAA−AAG−AAA−A
5.5’−AAG−AAG−AAA−A
6.5’−AAA−AGA−AAA−A
7.5’−AAA−AGA−AGA−A
8.5’−TTT−TCT−TTT−T
9.5’−TTT−TCT−TCT−T
10.5’−TTT−TTC−TTT−T
11.5’−TTT−TTC−TTC−T
12.5’−TTC−TTC−TTT−T
13.5’−TTT−TTT−TTT−TTT−TTT
14.5’−AAA−AAA−AAA−AAA−AAA
PNA類のリストa.TTT−TTT−TTT−T−Lys−NH2b.TTT−TTT−TT−Lys−NH2c.TTT−TTC−TTT−T−Lys−NH2d.TTC−TTC−TTT−T−Lys−NH2e.Acr−TTT−TTT−TTT−T−Lys−NH2f.Ac−TTC−TTT−TTT−T−Lys−NH2
Figure 2008253251

RNA−A(ポリrA)とPNA−T10−Lys−NH2との間のハイブリッドは、測定出来ないほどの高温で融解する(>90℃)。しかし、特異的なハイブリダイゼ−ションは、RNA−A−但しG、CおよびUではない−と混合した時のA260が大幅に低下することによって証明される。実験は、PNA溶液1mlとRNA溶液1ml−何れもA260=0.6−とを混合し、次いで260nmにおける吸光度を測定することによって行う。その後、試料を90℃に5分間加熱し、室温にまで冷却し、この温度に30分間保持子、最後に5℃において30分間保存する。
Figure 2008253251
上記の測定値から、以下の結論を下すことが出来る。融解曲線が認められるので、塩基スタッキングがある。PNA−DNAハイブリッドの方が、通常のDNA−DNAハイブリッドよりも安定性が高く、而もPNA−RNAはさらにこれよりも安定である。ミスマッチによって、誤対合した塩基がDNA鎖にあるかまたはPNA鎖にあるかに拘らず、Tmが大幅に低下する。このTm値は、通常のオリゴヌクレオチドとは異なりイオン強度にわずかしか依存していない。
実施例56
Acr1−(Taeg)10−Lys−NH2 のdA10への結合(第11a図)
Acr1−(Taeg)10−Lys(100ng)を20μlのTE緩衝液(10mMトリスHCl、1mMEDTA、pH7.4)中において50cpsの5’−[32P]−end−で標識したオリゴヌクレオチッドと一緒に室温で15分間培養した。試料を氷で冷却し(15分間)、ポリアクリルアミド中でのゲル電気泳動法(PAGE)で分析した。試料の10μlに、2μlの50%のグリセリン、5μlのTBE(TBE=90mMトリス硼酸塩、1mMEDTA、pH8.3)を加え、試料を4℃においてTBE緩衝液中でのPAGE(15%アクリルアミド、0.5%ビスアクリルアミド)によって分析した。この試料10μlを凍結乾燥して、10μlの80%ホルムアミド、1TBEに再度溶解し、90℃に加熱(5分間)し、尿素/TBE緩衝液中でのPAGE(15%アクリルアミド、0.5%ビスアクリルアミド)によって分析した。[32P]−含有DNAバンドを増幅スクリ−ンおよび−80℃において2時間露光したアグファクリックス(Agfa Curix)RPIX−線フィルムを用いて、オ−トラジオグラフィ−で可視化した。
オリゴヌクレオチドを、γ[32P]−ATP(Amersham、5000Ci/mmol)とポリヌクレオチドキナ−ゼで標識したBioserach7500DNA合成装置で合成し、標準技法を用いてPAGEで精製した(Maniatisら、(1985):ALaboratory Manual、Cold Spring Harbor Laboratories)。第11a図および第11b図において、5’−32Pで標識したオリゴヌクレオチド1は、5’−GASTCCA10Gであり、Acr−T10−Lys−NH2の不存在下(レ−ン1および4)または存在下(レ−ン2および5、25pmol;レ−ン3および6、75pmol))で培養し、また5’−GATCCT10Gである”オリゴ−2”の不存在化(レ−ン1から3まで)または存在化(レ−ン4から6まで)で培養した。5’−32Pで標識したオリゴ2は、同じPNAの不存在下(レ−ン7) または存在下(レ−ン8、25pmol;レ−ン9、75pmol)で培養し、上記において詳細に記載したようなPAGEで分析した。第11a図に示した結果によれば、PNAでハイブリダイゼ−ションしたと同様に(レ−ン1から3まで)ssDNAの遅延化が明らかであり、PNAが、標識した相補オリゴヌクレオチド(レ−ン4から6まで)に対してDNAオリゴヌクレオチドと競合・拮抗する能力を有していることが判る。dsDNAに起因するバンドの強度は、PNA濃度を上げるに応じてより急速に増大し、泳動速度が遅いPNA−DNAハイブリッドを表すバンドで置換される。レ−ン7から9までは、このPNAは、相補的でないT10オリゴDNAには影響を及ぼさないことを示す。第11b図においては、DNA変成条件で行ったものであるが、PNA−DNA二重らせんが未変成のままである。
