DE69829402T2 - Expressionsprofile in adulten und fötalen organen - Google Patents

Expressionsprofile in adulten und fötalen organen Download PDF

Info

Publication number
DE69829402T2
DE69829402T2 DE69829402T DE69829402T DE69829402T2 DE 69829402 T2 DE69829402 T2 DE 69829402T2 DE 69829402 T DE69829402 T DE 69829402T DE 69829402 T DE69829402 T DE 69829402T DE 69829402 T2 DE69829402 T2 DE 69829402T2
Authority
DE
Germany
Prior art keywords
expression
genes
examined
fetal
brain
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Expired - Lifetime
Application number
DE69829402T
Other languages
English (en)
Other versions
DE69829402D1 (en
Inventor
J. David LOCKHART
Archana Nair
A. Janet WARRINGTON
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Affymetrix Inc
Original Assignee
Affymetrix Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Affymetrix Inc filed Critical Affymetrix Inc
Publication of DE69829402D1 publication Critical patent/DE69829402D1/de
Application granted granted Critical
Publication of DE69829402T2 publication Critical patent/DE69829402T2/de
Anticipated expiration legal-status Critical
Expired - Lifetime legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6881—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for tissue or cell typing, e.g. human leukocyte antigen [HLA] probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Description

  • HINTERGRUND DER ERFINDUNG
  • Die Veröffentlichung WO 97/27317 betrifft verschiedene Verfahren, zur Verwendung von Arrays mit immobilisierten Sonden zur Untersuchung der mRNA-Expression. Kauppinen et al. (Magn. Reson. Med. 25: 398–407, 1992) berichten über die Regulation zytoplasmatischer Polypeptide während der Entwicklung des Rattencerebralkortex unter Verwendung von 1H-NMR. Takahashi et al. (Gene 164: 219–227, 1995) berichten über die Expressionsprofile einiger Gene die präferentiell im humanen Hirn exprimiert werden wobei ein Verfahren verwendet wurde, welches die Autoren "high density cDNA filter analysis" bezeichnen.
  • Die Expressionsprofile von Genen in bestimmten Organen oder Krankheitsstadien oder Entwickungsstadien stellen molekulare Werkzeuge zur Verfügung um die Toxizität, die Wirksamkeit von Medikamenten, den Metabolismus von Medikamenten, die Entwicklung und den Krankheitsverlauf zu beobachten. Veränderungen des Expressionsprofils gegenüber einem Grundprofil können als Hinweise auf solche Effekte verwendet werden.
  • ZUSAMMENFASSUNG DER ERFINDUNG
  • Eine Aufgabe der vorliegende Erfindung besteht darin ein Verfahren zur Verfügung zu stellen, mit dem man zwischen einer fötalen und einer adulten Leberprobe unterscheiden kann.
  • Gemäß der Erfindung wird ein Verfahren zur Unterscheidung einer fötalen und einer adulten Leberprobe zur Verfügung gestellt. Das Verfahren umfasst Schritte, bei denen man:
    der Expression von zwei oder mehr Genen in der Probe nachweist, die aus der Gruppe bestehend aus: G6PD, Calmodulin, VLDLR, Udulin 1/Undulin/Extrazelluläres Matrix Glycoprotein, Hepatocyten gf, IGF Bindungsprotein 1, Ubiquitin, Cytochrom p450-2E1, und Thymosin beta-10 besteht, wobei die Expression von G6PD, VLDLR, Udulin 1/Undulin/Extrazelluläres Matrix Glycoprotein, Cytochrom p450-2E1, und Thymosin beta-10 auf eine Leber eines Erwachsenen hinweist, und die Expression von Calmodulin, Hepatocyten gf, IGF Bindungsprotein 1, und Ubiquitin auf eine fötale Leber hinweist.
  • Ein weiterer Aspekt der Erfindung besteht in der Verwendung eines festen Trägers zur Unterscheidung zwischen einer fötalen und einer adulten Leberprobe in dem Verfahren entsprechend Anspruch 1, wobei der feste Träger Folgendes umfasst: zwei oder mehr Oligonukleotide zum Nachweis von zwei oder mehr Genen, die aus der Gruppe bestehend aus: G6PD, Calmodulin, VLDLR, Udulin 1/Undulin/Extrazelluläres Matrix Glycoprotein, Hepatocyten gf, IGF Bindungsprotein 1, Ubiquitin, Cytochrom p450-2E1, und Thymosin beta-10 ausgewählt wurden, wobei jedes Oligonukleotid eine Sequenz umfasst, die komplementär zu einem der beiden oder mehreren Genen ist.
  • KURZE BESCHREIBUNG DER ZEICHNUNGEN
  • 1 zeigt eine Darstellung der Hybridisierungsintensitäten bei fötalem Hirn. Poly(A)+ versus cDNA ergab eine Gerade mit der Steigung 1.
  • DETAILLIERTE BESCHREIBUNG
  • Es wurden Gene entdeckt, deren Expression stark (≥ 10-fach) zwischen verschiedenen Entwicklungsstadien und verschiedenen Organen im gleichen Entwicklungsstadium variiert. Daher können diese Gene als Abfragepositionen (Sonden) verwendet werden, um das Expressionsmuster unbekannter Zellen oder Proben zu bestimmen und um sie dem entsprechenden Entwicklungsstadium oder Organ zuzuordnen. Die Gene sind in Tabelle 4 aufgeführt. Die vollständigen Gensequenzen sind bei GenBank unter den Zugriffsnummern, die in der Tabelle dargestellt sind, verfügbar.
  • Jede Auswahl von wenigstens 2 bis 16 der Gene kann als Abfragepositionen verwendet werden. Für eine spezielle Abfrage von zwei Bedingungen oder Quellen ist es wünschenswert diejenigen Gene auszuwählen, deren Expressionsmuster einen großen Unterschied zwischen den beiden Bedingungen oder Quellen aufweisen. Eine wenigstens 2-fache Differenz ist wünschenswert, aber eine 5-fache oder 10-fache Differenz wird bevorzugt.
  • Abfragen von Genen oder Proteinen können durchgeführt werden, um verschiedene Informationen zu erhalten. Potentielle Medikamente können untersucht werden um zu bestimmen, ob die Expression dieser Gene in unangemessener Weise verändert ist. Das kann z.B. nützlich sein um zu bestimmen, ob ein bestimmtes Medikament einer schwangeren Frau verschrieben wird. In Fällen, in denen die Expression eines fötal exprimierten Gens durch das potentielle Medikament beeinflusst wird, ist ein Verbot des Medikaments für schwangere Frauen angezeigt. Ebenso sollte ein Medikament, das die Expression eines Gens hervorruft, das normalerweise bei Föten exprimiert wird, für schwangere Frauen verboten werden.
  • Molekulare Expressionsmarker für Hirn oder Leber können dazu verwendet werden, um eine auf der Grundlage morphologischer Kriterien durchgeführte Bestimmung von Gewebequellen zu bestätigen. In manchen Fällen ist die Identifikation von Zelltyp oder Quelle basierend auf klassischen Kriterien unklar. In diesen Fällen sind die molekularen Expressionsmarker der vorliegenden Erfindung von Nutzen.
  • Außerdem kann ein das Hirn oder die Leber betreffender Krankheitsverlauf verfolgt werden, indem die Expressionsmuster der beteiligten Organe mit Hilfe der molekularen Expressions marker der vorliegenden Erfindung beobachtet werden. Eine gestörte Expression kann im Krankheitsfall beobachtet werden. Durch Beobachtung der Expressionsmuster der molekularen Expressionsmarker kann auch eine Kontrolle der Wirksamkeit verschiedener medikamentöser Behandlungen erreicht werden.
  • Obwohl nur ein paar verschiedene Entwicklungszeitpunkte beobachtet wurden, wie in den Beispielen unten gezeigt, können auch andere Entwicklungsstadien mit den gleichen molekularen Expressionsmarkern untersucht werden. Die Bedeutung dieser Marker in der Entwicklung ist hier gezeigt worden, eine Variation ihrer Expression könnte jedoch zu anderen Zeiten stattfinden. Man könnte z.B. die Expression dieser Marker in anderen Schwangerschaftsstadien, zur Geburt, postnatal, und im Verlauf des humanen Lebenszyklusses untersuchen.
  • Die festen Träger die die Oligonukleotidsonden für die differentiell exprimierten Gene enthalten, können Filter, Polyvinylchloridschalen, etc. sein. Jede feste Oberfläche an die Oligonukleotide gebunden werden können, sowohl direkt als auch indirekt, sowohl kovalent als auch nicht kovalent, kann verwendet werden. Vorzugsweise wird als fester Träger ein hochdichtes DNA-Array oder ein DNA-Chip verwendet. Dieses enthält eine bestimmte Oligonukleotidsonde an einer vorbestimmten Position des Arrays. Jede vorbestimmte Position kann mehr als ein Molekül der Probe enthalten, aber jedes Molekül in der vorbestimmten Position hat die identische Sequenz. Solche vorbestimmten Positionen werden Features genannt. Es können sich beispielsweise zwischen 2, 10, 100, 1000 und 10 000, 100 000, oder 400 000 solcher Features auf einem einzelnen festen Träger befinden. Der feste Träger oder die Fläche auf der die Sonden befestigt sind, kann in der Größenordnung eines Quadratzentimeters groß sein.
  • Die Oligonukleotidsonden-Arrays zur Untersuchung der Expression können mit Hilfe jeder Technik, die im Stand der Technik bekannt ist, hergestellt und verwendet werden. Siehe z.B., Lockhart, D. J. et al., Nature Biotechnology 14: 1675–1680 (1996) und McGall. G. et al., Proc. Nat. Acad. Sci. USA 93: 13555–13460 (1996).
