CN113677346A - 周期蛋白依赖性激酶7(cdk7)的抑制剂 - Google Patents

Abstract

本发明提供了各种组合物，其包括式(I)或(Ia)的化合物或其种类，及其药学上可接受的盐、溶剂化物(例如，水合物)、立体异构体、互变异构体、同位素和其他指定形式。还提供了涉及所述化合物或包含它们的药学上可接受的组合物用于在受试者中治疗或预防疾病(例如，增殖性疾病，例如癌症)的方法(或用途)和试剂盒。预期施用本文所述的化合物或药物组合物抑制周期蛋白依赖性激酶7(CDK7)，从而在受试者的肿瘤细胞中诱导凋亡。

Description

周期蛋白依赖性激酶7(CDK7)的抑制剂

相关申请的交叉引用

本申请要求2018年11月1日提交的美国临时申请62/754,398；2019年7月22日提交的美国临时申请62/877,189；2019年10月16日提交的美国临时申请62/915,983和2019年10月29日提交的美国临时申请62/927,469的申请日的权益。这些在先申请中的每一个的内容通过引用整体合并于此。

背景技术

据信周期蛋白依赖性激酶(CDK)家族的成员在调节细胞增殖中起重要作用。本文所述抑制剂的主要靶标CDK7以异源三聚体复合物的形式存在于胞质液中，并在细胞核中形成RNA聚合酶(RNAP)II通用转录因子复合物的激酶核心。在该复合物中，CDK7使RNAP II的C末端结构域(CTD)磷酸化，这是启动基因转录的必要步骤。

发明内容

本发明提供了选择性CDK7抑制剂，其是具有本文公开的式(例如，式(I)或其亚类(例如，式(Ia))或其种类)的化合物，并且在各种实施方案中，是药学上可接受的盐、溶剂化物(例如，水合物)、立体异构体或立体异构体的混合物(例如，外消旋混合物)，互变异构体及其同位素形式(例如，氘代形式)，其中化合物的各种组成部分(例如，式(I)的要素R¹、R²、R³和R⁴及其子变量)如本文所述。就CDK7相对于CDK2、CDK9和CDK12中的每一个的选择性而言，本发明的化合物表现出令人惊讶和出乎意料的优于其他比较化合物的优势；对CDK7/周期蛋白H复合物的亲和力；和细胞系模型(包括三阴性乳腺癌的细胞系模型)中的抗增殖活性。另外，本发明的化合物在大鼠模型中显示出良好的生物利用度。因此，在第一实施方案中，本发明提供了式(I)或(Ia)的化合物或其种类(species)；在第二实施方案中，本发明提供了其盐；在第三实施方案中，本发明提供了其溶剂化物；在第四实施方案中，本发明提供了立体异构体混合物(例如，外消旋混合物)的其立体异构体；在第五实施方案中，本发明提供其互变异构体；在第六实施方案中，本发明提供了其同位素形式。我们可以将化合物的这些形式(即盐形式、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式)称为化合物的“指定形式”。同样在“指定形式”的含义内的是化合物形式，其表现出盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式的属性、特征或特性的组合。例如，本发明的方法和用途可以用以下进行：式I、I(a)的化合物或其种类的已溶剂化(例如，水合)的盐或立体异构体、互变异构体或同位素形式的盐；含有式I、I(a)化合物或其种类的盐、立体异构体、互变异构体或同位素形式的溶剂化物(例如，水合物)；式I化合物或其种类的立体异构体，该种类为盐或溶剂化物(例如，水合物)形式或式I化合物或其种类的互变异构体或同位素形式；式I、I(a)化合物或其种类的互变异构体，该种类为盐或溶剂化物(例如，水合物)形式或式I、I(a)化合物或其种类的立体异构体或同位素形式；或式I、I(a)化合物或其种类的同位素形式，该种类为式I、I(a)化合物或其种类的盐、溶剂化物(例如，水合物)、立体异构体或互变异构体。这些指定形式中的任何一种都可以是药学上可接受的和/或包含在药学上可接受的组合物中(例如，配制用于口服施用)。例如，化合物的盐可以被溶剂化；立体异构体可以被溶剂化；互变异构体可以是盐形式和/或包括同位素；因此，本发明以指定形式涵盖化合物本身的盐以及化合物的立体异构体、互变异构体和同位素形式的盐。类似地，并且在有疑问的情况下，给定的化合物或其指定形式可以被溶剂化或制成同位素形式。例如，本发明以指定形式涵盖化合物本身的溶剂化物以及其盐、立体异构体、互变异构体或同位素形式的溶剂化物；本发明涵盖化合物本身的同位素形式以及其盐、溶剂化物、立体异构体或互变异构体的同位素形式。这些组合物(例如，化合物、立体异构体、互变异构体或同位素形式的盐；化合物、其立体异构体、互变异构体或同位素形式的溶剂化物；盐、溶剂化物、立体异构体或化合物的异构形式的同位素形式；等)构成如本文所述有用的本发明的组合物。因此，本发明的药物组合物，包括如下文进一步描述的任何制剂(例如，用于口服施用)，可以包括本文所述的化合物或其任何一种或多种指定形式。在一个实施方案中，本发明特征在于结构式(I)的化合物：

或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或其同位素形式，其中R¹为甲基或乙基；R²为甲基或乙基；R³为5-甲基哌啶-3-基、5,5-二甲基哌啶-3-基、6-甲基哌啶-3-基，或6,6-二甲基哌啶-3-基，其中R³中的一个或多个氢原子任选地被氘替代；且R⁴为-CF₃或氯。更具体地，在式(I)的化合物中或在其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体、同位素形式或其他指定形式中(i)R¹为甲基且R²为甲基或(ii)R¹为甲基且R²为乙基。在其他实施方案中，R¹为乙基且R²为乙基。在这些实施方案中的任何一个的某些方面，R⁴为-CF₃。在这些实施方案中的任何一个的其他方面，R⁴为氯。在任何前述实施方案的各个方面中，R³为5-甲基哌啶-3-基、R³为5,5-二甲基哌啶-3-基、R³为6-甲基-哌啶-3-基，或R³为6,6-二甲基哌啶-3-基，其中R³中的一个或多个氢原子任选地被氘替代。式(I)的化合物可以具有结构式(Ia)：

且本发明涵盖式(Ia)化合物的药学上可接受的盐、溶剂化物(例如，水合物)、互变异构体、同位素形式或其他指定形式，其中R³为

更具体地，在式(Ia)的化合物中或在其药学上可接受的盐、溶剂化物、互变异构体、同位素形式或其他指定形式中(i)R¹为甲基且R²为甲基或(ii)R¹为甲基且R²为乙基。在其他实施方案中，R¹为乙基且R²为乙基。在一些实施方案中，在式(Ia)的化合物或其指定形式中，R⁴为-CF₃。在其他实施方案中，在式(Ia)的化合物或其指定形式中，R⁴为氯。在一些实施方案中，式(I)或(Ia)的化合物为：

且本发明涵盖前述三种化合物中任一种的药学上可接受的盐、溶剂化物(例如，水合物)、互变异构体、同位素形式或其他指定形式。在一个实施方案中，该化合物为

或其药学上可接受的盐。本发明还涵盖上述化合物的溶剂化物(例如，水合物)、互变异构体、同位素形式或其他指定形式。在同位素形式中，R³中的一个或多个氢原子被氘替代。在其他实施方案中，化合物的氢原子都没有(例如，R³中的氢原子都没有)被氘替代。在其他实施方案中，本发明的特征在于式(I)、(Ia)或其种类的溶剂化物(例如，水合物)，其具有本文所述的元素R¹、R²、R³和R⁴。在其他实施方案中，本发明的特征在于式(I)、(Ia)的化合物或其种类的盐的溶剂化物(例如，水合物)；式(I)、(Ia)的化合物或其种类的互变异构体的溶剂化物(例如，水合物)；以及式(I)、(Ia)的化合物或其种类的异构形式的溶剂化物(例如，水合物)。在这些实施方案中的任何一个中，溶剂化物可以是药学上可接受的并被并入药物组合物中，所述药物组合物包括任何如下所述配制(例如，用于口服施用)的那些。

在另一方面，本发明的特征在于药物组合物，我们也可以称为药物制剂，其包括如上所述的化合物(即式(I)、(Ia)的化合物，其种类或指定形式(例如，药学上可接受的盐))和药学上可接受的载体。本发明的药物组合物可以配制成用于口服施用和/或配制成单位剂型(包括，例如，式(I)、(Ia)的化合物，其种类或其盐)。

在另一方面，本发明的特征在于本文所述的药物组合物在有此需要的受试者中治疗或预防疾病的方法或“用途”，其中所述疾病是增殖性疾病、炎性疾病、自体炎性疾病、自身免疫性疾病或传染性疾病(均涵盖本文中描述的具体疾病；参见，例如，本文中提供的定义)。治疗方法可包括施用药物组合物的步骤，并且本发明组合物的“用途”可用于药物的制备中。在一个实施方案中，所述疾病是增殖性疾病(例如，癌症，良性赘生物或病理性血管生成)。例如，所述癌症可以是血癌(例如，白血病(例如，AML)或淋巴瘤)。在其他实施方案中，所述癌症的特征在于实体瘤的存在(例如，在乳腺(例如，TNBC、HR+或本文所述的其他类型的乳腺癌中)、胃肠道(例如，CRC)、肺(例如，NSCLC或本文所述的其他类型的肺癌)、胰腺或***中)。在其他实施方案中，所述癌症是输卵管癌；卵巢癌(例如，高级浆液性卵巢癌、上皮性卵巢癌或透明细胞卵巢癌)；中枢神经***癌症(例如，神经胶质瘤)；黑色素瘤或尤文氏肉瘤。在其他实施方案中，所述癌症是胰腺癌；原发性腹膜癌；***癌；视网膜母细胞瘤；或头部或颈部的鳞状细胞癌。在一个实施方案中，将本文所述的各种方法和用途(例如，治疗或预防增殖性疾病，包括但不限于刚刚描述的那些、炎性疾病、自身炎性疾病、自身免疫性疾病或传染性疾病)应用于已被确定患有以下一种或多种疾病的患者(例如，在从受试者获得的疾病细胞的生物学样品中确定)：高级癌症(例如，高级浆液性卵巢癌(HGSOC)或乳腺癌)；细胞表型，其中类固醇受体存在和/或过表达或异常；三阴性乳腺癌；和/或对先前施用的化学治疗剂具有抗药性(例如，Bcl-2抑制剂，例如维奈托克、BET抑制剂，CDK4/6抑制剂，例如帕博西尼或瑞博西尼、CDK9抑制剂，例如alvocidib、FLT3抑制剂，MEK抑制剂，例如曲美替尼、考比替尼或binemetinib(与式(I)、(Ia)的化合物，其种类或其指定形式组合用于治疗黑色素瘤)、PARP抑制剂，例如，奥拉帕尼或尼拉帕尼、PI3K抑制剂，例如阿培利斯，apitolisib(GDC-0980)、艾代拉里斯、copanlisib、duvelisib、pictilisib或卡培他滨)(与式(I)、(Ia)的化合物，其种类或其指定形式组合用于治疗,例如，HR+乳腺癌、TNBC、淋巴瘤(例如，滤泡性淋巴瘤或非霍奇金淋巴瘤)，或白血病(例如，CLL))、PI3K/AKT/mTOR途径的抑制剂(例如，gedatolisib)、铂基治疗剂，例如顺铂、奥沙利铂、奈达铂、卡铂、菲铂(phenanthriplatin)、吡铂、赛特铂(satraplatin，JM216)，或四硝酸三铂(triplatintetranitrate)(与式(I)、(Ia)的化合物，其种类或其指定形式组合用于治疗，例如，肺癌(例如SCLC)或胃肠道癌(例如CRC))、SERM，例如它莫西芬、雷洛昔芬或托瑞米芬、类固醇受体降解剂(例如，SERD，例如氟维司群(fulvestrant))，或抑制***产生的试剂(例如，芳香酶抑制剂，例如阿那曲唑(可作为

提供)、依西美坦(可作为

提供)和来曲唑(可作为

提供)。包括一种或多种这些药剂(例如，总共两种或三种施用药剂)的组合疗法也在本发明的范围内，并在本文中进一步讨论。例如，在一个实施方案中，所述方法涵盖与SERD(例如氟维司群)或芳香酶抑制剂(例如来曲唑)组合使用或施用式(I)、(Ia)化合物的化合物，其种类或其指定形式来治疗对CDK4/6抑制剂(例如帕博西尼或瑞博西尼)有抗药性的癌症(例如，乳腺癌(例如，HR+/ER+乳腺癌))。在一个实施方案中，所述方法涵盖与MEK抑制剂，例如曲美替尼组合(可与达拉菲尼，维罗非尼或encorafenib进一步组合使用)使用或施用式(I)、(Ia)的化合物，其物种或其指定形式。

在另一方面，本发明的特征在于试剂盒，其包含本文所述的药物组合物或制剂和使用说明，以及任选地选自抗增殖剂、抗癌剂、免疫抑制剂和止痛剂(包括以下具体公开的任何一种或多种)的“第二”药剂。所述试剂盒可包含具有本文所述化合物或其指定形式(例如，其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式)或包含所述化合物、其盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式的组合物(例如，如本文所述的药学上可接受的组合物或制剂)的容器。在试剂盒的任何实施方案中，都可以包括使用说明，并且所述使用可以是治疗本文所述的疾病(例如，血癌、以存在实体瘤为特征的癌症(在例如，乳腺、胃肠道(例如，CRC)、肺(例如，NSCLC)、胰腺或***中)，或尤文氏肉瘤。

本发明的药学上可接受的组合物包括本发明的组合物(例如，本文所述的化合物或其指定形式(例如，其药学上可接受的盐、溶剂化物(例如，水合物)、立体异构体、互变异构体或同位素形式(或另一种指定形式，例如式(I)的化合物的盐的溶剂化物))与药学上可接受的载体。在某些实施方案中，药物组合物包含治疗或预防有效量的式(I)的化合物或其亚类(例如，式(Ia))或其种类，或其指定形式(例如，药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体、同位素形式或其其他指定形式)。所述药物组合物可用于治疗和/或预防如下文进一步所述的增生性或感染性疾病。本发明还提供制备和使用本文所述的化合物和其他组合物(例如，任何指定形式或含有本发明化合物或其指定形式的药物组合物)作为预防和/或治疗与CDK7的过表达和/或异常活性有关的疾病的疗法的方法。适宜的疾病包括增殖性疾病(例如，癌症(例如，乳腺癌、白血病或其他血癌、黑色素瘤、多发性骨髓瘤(MM)、卵巢癌、胃肠道癌(例如，CRC)或肺癌(例如，NSCLC)、胰腺癌、***癌或尤文氏肉瘤、良性赘生物和病理性血管生成)、炎性疾病、自身炎性疾病、自身免疫性疾病和传染性疾病，其如本文所述(参见例如，定义)。

附图说明

图1是描述了所示化合物(本发明的三种化合物和四种比较物)对CDK2、CDK7、CDK9和CDK12的抑制常数和解离常数以及选择性的表。

图2是描绘了在耐帕博西尼的HR+BC PDX模型ST1799(如以下实施例中进一步描述)中肿瘤体积(mm³)随时间(天)变化的线图。

图3是描绘了在耐帕博西尼和耐氟维司群的HR+BC PDX模型ST941(如下文实施例中进一步描述)中肿瘤体积(mm³)随时间(天)变化的线图。

图4为显示了三个线图的组图，所述三个线图描绘了TNBC(BR5010；顶部)、小细胞肺癌(LU5178；中)和卵巢癌(OV15398；底部)的PDX模型中肿瘤体积(mm³)随时间(天)的变化。如实施例10中所述用化合物101治疗动物。用实心圆(每幅图中的上部迹线)表示从媒介物治疗的(对照)动物获得的数据。模拟TNBC且给予10mg/kg化合物101QD的动物数据在顶部的图中用实心方块表示；5mg/kg BID的剂量用三角形表示。在中间和底部的图中三角形还代表从用化合物101治疗的SCLC和卵巢癌的动物模型中获得的数据。

图5是一组线图，其显示了在所示的PDX模型中的肿瘤生长和相应的等效线图，每个等效线图均如实施例11所述产生。将化合物101与所示的第二药剂组合以所示浓度施加于细胞。

图6是根据在实施例12中描述的用化合物101治疗的PDX模型中收集的数据生成的一组图。带有正方形的黑线表示经媒介物治疗的动物。灰线代表用化合物101治疗的动物。误差棒为SEM。BID＝每天两次；CNV＝拷贝数变化；MPK＝毫克每千克体重；PO＝口服；QD＝每天一次；RB＝视网膜母细胞瘤；SCLC＝小细胞肺癌；TNBC＝三阴性乳腺癌。图中的虚线代表治疗的最后一天。

图7是总结如实施例12中描述的所研究的12种PDX模型的TGI值和遗传状态的表。表中的模型基于研究结束时的最高至最低响应来分类。BID、CNV、RB、SCLC和TNBC的定义如图6和本文其他地方所示。在有疑问的情况下，CCNE1＝周期蛋白E1；CDKN2A＝周期蛋白依赖性激酶抑制剂2A、EoS＝研究结束、EoT＝治疗结束、HGSOC＝高级浆液性卵巢癌、OVA＝卵巢癌、TGI＝肿瘤生长抑制。对于LU5210模型，组织不可获得以用于确认RB途径遗传学。

发明详述

除非上下文另外明确指出，否则以下定义适用于本文所述的组合物、方法和用途，并且应当理解，如果需要或期望，可以将权利要求书修改为在定义内包括的语言。此外，该定义适用于已定义术语的语言和语法变体(例如，术语的单数和复数形式)，下面特别提及一些语言变体(例如，“施用(administration)”和“施用(administrating)”以及“具有生物活性的”和“生物活性”)。根据Periodic Table of the Elements(元素周期表，CAS版本)、Handbook of Chemistry and Physics(化学和物理手册，第75版)对化学元素进行标识。另外，有机化学的一般原理已经很好地建立，并且如果需要的话，本领域的普通技术人员可以查阅Thomas Sorrell的Organic Chemistry，University Science Books，Sausalito，1999；和Smith和March，March’s Advanced Organic Chemistry，第5版，John Wiley&Sons，Inc.，New York，2001；Larock，Comprehensive Organic Transformations，VCHPublishers，Inc.，New York，1989；和Carruthers，Some Modern Methods of OrganicSynthesis，第三版，Cambridge University Press，Cambridge，1987。

术语“约”在指代某个值时，表示为加上或减去所述值的10％的任何值或范围(例如，在加上或减去1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％或10％的所述值的范围内)。例如，约10mg的剂量表示比10mg低至10％(9mg)的任何剂量，比10mg高至10％(11mg)的任何剂量，以及其间的任何剂量或剂量范围(例如，9-11mg；9.1-10.9mg；9.2-10.8mg；依此类推)。如果不能超过所述值(例如，100％)，则“约”表示小于或等于所述值10％(包括10％)的任何值或值范围(例如，纯度为约100％表示90％-100％的纯度(例如，95％-100％的纯度，96％-100％的纯度，97％-100％的纯度等等))。如果测量某个值的仪器或技术的误差范围大于10％，则当给定值都在该仪器或技术的误差范围内时，给定值将与所述值大致相同。

