KR20160137599A - C-met 길항제로의 암 치료 및 이것과 hgf 발현과의 상관관계 - Google Patents

C-met 길항제로의 암 치료 및 이것과 hgf 발현과의 상관관계 Download PDF

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Abstract

본 발명은 암 생체표지자에 관한 것이다. 특히, 본 발명은 암의 경우의 환자 선택 및 환자 예후를 위한 생체표지자로서 HGF에 관한 것일뿐만 아니라, 치료 차원의 치료 방법, 제조 물품 및 이들의 제조 방법, 진단 키트, 검출 방법 및 이것과 관련된 광고 방법에 관한 것이다.

Description

C-MET 길항제로의 암 치료 및 이것과 HGF 발현과의 상관관계{CANCER TREATMENT WITH C-MET ANTAGONISTS AND CORRELATION OF THE LATTER WITH HGF EXPRESSION}
관련 출원에 대한 상호 참조
본원은 임시 출원 제61/985,316호(2014년 4월 28일 출원) 및 임시 출원 제61/969,706호(2014년 3월 24일 출원)의 우선권을 주장하고, 이들 각각의 내용은 참조로 본원에 편입되었다.
서열 목록
본원은 ASCII 포맷으로 전자 형식으로 제출되어, 그 전체가 참조로 본원에 편입된 서열 목록을 포함한다. 상기 ASCII 카피는 2015년 3월 20일 생성된 화일명 P5805R1-WO_SL.txt 파일로 크기가 31,028 바이트이다.
본 발명은 치료 차원의 치료 방법에 관한 것이다. 특히, 본 발명은 c-met 길항제를 사용한 인간 암 환자의 치료에 관한 것이다. 또한, 본 발명은 생체표지자, 예컨대 간세포 생장 인자에 관한 것이다.
암은 여전히 인간 건강에 가장 치명적인 위협들 중 하나로 남아 있다. 미국에서, 암은 매년 거의 130만 명의 새 환자에게 영향을 미치고 있고, 심장병 다음으로 두 번째로 주요한 사망 원인으로, 사망 4건 당 약 1건을 차지한다. 또한 암은 심혈관계 질환을 넘어서 5년 내 사망 원인 1위가 될 것으로 예측된다. 사망의 대부분은 단단한 종양 때문이다. 특정 암의 의학적 치료에 유의미한 진전이 있어 왔지만, 모든 암의 경우 총 5년 생존율이 지난 20년에 걸쳐 약 10%만 개선된 바 있다. 암, 또는 악성 종양은 전이되고 통제불가하게 빠른 속도로 자라서, 시의적절한 검출 및 치료를 상당히 어렵게 만들고 있다.
신경교종이 모든 악성 뇌 및 CNS 종양의 81%를 차지한다. 교아세포종 - 세계 보건 기구(WHO) 등급 IV 성상세포종-이 악성 신경교종의 60% 내지 70%를 차지하며, 신경교종의 가장 공격적인 하위 유형으로 존재한다. 이것은 대부분 성인(진단 시 중간 나이: 64세)에서 발생하고 이것의 발생률은 미국의 경우 3.05/100,000로, 유럽의 경우 2/100,000 미만으로 추산된다. 1년 및 5년 전체 생존율이 각각 29% 및 3%로, 교아세포종의 예후는 여전히 특히 좋지 않다(Central Brain Tumor Registry of the United States(2005)(CBTRUS; http://www.cbtrus.org).
교아세포종의 치료에 어느 정도 진전이 이루어졌으나, 상기 질병은 제한적인 선택 치료로 상당히 불충족된 의학적 필요를 직면하고 있다.
중피종은 여러 내부 장기를 덮고 있는 보호 내피인 중피의 세포에서 발달한 암 형태이다. 악성 중피종의 발생률은 나라마다 뚜렷한 변형을 보인다. 가장 높은 발생률을 보이는 나라에는, 호주, 벨기에 및 대영제국이 포함되고, 이들의 발생률은 약 3/100,000으로 추산된다. 증거에 의하면 석면의 노출과 중피종의 성장 사이에 관계가 있음이 시사된다. 석면의 처음 노출과 중피종의 진단 사이의 잠재 기간(latency period)은 광범위하게 다양한데, 석면의 노출의 강도의 변화의 결과일 가능성이 있다. 악성 중피종은 현재 요법의 좋지 않은 결과 때문에 심각한 건강 문제로 남아 있다. Bianchi, C. 및 Bianchi, T., Industrial Health, 45: 379-387 (2007).
간세포 암종(HCC, 또는 악성 간세포암로 불림)은 가장 흔한 유형의 간암이다. HCC의 대부분의 경우는 바이러스 간염 전염(B형 또는 C형 간염) 또는 간 경변증에 부차적이다. HCC는 전 세계적으로 가장 흔한 종양 중 하나이다. 이것은 여성보다 남성에게서 더 자주 발생하고, 일반적으로 50세 이상의 집단에서 관찰된다. 상기 암이 수술에 의해 완전히 제거되지 않으면, HCC는 일반적으로 3 내지 6개월 내 사망을 초래한다. (MedlinePlus (2013);http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ency/article/000280.htm).
위암은 헬리코박터 파이로리균에 의한 전염에 의해 가장 흔히 유발된다. 위암의 약 90 내지 95%는 선암종이다. 위암은 대체로 성인에게서 발생한다(진단 시 평균 연령: 69세). 위암의 발병률은 약 111명 당 1명꼴이다. 미국에서 모든 위암 환자의 경우 전체 5-년 상대 생존율은 약 29%이다(American Cancer Society (2014); http://www.cancer.org/cancer/stomachcancer/index).
콩팥 세포 암종은 가장 흔한 유형의 신장암으로, 신장암의 약 90%를 차지한다. 콩팥 세포 암종은 대부분 성인에게서 발생한다(진단 시 평균 연령: 64세). 신장암 발병의 평생 위험률은 약 63명당 1명꼴이다. 신장암 진단을 받은 집단의 5년 생존율은 상기 암의 단계에 따라 달라지는데, I단계 신장암 환자의 경우 5년 생존율이 81%이고 IV단계 신장암 환자의 경우 5년 생존율이 8%이다(American Cancer Society (2015); http://www.cancer.org/cancer/kidneycancer/index).
육종은 간엽에서 유래된 변형된 세포에서 발생하는 암이다. 육종은 뼈, 연골, 지방, 근육, 혈관 및 조혈 조직을 비롯한 수많은 조직에서 초래될 수 있다. 미국에서는 매년 육종이 약 15,000건의 새로 발견된다. 골육종의 5년 생존율은 약 70%이다(Longi, A., 등, Cancer Treat. Rev., 32(6); 423-36 (2006).
출원 및 문헌들을 비롯하여 본원에 언급된 모든 참조들은 그 전체가 본원에 참조로 편입되었다.
발명의 요약
암 환자를 효과적으로 치료하기 위한 c-met 길항제의 사용이 제공된다. 본원은 또한 질병을 진단하는 보다 나은 방법 및 선택적으로 c-met 길항제로 질병을 치료하기 위한 보다 나은 방법을 제공한다. 상기 c-met 길항제는 암의 효과적인 치료를 위해 선택적으로 VEGF 길항제와 병용하여 사용된다.
특히, 간세포 생장 인자("HGF"와 상호교환하여 사용가능함) 생체표지자가 항-c-met 길항제와 선택적으로 VEGF 길항제로의 치료가 임상적으로 의미 있는 혜택을 제공하는 환자 집단를 식별하기 위해 사용된다. 특히, 본 발명은 재발 교아세포종을 가진 개체에서 항-VEGF 항체(베바시주맙(bevacizumab))과 병용한 항-c-met 항체 MetMAb(오나투주맙(onartuzumab))의 임의 단계 II 임상실험의 데이터를 제공한다. HGF 생체표지자가 MetMAb와 베바시주맙 치료가 무진행 생존율 및 전체 생존율에 의해 평가된 임상적으로 의미 있는 혜택을 제공한 환자 집단를 식별하는데 사용되었다. 상기 임상 실험에서, MetMAb와 베바시주맙으로의 치료가 높은 수치의 HGF 생체표지자를 발현한 재발 교아세포종을 갖는 환자에게 임상적으로 의미 있는 혜택을 제공하였다. 상기 결과는 무진행 생존율(PFS) 및 전체 생존율(OS)에 의해 평가되는 효능이, 베바시주맙 단독 치료의 경우의 PFS 및 OS 데이터와 비교할 때, 특히 긍정적이었음을 보여주었다. 이와 같은 차이는 통계학적으로 유의미하였고, 베바시주맙에 MetMab의 첨가는 높은 수치의 HGF 생체표지자를 발현한 재발 교아세포종을 가진 환자에게서 무진행 생존율 및 전체 생존율 모두를 증가시켰다. 상기 임상 실험 데이터는 또한, 베바시주맙 단독으로 치료받은 환자의 진행 및 사망 위험률 대비, 베바시주맙과 병용한 MetMAb로의 치료가 낮은 수치의 HGF 생체표지자를 발현하는 재발 교아세포종을 가진 환자에게서 진행 및 사망의 위험률을 증가시켰음을 보여주었다. 상기 결과는 PFS 및 OS로 평가되는 효능이, 낮은 수치의 HGF 생체표지자를 발현한 교아세포종을 가진 환자에게서 베바시주맙 단독 치료의 경우의 PFS 및 OS 데이터와 비교할 때, MetMAb와 베바시주맙으로 치료받은 환자에게서 더 나빴음을 보여주었다. 이와 같은 차이는 통계학적으로 유의미하였다.
일 측면에서, 상기 환자의 암에 많은 양의 HGF 생체표지자가 있는 것으로 발견된 경우 상기 환자에게 c-met 길항제를 유효량으로 투여하는 것을 포함하는, 암 환자의 치료 방법이 제공된다.
일부 구현예에서 상기 환자의 암은 c-met을 과잉 발현한다. 일부 구현예에서, 상기 환자의 암은 c-met 증폭을 보인다. 일부 구현예에서, 상기 환자의 암은 c-met 증폭을 보이지 않는다.
일부 구현예에서, 상기 환자의 암은 c-met과 HGF를 모두 발현한다. 일부 구현예에서, 세포에서 분비된 HGF는 이것이 자가분비 방식으로 분비된 상기 세포의 표면에서 c-met과 결합한다. 일부 구현예에서, 상기 환자의 암은 c-met과 HGF를 모두 발현하고 자가분비 방식으로 신호를 전달한다. 일부 구현예에서, 환자의 암에서의 HGF 발현은 IHC 또는 ISH 또는 당해기술에 알려진 기타 방법을 사용하여 결정된다.
일부 구현예에서, 상기 c-met 길항제는 길항제 항-c-met 항체이다. 일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체는 (a) 서열 GYTFTSYWLH(서열식별번호: 1)을 포함하는 HVR1; (b) 서열 GMIDPSNSDTRFNPNFKD(서열식별번호: 2)을 포함하는 HVR2; (c) 서열 ATYRSYVTPLDY(서열식별번호: 3)을 포함하는 HVR3-HC; (d) 서열 KSSQSLLYTSSQKNYLA(서열식별번호: 4)을 포함하는 HVR1-LC; (e) 서열 WASTRES(서열식별번호: 5)를 포함하는 HVR2-LC; 및 (f) 서열 QQYYAYPWT(서열식별번호: 6)을 포함하는 HVR3-LC를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체는 오나투주맙 항원결정부와 결합한다. 일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체는 오나투주맙이다. 일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체의 유효량은 3주마다 15 mg/kg이다. 일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체의 유효량은 2주마다 10 mg/kg이다. 일부 구현예에서, 상기 c-met 길항제는 크리조티닙, 티반티닙, 카보잔티닙, MGCD-265, 피클라투주맙, 인간화된 TAK-701, 리로투무맙, 포레티닙, h224G11, DN-30, MK-2461, E7050, MK-8033, PF-4217903, AMG208, JNJ-38877605, EMD1204831, INC-280, LY-2801653, SGX-126, RP1040, LY2801653, BAY-853474 및/또는 LA480 중 하나 이상이다.
일부 구현예에서, 치료는 c-met 길항제과 VEGF 길항제의 병용의 유효량으로 이루어진다. 일부 구현예에서, 상기 VEGF 길항제는 항-VEGF 항체이다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체는 A4.6.1 항원결정부와 결합한다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체는 베바시주맙이다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체는 가변 중쇄(VH)와 가변 경쇄(VL)를 포함하되, 상기 VH는 아미노산 서열 EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGYTFT NYGMNWVRQA PGKGLEWVGW INTYTGEPTY AADFKRRFTF SLDTSKSTAY LQMNSLRAED TAVYYCAKYP HYYGSSHWYF DVWGQGTLVT VSS(서열식별번호: 14)을 갖고 상기 VL은 아미노산 서열 DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCSASQDIS NYLNWYQQKP GKAPKVLIYF TSSLHSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ YSTVPWTFGQ GTKVEIKR(서열식별번호: 15)를 갖는다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체의 유효량은 2주마다 정맥내 투여로 10 mg/kg이다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체의 상기 유효량은 3주마다 정맥내 투여로 15 mg/kg이다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체의 유효량은 최초 정맥내로 90분에 걸쳐 투여되고, 차후에 60분 그리고 이어서 30분에 걸쳐 주입된다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체는 제1 주기에 상기 환자에게 두 번째로 투여된다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체의 추후 투여는 상기 c-met 길항제 이전 또는 이후에 이루어진다. 일부 구현예에서, 상기 VEGF 길항제는 상기 c-met 길항제와 동시에 투여된다.
일부 구현예에서, 상기 환자는 50세 미만이다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 50세 이상이다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 카르노프스키 수행 상태가 70% 내지 80%이다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 카르노프스키 수행 상태가 90% 내지 100%이다.
일부 구현예에서, 상기 환자는 높은 HGF 생체표지자를 갖지 않는 환자에 비해 더 큰 PFS 및/또는 OS를 갖는다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 VEGF 길항제 단독으로 치료받은 환자에 비해 더 큰 PFS 및/또는 OS를 갖는다.
일부 구현예에서, 상기 HGF 생체표지자는 HGF mRNA이고, HGF 생체표지자 mRNA 발현은 제자리 혼성화(ISH)를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정된다. 일부 구현예에서, 높은 HGF 생체표지자는 2+ 및/또는 3+인 ISH 점수이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF 생체표지자는 2+ 및 3+인 ISH 점수이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에 약 12개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에 약 15개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에 약 20개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에서 약 25개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에 약 30개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에 약 35개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에 1% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에 2% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에 3% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에 4% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에 5% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에 10% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다.
일부 구현예에서, 상기 HGF 생체표지자 발현은 핵산 발현이고 증폭 기반 분석, RNA-seq, 유전자미세배열 분석법, SAGE, 매스어레이 기법 또는 FISH를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 증폭 기반 분석법은 폴리머라아제 연쇄반응(PCR) 기반 분석법(예컨대, 정량적 PCR, 실시간 PCR, 정량적 실시간 PCR(qRT-PCR), 역전사효소 PCR(rt-PCR), 및 역전사 정량적 PCR(rt-qPCR))이다.
일부 구현예에서, 상기 HGF 생체표지자는 HGF mRNA이고, HGF 생체표지자 mRNA 발현은 증폭 기반 분석법, RNA-seq, 유전자미세배열 분석법, SAGE, 매스어레이 기법 또는 FISH를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 증폭 기반 분석법은 PCR 기반 분석법(예컨대, 정량적 PCR, 실시간 PCR, 정량적 실시간 PCR(qRT-PCR), 역전사효소 PCR(rt-PCR) 및 역전사 정량적 PCR(rt-qPCR))이다. 일부 구현예에서, 상기 PCR 기반 분석법은 rt-qPCR이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF 생체표지자는 참조 환자 집단의 상위 50%에서의 HGF 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF 생체표지자는 참조 환자 집단의 상위 40%에서의 HGF 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF 생체표지자는 참조 환자 집단의 상위 35%에서의 HGF 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF 생체표지자는 참조 환자 집단의 상위 30%에서의 HGF 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF 생체표지자는 참조 환자 집단의 상위 25%에서의 HGF 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF 생체표지자는 참조 환자 집단의 상위 20%에서의 HGF 발현 수치이다.
일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 환자의 암에서 유래된 것이다. 상기 환자의 암의 샘플에는 암 세포, 림프구, 백혈구, 기질(stroma), 혈관, 연결조직, 기저판 및 기타 암 관련 세포 유형이 포함될 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 암 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서 상기 암은 교아세포종, 중피종, 간세포 암종, 콩팥 세포 암종, 위암, 육종 (예컨대, 골육종), 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 유방암, 담낭암 또는 췌장암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 교아세포종, 중피종, 콩팥 세포 암종, 위암, 간세포 암종 또는 육종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 교아세포종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 교아세포종이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 교아세포종 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 양성 기질 세포는 반응성 성상교세포, 신경아교 세포, 주피세포 및 내피 세포 중 하나 이상이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 중피종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 중피종이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 중피종 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 암은 위암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 위암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 위암 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 양성 기질 세포는 섬유아세포, 대식세포 및 내피 세포 중 하나 이상이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 콩팥 세포 암종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 콩팥 세포 암종 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 암은 간세포 암종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 간세포 암종이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 간세포 암종 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 암은 육종(예컨대, 골육종)이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 육종(예컨대, 이전에 치료받은 골육종)이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 육종 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 환자의 종양에서 유래된 것이다. 종양 샘플에는 암 세포, 림프구, 백혈구, 기질, 혈관, 연결조직, 기저판 및 상기 종양과 관련관 기타 모든 세포 유형이 포함될 수 있다.
일부 구현예에서, 상기 샘플은 c-met 길항제로의 치료 이전에 수득된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 VEGF 길항제로의 치료 이전에 수득된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 암 약제로의 치료 이전에 수득된다.
일부 구현예에서, 상기 샘플은 포르말린으로 고정되고 파라핀 포매된다. 일부 구현예에서, 상기 ISH는 혼성화-기반 신호 증폭을 사용하여 검출된다.
일부 구현예에서, RNA가 상기 샘플에서 단리된다. 일부 구현예에서, RNA가 상기 포르말린으로 고정되고 파라핀 포매된 샘플에서 단리된다. 일부 구현예에서, 상기 단리된 RNA가 정제된다. 일부 구현예에서, 상기 정제된 RNA는 증폭-기반 분석법을 위한 RNA 공급원으로 사용된다. 일부 구현예에서, 상기 증폭-기반 분석법은 PCR 기반 분석법이다. 일부 구현예에서, 상기 PCR 기반 분석법은 rt-qPCR이다.
일부 구현예에서 상기 암은 교아세포종, 중피종, 간세포 암종, 콩팥 세포 암종, 위암, 육종(예컨대, 골육종), 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 유방암, 담낭암 또는 췌장암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 교아세포종, 중피종, 콩팥 세포 암종, 위암, 간세포 암종 또는 육종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 교아세포종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 중피종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 위암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 간세포 암종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 육종이다.
일 측면에서, 상기 환자의 암에 적은 양의 HGF 생체표지자가 있는 것으로 발견된 경우, 상기 환자에게 c-met 길항제 이외의 약제를 치료차원의 유효량으로 투여하는 것을 포함하는, 암 환자를 치료하는 방법이 제공된다.
일 측면에서, 본 발명은 c-met 길항제로의 치료에 반응할 가능성이 있는 암 환자를 식별하기 위한 방법을 제공하는데, 상기 방법은 상기 환자의 암에 많은 양의 HGF 생체표지자가 있는지 여부를 확인하기 위한 단계를 포함하되, 상기 HGF 생체표지자 발현이 상기 환자가 상기 c-met 길항제로의 치료에 반응할 가능성이 있음을 시사한다.
일부 구현예에서, 상기 HGF 생체표지자가 HGF mRNA이고, HGF 생체표지자 mRNA 발현이 제자리 혼성화 (ISH)을 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정된다. 일부 구현예에서, 높은 HGF 생체표지자는 2+ 및/또는 3+인 ISH 점수이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF 생체표지자는 2+ 및 3+인 ISH 점수이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에 약 12개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에 약 15개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에 약 20개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에 약 25개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에 약 30개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중에 약 35개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플에서의 1% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플에서의 2% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플에서의 3% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플에서의 4% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플에서의 5% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플에서의 10% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다.
일부 구현예에서, 상기 HGF 생체표지자 발현은 핵산 발현이고 증폭 기반 분석법, RNA-seq, 유전자미세배열 분석법, SAGE, 매스어레이 기법 또는 FISH를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 증폭 기반 분석법은 중합효소 연쇄반응(PCR) 기반 분석법(예컨대, 정량적 PCR, 실시간 PCR, 정량적 실시간 PCR(qRT-PCR), 역전사효소 PCR(rt-PCR) 및 역전사 정량적 PCR(rt-qPCR))이다.
일부 구현예에서, 상기 HGF 생체표지자는 HGF mRNA이고, HGF 생체표지자 mRNA 발현은 증폭 기반 분석법, RNA-seq, 유전자미세배열 분석법, SAGE, 매스어레이 기법 또는 FISH를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 증폭 기반 분석법은 중합효소 연쇄반응(PCR) 기반 분석법(예컨대, 정량적 PCR, 실시간 PCR, 정량적 실시간 PCR(qRT-PCR), 역전사효소 PCR(rt-PCR) 및 역전사 정량적 PCR(rt-qPCR))이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF 생체표지자는 참조 환자 집단의 상위 50%에서의 HGF 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF 생체표지자는 참조 환자 집단의 상위 40%에서의 HGF 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF 생체표지자는 참조 환자 집단의 상위 35%에서의 HGF 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF 생체표지자는 참조 환자 집단의 상위 30%에서의 HGF 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF 생체표지자는 참조 환자 집단의 상위 25%에서의 HGF 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF 생체표지자는 참조 환자 집단의 상위 20%에서의 HGF 발현 수치이다.
일 측면에서, a c-met 길항제로의 치료에 반응할 가능성이 적은 암 환자를 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 환자의 암에 적은 양의 HGF 생체표지자가 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함하되, 상기 HGF 생체표지자 발현이 상기 환자가 상기 c-met 길항제로의 치료에 반응할 가능성이 적음을 시사한다. 일부 구현예에서, HGF 생체표지자 핵산 발현은 제자리 혼성화(ISH)를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정된다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 2+ 미만의 ISH 점수이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 1+ 미만의 ISH 점수이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 0 또는 1+인 ISH 점수이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자가 0인 ISH 점수이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF 생체표지자는 10개 이하의 세포에서의 HGF ISH 양성 신호의 존재이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF 생체표지자는 5개 이하의 세포에서의 HGF ISH 양성 신호의 존재이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF 생체표지자는 0개의 세포에서의 HGF ISH 양성 신호의 존재이다.
일 측면에서, c-met 길항제로의 치료에 반응할 가능성이 적은 암 환자를 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 환자의 암에 적은 양의 HGF 생체표지자가 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함하되, 상기 HGF 생체표지자 발현이 상기 환자가 상기 c-met 길항제로의 치료에 반응할 가능성이 적음을 시사한다. 일부 구현예에서, HGF 생체표지자 핵산 발현은 증폭 기반 분석법, RNA-seq, 유전자미세배열 분석법, SAGE, 매스어레이 기법 또는 FISH를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 증폭 기반 분석법은 중합효소 연쇄반응(PCR) 기반 분석법(예컨대, 정량적 PCR, 실시간 PCR, 정량적 실시간 PCR(qRT-PCR), 역전사효소 PCR(rt-PCR) 및 역전사 정량적 PCR(rt-qPCR))이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 참조 환자 집단의 하위 50%에서의 HGF 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 참조 환자 집단의 하위 60%에서의 HGF 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 참조 환자 집단의 하위 65%에서의 HGF 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 참조 환자 집단의 하위 70%에서의 HGF 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 참조 환자 집단의 하위 75%에서의 HGF 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 참조 환자 집단의 하위 80%에서의 HGF 발현 수치이다.
일부 구현예에서, 환자는 인간 환자이다. 상기 환자는 암 환자, 즉 암의 하나 이상의 증상을 앓고 있는 또는 앓을 위험이 있는 사람일 수 있다. 게다가, 상기 환자는 이전에 치료받은 암 환자일 수 있다. 상기 환자는 교아세포종 환자, 즉 교아세포종의 하나 이상의 증상을 앓고 있거나 앓을 위험이 있는 사람이다. 게다가, 상기 환자는 이전에 치료받은 교아세포종 환자일 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 단지 한 번의 전번차 화학요법으로 치료받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 이전에 테모졸로마이드로 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 방사선과 병용하여 테모졸로마이드로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 또 다른 제제와 병용하여 테모졸로마이드로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 교아세포종은 2차 교아세포종이다. 상기 환자는 중피종 환자, 즉 중피종의 하나 이상의 증상을 앓고 있거나 또는 앓을 위험이 있는 사람이다. 게다가, 상기 환자는 이전에 치료받은 중피종 환자일 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 단지 한 번의 전번차 화학요법으로 치료받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 방사선과 병용하여 화학요법으로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 또 다른 제제와 병용하여 화학요법으로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 중피종은 2차 중피종이다. 상기 환자는 위암 환자, 즉 위암의 하나 이상의 증상을 앓거나 또는 앓을 위험이 있는 사람일 수 있다. 게다가, 상기 환자는 이전에 치료받은 위암 환자일 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 단지 한 번의 전번차 화학요법으로 치료받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 방사선과 병용하여 화학요법으로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 또 다른 제제와 병용하여 화학요법으로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 위암은 2차 위암이다. 상기 환자는 콩팥 세포 암종 환자, 즉 콩팥 세포 암종의 하나 이상의 증상을 앓거나 또는 앓을 위험이 있는 사람일 수 있다. 게다가, 상기 환자는 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종 환자일 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 단지 한 번의 전번차 화학요법으로 치료받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 화학요법으로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 방사선과 병용하여 화학요법으로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 또 다른 제제와 병용하여 화학요법으로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 콩팥 세포 암종은 2차 콩팥 세포 암종이다. 상기 환자는 간세포 암종 환자, 즉 간세포 암종의 하나 이상의 증상을 앓거나 또는 앓을 위험이 있는 사람일 수 있다. 게다가, 상기 환자는 이전에 치료받은 간세포 암종 환자일 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 단지 한 번의 전번차 화학요법으로 치료받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 화학요법으로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 방사선과 병용하여 화학요법으로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 또 다른 제제와 병용하여 화학요법으로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 간세포 암종은 2차 간세포 암종이다.
일부 구현예에서, 상기 샘플은 암 환자에서 수득된 세포 또는 체액의 집합체이다. 상기 조직 또는 세포 샘플의 공급원은 신선한, 냉동된 및/또는 보존된 장기 또는 조직 샘플 또는 생검조직 또는 흡입액; 혈액 또는 모든 혈액 구성성분; 체액, 예컨대 뇌척수액, 양수, 복막액, 또는 세포간질액; 상기 개체의 임신 또는 발달의 어느 시점에서 유래된 세포에서 유래된 것과 같은 고체 조직일 수 있다. 상기 조직 샘플은 자연계에서 상기 조직과 자연스럽게 혼합되지 않는 화합물들, 예컨대 보존제, 항응고제, 완충용액, 고정액, 영양분, 항생제 등을 함유할 수 있다. 본원의 종양의 예에는, 비제한적으로, 종양 생검, 미세바늘 흡입액, 세기관지 세척액, 흉수, 객담, 소변, 수술 시료, 순환하는 종양 세포, 혈청, 혈장, 순환하는 혈장 단백질, 복수액, 종양에서 유도된 또는 종양과 유사한 특성을 보이는 1차 세포 배양액 또는 세포주, 뿐만 아니라 보존된 종양 샘플, 예컨대포르말린-고정, 파라핀-포매 종양 샘플 또는 냉동 종양 샘플이 포함된다. 종양 샘플에는 암 세포, 림프구, 백혈구, 기질, 혈관, 연결조직, 기저판 및 상기 종양과 관련된 기타 모든 세포 유형이 포함될 수 있다. 일 구현예에서, 상기 샘플은 교아세포종 종양 샘플(예컨대, 양성 기질, 예컨대, 반응성 성상교세포, 신경아교 세포, 주피세포 및/또는 내피 세포를 포함하는 교아세포종 종양 샘플)을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 육안으로 해부된 교아세포종 종양 샘플(예컨대, 형태학적으로 정상인 뇌 조직이 상기 종양 샘플에서 제거되었음)을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 육안으로 해부된 교아세포종 종양 샘플은 양성 기질(예컨대, 반응성 성상교세포, 신경아교 세포, 주피세포 및/또는 내피 세포)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 교아세포종 생검에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 교아세포종 암 절제에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 환자의 교아세포종 재발한 후 수득되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 환자의 교아세포종이 재발하기 전에 수득되었다. 일 구현예에서 상기 샘플은 중피종 종양 샘플(예컨대, 양성 기질을 포함하는 중피종 종양 샘플)을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 육안으로 해부된 중피종 종양 샘플(예컨대, 여기서 형태학적으로 정상인 중피 조직이 상기 종양 샘플에서 제거되었다)을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 육안으로 해부된 중피종 종양 샘플은 양성 기질을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 중피종 생검에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 중피종 암 절제에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 환자의 중피종이 재발한 후에 수득되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 환자의 중피종이 재발되기 전에 수득되었다. 일 구현예에서 상기 샘플은 위암 종양 샘플(예컨대, 양성 기질, 예컨대, 섬유아세포, 대식세포 및/또는 내피 세포를 포함하는 위암 종양 샘플)을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 육안으로 해부된 위암 종양 샘플(예컨대, 여기서 형태학적으로 정상적인 위 조직이 상기 종양 샘플에서 제거되었다)을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 육안으로 해부된 위암 종양 샘플은 양성 기질(예컨대, 섬유아세포, 대식세포 및/또는 내피 세포)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 위암 생검에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 위암 절제에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 환자의 위암이 재발한 이후에 수득되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 환자의 위암이 재발하기 이전에 수득되었다. 일 구현예에서 상기 샘플은 콩팥 세포 암종 종양 샘플(예컨대, 양성 기질을 포함하는 콩팥 세포 암종 종양 샘플)을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 육안으로 해부된 콩팥 세포 암종 종양 샘플(예컨대, 여기서 형태학적으로 정상적인 신장 조직이 상기 종양 샘플에서 제거되었다)을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 육안으로 해부된 콩팥 세포 암종 종양 샘플은 양성 기질을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 콩팥 세포 암종 생검에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 콩팥 세포 암종 암 절제에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 환자의 콩팥 세포 암종이 재발한 이후에 수득되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 환자의 콩팥 세포 암종이 재발하기 이전에 수득되었다. 일 구현예에서 상기 샘플은 간세포 암종 종양 샘플(예컨대, 양성 기질을 포함하는 간세포 암종 종양 샘플)을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 육안으로 해부된 간세포 암종 종양 샘플(예컨대, 여기서 형태학적으로 정상적인 간 조직이 상기 종양 샘플에서 제거되었다)을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 육안으로 해부된 간세포 암종 종양 샘플은 양성 기질을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 간세포 암종 생검에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 간세포 암종 암 절제에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 환자의 간세포 암종이 재발된 이후에 수득되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 환자의 간세포 암종이 재발되기 이전에 수득되었다.
일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 환자의 암에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 환자의 교아세포종에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 교아세포종은 이전에 치료받은 것이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 교아세포종 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 양성 기질 세포는 반응성 성상교세포, 신경아교 세포, 주피세포 및 내피 세포 중 하나 이상이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 환자의 중피종에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 중피종은 이전에 치료받은 것이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 중피종 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 환자의 위암에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 위암은 이전에 치료받은 것이다. 일부 구현예에서 상기 샘플은 위암 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 양성 기질 세포는 섬유아세포, 대식세포 및 내피 세포 중 하나 이상이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 콩팥 세포 암종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 콩팥 세포 암종 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 암은 간세포 암종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 간세포 암종이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 간세포 암종 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 암은 육종(예컨대, 골육종)이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 육종(예컨대 , 이전에 치료받은 골육종)이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 육종 세포와 양성 기질 세포를 포함한다.
일부 구현예에서, 교아세포종 때문에 이전에 치료받은 환자가 교아세포종 때문에 사전 암 치료를 받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 단지 한 번의 전번차 화학요법으로 치료받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 테모졸로마이드 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 방사선과 병용하여 테모졸로마이드로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 다른 제제와 병용하여 테모졸로마이드로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 교아세포종은 2차 교아세포종이다.
일부 구현예에서, 중피종 때문에 이전에 치료받은 환자는 중피종 때문에 사전 암 치료를 받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 단지 한 번의 전번차 화학요법으로 치료받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 방사선과 병용하여 화학요법으로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 다른 제제와 병용하여 화학요법으로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 중피종은 2차 중피종이다.
일부 구현예에서, 위암 때문에 이전에 치료받은 환자는 위암 때문에 사전 암 치료를 받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 단지 한 번의 전번차 화학요법으로 치료받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 방사선과 병용하여 화학요법으로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 다른 제제와 병용하여 화학요법으로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 위암은 2차 위암이다.
일부 구현예에서, 콩팥 세포 암종 때문에 이전에 치료받은 환자는 콩팥 세포 암종 때문에 사전 암 치료를 받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 단지 한 번의 전번차 화학요법으로 치료받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 방사선과 병용하여 화학요법으로 이전에 치료받았다.일부 구현예에서, 상기 환자는 다른 제제와 병용하여 화학요법으로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 콩팥 세포 암종은 2차 콩팥 세포 암종이다.
일부 구현예에서, 간세포 암종 때문에 이전에 치료받은 환자는 간세포 암종 때문에 사전 암 치료를 받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 단지 한 번의 전번차 화학요법으로 치료받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 방사선과 병용하여 화학요법으로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 다른 제제와 병용하여 화학요법으로 이전에 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 간세포 암종은 2차 간세포 암종이다.
일부 구현예에서, 상기 샘플은 c-met 길항제로의 치료 이전에 수득된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 VEGF 길항제로의 치료 이전에 수득된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 c-met 길항제와 VEGF 길항제로의 치료 이전에 수득된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 암 약제로의 치료 이전에 수득된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 포르말린으로 고정되고 파라핀 포매된 것이다. 일부 구현예에서, ISH는 혼성화-기반 신호 증폭을 사용하여 검출된다. 일부 구현예에서, RNA는 상기 샘플에서 단리된다. 일부 구현예에서, RNA는 포르말린으로 고정되고 파라핀 포매된 샘플에서 단리된다. 일부 구현예에서, 상기 단리된 RNA가 정제된다. 일부 구현예에서, 상기 정제된 RNA가 증폭-기반 분석을 위한 RNA 공급원으로 사용된다. 일부 구현예에서, 상기 증폭-기반 분석법은 PCR 기반 분석법이다. 일부 구현예에서, 상기 PCR 기반 분석법은 rt-qPCR이다.
일부 구현예에서 상기 암은 교아세포종, 중피종, 간세포 암종, 콩팥 세포 암종, 위암, 육종(예컨대, 골육종), 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 유방암, 담낭암 또는 췌장암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 교아세포종, 중피종, 콩팥 세포 암종, 위암, 간세포 암종 또는 육종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 교아세포종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 중피종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 위암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 간세포 암종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 육종이다.
일부 구현예에서, 상기 c-met 길항제는 길항제 항-c-met 항체이다. 일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체는 (a) 서열 GYTFTSYWLH(서열식별번호: 1)를 포함하는 HVR1; (b) 서열 GMIDPSNSDTRFNPNFKD(서열식별번호: 2)를 포함하는 HVR2; (c) 서열 ATYRSYVTPLDY(서열식별번호: 3)를 포함하는 HVR3-HC; (d) 서열 KSSQSLLYTSSQKNYLA(서열식별번호: 4)를 포함하는 HVR1-LC; (e) 서열 WASTRES(서열식별번호: 5)를 포함하는 HVR2-LC; 및 (f) 서열 QQYYAYPWT(서열식별번호: 6)을 포함하는 HVR3-LC를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체는 오나투주맙 항원결정부와 결합한다. 일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체는 오나투주맙이다. 일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체의 유효량은 3주마다 15 mg/kg이다. 일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체의 유효량은 2주마다 10 mg/kg이다. 일부 구현예에서, 상기 c-met 길항제는 크리조티닙, 티반티닙, 카보잔티닙, MGCD-265, 피클라투주맙, 인간화된 TAK-701, 리로투무맙, 포레티닙, h224G11, DN-30, MK-2461, E7050, MK-8033, PF-4217903, AMG208, JNJ-38877605, EMD1204831, INC-280, LY-2801653, SGX-126, RP1040, LY2801653, BAY-853474, 및/또는 LA480 중 하나 이상이다.
일부 구현예에서, 상기 VEGF 길항제는 항-VEGF 항체이다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체는 A4.6.1 항원결정부와 결합한다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체는 베바시주맙이다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체는 가변 중쇄(VH)와 가변 경쇄(VL)를 포함하되, 상기 VH는 아미노산 서열 EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGYTFT NYGMNWVRQA PGKGLEWVGW INTYTGEPTY AADFKRRFTF SLDTSKSTAY LQMNSLRAED TAVYYCAKYP HYYGSSHWYF DVWGQGTLVT VSS(서열식별번호: 14)를 갖고 상기 VL은 아미노산 서열 DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCSASQDIS NYLNWYQQKP GKAPKVLIYF TSSLHSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ YSTVPWTFGQ GTKVEIKR(서열식별번호: 15)를 갖는다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체의 유효량은 2주마다 정맥내 투여로 10 mg/kg이다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체의 유효량은 3주마다 정맥내 투여로 15 mg/kg이다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체의 유효량은 처음에 90분에 걸쳐 정맥내로 투여되고, 차후에 60분에 걸쳐 그리고 이어서 30분에 걸쳐 주입된다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체는 제1 주기에 상기 환자에게 두 번째로 투여된다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체는 상기 c-met 길항제 이전에 또는 이후에 상기 환자에게 투여된다. 일부 구현예에서, 상기 VEGF 길항제는 상기c-met 길항제와 동시에 투여된다.
일부 구현예에서, 상기 환자는 50세 미만이다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 50세 이상이다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 카르노프스키 수행 상태가 70% 내지 80%이다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 카르노프스키 수행 상태가 90% 내지 100%이다.
일부 구현예에서, 상기 환자는 높은 HGF 생체표지자를 갖지 않는 환자 대비 더 큰 PFS 및/또는 OS를 갖는다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 VEGF 길항제 단독으로 치료받은 환자 대비 더 큰 PFS 및/또는 OS를 갖는다.
일 측면에서, 교아세포종(예컨대, 이전에 치료받은 교아세포종)이 있는 환자가 (a) 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자는 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 ISH에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 교아세포종(예컨대, 이전에 치료받은 교아세포종)이 있는 환자가 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자는 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 ISH에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)을 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 추가로 제2 암 약제를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 중피종(예컨대, 이전에 치료받은 중피종)이 있는 환자가 (a) 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자는 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정은 ISH에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 중피종(예컨대, 이전에 치료받은 중피종)이 있는 환자가 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자는 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정은 ISH에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법으 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 추가로 제2 암 약제를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 위암(예컨대, 이전에 치료받은 위암)이 있는 환자가 (a) 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자는 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정은 ISH에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 위암(예컨대, 이전에 치료받은 위암)이 있는 환자가 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자는 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정은 ISH에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 추가로 제2 암 약제를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 콩팥 세포 암종(예컨대, 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종)이 있는 환자가 (a) 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자가 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 ISH에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가한다.
일 측면에서, 콩팥 세포 암종(예컨대, 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종)이 있는 환자가 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자가 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 ISH에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)을 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)을 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 추가로 제2 암 약제를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)을 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 간세포 암종(이전에 치료받은 간세포 암종)이 있는 환자가 (a) 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자가 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 ISH에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 간세포 암종(예컨대, 이전에 치료받은 간세포 암종)이 있는 환자가 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법이 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자가 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 ISH에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 추가로 제2 암 약제를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 육종(예컨대, 이전에 치료받은 육종)이 있는 환자가 (a) 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자가 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 ISH에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 육종(예컨대, 이전에 치료받은 육종)이 있는 환자가 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자가 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 ISH에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 추가로 제2 암 약제를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 교아세포종(예컨대, 이전에 치료받은 교아세포종)이 있는 환자가 (a) 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법이 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자가 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 PCR 기반 분석법(예컨대, rt-qPCR); 및 (ii) 상기 샘플이 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) (a) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 교아세포종(예컨대, 이전에 치료받은 교아세포종)이 있는 환자가 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법이 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자가 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 PCR 기반 분석법(예컨대, rt-qPCR)에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에서 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)을 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 추가로 제2 암 약제를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 중피종(예컨대, 이전에 치료받은 중피종)이 있는 환자가 (a) 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자가 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 PCR 기반 분석법(예컨대, rt-qPCR)에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 중피종(예컨대, 이전에 치료받은 중피종)이 있는 환자가 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자가 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정은 PCR 기반 분석법(예컨대, rt-qPCR)에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 추가로 제2 암 약제를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 위암(예컨대, 이전에 치료받은 위암)이 있는 환자가 (a) 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자가 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 PCR 기반 분석법(예컨대, rt-qPCR)에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 위암(예컨대, 이전에 치료받은 위암)이 있는 환자가 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자가 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 PCR 기반 분석법(예컨대, rt-qPCR)에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 추가로 제2 암 약제를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 콩팥 세포 암종(예컨대, 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종)이 있는 환자가 (a) 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자가 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 PCR 기반 분석법(예컨대, rt-qPCR)에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 콩팥 세포 암종(예컨대, 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종)이 있는 환자가 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자가 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 PCR 기반 분석법(예컨대, rt-qPCR)에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)을 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 추가로 제2 암 약제를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 간세포 암종(즉, 이전에 치료받은 간세포 암종)이 있는 환자가 (a) 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자가 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 PCR 기반 분석법(예컨대, rt-qPCR)에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)과 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 간세포 암종(예컨대, 이전에 치료받은 간세포 암종)이 있는 환자가 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자가 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 PCR 기반 분석법(예컨대, rt-qPCR)에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)을 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 추가로 제2 암 약제를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 육종(예컨대, 이전에 치료받은 육종)이 있는 환자가 (a) 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자기 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 PCR 기반 분석법(예컨대, rt-qPCR)에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)을 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 육종(예컨대, 이전에 치료받은 육종)이 있는 환자가 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(상기 HGF 생체표지자가 HGF 핵산(예컨대, mRNA)이고 측정이 PCR 기반 분석법(예컨대, rt-qPCR)에 의한 것임); 및 (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 추천하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 추가로 제2 암 약제를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 추가로 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
일 측면에서, 환자의 암에 높은 수치의 HGF 생체표지자가 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함하는, HGF 생체표지자 발현을 결정하기 위한 방법이 제공되되, 상기 HGF 생체표지자 발현가 mRNA 발현이고 ISH를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정되며, 높은 HGF 생체표지자 발현이 2+보다 큰 ISH 점수이고, 상기 높은 HGF 생체표지자 발현이 상기 환자가 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)와 병용하여 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)로 치료받은 경우 상기 환자가 증가된 OS 및/또는 PFS를 가질 가능성이 있음을 시사한다.
일 측면에서, 환자의 암에 높은 수치의 HGF 생체표지자가 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함하는, HGF 생체표지자 발현을 결정하기 위한 방법이 제공되되, 상기 HGF 생체표지자 발현이 mRNA 발현이고 ISH를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정되고, 높은 HGF 생체표지자 발현이 2+보다 큰 ISH 점수이고, 상기 높은 HGF 생체표지자 발현이 상기 환자가 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)로 치료받은 경우 상기 환자가 증가된 OS 및/또는 PFS를 가질 가능성이 있음을 시사한다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 제2 암 약제와 선택적으로 병용하여 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)로 치료받는다.
일 측면에서, 환자의 암에 높은 수치의 HGF 생체표지자가 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함하는, HGF 생체표지자 발현을 결정하기 위한 방법이 제공되되, 상기 HGF 생체표지자 발현이 mRNA 발현이고 PCR 기반 분석법(예컨대, rt-qPCR)을 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정되고, 높은 HGF 생체표지자 발현이 참조 환자 집단의 상위 25%에서의 HGF 발현 수치이고, 상기 높은 HGF 생체표지자 발현이 상기 환자가 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)와 병용하여 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)로 치료받은 경우 상기 환자가 증가된 OS 및/또는 PFS를 가질 가능성이 있음을 시사한다.
일 측면에서, 환자의 암에 높은 수치의 HGF 생체표지자가 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함하는, HGF 생체표지자 발현을 결정하기 위한 방법이 제공되되, 상기 HGF 생체표지자 발현이 mRNA 발현이고 PCR 기반 분석법(예컨대, rt-qPCR)을 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정되고, 높은 HGF 생체표지자 발현이 참조 환자 집단의 상위 25%의 HGF 발현 수치이고, 상기 높은 HGF 생체표지자 발현이 상기 환자가 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)로 치료받는 경우 상기 환자가 증가된 OS 및/또는 PFS를 가질 가능성이 있음을 시사한다. 일부 구현예에서, 상기 환자가 제2 암 약제와 선택적으로 병용하여 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)로 치료받는다.
일부 구현예에서, 치료를 추천하는 것은 환자의 샘플 중 c-met의 수치 또는 존재와 관련하여 생성된 정보 또는 데이터를 사용하여 상기 환자가 치료로 치료받기에 적합하거나 또는 적합하지 않다고 식별하는 것을 가리킨다. 일부 구현예에서 상기 치료는 c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)와 병용한 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함할 수 있다. 상기 정보 또는 데이터는 모든 형태, 서면, 구두 또는 전자형태로 존재할 수 있다. 일부 구현예에서, 생성된 정보 또는 데이터의 사용에는 의사소통, 제출, 보고, 저장, 송신, 이송, 공급, 전송, 전달, 분배 또는 이들의 조합이 포함된다. 일부 구현예에서, 의사소통, 제출, 보고, 저장, 송신, 이송, 공급, 전송, 전달, 분배 또는 이들의 조합은 전산 장치, 분석 기기 또는 이들의 조합에 의해 수행된다. 일부 추가적인 구현예에서, 의사소통, 제출, 보고, 저장, 송신, 이송, 공급, 전송, 전달, 분배 또는 이들의 조합은 개인(예컨대, 실험실 또는 의료 전문가)에 의해 수행된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 ㄸ또는 데이터에는 기준 수치에 대한 HGF의 수치의 비교가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 또는 데이터에는 HGF가 상기 샘플에 존재하는지 또는 부재하는지에 대한 명시가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 또는 데이터에는 HGF ISH 신호 강도가 특정 수치(예컨대, 0, 1+, 2+, 3+)에 존재하는지에 대한 명시가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 또는 데이터에는 HGF ISH 신호 강도가 세포(예컨대, 교아세포종 종양 세포와 양성 기질 세포, 중피종 종양 세포와 양성 기질 세포, 위암 종양 세포와 양성 기질 세포, 간세포 암종 종양 세포와 양성 기질 세포, 콩팥 세포 암종 종양 세포와 양성 기질 세포 또는 육종 종양 세포와 양성 기질 세포)의 특정 백분율로 존재하는지에 대한 명시가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 또는 데이터에는 특정 암이 있는 환자를 포함하는 대표적인 수의 환자를 포함하는 환자의 기준 집단(예컨대, 상위 50%, 상위 40%, 상위 35%, 상위 30%, 상위 25%, 상위 20%, 하위 50%, 하위 60%, 하위 65%, 하위 70%, 하위 75%, 하위 80%)에서 수득된 종양에서의 HGF mRNA 발현 수치와 비교하여, HGF mRNA 발현 수치가 특정 백분율로 존재하는지에 대한 명시가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 또는 데이터에는 상기 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료되기 적합한지 또는 적합하지 않은지에 대한 명시가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 또는 데이터에는 상기 환자가 제2 암 약제와 병용하여 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료되기 적합하지 또는 적합하지 않는지에 대한 명시가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 또는 데이터에는 상기 환자가 VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)와 병용하여 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료되기 적합하지 또는 적합하지 않은지에 대한 명시가 포함된다.
일 측면에서, HGF 생체표지자의 발현을 기반으로 암이 있는 환자를 위한 상기 c-met 항체의 사용을 표적 관객에게 선전하는 것을 포함하는, c-met 항체를 광고하기 위한 방법이 제공된다. 일부 구현예에서, 상기 선전은 항-c-met 항체의 상업적 제형을 수반하는 포장 삽입물에 의한 것이다. 일부 구현예에서, 상기 선전은 제2 약제의 상업적 제형을 수반하는 포장 삽입물에 의한 것이다. 일부 구현예에서, 상기 제2 약제는 화학요법제제이다. 일부 구현예에서, 상기 제2 약제는 VEGF 길항제이다. 일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체는 오나투주맙이고 상기 VEGF 길항제는 베바시주맙이다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 상기 암 샘플이 높은 수치로 생체표지자를 발현할 경우 c-met 길항제로의 치료를 위해 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 선전은 포장 삽입물에 의한 것으로, 상기 포장 삽입물은 VEGF 길항제와 병용하여 항-c-met 항체를 포함하는 치료를 받기 위한 지시사항을 제공한다. 일부 구현예에서, 상기 선전에 이어서 제2 약제와 함께 또는 제2 약제 없이 상기 환자의 항-c-met 항체로의 치료가 이루어진다.
일부 구현예에서, 선전에는 명시된 것 예컨대 교아세포종(예컨대, 재발된 교아세포종), 중피종(예컨대, 재발된 중피종), 위암(예컨대, 재발된 위암), 콩팥 세포 암종(예컨대, 재발된 콩팥 세포 암종), 간세포 암종(예컨대, 재발된 간세포 암종) 또는 육종(예컨대, 재발된 육종) 치료를 위한 치료 제제(들), 예컨대 항-c-met 길항제(예컨대, 오나투주맙) 및/또는 VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)의 선전이 포함되고, 이와 같은 선전은 식품의약국(FDA)에 의해 개체 집단에서 통계학적으로 유의미한 치료 효능 및 허용가능한 안전성과 관련이 있음이 입증된 바 있다고 승인된다.
일 측면에서, 암 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자의 발현을 결정하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하는 진단 키트가 제공되는데, 상기 환자가 c-met 길항제의 유효량으로 치료받은 경우 많은 양의 HGF 생체표지자의 검출은 생존율(예컨대, PFS 및/또는 OS)의 확장을 의미한다. 일부 구현예에서, 상기 암은 교아세포종, 중피종, 간세포 암종, 콩팥 세포 암종, 위암, 육종(예컨대, 골육종), 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 유방암, 담낭암 또는 췌장암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 교아세포종, 중피종, 콩팥 세포 암종, 위암, 간세포 암종 또는 육종(예컨대, 골육종)이다. 일부 구현예에서, 상기 환자가 c-met 길항제와 제2 암 약제의 병용의 유효량으로 치료받은 경우 많은 양의 HGF 생체표지자의 검출은 생존율(예컨대, PFS 및/또는 OS)의 확장을 의미한다. 일부 구현예에서, 상기 환자가 c-met 길항제와 표준 케어 항-종양 제제의 병용의 유효량으로 치료받은 경우 많은 양의 HGF 생체표지자의 검출은 생존율(예컨대, PFS 및/또는 OS)의 확장을 의미한다. 일부 구현예에서, 상기 환자가 길항제와 VEGF 길항제의 병용의 치료받은 경우 많은 양의 HGF 생체표지자의 검출은 생존율(예컨대, PFS 및/또는 OS)의 확장을 의미한다. 일부 구현예에서, 상기 키트는 많은 양의 HGF 생체표지자가 확인된 경우 상기 이전에 치료받은 암 환자를 치료하기 위해 상기 키트를 사용하여 c-met 길항제를 선택하게 하는 지시사항을 추가로 포함한다.
일 측면에서, 본원에 제공된 진단 키트를 제조하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 암 약제를 포함하는 약제학적 조성물과, 상기 약제학적 조성물이 HGF 생체표지자의 발현을 기반으로 암 화자를 치료하기 위한 것임을 명시하는 포장 삽입물을 포장에 조합시키는 것을 포함한다.
본 발명의 모든 방법들의 일부 구현예에서, 상기 방법은 생체표지자를 확인하기 위해 상기 환자의 암의 상기 샘플을 검사하는 것을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 생체표지자는 c-met 생체표지자이다. 일부 구현예에서, 높은 c-met 생체표지자는 본원에 제공된 방법들 중 어느 하나를 사용하여 확인된다. 일부 구현예에서, 상기 생체표지자는 HGF 생체표지자이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF 생체표지자는 본원에 제공된 방법들 중 어느 하나를 사용하여 확인된다.
도면의 간단한 설명
도 1: 연구 설계의 개요를 보여준다.
도 2: HGF ISH 상태에 따른 전체 생존율의 하위그룹 분석을 보여준다. 환자 41명(대략 총 환자의 32%)에서 HGF 2+ 또는 3+ 샘플이 있었다. HRs는 계층분류되었다.
도 3: HGF ISH가 낮은(0/1+) 환자와 HGF ISH가 높은 (2+/3+) 환자에서 전체 생존율에 대한 Kaplan-Meier 분석을 보여준다. 베바시주맙 + 위약 군 = 실선. 베바시주맙 + 오나투주맙 군 = 점선.
도 4: HGF ISH 상태에 따른 무진행 생존율의 하위그룹 분석을 보여준다. HRs는 계층분류되지 않았다.
도 5: HGF ISH가 낮은(0/1+) 환자와 HGF ISH가 높은(2+/3+) 환자에서 무진행 생존율에 대한 Kaplan-Meier 분석을 보여준다. 베바시주맙 + 위약군= 실선. 베바시주맙 + 오나투주맙 = 점선.
