SE522077C2 - Förfarande att välja sekvens hos sond för nukleinsyrahybridisering - Google Patents

Förfarande att välja sekvens hos sond för nukleinsyrahybridisering

Info

Publication number
SE522077C2
SE522077C2 SE9703251A SE9703251A SE522077C2 SE 522077 C2 SE522077 C2 SE 522077C2 SE 9703251 A SE9703251 A SE 9703251A SE 9703251 A SE9703251 A SE 9703251A SE 522077 C2 SE522077 C2 SE 522077C2
Authority
SE
Sweden
Prior art keywords
nucleic acid
probes
signal
probe
sid
Prior art date
Application number
SE9703251A
Other languages
English (en)
Other versions
SE9703251D0 (sv
SE9703251L (sv
Inventor
Mikael Kubista
Nicke Svanvik
Gunnar Westman
Original Assignee
Lightup Technologies Ab
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Lightup Technologies Ab filed Critical Lightup Technologies Ab
Priority to SE9703251A priority Critical patent/SE522077C2/sv
Publication of SE9703251D0 publication Critical patent/SE9703251D0/sv
Priority to JP2000510890A priority patent/JP2001515923A/ja
Priority to GB0006174A priority patent/GB2344823B/en
Priority to US09/486,853 priority patent/US6461871B1/en
Priority to PCT/SE1998/001580 priority patent/WO1999013105A1/sv
Priority to AU91005/98A priority patent/AU9100598A/en
Priority to DE19882655T priority patent/DE19882655B4/de
Publication of SE9703251L publication Critical patent/SE9703251L/sv
Publication of SE522077C2 publication Critical patent/SE522077C2/sv

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10T—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER US CLASSIFICATION
    • Y10T436/00—Chemistry: analytical and immunological testing
    • Y10T436/14—Heterocyclic carbon compound [i.e., O, S, N, Se, Te, as only ring hetero atom]
    • Y10T436/142222—Hetero-O [e.g., ascorbic acid, etc.]
    • Y10T436/143333—Saccharide [e.g., DNA, etc.]

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)