术语“施用(administration)”及其变体，例如“施用(administrating)”，是指本文所述化合物的施用(例如，式(I)、(Ia)的化合物，其种类或其指定形式(例如，其药学上可接受的盐)，或一种或多种另外的/第二药剂)，或含有该化合物的组合物，用于受试者(例如，人类患者)或***(例如，离体维持的基于细胞或组织的***)；施用后，化合物或含有该化合物的组合物被引入受试者或***。除了可用于组合疗法的本发明的组合物和第二药剂之外，还可以“施用”用作阳性对照、阴性对照和安慰剂的物品，它们中的任何一个也可以是化合物。本领域普通技术人员将知道在适当情况下可用于对受试者或***施用的多种途径。例如，施用途径可以是口服的(即，通过吞咽药物组合物)或可以是肠胃外的。更具体地，施用途径可以是支气管的(例如，通过支气管滴注的)、口腔的(即，口服的)、皮肤的(其可以是或包含局部施加到真皮或皮内、皮内或透皮的施用)，胃内或肠内(即，分别直接进入胃或肠)，髓内、肌肉内、鼻内、腹膜内、鞘内、肿瘤内、静脉内(或动脉内)、心室内，通过施加或注射到特定器官(例如，肝内)、粘膜(例如，颊、直肠、舌下或***)、皮下、气管(例如，通过气管内滴注)或眼部(例如，局部，结膜下或玻璃体内)。施用可以包括间歇性给药(即，不同时间间隔的给药)和/或周期性施用(即，以相同的时间段间隔(例如，每隔几个小时、每天(例如，每天一次口服剂量)、每周一次、每周量次等)。在其他实施方案中，施用可涉及在选定的时间段内(例如，大约1-2小时)连续给药(例如，灌注)。

术语“血管生成”是指新血管的形成和生长。正常的血管生成发生在健康受试者的发育过程中以及伤口愈合的背景下。然而，患有许多不同疾病状态的患者，包括癌症、糖尿病(特别是与之相关的发展至失明)、与年龄有关的黄斑变性、类风湿性关节炎和银屑病，经历了过度和有害的血管生成。当以下情况时，血管生成是有害的：例如，其产生支持患病细胞(例如，肿瘤细胞)、破坏正常组织(例如，眼内组织)或促进肿瘤转移的血管。我们可以将伴随和/或促进疾病状态的血管生成称为“病理性血管生成”。

如果第一个的一个或多个特征(例如，其存在、水平和/或形式)与第二个的特征相关联，则这两个事件、这两个实体或这个事件和这个实体彼此“关联”。例如，如果第一个实体(例如，一种酶(例如，CDK7))、基因表达谱、遗传特征(即，细胞中具有独特基因表达模式的一单个组基因或一组合组基因)、代谢物或事件(例如，髓样浸润)的存在、水平和/或形式与疾病(例如，本文公开的癌症)的发生率、严重性和/或易感性相关，则其与事件(例如，特定疾病的发作或进展)相关联。协会通常在相关人群中进行评估。如果两个或多个实体直接或间接相互作用，则在物理上彼此“关联”，以使它们在给定情况下(例如，在生理条件下维持的细胞内(例如，在细胞培养基中)或药物组合物内)是和/或保持彼此物理接近。彼此物理关联的实体可以通过例如氢键、范德华力、疏水相互作用、磁性或其组合而彼此共价连接或非共价关联。式(I)、(Ia)的化合物，其种类或其指定形式(例如，药学上可接受的盐)可以与CDK7非共价关联。

术语“自身免疫性疾病”是指由于对体内正常存在的物质和组织的不适当的免疫响应而引起的疾病。简而言之，受试者的免疫***会将身体的某些部分误认为是病原体，并攻击其自身的细胞。该攻击可能仅限于某些器官(例如自身免疫性甲状腺炎)，也可能涉及不同地方的特定组织(例如，Goodpasture病会影响肺和肾脏的基底膜)。自身免疫性疾病包括但不限于ANCA相关性血管炎(例如，韦格纳氏肉芽肿病、显微多血管炎)、强直性脊柱炎、抗磷脂抗体综合征、自身免疫性甲状腺炎、心肌病、克罗恩病、皮肌炎或多发性肌炎、肾小球肾炎、Goodpasture病、Guillain-Barré病、桥本氏甲状腺炎(Hashimoto's thyroiditis)、莱姆关节炎、***炎、坏死性血管炎、结节性动脉周围炎(peri-arteritis nodosa)、银屑病、寻常性天疱疮、银屑病关节炎、赖特氏综合征(Reiter's syndrome)、类风湿性关节炎、硬皮病、舍格伦综合征、***性红斑狼疮、全身性硬皮病、溃疡性结肠炎和葡萄膜炎。患有某些自身免疫性疾病的患者也会经历严重的炎症(例如，类风湿性关节炎和SLE)，因此，某些疾病可以适当地称为自身免疫性疾病或炎性疾病。

“自身炎性疾病”，也可以称为“周期性发热综合征”，是指特征在于复发性(间歇性)发烧和血液测试中发现全身性炎症的疾病(参见，例如，Ciccarelli等人，Curr.Med.Chem.21(3):261-269,2013)。炎症发作可能很严重，并伴有皮疹或关节肿胀，并且患者有淀粉样变性病的风险，淀粉样变性病是重要器官(vital organs)中血液蛋白的潜在致命堆积物(potentially fatal buildup)。这些疾病与自身免疫疾病不同，不涉及自身反应性T淋巴细胞或自身抗体。它们包括但不限于贝塞特氏病(Behcet’s disease)、Blau’s综合征、慢性复发性多灶性骨髓炎(CRMO)和滑膜炎痤疮脓疱病骨肥厚骨炎(SAPHO，synovitis acne pustulosis hyperostosis osteitis)综合征、与cryopyrin相关的周期性综合征(CAPS，cryopyrin-associated periodic syndromes)、白介素1受体拮抗剂缺乏症(DIRA)、家族性地中海热(FMF，familial Mediterranean fever)、与NLRP12相关的自体炎症、新生儿发作多***炎性疾病(NOMID)、Majeed综合征、与甲羟戊酸激酶缺乏症相关的周期性发热(高免疫球蛋白D综合征)、周期性发热、口疮性口炎、咽炎和腺病综合征(PFAPA，pharyngitis and adenopathy syndrome)、化脓性关节炎-脓性皮肤坏疽性痤疮(PAPA，pyogenic arthritis-pyoderma gangrenosum-acne)综合征、Schnitzier综合征、甜食综合征(Sweet’s Sydrome)、全身性幼年特发性关节炎(sJIA)或Still’s病和成人期发病型Still病(AOSD)和肿瘤坏死因子(TNF)受体相关周期性综合征(TRAPS)。

术语“结合(binding)”及其变体(例如“结合(bound)”和“结合(bind)”)，特别是当涉及两个或多个实体时，是指这些实体的共价或非共价关联(例如，化合物和药物组合物中的试剂或化合物及其细胞内的靶标(例如，CDK7))。当两个实体彼此物理接触(例如，通过共价或非共价化学键)时，即发生“直接”结合；而当至少一个实体物理接触使该实体与另一个实体(例如，在复合物内)物理接近的中间实体时，则发生间接结合。可以在多种情况下评估结合(例如，在将实体完全或部分分离的测定中，或在更复杂的自然存在或模型***中(例如，在体内或离体的组织、器官或细胞中)进行评估)。结合测定可评估生物活性(例如，本文所述化合物抑制靶标(例如，CDK7)的生物活性的能力)。

术语“生物样品”是指从感兴趣的生物来源(例如，组织或生物体(例如，动物或人类患者)或细胞培养基)获得或衍生的样品。例如，生物学样品可以是从患有疾病(通过本发明的方法来诊断和/或治疗)的个体(例如，患者或动物模型)(或在动物模型的情况下，在人类患者中模拟该疾病)获得的样品，或从参考或对照(或其样品有助于参考标准或对照人群)的个体获得的样品。生物样品可以包含生物细胞、组织或流体或其任何组合。例如，生物样品可以是或可以包括腹水；血液；血细胞；体液，其中任何一种都可以包括或排除细胞(例如，肿瘤细胞(例如，至少在血液或淋巴血管中发现的循环肿瘤细胞(CTC)))；骨髓或其成分(例如，造血细胞，骨髓脂肪组织或基质细胞)；脑脊液(CSF)；粪便；弯曲液(flexuralfluid)；自由浮动的核酸(例如，循环肿瘤DNA)；妇科液体；毛发；免疫浸润物；淋巴；腹膜液；血浆；唾液；皮肤或其组成部分(例如，毛囊)；痰；手术获得的标本；从皮肤或粘膜上刮擦或擦拭的组织(例如，在鼻子、嘴或***中)；组织或细针活检样本；尿；洗涤物或灌洗物，例如导管灌洗物或支气管肺泡灌洗物；或其他体液、组织、分泌物和/或***物。生物样品可以包括癌细胞或免疫细胞，例如NK细胞和/或巨噬细胞，它们存在于许多组织和器官中，包括脾脏和***。体液(例如，血液、CSF、淋巴、血浆或尿液)的样品或从中获得的样品可包括肿瘤细胞(例如，CTCs)和/或自由漂浮或无细胞的核酸。样品中的细胞(例如，癌细胞)可已从要治疗的个体患者中获得。以其获得形式使用的样品可以称为“初级”样品，而经过进一步处理(例如，通过去除样品中的一种或多种成分)的样品可以称为“次级”或“已处理”的样品。此类处理后的样品可能包含或富集了特定的细胞类型(例如，表达CDK7的细胞，其可能是肿瘤细胞)、细胞成分(例如，膜级分)或细胞材料(例如，一种或多种细胞蛋白，包括CDK7、DNA或RNA(例如，mRNA)，其可以编码CDK7，并可以进行扩增)。

术语“生物活性的”描述产生可观察的生物学作用或导致其生物***或模型(例如，在人、其他动物或维持在细胞/组织培养基或体外的***)的试剂(例如，本文所述的化合物)。此类试剂的“生物学活性”可以在试剂与靶标(例如，周期蛋白依赖性激酶(例如，CDK7))结合后显现出来，并且可能导致调节(例如，诱导、增强或抑制)生物途径、事件或状态(例如，疾病状态)。例如，该试剂可以调节细胞活性(例如，刺激免疫响应或抑制同源重组修复)、在细胞周期的一个阶段所花费的时间(这可能会改变细胞增殖的速率)，或凋亡的启动或激活另一导致细胞死亡(可能导致肿瘤消退)的途径。可以使用已知方法评估生物学活性及任选地其程度，以检测该活性的任何给定的直接或下游产物或与该活性相关的任何事件(例如，抑制细胞生长或肿瘤消退)。

术语“癌症”是指其中生物细胞表现出异常生长表型的疾病，其特征在于在将损害患有该疾病的患者的程度上失去对细胞增殖的控制。可以根据癌症起源的组织类型(组织学类型)和/或根据癌症最初在体内的主要部位进行分类。根据组织学类型，癌症通常分为六大类：癌；肉瘤；骨髓瘤；白血病；淋巴瘤和混合类型。如本文所述治疗的癌症可以是这些类型中的任何一种，并且可以包含癌前(例如，良性)、恶性、转移前、转移和/或非转移的细胞。患有恶性肿瘤或恶性病变的患者患有癌症。本公开具体地确定了与其教导可能特别相关的某些癌症，并且这些癌症中的一种或多种可以以实体瘤或血液肿瘤为特征，也可以称为血癌(例如，本文所述的类型)。尽管并非所有癌症都表现为实体瘤，但我们可以互换使用术语“癌细胞”和“肿瘤细胞”来指代任何恶性细胞。

术语“载体”是指与活性药剂(例如，本发明的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式)一起使用以配置用于施用的稀释剂、佐剂、赋形剂或其他媒介物。载体以掺入药物组合物的量和方式对受试者无毒，并且不会破坏与其一起配制的活性成分(例如，化合物或其其他指定形式)的生物活性。载体可以是无菌或可灭菌的液体，例如水(例如，注射用水)或天然或合成油(例如，石油基或矿物油、动物油或植物油(例如，花生、大豆、芝麻或芥花油(canola oil)))。载体也可以是固体；包含一种或多种固体成分(例如，盐，例如“生理盐水”)的液体；固体混合物；或液体混合物。

术语“可比较的(comparable)”是指两个或多个项目(例如，试剂、实体、情况、条件集等)，它们彼此不相同，但足够相似以允许在它们之间进行比较，因此本领域的普通技术人员将理解，可以基于观察到的差异或相似性合理地得出结论。在一些实施方案中，可比较的一组条件，环境，个体(例如，个体患者或受试者)或人群的特征在于多个基本相同的特征和一个或少量的多个变化的特征。在上下文中，本领域普通技术人员将理解，在任何给定情况下需要什么程度的同一性对于两个或更多个项目被认为是可比较的。例如，当两个项目具有足够数量和类型的基本相同的特征时，可以相互比较，从而可以得出合理的结论，即所获得的结果差异或所观察到的现象是由变化引起的或表示变化的特征中的变化。在一些实施方案中，可比较的项目用作“对照”。例如，“对照受试者/人群”可以是未治疗(或安慰剂治疗)的个体/人群，其患有与所治疗的个体/人群相同的疾病。

术语“组合疗法”是指受试者暴露于两种或更多种治疗方案(例如，两种或更多种治疗剂(例如，三种试剂))以治疗单一疾病(例如，癌症)的情况。两种或多种方案/试剂可以同时或顺序施用。当同时施用时，约同时施用第一药剂的剂量和第二药剂的剂量，以使两种试剂对患者同时产生作用或在重叠的时间段内产生作用(如果第一试剂比第二药剂更快或更慢)。当顺序施用时，第一试剂和第二药剂的给药在时间上分开，使得它们可以或可以不同时对患者产生作用。例如，可以在同一小时或同一天之内给予第一和第二药剂，在这种情况下，当施用第二药剂时，第一试剂可仍保持活性。或者，在施用第一试剂和第二药剂之间可能要花费更长的时间，使得当施用第二药剂时第一试剂不再具有活性(例如，所有剂量的第一方案都在施用任何剂量的第二种方案之前通过相同或不同的施用途径施用，如治疗难治性癌症中可发生)。为了清楚起见，尽管在一些实施方案中，组合疗法不需要将单个试剂一起以单一组合物或同时施用，但是两种或更多种试剂，包括本发明的化合物和本文所述的第二药剂，可以在同一时间段内(例如，在同一小时、一天、一周或一个月内)施用。

术语“化合物”意为化学化合物(例如，由本文所述的结构式表示的化合物，其亚类(例如，式(Ia))或其种类以及其任何指定形式)。本文所述的任何给定化合物可以具有生物学活性(例如，作为CDK7的抑制剂)，并且可以用于本文所述的目的，包括治疗和预防用途(例如，当以治疗有效或预防有效量包含在药物组合物中时，施用于患者，并入药物或试剂盒中，或以其他如本文所述方式使用)。具有相同分子式但原子空间排列不同的两种化合物称为“立体异构体”。任何参考或描绘的结构的立体异构体可以是对映异构体，它们是彼此不可重叠的镜像，也可以是非对映异构体，它们不是彼此的镜像(例如，顺式/反式异构体和构象异构体)。这些包括每个不对称中心的R和S构型，Z和E双键异构体以及Z和E构象异构体。包含单一类型的立体化学异构体以及本发明化合物的对映体、非对映体和几何(或构象)混合物的组合物在本发明的范围内。对映异构体的特征在于其不对称中心的绝对构型，并由Cahn和Prelog的R和S测序规则描述，或通过分子旋转偏振光平面的方式并称为右旋或左旋(即，分别为(+)或(-)异构体)。手性化合物可以单独的对映体或其混合物形式存在。含有等比例对映异构体的混合物称为“外消旋混合物”。

术语“剂型”、“制剂(formulation)”和“制剂(preparation)”是指包含本发明化合物或其盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体、同位素或其他指定形式的组合物，或指其他在生物学或治疗上适用于本文所述的用途的活性成分(例如，一种或多种可用于本文所述的组合疗法的另外的/第二药剂)。术语“单位剂型”是指具有或包含本发明的化合物或其盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体、同位素或其他指定形式的物理上离散的单元，它们中的任何一种都是药学上可接受的。还可以如本文所述以单位剂型配制、施用或使用一种或多种另外的/第二药剂。每个这样的单位可以包含预定量的活性成分，其可以是单剂量处方的量(即，作为治疗或预防方案的一部分施用时，预期与所需结果相关的量)。(例如，单位剂型(例如，片剂或胶囊)可以包含单剂量处方药量的一半，在这种情况下，患者将服用两单位剂型(即，两片或两粒胶囊)。本领域普通技术人员将理解，施用于特定受试者的组合物或试剂的总量由一位或多位主治医师确定，并且可能涉及多种单位剂型(例如，如本文所述)的施用。

术语“给药方案”是指施用于受试者或为受试者处方的单位剂型，并且通常包括被一段时间间隔开的一个以上的剂量(例如，如本文所述)。在给药方案内施用的剂型可以具有相同的单位剂量量或不同的量。例如，给药方案可以包括第一给药量的第一剂量，然后是与第一给药量相同或不同的第二给药量的一个或多个另外的剂量。

“有效量”是指对于施用产生期望的作用的药剂(例如，本文所述的化合物，无论是本发明的化合物还是“第二”试剂)的量。在一些实施方案中，该术语是指当根据治疗剂量方案施用于患有疾病或易感疾病的人群时足以治疗所述疾病的量，在这种情况下，有效量也可称为“治疗有效量”。本领域普通技术人员将理解，在任何特定个体中(即，在任何给定的个体患者中)，治疗有效量可能无法实现成功的治疗。而是，当将治疗有效量施用于需要这种治疗的患者群体时，可以在大量或一定数量的受试者中提供所需的药理响应。在施用试剂为了预防情况下，“预防有效量”在未表现出疾病的体征和/或症状的人群中的大量或一定数量的受试者中提供了预期的结果(即，延缓一种或多种疾病的征兆或症状的发作)。提及有效量可以是指在一种或多种施用后的特定组织(例如，受疾病影响的组织)或液体(例如，血液、唾液、尿液等)中施用的试剂的量或测量的量。

术语“水合物”是指与水结合的化合物或其指定形式。如本领域中所理解的，水合物是溶剂化物，其中溶剂是水。水合物中所含的水量可以表示为水分子数与化合物分子数之比。因此，化合物的水合物可以由通式例如R xH₂O表示，其中R是化合物，x是大于0的数。例如，当x为1时，该水合物为一水合物；当x为0.5时，该水合物为半水合物；当x为2时，该水合物为二水合物；当x为6时，该水合物为六水合物。

“提高”、“增加”或“减少/降低”(及其明显的变体，例如“提高(improved)”或“提高(improving)”)是用来表征相对于参考值改变或已改变的值的方式。例如，在治疗之前从患者(或从中获得的生物学样品)中获得的测量值，相对于在同一患者、对照患者治疗期间或之后获得的测量值，可以增加或减少/降低，其为在患者群体从其获得的生物样本中平均值。在任何事件中，该值均可提高，具体取决于增加或减少是否与阳性治疗结果相关。

如本文所用，术语“炎性疾病”是指由炎症引起的、由炎症导致的，或引起炎症的疾病或指失调的炎症反应，该失调的炎症反应导致巨噬细胞、粒细胞和/或T淋巴细胞的过度响应，从而导致异常组织损害和/或细胞死亡。炎性疾病可以是急性的也可以是慢性的，可以由传染试剂或非传染性原因引起。炎性疾病包括但不限于急性过敏反应、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、过敏和同种异体排斥、强直性脊柱炎、阑尾炎、动脉硬化、动脉炎(例如，巨细胞动脉炎)、石棉沉滞症、动脉粥样硬化、哮喘、关节炎(例如，痛风性关节炎、退化性关节炎、炎性关节炎和类风湿性关节炎)、关节骨炎、自身免疫性疾病、铍中毒、睑缘炎、支气管扩张、细支气管炎、支气管炎(例如、慢性支气管炎)、滑液囊炎(bursitis)、细胞间质性肺炎、蜂窝组织炎、***、胆管炎、绒毛膜羊膜炎、结膜炎、慢性胆囊炎、克罗恩病、囊性纤维化、膀胱炎、泪腺炎、迟发型超敏反应(例如，poison ivy dermatitis)、皮肌炎、脱屑性间质性肺炎、糖尿病(例如，I型)、脑炎、心内膜炎、子***、肠炎、小肠结肠炎、上髁炎、***、外源性过敏性肺泡炎、筋膜炎、纤维化、胃炎、胃肠炎、巨细胞间质性肺炎、牙龈炎、肾小球肾炎、Goodpasture病、格雷夫斯病、桥本氏甲状腺炎、枯草热、肝炎、宿主与移植排斥、回肠炎、立即超敏反应、炎症性肠病(IBD)、炎症性皮肤病、虹膜炎、局部缺血(缺血性损伤)、喉炎、淋巴样间质性肺炎、混合性***病、多发性硬化症、重症肌无力、脊髓炎、心肌炎、坏死性小肠结肠炎、肾炎、脐炎、***、***、骨炎、骨髓炎、视神经炎、中耳炎、胰腺炎、腮腺炎、类天疱疮、天疱疮、心包炎、恶性贫血、咽炎、静脉炎、胸膜炎、尘肺、肺炎、局限性肺炎、风湿性多肌痛(PMR)、多发性肌炎、直肠炎、进行性全身性硬化性胆管炎、***炎、银屑病、肾盂肾炎、再灌注损伤、呼吸道炎症、风湿热、鼻炎、输卵管炎、结节病、硬化(硬皮病)、矽肺、鼻窦炎、舍格伦综合征、口腔炎、滑膜炎、***性红斑狼疮(SLE)、滑石症、颞动脉炎、肌腱炎、***、扁桃体炎、横贯性脊髓炎、坏死性筋膜炎、溃疡性结肠炎、尿道炎、膀胱炎、普通型间质性肺炎(UIP)、葡萄膜炎、***炎、血管炎、外阴炎、外阴***炎和韦格纳氏肉芽肿病和相关形式的血管炎(颞动脉炎和结节性多动脉炎)。