도 6: 베바시주맙 + 위약에 무작위로 선택된 환자(실선) 대 환자 베바시주맙 + 오나투주맙(점선)에 무작위로 선정된 환자에서 전체 생존율의 분석을 보여준다. HR는 계층분류 분석에서 유래되었다.
도 7: 베바시주맙 + 위약에 무작위로 선정된 환자(실선) 대 베바시주맙 + 오나투주맙(점선)에 무작위로 선정된 환자(점선)에서 무진행 생존율의 분석을 보여준다. HR는 계층분류 분석에서 유래되었다.
도 8: 3+ HGF ISH 신호를 나타내는 교아세포종 박편의 예시적 현미경사진. 상기 박편은 10X 대물렌즈를 사용하여 가시화되어, 양성 세포가 쉽게 식별되었다. 화살표는 예시적인 HGF ISH 신호 양성 세포를 가리킨다.
도 9: 도 10에 나타낸 교아세포종 박편의 예시적 현미경사진가 고배율(대략 40X 대물렌즈에 해당)에서 가시화되었다. HGF ISH 신호가 현미경장 전체에 걸쳐 흩어진 다중 세포에서 관찰되었다.
도 10: 1+ HGF ISH 신호를 나타내는 교아세포종 박편의 예시적 현미경사진. 상기 박편은 저배율(대략 10X 대물렌즈에 해당)을 사용하여 가시화되어, HGF ISH 신호 양성 세포를 식별하기가 어려웠다.
도 11: 도 10에 나타낸 교아세포종 박편의 예시적 현미경사진이 고배율(대략 40X 대물렌즈에 해당)로 가시화되었다. 약한 HGF ISH 신호가 현미경 장 전역에 흩어진 세포에서 관찰되었다. 화살표는 예시적 HGF ISH 신호 양성 세포를 가리킨다.
도 12: 3+ HGF ISH 신호를 나타내는 교아세포종 박편의 예시적 현미경사진이 중간 배율(중도 배율)(대략 20X 대물렌즈에 해당)로 가시화되었다. HGF ISH 양성 신호 상기 종양의 침입 가장자리에 있는 다중 세포에서 관찰되었다.
도 13: 기질 세포에서 초점(화살표 머리) 높은 발현(3+)을 갖는 위암에서의 HGF RNA에 대한 대표적인 제자리 혼성화를 보여준다. 탐지 혼성화는 블루 헤마톡실린 대비염색 대비 갈색 발색체 점들에 의해 보여진다. 막대 = lOOum.
도 14: 중피종 암에서의 HGF RNA에 대한 대표적인 제자리 혼성화를 보여준다. 탐지 혼성화는 블루 헤마톡실린 대비염색 대 빨강 발색체에 의해 보여진다.
도 15: HGF 발현에서 종양내 불균질성이 있는 중피종 암에서의 HGF RNA에 대한 대표적인 제자리 혼성화를 보여준다. 탐지 혼성화는 블루 헤마톡실린 대비염색 대 빨강 발색체에 의해 보여진다.
도 16: 자가분비 HGF 발현를 나타내는 중피종 암에서의 HGF에 대한 대표적인 제자리 혼성화를 보여준다. 탐지 혼성화는 블루 헤마톡실린 대비염색 대 빨강 발색체에 의해 보여진다.
도 17: HGF-PCR 상태에 따른 전체 생존율의 하위 그룹 분석을 보여준다. HR는 계층분류되지 않았다.
도 18: HGF-PCR가 낮은(하위 75%) 환자와 HGF-PCR가 높은(상위 25%) 환자에서 전체 생존율에 대한 Kaplan-Meier 분석을 보여준다. 베바시주맙 + 위약 군 = 실선. 베바시주맙 + 오나투주맙 군 = 점선.
도 19: HGF-PCR 상태에 따른 무진행 생존율의 하위그룹 분석을 보여준다. HR는 계층분류되지 않았다.
도 20: HGF-PCR가 낮은(하위 75%) 환자와 HGF-PCR가 높은(상위 25%) 환자에서 무진행 생존율에 대한 Kaplan-Meier 분석을 보여준다. 베바시주맙 + 위약 군 = 실선. 베바시주맙 + 오나투주맙 군 = 점선.
도 21: 베바시주맙 + 위약 arm의 환자와 비교하여, 베바시주맙 + 오나투주맙 군의 HGF-PCR가 높은 (상위 25%) 환자에서 전체 반응률(ORR)를 보여준다.
도 22: 베바시주맙 + 위약 군에서 HGF-PCR가 낮은(하위 75%) 환자와 HGF-PCR가 높은(상위 25%) 환자에서 무진행 생존율(위)와 전체 생존율(아래)에 대한 예후 효과를 보여준다.
본 발명의 구현예의 상세한 설명
I. 정의
"항-혈관생성 제제" 또는 "혈관생성 억제제"는 직접적으로 또는 간접적으로 혈관생성, 맥관형성, 또는 바람직하지 않은 혈관 투과성을 억제하는 저분자량 물질, 폴리뉴클레오티드, 폴리펩티드, 단리된 단백질, 재조합 단백질, 항체, 또는 이들의 접합체 또는 융합 단백질을 가리킨다. 항-혈관생성 제제에는 혈관생성 인자 또는 이것의 수용체의 혈관생성의 활성을 구속 및 차단하는 제제들이 포함되는 것으로 이해되어야 한다. 예를 들어, 항-혈관생성 제제는 본 명세서 전역에서 정의되거나 또는 당해기술에서 알려진 바와 같은 혈관생성 제제에 대한 항체 또는 기타 길항제로, 예컨대, 비제한적으로, VEGF-A 또는 VEGF-A 수용체(예컨대, KDR 수용체 또는 Flt-1 수용체)에 대한 항체, VEGF-trap, 항-PDGFR 억제제, 예컨대 Gleevec™(이마티닙 메실레이트)이다. 항-혈관생성 제제에는 또한 본질적인 혈관생성 억제제, 예컨대, 앤지오스타틴, 엔도스타틴 등이 포함된다. 예컨대, Klagsbrun 및 D'Amore, Annu. Rev. Physiol., 53:217-39 (1991); Streit 및 Detmar, Oncogene, 22:3172-3179 (2003)(예컨대, Table 3 listing anti-angiogenic therapy in malignant melanoma); Ferrara & Alitalo, Nature Medicine 5: 1359-1364 (1999); Tonini 등, Oncogene, 22:6549-6556 (2003) (예컨대, Table 2 listing known antiangiogenic factors); 및 Sato. Int. J. Clin. Oncol., 8:200-206 (2003) (예컨대, Table 1 lists anti-angiogenic agents used in clinical trials)를 참조할 수 있다.
용어 "베바시주맙"은 Presta 등 (1997) Cancer Res. 57:4593-4599에 따라 생성된 재조합 인간화된 항-VEGF 단클론 항체("rhuMAb VEGF" 또는 "AVASTIN®"으로도 알려짐)를 가리킨다. 이것은 인간 VEGF와 이것의 수용체의 결합을 차단하는 쥣과 항-인간 VEGF 단클론 항체 A.4.6.1에서 유래된 돌연변이된 인간 IgG1 기틀 영역과 항원-결합 보완성 결정 영역을 포함한다. 기틀 영역의 대부분이 포함된, 베바시주맙의 아미노산 서열의 약 93%가 인간 IgG1에서 유도되고, 상기 서열의 약 7%가 쥣과 항체 A4.6.1에서 유도된다. 베바시주맙은 융합세포(hybridoma) ATCC HB 10709에 의해 생산된단클론 항-VEGF 항체 A4.6.1과 동일한 항원결정부에 결합한다.
"항원결정부 A4.6.1"은 항-VEGF 항체 베바시주맙(AVASTIN®)(Muller Y 등, Structure 15 September 1998, 6: 1153-1167 참조)에 의해 식별되는 항원결정부를 가리킨다. 본 발명의 어떤 구현예에서, 항-VEGF 항체에는, 비제한적으로, 융합세포 ATCC HB 10709에 의해 생산된 단클론 항-VEGF 항체 A4.6.1와 동일한 항원결정부에 결합하는 단클론 항체; Presta 등 (1997) Cancer Res. 57:4593-4599에 따라 생성된 재조합 인간화된 항-VEGF 단클론 항체가 포함된다.
용어 "정맥내 주입"은 대략 5분, 바람직하게는 대략 30 내지 90분보다 큰 시간에 걸친 동물 또는 인간 개체의 정맥으로의 약물의 유입을 가리킨다(그러나 본 발명에 따르면 정맥내 주입은 선택적으로 10시간 미만 동안 실행된다).
본원에서의 "유지" 용량은 치료 시기에 걸쳐 또는 이후에 상기 개체에 투여되는 치료 제제의 하나 이상의 용량을 가리킨다. 보통, 상기 유지 용량은 치료 간격을 두고, 예컨대 대략 1주, 대략 2주, 대략 3주, 또는 대략 4주 간격으로 투여된다. "유지 요법"란 질병의 재발 또는 진행의 가능성을 감소시키기 위해 주어지는 치료 요법을 의미한다. 유지 요법은 최대 평생까지 상기 개체의 확장된 시기를 비롯해 모든 길이의 시간동안 제공될 수 있다. 유지 요법은 최초 요법 이후에 또는 최초 또는 추가적 요법과 함께 제공될 수 있다. 유지 요법을 위해 사용되는 용량은 다양할 수 있고, 다른 유형의 요법에 사용되는 복용량과 비교하여 점차 줄여나가는 복용량을 포함할 수 있다. 본원의 "유지"를 참조한다.
본원에서 "환자"는 인간 환자이다. 상기 환자는 "암 환자" 즉, 암의 하나 또는 그 이상의 증상을 앓거나 또는 앓을 위험이 있는 사람일 수 있다. 게다가, 상기 환자는 이전에 치료받은 암 환자일 수 있다. 상기 환자는 "교아세포종 환자", 즉 교아세포종의 하나 이상의 증상을 앓거나 또는 앓을 위험이 있는 사람일 수 있다. 게다가, 상기 환자는 이전에 치료받은 교아세포종 환자일 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 단지 한 번의 전번차 화학요법으로 치료받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 이전에 테모졸로마이드로 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 이전에 방사선과 병용하여 테모졸로마이드로 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 이전에 다른 제제와 병용하여 테모졸로마이드로 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 교아세포종은 2차 교아세포종이다.
본원에 사용된 용어 "c-met" 또는 "Met"은, 달리 명시되지 않는 한, 모든 천연 또는 변종(천연이든 합성이든) c-met 폴리펩티드를 가리킨다. 용어 "야생형 c-met"은 일반적으로 자연발생적 c-met 단백질의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드를 가리킨다. 용어 "야생형 c-met 서열"은 일반적으로 자연발생적 c-met에서 발견되는 아미노산 서열을 가리킨다.
본원에 사용되는 용어 "간세포 생장 인자" 즉 "HGF"는, 달리 명시되지 않는 한, 모든 천연 또는 변종(천연이든 합성이든) HGF 폴리펩티드를 가리킨다. 용어 "야생형 HGF"는 일반적으로 자연발생적 HGF 단백질의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드를 가리킨다. 용어 "야생형 HGF 서열"은 일반적으로 자연발생적 HGF에서 발견되는 아미노산 서열을 가리킨다.
용어 "항-c-met 항체"와 "c-met에 결합하는 항체"는 상기 항체가 c-met을 표적으로 할 때 진단 및/또는 치료 제제로서 유용하도록 충분한 친화도로 c-met과 결합할 수 있는 항체를 가리킨다. 일 구현예에서, 항-c-met 항체가 관련이 없는 비-c-met 단백질에 결합하는 정도는 예컨대, 방사면역분석법(RIA)에 의해 측정된 바에 따르면, 항체의 c-met 결합의 약 10% 미만이다. 어떤 구현예에서, c-met에 결합하는 항체는 해리상수(Kd)가 ≤ 1μM, ≤ 100 nM, ≤ 10 nM, ≤ 1 nM, ≤ 0.1 nM, ≤ 0.01 nM 또는 ≤ 0.001 nM(예컨대 10-8　M 이하, 예컨대 10-8　M 내지 10-13　M, 예컨대, 10-9　M 내지 10-13　M)이다. 어떤 구현예에서, 항-c-met 항체는 c-met 중에서 다른 종에서 보존되는 c-met의 항원결정부에 결합한다.
용어 "항-HGF 항체" 및 "HGF에 결합하는 항체"는 상기 항체가 HGF를 표적으로 할 때 진단 및/또는 치료 제제로서 유용하도록 충분한 친화도로 c-met과 결합할 수 있는 항체를 가리킨다. 일 구현예에서, 항-HGF 항체가 관련이 없는 비-HGF 단백질에 결합하는 정도는 예컨대, 방사선면역분석법(RIA)에 의해 측정된 바와 같이, 항체의 c-met의 결합의 약 10% 미만이다. 어떤 구현예에서, HGF에 결합하는 항체는 해리상수(Kd)가 ≤ 1μM, ≤ 100 nM, ≤ 10 nM, ≤ 1 nM, ≤ 0.1 nM, ≤ 0.01 nM, 또는 ≤ 0.001 nM (예컨대 10-8　M 이하, 예컨대 10-8　M 내지 10-13　M, 예컨대, 10-9　M 내지 10-13　M)이다. 어떤 구현예에서, 항-HGF 항체는 HGF 중에 다른 종에서 보존되는 c-met의 항원결정부에 결합한다.
"C-met 활성화"는 c-met 수용체의 활성화, 또는 인산화를 가리킨다. 일반적으로, c-met 활성화는 신호 변환(transduction)(예컨대 c-met 또는 기질 폴리펩티드 중 c-met 수용체 인산화 타이로신 잔기의 세포내 키나아제 영역에 의해 유도되는 것)을 야기한다. C-met 활성화는 관심대상인 c-met 수용체에 결합하는 c-met 리간드(HGF)에 의해 매개될 수 있다. c-met에 HGF 결합은 c-met의 키나아제 영역을 활성화함으로써, c-met에서 타이로신 잔기의 인산화 및/또는 추가적 기질 폴리펩티드(들)에서 타이로신 잔기의 인산화를 초래할 수 있다.
개체의 "집단"는 예컨대 임상실험에서, 또는 특정 명시, 예컨대 교아세포종 치료를 위한 FDA 승인을 따라 종양학자에 의해 보여지는 바와 같이, 암이 있는 개체의 무리를 가리킨다.
본 발명의 방법에 있어서, 용어 환자에 "지시사항을 제공하는 것"은 적용가능한 치료, 약물, 치료, 치료요법 등에 대한 방향을, 모든 수단에 의해, 그러나 바람직하게는 서면으로, 예컨대 포장 삽입물 또는 기타 서면의 선전 재료의 형태로 제공하는 것을 의미한다.
본 발명의 방법의 경우에, 용어 "선전하는"은 모든 수단에 의해, 예들 들어 서면으로, 예컨대 포장 삽입물의 형태로, 특정 약물, 약물의 병용, 또는 치료 방법의 제안, 광고, 선전 또는 기술하는 것을 의미한다. 본원에서 선전은 명시를 위한, 치료 제제(들), 예컨대 항-c-met 길항제(예컨대, 오나투주맙) 및/또는 VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙), 예컨대 교아세포종(예컨대, 재발된 교아세포종) 치료의 선전을 가리키는데, 이와 같은 선전은 식품의약국(FDA)에 의해 개체의 집단에서 통계학적으로 유의미한 치료 효능 및 허용가능한 안전성과 관련되어 입증된 것으로 승인되었다.
용어 "마케팅"은 선전, 제품(예컨대, 약물)의 선전, 판매 또는 우통을 기술하기 위해 사용된다. 마케팅에는 특히 포장, 광고 및 제품의 상업화를 목적으로 하는 모든 비즈니스 활동이 포함된다.
본원의 목적에 있어서, 교아세포종 때문에 "이전에 치료받은" 환자는 교아세포종에 대한 사전 암 치료를 받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 단지 한 번의 전번차 화학요법을 받은 바 있다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 이전에 테모졸로마이드로 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 이전에 방사선과 병용하여 테모졸로마이드로 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 이전에 다른 제제와 병용하여 테모졸로마이드로 치료받았다. 일부 구현예에서, 상기 교아세포종은 2차 교아세포종이다.
"암 약제"는 암 치료에 효과적인 약물이다. 암 약제의 예에는 하기에 주목된 화학요법 제제와 화학요법 투여요법이 포함된다; c-met 길항제, 예를 들면 항-c-met 항체, 예컨대 오나투주맙; 및 VEGF 길항제, 예를 들면 항-VEGF 항체, 예컨대 베바시주맙.
본원에 사용되는 용어 "생체표지자" 또는 "표지자"는 일반적으로 분자, 예를 들면 유전자, mRNA, 단백질, 탄수화물 구조체, 또는 당지질을 가리키고, 조직 또는 세포에서 분비되는 것의 발현이 알려진 방법(또는 본원에 개시된 방법)에 의해 검출될 수 있거나, 예측되거나 또는 세포, 조직, 또는 치료 요법에 대한 환자의 반응성에 대한 예측(또는 예측의 보조)을 위해 사용될 수 있다. 본원에서 특정 관심대상의 생체표지자는 HGF이다.
본원에 사용되는 "음성 c-met 염색 강도" 또는 "음성 염색 강도"는 TOV-112D, H522, H1155, LXFL529 및/또는 H23의 c-met 염색 강도를 의미한다. 일부 구현예에서, 음성 c-met 염색 강도는 대조군 세포주 TOV-112D의 c-met 염색 강도를 의미한다. 일부 구현예에서, 음성 c-met 염색 강도는 대조군 세포주 H522의 c-met 염색 강도를 의미한다. 일부 구현예에서, 음성 c-met 염색 강도는 대조군 세포주 H1155의 c-met 염색 강도를 의미한다. 일부 구현예에서, 음성 c-met 염색 강도는 대조군 세포주 LXFL529의 c-met 염색 강도를 가리킨다. 일부 구현예에서, 음성 c-met 염색 강도는 대조군 세포주 H23의 c-met 염색 강도를 의미한다. c-met IHC를 위한 방법이 당해기술에 알려져 있다. 일부 구현예에서, c-met 염색 강도는 포르말린-고정 파라핀 포매된 세포 대조군 세포 펠렛의 c-met 항체(예컨대, SP44) 염색을 사용하여(예컨대, 조직 유전자미세배열로 준비됨) 확인된다.
본원에 사용되는 "약한 c-met 염색 강도" 또는 "약한 염색 강도"는 대조군 세포주 H1703, HEK-293 및/또는 H460의 c-met IHC 염색 강도를 나타낸다. 일부 구현예에서, 약한 c-met 염색 강도는 대조군 세포주 H1703의 c-met 염색 강도를 의미한다. 일부 구현예에서, 약한 c-met 염색 강도는 대조군 세포주 HEK-293의 c-met 염색 강도를 의미한다. 일부 구현예에서, 약한 c-met 염색 강도는 대조군 세포주 H460의 c-met 염색 강도를 의미한다. c-met IHC에 대한 방법이 당해기술에 알려져 있다. 일부 구현예에서, c-met 염색 강도는 포르말린-고정 파라핀 포매된 세포 대조군 세포 펠렛의 c-met 항체(예컨대, SP44) 염색(예컨대, 조직 유전자미세배열로 준비됨)을 사용하여 확인된다.
본원에 사용되는 "중도 c-met 염색 강도" 또는 "중도 염색 강도"는 대조군 세포주 A549 및/또는 SKMES1의 c-met IHC 염색 강도를 의미한다. 일부 구현예에서, 중도 c-met 염색 강도는 대조군 세포주 A549의 c-met 염색 강도를 의미한다. 일부 구현예에서, 중도 c-met 염색 강도는 대조군 세포주 SKMES1의 c-met 염색 강도를 의미한다. c-met IHC에 대한 방법이 당해기술에 알려져 있다. 일부 구현예에서, c-met 염색 강도는 포르말린-고정 파라핀 포매된 세포 대조군 세포 펠렛의 c-met 항체(예컨대, SP44) 염색(예컨대, 조직 유전자미세배열로 준비됨)을 사용하여 확인된다.
본원에 사용된 "강한 c-met 염색 강도" 또는 "강한 염색 강도"는 대조군 세포주 EBC-1 및/또는 H441의 c-met IHC 염색 강도를 의미한다. 일부 구현예에서, 강한 c-met 염색 강도는 대조군 세포주 EBC-1의 c-met 염색 강도를 의미한다. 일부 구현예에서, 강한 c-met 염색 강도는 대조군 세포주 H441의 c-met 염색 강도를 의미한다. c-met IHC에 대한 방법이 당해기술에 알려져 있다. 일부 구현예에서, c-met 염색 강도는 포르말린-고정 파라핀 포매된 세포 대조군 세포 펠렛의 c-met 항체(예컨대, SP44) 염색을 사용하여(예컨대, 조직 유전자미세배열로 준비됨) 확인된다.
"환자 샘플"이란 암 환자에서 수득된 세포 또는 체액의 집합체를 의미한다. 조직 또는 세포 샘플의 공급원은 신선, 냉동 및/또는 보존 장기 또는 조직 샘플 또는 생검 또는 흡입액에서 유래된 것과 같은 고체 조직; 혈액 또는 모든 혈액 구성성분; 체액, 예컨대 뇌척수액, 양수, 복막액 또는 세포간질액; 개체의 임신 또는 발달 중 어느 시점에서 유래된 세포일 수 있다. 상기 조직 샘플은 자연에서 상기 조직과 자연스럽게 혼합되지 않는 화합물, 예컨대 보존제, 항응고제, 완충용액, 고정액, 영양분, 항생제 등을 함유할 수 있다. 본원의 종양 샘플의 예에는, 비제한적으로, 종양 생검, 미세바늘 흡입액, 세기관지 세척액, 흉수, 객담, 소변, 수술 시료, 순환하는 종양 세포, 혈청, 혈장, 순환하는 혈장 단백질, 복수액, 종양에서 유도되었거나 또는 종양과 같은 특성을 보이는 1차 세포 배양액 또는 세포주뿐만 아닐, 보존된 종양 샘플, 예컨대 포르말린-고정, 파라핀-포매 종양 샘플 또는 냉동 종양 샘플이 포함될 수 있다. 일 구현예에서 상기 샘플은 교아세포종 종양 샘플(예컨대, 양성 기질, 예컨대, 반응성 성상교세포, 신경아교 세포, 주피세포 및/또는 내피 세포를 포함하는 교아세포종 종양 샘플)을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 육안으로 해부된 교아세포종 종양 샘플(예컨대, 형태학적으로 정상인 뇌 조직이 상기 종양 샘플에서 제거되었음). 일부 구현예에서, 상기 육안으로 해부된 교아세포종 종양 샘플은 양성 기질(예컨대, 반응성 성상교세포, 신경아교 세포, 주피세포 및/또는 내피 세포)을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 교아세포종 생검에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 교아세포종 암 절제에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 환자의 교아세포종이 재발한 후 수득되었다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 환자의 교아세포종이 재발하기 전에 수득되었다.
약제로의 치료에 환자의 "효과적인 반응" 또는 환자의 "반응성" 및 유사한 문구는 암 약제의 투여 시 암(예컨대, 교아세포종) 발병 위험이 있거나 또는 암을 앓는 환자에게 주어진 임상적 EH는 치료적 혜택을 가리킨다. 이와 같은 혜택에는 하기 중 하나 이상이 포함한다: 생존율 확장(예컨대, 전체 및/또는 무진행 생존율 증가); 객관적 반응 야기(완전한 반응 또는 부분적 반응 포함); 또는 암의 조짐 또는 증상을 개선, 예를 들면 교아세포종(예컨대, 이전에 치료받은 교아세포종)이 있는 환자에 의해 경험되는 임상적으로 관련이 있는 질병-관련 증상들의 악화 시간의 연장. 일부 구현예에서, 상기 증상은 발작, 신경인지적 기능(비제한적으로: 사람, 시간 및/또는 장소에 대한 방향성), 읽기, 쓰기 및 이해력 중 하나 이상(이들의 조합)이다. 일 구현예에서, 상기 생체표지자(들)(예컨대, 예를 들어, ISH 및/또는 qPCR를 사용하여 확인되는 HGF mRNA 발현)이 VEGF 길항제 단독으로 치료받은 환자 대비, c-met 길항제와 VEGF 길항제로 치료받은 경우 생존율 확장(예컨대, 전체 및/또는 무진행 생존율 증가)을 갖는 환자를 식별하는데 사용된다. 본원의 생체표지자(들)의 발생률(예컨대 HGF mRNA ISH 및/또는 rtPCR 분석에 의해 확인됨)은 효과적으로, 또는 높은 민감도로 상기 효과적인 반응을 예측한다.
"생존율 확장"이란 치료 받지 않은 환자 대비 및/또는 하나 이상의 승인된 항-종양 제제로 치료받은 환자(그러나 본 발명에 따른 치료를 받지 않음) 대비, 본 발명에 따라 치료받은 환자에서전체 또는 무진행 생존율의 증가를 의미한다. 특정 예에서, "생존율 확장"은 베바시주맙 단독으로 치료받은 환자 대비, 본 발명의 병용 치료(예컨대 c-met 길항제(예컨대, 오나투주맙)와 VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)의 병용)를 받은 암 환자의 무진행 생존율(PFS) 및/또는 전체 생존율(OS)의 확장을 의미한다. 또 다른 특정 예에서, "생존율 확장"은 베바시주맙 단독으로 치료 받은 환자(예컨대, 암 환자의 집단) 대비, 본 발명의 병용 치료(예컨대 오나투주맙와 베바시주맙의 병용으로의 치료)를 받은 암 환자(예컨대, 암 환자의 집단)의 무진행 생존율(PFS) 및/또는 전체 생존율(OS)의 확장을 의미한다.
"생존율"은 살아남은 상기 환자를 가리키며, 전체 생존율뿐만 아니라 무진행 생존율을 포함한다. 본 발명의 근간이 되는 연구에서, 생존율 분석을 위해 사용되는 사건은 모든 원인의 사망이었다.
"전체 생존율"은 규정된 기간, 진단 또는 치료 시기에서 예컨대 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월, 1년, 2년, 3년 등 동안 살아 남은 환자를 가리킨다. 생존율은 Kaplan-Meier 법에 의해 추산될 수 있다.
"무진행 생존율"은 상기 암의 진행 또는 악화 없이 살아 남은 환자를 가리킨다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 상기 암의 진행 또는 악화 없이 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월 또는 그 이상 동안 살아 남는다. 본 발명의 일 측면에서, 교아세포종에 대한 PFS는 Response Assessment in Neuro-Oncology (RANO) 기준에 의해 평가될 수 있다. Wen 등 J Clin Oncol 2010;28: 1963-72. 일부 구현예에서, PFS는 RESIST 기준을 사용하여 평가된다.
"생존율 확장"이란 미치료 환자 대비(즉, 상기 약제로 치료받지 않은 환자 대비), 또는 지정된 수치로 또는 생체표지자를 발현하지 않는 환자 대비, 및/또는 승인된 항-종양 제제로 치료 받은 환자 대비, 치료 받은 환자에서 전체 또는 무진행 생존율 증가를 의미한다. 일부 구현예에서, 상기 전체 또는 무진행 생존율은 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월 이상 증가된다.
"객관적 반응"은 측정가능한 반응, 예를 들면 완전한 반응(CR) 또는 부분적 반응(PR)을 가리킨다.
"완전한 반응" 또는 "CR"이란 치료 반응에서 암의 모든 조짐의 사라짐이 의도된다. 이것이 상기 암이 치유되었음을 항상 의미하지는 않는다.
"부분적 반응" 또는 "PR"는 치료에 대한 반응에서 하나 이상의 종양 또는 병변의 크기, 또는 체내에서 암의 길이의 감소를 가리킨다.
"전체 반응률" 또는 "객관적 반응률"은 최소한의 시간 동안 상기 암의 크기(또는 혈액 암의 경우 양)의 감소를 경험하는 사람의 백분율을 의미한다.
위험비(HR)는 사건발생률에 대한 통계학적 정의이다. 본 발명의 목적을 위해, 위험비는 모든 특정시점에서 상기 대조군 중 사건의 확률에 의해 나눠지는 실험군에서의 사건 확률을 나타내는 것으로 정의된다. 무진행 생존율 분석에서 "위험비"는 두 가지 무진행 생존율 곡선 상이의 차이의 요약으로, 이것은 사후 기간에 걸쳐 대조군과 비교하여, 치료 시 사망률의 감소를 나타낸다.
용어 "VEGF" 또는 "VEGF-A"는 예컨대, Leung 등 Science, 246: 1306 (1989), 및 Houck 등 Mol. Endocrin., 5: 1806 (1991)에 의해 기술된 바와 같이, 165-아미노산 인간 혈관 내피 세포 성장 인자 및 관련 121-, 145-, 189- 및 206-아미노산 인간 혈관 내피 세포 성장 인자와 이들의 자연발생적 대립유전자 및 가공된 형태를 가리키기 위해 사용된다. VEGF-A는 VEGF-B, VEGF-C, VEGF-D, VEGF-E, VEGF-F 및 PlGF를 포함하는 유전자 계열의 일부이다. VEGF-A는 주로 두 가지 높은 친화도 수용체 타이로신 키나아제, VEGFR-1(Flt-1)와 VEGFR-2(Flk-1/KDR)와 결합하는데, 후자는 VEGF-A의 혈관 내피 세포 미토겐 신호의 주요 전달물질(transmitter)이다. 추가적으로, 뉴로필린-1은 헤파린-결합 VEGF-A 이소폼에 대한 수용체로 식별되는데, 혈관 발달에 역할을 할 수 있다. 용어 "VEGF" 또는 "VEGF-A"는 또한 비-인간 종, 예컨대 마우스, 래트 또는 영장류에서 유래된 VEGFs를 가리킨다. 때로, 특정 종에서 유래된 VEGF는 예컨대인간 VEGF에 대한 hVEGF 또는 쥣과 VEGF에 대한 mVEGF 용어에 의해 명시된다. 전형적으로, VEGF는 인간 VEGF를 가리킨다. 용어 "VEGF"는 또한 165-아미노산 인간 혈관 내피 세포 성장 인자의 아미노산 8 내지 109 또는 1 또는 109를 포함하는 폴리펩티드의 절단된 형태 또는 절편을 가리키는 데 사용된다. VEGF의 모든 형태에 대한 언급은 본원에서 예컨대, "VEGF (8-109)" "VEGF (1-109)" 또는 "VEGF165"에 의해 식별될 수 있다. "절단된(truncated)" 천연 VEGF에 대한 아미노산 위치는 상기 천연 VEGF 서열에서 명시되는 바와 같이 숫자로 표시된다. 예를 들어, 절단된 천연 VEGF의 아미노산 위치 17(메티오닌)은 또한 천연 VEGF에서의 위치 17 (메티오닌)이다. 상기 절단된 천연 VEGF는 천연 VEGF와 비교되는 KDR와 Flt-1 수용체에 대한 결합 친화도를 갖는다.
"항-VEGF 항체"는 충분한 친화도 및 특이성이 있는 VEGF와 결합하는 항체이다. 선택된 항체는 일반적으로 VEGF에 대한 결합 친화도를 갖는데, 예를 들어, 상기 항체는 100 nM 내지 1 pM 사이의 Kd 값을 갖는 hVEGF와 결합할 수 있다. 항체 친화도는 표면 플라스몬 공명 기반 분석법(예컨대 PCT 출원 공보 No. WO2005/012359에 기술된 BIA코어 분석법); 효소-연결 면역흡수 분석법(ELISA); 및 경쟁 분석법(예컨대 RIA's)에 의해 확인될 수 있다. 어떤 구현예에서, 본 발명의 항-VEGF 항체는 질병 또는 질환을 표적으로 삼을 때 및 방해할 때 치료 제제로서 사용될 수 있되, VEGF 활성이 수반된다. 또한 상기 항체는 예컨대, 치료로서 효과성을 평가하기 위해 기타 생물학적 활성 분석을 받을 수 있다. 이와 같은 분석은 당해기술에 알려져 있고 표적 항원 및 상기 항체에 대한 의도된 사용에 의존한다. 예에는 HUVEC 억제 분석; 종양 세포 성장 억제 분석(예를 들어 WO 89/06692에 기술된 바와 같음); 항체-의존 세포 세포독성(ADCC) 및 보완-매개 세포독성(CDC) 분석(미국 특허 No. 5,500,362); 및 길항(agonistic) 활성 또는 조혈 분석(WO 95/27062 참조). 항-VEGF 항체는 일반적으로 다른 VEGF 상동체, 예컨대 VEGF-B 또는 VEGF-C, 또는 기타 다른 성장 인자, 예컨대 PlGF, PDGF 또는 bFGF와 결합하지 않는다.
"VEGF 길항제"는 VEGF 활성, 예컨대 이것의 하나 이상의 VEGF 수용체와의 결합을을 중성화, 차단, 억제, 폐지, 감소 또는 방해할 수 있는 분자를 가리킨다. VEGF 길항제에는 항-VEGF 항체와 이것의 항원-결합 절편, 수용체 분자와 특이적으로 VEGF에 결합함으로써 하나 이상의 수용체로의 결합을 격리시키는 유도체, 항-VEGF 수용체 항체와 VEGF 수용체 길항제, 예컨대 VEGFR 타이로신 키나아제의 소분자 억제제가 포함된다.
"키메라 VEGF 수용체 단백질"은 적어도 두 개의 상이한 단백질(이들 중 적어도 하나는 VEGF 수용체 단백질)에서 유도된 아미노산 서열을 갖는 VEGF 수용체 분자이다. 어떤 구현예에서, 상기 키메라 VEGF 수용체 단백질은 VEGF에 결합하여 이것의 생물학적 활성을 억제할 수 있다.
용어 "유전자 증폭"은 유전자 또는 유전자 절편의 다수의 복사본들이 특정 세포 또는 세포주에서 형성되는 과정을 가리킨다.
일반적으로 용어 "발현의 수치" 또는 "발현 수치"는 상호교환하여 사용가능하고, 일반적으로 생물학적 샘플 중의 폴리뉴클레오티드, mRNA, 또는 아미노산 생성물 또는 단백질의 양을 가리킨다. "발현"은 일반적으로 유전자-인코딩된 정보가 상기 세포에 존재하고 작동하는 구조체로 전환되는 과정을 가리킨다. 따라서, 본 발명에 따르면, 유전자의 "발현"은 폴리뉴클레오티드로의 전사, 단백질로의 번역, 또는 상기 단백질의 번역후 변형을 가리킬 수 있다. 상기 전사된 폴리뉴클레오티드, 번역된 단백질, 또는 번역후 변형된 단백질의 절편들 또한 이들이 대안적 접합(alternative splicing)에 의해 생성된 전사물 또는 분해된 전사물에서 유래되든지, 또는 예컨대, 단백질 가수분해에 의한 상기 단백질의 번역후 과정에서 유래되든, 발현된 것으로 간주되어야 한다. 일부 구현예에서, "발현의 수치"는 예컨대, ISH 및/또는 rtPCR에 의해 평가되는 바와 같이, HGF mRNA의 존재 또는 부재, 또는 이것의 양 또는 보급률(prevalence)(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 가리킨다.
본원에 사용된 문구 "~의 발현을 기반으로"는 본원의 하나 이상의 생체표지자의 발현 수치 또는 발현의 존재 또는 부재(예컨대, 교아세포종 종양 세포와 관련 양성 기질에서 HGF ISH 신호의 존재 또는 부재, 또는 보급(예컨대, HGF ISH 신호를 나타내는 세포의 백분율))에 대한 정보가 치료 결정, 포장 삽입물에 제공되는 정보, 또는 마케팅/선전 지침 등에 정보를 제공하는 데 사용된다.
생체표지자와 관련하여 본원에 사용된 문구 "실질적인 생체표지자 발현을 갖지 않는" 또는 "실질적으로 생체표지자 발현이 없는"은 상기 생체표지자가 바탕 수치를 초과하는 발현 수치(일부 구현예에서, 통계학적으로 유의미한 바탕 수치를 초과하는 것)를 보이지 않는 것을 의미한다. 생체표지자와 관련하여 본원에 사용된 문구 "거의 없거나 전혀 없는 생체표지자 발현"은 상기 생체표지자가 생물학적으로 의미 있는 양의 발현을 나타내지 않음을 의미한다. 당해기술분야에서 이해되듯이, 발현의 양은 생체표지자 샘플과 기준 대상 사이의 비교가 이루어지는 한, 정량적으로 또는 정성적으로 확인될 수 있다. 상기 발현은 당해 기술에 알려진 모든 분석법 또는 기법, 예를 들면, 예컨대, 본원에 기술된 것들(예컨대 ISH)에 따라 측정되거나 검출될 수 있다.
암(예컨대, 교아세포종) 환자에서 임상적 혜택의 증가와 관련된 생체표지자의 "양" 또는 "수치"는 생물학적 샘플에서 검출 가능한 수치를 가리키는데, 여기서 생체표지자의 수치는 증가된 환자 임상적 혜택과 관련이 있다. 이들은 당해 기술의 숙련가에게 알려지고 본 발명에 의해 개시된 방법들에 의해 측정될 수 있다. 평가된 생체표지자의 발현 수치 또는 양은 상기 치료에 대한 반응을 확인하는 데 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 생체표지자의 양 또는 수치는 ISH를 사용하여 확인된다(예컨대, 환자 암 샘플, 예컨대, 종양 세포와 양성 기질 세포을 포함하는 교아세포종 샘플에서). 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA는 임상적 혜택의 증가와 관련이 있다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA는 ISH를 사용하여 확인된다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA는 HGF ISH 신호 강도가 최소한 +2이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA는 HGF ISH 신호 강도가 최소한 +3이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA는 HGF ISH 신호 강도는 +2 또는 +3이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA는 PCR(예컨대, rtPCR)를 사용하여 확인된다.
암(예컨대, NSCLC) 환자에서 임상적 혜택의 감소와 관련된 생체표지자의 "양" 또는 "수치"는 생물학적 샘플에서 검출가능한 생체표지자의 부족, 또는 낮은 검출가능 수치를 가리키는데, 상기 생체표지자의 수치는 상기 환자에서 임상 혜택의 감소와 관련된다. 이들은 당해기술의 숙련가에게 알려지고 또한 본 발명에 의해 개시된 방법들에 의해 측정된다. 평가된 생체표지자의 발현 수치 또는 양은 상기 치료에 대한 반응을 확인하는 데 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 생체표지자의 양 또는 수치는 ISH를 사용하여 확인된다(예컨대, 환자 암 샘플, 예컨대 종양 세포와 양성 기질 세포를 포함하는 샘플에서). 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA는 임상적 혜택의 감소와 관련이 있다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA는 ISH를 사용하여 확인된다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA는 HFG ISH 신호 강도가 0이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA는 HGF ISH 신호 강도가 +1이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA는 HGF ISH 신호 강도가 0 또는 +1이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA는 PCR(예컨대, rtPCR)를 사용하여 확인된다.
"HGF mRNA 발현을 나타내는" 암 또는 생물학적 샘플은, 진단 검사에서, HGF mRNA를 발현(과다발현 포함)하는 것이다. "HGF mRNA 발현을 나타내는" 교아세포종 샘플은, 진단 검사에서, HGF mRNA를 발현(과다발현 포함)하는 것이다. 일부 구현예에서, 교아세포종 샘플에는 종양 세포와 양성 기질 세포이 포함된다.
"c-met 증폭을 나타내는" 암 또는 생물학적 샘플은, 진단 검사에서, 증폭된 c-met 유전자를 갖는 것이다. 일부 구현예에서, 증폭된 c-met 유전자는 (세포 집단에서) 평균 c-met 유전자의 5배 이상의 복사본, 또는 평균 c-met 유전자의 8배 이상, 또는 예컨대 c-met 유전자의 10배 이상, 15배 이상, 또는 20배 이상의 복사본이다.
"c-met 증폭을 나타내지 않는" 암 또는 생물학적 샘플은, 진단 검사에서, 증폭된 c-met 유전자를 갖지 않는 것이다.
본원에 사용된 용어 "돌연변이"는 야생형 단백질 또는 핵산 대비 각각 특정 단백질 또는 핵산(예컨대, DNA, RNA)의 아미노산 또는 핵산 서열의 상이성을 의미한다. 돌연변이된 단백질 또는 핵산은 하나의 유전자의 하나의 대립유전자 (이형) 또는 양쪽 대립유전자(동종)에서 발현되거나 또는 발견될 수 있다. 본 발명에서, 돌연변이는 일반적으로 체강에서 일어난다 돌연변이에는 서열 재배열, 예컨대 삽입, 결손 및 점 변이(단일 뉴클레오티드/아미노산 다형 포함)가 포함된다.
용어 "프라이머"는 핵산에 혼성화할 수 있고, 일반적으로 자유로운 3'-OH 작용기를 제공함으로써, 보완적 핵산의 중합화를 허용할 수 있는 단일 가닥 폴리뉴클레오티드를 가리킨다.
용어 "유전자배열" 또는 "미세유전자배열"은 기질 상에서의 혼성화 가능한 배열 요소들, 바람직하게는 폴리뉴클레오티드 프로브(예컨대, 올리고뉴클레오티드)의 순서상 배열을 가리킨다. 상기 기질은 고체 기질, 예컨대 유리슬라이드, 또는 반고체 기질, 예컨대 니트로셀룰로오스 막일 수 있다.
용어 "증폭"은 기준 핵산 서열 또는 이것의 보완체의 하나 이상의 복사본을 생성하는 과정을 가리킨다. 증폭은 선형 또는 기하급수적(예컨대, PCR)일 수 있다. "복사본"은 반드시 템플레이트 서열 대비 완전한 서열 보완성 또는 동일성을 의미하지 않는다. 예를 들어, 복사본에는 뉴클레오티드 유사체 예컨대 데옥시이노신, 의도적인 서열 변경(예컨대 혼성화가 가능하지만, 템플레이트에 완전히 보완적이지 않은 서열을 포함하는 프라이머를 통해 유도되는 서열 변형), 및/또는 증폭 중에 발생하는 서열 오류가 포함될 수 있다.
용어 "하우스키핑(housekeeping) 생체표지자"는 모든 세포 유형에 전형적으로 유사하게 존재하는 생체표지자 또는 일단의 생체표지자(예컨대, 폴리뉴클레오티드 및/또는 폴리펩티드)를 가리킨다. 일부 구현예에서, 하우스키핑 생체표지자는 "하우스키핑 유전자"이다. "하우스키핑 유전자"는 본원에서 세포 작용의 유지를 위해 필수적인 활성을 갖는 단백질을 인코딩하고 전형적으로 모든 세포 유형에 유사하게 존재하는 유전자 또는 일단의 유전자를 가리킨다.
본원에 사용되는 "증폭"은 일반적으로 원하는 서열의 다수의 복사본을 생성하는 과정을 가리킨다. "다수의 복사본"은 적어도 2개의 복사본을 의미한다. "복사본"은 반드시 상기 템플레이트 서열에 대한 완전한 서열 보완성 또는 동일성을 의미하지 않는다. 예를 들어, 복사본에는 뉴클레오티드 유사체 예컨대 데옥시이노신, 의도적 서열 변형(예컨대 혼성가능하나 상기 템플레이트에 보완적이지 않은 서열을 포함하는 프라이머를 통해 유도되는 서열 변형), 및/또는 증폭 중에 발생하는 서열 오류가 포함된다.
용어 "다중-PCR"은 단일 반응에서 둘 이상의 DNA 서열을 증폭할 목적으로 설정된 둘 이상의 프라이머를 사용하여 단일 공급원(예컨대, 개인)에서 수득된 핵산(예컨대, DNA 또는 RNA)에서 수행된 단일 PCR를 가리킨다.
"ISH" 즉 "제자리 혼성화"는 조직 또는 세포의 부분 또는 박편에서(제자리에서) 특이적 DNA 또는 RNA 서열의 위치를 확인하기 위해 보완적 DNA 또는 RNA 가닥(예컨대 프라이머 또는 프로브)을 사용하는 한 유형의 혼성화를 가리킨다. 일부 구현예에서, 보완적 DNA 가닥이 조직 또는 세포의 부분 또는 박편의 제자리에서 특이적 RNA 서열의 위치를 확인하는 데 사용된다. 일부 구현예에서, ISH는 추가로 혼성화-기반 증폭을 포함한다.
혼성화 반응의 "엄격함(Stringency)"은 당해기술의 숙련가에 의해 손쉽게 확인될 수 있고, 일반적으로 프로브 길이, 세척 온도 및 염 농도에 따른 경험적 계산이다. 일반적으로, 더 킨 프로브는 적절한 어닐링(annealing)을 위해 더 높은 온도가 필요한 반면, 더 짧은 프로브는 더 낮은 온도가 필요하다. 혼성화는 일반적으로 보완적 가닥이 이것의 녹는점보다 낮은 환경에 존재할 경우 변성 DNA 또는 RNA의 재-어닐링 능력에 의존한다. 프로브와 혼성가능한 서열 사이의 원하는 상동성의 정도가 높을수록, 사용될 수 있는 상대 온도가 더 높다. 결과적으로, 더 높은 상대 온도가 상기 반응의 조건을 좀 더 엄격하게 만드는 반면, 더 낮은 온도는 덜 엄격하게 만든다. 혼성화 반응의 엄격성의 추가적인 상세 설명에 대해서는 Ausubel 등, Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995)를 참조한다.
조직 샘플의 "박편"은 조직 샘플의 단일 부분 또는 조각, 예컨대 조직 샘플에서 자른 얇게 슬라이스된 조직 또는 세포를 가리킨다. 조직 샘플의 다수의 박편이 취해져 분석이 이루어질 수 있음이 이해된다. 일부 구현예에서, 조직 샘플의 동일 박편은 형태학적 및 분자 수준 모두에서 분석될 수 있다. 일부 구현예에서, 조직 샘플의 동일 박편은 폴리펩티드와 폴리뉴클레오티드 모두와 관련하여 분석될 수 있다.
"상관관계가 있다" 또는 "상관관계가 있는"은 모든 방식으로 첫 번재 분석 또는 프로토콜의 성과 및/또는 결과를 두 번째 분석 또는 프로토콜의 성과 및/또는 결과와 비교하는 것을 의미한다. 예를 들어, 두 번째 프로토콜을 수행할 때 첫 번째 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용하거나 및/또는 두 번째 분석 또는 프로토콜이 수행되어야 하는지 여부를 결정하기 위해 첫 번째 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있다. 폴리뉴클레오티드 분석 또는 프로토콜의 구현예와 관련하여, 특정 치료 요법이 수행되어야 하는지 여부를 결정하기 위해 폴리뉴클레오티드 발현 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있다.
본원에 사용되는 용어 "실질적으로 동일한"은 두 개의 수치 값 사이에 충분히 높은 정도의 유사성이 있어서, 당해기술의 숙련가가 두 값 사이의 차이가 상기 값들에 의해 측정되는 생물학적 특징(예컨대, Kd 값 또는 발현)의 상황 내에서 생물학적 및/또는 통계학적 유의성이 거의 또는 전혀 없는 것으로 간주하는 것을 의미한다. 상기 두 값의 차이는, 예를 들어, 기준/비교 값의 함수로서 약 50% 미만, 약 40% 미만, 약 30% 미만, 약 20% 미만, 및/또는 약 10% 미만이다.
본원에 사용된 구문 "실질적으로 상이한"은 두 개의 수치 값 사이에 충분히 높은 정도의 상이성이 있어서, 당해기술의 숙련가가 두 값 사이의 차이를 상기 값들에 의해 측정되는 생물학적 특징(예컨대, Kd 값)들이 상황 내에서 통계학적 유의성이 있다고 간주하는 것을 의미힌다. 상기 두 값의 차이는, 예를 들어, 기준/비교 분자에 대한 값의 함수로서 약 10% 초과, 약 20% 초과, 약 30% 초과, 약 40% 초과, 및/또는 약 50% 초과이다.
본원에 사용되는 단어 "레이블"은 검출가능한 화합물 또는 조성물을 가리킨다. 상기 레이블은 전형적으로 시약, 예컨대 폴리뉴클레오티드 프로브 또는 항체에 직접 또는 간접적으로 접합 또는 융합되어, 이것이 접합 또는 융합되는 상기 시약의 검출을 용이하게 한다. 상기 레이블은 그 자체로 검출가능하거나(예컨대 , 방사선 동위원소 레이블s 또는 형광 레이블) 또는, 효소 레이블의 경우, 검출가능한 생성물을 초래하는 기질 화합물 또는 조성물의 화학적 변형을 촉매할 수 있다.
본원에 사용되는 "중합효소 연쇄반응" 즉 "PCR" 기법은 일반적으로 핵산, RNA 및/또는 DNA의 특정 조각의 소량이 증폭되는 절차를 가리킨다. 일반적으로, 관심대상의 영역의 말단 또는 그것을 초과하는 것에서 유래된 서열 정보가 확보가능하여, 올리고뉴클레오티드 프라이머가 설계될 수 있어야 한다; 이와 같은 프라이머는 증폭될 템플레이트의 반대 가닥에 대해 서열에서 동일하거나 또는 유사하다. 상기 두 개 프라이머의 5' 말단 뉴클레오티드는 증폭된 재료의 말단과 동일할 수 있다. PCR가 특정 RNA 서열, 총 게놈 DNA 유래 특정 DNA 서열, 및 총 세포 RNA에서 전사된 cDNA, 박테리오파지 또는 플라스미드 서열 등을 증폭하기 위해 사용될 수 있다. 일반적으로 Mullis 등, Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 51 : 263 (1987); Erlich, ed., PCR Technology, (Stockton Press, NY, 1989)을 참조한다. 본원에 사용되는 PCR는 핵산 검사 샘플을 증폭하기 위한 핵산 중합효소 반응 방법의 하나의 예(그러나 유일하지 않음)로 간주되고(여기에는 알려진 핵산(DNA 또는 RNA)을 프라이머로 사용하는 것이 포함됨), 핵산 중합효소를 활용하여 핵산의 특정 조각을 증폭 또는 생성하거나 또는 특정 핵산에 보완적인 핵산의 특정 조각을 증폭 또는 생성한다.
"치료"는 치료 차원의 치료 및 예방 수단 둘 다를 가리킨다. 치료가 필요한 사람들에는 이미 양성, 전단계 암 또는 미전이 종양이 있는 사람들뿐만 아니라 암의 발병 또는 재발이 예방되어야 하는 사람들이 포함된다.
용어 "치료차원의 유효량"은 포유류에서 질병 또는 질환을 치료하거나 또는 예방하기 위한 치료 제제(약제)의 약을 가리킨다. 암(예컨대, 교아세포종, 예컨대, 이전에 치료받은 교아세포종)의 경우, 상기 치료 제제의 치료차원의 유효량은 암 세포의 개수를 감소시키거나; 1차 종양 크기를 감소시키거나; 암 세포의 주변 장기로의 침투를 억제하거나(즉, 어느 정도 늦추거나 바람직하게는 멈추게 함); 종양 전이를 억제하거나(즉, 어느 정도 늦추거나 바람직하게는 멈추게 함); 어느 정도 종양 성장을 억제하거나; 및/또는 상기 질환과 관련된 하나 이상의 증상을 어느 정도 경감시킨다. 상기 약물이 성장을 방지하거나 및/또는 기존 암 세포를 사멸시킬 정도이면, 상기 약물은 세포증식 억제제 및/또는 세포독성일 수 있다. 암 치료의 경우, 체내 효능은, 예를 들어, 생존 기간, 질병진행시간(TTP), 반응률(RR), 반응기간 및/또는 삶의 질 및/또는 TDD에 의해 평가될 수 있다.
용어 "암" 및 "암성"은 전형적으로 규제되지 않는 세포 성장을 특징으로 하는, 포유류에서의 생리적 질환을 가리키거나 또는 기술한다. 본 정의에는 양성 및 악성 암이 포함된다. "초기 단계 암" 또는 "초기 단계 종양"은 침습성 또는 전이성이 아니거나 또는 단계 0, 1 또는 2기 암으로 분류되는 암이다. 암의 예에는, 비제한적으로, 암종, 림프종, 세포종(속질모세포종 및 망막아세포종 포함), 육종(지방육종 및 활액 세포 육종 포함), 신경내분비 종양(암양종 종양, 다발성 위궤양, 및 islet 세포 암 포함), 중피종, 속귀신경집종(acoustic neuroma 포함), 수막종, 선암종, 흑색종 및 백혈병 또는 림프구 악성이 포함된다. 추가적인 암의 예에는, 비제한적으로, 교아세포종(예컨대, 재발된 교아세포종, 2차 교아세포종)이 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 암은 폐암(예컨대, NSCLC), 콩팥 세포 암종, 위암, 흑색종, 유방암(예컨대, 삼중 음성 유방암), 결장직장 암, 육종(예컨대, 골육종), 암, 방광암, 간세포 암종, 전립선 암이다.
용어 "동시에"는 둘 이상의 치료 제제의 투여를 가리키기 위해 사용되는데, 적어도 투여의 일부가 시간적으로 겹치는 것을 가리킨다. 따라서, 동시 투여에는 하나 이상의 다른 제제(들)의 투여를 중단한 후 하나 이상의 제제(들)의 투여가 이어질 때의 투여 요법이 포함된다.
