JP2017516458A - ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による癌治療及びｃ−ｍｅｔ拮抗剤のＨＧＦ発現との相関 - Google Patents

ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による癌治療及びｃ−ｍｅｔ拮抗剤のＨＧＦ発現との相関 Download PDF

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Abstract

本発明は、癌バイオマーカーに関する。特に、本発明は、癌患者の選択及び癌患者の予後のためのバイオマーカーとしてのＨＧＦ、ならびに治療的処置の方法、製品及びその作製方法、診断キット、検出方法及びこれらに関する広告方法に関する。【選択図】なし

Description

本出願は、２０１４年４月２８日に出願された特許仮出願第６１／９８５，３１６号及び２０１４年３月２４日に出願された特許仮出願第６１／９６９，７０６号に対する優先権の利益を主張し、これらの各内容が参照により本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子提出した配列表を含有し、参照により全体が本明細書に組み込まれる。２０１５年３月２０日に作製した前記ＡＳＣＩＩコピーをＰ５８０５Ｒｌ−ＷＯ＿ＳＬ．ｔｘｔと名付け、そのサイズは３１，０２８バイトである。
本発明は、治療処置の方法に関する。特に、本発明は、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤を用いたヒト癌患者の治療に関する。また、本発明は、バイオマーカー、例えば、肝細胞成長因子に関する。
癌は、依然としてヒトの健康に対する最も致命的な脅威の１つである。米国では、癌が、毎年、新たにおよそ１．３百万人の患者に影響を及ぼし、癌は、心疾患に次ぐ第２の主要死因であり、死因のおよそ４分の１を占める。また、癌が、５年以内に心血管疾患を越えて死因の第１位となると予測されている。固形腫瘍が、その死のほとんどの原因である。特定の癌の医学的処置では大きな進歩があるが、すべての癌の５年全生存率は、過去２０年で約１０％改善したに過ぎない。癌、または悪性腫瘍は、制御されないで転移及び急速に成長し、適時の検出及び治療が極めて困難になる。
グリオーマが、全悪性脳及びＣＮＳ腫瘍の原因の８１％を占める。グリオブラストーマ（世界保健機関（ＷＨＯ）グレードＩＶ細胞グリア芽腫）が、悪性グリオーマの原因の６０％〜７０％を占め、依然としてグリオーマの最も悪性のサブタイプである。このほとんどが、成人に生じ（診断時の平均年齢：６４歳）、その発症率は、米国では、３．０５／１００，０００と推定され、ヨーロッパでは、２／１００，０００未満と推定されている。１年全生存率及び５年全生存率が、それぞれ２９％及び３％であり、グリオブラストーマは、依然として特に予後不良である（Ｃｅｎｔｒａｌ Ｂｒａｉｎ Ｔｕｍｏｒ Ｒｅｇｉｓｔｒｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ（２００５）、（ＣＢＴＲＵＳ；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｔｒｕｓ．ｏｒｇ）。
グリオブラストーマの治療では、いくらかの進歩がみられるが、この疾患は、治療の選択が限定され、未だに満たされていない医学的ニーズの高さに直面している。
中皮腫は、臓器の多くを覆う保護ライニングである中皮の細胞から発症する癌の一形態である。悪性中皮腫の発症率は、国によって著しい変化を示している。発症率が最も高い国、オーストラリア、ベルギー、及び英国では、発症率が、およそ３／１００，０００と推定されている。証拠が、アスベストへの暴露と中皮腫の発現の間の関係を示している。アスベストへの最初の暴露と中皮腫の診断の間の潜伏期は、アスベストへの暴露の強度の変化の結果のように、大きく変化する。悪性中皮腫は、現在の治療の結果が思わしくないため、依然として重大な健康問題である。Ｂｉａｎｃｈｉ、Ｃ．ａｎｄ Ｂｉａｎｃｈｉ、Ｔ．，Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ Ｈｅａｌｔｈ，４５：３７９−３８７（２００７）。
肝細胞癌（ＨＣＣ、また、悪性ヘパトーマと称される）は、肝臓癌の最もよくみられる型である。ＨＣＣのほとんどの症例は、ウイルス性肝炎感染（Ｂ型肝炎またはＣ型肝炎）または肝硬変に後発するものである。ＨＣＣは、世界中で最もよくみられる腫瘍の１つである。これは、女性より男性で発症することが多く、通常、５０歳以上の人でみられる。外科手術によって完全に癌を除去することができない場合、ＨＣＣにより、通常、３〜６ヶ月内に死亡する（ＭｅｄｌｉｎｅＰｌｕｓ（２０１３）；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｍｅｄｌｉｎｅｐｌｕｓ／ｅｎｃｙ／ａｒｔｉｃｌｅ／０００２８０．ｈｔｍ）。
胃癌（Ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、または胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）は、細菌ヘリコバクターピロリによる感染によって最もよく生じる。胃癌の約９０〜９５％は、腺癌である。胃癌は、ほとんどが成人（診断時の平均年齢：６９歳）で生じる。胃癌の発症率は、約１１１分の１である。米国の胃癌の人のすべての５年全相対生存率は、約２９％である（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｓｏｃｉｅｔｙ（２０１４）；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃａｎｃｅｒ．ｏｒｇ／ｃａｎｃｅｒ／ｓｔｏｍａｃｈｃａｎｃｅｒ／ｉｎｄｅｘ）。
腎細胞癌は、腎臓癌の最もよくみられる型であり、腎臓癌の原因の約９０％を占める。腎細胞癌は、ほとんどが成人（診断時の平均年齢：６４歳）で生じる。腎臓癌を発症する生涯リスクは、約６３分の１である。腎臓癌と診断された人の５年生存率は、癌のステージで変化し、ステージＩ腎臓癌患者の５年生存率８１％から、ステージＩＶ腎臓癌患者の５年生存率８％までとなる（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｓｏｃｉｅｔｙ（２０１５）；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃａｎｃｅｒ．ｏｒｇ／ｃａｎｃｅｒ／ｋｉｄｎｅｙｃａｎｃｅｒ／ｉｎｄｅｘ）。
肉腫は、間葉に由来する変換細胞から生じる癌である。肉腫は、骨、軟骨、脂肪、筋肉、血管、及び造血組織を含む多くの組織から生じる可能性がある。米国では、毎年、肉腫の新たな症例約１５，０００がある。骨肉腫の５年生存率は、約７０％である（Ｌｏｎｇｉ、Ａ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｔｒｅａｔ．Ｒｅｖ．，３２（６）；４２３−３６（２００６）。
特許出願及び出版物を含む本明細書に記載した全文献が、参照によりその全体が組み入れられる。
効果的に癌患者を治療するためのｃ−ｍｅｔ拮抗剤の使用が、提供される。本出願は、また、任意でｃ−ｍｅｔ拮抗剤で疾患を診断し疾患を治療するためのより良い方法を提供する。ｃ−ｍｅｔ拮抗剤は、効果的に癌を治療するために任意でＶＥＧＦ拮抗剤と併用される。
特に、任意でＶＥＧＦ拮抗剤を加えた抗ｃ−ｍｅｔ拮抗剤の治療が、臨床的に有意義な利益をもたらす患者集団を特定するために、肝細胞成長因子（交換可能で「ＨＧＦ」と呼ばれる）バイオマーカーが、用いられる。特に、本発明は、再発性グリオブラストーマの被験者で、抗ＶＥＧＦ抗体（ベバシズマブ）と組み合わせた抗ｃ−ｍｅｔ抗体ＭｅｔＭＡｂ（オナルツズマブ）の無作為化第II相臨床試験のデータを提供する。ベバシズマブを加えたＭｅｔＭＡｂ治療が、無増悪生存期間及び全生存率によって評価される臨床的に有意義な利益をもたらす患者集団を特定するために、ＨＧＦバイオマーカーを用いた。臨床試験では、ＭｅｔＭＡｂ及びベバシズマブによる治療が、高レベルのＨＧＦバイオマーカーを発現した再発性グリオブラストーマの患者に臨床的に有意義な利益をもたらした。この結果は、無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び全生存率（ＯＳ）によって評価される有効性は、特にベバシズマブ治療だけのＰＦＳ及びＯＳデータと比べて、明白であることを示した。この差は、統計学的に有意であり、ベバシズマブにＭｅｔＭａｂを加えると、高レベルのＨＧＦバイオマーカーを発現した再発性グリオブラストーマの患者の無増悪生存期間が延長し、全生存率が向上した。臨床試験データは、また、ベバシズマブと組み合わせたＭｅｔＭＡｂによる治療が、ベバシズマブだけで治療した患者の増悪リスク及び死亡リスクと比較して、低レベルのＨＧＦバイオマーカーを発現した再発性グリオブラストーマの患者の増悪リスク及び死亡リスクを増大させたことを示した。この結果は、低レベルのＨＧＦバイオマーカーを発現したグリオブラストーマの患者では、ベバシズマブ治療だけのＰＦＳ及びＯＳデータと比べて、ＭｅｔＭＡｂ及びベバシズマブで治療した患者で、ＰＦＳ及びＯＳによって評価される有効性は、劣ることを示した。この差は、統計学的に有意であった。
１つの態様では、患者の癌が、多量のＨＧＦバイオマーカーを有するのがわかった場合、患者に有効量のｃ−ｍｅｔ拮抗剤を投与することを含む癌の患者を治療する方法が、提供される。
いくつかの実施形態では、患者の癌が、ｃ−ｍｅｔを過剰発現する。いくつかの実施形態では、患者の癌が、ｃ−ｍｅｔ増幅を提示する。いくつかの実施形態では、患者の癌が、ｃ−ｍｅｔ増幅を提示しない。
いくつかの実施形態では、患者の癌が、ｃ−ｍｅｔ及びＨＧＦをともに発現する。いくつかの実施形態では、細胞から分泌されるＨＧＦが、それがオートクライン的に分泌された細胞の表面上のｃ−ｍｅｔを結合する。いくつかの実施形態では、患者の癌が、ｃ−ｍｅｔ及びＨＧＦをともに発現し、オートクライン的にシグナルを出す。いくつかの実施形態では、患者の癌のＨＧＦ発現が、ＩＨＣもしくはＩＳＨ、または当技術分野で知られる他の方法を用いて測定される。
いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤が、拮抗剤抗ｃ−ｍｅｔ抗体である。いくつかの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、（ａ）配列ＧＹＴＦＴＳＹＷＬＨ（配列番号：１）を含むＨＶＲ１；（ｂ）配列ＧＭＩＤＰＳＮＳＤＴＲＦＮＰＮＦＫＤ（配列番号：２）を含むＨＶＲ２；（ｃ）配列ＡＴＹＲＳＹＶＴＰＬＤＹ（配列番号：３）を含むＨＶＲ３−ＨＣ；（ｄ）配列ＫＳＳＱＳＬＬＹＴＳＳＱＫＮＹＬＡ（配列番号：４）を含むＨＶＲ１−ＬＣ；（ｅ）配列ＷＡＳＴＲＥＳ（配列番号：５）を含むＨＶＲ２−ＬＣ；及び（ｆ）配列ＱＱＹＹＡＹＰＷＴ（配列番号：６）を含むＨＶＲ３−ＬＣを含む。いくつかの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、オナルツズマブエピトープを結合する。いくつかの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、オナルツズマブである。いくつかの実施形態では、有効量の抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、３週間ごとに１５ｍｇ／ｋｇである。いくつかの実施形態では、有効量の抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、２週間ごとに１０ｍｇ／ｋｇである。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤が、１つ以上のクリゾチニブ、チバンチニブ、カボザンチニブ、ＭＧＣＤ−２６５、フィクラツズマブ、ヒト化ＴＡＫ−７０１、リロツムマブ、フォレチニブ、ｈ２２４Ｇ１１、ＤＮ−３０、ＭＫ−２４６１、Ｅ７０５０、ＭＫ−８０３３、ＰＦ−４２１７９０３、ＡＭＧ２０８、ＪＮＪ−３８８７７６０５、ＥＭＤ１２０４８３１、ＩＮＣ−２８０、ＬＹ−２８０１６５３、ＳＧＸ−１２６、ＲＰ１０４０、ＬＹ２８０１６５３、ＢＡＹ−８５３４７４、及び／またはＬＡ４８０である。
いくつかの実施形態では、治療が、有効量のｃ−ｍｅｔ拮抗剤及びＶＥＧＦ拮抗剤の組み合わせによるものである。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦ拮抗剤が、抗ＶＥＧＦ抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体が、Ａ４．６．１エピトープを結合する。いくつかの実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体が、ベバシズマブである。いくつかの 実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体が、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、ＶＨは、ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧ ＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬ ＳＣＡＡＳＧＹＴＦＴ ＮＹＧＭＮＷＶＲＱＡ ＰＧＫＧＬＥＷＶＧＷ ＩＮＴＹＴＧＥＰＴＹ ＡＡＤＦＫＲＲＦＴＦ ＳＬＤＴＳＫＳＴＡＹ ＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤ ＴＡＶＹＹＣＡＫＹＰ ＨＹＹＧＳＳＨＷＹＦ ＤＶＷＧＱＧＴＬＶＴ ＶＳＳ（配列番号：１４）のアミノ酸配列を有し、ＶＬは、ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳ ＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴ ＩＴＣＳＡＳＱＤＩＳ ＮＹＬＮＷＹＱＱＫＰ ＧＫＡＰＫＶＬＩＹＦ ＴＳＳＬＨＳＧＶＰＳ ＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤ ＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰ ＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱ ＹＳＴＶＰＷＴＦＧＱ ＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号：１５）のアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、有効量の前記抗ＶＥＧＦ抗体が、静脈内に２週間ごとに１０ｍｇ／ｋｇである。いくつかの実施形態では、有効量の前記抗ＶＥＧＦ抗体、前記有効量の前記抗ＶＥＧＦ抗体が、静脈内に３週間ごとに１５ｍｇ／ｋｇである。いくつかの実施形態では、有効量の抗ＶＥＧＦ抗体が、最初に静脈内に９０分間以上投与され、続いて、６０分間以上注入され、その後、３０分間注入される。いくつかの実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体が、第１のサイクルで、２番目に前記患者に投与される。いくつかの実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体の次の投与が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤の前または後である。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦ拮抗剤が、前記ｃ−ｍｅｔ拮抗剤と同時に投与される。
いくつかの実施形態では、患者が、５０歳未満である。いくつかの実施形態では、患者が、５０歳以上である。いくつかの実施形態では、患者のカルノフスキーパフォーマンスステータスが、７０％〜８０％である。いくつかの実施形態では、患者のカルノフスキーパフォーマンスステータスが、９０％〜１００％である。
いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーを有しない患者と比較して、患者のＰＦＳ及び／またはＯＳが大きい。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦ拮抗剤だけで治療される患者と比較して、患者のＰＦＳ及び／またはＯＳが大きい。
いくつかの実施形態では、ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦのｍＲＮＡであり、ＨＧＦバイオマーカーｍＲＮＡの発現が、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）を用いて患者からの試料中で測定される。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーが、２＋及び／または３＋のＩＳＨスコアである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーが、２＋及び３＋のＩＳＨスコアである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中の約１２以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中の約１５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中の約２０以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中の約２５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中の約３０以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中の約３５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の１％以上である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の２％以上である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の３％以上である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の４％以上である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の５％以上である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の１０％以上である。
いくつかの実施形態では、ＨＧＦバイオマーカーの発現が、核酸の発現であり、増幅に基づくアッセイ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ解析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、またはＦＩＳＨを用いて患者からの試料中で測定される。いくつかの実施形態では、増幅に基づくアッセイが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）に基づくアッセイ（例えば、定量的ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、逆転写酵素ＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）、及び逆転写定量的ＰＣＲ（ｒｔ−ｑＰＣＲ））である。
いくつかの実施形態では、ＨＧＦバイオマーカーが、ＨＧＦのｍＲＮＡであり、ＨＧＦバイオマーカーｍＲＮＡ発現が、増幅に基づくアッセイ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ解析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、またはＦＩＳＨを用いて、患者からの試料中で測定される。いくつかの実施形態では、増幅に基づくアッセイが、ＰＣＲに基づくアッセイ（例えば、定量的ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、逆転写酵素ＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）及び逆転写定量的ＰＣＲ（ｒｔ−ｑＰＣＲ））である。いくつかの実施形態では、ＰＣＲに基づくアッセイが、ｒｔ−ｑＰＣＲである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーが、参照患者集団の上位５０％のＨＧＦ発現レベルである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーが、参照患者集団の上位４０％のＨＧＦ発現レベルである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーが、参照患者集団の上位３５％のＨＧＦ発現レベルである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーが、参照患者集団の上位３０％のＨＧＦ発現レベルである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーが、参照患者集団の上位２５％のＨＧＦ発現レベルである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーが、参照患者集団の上位２０％のＨＧＦ発現レベルである。
いくつかの実施形態では、試料が、患者の癌の試料である。患者の癌の試料が、癌細胞、リンパ球、白血球、ストローマ、血管、結合組織、基底層、及び癌と関連する他の細胞型を含んでよい。いくつかの実施形態では、試料が、癌細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、癌が、グリオブラストーマ、中皮腫、肝細胞癌、腎細胞癌、胃癌、肉腫（例えば、骨肉腫）、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、乳癌、胆嚢癌、または膵癌である。いくつかの実施形態では、癌が、グリオブラストーマ、中皮腫、腎細胞癌、胃癌、肝細胞癌または肉腫である。いくつかの実施形態では、癌が、グリオブラストーマである。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のあるグリオブラストーマである。いくつかの実施形態では、試料が、グリオブラストーマ細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、良性ストローマ細胞が、１つ以上の反応性アストロサイト、グリア細胞、ペリサイト及び内皮細胞である。いくつかの実施形態では、癌が、中皮腫である。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のある中皮腫である。いくつかの実施形態では、試料が、中皮腫細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、癌が、胃癌である。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のある胃癌である。いくつかの実施形態では、癌が、胃癌細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、良性ストローマ細胞が、１つ以上の繊維芽細胞、マクロファージ、及び内皮細胞である。いくつかの実施形態では、癌が、腎細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のある腎細胞癌である。いくつかの実施形態では、試料が、腎細胞癌細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、癌が、肝細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のある肝細胞癌である。いくつかの実施形態では、試料が、肝細胞癌細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、癌が、肉腫（例えば、骨肉腫）である。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のある肉腫（例えば、治療歴のある骨肉腫）である。いくつかの実施形態では、試料が、肉腫細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、試料が、患者の腫瘍の試料である。腫瘍試料が、癌細胞、リンパ球、白血球、ストローマ、血管、結合組織、基底層、及び腫瘍と関連する他の細胞型を含んでよい。
いくつかの実施形態では、試料が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療前に得られる。いくつかの実施形態では、試料が、ＶＥＧＦ拮抗剤による治療前に得られる。いくつかの実施形態では、試料が、癌薬剤による治療前に得られる。
いくつかの実施形態では、試料が、ホルマリン固定及びパラフィン包埋試料である。いくつかの実施形態では、ＩＳＨが、ハイブリダイゼーションに基づくシグナル増幅を用いて検出される。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡが、試料から分離される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡが、ホルマリン固定及びパラフィン包埋試料から分離される。いくつかの実施形態では、分離されたＲＮＡが、精製される。いくつかの実施形態では、精製されたＲＮＡが、増幅に基づくアッセイのためにＲＮＡソースとして用いられる。いくつかの実施形態では、増幅に基づくアッセイが、ＰＣＲに基づくアッセイである。いくつかの実施形態では、ＰＣＲに基づくアッセイが、ｒｔ−ｑＰＣＲである。
いくつかの実施形態では、癌が、グリオブラストーマ、中皮腫、肝細胞癌、腎細胞癌、胃癌、肉腫（例えば、骨肉腫）、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、乳癌、胆嚢癌、または膵癌である。いくつかの実施形態では、癌が、グリオブラストーマ、中皮腫、腎細胞癌、胃癌、肝細胞癌または肉腫である。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のあるグリオブラストーマである。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のある中皮腫である。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のある腎細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のある胃癌である。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のある肝細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のある肉腫である。
１つの態様では、患者の癌が、少量のＨＧＦバイオマーカーを有するのがわかった場合、患者に治療有効量のｃ−ｍｅｔ拮抗剤以外の薬剤を投与することを含む癌の患者を治療する方法が、提供される。
１つの態様では、本発明は、患者の癌が、多量のＨＧＦバイオマーカーを有するかを決定するステップを含むｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療に反応しやすい癌患者を特定する方法を提供し、ＨＧＦバイオマーカーの発現は、患者が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療に反応しやすいことを示す。
いくつかの実施形態では、ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦのｍＲＮＡであり、ＨＧＦバイオマーカーｍＲＮＡの発現が、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）を用いて患者からの試料中で測定される。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーが、２＋及び／または３＋のＩＳＨスコアである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーが、２＋及び３＋のＩＳＨスコアである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中に約１２以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞が存在することである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中に約１５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞が存在することである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中に約２０以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞が存在することである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中に約２５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞が存在することである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中に約３０以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞が存在することである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中に約３５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞が存在することである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の１％以上である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の２％以上である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の３％以上である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の４％以上である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の５％以上のである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、試料中の１０％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の１０％以上である。
いくつかの実施形態では、ＨＧＦバイオマーカーの発現が、核酸の発現であり、増幅に基づくアッセイ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ解析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、またはＦＩＳＨを用いて患者からの試料中で測定される。いくつかの実施形態では、増幅に基づくアッセイが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）に基づくアッセイ（例えば、定量的ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、逆転写酵素ＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）、及び逆転写定量的ＰＣＲ（ｒｔ−ｑＰＣＲ））である。
いくつかの実施形態では、ＨＧＦバイオマーカーが、ＨＧＦのｍＲＮＡであり、ＨＧＦバイオマーカーｍＲＮＡ発現が、増幅に基づくアッセイ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ解析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、またはＦＩＳＨを用いて、患者からの試料中で測定される。いくつかの実施形態では、増幅に基づくアッセイが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）に基づくアッセイ（例えば、定量的ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、逆転写酵素ＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）、及び逆転写定量的ＰＣＲ（ｒｔ−ｑＰＣＲ））である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーが、参照患者集団の上位５０％のＨＧＦ発現レベルである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーが、参照患者集団の上位４０％のＨＧＦ発現レベルである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーが、参照患者集団の上位３５％のＨＧＦ発現レベルである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーが、参照患者集団の上位３０％のＨＧＦ発現レベルである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーが、参照患者集団の上位２５％のＨＧＦ発現レベルである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーが、参照患者集団の上位２０％のＨＧＦ発現レベルである。
１つの態様では、本発明は、患者の癌が、少量のＨＧＦバイオマーカーを有するかを決定するステップを含むｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療に反応しにくい癌患者を特定する方法を提供し、ＨＧＦバイオマーカーの発現は、患者が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療に反応しにくいことを示す。いくつかの実施形態では、ＨＧＦバイオマーカー核酸の発現が、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）を用いて患者からの試料中で測定される。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、２＋未満のＩＳＨスコアである。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、１＋未満のＩＳＨスコアである。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、０または１＋のＩＳＨスコアである。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、０のＩＳＨスコアである。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦバイオマーカーが、１０以下の細胞中にＨＧＦのＩＳＨ陽性シグナルが存在することである。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦバイオマーカーが、５以下の細胞中にＨＧＦのＩＳＨ陽性シグナルが存在することである。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦバイオマーカーが、細胞なしでＨＧＦのＩＳＨ陽性シグナルが存在することである。
１つの態様では、本発明は、患者の癌が、少量のＨＧＦバイオマーカーを有するかを決定するステップを含むｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療に反応しにくい癌患者を特定する方法を提供し、ＨＧＦバイオマーカーの発現は、患者が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療に反応しにくいことを示す。いくつかの実施形態では、ＨＧＦバイオマーカー核酸の発現が、増幅に基づくアッセイ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ解析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、またはＦＩＳＨを用いて患者からの試料中で測定される。いくつかの実施形態では、増幅に基づくアッセイが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）に基づくアッセイ（例えば、定量的ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、逆転写酵素ＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）、及び逆転写定量的ＰＣＲ（ｒｔ−ｑＰＣＲ））である。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、参照患者集団の下位５０％のＨＧＦ発現レベルである。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、参照患者集団の下位６０％のＨＧＦ発現レベルである。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、参照患者集団の下位６５％のＨＧＦ発現レベルである。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、参照患者集団の下位７０％のＨＧＦ発現レベルである。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、参照患者集団の下位７５％のＨＧＦ発現レベルである。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、参照患者集団の下位８０％のＨＧＦ発現レベルである。
いくつかの実施形態では、患者が、ヒト患者である。患者は、癌患者、すなわち、１つの以上の癌の症状を患っている、または１つの以上の癌の症状を患うリスクがある患者としてよい。さらに、患者は、治療歴のある癌患者としてよい。患者は、グリオブラストーマ患者、すなわち、１つの以上のグリオブラストーマの症状を患っている、または１つの以上のグリオブラストーマの症状を患うリスクがある患者としてよい。さらに、患者は、治療歴のあるグリオブラストーマ患者としてよい。いくつかの実施形態では、患者が、ファーストラインの先行化学療法だけで治療されている。いくつかの実施形態では、患者が、テモゾロミドによる治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、放射線と組み合わせてテモゾロミドによる治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、もう１つの薬剤と組み合わせてテモゾロミドによる治療歴がある。いくつかの実施形態では、グリオブラストーマが、セカンドラインのグリオブラストーマである。患者は、中皮腫患者、すなわち、１つの以上の中皮腫の症状を患っている、または１つの以上の中皮腫の症状を患うリスクがある患者としてよい。さらに、患者は、治療歴のある中皮腫患者としてよい。いくつかの実施形態では、患者が、ファーストラインの先行化学療法だけで治療されている。いくつかの実施形態では、患者が、放射線と組み合わせて化学療法による治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、別の薬剤と組み合わせて化学療法による治療歴がある。いくつかの実施形態では、中皮腫が、セカンドラインの中皮腫である。患者は、胃癌患者、すなわち、１つの以上の胃癌の症状を患っている、または１つの以上の胃癌の症状を患うリスクがある患者としてよい。さらに、患者は、治療歴のある胃癌患者としてよい。いくつかの実施形態では、患者が、ファーストラインの先行化学療法だけで治療されている。いくつかの実施形態では、患者が、放射線照射と組み合わせて化学療法による治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、別の薬剤と組み合わせて化学療法による治療歴がある。いくつかの実施形態では、胃癌が、セカンドラインの胃癌である。患者は、腎細胞癌患者、すなわち、１つの以上の腎細胞癌の症状を患っている、または１つの以上の腎細胞癌の症状を患うリスクがある患者としてよい。さらに、患者は、治療歴のある腎細胞癌患者としてよい。いくつかの実施形態では、患者が、ファーストラインの先行化学療法だけで治療されている。いくつかの実施形態では、患者が、化学療法による治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、放射線照射と組み合わせて化学療法による治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、別の薬剤と組み合わせて化学療法による治療歴がある。いくつかの実施形態では、腎細胞癌が、セカンドラインの腎細胞癌である。患者は、肝細胞癌患者、すなわち、１つの以上の肝細胞癌の症状を患っている、または１つの以上の肝細胞癌の症状を患うリスクがある患者としてよい。さらに、患者は、治療歴のある肝細胞癌患者としてよい。いくつかの実施形態では、患者が、ファーストラインの先行化学療法だけで治療されている。いくつかの実施形態では、患者が、化学療法による治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、放射線照射と組み合わせて化学療法による治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、別の「薬剤と組み合わせて化学療法による治療歴がある。いくつかの実施形態では、肝細胞癌が、セカンドラインの肝細胞癌である。
いくつかの実施形態では、試料が、癌患者から得た細胞または液体のコレクションである。組織または細胞試料のソースは、新鮮、凍結及び／または保存臓器または組織試料または生検または吸引からの固体組織；血液または血液成分；体液、例えば、脳脊髄液、羊水、腹膜液、または組織間液；被験者の妊娠または発現時の細胞としてよい。組織試料は、天然の組織と自然に混在していない化合物、例えば、防腐剤、抗血液凝固剤、緩衝剤、固定剤、栄養素、抗生物質などを含有してよい。本明細書の腫瘍試料の例としては、腫瘍生検、微細針吸引、気管支肺胞洗浄、胸膜液、痰、尿、摘出標本、循環腫瘍細胞、血清、血しょう、循環血しょう蛋白質、腹水、腫瘍に由来するまたは腫瘍類似特性を示している初代細胞培養または細胞株、ならびに保存腫瘍試料、例えば、ホルマリン−固定、パラフィン−包埋腫瘍試料または凍結腫瘍試料が挙げられるが、これらに限定されない。腫瘍試料が、癌細胞、リンパ球、白血球、ストローマ、血管、結合組織、基底層、及び腫瘍と関連する他の細胞型を含んでよい。一実施形態では、試料が、グリオブラストーマ腫瘍試料（例えば、良性ストローマ、例えば、反応性アストロサイト、グリア細胞、ペリサイト及び／または内皮細胞を含むグリオブラストーマ腫瘍試料）を含む。いくつかの実施形態では、試料が、マクロ解剖されたグリオブラストーマ腫瘍試料（例えば、形態学的に正常な脳組織は、腫瘍試料から除去される）を含む。いくつかの実施形態では、マクロ解剖されたグリオブラストーマ腫瘍試料が、良性ストローマ（例えば、反応性アストロサイト、グリア細胞、ペリサイト及び／または内皮細胞）を含む。いくつかの実施形態では、試料が、グリオブラストーマ生検の試料である。いくつかの実施形態では、試料が、グリオブラストーマ癌摘出の試料である。いくつかの実施形態では、試料が、患者のグリオブラストーマが再発した後に得られた。いくつかの実施形態では、試料が、患者のグリオブラストーマが再発する前に得られた。いくつかの実施形態では、試料が、中皮腫腫瘍試料（例えば、良性ストローマを含む中皮腫腫瘍試料）を含む。いくつかの実施形態では、試料が、マクロ解剖された中皮腫腫瘍試料（例えば、形態学的に正常な中皮組織が、腫瘍試料から除去される）を含む。いくつかの実施形態では、マクロ解剖された中皮腫腫瘍試料が、良性ストローマを含む。いくつかの実施形態では、試料が、中皮腫生検の試料である。いくつかの実施形態では、試料が、中皮腫癌摘出の試料である。いくつかの実施形態では、試料が、患者の中皮腫が再発した後に得られた。いくつかの実施形態では、試料が、患者の中皮腫が再発する前に得られた。一実施形態では、試料が、胃癌腫瘍試料（例えば、良性ストローマ、例えば、繊維芽細胞、マクロファージ及び／または内皮細胞を含む胃癌腫瘍試料）を含む。いくつかの実施形態では、試料が、マクロ解剖された胃癌腫瘍試料（例えば、形態学的に正常な胃組織が、腫瘍試料から除去される）を含む。いくつかの実施形態では、マクロ解剖された胃癌腫瘍試料が、良性ストローマ（例えば、繊維芽細胞、マクロファージ及び／または内皮細胞）を含む。いくつかの実施形態では、試料が、胃癌生検の試料である。いくつかの実施形態では、試料が、胃癌摘出の試料である。いくつかの実施形態では、試料が、患者の胃癌が再発した後に得られた。いくつかの実施形態では、試料が、患者の胃癌が再発する前に得られた。いくつかの実施形態では、試料が、腎細胞癌腫瘍試料（例えば、良性ストローマを含む腎細胞癌腫瘍試料）を含む。いくつかの実施形態では、試料が、マクロ解剖された腎細胞癌腫瘍試料（例えば、形態学的に正常な腎組織が、腫瘍試料から除去される）を含む。いくつかの実施形態では、マクロ解剖された腎細胞癌腫瘍試料が、良性ストローマを含む。いくつかの実施形態では、試料が、腎細胞癌生検の試料である。いくつかの実施形態では、試料が、腎細胞癌癌摘出の試料であるいくつかの実施形態では、試料が、患者の腎細胞癌が再発した後に得られた。いくつかの実施形態では、試料が、患者の腎細胞癌が再発する前に得られた。いくつかの実施形態では、試料が、肝細胞癌腫瘍試料（例えば、良性ストローマを含む肝細胞癌腫瘍試料）を含む。いくつかの実施形態では、試料が、マクロ解剖された肝細胞癌腫瘍試料（例えば、形態学的に正常な肝臓組織が、腫瘍試料から除去される）を含む。いくつかの実施形態では、マクロ解剖された肝細胞癌腫瘍試料が、良性ストローマを含む。いくつかの実施形態では、試料が、肝細胞癌生検の試料である。いくつかの実施形態では、試料が、肝細胞癌癌摘出の試料である。いくつかの実施形態では、試料が、患者の肝細胞癌が再発した後に得られた。いくつかの実施形態では、試料が、患者の肝細胞癌が再発する前に得られた。
いくつかの実施形態では、試料が、患者の癌の試料である。いくつかの実施形態では、試料が、患者のグリオブラストーマの試料である。いくつかの実施形態では、グリオブラストーマが、以前に治療されている。いくつかの実施形態では、試料が、グリオブラストーマ細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、良性ストローマ細胞が、１つ以上の反応性アストロサイト、グリア細胞、ペリサイト及び内皮細胞である。いくつかの実施形態では、試料が、患者の中皮腫の試料である。いくつかの実施形態では、中皮腫が、以前に治療されている。いくつかの実施形態では、試料が、中皮腫細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、試料が、患者の胃癌の試料である。いくつかの実施形態では、胃癌が、以前に治療されている。いくつかの実施形態では、試料が、胃癌細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、良性ストローマ細胞が、１つ以上の繊維芽細胞、マクロファージ、及び内皮細胞である。いくつかの実施形態では、癌が、腎細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌が、腎細胞癌の治療歴である。いくつかの実施形態では、試料が、腎細胞癌細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、癌が、肝細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌が、肝細胞癌の治療歴である。いくつかの実施形態では、試料が、肝細胞癌細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、癌が、肉腫（例えば、骨肉腫）である。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のある肉腫（例えば、治療歴のある骨肉腫）である。いくつかの実施形態では、試料が、肉腫細胞及び良性ストローマ細胞を含む。
いくつかの実施形態では、グリオブラストーマの治療歴がある患者が、以前にグリオブラストーマの癌治療を受けている。いくつかの実施形態では、患者が、ファーストラインの先行化学療法だけで治療されている。いくつかの実施形態では、患者が、テモゾロミドによる治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、放射線照射と組み合わせてテモゾロミドによる治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、別の薬剤と組み合わせてテモゾロミドによる治療歴がある。いくつかの実施形態では、グリオブラストーマが、セカンドラインのグリオブラストーマである。
いくつかの実施形態では、中皮腫の治療歴がある患者が、以前に中皮腫の癌治療を受けている。いくつかの実施形態では、患者が、ファーストラインの先行化学療法だけで治療されている。いくつかの実施形態では、患者が、放射線照射と組み合わせて化学療法による治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、もう別の薬剤と組み合わせて化学療法による治療歴がある。いくつかの実施形態では、中皮腫が、セカンドラインの中皮腫である。
いくつかの実施形態では、胃癌の治療歴がある患者が、以前に胃癌の癌治療を受けている。いくつかの実施形態では、患者が、ファーストラインの先行化学療法だけで治療されている。いくつかの実施形態では、患者が、化学療法と組み合わせてテモゾロミドによる治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、もう１つの化学療法と組み合わせてテモゾロミドによる治療歴がある。いくつかの実施形態では、胃癌が、セカンドラインの発胃癌である。
いくつかの実施形態では、腎細胞癌の治療歴がある患者が、以前に腎細胞癌の癌治療を受けている。いくつかの実施形態では、患者が、ファーストラインの先行化学療法だけで治療されている。いくつかの実施形態では、患者が、放射線照射と組み合わせて化学療法による治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、別の薬剤組み合わせて化学療法による治療歴がある。いくつかの実施形態では、腎細胞癌が、セカンドラインの腎細胞癌である。
いくつかの実施形態では、肝細胞癌の治療歴がある患者が、以前に肝細胞癌の癌治療を受けている。いくつかの実施形態では、患者が、ファーストラインの先行化学療法だけで治療されている。いくつかの実施形態では、患者が、放射線照射と組み合わせて化学療法による治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、別の薬剤と組み合わせて化学療法による治療歴がある。いくつかの実施形態では、肝細胞癌が、セカンドラインの肝細胞癌である。
いくつかの実施形態では、試料が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療前に得られる。いくつかの実施形態では、試料が、ＶＥＧＦ拮抗剤による治療前に得られる。いくつかの実施形態では、試料が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤及びＶＥＧＦ拮抗剤による治療前に得られる。いくつかの実施形態では、試料が、癌薬剤による治療前に得られる。いくつかの実施形態では、試料が、ホルマリン固定及びパラフィン包埋試料である。いくつかの実施形態では、ＩＳＨが、ハイブリダイゼーションに基づくシグナル増幅を用いて検出される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡが、試料から分離される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡが、ホルマリン固定及びパラフィン包埋試料から分離される。いくつかの実施形態では、分離されたＲＮＡが、精製される。いくつかの実施形態では、精製されたＲＮＡが、増幅に基づくアッセイのためにＲＮＡソースとして用いられる。いくつかの実施形態では、増幅に基づくアッセイが、ＰＣＲに基づくアッセイである。いくつかの実施形態では、ＰＣＲに基づくアッセイが、ｒｔ−ｑＰＣＲである。
いくつかの実施形態では、癌が、グリオブラストーマ、中皮腫、肝細胞癌、腎細胞癌、胃癌、肉腫（例えば、骨肉腫）、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、乳癌、胆嚢癌、または膵癌である。いくつかの実施形態では、癌が、グリオブラストーマ、中皮腫、腎細胞癌、胃癌、肝細胞癌または肉腫である。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のあるグリオブラストーマである。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のある中皮腫である。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のある腎細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のある胃癌である。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のある肝細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のある肉腫である。
いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤が、拮抗剤抗ｃ−ｍｅｔ抗体である。いくつかの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、（ａ）配列ＧＹＴＦＴＳＹＷＬＨ（配列番号：１）を含むＨＶＲ１；（ｂ）配列ＧＭＩＤＰＳＮＳＤＴＲＦＮＰＮＦＫＤ（配列番号：２）を含むＨＶＲ２；（ｃ）配列ＡＴＹＲＳＹＶＴＰＬＤＹ（配列番号：３）を含むＨＶＲ３−ＨＣ；（ｄ）配列ＫＳＳＱＳＬＬＹＴＳＳＱＫＮＹＬＡ（配列番号：４）を含むＨＶＲ１−ＬＣ；（ｅ）配列ＷＡＳＴＲＥＳ（配列番号：５）を含むＨＶＲ２−ＬＣ；及び（ｆ）配列ＱＱＹＹＡＹＰＷＴ（配列番号：６）を含むＨＶＲ３−ＬＣを含む。いくつかの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、オナルツズマブエピトープを結合する。いくつかの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、オナルツズマブである。いくつかの実施形態では、有効量の抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、３週間ごとに１５ｍｇ／ｋｇである。いくつかの実施形態では、有効量の抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、２週間ごとに１０ｍｇ／ｋｇである。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤が、１つ以上のクリゾチニブ、チバンチニブ、カボザンチニブ、ＭＧＣＤ−２６５、フィクラツズマブ、ヒト化ＴＡＫ−７０１、リロツムマブ、フォレチニブ、ｈ２２４Ｇ１１、ＤＮ−３０、ＭＫ−２４６１、Ｅ７０５０、ＭＫ−８０３３、ＰＦ−４２１７９０３、ＡＭＧ２０８、ＪＮＪ−３８８７７６０５、ＥＭＤ１２０４８３１、ＩＮＣ−２８０、ＬＹ−２８０１６５３、ＳＧＸ−１２６、ＲＰ１０４０、ＬＹ２８０１６５３、ＢＡＹ−８５３４７４、及び／またはＬＡ４８０である。
いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦ拮抗剤が、抗ＶＥＧＦ抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体が、Ａ４．６．１エピトープを結合する。いくつかの実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体が、ベバシズマブである。いくつかの実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体が、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、ＶＨが、ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧ ＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬ ＳＣＡＡＳＧＹＴＦＴ ＮＹＧＭＮＷＶＲＱＡ ＰＧＫＧＬＥＷＶＧＷ ＩＮＴＹＴＧＥＰＴＹ ＡＡＤＦＫＲＲＦＴＦ ＳＬＤＴＳＫＳＴＡＹ ＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤ ＴＡＶＹＹＣＡＫＹＰ ＨＹＹＧＳＳＨＷＹＦ ＤＶＷＧＱＧＴＬＶＴ ＶＳＳ（配列番号：１４）のアミノ酸配列を有し、ＶＬが、ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳ ＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴ ＩＴＣＳＡＳＱＤＩＳ ＮＹＬＮＷＹＱＱＫＰ ＧＫＡＰＫＶＬＩＹＦ ＴＳＳＬＨＳＧＶＰＳ ＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤ ＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰ ＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱ ＹＳＴＶＰＷＴＦＧＱ ＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号：１５）のアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、有効量の前記抗ＶＥＧＦ抗体が、静脈内に２週間ごとに１０ｍｇ／ｋｇである。いくつかの実施形態では、有効量の前記抗ＶＥＧＦ抗体、前記有効量の前記抗ＶＥＧＦ抗体が、静脈内に３週間ごとに１５ｍｇ／ｋｇである。いくつかの実施形態では、有効量の前記抗ＶＥＧＦ抗体が、最初に静脈内に９０分間以上投与され、続いて、６０分間以上注入され、その後、３０分間注入される。いくつかの実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体が、第１のサイクルで、２番目に前記患者に投与される。いくつかの実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体が、前記ｃ−ｍｅｔ拮抗剤の前または後に、患者に投与される。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦ拮抗剤が、前記ｃ−ｍｅｔ拮抗剤と同時に投与される。
いくつかの実施形態では、患者が、５０歳未満である。いくつかの実施形態では、患者が、５０歳以上である。いくつかの実施形態では、患者のカルノフスキーパフォーマンスステータスが、７０％〜８０％である。いくつかの実施形態では、患者のカルノフスキーパフォーマンスステータスが、９０％〜１００％である。
いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーを有しない患者と比較して、患者のＰＦＳ及び／またはＯＳが大きい。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦ拮抗剤だけで治療される患者と比較して、患者のＰＦＳ及び／またはＯＳが大きい。