Description

25 30 35 , . : n e» .a o o; I 0 u n a" u v _ _°',, . .o I 0 I* v v u v I u I z . ' _ , , L-e' La' i: n u n a. s n:- o o a un ,, o u a f Q n n a II o: 2 ännu större antal olika sonder. För att påvisa en specifik mutation är urvalet mer begränsat, eftersom sondens sekvens måste överiappa den presumtiva mutationen, men det finns ändock flera alternativ.
I PCT/SE97/00953 föreslås att man väljer SID:s sekvens utifrån RG:s kända egenskaper, och för asymmetriska cyaninfärgämnen föreslås SID:s vars terminala baser är företrädesvis blandade pyrimidiner (-'l'l' eller -CT). Denna strategi har flera begränsningar. Dels krävs detaljerade studier av färgämnets egenskaper som dessutom inte trivialt kan extrapoleras till sondernas egenskaper, p.g.a. skillnader i experimentella betingelser etc., dels uppfylls sekvenskraven i regel av ett obekvämt stort antal sekvenser (1/8 av alla sekvenser, t.ex. slutar med antingen -TT eller -CT). Slutligen tas ingen hänsyn till sekvensen intill MS.
Föreliggande uppfinning överkommer dessa problem. Den är ett förfarande att undersöka vilken av ett stort antal potentiella sonder för en viss nukleinsyra, som har den lägsta bakgrundssignalen och vilken av dessa som erhåller starkast signal vid hybridisering. Skillnaden i bestämningar är den signalökning som erhålles med de olika sonderna.
Beskrivning av figurer Figur 1. Princip för homogen testning.
Figur 2. Sond för homogen testning bestående av en sekvens-igenkännande del (SID) och en reportergrupp (RG).
Figur 3. Princip som visar hur den ur känslighetshänseende lämpligaste sonden för viss nukleinsyra kan identifieras.
A: Exempel på sonder som alla känner igen samma nukleinsyra.
B: Dessa sonder syntetiseras på en fast matris.
C: Fluorescensen hos sonder mäts i såväl fritt som hybridiserat tillstånd. De som ger upphov till störst signalökning är de lämpligaste.
Beskrivning av uppfinningen Deoxyribonukleinsyror och flera nukleinsyraanaloger, såsom t.ex. peptid nukleinsyror (PNA), syntetiseras vanligen med fastfas syntes, vilket bl. a. tillåter syntes av stort antal fragment med olika sekvenser och även olika längder på en matris (Khrapko et al., FEBS Lett. 256, 118. 1989; Southern, E., et al., Genomics 13, 1008, 1992; Caviani-Pease, et 10 15 20 25 30 35 a. o a .nu n e n HI: .",, o n f: u n a g z ' . _. , :ef fu' 'an- a a os: ø nl' -- n u o n u» , u n n 1 - . . - n- n 3 al., Proc. Natt. Acad. Sci., 91, 5022, 1994; Weiler et al., Nucl. Acids Res. 25, 2792, 1997). Fragmenten på denna matris kan hybridiseras med märkt nukleinsyra , t.ex. med fluoreseenta eller radioaktiva grupper, och graden av hybridisering kan bestämmas från nukleinsyrans signal. Denna teknologi har många applikationer, och kallas ofta för DNA-chip teknologi.
I föreliggande uppfinning utnyttjas DNA-chip teknologin för att avgöra vilka av ett stort antal sonder, som alla, med tillräcklig specificitet, känner igen viss nukleinsyra, som lämpar sig bäst för nukleinsyrahybridisering, och då företrädesvis i homogen lösning.
Sonder, dvs oligodeoxyribonukleinsyror eller nukleinsyraanaloger utrustade med reportergrupper (RG), som alla är tillräckligt komplementära och tillräckligt specifika för viss nukleinsyra, syntetiseras på en matris (Figur 3). Signalen, företrädesvis fluorescensen, som de ger upphov till, dvs bakgrundssignalen registreras. Därefter tillsätts viss nukleinsyra och fluorescensen, denna gång från hybridiserade sonder, registreras. Skillnaden i signal i dessa mätningar är den signalökning som erhålles med de olika sonderna. De, som uppvisar störst signalskillnad, är de, som ur känslighetshänseende, är lämpligast.
Exempel (tillagt 2003-03-03) Femton 10-baser långa PNA-tiazolorange sonder, komplementära till olika segment för sekvensen GTCAGATGAGGAAGAGGCTATFGT, och en sond, komplementär i parallell orientering till den centrala polypurinregionen, syntetiserades på ett Perseptive-PP-NHZ- membran (åtskilda från membranet med PEG-500-Glu-Lys-kapronsyra länk) med användning av en ABIMED ASP 222 Automated SPOT Robot (Weiler, J. et al., Nilen: Acids Res., 25, 2792, (1997), Figur 1). PNA monomererna anbringades som beskrives av Weiler, J. et al., supra. I sista steget aktiverades tiazolorange-färgen substituerad med en karboxylsyraalkyl-länk och reagerades på samma sätt som Fmoc-PNA monomererna. Efter syntes eliminerades från PNA oligomererna sidokedjeskyddsgrupperna genom behandling med 90% TFA/5% vatten/5% trietylsilan under 1 timme.
Membranet fuktades sedan i en 10 mM boratbuffert vid pH 8,5 innehållande en tillsats av 100 mM NaCl under 2 timmar och belystes med en standard UV-lampa med Åmax = 312 nm, och fotograferades med en CCD kamera. Bakgrundsfluoroscensen för sonderna har uttryckts relativt sond 16 (CCT CTT CCT C-TO).

Claims (4)

1. . - n : a: u 522 077 PATENTKRÅV 1. 5 10
2.
3. 15
4. Förfarande att på en fast matris syntetísera sonder bestående av en sekvensigenkännande del (SID) och en reportergrupp (RG), vilka sonder är tillräckligt komplementära till olika delar av viss nukleinsyra, och i) bestämma deras signal i frånvaro av viss nukleinsyra, och ii) bestämma deras signal i närvaro av viss nukleinsyra genom hybridisering av en viss nukleinsyra på en fast matris med märkta sonder och välja de sonder som har störst signalförändring vid hybridiseringen av nämnda viss nukleinsyra. Förfarande enligt krav 1, vari reportergruppen avger en fluorescens-signal. Förfarande enligt krav 1-2, vari SID är en deoxyribonukleinsyra, ett deoxyribonukleinsyraderivat eller en deoxyribonukleinsyra-analog. Förfarande enligt krav 1-2, vari SID är en peptidnukleinsyra (PNA) eller ett peptidnukleinsyra (PNA)-derivat.
SE9703251A 1997-05-09 1997-09-05 Förfarande att välja sekvens hos sond för nukleinsyrahybridisering SE522077C2 (sv)