단수 또는 복수로 사용되는 용어 "폴리뉴클레오티드"는 일반적으로 미변형된 RNA 또는 DNA 또는 변형된 RNA 또는 DNA일 수 있는, 모든 폴리리보뉴클레오티드 또는 폴리데옥시리보뉴클레오티드를 가리킨다. 따라서, 예를 들어, 본원에 정의된 폴리뉴클레오티드에는, 비제한적으로, 단일- 및 이중-가닥 DNA, 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 DNA, 단일- 및 이중-가닥 RNA, 및 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 RNA, 단일-가닥, 또는 좀 더 전형적으로, 이중-가닥일 수 있는 DNA 및 RNA 또는 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 하이브리드 분자가 포함된다. 뿐만 아니라, 본원에 사용되는 용어 "폴리뉴클레오티드"는 RNA 또는 DNA를 포함하거나 또는 RNA 및 DNA를 모두 포함하는 삼중-가닥 영역를 포함한다. 이와 같은 영역에서의 가닥은 동일한 분자에서 유래되거나 또는 상이한 분자에서 유래된 것일 수 있다. 상기 영역에는 상기 분자들 중 하나 이상의 모두가 포함될 수 있으나, 좀 더 전형적으로 상기 분자들의 일부의 한 영역만이 수반된다. 삼중-나선 영역의 분자들 중 하나는 올리고뉴클레오티드이다. 용어 "폴리뉴클레오티드"에는 구체적으로 cDNA가 포함된다. 상기 용어에는 하나 이상의 변형된 염기를 함유하는 DNA(cDNA 포함)와 RNA가 포함된다. 따라서, 안정성을 위해 또는 그 밖의 다른 이유 때문에 변형된 기틀을 갖는 DNA 또는 RNA는, 본 용어가 본원에 의도된 바와 같이 "폴리뉴클레오티드"이다. 게다가 이례적인 염기들, 예컨대 이노신 또는 변형된 염기, 예컨대 삼중(tritiated) 염기를 포함하는 DNA 또는 RNA가 본원에 정의된 용어 "폴리뉴클레오티드"에 속한다. 일반적으로, 상기 용어 "폴리뉴클레오티드"는 모든 미변형된 폴리뉴클레오티드의 모든 화학적으로, 효소적으로 및/또는 대사적으로 변형된 형태를 아우를 뿐만 아니라, 바이러스 및 세포, 예를 들면 단일 및 복합 세포의 특징인 DNA 및 RNA의 화학적 형태를 포함한다.
용어 "올리고뉴클레오티드"는 상대적으로 짧은 폴리뉴클레오티드, 예를 들면, 비제한적으로, 단일-가닥 데옥시리보뉴클레오티드, 단일- 또는 이중-가닥 리보뉴클레오티드, RNA:DNA 하이브리드 및 이중- 가닥 DNA를 가리킨다. 올리고뉴클레오티드, 예컨대 단일-가닥 DNA 프로브 올리고뉴클레오티드는 종종 화학적 방법, 상용화된 자동화 올리고뉴클레오티드 합성장치를 사용하여 합성된다. 그러나, 올리고뉴클레오티드는 다양한 기타 방법들, 예를 들면 체외 재조합 DNA-매개 기법에 의해, 그리고 세포와 유기체 내에서의 DNA의 발현에 의해 제조될 수 있다.
지정된 항체의 "생물학적 특징"을 갖는 항체는 동일한 항원에 결합하는 다른 항체와 그것을 구별하는 상기 항체의 하나 이상의 생물학적 특징을 갖는 것이다.
기준 항체로서 "동일한 항원결정부에 결합하는 항체"는 경쟁 분석에서 기준 항체가 그것의 항원과 결합하는 것을 50% 이상 차단하는 항체를 가리키고, 반대로 경쟁 분석에서 상기 항체가 그것의 항원에 결합하는 것을 50% 이상 차단하는 기준 항체를 가리킨다. 예시적 경쟁 분석은 본원에 제공된다.
본원에 사용되는 구문 "진단을 제공하는"은 환자의 샘플에서의 HGF 의 수치 또는 존재(예컨대, HGF mRNA의 수치 또는 존재 또는 보급율(예컨대, HGF mRNA을 발현하는 세포의 백분율))와 관련하여 생성된 정보 또는 데이터를 사용하여 상기 환자에서 교아세포종을 진단하는 것을 가리킨다. 상기 정보 또는 데이터는 모든 형태, 서면, 구두 또는 전자 형태일 수 있다. 일부 구현예에서, 생성된 정보 또는 데이터를 사용하는 것에는 소통, 제공, 보고, 저장, 발송, 이전, 공급, 송신, 전달, 분배 또는 이들의 조합이 포함된다. 일부 구현예에서, 소통, 제공, 보고, 저장, 발송, 이전, 공급, 송신, 분배 또는 이들의 조합은 전자 장치, 분석기 또는 이들의 조합에 의해 수행된다. 일부 추가 구현예에서, 소통, 제공, 보고, 저장, 발송, 이전, 공급, 송신, 배분 또는 이들의 조합은 개인(예컨대, 실험실 또는 의료 전문인)에 의해 수행된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 또는 데이터에는 HGF의 수치(예컨대, ISH 또는 PCR를 사용하여 측정되는 HGF mRNA의 수치)와 기준 수치의 비교가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 또는 데이터에는 HGF ISH 신호의 보급률(예컨대, 교아세포종 종양 샘플 중 세포에서의 양성 HGF ISH 신호의 보급률)이 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 또는 데이터에는 HGF (예컨대, HGF mRNA)가 상기 샘플에 존재 또는 부재한다는 명시가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 또는 데이터에는 상기 환자가 교아세포종(일부 구현예에서, HGF-양성 교아세포종)으로 진단되었다는 명시가 포함된다.
본원에 사용된 구문 "치료를 권장하는"은 환자의 샘플에서의 c-met의 수치 또는 존재와 관련하여 생성된 정보 또는 데이터를 사용하여 상기 환자가 치료법으로 적절히 치료될 것인지 또는 적절히 치료되지 않을 것인지 식별하는 것을 가리킨다. 일부 구현예에서 상기 치료법은 c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 치료법은 VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 치료법은 VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)와 병용하는 항-c-met 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 상기 정보 또는 데이터는 모든 형태, 서면, 구두, 또는 전자 형태일 수 있다. 일부 구현예에서, 생성된 정보 또는 데이터를 사용하는 것에는 소통, 제공, 보고, 저장, 전송, 이송, 공급, 송신, 전달, 배분 또는 이들의 조합이 포함된다. 일부 구현예에서, 소통, 제공, 보고, 저장, 전송, 이송, 공급, 송신, 전달, 배분 또는 이들의 조합은 전자 장치, 분석기 또는 이들의 조합에 의해 수행된다. 일부 추가 구현예에서, 소통, 제공, 보고, 저장, 전송, 이송, 공급, 송신, 배분 또는 이들의 조합은 개인(예컨대, 실험실 또는 의료 전문인)에 의해 수행된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 또는 데이터에는 HGF의 수치와 기준 수치의 비교가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 또는 데이터에는 HGF가 상기 샘플에 존재하거나 또는 부재한다는 명시가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 또는 데이터에는 HGF ISH 신호 강도가 특정 수치(예컨대, 0, +1, +2, +3)로 존재한다는 명시가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 또는 데이터에는 HGF ISH 신호 강도가 세포 (예컨대, 교아세포종 종양 세포와 양성 기질 세포)의 특정 백분율로 존재한다는 명시가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 또는 데이터에는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료법으로 충분히 치료된다거나 또는 충분히 치료되지 않는다는 명시가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 정보 또는 데이터에는 상기 환자가 VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)와 병용하여 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료법으로 충분히 치료된다거나 또는 충분히 치료되지 않는다는 명시가 포함된다.
"표적 관객"은 특히 특정 사용, 치료 또는 명시를 위해 마케팅 또는 광고에 의해, 특정 약제가 선전되거나 또는 선전될 의도가 있는 대상의 일단의 사람들 또는 기관, 예컨대 개인 환자, 환자 집단, 신문, 의료 문헌 및 잡지의 독자, 텔레비전 또는 인터넷 시청자, 라디오 또는 인터넷 청취자, 내과의, 제약 회사 등이다.
"포장 삽입물"은 치료 생성물의 상업적 포장에 관례적으로 포함되는 지시사항을 가리키기 위해 사용되는데, 여기에는 명시, 용법, 복용량, 투여, 금기사항, 포장된 생성물과 병용되는 기타 치료 생성물, 및/또는 이와 같은 치료 생성물의 사용과 관련된 경고문 등이 포함된다.
본원의 용어 "항체"는 가장 광범위하게 사용되며, 다양한 항체 구조체, 예를 들면 비제한적으로, 원하는 항원-결합 활성을 보이는 한, 단클론 항체, 다클론 항체, 다중특이성 항체(예컨대, 이중특이성 항체) 및 항체 절편을 아우른다.
"항체 절편"은 온전한 항체가 결합하는 항원과 결합하는 온전한 항체의 일부분을 포함하는 온전한 항체가 아닌 분자를 가리킨다. 항체 절편의 예에는 비제한적으로 Fv, Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2; 디아바디; 선형 항체; 단일-사슬 항체 분자(예컨대 scFv); 및 항체 절편에서 형성된 다중특이성 항체가 포함된다.
용어 "키메라" 항체는 중쇄 및/또는 경쇄의 일부분이 특정 공급원 또는 특정 종에서 유도된 반면, 상기 중쇄 및/또는 경쇄의 나머지 부분이 상이한 공급원 또는 상이한 종에서 유도된 것인 항체를 가리킨다.
항체의 "부류"는 중쇄가 갖는 불변부 또는 불변영역의 유형을 가리킨다. 항체에는 5가지 주요 부류: IgA, IgD, IgE, IgG 및 IgM이 존재하고, 이들 중 여러 개는 하위 부류(동기준표본), 예컨대, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 및 IgA2로 추가적으로 나눠질 수 있다. 상이한 부류의 면역글로불린에 상응하는 중쇄 불변부는 각각 α, δ, ε, γ 및 μ라 불린다.
본원의 용어 "Fc 영역"은 적어도 일부분의 불변영역을 함유하는 면역글로불린 중쇄의 C-말단 영역을 정의하는 데 사용된다. 상기 용어에는 천연 서열 Fc 영역 및 변종 Fc 영역이 포함된다. 일 구현예에서, 인간 IgG 중쇄 Fc 영역은 Cys226, 또는 Pro230에서 상기 중쇄의 카복실-말단으로 연장된다. 그러나, 상기 Fc 영역의 C-말단 라이신(Lys447)은 존재할 수도 또는 존재하지 않을 수도 있다. 본원에서 달리 명시되지 않는 한, Fc 영역 또는 불변영역에서 아미노산 잔기의 넘버링는 Kabat 등, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991에 기술된 바와 같이, EU 넘버링 체계, 소위 EU 색인법을 따른다.
"기틀" 또는 "FR"는 초가변 영역(HVR) 잔기 이외의 가변부위 잔기를 가리킨다. 가변부위의 FR는 일반적으로 4개 FR 부위: FR1, FR2, FR3 및 FR4로 이루어진다. 따라서, 상기 HVR 및 FR 서열은 일반적으로 VH (또는 VL) 중 하기 서열에 나타난다: FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4.
용어 "전장 항체", "온전한 항체" 및 "전체 항체"는 본원에서 상호교환적으로 사용되어 천연 항체 구조체와 실질적으로 유사한 구조체를 갖거나 또는 본원에 정의된 바와 같이 Fc 영역을 함유하는 중쇄를 갖는 항체를 가리킨다.
"인간 항체"는 인간 또는 인간 세포에 의해 생성되거나 또는 인간 항체 목록 또는 기타 인간 항체-인코딩 서열을 활용하는 비-인간 공급원에서 유도된 항체의 아미노산 서열에 해당하는 것을 포함하는 것이다. 이와 같은 인간 항체의 정의는 구체적으로 비-인간 항원-결합 잔기를 포함하는 인간화된 항체를 배제한다.
"인간 공통(consensus) 기틀"은 인간 면역글로불린 VL 또는 VH 기틀 서열의 선택 시 가장 보편적으로 발생하는 아미노산 잔기를 나타내는 기틀이다. 일반적으로, 인간 면역글로불린 VL 또는 VH 서열의 선택은 가변부위 서열의 하위그룹에서 유래된다. 일반적으로, 서열의 상기 하위그룹은 Kabat 등, Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, NIH Publication 91-3242, Bethesda MD (1991), vols. 1-3에서와 같은 하위그룹이다. 일 구현예에서, VL의 경우, 상기 하위그룹은 Kabat 등, supra에서와 같은 하위그룹 kappa I이다. 일 구현예에서, VH의 경우, 상기 하위그룹은 Kabat 등, supra에서와 같은 하위그룹 III이다.
"인간화된" 항체는 비-인간 HVR에서 유래된 아미노산 잔기와 인간 FR에서 유래된 아미노산 잔기를 포함하는 키메라 항체를 가리킨다. 어떤 구현예에서, 인간화된 항체는 실질적으로 적어도 하나, 그리고 전형적으로 두 개의 가변부위 모두를 포함하는데, 여기서 모든 또는 실질적으로 모든 HVR(예컨대, CDR)는 비-인간 항체의 것에 상응하고, 모든 또는 실질적으로 모든 FR는 인간 항체의 것에 상응한다. 인간화된 항체는 임의로 인간 항체에서 유도된 항체 불변영역의 최소한 일부분을 포함할 수 있다. 항체의 "인간화된 형태", 예컨대, 비-인간 항체는 인간화를 겪은 항체를 가리킨다.
본원에 사용되는 용어 "초가변 영역" 또는 "HVR"는 서열에서 초가변이고("보완성 결정 영역" 또는 "CDR") 및/또는 구조적으로 규정된 루프("초가변 루프")를 형성하고 및/또는 상기 항원-접촉 잔기("항원 접촉")를 함유하는 항체 가변부위의 영역 각각을 가리킨다. 일반적으로, 항체는 6개 HVR를 포함한다: VH에 3개(H1, H2, H3) 및 VL에 3개(LI, L2, L3). 본원의 예시적 HVR에는 하기가 포함된다:
(a) 아미노산 잔기 26-32(LI), 50-52(L2), 91-96(L3), 26-32(HI), 53-55(H2) 및 96-101(H3)에서 발생하는 초가변 루프(Chothia 및 Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987));
(b) 아미노산 잔기 24-34(LI), 50-56(L2), 89-97(L3), 31-35b(HI), 50-65(H2) 및 95-102(H3)에서 발생하는 CDR(Kabat 등, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991));
(c) 아미노산 잔기 27c-36(LI), 46-55(L2), 89-96(L3), 30-35b(HI), 47-58(H2) 및 93-101(H3)에서 발생하는 항원 접촉(MacCallum 등 /. Mol. Biol. 262: 732-745 (1996)); 및
(d) (a), (b) 및/또는 (c)의 조합들, 예를 들면 HVR 아미노산 잔기 46-56(L2), 47-56(L2), 48-56(L2), 49-56(L2), 26-35(HI), 26-35b(HI), 49-65(H2), 93-102(H3) 및 94-102 (H3). 일 구현예에서, HVR 잔기는 본 명세서의 다른 곳에서 확인된 것들을 포함한다. 달리 명시되지 않는 한, 상기 가변부위(예컨대, FR 잔기) 중 HVR 잔기 및 기타 잔기는 Kabat 등, supra.에 따라 본원에서 숫자가 매겨졌다.
본원에서 사용되는 용어 "세포독성 제제"는 세포 기능을 억제 또는 방지하고 및/또는 세포 사멸 또는 파괴를 유발하는 물질을 가리킨다. 세포독성 제제에는, 비제한적으로, 방사선 동위원소(예컨대, At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, Pb212　및 Lu의 방사선 동위원소); 화학요법 제제 또는 약물(예컨대, 메토트렉세이트, 아드리아마이신, 빙카 알칼로이드(빈크리스틴, 빈블라스틴, 에토포시드), 독소루비신, 멜팔란, 미토마이신 C, 클로람부실, 다우노루비신 또는 기타 삽입(intercalating) 제제); 성장 억제 제제; 효소 및 이것의 절편, 예컨대 핵산분해 효소; 항생제; 독소, 예컨대 박테리아, 곰팡이, 식물 또는 동물에서 유래된 소분자 독소 또는 효소차원에서 활성인 독소, 예를 들면 이들의 절편 및/또는 변종; 및 하기에 개시된 다양한 항종양 또는 항암 제제가 포함된다.
"반응기(Effector) 작용" 항체의 Fc 영역에서 기인할 수 있는 생물학적 활성들을 가리키는 것으로, 이것은 항체 아이소타입에 따라 달라진다. 항체 반응기 작용의 예에는 하기가 포함된다: Clq 결합 및 보완 의존 세포독성(CDC); Fc 수용체 결합; 항체-의존 세포-매개 세포독성(ADCC); 식균작용; 세포 표면 수용체(예컨대 B 세포 수용체)의 하향조절(down regulation); 및 B 세포 활성화.
"면역접합체"는 하나 이상의 이종 분자(들), 예를 들면 비제한적으로 세포독성 제제에 접합되는 항체이다.
본원에 사용되는 용어 "단클론 항체"는 실질적으로 균일 항체의 집단에서 수득된 항체를 가리키는데, 자연발생적 돌연변이를 함유하거나 또는 단클론 항체 제제의 생산 중에 발생하는 가능한 변종 항체(예컨대, 일반적으로 적은 양으로 존재하는 변종)을 제외하고, 상기 집단을 포함하는 개별 항체들은 동일하거나 및/또는 동일한 항원결정부와 결합한다. 다클론 항체 제제(전형적으로 상이한 결정부(항원결정부)를 표적으로 삼는 상이한 항체를 포함)와 대조되게, 단클론 항체 제제의 각각의 단클론 항체는 하나의 항원 상의 단일 결정부를 표적으로 삼는다. 따라서, 형용사 "단클론"은 항체가 실질적으로 균일한 항체 집단에서 수득된 것이라는 속성을 명시하고, 어떤 특정한 방법에 의한 상기 항체의 생산을 요구하는 것으로 간주되지 않는다. 예를 들어, 본 발명에 따라 사용되는 단클론 항체는 다양한 기법, 예를 들면 비제한적으로 융합세포법, 재조합 DNA법, 파지-디스플레이법 및 인간 면역글로불린 자리의 전부 또는 일부를 함유하는 형질 전환 동물을 활용하는 방법, 예컨대 본원에 기술된 단클론 항체를 제조하기 위한 방법들 및 기타 예시적 방법들에 의해 제조될 수 있다.
"순수 항체"는 이종 모이어티(예컨대, 세포독성 모이어티) 또는 방사선 레이블에 접합되지 않은 항체를 가리킨다. 상기 순수 항체는 약제학적 제형에 존재할 수 있다.
"천연 항체"는 다양한 구조체를 갖는 자연발생적 면역글로불린 분자를 가리킨다. 예를 들어, 천연 IgG 항체는 2개의 동일한 경쇄와 이황화물이 결합된 2개의 동일한 중쇄로 이루어진 약 150,000 달톤의 헤테로테트라머 당단백질이다. N-말단에서 C-말단까지, 각각의 중쇄는 가변영역(VH)(가변중쇄부 또는 중쇄 가변부위라고도 불림)에 이어 3개 불변부(CH1, CH2 및 CH3)가 있다. 이와 유사하게, N-말단에서 C-말단으로, 각각의 경쇄는 가변 영역(VL)(가변 경쇄부 또는 경쇄 가변부위라고도 불림)에 이어 불변 경쇄(CL)부가 있다. 항체의 경쇄는 그것의 불변부의 아미노산 서열을 근거로 카파(κ) 및 람다(λ)라고 하는 두 가지 유형 중 하나에 배정된다.
본원의 목적을 위해, "오나투주맙" 및 "MetMAb"(상호교환하여 사용가능함)은 각각 서열식별번호: 8과 7에 가변경쇄 및 가변 중쇄 아미노산 서열을 포함하고 서열식별번호: 13의 Fc 서열을 포함하는 항체를 가리킨다. 일부 구현예에서, 이것은 서열식별번호: 12에서 경쇄 아미노산 서열, 서열식별번호: 11에서 중쇄 아미노산 서열 및 서열식별번호: 13의 Fc 서열을 포함한다. 상기 항체는 임의로 대장균(E. coli) 세포에 의해 생산된다. 본원의 용어 "오나투주맙" 및 "MetMAb"는 United States Adopted Name(USAN) 또는 International Nonproprietary Name (INN): 오나투주맙을 갖는 약물의 생물학적으로 유사한 변형을 아우른다.
"오나투주맙 항원결정부"는 항-c-met 항체 오나투주맙에 의해 인식되는 항원결정부를 가리킨다(Merchant, M. 등, PNAS (2013) 110(32): E2987-E2996 참조).
용어 "약제학적 제형"은 상기 약제의 생물학적 활성이 효과적이도록 허용할 수 있는 형태로 존재하고, 상기 제형이 투여될 개체에 허용불가능하게 독성이 있는 부가적 구성성분을 함유하지 않는 멸균 제제를 가리킨다.
"멸균" 제형은 무균성으로 즉 모든 살아 있는 미생물과 이들의 포자가 없다.
"키트"는 최소한 하나의 시약, 예컨대 암(예컨대, 교아세포종)의 치료를 위한 약제, 또는 본 발명의 생체표지자 유전자 또는 단백질을 특이적으로 검출하기 위한 시약(예컨대, 항체)을 포함하는 모든 상품(예컨대 포장 또는 용기)이다. 상기 상품은 바람직하게는 본 발명의 방법들을 수행하기 위한 유닛으로서 선전, 유통 또는 판매된다.
"약제학적으로 허용가능한 운반체"는 활성 성분을 제외한, 개체에 비독성인, 약제학적 제형 중 성분을 가리킨다. 약제학적으로 허용가능한 운반체에는 비제한적으로, 완충용액, 부형제, 안정제 또는 보존제가 포함된다.
기준 폴리펩티드 서열에 대한 "백분율(%) 아미노산 서열 동일성"은 기준 폴리펩티드 서열 중 아미노산 잔기와 동일한, 후보 서열 중 아미노산 잔기의 백분율로서 정의되는데, 이것은 최대 백분율의 서열 동일성을 달성하기 위해, 상기 서열을 배열하고, 필요한 경우, 간격을 도입한 후의 백분율로서, 모든 보존적 치환은 서열 동일성의 일부로 고려하지 않는다. 백분율 아미노산 서열 동일성을 확인하는 목적을 위한 배열은 당해기술 내의 다양한 방식으로, 예를 들어 공개적으로 확보가능한 컴퓨터 소프트웨어, 예컨대 BLAST, BLAST-2, ALIGN 또는 Megalign(DNASTAR) 소프트웨어를 사용하여 달성될 수 있다. 당해기술의 숙련가는 서열을 배열하기 위한 적절한 매개변수, 예를 들면 비교되는 서열들의 전장에 걸쳐 최대 배열을 달성하기 위한 모든 알고리즘을 결정할 수 있다. 그러나, 본원의 목적을 위해, % 아미노산 서열 동일성 값은 서열 비교 컴퓨터 프로그램 ALIGN-2를 사용하여 생성된다. 상기 ALIGN-2 서열 비교 컴퓨터 프로그램은 Genentech, Inc.에 의해 작성되었고, 소스 코드는 미국 저작권청(Copyright Office)(Washington D.C., 20559)에 사용자 문서와 함께 제출되었고, 여기서 이것은 U.S. 저작권 등록 번호 제TXU510087호로 등록되었다. ALIGN-2 프로그램은 Genentech, Inc.(South San Francisco, California)에서 공개적으로 확보가능하거나, 또는 상기 소스 코드에서 컴파일링될 수 있다. 상기 ALIGN-2 프로그램은 UNIX 운영체계, 예를 들면 digital UNIX V4.0D에서의 사용을 위해 컴파일링되어야 한다. 모든 서열 비교 매개변수는 ALIGN-2 프로그램에 의해 설정되어 바뀌지 않는다.
ALIGN-2이 아미노산 서열 비교를 위해 활용된 경우에, 주어진 아미노산 서열 B에 대한 주어진 아미노산 서열 A의 % 아미노산 서열 동일성(이것은 선택적으로 주어진 아미노산 서열 B에 대해 특정 % 아미노산 서열 동일성을 갖는 또는 포함하는 주어진 아미노산 서열 A로 표현될 수 있다)은 하기와 같이 계산된다:
분수 X/Y의 100배
여기서 X는 서열 배열 프로그램 ALIGN-2의 A와 B의 배열 시 상기 프로그램에 의해 동일한 일치로 기록된 아미노산 잔기의 개수이고, Y는 B에서 아미노산 잔기의 총 개수이다. 아미노산 서열 A의 길이가 아미노산 서열 B의 길이와 동일하지 않을 경우, B에 대한 A의 % 아미노산 서열 동일성은 A에 대한 B의 % 아미노산 서열 동일성과 동일하지 않음이 이해된다. 구체적으로 달리 언급되지 않는 한, 본원에 사용되는 모든 % 아미노산 서열 동일성 값은 앞서 절에서 기술된 바와 같이 ALIGN-2 컴퓨터 프로그램을 사용하여 수득된다.
"화학요법 제제"는 암의 치료에 유용한 화학적 화합물이다. 화학요법 제제의 예에는 알킬화 제제, 예컨대, 예를 들어, 테모졸로마이드, 알킬화 제제 다카르바진의 이미다조테트라진 유도체가 포함된다. 화학요법 제제의 추가적 예에는, 예컨대, 팍리탁셀 또는 토포테칸 또는 페길화 리포좀 독소루비신(PLD)이 포함된다. 화학요법 제제의 기타 예에는 알킬화 제제, 예컨대 티오테파 및 CYTOXAN®시클로스포스파미드; 알킬 술포네이트, 예컨대 부술판, 임프로술판 및 피포술판; 아지리딘, 예컨대 벤조도파, 카르보쿠원, 메투레도파 및 우레도파; 에틸렌이민 및 메틸아멜아민(알트레타민, 트리에틸렌멜라민, 트리에틸렌포스포르아미드, 트리에틸렌티오포르소르아미드 및 트리메틸올로멜라민 포함); 아세토게닌(특히 불라타신과 불라타시논); 캄토테신; 브리오스타틴; 칼리스타틴; CC-1065(이것의 아도젤레신, 카르젤레신 및 비젤레신 합성 유사체 포함); 크립토파이신(특히 크립토파이신 1과 크립토파이신 8); 돌라스타틴; 두오카르마이신(합성 유사체, KW-2189 및 CB1-TM1 포함); 엘레우테로빈; 팬크라티스타틴; 사르코딕타인; 스폰지스타틴; 질소 머스타드, 예컨대 클로람부실, 클로르나파진, 콜로포스파미드, 에스트라무스틴, 이포스파미드, 메클로르에타민, 메클로르에타민 옥사이드 히드로클로라이드, 멜팔란, 노벰비친, 페네스테린, 프레드니무스틴, 트로포스파미드, 우라실 머스타드; 니트로스우레아, 예컨대 카르무스틴, 클로로조토신, 포테무스틴, 로무스틴, 니무스틴 및 라님누스틴; 항생제, 예컨대 에네디인 항생제(예컨대, 칼리케아미신, 특히 칼리케아미신 감마 1I 및 칼리케아미신 오메가 I1(예컨대, Agnew, Chem. Intl. Ed. Engl., 33: 183-186 (1994) 참조); 다이네미신, 예를 들면 다이네미신 A; 비스포스포네이트, 예컨대 클로드로네이트; 에스페라미신; 뿐만 아니라 네오카르지노스타틴 크로모포어 및 관련된 크로모단백질 에네디인 항생제 크로모포어), 아클라시노마이신, 악티노마이신, 아우트라마이신, 아자세린, 블레오마이신, 칵티노마이신, 카라비신, 카미노마이신, 카르지노필린, 크로모마이시니스, 닥티노마이신, 다우노루비신, 데토루비신, 6-디아조-5-옥소-L-노르류신, ADRIA마이신® 독소루비신(모르폴리노-독소루비신, 사이아노모르폴리노-독소루비신, 2-파이롤리노-독소루비신 및 데옥시 독소루비신), 에피루비신, 에소루비신, 이다루비신, 마르셀로마이신, 미토마이신, 예컨대 미토마이신 C, 마이코페놀산, 노갈라마이신, 올리보마이신, 펩로마이신, 포트피로마이신, 푸로마이신, 쿠엘라마이신, 로도루비신, 스트렙토니그린, 스트렙토조신, 투베르시딘, 우베니멕스, 지노스타틴, 조루비신; 항-대사물질, 예컨대 메토트렉세이트와 5-플루오로우라실(5-FU); 엽산 유사체, 예컨대 데놉테린, 메토트렉세이트, 프테롭테린, 트리메트렉세이트; 퓨린 유사체, 예컨대 플루다라빈, 6-메르캅토퓨린, 티아미프린, 티오구아닌; 피리미딘 유사체, 예컨대 안시타빈, 아자시티딘, 6-아자우리딘, 카르모푸르, 시타라빈, 디데옥시우리딘, 독시플루리딘, 에노시타빈, 플록수리딘; 안드로겐, 예컨대 칼루스테론, 드로모스타놀론 프로피오네이트, 에피티오스타놀, 메피티오스탄, 테스토락톤; 항-부신 물질, 예컨대 아미노글루테티미드, 미토탄, 트릴로스탄; 엽산 보충물, 예컨대 프롤린산; 아세글라톤; 알도포스파미드 글리코시드; 아미노레불린산; 에닐우라실; 암사크린; 베스트라부실; 비스안트렌; 에다트락세이트; 데포파민; 데메콜신; 디아지쿠온; 엘포르미틴; 엘립티늄 아세테이트; 에포틸론; 에토글루시드; 갈륨 나이트레이트; 히드록시우레아; 렌티난; 로니다이닌; 마이탄시노이드, 예컨대 마이탄신 및 안사미토신; 미토구아존; 미톡산트론; 모피다몰; 니트라에린; 펜토스타틴; 펜아메트; 피라루비신; 로속산트론; 포도파일린산; 2-에틸히드라지드; 프로카르바진; PSK® 다당류 복합체(JHS Natural Products, Eugene, Oreg.); 라족산; 리족신; 시조퓨란; 스피로게르마늄; 테누아존산; 트리아지쿠온; 2,2',2"-트리클로로트리에틸아민; 트리초테센(특히 T-2 독소, 베르라쿠린 A, 로리딘 A 및 안구이딘); 우레탄; 빈데신; 다카르바진; 만노무스틴; 미토프로니톨; 미토락톨; 피포브로만; 가사이토신; 아라비노시드("Ara-C"); 시클로포스파미드; 티오테파; 탁소이드, 예컨대, TAXOL® 팍리탁셀 (Bristo1-Myers Squibb Oncology, Princeton, N.J.), 팍리탁셀의 ABRAXANE® 무-크레모포, 알부민-조작 나노입자 제형(American Pharmaceutical Partners, Schaumberg, I11.), 및 TAXOTERE® 도세탁셀(Rhone-Poulenc Rorer, Antony, France); 클로란부실; GEMZAR® 겜시타빈; 6-티오구아닌; 메르캅토퓨린; 메토트렉세이트; 백금 유사체, 예컨대 시스플라틴, 옥살리플라틴 및 카르보플라틴; 빈블라스틴; 백금; 에토포시드(VP-16); 이포스파미드; 미톡산트론; 빈크리스틴; NAVELBINE® 비노렐빈; 노반트론; 테니포시드; 에다트렉세이트; 다우노마이신; 아미노프테린; 셀로다; 이반드로네이트; 이리노테칸(Camptosar, CPT-11)(5-FU 및 류코보린과 병용하는 이리노테칸의 치료 요법 포함); 토포이소머라아제 억제제 RFS 2000; 디플루오로메틸로르니틴(DMFO); 레티노이드, 예컨대 레티노산; 카페시타빈; 콤브레타스타틴; 류코보린(LV); 세포 증식을 감소시키는 라파티닙(Tykerb®)과 상기의 어떤 것의 약제학적으로 허용가능한 염, 산, 또는 유도체가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 화학요법 제제는 테모졸로마이드; 프로카르바진; 로무스틴; 빈크리스틴(PCV), 카르무스틴, 카르무스틴 주입 웨이퍼, 시스플라틴; 및 상기의 어떤 것의 약제학적으로 허용가능한 염, 산 또는 유도체가 포함된다.
II. 암 약제
일 측면에서, c-met 길항제를 투여하는 것을 포함하는, 암 치료 방법들이 제공된다. 일부 구현예에서, 상기 암 치료 방법은 임의로 제2 암 약제와 병용하여 c-met 길항제를 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 암의 치료 방법은 c-met 길항제와 VEGF 길항제을 병용하여 투여하는 것을 포함한다. 일 측면에서, 본원에 개시된 하나 이상의 생체표지자의 발현을 기반으로 암 약제로 치료받을 수 있는 환자를 선택하는 방법이 제공된다. 암 약제의 예에는, 비제한적으로 하기를 포함한다:
- c-met 길항제, 예를 들면 항-c-met 항체.
- VEGF 길항제, 예를 들면 항-VEGF 항체.
- 화학요법 제제와 화학요법 투여.
- 암, 예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 간세포 암종, 콩팥 세포 암종 및 육종을 치료하기 위해 개발 중인 또는 승인된 기타 약제들 또는 이들의 조합.
c-Met 길항제
일 구현예에서, 상기 약제는 항체, 예를 들면 비제한적으로, 인간 c-met에 결합하는 항체이다. 일부 구현예에서, 상기 항체는 c-met이 간세포 생장 인자(HGF)와 결합하는 것을 방해(예컨대, 차단)한다. 일부 구현예에서, 상기 항체는 c-met에 결합한다. 일부 구현예에서, 상기 항체는 HGF에 결합한다. 일 구현예에서, 항-c-met 항체가 무관한 비-c-met 단백질에의 결합의 정도는 예컨대, 방사선면역분석법(RIA)에 의해 측정된 상기 항체가 c-met에 결합하는 경우의 약 10% 미만이다. 일 구현예에서, 항-HGF 항체가 무관한 비-c-met 단백질에 결합하는 정도는 예컨대, 방사선면역분석법(RIA)에 의해 측정된 상기 항체가 HGF에 결합하는 경우의 약 10% 미만이다. 본원의 항체에는 하기가 포함된다: 단클론 항체, 예를 들면 키메라, 인간화된 또는 인간 항체. 일 구현예에서, 상기 항체는 항체 절편, 예컨대, Fv, Fab, Fab', 한 팔 항체, scFv, 디아바디, 또는 F(ab')2　절편이다. 또 다른 구현예에서, 상기 항체는 전장 항체, 예컨대, 온전한 IgG1 항체 또는 본원에서 정의된 기타 항체 부류 또는 이소타입이다. 일 구현예에서, 상기 항체는 1가이다. 또 다른 구현예에서, 상기 항체는 Fc 영역을 포함하는 한 팔 항체(즉, 중쇄 가변부위와 경쇄 가변부위가 단일 항원 결합 팔을 형성한다)이되, 상기 Fc 영역은 제1 및 제2 Fc 폴리펩티드를 포함하되, 상기 제1 및 제2 Fc 폴리펩티드가 복합체로 존재하여 상기 항원 결합 팔을 포함하는 Fab 분자와 비교하여, 상기 항체 절편의 안정성을 증가시키는 Fc 영역을 형성한다. 상기 한 팔 항체는 1가일 수 있다.
일 구현예에서, 상기 항-c-met 항체는 오나투주맙이다. 또 다른 구현예에서, 상기 항 c-met 항체는 (a) 서열 GYTFTSYWLH(서열식별번호: 1)을 포함하는 HVR1; (b) 서열 GMIDPSNSDTRFNPNFKD(서열식별번호: 2)을 포함하는 HVR2; 및/또는 (c) 서열 ATYRSYVTPLDY(서열식별번호: 3)을 포함하는 HVR3-HC 중 하나 이상을 포함하는 중쇄 가변부위를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 항체는 (a) 서열 KSSQSLLYTSSQKNYLA(서열식별번호: 4)를 포함하는 HVR1-LC; 서열 WASTRES(서열식별번호: 5)를 포함하는 HVR2-LC; 및/또는 (c) 서열 QQYYAYPWT(서열식별번호: 6)를 포함하는 HVR3-LC 중 하나 이상을 포함하는 경쇄 가변부위를 포함한다. 일부 구현예에서 상기 항-c-met 항체는 (a) 서열 GYTFTSYWLH(서열식별번호: 1)을 포함하는 HVR1; (b) 서열 GMIDPSNSDTRFNPNFKD(서열식별번호: 2)을 포함하는 HVR2; 및 (c) 서열 ATYRSYVTPLDY(서열식별번호: 3)을 포함하는 HVR3-HC를 포함하는 중쇄 가변부위 및 (a) 서열 KSSQSLLYTSSQKNYLA(서열식별번호: 4)을 포함하는 HVR1-LC; 서열 WASTRES(서열식별번호: 5)을 포함하는 HVR2-LC; 및 (c) 서열 QQYYAYPWT (서열식별번호: 6)을 포함하는 HVR3-LC를 포함하는 경쇄 가변부위를 포함한다.
상기 구현예들 중 어느 것에서, 예를 들어, 항-c-met 항체는 인간화될 수 있다. 일 구현예에서, 항-c-met 항체는 상기 구현예들 중 어느 것에서와 같이 HVR를 포함하고, 추가로 수용기 인간 기틀, 예컨대 인간 면역글로불린 기틀 또는 인간 공통 기틀을 포함한다.
또 다른 측면에서, 항-c-met 항체는 서열식별번호:7의 아미노산 서열에 대해 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 중쇄 가변부위(VH) 서열을 포함한다. 어떤 구현예에서, 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 VH 서열은 기준 서열 대비 치환(예컨대, 보존적 치환), 삽입 또는 결손을 함유하지만, 상기 서열을 포함하는 항-c-met 항체는 인간 c-met에 결합하는 능력을 유지한다. 어떤 구현예에서, 총 1~10개의 아미노산이 서열식별번호:7에서 치환, 변형, 삽입 및/또는 결손되었다. 어떤 구현예에서, 치환, 삽입 또는 결손은 HVR 이외의 영역(즉, FR에서)에서 발생한다. 임의로, 상기 항-c-met 항체는 서열식별번호:7의 VH 서열, 예를 들면 상기 서열의 번역후 변형을 포함한다.
또 다른 측면에서, 항-c-met 항체가 제공되되, 상기 항체는 서열식별번호:8의 아미노산 서열에 대해 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 경쇄 가변부위(VL)를 포함한다. 어떤 구현예에서, 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 VL 서열은 기준 서열과 대비하여 치환(예컨대, 보존적 치환), 삽입 또는 결손을 함유하지만, 상기 서열을 포함하는 항-c-met 항체는 c-met에 결합하는 능력을 유지한다. 어떤 구현예에서, 총 1~10개의 아미노산이 서열식별번호: 8에서 치환, 삽입 및/또는 결손되었다. 어떤 구현예에서, 상기 치환, 삽입 또는 결손은 HVR 이외의 영역(즉, FR에서) 발생한다. 임의로, 상기 항-c-met 항체는 서열식별번호: 8의 VL 서열, 예를 들면 상기 서열의 번역후 변형을 포함한다.
그 밖의 또 다른 구현예에서, 상기 항-c-met 항체는 서열식별번호:8의 아미노산 서열에 대해 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 VL 영역과, 서열식별번호:7의 아미노산 서열에 대해 최소한 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 VH 영역을 포함한다. 그 밖의 추가적인 구현예, 상기 항-c-met 항체는 아미노산 서열 서열식별번호: 1을 포함하는 HVR-L1; 아미노산 서열 서열식별번호: 2를 포함하는 HVR-L2; 아미노산 서열 서열식별번호: 3을 포함하는 HVR-L3; 아미노산 서열 서열식별번호: 4를 포함하는 HVR-H1; 아미노산 서열 서열식별번호: 5를 포함하는 HVR-H2; 및 아미노산 서열 서열식별번호: 6을 포함하는 HVR-H3을 포함한다.
또 다른 측면에서, 상기 항-c-met 항체는 앞서 제공된 구현예들 중 어떤 것의 VH와, 앞서 제공된 구현예들 중 어떤 것의 VL을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 항 c-met 항체는 1가이고, 추가로 Fc 폴리펩티드를 포함한다.
또 다른 측면에서, 상기 c-met 길항제는 오나투주맙 항원결정부에 결합한다. 일부 구현예에서, 상기 c-met 길항제(예컨대, 항-c-met 항체)는 1) A319-A347; 2) S360-V427; 3) L439-T457; 또는 4) R461-L480 중 최소한 하나의 아미노산 잔기를 포함하는 결합부에서 인간 c-met에 결합하되, 상기 아미노산 잔기의 위치는 서열식별번호: 16에서의 위치에 근거한한다(또는 위치에 상응한다). 일부 구현예에서, 상기 결합부는 c-met의 A327, Q328, R331, Q332, I333, G334, A335, S336, L337, N338, D339, K368, Y369, R426, I446, G448, D449 또는 R469로 이루어진 군에서 선택되는 최소한 하나의 아미노산 잔기를 포함하되, 상기 아미노산 잔기의 위치는 서열식별번호: 16에서의 위치를 기반으로 한다. 일부 구현예에서, 상기 결합부는 A319~A347 중 최소한 하나의 아미노산 잔기를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 결합부는 아미노산 잔기 A327, Q328, R331, Q332, I333, G334, A335, S336, L337, N338, 또는 D339 중 최소한 하나를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 결합부는 아미노산 잔기 Q328, R331, L337 및 N338 중 최소한 하나를 포함한다. 본 절의 구현에들 중 어느 하나에 따른 일부 구현예에서, 상기 결합부는 1) S360-V427; 2) L439-T457; 또는 3) R461-L480 중 최소한 하나의 아미노산 잔기를 추가로 포함한다. 본 절의 구현예들 중 어느 하나에 따른 일부 구현예에서, 상기 결합부는 K368, Y369, R426, I446, G448, D449 및 R469로 이루어진 군에서 선택되는 최소한 하나의 아미노산 잔기를 포함한다. 앞서 기술된 구현예들 중 어떤 것에 따른 일부 구현예에서, 상기 결합부는 아미노산 잔기 Q328, R331, L337 및 N338을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 결합부는 아미노산 잔기 R331, Q332, I333, G334, A335, S336, D339, K368, Y369, R426, 1446, G448, D449 및 R469를 추가로 포함한다.
추가적인 측면에서, 본 발명은 본원에 제공된 항-c-met 항체와 동일한 항원결정부에 결합하는 항체를 제공한다. 예를 들어, 어떤 구현예에서, 서열식별번호:7의 VH 서열과 서열식별번호:8의 VL 서열을 포함하는 항-c-met 항체와 동일한 항원결정부에 결합하는 항체가 제공된다.
또 다른 측면에서, 본 발명은 오나투주맙과 동일한 생물학적 특징을 갖는 항-c-met 항체를 제공한다.
본 발명의 추가적인 측면에서, 본원의 구현예들 중 어느 하나에 따른 항-c-met 항체는 단클론 항체, 예를 들면 1가, 키메라, 인간화된 또는 인간 항체일 수 있다. 일 구현예에서, 항-c-met 항체는 항체 절편, 예컨대, 한 팔, Fv, Fab, Fab', scFv, 디아바디 또는 F(ab')2　절편이다. 또 다른 구현예에서, 상기 항체는 전장 항체, 예컨대, 온전한 IgG1 또는 IgG4 항체 또는 본원에서 정의된 기탄 항체 부류 또는 이소타입이다. 또 다른 구현예에 따르면, 상기 항체는 이중특이성 항체이다. 일 구현예에서, 상기 이중특이성 항체는 HVR를 포함하거나 또는 앞서 기술된 VH과 VL 영역을 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체는 1가이고, (a) 하기 서열을 갖는 중쇄 가변부위를 포함하는 제1 폴리펩티드: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTSYWLHWVRQAPGKGLEWVGMIDPSNSDTRFNPNFKDRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCATYRSYVTPLDYWGQGTLVTVSS(서열식별번호:7), CH1 서열 및 제1 Fc 폴리펩티드; (b) 하기 서열을 갖는 경쇄 가변부위를 포함하는 제2 폴리펩티드: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCKSSQSLLYTSSQKNYLAWYQQKPGKAPKLLIYWASTRESGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYYAYPWTFGQGTKVEIKR(서열식별번호: 8) 및 CL1 서열; 및 (c) 제2 Fc 폴리펩티드를 포함하는 제3 폴리펩티드를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 제1 폴리펩티드는 Fc 서열 CPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLSCAVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLVSKLTVDKSRW QQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(서열식별번호: 9)를 포함하고 상기 제2 폴리펩티드는 Fc 서열 CPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLWCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSR WQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(서열식별번호: 10)을 포함한다.
또 다른 구현예에서, 상기 항-c-met 항체는 1가이고 (a) 중쇄를 포함하는 제1 폴리펩티드(상기 폴리펩티드는 하기 서열을 포함: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTSYWLHWVRQAPGKGLEWVGMIDPSNSDTRFNPNFKDRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCATYRSYVTPLDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLSCAVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLVSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(서열식별번호: 11)); (b) 경쇄를 포함하는 제2 폴리펩티드(상기 폴리펩티드는 하기 서열을 포함:DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCKSSQSLLYTSSQKNYLAWYQQKPGKAPKLLIYWASTRESGVP SRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYYAYPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (서열식별번호: 12)); 및 Fc 서열을 포함하는 제3 폴리펩티드(상기 폴리펩티드는 하기 서열을 포함: DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLWCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLT VDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (서열식별번호: 13))를 포함한다.
다중특이성 항체 및/또는 외팔 항체 및/또는 면역접합체를 생성하는 방법으로 knobs into holes(구멍속 마디)의 사용은 당해 기술에 잘 알려져 있다. 미국 특허 제5,731,168호, PCT Pub. No. WO2009089004, 미국 특허 공보 제20090182127호를 참조한다. 또한 Marvin 및 Zhu, Acta Pharmacologica Sincia(2005) 26(6):649-658 및 Kontermann (2005) Acta Pharmacol. Sin., 26: 1-9를 참조한다. 일 구현예에서, 상기 항체는 WO2005/063816에 기술된 "knobs(마디)"과 "holes(구멍)"을 구성하는 Fc 돌연변이를 포함한다. 예를 들어, 구멍 돌연변이는 Fc 폴리펩티드에서 T366A, L368A 및/또는 Y407V 중 하나 이상일 수 있고, 공동 돌연변이는 Fc 폴리펩티드에서 T366W일 수 있다.
기타 본 발명의 방법에 사용하기에 적합한 기타 항-c-met 항체는 본원에 기술되었고 당해기술에 알려져 있다. 예를 들어, WO05/016382에 개시된 항-c-met 항체(비제한적으로 항체 13.3.2, 9.1.2, 8.70.2, 8.90.3 포함); Genoa의 CBA에 ICLC 번호 PD 03001로 수탁된 융합세포 세포주로 생산된 항-c-met 항체, 또는 HGF 수용체의 β 사슬의 세포외 부위 상의 항원결정부를 인식하는 항-c-met 항체(상기 항원결정부는 상기 단클론 항체에 의해 인식되는 것과 동일함); WO2007/126799에 개시된 항-c-met 항체(비제한적으로 04536, 05087, 05088, 05091, 05092, 04687, 05097, 05098, 05100, 05101, 04541, 05093, 05094, 04537, 05102, 05105, 04696, 04682 포함); WO2009/007427에 개시된 항 c-met 항체(비제한적으로, 번호 I-3731로 2007년 3월 14일에, 번호 I-3732로 2007년 3월 14일에, 번호 I-3786으로 2007년 7월 6일에, 번호 I-3724로 2007년 3월 14일에 CNCM(Institut Pasteur, Paris, France)에 수탁된 항체 포함); 20110129481에 개시된 항-c-met 항체; US20110104176에 개시된 항-c-met 항체; WO2009/134776에 개시된 항-c-met 항체; WO2010/059654에 개시된 항-c-met 항체; WO2011020925에 개시된 항-c-met 항체(비제한적으로, 번호 I-3949로 2008년 3월 12일에 CNCM(Institut Pasteur, Paris, France)에 수탁된 융합세포 및 번호 I-4273로 2010년 1월 14일에 수탁된 융합세포에서 분비된 항체)가 포함된다.
일부 구현예에서, 상기 c-met 길항제는 항-간세포 생장 인자(HGF) 항체, 예를 들면 비제한적으로, 인간화된 항-HGF 항체 TAK701, 리로투무맙, 피클라투주맙, 및/또는 WO2007/143090에 기술된 인간화된 항체 2B8이다. 일부 구현예에서, 상기 항-HGF 항체는 US7718174B2에 기술된 항-HGF 항체이다.
일부 구현예에서, 상기 c-met 길항제는 c-met 소분자 억제제이다. 일부 구현예에서, 상기 c-met 소분자 억제제는 선택적 c-met 소분자 억제제이다.
일 구현예에서, 상기 c-met 길항제는 c-met 세포외 부위와 결합한다. 일부 구현예에서, 상기 c-met 길항제는 c-met 키나아제 영역과 결합한다. 일부 구현예에서, 상기 c-met 길항제는 HGF와의 c-met 결합에 대해 경쟁한다. 일부 구현예에서, 상기 c-met 길항제는 c-met에 HGF 결합에 대해 경쟁한다. 일부 구현예에서, 상기 c-met 길항제는 HGF와 결합한다.
어떤 구현예에서, 상기 c-met 길항제는 하기 중 어느 하나이다: SGX-523, 크리조티닙; JNJ-38877605(CAS no. 943540-75-8), BMS-698769, PHA-665752 (Pfizer), SU5416, INC-280(Incyte; SU11274 (Sugen; [(3Z)-N-(3-클로로페닐)-3-({3,5-디메틸-4-[(4-메틸피페라진-1-일)카보닐]-1H-피롤-2-일}메틸렌)-N-메틸-2-옥소인돌린-5-설폰아미드; CAS no. 658084-23-2]), 포레티닙, MGCD-265(메틸유전자; MGCD-265가 c-MET, VEGFR1, VEGFR2, VEGFR3, Ron 및 Tie-2 수용체를 표적으로 삼음; CAS no. 875337-44-3), 티반티닙(ARQ 197), LY-2801653(Lilly), LY2875358(Lilly), MP-470, 리로투무맙(AMG 102, 항-HGF 단클론 항체), 항체 223C4 또는 인간화된 항체 223C4(WO2009/007427), 인간화된 L2G7(인간화된 TAK701 ; 인간화된 항-HGF 단클론 항체); EMD 1214063(Merck Sorono), EMD 1204831 (Merck Serono), NK4, 카보잔티닙(카보잔티닙은 met과 VEGFR2의 이중 억제제임), MP-470 (SuperGen; c-키트, MET, PDGFR, Flt3 및 AXL의 억제제임), Comp-1, 피클라투주맙 (AV-299; 항-HGF 단클론 항체), E7050 (Cas no. 1196681-49-8; E7050은 이중 c-met 및 VEGFR2 억제제(Esai)임); MK-2461(Merck; N-((2R)-1,4-디옥산-2-일메틸)-N-메틸-N'-[3-(1-메틸-1H-피라졸-4-일)-5-옥소-5H-벤조[4,5]시클로헵타[1,2-b]피리딘-7-일]설파미드; CAS no. 917879-39-1); MK8066(Merck), PF4217903(Pfizer), AMG208(Amgen), SGX-126, RP1040, LY2801653, AMG458, EMD637830, BAY-853474, DP-3590. 어떤 구현예에서, 상기 c-met 길항제는 크리조티닙, 티반티닙, 카보잔티닙, MGCD-265, 피클라투주맙, 인간화된 TAK-701, 리로투무맙, 포레티닙, h224G11, DN-30, MK-2461, E7050, MK-8033, PF-4217903, AMG208, JNJ-38877605, EMD1204831, INC-280, LY-2801653, SGX-126, RP1040, LY2801653, BAY-853474, 및/또는 LA480 중 하나 이상이다. 어떤 구현예에서, 상기 c-met 길항제는 크리조티닙, 티반티닙, 카보잔티닙, MGCD-265, 피클라투주맙, 인간화된 TAK-701, 리로투무맙, 및/또는 포레티닙 중 하나 이상이다.
항-VEGF 항체 및 길항제
VEGF 항체의 생산을 위해 사용될 VEGF 항원은, 예컨대, VEGF165 분자뿐만 아니라 VEGF의 다른 이소폼 또는 원하는 항원결정부를 함유하는 이것의 절편이다. 일 구현예에서, 상기 원하는 항원결정부는 융합세포 ATCC HB 10709에 의해 생산되는 단클론 항-VEGF 항체 A4.6.1과 동일한 항원결정부에 결합하는, 베바시주맙에 의해 인식되는 것이다(본원에 정의된 바와 같이 "항원결정부 A.4.6.1"로 알려짐). 본 발명의 항-VEGF 항체를 생성하기 위해 유용한 VEGF의 기타 형태는 당해기술의 숙련가에게 명백할 것이다.
인간 VEGF는 우선 혼성화 프로브로서 소 VEGF cDNA를 사용하여, 인간 세포에서 제조된 cDNA 라이브러리를 검사함으로써 수득되었다. Leung 등 (1989) Science, 246: 1306. 그런 방식으로 확인된 하나의 cDNA는 소 VEGF에 95%를 초과하는 상동성을 갖는 165-아미노산 단백질을 인코딩하고; 이와 같은 165-아미노산 단백질은 전형적으로 인간 VEGF (hVEGF) 또는 VEGF165라고 불린다. 인간 VEGF의 미토겐 활성은 포유류 숙주 세포에서 인간 VEGF cDNA를 발현시킴으로써 확인되었다. 인간 VEGF cDNA로 형질도입된 세포에 의해 영향을 받은 배지가 모세혈관 내피 세포의 증식을 촉진시킨 반면, 대조군 세포는 그리 하지 않았다. Leung 등 (1989) Science, supra. 재조합 DNA 기법을 통해 VEGF를 복제하고 발현하기 위해 추가의 노력이 취해졌다.(예컨대, Ferrara, Laboratory Investigation 72:615-618 (1995), 및 거기에 언급된 참조문헌들 참고).