１つの態様では、（ａ）抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療に反応しやすいグリオブラストーマ（例えば、治療歴のあるグリオブラストーマ）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＩＳＨにより測定される）；及び（ｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療に反応しやすいグリオブラストーマ（例えば、治療歴のあるグリオブラストーマ）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＩＳＨにより測定される）；及び（ｉｉ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、治療が、さらに第２の癌薬剤を含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、（ａ）抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療に反応しやすい中皮腫（例えば、治療歴のある中皮腫）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＩＳＨにより測定される）；及び（ｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療に反応しやすい中皮腫（例えば、治療歴のある中皮腫）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＩＳＨにより測定される）；及び（ｉｉ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、治療が、さらに第２の癌薬剤を含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、（ａ）抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療に反応しやすい胃癌（例えば、治療歴のある胃癌）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＩＳＨにより測定される）；及び（ｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療に反応しやすい胃癌（例えば、治療歴のある胃癌）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＩＳＨにより測定される）；及び（ｉｉ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、治療が、さらに第２の癌薬剤を含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、（ａ）抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療に反応しやすい腎細胞癌（例えば、治療歴のある腎細胞癌）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＩＳＨにより測定される）；及び（ｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療に反応しやすい腎細胞癌（例えば、治療歴のある腎細胞癌）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＩＳＨにより測定される）；及び（ｉｉ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、治療が、さらに第２の癌薬剤を含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、（ａ）抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療に反応しやすい肝細胞癌（例えば、治療歴のある肝細胞癌）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＩＳＨにより測定される）；及び（ｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療に反応しやすい肝細胞癌（例えば、治療歴のある肝細胞癌）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＩＳＨにより測定される）；及び（ｉｉ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、治療が、さらに第２の癌薬剤を含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、（ａ）抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療に反応しやすい肉腫（例えば、治療歴のある肉腫）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＩＳＨにより測定される）；及び（ｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療に反応しやすい肉腫（例えば、治療歴のある肉腫）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＩＳＨにより測定される）；及び（ｉｉ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、治療が、さらに第２の癌薬剤を含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、（ａ）抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療に反応しやすいグリオブラストーマ（例えば、治療歴のあるグリオブラストーマ）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＰＣＲに基づくアッセイ（例えば、ｒｔ−ｑＰＣＲ）により測定される）；及び（ｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療に反応しやすいグリオブラストーマ（例えば、治療歴のあるグリオブラストーマ）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＰＣＲに基づくアッセイ（例えば、ｒｔ−ｑＰＣＲ）により測定される）；及び（ｉｉ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、治療が、さらに第２の癌薬剤を含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、（ａ）抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療に反応しやすい中皮腫（例えば、治療歴のある中皮腫）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＰＣＲに基づくアッセイ（例えば、ｒｔ−ｑＰＣＲ）により測定される）；及び（ｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療に反応しやすい中皮腫（例えば、治療歴のある中皮腫）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＰＣＲに基づくアッセイ（例えば、ｒｔ−ｑＰＣＲ）により測定される）；及び（ｉｉ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、治療が、さらに第２の癌薬剤を含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、（ａ）抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療に反応しやすい胃癌（例えば、治療歴のある胃癌）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＰＣＲに基づくアッセイ（例えば、ｒｔ−ｑＰＣＲ）により測定される）；及び（ｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療に反応しやすい胃癌（例えば、治療歴のある胃癌）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＰＣＲに基づくアッセイ（例えば、ｒｔ−ｑＰＣＲ）により測定される）；及び（ｉｉ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、治療が、さらに第２の癌薬剤を含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、（ａ）抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療に反応しやすい腎細胞癌（例えば、腎細胞癌の治療歴）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＰＣＲに基づくアッセイ（例えば、ｒｔ−ｑＰＣＲ）により測定される）；及び（ｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療に反応しやすい腎細胞癌（例えば、治療歴のある腎細胞癌）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＰＣＲに基づくアッセイ（例えば、ｒｔ−ｑＰＣＲ）により測定される）；及び（ｉｉ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、治療が、さらに第２の癌薬剤を含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、（ａ）抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療に反応しやすい肝細胞癌（例えば、治療歴のある肝細胞癌）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＰＣＲに基づくアッセイ（例えば、ｒｔ−ｑＰＣＲ）により測定される）；及び（ｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療に反応しやすい肝細胞癌（例えば、治療歴のある肝細胞癌）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＰＣＲに基づくアッセイ（例えば、ｒｔ−ｑＰＣＲ）により測定される）；及び（ｉｉ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、治療が、さらに第２の癌薬剤を含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、（ａ）抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療に反応しやすい肉腫（例えば、治療歴のある肉腫）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＰＣＲに基づくアッセイ（例えば、ｒｔ−ｑＰＣＲ）により測定される）；及び（ｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療に反応しやすい肉腫（例えば、治療歴のある肉腫）患者を特定する方法が提供され、当該方法が、（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸（例えば、ｍＲＮＡ）であり、ＰＣＲに基づくアッセイ（例えば、ｒｔ−ｑＰＣＲ）により測定される）；及び（ｉｉ）試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者のために推奨することを含む。いくつかの実施形態では、治療が、さらに第２の癌薬剤を含む。いくつかの実施形態では、方法が、さらに（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、患者の癌が高いレベルのＨＧＦバイオマーカーを有するかどうかを測定するステップを含むＨＧＦバイオマーカー発現を測定する方法が提供され、ＨＧＦバイオマーカー発現は、ｍＲＮＡ発現であり、患者からの試料中でＩＳＨを用いて測定され、高ＨＧＦバイオマーカー発現は、ＩＳＨスコアが２＋以上であり、高ＨＧＦバイオマーカー発現は、患者が、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）と組み合わせて抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）で治療される場合、患者がＯＳ及び／またはＰＦＳを延長しやすいことを示す。
１つの態様では、患者の癌が高いレベルのＨＧＦバイオマーカーを有するかどうかを測定するステップを含むＨＧＦバイオマーカー発現を測定する方法が提供され、ＨＧＦバイオマーカー発現は、ｍＲＮＡ発現であり、患者からの試料中でＩＳＨを用いて測定され、高ＨＧＦバイオマーカー発現は、ＩＳＨスコアが２＋以上であり、高ＨＧＦバイオマーカー発現は、患者が、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）で治療される場合、患者がＯＳ及び／またはＰＦＳを延長しやすいことを示す。いくつかの実施形態では、患者が、任意で第２の癌薬剤と組み合わせて、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）で治療される。
１つの態様では、患者の癌が高いレベルのＨＧＦバイオマーカーを有するかどうかを測定するステップを含むＨＧＦバイオマーカー発現を測定する方法が提供され、ＨＧＦバイオマーカー発現は、ｍＲＮＡ発現であり、患者からの試料中でＰＣＲに基づくアッセイ（例えば、ｒｔ−ｑＰＣＲ）を用いて測定され、高ＨＧＦバイオマーカー発現は、参照患者集団の上位２５％のＨＧＦ発現レベルであり、高ＨＧＦバイオマーカー発現は、患者が、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）と組み合わせて抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）で治療される場合、患者がＯＳ及び／またはＰＦＳを延長しやすいことを示す。
１つの態様では、患者の癌が高いレベルのＨＧＦバイオマーカーを有するかどうかを測定するステップを含むＨＧＦバイオマーカー発現を測定する方法が提供され、ＨＧＦバイオマーカー発現は、ｍＲＮＡ発現であり、患者からの試料中でＰＣＲに基づくアッセイ（例えば、ｒｔ−ｑＰＣＲ）を用いて測定され、高ＨＧＦバイオマーカー発現は、参照患者集団の上位２５％のＨＧＦ発現レベルであり、高ＨＧＦバイオマーカー発現は、患者が、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）で治療される場合、患者がＯＳ及び／またはＰＦＳを延長しやすいことを示す。いくつかの実施形態では、患者が、任意で第２の癌薬剤と組み合わせて、抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）で治療される。
いくつかの実施形態では、治療を推奨することが、治療で好適に治療されるまたは好適に治療されない患者を特定するために患者の試料中のｃ−ｍｅｔのレベルまたは存在に関連する情報または作成したデータを用いることを指す。いくつかの実施形態では、治療が、ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）を含んでよい。いくつかの実施形態では、治療が、ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含んでよい。いくつかの実施形態では、治療が、ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）と組み合わせて抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）を含んでよい。情報またはデータは、任意のフォーム、書面、口述または電子のものとしてよい。いくつかの実施形態では、情報または作製データの使用が、伝達、提示、報告、保存、送信、転送、供給、伝送、配信、提供、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、伝達、提示、報告、保存、送信、転送、供給、伝送、配信、提供、またはこれらの組み合わせが、コンピューティングデバイス、アナライザーユニットまたはこれらの組み合わせによって実施される。さらにいくつかの実施形態では、伝達、提示、報告、保存、送信、転送、供給、伝送、配信、提供、またはこれらの組み合わせが、個人（例えば、研究室または医療専門職）によって実施される。いくつかの実施形態では、情報またはデータが、ＨＧＦのレベルの参照レベルとの比較を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータが、試料中にＨＧＦが存在する、または存在しない指標を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル強度が、特定のレベル（例えば、０、１＋、２＋、３＋）で存在する指標を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータが、ＨＧＦのＩＳＨシグナル強度細胞（例えば、グリオブラストーマ腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞、中皮腫腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞、胃癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞、肝細胞癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞、腎細胞癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞、または肉腫腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞）の特定のパーセンテージで存在する指標を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータは、ＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルが、特定の癌の患者を含む一定数の患者を含む患者の参照集団から得た腫瘍中のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルと比べて特定のパーセンタイルにある指標を含む（例えば、上位５０％、上位４０％、上位３５％、上位３０％、上位２５％、上位２０％、下位５０％、下位６０％、下位６５％、下位７０％、下位７５％、下位８０％）。いくつかの実施形態では、情報またはデータは、患者が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で好適に治療される、または好適に治療されない指標を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータは、患者が、第２の癌薬剤と組み合わせて、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で好適に治療される、または好適に治療されない指標を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータは、患者が、ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）と組み合わせて、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で好適に治療される、または好適に治療されない指標を含む。
１つの態様では、ターゲットオーディエンスに、ＨＧＦバイオマーカーの発現に基づいて癌患者を治療するためにｃ−ｍｅｔ抗体の使用をプロモーションすることを含むｃ−ｍｅｔ抗体を広告する方法が提供される。いくつかの実施形態では、プロモーションが、抗ｃ−ｍｅｔ抗体の市販製剤に同封する添付文書によるものである。いくつかの実施形態では、プロモーションが、第２の薬剤の市販製剤に同封する添付文書によるものである。いくつかの実施形態では、第２の薬剤が、化学療法薬である。いくつかの実施形態では、第２の薬剤が、ＶＥＧＦ拮抗剤である。いくつかの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、オナルツズマブであり、ＶＥＧＦ拮抗剤が、ベバシズマブである。いくつかの実施形態では、患者は、癌試料が高いレベルでバイオマーカーを発現する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療に選択される。いくつかの実施形態では、プロモーションが、ＶＥＧＦ拮抗剤と組み合わせて抗ｃ−ｍｅｔ抗体による治療を受けるための指示書を提供する添付文書によるものである。いくつかの実施形態では、プロモーションに続いて、第２の薬剤を用いて、または第２の薬剤を用いずに、抗ｃ−ｍｅｔ抗体により患者を治療する。
いくつかの実施形態では、プロモーションが、適応症、例えば、グリオブラストーマ（例えば、再発性グリオブラストーマ）、中皮腫（例えば、再発性中皮腫）、胃癌（例えば、再発性胃癌）、腎細胞癌（例えば、再発性腎細胞癌）、肝細胞癌（例えば、再発性肝細胞癌）、または肉腫（例えば、再発性肉腫）治療のために、治療薬剤（単数及び複数）、例えば、抗ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（例えば、オナルツズマブ）及び／またはＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）のプロモーションを含み、かかるプロモーションは、被験者の集団で統計学的に有意な治療有効性及び許容可能な安全性と関係することが示されるように食品医薬品局（ＦＤＡ）によって承認される。
１つの態様では、癌患者からの試料中の、ＨＧＦバイオマーカーの発現を測定するために１つの以上の試薬を含む診断キットが提供され、多量のＨＧＦバイオマーカーの検出は、患者が有効量のｃ−ｍｅｔ拮抗剤で治療される場合、生存期間（例えば、ＰＦＳ及び／またはＯＳ）の延長を意味する。いくつかの実施形態では、癌が、グリオブラストーマ、中皮腫、肝細胞癌、腎細胞癌、胃癌、肉腫（例えば、骨肉腫）、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、乳癌、胆嚢癌、または膵癌である。いくつかの実施形態では、癌が、治療歴のあるグリオブラストーマ、中皮腫、腎細胞癌、胃癌、肝細胞癌、または肉腫（例えば、骨肉腫）である。いくつかの実施形態では、多量のＨＧＦバイオマーカーの検出は、患者がｃ−ｍｅｔ拮抗剤及び第２の癌薬剤の有効量の組み合わせで治療される場合、生存期間（例えば、ＰＦＳ及び／またはＯＳ）の延長を意味する。いくつかの実施形態では、多量のＨＧＦバイオマーカーの検出は、患者がｃ−ｍｅｔ拮抗剤及び標準治療の抗腫瘍薬剤の有効量の組み合わせで治療される場合、生存期間（例えば、ＰＦＳ及び／またはＯＳ）の延長を意味する。いくつかの実施形態では、多量のＨＧＦバイオマーカーの検出は、患者がｃ−ｍｅｔ拮抗剤及びＶＥＧＦ拮抗剤．の有効量の組み合わせで治療される場合、生存期間（例えば、ＰＦＳ及び／またはＯＳ）の延長を意味する。いくつかの実施形態では、キットが、さらに、多量のＨＧＦバイオマーカーが測定される場合、治療歴のある癌患者を治療するためにｃ−ｍｅｔ拮抗剤を選択するキットを使用するための指示書を含む。
１つの態様では、パッケージで、癌薬剤を含む医薬組成物と、医薬組成物がＨＧＦバイオマーカーの発現に基づいて癌患者を治療するためのものであることを示す添付文書を組み合わせることを含む本明細書に提供される診断キットのいずれかを作製する方法が、提供される。
本発明の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、方法が、さらにバイオマーカーについて患者の癌の試料を試験することを含む。いくつかの実施形態では、バイオマーカーが、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーである。いくつかの実施形態では、高ｃ−ｍｅｔバイオマーカーが、本明細書に提供される方法のいずれかを用いて測定される。いくつかの実施形態では、バイオマーカーが、ＨＧＦバイオマーカーである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦバイオマーカーが、本明細書に提供される方法のいずれかを用いて測定される。
試験設計の概略図を示す。 ＨＧＦのＩＳＨステータスに従った全生存期間のサブグループ分析を示す。患者４１名（全患者のおよそ３２％）が、ＨＧＦ２＋または３＋の試料であった。ＨＲは、層化しなかった。 ＨＧＦのＩＳＨが低い（０／１＋）患者及びＨＧＦのＩＳＨが高い（２＋／３＋）患者の全生存期間のカプラン−マイヤー分析を示す。ベバシズマブ＋プラセボ群＝実線。ベバシズマブ＋オナルツズマブ群＝破線。 ＨＧＦのＩＳＨステータスに従った無増悪生存期間のサブグループ分析を示す。ＨＲは、層化しなかった。 ＨＧＦのＩＳＨが低い（０／１＋）患者及びＨＧＦのＩＳＨが高い（２＋／３＋）患者の無増悪生存期間のカプラン−マイヤー分析を示す。ベバシズマブ＋プラセボ群＝実線。ベバシズマブ＋オナルツズマブ＝破線。 ベバシズマブ＋オナルツズマブに無作為割り付けされた患者（破線）対ベバシズマブ＋プラセボに無作為割り付けされた患者（実線）の全生存期間の分析を示す。ＨＲは、層化分析からのものであった。 ベバシズマブ＋オナルツズマブに無作為割り付けされた患者（破線）対ベバシズマブ＋プラセボに無作為割り付けされた患者（実線）の無増悪生存期間の分析を示す。ＨＲは、層化分析からのものであった。 ３＋ＨＧＦのＩＳＨシグナルを提示したグリオブラストーマセクションの例示的顕微鏡写真。セクションは、１０Ｘ対物レンズを用いて観察され、陽性細胞が、容易に確認された。矢印が、例示的ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を指し示している。 高倍率（おおよそ４０Ｘ対物レンズに等しい）で観察され、図１０に示したグリオブラストーマセクションの例示的顕微鏡写真。ＨＧＦのＩＳＨシグナルが、部位全体に分散した複数の細胞中に観察された。 １＋ＨＧＦのＩＳＨシグナルを提示したグリオブラストーマセクションの例示的顕微鏡写真。低倍率（おおよそ１０Ｘ対物レンズに等しい）を用いてセクションを観察したが、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を確認することは困難であった。 高倍率（おおよそ４０Ｘ対物レンズに等しい）で観察され、図１０に示したグリオブラストーマセクションの例示的顕微鏡写真。ＨＧＦのＩＳＨシグナルが、部位全体に分散した細胞中に観察された。矢印が、例示的ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を指し示している。 中等度倍率（おおよそ２０Ｘ対物レンズに等しい）で観察され、３＋ＨＧＦのＩＳＨシグナルを提示したグリオブラストーマセクションの例示的顕微鏡写真。ＨＧＦのＩＳＨ陽性シグナルが、腫瘍の侵入エッジの複数の細胞で観察された。 ストローマ細胞中に局所（矢印）高発現（３＋）がある胃癌のＨＧＦのＲＮＡの代表的なｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを示す。プローブハイブリダイゼーションは、青色ヘマトキシリン対比染色に対する茶色色素体ドットによって示される。バー＝１００ｕｍ。 中皮腫癌中のＨＧＦのＲＮＡの代表的なｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを示す。プローブハイブリダイゼーションは、青色ヘマトキシリン対比染色に対する赤色色素体によって示される。 ＨＧＦ発現中に腫瘍内不均質性がある中皮腫癌中のＨＧＦのＲＮＡの代表的なｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを示す。プローブハイブリダイゼーションは、青色ヘマトキシリン対比染色に対する赤色色素体によって示される。 自己分泌ＨＧＦ発現を提示する中皮腫癌中のＨＧＦの代表的なｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを示す。プローブハイブリダイゼーションは、青色ヘマトキシリン対比染色に対する赤色色素体によって示される。 は、ＨＧＦ−ＰＣＲステータスに従った全生存期間のサブグループ分析を示す。ＨＲは、層化しなかった。 ＨＧＦ−ＰＣＲが低い（下位７５％）患者及びＨＧＦ−ＰＣＲが高い（上位２５％）患者の全生存期間のカプラン−マイヤー分析を示す。ベバシズマブ＋プラセボ群＝実線。ベバシズマブ＋オナルツズマブ群＝破線。 ＨＧＦ−ＰＣＲステータスに従った無増悪生存期間のサブグループ分析を示す。ＨＲは、層化しなかった。 ＨＧＦ−ＰＣＲが低い（下位７５％）患者及びＨＧＦ−ＰＣＲが高い（上位２５％）患者の無増悪生存期間のカプラン−マイヤー分析を示す。ベバシズマブ＋プラセボ群＝実線。ベバシズマブ＋オナルツズマブ群＝破線。 ベバシズマブ＋プラセボ群の患者と比較してベバシズマブ＋オナルツズマブ群のＨＧＦ−ＰＣＲが高い（上位２５％）患者の全奏効率（ＯＲＲ）を示す。 ベバシズマブ＋プラセボ群のＨＧＦ−ＰＣＲが低い（下位７５％）患者及びＨＧＦ−ＰＣＲが高い（上位２５％）患者の無増悪生存期間（上図）及び全生存期間（下図）の予後作用を示す。
Ｉ．定義
「抗血管新生薬剤」または「血管新生阻害剤」は、直接に、または間接に血管新生、脈管形成、または好ましくない血管透過性を阻害する、小分子量物質、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、分離タンパク質、遺伝子組み換えタンパク質、抗体、またはこれらのコンジュゲートもしくは融合蛋白質を指す。抗血管新生薬剤は、血管新生因子またはその受容体の血管新生作用を結合し、ブロックする薬剤を含むと理解しなければならない。例えば、抗血管新生薬剤が、血管新生薬剤に対する抗体または他の拮抗剤である明細書全体で定義されるとおり、または当技術分野で知られるとおり、例えば、ＶＥＧＦ−ＡまたはＶＥＧＦ−Ａ受容体（例えば、ＫＤＲ受容体またはＦｌｔ−１受容体）に対する抗体、ＶＥＧＦ−ｔｒａｐ、抗ＰＤＧＦＲ阻害剤、例えば、Ｇｌｅｅｖｅｃ（商標）（イマチニブメシル酸塩）であるが、これらに限定されない。抗血管新生薬剤は、また、天然血管新生阻害剤、例えば、アンジオスタチン、エンドスタチンなどを含む。例えば、Ｋｌａｇｓｂｒｕｎ ａｎｄ Ｄ’Ａｍｏｒｅ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．，５３：２１７−３９（１９９１）；Ｓｔｒｅｉｔ ａｎｄ Ｄｅｔｍａｒ、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ、２２：３１７２−３１７９（２００３）（例えば、悪性黒色腫の抗血管新生治療を記載している表３）；Ｆｅｒｒａｒａ＆Ａｌｉｔａｌｏ，Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ５：１３５９−１３６４（１９９９）；Ｔｏｎｉｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ，２２：６５４９−６５５６（２００３）（例えば、知られる抗血管新生因子を記載している表２）；及びＳａｔｏ．Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．，８：２００−２０６（２００３）（例えば、表１に臨床試験に用いられる抗血管新生薬剤を記載している）を参照。
用語「ベバシズマブ」は、Ｐｒｅｓｔａ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５７：４５９３−４５９９に従って生成された遺伝子組み換えヒト化抗ＶＥＧＦ単クローン性抗体を指し、また、「ｒｈｕＭＡｂ ＶＥＧＦ」または「ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）」．として知られ、ヒトＶＥＧＦのその受容体への結合をブロックするマウス抗ヒトＶＥＧＦ単クローン性抗体Ａ．４．６．１に由来する変異ヒトＩｇＧｌフレームワーク領域及び抗原−結合相補性−決定領域を含む。ベバシズマブのアミノ酸配列のおよそ９３％が、ほとんどのフレームワーク領域を含み、ヒトＩｇＧｌに由来し、配列の約７％がマウス抗体Ａ４．６．１に由来する。ベバシズマブは、ハイブリドーマＡＴＣＣ ＨＢ１０７０９によって生成された単クローン性抗ＶＥＧＦ抗体Ａ４．６．１と同じエピトープに結合する。
「エピトープＡ４．６．１」は、抗ＶＥＧＦ抗体ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標））（ＭｕｌｌｅｒＹ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ１５ Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ １９９８，６：１１５３−１１６７を参照）によって認識されるエピトープを指す。本発明の特定の実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体が、ハイブリドーマＡＴＣＣＨＢ１０７０９によって生成された単クローン性抗ＶＥＧＦ抗体Ａ４．６．１；Ｐｒｅｓｔａ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５７：４５９３−４５９９に従って生成された遺伝子組み換えヒト化抗ＶＥＧＦ単クローン性抗体と同じエピトープに結合する単クローン性抗体を含むが、これらに限定されない。
用語「静脈内注入」は、およそ５分間以上にわたって、好ましくはおよそ３０〜９０分間、動物またはヒト被験者の静脈に薬剤が導入されることを指すが、本発明に従って、静脈内注入が、その代わりに１０時間未満で実施される。
本明細書では、「維持」用量は、治療期間中または治療期間後に被験者に投与される１つの以上の用量の治療薬剤を指す。通常、維持用量は、治療間隔を空けて、例えば、およそ毎週、およそ２週間ごとに、およそ３週間ごとに、またはおよそ４週間ごとに投与される。「維持治療」は、疾患再発または増悪の可能性を低下させるために与えられる治療計画を意味する。維持治療は、被験者の寿命までの期間の延長を含む任意の期間で提供することができる。維持治療は、初期治療後に、または初期治療もしくは追加治療とともに提供することができる。維持治療に用いられる用量は、変化させることができる、他の型の治療に用いられる用量に比べて用量の低下を含むことができる。また、本明細書の「維持」を参照。
本明細書では、「患者」は、ヒト患者である。患者は、「癌患者」、すなわち、１つの以上の癌の症状を患っている、または１つの以上の癌の症状を患うリスクがある患者としてよい。さらに、患者は、治療歴のある癌患者としてよい。患者は、「グリオブラストーマ患者」、すなわち、１つの以上のグリオブラストーマの症状を患っている、または１つの以上のグリオブラストーマの症状を患うリスクがある患者としてよい。さらに、患者は、治療歴のあるグリオブラストーマ患者としてよい。いくつかの実施形態では、患者が、ファーストラインの先行化学療法だけで治療されている。いくつかの実施形態では、患者が、テモゾロミドによる治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、放射線と組み合わせてテモゾロミドによる治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、もう１つの薬剤と組み合わせてテモゾロミドによる治療歴がある。いくつかの実施形態では、グリオブラストーマが、セカンドラインのグリオブラストーマである。
用語「ｃ−ｍｅｔ」または「Ｍｅｔ」は、本明細書に用いる場合、特に指示がない限り、任意の天然または変異型（天然または合成のいずれかの）ｃ−ｍｅｔポリペプチドを指す。用語「野生型ｃ−ｍｅｔ」は、一般に、自然ｃ−ｍｅｔタンパク質のアミノ酸配列を含むポリペプチドを指す。用語「野生型ｃ−ｍｅｔ配列」は、一般に、自然ｃ−ｍｅｔ中にみられるアミノ酸配列を指す。
用語「肝細胞成長因子」または「ＨＧＦ」は、本明細書に用いる場合、特に指示がない限り、任意の天然または変異型（天然または合成のいずれかの）ＨＧＦポリペプチドを指す。用語「野生型ＨＧＦ」は、一般に、自然ＨＧＦタンパク質のアミノ酸配列を含むポリペプチドを指す。用語「野生型ＨＧＦ配列」は、一般に、自然ＨＧＦ中にみられるアミノ酸配列を指す。
用語「抗ｃ−ｍｅｔ抗体」及び「ｃ−ｍｅｔに結合する抗体」は、抗体が、ｃ−ｍｅｔを標的とする場合、診断薬剤及び／または治療薬剤として有用であるように十分な親和性でｃ−ｍｅｔを結合することができる抗体を指す。１つの実施形態では、類似性のない非ｃ−ｍｅｔタンパク質への抗ｃ−ｍｅｔ抗体の結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定したｃ−ｍｅｔへの抗体の結合の約１０％未満である。特定の実施形態では、ｃ−ｍｅｔに結合する抗体の解離定数（Ｋｄ）が、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ、または≦０．００１ｎＭ（例えば、１０−８Ｍ未満、例えば、１０−８Ｍ〜１０−１３Ｍ、例えば、１０−９Ｍ〜１０−１３Ｍ）である。特定の実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、異なる種に由来するｃ−ｍｅｔに保存されているｃ−ｍｅｔのエピトープに結合する。
用語「抗ＨＧＦ抗体」及び「ＨＧＦに結合する抗体」は、抗体が、ＨＧＦを標的とする場合、診断薬剤及び／または治療薬剤として有用であるように十分な親和性でＨＧＦを結合することができる抗体を指す。１つの実施形態では、類似性のない非ＨＧＦタンパク質への抗ＨＧＦ抗体の結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定したＨＧＦへの抗体の結合の約１０％未満である。特定の実施形態では、ＨＧＦに結合する抗体の解離定数（Ｋｄ）が、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ、または≦０．００１ｎＭ（例えば、１０−８Ｍ未満、例えば、１０−８Ｍ〜１０−１３Ｍ、例えば、１０−９Ｍ〜１０−１３Ｍ）である。特定の実施形態では、抗ＨＧＦ抗体が、異なる種に由来するＨＧＦに保存されているＨＧＦのエピトープに結合する。
「ｃ−ｍｅｔ活性化」は、ｃ−ｍｅｔ受容体の活性化、またはリン酸化を指す。一般に、ｃ−ｍｅｔ活性化の結果、シグナル伝達（例えば、ｃ−ｍｅｔまたは基質ポリペプチド中のチロシン残基をリン酸化するｃ−ｍｅｔ受容体の細胞内キナーゼドメインによって生じる）が生じる。ｃ−ｍｅｔ活性化は、対象のｃ−ｍｅｔ受容体へのｃ−ｍｅｔリガンド（ＨＧＦ）結合によって媒介されてよい。ｃ−ｍｅｔへのＨＧＦ結合は、ｃ−ｍｅｔのキナーゼドメインを活性化し、これにより、ｃ−ｍｅｔ中のチロシン残基のリン酸化及び／または追加の基質ポリペプチド（単数及び複数）中のチロシン残基のリン酸化が生じてよい。
被験者の「集団」は、例えば、臨床試験、または腫瘍医によってみられ、続いて特定の適応、例えば、グリオブラストーマ治療のＦＤＡ承認となる場合の癌の被験者のグループを指す。
本発明の方法では、患者に「指示する」という用語は、任意の手段によって、好ましくは、書面で、例えば、添付文書または他の書面のプロモーション資料の形態で、適切な治療、薬物療法、治療、治療計画などの指示を提供することを意味する。
本発明の方法では、用語「プロモーションする」は、書面、例えば、添付文書の形態を含む任意の手段によって、特定の薬剤、薬剤、または治療法の組み合わせを提供する、広告する、販売する、または記載することを意味する。本明細書では、プロモーションすることは、適応症、例えば、グリオブラストーマ（例えば、再発性グリオブラストーマ）治療のために、治療薬剤（単数及び複数）、例えば、抗ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（例えば、オナルツズマブ）及び／またはＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）のプロモーションを指し、かかるプロモーションは、被験者の集団で統計学的に有意な治療有効性及び許容可能な安全性と関係することが示されるように食品医薬品局（ＦＤＡ）によって承認される。
用語「マーケティング」は、本明細書で製品（例えば、薬剤）のプロモーション、販売または流通を示すために用いられる。マーケティングは、特に製品を製品化するためのパッケージング、広告、及び事業活動を含む。
本明細書の目的では、グリオブラストーマの治療歴がある患者が、以前にグリオブラストーマの癌治療を受けている。いくつかの実施形態では、患者が、ファーストラインの先行化学療法だけで治療されている。いくつかの実施形態では、患者が、テモゾロミドによる治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、放射線と組み合わせてテモゾロミドによる治療歴がある。いくつかの実施形態では、患者が、もう１つの薬剤と組み合わせてテモゾロミドによる治療歴がある。いくつかの実施形態では、グリオブラストーマが、セカンドラインのグリオブラストーマである。
「癌薬剤」は、癌を治療するのに効果的な薬剤である。癌薬剤の例としては、以下に記載した化学療法薬及び化学療法計画；抗ｃ−ｍｅｔ抗体、例えば、オナルツズマブを含むｃ−ｍｅｔ拮抗剤；及び、抗ＶＥＧＦ抗体、例えば、ベバシズマブを含むＶＥＧＦ拮抗剤が挙げられる。
用語「バイオマーカー」または「マーカー」は、本明細書に用いる場合、一般に、遺伝子、ｍＲＮＡ、タンパク質、炭水化物構造、または糖脂質を含む分子を指す。これらの発現は、組織もしくは細胞中、または組織もしくは細胞上にみられ、または分泌されており、公知の方法（または本明細書に開示した方法）によって検出することができ、予測される、あるいは治療計画への細胞、組織、または患者の反応性を予測する（または予測を補助する）ために用いることができる。本明細書では特に対象のバイオマーカーは、ＨＧＦである。
本明細書に用いる場合、「陰性ｃ−ｍｅｔ染色強度」または「陰性染色強度」は、ＴＯＶ−１１２Ｄ、Ｈ５２２、Ｈ１１５５、ＬＸＦＬ５２９及び／またはＨ２３のｃ−ｍｅｔ染色強度を意味する。いくつかの実施形態では、陰性ｃ−ｍｅｔ染色強度が、対照細胞株ＴＯＶ−１１２Ｄのｃ−ｍｅｔ染色強度を意味する。いくつかの実施形態では、陰性ｃ−ｍｅｔ染色強度が、対照細胞株Ｈ５２２のｃ−ｍｅｔ染色強度を意味する。いくつかの実施形態では、陰性ｃ−ｍｅｔ染色強度が、対照細胞株Ｈ１１５５のｃ−ｍｅｔ染色強度を意味する。いくつかの実施形態では、陰性ｃ−ｍｅｔ染色強度が、対照細胞株ＬＸＦＬ５２９のｃ−ｍｅｔ染色強度を意味する。いくつかの実施形態では、陰性ｃ−ｍｅｔ染色強度が、対照細胞株Ｈ２３のｃ−ｍｅｔ染色強度を意味する。ｃ−ｍｅｔ ＩＨＣの方法が、当技術分野で知られている。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ染色強度が、ホルマリン−固定パラフィン包埋細胞対照細胞ペレット（例えば、組織マイクロアレイ中で調製される）のｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、ＳＰ４４）染色を用いて測定される。
本明細書に用いる場合、「弱ｃ−ｍｅｔ染色強度」または「弱染色強度」は、対照細胞株Ｈ１７０３、ＨＥＫ−２９３、及び／またはＨ４６０のｃ−ｍｅｔ ＩＨＣ染色強度を意味する。いくつかの実施形態では、弱ｃ−ｍｅｔ染色強度が、対照細胞株Ｈ１７０３のｃ−ｍｅｔ染色強度を意味する。いくつかの実施形態では、弱ｃ−ｍｅｔ染色強度が、対照細胞株ＨＥＫ−２９３のｃ−ｍｅｔ染色強度を意味する。いくつかの実施形態では、弱ｃ−ｍｅｔ染色強度が、対照細胞株Ｈ４６０のｃ−ｍｅｔ染色強度を意味する。ｃ−ｍｅｔ ＩＨＣの方法が、当技術分野で知られている。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ染色強度が、ホルマリン−固定パラフィン包埋細胞対照細胞ペレット（例えば、組織マイクロアレイ中で調製される）のｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、ＳＰ４４）染色を用いて測定される。
本明細書に用いる場合、「中等度ｃ−ｍｅｔ染色強度」または「中等度染色強度」は、対照細胞株Ａ５４９及び／またはＳＫＭＥＳ１のｃ−ｍｅｔ ＩＨＣ染色強度を意味する。いくつかの実施形態では、中等度ｃ−ｍｅｔ染色強度が、対照細胞株Ａ５４９のｃ−ｍｅｔ染色強度を意味する。いくつかの実施形態では、中等度ｃ−ｍｅｔ染色強度が、対照細胞株ＳＫＭＥＳ１のｃ−ｍｅｔ染色強度を意味する。ｃ−ｍｅｔ ＩＨＣの方法が、当技術分野で知られている。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ染色強度が、ホルマリン−固定パラフィン包埋細胞対照細胞ペレット（例えば、組織マイクロアレイ中で調製される）のｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、ＳＰ４４）染色を用いて測定される。
本明細書に用いる場合、「強ｃ−ｍｅｔ染色強度」または「強染色強度」は、対照細胞株ＥＢＣ−１及び／またはＨ４４１のｃ−ｍｅｔ ＩＨＣ染色強度を意味する。いくつかの実施形態では、強ｃ−ｍｅｔ染色強度が、対照細胞株ＥＢＣ−１のｃ−ｍｅｔ染色強度を意味する。いくつかの実施形態では、強ｃ−ｍｅｔ染色強度が、対照細胞株Ｈ４４１のｃ−ｍｅｔ染色強度を意味する。ｃ−ｍｅｔ ＩＨＣの方法が、当技術分野で知られている。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ染色強度が、ホルマリン−固定パラフィン包埋細胞対照細胞ペレット（例えば、組織マイクロアレイ中で調製される）のｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、ＳＰ４４）染色を用いて測定される。
「患者試料」は、癌患者から得た細胞または液体のコレクションを意味する。組織または細胞試料のソースは、新鮮、凍結及び／または保存臓器または組織試料または生検または吸引からの固体組織；血液または血液成分；体液、例えば、脳脊髄液、羊水、腹膜液、または組織間液；被験者の妊娠または発現時の細胞としてよい。組織試料は、天然の組織と自然に混在していない化合物、例えば、防腐剤、抗血液凝固剤、緩衝剤、固定剤、栄養素、抗生物質などを含有してよい。本明細書の腫瘍試料の例としては、腫瘍生検、微細針吸引、気管支肺胞洗浄、胸膜液、痰、尿、摘出標本、循環腫瘍細胞、血清、血しょう、循環血しょう蛋白質、腹水、腫瘍に由来するまたは腫瘍類似特性を示している初代細胞培養または細胞株、ならびに保存腫瘍試料、例えば、ホルマリン−固定、パラフィン−包埋腫瘍試料または凍結腫瘍試料が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、試料が、グリオブラストーマ腫瘍試料（例えば、良性ストローマ、例えば、反応性アストロサイト、グリア細胞、ペリサイト及び／または内皮細胞を含むグリオブラストーマ腫瘍試料）を含む。いくつかの実施形態では、試料が、マクロ解剖されたグリオブラストーマ腫瘍試料（例えば、形態学的に正常な脳組織は、腫瘍試料から除去される）を含む。いくつかの実施形態では、マクロ解剖されたグリオブラストーマ腫瘍試料が、良性ストローマ（例えば、反応性アストロサイト、グリア細胞、ペリサイト及び／または内皮細胞）を含む。いくつかの実施形態では、試料が、グリオブラストーマ生検の試料である。いくつかの実施形態では、試料が、グリオブラストーマ癌摘出の試料である。いくつかの実施形態では、試料が、患者のグリオブラストーマが再発した後に得られた。いくつかの実施形態では、試料が、患者のグリオブラストーマが再発する前に得られた。
患者の「有効反応」または薬剤による治療への患者の「反応性」及び類似表現は、癌薬剤の投与で癌（例えば、グリオブラストーマ）のリスクがある、または、癌（例えば、グリオブラストーマ）を患っている患者に与えられる臨床的または治療的利益を指す。かかる利益は、以下のうち１つ以上を含む：生存期間の延長（例えば、全生存期間及び／または無増悪生存期間の延長）；奏効（完全奏効または部分奏効を含む）という結果；またはグリオブラストーマ（例えば、治療歴のあるグリオブラストーマ）患者が経験した臨床的に関係のある疾患に関連する症状の悪化までの期間の延長を含む癌の徴候または症状などの改善。いくつかの実施形態では、症状が、発作、神経認知機能（これらに限定されないが、人、時間及び／または場所の見当識を含む）、読み、書き、及び理解のうち１つの以上（任意の組み合わせ）である。１つの実施形態では、バイオマーカー（単数及び複数）（例えば、ＩＳＨ及び／またはｑＰＣＲを用いて測定される、例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡ発現）が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤及びＶＥＧＦ拮抗剤で治療される場合、ＶＥＧＦ拮抗剤だけで治療される患者と比較して、生存期間が延長（例えば、全生存期間及び／または無増悪生存期間の延長）すると予測される患者を特定するために用いられる。バイオマーカー（単数及び複数）の発現率は、本明細書では、（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡＩＳＨ及び／またはｒｔＰＣＲ解析によって測定されるとおり）効果的に予測される、またはかかる有効反応などの高感度で予測される。
「生存期間の延長」は、治療を実施しない患者と比較して、及び／または１つの以上の承認抗腫瘍薬剤で治療されるが、本発明に従った治療を受けていない患者と比較して、本発明に従って治療した患者の全生存期間及び／または無増悪生存期間の延長を意味する。特定の例では、「生存期間の延長」が、ベバシズマブだけで治療した患者と比較して、本発明の組み合わせ治療（例えば、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（例えば、オナルツズマブ）及びＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）の組み合わせによる治療）を受けている癌患者の無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び／または全生存期間（ＯＳ）の延長を意味する。もう１つの特定の例では、「生存期間の延長」が、ベバシズマブだけで治療した患者（例えば、癌患者の集団）と比較して、本発明の組み合わせ治療（例えば、オナルツズマブ及びベバシズマブの組み合わせによる治療）を受けている癌患者（例えば、癌患者の集団）の無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び／または全生存期間（ＯＳ）の延長を意味する。
「生存期間」は、患者の余命を指し、全生存期間ならびに無増悪生存期間を含む。本発明の基礎になる試験では、生存分析に用いられる事象は、死亡であり、死因を問わなかった。
「全生存率」は、診断または治療時からの一定期間である患者の余命を指し、例えば、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１年、２年、３年などである。生存期間は、カプラン−マイヤー法によって推定することができる。
「無増悪生存期間」は、癌が進行しない、または癌が悪化しない患者の余命を指す。いくつかの実施形態では、患者の余命が、癌が進行しないで、または癌が悪化しないで１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月以上である。本発明の１つの態様では、グリオブラストーマのＰＦＳは、神経腫瘍学（ＲＡＮＯ）評価基準の反応評価によって評価することができる。Ｗｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２０１０；２８：１９６３−７２。いくつかの実施形態では、ＰＦＳが、ＲＥＳＩＳＴクライテリアを用いて評価される。
「生存期間の延長」は、治療を実施しない患者（すなわち、薬剤で治療されない患者と比較して）と比較して、または指定したレベルでバイオマーカーを発現しない患者と比較して、及び／または承認抗腫瘍薬剤で治療した患者と比較して治療した患者の全生存期間及び／または無増悪生存期間の延長を意味する。いくつかの実施形態では、全生存期間及び／または無増悪生存期間が、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月以上延長する。
「奏効」は、完全奏効（ＣＲ）または部分奏効（ＰＲ）を含む測定可能な奏効を指す。
「完全奏効」または「ＣＲ」は、治療による癌の全徴候の消失を意図する。これは、必ずしも癌の治癒を意味しない。
「部分奏効」または「ＰＲ」は、治療による１つの以上の腫瘍または病変の大きさの減少、または身体中の癌の程度の低下を指す。
「全奏効率」または「奏効率」は、最少時間で癌の大きさ（または血液癌の量）の減少を経験する人のパーセンテージを意味する。
ハザード比（ＨＲ）は、事象の比率の統計的定義である。本発明の目的では、ハザード比が、特定の時点で実験群の事象の確率を対照群の事象の確率で割ったものを表すと定義される。無増悪生存期間分析の「ハザード比」は、２つの無増悪生存期間曲線間の差のサマリーであり、追跡期間にわたって対照と比べて、治療による死亡リスクが低下していることを示している。
用語「ＶＥＧＦ」または「ＶＥＧＦ−Ａ」は、自然アレリック及びこれらのプロセス形態とともに、例えば、Ｌｅｕｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４６：１３０６（１９８９）、及びＨｏｕｃｋ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎ．，５：１８０６（１９９１）に記載されているとおり、１６５−アミノ酸ヒト血管内皮細胞成長因子及び関連１２１−、１４５−、１８９−、及び２０６−アミノ酸ヒト血管内皮細胞成長因子を指すために用いられる。ＶＥＧＦ−Ａは、ＶＥＧＦ−Ｂ、ＶＥＧＦ−Ｃ、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＶＥＧＦ−Ｅ、ＶＥＧＦ−Ｆ、及びＰｌＧＦを含む遺伝子ファミリーの一部である。ＶＥＧＦ−Ａは、主に２つの高親和性受容体チロシンキナーゼ、ＶＥＧＦＲ−１（Ｆｌｔ−１）及びＶＥＧＦＲ−２（Ｆｌｋ−１／ＫＤＲ）に結合し、後者は、ＶＥＧＦ−Ａの血管内皮細胞有糸***の主なトランスミッターである。さらに、ニューロピリン−１が、ヘパリン−結合ＶＥＧＦ−Ａイソ型の受容体と認識され、血管発生に何らかの役割を演じている可能性がある。用語「ＶＥＧＦ」または「ＶＥＧＦ−Ａ」は、また、非ヒト種、例えば、マウス、ラット、または霊長動物に由来するＶＥＧＦを指す。特定の種に由来するＶＥＧＦは、用語、例えば、ヒトＶＥＧＦのｈＶＥＧＦ、またはマウスＶＥＧＦのｍＶＥＧＦによって示されることもある。通常、ＶＥＧＦは、ヒトＶＥＧＦを指す。用語「ＶＥＧＦ」は、また、１６５−アミノ酸ヒト血管内皮細胞成長因子のアミノ酸８〜１０９または１〜１０９を含むポリペプチドの短縮形態またはフラグメントを指すために用いられる。ＶＥＧＦのいずれのかかる形態の参照は、本出願では、例えば、「ＶＥＧＦ（８−１０９）、」「ＶＥＧＦ（１−１０９）」または「ＶＥＧＦ１６５」と同じものと認識してよい。「短縮」天然ＶＥＧＦのアミノ酸位置は、天然ＶＥＧＦ配列中に示されるとおり、ナンバリングされる。例えば、短縮天然ＶＥＧＦのアミノ酸位置１７（メチオニン）が、また、天然ＶＥＧＦの位置１７（メチオニン）である。短縮天然ＶＥＧＦは、天然ＶＥＧＦと同等のＫＤＲ及びＦｌｔ−１受容体への結合親和性を有する。
「抗ＶＥＧＦ抗体」は、十分な親和性及び特異性でＶＥＧＦに結合する抗体である。選択される抗体は、通常、ＶＥＧＦへの結合親和性を有し、例えば、当該抗体は、１００ｎＭ〜１ｐＭのＫｄ値でｈＶＥＧＦを結合する可能性がある。抗体親和性は、例えば、表面プラズモン共鳴に基づくアッセイ（例えば、ＰＣＴ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．ＷＯ２００５／０１２３５９に記載されているものなどのＢＩＡｃｏｒｅアッセイ）；酵素標識免疫定量法（ＥＬＩＳＡ）；及び競合アッセイ（例えば、ＲＩＡ’ｓ）によって．測定してよい。特定の実施形態では、本発明の抗ＶＥＧＦ抗体は、ＶＥＧＦ活性が関係する疾患または状態を標的とし、妨げるのに、治療薬剤として用いることができる。また、抗体は、例えば、治療薬としてのその有効性を評価するために他の生物活性アッセイを受けさせてよい。かかるアッセイは、当技術分野で知られており、標的抗原及び抗体の所期の使用に依存する。例としては、ＨＵＶＥＣ抑制アッセイ；腫瘍細胞成長抑制アッセイ（例えば、ＷＯ８９／０６６９２に記載したとおり）；抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）及び補体媒介細胞障害（ＣＤＣ）アッセイ（米国特許第５，５００，３６２号）；及びアゴニスト活性または造血アッセイ（ＷＯ９５／２７０６２を参照）が挙げられる。抗ＶＥＧＦ抗体は、通常、他のＶＥＧＦ相同体、例えば、ＶＥＧＦ−ＢまたはＶＥＧＦ−Ｃに結合せず、また、他の成長因子、例えば、ＰｌＧＦ、ＰＤＧＦまたはｂＦＧＦにも結合しない。
「ＶＥＧＦ拮抗剤」は、１つ以上のＶＥＧＦ受容体へのその結合を含むＶＥＧＦ活性を中和する、ブロックする、抑制する、阻害する、低下させるまたは妨げることができる分子を指す。ＶＥＧＦ拮抗剤としては、特異的にＶＥＧＦに結合し、これにより、１つ以上の受容体、抗ＶＥＧＦ受容体抗体及びＶＥＧＦ受容体拮抗剤、例えば、ＶＥＧＦチロシンキナーゼの小分子阻害剤へのその結合を封鎖する抗ＶＥＧＦ抗体及びこれらの抗原−結合フラグメント、受容体分子及び誘導体が挙げられる。
「キメラＶＥＧＦ受容体タンパク質」は、少なくとも２つの異なるタンパク質（このうち少なくとも１つがＶＥＧＦ受容体タンパク質である）に由来するアミノ酸配列を有するＶＥＧＦ受容体分子である。特定の実施形態では、キメラＶＥＧＦ受容体タンパク質が、ＶＥＧＦに結合し、ＶＥＧＦの生物活性を抑制することができる。
用語「遺伝子増幅」は、遺伝子または遺伝子フラグメントの複数のコピーが特定の細胞または細胞株中に形成されるプロセスを指す。
用語「発現のレベル」または「発現レベル」は、一般に交換可能で用いられ、一般に、生体試料中のポリヌクレオチド、ｍＲＮＡ、またはアミノ酸生成物またはタンパク質の量を指す。「発現」は、一般に、遺伝子コード情報が、細胞中に存在し、細胞中で作用する構造に変換されるプロセスを指す。それゆえに、本発明に従った遺伝子の「発現」が、ポリヌクレオチドへの転写、タンパク質への翻訳、または、さらにタンパク質の翻訳後修飾を指してよい。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたタンパク質、または翻訳後修飾されたタンパク質のフラグメントは、また、これらが、別のスプライシングによって生成された転写物、または分解転写物に由来する、またはタンパク質の翻訳後プロセッシング、例えば、タンパク質分解によるものであるかにかかわらず、発現したものと考えなければならない。いくつかの実施形態では、「発現のレベル」が、例えば、ＩＳＨ及び／またはｒｔＰＣＲによって評価されるとおり、ＨＧＦのｍＲＮＡの存在または欠如または量または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現している細胞のパーセンテージ）を指す。
語句「の発現に基づく」は、本明細書に用いられる場合、本明細書の１つ以上のバイオマーカーの発現レベルまたは発現の存在もしくは欠如（例えば、グリオブラストーマ腫瘍細胞及び関連良性ストローマ中のＨＧＦのＩＳＨシグナルの存在または欠如または発生率（例えば、提示細胞のパーセンテージ））が、治療決定を知らせるために用いられる情報と、添付文書、またはマーケティング／プロモーションガイダンスなどに提供される情報を意味する。
語句「実質的なバイオマーカー発現を有しない」または「実質的にバイオマーカー発現がない」は、バイオマーカーに関して、本明細書に用いる場合、バイオマーカーがバックグラウンドレベル（いくつかの実施形態では、統計学的に有意であるバックグラウンドレベル以上である）以上である発現レベルを示さないことを意味する。語句「バイオマーカー発現がほとんどない」は、バイオマーカーに関して、本明細書に用いる場合、バイオマーカーが生物学的に有意義な量の発現を提示しないことを意味する。当技術分野で理解されているとおり、発現の量は、バイオマーカー試料及び参照カウンターパート間での比較を行うことができる限り、定量的にまたは定性的に測定してよい。発現は、例えば、本明細書に記載したもの（例えば、ＩＳＨ）を含む当技術分野で知られる任意のアッセイまたは技術に従って、測定または検出することができる。
癌（例えば、グリオブラストーマ）患者への臨床的利益の増大と関連しているバイオマーカーの「量」または「レベル」は、生体試料中の検出可能レベルを指し、バイオマーカーのレベルが、患者の臨床的利益の増大と関連している。これらは、当業者に知られる方法によって測定することができ、また、本発明によって開示することができる。治療への反応を測定するために、評価されるバイオマーカーの発現レベルまたは量を用いることができる。いくつかの実施形態では、バイオマーカーの発現レベルまたは量が、（例えば、患者の癌試料、例えば、腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含むグリオブラストーマ試料の）ＩＳＨを用いて測定される。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡが、臨床的利益の増大と関連している。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡが、ＩＳＨを用いて測定される。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡのＨＧＦのＩＳＨシグナル強度が、少なくとも＋２である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡのＨＧＦのＩＳＨシグナル強度が、少なくとも＋３である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡのＨＧＦのＩＳＨシグナル強度が、＋２または＋３である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡが、ＰＣＲ（例えば、ｒｔＰＣＲ）を用いて測定される。
癌（例えば、ＮＳＣＬＣ）患者への臨床的利益の低下と関連しているバイオマーカーの「量」または「レベル」は、生体試料中の検出可能バイオマーカーの欠如または低検出可能レベルを指し、バイオマーカーのレベルが、患者への臨床的利益の低下と関連している。これらは、当業者に知られる方法によって測定することができ、また、本発明によって開示することができる。治療への反応を測定するために、評価されるバイオマーカーの発現レベルまたは量を用いることができる。いくつかの実施形態では、バイオマーカーの量またはレベルが、（例えば、腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む患者の癌試料の）ＩＳＨを用いて測定される。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡが、臨床的利益の低下と関連している。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡが、ＩＳＨを用いて測定される。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡのＨＧＦのＩＳＨシグナル強度が、０である。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡのＨＧＦのＩＳＨシグナル強度が、＋１である。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡのＨＧＦのＩＳＨシグナル強度が、０または＋１である。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡが、ＰＣＲ（例えば、ｒｔＰＣＲ）を用いて測定される。
「ＨＧＦのｍＲＮＡ発現を提示する」癌または生体試料は、診断試験で、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する（過剰発現を含む）ものである。「ＨＧＦのｍＲＮＡ発現を提示する」グリオブラストーマ試料は、診断試験で、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する（過剰発現を含む）ものである。いくつかの実施形態では、グリオブラストーマ試料が、腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。
「ｃ−ｍｅｔ増幅を提示する」癌または生体試料は、診断試験で、ｃ−ｍｅｔ遺伝子を増幅したものである。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ遺伝子の増幅が、ｃ−ｍｅｔ遺伝子の５以上のコピー以上の（細胞の集団の）平均、またはｃ−ｍｅｔ遺伝子の８以上のコピー以上、例えば、ｃ−ｍｅｔ遺伝子の１０以上、１５以上または２０以上のコピーの平均である。
「ｃ−ｍｅｔ増幅を提示しない」癌または生体試料は、診断試験で、ｃ−ｍｅｔ遺伝子を増幅しなかったものである。
用語「変異」は、本明細書に用いる場合、野生型タンパク質または核酸と比較して、それぞれ特定のタンパク質または核酸（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ）のアミノ酸または核酸配列との差を意味する。変異タンパク質または核酸は、遺伝子の１つの対立遺伝子（ヘテロ接合）または両対立遺伝子（ホモ接合）から発現する、またはこれらにみられる可能性がある。本発明では、変異が、一般に体細胞変異である。変異が、配列再構成、例えば、挿入、欠失、及び点変異（一塩基多型／アミノ酸多型を含む）を含む。
用語「プライマー」は、核酸にハイブリダイズすることができ、一般に、遊離３’−ＯＨ基をもたらすことによって相補的核酸の重合を可能にする一本鎖ポリヌクレオチドを指す。
用語「配列」または「マイクロアレイ」は、基質上のハイブリダイズ可能な配列要素の規則配列、好ましくはポリヌクレオチドプローブ（例えば、オリゴヌクレオチド）を指す。基質は、固体基質、例えば、ガラススライド、または半固体基質、例えば、ニトロセルロース膜とすることができる。
用語「増幅」は、参照核酸配列またはその補体の１つ以上のコピーを生成するプロセスを指す。増幅は、リニア増幅または指数的増幅（例えば、ＰＣＲ）としてよい。「コピー」は、テンプレート配列と比較した完全配列相補性または同一性を必ずしも意味しない。例えば、コピーは、ヌクレオチド類似体、例えば、デオキシイノシン、意図的配列変化（例えば、ハイブリダイズ可能であるが、テンプレートと完全に相補的でない配列を含むプライマーを介して導入される配列変化）、及び／または増幅中に生じる配列エラーを含むことができる。
用語「ハウスキーピングバイオマーカー」は、通常、全細胞型中に相似的に存在するバイオマーカーまたはバイオマーカーの群（例えば、ポリヌクレオチド及び／またはポリペプチド）を指す。いくつかの実施形態では、ハウスキーピングバイオマーカーが、「ハウスキーピング遺伝子」である。「ハウスキーピング遺伝子」は、本明細書では、その活性が細胞機能の維持に不可欠であり、通常全細胞型中に相似的に存在するタンパク質をコードする遺伝子または遺伝子の群を指す。
「増幅」は、本明細書に用いる場合、一般に、所望の配列の複数のコピーを生成するプロセスを指す。「複数のコピー」は、少なくとも２つのコピーを意味する。「コピー」は、テンプレート配列との完全配列相補性または同一性を必ずしも意味しない。例えば、コピーは、ヌクレオチド類似体、例えば、デオキシイノシン、意図的配列変化（例えば、ハイブリダイズ可能であるが、テンプレートと相補的でない配列を含むプライマーを介して導入される配列変化）、及び／または増幅中に生じる配列エラーを含むことができる。
用語「マルチプレックス−ＰＣＲ」は、単一反応中の２つ以上のＤＮＡ配列を増幅する目的のために１つ以上のプライマーセットを用いて、単一ソース（例えば、個体）から得た核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）上で生じる単一ＰＣＲ反応を指す。
「ＩＳＨ」または「ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション」は、組織または細胞（ｉｎ ｓｉｔｕ）の一部またはセクション中の特定のＤＮＡまたはＲＮＡ配列を局在化させるために相補的ＤＮＡまたはＲＮＡ鎖（例えば、プライマーまたはプローブ）を用いるハイブリダイゼーションの１つの型を指す。いくつかの実施形態では、相補的ＤＮＡ鎖が、組織または細胞（ｉｎ ｓｉｔｕ）の一部またはセクション中の特定のＲＮＡ配列を局在化させるために用いられる。いくつかの実施形態では、ＩＳＨが、さらにハイブリダイゼーションに基づく増幅を含む。
