JP6768547B2 - 試験試料の多重化分析 - Google Patents
試験試料の多重化分析 Download PDFInfo
- Publication number
- JP6768547B2 JP6768547B2 JP2017021895A JP2017021895A JP6768547B2 JP 6768547 B2 JP6768547 B2 JP 6768547B2 JP 2017021895 A JP2017021895 A JP 2017021895A JP 2017021895 A JP2017021895 A JP 2017021895A JP 6768547 B2 JP6768547 B2 JP 6768547B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- aptamer
- complex
- test sample
- target
- target molecule
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/5308—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for analytes not provided for elsewhere, e.g. nucleic acids, uric acid, worms, mites
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6832—Enhancement of hybridisation reaction
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/58—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/115—Aptamers, i.e. nucleic acids binding a target molecule specifically and with high affinity without hybridising therewith ; Nucleic acids binding to non-nucleic acids, e.g. aptamers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/16—Aptamers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/35—Nature of the modification
- C12N2310/351—Conjugate
- C12N2310/3519—Fusion with another nucleic acid
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2523/00—Reactions characterised by treatment of reaction samples
- C12Q2523/30—Characterised by physical treatment
- C12Q2523/313—Irradiation, e.g. UV irradiation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/161—Modifications characterised by incorporating target specific and non-target specific sites
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/205—Aptamer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
- C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
- C12Q2537/101—Homogeneous assay format, e.g. one pot reaction
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
- C12Q2565/50—Detection characterised by immobilisation to a surface
- C12Q2565/514—Detection characterised by immobilisation to a surface characterised by the use of the arrayed oligonucleotides as identifier tags, e.g. universal addressable array, anti-tag or tag complement array
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Pathology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
Description
[0002]以下の説明は、本発明に関連する情報の要約を提供し、そして本明細書に提供する情報または引用する刊行物のいずれかが、ここに請求する発明に対する先行技術であることの容認ではない。
Diagnostic Biochip」を参照されたい。これらの光反応性アプタマーはまた、光アプタマー(photoaptamer)とも称される。例えば、米国特許第5,763,177号、米国特許第6,001,577号、および米国特許第6,291,184号、各々、表題「Systematic Evolution of Nucleic Acid Ligands by Exponential Enrichment: Photoselection of Nucleic Acid Ligands and Solution SELEX」を参照されたい;また、例えば、米国特許第6,458,539号、表題「Photoselection of Nucleic Acid Ligands」も参照されたい。マイクロアレイを試料と接触させ、そして光アプタマーがそのターゲット分子と結合する機会を得た後、光アプタマーを光活性化し、そして固体支持体を洗浄して、いかなる非特異的結合分子も除去する。光アプタマーに結合したターゲット分子は、光アプタマー上の光活性化された官能基(単数または複数)によって達成される共有結合のため、一般的に、除去されないため、激しい洗浄条件を用いてもよい。この方式で、該アッセイは、試験試料中のターゲット分子の非存在、存在、量、および/または濃度の決定を可能にする。
子に対するアプタマーの十分な結合を可能にするためには、長時間のインキュベーション期間を要することになる可能性もある。さらに、光アプタマーをアッセイ中に使用すると、そして固体支持体として利用する物質に応じて、固体支持体は、光アプタマーおよびそのターゲット分子間の共有結合の形成を達成するのに用いられる光を散乱させるかまたは吸収する傾向がありうる。さらに、固体支持体表面もまた、用いるいかなる標識剤にも曝露され、そしてこれらに影響を受ける可能性もあるため、使用する方法に応じて、アプタマーに結合したターゲット分子の検出は、不正確になりやすい可能性もある。最後に、固体支持体上のアプタマーの固定は、一般的に、試料へのアプタマーの曝露前に、アプタマー調製工程(すなわち固定)を伴い、そしてこの調製工程は、アプタマーの活性または官能性に影響を及ぼしうる。
[0007]本開示には、試験試料中に存在しうる1以上のターゲット分子の検出および/または定量化のための方法、デバイス、試薬、およびキットが含まれる。1つの態様において、タグを含み、そしてターゲット分子に対する特異的アフィニティーを有するアプタマーと、試験試料を接触させる。ターゲット分子に結合したアプタマーを含むアプタマー・アフィニティー複合体の形成を可能にする。試験試料がターゲット分子を含有する場合、一般的に、試験試料中で、アプタマー・アフィニティー複合体が形成されるであろう。場合によって、アプタマー・アフィニティー複合体を、ターゲット分子に共有結合したアプタマーを含むアプタマー共有複合体に変換する。次いで、限定されるわけではないが、固体支持体を用い、質量分析を用い、そして定量的ポリメラーゼ連鎖反応(Q−PCR)を用いることを含めて、当業者に知られる多様な方法のいずれを用いて、アプタマー・アフィニティー複合体(または場合によってアプタマー共有複合体)を検出し、そして/または定量化してもよい。
とによって、アプタマー・アフィニティー複合体(または場合によってアプタマー共有複合体)を固体支持体に付着させる。これは、試験試料の残りから、アプタマー・アフィニティー複合体(または場合によってアプタマー共有複合体)を分配し、それによって、質量分析前に、ターゲット分子を濃縮し、そしてこの分析ツールを用いた、複合体混合物からの分析物の検出および定量化を改善することを容易にする。次いで、固体支持体上のプローブと会合しているアプタマー・アフィニティー複合体(または場合によってアプタマー共有複合体)を溶出し、そして質量分析を用いて分析し、質量分析は、ターゲット分子を同定し、そしてしたがって検出するのに使用可能なピークのスペクトルを生じる。ターゲット分子が検出されたならば、場合によって、当業者に知られる標準的技術によって、定量化もまたしてもよい。1つの態様において、ターゲット分子がタンパク質であるならば、質量分析を用いて、アプタマー・アフィニティー複合体(または場合によってアプタマー共有複合体)を分析する前に、アプタマー・アフィニティー複合体(または場合によってアプタマー共有複合体)を、例えばプロテイナーゼKまたはトリプシンなどのプロテアーゼ酵素で消化して、結合したターゲット分子の断片を生じてもよく、次いで、この断片を用いてターゲット分子を同定し、そしてそれによってターゲット分子の検出および場合によっては定量化を可能にしてもよい。
[0028]本明細書に開示する本発明の実施は、別に示さない限り、当該技術分野の技術レベル内の化学、微生物学、分子生物学、および組換えDNA技術の慣用法を使用する。こうした技術は文献に完全に説明される。例えば、Sambrookら Molecular Cloning: A Laboratory Manual(現行版); DNA Cloning: A Practical Approach, vol. IおよびII(D. Glover監修); Oligonucleotide Synthesis(N. Gait監修、現行版); Nucleic Acid Hybridization(B. HamesおよびS. Higgins監修、現行版); Transcription and Translation(B. HamesおよびS. Higgins監修、現行版)を参照されたい。
である。
性もあり、例えばポリアミン主鎖のような別の主鎖構造も好都合でありうる。
Ligands」を参照されたい。同定されたならば、化学的合成法および酵素的合成法を含めて、いかなる既知の方法にしたがって、アプタマーを調製するかまたは合成してもよい。
リンカー分子)が、特異性を持って結合するかまたは別の方式で会合するように設計されるかまたは設定されうる任意の他の構造であってもよい。一般的に、タグは、分子内で、それ自体と、あるいはそのタグが付着しているかまたはそのタグが一部となっているアプタマーと相互作用しないように設定される。SELEXを用いてアプタマーを同定する場合、SELEX前またはSELEX後のいずれかで、タグをアプタマーに付加してもよい。1つの態様において、SELEX後、アプタマーの5’端上にタグが含まれる。別の態様において、SELEX後、アプタマーの3’端上にタグが含まれる。
異なる数のヌクレオチドのいずれかが含まれてもよい。
の官能性およびプローブに連結するための官能性を含む点で、二官能性である。(単数の)「リンカー分子」は、タグとプローブを会合させることが可能な、分子(単数または複数)または多分子構造(単数または複数)の1つのタイプまたは種類のコピーのセットである。「(複数の)リンカー分子」は、分子または多分子構造のこうしたセットの1より多くを指す。リンカー分子は、任意の適切な設定を有してもよく、そしてポリヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド核酸、ロック核酸、オリゴ糖、多糖、抗体、アフィボディ、抗体模倣体、ポリエチレングリコール(PEG)分子、細胞受容体、リガンド、脂質、これらの構造の任意の断片または誘導体、前述のものの任意の組み合わせ、あるいは特異性を持ってタグおよびプローブ間の会合を仲介するように設計されるかまたは設定されうる任意の他の構造または化学的構成要素を含む、任意の適切な構成要素を含んでもよい。リンカー分子は、脂肪族または芳香族であってもよい。
ポリヌクレオチド構成要素には、約10〜約45ヌクレオチドが含まれる。さらに別の態様において、リンカー分子のポリヌクレオチド構成要素には、少なくとも約30ヌクレオチドが含まれる。本明細書に開示する任意の方法で用いられるリンカー分子には、同じ数のヌクレオチドまたは異なる数のヌクレオチドのいずれかを有するポリヌクレオチド構成要素が含まれてもよい。
Acid Ligands」も参照されたい。他の態様において、アプタマーを調製し、そして続いて、1以上の光反応性官能基を取り込むように修飾して、それによって光アプタマーを生成する。これらの態様において、アプタマーにおいて、例えば、1以上のチミジンおよび/またはシジチン・ヌクレオチドなどの1以上の他のヌクレオチドの代わりに、光反応性核酸残基を置換することによるか、あるいは光反応性官能基を含むように1以上の核酸残基を修飾することによるかのいずれかで、1以上の光反応性核酸残基をアプタマーに取り込んでもよい。
次いで、リンによって吸収され、そして約300nm〜約325nmの範囲の波長で再放出されることによって、光アプタマーをターゲットに架橋してもよい。この態様において、再放出された光をフィルター処理して、ターゲットタンパク質を損傷しうる、リンに吸収されない約254nmのいかなる光も、ならびに約290nm〜約305nmの範囲の波長のいかなる光も除去する。
ットの1より多くを指す。第一のアプタマーに関して非ターゲットである分子が、第二のアプタマーに関してターゲットであってもよいことが認識されるであろう。同様に、第一のアプタマーに関してターゲットである分子は、第二のアプタマーに関して非ターゲットであってもよい。
