JP2014240434A - 低ｈｅｒ３発現に基づくｈｅｒ二量化インヒビターに対する応答を予測する方法 - Google Patents

低ｈｅｒ３発現に基づくｈｅｒ二量化インヒビターに対する応答を予測する方法 Download PDF

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Abstract

【課題】低ＨＥＲ３発現に基づくＨＥＲ二量化インヒビターに対する応答を予測する方法の提供。【解決手段】本出願は、ペルツズマブなどのＨＥＲインヒビターで患者を処置するための選択基準としての低ＨＥＲ３の使用を記載する。卵巣癌患者などのガン患者をペルツズマブなどのＨＥＲインヒビターで処置するための選択基準としての高いＨＥＲ２：ＨＥＲ３比の使用も記載される。さらに、本出願は、化学療法剤、例えば、ゲムシタビンでガン患者を処置するための選択基準としての高ＨＥＲ３の使用を記載する。【選択図】なし

Description

本発明は、ペルツズマブ（ｐｅｒｔｕｚｕｍａｂ）などのＨＥＲインヒビターを用いて、卵巣癌患者などのガン患者を処置するための選択基準としての低ＨＥＲ３の使用に関する。
また本発明は、ペルツズマブなどのＨＥＲインヒビターを用いて、卵巣癌患者などのガン患者を処置するための選択基準としての高ＨＥＲ２：ＨＥＲ３の使用に関する。
さらに、本発明は、化学療法剤、例えば、ゲムシタビンを用いて、ガン患者を処置するための選択基準としての高ＨＥＲ３の使用に関する。
ＨＥＲレセプターおよびそれに対する抗体
レセプターチロシンキナーゼのＨＥＲファミリーは、細胞増殖、分化および生存の重要なメディエーターである。このレセプターファミリーは、上皮細胞成長因子レセプター（ＥＧＦＲ、ＥｒｂＢ１またはＨＥＲ１）、ＨＥＲ２（ＥｒｂＢ２またはｐ１８５ｎｅｕ）、ＨＥＲ３（ＥｒｂＢ３）、およびＨＥＲ４（ＥｒｂＢ４またはｔｙｒｏ２）を含む４つの別個のメンバーを包含する。
ｅｒｂＢ１遺伝子にコードされるＥＧＦＲは、ヒト悪性腫瘍の原因とみなされている。特にＥＧＦＲの発現の増大は、***、膀胱、肺、頭部、首部および胃の癌、ならびにグリア芽細胞腫で観察されている。増大したＥＧＦＲレセプターの発現はしばしば、自己分泌刺激経路によるレセプターの活性化を生じる、同じ腫瘍細胞によるＥＧＦＲリガンド、トランスフォーミング成長因子−アルファ（ＴＧＦ−α）の生成の増大に関連している。非特許文献１）。ＥＧＦＲ、またはそのリガンドＴＧＦ−αおよびＥＧＦに対するモノクローナル抗体は、そのような悪性腫瘍の治療における治療剤として評価されている。例えば、非特許文献１；非特許文献２；および非特許文献３を参照のこと。
ＨＥＲファミリーの第２のメンバーであるｐ１８５ｎｅｕは、元々は、化学的に処理されたラットの神経芽細胞腫由来のトランスフォーミング遺伝子の産物として同定された。ｎｅｕプロト癌遺伝子の活性化型は、コードされたタンパク質の膜貫通領域の点突然変異（バリンからグルタミン酸へ）から生じる。ｎｅｕのヒト相同体の増幅は、***および卵巣癌で観察され、乏しい予後と相関している（非特許文献４；非特許文献５；および特許文献１）。今日まで、ｎｅｕプロト癌遺伝子におけるものに類似した点突然変異はヒトの腫瘍に対しては報告されていない。ＨＥＲ２の過剰発現（遺伝子増幅に起因してしばしば見られるが均一にではない）が、胃、子宮内膜、唾液腺、肺、腎臓、結腸、甲状腺、膵臓および膀胱の癌腫を含む他の癌腫においても観察されている。とりわけ、Ｋｉｎｇら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２２９：９７４（１９８５）；Ｙｏｋｏｔａら，Ｌａｎｃｅｔ，１：７６５〜７６７（１９８６）；Ｆｕｋｕｓｈｉｇｅら，Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．，６：９５５〜９５８（１９８６）；Ｇｕｅｒｉｎら，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ Ｒｅｓ．，３：２１〜３１（１９８８）；Ｃｏｈｅｎら，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ．，４：８１〜８８（１９８９）；Ｙｏｎｅｍｕｒａら，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，５１：１０３４（１９９１）；Ｂｏｒｓｔら，Ｇｙｎｅｃｏｌ．Ｏｎｃｏｌ．，３８：３６４（１９９０）；Ｗｅｉｎｅｒら，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，５０：４２１〜４２５（１９９０）；Ｋｅｒｎら，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，５０：５１８４（１９９０）；Ｐａｒｋら，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，４９：６６０５（１９８９）；Ｚｈａｕら，Ｍｏｌ．Ｃａｒｃｉｎｏｇ．，３：２５４〜２５７（１９９０）；Ａａｓｌａｎｄら，Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ ５７：３５８〜３６３（１９８８）；Ｗｉｌｌｉａｍｓら，Ｐａｔｈｏｂｉｏｌｏｇｙ，５９：４６〜５２（１９９１）；およびＭｃＣａｎｎら，Ｃａｎｃｅｒ，６５：８８〜９２（１９９０）を参照のこと。ＨＥＲ２は前立腺癌で過剰発現され得る（Ｇｕら、Ｃａｎｃｅｒ Ｌｅｔｔ．９９：１８５〜９（１９９６）；Ｒｏｓｓら、Ｈｕｍ．Ｐａｔｈｏｌ．２８：８２７〜３３（１９９７）；Ｒｏｓｓら、Ｃａｎｃｅｒ ７９：２１６２〜７０（１９９７）；およびＳａｄａｓｉｖａｎら、Ｊ．Ｕｒｏｌ．１５０：１２６〜３１（１９９３））。
ラットｐ１８５ｎｅｕおよびヒトＨＥＲ２タンパク質産物に対する抗体が記述されている。
Ｄｒｅｂｉｎおよびその共同研究者らは、ラットｎｅｕ遺伝子産物であるｐ１８５ｎｅｕに対する抗体を言及している。例えば、Ｄｒｅｂｉｎら，Ｃｅｌｌ ４１：６９５〜７０６（１９８５）；Ｍｙｅｒｓら，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍ．１９８：２７７〜２９０（１９９１）；およびＷＯ９４／２２４７８を参照のこと。Ｄｒｅｂｉｎら，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ２：２７３〜２７７（１９８８）は、ｐ１８５ｎｅｕの２つの異なる領域と反応性のある抗体混合物が、ヌードマウス中に移植されたｎｅｕ形質転換ＮＩＨ−３Ｔ３細胞に相乗的な抗腫瘍効果を生じることを報告している。また１９９８年１０月２０日発行の米国特許第５，８２４，３１１号も参照のこと。
Ｈｕｄｚｉａｋら，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．９（３）：１１６５〜１１７２（１９８９）には、ヒトの***腫瘍株化細胞ＳＫ−ＢＲ−３を用いて特徴付けられたＨＥＲ２抗体パネルの作成が記載されている。抗体への暴露に続いてＳＫ−ＢＲ−３細胞の相対的細胞増殖が、７２時間後の単層のクリスタルバイオレット染色により測定された。このアッセイを用いて、４Ｄ５と呼ばれる抗体により最大の阻害度（細胞増殖を５６％阻害した）が得られた。パネルの他の抗体は、このアッセイにおいてより少ない度合いで細胞増殖を低減した。さらに、抗体４Ｄ５は、ＴＮＦ−αの細胞障害効果に対し、ＨＥＲ２過剰発現***腫瘍株化細胞を感作させることが見出された。また、１９９７年１０月１４日に発行された米国特許第５，６７７，１７１号を参照のこと。Ｈｕｄｚｉａｋらによって考察されたＨＥＲ２抗体は、Ｆｅｎｄｌｙら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５０：１５５０〜１５５８（１９９０）；Ｋｏｔｔｓら、Ｉｎ Ｖｉｔｒｏ ２６（３）：５９Ａ（１９９０）；Ｓａｒｕｐら、Ｇｒｏｗｔｈ Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ １：７２〜８２（１９９１）；Ｓｈｅｐａｒｄら、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１（３）：１１７〜１２７（１９９１）；Ｋｕｍａｒら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１１（２）：９７９〜９８６（１９９１）；Ｌｅｗｉｓら、Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．３７：２５５〜２６３（１９９３）；Ｐｉｅｔｒａｓら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ９：１８２９〜１８３８（１９９４）；Ｖｉｔｅｔｔａら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５４：５３０１〜５３０９（１９９４）；Ｓｌｉｗｋｏｗｓｋｉら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６９（２０）：１４６６１〜１４６６５（１９９４）；Ｓｃｏｔｔら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６６：１４３００〜５（１９９１）；Ｄ’ｓｏｕｚａら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９１：７２０２〜７２０６（１９９４）；Ｌｅｗｉｓら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５６：１４５７〜１４６５（１９９６）；およびＳｃｈａｅｆｅｒら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １５：１３８５〜１３９４（１９９７）においてもさらに特徴付けられている。
マウスＨＥＲ２抗体４Ｄ５の組換えヒト化バージョン（ｈｕＭＡｂ４Ｄ５−８、ｒｈｕＭＡｂ ＨＥＲ２、トラスツズマブまたはハーセプチン（登録商標）；米国特許第５，８２１，３３７号）は、広範な抗癌治療を前に受けたＨＥＲ２過剰発現転移性乳癌を持つ患者において臨床的に活性であった（Ｂａｓｅｌｇａら，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．１４：７３７〜７４４（１９９６））。トラスツズマブは、腫瘍がＨＥＲ２タンパク質を発現する転移性乳癌を有する患者の治療のために、１９９８年９月２５日、食品医薬品局から販売許可を受けた。
様々な特性を有する他のＨＥＲ２抗体は、Ｔａｇｌｉａｂｕｅら、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ ４７：９３３〜９３７（１９９１）；ＭｃＫｅｎｚｉｅら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ４：５４３〜５４８（１９８９）；Ｍａｉｅｒら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５１：５３６１〜５３６９（１９９１）；Ｂａｃｕｓら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ ３：３５０〜３６２（１９９０）；Ｓｔａｎｃｏｖｓｋｉら、ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）８８：８６９１〜８６９５（１９９１）；Ｂａｃｕｓら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５２：２５８０〜２５８９（１９９２）；Ｘｕら、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ ５３：４０１〜４０８（１９９３）；ＷＯ９４／００１３６；Ｋａｓｐｒｚｙｋら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５２：２７７１〜２７７６（１９９２）；Ｈａｎｃｏｃｋら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５１：４５７５〜４５８０（１９９１）；Ｓｈａｗｖｅｒら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５４：１３６７〜１３７３（１９９４）；Ａｒｔｅａｇａら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５４：３７５８〜３７６５（１９９４）；Ｈａｒｗｅｒｔｈら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６７：１５１６０〜１５１６７（１９９２）；米国特許第５，７８３，１８６号；およびＫｌａｐｐｅｒら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １４：２０９９〜２１０９（１９９７）に記載されている。
相同性スクリーニングによって、他の２つのＨＥＲレセプターファミリーのメンバーが同定されている；ＨＥＲ３（米国特許第５，１８３，８８４号および第５，４８０，９６８号、ならびにＫｒａｕｓら、ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）８６：９１９３〜９１９７（１９８９））、およびＨＥＲ４（欧州特許出願第５９９，２７４号、Ｐｌｏｗｍａｎら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０：１７４６〜１７５０（１９９３）、およびＰｌｏｗｍａｎら，Ｎａｔｕｒｅ ３６６：４７３〜４７５（１９９３））。これらのレセプターはどちらも、少なくともいくつかの乳癌株で増大した発現を示す。
ＨＥＲレセプターは一般に、細胞内で様々な組み合わせで発見されており、ヘテロ二量化は様々なＨＥＲリガンドに対する細胞応答の多様性を増大すると考えられている（Ｅａｒｐら、Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ３５：１１５〜１３２（１９９５））。ＥＧＦＲは６つの異なるリガンド；上皮成長因子（ＥＧＦ）；トランスフォーミング成長因子アルファ（ＴＧＦ−α）、アンフィレギュリン、ヘパリン結合上皮細胞成長因子（ＨＢ−ＥＧＦ）、ベータセルリンおよびエピレグリンにより結合される（Ｇｒｏｅｎｅｎら、Ｇｒｏｗｔｈ Ｆａｃｔｏｒｓ １１：２３５〜２５７（１９９４））。単一の遺伝子の選択的スプライシングから生じるヘレグリンタンパク質のファミリーはＨＥＲ３およびＨＥＲ４のリガンドである。ヘレグリンファミリーとしては、α、βおよびγヘレグリン（Ｈｏｌｍｅｓら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５６：１２０５〜１２１０（１９９２）；米国特許第５，６４１，８６９号；およびＳｃｈａｅｆｅｒら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １５：１３８５〜１３９４（１９９７））；ｎｅｕ分化因子（ＮＤＦ）、グリア成長因子（ＣＧＦ）；アセチルコリンレセプター促進活性（ＡＲＩＡ）；ならびに感覚および運動神経由来の因子（ＳＭＤＦ）が挙げられる。概説については、Ｇｒｏｅｎｅｎら、Ｇｒｏｗｔｈ Ｆａｃｔｏｒｓ １１：２３５〜２５７（１９９４）；Ｌｅｍｋｅ，Ｇ．Ｍｏｌｅｃ．＆ Ｃｅｌｌ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．７：２４７〜２６２（１９９６）およびＬｅｅら、Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｖ．４７：５１〜８５（１９９５）を参照のこと。最近になって更に３つのＨＥＲリガンドが同定された；ＨＥＲ３またはＨＥＲ４のどちらかに結合すると報告されたニューレグリン−２（ＮＲＧ−２）（Ｃｈａｎｇら、Ｎａｔｕｒｅ ３８７ ５０９〜５１２（１９９７）；およびＣａｒｒａｗａｙら、Ｎａｔｕｒｅ ３８７：５１２〜５１６（１９９７））；ＨＥＲ４に結合するニューレグリン−３（Ｚｈａｎｇら、ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）９４（１８）：９５６２〜７（１９９７））；およびＨＥＲ４に結合するニューレグリン−４（Ｈａｒａｒｉら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １８：２６８１〜８９（１９９９））ＨＢ−ＥＧＦ、ベータセルリンおよびエピレグリンもまたＨＥＲ４に結合する。
ＥＧＦおよびＴＧＦαはＨＥＲ２に結合しないが、ＥＧＦはＥＧＦＲおよびＨＥＲ２を刺激してヘテロ二量体を形成し、これがＥＧＦＲを活性化し、その結果ＨＥＲ２のトランスリン酸化をヘテロ二量体で生じる。二量体および／またはトランスリン酸化はＨＥＲ２チロシンキナーゼを活性化するように見える。上掲のＥａｒｐら，を参照のこと。同様に、ＨＥＲ３がＨＥＲ２と共に発現しているとき、活性シグナル伝達複合体が形成され、ＨＥＲ２に対する抗体はこの複合体を***し得る（Ｓｌｉｗｋｏｗｓｋｉら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２６９（２０）：１４６６１〜１４６６５（１９９４））。さらに、ヘレグリン（ＨＲＧ）に対するＨＥＲ３の親和性はＨＥＲ２と共に発現するとき高い親和性にまで増大される。また、ＨＥＲ２−ＨＥＲ３タンパク質複合体に関しては、Ｌｅｖｉら，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅ １５：１３２９〜１３４０（１９９５）；Ｍｏｒｒｉｓｓｅｙら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９２：１４３１〜１４３５（１９９５）；およびＬｅｗｉｓら，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，５６：１４５７〜１４６５（１９９６）を参照のこと。ＨＥＲ３と同様にＨＥＲ４はＨＥＲ２と活性シグナル伝達複合体を形成する（Ｃａｒｒａｗａｙ ａｎｄ Ｃａｎｔｌｅｙ，Ｃｅｌｌ ７８：５〜８（１９９４））。
ＨＥＲ抗体に関する特許文献としては以下が挙げられる：
Figure 2014240434
Figure 2014240434
 。
診断
ＨＥＲ２抗体トラスツズマブで処置される患者は、ＨＥＲ２過剰発現／増幅に基づいた治療について選択される。例えば、ＷＯ９９／３１１４０（Ｐａｔｏｎら）、米国特許出願公開第２００３／０１７０２３４号Ａ１（Ｈｅｌｌｍａｎｎ，Ｓ．）および米国特許出願公開第２００３／０１４７８８４号（Ｐａｔｏｎら）、ならびにＷＯ０１／８９５６６、米国特許出願公開第２００２／００６４７８５号および米国特許出願公開第２００３／０１３４３４４号（Ｍａｓｓら）を参照のこと。また、ＨＥＲ２過剰発現および増幅を検出するための免疫組織化学（ＩＨＣ）および蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）に関する米国特許出願公開第２００３／０１５２９８７号（Ｃｏｈｅｎら）を参照のこと。
ＷＯ２００４／０５３４９７および米国特許出願公開第２００４／０２４８１５号Ａ１（Ｂａｃｕｓら）ならびに米国特許出願公開第２００３／０１９０６８９号（ＣｒｏｓｂｙおよびＳｍｉｔｈ）は、トラスツズマブ治療に対する応答を決定するかまたは予測することを言及する。米国特許出願公開第２００４／０１３２９７号Ａ１（Ｂａｃｕｓら）は、ＡＢＸ０３０３ ＥＧＦＲ抗体療法への応答を決定するかまたは予測することに関する。ＷＯ２００４／００００９４（Ｂａｃｕｓら）は、ＧＷ５７２０１６、低分子、ＥＧＦＲ−ＨＥＲ２チロシンキナーゼインヒビターへの応答を決定することに関する。ＷＯ２００４／０６３７０９、Ａｍｌｅｒらは、ＥＧＦＲインヒビターであるエルロチニブＨＣｌに対する感受性を決定するためのバイオマーカーおよび方法を言及する。米国特許公開２００４／０２０９２９０、Ｃｏｂｌｅｉｇｈらは、乳癌予後のための遺伝子発現マーカーに関する。
ペルツズマブで治療される患者は、ＨＥＲ活性化または二量体化に基づいた治療について選択され得る。ペルツズマブおよびその治療のための患者の選別に関する特許公報としては以下が挙げられる：ＷＯ０１／００２４５（Ａｄａｍｓら）、米国特許公開２００３／００８６９２４（Ｓｌｉｗｋｏｗｓｋｉ，Ｍ．）、米国特許出願公開第２００４／００１３６６７号Ａ１（Ｓｌｉｗｋｏｗｓｋｉ，Ｍ．）、ならびにＷＯ２００４／００８０９９Ａ２および米国特許出願公開第２００４／０１０６１６１号（Ｂｏｓｓｅｎｍａｉｅｒら）。
Ｃｒｏｎｉｎら，Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈ．１６４（１）：３５〜４２（２００４）は、保存用のパラフィン包埋組織における遺伝子発現の測定を記述する。Ｍａら、Ｃａｎｃｅｒ
Ｃｅｌｌ ５：６０７〜６１６（２００４）は、保存された一次生検から採取した腫瘍−組織切片から単離されたＲＮＡを用いた遺伝子オリゴヌクレオチドマイクロアレイによる遺伝子プロファイリングを記述する。
ペルツズマブ（組み換えヒトモノクローナル抗体２Ｃ４；ＯＭＮＩＴＡＲＧ（商標），Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ，Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏとしても公知である）は、ＨＥＲ二量体化インヒビター（ＨＤＩ）として公知である新しい分類の薬剤のうち最初のものであって、ＨＥＲ２が（ＥＧＦＲ／ＨＥＲ１、ＨＥＲ３、およびＨＥＲ４などの）他のＨＥＲレセプターと活性なヘテロ二量体を形成する能力を阻害するように機能し、ＨＥＲ２の発現レベルに関係なく活性である。例えば、ＨａｒａｒｉおよびＹａｒｄｅｎ Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １９：６１０２〜１４（２０００）；ＹａｒｄｅｎおよびＳｌｉｗｋｏｗｓｋｉ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ ２：１２７〜３７（２００１）；Ｓｌｉｗｋｏｗｓｋｉ Ｎａｔ Ｓｔｒｕｃｔ Ｂｉｏｌ １０：１５８〜９（２００３）；Ｃｈｏら、Ｎａｔｕｒｅ ４２１：７５６〜６０（２００３）；およびＭａｌｉｋら、Ｐｒｏ Ａｍ Ｓｏｃ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ４４：１７６〜７（２００３）を参照のこと。
ペルツズマブによる、腫瘍細胞でのＨＥＲ２−ＨＥＲ３ヘテロ二量体の形成遮断は、重要な細胞シグナル伝達を阻害し、それによって腫瘍の増殖および生存の低下が生じることが実証されている（Ａｇｕｓら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２：１２７〜３７（２００２））。
ペルツズマブは、進行ガンを有する患者において第Ｉａ相試験で、そして卵巣癌を有する患者および乳ガンを有する患者、ならびに肺ガンを有する患者および前立腺ガンを有する患者において第ＩＩ相試験で、臨床において単剤としての試験を受けている。第Ｉ相試験では、不治性、局所進行性、再発性、または転移性の固形腫瘍を有し、その腫瘍が標準的な治療の間または後に進行した患者を、３週間毎に静脈内投与したペルツズマブで処置した。ペルツズマブは一般に耐容性良好であった。応答について評価可能であった患者２０人中３人で腫瘍の退縮が達成された。患者２人から部分奏功が確認された。２．５か月を超えて持続する病態の安定が患者２１人中６人で観察された（Ａｇｕｓら、Ｐｒｏ Ａｍ Ｓｏｃ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２２：１９２（２００３））。用量２．０〜１５ｍｇ／ｋｇでペルツズマブの薬物動態は直線的であり、平均クリアランスは２．６９〜３．７４ｍＬ／日／ｋｇの範囲であり、平均最終消失半減期は１５．３から２７．６日の範囲であった。ペルツズマブに対する抗体は検出されなかった（Ａｌｌｉｓｏｎら、Ｐｒｏ Ａｍ Ｓｏｃ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２２：１９７（２００３））。
Ｓｅｒｇｉｎａらは、ＨＥＲチロシンキナーゼインヒビター（ＴＫＩｓ）の有効性を評価する生物学的マーカーは、自己リン酸化ではなくＨＥＲ３のトランスリン酸化でなければならないと報告している。Ｓｅｒｇｉｎａら、Ｎａｔｕｒｅ ４４５（７１２６）：４３７〜４４１（２００７）。
Ｊａｚａｅｒｉらは、上皮性卵巣癌における化学療法に対する応答に関連する遺伝子発現プロフィールを評価した。Ｊａｚａｅｒｉら，Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．１１（１７）：６３００〜６３１０（２００５）。
Ｔａｎｎｅｒらは、ＨＥＲ３が卵巣癌での生存を予測することを報告している。Ｔａｎｎｅｒら，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２４（２６）：４３１７〜４３２３（２００６）。
米国特許第４，９６８，６０３号明細書
ＢａｓｅｌｇａおよびＭｅｎｄｅｌｓｏｈｎ Ｐｈａｒｍａｃ．Ｔｈｅｒ．（１９９４）６４：１２７−１５４ Ｍａｓｕｉら，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，（１９８４）４４：１００２〜１００７ Ｗｕら，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，（１９９５）９５：１８９７〜１９０５ Ｓｌａｍｏｎら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，（１９８７）２３５：１７７〜１８２ Ｓｌａｍｏｎら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，（１９８９）２４４：７０７〜７１２
本出願は、ガンがＨＥＲ３を低レベルで発現するガン患者（例えば、卵巣癌患者）が、ガンがＨＥＲ３を高レベルで発現する患者よりも、ヒトの臨床試験において、ＨＥＲ二量体化インヒビターに対して良好に応答するという驚くべき観察に少なくとも一部は関係する。概してこのような患者は、高いＨＥＲ２：ＨＥＲ３比（低値のＨＥＲ３に起因する）を有し、そのためＨＥＲ２およびＨＥＲ３の両方の相対的な値を評価することで、ＨＥＲ二量体化インヒビターでの治療に患者を選択する追加の手段または代替的な手段が得られる。
従って、本発明は、第一の局面では、ＨＥＲインヒビターに対して応答し得るタイプのガンを有する患者を処置するための方法であって、治療上有効な量のＨＥＲインヒビターをこの患者に投与する工程を包含し、ここでこの患者のガンが、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベル未満のレベルでＨＥＲ３を発現する、方法に関する。意図されるＨＥＲインヒビターの例としては、ＨＥＲ抗体または低分子インヒビター；ＨＥＲ２抗体または低分子インヒビター；ラパチニブ、Ｔｙｋｅｒｂを含むがこれに限定されないチロシンキナーゼインヒビターなどが挙げられる。最も好ましくは、ＨＥＲインヒビターは、ＨＥＲ二量体化インヒビターである。従って、本発明は、ＨＥＲ二量体化インヒビターに対して応答し得るタイプのガンを有する患者を処置するための方法であって、治療上有効な量のＨＥＲ二量体化インヒビターをこの患者に投与する工程を包含し、ここでこの患者のガンが、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベル未満のレベルでＨＥＲ３を発現する、方法を提供する。
この実施形態によれば、好ましくは、上記患者のガンは、上記ガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現について２５パーセンタイル未満のレベルでＨＥＲ３を発現する。必要に応じて、このような患者のガンは、上記ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルより大きい、好ましくはメジアンレベルより大きい、最も好ましくは７５パーセンタイルより大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する。ＨＥＲ３（およびＨＥＲ２）発現を測定するための好ましいアッセイは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、最も好ましくは、定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を含む。
好ましくは、上記ＨＥＲ二量体化インヒビターは抗体、最も好ましくはＨＥＲ２抗体、例えば、ペルツズマブである。
好ましくは、本明細書において処置または診断されるべきガンのタイプは、卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、転移性乳癌（ＭＢＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、前立腺癌および結腸直腸癌からなる群より選択される。最も好ましくは、本明細書において処置または診断されるガンのタイプは、卵巣癌、腹膜癌、または卵管癌である。このガンのタイプは、化学療法耐性、白金耐性、進行性、難治性および／または再発性である。この方法は、患者における無増悪生存（ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ ｆｒｅｅ ｓｕｒｖｉｖａｌ）（ＰＦＳ）および全生存（ＯＳ）を含む生存を延長し得る。
上記ＨＥＲインヒビターは、単一の抗癌剤として投与されてもよいし、または１つ以上の他の治療剤と組み合わせて投与されてもよい。１つの実施形態では、ＨＥＲインヒビターは、１つ以上の化学療法剤、例えば、ゲムシタビン、カルボプラチン、パクリタキセル、ドセタキセル、トポテカン、およびリポソームのドキソルビシン、および好ましくは代謝拮抗剤、例えば、ゲムシタビンとともに投与される。上記ＨＥＲインヒビターはまた、トラスツズマブ、エルロチニブまたはベバシズマブと組み合わされてもよい。
さらなる局面では、本発明は、卵巣癌、腹膜癌または卵管癌を有する患者を処置するための方法であって、治療上有効な量のペルツズマブをこの患者に投与する工程を包含し、ここでこの患者のガンが、卵巣癌、腹膜癌または卵管癌におけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベル未満のレベルでＨＥＲ３を発現する、方法に関する。
本発明はさらに、ＨＥＲインヒビター（例えば、ＨＥＲ二量体化インヒビター）に対して応答し得るタイプのガンを有する患者に対する治療を選択するための方法であって、この患者由来のガンのサンプル中のＨＥＲ３発現を決定する工程と、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも低いレベルでこのガンのサンプルがＨＥＲ３を発現する場合、ＨＥＲインヒビター（例えば、ＨＥＲ二量体化インヒビター）を治療として選択する工程とを包含する、方法に関する。
さらに、本発明は、薬学的に受容可能な担体中にＨＥＲ二量体化インヒビターを含む薬学的組成物と、このインヒビターまたは薬学的組成物が、ＨＥＲ二量体化インヒビターに応答し得るタイプのガンを有する患者を処置することについて指示されることを記載している表示とを、一緒に包装して備えている製品であって、ここでこの患者のガンが、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも低いレベルでＨＥＲ３を発現する製品を提供する。
さらなる局面では、本発明は、ＨＥＲ二量体化インヒビターまたはその薬学的組成物を製造する方法であって、このインヒビターまたはその薬学的組成物は、パッケージ中にこのインヒビターまたは薬学的組成物と、ＨＥＲ二量体化インヒビターに応答し得るタイプのガンを有する患者を処置することについてこのインヒビターまたは薬学的組成物が指示されることを記載している表示とを、備えており、この患者のガンが、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも低いレベルでＨＥＲ３を発現する方法に関する。
さらに別の実施形態では、本発明は、ＨＥＲ二量体化インヒビターまたはその薬学的に受容可能な組成物を宣伝するための方法であって、標的の聴衆に対して、あるタイプのガンを有する患者集団を処置するためのこのＨＥＲ二量体化インヒビターまたはその薬学的組成物の使用を奨励する工程を包含し、ここでこの患者のガンは、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも低いレベルでＨＥＲ３を発現する方法を提供する。
上記の本発明とは別に、本明細書で提供されるヒト臨床データによって、ガンがＨＥＲ３を高レベルで発現するガン患者（例えば、卵巣癌患者）は、ガンがＨＥＲ３を低レベルで発現する患者よりもゲムシタビンのような化学療法剤に対して臨床的に良好に応答するということが実証された。
本発明のこのさらなる局面については、本発明は、化学療法剤に応答すると考えられるタイプのガンを有する患者に対する治療を選択するための方法であって、この患者由来のガンのサンプル中のＨＥＲ３発現を決定する工程と、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも大きいレベルでこのガンのサンプルがＨＥＲ３を発現する場合、化学療法剤を治療として選択する工程とを包含する、方法を提供する。好ましくは、このガンのタイプは、卵巣癌、腹膜癌、または卵管癌であり、これには、白金耐性の卵巣癌、腹膜癌、または卵管癌、ならびに進行性、難治性または再発性の卵巣癌が挙げられる。好ましくはこの選択される化学療法剤は、ゲムシタビンなどの代謝拮抗剤である。
本発明はまた、化学療法剤に対して応答し得るタイプのガンを有する患者を処置するための方法であって、治療上有効な量の化学療法剤をこの患者に投与する工程を包含しており、ここでこの患者のガンが、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも大きいレベルでＨＥＲ３を発現する方法に関する。好ましくは、この患者のガンは、このタイプのガンにおけるＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルより大きいレベルでＨＥＲ３を発現する。ＨＥＲ３発現を測定するための好ましいアッセイは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、最も好ましくは、定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を含む。
好ましくは、この化学療法剤は、代謝拮抗剤、最も好ましくはゲムシタビンである。
好ましくは、本発明のこのさらなる局面にしたがって処置または診断されるべきガンのタイプは、卵巣癌、腹膜癌、または卵管癌である。このガンのタイプは、化学療法耐性、白金耐性、進行性、難治性および／または再発性である。この方法は、患者における無増悪生存（ＰＦＳ）および全生存（ＯＳ）を含む生存を延長し得る。
さらなる局面では、本発明は、卵巣癌、腹膜癌または卵管癌を有する患者を処置するための方法であって、治療上有効な量のゲムシタビンをこの患者に投与する工程を包含し、ここでこの患者のガンが、卵巣癌、腹膜癌または卵管癌におけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルを超えるレベルでＨＥＲ３を発現する、方法に関する。
本発明はまた、薬学的に受容可能な担体中に化学療法剤（例えば、ゲムシタビン）を含む薬学的組成物と、この化学療法剤または薬学的組成物が、あるタイプのガンを有する患者を処置することについて指示されることを記載している表示とを、一緒に包装して備えている製品であって、ここでこの患者のガンは、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも大きいレベルでＨＥＲ３を発現する製品を提供する。
さらなる局面では、本発明は、化学療法剤（例えば、ゲムシタビン）またはその薬学的組成物を製造する方法に関しており、この方法は、パッケージ中でこの化学療法剤または薬学的組成物と、あるタイプのガンを有する患者を処置することについてこの化学療法剤または薬学的組成物が指示されることを記載している表示とを組み合わせる工程とを備えており、この患者のガンは、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも大きいレベルでＨＥＲ３を発現する。
なお別の実施形態では、本発明は、化学療法剤またはその薬学的に受容可能な組成物を宣伝するための方法を提供し、この方法は、標的の聴衆に対して、あるタイプのガンを有する患者集団を処置するためのこの化学療法剤またはその薬学的組成物の使用を奨励する工程を包含し、ここでこの患者のガンは、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも大きいレベルでＨＥＲ３を発現する。
本出願によって、高いＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現の患者は、ペルツズマブなどのＨＥＲインヒビターに対してより有利に応答するということを示すヒトの臨床データが得られる。従って、本発明は、別の局面では、ＨＥＲ２およびＨＥＲ３の発現値を評価すること、およびガンがＨＥＲ２：ＨＥＲ３を低レベルで発現する患者を治療から除外することによって、患者を選択するための手段を提供する。
従って、本発明はまた、ＨＥＲインヒビターに応答し得るタイプのガンを有する患者を処置するための方法であって、治療上有効な量のＨＥＲインヒビターをこの患者に投与する工程を包含し、この患者のガンは、このガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルを超えるレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する方法に関する。好ましくは、この患者のガンは、このガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現についてメジアンレベルを超える、最も好ましくは７５パーセンタイルを超えるレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する。
さらに、卵巣癌、腹膜癌または卵管癌を有する患者を処置するための方法が提供され、この方法は、この患者に対して治療上有効な量のペルツズマブを投与する工程を包含し、ここでこの患者のガンは、卵巣癌、腹膜癌または卵管癌におけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルを超えるレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する。
別の局面では、本発明は、ＨＥＲインヒビターに応答し得るタイプのガンを有する患者についての治療を選択するための方法に関しており、この方法は、この患者由来のガンサンプル中のＨＥＲ２およびＨＥＲ３の発現を決定する工程と、このガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルよりも大きいレベルでこのガンのサンプルがＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する場合、ＨＥＲインヒビターを治療として選択する工程とを包含する。
また、本発明は、薬学的に受容可能な担体中にＨＥＲインヒビターを含む薬学的組成物と、このインヒビターまたは薬学的組成物が、ＨＥＲインヒビターに応答し得るタイプのガンを有する患者を処置することについて指示されることを記載している表示とを、一緒に包装して備えている製品に関しており、ここでこの患者のガンは、このガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルを超えるレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する。
さらに、本発明は、ＨＥＲインヒビターまたはその薬学的組成物を製造する方法であって、このＨＥＲインヒビターまたはその薬学的組成物が、パッケージ中にこのインヒビターまたはその薬学的組成物と、ＨＥＲインヒビターに応答し得るタイプのガンを有する患者を処置することについてこのインヒビターまたは薬学的組成物が指示されることを記載している表示とを組み合わせて、備えている方法を提供し、ここで、この患者のガンが、このガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルを超えるレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する。
さらに、本発明は、ＨＥＲインヒビターまたはその薬学的に受容可能な組成物を宣伝するための方法に関しており、この方法は、標的の聴衆に対して、あるタイプのガンを有する患者集団を処置するためのこのＨＥＲインヒビターまたはその薬学的組成物の使用を奨励する工程を包含し、この患者のガンが、このガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルを超えるレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する。
本出願は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
ＨＥＲ二量体化インヒビターに対して応答することができるタイプのガンを有する患者を処置するための方法であって、治療上有効な量のＨＥＲ二量体化インヒビターを該患者に投与する工程を包含し、ここで該患者のガンが、該ガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベル未満のレベルでＨＥＲ３を発現する、方法。
（項目２）
前記患者のガンが、前記ガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現について２５パーセンタイル未満のレベルでＨＥＲ３を発現する、項目１に記載の方法。
（項目３）
ＨＥＲ３発現がポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて決定されている、項目１または項目２に記載の方法。
（項目４）
前記ＰＣＲが定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記ＨＥＲ二量体化インヒビターがＨＥＲ２二量体化インヒビターである、項目１〜４のいずれか１項に記載の方法。
（項目６）
前記ＨＥＲ二量体化インヒビターがＨＥＲヘテロ二量体化を阻害する、項目１〜５のいずれか１項に記載の方法。
（項目７）
前記ＨＥＲ二量体化インヒビターが抗体である、項目１〜６のいずれか１項に記載の方法。
（項目８）
前記抗体が、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２およびＨＥＲ３からなる群より選択されるＨＥＲレセプターに結合する、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記抗体がＨＥＲ２に結合する、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記ＨＥＲ２抗体がＨＥＲ２細胞外ドメインのドメインＩＩに結合する、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記抗体がＨＥＲ２細胞外ドメインのドメインＩと、ＩＩと、ＩＩＩとの間の接合部に結合する、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記ＨＥＲ２抗体がそれぞれ配列番号３および４における軽鎖可変アミノ酸配列および重鎖可変アミノ酸配列を含む、項目１０に記載の方法。
（項目１３）
前記ＨＥＲ２抗体がペルツズマブである、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記ＨＥＲ抗体が裸の抗体である、項目７〜１３のいずれか１項に記載の方法。
（項目１５）
前記ＨＥＲ抗体がインタクトな抗体である、項目７〜１４のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６）
前記ＨＥＲ抗体が抗原結合領域を含む抗体フラグメントである、項目７〜１４のいずれか１項に記載の方法。
（項目１７）
前記ガンのタイプが卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、転移性乳癌（ＭＢＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、前立腺癌および結腸直腸癌からなる群より選択される、項目１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
（項目１８）
前記ガンのタイプが、卵巣癌、腹膜癌、または卵管癌である、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記ガンのタイプが白金耐性である、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記ガンのタイプが、進行性、難治性または再発性の卵巣癌である、項目１８に記載の方法。
（項目２１）
前記患者における無増悪生存（ＰＦＳ）を延長する、項目１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
（項目２２）
前記患者における全生存（ＯＳ）を延長する、項目１〜２１のいずれか１項に記載の方法。
（項目２３）
前記ＨＥＲ二量体化インヒビターが単一の抗癌剤として投与される、項目１〜２２のいずれか１項に記載の方法。
（項目２４）
前記患者に対して第二の治療剤を投与する工程を包含する、項目１〜２２のいずれか１項に記載の方法。
（項目２５）
前記第二の治療剤が化学療法剤、ＨＥＲ抗体、腫瘍関連抗原に対する抗体、抗ホルモン化合物、心保護剤（ｃａｒｄｉｏｐｒｏｔｅｃｔａｎｔ）、サイトカイン、ＥＧＦＲ標的化薬、抗血管新生剤（ａｎｔｉ−ａｎｇｉｏｇｅｎｉｃ ａｇｅｎｔ）、チロシンキナーゼインヒビター、ＣＯＸインヒビター、非ステロイド性抗炎症薬、ファルネシル転移酵素インヒビター、腫瘍胎児性タンパク質ＣＡ１２５に結合する抗体、ＨＥＲ２ワクチン、ＨＥＲ標的化療法、Ｒａｆまたはｒａｓインヒビター、リポソームのドキソルビシン、トポテカン、タキサン、二重チロシンキナーゼインヒビター、ＴＬＫ２８６、ＥＭＤ−７２００、悪心を処置する医薬、皮膚発疹を予防もしくは処置する医薬、または標準的座瘡治療、下痢を処置もしくは予防する医薬、体温低下医薬、および造血成長因子からなる群より選択される、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記第二の治療剤が化学療法剤である、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記化学療法剤が、ゲムシタビン、カルボプラチン、パクリタキセル、ドセタキセル、トポテカンおよびリポソームのドキソルビシンからなる群より選択される、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記化学療法剤が代謝拮抗剤である、項目２６に記載の方法。
（項目２９）