実施例57
鎖置換複合体の生成プラスミドDNAに含有されるdA10−dT10標的配列を、標準的方法に従い(Maniatisら、1986)Escherichiacoli JM101株を用いて二つのオリゴヌクレオチド(d(GATCCA10G)+d(GATCCT10G)))をpUC19のBamHI制限酵素部位にクロ−ンすることによって構成した。所望のプラスミド(pT10と称する)を得られたクロ−ンの一つから単離し、アルカリ性抽出法およびCsCl遠心分離法(Maniatisら、1986)によって精製した。dA10/dT10標的配列を含む248bpの3’−[32P]−end(末端)で標識したDNAフラグメントを、このpT10DNAを制限酵素EcoRIおよびPvuIIで開裂し、次にE.coliDNAポリメラ−ゼ(BoehringerMannheim)のKlenowフラグメントを用いてこの開裂したDNAをα[32P]−dATP(4000Ci/mmol,Amsterdam)で標識し、248bpDNAフラグメントをPAEG(15%アクリルアミド、0.5%ビスアクリルアミド、TBE緩衝液)によって精製して得た。このDNAフラグメントは、EcoRIで開裂したpT10プラスミドをバクテリア性アルカリ性ホスファタ−ゼ(BoehringerMannheim)で処理し、このプラスミドDNAを低融点アガロ−スでのゲル電気泳動法で精製し、次いでγ[32P]ATPとポリヌクレオチドキナ−ゼで標識することによって、5’−endにおける[32P]標識を付して得た。PvuIIで処理した後、248pbDNAを上記のように精製した。Acr1−(Taeg)10−Lys−NH2と248bpDNAフラグメントとの複合体を、Acr1−(Taeg)10−Lys−NH250ngを500cpsのP−標識した248bpフラグメントと0.5μーgの子牛胸腺DNAとともに、下記においてさらに詳細に述べるように、100μlの25mMTris−HCl、1mMMgCl2、0.1mMCaCl2、pH7.4中において37℃において60分間培養することによって形成させた。
実施例58
以下を用いた鎖置換複合体のプロ−ビング
(a)スタフィロコッカスヌクレア−ゼ(第12b図レ−ン8から10)。鎖置換複合体を上記したように生成させた。この複合体を20℃において5分間750U/mlのスタフィロコッカス(Staphylococcus)ヌクレア−ゼ(Boehringer Mannheim)で処理し、この反応をEDTAを25mMまで添加することによって停止させた。このDNAを2容量のエタノ−ル−2%酢酸カリウム−で沈殿させ、80%ホルムアミド、TBEに再溶解させ、90℃に加熱し(5分間)、高分解PAGE(10%アクリルアミド、0.3%ビスアクリルアミド、7M尿素)とオ−トラジオグラフィ−によって分析した。レ−ン8は、PNAを含有せず、レ−ン9は40pmolまたレ−ン10は120pmolのPNAを含有している。PNAが含有されているので、フットプリントの生成が認められ、この結果スタフィロコッカスヌクレア−ゼによって消化を受け易くなることおよび従ってdsDNAからssDNAの置換が増大することが判る。
(b)アフィニティ−光開裂(第12図+第12b図;何れの場合もレ−ン1から3まで)
複合体をTE緩衝液中で生成させた。Eppendorf管に入れた試料に300nmにおいて(PhilipsTL)20W/12蛍光灯、243Jm-2/s)30分間UV照射した。DNAは、上記したように沈殿させ、1Mピペリジンに取り、90℃にまで20分間加熱した。凍結乾燥した後で、DNAは、上記したPAGEによって分析した。もう一度、それぞれの場合において、レ−ン1は、PNAは一切含有せず、レ−ン2および3は、それぞれ40pmolと120pmolのPNAを含有する。PNAに結合したDNA鎖(A10鎖)は、アクリジンエステルの位置において(第12a図のレ−ン1から3まで)開裂して、新しいバンドを与えるが、またPNAによって置換された鎖は(T10鎖)ランダムに開裂子、フットプリントを与える。
