CN116082337B - 炔基取代的杂环化合物,其制法与医药上的用途 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了炔基取代的杂环化合物,其制法与医药上的用途,具体地,本发明公开了结构如式I所示的炔基取代的杂环化合物,各基团定义如说明书中所定义;包含所述化合物的药物组合物以及所述化合物在治疗细胞增殖性疾病(例如癌症)等中的用途。
Description
技术领域
本发明属于医药领域,具体涉及炔基取代的杂环化合物,其制法与医药上的用途。
背景技术
细胞周期蛋白依赖性激酶(CDK)/周期蛋白复合物被鉴定为RNA聚合酶II转录机制的保守组分。目前存在20种哺乳动物CDK。在哺乳动物CDK中,CDK7具有坚实的激酶活性,且仅有CDK7具有调控细胞周期进程和转录的双重功能。在胞质溶胶中,CDK7作为异源三聚体复合物存在并且被认为起着CDK1/2/4/6激活激酶(CAK)的作用,由此CDK7对CDK1/2/4/6中的保守残基的磷酸化是完全催化性CDK活性和细胞周期进程所必需的。在细胞核中,CDK7形成RNA聚合酶II转录因子复合物的激酶核心,并且负责磷酸化RNA聚合酶II的C-末端结构域(CTD),这是基因转录起始的必要步骤。CDK7的两个功能(即CAK和CTD磷酸化)一起支持细胞增殖、细胞周期和转录的关键方面。
CDK7作为总体转录的调控因子,可作为治疗许多疾病和综合症的治疗性靶点。CDK7可在转录调控区中和多个转录因子、辅因子、染色质调控因子以及非编码RNA中的相互作用以调控转录。而这些转录因子、辅因子、染色质调控物或非编码RNA的突变可以导致癌症、自身免疫病、神经***障碍、发育综合症、糖尿病、心血管疾病和肥胖症等疾病。其中一些转录因子可控制RNA聚合酶II介导的转录起始和延伸,并且当它们的表达或功能改变时,可以产生侵袭性肿瘤细胞(例如c-Myc引起的)或某些形式的自身免疫性(例如AIRE引起的)。因此,CDK7激酶可通过调控总体转录过程来促进与肿瘤相关的某些转录因子的异常表达,以及通过调控细胞周期关键激酶的磷酸化以促进肿瘤发展。更重要的是,与癌细胞中其他管家基因相比,CDK7更显著地调控致癌转录因子的表达。CDK7的抑制可以差异性影响某些癌基因和管家基因的转录,因此可以确保治疗窗口。通过调控CDK7介导的磷酸化修饰来进行转录调控和细胞周期调控,可用于治疗包括癌症在内的增殖异常疾病。作为转录的总体调控因子,CDK7也可作为治疗疾病如炎症、病毒复制例如HIV、EBV、癌症和心脏肥大的治疗靶点。
CDK家族成员激酶结构域的高度序列和结构相似性阻碍了CDK7选择性抑制剂的发现。因此,开发选择性CDK7抑制剂,对于临床应用有重要价值。
发明内容
在本发明的一方面,本发明公开了式I所示的化合物或其药学上可接受的盐;
其中,
R1为氢、卤素或C1-6烷基,所述C1-6烷基任选被1、2或3个卤素或C1-3烷基取代;
Cy1环为5至6元杂环基,所述5至6元杂环基任选被1或2个卤素或C1-3烷基取代;
X1为N。
在发明的一些方案中,上述式I所示的化合物为式II化合物;
其中,
R1为氢、卤素或C1-6烷基,所述C1-6烷基任选被1、2或3个卤素或C1-3烷基取代;
X1为N;
R3、R4分别独立地为氢、卤素或C1-6烷基,所述C1-6烷基任选被1、2或3个卤素或C1-3烷基取代;
R5分别独立地为氢、卤素或C1-6烷基,所述C1-6烷基任选被1、2或3个卤素或C1-3烷基取代。
在发明的一些方案中,上述R1、R3、R4分别为氢或C1-3烷基,所述C1-3烷基任选被3个F取代,其余变量如本发明所定义。
在发明的一些方案中,上述X1为N;
R1为CF3;
R3、R4分别为氢或甲基;
R5为氢。
在发明的一些方案中,上述化合物为
本发明第二方面提供了一种药物组合物,其包含前面所述的化合物或其药学上可接受的盐;以及,药学可接受的载体。
如本文所用,术语“药学可接受的载体”是指能够递送本发明有效量活性物质、不干扰活性物质的生物活性并且对宿主或者受试者无毒副作用的任何制剂或载体介质代表性的载体,包括水、油、蔬菜和矿物质、膏基、洗剂基质、软膏基质等。
在另一个方面,本发明提供了第一方面所述的化合物或其药学上可接受的盐在制备治疗和/或预防CDK7相关疾病的药物中的用途。
在另一个方面,本发明提供了第一方面所述的化合物或其药学上可接受的盐在制备治疗和/或预防癌症的药物中的用途。
在另一个方面,本发明提供了一种治疗癌症的方法,其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的第一方面所述的化合物或其药学上可接受的盐,或上述的任意组合,或施用第二方面所述的药物组合物的步骤。
在另一个方面,本发明提供了第一方面所述的化合物或其药学上可接受的盐在制备CDK7抑制剂中的用途。
在一些实施方案中,所述CDK7相关疾病为增殖性疾病(例如肿瘤或癌症)、传染性疾病、免疫疾病、自身免疫疾病或炎性疾病。
在一些实施方案中,所述肿瘤或癌症包括实体瘤、血液瘤。在一些实施方案中,所述肿瘤或癌症包括黑色素瘤、骨癌(例如骨肉瘤、尤文氏肉瘤)、乳腺癌(例如激素受体阳性(HR+)乳腺癌(例如***受体阳性(ER+)或孕酮受体阳性(PR+)乳腺癌)、激素受体阴性乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC;ER-/PR-/HER2-)、结直肠癌、脑癌、肺癌(例如小细胞肺癌、非小细胞肺癌)、胰腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌、***、食道癌、胃癌、胆管癌、***癌、肝癌、肾细胞癌、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、急性成淋巴细胞白血病(ALL)、T-细胞急性成淋巴细胞白血病(T-ALL)、慢性髓细胞白血病(CML)、急性骨髓性白血病(AML)、淋巴瘤、多发性骨髓瘤、胶质母细胞瘤、神经母细胞瘤。