术语“抑制剂”是指一种试剂，其包括本文所述的化合物或其指定形式，其存在(例如，以一定水平或某种形式)与另一种试剂(即，抑制的试剂或靶标)的表达或活性的降低有关或事件发生率的降低(例如，细胞增殖、肿瘤进展或转移、炎症、感染或自身免疫)。在一些实施方案中，抑制剂通过共价键或非共价缔合直接或间接地与靶标结合对靶标发挥作用。可以在计算机上、体外(例如，在细胞、组织或器官培养基或***中)或体内(例如，在患者或动物模型中)评估抑制作用。

术语“同位素形式”用于描述含有至少一个同位素取代的化合物；用原子的另一个同位素替换该原子的同位素。例如，可以用²H(氘)或³H(tri)取代¹H。因此，我们可以使用术语“¹H”、“H”或“氢原子”来指原子核中具有单个质子的氢的天然存在形式。同位素形式的其他取代包括的¹¹C，¹³C或¹⁴C取代¹²C；¹³N或¹⁵N取代¹⁴N；¹⁷O或¹⁸O取代¹⁶O；³⁶Cl取代³⁵Cl；¹⁸F取代¹⁹F；¹³¹I取代¹²⁷I；等等…。此类化合物具有例如用作分析工具、用作生物学测定中的探针和/或用作根据本发明使用的治疗剂或预防剂。特别是，氘(²H)同位素取代氢可减缓代谢、将代谢转移至化合物上的其他位点、减缓外消旋作用和/或对化合物的药代动力学产生的其他影响，这可能是有益的(例如，治疗性地有利)。

术语“赘生物(neoplasm)”和“肿瘤(tumor)”在本文可互换使用并指的是组织的异常肿块，其中该肿块的生长超过正常组织的生长且不像正常组织的生长那样协调。赘生物或肿瘤可为“良性的”或“恶性的”，其取决于以下特征：细胞分化程度(包括形态和功能)、生长速度、局部侵害和转移。“良性赘生物”通常是充分分化的、比恶性赘生物具有较慢的生长速率，并仍局限于起源位置(即，不具有渗透、侵入或转移到远距离位置的能力)。良性赘生物包括，但不限于，皮肤标记(acrochordons)、腺瘤、软骨瘤、上皮内肿瘤、斑点、脂肪瘤、皮脂腺增生、脂溢性角化病和老年性血管瘤。良性肿瘤也可以是结节性硬化症或结节性硬化复合症(TSC)或结节性硬化(源自“癫痫、智力低下、皮脂腺瘤”)。良性赘生物可能在以后发展成恶性赘生物(被认为是由于该肿瘤的新生性细胞亚群中基因变化所导致的)，且这些赘生物被称为“癌前恶性赘生物(pre-malignantneoplasm)”。示例性的癌前赘生物是畸胎瘤。相反，“恶性赘生物”通常为低分化的(间变(anaplasia))并随着周围组织的浸润、侵袭和破坏而迅速生长。恶性赘生物通常还具有转移至远处的能力。

术语“患者”和“受试者”是指根据本发明，例如出于实验、预防和/或治疗目的，向其施用本文所述的化合物或其指定形式的任何生物。典型的受试者包括动物(例如，哺乳动物，例如小鼠、大鼠、兔子、非人灵长类动物和人类；家养动物，例如狗和猫；以及牲畜或任何其他具有农业或商业价值的动物)。在一些实施方案中，受试者患有本文所述的疾病(例如，增殖性疾病，例如癌症)。

我们也可以称为“药物制剂”或“药学上可接受的制剂”的“药物组合物”或“药学上可接受的组合物”是其中活性试剂(例如，活性药物成分(例如，化合物，其盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式))与一种或多种药学上可接受的载体一起配制。活性剂/成分可以适合于以治疗方案中施用的单位剂量存在，当向相关人群施用时，该治疗方案显示出统计学上显著的达到预定治疗效果的概率。可以将药物组合物特别配制为以固体或液体形式施用，其包括制成用于口服或肠胃外施用的形式。对于口服施用，药物组合物可以配制成例如水性或非水性溶液或悬浮液或片剂或胶囊剂。为了通过口腔全身吸收，可以将组合物配制成经颊施用、舌下施用或配制成糊剂施加于舌头。对于肠胃外施用，该组合物可以配制成例如用于皮下、肌内、静脉内、动脉内、腹膜内、肿瘤内或硬膜外注射的无菌溶液或悬浮液。包含活性剂/成分(例如，本文描述的化合物或其指定形式)的药物组合物也可以配制成缓释制剂或乳剂、软膏剂、控释贴剂或用于局部施加的喷雾剂。乳膏、软膏、泡沫、凝胶和糊剂也可以施加在鼻、口、***和直肠内的粘膜上。本文所述的任何化合物和包含这种化合物的任何药物组合物也可以称为“药物”。

术语“药学上可接受的”当应用于用于配制本文公开的组合物(例如，药物组合物)的载体时，意为与组合物的其他成分相容并且对患者无害的载体(例如，其以所需和/或施用的量(例如，以单位剂型)无毒)。

当应用于本文所述的化合物的盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式时，术语“药学上可接受的”是指在安全医学判断内的盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式，其适用于与人类(例如，患者)和低等动物(包括但不限于实验室研究中使用的小鼠和大鼠)的组织接触而没有不可接受的毒性、刺激性、过敏响应等，以及可以与合理的收益/风险比相称的方式使用。许多药学上可接受的盐是本领域众所周知的(参见，例如，Berge等人，J.Pharm.Sci.66:1-19,1977)。本发明化合物的药学上不可接受的盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式也在本发明的范围内，并且可用于例如化学方法和合成以及体外进行的实验中。在药学上不可接受的组合物中，其化合物、盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式可能以太浓或太稀的量存在而不能施用于患者。

“多肽”是氨基酸残基的聚合物，与长度、来源或翻译后修饰无关；它包括但不限于全长的天然存在的蛋白质。当多肽与本文所述的组合物结合(例如，特异性结合)或以其他方式相互作用时，我们可以将该多肽称为该组合物的“靶标”。

术语“预防(prevent(s))”，“预防(prevention)”，“预防性/预防的(prophylaxis/prophylactic)”等与疾病(例如，诸如癌症等增殖性疾病)的发生相关使用时，是指降低发展疾病的风险和/或延缓其体征或症状的发作。如果将发作延缓了预定时间，则可以认为预防已经完成。

“增殖性疾病”是以细胞过度增殖为特征的疾病。增殖性疾病与以下有关：(1)正常静止或正常增殖细胞的病理性增殖；(2)细胞从其正常位置发生病理性迁移(例如，新生性细胞的转移)；(3)蛋白水解酶(例如基质金属蛋白酶(例如，胶原酶、明胶酶和弹性蛋白酶))的病理表达，其可能导致不期望的细胞基质的周转和/或(4)病理性血管生成，如发生在增生性视网膜病变和肿瘤转移中。示例性增殖性疾病包括癌症、良性赘生物和伴随并促进疾病状态的血管生成(以上定义为病理性血管生成)。

术语“参考”描述相对于其进行比较的标准或对照。例如，试剂、动物(例如，受试者(例如，实验室研究中使用的动物))、一个或多个细胞、个体(例如，个体患者)、群体、样品(例如，生物学样品)、序列或感兴趣的值与参考或对照试剂、动物(例如，受试者(例如，实验室研究中使用的动物))、一个或多个细胞、单个(例如，个体患者)、群体、样品或序列或值分别进行比较。在一些实施方案中，与感兴趣的测试或测定基本上同时地测试和/或测定参考或对照。在其他实施方案中，参考或对照是历史参考或对照，任选地体现在有形介质中。通常，如本领域普通技术人员所理解的，在与所评估的条件相当的条件下确定或表征参考或对照，并且本领域普通技术人员将理解何时存在足够的相似性以证明依赖和/或比较特定可能的参考或控制是合理的。。

关于治疗的术语“响应(response)”可以指由于治疗或与治疗相关而发生的受试者或患者病症的任何有益改变。这样的改变可以包括病症的稳定(例如，防止在没有治疗的情况下发生的恶化(例如，稳定疾病))，病症的症状改善和/或病症治愈前景的提高(例如，肿瘤消退)。响应可以是细胞响应(例如，肿瘤的响应)，并且可以使用本领域已知的多种标准，包括临床标准和客观标准来测量。评估响应的技术包括但不限于测定评估、临床检查、正电子发射断层扫描、X射线、CT扫描、MRI、超声、内窥镜检查、腹腔镜检查、评估来自受试者、细胞学和/或组织学的样品中肿瘤标志物的存在或水平。关于测量肿瘤响应，Therasse等人讨论了评估对治疗响应的方法和指南(J.Natl.Cancer Inst.,92(3):205-216,2000)。准确的响应标准可以由本领域普通技术人员以任何合适的方式选择，只要在比较癌症和/或患者的组时，基于确定响应率的相同或可比较的标准来评估要比较的组。

术语“溶剂化物”是指由溶质的分子与溶剂的分子的组合形成的化合物。可用于形成溶剂化物的溶剂包括水、甲醇、乙醇、乙酸、DMSO(二甲基亚砜)、THF(四氢呋喃)、***等。其中溶剂为水的溶剂化物称为水合物。可以将化合物制备为液体或固体溶剂化物形式，例如，作为结晶溶剂化物。溶剂化物可以是药学上可接受的，并且可以是化学计量的或非化学计量的溶剂化物。在某些情况下，例如当将一种或多种溶剂分子掺入结晶固体的晶格中时，该溶剂化物将能够分离。“溶剂化物”涵盖溶液相和可分离的溶剂化物，并且代表性的溶剂化物包括水合物、乙醇化物和甲醇化物。

如本文所用，与具有活性(例如，抑制靶标)的试剂(例如，化合物)相关的术语“特异性”，是指该试剂区分潜在的靶标实体或状态。例如，如果试剂在一个或多个替代靶标的存在下优先结合或以其他方式抑制该靶标的表达或活性，则该试剂“特异性地”结合至其预期的靶标(或以其他方式特异性地抑制其靶标)。尽管本发明不限于此，但是特异性和直接的相互作用可以取决于对靶标的特定结构特征(例如，表位、裂口或结合位点)的识别。特异性不必是绝对的。特异性程度仅需要足以产生有效治疗而没有不可接受的副作用。可以通过将试剂对预期靶标或状态的作用与其对不同靶标或状态的作用进行比较来评估试剂的特异性。可以分别确定对预期靶标和不同靶标的影响，或者可以确定对预期靶标的影响，并将其与较早发展的参考标准(例如，参考特异性结合剂或参考非特异性结合剂)进行比较。在一些实施方案中，在可检测(且优选，显著地)结合其预期靶标的条件下，该试剂未检测到与竞争性替代靶标的结合，和/或在可检测(且优选，显著地)抑制其预期靶标的表达或活性的条件下，该试剂未检测到抑制该竞争性靶标的表达或活性。就其靶标而言，与竞争性替代靶标相比，本发明的化合物或其盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式可以表现出较高的结合速率(on-rate)、较低的解离速率(off-rate)、增加的亲和力、降低的解离和/或增加的稳定性，并且可以在本发明的方法中评估这些参数中的任何一个。

术语“基本上”是指以总或接近总的范围或程度展现出所关注的特征或特性的定性条件。本领域的普通技术人员将理解，生物学和化学现象很少(如果有的话)能趋于完全和/或趋向完整性或达到或避免绝对结果。因此，在本文中使用术语“基本上”来涵盖许多生物学和化学现象中固有的潜在完整性不足。例如，即使收率远低于100％，该化学反应也可以被表征为基本完成。当某些特征大约相同和/或表现出大约相同的活性时，它们也可以被认为是“基本上相同”。例如，可以将在事件(例如，细胞增殖)上产生大约相同作用的两种几乎相同的化合物描述为基本相似。关于化合物或组合物的纯度，在以下定义“基本上纯”。

对某种疾病(例如，癌症)“易感”的个人(例如，个体受试者或患者)罹患该疾病的风险要高于平均水平。这样的个体可能没有表现出任何疾病症状，也可能没有被诊断出患有该疾病，但是由于，例如，暴露于与疾病发展相关的疾病(例如，暴露于致癌物)而被认为处于风险之中。所述患病的风险可以是基于人群的。

当特定疾病的一个或多个客观体征或主观症状在量级(例如，强度、严重性等)和/或频率上减少时，“体征或症状减少”。特定体征或症状的发作延缓是减少该体征或症状的频率的一种形式。减轻体征或症状可以通过例如“治疗活性”的化合物来实现。

当用于指本文所述的化合物或其指定形式时，术语“基本上纯的”是指该化合物或其指定形式的制剂大于约85％(w/w)的化合物或指定形式(例如，大于约90％、95％、97％、98％、99％或99.9％的化合物或盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或异构体)。

“互变异构体”是特定化合物结构的可互换形式，其由于位移的氢原子和电子而变化。因此，通过π电子和原子(通常为H)的运动，两个化学结构可能处于平衡状态。例如，烯醇和酮是互变异构体，因为它们通过用酸或碱处理而迅速相互转化。互变异构的另一个例子是苯基硝基甲烷的乙酰和硝基形式，它们也通过用酸或碱处理而形成。互变异构形式可用于优化目标化合物的化学反应性和生物学活性。

“治疗方案”是指当在相关人群中施用时与期望的治疗结果相关的给药方案。

术语“治疗(treatment)”及其语言变体，例如“治疗(treat(s))”和“治疗(treating)”，是指部分或基本上完全缓解、改善、再生、抑制、降低特定疾病(例如，诸如癌症等增殖性疾病)的一种或多种体征或症状的严重性和/或降低其发生率。被治疗的受试者(或已被确定为候选治疗的受试者(例如，“新诊断”的患者)可能仅表现出疾病的早期体征或症状，或表现出一种或多种疾病的已建立或晚期的体征或症状)。“治疗”与“预防”(定义如下)有所区别。在这种情况下，受试者不会表现出疾病的体征和/或症状和/或已知具有一种或多种与相关疾病发展的风险增加的统计学上相关的易感因素。但是，一旦患者出现疾病的体征或症状并得到治疗，则治疗可能会继续延缓该疾病的进展(例如，在局部癌症的情况下，治疗可能会延缓肿瘤进展(即生长)或转移)或延缓或防止复发(例如，肿瘤再次出现)。

申请人在本文中描述具有结构式(I)的本发明的化合物：

或其药学上可接受的盐、溶剂化物(例如，水合物)、立体异构体、互变异构体或同位素形式。在式(I)中，R¹为甲基或乙基；R²为甲基或乙基；R³为5-甲基哌啶-3-基、5,5-二甲基哌啶-3-基、6-甲基哌啶-3-基，或6,6-二甲基哌啶-3-基；且R⁴为-CF₃或氯。在一些实施方案中，在结构式(I)的化合物或其指定形式(例如，其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或互变异构体)中，一个或多个原子(例如，单环或双环结构、R¹、R²、R³和/或R⁴中的一个或多个碳和/或氢原子)被原始存在的原子的同位素替换(例如，原始存在的¹²C被¹³C或¹⁴C替换和/或原始存在的¹H被替换为²H或³H)。即，本发明涵盖结构式(I)的化合物的同位素形式以及其盐、溶剂化物、立体异构体或互变异构体的同位素形式。正如指出的那样，结构式(I)的化合物可以是溶剂化物(例如，水合物)的形式，并且本发明涵盖结构式(I)的化合物的溶剂化物(例如，水合物)以及式(I)化合物的盐、立体异构体、互变异构体或同位素形式。正如指出的那样，结构式(I)的化合物可以为盐的形式，并且本发明涵盖式(I)的化合物的盐，当所述化合物为另一种指定形式时(例如，本发明包括式(I)化合物的溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式的盐)。在一些实施方案中，包括涉及上述指定形式的那些，该化合物具有结构式(Ia)：

或其药学上可接受的盐、溶剂化物(例如，水合物)、互变异构体、同位素或其他指定形式(例如，其药学上可接受的盐(例如，同位素形式的盐))。R¹、R²和R⁴如结构式(I)所定义，且R³为

如以上关于式(I)所示，式(Ia)的任何化合物或其任何盐、溶剂化物或互变异构体可以是同位素形式(例如，单环或双环结构、R¹、R²、R³和/或R⁴中的一个或多个碳和/或氢原子被其同位素替换(例如，氘代替¹H)。

在本文公开的结构式(例如，式(I)或(Ia))的一些实施方案中，R¹和R²各自独立地为甲基、-CD₃、乙基、-CD₂CD₃、-CH₂CD₃或-CH₂CD₃，其中“D”代表氘。

在一些实施方案中，式(I)或式(Ia)的化合物为

在其他实施方案中，本发明的特征在于上述三种化合物中任何一种的药学上可接受的盐、溶剂化物(例如，水合物)、互变异构体或同位素形式。在其他实施方案中，本发明的特征在于上述三种化合物中任何一种的另一种指定形式。例如，本发明涵盖上述三种化合物中任何一种的溶剂化物(例如，水合物)、互变异构体或同位素形式的药学上可接受的盐。

在一些实施方案中，所述化合物为：

或该化合物或其任何上述指定形式的药学上可接受的盐、溶剂化物(例如，水合物)或其互变异构体(例如，其药学上可接受的盐)，或同位素变体。所述同位素变体可以如以上另外所述(例如，一个或多个氢原子(例如，在取代基

中)被氘替换)。在结构式(I)或式I(a)的一些实施方案中，R³为(5S)-5-甲基哌啶-3-基

5,5-二甲基哌啶-3-基

(6S)-6-甲基哌啶-3-基

6,6-二甲基哌啶-3-基

(5S)-5-三氘代甲基哌啶-3-基

5,5-二-三氘代甲基哌啶-3-基

(6S)-6-三氘代甲基-哌啶-3-基

或6,6-二-三氘代甲基哌啶-3-基

在结构式(I)或式I(a)的一些实施方案中，R³为(3S,5S)-5-甲基哌啶-3-基

(3S)-5,5-二甲基哌啶-3-基

(3S,6S)-6-甲基哌啶-3-基

(3S)-6,6-二甲基哌啶-3-基

(3S,5S)-5-三氘代甲基哌啶-3-基

(3S)-5,5-二-三氘代甲基哌啶-3-基

(3S,6S)-6-三氘代甲基-哌啶-3-基

或(3S)-6,6-二-三氘代甲基哌啶-3-基

其中R³为如上所述，R¹可以是甲基或乙基；R²可以是甲基或乙基；且R⁴可以是-CF₃或氯。例如，其中R³为如上所述，R¹可以是甲基，R²可以是甲基，且R⁴可以是-CF₃。还应注意，R³的连接位置的立体化学R/S优先级(例如，上述取代的哌啶实例中的3-位)基于连接至式(I)或(Ia)的核的R³基团，在上面的示例中，将所述核的R/S优先级赋予“1”。