VEGF는 다양한 조직에서 대안적인 RNA 접합(splicing)에서 초래되는 다중 호모다이머 형태(단량체당 121, 145, 165, 189 및 206개 아미노산)로 발현된다. VEGF121은 헤파린과 결합하지 않는 용해성 미토겐이고; 더 긴 형태의 VEGF는 점진적으로 더 높은 친화도로 헤파린과 결합한다. 상기 VEGF의 헤파린-결합 형태는 카복시 말단에서 플라스민에 의해 쪼개져 분산가능 형태(들)의 VEGF를 방출할 수 있다. 플라스민 쪼개짐 후 확인된 카복시 말단 펩티드의 아미노산 서열 배열은 Arg110-Ala111이다. 호모다이머(homodimer)로 단리된 아미노 말단 "코어" 단백질, VEGF(1-110)은 온전한 VEGF165 호모다이머와 비교하여 유사한 친화도로 중성화 단클론 항체(예컨대 4.6.1 및 3.2E3.1.1라 일컬어지는 항체) 및 용해성 형태의 VEGF 수용체와 결합한다.
구조적으로 VEGF에 관련된 여러 분자들 또한 최근에 식별된 바 있는데, 예를 들면 태반 성장 인자(PIGF), VEGF-B, VEGF-C, VEGF-D 및 VEGF-E가 포함된다. Ferrara 및 Davis-Smyth (1987) Endocr. Rev., supra; Ogawa 등 J. Biological Chem. 273:31273-31281 (1998); Meyer 등 EMBO J., 18:363-374 (1999). 수용체 타이로신 키나아제, Flt-4(VEGFR-3)이 VEGF-C 및 VEGF-D에 대한 수용체로서 식별된 바 있다. Joukov 등 EMBO. J. 15: 1751 (1996); Lee 등 PNAS USA 93: 1988-1992 (1996); Achen 등 (1998) PNAS USA 95:548-553. VEGF-C는 림프 혈관생성의 조절에 관여함이 보여진 바 있다. Jeltsch 등 Science 276: 1423-1425 (1997).
두 개의 VEGF 수용체, Flt-1(VEGFR-1라고도 불림) 및 KDR(VEGFR-2라고도 불림)이 식별된 바 있다. Shibuya 등 (1990) Oncogene 8:519-527; de Vries 등 (1992) Science 255:989-991 ; Terman 등 (1992) Biochem. Biophys. Res. Commun. 187: 1579-1586. 뉴로필린-1은 선택적 VEGF 수용체로 헤파린-결합 VEGF 이소폼과 결합할 수 있음이 보여진 바 있다(Soker 등 (1998) Cell 92:735-45).
본 발명의 방법에 유용한 항-VEGF 항체에는 충분한 친화도 및 특이성으로 VEGF에 결합하고 VEGF의 생물학적 활성을 감소시키거나 또는 억제할 수 있는 모든 항체, 또는 이것의 항원 결합 절편이 포함된다. 항-VEGF 항체는 보통 다른 VEGF 상동체, 예컨대 VEGF-B 또는 VEGF-C, 또는 다른 성장 인자, 예컨대 PlGF, PDGF 또는 bFGF에 결합하지 않는다.
본 발명의 어떤 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체에는, 비제한적으로, 융합세포 ATCC HB 10709에 의해 생산된 단클론 항-VEGF 항체 A4.6.1와 동일한 항원결정부에 결합하는 단클론 항체; Presta 등 (1997) Cancer Res. 57:4593-4599에 따라 생성된 재조합 인간화된 항-VEGF 단클론 항체가 포함된다. 일 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체는 "베바시주맙(BV)"("rhuMAb VEGF" 또는 "AVASTIN®"이라고도 알려짐)이다. 이것은 돌연변이된 인간 IgG1 기틀 영역과, 인간 VEGF의 수용체 결합을 차단하는 쥣과 항-hVEGF 단클론 항체 A.4.6.1의 항원-결합 보완성 결정 영역을 포함한다. 베바시주맙의 아미노산 서열의 대략 93%, 예를 들면 상기 기틀 영역의 대부분이, 인간 IgG1에서 유도되고, 상기 서열의 약 7%가 쥣과 항체 A4.6.1에서 유도된다.
베바시주맙(AVASTIN®은 FDA에서 승인한 첫 번째 항-혈관생성 치료제였고, 교아세포종(정맥내 5-FU-기반 화학요법과 병용한 1차- 및 2차 치료), 진전된 비-편평, 교아세포종(교아세포종)의 치료(카르보플라틴 및 팍리탁셀과 병용하여 절제 불가능, 국소적으로 진전된, 재발된 또는 교아세포종의 1차 치료) 및 전이성 HER2-음성 유방암(팍리탁셀과 병용하여 이전에 치료받지 않은 전이성 HER2-음성 유방암)의 치료에 대해 승인받았다.
베바시주맙과 기타 인간화된 항-VEGF 항체는 2005년 2월 26일에 발행된 미국 특허 제6,884,879호에 추가로 기술되었다. 추가적인 항체에는 PCT 공보 No. WO2005/012359, PCT 공보 No. WO2005/044853, 및 미국 특허출원 제60/991,302호에 기술된 바와 같은 G6 또는 B20 시리즈 항체(예컨대, G6-31, B20-4.1)가 포함된다(이들 특허 출원의 내용은 명백히 본원에 참조로 편입되었음). 추가적인 항체에 대해서는 미국 특허 제7,060,269호, 제6,582,959호, 제6,703,020호; 제6,054,297호; WO98/45332; WO 96/30046; WO94/10202; EP 0666868B 1 ; 미국 특허출원 공보 번호 2006009360, 20050186208, 20030206899, 20030190317, 20030203409 및 20050112126; 및 Popkov 등, Journal of Immunological Methods 288: 149-164 (2004)를 참조한다. 기타 항체에는 잔기 F17, M18, D19, Y21, Y25, Q89, I191, K101, E103 및 C104를 포함하거나 또는 선택적으로 잔기 F17, Y21, Q22, Y25, D63, I83 및 Q89를 포함하는 인간 VEGF 상의 작용성 항원결정부에 결합하는 것들이 포함된다.
본 발명의 일 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체는 하기 아미노산 서열(DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCSASQDIS NYLNWYQQKP GKAPKVLIYF TSSLHSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ YSTVPWTFGQ GTKVEIKR(서열식별번호: 15))을 포함하는 경쇄 가변 영역과 하기 아미노산 서열(EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGYTFT NYGMNWVRQA PGKGLEWVGW INTYTGEPTY AADFKRRFTF SLDTSKSTAY LQMNSLRAED TAVYYCAKYP HYYGSSHWYF DVWGQGTLVT VSS (서열식별번호: 14))을 포함하는 중쇄 가변 영역을 포함한다.
본 발명에 따른 "G6 시리즈 항체"는 PCT 공보 번호 WO2005/012359의 도 7, 24~26 및 34~35 중 어느 하나에 따른 G6 항체 또는 G6-유도 항체의 서열에서 유도된 항-VEGF 항체이다(이것의 전체 개시내용은 명백히 참조로 본원에 편입되었음). 또한 PCT 공보 번호 WO2005/044853를 참조한다(이것의 전체 개시내용이 명백히 본원에 참조로 편입되었음). 일 구현예에서, 상기 G6 시리즈 항체는 잔기 F17, Y21, Q22, Y25, D63, I83 및 Q89를 포함하는 인간 VEGF 상의 작용성 항원결정부에 결합한다.
본 발명에 따른 "B20 시리즈 항체"는 PCT 공보 번호 WO2005/012359의 도 27~29 중 어느 하나에 따른 B20 항체 또는 B20-유도 항체의 서열에서 유도된 항-VEGF 항체이다(이들의 전체 개시내용은 명백히 본원에 참조로 편입되었음). 또한 PCT 공보 번호 WO2005/044853 및 미국 특허 출원 60/991,302를 참조한다(이들 특허 출원의 내용은 명백히 본원에 참조로 편입되었음). 일 구현예에서, 상기 B20 시리즈 항체는 잔기 F17, M18, D19, Y21, Y25, Q89, I91, K101, E103 및 C104를 포함하는 인간 VEGF 상의 작용성 항원결정부에 결합한다.
본 발명에 따른 "작용성 항원결정부"는 항체의 결합에 효과적으로 공헌하는 항원의 아미노산 잔기를 가리킨다. 상기 항원의 효과적으로 공헌하는 잔기들 중 어느 하나의 돌연변이(예를 들어, 알라닌에 의한 야생형 VEGF의 돌연변이 또는 상동 돌연변이)는 상기 항체의 상대적 친화도 비율(IC50 돌연변이체 VEGF/IC50 야생형 VEGF)이 5를 초과하도록 상기 항체의 결합을 교란시킨다(WO2005/012359의 실시예 2를 참조). 일 구현예에서, 상기 상대적 친화도 비율은 용액 결합 파지 표현 ELISA에 의해 확인된다. 간단히 말해서, 96-웰 Maxisorp 면역플레이트(NUNC)가 4℃에서 상기 항체의 Fab 형태로 밤새 코팅되어 PBS 중 2 ㎍/ml의 농도로 검사되고, 실온에서 2시간 동안 PBS, 0.5% BSA 및 0.05% Tween20 (PBT)로 차단된다. PBT 중 파지 표현 hVEGF 알라닌 점 돌연변이체(잔기 8~109개 형태) 또는 야생형 hVEGF(8~109)의 연속적 희석액들 우선 실온에서 15분 동안 Fab-코팅된 플레이트 상에서 배양되고, 상기 플레이트는 PBS, 0.05% Tween20(PBST)로 세척된다. 상기 결합된 파지가 PBT 중 1:5000으로 희석된 항-M13 단클론 항체 겨자무과산화효소(Amersham Pharmacia) 접합체로 검출되고, 대략 5분 동안 3,3',5,5'-테트라메틸벤지딘(TMB, Kirkegaard & Perry Labs, Gaithersburg, Md.) 기질로 현상되고, 1.0M H3PO4로 급냉되어, 450nm로 분과측색분석법으로 판독된다. IC50 값들의 비율(IC50,ala/IC50,wt)은 결합 친화도(상대적 결합 친화도)의 감소 배율을 나타낸다.
VEGF 수용체 분자
두 가지 가장 특징적인 VEGF 수용체는 VEGFR1(Flt-1으로도 알려짐)과VEGFR2(KDR와 쥣과 상동체에 있어서 FLK-1으로도 알려짐)이다. 각각의 VEGF 계열 구성원에 대한 각각의 수용체의 특이성은 다르지만, VEGF-A는 Flt-1과 KDR 둘 다에 결합한다. Flt-I와 KDR는 수용체 타이로신 키나아제(RTK) 계열에 속한다. 상기 RTK는 다양한 생물학적 활성을 갖는 대규모 계열의 막통과 수용체들을 포함한다. 최소한 열아홉(19)가지 뚜렷한 RTK 하위계열들이 식별된 바 있다. 상기 수용체 타이로신 키나아제(RTK) 계열에는 다양한 세포 유형들의 성장과 분화에 핵심적인 수용체들이 포함된다(Yarden 및 Ullrich (1988) Ann. Rev. Biochem. 57:433-478; Ullrich 및 Schlessinger (1990) Cell 61 :243-254). RTK의 내재적 작용은 리간드 결합 시 활성화되고, 이것은 상기 수용체 및 다중 세포 기질의 인산화를 초래하고, 이어서 다양한 세포 반응을 일으킨다.(Ullrich & Schlessinger (1990) Cell 61 :203-212). 따라서, 수용체 타이로신 키나아제 매개 신호 변환은 특이적 성장 인자(리간드)와의 세포외 상호작용에 의해 개시되고, 이어서 전형적으로 수용체 이합체화, 내재적 단백질 타이로신 키나아제 활성 및 수용체 트란스-인산화의 자극에 의해 이루어진다. 그럼으로써, 세포내 신호 변환 분자를 위한 결합부가 생성되어 적절한 세포 반응(예컨대, 세포 분열, 분화, 대사 효과, 세포외 미세환경의 변화)를 용이하게 하는 다양한 세포질 신호전달 분자들과의 복합체 형성을 초래한다. Schlessinger 및 Ullrich (1992) Neuron 9: 1-20 참조. 구조적으로, Flt-1과 KDR 모두 세포외 부위에 7개의 면역글로불린-유사 부위를, 하나의 단일 막통과 영역을, 그리고 키나아제-삽입 부위에 의해 가로막힌 하나의 공통 타이로신 키나아제 서열을 포함한다. Matthews 등 (1991) PNAS USA 88:9026-9030; Terman 등 (1991) Oncogene 6: 1677-1683. 세포외 부위는 VEGF의 결합에 관여하고, 세포내 부위는 신호 변환에 관여한다.
특이적으로 VEGF에 결합하는 VEGF 수용체 분자, 또는 이것의 절편이 본 발명의 방법에 사용되어 VEGF 단백질에 결합하여 이를 격리함으로써, 이것이 신호전달하는 것을 방지할 수 있다. 어떤 구현예에서, 상기 VEGF 수용체 분자, 또는 이것의 VEGF 결합 절편은 용해성 형태, 예컨대 Flt-1이다. 용해성 형태의 수용체는 VEGF에 결합하여 VEGF 단백질의 생물학적 활성에 억제 효과를 일으킴으로써, 상기 단백질이 표적 세포의 표면에 존재하는 그것의 자연적인 수용체에 결합하는 것을 방지한다. 또한 아래 기술된 예들인 VEGF 수용체 융합 단백질도 포함된다.
키메라 VEGF 수용체 단백질는 최소한 두 가지 상이한 단백질(이들 중 최소한 하나는 VEGF 수용체 단백질임(예컨대, flt-1 또는 KDR 수용체))에서 유도된 아미노산 서열을 갖는 수용체 분자로, 이것은 VEGF에 결합하여 VEGF의 생물학적 활성을 억제할 수 있다. 어떤 구현예에서, 본 발명의 키메라 VEGF 수용체 단백질은 단 두 가지 상이한 VEGF 수용체 분자에서 유도된 아미노산 서열로 이루어지지만; flt-1 및/또는 KDR 수용체의 세포외 리간드-결합 영역에서 유래된 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 모두 7개의 Ig-유사 부위를 포함하는 아미노산 서열은 다른 관련없는 단백질, 예를 들어, 면역글로불린 서열에서 유래된 아미노산 서열에 연결될 수 있다. Ig-유사 부위가 조합될 수 있는 기타 아미노산 서열은 당해기술의 숙련가에게 용이하게 명백해질 것이다. 키메라 VEGF 수용체 단백질의 예에는, 예컨대, 용해성 Flt-1/Fc, KDR/Fc, 또는 FLt-1/KDR/Fc(VEGF Trap으로도 알려짐)가 포함된다.(예를 들어 PCT 출원 공보 번호 WO97/44453 참조).
본 발명의 용해성 VEGF 수용체 단백질 또는 키메라 VEGF 수용체 단백질에는 막통과 부위를 통해 세포의 표면에 고정되지 않는 VEGF 수용체 단백질이 포함된다. 이와 마찬가지로, 용해성 형태의 VEGF 수용체, 예를 들면 키메라 수용체 단백질은 VEGF에 결합하여 이를 비활성화할 수 있는 반면, 막통과 부위를 포함하지 않고, 그럼으로써 일반적으로 상기 분자가 발현되는 세포의 세포막과 연합되지 않는다.
일 구현예에서, 상기 항체(들), 예컨대 본원의 방법에 사용되는 항체(들)은 아래 섹션 1~6에 기술된 특징들을, 단독으로 또는 조합하여 편입시킬 수 있다:
1. 항체 절편
어떤 구현예에서, 본원에 제공되는 항체는 항체 절편이다. 항체 절편에는, 비제한적으로, Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2, Fv 및 scFv 절편, 한 팔(한 팔) 항체, 및 아래 기술된 기타 절편이 포함된다. 특정 항체 절편의 검토를 위해, Hudson 등 Nat. Med. 9: 129-134 (2003)를 참조한다. scFv 절편의 검토를 위해, 예컨대,
Figure pct00001
in The Pharmacology of Monoclone Antibodies, vol. 113, Rosenburg 및 Moore eds., (Springer- Verlag, New York), pp. 269-315 (1994)를 참조하고; 또한 WO 93/16185; 및 미국 특허 제5,571,894호 및 제5,587,458호를 참조한다. 구조(salvage) 수용체 결합 항원결정부 잔기를 포함하고 증가된 체내 반감기를 갖는 Fab 및 F(ab')2 절편의 논의를 위해서는, 미국 특허 제5,869,046호를 참조한다.
디아바디는 2가 또는 이중특이성일 수 있는 두 개의 항원-결합부가 있는 항체 절편이다. 예를 들어, EP 404,097; WO 1993/01161 ; Hudson 등, Nat. Med. 9: 129-134 (2003); 및 Hollinger 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993) 참조. 트리아바디 및 테트라바디 또한 Hudson 등, Nat. Med. 9: 129-134 (2003)에 기술되었다.
단일-부위 항체는 항체의 중쇄 가변부위의 전부 또는 일부를, 또는 항체의 경쇄 가변부위의 전부 또는 일부를 포함하는 항체 절편이다. 어떤 구현예에서, 단일-부위 항체는 인간 단일-부위 항체(Domantis, Inc., Waltham, MA; 예컨대, 미국 특허 제6,248,516 B1호 참조)이다.
한 팔 항체(즉, 중쇄 가변부위와 경쇄 가변부위가 단일 항원 결합 팔을 형성함)가 예를 들어, WO2005/063816; Martens 등, Clin Cancer Res (2006), 12: 6144에 개시되었다. 길항 작용이 필요한 병리적 질환의 치료를 위해, 그리고 항체의 2가성이 바람직하지 않은 효과를 초래할 경우, 한 팔 항체(즉, 단일 항원 결합 팔을 포함하는 항체)의 1가 특성이, 상기 항체가 표적 분자에 결합할 때 길항 작용을 초래 및/또는 수반한다. 게다가, Fc 영역을 포함하는 한 팔 항체는, 유사한/실질적으로 동일한 항원 결합 특징을 갖는 Fab 형태와 비교하여, 뛰어난 약동학적 속성(예컨대 향상된 반감기 및/또는 감소된 체내 청소율(clearance rate))을 특징으로 함으로써, 종래의 1가 Fab 항체의 사용 시 주요한 단점을 극복한다. 한 팔 항체를 제조하는 기법에는, 비제한적으로, "knob-in-hole(구멍속 마디)" 조작(예컨대, 미국 특허 제5,731,168호 참조)이 포함된다. 오나투주맙이 외팔 항체의 일 예이다.
항체 절편은, 본원에 기술된 바와 같이, 다양한 기법, 예를 들면 비제한적으로 온전한 항체의 단백질가수분해 소화뿐만 아니라 재조합 숙주 세포(예컨대 대장균 또는 파지)에 의한 생산에 의해 제조될 수 있다.
2. 키메라 및 인간화된 항체
어떤 구현예에서, 본원에 제공되는 항체는 키메라 항체이다. 특정 키메라 항체가 예컨대, 미국 특허 제4,816,567호; 및 Morrison 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81 :6851-6855 (1984))에 기술되었다. 일 예에서, 키메라 항체는 비-인간 가변 영역(예컨대, 마우스, 래트, 햄스터, 토끼, 또는 비-인간 영장류, 예컨대 원숭이에서 유도된 가변 영역)과 인간 불변영역을 포함한다. 추가적 예에서, 키메라 항체는 부류 또는 하위 부류가 부모 항체의 그것에서 변환된 "부류 전환된(class switched)" 항체이다. 키메라 항체에는 이것의 항원-결합 절편이 포함된다.
어떤 구현예에서, 키메라 항체는 인간화된 항체이다. 전형적으로, 비-인간 항체는 인간화되어 인간에 대한 면역원성을 감소시키는 반면, 부모 비-인간 항체의 특이성 및 친화도는 유지한다. 일반적으로, 인간화된 항체는 HVR, 예컨대, CDR(또는 이것의 일부분)이 비-인간 항체에서 유도되고 FR(또는 이것의 일부분)가 인간 항체 서열에서 유도된 하나 이상의 가변부위를 포함한다. 인간화된 항체는 또한 임의로 최소한 인간 불변영역의 일부분을 포함할 것이다. 일부 구현예에서, 인간화된 항체 중 일부 FR 잔기는 비-인간 항체(예컨대, HVR 잔기가 유도된 항체)에서 유래된 상응하느 잔기로 치환되어, 예컨대, 항체 특이성 또는 친화도를 회복시키거나 또는 향상시킨다.
인간화된 항체 및 이들의 제조 방법이 예컨대, Almagro 및 Fransson, Front. Biosci. 13: 1619-1633 (2008)에서 검토되었고, 추가로 예컨대,Riechmann 등, Nature 332:323-329 (1988); Queen 등, Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 86: 10029-10033 (1989); 미국 특허 제5, 821,337호, 제7,527,791호, 제6,982,321호 및 7,087,409호; Kashmiri 등, Methods 36:25-34 (2005) (describing SDR (a-CDR) grafting); Padlan, Mol. Immunol. 28:489-498 (1991) (describing "resurfacing"); Dall'Acqua 등, Methods 36:43-60 (2005) (describing "FR shuffling"); 및 Osbourn 등, Methods 36:61-68 (2005) 및 Klimka 등, Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000)(FR 셔플링으로의 "유도된 선택" 접근방법을 기술함)에 기술되었다.
인간화를 위해 사용될 수 있는 인간 기틀 영역에는, 비제한적으로 하기가 포함된다: "최적" 방법을 사용하여 선택된 기틀 영역 (예컨대, Sims 등 J. Immunol. 151 :2296 (1993) 참조); 경쇄 또는 중쇄 가변 영역의 특정 하위그룹의 인간 항체의 공통 서열에서 유도된 기틀 영역(예컨대, Carter 등 Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992); 및 Presta 등 J. Immunol, 151 :2623 (1993) 참조); 인간 성숙(체세포에서 돌연변이된) 기틀 영역 또는 인간 생식계열 기틀 영역(예컨대, Almagro 및 Fransson, Front. Biosci. 13: 1619-1633 (2008)참조); 및 FR 라이브러리를 가려냄으로써 유도된 기틀 영역(예컨대, Baca 등, J. Biol. Chem. 272: 10678-10684 (1997) 및 Rosok 등, J. Biol. Chem. 271 :22611-22618 (1996) 참조).
3. 인간 항체
어떤 구현예에서, 본원에 제공되는 항체는 인간 항체이다. 인간 항체는 당해기술에 알려진 다양한 기법들을 사용하여 생산될 수 있다. 인간 항체는 일반적으로 van Dijk 및 van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001) 및 Lonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)에 기술되었다.
인간 항체는 항원 자극(challenge)에 반응하여 인간 가변 영역과 온전한 인간 항체 또는 온전한 항체를 만들기 위해 변형된 형질 전환 동물에 면역원을 투여함으로써 제조될 수 있다. 이와 같은 동물은 전형적으로 인간 면역글로불린 자리의 전부 또는 일부분을 함유하고, 이것은 내생의 면역글로불린 자리를 교체하거나, 또는 염색체 외부에 존재하거나 동물의 염색체에 무작위로 통합된다. 이와 같은 형질 전환 마우스에서, 상기 내생의 면역글로불린 자리는 일반적으로 비활성화되었다. 형질 전환 동물에서 인간 항체를 획득하는 방법의 검토를 위해, Lonberg, Nat. Biotech. 23: 1117-1125 (2005)를 참조한다. 또한, 예컨대, 미국 특허 제6,075,181호 및 제6,150,584호(XENOMOUSE TM 기술을 설명함); 미국 특허 제 5,770,429호(HuMab® 기술을 설명함); 미국 특허 제7,041,870호(K-M MOUSE® 기술을 설명함), 및 미국 특허 출원 공보 번호 US 2007/0061900(VelociMOUCE® 기술을 설명함)를 참조한다. 이와 같은 동물에 의해 생성된 온전한 항체의 인간 가변 영역은, 예컨대 상이한 인간 불변영역과 조합함으로써, 추가로 변형될 수 있다.
인간 항체는 또한 융합세포-기반 방법에 의해 제조될 수 있다. 인간 단클론 항체의 생산을 위한 인간 골수종와 마우스-인간 이종 골수종 세포주가 기술된 바 있다(예컨대, Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984); Brodeur 등, Monoclone Antibody Production Methods 및 Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987); 및 Boerner 등, J. Immunol., 147: 86 (1991) 참조). 인간 B-세포 융합세포 기술을 통해 생성된 인간 항체 유전자가 또한 Li 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)에 기술되었다. 추가적인 방법에는 예를 들어, 미국 특허 제7,189,826호(융합세포 세포주에서 단클론 인간 IgM 항체의 생산을 설명함) 및 Ni, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006)(인간-인간 융합세포를 설명함)에 기술된 것들이 포함된다. 인간 융합세포 기술(Trioma technology)은 또한 Vollmers 및 Brandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005) 및 Vollmers 및 Brandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3): 185-91 (2005)에 기술되었다.
인간 항체는 또한 인간-유도 파지 표현 라이브러리에서 선택된 Fv 클론 가변부위 서열을 단리함으로써 생성될 수 있다. 이와 같은 가변부위 서열은 이어서 원하는 인간 불변부와 조합될 수 있다. 항체 라이브러리에서 인간 항체를 선택하는 기법이 하기에 기술되었다.
4. 라이브러리-유도 항체
본 발명의 항체는 원하는 활성 또는 활성들을 갖는 항체를 위한 조합 라이브러리를 가려냄으로써 단리될 수 있다. 예를 들어, 파지 표현 라이브러리를 생성하고 원하는 결합 특성을 갖는 항체용 라이브러리를 가려내기 위한 다양한 방법이 당해기술에 알려져 있다. 이와 같은 방법은 예컨대, Hoogenboom 등, Methods in Molecular Biology 178: 1-37 (O'Brien 등, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001)에 기술되었고, 예컨대, McCafferty 등, Nature 348:552-554; Clackson 등, Nature 352: 624-628 (1991); Marks 등, J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992); Marks 및 Bradbury, Methods in Molecular Biology 248: 161-175 (Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003); Sidhu 등, J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004); Lee 등, J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004); Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004); 및 Lee 등, J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)에 추가로 기술되었다.
특정 파지 표현 방법에서, VH 및 VL 유전자의 목록이 중합효소 연쇄반응(PCR)에 의해 별도로 복제되고 파지 라이브러리에서 무작위로 재조합되어, 이것이 이어서 Winter 등, Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994)에 기술된 바와 같이 항원-결합 파지를 위해 가려내질 수 있다. 파지는 항체 절편을 전형적으로 단일 사슬 Fv (scFv) 절편 또는 Fab 절편 중 하나로 표현한다. 면역화된 공급원의 라이브러리는 융합세포의 건설 요구 없이 면역원에 고-친화도 항체를 제공한다. 선택적으로, 순수한 목록(repertoire)이 복제되어(예컨대, 인간의 목록) Griffiths 등, EMBO J, 12: 725-734 (1993)에 의해 기술된 바와 같이, 어떤 면역화 없이 광범위한 비-자가 및 자가(self) 항원에 단일 공급원의 항체를 제공한다. 마지막으로, 순수한(naive) 라이브러리는 또한 Hoogenboom 및 Winter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)에 의해 기술된 바와 같이, 줄기 세포에서 유래된 재배열되지 않은 V-유전자 조각들(segments)을 복제하고, 그리고 고가변 CDR3 영역을 인코딩하고 체외에서 재배열을 달성하는 무작위 서열을 함유한 PCR 프라이머를 사용함으로써 합성차원으로 제조될 수 있다. 인간 항체 파지 라이브러리를 설명하는 특허 공보에는 예를 들어: 미국 특허 제5,750,373호, 및 미국 특허 공보 번호 2005/0079574, 2005/0119455, 2005/0266000, 2007/0117126, 2007/0160598, 2007/0237764, 2007/0292936, 및 2009/0002360이 포함된다.
인간 항체 라이브러리에서 단리된 항체 또는 항체 절편은 본원의 인간 항체 또는 인간 항체 절편으로 간주된다.
5. 다중특이성 항체
어떤 구현예에서, 본원에 제공되는 항체는 다중특이성 항체, 예컨대 이중특이성 항체이다. 다중특이성 항체는 최소한 두 개의 상이한 자리에 대해 결합 특이성을 갖는 단클론 항체이다. 어떤 구현예에서, 상기 결합 특이성들 중 하나는 c-met에 대한 것이고, 다른 하나는 그 밖의 다른 항원에 대한 것이다. 어떤 구현예에서, 이중특이성 항체는 c-met의 상이한 두 개의 항원결정부에 결합할 수 있다. 이중특이성 항체가 또한 c-met을 발현하는 세포에 세포독성 제제를 위치시키기 위해 사용될 수 있다. 이중특이성 항체는 전장 항체 또는 항체 절편으로 제조될 수 있다.
다중특이성 항체를 제조하는 기법에는, 비제한적으로, 상이한 특이성을 갖는 면역글로불린 중쇄-경쇄 두 쌍의 재조합 공동-발현(Milstein 및 Cuello, Nature 305: 537 (1983), WO 93/08829, 및 Traunecker 등, EMBO J. 10: 3655 (1991)참조), 및 "knob-in-hole" 조작(예컨대, 미국 특허 제5,731,168호)이 포함된다. 또한 다중 특이성 항체가 항체 Fc-이형이량체 분자를 제조하기 위해 정전식 조종 효과(steering effects)를 조작함으로써(WO 2009/089004A1); 둘 이상의 항체 또는 절편을 가교결합함으로써(예컨대, 미국 특허 제4,676,980호 및 Brennan 등, Science, 229: 81 (1985) 참조); 류신 지퍼를 사용하여 이중특이성 항체를 생산함으로써(예컨대, Kostelny 등, J. Immunol., 148(5): 1547-1553 (1992) 참조); 이중특이성 항체 절편을 제조하기 위한 "디아바디" 기술을 사용함으로써(예컨대, Hollinger 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993) 참조); 및 단일-사슬 Fv(sFv) 다이머를 사용함으로써(예컨대 Gruber 등, J. Immunol., 152:5368 (1994) 참조); 및 예컨대, Tutt 등 J. Immunol. 147: 60 (1991)에 기술된 바와 같이 삼중특이성 항체를 제조함으로써, 제조될 수 있다.
3개 이상의 작용성 항원 결합부를 갖는 조작된 항체, 예를 들면 "문어 항체" 또한 본원에 포함된다(예컨대 US 2006/0025576A1 참조).
본원의 항체 또는 절편에는 c-met뿐만 아니라 또 다른 상이한 항원, 예컨대 EGFR에 결합하는 항원 결합부를 포함하는 "이중 작용 FAb" 또는 "DAF"가 포함된다(예를 들어, US 2008/0069820 참조).
6. 항체 변종
어떤 구현예에서, 본원에 제공되는 항체의 아미노산 서열 변종이 고안되었다. 예를 들어, 상기 항체의 결합 친화도 및/또는 기타 생물학적 특성들을 향상시키는 것이 바람직한 일일 수 있다. 항체의 아미노산 서열 변종은 상기 항체를 인코딩하는 뉴클레오티드 서열에 적절할 변형을 도입시킴으로써, 또는 펩티드 합성에 의해 제조될 수 있다. 이와 같은 변형에는 예를 들어, 상기 항체의 아미노산 서열 내에서 잔기에서 결손, 및/또는 잔기로의 삽입 및/또는 잔기의 치환이 포함된다. 결손, 삽입 및 치환의 어떠한 조합이 이루어져서 최종 구조체에 도달할 수 있는데, 단, 상기 최종 구조체는 바람직한 특징, 예컨대, 항원-결합을 갖는다.
어떤 구현예에서, 하나 이상의 아미노산 치환을 갖는 항체 변종이 제공된다. 치환성 돌연변이 유발을 위한 관심대상 부위에는 HVR 및 FR가 포함된다. 아미노산 치환은 관심대상의 항체 및, 원하는 활성, 예컨대 유지된/향상된 항원 결합, 감소된 면역원성, 또는 향상된 ADCC 또는 CDC를 위해 가려내진 생성물에 도입될 수 있다.
치환성 변종의 한 가지 유형은 부모 항체(예컨대 인간화된 또는 인간 항체)의 하나 이상의 초가변 영역 잔기를 치환하는 것을 수반한다. 일반적으로, 추가적인 연구를 위해 선택되는 수득된 변종(들)은 상기 부모 항체와 대비하여 어떤 생물학적 특성들의 변형(예컨대, 개선)(예컨대, 증가된 친화도, 감소된 면역원성)을 가질 것이고, 및/또는 부모 항체의 어떤 생물학적 특성들을 실질적으로 유지할 것이다. 예시적 치환성 변종은 친화도가 성숙된 항체로, 이것은 예컨대, 파지 표현-기반 친화도 성숙화 기법, 예컨대 본원에 기술된 것들을 사용하여, 편리하게 생성될 수 있다. 간략하게 설명하면, 하나 이상의 HVR 잔기가 돌연변이되고 상기 변종 항체가 파지 상에 나타나고 특정 생물학적 활성(예컨대 결합 친화도)에 대해 가려진다.
아미노산 서열 삽입에는 그 길이가 하나의 잔기에서 백개 이상의 잔기를 함유하는 폴리펩티드에 이르는 아미노- 및/또는 카복실-말단 융합뿐만 아니라 단일 또는 다중 아미노산 잔기의 서열내 삽입이 포함된다. 말단 삽입의 예에는 N-말단 메티오닐 잔기를 갖는 항체가 포함된다. 상기 항체 분자의 기타 삽입성 변종에는 상기 항체의 N-말단 또는 C-말단의 효소(예컨대 ADEPT용) 또는 상기 항체의 혈청 반감기를 증가시키는 폴리펩티드로의 융합이 포함된다.
어떤 구현예에서, 본원에 제공되는 항체는 상기 항체가 당화되는 정도를 증가 또는 감소시키기 위해 변형된다. 항체에 대한 당화 부위의 첨가 또는 결손은 그와 같은 하나 이상의 당화 부위가 생성되거나 또는 제거되도록 아미노산 서열을 변형함으로써 편리하게 달성될 수 있다.
상기 항체가 Fc 영역을 포함하는 경우, 여기에 부착된 탄수화물이 변형될 수 있다. 포유류 세포에 의해 생산된 천연 항체는 일반적으로 Fc 영역의 CH2 부위의 Asn297로의 N-연결에 의해 부착되는 분지된 이중 안테나(biantennary) 올리고당을 전형적으로 포함한다. 예컨대, Wright 등 TIBTECH 15:26-32 (1997)을 참조한다. 상기 올리고당에는 다양한 탄수화물, 예컨대, 만노오스, N-아세틸 글루코사민(GlcNAc), 갈락토오스 및 시알산뿐만 아니라 이중 안테나(biantennary) 올리고당 구조체의 "줄기"에서 GlcNAc에 부착된 푸코오스가 포함될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명의 항체 중 올리고당의 변형은 특정하게 향상된 특성을 갖는 항체 변종을 형성하기 위해 이루어질 수 있다.
일 구현예에서, Fc 영역에 (직접 또는 간접적으로) 부착된 푸코오스가 없는 탄수화물 구조체를 갖는 항체 변종이 제공된다. 예를 들어, 이와 같은 항체 중 푸코오스의 양은 1% 내지 80%, 1% 내지 65%, 5% 내지 65% 또는 20% 내지 40%일 수 있다. 푸코오스의 양은 예를 들어 WO 2008/077546에 기술된 바와 같이, MALDI-TOF 질량 분석기에 의해 측정되는 Asn 297에 부착되는 모든 당구조체(예를 들어, 복합체, 하이브리드 및 높은 만노오스 구조체)의 합에 대비하여, Asn297에서 당 사슬 내의 푸코오스의 평균 양을 계산함으로써 결정된다. Asn297은 Fc 영역에서 약 위치 297에 배치된 아스파라긴 잔기를 가리키지만(Fc 영역 잔기의 Eu 넘버링); 그러나, Asn297은 또한 항체에서의 소소한 서열 변형 때문에 위치 297의 상향 또는 하향으로 약 ± 3개 아미노산 떨어진 곳, 즉 위치 294와 300 사이에 놓일 수 있다. 이와 같은 푸코실화 변종은 ADCC 작용을 향상시킬 가능성이 있다. 예컨대, 미국 특허 공보 번호 US 2003/0157108(Presta, L.); US 2004/0093621(Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd)를 참조한다. "탈푸코실화된" 또는 "푸코오스-결핍" 항체 변종과 관련된 출판물의 예에는 하기가 포함된다: US 2003/0157108; WO 2000/61739; WO 2001/29246; US 2003/0115614; US 2002/0164328; US 2004/0093621; US 2004/0132140; US 2004/0110704; US 2004/0110282; US 2004/0109865; WO 2003/085119; WO 2003/084570; WO 2005/035586; WO 2005/035778; WO2005/053742; WO2002/031140; Okazaki 등 J. Mol. Biol. 336: 1239-1249 (2004); Yamane-Ohnuki 등 Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004). 탈푸코실화된 항체를 생산할 수 있는 세포주의 예에는 단백질 푸코실화에 결핍된 Lecl3 CHO 세포(Ripka 등 Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986); 미국 특허 출원 번호 US 2003/0157108 Al, Presta, L; 및 WO 2004/056312 Al, Adams 등, 특히 실시예 11), 및 녹아웃(knockout) 세포주, 예컨대 알파-1,6-푸코실전이효소 유전자, FUT8, 녹아웃 CHO 세포(예컨대, Yamane-Ohnuki 등 Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004); Kanda, Y. 등, Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006); 및 WO2003/085107 참조)가 포함된다.
이등분된 올리고당을 갖는 항체 변종이 추가로 제공되는데, 예컨대,상기 항체의 Fc 영역에 부착된 이중 안테나(biantennary) 올리고당이 GlcNAc에 의해 이등분된 것이다. 이와 같은 항체 변종은 푸코실화를 감소시키고 및/또는 ADCC 작용을 향상시킬 수 있다. 이와 같은 항체 변종의 예들이 예컨대, WO 2003/011878 (Jean-Mairet 등); 미국 특허 제6,602,684호(Umana 등); 및 US 2005/0123546(Umana 등)에 기술되었다. Fc 영역에 부착된 올리고당 중 최소한 하나의 갈락토오스 잔기가 있는 항체 변종이 또한 제공된다. 이와 같은 항체 변종은 CDC 작용을 향상시킬 가능성이 있다. 이와 같은 항체 변종은 예컨대, WO 1997/30087(Patel 등); WO 1998/58964 (Raju, S.); 및 WO 1999/22764 (Raju, S.)에 기술되었다.
어떤 구현예에서, 하나 이상의 아미노산 변형이 본원에 제공되는 항체의 Fc 영역에 도입됨으로써, Fc 영역 변종을 생성할 수 있다. 상기 Fc 영역 변종은 하나 이상의 아미노산 위치에 아미노산 변형(예컨대, 치환)을 포함하는 인간 Fc 영역 서열(예컨대, 인간 IgG1, IgG2, IgG3 또는 IgG4 Fc 영역)을 포함할 수 있다.
어떤 구현예에서, 본 발명은 모든 반응기 작용은 아니지만 일부 반응기 작용을 지니는 항체 변종을 고려하며, 이 기능은 상기 항체 변종을 체내 항체 반감기가 중요하지만 특정 반응기 기능(예컨대 보완 및 ADCC)은 불필요하거나 해로운 용도에 바람직한 후보로 만든다.
감소된 반응기 작용을 갖는 항체에는 Fc 영역 잔기 238, 265, 269, 270, 297, 327 및 329 중 하나 이상의 치환을 갖는 것이 포함된다(미국 특허 제6,737,056호). 이와 같은 Fc 돌연변이체에는 아미노산 위치 265, 269, 270, 297 및 327 중 둘 이상에서 치환을 갖는 Fc 돌연변이체, 예를 들면 잔기 265과 297이 알라닌으로 치환된 소위 "DANA" Fc 돌연변이체(미국 특허 No. 7,332,581)가 포함된다.
FcR로의 결합이 향상되거나 또는 감소된 어떤 항체 변종이 기술되었다.(예컨대, 미국 특허 No. 6,737,056; WO 2004/056312, 및 Shields 등, J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001). 참조)
어떤 구현예에서, 항체 변종은 ADCC를 향상시키는 하나 이상의 아미노산 치환, 예컨대, Fc 영역의 위치 298, 333 및/또는 334에서의 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다(잔기의 EU 넘버링).
일부 구현예에서, 상기 Fc 영역에서, 예컨대, 미국 특허 제6,194,551호, WO 99/51642 및 Idusogie 등 J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)에 기술된 바와 같이, 변형된(즉 향상되거나 또는 감소된) Clq 결합 및/또는 보완 의존 세포독성(CDC)을 초래하는 변형이 이루어진다.
반감기가 증가되고 신생아(neonatal) Fc 수용체(FcRn)에 대한 결합이 향상된 항체(모체 IgGs의 태아로의 전이를 책임짐(Guyer 등, J. Immunol. 117:587 (1976) 및 Kim 등, J. Immunol. 24:249 (1994)))가 US2005/0014934A1 (Hinton 등)에 기술되었다. 이와 같은 항체는 Fc 영역의 FcRn 결합을 향상시키는 하나 이상의 치환을 내부에 갖는 Fc 영역을 포함한다. 이와 같은 Fc 변종에는 Fc 영역 잔기: 238, 256, 265, 272, 286, 303, 305, 307, 311, 312, 317, 340, 356, 360, 362, 376, 378, 380, 382, 413, 424 또는 434 중 하나 이상에서의 치환, 예컨대, Fc 영역 잔기 434의 치환(미국 특허 제7,371,826호)을 갖는 것들이 포함된다.
또한 Fc 영역 변종의 다른 예들과 관련하여, Duncan & Winter, Nature 322:738-40 (1988); 미국 특허 제5,648,260호; 미국 특허 제5,624,821호; 및 WO 94/29351를 참조한다.
어떤 구현예에서, 시스테인이 조작된 항체, 예컨대, "thioMAbs"(항체의 하나 이상의 잔기가 시스테인 잔기로 치환된 것임)를 형성하는 것이 바람직할 수 있다. 특정 구현예에서, 상기 치환된 잔기는 상기 항체의 접근가능한 부위에 발생한다. 이와 같은 잔기를 시스테인으로 치환함으로써, 반응성 티오 작용기는 상기 항체의 접근가능한 부위에 놓이고, 이것이 사용되어 상기 항체를 다른 모이어티, 예컨대 약물 모이어티 또는 링커-약물 모이어티에 접합시켜, 본원에 추가로 기술된 면역접합체를 형성할 수 있다. 어떤 구현예에서, 하기 잔기들 중 하나 이상이 시스테인으로 치환될 수 있다: 경쇄의 V205(Kabat 넘버링); 중쇄의 A118(EU 넘버링); 및 중쇄 Fc 영역의 S400(EU 넘버링). 시스테인이 조작된 항체는 예컨대, 미국 특허 제7,521,541호에 기술된 바와 같이 생성될 수 있다.
어떤 구현예에서, 본원에 제공되는 항체는 추가로 변형되어 당해기술에 알려져 있고 쉽게 확보가능한 추가적인 비단백질성 모이어티를 함유할 수 있다. 상기 항체의 유도에 적합한 모이어티에는 비제한적으로 수용성 중합체가 포함된다. 수용성 중합체의 비제한적 예에는, 비제한적으로, 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 에틸렌 글리콜/프로필렌 글리콜의 공중합체, 카복시메틸셀룰로오스, 덱스트란, 폴리비닐 알코올, 폴리비닐 피롤리돈, 폴리-1, 3-디옥솔란, 폴리-1,3,6-트리옥산, 에틸렌/말레이 무수물 공중합체, 폴리아미노산(동종중합체 또는 랜덤 공중합체), 및 덱스트란 또는 폴리(n-비닐피롤리돈)폴리에틸렌 글리콜, 프로프로필렌 글리콜 동종중합체, 프롤리프로필렌 옥사이드/에틸렌 옥사이드 공중합체, 폴리옥시에틸화된 폴리올(예컨대, 글리세롤), 폴리비닐 알코올 및 이들의 혼합물이 포함된다. 폴리에틸렌 글리콜 프로피온알데히드가 이것의 물에서의 안정성 때문에 제조 시 이점이 있을 수 있다. 상기 중합체는 어떤 분자량도 가질 수 있고, 분지 또는 미분지일 수 있다. 상기 항체에 부착된 중합체 개수는 다양할 수 있는데, 둘 이상의 중합체가 부착되는 경우, 이들은 동일하거나 또는 상이한 분자일 수 있다. 일반적으로, 유도를 위해 사용되는 중합체의 개수 및/또는 유형은 비제한적으로, 향상될 대상인 항체의 특정 속성 또는 작용, 상기 항체 유도체가 규정된 조건 하에서 치료에 사용될 것인지 여부 등을 비롯한 고려사항들을 기반으로 결정될 수 있다.
또 다른 구현예에서, 방사선 노출에 의해 선택적으로 가열될 수 있는 항체와 비단백질성 모이어티의 접합체가 제공된다. 일 구현예에서, 상기 비단백질성 모이어티는 탄소 나노튜브(Kam 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605 (2005))이다. 방사선은 어떤 파장이든 가질 수 있는데, 상기 방사선에는 비제한적으로, 일반적인 세포를 해치지 않지만, 항체-비단백질성 모이어티의 중심에 가까이 있는 세포가 사멸되는 온도로 비단백질성 모이어티를 가열하는 파장이 포함된다.
일 구현예에서, 상기 약제는 하나 이상의 세포독성 제제, 예컨대 화학요법 제제 또는 약물, 성장 억제제, 독소(예컨대, 단백질 독소, 세균, 곰팡이, 식물 또는 동물에서 유래된 효소차원의 활성 독소, 또는 이것의 절편), 또는 방사선 활성 동위원소에 접합된 항체(예컨대, c-met 항체)를 포함하는 면역접합체이다.
일 구현예에서, 면역접합체는 항체가 하나 이상의 약물, 예를 들면 비제한적으로 메이탄시노이드(미국 특허 제5,208,020호, 제5,416,064호 및 유럽 특허 EP 0 425 235 B1); 아우리스타틴, 예컨대 모노메틸아우리스타틴 약물 모이어티 DE 및 DF(MMAE 및 MMAF)(미국 특허 제5,635,483호 및 제5,780,588호, 및 제7,498,298호 참조); 돌라스타틴; 칼리케아미신 또는 이것의 유도체(미국 특허 제5,712,374호, 제5,714,586호, 제5,739,116호, 제5,767,285호, 제5,770,701호, 제5,770,710호, 제5,773,001호, 및 제5,877,296호 참조; Hinman 등, Cancer Res. 53:3336-3342 (1993); 및 Lode 등, Cancer Res. 58:2925-2928 (1998)) 참조; 안스라시클린, 예컨대 다우노마이신 또는 독소루비신(Kratz 등, Current Med. Chem. 13:477-523(2006); Jeffrey 등, Bioorganic & Med. Chem. Letters 16:358-362 (2006); Torgov 등, Bioconj. Chem. 16:717-721 (2005); Nagy 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:829-834 (2000); Dubowchik 등, Bioorg. & Med. Chem. Letters 12: 1529-1532 (2002); King 등, J. Med. Chem. 45:4336-4343 (2002); 및 미국 특허 제6,630,579호 참조); 메토트렉세이트; 빈데신; 탁산, 예컨대 도세탁셀, 팍리탁셀, 라로탁셀, 테세탁셀 및 오르타탁셀; 트리초데센; 및 CC1065에 접합된 항체-약물 접합체(ADC)이다.
또 다른 구현예에서, 면역접합체는 본원에 기술된 바와 같이, 효소차원의 활성 독소 또는 이것의 절편, 예를 들면 비제한적으로 디프테리아 A 사슬, 디프테리아 독소의 비결합 활성 절편, 엑소독소 A 사슬(Pseudomonas aeruginosa 유래), 리신 A 사슬, 아브린 A 사슬, 모데신 A 사슬, 알파-사르신, Aleurites fordii 단백질, 디안틴 단백질, 파이토라카 아메리카나 단백질(PAPI, PAPII 및 PAP-S), 모모르디카 차란티아 억제제, 쿠르신, 크로틴, 사파오나리아 오피시날리스 억제제, 겔로닌, 미토겔린, 레스트릭토신, 페노마이신, 에노마이신 및 트리코테센에 접합된 항체를 포함한다.
또 다른 구현예에서, 면역접합체는 본원에 기술된 바와 같이, 방사선 활성 원자에 접합되어 방사선 접합체를 형성하는 항체를 포함한다. 다양한 방사선 활성 동위원소가 방사선 접합체의 생산을 위해 사용가능하다. 예에는 At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, Pb212 및 Lu의 방사선 활성 동위원소가 포함된다. 방사선 접합체가 검출을 위해 사용되는 경우, 이것은 섬광조영 구를 위한 방사선 활성 원자, 예를 들어 tc99m 또는 I123를, 또는 핵자기공명(NMR) 영상(자기공명영상(mri)로도 알려짐)을 위한 스핀 레이블, 예컨대 다시 한 번 요오드-123, 요오드-131, 인듐-111, 플루오린-19, 탄소-13, 질소-15, 산소-17, 가돌리늄, 망간 또는 철을 포함할 수 있다.
항체와 세포독성 제제의 접합체는 다양한 이중작용성 단백질 커플링 제제, 예컨대 N-숙신이미딜-3-(2-피리딜디티오)프로피오네이트(SPDP), 숙신이미딜-4-(N-말레이미도메틸)시클로헥산-1-카복실레이트(SMCC), 이미노티올란(IT), 이미도에스테르의 이중작용성 유도체(예컨대, 디메틸 아디피미데이트 HCl), 활성 에스테르(예컨대 디숙신이미딜 수베레이트), 알데히드(예컨대 글루타르알데히드), 비스-아지도 화합물(예컨대, 비스(p-아지도벤조일) 헥산디아민), 비스-디아조늄 유도체(예컨대 비스-(p-디아조늄벤조일)-에틸렌디아민), 디이소시아네이트(예컨대 톨루엔 2,6-디이소시아네이트) 및 비스-활성 플루오린 화합물(예컨대 1,5-디플루오로-2,4-디니트로벤젠)을 사용하여 제조될 수 있다. 예를 들어, 리신 면역독소는 Vitetta 등, Science 238: 1098 (1987)에 기술된 바와 같이 제조될 수 있다. 탄소-14-표지된 1-이소티오시아나토벤질-3-메틸디에틸렌 트리아미네펜타아세트산(MX-DTPA)은 방사선 뉴클레오티드의 상기 항체로의 접합을 위한 예시적 킬레이트화 제제이다. WO94/11026를 참조한다. 상기 링커는 상기 세포에서 세포독성 약물의 방출을 용이하게 하는 "쪼개질 수 있는 링커"일 수 있다. 예를 들어, 산-불안정 링커, 펩티다아제-민감성 링커, 광불안정성 링커, 디메틸 링커 또는 디설피드-함유 링커(Chari 등, Cancer Res. 52: 127-131 (1992); 미국 특허 제5,208,020호)가 사용될 수 있다.
본원의 면역접합체 또는 ADC는 본원에서 명백히 고안되는데, 비제한적으로 이와 같은 접합체는 가교결합 시약, 비제한적으로, BMPS, EMCS, GMBS, HBVS, LC-SMCC, MBS, MPBH, SBAP, SIA, SIAB, SMCC, SMPB, SMPH, 술포-EMCS, 술포-GMBS, 술포-KMUS, 술포-MBS, 술포-SIAB, 술포-SMCC 및 술포-SMPB 및 SVSB(숙신이미딜-(4-비닐술폰)벤조에이트)(예컨대, Pierce Biotechnology, Inc., Rockford, IL., U.S.A에서 상업적으로 확보 가능함)으로 제조된다.
결합 분석법 및 기타 분석법
일 측면에서, 항체는, 알려진 방법, 예컨대, ELISA, 웨스턴 블롯 등에 의해, 그것의 항원 결합 활성에 대해 검사를 받는다.
또 다른 측면에서, 경쟁 분석법이 사용되어 인간 c-met에 대한 결합을 위해, 아미노산 서열 서열식별번호: 1을 포함하는 HVR-L1; 아미노산 서열 서열식별번호: 2를 포함하는 HVR-L2; 아미노산 서열 서열식별번호: 3을 포함하는 HVR-L3; 아미노산 서열 서열식별번호: 4를 포함하는 HVR-H1; 아미노산 서열 서열식별번호: 5를 포함하는 HVR-H2; 및 아미노산 서열 서열식별번호: 6을 포함하는 HVR-H3을 포함하는 항-c-met 항체, 및/또는 서열식별번호:7의 VH 서열과 서열식별번호:8의 VL 서열을 포함하는 항-c-met 항체와 경쟁하는 항체를 식별할 수 있다. 일부 구현예에서, 경쟁 분석법이 사용되어 인간 c-met에 대한 결합을 위해 오나투주맙과 경쟁하는 항체를 식별할 수 있다.