ポリマー、小有機分子等が含まれる。関心対象のポリマー層には、メタクリレート・コポリマー、ポリアクリルアミド、多糖、リン脂質、ポリウレタン、ポリエステル、ポリカーボネート、ポリ尿素、ポリアミド、ポリエチレンアミン、ポリアリーレンスルフィド、ポリシロキサン、ポリイミド、ポリアセテート等が含まれ、ここで、ポリマーは、ヘテロまたはホモポリマー性であってもよく、そして付着した別個の官能部分(例えばコンジュゲート化された部分)を持ってもまたは持たなくてもよい。関心対象の他の表面修飾には、例えばヒドロゲルなどの三次元ネットワークが含まれる。当該技術分野に知られる任意の適切なヒドロゲルを用いてもよい。例えば、米国特許出願公報第2003/0218130号、表題「Biochips with Surfaces Coated with
Polysaccharide−Based Hydrogels」、米国特許出願公報第20050147994号、表題「Method for Immobilizing a Biologic in a Polyurethane−Hydrogel Composition, a Composition Prepared from
the Method, and Biomedical Applications」、米国特許出願公報第2005005908号、表題「Photocrosslinked Hydrogel Blend Surface Coatings」、およびこれらの刊行物に引用される参考文献いずれかを参照されたい。
トン(azlactones)、塩化シアヌル、有機塩化スルホニル、スルホン酸ジビニル、ニトロフェニルエステル、ヨードアセチル、マレイミド、エポキシ、ヒドラジド、還元的アミノ化、ジアゾニウム塩、およびマンニッヒ縮合での表面の活性化が含まれる。活性化表面と反応する分子には、アミン、アルコール、カルボン酸、チオール、カルボニル、および活性水素を含有する化合物が含まれる。
、これらのアレイ間および特徴間領域は、いかなるプローブも所持しない。アレイ間領域および特徴間領域は、存在する場合、多様なサイズおよび設定であってもよいことが認識されるであろう。
る。本明細書の開示に基づいて、他の標識および標識スキームが、当業者には明らかであろう。
ーゲットタンパク質と共有的に反応する第一の試薬、および第一の試薬によって導入された化学基または他の官能性を介して、ターゲットタンパク質に、直接または間接的にのいずれかで、そして共有的にまたは非共有的にのいずれかで、検出可能部分を付着させる、1以上のさらなる試薬を含んでもよい。UPSが多数の試薬を含むならば、いくつかの場合、試薬が連続して添加され、そして他の場合、同時に添加されてもよいことが認識されるであろう。
の、いくつかの標識剤に関しては、活性化剤はまったく必要ではない。酵素系に関しては、基質および/または補因子の添加が必要でありうる。
(登録商標)、FORTRAN、C、C++、Java(登録商標)、Python、あるいは現在または未来に利用可能な他の任意の適切なプログラミング言語で書かれていてもよい。上記コンピュータ情報および本明細書で用いるソフトウェアは、例示のみであり、そして限定的であることを意図しないことを理解しなければならない。本明細書に開示する方法のいずれも、他のコンピュータ、コンピュータシステム、およびソフトウェアに適応可能である。使用可能な他の言語には、例えば、PASCAL、PERLまたはアセンブリ言語が含まれる。
それによって、ターゲット分子の定量化を可能にする。
タマー・アフィニティー複合体(または場合によってアプタマー共有複合体)の量または濃度を決定する(例えば、Tyagiら, Nat. Biotech. 16:49 53, 1998;米国特許第5,925,517号を参照されたい)。分子ビーコンは、フォールディングしてヘアピンループを形成し、そしてヘアピンが形成された際には、蛍光によってほとんどまたはまったくシグナルが生じないように、ヘアピン構造の一端に蛍光を、そしてもう一端に消光剤を含有する、特異的核酸プローブである。ループ配列は、ターゲットポリヌクレオチド配列に特異的であり、そしてアプタマー配列にハイブリダイズした際、ヘアピンがアンフォールディングし、そしてそれによって蛍光シグナルが生じる。
に、アプタマー・アフィニティー複合体よりも迅速に解離するため、動力学的負荷は、アプタマーが、非ターゲットとの非特異的複合体中に含まれる可能性を減少させる。有効な動力学的負荷は、最初のアプタマー結合事象およびそれに続く共有相互作用のものを超えて、さらなる特異性を持つアッセイを提供しうる。
用に相当するため、非特異的複合体に関与する分子は、平均して、互いに対して、はるかにより低いアフィニティーを示し、そしてしたがって、アプタマーおよびそのターゲット分子よりも、対応して高い解離速度を有するであろう。非特異的複合体には、アプタマーおよび非ターゲット分子間、競合剤および非ターゲット分子間、競合剤およびターゲット分子間、ならびにターゲット分子および非ターゲット分子間に形成される複合体が含まれる。
棄する。次いで、未結合タンパク質およびアプタマー−タンパク質共有複合体を含有するペレットを、例えばアッセイ結合希釈剤などの適切な溶液中に懸濁し、そして次いで、アプタマー共有複合体を、固体支持体へのアプタマー共有複合体の付着前または後のいずれかで、標識剤と接触させてもよい。次いで、ターゲット分子が試験試料中に存在する場合、アプタマー共有複合体上の標識剤を検出することによって、ターゲット分子を検出し、そして/または定量化する。
支持体へのアプタマー共有複合体の付着前または後のいずれかで、標識剤と接触させてもよい。次いで、ターゲット分子が試験試料中に存在する場合、アプタマー共有複合体上の標識剤を検出することによって、ターゲット分子を検出し、そして/または定量化する。
ある。
ク質と会合する炭水化物基と反応する化学反応を通じて、第二の標識をターゲットに付着させる。共通のアプタマーによって認識される、同じターゲット分子上のこれらの2つの部分の相対的定量化は、試験試料内のそのターゲットのグリコシル化の度合いに関する有用な情報を提供しうる。
に最適化する、試薬濃度を提供してもよい。適切な状況下で、キット中の1以上の試薬を、賦形剤を含む、通常は凍結乾燥された乾燥粉末として提供してもよく、この粉末は溶解に際して、本発明にしたがった方法またはアッセイを実行するのに適した濃度を有する試薬溶液を提供するであろう。キットにはさらに、本明細書に記載するような、本発明にしたがった方法の書面の説明が含まれてもよい。
[00146]以下の実施例は、例示目的のみのために提供され、そして付随する請求項中に定義するような本発明の範囲を限定することを意図しない。
[00147]本実施例は、単一の光アプタマーおよびそのターゲットタンパク質に関する、図2A、2B、および2Cに例示するようなアッセイの工程を例示する。2つの異なる試験試料、緩衝液および血漿を用いて、アッセイを行った。
ドを、65%の湿度で、室温で1時間インキュベーションし、その後、65℃で1時間インキュベーションし、そして最後に、室温で一晩インキュベーションした。残ったアミン反応基を20mM NaOH中で5分間加水分解し、その後、10回、H2Oリンスし、そして次いで、N2流下で乾燥させた。使用前に、室温、暗所で、乾燥チャンバー中、スライドを保存した。
[00152]本実施例は、緩衝液中、10の光アプタマーおよびそのターゲットタンパク質を用いた、多重化形式の、図2A、2B、および2Cに例示するようなアッセイの
工程を例示する。
イ
[00157]本実施例は、血清試料中の測定のため、57の光アプタマーを用いた、多重化形式の、図2A、2B、および2Cに例示するようなアッセイの有用性を示す。
[00163]この実施例は、図3に示すアッセイにおける、場合による2つの工程、動力学的負荷後の未結合タンパク質の除去の使用を例示する。希釈によって達成される動力学的負荷は、血漿中のアプタマー−ターゲット・アフィニティー複合体の保持を伴う、アプタマー−タンパク質非特異的複合体の喪失を例示する。この実施例はまた、希釈後に試料を濃縮し、そして染色前に未結合タンパク質の除去を可能にする、ビーズ捕捉の使用も例示する。
に、タグ化光アプタマーを調製した。
[00169]この実施例は、図3に示すアッセイにおいて、動力学的負荷を導入する、場合による工程を例示する。競合剤分子の添加による、この実施例で達成される動力学的負荷は、血漿中のアプタマー−ターゲット・アフィニティー複合体を維持しながら、アプタマー−タンパク質非特異的複合体の喪失を例示する。
[00175]この実施例は、図3に示すアッセイにおいて、動力学的負荷を導入する、場合による工程を例示する。ビーズ上にアプタマー・アフィニティー複合体を捕捉し、そして解離したターゲットタンパク質が架橋前に除去されるように、固定された複合体を洗浄することによって、この実施例において動力学的負荷を達成する。
ブの濃度の光アプタマー:ビオチン化プローブ複合体を、アッセイ緩衝液(SB17、0.1%Tween(登録商標)20)または血漿(SB18、0.1%Tween(登録商標)20中の10%血漿)のいずれかにおいて、タンパク質不含対照、ならびにターゲットタンパク質、tPA、PAI−1、およびIL−6の6つの連続希釈濃度と混合した。7が各々緩衝液および血漿である、100μl体積中のこれらの14の試料を、37℃で30分間インキュベーションし、その後、50μgのDynal MyOneストレプトアビジンビーズを各試料に添加し、そして混合しながら37℃で2分間インキュベーションして、非共有光アプタマー:ビオチン化プローブ:タンパク質複合体を捕捉した。ビーズを、100μlのSB17、0.1%Tween(登録商標)20、0.1mg/mlニシン***DNAで30秒間3回洗浄し、100μlの同溶液に再懸濁し、そして混合しながら、4JのUV光(OAI Hgランプのフィルター処理した光源)を照射した。
HEPES、pH7.5、0.33%Triton X−100に懸濁し、そして、70℃で5分間加熱して、磁気ビーズからアプタマーを溶出させた。実施例2に記載するように、ガスケットを取り付けたスライドを調製し、そしてプレハイブリダイズさせた。溶出したアプタマーを含有する各上清の90μlを、30μlの40mM HEPES、pH7.5、3M NaCl、0.33%Triton X−100と合わせて、70℃で2分間インキュベーションし、そして各々の110μlをスライドウェルに移した。加湿チャンバー中でスライドを45℃で一晩インキュベーションした。試料を除去し、そして45℃、150μlのSB17、0.1%Tween−20、0.33%Triton X−100、1Mグアニジン塩酸で3回リンスした。ガスケットを取り付けたスライドを分解し、30mlのSB17、0.1%Tween−20、0.33%Triton X−100、1Mグアニジン塩酸を含有するパップジャーにスライドを入れ、そして45℃で20分間、回転によって混合した。次いで、30mlのSB17、0.1%TWEEN−20を含有するパップジャーにスライドを移し、そして20℃で2分間、回転によって混合し、混合せずに、30mlの0.2xSB17、0.02%TWEEN20を含有するパップジャーに15秒間移し、そして、実施例2に記載するように、乾燥させ、スキャンし、そして定量化した。
[00181]この実施例は、図3に示すように、表面上でのハイブリダイゼーション捕捉前に、未結合アプタマーを除去する、場合による工程を例示する。未結合アプタマーが溶液中に残りつつ、K+/SDSによるタンパク質およびアプタマー−タンパク質共有複合体の沈殿によって、未結合アプタマーを除去する。未結合アプタマーを含有する上清を廃棄し、そしてペレットを懸濁して、この工程を完了する。
KClを各反応に添加し、そして試料を10秒間、勢いよくボルテックスし、次いで、氷上で10分間保持した。微量遠心分離装置中、4℃、8,000gで5分間遠心分離することによって、沈殿物をペレットにした。生じた上清を廃棄した。冷200mM KCl、10mM HEPES(pH7.5)を添加することによって、ペレットを洗浄し、その後、5秒間、穏やかにボルテックス混合した。4℃、8,000gで5分間遠心分離することによって、沈殿物を再びペレットにした。洗浄上清を廃棄した。各ペレットを200μlの温(>37℃)1mM EDTA、10mM HEPES(pH7.5)に懸濁した。実施例4に記載する常磁性ビーズを各試料に添加して、そしてビーズ懸濁物を50℃で30分間、勢いよく混合した。マイクロウェルプレート磁石を用いて、100μlのSB17、0.1%Tween(登録商標)20緩衝液でビーズを3回洗浄した。0.2mg/mlのアミン反応性NHS−Alexa647を含有する炭酸緩衝液(pH8.5)中にビーズを懸濁し、そして一定して混合しながら、25℃で60分間インキュベーションした。実施例4に記載するように、反応を停止し、ビーズを洗浄し、アプタマーを溶出させ、そしてハイブリダイズさせた。実施例1に記載するように、スライドをスキャンし、そして定量化した。
[00186]この実施例は、固体支持体上のプローブへの光アプタマー複合体のハイブリダイゼーション中に、界面活性剤および高塩濃度を用いた場合の、光アプタマーへのターゲット分子の共有結合の影響を示す。ここでは光活性化によって仲介される共有架橋を伴う場合および伴わない場合両方で行ったアッセイの結果を、血漿試料および緩衝液中にbFGFを含有する試料に関して比較する。
[00191]この実施例は、図2A、2B、および2Cに例示するアッセイ形式における、修飾ヌクレオチドを含有する光アプタマーの活性を例示する。タンパク質C4bに対するDNA光アプタマー(1987−74)は、標準的なdTおよびdCの代わりに、5−ベンジル−dTおよび5−ブロモ−dCヌクレオチドで構成される。
(登録商標)20中の以下の濃度のC4bタンパク質の希釈シリーズとインキュベーションした:25nM、5nM、1nM、0.2nM、0.04nMおよびタンパク質不含対照。実施例1におけるように、試料を平衡化し、そして照射し、その後、2μlのニシン***DNA(10mg/ml)を添加した。各試料に、7.5μl NHS−Alexa−647(DMSO中、1.33mg/ml)を添加することによって、C4bタンパク質を蛍光標識し、そして室温で2時間インキュベーションした。25μlの5M NaCl、5μlの10%Triton−100および1μlの100mMグリシンを添加して、未反応標識を反応停止し、非共有相互作用を破壊し、そして続くハイブリダイゼーションを容易にした。