在结构式(I)、(Ia)，其种类或其指定形式的各种独立实施方案中：R¹为甲基或乙基；R²为甲基或乙基；R¹为甲基且R²为乙基；R¹和R²同时为甲基；或R¹和R²同时为乙基。在各种实施方案中，R³为5-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,5S)-5-甲基哌啶-3-基)、5,5-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-5,5-二甲基哌啶-3-基)、6-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,5S)-6-甲基哌啶-3-基)或6,6-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-6,6,二甲基哌啶-3-基)；R³为(3S,5S)-5-甲基哌啶-3-基；R³为(3S)-5,5-二甲基哌啶-3-基；R³为(3S,6S)-6-甲基哌啶-3-基；或R³为(3S)-6,6-二甲基哌啶-3-基。在更具体的实施方案中，R¹为甲基或乙基，R²为甲基或乙基，且R³为5-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,5S)-5-甲基哌啶-3-基)；R¹为甲基或乙基，R²为甲基或乙基，且R³为5,5-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-5,5-二甲基哌啶-3-基)；R¹为甲基或乙基，R²为甲基或乙基，且R³为6-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,6S)-6-甲基哌啶-3-基)；或R¹为甲基或乙基，R²为甲基或乙基，且R³为6,6-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-6,6-二甲基哌啶-3-基)。在更具体的实施方案中，R¹为甲基，R²为乙基且R³为5-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,5S)-5-甲基哌啶-3-基)；R¹为甲基，R²为乙基且R³为5,5-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-5,5-二甲基哌啶-3-基)；R¹为甲基，R²为乙基且R³为6-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,6S)-6-甲基哌啶-3-基)；或R¹为甲基，R²为乙基且R³为6,6-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-6,6-二甲基哌啶-3-基)。在更具体的实施方案中，R¹和R²同时为甲基且R³为5-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,5S)-5-甲基哌啶-3-基)；R¹和R²同时为甲基且R³为5,5-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-5,5-二甲基哌啶-3-基)；R¹和R²同时为甲基且R³为6-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,6S)-6-甲基哌啶-3-基)；或R¹和R²同时为甲基且R³为6,6-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-6,6-二甲基哌啶-3-基)。在更具体的实施方案中，R¹和R²同时为乙基且R³为5-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,5S)-5-甲基哌啶-3-基)；R¹和R²同时为乙基且R³为5,5-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-5,5-二甲基哌啶-3-基)；R¹和R²同时为乙基且R³为6-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,6S)-6-甲基哌啶-3-基)；或R¹和R²同时为乙基且R³为6,6-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-6,6-二甲基哌啶-3-基)。

在结构式(I)或式I(a)的一些实施方案中，R⁴为-CF₃。在更具体的实施方案中，R¹为甲基或乙基，R²为甲基或乙基，R³为5-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,5S)-5-甲基哌啶-3-基)且R⁴为-CF₃；R¹为甲基或乙基，R²为甲基或乙基，R³为5,5-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-5,5-二甲基哌啶-3-基)，且R⁴为-CF₃；R¹为甲基或乙基，R²为甲基或乙基，R³为6-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,6S)-6-甲基哌啶-3-基)，且R⁴为-CF₃；或R¹为甲基或乙基，R²为甲基或乙基，R³为6,6-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-6,6-二甲基哌啶-3-基)，且R⁴为-CF₃。在更具体的实施方案中，R¹为甲基，R²为乙基，R³为5-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,5S)-5-甲基哌啶-3-基)且R⁴为-CF₃；R¹为甲基，R²为乙基，R³为5,5-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-5,5-二甲基哌啶-3-基)且R⁴为-CF₃；R¹为甲基，R²为乙基，R³为6-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,6S)-6-甲基哌啶-3-基)且R⁴为-CF₃；或R¹为甲基，R²为乙基，R³为6,6-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-6,6-二甲基哌啶-3-基)，且R⁴为-CF₃。在更具体的实施方案中，R¹和R²同时为甲基，R³为5-甲基哌啶-3-基(例如，(3,S,5S)-5-甲基哌啶-3-基)，且R⁴为-CF₃；R¹和R²同时为甲基，R³为5,5-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-5,5-二甲基哌啶-3-基)，且R⁴为-CF₃；R¹和R²同时为甲基，R³为6-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,6S)-6-甲基哌啶-3-基)，且R⁴为-CF₃；或R¹和R²同时为甲基，R³为6,6-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-6,6-二甲基哌啶-3-基)，且R⁴为-CF₃。在更具体的实施方案中，R¹和R²同时为乙基，R³为5-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,5S)-5-甲基哌啶-3-基)，且R⁴为-CF₃；R¹和R²同时为乙基，R³为5,5-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-5,5-二甲基哌啶-3-基)，且R⁴为-CF₃；R¹和R²同时为乙基，R³为6-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,6S)-6-甲基哌啶-3-基)，且R⁴为-CF₃；或R¹和R²同时为乙基，R³为6,6-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-6,6-二甲基哌啶-3-基)，且R⁴为-CF₃。

在结构式(I)或式I(a)的一些实施方案中，R⁴为氯。在更具体的实施方案中，R¹为甲基或乙基，R²为甲基或乙基，R³为5-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,5S)-5-甲基哌啶-3-基)且R⁴为氯；R¹为甲基或乙基，R²为甲基或乙基，R³为5,5-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-5,5-二甲基哌啶-3-基)，且R⁴为氯；R¹为甲基或乙基，R²为甲基或乙基，R³为6-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,6S)-6-甲基哌啶-3-基)，且R⁴为氯；或R¹为甲基或乙基，R²为甲基或乙基，R³为6,6-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-6,6-二甲基哌啶-3-基)，且R⁴为氯。在更具体的实施方案中，R¹为甲基，R²为乙基，R³为5-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,5S)-5-甲基哌啶-3-基)且R⁴为氯；R¹为甲基，R²为乙基，R³为5,5-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-5,5-二甲基哌啶-3-基)且R⁴为氯；R¹为甲基，R²为乙基，R³为6-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,6S)-6-甲基哌啶-3-基)且R⁴为氯；或R¹为甲基，R²为乙基，R³为6,6-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-6,6-二甲基哌啶-3-基)，且R⁴为氯。在更具体的实施方案中，R¹和R²同时为甲基，R³为5-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,5S)-5-甲基哌啶-3-基)，且R⁴为氯；R¹和R²同时为甲基，R³为5,5-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-5,5-二甲基哌啶-3-基)，且R⁴为氯；R¹和R²同时为甲基，R³为6-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,6S)-6-甲基哌啶-3-基)，且R⁴为氯；或R¹和R²同时为甲基，R³为6,6-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-6,6-二甲基哌啶-3-基)，且R⁴为氯。在更具体的实施方案中，R¹和R²同时为乙基，R³为5-甲基哌啶(例如，(3S,5S)-5-甲基哌啶-3-基)，且R⁴为氯；R¹和R²同时为乙基，R³为5,5-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-5,5-二甲基哌啶-3-基)，且R⁴为氯；R¹和R²同时为乙基，R³为6-甲基哌啶-3-基(例如，(3S,6S)-6-甲基哌啶-3-基)，且R⁴为氯；或R¹和R²同时为乙基，R³为6,6-二甲基哌啶-3-基(例如，(3S)-6.6-二甲基哌啶-3-基)，且R⁴为氯。

本文描述的化合物的药学上可接受的盐或该盐的溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式(或本文描述的任何其他指定形式)包括衍生自合适的无机和有机酸和碱的那些。即，本发明涵盖结构式(I)、I(a)的化合物或其种类的盐形式，以及其溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式的盐形式。药学上可接受的酸加成盐的实例是与无机酸例如盐酸、氢溴酸、磷酸、硫酸和高氯酸或与有机酸例如乙酸、草酸、马来酸、酒石酸、柠檬酸、琥珀酸或丙二酸或通过使用本领域已知的其他方法，例如离子交换形成的氨基的盐。其他药学上可接受的盐包括己二酸盐、藻酸盐、抗坏血酸盐、天冬氨酸盐、苯磺酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐、硫酸氢盐，硼酸盐、丁酸盐、樟脑酸盐、樟脑磺酸盐、柠檬酸盐、环戊烷丙酸盐、二葡萄糖酸盐、十二烷基硫酸盐、乙磺酸盐、甲酸盐、富马酸盐、葡庚糖酸盐、甘油磷酸盐、葡萄糖酸盐、半硫酸盐、庚酸盐、己酸、氢碘化物、2-羟基乙磺酸盐、乳生物酸盐、乳酸盐、月桂酸盐、月桂基硫酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、甲磺酸盐、2-萘磺酸盐、烟酸盐、硝酸盐、油酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐、果胶酸盐、过硫酸盐、3-苯基丙酸盐、磷酸盐、新戊酸盐、丙酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、硫氰酸盐、对甲苯磺酸盐、十一烷酸盐和戊酸盐。

本文所述的任何化合物的盐也可以衍生自适当的碱，包括碱金属，碱土金属、铵和N⁺(C_1-4烷基)₄盐。代表性的碱金属或碱土金属盐包括钠、锂、钾、钙和镁。其他药学上可接受的盐包括，当合适时，铵、季铵和使用抗衡离子例如卤离子、氢氧根、羧酸根、硫酸根、磷酸根、硝酸根、低级烷基磺酸根和芳基磺酸根形成的胺阳离子。

本发明的化合物或本文所述的指定形式(例如，药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式)可以具有以下一种或多种性质：(1)在酶学测定中就K_i而言对CDK7的特异性为对CDK2、CDK9和CDK12每一种的特异性的至少或约25倍(例如，至少或约50倍、100倍、200倍、300倍或400倍)(2)在酶学测定中就IC₅₀而言对CDK7的特异性为对CDK2、CDK9和CDK12每一种的特异性的至少或约200倍(例如，至少或约300倍、400倍或500倍)；(3)通过表面等离子共振(SPR)测量，与CDK7/周期蛋白H复合物结合的K_d小于150pM(例如，小于120pM、110pM或100pM)；和(4)在使用HCC70细胞的抗增殖测定中EC₅₀小于10nM(例如，小于5nM、4nM、3nM、2nM或1nM)。这些特性使得化合物或其指定形式特别适用于需要强而特异性抑制CDK7而又不伴随抑制其他CDK，特别是CDK2、CDK9和CDK12的疗法。

药物组合物和试剂盒：本发明提供了药物组合物，其包括式(I)、(Ia)的化合物，其种类或本文所述的指定形式(例如，其药学上可接受的盐、溶剂化物(例如，水合物)、立体异构体，互变异构体或同位素形式)和任选的药学上可接受的载体。在某些实施方案中，药物组合物包括：式(I)或(Ia)的化合物，或其种类，或其药学上可接受的盐；溶剂化物(例如，水合物)形式的式(I)或(Ia)化合物或其种类；以立体异构形式或其混合物(例如，其中立体异构体为对映异构体或其外消旋混合物)的式(I)或(Ia)化合物或其种类；互变异构体形式的式(I)或(Ia)化合物或其种类；或任何前述形式的同位素形式。如所指出的，药物组合物可以包含一种或多种药学上可接受的载体，并且可以在其中以有效量(例如，治疗有效量或预防有效量)提供活性剂/成分(即，化合物，不考虑形式)。在有疑问的情况下，式(I)、(Ia)的化合物或其种类的任何指定形式可包含在本发明的药物组合物中。

本发明的药物组合物可以通过药理学领域已知的相关方法制备。通常，此类制备方法包括以下步骤：将本文所述的化合物，包括式(I)、(Ia)的化合物，其种类或其指定形式(例如，其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体，或其同位素形式)与载体和/或一种或多种其他活性成分(例如，本文所述的一种或多种第二药剂)和/或辅助成分联合在一起，然后，如果必要和/或期望，进行成型和/或将产品包装成所需的单剂量或多剂量单位(例如，口服)。辅助成分可以提高式(I)、(Ia)，其种类或其指定形式的化合物的生物利用度，可以减少和/或改变其代谢，可以抑制其***，和/或可以改变其生物利用度。所述药物组合物可以以各种方式包装，包括装在散装容器中，以及作为单个单位剂量(例如，包含离散的、预定量的活性剂)或其多种包装，并且任何这样的包装或分开的剂型都在本发明的范围内。活性成分的量可以等于构成单位剂量或方便分数的剂量，例如，一半或三分之一的剂量的量。

活性剂/成分、药学上可接受的载体和/或本发明药物组合物中的任何其他成分的相对量可以变化，这取决于所治疗的受试者的身份、大小和/或病症，并进一步取决于组合物的施用途径和待治疗的疾病。举例来说，组合物可包含约0.1％至99.9％(w/w或w/v)的活性剂/成分。

用于制造本文所述药物组合物的药学上可接受的载体在药物制剂领域中是众所周知的，包括惰性稀释剂、分散剂和/或粒化剂、表面活性剂和/或乳化剂、崩解剂、粘合剂、防腐剂、缓冲剂、润滑剂和/或油。可用于制造本文所述的药物组合物的药学上可接受的载体包括但不限于离子交换剂、氧化铝、硬脂酸铝、卵磷脂、血清蛋白(例如人血清白蛋白)、缓冲物质(例如磷酸盐、甘氨酸、山梨酸)、山梨酸钾、饱和植物脂肪酸的部分甘油酯混合物、水、盐或电解质，例如硫酸鱼精蛋白、磷酸氢二钠、磷酸氢钾、氯化钠、锌盐、胶体二氧化硅、三硅酸镁、聚乙烯吡咯烷酮、纤维素基物质、聚乙二醇、羧甲基纤维素钠、聚丙烯酸酯、蜡、聚乙烯-聚氧丙烯嵌段聚合物，聚乙二醇和羊毛脂。

本发明的药物组合物可以口服施用，并且口服制剂在本发明的范围内。此类口服可接受的剂型可以是固体(例如，胶囊、片剂、囊剂、粉剂、颗粒剂和口服分散膜)或液体(例如，安瓿、半固体、糖浆、悬浮液或溶液(例如，水性悬浮液或分散液和溶液)。对于片剂，常用的载体包括乳糖和玉米淀粉。也可以包括润滑剂，例如硬脂酸镁。对于胶囊剂，可用的稀释剂包括乳糖和干燥的玉米淀粉。当配制水性悬浮液时，可以将活性剂/成分与乳化剂和悬浮剂混合。在任何口服制剂中，也可以添加甜味剂、调味剂或着色剂。在本文所述的各种实施方案中的任何一个中，口服制剂可以被配制用于立即释放或持续/延迟释放，并且可以被包衣或不被包衣。提供的组合物也可以是微囊化形式。

适用于颊或舌下施用的组合物包括片剂、锭剂和含药。制剂也可以被制备用于皮下、静脉内、肌内、眼内、玻璃体内、关节内、滑膜内、胸骨内、鞘内、肝内、腹膜病灶内以及通过颅内注射或输注技术。优选地，所述组合物经口服、皮下、腹膜内或静脉内施用。本发明组合物的无菌注射形式可以是水性或油性悬浮液。可以根据本领域已知的技术，使用合适的分散剂或湿润剂和悬浮剂来配制这些悬浮液。无菌注射制剂也可以是在无毒的肠胃外可接受的稀释剂或溶剂中的无菌注射溶液或悬浮液，例如在1,3-丁二醇中的溶液。可以使用的可接受的媒介物和溶剂包括水、林格氏溶液和等渗氯化钠溶液。另外，无菌的不挥发油通常用作溶剂或悬浮介质。

尽管本文提供的药物组合物的描述主要针对适合于向人施用的药物组合物，但是本领域普通技术人员将理解，此类组合物通常适合于向一切种类的动物给药。为了使组合物适合于向各种动物施用，适合于向人施用的药物组合物的修饰是众所周知的，并且普通技术的兽医药理学家可以设计和/或进行这种修饰。

本文所述的化合物通常以单位剂型，例如单一单位剂型的形式配制，以便于施用和剂量的均匀性。对于任何特定受试者或生物体而言，具体的治疗或预防有效剂量水平将取决于多种因素，包括正在治疗的疾病和障碍的严重程度；所使用的具体活性成分的活性；使用的具体组合物；受试者的年龄、体重、总体健康状况、性别和饮食；施用时间、施用途径和所用具体活性成分的***速率；治疗的持续时间；与所使用的具体活性成分组合使用或与之同时使用的药物；以及医学领域众所周知的因素。

达到有效量所需的化合物的确切量可能因受试者而异，这取决于例如，受试者的种类、年龄和一般状况、副作用的严重程度、要治疗的疾病、待施用的特定化合物的特性、施用模式等。所需剂量可以一天三次、一天两次、一天一次、隔天一次、每三天一次、每周一次、每两周一次、每三周一次或每四周一次递送。在某些实施方案中，可以使用多次施用(例如，两次、三次、四次、五次、六次、七次、八次、九次、十次、十一次、十二次、十三次、十四次或更多次施用)来递送所需剂量。

在某些实施方案中，每天向70kg成年人施用一次或多次(例如，一次)的化合物的有效量可包含约1-100mg，约1-50mg，约1-35mg(例如，约1-5、1-10、1-15、1-20、1-25或1-30mg)、约2-20mg、约3-15mg或约10-30mg(例如，10-20或10-25mg)。在此，无论哪个参考范围，都将包括端点。本公开中提供的剂量可以针对体重或体表不同的患者进行缩放，并且可以以每m²患者体表表示。

在某些实施方案中，本发明的组合物可以每天施用一次。式I化合物或其亚类或种类或其指定形式(例如，其盐)的剂量可以为约1-100mg、约1-50mg、约1-25mg、约2-20mg、约5-15mg、约10-15mg或约13-14mg。

在某些实施方案中，本发明的组合物可以每天施用两次。在一些实施方案中，每次施用式I化合物或其亚类或种类的剂量为约0.5mg至约50mg、约0.5mg至约25mg、约0.5mg至约1mg、约1mg至约10mg、约1mg至约5mg、约3mg至约5mg或约4mg至约5mg。

本文所述的剂量范围为向成人施用所提供的药物组合物提供指导。可以通过本领域的普通技术人员来确定要向，例如，儿童或青少年施用的量，并且可以与向成年人施用的量相比更低或相同。

本文所述的化合物或其他组合物(例如，药物组合物)可以在组合疗法中(例如，如本文所定义和进一步描述)施用。组合疗法中使用的另外的/第二药剂(并且如果存在，还有第三药剂)极有可能对相同的障碍(例如，相同的癌症)达到预期的效果，但是它可能会实现对患者有帮助的不同效果。因此，本发明的特征在于药物组合物，其包含具有治疗治疗有效量的式(I)、(Ia)的化合物，其种类或其指定形式(例如，药学上可接受的盐)；一种或多种另外的试剂，包括本文所述的任何另外的/第二药剂；和药学上可接受的载体。所述第二/另外的试剂可以选自Bcl-2抑制剂，例如维奈托克(venetoclax)、PARP抑制剂，例如奥拉帕尼或尼拉帕尼、铂基抗癌剂，例如卡铂、顺铂或奥沙利铂、紫杉烷类(taxane)，诸如多西他赛或紫杉醇(paclitaxel)(或紫杉醇蛋白结合(可作为

提供))、CDK4/6抑制剂，诸如帕博西尼、瑞博西尼、阿贝西利、trilaciclib、选择性***受体调节剂(SERM)，例如它莫西芬(以品牌名称Nolvadex^TM和Soltamox^TM提供)、雷洛昔芬(以品牌名称Evista^TM提供)和托瑞米芬(可作为Fareston^TM提供)，以及选择性***受体降解剂，诸如氟维司群(可作为Faslodex^TM提供)，其各自以治疗有效量。