(c)過マンガン酸カリウム(第12B図レ−ン4から6まで)
複合体を100μlのTE中で生成させ、20mMKMnO4を5μl添加した。20℃において15秒経過後、1.5M酢酸ナトリウム、pH7.0、1M2−メルカプトエタノ−ルを添加して反応を停止させた。DNAを沈殿させ、ピペリジンで処理して、上記した様に分析した。レ−ン4から6までにおいては、レ−ン1から3までと同様のPNA濃度を用いた。かくして再び、過マンガン酸塩により置換されたssDNAの開裂を示すフットプリントの生成を認める。
(d)光フットプリンティング(第12a図レ−ン5から6まで)
複合体を100μlTEにおいて生成させ、ジアゾ−結合アクリジン(0.1μg/μl)(DHA、Nielsenら(1988)、Nucl.AcidsRes.16、3877−88)を添加した。試料を365nm(PhilipsTL 20W/09N、22Jm-2/s)で30分間照射し、上記した様に処理して、”アフィニティ−光開裂”に供した。PNAの存在下において、(レ−ン6)このDNAは、保護されておりかつ保護された領域において開裂に相当するバンドは消滅する。
(e)S1−ヌクレア−ゼ(第12c図レ−ン1から3)
複合体を50mM酢酸ナトリウム、20mMNacl、0.5%グリセリン、1mMZnCl2、pH4.5において生成させ、0.5U/mlにおいてヌクレア−ゼS1(Boehringer Mannheim)で20℃において5分間処理した。反応を停止させ、さらに上記”スタフィロコッカスヌクレア−ゼ”項において記載した様に処理した。使用したPNAの量は、ゼロ(レ−ン1から3まで)または120pmol(レ−ン4から6まで)であり、レ−ン7がサイズの標準を示す。かくして再び、PNAで置換されたT10DNA鎖の開裂が認められる。
実施例59(1)配向、(2)pHおよび(3)配列ミスマッチに対するハイブリダイゼ−ションの感度PNAオリゴマ−H−T42TCTC−LysNH2を合成実験記録6によって製造し、逆相HPLCによって精製し、FAB−mass分光分析法によって同定した;実験値(理論値):2746.8(2447.15)。この配列を用いたハイブリダイゼ−ション実験によって、実際のところ非対照であるので、配向の問題が解決される。このような実験によって、Tmの温度依存性や生成した複合体の化学量論の問題も解決される。PNA−オリゴマ−H−T42TCTC−LysNH2を用いたハイブリダイゼ−ション実験を以下のように行った:
Figure 2008253251

これらの結果から、真に混合された配列が明確な輪郭の融解曲線をもたらしたことが明らかとなった。PNA−オリゴマ−は実際に両方の配向において結合することが可能である(第1列と第4列を比較のこと)。尤もN−末端/5’−配向に対する優先性が認められる。TまたはCに対向する単一ミスマッチを導入した結果、pH7.2において16℃以上もTmが低下することになった;pH5.0においては、このTm値は、27℃以上も低下した。このことは、極めて高度の配列選択性があることを示している。
上記したように、Tm 値には極めて強度のpH依存性が認められ、Hoogstenの塩基対合がハイブリッドを形成する上で重要であることを示している。従って、化学量論が2:1であることが判明したことは、驚くに当たらない。配列に対称性がないことおよびミスマッチが存在した場合Tmが極めて大きく低下することは、相補的DNAに結合した場合Watson−Crick鎖およびHoogsten鎖が平行することを示している。このことは、双方の配向・方向、即ち5’/N−末端および3’/N−末端についても当てはまるのである。
実施例60
ハイブリダイゼ−ションにおける配列識別H−T5GT4−LysNH2を用いたデオキシオリゴヌクレオチドに対するハイブリダイゼ−ション実験結果を以下に示す:
Figure 2008253251

第1、3および6列を第2、4、5および7列を比較すると明らかなように、Gは、このような態様においてDNA−鎖におけるC/AとG/Tとを識別することが可能であり、即ち配列識別が認められる。第3列における複合体は更には、UV−混合曲線から2PNA:1DNA複合体であることが決定された。
実施例61