前記代謝拮抗化学療法剤がゲムシタビンである、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記第二の治療剤がトラスツズマブ、エルロチニブまたはベバシズマブである、項目２４に記載の方法。
（項目３１）
前記患者のガンが、前記ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルより大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、項目１〜３０のいずれか１項に記載の方法。
（項目３２）
前記患者のガンが、前記ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現についてメジアンレベルより大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記患者のガンが、前記ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について７５パーセンタイルより大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
卵巣癌、腹膜癌または卵管癌を有する患者を処置するための方法であって、治療上有効な量のペルツズマブを該患者に投与する工程を包含し、ここで該患者のガンが、卵巣癌、腹膜癌または卵管癌におけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベル未満のレベルでＨＥＲ３を発現する、方法。
（項目３５）
前記患者のガンが、卵巣癌、腹膜癌または卵管癌におけるＨＥＲ３発現について２５パーセンタイル未満のレベルでＨＥＲ３を発現する、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
ＨＥＲ３発現がポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて決定されている、項目３４または項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記ＰＣＲが定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
無増悪生存（ＰＦＳ）を延長する、項目３４〜３７のいずれか１項に記載の方法。
（項目３９）
全生存（ＯＳ）を延長する、項目３４〜３８のいずれか１項に記載の方法。
（項目４０）
前記患者が卵巣癌を有する、項目３４〜３９のいずれか１項に記載の方法。
（項目４１）
前記卵巣癌が白金耐性卵巣癌である、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
前記患者が、進行性、難治性または再発性の卵巣癌を有する、項目４０または項目４１に記載の方法。
（項目４３）
前記患者に化学療法剤を投与することをさらに包含する、項目３４〜４２のいずれか１項に記載の方法。
（項目４４）
前記化学療法剤が、ゲムシタビン、カルボプラチン、パクリタキセル、ドセタキセル、トポテカンおよびリポソームのドキソルビシンからなる群より選択される、項目４３に記載の方法。
（項目４５）
前記化学療法剤が代謝拮抗化学療法剤である、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記代謝拮抗化学療法剤がゲムシタビンである、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
前記患者のガンが、前記ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルより大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、項目３４〜４６のいずれか１項に記載の方法。
（項目４８）
前記患者のガンが、前記ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現についてメジアンレベルより大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
前記患者のガンが、卵巣癌、腹膜癌または卵管癌におけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について７５パーセンタイルより大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
ＨＥＲ二量体化インヒビターに対して応答することができるタイプのガンを有する患者に対する治療を選択するための方法であって、該患者由来のガンのサンプル中のＨＥＲ３発現を決定する工程と、該ガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも低いレベルで該ガンのサンプルがＨＥＲ３を発現する場合、ＨＥＲ二量体化インヒビターを該治療として選択する工程とを包含する、方法。
（項目５１）
薬学的に受容可能な担体中にＨＥＲ二量体化インヒビターを含む薬学的組成物と、該インヒビターまたは薬学的組成物が、ＨＥＲ二量体化インヒビターに応答することができるタイプのガンを有する患者を処置することについて指示されることを記載している表示とを、一緒に包装して備えている製品であって、該患者のガンが、該ガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも低いレベルでＨＥＲ３を発現する、製品。
（項目５２）
ＨＥＲ二量体化インヒビターまたはその薬学的組成物を製造する方法であって、該方法は、パッケージ中へ、該インヒビターまたはその薬学的組成物と、該インヒビターまたはその薬学的組成物が、ＨＥＲ二量体化インヒビターに応答することができるタイプのガンを有する患者を処置することについて指示されることを記載している表示とを組み合わせることを含み、該患者のガンが、該ガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも低いレベルでＨＥＲ３を発現する、方法。
（項目５３）
ＨＥＲ二量体化インヒビターまたはその薬学的に受容可能な組成物を宣伝するための方法であって、標的の聴衆に対して、あるタイプのガンを有する患者集団を処置するための該ＨＥＲ二量体化インヒビターまたはその薬学的組成物の使用を奨励する工程を包含し、該患者のガンが、該ガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも低いレベルでＨＥＲ３を発現する、方法。
（項目５４）
化学療法剤に応答することができるタイプのガンを有する患者に対する治療を選択するための方法であって、該患者由来のガンのサンプル中のＨＥＲ３発現を決定する工程と、該ガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも大きいレベルで該ガンのサンプルがＨＥＲ３を発現する場合、化学療法剤を該治療として選択する工程とを包含する、方法。
（項目５５）
前記ガンのタイプが、卵巣癌、腹膜癌、または卵管癌である、項目５４に記載の方法。
（項目５６）
前記ガンのタイプが白金耐性の卵巣癌、腹膜癌、または卵管癌である、項目５５に記載の方法。
（項目５７）
前記ガンのタイプが、進行性、難治性または再発性の卵巣癌である、項目５５に記載の方法。
（項目５８）
前記化学療法剤が代謝拮抗剤である、項目５４〜５７のいずれか１項に記載の方法。
（項目５９）
前記代謝拮抗化学療法剤がゲムシタビンである、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
ＨＥＲインヒビターに応答することができるタイプのガンを有する患者を処置するための方法であって、治療上有効な量のＨＥＲインヒビターを該患者に投与する工程を包含し、ここで該患者のガンが、該ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルを超えるレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、方法。
（項目６１）
前記患者のガンが、前記ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現についてメジアンレベルより大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、項目６０に記載の方法。
（項目６２）
前記患者のガンが、前記ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について７５パーセンタイルより大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、項目６１に記載の方法。
（項目６３）
ＨＥＲ２およびＨＥＲ３の発現がポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて決定されている、項目６０〜６２のいずれか１項に記載の方法。
（項目６４）
前記ＰＣＲが定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である、項目６３に記載の方法。
（項目６５）
前記ＨＥＲインヒビターがＨＥＲ二量体化インヒビターである、項目６０〜６４のいずれか１項に記載の方法。
（項目６６）
前記ＨＥＲインヒビターがＨＥＲ２インヒビターである、項目６０〜６５のいずれか１項に記載の方法。
（項目６７）
前記ＨＥＲ二量体化インヒビターがＨＥＲ２二量体化インヒビターである、項目６５または項目６６に記載の方法。
（項目６８）
前記ＨＥＲインヒビターがＨＥＲヘテロ二量体化を阻害する、項目６５に記載の方法。
（項目６９）
前記ＨＥＲインヒビターが抗体である、項目６０〜６８のいずれか１項に記載の方法。
（項目７０）
前記抗体が、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２およびＨＥＲ３からなる群より選択されるＨＥＲレセプターに結合する、項目６９に記載の方法。
（項目７１）
前記抗体がＨＥＲ２に結合する、項目７０に記載の方法。
（項目７２）
前記ＨＥＲ２抗体がＨＥＲ２細胞外ドメインのドメインＩＩに結合する、項目７１に記載の方法。
（項目７３）
前記抗体がＨＥＲ２細胞外ドメインのドメインＩと、ＩＩと、ＩＩＩとの間の接合部に結合する、項目７１に記載の方法。
（項目７４）
前記ＨＥＲ２抗体がそれぞれ配列番号３および４における軽鎖可変アミノ酸配列および重鎖可変アミノ酸配列を含む、項目７３に記載の方法。
（項目７５）
前記ＨＥＲ２抗体がペルツズマブである、項目７４に記載の方法。
（項目７６）
前記ＨＥＲ抗体が裸の抗体である、項目６９〜７５のいずれか１項に記載の方法。
（項目７７）
前記ＨＥＲ抗体がインタクトな抗体である、項目６９〜７６のいずれか１項に記載の方法。
（項目７８）
前記ＨＥＲ抗体が抗原結合領域を含む抗体フラグメントである、項目６９〜７６のいずれか１項に記載の方法。
（項目７９）
前記ガンのタイプが卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、転移性乳癌（ＭＢＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、前立腺癌および結腸直腸癌からなる群より選択される、項目６０〜７８のいずれか１項に記載の方法。
（項目８０）
前記ガンのタイプが、卵巣癌、腹膜癌、または卵管癌である、項目７９に記載の方法。
（項目８１）
前記ガンのタイプが白金耐性である、項目８０に記載の方法。
（項目８２）
前記ガンのタイプが、進行性、難治性または再発性の卵巣癌である、項目８０に記載の方法。
（項目８３）
前記患者における無増悪生存（ＰＦＳ）を延長する、項目６０〜８２のいずれか１項に記載の方法。
（項目８４）
前記患者における全生存（ＯＳ）を延長する、項目６０〜８３のいずれか１項に記載の方法。
（項目８５）
前記ＨＥＲインヒビターが単一の抗癌剤として投与される、項目６０〜８４のいずれか１項に記載の方法。
（項目８６）
前記患者に対して第二の治療剤を投与する工程を包含する、項目６０〜８４のいずれか１項に記載の方法。
（項目８７）
前記第二の治療剤が化学療法剤、ＨＥＲ抗体、腫瘍関連抗原に対する抗体、抗ホルモン化合物、心保護剤、サイトカイン、ＥＧＦＲ標的化薬、抗血管新生剤、チロシンキナーゼインヒビター、ＣＯＸインヒビター、非ステロイド性抗炎症薬、ファルネシル転移酵素インヒビター、腫瘍胎児性タンパク質ＣＡ１２５に結合する抗体、ＨＥＲ２ワクチン、ＨＥＲ標的化療法、Ｒａｆまたはｒａｓインヒビター、リポソームのドキソルビシン、トポテカン、タキサン、二重チロシンキナーゼインヒビター、ＴＬＫ２８６、ＥＭＤ−７２００、悪心を処置する医薬、皮膚発疹を予防もしくは処置する医薬、または標準的座瘡治療、下痢を処置もしくは予防する医薬、体温低下医薬、および造血成長因子からなる群より選択される、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記第二の治療剤が化学療法剤である、項目８６に記載の方法。
（項目８９）
前記化学療法剤が、ゲムシタビン、カルボプラチン、パクリタキセル、ドセタキセル、トポテカンおよびリポソームのドキソルビシンからなる群より選択される、項目８８に記載の方法。
（項目９０）
前記化学療法剤が代謝拮抗剤である、項目８８に記載の方法。
（項目９１）
前記代謝拮抗化学療法剤がゲムシタビンである、項目９０に記載の方法。
（項目９２）
前記第二の治療剤がトラスツズマブ、エルロチニブまたはベバシズマブである、項目８６に記載の方法。
（項目９３）
卵巣癌、腹膜癌または卵管癌を有する患者を処置するための方法であって、治療上有効な量のペルツズマブを該患者に投与する工程を包含し、ここで該患者のガンが、卵巣癌、腹膜癌または卵管癌におけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルを超えるレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、方法。
（項目９４）
前記患者のガンが、卵巣癌、腹膜癌または卵管癌におけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現についてメジアンレベルを超えるレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、項目９３に記載の方法。
（項目９５）
前記患者のガンが、卵巣癌、腹膜癌または卵管癌におけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について７５パーセンタイルを超えるレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、項目９４に記載の方法。
（項目９６）
ＨＥＲ２およびＨＥＲ３発現がポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて決定されている、項目９３〜項目９５のいずれか１項に記載の方法。
（項目９７）
前記ＰＣＲが定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である、項目９６に記載の方法。
（項目９８）
無増悪生存（ＰＦＳ）を延長する、項目９３〜９７のいずれか１項に記載の方法。
（項目９９）
全生存（ＯＳ）を延長する、項目９３〜９８のいずれか１項に記載の方法。
（項目１００）
前記患者が卵巣癌を有する、項目９３〜９９のいずれか１項に記載の方法。
（項目１０１）
前記卵巣癌が白金耐性卵巣癌である、項目１００に記載の方法。
（項目１０２）
前記患者が、進行性、難治性または再発性の卵巣癌を有する、項目１００または項目１０１に記載の方法。
（項目１０３）
前記患者に化学療法剤を投与することをさらに包含する、項目９３〜１０２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１０４）
前記化学療法剤が、ゲムシタビン、カルボプラチン、パクリタキセル、ドセタキセル、トポテカンおよびリポソームのドキソルビシンからなる群より選択される、項目１０３に記載の方法。
（項目１０５）
前記化学療法剤が代謝拮抗化学療法剤である、項目１０３に記載の方法。
（項目１０６）
前記代謝拮抗化学療法剤がゲムシタビンである、項目１０５に記載の方法。
（項目１０７）
ＨＥＲインヒビターに対して応答することができるタイプのガンを有する患者に対する治療を選択するための方法であって、該患者由来のガンのサンプル中のＨＥＲ２およびＨＥＲ３の発現を決定する工程と、該ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルを超えるレベルで該ガンのサンプルがＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する場合、ＨＥＲインヒビターを該治療として選択する工程とを包含する、方法。
（項目１０８）
薬学的に受容可能な担体中にＨＥＲインヒビターを含む薬学的組成物と、該インヒビターまたは薬学的組成物が、ＨＥＲインヒビターに応答することができるタイプのガンを有する患者を処置することについて指示されることを記載している表示とを、一緒に包装して備えている製品であって、該患者のガンが、該ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルを超えるレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、製品。
（項目１０９）
ＨＥＲインヒビターまたはその薬学的組成物を製造する方法であって、該方法は、パッケージ中へ、該インヒビターまたはその薬学的組成物と、該インヒビターまたはその薬学的組成物が、ＨＥＲインヒビターに応答することができるタイプのガンを有する患者を処置することについて該インヒビターまたは薬学的組成物が指示されることを記載している表示とを組み合わせることを含み、該患者のガンが、該ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルよりも大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、方法。
（項目１１０）
ＨＥＲインヒビターまたはその薬学的に受容可能な組成物を宣伝するための方法であって、標的の聴衆に対して、あるタイプのガンを有する患者集団を処置するための該ＨＥＲインヒビターまたはその薬学的組成物の使用を促進する工程を包含し、該患者のガンが、該ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルを超えるレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、方法。
（項目１１１）
ＨＥＲインヒビターに応答することができるタイプのガンを有する患者を処置するための方法であって、治療上有効な量のＨＥＲインヒビターを該患者に投与する工程を包含し、該ガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも低いレベルで該患者のガンがＨＥＲ３を発現する、方法。
（項目１１２）
ＨＥＲインヒビターに対して応答することができるタイプのガンを有する患者に対する治療を選択するための方法であって、該患者由来のガンのサンプル中のＨＥＲ３の発現を決定する工程と、該ガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも低いレベルで該ガンのサンプルがＨＥＲ３を発現する場合、ＨＥＲインヒビターを該治療として選択する工程とを包含する、方法。
（項目１１３）
前記ＨＥＲインヒビターがＨＥＲ２インヒビターである、項目１１１または項目１１２に記載の方法。
本出願は、ガンがＨＥＲ３を低レベルで発現するガン患者（例えば、卵巣癌患者）が、ガンがＨＥＲ３を高レベルで発現する患者よりも、ヒトの臨床試験において、ＨＥＲ二量体化インヒビターに対して良好に応答するという驚くべき観察に少なくとも一部は関係する。概してこのような患者は、高いＨＥＲ２：ＨＥＲ３比（低値のＨＥＲ３に起因する）を有し、そのためＨＥＲ２およびＨＥＲ３の両方の相対的な値を評価することで、ＨＥＲ二量体化インヒビターでの治療に患者を選択する追加の手段または代替的な手段が得られる。
ＨＥＲ２タンパク質の構造の概略図、およびその細胞外ドメインのドメインＩ〜ＩＶについてのアミノ酸配列（それぞれ配列番号１９〜２２）を示す。 マウスモノクローナル抗体２Ｃ４の可変軽鎖ドメイン（ＶＬ）（図２Ａ）および可変重鎖ドメイン（ＶＨ）（図２Ｂ）（それぞれ配列番号１および２）；改変体５７４／ペルツズマブのＶＬおよびＶＨドメイン（それぞれ配列番号３および４）、ならびにヒトＶＬおよびＶＨコンセンサスフレームワーク（ｈｕｍ κ１、軽鎖カッパ亜群Ｉ；ｈｕｍＩＩＩ、重鎖亜群ＩＩＩ）（それぞれ配列番号５および６）のアミノ酸配列のアラインメントを示す。星印により、ペルツズマブとマウスモノクローナル抗体２Ｃ４との可変ドメインの間に、またはペルツズマブとヒトフレームワークとの可変ドメインの間に差があることを明らかにする。相補性決定領域（ＣＤＲ）に括弧を付す。 ペルツズマブ軽鎖（図３Ａ、配列番号１３）および重鎖（図３Ｂ、配列番号１４）のアミノ酸配列を示す。ＣＤＲを太字で示す。軽鎖および重鎖の分子量の計算値は、２３５２６．２２Ｄａおよび４９２１６．５６Ｄａ（システインは還元型）である。糖質部分は重鎖のＡｓｎ２９９に付着している。 ＨＥＲ２のヘテロ二量体結合部位に２Ｃ４が結合することによって活性化ＥＧＦＲまたはＨＥＲ３とのヘテロ二量体化を阻止することを概略的に示す。 ＭＡＰＫ経路およびＡｋｔ経路とのＨＥＲ２／ＨＥＲ３のカップリングを示す。 トラスツズマブおよびペルツズマブの様々な活性を比較する。 トラスツズマブの軽鎖（図７Ａ；配列番号１５）のアミノ酸配列を示す。 トラスツズマブの重鎖（図７Ｂ；配列番号１６）のアミノ酸配列を示す。 改変体ペルツズマブの軽鎖配列（図８Ａ；配列番号１７）を示す。 改変体ペルツズマブの重鎖配列（図８Ｂ；配列番号１８）を示す。 実施例１の臨床試験の研究デザイン／スキームを示しており、これはゲムシタビンおよびプラシーボ、またはゲムシタビンおよびペルツズマブのいずれかで処置した白金耐性の卵巣癌、原発性腹膜癌、または卵管癌を有する患者を包含する。 実施例１の研究由来の全ての患者についての無増悪生存（ＰＦＳ）を示す。 図１０Ａの最新版である。ＰＦＳは、層別Ｃｏｘモデルおよび層別ログランク（ｌｏｎｇ ｒｎｋ）を用いて、無作為化層別因子（ＥＣＯＧ ＰＳ、白金耐性疾患の事前のレジメンの回数、および疾患測定可能性）によって評価した。 予想ｐＨＥＲ２状態によってＰＦＳを示す。 図１１Ａの最新版である。 ｑＲＴ−ＰＣＲ ＥＧＦＲ（ＨＥＲ１）カットオフによってＰＦＳを示す。 ｗＲＴ−ＰＣＲ ＥＧＦＲ（ＨＥＲ１）カットオフによるＰＦＳの別の提示であって、これはまた、種々のＥＧＦＲカットオフ値でのＨＥＲ１（高）およびＨＥＲ１（低）における被験体の数も示している。 ｑＲＴ−ＰＣＲ ＨＥＲ２カットオフによってＰＦＳを示す。 ｑＲＴ−ＰＣＲ ＨＥＲ２カットオフによるＰＦＳの別の提示であって、これはまた、種々のＨＥＲ２カットオフ値でのＨＥＲ１（高）およびＨＥＲ１（低）における被験体の数も示している。 ｑＲＴ−ＰＣＲ ＨＥＲ３カットオフによるＰＦＳを示す。 ｑＲＴ−ＰＣＲ ＨＥＲ３カットオフによるＰＦＳの別の提示であって、これはまた、種々のＨＥＲ３カットオフ値でのＨＥＲ３（高）群およびＨＥＲ３（低）群における被験体の数も示している。 ＨＥＲ３亜群によるＰＦＳを示す。ペルツズマブの活性は、低ＨＥＲ３発現腫瘍を有する患者で最大であって、ＨＥＲ３遺伝子発現の値が下がるにつれて増大する傾向である。 ｑＲＴ−ＰＣＲ ＨＥＲ３値によるＰＦＳの別の提示である。 ＨＥＲ３亜群によるＰＦＳを示す。このデータは、ＨＥＲ３高発現腫瘍を有する患者においてペルツズマブとゲムシタビンとの間に負の相互作用があり得ることを示す。 ｑＲＴ−ＰＣＲ ＨＥＲ３値によるＰＦＳの別の提示である。このデータでさらに、ＨＥＲ３高発現腫瘍を有する患者においてペルツズマブとゲムシタビンとの間に負の相互作用があり得ることが確認される。 ＨＥＲ３の亜群；高ＨＥＲ３発現亜群、および低ＨＥＲ３発現亜群によるＰＦＳをまとめる。 図１７Ｂに示されるｑＲＴ−ＰＣＲ ＨＥＲ３値によるＰＦＳの最新版である。 ＨＥＲ３亜群によるＰＦＳをさらに示す。 図１８Ａに示される、ＨＥＲ３発現四分位数によるＰＦＳ分析の最新版である。 ５０／５０スプリットでのＨＥＲ３のｑＲＴ−ＰＣＲによるＰＦＳを示しており；これは５０パーセンタイル未満の低ＨＥＲ３発現と、５０パーセンタイル以上の高ＨＥＲ３発現とである。 図１９Ａに示される、５０／５０スプリットでのＨＥＲ３のｑＲＴ−ＰＣＲによるＰＦＳの最新版である。 ２５／７５スプリットでのＨＥＲ３のｑＲＴ−ＰＣＲによるＰＦＳを示しており；これは２５パーセンタイル未満の低ＨＥＲ３発現と、２５パーセンタイル以上の高ＨＥＲ３発現とである。 図２０Ａに示される、２５／７５スプリットでのＨＥＲ３のｑＲＴ−ＰＣＲによるＰＦＳの最新版である。 全患者における全生存（ＯＳ）の予備データを示す。データは１３０事象のうち４６事象に基づく。 ＯＳのデータの最新版チャートであり、層別Ｃｏｘモデルおよび層別ログランク検定を用いて、無作為化層別因子（ＥＣＯＧ ＰＳ、白金耐性疾患の事前のレジメンの回数、および疾患測定可能性）によって評価した。 ｑＲＴ−ＰＣＲにおいてＨＥＲ３によりＯＳについての予備的データを示す。データは、１１９のうち４３の事象に基づいた。 ５０／５０スプリットでのｑＲＴ−ＰＣＲにおけるＨＥＲ３によるＯＳのデータの最新版チャートであって、これは５０パーセンタイル未満の低ＨＥＲ３発現と、２５パーセンタイル以上の高ＨＥＲ３発現とである。 ＨＥＲ３のｑＲＴ−ＰＣＲによってＰＦＳを示しており、これは高危険率（ＨＲ）対低危険率（ＨＲ）を比較している。 ＨＥＲ３のｑＲＴ−ＰＣＲによるＰＦＳの最新版チャートであって、これは高危険率（ＨＲ）対低危険率（ＨＲ）を比較している。 実施例１におけるペルツブマブの白金耐性卵巣癌のフルセットのデータを示しており、これはｑＲＴ−ＰＣＲ ＨＥＲ３によるＰＦＳを伴う。注：ＨＲおよびログランクのｐ値は多重比較に調節しなかった。 ペルツブマブについての白金耐性卵巣癌のデータの別のセットであり、ｑＲＴ−ＰＣＲ ＨＥＲ３によるＰＦＳを伴う。ちょうど図２４Ａと同様、ＨＲおよびログランクのｐ値は多重比較に調節しなかった。 単剤ペルツズマブを用いて実施例２のように処置した患者についてのＨＥＲ３のｑＲＴ−ＰＣＲによるＰＦＳおよびＯＳを示す。高ＨＥＲ３は、７５パーセンタイル以上の患者であった；低ＨＥＲ３の患者は、７５パーセンタイル未満の患者であった。低発現患者についての中央生存は、３．３１年（９５％ＣＩ、１．９３〜４．６９）；高ＨＥＲ３発現患者についての中央生存は、１．８０年（９５％ＣＩ、０．８３〜２．７８）。 ＨＥＲ３の較正した正規化した比を示す；発現範囲は、約２０〜８０倍である。ＣＰはほとんどのサンプルについて約２３〜３０である。 ＨＥＲ３の較正した正規化した比を示す別の図である；発現範囲は、約２０〜８０倍である。ＣＰはほとんどのサンプルについて約２３〜３０である。 ＬＩＧＨＴＣＹＣＬＥＲ（登録商標）２．０ペルツズマブのｑＲＴ−ＰＣＲのインビトロの診断（ｉｎ ｖｉｔｒｏ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ）（ＩＶＤ）アッセイのワークフローを示す。 ペルツズマブＩＶＤアッセイのワークフローおよび分析を示しており、ここでは１つのマーカーおよび参照を用いている。 実施例１で処置された患者についてのＨＥＲ２：ＨＥＲ３のパーセンタイルによるＰＦＳを示す。 実施例１において処置した患者についてのＨＥＲ２：ＨＥＲ３のパーセンタイルによるＰＦＳを示す別の図である。注：ＨＲおよびログランクのｐ値は多重比較に調節しなかった。 中央より高いか、または７５パーセンタイルより高いＨＥＲ２対ＨＥＲ３比を有する患者に特にカプラン・マイヤープロットを用いて実施例１のＨＥＲ２：ＨＥＲ３比によりＰＦＳを評価する。 中央より高いか、または７５パーセンタイルより高いＨＥＲ２対ＨＥＲ３比を有する患者に特にカプラン・マイヤープロットを用いて実施例１のＨＥＲ２：ＨＥＲ３比によるＰＦＳを示している最新版である。 これも実施例１由来の、ＨＥＲ２：ＨＥＲ３比の四分位数の亜群によってＰＦＳを評価する。 ＨＥＲ２／ＨＥＲ３の四分位数の再発性卵巣癌によるＰＦＳの別のまとめである。 実施例３で記載したとおり処置した、それぞれメジアンレベル未満またはメジアンレベル以上のＨＥＲ３値を有する卵巣癌を有する被験体についてのＰＦＳのカプラン・マイヤープロットを示す。 それぞれメジアンレベル未満またはメジアンレベル以上のＨＥＲ３値を有する患者群において化学療法またはペルツズマブで処置した、卵巣癌を有する被験体についてのＰＦＳのカプラン・マイヤープロットを示す。 それぞれメジアンレベル未満またはメジアンレベル以上のＨＥＲ２／ＨＥＲ３比について、ペルツズマブおよび化学療法で、またはペルツズマブで処置した、卵巣癌を有する被験体についてのＰＦＳのカプラン・マイヤープロットを示す。 それぞれメジアンレベル未満またはメジアンレベル以上のＨＥＲ２／ＨＥＲ３比について、化学療法またはペルツズマブで処置した、卵巣癌を有する被験体についてのＰＦＳのカプラン・マイヤープロットを示す。
Ｉ．定義
「ＨＥＲレセプター」は、ＨＥＲレセプターファミリーに属するレセプタータンパク質チロシンキナーゼであり、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、およびＨＥＲ４のレセプターを包含する。ＨＥＲレセプターは一般に、ＨＥＲリガンドと結合し、かつ／または別のＨＥＲレセプター分子と二量体化し得る細胞外ドメイン；親油性膜貫通ドメイン；保存された細胞内チロシンキナーゼドメイン；およびリン酸化され得るいくつかのチロシン残基を保有するカルボキシル末端シグナル伝達ドメインを包含する。ＨＥＲレセプターとは、「天然の配列の」ＨＥＲレセプターであっても、またはその「アミノ酸配列改変体」であってもよい。好ましくは、ＨＥＲレセプターは天然の配列のヒトＨＥＲレセプターである。
「ＥｒｂＢ１」、「ＨＥＲ１」、「上皮成長因子レセプター」、および「ＥＧＦＲ」という用語は、本明細書において相互交換可能に使用され、例えばＣａｒｐｅｎｔｅｒら、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５６：８８１〜９１４（１９８７）に開示されたＥＧＦＲであって、その天然に存在する変異体（例えば、Ｈｕｍｐｈｒｅｙら、ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）８７：４２０７〜４２１１（１９９０）にあるような欠失改変体ＥＧＦＲ）を含むＥＧＦＲを指す。ｅｒｂＢ１とはＥＧＦＲタンパク質産物をコードしている遺伝子を指す。
「ＥｒｂＢ２」および「ＨＥＲ２」という表現は、本明細書において相互交換可能に使用され、例えばＳｅｍｂａら、ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）８２：６４９７〜６５０１（１９８５）およびＹａｍａｍｏｔｏら、Ｎａｔｕｒｅ ３１９：２３０〜２３４（１９８６）（Ｇｅｎｅｂａｎｋアクセッション番号Ｘ０３３６３）に記載された、ヒトＨＥＲ２タンパク質を指す。「ｅｒｂＢ２」という用語はヒトＥｒｂＢ２をコードしている遺伝子を指し、「ｎｅｕ」は、ラットｐ１８５ｎｅｕをコードしている遺伝子を指す。好ましいＨＥＲ２は天然の配列のヒトＨＥＲ２である。
本明細書において、「ＨＥＲ２細胞外ドメイン」または「ＨＥＲ２ ＥＣＤ」とは、細胞膜にアンカーされているか、または循環しているかのいずれかであるＨＥＲ２の細胞外側のドメインを、そのフラグメントを含めて指す。一実施形態では、ＨＥＲ２の細胞外ドメインは、以下の四つのドメインを含んでもよい：「ドメインＩ」（アミノ酸残基約１〜１９５；配列番号：１９）、「ドメインＩＩ」（アミノ酸残基約１９６〜３１９；配列番号：２０）、「ドメインＩＩＩ」（アミノ酸残基約３２０〜４８８；配列番号：２１）、および「ドメインＩＶ」（アミノ酸残基約４８９〜６３０；配列番号：２２）（シグナルペプチドを除いて残基にナンバリング）。Ｇａｒｒｅｔｔら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．１１：４９５〜５０５（２００３）、Ｃｈｏら、Ｎａｔｕｒｅ ４２ｌ：７５６〜７６０（２００３）、Ｆｒａｎｋｌｉｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ５：３１７〜３２８（２００４）、およびＰｌｏｗｍａｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９０：１７４６〜１７５０（１９９３）、ならびに本明細書の図１を参照のこと。
「ＥｒｂＢ３」および「ＨＥＲ３」とは、例えば、米国特許第５，１８３，８８４号および第５，４８０，９６８号、ならびにＫｒａｕｓら、ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）８６：９１９３〜９１９７（１９８９）に開示されたようなレセプターポリペプチドを指す。
本明細書における用語「ＥｒｂＢ４」および「ＨＥＲ４」とは、例えば、欧州特許出願第５９９，２７４号；Ｐｌｏｗｍａｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０：１７４６〜１７５０（１９９３）；およびＰｌｏｗｍａｎら、Ｎａｔｕｒｅ，３６６：４７３〜４７５（１９９３）に開示されたようなレセプターポリペプチドを、例えば、１９９９年４月２２日に公表されたＷＯ９９／１９４８８に開示されたようなそのアイソフォームを含めて指す。
「ＨＥＲリガンド」とは、ＨＥＲレセプターに結合し、かつ／またはそれを活性化するポリペプチドを意味する。本明細書において特に目的であるＨＥＲリガンドは、上皮成長因子（ＥＧＦ）（Ｓａｖａｇｅら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２４７：７６１２〜７６２１（１９７２））；トランスフォーミング成長因子アルファ（ＴＧＦ−α）（Ｍａｒｑｕａｒｄｔら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２３：１０７９〜１０８２（１９８４））；神経鞘腫またはケラチン細胞の自己分泌成長因子としても公知であるアンフィレギュリン（Ｓｈｏｙａｂら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４３：１０７４〜１０７６（１９８９）；Ｋｉｍｕｒａら、Ｎａｔｕｒｅ ３４８：２５７〜２６０（１９９０）；およびＣｏｏｋら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１１：２５４７〜２５５７（１９９１））；ベータセルリン（Ｓｈｉｎｇら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５９：１６０４〜１６０７（１９９３）；およびＳａｓａｄａら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１９０：１１７３（１９９３））；ヘパリン結合性上皮成長因子（ＨＢ−ＥＧＦ）（Ｈｉｇａｓｈｉｙａｍａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５１：９３６〜９３９（１９９１））；エピレグリン（Ｔｏｙｏｄａら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７０：７４９５〜７５００（１９９５）；およびＫｏｍｕｒａｓａｋｉら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １５：２８４１〜２８４８（１９９７））；ヘレグリン（下記参照のこと）；ニューレグリン−２（ＮＲＧ−２）（Ｃａｒｒａｗａｙら、Ｎａｔｕｒｅ ３８７：５１２〜５１６（１９９７））；ニューレグリン−３（ＮＲＧ−３）（Ｚｈａｎｇら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９４：９５６２〜９５６７（１９９７））；ニューレグリン−４（ＮＲＧ−４）（Ｈａｒａｒｉら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １８：２６８１〜８９（１９９９））；およびクリプト（ｃｒｉｐｔｏ）（ＣＲ−１）（Ｋａｎｎａｎら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２（６）：３３３０〜３３３５（１９９７））などの天然の配列のヒトＨＥＲリガンドである。ＥＧＦＲと結合するＨＥＲリガンドとしては、ＥＧＦ、ＴＧＦ−α、アンフィレギュリン、ベータセルリン、ＨＢ−ＥＧＦ、およびエピレグリンが挙げられる。ＨＥＲ３と結合するＨＥＲリガンドには、ヘレグリンがある。ＨＥＲ４と結合することができるＨＥＲリガンドとしては、ベータセルリン、エピレグリン、ＨＢ−ＥＧＦ、ＮＲＧ−２、ＮＲＧ−３、ＮＲＧ−４、およびヘレグリンが挙げられる。
本明細書に使用される場合、「ヘレグリン」（ＨＲＧ）とは、米国特許第５，６４１，８６９号またはＭａｒｃｈｉｏｎｎｉら、Ｎａｔｕｒｅ，３６２：３１２〜３１８（１９９３）に開示されたようなヘレグリン遺伝子産物にコードされているポリペプチドを指す。ヘレグリンの例としては、ヘレグリン−α、ヘレグリン−β１、ヘレグリン−β２、およびヘレグリン−β３（Ｈｏｌｍｅｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５６：１２０５〜１２１０（１９９２）；および米国特許第５，６４１，８６９号）；ｎｅｕ分化因子（ＮＤＦ）（Ｐｅｌｅｓら、Ｃｅｌｌ ６９：２０５〜２１６（１９９２））；アセチルコリンレセプター誘導活性（ＡＲＩＡ）（Ｆａｌｌｓら、Ｃｅｌｌ ７２：８０１〜８１５（１９９３））；グリア細胞成長因子（ＧＧＦ）（Ｍａｒｃｈｉｏｎｎｉら、Ｎａｔｕｒｅ，３６２：３１２〜３１８（１９９３））；感覚および運動神経由来因子（ＳＭＤＦ）（Ｈｏら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７０：１４５２３〜１４５３２（１９９５））；γ−ヘレグリン（Ｓｃｈａｅｆｅｒら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １５：１３８５〜１３９４（１９９７））が挙げられる。
本明細書における「ＨＥＲ二量体」とは、少なくとも二つのＨＥＲレセプターを含む非共有的に会合した二量体である。このような複合体は、二つ以上のＨＥＲレセプターを発現している細胞がＨＥＲリガンドに曝露されたときに形成することがあり、この複合体を免疫沈降により単離して、例えばＳｌｉｗｋｏｗｓｋｉら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２６９（２０）：１４６６１〜１４６６５（１９９４）に記載されているようなＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析してもよい。サイトカインレセプターサブユニット（例えばｇｐ１３０）などの他のタンパク質がこの二量体と会合してもよい。好ましくは、ＨＥＲ二量体はＨＥＲ２を含む。
本明細書における「ＨＥＲヘテロ二量体」は、ＥＧＦＲ−ＨＥＲ２、ＨＥＲ２−ＨＥＲ３、またはＨＥＲ２−ＨＥＲ４ヘテロ二量体などの少なくとも二つの異なるＨＥＲレセプターを含む非共有結合的に会合したヘテロ二量体である。
「ＨＥＲインヒビター」とは、ＨＥＲの活性化または機能を妨害する薬剤である。ＨＥＲインヒビターの例としては、ＨＥＲ抗体（例えばＥＧＦＲ抗体、ＨＥＲ２抗体、ＨＥＲ３抗体、またはＨＥＲ４抗体）；ＥＧＦＲ標的薬；低分子性ＨＥＲアンタゴニスト；ＨＥＲチロシンキナーゼインヒビター；ラパチニブ／ＧＷ５７２０１６などのＨＥＲ２およびＥＧＦＲの二重チロシンキナーゼインヒビター；アンチセンス分子（例えば、ＷＯ２００４／８７２０７参照）；ならびに／またはＭＡＰＫもしくはＡｋｔなどの下流のシグナル伝達分子に結合するか、もしくはその機能を妨害する薬剤が挙げられる（図５参照）。好ましくは、ＨＥＲインヒビターはＨＥＲレセプターに結合する抗体または低分子である。
「ＨＥＲ二量体化インヒビター」とは、ＨＥＲ二量体またはＨＥＲヘテロ二量体の形成を阻害する薬剤である。好ましくは、ＨＥＲ二量体化インヒビターは、ＨＥＲ２二量体化インヒビターであるか、および／またはＨＥＲヘテロ二量体化を阻害する。好ましくは、ＨＥＲ二量体化インヒビターは、抗体、例えば、ＨＥＲ２に対してそのヘテロ二量体結合部位で結合する抗体である。本明細書における最も好ましいＨＥＲ二量体化インヒビターはペルツズマブまたはＭＡｂ ２Ｃ４である。ＨＥＲ２のヘテロ二量体結合部位への２Ｃ４の結合を図４に示す。ＨＥＲ二量体化インヒビターの他の例としては、ＥＧＦＲに結合して、それと１つ以上のその他のＨＥＲレセプターとの二量体化を阻害する抗体（例えば、活性化ＥＧＦＲまたは「繋ぎ止められていない（ｕｎｔｅｔｈｅｒｅｄ）」ＥＧＦＲに結合するＥＧＦＲモノクローナル抗体８０６であるＭＡｂ８０６；Ｊｏｈｎｓら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７９（２９）：３０３７５〜３０３８４（２００４）参照）；ＨＥＲ３に結合して、それと１つ以上のその他のＨＥＲレセプターとの二量体化を阻害する抗体；ＨＥＲ４に結合して、それと１つ以上のその他のＨＥＲレセプターとの二量体化を阻害する抗体；ペプチド二量体化インヒビター（米国特許第６，４１７，１６８号）；アンチセンス二量体化インヒビターなどが挙げられる。
「ＨＥＲ２二量体化インヒビター」とは、ＨＥＲ２を含む二量体またはヘテロ二量体の形成を阻害する薬剤である。
「ＨＥＲ抗体」とは、ＨＥＲレセプターに結合する抗体である。場合により、ＨＥＲ抗体はＨＥＲの活性化または機能をさらに妨害する。好ましくは、ＨＥＲ抗体はＨＥＲレセプター２に結合する。本明細書において特に関心対象であるＨＥＲ２抗体はペルツズマブである。ＨＥＲ２抗体の別の例はトラスツズマブである。ＥＧＦＲ抗体の例としてはセツキシマブおよびＡＢＸ０３０３が挙げられる。
「ＨＥＲ活性化」とは、任意の１つ以上のＨＥＲレセプターの活性化またはリン酸化を指す。一般に、ＨＥＲ活性化の結果として（例えばＨＥＲレセプターまたは基質ポリペプチドにおけるチロシン残基をリン酸化する、ＨＥＲレセプターの細胞内キナーゼドメインにより引き起こされる）シグナル伝達が生じる。ＨＥＲの活性化は、目的のＨＥＲレセプターを含むＨＥＲ二量体へのＨＥＲリガンドの結合により媒介され得る。ＨＥＲ二量体に対してＨＥＲリガンドが結合することにより、その二量体中の１つ以上のＨＥＲレセプターのキナーゼドメインが活性化することができ、その結果として、１つ以上のＨＥＲレセプター中のチロシン残基のリン酸化および／またはＡｋｔもしくはＭＡＰＫ細胞内キナーゼなどの追加の基質ポリペプチド（単数または複数）のチロシン残基のリン酸化が生じる。例えば、図５を参照のこと。
「リン酸化」とは、ＨＥＲレセプターまたはその基質などのタンパク質に対する１つ以上のリン酸基の付加を指す。
「ＨＥＲの二量体化を阻害する」抗体とは、ＨＥＲ二量体の形成を阻害するか、または妨害する抗体である。好ましくは、このような抗体はＨＥＲ２のヘテロ二量体結合部位でＨＥＲ２に結合する。本明細書における最も好ましい二量体化阻害抗体はペルツズマブまたはＭＡｂ ２Ｃ４である。ＨＥＲ２のヘテロ二量体結合部位への２Ｃ４の結合は図４に例示されている。ＨＥＲの二量体化を阻害する抗体の他の例としては、ＥＧＦＲに結合して、ＥＧＦＲと１つ以上のその他のＨＥＲレセプターとの二量体化を阻害する抗体（例えば活性化ＥＧＦＲまたは「繋ぎ止められていない」ＥＧＦＲに結合するＥＧＦＲモノクローナル抗体８０６（ＭＡｂ８０６）；Ｊｏｈｎｓら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７９（２９）：３０３７５〜３０３８４（２００４）参照）；ＨＥＲ３に結合して、ＨＥＲ３と１つ以上の他のＨＥＲレセプターとの二量体化を阻害する抗体；およびＨＥＲ４に結合して、ＨＥＲ４と１つ以上のその他のＨＥＲレセプターとの二量体化を阻害する抗体が挙げられる。
「トラスツズマブよりも効果的にＨＥＲレセプターのリガンド活性化を遮断する」抗体とは、トラスツズマブよりも効果的に（例えば少なくとも約２倍効果的に）ＨＥＲレセプター（単数または複数）またはＨＥＲ二量体（単数または複数）のＨＥＲリガンド活性化を低減または排除する抗体である。好ましくは、このような抗体は、マウスモノクローナル抗体２Ｃ４もしくはそのＦａｂフラグメント、またはペルツズマブもしくはそのＦａｂフラグメントと少なくともほぼ同様に効果的にＨＥＲレセプターのＨＥＲリガンド活性化を遮断する。ＨＥＲの二量体を直接研究することにより、またはＨＥＲの二量体化を結果として生じるＨＥＲの活性化もしくは下流のシグナル伝達を評価することにより、および／または抗体−ＨＥＲ２結合部位を評価することなどにより、抗体がＨＥＲレセプターのリガンド活性化を遮断する能力を評価することができる。トラスツズマブよりも効果的にＨＥＲレセプターのリガンド活性化を阻害する能力を有する抗体についてスクリーニングするためのアッセイは、Ａｇｕｓら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２：１２７〜１３７（２００２）およびＷＯ０１／００２４５（Ａｄａｍｓら、）に記載されている。ほんの一例として、以下についてアッセイすることができる：ＨＥＲ二量体の形成阻害（例えばＡｇｕｓら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２：１２７〜１３７（２００２）の図１Ａ〜ＢおよびＷＯ０１／００２４５参照）；ＨＥＲ二量体を発現している細胞のＨＥＲリガンド活性化の低減（例えばＷＯ０１／００２４５およびＡｇｕｓら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２：１２７〜１３７（２００２）の図２Ａ〜Ｂ参照）；ＨＥＲ二量体を発現する細胞へのＨＥＲリガンド結合の遮断（例えばＷＯ０１／００２４５およびＡｇｕｓら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２：１２７〜１３７（２００２）の図２Ｅ参照）；ＨＥＲリガンドの存在下（または不在下）でＨＥＲ二量体を発現するガン細胞（例えばＭＣＦ７、ＭＤＡ−ＭＤ−１３４、ＺＲ−７５−１、ＭＤ−ＭＢ−１７５、Ｔ−４７Ｄ細胞）の細胞増殖阻害（例えば、ＷＯ０１／００２４５およびＡｇｕｓら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２：１２７〜１３７（２００２）の図３Ａ〜Ｄ）；下流のシグナル伝達の阻害（例えば、ＨＲＧ依存性ＡＫＴリン酸化の阻害またはＨＲＧ依存性もしくはＴＧＦα依存性ＭＡＰＫリン酸化の阻害）（例えば、ＷＯ０１／００２４５およびＡｇｕｓら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２：１２７〜１３７（２００２）の図２Ｃ〜Ｄ参照）。抗体−ＨＥＲ２結合部位を研究することにより、例えばＨＥＲ２に結合する抗体の結晶構造などの構造またはモデルを評価することにより、その抗体がＨＥＲ二量体化を阻害するかどうかを評価することもできる（例えばＦｒａｎｋｌｉｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ５：３１７〜３２８（２００４）参照）。