在一些实施方案中,所述传染性疾病包括AIDS、霍乱、结膜炎、登革热、脑炎、肠病毒感染(例如,脊髓灰质炎、非脊髓灰质炎)、大肠杆菌感染、***、肝炎、带状疱疹、流感、麻疹等。
在一些实施方案中,所述免疫疾病和/或自身免疫疾病包括哮喘、糖尿病、风湿性疾病、AIDS、移植器官和组织的排斥、鼻炎、慢性阻塞性肺病、骨质疏松症、溃疡性结肠炎、红斑狼疮、过敏症、类风湿性关节炎、重症肌无力、克罗恩病、银屑病等。
在一些实施方案中,所述炎性疾病选自中枢神经***(CNS)的炎性疾病、炎性风湿性疾病、血管的炎性疾病、中耳的炎性疾病、炎性肠病、皮肤的炎性疾病、葡萄膜炎炎性疾病和咽喉的炎性疾病。
如本文所用,术语“药学上可接受的盐”是指在制药上可接受的并且具有母体化合物药理学活性的本发明化合物的盐。这类盐包括:与无机酸或与有机酸形成的酸加成的盐,所述的无机酸诸如硝酸,磷酸,碳酸等;所述的有机酸诸如丙酸,己酸,环戊丙酸,乙醇酸,丙酮酸,葡糖酸,硬脂酸,粘康酸等;或在母体化合物上存在的酸性质子被金属离子,例如碱金属离子或碱土金属离子取代时形成的盐;或与有机碱形成的配位化合物,所述的有机碱诸如乙醇胺,二乙醇胺,三乙醇胺,N-甲基葡糖胺等。本发明的药学上可接受的盐可由含有酸根或碱基的母体化合物通过常规化学方法合成。一般情况下,这样的盐的制备方法是:在水或有机溶剂或两者的混合物中,经由游离酸或碱形式的这些化合物与化学计量的适当的碱或酸反应来制备。一般地,优选醚、乙酸乙酯、乙醇、异丙醇或乙腈等非水介质。除了盐的形式,本发明所提供的化合物还存在前药形式。本文所描述的化合物的前药容易地在生理条件下发生化学变化从而转化成本发明的化合物。此外,前体药物可以在体内环境中通过化学或生化方法被转换到本发明的化合物。
如本文所用,术语“C1-6烷基”指具有1至6个碳原子的直链或支链烷基。优选是C1-4烷基,更优选是C1-3烷基。具体实例包括但不限于甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基、异丁基、叔丁基、仲丁基、正戊基、1,1-二甲基丙基、1,2-二甲基丙基、2,2-二甲基丙基、1-乙基丙基、2-甲基丁基、3-甲基丁基、正己基、1-乙基-2-甲基丙基、1,1,2-三甲基丙基、1,1-二甲基丁基、1,2-二甲基丁基、2,2-二甲基丁基、1,3-二甲基丁基、2-乙基丁基、2-甲基戊基、3-甲基戊基、4-甲基戊基、2,3-二甲基丁基,及其各种支链异构体等。
如本文所用,术语“卤素”指氟、氯、溴或碘。
如本文所用,术语“杂环基”指饱和或部分不饱和单环或多环的环状烃基,例如包括单环杂环基、螺杂环基、稠杂环基和桥杂环基。本发明中所述杂环基的环碳原子可任选地被1、2或3个氧代基取代形成环酮、环内酯或环内酰胺结构。
术语“5至6元杂环基”指具有5至6个环原子,其中1、2或3个环原子为选自氮、氧或S(=O)m’(其中m’是整数0至2)的杂原子的饱和或部分不饱和单环环状烃基。其中1或2个环原子为杂原子的5或6元单环杂环基。当杂原子为氮原子时,氮原子可以是被取代的或未取代的(即N或NR,R为氢或本文已经定义过的其他取代基)。当杂原子为硫原子时,硫原子可以为任选地被氧化(即S(=O)m’,m’是整数0至2)。所述单环杂环基的环碳原子可任选地被1、2或3个氧代基取代形成环酮、环内酯或环内酰胺结构。单环的杂环基的具体实例包括但不限于氮丙环、环氧乙烷、氮杂环丁烷、氮杂环丁烷-2-酮、噁唑烷、吡咯烷-2-酮、吡咯烷-2,5-二酮、1,3-二氧戊环、二氢呋喃-2(3H)-酮、二氢呋喃-2,5-二酮、哌啶-2-酮、哌啶-2,6-二酮、四氢-2H-吡喃-2-酮、咪唑烷、四氢呋喃、四氢噻吩、四氢吡咯、1,3-二氧戊环-2-酮、噁唑烷-2-酮、咪唑烷-2-酮、哌啶、哌嗪、哌嗪-2-酮、吗啉、吗啉-3-酮、吗啉-2-酮、硫代吗啉-3-酮1,1-二氧化物、硫代吗啉、硫代吗啉-1,1-二氧化物、四氢吡喃、1,2-二氢氮杂环丁二烯、1,2-二氢氧杂环丁二烯、2,5-二氢-1H-吡咯、2,5-二氢呋喃、2,3-二氢呋喃、2,3-二氢-1H-吡咯、3,4-二氢-2H-吡喃、1,2,3,4-四氢吡啶、3,6-二氢-2H-吡喃、1,2,3,6-四氢吡啶、1,3-噁嗪烷、六氢嘧啶、1,4-二噁烷、四氢嘧啶-2(1H)-酮、1,4-二噁烷-2-酮、5,6-二氢-2H-吡喃-2-酮、5,6-二氢嘧啶-4(3H)-酮、3,4-二氢吡啶-2(1H)-酮、5,6-二氢吡啶-2(1H)-酮、5,6-二氢嘧啶-4(1H)-酮、嘧啶-4(3H)-酮、嘧啶-4(1H)-酮、4,5-二氢-1H-咪唑、2,3-二氢-1H-咪唑、2,3-二氢噁唑、1,3-二氧杂环戊烯、2,3-二氢噻吩、2,5-二氢噻吩、3,4-二氢-2H-1,4-噁嗪、3,4-二氢-2H-1,4-噻嗪1,1-二氧化物、1,2,3,4-四氢吡嗪、1,3-二氢-2H-吡咯-2-酮、1,5-二氢-2H-吡咯-2-酮、1H-吡咯-2,5-二酮、呋喃-2(3H)-酮、呋喃-2(5H)-酮、1,3-二氧杂环戊烯-2-酮、噁唑-2(3H)-酮、1,3-二氢-2H-咪唑-2-酮、呋喃-2,5-二酮、3,6-二氢吡啶-2(1H)-酮、吡啶-2,6-(1H,3H)-二酮、5,6-二氢-2H-吡喃-2-酮、3,6-二氢-2H-吡喃-2-酮、3,4-二氢-2H-1,3-噁嗪、3,6-二氢-2H-1,3-噁嗪、1,2,3,4-四氢嘧啶等。
在本发明中,上述各类杂环基可以是任选取代的,当被取代时,取代基优选为一个或多个本申请中所记载的取代基团。