  • Die Gene, die im Sinne der vorliegenden Erfindung untersucht oder abgefragt werden liegen typischerweise in der Form von mRNA oder revers transkribierter mRNA vor. Die Gene können kloniert sein oder nicht. Die Gene können amplifiziert sein oder nicht. Die Klonierung selbst scheint die Repräsentation der Gene innerhalb einer Population nicht zu verzerren. Es könnte jedoch wünschenswert sein polyA+ RNA als Quelle zu verwenden, da diese mit weniger Prozessierungsschritten verwendet werden kann. Die Sequenzen der Expressionsmarkergene befinden sich in den öffentlichen Datenbanken. Die Zugriffsnummern für die Sequenzen werden in Tabelle 4 genannt. Die Sequenzen der Gene werden nach GenBank bezeichnet (siehe Tabelle 4). Einige der Gene sind ferner Gegenstand von Veröffentlichungen in wissenschaftlichen und gelehrten Zeitschriften. Diese umfassen: Anand, R. und Lindstrom, J., Nucleotide sequence of the human nicotinic acetylcholine receptor beta 2 subunit gene. Nucleic Acids Res. 18(14), 4272 (1990) (MEDLINE 90332444); Takizawa, T., Huang, I. Y., Ikuta, T. und Yoshida, A., Human glucose-6-phosphate dehydrogenase: primary structure and cDNA cloning, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 83(12), 4157–4161 (1986) (MEDLINE 86233391); Karathanasis, S. K., Apolipoprotein multigene family: tandem organization of human apolipoprotein AI, CIII and AIV genes, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 82(19), 6374–6378. (1985) (MEDLINE 86016704); Sakai, J., Hoshino, A., Takahashi, S., Miura, Y., Ishii, H., Suzuki, H., Kawarabayasi, Y. und Yamamoto, T., Structure, chromosome location, and expression of the human very low density lipoprotein receptor gene, J. Biol. Chem. 269(3), 2173–2182 (1994) (MEDLINE 94124575); Schuppan, D., Cantaluppi, M., Becker, J., Veit, A., Bunte, T., Troyer, D., Schuppan, F., Schmid, M., Ackermann, R. und Hahn, E., Undulin, an Extracellular Matrix Glycoprotein Associated with Collagen Fibrils, J. Biol. Chem. 265, 8823–8832 (1990) (MEDLINE 90256812); Just, M., Herbst, H., Hummel, M., Durkop, H., Tripier, D., Stein, H. und Schuppan, D., Undulin is a novel member of the fibronectin-tenascin family of extracellular matrix glycoproteins, J. Biol. Chem. 266, 17326–17332 (1991) (MEDLINE 91373351); Ehrenborg, E., Larsson, C., Stern, I., Janson, M., Powell, D. R. und Luthman, H., Contiguous localization of the genes encoding human insulin-like growth factor binding proteins 1 (IGBP1) and 3 (IGBP3) on chromosome 7, Genomics 12(3), 497–502 (1992) (MEDLINE 92217971); Kosik, K. S., Orecchio, L. D., Bruns, G. A., Benowitz, L. I., MacDonald, G. P., Cox, D. R. und Neve, R. L., Human GAP-43: its deduced amino acid sequence and chromosomal localization in mouse and human, Neuron 1(2), 127–132 (1988) (MEDLINE 90166498; Perin, M. S., Johnston, P. A., Ozcelik, T., Jahn, R., Francke, U. und Sudhof, T. C., Structural and functional conservation of synaptotagmin (p65) in Drosophila and humans, J. Biol. Chem. 266(1), 615–622 (1991) (MEDLINE 91093190); Fischer R., Koller, M., Flura, M., Mathews, S., Strehler-Page, M. A., Krebs, J., Penniston, J. T., Carafoli, E. und Strehler, E. E., Multiple divergent mRNAs code for a single human Calmodulin, J. Biol. Chem. 263(32), 17055–17062 (1988) (MEDLINE 89034207).
  • Glucose-6-phosphatdehydrogenase-Defizienz kann zu signifikanter Hämolyse führen. Die hämolytische Krise kann durch die Belastung mit einem Oxidans induziert werden und zu einer schwerwiegenden Abnahme von Hämatokrit und Hämoglobinniveau führen. Calmodulin ist ein calciumbindendes Protein das den Aufbau von Myosinmolekülen kontrolliert. Der Kalzium Kanal ist bei ischämischen Herzkrankheiten, Schlaganfall sowie neuronaler Entwicklung und Übertragung beteiligt. Neuromodulin ist auch als GAP-43 bekannt. Es ist an der neuronalen Entwicklung beteiligt. Das Prooncoprotein EWS bindet an Neuromodulin. VLDLR ist der "very low density lipoprotein receptor". Er ist an Hyper-Cholesterolämie beteiligt. Undulin ist an Nierenkrankheiten, Nierentransplantationen und Hämodialyse beteiligt (Clin Nephrol 44(3) 178–184 (1995)). Es ist außerdem an Bilharziose oder alkoholischer Leberzirrhose beteiligt. Hepatogastroenterology 42(1), 22–26 (1995). Pyruvatdehydrogenase E1 Defizienz steht in Verbindung mit Leigh-Syndrom, Mikroenzephalie, und motorischer Neuropathie. Apolipoprotein B100 ist an Ateriosklerose und Hypercholesterolämie beteiligt. Hepatocyten Wachstumsfaktor (gf) ist an der Stimulation des Hepatozytenwachstums beteiligt. "Insulin-like growth factor-binding" Protein (IGFBP-3) prädisponiert Brustkrebszellen für programmierten Zelltod. Ubiquitin ist an Dendritenwachstum und Differenzierung beteiligt. Cytochrom P450 2E1 ist der Hauptkatalysator im humanen oxidativen Halothanmetabolismus in vitro (J Pharmacol Exp Ther 28(1), 400–411 (1997)). Thymosin beta-10 wird hauptsächlich in maglinem Brustgewebe, insbesondere in Krebszellen gefunden, wohingegen die normale Zellpopulation am Rande der Läsionen nur sehr schwache Anfärbung zeigt. Ferner war die Intensität der Anfärbung in den Krebszellen proportional zu dem Fortschreiten der Läsionen erhöht (Br J Cancer 1996 Nov.; 74(9): 1441–1444). Weiterhin korrelierte in der hochgradig metastatischen humanen Melanomzelllinie, BLM, Thymosin beta-10 mit dem malignen Phänotyp (Biochem Biophys Res Commun 1996 Aug. 23; 225(3): 808–816.)
  • Um den Umfang der Expression zu bestimmen kann das Proteinprodukt der Gene untersucht werden. Die Verfahren zur Untersuchung von Proteinen umfassen Western Blot, Immunpräzipitation, Radioimmunoassay. Im Sinne der Erfindung wird jedoch vorzugsweise die mRNA untersucht um die Expression zu bestimmen. Die Verfahren zur Untersuchung von mRNA umfassen Northern Blots, Slot Blots, Dot Blots und Hybridisierung an ein geord netes Array von Oligonukleotiden. Jedes Verfahren zur spezifischen und quantitativen Bestimmung eines spezifischen Proteins oder einer mRNA oder eines DNA-Produkts kann verwendet werden.
  • Die Oligonukleotidsonden zur Untersuchung des Gewebes oder der Zellprobe sind vorzugsweise von hinreichender Länge um spezifisch an das dazugehörige, komplementäre Gen oder Transkript zu hybridisieren. Typischerweise werden die Oligonukleotidsonden wenigstens 10, 12, 14, 16, 18, 20 oder 25 Nukleotide lang sein. In einigen Fällen werden längere Sonden von wenigstens 30, 40 oder 50 Nukleotiden wünschenswert sein.
  • Die obige Offenbarung beschreibt die vorliegende Erfindung im Allgemeinen. Ein weitergehendes Verständnis kann durch Bezugnahme auf die folgenden spezifischen Beispiele erreicht werden, die hiermit nur zum Zwecke der Illustration, nicht aber um den Geltungsbereich der Erfindung einzuschränken, bereitgestellt werden.
  • BEISPIEL 1
  • Der Grad der Genexpression wurde quantitativ in humanen poly(A)+ und cDNA-Bibliotheken gemessen wobei hochdichte Oligonukleotid-Arrays verwendet wurden, die Sonden für mehr als 6500 humane Gene enthielten. Von Sonden-Arrays (DNA-Chips) dieser Art wurde gezeigt, dass sie sich quantitativ, mit hoher Spezifität und Sensitivität verhalten (Lockhart, D. J. et al., 1996, Nat. Biotech. 14: 1657–1680). Die Arrays wurden auf der Basis von Sequenzinformationen aus GenBank und dbEST entwickelt und synthetisiert. Die Hälfte der Gene wurde aus den humanen Volllängensequenzen in GenBank ausgewählt und die andere Hälfte wurde aus geclusterten ESTs ausgewählt, die Sequenzähnlichkeit zu Genen bekannter Funktion besitzen. Proben aus adultem Hirn, adulter Leber, fötalem Hirn und fötaler Leber wurden mit den Sondenarrays hybridisiert und die relative Kon zentrationen von mehr als 6500 humanen Genen wurden gleichzeitig vermessen. Die RNAs wurden nach relativer Menge klassifiziert und die differentiell exprimierten Gene wurden mittels direktem Vergleich identifiziert. Es wurden die folgenden Vergleiche angestellt; 1) fötales Hirn: adultes Hirn (nicht Gegenstand der vorliegenden Erfindung), 2) fötale Leber: adulte Leber, 3) adultes Hirn: adulte Leber (nicht Gegenstand der vorliegenden Erfindung), 4) fötales Hirn: fötale Leber (nicht Gegenstand der vorliegenden Erfindung). Mit Hilfe dieses Verfahrens kann man innerhalb relativ kurzer Zeit eine quantitative Darstellung der Genexpression in den Hauptorganen des menschlichen Körpers anfertigen.
  • BEISPIEL 2
  • Die Quellen der untersuchten Proben sind in Tabelle 1 dargestellt. Die Proben wurden kommerziell bezogen.
  • TABELLE 1 Ausgangsmaterial
    Figure 00090001
  • BEISPIEL 3
  • Die Profile, die mit klonierter Hirn-cDNA und Hirn-polyA+ mRNa (revers transkribiert) erhalten wurden, wurden verglichen. Wie in Tabelle 2 gezeigt, ergab jeder Probentyp eine große Anzahl von mRNAs in geringer Kopienzahl. Der Prozentsatz einzigartiger mRNAs in geringer Kopienzahl war bei jeder Probenquelle etwa der gleiche.
  • Wie in 1 gezeigt, ergab ein Plot der fötalen Hirnhybridisierungsintensitäten, polyA+ versus cDNA eine Gerade mit der Steigung 1.
  • TABELLE 2 cDNA und poly(A) Hirn-mRNA-Vergleich
    Figure 00100001
  • BEISPIEL 4
  • Die mRNA in Hirn und Leber wurde verglichen (anhand ihrer cDNA). Tabelle 3 zeigt die Ergebnisse. Die erste Datenspalte vergleicht fötales Hirn und fötale Leber. Die zweite Datenspalte vergleicht fötales Hirn und adultes Hirn. Die dritte Datenspalte vergleicht die jugendliche Leber mit der fötalen Leber. Der Prozentsatz von mRNAs mit niedriger Kopienzahl in fötaler Leber ist sehr gering. Das deutet darauf hin, dass die öffentlichen Datenbanken (aus denen die Sonden abgeleitet wurden) eine Unterrepräsentation der mRNAs aus fötaler Leber enthalten.
  • TABELLE 3 Häufige und einzigartige mRNA in Hirn und Leber
    Figure 00110001
  • BEISPIEL 5
  • Die Ergebnisse des Vergleichs der Expressionswerte von 16 bestimmten Genen in fötaler und adulter Lunge und Hirn sind in Tabelle 4 dargestellt.
  • TABELLE 4
    Figure 00120001