ＨＥＲ２上の「ヘテロ二量体結合部位」は、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ３、またはＨＥＲ４と二量体を形成するときにその細胞外ドメイン中の領域と接触または連結するＨＥＲ２の細胞外ドメイン中の領域を指す。その領域はＨＥＲ２のドメインＩＩに見出される。Ｆｒａｎｋｌｉｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ５：３１７〜３２８（２００４）。
ＨＥＲ２抗体は、トラスツズマブよりも効果的に（例えば少なくとも２倍効果的に）「ＨＲＧ依存性ＡＫＴリン酸化を阻害」し、かつ／または「ＨＲＧ依存性もしくはＴＧＦα依存性のＭＡＰＫリン酸化」を阻害し得る（例としてＡｇｕｓら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２：１２７〜１３７（２００２）およびＷＯ０１／００２４５を参照のこと）。
ペルツズマブと同様にＨＥＲ２抗体は、「ＨＥＲ２エクトドメインの開裂を阻害しない」抗体であってもよい（Ｍｏｌｉｎａら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６１：４７４４〜４７４９（２００１））。他方では、トラスツズマブはＨＥＲ２エクトドメインの開裂を阻害することができる。
ＨＥＲ２の「ヘテロ二量体結合部位に結合する」ＨＥＲ２抗体は、ドメインＩＩの残基に結合し、（場合によりドメインＩおよびＩＩＩなどのＨＥＲ２細胞外ドメインの他のドメインの残基にも結合し）、ＨＥＲ２−ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２−ＨＥＲ３、またはＨＥＲ２−ＨＥＲ４ヘテロ二量体の形成に少なくともある程度立体障害を与えることができる。Ｆｒａｎｋｌｉｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ５：３１７〜３２８（２００４）は、ＲＣＳＢ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ（ＩＤコードＩＳ７８）に寄託されたＨＥＲ２−ペルツズマブの結晶構造を特徴付けており、ここでＨＥＲ２のヘテロ二量体結合部位に結合する抗体の一例を示している。
ＨＥＲ２の「ドメインＩＩに結合する」抗体は、ドメインＩＩの残基、および場合によりドメインＩおよびドメインＩＩＩなどのＨＥＲ２のその他のドメイン（単数または複数）の残基に結合する。好ましくは、ドメインＩＩに結合する抗体は、ＨＥＲ２のドメインＩ、ＩＩ、およびＩＩＩの間の接合部に結合する。
タンパク質の「発現」とは、遺伝子にコードされている情報からメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）への、次にタンパク質への変換を指す。
本明細書において、目的のタンパク質（ＨＥＲ３またはＨＥＲ２など）を「発現している」サンプルまたは細胞とは、そのタンパク質をコードしているｍＲＮＡまたはそのタンパク質（そのフラグメントを含む）が、そのサンプルまたは細胞中に存在すると決定されているものである。
あるタイプのガンにおいて、「ＨＥＲ３発現についてメジアンレベル未満のレベルでＨＥＲ３を発現する」サンプル、細胞、腫瘍またはガンとは、ＨＥＲ３発現のレベルが、そのタイプのガンについて当業者に「低ＨＥＲ３値」とみなされるものである。一般には、このような値は、同じガンのタイプのサンプル、細胞、腫瘍またはガンの集団におけるＨＥＲ３値に対して、約０〜約５０％未満の範囲である。例えば、中央発現値に達するように用いられる集団は、一般に卵巣癌サンプル、またはその亜群、例えば、化学療法耐性の卵巣癌、白金耐性の卵巣癌、および進行性、難治性または再発性の卵巣癌であってもよい。本明細書の実施例は、中央発現値が決定され得る方法を示している。これは、発現の絶対値を構成し得る。従って、本明細書の図１７を参照すれば、ＨＥＲ３を低レベルで発現するとみなされる白金耐性卵巣癌患者のカットオフ値は、約２．８以下（６０パーセンタイル未満）；約２．４１以下（５５パーセンタイル未満）；約２．２８以下（５０パーセンタイル未満）；約１．８８以下（４５パーセンタイル未満）；約１．７１以下（４０パーセンタイル未満）；約１．５７以下（３５パーセンタイル未満）；約１．４以下（３０パーセンタイル未満）；約１．１９以下（２５パーセンタイル未満）；約０．９９以下（２０パーセンタイル未満）などであってもよい。このような絶対値は、特定のアッセイ条件下のアッセイで、例えば、本明細書に開示されるｑＲＴ−ＰＣＲ、最も好ましくは実施例１のｑＲＴ−ＰＣＲで定量される。好ましくは、ＨＥＲ３発現の値は、５０パーセンタイル未満、最も好ましくは３０パーセンタイルまたは２５パーセンタイル未満である。
本明細書における「ＨＥＲ２：ＨＥＲ３」または「ＨＥＲ２対ＨＥＲ３」という表現は、サンプル、細胞、腫瘍またはガン中のＨＥＲ３の発現レベルに対するＨＥＲ２の発現レベルを指す。このような表現のレベル（値）（単数または複数）は、本明細書に開示される技術などの種々の技術を用いて定量され得る。これは、ＨＥＲ３発現に対するＨＥＲ２発現の比として算出されてもよいが、本発明は、本明細書の治療について患者を選択するために、ＨＥＲ２およびＨＥＲ３の値を評価する種々の他の方法を考慮する。これには限定はしないが、患者のＨＥＲ２および／またはＨＥＲ３の発現が特定のカットオフを超えるか下回るかなどの患者が選択される決定木を用いることが挙げられる。ＨＥＲ３に対してＨＥＲ２を比較するためのこのような他の手段は、本明細書において「ＨＥＲ２：ＨＥＲ３」または「ＨＥＲ２対ＨＥＲ３」という句で包含される。
あるタイプのガンにおいて「ＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルよりも大きいＨＥＲ２：ＨＥＲ３の値を表す」サンプル、細胞、腫瘍またはガンとは、ＨＥＲ３に対するＨＥＲ２の発現の比が、そのタイプのガンについて「低いＨＥＲ２：ＨＥＲ３値」ではないものである。好ましくは、このような値は、その同じガンのタイプのサンプル、細胞、腫瘍またはガンの集団におけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３の値に対して約２５％〜約１００％より大きい範囲である。例えば、このような発現の値に達するように用いられる集団は、一般には卵巣癌サンプル、またはその亜群、例えば、化学療法耐性卵巣癌、白金耐性卵巣癌、および進行性、難治性または再発性の卵巣癌であってもよい。本明細書の実施例では、パーセンタイル発現値が決定され得る方法を示す。一実施形態では、ＨＥＲ２：ＨＥＲ３の値は、発現の絶対値を構成する。従って、本明細書の図２９を参照して、このレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する白金耐性卵巣癌患者のカットオフ値は、約０．８２以上（２５パーセンタイルを超える）；約０．９０以上（３０パーセンタイルを超える）；約１．０６以上（３５パーセンタイルを超える）；約１．１３以上（４０パーセンタイルを超える）；約１．２６以上（４５パーセンタイルを超える）；約１．５３以上（５０パーセンタイルを超える）；約１．７０以上（５５パーセンタイルを超える）；約１．８６以上（６０パーセンタイルを超える）；約２．１５以上（６５パーセンタイルを超える）；約２．４９以上（７０パーセンタイルを超える）；約２．６２以上（７５パーセンタイルを超える）；約２．９２以上（８０パーセンタイルを超える）などであってもよい。このような絶対値は、特定のアッセイ条件下のアッセイで、例えば、本明細書に開示されるｑＲＴ−ＰＣＲ、最も好ましくは実施例１のｑＲＴ−ＰＣＲで定量される。一実施形態では、ＨＥＲ２：ＨＥＲ３の発現の値は、５０パーセンタイルを超え、好ましくは７０パーセンタイルを超え、最も好ましくは７５パーセンタイルを超える。ガンが本明細書に記載される値でＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する患者は、ＨＥＲ２を過剰に発現してもよいし、しなくてもよい。
本明細書に使用される「ポリメラーゼ連鎖反応」または「ＰＣＲ」という技術は、核酸、ＲＮＡ、および／またはＤＮＡの微量の特異的断片が、１９８７年７月２８日に発行された米国特許第４，６８３，１９５号に記載されたように増幅される手順を一般に指す。一般に、オリゴヌクレオチドプライマーが設計できるように、目的の領域の末端からの、またはそれを超えた配列情報を入手できる必要がある。これらのプライマーは、増幅されるべきテンプレートの対向する鎖と配列が同一または類似している。これら２本のプライマーの５’末端ヌクレオチドは、増幅された物質の末端と一致してもよい。ＰＣＲを用いて、特異的ＲＮＡ配列、全ゲノムＤＮＡからの特異的ＤＮＡ配列、および全細胞性ＲＮＡ、バクテリオファージ配列またはプラスミド配列などから転写されたｃＤＮＡを増幅することができる。一般に、Ｍｕｌｌｉｓら、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．，５１：２６３（１９８７）；Ｅｒｌｉｃｈ，ｅｄ．，ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，１９８９）を参照のこと。本明細書に使用される場合、ＰＣＲとは、プライマーとして公知の核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）の使用を含む、核酸試験サンプルを増幅するための核酸ポリメラーゼ反応法の一例であるが、唯一の例ではないとみなされ、核酸の特異的断片を増幅もしくは生成するために、または特定の核酸に相補的な核酸の特異的断片を増幅もしくは生成するために核酸ポリメラーゼを利用する。
「定量リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応」または「ｑＲＴ−ＰＣＲ」とは、ＰＣＲ産物の量がＰＣＲ反応の各段階で測定されるＰＣＲの一形態を指す。この技術は、Ｃｒｏｎｉｎら、Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．１６４（１）：３５〜４２（２００４）およびＭａら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ５：６０７〜６１６（２００４）を含めた様々な刊行物に記載されている。
用語「マイクロアレイ」とは、基板上でのハイブリダイゼーション可能なアレイエレメント、好ましくはポリヌクレオチドプローブの規則正しい配列を指す。
用語「ポリヌクレオチド」とは、単数形または複数形で使用される場合一般に、未改変ＲＮＡもしくはＤＮＡ、または改変ＲＮＡもしくはＤＮＡであってもよい任意のポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチドを指す。このように、例えば本明細書に定義されるポリヌクレオチドとしては、一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領域を含むＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、一本鎖および二本鎖領域を含むＲＮＡ、ならびに一本鎖もしくはさらに代表的には二本鎖であり得るか、または一本鎖および二本鎖領域を含むＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子が挙げられるが、それに限定されるわけではない。加えて、本明細書に使用される「ポリヌクレオチド」という用語は、ＲＮＡもしくはＤＮＡ、またはＲＮＡおよびＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を指す。このような領域の鎖は、同じ分子由来であっても、または異なる分子由来であってもよい。この領域には、全ての１つ以上の分子を含んでもよいが、さらに代表的には分子の一部の領域だけが含まれる。三重らせん領域の分子の一つはオリゴヌクレオチドであることが多い。「ポリヌクレオチド」という用語はｃＤＮＡを特異的に含む。この用語は、１つ以上の改変された塩基を有する（ｃＤＮＡを含めた）ＤＮＡおよびＲＮＡを含む。このように、安定性または他の理由のために改変された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡは「ポリヌクレオチド」であり、これは、その用語が本明細書において意味する通りである。さらに、イノシンなどの異常な塩基またはトリチウム化した塩基などの改変された塩基を含むＤＮＡまたはＲＮＡが、本明細書に定義される用語「ポリヌクレオチド」に含まれる。一般に、「ポリヌクレオチド」という用語は、全ての化学的、酵素的、および／または代謝的に改変された形態または未改変のポリヌクレオチド、ならびにウイルスと、単細胞および複合細胞を含めた細胞とに特徴的な化学的形態のＤＮＡおよびＲＮＡを包含する。
「オリゴヌクレオチド」という用語は、限定はしないが一本鎖デオキシリボヌクレオチド、一本鎖または二本鎖リボヌクレオチド、ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド、および二本鎖ＤＮＡを含めた相対的に短いポリヌクレオチドを指す。一本鎖ＤＮＡプローブオリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、例えば市販されている自動オリゴヌクレオチド合成装置を使用して化学法により合成されることが多い。しかし、インビトロの組み換えＤＮＡ媒介性技術を含めた多様な他の方法により、ならびに細胞および生物でのＤＮＡ発現によりオリゴヌクレオチドを作成してもよい。
「遺伝子増幅」という句は、特定の細胞または細胞系で多コピーの遺伝子または遺伝子フラグメントが形成されるプロセスを指す。複製された領域（増幅されたＤＮＡのストレッチ）は「アンプリコン」と称されることが多い。通常は、産生するメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の量も、発現される特定の遺伝子でできたコピーの数の割合で増加する。
ハイブリダイゼーション反応の「ストリンジェンシー」とは、当業者により容易に決定されることができ、一般にプローブ長、洗浄温度、および塩濃度に依存して経験的に計算したものである。一般に、プローブが長いと適切なアニーリングに高温を要し、プローブが短いと低温が必要である。相補鎖がその融解温度未満の環境に存在する場合、ハイブリダイゼーションは一般に、変性したＤＮＡが再アニーリングする能力に依存する。プローブおよびハイブリダーゼーション可能な配列の間の所望の相同性の程度が高いほど、使用することのできる相対温度は高い。結果として、高い相対温度は反応条件をよりストリンジェントにする傾向にあり、一方で低温ではそうならないであろう。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーの追加の詳細および説明については、Ａｕｓｕｂｅｌら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，（１９９５）を参照のこと。
本明細書に定義される「ストリンジェントな条件」または「高ストリンジェンシー条件」とは、代表的には：（１）洗浄に低イオン強度および高温、例えば０．０１５Ｍ塩化ナトリウム／０．００１５Ｍクエン酸ナトリウム／０．１％ドデシル硫酸ナトリウムを５０℃で採用するか；（２）ハイブリダイゼーション中にホルムアミドなどの変性剤、例えば、０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％フィコール／０．１％ポリビニルピロリドン／５０ｍＭリン酸ナトリウム緩衝液（ｐＨ６．５）を有する５０％（ｖ／ｖ）ホルムアミドを、７５０ｍＭ塩化ナトリウム、７５ｍＭクエン酸ナトリウムと共に４２℃で使用するか；または（３）５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（０．７５Ｍ ＮａＣｌ、０．０７５Ｍクエン酸ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％ピロリン酸ナトリウム、５×デンハート液、超音波処理サケ***ＤＮＡ（５０＆ｇｒ；ｇ／ｍｌ）、０．１％ＳＤＳ、および１０％硫酸デキストランを４２℃で使用して、０．２×ＳＳＣ（塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）中で４２℃で、および５０％ホルムアミド中で５５℃で洗浄し、続いてＥＤＴＡを含有する０．１×ＳＳＣからなる高ストリンジェンシー洗浄を５５℃で行う。
「中程度のストリンジェントな条件」とは、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，１９８９に記載されたように確認することができ、この条件は、上記条件よりストリンジェントではない洗浄溶液およびハイブリダーゼーションの条件（例えば温度、イオン強度、および％ＳＤＳ）の使用を包含する。中程度にストリンジェントな条件の例は、２０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（１５０ｍＭ ＮａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５×デンハート溶液、１０％硫酸デキストラン、および２０ｍｇ／ｍｌ変性破砕サケ***ＤＮＡを含む溶液中での３７℃で一晩のインキュベーションに続く、１×ＳＳＣ中の約３７〜５０℃でのフィルター洗浄である。当業者は、プローブ長などの要因を適応させるために、必要に応じて、温度、イオン強度などをどのように調整するかは承知している。
「天然の配列」のポリペプチドとは、天然に存在する改変体または対立遺伝子改変体を含めて、天然から得られたポリペプチド（例えばＨＥＲレセプターまたはＨＥＲリガンド）と同じアミノ酸配列を有するポリペプチドである。このような天然の配列のポリペプチドは自然界から単離してもよいし、また組み換え手段もしくは合成手段により産生させてもよい。このように、天然の配列のポリペプチドは、天然に存在するヒトポリペプチド、マウスポリペプチド、またはその他の任意の哺乳動物種由来のポリペプチドのアミノ酸配列を有し得る。
本明細書における「抗体」という用語は、最も広い意味で使用され、具体的には、所望の生物学的活性を示す限りはモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、少なくとも２つのインタクトな抗体から形成される多重特異性抗体（例えば二重特異性抗体）、および抗体フラグメントにわたる。
「単離された」抗体とは、その天然環境の構成要素から同定されて、分離および／または回収された抗体である。その天然環境の混入構成要素は、その抗体についての研究、診断または治療的な用途を妨害する物質であり、それらとしては、酵素、ホルモン、およびその他のタンパク質様または非タンパク質様の溶質を挙げることができる。いくつかの実施形態では、抗体は、（１）例えば、ローリー法によって決定したときに、抗体の９５重量％を超えるまで、ある実施形態では９９重量％を超えるまで精製されるか、（２）例えば、スピニングカップ（ｓｐｉｎｎｉｎｇ ｃｕｐ）シークエネーターの使用により、少なくとも１５残基のＮ末端アミノ酸配列もしくは内部アミノ酸配列を得るのに十分な程度に精製されるか、または（３）例えば、クマシー・ブルー染色もしくは銀染色を用いた、還元条件もしくは非還元条件でのＳＤＳ−ＰＡＧＥによって均一になるまで精製される。単離された抗体としては、組み換え細胞内でインサイチュの抗体が含まれる。なぜなら、その抗体の天然環境の少なくとも一つの構成要素が存在しないからである。しかし、通常、単離された抗体とは、少なくとも１回の精製段階によって調製されるものである。
「天然の抗体」とは通常は、２本の同一の軽（Ｌ）鎖および２本の同一の重（Ｈ）鎖から構成される約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。各軽鎖は、一つの共有ジスルフィド結合により重鎖に結合する一方で、ジスルフィド結合の数は異なる免疫グロブリンアイソタイプの重鎖の間で変化する。各重鎖および軽鎖はまた、規則的に間隔のあいた鎖内ジスルフィド架橋も有する。各々の重鎖は、一方の末端に可変ドメイン（ＶＨ）を有し、続いて多数の定常ドメインを有する。各軽鎖は、一方の末端に可変ドメイン（ＶＬ）と、そのもう一方の末端に定常ドメインとを有する；軽鎖の定常ドメインは、重鎖の第一定常ドメインと整列し、軽鎖可変ドメインは、重鎖可変ドメインと整列している。特定のアミノ酸残基は、軽鎖可変ドメインと重鎖可変ドメインとの間の界面を形成すると考えられる。
抗体の「可変領域」または「可変ドメイン」とは、その抗体の重鎖または軽鎖のアミノ末端ドメインを指す。重鎖の可変ドメインは、「ＶＨ」と呼ばれてもよい。軽鎖の可変ドメインは、「ＶＬ」と呼ばれてもよい。これらのドメインは一般には、抗体の最も可変の部分であって、抗原結合部位を含む。
「可変」という用語は、可変ドメインのある部分が、抗体間で広範囲に配列が異なり、それぞれ特定の抗体の、その特定の抗原に対する結合および特異性に用いられるという事実を指す。しかし、可変性は、抗体の可変ドメイン全体にわたり均等に分布しているわけではない。可変性は、軽鎖および重鎖両方の可変ドメインにおける超可変領域（ＨＶＲｓ）と呼ばれる３つのセグメントに集中している。可変ドメインのより高度に保存された部分は、フレームワーク部（ＦＲ）と呼ばれる。天然の重鎖および軽鎖の可変ドメインはそれぞれ、４つのＦＲを含み、それらのＦＲは大部分がβシート立体配置を採り、３つの超可変部により連結され、これらの超可変部は、βシート構造を連結するループを形成して、場合によりこのβシート構造の一部を形成する。各鎖中のＨＶＲｓは、ＦＲ領域によって一緒に近接して保持されて、もう一方の鎖由来の超可変部と共に、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Ｋａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，第５版、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ．（１９９１）を参照のこと）。定常ドメインは、抗原に抗体を結合させることに直接には関与していないが、抗体依存性細胞性細胞傷害作用への抗体の関与などの様々なエフェクター機能を示す。
任意の脊椎動物種由来抗体（免疫グロブリン）の「軽鎖」は、それらの定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）およびラムダ（λ）と呼ばれる二つの明らかに別個の型のうちの一つに割り当てることができる。
重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、抗体（免疫グロブリン）を異なる分類に割り当てることができる。免疫グロブリンには以下の５つの主要な分類：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭがあり、これらのいくつかを「サブクラス」（アイソタイプ）、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、およびＩｇＡ２にさらに分けることができる。異なるクラスの免疫グロブリンに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γ、およびμと呼ばれる。免疫グロブリンの異なる分類のサブユニット構造および三次元立体配置は周知であり、例えば、Ａｂｂａｓら、Ｃｅｌｌｕｌａｒ ａｎｄ Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、第４版（Ｗ．Ｂ．Ｓａｕｎｄｅｒｓ，Ｃｏ．２０００）に一般的に記載されている。抗体は、１つ以上の他のタンパク質またはペプチドとのこの抗体の共有結合または非共有結合によって形成される、より大きい融合分子の一部であってもよい。
「全長抗体」、「インタクトな抗体」および「全抗体（ｗｈｏｌｅ ａｎｔｉｂｏｄｙ）」という用語は、本明細書において相互交換可能に用いられ、下に定義されるような抗体のフラグメントではない、その実質的にインタクトな形態の抗体を指す。この用語は特にＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
「裸の抗体」とは本明細書の目的に関して、細胞傷害性部分または放射標識にコンジュゲートされていない抗体である。
「抗体フラグメント」とは、インタクトな抗体の一部を含み、その一部は好ましくはその抗原結合領域を含む。抗体フラグメントの例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、およびＦｖフラグメント；二特異性抗体（ｄｉａｂｏｄｙ）；線状抗体（ｌｉｎｅａｒ ａｎｔｉｂｏｄｙ）；一本鎖抗体分子；ならびに抗体フラグメントから形成される多重特異性抗体が挙げられる。
抗体のパパイン消化は、「Ｆａｂ」フラグメントと呼ばれる、それぞれ単一の抗原結合部位を有する２本の同一の抗原結合フラグメントと、名前が容易に結晶化できる能力を反映している残りの「Ｆｃ」フラグメントとを産生する。ペプシン処理は、２つの抗原結合部位を有するＦ（ａｂ’）２フラグメントを生じ、このフラグメントは、依然として抗原と架橋できる。
「Ｆｖ」は、完全な抗原結合部位を有する、最小限の抗体フラグメントである。一実施形態では、２つの鎖のＦｖ種は、密接に非共有的に会合した、一つの重鎖可変ドメインと一つの軽鎖可変ドメインとの二量体からなる。一本鎖のＦｖ（ｓｃＦｖ）種では、１つの重鎖および１つの軽鎖可変ドメインが、可塑性のペプチドリンカーによって共有結合されてもよく、その結果、その軽鎖および重鎖は、２つの鎖のＦｖ種における構造と類似の「二量体」構造で会合し得る。各可変ドメインの３つのＨＶＲｓが相互作用してＶＨ−ＶＬ二量体の表面上に抗原結合部位を規定するのは、この立体配置である。まとめると、６つのＨＶＲｓは、抗体に抗原結合特異性を付与する。しかし、単一の可変ドメイン（すなわち抗原に対して特異的な３つのＨＶＲｓのみを含む、Ｆｖの半分）でさえも、結合部位全体よりも低い親和性ではあるが、抗原を認識してその抗原と結合する能力を有する。
Ｆａｂフラグメントは、重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメインを含み、また軽鎖の定常ドメインおよび重鎖の第１定常ドメイン（ＣＨ１）も含む。Ｆａｂ’フラグメントは、重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端に、抗体のヒンジ部由来の１つ以上のシステインを含む数残基が付加していることが、Ｆａｂフラグメントと異なる。Ｆａｂ’−ＳＨは、本明細書においては定常ドメインのシステイン残基（単数または複数）が１つの遊離チオール基を有するＦａｂ’についての呼称である。Ｆ（ａｂ’）２抗体フラグメントは、その間にヒンジシステインを有するＦａｂ’フラグメントの対として本来産生された。抗体フラグメントのその他の化学的カップリングも公知である。
「一本鎖Ｆｖ」または「ｓｃＦｖ」の抗体フラグメントは、抗体のＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ここで、これらのドメインは、単一のポリペプチド鎖中に存在する。一般には、このｓｃＦｖポリペプチドは、このｓｃＦｖが抗原結合のための所望の構造を形成することを可能にする、ＶＨドメインとＶＬドメインとの間のポリペプチドリンカーをさらに含む。ｓｃＦｖの総説については、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ編，（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９４）ｐｐ．２６９〜３１５を参照のこと。本明細書のｓｃＦｖフラグメントとしては詳細には、Ｔｒｕｂｉｏｎの米国特許出願公開第２００５／０１８０９７０号Ａ１および米国特許出願公開第２００５／０１８６２１６号Ａ１に開示されるような「スモール・モジュラー・免疫薬（ｓｍａｌｌ ｍｏｄｕｌａｒ ｉｍｍｕｎｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）」（ＳＭＩＰｓ）が挙げられる。
「ダイアボディ、二特異性抗体（ｄｉａｂｏｄｉｅｓ）」という用語は、二つの抗原結合部位を有する抗体フラグメントを指し、このフラグメントは、同じポリペプチド鎖（ＶＨ−ＶＬ）中で軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に連結された重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含む。同じ鎖上のこれら二つのドメイン間で対形成させるには短すぎるリンカーを用いることによって、これらのドメインに別の鎖の相補的ドメインと対形成することを強いて、二つの抗原結合部位を生み出す。ダイアボディは二価であってもまたは二重特異性であってもよい。ダイアボディは、例えば、欧州特許第４０４，０９７号；ＷＯ１９９３／１１１６１；Ｈｕｄｓｏｎら、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９〜１３４（２００３）；およびＨｏｌｌｉｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０：６４４４〜６４４８（１９９３）に、さらに詳細に記載されている。トリアボディ（三特異性抗体）（ｔｒｉａｂｏｄｉｅｓ）およびテトラボディ（四特異性抗体）（ｔｅｔｒａｂｏｄｉｅｓ）はまた、Ｈｕｄｓｏｎら、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９〜１３４（２００３）に記載されている。
本明細書に使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均一な抗体の集団から得られた抗体を指し、すなわち、集団を構成する個々の抗体が、微量に存在し得る変異体など、生じ得る変異体を除いて同一である抗体を指す。従って、「モノクローナル」という修飾詞は、別個の抗体の混合物ではないという、その抗体の特徴を示す。特定の実施形態では、このようなモノクローナル抗体は代表的には、標的に結合するポリペプチド配列を含む抗体を包含し、ここでこの標的に結合するポリペプチド配列は、複数のポリペプチド配列からの単一の標的結合ポリペプチド配列の選択を包含するプロセスによって得られた。例えば、この選択プロセスは、複数のクローン、例えば、ハイブリドーマクローンのプール、ファージクローンまたは組み換えＤＮＡクローンからの特有のクローンの選択であってもよい。選択された標的結合配列を変更して、例えば、標的について親和性を改善する、標的結合配列をヒト化する、細胞培養物でのその産生を改善する、インビボでの免疫原性を減少する、多特異性の抗体を作製するなどを行うことができ、変更した標的結合配列を含んでいる抗体も本発明のモノクローナル抗体であることが理解されるべきである。異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を代表的には含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対するものである。その特異性に加えて、モノクローナル抗体調製物は、他の免疫グロブリンが代表的には混入していない点で有利である。
「モノクローナル」という修飾詞は、実質的に均一な抗体集団から得られているという抗体の特徴を示しており、抗体を何か特定の方法で生産する必要があると解釈されるべきではない。例えば、本発明において使用されるモノクローナル抗体は、様々な技術、例えば、ハイブリドーマ法（例えばＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎら，Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５（１９７５）；Ｈｏｎｇｏら、Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ，１４（３）：２５３〜２６０（１９９５）；Ｈａｒｌｏｗら，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，２ｎｄ ｅｄ．１９８８）；Ｈａｍｍｅｒｌｉｎｇら，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｔ−Ｃｅｌｌ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ ５６３〜６８１，（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８１））、組換えＤＮＡ法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号参照）、ファージディスプレイ技術（例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎら，Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４〜６２８（１９９１）；Ｍａｒｋｓら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１〜５９７（１９９２）；Ｓｉｄｈｕら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９〜３１０（２００４）；Ｌｅｅら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３〜１０９３（２００４）；Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０１（３４）：１２４６７〜１２４７２（２００４）；およびＬｅｅら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２８４（１〜２）：１１９〜１３２（２００４））、およびヒト免疫グロブリン遺伝子座またはヒト免疫グロブリン配列をコードする遺伝子の一部またはすべてを含む動物のヒト抗体またはヒト様抗体を産生するための技術（例えば、ＷＯ１９９８／２４８９３；ＷＯ１９９６／３４０９６；ＷＯ１９９６／３３７３５；ＷＯ１９９１／１０７４１；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０：２５５１（１９９３）；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓら，Ｎａｔｕｒｅ，３６２：２５５〜２５８（１９９３）；Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎら，Ｙｅａｒ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏ．，７：３３（１９９３）；米国特許第５，５４５，８０７号；同第５，５４５，８０６号；同第５，５６９，８２５号；同第５，６２５，１２６号；同第５，６３３，４２５号；および同第５，６６１，０１６号；Ｍａｒｋｓら，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１０：７７９〜７８３（１９９２）；Ｌｏｎｂｅｒｇら，Ｎａｔｕｒｅ，３６８：８５６〜８５９（１９９４）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ，３６８：８１２〜８１３（１９９４）；Ｆｉｓｈｗｉｌｄら，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，１４：８４５〜８５１（１９９６）；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，１４：８２６（１９９６）；およびＬｏｎｂｅｒｇ ａｎｄ Ｈｕｓｚａｒ，Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３：６５〜９３（１９９５））によって作製され得る。
本明細書におけるモノクローナル抗体とは、詳細には、重鎖および／または軽鎖の一部が特定の種由来の抗体あるいは特定の抗体クラスまたはサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一であるか相同であり、ただしその鎖（単数または複数）の残りの部分が別の種由来の抗体あるいは別の抗体クラスまたはサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一であるか相同である「キメラ」抗体、ならびにそれが所望の生物的活性を有する限りそれら抗体の断片を包含する（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号；およびＭｏｒｒｉｓｏｎら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：６８５１〜６８５５（１９８４）参照）。キメラ抗体としては、抗体の抗原結合領域が例えば、目的の抗原でマカクザルを免疫することによって生成される抗体由来である、ＰＲＩＭＡＴＩＺＥＤ（登録商標）抗体が挙げられる。
非ヒト（例えば、マウス）の「ヒト化」型とは、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含むキメラ抗体である。一実施形態では、ヒト化抗体とは、レシピエントのＨＶＲ由来の残基が、所望の特異性、親和性および／または能力を有する、マウス、ラット、ウサギ、または非ヒト霊長類などの非ヒト種（ドナー抗体）のＨＶＲ由来の残基によって置換されているヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。ある場合には、ヒト免疫グロブリンのＦＲ残基は、対応する非ヒト残基によって置換される。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体に、またはドナー抗体に見出されない残基を含んでもよい。これらの修飾は抗体の特性をさらに洗練するために行われる。一般に、ヒト化抗体は、全てまたは実質的に全ての超可変ループが非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、全てあるいは実質的に全てのＦＲがヒト免疫グロブリン配列のものである、少なくとも１つ、代表的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含む。ヒト化抗体はまた、必要に応じて免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部、代表的にはヒトの免疫グロブリンのものを含む。さらなる詳細については、例えば、Ｊｏｎｅｓら，Ｎａｔｕｒｅ ３２１，５２２〜５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎら，Ｎａｔｕｒｅ ３３２，３２３〜３２９（１９８８）およびＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．，２：５９３〜５９６（１９９２）を参照のこと。また、例えば、ＶａｓｗａｎｉおよびＨａｍｉｌｔｏｎ，Ａｎｎ．Ａｌｌｅｒｇｙ，Ａｓｔｈｍａ ＆ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１：１０５〜１１５（１９９８）；Ｈａｒｒｉｓ，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ ２３：１０３５〜１０３８（１９９５）；ＨｕｒｌｅおよびＧｒｏｓｓ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．５：４２８〜４３３（１９９４）；ならびに米国特許第６，９８２，３２１号および同第７，０８７，４０９号も参照のこと。
ヒト化ＨＥＲ２抗体としては、参照によって本明細書に明確に援用される、米国特許第５，８２１，３３７号の表３に記載されているようなｈｕＭＡｂ４Ｄ５−１、ｈｕＭＡｂ４Ｄ５−２、ｈｕＭＡｂ４Ｄ５−３、ｈｕＭＡｂ４Ｄ５−４、ｈｕＭＡｂ４Ｄ５−５、ｈｕＭＡｂ４Ｄ５−６、ｈｕＭＡｂ４Ｄ５−７およびｈｕＭＡｂ４Ｄ５−８またはトラスツズマブ（ハーセプチン（登録商標））；ヒト化５２０Ｃ９（ＷＯ９３／２１３１９）；および本明細書中に記載されるようなペルツズマブなどのヒト化２Ｃ４抗体が挙げられる。
本明細書における目的に関して、「トラスツズマブ」、「ＨＥＲＣＥＰＴＩＮＥ（ハーセプチン）（登録商標）」および「ｈｕＭＡｂ４Ｄ５−８」とは、それぞれ配列番号１５および１６の軽鎖および重鎖のアミノ酸配列を含んでいる抗体を指す。
本明細書において、「ペルツズマブ」および「ＯＭＮＩＴＡＲＧ（商標）」とは、それぞれ配列番号１３および１４の軽鎖および重鎖のアミノ酸配列を含んでいる抗体を指す。
トラスツズマブとペルツズマブの機能の相違を図６に示す。
「ヒト抗体」とは、ヒトによって生成されるか、および／または本明細書で開示されるようなヒト抗体を作成するための任意の技術を用いて作成されている抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を保有する抗体である。ヒト抗体の定義は詳細には、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を排除する。ヒト抗体は、ファージディスプレイライブラリーを含む、当該分野で公知の種々の技術を用いて生成され得る。ＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍおよびＷｉｎｔｅｒ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ，２２７：３８１（１９９１）；Ｍａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１（１９９１）。ヒトモノクローナル抗体の調製のためには、Ｃｏｌｅら、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ Ｒ．Ｌｉｓｓ，ｐ．７７（１９８５）；Ｂｏｅｒｎｅｒら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ，１４７（１）：８６〜９５（１９９１）に記載される方法も利用可能である。ｖａｎ Ｄｉｊｋおよびｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ，５：３６８〜７４（２００１）も参照のこと。ヒト抗体は、抗原のチャレンジに応答してこのような抗体を生成するように改変されているが、その内因性の遺伝子座が無効にされているトランスジェニック動物、例えば、免疫されたゼノマウス（ｘｅｎｏｍｉｃｅ）に対して抗原を投与することによって調製されてもよい（例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術に関しては米国特許第６，０７５，１８１号および同第６，１５０，５８４号を参照のこと）。例えば、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を介して生成されるヒト抗体に関しては、Ｌｉら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１０３：３５５７〜３５６２（２００６）を参照のこと。
「フレームワーク」または「ＦＲ」残基とは、本明細書において定義されるようなＨＶＲ残基以外の可変ドメインの残基である。
「Ｋａｂａｔの可変ドメイン残基ナンバリング」または「Ｋａｂａｔでのアミノ酸位置ナンバリング」という用語およびそれらのバリエーションは、Ｋａｂａｔら（上記）における抗体の編集の重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインについて用いられるナンバリングのシステムを指す。このナンバリングのシステムを用いて、正確な直線のアミノ酸配列は、可変ドメインのＦＲまたはＨＶＲを短くすること、またはそこへの挿入に対応するアミノ酸を少ししか含まなくてもよいし、または追加でアミノ酸を含んでもよい。例えば、重鎖可変ドメインは、Ｈ２の残基５２の後ろに単一のアミノ酸挿入（Ｋａｂａｔによれば残基５２ａ）を含んで、重鎖ＦＲ残基８２の後ろに挿入された残基（例えば、Ｋａｂａｔによれば残基８２ａ、８２ｂ、および８２ｃなど）を含んでもよい。残基のＫａｂａｔナンバリングは、「標準」Ｋａｂａｔナンバリング配列とのこの抗体の配列の相同性の領域でのアラインメントによって所定の抗体について決定され得る。
本明細書及び特許請求の範囲すべてにわたって、可変ドメインの残基を指す場合にはＫａｂａｔナンバリングシステムを一般に用いる（およそ、軽鎖の残基１−１０７および重鎖の残基１−１１３）（例えば、Ｋａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ．第５版．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ， Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１））。
免疫グロブリン重鎖定常領域内の残基を指す場合には、一般に「ＥＵナンバリングシステム」又は「ＥＵインデックス」を用いる（例えば、ＥＵインデックスは、参照によって本明細書中に明示的に援用される、Ｋａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，第５版、Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ（１９９１）において報告されている）。本明細書中で別段注記しない限り、抗体の可変ドメイン内の残基の数に対する参照は、Ｋａｂａｔナンバリングシステムによってナンバリングした残基を意味する。本明細書中で特に述べない限り、抗体の定常ドメイン内の残基の数に対する参照は、ＥＵナンバリングシステムによってナンバリングした残基を意味する（例えば、米国特許仮出願番号６０／６４０，３２３、ＥＵナンバリングについての図を参照）。
「親和性成熟した」抗体とは、変更（単数または複数）を有さない親抗体に比べて、抗原に対する抗体の親和性に改善を生じる１つ以上の変更を、その１つ以上のＨＶＲｓに有する抗体である。一実施形態では、親和性成熟した抗体は、標的抗原に対してナノモル濃度またはピコモル濃度の親和性さえ有する。親和性成熟した抗体は、当該分野で公知の手順を用いて産生されてもよい。例えば、Ｍａｒｋｓら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：７７９〜７８３（１９９２）は、ＶＨおよびＶＬドメインシャッフリングによる親和性成熟を記載している。ＨＶＲおよび／またはフレームワーク残基のランダム突然変異誘発は、例えば、Ｂａｒｂａｓら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ，ＵＳＡ ９１：３８０９〜３８１３（１９９４）；Ｓｃｈｉｅｒら、Ｇｅｎｅ １６９：１４７〜１５５（１９９５）；Ｙｅｌｔｏｎら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５５：１９９４〜２００４（１９９５）；Ｊａｃｋｓｏｎら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５４（７）：３３１０〜９（１９９５）；およびＨａｗｋｉｎｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２６：８８９〜８９６（１９９２）に記載されている。