ハイブリダイゼーション反応の「ストリンジェンシー」は、当業者によって容易に測定可能であり、一般に、プローブ長、洗浄温度、及び塩濃度に依存した経験的計算である。一般に、適切なアニーリングにはプローブが長いほど高い温度が必要であり、プローブが短いほど低い温度が必要である。相補ストランドがその融解温度以下の環境に存在する場合、ハイブリダイゼーションは、一般に、変性ＤＮＡまたはＲＮＡの再アニーリングする能力に依存する。プローブ及びハイブリダイズ可能配列間の所望の相同性の程度が高いほど、高い相対温度を用いることができる。その結果、相対温度が高い方が、反応条件のストリンジェンシィが増す傾向があり、温度が低いと、ストリンジェンシーが減るということになる。さらにハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーの詳細及び説明には、Ａｕｓｕｂｅｌら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，（１９９５）を参照。
組織試料の「セクション」は、組織試料の単一部分または単一片、例えば、組織試料からの切断した組織または細胞の薄片を意味する。組織試料の複数のセクションは、採取及び分析してよいと理解される。いくつかの実施形態では、組織試料の同じセクションは、形態学的及び分子レベルの両者で分析してよい。いくつかの実施形態では、組織試料の同じセクションは、ポリペプチド及びポリヌクレオチドの両者に関して分析してよい。
「関連性を示す」または「関連性を示すこと」は、任意の方法で、第１の分析またはプロトコールの性能及び／または結果と第２の分析またはプロトコールの性能及び／または結果を比較することを意味する。例えば、第２のプロトコールを実施するのに、第１の分析またはプロトコールの結果を使用してよい、及び／または、第２の分析またはプロトコールを実施しなければならないかどうかを決定するために、第１の分析またはプロトコールの結果を使用してよい。ポリヌクレオチド分析またはプロトコールの実施形態に関しては、特定の治療計画を実施しなければならないかどうかを決定するために、ポリヌクレオチド発現分析またはプロトコールの結果を使用してよい。
用語「実質的に同じ」は、本明細書に用いる場合、２つの数値間の十分に高い類似性の程度を示し、そのため、当業者であれば、２つの値間の差は、前記の値（例えば、Ｋｄ値または発現）によって測定される生物学的特性の文脈内で生物学的及び／または統計的有意性がほとんどない、またはないと考える。前記２つの値間の差は、参照／コンパレータ値の関数として、例えば、約５０％未満、約４０％未満、約３０％未満、約２０％未満、及び／または約１０％未満である。
用語「実質的に異なる」は、本明細書に用いる場合、２つの数値間の十分に高い差の程度を示し、そのため、当業者であれば、２つの値間の差は、前記の値（例えば、Ｋｄ値）によって測定される生物学的特性の文脈内で統計的に有意であると考える。前記２つの値間の差は、参照／コンパレータ分子の値の関数として、例えば、約１０％以下、約２０％以下、約３０％以下、約４０％以下、及び／または約５０％以下である。
単語「標識」は、本明細書に用いられる場合、検出可能化合物または組成物を指す。標識は、通常、直接または間接に、試薬、例えば、ポリヌクレオチドプローブまたは抗体に結合または融合され、標識が結合または融合される試薬の検出を容易にする。標識そのものは、検出可能なもの（例えば、放射性同位体標識または蛍光標識）としてよい、または、酵素標識の場合では、検出可能生成物中に生じる基質化合物または組成物の化学変化に触媒作用を及ぼしてよい。
「ポリメラーゼ連鎖反応」または「ＰＣＲ」の技術は、本明細書に用いる場合、一般に、核酸、ＲＮＡ及び／またはＤＮＡの微量の特定の一片が増幅される方法を指す。一般に、対象または対象以外の領域の末端からの配列情報を利用できるようにする必要があり、そのため、オリゴヌクレオチドプライマーを設計することができる；このプライマーは、増幅されるテンプレートの逆鎖と配列が同一または類似している。２つのプライマーの５′末端ヌクレオチドは、増幅される材料の末端と一致してよい。特定のＲＮＡ配列、トータルゲノムＤＮＡからの特定のＤＮＡ配列、及びトータル細胞ＲＮＡ、バクテリオファージまたはプラスミド配列などから転写されたｃＤＮＡを増幅するためにＰＣＲを用いることができる。一般に、Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．，５１：２６３（１９８７）；Ｅｒｌｉｃｈ、ｅｄ．，ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ、ＮＹ、１９８９）を参照。本明細書に用いる場合、ＰＣＲは、核酸試験試料を増幅する核酸ポリメラーゼ反応法の１つの例であるが、唯一のものではないと考えられ、プライマーとして公知の核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）を使用すること及び核酸の特定の一片を増幅もしくは生成する、または特定の核酸に相補的である核酸の特定の一片を増幅もしくは生成するために核酸ポリメラーゼを使用することを含む。
「治療」は、治療的処置及び予防的または予防手段の両者を指す。治療が必要な人は、良性腫瘍、前がん状態の腫瘍、または非転移性腫瘍を既に有する人ならびに癌の発症または再発を予防しなければならない人を含む。
用語「治療有効量」は、哺乳動物の疾患または障害を治療または予防するための治療薬剤（薬剤）の量を指す。癌（例えば、グリオブラストーマ、例えば、グリオブラストーマの治療歴）、の場合では治療有効量の治療薬剤により、癌細胞の数を減少させる；原発腫瘍の大きさを減少させる；周辺器官への癌細胞浸潤を阻害する（すなわち、ある程度遅らせる及び好ましくは止める）；腫瘍転移を阻害する（すなわち、ある程度遅らせる及び好ましくは止める）；腫瘍成長をある程度阻害する；及び／または障害に関係した１つ以上の症状をある程度軽減することができる。薬剤は、ある程度、癌細胞の成長を阻止する、及び／または存在する癌細胞を死滅させることができ、細胞増殖抑制性及び／または細胞障害性としてよい。癌治療では、ｉｎ ｖｉｖｏでの有効性が、例えば、生存期間、疾患憎悪までの時間（ＴＴＰ）、奏効率（ＲＲ）、奏効期間、及び／または生活の質及び／またはＴＤＤを評価することによって測定することができる。
用語「癌」及び「癌性」は、通常、細胞成長が制御されないことを特徴とする哺乳動物の生理学的状態を指す、または表す。この定義には、良性及び悪性癌が含まれる。「早期癌」または「早期腫瘍」は、侵入性または転移性でない癌またはステージ０、Ｉ、またはＩＩの癌と分類される癌を意味する。癌の例としては、癌腫、リンパ腫、芽腫（髄芽腫及び網膜芽腫を含む）、肉腫（脂肪肉腫及び滑膜細胞肉腫を含む、神経内分泌腫瘍（カルチノイド腫瘍、ガストリノーマ、及び島細胞癌を含む）、中皮腫、神経鞘腫（内耳神経鞘腫を含む）、メニンジオーマ、腺癌、黒色腫、及び白血病またはリンパ系悪性腫瘍が挙げられるが、これらに限定されない。さらに癌の例としては、グリオブラストーマ（例えば、再発性グリオブラストーマ、セカンドラインのグリオブラストーマ）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、癌が、肺癌（例えば、ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌、胃癌、黒色腫、乳癌（例えば、トリプルネガティブ乳癌）、大腸癌、肉腫（例えば、骨肉腫）、癌、膀胱癌、肝細胞癌、前立腺癌である。
用語「同時に」は、２つ以上の治療薬剤の投与を指すために本明細書に用いられ、少なくとも一部の投与は、時間が重複する。それゆえに、同時投与が、１つ以上の他の薬剤（単数及び複数）の投与の中止後に１つ以上の薬剤（単数及び複数）の投与が継続する場合の投与計画を含む。
用語「ポリヌクレオチド」は、単数または複数に用いられる場合、一般にポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチドを指し、非修飾ＲＮＡまたはＤＮＡまたは修飾ＲＮＡまたはＤＮＡとしてよい。したがって、例えば、ポリヌクレオチドが、本明細書に定義されるとおり、一本鎖及び二本鎖ＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖領域を含むＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖ＲＮＡ、及び一本鎖及び二本鎖領域を含むＲＮＡ、一本鎖または、さらに通常、二本鎖としてよい、または一本鎖及び二本鎖領域を含んでよいＤＮＡ及びＲＮＡを含むハイブリッド分子を含むが、これらに限定されない。また、用語「ポリヌクレオチド」は、本明細書に用いる場合、ＲＮＡもしくはＤＮＡ、またはＲＮＡ及びＤＮＡの両者を含む三本鎖領域を指す。かかる領域中のストランドは、同じ分子または異なる分子に由来してよい。領域は、１つ以上の分子のすべてを含んでよいが、さらに通常分子のいくつかの領域だけを含んでよい。三本鎖領域の分子の１つがオリゴヌクレオチドであることが多い。用語「ポリヌクレオチド」は、特にｃＤＮＡを含む。この用語が、１つ以上の修飾塩基を含有するＤＮＡ（ｃＤＮＡを含む）及びＲＮＡを含む。したがって、安定性または他の理由のために修飾された主鎖を有するＤＮＡまたはＲＮＡは、その用語が本明細書で意図される場合、「ポリヌクレオチド」である。さらに、特異塩基、例えば、イノシン、または修飾塩基、例えば、トリチウム標識塩基を含むＤＮＡまたはＲＮＡが、本明細書に定義されるとおり用語「ポリヌクレオチド」に含まれる。一般に、用語「ポリヌクレオチド」は、非修飾ポリヌクレオチドの化学的、酵素的及び／または代謝的に修飾された全形態、ならびに、単純細胞及び複雑細胞を含むウイルス及び細胞の特徴的なＤＮＡ及びＲＮＡの化学的形態を包含する。
用語「オリゴヌクレオチド」は、これらに限定されないが、一本鎖デオキシリボヌクレオチド、一本鎖または二本鎖リボヌクレオチド、ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド及び二本鎖ＤＮＡを含む比較的短いポリヌクレオチドを指す。オリゴヌクレオチド、例えば、一本鎖ＤＮＡプローブオリゴヌクレオチドは、化学的方法によって、例えば、市販されている自動オリゴヌクレオチド合成機を用いて合成されることが多い。しかし、オリゴヌクレオチドは、ｉｎ ｖｉｔｒｏ遺伝子組み換えＤＮＡを媒介した技術ならびに細胞及び有機体中のＤＮＡの発現を含むさまざまな他の方法によって生成することができる。
指定抗体の「生物学的特性」を有する抗体は、同じ抗原に結合する他の抗体とそれを識別する抗体の１つ以上の生物学的特性を有するものである。
参照抗体としての「同じエピトープに結合する抗体」は、競合アッセイで参照抗体のその抗原への結合を５０％以上ブロックする抗体を指し、逆に言えば、参照抗体が、競合アッセイで抗体のその抗原への結合を５０％以上ブロックする。例示的競合アッセイが、本明細書に提供されている。
語句「診断を提供する」は、本明細書に用いる場合、患者のグリオブラストーマを診断するために患者の試料中のＨＧＦのレベルまたは存在（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡのレベルまたは存在または発生率（例えば、発現している細胞のパーセンテージ））に関連する情報または作成したデータを用いることを指す。情報またはデータは、任意のフォーム、書面、口述または電子のものとしてよい。いくつかの実施形態では、情報または作製データの使用が、伝達、提示、報告、保存、送信、転送、供給、伝送、配信、提供、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、伝達、提示、報告、保存、送信、転送、供給、伝送、提供、またはこれらの組み合わせが、コンピューティングデバイス、アナライザーユニットまたはこれらの組み合わせによって実施される。さらにいくつかの実施形態では、伝達、提示、報告、保存、送信、転送、供給、伝送、配信、提供、またはこれらの組み合わせが、個人（例えば、研究室または医療専門職）によって実施される。いくつかの実施形態では、情報またはデータが、ＨＧＦのレベル（例えば、ＩＳＨまたはＰＣＲを用いて測定される、例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡのレベル）の参照レベルとの比較を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータが、ＨＧＦのＩＳＨシグナルの発生率（例えば、グリオブラストーマ腫瘍試料中の細胞の陽性ＨＧＦのＩＳＨシグナルの発生率）を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータが、試料中にＨＧＦ（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡ）が存在する、または存在しない指標を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータが、患者がグリオブラストーマ（いくつかの実施形態では、ＨＧＦ−陽性グリオブラストーマ）で診断される指標を含む。
語句「治療を推奨すること」は、本明細書に用いる場合、治療で好適に治療されるまたは好適に治療されない患者を特定するために患者の試料中のｃ−ｍｅｔのレベルまたは存在に関連する情報または作成したデータを用いることを指す。いくつかの実施形態では、治療が、ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）を含んでよい。いくつかの実施形態では、治療が、ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含んでよい。いくつかの実施形態では、治療が、ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）と組み合わせて抗ｃ−ｍｅｔ抗体（例えば、オナルツズマブ）を含んでよい。情報またはデータは、任意のフォーム、書面、口述または電子のものとしてよい。いくつかの実施形態では、情報または作製データの使用が、伝達、提示、報告、保存、送信、転送、供給、伝送、配信、提供、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、伝達、提示、報告、保存、送信、転送、供給、伝送、配信、提供、またはこれらの組み合わせが、コンピューティングデバイス、アナライザーユニットまたはこれらの組み合わせによって実施される。さらにいくつかの実施形態では、伝達、提示、報告、保存、送信、転送、供給、伝送、配信、提供、またはこれらの組み合わせが、個人（例えば、研究室または医療専門職）によって実施される。いくつかの実施形態では、情報またはデータが、ＨＧＦのレベルの参照レベルとの比較を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータが、試料中にＨＧＦが存在する、または存在しない指標を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル強度が、特定のレベル（例えば、０、＋１＋、＋２＋、＋３＋）で存在する指標を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル強度が、細胞（例えば、グリオブラストーマ腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞）の特定のパーセンテージで存在する指標を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータは、患者が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で好適に治療される、または好適に治療されない指標を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータは、患者が、ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）と組み合わせて、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で好適に治療される、または好適に治療されない指標を含む。
「ターゲットオーディエンス」は、マーケティングまたは広告によって、特に特定の使用、治療、または適応のために、特定の薬剤をプロモーションする、またはプロモーションしようとする人または施設の群であり、例えば、個体患者、患者集団、新聞読者、医学文献、及び雑誌、テレビまたはインターネット閲覧者、ラジオまたはインターネット聴取者、医師、薬品会社などである。
用語「添付文書」は、適応、使用法、用量、投与、禁忌についての情報、包装された製品に組み合わされる他の治療製品及び／またはかかる治療製品の使用に関わる注意事項などを含有し、治療製品の商業包装に慣例的に含まれる指示書を指すために用いられる。
用語「抗体」は、本明細書では、最も広い意味で用いられ、所望の抗原−結合活性を示す限り、これらに限定されないが、単クローン性抗体、多クロ−ン性抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び抗体フラグメントを含むさまざまな抗体構造を包含する。
「抗体フラグメント」は、インタクト抗体が結合する抗原を結合するインタクト抗体の一部を含むインタクト抗体以外の分子を指す。抗体フラグメントの例としては、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２；二重特異性抗体；直鎖抗体；単鎖抗体分子（例えば、ｓｃＦｖ）；及び抗体フラグメントから形成される多重特異性抗体が挙げられるこれらに限定されない。
用語「キメラ」抗体は、重鎖及び／または軽鎖の一部が特定のソースまたは種に由来し、重鎖及び／または軽鎖の残りが異なるソースまたは種に由来する抗体を指す。
抗体の「クラス」は、その重鎖が有する定常ドメインまたは不変領域の型を指す。抗体の主要な５つのクラス、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭがあり、これらのうちいくつかは、さらにサブクラス（イソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、およびＩｇＡ２に分けることができる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γおよびμと呼ばれる。
用語「Ｆｃ領域」は、本明細書では、不変領域の少なくとも一部を含有する免疫グロブリン重鎖のＣ−末端領域を定義するために用いられる。この用語は、天然配列Ｆｃ領域及び変異型Ｆｃ領域を含む。１つの実施形態では、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域が、Ｃｙｓ２２６、またはＰｒｏ２３０から、重鎖のカルボキシル末端へ伸びる。しかし、Ｆｃ領域のＣ−末端リシン（Ｌｙｓ４４７）が、存在してよい、または存在しなくてよい。本明細書に特に指示がない限り、Ｆｃ領域または不変領域中のアミノ酸残基のナンバリングは、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、ＭＤ、１９９１に記載のとおり、ＥＵインデックスとも称されるＥＵナンバリング体系に従う。
「フレームワーク」または「ＦＲ」は、超可変領域（ＨＶＲ）残基以外の可変ドメイン残基を指す。可変ドメインのＦＲは、一般に、４つのＦＲドメイン：ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、及びＦＲ４からなる。それゆえに、ＨＶＲ及びＦＲ配列は、一般に、ＶＨ（またはＶＬ）中の以下の配列：ＦＲ１−Ｈ１（Ｌ１）−ＦＲ２−Ｈ２（Ｌ２）−ＦＲ３−Ｈ３（Ｌ３）−ＦＲ４に現れる。
用語「完全長抗体」、「インタクト抗体」及び「全抗体」は、本明細書に交換可能で用いられ、天然抗体の構造と実質的にほぼ同じ構造を有する抗体、または本明細書に定義されるとおりのＦｃ領域を含有する重鎖を有する抗体を指す。
「ヒト抗体」は、ヒトまたはヒト細胞によって生成される抗体またはヒト抗体レパートリーまたは他のヒト抗体をコードする配列を用いる非ヒトソースに由来する抗体に対応するアミノ酸配列を有する抗体である。特に非ヒト抗原−結合残基を含むヒト化抗体は、ヒト抗体のこの定義から除外される。
「ヒトコンセンサスフレームワーク」は、ヒト免疫グロブリンまたはフレームワーク配列のセクション中に最も一般的に生じるアミノ酸残基を示すフレームワークである。一般に、ヒト免疫グロブリンＶＬまたはＶＨ配列のセクションは、可変ドメイン配列のサブグループに由来する。一般に、配列のサブグループは、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ９１−３２４２，Ｂｅｔｈｅｓｄａ ＭＤ（１９９１），ｖｏｌｓ．１−３に記載のとおりのサブグループである。１つの実施形態では、ＶＬのサブグループが、前記のＫａｂａｔ ｅｔ ａｌ．に記載のとおり、サブグループカッパＩである。１つの実施形態では、ＶＨのサブグループが、前記のＫａｂａｔ ｅｔ ａｌ．に記載のとおり、サブグループＩＩＩである。
「ヒト化」抗体は、非ヒトＨＶＲに由来するアミノ酸残基及びヒトＦＲに由来するアミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。特定の実施形態では、ヒト化抗体が、少なくとも１つ可変ドメイン、及び通常２つの可変ドメインのすべてを実質的に含み、ＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）のすべてまたは実質的にすべてが、非ヒト抗体の可変ドメインに対応し、ＦＲのすべてまたは実質的にすべてがヒト抗体の可変ドメインに対応する。ヒト化抗体が、任意で、ヒト抗体に由来する抗体不変領域の少なくとも一部を含んでよい。抗体の「ヒト化形態」、例えば、非ヒト抗体は、ヒト化された抗体を指す。
用語「超可変領域」または「ＨＶＲ」は、本明細書に用いる場合、配列（「相補性決定領域」または「ＣＤＲ」）中で超可変である、及び／または構造的に定義されるループ（「超可変ループ」）を形成する、及び／または抗原−接触残基（「抗原接触」）を含有する抗体可変ドメインの各領域を指す。一般に、抗体は、６つのＨＶＲ：ＶＨ中の３つ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）、及びＶＬ中の３つ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）を含む。例示的ＨＶＲは、本明細書では、（ａ）アミノ酸残基２６〜３２（Ｌ１）、５０〜５２（Ｌ２）、９１〜９６（Ｌ３）、２６〜３２（Ｈ１）、５３〜５５（Ｈ２）、及び９６〜１０１（Ｈ３）に生じる超可変ループ（ＣｈｏｔｈｉａａｎｄＬｅｓｋ,Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１−９１７（１９８７））；（ｂ）アミノ酸残基２４〜３４（Ｌ１）、５０〜５６（Ｌ２）、８９〜９７（Ｌ３）、３１〜３５ｂ（Ｈ１）、５０〜６５（Ｈ２）、及び９５〜１０２（Ｈ３）に生じるＣＤＲ（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ ＨｅａｌｔｈＳｅｒｖｉｃｅ、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、ＭＤ（１９９１））；（ｃ）アミノ酸残基２７ｃ〜３６（Ｌ１）、４６〜５５（Ｌ２）、８９〜９６（Ｌ３）、３０〜３５ｂ（Ｈ１）、４７〜５８（Ｈ２）、及び９３〜１０１（Ｈ３）に生じる抗原接触（ＭａｃＣａｌｌｕｍ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６２：７３２−７４５（１９９６））；及び（ｄ）、ＨＶＲアミノ酸残基４６〜５６（Ｌ２）、４７〜５６（Ｌ２）、４８〜５６（Ｌ２）、４９〜５６（Ｌ２）、２６〜３５（Ｈ１）、２６〜３５ｂ（Ｈ１）、４９〜６５（Ｈ２）、９３〜１０２（Ｈ３）、及び９４〜１０２（Ｈ３）を含む（ａ）、（ｂ）、及び／または（ｃ）の組み合わせを含む。１つの実施形態では、ＨＶＲ残基が、明細書の他の箇所で特定したものを含む。特に指示がないかぎり、本明細書では、前記のＫａｂａｔ ｅｔ ａｌ．に従って可変ドメイン中のＨＶＲ残基及び他の残基（例えば、ＦＲ残基）に番号を付与する。
用語「細胞毒性薬剤」は、本明細書に用いる場合、細胞機能を抑制または妨害する、及び／または細胞死または細胞破壊を引き起こす物質を指す。細胞毒性薬剤としては、これらに限定されないが、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体）；化学療法薬または薬剤（例えば、メトトレキセート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルピシンまたは他のインターカレート剤）；成長阻害剤；これらの酵素及びフラグメント、例えば、核酸分解酵素；抗生物質；毒素、例えば、細菌、真菌、植物または動物由来の小分子毒素または酵素活性毒素（これらのフラグメント及び／または変異型を含む）；及び以下に記載したさまざまな抗腫瘍薬剤または抗癌薬剤が挙げられる。
「エフェクター機能」は、抗体イソタイプで変化する抗体のＦｃ領域に帰因する生物学的活性を指す。抗体エフェクター機能の例としては、Ｃ１ｑ結合及び補体依存性細胞障害（ＣＤＣ）；Ｆｃ受容体結合；抗体−依存性細胞−媒介細胞障害（ＡＤＣＣ）；食作用；細胞表面受容体のダウンレギュレーション（例えば、Ｂ細胞受容体）；及びＢ細胞活性が挙げられる。
「イムノコンジュゲート」は、これらに限定されないが細胞毒性薬剤を含む１つ以上の異種分子（単数及び複数）に結合する抗体である。
用語「単クローン性抗体」は、本明細書に用いる場合、実質的に均質な抗体の集団から得られた抗体を指す。すなわち、当該集団を含む個々の抗体は、例えば、自然に生じる変異または単クローン性抗体調製物の生成中に生じる変異を含有し、生じる可能性がある変異型（かかる変異型は一般に少量で存在する）抗体を除いて、同じものである、及び／または同じエピトープを結合する。通常、異なる決定因子（エピトープ）に向けられた異なる抗体を含む多クロ−ン性抗体調製とは対照的に、単クローン性抗体調製物の各単クローン性抗体は、抗原の単一決定因子に向けられる。したがって、修飾語「単クローン性」は、抗体の実質的に均質な集団から得られているとおりの抗体の特性を示し、任意の特定の方法による抗体の生成を必要とするとは解釈されない。例えば、本発明に従って用いられる単クローン性抗体は、これらに限定されないが、ハイブリドーマ法、遺伝子組み換えＤＮＡ法、ファージ提示法、及びヒト免疫グロブリン遺伝子座のすべてまたは一部を含有するトランスジェニック動物を利用する方法を含むさまざまな技術によって生成してよく、単クローン性抗体を生成するためのかかる方法及び他の例示的方法が本明細書に記載されている。
「裸抗体」は、異種部分（例えば、細胞毒性部分）または放射性同位元素標識に結合されない抗体を指す。裸抗体は、医薬製剤中に存在してよい。
「天然抗体」は、構造を変化させる自然免疫グロブリン分子を指す。例えば、天然ＩｇＧ抗体は、ジスルフィド結合している２つの同一軽鎖及び２つの同一重鎖からなる約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。各重鎖が、Ｎ−末端からＣ−末端まで、可変領域（ＶＨ）を有し、これは、また、可変重ドメインまたは重鎖可変ドメインと称され、３つの定常ドメイン（ＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３）に続く。同様に、各軽鎖が、Ｎ−末端からＣ−末端まで、可変領域（ＶＬ）を有し、これは、また、可変軽ドメインまたは軽鎖可変ドメインと称され、定常軽（ＣＬ）ドメインに続く。抗体の軽鎖は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づくカッパ（κ）及びラムダ（λ）と称される２つの型の１つに対応付けしてよい。
本明細書の目的では、「オナルツズマブ」及び「ＭｅｔＭＡｂ」は、交換可能で用いられ、それぞれ配列番号：８及び７の可変軽アミノ酸配列及び可変重アミノ酸配列、ならびに配列番号：１３のＦｃ配列を含む抗体を指す。いくつかの実施形態では、これが、配列番号：１２の軽鎖アミノ酸配列、及び配列番号：１１の重鎖アミノ酸配列、及び配列番号：１３のＦｃ配列を含む。抗体は、任意で大腸菌細胞によって生成される。用語「オナルツズマブ」及び「ＭｅｔＭＡｂ」は、本明細書では、米国一般名（ＵＳＡＮ）または国際一般名（ＩＮＮ）：オナルツズマブである薬剤のバイオシミラーバージョンに及ぶ。
「オナルツズマブエピトープ」は、抗ｃ−ｍｅｔ抗体オナルツズマブによって認識されるエピトープを指す（Ｍｅｒｃｈａｎｔ、Ｍ． ｅｔ ａｌ、ＰＮＡＳ（２０１３）１１０（３２）：Ｅ２９８７−Ｅ２９９６を参照）。
用語「医薬製剤」は、薬剤の生物活性が効果的となるような形態中にあり、製剤が投与される被験者に対して容認できないほど毒性がある追加成分を含有しない無菌調製物を指す。
「無菌」製剤は、無菌である、または生微生物すべて及びその胞子を含まない。
「キット」は、少なくとも１つ試薬、例えば、癌（例えば、グリオブラストーマ）の治療のための薬剤、または本発明のバイオマーカー遺伝子またはタンパク質を特異的に検出する試薬（例えば、抗体）を含む任意の製品（例えば、パッケージまたは容器）である。製品は、好ましくは、本発明の方法を実施するためのユニットとしてプロモーション、流通、または販売される。
「製剤的に許容可能なキャリア」は、被験者に対して毒性がなく、有効成分以外の医薬製剤中の成分を指す。製剤的に許容可能なキャリアとしては、緩衝液、賦形剤、安定剤、または防腐剤が挙げられるが、これらに限定されない。
参照ポリペプチド配列に関しての「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」は、配列同一性の一部として保存的置換を考慮せず、必要であれば、最大パーセント配列同一性を実現するために、配列をアラインし、ギャップを導入した後の参照リペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセンテージと定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定するためのアラインメントは、当技術分野の技術内にあるさまざまな方法で、例えば、公に入手可能なコンピューターソフトウエア、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮまたはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウエアを用いて実現することができる。当業者であれば、比較される配列の完全長を越える最大アラインメントを実現するために必要な任意のアルゴリズムを含む、配列をアラインするための好適なパラメーターを決定することができる。しかし、本明細書の目的では、％アミノ酸配列同一性値が、配列比較コンピュータープログラムＡＬＩＧＮ−２を用いて生成される。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータープログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ、Ｉｎｃ．によって作製され、ソースコードは、Ｕ．Ｓ．Ｃｏｐｙｒｉｇｈｔ Ｏｆｆｉｃｅ、ＷａｓｈｉｎｇｔｏｎＤ．Ｃ．，２０５５９にユーザードキュメンテーションとともにファイルされ、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７で登録されている。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ、Ｉｎｃ．，Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａから公に入手可能であり、またはソースコードからコンパイルしてよい。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、デジタルＵＮＩＸＶ４．０Ｄを含むＵＮＩＸオペレーティングシステムで使用するためにコンパイルしなければならない。全配列比較パラメーターは、ＡＬＩＧＮ−２プログラムによって設定され、変化しない。
ＡＬＩＧＮ−２がアミノ酸配列比較に用いられる状況では、所与のアミノ酸配列Ｂとの、所与のアミノ酸配列Ｂによる、または所与のアミノ酸配列Ｂに対する所与のアミノ酸配列Ａ（代わりに所与のアミノ酸配列Ｂとの、所与のアミノ酸配列Ｂによる、または所与のアミノ酸配列Ｂに対する特定の％アミノ酸配列同一性を有する、または含む所与のアミノ酸配列Ａとして表現することができる）の％アミノ酸配列同一性は、以下のとおり、計算される。フラクションＸ／Ｙの１００倍Ｘは、プログラムのアラインメントＡ及びＢで配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２によって同一性マッチとスコアされたアミノ酸残基の数であり、Ｙは、Ｂのアミノ酸残基の総数である。アミノ酸配列Ａの長さは、アミノ酸配列Ｂの長さと等しくなく、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸配列同一性と等しくないと理解される。特に記載しない限り、本明細書に用いられる全％アミノ酸配列同一性値は、直前の段落に記載されるとおり、ＡＬＩＧＮ−２コンピュータープログラムを用いて得られる。
「化学療法薬」は、癌の治療に有用な化学的化合物である。化学療法薬の例としては、アルキル化剤、例えば、テモゾロミド、アルキル化剤ダカルバジンのイミダゾテトラジン誘導体が挙げられる。さらに、化学療法薬の例としては、例えば、パクリタキセルまたはトポテカンまたはペグ化リポソームドキソルビシン（ＰＬＤ）が挙げられる。化学療法薬の他の例としては、アルキル化剤、例えば、チオテパ及びＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標）シクロホスファミド；スルホン酸アルキル、例えば、ブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファン；アジリジン、例えば、ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、及びウレドーパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド及びトリメチロロメラミンを含むエチレンイミン及びメチルアメラミン；アセトゲニン（特にブラタシン及びブラタシノン）；カンプトテシン；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン及びビセレシン合成類似体を含む）；クリプトフィシン（特にクリプトフィシン１およびクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似体、ＫＷ−２１８９及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エレウテロビン；パンクラチスタチン；スポンギスタチン；スポンギスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、コロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベムビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソウレア、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムスチン；抗生物質、例えば、エンジイン抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシンガンマ１Ｉ及びカリケアマイシンオメガＩ１（例えば、Ａｇｎｅｗ，Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．，３３：１８３−１８６（１９９４）を参照）；ジネマイシンＡを含むジネマイシン、；ビスフォスフォネート、例えば、クロドロネート；エスペラマイシン；ならびにネオカルチノスタチン発色団及び関連色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルチノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）ドキソルビシン（モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えば、マイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗物質、例えば、メトトレキセート及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸類似体、例えば、デノプテリン、メトトレキセート、プテロプテリン、トリメトレキサート；プリン類似体、例えば、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジン類似体、例えば、アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン、アンドロゲン、例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎剤、例えば、アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補充物、例えば、フォリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトレキサート；デホファミン；デメコルチン；ジアジコン；エルフォミチン；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダミン；メイタンシノイド、例えば、メイタンシンおよびアンサマイトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラクリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）多糖複合体（ＪＨＳ Ｎａｔｕｒａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ、Ｅｕｇｅｎｅ、Ｏｒｅｇ．）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２’’−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特にＴ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡおよびアングイジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド、例えば、ＴＡＸＯＬ（登録商標）パクリタキセル（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ、Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ、Ｎ．Ｊ．）、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標）パクリタキセルのクレモフォア非含有アルブミン組み換えナノパーティクル製剤（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐａｒｔｎｅｒｓ、Ｓｃｈａｕｍｂｅｒｇ、Ｉｌｌ．）、及びＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）ドセタキセル（Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ Ｒｏｒｅｒ、Ａｎｔｏｎｙ、Ｆｒａｎｃｅ）；クロラムブシル；ＧＥＭＺＡＲ（登録商標）ゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；白金類似体、例えば、シスプラチンオキサリプラチンおよびカルボプラチン；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標）ビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロナート；イリノテカン（Ｃａｍｐｔｏｓａｒ、ＣＰＴ−１１）（５−ＦＵ及びロイコボリンとイリノテカンの治療計画を含む）；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド、例えば、レチノイン酸；カペシタビン；コンブレタスタチン；ロイコボリン（ＬＶ）；細胞増殖を低下させるラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ（登録商標））及び前記のいずれかの製剤的に許容可能な塩、酸または誘導体が挙げられる。いくつかの実施形態では、化学療法薬が、テモゾロミド；プロカルバジン；ロムスチン；ビンクリスチン（ＰＣＶ）、カルムスチン、カルムスチン注入ウェハー、シスプラチン；及び前記のいずれかの製剤的に許容可能な塩、酸または誘導体である。
ＩＩ．癌薬剤
１つの態様では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤を投与することを含む癌の治療方法が、提供される。いくつかの実施形態では、癌の治療方法は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせてｃ−ｍｅｔ拮抗剤を投与することを含む。いくつかの実施形態では、癌の治療方法は、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤とＶＥＧＦ拮抗剤との組み合わせを投与することを含む。１つの態様では、本明細書に開示した１つまたは複数のバイオマーカーの発現に基づいて癌薬剤により治療することができる患者を選択する方法が提供される。癌薬剤の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない。
− 抗ｃ−ｍｅｔ抗体を含むｃ−ｍｅｔ拮抗剤。
− 抗ＶＥＧＦ抗体を含むＶＥＧＦ拮抗剤。
− 化学療法薬及び化学治療計画。
− 癌、例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、肝細胞癌、腎細胞癌、及び肉腫を治療するために、開発、または承認される、他の薬剤またはこれらの組み合わせ。
ｃ−Ｍｅｔ拮抗剤
１つの実施形態では、薬剤は、ヒトｃ−ｍｅｔに結合する抗体を含むがこれらに限定されない抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、肝細胞成長因子（ＨＧＦ）に結合するｃ−ｍｅｔを阻害する（例えば、ブロックする）。いくつかの実施形態では、抗体は、ｃ−ｍｅｔに結合する。いくつかの実施形態では、抗体は、ＨＧＦに結合する。１つの実施形態では、関連性のない非ｃ−ｍｅｔタンパク質へ抗ｃ−ｍｅｔ抗体が結合する程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定したｃ−ｍｅｔへの抗体の結合の約１０％未満である。１つの実施形態では、関連性のない非ｃ−ｍｅｔタンパク質へ抗ＨＧＦ抗体が結合する程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定したＨＧＦへの抗体の結合の約１０％未満である。本明細書の抗体は、キメラ、ヒト化またはヒト抗体を含む単クローン性抗体を含む。１つの実施形態では、抗体は、抗体フラグメント、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ワンアーム抗体、ｓｃＦｖ、二重特異性抗体、またはＦ（ａｂ’）２フラグメントである。別の実施形態では、抗体は、完全長抗体、例えば、本明細書に定義されるようなインタクトＩｇＧ１抗体または他の抗体クラスまたはイソタイプである。１つの実施形態では、抗体は一価である。別の実施形態では、抗体は、Ｆｃ領域を含むワンアーム抗体（すなわち、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインが単一抗原結合アームを形成する）であり、Ｆｃ領域は、第１のＦｃポリペプチド及び第２のＦｃポリペプチドを含み、第１のＦｃポリペプチド及び第２のＦｃポリペプチドは、複合体中に存在し、該抗原結合アームを含むＦａｂ分子と比較して該抗体フラグメントの安定性を増大させるＦｃ領域を形成する。ワンアーム抗体は、一価であってよい。
１つの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、オナルツズマブである。別の実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、１つまたは複数の（ａ）配列ＧＹＴＦＴＳＹＷＬＨ（配列番号１）を含むＨＶＲ１、（ｂ）配列ＧＭＩＤＰＳＮＳＤＴＲＦＮＰＮＦＫＤ（配列番号２）を含むＨＶＲ２、及び／または（ｃ）配列ＡＴＹＲＳＹＶＴＰＬＤＹ（配列番号３）を含むＨＶＲ３−ＨＣを含む重鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態では、抗体は、１つまたは複数の（ａ）配列ＫＳＳＱＳＬＬＹＴＳＳＱＫＮＹＬＡ（配列番号４）を含むＨＶＲ１−ＬＣ、配列ＷＡＳＴＲＥＳ（配列番号５）を含むＶＲ２−ＬＣ、及び／または（ｃ）配列ＱＱＹＹＡＹＰＷＴ（配列番号６）を含むＨＶＲ３−ＬＣを含む軽鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、（ａ）配列ＧＹＴＦＴＳＹＷＬＨ（配列番号１）を含むＨＶＲ１、（ｂ）配列ＧＭＩＤＰＳＮＳＤＴＲＦＮＰＮＦＫＤ（配列番号２）を含むＨＶＲ２、及び（ｃ）配列ＡＴＹＲＳＹＶＴＰＬＤＹ（配列番号３）を含むＨＶＲ３−ＨＣを含む重鎖可変ドメインと、（ａ）配列ＫＳＳＱＳＬＬＹＴＳＳＱＫＮＹＬＡ（配列番号４）を含むＨＶＲ１−ＬＣ、配列ＷＡＳＴＲＥＳ（配列番号５）を含むＨＶＲ２−ＬＣ、及び（ｃ）配列ＱＱＹＹＡＹＰＷＴ（配列番号６）を含むＨＶＲ３−ＬＣと、を含む軽鎖可変ドメインを含む。
上記実施形態のいずれかでは、例えば、抗ｃ−ｍｅｔ抗体をヒト化することができる。１つの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、上記実施形態のいずれかの通り、ＨＶＲを含み、さらに受容体ヒトフレームワーク、例えば、ヒト免疫グロブリンフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワークを含む。
別の態様では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、配列番号７のアミノ酸配列との配列同一性が、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％である重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。特定の実施形態では、同一性が少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％であるＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ｃ−ｍｅｔ抗体はヒトｃ−ｍｅｔに結合する能力を保持する。特定の実施形態では、合計１〜１０個のアミノ酸が、配列番号７中で置換、変化、挿入かつ／または決失される。特定の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＨＶＲの外の領域（すなわち、ＦＲ）で生じる。任意で、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、配列番号７中にＶＨ配列を含み、この配列は、配列の翻訳後修飾を含む。
別の態様では、配列番号８のアミノ酸配列との配列同一性が少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％である軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む抗ｃ−ｍｅｔ抗体が提供される。特定の実施形態では、同一性が少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％であるＶＬ配列が、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、ｃ−ｍｅｔに結合する能力を保持する。特定の実施形態では、合計１〜１０個のアミノ酸が、配列番号８中で置換、挿入及び／または決失される。特定の実施形態では、置換、挿入、または欠失が、ＨＶＲの外の領域（すなわち、ＦＲ）で生じる。任意で、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、配列番号８中にＶＬ配列を含み、この配列は、配列の翻訳後修飾を含む。
さらに別の実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、配列番号８のアミノ酸配列との配列同一性が少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％であるＶＬ領域と、配列番号７のアミノ酸配列との配列同一性が少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％であるＶＨ領域と、を含む。さらに別の実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、アミノ酸配列（配列番号１）を含むＨＶＲ−Ｌ１、アミノ酸配列（配列番号２）を含むＨＶＲ−Ｌ２、アミノ酸配列（配列番号３）を含むＨＶＲ−Ｌ３、アミノ酸配列（配列番号４）を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列（配列番号５）を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列（配列番号６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。
別の態様では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、以上に提供した実施形態のいずれかの通りのＶＨ、及び以上に提供した実施形態のいずれかの通りのＶＬを含む。いくつかの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は一価であり、さらにＦｃポリペプチドを含む。
別の態様では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤は、オナルツズマブエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（例えば、抗ｃ−ｍｅｔ抗体）は、アミノ酸残基の位置が、配列番号１６の位置に基づく（または従う）、１）Ａ３１９〜Ａ３４７、２）Ｓ３６０〜Ｖ４２７、３）Ｌ４３９〜Ｔ４５７、または４）Ｒ４６１〜Ｌ４８０のアミノ酸残基の少なくとも１つを含む結合部位でヒトｃ−ｍｅｔに結合する。いくつかの実施形態では、結合部位は、ｃ−ｍｅｔのＡ３２７、Ｑ３２８、Ｒ３３１、Ｑ３３２、Ｉ３３３、Ｇ３３４、Ａ３３５、Ｓ３３６、Ｌ３３７、Ｎ３３８、Ｄ３３９、Ｋ３６８、Ｙ３６９、Ｒ４２６、Ｉ４４６、Ｇ４４８、Ｄ４４９、またはＲ４６９からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸残基（アミノ酸残基の位置は、配列番号１６の位置に基づく）を含む。いくつかの実施形態では、結合部位は、Ａ３１９〜Ａ３４７の少なくとも１つのアミノ酸残基を含む。いくつかの実施形態では、結合部位は、アミノ酸残基Ａ３２７、Ｑ３２８、Ｒ３３１、Ｑ３３２、Ｉ３３３、Ｇ３３４、Ａ３３５、Ｓ３３６、Ｌ３３７、Ｎ３３８、またはＤ３３９のうちの少なくとも１つを含む。いくつかの実施形態では、結合部位は、アミノ酸残基Ｑ３２８、Ｒ３３１、Ｌ３３７、及びＮ３３８のうちの少なくとも１つを含む。いくつかの実施形態では、この段落の実施形態のいずれか１つに従って、結合部位はさらに、１）Ｓ３６０〜Ｖ４２７、２）Ｌ４３９〜Ｔ４５７、または３）Ｒ４６１〜Ｌ４８０の少なくとも１つのアミノ酸残基を含む。いくつかの実施形態では、この段落の実施形態のいずれか１つに従って、結合部位は、Ｋ３６８、Ｙ３６９、Ｒ４２６、Ｉ４４６、Ｇ４４８、Ｄ４４９、及びＲ４６９からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸残基を含む。いくつかの実施形態では、上記実施形態のいずれか１つに従って、結合部位は、アミノ酸残基Ｑ３２８、Ｒ３３１、Ｌ３３７、及びＮ３３８を含む。いくつかの実施形態では、結合部位はさらに、アミノ酸残基Ｒ３３１、Ｑ３３２、Ｉ３３３、Ｇ３３４、Ａ３３５、Ｓ３３６、Ｄ３３９、Ｋ３６８、Ｙ３６９、Ｒ４２６、Ｉ４４６、Ｇ４４８、Ｄ４４９、及びＲ４６９を含む。
さらなる態様では、本発明は、本明細書に提供した抗ｃ−ｍｅｔ抗体と同じエピトープに結合する抗体を提供する。例えば、特定の実施形態では、配列番号７のＶＨ配列及び配列番号８のＶＬ配列を含む抗ｃ−ｍｅｔ抗体と同じエピトープに結合する抗体が提供される。
別の態様では、本発明は、オナルツズマブと同じ生物学的特性を有する抗ｃ−ｍｅｔ抗体を提供する。
本発明のさらなる態様では、本明細書の実施形態のいずれかによる抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、一価、キメラ、ヒト化またはヒト抗体を含む単クローン性抗体とすることができる。１つの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、抗体フラグメント、例えば、ワンアーム、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、二重特異性抗体、またはＦ（ａｂ’）２フラグメントである。別の実施形態では、抗体は、完全長抗体、例えば、本明細書に定義される通り、インタクトＩｇＧ１もしくはＩｇＧ４抗体、または他の抗体クラスもしくはイソタイプである。別の実施形態によると、抗体は二重特異性抗体である。１つの実施形態では、二重特異性抗体は、ＨＶＲを含むか、または上記ＶＨ及びＶＬ領域を含む。
いくつかの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は一価であり、（ａ）配列：ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＹＴＦＴＳＹＷＬＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＧＭＩＤＰＳＮＳＤＴＲＦＮＰＮＦＫＤＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＴＹＲＳＹＶＴＰＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号７）、ＣＨ１配列、及び第１のＦｃポリペプチドを有する重鎖可変ドメインを含む第１のポリペプチドと、（ｂ）配列：ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＫＳＳＱＳＬＬＹＴＳＳＱＫＮＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＷＡＳＴＲＥＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＹＡＹＰＷＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号８）、及びＣＬ１配列を有する軽鎖可変ドメインを含む第２のポリペプチドと、（ｃ）第２のＦｃポリペプチドを含む第３のポリペプチドと、を含む。いくつかの実施形態では、第１のポリペプチドは、Ｆｃ配列ＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＳＣＡＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＶＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号９）を含み、第２のポリペプチドは、Ｆｃ配列ＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＷＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号１０）を含む。
別の実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は一価であり、（ａ）配列：ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＹＴＦＴＳＹＷＬＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＧＭＩＤＰＳＮＳＤＴＲＦＮＰＮＦＫＤＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＴＹＲＳＹＶＴＰＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＳＣＡＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＶＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号１１）を含む、重鎖を含む第１のポリペプチドと、（ｂ）配列ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＫＳＳＱＳＬＬＹＴＳＳＱＫＮＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＷＡＳＴＲＥＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＹＡＹＰＷＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号１２）を含む、軽鎖を含む第２のポリペプチドと、配列ＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＷＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号１３）を含む、Ｆｃ配列を含む第３のポリペプチドと、を含む。
多重特異性抗体及び／またはワンアーム抗体及び／またはイムノアドヘシンを生成する方法としてのノブインツーホール（ｋｎｏｂｓ ｉｎｔｏ ｈｏｌｅｓ）の使用が、当技術分野でよく知られている。米国特許第５，７３１，１６８号、国際公開公報第ＷＯ２００９０８９００４号、及び米国特許公開第２００９０１８２１２７号を参照。また、Ｍａｒｖｉｎ ａｎｄ Ｚｈｕ，Ａｃｔａ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａ Ｓｉｎｃｉａ（２００５）２６（６）：６４９−６５８及びＫｏｎｔｅｒｍａｎｎ（２００５）Ａｃｔａ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｓｉｎ．，２６：１−９を参照。１つの実施形態では、抗体は、ＷＯ２００５／０６３８１６に記載される通りの「ノブ」及び「ホール」を構成するＦｃ変異を含む。例えば、ホール変異は、Ｆｃポリペプチド中の１つまたは複数のＴ３６６Ａ、Ｌ３６８Ａ及び／またはＹ４０７Ｖとすることができ、キャビティ変異は、Ｆｃポリペプチド中のＴ３６６Ｗとすることができる。
本発明の方法に使用するのに好適な他の抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、本明細書に記載され、当技術分野で知られている。例えば、ＷＯ０５／０１６３８２に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体（抗体１３．３．２、９．１．２、８．７０．２、８．９０．３を含むがこれらに限定されない）、ジェノバのＣＢＡにＩＣＬＣ番号ＰＤ０３００１で寄託されたハイブリドーマ細胞株によって生成される抗ｃ−ｍｅｔ抗体、またはＨＧＦ受容体のβ鎖の細胞外ドメイン上のエピトープを認識する抗ｃ−ｍｅｔ抗体（該エピトープは、単クローン性抗体によって認識されるものと同じである）、ＷＯ２００７／１２６７９９に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体（０４５３６、０５０８７、０５０８８、０５０９１、０５０９２、０４６８７、０５０９７、０５０９８、０５１００、０５１０１、０４５４１、０５０９３、０５０９４、０４５３７、０５１０２、０５１０５、０４６９６、０４６８２を含むがこれらに限定されない）、ＷＯ２００９／００７４２７に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体（ＣＮＣＭ（パスツール研究所、パリ、フランス）に番号Ｉ−３７３１で２００７年３月１４日に寄託された抗体、２００７年３月１４日に番号Ｉ−３７３２で寄託された抗体、２００７年７月６日に番号Ｉ−３７８６で寄託された抗体、２００７年３月１４日に番号Ｉ−３７２４で寄託された抗体を含むがこれらに限定されない）、２０１１０１２９４８１に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体、ＵＳ２０１１０１０４１７６に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体、ＷＯ２００９／１３４７７６に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体、ＷＯ２０１０／０５９６５４に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体、ＷＯ２０１１０２０９２５に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体（ＣＮＣＭ（パスツール研究所、パリ、フランス）で２００８年３月１２日に番号Ｉ−３９４９で寄託されたハイブリドーマ及び２０１０年１月１４日に番号Ｉ−４２７３で寄託されたハイブリドーマから分泌される抗体を含むがこれらに限定されない）。
いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤は、抗肝細胞成長因子（ＨＧＦ）抗体であり、これには、ヒト化抗ＨＧＦ抗体ＴＡＫ７０１、リロツムマブ、フィクラツズマブ、及び／またはＷＯ２００７／１４３０９０に記載されたヒト化抗体２Ｂ８が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、抗ＨＧＦ抗体はＵＳ７７１８１７４Ｂ２に記載された抗ＨＧＦ抗体である。
いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤は、ｃ−ｍｅｔ小分子阻害剤である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ小分子阻害剤は、選択的ｃ−ｍｅｔ小分子阻害剤である。
１つの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤は、ｃ−ｍｅｔ細胞外ドメインを結合する。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤は、ｃ−ｍｅｔキナーゼドメインを結合する。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤は、ＨＧＦと結合するｃ−ｍｅｔを競合する。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤は、ｃ−ｍｅｔに結合するＨＧＦを競合する。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤は、ＨＧＦを結合する。