[00197]この実施例は、異なる組成の2つの表面、先の実施例のメタクリレート・コポリマー表面およびガラス支持体上のSchott Nexterionアミン反応性表面上のアッセイの機能性を示す。さらに、先の実施例におけるように、ターゲットタンパク質にAlexa−647を直接付着させることによって、またはまずターゲットタンパク質をビオチンでタグ化し、その後、ストレプトアビジン−Alexa−647で標識することによって、ターゲットタンパク質染色反応を行う。アッセイは、どちらかの表面または染色法を用いた、緩衝液におけるVEGFタンパク質の定量的検出を可能にする。
[00203]この実施例は、アッセイのハイブリダイゼーション捕捉工程に関する、さらに別の表面、Affymetrix GeneChip(登録商標)Test3アレイ(石英ガラス表面)の有用性を示す。緩衝液中および血清中の両方で、アッセイを行った。
etrix GeneChip(登録商標)Test3アレイ上の201および1121と称される2つのプローブの逆相補体を、アプタマー509−80および6−7に割り当て、そして実施例1に記載するように調製した。
[00208]この実施例は、脱脂乳、Superblock、または非染色性血漿でブロッキングすることによる、Affymetrix GeneChip(登録商標)Test3アレイ上の血清および血漿吸着に対する表面不動態化を例示する。
た。
[00215]この実施例は、脱脂乳でブロッキングしたコーティングガラス表面上のAffymetrix GeneChip(登録商標)Test3アレイ上の、ターゲットタンパク質IL−1 R4およびbFGFのハイブリダイゼーション捕捉を例示する。
4つの溶液を、10%血漿中で調製して、タンパク質対に関して、以下の最終濃度を生じた(IL−1 R4、bFGF):(0、0)、(1nM、30pM)、(100pM、1nM)、および(10pM、100pM)。血漿希釈剤は、0.9xSB18、100μg/mlニシン***DNA、5μg/ml(BrdU)30、0.1%Tween(登録商標)20および10%血漿を含有した。試料を37℃で30分間インキュベーションし、そして実施例1に記載するように照射した。1μlのDMSO中の5mg/ml NHS−PEO4−ビオチンを各試料に添加し、そして室温で2時間インキュベーションし、その後、2μlの100mMグリシン(pH7.5)、1μlの10%SDSおよび5μlの10%Triton X−100を添加した。次いで、試料を95℃に10分間加熱し、室温まで冷却するのを可能にし、そして10μlの10%BSAおよび25μlの5M NaClを添加して反応停止した。次いで、1μlの100xプローブ−108を対照配列として添加した。
[00219]この実施例は、試験試料中に存在しうるターゲット分子を検出し、そして場合によって定量化するための、固体支持体としてのLuminex SeroMapTM微小球体の使用を示す。緩衝液中にスパイク処理したターゲットタンパク質を用いて、これらのアッセイを行った。検出装置は、Luminex 100IS装置システムであった。
洗浄した。この緩衝液のD−ビオチン構成要素の目的は、未結合ストレプトアビジン結合部位を飽和させることであった。光アプタマーコンジュゲート化ターゲットタンパク質をビオチンで標識する目的のため、洗浄したビーズを100μlの100mM重炭酸ナトリウム(PH8.5)、1mM EDTA、0.02%Tween(登録商標)20、および150μMスルホ−NHS−LC−ビオチン(Pierce Biotechnology)に懸濁した。このビオチン化反応を、一定して混合しながら、25℃で1時間インキュベーションした。次いで、100μl SB17、3.14Mグアニジン塩酸、0.05%Tween(登録商標)20で3回洗浄し、その後、100μl SB17、0.33%Triton X−100で2回洗浄した。洗浄したビーズを100μlの10μM D−ビオチン、0.05%Tween(登録商標)20、10mM HEPES、pH7.5に懸濁し、次いで、70℃で5分間加熱して、ビーズ結合相補的ビオチン化オリゴヌクレオチドから光アプタマーを遊離させた。各アッセイ試料に関して、75μlのビーズ溶出物体積を25μlの以下の高塩緩衝液と合わせた:4M NaCl、0.4%Tween(登録商標)20、160mM Tris−Cl、pH8.0。SDS(20%の11.25μl)を添加し、そして各アッセイ試料を、30μlの適切なプローブコンジュゲート化SeroMapTM微小球体(プローブあたり1500の色コード微小球体、0.1%Tween(登録商標)20、1M NaCl、1.25%BSA、40mM
Tris−Cl、pH8.0)の混合物に移した。微小球体コンジュゲート化プローブへの光アプタマーのハイブリダイゼーションを促進するため、アッセイ試料を一定して混合しながら65℃で2時間インキュベーションした。65℃のまま、アッセイ試料を96ウェル・マイクロタイター真空ろ過プレートに移し、そして200mM NaCl、0.1%Tween(登録商標)20、40mM Tris−Cl(pH8.0)で、微小球体を65℃で4回洗浄した。次いで、微小球体を80μlの200mM NaCl、0.1%Tween(登録商標)20、40mM Tris−Cl(pH8.0)に懸濁し、そして96ウェル・マイクロタイタープレートに移した。20μlの10μg/mlストレプトアビジン−R−フィコエリトリン(Molecular Probes #S866)を添加して、光アプタマー−架橋ビオチン化ターゲットタンパク質の検出を可能にした。37℃で15分間インキュベーションした後、アッセイ試料を標準的Luminex装置シグナル(R−フィコエリトリン)定量化プロトコルに供した。
[請求項1]
試験試料中に存在しうるターゲット分子を検出するための方法であって:
(a)タグを含み、そしてターゲット分子に対する特異的アフィニティーを有するアプタマーと、試験試料を接触させ、ここで、前記試験試料中に前記ターゲット分子が存在するならば、アプタマー・アフィニティー複合体が形成され;
(b)前記タグがプローブと会合することが可能になるように、前記プローブを含む固体支持体表面を前記アプタマー・アフィニティー複合体と接触させ;
(c)(d)に先立つ任意の時点で、前記アプタマー・アフィニティー複合体と標識剤を接触させ;そして
(d)前記標識剤を検出することによって、前記表面上の前記ターゲット分子を検出する
工程を含む、前記方法。
[請求項2]
前記アプタマーが一本鎖核酸または二本鎖核酸である、請求項1の方法。
[請求項3]
前記アプタマーがDNAまたはRNAを含む、請求項2の方法。
[請求項4]
前記アプタマーが、少なくとも1つの化学的修飾を含む、請求項3の方法。
[請求項5]
前記の少なくとも1つの化学的修飾が、リボース位、デオキシリボース位、リン酸位、および塩基位から独立に選択される1以上の位での化学的置換である、請求項4の方法。[請求項6]
前記の少なくとも1つの化学的修飾が、2’位糖修飾、2’−アミノ(2’−NH2)、2’−フルオロ(2’−F)、2’−O−メチル(2’−OMe)、5位ピリミジン修飾、8位プリン修飾、シトシン環外アミンでの修飾、5−ブロモウラシルの置換、5−ブロモデオキシウリジンの置換、5−ブロモデオキシシチジンの置換、主鎖修飾、メチル化、3’キャップ、および5’キャップから独立に選択される、請求項4の方法。
[請求項7]
前記の少なくとも1つの化学的修飾が、5−(N−ベンジルカルボキシアミド)−2’−デオキシウリジン、5−(N−イソブチルカルボキシアミド)−2’−デオキシウリジン、5−(N−[2−(1H−インドール−3イル)エチル]カルボキシアミド)−2’−デオキシウリジン、5−(N−[1−(3−トリメチルアンモニウム)プロピル]カルボキシアミド)−2’−デオキシウリジンクロリド、5−(N−ナフチルカルボキシアミド)−2’−デオキシウリジン、および5−(N−[1−(2,3−ジヒドロキシプロピル)]カルボキシアミド)−2’−デオキシウリジンから独立に選択される、請求項4の方法。
[請求項8]
前記タグが、前記アプタマーの5’端である、請求項2の方法。
[請求項9]
前記タグが、前記アプタマーの3’端である、請求項2の方法。
[請求項10]
前記タグが、前記アプタマーの5’端および3’端の間に位置するヌクレオチド配列である、請求項2の方法。
[請求項11]
前記アプタマーが、可変配列によって3’固定端から分離された5’固定端を含み、そして前記タグが、前記アプタマーの5’固定端または3’固定端のいずれか内に含まれる、請求項10の方法。
[請求項12]
前記アプタマーが、可変配列によって3’固定端から分離された5’固定端を含み、そして前記タグが、前記アプタマーの可変配列または前記アプタマーの可変配列の任意の部分である、請求項10の方法。
[請求項13]
前記アプタマーが、可変配列によって3’固定端から分離された5’固定端を含み、そして前記タグが、前記アプタマーの可変配列の少なくとも一部および前記固定端の1つの少なくとも一部を含む、ヌクレオチド配列である、請求項10の方法。
[請求項14]
前記アプタマーが、可変配列によって3’固定端から分離された5’固定端を含み、そして前記タグが、前記アプタマーの可変配列、および前記固定端の少なくとも1つの一部を含む、ヌクレオチド配列である、請求項10の方法。
[請求項15]
前記アプタマーが、可変配列によって3’固定端から分離された5’固定端を含み、そして前記タグが、前記アプタマーの可変配列および両方の固定端を含む、ヌクレオチド配列である、請求項10の方法。
[請求項16]
前記ターゲット分子が、タンパク質、炭水化物、多糖、糖タンパク質、ホルモン、受容体、抗原、抗体、ウイルス、基質、代謝物、遷移状態類似体、補因子、阻害剤、薬剤、色素、栄養物、増殖因子、組織、および規制物質からなる群より選択される、請求項1の方法。
[請求項17]
前記ターゲット分子がタンパク質である、請求項16の方法。
[請求項18]
前記試験試料が生物学的試料である、請求項1の方法。
[請求項19]
前記生物学的試料が、全血、白血球、末梢血単核細胞、血漿、血清、痰、息、尿、***、唾液、髄膜液、羊水、腺液、リンパ液、乳頭吸引液、気管支吸引液、滑液、関節吸引液、細胞、細胞抽出物、糞便、組織、組織抽出物、組織生検、および脳脊髄液から選択される、請求項18の方法。
[請求項20]
前記生物学的試料が血漿または血清である、請求項19の方法。
[請求項21]
前記プローブが、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド核酸、ロック核酸、オリゴ糖、多糖、抗体、アフィボディ、抗体模倣体、細胞受容体、リガンド、脂質、および任意のこれらの構造の任意の一部から独立に選択される、少なくとも1つの構成要素を含む、請求項1の方法。
[請求項22]
前記タグが、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド核酸、ロック核酸、オリゴ糖、多糖、抗体、アフィボディ、抗体模倣体、細胞受容体、リガンド、脂質、および任意のこれらの構造の任意の一部から独立に選択される、少なくとも1つの構成要素を含む、請求項1の方法。
[請求項23]
前記タグが、ハイブリダイゼーションを通じて前記プローブと会合する、請求項1の方法。
[請求項24]
前記タグが第一のヌクレオチド配列を含み、そして前記プローブが第二のヌクレオチド配列を含み、そして前記の第一のヌクレオチド配列が前記の第二のヌクレオチド配列に相補的である、請求項23の方法。
[請求項25]
前記タグが、リンカー分子を通じて、前記プローブと会合することが可能になるように
、前記タグまたは前記プローブを前記リンカー分子と接触させる工程をさらに含む、請求項1のいずれかの方法。
[請求項26]
前記リンカー分子が、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド核酸、ロック核酸、オリゴ糖、多糖、抗体、アフィボディ、抗体模倣体、細胞受容体、リガンド、脂質、および任意のこれらの構造の任意の一部から独立に選択される、1以上の分子を含む、請求項25の方法。
[請求項27]
前記リンカー分子が、少なくとも1つの一本鎖ポリヌクレオチドを含み、前記ポリヌクレオチドが、DNA、RNA、または両方を含む、請求項26の方法。
[請求項28]
前記タグが第一のヌクレオチド配列を含み、そして前記プローブが第二のヌクレオチド配列を含み、前記の少なくとも1つの一本鎖ポリヌクレオチドが、前記の第一のヌクレオチド配列に相補的なタグ会合構成要素および前記の第二のヌクレオチド配列に相補的なプローブ会合構成要素を含み、そして前記タグ会合構成要素が前記の第一のヌクレオチド配列にハイブリダイズし、そして前記プローブ会合構成要素が前記の第二のヌクレオチド配列にハイブリダイズする、請求項27の方法。
[請求項29]
前記固体支持体が、マイクロタイターウェル、顕微鏡スライド、シクロオレフィン・コポリマー支持体、膜、プラスチック支持体、常磁性ビーズ、帯電紙、ナイロン、ラングミュア−ボジェット(Langmuir−Bodgett)膜、ガラス、ゲルマニウム支持体、シリコン支持体、シリコンウェハーチップ、フロースルーチップ、マイクロビーズ、ポリテトラフルオロエチレン支持体、ポリスチレン支持体、ガリウムヒ素支持体、金支持体、および銀支持体から選択される、請求項1の方法。
[請求項30]
前記表面が、金属、酸化金属、ポリマー、小有機分子、メタクリレート・コポリマー、ポリアクリルアミド、多糖、リン脂質、ポリウレタン、ポリエステル、ポリカーボネート、ポリ尿素、ポリアミド、ポリエチレンアミン、ポリアリーレンスルフィド、ポリシロキサン、ポリイミド、ポリアセテート、および三次元ポリマーマトリックスから独立に選択される、少なくとも1つの表面修飾層を含む、請求項29の方法。
[請求項31]
前記表面が複数の空間的に定義されたアドレスを含み、そして複数の前記アドレスが各々、その上に配置された少なくとも1つのプローブを含む、請求項1の方法。
[請求項32]
前記ターゲット分子を検出する工程が、前記表面上のアドレスで前記標識剤を検出する工程を含む、請求項31の方法。
[請求項33]
前記標識剤が、検出可能部分で前記ターゲット分子を標識可能な1以上の試薬を含む、請求項1の方法。
[請求項34]
前記試薬の少なくとも1つが、前記ターゲット分子上の官能基と反応する、請求項33の方法。
[請求項35]
前記官能基が、一次アミン、チオール、アルコール、およびカルボキシレートからなる群より選択される、請求項34の方法。
[請求項36]
前記検出可能部分が、色素、放射標識、酵素、および酵素基質からなる群より選択される、請求項33の方法。
[請求項37]
前記色素が蛍光体である、請求項36の方法。