抗体の「エフェクター機能」とは、抗体のＦｃ領域（天然配列のＦｃ領域またはアミノ酸配列改変体Ｆｃ領域）に起因し得る生物学的活性の機能を指しており、抗体のアイソタイプによって変化する。抗体のエフェクター機能の例としては以下が挙げられる：Ｃ１ｑとの結合および補体依存性細胞傷害活性（ＣＤＣ）；Ｆｃレセプターとの結合；抗体依存性細胞媒介性細胞傷害活性（ＡＤＣＣ）；食作用；細胞表面レセプターの下方制御（例えばＢ細胞レセプター；ＢＣＲ）およびＢ細胞活性化。
本明細書においては「Ｆｃ領域」という用語を用いて、天然の配列Ｆｃ領域および改変体Ｆｃ領域を含む、免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を規定する。免疫グロブリン重鎖のＦｃ領域の境界は、変化し得るが、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域は一般に、位置Ｃｙｓ２２６のアミノ酸残基から、またはＰｒｏ２３０からそのカルボキシル末端まで伸展すると規定される。Ｆｃ部Ｃ末端のリジン（ＥＵナンバリングシステムによると残基４４７）を、例えば抗体の産生もしくは精製の間に、またはその抗体の重鎖をコードしている核酸を組み換え操作することにより除去することができる。したがって、インタクトな抗体の組成物は全てのＫ４４７残基が除去された抗体集団、Ｋ４４７残基が除去されていない抗体集団、およびＫ４４７残基を伴う抗体と伴わない抗体との混合物を有する抗体集団を含み得る。
本明細書で別に示さない限り、免疫グロブリン重鎖における残基のナンバリングは、Ｋａｂａｔら（前出）のＥＵインデックスのものである。「ＫａｂａｔのＥＵインデックス」とはヒトＩｇＧ１ ＥＵ抗体の残基ナンバリングを指す。
「機能的Ｆｃ領域」は、天然の配列のＦｃ領域の「エフェクター機能」を有する。「エフェクター機能」の例としては、Ｃ１ｑとの結合；ＣＤＣ；Ｆｃレセプターとの結合；ＡＤＣＣ；食作用；細胞表面レセプターの下方制御（例えばＢ細胞レセプター；ＢＣＲ）などが挙げられる。そのようなエフェクター機能は、一般にＦｃ領域が結合ドメイン（例えば抗体可変ドメイン）と組み合わされることを必要とし、例えば本明細書に開示した様々なアッセイでエフェクター機能を評価することができる。
「天然の配列Ｆｃ領域」は、天然に見出されるＦｃ領域のアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列を含む。天然の配列ヒトＦｃ領域としては、天然の配列ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ領域（非ＡおよびＡアロタイプ）；天然の配列ヒトＩｇＧ２Ｆｃ領域；天然の配列ヒトＩｇＧ３Ｆｃ領域；および天然の配列ヒトＩｇＧ４ Ｆｃ領域、ならびにそれらの天然に存在する改変体が挙げられる。
「改変体Ｆｃ領域」は、少なくとも１つのアミノ酸修飾、好ましくは１つ以上のアミノ酸置換（単数または複数）のおかげで、天然の配列Ｆｃ領域のアミノ酸配列とは異なるアミノ酸配列を含む。好ましくは、改変体Ｆｃ領域は、天然の配列のＦｃ領域に、または親ポリペプチドのＦｃ領域に比較して、少なくとも１つのアミノ酸置換を、例えば、約１〜約１０個のアミノ酸置換、および好ましくは約１〜約５個のアミノ酸置換をＦｃ領域の天然の配列に、または親ポリペプチドのＦｃ領域に有する。本明細書のＦｃ領域は好ましくは、天然の配列のＦｃ領域と、および／または親ポリペプチドのＦｃ領域と少なくとも約８０％、および最も好ましくはそれと少なくとも約９０％の相同性を、さらに好ましくはそれと少なくとも約９５％の相同性を保有する。
「Ｆｃレセプター」もしくは「ＦｃＲ」とは、ある抗体のＦｃ領域に結合するレセプター（受容体）を記述する。一実施態様では、ＦｃＲは、天然のヒトＦｃＲである。ある実施形態では、ＦｃＲは、ＩｇＧ抗体（ガンマレセプター）と結合するものであって、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩおよびＦｃγＲＩＩＩのサブクラスのレセプターを含み、これらレセプターの対立遺伝子改変体、および選択的にスプライシングされた形態も含む。ＦｃγＲＩＩレセプターとしては、ＦｃγＲＩＩＡ（「活性型レセプター」）、およびＦｃγＲＩＩＢ（「阻害型レセプター」）が含まれ、主としてその細胞質ドメインは異なるが、類似のアミノ酸配列を有する。活性型レセプターＦｃγＲＩＩＡは、細胞質ドメインにチロシン依存性免疫レセプター活性化モチーフ（ｉｍｍｕｎｏｒｅｃｅｐｔｏｒ ｔｙｒｏｓｉｎｅ−ｂａｓｅｄ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｍｏｔｉｆ；ＩＴＡＭ）を含んでいる。阻害型レセプターＦｃγＲＩＩＢは、細胞質ドメインにチロシンベースの免疫レセプター阻害性モチーフ（ｉｍｍｕｎｏｒｅｃｅｐｔｏｒ ｔｙｒｏｓｉｎｅ−ｂａｓｅｄ ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｍｏｔｉｆ；ＩＴＩＭ）を含んでいる（例えば、Ｄａｅｒｏｎ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５：２０３〜２３４（１９９７）を参照のこと）。ＦｃＲｓは、例えば、ＲａｖｅｔｃｈおよびＫｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７〜９２（１９９１）；Ｃａｐｅｌら、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ ４：２５〜３４（１９９４）；およびｄｅ Ｈａａｓら、Ｊ．Ｌａｂ． Ｃｌｉｎ． Ｍｅｄ． １２６：３３０〜４１（１９９５）に概説されている。他のＦｃＲｓ（将来的に同定されるものも含む）は、本明細書において、「ＦｃＲ」という言葉によって包含される。
「Ｆｃレセプター」または「ＦｃＲ」という用語はまた、母体のＩｇＧｓが胎児に受け継がれる要因となっている新生児性レセプター「ＦｃＲｎ」（Ｇｕｙｅｒら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７（１９７６）および Ｋｉｍら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９（１９９４））、および免疫グロブリンの恒常性の調節も包含する。ＦｃＲｎに対する結合を測定する方法は公知である（例えば、ＧｈｅｔｉｅおよびＷａｒｄ，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ １８（１２）：５９２〜５９８（１９９７）；Ｇｈｅｔｉｅら、Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１５（７）：６３７〜６４０（１９９７）；Ｈｉｎｔｏｎら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７９（８）：６２１３〜６２１６（２００４）；ＷＯ ２００４／９２２１９（Ｈｉｎｔｏｎら）を参照のこと）。
インビボでのヒトＦｃＲｎに対する結合、およびヒトＦｃＲｎ高親和性結合ポリペプチドの血清半減期は、例えば、ヒトＦｃＲｎを発現するトランスジェニックマウスもしくはトランスフェクトされたヒト細胞系列において、または改変体Ｆｃ領域を有するポリペプチドを投与された霊長類においてアッセイすることができる。ＷＯ２０００／４２０７２（Ｐｒｅｓｔａ）は、ＦｃＲｓに対する結合の改善または低下を有する抗体改変体を記載している。例えば、Ｓｈｉｅｌｄｓら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．９（２）：６５９１〜６６０４（２００１）を参照のこと。
「ヒトエフェクター細胞」は、一つ以上のＦｃＲを発現し、かつエフェクター機能を果たす白血球である。特定の実施形態では、この細胞は、少なくともＦＣγＲＩＩＩを発現し、かつＡＤＣＣエフェクター機能（単数または複数）を果たす。ＡＤＣＣを媒介するヒト白血球の例としては、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、単球、細胞傷害性Ｔ細胞および好中球が挙げられる。エフェクター細胞は、その天然の供給源から、例えば血液から単離されてもよい。
「抗体依存性細胞媒介性細胞傷害活性」または「ＡＤＣＣ」とは、特定の細胞傷害性細胞（例えば、ＮＫ細胞、好中球、およびマクロファージ）上に存在するＦｃレセプター（ＦｃＲｓ）上に結合された分泌されたＩｇが、これらの細胞傷害性エフェクター細胞を抗原保有する標的細胞に対して特異的に結合し得、かつ引き続きこの標的細胞を細胞毒素で殺傷し得るという、細胞傷害性の形態を指す。ＡＤＣＣを媒介する一次細胞であるＮＫ細胞は、ＦｃγＲＩＩＩのみを発現するのに対し、単球はＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩおよびＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞上のＦｃＲ発現は、ＲａｖｅｔｃｈおよびＫｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ ９：４５７〜９２（１９９１）の４６４ページの表３に要約されている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するために、米国特許第５，５００，３６２号もしくは同第５，８２１，３３７号、または米国特許第６，７３７，０５６号（Ｐｒｅｓｔａ）に記載されているようなインビトロのＡＤＣＣアッセイを実施してもよい。このアッセイに有用なエフェクター細胞としては、ＰＢＭＣおよびＮＫ細胞が挙げられる。他に、またはさらに目的の分子のＡＤＣＣ活性は、例えばＣｌｙｎｅｓら、ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）９５：６５２〜６５６（１９９８）に開示されている様な動物のモデルで、インビボで評価してもよい。
「補体依存性細胞傷害活性」または「ＣＤＣ」とは、補体の存在下での標的細胞の溶解を指す。古典的な補体経路の活性化は、同系の抗原と結合される（適切なサブクラスの）抗体への補体系の第１の成分（Ｃｌｑ）の結合により開始される。補体活性化を評価するために、例えばＧａｚｚａｎｏ−Ｓａｎｔｏｒｏら，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２０２：１６３（１９９６）に記載されているようなＣＤＣアッセイを行ってもよい。改変されたＦｃ領域アミノ酸配列（改変体Ｆｃ領域を有するポリペプチド）および増大または低減されたＣ１ｑ結合能力を有するポリペプチド改変体は米国特許第６，１９４，５５１Ｂ１号およびＷＯ１９９９／５１６４２に記載されている。また、Ｉｄｕｓｏｇｉｅら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８〜４１８４（２０００）も参照のこと。
「Ｆｃ領域を含む抗体」という用語はＦｃ領域を含む抗体を指す。Ｆｃ領域のＣ末端リジン（ＥＵナンバリングシステムによれば残基４４７）は例えば、抗体の精製の間、または、抗体をコードする核酸を組み換え操作することにより、除去してもよい。従って、本発明によるＦｃ領域を有する抗体を含む組成物はＫ４４７を有する抗体、全Ｋ４４７が除去されている抗体、またはＫ４４７残基の有無がある抗体の混合物を含んでもよい。
本明細書における用語「主要種抗体」とは、ある組成物中の抗体構造であって、その組成物中の量的に優勢的な抗体分子である、抗体構造を指す。一実施形態において、この主要種抗体は、ＨＥＲ２抗体、例えば、ＨＥＲ２のドメインＩＩに結合する抗体、ＨＥＲの二量体化をトラスツズマブよりも効果的に阻害する抗体、および／またはＨＥＲ２のヘテロ二量体性結合部位に結合する抗体である。主要種抗体の本明細書における好ましい実施形態は、配列番号３および４の可変軽鎖および可変重鎖アミノ酸配列を含む抗体であり、最も好ましくは配列番号１３および１４の軽鎖および重鎖アミノ酸配列を含む抗体（ペルツズマブ）である。
本明細書における「アミノ酸配列改変体」抗体とは、主要種抗体とは異なるアミノ酸配列を有する抗体である。通常、アミノ酸配列改変体は、主要種抗体と少なくとも約７０％の相同性を有するものであり、好ましくは、主要種抗体と少なくとも約８０％、さらに好ましくは少なくとも約９０％相同なものである。このアミノ酸配列改変体は、主要種抗体のアミノ酸配列内の、またはそれに隣接した特定の位置に置換、欠失、および／または付加を保有する。本明細書におけるアミノ酸配列改変体の例としては、酸性改変体（例えば、脱アミド化抗体改変体）、塩基性改変体、その一つまたは二つの軽鎖にアミノ末端リーダー伸長（例えば、ＶＨＳ−）を有する抗体、その一つまたは二つの重鎖にＣ末端リシン残基を有する抗体などが挙げられ、重鎖および／または軽鎖のアミノ酸配列に対するバリエーションの組み合わせを包含する。本明細書において特に目的である抗体改変体は、その一つまたは二つの軽鎖にアミノ末端リーダー伸長を含み、場合により主要種抗体と比較してその他のアミノ酸配列および／またはグリコシル化の相違をさらに含む抗体である。
本明細書における「グリコシル化改変体」抗体とは、主要種抗体に付着した１つ以上の糖質部分とは異なる１つ以上の糖質部分が付着した抗体である。本明細書におけるグリコシル化改変体の例としては、Ｇ０オリゴ糖構造の代わりにＧ１またはＧ２オリゴ糖構造がＦｃ領域に付着した抗体、一つまたは二つの糖質部分が一つまたは二つの軽鎖に付着した抗体、その抗体の一つまたは二つの重鎖に糖質が付着していない抗体など、およびグリコシル化変更の組み合わせが挙げられる。
抗体がＦｃ領域を有する場合、オリゴ糖構造を抗体の一つまたは二つの重鎖に、例えば残基２９９（Ｅｕの残基ナンバリングでは２９８）に付着させることができる。ペルツズマブについてはＧ０が主要なオリゴ糖構造であり、Ｇ０−Ｆ、Ｇ−１、Ｍａｎ５、Ｍａｎ６、Ｇ１−１、Ｇ１（１−６）、Ｇ１（１−３）、およびＧ２などのその他のオリゴ糖構造は、ペルツズマブ組成物中にさらに少量みられた。
別段示さない限り、本明細書における「Ｇ１オリゴ糖構造」には、Ｇ−１、Ｇ１−１、Ｇ１（１−６）、およびＧ１（１−３）構造が挙げられる。
本明細書における「アミノ末端リーダー伸長」は、抗体の任意の１つ以上の重鎖または軽鎖のアミノ末端に存在するアミノ末端リーダー配列の１つ以上のアミノ酸残基を指す。アミノ末端リーダー伸長の例は、抗体改変体の一方もしくは両方の軽鎖に存在する三つのアミノ酸残基ＶＨＳを含むか、またはそれからなる。
「脱アミド化」抗体は、その抗体の１つ以上のアスパラギン残基が、例えばアスパラギン酸、スクシンイミド、またはイソアスパラギン酸に誘導体化されている抗体である。
「ガン、癌」および「癌性の」という用語は、制御不能な細胞増殖で代表的には特徴付けられる哺乳動物の生理学的状態を指すかまたは記述する。本明細書における「ガンのタイプ、癌タイプ」とは、特定の範疇のガンまたはガンの兆候をいう。このようなガンのタイプの例としては限定はしないが、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫（髄芽細胞腫および網膜芽細胞腫を含む）、肉腫（脂肪肉腫および滑液細胞肉腫を含む）、神経内分泌腫瘍（カルチノイド腫瘍、ガストリノーマおよび膵島細胞癌を含む）、中皮腫、シュワン細胞腫（聴神経腫を含む）、髄膜腫、腺癌、メラノーマおよび白血病またはリンパ系の悪性腫瘍が挙げられる。このような癌のより具体的な例としては、扁平細胞癌（例えば上皮扁平細胞癌）、肺癌であって小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺の腺癌および肺の扁平上皮癌を含む肺癌、腹膜の癌、肝細胞性の癌、胃腸癌を含む胃癌、膵癌、神経膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝癌、膀胱癌、肝腫瘍、乳癌（転移性乳癌を含む）、大腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜もしくは子宮の癌、唾液腺癌、腎臓癌もしくは腎癌、前立腺癌、外陰部癌、甲状腺癌、肝癌、肛門の癌、陰茎癌、精巣癌、食道癌、胆道の腫瘍、および頭頸部癌、ならびに限定はしないがその化学療法耐性、白金耐性、進行性、難治性および／または再発性のタイプを含む任意のこのようなガンのサブタイプが挙げられる。
「ＨＥＲインヒビターに応答し得るタイプのガン」とは、ＨＥＲインヒビター、例えば、ＨＥＲ２抗体または低分子インヒビターで処置されるとき、本明細書で詳述された基準を含むが、特に生存に関する、無増悪生存（ＰＦＳ）および／または全生存（ＯＳ）を含む、熟練した癌専門医に公知の治療有効性の任意の基準に従って、患者に治療上有効な利益を示すガンである。好ましくは、このようなガンは、卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、転移性乳癌（ＭＢＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、前立腺癌および結腸直腸癌から選択される。最も好ましくは、このガンは、卵巣癌、腹膜癌、または卵管癌であって、これには、このような癌の白金耐性型、および進行性、難治性または再発性の卵巣癌を包含する。
「ＨＥＲ二量体化インヒビターに応答し得るタイプのガン」とは、ＨＥＲ二量体化インヒビター、例えば、ペルツズマブで処置されるとき、本明細書で詳述された基準を含むが、特に生存に関する、無増悪生存（ＰＦＳ）および／または全生存（ＯＳ）を含む、熟練した癌専門医に公知の治療有効性の任意の基準に従って、患者に治療上有効な利益を示すガンである。好ましくは、このようなガンは、卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、転移性乳癌（ＭＢＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、前立腺癌および結腸直腸癌から選択される。最も好ましくは、このガンは、卵巣癌、腹膜癌、または卵管癌であって、これには、このような癌の白金耐性型、および進行性、難治性または再発性の卵巣癌を包含する。
「有効な応答」および類似の言葉は、ＨＥＲ３を指定されたレベルで発現しない患者からの応答よりも有意に高い、ＨＥＲ二量体化インヒビター、ＨＥＲインヒビターまたは化学療法剤に対する応答を指す。
「進行性の」ガンとは、本来の部位または器官の外側に、局所浸潤または転移のいずれかにより広がっているガンである。
「難治性の」ガンとは、化学療法剤などの抗腫瘍剤がそのガン患者に投与されているにもかかわらず進行するガンである。難治性のガンの例は、白金難治性のガンである。
「再発性の」ガンとは、初回治療に応答後に、当初の部位または遠隔部位のいずれかで再増殖しているガンである。
本明細書において、「患者」とはヒト患者である。患者は「ガン患者」、すなわちガンの１つ以上の症状に罹患しているか、またはそのリスクのある患者である。
本明細書における「腫瘍サンプル」とは、患者の腫瘍由来のサンプルであるか、またはその腫瘍由来の腫瘍細胞を含むサンプルである。本明細書における腫瘍サンプルの例としては、限定はしないが、腫瘍生検、循環している腫瘍細胞、循環している血漿タンパク質、腹水、腫瘍由来の、または腫瘍様性質を示す初代細胞培養物または細胞系、およびホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍サンプルまたは凍結腫瘍サンプルなどの保存処理された腫瘍サンプルが挙げられる。
「固定」腫瘍サンプルとは、固定剤を用いて組織学的に保存処理されているサンプルである。
「ホルマリン固定」腫瘍サンプルは、固定剤としてホルムアルデヒドを用いて保存処理されているサンプルである。
「包埋された」腫瘍サンプルとは、パラフィン、ろう、セロイジン、または樹脂などの堅固でかつ一般的に硬い媒質により囲まれているサンプルである。包埋によって、顕微鏡検査用または組織マイクロアレイ（ＴＭＡｓ）作成用の薄切片を切り出すことが可能になる。
「パラフィン包埋」腫瘍サンプルとは、石油由来固体炭化水素の精製混合物に囲まれているサンプルである。
本明細書において、「凍結」腫瘍サンプルとは、凍結しているか、または凍結されている腫瘍サンプルを指す。
「ＨＥＲの発現、増幅、または活性化を示す」ガンまたは生体サンプルとは、診断検査において（過剰発現を含めて）ＨＥＲレセプターを発現し、ＨＥＲ遺伝子を増幅しており、かつ／またはその他の方法でＨＥＲレセプターの活性化もしくはリン酸化を示すものである。
「ＨＥＲレセプターの過剰発現または増幅」を伴うガン細胞とは、同じ組織型の非ガン性細胞に比べて、有意に高レベルのＨＥＲレセプタータンパク質または遺伝子を有するガン細胞である。このような過剰発現は、遺伝子増幅によって、または転写もしくは翻訳の増加によって引き起こすことができる。ＨＥＲレセプターの過剰発現または増幅を、細胞表面に存在するＨＥＲタンパク質のレベル増大を評価することによって、診断または予後アッセイで（例えば免疫組織化学アッセイ；ＩＨＣによって）決定することができる。あるいは、または追加的に、例えば、蛍光のインサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ；１９９８年１０月に公開されたＷＯ９８／４５４７９参照）、サザンブロット、またはポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）技術（定量リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）など）によって、細胞中のＨＥＲをコードしている核酸のレベルを測定することができる。血清などの生体液中の分断された（ｓｈｅｄ）抗原（例えばＨＥＲ細胞外ドメイン）を測定することによって、ＨＥＲレセプターの過剰発現または増幅を研究することもできる（例えば、１９９０年６月１２日に発行された米国特許第４，９３３，２９４号；１９９１年４月１８日に公開されたＷＯ９１／０５２６４；１９９５年３月２８日に発行された米国特許第５，４０１，６３８号；およびＳｉａｓら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ １３２：７３〜８０（１９９０）を参照のこと）。上記アッセイの他に、様々なインビボのアッセイが当業者に利用できる。例えば検出可能な標識、例えば放射性同位体で場合により標識された抗体に、患者の体内の細胞を曝露して、例えば放射能を外部スキャンすることにより、またはその抗体に予め曝露された患者から採取した生検を分析することにより、その患者の細胞に対する抗体の結合を評価することができる。
逆に、「ＨＥＲレセプターを過剰発現も増幅もしない」ガンとは、同じ組織型の非ガン性細胞に比べて正常レベルよりも高いＨＥＲレセプターのタンパク質も遺伝子も正常な値よりも高い値を有さないガンである。ペルツズマブなどのＨＥＲ二量体化を阻害する抗体を使用して、ＨＥＲ２レセプターを過剰発現も増幅もしないガンを処置してもよい。
本明細書において、「抗腫瘍剤」とは、ガンを処置するために使用される薬物を指す。本明細書における抗腫瘍剤の非限定的な例としては、化学療法剤、ＨＥＲインヒビター、ＨＥＲ二量体化インヒビター、ＨＥＲ抗体、腫瘍関連抗原に対する抗体、抗ホルモン化合物、サイトカイン、ＥＧＦＲ標的化薬物、抗血管形成剤、チロシンキナーゼインヒビター、増殖阻害剤および抗体、細胞毒性剤、アポトーシスを誘導する抗体、ＣＯＸインヒビター、ファルネシル・トランスフェラーゼ・インヒビター、ガン胎児タンパク質ＣＡ１２５と結合する抗体、ＨＥＲ２ワクチン、Ｒａｆインヒビターまたはｒａｓインヒビター、リポソームドキソルビシン、トポテカン、タキサン、二重チロシンキナーゼインヒビター、ＴＬＫ２８６、ＥＭＤ−７２００、ペルツズマブ、トラスツズマブ、エルロチニブ、およびベバシズマブが挙げられる。
「認可された抗腫瘍剤」とは、食品医薬品局（ＦＤＡ）または外国の同等機関などの監督機関により販売許可を与えられた、ガンを処置するために用いられる薬物である。
ＨＥＲインヒビターまたはＨＥＲ二量体化インヒビターが「単一抗腫瘍剤」として投与される場合、そのインヒビターはそのガンを処置するために投与される唯一の抗腫瘍剤であり、すなわちそのインヒビターは化学療法剤などの別の抗腫瘍剤と組み合わせて投与されない。
本明細書における「診療標準（ｓｔａｎｄａｒｄ ｏｆ ｃａｒｅ）」とは、特定の形態のガンを処置するために日常的に使用される抗腫瘍剤を意味する。例えば、白金耐性卵巣癌について、標準の診療はトポテカンまたはリポソームドキソルビシンである。
「増殖阻害剤」とは、本明細書において用いる場合、細胞、特にＨＥＲ発現ガン細胞の増殖をインビトロまたはインビボのいずれかで阻害する化合物または組成物を指す。このように、増殖阻害剤は、Ｓ期のＨＥＲ発現細胞の割合を有意に低減する薬剤であってもよい。増殖阻害剤の例としては、Ｇ１停止およびＭ期停止を誘導する薬剤などの、細胞周期の進行を（Ｓ期以外の位置で）遮断する薬剤が挙げられる。古典的なＭ期遮断薬としては、ビンカ（ビンクリスチンおよびビンブラスチン）、タキサン、ならびにドキソルビシン、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド、およびブレオマイシンなどのトポＩＩインヒビターが挙げられる。Ｇ１で停止させる薬剤、例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキサート、５−フルオロウラシル、およびａｒａ−ＣなどのＤＮＡアルキル化剤はまた、Ｓ期停止にも波及する。さらなる情報は、Ｔｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ，Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ ａｎｄ Ｉｓｒａｅｌ，編集の、Ｍｕｒａｋａｍｉらによる「Ｃｅｌｌ ｃｙｃｌｅ ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ，ｏｎｃｏｇｅｎｅｓ，ａｎｄ ａｎｔｉｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ ｄｒｕｇｓ」（ＷＢ Ｓａｕｎｄｅｒｓ：Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，１９９５）という標題の第１章、特に１３頁に見出すことができる。
「増殖阻害」抗体の例は、ＨＥＲ２に結合し、ＨＥＲ２を過剰発現しているガン細胞の増殖を阻害する抗体である。好ましい増殖阻害ＨＥＲ２抗体は、約０．５から３０μｇ／ｍｌの抗体濃度で、細胞培養でのＳＫ−ＢＲ−３***腫瘍細胞の増殖を２０％よりも大きく、好ましくは５０％よりも大きく（例えば、約５０％から約１００％）阻害し、ここで、抗体にＳＫ−ＢＲ−３細胞を曝露した６日間後に、この増殖阻害は決定されている（１９９７年１０月１４日に発行された米国特許第５，６７７，１７１号を参照のこと）。このＳＫ−ＢＲ−３細胞増殖阻害アッセイは、その特許および本明細書の下記にさらに詳細に記載されている。好ましい増殖阻害抗体は、マウスモノクローナル抗体４Ｄ５のヒト化改変体、例えばトラスツズマブである。
「アポトーシスを誘導する」抗体とは、アネキシンＶの結合、ＤＮＡの断片化、細胞収縮、小胞体の拡大、細胞の断片化、および／または膜小胞（アポトーシス小体と呼ばれる）の形成によって決定されるようなプログラムされた細胞死を誘導する抗体である。この細胞は、通常、ＨＥＲ２レセプターを過剰発現する細胞である。好ましくは、この細胞は、腫瘍細胞、例えば、***細胞、卵巣細胞、胃細胞、子宮内膜細胞、唾液腺細胞、肺細胞、腎臓細胞、結腸細胞、甲状腺細胞、膵臓細胞、または膀胱細胞である。インビトロでは、この細胞は、ＳＫ−ＢＲ−３細胞、ＢＴ４７４細胞、Ｃａｌｕ３細胞、ＭＤＡ−ＭＢ−４５３細胞、ＭＤＡ−ＭＢ−３６１細胞、またはＳＫＯＶ３細胞であってもよい。アポトーシスに関連する細胞事象を評価するために様々な方法が利用できる。例えば、アネキシンの結合によってホスファチジルセリン（ＰＳ）の移行を測定でき；ＤＮＡラダー生成によってＤＮＡの断片化を評価することができ；低二倍体細胞の任意の増加によってＤＮＡの断片化と同時に核／クロマチンの凝縮を評価することができる。好ましくは、アポトーシスを誘導する抗体は、ＢＴ４７４細胞を用いたアネキシン結合アッセイにおいて、未処理細胞と比較して約２から５０倍、好ましくは約５から５０倍、最も好ましくは約１０から５０倍のアネキシン結合の誘導を招く抗体である（以下参照）。アポトーシスを誘導するＨＥＲ２抗体の例は、７Ｃ２および７Ｆ３である。
「エピトープ２Ｃ４」とは、抗体２Ｃ４が結合する、ＨＥＲ２の細胞外ドメイン中の領域である。２Ｃ４エピトープに結合する抗体についてスクリーニングするために、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，編集ＨａｒｌｏｗおよびＤａｖｉｄ Ｌａｎｅ（１９８８）に記載されているような日常的な交差遮断アッセイを行うことができる。好ましくは、この抗体は、ＨＥＲ２に対する２Ｃ４の結合を約５０％以上遮断する。あるいは、エピトープマッピングを行って、その抗体がＨＥＲ２の２Ｃ４エピトープに結合するかどうかを評価することができる。エピトープ２Ｃ４は、ＨＥＲ２の細胞外ドメイン中のドメインＩＩ由来残基を含む。２Ｃ４およびペルツズマブは、ドメインＩ、ＩＩ、およびＩＩＩの結合部でＨＥＲ２の細胞外ドメインに結合する。Ｆｒａｎｋｌｉｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ５：３１７〜３２８（２００４）。
「エピトープ４Ｄ５」は、ＨＥＲ２の細胞外ドメイン中の領域であって、抗体４Ｄ５（ＡＴＣＣ ＣＲＬ１０４６３）およびトラスツズマブが結合する領域である。このエピトープはＨＥＲ２の膜貫通ドメインに近接しており、かつＨＥＲ２のドメインＩＶ内である。４Ｄ５エピトープに結合する抗体についてスクリーニングするために、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，編集ＨａｒｌｏｗおよびＤａｖｉｄ Ｌａｎｅ（１９８８）に記載されているような日常的な交差遮断アッセイを行うことができる。あるいは、エピトープマッピングを行って、その抗体がＨＥＲ２の４Ｄ５エピトープ（例えば、ＨＥＲ２ ＥＣＤの約５２９番残基から約６２５番残基まで、両端の残基を含めた領域における任意の１つ以上の残基、残基のナンバリングにはシグナルペプチドを含める）に結合するかどうかを評価することができる。
「エピトープ７Ｃ２／７Ｆ３」は、７Ｃ２抗体および／または７Ｆ３抗体（それぞれＡＴＣＣに寄託、以下参照）が結合する、ＨＥＲ２の細胞外ドメインのドメインＩ内のＮ末端の領域である。７Ｃ２／７Ｆ３エピトープに結合する抗体についてスクリーニングするために、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，編集ＨａｒｌｏｗおよびＤａｖｉｄ Ｌａｎｅ（１９８８）に記載されているような日常的な交差遮断アッセイを行ってもよい。あるいは、その抗体がＨＥＲ２上の７Ｃ２／７Ｆ３エピトープ（例えば、ＨＥＲ２
ＥＣＤの約２２番残基から約５３番残基までの領域中の任意の１つ以上の残基、残基のナンバリングにシグナルペプチドを含める）に結合するかどうかを確認するために、エピトープマッピングを行ってもよい。
「処置」とは、治療的処置および予防措置または阻止措置の両方を指す。処置を必要とする者としては、すでにそのガンを有する者およびそのガンが予防されるべき者が包含される。したがって、本明細書において処置されるべき患者は、ガンを有すると診断されていてもよいし、または、ガンの素因があるか、もしくはガンに感受性であってもよい。
「治療上有効な量」または「有効量」という用語は、患者の癌を治療するために有効な薬剤の量を意味する。有効量の薬剤により、癌細胞の数が減少し得；腫瘍の大きさが小さくなり得；周辺臓器への癌細胞の浸潤が阻害され得（すなわち、ある程度ゆっくりになり好ましくは止まる）；腫瘍の転移が阻害され得（すなわち、ある程度ゆっくりになり好ましくは止まる）；腫瘍の増殖がある程度阻害され得；および／または癌関連の症状の１つ以上がある程度軽減され得る。薬剤が存在する癌細胞の増殖を妨げるかおよび／または殺傷し得る程度まで、これは細胞増殖抑制性および／または細胞傷害性であり得る。有効量により、無増悪生存が延長し（例えば、固形腫瘍のための応答評価基準（Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ Ｓｏｌｉｄ Ｔｕｍｏｒｓ）（ＲＥＣＩＳＴ）またはＣＡ−１２５の変化により測定される）、他覚的（客観的）応答（一部寛解（ＰＲ）または完全寛解（ＣＲ）を含む）が生じ、生存（全生存および無増悪生存を含む）が改善され、および／または癌の１つ以上の症状（例えば、ＦＯＳＩにより評価される）が改善され得る。最も好ましくは、治療上有効な量の薬物は、無増悪生存（ＰＦＳ）および／または全生存（ＯＳ）を改善するのに有効である。
「生存」とは、生き続けている患者を指し、生存には全生存および無増悪生存が包含される。
「全生存」とは、診断または処置の時点から、１年、５年などの所定の期間生き続けている患者を指す。
「無増悪生存」とは、ガンが進行も悪化することなく生き続けている患者を指す。
「生存の延長」とは、処置された患者における全生存または無増悪生存が、未処置の患者に対して（すなわち、ＨＥＲインヒビター、ＨＥＲ二量体化インヒビター、例えばペルツズマブで処置されていない患者に対して）、またはＨＥＲ３もしくはＨＥＲ２：ＨＥＲ３を指定された値で発現していない患者に対して、および／または（ガンが卵巣癌の場合、トポテカンまたはリポソームドキソルビシンなどの）認可された抗腫瘍剤で処置された患者に対して、増大していることを意味する。
「客観的応答、他覚的応答」とは、完全奏功（著効）（ＣＲ）または部分奏功（ＰＲ）を含めた測定可能な応答を指す。
「完全奏功（著効）」または「ＣＲ」とは、処置に応答したガンの全ての徴候の消失を意味する。これは、そのガンが治癒したことを必ずしも意味しない。
「部分奏効（部分応答）」または「ＰＲ」は、処置に応答した、１つ以上の腫瘍もしくは病変の大きさの減少、または体内のガンの程度の減少を指す。
「細胞傷害性剤」という用語は本明細書において用いる場合、細胞の機能を阻害もしくは阻止し、および／または細胞破壊を生ずる物質を指す。この用語は、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２およびＬｕの放射性同位体）、化学治療薬、および毒素、例えば、細菌、糸状菌、植物または動物起源の低分子毒素または酵素的に活性な毒素（その断片および／または改変体を含む）を含むものと意図する。
「化学療法剤」とは、ガンの処置に有用な化学化合物である。化学療法剤の例としては、アルキル化剤、例えば、チオテパおよびシクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標））；アルキルスルホネート、例えば、ブスルファン、インプロスルファン、およびピポスルファン；アジリジン、例えば、ベンゾドーパ（ｂｅｎｚｏｄｏｐａ）、カルボコン、メツレドーパ（ｍｅｔｕｒｅｄｏｐａ）、およびウレドーパ（ｕｒｅｄｏｐａ）；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド、およびトリメチロールメラミン（ｔｒｉｍｅｔｈｙｌｏｌｏｍｅｌａｍｉｎｅ）を含めたエチレンイミンおよびメチルメラミン（ｍｅｔｈｙｌａｍｅｌａｍｉｎｅ）；アセトゲニン（特に、ブラタシンおよびブラタシノン（ｂｕｌｌａｔａｃｉｎｏｎｅ））；δ−９−テトラヒドロカンナビノール（ドロナビノール、ＭＡＲＩＮＯＬ（登録商標））；β−ラパコン；ラパコール；コルヒチン；ベツリン酸；カンプトテシン（合成アナログであるトポテカン（ＨＹＣＡＭＴＩＮ（登録商標））、ＣＰＴ−１１（イリノテカン、ＣＡＭＰＴＯＳＡＲ（登録商標））、アセチルカンプトテシン、スコポレクチン（ｓｃｏｐｏｌｅｃｔｉｎ）、および９−アミノカンプトテシンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン、およびビゼレシン合成アナログを含む）；ポドフィロトキシン；ポドフィリン酸（ｐｏｄｏｐｈｙｌｌｉｎｉｃ ａｃｉｄ）；テニポシド；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１およびクリプトフィシン８）；ドラスタチン；ズオカルマイシン（ｄｕｏｃａｒｍｙｃｉｎ）（合成アナログＫＷ−２１８９およびＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エルテロビン（ｅｌｅｕｔｈｅｒｏｂｉｎ）；パンクラチスタチン；サルコジクチイン；スポンギスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、コロホスファミド（ｃｈｏｌｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベンビキン（ｎｏｖｅｍｂｉｃｈｉｎ）、フェネステリン（ｐｈｅｎｅｓｔｅｒｉｎｅ）、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソ尿素、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、およびラニムスチン（ｒａｎｉｍｎｕｓｔｉｎｅ）；抗生物質、例えば、エンジイン抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特に、カリケアマイシンγ１ＩおよびカリケアマイシンωＩ１（例えば、Ｎｉｃｏｌａｏｕら、Ａｇｎｅｗ，Ｃｈｅｍ Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．，３３：１８３−１８６（１９９４）参照））；ＣＤＰ３２３、経口α−４インテグリンインヒビター；ダイネマイシンＡを含むダイネマイシン；エスペラマイシン；ならびにネオカルジノスタチン発色団および関係する色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アントラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン（ｃａｒａｂｉｃｉｎ）、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）、モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、ドキソルビシンＨＣｌリポソーム注射液（ＤＯＸＩＬ（登録商標））、リポソームドキソルビシンＴＬＣＤ−９９（ＭＹＯＣＥＴ（登録商標））、ペグ化リポソームドキソルビシン（ＣＡＥＬＹＸ（登録商標））およびデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン例えばマイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン（ｐｏｔｆｉｒｏｍｙｃｉｎ）、ピューロマイシン、クエラマイシン（ｑｕｅｌａｍｙｃｉｎ）、ロドルビシン（ｒｏｄｏｒｕｂｉｃｉｎ）、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗剤、例えば、メトトレキサート、ゲムシタビン（ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））、テガフール（ＵＦＴＯＲＡＬ（登録商標））、カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））、エポチロン、および５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸アナログ、例えば、デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート；プリンアナログ、例えば、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、およびチオグアニン；ピリミジンアナログン、例えば、アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン；抗副腎剤（ａｎｔｉ−ａｄｒｅｎａｌ）、例えば、アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補給物（ｆｏｌｉｃ ａｃｉｄ ｒｅｐｌｅｎｉｓｈｅｒ）、例えば、フロリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキセート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジクオン（ｄｉａｚｉｑｕｏｎｅ）；エルフォルニチン（ｅｌｆｏｒｎｉｔｈｉｎｅ）；酢酸エリプチニウム；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシウレア；レンチナン；ロニダイニン；マイタンシノイド（ｍａｙｔａｎｓｉｎｏｉｄｓ）、例えば、マイタンシン（ｍａｙｔａｎｓｉｎｅ）およびアンサマイトシン（ａｎｓａｍｉｔｏｃｉｎｓ）；ミトグアゾン（ｍｉｔｏｇｕａｚｏｎｅ）；ミトキサントロン（ｍｉｔｏｘａｎｔｒｏｎｅ）；モピダンモール（ｍｏｐｉｄａｎｍｏｌ）；ニトラエリン（ｎｉｔｒａｅｒｉｎｅ）；ペントスタチン；フェナメット（ｐｈｅｎａｍｅｔ）；ピラルビシン；ロソキサントロン（ｌｏｓｏｘａｎｔｒｏｎｅ）；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）ポリサッカライド複合体（ＪＨＳ Ｎａｔｕｒａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン（ｔｒｉａｚｉｑｕｏｎｅ）；２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（ｔｒｉｃｈｏｔｈｅｃｅｎｅｓ）（特に、Ｔ−２毒素、ベラクリンＡ（ｖｅｒｒａｃｕｒｉｎ Ａ）、ロリジンＡおよびアングイジン）；ウレタン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポビロマン（ｐｉｐｏｂｒｏｍａｎ）；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；チオテパ；タキソイド（ｔａｘｏｉｄ）、例えば、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標））、パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子処方物（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（商標））、およびドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標））；クロラムブシル；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；白金剤（ｐｌａｔｉｎｕｍ ａｇｅｎｔｓ）、例えば、シスプラチン、オキサリプラチン、およびカルボプラチン；チューブリン重合化を微小管を形成しないように妨げるビンカ（ｖｉｎｃａｓ）であって、これには、ビンブラスチン（ＶＥＬＢＡＮ（登録商標））、ビンクリスチン（ＯＮＣＯＶＩＮ（登録商標））、ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））、およびビノレルビン（ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標））を含む；エトポシド（ＶＰ−１６）；イフォスファミド；ミトキサントロン；ロイコボリン（ｌｅｕｃｏｖｏｖｉｎ）；ノバントロン（ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ）；エダトレキセート（ｅｄａｔｒｅｘａｔｅ）；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロネート；トポイソメラーゼインヒビターＲＦＳ ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド、例えば、レチノイン酸であって、ベキサロテン（ｂｅｘａｒｏｔｅｎｅ）（ＴＡＲＧＲＥＴＩＮ（登録商標））を含む；ビスフォスフォネート、例えば、クロドロネート（ｃｌｏｄｒｏｎａｔｅ）（例えば、ＢＯＮＥＦＯＳ（登録商標）またはＯＳＴＡＣ（登録商標））、エチドロネート（ｅｔｉｄｒｏｎａｔｅ）（ＤＩＤＲＯＣＡＬ（登録商標））、ＮＥ−５８０９５、ゾレドロン酸／ゾレドロン酸塩（ＺＯＭＥＴＡ（登録商標））、アレンドロネート（ＦＯＳＡＭＡＸ（登録商標））、パミドロネート（ＡＲＥＤＩＡ（登録商標））、チルドロネート（ｔｉｌｕｄｒｏｎａｔｅ）（ＳＫＥＬＩＤ（登録商標））、またはリセドロネート（ｒｉｓｅｄｒｏｎａｔｅ）（ＡＣＴＯＮＥＬ（登録商標））；トロキサシタビン（１，３−ジオキソランヌクレオシドシトシンアナログ）；アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に、異常な細胞増殖に関与するシグナル伝達経路で遺伝子の発現を阻害するオリゴヌクレオチド、例えば、ＰＫＣ−α、Ｒａｆ、Ｈ−Ｒａｓおよび上皮増殖因子受容体（ｅｐｉｄｅｒｍａｌ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ ｒｅｃｅｐｔｏｒ）（ＥＧＦ−Ｒ）など；ワクチン、例えば、ＴＨＥＲＡＴＯＰＥ（登録商標）ワクチンおよび遺伝子治療ワクチン、例えば、ＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、およびＶＡＸＩＤ（登録商標）ワクチン；トポイソメラーゼ１インヒビター（例えば、ＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標））；ｒｍＲＨ（例えば、ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標））；ＢＡＹ４３９００６（ソラフェニブ；Ｂａｙｅｒ）；ＳＵ−１１２４８（Ｐｆｉｚｅｒ）；ペリフォシン（ｐｅｒｉｆｏｓｉｎｅ）、ＣＯＸ−２インヒビター（例えば、セレコキシブまたはエトリコキシブ）、プロテオソームインヒビター（例えば、ＰＳ３４１）；ボルテゾミブ（ＶＥＬＣＡＤＥ（登録商標））；ＣＣＩ−７７９；ティピファルニブ（ｔｉｐｉｆａｒｎｉｂ）（Ｒ１１５７７）；オラフェニブ、ＡＢＴ５１０；Ｂｃｌ−２インヒビター、例えば、オブリマーセン・ナトリウム（ｏｂｌｉｍｅｒｓｅｎ ｓｏｄｉｕｍ）（ＧＥＮＡＳＥＮＳＥ（登録商標））；ピクサントロン（ｐｉｘａｎｔｒｏｎｅ）；ＥＧＦＲインヒビター（下の定義を参照のこと）；チロシンキナーゼインヒビター（下の定義を参照のこと）；ならびに任意の上記の薬学的に受容可能な塩、酸または誘導体；ならびに上記の２つ以上の組合せ、例えば、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチンおよびプレドニゾロンの併用療法についての略号であるＣＨＯＰ、ならびにオキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮ（商標））と５−ＦＵおよびロイコボリン（ｌｅｕｃｏｖｏｖｉｎ）とを併用した処置レジメンの略号であるＦＯＬＦＯＸが挙げられる。