Claims (10)

  1. Verfahren zur Unterscheidung zwischen einer fötalen und einer adulten Leberprobe, Schritte umfassend bei denen man: die Expression von zwei oder mehreren Genen in der Probe nachweist, die aus der Gruppe bestehend aus: G6PD, Calmodulin, VLDLR, Udulin1/Undulin/Extrazelluläres Matrix Glycoprotein, Hepatocyten GF, IGF Bindungsprotein 1, Ubiquitin, Cytochrom p450-2E1, und Thymosin beta-10 ausgewählt wurden, wobei man eine adulte Leberprobe mittels der Expression von G6PD, VLDLR, Udulin1/Undulin/Extrazelluläres Matrix Glycoprotein, Cytochrom p450-2E1, und Thymosin beta-10 und eine fötale Leberprobe mittels der Expression von Calmodulin, Hepatocyten GF, IGF Bindungsprotein 1 und Ubiquitin nachweist.
  2. Verfahren gemäß Anspruch 1, bei dem die Expression von mindestens 3 Genen untersucht wird.
  3. Verfahren gemäß Anspruch 1, bei dem die Expression von mindestens 4 Genen untersucht wird.
  4. Verfahren gemäß Anspruch 1, bei dem die Expression von mindestens 5 Genen untersucht wird.
  5. Verfahren gemäß Anspruch 1, bei dem die Expression von mindestens 6 Genen untersucht wird.
  6. Verfahren gemäß Anspruch 1, bei dem die Expression von mindestens 7 Genen untersucht wird.
  7. Verfahren gemäß Anspruch 1, bei dem die Expression von mindestens 8 Genen untersucht wird.
  8. Verfahren gemäß Anspruch 1, bei dem die Expression von mindestens 9 Genen untersucht wird.
  9. Verfahren gemäß Anspruch 1, bei dem die Expression von mindestens 10 Genen untersucht wird.
  10. Verwendung eines festen Trägers zur Unterscheidung zwischen einer fötalen und einer adulten Leberprobe in einem Verfahren gemäß Anspruch 1, wobei der Träger folgendes umfaßt: zwei oder mehr Oligonukleotide zum Nachweis von zwei oder mehr Genen, die aus der Gruppe bestehend aus G6PD, Calmodulin, VLDLR, Udulin1/Undulin/Extrazelluläres Matrix Glycoprotein, Hepatocyten GF, IGF Bindungsprotein 1, Ubiquitin, Cytochrom p450-2E1, und Thymosin beta-10 ausgewählt wurden, wobei jedes Oligonukleotid eine Sequenz aufweist, die komplementär zu einem der beiden oder mehreren Genen ist.
DE69829402T 1997-10-31 1998-10-30 Expressionsprofile in adulten und fötalen organen Expired - Lifetime DE69829402T2 (de)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US6385797P 1997-10-31 1997-10-31
US63857P 1997-10-31
PCT/US1998/022966 WO1999023254A1 (en) 1997-10-31 1998-10-30 Expression profiles in adult and fetal organs

Publications (2)

Publication Number Publication Date
DE69829402D1 DE69829402D1 (en) 2005-04-21
DE69829402T2 true DE69829402T2 (de) 2006-04-13

Family

ID=22051981

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
DE69829402T Expired - Lifetime DE69829402T2 (de) 1997-10-31 1998-10-30 Expressionsprofile in adulten und fötalen organen

Country Status (7)

Country Link
US (1) US6033860A (de)
EP (1) EP1027456B1 (de)
JP (2) JP2001521753A (de)
AT (1) ATE291097T1 (de)
AU (1) AU1287799A (de)
DE (1) DE69829402T2 (de)
WO (1) WO1999023254A1 (de)