特定の実施形態では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤が、ＳＧＸ−５２３、クリゾチニブ、ＪＮＪ−３８８７７６０５（ＣＡＳ番号９４３５４０−７５−８）、ＢＭＳ−６９８７６９、ＰＨＡ−６６５７５２（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＳＵ５４１６、ＩＮＣ−２８０（Ｉｎｃｙｔｅ、ＳＵ１１２７４（Ｓｕｇｅｎ、［（３Ｚ）−Ｎ−（３−クロロフェニル）−３−（｛３、５−ジメチル−４−［（４−メチルピペラジン−１−イル）カルボニル］−１Ｈ−ピロ−ル−２−イル｝メチレン）−Ｎ−メチル−２−オキソインドリン−５−スルホンアミド、ＣＡＳ番号６５８０８４−２３−２］）、フォレチニブ、ＭＧＣＤ−２６５（ＭｅｔｈｙｌＧｅｎｅ（ＭＧＣＤ−２６５は、ｃ−ｍｅｔ、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、Ｒｏｎ及びＴｉｅ−２受容体を標的にする）、ＣＡＳ番号８７５３３７−４４−３）、チバンチニブ（ＡＲＱ１９７）、ＬＹ−２８０１６５３（Ｌｉｌｌｙ）、ＬＹ２８７５３５８（Ｌｉｌｌｙ）、ＭＰ−４７０、リロツムマブ（ＡＭＧ１０２、抗ＨＧＦ単クローン性抗体）、抗体２２３Ｃ４またはヒト化抗体２２３Ｃ４（ＷＯ２００９／００７４２７）、ヒト化Ｌ２Ｇ７（ヒト化ＴＡＫ７０１、ヒト化抗ＨＧＦ単クローン性抗体）、ＥＭＤ１２１４０６３（Ｍｅｒｃｋ Ｓｏｒｏｎｏ）、ＥＭＤ１２０４８３１（Ｍｅｒｃｋ Ｓｅｒｏｎｏ）、ＮＫ４、カボザンチニブ（カボザンチニブは、ｍｅｔ及びＶＥＧＦＲ２の二重阻害剤である）、ＭＰ−４７０（ＳｕｐｅｒＧｅｎは、ｃ−ＫＩＴ、ＭＥＴ、ＰＤＧＦＲ、Ｆｌｔ３、及びＡＸＬの阻害剤である）、Ｃｏｍｐ−１、フィクラツズマブ（ＡＶ−２９９、抗ＨＧＦ単クローン性抗体）、Ｅ７０５０（Ｃａｓ番号１１９６６８１−４９−８、Ｅ７０５０は、ｃ−ｍｅｔ及びＶＥＧＦＲ２の二重阻害剤である（Ｅｓａｉ）、ＭＫ−２４６１（Ｍｅｒｃｋ、Ｎ−（（２Ｒ）−１、４−ジオキサン−２−イルメチル）−Ｎ−メチル−Ｎ’−［３−（１−メチル−１Ｈ−ピラゾール−４−イル）−５−オキソ−５Ｈ−ベンゾ［４，５］シクロヘプタ［１，２−ｂ］ピリジン−７−イル］スルファミド、ＣＡＳ番号９１７８７９−３９−１）、ＭＫ８０６６（Ｍｅｒｃｋ）、ＰＦ４２１７９０３（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＡＭＧ２０８（Ａｍｇｅｎ）、ＳＧＸ−１２６、ＲＰ１０４０、ＬＹ２８０１６５３、ＡＭＧ４５８、ＥＭＤ６３７８３０、ＢＡＹ−８５３４７４、ＤＰ−３５９０のいずれか１つである。特定の実施形態では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤は、クリゾチニブ、チバンチニブ、カボザンチニブ、ＭＧＣＤ−２６５、フィクラツズマブ、ヒト化ＴＡＫ−７０１、リロツムマブ、フォレチニブ、ｈ２２４Ｇ１１、ＤＮ−３０、ＭＫ−２４６１、Ｅ７０５０、ＭＫ−８０３３、ＰＦ−４２１７９０３、ＡＭＧ２０８、ＪＮＪ−３８８７７６０５、ＥＭＤ１２０４８３１、ＩＮＣ−２８０、ＬＹ−２８０１６５３、ＳＧＸ−１２６、ＲＰ１０４０、ＬＹ２８０１６５３、ＢＡＹ−８５３４７４、及び／またはＬＡ４８０のうちの１つまたは複数である。特定の実施形態では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤は、クリゾチニブ、チバンチニブ、カボザンチニブ、ＭＧＣＤ−２６５、フィクラツズマブ、ヒト化ＴＡＫ−７０１、リロツムマブ、及び／またはフォレチニブのうちの１つまたは複数である。
抗ＶＥＧＦ抗体及び拮抗剤
ＶＥＧＦ抗体の生成に用いられるＶＥＧＦ抗原は、例えば、ＶＥＧＦ１６５分子及び所望のエピトープを含有するＶＥＧＦの他のイソ型またはこれらのフラグメントであってよい。１つの実施形態では、所望のエピトープは、ベバシズマブによって認識されるものであり、これは、ハイブリドーマＡＴＣＣＨＢ１０７０９によって生成される単クローン性抗ＶＥＧＦ抗体Ａ４．６．１と同じエピトープ（本明細書に定義される「エピトープＡ．４．６．１」として知られる）に結合する。本発明の抗ＶＥＧＦ抗体を生成するのに有用な他の形態のＶＥＧＦが、当業者に明らかとなるであろう。
ヒトＶＥＧＦは、ハイブリダイゼーションプローブとしてウシＶＥＧＦ ｃＤＮＡを用いた、ヒト細胞から調製されたｃＤＮＡライブラリーの第１のスクリーニングによって得た。Ｌｅｕｎｇ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４６：１３０６。これにより同定される１つのｃＤＮＡは、ウシＶＥＧＦに対して９５％超の相同性を有する１６５−アミノ酸タンパク質をコードする。この１６５−アミノ酸タンパク質は通常、ヒトＶＥＧＦ（ｈＶＥＧＦ）またはＶＥＧＦ１６５と称される。ヒトＶＥＧＦの有糸***活性は、哺乳動物宿主細胞中でヒトＶＥＧＦ ｃＤＮＡを発現することによって確認された。ヒトＶＥＧＦ ｃＤＮＡでトランスフェクトされた細胞によって条件付けた培地は毛細管内皮細胞の増殖を促進したが、対照細胞は促進しなかった。上記Ｌｅｕｎｇ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ。さらに遺伝子組み換えＤＮＡ技術によってＶＥＧＦをクローン化するかつ発現するための試みが行われた（例えば、Ｆｅｒｒａｒａ，Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ７２：６１５−６１８（１９９５）、及びそこで引用された参照を参照）。
ＶＥＧＦは、別のＲＮＡスプライシングから生じる複数のホモ二量体形態（１モノマー当たり１２１、１４５、１６５、１８９、及び２０６個のアミノ酸）として様々な組織中に発現する。ＶＥＧＦ１２１は、ヘパリンを結合しない可溶性マイトジェンであり、ＶＥＧＦの形態が長くなるほど、ヘパリンを結合する親和性も次第に高くなる。ＶＥＧＦのヘパリン−結合形態は、ＶＥＧＦの拡散性形態（単数及び複数）を放出するようにプラスミンによってカルボキシ末端で切断することができる。プラスミン切断後に同定されるカルボキシ末端ペプチドのアミノ酸配列は、Ａｒｇ１１０−Ａｌａ１１１である。アミノ末端「コア」タンパク質、ホモ二量体として単離されるＶＥＧＦ（１〜１１０）は、インタクトＶＥＧＦ１６５ホモ二量体と比較して、同様の親和性で、中和単クローン性抗体（例えば、４．６．１及び３．２Ｅ３．１．１と称される抗体）と可溶性形態のＶＥＧＦ受容体とを結合する。
また、近年、胎盤成長因子（ＰＩＧＦ）、ＶＥＧＦ−Ｂ、ＶＥＧＦ−Ｃ、ＶＥＧＦ−Ｄ及びＶＥＧＦ−Ｅを含む、ＶＥＧＦに構造的に関連するいくつかの分子が確認されている。上記のＦｅｒｒａｒａ ａｎｄ Ｄａｖｉｓ−Ｓｍｙｔｈ（１９８７）Ｅｎｄｏｃｒ．Ｒｅｖ．，；Ｏｇａｗａ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍ．２７３：３１２７３−３１２８１（１９９８）；Ｍｅｙｅｒ ｅｔ ａｌ．ＥＭＢＯ Ｊ．，１８：３６３−３７４（１９９９）。受容体チロシンキナーゼ、Ｆｌｔ−４（ＶＥＧＦＲ−３）は、ＶＥＧＦ−Ｃ及びＶＥＧＦ−Ｄの受容体として確認されている。Ｊｏｕｋｏｖ ｅｔ ａｌ．ＥＭＢＯ．Ｊ．１５：１７５１（１９９６）；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．ＰＮＡＳ ＵＳＡ ９３：１９８８−１９９２（１９９６）；Ａｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９８）ＰＮＡＳ ＵＳＡ ９５：５４８−５５３。ＶＥＧＦ−Ｃは、リンパ管血管形成の調節に関与していることが示されている。Ｊｅｌｔｓｃｈ ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７６：１４２３−１４２５（１９９７）。
２つのＶＥＧＦ受容体、Ｆｌｔ−１（ＶＥＧＦＲ−１とも称される）及びＫＤＲ（ＶＥＧＦＲ−２とも称される）が確認されている。Ｓｈｉｂｕｙａ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ８：５１９−５２７；ｄｅ Ｖｒｉｅｓ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５５：９８９−９９１；Ｔｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１８７：１５７９−１５８６。Ｎｅｕｒｏｐｉｌｉｎ−１は、ヘパリン−結合ＶＥＧＦイソ型を結合することができる選択的ＶＥＧＦ受容体であることが示されている（Ｓｏｋｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｃｅｌｌ ９２：７３５−４５）。
本発明の方法に有用な抗ＶＥＧＦ抗体は、十分な親和性及び特異性でＶＥＧＦに結合する任意の抗体、またはこれらの抗原結合フラグメントを含み、ＶＥＧＦの生物活性を低下させるか、または抑制することができる。抗ＶＥＧＦ抗体は通常、他のＶＥＧＦ相同体、例えば、ＶＥＧＦ−ＢまたはＶＥＧＦ−Ｃに結合せず、また、他の成長因子、例えば、ＰｌＧＦ、ＰＤＧＦまたはｂＦＧＦにも結合しない。
本発明の特定の実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、ハイブリドーマＡＴＣＣ ＨＢ １０７０９によって生成された単クローン性抗ＶＥＧＦ抗体Ａ４．６．１と同じエピトープに結合する単クローン性抗体と、Ｐｒｅｓｔａ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５７：４５９３−４５９９に従って生成された遺伝子組み換えヒト化抗ＶＥＧＦ単クローン性抗体と、を含むが、これらに限定されない。１つの実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は「ベバシズマブ（ＢＶ）」であり、また、「ｒｈｕＭＡｂＶＥＧＦ」または「ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）」として知られる。これは、ヒトＶＥＧＦがその受容体へ結合するのをブロックするマウス抗ｈＶＥＧＦ単クローン性抗体Ａ４．６．１に由来する変異ＩｇＧ１フレームワーク領域及び抗原結合相補性−決定領域を含む。ベバシズマブのアミノ酸配列のおよそ９３％はフレームワーク領域の大部分を含み、ヒトＩｇＧ１に由来し、配列の約７％はマウス抗体Ａ４．６．１に由来する。
ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標））は、ＦＤＡによって認可された最初の抗血管形成治療薬であり、グリオブラストーマ（静脈内５−ＦＵに基づく化学治療と組み合わせたファーストライン及びセカンドラインの治療）、進行非扁平、グリオブラストーマ（グリオブラストーマ）（カルボプラチン及びパクリタキセルと組み合わせた切除不能、局所進行、再発性またはグリオブラストーマのファーストラインの治療）及び転移性ＨＥＲ２−陰性乳癌（パクリタキセルと組み合わせた転移性ＨＥＲ２−陰性乳癌治療歴がない）の治療が承認されている。
ベバシズマブ及び他のヒト化抗ＶＥＧＦ抗体はさらに、２００５年２月２６日に発行された、米国特許第６，８８４，８７９号に記載されている。さらに、抗体として、Ｇ６またはＢ２０シリーズ抗体（例えば、Ｇ６−３１、Ｂ２０−４．１）が挙げられ、これらは、国際公開公報第ＷＯ２００５／０１２３５９号、同第ＷＯ２００５／０４４８５３号、及び米国特許出願６０／９９１、３０２に記載されており、これらの特許出願の内容は、参照によって本明細書に明確に組み入れられる。さらに、米国特許第７，０６０，２６９号、同第６，５８２，９５９号、同第６，７０３，０２０号、同第６，０５４，２９７号、ＷＯ９８／４５３３２、ＷＯ９６／３００４６、ＷＯ９４／１０２０２、ＥＰ０６６６８６８Ｂ１、米国特許出願公開第２００６００９３６０号、同第２００５０１８６２０８号、同第２００３０２０６８９９号、同第２００３０１９０３１７号、同第２００３０２０３４０９号、及び同第２００５０１１２１２６号、ならびにＰｏｐｋｏｖ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ２８８：１４９−１６４（２００４）の抗体を参照。他の抗体としては、残基Ｆ１７、Ｍ１８、Ｄ１９、Ｙ２１、Ｙ２５、Ｑ８９、Ｉ１９１、Ｋ１０１、Ｅ１０３、及びＣ１０４を含む、または、代わりに、残基Ｆ１７、Ｙ２１、Ｑ２２、Ｙ２５、Ｄ６３、Ｉ８３及びＱ８９を含むヒトＶＥＧＦで機能エピトープに結合する抗体が挙げられる。
本発明の１つの実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、以下のアミノ酸配列：ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳ ＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴ ＩＴＣＳＡＳＱＤＩＳ ＮＹＬＮＷＹＱＱＫＰ ＧＫＡＰＫＶＬＩＹＦ ＴＳＳＬＨＳＧＶＰＳ ＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤ ＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰ ＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱ ＹＳＴＶＰＷＴＦＧＱ ＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１５）を含む軽鎖可変領域及び以下のアミノ酸配列：ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧ ＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬ ＳＣＡＡＳＧＹＴＦＴ ＮＹＧＭＮＷＶＲＱＡ ＰＧＫＧＬＥＷＶＧＷ ＩＮＴＹＴＧＥＰＴＹ ＡＡＤＦＫＲＲＦＴＦ ＳＬＤＴＳＫＳＴＡＹ ＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤ ＴＡＶＹＹＣＡＫＹＰ ＨＹＹＧＳＳＨＷＹＦ ＤＶＷＧＱＧＴＬＶＴ ＶＳＳ（配列番号１４）を含む重鎖可変領域を有する。
本発明に従った「Ｇ６シリーズ抗体」は、国際公開公報第ＷＯ２００５／０１２３５９号（全開示が参照により本明細書に明確に組み込まれている）の図７、２４〜２６、及び３４〜３５のいずれか１つに従って、一連のＧ６抗体またはＧ６由来抗体の配列に由来する抗ＶＥＧＦ抗体である。また、国際公開公報第ＷＯ２００５／０４４８５３号（全開示が参照により本明細書に明確に組み込まれている）を参照。１つの実施形態では、Ｇ６シリーズ抗体が、残基Ｆ１７、Ｙ２１、Ｑ２２、Ｙ２５、Ｄ６３、Ｉ８３及びＱ８９を含むヒトＶＥＧＦ上の機能エピトープに結合する。
本発明に従った「Ｂ２０シリーズ抗体」は、国際公開公報第ＷＯ２００５／０１２３５９号（全開示が参照により本明細書に明確に組み込まれている）の図２７〜２９のいずれか１つに従って、Ｂ２０抗体またはＢ２０由来抗体の配列に由来する抗ＶＥＧＦ抗体である。また、国際公開公報第ＷＯ２００５／０４４８５３号及び米国特許出願６０／９９１，３０２（これらの特許出願の内容が参照によって本明細書に明確に組み込まれている）を参照。１つの実施形態では、Ｂ２０シリーズ抗体は、残基Ｆ１７、Ｍ１８、Ｄ１９、Ｙ２１、Ｙ２５、Ｑ８９、Ｉ９１、Ｋ１０１、Ｅ１０３、及びＣ１０４を含むヒトＶＥＧＦ上の機能エピトープに結合する。
本発明に従った「機能エピトープ」は、エネルギー的に抗体の結合に寄与する抗原のアミノ酸残基を指す。抗原のエネルギー的に寄与する残基のいずれか１つの変異（例えば、アラニンまたはホモログ変異による野生型ＶＥＧＦの変異）は、抗体の相対親和比（ＩＣ５０突然変異体ＶＥＧＦ／ＩＣ５０野生型ＶＥＧＦ）が５を超えるように、抗体の結合を切断する（ＷＯ２００５／０１２３５９の実施例２を参照）。１つの実施形態では、相対親和比は、溶液結合ファージ提示ＥＬＩＳＡによって測定される。簡潔にいうと、４℃で一晩Ｆａｂ形態の抗体で９６ウェルＭａｘｉｓｏｒｐ免疫反応板（ＮＵＮＣ）をコーティングし、ＰＢＳ中で２μｇ／ｍｌの濃度で試験して、２時間、室温でＰＢＳ、０．５％のＢＳＡ、及び０．０５％のＴｗｅｅｎ２０（ＰＢＴ）でブロックする。最初に、Ｆａｂコーティングプレート上で、１５分間、室温で、ＰＢＴ中のファージ提示ｈＶＥＧＦアラニン点突然変異体（残基８〜１０９形態）または野生型ｈＶＥＧＦ（８〜１０９）の段階希釈液をインキュベートし、ＰＢＳ、０．０５％のＴｗｅｅｎ２０（ＰＢＳＴ）でプレートを洗浄する。結合ファージは、ＰＢＴ中の１：５０００に希釈した抗Ｍ１３単クローン性抗体ホースラディッシュペルオキシダーゼ（Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｐｈａｒｍａｃｉａ）コンジュゲートで検出され、３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ，Ｋｉｒｋｅｇａａｒｄ＆Ｐｅｒｒｙ Ｌａｂｓ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，Ｍｄ．）基質でおよそ５分間発現され、１．０ＭＨ３ＰＯ４でクエンチし、分光光学的に４５０ｎｍで読み取る。ＩＣ５０値（ＩＣ５０、ａｌａ／ＩＣ５０、重量）の比は、結合親和性（相対結合親和性）の低下の倍数を示す。
ＶＥＧＦ受容体分子
最もよく特性付けられた２つのＶＥＧＦ受容体は、ＶＥＧＦＲ１（Ｆｌｔ−１としても知られる）及びＶＥＧＦＲ２（マウス同族体のＫＤＲ及びＦＬＫ−１としても知られる）である。各ＶＥＧＦファミリーメンバーの各受容体の特異性は変化するが、ＶＥＧＦ−Ａは、Ｆｌｔ−１及びＫＤＲの両方に結合する。Ｆｌｔ−Ｉ及びＫＤＲはいずれも、受容体チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）のファミリーに属する。ＲＴＫは、様々な生物学的活性を有する膜透過受容体の大きなファミリーを含む。少なくとも１９（１９）の別々のＲＴＫサブファミリーが確認されている。受容体チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）ファミリーは、様々な細胞型の成長及び分化にとって重要である受容体を含む（Ｙａｒｄｅｎ ａｎｄ Ｕｌｌｒｉｃｈ（１９８８）Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５７：４３３−４７８；Ｕｌｌｒｉｃｈ ａｎｄ Ｓｃｈｌｅｓｓｉｎｇｅｒ（１９９０）Ｃｅｌｌ ６１：２４３−２５４）。ＲＴＫの固有の機能は、配位子結合で活性化され、その結果、受容体及び複数の細胞基質がリン酸化して、次いで様々な細胞反応が生じる（Ｕｌｌｒｉｃｈ ＆ Ｓｃｈｌｅｓｓｉｎｇｅｒ（１９９０）Ｃｅｌｌ ６１：２０３−２１２）。したがって、受容体チロシンキナーゼにより媒介されるシグナル伝達は、特定の成長因子（配位子）との細胞外相互作用によって開始され、通常はそれに次いで、受容体二量体化、固有のタンパク質チロシンキナーゼ活性の刺激及び受容体トランスリン酸化が生じる。これにより、結合部位は、細胞内シグナル伝達分子のために生成され、適切な細胞反応（例えば、細胞***、分化、代謝作用、細胞外微環境の変化）を促進する細胞質シグナリング分子のスペクトルを有する複合体が形成される。Ｓｃｈｌｅｓｓｉｎｇｅｒ ａｎｄ Ｕｌｌｒｉｃｈ（１９９２）Ｎｅｕｒｏｎ ９：１−２０を参照。構造的に、Ｆｌｔ−１及びＫＤＲの両方は、細胞外ドメイン中の７つの免疫グロブリン様ドメイン、単一膜透過領域、及びキナーゼ挿入ドメインによって分断されているコンセンサスチロシンキナーゼ配列を有する。Ｍａｔｔｈｅｗｓ ｅｔ ａｌ．（１９９１）ＰＮＡＳ ＵＳＡ ８８：９０２６−９０３０；Ｔｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ６：１６７７−１６８３。細胞外ドメインは、ＶＥＧＦの結合に関与しており、細胞内ドメインは、シグナル伝達に関与している。
特異的にＶＥＧＦに結合するＶＥＧＦ受容体分子、またはこれらのフラグメントは、ＶＥＧＦタンパク質に結合し、ＶＥＧＦタンパク質を捕捉し、これにより、そのシグナリングを阻止するために本発明の方法に用いることができる。特定の実施形態では、ＶＥＧＦ受容体分子、またはこれらのＶＥＧＦ結合フラグメントは、可溶性形態、例えば、ｓＦｌｔ−１である。可溶性形態の受容体は、ＶＥＧＦに結合することによってＶＥＧＦタンパク質の生物活性に阻害作用を及ぼし、これにより、それが、標的細胞の表面に存在するその自然受容体へ結合することを阻止する。また、ＶＥＧＦ受容体融合タンパク質が含まれ、その例が以下に記載される。
キメラＶＥＧＦ受容体タンパク質は、少なくとも２つの異なるタンパク質（そのうちの少なくとも１つが、ＶＥＧＦ受容体タンパク質（例えば、ｆｌｔ−１またはＫＤＲ受容体）であり、ＶＥＧＦに結合し、ＶＥＧＦの生物活性を抑制することができる）に由来するアミノ酸配列を有する受容体分子である。特定の実施形態では、本発明のキメラＶＥＧＦ受容体タンパク質は、２つの異なるＶＥＧＦ受容体分子のみに由来するアミノ酸配列からなる。しかし、ｆｌｔ−１及び／またはＫＤＲ受容体の細胞外配位子結合領域からの１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つ全てのＩｇ様ドメインを含むアミノ酸配列は、他の関連性のないタンパク質、例えば、免疫グロブリン配列からのアミノ酸配列に結合することができる。Ｉｇ様ドメインが結合する他のアミノ酸配列は、当業者に直ちに明らかになる。キメラＶＥＧＦ受容体タンパク質の例としては、例えば、可溶性Ｆｌｔ−１／Ｆｃ、ＫＤＲ／Ｆｃ、またはＦＬｔ−１／ＫＤＲ／Ｆｃ（ＶＥＧＦ Ｔｒａｐとしても知られる）が挙げられる。（例えば、国際出願公開公報第ＷＯ９７／４４４５３号を参照）。
本発明の可溶性ＶＥＧＦ受容体タンパク質またはキメラＶＥＧＦ受容体タンパク質は、膜透過ドメインを介して細胞の表面に固定されないＶＥＧＦ受容体タンパク質を含む。こうして、キメラ受容体タンパク質を含む可溶性形態のＶＥＧＦ受容体は、ＶＥＧＦに結合してＶＥＧＦを不活性化することができるが、膜透過ドメインを含まず、したがって、概して、分子が発現する細胞の細胞膜と関連付けられない。
１つの実施形態では、抗体（単数及び複数）、例えば、本明細書の方法に用いられる抗体（単数及び複数）は、以下のセクション１〜６に記載の通り、特徴のいずれかを単独で、または組み合わせて組み入れてよい。
１．抗体フラグメント
特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体は、抗体フラグメントである。抗体フラグメントとしては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、及びｓｃＦｖフラグメント、ワンアーム抗体、及び以下に記載した他のフラグメントが挙げられるがこれらに限定されない。特定の抗体フラグメントの検討では、Ｈｕｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４（２００３）を参照されたい。ｓｃＦｖフラグメントの検討では、例えば、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，ｉｎ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ ｅｄｓ．，（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ），ｐｐ．２６９−３１５（１９９４）、また、ＷＯ ９３／１６１８５、及び米国特許第５，５７１，８９４号及び同第５，５８７，４５８号を参照されたい。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、ｉｎ ｖｉｖｏ半減期が増大しているＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２フラグメントの考察では、米国特許第５，８６９，０４６号を参照されたい。
二重特異性抗体は、二価または二重特異性であり得る２つの抗原結合部位を有する抗体フラグメントである。例えば、ＥＰ ４０４，０９７；ＷＯ １９９３／０１１６１；Ｈｕｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４（２００３）；及びＨｏｌｌｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：６４４４−６４４８（１９９３）を参照。三量体及び四量体はまた、Ｈｕｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４（２００３）に記載されている。
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全部もしくは一部または軽鎖可変ドメインの全部もしくは一部を含む抗体フラグメントである。特定の実施形態では、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体（Ｄｏｍａｎｔｉｓ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ；例えば、米国特許第６，２４８，５１６ Ｂ１号を参照）である。
ワンアーム抗体（すなわち、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインが、単一抗原結合アームを形成する）が、例えば、ＷＯ２００５／０６３８１６；Ｍａｒｔｅｎｓ ｅｔ ａｌ，Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ（２００６），１２：６１４４に開示されている。拮抗的機能を必要とする病的状態の治療では、抗体の二価性により、好ましくないアゴニスト作用が生じる場合、ワンアーム抗体（すなわち、単一抗原結合アームを含む抗体）の一価特性により、抗体が標的分子に結合する時に拮抗的機能が生じるようになる、かつ／またはそれが確実に生じる。さらに、Ｆｃ領域を含むワンアーム抗体は、同様の／実質的に同一の抗原結合特性を有するＦａｂ形態と比較して薬物動態学的特質に優れ（例えば、半減期が向上する、かつ／またはｉｎ ｖｉｖｏでのクリアランス率が低下する）、したがって、従来の一価Ｆａｂ抗体を使用する際の主な欠点を克服することを特徴とする。ワンアーム抗体を作製する技術としては、「ノブ−イン−ホール」操作（例えば、米国特許第５，７３１，１６８号を参照）が挙げられるが、これに限定されない。オナルツズマブが、ワンアーム抗体の例である。
抗体フラグメントは、本明細書に記載した通り、インタクト抗体の蛋白分解及び遺伝子組み換え宿主細胞（例えば、大腸菌またはファージ）による生成を含むがそれらに限定されない様々な技術によって生成することができる。
２．キメラ及びヒト化抗体
特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体はキメラ抗体である。特定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号、及びＭｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：６８５１−６８５５（１９８４））に記載されている。１つの例では、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、または非ヒト霊長動物、例えば、サルに由来する可変領域）及びヒト不変領域を含む。さらに１つの例では、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが、親抗体のクラスまたはサブクラスから変化している「クラス変換」抗体である。キメラ抗体は、これらの抗原結合フラグメントを含む。
特定の実施形態では、キメラ抗体は、ヒト化抗体である。通常、非ヒト抗体はヒト化されてヒトに対する免疫原性を低下させるが、親の非ヒト抗体の特異性及び親和性を保持する。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えば、ＣＤＲ（またはこれらの一部）が非ヒト抗体に由来し、ＦＲ（またはこれらの一部）がヒト抗体配列に由来する１つまたは複数の可変ドメインを含む。ヒト化抗体はまた、任意で、ヒト不変領域の少なくとも一部を含む。いくつかの実施形態では、ヒト化抗体のいくつかのＦＲ残基は、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）からの対応する残基で置換され、例えば、抗体特異性または親和性を回復させるか、または改善する。
ヒト化抗体及びその作製方法は、例えば、Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９−１６３３（２００８）で検討されており、さらに例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ３３２：３２３−３２９（１９８８）；Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌＡｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８６：１００２９−１００３３（１９８９）；米国特許第５，８２１，３３７号、同第７，５２７，７９１号、同第６，９８２，３２１号、及び同第７，０８７，４０９号；Ｋａｓｈｍｉｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ３６：２５−３４（２００５）（ＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）グラフティングについて記載している）；Ｐａｄｌａｎ，Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：４８９−４９８（１９９１）（「表面再建」について記載している）；Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ３６：４３−６０（２００５）（「ＦＲシャッフリング」について記載している）、及びＯｓｂｏｕｒｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ３６：６１−６８（２００５）及びＫｌｉｍｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ，８３：２５２−２６０（２０００）（ＦＲシャッフリングへの「誘導セクション（ｇｕｉｄｅｄ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ）」アプローチについて記載している）に記載されている。
ヒト化に用いてよいヒトフレームワーク領域としては、「最良適合」法（例えば、Ｓｉｍｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：２２９６（１９９３）を参照）を用いて選択されるフレームワーク領域、軽鎖または重鎖可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域（例えば、Ｃａｒｔｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：４２８５（１９９２）及びＰｒｅｓｔａ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５１：２６２３（１９９３）を参照）、ヒト成熟（体細胞性変異）フレームワーク領域またはヒト生殖細胞系フレームワーク領域（例えば、Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９−１６３３（２００８）を参照，）、及びスクリーニングＦＲライブラリーに由来するフレームワーク領域（例えば、Ｂａｃａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：１０６７８−１０６８４（１９９７）及びＲｏｓｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：２２６１１−２２６１８（１９９６）を参照）が挙げられるが、これらに限定されない。
３．ヒト抗体
特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体はヒト抗体である。ヒト抗体は、当技術分野で知られる様々な技術を用いて生成することができる。ヒト抗体は、一般に、ｖａｎ Ｄｉｊｋ ａｎｄ ｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５：３６８−７４（２００１）及びＬｏｎｂｅｒｇ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０：４５０−４５９（２００８）に記載されている。
ヒト抗体は、抗原チャレンジに反応してヒト可変領域でインタクトヒト抗体またはインタクト抗体を生成するように改変されたトランスジェニック動物に、免疫原を投与することによって、調製してよい。かかる動物は、通常、内因性免疫グロブリン遺伝子座を置換する、または染色体外に存在する、またはランダムに動物の染色体に統合されるヒト免疫グロブリン遺伝子座の全部または一部を含有する。かかるトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座は、通常不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得る方法の再検討では、Ｌｏｎｂｅｒｇ、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３：１１１７−１１２５（２００５）を参照されたい。また、例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥＴＭ技術について記載している米国特許第６，０７５，１８１号及び同第６，１５０，５８４号、ＨｕＭａｂ（登録商標）技術について記載している米国特許第５，７７０，４２９号、Ｋ−Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術について記載している米国特許第７，０４１，８７０号、及びＶｅｌｏｃｉＭｏｕｓｅ（登録商標）技術について記載している米国特許出願公開第ＵＳ２００７／００６１９００号）を参照。かかる動物によって生成されるインタクト抗体からのヒト可変領域は、例えば、異なるヒト不変領域と結合することによってさらに修飾してよい。
ヒト抗体はまた、ハイブリドーマに基づく方法によって作製することができる。ヒト単クローン性抗体の生成のためのヒト骨髄腫及びマウス−ヒトヘテロ骨髄腫細胞株が、記載されている。（例えば、Ｋｏｚｂｏｒ Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）；Ｂｒｏｄｅｕｒ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ．５１−６３（ＭａｒｃｅｌＤｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８７）、及びＢｏｅｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７：８６（１９９１）を参照）。ヒトＢ−細胞ハイブリドーマ技術によって生成されるヒト抗体はまた、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１０３：３５５７−３５６２（２００６）に記載されている。さらなる方法としては、例えば、米国特許第７，１８９，８２６号（ハイブリドーマ細胞株からの単クローン性ヒトＩｇＭ抗体の生成について記載している）及びＮｉ，Ｘｉａｎｄａｉ Ｍｉａｎｙｉｘｕｅ，２６（４）：２６５−２６８（２００６）（ヒト−ヒトハイブリドーマについて記載している）に記載されたものが挙げられる。ヒトハイブリドーマ技術（Ｔｒｉｏｍａ技術）はまた、Ｖｏｌｌｍｅｒｓ ａｎｄ Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ，２０（３）：９２７−９３７（２００５）及び Ｖｏｌｌｍｅｒｓ ａｎｄ Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｆｉｎｄｉｎｇｓ ｉｎ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ，２７（３）：１８５−９１（２００５）に記載されている。
ヒト抗体はまた、ヒト由来ファージディスプレイライブラリーから選択されるＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成してよい。かかる可変ドメイン配列は、その後、所望のヒト定常ドメインと結合してよい。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択する技術は以下に記載されている。
４．ライブラリー由来抗体
本発明の抗体は、所望の活性または複数の活性を有する抗体の組み合せライブラリーをスクリーニングすることによって単離してよい。例えば、ファージディスプレイライブラリーを生成して、所望の結合特性を有する抗体のかかるライブラリーをスクリーニングするための様々な方法が、当技術分野で知られている。かかる方法は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ｅｔ ａｌ．ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １７８：１−３７（Ｏ’Ｂｒｉｅｎ ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００１）で検討されており、さらに、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３４８：５５２−５５４；Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３５２：６２４−６２８（１９９１）、Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７（１９９２）、Ｍａｒｋｓ ａｎｄ Ｂｒａｄｂｕｒｙ，ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２４８：１６１−１７５（Ｌｏ、ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００３）、Ｓｉｄｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９−３１０（２００４）、Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３−１０９３（２００４）、Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０１（３４）：１２４６７−１２４７２（２００４）、及びＬｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２８４（１−２）：１１９−１３２（２００４）に記載されている。
特定のファージディスプレイ方法では、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって別々にクローンされ、ファージライブラリーでランダムに組み換えられ、その後、Ｗｉｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１２：４３３−４５５（１９９４）に記載された通り、抗原結合ファージをスクリーニングすることができる。ファージは通常、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）フラグメント、またはＦａｂフラグメントとして抗体フラグメントを提示する。免疫化ソースからのライブラリーは、ハイブリドーマを構成する必要がなく、免疫原に高親和性抗体をもたらす。代わりに、ナイーブレパートリーを（例えば、ヒトから）クローン化して、広範囲の非自己に抗体の単一ソースをもたらすことができ、また、Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ，１２：７２５−７３４（１９９３）によって記載された通り、免疫処置なしで自己抗原をもたらすことができる。最終的に、ナイーブライブラリーはまた、幹細胞からの非再配列Ｖ−遺伝子セグメントをクローン化することによって、かつランダム配列を含有するＰＣＲプライマーを用いて合成的に作製して、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ，Ｊ．ＭｏｌＢｉｏｌ．，２２７：３８１−３８８（１９９２）によって記載された通り、高可変ＣＤＲ３領域をコードし、ｉｎ ｖｉｔｒｏで再配列することができる。ヒト抗体ファージライブラリーについて記載している特許公開としては、例えば、米国特許第５，７５０，３７３号、及び米国特許公開第２００５／００７９５７４号、同第２００５／０１１９４５５号、同第２００５／０２６６０００号、同第２００７／０１１７１２６号、同第２００７／０１６０５９８号、同第２００７／０２３７７６４号、同第２００７／０２９２９３６号、及び同第２００９／０００２３６０号が挙げられる。
ヒト抗体ライブラリーから単離される抗体または抗体フラグメントは、本明細書のヒト抗体またはヒト抗体フラグメントと考えられる。
５．多重特異性抗体
特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体は、多重特異性抗体、例えば、二重特異性抗体である。多重特異性抗体は、少なくとも２つの異なる部位の結合特異性を有する単クローン性抗体である。特定の実施形態では、結合特異性の一方は、ｃ−ｍｅｔの結合特異性であり、他方は、他の任意の抗原の結合特異性である。特定の実施形態では、二重特異性抗体は、ｃ−ｍｅｔの２つの異なるエピトープに結合してよい。二重特異性抗体はまた、ｃ−ｍｅｔを発現する細胞に対して細胞毒性薬剤を局在化させるために用いてよい。二重特異性抗体は、完全長抗体または抗体フラグメントとして調製することができる。
多重特異性抗体を作製する技術としては、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の遺伝子組み換え共発現（Ｍｉｌｓｔｅｉｎ ａｎｄ Ｃｕｅｌｌｏ，Ｎａｔｕｒｅ３０５：５３７（１９８３）、ＷＯ９３／０８８２９、及びＴｒａｕｎｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯＪ．１０：３６５５（１９９１）を参照）、及び「ノブ−イン−ホール」操作（例えば、米国特許第５，７３１，１６８号を参照）が挙げられるが、これらに限定されない。多重特異性抗体はまた、抗体Ｆｃ−ヘテロ二量体分子を作製するための静電ステアリング効果を操作すること（ＷＯ２００９／０８９００４Ａ１）、２つ以上の抗体またはフラグメントを架橋すること（例えば、米国特許第４，６７６，９８０号及びＢｒｅｎｎａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２２９：８１（１９８５）を参照）、ロイシンジッパーを用いて二重特異性抗体を生成すること（例えば、Ｋｏｓｔｅｌｎｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４８（５）：１５４７−１５５３（１９９２）を参照）、二重特異性抗体フラグメントを作製するための「二重特異性抗体」技術を用いること（例えば、Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０：６４４４−６４４８（１９９３）を参照）、かつ単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ニ量体を使用すること（例えば、Ｇｒｕｂｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５２：５３６８（１９９４）を参照）、かつ、例えば、Ｔｕｔｔ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０（１９９１）に記載された通り、三重特異性抗体を調製することによって作製してよい。
また、「オクトパス抗体」を含む３つ以上の機能的抗原結合部位を有する操作された抗体もまた、本明細書に含まれる（例えば、ＵＳ２００６／００２５５７６Ａ１を参照）。
本明細書の抗体またはフラグメントはまた、ｃ−ｍｅｔ及び別の異なる抗原、例えば、ＥＧＦＲ（例えば、ＵＳ２００８／００６９８２０を参照）に結合する抗原結合部位を含む「二重作用ＦＡｂ」すなわち「ＤＡＦ」を含む。
６．抗体変異体
特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体のアミノ酸配列変異体が、検討されている。例えば、抗体の結合親和性及び／または他の生物学的特性を改善することが好ましい場合がある。抗体のアミノ酸配列変異体は、抗体をコードするヌクレオチド配列に好適な修飾を導入することによって、またはペプチド合成によって調製してよい。かかる修飾としては、例えば、抗体のアミノ酸配列内の残基の欠失及び／または残基への挿入及び／または残基の置換が挙げられる。欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせを作製して最終構成に達することができるが、但し、最終構成が所望の特性、例えば、抗原結合を有することを条件とする。
特定の実施形態では、１つまたは複数のアミノ酸置換を有する抗体変異体が提供される。置換型突然変異誘発の対象の部位としては、ＨＶＲ及びＦＲが挙げられる。対象の抗体にアミノ酸置換を導入してよく、所望の活性、例えば、抗原結合の保持／改善、免疫原性の低下、またはＡＤＣＣまたはＣＤＣの改善のために生成物をスクリーニングしてよい。
置換型変異体の１つの型は、親抗体（例えば、ヒト化またはヒト抗体）の１つ以上の超可変領域残基の置換に関与する。一般に、さらに試験するために選択された得られた変異体（単数及び複数）は、親抗体と相対的な特定の生物学的特性の修飾（例えば、改善）（例えば、親和性の増大、免疫原性の低下）を有する、かつ／または親抗体の特定の生物学的特性を実質的に保持している。例示的置換型変異体は、例えば、ファージディスプレイに基づく親和性成熟技術、例えば、本明細書に記載したものを用いて、好都合に生成することができる親和性成熟抗体である。簡潔にいうと、１つまたは複数のＨＶＲ残基が変異して、変異体抗体は、ファージ上に提示され、特定の生物活性（例えば、結合親和性）がスクリーニングされる。
アミノ酸配列挿入は、長さが１つの残基から１００以上の残基を含有するポリペプチドに及ぶアミノ末端融合及び／またはカルボキシル末端融合、ならびに単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入を含む。末端挿入の例としては、Ｎ−末端メチオニル残基を有する抗体が挙げられる。抗体分子の他の挿入型変異体としては、抗体のＮ−末端またはＣ−末端の、酵素（例えば、ＡＤＥＰＴ用）または抗体の血清半減期を増大させるポリペプチドへの融合が挙げられる。
特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体は、抗体がグリコシル化される程度を増大または低下させるように変化する。抗体へのグリコシル化部位の付加または欠失は、１つまたは複数のグリコシル化部位が生成または除去されるようにアミノ酸配列を変化させることによって好都合に実施してよい。
抗体がＦｃ領域を含む場合、それに結合される糖を変化させてよい。哺乳動物細胞によって生成される天然抗体は一般に、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７へのＮ−結合によって通常結合する分枝二分岐オリゴ糖を含む。例えば、Ｗｒｉｇｈｔ ｅｔ ａｌ． ＴＩＢＴＥＣＨ １５：２６−３２（１９９７）を参照。オリゴ糖は、様々な糖、例えば、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、及びシアル酸、ならびに二分岐オリゴ糖構造の「幹」中のＧｌｃＮＡｃに結合するフコースを含んでよい。いくつかの実施形態では、本発明の抗体中のオリゴ糖の修飾は、特定の特性が改善された抗体変異体を生成するように行ってよい。
１つの実施形態では、Ｆｃ領域に（直接的にまたは間接的に）結合するするフコースを欠く糖構造を有する抗体変異体が提供される。例えば、かかる抗体中のフコースの量は、１％〜８０％、１％〜６５％、５％〜６５％または２０％〜４０％であってよい。フコースの量は、例えば、ＷＯ２００８／０７７５４６に記載された通り、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析法によって測定された、Ａｓｎ２９７に結合する全糖構造（例えば、複合体、ハイブリッド及び高マンノース構造）の合計と比較して、Ａｓｎ２９７で糖鎖内のフコースの平均量を計算することによって、測定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域中の位置２９７周辺に位置するアスパラギン残基を指す（Ｆｃ領域残基のＥＵナンバリング）。しかし、Ａｓｎ２９７は、また、抗体中のわずかな配列変異により、位置２９７の±３アミノ酸上流または下流周辺、すなわち、位置２９４と３００との間位置してよい。かかるフコシル化変異体のＡＤＣＣ機能は改善されている。例えば、米国特許公開第ＵＳ２００３／０１５７１０８号（Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ．）、ＵＳ２００４／００９３６２１（Ｋｙｏｗａ Ｈａｋｋｏ Ｋｏｇｙｏ Ｃｏ．，Ｌｔｄ）を参照。「非フコシル化」または「フコース欠損」抗体変異体に関連した公開の例としては、ＵＳ２００３／０１５７１０８、ＷＯ２０００／６１７３９、ＷＯ２００１／２９２４６、ＵＳ２００３／０１１５６１４、ＵＳ２００２／０１６４３２８、ＵＳ２００４／００９３６２１、ＵＳ２００４／０１３２１４０、ＵＳ２００４／０１１０７０４、ＵＳ２００４／０１１０２８２、ＵＳ２００４／０１０９８６５、ＷＯ２００３／０８５１１９、ＷＯ２００３／０８４５７０、ＷＯ２００５／０３５５８６、ＷＯ２００５／０３５７７８、ＷＯ２００５／０５３７４２、ＷＯ２００２／０３１１４０、Ｏｋａｚａｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３６：１２３９−１２４９（２００４）、Ｙａｍａｎｅ−Ｏｈｎｕｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）が挙げられる。非フコシル化抗体を生成することができる細胞株の例としては、タンパク質フコシル化におけるＬｅｃ１３ＣＨＯ細胞欠損（Ｒｉｐｋａ ｅｔ ａｌ．Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．２４９：５３３−５４５（１９８６）、米国特許出願第ＵＳ２００３／０１５７１０８Ａ１号，Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ、及びＷＯ２００４／０５６３１２Ａ１，Ａｄａｍｓ ｅｔ ａｌ．，特に実施例１１）、及びノックアウト細胞株、例えば、α−１，６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞（例えば、Ｙａｍａｎｅ−Ｏｈｎｕｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）；Ｋａｎｄａ、Ｙ． ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．，９４（４）：６８０−６８８（２００６）、及びＷＯ２００３／０８５１０７を参照）が挙げられる。
さらに、例えば、抗体のＦｃ領域に結合する二分岐オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分される二分オリゴ糖を有する抗体変異体が提供される。かかる抗体変異体は、フコシル化を低下させ、かつ／またはＡＤＣＣ機能を改善させてしてよい。かかる抗体変異体の例は、例えば、ＷＯ２００３／０１１８７８（Ｊｅａｎ−Ｍａｉｒｅｔ ｅｔ ａｌ．）、米国特許第６，６０２，６８４号（Ｕｍａｎａ ｅｔ ａｌ．）、及びＵＳ２００５／０１２３５４６（Ｕｍａｎａ ｅｔ ａｌ．）に記載されている。また、Ｆｃ領域に結合するオリゴ糖中に少なくとも１つのガラクトース残基を有する抗体変異体が提供される。かかる抗体変異体は、ＣＤＣ機能を改善してよい。かかる抗体変異体は、例えば、ＷＯ１９９７／３００８７（Ｐａｔｅｌ ｅｔ ａｌ．）、ＷＯ１９９８／５８９６４（Ｒａｊｕ，Ｓ．）、及びＷＯ１９９９／２２７６４（Ｒａｊｕ，Ｓ．）に記載されている。
特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体のＦｃ領域に１つまたは複数のアミノ酸修飾を導入し、これにより、Ｆｃ領域変異体を生成してよい。Ｆｃ領域変異体は、１つまたは複数のアミノ酸位置でのアミノ酸修飾（例えば、置換）を含むヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４Ｆｃ領域）を含んでよい。
特定の実施形態では、本発明は、いくつかのエフェクター機能を有するが、エフェクター機能の全てを有するわけではない抗体変異体について検討し、これによって、抗体変異体は、ｉｎ ｖｉｖｏでの抗体の半減期が重要であるが、特定のエフェクター機能（例えば、補体及びＡＤＣＣ）は、不要または有害である適用に対する好ましい候補となる。
エフェクター機能が低下した抗体は、１つまたは複数のＦｃ領域残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７及び３２９が置換されているものを含む（米国特許第６，７３７，０５６号）。かかるＦｃ変異体は、２つ以上のアミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７及び３２７で置換されているＦｃ変異体を含み、これは、残基２６５及び２９７がアラニンに置換されるいわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体（米国特許第７，３３２，５８１号）を含む
ＦｃＲへの結合が改善または低下した特定の抗体変異体が記載されている（例えば、米国特許第６，７３７，０５６号、ＷＯ２００４／０５６３１２、及びＳｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．９（２）：６５９１−６６０４（２００１）を参照）。
特定の実施形態では、抗体変異体は、ＡＤＣＣを改善する１つまたは複数のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の位置２９８、３３３、及び／または３３４（残基のＥＵナンバリング）での置換を有するＦｃ領域を含む。
いくつかの実施形態では、Ｆｃ領域で変化が行われ、その結果、例えば、米国特許第６，１９４，５５１号、ＷＯ９９／５１６４２、及びＩｄｕｓｏｇｉｅ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８−４１８４（２０００）に記載された通り、Ｃ１ｑ結合及び／または補体依存性細胞障害（ＣＤＣ）が変化（すなわち、改善または低下）する。
半減期が増大し、新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合が改善した抗体は、母親のＩｇＧの胎児への輸送を担い（Ｇｕｙｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７（１９７６）及びＫｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９（１９９４））、ＵＳ２００５／００１４９３４Ａ１（Ｈｉｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．）に記載されている。これらの抗体は、Ｆｃ領域のＦｃＲｎへの結合を改善する１つまたは複数の置換をその中に有するＦｃ領域を含む。かかるＦｃ変異体としては、１つまたは複数のＦｃ領域残基：２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４、または４３４で置換されているもの、例えば、Ｆｃ領域残基４３４の置換が挙げられる（米国特許第７、３７１、８２６号）。
また、Ｄｕｎｃａｎ＆Ｗｉｎｔｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ３２２：７３８−４０（１９８８）、米国特許第５，６４８，２６０号、米国特許第５，６２４，８２１号、及びＦｃ領域変異体の他の例に関するＷＯ９４／２９３５１も参照されたい。
特定の実施形態では、抗体の１つまたは複数の残基がシステイン残基で置換される、システイン操作抗体、例えば、「ｔｈｉｏＭＡｂｓ」を生成することが好ましい場合がある。特定の実施形態では、置換残基は、抗体の到達可能部位で生じる。システインでこれらの残基を置換することによって、反応性チオール基はこれにより、抗体の到達可能部位に位置する。さらに本明細書に記載した通り、反応性チオール基を用いて、抗体を他の部分、例えば、薬剤部分またはリンカー−薬剤部分に結合させ、イムノコンジュゲートを生成してよい。特定の実施形態では、以下の残基のうち１つまたは複数をシステインで置換してよい：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔナンバリング）、重鎖のＡ１１８（ＥＵナンバリング）、及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵナンバリング）。システイン操作抗体は、例えば、米国特許第７，５２１，５４１号に記載される通りに、生成してよい。
特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体は、当技術分野で知られている容易に入手可能な追加の非タンパク質部分を含有するようにさらに修飾してよい。抗体の誘導体化に好適な部分は、水溶性ポリマーを含むがこれらに限定されない。水溶性ポリマーの非限定例としては、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールのコポリマー、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキサン、エチレン／無水マイレン酸コポリマー、ポリアミノ酸（ホモポリマーまたはランダムコポリマー）、及びデキストランまたはポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロプロピレングリコールホモポリマー、プロリルプロピレンオキシド／エチレンオキシドコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール（例えば、グリセロール）、ポリビニルアルコール、及びこれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中のその安定性のため、製造での利点がある可能性がある。ポリマーは任意の分子量のものでよく、分枝または非分枝であってよい。抗体に結合するポリマーの数は変化させてよく、１つまたは複数のポリマーが結合する場合、それらは、同じまたは異なる分子であってよい。一般に、誘導体化に用いられるポリマーの数及び／または型は、改善される抗体の特定の特性、または機能、抗体誘導体が規定された条件下での治療に用いられるかどうか等を含むが、これらに限定されない考察に基づいて決定することができる。
別の実施形態では、放射線への暴露によって選択的に加熱してよい抗体及び非タンパク質部分のコンジュゲートが提供される。１つの実施形態では、非タンパク質部分はカーボンナノチューブである（Ｋａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ１０２：１１６００−１１６０５（２００５））。放射線は、任意の波長のものであってよい。放射線として、通常の細胞を害さないが、抗体−非タンパク質部分に近位にある細胞が死滅する温度まで非タンパク質部分を加熱する波長が挙げられるが、これに限定されない。
１つの実施形態では、薬剤は、１つまたは複数の細胞毒性薬剤、例えば、化学療法薬もしくは薬剤、成長阻害剤、毒素（例えば、タンパク質毒素、細菌、真菌、植物、もしくは動物由来の酵素的活性毒素、またはこれらのフラグメント）、または放射性同位体に結合する抗体（例えば、ｃ−ｍｅｔ抗体）を含むイムノコンジュゲートである。
１つの実施形態では、イムノコンジュゲートは、抗体が、マイタンシノイド（米国特許第５，２０８，０２０号、同第５，４１６，０６４号、及び欧州特許ＥＰ０４２５２３５Ｂ１を参照）、オーリスタチン、例えば、モノメチルオーリスタチン薬剤部分ＤＥ及びＤＦ（ＭＭＡＥ及びＭＭＡＦ）（米国特許第５，６３５，４８３号及び同第５，７８０，５８８号、ならびに同第７，４９８，２９８号を参照）、ドラスタチン、カリケアミシンまたはこれらの誘導体（米国特許第５，７１２，３７４号、同第５，７１４，５８６号、同第５，７３９，１１６号、同第５，７６７，２８５号、同第５，７７０，７０１号、同第５，７７０，７１０号、同第５，７７３，００１号、及び同第５，８７７，２９６号、Ｈｉｎｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５３：３３３６−３３４２（１９９３）、ならびにＬｏｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５８：２９２５−２９２８（１９９８）を参照）、アントラサイクリン、例えば、ダウノマイシンまたはドキソルビシン（Ｋｒａｔｚ ｅｔ ａｌ．，ＣｕｒｒｅｎｔＭｅｄ．Ｃｈｅｍ．１３：４７７−５２３（２００６）、Ｊｅｆｆｒｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔｅｒｓ１６：３５８−３６２（２００６）、Ｔｏｒｇｏｖ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊ．Ｃｈｅｍ．１６：７１７−７２１（２００５）、Ｎａｇｙ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９７：８２９−８３４（２０００）、Ｄｕｂｏｗｃｈｉｋ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔｅｒｓ１２：１５２９−１５３２（２００２）、Ｋｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．４５：４３３６−４３４３（２００２）、及び米国特許第６，６３０，５７９号を参照）、メトトレキセート；ビンデシン、タキサン、例えば、ドセタキセル、パクリタキセル、ラロタキセル、テセタキセル、及びオルタタキセル、トリコテセン、ならびにＣＣ１０６５を含むがこれらに限定されない１つまたは複数の薬剤に結合する、抗体−薬剤コンジュゲート（ＡＤＣ）である。
別の実施形態では、イムノコンジュゲートは、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性フラグメント、（緑膿菌からの）菌体外毒素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデシンＡ鎖、α−サルシン、シナアブラギリタンパク質、ジアンチンタンパク質、洋種ヤマゴボウタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、及びＰＡＰ−Ｓ）、ツルレイシ阻害剤、クルシン、クロチン、サポアオナリアオフィシナリス阻害剤、ゲロニン、マイトジェリン、レストリクトシン、フェノマイシン、ネオマイシン（ｅｎｏｍｙｃｉｎ）、及びトリコテセンを含むが、これらに限定されない酵素的活性毒素またはこれらのフラグメントに結合する本明細書に記載の抗体を含む。
別の実施形態では、イムノコンジュゲートは、放射性原子に結合して放射性コンジュゲートを形成する本明細書に記載の抗体を含む。放射性コンジュゲートの生成のための様々な放射性同位体が入手可能である。例としては、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体が挙げられる。放射性コンジュゲートは、検出に用いられる場合、シンチグラフィー検査のための放射性原子、例えば、ｔｃ９９ｍもしくはＩ１２３、または核磁気共鳴（ＮＭＲ）イメージング（磁気共鳴イメージング、ｍｒｉとしても知られる）のためのスピンラベル、例えば、この場合も、ヨウ素−１２３、ヨウ素−１３１、インジウム−１１１、フッ素−１９、炭素−１３、窒素−１５、酸素−１７、ガトリニウム、マンガンもしくは鉄を含んでよい。
抗体及び細胞毒性薬剤のコンジュゲートは、様々な二官能性タンパク質結合薬剤、例えば、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（例えば、ジメチルアジプイミド酸ＨＣｌ）、活性エステル（例えば、ジスクシンイミジルスベレート）、アルデヒド（例えば、グルタルアルデヒド）、ビス−アジド化合物（例えば、ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビス−ジアゾニウム誘導体（例えば、ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えば、トルエン２，６−ジイソシアネート）、及びビス−活性フッ素化合物（例えば、１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン）を用いて作製してよい。例えば、リシン免役毒素は、Ｖｉｔｅｔｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ２３８：１０９８（１９８７）に記載された通りに調製することができる。炭素−１４−標識１−イソチオシアネートベンジル−３−メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、放射性ヌクレオチドの抗体への結合のための例示的キレート薬剤である。ＷＯ９４／１１０２６を参照。リンカーは、細胞中の細胞毒性薬剤の放出を促進する「開裂可能リンカー」としてよい。例えば、酸不安定性リンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、光分解性リンカー、ジメチルリンカー、またはジスルフィド含有リンカー（Ｃｈａｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５２：１２７−１３１（１９９２）、米国特許第５，２０８，０２０）を用いてよい。