治疗和使用方法：式(I)、(Ia)的化合物，其种类或其指定形式(例如，其盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式)和本文所述的其他组合物(例如，包括那些以单位剂型配制的药物组合物)具有包括在研究和/或临床环境中(例如，在预防或治疗方法中)的多种用途。在一些实施方案中，本文所述的化合物和其他组合物(例如，药物组合物和试剂盒)被配置为了和用于在有此需要的患者中预防或治疗增殖性疾病(例如，癌症、良性赘生物或病理性血管生成)。所述癌症可以选自本文公开的那些。(例如，血癌、以在乳腺、胃肠道(例如，CRC)、肺(例如，NSCLC)、胰腺或***中的实体瘤为特征的癌症，或尤文氏肉瘤)。在本发明方法的任何实施方案中，可以通过进行或取得表征困扰患者的癌症的类型或等级的测试结果来获得信息。例如，本文描述的方法和用途可以应用于已经确定患有“高级”癌症的患者(例如，高级浆液性卵巢癌)；确定具有表现出某一表型的肿瘤细胞的患者(例如，具有***受体阳性(ER+)或“三阴性”的乳腺癌细胞)；和/或确定已对先前施用的治疗剂(例如，化学治疗剂，诸如另一种CDK抑制剂(例如，帕博西尼)或受体降解剂(例如，氟维司群))产生抗药性的患者。本文所述的方法和用途可以包括进行刚刚提到的做出确定的步骤；确定患者是否患有高级癌症、特定表型的肿瘤细胞或已发展成对先前施用的治疗剂有抗药性的步骤。所述治疗方法需要向有此需要的患者施用治疗有效量的本文所述的化合物(例如，以本文中的指定形式(例如，作为盐或对映体混合物)在药学上可接受的组合物中的具有式I所示结构的化合物或其亚类或种类，以减少所述疾病的体征或症状)。

每种采用式(I)、(Ia)的化合物，其种类或其指定形式或本文所述的其他组合物(例如，药物组合物)的治疗或预防方法，以及涉及将该化合物或组合物向患者的施用，也可以用“使用”来表示，反之亦然。例如，本发明涵盖以任何指定形式的本文所述化合物的用途，或本文所述组合物在以下方面的用途：治疗本文所述的疾病(例如，增殖性疾病，例如癌症(例如本文所述的任何血液/血液学癌症或，例如，乳腺、胃肠道(例如，CRC)、肺(例如，NSCLC)、胰腺或***中的实体瘤))；治疗炎性疾病、自身免疫性疾病或自身炎性疾病，包括在这些类型疾病的定义内本文所述的任何一种或多种具体疾病)；制备用于治疗本文所述疾病(例如，诸如癌症的增殖性疾病、或炎性、自身免疫或自身炎性疾病)的药物。

本发明涉及治疗本文所述的疾病(例如，增殖性疾病，例如癌症(例如，血癌、乳腺癌、消化道癌(例如，CRC)、肺癌(例如，NSCLC)、胰腺癌、***癌或尤文氏肉瘤)的方法可以明确排除本文所述的任何一种或多种疾病(例如，任何一种或多种癌症)。例如，本发明的特征在于通过施用式(I)、(Ia)的化合物、其种类或其指定形式来治疗癌症的方法，前提是所述癌症不是乳腺癌；前提是所述癌症不是乳腺癌或血癌(例如，白血病)；前提是所述癌症不是乳腺癌、血癌(例如，白血病)或卵巢癌；依此类推，从本文列出的任何疾病/癌症类型中选择排除，并从与本发明其他方面和实施方案相关的元素列表中选择变量的相同概念排除(例如，本文所述化合物的化学取代基或试剂盒和药物组合物的成分)。因此，在将元素表示为列表的情况下(例如，以Markush组格式)，该元素的每个可能的子组也被公开，并且可以从该组中删除任何一个或多个元素。

在各种实施方案中，所治疗的受试者为：哺乳动物；人类；驯养或陪伴的动物，例如狗、猫、牛、猪、马、绵羊或山羊；动物园里的动物；或研究动物，例如啮齿动物、狗、非人类灵长类动物(例如，食蟹猴或恒河猴)，或非人类转基因动物，例如转基因小鼠或转基因猪。在患者是人类的情况下，人类可以是任何年龄段的男性、女性或变性者(例如，儿科患者(例如，婴儿、儿童或青少年)或成年患者(例如，年轻成年人、中年成年人或老年人))。类似地，当患者是非人类动物(例如，哺乳动物)时，它可以是任何年龄或发育阶段的雄性或雌性。鸟类，特别是具有商业价值的鸟类，也是合适的患者。

使用任何指定形式的式I化合物或其亚类或种类治疗或预防的增殖性疾病可能与CDK7的异常活性有关。CDK7的异常活性可能是CDK7的活性升高和/或不合适(例如，不正常)。在某些实施方案中，CDK7没有过表达，并且CDK7的活性升高和/或不合适(例如，CDK7是与野生型CDK7相比具有增加的活性、额外的不期望的活性、对天然活性调节的抗性、对降解的抗性等的突变CDK7)。在某些其他实施方案中，CDK7过表达(在mRNA和/或蛋白质水平)，并且CDK7的活性升高和/或不合适。式(I)、(Ia)的化合物或其亚类或种类，以及本文所述的药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体，同位素形式和组合物(即，包含一种或多种前述物质的组合物)可抑制CDK7的活性并且可用于治疗和/或预防包括本文所述的那些增殖性疾病。

增殖性疾病也可能与生物样品或受试者中细胞凋亡的抑制有关。尽管本发明不受任何潜在的作用机制的限制，但预期抑制CDK7的活性可通过诱导凋亡来引起细胞毒性。本发明的组合物可诱导细胞凋亡，因此可用于治疗和/或预防增殖性疾病，特别是其中CDK7过表达或过度活跃的增殖性疾病。

如上所述，在某些实施方案中，使用本发明的组合物治疗或预防的增殖性疾病是癌症。预期本文公开的或本领域已知的所有类型的癌症均在本发明的范围内，但是特别是已知与CDK7活性(例如，过度活跃、过表达或错误表达)有关的那些癌症。

在某些实施方案中，所述增殖性疾病是血癌，其也可以称为造血或血液学癌症或恶性肿瘤。更具体地，在各种实施方案中，所述血癌可以是白血病，诸如急性淋巴细胞性白血病(ALL；例如，B细胞ALL或T细胞ALL)、急性髓细胞性白血病(AML；例如，B细胞AML或T细胞AML)、慢性髓细胞性白血病(CML；例如，B细胞CML或T细胞CML)、慢性淋巴细胞白血病(CLL；例如，B细胞CLL(例如，毛细胞白血病)或T细胞CLL)、慢性中性髓细胞性白血病(CNL)或慢性粒单核细胞白血病(CMML)。所述血癌也可以是淋巴瘤，诸如霍奇金淋巴瘤(HL；例如，B细胞HL或T细胞HL)、非霍奇金淋巴瘤(NHL，其可以被认为是侵袭性的；例如，B细胞NHL或T细胞NHL)、滤泡性淋巴瘤(FL)、慢性淋巴细胞性白血病/小淋巴细胞性淋巴瘤(CLL/SLL)、套细胞淋巴瘤(MCL)、边缘区淋巴瘤(MZL)，例如B细胞淋巴瘤(例如，脾边缘区B细胞淋巴瘤)、原发性纵隔B细胞淋巴瘤(例如，脾边缘区B细胞淋巴瘤)、原发性纵隔B细胞淋巴瘤、伯基特淋巴瘤(BL)、淋巴浆细胞性淋巴瘤(即Waldenstrom巨球蛋白血症)、免疫原性大细胞淋巴瘤、前体B淋巴母细胞淋巴瘤或原发性中枢神经***(CNS)淋巴瘤。所述B细胞NHL可以是弥散性大细胞淋巴瘤(DLCL；例如，弥散性大B细胞淋巴瘤(DLBCL；例如，生发中心B细胞样(GCB)DLBCL或活化的B细胞样(ABC)DLBCL))，并且所述T细胞NHL可以是前体T淋巴母细胞淋巴瘤或周围性T细胞淋巴瘤(PTCL)。接下来，所述PTCL可以是皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)，例如蕈样肉芽肿或Sezary综合征、血管免疫母细胞T细胞淋巴瘤、结外自然杀伤性T细胞淋巴瘤、肠病型T细胞淋巴瘤、皮下神经炎样T细胞淋巴瘤或间变性大细胞淋巴瘤。尽管本发明不限于治疗或预防具有任何特定原因或表现的血癌，但是骨髓内的干细胞可以增殖，从而成为骨髓内的优势细胞类型和本文所述化合物的靶标。白血病细胞可在血液中积聚并浸润器官，例如***、脾脏、肝脏和肾脏。在一些实施方案中，本公开的化合物或其指定形式可用于治疗或预防白血病或淋巴瘤。

在其他实施方案中，所述增殖性疾病的特征在于实体瘤被认为是其主要部位或为转移性的。例如，在各种实施方案中，如本文所述治疗或预防的癌症或肿瘤是听神经瘤；腺癌；肾上腺癌；***癌；血管肉瘤(例如，***肉瘤、***内皮细胞肉瘤、血管内皮瘤)；阑尾癌；良性单克隆丙种球蛋白病(也称为未知意义的单克隆丙种球蛋白病(MGUS)；胆道癌(例如，胆管癌)；膀胱癌；乳腺癌(例如，乳腺腺癌、乳腺***状癌、乳腺癌(mammarycancer)，乳腺髓样癌；其中任何一种都可能存在于具有特定特征的受试者中，例如HR+(ER+或PR+)、HER2+、HR-(既没有***也没有孕酮受体)、三阴性乳腺癌(TNBC；ER-/PR-/HER2-)或三阳性的乳腺癌(ER+/PR+/HER2+)；脑癌(例如，脑膜瘤、胶质母细胞瘤，神经胶质瘤(例如星形细胞瘤，少突胶质细胞瘤)，髓母细胞瘤)；支气管癌；类癌，其可能是良性的；子***(例如，子***)；绒毛膜癌；脊索瘤；颅咽管瘤；大肠内存在的癌症，例如结直肠癌(CRC，例如结肠癌、直肠癌或结直肠腺癌)；***癌；上皮癌；室管膜瘤；内皮肉瘤(例如，卡波西肉瘤或多发性特发性出血肉瘤)；子宫内膜癌(例如，子宫癌、子宫肉瘤)；食道癌(例如，食道腺癌，巴雷特氏腺癌(Barrett’sadenocarcinoma))；尤文氏肉瘤(或其他小儿肉瘤，诸如胚胎性横纹肌肉瘤或肺泡横纹肌肉瘤)；眼癌(例如，眼内黑色素瘤、视网膜母细胞瘤)；熟悉的嗜曙红细胞过多增多症(familiar hypereosinophilia)；胆囊癌；胃癌(例如，胃腺癌)；胃肠道间质瘤(GIST)；生殖细胞癌；头颈癌(例如，头颈鳞状细胞癌、口腔癌(例如，口腔鳞状细胞癌)、喉癌(例如，喉癌、咽喉癌(pharyngeal cancer)，鼻咽癌、口咽癌))；下咽癌；炎性肌纤维母细胞瘤；免疫细胞淀粉样变性；肾癌(例如，肾母细胞瘤又称威尔姆氏瘤、肾细胞癌)；肝癌(例如，肝细胞癌(HCC)，恶性肝癌)；肺癌(例如，支气管癌、小细胞肺癌(SCLC)、非小细胞肺癌(NSCLC)、腺癌、鳞状细胞癌或肺大细胞癌)；平滑肌肉瘤(LMS)；肥大细胞增多症(例如，全身性肥大细胞增多症)；口腔癌；肌肉癌；骨髓增生异常综合征(MDS)；间皮瘤；骨髓增生性障碍(MPD)(例如，真性红细胞增多症(PV)、原发性血小板增多症(ET)、特发性髓样化生(AMM)又称骨髓纤维化(MF)、慢性特发性骨髓纤维化、高嗜酸细胞综合征(HES))；成神经细胞瘤；神经纤维瘤(例如，1型或2型神经纤维瘤(NF)、神经鞘瘤(schwannomatosis))；神经内分泌癌(例如，胃肠道胰腺神经内分泌肿瘤(GEP-NET)，类癌)；骨肉瘤(例如，骨癌)；卵巢癌(例如，囊腺癌、卵巢胚胎癌、卵巢腺癌、HGSOC、LGSOC、上皮性卵巢癌(例如，卵巢透明细胞癌或黏液性癌)、性索间质肿瘤(粒细胞)和子宫内膜样肿瘤)；***状腺癌；胰腺癌(无论是外分泌性肿瘤(例如，胰腺腺癌，胰腺导管腺癌(PDAC))、导管内***状黏液性肿瘤(IPMN)还是神经内分泌肿瘤(例如，PNET或胰岛细胞瘤)；***癌(例如，***和阴囊的Paget病)；松果体瘤；原发性腹膜癌，原始神经外胚层肿瘤(PNT)；浆细胞瘤；副肿瘤综合征；***癌，其可能是去势抵抗性的(例如，***腺癌)；横纹肌肉瘤；唾液腺癌；皮肤癌(例如，鳞状细胞癌(SCC)、角膜棘皮瘤(KA)、黑色素瘤、基底细胞癌(BCC))；小肠(small bowel)或小肠(smallintestine)癌；软组织肉瘤(例如，恶性纤维组织细胞瘤(MFH)、脂肪肉瘤、恶性周围神经鞘瘤(MPNST)、软骨肉瘤、纤维肉瘤、粘液肉瘤)；皮脂腺癌；汗腺癌；滑膜瘤；睾丸癌(例如，***瘤、睾丸胚胎癌)；甲状腺癌(例如，甲状腺***状癌、***状甲状腺癌(PTC)、甲状腺髓样癌)；尿道癌；***癌和外阴癌(例如，外阴的Paget病)。我们使用术语“胃肠道癌”来指代胃肠道中任何地方存在的癌症，包括口腔、咽喉、食道、胃、大肠或小肠、直肠和***的癌症。在一些实施方案中，所述增殖性疾病与病理性血管生成有关，并且本文描述的本发明的方法和化合物(或其任何指定形式)的用途涵盖在癌症治疗(例如，血癌或实体瘤)的情况下抑制病理性血管生成。如上所述，所述癌症可以是神经内分泌癌，并且可以如本文所述地治疗这类肿瘤，而与它们所处的器官无关。

在某些实施方案中，所述增殖性疾病是炎性疾病。本文公开的(见上文的定义)或本领域已知的所有类型的炎性疾病均预期在本发明的范围内。在某些实施方案中，所述炎性疾病是类风湿性关节炎。在一些实施方案中，所述增殖性疾病是自身炎性疾病。本文公开的(见上文的定义)或本领域已知的所有类型的自身炎性疾病都被认为在本发明的范围内。在一些实施方案中，所述疾病是自身免疫疾病(参见上文自身免疫疾病的定义)。本文公开的或本领域已知的所有类型的自身免疫疾病都被认为在本发明的范围内。

本文所述的治疗或预防方法和“用途”可包括施用一种或多种另外的治疗活性剂(即不同于本发明化合物或其他组合物(例如，本文所述化合物的指定形式)的“第二”药剂)与本发明的组合物(例如，式(I)、(Ia)的化合物，其种类或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式，或含有此类化合物或其指定形式的组合物(例如，其药学上可接受的盐，其任选地以异构体形式))组合的步骤。我们可以将此类方法和用途称为“组合疗法”，并且我们重申本文所描述的任何化合物或其任何指定形式可以是在组合疗法中施用或使用的“第一”治疗活性剂；名称“第一”和“第二”提供了方便的方式来指代两种不同的药剂，但不限制第一试剂和第二药剂的施用顺序或方式。因此，患者可以在接受本发明的化合物之前接受本文所述的一种或多种第二药剂。实际上，并且如前所述，患者可能患有在施用本发明化合物之前对第二药剂来说难以治疗的癌症。例如，本发明的化合物或药物组合物可以被使用或施用以治疗当单独或与一种或多种芳香酶抑制剂(选择性***受体调节剂或选择性***受体降解剂)组合使用时已变得对CDK4/6抑制剂治疗具有抗药性或具有该抗药性风险的患者。

第二药剂包括但不限于抗增殖剂、抗癌剂、抗糖尿病剂、抗炎剂、免疫抑制剂和止痛剂。第二药剂可以但不一定在生物样品或受试者中协同增强由本发明的化合物或组合物(即“第一”药剂)诱导的对CDK7的抑制。第一和第二药剂的组合可用于治疗对使用第二药剂而不使用第一药剂的治疗有耐药性的增殖性疾病。在这种情况下，如上所述，本发明的化合物或其指定形式或本发明的组合物(例如，本文所述的药物组合物)可以在确定患者已经对先前施用的治疗剂产生耐药性后施用。医学领域的普通技术人员将理解耐药性癌症的现象，在这种现象中，患者的癌症在治疗开始或治疗过程中对治疗均无反应。耐药性癌症也可以称为难治性癌症，本文所述的任何治疗方法或用途都可以应用于耐药性或难治性癌症(例如，血癌，包括上述任何一种，或以实体瘤为特征的增殖性疾病，包括选自以上所列的任何癌症(例如，听神经瘤、腺癌、肾上腺癌等，在有任何疑问的情况下，包括乳腺癌、肠癌、肺癌、胰腺癌、***癌和尤文氏肉瘤))。因此，本文所述的治疗患者的方法可以包括以下步骤：识别或选择患有对先前的治疗剂具有耐药性或难治性的癌症的患者，所述治疗剂包括本文所述的任何另外的/第二药剂，而本发明的化合物，其任何指定形式以及含有该化合物或其任何指定形式的药物组合物在治疗此类患者中具有效用/用途。CDK7过表达与激素受体阳性的乳腺癌(HR⁺乳腺癌)、三阴性糖尿病，急性骨髓性白血病(AML)，小细胞肺癌(SCLC，例如，神经内分泌SCLC(NE SCLC))、食道鳞状细胞癌、神经母细胞瘤、高级胶质瘤、卵巢癌、实体瘤和其他血液学恶性肿瘤相关。因此，在本文所述的治疗方法中，患者可患有这些类型的癌症中的任何一种，并且本发明的化合物，其任何指定形式以及包含它们的药物组合物有功效/可用于治疗此类患者。

在本发明的组合疗法中，式(I)、(Ia)的化合物，其种类或本文所述的指定形式(例如，其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体、互变异构体或同位素形式)可以与一种或多种另外的(即，不同的)治疗剂同时、在其之前或在其之后施用。每种另外的治疗剂以剂量施用和/或根据为特定试剂确定的给药方案施用(例如，经监管机构(例如，美国食品药品监督管理局(FDA)或其他国家/地区具有类似目的的机构)批准的剂量或给药方案)，其可以在伴随商业提供试剂的产品插页中列出)。所述另外的治疗剂也可以彼此一起和/或与本文所述的化合物或组合物一起以单剂量施用或以不同剂量分开施用。在方案中采用的特定组合将考虑本发明的化合物与一种或多种另外的/第二治疗剂的相容性和/或要实现的期望的治疗和/或预防效果。通常，预期组合使用的另外的/第二治疗剂的使用水平不超过它们单独使用的水平。因此，在一些实施方案中，组合使用的水平将低于单独使用的水平。

第二药剂可以是但不限于抗增殖剂、抗癌剂、抗糖尿病剂、抗炎剂、免疫抑制剂或止痛剂。这样的治疗剂包括小的有机分子，例如药物化合物(例如，由FDA或欧洲药品管理局批准的化合物)、多肽(包括核蛋白、粘蛋白、糖蛋白、脂蛋白和任何靶标结合构型的抗体，其中所述多肽是合成的或天然存在的)、碳水化合物(例如，单糖、寡糖和多糖)、与蛋白质连接的小分子、类固醇、核苷酸、核苷和核酸(例如，DNA和RNA，包括配置为RNAi的任何RNA，无关长度(例如，反义寡核苷酸或shRNA))、脂质、维生素和细胞(例如，基因修饰的细胞(例如，适用于CAR-T疗法的基因工程免疫细胞)或以同种异体造血细胞移植(HCT)形式施用的细胞。