Priority Applications (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
SE9703251A SE522077C2 (sv) 1997-09-05 1997-09-05 Förfarande att välja sekvens hos sond för nukleinsyrahybridisering
JP2000510890A JP2001515923A (ja) 1997-09-05 1998-09-04 核酸混成のためのプローブ調整方法
GB0006174A GB2344823B (en) 1997-09-05 1998-09-04 Method for the preparation of a probe for nucleic acid hybridization
US09/486,853 US6461871B1 (en) 1997-05-09 1998-09-04 Method for the preparation of a probe for nucleic acid hybridization
PCT/SE1998/001580 WO1999013105A1 (sv) 1997-09-05 1998-09-04 Method for selecting sequence at a probe for nucleic acid hybridization
AU91005/98A AU9100598A (en) 1997-09-05 1998-09-04 Method for the preparation of a probe for nucleic acid hybridization
DE19882655T DE19882655B4 (de) 1997-09-05 1998-09-04 Verfahren zur Herstellung einer Sonde für die Nukleinsäurehybridisierung

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
SE9703251A SE522077C2 (sv) 1997-09-05 1997-09-05 Förfarande att välja sekvens hos sond för nukleinsyrahybridisering

Publications (3)

Publication Number Publication Date
SE9703251D0 SE9703251D0 (sv) 1997-09-05
SE9703251L SE9703251L (sv) 1999-03-06
SE522077C2 true SE522077C2 (sv) 2004-01-13

Family

ID=20408192

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
SE9703251A SE522077C2 (sv) 1997-05-09 1997-09-05 Förfarande att välja sekvens hos sond för nukleinsyrahybridisering

Country Status (7)

Country Link
US (1) US6461871B1 (sv)
JP (1) JP2001515923A (sv)
AU (1) AU9100598A (sv)
DE (1) DE19882655B4 (sv)
GB (1) GB2344823B (sv)
SE (1) SE522077C2 (sv)
WO (1) WO1999013105A1 (sv)

Families Citing this family (16)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6881570B1 (en) * 1998-12-15 2005-04-19 Fuji Photo Film Co., Ltd. Test piece and quantitative method and apparatus for an organism-oriented substance
SE9902565D0 (sv) * 1999-07-05 1999-07-05 Jonas Karlsson Probe for analysis of nucleic acids
FR2805348B1 (fr) 2000-02-23 2002-07-12 Commissariat Energie Atomique Analyse de cibles biologiques utilisant une biopuce comportant un marqueur fluorescent
US6635427B2 (en) 2000-08-11 2003-10-21 University Of Utah Research Foundation Single-labeled oligonucleotide probes for homogeneous nucleic acid sequence analysis
GB0105789D0 (en) * 2001-03-08 2001-04-25 Expresson Biosystems Ltd Detecting interactions between oligonucleotides and RNA using fluorescence resonance energy transfer (FRET)
US7047141B2 (en) * 2001-03-22 2006-05-16 Ge Healthcare Bio-Sciences Ab Ratio-based oligonucleotide probe selection
US6949340B2 (en) * 2001-03-28 2005-09-27 Creative Mines Llc Optical phase modulator
EP1436426A4 (en) * 2001-10-24 2005-11-02 Singulex Inc METHOD FOR DETECTION OF GENETIC HAPLOTYPES BY MEANS OF INTERACTION WITH PROBES
JP4216018B2 (ja) * 2002-08-26 2009-01-28 賢二 安田 核酸回収チップと核酸回収装置
US20040166514A1 (en) * 2002-11-19 2004-08-26 Singulex, Inc. Detection of target molecules through interaction with probes
US20090088982A1 (en) * 2003-07-31 2009-04-02 Fukushima Noelle H Co-detection of single polypeptide and polynucleotide molecules
WO2005061732A1 (en) * 2003-11-20 2005-07-07 Singulex, Inc. Charge and mass tags for detection and analysis
US20070026423A1 (en) * 2005-03-16 2007-02-01 Thomas Koehler Method and test kit for the detection of target nucleic acids
US20070065834A1 (en) * 2005-09-19 2007-03-22 Hillis William D Method and sequences for determinate nucleic acid hybridization
WO2010129258A2 (en) 2009-04-27 2010-11-11 Mallinckrodt Inc. Tissue sealant compositions, vascular closure devices, and uses thereof
EP2256215A1 (en) 2009-04-30 2010-12-01 Steffen Mergemeier Assay system using a nuclease activity of a nucleic acid polymerase