Families Citing this family (202)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6960439B2 (en) 1999-06-28 2005-11-01 Source Precision Medicine, Inc. Identification, monitoring and treatment of disease and characterization of biological condition using gene expression profiles
AU784233B2 (en) * 1999-06-28 2006-02-23 Life Technologies Corporation Systems and methods for characterizing a biological condition or agent using calibrated gene expression profiles
US6958225B2 (en) 1999-10-27 2005-10-25 Affymetrix, Inc. Complexity management of genomic DNA
JP2004507206A (ja) * 1999-11-04 2004-03-11 インサイト・ゲノミックス・インコーポレイテッド 診断上重要な組織特異的遺伝子
AU1466001A (en) * 1999-11-05 2001-05-14 Phase-1 Molecular Toxicology Methods of determining individual hypersensitivity to an agent
US6372431B1 (en) * 1999-11-19 2002-04-16 Incyte Genomics, Inc. Mammalian toxicological response markers
GB2396352B (en) * 2000-02-04 2004-08-25 Aeomica Inc Human genome-derived single exon nucleic acid probes useful for analysis of gene expression in human bone marrow
GB2396351B (en) * 2000-02-04 2004-08-25 Aeomica Inc Human genome-derived single exon nucleic acid probes useful for analysis of gene expression in human lung
US20020081590A1 (en) * 2000-02-04 2002-06-27 Aeomica, Inc. Methods and apparatus for predicting, confirming, and displaying functional information derived from genomic sequence
US6884578B2 (en) * 2000-03-31 2005-04-26 Affymetrix, Inc. Genes differentially expressed in secretory versus proliferative endometrium
WO2001084149A2 (en) 2000-04-29 2001-11-08 University Of Iowa Research Foundation Diagnostics and therapeutics for macular degeneration-related disorders
CA2412361C (en) * 2000-06-14 2011-08-23 Vistagen, Inc. Toxicity typing using liver stem cells
DE10048633A1 (de) * 2000-09-25 2002-04-18 Schering Ag Methode zur in vitro Diagnostik von Endometriose
US6780594B2 (en) 2000-09-25 2004-08-24 Schering Aktiengesellschaft Method for in vitro diagnosis of endometriosis
AU2001291225A1 (en) 2000-09-26 2002-04-08 Health Research Incorporated Analysis of hiv-1 coreceptor use in the clinical care of hiv-1-infected patients
US7135278B1 (en) 2000-09-29 2006-11-14 University Of Rochester Method of screening for therapeutics for infectious diseases
IL155450A0 (en) * 2000-10-20 2003-11-23 Expression Diagnostics Inc Leukocyte expression profiling
AU2002241520A1 (en) * 2000-11-28 2003-03-03 University Of Cincinnati Blood assessment of injury
US20020142328A1 (en) * 2000-12-01 2002-10-03 Danenberg Kathleen D. Method of determining a chemotherapeutic regimen by assaying gene expression in primary tumors
US7341717B2 (en) * 2001-04-13 2008-03-11 Gpc Biotech Ag Therapeutic targets for treatment of HCV infections, methods of treating HCV infections and compounds useful therefor
CA2445881C (en) * 2001-04-30 2010-06-22 Ventana Medical Systems, Inc. Reagents and methods for automated hybridization
US7235358B2 (en) 2001-06-08 2007-06-26 Expression Diagnostics, Inc. Methods and compositions for diagnosing and monitoring transplant rejection
US7026121B1 (en) * 2001-06-08 2006-04-11 Expression Diagnostics, Inc. Methods and compositions for diagnosing and monitoring transplant rejection
US6905827B2 (en) * 2001-06-08 2005-06-14 Expression Diagnostics, Inc. Methods and compositions for diagnosing or monitoring auto immune and chronic inflammatory diseases
CA2356540A1 (en) * 2001-08-30 2003-02-28 Emory University Expressed dna sequences involved in mitochondrial functions
JP2005515757A (ja) * 2001-08-30 2005-06-02 エモリー・ユニバーシティ ミトコンドリア生物学発現アレイ
US20030068621A1 (en) * 2001-10-04 2003-04-10 Jonathan Briggs Method and device for producing oligonucleotide arrays
KR20040064275A (ko) 2001-11-09 2004-07-16 소스 프리시전 메디슨, 인코포레이티드 유전자 발현 프로파일을 이용한 질병의 동정, 모니터링,치료 및 생물학적 상태의 확인
DE60228995D1 (de) * 2001-12-19 2008-10-30 Affymetrix Inc Arrayplatten und verfahren zur herstellung von arrayplatten
US7504215B2 (en) 2002-07-12 2009-03-17 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling methods
WO2004051218A2 (en) 2002-12-04 2004-06-17 Applera Corporation Multiplex amplification of polynucleotides
US20080014579A1 (en) * 2003-02-11 2008-01-17 Affymetrix, Inc. Gene expression profiling in colon cancers
US20060263813A1 (en) * 2005-05-11 2006-11-23 Expression Diagnostics, Inc. Methods of monitoring functional status of transplants using gene panels
US7892745B2 (en) 2003-04-24 2011-02-22 Xdx, Inc. Methods and compositions for diagnosing and monitoring transplant rejection
GB0310270D0 (en) * 2003-05-03 2003-06-11 Univ Edinburgh Biomolecular devices
EP3305919A1 (de) 2003-06-10 2018-04-11 The Trustees of Boston University Nachweismethoden für lungenerkrankungen
US20040259100A1 (en) 2003-06-20 2004-12-23 Illumina, Inc. Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping
EP1664762A4 (de) 2003-09-03 2008-08-13 Us Gov Health & Human Serv Verfahren zur identifizierung und diagnose von sowie vohersage des überlebens bei lymphomen
US8131475B2 (en) 2003-09-03 2012-03-06 The United States Of America As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Methods for identifying, diagnosing, and predicting survival of lymphomas
US8173785B2 (en) 2003-11-26 2012-05-08 Advandx, Inc. Peptide nucleic acid probes for analysis of certain Staphylococcus species
CA2497324A1 (en) 2004-02-17 2005-08-17 Affymetrix, Inc. Methods for fragmenting and labelling dna
WO2005082110A2 (en) * 2004-02-26 2005-09-09 Illumina Inc. Haplotype markers for diagnosing susceptibility to immunological conditions
KR100882249B1 (ko) 2004-03-24 2009-02-06 트리패스 이미징, 인코포레이티드 자궁경부 질환의 검사 방법 및 조성물
WO2006029184A2 (en) * 2004-09-08 2006-03-16 Expression Diagnostics, Inc. Genes useful for diagnosing and monitoring inflammation related disorders
US20060073506A1 (en) 2004-09-17 2006-04-06 Affymetrix, Inc. Methods for identifying biological samples
US20060073511A1 (en) 2004-10-05 2006-04-06 Affymetrix, Inc. Methods for amplifying and analyzing nucleic acids
US7682782B2 (en) 2004-10-29 2010-03-23 Affymetrix, Inc. System, method, and product for multiple wavelength detection using single source excitation
EP1652580A1 (de) 2004-10-29 2006-05-03 Affymetrix, Inc. Mikroarray mit hohem Durchsatz, Arrayanordnung und Herstellungsverfahren für Arrays
US7647186B2 (en) * 2004-12-07 2010-01-12 Illumina, Inc. Oligonucleotide ordering system
EP2360279A1 (de) 2005-04-14 2011-08-24 Trustees Of Boston University Diagnose für Lungenerkrankungen mittels Klassenvorhersage