イムノコンジュゲートまたはＡＤＣは、本明細書では、ＢＭＰＳ、ＥＭＣＳ、ＧＭＢＳ、ＨＢＶＳ、ＬＣ−ＳＭＣＣ、ＭＢＳ、ＭＰＢＨ、ＳＢＡＰ、ＳＩＡ、ＳＩＡＢ、ＳＭＣＣ、ＳＭＰＢ、ＳＭＰＨ、スルホ−ＥＭＣＳ、スルホ−ＧＭＢＳ、スルホ−ＫＭＵＳ、スルホ−ＭＢＳ、スルホ−ＳＩＡＢ、スルホ−ＳＭＣＣ、及びスルホ−ＳＭＰＢ、及びＳＶＳＢ（スクシンイミジル−（４−ビニルスルホン）ベンゾエート）（例えば、Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ．，Ｕ．Ｓ．Ａから市販されている）を含むがこれらに限定されない架橋試薬で調製されたコンジュゲートを明確に検討する。
結合アッセイ及び他のアッセイ
１つの態様では、抗体の抗原結合活性は、例えば、公知の方法、例えば、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロット等によって試験される。
別の態様では、ヒトｃ−ｍｅｔへの結合のために、アミノ酸配列の配列番号１を含むＨＶＲ−Ｌ１、アミノ酸配の列配列番号２を含むＨＶＲ−Ｌ２、アミノ酸配列の配列番号３を含むＨＶＲ−Ｌ３、アミノ酸配列の配列番号４を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列の配列番号５を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列の配列番号６を含むＨＶＲ−Ｈ３、ならびに／または配列番号７のＶＨ配列及び配列番号８のＶＬ配列を含む抗ｃ−ｍｅｔ抗体を含む、抗ｃ−ｍｅｔ抗体と競合する抗体を特定するために、競合アッセイを用いてよい。いくつかの実施形態では、ヒトｃ−ｍｅｔへの結合のためにオナルツズマブと競合する抗体を特定するために、競合アッセイを用いてよい。
拮抗剤（例えば、抗体）が結合するエピトープをマッピングするための例示的方法が、当技術分野でよく知られている。例えば、Ｍｅｒｃｈａｎｔ，Ｍ． ｅｔ ａｌ，ＰＮＡＳ（２０１３）１１０（３２）、Ｅ２９８７−Ｅ２９９６、及びＭｏｒｒｉｓ（１９９６）“Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｍａｐｐｉｎｇ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ”ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｖｏｌ．６６（Ｈｕｍａｎａ ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ）を参照。例えば、結合部位（単数及び複数）上のアミノ酸残基（単数及び複数）が変化している場合、薬剤の、ヒトｃ−ｍｅｔまたはこれらのフラグメントに結合する能力及びｃ−ｍｅｔまたはこれらのフラグメントの変化した形態に結合する能力の両方をスクリーニングすることができる。ｃ−ｍｅｔ拮抗剤は、変化形態のｃ−ｍｅｔへのその結合が、ヒトｃ−ｍｅｔまたはこれらのフラグメントと比較して低下している（例えば、有意に低下）場合、ヒトｃ−ｍｅｔまたはこれらのフラグメントに結合するように決定される。変化形態のｃ−ｍｅｔまたはこれらのフラグメントの結合アッセイは、例えば、ハイスループットスクリーニングに関連する対のスクリーニングとして、ヒトｃ−ｍｅｔまたはこれらのフラグメントの結合アッセイと同時に実施することができる。代わりに、変化形態のｃ−ｍｅｔの結合アッセイは、薬剤が既にヒトｃ−ｍｅｔまたはこれらのフラグメントに結合しているのを特定／確認した後に、実施することができる。いくつかの実施形態では、本方法は、ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（例えば、ｃ−ｍｅｔ抗体）のヒトｃ−ｍｅｔまたはこれらのフラグメントへの結合と、ｂ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤の、Ｑ３２８、Ｒ３３１、Ｌ３３７、及びＮ３３８の少なくとも１つのアミノ酸残基（例えば、少なくとも２つ、３つ、または４つのアミノ酸残基を含む）の変化を含む変化形態のｃ−ｍｅｔまたはこれらのフラグメントへの結合とを比較することを含み、変化した形態に対してヒトｃ−ｍｅｔまたはこれらのフラグメントへのより大きな結合親和性を示すｃ−ｍｅｔ拮抗剤が、変化形態に変化しているかかるアミノ酸残基を含むヒトｃ−ｍｅｔ上の結合部位に選択的に結合するｃ−ｍｅｔ拮抗剤として選択される。
ＩＩＩ．診断方法
１つの態様では、本発明は、例えば、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療に反応しやすい癌患者を特定するための診断方法を提供する。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤は抗ｃ−ｍｅｔ抗体である。いくつかの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体はオナルツズマブである。
ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療に反応しやすいグリオブラストーマ（例えば、治療歴のあるグリオブラストーマ）患者を特定する方法が提供され、当該方法は、（ｉ）該患者からの試料中でＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ）を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することと、を含む。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本治療は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療に反応しやすい中皮腫（例えば、治療歴のある中皮腫）患者を特定する方法が提供され、当該方法は、（ｉ）該患者からの試料中でＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ）を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療により反応しやすい患者を特定することと、を含む。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本治療は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療に反応しやすい胃癌（例えば、治療歴のある胃癌）患者を特定する方法が提供され、当該方法は、（ｉ）該患者からの試料中でＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ）を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することと、を含む。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本治療は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療に反応しやすい腎細胞癌（例えば、治療歴のある腎細胞癌）患者を特定する方法が提供され、当該方法は、（ｉ）該患者からの試料中でＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ）を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本治療は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療に反応しやすい肝細胞癌患者（例えば、腎細胞癌の治療歴）を特定する方法が提供され、当該方法は、（ｉ）該患者からの試料中でＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ）を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することと、を含む。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本治療は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
１つの態様では、本発明は、例えば、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤及びＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）による治療に反応しやすい癌患者を特定するための診断方法を提供する。
（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療に反応しやすいグリオブラストーマ（例えば、治療歴のあるグリオブラストーマ）患者を特定する方法が提供され、当該方法は、（ｉ）該患者からの試料中でＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ）を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することと、を含む。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療に反応しやすい中皮腫（例えば、治療歴のある中皮腫）患者を特定する方法が提供され、当該方法は、（ｉ）該患者からの試料中でＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ）を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することと、を含む。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療に反応しやすい胃癌（例えば、治療歴のある胃癌）患者を特定する方法が提供され、当該方法は、（ｉ）該患者からの試料中でＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ）を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することと、を含む。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療に反応しやすい腎細胞癌（例えば、治療歴のある腎細胞癌）患者を特定する方法が提供され、当該方法は、（ｉ）該患者からの試料中でＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ）を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することと、を含む。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療に反応しやすい肝細胞癌（例えば、治療歴のある肝細胞癌）患者を特定する方法が提供され、当該方法は、（ｉ）該患者からの試料中でＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ）を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療にさらに反応しやすい患者を特定することを含む。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、高ＨＧＦバイオマーカーを含む癌の患者を診断することと、を含む癌診断を提供する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本治療は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、高ＨＧＦバイオマーカーを含む癌を有する患者を診断することと、を含む癌診断を提供する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、高ＨＧＦバイオマーカーを含むグリオブラストーマを有する患者を診断することと、を含むグリオブラストーマ診断を提供する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本治療は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、高ＨＧＦバイオマーカーを含むグリオブラストーマを有する患者を診断することと、を含むグリオブラストーマ診断を提供する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、高ＨＧＦバイオマーカーを含む中皮腫を有する患者を診断することと、を含む中皮腫診断を提供する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本治療は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、高ＨＧＦバイオマーカーを含む中皮腫を有する患者を診断することと、を含む中皮腫診断を提供する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法は、さらに（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、高ＨＧＦバイオマーカーを含む胃癌を有する患者を診断することと、を含む胃癌診断を提供する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本治療は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法がさらに、（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、高ＨＧＦバイオマーカーを含む胃癌を有する患者を診断することと、を含む胃癌診断を提供する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、高ＨＧＦバイオマーカーを含む腎細胞癌を有する患者を診断することと、を含む腎細胞癌診断を提供する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本治療は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、高ＨＧＦバイオマーカーを含む腎細胞癌を有する患者を診断することと、を含む腎細胞癌診断を提供する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、高ＨＧＦバイオマーカーを含む肝細胞癌を有する患者を診断することと、を含む肝細胞癌診断を提供する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本治療は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、高ＨＧＦバイオマーカーを含む肝細胞癌を有する患者を診断することと、を含む肝細胞癌診断を提供する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む治療を患者に推奨することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（任意でｃ−ｍｅｔ拮抗剤及とＶＥＧＦ拮抗剤とを組み合わせて）による治療を推奨することと、を含む患者に治療を推奨する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択することを含む。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。いくつかの実施形態では、本治療は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本治療は、ＶＥＧＦ拮抗剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（任意でｃ−ｍｅｔ拮抗剤とＶＥＧＦ拮抗剤とを組み合わせて）による治療を推奨することと、を含むグリオブラストーマ患者に治療を推奨する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択することを含む。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。いくつかの実施形態では、本治療は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本治療は、ＶＥＧＦ拮抗剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（任意でｃ−ｍｅｔ拮抗剤とＶＥＧＦ拮抗剤とを組み合わせて）による治療を推奨することと、を含む中皮腫患者に治療を推奨する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択することを含む。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。いくつかの実施形態では、本治療は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせた−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本治療は、ＶＥＧＦ拮抗剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（任意でｃ−ｍｅｔ拮抗剤とＶＥＧＦ拮抗剤とを組み合わせて）による治療を推奨することと、を含む胃癌患者に治療を推奨する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、さらに（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。いくつかの実施形態では、本治療は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本治療は、ＶＥＧＦ拮抗剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（任意でｃ−ｍｅｔ拮抗剤とＶＥＧＦ拮抗剤とを組み合わせて）による治療を推奨することと、を含む腎細胞癌患者に治療を推奨する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択することを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。いくつかの実施形態では、本治療は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本治療は、ＶＥＧＦ拮抗剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。
（ｉ）患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカー（例えば、ＨＧＦのレベルまたは存在または欠如または発生率（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する細胞のパーセンテージ））を測定することと、（ｉｉ）該試料が高ＨＧＦバイオマーカー発現を有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（任意でｃ−ｍｅｔ拮抗剤とＶＥＧＦ拮抗剤とを組み合わせて）による治療を推奨することと、を含む肝細胞癌患者に治療を推奨する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療を選択することを含む。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、（ｉｖ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む治療で患者を治療することを含む。いくつかの実施形態では、本治療は、任意で第２の癌薬剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本治療は、ＶＥＧＦ拮抗剤と組み合わせたｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法である。
本明細書に提供される本発明のいずれかのいくつかの実施形態では、試料は、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療前に得られる。本明細書に提供される本発明のいずれかのいくつかの実施形態では、試料は、ＶＥＧＦ拮抗剤による治療前に得られる。本明細書に提供される本発明のいずれかのいくつかの実施形態では、試料は、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤及びＶＥＧＦ拮抗剤による治療前に得られる。いくつかの実施形態では、試料は、癌薬剤による治療前に得られる。いくつかの実施形態では、試料は、癌の転移後に得られる。いくつかの実施形態では、試料は、ホルマリン固定及びパラフィン包埋（ＦＦＰＥ）ものである。いくつかの実施形態では、（例えば、ＩＳＨまたはＰＣＲを用いて）第１の試料の、ＨＧＦ発現について試験される。いくつかの実施形態では、試料は、生検（例えば、コア生検）、摘出標本（例えば、外科的切除からの標本）、または微細針吸引のものである。
患者からの試料の、１つまたは複数の本明細書のバイオマーカーの発現について試験される。組織または細胞試料のソースは、新鮮な凍結かつ／もしくは保存された臓器もしくは組織試料または生検または吸引（微細針吸引を含むが、これに限定されない）からの固体組織、血液または任意の血液成分、体液、例えば、脳脊髄液、羊水、腹膜液、気管支洗浄、胸膜腔内液、痰、または組織間液、被験者の妊娠または発育期間中の細胞としてよい。組織試料は、本来は組織に全く混在していない化合物、例えば、防腐剤、抗血液凝固剤、緩衝剤、固定剤、栄養剤、抗生物質等を含有してよい。本明細書の腫瘍試料の例としては、腫瘍生検、腫瘍細胞、血清、血しょう、循環血しょうタンパク質、腹水、腫瘍に由来するまたは腫瘍様特性を示している初代細胞培養または細胞株、気管支洗浄、胸膜腔内液、痰、脳脊髄液、尿、及び保存腫瘍試料、例えば、ホルマリン固定、パラフィン包埋腫瘍試料腫瘍試料（ホルマリン固定パラフィン包埋微細針吸引試料を含むがこれに限定されない）または凍結腫瘍試料が挙げられるが、これらに限定されない。１つの実施形態では、患者試料は、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍試料（例えば、グリオブラストーマ腫瘍試料、中皮腫腫瘍試料、または胃癌腫瘍試料）である。１つの実施形態では、患者試料は、生検（例えば、針生検）である。１つの実施形態では、患者試料は、微細針吸引からのホルマリン固定パラフィン包埋試料である。１つの実施形態では、試料は、コア生検（例えば、グリオブラストーマコア生検、中皮腫コア生検、胃癌コア生検、または腎細胞癌コア生検）からのＦＦＰＥ腫瘍試料である。１つの実施形態では、患者試料は、外科的切除試料である。試料は、癌薬剤（例えば、抗ｃ−ｍｅｔ拮抗剤）による患者の治療の前または間に得ることができる。試料は、癌薬剤による患者の前治療の前または間に得ることができる。試料は、原発腫瘍または転移性腫瘍から得ることができる。試料は、最初に癌と診断された時に、または、例えば、腫瘍が転移した後に得ることができる。腫瘍試料は、癌細胞、リンパ球、白血球、ストローマ、血管、結合組織、基底層、及び腫瘍と関連する他の任意の細胞型を含んでよい。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、肺、リンパ節、胃、肝臓、脳、または腎臓のものである。いくつかの実施形態では、腫瘍をマクロ解剖して、例えば、グリオブラストーマ腫瘍試料から形態学的に正常な脳組織を除去する。いくつかの実施形態では、マクロ解剖されたグリオブラストーマ腫瘍試料は、良性ストローマ細胞（例えば、反応性アストロサイト、グリア細胞、ペリサイト及び／または内皮細胞）を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍をマクロ解剖して、例えば、中皮腫腫瘍試料から形態学的に正常な中皮組織を除去する。いくつかの実施形態では、マクロ解剖された中皮腫腫瘍試料は、良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍をマクロ解剖して、例えば、胃癌腫瘍試料から形態学的に正常な胃組織を除去する。いくつかの実施形態では、マクロ解剖された胃癌腫瘍試料は、良性ストローマ細胞（例えば、繊維芽細胞、マクロファージ、及び／または内皮細胞）を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍をマクロ解剖して、例えば、腎細胞癌腫瘍試料から形態学的に正常な腎組織を除去する。いくつかの実施形態では、マクロ解剖された腎細胞癌腫瘍試料は、良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍をマクロ解剖して、例えば、肝細胞癌腫瘍試料から形態学的に正常な肝組織を除去する。いくつかの実施形態では、マクロ解剖された肝細胞癌腫瘍試料は、良性ストローマ細胞を含む。
ＨＧＦのｍＲＮＡ発現を提示する癌または生体試料は、診断試験で、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する（過剰発現を含む）ものである。ＨＧＦのｍＲＮＡ発現を提示するグリオブラストーマ試料は、診断試験で、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する（過剰発現を含む）ものである。いくつかの実施形態では、グリオブラストーマ試料は、腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。ＨＧＦのｍＲＮＡ発現を提示する中皮腫試料は、診断試験で、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する（過剰発現を含む）ものである。いくつかの実施形態では、中皮腫試料は、腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。ＨＧＦのｍＲＮＡ発現を提示する胃癌試料は、診断試験で、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する（過剰発現を含む）ものである。いくつかの実施形態では、胃癌試料は、腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。ＨＧＦのｍＲＮＡ発現を提示する腎細胞癌試料は、診断試験で、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する（過剰発現を含む）ものである。いくつかの実施形態では、腎細胞癌試料は、腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。ＨＧＦのｍＲＮＡ発現を提示する肝細胞癌試料は、診断試験で、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する（過剰発現を含む）ものである。いくつかの実施形態では、肝細胞癌試料は、腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。ＨＧＦのｍＲＮＡ発現を提示する肉腫試料は、診断試験で、ＨＧＦのｍＲＮＡを発現する（過剰発現を含む）ものである。いくつかの実施形態では、肉腫試料は、腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。
ｃ−ｍｅｔ増幅を提示する癌または生体試料は、診断試験で、ｃ−ｍｅｔ遺伝子を増幅したものである。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ遺伝子の増幅は、（細胞の集団の）平均４個以上のｃ−ｍｅｔ遺伝子のコピー、５個以上のｃ−ｍｅｔ遺伝子のコピー、または平均８個以上のｃ−ｍｅｔ遺伝子のコピー、またはそれ以上、例えば、１０個以上、１２個以上、１５個以上、もしくは２０個以上のｃ−ｍｅｔ遺伝子のコピーである。
ｍＲＮＡ、タンパク質、または遺伝子増幅の発現を測定するための様々な方法としては、遺伝子発現プロファイリング、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を含むポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写酵素定量的ＰＣＲ（ｒｔ−ｑＰＣＲ）、ＲＮＡ−Ｓｅｑ、ＦＩＳＨ、ＣＩＳＨ、マイクロアレイ分析、遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ、プロテオミクス、免疫組織化学（ＩＨＣ）、ノーザン及びサザンブロット分析、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（例えば、単一またはマルチプレックス核酸ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション技術、例えば、Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌ ＤｉａｇｎｏｓｔｉｃのＲＮＡｓｃｏｐｅ技術）、ＲＮＡｓｅロテクションアッセイ、及びマイクロアレイ（例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＢｅａｄＡｒｒａｙ（商標）技術、遺伝子発現の検出用ビーズアレイ（ＢＡＤＧＥ））が挙げられるが、これらに限定されない。バイオマーカーはまた、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）に基づくアッセイ、例えば、定量的ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）、及び逆転写酵素定量的ＰＣＲ（ｒｔ−ｑＰＣＲ）によって測定してよい。他の増幅に基づく方法としては、例えば、転写媒介増幅（ＴＭＡ）、ストランド置換増幅（ＳＤＡ）、核酸配列に基づく増幅（ＮＡＳＢＡ）、及びシグナル増幅法、例えば、ｂＤＮＡが挙げられる。核酸バイオマーカーは、また、例えば、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ ｎＣｏｕｎｔｅｒ、及び高カバー率遺伝子発現解析法（ｈｉｇｈ ｃｏｖｅｒａｇｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ）（ＨｉＣＥＰ）によって測定してよい。増幅された核酸配列の分析は、様々な技術、例えば、マイクロチップ、蛍光偏光アッセイ、シークエンシング、及びマトリックス支援レーザー脱離イオン化（ＭＡＬＤＩ）質量分析法を用いて実施することができる。いくつかの実施形態では、増幅された核酸は、シークエンシングによって分析される。いくつかの実施形態では、核酸発現は、測定される、かつ／または定量化される。いくつかの実施形態では、タンパク質発現は、測定される、かつ／または定量化される。
さらに詳細にバイオマーカー発現を測定するための様々な例示的方法について記載する。
ＰＣＲアッセイは、当技術分野で知られており、ＰＣＲアッセイとして、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）アッセイ、例えば、逆転写酵素定量的ＰＣＲ（ｒｔ−ｑＰＣＲ）を含む定量的ＰＣＲアッセイが挙げられるが、これらに限定されない。定量的ＰＣＲアッセイを実施するためのプラットフォームとしては、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ（例えば、ＢｉｏＭａｒｋ（商標）ＨＤシステム）、Ｒｏｃｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｙｓｔｅｍ（例えば、ｃｏｂａｓ４８００システム）が挙げられる。
１つの実施形態では、ＨＧＦ核酸（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡ）は、（ａ）少なくとも１つのプライマーを用いて逆転写によって試料からｃＤＮＡを生成することと、（ｂ）ｃＤＮＡを増幅することと、（ｃ）増幅されたｃＤＮＡの存在を検出することと、を含む方法を用いて検出される。また、かかる方法は、試料中のｍＲＮＡのレベルを測定することができる１つまたは複数のステップ（例えば、遺伝子、例えば、アクチンファミリーメンバー等のハウスキーピング遺伝子の比較対照ｍＲＮＡ配列のレベルを同時にまたは別々に検討することによって）を含むことができる。任意で、増幅されたｃＤＮＡの配列を測定することができる。
いくつかの実施形態では、ＨＧＦ核酸（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡ）は、（ａ）患者の癌試料（例えば、ＦＦＰＥ固定患者の癌試料）から抽出した核酸（例えば、ｍＲＮＡ）上でＰＣＲを実施することと、（ｂ）試料中の核酸の発現を測定することと、を含む方法を用いて検出される。
核酸レベルでは、バイオマーカーは、電気泳動、ノーザン及びサザンブロット分析、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（例えば、単一またはマルチプレックス核酸ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション）、ＲＮＡｓｅプロテクションアッセイ、ならびにマイクロアレイ（例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＢｅａｄＡｒｒａｙ（商標）技術、遺伝子発現の検出用ビーズアレイ（ＢＡＤＧＥ））によって測定してよい。バイオマーカーはまた、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）に基づくアッセイ、例えば、定量的ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、逆転写酵素ＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）、及び逆転写酵素定量的ＰＣＲ（ｒｔ−ｑＰＣＲ）によって測定してよい。他の増幅に基づく方法としては、例えば、転写媒介増幅（ＴＭＡ）、ストランド置換増幅（ＳＤＡ）、核酸配列に基づく増幅（ＮＡＳＢＡ）、及びシグナル増幅法、例えば、ｂＤＮＡが挙げられる。核酸バイオマーカーはまた、シークエンシングに基づく技術、例えば、例えば、遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）、ＲＮＡ−Ｓｅｑ、及びハイスループットシークエンシング技術（例えば、大規模並列シークエンシング（ｍａｓｓｉｖｅｌｙ ｐａｒａｌｌｅｌ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ））、及びＳｅｑｕｅｎｏｍ ＭａｓｓＡＲＲＡＹ（登録商標）技術によって測定してよい。核酸バイオマーカーはまた、例えば、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ ｎＣｏｕｎｔｅｒ、及び高カバー率遺伝子発現解析法（ＨｉＣＥＰ）によって測定してよい。
上記技術のうち、感度が高く適応性のある定量的方法は、ｒｔ−ｑＰＣＲであり、これは、異なる試料集団内の、正常組織及び腫瘍組織中で、薬剤治療ありで、または薬剤治療なしで、ｍＲＮＡレベルを比較するために、遺伝子発現のパターンを特徴付けるために、密に関係したｍＲＮＡの違いを区別するために、かつＲＮＡ構造を分析するために用いることができる。
第１のステップは、標的試料からのｍＲＮＡの単離である。出発材料は通常、ヒト腫瘍または腫瘍細胞株、及び対応する正常組織または細胞株からそれぞれ単離された全ＲＮＡである。したがって、ＲＮＡは、***、肺、結腸、前立腺、脳、肝臓、腎臓、脾臓、胃、胆嚢、脾臓、胸腺、精巣、卵巣、子宮等を含む様々な原発腫瘍、対応する正常組織、または腫瘍細胞株から単離することができる。ｍＲＮＡのソースが原発腫瘍である場合、ｍＲＮＡは、例えば、凍結または保管パラフィン包埋及び固定（例えば、ホルマリン固定）組織試料から抽出することができる。ｍＲＮＡ抽出の一般的な方法は、当技術分野でよく知られており、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ（１９９７）を含む分子生物学の標準的な教科書に開示されている。パラフィン包埋組織からのＲＮＡ抽出の方法は、例えば、Ｒｕｐｐ ａｎｄ Ｌｏｃｋｅｒ，Ｌａｂ Ｉｎｖｅｓｔ．５６：Ａ６７（１９８７）、及びＤｅ Ａｎｄｒｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ１８：４２０４４（１９９５）に開示されている。特に、商業製造業者、例えば、Ｑｉａｇｅｎからの精製キット、緩衝液セット及びプロテアーゼを用いて、製造者の指示書に従ってＲＮＡ単離を実施することができる。例えば、培養中の細胞からの全ＲＮＡは、Ｑｉａｇｅｎ ＲＮｅａｓｙミニカラムを用いて単離することができる。他の市販されているＲＮＡ単離キットとしては、ＭＡＳＴＥＲＰＵＲＥ（登録商標）完全ＤＮＡ及びＲＮＡ精製キット（ＥＰＩＣＥＮＴＲＥ（登録商標），Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）、ならびにパラフィンブロックＲＮＡ単離キット（Ａｍｂｉｏｎ，Ｉｎｃ．）が挙げられる。組織試料からの全ＲＮＡは、ＲＮＡ Ｓｔａｔ−６０（ＴｅｌＴｅｓｔ）を用いて単離することができる。腫瘍から調製したＲＮＡは、例えば、塩化セシウム密度勾配遠心分離によって単離することができる。
ＲＮＡが、ＰＣＲのテンプレートとして役割を果たすことができない場合、ＰＣＲによる遺伝子発現プロファイリングの第１のステップは、ＲＮＡテンプレートのｃＤＮＡへの逆転写であり、次いで、ＰＣＲ反応中のその指数増幅である。２つの最もよく用いられる逆転写酵素は、トリ（ａｖｉｌｏ）骨髄芽球症ウイルス逆転写酵素（ＡＭＹ−ＲＴ）及びモロニーマウス白血病ウイルス逆転写酵素（ＭＭＬＶ−ＲＴ）である。逆転写ステップは通常、環境及び発現プロファイリングの目的に応じて、特異的プライマー、ランダム六量体、またはオリゴ−ｄＴプライマーを用いて刺激される。例えば、抽出されたＲＮＡは、ＧＥＮＥＡＭＰ（商標）ＲＮＡ ＰＣＲキット（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ，Ｃａｌｉｆ．，ＵＳＡ）を用いて、製造者の指示書に従って逆転写することができる。誘導ｃＤＮＡはその後、後続のＰＣＲ反応のテンプレートとして用いることができる。ＰＣＲステップは、様々な熱安定性ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼを使用することができるが、通常、５’−３’ヌクレアーゼ活性を有するが、３’−５’プルーフリーディングエンドヌクレアーゼ活性を欠くＴａｑ ＤＮＡポリメラーゼを用いる。したがって、ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）ＰＣＲは通常、ＴａｑまたはＴｔｈポリメラーゼの５’−ヌクレアーゼ活性を利用して、その標的アンプリコンに結合したハイブリダイゼーションプローブを加水分解するが、同等の５’ヌクレアーゼ活性を有する任意の酵素を用いることができる。２つのオリゴヌクレオチドプライマーが、ＰＣＲ反応に特有のアンプリコンを生成するために用いられる。第３のオリゴヌクレオチド、またはプローブが、２つのＰＣＲプライマーの間に位置するヌクレオチド配列を検出するために設計される。プローブは、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ酵素により非延伸性であり、レポーター蛍光色素及びクエンチャー蛍光色素で標識される。２つの色素が、プローブ上にあるため密接して位置する場合、レポーター色素からの任意のレーザー誘起発光は、クエンチング色素によってクエンチされる。増幅反応中に、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ酵素は、テンプレート依存的にプローブを切断する。結果として生じるプローブフラグメントが溶液中で解離し、放出されたレポーター色素からのシグナルには、第２の蛍光団のクエンチング作用がない。レポーター色素の１つの分子が、新しい各合成分子のために遊離し、クエンチされないレポーター色素の検出により、データの定量的解釈の根拠が提供される。
ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）ＰＣＲは、市販されている装置、例えば、ＡＢＩＰＲＩＳＭ７７００（登録商標）配列検出システム（登録商標）（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，ＦｏｓｔｅｒＣｉｔｙ，Ｃａｌｉｆ．，ＵＳＡ）、またはＬｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ（Ｒｏｃｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて実施することができる。１つの実施形態では、５’ヌクレアーゼ法が、リアルタイム定量的ＰＣＲデバイス、例えば、ＡＢＩＰＲＩＳＭ７７００（登録商標）配列検出システムで実施される。当該システムは、サーモサイクラー、レーザー、電荷結合デバイス（ＣＣＤ）、カメラ、及びコンピュータからなる。当該システムは、サーモサイクラー上で、９６ウェルフォーマット中の試料を増幅させる。増幅中、レーザー−誘起蛍光シグナルが、全９６ウェルに光ファイバーケーブルを介してリアルタイムで収集され、ＣＣＤで検出される。当該システムは、装置を起動するための、かつデータを分析するためのソフトウエアを含む。
５’−ヌクレアーゼアッセイデータは、最初にＣｔ、または閾値サイクルとして表される。蛍光値は、全てのサイクル中に記録され、増幅反応でそのポイントに増幅された生成物の量を示す。蛍光シグナルが統計学的に有意なものとして最初に記録される時のポイントが、閾値サイクル（Ｃｔ）である。
エラー及び試料ごとの変化の作用を最小化するために、ＰＣＲは通常、異なる組織の中で一定のレベルで表される内部標準を用いて実施され、実験的治療による影響を受けない。遺伝子発現のパターンを標準化するために最も高い頻度で用いられるＲＮＡは、ハウスキーピング遺伝子グリセルアルデヒド−３−ホスフェートデヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）及びβ−アクチンのｍＲＮＡである。
ＰＣＲ技術のより最新の変化形態は、両末端修飾蛍光プローブ（すなわち、ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）プローブ）によってＰＣＲ生成物蓄積を測定する定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である。定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応の技術は、ＰＣＲ生成物の量がＰＣＲ反応の各ステップで測定されるＰＣＲの形態を指す。この技術は、Ｃｒｏｎｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．１６４（１）：３５−４２（２００４）、及びＭａ ｅｔ ａｌ．，ＣａｎｃｅｒＣｅｌｌ５：６０７−６１６（２００４）を含む様々な文献に記載されている。各標的配列の内部競争種が標準化に用いられる場合、リアルタイムＰＣＲは、定量競合的ＰＣＲ、及び試料内に含有させた標準化遺伝子またはＰＣＲのためのハウスキーピング遺伝子を用いる定量的比較ＰＣＲの両方と適合する。さらに詳細について、例えば、Ｈｅｌｄ ｅｔ ａｌ．，ＧｅｎｏｍｅＲｅｓｅａｒｃｈ６：９８６−９９４（１９９６）を参照。「逆転写定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｒｔ−ｑＰＣＲ）」の技術は、増幅される核酸が、最初にｃＤＮＡに逆転写され、ＰＣＲ生成物の量が、ＰＣＲ反応の各ステップで測定されるＲＮＡであるＰＣＲの形態である。
ＲＮＡソースとして固定パラフィン包埋組織を用いるプロファイリング遺伝子発現の代表的なプロトコールのステップは、ｍＲＮＡ単離、精製、プライマー伸長、及び増幅を含むが、公開されている様々な学術論文（例えば：Ｇｏｄｆｒｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍａｌｅｃ．Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ２：８４−９１（２０００）、Ｓｐｅｃｈｔ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．１５８：４１９−２９（２００１））に示されている。簡潔にいうと、代表的なプロセスは、パラフィン包埋腫瘍組織試料の約１０ミクログラムの厚さのセクションを切断することから開始される。その後、ＲＮＡを抽出し、タンパク質及びＤＮＡを除去する。ＲＮＡ濃度の分析後に、必要に応じて、ＲＮＡ修復及び／または増幅ステップを含んでよく、遺伝子特異的プロモーターを用いてＲＮＡを逆転写し、続いて、ＰＣＲを行う。
本発明の１つの態様に従って、ＰＣＲプライマー及びプローブは、増幅される遺伝子中に存在するイントロン配列に基づいて設計される。この実施形態では、プライマー／プローブ設計の第１のステップは、遺伝子内のイントロン配列の設計である。これは、公的に入手可能なソフトウエア、例えば、Ｋｅｎｔ，Ｗ．，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１２（４）：６５６−６４（２００２）によって開発されたＤＮＡ ＢＬＡＴソフトウエア、またはＢＬＡＳＴソフトウエア（その変更形態を含む）によって行うことができる。後続のステップでは、ＰＣＲプライマー及びプローブ設計の十分に確立された方法が続く。
それゆえに、１つの実施形態では、ＨＧＦバイオマーカーは、（ａ）標的核酸を含む、または含む疑いのある試料を提供することと、（ｂ）該試料からｍＲＮＡを単離することと、（ｃ）該試料からｍＲＮＡを精製することと、（ｄ）ＲＮＡのｃＤＮＡへの逆転写を実施することと、（ｅ）該標的核酸ｃＤＮＡにハイブリダイズすることができる２つのＰＣＲプローブの少なくとも１つのセットを提供することと、（ｆ）２つのＰＣＲプローブ間の該標的核酸にハイブリダイズように設計された第３のプローブ（第３のプローブは、Ｔａｑ−ＤＮＡポリメラーゼにより非延伸性であり、レポーター蛍光色素及びクエンチャー蛍光色素で標識される）を提供することと、（ｇ）ＰＣＲを用いて該標的核酸のｃＤＮＡを増幅することと、（ｈ）クエンチされないレポーター色素の量を検出することによって該試料中の該標的核酸の量を定量化することと、（ｉ）内部標準の発現レベルと該試料中の該標的核酸の量とを比較することと、を含む方法を用いて測定してよい。
１つの実施形態では、ＨＧＦバイオマーカーは、（ａ）ＨＧＦ核酸を含むまたは含む疑いのある試料（当該試料は、パラフィン包埋、ホルマリン固定組織試料（例えば、パラフィン包埋、ホルマリン固定グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫組織試料）を含む）を提供することと、（ｂ）該試料からＨＧＦのｍＲＮＡを単離することと、（ｃ）該試料からＨＧＦのｍＲＮＡを精製することと、（ｄ）ＲＮＡのｃＤＮＡへの逆転写を実施することと、（ｅ）ＨＧＦのｃＤＮＡにハイブリダイズすることができる２つのＰＣＲプローブの少なくとも１つのセットを提供することと、（ｆ）２つのＰＣＲプローブ間の該標的核酸にハイブリダイズように設計された第３のプローブ（第３のプローブは、Ｔａｑ−ＤＮＡポリメラーゼにより非延伸性であり、レポーター蛍光色素及びクエンチャー蛍光色素で標識される）を提供することと、（ｇ）ＰＣＲを用いてＨＧＦのｃＤＮＡを増幅することと、（ｈ）クエンチされないレポーター色素の量を検出することによって該試料中のＨＧＦ核酸の量を定量化することと、（ｉ）ＨＧＦのＣｔ値及び内部標準の平均Ｃｔ値の差に基づいて１つまたは複数の内部標準の発現レベル（例えば、ＧＡＰＤＨ、β−アクチン、ＡＬ−１３７７２７１、及び／またはＶＰＳ−３３Ｂの発現レベル）と該試料中のＨＧＦ核酸の量とを比較することと、を含む方法を用いて測定してよい。
いくつかの実施形態では、多量のＨＧＦバイオマーカー（高ＨＧＦバイオマーカー）は、高ＨＧＦのｍＲＮＡ（例えば、試料中、例えば、患者の癌、例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫の腫瘍セクション中）である。いくつかの実施形態では、ＨＧＦのｍＲＮＡ発現は、増幅に基づくアッセイを用いて測定される。いくつかの実施形態では、増幅に基づくアッセイは、ＰＣＲに基づくアッセイである。いくつかの実施形態では、ＰＣＲに基づくアッセイは、定量的ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）、逆転写酵素ＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）または逆転写定量的ＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）である。いくつかの実施形態では、ＨＧＦのｍＲＮＡ発現は、ｒｔ−ｑＰＣＲを用いて測定される。いくつかの実施形態では、ＨＧＦのｍＲＮＡ発現は、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ遺伝子発現分析を用いて測定される。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡは、特定の癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）の患者を含む代表的な数の患者を含む患者の参照集団から得られた腫瘍試料中のＨＧＦのｍＲＮＡレベルを測定することによって確立された基準と比較した相対的な発現レベルに基づいて測定される。いくつかの実施形態では、代表的な数の患者とは、１０人以上の患者である。いくつかの実施形態では、代表的な数の患者とは、２５人以上の患者である。いくつかの実施形態では、代表的な数の患者とは、５０人以上の患者である。いくつかの実施形態では、代表的な数の患者とは、１００人以上の患者である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の患者の参照集団は、代表的な数のグリオブラストーマ患者（例えば、再発性グリオブラストーマ）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の患者の参照集団は、代表的な数の中皮腫患者（例えば、再発性中皮腫）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の患者の参照集団が、代表的な数の胃癌患者（例えば、再発性胃癌）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の患者の参照集団は、代表的な数の腎細胞癌患者（例えば、再発性腎細胞癌）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の患者の参照集団は、代表的な数の肝細胞癌患者（例えば、再発性肝細胞癌）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の患者の参照集団は、代表的な数の肉腫患者（例えば、再発性肉腫）を含む。いくつかの実施形態では、患者の腫瘍試料の高ＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルは、特定の癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）の患者を含む参照患者集団から得られた腫瘍試料の５０％のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルを超えるＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルである。いくつかの実施形態では、患者の腫瘍試料の高ＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルは、特定の癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）の患者を含む参照患者集団から得られた腫瘍試料の６０％のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルを超えるＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルである。いくつかの実施形態では、患者の腫瘍試料の高ＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルは、特定の癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）の患者を含む参照患者集団から得られた腫瘍試料の６５％のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルを超えるＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルである。いくつかの実施形態では、患者の腫瘍試料の高ＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルは、特定の癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）の患者を含む参照患者集団から得られた腫瘍試料の７０％のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルを超えるＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルである。いくつかの実施形態では、患者の腫瘍試料の高ＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルは、特定の癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）の患者を含む参照患者集団から得られた腫瘍試料の７５％のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルを超えるＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルである。いくつかの実施形態では、患者の腫瘍試料の高ＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルは、特定の癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）の患者を含む参照患者集団から得られた腫瘍試料の８０％のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルを超えるＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルである。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、グリオブラストーマ腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、中皮腫腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、胃癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、腎細胞癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、肝細胞癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、肉腫腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。
いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、増幅に基づくアッセイを用いて測定される。いくつかの実施形態では、増幅に基づくアッセイは、ＰＣＲに基づくアッセイである。いくつかの実施形態では、ＰＣＲに基づくアッセイは、定量的ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）、逆転写酵素ＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）、または逆転写定量的ＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）である。いくつかの実施形態では、ＰＣＲに基づくアッセイは、ｒｔ−ｑＰＣＲである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ遺伝子発現分析を用いて測定される。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、参照遺伝子からのｍＲＮＡのＣｔと比較して、ＨＧＦのｍＲＮＡのＣｔを測定することによって測定される。いくつかの実施形態では、参照遺伝子は、複数の細胞株にわたって、新鮮凍結組織試料中、及びホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中で、同一レベルで安定して発現される遺伝子である。いくつかの実施形態では、いくつかの参照遺伝子のＣｔが測定されて、平均Ｃｔが、ＨＧＦのｍＲＮＡのＣｔと比較される。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦ発現のデルタＣｔを測定することによって測定され、デルタＣｔは、ＨＧＦの平均Ｃｔから標的遺伝子の平均Ｃｔを減算したものに等しい。
いくつかの実施形態では、少量のＨＧＦバイオマーカー（低ＨＧＦバイオマーカー）は、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカー（例えば、試料中、例えば、患者の癌、例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫の腫瘍セクション中）である。いくつかの実施形態では、低ｍＲＮＡ発現は、増幅に基づくアッセイを用いて測定される。いくつかの実施形態では、増幅に基づくアッセイは、ＰＣＲに基づくアッセイである。いくつかの実施形態では、ＰＣＲに基づくアッセイは、定量的ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）、逆転写酵素ＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）または逆転写定量的ＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）である。いくつかの実施形態では、ＨＧＦのｍＲＮＡ発現は、ｒｔ−ｑＰＣＲを用いて測定される。いくつかの実施形態では、ＨＧＦのｍＲＮＡ発現は、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ遺伝子発現分析を用いて測定される。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡは、特定の癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）の患者を含む代表的な数の患者を含む患者の参照集団から得られた腫瘍試料中のＨＧＦのｍＲＮＡレベルを測定することによって確立された基準と比較した相対的な発現レベルに基づいて測定される。いくつかの実施形態では、代表的な数の患者は、１０人以上の患者である。いくつかの実施形態では、代表的な数の患者は、２５人以上の患者である。いくつかの実施形態では、代表的な数の患者は、５０人以上の患者である。いくつかの実施形態では、代表的な数の患者は、１００人以上の患者である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の患者の参照集団は、代表的な数のグリオブラストーマ患者（例えば、再発性グリオブラストーマ）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の患者の参照集団は、代表的な数の中皮腫患者（例えば、再発性中皮腫）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の患者の参照集団は、代表的な数の胃癌患者（例えば、再発性胃癌）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の患者の参照集団は、代表的な数の腎細胞癌患者（例えば、再発性腎細胞癌）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の患者の参照集団は、代表的な数の肝細胞癌患者（例えば、再発性肝細胞癌）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の患者の参照集団は、代表的な数の肉腫患者（例えば、再発性肉腫）を含む。いくつかの実施形態では、患者の腫瘍試料の低ＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルは、特定の癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）の患者を含む参照患者集団から得られた腫瘍試料の５０％のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベル未満のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルである。いくつかの実施形態では、患者の腫瘍試料の低ＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルは、特定の癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）の患者を含む参照患者集団から得られた腫瘍試料の６０％のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベル未満のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルである。いくつかの実施形態では、患者の腫瘍試料の低ＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルは、特定の癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）の患者を含む参照患者集団から得られた腫瘍試料の６５％のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベル未満のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルである。いくつかの実施形態では、患者の腫瘍試料の低ＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルは、特定の癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）の患者を含む参照患者集団から得られた腫瘍試料の７０％のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベル未満のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルである。いくつかの実施形態では、患者の腫瘍試料の低ＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルは、特定の癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）の患者を含む参照患者集団から得られた腫瘍試料の７５％のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベル未満のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルである。いくつかの実施形態では、患者の腫瘍試料の低ＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルは、特定の癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）の患者を含む参照患者集団から得られた腫瘍試料の８０％のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベル未満のＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルである。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、グリオブラストーマ腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、中皮腫腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、胃癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、腎細胞癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、肝細胞癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、肉腫腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞を含む。
いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、増幅に基づくアッセイを用いて測定される。いくつかの実施形態では、増幅に基づくアッセイは、ＰＣＲに基づくアッセイである。いくつかの実施形態では、ＰＣＲに基づくアッセイは、定量的ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）、逆転写酵素ＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）または逆転写定量的ＰＣＲ（ｒｔ−ＰＣＲ）である。いくつかの実施形態では、ＰＣＲに基づくアッセイは、ｒｔ−ｑＰＣＲである。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ遺伝子発現分析を用いて測定される。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、参照遺伝子からのｍＲＮＡのＣｔと比較して、ＨＧＦのｍＲＮＡのＣｔを測定することによって測定される。いくつかの実施形態では、参照遺伝子は、複数の細胞株にわたって、新鮮凍結組織試料中、及び／またはホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中で、同一レベルで安定して発現される遺伝子である。いくつかの実施形態では、いくつかの参照遺伝子のＣｔを測定して、平均Ｃｔと、ＨＧＦのｍＲＮＡのＣｔとを比較する。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦ発現のデルタＣｔを測定することによって測定され、デルタＣｔは、ＨＧＦの平均Ｃｔから標的遺伝子の平均Ｃｔを減算したものに等しい。
ＩＳＨは、組織（ｉｎ ｓｉｔｕ）の一部またはセクション中の特異的ＤＮＡまたはＲＮＡ配列を局在化させるために相補的ＤＮＡまたはＲＮＡ鎖（すなわち、プローブ）を用いるハイブリダイゼーションの型を指す。プライマー及びプローブ型としては、二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）、一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）、一本鎖相補的ＲＮＡ（ｓｓｃＲＮＡ）、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、ミクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、及び合成オリゴヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、プローブは、例えば、蛍光標識（例えば、ＦＩＳＨ、すなわち蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション）で標識される。いくつかの実施形態では、プローブは、例えば、色素標識（例えば、ＣＩＳＨ、すなわち色素ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション）標識される。いくつかの実施形態では、ＩＳＨは、（例えば、ＤＮＡプライマーを用いて実施され、その後、ＩＳＨシグナルは、ハイブリダイゼーションに基づくシグナル増幅、例えば、増幅プローブ及び標識プローブを用いて増幅される。ハイブリダイゼーションに基づくシグナル増幅の例としては、ＩＳＨシグナルを増幅するための分枝ＤＮＡ分子の使用が挙げられる。ハイブリダイゼーションに基づくシグナル増幅を利用する例示的プラットフォームとしては、ＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ（登録商標）（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）、ＲＮＡＳｃｏｐｅ（登録商標）（Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）が挙げられる。ＩＳＨは、シングルプレックス（単一標的）またはマルチプレックス（複数の標的）で実施してよい。例えば、ＱｕａｎｔｉＧｅｎｅアッセイでは、プローブセットを使用して、標的ｍＲＮＡにハイブリダイズさせる。通常のプローブセットは、最大２０以上のオリゴヌクレオチドプローブ対を用いる。視覚化用のシグナルを生成するために、プローブセットのハイブリダイゼーション後、プリアンプ、アンプ、及び標識プローブが追加される。プリアンププローブは標的特異的プローブに結合し、その後、アンププローブはプリアンププローブに結合し、続いて、標識プローブがアンププローブに結合する。例えば、ＲＮＡｓｃｏｐｅ（登録商標）アッセイ技術（Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）では、２つ以上のキャプチャープローブが、標的ｍＲＮＡ上に接触してハイブリダイズする。キャプチャープローブは、例えば、標的ＲＮＡ、スペーサー配列、及び１５ベーステールに相補的な１８〜２５ベース領域を含有してよい。それぞれが異なる型のテール配列を有し、標的領域（約５０ｂｐ用）に接触してハイブリダイズする一対の標的プローブが用いられる。プローブ上の２つの「テール」配列は、プリアンププローブのための２８ベースハイブリダイゼーション部位を形成する。このプリアンププローブは、アンププローブのための多くの（例えば、２０）結合部位を含有する。同様に、このアンププローブは、標識プローブのための多くの（例えば、２０）結合部位を含有する。プリアンプ、アンプ、及び標識プローブは、逐次的に各キャプチャープローブ対にハイブリダイズされ、その結果、標的ＲＮＡの１ｋｂ当たり８，０００個もの多くの標識分子が蓄積する。標識プローブは、蛍光団または色素酵素（例えば、ホースラディッシュペルオキシダーゼまたはアルカリホスファターゼ）に結合することができ、それによって、それぞれ、標準明視野または落射蛍光顕微鏡で、ハイブリダイゼーションシグナルを見ることが可能になる。それゆえに、１つの実施形態では、（ａ）該標的核酸を含むまたは含む疑いのある試料を提供することと、（ｂ）該標的核酸にハイブリダイズすることができる２つ以上のキャプチャープローブの少なくとも１つのセットを提供することと、（ｃ）（ｉ）標識プローブにハイブリダイズすることができるアンプ、（ｉｉ）アンプにハイブリダイズすることができ、かつ２つ以上のキャプチャープローブの該セットにハイブリダイズすることができるプリアンプ、（ｉｉｉ）標識プローブを提供することと、（ｄ）２つ以上のキャプチャープローブの該セットを該標的核酸にハイブリダイズすることと、（ｅ）２つ以上のキャプチャープローブの該セットにプリアンプ、アンプ、及び標識プローブをキャプチャーし、これにより、該標的核酸に標識プローブをキャプチャーすることと、（ｆ）キャプチャーされた標識プローブと関連している標識の存在、欠如、または量を検出することと、を含む方法を用いてＨＧＦバイオマーカーを測定してよい。
いくつかの実施形態では、多量のＨＧＦバイオマーカー（高ＨＧＦバイオマーカー）は、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカー（例えば、試料中、例えば、患者の癌、例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫の腫瘍セクション中）である。いくつかの実施形態では、ＨＧＦのｍＲＮＡ発現は、ＩＳＨを用いて測定される。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の１％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の２％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の３％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の４％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の５％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の６％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の７％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の８％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の９％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の１０％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の１２％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、１５％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、２０％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の２５％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の３０％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の３５％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の４０％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の５０％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の５５％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の６０％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の６５％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の７０％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、試料中の７５％以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、グリオブラストーマ腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、中皮腫腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、胃癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、腎細胞癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、肝細胞癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、肉腫腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。
いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、約１０以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である（例えば、試料中、例えば、患者の癌、例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫の腫瘍セクション中）。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、約１１以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは約１２以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、約１３以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、約１４以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、約１５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、約１６以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、約２０以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、約２５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、約３０以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、約３５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、約４０以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、約４５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、約５０以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、約５５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、約６０以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、約７０以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、約７５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは約８０以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である。いくつかの実施形態では、細胞は、グリオブラストーマ腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、中皮腫腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、胃癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、腎細胞癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、肝細胞癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、肉腫腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。
いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、２＋超のＩＳＨスコアである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、３＋超のＩＳＨスコアである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、２＋または３＋のＩＳＨスコアである。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、１＋超のＩＳＨスコアである。
いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、多くの細胞中のＨＧＦのＩＳＨ陽性シグナルの存在である（例えば、低倍率対物レンズを備えた光学顕微鏡を用いて観察される）。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、高頻度細胞中のＨＧＦのＩＳＨ陽性シグナルの存在である（例えば、中倍率または高倍率対物レンズを備えた光学顕微鏡を用いて観察される）。
いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、低倍率対物レンズ（例えば、１０倍対物レンズ）を備えた光学顕微鏡で試料を見て容易に観察されるＨＧＦのＩＳＨ陽性シグナルの存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、中倍率対物レンズ（例えば、２０倍対物レンズ）または高倍率対物レンズ（例えば、４０倍対物レンズ）を備えた光学顕微鏡で試料を見て観察されるＨＧＦのＩＳＨ陽性シグナルの存在である。
いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む２超の病巣の存在である（例えば、試料中、例えば、患者の癌、例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫の腫瘍セクション中）。本明細書に用いる場合、「病巣（ｆｏｃｉ）」（または「ｆｏｃｕｓ」）は、ＨＧＦのｍＲＮＡ ＩＳＨシグナル陰性細胞によって包囲された１つまたは複数のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞（単数及び複数）を指す。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む３超の病巣の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む４超の病巣の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む５超の病巣の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む６超の病巣の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む７超の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む８超の病巣の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む９超の病巣の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む１０超の病巣の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む１１超の病巣の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む１２超の病巣の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む１３超の病巣の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む１４超の病巣の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む１５超の病巣の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む１６超の病巣の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む１７超の病巣の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む１８超の病巣の存在である。いくつかの実施形態では、高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む１９超の病巣の存在である（例えば、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を含む２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０超の病巣）。いくつかの実施形態では、細胞は、グリオブラストーマ腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、中皮腫腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、胃癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、腎細胞癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、肝細胞癌腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、肉腫腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞である。
いくつかの実施形態では、低倍率（例えば、おおよそ１０倍に相等する対物レンズ）の光学顕微鏡を用いてスライドを見ると、病巣を見ることができる。いくつかの実施形態では、中倍率（例えば、おおよそ２０倍に相等する対物レンズ）の光学顕微鏡を用いてスライドを見ると、病巣を見ることができる。いくつかの実施形態では、高倍率（例えば、おおよそ４０倍に相等する対物レンズ）の光学顕微鏡を用いてスライドスライドを見ると、巣を見ることができる。
いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、２＋未満のＩＳＨスコアである。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、１＋未満のＩＳＨスコアである。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、０または１＋のＩＳＨスコアである。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、０のＩＳＨスコアである。
いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、例えば、患者の癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）のセクション内の例えば、１０以下、例えば、９、８、７、６以下の少数の細胞（例えば、中倍率または高倍率対物レンズを備えた光学顕微鏡を用いて観察される）中のＨＧＦのＩＳＨ陽性シグナルの存在である。いくつかの実施形態では、低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーは、細胞中にＨＧＦのＩＳＨ陽性シグナル（例えば、中倍率または高倍率対物レンズを備えた顕微鏡を用いて観察される）が存在しないことである。
いくつかの実施形態では、ＨＧＦのｍＲＮＡＩＳＨ陽性シグナルは、陽性対照、例えば、ＨＧＦを発現して分泌することが知られているＫＰ４膵腫瘍細胞（Ｒｉｋｅｎ ＢｉｏＲｅｓｏｕｒｃｅ Ｃｅｎｔｅｒ、オーダー番号ＲＣＢ１００５）上で実施されたＨＧＦのＩＳＨと比較される。いくつかの実施形態では、ＨＧＦのｍＲＮＡ ＩＳＨ陽性シグナルは、陰性対照、例えば、ＤａｐＢ ＩＳＨプローブでプローブしたＫＰ４細胞と比較される。
いくつかの実施形態では、ＩＨＣ（さらに以下に記載される）及びＩＳＨアッセイフォーマットは、疾患状態の特定の形態学的指標の選択的染色、または生物学的マーカーの検出によってハイライトするための顕微鏡検査に好適な固体支持体、例えば、ガラススライドまたは他の平面支持体上に載置した組織セクション上で実施される一連の治療ステップを含む。
いくつかの実施形態では、ＩＳＨまたはＩＨＣ（さらに以下に記載される）アッセイフォーマット中の標的の検出を実施する前に、予備検出手順が実施される。これは、例えば、以下のステップを含んでよい：組織を切り、トリミングすること、固定、脱水、パラフィン浸漬、薄セクションを切ること、ガラススライド上に載置すること、熱処理、脱パラフィン化、再水化、抗原賦活化、ブロッキングステップ、一次抗体を適用すること、洗浄すること、二次抗体−酵素コンジュゲート適用し、洗浄すること。
組織標本を固定かつ包埋する多くの方法、例えば、アルコール固定及びホルマリン−固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）が知られている。固定化及び包埋化組織標本を固定かつ包埋する方法が、以下にＩＨＣに関してさらに記載されている。
いくつかの実施形態では、標的の大半の反応性を増大させるための標本の予備処理によって標的抗原を賦活化またはアンマスキングする。抗原賦活化（抗原アンマスキング）の広範囲にわたる検討が、Ｓｈｉ ｅｔ ａｌ． １９９７，Ｊ Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ Ｃｙｔｏｃｈｅｍ、４５（３）：３２７に見出すことができる。抗原賦活化は、特異的検出試薬と標的との相互作用の有効性を、最大限に発揮させる様々な方法を含む。最も一般的な技術は、好適な緩衝液中のタンパク質分解酵素（例えばプロテイナーゼ、プロナーゼ、ペプシン、パパイン、トリプシンまたはノイラミニダーゼ）、またはマイクロ波照射を用いて、通常、ＥＤＴＡ、ＥＧＴＡ、Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、シトレート、尿素、グリチン−ＨＣｌまたはホウ酸を含有する好適にｐＨが安定している緩衝液を、水浴器、蒸し器、通常のオーブン、高圧滅菌器、または圧力なべ内で加熱して行う熱誘導エピトープ賦活化（ＨＩＥＲ）による酵素消化である。抗原賦活化緩衝液は水性であってよいが、沸点が水の沸点を越える溶媒を含む他の溶媒を含有してもよい。さらに、いくつかの実施形態では、試薬のインキュベーション前または間の真空及び超音波の適用、またはセクションの凍結及び解凍を含む様々な物理的方法によってシグナル対雑音比を増大させてよい。検出方法の１つのステップとして、内因性ビオチン結合部位または内因性酵素活性（例えばホスファターゼ、カタラーゼ、またはペルオキシダーゼ）を除去してよく例えば、過酸化物による処理によって内因性ビオチン及びペルオキシダーゼ活性を除去してよい。レバミゾールによる処理によって内因性ホスファターゼ活性を除去してよい。加熱によって内因性ホスファターゼ及びエステラーゼを破壊してよい。ウマ血清アルブミン（ＨＳＡ）、カゼイン、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、及び卵アルブミンのような不活性タンパク質、ウシ胎児血清もしくは他の血清、または洗浄剤（例えば、Ｔｗｅｅｎ２０、ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、Ｓａｐｏｎｉｎ、Ｂｒｉｊ、またはＰｌｕｒｏｎｉｃｓ）による非特異的結合部位のブロッキングを用いてよい。また、組織または細胞中で、特異的な試薬の非標識及び標的非特異的変種を用いて非特異的結合部位をブロッキングしてよい。
いくつかの実施形態では、ハイブリダイゼーションが、プローブの融点Ｔｍ未満の約１５〜約２５℃の温度で実施される。ハイブリダイゼーションは、プローブに加えて成分（例えば、有機溶媒、イオン溶液）を含有するハイブリダイゼーション緩衝液を用いることによって実施される。非結合プローブ及び一部のみ結合しているプローブを除去するためにハイブリダイゼーション後に洗浄を実施してよい。例えば、Ｔｍ未満の約１０〜約１５摂氏度の温度で、かつ／または塩濃度が低い溶液を用いることによって、洗浄を実施してよい。
いくつかの実施形態では、本方法の手順（ａ）に従って、免疫特異的試薬による重要なインキュベーション後に、スライド上に組織セクションを載置させてよい。その後、スライドに載せた組織セクション上で検出のプロセスの残りが実施される。いくつかの実施形態では、また、フリーフローティング技術を用いて、試料を調製してよく、標的分子を検出してよい。この方法では、好適な容器、例えば、マイクロ遠心チューブ中で懸濁または浮遊している様々な試薬及び洗浄緩衝液に組織セクションを接触させる。
ＲＮＡ−Ｓｅｑは、全トランスクリプトームショットガンシークエンシング（ＷＴＳＳ）とも称され、試料のＲＮＡ内容についての情報を得るためにｃＤＮＡの配列を決定するためのハイスループットシークエンシング技術の使用を指す。ＲＮＡ配列について記載している文献としては、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ． “ＲＮＡ−Ｓｅｑ： ａ ｒｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｔｏｏｌ ｆｏｒ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｉｃｓ” Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ １０ （１）： ５７−６３ （Ｊａｎｕａｒｙ ２００９）、Ｒｙａｎ ｅｔ ａｌ． ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ４５ （１）： ８１−９４ （２００８）、及びＭａｈｅｒ ｅｔ ａｌ． “Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｔｏ ｄｅｔｅｃｔ ｇｅｎｅ ｆｕｓｉｏｎｓ ｉｎ ｃａｎｃｅｒ”．Ｎａｔｕｒｅ ４５８ （７２３４）： ９７−１０１ （Ｊａｎｕａｒｙ ２００９）が挙げられる。
また、マイクロアレイ技術を用いて、識別的遺伝子発現を同定または確認することができる。したがって、マイクロアレイ技術を用いて、新鮮またはパラフィン包埋腫瘍組織中で、グリオブラストーマ関連遺伝子、中皮腫関連遺伝子、胃癌関連遺伝子、腎細胞癌関連遺伝子、肝細胞癌関連遺伝子、または肉腫関連遺伝子の発現プロファイルを測定することができる。この方法では、マイクロチップ基板上に対象のポリヌクレオチド配列（ｃＤＮＡ及びオリゴヌクレオチドを含む）を載置するか、または整列させる。その後、対象の細胞または組織からの特異的ＤＮＡプローブにより、整列させた配列をハイブリダイズする。ＰＣＲ法と同様に、ｍＲＮＡのソースは通常、ヒト腫瘍または腫瘍細胞株、及び対応する正常組織または細胞株から単離した全ＲＮＡである。したがって、様々な原発腫瘍または腫瘍細胞株からＲＮＡを単離することができる。ｍＲＮＡのソースが原発腫瘍である場合、ｍＲＮＡは、例えば、日常的に調製され、日々の臨床診療で保存される凍結または保管パラフィン包埋及び固定（例えば、ホルマリン固定）組織試料から抽出することができる。
マイクロアレイ技術の特定の実施形態では、ｃＤＮＡクローンのＰＣＲ増幅インサートが、高密度アレイ中の基板に適用される。好ましくは、少なくとも１０，０００のヌクレオチド配列を基板に適用する。１０、０００の配列のマイクロチップ上に固定したマイクロアレイ遺伝子はそれぞれ、ストリンジェント条件下でのハイブリダイゼーションに好適である。対象の組織から抽出したＲＮＡの逆転写による蛍光ヌクレオチドの組み入れによって、蛍光標識ＤＮＡプローブを生成してよい。チップに適用した標識ＤＮＡプローブは、アレイ上のＤＮＡの各スポットと特異的にハイブリダイズする。非特異的結合プローブを除去するためにストリンジェントに洗浄した後、共焦点レーザー顕微鏡によって、または別の検出方法、例えば、ＣＣＤカメラによってチップをスキャンする。整列した各配列のハイブリダイゼーションの定量化によって、対応するｍＲＮＡ存在量の評価が可能となる。二色蛍光によって、ＲＮＡの２つのソースから生成した、別々に標識されたＤＮＡプローブを２つ１組でアレイとハイブリダイズさせる。したがって、各特定の遺伝子に対応する２つのソースからの転写物の相対的な存在量が、同時に測定される。ハイブリダイゼーションの規模を縮小することによって、非常に多くの遺伝子の発現パターンの簡便で迅速な評価が可能となる。かかる方法は、１細胞当たりわずかなコピーで発現する希な転写物を検出する、かつ発現レベルの少なくともおよそ２倍の差を再現可能に検出するのに必要な感度を有することが示されている（Ｓｃｈｅｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９３（２）：１０６−１４９（１９９６））。マイクロアレイ分析は、製造者のプロトコールに従って、市販されている装置によって、例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧＥＮＣＨＩＰ（商標）技術、またはＩｎｃｙｔｅのマイクロアレイ技術を用いることによって実施することができる。
遺伝子発現の大規模分析のためのマイクロアレイ法の開発により、様々な腫瘍型で癌分類及び予後予測の分子マーカーを系統的に調査することができる。
遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）は、各転写物に個々のハイブリダイゼーションプローブを提供する必要がない、多数の遺伝子転写物の同時定量的分析を可能にする方法である。最初に、タグが各転写物内の固有の位置から得られるという条件で、転写物を一意的に同定するのに十分な情報を含有する短い配列タグ（約１０〜１４ｂｐ）が生成される。その後、多くの転写物は互いに結合して長い連続分子を形成し、これらの分子の配列が決定されて、複数タグの同一性が同時に明らかとなる場合がある。転写物の任意の集団の発現パターンは、個々のタグの存在量を測定し、かつ各タグに対応する遺伝子を同定することによって定量的に評価することができる。さらに詳細について、例えば、Ｖｅｌｃｕｌｅｓｃｕ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ２７０：４８４−４８７（１９９５）、及びＶｅｌｃｕｌｅｓｃｕ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ８８：２４３−５１（１９９７）を参照のこと。
ＭａｓｓＡＲＲＡＹ（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ，ＳａｎＤｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ）技術は、検出のために質量分析法（ＭＳ）を用いる遺伝子発現分析の自動ハイスループット方法である。この方法に従って、ＲＮＡの単離、逆転写、及びＰＣＲ増幅の後に、ｃＤＮＡのプライマーを伸長させる。ｃＤＮＡ由来プライマー伸長生成物を精製し、ＭＡＬＴＩ−ＴＯＦ ＭＳ試料の調製に必要な成分が予め充填されたチップアレイ上に分配する。得られた質量スペクトルのピーク面積を分析することによって、反応物中に存在する様々なｃＤＮＡを定量化する。
一般に、遺伝子発現プロファイリングの方法は、２つの大きなグループ、すなわちポリヌクレオチドのハイブリダイゼーション分析に基づく方法及びポリヌクレオチドのシークエンシングに基づく方法に分けることができる。試料中のｍＲＮＡ発現の定量化の技術分野で知られている最も一般に用いられる方法としては、ノーザンブロッティング及びｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（Ｐａｒｋｅｒ＆Ｂａｒｎｅｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ１０６：２４７−２８３（１９９９））、ＲＮＡｓｅプロテクションアッセイ（Ｈｏｄ、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ１３：８５２−８５４（１９９２））、及びポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（Ｗｅｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ８：２６３−２６４（１９９２））が挙げられる。代わりに、ＤＮＡ二本鎖、ＲＮＡ二本鎖、及びＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド二本鎖またはＤＮＡ−タンパク質二本鎖を含む特異的二本鎖を認識することができる抗体を用いてよい。シークエンシングに基づく遺伝子発現分析の代表的な方法としては、遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）、及び大規模平行シグネチャーシークエンシング（ＭＰＳＳ）による遺伝子発現分析によるが挙げられる。
患者試料（例えば、血しょう、血清、尿、脳脊髄、痰、***物、呼気凝縮液、腫瘍、他の組織）からＨＧＦタンパク質をアッセイしてよい。ＨＧＦタンパク質をアッセイする方法は、当技術分野で知られており、ＥＬＩＳＡ、質量分析法、表面プラズモン共鳴、ウェスタンブロット、ＩＨＣ、及び他のよく知られている方法を含む。例えば、Ｍａｉ ｅｔ ａｌ，Ｍｏｌｅｃ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒ（２０１３）１３（２）：５４０−５２を参照。ＨＧＦを検出するキットが市販されている。
組織セクションの免疫組織化学的（ＩＨＣ）染色は、試料中のタンパク質の存在を評価するまたは検出するのに信頼できる方法であることが示されている。免疫組織化学技術では、一般に色素または蛍光方法によってｉｎ ｓｉｔｕで細胞抗原をプローブして視覚化するために抗体を利用する。したがって、いくつかの実施形態では、抗体または抗血清を使用して発現を検出し、また、いくつかの実施形態では、多クロ−ン性抗血清、いくつかの実施形態では、各マーカーに特異的な単クローン性抗体を使用して発現を検出する。以下でさらに詳細に考察する通り、抗体は、例えば、放射性標識、蛍光標識、ハプテン標識、例えば、ビオチン、または酵素（例えば、ホースラディッシュペルオキシダーゼまたはアルカリホスファターゼ）による抗体自体の直接標識化によって検出することができる。代わりに、非標識一次抗体が、抗血清、多クロ−ン性抗血清、または一次抗体に特異的な単クローン性抗体を含む標識二次抗体とともに用いられる。免疫組織化学プロトコール及びキットもまた、当技術分野でよく知られており、市販されている。
いくつかの実施形態では、ＩＨＣアッセイは、抗体の標的抗原への結合を直接測定する直接アッセイである。この直接アッセイは、さらなる抗体相互作用なしで視覚化することができる標識試薬、例えば、蛍光タグまたは酵素標識一次抗体を用いる。いくつかの実施形態では、ＩＨＣアッセイは、間接アッセイである。通常の間接アッセイでは、非結合型一次抗体が抗原に結合し、その後、標識二次抗体が一次抗体に結合する。二次抗体が酵素標識に結合する場合、色素または蛍光性基質が添加され、抗原の視覚化がもたらされる。いくつかの二次抗体が一次抗体上で異なるエピトープと反応することができるため、シグナル増幅が生じる。
免疫組織化学に用いられる一次及び／または二次抗体は通常、検出可能部分で標識される。一般に以下のカテゴリーに分類することができる多くの標識が利用可能である。
（ａ）放射性同位体、例えば、３５Ｓ、１４Ｃ、１２５Ｉ、３Ｈ、及び１３１Ｉ。抗体は、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｕｍｅｓ１ ａｎｄ ２，Ｃｏｌｉｇｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｅｄ．Ｗｉｌｅｙ−Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，Ｐｕｂｓ．（１９９１）に記載された技術を用いて、放射性同位体で標識することができ、放射活性はシンチレーション測定を用いて測定することができる。
（ｂ）金コロイド粒子。
（ｃ）蛍光標識としては、希土キレート（ユウロピウムキレート）、テキサスレッド、ローダミン、フルオレセイン、ダンシル、リサミン、ウンベリフェロン、フィコエリトリン、フィコシアニン、または市販されている蛍光団、例えば、ＳＰＥＣＴＲＵＭ ＯＲＡＮＧＥ（登録商標）及びＳＰＥＣＴＲＵＭ ＧＲＥＥＮ（登録商標）、ならびに／または上記のもののいずれか１つまたは複数の誘導体が挙げられるが、これらに限定されない。蛍光標識は、例えば、該のＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙに開示された技術を用いて抗体に結合することができる。蛍光計を用いて蛍光を定量化することができる。
（ｄ）様々な酵素−基質標識が利用可能であり、米国特許第４，２７５，１４９号では、これらのいくつかが検討されている。酵素は、一般に様々な技術を用いて測定することができる色素基質の化学的変化を触媒する。例えば、酵素は、分光光学的に測定することができる基質の色の変化を触媒することができる。代わりに、酵素は、基質の蛍光または化学発光を変化させることができる。蛍光の変化を定量化する技術は以上に記載されている。化学発光基質は、化学的反応によって電子的に励起し、その後、（例えば、化学発光計を用いて）測定することができる光を発することができるか、または蛍光受容体にエネルギーを与える。酵素標識の例としては、ルシフェラーゼ（例えば、ホタルルシフェラーゼ及び細菌ルシフェラーゼ（米国特許第４，７３７，４５６号））、ルシフェリン、２，３−ジヒドロフタラジンジオン、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、ウレアーゼ、ペルオキシダーゼ、例えば、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、サッカリドオキシダーゼ（例えば、グルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼ、及びグルコース−６−ホスフェートデヒドロゲナーゼ）、複素環オキシダーゼ（例えば、ウリカーゼ及びキサンチンオキシダーゼ）、ラクトペルオキシダーゼ、ミクロペルオキシダーゼ等が挙げられる。酵素を抗体に結合する技術は、Ｏ’Ｓｕｌｌｉｖａｎ ｅｔ ａｌに記載されている。酵素イムノアッセイに使用される酵素−抗体コンジュゲートの調製方法、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍ．（ｅｄ Ｊ．Ｌａｎｇｏｎｅ＆Ｈ．Ｖａｎ Ｖｕｎａｋｉｓ），Ａｃａｄｅｍｉｃ ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，７３：１４７−１６６（１９８１）に記載されている。
酵素−基質の組み合わせの例としては、例えば、以下が挙げられる。
（ｉ）基質として水素ペルオキシダーゼを有するホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）であって、水素ペルオキシダーゼが、色素前駆体［例えば、オルトフェニレンジアミン（ＯＰＤ）または３，３′，５，５′−テトラメチルベンジジンハイドロクロライド（ＴＭＢ）］を酸化させる。また、ＨＲＰ標識抗体を視覚化するために３、３−ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）も用いることができるホースラディッシュペルオキシダーゼ。
（ｉｉ）色素基質としてパラ−ニトロフェニルホスフェートを有するアルカリホスファターゼ（ＡＰ）。
（ｉｉｉ）色素基質（例えば、ｐ−ニトロフェニル−β−Ｄ−ガラクトシダーゼ）または蛍光性基質（例えば、４−メチルウンベリフェリル−β−Ｄ−ガラクトシダーゼ）を有するβ−Ｄ−ガラクトシダーゼ（β−Ｄ−Ｇａｌ）。
多くの他の酵素−基質の組み合わせが、当業者に利用可能である。これらの一般的な検討については、米国特許第４，２７５，１４９号及び同第４，３１８，９８０号を参照のこと。
標識が、抗体と間接的に結合することもある。当業者であれば、これを実現するための様々な技術を認識している。例えば、抗体をビオチンと結合させることができ、上述の４つの広範なカデゴリーの標識のいずれかを、アビジンと結合させることができるか、またはその逆も同じである。ビオチンは、選択的にアビジンに結合し、したがって、このように間接的に抗体と標識とを結合させることができる。代わりに、標識と抗体とが間接的に結合することを実現するために、抗体と小ハプテンとを結合させ、上述の異なる型の標識のうちの１つと、抗ハプテン抗体とを結合させる。したがって、標識と抗体とが間接的に結合することを実現することができる。
以上に考察した試料調製手順の他に、ＩＨＣの前、間、または後に、さらに組織セクションの処理が必要とされる場合がある。例えば、エピトープ賦活化方法、例えば、シトレート緩衝液中の組織試料の加熱を実施してよい［例えば、Ｌｅｏｎｇ ｅｔ ａｌ．Ａｐｐｌ．Ｉｍｍｕｎｏｈｉｓｔｏｃｈｅｍ．４（３）：２０１（１９９６）を参照］。
任意のブロッキングステップののちに、一次抗体が、組織試料中の標的タンパク質抗原に結合するように、十分な時間、好適な条件下で、一次抗体に組織セクションを暴露させる。これを実現するための好適な条件は、日常的実験によって決定することができる。
試料が抗体に結合する程度は、以上に考察した検出可能標識のいずれか１つを用いることによって測定される。好ましくは、標識は、色素基質、例えば、３，３′−ジアミノベンジジン色素体の化学的変化を標識する酵素標識（例えば、ＨＲＰＯ）である。好ましくは、酵素標識は、一次抗体に特異的に結合する抗体に結合する（例えば、一次抗体がウサギ多クロ−ン性抗体であり、二次抗体がヤギ抗ウサギ抗体である）。
こうして調製された標本を載置してカバーガラスで覆ってよい。その後、例えば、顕微鏡を用いてスライド評価を決定する。
ＩＨＣの前または後に、形態学的染色とＩＨＣとを組み合わせてよい。脱パラフィン後に、評価のために形態学的染色でスライドに載置させたセクションを染色してよい。用いられる形態学的染色は、組織セクションの正確な形態学的評価を提供する。それぞれが異なる細胞成分を明確に染色する１つまたは複数の染料でセクションを染色してよい。１つの実施形態では、ヘマトキシリンが、スライドの細胞核を染色するために使用される。ヘマトキシリンは広範に利用可能である。好適なヘマトキシリンの例は、ヘマトキシリンＩＩ（Ｖｅｎｔａｎａ）である。より淡い青色の核が所望される場合、ヘマトキシリン染色の後にブルーイング試薬を用いてよい。当業者であれば、所与の組織に合わせて、スライドが色素中に留まる時間の長さを増やす、または減らすことによって、染色を最適化することができることを理解するであろう。
スライド準備及びＩＨＣプロセッシングの自動システムが市販されている。Ｖｅｎｔａｎａ（登録商標）ＢｅｎｃｈＭａｒｋ ＸＴシステムは、かかる自動システムの例である。また、Ｄａｋｏ（登録商標）Ａｕｔｏｓｔａｉｎｅｒ Ｐｌｕｓ、及びＬｅｉｃａ ＢｏｎｄＩＩＩは、かかる自動システムの例である。
染色後に、顕微鏡法の標準技術によって組織セクションを分析してよい。一般に、病理学者等が、異常もしくは正常細胞または特定の細胞型の存在について組織を評価し、対象の細胞型の遺伝子座を提供する。したがって、例えば、病理学者等が、スライドを検討し、正常細胞（例えば、正常肺細胞）及び異常細胞（例えば、異常または腫瘍性肺細胞）を確認する。対象の細胞の遺伝子座を定義する任意の手段を用いてよい（例えば、Ｘ−Ｙ軸上の配位）。
いくつかの実施形態では、ＩＨＣは、抗ＨＧＦ抗体を用いて実施される。
いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔバイオマーカーは、例えば、ＩＨＣを用いて検討される。ＩＨＣに使用するのに好適な抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、当技術分野でよく知られており、ＳＰ−４４（Ｖｅｎｔａｎａ）、ＤＬ−２１（Ｕｐｓｔａｔｅ）、Ｄ１Ｃ２（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）、ａｂ２７４９２（Ａｂｃａｍ）、ＰＡ１−３７４８３（Ｐｉｅｒｃｅ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）、Ｍｅｔ４（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎで付与されたハイブリドーマ細胞株受入番号ＰＴＡ−７６８０によって生成された単クローン性抗体、例えば、米国特許第６，５４８、６４０号を参照）が挙げられる。いくつかの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体はＳＰ４４である。いくつかの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、ＤＬ−２１である。いくつかの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体はＤ１Ｃ２である。いくつかの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体はＭｅｔ４である。当業者は、例えば、ＩＨＣプロトコール及び本明細書に開示した実施例を用いて、ｃ−ｍｅｔ抗体と比較することによって、追加の好適な抗ｃ−ｍｅｔ抗体を同定し、特徴付けることができることを理解する。
様々な染色強度（例えば、ｃ−ｍｅｔ抗体ＳＰ４４で染色した場合）の対照細胞株（例えば、ペレット、例えば、ホルマリン固定及びパラフィン包埋に遠心分離され、組織マイクロアレイとして調製され、例えば、ＳＰ４４で染色される）を、ＩＨＣ分析の対照として利用してよい。例えば、Ｈ４４１（強いｃ−ｍｅｔ染色強度）、ＥＢＣ１（強いｃ−ｍｅｔ染色強度）、Ａ５４９（中等度のｃ−ｍｅｔ染色強度）、ＳＫＭＥＳ１（中等度のｃ−ｍｅｔ染色強度）、Ｈ１７０３（弱いｃ−ｍｅｔ染色強度）、ＨＥＫ−２９３（弱いｃ−ｍｅｔ染色強度）、Ｈ４６０（弱いｃ−ｍｅｔ染色強度）、及びＴＯＶ−１１２Ｄ（陰性のｃ−ｍｅｔ染色強度）、ＬＸＦＬ５２９（陰性ｃ−ｍｅｔ染色強度）、Ｈ５２２（陰性ｃ−ｍｅｔ染色強度）、Ｈ２３（陰性ｃ−ｍｅｔ染色強度）、またはＨ１１５５（陰性ｃ−ｍｅｔ染色強度）。当業者は、本出願の教示、及び当技術分野でよく知られている、本明細書に開示されている方法を用いて、陰性の、弱い、中等度の、及び高いｃ−ｍｅｔ染色強度の他の対照細胞ペレットを容易に同定することができることを理解している。それゆえに、いくつかの実施形態では、強いｃ−ｍｅｔ染色強度とは、Ｈ４４１及び／またはＥＢＣ１のｃ−ｍｅｔ染色強度を有する対照細胞のｃ−ｍｅｔ染色強度である。いくつかの実施形態では、中等度のｃ−ｍｅｔ染色強度とは、Ａ５４９及び／またはＳＫＭＥＳ１のｃ−ｍｅｔ染色強度を有する対照細胞のｃ−ｍｅｔ染色強度である。いくつかの実施形態では、弱いｃ−ｍｅｔ染色強度とは、ＨＥＫ−２９３及び／またはＨ４６０のｃ−ｍｅｔ染色強度を有する対照細胞のｃ−ｍｅｔ染色強度である。いくつかの実施形態では、陰性ｃ−ｍｅｔ染色強度とは、ＬＸＦＬ５２９、Ｈ５２２、Ｈ２３、及び／またはＨ１１５５のｃ−ｍｅｔ染色強度を有する対照細胞のｃ−ｍｅｔ染色強度である。ＩＨＣ分析（例えば、癌試料のｃ−ｍｅｔ ＩＨＣをスコアリングしながら分析すること）のための様々な染色強度の対照細胞ペレットの使用が、当技術分野でよく知られている。ｃ−ｍｅｔ免疫組織化学プロトコール及びスコアリングスキームが本明細書に例示されている。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ ＩＨＣは、以下のスキームを用いて分析される。
Figure 2017516458
いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ ＩＨＣは、以下のスキームを用いて分析される。
Figure 2017516458
いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔＩＨＣは、表Ｘまたは表Ｂに従って分析され、癌は、グリオブラストーマ、中皮腫、肝細胞癌、腎細胞癌、胃癌、肉腫（例えば、骨肉腫）、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、乳癌、胆嚢癌、または膵癌である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔは表Ｂに従って分析され、癌はグリオブラストーマである。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔは表Ｂに従って分析され、癌は中皮腫である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔは表Ｂに従って分析され、癌は胃癌である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔは表Ｂに従って分析され、癌は腎細胞癌である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔは表Ｂに従って分析され、癌は肝細胞癌である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔは表Ｂに従って分析され、癌は肉腫である。
いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の１％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の１％超がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の５％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の１０％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の１５％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の２０％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の２５％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の３０％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の３５％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の４０％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の４５％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の５０％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の５５％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の６０％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の６５％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の７０％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の７５％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の８０％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の８５％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の９０％以上が、ｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の９５％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する（例えば、任意の強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する）場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ発現は膜性である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ発現は細胞質である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ発現は膜性かつ細胞質である。いくつかの実施形態では、癌は、グリオブラストーマ、中皮腫、肝細胞癌、腎細胞癌、胃癌、肉腫（例えば、骨肉腫）、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、乳癌、胆嚢癌、または膵癌である。いくつかの実施形態では、癌はグリオブラストーマ（例えば、再発性グリオブラストーマ）である。いくつかの実施形態では、癌は中皮腫である。いくつかの実施形態では、癌は胃癌である。いくつかの実施形態では、癌は腎細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌は肝細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌は肉腫である。
いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の１％以上が中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の１％超が中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍が、ｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の５％以上が中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の１０％以上が中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の１５％以上がｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の２０％以上が中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の２５％以上が中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の３０％以上が、中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の３５％以上が、中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の４０％以上が中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の４５％以上が中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の５０％以上が中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の５５％以上が中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の６０％以上が中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の６５％以上が、中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の７０％以上が中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の７５％以上が、中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の８０％以上が、中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の８５％以上が、中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の９０％以上が中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の９５％以上が、中等度及び／または強い染色強度でｃ−ｍｅｔタンパク質を発現する場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ発現は膜性である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ発現は細胞質である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ発現は膜性かつ細胞質である。いくつかの実施形態では、癌はグリオブラストーマ、中皮腫、肝細胞癌、腎細胞癌、胃癌、肉腫（例えば、骨肉腫）、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、乳癌、胆嚢癌、または膵癌である。いくつかの実施形態では、癌は、グリオブラストーマ（例えば、再発性グリオブラストーマ）である。いくつかの実施形態では、癌は中皮腫である。いくつかの実施形態では、癌は胃癌である。いくつかの実施形態では、癌は腎細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌は肝細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌は肉腫である。