本明細書においては、化学療法剤としては、ガンの増殖を促進し得るホルモンの影響を調節、軽減、ブロックまたは阻害するように作用する「抗ホルモン剤（ａｎｔｉ−ｈｏｒｍｏｎａｌ ａｇｅｎｔｓ）」または「内分泌療法剤（ｅｎｄｏｃｒｉｎｅ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）」が挙げられる。それらはホルモン自体であってもよく、これには限定はしないが以下が挙げられる：混合されたアゴニスト／アンタゴニストプロフィールを有する抗エストロゲンであって、タモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標））、４−ヒドロキシタモキシフェン、トレミフェン（ＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標））、イドキシフェン、ドロロキシフェン、ラロキシフェン（ＥＶＩＳＴＡ（登録商標））、トリオキシフェン、ケオキシフェンおよび選択的エストロゲンレセプター調節因子（ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ ｅｓｔｒｏｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｍｏｄｕｌａｔｏｒｓ）（ＳＥＲＭｓ）、例えば、ＳＥＲＭ３など；アゴニスト特性のない純粋な抗エストロゲン、例えば、フルベストラント（ｆｕｌｖｅｓｔｒａｎｔ）（ＦＡＳＬＯＤＥＸ（登録商標））、およびＥＭ８００（このような因子は、エストロゲンレセプター（ＥＲ）二量体化をブロックし、ＤＮＡ結合を阻害し、ＥＲ代謝回転を増大し、かつ／またはＥＲレベルを抑制し得る）；アロマターゼインヒビターであって、ステロイド性のアロマターゼインヒビター、例えば、フォルメスタンおよびエキセメスタン（ｅｘｅｍｅｓｔａｎｅ）（ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標））、および非ステロイド性アロマターゼインヒビター、例えば、アナストラゾール（ＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標））、レトロゾール（ＦＥＭＡＲＡ（登録商標））およびアミノグルテチミドなど、ならびに他のアロマターゼインヒビターであって、ボロゾール（ｖｏｒｏｚｏｌｅ）（ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標））、酢酸メゲステロール（ＭＥＧＡＳＥ（登録商標））、ファドロゾールおよび４（５）−イミダゾールなど；黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニストであって、ロイプロリド（ＬＵＰＲＯＮ（登録商標）およびＥＬＩＧＡＲＤ（登録商標））、ゴセレリン、ブセレリンおよびトリプテレリンなど；性ステロイドであって、プロゲスチン、例えば、酢酸メゲストロールおよび酢酸メドロキシプロゲステロン、エストロゲン、例えば、ジエチルスチルベストロールおよびプレマリン、ならびにアンドロゲン／レチノイド、例えば、フルオキシメステロン、オールトランスレチノイン酸（ａｌｌ ｔｒａｎｓｒｅｔｉｏｎｉｃ ａｃｉｄ）およびフェンレチニド（ｆｅｎｒｅｔｉｎｉｄｅ）など；オナプリストン（ｏｎａｐｒｉｓｔｏｎｅ）；抗プロゲステロン；エストロゲンレセプター下方調節因子（ＥＲＤ）；抗アンドロゲン、例えば、フルタミド、ニルタミドおよびビカルタミド（ｂｉｃａｌｕｔａｍｉｄｅ）；ならびに上記のいずれかの薬学的に受容可能な塩、酸または誘導体；ならびに上記の２つ以上の組合せ。
「代謝拮抗化学療法剤」とは、代謝物に構造的に類似しているが、生産的方法で身体によって使用されることができない薬剤である。多くの代謝拮抗化学療法剤は、核酸、すなわちＲＮＡおよびＤＮＡの産生を妨害する。代謝拮抗化学療法剤の例としては、ゲムシタビン（ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））、５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）、カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ（商標））、６−メルカプトプリン、メトトレキサート、６−チオグアニン、ペメトレキセド、ラルチトレキセド、アラビノシルシトシン ＡＲＡ−Ｃ、シタラビン（ＣＹＴＯＳＡＲ−Ｕ（登録商標））、ダカルバジン（ＤＴＩＣ−ＤＯＭＥ（登録商標））、アゾシトシン（ａｚｏｃｙｔｏｓｉｎｅ）、デオキシシトシン、ピリドミデン（ｐｙｒｉｄｍｉｄｅｎｅ）、フルダラビン（ＦＬＵＤＡＲＡ（登録商標））、クラドラビン、２−デオキシ−Ｄ−グルコースなどが挙げられる。好ましい代謝拮抗化学療法剤は、ゲムシタビンである。
「ゲムシタビン」すなわち「２’−デオキシ−２’，２’−ジフルオロシチジン一塩酸塩（ｂ−異性体）」は、抗腫瘍活性を示すヌクレオシドアナログである。ゲムシタビンＨＣｌの実験式はＣ９Ｈ１１Ｆ２Ｎ３Ｏ４ＨＣｌである。ゲムシタビンＨＣｌは、ＧＥＭＺＡＲ（登録商標）の商標でイーライリリー（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）により販売されている。
「白金系（ｐｌａｔｉｎｕｍ−ｂａｓｅｄ）化学療法剤」は、分子の構成部分として白金を含有する有機化合物を含む。白金系化学療法剤の例としては、カルボプラチン、シスプラチン、およびオキサリプラチンが挙げられる。
「白金系化学療法」とは、１つ以上の白金系化学療法剤を、場合により１つ以上のその他の化学療法剤と併用した治療を意味する。
「化学療法耐性」ガンとは、化学療法レジメンを受けている間に、そのガン患者が進行した（すなわち、そのガン患者は「化学療法難治性」である）か、またはその患者が化学療法レジメンを完了した１２か月以内（例えば６か月以内）に進行したことを意味する。
「白金耐性」ガンとは、白金系化学療法を受けている間に、そのガン患者が進行した（すなわち、その患者は「白金難治性」である）か、またはその患者が白金系化学療法レジメンを完了した後１２か月以内（例えば、６か月以内）に進行したことを意味する。
「抗血管形成剤」とは、血管の発達をある程度まで遮断または妨害する化合物を指す。抗血管形成因子は、例えば、血管形成の促進に関与する成長因子または成長因子レセプターに結合する低分子または抗体であってもよい。本明細書における好ましい抗血管形成因子は、ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標））などの、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）に結合する抗体である。
「サイトカイン」という用語は、、細胞間媒介物質として別の細胞に作用する、ある細胞集団によって放出されるタンパク質についての総称である。このようなサイトカインの例は、リンホカイン、モノカイン、および伝統的なポリペプチドホルモンである。これらのサイトカインの中に含まれるのは、成長ホルモン、例えば、ヒト成長ホルモン、Ｎ−メチオニルヒト成長ホルモン、およびウシ成長ホルモン；副甲状腺ホルモン；チロキシン；インスリン；プロインスリン；レラキシン；プロレラキシン；糖タンパク質ホルモン、例えば、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、および黄体形成ホルモン（ＬＨ）；肝成長因子；線維芽細胞成長因子；プロラクチン；胎盤ラクトゲン；腫瘍壊死因子αおよび腫瘍壊死因子β；ミュラー管抑制物質；マウス性腺刺激ホルモン関連ペプチド；インヒビン；アクチビン；血管内皮成長因子；インテグリン；トロンボポエチン（ＴＰＯ）；ＮＧＦ−βなどの神経成長因子；血小板成長因子；ＴＧＦ−αおよびＴＧＦ−βなどのトランスフォーミング成長因子（ＴＧＦ）；インスリン様成長因子−Ｉおよびインスリン様増殖因子−ＩＩ；エリスロポエチン（ＥＰＯ）；骨誘導因子；インターフェロン−α、インターフェロン−β、およびインターフェロン−γなどのインターフェロン；コロニー刺激因子（ＣＳＦ）、例えば、マクロファージＣＳＦ（Ｍ−ＣＳＦ）；顆粒球マクロファージＣＳＦ（ＧＭ−ＣＳＦ）；および顆粒球ＣＳＦ（Ｇ−ＣＳＦ）；インターロイキン（ＩＬｓ）、例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−１α、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２；ＴＮＦ−αまたはＴＮＦ−βなどの腫瘍壊死因子；ならびにＬＩＦおよびｋｉｔリガンド（ＫＬ）を含めたその他のポリペプチド因子である。本明細書に使用される用語サイトカインには、天然起源由来または組み換え細胞培養物由来のタンパク質、および天然の配列のサイトカインの生物学的活性等価物が挙げられる。
本明細書において使用される用語「ＥＧＦＲ標的薬」とは、ＥＧＦＲに結合して、場合によりＥＧＦＲの活性化を阻害する治療剤を指す。このような薬剤の例としては、ＥＧＦＲに結合する抗体および低分子が挙げられる。ＥＧＦＲに結合する抗体の例としては、ＭＡｂ５７９（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ＨＢ８５０６）、ＭＡｂ４５５（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ＨＢ８５０７）、ＭＡｂ２２５（ＡＴＣＣ ＣＲＬ８５０８）、ＭＡｂ５２８（ＡＴＣＣ ＣＲＬ８５０９）（米国特許第４，９４３，５３３号、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎら、参照）、ならびにそれらの改変体、例えば、キメラ化２２５（Ｃ２２５またはセツキシマブ；ＥＲＢＵＴＩＸ（登録商標））および再形状化ヒト２２５（Ｈ２２５）（ＷＯ９６／４０２１０、Ｉｍｃｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．参照）；ＩＭＣ−１１Ｆ８、完全ヒトＥＧＦＲ標的抗体（Ｉｍｃｌｏｎｅ）、ＩＩ型突然変異ＥＧＦＲと結合する抗体（米国特許第５，２１２，２９０号）；米国特許第５，８９１，９９６号に記載された、ＥＧＦＲと結合するヒト化抗体およびキメラ抗体；ならびにＥＧＦＲに結合するヒト抗体、例えば、ＡＢＸ−ＥＧＦ（ＷＯ９８／５０４３３、Ａｂｇｅｎｉｘ参照）；ＥＭＤ５５９００（Ｓｔｒａｇｌｉｏｔｔｏら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ ３２Ａ：６３６〜６４０（１９９６））；ＥＧＦＲとの結合についてＥＧＦおよびＴＧＦ−αの両方と競合する、ＥＧＦＲに対するヒト化ＥＧＦＲ抗体であるＥＭＤ７２００（マツズマブ）；ならびにｍＡｂ８０６またはヒト化ｍＡｂ８０６（Ｊｏｈｎｓら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７９（２９）：３０３７５〜３０３８４（２００４））が挙げられる。抗ＥＧＦＲ抗体を細胞毒性剤とコンジュゲートすることにより、免疫コンジュゲートを発生させることができる（例えば、ＥＰ６５９，４３９Ａ２、Ｍｅｒｃｋ Ｐａｔｅｎｔ ＧｍｂＨ参照）。ＥＧＦＲに結合する低分子の例としては、ＺＤ１８３９すなわちゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（商標）；ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ＣＰ−３５８７７４すなわちエルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ（商標）；Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＯＳＩ）、およびＡＧ１４７８、ＡＧ１５７１（ＳＵ５２７１；Ｓｕｇｅｎ）、ＥＭＤ−７２００が挙げられる。
「チロシンキナーゼインヒビター」は、ＨＥＲレセプターなどのチロシンキナーゼのチロシンキナーゼ活性を阻害する分子である。このようなインヒビターの例としては、前段で言及したＥＧＦＲ標的化薬物；武田から入手可能なＴＡＫ１６５などの低分子ＨＥＲ２チロシンキナーゼインヒビター；ＥｒｂＢ２レセプターチロシンキナーゼの経口選択的インヒビターであるＣＰ−７２４，７１４（ＰｆｉｚｅｒおよびＯＳＩ）；選好的にＥＧＦＲと結合するが、ＨＥＲ２を過剰発現している細胞およびＥＧＦＲを過剰発現している細胞の両方を阻害するＥＫＢ−５６９（Ｗｙｅｔｈから入手できる）などの二重ＨＥＲインヒビター；経口ＨＥＲ２およびＥＧＦＲチロシンキナーゼインヒビターであるＧＷ５７２０１６（Ｇｌａｘｏから入手できる）；ＰＫＩ−１６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓから入手できる）；カネルチニブ（ＣＩ−１０３３；Ｐｈａｒｍａｃｉａ）などの汎ＨＥＲインヒビター；Ｒａｆ−１シグナル伝達を阻害する、ＩＳＩＳ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓから入手できるアンチセンス剤ＩＳＩＳ−５１３２などのＲａｆ−１インヒビター；Ｇｌａｘｏから入手できるメシル酸イマチニブ（Ｇｌｅｅｖａｃ（商標））などの非ＨＥＲ標的ＴＫインヒビター；ＭＡＰＫ細胞外調節キナーゼＩインヒビターＣＩ−１０４０（Ｐｈａｒｍａｃｉａから入手できる）；ＰＤ１５３０３５、４−（３−クロロアニリノ）キナゾリンなどのキナゾリン；ピリドピリミジン；ピリミドピリミジン；ＣＧＰ５９３２６、ＣＧＰ６０２６１、およびＣＧＰ６２７０６などのピロロピリミジン；ピラゾロピリミジン、４−（フェニルアミノ）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン；クルクミン（ジフェルロイルメタン、４，５−ビス（４−フルオロアニリノ）フタルイミド）；ニトロチオフェン基含有チルホスチン；ＰＤ−０１８３８０５（Ｗａｒｎｅｒ−Ｌａｍｂｅｒ）；アンチセンス分子（例えば、ＨＥＲをコードしている核酸に結合するもの）；キノキサリン（米国特許第５，８０４，３９６号）；トリホスチン（ｔｒｙｐｈｏｓｔｉｎ）（米国特許第５，８０４，３９６号）；ＺＤ６４７４（Ａｓｔｒａ Ｚｅｎｅｃａ）；ＰＴＫ−７８７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ ＡＧ）；ＣＩ−１０３３（Ｐｆｉｚｅｒ）などの汎ＨＥＲインヒビター；アフィニタック（ＩＳＩＳ３５２１；Ｉｓｉｓ／Ｌｉｌｌｙ）；メシル酸イマチニブ（Ｇｌｅｅｖａｃ；Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＰＫＩ１６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＧＷ２０１６（Ｇｌａｘｏ ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）；ＣＩ−１０３３（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＥＫＢ−５６９（Ｗｙｅｔｈ）；セマキシニブ（Ｓｕｇｅｎ）；ＺＤ６４７４（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＰＴＫ−７８７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ ＡＧ）；ＩＮＣ−１Ｃ１１（Ｉｍｃｌｏｎｅ）；または以下の特許公報のいずれかに記載されるもの：米国特許第５，８０４，３９６号；ＷＯ９９／０９０１６（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｙａｎｉｍｉｄ）；ＷＯ９８／４３９６０（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｙａｎａｍｉｄ）；ＷＯ９７／３８９８３（Ｗａｒｎｅｒ Ｌａｍｂｅｒｔ）；ＷＯ９９／０６３７８（Ｗａｒｎｅｒ Ｌａｍｂｅｒｔ）；ＷＯ９９／０６３９６（Ｗａｒｎｅｒ Ｌａｍｂｅｒｔ）；ＷＯ９６／３０３４７（Ｐｆｉｚｅｒ，Ｉｎｃ）；ＷＯ９６／３３９７８（Ｚｅｎｅｃａ）；ＷＯ９６／３３９７（Ｚｅｎｅｃａ）；およびＷＯ９６／３３９８０（Ｚｅｎｅｃａ）が挙げられる。
本明細書における「一定（固定）」または「均一」用量の治療剤とは、患者の体重（ＷＴ）または体表面積（ＢＳＡ）を考慮せずにヒト患者に投与される用量を指す。したがって、この一定（固定）用量または均一用量は、ｍｇ／ｋｇ用量としても、ｍｇ／ｍ２用量としても提供されず、治療剤の絶対量として提供される。
本明細書における「ローディング」用量とは、一般に患者に与えられる治療剤の初回用量を含み、これにその治療剤の１回以上の維持用量（単数または複数）が続く。一般に単回のローディング用量が与えられるが、多回（複数回）のローディング用量も本明細書において考えられている。通常は、維持用量（単数または複数）で実現することができるよりも早期に治療剤の所望の定常状態濃度を実現するために、投与されるローディング用量（単数または複数）は、投与される維持用量（単数または複数）を超え、かつ／またはそのローディング用量（単数または複数）は維持用量（単数または複数）よりも頻繁に投与される。
本明細書における「維持」用量とは、処置期間にわたり患者に与えられる治療剤の１回以上の用量を指す。通常維持用量は、ほぼ毎週、ほぼ隔週、ほぼ３週間毎、またはほぼ４週間毎などの処置間隔で投与される。
「医薬」とはガンを処置するための活性な薬物、例えば、ＨＥＲインヒビター、ＨＥＲ二量体化インヒビター（例えば、ペルツズマブ）または化学療法剤（例えば、ゲムシタビン）である。
「標的の聴衆、ターゲットオーディエンス」とは、人のグループまたは機関であってそれに対して、マーケティングまたは宣伝などによって、特に特定の用途、処置または指示について、特定の医薬が奨励されるか、奨励されるように意図されるもの、例えば、個々の患者、患者の集団、新聞、医学文献および雑誌の読者、テレビまたはインターネットの視聴者、ラジオまたはインターネットの聴取者、医師、製薬会社などである。
「添付文書」とは、治療用の製品の市販のパッケージに通常含まれている説明書であって、指示、用法、投与量、投与、禁忌、この包装された製品と組み合わされるべき他の治療用製品、および／またはこのような治療用製品の使用に関する注意などについての情報を含む説明書を指すために用いられる。
ＩＩ．抗体の産生
好ましい実施形態では、ＨＥＲインヒビターは抗体であるため、本発明により用いられるＨＥＲ抗体の産生についての例示的な技術に関して以下に説明する。抗体の産生に使用されるべきＨＥＲ抗原は、例えば、所望のエピトープを含む、ＨＥＲレセプターの可溶型細胞外ドメインまたはその一部分であってもよい。あるいは、細胞表面にＨＥＲを発現している細胞（例えば、ＨＥＲ２を過剰発現するように形質転換されたＮＩＨ−３Ｔ３細胞；またはＳＫ−ＢＲ−３細胞などのガン細胞系、Ｓｔａｎｃｏｖｓｋｉら、ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）８８：８６９１〜８６９５（１９９１）参照）を用いて抗体を作成することができる。抗体の発生に有用な他の形態のＨＥＲレセプターは、当業者に明らかなものである。
（ｉ）ポリクローナル抗体
ポリクローナル抗体は、好ましくは、関連抗原およびアジュバントの複数回の皮下（ｓｃ）注射または腹腔内（ｉｐ）注射によって動物で産生される。二官能剤または誘導化剤、例えば、マレイミドベンゾイルスルホスクシンイミドエステル（システイン残基を介したコンジュゲーション）、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド（リシン残基を介する）、グルタルアルデヒド、コハク酸無水物、ＳＯＣｌ２、またはＲ１Ｎ＝Ｃ＝ＮＲ（式中、ＲおよびＲ１は異なるアルキル基である）を用いて、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシチログロブリン、またはダイズトリプシンインヒビターなどの、免疫処置される種に免疫原性であるタンパク質に対して関連抗原をコンジュゲートすることが有用なことがある。
例えば、（それぞれウサギまたはマウスに対して）１００μｇまたは５μｇのタンパク質またはコンジュゲートを３倍量のフロイント完全アジュバントと混合し、複数の部位にその溶液を皮内注射することによって、抗原、免疫原性コンジュゲート、または誘導体に対して動物を免疫処置する。１か月後、フロイント完全アジュバントに入れた初回量の１／５から１／１０のペプチドまたはコンジュゲートを用いて複数の部位で皮下注射することにより、その動物に追加免疫する。７日から１４日後、その動物から採血し、そしてその血清の抗体力価をアッセイする。力価がプラトーになるまで動物に追加免疫する。好ましくは、同抗原のコンジュゲートであるが、異なるタンパク質と、および／または異なる架橋試薬を介してコンジュゲートしたものを用いて、その動物を追加免疫する。タンパク質融合体として組み換え細胞培養でコンジュゲートを作成することもできる。また、ミョウバンなどの凝集剤を適切に用いて、免疫応答を増強させる。
（ｉｉ）モノクローナル抗体
モノクローナル抗体を作成するための様々な方法を当該分野で利用することができる。例えば、Ｋｏｈｌｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５（１９７５）に最初に記載されたハイブリドーマ法を使用して、組み換えＤＮＡ法（米国特許第４，８１６，５６７号）によりモノクローナル抗体を作成することができる。
ハイブリドーマ法では、マウス、またはハムスターなどのその他の適切な宿主動物を、本明細書の前述のように免疫処置して、免疫処置のために使用されたタンパク質に特異的に結合する抗体を産生するか、または産生できるリンパ球を誘発させる。あるいは、リンパ球をインビトロで免疫処置してもよい。次いで、ポリエチレングリコールなどの適切な融合剤を用いて、リンパ球を骨髄腫細胞と融合させて、ハイブリドーマ細胞を形成させる（Ｇｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，ｐｐ．５９〜１０３（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９８６））。
このようにして調製されたハイブリドーマ細胞を、未融合の親骨髄腫細胞の増殖または生存を阻害する１つ以上の物質を好ましくは含有する適切な培地に接種し、増殖させる。例えば、親骨髄腫細胞が酵素であるヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴまたはＨＰＲＴ）を欠如しているならば、ハイブリドーマ用の培養培地は、代表的には、ヒポキサンチン、アミノプテリン、およびチミジンを含むものであり（ＨＡＴ培地）、これらの物質はＨＧＰＲＴ欠損細胞の増殖を阻止する。
好ましい骨髄腫細胞は、効率的に融合し、選択された抗体産生細胞による抗体の安定な高レベルの産生を支持し、かつＨＡＴ培地などの培地に感受性の細胞である。これらのうち好ましい骨髄腫細胞株は、Ｓａｌｋ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ Ｃｅｌｌ Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ Ｃｅｎｔｅｒ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ ＵＳＡから入手できるＭＯＰＣ−２１およびＭＰＣ−１１マウス腫瘍由来の細胞株、ならびにＡｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，Ｍａｒｙｌａｎｄ ＵＳＡから入手できるＳＰ−２細胞またはＸ６３−Ａｇ８−６５３細胞などのマウス骨髄腫株である。ヒト骨髄腫細胞株およびマウス−ヒトヘテロ骨髄腫細胞株も、ヒトモノクローナル抗体の産生について記載されている（Ｋｏｚｂｏｒ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）；およびＢｒｏｄｅｕｒら、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ．５１〜６３（Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８７））。
その抗原に対するモノクローナル抗体の産生について、ハイブリドーマ細胞が中で増殖している培地をアッセイする。好ましくは、ハイブリドーマ細胞により産生されるモノクローナル抗体の結合特異性を、免疫沈降により、またはラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）もしくは酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）などのインビトロ結合アッセイにより決定する。
モノクローナル抗体の結合親和性は、例えば、Ｍｕｎｓｏｎら、，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１０７：２２０（１９８０）のスキャッチャード解析によって決定してもよい。
所望の特異性、親和性、および／または活性の抗体を産生するハイブリドーマ細胞が同定された後で、限界希釈手順によりそのクローンをサブクローニングして、標準的な方法により増殖させることができる（Ｇｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，ｐｐ．５９〜１０３（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９８６））。この目的に適切な培地としては、例えば、Ｄ−ＭＥＭまたはＲＰＭＩ−１６４０培地がある。さらに、このハイブリドーマ細胞を、動物における腹水腫瘍としてインビボで増殖させることができる。
サブクローンにより分泌されたモノクローナル抗体を、例えば、プロテインＡ−セファロース、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、またはアフィニティークロマトグラフィーなどの従来の抗体精製手順によって培地、腹水、または血清から適切に分離する。
モノクローナル抗体をコードしているＤＮＡは、従来の手順を用いて（例えば、マウス抗体の重鎖および軽鎖をコードしている遺伝子に特異的に結合することができるオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）容易に単離されて、配列決定される。ハイブリドーマ細胞は、このようなＤＮＡの好ましい供給源として役立つ。一旦単離されると、そのＤＮＡを発現ベクターの中に配置することができ、これを次にＥ．ｃｏｌｉ細胞、サルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、または他の状況では抗体タンパク質を産生しない骨髄腫細胞などの宿主細胞にその発現ベクターをトランスフェクションして、組み換え宿主細胞中でモノクローナル抗体の合成を得てもよい。抗体をコードしているＤＮＡを細菌に組み換え発現させることに関する総説論文としては、Ｓｋｅｒｒａら、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．，５：２５６〜２６２（１９９３）およびＰｌｕｃｋｔｈｕｎ，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖｓ．，１３０：１５１〜１８８（１９９２）が挙げられる。
さらなる実施形態では、モノクローナル抗体または抗体フラグメントを、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら、Ｎａｔｕｒｅ，３４８：５５２〜５５４（１９９０）に記載されている技術を用いて作成された抗体ファージライブラリーから単離してもよい。Ｃｌａｃｋｓｏｎら、Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４〜６２８（１９９１）およびＭａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１〜５９７（１９９１）は、ファージライブラリーを用いた、それぞれマウス抗体およびヒト抗体の単離を記載している。その後の刊行物は、鎖シャッフリング（ｃｈａｉｎ ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ）（Ｍａｒｋｓら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１０：７７９〜７８３（１９９２））による高親和性（ｎＭ範囲）ヒト抗体の産生ならびに非常に大きなファージライブラリーを構築するための戦略としてのコンビナトリアル感染およびインビボの組み換え（Ｗａｔｅｒｈｏｕｓｅら、Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．，２１：２２６５〜２２６６（１９９３））について記載している。このように、これらの技術は、モノクローナル抗体を単離するための従来のモノクローナル抗体ハイブリドーマ技術に対する実行可能な代替法である。
例えば、相同マウス配列に代わり、ヒト重鎖および軽鎖の定常ドメインについてのコード配列に置換することによって（米国特許第４，８１６，５６７号；およびＭｏｒｒｉｓｏｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：６８５１（１９８４））、または免疫グロブリンのコード配列に、非免疫グロブリンポリペプチドについてのコード配列の全てもしくは一部を共有結合的に繋ぐことによっても、ＤＮＡを改変することができる。
代表的には、抗体の定常ドメインをこのような非免疫グロブリンポリペプチドに置換するか、または、抗体の一つの抗原結合部位の可変ドメインをそれらに置換して、抗原に対する特異性を有する一つの抗原結合部位と、異なる抗原に対する特異性を有する別の抗原結合部位とを含むキメラ二価抗体を生み出す。
（ｉｉｉ）ヒト化抗体
非ヒト抗体をヒト化するための方法は当該分野で記載されている。好ましくは、ヒト化抗体は、非ヒトである起源からその抗体に導入された１つ以上のアミノ酸残基を有する。これらの非ヒトアミノ酸残基は、しばしば、「輸入、インポート（ｉｍｐｏｒｔ）」残基と称され、この残基は、代表的には「輸入、インポート」可変ドメインから取り入れられる。ヒト化は本質的に、ヒト抗体の対応配列を超可変部配列に置換することによって、Ｗｉｎｔｅｒおよび共同研究者らの方法（Ｊｏｎｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２〜５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３〜３２７（１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３９：１５３４〜１５３６（１９８８））に従って行うことができる。したがって、このような「ヒト化」抗体は、インタクトなヒト可変ドメインよりも実質的に小さな配列が非ヒト種由来の対応する配列に置換されたキメラ抗体（米国特許第４，８１６，５６７号）である。実際にはヒト化抗体は、代表的には一部の超可変部残基と、可能性があることには一部のＦＲ残基とが、げっ歯動物抗体の類似部位由来の残基に置換されているヒト抗体である。
ヒト化抗体を作成する際に使用される、軽鎖および重鎖両方のヒト可変ドメインの選択は、抗原性を低減するために極めて重要である。いわゆる「ベストフィット」法により、げっ歯動物抗体の可変ドメインの配列を、公知のヒト可変ドメイン配列のライブラリー全体に対してスクリーニングする。次に、そのげっ歯動物の配列に最も近いヒト配列を、ヒト化抗体についてのヒトフレームワーク部（ＦＲ）として受け入れる（Ｓｉｍｓら、，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５１：２２９６（１９９３）；Ｃｈｏｔｈｉａら、，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９６：９０１（１９８７））。別の方法は、特定亜群の軽鎖または重鎖の全ヒト抗体のコンセンサス配列に由来する特定のフレームワーク部を使用する。同じフレームワークを、いくつかの異なるヒト化抗体に用いてもよい（Ｃａｒｔｅｒら、，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：４２８５（１９９２）；Ｐｒｅｓｔａら、，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５１：２６２３（１９９３））。
抗体が抗原に対する高い親和性およびその他の好都合な生物学的性質を保持してヒト化されることは、さらに重要である。この目標を実現するために、好ましい方法により、親配列およびヒト化配列の三次元モデルを用いる親配列および様々な概念上のヒト化産物の分析プロセスによりヒト化抗体を調製する。三次元免疫グロブリンモデルが、一般に利用可能であり、当業者によく知られている。選択された候補免疫グロブリン配列の有望な三次元コンフォメーション構造を図解して表示するコンピュータプログラムを利用することができる。これらの表示の調査により、候補免疫グロブリン配列の機能発揮にこれらの残基が果たしそうな役割を分析すること、すなわち、候補免疫グロブリンがその抗原と結合する能力に影響する残基を分析することが可能になる。このようにして、ＦＲ残基を、レシピエント配列および輸入配列より選択して組合せることが可能で、その結果、標的抗原（単数または複数）に対する親和性増大などの所望の抗体特性が実現される。一般に、超可変部残基は、抗原結合に影響することに直接的かつ最も実質的に関与している。
ＷＯ０１／００２４５は、ＨＥＲ２と結合してリガンドによるＨＥＲレセプターの活性化を遮断する例示的なヒト化ＨＥＲ２抗体の産生を記載している。本明細書において特に関心対象のヒト化抗体は、マウスモノクローナル抗体２Ｃ４（またはそのＦａｂフラグメント）と本質的に同様に効果的に、ＥＧＦ、ＴＧＦ−αおよび／もしくはＨＲＧ媒介性のＭＡＰＫ活性化を遮断し、かつ／またはマウスモノクローナル抗体２Ｃ４（もしくはそのＦａｂフラグメント）と本質的に同様に効果的にＨＥＲ２と結合する。本明細書におけるヒト化抗体は、例えば、ヒト可変重鎖ドメインに組み込まれた非ヒト超可変部残基を含むことがあり、さらにＫａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，第５版、Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ（１９９１）に述べられた可変ドメインナンバリングシステムを利用して、６９Ｈ、７１Ｈ、および７３Ｈからなる群より選択される位置にフレームワーク部（ＦＲ）置換を含むことがある。一実施形態では、ヒト化抗体は、位置６９Ｈ、７１Ｈおよび７３Ｈの２つまたは全てにＦＲ置換を含む。
本明細書における目的の例示的なヒト化抗体は、重鎖可変ドメイン相補性決定部残基ＧＦＴＦＴＤＹＴＭＸ（Ｘは好ましくはＤまたはＳ）（配列番号：７）；ＤＶＮＰＮＳＧＧＳＩＹＮＱＲＦＫＧ（配列番号：８）；および／またはＮＬＧＰＳＦＹＦＤＹ（配列番号：９）を含み、場合により、それらのＣＤＲ残基のアミノ酸改変を含む（例えばその改変がその抗体の親和性を本質的に維持または改善する場合）。例えば、目的の抗体改変体は、約１個から約７個または約５個のアミノ酸置換を上記重鎖可変ＣＤＲ配列に有してもよい。例えば下記のような親和性成熟によって、このような抗体改変体を調製してもよい。最も好ましいヒト化抗体は、配列番号：４の重鎖可変ドメインアミノ酸配列を含む。
ヒト化抗体は、例えば前段落の可変重鎖ドメインＣＤＲ残基に追加して、軽鎖可変ドメイン相補性決定残基ＫＡＳＱＤＶＳＩＧＶＡ（配列番号：１０）；ＳＡＳＹＸ１Ｘ２Ｘ３（ここでＸ１は好ましくはＲもしくはＬ、Ｘ２は好ましくはＹもしくはＥであって、Ｘ３は好ましくはＴもしくはＳである）（配列番号：１１）；および／またはＱＱＹＹＩＹＰＹＴ（配列番号：１２）を含んでもよい。このようなヒト化抗体は、場合により、上記ＣＤＲ残基のアミノ酸改変を含む（例えばその改変がその抗体の親和性を本質的に維持または改善する場合。）例えば、目的の抗体改変体は、約１個から約７個または約５個のアミノ酸置換を上記可変軽鎖ＣＤＲ配列に有してもよい。例えば下記のような親和性成熟によって、このような抗体改変体を調製してもよい。最も好ましいヒト化抗体は、配列番号：３の可変軽鎖ドメインアミノ酸配列を含む。
本出願は、ＨＥＲ２と結合して、リガンドによるＨＥＲレセプターの活性化を遮断する、親和性成熟した抗体も考慮している。親抗体は、ヒト抗体またはヒト化抗体、例えばそれぞれ配列番号３および４の可変軽鎖配列および／または可変重鎖配列を含む（すなわちペルツズマブのＶＬおよび／またはＶＨを含む）抗体であってもよい。親和性成熟した抗体は好ましくは、マウス２Ｃ４またはペルツズマブよりも優れた親和性で（例えば、ＨＥＲ２細胞外ドメイン（ＥＣＤ）ＥＬＩＳＡを用いて評価するとき、例えば約２または約４倍から約１００倍または約１０００倍向上した親和性で）ＨＥＲレセプター２に結合する。置換のための例示的な可変重鎖ＣＤＲ残基としては、Ｈ２８、Ｈ３０、Ｈ３４、Ｈ３５、Ｈ６４、Ｈ９６、Ｈ９９、または二つ以上の組み合わせ（例えば、これらの残基の２、３、４、５、６、または７個）が挙げられる。変更のための可変軽鎖ＣＤＲ残基の例としては、Ｌ２８、Ｌ５０、Ｌ５３、Ｌ５６、Ｌ９１、Ｌ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｌ９６、Ｌ９７、または二つ以上の組み合わせ（例えば、これらの残基の２から３、４、５、または最大約１０個）が挙げられる。
様々な形態のヒト化抗体または親和性成熟した抗体が考えられている。例えば、ヒト化抗体または親和性成熟した抗体は、Ｆａｂなどの抗体フラグメントであり得るが、このフラグメントは、免疫コンジュゲートを発生させるために、１つ以上の細胞毒性剤（単数または複数）と場合によりコンジュゲートしている。あるいは、ヒト化抗体もしくは親和性成熟した抗体は、インタクトなＩｇＧ１抗体などのインタクトな抗体でありうる。好ましいインタクトなＩｇＧ１抗体は、配列番号１３の軽鎖配列および配列番号１４の重鎖配列を含む。
（ｉｖ）ヒト抗体
ヒト化の代替として、ヒト抗体を作成してもよい。例えば、免疫処置した際に、内因性免疫グロブリン産生の非存在下でヒト抗体の全レパートリーを産生することができるトランスジェニック動物（例えば、マウス）を生み出すことが今や可能である。例えば、キメラおよび生殖細胞系突然変異マウスにおける抗体重鎖結合部（ＪＨ）遺伝子の同型接合型欠失は、内因性抗体産生の完全な阻害を招くことが記載されている。このような生殖細胞系突然変異マウスにヒト生殖細胞系免疫グロブリン遺伝子アレイを導入する結果として、抗原による攻撃に応答したヒト抗体の産生が生じるであろう。例えば、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０：２５５１（１９９３）；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓら、Ｎａｔｕｒｅ，３６２：２５５−２５８（１９９３）；Ｂｒｕｇｇｅｒｍａｎｎら、Ｙｅａｒ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏ．，７：３３（１９９３）；ならびに米国特許第５，５９１，６６９号、第５，５８９，３６９号，および第５，５４５，８０７号を参照のこと。あるいは、ファージディスプレイ技術（ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら、Ｎａｔｕｒｅ ３４８：５５２−５５３（１９９０））を用いて、免疫処置されていないドナー由来の免疫グロブリン可変（Ｖ）ドメイン遺伝子レパートリーからヒト抗体およびヒト抗体フラグメントをインビトロで産生することができる。この技術によると、抗体Ｖドメイン遺伝子を、Ｍ１３またはｆｄなどの糸状バクテリオファージの主または副コートタンパク質遺伝子のいずれかのフレーム内にクローニングして、ファージ粒子の表面上に機能的な抗体フラグメントとして提示させる。糸状粒子がファージゲノムの一本鎖ＤＮＡコピーを有することから、その抗体の機能的性質に基づく選択は、それらの性質を示す抗体をコードしている遺伝子の選択も招く。このように、そのファージは、Ｂ細胞の性質の一部を模倣している。ファージディスプレイは様々な形式で行うことができる；それらの総説については、例えばＪｏｈｎｓｏｎ，Ｋｅｖｉｎ Ｓ．ａｎｄ Ｃｈｉｓｗｅｌｌ，Ｄａｖｉｄ Ｊ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ３：５６４−５７１（１９９３）を参照のこと。いくつかの供給源のＶ遺伝子セグメントをファージディスプレイのために使用することができる。Ｃｌａｃｋｓｏｎら、Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４〜６２８（１９９１）は、免疫処置されたマウスの脾臓に由来するＶ遺伝子の小さいランダムなコンビナトリアルライブラリーから抗オキサゾロン抗体の多様なアレイを単離した。免疫処置されていないヒトドナーからのＶ遺伝子のレパートリーを構築することができ、（自己抗原を含む）多様なアレイの抗原に対する抗体を、Ｍａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１〜５９７（１９９１）、またはＧｒｉｆｆｉｔｈら、ＥＭＢＯ Ｊ．１２：７２５〜７３４（１９９３）によって記載されている技術に本質的に従って単離することができる。米国特許第５，５６５，３３２号および第５，５７３，９０５号も参照のこと。
上で考察したように、ヒト抗体を、インビトロ活性化したＢ細胞により作成することもできる（米国特許第５，５６７，６１０号および第５，２２９，２７５号参照）。
ヒトＨＥＲ２抗体は、１９９８年６月３０日に発行された米国特許第５，７７２，９９７号および１９９７年１月３日に公開されたＷＯ９７／００２７１に記載されている。
（ｖ）抗体フラグメント
種々の技術が、１つ以上の抗原結合領域を含む抗体フラグメントの産生のために開発されている。伝統的には、これらのフラグメントは、インタクトな抗体のタンパク質分解消化を介して誘導された（例えば、Ｍｏｒｉｍｏｔｏら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ ａｎｄ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２４：１０７〜１１７（１９９２）；およびＢｒｅｎｎａｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２２９：８１（１９８５）を参照のこと）。しかし、これらのフラグメントは、今や組み換え宿主細胞によって直接産生することができる。例えば、その抗体フラグメントは、上記の抗体ファージライブラリーから単離してもよい。あるいは、Ｆａｂ’−ＳＨフラグメントを、Ｅ．ｃｏｌｉから直接回収して、化学的に結合させてＦ（ａｂ’）２フラグメントを形成させることができる（Ｃａｒｔｅｒら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：１６３〜１６７（１９９２））。別のアプローチにより、Ｆ（ａｂ’）２フラグメントを、組み換え宿主細胞培養物から直接単離することができる。抗体フラグメントの産生のためのその他の技術は、当業者に明白であろう。他の実施形態では、選り抜きの抗体は一本鎖Ｆｖフラグメント（ｓｃＦｖ）である。ＷＯ９３／１６１８５；米国特許第５，５７１，８９４号；および米国特許第５，５８７，４５８号を参照のこと。この抗体フラグメントは、例えば、米国特許第５，６４１，８７０号に例えば記載された「線状抗体」であってもよい。このような線状抗体フラグメントはまた、単一特異性であっても、または二重特異性であってもよい。
（ｖｉ）二重特異性抗体
二重特異性抗体は、少なくとも二つの異なるエピトープに対して結合特異性を有する抗体である。例示的な二重特異性抗体は、ＨＥＲ２タンパク質の二つの異なるエピトープに結合し得る。他のこのような抗体は、ＨＥＲ２結合部位と、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ３、および／またはＨＥＲ４に対する結合部位（単数または複数）とを組合せてもよい。あるいは、細胞防御メカニズムをＨＥＲ２発現細胞に集中させるために、Ｔ細胞レセプター分子（例えば、ＣＤ２もしくはＣＤ３）のような、またはＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）、およびＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６）などの、ＩｇＧに対するＦｃレセプター（ＦｃγＲ）のような、白血球上のトリガー分子に結合するアームとＨＥＲ２アームを組合せてもよい。ＨＥＲ２を発現する細胞に細胞毒性剤を局在化させるために、二重特異性抗体を用いてもよい。これらの抗体は、ＨＥＲ２結合アームと、細胞毒性剤（例えば、サポリン、抗インターフェロン−α、ビンカアルカロイド、リシン（ｒｉｃｉｎ）Ａ鎖、メトトレキサート、または放射性同位体ハプテン）と結合するアームとを有する。二重特異性抗体は、全長抗体または抗体フラグメント（例えば、Ｆ（ａｂ’）２二重特異性抗体）として調製してもよい。
ＷＯ９６／１６６７３は、二重特異性ＨＥＲ２／ＦｃγＲＩＩＩ抗体を記載し、米国特許第５，８３７，２３４号は、二重特異性ＨＥＲ２／ＦｃγＲＩ抗体ＩＤＭ１（Ｏｓｉｄｅｍ）を開示している。二重特異性ＨＥＲ２／Ｆｃα抗体は、ＷＯ９８／０２４６３に示されている。米国特許第５，８２１，３３７号は、二重特異性ＨＥＲ２／ＣＤ３抗体を教示している。ＭＤＸ−２１０は、二重特異性ＨＥＲ２−ＦｃγＲＩＩＩ Ａｂである。
二重特異性抗体を作成するための方法は、当該分野において公知である。全長二重特異性抗体の伝統的な産生は、二つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の同時発現に基づき、ここでは、その二つの鎖は異なる特異性を有する（Ｍｉｌｌｓｔｅｉｎら、Ｎａｔｕｒｅ，３０５：５３７〜５３９（１９８３））。免疫グロブリン重鎖および軽鎖のランダムな取り合わせが原因で、これらのハイブリドーマ（クアドローマ）は、１０個の異なる抗体分子の潜在的な混合物を産生し、そのうち、一つだけが正しい二重特異性構造を有する。正しい分子の精製は、普通はアフィニティークロマトグラフィー工程によってなされるが、かなり煩雑であり、その産物の収率は低い。類似の手順がＷＯ９３／０８８２９およびＴｒａｕｎｅｃｋｅｒら、ＥＭＢＯ Ｊ．，１０：３６５５〜３６５９（１９９１）に開示されている。
異なるアプローチにより、所望の結合特異性（抗体−抗原の結合部位）を有する抗体可変ドメインを、免疫グロブリン定常ドメイン配列と融合させる。この融合体は、好ましくは、ヒンジ部の少なくとも一部、ＣＨ２部、およびＣＨ３部を含む免疫グロブリン重鎖定常ドメインを有する。軽鎖の結合に必要な部位を有する第一重鎖定常部（ＣＨ１）を、これら融合体の少なくとも一つに存在させることが好ましい。免疫グロブリン重鎖融合体をコードしているＤＮＡと、必要に応じて、免疫グロブリン軽鎖をコードしているＤＮＡとを、別々の発現ベクターに挿入して、適切な宿主生物に同時トランスフェクションする。これは、構築に使用される等しくない比率の３本のポリペプチド鎖が最適な収率を提供する実施形態において、それら３本のポリペプチドフラグメントの相互比率の調整に大きな柔軟性を提供する。しかし、少なくとも２本のポリペプチド鎖が等しい比で発現することが高収率を招く場合、またはその比が特に重要ではない場合に、２本または３本全てのポリペプチド鎖についてのコード配列を一つの発現ベクターに挿入することが可能である。