길항제(예컨대, 항체)가 결합되는 항원결정부의 위치를 그리기 위한 예시적 방법은 당해기술에 잘 알려져 있다. 예컨대, Merchant, M. 등, PNAS (2013) 110(32): E2987-E2996, 및 Morris (1996) "Epitope Mapping Protocols,", Methods in Molecular Biology vol. 66 (Humana Press, Totowa, NJ)를 참조한다. 예를 들어, 상기 제제는 인간 c-met 또는 이것의 절편 및, 상기 결합부(들) 상의 아미노산 잔기(들)이 변형된 c-met의 변형된 형태 또는 이것의 절편에 결합하는 능력에 대해 가려질 수 있다. c-met 길항제는 상기 인간 c-met 또는 이것의 절편과 비교할 때 변형된 형태의 c-met에 대한 이것의 결합이 감소된 경우(예를 들어, 유의미하게 감소된 경우), 인간 c-met 또는 이것의 절편에 결합하도록 결정된다. 변형된 형태의 c-met 또는 이것의 절편을 위한 상기 결합 분석법은, 예를 들어 높은 처리량 검사 상황에서의 카운터 스크린으로서, 인간 c-met 또는 이것의 절편을 위한 결합 분석법과 함께, 동시에 수행될 수 있다. 선택적으로, 변형된 형태의 c-met에 대한 상기 결합 분석법은 상기 제제가 이미 인간 c-met 또는 이것의 절편에 결합한 것이 식별/확인된 후에 수행될 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 하기를 포함한다: a) c-met 길항제(예컨대, c-met 항체)의 인간 c-met 또는 이것의 절편으로의 결합을 b) c-met 길항제의 변형된 형태의 c-met 또는 이것의 절편(Q328, R331, L337 및 N338의 최소한 하나의 아미노산 잔기(예를 들어, 최소한 2, 3 또는 4개의 아미노산 잔기에서 변형을 포함)으로의 결합과 비교하되, 상기 변형된 형태와 대비하여 인간 c-met 또는 이것의 절편에 더 큰 결합 친화도를 보이는 c-met 길항제가 변형된 형태로 변형된 아미노산 잔기를 포함하는 인간 c-met 상의 결합부에 선택적으로 결합하는 c-met 길항제로 선택된다.
III. 진단 방법
일 측면에서, 본 발명은 예컨대, c-met 길항제로의 치료에 반응을 보일 가능성이 있는 암 환자를 식별하기 위한 진단 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 상기 c-met 길항제는 항-c-met 항체이다. 일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체는 오나투주맙이다.
교아세포종(예컨대, 이전에 치료받은 교아세포종)이 있는 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)을 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 좀 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)을 포함하는 치료를 선택하거나 또는 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 임의로 제2 암 약제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 포함한다.
중피종(예컨대, 이전에 치료 받은 중피종)이 있는 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF의 수치, 또는 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 임의로 제2 암 약제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)을 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
위암(예컨대, 이전에 치료받은 위암)이 있는 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF의 수치 또는 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)을 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 임의로 제2 암 약제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
콩팥 세포 암종 (예컨대, 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종)이 있는 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)을 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 임의로 제2 암 약제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
간세포 암종(예컨대, 이전에 치료받은 간세포 암종)이 있는 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)을 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)을 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자가 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 임의로 제2 암 약제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
일 측면에서, 본 발명은 예컨대 c-met 길항제와 VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)로의 치료에 반응할 가능성이 있는 암 환자를 식별하기 위한 진단 방법을 제공한다.
교아세포종(예컨대, 이전에 치료받은 교아세포종)이 있는 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)을 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
중피종(예컨대, 이전에 치료받은 중피종)이 있는 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)을 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)을 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
위암(예컨대, 이전에 치료받은 위암)이 있는 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)을 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)을 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
콩팥 세포 암종(예컨대, 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종)이 있는 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)을 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)을 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
간세포 암종(예컨대, 이전에 치료받은 간세포 암종)이 있는 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)을 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법이 제공되는데, 상기 방법은 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)을 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 더 많다고 식별하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
암 진단을 제공하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i)상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자에 높은 HGF 생체표지자를 포함하는 암이 있다고 진단하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 임의로 제2 암 약제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
암 진단을 제공하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i)상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자에 높은 HGF 생체표지자를 포함하는 암이 있다고 진단하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
교아세포종 진단을 제공하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i)상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자에 높은 HGF 생체표지자를 포함하는 교아세포종이 있다고 진단하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 임의로 제2 암 약제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
교아세포종 진단을 제공하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i)상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자에 높은 HGF 생체표지자를 포함하는 교아세포종이 있다고 진단하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
중피종 진단을 제공하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i)상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자에 높은 HGF 생체표지자를 포함하는 중피종이 있다고 진단하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 임의로 제2 암 약제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
중피종 진단을 제공하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i)상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자에 높은 HGF 생체표지자를 포함하는 중피종이 있다고 진단하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
위암 진단을 제공하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i)상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자에 높은 HGF 생체표지자를 포함하는 위암이 있다고 진단하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 임의로 제2 암 약제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
위암 진단을 제공하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i)상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자에 높은 HGF 생체표지자를 포함하는 위암이 있다고 진단하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
콩팥 세포 암종 진단을 제공하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i)상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자에 높은 HGF 생체표지자를 포함하는 콩팥 세포 암종이 있다고 진단하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 임의로 제2 암 약제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
콩팥 세포 암종 진단을 제공하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i)상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자에 높은 HGF 생체표지자를 포함하는 콩팥 세포 암종이 있다고 진단하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
간세포 암종 진단을 제공하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i)상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자에 높은 HGF 생체표지자를 포함하는 간세포 암종이 있다고 진단하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 임의로 제2 암 약제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
간세포 암종 진단을 제공하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, 상기 환자에 높은 HGF 생체표지자를 포함하는 간세포 암종이 있다고 진단하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 상기 치료를 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료를 권장하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, (iv) 상기 환자를 (a) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 (b) 항-VEGF 항체(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다.
환자에게 치료를 권장하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i)상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, c-met 길항제(임의로 c-met 길항제와 VEGF 길항제의 병용)로의 치료를 권장하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 선택하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 임의로 제2 암 약제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 VEGF 길항제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다.
교아세포종 환자에게 치료를 권장하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, c-met 길항제(임의로 c-met 길항제와 VEGF 길항제의 병용)로의 치료를 권장하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 선택하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 임의로 제2 암 약제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 VEGF 길항제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다.
중피종 환자에게 치료를 권장하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, c-met 길항제(임의로 c-met 길항제와 VEGF 길항제의 병용)로의 치료를 권장하는 단계. 일부 구현예에서, 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 선택하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 임의로 제2 암 약제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 VEGF 길항제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다.
위암 환자에게 치료를 권장하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, c-met 길항제(임의로 c-met 길항제와 VEGF 길항제의 병용)로의 치료를 권장하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 선택하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 임의로 제2 암 약제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 VEGF 길항제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다.
콩팥 세포 암종 환자에게 치료를 권장하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, c-met 길항제(임의로 c-met 길항제와 VEGF 길항제의 병용)로의 치료를 권장하는 단계. 일부 구현예에서, 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 선택하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 임의로 제2 암 약제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 VEGF 길항제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다.
간세포 암종 환자에게 치료를 권장하는 방법이 제공되는데, 하기를 포함한다: (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자(예컨대, HGF의 수치, 존재 또는 부재, 또는 보급률(예컨대, HGF mRNA를 발현하는 세포의 백분율)를 측정하는 단계; (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자 발현이 있는 경우, c-met 길항제(임의로 c-met 길항제와 VEGF 길항제의 병용)로의 치료를 권장하는 단계. 일부 구현예에서, 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iii) c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료를 선택하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 일부 구현예에서, 상기 방법은 (iv) 상기 환자를 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함하는 치료로 치료하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 임의로 제2 암 약제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 치료는 VEGF 길항제와 병용한 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 체외 방법이다.
본원에 제공되는 본 발명의 일부 구현예에서, 상기 샘플은 c-met 길항제로의 치료 이전에 수득된다. 본원에 제공되는 본 발명의 일부 구현예에서, 상기 샘플은 VEGF 길항제로의 치료 이전에 수득된다. 본원에 제공되는 본 발명의 일부 구현예에서, 상기 샘플은 c-met 길항제와 VEGF 길항제로의 치료 이전에 수득된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 암 약제로의 치료 이전에 수득된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 암이 전이된 후에 수득된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 포르말린으로 고정되고 파라핀 포매된(FFPE) 것이다. 일부 구현예에서, 제1 샘플은 (예컨대, ISH 또는 PCR를 사용하여) HGF 발현에 대한 검사가 시행된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 생검(예컨대, 코어 생검), 수술 시료(예컨대, 외과 절제에서의 시료), 또는 미세바늘 흡입액에서 유래된 것이다.
상기 환자의 샘플은 본원의 생체표지자들 중 하나 이상의 발현에 대한 검사가 시행된다. 상기 조직 또는 세포 샘플의 공급원은 신선한, 냉동 및/또는 보존된 장기 또는 조직 샘플 또는 생검 또는 흡입액 (비제한적으로, 미세바늘 흡입액 포함); 혈액 또는 모든 혈액 구성성분; 체액, 예컨대 뇌척수액, 양수, 복막액, 세기관지 세척액, 흉수, 객담 또는 세포간질액; 상기 개체의 임신 또는 발달 중 어느 시기의 세포에서 유래된 것과 같은 고체 조직일 수 있다. 상기 조직 샘플은 자연적으로 상기 조직과 혼합되지 않는 화합물, 예컨대 보존제, 항응고제, 완충용액, 고정액, 영양분, 항생제 등을 함유할 수 있다. 본원의 종양 샘플의 예에는, 비제한적으로, 종양 생검, 종양 세포, 혈청, 혈장, 순환하는 혈장 단백질, 복수액, 1차 세포 배양액 또는 종양에서 유도되었거나 종양-유사 특성을 보이는 세포주, 세기관지 세척액, 흉수, 객담, 뇌척수액, 소변, 보존된 종양 샘플, 예컨대 포르말린-고정, 파라핀-포매 종양 샘플(비제한적으로 포르말린-고정 파라핀-포매 미세바늘 흡입액 샘플 포함) 또는 냉동 종양 샘플이 포함된다. 일 구현예에서, 상기 환자 샘플은 포르말린-고정 파라핀-포매(FFPE) 종양 샘플(예컨대, 교아세포종 종양 샘플, 중피종 종양 샘플, 또는 위암 종양 샘플)이다. 일 구현예에서, 상기 환자 샘플은 생검(예컨대, 바늘 생검)이다. 일 구현예에서, 상기 환자 샘플은 미세바늘 흡입액에서 유래된 포르말린-고정 파라핀-포매 샘플이다. 일 구현예에서, 상기 샘플은 코어 생검(예컨대, 교아세포종 코어 생검, 중피종 코어 생검, 위암 코어 생검, 또는 콩팥 세포 암종 코어 생검)에서 유래된 FFPE 종양 샘플이다. 일 구현예에서, 상기 환자 샘플은 외과적 절제 샘플이다. 상기 샘플은 상기 환자의 암 약제(예컨대, 항-c-met 길항제)로의 치료 이전에 또는 치료 중에 수득될 수 있다. 상기 샘플은 상기 환자의 암 약제로 이전에 치료하기 전에 또는 이전에 치료하는 중에 수득될 수 있다. 상기 샘플은 1차 종양에서 또는 전이성 종양에서 수득될 수 있다. 상기 샘플은 상기 암이 처음 진단될 때, 또는 예를 들어, 상기 종양이 전이된 후에 수득될 수 있다. 종양 샘플에는 암 세포, 림프구, 백혈구, 기질, 혈관, 연결조직, 기저판, 및 상기 종양과 관련된 기타 모든 세포 유형이 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 종양 샘플은 폐, 림프절, 위장, 간, 뇌 또는 신장에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 종양은 육안으로 해부되어, 예컨대, 교아세포종 종양 샘플에서 형태학적으로 정상인 뇌 조직를 제거한 것이다. 일부 구현예에서, 상기 육안으로 해부된 교아세포종 종양 샘플은 양성 기질 세포 (예컨대, 반응성 성상교세포, 신경아교 세포, 주피세포 및/또는 내피 세포)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 종양은 육안으로 해부된 것으로, 예컨대, 중피종 종양 샘플에서 형태학적으로 정상인 중피 조직을 제거한 것이다. 일부 구현예에서, 상기 육안으로 해부된 중피종 종양 샘플은 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 종양은 육안으로 해부된 것으로, 예컨대, 위암 종양 샘플에서 형태학적으로 정상인 위 조직을 제거한 것이다. 일부 구현예에서, 상기 육안으로 해부된 위암 종양 샘플은 양성 기질 세포(예컨대, 섬유아세포, 대식세포 및/또는 내피 세포)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 종양은 육안으로 해부된 것으로, 예컨대, 콩팥 세포 암종 종양 샘플에서 형태학적으로 정상인 신장 조직을 제거한 것이다. 일부 구현예에서, 상기 육안으로 해부된 콩팥 세포 암종 종양 샘플은 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 종양은 육안으로 해부된 것으로, 예컨대, 간세포 암종 종양 샘플에서 형태학적으로 정상인 간 조직을 제거한 것이다. 일부 구현예에서, 상기 육안으로 해부된 간세포 암종 종양 샘플은 양성 기질 세포를 포함한다.
HGF mRNA 발현을 나타내는 암 또는 생물학적 샘플은, 진단 검사에서, HGF mRNA를 발현(과잉발현도 포함)하는 것이다. HGF mRNA 발현을 나타내는 교아세포종 샘플은, 진단 검사에서, HGF mRNA를 발현(과잉발현도 포함)하는 것이다. 일부 구현예에서, 교아세포종 샘플에는 종양 세포와 양성 기질 세포가 포함된다. HGF mRNA 발현을 나타내는 중피종 샘플은, 진단 검사에서, HGF mRNA를 발현(과잉발현도 포함)하는 것이다. 일부 구현예에서, 중피종 샘플에는 종양 세포와 양성 기질 세포가 포함된다. HGF mRNA 발현을 나타내는 위암 샘플은, 진단 검사에서, HGF mRNA를 발현(과잉발현도 포함)하는 것이다. 일부 구현예에서, 위암 샘플에는 종양 세포와 양성 기질 세포가 포함된다. HGF mRNA 발현을 나타내는 콩팥 세포 암종 샘플은, 진단 검사에서, HGF mRNA를 발현(과잉발현도 포함)하는 것이다. 일부 구현예에서, 콩팥 세포 암종 샘플에 종양 세포와 양성 기질 세포가 포함된다. HGF mRNA 발현을 나타내는 간세포 암종 샘플은, 진단 검사에서, HGF mRNA를 발현(과잉발현도 포함)하는 것이다. 일부 구현예에서, 간세포 암종 샘플에 종양 세포와 양성 기질 세포가 포함된다. HGF mRNA 발현을 나타내느 육종 샘플은, 진단 검사에서, HGF mRNA를 발현(과잉발현도 포함)하는 것이다. 일부 구현예에서, 육종 샘플에 종양 세포와 양성 기질 세포가 포함된다.
c-met 증폭을 나타내는 암 또는 생물학적 샘플은, 진단 검사에서, 증폭된 c-met 유전자를 갖는다. 일부 구현예에서, 증폭된 c-met 유전자는 평균(세포 집단에서) c-met 유전자의 4개 이상의 복사본, c-met 유전자의 5개 이상의 복사본, 또는 평균 c-met 유전자의 8개 이상의 복사본, 또는 c-met 유전자의 예컨대 10개 이상, 12개 이상, 15개 이상, 또는 20개 이상의 복사본이다.
mRNA, 단백질 또는 유전자 증폭의 발현을 확인하기 위한 다양한 방법에는 비제한적으로, 유전자 발현 프로파일링, 정량적 실시간 PCR(qRT-PCR)를 비롯한 중합효소 연쇄반응(PCR), 역전사효소 정량적 PCR(rt-qPCR), RNA-Seq, FISH, CISH, 유전자미세배열 분석법, 유전자 발현의 연속 분석법(SAGE), 매스어레이(MassARRAY), 단백질체학(proteomics), 면역조직화학염색(IHC), 노던 및 서던 블롯 분석법, 제자리 혼성화(예컨대, 단일 또는 다중 핵산 제자리 혼성화 기술, 예컨대 Advanced Cell Diagnostic의 RNAscope 기술), RNAse 보호 분석법, 및 미세유전자배열(예컨대, Illumina BeadArray™ 기술; 유전자 발현의 검출용 비즈 어레이(BADG E))가 포함된다. 생체표지자는 또한 중합효소 연쇄반응(PCR)-기반 분석법, 예컨대, 정량적 PCR, 실시간 PCR, 정량적 실시간 PCR(qRT-PCR), 역전사효소 PCR(RT-PCR) 및 역전사효소 정량적 PCR(rt-qPCR)에 의해 측정될 수 있다. 기타 증폭-기반 방법에는, 예를 들어, 전사물-매개 증폭(TMA), 가닥 변위 증폭(SDA), 핵산 서열 기반 증폭(NASBA) 및 신호 증폭 방법, 예컨대 bDNA가 포함된다. 핵산 생체표지자는 또한 예를 들어, NanoString nCounter, 및 높은 커버리지 발현 프로파일링(HiCEP)에 의해 측정될 수 있다. 증폭된 핵산 서열의 분석은 다양한 기술들, 예컨대 마이크로칩, 형광 편광 분석법, 시퀀싱 및 매트릭스-보조 레이저 탈착 이온화(MALDI) 질량 분석법을 사용하여 수행될 수 있다. 일부 구현예에서, 증폭된 핵산은 시퀀싱에 의해 분석된다. 일부 구현예에서, 핵산 발현이 측정 및/또는 정량화된다. 일부 구현예에서, 단백질 발현이 측정 및/또는 정량화된다.
생체표지자 발현을 확인하기 위한 다양한 예시적 방법이 이제 좀 더 상세히 기술될 것이다.
PCR 분석법은 당해기술에 잘 알려져 있고, 예를 들면 비제한적으로 실시간 PCR(RT-PCR) 분석법, 예컨대 정량적 PCR 분석법, 예를 들면 역전사효소 정량적 PCR(rt-qPCR)이 포함된다. 정량적 PCR 분석법을 수행하기 위한 플랫폼에는 하기가 포함된다: Fluidigm(예컨대, BioMark™ HD System), Roche Molecular System (예컨대, cobas 4800 system).
일 구현예에서, HGF 핵산(예컨대, HGF mRNA)은 (a) 최소한 하나의 프라이머를 사용하는 역전사에 의해 상기 샘플에서 cDNA를 생산하는 단계; (b) 상기 cDNA를 증폭하는 단계; 및 (c) 상기 증폭된 cDNA의 존재를 검출하는 단계를 포함하는 방법을 사용하여 검출된다. 게다가, 이와 같은 방법에는 샘플에서 mRNA의 수치를 확인할 수 있게 해주는 하나 이상의 단계들(예컨대, 유전자, 예컨대 하우스키핑 유전자, 예컨대 액틴 계열 구성원의비교 대조군 mRNA 서열을 동시에 또는 별도로 조사함으로써)이 포함될 수 있다. 임의로, 상기 증폭된 cDNA의 서열이 확인될 수 있다.
일부 구현예에서, HGF 핵산(예컨대, HGF mRNA)은 (a) 환자 암 샘플(예컨대, FFPE 고정 환자 암 샘플)에서 추출한 핵산(예컨대, mRNA)에 PCR를 수행하는 단계; 및 (b) 상기 샘플에서 핵산의 발현을 확인하는 단계를포함하는 방법을 사용하여 검출된다.
상기 핵산 수치에서, 생체표지자는 전기영동, 노던 및 서던 블롯 분석법, 제자리 혼성화(예컨대, 단일 또는 다중 핵산 제자리 혼성화), RNAse 보호 분석법 및 미세유전자배열(예컨대, Illumina BeadArray™ 기술; 유전자 발현의 검출용 비즈 어레이(BADG E))에 의해 측정될 수 있다. 생체표지자는 또한 중합효소 연쇄반응(PCR)-기반 분석법, 예컨대, 정량적 PCR, 실시간 PCR, 정량적 실시간 PCR(qRT-PCR), 역전사효소 PCR(rt-PCR) 및 역전사효소 정량적 PCR(rt-qPCR)에 의해 측정될 수 있다. 기타 증폭-기반 방법에는, 예를 들어, 전사물-매개 증폭(TMA), 가닥 변위 증폭(SDA), 핵산 서열 기반 증폭(NASBA) 및 신호 증폭 방법, 예컨대 bDNA가 포함된다. 핵산 생체표지자는 또한 시퀀싱-기반 기법, 예컨대, 예를 들어, 유전자 발현의 연속 분석(SAGE), RNA-Seq, 및 높은-처리량 시퀀싱 기술(예컨대, 대량의 병행 시퀀싱) 및 Sequenom MassARRAY® 기술에 의해 측정될 수 있다. 핵산 생체표지자는 또한 예를 들어, NanoString nCounter, 및 높은 커버리지 발현 프로파일링(HiCEP)에 의해 측정될 수 있다.
앞서 나열된 기법들 중에, 민감하고 유연한 정량적 방법은 rt-qPCR로, 이것은 상이한 샘플 집단에서, 정상적인 조직과 종양 조직에서, 약물 치료와 함께 또는 약물 치료 없이, mRNA 수치들을 비교하여 유전자 발현의 패턴의 특징을 규정하고, 밀접하게 관련된 mRNA들을 구별하고, RNA 구조체를 분석하기 위해 사용될 수 있다.
제1 단계는 표적 샘플에서 mRNA의 단리이다. 출발 물질은 전형적으로 인간 종양 또는 종양 세포주 및 각각 상응하는 정상적인 조직 또는 세포주에서 단리된 총 RNA이다. 따라서, RNA는 다양한 1차 종양, 예를 들면 유방, 폐, 결장, 전립선, 뇌, 간, 신장, 췌장, 위장, 담낭, 비장, 흉선, 고환, 난소, 자궁 등, 상응하는 정상적인 조직, 또는 종양 세포주에서 단리될 수 있다. mRNA의 공급원이 1차 종양인 경우, mRNA는 예를 들어, 냉동 또는 저장된 파라핀-포매 및 고정(예컨대 포르말린-고정) 조직 샘플에서 추출될 수 있다. mRNA 추출을 위한 일반적인 방법은 당해기술에 잘 알려져 있고, 분자 생물학의 표준 교과서, 예를 들면 Ausubel 등, Current 프로토콜s of Molecular Biology, John Wiley 및 Sons (1997)에 개시되었다. 파라핀 포매된 조직에서의 RNA 추출을 위한 방법은 예를 들어, Rupp 및 Locker, Lab Invest. 56:A67 (1987), 및 De Andres 등, Bio Techniques 18:42044 (1995)에 기술되었다. 특히, RNA 단리는 제조업체의 지시에 따라, 정제 키트, 완충용액 세트 및 상업적 제조업체의 단백질 분해효소, 예컨대 Qiagen을 사용하여 수행될 수 있다. 예를 들어, 배양액 중 세포의 총 RNA는 Qiagen RNeasy 미니컬럼을 사용하여 단리될 수 있다. 그 밖의 상업적으로 사용가능한 RNA 단리 키트에는 MASTERPURE® Complete DNA 및 RNA Purification kit (EPICENTRE®, Madison, Wis.), 및 Paraffin B1ock RNA Isolation kit(Ambion, Inc.)이 포함된다. 조직 샘플의 총 RNA는 RNA Stat-60(TelTest)을 사용하여 단리될 수 있다. 종양에서 제조된 RNA는 예를 들어, 세슘 클로라이드 밀도 구배 원심분리에 의해 단리될 수 있다.
RNA가 PCR용 템플레이트로서 역할을 할 수 없기 때문에, PCR에 의한 유전자 발현 프로파일링에서 제1 단계는 RNA 템플레이트의 cDNA로의 역전사이고, 이어서 PCR 반응에서 이것의 기하급수적 증폭이다. 두 가지 가장 흔히 사용되는 역전사효소는 avilo myeloblastosis 바이러스 역전사효소(AMY-RT)와 Moloney 쥣과 백혈병 바이러스 역전사효소(MMLV-RT)이다. 상기 역전사 단계는 전형적으로 발현 프로파일링의 환경 및 목표에 따라, 특이성 프라이머, 무작위 헥사머, 또는 올리고-dT 프라이머를 사용하여 전형적으로 준비된다. 예를 들어, 추출된 RNA는 GENEAMP™ RNA PCR 키트(Perkin Elmer, Calif, USA)를 사용하여, 상기 제조업체의 지시에 따라, 역전사될 수 있다. 상기 유도된 cDNA는 이어서 추후 PCR 반응에서 템플레이트로 사용될 수 있다. 비록 PCR 단계가 다양한 열안정성 DNA-의존 DNA 중합효소를 사용할 수 있지만, 이것은 전형적으로 Taq DNA 중합효소를 사용하는데, 이것은 5'-3' 뉴클레아제 활성을 갖고 있으나 3'-5' 교정 엔도뉴클레아제 활성은 없다. 따라서, TAQMAN® PCR는 전형적으로 Taq 또는 Tth 중합효소의 5'-뉴클레아제 활성을 활용하여 표적 앰플리콘에 결합된 혼성화 프로브를 가수분해하지만, 동등한 5' 뉴클레아제 활성을 갖는 모든 효소가 사용될 수 있다. 두 가지 올리고뉴클레오티드 프라이머가 사용되어 PCR 반응에 전형적인 앰플리콘을 생성한다. 제3 올리고뉴클레오티드, 즉 프로브는 두 개의 PCR 프라이머 사이에 위치한 뉴클레오티드 서열을 검출하기 위해 설계된다. 상기 프로브는 Taq DNA 중합효소 효소에 의해 확장될 수 없고, 리포터 형광 염색제 및 급냉기 형광 염색제로 표지된다. 리포터 염색제에서 모든 레이저-유도 방출은, 두 가지 염색제가 상기 프로프에 있듯이 서로 가까이 위치할 경우 급냉 염색제에 의해 급냉된다. 상기 증폭 반응 중에, Taq DNA 중합효소는 템플레이트-의존 방식으로 상기 프로브를 쪼갠다. 수득된 프로브 절편은 용액에서 해리되고, 방출된 리포터 염색제의 신호는 제2 형광단의 급냉 효과에서 자유롭다. 리포터 염색제의 한 분자가 각각의 합성된 새로운 분자용으로 해방되고, 급냉되지 않은 리포터 염색제의 검출이 상기 데이터의 정량적 해석에 대한 근거를 제공한다.
TAQMAN® PCR은 상업적으로 사용가능한 장비, 예컨대 예를 들어, ABI PRISM 7700® Sequence Detection System®(Perkin-Elmer-Applied Biosystems, Foster City, Calif, USA), 또는 Lightcycler(Roche Molecular Biochemicals, Mannheim, Germany)를 사용하여 수행될 수 있다. 한 구현예에서, 상기 5' 뉴클레아제 절차가 실시간 정량적 PCR 장치, 예컨대 ABI PRISM 7700® Sequence Detection System 상에서 수행된다. 상기 시스템은 유전자증폭기, 레이저, 전하결합소자(CCD), 카메라 및 컴퓨터로 이루어진다. 상기 시스템은 유전자증폭기 상의 96-웰 포맷에서 샘플을 증폭한다. 증폭 중에 96 웰 모두에 대해 레이저-유도 형광 신호가 광섬유 케이블을 통해 실시간으로 수집되어 CCD에서 검출된다. 상기 시스템에는 상기 기구를 운행하기 위한 소프트웨어와 상기 데이터를 분석하기 위한 소프트웨어가 포함된다.
5'-뉴클레아제 분석 데이터는 처음에 Ct, 즉 문턱 주기(threshold cycle)로 표현된다. 형광값이 매 주기에 기록되는데, 이것은 증폭 반응에서 그 지점까지 증폭된 생성물의 양을 나타낸다. 상기 형광 신호가 통계학적으로 유의미한 것으로 처음 기록된 지점이 문턱 주기(Ct)이다.
샘플 대 샘플의 변형의 오류 및 효과를 최소화하기 위해, PCR는 보통 상이한 조직들 사이에 일정한 수치로 표현되는 내부적 표준을 사용하여 수행되어, 실험적 조치에 의해 영향을 받지 않는다. 유전자 발현의 패턴을 규격화하기 위해 가장 빈번히 사용되는 RNA는 하우스키핑 유전자인 글리세르알데히드-3-포스페이트-데히드로게나아제(GAPDH) 및 β-액틴용 mRNA이다.
PCR 기법의 좀 더 최근의 변형은 정량적 실시간 PCR(qRT-PCR)로, 이것은 이중-표지된 형광원 프로브(즉, TAQMAN® 프로브)를 통해 PCR 생성물 축적을 측정한다. 정량적 실시간 중합효소 연쇄반응의 기법은 PCR의 한 형태를 가리키되, PCR 생성물의 양이 PCR 반응의 각 단계에 측정된다. 이와 같은 기법은 Cronin 등,Am. J. Pathol. 164(1):35-42 (2004); 및 Ma 등, Cancer Cell 5:607-616 (2004)를 비롯한 다양한 문헌에 기술된 바 있다. 실시간 PCR는 정량적 경쟁 PCR(각 표적 서열에 대한 내부적 경쟁자가 규격화를 위해 사용되는 경우) 및 상기 샘플 내에 함유된 규격화 유전자, 또는 PCR용 하우스키핑 유전자를 사용하는 정량적 비교 PCR 둘 다와 병행가능하다. 좀 더 상세한 내용은 예컨대 Held 등, Genome Research 6:986-994 (1996)를 참조한다. "역전사 정량적 중합효소 연쇄반응(rt-qPCR)의 기법은 PCR의 한 형태로, 증폭될 핵산이 우선 cDNA로 역전사될 RNA이고, PCR 생성물의 양이 PCR 반응 중 각 단계에서 측정된다.
RNA 공급원으로 고정된 파라핀-포매 조직을 사용하여 유전자 발현을 프로파일링하기 위한 대표적인 프로토콜의 단계들, 예를 들면 mRNA 단리, 정제, 프라이머 확장 및 증폭은 다양한 출판저널 논문(예를 들어: Godfrey 등, J. Malec. Diagnostics 2: 84-91 (2000); Specht 등, Am. J. Pathol. 158: 419-29 (2001))에 주어졌다. 간략하게, 대표적인 공정은 파라핀-포매 종양 조직 샘플을 약 10 마이크로그램 두께의 박편으로 자르는 것으로 시작한다. 상기 RNA는 이어서 추출되고, 단백질과 DNA가 제거된다. RNA 농도의 분석 후, RNA 복구 및/또는 증폭 단계가, 필요한 경우, 포함될 수 있고, RNA는 유전자 특이성 프로모터를 사용하여 역전사되고, 이어서 PCR가 수행된다.
본 발명의 일 측면에 따르면, PCR 프라이머 및 프로브는 증폭될 유전자에 존재하는 인트론 서열을 기반으로 설계된다. 이와 같은 구현예에서, 프라이머/프로브 설계의 첫 번째 단계는 상기 유전자 내의 인트론 서열의 묘사(delineation)이다. 이는 공개적으로 사용가능한 소프트웨어, 예컨대 DNA BLAT 소프트웨어(Kent, W., Genome Res. 12(4):656-64 (2002)에 의해 개발), 또는 BLAST 소프트웨어(이것의 변형 포함)에 의해 이루어질 수 있다. 추후 단계들은 PCR 프라이머 및 프로브 설계의 잘 성립된 방법들을 따른다.
따라서, 일 구현예에서, 상기 HGF 생체표지자는 하기를 포함하는 방법을 사용하여 확인될 수 있다: (a) 표적 핵산을 포함하는 또는 포함한다고 의심되는 샘플을 제공하는 단계; (b) 상기 샘플에서 mRNA를 단리하는 단계; (c) 상기 샘플에서 mRNA를 정제하는 단계; (d) 상기 RNA의 cDNA로의 역전사를 수행하는 단계; (e) 상기 표적 핵산의 cDNA로 혼성활될 수 있는 두 개의 PCR 프로브로 이루어진 최소한 하나의 세트를 제공하는 단계: (f) 상기 두 개의 PCR 프로브 사이에 상기 표적 핵산으로 혼성화하도록 설계된 제3 프로브를 제공하는 단계(여기서, 상기 제3 프로브는 Taq-DNA 중합효소에 의해 확장될 수 없고 리포터 형광 염색제와 급냉기 형광 염색제로 표지됨); (g) PCR를 사용하여 상기 표적 핵산의 cDNA를 증폭하는 단계: (h) 급냉되지 않은 리포터 염색제의 양을 검출함으로써, 상기 샘플 중 상기 표적 핵산의 양을 정량화하는 단계: (i) 상기 샘플 중 상기 표적 핵산의 양을 내부 표준의 발현 수치와 비교하는 단계.
일 구현예에서, 상기 HGF 생체표지자는 하기를 포함하는 방법을 사용하여 확인될 수 있다: (a) HGF 핵산을 포함하거나 또는 포함한다고 의심되는 샘플을 제공하는 단계(상기 샘플은 파라핀-포매, 포르말린-고정 조직 샘플(예컨대, 파라핀-포매, 포르말린-고정 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종 조직 샘플)을 포함함); (b) 상기 샘플에서 HGF mRNA를 단리하는 단계; (c) 상기 샘플에서 HGF mRNA를 정제하는 단계; (d) RNA의 cDNA로의 역전사를 수행하는 단계; (e) HGF의 cDNA로 혼성화할 수 있는 두 개의 PCR 프로브로 이루어진 최소한 하나의 세트를 제공하는 단계: (f) 상기 두 개의 PCR 프로브 사이에 상기 표적 핵산으로 혼성화하도록 설계된 제3 프로브를 제공하는 단계(여기서 제3 프로브는 Taq-DNA 중합효소에 의해 확장될 수 없고, 리포터 형광 염색제와 급냉 형광 염색제에 의해 표지됨); (g) PCR를 사용하여 HGF의 cDNA를 증폭하는 단계; (h) 급냉되지 않은 리포터 염색제의 양을 검출함으로써 상기 샘플 중 HGF 핵산의 양을 정량화하는 단계; (i) HGF의 Ct 값과 상기 내부 표준의 평균 Ct 값의 차이를 기반으로, 상기 샘플 중 HGF 핵산의 양을 하나 이상의 내부 표준의 발현 수치(예컨대, GAPDH, β-액틴, AL- 1377271, 및/또는 VPS-33B의 발현 수치)와 비교하는 단계.
일부 구현예에서, 많은 양의 HGF 생체표지자(높은 HGF 생체표지자)는 높은 HGF mRNA이다(예컨대, 샘플 중에서, 예컨대, 환자의 암, 예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종의 종양 박편 중에서). 일부 구현예에서, HGF mRNA 발현은 증폭 기반 분석법을 사용하여 확인된다. 일부 구현예에서, 상기 증폭 기반 분석법은 PCR 기반 분석법이다. 일부 구현예에서, 상기 PCR 기반 분석법은 정량적 PCR, 실시간 PCR, 정량적 실시간 PCR(qRT-PCR), 역전사효소 PCR(rt-PCR) 또는 역전사 정량적 PCR(rt-qPCR)이다. 일부 구현예에서, HGF mRNA 발현은 rt-qPCR를 사용하여 확인된다. 일부 구현예에서, HGF mRNA 발현은 Fluidigm 유전자 발현 분석을 사용하여 확인된다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA은 특정 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이 있는 환자를 포함하는 대표적인 수의 환자를 포함하는 환자의 기준 집단에서 수득된 종양 샘플 중의 HGF mRNA 수치를 측정함으로써 성립된 표준과 비교하여, 상대적 발현 수치를 기반으로 확인된다. 일부 구현예에서, 상기 대표적인 수의 환자란 10명 이상의 환자이다. 일부 구현예에서, 상기 대표적인 수의 환자란 25명 이상의 환자이다. 일부 구현예에서, 상기 대표적인 수의 환자란 50명 이상의 환자이다. 일부 구현예에서, 상기 대표적인 수의 환자란 100명 이상의 환자이다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 환자의 기준 집단은 대표적인 수의 교아세포종 환자(예컨대, 재발된 교아세포종)를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 환자의 기준 집단은 대표적인 수의 중피종 환자(예컨대, 재발된 중피종)를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 환자의 기준 집단은 대표적인 수의 위암 환자(예컨대, 재발된 위암)를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 환자의 기준 집단은 대표적인 수의 콩팥 세포 암종 환자(예컨대, 재발된 콩팥 세포 암종)를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 환자의 기준 집단은 대표적인 수의 간세포 암종 환자(예컨대, 재발된 간세포 암종)를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 환자의 기준 집단은 대표적인 수의 육종 환자(예컨대, 재발된 육종)를 포함한다. 일부 구현예에서, 환자 종양 샘플의 높은 HGF mRNA 발현 수치는 특정 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이 있는 환자를 포함하는 기준 환자 집단에서 수득된 종양 샘플의 50%의 HGF mRNA 발현 수치보다 큰 HGF mRNA 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 환자 종양 샘플의 높은 HGF mRNA 발현 수치는 특정 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이 있는 환자를 포함하는 기준 환자 집단에서 수득된 종양 샘플의 60%의 HGF mRNA 발현 수치보다 큰 HGF mRNA 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 환자 종양 샘플의 높은 HGF mRNA 발현 수치는 특정 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이 있는 환자를 포함하는 기준 환자 집단에서 수득된 종양 샘플의 65%의 HGF mRNA 발현 수치보다 큰 HGF mRNA 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 환자 종양 샘플의 높은 HGF mRNA 발현 수치는 특정 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이 있는 환자를 포함하는 기준 환자 집단에서 수득된 종양 샘플의 70%의 HGF mRNA 발현 수치보다 큰 HGF mRNA 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 환자 종양 샘플의 높은 HGF mRNA 발현 수치는 특정 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이 있는 환자를 포함하는 기준 환자 집단에서 수득된 종양 샘플의 75%의 HGF mRNA 발현 수치보다 큰 HGF mRNA 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 환자 종양 샘플의 높은 HGF mRNA 발현 수치는 특정 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이 있는 환자를 포함하는 기준 환자 집단에서 수득된 종양 샘플의 80%의 HGF mRNA 발현 수치보다 큰 HGF mRNA 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 상기 종양 샘플은 교아세포종 종양 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 종양 샘플은 중피종 종양 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 종양 샘플은 위암 종양 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 종양 샘플은 콩팥 세포 암종 종양 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 종양 샘플은 간세포 암종 종양 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 종양 샘플은 육종 종양 세포와 양성 기질 세포를 포함한다.
일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 증폭 기반 분석법을 사용하여 확인된다. 일부 구현예에서, 상기 증폭 기반 분석법은 PCR 기반 분석법이다. 일부 구현예에서, 상기 PCR 기반 분석법은 정량적 PCR, 실시간 PCR, 정량적 실시간 PCR(qRT-PCR), 역전사효소 PCR(rt-PCR) 또는 역전사 정량적 PCR(rt-qPCR)이다. 일부 구현예에서, 상기 PCR 기반 분석법은 rt-qPCR이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 Fluidigm 유전자 발현 분석을 사용하여 확인된다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 기준 유전자의 mRNA의 Ct와 비교하여, HGF mRNA의 Ct를 확인함으로써 확인된다. 일부 구현예에서, 상기 기준 유전자는 신선한-냉동 조직 샘플과 포르말린-고정 파라핀-포매 조직 샘플에서 다수의 세포주에 걸쳐 동등한 수치로 안정적으로 발현되는 유전자이다. 일부 구현예에서, 여러 기준 유전자의 Ct가 확인되고, 평균 Ct가 HGF mRNA의 Ct와 비교된다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF 발현의 델타 Ct를 확인함으로써 확인되되, 여기서 델타 Ct는 HGF의 평균 Ct - 표적 유전자의 평균 Ct에 해당한다.
일부 구현예에서, 적은 양의 HGF 생체표지자(낮은 HGF 생체표지자)는 낮은 HGF mRNA 생체표지자이다(예컨대, 샘플에서, 예컨대, 환자의 암, 예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종의 종양 박편에서). 일부 구현예에서, 낮은 mRNA 발현은 증폭 기반 분석법을 사용하여 확인된다. 일부 구현예에서, 상기 증폭 기반 분석법은 PCR 기반 분석법이다. 일부 구현예에서, 상기 PCR 기반 분석법은 정량적 PCR, 실시간 PCR, 정량적 실시간 PCR(qRT-PCR), 역전사효소 PCR(rt-PCR) 또는 역전사 정량적 PCR(rt-qPCR)이다. 일부 구현예에서, HGF mRNA 발현은 rt-qPCR를 사용하여 확인된다. 일부 구현예에서, HGF mRNA 발현은 Fluidigm 유전자 발현 분석법을 사용하여 확인된다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA는 특정 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이 있는 환자를 포함하는 대표적인 수의 환자를 포함하는 환자의 기준 집단에서 수득된 종양 샘플에서 HGF mRNA 수치를 측정함으로써 성립된 표준과 비교하여, 상대적 발현 수치를 기반으로 확인된다. 일부 구현예에서, 상기 대표적인 수의 환자란 10명 이상의 환자이다. 일부 구현예에서, 상기 대표적인 수의 환자란 25명 이상의 환자이다. 일부 구현예에서, 상기 대표적인 수의 환자란 50명 이상의 환자이다. 일부 구현예에서, 상기 대표적인 수의 환자란 100명 이상의 환자이다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 환자의 기준 집단은 대표적인 수의 교아세포종 환자(예컨대, 재발된 교아세포종)를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 환자의 기준 집단은 대표적인 수의 중피종 환자(예컨대, 재발된 중피종)를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 환자의 기준 집단은 대표적인 수의 위암 환자(예컨대, 재발된 위암)를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 환자의 기준 집단은 대표적인 수의 콩팥 세포 암종 환자(예컨대, 재발된 콩팥 세포 암종)를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 환자의 기준 집단은 대표적인 수의 간세포 암종 환자 (예컨대, 재발된 간세포 암종)를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 환자의 기준 집단은 대표적인 수의 육종 환자(예컨대, 재발된 육종)를 포함한다. 일부 구현예에서, 환자 종양 샘플의 낮은 HGF mRNA 발현 수치는 특정 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이 있는 환자를 포함하는 기준 환자 집단에서 수득된 종양 샘플의 50%의 HGF mRNA 발현 수치보다 적은 HGF mRNA 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 환자 종양 샘플의 낮은 HGF mRNA 발현 수치는 특정 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이 있는 환자를 포함하는 기준 환자 집단에서 수득된 종양 샘플의 60%의 HGF mRNA 발현 수치보다 적은 HGF mRNA 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 환자 종양 샘플의 낮은 HGF mRNA 발현 수치는 특정 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이 있는 환자를 포함하는 기준 환자 집단에서 수득된 종양 샘플의 65%의 HGF mRNA 발현 수치보다 적은 HGF mRNA 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 환자 종양 샘플의 낮은 HGF mRNA 발현 수치는 특정 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이 있는 환자를 포함하는 기준 환자 집단에서 수득된 종양 샘플의 70%의 HGF mRNA 발현 수치보다 적은 HGF mRNA 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 환자 종양 샘플의 낮은 HGF mRNA 발현 수치는 특정 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이 있는 환자를 포함하는 기준 환자 집단에서 수득된 종양 샘플의 75%의 HGF mRNA 발현 수치보다 적은 HGF mRNA 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 환자 종양 샘플의 낮은 HGF mRNA 발현 수치는 특정 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이 있는 환자를 포함하는 기준 환자 집단에서 수득된 종양 샘플의 80%의 HGF mRNA 발현 수치보다 적은 HGF mRNA 발현 수치이다. 일부 구현예에서, 상기 종양 샘플은 교아세포종 종양 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 종양 샘플은 중피종 종양 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 종양 샘플은 위암 종양 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 종양 샘플은 콩팥 세포 암종 종양 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 종양 샘플은 간세포 암종 종양 세포와 양성 기질 세포를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 종양 샘플은 육종 종양 세포와 양성 기질 세포를 포함한다.
일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 증폭 기반 분석법을 사용하여 확인된다. 일부 구현예에서, 상기 증폭 기반 분석법은 PCR 기반 분석법이다. 일 구현예에서, 상기 PCR 기반 분석법은 정량적 PCR, 실시간 PCR, 정량적 실시간 PCR(qRT-PCR), 역전사효소 PCR(rt-PCR) 또는 역전사 정량적 PCR(rt-qPCR)이다. 일부 구현예에서, 상기 PCR 기반 분석법은 rt-qPCR이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 Fluidigm 유전자 발현 분석법을 사용하여 확인된다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 기준 유전자의 mRNA의 Ct와 비교하여, HGF mRNA의 Ct를 확인함으로써 확인된다. 일부 구현예에서, 상기 기준 유전자는 신선한-냉동 조직 샘플, 및/또는 포르말린-고정 파라핀-포매 조직 샘플에서 다수의 세포주에 걸쳐 동등한 수치로 안정적으로 발현되는 유전자이다. 일부 구현예에서,여러 기준 유전자의 Ct가 확인되는데, 평균 Ct가 HGF mRNA의 Ct와 비교된다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF 발현의 델타 Ct를 확인함으로써 확인되되, 여기서 델타 Ct란 HGF의 평균 Ct - 표적 유전자의 평균 Ct에 해당한다.
ISH는 보완적 DNA 또는 RNA 가닥(즉, 프로브)를 사용하여 조직의 일부분 또는 박편에서(제자리에서) 특이적 DNA 또는 RNA 서열의 위치를 확인하는 하나의 유형의 혼성화를 가리킨다. 상기 프라이머 및 프로브 유형에는, 비제한적으로 이중 가닥 DNA(dsDNA), 단일 가닥 DNA(ssDNA), 단일 가닥 보완성 RNA(sscRNA), 메신저 RNA(mRNA), 마이크로 RNA(miRNA) 및 합성 올리고뉴클레오티드가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 프로브는 예컨대, 형광 레이블로 표지된다(예컨대, FISH, 즉 형광 제자리 혼성화). 일부 구현예에서, 상기 프로브는 예컨대, 발색체 레이블로 표지된다(예컨대, CISH, 즉 발색체 제자리 혼성화). 일부 구현예에서, ISH는 (예컨대, DNA 프라이머를 사용하여) 수행되고, 이어서 ISH 신호는 혼성화-기반 신호 증폭, 예컨대, 증폭 프로브와 레이블 프로브를 사용하여 증폭된다. 혼성화-기반 신호 증폭의 예에는 분지된 DNA 분자를 사용하여 ISH 신호를 증폭하는 것이 포함된다. 혼성화-기반 신호 증폭을 활용하는 예시적 플랫폼에는 하기가 포함된다: QuantiGene® (Affymetrix); RNAScope®(Advanced Cell Technology). ISH는 단일(단일 표적) 또는 다중(다수 표적)으로 수행될 수 있다. 예를 들어, QuantiGene 분석법의 경우, 프로브 세트가 사용되어 표적 mRNA로 혼성화한다. 전형적인 프로브 세트는 최대 20개 이상의 올리고뉴클레오티드 프로브 쌍을 사용한다. 상기 프로브 세트의 혼성화를 따라서, 전-증폭기, 증폭기 및 레이블 프로브가 첨가되어 가시화를 위한 신호를 생성한다. 전-증폭기 프로브는 표적 특이성 프로브에 결합하고, 이어서 상기 증폭기 프로브는 전-증폭기 프로브에 결합한 후, 레이블 프로브의 증폭기 프로브로의 결합이 이어진다. 예를 들어, RNAscope® 분석법 기술(Advanced Cell Technology)의 경우, 둘 이상의 포착(capture) 프로브가 표적 mRNA 상에 인접하여 혼성화된다. 상기 포착 프로브는 예컨대, 상기 표적 RNA에 보완적인 18~25개 염기 영역, 스페이서 서열 및 15개 염기 꼬리를 함유할 수 있다. 표적 프로브 한 쌍이 사용되는데, 각각은 상이한 유형의 꼬리 서열을 소유하고, 표적 영역(약 50bp 동안)에 인접하여 혼성화된다. 상기 프로브 상의 두 개의 "꼬리" 서열은 전-증폭기 프로브를 위한 28-염기 혼성화 부위를 형성하는데, 이것은 증폭기 프로브를 위한 여러 (예컨대, 20개) 결합부를 함유하고, 이어서 레이블 프로브를 위한 여러 (예컨대, 20개) 결합부를 함유한다. 전-증폭기, 증폭기 및 레이블 프로브는 각각의 포착 프로브 쌍에 순차적으로혼성화되어, 표적 RNA 1kb 당 무려 8,000개 레이블 분자의 축적을 초래한다. 상기 레이블 프로브는 형광단 또는 발색체 효소(예컨대, 겨자무과산화효소 또는 알칼리성 인산가수 분해효소) 중 하나에 접합되어, 각각 표준 밝은 장 현미경 또는 형광 현미경 아래서 혼성화 신호의 검토를 가능하게 한다. 따라서, 일 구현예에서, 상기 HGF 생체표지자는 하기를 포함하는 방법을 사용하여 확인될 수 있다: (a) 상기 표적 핵산을 포함하거나 또는 포함하는 것으로 의심되는 샘플을 제공하는 단계; (b) 상기 표적 핵산으로 혼성화할 수 있는 둘 이상의 포착 프로브로 이루어진 최소한 하나의 세트를 제공하는 단계; (c) (i) 레이블 프로브로 혼성화할 수 있는 증폭기; (ii) 상기 증폭기로 혼성화할 수 있고 상기 둘 이상의 포착 프로브로 이루어진 상기 세트로 혼성화할 수 있는 전-증폭기; (iii) 레이블 프로브를 제공하는 단계; (d) 둘 이상의 포착 프로브로 이루어진 상기 세트를 상기 표적 핵산으로 혼성화하는 단계; (e) 전-증폭기, 증폭기 및 레이블 프로브를 둘 이상의 포착 프로브로 이루어진 상기 세트에 포착함으로써, 상기 레이블 프로브를 상기 표적 핵산에 포착하는 단계; 및 (f) 상기 포착된 레이블 프로브와 연관된 레이블의 존재, 부재, 또는 양을 검출하는 단계.
일부 구현예에서, 많은 양의 HGF 생체표지자(높은 HGF 생체표지자)는 높은 HGF mRNA 생체표지자이다(예컨대, 샘플에서, 예컨대, 환자의 암, 예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종의 종양 박편에서). 일부 구현예에서, HGF mRNA 발현은 ISH를 사용하여 확인된다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 1% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 2% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 3% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 4% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 5% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 6% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 7% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 8% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 9% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 10% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 12% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 15% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 20% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 25% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 30% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 35% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 40% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 50% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 55% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 60% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 65% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 70% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 상기 샘플 중 75% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 교아세포종 종양 세포와 양성 기질 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 중피종 종양 세포와 양성 기질 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 위암 종양 세포와 양성 기질 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 콩팥 세포 암종 종양 세포와 양성 기질 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 간세포 암종 종양 세포와 양성 기질 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 육종 종양 세포와 양성 기질 세포이다.
일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 10개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다(예컨대, 샘플에서, 예컨대, 환자의 암, 예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종의 종양 박편에서). 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 11개 이상의 ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 12개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 13개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 14개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 15개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 16개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 20개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 25개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 30개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 35개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 40개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 45개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 50개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 55개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 60개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 70개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 75개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 약 80개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 교아세포종 종양 세포와 양성 기질 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 중피종 종양 세포와 양성 기질 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 위암 종양 세포와 양성 기질 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 콩팥 세포 암종 종양 세포와 양성 기질 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 간세포 암종 종양 세포와 양성 기질 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 육종 종양 세포와 양성 기질 세포이다.
일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 2+보다 큰 ISH 점수이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 3+보다 큰 ISH 점수이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 2+ 또는 3+인 ISH 점수이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 1+보다 큰 ISH 점수이다.
일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 다양한 세포에서 HGF ISH 양성 신호의 존재이다(예컨대, 저배율 대물렌즈가 장착된 광 현미경을 사용하여 관찰된 것과 같음). 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 빈번한 세포에서의 HGF ISH 양성 신호의 존재이다(예컨대, 중도 또는 고배율 대물렌즈를 사용하는 광 현미경을 사용하여 관찰된 것과 같은).
일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 고배율 대물렌즈(예컨대, 10X 대물렌즈)가 장착된 광 현미경으로 상기 샘플을 검토하면서 쉽게 관찰되는 HGF ISH 양성 신호의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 중도 배율 대물렌즈(예컨대, 20X 대물렌즈) 또는 고배율 대물렌즈(예컨대, 40X 대물렌즈)가 장착된 광 현미경으로 상기 샘플을 검토할 때 관찰되는 HGF ISH 양성 신호의 존재이다.
일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 2개를 초과하는 초점의 존재이다(예컨대, 샘플에서, 예컨대, 환자의 암, 예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종의 종양 박편에서). 본원에 사용되는 "초점"은 HGF mRNA ISH 신호 음성 세포에 의해 둘러싸인 하나 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포(들)을 가리킨다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 3개를 초과하는 초점의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 4개를 초과하는 초점의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 5개를 초과하는 초점의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 6개를 초과하는 초점의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 7개를 초과하는 초점의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 8개를 초과하는 초점의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 9개를 초과하는 초점의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 10개를 초과하는 초점의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 11개를 초과하는 초점의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 12개를 초과하는 초점의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 13개를 초과하는 초점의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 14개를 초과하는 초점의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 15개를 초과하는 초점의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 16개를 초과하는 초점의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 17개를 초과하는 초점의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 18개를 초과하는 초점의 존재이다. 일부 구현예에서, 높은 HGF mRNA 생체표지자는 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 19개를 초과하는 초점(또는 그 이상, 예컨대 HGF ISH 신호 양성 세포를 포함하는 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50개 이상의 초점)의 존재이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 교아세포종 종양 세포와 양성 기질 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 중피종 종양 세포와 양성 기질 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 위암 종양 세포와 양성 기질 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 콩팥 세포 암종 종양 세포와 양성 기질 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 간세포 암종 종양 세포와 양성 기질 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 육종 종양 세포와 양성 기질 세포이다.