Family Cites Families (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPS60197698A (ja) * 1983-12-20 1985-10-07 カリフオルニア・インステイテユ−ト・オブ・テクノロジ− アミノ誘導化されたオリゴヌクレオチドの合成
JP3293820B2 (ja) * 1985-12-13 2002-06-17 エンゾ− バイオケム インコ−ポレイテツド 標的ポリヌクレオチドにハイブリツド形成するための新規な一工程方法とポリヌクレオチド化合物
US5541307A (en) * 1990-07-27 1996-07-30 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogs and solid phase synthesis thereof
US5290925A (en) * 1990-12-20 1994-03-01 Abbott Laboratories Methods, kits, and reactive supports for 3' labeling of oligonucleotides
DE69132765T2 (de) * 1990-12-24 2002-02-21 Enzo Diagnostics Inc Verfahren zum Nachweis eines Zielpolynukleotids in einer Probe unter Verwendung eines Reagenz, das den Hintergrund verringert, und eine dieses Reagenz enthaltende Zusammensetzung und Kit.
DK51092D0 (da) * 1991-05-24 1992-04-15 Ole Buchardt Oligonucleotid-analoge betegnet pna, monomere synthoner og fremgangsmaade til fremstilling deraf samt anvendelser deraf
US5646267A (en) * 1991-08-05 1997-07-08 Polish Academy Of Sciences Method of making oligonucleotides and oligonucleotide analogs using phospholanes and enantiomerically resolved phospholane analogues
US5554501A (en) 1992-10-29 1996-09-10 Beckman Instruments, Inc. Biopolymer synthesis using surface activated biaxially oriented polypropylene
US6156501A (en) 1993-10-26 2000-12-05 Affymetrix, Inc. Arrays of modified nucleic acid probes and methods of use
US5597696A (en) 1994-07-18 1997-01-28 Becton Dickinson And Company Covalent cyanine dye oligonucleotide conjugates
JP3189000B2 (ja) * 1994-12-01 2001-07-16 東ソー株式会社 特定核酸配列の検出方法
AU6514096A (en) * 1995-07-27 1997-02-26 Carsten Behrens A new achiral linker reagent for the incorporation of multiple amino groups into oligonucleotides

Also Published As

Publication number Publication date
WO1999013105A1 (sv) 1999-03-18
GB2344823A (en) 2000-06-21
US6461871B1 (en) 2002-10-08
SE9703251D0 (sv) 1997-09-05
JP2001515923A (ja) 2001-09-25
GB0006174D0 (en) 2000-05-03
AU9100598A (en) 1999-03-29
SE9703251L (sv) 1999-03-06
DE19882655B4 (de) 2006-05-24
GB2344823B (en) 2002-09-04
DE19882655T1 (de) 2000-08-24

Similar Documents

Publication Publication Date Title
SE522077C2 (sv) Förfarande att välja sekvens hos sond för nukleinsyrahybridisering
EP0233053B1 (en) Method of detecting electrophoretically separated oligonucleotides
US6046004A (en) Solution hybridization of nucleic acids with antisense probes having modified backbones
Makino et al. F-SSCP: fluorescence-based polymerase chain reaction-single-strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) analysis.
US5317098A (en) Non-radioisotope tagging of fragments
AU730865B2 (en) Assaying nucleotides in solution using a fluorescent intensity quenching effect
AU778892B2 (en) Fluorescent intensity assay for duplex and triplex nucleic acid hybridization in solution utilizing fluorescent intercalators
KR100280219B1 (ko) 삼핵산 반복 서열을 이용한 신경정신 질환의 진단 방법 및 진단 시약
ATE285479T1 (de) Template abhängige ligierung mit pna-dna chimerischen sonden
CA2104767C (en) A chemiluminescent method for the quantitation of human dna
JP2004528810A5 (sv)
US5702893A (en) Hydrophobic nucleic acid probe
US20020048752A1 (en) Methods for detecting lower-frequency molecules
EP0810291A4 (en) PROBE FOR USE IN NUCLEIC ACID ANALYSIS AND METHOD OF DETECTION
JP2008530982A (ja) 核酸を検出するためのプローブ
Efimov et al. Phosphonate analogues of peptide nucleic acids and related compounds: synthesis and hybridization properties
SE523727C2 (sv) Selektering av sonder för detektion av nukleinsyra medelst hybridisering
Moscetti et al. Fluorescence‐based classification of microsatellites using a single‐wavelength semiautomatic sequencer: Genotype assignment and identity tests by analysis of comigrating peak profiles
ATE483019T1 (de) Aus einem neuroblastom in stufe 4s isoliertenukleinsäuren
JP3001919B2 (ja) 蛍光標識ｄｎａの調製方法及びキット
KR100920134B1 (ko) Ｙ 염색체 미세결실 검출용 마이크로어레이 및 이를이용한 검출방법
JPH06125798A (ja) 塩基配列決定方法
JP2632339B2 (ja) ジャガイモやせいも病ウイロイドグループの検出方法
KR101258614B1 (ko) 개 파보바이러스 유전자형 감별진단용 ｐｎａ 마이크로어레이 칩 및 이를 이용한 감별진단법
Durrant et al. Fluorescent Dyes and Dye Labelled Probes for Detection of Nucleic Acid Sequences in Biological Material

Legal Events

Date Code Title Description
NUG Patent has lapsed