如本文所用,术语“取代”是指特定原子上的任意一个或多个氢原子被取代基取代,可以包括重氢和氢的变体,只要特定原子的价态是正常的并且取代后的化合物是稳定的。当取代基为氧代基(即=O)时,意味着两个氢原子被取代。氧代基取代不会发生在芳香基上。术语“任选取代”或“任选被取代的”是指可以被取代,也可以不被取代,除非另有规定,取代基的种类和数目在化学上可以实现的基础上可以是任意的。
当任何变量(例如R)在化合物的组成或结构中出现一次以上时,其在每一种情况下的定义都是独立的。因此,例如,如果一个基团被0-2个R所取代,则所述基团可以任选地至多被两个R所取代,并且每种情况下的R都有独立的选项。此外,取代基和/或其变体的组合只有在这样的组合会产生稳定的化合物的情况下才是被允许的。
本发明式I所示的化合物可使用本领域已知的合成方法或使用本领域已知的方法与本发明记载的方法组合制备得到。本发明给出的溶剂、温度和其它反应条件均为示例性的,可根据本领域熟知的方法而变化。本发明所记载的实施例化合物可根据其具体结构,使用适当的起始原料按照实施例中记载的方法合成,也可以使用与实施例中记载的类似方法合成得到。用于合成本发明实施例化合物的起始原料可通过已知合成方法或文献记载的类似方法制备得到或从商业来源获得。化合物可根据需要,进一步通过本领域熟知的方法,例如结晶、色谱法等拆分得到其立体异构体,其拆分条件是本领域技术人员通过常规手段或有限试验而容易获得的。作为进一步说明,本发明式(I)化合物可利用以下的方法合成,其中每个步骤中的溶剂、温度及其它反应条件可与下述实施例中记载的相同或类似,或使用本领域已知的反应条件。
具体实施方式
本发明的化合物可以通过本领域技术人员所熟知的多种合成方法来制备,包括下面列举的具体实施方式、其与其他化学合成方法的结合所形成的实施方式以及本领域技术上人员所熟知的等同替换方式。优选的实施方式包括但不限于本发明的实施例。
下面通过实施例对本发明进行详细描述,但并不意味着对本发明任何不利限制。本文已经详细地描述了本发明,其中也公开了其具体实施例方式,对本领域的技术人员而言,在不脱离本发明精神和范围的情况下针对本发明具体实施方式进行各种变化和改进将是显而易见的。实施例中未注明具体条件者,按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者,均为可以通过市购获得的常规产品。
实施例1 化合物Z1的合成
步骤一:室温下,2,4二氯-5-(三氟甲基)嘧啶(0.5 g,2.3 mmol)的二氯甲烷(5.0mL)溶液中加入无水氯化锌(0.37 g,2.7 mmol)和三乙胺(0.25 g,2.5 mmol)。混合物室温下搅拌反应60分钟。(S)-1-叔丁氧羰基-3-氨基哌啶(0.49 g,2.5 mmol)缓慢滴加到反应液中。反应混合物继续于室温下反应16小时。冷却并倒入冰水(100 mL)中,用乙酸乙酯(50mLX3)萃取。合并有机相,饱和食盐水洗,无水硫酸干燥,浓缩。粗品经硅胶柱纯化(乙酸乙酯/石油醚:5~15%)得到叔丁基(S)-3-((4-氯-5-(三氟甲基)嘧啶-2-基)氨基)哌啶-1-羧酸酯(0.4 g,1.05 mmol,收率:45.58%),白色固体。
步骤二:室温氮气保护下,6-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(3.0 g,19.66 mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(40 mL)溶液中加入N-碘代丁二酰亚胺(5.31 g,23.59 mmol)。混合物继续搅拌反应18小时。反应完毕倒入冰水中,并用乙酸乙酯萃取(100 mLX3)。合并有机相,饱和食盐水洗(100 mL),无水硫酸钠干燥,浓缩。粗品用硅胶柱纯化(乙酸乙酯/石油醚:0~50%)得6-氯-3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(3.6 g,12.9 mmol,收率:66%)黄色固体。LCMS:MS m/z(ESI):[M+H]+=278.9。
步骤三:室温下,6-氯-3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(3.39 g,12.21 mmol)的N,N-二甲基甲酰胺(60 mL)溶液中加入三乙胺(3.39 mL,24.42 mmol)和二碳酸二叔丁酯(3.135mL,14.65 mmol)。混合物在室温下搅拌4小时,LCMS监测反应完全。反应液浓缩并加入乙酸乙酯和饱和碳酸氢钠溶液萃取(100 mLX3)。合并有机相,饱和食盐水洗(150 mL),无水硫酸钠干燥,浓缩。粗品用硅胶柱纯化(乙酸乙酯/石油醚:0~30%)得叔丁基 6-氯-3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸酯(3.0 g,7.8 mmol,收率:63.8%),黄色固体。LCMS:MS m/z(ESI):[M+H]+=378.9。
步骤四:室温氮气保护下,叔丁基 6-氯-3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸酯(1.0 g,2.64 mmol)和频那醇联硼酸酯(805 mg,3.17 mmol)的二氧六环(20 mL)溶液中加入[1,1'-双(二苯基膦)二茂铁]二氯化钯(28.99 mg,0.04 mmol)和醋酸钾(0.39 g,3.96mmol)。混合物升温到100℃反应16小时。冷却并倒入冰水中,用乙酸乙酯萃取(50 mLX3)。合并有机相,饱和食盐水洗(100 mL),无水硫酸钠干燥,浓缩。粗品用硅胶柱纯化(乙酸乙酯/石油醚:0~30%)得叔丁基 6-氯-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧硼烷-2-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸酯(600 mg,1.58 mmol,收率:60%),白色固体。LCMS:MS m/z(ESI):[M+H]+=379.0。