[請求項38]
前記酵素がアルカリホスファターゼまたは西洋ワサビ(horseradish)ペルオキシダーゼである、請求項36の方法。
[請求項39]
前記ターゲット分子を定量化する工程をさらに含む、請求項1の方法。
[請求項40]
試験試料中に存在しうるターゲット分子を検出するための方法であって:
(a)タグを含み、そしてターゲット分子に対する特異的アフィニティーを有するアプタマーと、試験試料を接触させ、ここで、前記試験試料中に前記ターゲット分子が存在するならば、アプタマー・アフィニティー複合体が形成され;
(b)前記タグがプローブと会合することが可能になるように、前記プローブを含む固体支持体表面を前記アプタマー・アフィニティー複合体と接触させ;
(c)前記アプタマー・アフィニティー複合体を検出のために調製し;そして
(d)質量分析を用いて、前記ターゲット分子を検出する
工程を含む、前記方法。
[請求項41]
前記ターゲット分子を定量化する工程をさらに含む、請求項40の方法。
[請求項42]
前記ターゲットが、エレクトロスプレー・イオン化、マトリックス支援レーザー脱離イオン化(MALDI)、表面増強レーザー脱離イオン化(SELDI)、または電子衝撃イオン化を用いて検出される、請求項40の方法。
[請求項43]
試験試料中に存在しうるターゲット分子を検出するための方法であって:
(a)ターゲット分子に対する特異的アフィニティーを有するアプタマーと、試験試料を接触させ、ここで、前記試験試料中に前記ターゲット分子が存在するならば、アプタマー・アフィニティー複合体が形成され;
(b)前記試験試料中に存在するいかなる未結合(free)アプタマーも、アプタマー・アフィニティー複合体から分配し;そして
(c)定量的PCR(Q−PCR)を用いて前記アプタマー・アフィニティー複合体を検出し、そしてそれによって前記ターゲット分子を検出する
工程を含む、前記方法。
[請求項44]
前記ターゲット分子を定量化する工程をさらに含む、請求項43の方法。
[請求項45]
TaqMan(登録商標)PCRを用いるか、PCRプロセス中に挿入蛍光色素を用いるか、またはPCRプロセス中に分子ビーコンを用いて、前記Q−PCRを行う、請求項43の方法。
[請求項46]
試験試料中に存在しうるターゲット分子を検出するための方法であって:
(a)タグを含み、そしてターゲット分子に対する特異的アフィニティーを有するアプタマーと、試験試料を接触させ、ここで、前記試験試料中に前記ターゲット分子が存在するならば、アプタマー・アフィニティー複合体が形成され;
(b)前記アプタマー・アフィニティー複合体をアプタマー共有複合体に変換し;
(c)前記タグがプローブと会合することが可能になるように、前記プローブを含む固体支持体表面を前記アプタマー共有複合体と接触させ;
(d)(e)に先立つ任意の時点で、前記アプタマー共有複合体と標識剤を接触させ;そして
(e)前記標識剤を検出することによって、前記表面上の前記ターゲット分子を検出する
工程を含む、前記方法。
[請求項47]
前記アプタマーが一本鎖核酸または二本鎖核酸である、請求項46の方法。
[請求項48]
前記アプタマーがDNAまたはRNAを含む、請求項47の方法。
[請求項49]
前記アプタマーが、少なくとも1つの化学的修飾を含む、請求項48。
[請求項50]
前記の少なくとも1つの化学的修飾が、リボース位、デオキシリボース位、リン酸位、および塩基位から独立に選択される1以上の位での化学的置換である、請求項49の方法。
[請求項51]
前記の少なくとも1つの化学的修飾が、2’位糖修飾、2’−アミノ(2’−NH2)、2’−フルオロ(2’−F)、2’−O−メチル(2’−OMe)、5位ピリミジン修飾、8位プリン修飾、シトシン環外アミンでの修飾、5−ブロモウラシルの置換、5−ブロモデオキシウリジンの置換、5−ブロモデオキシシチジンの置換、主鎖修飾、メチル化、3’キャップ、および5’キャップから独立に選択される、請求項49の方法。
[請求項52]
前記の少なくとも1つの化学的修飾が、5−(N−ベンジルカルボキシアミド)−2’−デオキシウリジン、5−(N−イソブチルカルボキシアミド)−2’−デオキシウリジン、5−(N−[2−(1H−インドール−3イル)エチル]カルボキシアミド)−2’−デオキシウリジン、5−(N−[1−(3−トリメチルアンモニウム)プロピル]カルボキシアミド)−2’−デオキシウリジンクロリド、5−(N−ナフチルカルボキシアミド)−2’−デオキシウリジン、および5−(N−[1−(2,3−ジヒドロキシプロピル)]カルボキシアミド)−2’−デオキシウリジンから独立に選択される、請求項49の方法。
[請求項53]
前記アプタマーが光アプタマー(photoaptamer)である、請求項46の方法。
[請求項54]
前記光アプタマーが、5−ブロモウラシル、5−ヨードウラシル、5−ブロモビニルウラシル、5−ヨードビニルウラシル、5−アジドウラシル、4−チオウラシル、5−チオウラシル、4−チオシトシン、5−ブロモシトシン、5−ヨードシトシン、5−ブロモビニルシトシン、5−ヨードビニルシトシン、5−アジドシトシン、8−アジドアデニン、8−ブロモアデニン、8−ヨードアデニン、8−アジドグアニン、8−ブロモグアニン、8−ヨードグアニン、8−アジドヒポキサンチン、8−ブロモヒポキサンチン、8−ヨードヒポキサンチン、8−アジドキサンチン、8−ブロモキサンチン、8−ヨードキサンチン、5−[(4−アジドフェナシル)チオ]シトシン、5−[(4−アジドフェナシル)チオ]ウラシル、7−デアザ−7−ヨードアデニン、7−デアザ−7−ヨードグアニン、7−デアザ−7−ブロモアデニン、7−デアザ−7−ブロモグアニン、ベンゾフェノン、アントラキノン、4−アジド−2−ニトロ−アニリン、ソラレン、および任意のこれらの誘導体から独立に選択される1以上の光反応性官能基を含む、請求項53の方法。
[請求項55]
前記の光アプタマー・アフィニティー複合体を光アプタマー共有複合体に変換する工程が、前記光アプタマー・アフィニティー複合体を照射供給源に曝露する工程を含む、請求項54の方法。
[請求項56]
前記タグが、前記アプタマーの5’端である、請求項47の方法。
[請求項57]
前記タグが、前記アプタマーの3’端である、請求項47の方法。
[請求項58]
前記タグが、前記アプタマーの5’端および3’端の間に位置するヌクレオチド配列である、請求項47の方法。
[請求項59]
前記アプタマーが、可変配列によって3’固定端から分離された5’固定端を含み、そして前記タグが、前記アプタマーの5’固定端または3’固定端のいずれか内に含まれる、請求項58の方法。
[請求項60]
前記アプタマーが、可変配列によって3’固定端から分離された5’固定端を含み、そして前記タグが、前記アプタマーの可変配列または前記アプタマーの可変配列の任意の部分である、請求項58の方法。
[請求項61]
前記アプタマーが、可変配列によって3’固定端から分離された5’固定端を含み、そして前記タグが、前記アプタマーの可変配列の少なくとも一部および前記固定端の1つの少なくとも一部を含む、ヌクレオチド配列である、請求項58の方法。
[請求項62]
前記アプタマーが、可変配列によって3’固定端から分離された5’固定端を含み、そして前記タグが、前記アプタマーの可変配列、および前記固定端の少なくとも1つの一部を含む、ヌクレオチド配列である、請求項58の方法。
[請求項63]
前記アプタマーが、可変配列によって3’固定端から分離された5’固定端を含み、そして前記タグが、前記アプタマーの可変配列および両方の固定端を含む、ヌクレオチド配列である、請求項58の方法。
[請求項64]
前記ターゲット分子が、タンパク質、炭水化物、多糖、糖タンパク質、ホルモン、受容体、抗原、抗体、ウイルス、基質、代謝物、遷移状態類似体、補因子、阻害剤、薬剤、色素、栄養物、増殖因子、組織、および規制物質からなる群より選択される、請求項46の方法。
[請求項65]
前記ターゲット分子がタンパク質である、請求項64の方法。
[請求項66]
前記試験試料が生物学的試料である、請求項46の方法。
[請求項67]
前記生物学的試料が、全血、白血球、末梢血単核細胞、血漿、血清、痰、息、尿、***、唾液、髄膜液、羊水、腺液、リンパ液、乳頭吸引液、気管支吸引液、滑液、関節吸引液、細胞、細胞抽出物、糞便、組織、組織抽出物、組織生検、および脳脊髄液から選択される、請求項66の方法。
[請求項68]
前記生物学的試料が血漿または血清である、請求項66の方法。
[請求項69]
前記プローブが、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド核酸、ロック核酸、オリゴ糖、多糖、抗体、アフィボディ、抗体模倣体、細胞受容体、リガンド、脂質、および任意のこれらの構造の任意の一部から独立に選択される、少なくとも1つの構成要素を含む、請求項46の方法。
[請求項70]
前記タグが、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド核酸、ロック核酸、オリゴ糖、多糖、抗体、アフィボディ、抗体模倣体、細胞受容体、リガンド、脂質、および任意のこれらの構造の任意の一部から独立に選択される、少なくとも1つの構成要素を含む、請求項46の方法。
[請求項71]
前記タグが、ハイブリダイゼーションを通じて前記プローブと会合する、請求項46の
方法。
[請求項72]
前記タグが第一のヌクレオチド配列を含み、そして前記プローブが第二のヌクレオチド配列を含み、そして前記の第一のヌクレオチド配列が前記の第二のヌクレオチド配列に相補的である、請求項71の方法。
[請求項73]
前記タグが、リンカー分子を通じて、前記プローブと会合することが可能になるように、前記タグまたは前記プローブを前記リンカー分子と接触させる工程をさらに含む、請求項46の方法。
[請求項74]
前記リンカー分子が、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド核酸、ロック核酸、オリゴ糖、多糖、抗体、アフィボディ、抗体模倣体、細胞受容体、リガンド、脂質、および任意のこれらの構造の任意の一部から独立に選択される、1以上の分子を含む、請求項73の方法。
[請求項75]
前記リンカー分子が、少なくとも1つの一本鎖ポリヌクレオチドを含み、前記ポリヌクレオチドが、DNA、RNA、または両方を含む、請求項74の方法。
[請求項76]
前記タグが第一のヌクレオチド配列を含み、そして前記プローブが第二のヌクレオチド配列を含み、前記の少なくとも1つの一本鎖ポリヌクレオチドが、前記の第一のヌクレオチド配列に相補的なタグ会合構成要素および前記の第二のヌクレオチド配列に相補的なプローブ会合構成要素を含み、そして前記タグ会合構成要素が前記の第一のヌクレオチド配列にハイブリダイズし、そして前記プローブ会合構成要素が前記の第二のヌクレオチド配列にハイブリダイズする、請求項75の方法。
[請求項77]
前記固体支持体が、マイクロタイターウェル、顕微鏡スライド、シクロオレフィン・コポリマー支持体、膜、プラスチック支持体、常磁性ビーズ、帯電紙、ナイロン、ラングミュア−ボジェット膜、ガラス、ゲルマニウム支持体、シリコン支持体、シリコンウェハーチップ、フロースルーチップ、マイクロビーズ、ポリテトラフルオロエチレン支持体、ポリスチレン支持体、ガリウムヒ素支持体、金支持体、および銀支持体から選択される、請求項46の方法。
[請求項78]
前記表面が、金属、酸化金属、ポリマー、小有機分子、メタクリレート・コポリマー、ポリアクリルアミド、多糖、リン脂質、ポリウレタン、ポリエステル、ポリカーボネート、ポリ尿素、ポリアミド、ポリエチレンアミン、ポリアリーレンスルフィド、ポリシロキサン、ポリイミド、ポリアセテート、および三次元ポリマーマトリックスから独立に選択される、少なくとも1つの表面修飾層を含む、請求項77の方法。
[請求項79]
前記表面が複数の空間的に定義されたアドレスを含み、そして複数の前記アドレスが各々、その上に配置された少なくとも1つのプローブを含む、請求項46の方法。
[請求項80]
前記ターゲット分子を検出する工程が、前記表面上のアドレスで前記標識剤を検出する工程を含む、請求項79の方法。
[請求項81]
前記標識剤が、検出可能部分で前記ターゲット分子を標識可能な1以上の試薬を含む、請求項46の方法。
[請求項82]
前記試薬の少なくとも1つが、前記ターゲット分子上の官能基と反応する、請求項81の方法。
[請求項83]
前記官能基が、一次アミン、チオール、アルコール、およびカルボキシレートからなる群より選択される、請求項82の方法。
[請求項84]
前記検出可能部分が、色素、放射標識、酵素、および酵素基質からなる群より選択される、請求項81の方法。
[請求項85]
前記色素が蛍光体である、請求項84の方法。
[請求項86]
前記酵素がアルカリホスファターゼまたは西洋ワサビ・ペルオキシダーゼである、請求項84の方法。
[請求項87]
前記ターゲット分子を定量化する工程をさらに含む、請求項46の方法。
[請求項88]
試験試料中に存在しうるターゲット分子を検出するための方法であって:
(a)タグを含み、そしてターゲット分子に対する特異的アフィニティーを有するアプタマーと、試験試料を接触させ、ここで、前記試験試料中に前記ターゲット分子が存在するならば、アプタマー・アフィニティー複合体が形成され;
(b)前記アプタマー・アフィニティー複合体をアプタマー共有複合体に変換し;
(c)前記タグがプローブと会合することが可能になるように、前記プローブを含む固体支持体表面を前記アプタマー共有複合体と接触させ;
(d)前記アプタマー共有複合体を検出のために調製し;そして
(e)質量分析を用いて、前記ターゲット分子を検出する
工程を含む、前記方法。
[請求項89]
前記ターゲット分子を定量化する工程をさらに含む、請求項88の方法。
[請求項90]
前記ターゲットが、エレクトロスプレー・イオン化、マトリックス支援レーザー脱離イオン化(MALDI)、表面増強レーザー脱離イオン化(SELDI)、または電子衝撃イオン化を用いて検出される、請求項88の方法。
[請求項91]
試験試料中に存在しうるターゲット分子を検出するための方法であって:
(a)ターゲット分子に対する特異的アフィニティーを有するアプタマーと、試験試料を接触させ、ここで、前記試験試料中に前記ターゲット分子が存在するならば、アプタマー・アフィニティー複合体が形成され;
(b)前記アプタマー・アフィニティー複合体をアプタマー共有複合体に変換し;
(c)前記試験試料中に存在するいかなる未結合アプタマーも、アプタマー共有複合体から分配し;そして