US20070072175A1 (en) * 2005-05-13 2007-03-29 Biogen Idec Ma Inc. Nucleotide array containing polynucleotide probes complementary to, or fragments of, cynomolgus monkey genes and the use thereof
ES2429564T3 (es) 2005-05-18 2013-11-15 Novartis Ag Procedimientos para el diagnóstico y tratamiento de enfermedades que tienen un componente autoinmune y/o inflamatorio
EP2463386B1 (de) 2005-06-15 2017-04-12 Complete Genomics Inc. Nukleinsäureanalyse durch zufällige Mischungen von sich überlappenden Fragmenten
US20070054168A1 (en) * 2005-09-06 2007-03-08 Hao Chang Zinc/air cell
US20070134690A1 (en) * 2005-10-07 2007-06-14 Baylor Research Institute Diagnosis of systemic onset juvenile idiopathic arthritis through blood leukocyte microarray analysis
US7329860B2 (en) 2005-11-23 2008-02-12 Illumina, Inc. Confocal imaging methods and apparatus
US7634363B2 (en) 2005-12-07 2009-12-15 Affymetrix, Inc. Methods for high throughput genotyping
EP1969506A1 (de) * 2005-12-13 2008-09-17 Erasmus University Medical Center Rotterdam Genetische hirntumor-markierer
US20070161031A1 (en) * 2005-12-16 2007-07-12 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Functional arrays for high throughput characterization of gene expression regulatory elements
WO2007084568A2 (en) 2006-01-17 2007-07-26 Health Research, Inc. Heteroduplex tracking assay
EP2363711A1 (de) 2006-01-27 2011-09-07 Tripath Imaging, Inc. Verfahren zur Identifizierung von Patienten mit erhöhter Wahrscheinlichkeit des Auftretens eines Ovarialkarzinoms und Zusammensetzungen dafür
JP2009529329A (ja) 2006-03-09 2009-08-20 トラスティーズ オブ ボストン ユニバーシティ 鼻腔上皮細胞の遺伝子発現プロファイルを用いた、肺疾患のための診断および予後診断の方法
AU2007227224A1 (en) 2006-03-23 2007-09-27 Novartis Ag Anti-tumor cell antigen antibody therapeutics
US7914988B1 (en) * 2006-03-31 2011-03-29 Illumina, Inc. Gene expression profiles to predict relapse of prostate cancer
EP2007909A4 (de) * 2006-04-07 2011-01-26 Xdx Inc Steroidreaktive nukleinsäureexpression und voraussage von erkrankungsaktivitäten
US20080058218A1 (en) * 2006-05-03 2008-03-06 Gordon David B Arrays of compound probes and methods using the same
US20070259346A1 (en) * 2006-05-03 2007-11-08 Agilent Technologies, Inc. Analysis of arrays
AU2007284651B2 (en) 2006-08-09 2014-03-20 Institute For Systems Biology Organ-specific proteins and methods of their use
US7993832B2 (en) * 2006-08-14 2011-08-09 Xdx, Inc. Methods and compositions for diagnosing and monitoring the status of transplant rejection and immune disorders
US20100267575A1 (en) * 2006-10-17 2010-10-21 Childrens Hospital Medical Center Gene array technique for predicting response in inflammatory bowel diseases
US9845494B2 (en) 2006-10-18 2017-12-19 Affymetrix, Inc. Enzymatic methods for genotyping on arrays
EP2080140B1 (de) 2006-11-03 2013-04-24 Baylor Research Institute Diagnose von metastasierendem melanom und überwachung von immunsuppressionsindikatoren mitttels leukozyten-mikroarray
US8148067B2 (en) * 2006-11-09 2012-04-03 Xdx, Inc. Methods for diagnosing and monitoring the status of systemic lupus erythematosus
US20080242560A1 (en) * 2006-11-21 2008-10-02 Gunderson Kevin L Methods for generating amplified nucleic acid arrays
US8293684B2 (en) * 2006-11-29 2012-10-23 Exiqon Locked nucleic acid reagents for labelling nucleic acids
WO2008112127A2 (en) * 2007-03-08 2008-09-18 Switchgear Genomics Functional arrays for high throughput characterization of regulatory elements in untranslated regions of genes
US20080241831A1 (en) * 2007-03-28 2008-10-02 Jian-Bing Fan Methods for detecting small RNA species
ES2529790T3 (es) 2007-04-13 2015-02-25 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Métodos de tratamiento de cáncer resistente a agentes terapéuticos de ERBB
US8200440B2 (en) 2007-05-18 2012-06-12 Affymetrix, Inc. System, method, and computer software product for genotype determination using probe array data
WO2009113779A2 (ko) 2008-03-11 2009-09-17 국립암센터 Ｓｎｐ 어레이를 이용한 염색체, 유전자, 또는 특정 뉴클레오티드 서열의 카피 수 측정방법
GB0809069D0 (en) 2008-05-19 2008-06-25 Univ Leuven Kath Gene signatures
US8039817B2 (en) 2008-05-05 2011-10-18 Illumina, Inc. Compensator for multiple surface imaging
JP2009268665A (ja) * 2008-05-07 2009-11-19 Canon Inc 吸入装置
US20110105356A1 (en) * 2008-05-07 2011-05-05 Derosier Chad F Compositions and methods for providing substances to and from an array
DK2297359T3 (en) 2008-05-30 2014-02-24 Univ Utah Res Found Gene expression profiles to predict the outcome of breast cancer
CA2726811C (en) 2008-06-06 2019-11-26 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Dept. Of Health And Human Services Survival predictor for diffuse large b cell lymphoma
US20100087325A1 (en) * 2008-10-07 2010-04-08 Illumina, Inc. Biological sample temperature control system and method
US8541207B2 (en) 2008-10-22 2013-09-24 Illumina, Inc. Preservation of information related to genomic DNA methylation
JP2012517238A (ja) 2009-02-11 2012-08-02 カリス エムピーアイ インコーポレイテッド 腫瘍の分子プロファイリング法
ES2638779T3 (es) 2009-03-16 2017-10-24 Pangu Biopharma Limited Composiciones y procedimientos que comprenden variantes de splicing de histidil-tarn sintetasa que tienen actividades biológicas no canónicas
EP2414513B1 (de) 2009-03-31 2015-10-28 Atyr Pharma, Inc. Zusammensetzungen und verfahren mit aspartyl-trna-synthetasen mit nichtkanonischen biologischen aktivitäten
US8815779B2 (en) 2009-09-16 2014-08-26 SwitchGear Genomics, Inc. Transcription biomarkers of biological responses and methods
ES2552157T3 (es) 2009-10-16 2015-11-26 Novartis Ag Biomarcadores de respuesta farmacodinámica tumoral
WO2011056688A2 (en) 2009-10-27 2011-05-12 Caris Life Sciences, Inc. Molecular profiling for personalized medicine
CN102640001A (zh) 2009-11-05 2012-08-15 诺瓦提斯公司 预测纤维化进展的生物标记物
US8501122B2 (en) 2009-12-08 2013-08-06 Affymetrix, Inc. Manufacturing and processing polymer arrays
US8835358B2 (en) 2009-12-15 2014-09-16 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels
BR112012015693A8 (pt) 2009-12-23 2018-06-26 Hills Pet Nutrition Inc métodos para diagnosticar uma doença renal em um canino, para tratar melhorar ou atrasar a progressão de uma doença renal, sonda de ácido nucléico, e, uso de uma sonda
ES2596655T3 (es) 2010-02-01 2017-01-11 Illumina Inc. Procedimientos de enfoque y sistemas y conjuntos ópticos que usan los mismos
MX2012009318A (es) 2010-02-10 2012-09-07 Novartis Ag Metodos y compuestos para el crecimiento muscular.
DE202011003570U1 (de) 2010-03-06 2012-01-30 Illumina, Inc. Systeme und Vorrichtungen zum Detektieren optischer Signale aus einer Probe