步骤五:室温氮气保护下,叔丁基 6-氯-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧硼烷-2-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸酯(600 mg,1.58 mmol)和叔丁基(S)-3-((4-氯-5-(三氟甲基)嘧啶-2-基)氨基)哌啶-1-羧酸酯(603.37 mg,1.58 mmol)的二氧六环/水(10 ml/3ml)溶液中加入[1,1'-双(二苯基膦)二茂铁]二氯化钯(129.40 mg,0.16 mmol)和碳酸钾(328.49 mg,2.38 mmol)。混合物升温到100℃反应12小时。冷却并倒入冰水中,用乙酸乙酯萃取(50 mLX3)。合并有机相,饱和食盐水洗(100 mL),无水硫酸钠干燥,浓缩。粗品用硅胶柱纯化(甲醇/二氯甲烷:0~5%)得叔丁基(S)-3-(2-((1-(叔丁氧基羰基)哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-6-氯-1H-吡咯[2,3-b]吡啶-1-羧酸酯(380 mg,0.63 mmol,收率:40%),黄色固体。LCMS:MS m/z(ESI):[M+H]+=597.0。
步骤六:室温氮气保护下,叔丁基(S)-3-(2-((1-(叔丁氧基羰基)哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-6-氯-1H-吡咯[2,3-b]吡啶-1-羧酸酯(100 mg,0.17 mmol)和三甲基硅乙炔(140 mg,1.43 mmol)的乙腈/甲酸(10 ml/2 ml)溶液中加入双三苯基磷二氯化钯(13.03 mg,0.02 mmol),2-双环己基膦-2',6'-二甲氧基联苯(13.96 mg,0.03mmol),碘化亚铜(5.46 mg,0.03 mmol)和三乙胺(29 mg,0.29 mmol)。混合物升温到75℃反应16小时。冷却并倒入冰水中,用乙酸乙酯萃取(50 mLX5)。合并有机相,饱和食盐水洗(100mL),无水硫酸钠干燥,浓缩。粗品用硅胶柱纯化(甲醇/二氯甲烷:0~5%)得叔丁基(S)-3-(2-((1-(叔丁氧基羰基)哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-6-((三甲基甲硅烷基)乙炔基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸酯(50 mg,0.076 mmol,收率:44%),黄色固体。LCMS:MS m/z(ESI):[M+H]+=659.10。
步骤七:室温下,叔丁基(S)-3-(2-((1-(叔丁氧基羰基)哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-6-((三甲基甲硅烷基)乙炔基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸酯(200 mg,0.304 mmol)的二氯甲烷(10 mL)溶液中,加入三氟乙酸(2.0 mL,27 mmol)。混合物在室温下搅拌0.5小时,LCMS监测反应完全。反应液浓缩得到粗品(S)-N-(哌啶-3-基)-5-(三氟甲基)-4-(6-((三甲基甲硅烷基)乙炔基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)嘧啶-2-胺(120 mg,0.261 mmol,收率:85%),黄色固体。LCMS:MS m/z(ESI):[M+H]+=459.60。
步骤八:室温氮气保护下,(S)-N-(哌啶-3-基)-5-(三氟甲基)-4-(6-((三甲基甲硅烷基)乙炔基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)嘧啶-2-胺(120 mg,0.262 mmol)的甲醇(8mL)溶液中加入碳酸钾(108 mg,0.786 mmol)。混合物升温到30℃反应1小时。冷却并浓缩。粗品用制备色谱柱纯化(色谱柱:Sunfire Prep C8 OBD 19*250mm 10um; 流动相:水-乙腈(0.1%三氟乙酸); 流速:20 mL/min; 检测波长:254nm/214nm; 柱温:室温)得到(S)-4-(6-乙炔基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-N-(哌啶-3-基)-5-(三氟甲基)嘧啶-2-胺(Z1,16mg,0.041 mmol,收率:15.8%),灰色固体。LCMS:MS m/z(ESI):[M+H]+=387.1。1H NMR(400MHz,CD3OD)δ 8.700-8.592(m,1H),8.525(s,1H),8.040(d,J = 9.6Hz,1H),7.366(s,1H),4.366(s,1H),3.325-3.2.18(m,2H),2.945(d,J =12.4Hz,1H),2.633-2.530(m,2H),2.189(s,1H),1.821-1.746(s,1H),1.671-1.513(s,2H)。
实施例2 化合物Z2的合成