(d)定量的PCR(Q−PCR)を用いて前記アプタマー共有複合体を検出し、そしてそれによって前記ターゲット分子を検出する
工程を含む、前記方法。
[請求項92]
前記ターゲット分子を定量化する工程をさらに含む、請求項91の方法。
[請求項93]
TaqMan(登録商標)PCRを用いるか、PCRプロセス中に挿入蛍光色素を用いるか、またはPCRプロセス中に分子ビーコンを用いて、前記Q−PCRを行う、請求項91の方法。
[請求項94]
試験試料中に存在しうるターゲット分子を検出するための方法であって:
(a)試験試料を少なくとも1つの競合剤分子と接触させ、ここで、前記試験試料が、ターゲット分子、非ターゲット分子、またはターゲット分子および非ターゲット分子の両
方を含むならば、少なくとも1つの非特異的複合体が形成され;
(b)タグを含み、そして前記ターゲット分子に対する特異的アフィニティーを有するアプタマーと、前記試験試料を接触させ、ここで、前記試験試料中に前記ターゲット分子が存在するならば、アプタマー・アフィニティー複合体が形成され;
(c)前記アプタマー・アフィニティー複合体をアプタマー共有複合体に変換し;
(d)前記タグがプローブと会合することが可能になるように、前記プローブを含む固体支持体表面を前記アプタマー共有複合体と接触させ;
(e)(f)に先立つ任意の時点で、前記アプタマー共有複合体と標識剤を接触させ;そして
(f)前記標識剤を検出することによって、前記表面上の前記ターゲット分子を検出する
工程を含む、前記方法。
[請求項95]
前記の少なくとも1つの競合剤分子が、オリゴヌクレオチド、ポリアニオン、無塩基性ホスホジエステルポリマー、dNTP、およびピロリン酸から独立に選択される、請求項94の方法。
[請求項96]
前記の少なくとも1つの競合剤分子がヘパリンまたはポリデキストランである、請求項95の方法。
[請求項97]
前記の少なくとも1つの競合剤分子が硫酸デキストランである、請求項95の方法。
[請求項98]
試験試料中に存在しうるターゲット分子を検出するための方法であって:
(a)タグを含み、そしてターゲット分子に対する特異的アフィニティーを有するアプタマーと、試験試料を接触させ、ここで、前記試験試料中に前記ターゲット分子が存在するならば、アプタマー・アフィニティー複合体が形成され;
(b)前記試験試料中に存在する前記アプタマー、前記ターゲット分子、およびいかなる非ターゲット分子にも、動力学的に負荷を与える(challenge)条件または処理に、前記試験試料を曝露し;
(c)前記アプタマー・アフィニティー複合体をアプタマー共有複合体に変換し;
(d)前記タグがプローブと会合することが可能になるように、前記プローブを含む固体支持体表面を前記アプタマー共有複合体と接触させ;
(e)(f)に先立つ任意の時点で、前記アプタマー共有複合体と標識剤を接触させ;そして
(f)前記標識剤を検出することによって、前記表面上の前記ターゲット分子を検出する
工程を含む、前記方法。
[請求項99]
前記アプタマーに動力学的に負荷を与える前記条件または処理が、少なくとも1つの競合剤分子と前記試験試料を接触させることを含む、請求項98の方法。
[請求項100]
前記の少なくとも1つの競合剤分子が、オリゴヌクレオチド、ポリアニオン、無塩基性ホスホジエステルポリマー、dNTP、およびピロリン酸から独立に選択される、請求項99の方法。
[請求項101]
前記の少なくとも1つの競合剤分子がヘパリンまたはポリデキストランである、請求項100の方法。
[請求項102]
前記の少なくとも1つの競合剤分子が硫酸デキストランである、請求項100の方法。[請求項103]
前記アプタマーに動力学的に負荷を与える前記条件または処理が、前記試験試料を希釈することを含む、請求項98の方法。
[請求項104]
試験試料中に存在しうるターゲット分子を検出するための方法であって:
(a)タグを含み、そしてターゲット分子に対する特異的アフィニティーを有するアプタマーと、試験試料を接触させ、ここで、前記試験試料中に前記ターゲット分子が存在するならば、アプタマー・アフィニティー複合体が形成され;
(b)前記アプタマー・アフィニティー複合体をアプタマー共有複合体に変換し;
(c)前記試験試料中に存在するいかなる未結合アプタマーも、前記試験試料から分配し;
(d)前記タグ配列がプローブと会合することが可能になるように、前記プローブを含む固体支持体表面を前記アプタマー共有複合体と接触させ;
(e)(f)に先立つ任意の時点で、前記アプタマー共有複合体と標識剤を接触させ;そして
(f)前記標識剤を検出することによって、前記表面上の前記ターゲット分子を検出する
工程を含む、前記方法。
[請求項105]
前記試験試料中に存在するいかなる未結合アプタマーも前記試験試料から分配する工程が、前記試験試料中の前記アプタマー共有複合体、いかなるタンパク質、およびいかなるタンパク質複合体も沈殿させる工程を含む、請求項104の方法。
[請求項106]
試験試料中に存在しうるターゲット分子を検出するための方法であって:
(a)タグを含み、そしてターゲット分子に対する特異的アフィニティーを有するアプタマーと、試験試料を接触させ、ここで、前記試験試料中に前記ターゲット分子が存在するならば、アプタマー・アフィニティー複合体が形成され;
(b)前記アプタマー・アフィニティー複合体をアプタマー共有複合体に変換し;
(c)前記アプタマー共有複合体を、前記試験試料から分配し;
(d)前記タグがプローブと会合することが可能になるように、前記プローブを含む固体支持体表面を前記アプタマー共有複合体と接触させ;
(e)(f)に先立つ任意の時点で、前記アプタマー共有複合体と標識剤を接触させ;そして
(f)前記標識剤を検出することによって、前記表面上の前記ターゲット分子を検出する
工程を含む、前記方法。
[請求項107]
前記アプタマー共有複合体を前記試験試料から分配する工程が、前記試験試料から前記アプタマー共有複合体を沈殿させるか、または前記試験試料から前記アプタマー共有複合体を捕捉する工程を含む、請求項106の方法。
[請求項108]
試験試料中に存在しうるターゲット分子を検出するための方法であって:
(a)タグを含み、そしてターゲット分子に対する特異的アフィニティーを有するアプタマーと、試験試料を接触させ、ここで、前記試験試料中に前記ターゲット分子が存在するならば、アプタマー・アフィニティー複合体が形成され;
(b)前記アプタマー・アフィニティー複合体をアプタマー共有複合体に変換し;
(c)前記試験試料中に存在するいかなる未結合アプタマーも、前記試験試料から分配し;
(d)前記試験試料から前記アプタマー共有複合体を分配し;
(e)前記タグがプローブと会合することが可能になるように、前記プローブを含む固体支持体表面を前記アプタマー共有複合体と接触させ;
(f)(g)に先立つ任意の時点で、前記アプタマー共有複合体と標識剤を接触させ;そして
(g)前記標識剤を検出することによって、前記表面上の前記ターゲット分子を検出する
工程を含む、前記方法。
[請求項109]
前記試験試料中に存在するいかなる未結合アプタマーも前記試験試料から分配する工程が、前記試験試料中の前記アプタマー共有複合体、いかなるタンパク質、およびいかなるタンパク質複合体も沈殿させる工程を含む、請求項108の方法。
[請求項110]
前記アプタマー共有複合体を前記試験試料から分配する工程が、前記試験試料から前記アプタマー共有複合体を沈殿させるか、または前記試験試料から前記アプタマー共有複合体を捕捉する工程を含む、請求項108の方法。
[請求項111]
試験試料中に存在しうるターゲット分子を検出するための方法であって:
(a)タグを含み、そしてターゲット分子に対する特異的アフィニティーを有するアプタマーと、試験試料を接触させ、ここで、前記試験試料中に前記ターゲット分子が存在するならば、アプタマー・アフィニティー複合体が形成され;
(b)前記試験試料中に存在する前記アプタマー、前記ターゲット分子、およびいかなる非ターゲット分子にも、動力学的に負荷を与える条件または処理に、前記試験試料を曝露し;
(c)前記アプタマー・アフィニティー複合体をアプタマー共有複合体に変換し;
(d)前記試験試料中に存在するいかなる未結合アプタマーも、前記試験試料から分配し;
(e)前記試験試料から前記アプタマー共有複合体を分配し;
(f)前記タグがプローブと会合することが可能になるように、前記プローブを含む固体支持体表面を前記アプタマー共有複合体と接触させ;
(g)(h)に先立つ任意の時点で、前記アプタマー共有複合体と標識剤を接触させ;そして
(h)前記標識剤を検出することによって、前記表面上の前記ターゲット分子を検出する
工程を含む、前記方法。
[請求項112]
前記アプタマーに動力学的に負荷を与える前記条件または処理が、少なくとも1つの競合剤分子と前記試験試料を接触させることを含む、請求項111の方法。
[請求項113]
前記の少なくとも1つの競合剤分子が、オリゴヌクレオチド、ポリアニオン、無塩基性ホスホジエステルポリマー、dNTP、およびピロリン酸から独立に選択される、請求項112の方法。
[請求項114]
前記の少なくとも1つの競合剤分子がヘパリンまたはポリデキストランである、請求項113の方法。
[請求項115]
前記の少なくとも1つの競合剤分子が硫酸デキストランである、請求項113の方法。[請求項116]
前記アプタマーに動力学的に負荷を与える前記条件または処理が、前記試験試料を希釈することを含む、請求項111の方法。
[請求項117]
前記試験試料中に存在するいかなる未結合アプタマーも前記試験試料から分配する工程が、前記試験試料中の前記アプタマー共有複合体、いかなるタンパク質、およびいかなる
タンパク質複合体も沈殿させる工程を含む、請求項111の方法。
[請求項118]
前記アプタマー共有複合体を前記試験試料から分配する工程が、前記試験試料から前記アプタマー共有複合体を沈殿させるか、または前記試験試料から前記アプタマー共有複合体を捕捉する工程を含む、請求項111の方法。
[請求項119]
試験試料中に存在しうる1以上のターゲット分子を検出するための方法であって:
(a)各々がタグを含み、そしてターゲット分子に対する特異的アフィニティーを有する、複数のアプタマーと、試験試料を接触させ、ここで、前記試験試料中に前記アプタマーのいずれかに対応するターゲット分子が存在するならば、1以上のアプタマー・アフィニティー複合体が形成され;
(b)前記アプタマー・アフィニティー複合体をアプタマー共有複合体に変換し;
(c)各前記アプタマー上の前記タグが、対応するプローブと会合することが可能になるように、少なくとも1つのプローブを含む固体支持体表面を前記アプタマー共有複合体と接触させ;
(d)(e)に先立つ任意の時点で、前記アプタマー共有複合体と標識剤を接触させ;そして
(e)前記標識剤を検出することによって、前記表面上の1以上のターゲット分子を検出する
工程を含む、前記方法。
[請求項120]
試験試料中のターゲット分子の量または濃度を決定するための方法であって:
(a)タグを含み、そしてターゲット分子に対する特異的アフィニティーを有するアプタマーと、試験試料を接触させ、ここで、試料;
(b)前記アプタマー・アフィニティー複合体をアプタマー共有複合体に変換し;
(c)前記タグがプローブと会合することが可能になるように、前記プローブを含む固体支持体表面を前記アプタマー共有複合体と接触させ;
(d)(e)に先立つ任意の時点で、前記アプタマー共有複合体と標識剤を接触させ;そして
(e)前記標識剤を定量的に検出することによって、前記ターゲット分子の量または濃度を決定する
工程を含む、前記方法。
[請求項121]
試験試料中に存在しうる少なくとも1つのターゲット分子を検出するためのキットであって:タグを含み、そしてターゲット分子に対する特異的アフィニティーを有する、少なくとも1つのアプタマー;標識剤;および前記タグと会合可能な少なくとも1つのプローブを含む固体支持体を含む、前記キット。
Claims (6)
- 試験試料中に存在しうるターゲット分子を検出するための方法であって:
(a)ターゲット分子に対する特異的アフィニティーを有するアプタマーと、試験試料を接触させ、ここで、前記試験試料中に前記ターゲット分子が存在するならば、アプタマーとそのターゲット分子の非共有相互作用によってアプタマー・アフィニティー複合体が形成され;
(b)アプタマー・アフィニティー複合体形成の平衡化の後、前記試験試料の成分に、動力学的に負荷を与える(challenge)条件に、前記試験試料を曝露し;
(c)前記試験試料からアプタマー・アフィニティー複合体を分離した後、前記アプタマー・アフィニティー複合体、および/またはそれに含まれるアプタマー、および/またはそれに含まれるターゲット分子を検出および/または定量化し、ここで、動力学的負荷が、(i)非ターゲット分子と非特異的複合体を形成することのできる競合剤分子を試験試料に導入する、又は(ii)固体支持体上でアプタマー・アフィニティー複合体を捕捉し、その後非ターゲット分子と非特異的複合体を形成することのできる競合剤分子を含む洗浄液で洗浄する、を含むものである、
工程を含み、
さらに前記競合剤分子がオリゴヌクレオチドである、前記方法。 - 前記アプタマーが一本鎖核酸、DNAまたはRNAである、請求項1に記載の方法。
- 前記ターゲット分子が、タンパク質、炭水化物、多糖、糖タンパク質、ホルモン、受容体、抗原、抗体、ウイルス、基質、代謝物、補因子、阻害剤、薬剤、色素、栄養物、増殖因子および組織からなる群より選択される、請求項1または2に記載の方法。
- 前記試験試料が全血、白血球、末梢血単核細胞、血漿、血清、痰、尿、***、唾液、髄膜液、羊水、腺液、リンパ液、乳頭吸引液、気管支吸引液、滑液、関節吸引液、細胞、細胞抽出物、糞便、組織、組織抽出物、組織生検、および脳脊髄液から選択される、生物学的試料である、請求項1−3のいずれかに記載の方法。
- アプタマーが前記ターゲット分子に対する結合アフィニティーをもつように予め選択されている、請求項1−4のいずれかに記載の方法。
- オリゴヌクレオチドが、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチドの類似体、リボヌクレオチドの類似体、化学的に修飾されたデオキシリボヌクレオチドおよび化学的に修飾されたリボヌクレオチドからなる群より選択される、請求項1−5のいずれかに記載の方法。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US75967506P | 2006-01-17 | 2006-01-17 | |