在某些实施方案中，所述另外的/第二治疗剂为Bcl-2抑制剂，例如APG-1252、APG-2575、BP1002(prexigebersen)、称为奥利默森(oblimersen)的反义寡核苷酸(G3139)/S55746/BCL201或维奈托克(例如，维奈托克片剂，以

销售)；CDK9抑制剂如alvocidib/DSP-2033/夫拉平度(flavopiridol)、AT7519、AZD5576、BAY1251152、BAY1143572、CYC065、nanoflavopiridol、NVP2、seliciclib(CYC202)、TG02、TP-1287、VS2-370或voruciclib(原来的P1446A-05)；激素受体(例如，***受体)降解剂，诸如氟维司群(例如，以

销售以及其他)；Flt3(FMS样酪氨酸激酶3)抑制剂如CDX-301、CG'806、CT053PTSA、crenolanib(例如，crenolanib苯磺酸盐)、ENMD-2076、FF-10101-01、FLYSYN、gilteritinib(ASP2215)、HM43239、lestautinib、帕纳替尼(例如，以

销售，之前为AP24534)、NMS-088、索拉非尼(例如，以

销售)、舒尼替尼、pacritinib、pexidartinib/PLX3397、奎扎替尼(quizartinib)、米哚妥林(例如，以

销售)、SEL24、SKI-G-801或SKLB1028；PARP抑制剂，诸如奥拉帕尼(例如，以

销售)、卢卡帕尼(rucaparib)(例如，以

销售)、他拉唑帕利(例如，以

销售)、维利帕尼(veliparib)(ABT-888)或尼拉帕尼(例如，以

销售)；BET抑制剂，诸如ABBV-075、BAY-299、BAY-1238097、BMS-986158、CPI-0610、CPI-203、FT-1101、GS-5829、GSK-2820151、GSK-525762、I-BET151、I-BET762、INCB054329、JQ1、MS436、OTX015、PFI-1、PLX51107、RVX2135、TEN-010、ZEN-3694或在美国专利申请12/810,564(现为美国专利8,476,260)中公开的化合物，该专利通过引用整体并入本文；铂基治疗剂，例如顺铂、奥沙利铂(例如，以

销售)、奈达铂、卡铂(例如，以

销售)、phenanthriplatin、吡铂、赛特铂(JM216)或四硝酸三铂；CDK4/6抑制剂，诸如BPI-1178、G1T38、帕博西尼(例如，以

销售)、瑞博西尼(例如，以

销售)、ON123300、trilaciclib或阿贝西利(例如，以

销售)；MEK抑制剂，诸如曲美替尼(例如，以

销售)、考比替尼或binemetinib；PI3K/AKT/mTOR途径的抑制剂(例如，gedatolisib)；或磷酸肌醇3激酶(PI3激酶)抑制剂，任选地为I类(例如，IA级)和/或任选地针对具体的PI3K亚型(isoform)。所述PI3K抑制剂可以是apitolisib(GDC-0980)、艾代拉里斯(例如，以

销售)、copanlisib(例如，以

销售)、duvelisib(例如，以

销售)、pictilisib、阿培利斯(例如，以

销售)或卡培他滨。

在其他实施方案中，所述另外的/第二药剂可以为卡培他滨(例如，以

销售)。在其他实施方案中，所述另外的/第二药剂可以为吉西他滨(与本发明化合物组合治疗例如，TNBC、CRC、SCLC或胰腺癌(例如，PDAC))。在其他实施方案中，所述另外的/第二药剂可以为抗代谢物，例如嘧啶类似物5-氟尿嘧啶(5-FU)，其可以与式(I)、(Ia)的化合物，其种类或其指定形式以及甲酰四氢叶酸、甲氨蝶呤或奥沙利铂中的一种或多种组合使用。在其他实施方案中，所述另外的/第二药剂可以为芳香酶抑制剂，诸如依西美坦或anastrasole。

APG-1252是一种双重Bcl-2/Bcl-XL抑制剂，在早期临床试验中显示出前景，当患有SCLC或其他实体瘤的患者每周两次静脉内给药10-400mg(例如160mg)之间，在28天的周期中持续3周。(参见Lakhani等人，J.Clin.Oncol.36:15_suppl,2594，以及ClinicalTrials.gov识别码NCT03080311)。APG-2575是Bcl-2选择性抑制剂，已在FL和DLBCL与依鲁替尼组合的临床前研究中显示出前景(参见Fang等人，AACR Annual Meeting2019,Cancer Res.79(13Suppl)：摘要No.2058)，并已开始作为血癌患者的单药疗法进行临床试验；在剂量递增研究中，患者每天一次口服20mg，连续四个星期作为一个周期。计划将其逐步升高至50、100、200、400、600和800mg，以识别MTD(参见ClinicalTrials.gov识别码NCT03537482)。BP1002是靶向Bcl-2mRNA的不带电荷的P-乙氧基反义寡聚脱氧核苷酸，与其他反义类似物相比，可能具有更少的不良反应，并且在抑制BP1002孵育四天的人淋巴瘤细胞系和植入SCID小鼠中的CJ细胞(转化的FL细胞)的生长方面显示出了前景(参见Ashizawa等人，AACR Annual Meeting 2017,Cancer Res.77(13Suppl：摘要No.5091)。BP1002也已与阿糖胞苷(LDAC)组合治疗患有AML的患者(参见ClinicalTrials.gov识别码NCT04072458)。S55746/BCL201是口服可用的选择性Bcl-2抑制剂，在小鼠中证明其在两种血癌异种移植模型中均具有抗肿瘤功效(Casara等人，Oncotarget 9(28):20075-88,2018)。I阶段的剂量递增研究设计为将含有50或100mg的S55746的薄膜包衣片剂以高达1500mg的剂量施用至具有CLL或B细胞NHL的患者(包括FL、MCL、DLBCL、SLL、MZL和MM(参见ClinicalTrials.gov识别码NCT02920697)。维奈托克片剂已被批准用于治疗成年CLL或SLL患者，并与氮杂胞苷或地西他滨或低剂量阿糖胞苷组合用于在至少75岁或患有不能使用强化诱导化疗的合并症的患者中治疗新诊断的AML。CLL/SLL的剂量可以遵循为期五周的启动时间表，而AML的剂量可以遵循为期四天的启动时间表，两者均在产品插页中进行了介绍，并附有其他相关信息(也参见美国专利8,546,399；9,174,982和9,539,251，其全部内容通过引用并入本文)。在AML患者中Alvocidib与阿糖胞苷/米托蒽醌或阿糖胞苷/柔红霉素组合被研究，其施用细节可在ClinicalTrials.gov上获得，识别码为NCT03563560(另请参见Yeh等人，Oncotarget 6(5):2667-2679,2015、Morales等人Cell Cycle 15(4):519-527,2016和Zeidner等人，Haematologica 100(9):1172-1179,2015)。AT7519已按剂量递增方式向患有难治性实体瘤的合格患者施用。尽管有一些临床活性的证据，但按照Mahadevan等人描述的剂量方案，QTc延长的出现妨碍了其进一步发展(J.Clin.Oncol.ASCO摘要No.3533；另见Santo等人，Oncogene 29:2325-2336,2010，其描述了AT7519在MM中的临床前活性)。AZD5576在纳摩尔水平上诱导乳腺癌和肺癌细胞系的凋亡(参见Li等人，Bioorg.Med.Chem.Lett.27(15):3231-3237,2017)，并且已检查单独或与acalabrutinib组合用于治疗NHL(参见AACR 2017摘要No.4295)。BAY1251152是I期临床试验的对象，以表征晚期血癌患者的MTD；在21天的周期内每周注入该试剂(参见ClinicalTrials.gov识别码NCT02745743；另参见Luecking等人，AACR 2017摘要No.984)。Voruciclib是临床阶段的口服CDK9抑制剂，其抑制MCL-1并使高危DLBCL对BCL2抑制敏感。Dey等人(Scientific Reports 7:18007,2017)表明，voruciclib和维奈托克的组合有望用于一部分高危DLBCL患者(另参见ClinicalTrials.gov识别码NCT03547115)。氟维司群已被批准施用于具有晚期激素受体(HR)阳性、HER2阴性乳腺癌，带有HR阳性转移性乳腺癌的绝经后妇女，其病情在经过其他抗***疗法治疗后进展，并与帕博西尼

组合使用。氟维司群在第1、15和29天肌内注射500或250mg(对于中度肝功能不全的患者建议使用较低剂量)，此后每月一次(参见产品插页以获取更多信息；参见美国专利6,744,122；7,456,160；8,329,680；和8,466,139，其各自均通过引用整体并入本文)。帕纳替尼已在临床试验中施用于CML或ALL患者(参见ClinicalTrials.gov识别码NCT0066092072、NCT012074401973、NCT02467270、NCT03709017、NCT02448095、NCT03678454和NCT02398825)以及实体瘤，例如胆道癌和NSCLC(NCT02265341、NCT02272998、NCT01813734、NCT02265341、NCT02272998、NCT01813734、NCT02265341、NCT02272998、NCT01813734、NCT01935336、NCT03171389和NCT03704688；另参见Tan等人的评论文章Onco.Targets Ther.12:635-645,2019)。有关给药方案的另外的信息可在产品插页中找到；参见美国专利8,114,874；9,029,533；和9,493,470，其各自通过引用整体并入本文。索拉非尼已被批准用于治疗肾癌和肝癌、AML和放射性碘耐药的晚期甲状腺癌，并且已开始在患有韧带样型纤维瘤病的患者中进行临床试验(参见ClinicalTrials.gov识别码NCT02066181)。有关剂量的信息可在产品插页中找到，该插页建议每天施用两次400mg的片剂；参见美国专利7,235,576；7,351,834；7,897,623；8,124,630；8,618,141；8,841,330；8,877,933；和9,737,488，其各自通过引用整体并入本文。米哚妥林已被施用于患有AML、MDS或全身性肥大细胞增多症的患者，并发现与常规诱导和巩固疗法相结合可显著延长FLT3突变的AML患者的生存期(参见Stone等人，ASH 57th AnnualMeeting,2015和Gallogly等人，Ther.Adv.Hematol.8(9):245-251,2017；clin另参见产品插页、ClinicalTrials.gov识别码NCT03512197和美国专利7,973,031；8,222,244；和8,575,146，其各自通过引用整体并入本文。阿培利斯(Alpelisib)是一种激酶抑制剂，其表明与氟维司群组合使用可治疗带有HR+/HER2-/PIK3CA突变、在基于内分泌的治疗方案时或之后进展后由FDA批准的试验确定为晚期或转移性乳腺癌的绝经后的女性和男性。推荐剂量为300mg(两片150mg片剂)，每天与食物一起口服一次，其与所有化学治疗药物一样，可以中断、减少或中止以管理不良反应。紫杉醇以非水溶液形式提供，用于在静脉内输注前用合适的肠胃外液体稀释。在商品名

下，分别以30mg、100mg和300mg小瓶形式提供，并可用于本文所述的组合疗法以治疗多种癌症，包括膀胱癌、乳腺癌、食道癌、输卵管癌或卵巢癌、肺癌、皮肤癌(黑色素瘤)和***癌。帕博西尼已获批准用于HR+/HER2-晚期或转移性乳腺癌，建议口服剂量为每天125mg。它可以与单独本发明的化合物一起使用或与芳香酶抑制剂或氟维司群组合使用。此处提供的和可公开获得的信息可用于实践本发明的方法和用途。在有疑问的情况下，本发明涵盖需要本发明的化合物或其指定形式和任何一种或多种另外的/第二药剂的组合疗法，所述另外的/第二药剂可以以目前批准用于单独使用的剂量或更低剂量施用(例如，如上文所述)。三重组合包括式(I)、(Ia)的化合物，其种类或其指定形式，与：阿培利斯和氟维司群或阿培利斯和紫杉烷类(例如，用于治疗NSCLC)。

在一个实施方案中，治疗方法包括向患有肉瘤(例如，骨肉瘤、横纹肌肉瘤或尤因氏肉瘤)的患者施用治疗有效量的本文所述的化合物(例如，式I或(Ia)(例如化合物100、101或102)的化合物)或其指定形式和治疗有效量的PARP抑制剂(例如，奥拉帕尼(例如，以

销售)、瑞卡帕布(rucaparib)(例如，以

销售)、他拉唑帕利(talazoparib)(例如，以

销售)、维利帕尼(ABT-888)或尼拉帕尼(例如，以

销售)。这些“用途”也在本发明的范围内。

本发明还涵盖试剂盒(例如，药物包装)。所述试剂盒可用于预防和/或治疗本文所述的任何疾病。所提供的试剂盒可包含本发明的药物组合物或化合物；和用于存储、重构和/或施用化合物或组合物的容器(例如，小瓶、安瓿瓶、瓶子、注射器和/或分配器包装，或其他合适的容器)。在一些实施方案中，提供的试剂盒可以任选地进一步包括第二容器，该第二容器包含用于稀释或悬浮本发明的药物组合物或化合物的药物赋形剂。在一些实施方案中，将容器和第二容器中提供的药物组合物或化合物组合以形成一个单位剂型。在一些实施方案中，提供的试剂盒可任选地进一步包括第二或第三容器，其包含与本发明的药物组合物或化合物组合施用的另外的治疗剂。所述试剂盒还可包括可用于施用其中所含活性剂的任何类型的用具(例如，管、注射器、针头、无菌敷料、胶带等)。在某些实施方案中，所述试剂盒可用于在受试者中预防和/或治疗增殖性疾病。在某些实施方案中，所述试剂盒进一步包括用于向受试者施用化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、互变异构体、同位素和标记的衍生物或它们的药物组合物以预防和/或治疗增殖性疾病的说明书。

在另一方面，本发明提供了用于在受试者中治疗增殖性疾病的式I或式Ia的化合物及其药学上可接受的盐、溶剂化物和水合物。在某些实施方案中，本发明提供了用于在受试者中治疗增殖性疾病本文所述的化合物及其药学上可接受的盐和组合物。在某些实施方案中，本发明提供了用于抑制细胞生长的本文所述的化合物及其药学上可接受的盐和组合物。在某些实施方案中，本发明提供了用于诱导细胞凋亡的本文所述的化合物及其药学上可接受的盐和组合物。在某些实施方案中，本发明提供了用于抑制转录的本文所述的化合物及其药学上可接受的盐和组合物。

实施例

本文所述的化合物可以由容易获得的起始原料并根据下述合成方案制备。可替代地，本领域普通技术人员可以容易地修改所公开的方案。例如，将理解的是，在给出工艺条件(例如，反应温度、反应时间、反应物的摩尔比、溶剂、压力等)的情况下，也可以使用其他工艺条件。

另外，并且对于本领域普通技术人员将显而易见的是，保护基可用于防止某些官能团发生不希望的反应。选择用于特定官能团的合适的保护基团以及用于保护和脱保护的合适条件是本领域众所周知的。例如，Greene等人公开了许多保护基及其引入和除去的指导(Protecting Groups in Organic Synthesis,第二版，Wiley,New York,1991，以及其中引用的参考文献)。

实施例1：(2R,5R)-5-氨基-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯和(2S,5S)-5-氨基-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯的合成

步骤1：5-(叔丁氧羰基氨基)-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯

在0℃，我们向含有市售外消旋反式N-(6-甲基-3-哌啶基)氨基甲酸叔丁酯(5g，23.33mmol，1当量)和NaHCO₃(13.72g，163.32mmol，7当量)在四氢呋喃(THF；50mL)和H₂O(50mL)中的溶液中逐滴加入CbzCl(5.97g，35.00mmol，4.98mL，1.5当量)。将该混合物在15℃搅拌2小时，然后倒入水(50mL)中，并用乙酸乙酯(EtOAc；50mL x 3)萃取。合并的有机层用盐水(50mL×3)洗涤，经Na₂SO₄干燥，并过滤。减压浓缩滤液，并将残余物通过中压液相色谱(MPLC；SiO₂，PE∶EtOAc＝5∶1至1∶1)纯化以得到标题化合物，为黄色固体(9.7g，18.04mmol)，产率为77.32％，纯度为64.8％)。

步骤2：(2R,5R)-5-氨基-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯和(2S,5S)-5-氨基-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯：

向外消旋的反式5-(叔丁氧羰基氨基)-2-甲基-吡啶-1-甲酸苄酯(9.7g，27.84mmol，1当量)在EtOAc(100mL)中的混合物中添加HCl/EtOAc(15mL，4M)，并将该混合物在15℃搅拌1小时。然后，我们过滤该混合物并收集滤饼。将固体溶于甲醇(MeOH；15mL)中，使用强酸性阳离子交换树脂(此处为

A21)将pH调节至9，然后过滤混合物并将滤液浓缩。残余物通过超临界流体色谱(SFC；柱：由Daicel出售，以

销售(用于色谱法的化学药品)ODH(250mm×30mm，5μm)；流动相：[0.1％NH_3.H₂O MeOH]；B％：28％-28％，16分钟)分离以得到标题化合物1(1.9g，SFC：Rt＝2.264min，93.2％ee，峰1)和标题化合物2(1.9g，SFC：Rt＝2.593min，98.6％ee，峰2)，均为浅黄色固体。峰1是结构3。峰2是结构4。

实施例2：7-二甲基磷酰基-3-[2-[[(3S,6S)-6-甲基-3-哌啶基]氨基]-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基]-1H-吲哚-6-甲腈(化合物100)的合成

步骤1：(2S,5S)-5-[[4-(7-氯-6-氰基-1H-吲哚-3-基)-5-(三氟甲基)嘧啶-2-基]氨基]-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯

我们将7-氯-3-[2-氯-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基]-1H-吲哚-6-甲腈(0.81g，2.27mmol，1当量)、(2S,5S)-5-氨基-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯(732.20mg，2.95mmol，1.3当量)和N,N-二异丙基乙胺(DIEA或DIPEA；879.41mg，6.80mmol，1.19mL，3当量)在N-甲基-2-吡咯烷酮(NMP；8mL)中的混合物于140℃搅拌1小时。该反应混合物用H₂O(100mL)稀释，并用EtOAc(50mL x 2)萃取。合并的有机层用盐水(100mL x 2)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤，并减压浓缩以得到残余物，将其通过柱色谱(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10∶1至4：1)纯化以得到标题化合物，为黄色固体(1.1g)。

步骤2：(2S,5S)-5-[[4-(6-氰基-7-二甲基磷酰基-1H-吲哚-3-基)-5-(三氟甲基)嘧啶-2-基]氨基]-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯

我们制备了(2S,5S)-5-[[4-(7-氯-6-氰基-1H-吲哚-3-基)-5-(三氟甲基)嘧啶-2-基]氨基]-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯(1.05g，1.85mmol，1当量)、甲基膦酰甲烷(720.17mg，9.23mmol，5当量)、K₃PO₄(783.45mg，3.69mmol，2当量)、Pd(OAc)₂(41.43mg，184.54μmol，0.1当量)、xantphos(C₃₉H₃₂OP₂；106.78mg，184.54μmol，0.1当量)和二甲基甲酰胺(DMF；10mL)在微波密封管中的混合物，对其进行脱气并用N₂(x 3)吹扫。然后将该混合物在微波中于150℃搅拌1小时。将反应混合物用H₂O(100mL)稀释，并用乙酸乙酯(EtOAc；50mLx 3)萃取。合并的有机层用盐水(150mL×2)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以得到残余物，我们通过柱色谱(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10∶1至1∶1)纯化得到标题化合物，为黄色油状物(490mg)。

步骤3：7-二甲基磷酰基-3-[2-[[(3S,6S)-6-甲基-3-哌啶基]氨基]-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基]-1H-吲哚-6-甲腈

我们在N₂下向(2S,5S)-5-[[4-(6-氰基-7-二甲基磷酰基-1H-吲哚-3-基)-5-(三氟甲基)嘧啶-2-基]氨基]-2-甲基-哌啶-1-甲酸苄酯(440mg，720.64μmol，1当量)在EtOAc(5mL)中的溶液中添加Pd/C(200mg，10％纯度)。我们将该悬浮液在真空下脱气，用H₂吹扫几次，然后该混合物在H₂(15psi)下于20℃搅拌3小时，然后过滤。浓缩滤液以得到残余物，我们将其通过制备型HPLC(高效液相色谱；中性条件)纯化以得到标题化合物，为白色固体(142.2mg)。