步骤一:向干燥的三口瓶中加入四氯化锆(38.3 g,164 mmol),氮气保护下,除水20 分钟后,于-10℃加入无水四氢呋喃(400 mL),降温至-10℃,称取(S)-叔丁基(6-氧哌啶-3-基)氨基甲酸酯(7.00 g,32.9 mmol)溶于无水四氢呋喃(300 mL)中并缓慢滴加到反应瓶中。滴加时控制温度-10℃,加完后继续搅拌30分钟。然后在-10℃向反应液中缓慢滴加甲基氯化镁四氢呋喃溶液(143 mL,428 mmol,3.0 M)。该反应液继续搅拌并升至室温搅拌14小时。LCMS 检测反应完全后,反应液在0℃下用20%氢氧化钠溶液(200 mL)淬灭,然后用二氯甲烷(300 mL×3)萃取,合并的有机层,用饱和食盐水(200 mL×3)洗涤,无水硫酸钠干燥,过滤,浓缩至干得到的粗品(S)-叔丁基(6,6-二甲基哌啶-3-基)氨基甲酸酯(6.4 g,收率:85%),淡黄色油状物。LCMS:MS m/z(ESI):[M+H]+= 229.2,tR = 0.87 min。
步骤二:氮气保护下,于 20℃向(S)-叔丁基(6,6-二甲基哌啶-3-基)氨基甲酸酯(6.40 g,28.0 mmol)的四氢呋喃(100 mL)和水(50 mL)溶液中加入碳酸氢钠(9.00 g,107mmol),反应液在氮气保护下 25oC 搅拌反应1小时。再向反应液中加入氯甲酸苄酯(4.80g,28.0 mmol),氮气保护下 25oC 搅拌反应16小时。LCMS检测反应完全后,反应液用水(40mL)和乙酸乙酯(100 mL × 3)萃取,合并有机层,饱和食盐水(100 mL × 3)洗涤,无水硫酸钠干燥,过滤,浓缩,粗品用硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯 = 10/1 到 5/1)纯化得到(S)-苄基5-((叔丁氧羰基)氨基)-2,2-二甲基哌啶-1-羧酸盐(3.50 g,收率:35%),黄色油状物。LCMS:MS m/z(ESI):[M+H-56]+= 307.2,tR = 1.73 min。
步骤三:氮气保护下,于20℃向(S)-苄基5-((叔丁氧羰基)氨基)-2,2-二甲基哌啶-1-羧酸盐(3.50 g,9.67 mmol)的甲醇(5 mL)溶液中加入4M的甲醇氯化氢溶液(10 mL),反应液在氮气保护下升温至 40℃ 搅拌反应2小时。LCMS检测反应完全后,向反应液中缓慢加入饱和的碳酸氢钠溶液(30 mL),用乙酸乙酯(50 mL × 3)萃取,合并的有机层用饱和食盐水洗涤,无水硫酸钠干燥,过滤,浓缩,得到的粗品用硅胶柱层析(二氯甲烷/甲醇 = 30/1到 15/1)纯化得到(S)-苄基5-氨基-2,2-二甲基哌啶-1-羧酸盐(2.3 g,收率:89%),无色油状物。LCMS:MS m/z(ESI):[M+H]+= 263.0,tR = 1.31 min。
步骤四:向(S)-苄基5-氨基-2,2-二甲基哌啶-1-羧酸盐(2.25 g,8.6 mmol)的四氢呋喃(50 mL)溶液中加入N,N-二异丙基乙胺(4.43 g,34.0 mmol)和2,4-二氯 -5-(三氟甲基)嘧啶(1.90 g,8.60 mmol),反应液在25℃搅拌反应14小时。LCMS 检测反应完全后,将反应液直接浓缩,得到的粗品用硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯 = 30/1到15/1)纯化得到(S)-苄基5-((4-氯-5-(三氟甲基)嘧啶-2-基)氨基)-2,2-二甲基哌啶-1-羧酸盐(2.30 g,收率:61%),白色固体物。LCMS:MS m/z(ESI):[M+H]+= 443.2,tR = 1.84 min。
步骤五:在室温条件下,向 6-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(5.00 g,32.8 mmol)的N,N-二甲基甲酰胺溶液(30 mL)中加入N-碘代丁二酰亚胺(8.85 g,39.3 mmol),反应液在25℃ 下搅拌 1 小时。LCMS 检测反应完全后,反应液用乙酸乙酯(100 mL × 3)萃取,合并有机相,用饱和食盐水洗涤,无水硫酸钠干燥,过滤,浓缩。得到的粗品经硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯 = 60/1)纯化得到6-氯-3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(8.25 g,收率:90%),黄色固体。LCMS:MS m/z(ESI):[M+H]+= 278.8,tR = 1.63 min。
步骤六:向 6-氯-3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(6.60 g,23.7 mmol)的二氯甲烷(30 mL)溶液中依次加入 4-二甲氨基吡啶(290 mg,2.37 mmol)、二碳酸二叔丁酯(6.21 g,28.4 mmol)。反应液在 25℃ 下搅拌1小时。LCMS 检测反应完全后,反应液用二氯甲烷(150mL×3)萃取,合并有机相,用饱和食盐水洗涤,无水硫酸钠干燥,过滤,浓缩。得到的粗品经硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯 = 30/1)纯化得到6-氯-3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸叔丁酯(8.00 g,收率:89%),黄色固体。LCMS:MS m/z(ESI):[M+H-56]+= 323.0,tR = 1.86min。