US60/759,675 | 2006-01-17 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2014176974A Division JP6144654B2 (ja) | 2006-01-17 | 2014-09-01 | 試験試料の多重化分析 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017104122A JP2017104122A (ja) | 2017-06-15 |
JP6768547B2 true JP6768547B2 (ja) | 2020-10-14 |
Family
ID=38288365
Family Applications (3)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2008550555A Active JP5680827B2 (ja) | 2006-01-17 | 2007-01-16 | 試験試料の多重化分析 |
JP2014176974A Active JP6144654B2 (ja) | 2006-01-17 | 2014-09-01 | 試験試料の多重化分析 |
JP2017021895A Active JP6768547B2 (ja) | 2006-01-17 | 2017-02-09 | 試験試料の多重化分析 |
Family Applications Before (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2008550555A Active JP5680827B2 (ja) | 2006-01-17 | 2007-01-16 | 試験試料の多重化分析 |
JP2014176974A Active JP6144654B2 (ja) | 2006-01-17 | 2014-09-01 | 試験試料の多重化分析 |
Country Status (16)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20070166740A1 (ja) |
EP (3) | EP2952894B1 (ja) |
JP (3) | JP5680827B2 (ja) |
KR (1) | KR101149688B1 (ja) |
CN (1) | CN101374965B (ja) |
AU (1) | AU2007205974A1 (ja) |
CA (1) | CA2634987C (ja) |
DK (1) | DK1994171T3 (ja) |
ES (3) | ES2538121T3 (ja) |
HK (2) | HK1127093A1 (ja) |
HU (1) | HUE025489T2 (ja) |
PL (1) | PL1994171T3 (ja) |
PT (1) | PT1994171E (ja) |
SI (1) | SI1994171T1 (ja) |
TW (1) | TWI507528B (ja) |
WO (1) | WO2007084886A2 (ja) |
Families Citing this family (47)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20070166741A1 (en) | 1998-12-14 | 2007-07-19 | Somalogic, Incorporated | Multiplexed analyses of test samples |
EP2083269B1 (en) * | 2006-09-27 | 2013-09-04 | National University Corporation Tokyo University of Agriculture and Technology | Method of assaying target substance in sample, aptamer molecule and method of constructing the same |
US7964356B2 (en) * | 2007-01-16 | 2011-06-21 | Somalogic, Inc. | Method for generating aptamers with improved off-rates |
US9068216B2 (en) * | 2007-03-22 | 2015-06-30 | Bret T. Barnhizer | Methods and devices for rapid detection and identification of live microorganisms by aptamers and/or antibodies immobilized on permeable membranes |
AU2013203386B2 (en) * | 2007-07-17 | 2015-10-08 | Somalogic Operating Co., Inc. | Method for generating aptamers with improved off-rates |
AU2015261546B2 (en) * | 2007-07-17 | 2017-09-28 | Somalogic Operating Co., Inc. | Multiplexed analyses of test samples |
KR101747665B1 (ko) * | 2007-07-17 | 2017-06-15 | 소마로직, 인크. | 시료의 다중분석 |
GB0719367D0 (en) | 2007-10-03 | 2007-11-14 | Procarta Biosystems Ltd | Transcription factor decoys, compositions and methods |
GB0906130D0 (en) * | 2008-10-03 | 2009-05-20 | Procrata Biosystems Ltd | Transcription factor decoys |
US8236570B2 (en) | 2009-11-03 | 2012-08-07 | Infoscitex | Methods for identifying nucleic acid ligands |
US8841429B2 (en) | 2009-11-03 | 2014-09-23 | Vivonics, Inc. | Nucleic acid ligands against infectious prions |
GB201002413D0 (en) | 2010-02-12 | 2010-03-31 | Procarta Biosystems Ltd | Nucleic acid complexes |
EP2542266A4 (en) * | 2010-03-03 | 2013-10-23 | Somalogic Inc | 4-1BB-BINDING APTAMERS AND USE THEREOF IN THE TREATMENT OF DISEASES AND DISORDERS |
EP2558586B1 (en) | 2010-04-12 | 2016-10-12 | Somalogic, Inc. | APTAMERS TO ß-NGF AND THEIR USE IN TREATING ß-NGF MEDIATED DISEASES AND DISORDERS |
CN102608091A (zh) * | 2012-03-22 | 2012-07-25 | 中国科学院广州生物医药与健康研究院 | 一种快速免标记检测硫离子的方法 |
WO2013149086A1 (en) | 2012-03-28 | 2013-10-03 | Somalogic, Inc. | Aptamers to pdgf and vegf and their use in treating pdgf and vegf mediated conditions |
RU2666989C2 (ru) * | 2012-06-07 | 2018-09-13 | Сомалоджик, Инк. | Мультиплексные анализы на основе аптамеров |
CN104428424A (zh) * | 2012-08-31 | 2015-03-18 | 东丽株式会社 | 目标核酸的检测方法 |
CN105051193A (zh) | 2013-03-14 | 2015-11-11 | 私募蛋白质体公司 | 结合il-6的适体及其在治疗或诊断il-6介导的疾患中的用途 |
CA3221709A1 (en) | 2013-09-09 | 2015-03-12 | Somalogic Operating Co., Inc. | Pdgf and vegf aptamers having improved stability and their use in treating pdgf and vegf mediated diseases and disorders |
SG10202006426QA (en) | 2013-11-21 | 2020-08-28 | Somalogic Inc | Cytidine-5-carboxamide modified nucleotide compositions and methods related thereto |
CN103616423A (zh) * | 2013-12-02 | 2014-03-05 | 济南大学 | 一种检测土霉素的竞争型适配体传感器的制备方法及应用 |
KR101506147B1 (ko) * | 2013-12-13 | 2015-03-26 | 삼성전자 주식회사 | 시약 세트, 시료 검사방법, 미세유동장치 및 검사장치 |
JP6689758B2 (ja) * | 2014-02-18 | 2020-04-28 | ソマロジック・インコーポレーテッド | 微生物検出のための組成物及び方法 |
CN106574925B (zh) * | 2014-05-23 | 2019-07-26 | 萤火虫生物股份有限公司 | 用于生物测定的底物介导的反应器 |
NO2718257T3 (ja) * | 2014-05-30 | 2018-04-14 | ||
US10138486B2 (en) | 2015-03-12 | 2018-11-27 | The Regents Of The University Of Michigan | Inhibitors of DEK protein and related methods |
DK3478843T3 (da) | 2016-07-01 | 2021-08-30 | Somalogic Inc | Oligonukleotider omfattende modificerede nukleosider |
US11041849B2 (en) | 2016-12-01 | 2021-06-22 | Aptitude Medical Systems, Inc. | Methods and systems for identifying candidate nucleic acid agent |
WO2018180987A1 (ja) * | 2017-03-29 | 2018-10-04 | 東洋紡株式会社 | 核酸の検出方法 |
US11639933B2 (en) * | 2017-09-27 | 2023-05-02 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Digital affinity linkage assay |
JP7217913B2 (ja) * | 2018-02-16 | 2023-02-06 | 株式会社日立ハイテクサイエンス | プラスチック標準物質の製造方法 |
CN112236527A (zh) * | 2018-04-03 | 2021-01-15 | 皇家学习促进学会/麦吉尔大学 | 通过连接共定位的夹心测定法 |
US11761955B2 (en) * | 2018-06-08 | 2023-09-19 | Ultivue, Inc. | Multiplexed catalyzed reporter deposition |
BR112020026129B1 (pt) * | 2018-06-22 | 2023-10-10 | Somalogic Operating Co., Inc | Métodos para melhorar o desempenho de ensaios proteômicos multiplex |
JP7153494B2 (ja) * | 2018-07-27 | 2022-10-14 | シスメックス株式会社 | 生体粒子の測定方法、非特異シグナルの検出方法、生体粒子測定方法及び生体粒子を検出するための試薬キット |
KR102129937B1 (ko) * | 2018-07-31 | 2020-07-03 | 재단법인 아산사회복지재단 | 종이기반 핵산검출용 키트 및 pcr 증폭산물을 분석하기 위한 방법 |
CN110824168B (zh) * | 2018-08-10 | 2023-06-09 | 天津医科大学 | 一种多肽探针及其在翻译后修饰的结合蛋白鉴定中的应用 |
EP3872488A4 (en) * | 2018-10-25 | 2022-11-09 | TL Genomics Inc. | BLOOD PRETREATMENT FOR MICROFLUIDIC BLOOD CELL SORTING |
LU101073B1 (en) | 2018-12-21 | 2020-06-24 | Luxembourg Inst Science & Tech List | Dna aptamers specific of adenovirus types |
CN113624724A (zh) * | 2020-05-07 | 2021-11-09 | 廖世奇 | 一种适配体分子信标对靶分子的多元检测分析方法 |
CN111735869A (zh) * | 2020-05-29 | 2020-10-02 | 中山大学 | 一种蛋白质的检测试剂及检测方法 |
CN112180102B (zh) * | 2020-09-29 | 2022-06-14 | 郑州安图生物工程股份有限公司 | 花生过敏原特异性IgE定量检测试剂、试剂盒及其应用 |
EP4323374A1 (en) | 2021-04-13 | 2024-02-21 | SomaLogic Operating Co., Inc. | Modified nucleosides |