修飾された主鎖を用いたハイブリダイゼ−ションにおける配列特異性延長された主鎖(β−アラニン修飾)を有する単一ユニットのPNA−オリゴマ−に対するハイブリダイゼ−ションデ−タは、以下の通りである:
Figure 2008253251

融点が低下するにつれて、これらのデ−タから、塩基特異的認識が保持されていることが明らかである。
実施例62
ヨウ素化方法−放射能標識Tyr−PNA−T10−Lys−NH2の5μgを100mMりん酸ナトリウム、pH7.0の40μl中に溶解し、1mCiのNa125Iと2μlのクラミン−T(CH3CN中50mM)を添加する。この溶液を20℃に10分間放置し、次いで0.5+5cmのセファデックスG10カラムに通す。放射能を含む最初の二つのフラクション(それぞれ100μl)を集め、HPLCで精製する:即ち、1%のC3FCOOH水溶液中0−60%CH3CN勾配を用いた逆相C−18である。125I−PNAは、PNAピ−クの直後に溶出する。溶媒は減圧下で除去する。
実施例63
二本鎖DNA標的A10/A9G/A82に対するPNAs−T10/T9C/T82の結合(第20図)
表示したプラスミドの二本鎖、32Pで標識したEcoRI−PvuIIフラグメント(EcoRI部位の3’−末端で標識した大きいフラグメント)200cps、キャリア−子牛胸腺DNA0.5μgおよび100μl緩衝液(200mMNaCl、50mM酢酸ナトリウム、pH4.5、1mMZnSO4)中の表示したPNA300ngから成る混合物を37℃において120分間培養した。ヌクレア−ゼS1を50単位を加え、20℃において5分間培養した。0.5MEDTA3μlを添加することによって反応を停止させ、エタノ−ル中2%の酢酸カリウム液250μlを加えることによってDNAを沈殿させた。このDNAを10%ポリアクリルアミド配列決定ゲルにおける電気泳動法によって分析し、放射能標識したDNAバンドをオ−トラジオグラフィ−で可視化した。得られた完全なバンドパタ−ンから、鎖置換によって一本鎖DNAが生成していることが明らかとなっているが、このものは、ヌクレア−ゼによって攻撃され、より短鎖のオリゴヌルレオチドの混合物が得られる。それぞれの場合に使用した三種のPNAについて得られた結果を比較した結果、得られるそれぞれの標的に対する選択性があることが明らかとなっている。pUC19に適当なオリゴヌクレオチドをクロ−ンすることによって標的プラスミドを調製した。標的A10:BamHI部位(pT10と称するプラスミド)にクロ−ンしたオリゴヌクレオチドGATCCA10G&GATCCT10G。標的A5GA4:SalI部位(プラスミドpT9C)にクロ−ンしたオリゴヌクレオチドTCGACT4CT5G&TCGACA5GA4G。標的A2GA2GA4:PstI部位(プラスミドpT22)にクロ−ンしたオリゴヌクレオチドGA2GA2GA4TGCA&GT4CT2CT2CTGCA。ゲル中におけるこれらの標的の位置は、左方へのバ−によって示される。A/Gは、標的P10のA+G配列ラダ−である。
実施例64
制限酵素開裂のPNAによる抑制・阻害(第23図)
プラスミドpTT10の2μgを20μlのTE緩衝液(10mMTris−HCl、1mMEDTA、pH7.4)中のpNA−T10の表示量と混合し、37℃において120分間培養した。2μl x濃縮緩衝液(10mMTris−HCl、pH7.5、10mM、MgCl2、50mMNaCl、1mMDTT)およびPvuII(2単位)とBamHI(2単位)を添加し、培養を60分間継続した。このDNAを5%ポリアクリルアミド中でのゲル電気泳動法によって分析し、このDNAを臭化エチジウム染色法によって可視化した。有意比率のPNAの存在下では(0.2、0.6)、酵素BamHIの開裂パタ−ンは、変化せず、この酵素は開裂部位に添ってPNAの存在によって抑制阻害されることが判る。
実施例65
PNA−T10−dsDNA鎖置換複合体形成の速度論(第21図)