步骤七:氮气氛围下,向耐压管中依次加入 6-氯-3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸叔丁酯(1.20 g,3.17 mmol)、三(二亚苄基丙酮)二钯(0.58 g,0.63 mmol)、2-双环己基膦-2',6'-二甲氧基联苯(0.15 g,0.32 mmol)、三乙胺(1.60 g,15.8 mmol)、频那醇硼烷(1.22 g,9.50 mmol)和四氢呋喃(20 mL)。反应液在 90℃ 下搅拌 16小时。LCMS 检测反应完全后,过滤除去反应液中固体残渣,随后过滤,浓缩。得到的粗品经硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯 = 50/1)纯化得到叔丁基6-氯-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧硼烷-2-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-羧酸盐(0.47 g,收率:39%),黄色固体。LCMS:MS m/z(ESI):[M+H-56]+= 323.2,tR = 1.98 min。
步骤八:氮气保护下,于 20℃ 向叔丁基6-氯-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼-2-基)-1H-吡咯[2,3-b ]吡啶-1-羧酸盐(843 mg,2.23 mmol)和(S)-苄基5-((4-氯-5-(三氟甲基)嘧啶-2-基)氨基)-2,2-二甲基哌啶-1-羧酸盐(820 mg,1.85 mmol)的四氢呋喃(15 mL)溶液中加入氯[(正丁基二(1-金刚烷基)膦)-2-(2-氨基联苯)]钯(II)(124 mg,0.185 mmol),磷酸钾(1.18 g,5.56 mmol)与水(3 mL)的混合溶液,该反应液在氮气保护下于60℃搅拌反应14小时。LCMS 检测反应完全后,向反应液中加入水(15 mL)和乙酸乙酯(50mL)分液。水相再用乙酸乙酯(50 mL × 2)萃取,合并的有机层用饱和食盐水洗涤,无水硫酸钠干燥,过滤,浓缩。得到的粗品经硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯= 10:1到5:1)纯化得到(S)-叔丁基 3-(2-((1-((苄基氧基)羰基)-6,6-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-6-氯-1H-吡咯[2,3-b]吡啶-1-羧酸盐(680 mg,收率:56%),白色固体。LCMS:MSm/z(ESI):[M+H]+= 659.2,tR = 2.17 min。
步骤九:氮气保护下,于 20℃ 向(S)-叔丁基 3-(2-((1-((苄基氧基)羰基)-6,6-二甲基哌啶-3-基)氨基)-5-(三氟甲基)嘧啶-4-基)-6-氯-1H-吡咯[2,3-b]吡啶-1-羧酸盐(100 mg,0.152 mmol)的 N,N-二甲基甲酰胺(2 mL)溶液中加入三(二亚苄基丙酮)二钯(13.9 mg,0.015 mmol)、2-二环己膦基-2'-(N,N-二甲胺)-联苯(5.98 mg,0.015 mmol)、三乙胺(0.106 mL,0.760 mmol)和三异丙基硅基乙炔(139 mg,0.760 mmol),反应液在氮气保护下在100℃下于微波反应器中反应 1 小时。LCMS检测反应完全后,将反应液倒入水(10mL)中,用乙酸乙酯(50 mL × 3)萃取,合并的有机层用饱和食盐水(20 mL × 3)洗涤,无水硫酸钠干燥,过滤,浓缩。得到的粗品经硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯 = 10/1 到 5/1)纯化得到(S)-苄基 2,2-二甲基-5-((5-(三氟甲基)-4-(6-((三异丙基硅基)乙炔基)-1H-吡咯[2,3-b]吡啶-3-基)嘧啶-2-基)氨基)哌啶-1-羧酸盐(80 mg,收率:75%),黄色油状物。LCMS:MS m/z(ESI):[M+H]+= 704.8,tR = 2.67 min。
步骤十:向(S)-苄基 2,2-二甲基-5-((5-(三氟甲基)-4-(6-((三异丙基硅基)乙炔基)-1H-吡咯[2,3-b]吡啶-3-基)嘧啶-2-基)氨基)哌啶-1-羧酸盐(60.0 mg,0.085mmol)的 N,N-二甲基甲酰胺(4 mL)溶液中加入氟化铯(64.7 mg,0.426 mmol),该反应液在20℃ 搅拌反应 1.5 小时。LCMS 检测反应完全后,向反应液中加水(10 mL)中,用乙酸乙酯(20 mL × 3)萃取,合并的有机层用饱和食盐水(20 mL × 3)洗涤,无水硫酸钠干燥,过滤,浓缩得到粗品苄基(S)-5-((4-(6-乙炔基-1H-吡咯[2,3-b]吡啶-3-基)-5-(三氟甲基)嘧啶-2-基)氨基)-2,2-二甲基哌啶-1-羧酸酯(25 mg,收率:54%),黄色油状物。LCMS:MS m/z(ESI):[M+H]+= 549.2,tR = 2.57 min。