このアプローチの好ましい実施形態では、二重特異性抗体は、一方のアームでの第１結合特異性を有するハイブリッド免疫グロブリン重鎖と、他方のアームでのハイブリッド免疫グロブリン重鎖−軽鎖対（第２結合特異性を提供する）とから構成される。この非対称構造は、望まれていない免疫グロブリン鎖の組合せから所望の二重特異性化合物の分離を容易にすることが見出された。それは、二重特異性分子の半分のみに免疫グロブリン軽鎖が存在することが、分離の容易な方法に備えるからである。このアプローチは、ＷＯ９４／０４６９０に開示されている。二重特異性抗体を作成するさらなる詳細については、例えば、Ｓｕｒｅｓｈら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，１２１：２１０（１９８６）を参照のこと。
米国特許第５，７３１，１６８号に記載されている別のアプローチによると、抗体分子対の間の界面を加工して、組み換え細胞培養物から回収されるヘテロ二量体の率を最大にすることができる。好ましい界面は、抗体定常ドメインのＣＨ３ドメインの少なくとも一部分を含む。この方法では、第１抗体分子の界面由来の１つ以上の小型アミノ酸側鎖を、より大型の側鎖（例えば、チロシンまたはトリプトファン）に交換する。その大型側鎖（単数または複数）に同一または類似の大きさの代償的な「空洞」が、大型アミノ酸側鎖をより小型のアミノ酸側鎖（例えば、アラニンまたはトレオニン）に交換することによって、第２抗体分子の界面に生み出される。これによって、ホモ二量体などのその他の望まれない最終産物に比べてヘテロ二量体の収率を増加させるためのメカニズムが提供される。
二重特異性抗体としては、架橋抗体または「ヘテロコンジュゲート（ｈｅｔｅｒｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ）」抗体が含まれる。例えば、ヘテロコンジュゲートにおける抗体のうちの一方をアビジンと、他方をビオチンと結合させてもよい。このような抗体は、例えば、望まれていない細胞に免疫系細胞をターゲティングするために（米国特許第４，６７６，９８０号）、およびＨＩＶ感染の処置について（ＷＯ９１／００３６０、ＷＯ９２／２００３７３、および欧州特許第０３０８９号）提案されている。ヘテロコンジュゲート抗体は、任意の好都合な架橋方法を用いて作成することができる。適切な架橋剤は当該分野において周知であり、米国特許第４，６７６，９８０号に、多数の架橋技術と共に開示されている。
抗体フラグメントから二重特異性抗体を作成するための技術は、文献にも記載されている。例えば、化学的結合を用いて二重特異性抗体を調製することができる。Ｂｒｅｎｎａｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２２９：８１（１９８５）は、インタクトな抗体がタンパク質分解的に開裂されてＦ（ａｂ’）２フラグメントを発生する手順を記載している。これらのフラグメントを、ジチオール錯化剤である亜砒酸ナトリウムの存在下で還元して、隣接するジチオールを安定化して、分子間ジスルフィド形成を阻止する。次に、発生したＦａｂ’フラグメントをチオニトロ安息香酸（ＴＮＢ）誘導体に変換する。次に、メルカプトエチルアミンを用いた還元により、Ｆａｂ’−ＴＮＢ誘導体の一つをＦａｂ’−チオールに再変換し、等モル量のその他のＦａｂ’−ＴＮＢ誘導体と混合して、二重特異性抗体を形成させる。産生した二重特異性抗体は、酵素の選択的固定化のための薬剤として用いてもよい。
最近の進歩により、Ｅ．ｃｏｌｉ由来のＦａｂ’−ＳＨフラグメントを直接回収することが容易になっており、このＦａｂ’−ＳＨフラグメントを、化学的に結合させて、二重特異性抗体を形成させてもよい。Ｓｈａｌａｂｙら、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，１７５：２１７〜２２５（１９９２）は、完全にヒト化された二重特異性抗体Ｆ（ａｂ’）２分子の産生を記載している。各々のＦａｂ’フラグメントが、Ｅ．ｃｏｌｉから別々に分泌され、インビトロ定方向化学的結合に供されて、二重特異性抗体を形成した。このように形成した二重特異性抗体は、ＨＥＲ２レセプターを過剰発現している細胞および正常なヒトＴ細胞に結合することができ、かつヒト***腫瘍標的に対するヒト細胞傷害性リンパ球の溶解活性をトリガーすることができた。
組み換え細胞培養物から二重特異性抗体フラグメントを直接作成して単離するための様々な技術も記載されている。例えば、二重特異性抗体は、ロイシンジッパーを用いて産生されている。Ｋｏｓｔｅｌｎｙら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４８（５）：１５４７〜１５５３（１９９２）。Ｆｏｓタンパク質およびＪｕｎタンパク質由来のロイシンジッパーペプチドが、遺伝子融合によって二つの異なる抗体のＦａｂ’部分に連結された。その抗体ホモ二量体は、ヒンジ領域で還元されて単量体を形成し、次に、再び酸化されて抗体へテロ二量体を形成した。この方法は、抗体ホモ二量体産生のためにも利用してもよい。Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０：６４４４〜６４４８（１９９３）によって記載された「ダイアボディ（二特異性抗体）（ｄｉａｂｏｄｉｅｓ）」技術は、二重特異性抗体フラグメントを作成するための代替のメカニズムを提供した。このフラグメントは、同じ鎖上の二つのドメイン間で対形成させるには短すぎるリンカーによって軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に連結した重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含む。したがって、一つのフラグメントのＶＨドメインおよびＶＬドメインは、別のフラグメントの相補的なＶＬドメインおよびＶＨドメインと対形成することを強いられ、それによって、二つの抗原結合部位を形成する。二重特異性抗体フラグメントを単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）二量体の使用によって作成するための別の戦略も報告されている。Ｇｒｕｂｅｒら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５２：５３６８（１９９４）を参照のこと。
二つを超える結合価を有する抗体が考えられている。例えば、三重特異性抗体を調製することができる。Ｔｕｔｔら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０（１９９１）。
（ｖｉｉ）その他のアミノ酸配列の改変
本明細書に記載された抗体のアミノ酸配列の改変（単数または複数）が考えられている。例えば、抗体の結合親和性および／または他の生物学的性質を改善することが望ましいことがある。適切なヌクレオチド変化を抗体の核酸に導入することにより、またはペプチド合成により、抗体のアミノ酸配列改変体を調製する。このような改変としては、例えば、抗体のアミノ酸配列内の残基からの欠失および／またはそれへの挿入および／またはその置換が挙げられる。欠失、挿入、および置換の任意の組合せは、最終構築物に達するように作成されるが、ただし、その最終構築物は所望の性質を有する。そのアミノ酸変化によって、グリコシル化部位の数または位置を変化させることなどの、抗体の翻訳後プロセスを変更してもよい。
突然変異誘発についての好ましい位置である、抗体のある残基または領域を同定するための有用な方法は、Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ ａｎｄ Ｗｅｌｌｓ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４４：１０８１〜１０８５（１９８９）に記載された「アラニンスキャニング突然変異誘発」と呼ばれる。この方法では、複数の標的残基の中から一つの残基または基（例えば、ａｒｇ、ａｓｐ、ｈｉｓ、ｌｙｓ、およびｇｌｕなどの荷電した残基）が同定され、中性または陰性に荷電したアミノ酸（最も好ましくはアラニンまたはポリアラニン）に交換されて、アミノ酸と抗原との相互作用に影響を与える。次に、置換に対する機能的感受性を実証しているアミノ酸位置を、置換部位に、または置換部位の代わりにさらなる改変体またはその他の改変体を導入することによって精緻にする。このように、アミノ酸配列変異を導入するための部位は予め決定されているが、その突然変異自体の性質は予め決定されている必要はない。例えば、所与の部位での突然変異の性能を分析するために、ａｌａスキャニングまたはランダム突然変異誘発が標的コドンまたは標的領域に施され、発現した抗体改変体が所望の活性についてスクリーニングされる。
アミノ酸配列挿入としては、長さが１個の残基から１００個以上の残基を有するポリペプチドまでの範囲のアミノ末端および／またはカルボキシル末端融合体、ならびに１つ以上のアミノ酸残基の配列内挿入体が挙げられる。末端挿入体の例としては、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体、または細胞毒性ポリペプチドに融合した抗体がある。抗体分子のその他の挿入改変体としては、抗体のＮ末端またはＣ末端と酵素（例えば、ＡＤＥＰＴ用）との、または抗体の血清半減期を増大させるポリペプチドとの融合体が挙げられる。
別の型の改変体は、アミノ酸置換改変体である。これらの改変体は、抗体分子中の少なくとも一つのアミノ酸残基が異なる残基に交換されている。置換突然変異誘発について最も目的の部位には超可変部があるが、ＦＲの変更も考えられている。保存的置換を、「好ましい置換」の見出しの下に表１に示す。このような置換が生物学的活性の変化を招くならば、表１に「例示的置換」と称するか、またはアミノ酸クラスを参照して以下にさらに記載される、より実質的な変化を導入し、その産物をスクリーニングしてもよい。
Figure 2014240434
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 抗体の生物学的性質における実質的な改変は、（ａ）例えばシートまたはヘリカル構造などの、置換領域におけるポリペプチド骨格の構造、（ｂ）標的部位での分子の電荷もしくは疎水性、または（ｃ）側鎖のかさ高さ、を維持することに及ぼす効果が有意に異なる置換を選択することによって実現される。側鎖の性質の類似性によりアミノ酸を以下のような群に分けてもよい（Ａ．Ｌ．Ｌｅｈｎｉｎｇｅｒ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，第２版、７３〜７５頁，Ｗｏｒｔｈ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９７５））：
（１）非極性：Ａｌａ（Ａ）、Ｖａｌ（Ｖ）、Ｌｅｕ（Ｌ）、Ｉｌｅ（Ｉ）、Ｐｒｏ（Ｐ）、Ｐｈｅ（Ｆ）、Ｔｒｐ（Ｗ）、Ｍｅｔ（Ｍ）
（２）無荷電極性：Ｇｌｙ（Ｇ）、Ｓｅｒ（Ｓ）、Ｔｈｒ（Ｔ）、Ｃｙｓ（Ｃ）、Ｔｙｒ（Ｙ）、Ａｓｎ（Ｎ）、Ｇｌｎ（Ｑ）
（３）酸性：Ａｓｐ（Ｄ）、Ｇｌｕ（Ｅ）
（４）塩基性：Ｌｙｓ（Ｋ）、Ａｒｇ（Ｒ）、Ｈｉｓ（Ｈ）。
あるいは、共通の側鎖の性質に基づいて天然に存在する残基を以下の群に分けてもよい：
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
（２）中性親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
（５）鎖配向に影響する残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
非保存的置換は、これらのクラスのうち、一つのメンバーを別のクラスのものに交換することを必要とするものである。
抗体の適切なコンフォメーションの維持に関与しない任意のシステイン残基を、一般にセリンに置換して、その分子の酸化に対する安定性を改善して、異常な架橋を阻止してもよい。逆に、システイン結合（単数または複数）をその抗体に付加して、（特に、その抗体がＦｖフラグメントなどの抗体フラグメントである場合）その安定性を改善してもよい。
特に好ましい型の置換改変体は、親抗体（例えば、ヒト化抗体またはヒト抗体）の１つ以上の超可変領域残基を置換することを伴う。一般的に、さらなる開発のために選択された、結果として生じた改変体（単数または複数）は、それらの改変体が作成された元の親抗体に比べて、改善された生物学的性質を有する。このような置換改変体を作成するための簡便法は、ファージディスプレイを使用した親和性成熟を伴う。要するに、いくつかの超可変領域部位（例えば、６から７個の部位）を突然変異させて全ての可能なアミノ置換を各部位に作成する。このように作成された抗体改変体は、糸状ファージ粒子から一価の様式で、各粒子内にパッケージングされたＭ１３の遺伝子ＩＩＩ産物との融合体として提示される。次に、ファージディスプレイされた改変体を、本明細書に開示されたように、それらの生物学的活性（例えば結合親和性）についてスクリーニングする。改変のための候補となる超可変領域部位を同定するために、アラニンスキャニング変異誘発を行って、抗原結合に重大に寄与する超可変領域残基を同定してもよい。あるいは、または追加的に、抗原−抗体複合体の結晶構造を分析して、抗体とヒトＨＥＲ２との間の接触点を同定することが有益でありうる。そのような接触残基および隣接する残基は、本明細書に詳細に述べられた技術による置換のための候補である。このような改変体がいったん発生すれば、一団の改変体を本明細書に記載されたスクリーニングに供し、１つ以上の関連するアッセイで優れた性質を有する抗体を、さらなる開発のために選択することができる。
この抗体の別の型のアミノ酸改変体は、この抗体の本来のグリコシル化パターンを変更したものである。変更とは、抗体に見出される１つ以上の糖質部分を欠失させること、および／またはその抗体には存在しない１つ以上のグリコシル化部位を付加することを意味する。
抗体のグリコシル化は、代表的にはＮ−結合またはＯ−結合のいずれかである。Ｎ−結合とは、アスパラギン残基の側鎖に糖質部分が付着していることを指す。トリペプチド配列であるアスパラギン−Ｘ−セリンおよびアスパラギン−Ｘ−トレオニン（ここでＸは、プロリンを除く任意のアミノ酸である）は、アスパラギン側鎖に糖質部分を酵素的に付着させるための認識配列である。このように、これらのトリペプチド配列のいずれかがポリペプチド中に存在することで、潜在的なグリコシル化部位が生み出される。Ｏ−結合型グリコシル化とは、糖であるＮ−アセチルガラクトサミン、ガラクトース、またはキシロースの一つがヒドロキシアミノ酸に付着していることを指し、そのヒドロキシアミノ酸は最も一般的にはセリンまたはトレオニンであるが、５−ヒドロキシプロリンまたは５−ヒドロキシリシンも用いられてもよい。
抗体へのグリコシル化部位の付加は、好都合には、アミノ酸配列を変更することにより、そのアミノ酸配列が（Ｎ−結合型グリコシル化部位のための）上記の１つ以上のトリペプチド配列を有することによって実現される。本来の抗体の配列に（Ｏ−結合型グリコシル化部位のための）１つ以上のセリンまたはトレオニン残基を付加するか、またはこれらに置換することによっても変更を行ってもよい。
抗体がＦｃ領域を含む場合、それに付着している糖質を変更することができる。例えば、抗体のＦｃ領域に付着したフコースを欠如した成熟糖質構造を有する抗体は、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８Ａ１号、Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ．に記載されている。米国特許出願公開第２００４／００９３６２１Ａ１号（Ｋｙｏｗａ Ｈａｋｋｏ Ｋｏｇｙｏ Ｃｏ．，Ｌｔｄ）も参照のこと。糖質中の二分岐型Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）が抗体のＦｃ領域に付着した抗体はＷＯ０３／０１１８７８、Ｊｅａｎ−Ｍａｉｒｅｔらおよび米国特許第６，６０２，６８４号、Ｕｍａｎａらに参照されている。オリゴ糖中の少なくとも一つのガラクトース残基が抗体のＦｃ領域に付着した抗体はＷＯ９７／３００８７、Ｐａｔｅｌらに報告されている。変更された糖質がＦｃ領域に付着した抗体に関するＷＯ９８／５８９６４（Ｒａｊｕ，Ｓ．）およびＷＯ９９／２２７６４（Ｒａｊｕ，Ｓ．）も参照のこと。
例えば、抗体の抗原依存性細胞媒介性細胞傷害作用（ＡＤＣＣ）および／または補体依存性細胞傷害作用（ＣＤＣ）を増強するためのエフェクター機能に関して、本発明の抗体を改変することが望ましいことがある。これは、抗体のＦｃ領域に１つ以上のアミノ酸置換を導入することによって実現することができる。あるいは、または追加的に、システイン残基（単数または複数）をＦｃ領域に導入することによって、この領域に鎖間ジスルフィド結合を形成することを可能にしてもよい。このように作成されたホモ二量体抗体は、改善した内部移行能ならびに／または増大した補体媒介性細胞殺滅および抗体依存性細胞性細胞傷害作用（ＡＤＣＣ）を有し得る。Ｃａｒｏｎら、Ｊ．Ｅｘｐ Ｍｅｄ．１７６：１１９１〜１１９５（１９９２）およびＳｈｏｐｅｓ，Ｂ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８：２９１８〜２９２２（１９９２）を参照のこと。増強した抗腫瘍活性を有するホモ二量体抗体を、Ｗｏｌｆｆら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５３：２５６０〜２５６５（１９９３）に記載されているようなヘテロ二官能性架橋剤を使用して調製してもよい。あるいは、二つのＦｃ領域を有する抗体を加工してもよく、それによって、その抗体は増強した補体溶解およびＡＤＣＣ能を有し得る。Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎら、Ａｎｔｉ−Ｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉｇｎ ３：２１９〜２３０（１９８９）を参照のこと。
ＷＯ００／４２０７２（Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ．）は、ヒトエフェクター細胞の存在下で改善したＡＤＣＣ機能を有する抗体を記載しており、ここで、その抗体はそのＦｃ領域にアミノ酸置換を含む。好ましくは、改善したＡＤＣＣを有する抗体は、Ｆｃ領域の位置２９８、３３３、および／または３３４に置換を含む（ＥＵの残基のナンバリング）。好ましくは、変更されたＦｃ領域は、これらの位置の一つ、二つもしくは三つに置換を含むか、または、その置換からなるヒトＩｇＧ１ Ｆｃ領域である。このような置換は、場合によりＣ１ｑの結合および／またはＣＤＣを増加させる置換（単数または複数）と組み合わされる。
変更されたＣ１ｑ結合性および／または補体依存性細胞傷害作用（ＣＤＣ）を有する抗体は、ＷＯ９９／５１６４２、米国特許第６，１９４，５５１Ｂ１号、米国特許第６，２４２，１９５Ｂ１号、米国特許第６，５２８，６２４Ｂ１号、および米国特許第６，５３８，１２４号（Ｉｄｕｓｏｇｉｅら、）に記載されている。この抗体は、そのＦｃ領域のアミノ酸位置２７０、３２２、３２６、３２７、３２９、３１３、３３３、および／または３３４（残基のＥｕナンバリング）のうち１つ以上にアミノ酸置換を含む。
抗体の血清半減期を増大させるために、例えば、米国特許第５，７３９，２７７号に記載されているように、サルベージレセプター結合エピトープを抗体（特に抗体フラグメント）に組み込んでもよい。本明細書中で使用される「サルベージレセプター結合エピトープ」と言う用語は、ＩｇＧ分子のインビボ血清半減期の増大を担う、ＩｇＧ分子（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４）のＦｃ領域のエピトープを指す。
新生児Ｆｃレセプター（ＦｃＲｎ）との結合性が改善し、半減期が増大した抗体は、ＷＯ００／４２０７２（Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ．）およびＵＳ２００５／００１４９３４Ａ１（Ｈｉｎｔｏｎら、）に記載されている。これらの抗体は、その中にＦｃ領域とＦｃＲｎとの結合性を改善する１つ以上の置換を有するＦｃ領域を含む。例えば、Ｆｃ領域は位置２３８、２５０、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１４、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４、４２８または４３４のうち１つ以上に置換を有し得る（残基のＥｕナンバリング）。ＦｃＲｎとの改善した結合性を有する好ましいＦｃ領域含有抗体改変体は、そのＦｃ領域の位置３０７、３８０、および４３４のうち一つ、二つ、または三つにアミノ酸置換を含む（残基のＥｕナンバリング）。
三つ以上（好ましくは四つ）の機能的抗原結合部位を有する加工された抗体も考えられている（米国特許出願公開第２００２／０００４５８７号Ａ１、Ｍｉｌｌｅｒら）。
抗体のアミノ酸配列改変体をコードしている核酸分子は、当該分野で公知の様々な方法により調製される。これらの方法には、天然起源からの単離（天然に存在するアミノ酸配列改変体の場合）または初期調製改変体もしくは非改変体バージョンの抗体のオリゴヌクレオチド媒介性（もしくは部位特異的）突然変異誘発、ＰＣＲ突然変異誘発、およびカセット突然変異誘発による調製があるが、それに限定されるわけではない。
（ｖｉｉｉ）所望の性質を有する抗体についてのスクリーニング
抗体を発生させるための技術は、上に記載されている。所望の場合、特定の生物学的特性を有する抗体をさらに選択することができる。
ＨＥＲレセプターのリガンド活性化を遮断する抗体を同定するために、その抗体が、（例えば、別のＨＥＲレセプターとコンジュゲートして、それと共に目的のＨＥＲレセプターがＨＥＲヘテロオリゴマーを形成する）ＨＥＲレセプターを発現している細胞へのＨＥＲリガンドの結合を遮断する能力を決定することができる。例えば、ＨＥＲヘテロオリゴマーのＨＥＲレセプターを自然発現しているか、またはそれを発現するようにトランスフェクションされた細胞を、その抗体と共にインキュベーションして、次に標識したＨＥＲリガンドに曝露してもよい。その抗体が、ＨＥＲヘテロオリゴマー中のＨＥＲレセプターへのリガンドの結合を遮断する能力を、次に評価してもよい。
例えば、ＨＥＲ２抗体によるＭＣＦ７***腫瘍細胞系へのＨＲＧの結合阻害は、本質的にＷＯ０１／００２４５に記載されたように２４ウェルプレート形式での氷冷の単層ＭＣＦ７培養物を用いて行ってもよい。ＨＥＲ２モノクローナル抗体を各ウェルに加え、３０分間インキュベーションしてもよい。次いで、１２５Ｉ標識ｒＨＲＧβ１１７７−２２４（２５ｐｍ）を加え、インキュベーションを４から１６時間続けてもよい。用量反応曲線を準備してもよく、目的の抗体についてＩＣ５０値を算出してもよい。一実施形態では、ＨＥＲレセプターのリガンド活性化を遮断する抗体は、このアッセイで約５０ｎＭ以下の、より好ましくは約１０ｎＭ以下の、ＭＣＦ７細胞に対するＨＲＧ結合阻害についてのＩＣ５０を有する。抗体が、Ｆａｂフラグメントなどの抗体フラグメントである場合、このアッセイにおけるＭＣＦ７細胞に対するＨＲＧの結合阻害についてのＩＣ５０は、例えば約１００ｎＭ以下、より好ましくは５０ｎＭ以下であってもよい。
あるいは、または追加的に、抗体がＨＥＲヘテロオリゴマーに存在するＨＥＲレセプターのＨＥＲリガンド刺激性チロシンリン酸化を遮断する能力を評価してもよい。例えば、ＨＥＲレセプターを内因性に発現しているか、またはそれらを発現するようにトランスフェクションされた細胞を、抗体と共にインキュベーションし、次に、ＨＥＲリガンド依存性チロシンリン酸化活性について、抗ホスホチロシンモノクローナル抗体（場合により検出可能な標識とコンジュゲートされたもの）を用いてアッセイしてもよい。米国特許第５，７６６，８６３号に記載されているキナーゼレセプター活性化アッセイも、ＨＥＲレセプターの活性化と抗体によるその活性の遮断とを決定するために利用できる。
一実施形態では、本質的にＷＯ０１／００２４５に記載されたように、ＭＣＦ７細胞でのＨＲＧによるｐ１８０チロシンリン酸化の刺激を阻害する抗体についてスクリーニングしてもよい。例えば、ＭＣＦ７細胞を２４ウェルプレートにプレートし、ＨＥＲ２に対するモノクローナル抗体を各ウェルに加え、室温で３０分間インキュベーションし、次に最終濃度０．２ｎＭまでｒＨＲＧβ１１７７−２４４を各ウェルに加えてもよく、インキュベーションを８分間続けてもよい。培地を各ウェルから吸引し、１００μｌのＳＤＳサンプル緩衝液（５％ＳＤＳ、２５ｍＭ ＤＴＴ、および２５ｍＭトリス−ＨＣｌ、ｐＨ６．８）を加えることによって反応を停止させてもよい。各サンプル（２５μｌ）を、４〜１２％の勾配ゲル（Ｎｏｖｅｘ）で電気泳動して、次にポリビニリデンジフルオリド膜に電気泳動的に移行させてもよい。抗ホスホチロシン（１μｇ／ｍｌ）免疫ブロットを発色させて、Ｍｒ〜約１８００００での顕著な反応性バンドの強度を反射率デンシトメトリーにより定量してもよい。選択された抗体は、好ましくはこのアッセイの対照の約０〜３５％まで、ＨＲＧによるｐ１８０チロシンリン酸化刺激を有意に阻害する。反射率デンシトメトリーによって決定された、ＨＲＧによるｐ１８０チロシンリン酸化刺激を阻害することについての用量反応曲線を準備することができ、目的の抗体についてのＩＣ５０を算出してもよい。一実施形態では、ＨＥＲレセプターのリガンド活性化を遮断する抗体は、このアッセイにおいてＨＲＧによるｐ１８０チロシンリン酸化刺激を阻害することについて、約５０ｎＭ以下の、より好ましくは約１０ｎＭ以下のＩＣ５０を有する。抗体が、Ｆａｂフラグメントなどの抗体フラグメントである場合、このアッセイにおいて、ＨＲＧによるｐ１８０チロシンリン酸化刺激を阻害することについてのＩＣ５０は、例えば約１００ｎＭ以下、より好ましくは５０ｎＭ以下であってもよい。
例えば、本質的にＳｃｈａｅｆｅｒら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １５：１３８５〜１３９４（１９９７）に記載されているように、ＭＤＡ−ＭＢ−１７５細胞に及ぼす抗体の増殖阻害効果を評価してもよい。このアッセイによると、ＭＤＡ−ＭＢ−１７５細胞を、ＨＥＲ２モノクローナル抗体（１０μｇ／ｍＬ）で４日間処理して、クリスタルバイオレットで染色してもよい。ＨＥＲ２抗体とのインキュベーションにより、モノクローナル抗体２Ｃ４によって示される効果に類似した、この細胞系に及ぼす増殖阻害効果が示され得る。さらなる実施形態では、外因性ＨＲＧはこの阻害を有意に逆転しないであろう。好ましくは、この抗体は、外因性ＨＲＧの存在下および不在下の両方で、モノクローナル抗体４Ｄ５よりも高い程度（および場合によりモノクローナル抗体７Ｆ３よりも高い程度）までＭＤＡ−ＭＢ−１７５細胞の細胞増殖を阻害することができる。
一実施形態では、目的のＨＥＲ２抗体は、モノクローナル抗体４Ｄ５よりも実質的に効果的に、好ましくはモノクローナル抗体７Ｆ３よりも実質的に効果的に、ＷＯ０１／００２４５に記載された実験などの共免疫沈降実験で決定されるとおり、ＭＣＦ７細胞およびＳＫ−ＢＲ−３細胞の両方においてＨＥＲ２とＨＥＲ３とのヘレグリン依存性会合を遮断し得る。
増殖阻害性ＨＥＲ２抗体を同定するために、ＨＥＲ２を過剰発現しているガン細胞の増殖を阻害する抗体についてスクリーニングしてもよい。一実施形態では、えり抜きの増殖阻害性抗体は、細胞培養において約０．５から３０μｇ／ｍｌの抗体濃度で約２０〜１００％、好ましくは約５０〜１００％、ＳＫ−ＢＲ−３細胞の増殖を阻害し得る。このような抗体を同定するために、米国特許第５，６７７，１７１号に記載されているＳＫ−ＢＲ−３アッセイを行ってもよい。このアッセイによると、ＳＫ−ＢＲ−３細胞を、１０％ウシ胎仔血清、グルタミン、およびペニシリン−ストレプトマイシンを補充したＦ１２とＤＭＥＭ培地との１：１混合物中で増殖させる。ＳＫ−ＢＲ−３細胞を、３５ｍｍの細胞培養皿に細胞２００００個で（２ｍｌ／３５ｍｍの皿）でプレートする。皿１枚あたり０．５から３０μｇ／ｍｌのＨＥＲ２抗体を添加する。６日後に、未処理の細胞と比較した細胞数を、電子ＣＯＵＬＴＥＲ（商標）細胞計数機を用いて計数する。ＳＫ−ＢＲ−３細胞の増殖を約２０〜１００％または約５０〜１００％阻害する抗体を、増殖阻害性抗体として選択してもよい。４Ｄ５および３Ｅ８などの増殖阻害性抗体についてスクリーニングするアッセイに関しては、米国特許第５，６７７，１７１号を参照のこと。
アポトーシスを誘発する抗体を選択するために、ＢＴ４７４細胞を用いたアネキシン結合アッセイが利用できる。ＢＴ４７４細胞を培養して、前段落に考察したように皿に播種する。次に、培地を取り除き、新鮮培地単独または１０μｇ／ｍｌのモノクローナル抗体を含有する培地に交換する。３日間のインキュベーション期間の後に、単層をＰＢＳで洗浄し、トリプシン処理により剥離する。次いで細胞を遠心分離して、Ｃａ２＋結合緩衝液に再懸濁して、細胞死アッセイについて上で考察したように試験管に分取する。次いで、試験管に標識化アネキシン（例えばアネキシンＶ−ＦＴＩＣ）（１μｇ／ｍｌ）を入れる。ＦＡＣＳＣＡＮ（商標）フローサイトメーターおよびＦＡＣＳＣＯＮＶＥＲＴ（商標）ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウェア（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）を用いてサンプルを分析してもよい。対照に比べて統計的に有意なレベルのアネキシン結合を誘導する抗体を、アポトーシス誘導抗体として選択する。アネキシン結合アッセイに追加して、ＢＴ４７４細胞を用いたＤＮＡ染色アッセイが利用できる。このアッセイを行うために、前の２つの段落に記載したように目的の抗体で処理したＢＴ４７４細胞を、３７℃で２時間、９μｇ／ｍｌのＨＯＥＣＨＳＴ３３３４２（商標）と共にインキュベーションし、次いで、ＥＰＩＣＳ ＥＬＩＴＥ（商標）フローサイトメーター（Ｃｏｕｌｔｅｒ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）でＭＯＤＦＩＴ ＬＴ（商標）ソフトウェア（Ｖｅｒｉｔｙ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｈｏｕｓｅ）を用いて分析する。このアッセイを用いて、未処理細胞（最大１００％のアポトーシス細胞）よりも２倍以上（好ましくは３倍以上）というアポトーシス細胞率の変化を誘導する抗体を、アポトーシス促進性抗体として選択してもよい。７Ｃ２および７Ｆ３などの、アポトーシスを誘導する抗体についてスクリーニングするためのアッセイに関してはＷＯ９８／１７７９７を参照のこと。
目的の抗体によって結合されるＨＥＲ２上のエピトープに結合する抗体についてスクリーニングするために、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，編集ＨａｒｌｏｗおよびＤａｖｉｄ Ｌａｎｅ（１９８８）に記載されているような日常的な交差遮断アッセイを行って、その抗体が２Ｃ４またはペルツズマブなどの抗体がＨＥＲ２に結合するのを交差遮断するかどうかを評価してもよい。あるいは、または追加的に、当該分野で公知の方法によって、エピトープマッピングを行ってもよく、かつ／または抗体−ＨＥＲ２構造を研究して（Ｆｒａｎｋｌｉｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ５：３１７〜３２８（２００４））ＨＥＲ２のどのドメイン（単数または複数）がその抗体によって結合されるかを知ることもできる。
（ｉｘ）ペルツズマブ組成物
ＨＥＲ２抗体組成物の一実施形態では、その組成物は主要種ペルツズマブ抗体とその１つ以上の改変体との混合物を含む。本明細書におけるペルツズマブ主要種抗体の好ましい実施形態は、配列番号３および４の可変軽鎖および可変重鎖アミノ酸配列を含む抗体であり、最も好ましくは配列番号１３および１７より選択される軽鎖アミノ酸配列と、配列番号１４および１８より選択される重鎖アミノ酸配列（これらの配列の脱アミド化および／または酸化改変体を含む）とを含む抗体である。一実施形態では、この組成物は主要種ペルツズマブ抗体と、アミノ末端リーダー伸長を含むそのアミノ酸配列改変体との混合物を含む。好ましくは、アミノ末端リーダー伸長は抗体改変体の軽鎖上（例えば抗体改変体の１本または２本の軽鎖上）に存在する。主要種ＨＥＲ２抗体または抗体改変体は、全長抗体または抗体フラグメント（例えばＦ（ａｂ’）２フラグメントのＦａｂ）であってもよいが、好ましくは両方が全長抗体である。本明細書における抗体改変体は、その任意の１つ以上の重鎖または軽鎖上にアミノ末端リーダー伸長を含んでもよい。好ましくは、アミノ末端リーダー伸長は、抗体の１本または２本の軽鎖上に存在する。アミノ末端リーダー伸長は、好ましくはＶＨＳ−を含むか、またはそれからなる。非限定的にＮ末端配列解析、電荷不均一性についてのアッセイ（例えば陽イオン交換クロマトグラフィーまたはキャピラリーゾーン電気泳動）、質量分析などを含む様々な分析技術によって、組成物中のアミノ末端リーダー伸長の存在を検出してもよい。組成物中の抗体改変体の量は、一般的にその改変体を検出するために用いられる任意のアッセイ（好ましくはＮ末端配列解析）の検出限界を構成する量から、主要種抗体の量未満の量までの範囲である。一般的に、組成物中の抗体分子の約２０％以下（例えば約１％から約１５％、例えば５％から約１５％）が、アミノ末端リーダー伸長を含む。そのようなパーセント量は、好ましくは定量的Ｎ末端配列解析または陽イオン交換分析を使用して（好ましくは、ＰＲＯＰＡＣ ＷＣＸ−１０（商標）陽イオン交換カラムなどの高分解能弱陽イオン交換カラムを用いて）決定される。アミノ末端リーダー伸長改変体の他に、主要種抗体および／または改変体のさらなるアミノ酸配列の変更が考えられており、それらには一つまたは両方の重鎖にＣ末端リシン残基を含む抗体、脱アミド化抗体改変体などが非限定的に含まれる。
さらに、主要種抗体または改変体は、さらにグリコシル化変異を含んでもよく、その非限定的な例としては、Ｆｃ領域に付着したＧ１もしくはＧ２オリゴ糖構造を含む抗体、軽鎖に付着した糖質部分（例えば、抗体の１本もしくは２本の軽鎖に付着した、例えば１つ以上のリシン残基に付着したグルコースもしくはガラクトースなどの一つもしくは二つの糖質部分）を含む抗体、１本もしくは２本の非グリコシル化重鎖を含む抗体、または１本もしくは２本の重鎖に付着したシアリデート化（ｓｉａｌｉｄａｔｅｄ）オリゴ糖を含む抗体などが挙げられる。
この組成物は、遺伝子操作された細胞株、例えばＨＥＲ２抗体を発現しているチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞株から回収してもよく、またペプチド合成により調製してもよい。
（ｘ）免疫コンジュゲート
本発明はまた、化学療法剤、毒素（例えば、細菌、真菌、植物または動物起源の低分子毒素または酵素活性毒素であって、そのフラグメントおよび／または改変体を含む）、または放射性同位体（すなわち放射性コンジュゲート）などの細胞毒性剤にコンジュゲートした抗体を含む免疫コンジュゲートにも関する。
このような免疫コンジュゲートの発生に有用な化学療法剤は上に記載されている。抗体と、カリケアマイシン、メイタンシン（ｍａｙｔａｓｉｎｅ）（米国特許第５，２０８，０２０号）、トリコテン（ｔｒｉｃｈｏｔｈｅｎｅ）、およびＣＣ１０６５などの１つ以上の低分子毒素とのコンジュゲートも本明細書において考えられている。
本発明の好ましい一実施形態では、抗体は、１つ以上のメイタンシン分子（例えば、抗体１分子あたり約１から約１０個のメイタンシン分子）とコンジュゲートしている。メイタンシンを、例えばＭａｙ−ＳＳ−Ｍｅに変換してもよく、それをＭａｙ−ＳＨ３に還元して改変抗体と反応させ（Ｃｈａｒｉら、，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５２：１２７〜１３１（１９９２））、メイタンシノイド−抗体免疫コンジュゲートを生成してもよい。
目的の別の免疫コンジュゲートは、１つ以上のカリケアマイシン分子とコンジュゲートされた抗体を含む。カリケアマイシンファミリーの抗生物質は、ピコモル未満の濃度で、２本鎖ＤＮＡ切断を産生してもよい。用いられ得るカリケアマイシンの構造アナログとしては、限定はしないが、γ１ Ｉ、α２ Ｉ、α３ Ｉ、Ｎ−アセチル−γ１ Ｉ、ＰＳＡＧ、およびθＩ １（Ｈｉｎｍａｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５３：３３３６〜３３４２（１９９３）およびＬｏｄｅら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５８：２９２５〜２９２８（１９９８））が挙げられる。参照により本明細書に明確に組み入れられる米国特許第５，７１４，５８６号；第５，７１２，３７４号；第５，２６４，５８６号；および第５，７７３，００１号も参照のこと。
用いることができる酵素活性毒素およびそのフラグメントとしては、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合性活性フラグメント、外毒素Ａ鎖（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデシン（ｍｏｄｅｃｃｉｎ）Ａ鎖、α−サルシン（ｓａｒｃｉｎ）、Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ ｆｏｒｄｉｉのタンパク質、ジアンチン（ｄｉａｎｔｈｉｎ）タンパク質、Ｐｈｙｔｏｌａｃａ ａｍｅｒｉｃａｎａタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、およびＰＡＰ−Ｓ）、ｍｏｍｏｒｄｉｃａ ｃｈａｒａｎｔｉａインヒビター、クルシン、クロチン、サパオナリア・オフィシナリス（ｓａｐａｏｎａｒｉａ ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓ）インヒビター、ゲロニン、マイトゲリン（ｍｉｔｏｇｅｌｌｉｎ）、レストリクトシン（ｒｅｓｔｒｉｃｔｏｃｉｎ）、フェノマイシン（ｐｈｅｎｏｍｙｃｉｎ）、エノマイシン（ｅｎｏｍｙｃｉｎ）、およびトリコテセンが挙げられる。例えば、１９９３年１０月２８日に公開されたＷＯ９３／２１２３２を参照のこと。
本発明はさらに、抗体と核分解活性を有する化合物（例えば、リボヌクレアーゼまたはＤＮＡエンドヌクレアーゼ、例えば、デオキシリボヌクレアーゼ；ＤＮａｓｅ）との間に形成される免疫コンジュゲートを考慮する。
放射性コンジュゲートしたＨＥＲ２抗体の産生に種々の放射性同位体を利用してもよい。例としては、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、およびＬｕの放射性同位体が挙げられる。
抗体と細胞毒性剤とのコンジュゲートを、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオール）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（ジメチルアジポイミデートＨＣＬなど）、活性エステル（スベリン酸ジスクシンイミジルなど）、アルデヒド（グルタルアルデヒドなど）、ビス−アジド化合物（ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミンなど）、ビス−ジアゾニウム誘導体（ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミンなど）、ジイソシアネート（トリエン（ｔｏｌｙｅｎｅ）−２，６−ジイソシアネートなど）、および二活性フッ素化合物（１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼンなど）のような多様な二官能性タンパク質カップリング剤を用いて作成してもよい。例えば、Ｖｉｔｅｔｔａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３８：１０９８（１９８７）に記載されているように、リシン免疫毒素を調製してもよい。炭素１４標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、抗体に対する放射性ヌクレオチドのコンジュゲーションのための例示的なキレート剤である。ＷＯ９４／１１０２６を参照のこと。リンカーは、細胞内で細胞毒性剤物の放出を容易にする「切断可能なリンカー」であり得る。例えば、酸に不安定なリンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、ジメチルリンカー、またはジスルフィド含有リンカー（Ｃｈａｒｉら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５２：１２７−１３１（１９９２））を用いてもよい。
あるいは、抗体および細胞毒性剤を含む融合タンパク質を、例えば組み換え技術またはペプチド合成によって作成してもよい。
その他の免疫コンジュゲートが本明細書において考えられている。例えば、種々の非タンパク質性ポリマー、例えばポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、ポリオキシアルキレン、またはポリエチレングリコールとポリプロピレングリコールとのコポリマーのうちの一つに抗体を連結してもよい。例えばコアセルベーション技術もしくは界面重合によって調製されたマイクロカプセル（例えば、それぞれヒドロキシメチルセルロースマイクロカプセルもしくはゼラチンマイクロカプセル、およびポリメタクリル酸メチルマイクロカプセル）に、コロイド状薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミンマイクロスフェア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子、およびナノカプセル）に、またはマクロエマルジョンに、抗体を捕捉してもよい。このような技術は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，第１６版，Ｏｓｌｏ，Ａ．，編集，（１９８０）に開示されている。
本明細書において開示された抗体を、免疫リポソームとして処方してもよい。抗体を含有するリポソームは、Ｅｐｓｔｅｉｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８２：３６８８（１９８５）；Ｈｗａｎｇら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７７：４０３０（１９８０）；米国特許第４，４８５，０４５号および第４，５４４，５４５号；ならびに１９９７年１０月２３日に公開されたＷＯ９７／３８７３１に記載されているように、当該分野において公知の方法により調製される。循環時間が高まったリポソームは、米国特許第５，０１３，５５６号に開示されている。
特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロール、およびＰＥＧ−誘導体化ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ−ＰＥ）を含む脂質組成物を用いた逆相蒸発法によって発生させてもよい。所定の孔径のフィルターを通してリポソームを押出して、所望の直径を有するリポソームが得られる。本発明の抗体のＦａｂ’フラグメントを、ジスルフィド交換反応を介して、Ｍａｒｔｉｎら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５７：２８６〜２８８（１９８２）に記載されているようにリポソームにコンジュゲートしてもよい。化学療法剤は必要に応じてリポソーム内に包含される。Ｇａｂｉｚｏｎら、Ｊ．Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．８１（１９）１４８４（１９８９）を参照のこと。
ＩＩＩ．診断方法
第一の局面では、本発明は、ＨＥＲインヒビター、またはＨＥＲ二量体化インヒビター（例えば、ペルツズマブ）に対して応答し得るタイプのガン（例えば、卵巣癌）を有する患者に対する治療を選択するための方法を提供し、この方法は、この患者由来のガンのサンプル中のＨＥＲ３発現を決定する工程と、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも低いレベルでこのガンのサンプルがＨＥＲ３を発現する場合、および／またはこのガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルを超える値（またはメジアンレベルよりも大きい）値でこのガンのサンプルがＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する場合、ＨＥＲインヒビターまたはＨＥＲ二量体化インヒビターを治療として選択する工程とを包含する。
第二の局面では、本発明は、化学療法剤に対して応答し得るタイプのガン（例えば、卵巣癌）を有する患者に対する治療を選択するための方法を提供し、この方法は、この患者由来のガンのサンプル中のＨＥＲ３発現を決定する工程と、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルを超えるレベルでこのガンのサンプルがＨＥＲ３を発現する場合、化学療法剤（例えば、ゲムシタビン）を治療として選択する工程とを包含する。
メジアンレベルまたはパーセンタイルの発現値は、ＨＥＲ３発現（またはＨＥＲ２およびＨＥＲ３発現）と本質的に同時に決定されてもよいし、または事前に決定されていてもよい。
下に記載される治療方法の前に、患者のガンにおける、ＨＥＲ３発現値（単数または複数）、および必要に応じて、ＨＥＲ２発現値（単数または複数）を評価する。一般に生物学的サンプルは、治療の必要な患者から得て、このサンプルを１つ以上の診断アッセイ（単数または複数）、通常は少なくとも１つのインビトロ診断（ＩＶＤ）アッセイに供する。しかし、ＨＥＲ３および／またはＨＥＲ２の発現を評価する他の形態、例えば、インビボの診断が本明細書に明らかに考慮される。この生物学的サンプルは通常は、腫瘍サンプルであって、好ましくは、卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、転移性乳癌（ＭＢＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、前立腺癌、または結腸直腸癌由来の腫瘍サンプルである。
本明細書における生物学的サンプルは、固定サンプル、例えばホルマリン固定、パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）サンプル、または凍結サンプルであってもよい。
ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現を決定するための様々な方法としては、限定はしないが、遺伝子発現プロファイリング、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を含むポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、マイクロアレイ解析、連続遺伝子発現解析（ＳＡＧＥ），ＭａｓｓＡＲＲＡＹ、超並列シグネチャー配列解析（ｍａｓｓｉｖｅｌｙ ｐａｒａｌｌｅｌ ｓｉｇｎａｔｕｒｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）（ＭＰＳＳ）による遺伝子発現解析、プロテオミクス、免疫組織化学（ＩＨＣ）などが挙げられる。好ましくはｍＲＮＡが定量される。このようなｍＲＮＡの分析は、好ましくはポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）の技術を用いて、またはマイクロアレイ解析により行われる。ＰＣＲが採用される場合、好ましい形態のＰＣＲは定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である。好ましいｑＲＴ−ＰＣＲアッセイは、下の実施例１に記載されるとおりのアッセイである。