いくつかの実施形態では、腫瘍の最大染色強度が１である場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、腫瘍の最大染色強度が２である場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、腫瘍の最大染色強度が３である場合、患者の腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ発現は膜性である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ発現は細胞質である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ−発現は膜性かつ細胞質である。いくつかの実施形態では、癌は、グリオブラストーマ、中皮腫、肝細胞癌、腎細胞癌、胃癌、肉腫（例えば、骨肉腫）、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、乳癌、胆嚢癌、または膵癌である。いくつかの実施形態では、癌はグリオブラストーマ（例えば、再発性グリオブラストーマ）である。いくつかの実施形態では、癌は中皮腫である。いくつかの実施形態では、癌は胃癌である。いくつかの実施形態では、癌は腎細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌は肝細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌は肉腫である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔポリペプチドまたはＨＧＦはＩＨＣを用いて測定される。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔポリペプチドはＩＨＣを用いて測定され、患者試料は、ホルマリン固定及びパラフィン包埋である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔポリペプチドは、ｃ−ｍｅｔポリペプチドに結合する（いくつかの実施形態では、特異的に結合する）薬剤と試料とを接触させること、これにより、薬剤とｃ−ｍｅｔバイオマーカーとの間に複合体を形成することによって測定され、その結果、試料中の腫瘍細胞の５０％以上が中等度または高いｃ−ｍｅｔ染色強度を有する場合、腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の５０％以上が高いｃ−ｍｅｔ染色強度を有する場合、腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の５０％以上が中等度のｃ−ｍｅｔ染色強度を有する場合、腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の５０％以上が、低い、中等度の、または高いｃ−ｍｅｔ染色強度である場合、腫瘍はｃ−ｍｅｔ陽性である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔを結合する薬剤は抗ｃ−ｍｅｔ抗体ＳＰ４４である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔを結合する薬剤は抗ｃ−ｍｅｔ抗体Ｄ１Ｃ１である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔを結合する薬剤は抗ｃ−ｍｅｔ抗体Ｍｅｔ４である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔを結合する薬剤は抗ｃ−ｍｅｔ抗体ＤＬ２１である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ強度は、試料中のｃ−ｍｅｔ染色と参照レベルとを比較することによって決定される。いくつかの実施形態では、参照レベルは、対照細胞ペレットのｃ−ｍｅｔ染色（例えば、対照細胞株Ａ５４９、ＳＫＭＥＳ１、ＥＢＣ−１、Ｈ４４１、またはＡ５４９、ＳＫＭＥＳ１、ＥＢＣ−１、Ｈ４４１のいずれか１つと同等の強度を有する細胞もしくは細胞株）である。いくつかの実施形態では、中等度のｃ−ｍｅｔ染色強度は、対照細胞株Ａ５４９のｃ−ｍｅｔ染色強度を意味する。いくつかの実施形態では、中等度のｃ−ｍｅｔ染色強度は、対照細胞株ＳＫＭＥＳ１のｃ−ｍｅｔ染色強度を意味する。いくつかの実施形態では、強いｃ−ｍｅｔ染色強度は、対照細胞株ＥＢＣ−１のｃ−ｍｅｔ染色強度を意味する。いくつかの実施形態では、強いｃ−ｍｅｔ染色強度は、対照細胞株Ｈ４４１のｃ−ｍｅｔ染色強度を意味する。いくつかの実施形態では、患者試料（単数及び複数）は、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤及び／またはＶＥＧＦ拮抗剤による治療前に得られる。いくつかの実施形態では、試料は、癌の転移後に得られる。いくつかの実施形態では、試料は、癌薬剤による治療前に得られる。いくつかの実施形態では、試料は、生検、摘出標本、または微細針吸引の試料である。いくつかの実施形態では、試料は、ホルマリン固定及びパラフィン包埋試料である。いくつかの実施形態では、対照細胞ペレットは、ホルマリン固定及びパラフィン包埋である。いくつかの実施形態では、対照細胞ペレットは、組織マイクロアレイとして調製される。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ発現は膜性である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ発現は細胞質である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ発現は、膜性かつ細胞質である。いくつかの実施形態では、癌は、グリオブラストーマ、中皮腫、肝細胞癌、腎細胞癌、胃癌、肉腫（例えば、骨肉腫）、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、乳癌、胆嚢癌、または膵癌である。いくつかの実施形態では、癌は、グリオブラストーマ（例えば、再発性グリオブラストーマ）である。いくつかの実施形態では、癌は中皮腫である。いくつかの実施形態では、癌は胃癌である。いくつかの実施形態では、癌は腎細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌は肝細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌は肉腫である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ ＩＨＣが、Ｈ−スコアを用いて（例えば、ｃ−ｍｅｔ陽性として）スコアされる。いくつかの実施形態では、ＨＧＦ ＩＨＣが、Ｈ−スコアを用いて（例えば、ＨＧＦ陽性として）スコアされる。Ｈ−スコアを計算する方法が、当技術分野に開示されている。簡潔にいうと、（例えば、本明細書に記載の細胞株対照を用いて）弱い、中等度の、及び強い強度の染色を示している腫瘍細胞の割合を、所与のグリオブラストーマ試料中の腫瘍細胞の総数のパーセンテージとして計算または推定してもよい。複合Ｈスコアは、式：（弱い強度の腫瘍細胞染色％ｘ１）＋（中等度の強度の腫瘍細胞染色％ｘ２）＋（強い強度の腫瘍細胞染色％ｘ３）に基づいて計算される。この式に従って、所与の腫瘍を「０」（染色を示す腫瘍細胞なし）〜「３００」（強い染色を示す腫瘍細胞が１００％）の値と関連付けることができる。本明細書の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、高いｃ−ｍｅｔまたはＨＧＦ発現は、約１６０以上（約１６１、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、１６９、またはそれ以上）、１６０以上、約１６０〜約２３０、約１６０〜２３０、約１６０（約１６１、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、１６９、またはそれ以上のいずれか〜約２２０、２２１、２２３、２２４、２２５、２２６、２２７、２２８、２２９、２３０、またはそれ以上のいずれか）、２３０以上、（約２２０、２２１、２２３、２２４、２２５、２２６、２２７、２２８、２２９、２３０、またはそれ以上のいずれか）、約１７０以上、または１７０またはそれ以上（例えば、約１７１、１７２、１７３、１７５、１７５、１７６、１７７、１７８、１７９、１８０以上のいずれか）のＨ−スコアに対応する。１つの実施形態では、Ｈ−スコアは約１８０以上である。いくつかの実施形態では、Ｈスコアは約１０超である。いくつかの実施形態では、Ｈスコアは約２５超である。いくつかの実施形態では、Ｈスコアは約５０超である。いくつかの実施形態では、Ｈスコアは約７５超である。いくつかの実施形態では、Ｈスコアは約１００超である。いくつかの実施形態では、Ｈスコアは約１２５超である。いくつかの実施形態では、Ｈスコアは約１５０超である。いくつかの実施形態では、Ｈスコアは約１７５超である。いくつかの実施形態では、Ｈスコアは約２００超である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ発現は膜性である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ発現は細胞質である。いくつかの実施形態では、ｃ−ｍｅｔ発現は、膜性かつ細胞質である。いくつかの実施形態では、癌は、グリオブラストーマ、中皮腫、肝細胞癌、腎細胞癌、胃癌、肉腫（例えば、骨肉腫）、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、乳癌、胆嚢癌、または膵癌である。いくつかの実施形態では、癌は、グリオブラストーマ（例えば、再発性グリオブラストーマ）である。いくつかの実施形態では、癌は中皮腫である。いくつかの実施形態では、癌は胃癌である。いくつかの実施形態では、癌は腎細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌は肝細胞癌である。いくつかの実施形態では、癌は肉腫である。
いくつかの実施形態では、分析（例えば、ＩＨＣ分析）はさらに、分析前または分析後に形態学的染色を含む。１つの実施形態では、ヘマトキシリンが、スライドの細胞核を染色するために使用される。ヘマトキシリンは、広範に利用可能である。好適なヘマトキシリンの例は、ヘマトキシリンＩＩ（Ｖｅｎｔａｎａ）である。より薄い青色の核が所望される場合、ヘマトキシリン染色の後にブルーイング試薬を用いてよい。
ＩＶ．治療方法
効果的に癌患者を治療するためのｃ−ｍｅｔ拮抗剤の使用が提供される。効果的に癌患者を治療するためのｃ−ｍｅｔ拮抗剤及びＶＥＧＦ拮抗剤の使用が提供される。特に、ＨＧＦバイオマーカーは、オナルツズマブ、オナルツズマブと第２の癌薬剤、オナルツズマブと化学療法薬、またはオナルツズマブとＶＥＧＦ拮抗剤による治療が、臨床的に有意義な利益をもたらす患者集団を特定するために用いられる。
癌薬剤は、他の癌薬剤と組み合わせて用いることができる。例えば、ｃ−ｍｅｔ抗体は、追加のｃ−ｍｅｔ拮抗剤と同時に投与してよい。かかる上記組み合わせ治療は、投与の組み合わせ（２つ以上の治療薬剤が、同じまたは別々の製剤中に含まれる）、及び別々の投与（この場合、第１の薬剤の投与は、第２の薬剤の投与の前、同時に、かつ／または後に行うことができる）を包含する。癌療法（ｃａｎｃｅｒ ｍｅｄｉｃａｍｅｎｔｓ）の例としては、外科手術、放射線治療（放射線療法）、生物学的療法、免疫療法、化学療法（例えば、テモゾロミド）、またはこれらの治療の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。また、抗ＶＥＧＦ拮抗剤及び／またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤と組み合わせて、細胞毒性薬剤、抗血管新生、及び抗増殖薬剤を用いることができる。
検討される化学療法薬の例示的及び非限定リストが、「定義」の下で本明細書中に提供されるか、本明細書中に記載される。１つの実施形態では、化学療法薬はテモゾロミドである。別の実施形態では、化学療法薬は、放射線療法に付随して投与される。
非経口、肺内、及び鼻腔内、ならびに局所治療で所望される場合は腫瘍内投与を含む任意の好適な手段によって、本明細書の薬剤（単数及び複数）を投与することができる。非経口的注入としては、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下投与が挙げられる。投与は、短期または長期であるかに部分的に応じて、任意の好適な経路によるもの、例えば、注入（静脈内または皮下注入によるもの等）であってよい。様々な時期にわたる単一または複数の投与、ボーラス投与、及びパルス注入を含むがこれらに限定されない様々な投与計画が、本明細書で検討されている。
疾患の予防または治療では、（単独で、または１もしくは複数の他の追加の治療薬剤と組み合わせて用いられる時の）本発明の抗体の好適な用量は、治療される疾患のタイプ、抗体の型、疾患の重症度及び過程、抗体が予防または治療目的のために投与されるかどうか、以前の治療、患者の病歴及び抗体への反応、ならびに担当医師の裁量によって決定するする。抗体は、１回の治療または一連の治療にわたって好適に患者に投与される。数日間またはそれより長期にわたって繰り返し投与する場合、通常、状態に応じて、疾患症状の所望の抑制が生じるまで、治療を持続させる。しかし、他の用量レジメンが有用となる場合がある。この治療の進捗は、従来の技術及びアッセイによって容易にモニターされる。
疾患の型及び重症度に応じて、被験者への投与の最初の候補用量が、例えば、１回または複数回別々に投与するか、または連続注入するかどうかにより、抗ｃ−ｍｅｔ抗体約１ｕｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇ（例えば、０．１〜２０ｍｇ／ｋｇ）となる。１つの実施形態では、望ましい用量には、例えば、６ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、及び１５ｍｇ／ｋｇが含まれる。数日間またはそれより長期にわたる繰り返し投与またはサイクルでは、状態に応じて、上記方法または当技術分野で知られている方法によって測定される癌が治療されるまで、治療が持続される。しかし、他の用量レジメンが有用である場合がある。１つの例では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体は、６ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、または１５ｍｇ／ｋｇを含むがこれらに限定されない約６ｍｇ／ｋｇ〜約１５ｍｇ／ｋｇの用量範囲で、１週間ごとに、２週間ごとに、または３週間ごとに１回、投与される。本発明の治療の進捗は、従来の技術及びアッセイによって容易にモニターされる。他の実施形態では、かかる投与レジメンは、グリオブラストーマの化学治療レジメンと組み合わせて用いられる。さらに、好適な用量についての情報は、以下の実施例に提供される。他の実施形態では、かかる投与レジメンは、中皮腫の化学治療レジメンと組み合わせて用いられる。他の実施形態では、かかる投与レジメンは、胃癌の化学治療レジメンと組み合わせて用いられる。他の実施形態では、かかる投与レジメンは、腎細胞癌の化学治療レジメンと組み合わせて用いられる。他の実施形態では、かかる投与レジメンは、肝細胞癌の化学治療計画と組み合わせて用いられる。他の実施形態では、かかる投与計画は、肉腫の化学治療計画と組み合わせて用いられる。いくつかの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体の有効量は、１５ｍｇ／ｋｇであり、例えば、３週間ごとに静脈内に投与される。いくつかの実施形態では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体の有効量は、１０ｍｇ／ｋｇであり、例えば、２週間ごとに静脈内に投与される。
疾患の型及び重症度に応じて、被験者への投与の最初の候補用量は、例えば、１回または複数回にわたって別々に投与するか、または連続注入するかどうかにより、抗ＶＥＧＦ抗体約１ｕｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇ（例えば、０．１〜２０ｍｇ／ｋｇ）となる。１つの実施形態では、好ましい用量には、例えば、６ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、及び１５ｍｇ／ｋｇが含まれる。数日間またはそれより長期にわたる繰り返し投与またはサイクルでは、状態に応じて、上記の方法または当技術分野で知られている方法によって測定される癌が治療されるまで、治療が持続される。しかし、他の用量計画が有用となる場合がある。１つの例では、抗ＶＥＧＦ抗体は、６ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇまたは１５ｍｇ／ｋｇを含むがこれらに限定されない約６ｍｇ／ｋｇ〜約１５ｍｇ／ｋｇの用量範囲で、１週間ごとに、２週間ごとに、または３週間ごとに１回投与される。本発明の治療の進捗は、従来の技術及びアッセイによって容易にモニターされる。他の実施形態では、かかる投与レジメンが、グリオブラストーマの化学治療レジメンと組み合わせて用いられる。さらに、好適な用量についての情報は、以下の実施例に提供される。他の実施形態では、かかる投与レジメンは、中皮腫の化学治療レジメンと組み合わせて用いられる。他の実施形態では、かかる投与レジメンは、胃癌の化学治療レジメンと組み合わせて用いられる。他の実施レジメンでは、かかる投与レジメンは、腎細胞癌の化学治療レジメンと組み合わせて用いられる。他の実施形態では、かかる投与レジメンは、肝細胞癌の化学治療レジメンと組み合わせて用いられる。他の実施形態では、かかる投与レジメンが、肉腫の化学治療レジメンと組み合わせて用いられる。いくつかの実施形態では、該抗ＶＥＧＦ抗体の有効量は１０ｍｇ／ｋｇであり、２週間ごとに静脈内に投与され、例えば、最初に静脈内に９０分間以上投与され、続いて６０分間以上注入され、その後３０分間注入される。いくつかの実施形態では、該抗ＶＥＧＦ抗体の有効量は１５ｍｇ／ｋｇであり、３週間ごとに静脈内に投与され、例えば、最初に静脈内に９０分間以上投与され、続いて６０分間以上注入され、その後３０分間注入される。上記方法では、抗ＶＥＧＦ抗体は、第１のサイクルで該患者に２番目に投与され、続いて、該抗ＶＥＧＦ抗体が、該化学治療の前または後に投与される。別の実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、該化学治療及び放射線療法が行われるのと同時に投与される。いくつかの実施形態では、患者へのステロイドの投与が中断される。
いくつかの実施形態では、オナルツズマブの有効量は１５ｍｇ／ｋｇであり、３週間ごとに静脈内に投与され、ベバシズマブの有効量は１５ｍｇ／ｋｇであり、３週間ごとに静脈内に投与される。
方法及び使用のいずれかのいくつかの他の態様では、治療は、さらに、追加の癌薬剤の投与を含む。例示的癌薬剤としては、腫瘍成長に関与している他の因子の拮抗剤、例えば、ＥＧＦＲ、ＥｒｂＢ３、ＥｒｂＢ４、またはＴＮＦが挙げられる。また、１つまたは複数のサイトカインを被験者に投与することが有益である場合もある。１つの実施形態では、ＶＥＧＦ抗体は、成長阻害薬剤ともに投与される。例えば、最初に成長阻害薬剤を投与し、続いてＶＥＧＦ抗体を投与してよい。しかし、同時に投与すること、または最初にＶＥＧＦ抗体を投与することもまた、検討される。成長阻害薬剤の好適な用量は、現在用いられている用量であり、成長阻害薬剤及び抗ＶＥＧＦ抗体の作用の組み合わせ（相乗作用）のために減少させてもよい。
本明細書の製剤はまた、治療される特定の適応症に必要な複数の活性化合物、好ましくは互いに悪影響を及ぼさない相補的活性を有するものを含有してよい。例えば、１つの製剤中で、ＥＧＦＲ、ＶＥＧＦ（例えば、ＶＥＧＦ上の異なるエピトープまたは同じエピトープを結合する抗体）、ＶＥＧＦＲ、またはＥｒｂＢ２（例えば、Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標））に結合する抗体をさらに提供することが好ましい場合がある。代わりに、または追加で、組成物は、化学療法薬、または細胞毒性薬剤を含んでよい。かかる分子は、組み合わせで、所期の目的に効果的な量で好適に存在する。
方法及び使用のいずれかの特定の態様では、本発明の抗体との組み合わせ癌治療に有用な他の治療薬剤は、他の抗血管新生薬剤を含む。多くの抗血管新生薬剤は、確認されており当技術分野で知られており、Ｃａｒｍｅｌｉｅｔ ａｎｄ Ｊａｉｎ（２０００）に記載されたものを含む。１つの実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、別のＶＥＧＦ拮抗剤またはＶＥＧＦ受容体拮抗剤、例えば、ＶＥＧＦ変異体、可溶性ＶＥＧＦ受容体フラグメント、ＶＥＧＦまたはＶＥＧＦＲをブロックすることができるアプタマー、中和抗ＶＥＧＦＲ抗体、ＶＥＧＦＲチロシンキナーゼの低分子量阻害剤、及びこれらの任意の組み合わせと組み合わせて用いられる。代わりに、または追加で、被験者に２つ以上の抗ＶＥＧＦ抗体を同時に投与してよい。
当業者によって理解される通り、化学療法薬または他の抗癌薬剤の好適な用量は一般に、例えば、化学療法薬が、単独で、または他の化学治療と組み合わせて投与される場合、臨床的治療で既に用いられている用量と同程度の量である。治療される状態に応じて用量に変化が生じる可能性がある。治療薬を投与する医師は、個々の被験者にとって好適な用量を決定することができる。
いくつかの実施形態では、治療により、癌薬剤を投与すると、癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）のリスクがある、または癌を罹患している患者に臨床的または治療利益がもたらされる。かかる利益には、生存期間の延長（例えば、全生存期間及び／または無増悪生存期間の延長）、客観的奏効（完全奏効または部分奏効を含む）をもたらすこと、または、グリオブラストーマ（例えば、治療歴のあるグリオブラストーマ）患者が経験した臨床的に関係のある疾患関連症状の悪化までの期間の延長、中皮腫（例えば、治療歴のある中皮腫）患者が経験した臨床的に関係のある疾患関連症状の悪化までの期間の延長、胃癌（例えば、治療歴のある胃癌）患者が経験した臨床的に関係のある疾患関連症状の悪化までの期間の延長、腎細胞癌（例えば、治療歴のある腎細胞癌）患者が経験した臨床的に関係のある疾患関連症状の悪化までの期間の延長、肝細胞癌（例えば、治療歴のある肝細胞癌）患者が経験した臨床的に関係のある疾患関連症状の悪化までの期間の延長、または肉腫（例えば、治療歴のある肉腫）患者が経験した臨床的に関係のある疾患関連症状の悪化までの期間の延長を含む、癌等の徴候または症状の改善のうちのいずれか１つまたは複数を含む。いくつかの実施形態では、症状は、発作、神経認知機能（人、時間、及び／または場所の見当識を含むがこれらに限定されない）、読み、書き、及び理解のうち１つまたは複数（任意の組み合わせ）である。いくつかの実施形態では、症状は、胸壁痛、胸水、息切れ、疲労、貧血、喘鳴、嗄声、咳、痰中血、腹痛、腹水、腹部腫瘤、腸機能の問題、体重減少、血餅、播種性血管内凝固症候群、黄だん、低血糖レベル、及び肺塞栓症のうちのいずれか１つまたは複数（任意の組み合わせで）である。いくつかの実施形態では、症状は、消化障害、胸焼け、疲労、腹部膨満、腹痛、悪心、嘔吐、下痢、便秘、体重減少、出血、貧血、及び嚥下障害のうちのいずれか１つまたは複数（任意の組み合わせ）である。いくつかの実施形態では、症状は、血尿（または尿中血）、側腹痛、腹または側腹中の腫瘤、体重減少、食欲不振、発熱、高血圧、疲労感、寝汗、貧血、赤血球増多、精索静脈瘤、高血圧症、及び高カルシウム血症のうちのいずれか１つまたは複数（任意の組み合わせで）である。いくつかの実施形態では、症状は、黄色皮膚、腹部の体液による膨満、血液凝固異常による単純性紫斑、食欲不振、意図的でない体重減少、腹痛、嘔気、嘔吐、及び疲労感のうちのいずれか１つまたは複数（任意の組み合わせで）である。１つの実施形態では、バイオマーカー（単数及び複数）（例えば、ＩＳＨ及び／またはｒｔ−ｑＰＣＲを用いて測定される、例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡ発現、）は、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤で治療される場合、生存期間が延長（例えば、全生存期間及び／または無増悪生存期間の延長）することが予測される患者を特定するために用いられる。いくつかの実施形態では、バイオマーカー（単数及び複数）（例えば、ＩＳＨ及び／またはｒｔ−ｑＰＣＲを用いて測定される、例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡ発現）は、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤及びＶＥＧＦ拮抗剤で治療される場合、ＶＥＧＦ拮抗剤だけで治療される患者と比較して、生存期間が延長（例えば、全生存期間及び／または無増悪生存期間の延長）することが予測される患者を特定するために用いられる。本明細書中の（例えば、ＨＧＦのｍＲＮＡ ＩＳＨ及び／またはｒｔ−ｑＰＣＲ解析によって測定される）バイオマーカー（単数及び複数）の発現率によって、かかる有効反応が効果的に予測されるか、または高感度で予測される。
いくつかの実施形態では、生存期間の延長は、治療をされていない患者と比較して、かつ／または１つまたは複数の承認抗腫瘍薬剤で治療されるが、本発明に従った治療を受けていない患者と比較して、本発明に従って治療した患者の全生存期間及び／または無増悪生存期間が延長することを意味する。特定の例では、生存期間の延長は、治療を受けていない患者と比較して、かつ／または１つまたは複数の承認抗腫瘍薬剤で治療されるが、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療を受けていない患者と比較して本発明の治療（例えば、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（例えば、オナルツズマブ）による治療）を受けている癌患者の無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び／または全生存期間（ＯＳ）が延長することを意味する。別の特定の例では、生存期間の延長は、治療を受けていない患者（例えば、癌患者の集団）と比較して、かつ／または１つ以上の承認抗腫瘍薬剤で治療されるが、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療を受けていない患者（例えば、癌患者の集団）と比較して、本発明の治療（例えば、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（例えば、オナルツズマブ）による治療）を受けている癌患者（例えば、癌患者の集団）の無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び／または全生存期間（ＯＳ）が延長することを意味する。別の特定の例では、生存期間の延長は、ベバシズマブのみで治療した患者と比較して、本発明の組み合わせ治療（例えばｃ−ｍｅｔ拮抗剤（例えば、オナルツズマブ）とＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）との組み合わせによる治療）を受けている癌患者の無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び／または全生存期間（ＯＳ）が延長することを意味する。別の特定の例では、生存期間の延長は、ベバシズマブのみで治療した患者（例えば、癌患者の集団）と比較して、本発明の組み合わせ治療（例えばオナルツズマブとベバシズマブとの組み合わせによる治療）を受けている癌患者（例えば、癌患者の集団）の無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び／または全生存期間（ＯＳ）が延長することを意味する。
いくつかの実施形態では、治療により、グリオブラストーマ（例えば、治療歴のあるグリオブラストーマ）患者が経験した臨床的に関係のある疾患関連症状が悪化するまでの期間の延長を含む癌等の徴候または症状の改善がもたらされる。いくつかの実施形態では、症状は、発作、神経認知機能（人、時間及び／または場所の見当識を含むがこれらに限定されない）、読み、書き、及び理解のうちのいずれか１つまたは複数（任意の組み合わせ）である。いくつかの実施形態では、かかる癌徴候または症状の増大を予防するための方法が提供される。
いくつかの実施形態では、治療により、中皮腫（例えば、治療歴のある中皮腫）患者が経験した臨床的に関係のある疾患関連症状が悪化するまでの期間の延長を含む癌等の徴候または症状が改善する。いくつかの実施形態では、症状は、胸壁痛、胸水、息切れ、疲労、貧血、喘鳴、嗄声、咳、痰中血、腹痛、腹水、腹部腫瘤、腸機能の問題、体重減少、血餅、播種性血管内凝固症候群、黄だん、低血糖レベル、及び肺塞栓症のうちのいずれか１つまたは複数（任意の組み合わせで）である。いくつかの実施形態では、かかる癌徴候または症状の増大を予防するための方法が提供される。
いくつかの実施形態では、治療により、胃癌（例えば、治療歴のある胃癌）患者が経験した臨床的に関係のある疾患関連症状が悪化するまでの期間の延長を含む癌等の徴候または症状の改善がもたらされる。いくつかの実施形態では、症状は、消化障害、胸焼け、疲労、腹部膨満、腹痛、嘔気、嘔吐、下痢、便秘、体重減少、出血、貧血、及び嚥下障害のうちのいずれか１つまたは複数（任意の組み合わせで）である。いくつかの実施形態では、かかる癌徴候または症状の増大を予防するための方法が提供される。
いくつかの実施形態では、治療により、肝細胞癌（例えば、治療歴のある肝細胞癌）患者が経験した臨床的に関係のある疾患関連症状が悪化するまでの期間の延長を含む、癌等の徴候または症状の改善がもたらされる。いくつかの実施形態では、症状は、黄色皮膚、腹部の体液による膨満、血液凝固異常による単純性紫斑、食欲不振、意図的でない体重減少、腹痛、嘔気、嘔吐、及び疲労感のうちのいずれか１つまたは複数（任意の組み合わせで）である。いくつかの実施形態では、かかる癌徴候または症状の増大を予防するための方法が提供される。
いくつかの実施形態では、治療により、腎細胞癌（例えば、治療歴のある腎細胞癌）患者が経験した臨床的に関係のある疾患関連症状が悪化するまでの期間の延長を含む癌等の徴候または症状の改善がもたらされる。いくつかの実施形態では、症状は、血尿（または尿中血）、側腹痛、腹または側腹中の腫瘤、体重減少、食欲不振、発熱、高血圧、疲労感、寝汗、貧血、赤血球増多、精索静脈瘤、高血圧症、及び高カルシウム血症のうちのいずれか１つまたは複数（任意の組み合わせで）である。いくつかの実施形態では、かかる癌徴候または症状の増大を予防するための方法が提供される。
いくつかの実施形態では、患者はグリオブラストーマ患者である。いくつかの実施形態では、患者は、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による前治療を受けていなかった。いくつかの実施形態では、患者は、脳内薬剤による前治療を受けていなかった。いくつかの実施形態では、タンパク質尿の尿試験紙検査を用いてアッセイした通り、患者には、２４時間内に１．０ｇ超のタンパク質の尿タンパク質尿がなかった。いくつかの実施形態では、患者は、コントロールが不十分な高血圧症（例えば、降圧薬の服用時に、収縮期血圧が１５０ｍｍＨｇ超及び／または拡張期血圧が１００ｍｍＨｇ超）でなかった。いくつかの実施形態では、患者には、高血圧発症または高血圧脳症の前病歴がなかった。いくつかの実施形態では、患者には、心筋梗塞（例えば、１２ヶ月以内）または不安定狭心症（例えば、６ヶ月以内）の前病歴がなかった。いくつかの実施形態では、患者には、脳卒中または一過性脳虚血発作（例えば、６ヶ月以内）の病歴がなかった。いくつかの実施形態では、患者には、有意な血管疾患（例えば、外科的修復が必要な大動脈瘤、または最近の末梢動脈脳血栓症（例えば、６ヶ月以内））がなかった。いくつかの実施形態では、患者には、腹フィステルまたは胃腸穿孔（例えば、６ヶ月以内）の病歴がなかった。いくつかの実施形態では、患者には、出血性素因または凝固障害の証拠がなかった（例えば、治療的抗凝固の欠如）。いくつかの実施形態では、患者には、脳膿瘍（例えば、６ヶ月以内）の病歴がなかった。
いくつかの実施形態では、患者は、テモゾロミドによる前治療を受けていた。いくつかの実施形態では、患者は、先行ラインの化学療法（例えば、先行ラインのテモゾロミド、例えば、併用または補助テモゾロミド）のみを受けていた。いくつかの実施形態では、患者のカーノフスキー活動状態は、７０％以上であった。
別の態様では、本明細書に開示した方法のいずれかを用いて治療歴のあるグリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫の治療と関連している患者の有害事象を評価する方法が提供され、当該治療は、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（例えば、オナルツズマブ）によるものであり、当該方法は、患者の１つまたは複数の有害事象をモニターするステップを含む。いくつかの実施形態では、患者の、１つまたは複数の有害事象の数及び／または重症度がモニターされる。例示的有害事象は本明細書に開示され、末梢性浮腫を含むがこれに限定されない。
別の態様では、本明細書に開示した方法のいずれかを用いて治療歴のあるグリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫の治療と関連している患者の有害事象を評価する方法が提供され、当該治療は、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（例えば、オナルツズマブ）及び化学治療によるものであり、当該方法は、患者の１つまたは複数の有害事象をモニターするステップを含む。いくつかの実施形態では、患者の、１つまたは複数の有害事象の数及び／または重症度がモニターされる。例示的有害事象は、本明細書に開示され、末梢性浮腫を含むがこれに限定されない。
別の態様では、本明細書に開示した方法のいずれかを用いて治療歴のあるグリオブラストーマまたは腎細胞癌の治療と関連している患者の有害事象を評価する方法が提供され、当該治療は、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（例えば、オナルツズマブ）及びＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）によるものであり、当該方法は、患者の１つまたは複数の有害事象をモニターするステップを含む。いくつかの実施形態では、患者の、１つまたは複数の有害事象の数及び／または重症度がモニターされる。例示的有害事象は、本明細書に開示され、末梢性浮腫を含むがこれに限定されない。
本明細書に記載の製剤または治療方法のいずれかは、薬剤として抗体の代わりにまたは抗体に加えて、抗体のイムノコンジュゲートを用いて実施可能であることが理解される。
Ｖ．製品
本発明の別の実施形態では、癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）を治療するのに使用される製品が提供される。いくつかの実施形態では、癌は、治療歴のある癌（例えば、治療歴のある（例えば、セカンドラインの）グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）である。製品は、容器、及び容器上にまたは容器に付随するラベルまたは添付文書を含む。好適な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ等が挙げられる。容器は、様々な材料、例えば、ガラスまたはプラスチックで形成してよい。容器は、活性薬剤として癌薬剤を含む組成物を保持または含有し、無菌アクセスポートを有してよい（例えば、容器は、静脈内溶液バッグ、または皮下注入針によって貫通可能なストッパーを有するバイアルであってもよい）。
製品はさらに、製剤的に許容可能な希釈緩衝液、例えば、注入用滅菌精製水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝生理食塩水、リンゲル液、及びブドウ糖溶液を含む第２の容器を含んでよい。製品はさらに、他の緩衝液、希釈剤、フィルター、針、及びシリンジを含む、商業的観点及び使用者の観点から好ましい他の材料を含んでよい。
本発明の製品はまた、例えば、組成物が本明細書に開示した通り、バイオマーカー（単数及び複数）の発現に基づいて癌を治療するのに用いられることを示す情報を、添付文書の形態で含む。添付文書またはラベルは、任意の形態、例えば、紙、または電子媒体、例えば、電磁的記録媒体（例えば、フロッピーディスク）またはＣＤ−ＲＯＭとしてよい。ラベルまたは添付文書は、また、キットまたは製品中の医薬組成物及び剤形に関する他の情報を含んでよい。
本発明は、また、パッケージで、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（例えば、抗ｃ−ｍｅｔ抗体、例えば、オナルツズマブ）を含む医薬組成物と、医薬組成物が本明細書に開示した通り、ＨＧＦバイオマーカーの発現に基づいて癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）患者を治療するためのものであることを示す添付文書とを組み合わせることを含む、製品の作製方法に関する。いくつかの実施形態では、癌は、治療歴のある癌（例えば、セカンドラインのグリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）である。
本発明はまた、パッケージで、ＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）を含む医薬組成物と、医薬組成物が本明細書に開示した通り、ＨＧＦバイオマーカーの発現に基づいて癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）患者を治療するためのものであることを示す添付文書とを組み合わせることを含む、製品の作製方法に関する。いくつかの実施形態では、癌は、治療歴のある癌（例えば、セカンドラインのグリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）である。
製品はさらに、製剤的に許容可能な希釈緩衝液、例えば、注入用滅菌精製水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝生理食塩水、リンゲル液、及び／またはブドウ糖溶液を含む追加の容器を含んでよい。製品はさらに、他の緩衝液、希釈剤、フィルター、針、及びシリンジを含む、商業的観点及び使用者の観点から好ましい他の材料を含んでよい。
ＶＩ．診断キット
本発明はまた、本明細書で特定したバイオマーカー（単数及び複数）のうちのいずれか１つまたは複数を検出するのに有用な診断キットに関する。それゆえに、癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫患者）患者からの試料中の１つまたは複数のＨＧＦバイオマーカーの発現を測定するための１つまたは複数の試薬を含む診断キットが提供される。任意で、キットはさらに、（例えば、ＩＳＨ、またはＰＣＲによって）患者の癌が多量のＨＧＦバイオマーカーを有すると判定された場合、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫患者を治療するために癌薬剤（例えば、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤、例えば、抗ｃ−ｍｅｔ抗体、例えば、オナルツズマブ）を選択するキットを使用するための指示書を含む。いくつかの実施形態では、癌患者は、治療歴のある癌患者（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫の治療歴のある患者）である。任意で、キットはさらに、（例えば、ＩＳＨ、またはＰＣＲによって）患者の癌が多量のＨＧＦバイオマーカーを有すると判定された場合、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫の治療歴がある患者を治療するために癌薬剤（例えば、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤、例えば、抗ｃ−ｍｅｔ抗体、例えば、オナルツズマブ）を選択するキットを使用するための指示書を含む。別の実施形態では、キットはさらに、患者の癌（例えば、グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、または肉腫）が多量のＨＧＦバイオマーカーを有すると測定された場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体（例えば、オナルツズマブ）及びＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）による治療を選択するキットを使用するための指示書を含む。いくつかの実施形態では、キットは、ＨＧＦのｍＲＮＡに相補的であるプライマー及び／またはプローブ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、またはそれ以上）を含む。
ＶＩＩ．広告方法
本明細書中の本発明はまた、対象顧客に、本明細書に開示した通りにＨＧＦバイオマーカーの発現に基づいて癌患者を治療するために癌薬剤（例えば、抗ｃ−ｍｅｔ抗体、任意で抗ＶＥＧＦ抗体と組み合わせる）の使用を奨励することを含む、癌薬剤を広告する方法に関する。
広告は、一般にスポンサーが特定されてメッセージが制御される非パーソナルメディアによる有償通信である。本明細書の目的のための広告は、宣伝、公報、プロダクトプレイスメント、後援、引受、及び販売促進を含む。また、この用語には、本明細書の本発明を購入、支持、または承認するよう説得し、通知し、奨励し、動機付けし、さもなければ好ましいパターンへの行動を変えるように、大衆にアピールするために設計された印刷通信メディアのいずれかに現れる情報告示の後援も含まれる。
本明細書の診断方法の広告及び奨励は、任意の手段によって実施してよい。これらのメッセージを配信するために用いられる広告媒体の例としては、放送媒体に現れるメッセージであるコマーシャルを含むテレビ、ラジオ、映画、雑誌、新聞、インターネット、及び掲示板が挙げられる。また、広告としては、食品雑貨店のカートの台座上の広告、空港通路の壁の広告、及びバスの側面の広告、または電話保留メッセージで聞かれる広告もしくは店舗内アナウンス設備が挙げられ、または任意の場所に視覚もしくは聴覚通信を設置することができる。
奨励または広告手段のさらに特定の例としては、テレビ、ラジオ、映画、インターネット、例えば、ウェブキャスト及びウェビナー、同時使用者に到達することを意図した対話型コンピュータネットワーク、固定または電子掲示板及び他の公共サイン、ポスター、従来の文献もしくは電子文献、例えば、雑誌及び新聞、他のメディア発信源、プレゼンテーション、または、例えば、Ｅメール、電話、インスタントメッセージ、郵便、クーリエ、マスもしくは運送業者メール、実際の訪問等による個人の接触が挙げられる。
用いられる広告の型は、多くの要素、例えば、到達する対象顧客の性質、例えば、病院、保険会社、診療所、医師、看護師、及び患者、ならびに費用の考慮、ならびに薬剤及び診断の広告を統制する該当する管轄区域の法律及び規則に依存する。広告は、サービス相互作用及び／または他のデータ、例えば、使用者人口統計及び地理的場所によって定義される使用者の特性決定に基づいて個別化またはカスタマイズしてよい。
いくつかの実施形態では、奨励は、適応症、例えば、グリオブラストーマ（例えば、再発性グリオブラストーマ）、中皮腫（例えば、再発性中皮腫）、胃癌（例えば、再発性胃癌）、腎細胞癌（例えば、再発性腎細胞癌）、肝細胞癌（例えば、再発性肝細胞癌）、または肉腫（例えば、再発性肉腫）治療のための、治療薬剤（単数及び複数）、例えば、抗ｃ−ｍｅｔ拮抗剤（例えば、オナルツズマブ）及び／またはＶＥＧＦ拮抗剤（例えば、ベバシズマブ）の奨励を指し、かかる奨励は、被験者の集団で統計学的に有意な治療有効性及び許容可能な安全性と関係することが示されているものとして、食品医薬品局（ＦＤＡ）によって承認されている。
配列
配列番号：１６
ＭＫＡＰＡＶＬＡＰＧＩＬＶＬＬＦＴＬＶＱＲＳＮＧＥＣＫＥＡＬＡＫＳＥＭＮＶＮＭＫＹＱＬＰＮＦＴＡＥＴＰＩＱＮＶＩＬＨＥＨＨＩＦＬＧＡＴＮＹＩＹＶＬＮＥＥＤＬＱＫＶＡＥＹＫＴＧＰＶＬＥＨＰＤＣＦＰＣＱＤＣＳＳＫＡＮＬＳＧＧＶＷＫＤＮＩＮＭＡＬＶＶＤＴＹＹＤＤＱＬＩＳＣＧＳＶＮＲＧＴＣＱＲＨＶＦＰＨＮＨＴＡＤＩＱＳＥＶＨＣＩＦＳＰＱＩＥＥＰＳＱＣＰＤＣＶＶＳＡＬＧＡＫＶＬＳＳＶＫＤＲＦＩＮＦＦＶＧＮＴＩＮＳＳＹＦＰＤＨＰＬＨＳＩＳＶＲＲＬＫＥＴＫＤＧＦＭＦＬＴＤＱＳＹＩＤＶＬＰＥＦＲＤＳＹＰＩＫＹＶＨＡＦＥＳＮＮＦＩＹＦＬＴＶＱＲＥＴＬＤＡＱＴＦＨＴＲＩＩＲＦＣＳＩＮＳＧＬＨＳＹＭＥＭＰＬＥＣＩＬＴＥＫＲＫＫＲＳＴＫＫＥＶＦＮＩＬＱＡＡＹＶＳＫＰＧＡＱＬＡＲＱＩＧＡＳＬＮＤＤＩＬＦＧＶＦＡＱＳＫＰＤＳＡＥＰＭＤＲＳＡＭＣＡＦＰＩＫＹＶＮＤＦＦＮＫＩＶＮＫＮＮＶＲＣＬＱＨＦＹＧＰＮＨＥＨＣＦＮＲＴＬＬＲＮＳＳＧＣＥＡＲＲＤＥＹＲＴＥＦＴＴＡＬＱＲＶＤＬＦＭＧＱＦＳＥＶＬＬＴＳＩＳＴＦＩＫＧＤＬＴＩＡＮＬＧＴＳＥＧＲＦＭＱＶＶＶＳＲＳＧＰＳＴＰＨＶＮＦＬＬＤＳＨＰＶＳＰＥＶＩＶＥＨＴＬＮＱＮＧＹＴＬＶＩＴＧＫキットＫＩＰＬＮＧＬＧＣＲＨＦＱＳＣＳＱＣＬＳＡＰＰＦＶＱＣＧＷＣＨＤＫＣＶＲＳＥＥＣＬＳＧＴＷＴＱＱＩＣＬＰＡＩＹＫＶＦＰＮＳＡＰＬＥＧＧＴＲＬＴＩＣＧＷＤＦＧＦＲＲＮＮＫＦＤＬＫＫＴＲＶＬＬＧＮＥＳＣＴＬＴＬＳＥＳＴＭＮＴＬＫＣＴＶＧＰＡＭＮＫＨＦＮＭＳＩＩＩＳＮＧＨＧＴＴＱＹＳＴＦＳＹＶＤＰＶＩＴＳＩＳＰＫＹＧＰＭＡＧＧＴＬＬＴＬＴＧＮＹＬＮＳＧＮＳＲＨＩＳＩＧＧＫＴＣＴＬＫＳＶＳＮＳＩＬＥＣＹＴＰＡＱＴＩＳＴＥＦＡＶＫＬＫＩＤＬＡＮＲＥＴＳＩＦＳＹＲＥＤＰＩＶＹＥＩＨＰＴＫＳＦＩＳＧＧＳＴＩＴＧＶＧＫＮＬＮＳＶＳＶＰＲＭＶＩＮＶＨＥＡＧＲＮＦＴＶＡＣＱＨＲＳＮＳＥＩＩＣＣＴＴＰＳＬＱＱＬＮＬＱＬＰＬＫＴＫＡＦＦＭＬＤＧＩＬＳＫＹＦＤＬＩＹＶＨＮＰＶＦＫＰＦＥＫＰＶＭＩＳＭＧＮＥＮＶＬＥＩＫＧＮＤＩＤＰＥＡＶＫＧＥＶＬＫＶＧＮＫＳＣＥＮＩＨＬＨＳＥＡＶＬＣＴＶＰＮＤＬＬＫＬＮＳＥＬＮＩＥＷＫＱＡＩＳＳＴＶＬＧＫＶＩＶＱＰＤＱＮＦＴＧＬＩＡＧＶＶＳＩＳＴＡＬＬＬＬＬＧＦＦＬＷＬＫＫＲＫＱＩＫＤＬＧＳＥＬＶＲＹＤＡＲＶＨＴＰＨＬＤＲＬＶＳＡＲＳＶＳＰＴＴＥＭＶＳＮＥＳＶＤＹＲＡＴＦＰＥＤＱＦＰＮＳＳＱＮＧＳＣＲＱＶＱＹＰＬＴＤＭＳＰＩＬＴＳＧＤＳＤＩＳＳＰＬＬＱＮＴＶＨＩＤＬＳＡＬＮＰＥＬＶＱＡＶＱＨＶＶＩＧＰＳＳＬＩＶＨＦＮＥＶＩＧＲＧＨＦＧＣＶＹＨＧＴＬＬＤＮＤＧＫＫＩＨＣＡＶＫＳＬＮＲＩＴＤＩＧＥＶＳＱＦＬＴＥＧＩＩＭＫＤＦＳＨＰＮＶＬＳＬＬＧＩＣＬＲＳＥＧＳＰＬＶＶＬＰＹＭＫＨＧＤＬＲＮＦＩＲＮＥＴＨＮＰＴＶＫＤＬＩＧＦＧＬＱＶＡＫＧＭＫＹＬＡＳＫＫＦＶＨＲＤＬＡＡＲＮＣＭＬＤＥＫＦＴＶＫＶＡＤＦＧＬＡＲＤＭＹＤＫＥＹＹＳＶＨＮＫＴＧＡＫＬＰＶＫＷＭＡＬＥＳＬＱＴＱＫＦＴＴＫＳＤＶＷＳＦＧＶＬＬＷＥＬＭＴＲＧＡＰＰＹＰＤＶＮＴＦＤＩＴＶＹＬＬＱＧＲＲＬＬＱＰＥＹＣＰＤＰＬＹＥＶＭＬＫＣＷＨＰＫＡＥＭＲＰＳＦＳＥＬＶＳＲＩＳＡＩＦＳＴＦＩＧＥＨＹＶＨＶＮＡＴＹＶＮＶＫＣＶＡＰＹＰＳＬＬＳＳＥＤＮＡＤＤＥＶＤＴＲＰＡＳＦＷＥＴＳ
実施例１：グリオブラストーマ試料中のＨＧＦのｍＲＮＡ発現のＩｎ−Ｓｉｔｕハイブリダイゼーション分析
試料：再発性グリオブラストーマの患者で、オナルツズマブとベバシズマブ対ベバシズマブとプラセボによる治療の予備作業及び安全性を評価するために設計された盲検、第２相、無作為化、多施設試験（さらに以下に記載した）により、治療前患者のグリオブラストーマ試料を分析した。試験に登録された全患者の、代表的なグリオブラストーマのホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍標本の提出が必要であった。
Ｉｎ−Ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）：対象の標的ＲＮＡにハイブリダイズされ、続いて、ハイブリダイゼーションに基づくシグナル増幅を行った１セットの標的ＤＮＡプローブを用いて、ＩＳＨアッセイを実施した。標的プローブは、対としてハイブリダイズし、各対がプリアンプの結合部位を生成するように設計されたオリゴヌクレオチドであった。プリアンプを、標的プローブ対に好ましくハイブリダイズするが、個々の標的プローブにハイブリダイズしない温度で、標的プローブにハイブリダイズさせた。これにより、不対の標的プローブが非特定のＲＮＡに非特異的にハイブリダイズした場合、シグナル増幅が生じなかったことが確認された。その後、プリアンプにアンプをハイブリダイズさせた。最後に、色素分子に結合される標識プローブをアンプにハイブリダイズさせた。
製造者の指示と比較して前治療ステップを変更したことを除いて、製造者の指示（ＲＮＡＳｃｏｐｅ２．０マニュアルアッセイ）に従ってアッセイを実施した。例えば、シグナルを最適化するために、前治療ステップの変更は重要であった。
プロトコール：
１． ６０℃で、６０分間、スライドを燃焼した。
２． 脱パラフィン／再水化：３倍のＸｙｌｅｎｅ（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ；カタログ番号ＸＸ００６０−４）で５分間、続いて、２倍の１００％試薬アルコール（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ；カタログ番号９１１１）で２分間、スライドを処理した。
全試薬を保存している温度（４℃）を室温にした。プローブを、使用前におよそ１０分間４０℃に事前に加熱した。
３． スライドを風乾させ、組織の周囲に疎水性バリアを延伸した。
４． スポイトによって各スライドに前治療（ＰＴ）１溶液（内因性ペルオキシダーゼ、Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ、カタログ番号３１００２０）を添加し、標本に蓋をし、その後、１０分間、室温で試料をインキュベートし、その後、２分間、スライドをＨ２Ｏ２Ｘに移した。
５． １．５リットルの前治療（ＰＴ）２溶液（Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ；カタログ番号３２００４３、溶液を１０倍の保存溶液にし、使用前にｄＨ２Ｏ中で１倍に希釈した）を調製し、ＰＴモジュールに移し、その後、ＰＴ２溶液を含有するＰＴモジュールにスライドを入れ、この中で、２０分間、９２℃で煮沸し、その後、スライドＰＴモジュール（Ｌａｂ Ｖｉｓｉｏｎ（商標）ＰＴモジュール，Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，部番Ａ８０４００１１２）に置き、９２℃で２０分間保持し、その後、Ｈ２Ｏにスライドを移して、２分間スライドの冷却を２度繰り返した。
６． スポイトによって各スライドに前治療（ＰＴ）３（Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ；カタログ番号３１００２０）を添加し、標本に蓋をし、４０℃で、２０分間スライドを置き、その後、リン酸緩衝生理食塩水に２分間移すのを２度繰り返した。
７． ５分間、室温で、ＰＢＳｐＨ７．４（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ Ｍｅｄｉａ Ｐｒｅｐ）中の４％パラホルムアルデヒドにスライドを固定し、その後、ＰＢＳ中での１〜５分間の洗浄を２度繰り返して、パラホルムアルデヒドをすすぎ落とした。
８． 製造者の指示（ＲＮＡＳｃｏｐｅ２．０マニュアルアッセイプロトコールを参照）に従ってプローブハイブリダイゼーションを実施した。２時間、４０℃で、プローブ（ＨＧＦプローブまたは対照プローブ）をハイブリダイズし、その後、それぞれ２分間、洗浄緩衝液（ＲＮＡｓｃｏｐｅ ５０Ｘ ＦＦＰＥ洗浄緩衝液；Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓカタログ番号３１００９１；ｄＨ２Ｏ中で１倍に希釈した）中で、２度洗浄した。
８． 増幅ステップ１：３０分間４０℃でスライドをインキュベートし、その後、それぞれ２分間洗浄緩衝液中で２度洗浄した。
９． 増幅ステップ２：１５分間４０℃でスライドをインキュベートし、その後、それぞれ２分間洗浄緩衝液中で２度洗浄した。
１０． 増幅ステップ３：３０分間４０℃でスライドをインキュベートし、その後、それぞれ２分間、洗浄緩衝液中で２度洗浄した。
１１． 増幅ステップ４：１５分間４０℃でスライドをインキュベートし、その後、それぞれ２分間、洗浄緩衝液中で２度洗浄した。
１２． 増幅ステップ５：３０分間室温でスライドをインキュベートし、その後、それぞれ２分間、洗浄緩衝液中で２度洗浄した。
１３． 増幅ステップ６：１５分間室温でスライドをインキュベートし、その後、それぞれ２分間、洗浄緩衝液中で２度洗浄した。
１４． 検出：ＤＡＢ Ａ及びＤＡＢ Ｂ（両方ともＲＮＡｓｃｏｐｅ（登録商標）２．０検出キット−茶色のもの；Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ；オーダー番号３１００３３）を１：１で混合し、スライドに添加し、その後、１０分間、室温で、スライドをインキュベートし、その後、ｄＨ２Ｏ中ですすいだ。
１５． 対比染色：スライドに、水中で１：１に希釈したＧｉｌｌのヘマトキシリン（Ｇｉｌｌのヘマトキシリン＃２；Ｐｏｌｙｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ．；オーダー番号２４２４３−５００）を２分間添加し、その後、スライドをｄＨ２Ｏ中ですすいだ。アンモニウム水（水酸化アンモニウム；Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ；２２１２２８−２５ＭＬ−Ａ−ｄＨ２Ｏ中で０．０１％に希釈した）中にスライドを５度浸漬させ、その後、ｄＨ２Ｏ中で、スライドを５度浸漬させた。
１６． 脱水：２分間、１倍の７０％試薬アルコール（７０％試薬アルコール；Ａｍｅｒｉｃａｎ ＭａｓｔｅｒＴｅｃｈ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．；＃ＡＬＲＥＡ７０ＧＡＬ）中にスライドを浸漬させ、その後、それぞれ２分間、２倍の１００％試薬アルコール中にスライドを浸漬させ、その後、５分間、１倍のＸｙｌｅｎｅ中にスライドを浸漬させた。
１７． Ｐｅｒｍｏｕｎｔ封入剤（Ｔｉｓｓｕｅ Ｔｅｋ（登録商標）Ｇｌａｓ（商標）封入剤；Ｓａｋｕｒａ；オーダー番号６４１９）中で、スライドをカバーガラスで覆った。ｄＨ２Ｏ浸潰湿潤紙、ＨｙｂＥＺ（商標）浸潰湿潤紙；ＡＣＤ；オーダー番号３１００１５）とともに用いられる、湿度調節トレイ（ＨｙｂＥＺ（商標）湿度調節トレイ；Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ；オーダー番号３１００１２）中で、ステップ６〜１１を実施し、ＨｙｂＥＺ（商標）オーブン（Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ；オーダー番号２４１０００ＡＣＤ）中でインキュベートした。
ＨＧＦのＩＳＨに用いたプローブは、ＨＧＦプローブ、Ｈｓ−ＨＧＦプローブ（Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ；オーダー番号３１０７６１）、陽性対照プローブＨｓ−ＵＢＣプローブ（ユビキチンＣ）（Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ；オーダー番号３１００４１）、及び陰性対照プローブＤａｐＢプローブ（ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ）（Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ；オーダー番号３１００４３）であった
ＨＧＦのｍＲＮＡのＩＳＨによるグリオブラストーマ試料のスコアリング：細胞の核及び／または細胞質中で、点状茶色ドットを提示した陽性ＨＧＦのＩＳＨシグナルを提示している試料。腫瘍細胞及び良性ストローマ細胞（例えば、反応性星状細胞、グリア細胞、周細胞、及び内皮細胞）中で陽性ＨＧＦのＩＳＨシグナルが観察され、形態学的に正常な脳組織中で（例えば、正常脳の広範な部分が腫瘍から離れたセクションに存在していた場合）陽性ＨＧＦのＩＳＨシグナルは観察されなかった。試料の大多数（全てでなくとも）で、ＨＧＦのＩＳＨシグナルが局所的に確認され、そのため、腫瘍及び／または良性ストローマ中の陽性ＨＧＦのＩＳＨシグナルは、セクションのいくつかの部分で観察され、セクションの他の部分では観察されなかった。実際には、セクションが、いくつかの部位で陽性ＨＧＦのＩＳＨシグナルを有し、他の部位中ではＨＧＦのＩＳＨシグナルを欠くことは、異常なことではなかった（いくつかの部位では、ＨＧＦのＩＳＨシグナルを欠くことがあった）。それゆえに、腫瘍及び良性ストローマ細胞中の陽性ＩＳＨシグナルの存在または欠如及び発生率に対して、セクション全体にスコアを付与したが、腫瘍から離れたセクションに存在する形態学的に正常な脳組織にスコアを付与しなかった。いくつかの場合では、正常脳組織は、スコアリング分析を行った組織部位中に含まれる領域内に存在している場合がある（例えば、正常脳組織が腫瘍エリア内に含有されていた場合）。
また、対照として、陽性（ＵＢＣ）及び陰性（ＤａｐＢ）対照プローブで、同じ腫瘍からのセクションをハイブリダイズした。ＵＢＣ陽性対照ＩＳＨ陽性シグナルがない場合は、分析から除外した。
ＩＳＨアッセイは、極めて低レベルの非特異的（またはバックグラウンド）シグナルを有し、このシグナルは低レベル及び発生率の陽性ＨＧＦのＩＳＨシグナルの検出を促進した。実験ごとにＨＧＦ発現及びバックグラウンド染色の陽性及び陰性対照を含むことによってアッセイのバックグラウンドシグナルのレベルを評価した。ＫＰ４細胞株は、ＨＧＦを発現して分泌することが知られている。ＦＦＰＥ固定ＫＰ４細胞ペレットのセクションともにスライドを準備し、ＨＧＦプローブ（陽性対照）及びＤａｐＢプローブ（陰性対照）を用いて分析した。ＤａｐＢは、哺乳動物細胞中で発現しない細菌遺伝子であり、したがって、陽性ＤａｐＢ ＩＳＨシグナルが、ＫＰ４細胞中で観察されないことが予測される。
光学顕微鏡の１０倍対物レンズを用いてセクション全体をスキャニングし、その後、以下に記載した通り、２０倍または４０倍対物レンズを用いてセクション全体をスキャニングすることによって、スコアリングを実施した。陽性ＨＧＦのＩＳＨシグナルが見られる細胞の発生率に従って、以下に記載した通り、０〜３＋の尺度で、試料にスコアを付与した。シグナルが、希な細胞、所々の細胞、または多くの細胞中に存在したかどうかを決定するために、以下のアプローチを行った。１０倍対物レンズを用いて腫瘍セクション全体をスキャニングした（上述の通り、試料中の腫瘍及び隣接良性ストローマに焦点を合わせ、腫瘍から離れた形態学的に正常な脳組織の広範な部分を除外する）。１０倍対物レンズを用いて陽性ＨＧＦのＩＳＨシグナルが容易に観察された場合、多くの細胞中にＨＧＦのＩＳＨシグナルを示すものとして試料を特徴付け、ＨＧＦのＩＳＨ３＋のスコアを付与した。図８は、低倍率で確認した、３＋ＨＧＦのＩＳＨシグナルを提示したグリオブラストーマセクションの顕微鏡写真を示す。図９は、高倍率で確認した、同じセクションの顕微鏡写真を示す。
１０倍対物レンズを用いて陽性ＨＧＦのＩＳＨシグナルが容易に観察されなかった場合、２０倍及び／または４０倍対物レンズを用いて腫瘍セクション全体をスキャニングした。２０または４０倍で確認されたように、複数の細胞中に陽性ＨＧＦのＩＳＨシグナルが観察された場合、（通常、スライドのいくつかの部位中にあり、時には、陽性シグナルを有する部位の位置を特定する前にセクションのいくつかの部位をスキャニングしなければならないこともあった）、試料を、所々の細胞中にＨＧＦのＩＳＨシグナルを有するものとして特徴付け、ＨＧＦのＩＳＨ２＋のスコアを付与した。陽性ＨＧＦのＩＳＨシグナルを有する極めて少ない細胞（通常、全セクション中に約１０以下）が観察された場合、例えば、通常、陽性ＨＧＦのＩＳＨシグナルを観察する前に、スライドの複数の部位を探す必要があるため、試料を、希な細胞中にＨＧＦのＩＳＨシグナルを示すものと特徴付け、ＨＧＦのＩＳＨ１＋のスコアを付与した。図１０は、１＋ＨＧＦのＩＳＨシグナルを提示したグリオブラストーマセクションの例示的顕微鏡写真を示す。低倍率（（おおよそ１０倍対物レンズに等しい）を用いてセクションを観察したが、ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を特定することは困難であった。図１１は、高倍率（おおよそ４０倍対物レンズに等しい）で確認された同じグリオブラストーマセクションの例示的顕微鏡写真を示す。弱いＨＧＦのＩＳＨシグナルが、部位全体に分散した細胞中で観察される。矢印は、例示的ＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞を指し示している。図１２は、中等度の倍率（おおよそ２０倍対物レンズに等しい）で観察された、３＋ＨＧＦのＩＳＨシグナルを提示したグリオブラストーマセクションの例示的顕微鏡写真を示す。ＨＧＦのＩＳＨ陽性シグナルが、腫瘍の侵入エッジの複数の細胞で観察された。
セクション中にＨＧＦのＩＳＨシグナルが観察されなかった場合、試料にＨＧＦのＩＳＨ０のスコアを付与した。
１２８の試料を評価した。４つの試料に評価するのに不適格な組織があった。不適格ＲＮＡ特質（染色は、陽性対照ＵＢＣ遺伝子ＩＳＨ陰性であった）に基づいて８つの試料を除外した。２７の試料が、ＨＧＦ陰性（２３％）であり、４９の試料が、１＋ＨＧＦ（４２％）であり、３４試料が２＋ＨＧＦ（２９％）であり、６の試料が、３＋ＨＧＦ（５％）であった。３４％にＨＧＦ診断陽性（ＨＧＦのＩＳＨ２＋及び３＋）のスコアを付与した。２２の試料は、細胞学的基準（細胞／核異型性）に基づいて明らかに悪性であった腫瘍細胞中で陽性ＨＧＦのＩＳＨシグナルを示した。
実施例２：胃癌及び中皮腫試料中のＨＧＦのｍＲＮＡ発現のＩｎ−Ｓｉｔｕハイブリダイゼーション分析
グリオブラストーマ試料に対して、上述の通り、ホルマリン固定パラフィン包埋胃癌試料でＨＧＦのＲＮＡのＩＳＨ分析を行い、胃癌試料で発見されたストローマ細胞が繊維芽細胞、マクロファージ、内皮細胞を含むことを除いて、グリオブラストーマ試料に対して、上述の通り、試料に実質的にスコアを付与した。いくつかの場合では、腫瘍試料は、癌細胞、リンパ球、白血球、ストローマ、血管、結合組織、基底層、及び腫瘍と関連する他の細胞型を含んでよい。図１３は、ストローマ細胞中に局所（矢印）高発現（３＋）を有する胃癌のＨＧＦの代表的なｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを示す。プローブハイブリダイゼーションは、青色ヘマトキシリン対比染色に対して茶色色素体によって示される。バー＝１００ｕｍ。
グリオブラストーマ試料に対して、上述の通り、ホルマリン固定パラフィン包埋中皮腫試料でＨＧＦのＲＮＡのＩＳＨ分析を行い、グリオブラストーマ試料について上述の通り、試料に実質的にスコアを付与した。図１４は、ストローマ細胞中に局所高発現（３＋）を有する中皮腫癌のＨＧＦのＲＮＡの代表的なｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを示す。プローブハイブリダイゼーションは、青色ヘマトキシリン対比染色に対して赤色色素体によって示される。図１５は、ＨＧＦ発現中に腫瘍内不均質性である中皮腫癌中のＨＧＦ ＲＮＡの代表的なｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを示す。プローブハイブリダイゼーションは、青色ヘマトキシリン対比染色に対する赤色色素体によって示される。図１６は、自己分泌ＨＧＦ発現を提示する中皮腫癌中のＨＧＦのＲＮＡの代表的なｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを示す。プローブハイブリダイゼーションは、青色ヘマトキシリン対比染色に対する赤色色素体によって示される。
実施例３：再発性グリオブラストーマの患者で、ベバシズマブと組み合わせてオナルツズマブの有効性及び安全性を評価する無作為化、二重盲検、プラセボ対照、多施設第２相試験
これは、最初の再発時に、グリオブラストーマの患者で、プラセボ＋ベバシズマブと比較してオナルツズマブ＋ベバシズマブの有効性及び安全性を評価するための無作為化、二重盲検、プラセボ対照、多施設第２相試験であった。
背景：新たに診断されたグリオブラストーマの標準治療は、外科的減量術であり、続いて放射線療法及びテモゾロミド（ＴＭＺ）であり、さらにＴＭＺ維持である。かかる治療と関連している生存利益にもかかわらず、ほぼ全ての患者が、以下の初期治療に再び戻る。再発性グリオブラストーマの患者の無増悪生存期間（ＰＦＳ）中央値は約４ヶ月であり、ＯＳ中央値は１０ヶ月未満である。能動的介入と支持ケアとを直接比較する無作為化試験がないため、再発性グリオブラストーマの患者の最適処置は依然として明らかでない。再介入による利益の最も重要な予後因子は、前治療性能ステータス及び患者の年齢である。能動的介入としては、神経学的機能を改善または維持し、無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び全生存期間（ＯＳ）を延長することを目的とする反復手術、再放射線照射、または全身治療が挙げられる。最初の試験のセカンドライン治療としてのＴＭＺによる化学治療では、生存期間の延長を示した。しかし、ＴＭＺは現在、ファーストライン治療の成分として一般に用いられており、したがって、再発性グリオブラストーマに利用可能な確立された化学治療計画がない。
試験設計：患者を２つの治療アーム：プラセボ＋ベバシズマブ（アームＡ）またはオナルツズマブ＋ベバシズマブ（アームＢ）のうちの１つにランダムに（１：１で）割り当てた。カーノフスキー活動状態（７０％〜８０％対９０％〜１００％）及び年齢（５０歳未満対５０歳以上）に基づいて患者を層化した。これは、これらの特性が、Ｃｏｘの比例ハザードモデルを用いて動的治療を受ける再発性グリオブラストーマ患者の予後因子として認識されたためである。グリオブラストーマ診断を代表するパラフィン包埋腫瘍試料の有効性が、試験の無作為化に必須である。再手術による組織が好ましかったが、最初の手術による組織は試験登録には十分であった。疾患憎悪、許容できない毒性、患者または医師による中止の決定、または死亡まで試験治療を継続した。プラセボ＋ベバシズマブ（アームＡ）からオナルツズマブ治療への乗換えは、許可しなかった。治療中止の場合、患者の生存を６週間ごとに追跡した。図１は、試験設計の概略図を示す。
プラセボ＋ベバシズマブ及びオナルツズマブ＋ベバシズマブの安全性及び耐容性プロファイルを特徴付けるために、全試験期間を通じて、患者の有害事象（全グレード）、重篤な有害事象、薬剤中断または中止が必要な任意の有害事象、臨床検査値の変化、及び身体的検査所見をモニターした。
有効性の結果測定：この試験の有効性の結果測定は、以下の通りであった。
この試験の第１の有効性の結果測定は、以下の通りであった。
・無作為化日から疾患憎悪を最初に記録した日または死亡を記録した日（最初にどちらが起きても）までの期間として定義される無増悪生存期間（ＰＦＳ）。ＲＡＮＯ基準を用いて、治験担当者の評価に基づいて疾患憎悪を決定する。グリオブラストーマは通常、疾患不活動性の持続を示さないため（低グレードグリオーマとは対照的に）、腫瘍憎悪のない期間は、通常、臨床的に重要である。
この試験の第２の有効性の結果測定は、以下の通りであった。
・無作為化から死因を問わない死亡までの期間として定義される全生存期間（ＯＳ）。
・無作為化の９ヶ月後に生存している患者のパーセンテージとして定義される全生存期間−９（ＯＳ−９）。
・無作為化の６ヶ月後に生存しており、かつ憎悪がない患者のパーセンテージとして定義される無増悪生存期間−６（ＰＦＳ−６）。
・ＲＡＮＯ基準を用いて決定した通り、客観的奏効があると治験担当者によって判断されている各治療アームに登録された患者のパーセンテージとして定義される全奏効率（ＯＲＲ）。
・試験中、客観的奏効の発生を最初に記録した時から疾患憎悪（ＲＡＮＯ基準を用いて治験担当者が決定する）まで、または死因を問わない死亡までの期間として定義される奏効期間（ＤＯＲ）。
この試験の安全性の結果測定は、以下の通りであった。
・ＮＣＩ ＣＴＣＡＥバージョン４．０に従った、重篤な有害事象（ＳＡＥ）を含む有害事象の頻度、性質、及び重症度
・試験薬剤の投与中及び投与後の臨床検査結果の変化
・オナルツズマブに対するＡＴＡの頻度及び血清レベル