pT10の二本鎖、32Pで標識したEcoRI−PvuIIフラグメント(EcoRI部位の3’−末端で標識した大きいフラグメント)200cps、キャリア−子牛胸腺DNA0.5μgおよび100μl緩衝液(200mMNaCl、50mM酢酸ナトリウム、pH4.5、1mMZnSO4)中の表示したPNA−T10−LysNH2300ngから成る混合物を37℃において120分間培養した。表示した時間において、ヌクレア−ゼS1を50単位を7つの試料のそれぞれに加え、20℃において5分間培養した。鎖置換によって生成した一本鎖DNAをこのヌクレア−ゼによって消化した。エタノ−ル中2%の酢酸カリウム液250μlを加えることによってDNAを沈殿させ、10%ポリアクリルアミド配列決定ゲルにおける電気泳動法によって分析した。鎖置換複合体の量を、標的配列におけるS1−開列の強度をオ−トラジオグラフをデンシトメ−タ−で走査して測定し、これに基づいて任意の単位で算定した。時間の経過とともにこの複合体の生成が認められる。
実施例66
PNA−dsDNA複合体の安定性(第22)
200cpsの32P−pT10フラグメント(実施例65niおけると同様のもの)、子牛胸腺DNA0.5μgおよび300ngの所望のPNA(T10−LysNH2、T8−LYSNH2またはT6−LYSNH2)とから成る混合物を、100μの200mMNaCl、50mM酢酸ナトリウム、pH4.5、1mMZnSO4中37℃において60分間培養した。オリゴヌクレオチドGATCCA10Gを2μgを加え、標識オリゴヌクレオチドに対するPNAと拮抗させ、各試料を表示した温度において10分間加熱し、氷で10分間冷却し、次いで20℃に加温した。S1ヌクレア−ゼを50単位加え、単一ヌクレオチドとして放出遊離された放射能の量を測定した。T10DNA二重らせんに対する予期Tm値は、20℃であり、またT8については16℃であり、T6については12℃であった。相当するPNA/DNA値は、T10>70℃であり、T8については60℃であり、またT6については37℃であった。
実施例67
PNAの固定化PNA−セファロ−スを製造するために、臭化ジシアンで活性化したセファロ−ス(Sigma)10mgを10μgのPNAとともに50mMりん酸ナトリウム、pH7.5において37℃で60分間培養した。このセファロ−スは、遠心分離によって単離し、50mMりん酸ナトリウム、pH7.5の250μlで三回洗浄した。
実施例68PNA−セファロ−スへの5’−32P−末端標識オリゴヌクレオチドの結合100μのTE中1mgのPNA−セファロ−ス(実施例67)を32Pで標識したオリゴヌクレオチドの50cps(100ng)と共に20℃において16時間培養した。このセファロ−スを遠心分離して単離し、500μlのTEで二回洗浄した。結合したオリゴヌルレオチドを、”Cerenkov”方法を用いて液体シンチレ−ションカウンティングによって求めた。三種の異なるPNA−セファロ−スと4種のオリゴ−DNAについて、得られた結果を下記の表に示す。この固定化したPNAによる捕捉の特異性が明確に求められるが、なお塩基対ミスマッチは一つだけ許容される。
Figure 2008253251

この表において、A10は、5’−GATCCAAAAAAAAAAGであり、A9Gは、5’−TCGACAAAAAGAAAAGであり、A8G2は、5’−GAAGAAGAAACTGACであり、またmixは、5’−GATCACGCGTATACGCGTある。PNA類は、以下の通り:T10:H−T10LysNH2、T9C:H−T5CT4−LysNH2、T8C2:H−T2CT2CT4−LysNH2、なし:エタノ−ルアミン。
実施例69(第25a、bおよびc図)
PNA−セファロ−スへの32P−オリゴヌクレオチドの結合安定性の温度依存性オリゴヌクレオチド類を実施例67および68において記載したようにpNA−セファロ−ズに結合した。何れの場合においても、得られたP−オリゴヌクレオチド−PNA−セファロ−スを高温で洗浄し、セファロ−スを遠心分離して単離し、放射能を”Cerenkov”カウンティングによって測定し、セファロ−スを再び500μlにとり、以下に記載する温度において培養し、遠心分離した。この図には、当初結合に正規化した結果を示す。オリゴヌクレオチドおよびセファロ−スは、実施例68の表に記載した通りであった。これら曲線間における変位は、ミスマッチが一つ生じた場合オリゴヌクレオチド結合安定性が低下したことを示す。
実施例70
PNAによる転写の抑制・阻害(第26図)