步骤十一:向苄基(S)-5-((4-(6-乙炔基-1H-吡咯[2,3-b]吡啶-3-基)-5-(三氟甲基)嘧啶-2-基)氨基)-2,2-二甲基哌啶-1-羧酸酯(50 mg,0.091 mmol)加入三氟乙酸(2mL),反应液在 65℃ 下搅拌反应 1.5 小时。LCMS 检测反应完全后,将反应液直接浓缩除去大部分的三氟乙酸,再加入乙酸乙酯(20 mL)和饱和的碳酸氢钠溶液(10 mL)分液,水相再用乙酸乙酯(20mL × 3)萃取,合并的有机层用饱和食盐水洗涤,无水硫酸钠干燥,过滤,浓缩。得到的粗品经制备色谱柱纯化(色谱柱:Ultimate XB-C18,50*250 mm,10 um(PARP-04);流动相:乙腈-水(0.1% 碳酸氢铵);流速:70 mL/min;柱温:25oC)得到(S)-N-(6,6-二甲基哌啶-3-基)-4-(6-乙炔基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)-5-(三氟甲基)嘧啶-2-胺(Z2,5.1 mg,收率:12%),白色粉状物。LCMS:MS m/z(ESI):[M+H]+= 415.2,tR = 0.93 min。1H NMR(400 MHz,CD3OD):δ 8.96 – 8.58(m,1H),8.53(s,1H),8.03(s,1H),7.43(s,1H),4.20 – 3.95(m,1H),3.66(s,1H),3.14 – 3.07(m,1H),2.85 – 2.75(m,1H),2.05 – 1.95(m,1H),1.80 – 1.63(m,2H),1.59 – 1.50(m,1H),1.21(s,3H),1.18(s,3H)。
测试例1:CDK激酶活性的体外抑制实验
CDK2/Cyclin E1购自佰翱得;批号:20150228-BP469/477/691;CDK7/Cyclin H/MAT1购自佰翺得;批号:20190326-BP487/492/479;CDK9/Cyclin T1购自佰翺得;批号:20200727-BP488/792/691;CDK12/Cyclin K购自佰翺得;批号:20200526-BP1642/1648/691;MES购自BioRoYee(宝如亿);批号:67GR9637;BSA购自Aladdin;批号:H1601024;ATP购自VWR;批号:97061-226;EDTA 购自国药集团;批号:20200521;星胞菌素购自Selleckchem;批号:S1421。
本实验用于测定化合物对CDK2、CDK7、CDK9和CDK12激酶活性的抑制作用。本发明所进行的激酶反应在384孔板中进行测定,最终测定体积是16 µl,反应温度为27℃。激酶的浓度由优化实验决定。具体实验过程如下:
1)激酶溶液配置:
激酶溶液(CDK2/Cyclin E1):激酶稀释于测定缓冲液(20 mM MES pH 6.75,0.01%Tween 20,0.05 mg/mL BSA,2 mM MgCl2)中得到相应2.4×浓度的酶溶液。
激酶溶液(CDK7/Cyclin H/MAT1):激酶稀释于测定缓冲液(20 mM MES pH 6.75,0.01% Tween 20,0.05 mg/mL BSA,6 mM MgCl2)中得到相应2.4×浓度的酶溶液。
激酶溶液(CDK9/Cyclin T1):激酶稀释于测定缓冲液(20 mM MES pH 6.75,0.01%Tween 20,0.05 mg/mL BSA,10 mM MgCl2)中得到相应2.4×浓度的酶溶液。
激酶溶液(CDK12/Cyclin K):激酶稀释于测定缓冲液(80 mM MES pH 6.5,0.01%Tween 20,0.05 mg/mL BSA,10 mM MgCl2)中得到相应2.4×浓度的酶溶液。
2)化合物溶液配置:化合物以10 mM的浓度溶于二甲基亚砜(DMSO)中,使用时化合物用DMSO稀释至25 nM到500 µM 的10个浓度梯度,分别8.3倍稀释于超纯水中,得到6X浓度的化合物溶液。
3)多肽底物及ATP溶液配置:多肽底物及ATP稀释于测定缓冲液中,得到2.4×浓度的多肽底物及ATP混合溶液。
4)激酶反应过程:
将2 ul测试化合物溶液,5 ul多肽底物及ATP混合溶液与5 ul酶溶液混合27℃孵育(CDK2为60分钟,CDK7为70分钟,CDK9为70分钟,CDK12为280分钟),然后通过向每种样品中加入4 ul浓度为150 mM的EDTA来终止反应。以含有20 µM 星胞菌素的测定缓冲液代替化合物溶液作为100% 抑制,以DMSO代替化合物溶液作为0% 抑制。每个试验至少2个平行对照。
CDK2测定中试剂的最终浓度:ATP为100 µM;多肽底物(5-FAM-YSPTSPSYSPTSPSYSPT SPSKKKK)为2 µM;CDK2/Cyclin E1为0.5 nM;
CDK7测定中试剂的最终浓度:ATP为50 µM;多肽底物(5-FAM-YSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSKKKK)为2 µM;CDK7/Cyclin H/MAT1为3 nM;
CDK9测定中试剂的最终浓度:ATP为50 µM;多肽底物(FITC-Ahx-GSRTPMY-NH2)为2µM;CDK9/Cyclin T1为8 nM;
CDK12测定中试剂的最终浓度:ATP为30 µM;多肽底物(FITC-Ahx-GSRTPMY-NH2)为2 µM;CDK12/Cyclin K为50 nM。
5)数据计算和分析:在Caliper EZ Reader II上通过荧光底物和磷酸化产物进行电泳分离来对反应混合物进行分析。数据使用GraphPad Prism version 9.0进行计算,IC50值通过使用剂量反应曲线的非线性回归模型调整得到。计算公式:Y=Bottom +(Top-Bottom)/(1+10^((LogIC50-X)*HillSlope))。其中,X为剂量或浓度的log值(log of doseor concentration);Y为随着X的增加而增加的抑制率(%inhibition,increasing as xincreases);Top为最大响应;Bottom基线响应;HillSlope为曲线斜率。由于CDK7/CyclinH/MAT1 激酶活性实验的检测下限限制,本发明化合物对的CDK7激酶活性抑制已达实验检测下限,IC50不能准确反映化合物的激酶活性抑制能力,我们采用表面等离子体共振(SPR)方法来检测化合物的结合亲和力KD。化合物对CDK2,CDK9,CDK12激酶活性的抑制作用,以KmATP条件下检测拟合得到的IC50用于计算Ki(Cheng and Prusoff,Biochem. Pharmacol.,22(23)3099-3108,1973),换算公式如下:IC50 = Ki(1+[底物/Km])+ [酶/2]。本发明示例化合物的结果如表1所示。