将反应与50mg规模的另一反应合并以通过液相色谱质谱(LCMS)纯化。LCMS：ET6034-1492-P1C：(M+H⁺)：[email protected](10-80％ACN(乙腈)于H₂O中4.5分钟)。¹H NMR(400MHz,DMSO(二甲基亚砜)-d6)δ8.74(br d,J＝7.89Hz,1H),8.65-8.44(m,2H),8.17(brd,J＝15.35Hz,1H),7.84(br t,J＝8.11Hz,1H),7.67(br t,J＝7.02Hz,1H),3.81(br s,1H),3.10(br d,J＝11.40Hz,1H),2.45-2.38(m,1H),2.02(d,J＝13.59Hz,8H),1.64(br d,J＝11.40Hz,1H),1.49-1.34(m,1H),1.11(br d,J＝10.96Hz,1H),0.97(br d,J＝5.70Hz,3H)

实施例3：(S)-6,6-二甲基哌啶-3-胺的合成

我们将(S)-(6-氧代哌啶-3-基)氨基甲酸叔丁酯(1.00g，4.67mmol)(TetrahedronLetters,36:8205,1995)溶解在THF(47mL)中并将溶液冷却至-10℃。加入氯化锆(IV)(2.61g，11.22mmol)，并将该混合物在该温度搅拌30分钟。加入甲基溴化镁溶液(3M于***中，20.25mL，60.75mmol)，并使反应混合物缓慢升温至室温，在室温搅拌过夜。该溶液用30％NaOH水溶液淬灭，用EtOAc稀释，过滤，然后用EtOAc萃取3次。合并有机物，经硫酸钠干燥，过滤，并真空浓缩以得到粗产物，为黄色油状，其无需纯化即可使用。将该油溶解在二氯甲烷(DCM；47mL)中，并加入三氟乙酸(TFA；3.58mL，46.73mmol)。我们在室温搅拌该反应混合物16小时，将其真空浓缩并与DCM共蒸发几次以得到粗制标题化合物，为棕色油状，将其不经进一步纯化用于下一步。

实施例4：(S)-7-(二甲基磷酰基)-3-(2-((6,6-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈(化合物101)的合成。

步骤1：7-溴-1H-吲哚-6-甲酸

我们在-78℃搅拌乙烯基溴化镁(1.0M于THF(159mL，159mmol中)溶液，在1小时的时间内滴加2-溴-3-硝基苯甲酸(10.0g，39.8mmol)于THF(159mL)中的溶液。使该反应混合物达到室温并在该温度搅拌过夜，然后将该反应混合物倒入饱和氯化铵水溶液(150mL)中并用1M HCl水溶液酸化至pH 2。我们用EtOAc(3x 200mL)萃取粗产物，用硫酸钠干燥萃取物，过滤，真空浓缩。然后将残余物在DCM(100mL)中研磨，并伴随空气流干燥过夜以提供标题化合物，为浅棕色固体(7.58g，31.58mmol，79％产率)。

步骤2：7-溴-1H-吲哚-6-甲酰胺

我们在0℃搅拌7-溴-1H-吲哚-6-甲酸(6.58g，27.4mmol)于DMF(54.8mL)中的溶液并加入部分1,1'-羰基二咪唑(CDI；8.89g，54.8mmol)。将该混合物搅拌5分钟，并通过LCMS观察到中间体。然后，我们在0℃添加NH₄OH(39.5mL，274mmol)，并将溶液搅拌5分钟。用饱和氯化铵水溶液(25mL)和饱和氯化钠水溶液(25mL)淬灭反应，然后用2-甲基四氢呋喃(MeTHF；50mL)稀释。我们分离各相并再次用饱和氯化铵水溶液(25mL)和饱和氯化钠水溶液(25mL)洗涤有机层。然后将有机层经硫酸钠干燥，过滤，并在真空中浓缩以提供标题化合物，假定定量收率，将其继续进行下一步。

步骤3：7-溴-1H-吲哚-6-甲腈

我们在0℃将Et₃N(三乙胺；44.1mL，315mmol)添加到7-溴-1H-吲哚-6-甲酰胺(7.53g，31.5mmol)在DCM(315mL)中的悬浮液中，并在该温度搅拌所得橙色溶液直到获得均匀溶液为止。然后滴加MsCl(12.2mL，157mmol)，并将溶液在0℃搅拌5分钟。我们用乙酸乙酯稀释混合物并用饱和碳酸氢钠水溶液洗涤，然后用乙酸乙酯萃取水层两次。合并有机层，用盐水洗涤，经硫酸钠干燥，过滤，并真空浓缩。将残余物通过二氧化硅垫过滤(用乙酸乙酯洗脱)纯化以得到标题化合物，为褐色固体(5.80g，26.24mmol，83％产率)。

步骤4：7-溴-3-(2-氯-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈

我们将AlCl₃(1.83g，13.6mmol)添加到2,4-二氯-5-三氟甲基嘧啶(3.66mL，27.2mmol)在1,2-二氯乙烷(DCE；36.2mL)中的溶液中并在80℃搅拌得到的悬浮液30分钟。我们向该混合物中添加7-溴-1H-吲哚-6-甲腈(2.00g，9.05mmol)，并在80℃搅拌所得红色溶液，直至完全转化(4小时)。然后将反应混合物用MeTHF(100mL)稀释，并用水(100mL)洗涤。将水层用2-MeTHF(100mL)萃取，并将有机萃物液合并，经硫酸钠干燥，过滤，并真空浓缩。观察到以3：1(期望/不期望)的比率形成两种可能的区域异构体。我们通过在C18上的反相色谱(MeCN(乙腈)于水中，15至80％的梯度)纯化残余物以得到标题化合物，为米色固体(1.51g，3.76mmol，42％收率)。¹H NMR(500MHz,DMSO)δ13.00(brs,1H),9.17(s,1H),8.35(d,J＝8.4Hz,1H),8.16(d,J＝2.6Hz,1H),7.71(d,J＝8.4Hz,1H).

步骤5：(S)-7-溴-3-(2-((6,6-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈

我们在NMP(4mL)中溶解了7-溴-3-(2-氯-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈(200mg，0.498mmol)、(S)-6,6-二甲基哌啶-3-胺(95.8mg，0.747mmol)和DIPEA(174μL，0.996mmol)，然后在油浴中于130℃搅拌该反应混合物直至完全转化(3小时)。将该混合物冷却至室温，直接负载到C18柱上，并通过反相色谱(具有0.1％FA(甲酸)的MeCN于也含有0.1％FA的水中，0至100％梯度)纯化。获得标题化合物，为米色固体(245mg，0.497mmol，定量产率)。

步骤6：(S)-7-(二甲基磷酰基)-3-(2-((6,6-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)-嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈

我们在氮气下将(S)-7-溴-3-(2-((6,6-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)-嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈(180.0mg，0.365mmol)、Xantphos(21.5mg，36.5μmol)、乙酸钯(II)(4.14mg，18.2μmol)和K₃PO₄(85.2mg，0.401mmol)在2.5mL微波小瓶中合并。将二甲基氧化膦(73mg，0.912mmol)溶解在无水DMF(1mL)中，并将溶液脱气，然后在微波小瓶中与其他反应物合并。然后将具有反应混合物的密封小瓶在微波反应器中于150℃加热45分钟。将该反应混合物冷却至室温，直接负载到C18柱上，并通过反相色谱(MeCN于10mM甲酸铵水溶液中pH 3.8，梯度为15至35％)纯化。获得标题化合物，为灰白色固体(76mg，0.155mmol，42％产率)。

实施例5：(3S)-1-苄基-5,5-二甲基-哌啶-3-胺的合成

步骤1：(2S)-5-氧代吡咯烷-2-甲酸甲酯

我们在0℃向(2S)-5-氧代吡咯烷-2-甲酸(117g，906.18mmol，1当量)在MeOH(500mL)中的溶液中添加了SOCl₂(215.62g，1.81mol，131.47mL，2当量)。将该混合物在18℃搅拌1小时，然后将该反应混合物浓缩。我们用EtOAc(1000mL)和TEA(三乙胺；150mL)稀释残余物，并过滤形成的固体。蒸发滤液以得到标题化合物，为浅黄色油状物(147g，粗品)，其无需进一步纯化即可直接用于下一步。

步骤2:(S)-5-氧代吡咯烷-1,2-二甲酸1-叔丁基2-甲基酯

我们在0℃向(2S)-5-氧代吡咯烷-2-甲酸甲酯(147g，1.03mol，1当量)、DMAP(4-二甲基氨基吡啶；15.06g，123.24mmol，0.12当量)和TEA(259.80g，2.57mol，357.35mL，2.5当量)在EtOAc(500mL)中的溶液中滴加叔丁氧羰基叔丁基碳酸酯(291.37g，1.34mol，306.71mL，1.3当量)。然后将该混合物在20℃搅拌16小时。然后，我们将反应混合物用HCl(0.5M，1000mL)、饱和NaHCO₃(1000mL)、盐水(1500mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并减压浓缩以得到残余物，然后将其通过从甲基叔丁基醚(MTBE；250mL)中重结晶纯化。将反应混合物过滤并蒸发以得到标题化合物，为白色固体(获得2批；批1：108g，100％HPLC纯度；批2：53g，90％¹H NMR纯度)。

步骤3:(S)-4,4-二甲基-5-氧代吡咯烷-1,2-二甲酸1-叔丁基2-甲基酯

我们在-78℃和N₂气氛下将LiHMDS(六甲基二硅基氨基锂；1M，172.66mL，2.1当量)滴加到(S)-5-氧代吡咯烷-1,2-二甲酸1-叔丁基2-甲基酯(20g，82.22mmol，1当量)在THF(500mL)中的溶液中。添加后，将该混合物在该温度搅拌30分钟，然后在-78℃和N₂气氛下滴加CH₃I(35.01g，246.65mmol，15.36mL，3当量)。将所得混合物在20℃搅拌2.5小时。将反应混合物用饱和NH₄Cl水溶液(1000mL)稀释，并用EtOAc(300mL x 3)萃取。合并的有机层用盐水(500mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以得到残余物，将其通过MPLC纯化(SiO₂，PE：EtOAc＝4：1-3∶1)以得到标题化合物，为浅黄色固体(8g，25.95mmol，31.56％产率，88％纯度)。

步骤4：N-[(1S)-4-羟基-1-(羟甲基)-3,3-二甲基-丁基]氨基甲酸叔丁酯

我们在0℃和N₂下向(S)-4,4-二甲基-5-氧代吡咯烷-1,2-二甲酸1-叔丁基2-甲基酯(4.3g，15.85mmol，1当量)在THF(35mL)中的溶液中分批添加NaBH₄(1.80g，47.55mmol，3当量)。加入后，在0℃滴加EtOH(乙醇；8.25g，179.09mmol，10.47mL，11.3当量)。将所得混合物在20℃搅拌16小时，然后倒入饱和NH₄Cl水溶液(250mL)中并用EtOAc(100mL x 3)萃取。合并的有机层用盐水(250mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并减压浓缩以得到标题化合物，为无色油状物(3.67g，粗品)，其无需进一步纯化即可直接用于下一步。

步骤5：甲磺酸[(2S)-2-(叔丁氧羰基氨基)-4,4-二甲基-5-甲磺酰氧基-戊基]酯

我们在0℃向N-[(1S)-4-羟基-1-(羟甲基)-3,3-二甲基-丁基]氨基甲酸叔丁酯(3.67g，14.84mmol，1当量)和TEA(6.01g，59.35mmol，8.26mL，4当量)在EtOAc(25mL)中的溶液中滴加甲磺酰氯(5.10g，44.52mmol，3.45mL，3当量)。将所得混合物在20℃搅拌12小时，然后倒入H₂O(200mL)中。使用EtOAc(50mL x 3)萃取产物。有机层用盐水(30mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并蒸发以得到标题化合物，为无色油状物(6.06g粗品)，其无需进一步纯化即可直接用于下一步。

步骤6：N-[(3S)-1-苄基-5,5-二甲基-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯

在烧瓶中装有甲磺酸[(2S)-2-(叔丁氧羰基氨基)-4,4-二甲基-5-甲基-磺酰氧基戊基]酯(6.06g，15.02mmol，1当量)、苯甲胺(5.15g，48.06mmol，5.24mL，3.2当量)和二甲氧基乙烷(DME；50mL)。我们将反应混合物加热至70℃持续16小时，然后将其倒入H₂O(40mL)中。用DCM(40mL x 3)萃取产物。有机层用盐水(30mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并蒸发以得到粗产物，将其通过MPLC(SiO₂，PE∶EtOAc＝20∶1-10∶1)纯化两次以得到标题化合物，为无色油状物(580mg，1.49mmol，9.91％产率，81.7％纯度)。

步骤7：(3S)-1-苄基-5,5-二甲基-哌啶-3-胺

在烧瓶中装有N-[(3S)-1-苄基-5,5-二甲基-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯(300mg，942.05μmol，1当量)在HCl/EtOAc(15mL)中的溶液。将该混合物在25℃搅拌1小时，然后形成一些白色沉淀。我们过滤该混合物，滤饼用EtOAc(5mL)洗涤，收集并真空干燥以得到标题化合物，为白色固体(220mg，738.23μmol，78.36％收率，85.5％纯度，HCl)，白色固体可直接用于下一步。

实施例6：(S)-7-(二甲基磷酰基)-3-(2-((5,5-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈(化合物102)的合成

步骤1：(S)-3-(2-((1-苄基-5,5-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-7-溴-1H-吲哚-6-甲腈

我们将7-溴-3-(2-氯-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈(168mg，0.418mmol)、(S)-1-苄基-5,5-二甲基哌啶-3-胺(128mg，0.585mmol)和DIPEA(221μL，1.26mmol)溶解于NMP(2mL)中。我们在油浴中于130℃搅拌该反应混合物直至完全转化(4小时)。将该混合物冷却至室温，用EtOAc稀释并用饱和LiCl水溶液洗涤。分离有机层，经硫酸钠干燥，过滤，并真空浓缩以得到粗制标题化合物(240mg，0.411mmol，定量收率)，其无需进一步纯化即可用于下一步。

步骤2：(S)-3-(2-((1-苄基-5,5-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-7-(二甲基磷酰基)-1H-吲哚-6-甲腈

我们在氮气下将(S)-3-(2-((1-苄基-5,5-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-7-溴-1H-吲哚-6-甲腈(240mg，0.411mmol)、Xantphos(24.3mg，41.1μmol)、乙酸钯(II)(4.66mg，20.6μmol)和K₃PO₄(96.0mg，0.452mmol)合并于2.5mL微波小瓶中。将二甲基氧化膦(39.2mg，0.494mmol)溶解在无水DMF(1mL)中，并将溶液脱气，然后在微波小瓶中与其他反应物合并。然后将具有反应混合物的密封小瓶在微波反应器中于145℃加热45分钟。然后将反应混合物冷却至室温，用2-MeTHF稀释，并用饱和NaHCO₃水溶液和盐水洗涤。分离有机层，经硫酸钠干燥，过滤并真空浓缩，然后将残余物通过C18上的反相色谱(MeCN于10mM甲酸铵水溶液中pH 3.8，0至100％梯度)纯化。获得标题化合物，为浅棕色油状物(58.0mg，0.10mmol，24％产率)。

步骤3：(S)-7-(二甲基磷酰基)-3-(2-((5,5-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-6-甲腈

在氮气气氛下，我们向(S)-3-(2-((1-苄基-5,5-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-7-(二甲基磷酰基)-1H-吲哚-6-甲腈(58.0mg，0.10mmol)在EtOH(12.5mL)中的搅拌溶液中添加10％w/w的Pd/C(1.1mg，0.01mmol)和Boc₂O(二碳酸二叔丁酯；65.5mg，0.30mmol)。将反应混合物抽真空并回填氮气(x 3)，然后再充入氢气。然后将反应混合物在室温和氢气氛围下搅拌过夜。16小时后，我们观察到转化不完全，因此将反应混合物通过

垫过滤，并在减压下浓缩。然后用如上所述的残余物重复该反应。几乎完全消耗完起始原料(48小时)后，将反应混合物通过

垫过滤，并真空浓缩以得到粗产物，将其用于下一步。因此，将获得的油重新溶解在DCM(5mL)中，并添加TFA(0.23mL，3.0mmol)。将反应混合物在室温搅拌过夜。然后将混合物真空浓缩，并将残余物通过C18反相色谱(MeCN于10mM甲酸铵水溶液中，pH 3.8，0至100％梯度)纯化以得到标题化合物，为白色固体(11.11mg，0.023mmol，两步产率为23％)。

实施例7：CDK激酶活性的抑制。我们使用Caliper/LabChip EZ Reader(PerkinElmer，Waltham，MA)开发的每种CDK的激酶测定法，在Biortus Biosciences测定了一些化合物对CDK7、CDK9、CDK12和CDK2活性的抑制作用。这些测定法测量用以下组分于27℃孵育一段时间后作为总肽的一部分产生的磷酸化肽底物的量：待测化合物(在一系列3倍连续稀释中从10μM降至0.508nM的不同浓度)、活性CDK蛋白(具有指定的周期蛋白，对每种CDK在下面列出)、ATP(以下面所列的每种CDK/周期蛋白的K_m浓度或2mM ATP)、和底物肽(下面列出)，在以下缓冲液中：2-(N-吗啉代)乙烷磺酸盐(MES缓冲液，20mM)，pH 6.75，0.01％(v/v)Tween 20去污剂，0.05mg/mL牛血清白蛋白(BSA)，和2％DMSO。

具体而言，CDK7抑制测定使用CDK7/周期蛋白H/MAT1复合物(6nM)和“5-FAM-CDK7tide”肽底物(2μM，合成的荧光团标记的肽，序列为5-FAM-YSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSKKKK(SEQ ID NO:1)，其中“5-FAM”是5-羧基荧光素)，且在上面列出的缓冲液组合物中使用6mM MgCl₂，其中在这些条件下，CDK7/周期蛋白H/MAT1的表观ATPK_m为50μM。CDK9抑制测定使用CDK9/周期蛋白T1复合物(8nM)和“5-FAM-CDK9tide”肽底物(2μM，合成的荧光团标记的肽，其序列为：5-FAM-GSRTPMY-NH₂(SEQ ID NO:2)，其中5-FAM如上面定义，而NH₂表示C末端酰胺，且在上面列出的缓冲液组合物中使用10mM MgCl₂。CDK12抑制测定使用CDK12(aa686-1082)/周期蛋白K复合物(50nM)和如上定义的“5-FAM-CDK9tide”(2μM)，且在上面列出的缓冲液组合物中使用2mM MgCl₂。CDK2抑制测定使用CDK2/周期蛋白E1复合物(0.5nM)和如上定义的“5-FAM-CDK7tide”(2μM)，且在上面列出的缓冲液组合物中使用2mM MgCl₂。

选择每种CDK抑制测定在27℃的温育时间，以使每种测定中产生的磷酸化肽产物的分数相对于总肽浓度而言，对于未抑制的激酶约为20％(±5％)(CDK7为35分钟，CDK2为35分钟，CDK12为3小时，CDK9为15分钟)。在测试化合物滴定并导致抑制肽产物形成的情况下，将这些数据拟合以产生最佳拟合IC₅₀值。从该激酶活性抑制测定，除了CDK7/周期蛋白H/MAT1以外，每种CDK/周期蛋白在K_m ATP处的最佳拟合IC₅₀值用于计算K_i值、或每种抑制剂对每种CDK/周期蛋白的表观亲和力，其根据ATP底物竞争性抑制的Cheng-Prusoff关系(Cheng和Prusoff，Biochem.Pharmacol.,22(23)3099-3108,1973)，且具有由于酶浓度引起的抑制剂耗竭的校正项(Copeland，“Evaluation of Enzyme Inhibitors in Drug Disclover：AGuide for Medicinal Chemists and Pharmacologists”，第二版，2013年3月；ISBN：978-1-118-48813-3)：