CN113122544A (zh) * | 2021-04-25 | 2021-07-16 | 杭州广科安德生物科技有限公司 | 一种特异性结合timp1蛋白的核酸适配体及其应用 |
CN113720894B (zh) * | 2021-09-02 | 2022-07-08 | 清华大学 | 一种直接采样电离分析***及方法、应用 |
WO2024084470A1 (en) * | 2022-10-21 | 2024-04-25 | Standard Biotools Canada Inc. | Tissue imaging replicas |
Family Cites Families (64)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5599720A (en) * | 1982-08-27 | 1997-02-04 | Multilyte Limited | Measurement of analyte concentration |
GB8314523D0 (en) * | 1983-05-25 | 1983-06-29 | Lowe C R | Diagnostic device |
US4587044A (en) * | 1983-09-01 | 1986-05-06 | The Johns Hopkins University | Linkage of proteins to nucleic acids |
US4737453A (en) * | 1984-12-12 | 1988-04-12 | Immunomedics, Inc. | Sandwich immunoassay utilizing a separation specific binding substance |
US4752566A (en) * | 1985-12-17 | 1988-06-21 | Genetics Institute, Inc. | Displacement polynucleotide method and reagent complex employing labeled probe polynucleotide |
GB8803000D0 (en) * | 1988-02-10 | 1988-03-09 | Ekins Roger Philip | Determination of ambient concentrations of several analytes |
US4978608A (en) * | 1987-09-04 | 1990-12-18 | Molecular Devices Corporation | DNA detection system |
US5744101A (en) * | 1989-06-07 | 1998-04-28 | Affymax Technologies N.V. | Photolabile nucleoside protecting groups |
US5143854A (en) * | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US5763177A (en) | 1990-06-11 | 1998-06-09 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: photoselection of nucleic acid ligands and solution selex |
ES2110444T3 (es) * | 1990-06-11 | 1998-02-16 | Nexstar Pharmaceuticals Inc | Ligandos de acidos nucleicos. |
US5705337A (en) | 1990-06-11 | 1998-01-06 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: chemi-SELEX |
US5874218A (en) * | 1990-06-11 | 1999-02-23 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Method for detecting a target compound in a substance using a nucleic acid ligand |
US5861254A (en) * | 1997-01-31 | 1999-01-19 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Flow cell SELEX |
US6344321B1 (en) * | 1990-06-11 | 2002-02-05 | Gilead Sciences, Inc. | Nucleic acid ligands which bind to hepatocyte growth factor/scatter factor (HGF/SF) or its receptor c-met |
US5688935A (en) * | 1990-06-11 | 1997-11-18 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Nucleic acid ligands of tissue target |
US5270163A (en) * | 1990-06-11 | 1993-12-14 | University Research Corporation | Methods for identifying nucleic acid ligands |
US6001577A (en) | 1998-06-08 | 1999-12-14 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: photoselection of nucleic acid ligands and solution selex |
US5567588A (en) * | 1990-06-11 | 1996-10-22 | University Research Corporation | Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: Solution SELEX |
US5660985A (en) * | 1990-06-11 | 1997-08-26 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | High affinity nucleic acid ligands containing modified nucleotides |
US6346611B1 (en) * | 1990-06-11 | 2002-02-12 | Gilead Sciences, Inc. | High affinity TGfβ nucleic acid ligands and inhibitors |
US5654151A (en) * | 1990-06-11 | 1997-08-05 | Nexstar Pharmaceuticals, Inc. | High affinity HIV Nucleocapsid nucleic acid ligands |
US5210015A (en) | 1990-08-06 | 1993-05-11 | Hoffman-La Roche Inc. | Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase |
WO1992014843A1 (en) * | 1991-02-21 | 1992-09-03 | Gilead Sciences, Inc. | Aptamer specific for biomolecules and method of making |
US5582981A (en) * | 1991-08-14 | 1996-12-10 | Gilead Sciences, Inc. | Method for identifying an oligonucleotide aptamer specific for a target |
US5605662A (en) * | 1993-11-01 | 1997-02-25 | Nanogen, Inc. | Active programmable electronic devices for molecular biological analysis and diagnostics |
US5412087A (en) * | 1992-04-24 | 1995-05-02 | Affymax Technologies N.V. | Spatially-addressable immobilization of oligonucleotides and other biological polymers on surfaces |
US6007987A (en) * | 1993-08-23 | 1999-12-28 | The Trustees Of Boston University | Positional sequencing by hybridization |
US6458539B1 (en) * | 1993-09-17 | 2002-10-01 | Somalogic, Inc. | Photoselection of nucleic acid ligands |
US5925517A (en) | 1993-11-12 | 1999-07-20 | The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Detectably labeled dual conformation oligonucleotide probes, assays and kits |
US5658738A (en) * | 1994-05-31 | 1997-08-19 | Becton Dickinson And Company | Bi-directional oligonucleotides that bind thrombin |
US5681702A (en) * | 1994-08-30 | 1997-10-28 | Chiron Corporation | Reduction of nonspecific hybridization by using novel base-pairing schemes |
US5556752A (en) * | 1994-10-24 | 1996-09-17 | Affymetrix, Inc. | Surface-bound, unimolecular, double-stranded DNA |
US5908745A (en) * | 1996-01-16 | 1999-06-01 | University Of Chicago | Use of continuous/contiguous stacking hybridization as a diagnostic tool |
US6140098A (en) * | 1996-08-30 | 2000-10-31 | Schering Corporation | Nucleic acids encoding mammalian proteinases; related reagents |
ATE332368T1 (de) * | 1997-01-21 | 2006-07-15 | Gen Hospital Corp | Selektion von proteinen mittels rns-protein fusionen |
US6037137A (en) * | 1997-02-20 | 2000-03-14 | Oncoimmunin, Inc. | Fluorogenic peptides for the detection of protease activity |
WO1998048008A1 (en) * | 1997-04-23 | 1998-10-29 | Plueckthun Andreas | Methods for identifying nucleic acid molecules encoding (poly)peptides that interact with target molecules |
US6242246B1 (en) | 1997-12-15 | 2001-06-05 | Somalogic, Inc. | Nucleic acid ligand diagnostic Biochip |
EP0995798A1 (en) * | 1998-10-24 | 2000-04-26 | Novimmune Sa | Transcription factor of MHC class II genes, substances capable of inhibiting this new transcription factor and medical uses of these substances |
US7074586B1 (en) * | 1999-06-17 | 2006-07-11 | Source Precision Medicine, Inc. | Quantitative assay for low abundance molecules |
JP3463098B2 (ja) * | 1999-10-08 | 2003-11-05 | 独立行政法人産業技術総合研究所 | モジュレートアプタマー及びこれを用いた標的タンパク質の検出方法 |
SE516272C2 (sv) * | 2000-02-18 | 2001-12-10 | Ulf Landegren | Metoder och kit för analytdetektion mha proximitets-probning |
US6897015B2 (en) * | 2000-03-07 | 2005-05-24 | Bioforce Nanosciences, Inc. | Device and method of use for detection and characterization of pathogens and biological materials |
AU2001257091A1 (en) | 2000-04-18 | 2001-10-30 | Gilead Sciences, Inc. | Aptamer based two-site binding assay |