この試験のＰＫの結果測定は、以下の通りであった。
・サイクル１、２、３、及び４の第１日の最初の注入前、ならびに試験薬剤中止訪問（ＳＤＤＶ）時の血清中のオナルツズマブ及びベバシズマブの最少濃度（Ｃ最小）
・サイクル１、２、３、及び４の第１日の最後の注入３０分後の血清中のオナルツズマブ及びベバシズマブの最大濃度（Ｃ最大）
この試験の診査の結果測定は、以下の通りであった。
・副腎皮質ホルモン使用
・バイオマーカーの変化、及びＰＦＳ、ＯＲＲ、及びＯＳとバイオマーカーとの相関
・ＭＭＳＥを用いて決定される神経認知機能
・ＭＤＡＳＩ−ＢＴを用いて決定される患者が報告したグリオブラストーマの転帰及び治療関連症状重症度及び妨害
材料及び方法
患者：患者が併用または補助化学放射線療法後の最初の再発時にグリオブラストーマを有していた場合、その患者は、潜在的にこの試験に適格であった。この試験の患者は、以下の試験登録の基準に適合していた。
疾患特性は、以下を含む。
・併用または補助化学放射線療法後の最初の再発時に組織学的に確認されたグリオブラストーマ
・ＲＡＮＯ基準によって定義された、最初の腫瘍憎悪または再成長のイメージングによる確認
・テモゾロミド（ＴＭＺ）による前治療。
・ファーストラインのみの先行化学治療。治験薬剤とＴＭＺとの組み合わせを含む併用及び補助ＴＭＺに基づく化学治療が、化学治療のラインの１つと考えられる。
・以前にベバシズマブまたは他のＶＥＧＦ−またはＶＥＧＦ受容体標的薬剤による治療なし
・以前にＨＧＦまたはＭｅｔ経路を標的とする実験的治療への暴露なし
・ガンマナイフによる前治療または他の局所高用量放射線療法が許可されるが、再発が、照射した部位外の新たな病変でなければ、患者は後に、再発について組織学的に文書化しなければならない。
・以前にカルムスチンウェハー付きプロリフェプロスパン（ｐｒｏｌｉｆｅｐｒｏｓｐａｎ）２０による治療なし
・以前に脳内薬剤なし
・前治療の毒性作用からの回復
・脳のベースラインＭＲＩで最近の出血の証拠なし
・原疾患（例えば、切迫ヘルニア）のための緊急緩和的介入の必要なし
・グリオブラストーマを代表するホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織の有効性
患者特性は、以下を含む。
・治験担当者によって判断される、同意文書を提供し、試験プロトコールに従う意志及び能力
・年齢が１８歳以上
・カーノフスキー活動状態が７０％以上
・無作為化前５日以内の副腎皮質ホルモンの用量の安定または減少
・以下を含む特定の基準のいずれか１つに適合する患者を試験登録から除外した
・ＩＶガドリニウムによる脳ＭＲＩスキャンを受けることができない患者
・登録前７日以内の好中球絶対数（ＡＮＣ）＜１．５×１０９／Ｌ；血小板数＜１００×１０９／Ｌ；またはヘモグロビン（Ｈｂ）＜９．０ｇ／ｄＬ（注：Ｈｂ≧９ｇ／ｄＬを達成するための輸血または他の介入の使用が許容されている）
・総ビリルビン≧１．５×ＵＬＮ（ジルベール病と診断された患者を除く）
ＡＳＴ（ＳＧＯＴ）、ＡＬＴ（ＳＧＰＴ）、またはアルカリホスファターゼ（ＡＬＰ）≧２．５×ＵＬＮ
・血清クレアチニン＞１．５×ＵＬＮまたはクレアチニンクリアランス計算値（ＣｒＣｌ）＜６０ｍＬ／分（Ｃｏｃｋｃｒｏｆｔ及びＧａｕｌｔ）
・タンパク質尿の尿試験紙検査≧２＋；≧２＋タンパク質尿を有する患者は、２４時間尿採取を受けなければならず、２４時間で≦１．０ｇのタンパク質を示さなければならない
・国際標準率（ＩＮＲ）、プロトロンビン時間（ＰＴ）、または活性化部分トロンボプラスチン時間（ＡＰＴＴ）は、以下の通りである
患者の血液凝固を抑止する治療意図がない場合：ＩＮＲ＞１．５またはＰＴ＞１．５×ＵＬＮまたはａＰＴＴ＞１．５×ＵＬＮ、
または患者の血液凝固を抑止する治療意図がある場合：ＩＮＲまたはＰＴ及びａＰＴＴが（施設の医療標準に従って）治療限度以内でないか、または患者が、無作為化前の少なくとも２週間、安定用量の抗血液凝固剤を服用している。（注：ＡＳＣＯガイドラインに従って、低分子量ヘパリン［ＬＭＷＨ］を、好ましいアプローチとしなければならない。）
・コントロール不十分な高血圧症（降圧薬服用の間、収縮期血圧＞１５０ｍｍＨｇ及び／または拡張期血圧＞１００ｍｍＨｇと定義される）
・空腹時血清グルコースレベル＞２００ｍｇ／ｄＬによって証明される通り、コントロールされていない糖尿病
・高血圧発症または高血圧脳症の前病歴
・ニューヨーク心臓協会（ＮＹＨＡ）グレードＩＩ以上のうっ血性心不全
・無作為化前の心筋梗塞（１２ヶ月以内）または不安定狭心症（６ヶ月以内）の病歴
・無作為化前の６ヶ月以内の脳卒中または一過性脳虚血発作の病歴
・無作為化前の６ヶ月以内の重大な血管疾患（例えば、外科的修復が必要な大動脈瘤または最近の末梢動脈脳血栓症）
・出血性素因または凝固障害（治療の抗凝固がない場合）の証拠
・無作為化前の６ヶ月以内の腹フィステルまたは胃腸穿孔の病歴
・無作為化前の６ヶ月以内の脳膿瘍の病歴
・無作為化前の２８日以内の主要な手術療法、切開生検、または重大な外傷
・試験期間中に主要な手術療法が必要となる予想
・治癒していない重篤な損傷、活動性潰瘍、または治療を受けていない骨折
・過去３年間に別の悪性腫瘍の病歴があり、無病期間＜３年であり、ｉｎ ｓｉｔｕ癌または基底または扁平細胞皮膚癌の前病歴がある患者は適格である。
・無作為化前の２週間以内の入院またはＩＶ抗生物質が必要な任意の活動性感染の証拠
・オナルツズマブまたはベバシズマブの任意の賦形剤に対する公知の過敏症
・チャイニーズハムスター卵巣細胞生成物または他の遺伝子組み換えヒトまたはヒト化抗体に対する過敏性
試験治療
オナルツズマブ／オナルツズマブプラセボ。オナルツズマブは、６００ｍｇのオナルツズマブを含有する単一使用１５ｃｃバイアル中の無菌液体として提供される。オナルツズマブ薬剤生成物は、ｐＨ５．４で、１０ｍＭヒスチジンアセテート、１２０ｍＭスクロース、０．４ｍｇ／ｍＬポリソルベート２０中の６０ｍｇ／ｍＬオナルツズマブとして製剤化された。オナルツズマブプラセボは、２５０ｃｃの０．９％正常生理食塩水溶液（ＮＳＳ）ＩＶバッグからなり、試験実施施設によって提供される。一旦オナルツズマブを希釈すると、溶液を、８時間以内に投与しなければならない。
ベバシズマブ。ベバシズマブは、防腐剤が含まれていない単一使用バイアルでの静脈内注入のために、透明〜わずかに乳濁、無色〜薄茶色の無菌液体として供給された。これは、２０ｍＬ（４００ｍｇ、２５ｍｇ／ｍＬ）ガラスバイアル中に１６ｍＬ充填して供給された。製剤は、リン酸ナトリウム、トレハロース、ポリソルベート２０、及び注入用無菌水（ＳＷＦＩ）、ＵＳＰを含有した。
用量、投与
オナルツズマブ／ベバシズマブ／プラセボの用量は、割り当てた治療アームによって決定した。この試験では、最初にオナルツズマブ／オナルツズマブプラセボを投与し、続いてベバシズマブを投与した。推奨観察期間６０分後に、オナルツズマブ／オナルツズマブプラセボ注入が終了した後に、ベバシズマブを投与した。
アームＡの患者は、全試験期間を通じてオナルツズマブプラセボを服用した。アームＢの患者は、全試験期間を通じて３週間ごとに１５ｍｇ／ｋｇオナルツズマブを服用した。オナルツズマブ／オナルツズマブプラセボの用量は、スクリーニング時の患者の体重に基づいた。全試験期間を通じてこの用量を投与し、体重に応じて変化させない。０．９％ＮＳＳで、液体オナルツズマブを希釈し、総容量２５０ｍＬとした。一旦ＮＳＳにオナルツズマブを希釈すると、溶液は、８時間以内に用いることが推奨された。オナルツズマブの希釈にブドウ糖を用いてはならない。残りの溶液を捨てることが推奨された。静脈内注入としてオナルツズマブ／オナルツズマブプラセボを投与した。６０分（±１０分）にわたって、最初の用量を注入した。注入に関連した症状を経験する患者では、オナルツズマブ／オナルツズマブプラセボ注入を遅らせてもよい、または中断してよい。オナルツズマブ／オナルツズマブプラセボ投与後の少なくとも６０分間、患者の発熱、悪寒、または他の注入に関連した症状を観察した。その後、患者が前の注入に耐えた場合には、３０（±１０）分にわたって、オナルツズマブ／オナルツズマブプラセボの用量を投与した。
アームＡ及びアームＢの患者は、全試験期間を通じて３週間ごとに（オナルツズマブ注入後に）１５ｍｇ／ｋｇベバシズマブを服用した。ベバシズマブの用量は、スクリーニング時の患者の体重に基づき、患者の体重が、１０％超変化しない限り、全試験期間を通じて同じままである。０．９％塩化ナトリウム注入液、ＵＳＰ中にベバシズマブを希釈し、総容量１００ｍＬとした。９０±１５分にわたって、最初の用量を送達した。注入に関連したいかなる有害事象（発熱及び／または悪寒）なしで第１の注入を耐えた場合、６０±１０分にわたって、第２の注入を送達した。好適に６０分間の注入に耐えた場合、３０±１０分にわたって、次の全注入を送達した。
統計的分析。ＰＦＳの治療比較は、０．０５レベルの有意性（両側）の層化ログランク検定に基づいた。層別因子は、カーノフスキー活動状態（７０％〜８０％対９０％〜１００％）及び年齢（５０未満対５０歳以上）であった。カプラン−マイヤー法を用いて各治療アームのＰＦＳ中央値を推定した。カプラン−マイヤー曲線を構成してオナルツズマブ＋ベバシズマブとプラセボ＋ベバシズマブとの間の差の視覚的説明を提供した。９５％信頼区間（ＣＩ）を含む層化Ｃｏｘモデルを使用して、ハザード比（ＨＲ）として、治療効果の推定値を表した。ＯＳは、無作為化から死因を問わない死亡までの期間として定義した。生存していると最後にわかった日で、分析時に死亡したという報告がない患者のデータを打ち切った。ベースライン後データが利用できない場合、無作為化の日でＯＳを打ち切った。分析方法は、ＰＦＳのものと同じであった。ＯＳ−９は、９ヶ月時点で生存している患者のパーセンテージとして定義した。カプラン−マイヤー法を用いて、ＯＳ−９を推定し、グリーンウッドの式を用いて標準エラー及び対応する９５％ＣＩを推定した。グリーンウッドの式から推定した標準エラーを用いるｚ−検定によって、アームＡのＯＳ−９とアームＢとの間のＯＳ−９間の差に関する９５％ＣＩ及びｐ値を測定する。ＰＦＳ−６は、６ヶ月（２４週間）時点で生存しており、かつ憎悪がない患者のパーセンテージとして定義される。分析方法は、ＯＳ−９のものと同じである。客観的奏効は、ＣＲまたはＰＲとして定義した。ベースライン後疾患評価がない患者は、不応答者と考えられる。ＯＲＲの分析集団は、ベースライン時に測定可能な疾患を有する全無作為化患者である。各治療アームに対して、Ｂｌｙｔｈ−Ｓｔｉｌｌ−Ｃａｓｅｌｌａ法を用いてＯＲＲ及びその９５％ＣＩの推定値を計算する。２つのアーム間のＯＲＲの差のＣＩは、二項分布の正規近似を用いて決定する。ＤＯＲは、試験中、ＣＲまたはＰＲを経験した患者の初期奏効から疾患憎悪または死亡までの時間として定義する。分析時に進行または死亡していなかった患者は、最終疾患評価日で打ち切る。ＤＯＲを、カプラン−マイヤー法を用いて推定する。記述された目的のみのために非層化ログランク検定を使用して治療アーム間の比較を行った。
診査分析は、以下を含む。
ミニメンタルステート検査（ＭＭＳＥ）。治療アーム及び時点ごとに、ＭＭＳＥを用いた神経認知機能のベースラインからの変化を要約する。
副腎皮質ホルモン。治療アーム及び時点ごとに、ベースラインの副腎皮質ホルモンの使用及びベースラインからのデキサメタゾン等価用量の変化を要約する。
バイオマーカー。有効性及び／または有害事象を含む試験薬剤反応とこれらのマーカーとの相関を理解するために、診査バイオマーカー分析を実施した。
患者報告転帰（ＰＲＯ）。疾患関連及び治療関連症状重症度及び症状妨害のＰＲＯは、ＭＤアンダーソン症状評価尺度−脳腫瘍質問表（ＭＤＡＳＩ−ＢＴ）を用いて評価する。全患者に対して、ＭＤＡＳＩ−ＢＴ症状重症度及び症状妨害サブスケールを平均値（及び９５％ＣＩ）ごとに要約し、時点ごとにプロットする。ベースライン（サイクル１の第１日目、投与前）からの平均値（及び９５％ＣＩ）の変化及び各時点の絶対スコアを報告する。スコアリングは、ＭＤＡＳＩ及びＭＤＡＳＩ−ＢＴ検証文書に基づくものである（Ｃｌｅｅｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ（２０００）８９：１６３４−４６、Ａｒｍｓｔｒｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｏｎｃｏｌ（２００６）８０：２７−３５）。２つの一次治療アーム（オナルツズマブ＋ベバシズマブ及びベバシズマブ＋プラセボ）間でベースライン（サイクル１の第１日目）からの平均値（及び９５％ＣＩ）の変化を比較する。
結果。１２９名の患者を無作為に２つのアームに割り付けた。生存期間中央値追跡期間は、９．９ヶ月（Ｐｂｏ＋Ｂｅｖ）、９．８ヶ月（Ｏｎａ＋Ｂｅｖ）であった。この分析の臨床データカットオフ日は、２０１３年１１月７日であった。
再発性グリオブラストーマ患者では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤オナルツズマブとＶＥＧＦ拮抗剤ベバシズマブとを組み合わせた治療が、以下を示した。
（ｉ）対照アームと比較してＨＧＦのＩＳＨ２＋／３＋のＰＦＳ及びＯＳの方が明らかに長い、かつ
（ｉｉ）対照アームと比較してＨＧＦのＩＳＨ０／１＋のＰＦＳ及びＯＳの方が明らかに短い
図２は、ＨＧＦのＩＳＨステータスに従った全生存期間のサブグループ分析を示す。高ＨＧＦのＩＳＨ（２＋／３＋）の患者では、プラセボ＋ベバシズマブで治療した場合、全生存期間中央値が６．６ヶ月であり、一方、オナルツズマブ＋ベバシズマブで治療した場合、全生存期間中央値が１０．９ヶ月であった（ＨＲ＝０．３９（９５％ＣＩ０．１６、０．９６））。低ＨＧＦのＩＳＨ（０／１＋）の患者では、プラセボ＋ベバシズマブで治療した場合、全生存期間中央値が１２．６ヶ月であり、一方、オナルツズマブ＋ベバシズマブで治療した場合、全生存期間中央値が８．６ヶ月であった（ＨＲ＝２．３７（９５％ＣＩ１．２１、４．６６））。
図３は、ＨＧＦのＩＳＨが低い（０／１＋）患者及びＨＧＦのＩＳＨが高い（２＋／３＋）患者の全生存期間のカプラン−マイヤー分析を示す。
図４は、ＨＧＦのＩＳＨステータスに従った無増悪生存期間のサブグループ分析を示す。高ＨＧＦのＩＳＨ（２＋／３＋）の患者では、プラセボ＋ベバシズマブで治療した場合、無増悪生存期間中央値が２．８ヶ月であり、一方、オナルツズマブ＋ベバシズマブで治療した場合、無増悪生存期間中央値（ｍｅｄｉａｎ ｏｖｅｒａｌｌ ｓｕｒｖｉｖａｌ）が８．３ヶ月であった（ＨＲ＝０．３２（９５％ＣＩ０．１５、０．６））。低ＨＧＦのＩＳＨ（０／１＋）の患者では、プラセボ＋ベバシズマブで治療した場合、無増悪生存期間中央値が４．１ヶ月であり、一方、オナルツズマブ＋ベバシズマブで治療した場合、無増悪生存期間中央値が２．９ヶ月であった（ＨＲ＝１．６３（９５％ＣＩ０．９９、２．６８））。
図５は、ＨＧＦのＩＳＨが低い（０／１＋）患者及びＨＧＦのＩＳＨが高い（２＋／３＋）患者の無増悪生存期間のカプラン−マイヤー分析を示す。
図６は、ベバシズマブ＋プラセボに無作為に割り分けられた全患者（実線）対ベバシズマブ＋オナルツズマブに無作為に割り分けられた全患者（破線）の全生存期間の分析を示す。
図７は、ベバシズマブ＋プラセボに無作為割り付けられた全患者（実線）対ベバシズマブ＋オナルツズマブに無作為に割り分けられた患者（破線）対の無増悪生存期間の分析を示す。
明確に理解するために、図及び実施例により、上記発明について詳細に説明したが、説明及び実施例が本発明の範囲を限定するものと解釈してはならない。
実施例３ａ：ＰＣＲを用いて、再発性グリオブラストーマの患者で、ベバシズマブと組み合わせてオナルツズマブの有効性及び安全性を評価する無作為化、二重盲検、プラセボ対照、多施設第２相試験の分析
上記最初の再発時に、グリオブラストーマの患者で、プラセボ＋ベバシズマブと比較してオナルツズマブ＋ベバシズマブの有効性及び安全性を評価する無作為化、二重盲検、プラセボ対照、多施設第２相試験を、ＰＣＲを用いて評価した。この分析では、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ遺伝子発現分析を用いてＨＧＦのｍＲＮＡ発現レベルを評価した。
プロトコール：
パラフィン包埋、ホルマリン固定グリオブラストーマ腫瘍組織試料の１０ミクログラム厚のセクションを切断した。その後、ＲＮＡを抽出し、タンパク質及びＤＮＡを除去した。２μｌの全ＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写し、Ｓｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ ＩＩＩ／Ｐｌａｔｉｎｕｍ Ｔａｑ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）及びＰｒｅ−ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎｒｅａｃｔｉｏｎ ｍｉｘ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いて単一反応で前増幅した。ＨＧＦの発現を検出するために選択したプライマー／プローブセットには、元のＴａｑｍａｎアッセイ濃度（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）の０．０５倍で、最終希釈の前増幅反応（追加の９５のプローブプライマー対を含む）を含ませた。サーモサイクリング条件は、以下の通りであった：１５分間５０℃の１サイクル、２分間７０℃の１サイクル、その後、１５秒９５℃、及び４分間、６０℃の１４サイクル。
前増幅したｃＤＮＡを１．９４倍希釈し、その後、ＢｉｏＭａｒｋ ＢＭＫ−Ｍ−９６．９６プラットフォーム（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）上でＴａｑｍａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲ ＭａｓｔｅｒＭｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて、製造者の指示書に従って増幅させた。３検体で全試料をアッセイした。発現パネル中に、複数の細胞株でその発現安定性を事前に評価した２つのカスタム設計参照遺伝子、新鮮凍結組織試料、及びＦＦＰＥ組織試料、ＡＬ−１３７７２７１及びＶＰＳ−３３Ｂを含ませた。各試料では２つの参照遺伝子のＣｔ値の平均を計算し、以下のデルタＣｔ（ｄＣｔ）法を用いてＨＧＦの発現レベルを測定した：平均Ｃｔ（標的遺伝子）−平均Ｃｔ（参照遺伝子）。
結果。１２９名の患者を無作為に２つのアームに割り分けた。生存期間中央値追跡期間は、９．９ヶ月（Ｐｂｏ＋Ｂｅｖ）、９．８ヶ月（Ｏｎａ＋Ｂｅｖ）であった。この分析の臨床データカットオフ日は、２０１３年１１月７日であった。
再発性グリオブラストーマ患者では、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤オナルツズマブとＶＥＧＦ拮抗剤ベバシズマブとの組み合わせの治療が、以下を示した。
（ｉ）対照アームと比較して上位２５％のＨＧＦ−ＰＣＲ発現の患者のＰＦＳ及びＯＳ方が明らかに長い、かつ
（ｉ）対照アームと比較して下位７５％のＨＧＦ−ＰＣＲ発現の患者のＰＦＳ及びＯＳ方が明らかに短い。
図１７は、ＨＧＦ−ＰＣＲ発現に従った全生存期間のサブグループ分析を示す。高ＨＧＦ−ＰＣＲ（上位２５％）の患者では、プラセボ＋ベバシズマブアームで全生存期間中央値が７．３ヶ月であり、一方、オナルツズマブ＋ベバシズマブアームで全生存期間中央値に到達しなかった（ＨＲ＝０．２９（９５％ＣＩ０．０８，１．０６））。低ＨＧＦ−ＰＣＲ（下位７５％）の患者では、プラセボ＋ベバシズマブアームで全生存期間中央値に到達せず、一方、オナルツズマブ＋ベバシズマブアームで、全生存期間中央値が８．６ヶ月であった（ＨＲ＝１．８６（９５％ＣＩ１．０３、３．３６））。
図１８は、低ＨＧＦ−ＰＣＲ（下位７５％）患者及び高ＨＧＦ−ＰＣＲ（上位２５％）患者の全生存期間のカプラン−マイヤー分析を示す。
図１９は、ＨＧＦ−ＰＣＲ発現に従った無増悪生存期間のサブグループ分析を示す。高ＨＧＦ−ＰＣＲ（上位２５％）患者では、プラセボ＋ベバシズマブアームで無増悪生存期間中央値が２．８ヶ月であり、一方、オナルツズマブ＋ベバシズマブ群で無増悪生存期間中央値が６．１ヶ月であった（ＨＲ＝０．３７（９５％ＣＩ０．１６、０．８６））。低ＨＧＦ−ＰＣＲ（下位７５％）患者では、プラセボ＋ベバシズマブアームで無増悪生存期間中央値が４．１ヶ月であり、一方、オナルツズマブ＋ベバシズマブ群で無増悪生存期間中央値が２．９ヶ月であった（ＨＲ＝１．３９（９５％ＣＩ０．８７、２．２０））。
図２０は、低ＨＧＦ−ＰＣＲ（下位７５％）患者及び高ＨＧＦ−ＰＣＲ（上位２５％）患者の無増悪生存期間のカプラン−マイヤー分析を示す。
図２１は、ベバシズマブ＋プラセボアームの患者と比較してベバシズマブ＋オナルツズマブアームのＨＧＦ−ＰＣＲが高い（上位２５％）患者の全奏効率（ＯＲＲ）を示す。
図２２は、ベバシズマブ＋プラセボアームのＨＧＦ−ＰＣＲが低い（下位７５％）患者及びＨＧＦ−ＰＣＲが高い（上位２５％）患者の無増悪生存期間及び全生存期間の予後作用を示す。

Claims (189)

  1. 患者の癌が、多量のＨＧＦバイオマーカーを有するかを決定するステップを含むｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療に反応する可能性が高い癌患者の特定方法であって、ＨＧＦバイオマーカーの発現が、患者が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療に反応する可能性が高いことを示す、前記方法。
  2. 患者の癌が、多量のＨＧＦバイオマーカーを有するかを決定するステップを含む癌患者の予後の測定方法であって、ＨＧＦバイオマーカー発現が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤で患者を治療すると、患者の全生存期間（ＯＳ）及び／または無増悪生存期間（ＰＦＳ）が延長される可能性が高いことを示す、前記方法。
  3. 前記患者の癌が、治療歴のあるグリオブラストーマであり、治療が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤及びＶＥＧＦ拮抗剤の治療に有効な組み合わせによるものである、請求項１または２に記載の方法。
  4. 前記患者の癌が、治療歴のある腎細胞癌である、請求項１または２に記載の方法。
  5. 前記治療が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤及びＶＥＧＦ拮抗剤の治療に有効な組み合わせによるものである、請求項４に記載の方法。
  6. 前記患者の癌が、治療歴のある中皮腫である、請求項１または２に記載の方法。
  7. 前記治療が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤及び第２の癌薬剤の治療に有効な組み合わせによるものである、請求項６に記載の方法。
  8. 前記患者の癌が、治療歴のある胃癌である、請求項１または２に記載の方法。
  9. 前記治療が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤及び第２の癌薬剤の治療に有効な組み合わせによるものである、請求項８に記載の方法。
  10. 前記患者の癌が、治療歴のある肝細胞癌である、請求項１または２に記載の方法。
  11. 前記治療が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤及び第２の癌薬剤の治療に有効な組み合わせによるものである、請求項１０に記載の方法。
  12. ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦのｍＲＮＡであり、ＨＧＦバイオマーカーｍＲＮＡの発現が、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）を用いて患者からの試料中で測定される、先行請求項のいずれかに記載の方法。
  13. 高ＨＧＦバイオマーカーが、２＋及び／または３＋のＩＳＨスコアである、請求項１２に記載の方法。
  14. 高ＨＧＦバイオマーカーが、２＋及び３＋のＩＳＨスコアである、請求項１２に記載の方法。
  15. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中の約１２以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である、請求項１２に記載の方法。
  16. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中の約１５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である、請求項１２に記載の方法。
  17. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中の約２０以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である、請求項１２に記載の方法。
  18. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中の約２５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である、請求項１２に記載の方法。
  19. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中の約３０以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在することである、請求項１２に記載の方法。
  20. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中の約３５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である、請求項１２に記載の方法。
  21. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の１％以上である、請求項１２に記載の方法。
  22. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の２％以上である、請求項１２に記載の方法。
  23. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の３％以上である、請求項１２に記載の方法。
  24. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の４％以上である、請求項１２に記載の方法。
  25. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の５％以上である、請求項１２に記載の方法。
  26. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の１０％以上である、請求項１２に記載の方法。
  27. ＨＧＦバイオマーカーの発現が、核酸の発現であり、ＰＣＲ（例えば、ｒｔ−ｑＰＣＲ）、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、またはＦＩＳＨを用いて前記患者からの試料中で測定される、請求項１から１１のいずれか１項に記載の方法。
  28. ＨＧＦバイオマーカーの発現が、ｒｔ−ｑＰＣＲを用いて前記患者からの試料中で測定される、請求項２７に記載の方法。
  29. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、参照患者集団の上位２５％中にある、請求項２７または２８に記載の方法。
  30. 患者の癌が、少量のＨＧＦバイオマーカーを有するかを決定するステップを含むｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療に反応する可能性が高い癌患者の特定方法であって、ＨＧＦバイオマーカーの発現が、患者が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療に反応する可能性が高いことを示す、前記方法。
  31. ＨＧＦバイオマーカー核酸の発現が、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）を用いて前記患者からの試料中で測定される、請求項３０に記載の方法。
  32. 低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、２＋未満のＩＳＨスコアである、請求項３１に記載の方法。
  33. 低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、０または１＋のＩＳＨスコアである、請求項３１に記載の方法。
  34. 低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、０のＩＳＨスコアである、請求項３１に記載の方法。
  35. 低ＨＧＦバイオマーカーが、１０以下の細胞中のＨＧＦのＩＳＨ陽性シグナルの存在である、請求項３１に記載の方法。
  36. 低ＨＧＦバイオマーカーが、５以下の細胞中のＨＧＦのＩＳＨ陽性シグナルの存在である、請求項３１に記載の方法。
  37. ＨＧＦバイオマーカー核酸の発現が、ＰＣＲ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、及びＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術からなる群から選択される技術を用いて、前記患者からの試料中で測定される、請求項３０に記載の方法。
  38. 前記ＰＣＲが、ｒｔ−ｑＰＣＲである、請求項３７に記載の方法。
  39. 低ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、参照患者集団の下位７５％にある、請求項３７または３８に記載の方法。
  40. 前記試料が、前記患者の癌の試料である、請求項１２から２９のいずれか１項に記載の方法。
  41. 前記試料が、グリオブラストーマ細胞及び良性ストローマ細胞を含む、請求項４０に記載の方法。
  42. 前記良性ストローマ細胞が、１つ以上の反応性アストロサイト、グリア細胞、ペリサイト及び内皮細胞である、請求項４１に記載の方法。
  43. 前記試料が、中皮腫細胞及び良性ストローマ細胞を含む、請求項４０に記載の方法。
  44. 前記試料が、胃癌細胞及び良性ストローマ細胞を含む、請求項４０に記載の方法。
  45. 良性ストローマ細胞が、１つ以上の繊維芽細胞、マクロファージ、及び内皮細胞である、請求項４４に記載の方法。
  46. 前記試料が、肝細胞癌細胞及び良性ストローマ細胞を含む、請求項４０に記載の方法。
  47. 前記試料が、腎細胞癌細胞及び良性ストローマ細胞を含む、請求項４０に記載の方法。
  48. 前記試料が、肉腫細胞及び良性ストローマ細胞を含む、請求項４０に記載の方法。
  49. 前記試料が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療前に得られる、請求項４０から４８のいずれか１項に記載の方法。
  50. 前記試料が、ＶＥＧＦ拮抗剤による治療前に得られる、請求項４０から４８のいずれか１項に記載の方法。
  51. 前記試料が、癌薬剤による治療前に得られる、請求項４０から４８のいずれか１項に記載の方法。
  52. 前記試料が、ホルマリン固定及びパラフィン包埋である、請求項４０から５１のいずれか１項に記載の方法。
  53. 前記ＩＳＨが、ハイブリダイゼーションに基づくシグナル増幅を用いて検出される、請求項１２から２６のいずれか１項に記載の方法。
  54. 前記癌が、グリオブラストーマ、中皮腫、肝細胞癌、腎細胞癌、胃癌、肉腫、骨肉腫、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、乳癌、胆嚢癌、または膵癌である、請求項４０に記載の方法。
  55. 前記癌が、グリオブラストーマ、中皮腫、腎細胞癌、胃癌、肝細胞癌または肉腫である、請求項５４に記載の方法。
  56. 前記癌が、治療歴のあるグリオブラストーマである、請求項５５に記載の方法。
  57. 前記癌が、治療歴のある胃癌である、請求項５５に記載の方法。
  58. 前記癌が、治療歴のある中皮腫である、請求項５５に記載の方法。
  59. 前記癌が、治療歴のある肝細胞癌である、請求項５５に記載の方法。
  60. 前記癌が、治療歴のある腎細胞癌である、請求項５５に記載の方法。
  61. 前記癌が、治療歴のある肉腫である、請求項５５に記載の方法。
  62. 前記ｃ−ｍｅｔ拮抗剤が、拮抗剤抗ｃ−ｍｅｔ抗体である、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  63. 前記抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、（ａ）配列ＧＹＴＦＴＳＹＷＬＨ（配列番号：１）を含むＨＶＲ１；（ｂ）配列ＧＭＩＤＰＳＮＳＤＴＲＦＮＰＮＦＫＤ（配列番号：２）を含むＨＶＲ２；（ｃ）配列ＡＴＹＲＳＹＶＴＰＬＤＹ（配列番号：３）を含むＨＶＲ３−ＨＣ；（ｄ）配列ＫＳＳＱＳＬＬＹＴＳＳＱＫＮＹＬＡ（配列番号：４）を含むＨＶＲ１−ＬＣ；（ｅ）配列ＷＡＳＴＲＥＳ（配列番号：５）を含むＨＶＲ２−ＬＣ；及び（ｆ）配列ＱＱＹＹＡＹＰＷＴ（配列番号：６）を含むＨＶＲ３−ＬＣを含む、請求項６２に記載の方法。
  64. 前記抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、オナルツズマブエピトープを結合する、請求項６２に記載の方法。
  65. 前記抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、オナルツズマブである、請求項６２に記載の方法。
  66. 有効量の前記抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、３週間ごとに１５ｍｇ／ｋｇである、請求項６２から６５のいずれか１項に記載の方法。
  67. 有効量の前記抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、２週間ごとに１０ｍｇ／ｋｇである、請求項６２から６５のいずれか１項に記載の方法。
  68. ｃ−ｍｅｔ拮抗剤が、１つ以上のクリゾチニブ、チバンチニブ、カボザンチニブ、ＭＧＣＤ−２６５、フィクラツズマブ、ヒト化ＴＡＫ−７０１、リロツムマブ、フォレチニブ、ｈ２２４Ｇ１１、ＤＮ−３０、ＭＫ−２４６１、Ｅ７０５０、ＭＫ−８０３３、ＰＦ−４２１７９０３、ＡＭＧ２０８、ＪＮＪ−３８８７７６０５、ＥＭＤ１２０４８３１、ＩＮＣ−２８０、ＬＹ−２８０１６５３、ＳＧＸ−１２６、ＲＰ１０４０、ＬＹ２８０１６５３、ＢＡＹ−８５３４７４、及び／またはＬＡ４８０である、請求項１から６１のいずれか１項に記載の方法。
  69. 前記ＶＥＧＦ拮抗剤が、抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項３または５に記載の方法。
  70. 前記抗ＶＥＧＦ抗体が、Ａ４．６．１エピトープを結合する、請求項６９に記載の方法。
  71. 前記抗ＶＥＧＦ抗体が、ベバシズマブである、請求項６９に記載の方法。
  72. 前記抗ＶＥＧＦ抗体が、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、ＶＨが、ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧ ＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬ ＳＣＡＡＳＧＹＴＦＴ ＮＹＧＭＮＷＶＲＱＡ ＰＧＫＧＬＥＷＶＧＷ ＩＮＴＹＴＧＥＰＴＹ ＡＡＤＦＫＲＲＦＴＦ ＳＬＤＴＳＫＳＴＡＹ ＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤ ＴＡＶＹＹＣＡＫＹＰ ＨＹＹＧＳＳＨＷＹＦ ＤＶＷＧＱＧＴＬＶＴ ＶＳＳ （配列番号：１４）のアミノ酸配列を有し、ＶＬが、ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳ ＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴ ＩＴＣＳＡＳＱＤＩＳ ＮＹＬＮＷＹＱＱＫＰ ＧＫＡＰＫＶＬＩＹＦ ＴＳＳＬＨＳＧＶＰＳ ＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤ ＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰ ＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱ ＹＳＴＶＰＷＴＦＧＱ ＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号：１５）のアミノ酸配列を有する、請求項６９に記載の方法。
  73. 有効量の前記抗ＶＥＧＦ抗体が、静脈内に２週間ごとに１０ｍｇ／ｋｇである、請求項６９から７２のいずれか１項に記載の方法。
  74. 前記有効量の前記抗ＶＥＧＦ抗体が、静脈内に３週間ごとに１５ｍｇ／ｋｇである、請求項６９から７２のいずれか１項に記載の方法。
  75. 前記有効量の前記抗ＶＥＧＦ抗体が、最初に静脈内に９０分間以上投与され、続いて、６０分間以上注入され、その後、３０分間注入される、請求項６９から７４のいずれか１項に記載の方法。
  76. 前記抗ＶＥＧＦ抗体が、第１のサイクルで、２番目に前記患者に投与される、請求項６９から７５のいずれか１項に記載の方法。
  77. 前記抗ＶＥＧＦ抗体の次の投与が、前記ｃ−ｍｅｔ拮抗剤の前または後である、請求項７６に記載の方法。
  78. 前記ＶＥＧＦ拮抗剤が、前記ｃ−ｍｅｔ拮抗剤と同時に投与される、請求項３、５または６９から７７のいずれか１項に記載の方法。
  79. 前記患者が、５０歳未満である、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  80. 前記患者が、５０歳以上である、請求項１から７８のいずれか１項に記載の方法。
  81. 前記患者のカーノフスキー動作状態が、７０％〜８０％である、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
  82. 前記患者のカーノフスキー動作状態が、９０％〜１００％である、請求項１から８０のいずれか１項に記載の方法。
  83. 高ＨＧＦバイオマーカーを有しない患者と比較して、前記患者のＰＦＳ及び／またはＯＳが大きい、請求項１から２９または４０から８２のいずれか１項に記載の方法。
  84. ＶＥＧＦ拮抗剤だけで治療される患者と比較して、前記患者のＰＦＳ及び／またはＯＳが大きい、請求項３に記載の方法。
  85. ＶＥＧＦ拮抗剤だけで治療される患者と比較して、前記患者のＰＦＳ及び／またはＯＳが大きい、請求項５に記載の方法。
  86. グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、及び肉腫からなる群から選択される癌の治療歴を有し、抗ｃ−ｍｅｔ抗体を含む治療に反応する可能性が高い患者の特定方法であって、（ｉ）前記患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸であり、ＩＳＨによって測定される）；及び（ｉｉ）前記試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体を含む前記治療に反応する可能性が高い前記患者を特定することを含む、前記方法。
  87. 前記方法が、さらに（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体を含む前記治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体を含む治療を前記患者のために推奨することを含む、請求項８６に記載の方法。
  88. グリオブラストーマ及び腎細胞癌からなる群から選択される癌の治療歴を有し、（ａ）抗ｃ−ｍｅｔ抗体及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体を含む治療に反応する可能性が高い患者の特定方法であって、（ｉ）前記患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸であり、ＩＳＨによって測定される）；及び（ｉｉ）前記試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体を含む前記治療に反応する可能性が高い前記患者を特定することを含む、前記方法。
  89. 前記方法が、さらに（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体を含む前記治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体を含む治療を前記患者のために推奨することを含む、請求項８８に記載の方法。
  90. グリオブラストーマ、中皮腫、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、及び肉腫からなる群から選択される癌の治療歴があり、抗ｃ−ｍｅｔ抗体を含む治療に反応する可能性が高い患者の特定方法であって、（ｉ）前記患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸であり、ｒｔ−ｑＰＣＲによって測定される）；及び（ｉｉ）前記試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体を含む前記治療に反応する可能性が高い前記患者を特定することを含む、前記方法。
  91. 前記方法が、さらに（ｉｉｉ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体を含む前記治療を選択すること、またはｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体を含む治療を前記患者のために推奨することを含む、請求項９０に記載の方法。
  92. グリオブラストーマ及び腎細胞癌からなる群から選択される癌の治療歴を有し、（ａ）抗ｃ−ｍｅｔ抗体及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体を含む治療に反応する可能性が高い患者の特定方法であって、（ｉ）前記患者からの試料中でＨＧＦバイオマーカーを測定すること（ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦ核酸であり、ｒｔ−ｑＰＣＲによって測定される）；及び（ｉｉ）前記試料が高ＨＧＦバイオマーカーを有する場合、（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体を含む前記治療に反応する可能性が高い前記患者を特定することを含む、前記方法。
  93. 前記方法が、さらに（ｉｉｉ）（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体を含む前記治療を選択すること、または（ａ）ｃ−ｍｅｔ拮抗剤抗体及び（ｂ）抗ＶＥＧＦ抗体を含む治療を前記患者のために推奨することを含む、請求項９２に記載の方法。
  94. 患者の癌が高いレベルのＨＧＦバイオマーカーを有するかどうかを測定するステップを含むＨＧＦバイオマーカー発現の測定方法であって、ＨＧＦバイオマーカー発現が、ｍＲＮＡ発現であり、前記患者からの試料中でＩＳＨを用いて測定され、高ＨＧＦバイオマーカー発現は、ＩＳＨスコアが２＋以上であり、高ＨＧＦバイオマーカー発現は、前記患者が抗ｃ−ｍｅｔ抗体で治療される場合、患者のＯＳ及び／またはＰＦＳが延長される可能性が高いことを示す前記方法。
  95. 患者の癌が高いレベルのＨＧＦバイオマーカーを有するかどうかを測定するステップを含むＨＧＦバイオマーカー発現の測定方法であって、ＨＧＦバイオマーカー発現が、ｍＲＮＡ発現であり、前記患者からの試料中でＩＳＨを用いて測定され、高ＨＧＦバイオマーカー発現は、ＩＳＨスコアが２＋以上であり、高ＨＧＦバイオマーカー発現は、前記患者が抗ＶＥＧＦ抗体と組み合わせて抗ｃ−ｍｅｔ抗体で治療される場合、患者のＯＳ及び／またはＰＦＳが延長される可能性が高いことを示す前記方法。
  96. 患者の癌が高いレベルのＨＧＦバイオマーカーを有するかどうかを測定するステップを含むＨＧＦバイオマーカー発現の測定方法であって、ＨＧＦバイオマーカー発現が、ｍＲＮＡ発現であり、前記患者からの試料中でｒｔ−ｑＰＣＲを用いて測定され、高ＨＧＦバイオマーカー発現は、参照患者集団の上位２５％のＨＧＦバイオマーカー発現であり、高ＨＧＦバイオマーカー発現は、前記患者が抗ｃ−ｍｅｔ抗体で治療される場合、患者のＯＳ及び／またはＰＦＳが延長される可能性が高いことを示す前記方法。
  97. 患者の癌が高いレベルのＨＧＦバイオマーカーを有するかどうかを測定するステップを含むＨＧＦバイオマーカー発現の測定方法であって、ＨＧＦバイオマーカー発現が、ｍＲＮＡ発現であり、前記患者からの試料中でｒｔ−ｑＰＣＲを用いて測定され、高ＨＧＦバイオマーカー発現は、参照患者集団の上位２５％のＨＧＦバイオマーカー発現であり、高ＨＧＦバイオマーカー発現は、前記患者が抗ＶＥＧＦ抗体と組み合わせて抗ｃ−ｍｅｔ抗体で治療される場合、患者のＯＳ及び／またはＰＦＳが延長される可能性が高いことを示す、前記方法。
  98. 患者の癌が、多量のＨＧＦバイオマーカーを有するのがわかった場合、前記患者に有効量のｃ−ｍｅｔ拮抗剤を投与することを含む前記癌の患者を治療する方法。
  99. 前記ｃ−ｍｅｔ拮抗剤が、拮抗剤抗ｃ−ｍｅｔ抗体である、請求項９８に記載の方法。
  100. 前記抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、（ａ）配列ＧＹＴＦＴＳＹＷＬＨ（配列番号：１）を含むＨＶＲ１；（ｂ）配列ＧＭＩＤＰＳＮＳＤＴＲＦＮＰＮＦＫＤ（配列番号：２）を含むＨＶＲ２；（ｃ）配列ＡＴＹＲＳＹＶＴＰＬＤＹ（配列番号：３）を含むＨＶＲ３−ＨＣ；（ｄ）配列ＫＳＳＱＳＬＬＹＴＳＳＱＫＮＹＬＡ（配列番号：４）を含むＨＶＲ１−ＬＣ；（ｅ）配列ＷＡＳＴＲＥＳ（配列番号：５）を含むＨＶＲ２−ＬＣ；及び（ｆ）配列ＱＱＹＹＡＹＰＷＴ（配列番号：６）を含むＨＶＲ３−ＬＣを含む、請求項９９に記載の方法。
  101. 前記抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、オナルツズマブエピトープを結合する、請求項９９に記載の方法。
  102. 前記抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、オナルツズマブである、請求項９９に記載の方法。
  103. 有効量の前記抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、３週間ごとに１５ｍｇ／ｋｇである、請求項９９に記載の方法。
  104. 有効量の前記抗ｃ−ｍｅｔ抗体が、２週間ごとに１０ｍｇ／ｋｇである、請求項９９に記載の方法。
  105. ｃ−ｍｅｔ拮抗剤が、１つ以上のクリゾチニブ、チバンチニブ、カボザンチニブ、ＭＧＣＤ−２６５、フィクラツズマブ、ヒト化ＴＡＫ−７０１、リロツムマブ、フォレチニブ、ｈ２２４Ｇ１１、ＤＮ−３０、ＭＫ−２４６１、Ｅ７０５０、ＭＫ−８０３３、ＰＦ−４２１７９０３、ＡＭＧ２０８、ＪＮＪ−３８８７７６０５、ＥＭＤ１２０４８３１、ＩＮＣ−２８０、ＬＹ−２８０１６５３、ＳＧＸ−１２６、ＲＰ１０４０、ＬＹ２８０１６５３、ＢＡＹ−８５３４７４、及び／またはＬＡ４８０である、請求項９８に記載の方法。
  106. 治療が、有効量のｃ−ｍｅｔ拮抗剤及びＶＥＧＦ拮抗剤の組み合わせによるものである、請求項９８から１０５のいずれか１項に記載の方法。
  107. 前記ＶＥＧＦ拮抗剤が、抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項１０６に記載の方法。
  108. 前記抗ＶＥＧＦ抗体が、Ａ４．６．１エピトープを結合する、請求項１０７に記載の方法。
  109. 前記抗ＶＥＧＦ抗体が、ベバシズマブである、請求項１０７に記載の方法。
  110. 前記抗ＶＥＧＦ抗体が、可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）を含み、ＶＨが、ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧ ＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬ ＳＣＡＡＳＧＹＴＦＴ ＮＹＧＭＮＷＶＲＱＡ ＰＧＫＧＬＥＷＶＧＷ ＩＮＴＹＴＧＥＰＴＹ ＡＡＤＦＫＲＲＦＴＦ ＳＬＤＴＳＫＳＴＡＹ ＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤ ＴＡＶＹＹＣＡＫＹＰ ＨＹＹＧＳＳＨＷＹＦ ＤＶＷＧＱＧＴＬＶＴ ＶＳＳ （配列番号：１４）のアミノ酸配列を有し、ＶＬが、ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳ ＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴ ＩＴＣＳＡＳＱＤＩＳ ＮＹＬＮＷＹＱＱＫＰ ＧＫＡＰＫＶＬＩＹＦ ＴＳＳＬＨＳＧＶＰＳ ＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤ ＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰ ＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱ ＹＳＴＶＰＷＴＦＧＱ ＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号：１５）のアミノ酸配列を有する、請求項１０７に記載の方法。
  111. 前記有効量の前記抗ＶＥＧＦ抗体が、静脈内に２週間ごとに１０ｍｇ／ｋｇである、請求項１０７から１１０のいずれか１項に記載の方法。
  112. 前記有効量の前記抗ＶＥＧＦ抗体が、静脈内に３週間ごとに１５ｍｇ／ｋｇである、請求項１０７から１１０のいずれか１項に記載の方法。
  113. 前記有効量の前記抗ＶＥＧＦ抗体が、最初に静脈内に９０分間以上投与され、続いて、６０分間以上注入され、その後、３０分間注入される、請求項１０７から１１２のいずれか１項に記載の方法。
  114. 前記抗ＶＥＧＦ抗体が、第１のサイクルで、２番目に前記患者に投与される、請求項１０７から１１３のいずれか１項に記載の方法。
  115. 前記抗ＶＥＧＦ抗体の次の投与が、前記ｃ−ｍｅｔ拮抗剤の前または後である、請求項１０７から１１４のいずれか１項に記載の方法。
  116. 前記ＶＥＧＦ拮抗剤が、前記ｃ−ｍｅｔ拮抗剤と同時に投与される、請求項１０７から１１３のいずれか１項に記載の方法。
  117. 前記患者が、５０歳未満である、請求項９８から１１６のいずれか１項に記載の方法。
  118. 前記患者が、５０歳以上である、請求項９８から１１６のいずれか１項に記載の方法。
  119. 前記患者のカーノフスキー動作状態が、７０％〜８０％である、請求項９８から１１８のいずれか１項に記載の方法。
  120. 前記患者のカーノフスキー動作状態が、９０％〜１００％である、請求項９８から１１８のいずれか１項に記載の方法。
  121. 高ＨＧＦバイオマーカーを有しない患者と比較して、前記患者のＰＦＳ及び／またはＯＳが大きい、請求項９８から１２０のいずれか１項に記載の方法。
  122. ＶＥＧＦ拮抗剤だけで治療される患者と比較して、前記患者のＰＦＳ及び／またはＯＳが大きい、請求項９８から１２０のいずれか１項に記載の方法
  123. ＨＧＦバイオマーカーがＨＧＦのｍＲＮＡであり、ＨＧＦバイオマーカーｍＲＮＡの発現が、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）を用いて患者からの試料中で測定される、請求項９８から１２２のいずれか１項に記載の方法。
  124. 高ＨＧＦバイオマーカーが、２＋及び／または３＋のＩＳＨスコアである、請求項１２３に記載の方法。
  125. 高ＨＧＦバイオマーカーが、２＋及び３＋のＩＳＨスコアである、請求項１２３に記載の方法。
  126. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中の約１２以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である、請求項１２３に記載の方法。
  127. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中の約１５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である、請求項１２３に記載の方法。
  128. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中の約２０以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である、請求項１２３に記載の方法。
  129. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中の約２５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在することである、請求項１２３に記載の方法。
  130. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中の約３０以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である、請求項１２３に記載の方法。
  131. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中の約３５以上のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の存在である、請求項１２３に記載の方法。
  132. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の１％以上である、請求項１２３に記載の方法。
  133. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の２％以上である、請求項１２３に記載の方法。
  134. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の３％以上である、請求項１２３に記載の方法。
  135. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の４％以上である、請求項１２３に記載の方法。
  136. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の５％以上である、請求項１２３に記載の方法。
  137. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、前記試料中のＨＧＦのＩＳＨシグナル陽性細胞の１０％以上である、請求項１２３に記載の方法。
  138. ＨＧＦバイオマーカーの発現が、核酸の発現であり、ＰＣＲ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、またはＦＩＳＨを用いて前記患者からの試料中で測定される、請求項９８から１２２のいずれか１項に記載の方法。
  139. 前記ＰＣＲが、ｒｔ−ｑＰＣＲである、請求項１３８に記載の方法。
  140. 高ＨＧＦのｍＲＮＡバイオマーカーが、参照患者集団の上位２５％にある、請求項１３８または１３９に記載の方法。
  141. 前記試料が、前記患者の癌の試料である、請求項１２３から１４０のいずれか１項に記載の方法。
  142. 前記癌が、治療歴のあるグリオブラストーマである、請求項１４１に記載の方法。
  143. 前記試料が、グリオブラストーマ細胞及び良性ストローマ細胞を含む、請求項１４２に記載の方法。
  144. 前記良性ストローマ細胞が、１つ以上の反応性アストロサイト、グリア細胞、ペリサイト及び内皮細胞である、請求項１４３に記載の方法。
  145. 前記癌が、治療歴のある中皮腫である、請求項１４１に記載の方法。
  146. 前記試料が、中皮腫細胞及び良性ストローマ細胞を含む、請求項１４５に記載の方法。
  147. 前記癌が、治療歴のある胃癌である、請求項１４１に記載の方法。
  148. 前記試料が、胃癌細胞及び良性ストローマ細胞を含む、請求項１４７に記載の方法。
  149. 良性ストローマ細胞が、１つ以上の繊維芽細胞、マクロファージ、及び内皮細胞である、請求項１４８に記載の方法。
  150. 前記癌が、治療歴のある腎細胞癌である、請求項１４１に記載の方法。
  151. 前記試料が、腎細胞癌細胞及び良性ストローマ細胞を含む、請求項１５０に記載の方法。
  152. 前記癌が、治療歴のある肝細胞癌である、請求項１４１に記載の方法。
  153. 前記試料が、肝細胞癌細胞及び良性ストローマ細胞を含む、請求項１５２に記載の方法。
  154. 前記癌が、治療歴のある肉腫である、請求項１４１に記載の方法。
  155. 前記試料が、肉腫細胞及び良性ストローマ細胞を含む、請求項１５４に記載の方法。
  156. 前記試料が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療前に得られる、請求項１２３から１５５のいずれか１項に記載の方法。
  157. 前記試料が、ＶＥＧＦ拮抗剤による治療前に得られる、請求項１２３から１５５のいずれか１項に記載の方法。
  158. 前記試料が、癌薬剤による治療前に得られる、請求項１２３から１５５のいずれか１項に記載の方法。
  159. 前記試料が、ホルマリン固定及びパラフィン包埋である、請求項１２３から１５８のいずれか１項に記載の方法。
  160. 前記ＩＳＨが、ハイブリダイゼーションに基づくシグナル増幅を用いて検出される、請求項１２３から１３７のいずれか１項に記載の方法。
  161. 患者の癌が、少量のＨＧＦバイオマーカーを有するのがわかった場合、前記患者に治療有効量のｃ−ｍｅｔ拮抗剤以外の薬剤を投与することを含む前記癌の患者を治療する方法
  162. ターゲットオーディエンスに、ＨＧＦバイオマーカーの発現に基づいて癌患者を治療するためにｃ−ｍｅｔ抗体の使用をプロモーションすることを含むｃ−ｍｅｔ抗体の広告方法。
  163. 前記プロモーションが、前記抗ｃ−ｍｅｔ抗体の市販製剤に同封する添付文書によるものである、請求項１６２に記載の方法。
  164. 前記プロモーションが、第２の薬剤の市販製剤に同封する添付文書によるものである、請求項１６２に記載の方法。
  165. 前記第２の薬剤が、ＶＥＧＦ拮抗剤である、請求項１６４に記載の方法。
  166. 前記抗ｃ−ｍｅｔ抗体がオナルツズマブであり、前記ＶＥＧＦ拮抗剤がベバシズマブである、請求項１６５に記載の方法。
  167. 前記癌試料が高いレベルでバイオマーカーを発現する場合、前記患者が、ｃ−ｍｅｔ拮抗剤による治療に選択される、請求項１６２に記載の方法。
  168. 前記プロモーションが、ＶＥＧＦ拮抗剤と組み合わせて抗ｃ−ｍｅｔ抗体による治療を受けるための指示書を提供する添付文書によるものである、請求項１６２に記載の方法
  169. 前記プロモーションに続いて、前記第２の薬剤ありで、または前記第２の薬剤なしで、前記抗ｃ−ｍｅｔ抗体により患者を治療する、請求項１６２に記載の方法。
  170. グリオブラストーマの治療歴がある患者からの試料中のＨＧＦバイオマーカーの発現を測定するために１つの以上の試薬を含む診断キットであって、多量のＨＧＦバイオマーカーの検出が、患者が有効量のｃ−ｍｅｔ拮抗剤で治療される場合、生存期間（例えば、ＰＦＳ及び／またはＯＳ）の延長を意味する前記診断キット。
  171. 前記患者が有効量のｃ−ｍｅｔ拮抗剤及びＶＥＧＦ拮抗剤の組み合わせで治療される場合、多量のＨＧＦバイオマーカーの検出が、生存期間の延長を意味する、請求項１７０に記載の診断キット。
  172. 多量のＨＧＦバイオマーカーが測定される場合、前記グリオブラストーマの治療歴がある患者を治療するためにｃ−ｍｅｔ拮抗剤を選択するキットを使用するための指示書をさらに含む、請求項１７０に記載の診断キット。
  173. パッケージで、癌薬剤を含む医薬組成物と、前記医薬組成物がＨＧＦバイオマーカーの発現に基づいて癌患者を治療するためのものであることを示す添付文書を組み合わせることを含む、請求項１７０から１７２のいずれか１項に記載の診断キットの作製方法。
  174. 中皮腫の治療歴がある患者からの試料中のＨＧＦバイオマーカーの発現を測定するために１つの以上の試薬を含む診断キットであって、多量のＨＧＦバイオマーカーの検出が、患者が有効量のｃ−ｍｅｔ拮抗剤で治療される場合、生存期間（例えば、ＰＦＳ及び／またはＯＳ）の延長を意味する前記診断キット。
  175. 多量のＨＧＦバイオマーカーが測定される場合、前記中皮腫の治療歴がある患者を治療するためにｃ−ｍｅｔ拮抗剤を選択するキットを使用するための指示書をさらに含む、請求項１７４に記載の診断キット。
  176. パッケージで、医薬組成物を含む癌薬剤と、前記医薬組成物がＨＧＦバイオマーカーの発現に基づいて癌患者を治療するためのものであることを示す添付文書を組み合わせることを含む、請求項１７４または１７５に記載の診断キットの作製方法。
  177. 胃癌の治療歴がある患者からの試料中のＨＧＦバイオマーカーの発現を測定するために１つの以上の試薬を含む診断キットであって、多量のＨＧＦバイオマーカーの検出が、患者が有効量のｃ−ｍｅｔ拮抗剤で治療される場合、生存期間（例えば、ＰＦＳ及び／またはＯＳ）の延長を意味する前記診断キット。
  178. 多量のＨＧＦバイオマーカーが測定される場合、前記胃癌の治療歴がある患者を治療するためにｃ−ｍｅｔ拮抗剤を選択するキットを使用するための指示書をさらに含む、請求項１７７に記載の診断キット。
  179. パッケージで、癌薬剤を含む医薬組成物と、前記医薬組成物がＨＧＦバイオマーカーの発現に基づいて癌患者を治療するためのものであることを示す添付文書を組み合わせることを含む、請求項１７７または１７８に記載の診断キットの作製方法。
  180. 腎細胞癌の治療歴がある患者からの試料中のＨＧＦバイオマーカーの発現を測定するために１つの以上の試薬を含む診断キットであって、多量のＨＧＦバイオマーカーの検出が、患者が有効量のｃ−ｍｅｔ拮抗剤で治療される場合、生存期間（例えば、ＰＦＳ及び／またはＯＳ）の延長を意味する前記診断キット。
  181. 前記患者が有効量のｃ−ｍｅｔ拮抗剤及びＶＥＧＦ拮抗剤の組み合わせで治療される場合、多量のＨＧＦバイオマーカーの検出が、生存期間の延長を意味する、請求項１８０に記載の診断キット。
  182. 多量のＨＧＦバイオマーカーが測定される場合、前記腎細胞癌の治療歴がある患者を治療するためにｃ−ｍｅｔ拮抗剤を選択するキットを使用するための指示書をさらに含む、請求項１８０に記載の診断キット。
  183. パッケージで、癌薬剤を含む医薬組成物と、前記医薬組成物がＨＧＦバイオマーカーの発現に基づいて癌患者を治療するためのものであることを示す添付文書を組み合わせることを含む、請求項１８０から１８２のいずれか１項に記載の診断キットの作製方法。
  184. 肝細胞癌の治療歴がある患者からの試料中のＨＧＦバイオマーカーの発現を測定するために１つの以上の試薬を含む診断キットであって、多量のＨＧＦバイオマーカーの検出が、患者が有効量のｃ−ｍｅｔ拮抗剤で治療される場合、生存期間（例えば、ＰＦＳ及び／またはＯＳ）の延長を意味する前記診断キット。
  185. 多量のＨＧＦバイオマーカーが測定される場合、前記肝細胞癌の治療歴がある患者を治療するためにｃ−ｍｅｔ拮抗剤を選択するキットを使用するための指示書をさらに含む、請求項１８４に記載の診断キット。
  186. パッケージで、癌薬剤を含む医薬組成物と、前記医薬組成物がＨＧＦバイオマーカーの発現に基づいて癌患者を治療するためのものであることを示す添付文書を組み合わせることを含む、請求項１８４または１８５に記載の診断キットの作製方法。
  187. 肉腫の治療歴がある患者からの試料中のＨＧＦバイオマーカーの発現を測定するための１つの以上の試薬を含む診断キットであって、多量のＨＧＦバイオマーカーの検出が、患者が有効量のｃ−ｍｅｔ拮抗剤で治療される場合、生存期間（例えば、ＰＦＳ及び／またはＯＳ）の延長を意味する前記診断キット。
  188. 多量のＨＧＦバイオマーカーが測定される場合、前記肉腫の治療歴がある患者を治療するためにｃ−ｍｅｔ拮抗剤を選択するキットを使用するための指示書をさらに含む、請求項１８７に記載の診断キット。
  189. パッケージで、癌薬剤を含む医薬組成物と、前記医薬組成物がＨＧＦバイオマーカーの発現に基づいて癌患者を治療するためのものであることを示す添付文書を組み合わせることを含む、請求項１８７または１８８に記載の診断キットの作製方法。
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