일부 구현예에서, 슬라이드를 낮은 배율(예컨대, 대략 10X 대물렌즈와 상당함)의 광 현미경을 사용하여 검토할 때, 초점이 보인다. 일부 구현예에서, 슬라이드를 중도 배율(예컨대, 대략 20X 대물렌즈에 상당함)의 광 현미경을 사용하여 검토할 때, 초점이 보인다. 일부 구현예에서, 슬라이드를 높은 배율(예컨대, 대략 40X 대물렌즈에 상담함)의 광 현미경을 사용하어 검토할 때, 초점이 보인다.
일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 2+ 미만인 ISH 점수이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 1+ 미만인 ISH 점수이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 0 또는 1+인 ISH 점수이다. 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 0인 ISH 점수이다.
일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 예컨대, 환자의 암 (예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)의 박편에서, 적은 세포, 예컨대, 10개 이하, 예컨대 9, 8, 7, 6개 또는 그 이하의 세포에서 HGF ISH 양성 신호의 존재이다(예컨대, 중도 또는 고배율 대물렌즈가 장착된 광 현미경을 사용하여 관찰된 것임). 일부 구현예에서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자는 0개 세포에서의 HGF ISH 양성 신호의 존재이다(예컨대, 중도 또는 고배율 대물렌즈가 장착된 광 현미경을 사용하여 관찰된 것임).
일부 구현예에서, HGF mRNA ISH 양성 신호는 양성 대조군, 예컨대, HGF를 발현하고 분비하는 것으로 알려진 KP4 췌장 종양 세포(Riken BioResource Center, order no. RCB1005)에서 수행된 HGF ISH와 비교된다. 일부 구현예에서, HGF mRNA ISH 양성 신호는 음성 대조군, 예컨대, DapB ISH 프로브로 탐침된 KP4 세포와 비교된다.
일부 구현예에서, IHC(아래서 추가로 논의됨) 및 ISH 분석법 포맷은 선택적 염색에 의해 질병 상태의 어떤 형태학적 지표 또는 생물학적 표지자의 검출을 강조하기 위해, 현미경 검사에 적합한 고체 지지체, 예컨대, 유리 슬라이드 또는 기타 평면 지지체 상에 올린 조직 박편에 시행되는 일련의 처리 단계들을 포함한다.
일부 구현예에서, ISH 또는 IHC(아래에서 추가로 논의됨) 분석법 포맷에서 표적의 검출을 수행하기 전에, 검출전 절차가 수행되어야 한다. 여기에는 예컨대, 하기 단계들이 포함될 수 있다: 조직 절단 및 손질, 고정화, 탈수, 파라핀 침투, 얇은 박편으로 자름, 유리 슬라이드 위에 장착, 베이킹, 탈파라핀화, 재수화, 항원 회수, 차단 단계, 1차 항체 적용, 세척, 2차 항체-효소 접합체 적용 및 세척.
조직 시료를 고정하고 포매하는 여러 방법이 알려져 있는데, 예를 들어, 알코올 고정 및 포르말린-고정 및 추후 파라핀 포매(FFPE)가 포함된다. 조직 시료를 고정하고 포매하는 방법은 IHC와 관련하여 아래에서 추가로 논의된다.
일부 구현예에서, 다수의 표적의 반응성을 높이기 위해 상기 시료의 전처리를 통해 표적 항원이 회수되거나 정체가 알려진다. 항원 회수(항원 드러내기)의 광범위한 검토는 Shi 등 1997, J Histochem Cytochem, 45(3):327에서 찾아볼수 있다. 항원 회수에는 특이적 검출 시약과의 상호작용을 위한 표적의 활용도가 최대화되는 다양한방법이 포함된다. 가장 흔한 기법은 적절한 완충용액에서 단백질가수분해 효소(예를 들어 단백질분해효소, 프로나아제, 펩신, 파파인, 트립신 또는 뉴라미니다아제)를 사용한 효소 소화 또는, 또는 적절하게 pH 안정화된 완충용액(일반적으로 EDTA, EGTA, Tris-HCl, 시트레이트, 우레아, 글리신-HCl 또는 붕산 함유)에서 마이크로웨이브 방사, 수조에서의 가열, 스티머, 일반적인 오븐, 오토클레이브 또는 압력솥을 사용하는 열로 유도된 항원결정부 회수(HIER)이다. 상기 항원 회수 완충용액은 수성일 수 있으나, 또한 다른 용매, 예를 들면 끓는점이 물보다 높은 용매를 함유할 수도 있다. 추가적으로, 일부 구현예에서, 신호:잡음 비율은 상이한 물리적 방법들, 예를 들면, 진공 및 초음파의 적용 또는 시약의 배양 전 또는 배양 중에 박편의 냉동 및 해동에 의해 증가될 수 있다. 내생의 바이오틴 결합부 또는 내생의 효소 활성(예를 들어 인산분해효소, 카탈라아제 또는 과산화효소)이 검출 절차의 한 단계로 제거될 수 있는데, 예컨대, 내생의 바이오틴과 과산화효소 활성이 과산화물로의 치로에 의해 제거될 수 있다. 내생의 인산분해효소 활성은 레바미솔로의 처리에 의해 제거될 수 있다. 내생의 인산분해효소 및 에스테르 분해효소는 가열에 의해 파괴될 수 있다. 불활성 단백질, 예컨대 말 혈청 알부민(HSA), 카세인, 소 혈청 알부민(BSA) 및 오발부민, 소태아 혈청 또는 기타 혈청, 또는 세제, 예컨대 Tween20, Triton X-100, Saponin, Brij 또는 Pluronics를 갖는 비특이성 결합부의 차단이 사용될 수 있다. 특이적 시약의 미표지된 표적 비특이성 형태를 갖는 조직 또는 세포에서 비특이성 결합부를 차단하는 것 또한 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 혼성화는 상기 프로브의 경우 약 15~25℃ 이하의 녹는점(Tm)의 온도에서 수행된다. 상기 혼성화는 프로브와 더불에 구성성분들(예컨대, 유기 용매, 이온성 용액)을 함유하는 혼성화 완충용액을 사용함으로써 수행된다. 결합되지 않은 프로브와 부분적으로만 결합된 프로브를 제거하기 위해 혼성화 이후 세척이 수행될 수 있다. 세척은 Tm보다 낮은 약 10~15℃의 온도에서, 및/또는 감소하는 염 농도를 갖는 용액을 사용함으로써, 수행될 수 있다.
일부 구현예에서, 상기 조직 박편은 상기 방법의 절차(a)를 따라서 면역특이성 시약으로 핵심적인 배양을 한 후 슬라이드 상에 장착되리 수 있다. 검출 과정의 나머지는 이어서 슬라이드에 장착된 조직 박편에 시행된다. 일부 구현예에서, 샘플은 또한 제조될 수 있고, 표적 분자가 부유(free floating) 기법을 사용하여 검출될 수 있다. 이와 같은 방법에서, 조직 박편은 현탁액 중 또는 적절한 용기, 예를 들어 마이크로 원심분리 시험관에서 자유롭게 부유하는 상이한 시약들 및 세척 완충용액과 접촉하게 된다.
RNA-Seq(Whole Transcriptome Shotgun Sequencing(WTSS)라고도 불림)는 샘플의 RNA 함량에 대한 정보를 얻기 위해 서열 cDNA에 높은-처리량 시퀀싱 기술을 사용하는 것을 가리킨다. RNA-Seq를 기술한 출판물에는 Wang 등 "RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics" Nature Reviews Genetics 10 (1): 57-63 (January 2009); Ryan 등 Biotechniques 45 (1): 81-94 (2008); 및 Maher 등 "Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer". Nature 458 (7234): 97-101 (January 2009)이 포함된다.
차별적 유전자 발현 또한 미세유전자 배열 기법을 사용하여 식별 또는 확인될 수 있다. 따라서, 교아세포종-관련 유전자, 중피종-관련 유전자, 위암-관련 유전자, 콩팥 세포 암종-관련 유전자, 간세포 암종-관련 유전자, 또는 육종-관련 유전자의 발현 프로파일은 미세유전자배열 기술을 사용하여 신선한 또는 파라핀-포매 종양 조직 중 하나에서 측정될 수 있다. 이와 같은 방법에서, 관심대상의 폴리뉴클레오티드 서열(cDNA와 올리고뉴클레오티드 포함)이 마이크로칩 기질 상에 플레이팅 또는 배열된다. 상기 배열된 서열은 이어서 관심대상인 세포 또는 조직에서 유래된 특이적 DNA 프로브와 혼성화된다. PCR 방법에서 그러하듯이, mRNA의 공급원은 전형적으로 인간 종양 또는 종양 세포주, 및 상응하는 정상적인 조직 또는 세포주에서 단리된 총 RNA이다. 따라서, RNA는 다양한 1차 종양 또는 종양 세포주에서 단리될 수 있다. mRNA의 공급원이 1차 종양인 경우, mRNA는 예를 들어, 냉동 또는 보관된 파라핀-포매 및 고정(예컨대 포르말린-고정) 조직 샘플(일반적으로 매일의 임상적 실천으로 제조 및 보존됨)에서 추출될 수 있다.
미세유전자배열 기법의 구체적 구현예에서, cDNA 클론의 PCR 증폭 삽입이 빽빽한 배열의 기질에 적용된다. 바람직하게는 최소한 10,000개 뉴클레오티드 서열이 상기 기질에 적용된다. 상기 미세유전자배열된 유전자는10,000개 원소로 마이크로칩에 부동화되는데, 엄격한 조건 하의 혼성화에 적합하다. 형광으로 표지된 cDNA 프로브는 관심대상인 조직에서 추출된 RNA의 역전사에 의한 형광 뉴클레오티드의 편이블 통해 생성될 수 있다. 상기 칩에 적용된 표지된 cDNA 프로브는 특이성을 갖고 상기 배열 상의 DNA의 각 지점에 혼성화된다. 비특이적으로 결합된 프로브를 제거하기 위한 엄격한 세척 후, 상기 칩은 공초점 레이저 현미경에 의해, 또는 또 다른 검출 방법, 예컨대 CCD 카메라에 의해 스캐닝된다. 각각의 배열된 원소의 혼성화의 정량화는 상응하는 mRNA의 풍성함의 평가를 가능하게 한다. 이중색 형광으로, RNA의 두 가지 공급원에서 생성된 별도로 표지된 cDNA 프로브는 상기 배열에 쌍으로 혼성화된다. 각각의 명시된 유전자에 상응하는 두 가지 공급원에서 유래된 전사물의 상대적 풍성함이 따라서 동시에 확인된다. 혼성화의 소형화된 규모가 많은 수의 유전자에 대한 발현 패턴의 편리하고 빠른 평가를 가능하게 한다. 이와 같은 방법들은 희귀한 전사물(세포당 적은 복사본으로 발현됨)을 검출하는데 필요한 민감도를 가지며, 상기 발현 수치에서 최소한 대략 2배 차이를 재현할 수 있게 검출하는 것으로 나타난 바 있다(Schena 등 , Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93(2): 106-149 (1996)). 유전자미세배열 분석법은 제조업체의 프로토콜을 따라서, 상업적으로 사용가능한 장비, 예컨대 Affymetrix GENCH1P™ 기술 또는 Incyte의 미세유전자배열 기술을 사용함으로써, 수행될 수 있다.
유전자 발현의 대규모 분석을 위한 미세유전자배열 방법의 개발로 다양한 종양 유형에서 암 분류 및 결과 예측의 분자 표지자를 체계적으로 찾을 수 있게 되었다.
유전자 발현의 연속 분석법(SAGE)은 각 전사물에 대해 개별적인 혼성화 프로브를 제공할 필요 없이, 대량의 유전자 전사물의 동시 및 정량적 분석을 가능하게 하는 방법이다. 우선, 전사물을 독특하게식별하기 위한 충분한 정보를 함유한 짧은 서열 태그(약 10-14 bp)가 생성되는데, 단 상기 태그는 각 전사물 내 독특한 위치에서 수득된다. 이어서, 여러 전사물이 함께 연결되어 긴 직렬 분자들을 형성하고, 이것은 시퀀싱되어, 다수의 태그의 동일성을 동시에 드러낸다. 전사물의 모든 집단의 발현 패턴은 개별적인 태그의 풍부함을 확인하고, 각 태그에 상응하는 유전자를 식별함으로써 정량적으로 평가될 수 있다. 좀 더 자세한 내용은 예컨대 Velculescu et al , Science 270:484-487 (1995); 및 Velculescu 등, Cell 88:243-51 (1997)를 참조한다.
매스어레이(Sequenom, San Diego, Calif.) 기술은 검출을 위해 질량 분광법(MS)을 사용하는 유전자 발현 분석의 자동화된 고처리량 방법이다. 이 방법에 따르면, RNA의 단리, 역전사 및 PCR 증폭에 이어서, 상기 cDNA가 프라이머 확장을 겪는다. 상기 cDNA-유도 프라이머 확장 생성물은 정제되고 MALTI-TOF MS 샘플 제조에 필요한 구성성분들로 사전에 로딩된 칩 어레이에 분배된다. 상기 반응에 존재하는 다양한 cDNA가 수득된 질량 스펙트럼에서의 피크 면적을 분석함으로써 정량화된다.
일반적으로, 유전자 발현 프로파일링 방법은 두 가지 큰 그룹으로 나뉠 수 있다: 폴리뉴클레오티드의 혼성화 분석을 기반으로 하는 방법과, 폴리뉴클레오티드의 시퀀싱을 기반으로 하는 방법. 샘플에서 mRNA 발현의 정량화를 위해 당해기술에 알려진 가장 흔히 사용되는 방법에는 northern 블롯팅 및 제자리 혼성화 (Parker &Barnes, Methods in Molecular Biology 106:247-283 (1999)); RNAse 보호 분석법(Hod, Biotechniques 13:852- 854 (1992)); 및 중합효소 연쇄반응(PCR)(Weis 등, Trends in Genetics 8:263-264 (1992))이 포함된다. 선택적으로, 특이적 듀플렉스, 예를 들면 DNA 듀플렉스, RNA 듀플렉스 및 DNA-RNA 혼성 듀플렉스 또는 DNA-단백질 듀플렉스를 인식할 수 있는 항체가 활용될 수 있다. 시퀀싱-기반 유전자 발현 분석을 위한 대표적인 방법에는 유전자 발현의 연속 분석(SAGE), 대량 병렬 시그니쳐 시퀀싱(MPSS)에 의한 유전자 발현 분석이 포함된다.
HGF 단백질은 환자 샘플(예컨대, 혈장, 혈청, 소변, 뇌척수, 객담, 배설물, 호흡 응축물, 종양, 기타 조직)에서 분석될 수 있다. HGF 단백질의 분석 방법은 당해기술에 알려져 있고, 여기에는 ELISA, 질량 분광법, 표면 플라스몬 공명, 웨스턴 블롯, IHC 및 기타 잘 알려진 방법들이 포함된다. 예컨대, Mai 등, Molec Cancer Ther (2013)13(2):540-52를 참조한다. HGF 검출 키트가 상업적으로 사용가능하다.
조직 박편의 면역조직화학(IHC) 염색이 샘플에서 단백질을 평가하거나 또는 존재를 검출하는 신뢰할 만한 방법임이 밝혀진 바 있다. 면역조직화학염색 기법은 제자리에서 일반적으로 발색체 또는 형광법에 의해 세포 항원을 탐침하고 가시화하기 위해 항체를 활용한다. 따라서, 항체 또는 항혈청, 일부 구현예에서, 다클론 항혈청, 및 일부 구현예에서, 각 표지자에 특이적인 단클론 항체가 발현을 검출하기 위해 사용된다. 아래에서 더 상세히 논의되는 바와 같이, 상기 항체는 예를 들어, 방사선활성 레이블, 형광 레이블, 햅텐 레이블, 예컨대 바이오틴 또는 효소, 예컨대 겨자무과산화효소 또는 알칼리성 인산가수 분해효소로의 항체 자체의 직접 표지에 의해 검출될 수 있다. 선택적으로, 미표지된 1차 항체가 표지된 2차 항체(상기 1차 항체에 특이적인 항혈청, 다클론 항혈청 또는 단클론 항체를 포함)와 연합하여 사용된다. 면역조직화학염색 프로토콜과 키트는 당해기술에 잘 알려져 있고, 상업적으로 사용가능하다.
일부 구현예에서, 상기 IHC 분석법은 직접 분석법으로, 항체의 표적 항원으로의 결합이 직접적으로 확인된다. 이와 같은 직접적인 분석법은 표지된 시약, 예컨대 형광 태그 또는 효소로 표지된 1차 항체(추가적인 항체 작용 없이 가시화될 수 있음)를 사용한다. 일부 구현예에서, 상기 IHC 분석법은 간접적인 분석법이다. 전형적인 간접적 분석법에서, 미접합된 1차 항체는 상기 항원에 결합하고, 이어서 표지된 2차 항체가 상기 1차 항체에 결합한다. 상기 2차 항체가 효소 레이블에 접한된 경우, 발색 또는 형광 기질이 첨가되어 항원을 가시화한다. 신호 증폭은 여러 2차 항체가 상기 1차 항체 상의 상이한 항원결정부들과 반응할 수 있기 때문에 발생한다.
면역조직화학염색을 위해 사용되는 상기 1차 및/또는 2차 항체는 전형적으로 검출가능한 모이어티로 표지된다. 일반적으로 하기 범주로 그룹화될 수 있는 수많은 레이블이 사용가능하다:
(a) 방사선 동위원소, 예컨대　35S,　14C,　125I,　3H 및 131I. 상기 항체는 Current Protocols in Immunology, Volumes 1 and 2, Coligen 등, Ed. Wiley-Interscience, New York, N.Y., Pubs. (1991)에 기술된 기법들을 사용하여 방사선 동위원소로 표지될 수 있고, 방사선활성은 섬광계수를 사용하여 측정될 수 있다.
(b) 콜로이드성 금 입자.
(c) 형광 레이블, 예컨대 비제한적으로, 희토류 킬레이트(유로퓸 킬레이트), 텍사스 레드, 로다민, 플루오레세인, 단실, 리스사민, 엄벨리페론, 파이코크리테린, 파이코시아닌 또는 상업적으로 사용가능한 형광단, 예컨대 SPECTRUM ORANGE® 및 SPECTRUM GREEN® 및/또는 상기의 것들 중 하나 이상의 유도체. 상기 형광 레이블은 예를 들어 Current Protocols in Immunology, supra에 개시된 기법들을 사용하여, 상기 항체에 접합될 수 있다. 형광이 형광계를 사용하여 정량화될 수 있다.
(d) 다양한 효소-기질 레이블이 사용가능한데, 미국 특허 제4,275,149호가 이들 중 일부에 대한 개략적인 내용을 제공한다. 상기 효소는 일반적으로 다양한 기법을 사용하여 측정될 수 있는 발색체 기질의 화학적 변형을 촉매한다. 예를 들어, 상기 효소는 기질에서 색 변화를 촉매할 수 있고, 이것은 하고, 분광 광도법으로 측정될 수 있다. 선택적으로, 상기 효소는 상기 기질의 형광 또는 화학적발광을 바꿀 수 있다. 형광의 변화를 정량화하는 기법이 앞서 기술되었다. 화학적발광 기질은 화학 반응에 의해 전자적으로 여기되고, 이어서 (예를 들어, 화학적 발광계를 사용하여) 측정될 수 있는 빛을 방출하거나 또는 형광 수용기에 에너지를 제공한다. 효소 레이블의 예에는 루시퍼라아제(예컨대, 반딧불이 루시퍼라아제 및 세균성 루시퍼라아제; 미국 특허 제4,737,456호), 루시페린, 2,3-디히드로프탈라진디온, 말레이트 데히드로게나아제, 우레아제, 과산화효소, 예컨대 겨자무과산화효소(HRPO), 알칼리성 인산가수 분해효소, β-갈락토시다아제, 글루코아밀라아제, 라이소자임, 사카라이드 옥시다아제(예컨대, 글루코오스 옥시다아제, 갈락토오스 옥시다아제 및 글루코오스-6-포스페이트 데히드로게나아제), 헤테로시클 옥시다아제(예컨대 유리카아제 및 잔틴 옥시다아제), 락토퍼록시다아제, 마이크로퍼록시다아제 등이 포함된다. 효소를 항체에 접합하기 위한 기법은 O'Sullivan et al에 기술되었다. 효소 면역분석에 사용하기 위한 효소 -항체 접합체의 제조 방법은 Methods in Enzym. (ed J. Langone & H. Van Vunakis), Academic press, New York, 73: 147-166 (1981)에 기술되었다.
효소-기질 조합의 예에는 예를 들어 하기가 포함된다:
(i) 기질로서 수소 퍼옥시다아제를 갖는 겨자무과산화효소(HRPO), 상기 수소 퍼옥시다아제는 염색제 전구체[예컨대, 오소페닐렌 디아민(OPD) 또는 3,3',5,5'-테트라메틸 벤지딘 히드로클로라이드(TMB)]를 산화한다. 3,3-디아미노벤지딘(DAB) 또한 HRP-표지된 항체를 가시화하기 위해 사용될 수 있다;
(ii) 발색체 기질로서 파라-니트로페닐 포스페이트를 갖는 알칼리성 인산가수 분해효소(AP); 및
(iii) 발색체 기질(예컨대, p-니트로페닐-β-D-갈락토시다아제) 또는 형광원 기질(예컨대, 4-메틸엄벨리페릴-β-D-갈락토시다아제)를 갖는 β-D-갈락토시다아제(β-D-Gal).
수많은 다른 효소-기질 조합이 당해기술의 숙련가에게 사용가능하다. 이것에 대한 일반적인 내용은 미국 특허 제4,275,149호 및 제4,318,980호를 참조한다.
때때로, 상기 레이블은 상기 항체와 간접적으로 접합된다. 숙련가는 이를 달성하기 위한 다양한 기법을 숙지하고 있을 것이다. 예를 들어, 상기 항체는 바이오틴과 접합될 수 있고, 앞서 언급된 4가지 광범위한 범주의 레이블들은 아비딘과 접합될 수 있고, 반대로 마찬가지다. 바이오틴은 선택적으로 아비딘에 결합하기 때문에, 따라서 상기 레이블은 이와 같은 간접적인 방식으로 상기 항체와 접합될 수 있다. 선택적으로, 상기 레이블과 상기 항체의 간접적 접합을 달성하기 위해, 상기 항체는 작은 햅텐과 접합되고 앞서 언급된 상이한 유형의 레이블들 중 하나는 항-햅텐 항체와 접합된다. 따라서, 상기 레이블과 상기 항체의 간접적인 접합이 달성될 수 있다.
상기 논의된 상기 샘플 제조 절차 이외에, IHC 이전, 하는 중 또는 이후에 조직 박편의 추가 처리가 바람직할 수 있다. 예를 들어, 항원결정부 회수 방법, 예컨대 시트레이트 완충용액에서 상기 조직 샘플의 가열이 수행될 수 있다[예컨대, Leong 등 Appl. Immunohistochem. 4(3):201 (1996) 참조].
선택적 차단 단계 이후, 상기 조직 박편은 1차 항체가 조직 샘플 중 표적 단백질 항원에 결합하도록 충분한 기간 동안 적합한 조건 하에서 1차 항체에 노출된다. 이를 달성하기 위한 적합한 조건들은 정례적인 실험에 의해 결정될 수 있다.
항체와 상기 샘플의 결합의 정도는 앞서 논의된 검출 가능한 레이블들 중 어느 하나에 의해 확인된다. 바람직하게는, 상기 레이블은 발색체 기질, 예컨대 3,3'-디아미노벤지딘 발색체의 화학적 변형을 촉매하는 효소레이블(예컨대 HRPO)이다. 바람직하게는, 상기 효소 레이블은 특이적으로 1차 항체에 결합하는 항체에 접합된다(예컨대, 상기 1차 항체는 토끼 다클론 항체이고 2차 항체는 염소 항-토끼 항체이다).
이렇게 제조된 시료는 장착되어 유리덮개로 덮일 수 있다. 슬라이드 평가가 이어서, 예컨대 현미경을 사용하여 확인된다.
IHC는 앞서 또는 이후, 둘 중 어느 시점에 형태학적 염색과 함께 조합될 수 있다. 탈파라핀화 후, 슬라이드에 장착된 상기 박편은 평가를 위한 형태학적 염색제로 염색될 수 있다. 사용하게 될 형태학적 염색은 조직 박편의 정확한 형태학적 평가를 가능하게 한다. 상기 박편은 하나 이상의 염색제(이들 각각은 뚜렷하게 상이한 세포 구성성분들을 염색한다)로 염색될 수 있다. 일 구현예에서, 헤마톡실린은 슬라이드의 염색 세포 핵을 위해 사용된다. 헤마톡실린은 광범위하게 사용가능하다. 적합한 헤마톡실린의 예는 헤마톡실린 II(Ventana)이다. 더 옅은 파랑 핵이 바람직한 경우, 파란색 시약이 헤마톡실린 염색 이후 사용될 수 있다. 당해기술의 숙련가는 슬라이드가 염색제에 남아 있는 시간의 길이를 늘리거나 또는 줄임으로써, 주어진 조직에 대한 염색이 최적화될 수 있음을 이해할 것이다.
슬라이드 준비 및 IHC 공정을 위한 자동화 시스템이 상업적으로 사용가능하다. Ventana® BenchMark XT 시스템이 이와 같은 자동화 시스템의 예이다. Dako® Autostainer Plus 및 Leica Bond III 또한 이와 같은 자동화 시스템의 예이다.
염색 후, 상기 조직 박편은 현미경의 표준 기법에 의해 분석될 수 있다. 일반적으로, 병리학자 등은 비정상적인 또는 정상적인 세포 또는 특이적 세포 유형의 존재에 대해 상기 조직을 평가하고, 관심대상의 세포 유형의 자리를 제공한다. 따라서, 예를 들어, 병리학자 등은 슬라이드를 검토하고 정상적인 세포(예컨대 정상적인 폐 세포)와 비정상적인 세포(예컨대 비정상적인 또는 종양성 폐 세포)를 식별할 것이다. 관심대상인 세포의 자리를 규정하는 모든 수단이 사용될 수 있다(예컨대, X-Y 축 상의 좌표).
일부 구현예에서, IHC는 항-HGF 항체를 사용하여 수행된다.
일부 구현예에서, c-met 생체표지자는 예컨대, IHC를 사용하여 조사된다. IHC에 사용하기에 적합한 항-c-met 항체는 당해기술에 잘 알려져 있는데, 여기에는 SP-44(Ventana), DL-21(Upstate), D1C2(Cell Signaling Technologies), ab27492(Abeam), PA1-37483(Pierce Antibody), Met4(융합세포 세포주 접근번호 PTA-7680(American Type Culture Collection에 수탁)에 의해 생산된 단클론 항체; 예컨대, 미국 특허 제6,548, 640호 참조)가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체는 SP44이다. 일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체는 DL-21이다. 일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체는 D1C2이다. 일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체는 Met4이다. 당해기술의 숙련가는 추가적인 적합한 항-c-met 항체가 식별될 수 있고 IHC 프로토콜 및, 예를 들어 본원에 기술된 실시예들을 사용하여 c-met 항체와 비교함으로써 특징지을 수 있음을 이해한다 .
다양한 염색 강도(예컨대, c-met 항체 SP44로 염색된 경우)를 갖는 대조군 세포주(예컨대, 펠렛으로 원심분리되어 포르말린으로 고정되고 파라핀 포매되고, 예컨대, 조직 유전자미세배열로 준비되고, 예컨대, SP44로 염색됨)이 IHC 분석을 위한 대조군으로 활용될 수 있다. 예를 들어, H441(강한 c-met 염색 강도); EBC1(강한 c-met 염색 강도), A549(중도 c-met 염색 강도); SKMES1(중도 c-met 염색 강도), H1703(약한 c-met 염색 강도), HEK-293(약한 c-met 염색 강도); H460(약한 c-met 염색 강도) 및 TOV-112D(음성 c-met 염색 강도), LXFL529(음성 c-met 염색 강도), H522(음성 c-met 염색 강도), H23(음성 c-met 염색 강도) 또는 H1155(음성 c-met 염색 강도). 당해기술의 숙련가는 음성, 약한, 중도 및 높은 c-met 염색 강도를 갖는 다른 대조군 세포 펠렛들이 본 출원의 교시와 당해기술에 잘 알려진 그리고 본원에 개시된 방법들을 사용하여 손쉽게 식별될 수 있음을 이해한다. 따라서, 일부 구현예에서, 강한 c-met 염색 강도는 H441 및/또는 EBC1의 c-met 염색 강도를 갖는 대조군 세포의 c-met 염색 강도이다. 일부 구현예에서, 중도 c-met 염색 강도는 A549 및/또는 SKMES1의 c-met 염색 강도를 갖는 대조군 세포의 c-met 염색 강도이다. 일부 구현예에서, 약한 c-met 염색 강도는 HEK-293 및/또는 H460의 c-met 염색 강도를 갖는 대조군 세포의 c-met 염색 강도이다. 일부 구현예에서, 음성 c-met 염색 강도는 LXFL529, H522, H23 및/또는 H1155의 c-met 염색 강도를 갖는 대조군 세포의 c-met 염색 강도이다. 예컨대, 암 샘플의 c-met IHC의 점수를 매기고 분석하면서 IHC 분석을 위해 상이한 염색 강도를 갖는 대조군 세포 펠렛의 사용은 당해기술에 잘 알려져 있다. c-met 면역조직화학염색 프로토콜 및 점수 매기기 계획은 본원에 예시적으로 표현되었다. 일부 구현예에서, c-met IHC는 하기 계획을 사용하여 분석된다.
표 X
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일부 구현예에서, c-met IHC는 하기 계획을 사용하여 분석된다.
표 B
Figure pct00003
일부 구현예에서, c-met IHC는 표 X 또는 표 B에 따라 분석되고, 상기 암은 교아세포종, 중피종, 간세포 암종, 콩팥 세포 암종, 위암, 육종 (예컨대, 골육종), 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 유방암, 담낭암 또는 췌장암이다. 일부 구현예에서, c-met은 표 B에 따라 분석되고, 상기 암은 교아세포종이다. 일부 구현예에서, c-met은 표 B에 따라 분석되고, 상기 암은 중피종이다. 일부 구현예에서, c-met은 표 B에 따라 분석되고, 상기 암은 위암이다. 일부 구현예에서, c-met은 표 B에 따라 분석되고, 상기 암은 콩팥 세포 암종이다. 일부 구현예에서, c-met은 표 B에 따라 분석되고, 상기 암은 간세포 암종이다. 일부 구현예에서, c-met은 표 B에 따라 분석되고, 상기 암은 육종이다.
일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 1% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 1%를 초과하는 종양 세포가 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 5% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 10% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 15% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 20% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 25% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 30% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 35% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 40% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 45% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 50% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 55% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 60% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 65% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 70% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 75% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 80% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 85% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 90% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 95% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우(예컨대, 모든 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우), 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, c-met 발현은 막에서 이루어진다. 일부 구현예에서, c-met 발현은 세포질에서 이루어진다. 일부 구현예에서, c-met 발현은 막과 세포질에서 이루어진다. 일부 구현예에서, 상기 암은 교아세포종, 중피종, 간세포 암종, 콩팥 세포 암종, 위암, 육종(예컨대, 골육종), 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 유방암, 담낭암 또는 췌장암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 교아세포종(예컨대, 재발된 교아세포종)이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 중피종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 위암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 콩팥 세포 암종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 간세포 암종 암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 육종이다.
일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 1% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 1%를 초과하는 종양 세포가 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 5% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 10% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 15% 이상이 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 20% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 25% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 30% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 35% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 40% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 45% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 50% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 55% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 60% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 65% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 70% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 75% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 80% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 85% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 90% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 95% 이상이 중도 및/또는 강한 염색 강도로 c-met 단백질을 발현할 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, c-met 발현은 막에서 이루어진다. 일부 구현예에서, c-met 발현은 세포질에서 이루어진다. 일부 구현예에서, c-met 발현은 막과 세포질에서 이루어진다. 일부 구현예에서, 상기 암은 교아세포종, 중피종, 간세포 암종, 콩팥 세포 암종, 위암, 육종(예컨대, 골육종), 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 유방암, 담낭암 또는 췌장암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 교아세포종(예컨대, 재발된 교아세포종)이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 중피종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 위암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 콩팥 세포 암종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 간세포 암종 암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 육종이다.
일부 구현예에서, 상기 종양의 최대 염색 강도가 1인 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 종양의 최대 염색 강도가 2인 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 종양의 최대 염색 강도가 3인 경우, 환자의 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, c-met 발현은 막에서 이루어진다. 일부 구현예에서, c-met 발현은 세포질에서 이루어진다. 일부 구현예에서, c-met 발현은 막과 세포질에서 이루어진다. 일부 구현예에서, 상기 암은 교아세포종, 중피종, 간세포 암종, 콩팥 세포 암종, 위암, 육종(예컨대, 골육종), 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 유방암, 담낭암 또는 췌장암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 교아세포종(예컨대, 재발된 교아세포종)이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 중피종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 위암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 콩팥 세포 암종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 간세포 암종 암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 육종이다. 일부 구현예에서, c-met 폴리펩티드 또는 HGF는 IHC를 사용하여 측정된다. 일부 구현예에서, c-met 폴리펩티드는 IHC를 사용하여 측정되고 상기 환자 샘플은 포르말린-고정되고 파라핀 포매된다. 일부 구현예에서, c-met 폴리펩티드는 상기 샘플을 c-met 폴리펩티드에 결합하는(일부 구현예에서, 특이적으로 결합하는) 제제와 접촉시켜, 상기 제제와 c-met 생체표지자 사이에 복합체를 형성함으로써 측정되는데, 이로써 상기 샘플 중 종양 세포의 50% 이상이 중도 또는 높은 c-met 염색 강도를 가질 경우 상기 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 50% 이상이 높은 c-met 염색 강도를 가질 경우 상기 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 50% 이상이 중도 c-met 염색 강도를 가질 경우 상기 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플 중 종양 세포의 50% 이상이 낮은, 중도 또는 높은 c-met 염색 강도를 가질 경우 상기 종양은 c-met 양성이다. 일부 구현예에서, c-met과 결합하는 제제는 항-c-met 항체 SP44이다. 일부 구현예에서, c-met과 결합하는 제제는 항-c-met 항체 D1C1이다. 일부 구현예에서, c-met과 결합하는 제제는 항-c-met 항체 Met4이다. 일부 구현예에서, c-met와 결합하는 제제는 항-c-met 항체 DL21이다. 일부 구현예에서, c-met 강도는 상기 샘플에서 c-met 염색을 기준 수치와 비교함으로써 확인된다. 일부 구현예에서, 상기 기준 수치는 대조군 세포 펠렛(예컨대, A549, SKMES1, EBC-1, H441 중 어느 하나에 견줄만한 강도를 갖는 대조군 세포주 A549, SKMES1, EBC-1, H441, 또는 세포 또는 세포주)의 c-met 염색이다. 일부 구현예에서, 중도 c-met 염색 강도는 대조군 세포주 A549의 c-met 염색 강도를 의미한다. 일부 구현예에서, 중도 c-met 염색 강도는 대조군 세포주 SKMES1의 c-met 염색 강도를 의미한다. 일부 구현예에서, 강한 c-met 염색 강도는 대조군 세포주 EBC-1의 c-met 염색 강도를 의미한다. 일부 구현예에서, 강한 c-met 염색 강도는 대조군 세포주 H441의 c-met 염색 강도를 의미한다. 일부 구현예에서, 상기 환자 샘플(들)은 c-met 길항제 및/또는 VEGF 길항제로의 치료 이전에 수득된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 상기 암이 전이된 후에 수득된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 암 약제로의 치료 이전에 수득된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 생검, 수술 시료 또는 미세바늘 흡입액에서 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 포르말린으로 고정되고 파라핀 포매된다. 일부 구현예에서, 대조군 세포 펠렛이 포르말린으로 고정되고 파라핀 포매된다. 일부 구현예에서, 상기 대조군 세포 펠렛은 조직 유전자미세배열로서 준비된다. 일부 구현예에서, c-met 발현은 막에서 이루어진다. 일부 구현예에서, c-met 발현은 세포질에서 이루어진다. 일부 구현예에서, c-met 발현은 막과 세포질에서 이루어진다. 일부 구현예에서, 상기 암은 교아세포종, 중피종, 간세포 암종, 콩팥 세포 암종, 위암, 육종(예컨대, 골육종), 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 유방암, 담낭암 또는 췌장암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 교아세포종(예컨대, 재발된 교아세포종)이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 중피종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 위암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 콩팥 세포 암종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 간세포 암종 암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 육종이다. 일부 구현예에서, c-met IHC는 H-점수를 사용하여 점수가 매겨진다(예컨대, c-met 양성으로). 일부 구현예에서, HGF IHC는 H-점수를 사용하여 점수가 매겨진다(예컨대, HGF 양성으로). H-점수를 계산하는 방법이 당해기술에 개시되었다. 간략하게, 약한, 중도 및 강한 강도로 염색을 보이는 종양 세포의 비율(예컨대, 본원에 논의된 세포주 대조군을 사용함)은 주어진 교아세포종 샘플 중 종양 세포의 총 개수의 백분율로 계산 또는 추정될 수 있다. 종합 H 점수는 하기 식을 기반으로 계산된다: (약한 강도에서의 % 종양 세포 염색 x1) + (중도 강도에서의 % 종양 세포 염색 x2) + (강한 강도에서의 % 종양 세포 염색 x3). 본 식을 따라서, 주어진 종양은 "0" (어떤 염색을 보이는 종양 세포가 없음) 내지 "300"(종양 세포 100%가 강한 염색을 보임) 사이 값과 연관될 수 있다. 본원의 방법들 중 어느 하나의 일부 구현예에서, 높은 c-Met 또는 HGF 발현은 약 160 이상(약 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169 이상), 160 이상, 약 160 내지 약 230, 약 160 내지 230, 약 160(약 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169 이상 중 어느 하나 내지 약 220, 221, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230 이상 중 어느 하나), 230 이상, 약 220, 221, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230 이상 중 어느 하나), 약 170 이상, 또는 170 이상(예컨대, 약 171, 172, 173, 175, 175, 176, 177, 178, 179, 180 이상 중 어느 하나)의 H-점수에 상응한다. 일 구현예에서, 상기 H-점수는 약 180 이상이다. 일부 구현예에서, 상기 H 점수는 약 10보다 크다. 일부 구현예에서, 상기 H 점수는 약 25보다 크다. 일부 구현예에서, 상기 H 점수는 약 50보다 크다. 일부 구현예에서, 상기 H 점수는 약 75보다 크다. 일부 구현예에서, 상기 H 점수는 약 100보다 크다. 일부 구현예에서, 상기 H 점수는 약 125보다 크다. 일부 구현예에서, 상기 H 점수는 약 150보다 크다. 일부 구현예에서, 상기 H 점수는 약 175보다 크다. 일부 구현예에서, 상기 H 점수는 약 200보다 크다. 일부 구현예에서, c-met 발현은 막에서 이루어진다. 일부 구현예에서, c-met 발현은 세포질에서 이루어진다. 일부 구현예에서, c-met 발현은 막과 세포질에서 이루어진다. 일부 구현예에서, 상기 암은 교아세포종, 중피종, 간세포 암종, 콩팥 세포 암종, 위암, 육종 (예컨대, 골육종), 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 유방암, 담낭암 또는 췌장암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 교아세포종(예컨대, 재발된 교아세포종)이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 중피종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 위암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 콩팥 세포 암종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 간세포 암종 암이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 육종이다.
일부 구현예에서, 분석(예컨대, IHC 분석)은 이전 또는 이후의 형태학적 염색을 추가로 포함한다. 일 구현예에서, 슬라이드의 세포핵을 염색하기 위해 헤마톡실린이 사용된다. 헤마톡실린은 광범위하게 활용될 수 있다. 적합한 헤마톡실린의 예는 헤마톡실린 II(Ventana)이다. 옅은 파란색 핵이 바람직한 경우, 헤마톡실린 염색 후 파란 시약이 사용될 수 있다.
IV. 치료 방법
암 환자를 효과적으로 치료하기 위한 c-met 길항제의 사용이 제공된다. 암 환자를 효과적으로 치료하기 위한 c-met 길항제와 VEGF 길항제의 사용이 제공된다. 특히, 오나투주맙, 오나투주맙과 제2 암 약제, 오나투주맙과 화학요법 제제, 또는 오나투주맙과 VEGF 길항제로의 치료가 임상적으로 의미 있는 혜택을 제공하는 환자 집단을 식별하기 위해 HGF 생체표지자가 사용된다.
암 약제는 다른 암 약제와 병용하여 사용될 수 있다. 예를 들어, c-met 항체는 추가적인 c-met 길항제와 병용투여될 수 있다. 앞서 주목된 이와 같은 병용 치료는 병용 투여(둘 이상의 치료 제제가 동일한 또는 별도의 제형에 포함됨) 및 별도 투여(이 경우, 제1 약제의 투여가 제2 약제의 투여 이전, 투여와 동시에, 및/또는 투여 이후에 일어날 수 있음)를 망라한다. 암 약제의 예에는, 비제한적으로, 외과수슬, 방사선 치료(방사선요법), 생물학적 요법, 면역요법, 화학요법 (예컨대, 테모졸로마이드) 또는 이들 요법들의 조합이 포함된다. 게다가, 세포독성 제제, 항-혈관생성 및 항-증식 제제가 항-VEGF 길항제 및/또는 c-met 길항제와 병용하여 사용될 수 있다.
고안된 화학요법 제제의 예시적 및 비제한적 목록이 "정의" 섹션에 제공되거나 또는 본원에 기술되었다. 일 구현예에서, 상기 화학요법 제제는 테모졸로마이드이다. 또 다른 구현예에서, 상기 화학요법 제제는 방사선요법을 수반하여 투여된다.
본원의 약제(들)은 모든 적합한 수단, 예를 들면 비경구, 폐내, 및 비강내로, 그리고 국소 치료가 바람직한 경우, 병변내 투여에 의해 투여될 수 있다. 비경구 주입에는 근육내, 정맥내, 동맥내, 복강내, 또는 피하 투여가 포함된다. 복용은 모든 적합한 경로, 예컨대 부분적으로 상기 투여가 간단한 것이냐 또는 만성적인 것이냐에 따라, 주사, 예컨대 정맥내 또는 피하 주사에 의해 이루어진다. 비제한적으로 다양한 시점에 걸친 단일 또는 다중 투여, 볼루스 투여 및 펄스 주입을 비롯한 다양한 복용 스케줄이 본원에 고안되었다.
질병의 예방 또는 치료를 위해, 본 발명의 항체의 적절한 용량(단독으로 사용될 때 또는 하나 이상의 다른 추가적인 치료 제제와 병용하여 사용될 때)은 치료대상 질병의 유형, 항체 유형, 질병의 중증도 및 경과, 상기 항체의 투여가 예방 목적인지 아니면 치료 목적인지 여부, 이전 치료, 상기 환자의 임상 병력 및 상기 항체에 대한 반응, 및 주치의의 재량에 따라 달라질 것이다. 상기 항체는 1회 또는 일련의 치료에 걸쳐 상기 환자에게 적절히 투여된다. 여러 날 또는 더 길게 반복적인 투여를 하는 경우, 상태에 따라, 상기 치료는 일반적으로 질병의 증상의 바람직한 억제가 일어날 때까지 지속될 것이다. 그러나, 다른 용량 요법이 유용할 수 있다. 본 요법의 진행은 종래의 기법과 분석법에 의해 쉽게 모니터링된다.
상기 질병의 유형 및 중증도에 따라, 항-c-met 항체가 예를 들어, 1회 이상의 별도 투여에 의해 또는 연속 주입에 의해, 개체에 투여하기 위한 최초 후보 용량으로서 약 1 ug/kg 내지 100 mg/kg(예컨대, 0.1~20mg/kg) 사용된다. 일 구현예에서, 바람직한 용량에는 예를 들어, 6mg/kg, 8mg/kg, 10mg/kg 및 15mg/kg이 포함된다. 여러 날 또는 더 길게 반복적인 투여 또는 주기적 투여를 위해, 질환에 따라, 상기 치료는 앞서 기술되거나 또는 당해기술에 알려진 방법들에 의해 측정된 바와 같이 상기 암이 치료될 때까지, 지속된다. 그러나, 다른 용량 요법이 유용할 수 있다. 일 예에서, 상기 항-c-met 항체는 매주, 2주마다, 또는 3주마다 1회, 약 6mg/kg 내지 약 15mg/kg의 용량 범위, 예를 들면 비제한적으로 6mg/kg, 8mg/kg, 10mg/kg 또는 15mg/kg으로 투여된다. 본 발명의 요법의 진행은 종래의 기법 및 분석법에 의해 쉽게 모니터링 된다. 기타 구현예에서, 교아세포종의 경우, 이와 같은 투여 요법은 화학요법 투여와 병용하여 사용된다. 적합한 복용에 대한 추가 정보는 아래 실시예에 제공된다. 기타 구현예에서, 중피종의 경우, 이와 같은 복용 요법은 화학요법 투여와 병용하여 사용된다. 기타 구현예에서, 위암의 경우, 이와 같은 복용 요법은 화학요법과 병용하여 사용된다. 기타 구현예에서, 콩팥 세포 암종의 경우, 이와 같은 복용 요법은 화학요법과 병용하여 사용된다. 기타 구현예에서, 간세포 암종의 경우, 이와 같은 복용 요법은 화학요법과 병용하여 사용된다. 기타 구현예에서, 육종의 경우, 이와 같은 복용 요법은 화학요법과 병용하여 사용된다. 일부 구현예에서,항-c-met 항체의 유효량은 3주마다 예를 들어, 정맥내 투여되는 15mg/kg이다. 일부 구현예에서, 상기 항-c-met 항체의 유효량은 2주마다 예를 들어, 정맥내로 투여되는 10mg/kg이다.
상기 질병의 유형 및 중증도에 따라, 항-VEGF 항체가, 예를 들어, 1회 이상의 별도 투여에 의해 또는 연속 주입에 의해, 개체에 투여하기 위한 최초 후보 용량으로서 약 1ug/kg 내지 100mg/kg (예컨대, 0.1~20mg/kg) 사용된다. 일 구현예에서, 바람직한 복용량에는 예를 들어, 6mg/kg, 8mg/kg, 10mg/kg 및 15mg/kg이 포함된다. 여러 날 또는 더 길게 반복적인 투여 또는 주기적 투여를 위해, 질환에 따라, 상기 치료는 앞서 기술되거나 또는 당해기술에 알려진 방법들에 의해 측정된 바와 같이 상기 암이 치료될 때까지, 지속된다. 그러나, 다른 용량 요법이 유용할 수 있다. 일 예에서, 상기 항-VEGF 항체는 매주, 2주마다, 3마다 1회, 약 6mg/kg 내지 약 15mg/kg의 용량 범위, 예를 들면 비제한적으로 6mg/kg, 8mg/kg, 10mg/kg 또는 15mg/kg으로 투여된다. 본 발명의 요법의 진행은 종래의 기법 및 분석법에 의해 쉽게 모니터링 된다. 기타 구현예에서, 교아세포종의 경우, 이와 같은 투여 요법은 화학요법 투여와 병용하여 사용된다. 적합한 복용에 대한 추가 정보는 아래 실시예에 제공된다. 기타 구현예에서, 중피종의 경우, 이와 같은 복용 요법은 화학요법 투여와 병용하여 사용된다. 기타 구현예에서, 위암의 경우, 이와 같은 복용 요법은 화학요법과 병용하여 사용된다. 기타 구현예에서, 콩팥 세포 암종의 경우, 이와 같은 복용 요법은 화학요법과 병용하여 사용된다. 기타 구현예에서, 간세포 암종의 경우, 이와 같은 복용 요법은 화학요법과 병용하여 사용된다. 기타 구현예에서, 육종 의 경우, 이와 같은 복용 요법은 화학요법과 병용하여 사용된다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체의 유효량은 2주마다 정맥내로 투여되는 10mg/kg인데, 예를 들어, 처음에 90분에 걸쳐 정맥내 투여되고, 추후 60분 그리고 이어서 30분에 걸쳐 주입된다. 일부 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체의 유효량은 3주마다 정맥내로 투여되는 15mg/kg인데, 예를 들어, 처음에 90분에 걸쳐 정맥내로 투여되고, 추후 60분 그리고 30분에 걸쳐 주입된다. 앞서 기술된 방법에서, 항-VEGF 항체는 제1주기에 상기 환자에게 두 번째로 투여되고, 이어서 상기 항-VEGF 항체의 추후 투여는 상기 화학요법 이전 또는 이후에 이루어진다. 또 다른 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체는 상기 화학요법 및 방사선요법과 동시에 투여된다. 일부 구현예에서, 상기 환자에 대한 스테로이드 투여는 중단된다.
일부 구현예에서, 오나투주맙의 유효량은 3주마다 정맥내 투여되는 15mg/kg이고, 베바시주맙의 유효량은 3주마다 정맥내 투여되는 15mg/kg이다.
상기 방법 및 사용들 중 어느 하나의 일부 기타 측면에서, 치료는 추가적인 암 약제의 투여를 추가로 포함한다. 예시적 암 약제에는 종양 성장에 수반되는 기타 인자의 길항체, 예컨대 EGFR, ErbB3, ErbB4 또는 TNF가 포함된다. 때로는, 상기 개체에 하나 이상의 사이토킨을 투여하는 것이 이로울 수 있다. 일 구현예에서, 상기 VEGF 항체는 성장 억제 제제와 함께 투여된다. 예를 들어, 상기 성장 억제 제제가 먼저 투여되고, 이어서 VEGF 항체가 투여될 수 있다. 그러나 동시 투여 또는 VEGF 항체의 우선 투여 또한 고안되었다. 성장 억제 제제의 경우 적합한 용량은 현재 사용되는 것으로 성장 억제 제제와 항-VEGF 항체의 병용 작용(상승작용) 때문에 낮춰질 수 있다.
본원의 제형은 또한 치료되는 특정 명시를 위해 필요한 것으로서 둘 이상의 활성 화합물(바람직하게는 서로에게 부작용을 일으키지 않는 보완적 활성을 갖는 것)을 함유할 수 있다. 예를 들어, 하나의 제형에 EGFR, VEGF(예컨대, VEGF 상의 상이한 항원결정부 또는 동일한 항원결정부에 결합하는 항체), VEGFR, 또는 ErbB2(예컨대, Herceptin®)에 결합하는 항체를 추가로 제공하는 것은 바람직할 수 있다. 선택적으로, 또는 추가적으로, 상기 조성물은 화학요법 제제, 또는 세포독성 제제를 포함할 수 있다. 이와 같은 분자는 의도하는 목적에 효과적인 양으로 병용하여 적절히 존재한다.
상기 방법 및 사용 중 어느 것의 어떤 측면에서, 본 발명의 항체와 병용하기에 적합한 암 요법으로 유용한 기타 치료 제제에는 기타 항-혈관생성 제제가 포함된다. 여러 항-혈관생성 제제가 식별된 방 있고 당해기술에 알려져 있는데, 예를 들면, Carmeliet 및 Jain (2000)에 나열된 것들이다. 일 구현예에서, 상기 항-VEGF 항체는 또 다른 VEGF 길항제 또는 VEGF 수용체 길항제, 예컨대 VEGF 변종, 용해성 VEGF 수용체 절편, VEGF 또는 VEGFR를 차단할 수 있는 압타머(aptamer), 중성화 항-VEGFR 항체, VEGFR 타이로신 키나아제의 저분자량 억제제 및 이들의 조합과 병용하여 사용된다. 선택적으로, 또는 추가적으로, 둘 이상의 항-VEGF 항체가 상기 개체에 공동 투여될 수 있다.
당해기술의 숙련가에 의해 이해되는 바와 같이, 화학요법 제제 또는 기타 항-암 제제의 적절한 용량은 일반적으로 예컨대, 상기 화학요법이 단독으로 투여되거나 또는 다른 화학요법과 병용하여 투여될 경우, 임상 요법에서 이미 활용되는 것이다. 용량은 변형은 치료하는 질환에 따라 다르게 발생할 수 있다. 치료를 주관하는 내과의가 개별적인 개체를 위한 적절한 용량을 결정할 수 있다.