100ngのプラスミドDNA(制限酵素PvuII(以下を参照)で開裂した)と10mMTris−HCl、1mMEDTA、pH7.4の15μl中での100ngのPNAとを37℃において60分間培養した。次いで、4μl5x濃縮緩衝液(0.2MTris−HCl(pH8.0)、40mMMgCl2、10mMスペルミジン、125mMNaCl)を1μlのNTP−mix(10mMATP、10mM CTP、10mM GTP、1mM UTP、0.1μCi/μl 32P−UTP、5mM DTT、2μg/ml tRNA、1μG/mlへパリン)および3単位のRNAポリメラ−ゼと混合した。培養を37℃において10分間継続した。このRNAを−20℃において96%エタノ−ル中の2%酢酸カリウム液60μlを添加して沈殿させ、8%ポリアクリルアミド配列決定ゲルにおける電気泳動法によって分析した。RNA転写物をオ−トラジオグラフィ−で可視化した。使用したプラスミドは以下の通りであった:レ−ン1から5まで;pA10KS(A10標的は、転写された鎖の上に位置する)。レ−ン6から10まで:pT10KS(A10標的は、転写されていない鎖の上に位置する)。このプラスミドは、実験に先だって以下の制限酵素で処理した:レ−ン1,4,6および9:PvuII;レ−ン2、5、7および10:XhaI;レ−ン3および8:BamII。レ−ン4、5、9および10の試料は、PNAを含有していたが、その他は、含有していなかった。PNAT10をプラスミドの転写された鎖に結合した場合、RNAの転写は、PNA結合部位において阻止されることが、ゲルから認めることが出来る。このPNAをプラスミドの転写されていない鎖に結合すると、転写は阻止されないのである。
実施例71
アフィニティPNA−セファロ−ス(第27図)
100μlのTE中のPNA−T10セファロ−ス(実施例67を参照)1mgを以下の32P−5’−末端標識したオリゴヌクレオチドの50cpsと共に20℃において16時間培養した:1:5’−GATCCG GCA AAT CGG CAA TAC GGCATA ACG GCT AAA CGT CTT TAC GGCTTA TCG GCT ATT CGG CATTTC GGCAAT TCG、2:5’−GAT CCG GCT TAA CGG CAA TTC GCTTAT ACG GCA TAT CGG CTA ATC GGCATTACG GCT TTT CGG G、3:5’−GAC AAA CAT ACA ATT TCA ACA GAACCA AAA AAA AAA AAA A、4:5’−ACTGAC TAC CTA GGT TTA CCG TGCCAG TCA5:5’−GAA ACG GAT AGC TGC Aこのセファロ−スを遠心分離して単離し、TEで三回洗浄した。オリゴヌクレオチドを次に温度を上げつつ500μlのTEで洗浄して、除去し、1mlのエタノ−ル、2%酢酸カリウムで沈殿させ、TBE緩衝液中20%ポリアクリルアミド、7M尿素ゲルにおける電気泳動法で分析し、オ−トラジオグラフィ−(−70℃、16時間、増幅スクリ−ン)で検出した。結果を第26図に示す。
レ−ン1:セファアデックスに結合していないオリゴヌクレオチドレ−ン2:40℃で洗浄除去したオリゴヌクレオチドレ−ン3:60℃で洗浄除去したオリゴヌクレオチドレ−ン4:80℃で洗浄除去したオリゴヌクレオチド
プラスミド3のみが、このPNAに相補的である。80℃までの温度において洗浄すると、相補的プラスミドのみがPNA−セファロ−ズ上に保持されることが、理解することできる。この実施例によって、PNAを用いたアフィニティ捕捉法によって混合物から一つのオリゴヌクレオチドを抽出出来ることが証明される。
実施例72
pNA−鎖置換によるdsプラスミド中のDNA配列についての定量的検定50mMTris−HCl、1mMEDTA、pH7.4の10μl中で以下に示したそれぞれの制限酵素によって消化した3μgのプラスミドDNAを125I−PNA−T10−Tyr5000cpm(10ng)と以下において全PNA量として表示した量の冷PNAT10Tyrと共に37℃において培養した。DNAを25μlのエタノ−ル、2%酢酸ナトリウムで沈殿させ、TBE緩衝液中6%ポリアクリルアミドにおける電気泳動法によって分析した。このゲルを臭化エチジウムで染色し、その後オ−トラジオグラフィ−に供した(−70℃、16時間、増幅スクリ−ン)。得られた結果を第28図に示す。”A”は、エチジウム染色ゲルであり、”b”は、相当するオ−トラジオグラムである。使用したプラスミドは、以下の通りであった:レ−ン1から3まで:pT10+ HaeIIIレ−ン4から6まで:pT10 + Hinflレ−ン7から9まで:pT10 + PvuII。
それぞれの試料中のPNA−T10−Tyrの全量は、以下の通りであった:レ−ン1、4および7: 10ng;