由于紧密结合(tight-binding)抑制作用和CDK7/周期蛋白H/MAT1测定的局限性，没有计算每种抑制剂的表观K_i值，而是使用如下所述的表面等离振子共振(SPR)来测量K_d或直接化合物的结合亲和力。

实施例8：CDK7/周期蛋白H表面等离子体共振(SPR)测定方法。

我们使用Biacore T200表面等离振子共振(SPR)仪器(GE Healthcare)测量了所选化合物与CDK7/周期蛋白H二聚体的结合动力学和亲和力。在10mM MES缓冲液中，以12.5μg/mL的浓度和10μL/min的流速将二聚体胺偶联至pH 6.5的CM5传感器芯片。将靶蛋白固定在两个流通池上12-16秒以达到200-400响应单位的固定蛋白水平。

在具有150mM NaCl、0.05％表面活性剂P20和0.0002％DMSO的pH7.5的10mM HEPES缓冲液中分9步以2倍连续稀释从0.08-20nM滴定化合物。每个化合物浓度周期以100μL/min运行，接触时间为70秒，解离时间为300秒，再生时间为60秒，使用10mM甘氨酸pH 9.5，稳定时间为400秒。对于每种化合物，减去0nM化合物对照和参考流通池结合以去除背景并归一化数据。使用动力学模式通过Biacore T200 Evaluation Software(GE Healthcare)对化合物滴定进行全局拟合。确定了CDK7/周期蛋白H的化合物结合速率(binding on-rate，k_on)和解离速率(dissociation off-rate，k_off)的最佳拟合值，并使用这些值使用以下等式计算CDK7/周期蛋白H的化合物亲和力(K_d)：

基于脱靶CDK的K_i值相对于CDK7的直接化合物结合K_d(通过SPR测量)的比率，根据以下等式确定CDK7相对于CDK2、CDK9或CDK12的化合物选择性：

所示化合物(本发明的三种化合物和四种比较物)对CDK2、CDK7、CDK9和CDK12的抑制常数和解离常数以及选择性如图1中的表所示。可以看出，本发明的每种化合物对CDK7的特异性为对其他测试的CDK的至少1300倍，并且至多40,000倍。

实施例9：抑制细胞增殖(化合物100-102)。

HCC70细胞系衍生自人类TNBC，我们测试了不同浓度(4μM至126.4pM；0.5log连续稀释)的本发明代表性化合物抑制这些细胞增殖的能力。更具体地说，我们测试了与上面测试对CDK7选择性的相同的化合物(其结构如图1所示)，并且我们使用了已知的CDK抑制剂地那西利(dinaciclib)(或N-((1S,3R)-3-((5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基)氨基)环己基)-5-((E)-4-(二甲基氨基)丁-2-烯酰胺基)吡啶甲酰胺)和雷公藤甲素作为阳性对照。使细胞在添加有10％胎牛血清(FBS)的ATCC配制的RPMI-1640培养基(ATCC 30-2001)中，在5％CO₂存在的情况下，在湿室中于37℃生长。我们使用

Direct CellProliferation Assay(Life Technologies Chicago,IL USA)，根据制造商的指示并使用试剂盒随附的试剂在72小时内进行了增殖测定。测定结果示于下表。

化合物	HCC70 EC<sub>50</sub>(nM)
		化合物100	0.98
化合物101	5.6
		化合物102	2.1
比较物1	0.53
		比较物2	260
比较物3	24
		比较物4	110

实施例10：在患者来源的异种移植物(PDX)模型中的肿瘤生长抑制。

在体内选择的对CDK4/6抑制剂帕博西尼(ST1799，n＝1)具有抗药性或对帕博西尼和氟维司群(ST941，n＝1)具有抗药性的***受体阳性乳腺癌(ER+BC)PDX模型中评估肿瘤生长抑制。当肿瘤为100-200mm³时开始给药。在28天的过程中用化合物101，QD(6mg/kg，每天一次，经口)；氟维司群，SC(2.5mg/kg，每周一次给药，通过皮下注射)；帕博西尼，QD(50mpk，每天一次，经口)或化合物101(6mg/kg，每天一次，经口)和氟维司群(2.5mg/kg，每周一次，皮下注射)的组合治疗小鼠，然后观察21天。在给药的最后一天，使用以下公式计算肿瘤生长抑制(TGI)：TGI＝(V_c1-V_t1)/(V_c0-V_t0)，其中V_c1和V_t1是肿瘤提取时对照组和治疗组的平均体积，V_c0和V_t0是相同的组在开始给药时的平均体积。

在耐帕博西尼的ER+BC PDX(ST1799)模型中，化合物101和氟维司群的组合诱导了显著的TGI(89％)，在停药后直至21天都没有明显的肿瘤再生长，从而将观察到的效应与当以单一药剂施用化合物101(83％)、氟维司群(60％)或帕博西尼(21％)时区别开。此外，化合物101和氟维司群的组合优于帕博西尼和氟维司群的护理标准(standard of care，SOC)组合(75％)。在帕博西尼和氟维司群双重耐药性ER+BC PDX模型(ST941)中，以单一试剂的化合物101施用导致33％的TGI而氟维司群和帕博西尼以单一试剂或氟维司群和帕博西尼组合没有活性。相反，化合物101和氟维司群的组合显示出显著的TGI(68％；相对于氟维司群单一试剂，p＜0.0001)，表明对氟维司群的重新敏化。

图2示出了耐帕博西尼HR+BC PDX模型ST1799的TGI结果，以及图3示出了耐帕博西尼和氟维司群的HR+BC PDX模型ST941的TGI结果。我们还在另外四个PDX模型中观察到了TGI；BR5010(模拟TNBC)、LU5178(模拟小细胞肺癌(SCLC))、OV15398(模拟高级浆液性卵巢癌(HGSOC))和ST390(模拟胰管腺癌(PDAC))。在TNBC模型中，将化合物101以10mg/kg QD或5mg/kg BID向携带肿瘤的NOD/SCID小鼠口服施用21天。在SCLC和HGSOC模型中，将化合物101以3mg/kg BID向携带肿瘤的NOD/SCID小鼠口服施用21天。在PDAC模型中，将化合物101以6mg/kg QD向携带肿瘤的NOD/SCID小鼠口服施用。在TNBC、SCLC和HGSOC模型中，在治疗期间以及停止治疗后的另外21天中测量肿瘤体积。在治疗结束时(第21天)观察到的％TGI的计算公式为：1-[(治疗结束时的平均TV化合物101–第0天时的平均TV化合物101)/(治疗结束时的平均TV Veh–第0天时的平均TV Veh)]x100。％消退的计算公式为：(治疗结束时的平均TV化合物101)/(第0天时的平均TV化合物101)x100。研究结束时(第42天)使用相同的计算。结果示于图4。这些结果表明，在各种肿瘤类型中，以良好耐受的剂量达到深度和持续性TGI，包括消退。在给药后4小时内观察到异种移植组织中剂量依赖性转录响应并持续24小时。当在TNBC PDX模型中以QD或BID施用相同的总剂量时，观察到相似的TGI，这表明该作用是AUC或C_min驱动的。此外，在SCLC中观察到的TGI(在LU5178 PDX模型中)在先前的共价CDK7抑制剂研究中未观察到(数据未显示)。关于PDAC的模型，我们发现化合物101在所检查的时间内(～28天)以远低于MTD的剂量诱导了100％TGI：在第21天，媒介物治疗的小鼠中的肿瘤体积为～1,250mm³，但化合物1治疗的小鼠(6mg/kg QD，PO)中仅为约250mm³。虽然化合物101可以在测试的PDAC PDX肿瘤中以亚MTD剂量达到100％TGI，但共价CDK7抑制剂以其MTD仅达到中等的TGI(40mg/kg BIW，通过静脉施用，具有明显体重减轻(8.4％)和注射部位坏死；数据未显示)。

本领域普通技术人员仅使用常规实验就将认识到或能够确定本文所述的具体实施方案的许多等同方案。本文详细描述的实施方案并不旨在限制本发明的范围。本领域的普通技术人员将理解，可以对所描述的实施方案进行各种改变和修改，而不脱离如所附权利要求所限定的本发明的精神或范围。

实施例11.化合物101与各种第二药剂组合的体外研究

在此处描述的研究中，来自HR+乳腺癌(T47D系；PIK3CA p.H1047R，MCF7；PIK3CAp.E545K)、SCLC(NCI-H1048)和CRC(RCO；BRAF p.V600E，SW480；KRAS p.G12V)的癌细胞系根据制造商的建议在其偏好的培养基中生长至70％的融汇度。在SCLC细胞系(NCI-H1048)中，将化合物101与SOC化疗剂吉西他滨(DNA合成抑制剂)和卡铂(DNA损伤剂)组合测试。在CRC细胞系(RKO；BRAF p.V600E)中，将化合物101与SOC化疗剂奥沙利铂(DNA损伤剂)组合测试。此外，在CRC中，化合物101与选择性MAPK途径抑制剂曲美替尼组合在两种具有MAPK途径改变的CRC细胞系中进行了测试；RKO(BRAF p.V600E突变体)和SW480(KRAS p.G12V突变体)。在HR+MCF-7细胞中，将化合物101与SOC试剂卡培他滨(抗代谢药)组合进行测试。在PIK3CA激酶具有活化突变的HR+细胞系MCF7和T47D中，将化合物101与PIK3CA选择性抑制剂阿培利斯组合进行测试。

在测定当天，提取细胞并使用Countess II FL(Life Technologies)计数。使用自动分配器(此处为Multidrop^TMCombi Reagent Dispenser)，将含有20,000-50,000个细胞/ml的50μL优选细胞培养基分配到黑色的384孔Nunc板(Thermo)中，并允许在添加化合物之前附着过夜。使用具有HP D300e Digital Dispenser(HP)的Synergy Plate Format将化合物阵列分配到384孔测定板中。将化合物101和其他TEST试剂溶解在DMSO中以制成储备液，其允许更精确的分配。但是，由于溶解度和反应性，铂试剂溶解在水中并添加了0.03％Tween-20以便使用数字打印机(digital printer)进行分配。将化合物一式四份铺在384孔板的每个四分之一扇形体(quadrant)中。每个四分之一扇形体包含具有SY-1365和卡铂或奥沙利铂(TEST/测试试剂)的组合的测试孔，以及单一试剂列和媒介物孔。

将化合物101从左到右以从高到低的浓度(8列)铺板，从顶部到底部(7行)将不同浓度的卡铂或奥沙利铂(TEST)铺板在协同作用孔中。基于单一试剂的活性选择浓度以覆盖活性的全等效线图。将单一试剂按剂量铺板在两列中，三分之一的列为仅用DMSO/媒介物处理的孔。对每种细胞系接种单独的平板以测定细胞的“零时间”/“第零天”数，以分析不同的细胞生长抑制作用与细胞毒性作用。在添加化合物的当天，确定零时间板的活力以从细胞杀伤作用中识别生长抑制作用。

加入化合物后，将细胞板在37℃培养箱中培养5天。按照制造商的规程，使用

2.0(Promega)评估细胞活力。数据使用Chou-Talalay提出的中值效应原理在CalcuSyn中进行了分析，并使用GraphPad Prism Software进行了可视化。评估的关键参数是组合指数和剂量降低指数。

我们发现化合物101与SOC化疗(SCLC中的吉西他滨或卡铂，CRC中的奥沙利铂或HR+乳腺癌中的卡培他滨)的组合显示出协同作用，并且优于单独使用任何一种药剂。化合物101与靶向试剂曲美替尼(一种经批准用于治疗BRAF p.V600E突变黑色素瘤和NSCLC的选择性MAPK途径抑制剂)的组合在BRAF p.V600E突变CRC和KRAS p.G12V突变CRC(其在MAPK途径中具有不同的突变)中显示出显著的协同作用。化合物101与靶向试剂阿培利斯(一种批准用于治疗PIK3CA突变HR+BC的选择性PIK3CA抑制剂)的组合在代表PIK3CA两种最常见活化突变(p.E545K和p.H1047R)的两种HR+细胞系中均表现出显著的协同作用。使用CalcuSyn利用Chou-Talalay提出的中值效应原理确定所有协同作用，并使用GraphPad PrismSoftware进行可视化。通过在添加卡铂或奥沙利铂下化合物101的IC₅₀的变化或通过在较少量的任一种单一试剂情况下增加的抗增殖作用，可以反映出组合效应。这在图5的等效线图中形象显示，其中对角线下方的点反映协同作用。

实施例12.在TNBC、HGSOC和SCLC PDX模型中对化合物101的深度和持续响应

我们在12种不同的PDX模型(Crown Biosciences)中评估了各种肿瘤适应症中的TGI，其中PDX代表SCLC(n＝5；LU5180、LU5178、LU5192、LU5173、LU5210)、TNBC(n＝4；BR5010、BR1458、BR5399、BR10014)和HGSOC(n＝3；OV15398、OV5392、OV15631)。当肿瘤为150-300mm³时开始给药。用化合物101，QD(6或10mg/kg，每天一次，经口)或BID(3或5mg/kg，每天两次，经口)治疗小鼠，历时21天，然后21天的观察期。在给药的最后一天使用以下公式计算TGI：TGI＝(V_c1-V_t1)/(V_c0-V_t0)，其中V_c1和V_t1是肿瘤提取时对照组和治疗组的平均体积，而V_c0和V_t0是相同的组在开始给药时的平均体积。

为了执行全外显子组测序(WES)，我们使用

Blood和组织试剂盒(TissueKit)通过制造商方案从传代匹配的肿瘤中分离了DNA，并使用Agilent’s SureSelectXTHuman All Exon V6试剂盒将其发送到Wuxi Aptec进行WES。样品的测序深度为～300x。通过Skewer(v0.2.1)修剪读数以除去衔接子序列。然后使用Sentieon工具(BWA，DeDup，Realigner和QualCal(v201808.03))对读取结果进行映射(mapped)和进一步处理。使用Sentieon’s Haplotyper工具调用变体，并使用Ensembl’s Variant Effect Predictor(VEP，release_96.2)进行初始注释。FATHMM-MLK还用于注释变体作用。满足以下条件的变体包括在样品表征中：(1)变***于蛋白质编码基因中；(2)变体影响蛋白质序列或导致移码；(3)通过SIFT、PolyPhen或FATHMM-MLK(≥0.75)将错义突变按损害分类；(4)变异等位基因频率≥10％。使用CNVkit(v0.9.1)调用跨捕获区域的拷贝数(CN)变异，并使用跨其捕获区域的平均CN来计算个体基因的CN。对于模型LU5210，突变/CNV数据可从PDX供应商(CrownBiosciences Inc.)提供的WES数据中获得。

在这些剂量下，在所有模型中的21天给药期结束时，化合物101诱导了至少50％的TGI。在模型的子集(58％，7/12)中，化合物101的响应较深(>95％TGI或消退)并且持续存在，在停止治疗后的21天中没有肿瘤再生的迹象(参见图6)。化合物101具有良好的耐受性，在所有测试的每日一次剂量下均没有明显的体重减轻，表明在携带肿瘤的小鼠中，MTD大于10mg/kg每天一次。在所测试的每种适应症中均观察到了深度而持续的响应。

Claims (32)

1.结构式(I)的化合物：

或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式，其中：

R¹为甲基或乙基；

R²为甲基或乙基；

R³为5-甲基哌啶-3-基、5,5-二甲基哌啶-3-基、6-甲基哌啶-3-基或6,6-二甲基哌啶-3-基，其中R³中的一个或多个氢原子任选地被氘替代；且

R⁴为-CF₃或氯。

2.权利要求1所述的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式，其中(i)R¹为甲基且R²为甲基或(ii)R¹为甲基且R²为乙基。

3.权利要求1或2所述的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式，其中R⁴为-CF₃。

4.权利要求1或2所述的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式，其中R⁴为氯。

5.权利要求1-4中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式，其中R³为5-甲基哌啶-3-基，其中R³中的一个或多个氢原子任选地被氘替代。

6.权利要求1-4中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式，其中R³为5,5-二甲基哌啶-3-基，其中R³中的一个或多个氢原子任选地被氘替代。

7.权利要求1至4中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式，其中R³为6-甲基哌啶-3-基，其中R³中的一个或多个氢原子任选地被氘替代。

8.权利要求1至4中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、立体异构体或立体异构体的混合物、互变异构体或同位素形式，其中R³为6,6-二甲基哌啶-3-基，其中R³中的一个或多个氢原子任选地被氘替代。

9.权利要求1所述的化合物，其具有结构式(Ia)：

或其药学上可接受的盐、溶剂化物、互变异构体或同位素形式，其中R³为

10.权利要求9所述的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、互变异构体或同位素形式，其中(i)R¹为甲基且R²为甲基或(ii)R¹为甲基且R²为乙基。

11.权利要求9或10所述的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、互变异构体或同位素形式，其中R⁴为-CF₃。

12.权利要求9或10所述的化合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物、互变异构体或同位素形式，其中R⁴为氯。

13.权利要求9至12中任一项所述的化合物，其中所述化合物为：

或是前述化合物任一种的药学上可接受的盐、溶剂化物、互变异构体或同位素形式。

14.权利要求13所述的化合物，其中所述化合物为

或其药学上可接受的盐。

15.前述权利要求中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，其中R³中的一个或多个氢原子被氘替代。

16.前述权利要求中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，其中R³中没有氢原子被氘替代。

17.前述权利要求中任一项所述的化合物的溶剂化物。

18.权利要求17所述的溶剂化物，其中所述溶剂化物是水合物。

19.药物组合物，其包含权利要求1-16中任一项的化合物或其药学上可接受的盐或权利要求17或权利要求18所述的溶剂化物，以及药学上可接受的载体。

20.权利要求19所述的药物组合物，其中所述组合物被配制用于口服施用。

21.权利要求19或权利要求20所述的药物组合物，其中所述组合物被配制成单位剂型。

22.权利要求19-21中任一项的药物组合物在有需要的受试者中治疗或预防疾病中的用途，其中所述疾病是增殖性疾病、炎性疾病、自身炎性疾病、自身免疫性疾病或传染性疾病。

23.权利要求22所述的药物组合物的用途，其中所述疾病是增殖性疾病。

24.权利要求23所述的药物组合物的用途，其中所述增殖性疾病是癌症、良性赘生物或病理性血管生成。

25.权利要求24所述的药物组合物的用途，其中所述癌症是血癌。

26.权利要求24所述的药物组合物的用途，其中所述癌症的特征在于实体瘤的存在。

27.权利要求26所述的药物组合物的用途，其中所述癌症是乳腺癌、胃肠道癌，任选地结直肠癌、肺癌，任选地小细胞或非小细胞肺癌、胰腺癌、***癌或尤文氏肉瘤。

28.权利要求27所述的药物组合物的用途，其中所述乳腺癌是激素受体阳性(HR+)乳腺癌，任选地***受体阳性(ER+)或孕酮受体阳性(PR+)乳腺癌、激素受体阴性癌症、三阴性乳腺癌(TNBC；ER-/PR-/HER2-)或三阳性乳腺癌。

29.试剂盒，其包含权利要求19-21中任一项的药物组合物、使用说明书，以及任选地选自抗增殖剂、抗癌剂、免疫抑制剂和止痛剂的第二药剂。

30.权利要求19-21中任一项的药物组合物在治疗或预防受试者中疾病的用途，其中所述疾病是增殖性疾病、炎性疾病、自身炎性疾病、自身免疫性疾病或传染性疾病，所述受试者已确定具有以下中的一项或多项：CDK7的表达或活性升高；高级癌症；其中类固醇受体过表达的细胞表型；三阴性乳腺癌；和对先前施用的化学治疗剂具有抗药性。

31.权利要求30的用途，其中所述先前施用的化学治疗剂是CDK抑制剂，优选CDK4/6抑制剂，或类固醇受体降解剂。

32.权利要求31所述的用途，其中所述CDK抑制剂是帕博西尼且所述类固醇受体降解剂是氟维司群。

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