ＲＮＡの供給源として、固定されたパラフィン包埋組織を用いて遺伝子発現をプロファイリングするための代表的なプロトコールの工程（ｍＲＮＡ単離、精製、プライマー伸長および増幅を含む）は、様々な公開された学術論文（例えば、Ｇｏｄｆｒｅｙら、Ｊ．Ｍｏｌｅｃ．Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ ２：８４〜９１（２０００）；Ｓｐｅｃｈｔら、Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．１５８：４１９〜２９（２００１））に示されている。要するに、代表的なプロセスは、パラフィン包埋腫瘍組織サンプルの約１０μｇ厚の切片を切り出すことに始まる。次に、ＲＮＡを抽出し、タンパク質およびＤＮＡを除去する。ＲＮＡ濃度を分析した後に、ＲＮＡの修復および／または増幅工程を必要ならば含んでもよく、ＲＮＡを遺伝子特異的プロモーターを用いて逆転写して続いてＰＣＲする。最後に、データを分析して、試験された腫瘍サンプル中で特定された特徴的な遺伝子発現パターンの基礎に対して、患者に利用可能な最適の処置の選択肢（単数または複数）を特定する。
遺伝子発現を決定するための様々な例示的な方法をこれからさらに詳細に記載する。
（ｉ）遺伝子発現プロファイリング
一般に、遺伝子発現プロファイリングの方法は、二つの大きな群：すなわちポリヌクレオチドのハイブリダイゼーション分析に基づく方法およびポリヌクレオチドの配列解析に基づく方法に分けることができる。サンプル中のｍＲＮＡ発現を定量するための当該分野で公知の最も一般的に用いられる方法としては、ノーザンブロットおよびインサイチュ・ハイブリダイゼーション（Ｐａｒｋｅｒ ＆ Ｂａｒｎｅｓ， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １０６：２４７〜２８３（１９９９））；ＲＮＡｓｅ保護アッセイ（Ｈｏｄ， Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １３：８５２〜８５４（１９９２））；およびポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（Ｗｅｉｓら、Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ８：２６３〜２６４（１９９２））が挙げられる。あるいは、ＤＮＡ二重鎖、ＲＮＡ二重鎖、およびＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド二重鎖またはＤＮＡ−タンパク質二重鎖を含めた特異的な二重鎖を認識することができる抗体を使用してもよい。配列解析に基づく遺伝子発現解析のための代表的な方法としては、連続遺伝子発現解析（ＳＡＧＥ）および超並列シグネチャー配列解析（ｍａｓｓｉｖｅｌｙ ｐａｒａｌｌｅｌ ｓｉｇｎａｔｕｒｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）（ＭＰＳＳ）による遺伝子発現解析が挙げられる。
（ｉｉ）ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）
上に挙げた技法のうち、高感度で柔軟な定量法はＰＣＲであり、ＰＣＲを用いて、異なるサンプル集団中の、正常組織および腫瘍組織中の、薬物処置の有無での、ｍＲＮＡレベルを比較して、遺伝子発現パターンを特徴付け、密接に関係するｍＲＮＡの間を識別し、ＲＮＡの構造を分析することができる。
第１の工程は、標的のサンプルからのｍＲＮＡ単離である。出発物質は、代表的にはヒト腫瘍または腫瘍細胞株、およびそれぞれ対応する正常組織または正常細胞株から単離された総ＲＮＡである。従って、***、肺、結腸、前立腺、脳、肝臓、腎臓、膵臓、脾臓、胸腺、精巣、卵巣、子宮などの腫瘍または腫瘍細胞株を含む多様な原発性腫瘍からＲＮＡを、健常なドナー由来のプールされたＤＮＡとともに単離することができる。ｍＲＮＡの供給源が原発性腫瘍である場合、例えば凍結組織サンプルから、または保存用パラフィン包埋、および固定（例えばホルマリン固定）された組織サンプルからｍＲＮＡを抽出することができる。ｍＲＮＡ抽出のための一般法は当該分野で周知であり、Ａｕｓｕｂｅｌら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ（１９９７）を含めた分子生物学の標準的な教科書に開示されている。パラフィン包埋組織からのＲＮＡ抽出方法は、例えばＲｕｐｐおよびＬｏｃｋｅｒ，Ｌａｂ Ｉｎｖｅｓｔ．５６：Ａ６７（１９８７）およびＤｅ Ａｎｄｒｅｓら、ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １８：４２０４４（１９９５）に開示されている。特に、精製キット、緩衝液セット、およびＱｉａｇｅｎなどの商業製造業者からのプロテアーゼを用いて、製造業者の説明書どおりにＲＮＡの単離を行うことができる。例えば、Ｑｉａｇｅｎ ＲＮｅａｓｙミニカラムを用いて培養細胞由来の総ＲＮＡを単離することができる。その他の市販されているＲＮＡ単離キットとしては、ＭＡＳＴＥＲＰＵＲＥ（登録商標）Ｃｏｍｐｌｅｔｅ ＤＮＡ ａｎｄ ＲＮＡ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（ＥＰＩＣＥＮＴＲＥ（登録商標），Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）およびＰａｒａｆｆｉｎ Ｂｌｏｃｋ ＲＮＡ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ａｍｂｉｏｎ，Ｉｎｃ．）が挙げられる。ＲＮＡ Ｓｔａｔ−６０（Ｔｅｌ−Ｔｅｓｔ）を用いて組織サンプル由来の総ＲＮＡを単離してもよい。例えば塩化セシウム密度勾配遠心分離により、腫瘍から調製されたＲＮＡを単離してもよい。
ＲＮＡはＰＣＲ用のテンプレートとして役立つことができないので、ＰＣＲによる遺伝子発現プロファイリングの第１段階は、ＲＮＡテンプレートのｃＤＮＡへの逆転写に続くＰＣＲ反応でのそれの対数増幅である。二つの最も一般的に使用される逆転写酵素は、トリ骨髄芽球症ウイルス逆転写酵素（ＡＭＶ−ＲＴ）およびモロニーマウス白血病ウイルス逆転写酵素（ＭＭＬＶ−ＲＴ）である。逆転写段階は、代表的には発現プロファイリングの状況および目標に応じて特異的プライマー、ランダムヘキサマー、またはオリゴ−ｄＴプライマーを用いてプライミングされる。例えば、ＧＥＮＥＡＭＰ（商標）ＲＮＡ ＰＣＲキット（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ，Ｃａｌｉｆ．，ＵＳＡ）を製造業者の説明書に従って用いて、抽出されたＲＮＡを逆転写してもよい。次いで、得られたｃＤＮＡを、その後のＰＣＲ反応でテンプレートとして用いてもよい。ＰＣＲ工程は多様な熱安定性ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼを用いてもよいが、ＰＣＲ工程は、代表的には５’−３’ヌクレアーゼ活性を有するが３’−５’校正（プルーフリーディング）エンドヌクレアーゼ活性を欠如するＴａｑ ＤＮＡポリメラーゼを使用する。したがって、ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）ＰＣＲは代表的には、標的のアンプリコンに結合したハイブリダイゼーションプローブを加水分解するためにＴａｑポリメラーゼまたはＴｔｈポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性を利用するが、同等の５’ヌクレアーゼ活性を有する任意の酵素を用いることができる。二つのオリゴヌクレオチドプライマーを用いて、ＰＣＲ反応に代表的なアンプリコンが作成される。第３のオリゴヌクレオチドまたはプローブを設計して、二つのＰＣＲプライマーの間に位置するヌクレオチド配列を検出する。そのプローブはＴａｑ ＤＮＡポリメラーゼ酵素により伸長することができず、レポーター蛍光色素および消光剤蛍光色素で標識される。レポーター色素からの任意のレーザ誘導性の発光は、その二つの色素がプローブ上にあるため一緒に密接して位置する場合、消光色素により消光される。増幅反応の間に、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ酵素はテンプレート依存性の方式でプローブを開裂する。結果として生じるプローブのフラグメントは溶液中で解離し、放出されたレポーター色素からのシグナルは第２の発蛍光団の消光作用を免れる。合成された新しい分子毎に１分子のレポーター色素が遊離され、未消光のレポーター色素の検出はデータの定量的判断の基礎を提供する。
例えばＡＢＩ ＰＲＩＳＭ７７００（登録商標）Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（登録商標）（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆ．，ＵＳＡ）、またはＬｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ（Ｒｏｃｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）などの市販されている装置を用いてＴＡＱＭＡＮ（登録商標）ＰＣＲを行ってもよい。好ましい実施形態では、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ７７００（登録商標）Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍなどのリアルタイム定量的ＰＣＲデバイスで５’ヌクレアーゼ手順を実行する。このシステムは、サーモサイクラー、レーザ、電荷結合素子（ＣＣＤ）、カメラ、およびコンピューターからなる。このシステムは、サーモサイクラー上で、９６ウェル形式でサンプルを増幅する。増幅の間に、全９６ウェルについて、光ファイバーケーブルを通してレーザ誘導性蛍光シグナルをリアルタイムで収集し、ＣＣＤで検出する。このシステムは、機器の運転およびデータ解析のためのソフトウェアを備える。
５’ヌクレアーゼアッセイのデータは最初Ｃｔ、すなわち閾値サイクルとして表現する。上で考察したように、各サイクルの間に蛍光値を記録し、その値は、増幅反応でその点までに増幅された産物の量を表す。蛍光シグナルが統計的に有意であるとして最初に記録された点が閾値サイクル（Ｃｔ）である。
サンプル間変動の誤差および影響を最小にするために、ＰＣＲは通常、内部標準を用いて行われる。理想的な内部標準は種々の組織の間で一定レベル発現され、かつ実験の処理に影響されない。遺伝子発現パターンを規準化するために最も頻繁に使用されるＲＮＡは、ハウスキーピング遺伝子であるグリセルアルデヒド−３−リン酸−デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）およびＰ−アクチンについてのｍＲＮＡである。
ＰＣＲ技法のさらに新しい変形は、定量リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）であり、これは、二重標識された蛍光発生プローブ（すなわち、ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）プローブ）によりＰＣＲ産物の蓄積を測定する。リアルタイムＰＣＲは、各ターゲット配列についての内部競合物を規準化のために用いる定量競合ＰＣＲと、サンプル中に含有される基準化遺伝子またはハウスキーピング遺伝子をＰＣＲのために用いる定量比較ＰＣＲ（ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ＰＣＲ）との両方に適合性である。さらなる詳細については、例えばＨｅｌｄら、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ６：９８６〜９９４（１９９６）を参照のこと。
ＲＮＡの供給源として固定パラフィン包埋組織を用いて遺伝子発現をプロファイリングするための代表的なプロトコールの工程（ｍＲＮＡの単離、精製、プライマー伸長、および増幅を含む）は、公表された様々な学術論文（例えばＧｏｄｆｒｅｙら、Ｊ．Ｍｏｌｅｃ．Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ ２：８４〜９１（２０００）；Ｓｐｅｃｈｔら、Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．１５８：４１９〜２９（２００１））に示されている。要するに、代表的なプロセスは、パラフィン包埋腫瘍組織サンプルの約１０μｇ厚の切片を切り出すことに始まる。次に、ＲＮＡを抽出し、タンパク質およびＤＮＡを除去する。ＲＮＡ濃度を分析した後に、ＲＮＡの修復および／または増幅工程を必要ならば含んでもよく、遺伝子特異的プロモータを用いてＲＮＡを逆転写し、続いてＰＣＲを行う。
本発明の一局面によれば、ＰＣＲプライマーおよびＰＣＲプローブは、増幅されるべき遺伝子中に存在するイントロン配列に基づいて設計される。この実施形態では、プライマー／プローブ設計の第１の工程は、遺伝子内のイントロン配列の描写である。これは、Ｋｅｎｔ，Ｗ．，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１２（４）：６５６〜６４（２００２）により開発されたＤＮＡ ＢＬＡＴソフトウェアなどの公的に入手できるソフトウェアまたはＢＬＡＳＴソフトウェア（その変形を含む）によって行ってもよい。続く工程は、ＰＣＲプライマーおよびＰＣＲプローブ設計の確立した方法に従う。
非特異的シグナルを避けるために、プライマーおよびプローブを設計する場合にイントロン内の繰り返し配列をマスクすることが重要である。これは、Ｂａｙｌｏｒ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅからオンラインで入手できるＲｅｐｅａｔ Ｍａｓｋｅｒプログラムを用いることによって容易に実現することができる。このプログラムは、ＤＮＡ配列を繰り返しエレメントのライブラリーに対してスクリーニングし、繰り返しエレメントがマスクされた問合せ配列を返すものである。次に、マスクされたイントロン配列を用いて、Ｐｒｉｍｅｒ Ｅｘｐｒｅｓｓ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）；ＭＧＢ計画的アッセイ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）；Ｐｒｉｍｅｒ３（Ｒｏｚｅｎ ａｎｄ Ｓｋａｌｅｔｓｋｙ（２０００） Ｐｒｉｍｅｒ３ ｏｎ ｔｈｅ ＷＷＷ ｆｏｒ ｇｅｎｅｒａｌ ｕｓｅｒｓ ａｎｄ ｆｏｒ ｂｉｏｌｏｇｉｓｔ ｐｒｏｇｒａｍｍｅｒｓ．Ｉｎ：Ｋｒａｗｅｔｚ Ｓ，Ｍｉｓｅｎｅｒ Ｓ（編集）Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ．，３６５〜３８６頁）などの任意の市販またはさもなければ公的に入手できるプライマー／プローブ設計パッケージを用いてプライマーおよびプローブの配列を設計してもよい。
ＰＣＲプライマーの設計に考慮される要因としては、プライマー長、融解温度（Ｔｍ）、Ｇ／Ｃ含量、特異性、相補的プライマー配列、および３’末端配列が挙げられる。一般に、最適なＰＣＲプライマーは一般的に１７〜３０塩基長であり、約２０〜８０％の、例えば約５０〜６０％などのＧ＋Ｃ塩基を有する。５０〜８０℃、例えば約５０〜７０℃のＴｍが代表的には好ましい。
ＰＣＲのプライマーおよびプローブの設計のためのさらなるガイドラインについては、例えばＤｉｅｆｆｅｎｂａｃｈら、「Ｇｅｎｅｒａｌ Ｃｏｎｃｅｐｔｓ ｆｏｒ ＰＣＲ Ｐｒｉｍｅｒ Ｄｅｓｉｇｎ」ＰＣＲ Ｐｒｉｍｅｒ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９５，ｐｐ．１３３〜１５５；Ｉｎｎｉｓ ａｎｄ Ｇｅｌｆａｎｄ，「Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＰＣＲｓ」ｉｎ ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ，１９９４，ｐｐ．５−１１；およびＰｌａｓｔｅｒｅｒ，Ｔ．Ｎ．Ｐｒｉｍｅｒｓｅｌｅｃｔ：Ｐｒｉｍｅｒ ａｎｄ ｐｒｏｂｅ ｄｅｓｉｇｎ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．７０：５２０〜５２７（１９９７）（これらの開示全体が、参照により本明細書に明示的に援用される）を参照のこと。
好ましい条件、プライマー、プローブおよび内部の参照（Ｇ６ＰＤＨ）は下の実施例１に記載のとおりである。
（ｉｉｉ）マイクロアレイ
遺伝子発現の差はまた、マイクロアレイ技法を用いて同定しても、または確認してもよい。このように、マイクロアレイ技術を用いて新鮮腫瘍組織またはパラフィン包埋腫瘍組織のいずれかでの乳ガン関連遺伝子の発現プロファイルを測定し得る。この方法では、目的の（ｃＤＮＡおよびオリゴヌクレオチドを含む）ポリヌクレオチド配列をマイクロチップ基板上にプレートするか、または配列する。次に、アレイを形成した配列を、目的の細胞または組織由来の特異的ＤＮＡプローブとハイブリダイズさせる。ちょうどＰＣＲ法と同じように、ｍＲＮＡの供給源は、代表的にはヒト腫瘍または腫瘍細胞株と、対応する正常組織または正常細胞株とから単離された総ＲＮＡである。このようにＲＮＡは多様な原発腫瘍または腫瘍細胞株から単離し得る。ｍＲＮＡの供給源が原発腫瘍ならば、例えば凍結組織サンプルまたは保存用パラフィン包埋固定（例えばホルマリン固定）組織サンプルからｍＲＮＡを抽出してもよい。それらの組織サンプルは、毎日の臨床診療で日常的に調製および保存される。
マイクロアレイ技術の特定の実施形態では、ｃＤＮＡクローンのＰＣＲ増幅された挿入部を基板に密なアレイ状に適用する。好ましくは、少なくとも１０，０００ヌクレオチド配列をその基板に適用する。各１００００エレメントでマイクロチップ上に固定化された、マイクロアレイを形成した遺伝子は、ストリンジェントな条件でのハイブリダイゼーションに適する。蛍光標識されたｃＤＮＡプローブは、目的の組織から抽出されたＲＮＡの逆転写による蛍光ヌクレオチドの組み込みにより作成してもよい。チップに適用された標識されたｃＤＮＡプローブは、そのアレイ上のＤＮＡの各スポットに特異的にハイブリダイズする。ストリンジェントな洗浄を行って非特異的に結合したプローブを除去した後で、共焦点レーザ顕微鏡またはＣＣＤカメラなどの別の検出方法によりチップをスキャンする。アレイを形成した各エレメントのハイブリダイゼーションの定量によって、対応するｍＲＮＡの存在量の評価が可能になる。二色蛍光を用いて、二つのＲＮＡの供給源から作成された別々に標識されたｃＤＮＡプローブをそのアレイに二つ一組でハイブリダイズさせる。従って、各特異的遺伝子に対応する、二つの供給源からの転写体の相対存在量が同時に決定される。小規模化されたハイブリダイゼーションによって多数の遺伝子についての発現パターンの便利でかつ迅速な評価が得られる。このような方法は、細胞あたり少数のコピーで発現しているまれな転写体を検出するのに要求される感度を有し、かつ発現レベルの少なくとも約２倍の差を再現性をもって検出することが示されている（Ｓｃｈｅｎａら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３（２）：１０６〜１４９（１９９６））。市販されている装置により、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧＥＮＣＨＩＰ（商標）技術またはＩｎｃｙｔｅマイクロアレイ技術を例えば用いて、製造業者のプロトコールに従ってマイクロアレイ解析を行うことができる。
遺伝子発現の大規模分析のためのマイクロアレイ法の開発によって、多様な腫瘍型でのガン分類および転帰予測の分子マーカーを系統的に検索することが可能になる。
（ｉｖ）連続遺伝子発現解析（ＳＡＧＥ）
連続遺伝子発現解析（ＳＡＧＥ）とは、各転写体について個別のハイブリダイゼーションプローブを提供する必要なしに、多数の遺伝子転写体の同時定量解析を可能にする方法である。最初に、転写体を独自に同定するのに十分な情報を有する短い配列タグ（約１０〜１４ｂｐ）を作成し、ただし、そのタグは各転写体内の独自の位置から得る。次に、多数の転写体を一緒に連結させて長い連続分子を形成させ、その連続分子を配列解析して多数のタグの独自性を同時に明らかにし得る。個別のタグの存在量を決定すること、および各タグに対応する遺伝子を同定することによって、任意の転写体集団の発現パターンを定量的に評価することができる。さらなる詳細については、例えばＶｅｌｃｕｌｅｓｃｕら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７０：４８４〜４８７（１９９５）；およびＶｅｌｃｕｌｅｓｃｕら、Ｃｅｌｌ ８８：２４３〜５１（１９９７）を参照のこと。
（ｖ）ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術
ＭａｓｓＡＲＲＡＹ（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）技術は、検出のために質量分析（ＭＳ）を用いる遺伝子発現解析の自動化された高スループットの方法である。この方法によれば、ＲＮＡの単離、逆転写、およびＰＣＲ増幅後にｃＤＮＡがプライマー伸長に供される。ｃＤＮＡから得られたプライマー伸長産物を精製し、ＭＡＬＴＩ−ＴＯＦ ＭＳ用サンプルの調製に必要な構成要素を予めロードされているチップアレイ上に分配する。得られた質量スペクトルでのピーク面積を分析することにより、反応物に存在する様々なｃＤＮＡを定量する。
（ｖｉ）超並列シグネチャー配列解析（ＭＰＳＳ）による遺伝子発現解析
Ｂｒｅｎｎｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １８：６３０〜６３４（２０００）に記載されているこの方法は、非ゲル系シグネチャー配列解析を、直径５μｇの別々のマイクロビーズ上での数百万のテンプレートのｉｎ ｖｉｔｒｏクローニングと組合せた配列解析アプローチである。最初に、ＤＮＡテンプレートのマイクロビーズライブラリーをインビトロでのクローニングにより構築する。これに続いて、フローセル中にテンプレート含有マイクロビーズの平面アレイを高密度（代表的には３×１０６マイクロビーズ／ｃｍ２を超える）でアセンブリする。ＤＮＡフラグメントの分離を要さない蛍光系シグネチャー配列解析法を用いて、各マイクロビーズ上のクローニングされたテンプレートの自由端を同時に分析する。この方法では、１回の操作で酵母ｃＤＮＡライブラリーから数十万の遺伝子シグネチャー配列を同時にかつ正確に提供することが示されている。
（ｖｉｉ）免疫組織化学
免疫組織化学法もまた、本発明の予後マーカーの発現レベルを検出するために適する。従って、各マーカーに特異的な抗体または抗血清、好ましくはポリクローナル抗血清、最も好ましくはモノクローナル抗体を用いて、発現を検出する。その抗体自体を、例えば放射性標識、蛍光標識、ビオチンなどのハプテン標識、またはホースラディッシュペルオキシダーゼもしくはアルカリホスファターゼなどの酵素で直接標識することによって、その抗体を検出してもよい。あるいは、標識されていない一次抗体を、その一次抗体に特異的な抗血清、ポリクローナル抗血清、またはモノクローナル抗体を含む標識された二次抗体と共に用いる。免疫組織化学のプロトコールおよびキットは当該分野で周知であり、市販されている。
（ｖｉｉｉ）プロテオミクス
「プロテオーム」という用語は、ある時点でサンプル（例えば組織、生物、または細胞培養物）中に存在するタンパク質全体として定義される。プロテオミクスとしては、とりわけサンプル中のタンパク質発現の全体的変化の研究が挙げられる（「発現プロテオミクス」とも称される）。プロテオミクスは、代表的には以下の工程：（１）２−Ｄゲル電気泳動（２−Ｄ ＰＡＧＥ）によるサンプル中の個別のタンパク質の分離；（２）ゲルから回収された個別のタンパク質の同定、例えば質量分析またはＮ−末端分析による；および（３）バイオインフォマティクスを用いるデータ解析を含む。プロテオミクス法は、遺伝子発現プロファイリングのその他の方法の価値ある補足物であり、単独で、またはその他の方法と組み合わせて、本発明の予後マーカーの産物を検出することができる。
（ｉｘ）ｍＲＮＡの単離、精製、および増幅の一般的な記述
固定パラフィン包埋組織をＲＮＡ起源として用いて遺伝子発現をプロファイリングするための代表的なプロトコールの工程（ｍＲＮＡ単離、精製、プライマー伸長、および増幅を含む）は、様々な公表された学術論文（例えば、Ｇｏｄｆｒｅｙら、Ｊ．Ｍｏｌｅｃ．Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ ２：８４〜９１（２０００）；Ｓｐｅｃｈｔら、Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．１５８：４１９〜２９（２００１））に示されている。要するに、代表的なプロセスは、パラフィン包埋腫瘍組織サンプルの約１０μｇ厚の切片を切り出すことに始まる。次に、ＲＮＡを抽出し、タンパク質およびＤＮＡを除去する。ＲＮＡ濃度を分析した後に、ＲＮＡの修復および／または増幅段階を必要に応じて含んでもよく、遺伝子特異的プロモータを用いてＲＮＡを逆転写し、続いてＰＣＲを行う。最後に、データを解析して、検査された腫瘍サンプルで同定された特徴的な遺伝子発現パターンに基づいて患者に利用できる最良の処置選択肢（単数または複数）を特定する。
一実施形態では、本明細書で処置される患者は、特定のレベルでＨＥＲ３を発現すること、および／または特定の値でＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現することとは別に、この患者はさらにＨＥＲ２を過剰発現しない。ＨＥＲ２過剰発現は、例えば、ＨＥＲＣＥＰＴＥＳＴ（登録商標）（Ｄａｋｏ）を用いてＩＨＣによって分析されてもよい。腫瘍生検由来のパラフィン包埋組織切片をＩＨＣアッセイに供して、以下のとおりＨＥＲ２タンパク質染色強度基準にあてはめてもよい：
スコア０ 染色が観察されないか、または腫瘍細胞の１０％未満に膜染色が観察される。スコア１＋ 腫瘍細胞の１０％超で、かすか／わずかに認知できる膜染色が検出される。これらの細胞は膜の一部だけが染色される。
スコア２＋ 腫瘍細胞の１０％超において膜全体の弱から中度の染色が観察される。
スコア３＋ 腫瘍細胞の１０％超において膜全体の中から強度の染色が観察される。
ＨＥＲ２の過剰発現評価についてスコア０または１＋を有する腫瘍を、ＨＥＲ２を過剰発現していないと特徴づけてもよく、一方、スコア２＋または３＋を有する腫瘍を、ＨＥＲ２を過剰発現していると特徴づけてもよい。
ＨＥＲ２を過剰発現している腫瘍を、細胞１個あたりに発現したＨＥＲ２分子のコピー数に対応する免疫組織化学スコアによって採点してもよく、かつ生化学的に決定してもよい：
０＝０〜１０，０００コピー／細胞、
１＋＝少なくとも約２００，０００コピー／細胞、
２＋＝少なくとも約５００，０００コピー／細胞、
３＋＝少なくとも約２，０００，０００コピー／細胞。
チロシンキナーゼのリガンド非依存的活性化を誘導する３＋レベルでのＨＥＲ２の過剰発現（Ｈｕｄｚｉａｋら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８４：７１５９〜７１６３（１９８７））は、乳ガンの約３０％に生じ、かつこれらの患者では無再発生存数および全生存数は減少する（Ｓｌａｍｏｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４４：７０７〜７１２（１９８９）；Ｓｌａｍｏｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３５：１７７〜１８２（１９８７））。あるいは、または追加的に、ＩＮＦＯＲＭ（商標）（Ｖｅｎｔａｎａ，Ａｒｉｚｏｎａが販売）またはＰＡＴＨＶＩＳＩＯＮ（商標）（Ｖｙｓｉｓ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ）などのＦＩＳＨアッセイを、ホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織に対して行って、（もしあれば）腫瘍におけるＨＥＲ２の増幅の程度を決定してもよい。
ＨＥＲ３および／またはＨＥＲ２発現はまた、インビボの診断アッセイを用いて、例えば、検出されるべき分子に結合し、かつ検出可能な標識（例えば、放射性の同位体）でタグ付けされている分子（例えば、抗体）を投与すること、およびこの標識の局在についてこの患者を外部からスキャンすることによって評価してもよい。
ＩＶ．薬学的処方物
本発明にしたがって用いられるＨＥＲインヒビター、ＨＥＲ二量体化インヒビターまたは化学療法剤の治療用処方物は、所望の純度を有する抗体と、任意の薬学的に受容可能な担体、賦形剤、または安定化剤（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ 第１６版，Ｏｓｏｌ，Ａ．編（１９８０））とを、一般に凍結乾燥製剤または水溶液の形態で混合することによって、保存用に調製される。抗体の結晶も考えられている（米国特許出願２００２／０１３６７１９参照）。許容され得る担体、賦形剤、または安定化剤は、採用される投薬量および濃度でレシピエントに対して無毒性であり、これらとしては、リン酸塩、クエン酸塩、およびその他の有機酸などの緩衝剤；アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤；保存料（オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド；ヘキサメトニウムクロリド；塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチルアルコール、もしくはベンジルアルコール；メチルパラベンもしくはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；およびｍ−クレゾールなど）；低分子量（約１０残基未満）のポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリンなどのタンパク質；ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリシンなどのアミノ酸；グルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む単糖類、二糖類、およびその他の糖質；ＥＤＴＡなどのキレート剤；スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトールなどの糖；ナトリウムなどの塩形成対イオン；金属複合体（例えば、Ｚｎ−タンパク質複合体）；ならびに／またはＴＷＥＥＮ（商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）、もしくはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などの非イオン界面活性剤が挙げられる。凍結乾燥抗体処方物は、参照により本明細書に明示的に援用されるＷＯ９７／０４８０１に記載されている。
治療用途に好ましいペルツズマブ処方物は、２０ｍＭの酢酸ヒスチジン、１２０ｍＭのスクロース、０．０２％ポリソルベート２０（ｐＨ６．０）中に３０ｍｇ／ｍＬペルツズマブを含む。代替のペルツズマブ処方物は、２５ｍｇ／ｍＬのペルツズマブ、１０ｍＭのヒスチジンＨＣｌ緩衝液、２４０ｍＭのスクロース、０．０２％のポリソルベート２０（ｐＨ６．０）を含む。
本明細書における処方物は、処置される特定の適応に必要な２つ以上の活性化合物、好ましくは相互に有害な影響を及ぼさない相補的活性を有する化合物も含んでもよい。ＨＥＲインヒビター、またはＨＥＲ二量体化インヒビターと組み合わせることのできる様々な薬物は、下記の方法の節に記載されている。そのような分子は、適切には、意図された目的に有効な量で組み合わされて存在する。
例えばコアセルベーション技術または界面重合によって調製されたマイクロカプセル、例えばそれぞれヒドロキシメチルセルロースマイクロカプセルもしくはゼラチン−マイクロカプセルおよびポリ（メタクリル酸）メチルマイクロカプセルに、コロイド状薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミンマイクロスフェア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子、およびナノカプセル）に、またはマクロエマルジョンに、活性成分を捕捉してもよい。このような技術はＲｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，第１６版、Ｏｓｌｏ，Ａ．，編（１９８０）に開示されている。
徐放性の調製物を調製してもよい。持続性放出製剤の適切な例としては、抗体を含有する固体疎水性ポリマーの半透過性マトリクスが挙げられ、このマトリクスは、造形品、例えばフィルムまたはマイクロカプセルの形態である。持続性放出マトリクスの例としては、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ（メタクリル酸２−ヒドロキシエチル）、またはポリ（ビニルアルコール）、ポリラクチド（米国特許第３，７７３，９１９号）、Ｌ−グルタミン酸とγ−エチル−Ｌ−グルタミン酸とのコポリマー、非分解性エチレン−酢酸ビニル、ＬＵＰＲＯＮ ＤＥＰＯＴ（商標）（乳酸−グリコール酸コポリマーおよび酢酸ロイプロリドから構成される注射可能なマイクロスフェア）などの分解性の乳酸−グリコール酸コポリマー、およびポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸が挙げられる。
インビボ投与のために用いられるべき処方物は無菌でなければならない。これは、無菌濾過膜を通して濾過することにより容易に実現される。
従って、ＨＥＲインヒビターまたはＨＥＲ二量体化インヒビター（例えば、ペルツズマブ）、またはその薬学的組成物を製造するための方法が提供され、この方法は、パッケージ中にインヒビターまたはその薬学的組成物と、インヒビターに応答し得るタイプのガン（例えば、卵巣癌）を有する患者を処置することについてこのインヒビターまたは薬学的組成物が指示されることを記載している表示とを、備えており、これは、この患者のガンが、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも小さいレベルでＨＥＲ３を発現するか、および／またはこの患者のガンのサンプルがこのガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルよりも大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する場合である。
さらに、化学療法剤（例えば、ゲムシタビン）またはその薬学的組成物を製造するための方法が提供され、この方法は、パッケージ中に化学療法剤またはその薬学的組成物と、あるタイプのガン（卵巣癌で例示される）を有する患者を処置することについてこの化学療法剤または薬学的組成物が指示されることを記載している表示とを、組み合わせて備えており、ここで、この患者のガンが、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも大きいレベルでＨＥＲ３を発現する。
Ｖ．ＨＥＲ化インヒビターを用いた処置
本発明は、ＨＥＲインヒビターまたはＨＥＲ二量体化インヒビターに対して応答し得るタイプのガンを有する患者を処置するための方法を提供し、この方法は、治療上有効な量のこのインヒビターをこの患者に投与する工程を包含し、ここでこの患者のガンが、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベル未満のレベルでＨＥＲ３を発現するか、このガンのサンプルが、このガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルより大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する場合である。好ましくはこの患者のガンは、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルより小さいレベルでＨＥＲ３を発現するか、および／またはこのガンのタイプにおけるメジアンレベルより大きい値（最も好ましくはＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について７５パーセンタイルより大きい）でＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する。
特に好ましい実施形態では、本発明は、卵巣癌、腹膜癌または卵管癌を有する患者を処置するための方法を提供し、この方法は、この患者に対して治療上有効な量のペルツズマブを投与する工程を包含し、ここでこの患者のガンは、卵巣癌、腹膜癌または卵管癌におけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも小さいレベルでＨＥＲ３を発現するか、および／またはこの患者のガンのサンプルは、卵巣癌、腹膜癌または卵管癌におけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルよりも大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する。この実施形態では、好ましくはこの患者のガンは、卵巣癌、腹膜癌または卵管癌におけるＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルよりも小さいレベルでＨＥＲ３を発現するか、および／または卵巣癌、腹膜癌または卵管癌におけるメジアンレベルよりも大きい（最も好ましくはＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について７５パーセンタイルより大きい）値でＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する。
別の局面では、本発明は、化学療法剤に応答し得るタイプのガンを有する患者についての治療を選択するための方法に関しており、この方法は、この患者由来のガンサンプル中のＨＥＲ３の発現を決定する工程と、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも大きいレベルでこのガンのサンプルがＨＥＲ３を発現する場合、化学療法剤を治療として選択する工程とを包含する。この実施形態では、好ましくは、このガンのタイプは、卵巣癌、腹膜癌または卵管癌であって、これには白金耐性の卵巣、腹膜、または卵管の癌、ならびに進行性、難治性および／または再発性の卵巣癌が挙げられる。この化学療法剤は好ましくは、代謝拮抗剤、例えば、ゲムシタビンである。従って、この実施形態では、高いＨＥＲ３は、ゲムシタビンなどの化学療法剤での治療に対する応答の改善と相関している。
ＨＥＲインヒビターまたはＨＥＲ二量体化インヒビターで処置することのできる様々なガンの例は、上記の定義の節に挙げている。好ましいガンのタイプとしては、卵巣癌；腹膜癌；卵管癌；転移性乳癌（ＭＢＣ）を含む乳癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）を含む肺癌；前立腺癌；および結腸直腸癌が挙げられる。一実施形態では、処置されるガンは進行性、難治性、再発性、化学療法耐性、および／または白金耐性のガンである。
ＨＥＲインヒビター、ＨＥＲ二量体化インヒビターおよび／または化学療法剤を用いた治療は、無増悪生存（ＰＦＳ）および／または全生存（ＯＳ）を含む生存を延長する。一実施形態では、ＨＥＲインヒビター、またはＨＥＲ二量体化インヒビターを用いた治療は、認可された抗腫瘍剤を投与すること、または処置されるガンについての診療基準によって実現される生存よりも、生存を少なくとも約２０％延長する。
好ましい実施形態では、本発明の方法は、卵巣癌、腹膜癌、または卵管癌を有する患者を処置する工程を包含する。この患者は、進行性、難治性、再発性、化学療法耐性、および／または白金耐性の卵巣癌、腹膜癌、または卵管癌を有し得る。患者へのペルツズマブの投与は、例えばこのような患者にトポテカンまたはリポソームドキソルビシンを投与することによって実現される生存よりも少なくとも約２０％大きく生存を延長し得る。
ＨＥＲインヒビター、またはＨＥＲ二量体化インヒビター、および／または化学療法剤を、例えばボーラスとして、もしくはある時間にわたる連続注入による静脈内投与、筋肉内、腹腔内、脳脊髄内、皮下、関節内、滑膜内、鞘内、経口、局所、または吸入経路などの公知の方法によって、ヒト患者に投与する。抗体の静脈内投与が好ましい。
ガンの予防または処置のため、ＨＥＲインヒビター、ＨＥＲ二量体化インヒビターおよび／または化学療法剤の用量は、上に定義したように、処置されるガンの種類、ガンの重症度および経過、その抗体が予防目的のために投与されるか、それとも治療目的のために投与されるか、以前の治療、患者の既往歴およびその薬物に対する応答、ならびに担当の医師の判断に依存する。
一実施形態では、固定（一定）用量のインヒビターが投与される。この固定用量は、適切には１回で、または連続した処置で患者に投与されてもよい。固定用量が投与される場合、好ましくはその固定用量は約２０ｍｇから約２０００ｍｇというインヒビターの範囲である。例えば、その固定用量は約４２０ｍｇ、約５２５ｍｇ、約８４０ｍｇ、または約１０５０ｍｇというインヒビター、例えばペルツズマブであってもよい。
一連の投薬が行われる場合、これらは、例えばおよそ毎週、およそ隔週、およそ３週間毎、またはおよそ４週間毎に投与されてもよいが、好ましくはおよそ３週間毎に投与される。例えば疾患が進行するまで、有害事象まで、または医師によって決定されるその他の時点まで、この固定用量を投与し続けてもよい。例えば、約２、３、または４から最大約１７回以上の固定用量を投与してもよい。
一実施形態では、抗体の１回以上のローディング用量（単数または複数）に続いて、その抗体の１回以上の維持用量（単数または複数）を投与する。別の実施形態では、患者に同用量を複数回投与する。
本発明の好ましい一実施形態によると、約８４０ｍｇ（ローディング用量）という固定用量のＨＥＲ二量体化インヒビター（例えば、ペルツズマブ）の投与の後に、その抗体の約４２０ｍｇ（維持用量（単数または複数））の１回以上の投与を続ける。維持用量は、好ましくはおよそ３週間毎に、合計して少なくとも２回から最大１７回以上投与される。
本発明の別の好ましい実施形態によると、約１０５０ｍｇという固定用量（単数または複数）のＨＥＲ二量体化インヒビター（例えば、ペルツズマブ）が、例えば３週間毎に投与される。この実施形態によると、１回、２回、またはそれを超える固定用量が、例えば必要に応じて最大１年間（１７サイクル）以上にわたって投与される。
別の実施形態では、ローディング用量として固定用量約１０５０ｍｇのＨＥＲ二量体化インヒビター（例えばペルツズマブ）に続き、１回以上の維持用量（単数または複数）約５２５ｍｇが投与される。本実施形態によれば、約１、２、またはそれを超える維持用量が、３週間毎に患者に投与されてもよい。
ＨＥＲインヒビター、ＨＥＲ二量体化インヒビターまたは化学療法剤は単一抗腫瘍剤として投与してもよいが、患者は場合によりこのインヒビター（または化学療法剤）と、１つ以上の（追加の）化学療法剤（単数または複数）との組み合わせで処置される。本明細書における例示的な化学療法剤としては：ゲムシタビン、カルボプラチン、パクリタキセル、ドセタキセル、トポテカン、および／またはリポソームのドキソルビシンが挙げられる。好ましくは少なくとも一つの化学療法剤は、ゲムシタビンなどの代謝拮抗化学療法剤である。併用投与としては、別々の処方物または単一の薬学的処方物を用いる同時投与または併行投与、およびいずれかの順序の連続投与が挙げられ、ここで、好ましくは両方の（または全ての）活性薬剤がそれらの生物学的活性を同時に発揮する期間が存在する。このように、代謝拮抗化学療法剤を、インヒビターの投与前に投与しても、または投与後に投与してもよい。この実施形態では、代謝拮抗化学療法剤の少なくとも１回の投与と、このインヒビターの少なくとも１回の投与との間のタイミングは、好ましくは約１か月以下であり、最も好ましくは約２週間以下である。あるいは、代謝拮抗化学療法剤およびインヒビターは、単一の処方物または別々の処方物の形で患者に同時投与される。化学療法剤（例えばゲムシタビンなどの代謝拮抗化学療法剤）とインヒビター（例えばペルツズマブ）との組み合わせを用いた処置により、患者に対して相乗的な、すなわち相加的よりも大きな治療上の利益が生じ得る。
例えば、卵巣癌の治療のために、インヒビターと組み合わせるための特に所望される化学療法剤としては以下が挙げられる：ゲムシタビンなどの代謝拮抗化学療法剤；カルボプラチンなどの白金化合物；パクリタキセルまたはドセタキセルなどのタキソイド；トポテカン；またはリポソームのドキソルビシン。
代謝拮抗化学療法剤は、投与される場合、それについての公知の投薬量で通常投与されるか、または必要に応じて、代謝拮抗化学療法剤の投与に起因する薬物の併用作用または負の副作用のせいで減量される。このような化学療法剤のための調製物および投薬スケジュールは、製造業者の説明書に従い、または当業者により経験的に決定されたように用いてもよい。代謝拮抗化学療法剤がゲムシタビンである場合、好ましくは、ゲムシタビンは約６００ｍｇ／ｍ２から１２５０ｍｇ／ｍ２の間（例えば約１０００ｍｇ／ｍ２）の用量で、例えば３週間サイクルの１日目および８日目に投与される。
インヒビターおよび代謝拮抗化学療法剤の他に、他の治療レジメンをそれに組み合わせてもよい。例えば、第２（第３、第４など）の化学療法剤（単数または複数）を投与してもよく、ここで、第２の化学療法剤は、別の異なる代謝拮抗化学療法剤か、または代謝拮抗物質ではない化学療法剤かのいずれかである。例えば、第２の化学療法剤は、（パクリタキセルもしくはドセタキセルなどの）タキサン、カペシタビン、または白金系化学療法剤（カルボプラチン、シスプラチン、またはオキサリプラチンなど）、アントラサイクリン（リポソームドキソルビシンを含むドキソルビシンなど）、トポテカン、ペメトレキセド、ビンカアルカロイド（ビノレルビンなど）、およびＴＬＫ２８６であってもよい。異なる化学療法剤の「カクテル」を投与してもよい。