表1
测试例2:CDK7/Cyclin H表面等离子体共振(SPR)测定方法
CDK7/Cyclin H购自佰翱得;批号:20200309-BP487/492;MES缓冲液购自BioRoYee;批号:67GR9637;CM5传感芯片购自Cytiva;批号:10305527;HEPES缓冲液购自Cytiva;批号:32349。
本实验采用Biacore S200表面等离子共振设备(GE Healthcare)测试了CDK7/Cyclin H二聚体和化合物的动力学和亲和力参数。
在pH 6.5的10 mM MES缓冲液条件下,浓度为50µg/mL的CDK7/Cyclin H二聚体在5µL/min流速下被氨基偶联至CM5传感芯片。在600秒内目的蛋白被固定到芯片通道上,一般情况下达到7000-10000响应值。在具有150 mM NaCl、0 .05%表面活性剂P20和2%DMSO的pH7.4的10 mM HEPES缓冲液中把化合物2倍梯度稀释5步达到0.6-10 nM浓度范围。每个化合物浓度循环都以100 µL/min,180秒接触时间和1800秒解离时间被运行。对于每个化合物,0 nM化合物对照和参比通道的结合都被扣减来移除背景信号和归一化数据。使用Biacore S200评价软件和动力学模型对化合物滴定整体拟合。最优化拟合数据,测定CDK7/Cyclin H结合速率和解离速率参数,用以下的等式来计算化合物亲和力参数KD。KD(M)= koff(s-1)/ Kon(M-1s-1);其中,Kon(ka)是结合速率;Koff(kd)是解离速率;s-1(每秒)和M-1s-1(每摩尔每秒)是koff和kon的单位。基于脱靶CDK的Ki值相对于CDK7的直接化合物结合KD(通过SPR测量)的比率,根据以下等式确定CDK7相对于CDK2、CDK9或CDK12的化合物选择性。选择性 =Ki,脱靶 / KD,CDK7。结果显示:相对于CDK2/CDK9/CDK12,本发明化合物对CDK7具有优异的选择性,本发明化合物对CDK7的特异性为对其它CDK的至少100倍或300倍;甚至可以是1000倍以上。部分示例化合物结果如表2所示。
表2
测试例3:HCC70肿瘤细胞增殖抑制活性实验
HCC70购自ATCC;货号:CRL-2315;RPMI1640购自Gibco;货号:11875-093;胰酶(含EDTA)购自Gibco;货号:25200-072;FBS购自Gibco;货号:10099-141C;CellTiter-Glo购自Promega;货号:G7573;DMSO购自VWR AMRESCO;货号:0231-500ML;Staurosporine购自Selleck;货号:S1421;细胞计数仪购自CHEMOMETEC;型号:NC-200;酶标仪购自PerkinElmer;型号:Envison。
HCC70为人乳腺导管癌细胞,培养于含10% FBS的 RPMI-1640培养基中。取对数生长期的细胞,用胰酶-EDTA消化、收集和计数细胞,并接种2000个HCC70细胞/孔于384孔细胞板中,置于5% CO2培养过夜。使用DMSO配制1000X的化合物3.16倍梯度浓度储液,使用培养基稀释100倍至10X化合物储液,于细胞接种后的第二天,向每个细胞培养孔中加入10X化合物储液,终浓度为1X,DMSO含量为0.1%。使用DMSO处理细胞组作为实验对照(control),5μMStaurosporine处理细胞组为空白对照(blank)。加入化合物后继续培养细胞3天后,向每孔加入25μl CellTiter-Glo工作液,混匀,室温孵育5分钟,读取luminescence化学发光值,计算细胞增殖抑制率 IR(%)=(RLU对照- RLU化合物)/(RLU对照- RLU空白)×100%,使用XLFit四参数法拟合化合物梯度稀释浓度和对应的细胞增殖抑制率,计算出IC50值。结果显示,本发明化合物对HCC70人乳腺导管癌细胞增殖具有很强的抑制作用。部分化合物IC50 低于1000nM或500nM;甚至低于100 nM 或50 nM。部分示例性化合物的结果如下表3所示。
表3
尽管本发明的具体实施方式已经得到详细的描述,根据已经公开的所有教导,本领域技术人员可以对本发明技术方案的细节进行各种修改和替换,这些改变均在本发明的保护范围之内。本发明的全部范围由所附权利要求及其任何等同物给出。
Claims (6)
2.一种药物组合物,所述药物组合物包含
权利要求1所述的化合物或其药学上可接受的盐;
以及,药学可接受的载体。
3.一种如权利要求1所述的化合物或其药学上可接受的盐或如权利要求2所述的药物组合物在制备预防和/或治疗CDK7相关疾病的药物中的用途。
4.如权利要求3所述的用途,其特征在于,所述CDK7相关疾病为增殖性疾病、传染性疾病、免疫疾病或炎性疾病。
5.如权利要求4所述的用途,其特征在于,所述免疫疾病为自身免疫疾病。
6.一种如权利要求1所述的化合物或其药学上可接受的盐或如权利要求2所述的药物组合物在制备CDK7抑制剂中的用途。
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