US8383793B2 (en) 2010-04-15 2013-02-26 St. Jude Children's Research Hospital Methods and compositions for the diagnosis and treatment of cancer resistant to anaplastic lymphoma kinase (ALK) kinase inhibitors
US8980253B2 (en) 2010-04-26 2015-03-17 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of cysteinyl-tRNA synthetase
WO2011139799A2 (en) 2010-04-27 2011-11-10 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of isoleucyl trna synthetases
US8993723B2 (en) 2010-04-28 2015-03-31 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of alanyl-tRNA synthetases
EP2563912B1 (de) 2010-04-29 2018-09-05 aTyr Pharma, Inc. Innovative entdeckung therapeutischer, diagnostischer und antikörperhaltiger zusammensetzungen im zusammenhang mit proteinfragmenten von asparaginyl-trna-synthetasen
EP2563383B1 (de) 2010-04-29 2017-03-01 Atyr Pharma, Inc. Innovative entdeckung therapeutischer, diagnostischer und antikörperhaltiger zusammensetzungen im zusammenhang mit proteinfragmenten von valyl-trna-synthetasen
WO2011140132A2 (en) 2010-05-03 2011-11-10 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of phenylalanyl-alpha-trna synthetases
WO2011140135A2 (en) 2010-05-03 2011-11-10 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of methionyl-trna synthetases
CN103096925A (zh) 2010-05-03 2013-05-08 Atyr医药公司 与精氨酰-tRNA合成酶的蛋白片段相关的治疗、诊断和抗体组合物的创新发现
CN102985103A (zh) 2010-05-04 2013-03-20 Atyr医药公司 与p38多-tRNA合成酶复合物相关的治疗、诊断和抗体组合物的创新发现
WO2011143482A2 (en) 2010-05-14 2011-11-17 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of phenylalanyl-beta-trna synthetases
JP6027965B2 (ja) 2010-05-17 2016-11-16 エータイアー ファーマ， インコーポレイテッド ロイシルｔＲＮＡ合成酵素のタンパク質フラグメントに関連した治療用、診断用および抗体組成物の革新的発見
AU2011258106B2 (en) 2010-05-27 2017-02-23 Pangu Biopharma Limited Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of glutaminyl-tRNA synthetases
AU2011261486B2 (en) 2010-06-01 2017-02-23 Pangu Biopharma Limited Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of lysyl-tRNA synthetases
MX342405B (es) 2010-06-03 2016-09-28 Pharmacyclics Inc El uso de inhibidores de la tirosina quinasa de bruton (btk).
US20120009177A1 (en) 2010-06-07 2012-01-12 Roche Molecular Systems, Inc. Gene expression markers for predicting response to interleukin-6 receptor-inhibiting monoclonal antibody drug treatment
US9353412B2 (en) 2010-06-18 2016-05-31 Illumina, Inc. Conformational probes and methods for sequencing nucleic acids
AU2011289831C1 (en) 2010-07-12 2017-06-15 Pangu Biopharma Limited Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of glycyl-tRNA synthetases
CN106244547B (zh) 2010-08-12 2021-01-01 菲特治疗公司 改进的造血干细胞和祖细胞疗法
EP2608801B1 (de) 2010-08-25 2019-08-21 aTyr Pharma, Inc. Innovative erkennung therapeutischer, diagnostischer und antikörperhaltiger zusammensetzungen in zusammenhang mit proteinfragmenten von tyrosyl-trna-synthetasen
WO2012050920A1 (en) 2010-09-29 2012-04-19 Illumina, Inc. Compositions and methods for sequencing nucleic acids
US8753816B2 (en) 2010-10-26 2014-06-17 Illumina, Inc. Sequencing methods
GB2502704B (en) 2010-11-15 2019-12-04 Accelerated Biosciences Corp Generation of neural stem cells from human trophoblast stem cells
CA2819378A1 (en) 2010-12-02 2012-06-07 Katholieke Universiteit Leuven, K.U.Leuven R&D Irak-related interventions and diagnosis
US8951781B2 (en) 2011-01-10 2015-02-10 Illumina, Inc. Systems, methods, and apparatuses to image a sample for biological or chemical analysis
JP5808825B2 (ja) 2011-02-24 2015-11-10 ヒルズ・ペット・ニュートリシャン・インコーポレーテッド ネコの腎障害を診断および治療する組成物および方法
JP2014508165A (ja) 2011-03-02 2014-04-03 モルフォテック、インク． 乳癌の治療のためのエリブリンおよびファーレツズマブの共投与
PE20140627A1 (es) 2011-03-02 2014-05-30 Berg Llc Ensayos interrogatorios basados en celulas y usos de los mismos
EP2685988A4 (de) 2011-03-15 2014-08-20 Univ North Carolina Verfahren zur behandlung von brustkrebs mit einer anthracyclintherapie
US9637795B2 (en) 2011-03-18 2017-05-02 Eisai R&D Management Co., Ltd. Methods and compositions for predicting response to eribulin
US9777332B2 (en) 2011-03-31 2017-10-03 St. Jude Children's Research Hospital Methods and compositions for identifying minimal residual disease in acute lymphoblastic leukemia
US8778848B2 (en) 2011-06-09 2014-07-15 Illumina, Inc. Patterned flow-cells useful for nucleic acid analysis
AU2012271528B2 (en) 2011-06-15 2015-06-25 Hill's Pet Nutrition, Inc. Compositions and methods for diagnosing and monitoring hyperthyroidism in a feline
WO2013063382A2 (en) 2011-10-28 2013-05-02 Illumina, Inc. Microarray fabrication system and method
AU2012346861A1 (en) 2011-11-30 2014-06-19 AbbVie Deutschland GmbH & Co. KG Methods and compositions for determining responsiveness to treatment with a tnf-alpha inhibitor
BR112014014907A2 (pt) 2011-12-19 2017-06-13 Hills Pet Nutrition Inc composições e métodos para diagnóstico e tratamento de hipertireoidismo em animais de companhia
CN104334196B (zh) 2012-02-16 2018-04-10 Atyr 医药公司 用于治疗自身免疫疾病和炎性疾病的组氨酰‑tRNA合成酶
US10202628B2 (en) 2012-02-17 2019-02-12 President And Fellows Of Harvard College Assembly of nucleic acid sequences in emulsions
EP3321378B1 (de) 2012-02-27 2021-11-10 Becton, Dickinson and Company Zusammensetzungen für molekularen zählung
ES2776673T3 (es) 2012-02-27 2020-07-31 Univ North Carolina Chapel Hill Métodos y usos para etiquetas moleculares
BR112014024537A2 (pt) 2012-04-02 2017-08-08 Berg Llc métodos para identificar moduladores de um sistema biológico, de um processo de doença, e de angiogênese
EP2834371B1 (de) 2012-04-05 2019-01-09 The Regents of The University of California Genexpressionspaneel für brustkrebsprognose
CN111500718A (zh) 2012-05-22 2020-08-07 纳米线科技公司 预测乳腺癌结果的nano46基因和方法
AU2013293087B2 (en) 2012-07-24 2017-08-31 Pharmacyclics Llc Mutations associated with resistance to inhibitors of Bruton's tyrosine kinase (BTK)
CA3178340A1 (en) 2012-08-20 2014-02-27 Illumina, Inc. Method and system for fluorescence lifetime based sequencing
BR112015012239B1 (pt) 2012-11-27 2022-07-19 Pontificia Universidad Católica De Chile Método in vitro de diagnóstico de câncer de tireoide
EP2925860B8 (de) 2012-11-30 2019-12-25 Accelerated BioSciences Corp. Verfahren zur differenzierung von stammzellen durch modulation von mir-124
CA2897997A1 (en) 2013-01-21 2014-07-24 Abbvie Inc. Anti-tnf and anti-il17 combination therapy biomarkers for inflammatory disease
CA2902068C (en) 2013-02-28 2023-10-03 Caprion Proteomics Inc. Tuberculosis biomarkers and uses thereof