일부 구현예에서, 치료는 상기 암 약제의 투여 시, 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)을 앓을 위험이 있거나 앓고 있는 환자에게 주어지는 임상적 또는 치료차원의 혜택을 초래한다. 이와 같은 혜택에는 하기 중 하나 이상이 포함된다: 생존율 확장(예컨대, 전체 및/또는 무진행 생존율 증가); 객관적 반응 초래(완전한 반응 또는 부분적 반응); 또는 암의 징후 또는 증상의 개선 등, 예를 들면 교아세포종(예컨대, 이전에 치료받은 교아세포종)이 있는 환자에 의해 경험되는 임상적으로 관련된 질병관련 증상의 악화 시간의 연장, 중피종(예컨대, 이전에 치료받은 중피종)이 있는 환자에 의해 경험되는 임상적으로 관련된 질병관련 증상의 악화 시간의 연장, 위암(예컨대, 이전에 치료받은 위암)이 있는 환자에 의해 경험되는 임상적으로 관련된 질병관련 증상의 악화 시간의 연장, 콩팥 세포 암종(예컨대, 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종)이 있는 환자에 의해 경험되는 임상적으로 관련된 질병관련 증상의 악화 시간의 연장, 간세포 암종(예컨대, 이전에 치료받은 간세포 암종)이 있는 환자에 의해 경험되는 임상적으로 관련된 질병관련 증상의 악화 시간의 연장, 또는 육종(예컨대, 이전에 치료받은 육종)이 있는 환자에 의해 경험되는 임상적으로 관련된 질병관련 증상의 악화 시간의 연장. 일부 구현예에서, 상기 증상은 발작, 신경인지적 기능(비제한적으로: 사람, 시간 및/또는 장소에 대한 방향감각), 읽기, 쓰기, 이해력 중 하나 이상(이들의 조합)이다. 일부 구현예에서, 상기 증상은 흉벽통증, 흉수, 숨이 참, 피로감, 빈혈, 천명, 목이 쉼, 기침, 객담 중 혈액, 복통, 복수, 복부지방, 대장 작용의 문제, 체중 감량, 혈전, 파종성 혈관내 응혈, 황달, 낮은 혈당수치, 및 폐 색전 중 하나 이상(이들의 조합)이다. 일부 구현예에서, 상기 증상은 소화불량, 속쓰림, 체력약화, 피로감, 더부룩함, 복통, 메스꺼움, 구역질, 설사, 변비, 체중 감량, 출혈, 빈혈 및 연하곤란 중 어느 하나 이상(이들의 조합)이다. 일부 구현예에서, 상기 증상은 혈뇨(요내 혈액), 옆구리 통증, 복부 또는 옆구리 살찜, 체중 감량, 식욕 감퇴, 열, 고혈압, 불편감, 야한증, 빈혈, 적혈구 과다증, 정계정맥류, 고혈합 및 고칼슘혈증 중 어느 하나 이상(이들의 조합)이다. 일부 구현예에서, 상기 증상은 황달, 복수액에 의한 더부룩함, 황달, 복수액으로 인한 더부룩함, 혈액 응고 비정상성으로 인한 쉽게 멍듬, 식욕감퇴, 의도하지 않은 체중 감량, 복통, 메스꺼움, 구역질 및 불편감 중 어느 하나 이상(이들의 조합)이다. 일 구현예에서, 상기 생체표지자(들) (예컨대, HGF mRNA 발현, 예를 들어, ISH 및/또는 rt-qPCR를 사용하여 확인됨)이 c-met 길항제로 치료받을 경우 생존율이 확장(예컨대, 전체 및/또는 무진행 생존율 증가)될 것으로 예상되는 환자를 식별하는 데 사용된다. 일부 구현예에서, 상기 생체표지자(들)(예컨대, HGF mRNA 발현, 예를 들어, ISH 및/또는 rt-qPCR를 사용하여 확인됨)이, VEGF 길항제 단독으로 치료받은 환자 대비, c-met 길항제와 VEGF 길항제로 치료 받은 경우 생존율이 확장(예컨대, 전체 및/또는 무진행 생존율 증가)될 것으로 예상되는 환자를 식별하는 데 사용된다. 본원의 생체표지자(들)(예컨대 HGF mRNA ISH 및/또는 rt-qPCR 분석에 의해 확인됨)의 발생률은 효과적으로 또는 높은 민감도로 효과적인 반응을 예측한다.
일부 구현예에서, 생존율 확장은, 미치료 환자 대비 및/또는 하나 이상의 승인된 항-종양 제제로 치료 받았으나 본 발명에 따른 치료를 받지 않는 환자 대비, 본 발명에 따라 치료받은 환자에서의 전체 또는 무진행 생존율 증가를 의미한다. 특정 예에서, 생존율 확장은 미치료 환자 대비 및/또는 하나 이상의 승인된 항-종양 제제로 치료 받았으나 c-met 길항제로의 치료를 받지 않는 환자 대비, 본 발명의 치료(예컨대 a c-met 길항제(예컨대, 오나투주맙)로의 치료)를 받은 암 환자의 무진행 생존율(PFS) 및/또는 전체 생존율(OS) 확장을 의미한다. 또 다른 특정 예에서, 생존율 확장은 미치료 환자(예컨대, 암 환자 집단) 대비 및/또는 하나 이상의 승인된 항-종양 제제로 치료 받았으나 c-met 길항제로의 치료를 받지 않는 환자(예컨대, 암 환자 집단) 대비, 본 발명의 치료(예컨대 c-met 길항제(예컨대, 오나투주맙)로의 치료)를 받은 암 환자(예컨대, 암 환자 집단)의 무진행 생존율(PFS) 및/또는 전체 생존율(OS) 확장을 의미한다. 또 다른 특정 예에서, 생존율 확장은 베바시주맙 단독으로 치료를 받은 환자 대비, 본 발명의 병용 치료(예컨대, c-met 길항제(예컨대, 오나투주맙)와 VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)의 병용으로의 치료)를 받은 암 환자의 무진행 생존율(PFS) 및/또는 전체 생존율(OS) 확장을 의미한다. 또 다른 특정 예에서, 생존율 확장은 베바시주맙 단독으로 치료 받은 환자(예컨대, 암 환자 집단) 대비, 본 발명의 병용 요법(예컨대, 오나투주맙과 베바시주맙의 병용 치료)을 받은 암 환자(예컨대, 암 환자 집단)의 무진행 생존율(PFS) 및/또는 전체 생존율(OS) 확장을 의미한다.
일부 구현예에서, 치료는 암의 징후 또는 증상의 개선, 예를 들면 교아세포종(예컨대, 이전에 치료받은 교아세포종)이 있는 환자에 의해 경험하는 임상적으로 관련된 질병 관련 증상의 악화 연장 시간을 초래한다. 일부 구현예에서, 상기 증상은 발작, 신경인지적 기능 (비제한적으로: 사람, 시간 및/또는 장소에 대한 방향감각), 읽기, 쓰기 및 이해력 중 어느 하나 이상(이들의 조합)이다. 일부 구현예에서, 이와 같은 암 징후 또는 증상의 증가를 예방하기 위한 방법들이 제공된다.
일부 구현예에서, 치료는 암의 징후 또는 증상의 개선, 예를 들면 중피종(예컨대, 이전에 치료받은 중피종)이 있는 환자에 의해 경험하는 임상적으로 관련된 질병 관련 증상의 악화 연장 시간을 초래한다. 일부 구현예에서, 상기 증상은 흉벽통증, 흉수, 숨이 참, 피로감, 빈혈, 천명, 목이 쉼, 기침, 객담 중 혈액, 복통, 복수, 복부 비만, 대장 작용의 문제, 체중 감량, 혈전, 파종성 혈관내 응혈, 황달, 저혈당 수치, 및 폐 색전 중 어느 하나 이상(이들의 조합)이다. 일부 구현예에서, 이와 같은 암 징후 또는 증상의 증가를 예방하기 위한 방법들이 제공된다.
일부 구현예에서, 일부 구현예에서, 치료는 암의 징후 또는 증상의 개선, 예를 들면 위암(예컨대, 이전에 치료받은 위암)이 있는 환자에 의해 경험하는 임상적으로 관련된 질병 관련 증상의 악화 연장 시간을 초래한다. 일부 구현예에서, 상기 증상은 소화불량, 속쓰림, 체력약화, 피로감, 더부룩함, 복통, 메스꺼움, 구역질, 설사, 변비, 체중 감량, 출혈, 빈혈 및 연하곤란 중 어느 하나 이상(이들의 조합)이다. 일부 구현예에서, 이와 같은 암 징후 또는 증상의 증가를 예방하기 위한 방법들이 제공된다.
일부 구현예에서, 일부 구현예에서, 치료는 암의 징후 또는 증상의 개선, 예를 들면 간세포 암종(예컨대, 이전에 치료받은 간세포 암종)이 있는 환자에 의해 경험하는 임상적으로 관련된 질병 관련 증상의 악화 연장 시간을 초래한다. 일부 구현예에서, 상기 증상은 황달, 복수액에 의한 더부룩함, 황달, 복수액으로 인한 더부룩함, 혈액 응고 비정상성으로 인한 쉽게 멍듬, 식욕감퇴, 의도하지 않은 체중 감량, 복통, 메스꺼움, 구역질 및 불편감 중 어느 하나 이상(이들의 조합)이다. 일부 구현예에서, 이와 같은 암 징후 또는 증상의 증가를 예방하기 위한 방법들이 제공된다.
일부 구현예에서, 일부 구현예에서, 치료는 암의 징후 또는 증상의 개선, 예를 들면 콩팥 세포 암종(예컨대, 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종)이 있는 환자에 의해 경험하는 임상적으로 관련된 질병 관련 증상의 악화 연장 시간을 초래한다. 일부 구현예에서, 상기 증상은 혈뇨(요내 혈액), 옆구리 통증, 복부 또는 옆구리 살찜, 체중 감량, 식욕 감퇴, 열, 고혈압, 불편감, 야한증, 빈혈, 적혈구 과다증, 정계정맥류, 고혈합 및 고칼슘혈증 중 어느 하나 이상(이들의 조합)이다. 일부 구현예에서, 이와 같은 암 징후 또는 증상의 증가를 예방하기 위한 방법들이 제공된다.
일부 구현예에서, 상기 환자는 교아세포종 환자이다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 c-met 길항제로 이전에 치료를 받지 않았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 뇌내 제제로 이전에 치료를 받지 않았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 단백뇨에 대한 소변 봉 검사를 사용하여 분석한 결과, 24시간 후 1.Og을 초과하는 단백질을 갖는 단백뇨를 보이지 않았다. 일부 구현예에서, 상기 환자은 불충분하게 관리된 고혈압(예컨대, 항고혈압 약물 투여 시 수축 혈압이 150mmHg 초과 및/또는 이완 혈압이 100mmHg 초과)을 보이지 않았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 고혈압 위기 또는 고혈압성뇌장애의 병력이 없었다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 심근경색증(예컨대, 12개월 내) 또는 불안정 가슴조임증(예컨대, 6개월 내)의 병력이 없었다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 뇌졸증 또는 일과성허혈성발작(예컨대, 6개월 내)의 병력이 없었다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 유의미한 혈관 질병(예컨대, 외과적 복구가 필요한 대동맥류 또는 최근 주변동맥혈전증, 예컨대, 6개월 내)의 병력이 없었다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 복부 누공 또는 위장관 천공(예컨대, 6개월 내)의 병력이 없었다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 출혈성 소질 또는 응고장애(예컨대, 치료 항응고요법의 부재 시)의 증거가 없었다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 두개골 내부의 종기(예컨대, 6개월 내)의 병력이 없었다.
일부 구현예에서, 상기 환자는 테모졸로마이드로로 이전에 치료를 받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 단지 한 번의 전번차 화학요법(예컨대, 전번차의 테모졸로마이드, 예컨대, 동시 또는 보조 테모졸로마이드)을 받았다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 카르노프스키 수행 상태가 70% 이상이었다.
또 다른 측면에서, 본원에 개시된 것들을 사용하여 이전에 치료받은 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종의 치료와 관련돤 환자에서 부작용을 평가하는 방법이 제공되는데, 치료는 c-met 길항제(예컨대, 오나투주맙)로 이루어지고, 상기 치료는 하나 이상의 부작용에 대해 환자를 모니터링하는 단계들을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 하나 이상의 부작용의 회수 및/또는 중증도에 대해 모니터링된다. 예시적 부작용이 본원에 개시되었고, 비제한적으로 주변 부종이 포함된다.
또 다른 측면에서, 본원에 개시된 것들을 사용하여 이전에 치료받은 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종의 치료와 관련돤 환자에서 부작용을 평가하는 방법이 제공되는데, 치료는 c-met 길항제(예컨대, 오나투주맙)과 화학요법으로 이루어지고, 상기 치료는 하나 이상의 부작용에 대해 환자를 모니터링하는 단계들을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 하나 이상의 부작용의 회수 및/또는 중증도에 대해 모니터링된다. 예시적 부작용이 본원에 개시되었고, 비제한적으로 주변 부종이 포함된다.
또 다른 측면에서, 본원에 개시된 것들을 사용하여 이전에 치료받은 이전에 치료받은 교아세포종 또는 콩팥 세포 암종의 치료와 관련돤 환자에서 부작용을 평가하는 방법이 제공되는데, 치료는 c-met 길항제(예컨대, 오나투주맙)과 VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)로 이루어지고, 상기 치료는 하나 이상의 부작용에 대해 환자를 모니터링하는 단계들을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 환자는 하나 이상의 부작용의 회수 및/또는 중증도에 대해 모니터링된다. 예시적 부작용이 본원에 개시되었고, 비제한적으로 주변 부종이 포함된다.
본원에 기술된 제형 또는 치료 방법 중 어느 하나가 약제로서 항체를 대신해 또는 상기 항체와 더불어 항체의 면역접합체를 사용하여 수행될 수 있음이 이해된다.
V. 제조 물품
본 발명의 또 다른 구현예에서, 암(예컨대 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)을 치료할 때 사용하기 위한 제조 물품이 제공된다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 암(예컨대 이전에 치료받은 (예컨대, 2차) 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이다. 제조 물품은 용기, 용기 상의 또는 용기와 관련된 레이블 또는 포장 삽입물을 포함한다. 적절한 용기에는, 예를 들어, 병, 바이알, 주사 등이 포함된다. 상기 용기는 다양한 재료, 예컨대 유리 또는 플라스틱으로 형성될 수 있다. 상기 용기는 활성 제제로서 암 약제를 포함하는 조성물을 함유하고, 멸균 접근 포트를 가질 수도 있다(예를 들어, 상기 용기는 정맥내 용액 백 또는 피하 주사바늘로 뚫을 수 있는 마개가 있는 바이알일 수 있다).
제조물품은 약제학적으로 허용가능한 희석 완충용액, 예컨대 정균처리한 주사용수(BWFI), 인산-완충용액 식염수, 링거액 및 덱스트로스 용액을 포함하는 2차 용기를 추가로 포함할 수 있다. 상기 제조물품은 상업적으로 그리고 사용자 입장에서 바람직한 기타 재료들, 예를 들면 기타 완충용액, 희석제, 여과제, 바늘 및 주사를 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 제조 물품은 또한, 예를 들어 포장 삽입물의 형태로 정보를 포함하는데, 이는 상기 조성물이 본원에 개시된 바와 같이 생체표지자(들)의 발현을 기반으로 암을 치료하기 위해 사용됨을 명시한다. 삽입물 또는 표지는 어떤 형태든 취할 수 있는데, 예컨대 종이 또는 전자매체, 예컨대 자석으로 기록된 매체(예컨대, 플로피 디스크) 또는 CD-ROM이 포함된다. 표지 또는 삽입물은 키트 또는 제조물품에 또한 상기 약제학적 조성물 및 제형과 롼견된 기타 정보를 포함할 수 있다.
본 발명은 또한 c-met 길항제(예컨대, 항-c-met 항체, 예컨대 오나투주맙)를 포함하는 약제학적 조성물과, 상기 약제학적 조성물이 본원에 개시된 바와 같이 HGF 생체표지자의 발현을 기반으로 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이 있는 환자를 치료하기 위한 것임을 명시하는 포장 삽입물을 포장에 조합하는 것을 포함하는 제조물품의 제조 방법에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 암(예컨대, 2차 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이다.
본 발명은 또한 VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)를 포함하는 약제학적 조성물과, 상기 약제학적 조성물이 본원에 개시된 바와 같이 HGF 생체표지자의 발현을 기반으로 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이 있는 환자를 치료하기 위한 것임을 명시하는 포장 삽입물을 포장에 조합하는 것을 포함하는 제조물품의 제조 방법에 관한 것이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 이전에 치료받은 암(예컨대, 2차 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)이다.
상기 제조물품은 약제학적으로 허용가능한 희석 완충용액, 예컨대 정균처리한 주사용수(BWFI), 인산-완충용액 식염수, 링거액 및 덱스트로스 용액을 포함하는 추가적인 용기를 추가로 포함할 수 있다. 상기 제조물품은 상업적으로 그리고 사용자 입장에서 바람직한 기타 재료들, 예를 들면 기타 완충용액, 희석제, 여과제, 바늘 및 주사를 추가로 포함할 수 있다.
VI. 진단 키트
본 발명은 또한 본원에서 식별된 하나 이상의 생체표지자(들)을 검출하는 데 유용한 진단 키트에 관한 것이다. 따라서, 암 환자(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종 환자)의 샘플에서 하나 이상의 HGF 생체표지자의 발현을 확인하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하는 진단 키트가 제공된다. 임의로, 상기 키트는 상기 환자의 암에 많은 양의 HGF 생체표지자가 있음이 확인된 경우(예컨대, ISH 또는 PCR에 의해), 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종 환자를 치료하기 위해 상기 키트를 사용하여 암 약제(예컨대 c-met 길항제, 예컨대 항-c-met 항체, 예컨대, 오나투주맙)를 선택하라는 지시사항을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 암 환자는 이전에 치료받은 암 환자(예컨대, 이전에 치료받은 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종 환자). 임의로, 상기 키트는 상기 환자의 암에 많은 양의 HGF 생체표지자가 있음이 확인된 경우(예컨대, ISH 또는 PCR에 의해), 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종 환자를 치료하기 위해 상기 키트를 사용하여 암 약제(예컨대 c-met 길항제, 예컨대 항-c-met 항체, 예컨대, 오나투주맙)를 선택하라는 지시사항을 추가로 포함한다. 또 다른 구현예에서, 상기 키트는 상기 환자의 암(예컨대, 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 또는 육종)에 많은 양의 HGF 생체표지자가 있음이 확인된 경우, 상기 키트를 사용하여 c-met 길항제 항체(예컨대, 오나투주맙)와 VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)로의 치료를 선택하라는 지시사항을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 키트는 HGF mRNA에 보완적인 프라이머 및/또는 프로브(예컨대, 1, 2, 3, 4개 또는 그 이상)를 포함한다 .
VII. 광고 방법
본 발명은 또한, 본원에 개시된 바와 같이 HGF 생체표지자의 발현을 기반으로 암 환자를 치료하기 위해 암 약제(예컨대 항-c-met 항체, 임의로 항-VEGF 항체와 병용함)의 사용을 표적 관객에게 선전하는 것을 포함하는 암 약제 광고 방법에 관한 것이다.
광고는 일반적으로 스폰서가 확인되고 전달내용이 관리되는 비-개인적 매체를 통한 유료 소통방법이다. 본원의 목적을 위한 광고에는 매스컴 이용, 홍보, 제품 배치, 스폰서쉽, 인수(underwriting) 및 영업 선전이 포함된다. 이와 같은 용어에는 또한 본 발명을 구매, 지원, 또는 승인하는 바람직한 행동패턴으로 설득, 정보제공, 촉진, 동기부여 또는 그 밖에 행동 수정하기 위해 대중의 이목을 끌기 위해 고안된 프린트 의사전달 매체에 등장하는 후원받은 정보 공개 알림이 포함된다.
본원의 진단 방법의 광고 및 선전은 모든 수단에 의해 달성될 수 있다. 이와 같은 메시지를 전달하기 위해 사요되는 광고 매체의 예에는 텔레비젼, 라디오, 영화, 잡지, 신문, 인터넷, 입간판, 예를 들면 상업용 입간판이 포함되는데, 이들은 방송 매체에 등장하는 메시지이다. 광고는 또한 식료품가게 카트의 시트, 공항 복도 벽에, 버스 측면에 전시된 것들, 또는 전화기 연결음 또는 매장내 방송 설비에서 들리는 것들 또는 시각적 또는 청각적 커뮤니케이션이 놓일 수 있는 곳 어디에나 있는 것이 포함된다.
선전 또는 광고 수단의 좀 더 구체적인 예에는 텔레비전, 라디오, 영화, 인터넷 예컨대 웹캐스트 및 웨비나, 동시 사용자를 대상으로 하는 쌍방향 컴퓨터 네트워크, 고정된 또는 전자 간판 및 기타 공공 간판, 포스터, 전통적인 또는 전자적 문헌, 예컨대 잡지 및 신문, 기타 매체 도구, 프리젠테이션 또는 예컨대, 이메일, 전화, 문자, 편지, 신문 또는 택배, 직접 방문 등에 의한 개별적 접촉이 포함된다.
사용되는 광고 유형은 여러 인자에 따라 달라지는데, 예를 들어, 목표가 되는 표적 관객의 속성, 예컨대, 병원, 보험사, 임상의, 의사, 간호사 및 환자에 따라 달라지고, 뿐만 아니라 약제 및 진단의 광고과 관련된 비용 측면 및 관련 관할 법 및 규제에 따라 달라질 것이다. 상기 광고는 서비스 상호작용 및/또는 기타 데이터, 예컨대 사용자 인구 통계 및 지리적 위치에 의해 규정되는 사용자 특성을 기반으로 개별화 또는 맞춤화될 수 있다.
일부 구현예에서, 선전은 표시를 위해, 예컨대 교아세포종(예컨대, 재발된 교아세포종), 중피종(예컨대, 재발된 중피종), 위암(예컨대, 재발된 위암), 콩팥 세포 암종(예컨대, 재발된 콩팥 세포 암종), 간세포 암종(예컨대, 재발된 간세포 암종) 또는 육종(예컨대, 재발된 육종) 치료를 위한 치료 제제(들), 예컨대 항 c-met 길항제(예컨대, 오나투주맙) 및/또는 VEGF 길항제(예컨대, 베바시주맙)의 선전을 가리킨다(이와 같은 선전이 미 식품안전국(FDA)에 의해 개체 집단에서 통계학적으로 유의미한 치료 호능 및 허용할 만한 안전성과 관련이 있음이 입증되었다는 승인을 받은 경우).
서열
서열식별번호: 16
Figure pct00004
실시예
실시예 1 : 교아세포종 샘플에서 HGF mRNA 발현의 제자리 혼성화 분석
샘플: 재발된 교아세포종 환자에게서 오나투주맙과 베바시주맙 대 베바시주맙과 위약으로의 치료의 예비 활성 및 안전성을 평가하기 위해 고안된 맹검, 단계 II, 무작위, 다중중심 실험(아래 추가로 기술됨)에서 유래된 치료 전 환자 교아세포종 샘플을 분석하였다. 대표적인 교아세포종의 포르말린-고정 파라핀-포매 종양 시료의 제출이 본 연구에 등록된 모든 환자를 대상으로 요구되었다.
제자리 혼성화(ISH): 관심대상인 표적 RNA에 혼성화되고 이어서 혼성화-기반 신호 증폭된 일련의 표적 DNA 프로브를 사용하여 ISH 분석법을 수행하였다. 상기 표적 프로브는 쌍으로 혼성화되도록 고안된 올리고뉴클레오티드였고, 각각의 쌍은 전-증폭기를 위한 결합부를 형성하였다. 상기 전-증폭기는 표적 프로브 쌍으로의 혼성화(개별 표적 프로브로의 혼성화 아님)에 이로운 온도에서 표적 프로브에 혼성화되었다. 이로써, 쌍을 이루지 않은 표적 프로브가 비특이적으로 비-특이성 RNA에 혼성화될 경우, 신호 증폭이 발생하지 않았다. 이어서, 상기 증폭기가 전-증폭기로 혼성화되었다. 마지막으로, 발색체분자에 접합된 상기 레이블 프로브가 상기 증폭기에 혼성화되었다.
상기 분석법은 제조업체의 지시(RNAScope 2.0 Manual 분석법) 에 따라 수행하였고, 단 제조업체의 지시와 달리, 전처리 단계를 수정하였다. 전처리 단게의 수정은 예컨대, 신호를 최적화화기 위해 중요하였다.
프로토콜:
1. 슬라이드를 60℃에서 60분 동안 구웠다
2. 탈파라핀화/재수화: 슬라이드를 5분 동안 3 x 자일렌(EMD Millipore Chemicals; 카탈로그 번호 XX0060-4) 처리하고, 이어서 2분 동안 2 x 100% 시약 알코올(Thermo Scientific; 카탈로그 번호 9111)로 처리하였다.
4C에 저장된 모든 시약을 실온으로 옮겼다. 상기 프로브를 대략 사용 10분 전에 40C로 예비가열하였다.
3. 슬라이드를 공기 중에 건조하고, 조직 주변에 소수성 장벽을 쳤다.
4. 전처리(PT) 1 용액(내생의 퍼옥시다아제, Advanced Cell Diagnostics, 카탈로그 번호 310020)을 각각의 슬라이드에 점적기로 첨가하여 시료를 덮고, 이어서 상기 샘플을 실온에서 10분 동안 배양한 후, 이어서 슬라이드를 2분 동안 H2O2로 이송하였다
5. 1.5리터의 전처리(PT) 2 용액(Advanced Cell Diagnostics; 카탈로그 번호 320043; 용액은 10x 저장 용액으로, 사용 전에 dH2O에 lx로 희석하였다)을 제조하여 PT 모듈로 옮기고, 이어서 슬라이드를 PT2 용액이 담긴 PT 모듈에 넣고, 그 안에서 20분 동안 92C로 끓인 후, 이어서 슬라이드를 PT 모듈(Lab Vision™ PT Module, Thermo Scientific, part. No. A80400112)에 넣고 20분 동안 92C에서 보관한 후, 슬라이드를 H2O로 옮겨 2분씩 2회 식혔다.
6. 전처리(PT) 3(Advanced Cell Diagnostics; 카탈로그 번호 310020)을 드롭퍼로 각각의 슬라이드에 적가하여 시료를 덮고, 슬라이드를 20분 동안 40C에 둔 후, 인산 완충용액 식염수에 2분씩 2회 두었다.
7. 슬라이드를 실온에서 5분 동안 PBS(pH7.4) 중 4% 파라포름알데히드(Genentech Media Prep)에 고정한 후, 1~5분씩 2회에 걸쳐 PBS로 세척하여 파라포름알데히드를 씻어내었다.
8. 제조업체의 지시(RNAScope 2.0 Manual 분석법 프로토콜 참조)에 따라 프로브 혼성화를 수행하였다. 프로브(HGF 프로브 또는 대조군 프로브)를 40℃에서 2시간 혼성화한 후, 각각 2분 동안 세척 완충용액(RNAscope 50X FFPE 세척 완충용액; Advanced Cell Diagnostics 카탈로그 번호 310091 ; dH2O 중 lx로 희석됨)에서 2회 세척하였다.
8. 증폭 단계 1 : 슬라이드를 40℃에서 30분 동안 배양한 후, 각각 2분 동안 세척 완충용액에서 2회 세척하였다.
9. 증폭 단계 2: 슬라이드를 40℃에서 15분 동안 배양한 후, 각각 2분 동안 세척 완충용액에서 2회 세척하였다.
10. 증폭 단계 3: 슬라이드를 40℃에서 30분 동안 배양한 후, 각각 2분 동안 세척 완충용액에서 2회 세척하였다.
11. 증폭 단계 4: 슬라이드를 40℃에서 15분 동안 배양한 후, 각각 2분 동안 세척 완충용액에서 2회 세척하였다.
12. 증폭 단계 5: 슬라이드를 실온에서 30분 동안 배양한 후, 각각 2분 동안 세척 완충용액에서 2회 세척하였다.
13. 증폭 단계 6: 슬라이드를 실온에서 15분 동안 배양한 후, 각각 2분 동안 세척 완충용액에서 2회 세척하였다.
14. 검출: DAB A 및 DAB B (둘 다 RNAscope® 2.0 Detection Kit-Brown; Advanced Cell Diagnostics; 주문 번호 310033)를 1:1로 혼합하고, 슬라이드에 첨가한 후, 슬라이드를 실온에서 10분 동안 배양한 후, dH2O로 세정하였다.
15. 대비염색: 물에 1:1로 희석시킨 길스 헤마톡실린(길스 헤마톡실린 #2; Polysciences, Inc.; 주문번호 24243-500)을 2분 동안 슬라이드에 첨가한 후, 슬라이드를 dH2O에서 세정하였다. 슬라이드를 암모니아수(암모늄 히드록사이드; Sigma Aldrich; 221228-25ML-A - dH2O 중 0.01%로 희석됨)에 5회 담근 후, 슬라이드를 dH2O에 5회 담갔다.
16. 탈수: 슬라이드를 2분 동안 70% 시약 알코올(70% 시약 알코올, American Master Tech Scientific, Inc.; #ALREA70GAL)에 1회 담그고, 이어서 각각 2분 동안 100% 시약 알코올에 2회 담그고, 5분 동안 자일렌에 1회 담갔다.
17. 슬라이드를 Permount mounting 배지에서 덮개를 덮었다 (Tissue Tek®Glas™ Mounting Media; Sakura; 주문번호 6419).
단계 6~11을 습도 제어 트레이(HybEZ™ Humidity Control Tray; Advanced Cell Diagnostics; 주문번호 310012, dH2O로 적신 습윤지와 함께 사용됨, HybEZ™ Humidifying Paper; ACD; 주문번호 310015)에서 수행하고, HybEZ™ 오븐(Advanced Cell Diagnostics; 주문 번호 241000 ACD)에서 배양하였다.
HGF ISH에 사용한 프로브는 HGF 프로브: Hs-HGF 프로브(Advanced Cell Diagnostics; 주문 번호 310761); 양성 대조군 프로브 Hs-UBC 프로브(유비퀴틴 C) (Advanced Cell Diagnostics; 주문 번호 310041); 및 음성 대조군 프로브 DapB 프로브(디히드로디피콜리네이트 환원효소)(Advanced Cell Diagnostics; 주문 번호 310043)였다.
HGF mRNA의 ISH로 교아세포종 샘플의 점수 매기기: 양성 HGF ISH 신호를 나타내는 샘플은 세포의 핵 및/또는 세포질에 갈색 반점들을 나타내었다. 양성 HGF ISH 신호가 종양 세포와 양성 기질 세포(예컨대, 반응성 성상교세포, 신경아교 세포, 주피세포와 내피 세포)에서 관찰되었고, 양성 HGF ISH 신호가 형태학적으로 정상인 뇌 조직에서 관찰되지 않았다(예를 들어, 정상적인 뇌의 확장된 부분이 종양에서 멀리 있는 박편에 존재하는 경우). 샘플의 대다수에서(전부는 아니지만) HGF ISH 신호가 초점을 이루어, 종양 및/또는 양성 기질 중 양성 HGF ISH 신호가 박편의 일부분에서 관찰될 수 있었으나 박편의 다른 부분에서는 관찰되지 않았다. 실제로, 박편이 일부 현미경 장에서 양성 HGF ISH 신호를 갖고, 다른 장에서 HGF ISH 신호를 갖지 않는 것(때로 여러 장에서 HGF ISH 신호가 없음)은 이례적인 일이 아니었다. 따라서, 전체 박편이 종양 및 양성 기질 세포에서의 양성 ISH 신호의 존재 또는 부재 및 보급률에 대한 점수가 매겨졌고, 단 종양에서 멀리 있는 박편 상의 형태학적으로 정상인 뇌 조직은 점수가 매겨지지 않았다. 일부 경우에, 정상적인 뇌 조직이 점수 매기기 분석을 받은 조직 장에 포함되는 영역 내에 존재할 수도 있다(예를 들어, 정상적인 뇌 조직이 종양 영역 내에 포함되는 경우).
동일한 종양에서 유래된 박편을 대조군으로서 양성(UBC) 및 음성(DapB) 대조군 프로브와 함께 혼성화하였다. UBC 양성 대조군 ISH 양성 신호가 없는 경우는 상기 분석에서 제외시켰다.
상기 ISH 분석법은 상당히 낮은 수치의 비특이적(또는 배경) 신호를 갖는데, 이는 양성 HGF ISH 신호의 낮은 수치 및 보급률의 검출을 용이하게 하였다. 매 실험에 HGF 발현 및 배경 염색을 위해 양성 및 음성 대조군을 포함시킴으로써, 상기 분석법에서 배경 신호의 수치를 평가하였다: KP4 세포주는 HGF를 발현하고 분비하는 것으로 알려졌다. 슬라이드를 FFPE-고정 KP4 세포 펠렛의 박편으로 준비하고 HGF 프로브(양성 대조군)와 DapB 프로브(음성 대조군)을 사용하여 분석하였다. DapB는 포유류 세포에서 발현되지 않는 세균성 유전자이고, 따라서, 양성 DapB ISH 신호는 KP4 세포에서 관찰될 것으로 예상되지 않는다.
아래 기술된 바와 같이 광 현미경 상에서 10X 대물렌즈를 사용하여 전체 박편을 스캐닝하고, 이어서 20X 또는 40X 대물렌즈를 사용하여 전체 박편을 스캐닝함으로써 점수 매기기를 수행하였다. 아래 기술된 바와 같이 0부터 3+의 척도로 양성 HGF ISH 신호를 갖는 세포의 보급률에 따라 샘플의 점수를 매겼다. 신호가 적은 수, 띄엄띄엄 수 또는 많은 수의 세포에서 존재하는지 여부를 결정하기 위해, 하기 방법을 취하였다: 10X 대물렌즈를 사용하여 전체 종양 박편을 스캐닝하였다(앞서 기술된 바와 같이, 상기 샘플에서 종양과 이웃한 양성 기질에 초점을 맞추고, 상기 종양에서 멀리 있는 형태학적으로 정상인 뇌 조직의 광범위한 부분을 배제함). 양성 HGF ISH 신호가 10X 대물렌즈를 사용하여 쉽게 관찰된 경우, 상기 샘플은 수많은 세포에서 HGF ISH 신호를 보이는 것으로 특징 지어졌고, HGF ISH 점수는 3+가 되었다. 도 8은 저배율에서 보이는, 3+ HGF ISH 신호를 나타내는 교아세포종 박편의 현미경사진을 나타낸다. 도 9는 높은 고배율에서 보이는, 동일한 박편의 현미경 사진을 나타낸다.
양성 HGF ISH 신호가 10X 대물렌즈를 사용하여 쉽게 관찰되지 않은 경우, 전체 종양 박편은 20X 및/또는 40X 대물렌즈를 사용하여 스캐닝하였다. 양성 HGF ISH 신호가 20 또는 40X하에서 보이듯이 다수의 세포에서 관찰된 경우(전형적으로 슬라이드의 여러 장에서; 때로 양성 신호를 갖는 장의 위치를 파악하기 전에 상기 박편의 여러 장을 스캔해야 했다), 상기 샘플은 띄엄띄엄 수의 세포에서 HGF ISH 신호를 나타내는 것으로 특징 지어졌고, HGF ISH 점수가 2+로 매겨졌다. 양성 HGF ISH 신호를 갖는 아주 적은 수의 세포(전형적으로 전체 박편 중 약 10개 이하)가 관찰된 경우(예컨대, 보통 양성 HGF ISH 신호를 관찰하기 전에 슬라이드의 다수 장의검색이 필요함), 상기 샘플은 적은 수의 세포에서 HGF ISH 신호를 나타내는 것으로 특징 지어졌고, HGF ISH 점수가 1+로 매겨졌다. 도 10은 1+ HGF ISH 신호를 나타내는 교아세포종 박편의 예시적 현미경사진을 나타낸다. 상기 박편은 저배율(대략 10X 대물렌즈에 상응함)을 사용하여 보여졌고, HGF ISH 신호 양성 세포를 식별하기가 어려웠다. 도 11은 고배율(대략 40X 대물렌즈에 상응함)에서 보여지는 동일한 교아세포종 박편의 현미경사진을 나타낸다. 상기 장 전역에 흩어진 세포에서 약한 HGF ISH 신호가 관찰된다. 화살표는 예시적 HGF ISH 신호 양성 세포를 가리킨다. 도 12는 중도 배율(대략 20X 대물렌즈에 상응함)에서 보여지는, 3+ HGF ISH 신호를 나타낸 교아세포종 박편의 예시적 현미경사진를 나타낸다. HGF ISH 양성 신호는 종양의 침투 테두리에 있는 다수의 세포에서 관찰되었다.
HGF ISH 신호가 박편에서 관찰되지 않은 경우, 상기 샘플은 HGF ISH가 0으로 매겨졌다.
128개 샘플을 평가하였다. 4개 샘플에 평가하기에 불충분한 조직이 있었다. 불충분한 RNA 품질을 근거로 8개 샘플을 배제하였다(양성 대조군 UBC 유전자 ISH에 대한 염색이 음성이었음). 27개 샘플이 HGF에 대해 음성(23%)이었고, 49개 샘플이 HGF에 대해 1+이었고(42%), 34개 샘플이 HGF에 대해 2+이었고(29%) 그리고 6개 샘플이 HGF에 대해 3+이었다(5%). 34%가 HGF 진단 양성 (HGF ISH 2+ 및 3+)으로 점수가 매겨졌다. 22개 샘플이 세포학적 기준을 근거로 분명히 악성인 종양 세포에서 양성 HGF ISH 신호를 나타내었다(세포/핵 비정형성).
실시예 2: 위암과 중피종 샘플에서 HGF mRNA 발현의 제자리 혼성화 분석
교아세포종 샘플의 경우, 앞서 기술된 바와 같이 포르말린-고정 파라핀-포매 위암 샘플에 HGF RNA에 대한 ISH 분석을 수행하였고, 상기 샘플은 교아세포종 샘플에 대해 상기 기술된 바와 같이 필수적으로 점수가 매겨졌는데, 단 상기 위암 샘플에서 발견되 기질 세포에는 섬유아세포, 대식세포, 내피 세포가 포함되었다. 일부 경우에, 종양 샘플에는 암 세포, 림프구, 백혈구, 기질, 혈관, 연결조직, 기저판 및 상기 종양과 관련된 기타 모든 세포가 포함될 수 있다. 도 13은 기질 세포에서 초점(화살표 머리) 높은 발현 (3+)을 갖는 위함 중 HGF의 대표적인 제자리 혼성화를 나타낸다. 프로브 혼성화는 블루 헤마톡실린 대비염색 대비 갈색 발색체에 의해 보여진다. Bar = 100um.
교아세포종 샘플에 대해 앞서 기술된 바와 같이, 포르말린-고정 파라핀-포매 중피종 샘플에 HGF RNA에 대한 ISH 분석을 수행하였고, 교아세포종 샘플의 경우 앞서 기술된 바와 같이 샘플의 점수가 필수적으로 매겨졌다. 도 14는 기질 세포에서 초점 높은 발현(3+)이 있는 중피종 암에서 HGF RNA에 대한 대표적인 제자리 혼성화를 나타낸다. 프로브 혼성화는 블루 헤마톡실린 대비염색 대비 붉은 발색체에 의해 나타난다. 도 15는 HGF 발현 시 종양내 불균질성을 갖는 중피종 암에서 HGF RNA에 대한 대표적인 제자리 혼성화를 나타낸다. 프로브 혼성화는 블루 헤마톡실린 대비염색 대비 붉은 발색체에 의해 나타난다. 도 16은 자가분비 HGF 발현을 보이는 중피종 암에서 HGF RNA에 대한 대표적인 제자리 혼성화를 나타낸다. 프로브 혼성화는 블루 헤마톡실린 대비염색 대비 붉은 발색체에 의해 나타난다.
실시예 3: 재발된 교아세포종이 있는 환자에게서 베바시주맙과 병용한 오나투주맙의 효능 및 안정성을 평가하는무작위, 이중맹검, 위약-대조군 다중중심 단계 II 연구
이것은 교아세포종이 있는 환자에게서 처음 재발 시, 위약 + 베바시주맙 대비, 오나투주맙 + 베바시주맙의 효능과 안정성을 평가하기 위한 무작위, 이중맹검, 위약-대조군, 다중중심 단계 II 실험이었다.
배경: 새로이 진단된 교아세포종을 위한 표준 치료는 외과적 감출술(debulking)과 이어서 추가적인 유지 TMZ와 함께 방사선요법 및 테모졸로마이드(TMZ)로의 치료이다. 이와 같은 치료와 관련된 생존율 혜택에도 불구하고, 거의 모든 환자가 최초 치료 후 재발한다. 재발된 교아세포종이 있는 환자는 평균 무진행 생존율(PFS)이 약 4개월이고 OS는 10개월 미만이다. 재발된 교아세포종이 환자를 위한 최적읜 관리는 여전히 불분명한데, 직접적으로 적극적인 개입을 지원적인 돌봄과 비교하는 무작위 실험이 없었기 때문이다. 재개입의 혜택에 대한 가장 중요한예후 인자는 치료 전 활동 상태 및 환자의 연령이다. 적극적인 개입에는 반복적인 수술, 방사선 재조사 또는 신경학적 작용을 개선 또는 유지 및 무진행 생존율(PFS) 및 전체 생존율(OS)의 연장을 목적으로 하는 전신 치료가 포함된다. TMZ로으 화학요법은 최초 실험에서 2차 요법으로서 생존율의 증가를 입증하였다. 그러나, TMZ는 이제 일반적으로 1차 치료의 구성성분으로서 사용되기 때문에, 재발된 교아세포종을 위해 사용할 수 있는 확립된 화학요법 투여가 존재하지 않는다.
연구 설계: 하기 두 가지 치료군 중 하나에 환자를 1:1로 무작위 배정하였다:
위약 + 베바시주맙(A군) 또는 오나투주맙 + 베바시주맙(B군). 카르노프스키 수행 상태(70%~80% vs. 90%~100%)와 연령(< 50세 vs. ≥ 50세)(이와 같은 특징들은 Cox 비례적 유해 모델을 사용하는 적극적인 치료를 받은 재발된 교아세포종 환자에서 예후 인자로 식별된 바 있음)을 기반으로 환자를 계층 분류하였다. 교아세포종 진단을 나타내는 파라핀-포매 종양 샘플의 활용가능성은 본 연구의 무작위성을 위한 의무사항이었다. 재수술에서 유래된 조직이 선호되었으나, 최초 수술에서 유래된 조직은 연구 참여을 위해 충분하였다. 연구 치료는 질병 진행, 허용불가한 독성, 환자 또는 의사의 중단 결정 또는 사망에 이를 때까지 계속되었다. 위약 + 베바시주맙(A군)에서 오나투주맙 치료로의 교차는 허용하지 않았다. 치료 중단 시, 생존율 조사를 위해 6주마다 추적조사를 하였다. 도 1은 연구 설계의 개요를 나타낸다.
위약 + 베바시주맙 및 오나투주맙 + 베바시주맙의 안정성 및 내성 프로파일을 특징 짓기 위해, 연구 내내 부작용(모든 등급), 심각한 부작용, 약물 중지 또는 중단이 필요한 모든 부작용 또는 실험실 값의 변화 및 진료 결과물에 대해 환자를 모니터링 하였다.
효능 결과 측정: 본 연구에 대한 효능 결과 측정은 하기와 같았다.
본 연구에 대한 1차 효능 결과 측정은 하기와 같았다:
ㆍ무진행 생존율(PFS), 무작위 선정 일자에서 맨 처음 문서화된 질병 진행 또는 사망 일자까지(어떤 것이든 처음 발생한 것 기준)바의 시간으로 정의된다. 질병 진행은 RANO 기준을 사용하여 연구자의 평가를 근거로 결정된다. 교아세포종은 전형적으로 장기화된 질병 비활성을 보이지 않기 때문에(낮은-등급의 신경교종과 달리), 종양 진행 없는 기간이 보통 임상적으로 의미가 있다.
본 연구에 대한 2차 효능 결과 측정은 하기와 같았다:
ㆍ전체 생존율 (OS), 무작위 선정부터 어떤 원인으로 인한 사망에 이르기까지의 시간으로 정의된다.
ㆍ전체 생존율-9 (OS-9), 무작위 선정 후 9개월까지 생존한 환자의 백분율로 정의된다.
ㆍ무진행 생존율-6 (PFS-6), 무작위 선정 후 6개월까지 생존하고 무진행인 환자의 백분율로 정의된다.
ㆍ전체 반응률 (ORR), 연구자에 의해 RANO 기준을 사용하여 결정되는 객관적 반응을 보인다고 판단되는 각각의 치료군에 등록된 환자의 백분율로 정의된다.
ㆍ반응기간(DOR), 상기 연구 중 문서화된 객관적 반응의 처음 발생부터 질병 진행(RANO 기준을 사용하여 연구자에 의해 확인됨) 또는 어떤 원인으로 인한 사망에 이르는 시간으로 정의된다.
본 연구에 대한 안전성 결과 측정은 하기와 같았다:
ㆍNCI CTCAE 버젼 4.0에 따르면, 부작용, 예를 들면 심각한 부작용(SAE)의 발생률, 속성 및 중증도
ㆍ 본 연구 약물의 투여 중 및 투여 후 임상적 실험실 결과의 변화
ㆍ 오나투주맙에 대한 것으로서 ATA의 발생률 및 혈청 수치
본 연구에 대한 PK 결과 측정은 하기와 같았다:
ㆍ1, 2, 3 및 4 주기 중 1일 첫 번째 주입 전 및 본 연구 약물 중단 면접(SDDV) 시 혈청의 오나투주맙과 베바시주맙의 최소 농도(C최소)
ㆍ1, 2, 3 및 4 주기 중 1일 마지막 주입 30분 후, 오나투주맙과 베바시주맙의 최대 농도(C최대)
본 연구에 대한 조사 결과 측정은 하기와 같았다:
ㆍ코르티코스테로이드 사용
ㆍ생체표지자의 변화, 생체표지자와 PFS, ORR 및 OS의 상관관계
ㆍMMSE를 사용하여 확인되는 신경인지 작용
ㆍ교아세포종의 환자보고 결과 및, MDASI-BT를 사용하여 확인되는 치료-관련 증상 중증도 및 간섭
재료 및 방법
환자: 환자는 수반되는 또는 보조적인 화학방사선요법 후 처음 재발한 교아세포종을 갖는 경우 잠재적으로 본 연구에 적합하였다. 본 연구의 환자는 본 연구에 등록을 위해 하기 기준에 부합하였다:
질병 특징에는 하기가 포함되었다:
ㆍ수반되는 또는 보조적인 화학방사선요법 후 처음 재발된 조직학적으로 확인된 교아세포종
ㆍRANO 기준에 의해 정의된 처음 종양 진행 또는 재정상의 영상 확인
ㆍ테모졸로마이드(TMZ)로의 사전 치료.
ㆍ단지 한 번의 전번차 화학요법. 수반되는 및 보조적인 TMZ-기반 화학요법, 예를 들면 TMZ와 조사대상 제제의 병용은 한번차 화학요법으로 간주된다.
ㆍ베바시주맙 또는 기타 VEGF- 또는 VEGF-수용체-표적 제제로의 사전 치료 없음
ㆍHGF 또는 Met 경로 중 하나를 표적으로 하는 실험적 치료에 사전 노출이 없었음
ㆍ감마 나이프 또는 기타 초점 높은-용량 방사선요법으로의 사전 치료가 허용되나, 상기 환자는 재발이 방사선 조사장 밖에 새로운 병변이 아닌 경우, 추후 재발의 조직학적 문서화가 있어야 함
ㆍ 카르무스틴 웨이퍼와 함께 프로리퍼프로스판 20으로의 사전 치료가 없었음
ㆍ사전 뇌내 제제가 없었음
ㆍ사전 치료의 독성 효과에서 회복
ㆍ상기 뇌의 기준선 MRI 상에 최근 출현의 증거가 없음
ㆍ1차 질병에 대한 긴급 완화 개입의 필요가 없음(예컨대, 임박한 헤르니아)
ㆍ교아세포종을 나타내는 포르말린-고정 파라핀-포매 종양 조직의 활용가능성
환자 특징에 하기가 포함되었디:
ㆍ서면 동의를 제공하고 연구자에 의해 판단된 연구 프로토콜을 준수할 의사와 능력
ㆍ연령 ≥ 18세
ㆍ카르노프스키 수행 상태 > 70%
ㆍ무작위 선정 전 5일 이내에 코르티코스테로이드의 안정적인 또는 감소 추세의 용량
ㆍ예를 들면 하기의 기준 중 어느 것 하나라도 부합하는 환자는 연구 참여에서 배제되었다:
ㆍIV 가돌리늄으로 뇌 MRI 스캔을 받을 수 없는 환자
ㆍ등록 전 7일 내 절대 호중성 백혈구 개수(ANC) < 1.5 X 109/L; 혈소판 개수 < 100 X 109/L; 또는 헤모글로빈(Hb) < 9.0 g/dL . 주의: Hb ≥ 9 g/dL를 달성하기 위한 수혈 또는 기타 개입의 사용이 허용가능하다.
ㆍ총 비릴루빈 > 1.5 X ULN(단 길버트 병으로 진단된 환자에서)
AST (SCOT), ALT (SGPT) 또는 알칼리성 인산가수 분해효소(ALP) > 2.5 X ULN
ㆍ혈청 크레아티닌 > 1.5 X ULN 또는 계사된 크레아티닌 청소율(CrCl) < 60 mL/min (Cockcroft 및 Gault)
ㆍ단백뇨에 대한 소변 봉 검사 ≥ 2+; ≥ 2+ 단백뇨가 있다고 확인된 환자는 24-시간 소변 채취를 이행해야 하고 24시간 내에 단백질이 ≤ 1.0g임을 입증해야 한다).
ㆍ국제 규격화율(INR), 프로토스롬빈(protothrombin) 시간(PT), 또는 활성화된 부분 트롬보플라스틴 시간(APTT)은 하기와 같았다:
상기 환자의 항응고를 목적으로 하는 치료의 부재 시: INR > 1.5 또는 PT > 1.5 x ULN 또는 aPTT > 1.5 X ULN
또는
상기 환자의 항응고를 목적으로 하는 치료의 존재 시: INR 또는 PT 및 aPTT가 치료 한계 내에 있지 않음(기관의 의료 표준에 따르면) 또는 환자는 무작위 선정 전 최소한 2주 동안 안정적인 용량의 항응고제를 투여받지 않음. (주의: ASCO 가이드라인에 따르면, 저분자량 헤파린[LMWH]이 바람직한 방법이어야 한다.)
ㆍ부적절하게 관리된 고혈압(수축 혈압> 150 mmHg 및/또는 이완혈압> 100 mmHg으로 정의됨(항고혈압 제제 복용 시))
ㆍ관리되지 않은 당뇨병(공복 혈청 글루코오스 수치가 > 200 mg/dL로 입증됨)
ㆍ고혈압 위기 또는 고혈압성뇌장애의 병력 있음
ㆍNew York Heart Association(NYHA) Grade II 이상의 심부전
ㆍ무작위 선정 이전에 심근경색증(12개월 내) 또는 불안정 가슴조임증(6개월 내) 병력
ㆍ무작위 선정 이전에 뇌졸증 또는 일과성허혈성발작(6개월 내) 병력
ㆍ무작위 선정 이전 6개월 내 유의미한 혈관 질환(예컨대, 외과적 보수가 필요한 대동맥류 또는 최근 주변동맥혈전증)
ㆍ출혈성 소질 또는 응고장애의 증거(치료 항응고요법 부재 시)
ㆍ무작위 선정 이전 6개월 내 복부 누공 또는 위장관 천공의 병력
ㆍ무작위 선정 이전 6개월 내 두개골 내부의 종기의 병력
ㆍ무작위 선정 이전 28일 내 주요한 수술 절차, 개복 생검, 또는 유의미한 외상후 부상
ㆍ실험 과정 중 주요한 수술 절차에 대한 필요가 예측됨
ㆍ심각한 미치료 상처, 활성 궤양 또는 미치료된 골절
ㆍ과거 3년 사이 또 다른 악성 종양의 병력(질병 없는 간격이 < 3년)
제자리 암 또는 기준 또는 편평 세포 피부암의 병력이 있는 환자는 자격이 있다.
ㆍ무작위 선정 이전 2주 내 입원 또는 IV 항생제가 필요한 모든 활성 감염의 증거
ㆍ오나투주맙 또는 베바시주맙의 모든 부형제에 알려진 과민성
ㆍ차이니즈 햄스터 난소 세포 생성물 또는 기타 재조합 인간 또는 인간화된 항체에 과민성
연구 치료
오나투주맙 / 오나투주맙 위약. 오나투주맙을 600mg의 오나투주맙을 함유한 단일-사용 15-cc 바이알에 멸균액으로 제공하였다. 오나투주맙 약물 제품을 10mM 히스티딘 아세테이트, 120mM 수크로오스, 0.4mg/mL 폴리소르베이트 20에 60mg/mL 오나투주맙으로 제형화하였다(pH 5.4). 오나투주맙 위약은 250cc 0.9% 정상적인 식염용액(NSS) IV 백으로 이루어졌고, 임상시험 기관에서 제공될 예정이다. 일단 오나투주맙을 희석하면, 상기 용액은 8시간 내에 투여해야 한다.
베바시주맙. 베바시주맙은 보존제 없는 단일용량 바이알 속의 IV 주입용 멸균액으로 공급하였다(투명 내지 약간 오팔색, 무색 내지 옅은 갈색). 20-mL (400-mg, 25 mg/mL) 바이알에 16-mL를 채워 제공하였다. 상기 제형은 인산나트륨, 트레할로오스, 폴리소르베이트 20, 및 주사용 멸균수(SWFI), USP를 함유하였다.
복용량, 투여
배정된 치료군에 따른 오나투주맙/베바시주맙/위약의 복용량. 본 연구에서, 오나투주맙/오나투주맙 위약을 먼저 투여하고, 이어서 베바시주맙을 투여하였다. 오나투주맙/오나투주맙 위약 주입이 끝난 후 60분의 권장 관찰 시간 후, 베바시주맙을 투여하였다.