インヒビターおよび／または化学療法剤と併用され得るその他の治療剤としては、以下のうち任意の１つ以上が挙げられる：第２の異なるＨＥＲインヒビター、ＨＥＲ二量体化インヒビター（例えば、トラスツズマブなどの増殖阻害性ＨＥＲ２抗体、またはＨＥＲ２過剰発現細胞のアポトーシスを誘発するＨＥＲ２抗体、例えば、７Ｃ２、７Ｆ３、もしくはそのヒト化改変体）；ＥＧＦＲ、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４などの異なる腫瘍関連抗原に対する抗体；抗ホルモン化合物、例えばタモキシフェンなどの抗エストロゲン化合物、またはアロマターゼインヒビター；心臓保護剤（治療に関連する任意の心筋機能不全を阻止または低減するための）；サイトカイン；ＥＧＦＲ標的薬（例えば、ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）、ＩＲＥＳＳＡ（登録商標）、またはセツキシマブ）；抗血管形成剤（特にＡＶＡＳＴＩＮ（商標）という商標でＧｅｎｅｎｔｅｃｈによって販売されているベバシズマブ）；チロシンキナーゼインヒビター；ＣＯＸインヒビター（例えばＣＯＸ−１インヒビターまたはＣＯＸ−２インヒビター）；非ステロイド系抗炎症薬であるセレコキシブ（ＣＥＬＥＢＲＥＸ（登録商標））；ファルネシルトランスフェラーゼインヒビター（例えば、Ｊｏｈｎｓｏｎ ａｎｄ Ｊｏｈｎｓｏｎから入手できるチピファルニブ（Ｔｉｐｉｆａｒｎｉｂ）／ＺＡＲＮＥＳＴＲＡ（登録商標）Ｒ１１５７７７、またはＳｃｈｅｒｉｎｇ−Ｐｌｏｕｇｈから入手できるロナファルニブ（Ｌｏｎａｆａｒｎｉｂ）ＳＣＨ６６３３６）；ガン胎児タンパク質ＣＡ１２５と結合する抗体、例えば、オレゴボマブ（Ｏｒｅｇｏｖｏｍａｂ）（ＭｏＡｂ Ｂ４３．１３）；ＨＥＲ２ワクチン（例えば、ＰｈａｒｍｅｘｉａのＨＥＲ２ ＡｕｔｏＶａｃワクチン、またはＤｅｎｄｒｅｏｎのＡＰＣ８０２４タンパク質ワクチン、またはＧＳＫ／ＣｏｒｉｘａのＨＥＲ２ペプチドワクチン）；別のＨＥＲ標的化療法（例えば、トラスツズマブ、セツキシマブ、ＡＢＸ−ＥＧＦ、ＥＭＤ７２００、ゲフィチニブ、エルロチニブ、ＣＰ７２４７１４、ＣＩ１０３３、ＧＷ５７２０１６、ＩＭＣ−１１Ｆ８、ＴＡＫ１６５など）；Ｒａｆインヒビターおよび／またはｒａｓインヒビター（例えばＷＯ２００３／８６４６７参照）；ドキソルビシンＨＣｌリポソーム注射剤（ＤＯＸＩＬ（登録商標））；トポテカンなどのトポイソメラーゼＩインヒビター；タキサン；ＨＥＲ２およびＥＧＦＲの二重チロシンキナーゼインヒビター、例えば、ラパチニブ／ＧＷ５７２０１６：ＴＬＫ２８６（ＴＥＬＣＹＴＡ（登録商標））；ＥＭＤ−７２００；悪心を処置する医薬、例えば、セロトニンアンタゴニスト、ステロイド、またはベンゾジアゼピン；皮疹を予防もしくは処置する医薬または標準的な座瘡治療法（局所または経口の抗生物質を含む）；下痢を処置または予防する医薬；アセトアミノフェン、ジフェンヒドラミン、またはメペリジンなどの解熱薬；造血成長因子など。
同時投与された任意の上記薬剤についての適切な投薬量は、現在用いられている投薬量であり、その薬剤およびインヒビターの組み合わせ作用（相乗作用）に起因してその投薬量を減量してもよい。
上記治療レジメン以外に、ガン細胞の外科的除去および／または放射線療法に患者を供してもよい。
上記インヒビターが抗体である場合、好ましくは、投与される抗体は裸の抗体である。しかし、投与されるインヒビターを、細胞毒性剤とコンジュゲートしてもよい。好ましくは、その細胞毒性剤が結合しているコンジュゲートされたインヒビターおよび／または抗原は、細胞によって内部移行され、それが結合するガン細胞の殺傷というそのコンジュゲートの治療有効性の増大をもたらす。好ましい実施形態では、細胞毒性剤はガン細胞中の核酸を標的化または妨害する。このような細胞毒性剤の例としては、メイタンシノイド、カリケアマイシン、リボヌクレアーゼ、およびＤＮＡエンドヌクレアーゼが挙げられる。
本出願は、遺伝子療法によるインヒビターの投与を考えている。例えば、１９９６年３月１４日に公表された、細胞内抗体を発生させるための遺伝子療法の使用に関するＷＯ９６／０７３２１を参照のこと。
（必要に応じてベクターに含まれる）核酸を患者の細胞内にインビボおよびエキソビボで至らせるために、二つの主なアプローチがある。インビボ送達のためには、患者に直接、通常はその抗体が必要とされる部位に核酸を注射する。エキソビボの処置のためには、患者の細胞を取り出し、核酸をこれらの単離された細胞に導入して、改変された細胞を患者に直接投与するか、または例えば多孔性膜内に封入して、その多孔性膜を患者に植込む（例えば米国特許第４，８９２，５３８号および第５，２８３，１８７号を参照）。生存可能な細胞に核酸を導入するために利用できる様々な技術がある。これらの技術は、核酸が培養細胞にインビトロで導入されるか、それとも意図された宿主の細胞にインビボで導入されるかに応じて変動する。哺乳動物細胞にインビトロで核酸を導入するのに適した技術としては、リポソームの使用、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、細胞融合、ＤＥＡＥ−デキストラン、リン酸カルシウム沈殿法などが挙げられる。遺伝子のエキソビボ送達に通常使用されているベクターはレトロウイルスである。
現在好ましいインビボ核酸導入技術としては、ウイルスベクター（アデノウイルス、単純ヘルペス（Ｈｅｒｐｅｓ ｓｉｍｐｌｅｘ）Ｉウイルス、またはアデノ随伴ウイルスなど）および脂質ベースの系を用いたトランスフェクションが挙げられる（遺伝子の脂質媒介性導入に有用な脂質は、例えばＤＯＴＭＡ、ＤＯＰＥ、およびＤＣ−Ｃｈｏｌである）。ある状況では、細胞表面膜タンパク質または標的細胞に特異的な抗体、標的細胞上のレセプターに対するリガンドなどのような、標的細胞を標的化する薬剤を核酸の供給源に提供することが所望される。リポソームが採用される場合、エンドサイトーシスに関連する細胞表面膜タンパク質に結合するタンパク質、例えば、特定の細胞型に親和性のキャプシドタンパク質またはそのフラグメント、循環中に内部移行を受けるタンパク質に対する抗体、および細胞内局在を標的化して細胞内半減期を増大するタンパク質を、標的化に、および／または取込みを促進するために用いてもよい。レセプター媒介性エンドサイトーシスの技術は、例えば、Ｗｕら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６２：４４２９〜４４３２（１９８７）；およびＷａｇｎｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：３４１０〜３４１４（１９９０）に記載されている。現在公知の遺伝子マーカー作成および遺伝子治療プロトコールの総説については、Ａｎｄｅｒｓｏｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５６：８０８〜８１３（１９９２）を参照のこと。ＷＯ９３／２５６７３および本明細書に引用した参考文献も参照のこと。
ＶＩ．製品
本発明の別の実施形態では、上記の疾患または障害の処置に有用な物質を含む製品が、提供される。この製品は、ある容器と、容器上にあるかまたはその容器に付随する表示または添付文書とを含む。適切な容器として、例えば、ボトル、バイアル、シリンジなどが挙げられる。これらの容器は、ガラスまたはプラスチックなどの種々の物質から形成され得る。その容器は、選り抜きの疾患または状態の処置に有効である組成物を保持し、かつ滅菌アクセスポートを備えてもよい（例えば、この容器は、静脈内溶液バッグであってもよいし、または皮下注射針によって貫通し得るストッパーを有するバイアルであってもよい）。その組成物中の少なくとも１つの活性剤は、ＨＥＲ二量体化インヒビター、例えば、ペルツズマブ、または化学療法剤、例えば、ゲムシタビンである。
この製品は、さらに、薬学的に受容可能な希釈緩衝液、例えば、注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝化生理食塩水、リンゲル溶液およびデキストロース溶液を含む第二の容器を備えてもよい。この製品は、商業的および利用者の観点から所望される他の物質をさらに備えてもよく、これらの物質としては、他の緩衝液、希釈液、フィルター、針、およびシリンジが挙げられる。
本発明のキットおよび製品はまた、患者のガンがＨＥＲ３および／またはＨＥＲ２：ＨＥＲ３を薬物に依存する規定の値で発現しているガンを処置するためにこの組成物が用いられるということを示す情報を、例えば、添付文書または表示の形態で備える。この添付文書または表示は、紙、または電子媒体、例えば、磁気記憶媒体（例えば、フロッピー（登録商標）ディスク）もしくはＣＤ−ＲＯＭなどの任意の形態をとってもよい。これらの表示または添付文書はまた、このキットまたは製品中の薬学的組成物および剤形に関する他の情報を備えてもよい。
一般にはこのような情報によって、患者および医師は、含まれる薬学的組成物および剤形が効率的かつ安全に用いられるように助けられる。例えば、ＨＥＲ二量体化インヒビターまたは化学療法剤に関する以下の情報がこの添付文書に盛り込まれてもよい：薬物動態、薬力学、臨床試験、有効性パラメーター、用法用量、禁忌、警告、注意、有害反応、過量、適量および投与、投与法、適切な保管条件、参考文献および特許情報。
本発明の特定の実施形態では、ＨＥＲインヒビターまたはＨＥＲ二量体化インヒビターを薬学的に受容可能な担体中に含む薬学的組成物と、このインヒビターまたは薬学的組成物が、ＨＥＲインヒビターまたはＨＥＲ二量体化インヒビターに応答し得るタイプのガンを有する患者を処置することについて指示されることを記載している表示とを、一緒に包装して備えている製品が提供され、これはこの患者のガンが、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも低いレベルでＨＥＲ３を発現するか、および／またはこの患者のガンサンプルが、このタイプのガンにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルよりも大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する場合である。
本発明のこの局面の任意の実施形態では、本明細書の製品はさらに、第二の医薬を含む容器をさらに備え、ここでＨＥＲインヒビターまたはＨＥＲ二量体化インヒビターが第一の医薬であり、この製品はさらに、この第二の医薬を用いて有効量でこの患者を処置するための添付文書上の指示を備える。この第二の医薬は、上記の任意の医薬であってもよく、第二の医薬の例は、別のＨＥＲ抗体または化学療法剤である。
別の局面では、化学療法剤（例えば、ゲムシタビン）を薬学的に受容可能な担体中に含む薬学的組成物と、この化学療法剤または薬学的組成物が、あるタイプのガンを有する患者を処置することについて指示されることを記載している表示とを、一緒に包装して備えている製品が提供され、ここでこの患者のガンは、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも大きいレベルでＨＥＲ３を発現する。
この添付文書は容器の上であるか、またはそれに付随する。適切な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、シリンジなどが挙げられる。これらの容器は、ガラスまたはプラスチックなどの種々の物質から形成され得る。その容器は、ガンタイプを処置するのに有効である組成物を保持するかまたは含み、滅菌アクセスポートを有してもよい（例えば、この容器は、静脈内溶液バッグであっても、または皮下注射針によって貫通し得るストッパーを有するバイアルであってもよい）。その組成物中の少なくとも１つの活性剤は、ＨＥＲインヒビター、ＨＥＲ二量体化インヒビター、または化学療法剤である。この表示または添付文書は、インヒビターの投薬量および間隔、ならびに提供されている任意の他の医薬に関して特定の手引きによって、処置に適格な被験体でガンを処置するためにこの組成物が用いられるということを示す。この製品は、さらに、薬学的に受容可能な希釈緩衝液、例えば、注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝化生理食塩水、リンゲル溶液およびデキストロース溶液を含む追加の容器を備えてもよい。この製品は、商業的観点および利用者の観点から所望される他の物質をさらに備えてもよく、これらの物質としては、他の緩衝液、希釈液、フィルター、針、およびシリンジが挙げられる。
例えば、本発明に関連する技術領域において利用可能な優れたマニュアルおよび教科書の多くに記載されている（例えば、Ｕｓｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ ＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ，編集Ｈａｒｌｏｗ，Ｅ．およびＬａｎｅ，Ｄ．，１９９９，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，（例えば、ＩＳＢＮ ０−８７９６９−５４４−７）；Ｒｏｅ Ｂ．Ａ．ら、１９９６，ＤＮＡ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ Ｓｅｒｉｅｓ），Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ．（例えば、ＩＳＢＮ ０−４７１−９７３２４−０）；Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ：Ｃｈｉｍｅｒｉｃ Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ、２０００，編集、Ｊ．Ａｂｅｌｓｏｎ，Ｍ．Ｓｉｍｏｎ，Ｓ．Ｅｍｒ，Ｊ．Ｔｈｏｒｎｅｒ．Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ；Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２００１，第３版，Ｊｏｓｅｐｈ Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｐｅｔｅｒ ＭａｃＣａｌｌｕｍによる、（以前のＭａｎｉａｔｉｓ Ｃｌｏｎｉｎｇ ｍａｎｕａｌ）（例えば、ＩＳＢＮ ０−８７９６９−５７７−３）；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，編集Ｆｒｅｄ Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌら、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ（例えば、ＩＳＢＮ ０−４７１−５０３３８−Ｘ）；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ，編集Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ（例えば、ＩＳＢＮ ０−４７１−１１１８４−８）及びＭｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ：Ｇｕｉｄｅ ｔｏ ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ，１９９０，Ｖｏｌ．１８２，編集Ｄｅｕｔｓｃｈｅｒ，Ｍ．Ｐ．，Ａｃｅｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．（例えば、ＩＳＢＮ ０−１２−２１３５８５−７））か、または分子生物学における実験法が扱われた多数の大学及び商用のウェブサイトに記載されている、当分野で公知の多数の代替実験法によって、本発明の実施において本明細書に具体的に記載する実験法を首尾良く置き換え得る。
ＶＩＩ．宣伝の方法
本発明はまた、ＨＥＲインヒビター、ＨＥＲ二量体化インヒビター（例えば、ペルツズマブ）またはその薬学的に受容可能な組成物を宣伝するための方法であって、標的の聴衆に対して、あるタイプのガン（例えば、卵巣癌）を有する患者集団を処置するためのこのインヒビターまたはその薬学的組成物の使用を奨励する工程を包含する方法を提供し、ここでこの患者のガンは、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも低いレベルでＨＥＲ３を発現するか、および／またはこの患者のガンサンプルが、このタイプのガンにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルよりも大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する。
さらに別の実施形態では、本発明は、化学療法剤（例えば、ゲムシタビン）またはその薬学的に受容可能な組成物を宣伝するための方法であって、標的の聴衆に対して、あるタイプのガン（例えば、卵巣癌）を有する患者集団を処置するためのこの化学療法剤またはその薬学的組成物の使用を奨励する工程を包含する方法を提供し、ここでこの患者のガンは、このガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベルよりも大きいレベルでＨＥＲ３を発現する。
宣伝とは一般に、スポンサーが特定され、メッセージが管理される非個人的な媒体を通じる有料の伝達手段である。本明細書の目的のための宣伝としては、広告、ピーアール（ｐｕｂｌｉｃ ｒｅｌａｔｉｏｎｓ）、プロダクト・プレイスメント、資金提供、引受業務、および販売促進が挙げられる。この用語はまた、本発明を購入する、支持するまたは賛成するのに好適なパターンに向かって大衆を説得し、情報を与え、促進し、動機付けするかそうでなければ行動を改変するようにアピールするように設計された、任意の印刷された情報伝達媒体として登場する資金提供された情報の公的な通知を包含する。
本明細書における診断方法の宣伝および促進は、任意の手段で達成され得る。これらのメッセージを送達するために用いられる宣伝媒体の例としては、テレビ、ラジオ、映画、雑誌、新聞、インターネットおよび広告掲示（コマーシャルを含む）（これは放送媒体で現われるメッセージである）が挙げられる。広告宣伝としてはまた、食料品店のカートのシート上のもの、空港の通路の壁のもの、およびバスの側面のもの、または電話の保留メッセージもしくは店内拡声装置で聞けるものが挙げられ、どこにでも視覚的または聴覚的な伝達手段を置くことができる。
促進または宣伝の手段のさらに特異的な例としては、テレビ、ラジオ、映画、インターネット、例えば、ウェブの放送およびウェブのセミナー（ｗｅｂｉｎａｒｓ）、同時に使用者に達することを意図する対話型コンピューターネットワーク、不動のまたは電子的な広告掲示、および他の公的な表示、ポスター、伝統的なまたは電子的な印刷物、例えば、雑誌および新聞、他の報道発信、提示または個々の接触（例えば、ｅメール、電話、インスタント・メッセージ、ポスター、宅配郵便（ｃｏｕｒｉｅｒ ｍａｉｌ）、大量郵便、またはメール便（ｃａｒｒｉｅｒ ｍａｉｌ）、個人の訪問などが挙げられる。
用いられる宣伝のタイプは、多くの要因に、例えば、与えられるべき標的の聴衆、例えば、病院、保険会社、医院、医師、看護士および患者の性質、ならびに費用の考慮、および医薬および診断の宣伝を統制している、関連する管轄の法律および規則に依存する。宣伝は、サービスの相互作用によって規定される使用者の特徴、および／または使用者の人口統計および地理的な位置などの他のデータに基づいて、個別化されても、または特にあつらえられてもよい。
ＶＩＩＩ．材料の寄託
以下のハイブリドーマ細胞株は、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ ２０１１０−２２０９、ＵＳＡ（ＡＴＣＣ）に寄託されている：
Figure 2014240434
 本発明のさらなる詳細は、以下の非限定的な実施例によって例示される。明細書における全ての引用の開示は、参照により特に本明細書に援用される。
（実施例１）
白金耐性の卵巣癌、原発性腹膜癌、または卵管癌の治療のためのペルツズマブおよびゲムシタビン
本実施例は、白金耐性の卵巣癌、原発性腹膜癌、または卵管癌を有する患者において、ゲムシタビンと組み合わせたペルツズマブの安全性、耐用性および有効性を評価する第ＩＩＩ相臨床試験の結果を示す。ペルツズマブは、ＨＥＲ２と、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ３、およびＨＥＲ４との二量体化を阻害し、かつＭＡＰおよびＰ１３キナーゼを通じたシグナル伝達を阻害するＨＥＲ二量体化インヒビター（ＨＤＩｓ）と呼ばれる新しいクラスの標的化薬剤に相当する。ペルツズマブは、二量体−二量体の相互作用部位に結合し、ＨＥＲ２の役割に対して共同レセプターとして大きな効果を有し、ＥＧＦＲ／ＨＥＲ２およびＨＥＲ３／ＨＥＲ２の二量体化を妨げ、複数のＨＥＲ媒介性シグナル伝達経路を阻害する。
無増悪生存（ＰＦＳ）および全生存（ＯＳ）に対するペルツズマブおよびゲムシタビンの効果は、全ての患者で、および患者のサブセット（その腫瘍が含むマーカーがＨＥＲ２の活性化を示していた）で評価した。この研究のデザイン／スキーマを図９に示す。
進行しているが、白金ベースの化学療法レジメンを受けているか、または受けて６ヶ月内の患者がこの研究に適格であった。患者を無作為に分けて、ゲムシタビンをペルツズマブと組み合わせるか、またはゲムシタビンをプラシーボと組み合わせていずれかを与えた。本明細書で処置される患者には、研究参加の前に白金耐性疾患について事前の救済治療のレジメンを受けていない患者、および白金耐性疾患について、ある事前レジメンを受けた患者を含んだ。
ゲムシタビンは１０００ｍｇ／ｍ２で、各々の２１日サイクルの１日目および８日目に投与した。ゲムシタビンは最初３０分にわたって注入した。毒性について用量の減少を可能にした。プラシーボまたはペルツズマブは、２１日サイクルの１日目に投与した。ペルツズマブを投与するように無作為に分けた被験体に、８４０ｍｇの初回ローディング用量（サイクル１）に続いてサイクル２以降は４２０ｍｇを与えた。プラシーボを投与するように無作為に分けた被験体は、サイクル１、サイクル２および以降についてペルツズマブで投与したのと同じ容積でプラシーボを投与した。進行性の疾患のない被験体は、最大１７サイクル、または１年まで処置した。患者は血球減少症の結果として標準的なゲムシタビン用量を低下し、かつ用量を保持した。ペルツズマブはまた、任意の保持された１日目のゲムシタビン用量について保持された。その後の用量は、減少された用量であって、増大されなかった。用量の減少もしくはある用量を保持することが５回以上必要である場合、または用量が４週以上保持される場合は、ゲムシタビンは停止して、治療医師および医学的監視員の承認を得て、疾患が進行するまで盲検の薬物を継続した。８日目のゲムシタビンの用量が保持されたならば、その８日目の用量を省略して、引き続く処置は、次のサイクルで開始させた（前のサイクルの２２日目）。
ゲムシタビンは以下の表によって推奨されるように保持して用量減少した。
Figure 2014240434
 用量減少を要する任意の患者についてのその後の用量は、減少した用量であった。血球減少症の結果として４週以上用量を保持した場合、患者は、耐容できない毒性を有するとみなし、ゲムシタビンを中止した。他の追加の等級ＩＩＩまたはＩＶの毒性がない場合、盲検薬物の継続は、医師および医学的監視員の裁量であった。ゲムシタビンの血液学的毒性は、投与速度に関連していた。ゲムシタビンは、総量にかかわらず３０分にわたって与えた。ＮＣＩ−ＣＴＣの第２段階の血球減少症についてのコロニー刺激因子の使用は、治療医の裁量で用いた。
単剤のペルツズマブに対するクロスオーバーの選択肢を提供した。次のサイクルで４２０ｍｇを継続するまで、８４０ｍｇのローディング用量を投与し、その後のサイクルは２１日ごととした。
２、４、６、８、１２、および１７サイクルの終りに応答を評価した。測定可能な疾患は、Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ Ｓｏｌｉｄ
Ｔｕｍｏｒｓ（ＲＥＣＩＳＴ）を用いて、臨床評価およびＣＴスキャンまたは等価物によって評価した。評価可能な疾患を有する被験体についての応答は、ＣＡ−１２５への変化、ならびに疾患の臨床および放射線学的な証明に従って評価した。応答は、応答の最初の考証の４〜８週後に確認した。以下の転帰の指標を評価した。
一次有効性エンドポイント
無増悪生存（各々のアームでの全被験体の割り当てられた研究の処置の開始後、ＲＥＣＩＳＴまたはＣＡ−１２５の変化を用いて研究者の評価によって決定される）。
無増悪生存（以下の小集団における各々のアームでの割り当てられた研究の処置の開始後、ＲＥＣＩＳＴまたはＣＡ−１２５の変化を用いて研究者の評価によって決定される）：
ＨＥＲ２活性化の検出可能なマーカーを有する被験体。
ＨＥＲ２活性化の検出可能なマーカーのない被験体。
二次有効性エンドポイント
他覚的（客観的）応答（ＰＲまたはＣＲ）
応答期間
生存時間
４ヶ月で増悪無し
これらのエンドポイントは、各々のアームにおける全被験体において、および以下の小集団において評価した：
ＨＥＲ２活性化の検出可能なマーカーを有する被験体。
ＨＥＲ２活性化の検出可能なマーカーのない被験体。
可能性のある悪心および嘔吐を予防または処置するために、患者にセロトニンアンタゴニスト、ステロイド、および／またはベンゾジアゼピンを事前投薬した。可能性のある皮疹を予防または処置するために、標準的な座瘡治療法（局所および／または経口の抗生物質を含む）を用いた。他の可能性のある併用医薬とは、１日目の７日前に開始して追跡期間の最後の日まで続く期間に被験体によって用いられる任意の処方薬または市販薬であった。注入に関連して３８．５℃を超える体温の上昇、または他の注入に関連する症状を経験した被験体は、アセトアミノフェン、ジフェンヒドラミン、またはメペリジンで対症療法を行った。ＮＣＩ−ＣＴＣの２段階の血球減少症については実験以外の造血性の増殖因子を投与した。
この臨床トライアルで患者から得られた、ホルマリン固定したパラフィン包埋組織（ＦＦＰＥＴ）サンプルは、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、２つのＨＥＲリガンド（アンフィレギュリンおよびベータセルリン）、およびＧ６ＰＤＨ（ハウスキーピング遺伝子）についてｑＲＴ−ＰＣＲによって分析した。このｑＲＴ−ＰＣＲアッセイは、Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃのラボ・ロット・キット（ｌａｂ ｌｏｔ ｋｉｔｓ）を用いてＴＡＲＧＯＳ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ ＧｍｂＨ（Ｋａｓｓｅｌ、Ｇｅｒｍａｎｙ）によって行った。臨床サンプルでｑＲＴ−ＰＣＲアッセイを行うためのワークフローおよび分析は、本明細書の図２７および２８に示す。
ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、アンフィレギュリン、およびベータセルリンのｍＲＮＡ分析は、二連で行った。定量的なデータ解析を可能にするために、Ｇ６ＰＤＨをまた内部参照として分析した。プライマーおよびプローブを設計して、ＤＮＡではなくｍＲＮＡのみを増幅させた。ｑＲＴ−ＰＣＲは、各々のマーカーおよびＧ６ＰＤＨについて別々に２段階の手順として行った。
第一の工程では、各々のマーカーおよびＧ６ＰＤＨについてＡＭＶ逆転写酵素および特異的なプライミングを用いて、５μｌの総ＲＮＡからｃＤＮＡを逆転写した。温度プロフィールは、アニーリングについて１０分／２５℃、逆転写酵素について６０分／４２℃、および酵素不活性化について５分／９４℃であった。
第二の工程では、マーカーおよびＧ６ＰＤＨのｍＲＮＡの１００〜１２０ｂｐのフラグメントをＬＩＧＨＴＣＹＣＬＥＲ（登録商標）装置（Ｒｏｃｈｅ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて５μｌのｃＤＮＡから増幅した。標識されたハイブリダイゼーションプローブの特定の対を用いてアンプリコンを蛍光によって検出した（蛍光共鳴エネルギー移動の原理）。ｑＲＴ−ＰＣＲに用いた全ての試薬は、Ｒｏｃｈｅ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ製であった。温度プロフィールは、初回変性について１０分／９５℃、および４５サイクルの（アニーリングについて１０秒／６２℃、伸長について９秒／７２℃、変性について１０秒／９５℃）であった。用いられるプライマー／プローブの配列については下の表を参照のこと。
Figure 2014240434
Figure 2014240434
 標準物質のＲＮＡ（ＨＴ２９細胞株から精製したＲＮＡ）を、各々の試行に加えて、相対的な定量を可能にして、正および負のコントロールを用いて、ワークフローおよび試薬をチェックした。
データ解析は、製造業者の指示に従ってＬＩＧＨＴＣＹＣＬＥＲ（登録商標）相対定量ソフトウェア（Ｒｅｌａｔｉｖｅ Ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｓｏｆｔｗａｒｅ）（Ｒｏｃｈｅ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて行った。結果は、各々の患者サンプルについて各々のマーカーの「標準物質規準化比（ｃａｌｉｂｒａｔｏｒ ｎｏｒｍａｌｉｚｅｄ ｒａｔｉｏ）」であった。
ｑＲＴ−ＰＣＲ値は、１３０例の患者のうち１１９例（９２％）で利用可能であった。ダイナミックレンジは以下であった：ＥＧＦＲ−約１０倍、ＨＥＲ２−約１０倍、ＨＥＲ３−約２０倍。「相対的定量（ｒｅｌａｔｉｖｅ ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ）」の原理を用いた。サンプル中の遺伝子発現（ｍＲＮＡの値）は、同じサンプルのハウスキーピング遺伝子の発現を参照して相対的に定量した（参照＝Ｇ６ＰＤＨ）。次いで、この相対的な遺伝子発現をキャリブレータ中の相対的な遺伝子発現に対して正規化する。各々のマーカーについて、「標準物質規準化比（ｃａｌｉｂｒａｔｏｒ ｎｏｒｍａｌｉｚｅｄ
ｒａｔｉｏ）」は以下のように計算する：
Figure 2014240434
 有効性の結果は、７．１ヶ月のメジアンレベルのフォローアップ（レンジ１．３〜２０．３）で評価した。その時点で１０１例の無増悪生存（ＰＦＳ）の事例があった。図１０Ａおよび図１０Ｂは、ゲムシタビンとプラシーボ、またはゲムシタビンとペルツズマブのいずれかで処置した全患者のＰＦＳを示す。Ｐ値は、層別Ｃｏｘモデルおよび層別ログランク検定を用いて、無作為化層別因子（ＥＣＯＧ ＰＳ、白金耐性疾患の事前のレジメンの回数、および疾患測定可能性）によって評価した。
予想ｐＨＥＲ２状態によるＰＦＳを図１１Ａおよび図１１Ｂに示しており、これは、ｐＨＥＲ２について陰性と予想される患者におけるＰＦＳと、ｐＨＥＲ２について陽性と予想される患者におけるＰＦＳとを比較している。予想アルゴリズムは、８０例の市販の卵巣癌サンプルを用いて作製した。ＨＥＲ２、ＨＥＲ３およびアンフィレギュリンの発現の組み合わせによって、最高３０％のｐＨＥＲサンプルを８０％の正確性で予想する。患者は、アンフィレギュリン、ＨＥＲ２およびＨＥＲ３が７０パーセンタイル以上である場合ｐＨＥＲ２に陽性と予想し、他はｐＨＥＲ２について陰性とみなした。
図１２Ａおよび図１２Ｂは、ｑＲＴ−ＰＣＲ ＥＧＦＲ（ＨＥＲ１）のカットオフに基づいてＰＦＳを示しており；図１３Ａおよび図１３Ｂは、ｑＲＴ−ＰＣＲ ＨＥＲ２のカットオフに基づいてＰＦＳを示しており；そして図１４Ａおよび図１４ＢはｑＲＴ−ＰＣＲ ＨＥＲ３のカットオフによってＰＦＳを示している。ＨＥＲ３の低い患者は、ＰＦＳに関して転帰がよかった。これらのデータは、図１５Ａおよび図１５Ｂにさらに詳細に示す。それらの図で示されるとおり、ペルツズマブの活性は、ＨＥＲ３低発現腫瘍を有する患者で最大であって、ＨＥＲ３遺伝子発現の値が下がるにつれて増大する傾向である。これらの図は、ｑＲＴ−ＰＣＲアッセイで定量されたＨＥＲ３発現についての絶対値を含む。
図１６Ａおよび図１６Ｂは、ＨＥＲ３亜群によるＰＦＳを示す。これらのデータによって、高いＨＥＲ３発現の腫瘍を有する患者においてペルツズマブとゲムシタビンとの間に負の相互作用があり得ることが示される。
図１７Ａおよび図１７Ｂはさらに、高ＨＥＲ３発現および低ＨＥＲ３発現の両方についてＨＥＲ３の亜群によってＰＦＳについてのデータをまとめている表である。図１８Ａおよび図１８Ｂは、４つの異なるパーセンタイルに基づくＨＥＲ３亜群によるＰＦＳを示す。ＨＥＲ３発現について０〜５０パーセンタイル未満、特に０〜２５パーセンタイルの患者は、ＰＦＳについて改良された危険率（ＨＲ）を有する。（低ＨＲは、ＰＦＳによって測定される転帰の改善と相関する）。
図１９Ａおよび図１９Ｂは、５０／５０スプリットでのＨＥＲ３のｑＲＴ−ＰＣＲによるＰＦＳを示しているデータである。低ＨＥＲ３発現患者（５０パーセンタイル未満）は、高ＨＥＲ３発現患者（５０パーセンタイル以上）に比較して月数で測定した場合ＰＦＳの期間が延長している。この相関は、図２０Ａおよび図２０Ｂではさらに顕著であって、ここでは低ＨＥＲ３発現患者は、２５パーセンタイル未満のＨＥＲ３発現で特徴付けられ、高ＨＥＲ３発現患者は、２５パーセンタイル以上のＨＥＲ３発現の患者であった。２つの診断の亜群の間のＨＲにおける相違についてのＰ値は、０．０００７であった。２５パーセンタイルは、１．１９ＣＮＲに等しい。
全生存（ＯＳ）については予備データが利用可能である。全患者についてのこのようなデータは、図２１Ａおよび図２１Ｂに示される。図２２Ａおよび図２２Ｂは、ＨＥＲ３のｑＲＴ−ＰＣＲによってＯＳを比較しており、これは、低ＨＥＲ３発現（５０パーセンタイル未満）と、高ＨＥＲ３発現（５０パーセンタイル以上）とを比較している。
図２３Ａおよび図２３Ｂは、ＨＥＲ３のｑＲＴ−ＰＣＲによるＰＦＳを図示しており、ここで５０／５０スプリット、高対低の危険率（ＨＲ）である。５％〜９５％のパーセンタイルを含むＰＦＳデータの完全なセットは図２４Ａおよび図２４Ｂに示す。
ＨＥＲ３の較正し、正規化した比の発現範囲は、図２６に示す。この範囲は約２０〜８０倍である。
ＰＦＳの結果をさらにＨＥＲ２：ＨＥＲ３の比に関して評価した。これらのさらなる解析の結果を図２９〜３１に示す。これらの図が示すとおり、ペルツズマブの活性は、高いＨＥＲ２：ＨＥＲ３比を有する患者で最大である。
結論
ペルツズマブの活性は、ＨＥＲ３低発現癌を有する患者で最大であって、ＨＥＲ３遺伝子発現値が低下するにつれて増大する傾向である。ペルツズマブ活性はまた、高ＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現の癌を有する患者でも最大であって、ＨＥＲ２：ＨＥＲ３遺伝子発現値が増大するにつれて増大する傾向である。ペルツズマブ治療に応答した低ＨＥＲ３発現値を有するほとんどの患者がまた、高いＨＥＲ２：ＨＥＲ３比を有した。
ＨＥＲ３高発現性腫瘍を有する患者のペルツズマブとゲムシタビンとの間には負の相互作用があり得る。
ＨＥＲ３発現は、化学療法のバックグラウンドに対して予後であり得、ここでは高発現性腫瘍ほどよい。
この結果は驚くべきものであって、かつ予想されなかった。
（実施例２）
進行性、難治性、または再発性の卵巣癌の治療のためのペルツズマブ
この実施例は、卵巣癌患者の単群（ｓｉｎｇｌｅ ａｒｍ）の、非盲検、多施設第ＩＩ相臨床試験に関するものである。進行性、難治性、または再発性の卵巣癌を有する患者を、ヒト化ＨＥＲ２抗体であるペルツズマブで処置した。
再発性卵巣癌を有する患者を登録し、「低用量」単剤ペルツズマブを用いた治療を受けさせた；ペルツズマブを８４０ｍｇのローディングに続いて３週間毎に４２０ｍｇ、静脈内（ＩＶ）投与した。
第２のコホートの患者を、単剤として投与した「高用量」ペルツズマブ；すなわち１０５０ｍｇで３週間毎に処置した。
２、４、６、８、１２、および１６サイクル後に腫瘍の評価を得た。ＲＥＣＩＳＴによる奏功率（ＲＲ）が一次エンドポイントであった。安全性および耐容性をさらに評価した。二次エンドポイントは、ＴＴＰ、奏効期間、生存期間、薬物動態（ＰＫ）、およびＦＯＳＩ（コホート２）であった。
ｑＲＴ−ＰＣＲアッセイは、保管されたホルマリン固定パラフィン包埋組織で行った。アッセイデータは１１７例の患者のうち４６例で利用可能である。最適のスプリットとして選択した２５／７５でのＨＥＲ３のｑＲＴ−ＰＣＲによるＰＦＳおよびＯＳを図２５に示す。ここでは高ＨＥＲ３発現者は、７５パーセンタイル以上であったが、低ＨＥＲ３発現者は７５パーセンタイル未満であった。
ここでも、ペルツズマブで処置した低ＨＥＲ３発現を有する患者は、ＰＦＳおよびＯＳに関して良好な転帰を示した。
（実施例３）
白金耐性の再発性卵巣癌の治療のためのペルツズマブ
このランダムな非盲検第二相臨床試験では、カルボプラチンベースの標準的な化学療法と組み合わせたペルツズマブ処置の有効性および安全性を、白金感受性の再発性卵巣癌を有する患者で検討した。目的のサンプルの大きさは１００〜５００例の個体である。
標的サンプルのサイズは１４８である。
参加基準：
・組織学的に確認された卵巣癌、原発性腹膜癌、または卵管癌；
・事前のレジメンは１つだけで、これは白金ベースのものでなければならない；
・白金感受性の疾患であって、これは白金ベースの化学療法の終了後６ヶ月より長い無増悪期間で規定される。
除外基準：
・事前の放射線療法；
・抗癌ワクチンまたはなんらかの標的化療法を用いた以前の処置；
・研究の４週内の大手術または外傷；
・中枢神経系への転移の既往歴または証拠
この結果は図３２〜３５に示す。このトライアルの結果によってさらに、ペルツズマブの活性は、ＨＥＲ３低発現癌を有する患者で最大であって、ＨＥＲ３遺伝子発現値が低下するにつれて増大する傾向であることが確認される。ペルツズマブ活性はまた、高ＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現の癌を有する患者でも最大であって、ＨＥＲ２：ＨＥＲ３遺伝子発現値
が増大するにつれて増大する傾向である。ペルツズマブ治療に応答した低ＨＥＲ３発現値を有するほとんどの患者がまた、高いＨＥＲ２：ＨＥＲ３比を有した。
ＨＥＲ３高発現性腫瘍を有する患者でペルツズマブとゲムシタビンとの間には負の相互作用があり得る。
ＨＥＲ３発現は、化学療法のバックグラウンドに対して予後であり得、ここでは高発現性腫瘍ほどよい。
（実施例４）
白金耐性上皮性卵巣癌を有する患者における、ペルツズマブ＋ゲムシタビン対ゲムシタビン＋プラシーボの第ＩＩ相研究でのＨＥＲ経路遺伝子発現解析
背景：白金耐性（ＣＤＤＰ−Ｒ）上皮性卵巣癌（ＥＯＣ）を有する患者における、ペルツズマブ＋ゲムシタビン対ゲムシタビン＋プラシーボのランダム第ＩＩ相トライアル（Ｎ＝１３０）によって、ペルツズマブがＰＦＳを延長すること（ＨＲ ０．６６，９５％ ＣＩ ０．４３，１．０３）、およびこのＰＦＳの期間が、ＨＥＲ３の遺伝子発現と関連し得ることが示唆された（実施例２および３を参照のこと）。
方法：ＣＤＤＰ−ＲのＥＯＣを有する患者を、Ｇ＋ＰまたはＧ＋プラシーボにランダムに分けた。進行するまで、または許容できない毒性が生じるまで処置を与えた。一次エンドポイントはＰＦＳであった。二次的な目標は、ＨＥＲ２活性化関連発現プロフィールを有する患者での有効性の転帰を評価することであった。保管ホルマリン固定パラフィン包埋組織（ＦＦＰＥＴ）を用いてｑＲＴ−ＰＣＲアッセイを上記のとおり行い、ＨＥＲ１、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、アンフィレギュリンおよびベータセルリンを含むＨＥＲ経路の遺伝子のｍＲＮＡ発現解析を可能にした。転帰は、低遺伝子発現によって（＜メジアンレベル）および高遺伝子発現によって（≧メジアンレベル）記載した。
結果：試験した５つのバイオマーカーのうち、ＨＥＲ３の遺伝子発現のみが、低対高の結果に基づいて異なるＰＦＳおよびＯＳの転帰を有する患者の亜群を示唆した。全ての患者についての最終のＰＦＳおよびＯＳの転帰、ならびにｑＲＴ−ＰＣＲのＨＥＲ３による転帰は以下のとおりである：
Figure 2014240434
 結論：この予備的な解析によって、低い腫瘍のＨＥＲ３遺伝子発現値は、ＣＤＤＰ−ＲのＥＯＣを有する患者で予後の指標として用いられ得ることが示唆される。ペルツズマブ処置は腫瘍が低ＨＥＲ３遺伝子発現を有する患者においてゲムシタビンの臨床活性を補助し得る。これらのデータによって、ＨＥＲ３のｍＲＮＡ発現値は、予後予測的および予測的な診断のバイオマーカーとして用いられ得ることが示唆される。

Claims (44)

  1. 卵巣癌を有する患者を処置するための、ペルツズマブを含有する組成物であって、ここで該患者のガンが、該ガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現についてメジアンレベル未満のレベルでＨＥＲ３を発現すると決定されている、組成物。
  2. 前記患者のガンが、前記ガンのタイプにおけるＨＥＲ３発現について２５パーセンタイル未満のレベルでＨＥＲ３を発現すると決定されている、請求項１に記載の組成物。
  3. ＨＥＲ３発現がポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて決定される、請求項１または請求項２に記載の組成物。
  4. 前記ＰＣＲが定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である、請求項３に記載の組成物。
  5. 前記ペルツズマブがＨＥＲ２細胞外ドメインのドメインＩと、ＩＩと、ＩＩＩとの間の接合部に結合する、請求項１に記載の組成物。
  6. 前記ペルツズマブが裸の抗体である、請求項１に記載の組成物。
  7. 前記ペルツズマブがインタクトな抗体である、請求項１に記載の組成物。
  8. 前記ペルツズマブが抗原結合領域を含む抗体フラグメントである、請求項１に記載の組成物。
  9. 前記ガンのタイプが白金耐性である、請求項１に記載の組成物。
  10. 前記ガンのタイプが、進行性、難治性または再発性の卵巣癌である、請求項１に記載の組成物。
  11. 前記患者における無増悪生存（ＰＦＳ）が延長される、請求項１に記載の組成物。
  12. 前記患者における全生存（ＯＳ）が延長される、請求項１に記載の組成物。
  13. 単一の抗腫瘍剤として投与されることを特徴とする、請求項１に記載の組成物。
  14. 第二の治療剤と共に投与されることを特徴とする、請求項１に記載の組成物。
  15. 前記第二の治療剤が化学療法剤、ＨＥＲ抗体、腫瘍関連抗原に対する抗体、抗ホルモン化合物、心保護剤（ｃａｒｄｉｏｐｒｏｔｅｃｔａｎｔ）、サイトカイン、ＥＧＦＲ標的化薬、抗血管新生剤（ａｎｔｉ−ａｎｇｉｏｇｅｎｉｃ ａｇｅｎｔ）、チロシンキナーゼインヒビター、ＣＯＸインヒビター、非ステロイド性抗炎症薬、ファルネシル転移酵素インヒビター、腫瘍胎児性タンパク質ＣＡ１２５に結合する抗体、ＨＥＲ２ワクチン、ＨＥＲ標的化療法、Ｒａｆまたはｒａｓインヒビター、リポソームのドキソルビシン、トポテカン、タキサン、二重チロシンキナーゼインヒビター、ＴＬＫ２８６、ＥＭＤ−７２００、悪心を処置する医薬、皮膚発疹を予防もしくは処置する医薬、または標準的座瘡治療、下痢を処置もしくは予防する医薬、体温低下医薬、および造血成長因子からなる群より選択される、請求項１４に記載の組成物。
  16. 前記第二の治療剤が化学療法剤である、請求項１５に記載の組成物。
  17. 前記化学療法剤が、ゲムシタビン、カルボプラチン、パクリタキセル、ドセタキセル、トポテカンおよびリポソームのドキソルビシンからなる群より選択される、請求項１６に記載の組成物。
  18. 前記化学療法剤が代謝拮抗剤である、請求項１６に記載の組成物。
  19. 前記代謝拮抗化学療法剤がゲムシタビンである、請求項１８に記載の組成物。
  20. 前記第二の治療剤がトラスツズマブ、エルロチニブまたはベバシズマブである、請求項１４に記載の組成物。
  21. 前記患者のガンが、前記ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルより大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、請求項１に記載の組成物。
  22. 前記患者のガンが、前記ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現についてメジアンレベルより大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、請求項２１に記載の組成物。
  23. 前記患者のガンが、前記ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について７５パーセンタイルより大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現する、請求項２２に記載の組成物。
  24. あるタイプの卵巣癌を有する患者を処置するための、ペルツズマブを含有する組成物であって、ここで該患者のガンが、該ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について２５パーセンタイルより大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現すると決定されている、組成物。
  25. 前記患者のガンが、前記ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現についてメジアンレベルより大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現すると決定されている、請求項２４に記載の組成物。
  26. 前記患者のガンが、前記ガンのタイプにおけるＨＥＲ２：ＨＥＲ３発現について７５パーセンタイルより大きいレベルでＨＥＲ２：ＨＥＲ３を発現すると決定されている、請求項２５に記載の組成物。
  27. ＨＥＲ２およびＨＥＲ３の発現がポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて決定される、請求項２４〜２６のいずれか１項に記載の組成物。
  28. 前記ＰＣＲが定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である、請求項２７に記載の組成物。
  29. 前記ペルツズマブがＨＥＲ２細胞外ドメインのドメインＩと、ＩＩと、ＩＩＩとの間の接合部に結合する、請求項２４に記載の組成物。
  30. 前記ペルツズマブが裸の抗体である、請求項２４に記載の組成物。
  31. 前記ペルツズマブがインタクトな抗体である、請求項２４に記載の組成物。
  32. 前記ペルツズマブが抗原結合領域を含む抗体フラグメントである、請求項２４に記載の組成物。
  33. 前記ガンのタイプが白金耐性である、請求項２４に記載の組成物。
  34. 前記ガンのタイプが、進行性、難治性または再発性の卵巣癌である、請求項２４に記載の組成物。
  35. 前記患者における無増悪生存（ＰＦＳ）が延長される、請求項２４に記載の組成物。
  36. 前記患者における全生存（ＯＳ）が延長される、請求項２４に記載の組成物。
  37. 単一の抗腫瘍剤として投与されることを特徴とする、請求項２４に記載の組成物。
  38. 第二の治療剤と共に投与されることを特徴とする、請求項２４に記載の組成物。
  39. 前記第二の治療剤が化学療法剤、ＨＥＲ抗体、腫瘍関連抗原に対する抗体、抗ホルモン化合物、心保護剤、サイトカイン、ＥＧＦＲ標的化薬、抗血管新生剤、チロシンキナーゼインヒビター、ＣＯＸインヒビター、非ステロイド性抗炎症薬、ファルネシル転移酵素インヒビター、腫瘍胎児性タンパク質ＣＡ１２５に結合する抗体、ＨＥＲ２ワクチン、ＨＥＲ標的化療法、Ｒａｆまたはｒａｓインヒビター、リポソームのドキソルビシン、トポテカン、タキサン、二重チロシンキナーゼインヒビター、ＴＬＫ２８６、ＥＭＤ−７２００、悪心を処置する医薬、皮膚発疹を予防もしくは処置する医薬、または標準的座瘡治療、下痢を処置もしくは予防する医薬、体温低下医薬、および造血成長因子からなる群より選択される、請求項３８に記載の組成物。
  40. 前記第二の治療剤が化学療法剤である、請求項３８に記載の組成物。
  41. 前記化学療法剤が、ゲムシタビン、カルボプラチン、パクリタキセル、ドセタキセル、トポテカンおよびリポソームのドキソルビシンからなる群より選択される、請求項４０に記載の組成物。
  42. 前記化学療法剤が代謝拮抗剤である、請求項４０に記載の組成物。
  43. 前記代謝拮抗化学療法剤がゲムシタビンである、請求項４２に記載の組成物。
  44. 前記第二の治療剤がトラスツズマブ、エルロチニブまたはベバシズマブである、請求項３８に記載の組成物。
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