GB2584364A (en) 2013-03-15 2020-12-02 Abvitro Llc Single cell bar-coding for antibody discovery
EP2978860B8 (de) 2013-03-27 2019-12-11 BlueGnome Ltd Beurteilung des risikos von aneuploidie
KR102536833B1 (ko) 2013-08-28 2023-05-26 벡톤 디킨슨 앤드 컴퍼니 대량의 동시 단일 세포 분석
US20150072021A1 (en) 2013-09-09 2015-03-12 British Columbia Cancer Agency Branch Methods and Kits for Predicting Outcome and Methods and Kits for Treating Breast Cancer with Radiation Therapy
US9352315B2 (en) 2013-09-27 2016-05-31 Taiwan Semiconductor Manufacturing Company, Ltd. Method to produce chemical pattern in micro-fluidic structure
CN116445398A (zh) 2013-10-02 2023-07-18 小利兰斯坦福大学托管委员会 Wnt组合物及纯化方法
EP3594359B1 (de) 2013-11-06 2022-05-18 The United States of America, as represented by the Secretary, Department of Health and Human Services Methode zur lymphoma typisierung mit hilfe von expressionsmarker bestimmung
CA2935720A1 (en) 2014-01-16 2015-07-23 Illumina, Inc. Gene expression panel for prognosis of prostate cancer recurrence
US10704097B2 (en) 2014-02-27 2020-07-07 Katholieke Universiteit Leuven Oxidative stress and cardiovascular disease events
WO2015127517A1 (en) 2014-02-27 2015-09-03 Katholieke Universiteit Leuven Oxidative stress and cardiovascular disease events
WO2015143400A1 (en) 2014-03-20 2015-09-24 Pharmacyclics, Inc. Phospholipase c gamma 2 and resistance associated mutations
WO2015184461A1 (en) 2014-05-30 2015-12-03 Faruki Hawazin Methods for typing of lung cancer
WO2015191783A2 (en) 2014-06-10 2015-12-17 Abbvie Inc. Biomarkers for inflammatory disease and methods of using same
EP3194593B1 (de) 2014-09-15 2019-02-06 AbVitro LLC Nukleotidbibliotheksequenzierung mit hohem durchsatz
AU2015353521B2 (en) 2014-11-26 2021-11-04 Accelerated Biosciences Corp. Induced hepatocytes and uses thereof
RU2017120330A (ru) 2014-12-12 2019-01-14 Медивэйшн Простейт Терапьютикс, Ллс Способ прогнозирования ответа на терапевтические агенты для лечения рака молочной железы и способ лечения рака молочной железы
WO2016094970A1 (en) 2014-12-19 2016-06-23 Vrije Universiteit Brussel In vitro maturation of a mammalian cumulus oocyte complex
WO2016130572A2 (en) 2015-02-10 2016-08-18 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Methods of determining levels of exposure to radiation and uses thereof
AU2016235288B2 (en) 2015-03-24 2019-02-28 Illumina Cambridge Limited Methods, carrier assemblies, and systems for imaging samples for biological or chemical analysis
EP3302804B1 (de) 2015-05-29 2022-07-13 Illumina, Inc. Probenträger und testsystem zur durchführung bestimmter reaktionen
WO2017019905A1 (en) 2015-07-28 2017-02-02 Otonomy, Inc. Treatment using truncated trk b and trk c antagonists
CN108474805A (zh) 2015-08-24 2018-08-31 亿明达股份有限公司 用于生物和化学测定的线路内蓄压器和流量控制***
WO2018057051A1 (en) 2016-09-24 2018-03-29 Abvitro Llc Affinity-oligonucleotide conjugates and uses thereof
EP3933047A1 (de) 2015-09-24 2022-01-05 AbVitro LLC Affinitätsoligonukleotidkonjugate und verwendungen davon
US10928392B2 (en) 2015-09-25 2021-02-23 Abvitro Llc High throughput process for T cell receptor target identification of natively-paired T cell receptor sequences
WO2017070096A1 (en) 2015-10-18 2017-04-27 Affymetrix, Inc. Multiallelic genotyping of single nucleotide polymorphisms and indels
JP7049683B2 (ja) 2016-04-04 2022-04-07 シノピア バイオサイエンシーズ，インク． トラピジルを使用する錐体外路症候群の処置
JP7075896B2 (ja) 2016-04-20 2022-05-26 アメリカ合衆国 マントル細胞リンパ腫の評価及びそれに関連する方法
CA3024744A1 (en) 2016-05-17 2017-11-23 Genecentric Therapeutics, Inc. Methods for subtyping of lung squamous cell carcinoma
WO2017201165A1 (en) 2016-05-17 2017-11-23 Genecentric Diagnostics, Inc. Methods for subtyping of lung adenocarcinoma
EP3260552A1 (de) 2016-06-20 2017-12-27 Istituto Europeo di Oncologia (IEO) Verfahren und kits mit gensignaturen zur stratifizierung von brustkrebspatienten
WO2018013883A1 (en) 2016-07-14 2018-01-18 Caprion Proteomics Inc. Biomarkers of latent tuberculosis infection
WO2018064116A1 (en) 2016-09-28 2018-04-05 Illumina, Inc. Methods and systems for data compression
WO2018213803A1 (en) 2017-05-19 2018-11-22 Neon Therapeutics, Inc. Immunogenic neoantigen identification
EP3638814B8 (de) 2017-06-14 2023-06-21 The United States of America, as Represented by The Secretary, Department of Health and Human Services Verfahren zur bestimmung des lymphomtyps
WO2018237327A1 (en) 2017-06-22 2018-12-27 Triact Therapeutics, Inc. METHODS OF TREATING GLIOBLASTOMA
WO2019018764A1 (en) 2017-07-21 2019-01-24 Genecentric Therapeutics, Inc. METHODS OF DETERMINING RESPONSE TO PARP INHIBITORS
WO2019067991A1 (en) 2017-09-29 2019-04-04 Triact Therapeutics, Inc. INIPARIB FORMULATIONS AND USES THEREOF
CN112119156A (zh) 2018-03-16 2020-12-22 杰傲湃思实验有限责任公司 个体化检测癌症复发或转移和/或评估治疗反应的方法
JP2021534807A (ja) 2018-09-05 2021-12-16 マックス−デルブリュック−ツェントルム フューア モレキュラーレ メディツィン イン デア ヘルムホルツ−ゲマインシャフト 合成シス調節ｄｎａを操作する方法
EP3864165A4 (de) 2018-10-09 2022-08-03 Genecentric Therapeutics, Inc. Nachweis von ursprungskrebszellen
WO2020104482A1 (en) 2018-11-20 2020-05-28 INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale) Methods for predicting metastatic potential in patients suffering from sdhb-mutated paraganglioma
CA3121170A1 (en) 2018-11-30 2020-06-04 Caris Mpi, Inc. Next-generation molecular profiling
WO2020212580A1 (en) 2019-04-17 2020-10-22 Igenomix, S.L. Improved methods for the early diagnosis of uterine leiomyomas and leiomyosarcomas
AU2020397802A1 (en) 2019-12-02 2022-06-16 Caris Mpi, Inc. Pan-cancer platinum response predictor
WO2021188611A1 (en) 2020-03-18 2021-09-23 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for treating subjects having a heterozygous alanine-glyoxylate aminotransferase gene (agxt) variant
EP3907301A1 (de) 2020-05-08 2021-11-10 Istituto Europeo di Oncologia S.r.l. Methoden und kits zur bestimmung des risikos eines erneuten auftretens von brustkrebs
WO2023122758A1 (en) 2021-12-22 2023-06-29 Cornell University Prognostic/predictive epigenetic breast cancer signature
WO2023122363A1 (en) 2021-12-23 2023-06-29 Illumina Software, Inc. Dynamic graphical status summaries for nucelotide sequencing
US20230215515A1 (en) 2021-12-23 2023-07-06 Illumina Software, Inc. Facilitating secure execution of external workflows for genomic sequencing diagnostics
WO2023129764A1 (en) 2021-12-29 2023-07-06 Illumina Software, Inc. Automatically switching variant analysis model versions for genomic analysis applications
CN115814060A (zh) * 2022-08-30 2023-03-21 长春科技学院 胸腺素β10在制备修复肝损伤药物中的用途