レ−ン2、5および8: 25ng;
レ−ン3、6および9: 250ng;
臭化エチジウムゲル(a)は、生成したDNAフラグメント(DNA−PNAハイブリッドを含む)の大きさを示す。オ−トラジオグラフ(b)は、ゲル(a)中の何れのバンドがPNAを含有しているかを示す。鎖置換複合体の存在は、レ−ン1において認めることが出来るが、レ−ン2および3において冷PNAの比率を増大させることによってこのバンドの強度に及ぼす影響を認めることが出来る。同様の結果がレ−ン4から6までおよびレ−ン7から9までにおいて他の二つのプラスミドのそれぞれについて認められる。それぞれの場合におけるPNA−DNAバンドの位置は、プラスミドを同定するために用いられ、またその強度は、存在するプラスミドの量を定量化するために用いることが出来る。当業者は、本発明の好ましい実施態様について多くの変更および修正を行い得ることおよびかかる変更および修正は、本発明の精神から逸脱することなく行い得ることを理解するであろう。従って、添付する請求の範囲は、本発明の真の精神および範囲に含まれる全ての等価の変更を包含することが意図される。
天然のデオキシリボヌクレオチド(A)および本発明のペプチド核酸(PNA)(B)を示す。 天然のデオキシリボヌクレオチド(A)および本発明のペプチド核酸(PNA)(B)を示す。 DNA認識のための天然および非天然の核酸塩基およびリポ−タ−基を示す。 DNA認識のための天然および非天然の核酸塩基およびリポ−タ−基を示す。 以下の概略図を示したものである:すなわち、(a)Acr1−(Taeg)10−Lys−NH2(AcrT10Lys−NH2)による光開裂;Acr1−(Taeg)10−Lys−NH2のジアゾ−結合アクリジンによるフォトフットプリントおよび好ましいKMnO4−開裂;および(c)S1−ヌクレア−ゼで増進せしめられた開裂と(d)Acr1−(Taeg)10−Lys−NH2結合部位のミクロコッカスヌクレア−ゼによる開裂。 PNAモノマ−シントンのいくつかの例を示す。 Acr1リガンドおよび一つのPNAであるAcr1−(Taeg)10−Lys−NH2を示す。 モノマ−シントンを調製する一般的な概略図である。 Acr1リガンドを調製する一般的概略図である。 線状の未保護PNAアミドの調製を図示する固相PNA合成の一般的概略図である。 以下の分析HPLCクロマトグラムを示すものである:(A)HF−開列後の粗製H−[Taeg]15−Lys−NH2(凍結乾燥前);(B)HF開裂後の粗製Acr1−[Taeg]15−Lys−NH2(凍結乾燥前);および(C)精製Acr1−[Taeg]15−Lys−NH2・緩衝液A、5%CH3CN/95% H2O/0.0445%TFA;緩衝液B、60%CH3CN/40%H2O/0.0390%TFA;直線勾配、30分でBが0−100%;流量、 1.2ml/分;カラム、Vydac C18 (5μm、0.46 x 25cm)。 以下の分析HPLCクロマトグラムを示す:すなわち、(A)精製H−[Taeg]10−Lys−NH2および(B)H−[Taeg]5−Caeg−[Taeg]4−Lys−NH2−第9図におけると同一条件を使用。 第11a図および第11b図は、AcrT10−LysのdA10・5’−32Pで標識したオリゴヌクレオチドへの結合を示す;(1)(5’−GATCCA10G)をAcrT10−Lysの存在下または不存在下およびオリゴヌクレオチドの存在下または不存在下で培養した。(2)(5’−GATCCA10G)および試料を”自然の条件”下(第11a図)または”変性条件”下(第11b図)でポリアクリルアミドゲル電気泳動法(PAGE)およびオ−トラジオグラフィ−によって分析した。 第11a図および第11b図は、AcrT10−LysのdA10・5’−32Pで標識したオリゴヌクレオチドへの結合を示す;(1)(5’−GATCCA10G)をAcrT10−Lysの存在下または不存在下およびオリゴヌクレオチドの存在下または不存在下で培養した。(2)(5’−GATCCA10G)および試料を”自然の条件”下(第11a図)または”変性条件”下(第11b図)でポリアクリルアミドゲル電気泳動法(PAGE)およびオ−トラジオグラフィ−によって分析した。 第12a−c図は、dsDNA−AcrT10−Lys−NH2錯体についての化学的、光化学的および酵素的プロ−ビングを示す。dsDNA−AcrT10−Lys−NH2とdA10/dT10標識配列を含む32P−end標識化DNAフラグメントとの間の錯体を、アフィニティ−光開裂(第12a図、レ−ン1−3;第12b図、レ−ン1−3)、過マンガン酸塩プロ−ビング(第12b図、レ−ン4−6)またはStaphylococcusヌクレア−ゼによるプロ−ビング(第12b図、レ−ン8−10)もしくはヌクレア−ゼS1によるプロ−ビング(第12c図)によってプロ−ブした。A鎖(第12a図)またはT鎖(第12b図、第12c図)をプロ−ブした。(PAGE)およびオ−トラジオグラフィ−によって分析した。 第12a−c図は、dsDNA−AcrT10−Lys−NH2錯体についての化学的、光化学的および酵素的プロ−ビングを示す。dsDNA−AcrT10−Lys−NH2とdA10/dT10標識配列を含む32P−end標識化DNAフラグメントとの間の錯体を、アフィニティ−光開裂(第12a図、レ−ン1−3;第12b図、レ−ン1−3)、過マンガン酸塩プロ−ビング(第12b図、レ−ン4−6)またはStaphylococcusヌクレア−ゼによるプロ−ビング(第12b図、レ−ン8−10)もしくはヌクレア−ゼS1によるプロ−ビング(第12c図)によってプロ−ブした。A鎖(第12a図)またはT鎖(第12b図、第12c図)をプロ−ブした。(PAGE)およびオ−トラジオグラフィ−によって分析した。 第12a−c図は、dsDNA−AcrT10−Lys−NH2錯体についての化学的、光化学的および酵素的プロ−ビングを示す。dsDNA−AcrT10−Lys−NH2とdA10/dT10標識配列を含む32P−end標識化DNAフラグメントとの間の錯体を、アフィニティ−光開裂(第12a図、レ−ン1−3;第12b図、レ−ン1−3)、過マンガン酸塩プロ−ビング(第12b図、レ−ン4−6)またはStaphylococcusヌクレア−ゼによるプロ−ビング(第12b図、レ−ン8−10)もしくはヌクレア−ゼS1によるプロ−ビング(第12c図)によってプロ−ブした。A鎖(第12a図)またはT鎖(第12b図、第12c図)をプロ−ブした。 保護PNAシントンを合成する手法を示す。 保護アデニンモノマ−シントンを合成する手法を示す。 保護グアニンモノマ−シントンを合成する手法を示す。 PNA主鎖改変のいくつかの例を示す。 通常のアミノ酸に相当する側鎖を有するチミンモノマ−シントンを合成する手法を示す。 第18a図および第18図bはそれぞれ、チミンモノマ−シントンのアミノプロピル類縁体およびプロピオニル類縁体を合成する手法を示す。 第18a図および第18図bはそれぞれ、チミンモノマ−シントンのアミノプロピル類縁体およびプロピオニル類縁体を合成する手法を示す。 チミンモノマ−シントンのアミノエチル−β−アラニン類縁体を合成する手法を示す。 PNAs−T10、−T9Cおよび−T8C2が、高い配列特異性をもって二本鎖DNAに結合することを実証するPAGEラジオオ−トグラフを示す。 A10/T10二本鎖DNA標的に結合した長さの異なるPNA類の熱安定性を示すPAGEオ−トラジオグラフのデンシトメ−タ−走査に基づくグラフである。 A10/T10二重鎖DNA標的に結合させた、長さの異なるPNAの熱安定性を示す、PAGEオートラジオグラフのデンシトメトリ走査に基くグラフである。 DNAに対する制限酵素活性が、PNAを制限酵素認識部位の近位に結合させた場合抑制されることを実証する電気泳動ゲル染色を示す。 125Iで標識したPNA−T10が相補的dA10オリゴヌクレオチドに結合することを実証するPAGEオ−トラジオグラフを示す。 第25a図から第25c図は、固定化したPNAとマッチするまたは塩基一つがミスマッチしたオリゴ−DNA類との間で異なる温度において実現される結合の百分率を示す。 第26図は、転写された鎖へのT10によるRNAポリメラ−ゼ転写抑制を示すオ−トラジオグラフである。 標識化プラスミドdsDNA類の一つに相補的である固定化されたDNAに捕捉されかつ異なる温度において洗浄された標識化プラスミドdsDNA類の混合物のオ−トラジオグラフである。 第28図は、PNAによる鎖置換を用いたプラスミドdsDNAの定量を実証する臭化エチジウムゲルとそのオ−トラジオグラフとを組合せたものである。

Claims (1)

  1. 明細書に記載の発明。
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