A군이 환자는 본 연구 내내 오나투주맙 위약을 투여받았다. B군의 환자는 본 연구 내내 3주마다 오나투주맙 15mg/kg을 투여받았다. 오나투주맙/오나투주맙 위약의 용량은 검사 시 상기 환자의 체중을 근거로 하였다. 상기 용량을 본 연구 내내 투여하였고. 체중에 따라 바뀌지 않을 것이다. 액체 오나투주맙을 0.9% NSS로 희석하여 총 250mL 부피로 만들었다. 일단 오나투주맙을 NSS로 희석하면, 상기 용액은 8시간 내에 사용되는 것을 권장한다. 덱스트로스는 오나투주맙의 희석에 사용되어서는 안 된다. 모든 남은 용액은 폐기처분하는 것을 권장한다. 오나투주맙/오나투주맙 위약은 IV 주입으로 투여하였다. 처음 용량은 60분에 걸쳐 주입하였다(± 10분). 상기 오나투주맙/오나투주맙 위약 주입은 주입-관련 증상을 경험한 환자의 경우 늦추거나 중단할 수 있다. 오나투주맙/오나투주맙 위약 투여 후 최소한 60분 동안 열, 오한 또는 기타 주입-관련 증상을 살피기 위해 환자를 관찰하였다. 추후에 상기 환자가 이전 주입을 잘 받아들인 경우, ,오나투주맙/오나투주맙 위약이 용량을 30분에 걸쳐 투여하였다(±10분).
A군 및 B군의 환자는 연구 내내 3주마다 (오나투주맙 주입 후) 15 mg/kg 베바시주맙를 투여받았다. 베바시주맙의 용량은 검사 시 상기 환자의 체중을 기반으로 하였고, 상기 환자의 체중이 > 10%로 변하지 않은 경우, 연구 내내 동일하게 유지될 것이다. 베바시주맙을 0.9% 염화나트륨 주사 USP로 희석하여 총 부피 100mL를 만들었다. 최초 용량을 90분에 걸쳐 전달하였다(±15분). 처음 주입이 어떤 주입-관련 부작용(열 및/또는 오한) 없이 잘 받아들여지면, 두 번째 주입을 60±10분에 걸쳐 전달하였다. 60-분 주입이 잘 받아들여지면, 추후 모든 주입을 30±10분에 걸쳐 전달하였다.
통계적 분석. PFS의 치료 비교는 0.05 수치의 유의성(두 측면) 계층분류된 로그-순위를 기반으로 하였다. 계층 분류 인자는 카르노프스키 수행 상태(70%~80% vs. 90%~100%)와 연령(< 50세 vs. > 50세)였다. Kaplan-Meier 방법을 각 치료군에 대한 평균 PFS를 추산하기 위해 사용하였고, Kaplan-Meier 곡선을 구성하여 오나투주맙 + 베바시주맙 및 위약 + 베바시주맙 사이의 차이의 가시적 묘사를 제공하였다. 치료 효과의 추산을 계층분류된 Cox 모델의 사용을 통해 위험비(HR), 예를 들면 95% 신뢰 구간(CIs)으로 표현하였다. OS는 무작위 선정부터 모든 원인에 의한 사망까지의 시간으로 정의되었다. 분석 시점에 사망한 것으로 보고되지 않은 환자에 대한 데이터는 그들이 마지막으로 생존해 있다고 알려진 시기에 삭제하였다; 만약 후-기준 데이터가 확보되지 않은 경우, 무작위 일자에 OS를 삭제하였다. 분석 방법은 PFS의 경우와 동일하였다. OS-9는 9개월에 생존한 환자의 백분율로 정의되었다. Kaplan-Meier 방법이, Greenwood 방정식을 사용하여 표준 오차 및 상응하는 95% CI와 함께, OS-9를 추산하기 위해 사용되었다. A군 및 B군의 OS-9 사이의 차이에 대한 95%CI 및 p-값은 Greenwood 방정식으로 추산된 표준 오차를 사용한 z-검사에 의해 확인된다. PFS-6는 6개월(24주)에 생존하고 무진행인 환자의 백분율로 정의된다. 상기 분석 방법은 OS-9에 대한 것과 동일하다. 객관적 반응은 CR 또는 PR로 정의된다. 후-기준 질병 평가가 없는 환자는 무반응자(nonresponder)로 간주된다. ORR에 대한 분석 집단은 기준선에서 측정가능한 질환이 있는 모든 무작위 선정 환자이다. 각 치료군에 대한 ORR과 이것의 95% CI의 추산은 B1yth-Stil1-Casella 법을 사용하여 계산된다. 상기 두 군 사이의 ORR의 차이에 대한 CI는 이항분포에 대한 정규근사(normal approximation)를 사용하여 확인된다. DOR는 연구 중에 CR 또는 PR을 경험한 바 있는 환자들 중에서 최초 반응부터 질병 빈행 또는 사망에 이르는 시간으로 정의된다. 분석 시점에 질병이 진행되지 않고 사망하지 않은 환자는 마지막 질병 평가 일자에 삭제하였다. DOR는 Kaplan-Meier 방법을 사용하여 추산된다. 미계층분류 로그-순위 검사를 통한 치료군 사이의 비교가 오직 설명을 목적으로 이루어졌다.
조사 분석에 하기가 포함된다:
소규모-정신 상태 조사( MMSE ). MMSE를 사용하여 신경인지작용의 기준에서의 변화가 치료군 및 시점에 의해 요약된다.
코르티코스테로이드. 기준선에서의 코르티코스테로이드의 사용 및 기준선으로부터의 덱사메타손-등가 용량의 변화가 치료군 및 시점에 의해 요약된다.
생체표지자. 이들 표지자와 연구 약물 반응의 연관성(예를 들면 효능 및/또는 부작용)을 이해하기 위한 노력으로 조사 생체표지자 분석을 수행하였다.
환자-보고 결과( PROs ). 질병 및 치료-관련 증상 중증도 및 증상 간섭의 PRO는 MD Anderson Symptom Inventory-뇌 종양 설문지(MDASI-BT)를 사용하여 평가된다. 모든 환자의 경우, MDASI-BT 증상 중증도 및 증상 간섭 하위 척도는 평균(및 95% CI)에 의해 요약되고 시간에 의해 플롯팅된다. 각각의 시점에 기준선(1주기, 1일 투여 전)뿐만 아니라 절대 점수의 평균(및 95% CI) 변화가 보고된다. 점수 매기기는 MDASI 및 MDASI-BT 검증지를 기반으로 한다(Cleeland 등, Cancer (2000) 89: 1634-46; Armstrong 등, Neurooncol (2006) 80:27-35). 두 가지 1차 치료군(오나투주맙 + 베바시주맙 및 베바시주맙 + 위약) 사이의 기준선(1주기, 1일)에서 평균(및 95% CI) 변화가 비교된다.
결과. 129명 환자를 두 군으로 무작위 선정하였다. 여러 달 후 평균 생존율 추후조치는 9.9(Pbo + Bev), 9.8(Ona+Bev)이었다. 본 분석을 위한 임상적 데이터 계산 마감일은 2013년 11월 7일이었다.
재발된 교아세포종 환자에서, c-met 길항제 오나투주맙과 VEGF 길항제 베바시주맙의 병용 치료는 하기를 입증하였다:
(i) 대조군 대비, HGF ISH 2+/3+에서 눈에 띄게 길어진 PFS 및 OS; 및
(ii) 대조군 대비, HGF ISH 0/1+에서 눈에 띄게 짧아진 PFS 및 OS
도 2는 HGF ISH 상태에 따른 전체 생존율의 하위그룹 분석을 나타낸다. 높은 HGF ISH(2+/3+)의 환자는 위약 + 베바시주맙으로 치료받은 경우 중간 전체 생존율이 6.6개월인 반면, 오나투주맙 + 베바시주맙으로 치료받은 경우 중간 전체 생존율이 10.9개월이었다(HR = 0.39 (95% CI 0.16, 0.96)). 낮은 HGF ISH(0/1+)의 환자는 위약 + 베바시주맙으로 치료받은 경우 중간 전체 생존율이 12.6개월인 반면, 오나투주맙+ 베바시주맙으로 치료받은 경우 중간 전체 생존율이 8.6개월이었다(HR = 2.37 (95% CI 1.21, 4.66)).
도 3은 HGF ISH 낮은 (0/1+) 환자와 HGF ISH 높은(2+/3+) 환자에서의 전체 생존율에 대한 Kaplan-Meier 분석을 나타낸다.
도 4은 HGF ISH 상태에 따른 무진행 생존율의 하위그룹 분석을 나타낸다. 높은 HGF ISH (2+/3+)의 환자는 위약 + 베바시주맙으로 치료받은 경우 중간 무진행 생존율이 2.8개월인 반면, 오나투주맙 + 베바시주맙으로 치료받은 경우 평균 전체 생존율이 8.3개월이었다(HR = 0.32 (95% CI 0.15, 0.6)). 낮은 HGF ISH (0/1+)의 환자는 위약 + 베바시주맙으로 치료받은 경우 평균 무진행 생존율이 4.1개월인 반면, 이고, 오나투주맙+ 베바시주맙으로 치료 받은 경우 중간 전체 생존율이 2.9개월이었다(HR = 1.63 (95% CI 0.99, 2.68)).
도 5는 HGF ISH 낮은 (0/1+) 환자와 HGF ISH 높은 (2+/3+) 환자에서의 무진행 생존율에 대한 Kaplan-Meier 분석을 나타낸다.
도 6은 베바시주맙 + 위약(실선)에 무작위 선정된 모든 환자 대 베바시주맙 + 오나투주맙(점선)에 무작위 선정된 환자에서 전체 생존율의 분석을 나타낸다.
도 7은 베바시주맙 + 위약(실선)에 무작위 선정된 모든 환자 대 베바시주맙 + 오나투주맙(점선)에 무작위 선정된 환자에서 무진행 생존율의 분석을 나타낸다.
앞서 발명의 이해를 명확히 하기 위한 목적으로 그림 및 예의 방식으로 상세히 기술된 바 있으나, 본 설명 및 예는 본 발명의 범위를 제한하는 것으로 여겨져서는 안 된다.
실시예 3a: PCR를 사용하여 재발된 교아세포종이 있는 환자에서 베바시주맙과 병용한 오나투주맙의 효능 및 안정성을 평가하는 무작위 선정, 이중맹검, 위약-대조, 다중중심 단계 II 연구의 분석
상기 기술된 첫 번째 재발에 교아세포종이 있는 환자에서 위약+베바시주맙 대비, 오나투주맙 + 베바시주맙의 효능 및 안정성을 평가하기 위한 무작위 선정, 이중맹검, 위약-대조, 다중중심 단계 II 실험을 PCR를 사용하여 평가하였다. 이와 같은 분석을 위해, Fluidigm 유전자 발현 분석을 사용하여 HGF mRNA 발현 수치를 평가하였다.
프로토콜:
파라핀-포매, 포르말린-고정 교아세포종 종양 조직 샘플을 10 마이크로그램 두께의 박편으로 절단하였다. 이어서 RNA를 추출하고, 단백질과 DNA를 제거하였다. 총 2㎕ RNA를 cDNA로 역전사하고 Superscript III/Platinum Taq(Invitrogen)와 전-증폭 반응 믹스(Invitrogen)을 사용하여 단일 반응에서 전-증폭하였다. HGF의 발현을 검출하기 위해 선택된 프라이머/프로브 세트가 0.05x 오리지널 Taqman 분석법 농도(Applied Biosystems)의 최종 희석액에서 전-증폭 반응(추가적인 프로브 프라이머 95 쌍 포함)에 포함되었다. 열순환처리 조건은 하기와 같았다: 15분 동안 50℃의 1주기, 2분 동안 70℃의 1주기, 이어서 15초 동안 95℃ 및 4분 동안 60℃의 14주기.
전-증폭된 cDNA를 1.94배 희석하고, 이어서 제조업체의 지시에 따라 BioMark BMK-M-96.96 플랫폼(Fluidigm) 상에서 Taqman Universal PCR MasterMix (Applied Biosystems)를 사용하여 증폭하였다. 모든 샘플을 삼중으로 분석하였다. 다수의 세포주, 신성한-냉동 조직 샘플 및 FFPE 조직 샘플에 걸쳐 발현 안정성에 대해 이전에 평가된 두 가지 맞춤설계 기준 유전자, AL-1377271 및 VPS-33B가 발현 패널에 포함되었다. 두 기준 유전자에 대한 Ct 값들의 평균을 각 샘플에 대해 계산하였고, 다음과 같은 델타 Ct (dCt)법을 사용하여 HGF의 발현 수치를 확인하였다: 평균 Ct(표적 유전자) - 평균 Ct(기준 유전자).
결과. 129명 환자를 두 군으로 무작위 선정하였다. 몇 개월 후 중간 생존율 추후조치는 9.9(Pbo + Bev), 9.8(Ona+Bev)이었다. 본 분석에 대한 임상적 데이터 계산 일자는 2013년 11월 7일이었다.
재발된 교아세포종 환자에서, c-met 길항제 오나투주맙과 VEGF 길항제 베바시주맙의 병용으로의 치료는 하기를 입증하였다:
(i) 대조군 대비, 상위 25% HGF-PCR 발현을 보이는 환자에서 눈에 띄게 길어진 PFS와 OS; 및
(ii) 대조군 대비, 하위 75% HGF-PCR 발현을 보이는 환자에서 눈에 띄게 짧아진 PFS와 OS.
도 17은 HGF-PCR 발현에 따른 전체 생존율의 하위그룹 분석을 나타낸다. 높은 HGF-PCR(상위 25%)의 환자는 위약 + 베바시주맙 군의 경우 중간 전체 생존율이 7.3개월인 반면, 오나투주맙 + 베바시주맙 군의 경우 미달 평균 전체 생존율을 나타냈다(HR= 0.29 (95%CI 0.08,1.06)). 낮은 HGF-PCR(하위 75%)의 환자는 위약 + 베바시주맙 군의 경우 미달 중간전체 생존율을 보인 반면, 오나투주맙 + 베바시주맙 군의 경우 중간 전체 생존율이 8.6개월이었다(HR= 1.86 (95% CI 1.03, 3.36)).
도 18은 낮은 HGF-PCR(하위 75%) 환자와 높은 HGF-PCR(상위 25%) 환자에서 전체 생존율에 대한 Kaplan-Meier 분석을 나타낸다.
도 19는 HGF-PCR 발현에 따른 무진행 생존율의 하위그룹 분석을 나타낸다. 높은 HGF-PCR(상위 25%)의 환자는 위약 + 베바시주맙 군의 경우 중간 무진행 생존율이 2.8개월인 반면, 오나투주맙 + 베바시주맙 군의 경우 중간 무진행 생존율이 6.1 개월이었다(HR= 0.37 (95% CI 0.16, 0.86)). 낮은 HGF-PCR(하위 75%)의 환자는 위약 + 베바시주맙 군의 경우 중간 무진행 생존율이 4.1개월인 반면, 오나투주맙 + 베바시주맙 군의 경우 중간 무진행 생존율이 2.9개월이었다(HR= 1.39 (95% CI 0.87, 2.20)).
도 20은 낮은 HGF-PCR(하위 75%) 환자와 높은 HGF-PCR(상위 25%) 환자에서의 무진행 생존율에 대한 Kaplan-Meier 분석을 나타낸다.
도 21은 베바시주맙 + 위약 군의 환자와 비교하여, 베바시주맙 + 오나투주맙 군의 HGF-PCR 높은 (상위 25%) 환자에서의 전체 반응률(ORR)을 나타낸다.
도 22는 베바시주맙 + 위약 군의 HGF-PCR 낮은(하위 75%) 환자와 HGF-PCR 높은(상위 25%) 환자에서 무진행 생존율 및 전체 생존율의 예후 효과를 나타낸다.
SEQUENCE LISTING <110> GENENTECH, INC. ET AL. <120> METHODS OF TREATMENT AND BIOMARKERS <130> P5805R1-WO <140> <141> <150> 61/985,316 <151> 2014-04-28 <150> 61/969,706 <151> 2014-03-24 <160> 16 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide" <400> 1 Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr Trp Leu His 1 5 10 <210> 2 <211> 18 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide" <400> 2 Gly Met Ile Asp Pro Ser Asn Ser Asp Thr Arg Phe Asn Pro Asn Phe 1 5 10 15 Lys Asp <210> 3 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide" <400> 3 Ala Thr Tyr Arg Ser Tyr Val Thr Pro Leu Asp Tyr 1 5 10 <210> 4 <211> 17 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide" <400> 4 Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Tyr Thr Ser 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Claims (189)

  1. c-met 길항제로의 치료에 반응을 보일 가능성이 있는 암 환자를 식별하는 방법으로서, 상기 방법이 상기 환자의 암에 HGF 생체표지자가 많은 양으로 존재하는지 여부를 측정하는 단계를 포함하되, 상기 HGF 생체표지자 발현이 상기 환자가 상기 c-met 길항제로의 치료에 반응할 가능성이 있음을 시사하는 것인 방법.
  2. 암 환자 예후를 판단하기 위한 방법으로서, 상기 환자의 암에 HGF 생체표지자가 많은 양으로 존재하는지 여부를 측정하는 단계를 포함하되, 상기 환자가 c-met 길항제로 치료되는 경우, 상기 HGF 생체표지자 발현이 상기 환자의 전체 생존율(OS) 및/또는 무진행 생존율(PFS)의 증가 가능성을 시사하는 것인 방법.
  3. 청구항 1 또는 청구항 2에 있어서, 상기 환자의 암이 이전에 치료받은 교아세포종(glioblastoma)이고 치료가 치료 차원의 유효한 c-met 길항제 및 VEGF 길항제의 병용하여 이루어지는 것인 방법.
  4. 청구항 1 또는 청구항 2에 있어서, 상기 환자의 암이 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종인 것인 방법.
  5. 청구항 4에 있어서, 상기 치료가 치료 차원의 유효한 c-met 길항제 및 VEGF 길항제의 병용하여 이루어지는 것인 방법.
  6. 청구항 1 또는 청구항 2에 있어서, 상기 환자의 암이 이전에 치료받은 중피종(mesothelioma)인 것인 방법.
  7. 청구항 6에 있어서, 상기 치료가 치료 차원의 유효한 c-met 길항제 및 제2 암 약제의 병용하여 이루어지는 것인 방법.
  8. 청구항 1 또는 청구항 2에 있어서, 상기 환자의 암이 이전에 치료받은 위암인 것인 방법.
  9. 청구항 8에 있어서, 상기 치료가 치료 차원의 유효한 c-met 길항제 및 제2 암 약제의 병용하여 이루어지는 것인 방법.
  10. 청구항 1 또는 청구항 2에 있어서, 상기 환자의 암이 이전에 치료받은 간세포인 것인 방법.
  11. 청구항 10에 있어서, 상기 치료가 치료 차원의 유효한 c-met 길항제 및 제2 암 약제의 병용하여 이루어지는 것인 방법.
  12. 청구항 1 내지 청구항 11 중 어느 한 항에 있어서, HGF 생체표지자가 HGF mRNA이고, HGF 생체표지자 mRNA 발현이 제자리 혼성화(ISH)을 사용하여 상기 환자의 샘플에서 측정되는 것인 방법.
  13. 청구항 12에 있어서, 높은 HGF 생체표지자가 2+ 및/또는 3+의 ISH 점수인 것인 방법.
  14. 청구항 12에 있어서, 높은 HGF 생체표지자가 2+ 및 3+의 ISH 점수인 것인 방법.
  15. 청구항 12에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플 중 약 12 개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재인 것인 방법.
  16. 청구항 12에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플 중 약 15개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재인 것인 방법.
  17. 청구항 12에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플 중 약 20개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재인 것인 방법.
  18. 청구항 12에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플 중 약 25개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재인 것인 방법.
  19. 청구항 12에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플 중 약 30개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재인 것인 방법.
  20. 청구항 12에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플 중 약 35개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재인 것인 방법.
  21. 청구항 12에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플에서 1% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포인 것인 방법.
  22. 청구항 12에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플에서 2% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포인 것인 방법.
  23. 청구항 12에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플에서 3% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포인 것인 방법.
  24. 청구항 12에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플에서 4% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포인 것인 방법.
  25. 청구항 12에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플에서 5% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포인 것인 방법.
  26. 청구항 12에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플에서 10% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포인 것인 방법.
  27. 청구항 1 내지 청구항 11 중 어느 한 항에 있어서, HGF 생체표지자 발현이 핵산 발현이고, PCR(예컨대, rt-qPCR), RNA-seq, 유전자미세배열 분석법, SAGE, 매스어레이 기법 또는 FISH를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 측정되는 것인 방법.
  28. 청구항 27에 있어서, HGF 생체표지자 발현이 rt-qPCR를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 측정되는 것인 방법.
  29. 청구항 27 또는 청구항 28에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 참조 환자 집단의 상위 25%에 존재하는 것인 방법.
  30. c-met 길항제로의 치료에 반응을 보일 가능성이 적은 암 환자를 식별하는 방법으로서, 상기 방법이 상기 환자의 암에서 HGF 생체표지자가 적은 양으로 존재하는지 여부를 측정하는 단계를 포함하되, 상기 HGF 생체표지자 발현이 상기 환자가 상기 c-met 길항제로의 치료에 반응할 가능성이 적음을 시사하는 것인 방법.
  31. 청구항 30에 있어서, HGF 생체표지자 핵산 발현이 제자리 혼성화(ISH)를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 측정되는 것인 방법.
  32. 청구항 31에 있어서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자가 2+ 미만의 ISH 점수인 것인 방법.
  33. 청구항 31에 있어서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자가 0 또는 1+의 ISH 점수인 것인 방법.
  34. 청구항 31에 있어서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자가 0의 ISH 점수인 것인 방법.
  35. 청구항 31에 있어서, 낮은 HGF 생체표지자가 10개 이하의 세포에서 HGF ISH 양성 신호의 존재인 것인 방법.
  36. 청구항 31에 있어서, 낮은 HGF 생체표지자가 5개 이하의 세포에서 HGF ISH 양성 신호의 존재인 것인 방법.
  37. 청구항 30에 있어서, HGF 생체표지자 핵산 발현이 PCR, RNA-seq, 유전자미세배열 분석법, SAGE 및 매스어레이 기법으로 이루어진 군에서 선택되는 기법을 사용하여 상기 환자의 샘플에서 측정되는 것인 방법.
  38. 청구항 37에 있어서, 상기 PCR가 rt-qPCR인 것인 방법.
  39. 청구항 37 또는 청구항 38에 있어서, 낮은 HGF mRNA 생체표지자가 참조 환자 집단의 75% 미만에 존재하는 것인 방법.
  40. 청구항 12 내지 청구항 29 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플이 상기 환자의 암에서 유래된 것인 방법.
  41. 청구항 40에 있어서, 상기 샘플이 교아세포종 세포 및 양성 기질 세포를 포함하는 것인 방법.
  42. 청구항 41에 있어서, 상기 양성 기질 세포가 반응성 성상교세포, 신경아교 세포, 주피세포 및 내피 세포 중 하나 이상인 것인 방법.
  43. 청구항 40에 있어서, 상기 샘플이 중피종 세포와 양성 기질 세포를 포함하는 것인 방법.
  44. 청구항 40에 있어서, 상기 샘플이 위암 세포와 양성 기질 세포를 포함하는 것인 방법.
  45. 청구항 44에 있어서, 상기 양성 기질 세포가 섬유아세포, 대식세포 및 내피 세포 중 하나 이상인 것인 방법.
  46. 청구항 40에 있어서, 상기 샘플이 간세포 암종 세포과 양성 기질 세포를 포함하는 것인 방법.
  47. 청구항 40에 있어서, 상기 샘플이 콩팥 세포 암종 세포와 양성 기질 세포를 포함하는 것인 방법.
  48. 청구항 40에 있어서, 상기 샘플이 육종 세포와 양성 기질 세포를 포함하는 것인 방법.
  49. 청구항 40 내지 청구항 48 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플이 c-met 길항제로의 치료 전에 수득된 것인 방법.
  50. 청구항 40 내지 청구항 48 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플이 VEGF 길항제로의 치료 전에 수득된 것인 방법.
  51. 청구항 40 내지 청구항 48 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플이 암 약제로의 치료 전에 수득된 것인 방법.
  52. 청구항 40 내지 청구항 51 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플이 포르말린으로 고정되고 파라핀 포매된 것인 방법.
  53. 청구항 12 내지 청구항 26 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ISH가 혼성화 기반 신호 증폭을 사용하여 검출되는 것인 방법.
  54. 청구항 40에 있어서, 상기 암이 교아세포종, 중피종, 간세포 암종, 콩팥 세포 암종, 위암, 육종, 골육종, 비소세포 폐암, 소세포 폐암, 유방암, 담낭암 또는 췌장암인 것인 방법.
  55. 청구항 54에 있어서, 상기 암이 교아세포종, 중피종, 콩팥 세포 암종, 위암, 간세포 암종 또는 육종인 것인 방법.
  56. 청구항 55에 있어서, 상기 암이 이전에 치료받은 교아세포종인 것인 방법.
  57. 청구항 55에 있어서, 상기 암이 이전에 치료받은 위암인 것인 방법.
  58. 청구항 55에 있어서, 상기 암이 이전에 치료받은 중피종인 것인 방법.
  59. 청구항 55에 있어서, 상기 암이 이전에 치료받은 간세포 암종인 것인 방법.
  60. 청구항 55에 있어서, 상기 암이 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종인 것인 방법.
  61. 청구항 55에 있어서, 상기 암이 이전에 치료받은 육종인 것인 방법.
  62. 청구항 1 내지 청구항 61 중 어느 한 항에 있어서, 상기 c-met 길항제가 길항제 항-c-met 항체인 것인 방법.
  63. 청구항 62에 있어서, 상기 항-c-met 항체가 (a) 서열 GYTFTSYWLH(서열식별번호: 1)을 포함하는 HVR1; (b) 서열 GMIDPSNSDTRFNPNFKD(서열식별번호: 2)를 포함하는 HVR2; (c) 서열 ATYRSYVTPLDY(서열식별번호: 3)를 포함하는 HVR3-HC; (d) 서열 KSSQSLLYTSSQKNYLA(서열식별번호: 4)를 포함하는 HVR1-LC; (e) 서열 WASTRES(서열식별번호: 5)를 포함하는 HVR2-LC; 및 (f) 서열 QQYYAYPWT(서열식별번호: 6)를 포함하는 HVR3-LC를 포함하는 것인 방법.
  64. 청구항 62에 있어서, 상기 항-c-met 항체가 오나투주맙 항원결정부와 결합하는 것인 방법.
  65. 청구항 62에 있어서, 상기 항-c-met 항체가 오나투주맙인 것인 방법.
  66. 청구항 62 내지 청구항 65 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-c-met 항체의 유효량이 3주마다 15 mg/kg인 것인 방법.
  67. 청구항 62 내지 청구항 65 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-c-met 항체의 유효량이 2주마다 10 mg/kg인 것인 방법.
  68. 청구항 1 내지 청구항 61 중 어느 한 항에 있어서, 상기 c-met 길항제가 크리조티닙, 티반티닙, 카보잔티닙, MGCD-265, 피클라투주맙, 인간화된 TAK-701, 리로투무맙, 포레티닙, h224G11, DN-30, MK-2461, E7050, MK-8033, PF-4217903, AMG208, JNJ-38877605, EMD1204831, INC-280, LY-2801653, SGX-126, RP1040, LY2801653, BAY-853474 및/또는 LA480 중 하나 이상인 것인 방법.
  69. 청구항 3 또는 청구항 5에 있어서, 상기 VEGF 길항제가 항-VEGF 항체인 것인 방법.
  70. 청구항 69에 있어서, 상기 항-VEGF 항체가 A4.6.1 항원결정부와 결합하는 것인 방법.
  71. 청구항 69에 있어서, 상기 항-VEGF 항체가 베바시주맙인 것인 방법.
  72. 청구항 69에 있어서, 상기 항-VEGF 항체가 가변 중쇄(VH)와 가변 경쇄(VL)를 포함하되, 상기 VH가 아미노산 서열 EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGYTFT NYGMNWVRQA PGKGLEWVGW INTYTGEPTY AADFKRRFTF SLDTSKSTAY LQMNSLRAED TAVYYCAKYP HYYGSSHWYF DVWGQGTLVT VSS(서열식별번호: 14)를 갖고 상기 VL이 아미노산 서열 DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCSASQDIS NYLNWYQQKP GKAPKVLIYF TSSLHSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ YSTVPWTFGQ GTKVEIKR(서열식별번호: 15)를 갖는 것인 방법.
  73. 청구항 69 내지 청구항 72 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-VEGF 항체의 상기 유효량이 2주마다 정맥내 투여로 10 mg/kg인 것인 방법.
  74. 청구항 69 내지 청구항 72 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-VEGF 항체의 상기 유효량이 상기 항-VEGF 항체의 상기 유효량이 3주마다 정맥내 투여로 15 mg/kg인 것인 방법.
  75. 청구항 69 내지 청구항 74 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-VEGF 항체의 상기 유효량이 처음에 90분에 걸쳐 정맥내로 투여되고, 이후 60분에 걸쳐 그리고 이어서 30분에 걸쳐 주입되는 것인 방법.
  76. 청구항 69 내지 청구항 75 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-VEGF 항체가 제1 주기에 상기 환자에게 두 번째로 투여되는 것인 방법.
  77. 청구항 76에 있어서, 상기 항-VEGF 항체의 차후 투여가 상기 c-met 길항제 이전 또는 이후에 이루어지는 것인 방법.
  78. 청구항 3, 청구항 5 또는 청구항 69 내지 청구항 77 중 어느 한 항에 있어서, 상기 VEGF 길항제가 상기 c-met 길항제와 동시에 투여되는 것인 방법.
  79. 청구항 1 내지 청구항 78 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자가 50세 미만인 것인 방법.
  80. 청구항 1 내지 청구항 78 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자가 50세 이상인 것인 방법.
  81. 청구항 1 내지 청구항 80 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자의 카르노프스키 수행 상태가 70% 내지 80%인 것인 방법.
  82. 청구항 1 내지 청구항 80 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자의 카르노프스키 수행 상태가 90% 내지 100%인 것인 방법.
  83. 청구항 1 내지 청구항 29 중에서 또는 청구항 40 내지 청구항 82 중에서 어느 한 항에 있어서, 상기 환자가 높은 HGF 생체표지자를 갖지 않은 환자에 비해 더 큰 PFS 및/또는 OS를 갖는 것인 방법.
  84. 청구항 3에 있어서, 상기 환자가 VEGF 길항제 단독으로 치료한 환자에 비해 더 큰 PFS 및/또는 OS를 갖는 것인 방법.
  85. 청구항 5에 있어서, 상기 환자가 VEGF 길항제 단독으로 치료한 환자에 비해 더 큰 PFS 및/또는 OS를 갖는 것인 방법.
  86. 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 및 육종으로 이루어진 군에서 선택되는 이전에 치료받은 암이 있는 환자가 항-c-met 항체를 포함하는 요법에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법으로서, 하기를 포함하는 방법:
    (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(HGF 생체표지자가 HGF 핵산이고 측정이 ISH에 의한 것임); 및
    (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 c-met 길항제 항체를 포함하는 상기 요법에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 단계.
  87. 청구항 86에 있어서, 상기 방법이 (iii) 상기 환자를 위해 c-met 길항제 항체를 포함하는 요법을 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체를 포함하는 요법을 추천하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
  88. 교아세포종과 콩팥 세포 암종으로 이루어진 군에서 선택되는 이전에 치료받은 암이 있는 환자가 (a) 항c-met 항체과 (b) 항-VEGF 항체를 포함하는 요법에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법으로서, 상기 방법이 하기를 포함하는 것인 방법:
    (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(HGF 생체표지자가 HGF 핵산이고 측정이 ISH에 의한 것임); 및
    (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체와 (b) 항-VEGF 항체를 포함하는 상기 요법에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 단계.
  89. 청구항 88에 있어서, 상기 방법이 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체와 (b) 항-VEGF 항체를 포함하는 요법을 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체와 (b) 항-VEGF 항체를 포함하는 요법을 추천하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
  90. 교아세포종, 중피종, 위암, 콩팥 세포 암종, 간세포 암종 및 육종으로 이루어진 군에서 선택되는 이전에 치료받은 환자가 항-c-met 항체를 포함하는 요법에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법으로서, 상기 방법이 하기를 포함하는 것인 방법:
    (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(HGF 생체표지자가 HGF 핵산이고 측정이 rt-qPCR에 의한 것임); 및
    (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 c-met 길항제 항체를 포함하는 상기 요법에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 단계.
  91. 청구항 90에 있어서, 상기 방법이 상기 환자를 위해 (iii) c-met 길항제 항체를 포함하는 상기 요법을 선택하거나 또는 c-met 길항제 항체를 포함하는 요법을 추천하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
  92. 교아세포종과 콩팥 세포 암종으로 이루어진 군에서 선택되는 이전에 치료받은 환자가 (a) 항 c-met 항체와 (b) 항-VEGF 항체를 포함하는 요법에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 방법으로서, 상기 방법이 하기를 포함하는 것인 방법:
    (i) 상기 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자를 측정하는 단계(HGF 생체표지자가 HGF 핵산이고 측정이 rt-qPCR에 의한 것임); 및
    (ii) 상기 샘플에 높은 HGF 생체표지자가 있는 경우 상기 환자가 (a) c-met 길항제 항체와 (b) 항-VEGF 항체를 포함하는 상기 요법에 반응할 가능성이 있다고 식별하는 단계.
  93. 청구항 92에 있어서, 상기 방법이 (iii) 상기 환자를 위해 (a) c-met 길항제 항체와 (b) 항-VEGF 항체를 포함하는 상기 요법을 선택하거나 또는 (a) c-met 길항제 항체와 (b) 항-VEGF 항체를 포함하는 요법을 추천하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
  94. 환자의 암에 높은 수치의 HGF 생체표지자가 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함하는 HGF 생체표지자 발현을 결정하는 방법으로서, HGF 생체표지자 발현이 mRNA 발현이고 ISH를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정되되, 높은 HGF 생체표지자 발현이 2+보다 큰 ISH 점수이고, 상기 높은 HGF 생체표지자 발현이 상기 환자가 항-c-met 항체로 치료되는 경우 상기 환자가 증가된 OS 및/또는 PFS를 가질 가능성이 있음을 시사하는 것인 방법.
  95. 환자의 암에 높은 수치의 HGF 생체표지자가 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함하는, HGF 생체표지자 발현을 결정하는 방법으로서, HGF 생체표지자 발현이 mRNA 발현이고 ISH를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정되되, 높은 HGF 생체표지자 발현이 2+보다 큰 ISH 점수이고, 상기 높은 HGF 생체표지자 발현이 상기 환자가 항-VEGF 항체와 병용하여 항-c-met 항체로 치료받은 경우 상기 환자가 증가된 OS 및/또는 PFS를 가질 가능성이 있음을 시사하는 것인 방법.
  96. 환자의 암에 높은 수치의 HGF 생체표지자가 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함하는, HGF 생체표지자 발현을 결정하는 방법으로서, HGF 생체표지자 발현이 mRNA 발현이고 rt-qPCR를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정되되, 높은 HGF 생체표지자 발현이 참조 환자 집단의 상위 25%에서의 HGF 생체표지자 발현이고, 상기 높은 HGF 생체표지자 발현이 상기 환자가 항-c-met 항체로 치료되는 경우 상기 환자가 증가된 OS 및/또는 PFS를 가질 가능성이 있음을 시사하는 것인 방법.
  97. 환자의 암에 높은 수치의 HGF 생체표지자가 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함하는, HGF 생체표지자 발현을 결정하는 방법으로서, HGF 생체표지자 발현이 mRNA 발현이고 rt-qPCR를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정되되, 높은 HGF 생체표지자 발현이 참조 환자 집단의 상위 25%에서의 HGF 생체표지자 발현이고, 상기 높은 HGF 생체표지자 발현이 항-VEGF 항체와의 병용하여 항-c-met 항체로 치료되는 경우 상기 환자가 증가된 OS 및/또는 PFS를 가질 가능성이 있음을 시사하는 것인 방법.
  98. 암 환자를 치료하는 방법으로서, 상기 환자의 암에 많은 양의 HGF 생체표지자가 있는 것으로 발견된 경우 상기 환자에게 c-met 길항제를 유효량으로 투여하는 것을 포함하는 방법.
  99. 청구항 98에 있어서, 상기 c-met 길항제가 길항제 항-c-met 항체인 것인 방법.
  100. 청구항 99에 있어서, 상기 항-c-met 항체가 (a) 서열 GYTFTSYWLH(서열식별번호: 1)을 포함하는 HVR1; (b) 서열 GMIDPSNSDTRFNPNFKD(서열식별번호: 2)를 포함하는 HVR2; (c) 서열 ATYRSYVTPLDY(서열식별번호: 3)를 포함하는 HVR3-HC; (d) 서열 KSSQSLLYTSSQKNYLA(서열식별번호: 4)를 포함하는 HVR1-LC; (e) 서열 WASTRES(서열식별번호: 5)를 포함하는 HVR2-LC; 및 (f) 서열 QQYYAYPWT(서열식별번호: 6)를 포함하는 HVR3-LC를 포함하는 것인 방법.
  101. 청구항 99에 있어서, 상기 항-c-met 항체가 오나투주맙 항원결정부와 결합하는 것인 방법.
  102. 청구항 99에 있어서, 상기 항-c-met 항체가 오나투주맙인 것인 방법.
  103. 청구항 99에 있어서, 상기 항-c-met 항체의 유효량이 3주마다 15 mg/kg인 것인 방법.
  104. 청구항 99에 있어서, 상기 항-c-met 항체의 유효량이 2주마다 10 mg/kg인 것인 방법.
  105. 청구항 98에 있어서, 상기 c-met 길항제가 크리조티닙, 티반티닙, 카보잔티닙, MGCD-265, 피클라투주맙, 인간화된 TAK-701, 리로투무맙, 포레티닙, h224G11, DN-30, MK-2461, E7050, MK-8033, PF-4217903, AMG208, JNJ-38877605, EMD1204831, INC-280, LY-2801653, SGX-126, RP1040, LY2801653, BAY-853474 및/또는 LA480 중 하나 이상인 것인 방법.
  106. 청구항 98 내지 청구항 105 중 어느 한 항에 있어서, 치료가 c-met 길항제와 VEGF 길항제의 병용의 유효량으로 이루어지는 것인 방법.
  107. 청구항 106에 있어서, 상기 VEGF 길항제가 항-VEGF 항체인 것인 방법.
  108. 청구항 107에 있어서, 상기 항-VEGF 항체가 상기 A4.6.1 항원결정부와 결합하는 것인 방법.
  109. 청구항 107에 있어서, 상기 항-VEGF 항체가 베바시주맙인 것인 방법.
  110. 청구항 107에 있어서, 상기 항-VEGF 항체가 가변 중쇄(VH)와 가변 경쇄(VL)를 포함하되, 상기 VH가 아미노산 서열 EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGYTFT NYGMNWVRQA PGKGLEWVGW INTYTGEPTY AADFKRRFTF SLDTSKSTAY LQMNSLRAED TAVYYCAKYP HYYGSSHWYF DVWGQGTLVT VSS(서열식별번호: 14)를 갖고 상기 VL이 아미노산 서열 DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCSASQDIS NYLNWYQQKP GKAPKVLIYF TSSLHSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ YSTVPWTFGQ GTKVEIKR(서열식별번호: 15)를 갖는 것인 방법.
  111. 청구항 107 내지 청구항 110 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-VEGF 항체의 상기 유효량이 2주마다 정맥내 투여로 10 mg/kg인 것인 방법.
  112. 청구항 107 내지 청구항 110 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-VEGF 항체의 상기 유효량이 3주마다 정맥내 투여로 15 mg/kg인 것인 방법.
  113. 청구항 107 내지 청구항 112 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-VEGF 항체의 상기 유효량이 처음에 90분에 걸쳐 정맥내 투여로 투여되고, 차후에 60분에 걸쳐 그리고 이어서 30분에 걸쳐 주입되는 것인 방법.
  114. 청구항 107 내지 청구항 113 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-VEGF 항체가 제1 주기에 상기 환자에게 두 번째로 투여되는 것인 방법.
  115. 청구항 107 내지 청구항 114 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-VEGF 항체의 차후 투여가 상기 c-met 길항제 이전 또는 이후에 이루어지는 것인 방법.
  116. 청구항 107 내지 청구항 113 중 어느 한 항에 있어서, 상기 VEGF 길항제가 상기 c-met 길항제와 동시에 투여되는 것인 방법.
  117. 청구항 98 내지 청구항 116 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자가 50세 미만인 것인 방법.
  118. 청구항 98 내지 청구항 116 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자가 50세 이상인 것인 방법.
  119. 청구항 98 내지 청구항 118 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자의 카르노프스키 수행 상태가 70% 내지 80%인 것인 방법.
  120. 청구항 98 내지 청구항 118 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자의 카르노프스키 수행 상태가 90% 내지 100%인 것인 방법.
  121. 청구항 98 내지 청구항 120 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자가 높은 HGF 생체표지자를 갖지 않은 환자에 비해 더 큰 PFS 및/또는 OS를 갖는 것인 방법.
  122. 청구항 98 내지 청구항 120 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자가 VEGF 길항제 단독으로 치료받는 환자에 비해 더 큰 PFS 및/또는 OS를 갖는 것인 방법.
  123. 청구항 98 내지 청구항 122 중 어느 한 항에 있어서, HGF 생체표지자가 HGF mRNA이고, HGF 생체표지자 mRNA 발현이 제자리 혼성화(ISH)를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정되는 것인 방법.
  124. 청구항 123에 있어서, 높은 HGF 생체표지자가 2+ 및/또는 3+인 ISH 점수인 것인 방법.
  125. 청구항 123에 있어서, 높은 HGF 생체표지자가 2+ 및 3+인 ISH 점수인 것인 방법.
  126. 청구항 123에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플에서 약 12개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재인 것인 방법.
  127. 청구항 123에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플에서 약 15개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재인 것인 방법.
  128. 청구항 123에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플에서 약 20개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재인 것인 방법.
  129. 청구항 123에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플에서 약 25개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재인 것인 방법.
  130. 청구항 123에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플에서 약 30개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재인 것인 방법.
  131. 청구항 123에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플에서 약 35개 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포의 존재인 것인 방법.
  132. 청구항 123에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플 중 1% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포인 것인 방법.
  133. 청구항 123에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플 중 2% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포인 것인 방법.
  134. 청구항 123에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플 중 3% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포인 것인 방법.
  135. 청구항 123에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플 중 4% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포인 것인 방법.
  136. 청구항 123에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플 중 5% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포인 것인 방법.
  137. 청구항 123에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 상기 샘플 중 10% 이상의 HGF ISH 신호 양성 세포인 것인 방법.
  138. 청구항 98 내지 청구항 122 중 어느 한 항에 있어서, HGF 생체표지자 발현이 핵산 발현이고 PCR, RNA-seq, 유전자미세배열 분석법, SAGE, 매스어레이 기법 또는 FISH를 사용하여 상기 환자의 샘플에서 결정되는 것인 방법.
  139. 청구항 138에 있어서, 상기 PCR가 rt-qPCR인 것인 방법.
  140. 청구항 138 또는 청구항 139에 있어서, 높은 HGF mRNA 생체표지자가 참조 환자 집단의 상위 25%에 존재하는 것인 방법.
  141. 청구항 123 내지 청구항 140 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플이 상기 환자의 암에서 유래된 것인 방법.
  142. 청구항 141에 있어서, 상기 암이 이전에 치료받은 교아세포종인 것인 방법.
  143. 청구항 142에 있어서, 상기 샘플이 교아세포종 세포와 양성 기질 세포를 포함하는 것인 방법.
  144. 청구항 143에 있어서, 상기 양성 기질 세포가 반응성 성상교세포, 신경아교 세포, 주피세포 및 내피 세포 중 하나 이상인 것인 방법.
  145. 청구항 141에 있어서, 상기 암이 이전에 치료받은 중피종인 것인 방법.
  146. 청구항 145에 있어서, 상기 샘플이 중피종 세포와 양성 기질 세포를 포함하는 것인 방법.
  147. 청구항 141에 있어서, 상기 암이 이전에 치료받은 위암인 것인 방법.
  148. 청구항 147에 있어서, 상기 샘플이 위암 세포와 양성 기질 세포를 포함하는 것인 방법.
  149. 청구항 148에 있어서, 상기 양성 기질 세포가 섬유아세포, 대식세포 및 내피 세포 중 하나 이상인 것인 방법.
  150. 청구항 141에 있어서, 상기 암이 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종인 것인 방법.
  151. 청구항 150에 있어서, 상기 샘플이 콩팥 세포 암종 세포과 양성 기질 세포를 포함하는 것인 방법.
  152. 청구항 141에 있어서, 상기 암이 이전에 치료받은 간세포 암종인 것인 방법.
  153. 청구항 152에 있어서, 상기 샘플이 간세포 암종 세포와 양성 기질 세포를 포함하는 것인 방법.
  154. 청구항 141에 있어서, 상기 암이 이전에 치료받은 육종인 것인 방법.
  155. 청구항 154에 있어서, 상기 샘플이 육종 세포와 양성 기질 세포를 포함하는 것인 방법.
  156. 청구항 123 내지 청구항 155 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플이 c-met 길항제로의 치료 이전에 수득된 것인 방법.
  157. 청구항 123 내지 청구항 155 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플이 VEGF 길항제로의 치료 이전에 수득된 것인 방법.
  158. 청구항 123 내지 청구항 155 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플이 암 약제로의 치료 이전에 수득된 것인 방법.
  159. 청구항 123 내지 청구항 158 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플이 포르말린으로 고정되고 파라핀 포매된 것인 방법.
  160. 청구항 123 내지 청구항 137 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ISH가 혼성화 기반 신호 증폭을 사용하여 검출되는 것인 방법.
  161. 상기 환자의 암에 적은 양의 HGF 생체표지자가 있음이 발견된 경우 상기 환자에게 c-met 길항제 이외의 약제를 치료 차원의 유효량으로 투여하는 것을 포함하는 암 환자를 치료하는 방법.
  162. HGF 생체표지자의 발현을 기반으로 암 환자를 치료하기 위한 c-met 항체의 사용을 표적 관객에게 선전하는 것을 포함하는 c-met 항체를 광고하는 방법.
  163. 청구항 162에 있어서, 상기 선전이 상기 항-c-met 항체의 상업적 제형을 수반하는 포장 삽입물에 의한 것인 방법.
  164. 청구항 162에 있어서, 상기 선전이 제2 약제의 상업적 제형을 수반하는 포장 삽입물에 의한 것인 방법.
  165. 청구항 164에 있어서, 상기 제2 약제가 VEGF 길항제인 것인 방법.
  166. 청구항 165에 있어서, 상기 항-c-met 항체가 오나투주맙이고 상기 VEGF 길항제가 베바시주맙인 것인 방법.
  167. 청구항 162에 있어서, 상기 암 샘플이 높은 수치로 생체표지자를 발현할 경우상기 환자가 c-met 길항제로의 치료를 위해 선택되는 것인 방법.
  168. 청구항 162에 있어서, 상기 선전이 포장 삽입물에 의한 것으로, 상기 포장 삽입물이 VEGF 길항제와 병용한 항-c-met 항체로 치료를 받기 위한 지시사항을 제공하는 것인 방법 .
  169. 청구항 162에 있어서, 상기 선전 후 제2 약제와 함께 또는 제2 약제 없이 상기 환자의 상기 항-c-met 항체로의 치료가 이어지는 것인 방법.
  170. 이전에 치료받은 교아세포종 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자의 발현을 확인하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하는 진단 키트로서, 상기 환자가 c-met 길항제의 유효량으로 치료받은 경우 많은 양의 HGF 생체표지자의 검출이 생존율(예컨대, PFS 및/또는 OS)의 확장을 의미하는 것인 진단 키트.
  171. 청구항 170에 있어서, 상기 환자가 c-met 길항제와 VEGF 길항제의 병용의 유효량으로 치료받은 경우 많은 양의 HGF 생체표지자의 검출이 생존율의 확장을 의미하는 것인 진단 키트.
  172. 청구항 170에 있어서, 많은 양의 HGF 생체표지자가 확인된 경우, 상기 이전에 치료받은 교아세포종 환자를 치료하기 위해 상기 키트를 사용하여 c-met 길항제를 선택하라는 지시사항을 포함하는 진단 키트.
  173. 청구항 170 내지 청구항 172 중 어느 한 청구항의 진단 키트를 제조하는 방법으로서, 암 약제를 포함하는 약제학적 조성물과, 상기 약제학적 조성물이 HGF 생체표지자의 발현을 기반으로 암 환자를 치료하기 위한 것임을 명시하는 포장 삽입물을 포장에 조합하는 단계를 포함하는 제조 방법.
  174. 이전에 치료받은 중피종 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자의 발현을 확인하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하는 진단 키트로서, 상기 환자가 c-met 길항제의 유효량으로 치료받은 경우 많은 양의 HGF 생체표지자의 검출이 생존율(예컨대, PFS 및/또는 OS)의 확장을 의미하는 것인 진단 키트.
  175. 청구항 174에 있어서, 많은 양의 HGF 생체표지자가 확인되는 경우, 상기 이전에 치료받은 중피종 환자를 치료하기 위해 상기 키트를 사용하여 c-met 길항제를 선택하라는 지시사항을 추가로 포함하는 진단 키트.
  176. 청구항 174 또는 청구항 175의 진단 키트 제조 방법으로서, 암 약제를 포함하는 약제학적 조성물과, 상기 약제학적 조성물이 HGF 생체표지자의 발현을 기반으로 암 환자를 치료하기 위한 것임을 명시하는 포장 삽입물을 포장에 조합하는 단계를 포함하는 제조 방법.
  177. 이전에 치료받은 위암 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자의 발현을 확인하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하는 진단 키트로서, 상기 환자가 c-met 길항제의 유효량으로 치료받은 경우 많은 양의 HGF 생체표지자의 검출이 생존율(예컨대, PFS 및/또는 OS)의 확장을 의미하는 것인 진단 키트.
  178. 청구항 177에 있어서, 많은 양의 HGF 생체표지자가 확인되는 경우, 상기 이전에 치료받은 위암 환자를 치료하기 위해 상기 키트를 사용하여 c-met 길항제를 선택하라는 지시사항을 추가로 포함하는 진단 키트.
  179. 청구항 177 또는 청구항 178의 진단 키트 제조 방법으로서, 암 약제를 포함하는 약제학적 조성물과, 상기 약제학적 조성물이 HGF 생체표지자의 발현을 기반으로 암 환자를 치료하기 위한 것임을 명시하는 포장 삽입물을 포장에 조합하는 단계를 포함하는 제조 방법.
  180. 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자의 발현을 확인하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하는 진단 키트로서, 상기 환자가 c-met 길항제의 유효량으로 치료받은 경우 많은 양의 HGF 생체표지자의 검출이 생존율(예컨대, PFS 및/또는 OS)의 확장을 의미하는 것인 진단 키트.
  181. 청구항 180에 있어서, 상기 환자가 c-met 길항제와 VEGF 길항제의 병용의 유효량으로 치료받은 경우 많은 양의 HGF 생체표지자의 검출이 생존율의 확장을 의미하는 것인 진단 키트.
  182. 청구항 180에 있어서, 많은 양의 HGF 생체표지자가 확인되는 경우, 상기 이전에 치료받은 콩팥 세포 암종 환자를 치료하기 위해 상기 키트를 사용하여 c-met 길항제를 선택하라는 지시사항을 추가로 포함하는 진단 키트.
  183. 청구항 180 내지 청구항 182 중 어느 하나의 진단 키트의 제조 방법으로서, 암 약제를 포함하는 약제학적 조성물과, 상기 약제학적 조성물이 HGF 생체표지자의 발현을 기반으로 암 환자를 치료하기 위한 것임을 명시하는 포장 삽입물을 포장에 조합하는 단계를 포함하는 제조 방법.
  184. 이전에 치료받은 간세포 암종 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자의 발현을 확인하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하는 진단 키트로서, 상기 환자가 c-met 길항제의 유효량으로 치료받은 경우 많은 양의 HGF 생체표지자의 검출이 생존율(예컨대, PFS 및/또는 OS)의 확장을 의미하는 것인 진단 키트.
  185. 청구항 184에 있어서, 많은 양의 HGF 생체표지자가 확인되는 경우, 상기 이전에 치료받은 간세포 암종 환자를 치료하기 위해 상기 키트를 사용하여 c-met 길항제를 선택하라는 지시사항을 추가로 포함하는 진단 키트.
  186. 청구항 184 또는 청구항 185의 진단 키트의 제조 방법으로서, 암 약제를 포함하는 약제학적 조성물과, 상기 약제학적 조성물이 HGF 생체표지자의 발현을 기반으로 암 환자를 치료하기 위한 것임을 명시하는 포장 삽입물을 포장에 조합하는 단계를 포함하는 제조 방법.
  187. 이전에 치료받은 육종 환자의 샘플에서 HGF 생체표지자의 발현을 확인하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하는 진단 키트로서, 상기 환자가 c-met 길항제의 유효량으로 치료받은 경우 많은 양의 HGF 생체표지자의 검출이 생존율(예컨대, PFS 및/또는 OS)의 확장을 의미하는 것인 진단 키트.
  188. 청구항 187에 있어서, 많은 양의 HGF 생체표지자가 확인되는 경우, 상기 이전에 치료받은 육종 환자를 치료하기 위해 상기 키트를 사용하여 c-met 길항제를 선택하라는 지시사항을 추가로 포함하는 진단 키트.
  189. 청구항 187 또는 청구항 188의 진단 키트의 제조 방법으로서, 암 약제를 포함하는 약제학적 조성물과, 상기 약제학적 조성물이 HGF 생체표지자의 발현을 기반으로 암 환자를 치료하기 위한 것임을 명시하는 포장 삽입물을 포장에 조합하는 단계를 포함하는 제조 방법.
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