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5506131A (en) * 1987-06-05 1996-04-09 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Immortalized human cell lines containing exogenous cytochrome P450 genes
GB8810400D0 (en) * 1988-05-03 1988-06-08 Southern E Analysing polynucleotide sequences
US5700637A (en) * 1988-05-03 1997-12-23 Isis Innovation Limited Apparatus and method for analyzing polynucleotide sequences and method of generating oligonucleotide arrays
US5750367A (en) * 1993-11-08 1998-05-12 Baylor College Of Medicine Human and mouse very low density lipoprotein receptors and methods for use of such receptors
JPH089969A (ja) * 1994-06-30 1996-01-16 Eisai Co Ltd 電位依存性カルシウムチャネル遺伝子安定発現細胞
WO1997027317A1 (en) * 1996-01-23 1997-07-31 Affymetrix, Inc. Nucleic acid analysis techniques
US6177242B1 (en) * 1994-12-14 2001-01-23 Institut Pasteur Genomic DNA fragments containing regulatory and coding sequences for the β2-subunit of the neuronal nicotinic acetylcholine receptor and transgenic animals made using these fragments or mutated fragments
US5569588A (en) * 1995-08-09 1996-10-29 The Regents Of The University Of California Methods for drug screening

Also Published As

Publication number Publication date
AU1287799A (en) 1999-05-24
DE69829402D1 (en) 2005-04-21
US6033860A (en) 2000-03-07
EP1027456A1 (de) 2000-08-16
EP1027456B1 (de) 2005-03-16
JP2006246892A (ja) 2006-09-21
JP2001521753A (ja) 2001-11-13
ATE291097T1 (de) 2005-04-15
WO1999023254A1 (en) 1999-05-14

Similar Documents

Publication Publication Date Title
DE69829402T2 (de) Expressionsprofile in adulten und fötalen organen
DE69918072T2 (de) P53-regulierte gene
DE69535428T2 (de) Verfahren zum Auffinden von differentiel exprimierte Gene
DE60126592T2 (de) Verfahren, zusammensetzungen und kits zur identifizierung und überwachung von brustkrebs
DE69821540T2 (de) Mit einem Adapter versehene kompetitive PCR
DE69833758T2 (de) Verfahren zur erkennung von genpolymorphismen und allelexpression unter verwendung von sondenchips
DE69736637T2 (de) Multiplex amplifikation kurzer tandem repeat loci
DE69534046T2 (de) Vergleichende hybridisierung mit nukleinsäureanordnungen
DE68929299T3 (de) Multiple genomische DNA-Verstärkung zum Nachweis einer Deletion
EP0438512B1 (de) Verfahren zur analyse von längenpolymorphismen in dna-bereichen
CH695863A5 (de) Verwendung eines Biochips zur Diagnose von Sepsis und sepsisähnlichem Syndrom.
DE10155600B4 (de) Nukleinsäure-Array
DE02766404T1 (de) Verfahren zum Nachweis von genetischem Mosaizismus unter Verwendung von Arrays
WO2004016809A1 (de) Nukleinsäurearray bestehend aus selektiven monozyten-makrophagen-gene
DE60117555T2 (de) Bewertungssystem für die vorhersage von krebsrezidiven
DE602006000713T2 (de) Verfahren zur Verbesserung der Unterscheidung von einer einzelnen Basenfehlanpaarung durch die Verwendung von "hurdle" DNAs und Sonden mit artifiziellen Fehlpaarungen
DE69434809T2 (de) Bc200 rna, daraus abgeleitete proben und entsprechende anwendungen
DE60009530T2 (de) Genetische toxizitätsmarker, herstellung und verwendung
EP0698122B1 (de) Mittel zur komplexen diagnostik der genexpression und verfahren zur anwendung für die medizinische diagnostik und die genisolierung
JP2013188216A (ja) 臓器特異的遺伝子、その同定方法およびその用途
DE602004005650T2 (de) Verfahren zur klassifizierung der genexpressionsstärke in lungenkrebsgeweben
DE102017125335B4 (de) Amplikon-Region als epigenetischer Marker zur Identifizierung von Immunzellen, insbesondere nicht-klassischer Monozyten
DE102010043541B4 (de) Verfahren und Mittel zur Vorhersage der Überlebensdauer beim Pankreaskarzinom durch Analyse von Biomarkern
DE102020111423B4 (de) MYH11/NDE1 Region als epigenetischer Marker für die Identifizierung von Endothel-Vorläuferzellen (EPCs)
EP1522598A2 (de) Expressionsprofile in adulten und fötalen Organen

Legal Events

Date Code Title Description
8364 No opposition during term of opposition