US6376190B1 (en) | 2000-09-22 | 2002-04-23 | Somalogic, Inc. | Modified SELEX processes without purified protein |
JP2004537037A (ja) * | 2001-04-11 | 2004-12-09 | ピーティーシー セラピューティクス,インコーポレーテッド | 特異的rna構造モチーフと結合する小分子を同定する方法 |
US6942972B2 (en) * | 2001-10-24 | 2005-09-13 | Beckman Coulter, Inc. | Efficient synthesis of protein-oligonucleotide conjugates |
AU2002314790A1 (en) | 2001-12-05 | 2003-06-23 | Dow Global Technologies Inc. | Method for immobilizing a biologic in a polyurethane-hydrogel composition, a composition prepared from the method, and biomedical applications |
JP2005517456A (ja) * | 2002-02-15 | 2005-06-16 | ソマロジック・インコーポレーテッド | 核酸リガンドによる標的結合を検出する方法および試薬 |
WO2003070190A2 (en) * | 2002-02-19 | 2003-08-28 | Syntherica Corporation | Surrogate antibodies and methods of preparation and use thereof |
EP1478931B2 (en) * | 2002-02-28 | 2018-11-07 | Microsens Biophage Limited | Binding of pathological forms of prion proteins |
US20030219801A1 (en) | 2002-03-06 | 2003-11-27 | Affymetrix, Inc. | Aptamer base technique for ligand identification |
US20030228603A1 (en) * | 2002-04-05 | 2003-12-11 | Cload Sharon T. | Compositions selective for caffeine or aspartame and methods of using same |
US20030218130A1 (en) | 2002-05-02 | 2003-11-27 | Ciphergen Biosystems, Inc. | Biochips with surfaces coated with polysaccharide-based hydrogels |
US7045366B2 (en) | 2003-09-12 | 2006-05-16 | Ciphergen Biosystems, Inc. | Photocrosslinked hydrogel blend surface coatings |
US20040216174A1 (en) * | 2003-03-14 | 2004-10-28 | Siegfried Hekimi | Screening assays for targets and drugs useful in treatment and prevention of lipid metabolism disorders |
US7229763B2 (en) * | 2003-04-07 | 2007-06-12 | Beckman Coulter, Inc. | Assay system using labeled oligonucleotides |
US7195875B2 (en) * | 2003-04-18 | 2007-03-27 | Beckman Coulter, Inc. | Oligonucleotide pairs for multiplexed binding assays |
JP4357284B2 (ja) | 2003-05-15 | 2009-11-04 | トヨタ自動車株式会社 | 内燃機関の制御装置 |
EP1636340A4 (en) * | 2003-06-18 | 2009-02-11 | Scripps Research Inst | COMPLEMENTS TO THE GENETIC CODE OF UNNATURATIVE REACTIVE AMINO ACIDS |
WO2005024042A2 (en) | 2003-09-04 | 2005-03-17 | The Regents Of The University Of California | Aptamers and methods for their in vitro selection and uses thereof |
US20050250147A1 (en) * | 2004-05-10 | 2005-11-10 | Macevicz Stephen C | Digital profiling of polynucleotide populations |
JP2006258458A (ja) | 2005-03-15 | 2006-09-28 | Sumitomo Bakelite Co Ltd | 医療材料用高分子化合物及び該高分子化合物を用いたバイオチップ用基板 |
-
2007
- 2007-01-16 HU HUE07718147A patent/HUE025489T2/en unknown
- 2007-01-16 AU AU2007205974A patent/AU2007205974A1/en not_active Abandoned
- 2007-01-16 EP EP15158380.4A patent/EP2952894B1/en active Active
- 2007-01-16 PT PT77181477T patent/PT1994171E/pt unknown
- 2007-01-16 ES ES13158346.0T patent/ES2538121T3/es active Active
- 2007-01-16 SI SI200731656T patent/SI1994171T1/sl unknown
- 2007-01-16 DK DK07718147.7T patent/DK1994171T3/en active
- 2007-01-16 CN CN2007800032689A patent/CN101374965B/zh active Active
- 2007-01-16 JP JP2008550555A patent/JP5680827B2/ja active Active
- 2007-01-16 TW TW096101613A patent/TWI507528B/zh active
- 2007-01-16 KR KR1020087017428A patent/KR101149688B1/ko active IP Right Grant
- 2007-01-16 PL PL07718147T patent/PL1994171T3/pl unknown
- 2007-01-16 WO PCT/US2007/060557 patent/WO2007084886A2/en active Application Filing
- 2007-01-16 US US11/623,535 patent/US20070166740A1/en not_active Abandoned
- 2007-01-16 ES ES15158380.4T patent/ES2644499T3/es active Active
- 2007-01-16 EP EP07718147.7A patent/EP1994171B1/en active Active
- 2007-01-16 ES ES07718147.7T patent/ES2538038T3/es active Active
- 2007-01-16 EP EP13158346.0A patent/EP2613147B1/en active Active
- 2007-01-16 CA CA2634987A patent/CA2634987C/en active Active
-
2009
- 2009-07-17 HK HK09106550.0A patent/HK1127093A1/xx unknown
-
2014
- 2014-09-01 JP JP2014176974A patent/JP6144654B2/ja active Active
-
2016
- 2016-05-16 HK HK16105620.9A patent/HK1217540A1/zh unknown
-
2017
- 2017-02-09 JP JP2017021895A patent/JP6768547B2/ja active Active
Also Published As
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6768547B2 (ja) | 試験試料の多重化分析 | |
US10648972B2 (en) | Multiplexed analyses of test samples | |
JP6491610B2 (ja) | 試験試料の多重化分析 | |
US9404919B2 (en) | Multiplexed analyses of test samples | |
US7855054B2 (en) | Multiplexed analyses of test samples | |
JP2001524808A (ja) | 放出可能な不揮発性の質量標識分子 | |
AU2013248169B2 (en) | Multiplexed analyses of test samples |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20170209 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20180109 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20180409 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20180606 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20181130 |
|
C60 | Trial request (containing other claim documents, opposition documents) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C60 Effective date: 20190329 |
|
C116 | Written invitation by the chief administrative judge to file amendments |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C116 Effective date: 20190412 |
|
C22 | Notice of designation (change) of administrative judge |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C22 Effective date: 20190412 |
|
C22 | Notice of designation (change) of administrative judge |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C22 Effective date: 20191119 |
|
C22 | Notice of designation (change) of administrative judge |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C22 Effective date: 20200403 |
|
C13 | Notice of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C13 Effective date: 20200528 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200804 |
|
C23 | Notice of termination of proceedings |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C23 Effective date: 20200812 |
|
C03 | Trial/appeal decision taken |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C03 Effective date: 20200910 |
|
C30A | Notification sent |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C3012 Effective date: 20200910 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20200923 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6768547 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
S533 | Written request for registration of change of name |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313533 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |