KR20200075860A - 암의 진단 및 치료 방법 - Google Patents

암의 진단 및 치료 방법 Download PDF

Info

Publication number
KR20200075860A
KR20200075860A KR1020207014529A KR20207014529A KR20200075860A KR 20200075860 A KR20200075860 A KR 20200075860A KR 1020207014529 A KR1020207014529 A KR 1020207014529A KR 20207014529 A KR20207014529 A KR 20207014529A KR 20200075860 A KR20200075860 A KR 20200075860A
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
expression level
cancer
genes
adam19
ctgf
Prior art date
Application number
KR1020207014529A
Other languages
English (en)
Inventor
잉후이 구안
야신 센바바오글루
샤논 털리
위레이 왕
Original Assignee
제넨테크, 인크.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 제넨테크, 인크. filed Critical 제넨테크, 인크.
Publication of KR20200075860A publication Critical patent/KR20200075860A/ko

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
    • A61K39/39533—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals
    • A61K39/39558—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals against tumor tissues, cells, antigens
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
    • G01N33/57488—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites involving compounds identifable in body fluids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2539/00—Reactions characterised by analysis of gene expression or genome comparison
    • C12Q2539/10—The purpose being sequence identification by analysis of gene expression or genome comparison characterised by
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
    • G01N2333/475—Assays involving growth factors
    • G01N2333/495—Transforming growth factor [TGF]
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
    • G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • G01N2333/70596—Molecules with a "CD"-designation not provided for elsewhere in G01N2333/705
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis

Abstract

본 발명은 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암, 폐암, 간암, 난소암, 췌장 암, 결장직장암, 또는 유방암)의 치료를 위한 진단 방법, 치료 방법, 및 조성물을 제공한다. 본 발명은, 적어도 부분적으로, 암이 있는 개체로부터의 샘플에서 본 명세서에 기재된 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준이 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 예컨대 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제)를 포함하는 항-암 요법으로 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하는 방법, 암이 있는 개체에 대한 치료법을 선정하는 방법, 암이 있는 개체를 치료하는 방법, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 예컨대 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제)를 포함하는 항-암 요법으로 치료에 대해 개체의 반응을 평가하거나 반응을 모니터링하는 방법, 및 관련된 키트, 항암 요법, 및 용도에 사용될 수 있다는 발견에 기초한다.

Description

암의 진단 및 치료 방법
서열 목록
본원은 ASCII 포맷으로 전자 형식으로 제출되어, 그 전체가 참조로 본원에 편입된 서열 목록을 포함한다. 2018년 11월 5일자로 창작된 상기 ASCII 사본은 50474-172WO4_Sequence_Listing_11.5.18_ST25로 명명되고 크기는 309,531이다.
기술분야
본 발명은 암의 치료를 위한 진단 및 치료 방법에 대한 것이다. 또한 관련된 키트 및 검정이 제공된다.
암은 인간 건강에 가장 치명적인 위협들 중 하나로 남아있다. 미국에서, 암은 매년 거의 130만명의 신규한 환자에게 영향을 미치고 심장병 이후 사망의 두 번째 주된 원인으로, 대략 4분의 1 사망을 차지한다. 또한 암은 5년 이내에 사망 원인 중 1위로 심혈관 질환을 능가할 수 있을 것이 예상된다. 고형 종양은 대부분의 사망에 대한 원인으로 작용한다. 특정 암의 의학적 치료에 유의미한 진전이 있어 왔지만, 모든 암의 경우 총 5년 생존율이 지난 20년에 걸쳐 약 10%만 개선된 바 있다. 악성 고형 종양은 특히 조절되지 않는 방식으로 전이하고 빠르게 성장하여, 그것의 시기적절한 검출과 치료를 극도로 어렵게 한다.
면역 관문 억제제를 갖는 인간에서의 연구는 종양 성장을 제어하고 박멸하기 위해 면역계를 활용하는 밝은 전망을 실증했다. 프로그래밍된 사망 1 (PD-1) 수용체 및 그것의 리간드 프로그래밍된 사망-리간드 1 (PD-L1)은 만성 감염, 임신, 조직 동종이식편, 자가면역 질환, 및 암 동안 면역계 반응의 억제에 연루된 면역 관문 단백질이다. PD-L1은 T-세포, B-세포, 및 단핵구의 표면 상에 발현되는 억제성 수용체 PD-1에 결합함에 의해 면역 반응을 조절한다. PD-L1은 또 다른 수용체, B7-1과 또한 상호작용을 통해 T-세포 기능을 음성으로 조절한다. PD-L1/PD-1 및 PD-L1/B7-1 복합체의 형성은 T-세포 수용체 신호화를 음성으로 조절하여, T-세포 활성화의 후속 하향조절 및 항-종양 면역성 활성의 억제를 초래한다.
암 치료에서 상당한 진전에도 불구하고, 개선된 진단 방법 및 암 요법이 여전히 추구되고 있다.
본 발명은 비제한적으로, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암을 포함한, 암이 있는 개체를 진단 및 치료 방법과 조성물을 제공한다.
일 양태에서, 본 발명은 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하며:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2, 여기서 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서의 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로 치료로부터 이점이 있을 수 있는 이들로 확인한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 암이 있는 개체에 대한 치료법을 선정하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하며:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2, 여기서 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서의 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로 치료로부터 이점이 있을 수 있는 이들로 확인한다.
임의의 이전의 양태의 일부 구현예에서, 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서의 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준, 및 본 방법은 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법을 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준은 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, TGFB1 및/또는 TGFBR1의 발현 수준은 TGFB1 및/또는 TGFBR1의 참조 수준에 있거나 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 발현 수준은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 암이 있는 개체를 치료하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다:(a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준을 결정하는 단계:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2, 상기 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준은 상기 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정됨; 및 (b) 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법을 단계 (a)에서 결정된 3개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에 기초하여 상기 개체에게 투여하는 단계. 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준은 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, TGFB1 및/또는 TGFBR1의 발현 수준은 TGFB1 및/또는 TGFBR1의 참조 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 발현 수준은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정된다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 암이 있는 개체를 치료하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법을 투여하는 단계를 포함하고, 여기서 치료 이전에 상기 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준은 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준은 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, TGFB1 및/또는 TGFBR1의 발현 수준은 TGFB1 및/또는 TGFBR1의 참조 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 발현 수준은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정되었다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 3개 또는 그 초과의 개체로부터의 샘플에서 발현 수준을 갖는 것으로 확인된 개체에서 암을 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법을 투여하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준은 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 확인되었다. 일부 구현예에서, TGFB1 및/또는 TGFBR1의 발현 수준은 TGFB1 및/또는 TGFBR1의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 확인되었다. 일부 구현예에서, 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 발현 수준은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정되었다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 상기 개체로부터의 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하며, 상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함하고, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서의 하나 이상의 유전자의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로 치료로부터 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 암이 있는 개체에 대한 치료법을 선정하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 상기 개체로부터의 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하며, 상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함하고, 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서의 하나 이상의 유전자의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로 치료로부터 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다.
임의의 이전의 양태의 일부 구현예에서, 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이고, 그리고 본 방법은 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법을 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, TGFB1 및/또는 TGFBR1의 발현 수준은 TGFB1 및/또는 TGFBR1의 참조 수준에 있거나 또는 그 초과이다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 암이 있는 개체를 치료하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다:(a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2, 상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함하고, 상기 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준은 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정됨; 및 (b) 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법을 단계　(a)에서 결정된 하나 이상의 유전자의 발현 수준에 기초하여 상기 개체에게 투여하는 단계. 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정된다. 일부 구현예에서, TGFB1 및/또는 TGFBR1의 발현 수준은 TGFB1 및/또는 TGFBR1의 참조 수준에 있거나 또는 그 초과이다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 암이 있는 개체를 치료하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법을 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 치료 이전 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정되었고, 상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함한다. 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, TGFB1 및/또는 TGFBR1의 발현 수준은 TGFB1 및/또는 TGFBR1의 참조 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정되었다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상의 개체로부터의 샘플에서의 발현 수준을 갖는 것으로 확인된 개체에서 암을 치료하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법을 투여하는 단계를 포함하고, 상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함한다. 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 확인되었다. 일부 구현예에서, TGFB1 및/또는 TGFBR1의 발현 수준은 TGFB1 및/또는 TGFBR1의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 확인되었다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료에 대한 암이 있는 개체의 반응을 평가하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다:(a) 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 투여 동안 또는 그 후의 시점에서 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 5개 또는 그 초과의 발현 수준을 결정하는 단계:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1; 및 (b) 5개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준과 상기 샘플에서 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준의 비교에 기초하여 상기 치료를 유지, 조정 또는 중단하는 단계로, 여기서 5개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 비교된 상기 개체로부터의 샘플에서 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에서의 변화는 항-암 요법으로의 치료에 대한 반응을 나타내는, 단계.일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준은 5개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 비하여 변화된다. 일부 구현예에서, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1의 발현 수준은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1의 참조 발현 수준에 비하여 변화된다. 일부 구현예에서, 변화는 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에서의 증가이고 치료는 조정되거나 또는 중단된다. 일부 구현예에서, 변화는 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에서의 감소이고 치료는 유지된다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터링하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다:(a) 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 투여 동안 또는 그 후의 시점에서 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 5개 또는 그 초과의 발현 수준을 결정하는 단계:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1; 및 (b) 5개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준과 상기 개체로부터의 샘플에서 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준을 비교하고, 그것에 의해 항-암 요법으로 치료를 받고 있는 개체의 반응을 모니터링하는 단계.일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준은 5개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 비하여 변화된다. 일부 구현예에서, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1의 발현 수준은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1의 참조 발현 수준에 비하여 변화된다. 일부 구현예에서, 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에서의 증가는 치료에 대한 개체의 반응의 결여를 나타낸다. 일부 구현예에서, 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에서의 감소는 치료에 대한 개체의 반응을 나타낸다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료에 대한 암이 있는 개체의 반응을 평가하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다:(a) 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 투여 동안 또는 그 후의 시점에서 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1, 상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19, ACTG2, CNN1, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1을 포함함; 및 (b) 상기 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준과 상기 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 비교에 기초하여 상기 치료를 유지, 조정 또는 중단하는 단계로, 여기서 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 비교된 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서의 변화는 항-암 요법으로의 치료에 대한 반응을 나타내는, 단계.일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 비하여 변화된다. 일부 구현예에서, 변화는 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서의 증가이고 치료는 조정되거나 또는 중단된다. 일부 구현예에서, 변화는 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서의 감소이고 치료는 유지된다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터링하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다:(a) 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 투여 동안 또는 그 후의 시점에서 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1, 상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19, ACTG2, CNN1, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1을 포함함; 및 (b) 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준과 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준을 비교하고, 그것에 의해 항-암 요법으로 치료를 받고 있는 개체의 반응을 모니터링하는 단계. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준은 5개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 비하여 변화된다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서의 증가는 치료에 대한 개체의 반응의 결여를 나타낸다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서의 감소는 치료에 대한 개체의 반응을 나타낸다.
임의의 이전의 양태의 일부 구현예에서, 본 방법은 PD-L1, CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21로 구성되는 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가의 유전자의 샘플에서 발현 수준을 결정하는 것을 더 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 추가의 유전자는 PD-L1이다. 일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 추가의 유전자는 CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21로 구성되는 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 또는 8개 모두의 발현 수준을 결정하는 것을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21의 발현 수준을 결정하는 것을 추가로 포함한다.
임의의 이전의 양태의 일부 구현예에서, 본 방법은 상기 개체로부터의 종양 샘플에서 종양 돌연변이 부담 (TMB)을 결정하는 것을 추가로 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 암이 있는 개체에 대한 치료법을 선택하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 하기를 결정하는 단계를 포함한다: (i) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1; 및 (ii) 상기 개체로부터의 샘플에서 CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가의 유전자의 발현 수준, 또는 상기 개체로부터의 종양 샘플에서 TMB 점수, 여기서: (i)의 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 (i)의 하나 이상의 유전자의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인하고, 그리고 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 (i)의 하나 이상의 유전자의 발현 수준 및 (ii)의 하나 이상의 추가의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 (ii)의 하나 이상의 추가의 유전자의 발현 수준, 또는 참조 TMB 점수에 있거나 또는 그 초과인 종양 샘플에서의 TMB 점수는 상기 개체를 면역요법 단독을 포함하는 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 개체가 치료로부터 이점이 있을 수 있는 항-암 요법을 상기 개체에게 투여하는 것을 추가로 포함한다.
임의의 이전의 양태의 일부 구현예에서, 암은 방광암, 신장암, 폐암, 간암, 난소암, 췌장 암, 결장직장암, 또는 유방암으로 구성된 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 암은 방광암이다. 일부 구현예에서, 상기 방광암은 요상피 암종 (UC)이다. 일부 구현예에서, 상기 UC는 전이성 UC이다. 일부 구현예에서, 상기 췌장 암은 췌장 관상 선암종 (PDAC)이다.
임의의 이전의 양태의 일부 구현예에서, 개체로부터의 종양은 면역 배제된 표현형을 가지고이는 하기를 특징으로 한다: 종양주위 기질 구획에서 CD8+ T-세포의 편재화.일부 구현예에서, CD8+ T-세포는 콜라겐 섬유에 또는 근처에 편재화한다.
임의의 이전의 양태의 일부 구현예에서, 상기 참조 발현 수준은 암이 있는 개체의 모집단으로부터 결정된다. 일부 구현예에서, 상기 참조 발현 수준은 중앙 발현 수준이고 및/또는 Z-점수-형질전환된 발현 수준의 원리 성분 분석에 의해 결정된다.
임의의 이전의 양태의 일부 구현예에서, 상기 발현 수준은 핵산 발현 수준이다. 일부 구현예에서, 상기 핵산 발현 수준은 mRNA 발현 수준이다. 일부 구현예에서, mRNA 발현 수준은 RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, 다중 qPCR 또는 RT-qPCR, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술, ISH, 또는 이들의 조합에 의해 결정된다.
임의의 이전의 양태의 다른 구현예에서, 상기 발현 수준은 단백질 발현 수준이다. 일부 구현예에서, 단백질 발현 수준은 면역조직화학 (IHC), 웨스턴 블랏, 효소-결합 면역흡착 검정 (ELISA), 면역침강, 면역형광, 방사선면역검정, 또는 질량 분광분석법에 의해 결정된다.
임의의 이전의 양태의 일부 구현예에서, 상기 샘플은 조직 샘플, 세포 샘플, 전혈 샘플, 혈장 샘플, 혈청 샘플, 또는 이들의 조합이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 종양 조직 샘플이다. 일부 구현예에서, 종양 조직 샘플은 종양 세포, 종양-침윤하는 면역 세포, 기질 세포, 또는 이들의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, 종양 조직 샘플은 포르말린-고정된 및 파라핀-포매된 (FFPE) 샘플, 기록 샘플, 신선한 샘플, 또는 냉동된 샘플이다.
임의의 이전의 양태의 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 형질전환 성장 인자 베타 (TGF-β), 포도플라닌 (PDPN), 백혈구-연관된 면역글로불린-유사 수용체 1 (LAIR1), SMAD, 역형성 림프종 키나제 (ALK), 결합 조직 성장 인자 (CTGF/CCN2), 내피성-1 (ET-1), AP-1, 인터류킨 (IL)-13, 라이실 옥시다제 동족체 2 (LOXL2), 엔도글린 (CD105), 섬유모세포 활성화 단백질 (FAP), 혈관 세포 유착 단백질 1 (CD106), 흉선세포 항원 1 (THY1), 베타 1 인테그린 (CD29), 혈소판-유래된 성장 인자 (PDGF), PDGF 수용체 A (PDGFRα), PDGF 수용체 B (PDGFRβ), 비멘틴, 평활근 액틴 알파 (ACTA2), 데스민, 엔도시알린 (CD248), 또는 S100 칼슘-결합 단백질 A4 (S100A4) 길항제이다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 퍼페니돈, 갈루니세르팁, 또는 닌테다닙이다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 TGF-β 길항제이다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 TGF-β 결합 길항제이다. 일부 구현예에서, TGF-β 결합 길항제는 그것의 리간드 결합 파트너에 대해 TGF-β의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, TGF-β 결합 길항제는 TGF-β에 대한 세포 수용체에 대해 TGF-β의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, TGF-β 결합 길항제는 TGF-β의 활성화를 억제한다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 TGF-β1, TGF-β2, 및/또는 TGF-β3을 억제한다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 TGF-β1, TGF-β2, 및 TGF-β3을 억제한다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 TGF-β 수용체-1 (TGFBR1), TGF-β 수용체-2 (TGFBR2), 및/또는 TGF-β 수용체-3 (TGFBR3)을 억제한다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 폴리펩타이드, 소분자, 또는 핵산이다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 폴리펩타이드이다. 일부 구현예에서, 폴리펩타이드는 항-TGF-β 항체, 가용성 TGF-β 수용체, 또는 펩타이드이다. 일부 구현예에서, 폴리펩타이드는 항-TGF-β 항체이다. 일부 구현예에서, 항-TGF-β 항체는 범-특이적 항-TGF-β 항체이다. 일부 구현예에서, 항-TGF-β 항체는 프레솔리무맙, 메텔리무맙, 레르델리무맙, 1D11, 2G7, 또는 이의 유도체이다. 일부 구현예에서, 펩타이드는 디시테르타이드 (P144)이다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 소분자이다. 일부 구현예에서, 소분자는 갈루니세르팁 (LY2157299), LY2382770, LY3022859, SB-431542, SD208, SM16, 트라닐라스트, 피르페니돈, TEW-7197, PF-03446962, 및 피롤-이미다졸 폴리아미드로 구성되는 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 핵산이다. 일부 구현예에서, 핵산은 트라베데르센 (AP12009) 또는 벨라겐퓨마튜셀-L이다.
임의의 이전의 양태의 일부 구현예에서, 면역요법은 CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, CD40, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMGB1, 또는 TLR 효능제를 포함한다.
임의의 이전의 양태의 다른 구현예에서, 면역요법은 PD-L1 축, CTLA-4, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제를 포함한다. 일부 구현예에서, 면역요법은 PD-L1 축 길항제이다. 일부 구현예에서, PD-L1 축 길항제는 PD-L1 축 결합 길항제이다. 일부 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대의 하나 이상으로의 PD-L1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1으로의 PD-L1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 B7-1으로의 PD-L1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및 B7-1 둘 모두로의 PD-L1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 항-PD-L1 항체이다. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 단클론성 항-PD-L1 항체이다. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 인간, 인간화된, 또는 키메라 항-PD-L1 항체이다. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기로 구성된 군으로부터 선택된다:MPDL3280A (아테졸리주맙), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (드루발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙). 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기 초가변성 영역 (HVR)을 포함한다:(a) 하기의 HVR-H1 서열: GFTFSDSWIH (서열번호:63); (b) 하기의 HVR-H2 서열: AWISPYGGSTYYADSVKG (서열번호:64); (c) 하기의 HVR-H3 서열: RHWPGGFDY (서열번호:65); (d) 하기의 HVR-L1 서열: RASQDVSTAVA (서열번호:66); (e) 하기의 HVR-L2 서열: SASFLYS (서열번호:67); 및 (f) 하기의 HVR-L3 서열: QQYLYHPAT (서열번호:68). 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다:(a) 하기의 아미노산 서열에 적어도 90% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변성 (VH) 도메인: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS (서열번호:69);
(b) 하기의 아미노산 서열에 적어도 90% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변성 (VL) 도메인: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (서열번호:70); 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인.일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다:(a) 하기의 아미노산 서열에 적어도 95% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호:69; (b) 하기의 아미노산 서열에 적어도 95% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호:70; 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인.일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다:(a) 하기의 아미노산 서열에 적어도 96% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호:69; (b) 하기의 아미노산 서열에 적어도 96% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호:70; 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인.일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다:(a) 하기의 아미노산 서열에 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호:69; (b) 하기의 아미노산 서열에 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호:70; 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인.일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다:(a) 하기의 아미노산 서열에 적어도 98% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호:69; (b) 하기의 아미노산 서열에 적어도 98% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호:70; 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인.일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다:(a) 하기의 아미노산 서열에 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호:69; (b) 하기의 아미노산 서열에 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호:70; 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인.일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다:(a) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호:69; (b) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호:70; 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인.일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다:(a) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호:69; 및 (b) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호:70.일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙이다. 일부 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대로의 PD-1 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L2로의 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및 PD-L2 둘 모두으로의 PD-L1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 항-PD-1 항체이다. 일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 단클론성 항-PD-1 항체이다. 일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 인간, 인간화된, 또는 키메라 항-PD-1 항체이다.
일부 구현예에서, 본 방법은 추가로, 추가 치료제를 상기 개체에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 추가 치료제는 하기로 이루어진 군으로부터 선택된다: 면역치료제, 세포독성제, 성장 억제제, 방사선 치료제, 항-혈관형성제, 및 이들의 조합.일부 실시형태에서, 개체는 인간이다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하기 위한 키트를 특징으로 하며, 상기 키트는 하기를 포함한다:(a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준을 결정하기 위한 시약:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2; 및, 선택적으로, (b) 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하기 위해 상기 시약을 사용하는 지침.
또 다른 양태에서, 본 발명은 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하기 위한 키트를 특징으로 하며, 상기 키트는 하기를 포함한다:(a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2, 여기서 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함하고; 그리고, 선택적으로, (b) 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하기 위해 상기 시약을 사용하는 지침.
또 다른 양태에서, 본 발명은 암을 앓고 있는 개체를 치료하는 방법에서 사용하기 위한 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법을 특징으로 하며, 여기서 치료 이전 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 암을 앓고 있는 개체를 치료하는 방법에 사용하기 위한 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법을 특징으로 하며, 여기서 치료 이전 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었고, 상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 암을 앓고 있는 개체를 치료하기 위한 약제의 제조에 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 사용을 제공하며, 여기서 치료 이전 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 암을 앓고 있는 개체를 치료하기 위한 약제의 제조에 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 사용을 제공하며, 여기서 치료 이전 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었고, 상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 암이 있는 개체의 반응을 모니터링하기 위한 키트를 특징으로 하며, 상기 키트는 하기를 포함한다:(a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 5개 또는 그 초과의 발현 수준을 결정하기 위한 시약:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1; 및, 선택적으로, (b) 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터하기 위해 상기 시약을 사용하는 지침.
또 다른 양태에서, 본 발명은 암이 있는 개체의 반응을 모니터링하기 위한 키트를 특징으로 하며, 상기 키트는 하기를 포함한다:(a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1, 상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19, ACTG2, CNN1, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1을 포함함; 및, 선택적으로, (b) 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터하기 위해 상기 시약을 사용하는 지침.
본 출원 파일은 색상으로 실행된 적어도 하나의 도면을 함유한다. 색상 도면과 함께 본 특허 또는 특허 출원의 사본은 요청 및 필요한 요금의 지불에 의해 사무실에서 제공될 것이다.
도 1a는 종양-침윤하는 면역 세포 (IC) 상에 프로그래밍된 사망-리간드 1 (PD-L1) 단백질 발현이 아테졸리주맙에 대한 반응과 연관된다는 것을 나타내는 그래프이다 (피셔 정확 테스트; p　=　0.0038). IC2+ 종양은 상당히 더 높은 완전한 반응 (CR) 비를 갖지만 (p　=　0.0006), 부분적인 반응군 (PR)의 비율은 모든 IC 수준에 걸쳐 유사하였다 (p　=　0.53).
도 1b는 IC 상의 PD-L1 면역조직화학 (IHC) 양성율과 연관된 유전자를 나타내는 그래프이다. 정규화된 log2-형질전환된 유전자 발현은 PD-L1 IC 단백질 발현과 비교되었고, 그리고 조정된 p 값 (형질전환된 -log10, y-축) 및 연관성의 효과 크기 (x-축)가 플롯팅된다. 인터페론 감마-자극된 ("유도성 IFNg") 유전자 및 이전에-보고된 CD8 T-효과기 및 면역 관문 분자 유전자 세트가 가장 극적으로 상향조절된 것 중에 있었다.
도 1c 및 1d는 CD8 T-효과기 서명 점수와 PD-L1 IC 사이의 연관성 또는 반응을 나타내는 일련의 그래프이다. CD8+ T-효과기 서명 점수 (y-축)는 PD-L1 IC 점수 (도 1c) 및 반응 카테고리 (도 1d)에 대하여 플롯팅된다. 서명 점수와 아테졸리주맙에 대한 PD-L1 IC 염색 (p　=　4.2 × 10-35) 및 반응 둘 모두 사이에는 상당한 양성 관계가 있었다 (p　=　0.0087). CD8 T-효과기 서명과 반응 사이의 연관성은 CR 그룹에 의해 유도되었고, 이것은 상당히 더 높은 CD8 T-효과기 서명을 가졌으며 (t 테스트; p　=　0.002); 다른 3개 반응 그룹 간의 차이는 유의하지 않았다 (변동 분석 (ANOVA) p　=　0.08).
도 1e 및 1f는 반응 상태와 종양 돌연변이 부담 (TMB) 또는 종양 신생항원 부담 (TNB) 사이의 관계를 나타내는 일련의 그래프이다. Foundation Medicine의 FOUNDATIONONE® (또한 본 명세서에서 일명 "FMOne") 패널 (도 1e) 또는 신생항원이 발현되는 것으로 예상된 이들 돌연변이에 대한 전장 유전체 필터링 (도 1f)에 의해 결정된 바와 같은 메가염기 (y-축) 당 돌연변이가 도시되어 있다. 양 메트릭스는 아테졸리주맙에 대한 반응과 양성으로 연관된다 (FMOne-계 돌연변이에 대한 윌콕슨(Wilcoxon) p = 1.4 × 10-7, 예상된 신생항원 경우 = 5.3 × 10-9).
도 1g는 그 발현이 TMB와 상관되는 유전자에 풍부한 KEGG 경로를 나타내는 -그래프이다. TMB와 상관되는 유전자에 상당히 (FDR < 0.05) 풍부한 KEGG 유전자 세트의 농후화를 위한 조정된 -log10 p-값이 도시되어 있다. 주요 기본 생물학적 과정을 반영하는 것으로 추론된 세트는 아래와 같이 착색되어 있다: 증식 (청록색), DNA 손상 반응 (DDR) (심홍색), TGF-β 신호전달 (오렌지). (단일-유전자 p-값에 의해 등급화된) 세트 당 최상부 7개 유전자 만 도시되어 있다.
도 1h는 상이한 유전자 발현 서명들 사이의 관계뿐만 아니라 MKI67에 대한 단일-유전자 발현 값, 증식에 대한 마커를 도시하는 그래프이다. 왼쪽 코너에, 서명 점수/유전자 발현 사이의 상관관계가 시각화된다; 오른쪽 코너에, 피어슨(Pearson) 상관 계수가 주어져 있다. 유전자 세트 멤버쉽은 표 10에 제공되어 있다. 서명 점수 계산에 관한 정보에 대해서는 실시예 1을 참고한다. Pan-F-TBRS: 범-섬유모세포 TGF-β 반응 서명.
도 1i 및 1j는 아포지질단백질 B mRNA 편집 효소, 촉매 폴리펩타이드-유사 (APOBEC) 3A (도 1i) 및 APOBEC3B (도 1j) 유전자 발현과 반응 및 TMB와 그것의 연관성을 도시하는 일련의 그래프이다. 유전자 발현에 대한 정규화된 log2-형질전환된 계수는 y-축 상에 도시되어 있고; 반응 카테고리 및 TMB는 x- 축 상에 도시되어 있다. APOBEC3A (p = 0.015) 및 APOBEC3B (p = 0.0025) 둘 모두는 반응군에서 더 높은 평균 발현을 나타냈다. TMB의 경우, 피어슨 상관 계수 및 p-값이 주어진다. 유전자 발현과 TMB 사이의 관계에 대한 추세 선이 플롯팅된다. 도 1j 경우, 2개 극단적인 발현 특이점은 유전자 발현과 TMB 사이의 상관관계를 계산할 때 배제되었다.
도 1k는 DDR 유전자에서 돌연변이가 TMB와 연관된다는 것을 나타내는 그래프이다. 블랙 직사각형으로 마킹된 돌연변이와 함께, 유전자는 행으로 되어 있고 환자는 열로 있다. 상단 막대 그래프는 높은 것으로부터 낮은 TMB로 분류된 환자와 함께, TMB를 묘사한다. 하단 행은 TP53의 봉입과 함께 또는 없이, 전체 경로의 돌연변이 상태를 나타낸다. 유전자 또는 경로에 돌연변이를 담지하는 환자의 백분율은 좌측에 제공되어 있다.
도 1l은 DDR 유전자 대 반응에 대한 세트-방식 돌연변이 상태를 나타내는 그래프이다. 환자는 이들이 TP53을 제외하고 하나 이상의 DDR 유전자에 돌연변이가 있는 경우 DDR 돌연변이체로 라벨링되었다. 반응군 (CR/PR) 및 비-반응군 (안정한 질환 (SD)/진행성 질환 (PD))의 분획은 이들 두 환자 하위그룹에 대해 플롯팅되어 있다. DDR 돌연변이 상태와 반응 사이에 상당한 연관성이 있었다 (p　=　0.0117).
도 1m은 세포 주기 조절인자 유전자에서 돌연변이가 TMB와 연관된다는 것을 나타내는 그래프이다. 유전자는 행으로 그리고 환자는 열로 플롯팅되어, 환자는 블랙 직사각형으로 돌연변이를 나타낸다. 상단 막대 플롯은 높은 TMB로부터 낮은 TMB로 분류된 환자와 함께, 각각의 환자에서 TMB를 묘사한다. 최종 행은 TP53과 함께 또는 없이, 전체적으로 경로의 돌연변이 상태를 나타낸다. 플롯의 좌측에 대한 백분율은 유병률을 나타낸다. TMB와 상당한 단일 유전자 연관성을 갖는 유전자는 별표에 의해 마킹되어 있다.
도 1n은 반응에 의해 세포 주기 조절 (CCR) 경로에서 돌연변이 상태를 나타내는 그래프이다. 각각의 환자에 대해, 이들이 TP53을 제외하고, CCR 경로에 속하는 유전자에 임의의 돌연변이를 보유하는지 여부가 결정되었다. 환자가 CCR 경로 유전자(들)에서 돌연변이(들)를 보유하는 경우, 이들은 경로에 대해 돌연변이체로 지칭되었다. 그렇지 않으면, 이들은 비-돌연변이체로 간주되었다. 반응군 (CR/PR) 및 비-반응군 (SD/PD)의 분획은 이들 두 환자 하위그룹에 대해 플롯팅되어 있다. TP53을 제외하고, CCR 경로에 대한 돌연변이 상태와 반응 사이에 연관성이 없었다 (p = 0.31104; 표 6).
도 1o는 아테졸리주맙에 대한 반응과 상당히 연관된 KEGG 경로를 도시한다. 반응과 연관된 유전자에 상당히 (adj. p　<　0.1) 풍부한 KEGG 경로에 대해 조정된 -log10 p-값이 도시되어 있다. 주요 기본 생물학적 과정을 반영하기 위해 추론된 세트가 착색되어 있다: 증식 (청록색), DDR (심홍색), TGF-β 신호전달 (오렌지). (단일-유전자 p-값에 의해 등급화된) 세트 당 최상부 7개 유전자 만 도시되어 있다. 차등적으로 발현된 유전자의 완전한 목록은 표 3에 주어진다.
도 1p는 TGFB1 및 TGFBR2로 구성된 TGF-β 2-유전자 서명 (y-축)이 아테졸리주맙에 대한 반응의 결여와 상당히 연관되었다는 것을 나타내는 그래프이다 (p　=　9.6 × 10-6).
도 1q는 3개의 코어 축, 이들 축을 조사하는 검정 및 환자 반응 사이의 관계의 도식적 표현이다.
도 1r은 환자 반응에서 설명된 변동을 나타내는 그래프이다. 일반화된 선형 모델은 종속 변수로 2원 반응 (CR/PR 대 SD/PD) 및 독립 변수로서 단일 입력 또는 입력 조합으로부터의 점수 (x-축)를 사용하여 피팅되었다. 설명된 반응의 변동 퍼센트는 y-축 상에 플롯팅되어 있다. 상이한 모델 사이의 비교는 가능성 비 테스트를 통해 이루어졌다. DNA (TMB) 및 RNA 마커 (CD8+ T-효과기 (Teff) 및 TGF-β 2-유전자 세트) 둘 모두를 포함하는 모델은 반응에서 관측된 변동 중 42%를 설명하였고, 이것은 모든 싱글톤 모델에 대해 상당히 개선되었다.
도 1s는 환자 반응에서 설명된 변동을 나타내는 그래프이다. 일반화된 선형 모델은 종속 변수로 2원 반응 (CR/PR 대 SD/PD) 및 독립 변수로서 단일 입력 또는 입력 조합으로부터의 점수 (x-축)를 사용하여 피팅되었다. 설명된 반응의 변동 퍼센트는 y-축 상에 플롯팅되어 있다. 상이한 모델 사이의 비교는 가능성 비 테스트를 통해 이루어졌다; 상당한 p-값은 추가의 가변성이 모델에 대한 독립적인 정보에 기여했음을 의미한다. TMB 뿐만 아니라 Teff 및 TGF-β 2-유전자 서명을 포함한 삼중 모델은 반응에서 관측된 변동 중 42%를 설명하였고, 모든 싱글톤 및 2-생물학 모델에 대해 상당히 개선한다. 이것은 3가지 생물학 모두 비-중복적인 설명적인 값을 가진다는 것을 나타낸다.
도 1t는 환자 반응에서 설명된 변동을 나타내는 그래프이다. 일반화된 선형 모델은 종속 변수로 2원 반응 (CR/PR 대 SD/PD) 및 독립 변수로서 단일 입력 또는 입력 조합으로부터의 점수 (x-축)를 사용하여 피팅되었다. 설명된 반응의 변동 퍼센트는 y-축 상에 플롯팅되어 있다. 상이한 모델 사이의 비교는 가능성 비 테스트를 통해 이루어졌다. 반응과 TMB 사이의 연관성은 그것의 대리 측정 (DDR 세트의 구성원에서 APOBEC3B 발현, MKI67 발현 또는 돌연변이)의 것보다 상당히 강력하였다. APOBEC3B 및 DDR 유전자 세트 돌연변이는 TMB의 직접적인 측정과 독립적인 추가의 설명적인 정보를 제공하지 않았다. TMB를 MKI67 발현과 조합시키는 것은 가능하게는 TFG-β와 MKI67의 음성 연관성을 통해 TMB 단독에서 미미하게 개선했다 (도 1h 참고).
도 1u는 Teff 서명 점수 사분위수 ("사분위")가 전체 생존 (OS)과 연관되었음을 나타내는 그래프이다 (p = 0.0092).
도 1v는 TMB가 전체 생존 (OS)과 연관되었음을 나타내는 그래프이다 (가능성 비 테스트 p = 2 x 10-5).
도 1w는 TNB가 OS와 연관되었음을 나타내는 그래프이다 (가능성 비 테스트 p = 0.00015).
도 1x는 TGFB1 발현이 불량한 객관적 반응과 연관되었음을 나타내는 그래프이다 (p = 0.0001).
도 1y는 TGFB1 발현 사분위수가 감소된 OS와 연관되었음을 나타내는 그래프이다.
도 1z는 MKI67 발현 (좌측 패널) 및 DNA 복제 점수 (우측 패널)가 아테졸리주맙에 대한 반응과 연관되었음을 나타내는 일련의 그래프이다.
도 2a는 분자 아형 및 그 다음 반응에 의해 분류된, 모든 평가된 환자를 나타내는 열지도이다. 비교하기 위해, 면역 세포 (IC) 및 종양 세포 (TC) PD-L1 상태가 주어진다. 또한, 관심 있는 주요 유전자에 대한 TMB 및 돌연변이 상태 (회색: 돌연변이 데이터가 없는 환자)가 도시되어 있다. 열 지도의 행은 하기 경로로 그룹화된 관심 있는 유전자의 발현 (Z-점수)을 도시한다:A:FGFR3 유전자 서명, B:Teff 서명, C: 항원 가공 기계장치, D: 면역 관문 서명, E:MKI67 및 세포 주기 유전자, F:DNA 복제-의존적 히스톤, G:DNA 손상 회복 유전자, H: 세포외 기질 (ECM) 조직화 유전자 세트, I:TGF-β 2-유전자 서명, J: 혈관신생 서명, K: 상피성-간엽 전이 (EMT) 마커, 및 L: 암-연관된 섬유모세포 유전자.
도 2b는 룬드(Lund) (좌측 패널) 및 TCGA 아형 (우측 패널) (x-축)에 대해 플롯팅된 TMB (y-축)를 나타내는 그래프이다. 유전적으로-불안정한 룬드 (윌콕슨 테스트; p = 0.0002) 및 TCGA 내강 II 아형 (p = 5.94 x 10-5)은 더 높은 중앙 TMB를 갖는다. UroA:요상피-유사 A, GU:유전적으로-불안정, Inf:침윤됨, UroB:요상피-유사 B, SCCL:SCC-유사.
도 2c는 중앙 TMB에 기반하여 낮은 TMB (회색) 및 높은 TMB (검정색) 하위그룹으로 분할된 환자를 나타내는 그래프이고, 이들 두 하위그룹에서의 환자의 분획은 각각 룬드 (좌측 패널) 및 TCGA (우측 패널) 분자 아형의 각각에 대해 도시되어 있다.
도 2d는 룬드 분자 아형에 의해 분할된, 표시된 반응 카테고리의 각각에서 환자의 분획을 나타내는 그래프이다. GU 아형은 모든 다른 아형과 비교하여 상당히 더 높은 반응 속도를 가졌다 (피셔 정확 테스트; p　=　1.6 × 10-5).
도 2e는 TCGA 아형에 의해 분할된, 표시된 반응 카테고리의 각각에서 환자의 분획을 나타내는 그래프이다. 내강 II 하위그룹은 백금-저항성 집단 단독에 대해 이전에 보고된 결과와 일치하는 최고 반응 속도를 달성했지만, 내강 II 대 다른 아형 사이의 차이는 상당하지 않았다 (피셔 정확 테스트; p = 0.12).
도 2f는 TGF-β가 룬드 GU 및 TCGA 내강 II 아형에서 차별적인 반응의 가능한 드라이버이다는 것을 나타내는 그래프이다. 벤 다이어그램은 추가로 해부된 3개의 하위그룹을 나타낸다:(i) TCGA 내강 II가 아닌 GU (GU 단독)로 아형된 룬드, (ii) GU 룬드 내강 II 양자 (GU 및 II), 또는 (iii) GU가 아닌 내강 II (II 단독). 열 지도는 이들 하위그룹에서 CD8 Teff 및 TGF-β 2-유전자 서명뿐만 아니라 TMB의 평가를 도시한다 (열). 관심 있는 생물학 (행)은 중간 값이 그룹에 걸쳐 계산되기 전에 확장되었다. 적색은 높음을 의미하고, 청색은 낮음을 의미한다. 막대 그래프에서 나타낸 바와 같이, 반응은 3개 하위그룹 간에 상당히 상이하였고 (p　=　0.00062): 반면 "GU 단독" 및 "GU 및 II"는 부분적인 및/또는 완전한 반응군의 높은 분획을 가지고, "II 단독은" 제한된 반응을 보인다. Teff - TGF-β는 CD8 Teff 서명 점수 마이너스 TGF-β 2-유전자 서명 점수를 나타낸다.
도 2g는 MKI67 발현 및 관심 있는 서명뿐만 아니라 분자 아형에 비한 TMB의 평가를 나타내는 열지도이다. 관심 있는 생물학은 중간 값이 룬드 (좌측) 및 TCGA (우측) 분자 아형 (열)에 걸쳐 계산되기 전에 확장되었다. 적색은 높음을 의미하고, 청색은 낮음을 의미한다. DNA rep.:DNA 복제.
도 2h는 룬드와 TCGA 아형식 개략도 사이의 비교를 도시하는 열지도이다. 열지도는 열에 배열되고 분자 아형에 의해 먼저 분류되고, 그 다음 아테졸리주맙에 대한 반응에 의해 분류된, 정의된 반응이 없는 환자를 제외하여, 평가된 모든 환자를 나타낸다. 왼쪽 패널 경우, 환자는 TCGA-계 아형식 개략도에 기초하여 분류되었고; 오른 쪽 패널 경우, 환자는 룬드-계 아형식 개략도에 의해 분류되었다 (도 2a 유사). IC 및 TC PD-L1 상태가 주어진다. 또한, 소수의 관심 있는 유전자에 대한 TMB 및 돌연변이 상태 (돌연변이된, 검정색, 또는 돌연변이되지 않은, 백색; 회색은 돌연변이 데이터 없는 환자를 나타냄)가 도시된다. 열지도의 행은 하기 생물학/경로로 그룹화된 관심 있는 유전자의 발현 (z-점수)을 나타낸다:TCGA:TCGA 아형식 유전자, A:FGFR3 유전자 서명, B:Teff 서명, C: 항원 가공 기계장치, D: 면역 관문 서명, E:MKI67 및 세포 주기 유전자, F:DNA 복제-의존적 히스톤, G:DNA 손상 회복 유전자, H:ECM 유전자 세트, I:TGFB 2-유전자 서명, J: 혈관신생 서명, K:EMT 마커, 및 L:Pan-F-TBRS 유전자 (이들 서명에 대한 세부사항은 실시예 1을 참고한다).
도 3a는 3가지 종양-면역 표현형: 면역 "불모지", 면역 "배제" 및 면역 "염증성"의 조직학을 나타내는 일련의 이미지이다. 3가지 면역표현형 실체 중 하나로 종양의 범주화는 CD8+ T-세포의 존재에 대해 면역조직화학적으로 염색된 포르말린-고정된, 파라핀-포매된 (FFPE) 섹션 상에서 수행되었다. 범주화는 CD8+ 세포의 유병률뿐만 아니라 악성 상피 세포에 관한 침윤의 패턴에 기반된다. CD8+ 세포의 유병률이 낮을 때 (200×의 배율에서 종양 및 종양-연관된 기질의 영역에서의 CD8+ 세포 <　10; 더 큰 시료에서, 이것은 10개의 대표적인 시야 분야의 평균으로 계산됨) 종양은 "불모지"로 분류된다. CD8+ 세포가 주요 종양 덩어리에 바로 인접하거나 그 내부에 있는 기질에서 독점적으로 보이는 경우 종양은 "배제"로 분류된다. CD8+ 세포가 기질 침윤물의 종양 세포 응집체로의 유출의 형태 또는 종양 세포의 응집체 또는 시트에서 CD8+ 세포의 확산 침윤의 형태로 악성 상피 세포와 직접 접촉하는 것으로 보이는 경우 종양은 "염증성"으로 분류된다. 이들 특징은 빈번하게 초점 방식으로 관측되기 때문에, 종양 병변에서의 임의의 이러한 관찰은 "염증성"으로 범주화를 초래한다. H&E, 헤마톡실린 및 에오신 염색.
도 3b는 하기의 공간적 분포를 시각화하기 위해 FFPE 섹션 상에서 수행된 조합된 CD8 IHC-트리크롬 염색을 나타내는 이미지이다: CD8+ T-세포 및 교원성 기질.3,3′-디아미노벤지딘 (DAB) 염색 (갈색)에 의해 설명된 CD8+ T-세포는 주로 교원성 (청색) 기질 (백색 화살표) 내에 국소화된다. 드문 CD8+ T-세포가 종양 세포 사이에 산재된다 (녹색 화살표).
도 3c 및 3d는 TGF-β 2-유전자 서명 및 범-섬유모세포 TGF-β 반응 서명 (Pan-F-TBRS) 점수와 각각의 종양-면역 표현형 그룹 내에서 반응 상태 사이의 관계를 나타내는 일련의 그래프이다. TGF-β 2-유전자 서명 (도 3c) 또는 Pan-F-TBRS (도 3d) 점수 (y-축)는 면역 표현형 및 반응 그룹에 의해 플롯팅된다. 도 3c는 TGF-β 2-유전자 서명이 면역 표현형에 걸쳐 비교할만하였지만, 배제된 표현형에서만 반응과 상당히 연관되었다는 것을 나타낸다 (adj. p　=　5.7 × 10-5; 3가지 테스트에 대해 정정된 t 테스트 p-값 본페로니). 상호작용에 대한 가능성 비 테스트는 TGF-β 서명과 반응 사이의 표현형-특이적 관계를 확인했다 (p　=　0.02251). 도 3d는 Pan-F-TBRS는 배제된 표현형에만 반응과 상당히 연관되었다는 것을 나타낸다 (adj. p　=　0.0066; 3가지 테스트에 대해 정정된 t 테스트 p-값 본페로니).
도 3e는 종양-면역 표현형에 대해서 플롯팅된 TMB (y-축)를 나타내는 그래프이다. 암-면역 표현형 사이의 TMB에서 유의차는 없었다 (크루스칼 왈리스 p = 0.091).
도 4a는 하기를 나타내는 일련의 이미지이다: 면역형광에 의해 염색된 EMT6 종양에서 콜라겐 (녹색) 및 T-세포 (CD3, 적색).
도 4b는 RNA 서열분석 (RNAseq)에 의한 전체의 EMT6 종양에서 TGF-β 및 PD-L1 RNA의 정량화를 나타내는 그래프이다. 종양은 동소이식으로 접종되고 부피가 300 mm3에 도달된 때 수집되었다 (N　=　5; 하나의 실험으로부터의 데이터).
도 4c는 효소-결합 면역흡착 검정 (ELISA)에 의한 전체의 EMT6 종양 내의 TGF-β 단백질의 정량화를 나타내는 그래프이다. 종양은 접종 14일 후 수집되고, 플래시 냉동되고, 및 단백질 정량화를 위해 용해되었다 (N　=　4; 하나의 실험으로부터의 데이터).
도 4d-4f는 BALB/c 마우스가 유선 지방 패드에 동소이식으로 EMT6 종양 세포로 접종된 연구의 결과를 나타내는 일련의 그래프이다. 종양 부피가 접종 후 대략 8일에
Figure pct00001
　160 mm3 (평균 ± SD, 161.8 ± 20.2 mm3)에 도달했을 때, 마우스는 아이소타입 대조군, 항-PD-L1 항체, 항-TGF-β 항체, 또는 항-TGF-β 항체와 항-PD-L1 항체의 조합으로 치료되었다. 종양은 캘리퍼스에 의해 대략 8 주 동안 주당 2회 측정되었다. 종양 부피가 32 mm3 (검출 하한) 아래로 떨어질 때, 이들은 CR (100% 종양 성장 억제)로 간주되었다. 도 4d는 2-6 독립적인 연구에 걸친 CR의 백분율을 나타낸다. ****p　<　0.0001 원-웨이 ANOVA, Sidak 다중 비교 테스트에 의함. 도 4e는 각각의 개별 마우스에 대한 종양 성장을 도시한다. 데이터는 10 마우스/그룹으로 6번 독립적인 실험의 대표적인 것으로부터의 것이다. 도 4f는 기준선 (치료의 개시)과 비교된 종양 부피에서의 변화를 도시한다. 데이터는 10 마우스/그룹으로 6 독립적인 실험의 대표적인 것으로부터의 것이다.
도 4g는 도 4d-4f에서 기재된 바와 같이 치료의 개시 7일 후 IHC 및 디지털 이미지형성에 의해 평가된 종양-침윤하는 림프구 (TIL)의 분포를 도시하는 일련의 이미지이다. 갈색은 대표적인 CD3 염색을 나타낸다. 기준자, 100 마이크론.
도 4h-4j는 도 4d-4f에 관하여 기재된 바와 같이 치료의 개시 7일 후TIL의 -세포형광측정 계수를 나타내는 일련의 그래프이다. 총 T-세포의 존재도 (도 4h), CD8+ T-세포 (도 4i), 및 CD8+ T-세포에서 그란자임 B의 평균 형광 강도 (MFI) (도 4j)가 도시되어 있다 (N = 10인 항-TGF-β 항체 단독을 제외하고, 모든 그룹에 대해 N = 15; 아이소타입 세포/mg 평균에 대한 배수 변화로 표현된 3가지 조합된 실험으로부터의 데이터). *p < 0.05; **p < 0.01; ****p < 0.0001 원-웨이 ANOVA, Sidak 다중 비교 테스트에 의함.
도 4k는 도 4d-4f에서 기재된 바와 같이 치료의 개시 7일 후에 TIL 편재화 정량화를 나타내는 그래프이다. T-세포는 (도 4g에서와 같이) IHC에 의해 염색되고 그것의 편재화는 디지털 방식으로 분석되었다. 종양 주변으로부터 CD3 T-세포의 정규화된 평균 거리가 백분율로 도시되어 있다 (N　=　19-20; 3개 조합된 실험으로부터의 데이터). ****p　<　0.0001 Tukey HSD 다중 비교 테스트에 의함.
도 4l은 도 4d-4f에서 기재된 바와 같이 치료의 개시 7일 후 종양에서 SMAD2/3의 포스포플로우 분석을 나타내는 그래프이다. 총 세포, CD45-, 및 CD45+ 세포 중에서 포스포-SMAD2/3의 MFI가 도시되어 있다. 데이터는 아이소타입 MFI 평균에 대한 배수 변화 (FC)로 표현된다. 2개 조합된 실험으로부터 10 마우스/그룹.*, p < 0.05; **, p < 0.01, 원-웨이 ANOVA, 던넷 다중 비교 테스트, 아이소타입에 비교됨.
도 4m은 도 4d-4f에서 기재된 바와 같이 치료의 개시 7일 후 ELISA에 의한 혈장에서 VEGF-A 단백질의 정량화를 나타내는 그래프이다. 하나의 실험으로부터 N=8. p = 0.0194, 원-웨이 ANOVA, 던넷 다중 비교 테스트, 아이소타입에 비교됨.
도 4n은 도 4d-4f에서 기재된 바와 같이 치료의 개시 7일 후 T-세포의 세포형광측정 분석을 나타내는 그래프이다. GzmB+ CD8 T-세포의 백분율이 도시되어 있다. N=10인 항-TGF-β 단독에 대해 제외하고 모든 그룹에 대해 N=15.이들 데이터는 아이소타입 세포/mg 평균에 대한 배수 변화로 표현된 3개 조합된 실험으로부터의 것이다. **, p < 0.01 원-웨이 ANOVA, Sidak의 다중 비교 테스트.
도 4o는 도 4d-4f에서 기재된 바와 같이 치료의 개시 7일 후 면역조직화학 및 디지털 이미지형성에 의해 평가된 바와 같은 TIL의 분포를 나타내는 그래프이다. 갈색은 대표적인 CD3 염색을 나타낸다. 기준자, 500 마이크론.
도 4p-4s는 도 4d-4f에서 기재된 바와 같이 치료의 개시 7일 후 수집된 전체의 종양에 대한 RNAseq 분석을 나타내는 일련의 그래프이다. 상이한 처리 아암에서 하기의 점수: Teff (도 4p), Pan-F-TBRS (도 4q), T-세포 및 대식세포 서명 (도 4r), 및 Teff 대 Pan-F-TBRS의 비 (도 4s)가 도시되어 있다. *p　<　0.05; **p　<　0.01; ***p　<　0.001.
도 4t는 도 4d-4f에 관해 기재된 바와 같이 치료의 개시 후 Teff 및 암-연관된 섬유모세포 리모델링 (CAF) 유전자의 발현을 나타내는 열지도이다. 항-PD-L1과 조합하여 항-TGF-β의 치료적 투여는 T-세포 침윤 및 CAF 리모델링을 촉진하여, 완전한 반응을 초래했다.
도 4u는 도 4d-4f에 관해 기재된 바와 같이 치료의 개시 후 표시된 유전자의 발현을 나타내는 일련의 그래프이다. 항-PD-L1과 조합한 항-TGF-β의 치료적 투여는 IFNG, GZMB, 및 ZAP70을 포함한 Teff 유전자의 증가된 발현 (상단부) 및 LOXL2, TNC, 및 POSTN을 포함한 CAF 유전자의 줄어든 발현 (하단부)을 초래했다. RPKM, 판독치/킬로베이스/백만 맵핑된 판독치.
도 5는 전체의 전사체 (RNAseq), FMOne, 암-면역 표현형검사, 및 전장 유전체 서열분석 (WES) 데이터와 함께 효능-평가가능한 환자 모집단의 중첩을 나타내는 다이어그램이다. (이들 검정 중 하나 이상에 대해 n=326). 반응에 관한 유전자 발현 분석을 위해, 완전한 RNAseq 데이터 세트가 사용되었다 (n=298). TMB 또는 면역 표현형의 맥락에서 유전자 발현 분석을 위해, RNAseq와 FMOne (n=237) 또는 면역 표현형 (n=244) 사이의 교차가 각각 사용되었다. 면역 표현형 주위 돌연변이 분석을 위해, FMOne과 면역 표현형 사이의 교차가 사용되었다 (n=220). TMB와 반응 또는 유전자 돌연변이 상태 간의 연관성에 대해, 완전한 FMOne 데이터 세트가 사용되었다 (n=251).
도 6a-6c는 6-유전자 서명 ("6TBRS")의 높은 발현은 불량한 예후 (도 6a) 및 아테졸리주맙 단일요법으로부터의 이점의 결여 (도 6b 및 6c)와 연관된다는 것을 나타내는 일련의 그래프이다. 도 6a는 6-유전자 서명, TGFB1, TGFB2, 및 TGFB3에 대한 TCGA 결장직장암 데이터세트로부터의 데이터를 도시한다. 도 6b는 6-유전자 서명, TGFB1, TGFB2, 및 TGFB3에 대한 IMvigor210 UC 데이터세트로부터의 데이터를 도시한다. 도 6c는 TGFB1+TGFBR2 및 6-유전자 서명에 대한 POPLAR NSCLC 데이터세트로부터의 데이터를 도시한다.
도 7a는 6-유전자 서명의 발현 (또한 본 명세서에서 일명 "curTBRS")은 아테졸리주맙에 대한 반응의 결여와 연관된다는 것을 나타내는 그래프이다.
도 7b는 6-유전자 서명의 높은 발현은 CRC 환자의 불량한 생존 하위그룹인, CMS4 분자 아형에 풍부하다는 것을 나타내는 그래프이다.
도 8a-8c는 높은 TMB 및 높은 PD-L1 IC 점수가 아테졸리주맙 요법으로부터 개선된 OS 이점과 연관된다는 것을 나타내는 일련의 그래프이다. 도 8a는 PD-L1 상태에 의한 OS를 도시하고; 도 8b는 TMB 상태에 의한 OS를 도시하고; 그리고 도 8c는 조합된 PD-L1 IC 및 TMB 상태에 의한 OS를 도시한다.
본 발명은 비제한적으로, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암을 포함한 암의 치료를 위한 진단 방법 및 사용, 치료 방법 및 사용, 및 조성물을 제공한다. 본 발명은, 적어도 부분적으로, 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체로부터 수득된 샘플에서 하나 이상의 유전자 (예를 들어, TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)의 발현 수준이 상기 개체가 면역요법 (비제한적으로, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)을 포함함) 및 억제성 기질 길항제 (비제한적으로, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체를 포함함)를 포함하는 항-암 요법으로의 치료에 이점이 있을 수 있는지 또는 반응하기 쉬운지 여부를 확인하고; 상기 개체를 치료하기 위한 요법을 선택하고; 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 포함한 치료의 치료적 효능을 최적화하고; 및/또는 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 포함한 치료에 대한 상기 개체의 반응을 모니터링하는 방법에서 바이오마커 (비제한적으로, 예측의 바이오마커 및/또는 약력학적 바이오마커를 포함함)로서 사용될 수 있다는 발견에 기반한다.
I. 정의
본원에 기재된 발명의 양태 및 구현예는 "포함하는(comprising)", "구성되는(consisting) 및 "~로 본질적으로 구성되는"의 측면 및 구현예를 포함하는 것으로 이해된다. 본원에 사용된 것으로서, 단수 용어("a," "an" 및 "the")는, 내용이 달리 명확하게 표지되지 않는 한 복수의 지시대상을 포함한다.
본 명세서에 사용된 용어 "약"은 당업자에게 용이하게 알려진 각각의 값에 대한 보통의 오차 범위를 지칭한다. 본 명세서에서 "약" 값 또는 파라미터 지칭은 그 값 또는 파라미터 자체에 관한 구현예를 포함한다 (그리고 기재한다).
본 명세서에서 사용된 용어 "바이오마커"는 샘플에서 검출될 수 있는 인디케이터, 예를 들어, 예측, 진단, 및/또는 예후를 지칭한다. 바이오마커는 특정, 분자, 병리적, 조직학적, 및/또는 임상 특징을 특징으로 하는 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)의 특정 아형의 인디케이터로 작용할 수 있다. 일부 구현예에서, 바이오마커는 유전자이다. 바이오마커는, 비제한적으로, 폴리뉴클레오타이드 (예를 들어, DNA, 및/또는 RNA), 폴리뉴클레오타이드 복제수 변경 (예를 들어, DNA 복제수), 폴리펩타이드, 폴리펩타이드 및 폴리뉴클레오타이드 변형 (예를 들어 후번역 변형), 탄수화물, 및/또는 당지질-계 분자 마커를 포함한다.
이러한 바이오마커는, 비제한적으로, 하기를 포함한다: TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1. 일부 구현예에서, 바이오마커는 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 바이오마커이다. 다른 구현예에서, 바이오마커는 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 바이오마커이다. 이러한 바이오마커의 발현은 치료 (예를 들어, 하기로 치료: 하기를 포함한 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체))가 참조 수준 (예를 들어, 환자, 예를 들어, 암이 있고 치료에 대한 반응성에 대해 시험되는 환자의 그룹/모집단으로부터 샘플에서 바이오마커의 중앙 발현 수준; 환자, 예를 들어, 암이 있고 치료에 대한 반응하지 않는 것으로 확인된 환자의 그룹/모집단으로부터 샘플에서 바이오마커의 중앙 발현 수준; 이전 시간에서 상기 개체로부터 이전에 수득된 샘플에서의 수준; 또는 원발성 종양 설정에서 사전 치료 (예를 들어, 하기를 포함한 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)으로 치료)를 받았고, 그리고 이제 전이를 경험할 수 있는 환자로부터 샘플에서의 수준을 포함함)보다는 상기 치료에 민감하거나 또는 반응하는 환자로부터 수득된 샘플에서 더 높거나 또는 더 낮은 것으로 결정될 수 있다.
용어들 "바이오마커 서명", "서명", "바이오마커 발현 서명" 또는 "발현 서명"은 본 명세서에서 상호교환적으로 사용되고 그 발현이 인디케이터, 예를 들어, 예측, 진단, 및/또는 예후인 바이오마커 중 하나 또는 조합을 지칭한다. 바이오마커 서명은 특정 분자, 병리적, 조직학적, 및/또는 임상 특징을 특징으로 하는 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)의 특정 아형의 인디케이터로 작용할 수 있다. 일부 구현예에서, 바이오마커 서명은 "유전자 서명"이다. 용어 "유전자 서명"은 "유전자 발현 서명"과 교환가능하게 사용되고 그 발현이 인디케이터, 예를 들어, 예측, 진단, 및/또는 예후인 폴리뉴클레오타이드 중 하나 또는 조합을 지칭한다. 일부 구현예에서, 바이오마커 서명은 "단백질 서명"이다. 용어 "단백질 서명"은 "단백질 발현 서명"과 교환가능하게 사용되고 그 발현이 인디케이터, 예를 들어, 예측, 진단, 및/또는 예후인 폴리펩타이드 중 하나 또는 조합을 지칭한다. 일부 사례에서, 바이오마커 서명은 하기로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 바이오마커를 포함한다: TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1, 이것은 또한 본 명세서에서 "22-유전자 서명"으로 언급된다. 일부 사례에서, 바이오마커 서명은 또한 본 명세서에서 일명 "6-유전자 서명"인, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 바이오마커를 포함한다. 다른 사례에서, 바이오마커 서명은 또한 본 명세서에서 일명 "Pan-F-TBRS"인, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 바이오마커를 포함한다.
용어 "TGFB1"는 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 TGFB1 (형질전환 성장 인자 베타 1)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임. 본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 TGFB1 뿐만 아니라 임의의 형태의 TGFB1 를 포괄한다. 본 용어는 또한 TGFB1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 TGFB1 의 서열은 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_000660.6 또는 서열번호:1. 인간 TGFB1 에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 P01137 또는 서열번호:2.
용어 "TGFBR2"는 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 TGFBR2 (형질전환 성장 인자 베타 수용체 2; TGFR-2 또는 TGF베타-RII로도 알려져 있음)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임.본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 TGFBR2 뿐만 아니라 임의의 형태의 TGFBR2를 포괄한다. 본 용어는 또한 TGFBR2의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 TGFBR2의 서열은 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_001024847 또는 서열번호:3.다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 TGFBR2는 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 P37173 또는 서열번호:4.
용어 "ACTA2"는 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 ACTA2 (알파-액틴-2, 대동맥 평활근 액틴 또는 알파 평활근 액틴으로도 알려져 있음)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임.본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 ACTA2 뿐만 아니라 임의의 형태의 ACTA2 를 포괄한다. 본 용어는 또한 ACTA2의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 ACTA2 의 서열은 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_001141945 또는 서열번호:5.다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 ACTA2는 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 P62736 또는 서열번호:6.
용어 "ACTG2"는 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 ACTG2 (액틴, 감마-장용 평활근, 액틴, 감마 2로도 알려져 있음)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임. 본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 ACTG2 뿐만 아니라 임의의 형태의 ACTG2 를 포괄한다. 본 용어는 또한 ACTG2의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 ACTG2 의 서열은 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_001615 또는 서열번호:7. 다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 ACTG2는 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 P63267 또는 서열번호:8.
용어 "ADAM12"는 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 ADAM12 (디신테그린 및 메탈로프로테이나제 도메인-함유 단백질 12, ADAM 메탈로펩티다아제 도메인 12, MCMP, CAR10, 및 MLTN으로도 알려져 있음)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임. 본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 ADAM12 뿐만 아니라 임의의 형태의 ADAM12 를 포괄한다. 본 용어는 또한 ADAM12의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 스플라이스 변이체는 막관통 영역을 갖는 ADAM12-L, 및 가용성이고 막관통 및 세포질 도메인을 결하는, 더 짧은 변이체인, ADAM12-S를 포함한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 ADAM12의 서열은 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_003474 또는 서열번호:9.다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 ADAM12는 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 O43184 또는 서열번호:10.
용어 "ADAM19"는 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 ADAM19 (디신테그린 및 메탈로프로테이나제 도메인-함유 단백질 19; MADDAM 또는 멜트린 베타로도 알려져 있음)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임. 본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 ADAM19 뿐만 아니라 임의의 형태의 ADAM19 를 포괄한다. 본 용어는 또한 ADAM19의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 ADAM19 의 서열은 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_033274 또는 서열번호:11.다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 ADAM19는 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 Q9H013 또는 서열번호:12.
용어 "COMP"는 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 COMP (연골 올리고머성 기질 단백질; 트롬보스폰딘-5로도 알려져 있음)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임. 본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 COMP 뿐만 아니라 임의의 형태의 COMP를 포괄한다. 본 용어는 또한 COMP의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 COMP의 서열은 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_000095 또는 서열번호:81.다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 COMP는 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 P49747 또는 서열번호:82.
용어 "CNN1"은 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 CNN1 (칼포닌 1)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임. 본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 CNN1 뿐만 아니라 임의의 형태의 CNN1 을 포괄한다. 본 용어는 또한 CNN1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 CNN1 의 서열은 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_001299 또는 서열번호:13. 다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 CNN1은 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 P51911 또는 서열번호:14.
용어 "COL4A1"은 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 COL4A1 (콜라겐, 유형 IV, 알파 I, 콜라겐 알파-1(IV) 사슬로도 알려져 있음)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임. 본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 COL4A1 뿐만 아니라 임의의 형태의 COL4A1 을 포괄한다. 본 용어는 또한 COL4A1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 COL4A1 의 서열은 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_001845 또는 서열번호:15. 다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 COL4A1은 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 P02462 또는 서열번호:16.
용어 "CTGF"는 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 CTGF (결합 조직 성장 인자, CCN2 또는 IGFBP8로도 알려져 있음)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임. 본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 CTGF 뿐만 아니라 임의의 형태의 CTGF를 포괄한다. 본 용어는 또한 CTGF의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 CTGF의 서열은 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_001901 또는 서열번호:17. 다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 CTGF는 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 P29279 또는 서열번호:18.
용어 "CTPS1"은 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 CTPS1 (CTP 합성효소 1)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임. 본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 CTPS1 뿐만 아니라 임의의 형태의 CTPS1 을 포괄한다. 본 용어는 또한 CTPS1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 CTPS1 의 서열은 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_001905 또는 서열번호:19.다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 CTPS1은 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 P17812 또는 서열번호:20.
용어 "FAM101B"는 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 FAM101B (구성원 B인, 서열 유사성 101을 갖는 계열, 필라민-상호작용 단백질 FAM101B, 레필린 B, 또는 RFLNB로도 알려져 있음)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임. 본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 FAM101B 뿐만 아니라 임의의 형태의 FAM101B를 포괄한다. 본 용어는 또한 FAM101B의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 FAM101B의 서열은 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_182705 또는 서열번호:21. 다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 FAM101B는 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 Q8N5W9 또는 서열번호:22.
용어 "FSTL3"은 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 FSTL3 (폴리스타틴-관련된 단백질 3)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임. 본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 FSTL3 뿐만 아니라 임의의 형태의 FSTL3 을 포괄한다. 본 용어는 또한 FSTL3의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 FSTL3 의 서열은 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_005860 또는 서열번호:23. 다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 FSTL3은 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 O95633 또는 서열번호:24.
용어 "HSPB1"은 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 HSPB1 (열충격 단백질 베타-1, 열충격 단백질 27 또는 HSP27로도 알려져 있음)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임.본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 HSPB1 뿐만 아니라 임의의 형태의 HSPB1을 포괄한다. 본 용어는 또한 HSPB1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 HSPB1의 서열은 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_001540 또는 서열번호:25. 다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 HSPB1은 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 P04792 또는 서열번호:26.
용어 "IGFBP3"은 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 IGFBP3 (인슐린-유사 성장 인자-결합 단백질 3, BP-53 또는 IBP3로도 알려져 있음)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임. 본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 IGFBP3 뿐만 아니라 임의의 형태의 IGFBP3 을 포괄한다. 본 용어는 또한 IGFBP3의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 IGFBP3은 그 서열이 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_001013398 또는 서열번호:27. 다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 IGFBP3은 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 P17936 또는 서열번호:28.
용어 "PXDC1"은 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 PXDC1 (PX 도메인-함유 단백질 1)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임.본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 PXDC1 뿐만 아니라 임의의 형태의 PXDC1을 포괄한다. 본 용어는 또한 PXDC1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 PXDC1은 그 서열이 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_183373 또는 서열번호:29. 다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 PXDC1은 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 Q5TGL8 또는 서열번호:30.
용어 "SEMA7A"는 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 SEMA7A (세마포린 7A, CD108 또는 John-Milton-Hagen 혈액형 항원으로도 알려져 있음)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임.본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 SEMA7A 뿐만 아니라 임의의 형태의 SEMA7A를 포괄한다. 본 용어는 또한 SEMA7A의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 SEMA7A는 그 서열이 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_003612 또는 서열번호:31. 다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 SEMA7A는 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 O75326 또는 서열번호:32.
용어 "SH3PXD2A"는 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 SH3PXD2A (SH3 및 PX 도메인-함유 단백질 2A)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임. 본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 SH3PXD2A 뿐만 아니라 임의의 형태의 SH3PXD2A를 포괄한다. 본 용어는 또한 SH3PXD2A의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 SH3PXD2A는 그 서열이 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_014631 또는 서열번호:33. 다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 SH3PXD2A는 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 Q5TCZ1 또는 서열번호:34.
용어 "TAGLN"은 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 TAGLN (트랜스겔린)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임.본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 TAGLN 뿐만 아니라 임의의 형태의 TAGLN를 포괄한다. 본 용어는 또한 TAGLN의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 TAGLN은 그 서열이 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_001001522 또는 서열번호:35. 다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 TAGLN은 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 Q01995 또는 서열번호:36.
용어 "TGFBI"는 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 TGFBI (형질전환 성장 인자, 베타-유도됨)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임.본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 TGFBI 뿐만 아니라 임의의 형태의 TGFBI를 포괄한다. 본 용어는 또한 TGFBI의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 TGFBI는 그 서열이 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_000358 또는 서열번호:37. 다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 TGFBI는 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 Q15582 또는 서열번호:38.
용어 "TNS1"은 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 TNS1 (텐신-1)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임.본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 TNS1 뿐만 아니라 임의의 형태의 TNS1을 포괄한다. 본 용어는 또한 TNS1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 TNS1은 그 서열이 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_022648 또는 서열번호:39. 다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 TNS1는 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 Q9HBL0 또는 서열번호:40.
용어 "TPM1"은 본 명세서에서 사용된 것으로, 하기를 지칭한다: 임의의 고유한 TPM1 (트로포미오신 알파-1 사슬)로, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 것임. 본 용어는 세포에서 가공으로 인한, "전장", 비가공된 TPM1 뿐만 아니라 임의의 형태의 TPM1를 포괄한다. 본 용어는 또한 TPM1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 인간 TPM1 유전자는 대안적인 스플라이싱 및/또는 2개 프로모터의 사용을 통해 적어도 10 변이체를 인코딩한다. 핵산 서열로 예시적인 인간 TPM1은 그 서열이 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_001018005.1 또는 서열번호:41. 다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 TPM1은 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 P09493 또는 서열번호:42. 인간 TPM1 단백질 동형체의 서열은 UniProt 수탁 번호 P09493-1, P09493-2, P09493-3, P09493-4, P09493-5, P09493-6, P09493-7, P09493-8, P09493-9, 및 P09493-10에 나타나 있다. 일부 구현예에서, 인간 TPM1 단백질은 UniProt 가입 번호 P09493-1 하에 나타난 아미노산 서열을 갖는다.
본원에서 사용되는 용어 "CD8A"는, 달리 나타내지 않는 한, 영장류 (예컨대, 인간) 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)와 같은 포유동물을 포함한 임의의 척추동물 공급원 유래의 임의의 고유한 CD8A를 나타낸다. 본 용어는 "전장" 비가공된 CD8A 뿐만 아니라 세포에서의 가공으로부터 야기되는 CD8A의 임의의 형태를 포함한다. 본 용어는 또한 CD8A의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 CD8A의 핵산 서열은 하기에 나타나 있다: EMBL 가입 번호 M12824 또는 서열번호:43. 인간 CD8A에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 P01732-1 또는 서열번호:44.
본 명세서에서 사용된 용어 "CXCL9"는, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 임의의 고유한 CXCL9 (케모카인 (C-X-C 모티프) 리간드 9)를 지칭한다. 본 용어는 "전장" 비가공된 CXCL9 뿐만 아니라 세포에서의 가공으로부터 야기되는 CXCL9의 임의의 형태를 포함한다. 본 용어는 또한 CXCL9의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 CXCL9의 핵산 서열은 하기에 명시되어 있다: 서열 번호:45. 인간 CXCL9에 의하여 암호화된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에 도시된다: 서열 번호:46.
본 명세서에서 사용된 용어 "CXCL10"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 임의의 고유한 CXCL10 (케모카인 (C-X-C 모티프) 리간드 10)을 지칭한다. 본 용어는 "전장" 비가공된 CXCL10 뿐만 아니라 세포에서의 가공으로부터 야기되는 CXCL10의 임의의 형태를 포함한다. 본 용어는 또한 CXCL10의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 CXCL10의 핵산 서열은 하기에 명시되어 있다: 서열 번호:47. 인간 CXCL10에 의하여 암호화된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에 도시된다: 서열 번호:48.
본 명세서에서 사용된 용어 "GZMA"는, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 임의의 고유한 GZMA (그란자임 A)를 지칭한다. 상기 용어는 "전장"의 비가공된 GZMA 뿐만 아니라 세포에서의 가공에서 비롯된 임의의 형태의 GZMA를 포함한다. 상기 용어는 또한 GZMA의 천연 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 GZMA의 핵산 서열은 하기에 명시되어 있다: 서열 번호:49. 인간 GZMA에 의하여 암호화된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에 도시된다: 서열 번호:50.
본 명세서에서 사용된 용어 "GZMB"는, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 임의의 고유한 GZMB (그란자임 B)를 지칭한다. 상기 용어는 "전장"의 비가공된 GZMB 뿐만 아니라 세포에서의 가공에서 비롯된 임의의 형태의 GZMB를 포함한다. 상기 용어는 또한 GZMB의 천연 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 GZMB의 핵산 서열은 하기에 명시되어 있다: 서열 번호:51. 인간 GZMB에 의하여 암호화된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 서열 번호: 52에 도시된다.
본 명세서에서 사용된 용어 "PRF1"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 임의의 고유한 PRF1 (페르포린 1; 기공 형성 단백질로도 알려져 있음)을 지칭한다. 본 용어는 "전장" 비가공된 PRF1 뿐만 아니라 세포에서의 가공으로부터 야기되는 PRF1의 임의의 형태를 포함한다. 본 용어는 또한 PRF1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 PRF1의 핵산 서열은 하기에 명시되어 있다: 서열 번호:53. 인간 PRF1에 의하여 암호화된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에 도시된다: 서열 번호:54.
본 명세서에서 사용된 용어 "IFNG"는, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 임의의 고유한 IFNG (인터페론, 감마; 또한 본 명세서에서 일명 IFN-γ)를 지칭한다. 상기 용어는 "전장"의 비가공된 IFNG 뿐만 아니라 세포에서의 가공에서 비롯된 임의의 형태의 IFNG를 포함한다. 상기 용어는 또한 IFNG의 천연 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 IFNG의 핵산 서열은 하기에 명시되어 있다: 서열 번호:55. 인간 IFNG에 의하여 암호화된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에 도시된다: 서열 번호:56.
본 명세서에서 사용된 용어 "TBX21"은, 달리 나타내지 않는 한, 포유동물 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 비롯한, 임의의 척추동물 원천으로부터의 임의의 고유한 TBX21 (T-box 전사 인자 21)를 지칭한다. 상기 용어는 "전장"의 비가공된 TBX21 뿐만 아니라 세포에서의 가공에서 비롯된 임의의 형태의 TBX21을 포함한다. 상기 용어는 또한 TBX21의 천연 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 예시적인 인간 TBX21의 핵산 서열은 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_013351.1 또는 서열번호:57. 인간 TBX21에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열은 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 Q9UL17 또는 서열번호:58.
용어 "프로그래밍된 사망 리간드 1" 및 "PD-L1"은 본 명세서에서 천연 서열 PD-L1 폴리펩타이드, 폴리펩타이드 변이체, 및 (본 명세서에서 추가로 정의된) 천연 서열 폴리펩타이드와 폴리펩타이드 변이체의 단편에 대하여 지칭한다. 본원에 기술된 PD-L1 폴리펩타이드는 다양한 공급원으로부터, 예를 들면, 인간 조직 유형으로부터 또는 다른 공급원으로부터 단리되거나, 또는 재조합 또는 합성 방법에 의해 제조될 수 있다.
"천연 서열 PD-L1 폴리펩타이드"는, 상응하는 천연 유래의 PD-L1 폴리펩타이드와 상동한 아미노산 서열을 갖는 폴리펩타이드를 포함한다. 본 용어는 하기를 포괄한다: "전장"의 비가공된 PD-L1 뿐만 아니라 임의의 형태의 PD-L1 로 이것은 세포에서의 가공에서 비롯된다. 본 용어는 또한 PD-L1의 자연 발생 변이체, 예를 들어, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 예를 들어, 천연 서열 PD-L1 폴리펩타이드는 PD-L1 동형체 1 (PD-L1I로도 알려져 있음; 예를 들어, UniProt 가입 번호 Q9NZQ7-1 참고), PD-L1 동형체 2 (PD-L1II로도 알려져 있음; 예를 들어, UniProt 가입 번호 Q9NZQ7-2 참고), 또는 PD-L1 동형체 3 (예를 들어, UniProt 가입 번호 Q9NZQ7-3 참고)일 수 있다. 예시적인 인간 PD-L1 의 핵산 서열은 하기에 나타나 있다: NCBI 참조 서열:NM_014143 또는 서열번호:59. 다음에 의해 인코딩된 예시적인 단백질의 아미노산 서열, 즉 인간 PD-L1 은 하기에 나타나 있다: UniProt 가입 번호 Q9NZQ7 또는 서열번호:60.
"PD-L1 폴리펩타이드 변이체", 또는 이들의 변형은 PD-L1 폴리펩타이드, 일반적으로 본 명세서에서 개시된 바와 같은 임의의 고유한 서열 PD-L1 폴리펩타이드 서열과 적어도 약 80% 아미노산 서열 동일성을 갖는 본 명세서에서 정의된 바와 같은 활성 PD-L1 폴리펩타이드를 의미한다. 상기 PD-L1 폴리펩타이드 변이체는, 예를 들면, 하나 이상의 아미노산 잔기가 천연 아미노산 서열의 N- 또는 C-말단에서 첨가되거나, 또는 결실된 PD-L1 폴리펩타이드를 포함한다. 통상적으로, PD-L1 폴리펩타이드 변이체는 본 명세서에서 개시된 바와 같은 천연 서열 PD-L1 폴리펩타이드 서열에 적어도 약 80% 아미노산 서열 동일성, 대안적으로 적어도 약 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 아미노산 서열 동일성을 가질 것이다. 보통, PD-L1 변이체 폴리펩타이드는, 길이가 적어도 약 10 아미노산, 대안적으로 길이가 적어도 약 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 200, 210, 220, 230, 240, 250, 260, 270, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 또는 289 아미노산 이상이다. 선택적으로, PD-L1 변이체 폴리펩타이드는 PD-L1 천연 폴리펩타이드 서열에 비교하여 1 이하 보존적 아미노산 치환, 대안적으로 천연 PD-L1 폴리펩타이드 서열에 비교하여 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10 이하 보존적 아미노산 치환을 가질 것이다.
용어 "검출하는 것"은 표적 분자의 정성적 및 정량적 측정 둘 모두를 포함하는 가장 넓은 관점에서 본 명세서에서 사용된다. 검출하는 것은 샘플에서 표적 분자의 단순한 존재를 확인하는 것뿐만 아니라 표적 분자가 검출가능한 수준으로 샘플에 존재하는지 여부를 결정하는 것을 포함한다. 검출하는 것은 직접적 또는 간접적일 수 있다.
일반적으로 용어 "발현의 수준" 또는 "발현 수준"은 상호교환하여 사용가능하고, 일반적으로 생물학적 샘플 중의 바이오마커의 양을 가리킨다. "발현"은 일반적으로 정보(예컨대, 유전자-암호화 및/또는 후성적 정보)가 상기 세포에 존재하고 작동하는 구조체로 전환되는 과정을 가리킨다. 따라서, 본 명세서에서 사용된 바와 같이, "발현"은 폴리뉴클레오타이드로 전사, 폴리펩타이드, 또는 더욱이 폴리뉴클레오타이드 및/또는 폴리펩타이드 변형으로 번역 (예를 들면, 폴리펩타이드의 번역후 변형)을 지칭한다. 전사된 폴리뉴클레오타이드, 번역된 폴리펩타이드, 또는 폴리뉴클레오타이드 및/또는 폴리펩타이드 변형 (예컨대, 폴리펩타이드의 변역 후 변형)의 단편 또한 이들이 대안적 스플라이싱에 의해 생성된 전사물 또는 분해된 전사물에서 유래되든지, 또는 예컨대, 단백질 가수분해에 의한 상기 폴리펩타이드의 번역후 과정에서 유래되든, 발현된 것으로 간주되어야 한다. "발현된 유전자"는 mRNA로 폴리뉴클레오타이드로 전사되고 그리고 그 다음 폴리펩타이드로 번역된 것 및 또한 RNA로 전사되었지만 폴리펩타이드로 번역되지 않은 것 (예를 들면, 이동 및 리보솜 RNA들)을 포함한다. 1초과의 관심 유전자에 대한 발현 수준은, 예를 들어, 관심 있는 유전자의 모든 발현 수준의 중앙 또는 평균을 계산함에 의한 것을 포함하여, 당해 분야의 숙련가에게 알려지고 또한 본원에 개시된 응집 방법에 의해 결정될 수 있다. 응집 전, 각각의 관심 유전자의 발현 수준은 예를 들어, 하나 이상의 하우스키핑 유전자의 발현 수준에 정규화, 또는 총 라이브러리 크기에 정규화, 또는 측정된 모든 유전자에 걸쳐 중앙 또는 평균 발현 수준 값에 정규화를 포함하여, 당해 분야의 숙련가에게 알려지고 또한 본원에 개시된 통계적인 방법을 사용함에 의해 정규화될 수 있다. 　 일부 사례에서, 다중 관심 있는 유전자에 걸쳐 응집 전, 각각의 관심 유전자의 정규화된 발현 수준은, 예를 들어, 각각의 관심 유전자의 정규화된 발현 수준의 Z-점수를 계산함에 의한 것을 포함하여, 당해 분야의 숙련가에게 알려지고 또한 본원에 개시된 통계적인 방법을 사용함에 의해 표준화될 수 있다.
본원에 사용된 바와 같은 용어 "샘플"은 예를 들어, 물리적, 생화학적, 화학적 및/또는 생리학적 특성을 기준으로 특성 분석되고/되거나 식별되어야만 하는 세포 및/또는 다른 분자 실체를 함유하는 목적하는 환자 및/또는 개체로부터 수득되거나 유래된 조성물을 지칭한다. 샘플은 하기를, 비제한적으로, 포함한다: 조직 샘플, 원발성 또는 배양된 세포 또는 세포주, 세포 상청액, 세포 용해물, 혈소판, 혈청, 혈장, 활액, 림프액, 활막 유체, 여포성 유체, 정액, 양수, 밀크, 전혈, 혈액-유도된 세포, 소변, 뇌척수액, 타액, 가래, 눈물, 땀, 점액, 종양 용해물, 및 조직 배양 배지, 조직 추출물 예컨대 균질화된 조직, 종양 조직, 세포성 추출물, 및 이들의 조합.
목적 단백질을 "발현하는" 샘플 또는 세포는 단백질 또는 단백질 단편을 포함하는 단백질을 암호화하는 mRNA가 샘플 또는 세포에 존재하는 것으로 계측된 것이다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어들 "참조 발현 수준" 및 "참조 수준"은 또 다른 발현 수준, 예를 들어, 개체로부터의 샘플에서 본 명세서에서 기재된 하나 이상의 유전자 (예를 들어, 표 1에 제시된 임의의 유전자 또는 이들의 임의의 조합 (예를 들어, 표 2-5 중 임의의 하나에 제시된 임의의 조합)의 발현 수준이, 예를 들어, 예측, 진단, 예후, 및/또는 치료적 결정을 하기 위해 비교되어 지는 발현 수준을 지칭하기 위해 상호교환적으로 사용된다. 예를 들어, 참조 발현 수준은 참조 샘플인, 참조 모집단에서의 발현 수준 (예를 들어, 참조 모집단, 예를 들어, 암이 있는 환자의 모집단에서 중앙 발현 수준) 및/또는 사전-배정된 값 (예를 들어, 참조 모집단에서 항-암 요법 (예를 들어, 하기를 포함한 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체))으로 치료된 개체의 제1 서브셋과 컷-오프 값 이상 및/또는 컷-오프 값 미만의 항-암 요법으로의 치료에 대한 개체의 반응성과 상이한 항-암 요법으로의 치료에 대한 개체의 반응성 사이의 유의차에 기초하여 동일한 참조 모집단에서 상이한 항-암 요법으로 치료된 (또는 항-암 요법으로 치료되지 않은) 개체의 제2 서브셋을 상당히 (예를 들어, 통계적으로 상당히) 구별하도록 이전에 결정된 컷-오프 값)으로부터 유래될 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 컷-오프 값은 참조 모집단에서 중앙 또는 평균 발현 수준일 수 있다. 다른 구현예에서, 참조 수준은 참조 모집단에서 발현 수준의 최상부 40%, 최상부 30%, 최상부 20%, 최상부 10%, 최상부 5%, 또는 최상부 1%일 수 있다. 특정 구현예에서, 상기 컷-오프 값은 참조 모집단에서 중앙 발현 수준일 수 있다. 참조 발현 수준에 대한 수치는 조짐 또는 장애 (예를 들어, 암 (예를 들어, 방광암, 신장암, 폐암, 간암, 난소암, 췌장 암, 결장직장암, 또는 유방암)), 발현 수준을 검출하기 위해 사용된 방법론 (예를 들어, RNAseq 또는 RT-qPCR), 및/또는 검사된 유전자의 특이적 조합 (예를 들어, 표 1에 제시된 유전자의 임의의 조합; 또는 표 2-6에 열거된 유전자의 조합 중 임의의 하나)에 따라 다양할 수 있다는 것이 당해 분야의 숙련가에 의해 인정될 것이다.
표현, 수준 "이상" (예를 들어, 참조 수준 이상), "증가된 발현", "증가된 발현 수준", "증가된 수준", "상승된 발현", "상승된 발현 수준" 또는 "상승된 수준"은 하기에 비하여 개체에서 바이오마커의 증가된 발현 또는 증가된 수준을 지칭한다: 대조군 (예를 들어, 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)를 앓고 있지 않은 개체 또는 개체들, 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 바이오마커)에서 바이오마커의 발현 수준, 또는 요법의 투여 이전에 수득된 샘플에서 바이오마커의 수준 (예를 들어, 하기를 포함하는 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)), 또는 참조 수준 (예를 들어, 환자, 예를 들어, 다음 항-암 요법에 대한 반응성에 대해 시험되어 지는 암이 있는 환자의 그룹/모집단으로부터의 샘플에서 바이오마커의 중앙 발현 수준: 하기를 포함하는 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체); 환자, 예를 들어, 다음 항-암 요법에 대한 반응성이 아닌 것으로 확인되어 진 암이 있는 환자의 그룹/모집단으로부터의 샘플에서 바이오마커의 중앙 발현 수준: 하기를 포함하는 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체); 또는 이전 시기에 상기 개체로부터 이전에 수득된 샘플에서의 수준).
표현, 수준 "미만" (예를 들어, 참조 수준 미만), "줄어든 발현", "줄어든 발현 수준", "줄어든 수준", "감소된 발현", "감소된 발현 수준" 또는 "감소된 수준"은 하기에 비하여 개체에서 바이오마커의 감소 발현 또는 줄어든 수준을 지칭한다: 대조군 (예를 들어, 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)를 앓고 있지 않은 개체 또는 개체들, 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 바이오마커)에서 바이오마커의 발현 수준, 또는 요법의 투여 이전에 수득된 샘플에서 바이오마커의 수준 (예를 들어, 하기를 포함하는 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)), 또는 참조 수준 (예를 들어, 환자, 예를 들어, 다음 항-암 요법에 대한 반응성에 대해 시험되어 지는 암이 있는 환자의 그룹/모집단으로부터의 샘플에서 바이오마커의 중앙 발현 수준: 하기를 포함하는 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체); 환자, 예를 들어, 다음 항-암 요법에 대한 반응성이 아닌 것으로 확인되어 진 암이 있는 환자의 그룹/모집단으로부터의 샘플에서 바이오마커의 중앙 발현 수준: 하기를 포함하는 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체); 또는 이전 시기에 상기 개체로부터 이전에 수득된 샘플에서의 수준). 일부 구현예에서, 감소된 발현은 거의 발현이 없다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "참조 샘플", "참조 세포", "참조 조직", "대조군 샘플", "대조군 세포," 또는 "대조군 조직"은 비교하기 위해 사용된 샘플, 세포, 조직, 또는 표준을 지칭한다. 일 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 동일한 환자 또는 개체의 신체(예를 들어, 조직 또는 세포)의 건강하고/하거나 비-이환 부분으로부터 수득될 수 있다. 예를 들어, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 이환 세포 또는 조직에 인접한 건강한 및/또는 비-이환 세포 또는 조직 (예를 들어, 종양에 인접한 세포 또는 조직)일 수 있다. 또 다른 구현예에서, 참조 샘플은 동일한 환자 또는 개체의 신체의 비처리된 조직 및/또는 세포로부터 수득된다. 또한 또 다른 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 상기 환자 또는 개체가 아닌 개체의 신체(예를 들어, 조직 또는 세포)의 건강하고/하거나 비-이환 부분으로부터 수득될 수 있다. 추가의 기타 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 상기 환자 또는 개체가 아닌 개체의 신체의 비처리된 조직 및/또는 세포로부터 수득될 수 있다. 또 다른 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 요법 (예를 들어, 하기를 포함하는 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체))의 투여 이전에 환자로부터 수득된다.
본 명세서에서 사용될 때 어구 "기초한"은 하나 이상의 바이오마커에 대한 정보가 치료 결정, 포장 삽입물에 제공된 정보, 또는 마케팅/판촉 지침, 및 기타 동종의 것을 알리기 위해 사용된다는 것을 의미한다.
용어 "하우스키핑(housekeeping) 바이오마커"는 모든 세포 유형에 전형적으로 유사하게 존재하는 바이오마커 또는 일단의 바이오마커(예컨대, 폴리뉴클레오타이드 및/또는 폴리펩타이드)를 가리킨다. 일부 구현예에서, 하우스키핑 바이오마커는 "하우스키핑 유전자"이다. "하우스키핑 유전자"는 본원에서 세포 작용의 유지를 위해 필수적인 활성을 갖는 단백질을 암호화하고 전형적으로 모든 세포 유형에 유사하게 존재하는 유전자 또는 유전자 그룹을 지칭한다.
"상관관계가 있다" 또는 "상관관계가 있는"은 모든 방식으로 제1 분석 또는 프로토콜의 성능 및/또는 결과를 제2 분석 또는 프로토콜의 성능 및/또는 결과와 비교하는 것을 의미한다. 예를 들어, 두 번째 프로토콜을 수행할 때 첫 번째 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용하거나 및/또는 두 번째 분석 또는 프로토콜이 수행되어야 하는지 여부를 계측하기 위해 첫 번째 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있다. 폴리펩타이드 분석 또는 프로토콜의 구현예와 관련하여, 특정 치료 레지멘이 수행되어야 하는지 여부를 계측하기 위해 폴리펩타이드 발현 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있다. 폴리뉴클레오타이드 분석 또는 프로토콜의 구현예와 관련하여, 특정 치료 요법이 수행되어야 하는지 여부를 계측하기 위해 폴리뉴클레오타이드 발현 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있다.
본원에 사용되는 "증폭"은 일반적으로 원하는 서열의 복수의 사본을 생성하는 과정을 가리킨다. "복수의 사본"은 적어도 2개의 사본을 의미한다. "사본"은 반드시 상기 주형 서열에 대한 완전한 서열 상보성 또는 동일성을 의미하지 않는다. 예를 들어, 사본에는 뉴클레오타이드 유사체 예컨대 데옥시이노신, 의도적 서열 변경 (예컨대 혼성가능하나 상기 주형에 상보적이지 않은 서열을 포함하는 프라이머를 통해 유도되는 서열 변경), 및/또는 증폭 중에 발생하는 서열 오류가 포함된다.
용어 "다중-PCR"은 단일 반응에서 2 이상의 DNA 서열을 증폭할 목적으로 설정된 2 이상의 프라이머를 사용하여 단일 공급원(예컨대, 개체)에서 수득된 핵산에서 수행된 단일 PCR를 가리킨다.
본원에 사용되는 "중합효소 연쇄반응" 즉 "PCR" 기법은 일반적으로 핵산, RNA 및/또는 DNA의 특정 조각의 소량이 하기에 기술된 바와 같이 증폭되는 절차를 지칭한다: 예를 들어, 미국특허 번호 4,683,195. 일반적으로, 관심대상의 영역의 말단 또는 그것을 초과하는 것에서 유래된 서열 정보가 확보가능하여, 올리고뉴클레오타이드 프라이머가 설계될 수 있어야 하며; 이와 같은 프라이머는 증폭될 주형의 반대 가닥에 대하여 서열에서 동일하거나 또는 유사하다. 상기 두 개 프라이머의 5' 말단 뉴클레오타이드는 증폭된 재료의 말단과 동일할 수 있다. PCR은 특이적 RNA 서열, 총 게놈 DNA로부터 특이적 DNA 서열, 및 총 세포 RNA, 박테리오파아지, 또는 플라스미드 서열, 등으로부터 전사된 cDNA를 증폭시키는데 사용될 수 있다. 참고 일반적으로 Mullis 등, Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. 51:263 (1987) 및 Erlich, ed., PCR Technology, (Stockton Press, NY, 1989). 본원에 사용되는 PCR는 핵산 검사 샘플을 증폭하기 위한 핵산 폴리머라제 반응 방법의 하나의 예(그러나 유일하지 않음)로 간주되고(여기에는 알려진 핵산(DNA 또는 RNA)을 프라이머로 사용하는 것이 포함됨), 핵산 폴리머라제를 활용하여 핵산의 특정 조각을 증폭 또는 생성하거나 또는 특정 핵산에 상보적인 핵산의 특정 조각을 증폭 또는 생성한다.
"정량적 실시간 폴리머라제 연쇄 반응" 또는 "qRT-PCR"은 PCR 생성물의 양이 PCR 반응에서 각 단계에서 측정되는 PCR의 형태를 지칭한다. 이러한 기술은, 예를 들어, 하기를 포함하는 다양한 공보에서 기재되어 있다: Cronin 등, Am. J. Pathol.164(1):35-42 (2004) 및 Ma 등, Cancer Cell 5:607-616 (2004).
용어 "미세유전자배열"은 기질 상에서의 하이브리드화 가능한 배열 요소들, 바람직하게는 폴리뉴클레오타이드 프로브의 순서상 배열을 가리킨다.
용어 "RNAseq", 또한 소위 "RNA-seq" 및 "전체의 전사체 샷건 서열분석 (WTSS)"은 샘플의 RNA 함량에 대한 정보를 얻기 위해 cDNA를 서열분석 및/또는 정량화하기 위한 고-처리량 서열분석 기술의 사용을 지칭한다. RNAseq를 기술하는 간행물은 하기를 포함한다:Wang 등 Nature Reviews Genetics 10(1):57-63, 2009; Ryan 등 BioTechniques 45(1):81-94, 2008; 및 Maher 등 Nature 458(7234):97-101, 2009.
용어 "진단"은 분자 또는 병리적 상태, 질환 또는 병태 (예를 들어, 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암, 폐암, 간암, 난소암, 췌장 암, 결장직장암, 또는 유방암))의 확인 또는 분류를 지칭하기 위해 본 명세서에서 사용된다. 일부 구현예에서, 상기 암은 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC)이다. 예를 들어, "진단"은 암의 특정 유형의 식별을 지칭할 수 있다. "진단"은, 또한, 예를 들어 조직병리학적 기준에 의한, 또는 분자적 특징 (예컨대, 일 바이오마커 또는 이의 조합의 발현에 의해 특성화된 하위유형 (예컨대, 상기 유전자에 의하여 암호화된 특정 유전자 또는 단백질))에 의한 암의 특정 하위유형의 분류를 지칭할 수 있다.
본원에 사용된 바와 같은 "종양-침윤 면역 세포"는 이의 종양 또는 샘플 내 존재하는 임의의 면역 세포를 지칭한다. 종양-침윤 면역 세포는 비제한적으로 하기를 포함한다: 종양내 면역 세포, 종양주변 면역 세포, 기타 종양 기질 세포 (예컨대, 섬유아세포), 또는 이의 임의의 조합.종양-침윤 면역 세포는, 하기일 수 있다: T 림프구 (예컨대 CD8+ T 림프구 및/또는 CD4+ T 림프구), B 림프구, 또는 기타 골수-계통 세포 (과립구 (예컨대, 호중구, 호산구, 및 호염기구) 포함), 단핵구, 대식세포 (예컨대, CD68+/CD163+ 대식세포), 수지상 세포 (예컨대, 지상감입 수지상 세포), 조직구, 및 자연 살해 (NK) 세포.
"종양 세포"는, 본원에 사용된 바와 같이, 이의 종양 또는 샘플 내에 존재하는 임의의 종양 세포를 지칭한다. 종양 세포는, 본원에 기술되거나 본 분야에 공지된 방법을 사용하여, 종양 샘플, 예를 들어, 기질 세포 및 종양-침윤 면역 세포에 존재할 수 있는 기타 세포와 구별될 수 있다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어들 "개별", "환자" 또는 "대상체"는 상호교환적으로 사용되고, 치료가 요구되는 임의의 단일 동물, 더 바람직하게는 포유동물 (예를 들어, 고양이, 개, 말, 토끼, 동물원 동물, 소, 돼지, 양, 및 비-인간 영장류와 같은 비-인간 동물을 포함함)을 지칭한다. 특정 구현예에서, 본원에서 환자는 인간이다. 환자는 "암 환자", 즉, 암 (예를 들어, 방광암, 신장암, 폐암, 간암, 난소암, 췌장 암, 결장직장암, 또는 유방암)을 앓고 있거나, 또는 암을 앓을 위험이 있거나, 또는 하나 이상의 암의 증상으로 고통을 받고 있는 환자일 수 있다.
용어 "암" 및 "암성"은 전형적으로 조절되지 않은 세포 성장을 특징으로 하는 포유동물에서의 생리적 조건을 지칭하거나 또는 이를 기술한다. 암의 예는, 비제한적으로, 암종, 림프종, 모세포종, 육종, 및 백혈병 또는 림프성 악성종양을 포함한다. 이러한 암의 보다 특정한 예는, 비제한적으로, 방광암 (예를 들어, 전이성 UC (mUC)를 포함한 요상피 암종 (UC); 근육-침습성 방광암 (MIBC), 및 비-근육-침습성 방광암 (NMIBC)); 신장 또는 신장암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC)); 소세포 폐암, 비-소세포 폐암, 폐의 선암종, 및 폐의 편평상피 암종을 포함한 폐암; 요로의 암; 유방암 (예를 들어, HER2+ 유방암 및 에스트로겐 수용체 (ER-), 프로게스테론 수용체 (PR-), 및 HER2 (HER2-) 음성인, 삼중-음성 유방암 (TNBC)); 전립선암, 예컨대 거세-저항성 전립선암 (CRPC); 복막의 암; 간세포 암; 위장 암 및 위장 기질 암을 포함한 위 또는 위암; 췌장 암 (예를 들어, 췌장 관상 선암종 (PDAC)); 교모세포종; 자궁경부암; 난소암; 간암 (예를 들어, 간세포 암종 (HCC)); 간종양; 결장암; 직장암; 결장직장암; 자궁내막 또는 자궁 암종; 타액샘 암종; 전립선암; 외음부 암; 갑상선암; 간 암종; 항문 암종; 음경 암종; 표재 확장성 흑색종, 악성 흑자 흑색종, 선단 흑자성 흑색종, 및 결절성 흑색종을 포함한 흑색종; 다발성 골수종 및 B-세포 림프종 (저등급/여포성 비-호지킨 림프종 (NHL); 소림프구성 (SL) NHL; 중간 등급/여포성 NHL; 중간 등급 확산 NHL; 고등급 면역모세포성 NHL; 고등급 림프아구성 NHL; 고등급 작은 비-절단된 세포 NHL; 거대 질환 NHL; 외투 세포 림프종; AIDS-관련된 림프종; 및 발덴스트롬 거대글로불린혈증을 포함함); 만성 림프구성 백혈병 (CLL); 급성 림프아구성 백혈병 (ALL); 급성 골수성 백혈병 (AML); 모발 세포 백혈병; 만성 골수모세포 백혈병 (CML); 이식후 림프증식성 장애 (PTLD); 및 골수이형성 증후군 (MDS), 뿐만 아니라 모반증과 연관된 비정상 혈관 증식, 부종 (예컨대 뇌종양과 연관된 것), 메이그스 증후군, 뇌암, 두경부 암, 및 연관된 전이를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 암은 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC)이다.
"초기 단계 암" 또는 "초기 단계 종양"은 침습성 또는 전이성이 아닌 또는 0, I, 또는 II 기 암으로서 분류되지 않는 암을 의미한다.
"진행성" 암은 국소 침습 또는 전이에 의해 부위 또는 본래의 기관 밖으로 퍼진 암이다.
"난치성" 암은 화학치료제와 같은 항-종양제가 암 환자에게 투여되고 있음에도 불구하고 진행되는 암이다. 난치성 암의 예로는 백금 불응성인 암이 있다.
"재발성" 암은, 초기 요법에 대한 반응 이후, 초기 부위 또는 먼 부위에서, 재성장한 것이다.
용어 "세포 증식성 장애" 및 "증식성 장애"는 일정 정도의 비정상 B 세포 증식과 연관된 장애를 지칭한다. 일 구현예에서, 세포 증식성 장애는 암이다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "종양"은 악성이든 양성이든, 모든 신생물성 세포 성장 및 증식, 그리고 모든 전-암성 및 암성 세포 및 조직을 지칭한다.
용어들 "암", "암성", "세포 증식성 장애", "증식성 장애" 및 "종양"은 본원에서 상호 배타적인 것이 아니다.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "면역 염증성 종양"은 하기를 특징으로 하는 종양 (예를 들어, 고형 종양)을 지칭한다: CD8+ T-세포 침윤 및 PD-L1 발현.하기 참고: 예를 들어, Herbst 등 Nature 515:563-567, 2014 및 Hegde 등 Clin.Canc. Res.22:1865-1874, 2016.일부 구현예에서, 종양은 CD8+ 세포가 악성 상피 세포와 직접 접촉하여, 종양 세포 응집체 안으로의 기질 침윤물의 과잉의 형태, 또는 종양 세포의 응집체 또는 시트에서 CD8+ 세포의 확산 침윤의 형태로 관측된 경우 면역 염증성 종양으로 분류된다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "면역 배제된 종양"은 세포외 기질-풍부 기질에 T-세포의 축적을 특징으로 하는 종양 (예를 들어, 고형 종양)을 지칭한다. 하기 참고: 예를 들어, Herbst 등 Nature 515:563-567, 2014 및 Hegde 등 Clin.Canc. Res.22:1865-1874, 2016. 면역 배제된 종양에서, 다수의 T-세포는 종양 주위 원주상으로 신장하는 정렬된 콜라겐 및 파이브로넥틴 섬유를 따라 이동한다. 하기 참고: 예를 들어, Salmon 등 J. Clin.Invest. 122:899-910, 2012.일부 구현예에서, 종양은 하기인 경우 면역 배제된 종양으로 분류된다: CD8+ 세포가 주요 종양 덩어리에 바로 인접하거나 또는 그 안에 있는 기질에서 실질적으로 또는 독점적으로 관측된 경우.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "면역 불모지 종양"는 종양 또는 주위 기질 내에서 부족한 침윤성 림프구를 갖는 종양 (예를 들어, 고형 종양)을 지칭한다. 하기 참고: 예를 들어, Herbst 등 Nature 515:563-567, 2014 및 Hegde 등 Clin.Canc. Res.22:1865-1874, 2016. 일부 구현예에서, 종양은 하기 경우 면역 불모지 종양으로 분류된다: CD8+ 세포의 유병률이 낮은 경우 (예를 들어, 10개의 대표적인 시야의 평균으로 계산될 때, 예를 들어, 약 200×의 배율에서 종양 및 종양-연관된 기질의 영역에서 약 10 미만 CD8+ 세포 (예를 들어, 약 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1, 또는 0 CD8+ 세포)).
"장애"는 하기를 비제한적으로 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 임의의 병태이다: 포유동물이 문제 장애를 갖기 용이하게 만드는 병리적 상태를 포함하는 만성 및 급성 장애 또는 질환.
본원에서 사용되는 "치료"(및 "치료하다" 또는 "치료하는"과 같은 이의 문법적 변형)는 치료되는 개체의 자연적인 과정을 변경하려는 임상적 중재술을 나타내며, 예방을 위해 또는 임상 병리학의 과정 동안 수행될 수 있다. 바람직한 치료 효과는 질환의 발생 또는 재발의 예방, 증상의 호전, 질환의 임의의 직접 또는 간접 병리학적 결과의 감소, 전이의 예방, 질환 진행의 속도의 감소, 질환 상태의 호전 또는 완화, 및 차도 또는 개선된 예후를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 일부 구현예에서, 치료는 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)을 포함하는 항-암 요법으로 된다. 일부 구현예에서, 항체 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 항-PD-1 항체, 및/또는 항-TGF-β 항체)는 질환의 발달을 지연시키거나 질환 또는 장애 (예를 들어, 암 (예를 들어, 방광암, 신장암, 폐암, 간암, 난소암, 췌장 암, 결장직장암, 또는 유방암))의 진행을 늦추기 위해 사용된다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "투여하는 것"은 하기의 투약량을 제공하는 방법으로 의미된다: 즉, 화합물 (예를 들어, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)) 또는 조성물 (예를 들어, 약제학적 조성물, 예를 들어, 하기를 포함하는 약제학적 조성물: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체))로 환자에게 제공.본 명세서에서 기재된 방법에서 이용된 조성물은, 예를 들어, 근육내로, 정맥내로, 진피내로, 경피로, 동맥내로, 복강내로, 병소내로, 두개내로, 관절내로, 전립선내로, 늑막내로, 기관내로, 척추강내로, 비강내로, 질내로, 직장내로, 국소적으로, 종양내로, 복막으로, 피하로, 결막하로, 방광내로, 점막으로, 심막내로, 탯줄내로, 안구내로, 안와내로, 유리체내로 (예를 들어, 유리체내 주사에 의함), 점안액으로, 경구로, 국소적으로, 경피로, 비경구로, 흡입에 의해, 주사로, 이식에 의해, 주입에 의해, 연속적 주입에 의해, 직접적으로 표적 세포를 입욕하는 국소화된 관류에 의해, 카테터에 의해, 세척에 의해, 크림으로, 또는 지질 조성물로 투여될 수 있다. 본 명세서에서 기재된 방법에서 이용된 조성물은 또한 전신으로 또는 국소로 투여될 수 있다. 투여 방법은 다양한 인자 (예를 들면, 투여될 화합물 또는 조성물 및 치료될 병태, 질환, 또는 장애의 중증도)에 따라 가변될 수 있다.
"치료 유효량"은 포유동물에서 질환 또는 장애 (예를 들어, 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암, 폐암, 간암, 난소암, 췌장 암, 결장직장암, 또는 유방암))를 치료 또는 예방하기 위한 치료제의 양을 지칭한다. 암의 경우, 치료제의 치료 유효량은 암 세포의 수를 감소시키고; 원발성 종양 크기를 감소시키고; 말초 기관 내로의 암 세포 침윤을 억제하고(즉, 얼마간 지연하고 바람직하게는 중지시키고); 종양 전이를 억제하고(즉, 얼마간 지연하고 바람직하게는 중지시키고); 종양 성장을 얼마간 억제하고; 상기 장애와 관련된 하나 이상의 증상을 얼마간 경감시킬 수 있다. 상기 약물이 성장을 방지하거나 및/또는 기존 암 세포를 사멸시킬 정도이면, 상기 약물은 세포증식 억제제 및/또는 세포독성일 수 있다. 암 요법에 대해, 생체내 효능은, 예를 들어, 생존의 기간 (예를 들어, 전체 생존 또는 무진행 생존), 질환 진행까지의 시간 (TTP), 반응 속도 (예를 들어, 완전한 반응 (CR) 및 부분적인 반응 (PR)), 반응의 기간, 및/또는 삶의 질을 평가함에 의해 측정될 수 있다.
용어 "동시에"는 2 이상의 치료제의 투여를 가리키기 위해 사용되는데, 적어도 투여의 일부가 시간적으로 겹치는 것을 가리킨다. 따라서, 동시 투여에는 하나 이상의 다른 제제(들)의 투여를 중단한 후 하나 이상의 제제(들)의 투여가 이어질 때의 투여 레지멘이 포함된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, VEGF 길항제 및 PD-L1 축 결합 길항제는 동반하여 투여될 수 있다.
"감소 또는 억제"는 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 그 이상의 전체적 감소를 유발하는 능력을 의미한다. 감소 또는 억제는 예를 들어 원발성 종양의 크기, 전이의 크기 또는 존재, 또는 치료될 장애의 증상을 감소 또는 억제시키는 것을 지칭한다.
본원에서 "부하" 용량은 일반적으로 환자에게 투여되는 치료제의 초기 용량을 포함하며, 이의 하나 이상의 유지 용량(들)이 이어진다. 일반적으로, 단일 부하 용량이 투여되지만, 다회 부하 용량이 본 명세서에서 상정된다. 보통, 투여되는 부하 용량(들)의 양은 투여되는 유지 용량(들)의 양을 초과하고/하거나 부하 용량(들)은 유지 용량(들)보다 더 빈번하게 투여되어서, 유지 용량(들)에 의해 달성될 수 있는 것보다 더 조기에 치료제의 목적으로 하는 농도를 달성할 수 있다.
본원에서의 "유지" 용량 또는 "연장된" 용량은 치료 시기에 걸쳐 환자에 투여되는 치료제의 1회 이상의 용량을 지칭한다. 보통, 상기 유지 용량은 치료 간격을 두고, 예컨대 대략 1주, 대략 2주, 대략 3주, 또는 대략 4주 간격으로 투여된다.
"치료에 대한 반응", "치료에 대한 반응성", 또는 "치료로부터의 이점"은, 비제한적으로, 다음의 치료에 따른 주어진 시점에서, (1) 늦춤 및 완전한 억제를 포함하여, 어느 정도까지 질환 진행 (예를 들어, 암 진행)의 억제; (2) 종양 크기에서의 감소; (3) 인접한 주변 기관 및/또는 조직 안으로 암 세포 침윤의 억제 (즉, 감소, 늦춤 또는 완전한 중단); (4) 전이의 억제 (즉 감소, 늦춤 또는 완전한 중단); (5) 어느 정도까지 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)과 연관된 하나 이상의 증상의 완화; (6) 전체 생존 (OS HR < 1) 및 무진행 생존 (PFS HR<1)을 포함한, 생존의 길이에서의 증가 또는 연장; 및/또는 (9) 줄어든 사망률을 포함하여, 개체에 이점을 나타내는 임의의 종점을 사용하여 평가될 수 있다 (예를 들어, 하기로의 치료, 즉 하기를 포함하는 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)).
"객관적 반응"은 측정가능한 반응, 예를 들면 완전한 반응(CR) 또는 부분적 반응(PR)을 가리킨다. 일부 구현예에서, "객관적 반응 속도" (ORR)은 완전 반응 (CR) 속도 및 부분 반응 (PR) 속도의 총합을 지칭한다.
"완전한 반응" 또는 "CR"이란 치료 반응에서 암의 모든 조짐의 사라짐 (예컨대, 모든 표적 병변의 사라짐)이 의도된다. 이것은 암이 치유되었다는 것을 항상 의미하는 것은 아니다.
본원에 사용된 바와 같이, "부분적 반응" 또는 "PR"는 치료에 대한 반응에서 하나 이상의 종양 또는 병변의 크기, 또는 체내에서 암의 길이의 감소를 가리킨다. 예를 들어, 일부 구현예에서, PR은 기준선 SLD를 참조로, 표적 병변의 가장 긴 직경 (SLD)의 총합의 적어도 30%의 감소를 지칭한다.
"지속된 반응"은, 치료 중지 후 종양 성장 감소에 대한 지속된 효과를 지칭한다. 예를 들어, 종양 크기는, 투여 단계의 개시시점에서의 크기와 비교하여 상동하거나 보다 작게 유지될 수 있다. 일부 구현예에서, 지속된 반응은, 적어도 치료 기간의 적어도 1.5x, 2.0x, 2.5x, 또는 3.0x 길이의 치료 기간 또는 그 이상의 기간과 상동한 기간을 갖는다.
본원에 사용된 바와 같이, "무변성 질환" 또는 "SD"는 치료 개시 이래 가장 작은 합계 직경(SLD)을 참조로 고려하여 PD에 대한 자격이 되도록 충분히 증가하지 않거나 또는 PR에 대한 자격이 되도록 표적 병변의 충분한 위축이 발생하지 않은 상태를 지칭한다.
본원에 사용된 바와 같이, "진행성 질환" 또는 "PD"는 표적 병변의 SLD의 적어도 20% 증가를 지칭한다 (치료 개시 또는 하나 이상의 신규 병변의 존재 이후 보고된 최소 SLD를 참고로 함).
용어 "생존"은 살아남은 환자를 지칭하고, 전체 생존뿐만 아니라 무진행 생존을 포함한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "무진행 생존" 또는 "PFS"은 치료되는 질환 (예를 들어, 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암, 폐암, 간암, 난소암, 췌장 암, 결장직장암, 또는 유방암))이 진행하지 않거나 악화되지 않는 치료 동안 및 치료 후의 시간의 길이를 지칭한다. 무진행 생존은 개체가 완전한 반응 또는 부분적인 반응을 경험한 시간의 양뿐만 아니라 개체가 안정한 질환을 경험한 시간의 양을 포함할 수 있다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "전체 생존" 또는 "OS"는 특정 시간 기간 (예를 들어, 진단 또는 치료 시로부터 6 개월, 1 년, 2 년, 3 년, 4 년, 5 년, 10 년, 15 년, 20 년, 또는 20 년 초과) 후 살아 있을 가능성이 있는 그룹에서 대상체의 백분율을 지칭한다.
"생존을 연장시키는 것"은 하기 환자에 비하여 치료된 환자에서 전체적인 또는 무진행 생존을 증가시키는 것을 의미한다: 비치료된 환자 (즉 약제로 치료되지 않은 환자 대비), 또는 지정된 수준으로 바이오마커를 발현하지 않는 환자, 및/또는 승인된 항종양 제제로 치료된 환자 (예를 들어, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)).
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "위험 비율" 또는 "HR"은 사건 비에 대한 통계적인 정의이다. 본 발명의 목적을 위해, 위험 비율은 임의의 특정한 시점에서 대조군 그룹/아암에서의 사건의 개연성으로 나누어진 실험 (예를 들어, 치료) 그룹/아암에서의 사건 (예를 들어, PFS 또는 OS)의 개연성을 나태는 것으로 정의된다. 1의 값을 갖는 HR은 종점 (예를 들어, 사망)의 상대적인 위험이 치료" 및 "대조군" 그룹 양자에서 동등하다는 것을 나타내고; 1 초과의 값은 상기 위험이 대조군 그룹에 비하여 치료 그룹에서 더 크다는 것을 나타내고; 그리고 1 미만의 값은 상기 위험이 치료 그룹에 비하여 대조군 그룹에서 더 크다는 것을 나타낸다. 무진행 생존 분석에서 "위험 비율" (즉, PFS HR)은 두 무진행 생존 곡선 사이 차이의 요약으로, 후속 기간에 걸쳐 대조군에 비교된 치료에 대한 사망의 위험에서의 감소를 나타낸다. 전체 생존 분석에서 "위험 비율" (즉, OS HR)은 두 전체 생존 곡선 사이 차이의 요약으로, 후속 기간에 걸쳐 대조군에 비교된 치료에 대한 사망의 위험에서의 감소를 나타낸다.
용어 "항암 요법"은 암 치료에 유용한 요법을 지칭한다. 항암 치료제의 예시에는 비제한적으로 하기가 포함된다: 세포독성제, 화학치료제, 성장 억제제, 방사선 요법에서 사용되는 제제, 항-신생혈관제, 세포자멸제, 항-튜불린 제제, 및 암을 치료하기 위한 다른 제제, 예를 들어, 항-CD20 항체, 혈소판 유도된 성장 인자 억제제(예를 들면, GLEEVEC™ (이마티닙 메실레이트)), COX-2 억제제(예를 들면, 셀레콕시브), 인터페론, 사이토카인, 하나 이상의 하기 표적 중 하나 이상에 결합하는 길항제 (예컨대, 중화 항체): PDGFR-β, BIγS, APRIL, BCMA 수용체(들), TRAIL/Apo2, 다른 생물활성 및 유기 화학 제제 등.이의 조합물이 또한 본 발명에 포함된다.
본 명세서에서의 목적에 대해 "활성인" 또는 "활성"은 고유한 또는 자연 발생 폴리펩타이드의 생물학적 및/또는 면역학적 활성을 보유하는 폴리펩타이드의 형태(들)를 지칭하며, 여기서 "생물학적" 활성은 고유한 또는 자연 발생 폴리펩타이드에 의해 보유된 항원성 에피토프에 대하여 항체의 생산을 유도하는 능력이외의 고유한 또는 자연 발생 폴리펩타이드에 의해 야기된 생물학적 기능 (억제성 또는 자극성)을 지칭하고 "면역학적" 활성은 고유한 또는 자연 발생 폴리펩타이드에 의해 보유된 항원성 에피토프에 대하여 항체의 생산을 유도하는 능력을 지칭한다.
용어 "길항제"는 가장 넓은 의미로 사용되고, 고유한 폴리펩타이드의 생물학적 활성을 부분적으로 또는 완전하게 차단, 억제 또는 중화시키는 임의의 분자를 포함한다. 유사한 방식으로, 용어 "효능제"는 가장 넓은 의미로 사용되고 고유한 폴리펩타이드의 생물학적 활성을 모방하는 임의의 분자를 포함한다. 적합한 효능제 또는 길항제 분자는 구체적으로 효능제 또는 길항제 항체 또는 항체 단편, 고유한 폴리펩타이드의 단편 또는 아미노산 서열 변이체, 및 기타 동종의 것을 포함한다. 폴리펩타이드의 효능제 또는 길항제를 확인하는 방법은 폴리펩타이드를 후보 효능제 또는 길항제 분자와 접촉시키고, 일반적으로 폴리펩타이드와 관련된 하나 이상의 생물학적 활성의 검출가능한 변화를 측정하는 것을 포함할 수 있다.
용어 "면역요법"은 면역 반응을 조절하는 치료제의 사용을 지칭한다. 면역요법은 활성화 면역요법 또는 억제 면역요법일 수 있다. 용어 "활성화 면역요법"은, 예를 들어, T 세포 반응을 포함한 면역 반응을 유도, 증진 또는 촉진하는 치료제의 사용을 지칭한다. 용어 "억제 면역요법"은, 예를 들어, T 세포 반응을 포함한 면역 반응을 방해, 억제, 또는 저해하는 치료제의 사용을 지칭한다.
용어 "PD-L1 축 결합 길항제"는, 복구되거나 증진된 T-세포 작용을 갖는, PD-L1 신호전달 축 상의 신호전달로부터 유발된, T-세포 기능이상을 제거하기 위하여, 이의 결합 상대 중 하나 이상과의 PD-1 축 결합 상대의 상호작용을 억제하는 분자를 지칭한다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제 및 PD-1 결합 길항제뿐만 아니라 PD-L1과 PD-1 사이의 상호작용 (예를 들면, PD-L2-Fc 융합)을 억제하는 분자를 포함한다.
용어 "PD-L1 결합 길항제"는 그것의 결합 파트너, 예컨대 PD-1 또는 B7-1 중 하나 이상과 PD-L1의 상호작용으로부터 기인하는 신호 형질도입을 감소, 차단, 억제, 폐지, 또는 방해하는 분자를 지칭한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 이의 결합상대로의 PD-L1 결합을 억제하는 분자이다. 특정 양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및/또는 B7-1로의 PD-L1 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 그것의 결합 파트너, 예컨대 PD-1 또는 B7-1 중 하나 이상과 PD-L1의 상호작용으로부터 기인하는 신호 형질도입을 감소, 차단, 억제, 폐지, 또는 방해하는 항-PD-L1 항체, 이의 항원-결합 단편, 면역부착소, 융합 단백질, 올리고펩타이드, 및 다른 분자를 포함한다. 일 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1을 통한 T 림프구 매개된 신호전달에서 발현된 세포 표면 단백질에 의해 또는 통해 매개된 음성 공통자극 신호를 감소시켜서 기능이상 T-세포에 기능이상을 덜게 한다 (예를 들면, 항원 인식에 대한 효과기 반응을 증진함). 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 항-PD-L1 항체이다. 특정 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙 (CAS 등록번호:1422185-06-5)으로, 이것은 MPDL3280A로도 알려져 있고, 본 명세서에 기재되어 있다. 또 다른 특정 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 본 명세서에 기재된 YW243.55.S70이다. 또 다른 특정 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 본 명세서에 기재된 MDX-1105이다. 또 다른 구체적인 양태에서, 항-PD-L1 항체는 본 명세서에 기재된 MEDI4736 (더발루맙)이다. 또 다른 구체적인 양태에서, 항-PD-L1 항체는 본 명세서에 기재된 MSB0010718C (아벨루맙)이다.
본원에 사용된 바와 같이, "PD-1 결합 길항제"는, PD-1의, 이의 결합 상대 예컨대 PD-L1 및/또는 PD-L2 중 하나 이상과의 상호작용으로부터 유발된 신호 형질도입을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 억제하는 분자이다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 이의 결합 상대로의 PD-1 결합을 억제하는 분자이다. 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및/또는 PD-L2로의 PD-1 결합을 억제한다. 예를 들어, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및/또는 PD-L2와 PD-1의 상호작용으로부터 기인하는 신호 형질도입을 감소, 차단, 억제, 폐지, 또는 방해하는 항 PD-1 항체 및 이의 항원-결합 단편, 면역부착소, 융합 단백질, 올리고펩타이드, 소분자 길항제, 폴리뉴클레오타이드 길항제, 및 다른 분자를 포함한다. 일 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 작용이상 T-세포에 보다 낮은 작용이상성을 부여하기 위하여, 하기를 감소시킨다: T 림프구 상에 발현된 세포 표면 단백질, 및 기타 세포를 통하여, 또는 이에 의하여 매개된 음성 신호, PD-1 또는 PD-L1을 통하여 매개된 신호전달.일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 항-PD-1 항체이다. 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 MDX-1106 (니볼루맙)이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 MK-3475 (펨브롤리주맙)이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 CT-011 (피딜리주맙)이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 MEDI-0680 (AMP-514)이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 PDR001 이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 REGN2810 이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 BGB-108 이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 AMP-224 이다.
용어들 "항-PD-L1 항체" 및 "PD-L1에 결합하는 항체"는 항체가 PD-L1를 표적화하는데 있어서 진단 및/또는 치료제로서 유용하도록 충분한 친화도를 가지고 PD-L1에 결합할 수 있는 항체를 지칭한다. 일 구현예에서, 비관련, 비-PD-L1 단백질에 대한 항-PD-L1 항체의 결합 정도는, 예를 들면, RIA로 측정 시, 약 10% 미만의 PD-L1에 대한 항체의 결합이다. 특정 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 상이한 종 유래의 PD-L1 중 보존되어 있는 PD-L1의 에피토프에 결합한다.
용어 "항-PD-1 항체" 및 "PD-1에 결합하는 항체"는 항체가 PD-1을 표적화하는데 있어서 진단제 및/또는 치료제로서 유용하도록 하기에 충분한 친화도로 PD-1에 결합할 수 있는 항체를 나타낸다. 일 구현예에서, 비관련, 비-PD-1 단백질에 대한 항-PD-1 항체의 결합 정도는, 예를 들면, RIA로 측정 시, 약 10% 미만의 PD-1에 대한 항체의 결합이다. 특정 구현예에서, 항-PD-1 항체는 상이한 종 유래의 PD-1 중 보존되어 있는 PD-1의 에피토프에 결합한다.
본 명세서에서 정의된 바와 같이 "억제성 기질 길항제"는 기질 (예를 들어, 종양-연관된 기질)과 연관된 유전자 또는 유전자 산물의 생물학적 활성 및/또는 기능을 부분적으로 또는 완전하게 차단, 억제 또는 중화시키는 임의의 분자이다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 섬유성 종양과 연관된 유전자 또는 유전자 산물의 생물학적 활성 및/또는 기능을 부분적으로 또는 완전하게 차단, 억제 또는 중화시킨다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제로의 치료는 기질의 감소를 초래하고 그것에 의해; 예를 들어, 섬유성 조직 (예를 들어, 섬유성 종양)에 침투하도록 면역 세포 (예를 들어, 전염증 세포)를 활성화하는 능력을 증가시킴에 의해 면역요법의 활성 증가를 초래한다. 기질 유전자 길항제에 대한 표적은 당해 기술에 공지되어 있고; 예를 들어, 하기를 참고한다: Turley 등, Nature Reviews Immunology 15:669-682, 2015 및 Rosenbloom 등, Biochimica et Biophysica Acta 1832:1088-1103, 2013. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 형질전환 성장 인자 베타 (TGF-β), 포도플라닌 (PDPN), 백혈구-연관된 면역글로불린-유사 수용체 1 (LAIR1), SMAD, 역형성 림프종 키나제 (ALK), 결합 조직 성장 인자 (CTGF/CCN2), 내피성-1 (ET-1), AP-1, 인터류킨 (IL)-13, 라이실 옥시다제 동족체 2 (LOXL2), 엔도글린 (CD105), 섬유모세포 활성화 단백질 (FAP), 혈관 세포 유착 단백질 1 (CD106), 흉선세포 항원 1 (THY1), 베타 1 인테그린 (CD29), 혈소판-유래된 성장 인자 (PDGF), PDGF 수용체 A (PDGFRα), PDGF 수용체 B (PDGFRβ), 비멘틴, 평활근 액틴 알파 (ACTA2), 데스민, 엔도시알린 (CD248), 또는 S100 칼슘-결합 단백질 A4 (S100A4) 길항제이다.
본 명세서에서 정의된 바와 같이 "TGF-β 길항제"는 그것의 상호작용 파트너, 예컨대 TGF-β 세포 수용체 중 하나 이상과 TGF-β의 상호작용에 기인한 신호 형질도입을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 방해하는 임의의 분자이다. 일부 구현예에서, "TGF-β 결합 길항제"는 그것의 결합 파트너에 대한 TGF-β의 결합을 억제하는 분자이다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 TGF-β의 활성화를 억제한다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 그것의 상호작용 파트너 중 하나 이상과 TGF-β의 상호작용에 기인한 신호 형질도입을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 방해하는 항-TGF-β 항체, 이의 항원 결합 단편, 면역부착소, 융합 단백질, 올리고펩타이드, 및 다른 분자를 포함한다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 폴리펩타이드, 소분자, 또는 핵산이다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제 (예를 들어, TGF-β 결합 길항제)는 TGF-β1, TGF-β2, 및/또는 TGF-β3을 억제한다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제 (예를 들어, TGF-β 결합 길항제)는 TGF-β 수용체-1 (TGFBR1), TGF-β 수용체-2 (TGFBR2), 및/또는 TGF-β 수용체-3 (TGFBR3)를 억제한다.
용어들 "항-TGF-β 항체" 및 "TGF-β에 결합하는 항체"는 항체가 TGF-β를 표적화하는 진단 및/또는 치료제로 유용하도록 충분한 친화도로 TGF-β에 결합할 수 있는 항체를 지칭한다. 일 구현예에서, 관련없는, 비-TGF-β 단백질에 항-TGF-β 항체의 결합의 정도는 예를 들어, RIA에 의해 측정될 때 TGF-β에 대한 항체의 결합의 약 10% 미만이다. 특정 구현예에서, 항-TGF-β 항체는 상이한 종으로부터 TGF-β 중에 보존된 TGF-β의 에피토프에 결합한다. 일부 구현예에서, 항-TGF-β 항체는 TGF-β1, TGF-β2, 및/또는 TGF-β3을 억제한다. 일부 구현예에서, 항-TGF-β 항체는 TGF-β1, TGF-β2, 및 TGF-β3을 억제한다. 일부 구현예에서, 항-TGF-β 항체는 범-특이적 항-TGF-β 항체이다. 일부 구현예에서, 항-TGF-β 항체는, 예를 들어, 하기에 개시된 임의의 항-TGF-β 항체일 수 있다: 미국특허 번호 5,571,714 또는 국제 특허 출원 번호 WO 92/00330, WO 92/08480, WO 95/26203, WO 97/13844, WO 00/066631, WO 05/097832, WO 06/086469, WO 05/010049, WO 06/116002, WO 07/076391, WO 12/167143, WO 13/134365, WO 14/164709, 또는 WO 16/201282, 이들 각각은 전체적으로 참고로 본 명세서에 편입된다. 특정 구현예에서, 항-TGF-β 항체는 프레솔리무맙, 메텔리무맙, 레르델리무맙, 1D11, 2G7, 또는 이의 유도체이다.
"혈관신생 억제제" 또는 "항-혈관신생 제제"는 혈관신생, 맥관형성, 또는 바람직하지 않은 혈관 투과도를 직접적으로 또는 간접적으로 억제하는 작은 분자량 서브스턴스, 폴리뉴클레오타이드, 폴리펩타이드, 단리된 단백질, 재조합 단백질, 항체, 또는 이의 콘주게이트 또는 융합 단백질을 지칭한다. 항-혈관형성 제제에는 혈관형성 인자 또는 이것의 수용체의 혈관형성의 활성을 구속 및 차단하는 제제들이 포함되는 것으로 이해되어야 한다. 예를 들어, 항-혈관신생 제제는 상기에서 정의된 바와 같이 혈관신생제에 대한 항체 또는 다른 길항제, 예를 들어, VEGF-A 또는 VEGF-A 수용체 (예를 들어, KDR 수용체 또는 Flt-1 수용체)에 대한 항체, 항-PDGFR 억제제 예컨대 GLEEVEC™ (이마티닙 메실레이트)이다. 항-혈관신생 제제는 또한 고유한 혈관신생 억제제, 예를 들어, 안지오스타틴, 엔도스타틴, 등을 포함한다. 하기 참고: 예를 들어, Klagsbrun and D'Amore, Annu.Rev. Physiol., 53:217-39 (1991); Streit and Detmar, Oncogene, 22:3172-3179 (2003) (예를 들어, 악성 흑색종에서 항-혈관신생 요법을 열거하는 표 3); Ferrara & Alitalo, Nature Medicine 5(12):1359-1364 (1999); Tonini 등, Oncogene, 22:6549-6556 (2003) 및, Sato Int. J. Clin.Oncol., 8:200-206 (2003).
용어 "세포독성제"는 본원에서 사용된 바와 같이 세포의 기능을 억제 또는 예방 및/또는 세포의 파괴를 유발시키는 물질을 지칭한다. 본 용어는 방사성 동위원소 (예를 들어, At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, 및 Lu의 방사성 동위원소), 화학치료제, 예를 들어, 메토트렉세이트, 아드리아마이신, 빈카 알카로이드 (빈크리스틴, 빈블라스틴, 에토포시드), 독소루비신, 멜팔란, 미토마이신 C, 클로르암부실, 다우노루비신 또는 다른 개재 물질, 효소 및 이의 단편 (예를 들어, 핵산분해 효소), 항생제, 및 독소 예컨대 박테리아, 진균, 식물 또는 동물 기원의 소분자 독소 또는 효소 활성 독소를 포함하고, 이의 단편 및/또는 변이체, 및 아래 개시된 다양한 항종양 또는 항암제를 포함하도록 의도된다. 종양파괴 제제는 종양 세포의 파괴를 유발시킨다.
"화학치료제"는 암의 치료에 유용한 화학적 화합물을 포함한다. 화학치료제의 예는 하기를 포함한다: 에를로티닙 (TARCEVA®, Genentech/OSI Pharm.), 보르테조밉 (VELCADE®, Millennium Pharm.), 디설피람, 에피갈로카테킨 갈레이트, 살리노스포라마이드 A, 카르필조밉, 17-AAG (젤다나마이신), 라디시콜, 락테이트 탈수소효소 A (LDH-A), 풀베스트란트 (FASLODEX®, AstraZeneca), 서니팁 (SUTENT®, Pfizer/Sugen), 레트로졸 (FEMARA®, Novartis), 이마티닙 메실레이트 (GLEEVEC®, Novartis), 피나서네이트 (VATALANIB®, Novartis), 옥살리플라틴 (ELOXATIN®, Sanofi), 5-FU (5-플루오로우라실), 류코보린, 라파마이신 (시롤리무스, RAPAMUNE®, Pfizer), 라파티닙 (TYKERB®, GSK572016, Glaxo Smith Kline), 로나파밉 (SCH 66336), 소라페닙 (NEXAVAR®, Bayer Labs), 게피티닙 (IRESSA®, AstraZeneca), AG1478, 알킬화제 예컨대 티오테파 및 CYTOXAN® 사이클로스포스파마이드; 알킬 설포네이트 예컨대 부설판, 임프로설판 및 피포설판; 아지리딘 예컨대 벤조도파, 카보쿠온, 메투레도파, 및 우레도파; 알트레타민, 트리에틸렌멜라민, 트리에틸렌포스포르아미드, 트리에틸렌티오포스포르아미드 및 트리메틸로멜라민을 포함한 에틸렌이민 및 메틸아멜라민; 아세토게닌 (특히 불라타신 및 불라타시논); 캄프토테신 (토포테칸 및 이리노테칸을 포함함); 브리오스타틴; 칼리스타틴; CC-1065 (그것의 아도젤레신, 카르젤레신 및 바이젤레신 합성 유사체를 포함함); 크립토파이신 (특히 크립토파이신 1 및 크립토파이신 8); 아드레노코르티코스테로이드 (프레드니손 및 프레드니솔론을 포함함); 사이프로테론 아세테이트; 피나스테라이드 및 두타스테라이드를 포함하는 5α-환원효소; 보리노스타트, 로미뎁신, 파노비노스타트, 발프로산, 모세티노스타트 돌라스타틴; 알데스류킨, 탈크 듀오카르마이신 (합성 유사체, KW-2189 및 CB1-TM1을 포함함); 엘류테로빈; 판크라티스타틴; 사르코딕티인; 스폰지스타틴; 질소 머스타드 예컨대 클로르암부실, 클로마파진, 클로로포스파마이드, 에스트라무스틴, 이포스파마이드, 메클로르에타민, 메클로르에타민 옥사이드 하이드로클로라이드, 멜팔란, 노벰비친, 펜에스테린, 프레드니무스틴, 트로포스파마이드, 우라실 머스타드; 니트로소우레아 예컨대 카무스틴, 클로로조토신, 포테무스틴, 로무스틴, 니무스틴, 및 라님누스틴; 항생제 예컨대 엔디인 항생제 (예를 들어, 칼리키아마이신, 특히 칼리키아마이신 γ1I 및 칼리키아마이신 ω1I (Angew.Chem.Intl.Ed. Engl.33:183-186, 1994); 다이네마이신 (다이네마이신 A 포함); 비스포스포네이트, 예컨대 클로드로네이트; 에스페라마이신; 뿐만 아니라 네오카르지노스타틴 발색단 및 관련 색소단백질 엔디인 항생 발색단), 아클라시노마이신, 악티노마이신, 오트라마이신, 아자세린, 블레오마이신, 칵티노마이신, 카라비신, 카미노마이신, 카르지노필린, 크로모마이시니스, 닥티노마이신, 다우노루비신, 데토루비신, 6-디아조-5-옥소-L-노르류신, ADRIAMYCIN® (독소루비신), 모르폴리노-독소루비신, 시아노모폴리노-독소루비신, 2-피롤리노-독소루비신 및 데옥시독소루비신), 에피루비신, 에소루비신, 아이다루비신, 마르셀로마이신, 미토마이신 예컨대 미토마이신 C, 마이코페놀산, 노갈라마이신, 올리보마이신, 페플로마이신, 포르피로마이신, 퓨로마이신, 쿠엘라마이신, 로도루비신, 스트렙토니그린, 스트렙토조신, 투베르시딘, 우베니멕스, 지노스타틴, 조루비신; 항-대사물질 예컨대 메토트렉세이트 및 5-플루오로우라실 (5-FU); 엽산 유사체 예컨대 데노프테린, 메토트렉세이트, 프테로프테린, 트리메트렉세이트; 퓨린 유사체 예컨대 플루다라빈, 6-머캅토퓨린, 티아미프린, 티오구아닌; 피리미딘 유사체 예컨대 안시타빈, 아자시티딘, 6-아자우리딘, 카모푸르, 사이타라빈, 디데옥시우리딘, 독시플루리딘, 에노시타빈, 플록수리딘; 안드로겐 예컨대 칼루스테론, 드로모스타놀론 프로피오네이트, 에피티오스탄올, 메피티오스탄, 테스토락톤; 항-부신제 예컨대 아미노글루테트이미드, 미토탄, 트릴로스탄; 엽산 보충물 예컨대 프롤린산; 아세글라톤; 알도포스파마이드 글리코사이드; 아미노레벌린산; 에닐우라실; 암사크린; 베스트라부실; 비스안트렌; 에다트락세이트; 데포파민; 데메콜신; 디아지쿠온; 엘포미틴; 엘립티늄 아세테이트; 에포틸론; 에토글루시드; 갈륨 니트레이트; 하이드록시우레아; 렌티난; 로니다이닌; 메이탄시노이드 예컨대 메이탄신 및 안사미토신; 미토구아존; 미톡산트론; 모피담놀; 니트라에린; 펜토스타틴; 페나메트; 피라루비신; 로속산트론; 포도필린산; 2-에틸하이드라자이드; 프로카바진; PSK® 다당류 착물 (JHS Natural Products, Eugene, Oreg.); 라족산; 라이족신; 시조푸란; 스피로게르마늄; 테누아존산; 트리아지쿠온; 2,2',2"-트리클로로트리에틸아민; 트리코테센 (특히 T-2 독소, 베라쿠린 A, 로리딘 A 및 안구이딘); 우레탄; 빈데신; 다카바진; 만노무스틴; 미토브로니톨; 미토락톨; 피포브로만; 가시토신; 아라바이노사이드 ("Ara-C"); 사이클로포스파미드; 티오테파; 탁소이드, 예컨대, 탁솔(TAXOL) (파클리탁셀; Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, N.J.),ABRAXANE® (크레모포어-없음), 파클리탁셀의 알부민-가공 나노입자 제형 (American Pharmaceutical Partners, Schaumberg, Ill.), 및 TAXOTERE® (도세탁셀, 독세탁셀; Sanofi-Aventis); 클로르람부실; GEMZAR® (젬시타빈); 6-티오구아닌; 머캅토퓨린; 메토트렉세이트; 백금 유사체 예컨대 시스플라틴 및 카보플라틴; 빈블라스틴; 에토포사이드 (VP-16); 이포스파마이드; 미톡산트론; 빈크리스틴; NAVELBINE® (비노렐빈); 노반트론; 테니포사이드; 에다트렉세이트; 다우노마이신; 아미노프테린; 카페시타빈 (XELODA®); 이반드로네이트; CPT-11; 토포이소머라제 억제제 RFS 2000; 디플루오로메틸오르니틴 (DMFO); 레티노이드 예컨대 레티노산; 및 상기 중 임의의 약제학적으로 허용가능한 염, 산 및 유도체.
화학치료제는 또한 하기를 포함한다: 하기의 단계들을 포함하는, 항-에스트로겐 및 선택적 에스트로겐 수용체 조절인자 (SERM)와 같이 종양에 대한 호르몬 작용을 조절하거나 억제하는 작용을 하는 항호르몬제: 예를 들어, 타목시펜 (NOLVADEX®; 타목시펜 시트레이트 포함), 랄록시펜, 드롤록시펜, 아이오독시펜, 4-하이드록시타목시펜, 트리옥시펜, 케옥시펜, LY117018, 오나프리스톤, 및 FARESTON® (토레미핀 시트레이트); 하기와 같은, 부신에서 에스트로겐 생산을 조절하는 효소 아로마타제를 억제하는 아로마타제 억제제: 예를 들어, 4(5)-이미다졸, 아미노글루테트이미드, MEGASE® (메게스트롤 아세테이트), AROMASIN® (엑세메스탄; Pfizer), 포르메스타니, 파드로졸, RIVISOR® (보로졸), FEMARA® (레트로졸; Novartis), 및 ARIMIDEX® (아나스트로졸; AstraZeneca); 항-안드로겐 예컨대 플루타미드, 닐루타미드, 비칼루타미드, 류프롤리드 및 고세렐린; 부세렐린, 트립테레린, 메드록시프로게스테론 아세테이트, 디에틸스틸베스트롤, 프레마린, 플루옥시메스테론, 모든 트랜스레티온산, 펜레티나이드, 뿐만 아니라 트록사시타빈 (1,3-디옥솔란 뉴클레오시드 시토신 유사체); 단백질 키나아제 억제제; 지질 키나아제 억제제; 안티센스 올리고뉴클레오티드, 특히 비정상적인 세포 증식에서 연루된 신호전달 경로에서 유전자의 발현을 억제하는 것들, 예컨대, 예를 들어, PKC-알파, Ralf 및 H-Ras; 리보자임 예컨대 VEGF 발현 억제제 (예컨대, ANGIOZYME®) 및 HER2 발현 억제제; 백신 예컨대 유전자 요법 백신, 예를 들어, ALLOVECTIN®, LEUVECTIN®, 및 VAXID®; PROLEUKIN®, rIL-2; 토포이소머라제 1 억제제 예컨대 LURTOTECAN®; ABARELIX® rmRH; 및 상기 중 임의의 약제학적으로 허용가능한 염, 산 및 유도체.
화학치료제는 또한 하기를 포함한다: 알렘투주맙(캄파스(Campath)), 베바시주맙(AVASTIN®, Genentech); 세툭시맙(ERBITUX®, Imclone); 파니투무맙(VECTIBIX®, Amgen), 리툭시맙(RITUXAN®, Genentech/Biogen Idec), 퍼투주맙(OMNITARG®, 2C4, Genentech), 트라스투주맙(HERCEPTIN®, Genentech), 토시투모맙(Bexxar, Corixia) 및 항체 약물 콘주게이트, 겜투주맙 오조가미신(MYLOTARG®, Wyeth). 본 발명의 화합물과 조합된 제제로서 치료적 잠재력을 갖는 추가의 인간화된 단클론성 항체는 하기를 포함한다: 아폴리주맙, 아셀리주맙, 아틀리주맙, 바피뉴주맙, 비바투주맙 메르탄신, 칸투주맙 메르탄신, 세델리주맙, 세르톨리주맙 페골, 시드푸시투주맙, 시드투주맙, 다클리주맙, 에쿨리주맙, 에팔리주맙, 에프라투주맙, 에를리주맙, 펠비주맙, 폰톨리주맙, 젬투주맙 오조가미신, 이노투주맙 오조가미신, 이필리무맙, 라베투주맙, 린투주맙, 마투주맙, 메폴리주맙, 모타비주맙, 모토비주맙, 나탈리주맙, 니모투주맙, 놀로비주맙, 누마비주맙, 오크렐리주맙, 오말리주맙, 팔리비주맙, 파스콜리주맙, 펙푸시투주맙, 펙투주맙, 펙셀리주맙, 랄리비주맙, 라니비주맙, 레슬리비주맙, 레슬리주맙, 레시비주맙, 로벨리주맙, 루플리주맙, 시브로투주맙, 시플리주맙, 손투주맙, 타카투주맙 테트락세탄, 타도시주맙, 탈리주맙, 테피바주맙, 토실리주맙, 토랄리주맙, 트라스투주맙, 투코투주맙 셀모류킨, 투쿠시투주맙, 우마비주맙, 유르톡사주맙, 유스테키누맙, 및 비실리주맙, 항-인터류킨-12(예컨대, ABT-874/J695, Wyeth Research and Abbott Laboratories (인터류킨-12 p40 단백질을 인식하기 위하여 유전적으로 변형된 재조합 배타적 인간-서열, 전장 IgG1 λ 항체).
화학치료제는 또한 하기를 포함한다: "EGFR 억제제," (EGFR에 결합하거나, 달리는 이에 직접 상호작용하고, 이의 신호전달 활성을 예방 또는 감소시키는 화합물로 지칭되고, 대안적으로 "EGFR 길항제"로 지칭됨). 상기 제제의 예시는 EGFR에 결합하는 항체 및 소분자를 포함한다. EGFR에 결합하는 항체의 예는 하기를 포함한다: MAb 579 (ATCC CRL HB 8506), MAb 455 (ATCC CRL HB8507), MAb 225 (ATCC CRL 8508), MAb 528 (ATCC CRL 8509) (Mendelsohn 등의 미국 특허 번호 4,943, 533 참고) 및 이의 변이체, 예컨대 키메라화된 225 (C225 또는 세툭시맙; ERBUTIX®) 및 재형상화된 인간 225 (H225) (Imclone Systems Inc.의 WO 96/40210 참고);IMC-11F8, 완전 인간, EGFR-표적 항체 (Imclone); 유형 II 돌연변이체 EGFR을 결합하는 항체 (미국 특허 번호 5,212,290); 미국 특허 번호 5,891,996에 기재된 바와 같은 EGFR에 결합하는 인간화된 및 키메라 항체; 및 ABX-EGF 또는 파니투무맙과 같은, EGFR에 결합하는 인간 항체 (Abgenix/Amgen의 WO98/50433 참고); EMD 55900 (Stragliotto 등 Eur.J. Cancer 32A:636-640 (1996)); EGFR 결합에 대해 EGF 및 TGF-알파 양자와 경쟁하는 EGFR에 대해 지향된 EMD7200 (마투주맙) 인간화된 EGFR 항체 (EMD/Merck); 인간 EGFR 항체, HuMax-EGFR (젠맙); E1.1, E2.4, E2.5, E6.2, E6.4, E2.11, E6.3 및 E7.6.3으로 알려지고 US 6,235,883에 기재된 완전 인간 항체; MDX-447 (Medarex Inc); 및 mAb 806 또는 인간화된 mAb 806 (Johns 등, J. Biol. Chem.279(29):30375-30384 (2004)). 항-EGFR 항체는 세포독성 제제와 콘주게이트되어 이로써 면역콘주게이트를 생성할 수 있다 (하기 참고: 예를 들어 EP659,439A2, Merck Patent GmbH). EGFR 길항제는 미국 특허 번호 5,616,582, 5,457,105, 5,475,001, 5,654,307, 5,679,683, 6,084,095, 6,265,410, 6,455,534, 6,521,620, 6,596,726, 6,713,484, 5,770,599, 6,140,332, 5,866,572, 6,399,602, 6,344,459, 6,602,863, 6,391,874, 6,344,455, 5,760,041, 6,002,008, 및 5,747,498, 뿐만 아니라 하기의 PCT 공보:WO98/14451, WO98/50038, WO99/09016, 및 WO99/24037에 기술된 화합물과 같은 소분자를 포함한다. 특정 소분자 EGFR 길항제는 하기를 포함한다: OSI-774 (CP-358774, 에를로티닙, TARCEVA® Genentech/OSI Pharmaceuticals); PD 183805 (CI 1033, 2-프로펜아미드, N-[4-[(3-클로로-4-플루오로페닐)아미노]-7-[3-(4-모폴리닐)프로폭시]-6-퀴나졸리닐]-, 디하이드로클로라이드, Pfizer Inc.);ZD1839, 게피티닙 (IRESSA®) 4-(3'-클로로-4'-플루오로아닐리노)-7-메톡시-6-(3-모폴리노프로폭시)퀴나졸린, AstraZeneca); ZM 105180 ((6-아미노-4-(3-메틸페닐-아미노)-퀴나졸린, Zeneca); BIBX-1382 (N8-(3-클로로-4-플루오로-페닐)-N2-(1-메틸-피페리딘-4-일)-피리미도[5,4-d]피리미딘-2,8-디아민, Boehringer Ingelheim); PKI-166 ((R)-4-[4-[(1-페닐에틸)아미노]-1H-피롤로[2,3-d]피리미딘-6-일]-페놀); (R)-6-(4-하이드록시페닐)-4-[(1-페닐에틸)아미노]-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘); CL-387785 (N-[4-[(3-브로모페닐)아미노]-6-퀴나졸리닐]-2-부틴아미드(butynamide); EKB-569 (N-[4-[(3-클로로-4-플루오로페닐)아미노]-3-시아노-7-에톡시-6-퀴놀리닐]-4-(디메틸아미노)-2-부텐아미드) (Wyeth); AG1478 (Pfizer); AG1571 (SU 5271; Pfizer); 이중 EGFR/HER2 티로신 키나제 억제제 예컨대 라파티닙 (TYKERB®, GSK572016 또는 N-[3-클로로-4-[(3 플루오로페닐)메톡시]페닐]-6[5[[[2메틸설포닐)에틸]아미노]메틸]-2-푸라닐]-4-퀴나졸린아민).
화학치료제는 또한 하기를 포함할 수 있다: "티로신 키나제 억제제" (선행 단락에 주지된 EGFR-표적화된 약물 포함); 소분자 HER2 티로신 키나제 억제제 예컨대 TAK165 (Takeda로부터 이용가능함); CP-724,714, ErbB2 수용체 티로신 키나제의 경구 선택적 억제제 (Pfizer 및 OSI); 이중-HER 억제제 예컨대 EKB-569 (Wyeth로부터 이용가능함) (EGFR에 우선적으로 결합하지만 HER2 및 EGFR-과발현 세포 둘 모두를 억제함); 라파티닙 (GSK572016; Glaxo-SmithKline로부터 이용가능함), 경구 HER2 및 EGFR 티로신 키나제 억제제; PKI-166 (Novartis로부터 이용가능함); 팬(pan)-HER 억제제 예컨대 카네르티닙 (CI-1033; Pharmacia); Raf-1 억제제 예컨대 안티센스 제제 ISIS-5132 (Raf-1 신호전달을 억제하는 ISIS 의약품으로부터 이용가능함); 비-HER 표적화된 TK 억제제 예컨대 이마티닙 메실레이트 (GLEEVEC®, Glaxo SmithKline로부터 이용가능함); 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제 예컨대 수니티닙 (SUTENT®, Pfizer로부터 이용가능함); VEGF 수용체 티로신 키나제 억제제 예컨대 바탈라닙 (PTK787/ZK222584, Novartis/Schering AG로부터 이용가능함); MAPK 세포외 조절된 키나제 I 억제제 CI-1040 (Pharmacia로부터 이용가능함); 퀴나졸린, 예컨대 PD 153035,4-(3-클로로아닐리노) 퀴나졸린; 피리도피리미딘; 피리미도피리미딘; 피롤로피리미딘, 예컨대 CGP 59326, CGP 60261 및 CGP 62706; 피라졸로피리미딘, 4-(페닐아미노)-7H-피롤로[2,3-d] 피리미딘; 커큐민 (디페룰로일 메탄, 4,5-비스 (4-플루오로아닐리노)프탈이미드); 타이르포스틴 (니트로티오펜 모이어티 함유); PD-0183805 (Warner-Lamber); 안티센스 분자 (예를 들면, HER-암호화 핵산에 결합하는 것들); 퀴녹살린 (미국 특허 번호 5,804,396); 트리포스틴 (미국 특허 번호 5,804,396); ZD6474 (Astra Zeneca); PTK-787 (Novartis/Schering AG); 팬(pan)-HER 억제제 예컨대 CI-1033 (Pfizer); 아피니탁 (ISIS 3521; Isis/Lilly); 이마티닙 메실레이트 (GLEEVEC®); PKI 166 (Novartis); GW2016 (Glaxo SmithKline); CI-1033 (Pfizer); EKB-569 (Wyeth); 세막시닙 (Pfizer); ZD6474 (AstraZeneca); PTK-787 (Novartis/Schering AG); INC-1C11 (Imclone), 라파마이신 (시롤리무스, RAPAMUNE®); 또는 하기 특허 공보 중 임의의 것에 기재된 것들:미국특허 번호 5,804,396, WO 1999/09016, WO 1998/43960, WO 1997/38983, WO 1999/06378, WO 1999/06396, WO 1996/30347, WO 1996/33978, WO 1996/3397, 및 WO 1996/33980.
화학치료제는 덱사메타손, 인터페론, 콜히친, 메토프린, 사이클로스포린, 암포테리신, 메트로니다졸, 알렘투주맙, 알리트레티노인, 알로푸리놀, 아미포스틴, 삼산화비소, 아스파라기나제, BCG 생균, 베바쿠지맙, 벡사로텐, 클라드리빈, 클로파라빈, 다베포에틴 알파, 데니류킨, 덱스라족산, 에포에틴 알파, 엘로티닙, 필그라스팀, 히스트렐린 아세테이트, 이브리투모맙, 인터페론 알파-2a, 인터페론 알파-2b, 레날리도미드, 레바미졸, 메스나, 메톡살렌, 난드롤론, 넬라라빈, 노페투모맙, 오프렐베킨, 팔리페르민, 파미드로네이트, 페가데마제, 페가스파가제, 페그필그라스팀, 페메트렉세드 2나트륨, 플리카마이신, 포르피머 나트륨, 퀴나크린, 라스부리카제, 사르그라모스팀, 테모졸로미드, VM-26, 6-TG, 토레미펜, 트레티노인, 전체-트랜스 레티노산 (ATRA), 발루비신, 졸레드로네이트 및 졸레드론산 및 이들의 약제학적으로 허용가능한 염을 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "전구약물"은 친계 약물과 비교하여 종양 세포에 덜 세포독성이고, 더욱 활성인 친계 형태로 전환 또는 효소적으로 활성화될 수 있는 약제학적 활성 물질의 전구체 또는 유도체를 지칭한다. 하기 참고: 예를 들어, Wilman, "Prodrugs in Cancer Chemotherapy" Biochemical Society Transactions, 14, pp. 375-382, 615th Meeting Belfast (1986) 및 Stella et al ., "Prodrugs:A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery," Directed Drug Delivery, Borchardt et al ., (ed.), pp. 247-267, Humana Press (1985). 본 발명의 전구약물은 비제한적으로 하기를 포함한다: 포스페이트-함유 전구약물, 티오포스페이트-함유 전구약물, 설페이트-함유 전구약물, 펩타이드-함유 전구약물, D-아미노산-변형된 전구약물, 글리코실화된 전구약물, β-락탐-함유 전구약물, 선택적으로 치환된 페녹시아세트아미드-함유 전구약물 또는 선택적으로 치환된 페닐아세트아미드-함유 전구약물, 5-플루오로시토신 및 다른 5-플루오로우리딘 전구약물 (보다 더 활성인 세포독성 없는(cytotoxic free) 약물로 전환될 수 있음). 본 발명에서의 사용을 위하여 전구약물 형태로 유도될 수 있는 세포독성 약물의 예시는 비제한적으로 상기 기재된 화학치료제를 포함한다.
본 명세서에서 사용될 때 "성장 억제성 제제"는 시험관내 또는 생체내에서 세포 (예를 들어, 그 성장이 PD-L1 발현에 의존적인 세포)의 성장 및/또는 증식을 억제하는 화합물 또는 조성물을 지칭한다. 따라서, 성장 억제제는 S 상에서 세포의 백분율을 유의미하게 감소시키는 것일 수 있다. 성장 억제제의 예는 (S 상 이외의 위치에서) 세포 주기 진행을 차단하는 제제, 예컨대 G1 상 및 M-상 정지를 유도하는 제제를 포함한다. 고전적 M-상 차단제는 하기를 포함한다: 빈카 (빈크리스틴 및 빈블라스틴), 탁산, 및 토포이소머라제 II 억제제 예컨대 안트라사이클린 항생제 독소루비신 ((8S-시스)-10-[(3-아미노-2,3,6-트리데옥시-α-L-릭소-헥사피라노실)옥시]-7,8,9,10-테트라하이드로-6,8,11-트리하이드록시-8-(하이드록시아세틸)-1-메톡시-5,12-나프타센디온), 에피루비신, 다우노루비신, 에토포시드, 및 블레오마이신. G1을 정지시키는 제제, 예를 들어, DNA 알킬화제 예컨대 타목시펜, 프레드니손, 다카바진, 메클로르에타민, 시스플라틴, 메토트렉세이트, 5-플루오로우라실, 및 ara-C는 S-상 정지로 또한 넘쳐 나왔다. 추가 정보는 아래에 발견될 수 있다: "The Molecular Basis of Cancer," Mendelsohn and Israel, eds., Chapter 1에서 Murakami 등에 의한 표제 "Cell cycle regulation, oncogenes, and antineoplastic drugs" (WB Saunders:Philadelphia, 1995), 특히 p. 13.탁산(파클리탁셀 및 도세탁셀)은 둘 다 주목(yew tree)에서 유도된 항암 약물이다. 유럽 주목에서 유도된 도세탁셀(TAXOTERE®, Rhone-Poulenc Rorer)은 파클리탁셀의 반합성 유사체(TAXOL®, Bristol-Myers Squibb)이다. 파클리탁셀 및 도세탁셀은 튜불린 이량체로부터 미세소관의 어셈블리를 촉진하고, 탈중합 방지에 의해 미세소관을 안정화하여 세포에서 유사분열의 억제를 야기한다.
"방사선 요법"은 세포를 정상적으로 작용하도록 하거나 세포를 파괴하는 것을 함께 제한하기 위하여 세포에 충분한 손상을 유도하기 위하여 지시된 감마선 또는 베타선의 사용을 의미한다. 치료의 투여량 또는 기간을 결정하기 위하여 본 분야에서 많은 방법이 있을 것이라는 것이 고려된다. 전형적인 치료를 1회성 투여로 실시하였으며, 전형적인 투여량은 1일 당 10 내지 200 단위 (Grays)의 범위이다.
용어 "약제학적 제형"은 그안에 함유된 활성 성분의 생물학적 활성이 효과적이도록 하기 위한 형태인, 그리고 제형이 투여되는 환자에 허용불가능하게 독성인 추가의 성분을 함유하지 않는 제형을 지칭한다.
"약제학적으로 허용가능한 담체"는 환자에 무독성인, 활성 성분 이외의, 약제학적 제형 중의 성분을 나타낸다. 약제학적으로 허용 가능한 담체는 완충제, 부형제, 안정화제 또는 보존제를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다.
용어 "패키지 삽입물"은 치료학적 제품의 상업 패키지에 통상적으로 포함되는 설명서를 지칭하기 위해 사용되고 이는 상기 치료학적 제품의 사용에 관한 적응증, 용도, 투여량, 투여, 병용 요법, 사용금지 사항 및/또는 경고에 관한 정보를 함유한다.
"멸균된" 제형은 무균성이거나 또는 모든 살아있는 미생물 및 그의 포자가 없다.
"제조 물품"은 적어도 하나의 시약, 예를 들면 본 발명의 바이오마커 유전자 또는 단백질을 특이적으로 검출하기 위한 프로브 또는 질환 또는 장애 (예를 들면, 암)의 치료를 위한 약제를 포함하는 임의의 제조물 또는 키트 (예를 들면, 패키지 또는 용기)이다. 특정 구현예에서, 상기 제조물 또는 키트는 바람직하게는 본 발명의 방법들을 수행하기 위한 단위로서 선전, 유통 또는 판매된다.
용어 "소분자"는 2000 달톤 이하, 바람직하게는 약 500 달톤 이하의 분자량을 갖는 임의의 분자를 지칭한다.
단어 "표지"는, 본원에 사용될 경우, 시약, 예컨대 폴리뉴클레오타이드 프로브 또는 항체에 직접 또는 간접적으로 콘주게이트되거나 또는 융합되고, 이것이 콘주게이트되거나 또는 융합되는 상기 시약의 검출을 용이하게 하는 화합물 또는 조성물을 지칭한다. 본 표지는 자체로 검출가능할 수 있거나 (예를 들어, 방사성 동위원소 라벨 또는 형광 라벨) 또는, 효소적 표지의 경우에는, 검출가능한 기질 화합물 또는 조성물의 화학 변경을 촉매할 수 있다. 상기 용어는 하기를 포괄하는 것으로 의도된다: 검출가능한 물질을 프로브 또는 항체에 커플링 (즉, 물리적으로 연결)함에 의한 프로브 또는 항체의 직접 표지, 뿐만 아니라 직접적으로 표지된 또 다른 시약과의 반응성에 의한 프로브 또는 항체의 간접 표지.간접 표지의 예시는 형광-표지 2차 항체를 사용한 1차 항체, 및 비오틴에 의한 DNA 프로브의 말단-표지의 검출을 포함하며, 이로써 이는 형광-표지 스트렙타비딘에 의하여 검출될 수 있다.
본 명세서에서 용어 "항체"는 가장 넓은 의미로 사용되고 구체적으로 이들이 원하는 생물학적 활성을 나타내는 한 단클론성 항체, 다클론성 항체, 절반-항체, 적어도 2개의 온전한 항체로부터 형성된 다중특이적 항체 (예를 들어, 이중특이적 항체), 및 항체 단편을 커버한다. 용어 "면역글로불린" (Ig)은 본 명세서에서 항체와 교환가능하게 사용된다.
"천연 항체"는 보통 2개의 동일한 경(L) 쇄 및 2개의 동일한 중(H) 쇄로 구성된 약 150,000 달톤의 이형사량체 당단백질이다. 각 경쇄는 하나의 공유 디설파이드 결합에 의해 중쇄에 연결되고, 반면 디설파이드 연결기의 수는 상이한 면역글로불린 이소형의 중쇄 중에서 다변한다. 각 중쇄 및 경쇄는 또한 규칙적으로 이격된 사슬내 디설파이드 가교를 가진다. 각각의 중쇄는 하나의 말단에서 가변 도메인(VH) 다음에 복수의 불변 도메인을 가진다. 각각의 경쇄는 하나의 말단에 가변 도메인을(VL) 그리고 그 다른 말단에 불변 도메인을 갖는다; 경쇄의 불변 도메인은 중쇄의 제1 불변 도메인과 정렬되며, 경쇄 가변 도메인은 중쇄의 가변 도메인과 정렬된다. 특정한 아미노산 잔기가 경쇄 및 중쇄 가변 도메인 간 계면을 형성하는 것으로 여겨진다.
"단리된" 항체는 그것의 천연 환경의 성분으로부터 식별되고, 분리되고, 그리고/또는 회수된 항체이다. 그 천연 환경의 오염물질 성분은 항체에 대한 연구, 진단적 및/또는 치료적 사용을 방해할 물질이며, 효소, 호르몬, 및 다른 단백질성 또는 비단백질성 용질이 포함될 수 있다. 일부 구현예에서, 항체는 (1) 예를 들면, Lowry 방법에 의해 측정 시 항체의 95 중량% 초과로, 일부 구현예에서 99 중량% 초과로; (2) 예를 들면, 회전 컵 시쿼네이터(spinning cup sequenator)를 이용해서 N-말단 또는 내부 아미노산 서열의 적어도 15 개 잔기를 수득하기 충분한 정도로, 또는 (3) 예를 들면, 쿠마씨 블루 또는 은 염색을 이용해서 환원 또는 비환원 조건 하에 SDS-PAGE에 의해 균질성으로까지, 정제된다. 단리된 항체는 항체의 천연 환경 중 적어도 하나의 성분이 존재하지 않을 것이기 때문에 재조합 세포 내에서 원위치에 항체를 포함한다. 그러나, 통상적으로, 단리된 항체는 적어도1종의 정제 단계에 의해 제조될 것이다.
"차단" 항체 또는 "길항제" 항체는, 그것이 결합되는 항원의 생물학적 활성을 억제시키거나 또는 감소시키는 것이다. 예를 들어, PD-L1-특이적 길항제 항체는 PD-L1을 결합하고 PD-L1 및/또는 PD-L2와 PD-1의 상호작용에 기인하는 신호 형질도입을 감소, 차단, 억제, 폐지, 또는 방해한다. 바람직한 차단 항체 또는 길항제 항체는 항원의 생물학적 활성을 완전히 억제한다.
달리 명시하지 않는 한, 본 명세서 전반에 걸쳐 "다가 항체(multivalent antibody)"라는 표현은 3개 이상의 항원 결합 부위를 포함하는 항체를 나타내기 위해 사용된다. 다가 항체는 바람직하게는 3개 이상의 항원 결합 부위를 갖도록 가공되고 일반적으로 천연 서열 IgM 또는 IgA 항체가 아니다.
임의의 포유동물 종 유래의 항체 (면역글로불린)의 "경쇄"는, 이들의 불변 도메인의 아미노산 서열에 기초하여, 카파 ("κ") 및 람다 ("λ")로 불리는 2개의 명확하게 구별되는 유형 중 하나에 할당될 수 있다.
용어 "불변 도메인"은, 항원 결합 부위를 함유하는, 면역글로불린의 다른 부분, 즉 가변 도메인에 비하여 더욱 보존된 아미노산 서열을 갖는 면역글로불린 분자의 부분을 지칭한다. 불변 도메인은 중쇄의 CH1, CH2 및 CH3 도메인 (집합적으로, CH) 및 경쇄의 CHL (또는 CL) 도메인을 함유한다.
항체의 "가변 영역" 또는 "가변 도메인"은 항체의 중쇄 또는 경쇄의 아미노-말단 도메인을 지칭한다. 중쇄의 가변 도메인은 "VH"로 지칭될 수 있다. 경쇄의 가변 도메인은 "VL"로 지칭될 수 있다. 이들 도메인은 일반적으로 항체의 가장 가변성 부분이고 항원-결합 부위를 함유한다.
용어 "가변"은 가변 도메인의 특정 분절에서 항체 간 서열이 항체 중 차례로 광범위하게 상이한 사실을 지칭한다. 가변 또는 "V" 도메인은 항원 결합을 매개하고, 그의 특정 항원에 대한 특정 항체의 특이성을 정의한다. 그러나, 가변성은 가변 도메인의 범위에 균일하게 분포되지 않는다. 대신에, V 영역은 각각 9-12 아미노산 길이인 "초가변성 영역"이라 불리는 극단적인 가변성의 짧은 영역에 의해 분리된 15-30 아미노산의 프레임워크 영역 (FR)으로 불리는 상대적으로 비변이적인 연신부로 구성된다. 본 명세서에서 사용될 때 용어 "초가변성 영역" 또는 "HVR"은 항원-결합을 담당하는 항체의 아미노산 잔기를 지칭한다. 초가변성 영역은 일반적으로 하기를 포함한다: 예를 들어, VL에서 약 잔기 24-34 (L1), 50-56 (L2) 및 89-97 (L3) 주위로부터 및 VH에서 약 잔기 26-35 (H1), 49-65 (H2) 및 95-102 (H3) 주위로부터 아미노산 잔기 (일 구현예에서, H1는 약 잔기 31-35 주위에 있다); Kabat 등, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD.(1991)) 및/또는 "초가변성 루프"로부터의 이들 잔기 (예를 들어, VL에서 잔기 26-32 (L1), 50-52 (L2), 및 91-96 (L3), 및 VH에서 26-32 (H1), 53-55 (H2), 및 96-101 (H3); Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987). 천연 중쇄 및 경쇄의 가변 도메인 각각은 3개의 초가변 영역에 의해 연결된, 크게는 베타-시트 입체배치를 채택한 4개의 FR을 포함하여, 베타-시트 구조를 연결하고, 그리고 일부 경우에는 베타-시트 구조의 일부를 형성하는 루프를 형성한다. 각각의 사슬에서 초가변성 영역은 FR에 의해 가까이 근접하여 함께 유지되고, 다른 사슬로부터의 초가변성 영역과 함께, 항체의 항원-결합 부위의 형성에 기여한다 (하기 참고: Kabat 등, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD.(1991)). 따라서 HVR과 FR 서열은 일반적으로 VH (또는 VL)에서 하기 순서로 출현한다: FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4. 불변 도메인은 항원에 항체를 결합하는 것에 직접적으로 관여하지는 않지만, 항체 의존성 세포 독성 (ADCC)에서의 항체의 참여와 같은 다양한 효과기 작용을 나타낸다.
본 명세서에서의 목적을 위한 "억셉터 인간 프레임워크"는 하기 정의된 바와 같은 인간 면역글로불린 프레임워크 또는 인간 공통 프레임워크로부터 유래된 경쇄 가변 도메인(VL) 프레임워크 또는 중쇄 가변 도메인(VH) 프레임워크의 아미노산 서열을 포함하는 프레임워크이다. 인간 면역글로불린 프레임워크 또는 인간 공통 프레임워크로부터 "유래된" 억셉터 인간 프레임워크는 이의 동일한 아미노산 서열을 포함할 수 있거나, 이것은 아미노산 서열 변화를 함유할 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 아미노산 변화의 수는 10개 이하, 9개 이하, 8개 이하, 7개 이하, 6개 이하, 5개 이하, 4개 이하, 3개 이하, 또는 2개 이하이다. 몇몇 실시형태에서, VL 억셉터 인간 프레임워크는 VL 인간 면역글로불린 프레임워크 서열 또는 인간 공통 프레임워크 서열에 서열이 동일하다.
본원에서 사용될 경우, 용어 "초가변 영역", "HVR" 또는 "HV"는 서열이 초가변성이고/이거나 구조적으로 정의된 루프를 형성하는 항체-가변 도메인 영역을 나타낸다. 일반적으로, 항체는 6개의 HVR: VH (H1, H2, H3)로 3개 및 VL (L1, L2, L3)로 3개를 포함한다. 천연 항체에서, H3 및 L3은 6 개 HVR의 가장 큰 다양성을 나타내며, H3은 특히 항체에 대해 미세한 특이성을 부여하는데 있어서 독특한 역할을 담당하는 것으로 여겨진다. 하기 참고: 예를 들어, Xu 등, Immunity 13:37-45 (2000); Johnson and Wu, in Methods in Molecular Biology 248:1-25 (Lo, ed., Human Press, Totowa, N.J., 2003). 사실상, 중쇄만으로 구성된 천연 발생 낙타과(camelid) 항체는 경쇄의 부재 하에서 작용적이고 무변성이다. 하기 참고: 예를 들어, Hamers-Casterman 등, Nature 363:446-448 (1993); Sheriff 등, Nature Struct.Biol. 3:733-736 (1996).
수많은 HVR 묘사가 사용되며, 본원에서 포괄된다. Kabat 상보성 결정 영역 (CDR)은 서열 가변성에 기초하고 가장 통상적으로 사용된다 (Kabat 등, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md.(1991)). Chothia는 그 대신에, 구조적 루프의 위치를 지칭한다 (Chothia and Lesk J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)). AbM HVR은 카밧 HVR 및 초티아 구조적 루프 간 절충을 나타내며, Oxford Molecular의 AbM 항체-모델링 소프트웨어에 의해 이용된다. "접촉" HVR은 이용 가능한 복합체 결정 구조의 분석에 기반한다. 이들 HVR 각각으로부터의 잔기가 아래에 주지된다.
루프 카밧 AbM 초티아 접촉
L1 L24-L34 L24-L34 L26-L32 L30-L36
L2 L50-L56 L50-L56 L50-L52 L46-L55
L3 L89-L97 L89-L97 L91-L96 L89-L96
H1 H31-H35b H26-H35b H26-H32 H30-H35b (카밧 넘버링)
H1 H31-H35 H26-H35 H26-H32 H30-H35 (초티아 넘버링)
H2 H50-H65 H50-H58 H53-H55 H47-H58
H3 H95-H102 H95-H102 H96-H101 H93-H101
HVR은 하기와 같이 "연장된 HVR"을 포함할 수 있다:24-36 또는 24-34 (L1), 46-56 또는 50-56 (L2) 및 89-97 또는 89-96 (L3) (VL 중) 및 26-35 (H1), 50-65 또는 49-65 (H2) 및 93-102, 94-102, 또는 95-102 (H3) (VH 중). 가변 도메인 잔기는 이들 정의 각각에 대해 상기 카바트 등에 따라 넘버링된다.
"프레임워크" 또는 "FR" 잔기는 본원에서 정의된 바와 같이 HVR 잔기 이외의 가변-도메인 잔기이다.
"인간 공통 프레임워크"는 인간 면역글로불린 VL 또는 VH 프레임워크 서열의 선택에서 가장 공통으로 발생하는 아미노산 잔기를 나타내는 프레임워크이다. 일반적으로, 인간 면역글로불린 VL 또는 VH 서열의 선택은 가변 도메인 서열의 하위그룹 유래이다. 일반적으로, 서열의 하위그룹은 Kabat 등의 문헌[Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, NIH Publication 91-3242, Bethesda MD (1991), vols. 1-3]에서처럼 하위그룹이다. 일 실시형태에서, VL에 대해, 하위그룹은 상기 Kabat 등의 문헌에서처럼 하위그룹 카파 I이다. 일 실시형태에서, VH에 대해, 하위그룹은 상기 Kabat 등의 문헌에서처럼 하위그룹 III이다.
용어 "카바트에서와 같은 가변 도메인 잔기 넘버링" 또는 "카바트에서와 같은 아미노산 위치 넘버링," 및 이의 변형은 상기 카바트 등에서 항체의 편집의 중쇄 가변 도메인 또는 경쇄 가변 도메인에 사용된 넘버링 시스템을 지칭한다. 상기 넘버링 시스템을 이용하여, 실제 선형 아미노산 서열은 가변 도메인의 FR 또는 HVR의 단축 또는 이것으로의 삽입에 대응하는 더 적거나 더 많은 아미노산을 포함할 수 있다. 예를 들면, 중쇄 가변 도메인에는 H2의 잔기 52 뒤에 단일 아미노산 삽입(카밧에 따른 잔기 52a) 및 중쇄 FR 잔기 82 뒤에 삽입된 잔기(예를 들면, 카밧에 따른 잔기 82a, 82b, 및 82c 등)가 포함될 수 있다. 잔기의 카밧 넘버링은 항체 서열의 상동성 영역에서 "표준" 카밧 넘버링된 서열과의 정렬에 의해 소정의 항체에 대해 결정될 수 있다.
카밧 넘버링 시스템은 일반적으로 가변 도메인에서 잔기 (대략 경쇄의 잔기 1-107 및 중쇄의 잔기 1-113)를 언급할 때 사용된다 (예를 들어, Kabat 등, Sequences of Immunological Interest. 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md.(1991)). "EU 넘버링 시스템" 또는 "EU 지수"는 일반적으로 면역글로불린 중쇄 불변 영역 내의 잔기를 지칭할 때 사용된다 (예컨대, 상기 카바트 등에서 보고된 EU 지수). "카밧으로의 EU 지수"는 인간 IgG1 EU 항체의 잔기 넘버링을 지칭한다. 본원에서 달리 언급하지 않는다면, 항체의 가변 도메인에서 잔기 수에 대한 언급은 카밧 넘버링 시스템에 의한 잔기 넘버링을 의미한다. 본원에서 달리 언급하지 않는다면, 항체의 불변 도메인의 잔기 수에 대한 언급은, EU 넘버링 시스템 (예컨대, 하기 참고: 미국 가출원 번호 60/640,323, EU 넘버링에 대한 도면)에 의한 잔기 넘버링을 의미한다.
달리 나타내지 않는 한, 가변 도메인에서 HVR 잔기 및 다른 잔기 (예를 들어, FR 잔기)는 본 명세서에서 Kabat 등(상동)에 따라 넘버링된다.
본원에서 사용된 용어들 "전장 항체", "무손상 항체" 및 "전체 항체"는 상호교환적으로 아래에서 정의된 바와 같이 항체 단편이 아닌 그 실질적으로 무손상 형태의 항체를 나타낸다. 상기 용어는 특히 Fc 영역을 함유하는 중쇄를 갖는 항체를 나타낸다.
"항체 단편"은 바람직하게는 이들의 항원-결합 영역을 포함하는 무손상 항체의 일부를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 항체 단편은 항원-결합 단편이다. 항체 단편의 예는 Fab, Fab', F(ab')2, 및 Fv 단편; 디아바디; 선형 항체(linear antibodies); 단일-쇄 항체 분자; 및 항체 단편으로부터 형성된 다중특이적 항체를 포함한다.
항체의 파파인 소화는 각각 단일 항원-결합 부위를 갖는 "Fab" 단편으로 불리는 2 개의 동일한 항원-결합 단편 및 그 명칭이 쉽게 결정화하는 그 능력을 반영하는 잔여 "Fc" 단편을 생성한다. 펩신 처리는 F(ab')2 단편을 산출하는데, 이것은 2개의 항원 결합 부위를 갖고 항원을 여전히 가교결합할 수 있다.
본 명세서에서 용어 "Fc 영역"은 불변 영역의 적어도 일부를 함유하는 면역글로불린 중쇄의 C-말단 영역을 정의하도록 사용된다. 상기 용어는 네이티브 서열 Fc 영역 및 변이체 Fc 영역을 포함한다. 　 일 실시형태에서, 인간 IgG 중쇄 Fc 영역은 Cys226으로부터 또는 Pro230으로부터 중쇄의 카복실 말단으로 연장된다. 　　그러나, Fc 영역의 C 말단 라이신(Lys447)은 존재하거나 존재하지 않을 수 있다. 본 명세서에서 달리 구체화되지 않는 한, Fc 영역 또는 불변 영역에서 아미노산 잔기의 넘버링은 문헌[Kabat 등, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)]에 기재된 바와 같이, 또한 소위 EU 지수인, EU 넘버링 시스템에 따른다.
"효과기 기능"은 항체 아이소타입에 따라 변하는 항체의 Fc 영역에 기여 가능한 생물학적 활성을 의미한다. 항체 효과기 기능의 예는 하기를 포함한다:C1q 결합 및 보체 의존적 세포독성 (CDC); Fc 수용체 결합; 항체-의존적 세포-매개된 세포독성 (ADCC); 식세포작용; 세포 표면 수용체의 하향 조절 (예를 들면, B 세포 수용체); 및 B 세포 활성화.
"Fv"는 완전한 항원-결합 부위를 함유하는 최소 항체 단편이다. 일 구현예에서, 2개의 사슬 Fv 종은 단단하게 비공유 결합된 하나의 중쇄 가변 도메인 및 하나의 경쇄 가변 도메인의 이합체로 구성된다. 단일-쇄 Fv(scFv) 종에서, 1 개의 중쇄 및 1 개의 경쇄 가변 도메인은 경쇄 및 중쇄가 2-쇄 Fv 종에서와 비슷한 "이량체" 구조로 결합할 수 있도록 가요성 펩타이드 링커에 의해 공유 결합될 수 있다. 이 구조 내에서, 각 가변 도메인의 3개의 HVR은 상호작용하여 VH-VL 이량체의 표면 상의 항원-결합 부위를 정의한다. 총괄적으로, 6 개의 HVR은 항체에 대한 항원-결합 특이성을 부여한다. 그러나, 전체 결합 부위에 비해 더 낮은 친화도에서지만, 단일 가변 도메인(또는 항원에 대해 특이적인 3 개의 HVR만을 포함하는 Fv의 절반)도 항원을 인식하고 결합하는 능력을 갖는다.
Fab 단편은 중쇄- 및 경쇄 가변 도메인을 함유하며, 또한 경쇄의 불변 도메인 및 중쇄의 제1 불변 도메인 (CH1)을 함유한다. Fab' 단편은 항체 힌지 영역으로부터 하나 또는 그 초과의 시스테인을 포함하는 중쇄 CH1 도메인의 카복시 말단에서 몇 개의 잔기를 첨가함으로써 Fab 단편과 상이하다. Fab'-SH는 본 명세서에서 불변 도메인의 시스테인 잔기(들)가 유리 티올기를 보유하는 Fab'에 대한 명칭이다. F(ab')2 항체 단편은 본래 이들 사이에 힌지 시스테인을 갖는 Fab' 단편의 쌍 생산되었다. 항체 단편의 다른 화학적 커플링이 또한 공지되어 있다.
"단일-쇄 Fv" 또는 "scFv" 항체 단편은 항체의 VH 및 VL 도메인을 포함하며, 여기서 이들 도메인은 단일 폴리펩타이드 쇄에 존재한다. 일반적으로, scFv 폴리펩타이드는 VH와 VL 도메인 사이에 폴리펩타이드 링커를 추가로 포함하며, 그것은 scFv가 항원 결합을 위한 원하는 구조를 형성할 수 있게 한다. scFv의 검토에 대해서는, 하기를 참고한다: 예를 들어, Pluckth
Figure pct00002
n, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York, 1994), pp. 269-315.
용어 "다중특이적 항체"는 가장 넓은 의미에서 사용되고 특이적으로 중쇄 가변 도메인 (VH) 및 경쇄 가변 도메인 (VL)을 포함하는 항체에 이르고, 여기에서 VH-VL 유닛은 폴리에피토프 특이성을 갖는다 (즉, 1개의 생물학적 분자에서 2개의 상이한 에피토프 또는 상이한 생물학적 분자에서 각각의 에피토프에 결합할 수 있다). 상기 다중특이적 항체는 전장 항체, 2개 이상의 VL 및 VH 도메인을 갖는 항체, Fab, Fv, dsFv, scFv, 디아바디, 이중특이적 디아바디 및 트리아바디와 같은 항체 단편, 공유적으로 또는 비공유적으로 결합된 항체 단편을 포함하지만 이에 국한되지 않는다. "다중에피토프 특이성"은 동일하거나 상이한 표적(들)상에 2개 이상의 상이한 에피토프에 특이적으로 결합하는 능력을 지칭한다. "이중에피토프 특이성" 또는 "이중특이성"은 동일하거나 상이한 표적(들)상에 2개 이상의 상이한 에피토프에 특이적으로 결합하는 능력을 지칭한다. 그러나, 이중특이적 항체와 대조적으로, 이중-특이적 항체는 아미노산 서열에서 동일한 2 항원-결합 아암을 갖고 각각의 Fab 아암은 2 항원을 인식할 수 있다. 이중-특이성은 단일 Fab 또는 IgG 분자로서 2개의 상이한 항원과 높은 친화성으로 항체를 상호작용하게 한다. 일 구현예에 따라서, IgG1 형태의 다중특이적 항체는 5 μM 내지 0.001 pM, 3 μM 내지 0.001 pM, 1 μM 내지 0.001 pM, 0.5 μM 내지 0.001 pM, 또는 0.1 μM 내지 0.001 pM의 친화도로 각 에피토프에 결합한다. "단일 특이적"은 단지의 하나의 에피토프에 결합하는 능력을 언급한다.
용어 "디아바디"는 동일한 폴리펩타이드 사슬 (VH-VL) 내에 경쇄 가변 도메인 (VL)에 연결된 중쇄 가변 도메인 (VH)을 포함하는 2개의 항원-결합 부위를 갖는 항체 단편을 지칭한다. 동일한 쇄 상에서 2 개의 도메인 간 쌍형성을 허용하기에는 너무 짧은 링커를 이용함으로써, 도메인은 또 하나의 쇄의 상보적 도메인과 쌍을 이루고 2 개의 항원-결합 부위를 생성하도록 유도된다. 디아바디는 2가 또는 이중특이적일 수 있다. 디아바디는, 예를 들어, 하기에 보다 완전하게 기재되어 있다: EP 404,097; WO 1993/01161; Hudson 등, Nat. Med. 9:129-134 (2003); 및 Hollinger 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448 (1993). 트라이바디 및 테트라바디는 또한 문헌[Hudson 등, Nat. Med. 9:129-134 (2003)]에 기재되어 있다.
항체의 "클래스"는 이의 중쇄가 보유한 불변 도메인 또는 불변 영역의 유형을 의미한다. 5개 주요 부류의 항체가 있다:IgA, IgD, IgE, IgG, 및 IgM (이들 중 몇몇은 하위부류(이소형), 예를 들면 IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1, 및 IgA2 로 추가 구분될 수 있음). 항체의 상이한 부류에 상응하는 중쇄 불변 도메인은 각각 α, δ, ε, γ, 및 μ로 지칭된다.
본원에 사용된 바와 같이 용어 "단클론 항체"는 실질적으로 균질한 항체의 집단으로부터 수득된 항체를 지칭하며, 예컨대, 상기 집단을 구성하는 개별 항체는 가능한 돌연변이, 예컨대, 소량으로 존재할 수 있는 자연발생 돌연변이를 제외하고 동일하다. 따라서, 수식어 "단일클론"은 구별된 항체의 혼합물이 아닌 항체의 특징을 표지한다. 특정 구현예에서, 그와 같은 단클론성 항체에는 전형적으로 표적에 결합하는 폴리펩타이드 서열을 포함하는 항체가 포함되며, 상기 표적 결합 폴리펩타이드 서열은 복수의 폴리펩타이드 서열로부터의 단일 표적 결합 폴리펩타이드 서열의 선택이 포함되는 방법에 의해 수득되었다. 예를 들면, 선택 방법은 복수의 클론, 예컨대 하이브리도마 클론, 파아지 클론, 또는 재조합 DNA 클론의 풀로부터의 독특한 클론의 선택일 수 있다. 선택된 표적 결합 서열은, 예를 들어, 표적에 대한 친화성을 개선하기 위해, 표적 결합 서열을 인간화하기 위해, 세포 배양에서 그의 생산을 개선하기 위해, 생체내에서 그의 면역원성을 감소시키기 위해, 다중특이적 항체를 생성하기 위해, 더 변경될 수 있고, 변경된 표적 결합 서열을 포함하는 항체는 또한 본 발명의 단클론 항체인 것으로 이해되어야 한다. 상이한 결정부위(에피토프)에 대해 지시된 상이한 항체를 통상적으로 포함하는 다중클론 항체 제제와 반대로, 단일클론 항체 제제의 각각의 단일클론 항체는 항원 상의 단일 결정부위에 대해 지시된다. 이들의 특이성에 부가하여, 단클론성-항체 제조물은 이들이 전형적으로 다른 면역글로불린에 의해 오염되지 않는다는 점에서 유리하다.
수식어 "단클론성"은 항체의 실질적으로 균질한 집단으로부터 수득되는 항체의 특징을 시사하며, 임의의 특정한 방법에 의한 항체의 생산을 필요로 하는 것으로 해석되어서는 안 된다. 예를 들어, 본 발명에 따라 사용되어 지는 단클론성 항체는, 예를 들어, 하기를 포함한, 다양한 기술에 의해 만들어 질 수 있다: 하이브리도마 방법 (예를 들어, Kohler and Milstein, Nature 256:495-97 (1975); Hongo 등, Hybridoma 14 (3):253-260 (1995), Harlow 등, Antibodies:A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd ed. 1988); Hammerling 등, in:Monoclonal Antibodies and T cell Hybridomas 563-681 (Elsevier, N.Y., 1981)), 재조합 DNA 방법 (하기 참고: 예를 들어, 미국특허 번호 4,816,567), 파아지-디스플레이 기술 (하기 참고: 예를 들어, Clackson 등, Nature, 352:624-628, 1991; Marks 등, J. Mol. Biol. 222:581-597, 1992; Sidhu 등, J. Mol. Biol. 338(2):299-310, 2004; Lee 등, J. Mol. Biol. 340(5):1073-1093, 2004; Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34):12467-12472 ,2004; 및 Lee 등, J. Immunol. Methods 284(1-2):119-132, 2004; 및 인간 면역글로불린 서열을 인코딩하는 일부 또는 모든 인간 면역글로불린 유전자좌 또는 유전자를 갖는 동물에서 인간 또는 인간-유사 항체를 생산하는 기술 (하기 참고: 예를 들어, WO 1998/24893; WO 1996/34096; WO 1996/33735; WO 1991/10741; Jakobovits 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:2551, 1993; Jakobovits 등, Nature 362:255-258, 1993; Bruggemann 등, Year in Immunol. 7:33 ,1993; 미국특허 번호 5,545,807; 5,545,806; 5,569,825; 5,625,126; 5,633,425; 및 5,661,016; Marks 등, Bio/Technology 10:779-783 (1992); Lonberg 등, Nature 368:856-859, 1994; Morrison, Nature 368:812-813, 1994; Fishwild 등, Nature Biotechnol.14:845-851, 1996; Neuberger, Nature Biotechnol.14:826, 1996; 및 Lonberg 등, Intern.Rev. Immunol. 13:65-93, 1995.
본원의 단클론성 항체는 구체적으로 중쇄 및/또는 경쇄 부분이 특정 종으로부터 유래되거나 특정 항체 부류 또는 하위부류에 속하는 항체에서 상응하는 서열과 동일하거나 상동성이고 나머지 쇄(들)은 또 다른 종으로부터 유래되거나 또 다른 항체 부류 또는 하위부류에 속하는 항체에서 상응하는 서열과 동일하거나 상동성인 "키메라" 항체, 및 이들이 목적하는 생물학적 활성을 나타내는 한 상기 항체의 단편들을 포함한다 (하기 참고: 예를 들어, 미국특허 번호 4,816,567; 및 Morrison 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855 (1984)). 키메라성 항체에는 PRIMATIZED® 항체가 포함되며, 여기서 항체의 상기 항원-결합 영역은, 예를 들면 관심 항원으로 마카크 원숭이를 면역화하여 생성된 항체로부터 유도된다.
"인간 항체"는 인간 항체 레퍼토리 또는 다른 인간 항체 코딩 서열을 사용하는 비인간 소스로부터 유래되거나, 인간 또는 인간 세포에 의해 제조되거나 항체의 것에 상응하는 아미노산 서열을 보유하는 것이다. 인간 항체의 이 정의는 구체적으로 비인간 항원 결합 잔기를 포함하는 인간화된 항체를 배제한다.
비-인간 (예를 들어, 설치류) 항체의 "인간화된" 형태는 비-인간 항체로부터 유래된 최소 서열을 함유하는 키메라 항체이다. 대개, 인간화된 항체는 수령체의 초가변 영역으로부터의 잔기가 원하는 항체 특이성, 친화도, 및 능력을 가지는 비-인간 종 (공여체 항체) 예컨대 마우스, 랫트, 토끼 또는 비인간 영장류의 초가변 영역으로부터의 잔기로 대체된 인간 면역글로불린 (수령체 항체)이다. 일부 경우에, 인간 면역글로불린의 FR 잔기는 상응하는 비-인간 잔기들에 의해 대체된다. 더욱이, 인간화 항체는 수용자 항체 또는 공여자 항체에서 발견되지 않는 잔기를 포함할 수 있다. 이들 변형은 항체 수행능을 추가로 개선하기 위해 수행된다. 일반적으로, 인간화된 항체는 실질적으로 적어도 하나, 그리고 전형적으로는 2개의 모든 가변 도메인을 포함할 것이며, 모든 또는 실질적으로 모든 초가변성 루프는 비-인간 면역글로불린의 것과 상응하고 모든 또는 실질적으로 모든 FR은 인간 면역글로불린 서열의 것들이다. 인간화된 항체는 선택적으로 또한 면역글로불린 불변 영역 (Fc)의 적어도 일부, 전형적으로 인간 면역글로불린의 부분을 포함할 것이다. 추가의 세부사항에 대해서는, 하기를 참고한다: Jones 등, Nature 321:522-525, 1986; Riechmann 등, Nature 332:323-329, 1988; 및 Presta, Curr.Op.Struct.Biol. 2:593-596, 1992.
"야생형 (WT)" 또는 "참조" 서열 또는 "야생형" 또는 "참조" 단백질/폴리펩타이드, 예컨대 참조 항체의 HVR 또는 가변 도메인은 변이체 폴리펩타이드가 돌연변이의 도입을 통해 유래되는 참조 서열일 수 있다. 일반적으로, 제공된 단백질용 "야생형" 서열은 자연에서 가장 흔한 서열이다. 유사하게, "야생형" 유전자 서열은 자연에서 가장 흔하게 발견되는 그 유전자용 서열이다. 돌연변이는 "야생형" 유전자 (및 따라서 암호화하는 단백질)에 어느 한쪽 자연적 과정을 통해 또는 인간-유도된 수단을 통해 도입될 수 있다. 상기 공정의 생성물은 최초 "야생형" 단백질 또는 유전자의 "변이체" 또는 "돌연변이체" 형태이다.
개시 또는 참조 폴리펩타이드 (예를 들면, 참조 항체 또는 이의 가변 도메인(들)/HVR(들))의 "변이체" 또는 "돌연변이체"는 (1) 개시 또는 참조 폴리펩타이드의 것과 상이한 아미노산 서열을 갖는 그리고 (2) 어느 한쪽 천연 또는 인공 (사람이 만든) 돌연변이유발을 통해 개시 또는 참조 폴리펩타이드로부터 유래된 폴리펩타이드다. 상기 변이체는, 예를 들어, 본 명세서에서 "아미노산 잔기 변경"으로서 지칭된, 관심 폴리펩타이드의 아미노산 서열 이내 잔기의 결실, 및/또는 삽입 및/또는 치환을 포함한다. 따라서, 변이체 HVR은 개시 또는 참조 폴리펩타이드 서열 (예컨대 공급원 항체 또는 항원 결합 단편의 것)에 대해 변이체 서열을 포함하는 HVR을 지칭한다. 아미노산 잔기 변경은, 상기 맥락에서, 개시 또는 참조 폴리펩타이드 서열 (예컨대 참조 항체 또는 이들의 단편의 것)에서 대응하는 위치에 아미노산과 상이한 아미노산을 지칭한다. 최종 변이체 또는 돌연변이체 작제물에 도달하도록 결실, 삽입, 및 치환의 임의의 조합이 이루어질 수 있으며, 단, 최종 작제물은 목적 기능적 특징을 가져야 한다. 아미노산 변화는 또한 글리코실화 부위의 수 또는 위치를 변화시키는 것과 같은 폴리펩타이드의 번역 후 과정을 변화시킬 수 있다.
"친화도"는 분자의 단일 결합 부위(예를 들어, 항체)와 이의 결합 파트너(예를 들어, 항원) 사이의 비공유 상호작용의 총계의 강도를 의미한다. 달리 표시되지 않은 한, 본 명세서에 기재된 "결합 친화도"는 결합쌍(예를 들면, 항체 및 항원)의 구성원 간의 1:1 상호작용을 반영하는 고유 결합 친화도를 의미한다. 분자 X의 이의 파트너 Y에 대한 친화도는 일반적으로 분해 상수(Kd)로 표시될 수 있다. 친화도는 본 명세서에 기재된 것을 포함하여 당해 분야에 공지된 흔한 방법에 의해 측정될 수 있다. 결합 친화성을 측정하기 위한 특정 도해적 및 예시적 양태가 본원에 기재되어 있다.
표적 분자에 대한 항체의 결합에 관하여, 특정한 폴리펩타이드 또는 특정한 폴리펩타이드 표적 상의 에피토프에 "특이적 결합" 또는 "특이적으로 결합한다" 또는 "특이적인"이라는 용어는 비-특이적 상호작용과는 다른 측정가능한 결합을 의미한다. 특이적 결합은 예를 들어, 대조군 분자로의 결합과 비교하여 분자로의 결합을 계측함에 의해 측정될 수 있다. 예를 들어, 특이적 결합은 표적, 예를 들어 과량의 비표지된 표적과 유사한 조절 분자와의 경쟁에 의해 계측될 수 있다. 이 경우에, 프로브에 대한 표지된 표적의 결합이 과량의 비표지된 표적에 의해 경쟁적으로 억제되는 경우 특이적 결합이 나타난다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이 특정 폴리펩타이드 표적 상의 특정 폴리펩타이드 또는 에피토프에 "특이적 결합" 또는 "특이적으로 결합하는" 또는 "에 대해 특이적인"의 용어는, 예를 들어, 10-4 M 또는 그 미만, 대안적으로 10-5 M 또는 그 미만, 대안적으로 10-6 M 또는 그 미만, 대안적으로 10-7　M 또는 그 미만, 대안적으로 10-8 M 또는 그 미만, 대안적으로 10-9 M 또는 그 미만, 대안적으로 110-10 M 또는 그 미만, 대안적으로 10-11 M 또는 그 미만, 대안적으로 10-12 M 또는 그 미만의 상기 표적에 대한 Kd 또는 10-4 M 내지 10-6 M 또는 10-6　M 내지 10-10　M 또는 10-7 M 내지 10-9　M의 범위인 Kd를 갖는 분자에 의해 나타내어 질 수 있다. 당업자에게 인지되는 바와 같이, 친화성 및 Kd 값은 역으로 관련된다. 항원에 대한 고친화성은 낮은 Kd 값에 의해 측정된다. 일 구현예에서, 용어 "특이적 결합"은 분자가 임의의 다른 폴리펩타이드 또는 폴리펩타이드 에피토프에 실질적으로 결합하는 것 없이 특정 폴리펩타이드 상의 특정 폴리펩타이드 또는 에피토프에 결합하는 경우의 결합을 언급한다.
"친화도 성숙된" 항체는 이러한 변경을 보유하지 않는(이러한 변경은 항원에 대한 항체의 친화도를 개선함) 모 항체와 비교하여 하나 이상의 초가변 영역(HVR)에서의 하나 이상의 변경을 갖는 항체를 의미한다.
기준 항체와 "동일한 에피토프에 결합하는 항체"는 경쟁 검정에서 이의 항원에 대한 기준 항체의 결합을 50% 이상 차단하는 항체를 의미하고, 반대로, 기준 항체는 경쟁 검정에서 이의 항원에 대한 항체의 결합을 50% 이상 차단한다.
"면역콘주게이트"는 세포독성제를 포함하지만 이에 제한되지 않는 하나 이상의 이종성 분자(들)에 콘주게이트된 항체이다.
"융합 단백질" 및 "융합 폴리펩타이드"는 함께 공유 결합된 2개 부분을 갖는 폴리펩타이드를 지칭하며, 상기 부분의 각각은 상이한 특성을 갖는 폴리펩타이드다. 상기 특성은 생물학적 특성, 예컨대 시험관내 또는 생체내에서의 활성일 수 있다. 상기 특성은 또한 단순한 화학적 또는 물리적 특성, 예컨대 표적 분자로의 결합, 반응의 촉매작용 등일 수 있다. 상기 2개 부분은 단일 펩타이드 결합에 의하여 직접, 또는 펩타이드 링커를 통하여 연결될 수 있으나, 서로 해독 틀 내에 존재한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "면역접합체(immunoadhesin)"는 이종성 단백질 ("접합체")의 결합 특이성을 면역글로불린 불변 도메인의 효과기 작용과 조합하는 항체-유사 분자를 가리킨다. 구조적으로, 면역접합체는 원하는 결합 특이성을 갖는 아미노산 서열의 융합을 포함하고, 이는 항체의 항원 인식 및 결합 부위 (즉, "이형"임) 및 면역글로불린 불변 도메인 서열 이외의 것이다. 면역접합체 분자의 접합체 부분은 전형적으로 적어도 수용체 또는 리간드의 결합 부위를 포함하는 인접 아미노산 서열이다. 면역접합체 내의 면역글로불린 불변 도메인 서열은 임의의 면역글로불린, 예컨대 IgG1, IgG2 (IgG2A 및 IgG2B 포함), IgG3, 또는 IgG4 하위유형, IgA (IgA1 및 IgA2 포함), IgE, IgD, 또는 IgM으로부터 수득될 수 있다. Ig 융합은 바람직하게는 하기를 포함한다: 본원에 기술된 폴리펩타이드 또는 항체의 도메인의, Ig 분자 내의 적어도 1종의 가변 영역을 대신한 치환. 특히 바람직한 구현예에서, 면역글로불린 융합은 IgG1 분자의 힌지, CH2 및 CH3, 또는 힌지, CH1, CH2 및 CH3 영역을 포함한다. 면역글로불린 융합의 생산에 대해 또한 하기를 참조한다: 미국특허 번호 5,428,130. 예를 들어, 본원의 요법에 대해 유용한 약제로서의 유용한 면역접합체는 하기를 포함하는 폴리펩타이드를 포함한다: 면역글로불린 서열의 불변 도메인, 예컨대 PD-L1 ECD-Fc, PD-L2 ECD-Fc, 및 PD-1 ECD-Fc, 각각에 융합된, PD-L1 또는 PD-L2의 세포외 도메인 (ECD) 또는 PD-1-결합 부분, 또는 PD-1의 세포외 또는 PD-L1- 또는 PD-L2-결합 부분. Ig Fc 및 세포 표면 수용체의 ECD의 면역부착소 조합은 종종 가용성 수용체로 불린다.
본원에 식별된 폴리펩타이드 서열과 관련하여 "퍼센트 (%) 아미노산 서열 동일성"은 서열을 정렬하고 필요한 경우 최대 퍼센트 서열 동일성을 성취하기 위해 갭을 도입한 후 비교되는 폴리펩타이드 내 아미노산 잔기와 동일한 후보 서열에서의 아미노산 잔기의 %로서 정의되고 서열 동일성의 일부로서 임의의 보존성 치환을 고려하지 않는다. 백분율 아미노산 서열 동일성의 결정의 목적을 위한 정렬은 예를 들어 공공으로 이용 가능한 컴퓨터 소프트웨어, 예컨대 BLAST, BLAST-2, ALIGN 또는 Megalign(DNASTAR) 소프트웨어를 이용하여 당해 분야의 지식 내에 있는 다양한 방식으로 달성될 수 있다. 당업자는 정렬을 측정하기 위하여, 비교되는 서열의 전장에 걸쳐서 최대 정렬을 달성하는 데 필요한 임의의 알고리즘을 포함하여, 적절한 파라미터를 결정할 수 있다. 그러나, 본 명세서에서의 목적을 위해, % 아미노산 서열 동일성 값은 서열 비교 컴퓨터 프로그램 ALIGN-2를 사용하여 생성된다. ALIGN-2 서열 비교 컴퓨터 프로그램은 제조사 (Genentech, Inc.)에 의해 개발되었고, 소스 코드는 사용자 기록문서와 함께 미국저작권 청, 워싱턴 D.C., 20559 (미국저작권 등록 번호 TXU510087 하에서 등록됨)와 같이 제출되었다. ALIGN-2 프로그램은 캘리포니아 주 사우스샌프란시스코 소재의 Genentech, Inc.을 통해 공공연하게 이용가능하다. ALIGN-2 프로그램은 UNIX 운영 체제, 바람직하게는 디지털 UNIX V4.0D 상에서 사용하기 위해 컴파일링되어야 한다. 모든 서열 비교 매개변수는 ALIGN-2 프로그램에 의해 설정되고 변하지 않는다.
ALIGN-2가 아미노산 서열 비교에 사용되는 경우에, 소정의 아미노산 서열 B에 대한, 이것과, 또는 이에 대항한 소정의 아미노산 서열 A의 % 아미노산 서열 동일성(대안적으로 소정의 아미노산 서열 B에 대한, 이것과, 또는 이에 대항한 소정의 % 아미노산 서열 동일성을 갖거나 포함하는 소정의 아미노산 서열 A로서 표현될 수 있음)은 하기한 바대로 계산된다:
분수 X/Y의 100배
여기서, X는 A 및 B의 프로그램 정렬에서 서열 정렬 프로그램 ALIGN-2에 의한 동일한 매치로서 스코어되는 아미노산 잔기의 수이고 Y는 B에서 아미노산 잔기의 총 수이다. 아미노산 서열 A의 길이가 아미노산 서열 B의 길이와 동일하지 않는 경우, A 대 B의 % 아미노산 서열 동일성이 B 대 A의 % 아미노산 서열 동일성과 동일하지 않는 것으로 이해될 것이다. 구체적으로 달리 언급되지 않는 한, 본 명세서에 사용된 모든 % 아미노산 서열 동일성 값은 ALIGN-2 컴퓨터 프로그램을 이용하여 즉시 이전의 문단에 기재된 바대로 얻어진다.
"폴리뉴클레오타이드", 또는 "핵산"은, 본원에서 상호교환적으로 사용되는 바와 같이, 임의의 길이의 뉴클레오타이드의 폴리머를 지칭하고, DNA 및 RNA를 포함한다. 뉴클레오타이드는 데옥시리보뉴클레오타이드, 리보뉴클레오타이드, 변형된 뉴클레오타이드 또는 염기, 및/또는 그의 유사체, 또는 DNA 또는 RNA 폴리머라제에 의해, 또는 합성 반응에 의해 폴리머에 편입될 수 있는 임의의 기질일 수 있다. 따라서, 예를 들어, 본원에 정의된 폴리뉴클레오타이드에는, 비제한적으로, 단일- 및 이중-가닥 DNA, 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 DNA, 단일- 및 이중-가닥 RNA, 및 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 RNA, 단일-가닥, 또는 좀 더 전형적으로, 이중-가닥일 수 있는 DNA 및 RNA 또는 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 하이브리드 분자가 포함된다. 뿐만 아니라, 본원에 사용되는 용어 "폴리뉴클레오타이드"는 RNA 또는 DNA를 포함하거나 또는 RNA 및 DNA를 모두 포함하는 삼중-가닥 영역를 포함한다. 이와 같은 영역에서의 가닥은 동일한 분자에서 유래되거나 또는 상이한 분자에서 유래된 것일 수 있다. 상기 영역에는 상기 분자들 중 하나 이상의 모두가 포함될 수 있으나, 좀 더 전형적으로 상기 분자들의 일부의 한 영역만이 수반된다. 삼중-나선 영역의 분자들 중 하나는 올리고뉴클레오타이드다. 용어 "폴리뉴클레오타이드"에는 구체적으로 cDNA가 포함된다.
폴리뉴클레오타이드는 변형된 뉴클레오타이드, 예컨대 메틸화된 뉴클레오타이드 및 그의 유사체를 포함할 수 있다. 존재한다면, 뉴클레오타이드 구조에 대한 변형은 폴리머의 어셈블리 이전 또는 이후 부여될 수 있다. 뉴클레오타이드의 서열은 비-뉴클레오타이드 성분에 의해 방해될 수 있다. 폴리뉴클레오타이드는 합성 이후, 예컨대 표지를 이용한 콘주게이션에 의해 추가로 변형될 수 있다. 변형의 다른 유형은, 예를 들어, 하기를 포함한다: "캡(caps)", 하나 이상의 자연 발생 뉴클레오타이드의 유사체로의 치환, 뉴클레오타이드간 변형 예컨대, 예를 들어, 비하전된 연결 (예를 들면, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포아미데이트, 카바메이트, 등) 및 하전된 연결 (예를 들면, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 등)을 가진 것, 펜던트 모이어티, 예컨대, 예를 들어, 단백질 (예를 들면, 뉴클레아제, 독소, 항체, 신호 펩타이드, 폴리-L-라이신, 등)을 함유한 것, 삽입제 (예를 들면, 아크리딘, 소랄렌, 등)을 가진 것, 킬레이터 (예를 들면, 금속, 방사성 금속, 붕소, 산화적 금속, 등)을 가진 것, 알킬화제를 함유한 것, 폴리뉴클레오타이드(들)의 변형된 연결 (예를 들면, 알파 아노머성 핵산, 등), 뿐만 아니라 비변형된 형태를 가진 것.추가로, 당류에 통상적으로 존재하는 임의의 하이드록실기는, 예를 들어, 포스포네이트 기, 포스페이트에 의해 대체될 수 있거나, 표준 보호기에 의해 보호될 수 있거나, 또는 추가 뉴클레오타이드에 추가 연결을 제조하기 위해 활성화될 수 있거나, 또는 고형 또는 반-고형 지지체에 접합될 수 있다. 5' 및 3' 말단 OH는 1 내지 20개의 탄소 원자의 아민 또는 유기 캡핑 기 모이어티로 인산화 또는 치환될 수 있다. 다른 하이드록실은 또한 표준 보호기로 유도될 수 있다. 폴리뉴클레오타이드는 또한, 예를 들면, 2'-O-메틸-, 2'-O-알릴, 2'-플루오로- 또는 2'-아지도-리보오스, 카보사이클릭 당 유사체, α-아노머성 당, 에피머 당류 예컨대 아라비노오스, 자일로스 또는 릭소스, 파이라노스 당, 푸라노스 당, 세도헵툴로스, 비환식 유사체 및 무염기성 뉴클레오사이드 유사체 예컨대 메틸 리보사이드를 포함하여, 당해기술에 일반적으로 공지되는 리보오스 또는 데옥시리보스 당류의 유사 형태를 함유할 수 있다. 하나 이상의 포스포디에스테르 연결기는 대안적인 연결기에 의해 대체될 수 있다. 이러한 대안적인 결합기는, 비제한적으로 구현예들을 포함하며, 여기서 포스페이트는 P(O)S ("티오에이트"), P(S)S ("디티오에이트"), (O)NR2 ("아미데이트"), P(O)R, P(O)OR', CO 또는 CH2 ("폼아세탈(formacetal)")로 교체될 수 있으며, 여기서 각 R 또는 R'은 독립적으로 H 또는 선택적으로 에터 (-O-) 결합, 아릴, 알케닐, 시클로알킬, 시클로알케닐, 또는 아랄딜을 함유하는 치환된 또는 비치환된 알킬 (1-20 C)이다. 폴리뉴클레오타이드에서 모든 연결기가 동일할 필요는 없다. 이전의 설명은 RNA 및 DNA를 포함하여 본원에서 언급되는 모든 폴리뉴클레오타이드에 적용한다.
"올리고뉴클레오타이드"는, 본원에서 사용된 바와 같이, 짧고, 일반적으로 단일 가닥이고, 필수적인 것은 아니나 길이가 250 뉴클레오타이드 미만인, 폴리뉴클레오타이드를 지칭한다. 올리고뉴클레오타이드는 합성일 수 있다. 용어 "올리고뉴클레오타이드" 및 "폴리뉴클레오타이드"는 상호 배타적이지 않다. 폴리뉴클레오타이드에 대한 상기 기술은 올리고뉴클레오타이드에 동등하게, 그리고 완전하게 적용가능하다.
용어 "프라이머"는 핵산에 하이브리드화할 수 있고, 일반적으로 유리 3'-OH 작용기를 제공함으로써, 상보적 핵산의 중합화를 허용할 수 있는 단일 가닥 폴리뉴클레오타이드를 지칭한다.
용어 "숙주 세포", "숙주 세포주" 및 "숙주 세포 배양"은 상호 교환되어 사용되고, 외인성 핵산이 도입된 세포, 예를 들어 이러한 세포의 자손을 의미한다. 숙주 세포는 계대배양의 수와 관련 없이 1차 형질전환된 세포 및 이로부터 유래된 자손을 포함하는 "형질전환체" 및 "형질전환된 세포"를 포함한다. 자손은 모 세포에 대해 핵산 함량에서 완전히 동일하지 않을 수 있지만, 돌연변이를 함유할 수 있다. 원래 형질전환된 세포에서 스크리닝되거나 선택되는 동일한 기능 또는 생물학적 활성을 갖는 돌연변이체 자손이 본 명세서에 포함된다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "벡터"는 연결되는 또 다른 핵산을 전파시킬 수 있는 핵산 분자를 지칭한다. 상기 용어는 자가 복제 핵산 구조로서의 벡터, 및 이것이 도입된 숙주 세포의 게놈으로 도입된 벡터를 포함한다. 소정의 벡터는 작동 가능하게 연결된 핵산의 발현을 지시할 수 있다. 이러한 벡터는 본 명세서에서 "발현 벡터"라 칭해진다.
"단리된" 핵산 분자는, 본래 핵산의 천연 공급원과 관계된 적어도 하나의 오염물질 핵산 분자로부터 동정 및 분리된 핵산 분자이다. 단리된 핵산 분자는 자연에서 발견되는 형태 또는 설정 이외의 것이다. 따라서 단리된 핵산 분자는 이것이 천연 세포 내에 존재하는 핵산 분자와 구별된다. 그러나 단리된 핵산 분자에는, 예를 들면 핵산 분자가 천연 세포와 상이한 염색체 위치에 있는, 항체를 대개 발현하는 세포 내에 함유된 핵산 분자가 포함된다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어들 "돌연변이의 부하", "돌연변이 부하", "돌연변이 부담", "종양 돌연변이의 부담 점수", "TMB 점수", "조직 종양 돌연변이 부담 점수," 및 "tTMB 점수" 각각은 교환가능하게 사용될 수 있고, 종양 조직 샘플 (예를 들어, FFPE 종양 샘플, 기록 종양 샘플, 신선한 종양 샘플, 또는 냉동된 종양 샘플)에서 검출된 사전-결정된 유전자 세트 (예를 들어, 사전-결정된 유전자 세트의 코딩 영역)에서 사전-선택된 단위 (예를 들어, 메가염기) 당 변경 (예를 들어, 하나 이상의 변경, 예를 들어, 하나 이상의 체세포 변경)의 수준 (예를 들어, 수)를 지칭한다. TMB 점수는, 예를 들어, 전체의 게놈 또는 엑솜 기반, 또는 게놈 또는 엑솜의 서브셋의 기반에서 측정될 수 있다. 특정 구현예에서, 게놈 또는 엑솜의 서브셋의 기반에서 측정된 TMB 점수는 전체의 게놈 또는 엑솜 돌연변이 부하를 결정하기 위해 외삽될 수 있다. 일부 구현예에서, TMB 점수는 개체 (예를 들어, 동물 (예를 들어, 인간)) 내에 축적된 체세포 돌연변이의 수준을 지칭한다. TMB 점수는 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 환자에서 축적된 체세포 돌연변이를 지칭할 수 있다. 일부 구현예에서, TMB 점수는 개체의 전체의 게놈에서 축적된 돌연변이를 지칭한다. 일부 구현예에서, TMB 점수는 개체로부터 수집된 특정 조직 샘플 (예를 들어, 종양 조직 샘플 생검, 예를 들어, 방광암 종양 샘플, 예를 들어, UC 종양 샘플) 내에 축적된 돌연변이를 지칭한다.
"체세포 돌연변이" 또는 "체세포 변경"이란 용어는 체세포 조직 (예를 들어, 생식계열 외부의 세포)에서 발생하는 유전적 변이를 지칭한다. 유전적 변이의 예로는 점 돌연변이 (예를 들어, (침묵 돌연변이, 미스센스 돌연변이 및 논센스 돌연변이)와 같은 또다른 돌연변이에 대한 단일 뉴클레오타이드의 교환), 삽입 및 결실 (예를 들어, 하나 이상의 뉴클레오타이드(예를 들어, 인델)의 첨가 및/또는 제거), 증폭, 유전자 중복, 복제수 변경 (CNA), 재배열 및 스플라이스 변이체를 비제한적으로 포함한다. 특정 돌연변이의 존재는 질환 상태 (예를 들어, 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암))와 연관될 수 있다.
특정 구현예에서, 체세포 변경은 침묵 돌연변이 (예를 들면, 동의어 변경)이다. 다른 구현예에서, 체세포 변경은 비-동의어 단일 뉴클레오타이드 변이체 (SNV)이다. 다른 구현예에서, 체세포 변경은 패신저 돌연변이 (예를 들어, 클론의 적합성에 대한 검출가능한 효과가 없는 변경)이다. 특정 구현예에서, 체세포 변경은 미공지된 유의성 (VUS)의 변이체, 예를 들어, 병원성이 확인되거나 제외될 수 없는 변경이다. 특정 구현예에서, 체세포 변경은 암 표현형과 관련된 것으로 확인되지 않았다.
특정 구현예에서, 체세포 변경은 세포 분열, 성장 또는 생존에 대한 효과와 관련되지 않거나, 또는 관련된 것으로 공지되지 않았다. 다른 구현예에서, 체세포 변경은 세포 분열, 성장 또는 생존에 대한 효과와 관련된다.
특정 구현예에서, 체세포 변경의 수는 하위-게놈 간격에서의 기능성 변경을 제외한다.
일부 구현예에서, 작용적 변경은, 참조 서열 (예컨대, 야생형 또는 비돌연변이화 서열)과 비교하여, 세포 분할, 성장, 또는 생존에서의 효과를 갖는 (예컨대, 세포 분할, 성장, 또는 생존을 촉진하는), 변경이다. 특정 구현예에서, 기능성 변경은 기능성 변경의 데이터베이스, 예를 들어, COSMIC 데이터베이스에 포함에 의하여 이와 같이 식별된다 (하기 참고: Forbes 등 Nucl.Acids Res.43 (D1):D805-D811, 2015 (본원에서 전체적으로 참고로 편입됨)). 다른 구현예에서, 기능성 변경은 공지된 기능성 상태 (예를 들어, COSMIC 데이터베이스의 공지된 체세포 변경으로서 발생)를 갖는 변경이다. 특정 구현예에서, 기능성 변경은 가능한 기능성 상태 (예를 들어, 종양 억제인자 유전자에서 절단)를 갖는 변경이다. 특정 구현예에서, 기능성 변경은 드라이버 돌연변이 (예를 들어, 세포 생존 또는 생식을 증가시킴으로써 그것의 미세환경에서 클론에 선택적 장점을 부여하는 변경)이다. 다른 구현예에서, 기능성 변경은 클론 팽창을 일으킬 수 있는 변경이다. 특정 구현예에서, 기능성 변경은 하기 중 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개를 모두 일으킬 수 있는 변경이다:(a) 성장 신호의 자급-자족; (b) 반성장 신호에 대해, 감소된 예를 들어, 감수성; (c) 감소된 세포자멸사; (d) 증가된 복제 가능성; (e) 지속된 혈관신생; 또는 (f) 조직 침습 또는 전이.
특정 구현예에서, 작용적 변경은 패신저 돌연변이 (예를 들어, 세포의 클론의 적합성에 대한 검출가능한 효과가 없는 변경)이 아니다. 특정 구현예에서, 작용적 변경은 미공지된 유의성 (VUS)의 변이체 (예를 들어, 병원성이 확인되거나 제외될 수 없는 변경)이 아니다.
특정 구현예에서, 소정의 세트의 유전자 내 사전-선택된 종양 유전자 중 복수 (예컨대, 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 이상)의 작용성 변경이 배제된다. 특정 구현예에서, 사전-결정된 유전자 세트 내의 사전-선택된 유전자 (예를 들어, 종양 유전자)에서의 모든 기능성 변경은 제외된다. 특정 구현예에서, 복수의 사전-결정된 유전자 세트 내의 사전-선택된 유전자 (예를 들어, 종양 유전자)에서의 복수의 작용성 변경은 제외된다. 특정 구현예에서, 사전-결정된 유전자 세트 내의 모든 유전자 (예를 들어, 종양 유전자)에서의 모든 기능성 변경은 제외된다.
특정 구현예에서, 체세포 변경의 수는 하위-게놈 간격에서의 생식계열 돌연변이를 제외한다.
특정 구현예에서, 생식계열 변경은 SNP, 염기 치환, 삽입, 결실, 인델(인델), 또는 침묵 돌연변이 (예컨대, 동등 돌연변이)이다.
특정 구현예에서, 생식계열 변경은 매칭된 정상 서열과의 비교를 사용하지 않는 방법의 사용에 의해 제외된다. 다른 구현예에서, 생식계열 변경은 알고리즘의 사용을 포함하는 방법에 의해 제외된다. 특정 구현예에서, 생식계열 변경은 생식계열 변경의 데이터베이스, 예를 들어, dbSNP 데이터베이스에 포함에 의하여 이와 같이 식별된다 (하기 참고: Sherry 등 Nucleic Acids Res.29(1):308-311, 2001 (이의 전체가 본원에 참고로 편입됨)). 기타 구현예에서, 생식계열 변경은 ExAC 데이터베이스의 2 이상의 계수에서의 포함에 의하여 이와 같이 식별된다 (하기 참고: Exome Aggregation Consortium 등 bioRxiv preprint, October 30, 2015 (이의 전체가 본원에 참고로 편입됨)). 일부 구현예에서, 생식계열 변경은 1000 게놈 프로젝트 데이터베이스에 포함에 의하여 이와 같이 식별된다 (본 명세서에서 전체적으로 참고로 편입된, McVean 등 Nature 491, 56-65, 2012). 일부 구현예에서, 생식계열 변경은 ESP 데이터베이스에서의 포함에 의하여 이와 같이 식별된다 (Exome Variant Server, NHLBI GO Exome Sequencing Project (ESP), Seattle, WA).
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어 "참조 TMB 점수"는, 예를 들어, 진단, 예측, 예후, 및/또는 치료적 결정을 하기 위해, 또 다른 TMB 점수가 비교되어 지는 TMB 점수를 지칭한다. 예를 들어, 참조 TMB 점수는 참조 샘플, 참조 모집단, 및/또는 사전-결정된 값에서의 TMB 점수일 수 있다. 일부 사례에서, 참조 TMB 점수는 참조 모집단에서 면역요법, 예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 요법으로 치료되어 진 개체 (예를 들어, 환자)의 제1 서브셋과, 동일한 참조 모집단에서 면역요법, 예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하지 않는 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법으로 치료되어 진 개체 (예를 들어, 환자)의 제2 서브셋이, 면역요법, 예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 요법으로의 치료에 대한 개체의 반응성과 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법으로의 치료에 대한 개체의 반응성 사이에 유의차에 기초하여 컷오프 값에 있거나 또는 그 초과 및/또는 컷오프 값 미만으로 상당히 분리되는 컷오프 값이다. 일부 사례에서, 면역요법, 예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 요법으로의 치료에 대한 개체의 반응성은 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법으로 치료에 대한 개체의 반응성에 비하여 컷오프 값 이상으로 상당히 개선된다. 일부 사례에서, 비-PD-L1 축 결합 길항제 요법으로 치료에 대한 개체의 반응성은 면역요법, 예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 요법을 치료에 대한 개체의 반응성에 비하여 컷오프 값 미만으로 상당히 개선된다.
참조 TMB 점수에 대한 수치는 TMB 점수를 측정하기 위해 사용된 방법론 및/또는 TMB 점수를 생성하기 위해 사용된 통계적인 방법의 유형에 따라 다양할 수 있다는 것이 당해 분야의 숙련가에 의해 인정될 것이다.
용어 "동등 TMB 값"은 서열분석된 염기의 수 (예를 들어, FOUNDATIONONE® 패널에 의해 평가된 바와 같이, 예를 들어, 약 1.1 Mb (예를 들어, 약 1.125 Mb))로 체세포 변이체 (예를 들어, 체세포 돌연변이)의 계수를 나눔으로써 계산될 수 있는 TMB 점수에 상응하는 수치를 지칭한다. 일반적으로, TMB 점수는 서열분석된 게놈 영역의 크기에 선형으로 관련된다는 것을 이해해야 한다. 이와 같은 동등 TMB 값은 TMB 점수에 비교된 바와 같이 종양 돌연변이 부담의 동등한 정도를 나타내고, 본 명세서에서 기재된 방법, 예를 들어, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)에 대한 암 환자의 반응을 예측하기 위해 교환가능하게 사용될 수 있다. 예로서, 일부 구현예에서, 동등 TMB 값은 서열분석된 염기의 수로 체세포 변이체 (예를 들어, 체세포 돌연변이)의 계수를 나눔에 의해 계산될 수 있는 정규화된 TMB 값이다. 예를 들어, 동등 TMB 값은 서열분석된 염기의 정의된 수 (예를 들어, FOUNDATIONONE® 패널에 의해 평가된 바와 같이, 예를 들어, 약 1.1 Mb (예를 들어, 약 1.125 Mb))에 걸쳐 카운트된 체세포 돌연변이의 수로 제시될 수 있다. 예를 들어, (약 1.1 Mb에 걸쳐 카운트된 체세포 돌연변이의 수로 결정된 바와 같이) 약 25의 TMB 점수는 약 23 돌연변이/Mb의 동등 TMB 값에 상응한다. 본 명세서에서 기재된 바와 같은 TMB 점수 (예를 들어, 서열분석된 염기의 정의된 수 (예를 들어, FOUNDATIONONE® 패널에 의해 평가된 바와 같이, 예를 들어, 약 1.1 Mb (예를 들어, 약 1.125 Mb))에 걸쳐 카운트된 체세포 돌연변이의 수로 제시된 TMB 점수)는 상이한 방법론 (예를 들어, 전장 유전체 서열분석 또는 전체의-게놈 서열분석)을 사용하여 수득된 동등한 TMB 값을 포괄한다는 것을 이해해야 한다. 예로서, 전장 유전체 패널의 경우, 표적 영역은 대략 50 Mb일 수 있고, 검출된 약 500 체세포 돌연변이를 갖는 샘플은 약 10 돌연변이/Mb의 TMB 점수에 동등 TMB 값이다. 일부 구현예에서, 게놈 또는 엑솜의 서브셋 (예를 들어, 사전결정된 유전자의 세트)에서 서열분석된 염기의 정의된 수 (예를 들어, FOUNDATIONONE® 패널에 의해 평가된 바와 같이, 예를 들어, 약 1.1 Mb (예를 들어, 약 1.125 Mb))에 걸쳐 카운트된 체세포 돌연변이의 수로 결정된 TMB 점수는 전장 유전체 서열분석에 의해 결정된 TMB 점수와 약 30% 미만 (예를 들어, 약 30% 미만, 약 25%, 약 20%, 약 15%, 약 10%, 약 5%, 약 4%, 약 3%, 약 2%, 약 1%, 또는 그 미만)으로 벗어난다. 하기 참고: 예를 들어, Chalmers 등 Genome Medicine 9:34, 2017.
II. 진단 방법 및 검정
면역요법 (비제한적으로, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)를 포함함) 및/또는 억제성 기질 길항제 (비제한적으로, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체를 포함함)을 포함하는 항-암 요법으로부터 이점이 있을 수 있는 암 (비제한적으로, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암을 포함함)이 있는 개체를 확인하기 위한 방법 및 사용이 본 명세서에서 제공된다.
본 명세서에 기재된 방법 및 사용은 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 유전자 (예를 들어, TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)의 발현 수준이 하기의 치료적 효능을 예측하는데 사용될 수 있다는 발견에 부분적으로 기반된다: 하기를 포함하는 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체).
하기에 대한 방법 및 검정이 추가로 본 명세서에서 제공된다: 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체에 대한 요법을 선택하는 것; 암이 있는 개체가 다음과 같은 치료에 반응하기 쉬운지 여부를 결정하는 방법 하기를 포함하는 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체); 하기로의 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응성을 예측하는 방법: 하기를 포함하는 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체); 및 하기로의 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터링하는 방법: 하기를 포함하는 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체.본 명세서에서 제공된 임의의 방법은 하기를 개체에게 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다: 즉, 하기를 포함하는 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체) (예를 들어, 섹션 IV에서 아래에 기재된 바와 같음)를 상기 개체에게 투여하는 단계.
1 초과 바이오마커의 발현 수준이 환자 샘플에서 결정되고 참조 발현 수준에 비교된 본 명세서에 기재된 임의의 구현예에서, 일부 구현예에서는 환자 샘플에서 각각의 개별 바이오마커의 발현 수준이 각각의 개별 바이오마커에 대한 참조 발현 수준에 비교된다는 것을 이해해야 한다. 예를 들어, TGFB1 및 TGFBR1의 발현 수준이 개체로부터의 샘플에서 결정되고 TGFB1 및 TGFBR1에 대한 참조 발현 수준에 대해 비교된 경우, 일부 구현예에서, 개체로부터의 샘플에서 TGFB1의 발현 수준은 TGFB1에 대한 참조 발현 수준에 비교되고, 개체로부터의 샘플에서 TGFBR1의 발현 수준은 TGFBR1에 대한 참조 발현 수준에 비교된다. 다른 구현예에서, 1 초과의 관심 유전자에 대한 발현 수준은, 예를 들어, 관심 있는 유전자의 모든 발현 수준의 중앙 또는 평균을 계산함에 의한 것을 포함하여, 당해 분야의 숙련가에게 알려지고 또한 본원에 개시된 응집 방법에 의해 결정될 수 있다. 　 응집 전, 각각의 관심 유전자의 발현 수준은 예를 들어, 하나 이상의 하우스키핑 유전자의 발현 수준에 정규화, 또는 총 라이브러리 크기에 정규화, 또는 측정된 모든 유전자에 걸쳐 중앙 또는 평균 발현 수준 값에 정규화를 포함하여, 당해 분야의 숙련가에게 알려지고 또한 본원에 개시된 통계적인 방법을 사용함에 의해 정규화될 수 있다. 　 일부 사례에서, 다중 관심 있는 유전자에 걸쳐 응집 전, 각각의 관심 유전자의 정규화된 발현 수준은, 예를 들어, 각각의 관심 유전자의 정규화된 발현 수준의 Z-점수를 계산함에 의한 것을 포함하여, 당해 분야의 숙련가에게 알려지고 또한 본원에 개시된 통계적인 방법을 사용함에 의해 표준화될 수 있다. 　
A.예시적인 22-유전자 서명
일부 구현예에서, 본 명세서에서의 방법 및 사용은 하기의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다: 하나 이상의(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22) 표 1에 제시된 유전자를 포함하는, 22-유전자 서명으로부터 선택된 유전자.
예를 들어, 다음의 방법이 본 명세서에 제공된다: 하기로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체를 확인하는 방법으로, 즉 상기 치료는 하기를 포함하는 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체) 이고, 상기 방법은 개체로부터의 샘플에서 표 1에 제시된 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22)의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하고, 여기서 표 1에 제시된 유전자 중 하나 이상의 발현 수준에서의 변화는 상기 개체를 하기로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다: 하기를 포함하는 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체). 일부 사례에서, 상기 변화는 증가이다. 다른 사례에서, 상기 변화는 감소이다.
표 1:예시적인 바이오마커
Figure pct00003
본 발명 또한 하기를 제공한다: 개체로부터의 샘플에서 표 1에 제시된 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22)의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체에 대한 요법을 선택하는 것으로서, 여기서 표 1에 제시된 유전자 중 하나 이상의 발현 수준에서의 변화는 상기 개체를 하기로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다: 하기를 포함하는 항-암 요법: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체). 일부 사례에서, 상기 변화는 증가이다. 다른 사례에서, 상기 변화는 감소이다.
또 다른 구현예에서, 개체로부터의 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22) 바이오마커의 발현 수준을 결정하고, 상기 샘플에서의 하나 이상 바이오마커의 발현 수준을 참조 발현 수준과 비교하고, 그것에 의해 암을 진단 또는 예측하는 것을 포함하는, 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)을 진단 또는 예측하는 방법이 본 명세서에 제공된다. 일부 구현예에서, 참조 발현 수준에 비하여 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준에서의 변화 (예를 들어, 증가 또는 감소)는 개체를 진단 또는 예측한다. 일부 구현예에서, 바이오마커는 표 1에 제시되어 있다. 특정 구현예에서, 상기 변화는 증가이다.
또 다른 구현예에서, 개체로부터의 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22) 바이오마커의 발현 수준을 결정하고, 상기 샘플에서의 하나 이상 바이오마커의 발현 수준을 참조 발현 수준과 비교하고, 그것에 의해 상기 개체를 항-암 요법에 대해 반응하기 쉬운 개체로 확인하는 것을 포함하는, 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체가 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법으로의 치료에 반응하기 쉬운지 여부를 결정하는 방법이 본 명세서에 제공된다. 일부 구현예에서, 참조 발현 수준에 비하여 생물학적 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준에서의 변화 (예를 들어, 증가 또는 감소)는 항-암 요법으로 치료에 대해 반응하기 쉬운 것으로 개체를 확인한다. 일부 구현예에서, 바이오마커는 표 1에 제시되어 있다. 특정 구현예에서, 상기 변화는 증가이다.
다른 구현예에서, 개체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22) 바이오마커의 발현 수준을 결정하고, 상기 샘플에서의 하나 이상 바이오마커의 발현 수준을 참조 발현 수준과 비교하는 것을 포함하는, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함한 항-암 요법의 치료적 효능을 최적화하는 방법이 본 명세서에서 제공되고, 여기서 참조 발현 수준에 비하여 생물학적 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준에서의 변화 (예를 들어, 증가 또는 감소)는 상기 개체를 항-암 요법에 대해 반응하기 쉬운 개체를 확인한다. 일부 구현예에서, 바이오마커는 표 1에 제시되어 있다. 특정 구현예에서, 상기 변화는 증가이다.
22-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 하기의 발현 수준이다: 하나 이상의 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22) 유전자 (예를 들어, TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)로서 참조 모집단, 예를 들어, 암이 있는 개체의 모집단에서의 것 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암, 폐암, 간암, 난소암, 췌장 암, 결장직장암, 또는 유방암). 특정 구현예에서, 상기 암은 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC)이다. 특정 구현예에서, 참조 발현 수준은 참조 모집단, 예를 들어, 암이 있는 개체의 모집단에서 하나 이상의 유전자의 중앙 발현 수준이다. 다른 구현예에서, 참조 발현 수준은 참조 모집단에서 발현 수준의 최상부 40%, 최상부 30%, 최상부 20%, 최상부 10%, 최상부 5%, 또는 최상부 1%일 수 있다. 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 Z-점수-형질전환된 발현 수준의 원리 성분 분석에 의해 결정된다. 특정 구현예에서, 참조 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 사전-배정된 발현 수준이다. 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 이전의 시점에서 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준이고, 상기 이전의 시점은 항-암 요법의 투여 이후이다. 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 항-암 요법의 투여 이전 (예를 들어, 수분, 수시간, 수일, 수주 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 주), 수개월, 또는 수년 이전) 수득된 환자로부터의 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자 (예를 들어, TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)의 발현 수준이다. 다른 구현예에서, 참조 발현 수준은 후속적인 시점 (예를 들어, 항-암 요법의 투여 수분, 수시간, 수일, 수주, 수개월, 또는 수년 후) 환자로부터의 수득된 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준이다.
22-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준 이상의 발현 수준, 또는 상승된 또는 증가된 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때, 본 명세서에서 기재된 것 및/또는 당업계에서 알려진 것과 같은 방법에 의해 검출된, 바이오마커 (예를 들어, 단백질, 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA), 또는 세포)의 수준 또는 수에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과의 전반적인 증가를 지칭한다. 특정 구현예에서, 상승된 발현 또는 수는 증가가 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 바이오마커의 적어도 약 1.1x, 1.2x, 1.3x, 1.4x, 1.5x, 1.6x, 1.7x, 1.8x, 1.9x, 2x, 2.1x, 2.2x, 2.3x, 2.4x, 2.5x, 2.6x, 2.7x, 2.8x, 2.9x, 3x, 3.5x, 4x, 4.5x, 5x, 6x, 7x, 8x, 9x, 10x, 15x, 20x, 30x, 40x, 50x, 100x, 500x, 또는 1000x 발현 수준/양인 샘플에서 바이오마커 (예를 들어, TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1 중 하나 이상)의 발현 수준/양에서의 증가를 지칭한다. 일부 구현예에서, 상승된 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 대조군 조직, 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 유전자)에 비교될 때 약 1.1-배, 약 1.2-배, 약 1.3-배, 약 1.4-배, 약 1.5-배, 약 1.6-배, 약 1.7-배, 약 1.8-배, 약 1.9-배, 약 2-배, 약 2.1-배, 약 2.2-배, 약 2.3-배, 약 2.4-배, 약 2.5-배, 약 2.6-배, 약 2.7-배, 약 2.8-배, 약 2.9-배, 약 3-배, 약 3.5-배, 약 4-배, 약 4.5-배, 약 5-배, 약 6-배, 약 7-배, 약 8-배, 약 9-배, 약 10-배, 약 15-배, 약 20-배, 약 30-배, 약 40-배, 약 50-배, 약 100-배, 약 500-배, 약 1,000-배 또는 그 초과보다 큰 바이오마커 (예를 들어, TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)의 발현 수준/양에서의 전반적인 증가를 지칭한다.
22-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준 미만의 발현 수준, 또는 감소된 (줄어든) 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때, 본 명세서에서 기재된 것과 같은 표준 기술의 알려진 방법에 의해 검출된, 바이오마커 (예를 들어, 단백질, 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA), 또는 세포)의 수준에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과의 전반적인 감소를 지칭한다. 특정 구현예에서, 감소된 발현 또는 수는 감소가 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 바이오마커의 적어도 약 0.9x, 0.8x, 0.7x, 0.6x, 0.5x, 0.4x, 0.3x, 0.2x, 0.1x, 0.05x, 또는 0.01x 발현 수준/양인 샘플에서 바이오마커 (예를 들어, TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1 중 하나 이상)의 발현 수준/양에서의 감소를 지칭한다. 일부 구현예에서, 감소된 (줄어든) 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 대조군 조직, 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 유전자)에 비교될 때 약 1.1-배, 약 1.2-배, 약 1.3-배, 약 1.4-배, 약 1.5-배, 약 1.6-배, 약 1.7-배, 약 1.8-배, 약 1.9-배, 약 2-배, 약 2.1-배, 약 2.2-배, 약 2.3-배, 약 2.4-배, 약 2.5-배, 약 2.6-배, 약 2.7-배, 약 2.8-배, 약 2.9-배, 약 3-배, 약 3.5-배, 약 4-배, 약 4.5-배, 약 5-배, 약 6-배, 약 7-배, 약 8-배, 약 9-배, 약 10-배, 약 15-배, 약 20-배, 약 30-배, 약 40-배, 약 50-배, 약 100-배, 약 500-배, 약 1,000-배 또는 그 초과보다 큰 바이오마커 (예를 들어, TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)의 발현 수준/양에서의 전반적인 감소를 지칭한다.
22-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 개체로부터의 종양은 하기의 면역 배제된 표현형을 갖는다: 종양주위 기질 구획에 CD8+ T-세포의 편재화를 특징으로 함.일부 구현예에서, CD8+ T-세포는 콜라겐 섬유 또는 그 근처에 편재한다.
B. 예시적인 6-유전자 서명
일부 구현예에서, 본 명세서에서의 방법 및 사용은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2를 포함하는 6-유전자 서명으로부터 선택된 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
예를 들어, 하기 방법이 본 명세서에 제공된다: 암이 있는 개체를 확인하는 방법으로, (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암) 면역요법을 포함하는 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 개체이고 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체), 상기 방법은 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하며:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2, 여기서 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다.
또 다른 구현예에서, 암이 있는 개체에 대한 치료법을 선정하는 방법이 본 명세서에 제공되며 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암), 상기 방법은 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하며:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2, 여기서 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다.
또 다른 구현예에서, 하기 단계를 포함하는 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)을 진단 또는 예측하는 방법이 본 명세서에 제공된다: 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준을 결정하는 단계:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2; 및 상기 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준을 참조 발현 수준과 비교하고, 그것에 의해 암을 진단 또는 예측하는 단계.일부 구현예에서, 참조 발현 수준에 비하여 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준에서의 변화 (예를 들어, 증가 또는 감소)는 개체를 진단 또는 예측한다. 특정 구현예에서, 상기 변화는 증가이다.
또 다른 구현예에서, 하기 방법이 본 명세서에 제공된다: 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체가 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법으로의 치료에 반응하기 쉬운지 여부를 결정하는 방법으로, 상기 방법은 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하며:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2, 여기서 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서의 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법으로의 치료에 반응하기 쉬운 개체로 확인한다.
다른 구현예에서, 하기 단계를 포함하는 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함한 항-암 요법의 치료적 효능을 최적화하는 방법이 본 명세서에 제공된다: 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준을 결정하는 단계:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2; 및 상기 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준을 참조 발현 수준과 비교하는 단계로, 여기서 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서의 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료에 반응하기 쉬운 개체로 확인하는 단계.6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 2개, 예를 들어, 표 2에 도시된 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 3개, 예를 들어, 표 3에 도시된 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 4개, 예를 들어, 표 4에 도시된 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 5개, 예를 들어, 표 5에 도시된 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법에서, 상기 방법은 TGFB1 및/또는 TGFBR2의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 임의의 이전 방법에서, 상기 방법은 TGFB1 및 TGFBR2의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함할 수 있다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 ADAM19를 포함한다. 다른 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 COMP를 포함한다. 또 추가의 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 ADAM19 및 COMP를 포함한다.
표 2:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 2-유전자 조합
Figure pct00004
표 3:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 3-유전자 조합
Figure pct00005
표 4:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 4-유전자 조합
Figure pct00006
표 5:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 5-유전자 조합
Figure pct00007
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이고, 상기 방법은 추가로 하기 단계를 포함한다: 개체에게 유효량의 항-암 요법을 투여하는 단계.예를 들어, 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 샘플에서 표 2-5에 제시된 예시적인 조합 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 발현 수준은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, TGFB1 및/또는 TGFBR1의 발현 수준은 TGFB1 및/또는 TGFBR1의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, TGFB1의 발현 수준은 TGFB1의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, TGFBR1의 발현 수준은 TGFBR1의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, TGFB1 및 TGFBR1의 발현 수준은 TGFB1 및 TGFBR1의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 ADAM19를 포함한다. 다른 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 COMP를 포함한다. 또 추가의 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 ADAM19 및 COMP를 포함한다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 다른 구현예에서, 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만이고, 상기 방법 추가로 하기 단계를 포함한다: 개체에게 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 단독을 포함하는 항-암 요법의 유효량을 투여하는 단계.예를 들어, 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만이다. 일부 구현예에서, 샘플에서 표 2-5에 제시된 예시적인 조합 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만이다. 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 발현 수준은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 참조 발현 수준 미만이다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 ADAM19를 포함한다. 다른 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 COMP를 포함한다. 또 추가의 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 ADAM19 및 COMP를 포함한다.
예를 들어, 6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 특정 구현예에서, 참조 발현 수준은 하기에서의 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6) 유전자의 발현 수준이다: (예를 들어, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및/또는 TGFBR2) 참조 모집단, 예를 들어, 암이 있는 개체의 모집단 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암, 폐암, 간암, 난소암, 췌장 암, 결장직장암, 또는 유방암). 특정 구현예에서, 상기 암은 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC)이다. 특정 구현예에서, 참조 발현 수준은 참조 모집단, 예를 들어, 암이 있는 개체의 모집단에서 하나 이상의 유전자의 중앙 발현 수준이다. 다른 구현예에서, 참조 발현 수준은 참조 모집단에서 발현 수준의 최상부 40%, 최상부 30%, 최상부 20%, 최상부 10%, 최상부 5%, 또는 최상부 1%일 수 있다. 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 Z-점수-형질전환된 발현 수준의 원리 성분 분석에 의해 결정된다. 특정 구현예에서, 참조 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 사전-배정된 발현 수준이다. 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 이전의 시점에서 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준이고, 상기 이전의 시점은 항-암 요법의 투여 이후이다. 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 항-암 요법의 투여 이전 (예를 들어, 수분, 수시간, 수일, 수주 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 주), 수개월, 또는 수년 이전) 수득된 환자로부터의 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자 (예를 들어, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및/또는 TGFBR2)의 발현 수준이다. 다른 구현예에서, 참조 발현 수준은 후속적인 시점 (예를 들어, 항-암 요법의 투여 수분, 수시간, 수일, 수주, 수개월, 또는 수년 후) 환자로부터의 수득된 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준이다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준 이상의 발현 수준, 또는 상승된 또는 증가된 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때, 본 명세서에서 기재된 것 및/또는 당업계에서 알려진 것과 같은 방법에 의해 검출된, 바이오마커 (예를 들어, 단백질, 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA), 또는 세포)의 수준 또는 수에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과의 전반적인 증가를 지칭한다. 특정 구현예에서, 상승된 발현 또는 수는 샘플에서 바이오마커 (예를 들어, 하나 이상의 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및/또는 TGFBR2)의 발현 수준/양에서의 증가를 지칭하고 상기 증가는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 바이오마커의 적어도 약 1.1x, 1.2x, 1.3x, 1.4x, 1.5x, 1.6x, 1.7x, 1.8x, 1.9x, 2x, 2.1x, 2.2x, 2.3x, 2.4x, 2.5x, 2.6x, 2.7x, 2.8x, 2.9x, 3x, 3.5x, 4x, 4.5x, 5x, 6x, 7x, 8x, 9x, 10x, 15x, 20x, 30x, 40x, 50x, 100x, 500x, 또는 1000x 발현 수준/양이다. 일부 구현예에서, 상승된 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 대조군 조직, 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 유전자)에 비교될 때 약 1.1-배, 약 1.2-배, 약 1.3-배, 약 1.4-배, 약 1.5-배, 약 1.6-배, 약 1.7-배, 약 1.8-배, 약 1.9-배, 약 2-배, 약 2.1-배, 약 2.2-배, 약 2.3-배, 약 2.4-배, 약 2.5-배, 약 2.6-배, 약 2.7-배, 약 2.8-배, 약 2.9-배, 약 3-배, 약 3.5-배, 약 4-배, 약 4.5-배, 약 5-배, 약 6-배, 약 7-배, 약 8-배, 약 9-배, 약 10-배, 약 15-배, 약 20-배, 약 30-배, 약 40-배, 약 50-배, 약 100-배, 약 500-배, 약 1,000-배 또는 그 초과보다 큰 바이오마커 (예를 들어, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및/또는 TGFBR2) 의 발현 수준/양에서의 전반적인 증가를 지칭한다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준 미만의 발현 수준, 또는 감소된 (줄어든) 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때, 본 명세서에서 기재된 것과 같은 표준 기술의 알려진 방법에 의해 검출된, 바이오마커 (예를 들어, 단백질, 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA), 또는 세포)의 수준에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과의 전반적인 감소를 지칭한다. 특정 구현예에서, 감소된 발현 또는 수는 샘플에서 바이오마커 (예를 들어, 하나 이상의 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및/또는 TGFBR2)의 발현 수준/양에서 감소를 지칭하고, 상기 감소는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 바이오마커의 적어도 약 0.9x, 0.8x, 0.7x, 0.6x, 0.5x, 0.4x, 0.3x, 0.2x, 0.1x, 0.05x, 또는 0.01x 발현 수준/양이다. 일부 구현예에서, 감소된 (줄어든) 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 대조군 조직, 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 유전자)에 비교될 때 약 1.1-배, 약 1.2-배, 약 1.3-배, 약 1.4-배, 약 1.5-배, 약 1.6-배, 약 1.7-배, 약 1.8-배, 약 1.9-배, 약 2-배, 약 2.1-배, 약 2.2-배, 약 2.3-배, 약 2.4-배, 약 2.5-배, 약 2.6-배, 약 2.7-배, 약 2.8-배, 약 2.9-배, 약 3-배, 약 3.5-배, 약 4-배, 약 4.5-배, 약 5-배, 약 6-배, 약 7-배, 약 8-배, 약 9-배, 약 10-배, 약 15-배, 약 20-배, 약 30-배, 약 40-배, 약 50-배, 약 100-배, 약 500-배, 약 1,000-배 또는 그 초과보다 큰 바이오마커 (예를 들어, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및/또는 TGFBR2)의 발현 수준/양에서의 전반적인 감소를 지칭한다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 개체로부터의 종양은 하기의 면역 배제된 표현형을 갖는다: 종양주위 기질 구획에 CD8+ T-세포의 편재화를 특징으로 함.일부 구현예에서, CD8+ T-세포는 콜라겐 섬유 또는 그 근처에 편재한다.
C. 예시적인 19-유전자 서명 (Pan-F-TBRS)
일부 구현예에서, 본 명세서에서의 방법 및 사용은 또한 본 명세서에서 일명 Pan-F-TBRS인, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1을 포함하는 19-유전자 서명로부터 선택된 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19) 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
예를 들어, 하기 방법이 본 명세서에 제공된다: 면역요법을 포함하는 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하는 방법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체), 상기 방법은 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하며:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1, 여기서 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서의 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다.
또 다른 구현예에서, 암이 있는 개체에 대해 치료법을 선정하는 방법이 명세서에 제공되고, 상기 방법은 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하며: ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1, 여기서 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서의 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다.
또 다른 구현예에서, 하기 단계를 포함하는 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)을 진단 또는 예측하는 방법이 본 명세서에 제공된다: 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 발현 수준을 결정하는 단계:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1; 및 상기 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준을 참조 발현 수준과 비교하고, 그것에 의해 암을 진단 또는 예측하는 단계.일부 구현예에서, 참조 발현 수준에 비하여 샘플에서 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준에서의 변화 (예를 들어, 증가 또는 감소)는 개체를 진단 또는 예측한다. 특정 구현예에서, 상기 변화는 증가이다.
또 다른 구현예에서, 하기 방법이 본 명세서에 제공된다: 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체가 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)을 포함하는 항-암 요법으로의 치료에 반응하기 쉬운지 여부를 결정하는 방법으로, 상기 방법은 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하며:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1, 여기서 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서의 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법으로의 치료에 반응하기 쉬운 개체로 확인한다.
다른 구현예에서, 하기 단계를 포함하는 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함한 항-암 요법의 치료적 효능을 최적화하는 방법이 본 명세서에 제공된다: 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 발현 수준을 결정하는 단계:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1; 및 상기 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준을 참조 발현 수준과 비교하는 단계로, 여기서 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서의 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 하나 이상의 발현 수준은 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료에 반응하기 쉬운 개체로 확인하는, 단계.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법에서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 샘플에서의 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이고, 상기 방법은 추가로 하기 단계를 포함한다: 개체에게 유효량의 항-암 요법을 투여하는 단계. 예를 들어, 일부 구현예에서, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, 하기 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준, 즉 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1은 하기의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이다: ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 ADAM19, ACTG2, CNN1, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15)을 포함한다.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 하기에서의 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 발현 수준이다: (예를 들어, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1) 참조 모집단, 예를 들어, 암이 있는 개체의 모집단 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암, 폐암, 간암, 난소암, 췌장 암, 결장직장암, 또는 유방암). 특정 구현예에서, 상기 암은 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC)이다. 특정 구현예에서, 참조 발현 수준은 참조 모집단, 예를 들어, 암이 있는 개체의 모집단에서 하나 이상의 유전자의 중앙 발현 수준이다. 다른 구현예에서, 참조 수준은 참조 모집단에서 발현 수준의 최상부 40%, 최상부 30%, 최상부 20%, 최상부 10%, 최상부 5%, 또는 최상부 1%일 수 있다. 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 Z-점수-형질전환된 발현 수준의 원리 성분 분석에 의해 결정된다. 특정 구현예에서, 참조 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 사전-배정된 발현 수준이다. 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 이전의 시점에서 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준이고, 상기 이전의 시점은 항-암 요법의 투여 이후이다. 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 항-암 요법의 투여 이전 (예를 들어, 수분, 수시간, 수일, 수주 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 주), 수개월, 또는 수년 이전) 환자로부터의 생물학적 샘플에서 수득된 하나 이상의 유전자 (예를 들어, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)의 발현 수준이다. 다른 구현예에서, 참조 발현 수준은 후속적인 시점 (예를 들어, 항-암 요법의 투여 수분, 수시간, 수일, 수주, 수개월, 또는 수년 후) 환자로부터의 수득된 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준이다.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준 이상의 발현 수준, 또는 상승된 또는 증가된 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때, 본 명세서에서 기재된 것 및/또는 당업계에서 알려진 것과 같은 방법에 의해 검출된, 바이오마커 (예를 들어, 단백질, 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA), 또는 세포)의 수준 또는 수에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과의 전반적인 증가를 지칭한다. 특정 구현예에서, 상승된 발현 또는 수는 샘플에서 바이오마커 (예를 들어, 하나 이상의 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)의 발현 수준/양에서의 증가를 지칭하고, 상기 증가는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 바이오마커의 적어도 약 1.1x, 1.2x, 1.3x, 1.4x, 1.5x, 1.6x, 1.7x, 1.8x, 1.9x, 2x, 2.1x, 2.2x, 2.3x, 2.4x, 2.5x, 2.6x, 2.7x, 2.8x, 2.9x, 3x, 3.5x, 4x, 4.5x, 5x, 6x, 7x, 8x, 9x, 10x, 15x, 20x, 30x, 40x, 50x, 100x, 500x, 또는 1000x 발현 수준/양이다. 일부 구현예에서, 상승된 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 대조군 조직, 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 유전자)에 비교될 때 약 1.1-배, 약 1.2-배, 약 1.3-배, 약 1.4-배, 약 1.5-배, 약 1.6-배, 약 1.7-배, 약 1.8-배, 약 1.9-배, 약 2-배, 약 2.1-배, 약 2.2-배, 약 2.3-배, 약 2.4-배, 약 2.5-배, 약 2.6-배, 약 2.7-배, 약 2.8-배, 약 2.9-배, 약 3-배, 약 3.5-배, 약 4-배, 약 4.5-배, 약 5-배, 약 6-배, 약 7-배, 약 8-배, 약 9-배, 약 10-배, 약 15-배, 약 20-배, 약 30-배, 약 40-배, 약 50-배, 약 100-배, 약 500-배, 약 1,000-배 또는 그 초과보다 큰 바이오마커 (예를 들어, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1) 의 발현 수준/양에서 전반적인 증가를 지칭한다.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준 미만의 발현 수준, 또는 감소된 (줄어든) 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때 본 명세서에서 기재된 것과 같은 표준 기술의 알려진 방법에 의해 검출된, 바이오마커 (예를 들어, 단백질, 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA), 또는 세포)의 수준에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과의 전반적인 감소를 지칭한다. 특정 구현예에서, 감소된 발현 또는 수는 샘플에서 바이오마커 (예를 들어, 하나 이상의 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)의 발현 수준/양에서의 감소를 지칭하고 상기 감소는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 바이오마커의 적어도 약 0.9x, 0.8x, 0.7x, 0.6x, 0.5x, 0.4x, 0.3x, 0.2x, 0.1x, 0.05x, 또는 0.01x 발현 수준/양이다. 일부 구현예에서, 감소된 (줄어든) 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 대조군 조직, 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 유전자)에 비교될 때 약 1.1-배, 약 1.2-배, 약 1.3-배, 약 1.4-배, 약 1.5-배, 약 1.6-배, 약 1.7-배, 약 1.8-배, 약 1.9-배, 약 2-배, 약 2.1-배, 약 2.2-배, 약 2.3-배, 약 2.4-배, 약 2.5-배, 약 2.6-배, 약 2.7-배, 약 2.8-배, 약 2.9-배, 약 3-배, 약 3.5-배, 약 4-배, 약 4.5-배, 약 5-배, 약 6-배, 약 7-배, 약 8-배, 약 9-배, 약 10-배, 약 15-배, 약 20-배, 약 30-배, 약 40-배, 약 50-배, 약 100-배, 약 500-배, 약 1,000-배 또는 그 초과보다 큰 바이오마커 (예를 들어, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)의 발현 수준/양에서의 전반적인 감소를 지칭한다.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 개체로부터의 종양은 하기의 면역 배제된 표현형을 갖는다: 종양주위 기질 구획에 CD8+ T-세포의 편재화를 특징으로 함.일부 구현예에서, CD8+ T-세포는 콜라겐 섬유 또는 그 근처에 편재한다.
D. 예시적인 추가의 바이오마커 (예를 들어, CD8+ T-효과기 서명)
임의의 이전 방법 (예를 들어, 각각 22-, 6-, 및 19-유전자 (Pan-F-TBRS) 서명에 관하여, 상기 섹션 II, 하위 섹션 A-C에서 기재된 바와 같은 것)은 PD-L1, CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21로 구성된 군으로부터 선택된 추가의 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 또는 9)의 샘플에서 발현 수준을 결정하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 추가의 유전자는 PD-L1이다. 다른 구현예에서, 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8) 추가의 유전자는 CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21로 구성되는 군으로부터 선택되며, 이것은 또한 본 명세서에서 일명 CD8+ T-효과기 (Teff) 서명이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 또는 8개 모두의 발현 수준을 결정하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 추가의 유전자는 CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21이다.
예를 들어, 하기 방법이 본 명세서에 제공된다: 암이 있는 개체를 확인하는 방법으로, (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암) 면역요법으로 포함하는 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 개체이고(예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)), 상기 방법은 하기의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하는, 방법: 개체로부터의 샘플에서 하기 Teff 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8) :CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 또는 TBX21, 및 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22)의 하기 22-유전자 서명 유전자로 상기 샘플에서의 것:TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1, 여기서 하나 이상의 Teff 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서의 Teff 유전자 중 하나 이상의 발현 수준 및 하나 이상의 22-유전자 서명 유전자의 참조 발현 수준 미만인 22-유전자 서명 유전자 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 개체를 하기 면역요법을 포함하는 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)). 일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 환자에게 항-암 요법을 투여하는 것을 추가로 포함한다.
또 다른 구현예에서, 하기 방법이 본 명세서에 제공된다: 암이 있는 개체를 확인하는 방법으로, (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암) 하기 면역요법을 포함하는 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 개체이고 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)), 상기 방법은 하기의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하는, 방법: 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 Teff 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8): CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 또는 TBX21, 및 상기 샘플에서 하기 6-유전자 서명 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6): ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2, 여기서 하나 이상의 Teff 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서의 Teff 유전자 중 하나 이상의 발현 수준 및 하나 이상의 6-유전자 서명 유전자의 참조 발현 수준 미만인 6-유전자 서명 유전자 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙))을 포함하는 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다. 일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 환자에게 항-암 요법을 투여하는 것을 추가로 포함한다.
또 다른 구현예에서, 하기 방법이 본 명세서에 제공된다: 암이 있는 개체를 확인하는 방법으로, (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암) 하기 면역요법을 포함하는 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 개체이고 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)), 상기 방법은 하기의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하는, 방법: 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 Teff 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8): CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 또는 TBX21, 및 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 하기 Pan-F-TBRS 유전자:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1, 여기서 하나 이상의 Teff 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서의 Teff 유전자 중 하나 이상의 발현 수준 및 하나 이상의 Pan-F-TBRS 유전자의 참조 발현 수준 미만인 Pan-F-TBRS 유전자 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙))을 포함하는 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다. 일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 환자에게 항-암 요법을 투여하는 것을 추가로 포함한다.
예를 들어, 암이 있는 개체에 대한 치료법을 선정하는 방법이 본 명세서에 제공되며 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암), 상기 방법은 하기의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하는, 방법: 개체로부터의 샘플에서 하기 Teff 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8) :CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 또는 TBX21, 및 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22)의 하기 22-유전자 서명 유전자로 상기 샘플에서의 것:TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1, 여기서 하나 이상의 Teff 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서의 Teff 유전자 중 하나 이상의 발현 수준 및 하나 이상의 22-유전자 서명 유전자의 참조 발현 수준 미만인 22-유전자 서명 유전자 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 개체를 하기 면역요법을 포함하는 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)). 일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 환자에게 항-암 요법을 투여하는 것을 추가로 포함한다.
또 다른 구현예에서, 암이 있는 개체에 대해 치료법을 선정하는 방법이 본 명세서에 제공되며 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암), 상기 방법은 하기의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하는, 방법: 개체로부터의 샘플에서 하기 Teff 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8) :CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 또는 TBX21, 및 상기 샘플에서 하기 6-유전자 서명 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6):ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2, 여기서 하나 이상의 Teff 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서의 Teff 유전자 중 하나 이상의 발현 수준 및 하나 이상의 6-유전자 서명 유전자의 참조 발현 수준 미만인 6-유전자 서명 유전자 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙))을 포함하는 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다. 일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 환자에게 항-암 요법을 투여하는 것을 추가로 포함한다.
또 다른 구현예에서, 암이 있는 개체에 대한 치료법을 선정하는 방법이 본 명세서에 제공되며 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암), 상기 방법은 하기의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하는, 방법: 개체로부터의 샘플에서 하기 Teff 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8) :CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 또는 TBX21, 및 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 하기 Pan-F-TBRS 유전자:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1, 여기서 하나 이상의 Teff 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서의 Teff 유전자 중 하나 이상의 발현 수준 및 하나 이상의 Pan-F-TBRS 유전자의 참조 발현 수준 미만인 Pan-F-TBRS 유전자 중 하나 이상의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙))을 포함하는 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다. 일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 환자에게 항-암 요법을 투여하는 것을 추가로 포함한다.
E. 종양 돌연변이 부담 (TMB)
임의의 이전의 구현예 (예를 들어, 각각 22-, 6-, 및 19-유전자 (Pan-F-TBRS) 서명에 관하여 상기 섹션 II, 하위 섹션 A-C에서, 또는 섹션 II, 하위 섹션 D에서 기재된 바와 같은 것)는 개체로부터의 종양 샘플에서 TMB을 결정하는 것을 추가로 포함할 수 있다. TMB는, 예를 들어, 아래 실시예 1 또는 하기에 기재된 바와 같은 임의의 적합한 접근법을 사용하여 결정될 수 있다: 국제 특허 출원 번호:PCT/US2017/055669, 이는 그 전체가 참고로 본원에 편입되어 있다. 일부 구현예에서, 개체는 참조 TMB에 있거나 또는 그 초과인 종양 샘플에서의 TMB를 가질 수 있다. 다른 구현예에서, 개체는 참조 TMB 미만인 TMB를 가질 수 있다.
예를 들어, 본 발명은 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙))으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체를 확인하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 하기를 결정하는 단계를 포함하며: (i) 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22) 의 하기 22-유전자 서명 유전자의 발현 수준:TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1로 환자로부터 샘플에서의 것; 및 (ii) 개체로부터의 종양 샘플로부터 TMB 점수, 여기서 참조 수준 미만인 샘플에서의 22-유전자 서명 유전자 중 하나 이상의 발현 수준 및 참조 TMB 점수에 있거나 또는 그 초과인 종양 샘플로부터의 TMB 점수는 상기 개체를 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체))을 포함한 치료로부터 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다. 일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다.
본 발명은 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙))으로 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체를 확인하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 하기를 결정하는 단계를 포함하며: (i) 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6) 의 하기 6-유전자 서명 유전자의 발현 수준:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2로 환자로부터 샘플에서의 것; 및 (ii) 개체로부터의 종양 샘플로부터 TMB 점수, 여기서 참조 수준 미만인 샘플에서의 6-유전자 서명 유전자 중 하나 이상의 발현 수준 및 참조 TMB 점수에 있거나 또는 그 초과인 종양 샘플로부터의 TMB 점수는 상기 개체를 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체))을 포함한 치료로부터 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다. 일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다.
본 발명은 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙))으로 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체를 확인하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 하기를 결정하는 단계를 포함하며: (i) 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 하기 Pan-F-TBRS 유전자의 발현 수준:환자로부터의 샘플에서 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1; 및 (ii) 개체로부터의 종양 샘플로부터 TMB 점수, 여기서 참조 수준 미만인 샘플에서의 Pan-F-TBRS 유전자 중 하나 이상의 발현 수준 및 참조 TMB 점수에 있거나 또는 그 초과인 종양 샘플로부터의 TMB 점수는 상기 개체를 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)))을 포함한 치료로부터 이점이 있을 수 있는 개체로 확인한다. 일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다.
TMB를 포함하는 임의의 이전 방법은 하기의 발현 수준을 결정하는 단계를 추가로 포함할 수 있다: 개체로부터의 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8) 의 하기 Teff 유전자: CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 또는 TBX21.
F.바이오마커 발현 수준의 결정을 위하 예시적인 접근법
상기 기재된 임의의 바이오마커 (예를 들어, 각각 22-, 6-, 및 19-유전자 (Pan-F-TBRS) 서명에 관하여 상기 섹션 II, 하위 섹션 A-C에서, 또는 섹션 II, 하위 섹션 D 및 E에서 기재된 바와 같은 것)의 존재 및/또는 발현 수준은 비제한적으로 DNA, mRNA, cDNA, 단백질, 단백질 단편, 및/또는 유전자 복제수를 포함한, 당업계에서 알려진 임의의 적합한 기준에 기초하여 정성적으로 및/또는 정량적으로 평가될 수 있다. 이러한 바이오마커를 측정하기 위한 방법론은 당해 기술에 공지되어 있고 숙련가에 의해 이해되며, 비제한적으로, 면역조직화학 ("IHC"), 웨스턴 블랏 분석, 면역침강, 분자 결합 검정, ELISA, ELIFA, 형광 활성화된 세포 분류 ("FACS"), MassARRAY, 프로테오믹스, 정량적 혈액 기초 검정 (예를 들어, 혈청 ELISA), 생화학적 효소적 활성 검정, 원위치 혼성화 (ISH), 형광 원위치 혼성화 (FISH), 서던 분석, 노던 분석, 전체의 게놈 서열분석, 정량적 실시간 PCR (qRT-PCR) 및 다른 증폭 유형 검출 방법, 예컨대, 예를 들어, 분지형 DNA, SISBA, TMA 및 동종의 것을 포함한 중합효소 연쇄 반응 (PCR), RNASeq, 마이크로어레이 분석, 유전자 발현 프로파일링, 전체의-게놈 서열분석 (WGS), 및/또는 유전자 발현의 연속 분석 ("SAGE"), 뿐만 아니라 단백질, 유전자, 및/또는 조직 배열 분석에 의해 수행될 수 있는 임의의 하나의 광범위한 검정을 포함한다. 유전자 및 유전자 산물의 상태를 평가하기 위한 전형적인 프로토콜은, 예를 들어, Ausubel 등 eds. (Current Protocols In Molecular Biology, 1995), Units 2 (Northern Blotting), 4 (Southern Blotting), 15 (Immunoblotting) and 18 (PCR Analysis)에서 발견된다. 멀티플렉스 면역검정, 예컨대 Rules Based Medicine 또는 Meso Scale Discovery ("MSD")에서 이용가능한 것들이 또한 사용될 수 있다.
임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준은 핵산 발현 수준 (예를 들어, DNA 발현 수준 또는 RNA 발현 수준 (예를 들어, mRNA 발현 수준))일 수 있다. 핵산 발현 수준을 계측하는 임의의 적합한 방법이 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 핵산 발현 수준은 RNAseq, RT-qPCR, qPCR, 다중 qPCR 또는 RT-qPCR, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술, ISH, 또는 이들의 조합을 사용하여 결정된다.
세포에서 mRNA의 평가를 위한 방법은 잘 알려져 있고 그리고, 예를 들면, 유전자 발현의 일련 분석 (SAGE), 전체 게놈 서열분석 (WGS), 상보적 DNA 프로브를 사용한 하이브리드화 검정 (예컨대 하나 이상의 유전자에 특이적인 표지된 리보프로브를 사용한 동일계내 하이브리드화, 노던 블롯 및 관련된 기술) 및 다양한 핵산 증폭 검정 (예컨대 유전자 중 하나 이상에 특이적인 상보적 프라이머를 사용한 RT-PCR (예컨대, qRT-PCR), 및 다른 증폭 유형 검출 방법, 예컨대, 예를 들면, 분지형 DNA, SISBA, TMA 등)을 포함한다. 게다가, 이와 같은 방법에는 생물학적 샘플 내 표적 mRNA의 수준을 계측하도록 하는 하나 이상의 단계들(예컨대, 하우스키핑 유전자, 예컨대 액틴 패밀리 구성원의 비교 대조군 mRNA 서열 수준을 동시에 조사함으로써)이 포함될 수 있다. 선택적으로, 상기 증폭된 표적 cDNA의 서열이 측정될 수 있다. 선택적인 방법은 마이크로어레이 기술에 의해 조직 또는 세포 샘플 내에서 mRNA, 예컨대 표적 mRNA를 조사하거나 또는 검출하는 프로토콜을 포함한다. 핵산 마이크로어레이를 사용하여, 시험 및 대조군 조직 샘플로부터 시험 및 대조군 mRNA 샘플이 역전사되고 그리고 표지되어 cDNA 프로브를 생성한다. 상기 프로브는 그런 다음 고형 지지체 상에 고정된 핵산의 배열에 하이브리드화된다. 상기 배열은 배열의 각 구성원의 서열 및 위치를 알 수 있도록 구성된다. 예를 들어, 발현이 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함하는 치료의 증가된 또는 감소된 임상 이득과 상호관련되는 유전자의 선택은 고형 지지체 상에 배열될 수 있다. 특정 배열 구성원으로 표지된 프로브의 하이브리드화는 프로브가 유도된 샘플이 그 유전자를 발현한다는 것을 나타낸다.
임의의 이전 방법의 다른 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준은 단백질 발현 수준일 수 있다. 특정 구현예에서, 상기 방법은 바이오마커의 결합에 대해 허용된 조건하에서 본 명세서에서 기재된 바이오마커에 특이적으로 결합하는 항체와 샘플을 접촉시키는 단계, 및 복합체가 항체와 바이오마커 사이에 형성되는지 여부를 검출하는 단계를 포함한다. 그와 같은 방법은 시험관내 또는 생체내 방법일 수 있다. 일부 사례에서, 항체는 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법으로의 치료에 대해 자격있는 환자, 예를 들어, 개체의 선택을 위한 바이오마커를 선택하기 위해 사용된다.
당해 기술에서 공지된 또는 본 명세서에서 제공된 단백질 발현 수준을 측정하는 임의의 방법이 사용될 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 바이오마커의 단백질 발현 수준은 유세포측정 (예를 들어, 형광-활성화된 세포 분류 (FACS™)), 웨스턴 블랏, 효소-결합 면역흡착 검정 (ELISA), 면역침강, 면역조직화학 (IHC), 면역형광, 방사선면역검정, 닷 블랏팅, 면역검출 방법, HPLC, 표면 플라즈몬 공명, 광학 분광법, 질량 분광분석법, 및 HPLC로 구성된 군으로부터 선택된 방법을 사용하여 결정된다. 일부 구현예에서, 바이오마커의 단백질 발현 수준은 종양-침윤 면역 세포에서 계측된다. 일부 구현예에서, 바이오마커의 단백질 발현 수준은 종양 세포에서 계측된다. 일부 구현예에서, 바이오마커의 단백질 발현 수준은 종양-침윤 면역 세포에서 그리고/또는 종양 세포에서 계측된다. 일부 구현예에서, 바이오마커의 단백질 발현 수준은 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC)에서 계측된다.
특정 구현예에서, 샘플 내 바이오마커 단백질의 존재 및/또는 발현 수준/양은 IHC 및 염색 프로토콜을 사용하여 측정될 수 있다. 조직 절편의 IHC 염색이 샘플에서 단백질의 존재를 계측하거나 검출하는 신뢰할 만한 방법임이 밝혀진 바 있다. 임의의 방법, 검정 및/또는 키트의 일부 구현예에서, 바이오마커는 하기 유전자의 단백질 발현 생성물 중 하나 이상이다: TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1. 일 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준은 하기를 포함하는 방법을 사용하여 계측된다:(a) 항체로 샘플 (예컨대 환자로부터 수득된 종양 샘플)의 IHC 분석을 수행하는 단계; 및 (b) 샘플 내 바이오마커의 발현 수준을 계측하는 단계.일부 구현예에서, IHC 염색 강도는 참조치와 비교하여 계측된다. 일부 구현예에서, 참조는 참조 값이다. 일부 구현예에서, 참조는 참조 샘플 (예를 들어, 대조군 세포주 염색 샘플, 비-암성 환자로부터의 조직 샘플 또는 관심 바이오마커에 대해 음성으로 계측된 종양 샘플)이다.
IHC는 추가의 기술 예컨대 형태적 염색 및/또는 원위치 혼성화 (예를 들어, ISH)와 조합하여 수행될 수 있다. IHC의 2개의 일반적인 방법이 이용가능하며; 이는 직접 검정 및 간접 검정이다. 제1 검정에 따라서, 항체의 표적 항원으로의 결합이 직접적으로 계측된다. 이와 같은 직접적인 검정은 표지된 시약, 예컨대 형광 태그 또는 효소로 표지된 1차 항체(추가적인 항체 작용 없이 가시화될 수 있음)를 사용한다. 전형적인 간접적 검정에서, 비콘주게이트된 1차 항체는 상기 항원에 결합하고, 이어서 표지된 2차 항체가 상기 1차 항체에 결합한다. 상기 2차 항체가 효소 표지에 콘주게이트된 경우, 발색성 또는 형광성 기질이 첨가되어 항원의 가시화를 제공한다. 신호 증폭은 여러 2차 항체가 상기 1차 항체 상의 상이한 에피토프와 반응할 수 있기 때문에 발생한다.
IHC을 위해 사용되는 상기 1차 및/또는 2차 항체는 전형적으로 검출가능한 모이어티로 표지될 것이다. 일반적으로 다음의 범주로 나뉠 수 있는 수많은 표지가 이용가능하다:(a) 방사성 동위원소, 예컨대 35S, 14C, 1251, 3H, 및 131I; (b) 콜로이드성 금 입자; (c) 형광 표지, 예컨대 비제한적으로, 희토류 킬레이트(유로퓸 킬레이트), 텍사스 레드, 로다민, 플루오레세인, 단실, 리스사민, 엄벨리페론, 파이코크리테린, 파이코시아닌 또는 상업적으로 사용가능한 형광단, 예컨대 SPECTRUM ORANGE7 및 SPECTRUM GREEN7 및/또는 상기의 것들 중 하나 이상의 유도체; (d) 다양한 효소-기질 표지가 이용가능하며, 미국특허 번호 4,275,149는 이들 중 일부의 고찰을 제공한다. 효소 표지의 예에는 루시퍼라아제(예컨대, 반딧불이 루시퍼라아제 및 세균성 루시퍼라아제; 참고: 예컨대 미국특허 제4,737,456호), 루시페린, 2,3-디히드로프탈라진디온, 말레이트 데하이드로게나아제, 우레아제, 과산화효소, 예컨대 호스래디쉬 퍼옥시다제(HRPO), 알칼리성 포스파타제, β-갈락토시다아제, 글루코아밀라아제, 라이소자임, 사카라이드 옥시다아제(예컨대, 글루코오스 옥시다아제, 갈락토오스 옥시다아제 및 글루코오스-6-포스페이트 데하이드로게나아제), 헤테로환계 옥시다아제(예컨대 유리카아제 및 잔틴 옥시다아제), 락토퍼록시다아제, 마이크로퍼록시다아제 등이 포함된다.
효소-기질 조합의 예시는 하기를 포함한다: 예를 들어, 수소 퍼옥시다제를 기질로서 갖는 호스래디쉬 퍼옥시다제 (HRPO); 발색성 기질로서 니트로페닐 포스페이트를 갖는 알칼리성 인산가수분해효소 (AP); 발색성 기질 (예컨대, p-니트로페닐-β-D-갈락토시다아제) 또는 형광원성 기질 (예컨대, 4-메틸엄벨리페릴-β-D-갈락토시다아제)를 갖는 β-D-갈락토시다아제 (β-D-Gal). 이들의 일반적인 고찰을 위하여, 예를 들면, 미국특허 4,275,149 및 4,318,980를 참고한다.
시료는, 예를 들어, 매뉴얼대로, 또는 자동화된 염색 기기 (예컨대, Ventana BenchMark XT 또는 Benchmark ULTRA 기기)를 사용하여 제조될 수 있다. 이렇게 제조된 시료는 장착되어 유리덮개로 덮일 수 있다. 슬라이드 평가가 이후 계측되며, 예를 들어, 본 분야에서 일상적으로 사용되는, 현미경 및 염색 강도 기준을 사용하는 것이 이용될 수 있다. 일 구현예에서, 하기가 이해될 것이다: 종양 유래의 세포 및/또는 조직이 IHC 염색을 사용하여 측정될 경우, 염색은 일반적으로 종양 세포(들) 및/또는 조직에서 계측 또는 평가된다 (샘플 내 존재할 수 있는 기질 또는 주변 조직에 대향하여). 일부 구현예에서, 하기가 이해될 것이다: 종양 유래의 세포 및/또는 조직이 IHC 염색을 사용하여 측정될 경우, 염색은 종양내 또는 종양주변 면역 세포를 포함하는, 종양-침윤 면역 세포 내에서 계측 또는 평가하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 바이오마커의 존재는 IHC에 의해 샘플 중 >0%, 샘플 중 적어도 1%, 샘플 중 적어도 5%, 샘플 중 적어도 10%, 샘플 중 적어도 15%, 샘플 중 적어도 15%, 샘플 중 적어도 20%, 샘플 중 적어도 25%, 샘플 중 적어도 30%, 샘플 중 적어도 35%, 샘플 중 적어도 40%, 샘플 중 적어도 45%, 샘플 중 적어도 50%, 샘플 중 적어도 55%, 샘플 중 적어도 60%, 샘플 중 적어도 65%, 샘플 중 적어도 70%, 샘플 중 적어도 75%, 샘플 중 적어도 80%, 샘플 중 적어도 85%, 샘플 중 적어도 90%, 샘플 중 적어도 95%, 또는 그 초과로 검출된다. 샘플은, 예를 들어, 병리학자에 의하여, 또는 자동화 이미지 분석을 사용하여, 본 발명에 공지된 임의의 방법을 사용하여 스코어링될 수 있다.
임의의 방법 중 일부 구현예에서, 바이오마커는 진단 항체 (즉, 일차 항체)를 사용하여 면역조직화학에 의해 검출된다. 일부 구현예에서, 진단성 항체는 인간 항원에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 진단성 항체는 비-인간 항체이다. 일부 구현예에서, 진단성 항체는 랫트, 마우스, 또는 토끼 항체이다. 일부 구현예에서, 진단성 항체는 토끼 항체이다. 일부 구현예에서, 진단성 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 진단성 항체는 직접적으로 표지된다. 다른 구현예에서, 진단 항체는 (예를 들어, 이차 항체에 의해) 간접적으로 표지된다.
임의의 이전의 구현예 중 일부 구현예에서, 샘플은 항-암 요법의 투여 이전 (예를 들어, 수분, 수시간, 수일, 수주 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 주), 수개월, 또는 수년 이전) 개체로부터 수득된다. 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 개체로부터 샘플은 항-암 요법의 투여 후 약 2 내지 약 10 주 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10 주)에 수득된다. 일부 구현예에서, 개체로부터 샘플은 항-암 요법의 투여 후 약 4 내지 약 6 주에 수득된다.
선행 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준 또는 수는 하기에서 검출된다: 조직 샘플, 1차 또는 배양 세포 또는 세포주, 세포 상청액, 세포 용해물, 혈소판, 혈청, 혈장, 활액, 림프액, 활막 유체, 여포성 유체, 정액, 양수, 밀크, 전혈, 혈액-유도된 세포, 소변, 뇌척수액, 타액, 가래, 눈물, 땀, 점액, 종양 용해물, 및 조직 배양 배지, 조직 추출물 예컨대 균질화된 조직, 종양 조직, 세포성 추출물, 또는 이의 임의의 조합.일부 구현예에서, 샘플은 조직 샘플 (예를 들어, 종양 조직 샘플), 세포 샘플, 전혈 샘플, 혈장 샘플, 혈청 샘플, 또는 이들의 조합이다. 일부 구현예에서, 종양 조직 샘플로 상기 종양 조직 샘플은 종양 세포, 종양-침윤하는 면역 세포, 기질 세포, 또는 이들의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, 종양 조직 샘플은 포르말린-고정된 및 파라핀-포매된 (FFPE) 샘플, 기록 샘플, 신선한 샘플, 또는 냉동된 샘플이다.
예를 들어, 선행 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준은 공지된 기술 (예를 들어, 유세포측정 또는 IHC)을 사용하여 종양-침윤 면역 세포, 종양 세포, PBMC 또는 이들의 조합에서 검출된다. 종양-침윤 면역 세포는 비제한적으로 하기를 포함한다: 종양내 면역 세포, 종양주변 면역 세포 또는 이의 임의의 조합, 및 기타 종양 기질 세포 (예컨대, 섬유아세포). 이와 같은 종양 침윤하는 면역 세포는 T 림프구 (예컨대 CD8+ T 림프구 (예를 들어, CD8+ T 효과기 (Teff) 세포) 및/또는 CD4+ T 림프구 (예를 들어, CD4+ Teff 세포), B 림프구, 또는 과립구 (중성구, 호산구, 호염기구)를 포함한 다른 골수-계열 세포, 단핵구, 대식세포, 수지상 세포 (예를 들어, 맞물리는 수지상 세포), 조직구, 및 자연 살해 (NK) 세포일 수 있다. 일부 구현예에서, 바이오마커에 대한 염색은 막 염색, 세포질 염색 또는 이의 조합으로서 검출된다. 기타 구현예에서, 바이오마커의 부재는 참조 샘플과 비교하여 샘플 내 염색의 부재 또는 없음으로서 검출된다.
임의의 이전 방법의 특정 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준은 암 세포를 함유하거나 함유하는 것으로 의심되는 샘플에서 평가된다. 샘플은, 예를 들어, 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)을 앓고 있고 있거나, 있는 것으로 의심되는 또는 진단된 환자로부터 수득된 조직 생검 또는 전이성 병변일 수 있다. 일부 구현예에서, 샘플은 방광 조직의 샘플, 방광 종양의 생검, 알려진 또는 의심되는 전이성 방광암 병변 또는 섹션, 또는 혈액 샘플, 예를 들어, 순환성 암 세포, 예를 들어, 방광암 세포를 포함하는 것으로 알려지거나 또는 의심되는 말초 혈액 샘플이다. 샘플은 암 세포, 즉, 종양 세포, 및 비-암성 세포 (예를 들어, 림프구, 예컨대 T 세포 또는 NK 세포) 둘 모두를 포함할 수 있고, 특정 구현예에서, 암성 및 비-암성 세포 둘 모두를 포함한다. 조직 절제, 생검, 및 체액, 예를 들면, 암/종양 세포를 포함하는 혈액 샘플을 포함하는 생물학적 샘플을 수득하는 방법은 당해 기술에 공지되어 있다.
선행 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 환자는 하기를 갖는다: 암종, 림프종, 아세포종 (수아세포종 및 망막아세포종 포함), 육종 (지방육종 및 활막 세포 육종 포함), 신경내분비 종양 (카르시노이드 종양, 가스트린종, 및 소도 세포 암 포함), 중피종, 신경집종 (청신경종 포함), 수막종, 선암종, 흑색종, 및 백혈병 또는 림프양 악성종양.일부 구현예에서, 상기 암은 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC), 예를 들어, 진전된 RCC 또는 전이성 RCC (mRCC)), 편평상피 세포 암 (예를 들어, 상피성 편평상피 세포 암), 폐암 (소세포 폐암 (SCLC), 비-소세포 폐암 (NSCLC), 폐의 선암종, 폐 선암종, 및 폐의 편평상피 암종 포함), 복막 암, 간세포 암, 위장 암을 포함한 위 또는 위암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 교모세포종, 자궁경부암, 난소암, 간암 (예를 들어, HCC), 간종양, 유방암 (전이성 유방암 포함), 결장암, 직장암, 결장직장암, 자궁내막 또는 자궁 암종, 타액샘 암종, 전립선암, 외음부 암, 갑상선암, 간 암종, 항문 암종, 음경 암종, 머켈 세포 암, 마이코세스 진균암, 고환암, 식도암, 담관의 종양, 두경부 암, B-세포 림프종 (저등급/여포성 비-호지킨 림프종 (NHL); 소림프구성 (SL) NHL; 중간 등급/여포성 NHL; 중간 등급 확산 NHL; 고등급 면역모세포성 NHL; 고등급 림프아구성 NHL; 고등급 작은 비-절단된 세포 NHL; 거대 질환 NHL; 외투 세포 림프종; AIDS-관련된 림프종; 및 발덴스트롬 거대글로불린혈증 포함); 만성 림프구성 백혈병 (CLL); 급성 림프아구성 백혈병 (ALL); 모발 세포 백혈병; 만성 골수모세포 백혈병; 및 이식후 림프증식성 장애 (PTLD), 모반증과 연관된 비정상 혈관 증식, 부종 (예컨대 뇌종양과 연관된 것), 또는 메이그스 증후군이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC)이다. 바람직한 구현예에서, 환자는 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC)이 있다. 환자는 선택적으로 진행성, 난치성, 재발성, 화학요법-내성 및/또는 백금-내성 형태의 암을 가질 수 있다.
특정 구현예에서, 제1 샘플에서 바이오마커의 존재 및/또는 발현 수준/양은 제2 샘플에서 존재/부재 및/또는 발현 수준/양에 비교될 때 증가되거나 또는 상승되었다. 특정 구현예에서, 제1 샘플에서 바이오마커의 존재/부재 및/또는 발현 수준/양은 제2 샘플에서 존재 및/또는 발현 수준/양에 비교될 때 감소되거나 또는 줄었다. 특정 구현예에서, 제2 샘플은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직이다.
특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 시험 샘플이 수득될 때보다 하나 이상의 상이한 시점에서 수득된 동일한 환자 또는 개체로부터 단일 샘플 또는 합치된 다중 샘플이다. 예를 들어, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 동일한 환자 또는 개체로부터 테스트 샘플이 수득될 때보다 이른 시점에 수득된다. 이러한 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 만일 참조 샘플이 암의 초기 진단 동안 수득되고 그리고 시험 샘플은 암이 전이성이 된 때 나중에 수득되면 유용할 수 있다.
특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 하나 이상의 건강한 개체 유래의 조합된 다중 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자 또는 개체가 아닌 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)를 갖는 하나 이상의 개체로부터 조합된 다중 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 하나 이상의 개인으로부터 정상 조직 또는 풀링된 혈장 또는 혈청 샘플로부터 풀링된 RNA 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 질환 또는 장애 (예를 들면, 암)를 갖는 하나 이상의 개인으로부터 종양 조직 또는 풀링된 플라즈마 또는 혈청 샘플로부터 풀링된 RNA 샘플이다.
III. 치료 방법 및 사용
암이 있는 개체를 치료하기 위한 방법 및 사용이 본 명세서에서 제공된다 (비제한적으로, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암을 포함함). 특정 구현예에서, 상기 암은 방광암, 예컨대 UC, 예를 들어, 전이성 UC이다. 일부 사례에서, 본 발명의 방법은 개체에게 본 발명의 바이오마커의 발현 수준에 기초하여 면역요법 (하기 포함; 비제한적으로, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (하기 포함; 비제한적으로, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 투여하는 것을 포함한다. 본 명세서에서 기재된 (예를 들어, 섹션 IV 및/또는 실시예에서 아래에 기재된 바와 같음) 또는 당업계에서 알려진 임의의 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체)), 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제 (예를 들어, 항-TGF-β 항체)), 또는 다른 항암제가 본 방법 및 사용에서 사용될 수 있다. 본 발명은 추가로 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)을 앓고 있는 환자의 PFS 및/또는 OS를 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법의 투여에 의해 개선하는 방법에 관한 것이다. 본 발명은 추가로 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)을 앓고 있는 환자의 반응 (예를 들어, ORR)을 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법의 투여에 의해 개선하는 방법에 관한 것이다. 본 명세서에서 기재된 임의의 바이오마커의 발현 수준 또는 수는 당해 분야에 알려진 및/또는, 예를 들어, 상기 섹션 II 및/또는 실시예에서, 본 명세서에 기재된 임의의 방법을 사용하여 결정될 수 있다.
일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)와 조합하여 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙))으로의 치료법은 바람직하게는 PFS 및/또는 OS를 포함하여, 생존을 연장 및/또는 개선한다. 일 구현예에서, 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)와 조합하여 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙))으로의 치료법은 치료되어 지는 암에 대해 승인된 항종양 제제, 또는 관리 기준을 투여함에 의해 달성된 생존에 비하여 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 200%, 또는 그 초과로 생존을 연장한다. 또 다른 구현예에서, 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)와 조합하여 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙))으로의 치료법은 치료되어 지는 암에 대해 승인된 항종양 제제, 또는 관리 기준을 투여함에 의해 달성된 반응 속도에 비하여 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 200%, 또는 그 초과로 반응 속도 (예를 들어, ORR, CR 속도, 또는 PR 속도)를 개선한다.
A. 예시적인 22-유전자 서명
일부 구현예에서, 본 명세서에서의 방법 및 사용은 하기의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다: 하나 이상의 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22) 표 1에 제시된 유전자를 포함하는 22-유전자 서명으로부터 선택된 유전자.예를 들어, (a) 개체로부터의 샘플에서 표 1에 제시된 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22)의 발현 수준을 결정하는 단계로, 여기서 표 1에 제시된 유전자 중 하나 이상의 발현 수준은 참조 발현 수준에 비하여 변화되어 지도록 결정되는, 단계; 및 (b) 단계 (a)에서 결정된 하나 이상의 유전자의 발현 수준에 기초하여 개체에게 유효량의 항-암 요법 (예를 들어, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법)을 투여하는 단계를 포함하는 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체를 치료하는 방법이 본 명세서에 제공된다. 일부 사례에서, 상기 변화는 증가이다. 다른 사례에서, 상기 변화는 감소이다.
하기의 방법이 또한 본 명세서에 제공된다: 유효량의 항-암 요법 (예를 들어, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법)을 개체에게 투여하는 것을 포함하는 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체를 치료하는 방법으로서, 여기서 개체로부터 샘플에서 표 1에 제시된 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22)의 발현 수준은 참조 수준에 비하여 변화되도록 결정되고, 여기서 표 1에 제시된 유전자 중 하나 이상의 발현 수준에서의 변화는 상기 개체를 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인하는, 방법. 일부 사례에서, 상기 변화는 증가이다. 다른 사례에서, 상기 변화는 감소이다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 표 1에 제시된 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22)의 개체로부터의 샘플에서 발현 수준을 갖는 것으로 확인된 개체에서 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)을 치료하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 상기 개체에게 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체))을 포함하는 항-암 요법을 투여하는 것을 포함한다.
또 다른 양태에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 평가하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다:(a) 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 투여 동안 또는 그 후의 시점에서 상기 개체로부터의 샘플에서 표 1에 열거된 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22)의 발현 수준을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준과 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준과의 비교에 기초하여 치료를 유지, 조정, 또는 중단하는 단계로, 여기서 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 비교하여 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서의 변화는 항-암 요법으로 치료에 대한 반응을 나타내는 것인, 단계.
또 다른 양태에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터링하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다:(a) 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 투여 동안 또는 그 후의 시점에서 상기 개체로부터의 샘플에서 표 1에 열거된 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22)의 발현 수준을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준과 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준과의 비교를 하고, 그것에 의해 항-암 요법으로 치료를 한 상기 개체의 반응을 모니터링하는 단계.
22-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 상기 변화는 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서의 증가이고 치료는 조정 또는 중단된다. 임의의 이전 방법의 다른 구현예에서, 변화는 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서의 감소이고 치료는 유지된다.
22-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에서의 증가는 치료에 대한 개체의 반응의 결여를 나타낸다. 임의의 이전 방법의 다른 구현예에서, 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에서의 감소는 치료에 대한 개체의 반응을 나타낸다.
22-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 하기의 발현 수준이다: 하나 이상의 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22) 유전자 (예를 들어, TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)로서 참조 모집단, 예를 들어, 암이 있는 개체의 모집단에서의 것 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암, 폐암, 간암, 난소암, 췌장 암, 결장직장암, 또는 유방암). 특정 구현예에서, 상기 암은 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC)이다. 특정 구현예에서, 참조 발현 수준은 참조 모집단, 예를 들어, 암이 있는 개체의 모집단에서 하나 이상의 유전자의 중앙 발현 수준이다. 다른 구현예에서, 참조 발현 수준은 참조 모집단에서 발현 수준의 최상부 40%, 최상부 30%, 최상부 20%, 최상부 10%, 최상부 5%, 또는 최상부 1%일 수 있다. 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 Z-점수-형질전환된 발현 수준의 원리 성분 분석에 의해 결정된다. 특정 구현예에서, 참조 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 사전-배정된 발현 수준이다. 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 이전의 시점에서 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준이고, 상기 이전의 시점은 항-암 요법의 투여 이후이다. 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 항-암 요법의 투여 이전 (예를 들어, 수분, 수시간, 수일, 수주 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 주), 수개월, 또는 수년 이전) 수득된 환자로부터의 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자 (예를 들어, TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)의 발현 수준이다. 다른 구현예에서, 참조 발현 수준은 후속적인 시점 (예를 들어, 항-암 요법의 투여 수분, 수시간, 수일, 수주, 수개월, 또는 수년 후) 환자로부터의 수득된 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준이다.
22-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준 이상의 발현 수준, 또는 상승된 또는 증가된 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때 본 명세서에서 기재된 것 및/또는 당업계에서 알려진 것과 같은 방법에 의해 검출된, 바이오마커 (예를 들어, 단백질, 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA), 또는 세포)의 수준 또는 수에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과의 전반적인 증가를 지칭한다. 특정 구현예에서, 상승된 발현 또는 수는 샘플에서 바이오마커 (예를 들어, TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)의 발현 수준/양에서의 증가를 지칭하고 상기 증가는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 바이오마커의 적어도 약 1.1x, 1.2x, 1.3x, 1.4x, 1.5x, 1.6x, 1.7x, 1.8x, 1.9x, 2x, 2.1x, 2.2x, 2.3x, 2.4x, 2.5x, 2.6x, 2.7x, 2.8x, 2.9x, 3x, 3.5x, 4x, 4.5x, 5x, 6x, 7x, 8x, 9x, 10x, 15x, 20x, 30x, 40x, 50x, 100x, 500x, 또는 1000x 발현 수준/양이다. 일부 구현예에서, 상승된 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 대조군 조직, 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 유전자)에 비교될 때 약 1.1-배, 약 1.2-배, 약 1.3-배, 약 1.4-배, 약 1.5-배, 약 1.6-배, 약 1.7-배, 약 1.8-배, 약 1.9-배, 약 2-배, 약 2.1-배, 약 2.2-배, 약 2.3-배, 약 2.4-배, 약 2.5-배, 약 2.6-배, 약 2.7-배, 약 2.8-배, 약 2.9-배, 약 3-배, 약 3.5-배, 약 4-배, 약 4.5-배, 약 5-배, 약 6-배, 약 7-배, 약 8-배, 약 9-배, 약 10-배, 약 15-배, 약 20-배, 약 30-배, 약 40-배, 약 50-배, 약 100-배, 약 500-배, 약 1,000-배 또는 그 초과보다 큰 바이오마커 (예를 들어, TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1) 의 발현 수준/양에서의 전반적인 증가를 지칭한다.
22-유전자 서명를 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준 미만의 발현 수준, 또는 감소된 (줄어든) 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때, 본 명세서에서 기재된 것과 같은 표준 기술의 알려진 방법에 의해 검출된, 바이오마커 (예를 들어, 단백질, 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA), 또는 세포)의 수준에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과의 전반적인 감소를 지칭한다. 특정 구현예에서, 감소된 발현 또는 수는 샘플에서 바이오마커 (예를 들어, TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)의 발현 수준/양에서의 감소를 지칭하고, 상기 감소는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 바이오마커의 적어도 약 0.9x, 0.8x, 0.7x, 0.6x, 0.5x, 0.4x, 0.3x, 0.2x, 0.1x, 0.05x, 또는 0.01x 발현 수준/양이다. 일부 구현예에서, 감소된 (줄어든) 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 대조군 조직, 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 유전자)에 비교될 때 약 1.1-배, 약 1.2-배, 약 1.3-배, 약 1.4-배, 약 1.5-배, 약 1.6-배, 약 1.7-배, 약 1.8-배, 약 1.9-배, 약 2-배, 약 2.1-배, 약 2.2-배, 약 2.3-배, 약 2.4-배, 약 2.5-배, 약 2.6-배, 약 2.7-배, 약 2.8-배, 약 2.9-배, 약 3-배, 약 3.5-배, 약 4-배, 약 4.5-배, 약 5-배, 약 6-배, 약 7-배, 약 8-배, 약 9-배, 약 10-배, 약 15-배, 약 20-배, 약 30-배, 약 40-배, 약 50-배, 약 100-배, 약 500-배, 약 1,000-배 또는 그 초과보다 큰 바이오마커 (예를 들어, TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)의 발현 수준/양에서의 전반적인 감소를 지칭한다.
22-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 개체로부터의 종양은 하기의 면역 배제된 표현형을 갖는다: 종양주위 기질 구획에 CD8+ T-세포의 편재화를 특징으로 함.일부 구현예에서, CD8+ T-세포는 콜라겐 섬유 또는 그 근처에 편재한다.
B. 예시적인 6-유전자 서명
일부 구현예에서, 본 명세서에서의 방법 및 사용은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2를 포함하는 6-유전자 서명으로부터 선택된 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
예를 들어, 일 구현예에서, 하기 방법이 본 명세서에 제공된다: 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체를 치료하는 방법으로, 하기 면역요법을 포함하는 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 개체이며 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체), 상기 방법은 하기 단계를 포함하는, 방법: (a) 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6) 의 발현 수준을 결정하는 단계:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2, 여기서 샘플 내 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정됨; 및 (b) 단계　(a))에서 결정된 하나 이상의 유전자의 발현 수준에 기초하여 상기 개체에게 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 투여하는 단계.
상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 2개, 예를 들어, 표 2에 도시된 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 3개, 예를 들어, 표 3에 도시된 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 4개, 예를 들어, 표 4에 도시된 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 5개, 예를 들어, 표 5에 도시된 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법에서, 상기 방법은 TGFB1 및/또는 TGFBR2의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 임의의 이전 방법에서, 상기 방법은 TGFB1 및 TGFBR2의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함할 수 있다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 ADAM19를 포함한다. 다른 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 COMP를 포함한다. 또 추가의 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 ADAM19 및 COMP를 포함한다.
또 다른 구현예에서, 하기 방법이 본 명세서에 제공된다: 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체를 치료하는 방법으로, 하기 면역요법을 포함하는 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 개체이고 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체), 상기 방법은 하기 단계를 포함함: 개체에게 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)을 포함하는 항-암 요법을 투여하는 단계, 여기서 치료 이전 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6) 의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었음.
또 다른 양태에서, 본 발명은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6) 의 개체로부터의 샘플에서 발현 수준을 갖는 것으로 확인된 개체에서 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)을 치료하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 상기 개체에게 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체))을 포함한 항-암 요법을 투여하는 것을 포함한다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 하기 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준, 즉 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2는 하나 이상의 유전자의 참조 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 2개, 예를 들어, 표 2에 나타난 임의의 예시적인 조합의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 3개, 예를 들어, 표 3에 나타난 임의의 예시적인 조합의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 4개, 예를 들어, 표 4에 나타난 임의의 예시적인 조합의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 5개, 예를 들어, 표 5에 나타난 임의의 예시적인 조합의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 하기의 발현 수준, 즉 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2는 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 참조 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법에서, TGFB1 및/또는 TGFBR2의 발현 수준의 TGFB1 및/또는 TGFBR2의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다. 예를 들어, 일부 구현예에서, TGFB1의 발현 수준은 TGFB1의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이다. 일부 구현예에서, TGFBR1의 발현 수준은 TGFBR1의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이다. 임의의 이전 방법에서, TGFB1 및 TGFBR2의 발현 수준은 TGFB1 및 TGFBR2의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, ADAM19 또는 COMP의 발현 수준은 ADAM19 또는 COMP의 참조 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, ADAM19의 발현 수준은 ADAM19의 참조 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, COMP의 발현 수준은 COMP의 참조 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다. 또 추가의 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 ADAM19 및 COMP를 포함한다. 일부 구현예에서, ADAM19 및 COMP의 발현 수준은 ADAM19 및 COMP의 참조 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다.
또 다른 양태에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 평가하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법을 하기 단계를 포함한다:(a) 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 투여 동안 또는 그 후의 시점에서 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준을 결정하는 단계:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2; 및 (b) 상기 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준과 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준과의 비교에 기초하여 치료를 유지, 조정, 또는 중단하는 단계로, 여기서 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 비교하여 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서의 변화는 항-암 요법으로 치료에 대한 반응을 나타내는 것인, 단계.
또 다른 양태에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터링하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다:(a) 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 투여 동안 또는 그 후의 시점에서 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준을 결정하는 단계:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2; 및 (b) 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준과 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준과의 비교를 하고, 그것에 의해 항-암 요법으로 치료를 한 상기 개체의 반응을 모니터링하는 단계.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 2개, 예를 들어, 표 2에 도시된 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 3개, 예를 들어, 표 3에 도시된 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 4개, 예를 들어, 표 4에 도시된 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 5개, 예를 들어, 표 5에 도시된 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법에서, 상기 방법은 TGFB1 및/또는 TGFBR2의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 임의의 이전 방법에서, 상기 방법은 TGFB1 및 TGFBR2의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함할 수 있다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 ADAM19를 포함한다. 다른 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 COMP를 포함한다. 또 추가의 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 ADAM19 및 COMP를 포함한다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 변화는 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서의 증가이고 치료는 조정되거나 또는 중단된다. 임의의 이전 방법의 다른 구현예에서, 변화는 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서의 감소이고 치료는 유지된다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에서의 증가는 치료에 대한 개체의 반응의 결여를 나타낸다. 임의의 이전 방법의 다른 구현예에서, 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에서의 감소는 치료에 대한 개체의 반응을 나타낸다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 하기 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6) 유전자의 발현 수준으로 (예를 들어, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및/또는 TGFBR2)참조 모집단, 예를 들어, 하기 암이 있는 개체의 모집단의 것이다 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암, 폐암, 간암, 난소암, 췌장 암, 결장직장암, 또는 유방암). 특정 구현예에서, 상기 암은 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC)이다. 특정 구현예에서, 참조 발현 수준은 참조 모집단, 예를 들어, 암이 있는 개체의 모집단에서 하나 이상의 유전자의 중앙 발현 수준이다. 다른 구현예에서, 참조 발현 수준은 참조 모집단에서 발현 수준의 최상부 40%, 최상부 30%, 최상부 20%, 최상부 10%, 최상부 5%, 또는 최상부 1%일 수 있다. 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 Z-점수-형질전환된 발현 수준의 원리 성분 분석에 의해 결정된다. 특정 구현예에서, 참조 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 사전-배정된 발현 수준이다. 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 이전의 시점에서 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준이고, 상기 이전의 시점은 항-암 요법의 투여 이후이다. 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 항-암 요법의 투여 이전 (예를 들어, 수분, 수시간, 수일, 수주 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 주), 수개월, 또는 수년 이전) 수득된 환자로부터의 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자 (예를 들어, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및/또는 TGFBR2)의 발현 수준이다. 다른 구현예에서, 참조 발현 수준은 후속적인 시점 (예를 들어, 항-암 요법의 투여 수분, 수시간, 수일, 수주, 수개월, 또는 수년 후) 환자로부터의 수득된 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준이다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준 이상의 발현 수준, 또는 상승된 또는 증가된 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때, 본 명세서에서 기재된 것 및/또는 당업계에서 알려진 것과 같은 방법에 의해 검출된, 바이오마커 (예를 들어, 단백질, 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA), 또는 세포)의 수준 또는 수에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과의 전반적인 증가를 지칭한다. 특정 구현예에서, 상승된 발현 또는 수는 샘플에서 바이오마커 (예를 들어, 하나 이상의 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및/또는 TGFBR2)의 발현 수준/양에서의 증가를 지칭하고 상기 증가는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 바이오마커의 적어도 약 1.1x, 1.2x, 1.3x, 1.4x, 1.5x, 1.6x, 1.7x, 1.8x, 1.9x, 2x, 2.1x, 2.2x, 2.3x, 2.4x, 2.5x, 2.6x, 2.7x, 2.8x, 2.9x, 3x, 3.5x, 4x, 4.5x, 5x, 6x, 7x, 8x, 9x, 10x, 15x, 20x, 30x, 40x, 50x, 100x, 500x, 또는 1000x 발현 수준/양이다. 일부 구현예에서, 상승된 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 대조군 조직, 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 유전자)에 비교될 때 약 1.1-배, 약 1.2-배, 약 1.3-배, 약 1.4-배, 약 1.5-배, 약 1.6-배, 약 1.7-배, 약 1.8-배, 약 1.9-배, 약 2-배, 약 2.1-배, 약 2.2-배, 약 2.3-배, 약 2.4-배, 약 2.5-배, 약 2.6-배, 약 2.7-배, 약 2.8-배, 약 2.9-배, 약 3-배, 약 3.5-배, 약 4-배, 약 4.5-배, 약 5-배, 약 6-배, 약 7-배, 약 8-배, 약 9-배, 약 10-배, 약 15-배, 약 20-배, 약 30-배, 약 40-배, 약 50-배, 약 100-배, 약 500-배, 약 1,000-배 또는 그 초과보다 큰 바이오마커 (예를 들어, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및/또는 TGFBR2)의 발현 수준/양에서의 전반적인 증가를 지칭한다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준 미만의 발현 수준, 또는 감소된 (줄어든) 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때, 본 명세서에서 기재된 것과 같은 표준 기술의 알려진 방법에 의해 검출된, 바이오마커 (예를 들어, 단백질, 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA), 또는 세포)의 수준에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과의 전반적인 감소를 지칭한다. 특정 구현예에서, 감소된 발현 또는 수는 샘플에서 바이오마커 (예를 들어, 하나 이상의 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및/또는 TGFBR2)의 발현 수준/양에서 감소를 지칭하고, 상기 감소는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 바이오마커의 적어도 약 0.9x, 0.8x, 0.7x, 0.6x, 0.5x, 0.4x, 0.3x, 0.2x, 0.1x, 0.05x, 또는 0.01x 발현 수준/양이다. 일부 구현예에서, 감소된 (줄어든) 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 대조군 조직, 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 유전자)에 비교될 때 약 1.1-배, 약 1.2-배, 약 1.3-배, 약 1.4-배, 약 1.5-배, 약 1.6-배, 약 1.7-배, 약 1.8-배, 약 1.9-배, 약 2-배, 약 2.1-배, 약 2.2-배, 약 2.3-배, 약 2.4-배, 약 2.5-배, 약 2.6-배, 약 2.7-배, 약 2.8-배, 약 2.9-배, 약 3-배, 약 3.5-배, 약 4-배, 약 4.5-배, 약 5-배, 약 6-배, 약 7-배, 약 8-배, 약 9-배, 약 10-배, 약 15-배, 약 20-배, 약 30-배, 약 40-배, 약 50-배, 약 100-배, 약 500-배, 약 1,000-배 또는 그 초과보다 큰 바이오마커 (예를 들어, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및/또는 TGFBR2)의 발현 수준/양에서의 전반적인 감소를 지칭한다.
6-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 개체로부터의 종양은 하기의 면역 배제된 표현형을 갖는다: 종양주위 기질 구획에 CD8+ T-세포의 편재화를 특징으로 함.일부 구현예에서, CD8+ T-세포는 콜라겐 섬유 또는 그 근처에 편재한다.
C. 예시적인 19-유전자 서명 (Pan-F-TBRS)
일부 구현예에서, 본 명세서에서의 방법 및 사용은 또한 본 명세서에서 일명 Pan-F-TBRS인, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1을 포함하는 19-유전자 서명로부터 선택된 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19) 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
예를 들어, 일 구현예에서, 하기 방법이 본 명세서에 제공된다: 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체를 치료하는 방법으로, 상기 방법은 하기 단계를 포함하는, 방법: (a) 개체로부터의 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19) 의 하기 유전자의 발현 수준을 결정하는 단계:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1, 여기서 샘플에서 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정됨; 및 (b) 단계　(a))에서 결정된 하나 이상의 유전자의 발현 수준에 기초하여 상기 개체에게 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 투여하는 단계.
상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 상기 방법은 ADAM19, ACTG2, CNN1, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1로부터 선택된 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15) 유전자의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다.
또 다른 구현예에서, 하기 방법이 본 명세서에 제공된다: 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체를 치료하는 방법으로, 상기 방법은 하기 단계를 포함하는, 방법: 상기 개체에게 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 투여하는 단계, 여기서 치료 이전 샘플에서 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1의 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정됨.
또 다른 양태에서, 본 발명은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 개체로부터의 샘플에서 발현 수준을 갖는 것으로 확인된 개체에서 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)을 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 개체에게 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체))를 포함하는 항-암 요법을 투여하는 단계를 포함한다.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다. 예를 들어, 일부 구현예에서, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1의 발현 수준은 참조 발현 수준 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, ADAM19, ACTG2, CNN1, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15)의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다.
또 다른 양태에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 평가하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법을 하기 단계를 포함한다:(a) 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 투여 동안 또는 그 후의 시점에서 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 발현 수준을 결정하는 단계:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1; 및 (b) 상기 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준과 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준과의 비교에 기초하여 치료를 유지, 조정, 또는 중단하는 단계로, 여기서 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 비교하여 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서의 변화는 항-암 요법으로 치료에 대한 반응을 나타내는 것인, 단계.
또 다른 양태에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터링하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다:(a) 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 투여 동안 또는 그 후의 시점에서 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 발현 수준을 결정하는 단계:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1; 및 (b) 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준과 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준과의 비교를 하고, 그것에 의해 항-암 요법으로 치료를 한 상기 개체의 반응을 모니터링하는 단계.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법에서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 상기 방법은 ADAM19, ACTG2, CNN1, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1로부터 선택된 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15) 유전자의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함한다.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 변화는 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서의 증가이고 치료는 조정되거나 또는 중단된다. 임의의 이전 방법의 다른 구현예에서, 변화는 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서의 감소이고 치료는 유지된다.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에서의 증가는 치료에 대한 개체의 반응의 결여를 나타낸다. 임의의 이전 방법의 다른 구현예에서, 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에서의 감소는 치료에 대한 개체의 반응을 나타낸다.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 수준은 하기의 발현 수준이다: 즉, 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19) 유전자 (예를 들어, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)로 참조 모집단, 예를 들어, 암이 있는 개체의 모집단 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암, 폐암, 간암, 난소암, 췌장 암, 결장직장암, 또는 유방암)에서의 것.특정 구현예에서, 상기 암은 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC)이다. 특정 구현예에서, 참조 수준은 참조 모집단, 예를 들어, 암이 있는 개체의 모집단에서 하나 이상의 유전자의 중앙 발현 수준이다. 다른 구현예에서, 참조 수준은 참조 모집단에서 발현 수준의 최상부 40%, 최상부 30%, 최상부 20%, 최상부 10%, 최상부 5%, 또는 최상부 1%일 수 있다. 일부 구현예에서, 참조 발현 수준은 Z-점수-형질전환된 발현 수준의 원리 성분 분석에 의해 결정된다. 특정 구현예에서, 참조 수준은 하나 이상의 유전자에 대한 사전-배정된 발현 수준이다. 기타 구현예에서, 참조 수준은 사전 시점에서 환자로부터 수득된 생물학적 샘플 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준이며, 상기 사전 시점은 항암 요법의 투여 후의 시점이다. 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 수준은 항-암 요법의 투여 이전 (예를 들어, 수분, 수시간, 수일, 수주 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 주), 수개월, 또는 수년 이전) 수득된 환자로부터의 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자 (예를 들어, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)의 발현 수준이다. 다른 구현예에서, 참조 수준은 후속적인 시점 (예를 들어, 항-암 요법의 투여 수분, 수시간, 수일, 수주, 수개월, 또는 수년 후) 환자로부터 수득된 생물학적 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준이다.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준 이상의 발현 수준, 또는 상승된 또는 증가된 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때, 본 명세서에서 기재된 것 및/또는 당업계에서 알려진 것과 같은 방법에 의해 검출된, 바이오마커 (예를 들어, 단백질, 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA), 또는 세포)의 수준 또는 수에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과의 전반적인 증가를 지칭한다. 특정 구현예에서, 상승된 발현 또는 수는 샘플에서 바이오마커 (예를 들어, 하나 이상의 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)의 발현 수준/양에서의 증가를 지칭하고, 상기 증가는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 바이오마커의 적어도 약 1.1x, 1.2x, 1.3x, 1.4x, 1.5x, 1.6x, 1.7x, 1.8x, 1.9x, 2x, 2.1x, 2.2x, 2.3x, 2.4x, 2.5x, 2.6x, 2.7x, 2.8x, 2.9x, 3x, 3.5x, 4x, 4.5x, 5x, 6x, 7x, 8x, 9x, 10x, 15x, 20x, 30x, 40x, 50x, 100x, 500x, 또는 1000x 발현 수준/양이다. 일부 구현예에서, 상승된 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 대조군 조직, 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 유전자)에 비교될 때 약 1.1-배, 약 1.2-배, 약 1.3-배, 약 1.4-배, 약 1.5-배, 약 1.6-배, 약 1.7-배, 약 1.8-배, 약 1.9-배, 약 2-배, 약 2.1-배, 약 2.2-배, 약 2.3-배, 약 2.4-배, 약 2.5-배, 약 2.6-배, 약 2.7-배, 약 2.8-배, 약 2.9-배, 약 3-배, 약 3.5-배, 약 4-배, 약 4.5-배, 약 5-배, 약 6-배, 약 7-배, 약 8-배, 약 9-배, 약 10-배, 약 15-배, 약 20-배, 약 30-배, 약 40-배, 약 50-배, 약 100-배, 약 500-배, 약 1,000-배 또는 그 초과보다 큰 바이오마커 (예를 들어, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1) 의 발현 수준/양에서 전반적인 증가를 지칭한다.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 참조 발현 수준 미만의 발현 수준, 또는 감소된 (줄어든) 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때 본 명세서에서 기재된 것과 같은 표준 기술의 알려진 방법에 의해 검출된, 바이오마커 (예를 들어, 단백질, 핵산 (예를 들어, 유전자 또는 mRNA), 또는 세포)의 수준에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 초과의 전반적인 감소를 지칭한다. 특정 구현예에서, 감소된 발현 또는 수는 샘플에서 바이오마커 (예를 들어, 하나 이상의 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)의 발현 수준/양에서의 감소를 지칭하고 상기 감소는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 바이오마커의 적어도 약 0.9x, 0.8x, 0.7x, 0.6x, 0.5x, 0.4x, 0.3x, 0.2x, 0.1x, 0.05x, 또는 0.01x 발현 수준/양이다. 일부 구현예에서, 감소된 (줄어든) 발현 또는 수는 참조 발현 수준, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 대조군 조직, 또는 내부 대조군 (예를 들어, 하우스키핑 유전자)에 비교될 때 약 1.1-배, 약 1.2-배, 약 1.3-배, 약 1.4-배, 약 1.5-배, 약 1.6-배, 약 1.7-배, 약 1.8-배, 약 1.9-배, 약 2-배, 약 2.1-배, 약 2.2-배, 약 2.3-배, 약 2.4-배, 약 2.5-배, 약 2.6-배, 약 2.7-배, 약 2.8-배, 약 2.9-배, 약 3-배, 약 3.5-배, 약 4-배, 약 4.5-배, 약 5-배, 약 6-배, 약 7-배, 약 8-배, 약 9-배, 약 10-배, 약 15-배, 약 20-배, 약 30-배, 약 40-배, 약 50-배, 약 100-배, 약 500-배, 약 1,000-배 또는 그 초과보다 큰 바이오마커 (예를 들어, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및/또는 TPM1)의 발현 수준/양에서의 전반적인 감소를 지칭한다.
19-유전자 서명을 포함하는 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 개체로부터의 종양은 하기의 면역 배제된 표현형을 갖는다: 종양주위 기질 구획에 CD8+ T-세포의 편재화를 특징으로 함.일부 구현예에서, CD8+ T-세포는 콜라겐 섬유 또는 그 근처에 편재한다.
D. 예시적인 추가의 바이오마커 (예를 들어, Teff 유전자 및 CAF 유전자)
임의의 이전 방법 (예를 들어, 각각 22-, 6-, 및 19-유전자 (Pan-F-TBRS) 서명에 관하여 상기 섹션 III, 하위 섹션 A-C에서 기재된 바와 같음)은 추가로 PD-L1, CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 또는 9) 추가의 유전자의 샘플에서 발현 수준을 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 추가의 유전자는 PD-L1이다. 다른 구현예에서, 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8) 추가의 유전자는 CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21로 구성되는 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 또는 8개 모두의 발현 수준을 결정하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 추가의 유전자는 CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21이다.
예를 들어, 하기 방법이 본 명세서에 제공된다: 암이 있는 개체를 치료하는 방법으로, (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암), 상기 방법은 하기 단계를 포함하는, 방법: (a) 하기의 발현 수준을 결정하는 단계: 개체로부터의 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8)의 하기 Teff 유전자: CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 또는 TBX21, 및 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22)의 하기 22-유전자 서명 유전자로 샘플에서의 것: TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1; 및 (b) 단계　(a))에서 결정된 하나 이상의 Teff 유전자 및 하나 이상의 Pan-F-TBRS 유전자의 발현 수준에 기초하여 상기 개체에게 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 투여하는 단계. 일부 구현예에서, 하나 이상의 Pan-F-TBRS 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이고, 하나 이상의 Teff 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이거나 또는 그 미만이고, 그리고 상기 방법은 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 상기 개체에게 투여하는 것을 포함한다. 다른 구현예에서, 하나 이상의 Pan-F-TBRS 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준의 미만이고, 하나 이상의 Teff 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이고, 그리고 상기 방법은 면역요법을 포함하는 항-암 요법을 하기에게 투여하는 것을 포함하는: 개체. 일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다.
또 다른 구현예에서, 암이 있는 개체를 치료하는 방법이 본 명세서에 제공되며, (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암), 상기 방법은 하기 단계를 포함하는: 상기 개체에게 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙))을 포함하는 항-암 요법을 투여하는 단계, 여기서 치료 이전 개체로부터의 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8) 의 하기 Teff 유전자의 발현 수준:CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 또는 TBX21은 하나 이상의 Teff 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었음, 및 하기의 발현 수준, 즉 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22)의 하기 22-유전자 서명 유전자로 샘플에서의 것인:TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1는 하나 이상의 22-유전자 서명 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었음.일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 환자에게 항-암 요법을 투여하는 것을 추가로 포함한다.
또 다른 구현예에서, 하기 방법이 본 명세서에 제공된다: 암이 있는 개체를 치료하는 방법으로, (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암), 상기 방법은 하기 단계를 포함하는, 방법: (a) 하기의 발현 수준을 결정하는 단계: 개체로부터의 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8) 의 하기 Teff 유전자: CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 또는 TBX21, 및 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 하기 6-유전자 서명 유전자: ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2; 및 (b) 단계　(a))에서 결정된 하나 이상의 Teff 유전자 및 하나 이상의 6-유전자 서명 유전자의 발현 수준에 기초하여 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 상기 개체에게 투여하는 단계. 일부 구현예에서, 하나 이상의 6-유전자 서명 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이고, 하나 이상의 Teff 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이거나 또는 그 미만이고, 그리고 상기 방법은 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙))을 포함하는 항-암 요법 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)을 개체에게 투여하는 것을 포함한다. 다른 구현예에서, 하나 이상의 6-유전자 서명 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준의 미만이고, 하나 이상의 Teff 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이고, 그리고 상기 방법은 면역요법을 포함하는 항-암 요법을 하기에게 투여하는 것을 포함한다: 개체.일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다.
예를 들어, 암이 있는 개체를 치료하는 방법이 본 명세서에 제공되며, (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암), 상기 방법은 하기 단계를 포함한다: 상기 개체에게 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙))을 포함하는 항-암 요법을 투여하는 단계, 여기서 치료 이전 개체로부터의 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8) 의 하기 Teff 유전자의 발현 수준 :CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 또는 TBX21은 하나 이상의 Teff 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었음, 및 샘플에서 하기 6-유전자 서명 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준: ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2는 하나 이상의 6-유전자 서명 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었음. 일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다.
또 다른 구현예에서, 하기 방법이 본 명세서에 제공된다: 암이 있는 개체를 치료하는 방법으로, (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암), 상기 방법은 하기 단계를 포함하는, 방법: (a) 하기의 발현 수준을 결정하는 단계: 개체로부터의 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8) 의 하기 Teff 유전자:CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 또는 TBX21, 및 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 하기 Pan-F-TBRS 유전자:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1; 및 (b) 단계 (a))에서 결정된 하나 이상의 Teff 유전자 및 하나 이상의 Pan-F-TBRS 유전자의 발현 수준에 기초하여 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 상기 개체에게 투여하는 단계. 일부 구현예에서, 하나 이상의 Pan-F-TBRS 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이고, 하나 이상의 Teff 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이거나 또는 그 미만이고, 그리고 상기 방법은 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 상기 개체에게 투여하는 것을 포함한다. 다른 구현예에서, 하나 이상의 Pan-F-TBRS 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준의 미만이고, 하나 이상의 Teff 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이고, 그리고 상기 방법은 면역요법을 포함하는 항-암 요법을 하기에게 투여하는 것을 포함하는: 개체.일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다.
또 다른 구현예에서, 암이 있는 개체를 치료하는 방법이 본 명세서에 제공되며, (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암), 상기 방법은 하기 단계를 포함한다: 상기 개체에게 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 투여하는 단계, 여기서 치료 이전 개체로부터의 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8) 의 하기 Teff 유전자의 발현 수준 :CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 또는 TBX21은 하나 이상의 Teff 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었고, 샘플에서 하기 Pan-F-TBRS 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 발현 수준:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1은 하나 이상의 Pan-F-TBRS 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었음.일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 환자에게 항-암 요법을 투여하는 것을 추가로 포함한다.
또 다른 양태에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 평가하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법을 하기 단계를 포함한다:(a) 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 투여 동안 또는 그 후의 시점에서 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 Teff 유전자 (예를 들어, IFNG, GZMB, 및 ZAP70으로부터 선택된 1, 2, 또는 3 Teff 유전자) 및/또는 하나 이상의 CAF 유전자 (예를 들어, LOXL2, TNC, 및 POSTN으로부터 선택된 1, 2, 또는 3 CAF 유전자)의 발현 수준을 결정하는 단계; 및 (b) 샘플에서 하나 이상의 Teff 유전자 및/또는 하나 이상의 CAF 유전자의 발현 수준과 하나 이상의 Teff 유전자 및/또는 하나 이상의 CAF 유전자의 참조 발현 수준과의 비교에 기초하여 치료를 유지, 조정, 또는 중단하는 단계로, 여기서 하나 이상의 Teff 유전자 및/또는 하나 이상의 CAF 유전자의 참조 발현 수준에 비교하여 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 Teff 유전자 및/또는 하나 이상의 CAF 유전자의 발현 수준에서의 변화는 항-암 요법으로의 치료에 반응성인 것을 나타내는, 단계.일부 구현예에서, 상기 변화는 하나 이상의 Teff 유전자 (예를 들어, IFNG, GZMB, 및/또는 ZAP70)의 발현 수준에서의 증가이다. 일부 구현예에서, 상기 변화는 하나 이상의 CAF 유전자 (예를 들어, LOXL2, TNC, 및 POSTN)의 발현 수준에서의 감소이다.
또 다른 양태에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터링하는 방법이 본 명세서에 제공되고, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다:(a) 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 투여 동안 또는 그 후의 시점에서 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 Teff 유전자 (예를 들어, IFNG, GZMB, 및 ZAP70으로부터 선택된 1, 2, 또는 3 Teff 유전자) 및/또는 하나 이상의 CAF 유전자 (예를 들어, LOXL2, TNC, 및 POSTN으로부터 선택된 1, 2, 또는 3 CAF 유전자)의 발현 수준을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 Teff 유전자 및/또는 하나 이상의 CAF 유전자의 발현 수준을 하나 이상의 Teff 유전자 및/또는 하나 이상의 CAF 유전자의 참조 발현 수준과 비교하고, 그것에 의해 항-암 요법으로 치료를 한 상기 개체의 반응을 모니터링하는 단계.
E. 종양 돌연변이 부담 (TMB)
임의의 이전의 구현예 (예를 들어, 각각 22-, 6-, 및 19-유전자 (Pan-F-TBRS) 서명에 관하여 상기 섹션 III, 하위 섹션 A-C에서, 또는 섹션 III, 하위 섹션 D에서 기재된 바와 같은 것)는 개체로부터의 종양 샘플에서 TMB을 결정하는 것을 추가로 포함할 수 있다. TMB는, 예를 들어, 실시예 1 또는 하기에 기재된 바와 같은 임의의 적합한 접근법을 사용하여 결정될 수 있다: 국제 특허 출원 번호:PCT/US2017/055669, 이는 그 전체가 참고로 본원에 편입되어 있다. 일부 구현예에서, 개체는 참조 TMB에 있거나 또는 그 초과인 종양 샘플에서의 TMB를 가질 수 있다. 다른 구현예에서, 개체는 참조 TMB 미만인 TMB를 가질 수 있다.
본 발명은 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체를 치료하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다:(a) 하기를 결정하는 단계: (i) 개체로부터의 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22)의 하기 22-유전자 서명 유전자의 발현 수준:TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1; 및 (ii) 개체로부터의 종양 샘플로부터 TMB 점수; 및 (b) 단계　(a))에서 결정된 하나 이상의 22-유전자 서명 유전자 및 TMB 점수의 발현 수준에 기초하여 상기 개체에게 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법>을 투여하는 단계. 일부 구현예에서, 하나 이상의 22-유전자 서명 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이고, 종양 샘플로부터의 TMB 점수는 참조 TMB 점수에 있거나 또는 그 초과이거나 또는 그 미만이고, 그리고 상기 방법은 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 하기에게 투여하는 것을 포함한다: 개체.다른 구현예에서, 하나 이상의 22-유전자 서명 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준 미만이고, 종양 샘플로부터 TMB 점수는 참조 TMB 점수에 있거나 또는 그 초과이고, 그리고 상기 방법은 면역요법을 포함하는 항-암 요법을 하기에게 투여하는 것을 포함한다: 개체.일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다.
본 발명은 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체를 치료하는 방법을 추가로 제공하고, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다: 상기 개체에게 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 투여하는 단계, 여기서 치료 이전 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22) 의 하기 22-유전자 서명 유전자의 발현 수준:TGFB1, TGFBR2, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, COMP, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1은 하나 이상의 22-유전자 서명 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었고, 그리고 환자로부터의 종양 샘플에서 TMB 점수는 참조 TMB 점수에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다.
본 발명은 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체를 치료하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다:(a) 하기를 결정하는 단계: (i) 개체로부터의 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 하기 6-유전자 서명 유전자의 발현 수준:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2; 및 (ii) 상기 개체로부터의 종양 샘플로부터 TMB 점수; 및 (b) 단계　(a))에서 결정된 하나 이상의 6-유전자 서명 유전자의 발현 수준 및 TMB 점수에 기초하여 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 상기 개체에게 투여하는 단계. 일부 구현예에서, 하나 이상의 6-유전자 서명 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이고, 종양 샘플로부터 TMB 점수는 참조 TMB 점수에 있거나 또는 그 초과이거나 또는 그 미만이고, 그리고 상기 방법은 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 하기에게 투여하는 것을 포함한다: 개체.다른 구현예에서, 하나 이상의 6-유전자 서명 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준 미만이고, 종양 샘플로부터 TMB 점수는 참조 TMB 점수에 있거나 또는 그 초과이고, 그리고 상기 방법은 면역요법을 포함하는 항-암 요법을 하기에게 투여하는 것을 포함한다: 개체.일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다.
본 발명은 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체를 치료하는 방법을 추가로 제공하고, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다: 상기 개체에게 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 투여하는 단계, 여기서 치료 이전 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 하기 6-유전자 서명 유전자의 발현 수준:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 는 하나 이상의 6-유전자 서명 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었고, 그리고 환자로부터의 종양 샘플에서 TMB 점수는 참조 TMB 점수에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다.
본 발명은 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체를 치료하는 방법을 제공하고, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다:(a) 하기를 결정하는 단계: (i) 개체로부터의 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 하기 Pan-F-TBRS 유전자의 발현 수준:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1; 및 (ii) 상기 개체로부터의 종양 샘플로부터 TMB 점수; 및 (b) 단계 (a))에서 결정된 하나 이상의 Pan-F-TBRS 유전자의 발현 수준 및 TMB 점수에 기초하여 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 상기 개체에게 투여하는 단계. 일부 구현예에서, 하나 이상의 Pan-F-TBRS 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이고, 종양 샘플로부터 TMB 점수는 참조 TMB 점수에 있거나 또는 그 초과이거나 또는 그 미만이고, 그리고 상기 방법은 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 하기에게 투여하는 것을 포함한다: 개체.다른 구현예에서, 하나 이상의 Pan-F-TBRS 유전자의 발현 수준은 참조 발현 수준 미만이고, 종양 샘플로부터 TMB 점수는 참조 TMB 점수에 있거나 또는 그 초과이고, 그리고 상기 방법은 면역요법을 포함하는 항-암 요법을 하기에게 투여하는 것을 포함한다: 개체.일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다.
본 발명은 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체를 치료하는 방법을 추가로 제공하고, 상기 방법은 하기 단계를 포함한다: 상기 개체에게 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법을 투여하는 단계, 여기서 치료 이전 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19) 의 하기 Pan-F-TBRS 유전자의 발현 수준:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1은 하나 이상의 Teff 유전자의 참조 발현 수준 미만인 것으로 결정되었고, 그리고 환자로부터의 종양 샘플에서 TMB 점수는 참조 TMB 점수에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었다. 일부 구현예에서, 상기 면역요법은 단일요법이다. TMB를 포함하는 임의의 이전 방법은 하기의 발현 수준을 결정하는 단계를 추가로 포함할 수 있다: 개체로부터의 샘플에서 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 또는 8) 의 하기 Teff 유전자:CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 또는 TBX21.
F. 바이오마커 발현 수준의 결정을 위하 예시적인 접근법
임의의 이전의 구현예 중 일부 구현예에서 (예를 들어, 각각 22-, 6-, 및 19-유전자 (Pan-F-TBRS) 서명에 관하여 상기 섹션 III, 하위 섹션 A-C에서, 또는 섹션 III, 하위 섹션 D 및 E에서 기재된 바와 같은 것), 샘플은 항-암 요법의 투여 이전 (예를 들어, 수분, 수시간, 수일, 수주 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7 주), 수개월, 또는 수년 이전) 개체로부터 수득된다. 임의의 이전 방법의 일부 구현예에서, 개체로부터 샘플은 항-암 요법의 투여 후 약 2 내지 약 10 주 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10 주)에 수득된다. 일부 구현예에서, 개체로부터 샘플은 항-암 요법의 투여 후 약 4 내지 약 6 주에 수득된다.
선행 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준 또는 수는 하기에서 검출된다: 조직 샘플, 1차 또는 배양 세포 또는 세포주, 세포 상청액, 세포 용해물, 혈소판, 혈청, 혈장, 활액, 림프액, 활막 유체, 여포성 유체, 정액, 양수, 밀크, 전혈, 혈액-유도된 세포, 소변, 뇌척수액, 타액, 가래, 눈물, 땀, 점액, 종양 용해물, 및 조직 배양 배지, 조직 추출물 예컨대 균질화된 조직, 종양 조직, 세포성 추출물, 또는 이의 임의의 조합.일부 구현예에서, 샘플은 조직 샘플 (예를 들어, 종양 조직 샘플), 세포 샘플, 전혈 샘플, 혈장 샘플, 혈청 샘플, 또는 이들의 조합이다. 일부 구현예에서, 종양 조직 샘플로 상기 종양 조직 샘플은 종양 세포, 종양-침윤하는 면역 세포, 기질 세포, 또는 이들의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, 종양 조직 샘플은 FFPE 샘플, 기록 샘플, 신선한 샘플, 또는 냉동된 샘플이다.
예를 들어, 선행 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준은 공지된 기술 (예를 들어, 유세포측정 또는 IHC)을 사용하여 종양-침윤 면역 세포, 종양 세포, PBMC 또는 이들의 조합에서 검출된다. 종양-침윤 면역 세포는 비제한적으로 하기를 포함한다: 종양내 면역 세포, 종양주변 면역 세포 또는 이의 임의의 조합, 및 기타 종양 기질 세포 (예컨대, 섬유아세포). 이와 같은 종양 침윤하는 면역 세포는 T 림프구 (예컨대 CD8+ T 림프구 (예를 들어, CD8+ Teff 세포) 및/또는 CD4+ T 림프구 (예를 들어, CD4+ Teff 세포), B 림프구, 또는 과립구 (중성구, 호산구, 호염기구)를 포함한 다른 골수-계열 세포, 단핵구, 대식세포, 수지상 세포 (예를 들어, 맞물리는 수지상 세포), 조직구, 및 자연 살해 (NK) 세포일 수 있다. 일부 구현예에서, 바이오마커에 대한 염색은 막 염색, 세포질 염색 또는 이의 조합으로서 검출된다. 기타 구현예에서, 바이오마커의 부재는 참조 샘플과 비교하여 샘플 내 염색의 부재 또는 없음으로서 검출된다.
임의의 이전 방법의 특정 구현예에서, 바이오마커의 발현 수준은 암 세포를 함유하거나 함유하는 것으로 의심되는 샘플에서 평가된다. 샘플은, 예를 들어, 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC))을 앓고 있고 있거나, 있는 것으로 의심되는 또는 진단된 환자로부터 수득된 조직 생검 또는 전이성 병변일 수 있다. 일부 구현예에서, 샘플은 방광 조직의 샘플, 방광 종양, 알려진 또는 의심되는 전이성 방광암 병변 또는 섹션, 또는 순환하는 암 세포, 예를 들어, 방광암 세포를 포함하는 것으로 알려지거나 또는 의심되는 혈액 샘플, 예를 들어, 말초 혈액 샘플의 생검이다. 샘플은 암 세포, 즉, 종양 세포, 및 비-암성 세포 (예를 들어, 림프구, 예컨대 T 세포 또는 NK 세포) 둘 모두를 포함할 수 있고, 특정 구현예에서, 암성 및 비-암성 세포 둘 모두를 포함한다. 조직 절제, 생검, 및 체액, 예를 들면, 암/종양 세포를 포함하는 혈액 샘플을 포함하는 생물학적 샘플을 수득하는 방법은 당해 기술에 공지되어 있다.
선행 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 환자는 하기를 갖는다: 암종, 림프종, 아세포종 (수아세포종 및 망막아세포종 포함), 육종 (지방육종 및 활막 세포 육종 포함), 신경내분비 종양 (카르시노이드 종양, 가스트린종, 및 소도 세포 암 포함), 중피종, 신경집종 (청신경종 포함), 수막종, 선암종, 흑색종, 및 백혈병 또는 림프양 악성종양.일부 구현예에서, 상기 암은 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, 신장 세포 암종 (RCC), 예를 들어, 진전된 RCC 또는 전이성 RCC (mRCC)), 편평상피 세포 암 (예를 들어, 상피성 편평상피 세포 암), 폐암 (소세포 폐암 (SCLC), 비-소세포 폐암 (NSCLC), 폐의 선암종, 폐 선암종, 및 폐의 편평상피 암종 포함), 복막 암, 간세포 암, 위장 암을 포함한 위 또는 위암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 교모세포종, 자궁경부암, 난소암, 간암 (예를 들어, HCC), 간종양, 유방암 (전이성 유방암 포함), 결장암, 직장암, 결장직장암, 자궁내막 또는 자궁 암종, 타액샘 암종, 전립선암, 외음부 암, 갑상선암, 간 암종, 항문 암종, 음경 암종, 머켈 세포 암, 마이코세스 진균암, 고환암, 식도암, 담관의 종양, 두경부 암, B-세포 림프종 (저등급/여포성 비-호지킨 림프종 (NHL); 소림프구성 (SL) NHL; 중간 등급/여포성 NHL; 중간 등급 확산 NHL; 고등급 면역모세포성 NHL; 고등급 림프아구성 NHL; 고등급 작은 비-절단된 세포 NHL; 거대 질환 NHL; 외투 세포 림프종; AIDS-관련된 림프종; 및 발덴스트롬 거대글로불린혈증 포함); 만성 림프구성 백혈병 (CLL); 급성 림프아구성 백혈병 (ALL); 모발 세포 백혈병; 만성 골수모세포 백혈병; 및 이식후 림프증식성 장애 (PTLD), 모반증과 연관된 비정상 혈관 증식, 부종 (예컨대 뇌종양과 연관된 것), 또는 메이그스 증후군이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암 (예를 들어, HCC), 난소암, 또는 유방암 (예를 들어, TNBC)이다. 바람직한 구현예에서, 환자는 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC)이 있다. 환자는 선택적으로 진행성, 난치성, 재발성, 화학요법-내성 및/또는 백금-내성 형태의 암을 가질 수 있다.
특정 구현예에서, 제1 샘플에서 바이오마커의 존재 및/또는 발현 수준/양은 제2 샘플에서 존재/부재 및/또는 발현 수준/양에 비교될 때 증가되거나 또는 상승되었다. 특정 구현예에서, 제1 샘플에서 바이오마커의 존재/부재 및/또는 발현 수준/양은 제2 샘플에서 존재 및/또는 발현 수준/양에 비교될 때 감소되거나 또는 줄었다. 특정 구현예에서, 제2 샘플은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직이다.
특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 시험 샘플이 수득될 때보다 하나 이상의 상이한 시점에서 수득된 동일한 환자 또는 개체로부터 단일 샘플 또는 합치된 다중 샘플이다. 예를 들어, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 동일한 환자 또는 개체로부터 테스트 샘플이 수득될 때보다 이른 시점에 수득된다. 이러한 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 만일 참조 샘플이 암의 초기 진단 동안 수득되고 그리고 시험 샘플은 암이 전이성이 된 때 나중에 수득되면 유용할 수 있다.
특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 하나 이상의 건강한 개체 유래의 조합된 다중 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자 또는 개체가 아닌 질환 또는 장애 (예를 들어, 암)를 갖는 하나 이상의 개체로부터 조합된 다중 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 하나 이상의 개인으로부터 정상 조직 또는 풀링된 혈장 또는 혈청 샘플로부터 풀링된 RNA 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 질환 또는 장애 (예를 들면, 암)를 갖는 하나 이상의 개인으로부터 종양 조직 또는 풀링된 플라즈마 또는 혈청 샘플로부터 풀링된 RNA 샘플이다.
G. 예시적인 치료적 접근법
임의의 이전 방법 및 사용의 구현예 (예를 들어, 섹션 III, 하위 섹션 A-F에서 기재된 바와 같은 것)에서, 암의 예방 또는 치료를 위해, 항-암 요법 (예를 들어, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법)의 용량은 상기에서 정의된 바와 같이, 치료될 암의 유형, 암의 중증도 및 경과, 항-암 요법이 예방 또는 치료적 목적으로 투여되는지 여부, 이전의 요법, 환자의 임상 이력 및 약물에 대한 반응, 및 주치의의 재량에 따라 달라질 것이다.
일부 구현예에서, 항-암 요법 (예를 들어, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법)은 환자에게 한꺼번에 또는 일련의 치료에 걸쳐 적합하게 투여될 수 있다. 한 가지 전형적인 일일 투여량은 전술한 인자에 따라, 약 1 μg/kg 내지 100 mg/kg 또는 그 이상의 범위에서 변할 수 있다. 수 일 또는 그 이상에 걸친 반복된 투여의 경우, 병태에 따라, 치료는 일반적으로 질환 증상의 목적하는 억제가 일어날 때까지 지속될 것이다. 이러한 용량은 간헐적으로, 예를 들어, 매주 또는 3주 마다 (예를 들어, 환자가, 예를 들어, 약 2 내지 약 20, 또는 예를 들어, 약 6 용량의 항-암 요법을 투여 받도록) 투여될 수 있다. 최초의 더 많은 부하 용량에 이어, 하나 이상의 더 적은 용량이 투여될 수 있다. 그러나, 다른 투여 레지멘이 유용할 수 있다. 이 치료의 진행은 종래의 기법 및 검정에 의해 쉽게 모니터링된다.
예를 들어, 일반적인 제의로, 치료 유효량의 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)이 인간에게 투여되고 하나 이상의 투여에 의해 약 0.01 내지 약 50 mg/환자 체중의 kg의 범위내로 될 것이다. 일부 구현예에서, 사용된 치료제 (예를 들어,. 항체)는 약 0.01 mg/kg 내지 약 45 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 40 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 35 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 30 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 25 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 20 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 15 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 10 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 5 mg/kg, 또는 약 0.01 mg/kg 내지 약 1 mg/kg이, 예를 들어, 매일, 매주, 2주마다, 3주마다, 또는 매월 투여된다. 일부 구현예에서, 항체는 15 mg/kg 로 투여된다. 그러나, 다른 투여 레지멘이 유용할 수 있다. 일 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)은 인간에게, 예를 들어, 21-일 주기 중 1일차에 (3주마다, q3w) 약 50 mg, 약 100 mg, 약 200 mg, 약 300 mg, 약 400 mg, 약 420 mg, 약 500 mg, 약 525 mg, 약 600 mg, 약 700 mg, 약 800 mg, 약 840mg, 약 900 mg, 약 1000 mg, 약 1050 mg, 약 1100 mg, 약 1200 mg, 약 1300 mg, 약 1400 mg, 약 1500 mg, 약 1600 mg, 약 1700 mg, 또는 약 1800 mg의 용량으로 투여된다. 예를 들어, 고정 용량은 대략 420 mg, 대략 525 mg, 대략 840 mg, 또는 대략 1050 mg일 수 있다. 일부 구현예에서, 아테졸리주맙은 3주마다(q3w) 정맥내로 1200 mg로 투여된다. 고정 용량이 투여될 경우, 바람직하게는 이는 약 5 mg 내지 약 2000 mg의 범위이다. 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체) 의 용량은 단일 용량 또는 다중 용량 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10 또는 그 초과 용량)으로 투여될 수 있다. 일련의 투여가 투여될 경우, 이들은 예를 들어, 대략 1주 마다, 대략 2주 마다, 대략 3주 마다, 또는 대략 4주 마다 투여될 수 있다. 조합 치료로 투여된 길항제의 용량은 단일 치료에 비교하여 감소될 수 있다. 이 치료법의 과정은 통상적인 기술에 의해 용이하게 모니터링된다.
본 명세서에서 기재된 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) (및 임의의 추가의 치료제)은 양호한 의료 실행과 일치하는 방식으로 제형화, 투약, 및 투여될 수 있다. 마찬가지로, 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 양호한 의료 실행과 일치하는 방식으로 제형화, 투약, 및 투여될 수 있다. 본 맥락에서 고려되는 인자는 치료되는 특정 장애, 치료되는 특정 동물, 개별적인 환자의 임상 조건, 장애의 원인, 제제의 전달 부위, 투여 방법, 투여 스케줄, 및 의사에에 공지된 다른 인자를 포함한다. 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는, 반드시 그럴 필요는 없지만, 의문시되는 장애를 예방 또는 치료하기 위해 현재 사용된 하나 이상의 제제와 선택적으로 제형화되고 및/또는 이와 동반하여 투여된다. 그와 같은 다른 제제의 유효량은 제형에 존재하는 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체) 의 양, 장애 또는 치료의 유형, 및 상기 논의된 다른 인자에 좌우된다. 이들은 일반적으로 본원에 기재된 바와 동일한 용량으로 및 투여 경로로, 또는 본원에 기재된 용량의 약 1 내지 99%, 또는 적절하다고 경험적/임상적으로 결정된 임의 용량으로 및 임의 경로에 의해 사용된다.
일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙))은 하기와 동반하여 투여된다: 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체). 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체) 는 동일한 제형의 일부로 투여된다. 다른 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙))은 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)와 별도로 투여된다.
일부 구현예에서, 임의의 이전의 방법은 추가의 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 추가 치료제는 하기로 이루어진 군으로부터 선택된다: 면역치료제, 세포독성제, 성장 억제제, 방사선 치료제, 항-혈관형성제, 및 이들의 조합.
일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 활성화 공통자극 분자에 대하여 지향된 효능제와 동반하여 투여된다. 일부 구현예에서, 활성화 공통자극 분자는 CD40, CD226, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, HVEM, 또는 CD127을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 활성화 공통자극 분자에 대하여 지향된 효능제는 CD40, CD226, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, HVEM, 또는 CD127에 결합하는 효능제 항체이다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 억제성 공통자극 분자에 대하여 지향된 길항제와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 억제성 공-자극성 분자는 CTLA-4 (CD152로도 공지됨), TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7-H3, B7-H4, IDO, TIGIT, MICA/B, 또는 아르기나제를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 억제성 공-자극성 분자에 대하여 지향된 길항제는 CTLA-4, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7-H3, B7-H4, IDO, TIGIT, MICA/B, 또는 아르기나제에 결합하는 길항제 항체이다.
일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 CTLA-4 (CD152로도 알려져 있음), 예를 들어, 차단 항체에 대하여 지향된 길항제와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 이필리무맙 (MDX-010, MDX-101, 또는 YERVOY®로도 알려져 있음)과 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 트레멜리무맙 (틸실리무맙 또는 CP-675,206으로도 알려져 있음)과 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 B7-H3 (CD276으로도 알려져 있음), 예를 들어, 차단 항체에 대하여 지향된 길항제와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 MGA271과 공조하여 투여될 수 있다.
일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 CD137 (TNFRSF9, 4-1BB, 또는 ILA로도 알려져 있음), 예를 들어, 활성화 항체에 대하여 지향된 효능제와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 우렐루맙 (BMS-663513으로도 알려져 있음)과 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 CD40, 예를 들어, 활성화 항체에 대하여 지향된 효능제와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 CP-870893과 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 OX40 (CD134로도 알려져 있음), 예를 들어, 활성화 항체에 대하여 지향된 효능제와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 항-OX40 항체 (예를 들어, AgonOX)와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 CD27, 예를 들어, 활성화 항체에 대하여 지향된 효능제와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 CDX-1127과 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 TIGIT, 예를 들어, 항-TIGIT 항체에 대하여 지향된 길항제와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 인돌아민-2,3-디옥시게나제 (IDO)에 대하여 지향된 길항제와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, IDO 길항제는 1-메틸-D-트립토판 (또한 1-D-MT로서 공지됨)이다.
일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 암 백신과 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 암 백신은, 일부 구현예에서 개인화된 펩타이드 백신인, 펩타이드 암 백신을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서 펩타이드 암 백신은 다가 긴 펩타이드, 다중-펩타이드, 펩타이드 칵테일, 하이브리드 펩타이드, 또는 펩타이드-펄스화된 수지상 세포 백신이다 (하기 참고: 예를 들어, Yamada 등, Cancer Sci. 104:14-21, 2013). 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 아쥬반트와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 TLR 효능제, 예를 들어, Poly-ICLC (HILTONOL®로도 알려져 있음), LPS, MPL, 또는 CpG ODN를 포함하는 치료와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 종양 괴사 인자 (TNF) 알파와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 IL-1과 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 HMGB1과 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 IL-10 길항제와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 IL-4 길항제와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 IL-13 길항제와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 HVEM 길항제와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 ICOS 효능제, 예를 들어, ICOS-L의 투여에 의해, 또는 ICOS에 대해 지향된 효능적 항체와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 치료 표적화 CX3CL1과 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 치료 표적화 CXCL9와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 치료 표적화 CXCL10과 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 치료 표적화 CCL5와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 LFA-1 또는 ICAM1 효능제와 공조하여 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 셀렉틴 효능제와 공조하여 투여될 수 있다.
만일 투여된다면, 화학치료제는 보통 따라서 공지된 용량으로 투여되거나, 또는 선택적으로 화학치료제의 투여에 기인하는 음성적 부작용 또는 약물의 조합된 작용에 기인하여 낮아진다. 그와 같은 화학치료제에 대한 제조 및 투여 일정은 제조자의 설명서에 따라 또는 당업자에 의해 실험적으로 결정된 바에 따라 사용될 수 있다. 화학요법제가 파클리탁셀인 경우, 바람직하게는 이는 약 130 mg/㎡ 내지 200 mg/㎡(예를 들어, 약 175 mg/㎡)의 투여량으로 예를 들어 3시간에 걸쳐 3주에 1회 투여된다. 화학치료제가 카보플라틴인 경우, 바람직하게는 이것은 환자의 기존의 신장 기능 또는 신장 기능 및 원하는 혈소판 최하점에 기반한 캘버트 식을 사용하여 카보플라틴의 용량을 계산함에 의해 투여된다. 신장 배출은 카보플라틴에 대한 제거의 주요 경로이다. 체표면적에 기반한 경험적 용량 계산에 비교할 때, 이 투약 식의 사용은 그렇지 않으면 과소투약 (평균 신장 기능 이상인 환자) 또는 과다투약 (손상된 신장 기능이 있는 환자)을 초래할 수 있는 전처리 신장 기능에서 환자 편차를 보상할 수 있다. 단일 제제 카보플라틴을 사용한 4-6 mg/mL/min의 표적 AUC는 이전에 치료된 환자에서 가장 적절한 용량 범위를 제공하는 것으로 보인다.
상기 치료적 요법에 부가하여, 환자는 종양 및/또는 암 세포의 외과 제거를 받을 수 있다.
상기에 나타난 이와 같은 조합 요법은 병용 투여 (2 또는 그 초과 치료제가 동일 또는 개별의 제형에 포함된 경우), 및 별도 투여를 포괄하고, 이 경우에, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)의 투여는 추가의 치료제 또는 제제의 투여 이전, 동시에, 및/또는 후에 일어날 수 있다. 일 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)의 투여, 및 추가의 치료제 투여는 서로 약 1 개월, 또는 약 1, 2 또는 3 주, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6 일 이내에 일어난다.
면역요법 또는 억제성 기질 길항제 중 어느 하나가 항체 (예를 들어, 항-PD-L1 항체 또는 항-TGF-β 항체)인 구현예에서, 투여된 항체는 기존의 항체일 수 있다. 투여된 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 세포독성 약물과 접합될 수 있다. 바람직하게는, 결합된 콘주게이트 및/또는 항원은 세포에 의해 내재화되어 이것이 결합하는 암 세포의 사멸에서 콘주게이트의 증가된 치료적 효능을 유발한다. 바람직한 구현예에서, 세포독성제는 암 세포에서 핵산을 표적으로 하거나 이를 방해할 수 있다. 그와 같은 세포독성제의 예에는 메이탄시노이드, 칼리키아마이신, 리보뉴클레아제 및 DNA 엔도뉴클레아제가 포함된다.
본 명세서에서 기재된 방법에서 이용된 조성물은, 예를 들어, 정맥내로, 근육내로, 피하로, 진피내로, 경피로, 동맥내로, 복강내로, 병소내로, 두개내로, 관절내로, 전립선내로, 늑막내로, 기관내로, 척추강내로, 비강내로, 질내로, 직장내로, 국소적으로, 종양내로, 복막으로, 결막하로, 방광내로, 점막으로, 심막내로, 탯줄내로, 안구내로, 안와내로, 경구로, 국소적으로, 경피로, 유리체내로 (예를 들어, 유리체내 주사에 의해), 비경구로, 점안액에 의해, 흡입에 의해, 주사로, 이식에 의해, 주입에 의해, 연속적 주입에 의해, 직접적으로 국소화된 관류 수영 표적 세포에 의해, 카테터에 의해, 세척에 의해, 크림 내, 또는 지질 조성물 내를 포함한, 임의의 적합한 방법에 의해 투여될 수 있다. 본 명세서에서 기재된 방법에서 이용된 조성물은 또한 전신으로 또는 국소로 투여될 수 있다. 투여 방법은 다양한 인자 (예를 들면, 투여될 화합물 또는 조성물 및 치료될 병태, 질환, 또는 장애의 중증도)에 따라 가변될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 정맥내로, 근육내로, 피하로, 국소적으로, 경구로, 경피로, 복강내로, 안와내로, 이식에 의해, 흡입에 의해, 척추강내로, 심실내로, 또는 비강내로 투여된다. 일부 구현예에서, 다중-표적화된 티로신 키나제 억제제는 경구로 투여된다. 투여는 모든 적합한 경로, 예컨대 부분적으로 상기 투여가 간단한 것이냐 또는 만성적인 것이냐에 따라, 주사, 예컨대 정맥내 또는 피하 주사에 의해 수행될 수 있다. 비제한적으로 다양한 시점에 걸친 단일 또는 다중 투여, 볼루스 투여 및 펄스 주입을 비롯한 다양한 복용 스케줄이 본원에 고안되었다.
IV. 조성물 및 약제학적 제형
일 양태에서, 본 발명은, 부분적으로, 본 발명의 바이오마커가 면역요법 (비제한적으로, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)을 포함함) 및/또는 억제성 기질 길항제 (비제한적으로, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체를 포함함)를 포함하는 항암 요법으로부터 이점이 있을 수 있는 암(비제한적으로, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암을 포함함)이 있는 개체를 확인하기 위해 사용될 수 있다는 발견에 기반된다. 일부 구현예에서, 개체는 면역요법 단독에는 거의 반응하기 쉽지 않다. 또 다른 양태에서, 본 발명은, 부분적으로, 본 발명의 바이오마커가 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항암 요법으로부터 이점이 있을 수 있는 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체에 대한 치료 반응을 모니터 및/또는 평가하기 위해 사용될 수 있다는 발견에 기반된다. 이들 제제들, 및 이들의 조합은, 예를 들어, 본 명세서에서, 예를 들어, 상기 섹션 II 및 III에서 기재된 임의의 방법 및 사용의 일부로 암의 치료에 유용하다. 임의의 적합한 면역요법 및/또는 억제성 기질 길항제가 본 명세서에 기재된 방법 및 사용에 사용될 수 있다. 본 발명의 방법 및 사용에서 사용하기에 적합한 비-제한적인 예가 하기에 추가로 기재된다.
A. 예시적인 면역요법
임의의 적합한 면역요법이 본 발명의 맥락에서 사용될 수 있다. 면역요법은 당업계에서 기재되어 있다 (하기 참고: 예를 들어, Chen 등 Immunity 39:1-10, 2013). 면역요법은 활성화 면역요법 또는 억제 면역요법일 수 있다. 일부 구현예에서, 활성화 면역요법은 CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제를 포함한다. 특정 구현예에서, 효능제 (예를 들어, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제)는 암이 있는 환자에서 면역 반응 또는 기능을 증진, 향상 또는 자극한다. 일부 구현예에서, 효능제는 리간드 (예를 들어, T 세포 수용체 리간드)의 발현 및/또는 활성을 조절하고, 및/또는 그것의 면역 수용체와 리간드의 상호작용을 증진 또는 자극하고, 및/또는 면역 수용체에 결합하는 리간드에 의해 매개된 세포내 신호전달을 증진 또는 자극한다. 다른 구현예에서, 억제 면역요법은 PD-L1 축, CTLA-4, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제를 포함한다. 특정 구현예에서, 길항제 (예를 들어, PD-L1 축, CTLA-4, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제)는 그것의 면역 수용체와 리간드 (예를 들어, T 세포 수용체 리간드)의 상호작용을 억제 및/또는 차단하는 제제이거나, 또는 리간드 및/또는 수용체 발현 및/또는 활성의 길항제이거나, 또는 그것의 면역 수용체로 리간드 (예를 들어, T 세포 수용체 리간드)에 의해 매개된 세포내 신호전달을 차단하는 제제이다. 일부 구현예에서, 면역요법은 면역 관문 억제제이다. 면역요법 항체는 단독으로 또는 조합하여 하기 섹션 i-vii의 하위 섹션 D에 기재된, 임의의 특징을 가질 수 있다.
B. 예시적 PD-L1 축 결합 길항제
PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제, PD-L1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제를 포함한다. PD-1 (프로그램된 사멸 1) 은 또한 본 분야에서 "프로그램된 세포 사멸 1", "PDCD1", "CD279" 및 "SLEB2"로 지칭된다. 예시적 인간 PD-1는 UniProtKB/Swiss-Prot 수탁번호 Q15116에 나타난다. PD-L1 (프로그램된 사멸 리간드 1)은 또한 본 분야에서 "프로그램된 세포 사멸 1 리간드 1", "PDCD1LG1", "CD274", "B7-H," 및 "PDL1"로 지칭된다. 예시적 인간 PD-L1는 UniProtKB/Swiss-Prot 수탁번호 Q9NZQ7.1에 나타난다. PD-L2 (프로그램된 사멸 리간드 2)은 또한 본 분야에서 "프로그램된 세포 사멸 1 리간드 2", "PDCD1LG2", "CD273", "B7-DC", "Btdc" 및 "PDL2" 로 지칭된다. 예시적 인간 PD-L2는 UniProtKB/Swiss-Prot 수탁번호 Q9BQ51에 나타난다. 일부 구현예에서, PD-1, PD-L1, 및 PD-L2는 인간 PD-1, PD-L1, 및 PD-L2이다. 일부 사례에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제, PD-L1 결합 길항제, 또는 PD-L2 결합 길항제일 수 있다. 본 명세서에 열거된 임의의 구현예에 사용하기 위한 이와 같은 PD-L1 축 결합 길항제 항체 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 항-PD-1 항체, 및 항-PD-L2 항체), 또는 본 명세서에서 기재된 다른 항체 (예를 들어, PD-L1 발현 수준의 검출을 위한 항-PD-L1 항체)는 단독으로 또는 조합하여 하기 섹션 i-vii의 하위 섹션 D에 기재된, 임의의 특징을 가질 수 있다는 것이 명시적으로 고려된다.
(i) PD-L1 결합 길항제
일부 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대의 하나 이상으로의 PD-L1의 결합을 억제한다. 기타 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제한다. 추가 기타 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 B7-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및 B7-1 둘 모두에 대한 PD-L1의 결합을 억제한다. PD-L1 결합 길항제는, 비제한적으로, 항체, 이의 항원-결합 단편, 면역부착소, 융합 단백질, 올리고펩타이드, 또는 소분자일 수 있다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1을 억제하는 소분자이다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1 및 VISTA를 억제하는 소분자이다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 CA-170 (AUPM-170으로도 알려져 있음)이다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PDL1 및 TIM3을 억제하는 소분자이다. 일부 구현예에서, 소분자는 WO2015/033301 및 WO2015/033299에 기재된 화합물이다.
일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 항-PD-L1 항체이다. 다양한 항-PD-L1 항체가 고려되고 본 명세서에 기재되어 있다. 본원에서의 구현예 중 임의의 것에서, 상기 단리된 항-PD-L1 항체는 인간 PD-L1, UniProtKB/Swiss-Prot 수탁 번호 Q9NZQ7.1에 나타난 바와 같은 인간 PD-L1 또는 이의 변이체에 결합할 수 있다. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 PD-L1 및 PD-1 사이의 및/또는 PD-L1 및 B7-1 사이의 결합을 억제할 수 있다. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 Fab, Fab'-SH, Fv, scFv, 및 (Fab')2 단편으로 구성된 군으로부터 선택된 항체 단편이다. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 키메라 또는 인간화된 항체이다. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 인간 항체이다. 본 발명의 방법에서 유용한 항-PD-L1 항체 및 이들을 제조하는 방법의 예는 국제 특허 출원 공개 번호 WO 2010/077634 및 미국 특허 번호 8,217,149에 기재되어 있고, 이들 각각은 본 명세서에 전체적으로 참고로 편입된다.
일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙이다 (CAS 등록번호:1422185-06-5). MPDL3280A로도 알려져 있는, 아테졸리주맙 (Genentech)은 항-PD-L1 항체이다.
아테졸리주맙은 하기를 포함한다:
(a) HVR-H1, HVR-H2, 및 HVR-H3 서열 GFTFSDSWIH (서열번호:63), AWISPYGGSTYYADSVKG (서열번호:64) 및 RHWPGGFDY (서열번호:65), 각각, 및
(b) HVR-L1, HVR-L2, 및 HVR-L3 서열 RASQDVSTAVA (서열번호:66), SASFLYS (서열번호:67) 및 QQYLYHPAT (서열번호:68), 각각.
아테졸리주맙은 중쇄 및 경쇄 서열을 포함하고, 여기서:
(a) 중쇄 가변 영역 서열은 하기 아미노산 서열을 포함하고:EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS (서열번호:69), 및
(b) 경쇄 가변 영역 서열은 하기 아미노산 서열을 포함한다:DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (서열번호:70).
일부 사례에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: (a) 하기 서열, 또는 여기에 적어도 95% 서열 동일성 (예를 들어, 적어도 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성)을 갖는 것을 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인; 서열 (서열번호:69); (b) 하기 서열, 또는 여기에 적어도 95% 서열 동일성 (예를 들어, 적어도 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성)을 갖는 것을 포함하는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인; 서열 (서열번호:70); 또는 (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인.
아테졸리주맙은 중쇄 및 경쇄 서열을 포함하고, 여기서:
(a) 중쇄는 아미노산 서열을 포함한다:
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (서열번호:71), 및
(b) 경쇄는 아미노산 서열을 포함한다:
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (서열번호:72).
일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 아벨루맙이다 (CAS 등록번호:1537032-82-8). MSB0010718C로도 알려져 있는, 아벨루맙은 인간 단클론성 IgG1 항-PD-L1 항체 (Merck KGaA, Pfizer)이다. 아벨루맙은 중쇄 및 경쇄 서열을 포함하고, 여기서:
(a) 중쇄는 아미노산 서열을 포함한다:
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYIMMWVRQAPGKGLEWVSSIYPSGGITFYADTVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARIKLGTVTTVDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (서열번호:73), 및
(b) 경쇄는 아미노산 서열을 포함한다:
QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGGYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVSNRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYTSSSTRVFGTGTKVTVLGQPKANPTVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADGSPVKAGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS (서열번호:74).
일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기로부터 6개 HVR 서열을 포함한다: 서열번호:73 및 서열 번호:74 (예를 들어, 하기로부터의 3개 중쇄 HVR: 서열번호:73 및 하기로부터의 3개 경쇄 HVR: 서열번호:74). 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: 하기로부터 중쇄 가변 도메인: 서열번호:73 및 하기로부터의 경쇄 가변 도메인: 서열번호:74.
일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 더발루맙이다 (CAS 등록번호:1428935-60-7). MEDI4736으로도 알려져 있는, 더발루맙은 WO2011/066389 및 US2013/034559에 기재된 Fc-최적화된 인간 단클론성 IgG1 카파 항-PD-L1 항체 (MedImmune, AstraZeneca)이다. 더발루맙은 중쇄 및 경쇄 서열을 포함하고, 여기서:
(a) 중쇄는 아미노산 서열을 포함한다:
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSRYWMSWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEKYYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCAREGGWFGELAFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPASIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (서열번호:75), 그리고
(b) 경쇄는 아미노산 서열을 포함한다:
EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQRVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSLPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (서열번호:76).
일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기로부터 6개 HVR 서열을 포함한다: 서열번호:75 및 서열 번호:76 (예를 들어, 하기로부터 3개 중쇄 HVR: 서열번호:75 및 하기로부터 3개 경쇄 HVR: 서열번호:76). 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기를 포함한다: 하기로부터 중쇄 가변 도메인: 서열번호:75 및 하기로부터 경쇄 가변 도메인: 서열번호:76.
일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 MDX-1105 (Bristol Myers Squibb)이다. MDX-1105 (또한 BMS-936559로 공지됨)는 WO2007/005874에 기술된 항-PD-L1 항체이다.
일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 LY3300054 (Eli Lilly)이다.
일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 STI-A1014 (Sorrento)이다. STI-A1014는 인간 항-PD-L1 항체이다.
일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 KN035 (Suzhou Alphamab)이다. KN035는 낙타 파아지 디스플레이 라이브러리로부터 생성된 단일-도메인 항체 (dAB)이다.
일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 (예를 들어, 종양 미세환경에서 프로테아제에 의해) 절단될 때, 항체 항원 결합 도메인을 활성화시켜, 예를 들어, 비-결합 입체 모이어티를 제거함에 의해 그것의 항원을 결합하도록 하는 절단가능 모이어티 또는 링커를 포함한다. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 CX-072 (CytomX Therapeutics)이다.
일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 하기에 기재된 항-PD-L1 항체로부터 6개 HVR 서열 (예를 들어, 3개 중쇄 HVR 및 3개 경쇄 HVR) 및/또는 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함한다: US20160108123 (Novartis에 양도), WO2016/000619 (출원인:Beigene), WO2012/145493 (출원인:Amplimmune), US9205148 (MedImmune에 양도), WO2013/181634 (출원인:Sorrento), 및 WO2016/061142 (출원인:Novartis).
일부 사례에서, 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙, YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (더발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙)으로 구성되는 군으로부터 선택된다. 항체 YW243.55.S70은 하기에 기재된 항-PD-L1이다: PCT 공개번호 WO 2010/077634. 본 발명의 방법에 유용한 항-PD-L1 항체 및 이들의 제조 방법의 추가 예는 하기에 기재되어 있다: PCT 공개번호 WO 2010/077634, WO 2007/005874, 및 WO 2011/066389, 및 또한 미국특허 번호 8,217,149, 및 미국공보번호 2013/034559, 이것은 본 명세서에 참고로 편입된다.
또 추가의 특정 양태에서, 항-PD-L1 항체는 감소된 또는 최소 효과기 기능을 갖는다. 또 추가의 특정 양태에서 최소 효과기 기능은 "효과기-없는 Fc 돌연변이" 또는 무당화 돌연변이를 초래한다. 또 다른 추가 구현예에서, 효과기-없는 Fc 돌연변이는 불변 영역에서 N297A 또는 D265A/N297A 치환이다. 일부 구현예에서, 단리된 항-PD-L1 항체는 탈글리코실화된다. 항체의 당화는 전형적으로 N-연결되거나 또는 O-연결된다. N-연결됨은 탄수화물 잔기가 아스파라긴 잔기의 측쇄에 결합하는 것을 말한다. 트리펩타이드 서열 아스파라긴-X-세린, 및 아스파라긴-X-트레오닌 (여기에서 X는 프롤린을 제외한 임의의 아미노산이다)은 아스파라긴 측쇄에 탄수화물 모이어티의 효소 부착을 위한 인식 서열이다. 따라서, 폴리펩타이드내 상기 트리펩타이드 서열의 존재는 잠재적인 글리코실화 부위를 생성한다. O-연결된 당화는 하이드록시아미노산, 가장 일반적으로는 세린 또는 트레오닌으로의 당 N-아세틸갈락토사민, 갈락토오스 또는 자일로스의 부착을 의미하지만, 5-하이드록시프롤린 또는 5-하이드록시라이신이 또한 사용될 수 있다. 항체로부터 당화 부위의 제거는 (N-연결된 당화 부위에 대해) 상기-기재된 트리펩타이드 서열 중 하나가 제거되도록 아미노산 서열을 변경함에 의해 편리하게 달성된다. 변경은 또 다른 아미노산 잔기 (예를 들어, 글리신, 알라닌, 또는 보존적 치환)로 당화 부위 내의 아스파라긴, 세린 또는 트레오닌의 치환으로 이루어 질 수 있다.
(ii) PD-1 결합 길항제
일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. 예를 들어, 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대의 하나 이상으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 기타 경우에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L2으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 추가 기타 경우에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및 PD-L2 둘 모두으로의 PD-1의 결합을 억제한다. PD-1 결합 길항제는, 비제한적으로, 항체, 이의 항원-결합 단편, 면역부착소, 융합 단백질, 올리고펩타이드, 또는 소분자일 수 있다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는, 면역접합체 (예컨대, 불변 영역 (예컨대, 면역글로불린 서열의 Fc 영역)에 융합된 PD-L1 또는 PD-L2의 세포외 또는 PD-1 결합부를 포함하는 면역접합체)이다. 예를 들어, 일부 사례에서, PD-1 결합 길항제는 Fc-융합 단백질이다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 AMP-224이다. AMP-224 (또한 B7-DCIg로 공지됨)는 WO 2010/027827 및 WO 2011/066342에 기술된 PD-L2 Fc 융합 가용성 수용체이다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 펩타이드 또는 소분자 화합물이다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 AUNP-12 (PierreFabre/Aurigene)이다. 하기 참고: 예를 들어, WO2012/168944, WO2015/036927, WO2015/044900, WO2015/033303, WO2013/144704, WO2013/132317, 및 WO2011/161699. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1을 억제하는 소분자이다.
일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 항-PD-1 항체이다. 다양한 항-PD-1 항체가 본 명세서에 개시된 방법 및 사용에서 이용될 수 있다. 본 명세서에서 임의의 구현예에서, PD-1 항체는 인간 PD-1 또는 그것의 변이체에 결합할 수 있다. 일부 구현예에서 항-PD-1 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 Fab, Fab', Fab'-SH, Fv, scFv, 및 (Fab')2 단편으로 구성된 군으로부터 선택된 항체 단편이다. 일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 키메라 또는 인간화된 항체이다. 다른 구현예에서, 항-PD-1 항체는 인간 항체이다.
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 하기이다: 니볼루맙 (CAS 등록 번호:946414-94-4). MDX-1106-04, MDX-1106, ONO-4538, BMS-936558, 및 OPDIVO®로도 알려져 있는, 니볼루맙 (Bristol-Myers Squibb/Ono)은 WO2006/121168에 기재된 항-PD-1 항체이다. 니볼루맙은 중쇄 및 경쇄 서열을 포함하고, 여기서:
(a) 중쇄는 아미노산 서열을 포함하고:
QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK (서열번호:77), 그리고
(b) 경쇄는 아미노산 서열을 포함한다:
EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (서열번호:78).
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 하기를 포함한다: 하기로부터의 6개 HVR 서열: 서열번호:77 및 서열 번호:78 (예를 들어, 하기로부터의 3개 중쇄 HVR: 서열번호:77 및 하기로부터의 3개 경쇄 HVR: 서열번호:78). 일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 하기를 포함하는: 하기로부터의 중쇄 가변 도메인: 서열번호:77 및 하기로부터의 경쇄 가변 도메인: 서열번호:78.
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 하기이다: 펨브로리주맙 (CAS 등록 번호:1374853-91-4). MK-3475, Merck 3475, 람브롤리주맙, SCH-900475, 및 KEYTRUDA®로도 알려져 있는, 펨브롤리주맙 (Merck)은 WO2009/114335에 기재된 항-PD-1 항체이다. 펨브롤리주맙은 중쇄 및 경쇄 서열을 포함하고, 여기서:
(a) 중쇄는 아미노산 서열을 포함하고:
QVQLVQSGVEVKKPGASVKVSCKASGYTFTNYYMYWVRQAPGQGLEWMGGINPSNGGTNFNEKFKNRVTLTTDSSTTTAYMELKSLQFDDTAVYYCARRDYRFDMGFDYWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK (서열번호:79), 및
(b) 경쇄는 아미노산 서열을 포함한다:
EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASKGVSTSGYSYLHWYQQKPGQAPRLLIYLASYLESGVPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQHSRDLPLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (서열번호:80).
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 하기를 포함한다: 하기로부터의 6개 HVR 서열: 서열번호:79 및 서열 번호:80 (예를 들어, 하기로부터의 3개 중쇄 HVR: 서열번호:79 및 하기로부터의 경쇄 HVR: 서열번호:80). 일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 하기를 포함하는: 하기로부터의 중쇄 가변 도메인: 서열번호:79 및 하기로부터의 경쇄 가변 도메인: 서열번호:80.
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 MEDI-0680 (AMP-514; AstraZeneca)이다. MEDI-0680은 인간화된 IgG4 항-PD-1 항체이다.
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 PDR001 (CAS 등록번호 1859072-53-9; Novartis)이다. PDR001은 PD-1에 대한 PD-L1 및 PD-L2의 결합을 차단하는 인간화된 IgG4 항-PD-1 항체이다.
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 REGN2810 (Regeneron)이다. REGN2810은 인간 항-PD-1 항체이다.
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 BGB-108 (BeiGene)이다. 일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 BGB-A317 (BeiGene)이다.
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 JS-001 (Shanghai Junshi)이다. JS-001은 인간화된 항-PD-1 항체이다.
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 STI-A1110 (Sorrento)이다. STI-A1110은 인간 항-PD-1 항체이다.
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 INCSHR-1210 (Incyte)이다. INCSHR-1210은 인간 IgG4 항-PD-1 항체이다.
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 PF-06801591 (Pfizer)이다.
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 TSR-042 (ANB011; Tesaro/AnaptysBio로도 알려져 있음)이다.
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 AM0001 (ARMO Biosciences)이다.
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 ENUM 244C8 (Enumeral Biomedical Holdings)이다. ENUM 244C8은 PD-1에 대한 PD-L1의 결합을 차단함에 없이 PD-1 기능을 억제하는 항-PD-1 항체이다.
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 ENUM 388D4 (Enumeral Biomedical Holdings)이다. ENUM 388D4는 PD-1에 대한 PD-L1의 결합을 경쟁적으로 차단하는 항-PD-1 항체이다.
일부 구현예에서, 항-PD-1 항체는 하기에 기재된 항-PD-1 항체로부터 6개 HVR 서열 (예를 들어, 3개 중쇄 HVR 및 3개 경쇄 HVR) 및/또는 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함한다: WO2015/112800 (출원인:Regeneron), WO2015/112805 (출원인:Regeneron), WO2015/112900 (출원인:Novartis), US20150210769 (Novartis에 양도됨), WO2016/089873 (출원인:Celgene), WO2015/035606 (출원인:Beigene), WO2015/085847 (출원인:Shanghai Hengrui Pharmaceutical/Jiangsu Hengrui Medicine), WO2014/206107 (출원인:Shanghai Junshi Biosciences/Junmeng Biosciences), WO2012/145493 (출원인:Amplimmune), US9205148 (MedImmune에 양도됨), WO2015/119930 (출원인:Pfizer/Merck), WO2015/119923 (출원인:Pfizer/Merck), WO2016/032927 (출원인:Pfizer/Merck), WO2014/179664 (출원인:AnaptysBio), WO2016/106160 (출원인:Enumeral), 및 WO2014/194302 (출원인:Sorrento).
또 추가의 구현예에서, 하기를 포함하는 단리된 항-PD-1 항체가 제공된다: 하기로부터의 중쇄 가변 영역 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역: 서열번호:61 및/또는 하기로부터의 경쇄 가변 영역 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역: 서열번호:62.
또한 추가의 구현예에서, 중쇄 및/또는 경쇄 서열을 포함하는 단리된 항-PD-1 항체가 본원에서 제공되고, 여기서:
(a) 중쇄 서열은 하기의 중쇄 서열에 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성을 가지고:
QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK (서열번호:61), 그리고
(b) 경쇄 서열은 하기의 경쇄 서열에 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다:
EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (서열번호:62).
또 추가의 특정 양태에서, 항-PD-1 항체는 감소된 또는 최소 효과기 기능을 갖는다. 또 추가의 특정 양태에서 최소 효과기 기능은 "효과기-없는 Fc 돌연변이" 또는 무당화 돌연변이를 초래한다. 또 다른 추가 구현예에서, 효과기-없는 Fc 돌연변이는 불변 영역에서 N297A 또는 D265A/N297A 치환이다. 일부 구현예에서, 단리된 항-PD-1 항체는 비당화된다. 항체로부터 당화 부위의 제거는 (N-연결된 당화 부위에 대해) 상기-기재된 트리펩타이드 서열 중 하나가 제거되도록 아미노산 서열을 변경함에 의해 편리하게 달성된다. 변경은 또 다른 아미노산 잔기 (예를 들어, 글리신, 알라닌, 또는 보존적 치환)로 당화 부위 내의 아스파라긴, 세린 또는 트레오닌의 치환으로 이루어 질 수 있다.
(iii) PD-L2 결합 길항제
일부 구현예에서, PD-L2 결합 길항제는 그것의 리간드 결합 파트너에 PD-L2의 결합을 억제하는 분자이다. 특정 양태에서, PD-L2 결합 리간드 상대는 PD-1 이다. PD-L2 결합 길항제는, 비제한적으로, 항체, 이의 항원-결합 단편, 면역부착소, 융합 단백질, 올리고펩타이드, 또는 소분자일 수 있다.
일부 구현예에서, PD-L2 결합 길항제는 항-PD-L2 항체이다. 본 명세서에서 임의의 구현예에서, 항-PD-L2 항체는 인간 PD-L2 또는 그것의 변이체에 결합할 수 있다. 일부 구현예에서 항-PD-L2 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 항-PD-L2 항체는 Fab, Fab', Fab'-SH, Fv, scFv, 및 (Fab')2 단편으로 구성된 군으로부터 선택된 항체 단편이다. 일부 구현예에서, 항-PD-L2 항체는 키메라 또는 인간화된 항체이다. 다른 구현예에서, 항-PD-L2 항체는 인간 항체이다. 또 추가의 특정 양태에서, 항-PD-L2 항체는 감소된 또는 최소 효과기 기능을 갖는다. 또 추가의 특정 양태에서 최소 효과기 기능은 "효과기-없는 Fc 돌연변이" 또는 무당화 돌연변이를 초래한다. 또 다른 추가 구현예에서, 효과기-없는 Fc 돌연변이는 불변 영역에서 N297A 또는 D265A/N297A 치환이다. 일부 구현예에서, 단리된 항-PD-L2 항체는 탈글리코실화된다.
C. 예시적인 억제성 기질 길항제
임의의 적합한 억제성 기질 길항제가 본 발명의 맥락에서 사용될 수 있다. 기질 유전자 길항제에 대한 표적은 당해 기술에 공지되어 있고; 예를 들어, 하기를 참고한다: Turley 등, Nature Reviews Immunology 15:669-682, 2015 및 Rosenbloom 등, Biochimica et Biophysica Acta 1832:1088-1103, 2013.일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 TGF-β (예를 들어, TGF-β1 및 TGF-β2)를 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는, 비제한적으로, 엔도글린 (CD105), 3G5 항원, FAP, CSPG4 (NG2), 및/또는 포도플라닌 (GP38)을 포함한, 표면 당단백질을 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는, 비제한적으로, PECAM (CD31), VCAM (CD106), ICAM1 (CD54), THY1 (CD90) 및/또는 β1 인테그린 (CD29)을 포함한, 접착 분자를 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는, 비제한적으로, VEGFR1 (FLT1), VEGFR2 (KDR), VEGFR3 (FLT4), PDGFRα (CD140α), 및/또는 PDGFRβ (CD140β)를 포함한, 성장 인자 수용체를 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는, 비제한적으로, 비멘틴, αSMA (ACTA2) 및/또는 데스민을 포함한, 세포내 구조 단백질을 표적화한다. 억제성 기질 길항제에 대한 다른 표적은, 비제한적으로, 5NT (CD73 또는 NT5E) RGS3, 엔도시알린 (CD248), 및 FSP1 (S100A4)을 포함한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 암-연관된 섬유모세포 연관된 폴리펩타이드를 표적화한다. 암-연관된 섬유모세포 연관 폴리펩타이드의 예는, 비제한적으로, 엔도글린 (CD105), FAP, 포도팔린, VCAM1, THY1, β1 인테그린, PDGFRα, PDGFRβ, 비멘틴, αSMA, 데스민, 엔도시알린, 및/또는 FSP1을 포함한다.
일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 TGF-β 발현 및 활성화를 표적화한다. 그 예는 피르페니돈, αvβ6 항체, ATI 및 ATII 수용체 차단제, ACE 억제제, CAT-192 (항-TGF-β1 단클론성 AB), 및 카베올린 스캐폴딩 도메인 (CSD)을 포함한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 정식 신호전달 경로 TBR1 (예시적인 억제제는 SM305임) 및 SMAD3 (예시적인 억제제는 SIS3임)을 포함한, TGF-β 신호전달 경로를 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 c-Abl (예시적인 억제제는 이마티닙 메실레이트임), PDGFR (예시적인 억제제는 다사티닙임), c-키트 (예시적인 억제제는 닐로티닙임), 및 PKC-δ (예시적인 억제제는 작은 특이적 폴리펩타이드 및 로틀레린 유도체를 포함함)를 비롯한 비정식 신호전달 경로를 포함한 TGF-β 신호전달 경로를 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 CTGF (예시적인 억제제는 단클론성 CTGF 항체를 포함함)를 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 CXCL12 (예시적인 억제제는 CXCL12 항체를 포함함), CXCR4 (예시적인 억제제는 AMD3100을 포함함), 및 CCR2 (예시적인 억제제는 PF-04136309를 포함함)를 포함한, 섬유세포 귀소의 억제를 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 Src (예시적인 억제제는 다사티닙 및 SU6656를 포함함)를 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 VEGFR (예시적인 억제제는 닌테다닙 및 BIBF1120을 포함함)을 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 FGFR (예시적인 억제제는 소라페닙을 포함함)을 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 IL-13 (예시적인 억제제는 IL-13에 대한 인간화된 단클론성 항체를 포함함)를 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 IL-6 수용체 (예시적인 억제제는 토실리주맙을 포함함)를 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 TLR (예시적인 억제제는 TLR 억제제 E5564, TAK-242를 포함함)을 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 Nox4 (ROS) (예시적인 억제제는 GKT136901을 포함함)를 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 ET-1 (예시적인 억제제는 보센탄 및 다른 ET 수용체 차단제를 포함함)을 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 TGF-β, PDPN, LAIR-1, SMAD, ALK, 결합 조직 성장 인자 (CTGF/CCN2), 내피성-1 (ET-1), AP-1, IL-13, PDGF, LOXL2, 엔도글린 (CD105), FAP, 포도플라닌 (GP38), VCAM1 (CD106), THY1, β1 인테그린 (CD29), PDGFRα (CD140α), PDGFRβ (CD140β), 비멘틴, αSMA (ACTA2), 데스민, 엔도시알린 (CD248), 또는 FSP1 (S100A4) 길항제이다.
일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 피르페니돈, 갈루니세르팁, 다세티닙, 닌테다닙, 닐로티닙, 로틀레린 및 유도체, 또는 소라페닙이다.
일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 TGF-β 길항제이다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 그것의 리간드 결합 파트너에 대한 TGF-β의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 TGF-β의 세포 수용체에 대한 TGF-β의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 TGF-β의 활성화를 억제한다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 TGF-β1을 표적화한다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 TGF-β2를 표적화한다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 TGF-β3을 표적화한다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 TGF-β 수용체 1을 표적화한다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 TGF-β1, TGF-β2, 또는 TGF-β3 중 하나 이상을 표적화한다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 TGF-β 수용체 2를 표적화한다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 TGF-β 수용체 3을 표적화한다. 일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 TGF-β 수용체 1, TGF-β 수용체 2, 또는 TGF-β 수용체 3 중 하나 이상을 표적화한다.
일부 구현예에서, TGF-β 길항제는 항-TGF-β 항체이다. 일부 구현예에서, 항-TGF-β 항체는 항-TGF-β와 그것의 리간드 중 하나 이상 사이의 결합을 억제할 수 있다. 일부 구현예에서, 항-TGF-β 항체는 TGF-β의 활성화를 억제할 수 있다. 일부 구현예에서, 항-TGF-β 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 항-TGF-β 항체는 Fab, Fab'-SH, Fv, scFv, 및 (Fab')2 단편으로 구성된 군으로부터 선택된 항체 단편이다. 일부 구현예에서, 항-TGF-β 항체는 인간화된 항체이다. 일부 구현예에서, 항-TGF-β 항체는 인간 항체이다. 일부 구현예에서, 항-TGF-β 항체는 TGF-β1, TGF-β2, 및/또는 TGF-β3을 억제한다. 일부 구현예에서, 항-TGF-β 항체는 TGF-β1, TGF-β2, 및 TGF-β3을 억제한다. 일부 구현예에서, 항-TGF-β 항체는 범-특이적 항-TGF-β 항체이다. 일부 구현예에서, 항-TGF-β 항체는, 예를 들어, 하기에 개시된 임의의 항-TGF-β 항체일 수 있다: 미국특허 번호 5,571,714 또는 국제 특허 출원 번호 WO 92/00330, WO 92/08480, WO 95/26203, WO 97/13844, WO 00/066631, WO 05/097832, WO 06/086469, WO 05/010049, WO 06/116002, WO 07/076391, WO 12/167143, WO 13/134365, WO 14/164709, 또는 WO 16/201282, 이들 각각은 전체적으로 참고로 본 명세서에 편입된다. 특정 구현예에서, 항-TGF-β 항체는 프레솔리무맙, 메텔리무맙, 레르델리무맙, 1D11, 2G7, 또는 이의 유도체이다. 본 명세서에 열거된 임의의 구현예에 사용하기 위한 이와 같은 억제성 기질 길항제 항체 (예를 들어, 항-TGF-β 항체)는 단독으로 또는 조합하여 하기 섹션 i-vii의 하위 섹션 D에 기재된, 임의의 특징을 가질 수 있다는 것이 명시적으로 고려된다.
일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제로의 치료는 조직에서 증가된 면역 세포 침윤을 허용한다. 이론에 의한 구속됨 없이, 억제성 기질 길항제는 표적 조직에서 기질을 조절하여 상기 표적 조직으로 면역 세포의 침윤을 촉진한다. 예를 들어, 억제성 기질 길항제로 본 명세서에서 기재된 바이오마커를 발현하는 섬유성 종양의 치료는 종양 내 및 주위의 기질을 조절하여 종양으로 (예를 들어, 면역요법에 의해 조절된) 면역 세포의 침윤을 허용한다. 일부 구현예에서, 증가된 면역 세포 침윤은 T-세포, B 세포, 대식세포, 또는 수지상 세포 중 하나 이상의 증가된 침윤이다. 일부 구현예에서, T-세포는 CD8+ T-세포 및/또는 Teff 세포이다. 일부 구현예에서, 개체는 억제성 기질 길항제로 치료 이전 면역요법에 대해 저항성이다. 일부 구현예에서, 개체는 단일요법 면역요법이 이미 투여되었다.
D.항체
i. 항체 친화도
특정 구현예에서, 본 명세서에서 제공된 항체 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 항-PD-1 항체, 또는 항-TGF-β 항체)는 ≤　1μM, ≤　100 nM, ≤　10 nM, ≤　1 nM, ≤　0.1 nM, ≤　0.01 nM, 또는 ≤　0.001 nM (예를 들어, 10-8 M 이하, 예를 들어, 10-8 M 내지 10-13 M, 예를 들어, 10-9 M 내지 10-13 M)의 해리 상수 (Kd)를 갖는다.
일 구현예에서, Kd는 방사표지된 항원 결합 검정(RIA)에 의해 측정된다. 일 구현예에서, RIA는 관심의 대상인 항체의 Fab 버젼 및 이의 항원으로 수행된다. 예를 들어, 항원에 대한 Fab의 용액 결합 친화도는 적정 시리즈의 비표지된 항원의 존재에서 최소 농도의 (125I)-표지된 항원으로 Fab를 평형화하고, 그 다음 항-Fab 항체-코팅된 플레이트로 결합된 항원을 포획함에 의해 측정된다 (하기 참고: 예를 들어, Chen 등, J. Mol. Biol. 293:865-881, 1999). 검정에 대한 조건을 확립하기 위해, MICROTITER® 멀티웰 플레이트(Thermo Scientific)를 50mM 탄산나트륨(pH 9.6) 중에 5㎍/㎖의 포획 항-Fab 항체(Cappel Labs)와 밤새 코팅하고, 후속하여 실온(대략 23℃)에서 2시간 내지 5시간 동안 PBS 중의 2%(w/v) 소 혈청 알부민에 의해 차단하였다. 비-흡착제 플레이트 (Nunc #269620)에서, 100 pM 또는 26 pM [125I]-항원은 관심 있는 Fab의 연속 희석으로 혼합된다 (예를 들어, 하기에서의 항-VEGF 항체인, Fab-12의 평가와 일치함: Presta 등, Cancer Res.57:4593-4599, 1997). 이후, 관심 대상의 Fab를 밤새 배양하지만, 항온처리는 평형이 도달된다는 것을 보장하도록 더 긴 기간(예를 들어, 약 65시간) 동안 계속할 수 있다. 이후, 혼합물을 실온에서(예를 들어, 1시간 동안) 항온처리를 위해 포획 플레이트로 옮긴다. 이후, 용액을 제거하고, 플레이트를 PBS 중의 0.1% 폴리소르베이트 20(TWEEN-20®)에 의해 8회 세척한다. 플레이트가 건조되어 있을 경우, 150 μl/웰의 발광제(scintillant; MICROSCINT-20™; Packard)를 첨가하고, 플레이트를 10분간 탑카운트 감마(TOPCOUNT™ gamma) 카운터 (Packard) 상에서 카운팅하였다. 최대 결합의 20% 이하를 제공하는 각각의 Fab의 농도는 경쟁적 결합 검정에서의 사용을 위해 선택된다.
또 다른 구현예에 따르면, Kd는 BIACORE® 표면 플라스몬 공명 검정을 사용하여 측정된다. 예를 들면, BIACORE®-2000 또는 BIACORE®-3000(BIAcore, Inc., Piscataway, NJ)을 사용한 검정은 25℃에서 고정화된 항원 CM5 칩으로 ~10 반응 단위(RU)로 수행한다. 일 구현예에서, 카복시메틸화된 덱스트란 바이오센서 칩 (CM5, BIACORE, Inc.)은 공급자의 지침에 따라 N-에틸-N'-(3-디메틸아미노프로필)-카보디이미드 하이드로클로라이드 (EDC) 및 N-하이드록시석신이미드 (NHS)로 활성화된다. 항원을 10mM 아세트산나트륨(pH 4.8)에 의해 5㎍/㎖(약 0.2μM)로 희석한 후, 커플링된 단백질의 대략 10의 반응 단위(RU)를 달성하기 위해 5㎕/분의 유속에서 주입한다. 항원의 주입 후, 1M 에탄올아민을 주입하여 비치료된 그룹을 차단한다. 역학적 측정을 위해, 2배 연속 희석된 Fab (0.78 nM 내지 500 nM)를 대략 25 μl/min의 유속으로 25℃에서 PBS 중에서 0.05% 폴리소르베이트 20 (TWEEN-20™) 계면활성제 (PBST)와 함께 사용한다. 결합 속도 (kon) 및 해리 속도 (koff)를 결합 및 해리 센서그램의 동시 피팅(simultaneously fitting)에 의하여 단순한 일 대 일 랭뮤어(Langmuir) 결합 모델 (BIACORE® 평가 소프트웨어 버젼 3.2)을 사용하여 산출하였다. 평형 해리 상수 (Kd)는 비 koff/kon으로 계산된다. 하기 참고: 예를 들어, Chen 등, (J. Mol. Biol. 293:865-881, 1999). 만일 온-레이트가 상기 표면 플라즈몬 공명 검정에 의해 106 M-1s-1 을 초과하는 경우, 온-레이트는 분광기, 예컨대 정지-유동 장착된 분광측정기 (Aviv Instruments) 또는 교반된 큐벳이 장착된 8000-시리즈 SLM-AMINCO™ 분광측정기 (ThermoSpectronic)에서 측정된 바와 같은 항원의 증가하는 농도의 존재에서 PBS, pH 7.2에서 20 nM 항-항원 항체 (Fab 형태)의 25℃에서 형광 방출 강도 (여기 = 295 nm; 방출 = 340 nm, 16 nm 대역통과)에서의 증가 또는 감소를 측정하는 형광 켄칭 기술을 사용함에 의해 결정될 수 있다.
ii.항체 단편
특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 항체 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 항-PD-1 항체, 또는 항-TGF-β 항체)는 항체 단편이다. 항체 단편은, 비제한적으로, Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2, Fv, 및 scFv 단편, 및 하기 기재된 다른 단편을 포함한다. 특정 항체 단편의 검토에 대해, Hudson 등 (Nat. Med. 9:129-134, 2003)을 참고한다. scFv 단편의 검토에 대해, 예를 들어, Pluckth
Figure pct00008
n, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York), pp. 269-315 (1994)을 참고한다. 또한 하기를 참고한다: WO 93/16185; 및 미국특허 번호 5,571,894 및 5,587,458.회수 수용체 결합 에피토프 잔기를 포함하고 증가된 생체내 반감기를 갖는 Fab 및 F(ab')2 단편의 논의에 대해, 미국특허 번호 5,869,046을 참고한다.
다이아바디는 2가 또는 이중특이적일 수 있는 2개의 항원 결합 부위를 갖는 항체 단편이다. 하기 참고: 예를 들어, EP 404,097, WO 1993/01161, Hudson 등 Nat. Med. 9:129-134, 2003, 및 Hollinger 등 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448, 1993.트리아바디 및 테트라바디는 또한 Hudson 등 (Nat. Med. 9:129-134, 2003)에 기재되어 있다.
단일 도메인 항체는 항체의 중쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부 또는 경쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부를 포함하는 항체 단편이다. 특정 구현예에서, 단일-도메인 항체는 인간 단일-도메인 항체이다 (Domantis, Inc., Waltham, MA; 하기 참고: 예를 들어, 미국특허 번호 6,248,516 B1).
항체 단편은 비제한적으로, 온전한 항체의 단백질분해 소화뿐만 아니라 알려진 방법에 따라 재조합 숙주세포 (예를 들어, E. 콜리 또는 파아지)에 의한 생산을 포함한 다양한 기술에 의해 만들어 질 수 있다.
iii. 키메라 및 인간화 항체
특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 항체 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 항-PD-1 항체, 또는 항-TGF-β 항체)는 키메라 항체이다. 특정 키메라성 항체는, 예를 들면 하기에 기재되어 있다: 미국특허 번호 4,816,567; 및 Morrison 등 (Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855, 1984). 일 예에서, 키메라 항체는 비인간 가변 영역(예를 들어, 마우스, 랫트, 햄스터, 토끼 또는 비인간 영장류, 예컨대 원숭이로부터 유래된 가변 영역) 및 인간 불변 영역을 포함한다. 추가의 실시예에서, 키메라 항체는 클래스 또는 하위클래스가 모 항체로부터 변한 "클래스 스위치된" 항체이다. 키메라 항체는 이의 항원 결합 단편을 포함한다.
소정의 실시형태에서, 키메라 항체는 인간화된 항체이다. 통상적으로, 비인간 항체는 모 비인간 항체의 특이성 및 친화도를 보유하면서 인간에 대한 면역원성을 감소시키도록 인간화된다. 일반적으로, 인간화된 항체는 HVR, 예를 들어 CDR(또는 이의 일부)이 비인간 항체로부터 유래되고, FR(또는 이의 일부)이 인간 항체 서열로부터 유래된 하나 이상의 가변 도메인을 포함한다. 인간화된 항체는 임의로 또한 인간 불변 영역의 적어도 일부를 포함할 것이다. 몇몇 실시형태에서, 인간화된 항체에서의 몇몇 FR 잔기는, 예를 들어 항체 특이성 또는 친화도를 복원하거나 개선하도록, 비인간 항체(예를 들어, HVR 잔기가 유래된 항체)로부터의 상응하는 잔기에 의해 치환된다.
인간화된 항체 및 이를 제조하는 방법이, 예를 들어, 하기에서 검토되고: Almagro and Fransson, (Front.Biosci.13:1619-1633, 2008), 그리고, 예를 들어, 하기에 추가로 기재된다: Riechmann 등 (Nature 332:323-329, 1988); Queen 등 (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:10029-10033, 1989); 미국 특허 번호 5, 821,337, 7,527,791, 6,982,321, 및 7,087,409; Kashmiri 등 (Methods 36:25-34, 2005) (특이성 결정 영역 (SDR) 그라프팅을 기술함); Padlan, (Mol. Immunol. 28:489-498, 1991) ("재표면화"를 기술함); Dall'Acqua 등 (Methods 36:43-60, 2005) ("FR 셔플링"을 기술함); Osbourn 등 (Methods 36:61-68, 2005), 및 Klimka 등 (Br.J. Cancer, 83:252-260, 2000) (FR 셔플링에 대한 "유도된 선택" 접근법을 기술함).
인간화를 위해 사용될 수 있는 인간 프레임워크 영역에는 비제한적으로 하기를 포함한다: "최적화" 방법을 사용하여 선택된 프레임워크 영역 (하기 참고: 예를 들어, Sims 등 J. Immunol. 151:2296, 1993); 경쇄 또는 중쇄 가변 영역의 특정 하위그룹의 인간 항체의 공통 서열로부터 유래된 프레임워크 영역 (하기 참고: 예를 들어, Carter 등 Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285, 1992; 및 Presta 등 J. Immunol., 151:2623, 1993); 인간 성숙한 (체세포 돌연변이된) 프레임워크 영역 또는 인간 생식계열 프레임워크 영역 (하기 참고: 예를 들어, Almagro and Fransson, Front.Biosci.13:1619-1633, 2008); 및 FR 라이브러리를 스크리닝함으로부터 유래된 프레임워크 영역 (하기 참고: 예를 들어, Baca 등, J. Biol. Chem.272:10678-10684, 1997; 및 Rosok 등 J. Biol. Chem.271:22611-22618, 1996).
iv. 인간 항체
특정 구현예에서, 본 명세서에 제공된 항체 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 항-PD-1 항체, 또는 항-TGF-β 항체)는 인간 항체이다. 인간 항체는 당업계에서 알려진 다양한 기술을 사용하여 생산될 수 있다. 인간 항체는 일반적으로 하기에 기재된다: van Dijk and van de Winkel, (Curr.Opin.Pharmacol.5:368-74, 2001) 및 Lonberg (Curr.Opin.Immunol. 20:450-459, 2008).
인간 항체는 항원성 시험감염에 반응하여 인간 가변 영역을 갖는 온전한 인간 항체 또는 온전한 항체를 제조하기 위해 변형된 전이유전자 동물에 면역원을 투여함으로써 제조될 수 있다. 이러한 동물은 통상적으로, 내인성 면역글로불린 유전좌위를 대체하거나, 염색체외 존재하거나 무작위로 동물의 염색체로 통합된, 인간 면역글로불린 유전좌위의 전부 또는 일부를 함유한다. 이러한 전이유전자 마우스에서, 내인성 면역글로불린 유전좌위는 일반적으로 불활성화된다. 형질전환 동물로부터 인간 항체를 획득하는 방법의 검토에 대하여, 하기를 참고한다: Lonberg, (Nat. Biotech.23:1117-1125, 2005). 또한 하기를 참고한다: 예를 들어, 미국특허 번호 6,075,181 및 6,150,584로 XENOMOUSETM 기술을 설명함; 미국특허 제 5,770,429호(HUMAB® 기술을 설명함); 미국특허 제7,041,870호(K-M MOUSE® 기술을 설명함), 및 미국특허 출원 공보 번호 US 2007/0061900(VELOCIMOUSE® 기술을 설명함)을 참고한다. 이러한 동물에 의해 생성된 온전한 항체로부터의 인간 가변 영역은 예를 들어 상이한 인간 불변 영역과 조합함으로써 추가로 변형될 수 있다.
인간 항체는 또한 하이브리도마 기반 방법에 의해 제조될 수 있다. 인간 단일클론 항체의 제조를 위한 인간 골수종 및 마우스-인간 이종골수종 세포주가 기재되어 있다. 하기 참고: 예를 들어, Kozbor, (J. Immunol. 133:3001, 1984); Brodeur 등 ((Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63, Marcel Dekker, Inc., New York, 1987); 및 Boerner 등 (J. Immunol., 147:86, 1991). 인간 B-세포 하이브리도마 기술을 통해 생성된 인간 항체가 또한 Li 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562, 2006에 기재되어 있다. 추가의 방법은, 예를 들면, 하기에 기술된 것들을 포함한다: 미국특허 번호 7,189,826 (하이브리도마 세포주로부터 단클론성 인간 IgM 항체의 생산을 설명함) 및 Ni, (Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268, 2006) (인간-인간 하이브리도마를 설명함). 인간 하이브리도마 기술 (Trioma technology)은 또한 Vollmers and Brandlein, (Histology and Histopathology, 20(3):927-937, 2005) 및 Vollmers and Brandlein, (Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91, 2005)에 기재되어 있다.
인간 항체는 또한 인간 유래된 파지 디스플레이 라이브러리로부터 선택된 Fv 클론 가변 도메인 서열을 단리함으로써 생성될 수 있다. 이후, 이러한 가변 도메인 서열은 원하는 인간 불변 도메인과 조합될 수 있다. 항체 라이브러리로부터 인간 항체를 선택하는 기법은 하기 기재되어 있다.
v. 라이브러리-유래 항체
항체 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 항-PD-1 항체, 또는 항-TGF-β 항체)는 원하는 활성 또는 활성들을 갖는 항체에 대한 조합 라이브러리를 스크리닝함에 의해 단리될 수 있다. 예를 들어, 파지 디스플레이 라이브러리를 생성하고, 원하는 결합 특징을 보유하는 항체에 대해 이러한 라이브러리를 스크리닝하기 위한 다양한 방법이 공지되어 있다. 이러한 방법은, 예를 들어, Hoogenboom 등 (Methods in Molecular Biology 178:1-37, O'Brien 등, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001)에서 검토되고, 예를 들어, 하기에 추가로 설명되어 있다: McCafferty 등 (Nature 348:552-554, 1990); Clackson 등 (Nature 352:624-628, 1991); Marks 등 (J. Mol. Biol. 222:581-597, 1992); Marks and Bradbury, (Methods in Molecular Biology 248:161-175, Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003); Sidhu 등 (J. Mol. Biol. 338(2):299-310, 2004); Lee 등 (J. Mol. Biol. 340(5):1073-1093, 2004); Fellouse, (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34):12467-12472, 2004); 및 Lee 등 (J. Immunol. Methods 284(1-2):119-132, 2004).
특정 파아지 디스플레이 방법에서, VH 및 VL 유전자의 레퍼토리는 중합효소 연쇄 반응 (PCR)에 의해 별도로 클로닝되고 파아지 라이브러리에서 무작위로 재조합되고, 이것은 그 다음 하기에 기재된 바와 같이 항원-결합 파아지에 대해 선별될 수 있다: Winter 등 (Ann.Rev. Immunol., 12:433-455, 1994). 파지는 통상적으로 단쇄 Fv(scFv) 단편으로서 또는 Fab 단편으로서 항체 단편을 디스플레이한다. 면역화된 소스로부터의 라이브러리는 하이브리도마를 구축하는 것의 필요 없이 면역원에 고친화도 항체를 제공한다. 대안적으로, 고유한 레퍼토리는 (예를 들어, 인간으로부터) 클로닝되어 하기에 의해 기재된 바와 같이 임의의 면역화 없이 광범위한 비-자가 및 자가 항원에 대한 항체의 단일 원천을 제공할 수 있다: Griffiths 등 (EMBO J, 12:725-734, 1993). 마지막으로, 고유한 라이브러리는 또한 줄기 세포로부터 재배열되지 않은 V-유전자 분절을 클로닝하고, 하기에 기재된 바와 같이 고도로 가변성 CDR3 영역을 인코딩하고 시험관내에서 재배열을 달성하도록 랜덤 서열을 함유하는 PCR 프라이머를 사용함에 의해 합성으로 제조될 수 있다: Hoogenboom and Winter, (J. Mol. Biol., 227:381-388, 1992). 인간 항체 파아지 라이브러리를 기재하는 특허 공보는 예를 들어, 다음의 문헌을 포함한다:미국 특허 번호 5,750,373, 및 미국 특허 공개 번호 2005/0079574, 2005/0119455, 2005/0266000, 2007/0117126, 2007/0160598, 2007/0237764, 2007/0292936, 및 2009/0002360.
인간 항체 라이브러리로부터 단리된 항체 또는 항체 단편은 본 명세서에서 인간 항체 또는 인간 항체 단편으로 생각된다.
vi. 다중특이적 항체
상기 양태 중 임의의 하나에서, 본 명세서에서 제공된 항체 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 항-PD-1 항체, 또는 항-TGF-β 항체)는 다중특이적 항체, 예를 들어, 이중특이적 항체일 수 있다. 다중특이적 항체는 적어도 2개의 상이한 부위에 대한 결합 특이성을 갖는 단일클론 항체이다. 특정 구현예에서, 본원에서 제공된 항체는 다중특이적 항체, 예를 들면, 이중특이적 항체이다. 특정 구현예에서, 결합 특이성 중 하나는 PD-L1에 대한 것이고 다른 것은 임의의 다른 항원에 대한 것이다. 특정 구현예에서, 결합 특이성 중 하나는 TGF-β에 대한 것이고 다른 것은 임의의 다른 항원에 대한 것이다. 특정 구현예에서, 이중특이적 항체는 PD-L1의 2개의 상이한 에피토프에 결합할 수 있다. 특정 구현예에서, 이중특이적 항체는 TGF-β의 2개의 상이한 에피토프에 결합할 수 있다. 이중특이적 항체는 또한 PD-L1 또는 TGF-β를 발현하는 세포에 대해 세포독성 약물를 국재화하기 위해 사용될 수 있다. 이중특이적 항체는 전장 항체 또는 항체 단편으로서 제조될 수 있다.
다중특이적 항체를 제조하기 위한 기술은 비제한적으로 하기를 포함한다: 상이한 특이성을 갖는 2개의 면역글로불린 중쇄-경쇄 쌍의 재조합 동시 발현 (하기 참고: Milstein and Cuello, Nature 305:537, 1983), WO 93/08829 및 Traunecker 등 EMBO J. 10:3655, 1991), 및 "크놉-인-홀" 가공 (하기 참고: 예를 들면, 미국특허 번호 5,731,168). 다중-특이적 항체는 또한 하기에 의해 제조될 수 있다: 항체 Fc-헤테로이량체성 분자를 제조하기 위한 정전기 조향 효과를 조작하는 것 (하기 참고: 예를 들어, WO 2009/089004A1); 2 또는 그 초과 항체 또는 단편을 가교결합하는 것 (하기 참고: 예를 들어, 미국 특허 번호 4,676,980, 및 Brennan 등 Science 229:81, 1985); 이중특이적 항체를 생산하기 위해 류신 지퍼를 사용하는 것 (하기 참고: 예를 들어, Kostelny 등 J. Immunol. 148(5):1547-1553, 1992); 이중특이적 항체 단편을 제조하기 위해 "디아바디" 기술을 사용하는 것 (하기 참고: 예를 들어, Hollinger 등 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448, 1993); 및 단일-사슬 Fv (sFv) 이량체를 사용하는 것 (하기 참고: 예를 들어, Gruber 등 J. Immunol. 152:5368, 1994); 및 예를 들어, 하기에 기재된 바와 같이, 삼중특이적 항체를 제조하는 것: Tutt 등 J. Immunol. 147:60, 1991).
"옥토퍼스 항체"를 포함하는, 3개 이상의 기능성 항원 결합 부위를 갖는 가공된 항체는 또한 본원에 포함된다(하기 참조: 예를 들어 US 2006/0025576A1).
본원에서 항체 또는 단편은 PD-L1 및 또 다른 상이한 항원에 결합하는 항원 결합 부위를 포함하는 "이원 작용 FAb" 또는 "DAF"를 포함한다. 본원에서 항체 또는 단편은 VEGF 및 또 다른, 상이한 항원에 결합하는 항원 결합 부위를 포함하는 "이원 작용 FAb" 또는 "DAF"를 포함한다.
vii. 항체 변이체
특정 구현예에서, 항체 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 항-PD-1 항체, 및 항-TGF-β 항체)의 아미노산 서열 변이체가 고려된다. 예를 들어, 항체의 결합 친화도 및/또는 다른 생물학적 특성을 개선하는 것이 바람직할 수 있다. 항체의 아미노산 서열 변이체는 항체를 코딩하는 뉴클레오타이드 서열로 적절한 변형을 도입함으로써 또는 펩타이드 합성에 의해 제조될 수 있다. 이러한 변형은 예를 들어 항체의 아미노산 서열 내의 잔기로부터의 결실 및/또는 이것으로의 삽입 및/또는 이것의 치환을 포함한다. 결실, 삽입, 및 치환의 임의의 조합은 최종 작제물이 원하는 특징, 예를 들어, 항원-결합을 보유하는 경우, 최종 작제물에 도달하도록 이뤄질 수 있다.
a. 치환, 삽입 및 결실 변이체
소정의 실시형태에서, 하나 이상의 아미노산 치환을 갖는 항체 변이체가 제공된다. 치환 돌연변이유발에 대한 관심 대상의 부위는 HVR 및 FR을 포함하다. 보존적 치환은 "바람직한 치환"의 제목하에 표 6에서 보여준다. 보다 실질적 변화는 "예시적 치환"의 표제하에 표 6에 제공되고, 추가로 아미노산 측쇄 부류를 참조로 하기에 기재된 바와 같다. 아미노산 치환이 관심 항체 내로 도입될 수 있고, 원하는 활성, 예를 들어, 유지된/개선된 항원 결합, 감소된 면역원성, 또는 개선된 ADCC 또는 CDC에 대하여 스크리닝될 수 있다.
표 6:예시적이고 바람직한 아미노산 치환
Figure pct00009
아미노산은 공통 측쇄 특성에 따라 그룹화될 수 있다:
(1) 소수성:노르류신, Met, Ala, Val, Leu, Ile;
(2) 중성 친수성:Cys, Ser, Thr, Asn, Gin;
(3) 산성:Asp, Glu;
(4) 염기성:His, Lys, Arg;
(5) 사슬 배향에 영향을 미치는 잔기:Gly, Pro;
(6) 방향족:Trp, Tyr, Phe.
비보존적 치환은 또 다른 클래스에 대해 이 클래스의 하나의 구성원을 교환하는 것을 포함할 것이다.
치환형 변이체의 한 유형은 친계 항체 (예를 들면 인간화 또는 인간 항체)의 하나 또는 그 초과 초가변 영역 잔기의 치환을 포함한다. 일반적으로 추가의 연구를 위해 선택된 수득한 변이체(들)은 모 항체와 비교하여 특정 생물학적 성질 (예를 들어, 증가된 친화도, 및/또는 감소된 면역원성)에서 변형(예를 들어, 개선)을 갖고/갖거나 상기 모 항체의 특정 생물학적 성질을 실질적으로 보유한다. 예시적인 치환형 변이체는, 예컨대, 본원에 기재된 것과 같은 파아지 디스플레이-기반의 친화도 성숙 기술을 사용하여, 간편하게 생성될 수 있는 친화도 성숙된 항체이다. 간단히, 하나 이상의 HVR 잔기는 돌연변이화되고 파아지에서 변이체 항체 표시되고 특정한 생물학적 활성 (예를 들면, 결합 친화도)에 대하여 스크리닝된다.
예를 들어, 항체 친화도를 개선하기 위해 HVR에서 변경(예를 들어, 치환)이 이루어질 수 있다. 이와 같은 변경은 HVR "핫스팟" 즉, 체세포 성숙 과정 동안 높은 빈도로 돌연변이를 당한 코돈에 의해 인코딩된 잔기 (예를 들어, Chowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196, 2008 참고), 및/또는 결합 친화도에 대해 시험되어 진 얻어진 변이체 VH 또는 VL과 항원을 접촉시킨 잔기에서 제조될 수 있다. 이차 라이브러리로부터 구축되고 재선정함에 의한 친화도 성숙이, 예를 들어, Hoogenboom 등 (Methods in Molecular Biology 178:1-37, O'Brien 등, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001)에 기재되어 졌다. 친화도 성숙의 몇몇 실시형태에서, 다양성은 임의의 다양한 방법(예를 들어, 오차 발생이 쉬운 PCR, 사슬 셔플링 또는 올리고뉴클레오타이드 지시된 돌연변이유발)에 의해 성숙에 대해 선택된 가변 유전자로 도입된다. 이후, 2차 라이브러리가 생성된다. 이후, 라이브러리는 원하는 친화도를 갖는 임의의 항체 변이체를 확인하도록 스크리닝된다. 다양성을 도입하기 위한 또 다른 방법은 HVR 지시된 접근법을 수반하고, 여기서 몇몇 HVR 잔기(예를 들어, 한 번에 4개 내지 6개의 잔기)가 랜덤화된다. 항원 결합에 관여된 HVR 잔기는 구체적으로 예를 들어 알라닌 스캐닝 돌연변이유발 또는 모델링을 이용하여 확인될 수 있다. CDR-H3 및 CDR-L3은 특히 자주 표적화된다.
소정의 실시형태에서, 이러한 변경이 항원에 결합하는 항체의 능력을 실질적으로 감소시키지 않는 한, 하나 이상의 HVR 내에 치환, 삽입 또는 결실이 발생할 수 있다. 예를 들어, 결합 친화도를 실질적으로 감소시키지 않는 보존적 변경(예를 들어, 본 명세서에 제공된 바와 같은 보존적 치환)은 HVR에서 이루어질 수 있다. 상기 변경은, 예를 들면, HVR에서 항원 접촉 잔기의 외부일 수 있다. 상기 제공된 변이체 VH 및 VL 서열의 소정의 실시형태에서, 각각의 HVR은 비변경되거나, 1개, 2개 또는 3개 이하의 아미노산 치환을 함유한다.
돌연변이유발에 대해 표적화될 수 있는 항체의 잔기 또는 영역의 확인을 위한 유용한 방법은 Cunningham and Wells (Science, 244:1081-1085, 1989)에 의해 기재된 바와 같이 "알라닌 스캐닝 돌연변이유발"로 불린다. 상기 방법에서, 잔기 또는 표적 잔기들 그룹 (예를 들어, Arg, Asp, His, Lys, 및 Glu와 같은 하전된 잔기들)은 중성 또는 음으로 하전된 아미노산(예를 들어, 알라닌 또는 폴리알라닌)에 의해 동정되고 대체되어 항체와 항원의 상호작용이 영향받는지를 계측한다. 추가의 치환은 아미노산 위치에서 도입될 수 있어서 초기 치환에 대한 작용기 민감도를 나타낸다. 대안적으로, 또는 추가적으로, 항체와 항원 사이의 접촉 점을 확인하기 위한 항원-항체 복합체의 결정 구조.이러한 접촉 잔기 및 이웃하는 잔기는 치환에 대한 후보로서 표적화되거나 제거될 수 있다. 변이체는 이것이 원하는 특성을 함유하는지를 결정하기 위해 스크리닝될 수 있다.
아미노산 서열 삽입은 1개의 잔기 내지 100개 이상의 잔기를 함유하는 폴리펩타이드의 길이의 범위의 아미노 및/또는 카복실 말단 융합, 및 단일 또는 다수의 아미노산 잔기의 서열내 삽입을 포함한다. 말단 삽입의 예는 N 말단 메티오닐 잔기를 갖는 항체를 포함한다. 항체 분자의 다른 삽입 변이체는 항체의 혈청 반감기를 증가시키는 효소 (예를 들어, ADEPT에 대한 것) 또는 폴리펩타이드에 항체의 N- 또는 C-말단에 대한 융합을 포함한다.
b. 글라이코실화 변이체
특정 구현예에서, 본 발명의 항체는 항체가 글리코실화된 정도를 증가시키거나 감소시키기 위해 변경될 수 있다. 본 발명의 항체에 대한 글리코실화 부위의 부가 또는 결실은 하나 이상의 글리코실화 부위가 생성되거나 제거되도록 아미노산 서열을 변경시킴으로써 간편하게 달성될 수 있다.
항체가 Fc 영역을 포함할 때, 이것에 부착된 탄수화물은 변경될 수 있다. 포유류 세포에 의해 제조된 네이티브 항체는 통상적으로 N-연결에 의해 일반적으로 Fc 영역의 CH2 도메인의 Asn297에 부착된 분지된 2안테나(biantennary) 올리고사카라이드를 포함한다. 하기 참고: 예를 들어, Wright 등 TIBTECH 15:26-32, 1997. 올리고사카라이드는 다양한 탄수화물, 예를 들어 만노스, N-아세틸 글루코사민(GlcNAc), 갈락토스 및 시알산, 및 2안테나 올리고사카라이드 구조의 "줄기"에서 GlcNAc에 부착된 푸코스를 포함할 수 있다. 몇몇 실시형태에서, 소정의 개선된 특성을 갖는 항체 변이체를 생성하기 위해 본 발명의 항체에서의 올리고사카라이드의 변형이 이루어질 수 있다.
일 실시형태에서, Fc 영역에 (직접적으로 또는 간접적으로) 부착된 푸코스가 결여된 탄수화물 구조를 갖는 항체 변이체가 제공된다. 예를 들어, 이러한 항체에서의 푸코스의 양은 1% 내지 80%, 1% 내지 65%, 5% 내지 65% 또는 20% 내지 40%일 수 있다. 푸코스의 양은 예를 들어 WO　2008/077546에 기재된 바와 같이, MALDI-TOF 질량 분광분석법에 의해 측정된 Asn 297에 부착된 모든 당구조 (예를 들어 복합체, 하이브리드 및 높은 만노스 구조)의 합에 비하여, Asn297에서 당 사슬 내의 푸코스의 평균 양을 계산함에 의해 결정된다. Asn297은 Fc 영역에서의 대략 위치 297 (Fc 영역 잔기의 Eu 넘버링)에 배치된 아스파라긴 잔기를 지칭하지만; 그러나, Asn297은, 항체내 작은 서열 변이로 인해, 위치 297의 약 ± 3 아미노산 업스트림 또는 다운스트림, 즉, 위치 294 와 300 사이에 또한 배치될 수 있다. 이러한 푸코실화 변이체는 개선된 ADCC 기능을 가질 수 있다. 하기를 참고한다: 예를 들어, 미국특허 공보 번호 S 2003/0157108; US 2004/0093621. "탈푸코실화된" 또는 "푸코스-결핍" 항체 변이체와 관련된 공보의 예는 다음을 포함한다:US 2003/0157108; WO 2000/61739; WO 2001/29246; US 2003/0115614; US 2002/0164328; US 2004/0093621; US 2004/0132140; US 2004/0110704; US 2004/0110282; US 2004/0109865; WO 2003/085119; WO 2003/084570; WO 2005/035586; WO 2005/035778; WO2005/053742; WO2002/031140; Okazaki 등 (J. Mol. Biol. 336:1239-1249, 2004); 및 Yamane-Ohnuki 등 (Biotech.Bioeng.87:614, 2004). 탈푸코실화된 항체를 생산할 수 있는 세포주의 예는 하기를 포함한다: 단백질 푸코실화에서 결핍된 Lec13 CHO 세포 (Ripka 등 Arch.Biochem.Biophys.249:533-545, 1986); 미국특허 출원No. US 2003/0157108 A1; 및 WO　2004/056312 A1, especially at Example 11), and knockout cell lines, such as alpha-1,6-fucosyltransferase gene, FUT8, knockout CHO cells (see, e.g., Yamane-Ohnuki 등 Biotech.Bioeng.87:614, 2004; Kanda, Y. 등 Biotechnol.Bioeng.94(4):680-688, 2006; 및 WO 2003/085107).
항체 변이체는, 예를 들어 항체의 Fc 영역에 부착된 2분지 올리고당이 GlcNAc에 의해 이등분된, 이등분된 올리고당으로 추가적으로 제공된다. 이러한 항체 변이체는 감소된 푸코실화 및/또는 개선된 ADCC 기능을 가질 수 있다. 이와 같은 항체 변이체의 예는, 예를 들어, WO 2003/011878; 미국 특허 번호 6,602,684; 및 US 2005/0123546에 기재되어 있다. Fc 영역에 부착된 올리고사카라이드에서 적어도 하나의 갈락토스 잔기를 갖는 항체 변이체가 또한 제공된다. 이러한 항체 변이체는 개선된 CDC 기능을 가질 수 있다. 이와 같은 항체 변이체는, 예를 들어, WO 1997/30087; WO 1998/58964; 및 WO 1999/22764에 기재되어 있다.
c. Fc 영역 변이체
특정 구현예에서, 하나 이상의 아미노산 변형이 본 발명의 항체의 Fc 영역에 도입되어, Fc 영역 변이체를 생성할 수 있다. Fc 영역 변이체는 하나 또는 그 이상의 아미노산 위치에서 아미노산 변형 (가령, 치환)을 포함하는 인간 Fc 영역 서열 (가령, 인간 IgG1, IgG2, IgG3 또는 IgG4 Fc 영역)을 포함할 수 있다.
소정의 실시형태에서, 본 발명은, 이것이 생체내 항체의 반감기가 중요한 분야에 바람직한 후보가 되게 하지만, 소정의 효과기 기능(예컨대, 보체 및 ADCC)이 불필요하거나 해로운, 모두가 아닌 몇몇 효과기 기능을 보유하는 항체 변이체를 고려한다. 시험관내 및/또는 생체내 세포독성 검정은 CDC 및/또는 ADCC 활성의 감소/고갈을 확인하도록 수행될 수 있다. 예를 들어, Fc 수용체(FcR) 결합 검정은 항체가 FcγR 결합이 결여되지만(그러므로 아마도 ADCC 활성이 결여), FcRn 결합 능력을 보유한다는 것을 보장하도록 수행될 수 있다. NK 세포인 ADCC를 매개하기 위한 1차 세포는 오직 FcγRIII을 발현하는 한편, 단핵구는 FcγRI, FcγRII 및 FcγRIII을 발현한다. 조혈 세포에 대한 FcR 발현은 하기 문헌의 464면의 표 3에 요약되어 있다: Ravetch and Kinet, (Annu.Rev. Immunol. 9:457-492, 1991). 해당 분자의 ADCC 활성을 평가하기 위한 시험관내 검정의 비-제한적인 예는 하기에 기재된다: 미국특허 번호 5,500,362 (하기 참고: 예를 들어, Hellstrom, I. 등 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83:7059-7063, 1986) 및 Hellstrom, I 등 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:1499-1502, 1985; 미국특허 번호 5,821,337; Bruggemann 등 J. Exp. Med. 166:1351-1361, 1987). 대안적으로, 하기와 같은 비-방사능활성 검정 방법이 사용될 수 있다: 예를 들어, 유동 세포측정을 위한 ACTI™ 비-방사능활성 세포독성 검정 (CellTechnology, Inc.Mountain View, CA); 및 CYTOTOX 96® 비 방사성 세포독성 검정 (Promega, Madison, WI). 이러한 검정에 유용한 효과기 세포는 말초 혈액 단핵 세포(PBMC) 및 천연 살해(NK) 세포를 포함한다. 대안적으로, 또는 추가로, 관심 분자의 ADCC 활성은 생체내, 예를 들어, Clynes 등 (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95:652-656, 1998)에서 개시된 것과 같이 동물 모델에서 평가될 수 있다. C1q 결합 검정은 항체가 C1q에 결합할 수 없고 그러므로 CDC 활성이 결여된다는 것을 확인하도록 또한 수행될 수 있다. 예를 들어, WO　2006/029879 및 WO　2005/100402 내의 C1q 및 C3c 결합 ELISA를 참조. 보체 활성화를 평가하기 위해, CDC 검정이 수행될 수 있다 (하기 참고: 예를 들어, Gazzano-Santoro 등 J. Immunol. Methods 202:163, 1996; Cragg 등 Blood.101:1045-1052, 2003; 및 Cragg 등 Blood.103:2738-2743, 2004). FcRn 결합 및 생체내 청소능/반감기 결정은 또한 당해 분야에서 알려진 방법을 사용하여 수행될 수 있다 (하기 참고: 예를 들어, Petkova 등 Int'l.Immunol. 18(12):1759-1769, 2006).
감소된 효과기 기능을 가진 항체는 하나 이상의 Fc 영역 잔기 238, 265, 269, 270, 297, 327 및 329의 치환을 갖는 것들을 포함한다 (미국특허 번호 6,737,056 및 8,219,149). 상기 Fc 돌연변이체는, 알라닌에 대하여 잔기 265 및 297의 치환을 갖는 소위 "DANA" Fc 돌연변이체를 포함하여, 2 또는 그 초과의 아미노산 위치 265, 269, 270, 297 및 327에서 치환을 갖는 Fc 돌연변이체를 포함한다 (미국 특허 번호 7,332,581 및 8,219,149).
FcR로의 개선되거나 감소된 결합을 갖는 특정 항체 변이체가 기재되어 있다 (예를 들어, 참고: 미국특허 번호 6,737,056; WO 2004/056312, 및 Shields 등, J. Biol. Chem.9(2):6591-6604, 2001).
소정의 실시형태에서, 항체 변이체는 ADCC를 개선하기 위해 하나 이상의 아미노산 치환, 예를 들어 Fc 영역의 298번, 333번, 및/또는 334번 위치(잔기의 EU 넘버링)에서의 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다.
일부 구현예에서, 변경은 예를 들어 하기에 기재된 바와 같이, 변경된 (즉, 개선된 또는 줄어든) C1q 결합 및/또는 보체 의존적 세포독성 (CDC)을 초래하는 Fc 영역에서 이루어 진다: 미국 특허 번호 6,194,551, WO　99/51642, 및 Idusogie 등 (J. Immunol. 164:4178-4184, 2000).
증가된 반감기 및 태아로 모계 IgG의 전이를 담당하는 신생아 Fc 수용체 (FcRn)에 대한 개선된 결합을 갖는 항체 (Guyer 등, J. Immunol. 117:587, 1976; 및 Kim 등 J. Immunol. 24:249, 1994)는 하기에서 기재되어 있다: 미국공보번호 2005/0014934A1. 이 항체는 FcRn에 대한 Fc 영역의 결합을 개선하는 내부에 하나 이상의 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다. 상기 Fc 변이체는 Fc 영역 잔기: 238, 256, 265, 272, 286, 303, 305, 307, 311, 312, 317, 340, 356, 360, 362, 376, 378, 380, 382, 413, 424 또는 434의 하나 이상에서 치환, 예를 들면, Fc 영역 잔기 434의 치환을 갖는 것을 포함한다 (미국특허 번호 7,371,826).
또한 Fc 영역 변이체의 다른 예에 관한 Duncan 및 Winter, (Nature 322:738-40, 1988); 미국특허 번호 5,648,260; 미국특허 번호 5,624,821; 및 WO 94/29351를 참조한다.
d. 시스테인 조작된 항체 변이체
특정 구현예에서, 시스테인이 가공된 항체, 예컨대, "thioMAb"(항체의 하나 이상의 잔기가 시스테인 잔기로 치환된 것임)를 형성하는 것이 바람직할 수 있다. 특정한 실시형태에서, 치환된 잔기는 항체의 접근 가능한 부위에서 발생한다. 이 잔기를 시스테인에 의해 치환함으로써, 반응성 티올기는 이로써 항체의 접근 가능한 부위에 위치하고, 본 명세서에 추가로 기재된 바대로 면역접합체를 생성하기 위해 다른 모이어티, 예컨대 약물 모이어티 또는 링커-약물 모이어티에 항체를 접합시키도록 사용될 수 있다. 특정 양태에서, 하기의 잔기들 중 임의의 하나 이상은 시스테인으로 치환될 수 있다:경쇄의 V205 (카밧 넘버링); 중쇄의 A118 (EU 넘버링); 및 중쇄 Fc 영역의 S400 (EU 넘버링). 시스테인 가공된 항체는, 예를 들면, 미국 특허 제7,521,541호에 기재된 바와 같이 생성될 수 있다.
e. 항체 유도체
소정의 실시형태에서, 본 명세서에 제공된 항체는 당해 분야에 공지되고 용이하게 이용 가능한 추가적인 비단백질성 모이어티를 함유하도록 추가로 변형될 수 있다. 항체의 유도체화에 적합한 모이어티는 수용성 중합체를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 수용성 폴리머의 비제한적 예에는, 비제한적으로, 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 에틸렌 글리콜/프로파일렌 글리콜의 코폴리머, 카복시메틸셀룰로스, 덱스트란, 폴리비닐 알코올, 폴리비닐 피롤리돈, 폴리-1,3-디옥솔란, 폴리-1,3,6-트리옥산, 에틸렌/말레산 무수물 코폴리머, 폴리아미노산(호모폴리머 또는 랜덤 코폴리머), 및 덱스트란 또는 폴리(n-비닐피롤리돈)폴리에틸렌 글리콜, 프로프로파일렌 글리콜 호모폴리머, 프롤리프로파일렌 옥사이드/에틸렌 옥사이드 코폴리머, 폴리옥시에틸화된 폴리올(예컨대, 글리세롤), 폴리비닐 알코올 및 이들의 혼합물이 포함된다. 폴리에틸렌 글라이콜 프로피온알데하이드는 물 중의 이의 안정성으로 인해 제조에서 이점을 가질 수 있다. 중합체는 임의의 분자량일 수 있고, 분지 또는 비분지될 수 있다. 항체에 부착된 폴리머의 수는 다양할 수 있고, 만일 1 초과 폴리머가 부착되면, 이들은 동일 또는 상이한 분자일 수 있다. 일반적으로, 유도체화에 사용된 중합체의 수 및/또는 유형은 개선하고자 하는 항체의 특정한 특성 또는 기능, 항체 유도체가 한정된 조건 하에 치료에 사용되는지 등(이들로 제한되지는 않음)을 포함하는 고려사항에 기초하여 결정될 수 있다.
또 다른 실시형태에서, 방사선에 대한 노출에 의해 선택적으로 가열될 수 있는 항체 및 비단백질성 모이어티의 접합체가 제공된다. 일 구현예에서, 비단백질성 모이어티는 탄소 나노튜브이다 (Kam 등 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102:11600-11605, 2005). 방사선은 임의의 파장일 수 있고, 보통의 세포에 해롭지 않지만, 항체-비단백질성 모이어티에 근위인 세포가 사멸되는 온도에서 비단백질성 모이어티를 가열시키는 파장을 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다.
f. 면역콘주게이트
본 발명은 또한 하나 이상의 세포독성 약물, 예컨대 화학치료제 또는 약물, 성장 억제성 제제, 독소 (예를 들어, 단백질 독소, 박테리아의 효소 활성 독소, 진균, 식물, 또는 동물 기원, 또는 이의 단편), 또는 방사성 동위원소에 접합된 본 명세서에서의 항체 (예를 들어, 항-PD-L1 항체, 항-PD-1 항체, 또는 항-TGF-β 항체)를 포함하는 면역접합체를 제공한다.
일 구현예에서, 면역콘주게이트는 항체가 비제한적으로 하기를 포함하는 하나 이상 상의 약물에 콘주게이트되는 항체-약물 콘주게이트 (ADC)이다: 메이탄시노이드(미국특허 번호 5,208,020 및 5,416,064 및 유럽 특허 EP 0 425 235 B1); 아우리스타틴, 예컨대 모노메틸아우리스타틴 약물 모이어티 DE 및 DF(MMAE 및 MMAF)(참고: 미국특허 번호 5,635,483, 5,780,588, 및 7,498,298); 돌라스타틴; 칼리케아미신 또는 이것의 유도체(참고: 미국특허 번호 5,712,374, 5,714,586, 5,739,116, 5,767,285, 5,770,701, 5,770,710, 5,773,001, 및 5,877,296; Hinman 등 Cancer Res.53:3336-3342, 1993; 및 Lode 등 Cancer Res.58:2925-2928, 1998); 안트라사이클린 예컨대 다우노마이신 또는 독소루비신 (하기 참고 Kratz 등 Current Med. Chem.13:477-523, 2006; Jeffrey 등 Bioorganic & Med. Chem.Letters 16:358-362, 2006; Torgov 등, Bioconj.Chem.16:717-721 (2005); Nagy 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:829-834 (2000); Dubowchik 등, Bioorg.& Med. Chem.Letters 12:1529-1532, 2002; King 등, J. Med. Chem.45:4336-4343, 2002; 및 미국미국 특허 번호 6,630,579); 메토트렉세이트; 빈데신; 탁산 예컨대 도세탁셀, 파클리탁셀, 라로탁셀, 테세탁셀, 및 오르타탁셀; 트리코테센; 및 CC1065.
또 다른 구현예에서, 면역콘주게이트는 디프테리아 A 쇄, 디프테리아 독소의 비결합 활성 단편, (슈도모나스 애루기노사(Pseudomonas aeruginosa)로부터의) 외독소 A 쇄, 리신 A 쇄, 아브린 A 쇄, 모덱신 A 쇄, 알파-사르신, 유동(알류라이테스 포르디) 단백질, 디안틴 단백질, 미국 자리공(Phytolaca americana) 단백질(PAPI, PAPII, 및 PAP-S), 모모르디카 카란티아(momordica charantia) 억제제, 쿠르신, 크로틴, 사파오나리아 오피시날리스(sapaonaria officinalis) 억제제, 젤로닌, 미토젤린, 레스트릭토신, 페노마이신, 에노마이신, 및 트리코테센을 포함하지만 이에 제한되지 않는 효소 활성 독소 또는 이의 단편에 콘주게이트된 본원에 기재된 바와 같은 항체를 포함한다.
또 다른 구현예에서, 면역콘주게이트는 본원에 기술된 바와 같이, 방사성 원자에 접합되어 방사콘주게이트를 형성하는 항체를 포함한다. 다양한 방사성 동위원소가 방사콘주게이트의 생산을 위해 사용가능하다. 그 예는 At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, Pb212 및 Lu의 방사성 동위원소를 포함한다. 방사콘주게이트가 검출을 위해 사용되는 경우, 이것은 신티그래프 연구를 위한 방사성 원자, 예를 들면 tc99m 또는 I123, 또는 핵자기 공명(NMR) 영상화(자기 공명 영상화, MRI 로도 공지됨)를 위한 스핀 표지, 예를 들면, 아이오딘-123, 아이오딘-131, 인듐-111, 불소-19, 탄소-13, 질소-15, 산소-17, 가돌리늄, 망간 또는 철을 포함할 수 있다. 항체 및 세포독성제의 콘주게이트는 다양한 이작용성 단백질 커플링제, 예를 들면, N-석신이미딜-3-(2-피리딜디티오) 프로피오네이트(SPDP), 석신이미딜-4-(N-말레이미도메틸) 사이클로헥산-1-카르복실레이트(SMCC), 이미노티올란(IT), 이미도에스테르의 이작용성 유도체(예를 들면, 디메틸 아디프이미데이트 HCl), 활성 에스테르(예를 들면, 디석신이미딜 수베레이트), 알데히드(예를 들면, 글루타르알데히드), 비스-아지도 화합물(예를 들면, 비스(p-아지도벤조일) 헥산디아민), 비스-디아조늄 유도체(예를 들면, 비스-(p-디아조늄벤조일)-에틸렌디아민), 디이소시아네이트(예를 들면, 톨루엔 2,6-디이소시아네이트), 및 비스-활성 불소 화합물(예를 들면, 1,5-디플루오로-2,4-디니트로벤젠)을 사용하여 제조될 수 있다. 예를 들어, 리신 면역독소는 Vitetta 등 (Science 238:1098, 1987)에 기재된 바와 같이 제조될 수 있다. 탄소-14-표지된 1-이소티오시아네이토벤질-3-메틸디에틸렌 트리아민펜타아세트산(MX-DTPA)이 항체에의 방사성 뉴클레오타이드의 콘주게이션을 위한 예시적인 킬레이트제이다. 참고: WO94/11026.상기 링커는 상기 세포에서 세포독성 약물의 방출을 용이하게 하는 "쪼개질 수 있는 링커"일 수 있다. 예를 들어, 산-불안정성 링커, 펩티다아제-민감한 링커, 광불안정적인 링커, 디메틸 링커 또는 디설파이드-함유 링커 (Chari 등 Cancer Res. 52:127-131, 1992; 및 미국특허 번호 5,208,020)가 사용될 수 있다.
본 명세서에서 면역접합체 또는 ADC는, 비제한적으로, 상업적으로 입수가능한 (예를 들어, Pierce Biotechnology, Inc., 미국 일리노이주 록퍼드 소재) BMPS, EMCS, GMBS, HBVS, LC-SMCC, MBS, MPBH, SBAP, SIA, SIAB, SMCC, SMPB, SMPH, 설포-EMCS, 설포-GMBS, 설포-KMUS, 설포-MBS, 설포-SIAB, 설포-SMCC, 및 설포-SMPB, 및 SVSB (석신이미딜-(4-비닐설폰)벤조에이트)를 포함한 가교결합제 시약으로 제조된 그와 같은 콘주게이트를 비제한적으로 명시적으로 고려한다.
D. 약제학적 제제
본 발명에 따라 사용된 치료제, 예를 들어, 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 예컨대 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제 예컨대 항-TGF-β 항체)의 치료적 제형은 원하는 정도의 순도를 갖는 치료제를 선택적인 약제학적으로 허용가능한 캐리어, 부형제, 또는 안정화제와 혼합함에 의해 동결건조된 제형 또는 수용액의 형태로 저장을 위해 제조된다. 제형에 관한 일반적인 정보에 대해서는, 예를 들어, 하기를 참고한다: Gilman 등 (eds.)The Pharmacological Bases of Therapeutics, 8th Ed., Pergamon Press, 1990; A.Gennaro (ed.),Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th Edition, Mack Publishing Co., Pennsylvania, 1990; Avis 등 (eds.)Pharmaceutical Dosage Forms:Parenteral Medications Dekker, New York, 1993; Lieberman 등 (eds.)Pharmaceutical Dosage Forms:Tablets Dekker, New York, 1990; Lieberman 등 (eds.),Pharmaceutical Dosage Forms:Disperse Systems Dekker, New York, 1990; 및 Walters (ed.)Dermatological and Transdermal Formulations (Drugs and the Pharmaceutical Sciences), Vol 119, Marcel Dekker, 2002.
허용가능한 캐리어, 부형제, 또는 안정화제는 투약량 및 이용된 농도에서 수령체에 대해 무독성이고, 완충액 예컨대 포스페이트, 시트레이트, 및 다른 유기 산; 아스코르브산 및 메티오닌을 포함한 산화방지제; 보존제 (예컨대 옥타데실디메틸벤질 염화암모늄; 헥사메토늄 클로라이드; 벤즈알코늄 클로라이드, 벤즈에토늄 클로라이드; 페놀, 부틸 또는 벤질 알코올; 알킬 파라벤 예컨대 메틸 또는 프로필 파라벤; 카테콜; 레조르시놀; 사이클로헥산올; 3-펜탄올; 및 m-크레졸); 저분자량 (약 10 잔기 미만) 폴리펩타이드; 단백질, 예컨대 혈청 알부민, 젤라틴, 또는 면역글로불린; 친수성 폴리머 예컨대 폴리비닐피롤리돈; 아미노산 예컨대 글리신, 글루타민, 아스파라긴, 히스티딘, 아르기닌, 또는 라이신; 단당류, 이당류, 및 글루코스, 만노스, 또는 덱스트린을 포함한 다른 탄수화물; 킬레이트제 예컨대 EDTA; 당류 예컨대 수크로스, 만니톨, 트레할로스 또는 소르비톨; 염 형성 반대 이온 예컨대 나트륨; 금속 착물 (예를 들어, Zn-단백질 복합체); 및/또는 비-이온성 계면활성제 예컨대 TWEEN™, PLURONICS™, 또는 폴리에틸렌 글리콜 (PEG)를 포함한다.
본원에서 제형은 또한 1 초과의 활성 화합물, 바람직하게는 서로 부정적으로 영향을 미치지 않는 상보적 활성을 갖는 것들을 포함할 수 있다. 이와 같은 약제의 유형 및 유효량은, 예를 들어, 제형 내에 존재하는 치료제의 양 및 유형, 및 환자의 임상 파라미터에 의존한다.
활성 성분은 또한, 예를 들어, 코아세르베이션 기술 또는 계면 중합에 의해 제조된 마이크로캡슐, 예를 들어, 하이드록시메틸셀룰로오스 또는 젤라틴-마이크로캡슐 및 폴리-(메틸메타실레이트) 마이크로캡슐, 각각에, 콜로이드성 약물 전달 시스템 (예를 들어, 리포좀, 알부민 미소구체, 마이크로에멀젼, 나노-입자 및 나노캡슐)에 또는 매크로에멀젼에 포집될 수 있다. 이와 같은 기술은 아래에서 개시되어 있다: Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A.Ed., 1980.
서방출성(sustained-release) 제제를 제조할 수 있다. 지속-방출 제제의 적합한 예는 그 매트릭스가 형상화된 물품, 예를 들어, 필름, 또는 마이크로캡슐의 형태로 된, 치료제를 함유하는 고체 소수성 폴리머의 반-침투성 매트릭스를 포함한다. 서방형 매트릭스의 예에는 폴리에스테르, 하이드로겔(예를 들면, 폴리(2-하이드록시에틸-메타크릴레이트), 또는 폴리(비닐알코올)), 폴리락타이드(미국특허 번호 3,773,919), L-글루탐산 및 γ 에틸-L-글루타메이트의 공중합체, 비-분해성 에틸렌-비닐 아세테이트, 분해성 락트산-글라이콜산 공중합체, 예컨대 LUPRON DEPOT™(락트산-글라이콜산 공중합체 및 류프롤라이드 아세테이트로 이루어진 주사형 마이크로구형체), 및 폴리-D-(-)-3-하이드록시부티르산이 포함된다.
생체내 투여를 위해 사용되어 지는 제형은 멸균되어야 한다. 이는 멸균된 여과 막을 통한 여과에 의해 용이하게 달성된다.
V. 제조 물품 및 키트
본 발명의 또 다른 양태에서, 개체의 치료, 예방, 진단, 및/또는 모니터링에 유용한 물질을 함유하는 키트 또는 제조 물품이 제공된다.
일부 사례에서, 이와 같은 키트 또는 제조 물품은 면역요법 (비제한적으로, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)를 포함함) 및/또는 억제성 기질 길항제 (비제한적으로, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체를 포함함)를 포함하는 항-암 요법으로부터 이점이 있을 수 있는 암 (비제한적으로, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암을 포함함)이 있는 개체를 확인하기 위해 사용될 수 있다. 이와 같은 제조 물품 또는 키트는 (a) 개체로부터의 샘플에서 표 1에 제시된 하나 이상의 유전자, 또는 이들의 임의의 조합 (예를 들어, 표 2-5 중 임의의 하나에 제시된 임의의 조합)의 발현 수준을 결정하기 위한 시약 및 (b) 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체를 확인하기 위해 상기 시약을 사용하는 지침을 포함할 수 있다. 추가의 양태에서, 제조 물품 또는 키트는 (a) 개체로부터의 샘플에서 표 1에 제시된 하나 이상의 유전자, 또는 이들의 임의의 조합 (예를 들어, 표 2-5 중 임의의 하나에 제시된 임의의 조합)의 발현 수준을 결정하기 위한 시약 및 (b) 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및/또는 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체)를 포함하는 항-암 요법으로 치료에 대해 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UC, 예를 들어, mUC), 신장암 (예를 들어, RCC), 폐암 (예를 들어, NSCLC), 간암, 난소암, 췌장 암 (예를 들어, PDAC), 결장직장암, 또는 유방암)이 있는 개체의 반응을 모니터 및/또는 평가하기 위해 상기 시약을 사용하는 지침을 포함할 수 있다.
기재된 임의의 키트 또는 제조 물품은 엄중히 감금되어 있는 하나 이상의 용기 수단 예컨대 바이알, 튜브, 및 동종의 것을 수용하도록 구분된 담체 수단을 포함할 수 있으며, 각각의 용기 수단은 본 방법에 사용되어 지는 별도 요소 중 하나를 포함한다. 제조 물품 또는 키트가 표적 핵산을 검출하기 위해 핵산 혼성화를 이용하는 경우, 상기 키트는 또한 상기 표적 핵산 서열의 증폭을 위한 뉴클레오타이드(들)를 함유하는 용기 및/또는 리포터-수단, 예컨대 효소적, 개화, 또는 방사성 동위원소 표지를 포함하는 용기를 가질 수 있다.
일부 사례에서, 제조 물품 또는 키트는 상기에 기재된 용기 및 완충액, 희석제, 필터, 니들, 주사기, 및 사용 지침이 있는 포장 삽입물을 포함하여, 상업적 및 사용자 관점에서 바람직한 물질을 포함하는 하나 이상의 다른 용기를 포함한다. 표지는 조성물이 특이적 적용에 대해 사용된다는 것을 나타내기 위해 용기 상에 존재할 수 있고, 또한 상기에 기재된 것들과 같은 생체내 또는 시험관내 사용을 위한 지시를 나타낼 수 있다. 예를 들어, 제조 물품 또는 키트는 약제학적으로-허용가능한 완충액, 예컨대 정균 주사용 물 (BWFI), 포스페이트-완충 식염수, 링거액, 및 덱스트로스 용액을 포함한 용기를 추가로 포함할 수 있다.
본 명세서에서 기재된 키트 또는 제조 물품은 수많은 구현예를 가질 수 있다. 일 사례에서, 키트 또는 제조 물품은 용기, 용기 상의 표지 및 상기 용기 내에 함유된 조성물을 포함하고, 상기 조성물은 엄격한 조건하에서 본 명세서에서 열거된 유전자 (예를 들어, 표 1에 제시된 유전자, 또는 표 2-5 제시된 유전자의 임의의 조합)의 보체에 대해 혼성화하는 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함하고, 상기 용기 상의 표지는 본 조성물이 샘플에 본 명세서에서 열거된 유전자 (예를 들어, 표 1에 제시된 유전자, 또는 표 2-5 제시된 유전자의 임의의 조합)의 존재를 평가하기 위해 사용될 수 있다는 것을 나타내고, 그리고 상기 키트는 특정 샘플 유형에서 유전자 RNA 또는 DNA의 존재를 평가하기 위해 폴리뉴클레오타이드(들)를 사용하는 지침을 포함한다.
올리고뉴클레오타이드-계 제조 물품 또는 키트 경우, 본 제조 물품 또는 키트는, 예를 들어, 하기를 포함할 수 있다:(1) 올리고뉴클레오타이드, 예를 들어, 단백질을 인코딩하는 핵산 서열에 혼성화하는, 검출가능하게 표지된 올리고뉴클레오타이드 또는 (2) 핵산 분자를 증폭시키는데 유용한 한 쌍의 프라이머.제조 물품 또는 키트는 또한, 예를 들어, 완충제, 보존제, 또는 단백질 안정화제를 포함할 수 있다. 제조 물품 또는 키트는 추가로 검출가능한 표지 (예를 들어, 효소 또는 기질)를 검출하는데 필요한 성분을 포함할 수 있다. 제조 물품 또는 키트는 또한 테스트 샘플에 대해 분석되고 비교될 수 있는 대조군 샘플 또는 일련의 대조군 샘플을 함유할 수 있다. 제조 물품 또는 키트의 각각의 성분은 개별 용기 내에 봉입될 수 있고 모든 다양한 용기는 키트를 사용하여 수행된 검정의 결과를 해석하는 지침과 함께 단일 패키지 내에 있을 수 있다.
하기를 포함하는 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하기 위한 키트가 본 명세서에 제공되며: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제, 예를 들어, 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체), 상기 키트는 하기를 포함한다:(a) 상기 개체로부터의 샘플에 표 1에 제시된 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22)의 발현 수준을 결정하기 위한 시약; 및, 선택적으로, (b) 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하기 위해 상기 시약을 사용하는 지침.
또 다른 예에서, 하기로의 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터링 및/또는 평가하기 위한 키트가 본 명세서에 제공되며: 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체), 상기 키트는 하기를 포함한다:(a) 상기 개체로부터의 샘플에 표 1에 제시된 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 또는 22)의 발현 수준을 결정하기 위한 시약; 및, 선택적으로, (b) 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터 및/또는 평가하기 위해 상기 시약을 사용하는 지침.
예를 들어, 하기로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하기 위한 키트가 본 명세서에 제공되며: 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체), 상기 키트는 하기를 포함한다:(a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준을 결정하기 위한 시약:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2; 및, 선택적으로, (b) 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하기 위해 상기 시약을 사용하는 지침.
여전히 또 다른 실시예에서, 하기로의 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터링 및/또는 평가하기 위한 키트가 본 명세서에 제공되며: 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체), 상기 키트는 하기를 포함한다:(a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6) 의 발현 수준을 결정하기 위한 시약:ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2; 및, 선택적으로, (b) 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터 및/또는 평가하기 위해 상기 시약을 사용하는 지침.
임의의 이전의 구현예에서, 본 키트는 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6)의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 키트 는 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트 는 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 2개, 예를 들어, 표 2에 도시된 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트 는 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 3개, 예를 들어, 표 3에 도시된 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트 는 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 4개, 예를 들어, 표 4에 도시된 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트 는 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2 중 5개, 예를 들어, 표 5에 도시된 예시적인 조합 중 임의의 것의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 키트 는 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하기 위한 시약을 포함한다.
임의의 이전 방법에서, 본 키트는 TGFB1 및/또는 TGFBR2의 발현 수준을 결정하는 시약을 포함할 수 있다. 임의의 이전 방법에서, 본 키트는 TGFB1 및 TGFBR2의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함할 수 있다.
임의의 이전의 키트의 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 ADAM19를 포함한다. 다른 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 COMP를 포함한다. 또 추가의 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 ADAM19 및 COMP를 포함한다.
예를 들어, 하기로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하기 위한 키트가 본 명세서에 제공되며: 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체), 상기 키트는 하기를 포함한다:(a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19) 의 발현 수준을 결정하기 위한 시약: ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1; 및, 선택적으로, (b) 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하기 위해 상기 시약을 사용하는 지침.
여전히 또 다른 실시예에서, 하기로의 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터링 및/또는 평가하기 위한 키트가 본 명세서에 제공되며: 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제, 예를 들어, 항-TGF-β 항체), 상기 키트는 하기를 포함한다:(a) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19) 의 발현 수준을 결정하기 위한 시약:ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1; 및, 선택적으로, (b) 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터 및/또는 평가하기 위해 상기 시약을 사용하는 지침.
임의의 이전 방법에서, 본 키트는 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19)의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 본 키트는 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 키트는 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1의 발현 수준을 결정하기 위한 시약을 포함한다.
임의의 이전 키트의 일부 구현예에서, 하나 이상의 유전자는 ADAM19, ACTG2, CNN1, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15)을 포함한다.
VI. 실시예
하기는 본 발명의 방법의 실시예이다. 상기 제공된 일반적인 설명이 주어지면, 다양한 다른 구현예가 실시될 수 있다. 하기 실시예는 예시가 아니라 예로서 제공된다.
물질 및 방법
A. 연구 설계, 환자 집단, PD-L1 시험, 반응 평가
이 분석을 위한 샘플은 전이성 요상피 암종 (mUC) 환자에서 아테졸리주맙 (1200 mg 매 3 주 (q3w))을 조사하기 위한 단일-아암 페이스 II 연구인 IMvigor210으로부터 수집되었다 (임상시험 식별자:NCT02108652). 시험의 일차 종점은 10%를 넘는 부분적인 반응 (PR) 속도를 달성하는 것이었다 (고형 종양에서 반응 평가 기준 (RECIST) v1.1). 이전의 백금계 화학요법으로 실패한 환자 또는 백금계 화학요법에 자격이 없는 이전에 치료되지 않은 환자가 자격이 있었다. 일차 종점은 이전에 치료된 및 치료되지 않은 모집단 둘 모두에 대해 충족되었다. 연구 참가 이전 2년 안에 취한 종양 조직이 있는 것이 모든 환자에 대한 요건이었다. 조직은 초기에 PD-L1 분석 (Ventana 플랫폼을 사용한 SP142 항체)을 위해 사용되었다. PD-L1 양성율은 종양 조직의 면역 성분에서 세포 염색의 5% 초과로 정의되었다. 추가의 조직이 탐색적 분석을 위해 사용되었다. 모든 환자는 기준선에서 반응 평가를 용이하게 하는 측정가능한 질환을 가졌다. RECIST v1.1은 요법에 대한 반응을 평가하기 위해 사용되었다. 단면 이미지형성은 6주마다 수행되었다. 모든 환자에게 이 분석에 대한 적절한 윤리적 승인을 받았다.
B. PD-L1 면역조직화학 (IHC)
PD-L1 IHC는 이전에 Powles 등 Nature 515:558-562, 2014에 기재되었다. 간단히, 사전-스크리닝 생검이 보관된 파라핀-포매된 조직으로부터 수집되었다. 환자는 조직을 연구 참가 전에 중앙 실험실로 보내야 했다. 샘플은 스크리닝 시에 가공되었다. FFPE 종양 조직은 전매 진단 항-인간 PD-L1 단클론성 항체 (SP142)를 사용하여 면역조직화학에 의해 PD-L1에 대해 전향적으로 염색되었다. 샘플은 대식세포, 수지상 세포, 및 림프구를 포함한, 종양-침윤하는 면역 세포 상에서 PD-L1 발현에 대해 채점되었다. 시료는 각각 <1%, ≥1%이지만 <5%, ≥5%이지만 <10%, 또는 ≥10%의 종양-침윤하는 면역 세포가 PD-L1-양성인 경우 면역조직화학 IC 0, 1, 2, 또는 3점으로 채점되었다. 상이한 시점 또는 샘플로부터 다중 시료를 갖는 환자에서 PD-L1 점수는 최고 점수에 기초하였다. 이 검정은 IC1 및 IC2 컷오프에서 임상시험에 조사적 사용에 대해 입증되었다. 종양 세포 (TC) 상에 PD-L1 발현의 탐색적 분석이 수행되었다. 시료는 각각 <1%, ≥1%이지만 <5%, ≥5%이지만 <50%, 또는 ≥50%의 종양 세포가 PD-L1-양성인 경우 면역조직화학 TC0, TC1, TC2, 또는 TC3점으로 채점되었다.
C. 핵산 샘플 제조
각각의 경우의 병리적 진단은 H&E-염색된 슬라이드 및 최소의 20% 종양 세포에 함유된 핵산 추출로 진전된 모든 샘플의 검토에 의해 확인되었다. H&E 이미지는 병리학자에 의해 거대해부에 대해 마킹되었다. RNA (높은 순수한 FFPET RNA 단리 키트, Roche) 및 DNA (QIAAMP® DNA FFPE 조직 키트, Qiagen)는 그 다음 거대-해부된 섹션으로부터 추출되었다.
도 5는 알려진 PD-L1 IC 상태 및 여기서 분석된 다른 분자 데이터 포인트: 전장 유전체 서열분석, FMOne-계 돌연변이 프로파일링, RNA 서열분석, 및 암-면역 표현형검사 중 적어도 하나를 가진 다수의 효능-평가가능한 환자를 나타낸다. 표 7은 바이오마커-평가가능한 환자 (BEP) 모집단의 인구통계적 세부사항을 제공한다. RNA 서열분석 데이터가 생성된 환자가 대표적인 BEP로 선택되었고, 핵심 임상 공변량의 분포가 치료 목적 (ITT) 모집단에 대한 비교로서 열거되고; 효능 평가가능한 환자만 평가되었다. 환자의 수뿐만 아니라 백분율 (괄호 내) 둘 모두가 주어진다. BCG:바실리 칼메트 구에린, ECOG:동부 협동 종양학 그룹.
표 7:ITT의 인구통계 및 BEP 모집단
Figure pct00010
D. 돌연변이 프로파일링 (전장 유전체 서열분석 (WES) 및 FOUNDATIONONE® (FMOne) 패널)
WES 데이터는 250명 환자에 대해, HISEQ® 2500 (ILLUMINA®) 시퀀서 상에서 Agilent SURESELECT® v5 (51 MB) 키트를 사용하여 종양뿐만 아니라 말초 혈액 단핵 세포 양자로부터 추출된 DNA를 서열분석하여 생성되었다. FASTQ 형식 판독은 하기를 사용하여 인간 참조 게놈 (NCBI Build 38)에 대해 정렬되었다: GSNAP (Wu 등 Bioinformatics 26:873-881, 2010; Wu 등 Methods Mol. Biol. 1418:283-334, 2016) 버전 ‘2013-10-10' (파라미터:'-M 2 -n 10 -B 2 -i 1 --pairmax-dna=1000 --terminal-threshold=1000 --gmap-mode=none --clip-overlap'). 수득한 BAM에서 중복 판독은 PicardTools를 사용하여 표시되었고, 인델은 GATK 인델Realigner 툴을 사용하여 재정렬되었다.
체세포 변이체는 하기의 조합을 사용하여 지칭되었다: Lofreq v2.1.2 (Wilm 등 Nucleic Acids Res.40:11189-11201, 2012) 및 Strelka (Saunders 등 Bioinformatics 28:1811-1817, 2012)를 지칭한다. 인델 품질은 "lofreq indelqual -dindel"를 사용한 정렬에 배정되었고 체세포 돌연변이는 "lofreq 체세포"를 사용하여 "--call-indels" 옵션으로 지칭되었다. Strelka-기반 체세포 돌연변이는 "isSkipDepthFilters = 0" 대신에 "isSkipDepthFilters = 1"을 설정하는 단독 변형으로 Strelka-제공 배치형태 파일인 "strelka_config_bwa_default.ini"를 사용하여 지칭되었다. 체세포 돌연변이는 Refseq-기반 유전자 모델 상에 앙상블 변이체 효과 예측변수 (McLaren 등 Genome Biol. 17:122, 2016)를 사용하여 전사체에 대한 효과에 대해 주석을 달았다.
발현된 돌연변이를 확인하기 위해, RNAseq 정렬이 하기로부터 tallyVariants 함수를 사용하여 엑솜 데이터에서 확인된 체세포 돌연변이에 대해 표찰되었다: R 패키지 VariantTools (Lawrence 등 VariantTools:Tools for Working with Genetic Variants Version 1.12.0). 각각의 돌연변이의 신생항원 포텐셜은 대상체의 HLA 유전자형을 동정하고, NetMHCcons (Karosiene 등 Immunogenetics 64:177-186, 2012)에 의해 예상된 최소 IC50 값에 기초한, 돌연변이를 함유하는 모든 HLA 대립유전자 및 8-11mer 펩타이드에 걸친 최적의 HLA-네오에피토프 쌍을 할당한 후 예상되었다. HLA 유전형분석은 폴리솔버를 사용하여, 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC)로부터 전체의 엑솜 데이터에 대해 수행되었다 (Shukla 등 Nat. Biotech.33:1152-1158, 2015).
또한, DNA는 293명 환자로부터의 FFPE 10 마이크론 섹션에서 추출되었고 표적화된 차세대 서열분석 (NGS)-기반 게놈 프로파일링을 위해 뉴욕주-공인된 Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA)-보증되고 College of American Pathologists (CAP)-공인된 실험실 (Foundation Medicine, 매사추세츠주 캠브릿지 소재)에 제출되었다. 395 암-관련된 유전자 플러스의 모든 코딩 엑손에 대해 하이브리드 포착을 겪은 어댑터-결찰된 DNA는 암에서 빈번하게 재배열된 31개 유전자 (FMOne 패널)로부터의 인트론을 선택한다.
포착된 라이브러리는 ILLUMINA® HISEQ® 2500 상의 51 Mb에서 Agilent SURESELECT® v5 키트를 사용하여 >500x (DNA) 또는 ~3M 독특한 판독 (RNA)의 중앙 엑손 적용범위 깊이에 대해 서열분석되었고 수득한 서열은 이전에 기재된 바와 같이 염기 치환, 작은 삽입 및 결실 (인델), 복제수 변경 (초점 증폭 및 동종접합성 결실), 및 유전자 융합/재배열에 대해 분석되었다 (Frampton 등 Nat. Biotechnol.31:1023-1031, 2013). 1000 게놈 프로젝트 (dbSNP142)로부터 빈번한 생식계열 변이체가 제거되었다. 불순한 임상 시료에서 돌연변이-검출 정확도 (감수성 및 특이성)를 최대화하기 위해, 테스트는 미리 최적화되고 ≥5% 돌연변이체 대립유전자 빈도 (MAF)에서의 염기 치환, ≥99% 정확도로 ≥10% MAF를 갖는 인델, 및 >99% 감수성으로 유인된 인트론/엑손 내에서 발생하는 융합을 검출하는 것으로 입증되었다 (Frampton 등 supra). 암 내 체세포 돌연변이의 카탈로그 (COSMIC v62)에 기탁된 알려진 확인된 체세포 변경은 대립유전자 빈도 ≥1%에서 지칭된다 (Forbes 등 Nucleic Acids Res.39:D945-D950, 2011).
FMOne 패널로부터, 종양 돌연변이 부담은 검출된 코딩 영역에서 짧은 변이체 (유사 변경을 포함한 치환 및 인델)의 수로부터 계산되었다. 알려진 및 예상된 생식계열 변경뿐만 아니라 알려진 체세포 및 가능성 있는 체세포 변이체는 카운트되지 않는다. Mb 당 돌연변이 부담은 FMOne 패널의 게놈 표적 영역의 Mb로 나누어진 카운트된 돌연변이의 수이다. 달리 나타내지 않는 한, FMOne-기반 돌연변이 부담은 돌연변이 부담 주위의 모든 분석에 사용되었다.
E. 돌연변이와 아테졸리주맙에 대한 반응 또는 돌연변이 부담 간의 연관성
각각의 유전자에 대해, 환자는 그 유전자에 대해 알려지거나 가능성 있는 돌연변이가 보고된 경우 돌연변이체로 지칭되었다. 경로-기반 분석의 경우, 환자는 경로 내의 임의의 유전자가 알려진 또는 가능성 있는 돌연변이를 갖는 것으로 보고된 경우 경로에서 돌연변이체로 지칭되었다. 달리는, 환자는 비-돌연변이체인 것으로 간주되었다. 피셔의 정확도 검정이 반응군 (완전한 및 부분적인 반응군)과 비-반응군 (안정한 및 진행성 질환) 사이에 돌연변이체 환자의 수가 다른지 여부를 결정하기 위해 사용되었다. 돌연변이 상태와 돌연변이 부담 사이의 연관성이 윌콕슨 순위 합계 테스트를 사용하여 시험되었다. 단일 유전자 p-값은 Benjamini 및 Hochberg 조정을 사용하여 수행된 테스트의 수에 대해 정정되었다. 경로-기반 분석의 경우, 명목 p-값이 보고된다.
F. 유전자 발현 프로파일링
전체의 전사체 프로파일이 TRUSEQ® RNA Access 기술 (ILLUMINA®)을 사용하여 368명 환자에 대해 생성되었다. RNAseq 판독은 먼저 리보솜 판독을 제거하기 위해 리보솜 RNA 서열에 정렬되었다. 나머지 판독은 GSNAP (Wu 등 Bioinformatics 26:873-881, 2010; Wu 등 Methods Mol. Biol. 1418:283-334, 2016) 버전 ‘2013-10-10'을 사용하여 인간 참조 게놈 (NCBI Build 38)에 정렬되며, 75개 염기 서열 당 최대 2개 미스매치를 허용한다 (파라미터:‘-M 2 -n 10 -B 2 -i 1 -N 1 -w 200000 -E 1 --pairmax-rna=200000 --clip-overlap). 유전자 발현 수준을 정량하기 위해, 각각의 RefSeq 유전자의 엑손에 맵핑된 판독의 수는 R/바이오전도체 패키지 게놈정렬에 의해 제공된 기능성을 사용하여 가닥-특이적 방식으로 계산되었다 (Lawrence 등 PLoS Comput.Biol. 0:e1003118, 2013).
G. 차별적인 유전자 발현 및 돌연변이 부담 또는 PD-L1 IHC와 연관성
R/바이오전도체 패키지 arrayQualityMetrics (Kauffmann 등 Genomics 95:138-142, 2010)를 사용하여 품질관리 후, 계수 데이터는 M-값의 트리밍된 평균 (TMM)을 사용하여 정규화되었고 연관된 정확성 중량으로 백만 당 log2-계수에 대한 붐으로 전환되었다 (Law 등 Genome Biol. 15:R29, 2014).
면역 세포 (IC) 상에서 PD-L1 단백질 염색과 연관된 유전자를 확인하기 위해, 선형 회귀 모델이, 반응 가변성으로 각각의 유전자의 정규화된, log2-전환된 발현 및 독립 변수로 PD-L1 양성 (ICp)으로 확인된 면역 세포의 log2-전환된 퍼센트를 사용하여 적합화되었다. 보고된 효과 크기는 퇴행의 기울기가 곱하여 진 log2-전환된 ICp의 표준 편차를 2회 확장한, 모델 적합으로부터의 계수를 나타낸다. 도 1c는 PD-L1 IC 양성율 기간만에 대한 효과 크기 및 조정된 p-값을 플롯팅한다.
아테졸리주맙에 대한 반응과 연관된 생물학을 확인하기 위해, 본 발명자들은 환자를 반응군 (완전한 및 부분적인 반응군) 및 비-반응군 (안정한 및 진행성 질환)으로 그룹화하였다. 이들 두 그룹 사이의 차등적으로 발현된 유전자는 하기를 사용하여 결정되었다: R/바이오전도체 패키지 림마 (Ritchie 등 Nucleic Acids Res.43:e47, 2015), 이것은 경험적 베이지안 접근법을 구현하여 중간 정도의 t-시험을 사용한 유전자 발현 변화를 추정한다.
종양 돌연변이 부담과 연관된 유전자를 확인하기 위해, 선형 회귀 모델이 반응 가변성으로 각각의 유전자의 정규화된, log2-전환된 발현 및 독립 변수로 돌연변이 부담, 배치, 뿐만 아니라 집단 (이들 후자의 2개로 본 발명자들은 TMB와 상관되는 것을 발견했음)을 사용하여 적합화되었다. R의 아노바() 함수를 사용하여, F-테스트 p-값이 계산되었다. 보고된 효과 크기는 TMB의 표준 편차가 2회까지 확장된 모델 적합화로부터의 계수를 나타낸다.
H. 유전자 및 게놈의 교토 백과사전 (KEGG)을 사용한 유전자 세트 강화 분석
연관성 시험 (반응 또는 돌연변이 부담을 갖는 유전자 발현)에 이어, Fios Genomics은 상향- 및 하향-조절된 유전자를 별도로 평가하는, 초기하학적 테스트 (Falcon 등 Bioinformatics 23:257-258, 2007)를 사용하여 KEGG 경로 멤버쉽의 강화를 위한 최상부 1,000개 유전자 (p-값에 의해 등급화됨)를 분석했다. 강화 p-값은 Benjamini 및 Hochberg 절차를 사용하여 시험된 다수의 경로에 대해 정정되었다. 강화 분석으로부터의 완전한 결과는 표 8 (반응) 및 표 9 (돌연변이 부담)에 보고되어 있다. 표 8은 반응에 의해 차등적으로 발현된 유전자 (CR/PR 대 SD/PD)에서 상당히 (FDR < 0.1) 풍부한 KEGG 유전자 세트를 열거한다. "방향"은 카테고리가 반응군에서 상향- ("Up") 또는 하향-조절된 ("Down") 유전자에 풍부하였는지 여부를 나타낸다. "확인된 유전자"는 반응과 연관되는 것으로 밝혀진 주어진 카테고리 내의 모든 유전자를 열거한다. "S"는 이들 유전자의 수를 나타내고, "N"은 카테고리에서 유전자의 총수를 제공하고, 반면에 "p (adj.)"는 조정된 강화 p-값 (초기하학적 테스트)을 보유한다. 표 9는 TMB와 상관된 유전자에 상당히 (FDR < 0.05) 풍부한 KEGG 유전자 세트를 열거한다. "방향"은 카테고리가 TMB와 양성으로 ("Up") 또는 음성으로 ("Down") 상관된 유전자에서 풍부한지 여부를 나타낸다. "확인된 유전자"는 TMB와 상관되는 것으로 밝혀진 주어진 카테고리 내의 모든 유전자를 열거한다. "S", "N," 및 "p (adj.)"는 표 8에서와 같다.
표 8:반응과 연관된 경로
Figure pct00011
Figure pct00012
표 9:TMB와 연관된 경로
Figure pct00013
I. 서명에 사용된 유전자 세트
KEGG 경로는 종종 느슨하게 관련된 기능을 갖는 다수의 유전자를 포함하기 때문에, 본 발명자들은 본 명세서에서 지칭된 4개 코어 생물학에 대해 정제된 유전자 세트 (표 10)를 구성했다. 구체적으로:
(i) DNA 손상 회복 유전자의 경우, 본 발명자들은 Lange 등 Nat. Rev. Cancer 11:96-110, 2011에 의해 기재된 바와 같은 유전자 세트를 사용했다;
(ii) 세포 주기 조절인자 유전자의 경우, 본 발명자들은 TCGA가 방광암에서 빈번하게 보고되는 것으로 보고된 p53/Rb 경로 내의 유전자를 사용했다 (The Cancer Genome Atlas Research Nature 507:315-322, 2014);
(iii) CD8 T-효과기 유전자의 경우, 본 발명자들은 본 발명자들의 이전에-공개된 서명을 사용했다 (Rosenberg 등 Lancet 387:1909-1920, 2016; Balar 등 Lancet 389:67-76, 2017); 그리고
(iv) TGF-β의 경우, 본 발명자들은 3가지 상이한 서명을 고려했다. 첫째, 경로의 입력을 모니터링하기 위해, 본 발명자들은 IMvigor210에서 결과와 연관성에 대해 리간드 (TGFB1, TGFB2, 및 TGFB3) 및 수용체 (TGFBR1, TGFBR2, 및 TGFBR3)를 평가했다. TGFB1 및 TGFBR2는 결과와 상당히 연관되었고 (각각 adj. p = 8.956 x 10-3 및 adj. p = 1.070 x 10-2), 상기 2개는 본 발명자들의 TGF-β 2-유전자 서명으로 사용되었다. 둘째로, 경로의 출력을 모니터링하기 위해, 본 발명자들은 아래에 기재된 바와 같이 범-섬유모세포 TGF-β 반응 서명 (Pan-F-TBRS)을 생성했다. 또한, 도 2a에서, 본 발명자들은 또한 세포외 기질 조직화에 관여되는 것으로 보고된 더 큰 세트의 유전자를 나타낸다 (Sj
Figure pct00014
dahl 등 Clin.Cancer.Res.18:3377-3386, 2012).
J. 서명 점수 계산
유전자 발현 분석을 위해, 서명에서의 각각의 유전자의 발현이 먼저 z-점수로 전환되었다. 그런 다음, 주성분 분석이 수행되었고, 주성분 1이 추출되어 유전자 서명 점수로 작용했다. 이 접근법은 세트에서 잘-상관된 (또는 항-상관된) 유전자의 최대 블록 상에 세트에 대한 점수를 초점조정하는 이점을 갖는 반면, 다른 세트 구성원으로 추적하지 않는 유전자로부터의 기여 가중치를 낮춘다.
K. 유전자 서명 점수 또는 종양 돌연변이 부담과 관심 있는 특성 간의 연관성
하기는 실시예 전반에 걸쳐 다양한 테스트에 대해 사용된 통계적인 방법이다:
(i) 반응과의 연관성에 대해, 단지 효능 평가가능한 환자만 고려되었다; 이들은 달리 언급되지 않는 한 반응군 (CR/PR) 및 비-반응군 (SD/PD)으로 그룹화되었다;
(ii) 유전자 발현 점수 같은, 정상적으로 분포된 연속적 특성과 2원 특성, 예를 들어, 반응의 연관성에 대해, 2개 샘플 t-시험이 수행되었다; 다중 쌍별 테스트가 하나의 유전자 서명 - 특성 조합 내에서 수행된 경우, p-값은 본페로니 정정되었다;
(iii) 왜곡된 분포를 나타낸 TMB와 2원 특성, 예를 들어 반응 또는 돌연변이 상태의 연관성에 대해, Wilcoxon 부호-순위 테스트가 수행되었다. TMB는 log2 전환되었으며; 0 TMB를 갖는 하나의 특이점 환자는 분석에서 배제되었다;
(iv) 2개 범주의 특성, 예를 들어, 반응과 IC 수준 사이의 연관성의 평가에 대해, 피셔 정확성 검정이 수행되었다;
(v) 면역 표현형과 연관성에 대해, 면역 표현형은 정렬된 인자 (불모지 < 배제 < 침윤)로 처리되었고 가능성 비 테스트 p-값은 ANOVA를 사용하여 계산되었다. 이에 대한 예외는 TMB와의 연관성을 시험하는 것이 었고, 여기서는 크루스칼 왈리스 H 테스트가 사용되었다; 그리고
(vi) 가능성 비 테스트가 또한 연속적 특성, 예컨대 유전자 발현 서명 점수와, IC 수준 같은 2 초과 그룹과의 범주적 특성 사이의 연관성에 대해 시험하기 위해 사용되었다. 또한, 동일한 테스트가 두 특성이 두 독립 변수로서 포함되어 진 모델을 이들 두 변수 사이의 상호작용 기간을 포함한 모델에 대해 비교하는, 두 특성 간의 상호작용을 평가하기 위해 사용되었다.
log2 척도에 대한 TMB의 가시화에서, 무 돌연변이를 갖는 환자는 누락되었다 (정확한 바이오마커 평가가능한 모집단에 의존하여, 이것은 단지 1 또는 2명 환자였다). 모든 그래프에서, 각각의 그룹 내의 환자의 수는 상단에 제공되어 있다.
L. 반응에서 설명된 변동
일반화된 선형 모델은 종속 변수로서 2원 반응 (CR/PR 대 SD/PD) 및 독립 변수로 상이한 서명 또는 TMB의 단일/조합으로부터의 점수를 사용하여 적합화되었다. 로지스틱 퇴행 슈도-R2은 환자 반응에서 "설명된 변동", 즉, 생물학적 입력의 기여에 기인할 수 있는 환자 반응에서의 변동의 퍼센트의 척도로 추출되었다 (하기 참고: Dobson 등 An Introduction to Generalized Linear Models.Chapman and Hall/CRC Press, 2008).
M. 분자 아형식
TCGA 아형은 상기 Rosenberg 등에서 기재된 방법론에 따라 배정되었다.
룬드 아형을 할당하기 위해, 1038개 유전자에 대한 유전자 발현의 중심 데이터 세트가 하기에 의해 제공된다: Sj
Figure pct00015
dahl 등 (Sj
Figure pct00016
dahl 등 Clin.Cancer Res.18:3377-3386, 2012; Sj
Figure pct00017
dahl 등 Am. J. Pathol.183:681-691, 2013). 보고된 RNAseq 데이터에서 검출된 유전자와 중첩되는 884개 중심의 감소된 세트를 사용하여 분자 아형 (MS1a, MS1b, MS2a1, MS2a2, MS2b1, MS2b2.1 및 MS2b2.2)을 할당하였다. 이들 중심은 RNA 서열분석 같은 또 다른 플랫폼으로 간단하게 전달될 수 없는 마이크로어레이로부터의 유전자 발현 프로파일에 기초되었기 때문에, 본 발명자들은 이들 884개 유전자의 중앙-중심에 있는 (log2) 발현 수준과 중심 사이의 스피어만 상관관계 거리를 계산함에 의해 분자 아형 배정을 수행하도록 선택했다. 순위-기반 접근법을 사용함에 있어, 본 발명자들은 플랫폼-특이적 효과를 최소화하는 것을 목적으로 했다 (그러나, 스피어만 대신에 피어슨을 사용하는 것이 매우 유사한 결과를 산출했다는 것은 주목할만하다). 각각의 샘플은 가장 짧은 거리를 갖는 분자 아형에 배정되었다. 후속으로, 클러스터 MS1a 및 MS1b는 각각 유전적으로 불안정한 아형으로 요상피 A인, MS2a1 및 MS2a2에 조합되었고; 클러스터 MS2b1, MS2b2.1, 및 MS2b2.2는 각각 침윤된, 요상피 B, 및 기저/SCC-유사 아형에 동등하다.
"요상피-유사"는 최초 "요기저"에 대한 대체로 최근에 제안되었다는 것에 유의한다 (Lerner 등 Bladder Cancer 2:37-47, 2016). 본 발명자들은 여기서 업데이트된 명명법을 사용한다. 유사하게, "기저/SCC-유사"는 이제 최초 "SCC-유사"보다 바람직하다.
N. 아형 열지도에 대해 사용된 유전자 세트
룬드 아형 라벨이 상기에 기재된 바와 같이 배정되었다. 본 원고에서 고려된 생물학의 다양한 축과 이들 아형 사이의 관계를 더 잘 이해하기 위해, 도 2a 및 2h는 13개 생물학으로부터의 추가 유전자 (즉, 아형 배정에 반드시 사용되지 않은 유전자)에 대한 유전자 발현 값을 나타낸다. 표시된 유전자는 아래와 같이 구성된 더 큰 유전자 세트의 대표적인 구성원이다:
A:Sj
Figure pct00018
dahl 등 2012(상동)에 의해 보고된 FGFR3 유전자 서명 (대표적인 것이 선택되었음);
B:CD8 T-효과기 서명 (Rosenberg 등 (상동));
C:
Figure pct00019
enbabao
Figure pct00020
lu 등 Genome Biol. 17:231, 2016에 의해 보고된 항원 가공 기계장치;
D: 면역 관문 서명;
E:반응과의 연관성에 대해 유전자 세트 강화에 기여한 MKI67 및 선별 세포 주기 유전자 (KEGG) (표 8);
F:DNA 복제-의존적 히스톤 (표 8에서 발견된 대표적인 히스톤);
G: 상기 도입된, DNA 손상 회복 유전자 세트의 선별 구성원;
H: Sj
Figure pct00021
dahl 등 2012에 의해 보고된 세포외 기질 조직화 (ECM) 세트 (대표적인 것이 선택되었음);
I:TGF-β 2-유전자 서명;
J: Sj
Figure pct00022
dahl 등 2012에 의해 보고된 혈관신생 서명 (대표적인 것이 선택되었음);
K: Damrauer 등 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 111:3110-3115, 2014에 의해 보고된 상피성-간엽 전이 (EMT) 마커;
L:결정된 아래에 기재된 바와 같은 Pan-F-TBRS; 및
TCGA: The Cancer Genome Atlas Research Nature (상동)에 의해 보고된 바와 같은, TCGA 아형-구체적으로 발현된 유전자 (도 2h).
O. CD8/트리크롬 이중 염색
조합된 CD8/트리크롬 이중 염색은 4 μm FFPE 섹션 상에서 수행되었다. IHC 절차는 먼저 다음과 같이 항-인간 CD8 토끼 단클론성 항체 SP16을 사용하여 수행되었다: (Spring Bioscience; Cat.No. M3160) 1시간 동안 실온에서 1:100 희석에 이어 세포 컨디셔닝 1 시약을 사용한 항원 회수 (CC1, Ventana Medical Systems; Cat.No. 950-124). 구체적으로 결합된 일차 항체는 OMNIMAP™ DAB 키트를 사용하여 시각화되었다 (Ventana, Cat.No. 760-149). IHC 절차 및 증류수로 세정의 완료 후, 슬라이드는 60℃에서 1시간 동안 Bouin의 고정제에 고정되고 그 다음 이전에 기재된 바와 같이 Weigert의 헤마톡실린, Biebrich 스칼렛-산 푸크신, 포스포몰리브덴-포스포텅스텐산, 및 아닐린 블루로 구성된 일상적인 트리크롬 염색을 통해 취해졌다 (Laboratory Methods in Histotechnology, Armed Forces Institute of Pathology, 1992, p. 132). 염색 절차의 결론에서, 슬라이드는 증가하는 에탄올 농도에서 탈수되고, 자일렌에 액침되고, 그 다음 합성 중첩 배지를 사용하여 커버슬립되었다.
P. 생체내 연구
EMT6 쥣과 유선 암종 세포주가 미국 종균 협회 (버지니아주 머내서스 소재)로부터 수득되었다. 세포는 10% 우태 혈청 (HYCLONE®)을 갖는 Roswell Park Memorial Institute (RPMI) 1640 배지 플러스 2 mM L-글루타민에서 배양되었다. 로그-단계 성장에서의 세포가 원심분리되고, Hank의 평형 염류액 (HBSS)으로 한번 세정되고, 카운트되고, 그리고 마우스 안으로 주입을 위해 1 x 106 세포/mL의 농도에서 50% HBSS 및 50% MATRIGEL™ (BD Biosciences)에서 재현탁되었다. 암컷 Balb/c 마우스는 Charles River Laboratories (캘리포니아주 홀리스터 소재)로부터 수득되었다. 마우스는 표준 설치류 마이크로-분리기 케이지에 수용되고 종양 세포 이식 전 적어도 3 일 동안 연구 조건에 대해 순응되었다. 동물은 8-10 주령이었다. 건강하고 명백한 비정상이 없는 것으로 나타난 동물만 이 연구를 위해 사용되었다. 마우스는 100 μl의 HBSS MATRIGEL™에서 1 x 105 EMT6 세포 (1:1)로 좌측 유선 지방 패드 #5에 접종되었다. 종양이 부피 130-230 mm3에 도달될 때 (대략 접종 8일 후), 동물은 종양 부피에 기초하여 처리 그룹으로 분포되고 아이소타입 대조군 항체, 항-PD-L1 (10 mg/kg 첫 번째 용량과 이어서 그 후에 5 mg/kg), 항-TGF 베타 (10 mg/kg), 또는 항-TGF 베타와 항-PD-L1의 조합으로 치료되었다. 치료 개시 7일 후, 마우스는 안락사되고 종양은 IHC 또는 유세포측정 분석을 위해 수집되었다. 효능 연구를 위해, 항체가 3주 동안 (첫 번째 용량의 경우 정맥내로 그리고 그 후에 복강내로) 주당 3회 투여되었다. 종양은 캘리퍼스에 의해 주당 2회 측정되고 종양 부피는 변형된 타원체 식, 1/2 x (길이 x 폭2)을 사용하여 계산되었다. 종양 부피가 32 mm3 (검출의 하한) 아래로 될 때, 이들은 완전한 퇴화 (CR) (100% 종양 성장 억제)로 간주되었다. 종양 부피가 2000 mm3를 초과한 경우 마우스는 안락사되었다. 체중 감소로 인해 안락사에 대한 기준에 부합하는 마우스는 없었으며 연구 동안 부정적인 임상 징후는 나타나지 않았다. 본 명세서에서 모든 동물 연구는 Genentech 동물실험윤리위원회(Institutional Animal Care and Use Committee)에 의해 승인되었다. 본 연구에 사용된 그룹 크기는 유의미한 데이터를 생성하는데 필요한 최소인 것으로 추정되었다.
Q. 마우스로부터 전체의 종양 RNA 및 단백질 정량화
치료되지 않은 EMT6 종양에서 TGF-β 동형체 존재도는 각각 RNAseq 및 ELISA에 의해 RNA 및 단백질 수준 둘 모두에서 분석되었다. RNAseq 분석을 위해, 300 mm3의 평균 크기의 종양이 수집되었다. TGF-β 단백질의 ELISA 정량화를 위해, 종양은 유선 지방 패드 안으로 접종 14일 후 수집되고, 플래시 냉동되고, 그리고 후속으로 TissueLyser 파괴 시스템 (Qiagen) 상에서 방사선면역침강 검정 (RIPA) 완충액으로 용해되었다. 총 단백질은 비시코닌산 (BCA) 검정에 의해 정량화되었고 총 단백질 유입이 샘플에 걸쳐 정규화되었다. 샘플 내 TGF-β는 산-활성화되고 ELISA 키트 지침 (마우스 TGF-β1 및 TGF-β2, R&D Systems; 마우스 TGF-β3, LSBio)에 따라 측정되었다. VEGF는 치료 개시 7일 후 수집된 혈장에서 마우스 VEGF QUANTIKINE® ELISA 키트 (R&D Systems)를 사용하여 정량화되었다.
R. 단일 세포 현탁액의 제조 및 유세포측정을 위한 항체 염색
종양은 치료 개시 7일 후 수집되었다. 종양은 칭량되고 37℃에서 45분 동안 디스파제 (Life Technologies), 콜라겐분해효소 P, 및 DNaseI (Roche)의 칵테일을 사용하여 효소적으로 소화되어 단일 세포 현탁액을 얻었다. 세포는 VI- CELL® XR (Beckman Coulter)을 사용하여 카운트되었다.
포스포-SMAD (pSMAD) 염색을 위해, 세포는 제조자의 지침에 따라 BD PHOSFLOW™ Lyse/Fix 완충액 및 BD PHOSFLOW™ Perm 완충액 III (BD Biosciences)을 사용하여 고정되고 투과되었다. 세포는 0.08 μg/ml의 농도에서 얼음 상에 1시간 동안 SMAD2 및 SMAD3의 인산화된 형태에 대해 파이코에리트린 (PE)-접합된 항체로 염색되었다 (클론 O72-670, BD Biosciences, 캘리포니아주 산호세 소재). T-세포 염색을 위해, 세포는 먼저 마우스 BD Fc 블록 (클론 2.4G2, 5 μg/ml, BD Biosciences)으로 인큐베이션되고 얼음 상에서 30분 동안 생존력 염색한다 (LIVE/DEAD® Aqua 고정가능 죽은 세포 염색, Invitrogen). 세포는 그 다음 하기 항체로 염색되었다:얼음 상에서 30분 동안 CD45 (BV605, 클론 30-F11, 0.67 μg/ml, BD Biosciences), TCRb (PE, 클론 H57-597, 2 μg/ml, Biolegend), CD8 (APC-Cy7, 클론 53-6.7, 1 μg/ml, Biolegend). 세포는 그란자임 B (FITC, 클론 NGZB, 5 μg/ml, EBIOSCIENCE™, Thermo Fisher Scientific Inc.)에 대해 염색하기 위해 고정되고 투과되었다 (EBIOSCIENCE™ Foxp3 / 전사 인자 염색 완충액 세트, Thermo Fisher Scientific Inc.).
유세포측정 데이터는 BD LSRFORTESSA™ 세포 분석기 또는 FACSYMPHONY™ (BD Biosciences)로 수집되고 FLOWJO® 소프트웨어 (버전 10.2, FlowJo, LLC)를 사용하여 분석되었다.
S. 마우스 조직 상의 면역조직화학
종양은 치료 개시 7일 후 수집되었다. 종양은 10% 중성 완충 포르말린 (NBF)에 고정되고 파라핀 포매되었다. IHC는 SUPERFROST™ 플러스 유리 슬라이드 상에 실장된 4 μm 두께 파라핀-포매된 조직 섹션 상에서 수행되었다. 염색은 LAB VISION™ 자동염색기 (ThermoFisher Scientific) 상에서 수행되었다. 섹션은 탈-파라핀화되고 탈이온수에 재수화되었다. 항원 회수는 20분 동안 99℃에서 1x DAKO 표적 회수 용액 (Agilent Technologies)으로 수행되고 74℃로 냉각되었다. 후속으로, 내인성 페록시다아제는 4분 동안 실온에서 3% H2O2에서 섹션에서 인큐베이팅함에 의해 켄칭되었다. CD3 (ThermoFisher Scientific, 클론 SP7, cat. no. RM-9107-S, 1:200 희석)은 ABC 페록시다아제 엘리트 검출 키트 (Vector Laboratories, cat. no. PK-6100)로 항-토끼 (7.5 μg/mL) 이차 항체를 사용하여 검출되었다. 섹션은 Mayer의 헤마톡실린으로 대조염색되고, 탈수되고, 영구적 중첩 배지로 실장되고, 그리고 커버슬립되었다.
T. 범-섬유모세포 TGF-β 반응 서명 (Pan-F-TBRS)의 생성
방광으로부터 일차 섬유모세포 (PHBR, 일차 정상 방광 섬유모세포, PCS-420-013™, ATCC), 결장 (CCD-18Co, CRL-1459™, ATCC), 유방 (HMF, #7630, ScienCell Research Laboratories), 폐 (IMR90, CCL-186™, ATCC), 췌장 (HPaSteC, #3836, ScienCell Research Laboratories), 및 난소 (HOF, #7336, ScienCell Research Laboratories)가 밤새 혈청-고갈되고 그 후 24시간 동안 반복하여 (1) 대조군, (2) TGF-β1 (10 ng/mL, #), 또는 (3) TGF-β1 (10 ng/mL) + TGF-β 억제제 갈루니세르팁 (10 μM)으로 처리되었다. TGF-β-유도된 유전자는 상기 3가지 조건을 비교하는 RNAseq 전사체 분석에 의해 확인되었다. F-TBRS는 하기 기준을 사용하여 결정되었다:(1) 대조군 (가성 발견율 (FDR) 0.1)과 비교된 TGF-β1-처리된 그룹에서 적어도 2-배 더 높은 발현 수준; (2) TGF-β1 치료 단독 (FDR 0.1)에 비교된 TGF-β1 + 억제제 그룹에서 적어도 2-배 더 낮은 발현 수준; (3) 모든 6개 섬유모세포 세포 유형에서 기준 (1) 및 (2) 충족. 이들 3가지 기준을 통과한 유전자 (n=79)는 억제의 강도에 따라 등급화되고 (대조군 대 TGF-β1 + TGF-β 억제제); 백만 평균 감소당 적어도 5 카운트에 의해 여과되어 범-조직 19-유전자 F-TBRS를 한정한다.
U. 범-조직 6-유전자 F-TBRS (6-유전자 서명)의 생성
본 발명자들은 상기에 기재된 19-유전자 Pan-F-TBRS 데이터에 기초하지만 TGF-β 경로 성분 (TGFB1 및 TGFBR2) 및 표적 (CTGF, ADAM19, ACTA2, 및 COMP)을 추가로 우선화하여 범-조직 6-유전자 F-TBRS를 개발하였다. 6-유전자 서명의 예측의 값을 검증하기 위해, 본 발명자들은 (단변량 연속적 Cox 비례 위험 회귀 모델을 사용하여) 예후 효과 및 예측 효과에 대한 위험 비율을 계산하였고, 아테졸리주맙 임상시험에서 (중앙 컷오프와 함께 로그-순위 테스트를 사용하여) 예측 효과에 대한 위험 비율을 계산했다. 본 발명자들의 분석은 6-유전자 서명의 높은 발현은 UC, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 삼중-음성 유방암 (TNBC), 및 췌장 관상 선암종 (PDAC) 시험에서 아테졸리무맙 (atezo) 단일요법에 대한 반응의 결여와 연관된다는 것을 실증했다. 예를 들어, 각각 IMvigor210 및 POPLAR 연구로부터의 데이터 (NCT01903993)를 도시하는 도 6b 및 6c를 참고한다. 또한, TCGA 결장직장암 (CRC) 데이터 세트에서, 6-유전자 서명의 높은 발현은 또한 CRC 환자의 불량한 생존 하위그룹과 상호 연관되는, 불량한 전체 생존 및 풍부한 CMS4 분자 아형과 상당히 연관되었다 (Guinney 등 Nat. Med. 21(11):1350-1356, 2015). 도 6a, 7a, 및 7b를 참고한다.
V. 대식세포 및 T-세포 TGF-β 반응 서명 (M- 및 T-세포-TBRS)
대식세포- 및 T-세포 특이적 TBRS는 하기로부터 채택되었다: Calon 등 Nat. Genet.47:320-329, 2015; 1178 및 69 유전자, 각각. 서명 점수는 (1) EMT6 RNAseq 데이터 상의 서명 유전자의 제1 주성분 (PC1)을 도출하고, (2) PC1과의 적어도 0.8 스피어만-순위 상관관계를 갖는 서명 유전자를 획득하고, 그리고 (3) 단계 (2)로부터 유전자에 대한 Z-점수의 평균을 취함에 의해 계산되었다. 단계 (2)에서의 필터링은 M-TBRS 및 T-세포-TBRS에 대해 각각 101 및 10 유전자를 수득했다.
W. T-세포 침윤의 통계적인 분석
명시야 이미지는 200×의 최종 배율에서 Hamamatsu NanoZoomer 자동화 슬라이드-스캐닝 플랫폼에 의해 획득되었다. 본 이미지는 MATLAB® 소프트웨어 패키지 (MathWorks)의 2016b 버전으로 분석되었다. 관심 있는 영역 (ROI)은 병리학자에 의해 정의되었다. ROI 경계 내에 있는 CD3+으로 마킹된 세포는 강도 역치화 및 간단한 형태적 필터링에 의해 확인되었다. 면역 세포 침윤은 각각의 슬라이드 (즉, 각각의 마우스)에 대해 그 슬라이드 상의 ROI 내에 모든 CD3+ 마킹된 세포에 걸쳐 ROI 경계까지 평균 최근접한 거리를 계산함에 의해 평가되었다. 평균 거리는 그 다음 ROI 경계로부터 ROI 중심까지의 최대 거리로 나눔에 의해 슬라이드당 정규화되었다. 정규화된 평균 거리는 그 다음 3 연구 (666, 1430, 1436)에 걸쳐 풀링되고 고정된 범주의 가변성으로서 처리 그룹으로 선형 회귀와 공변량으로 ROI 영역 및 ROI 내의 CD3+ 세포의 총수에 의해 분석되었다. 공변량-조정된 평균 및 95% 신뢰 구간이 각각의 처리 그룹에 대해 보고되었다. 처리 그룹 간의 쌍별 비교는 Tukey의 정직한 유의차 (HSD) 테스트를 사용하여 이루어졌다. 모든 분석은 R을 사용하여 수행되었고, 거리 계산은 R 패키지 'spatstat'를 사용하여 이루어졌다 (Baddeley 등 Spatial Point Patterns:Methodology and Applications with R.Chapman and Hall/CRC Press, 2015).
실시예 1: 기존의 종양 면역은 염증성 종양에서 완전한 반응과 연관된다
대부분 인간 고형 종양은 3가지 뚜렷한 면역 표현형인: 강력한 CD8+ T-세포 침윤 및 PD-L1 발현을 특징으로 하는, "면역 염증성" 표현형; T-세포가 세포외 기질-풍부 기질에서 축적하는 "면역 배제된" 표현형, 및 종양 또는 주위 기질 내에 침윤하는 림프구의 뚜렷한 소수를 갖는, "면역 불모지" 표현형 중 하나를 나타내는 것으로 보인다. 염증성 종양은 약하거나 또는 비-반응성인 것으로 예상되는, 면역 배제된 또는 면역 불모지 표현형과 비교하여 체크포인트 차단에 보다 반응성인 것으로 생각된다. 그러나, 이 연관성은 큰 임상시험의 맥락에서 또는 단일 종양 유형 내에서 체계적으로 시험되지 않았다. mUC에서 아테졸리주맙 요법에 대한 반응을 이해하기 위해, 본 발명자들은 통합된 분자 및 조직학적 분석을 역 번역 접근법과 조합하여 본 발명자들의 발견을 기능적으로 시험하였다.
아테졸리주맙으로 PD-L1 차단의 임상 활성의 조사를 위해, 진전된 mUC를 갖는 429명의 환자가 단계 2, 단일 아암 임상시험 (IMvigor210; NCT02108652)에 등록되었다. 객관적인 반응 속도는 RECIST v1.1에 따라 평가되었고 시험 종점으로 작용되었다. 완전한 반응 (CR) 또는 부분적인 반응을 달성한 환자는 반응군으로 분류되고, 안정한 질환 (SD) 또는 진행성 질환 (PD)을 나타내는 비-반응군과 비교되었다. 반응 (객관적인 반응 속도)을 갖는 기준선 종양 상의 종양-침윤하는 면역 세포 (IC) 상의 PD-L1 발현의 연관성의 평가는 공동-일차 종점이었다. PD-L1 IC 상태는 종양 미세환경 (TME)에서 PD-L1-양성 면역 세포의 백분율에 의해 정의되었다:IC0 (<　1%), IC1 (≥　1% 이지만 <　5%) 및 IC2+ (≥　5%).
더 작은 환자의 집단에서 이전에 발견된 바와 같이, IC 상의 PD-L1 발현은 반응과 상당히 연관되었고, 높은 PD-L1 발현 (IC2+)을 갖는 종양은 최고 CR 비를 나타냈다 (도 1). 아테졸리주맙으로부터 개선된 OS 이점은 낮은 PD-L1 IC 점수 (IC0/1)를 갖는 환자에 비하여 높은 PD-L1 IC 점수 (IC2/3)를 갖는 환자에서 관측되었다 (도 8a). 전체의 전사체 RNA 서열분석은 아테졸리주맙에 대한 반응과 연관된 특징을 평가하고 IC 상의 PD-L1 발현과 연관된 발현 수준을 갖는 유전자를 확인하기 위해 298명 IMvigor210 참가자로부터의 전-처리 조직에서 수행되었다 (도 1b). 인터페론-γ (IFN-γ)-유도성 유전자는 가장 고도로 상관된 것들 중에 있었다. 그 대부분이 IFN-γ-자극된 유전자인, CD8+ T-효과기 (Teff) 세포 및 면역 관문 분자와 연관된 유전자 세트 (표 10)는 가장 차별적인 발현을 나타냈다 (도 1b 및 1c). CD8+ Teff 유전자 세트는 또한 반응, 특히 CR과 상당히 연관되었다 (도 1d). CD8+ Teff 점수 사분위수는 전체 생존과 연관되었다 (도 1u). 이것은 IC 상의 PD-L1 발현이 기존의 CD8+ T-세포 면역 및 적응성 면역 억제를 갖지만 항-PD-L1 요법에 반응하기 위해 여전히 조율되는 종양 조직을 표시한다는 것을 시사한다.
표 10:서명 분석에 사용된 유전자 세트
Figure pct00023
Figure pct00024
Figure pct00025
실시예 2: 증식에 의해 유도된, 종양 돌연변이 부담 (TMB), APOBEC 발현, 또는 DNA 손상 회복 결핍은 아테졸리주맙에 대한 반응과 연관된다
흑색종 및 비-소세포 폐암과 함께 방광암은 인간 암 중에서 최고 체세포 TMB 중 하나임을 특징으로 한다. 아테졸리주맙에 대한 반응은 mUC에서 TMB와 상당히 연관되었고, 이 연관성은 또한 완전한 IMvigor210 데이터 세트에서 상당하였다 (도 1e). TMB의 관련성은 면역원성 신생항원에 대한 증가된 잠재성을 통해 되기 쉽고, 이와 일치하여, 예상된 종양 신생항원 부담 (TNB)은 또한 반응과 상당히 연관되었다 (도 1f). TMB 및 TNB는 또한 OS와 연관되었다 (도 1v 및 1w). 예를 들어, 아테졸리주맙으로부터 개선된 OS 이점은 컷오프로서 중앙 TMB를 사용하여, 낮은 TMB를 갖는 환자에 비하여 높은 TMB를 갖는 환자에서 관측되었다 (도 8b). 아테졸리주맙으로부터 개선된 OS는 또한 높은 TMB 및 높은 PD-L1 IC 점수 둘 모두를 갖는 환자에서 관측되었다 (도 8c).
본 발명자들은 다음으로 mUC에서 TMB의 전사 및 돌연변이 관련요인을 평가했다. 본 발명자들은 먼저 차별적인 유전자 발현 분석을 수행하였고, 이어서 유전자 세트 강화 분석을 수행했다. TMB와 가장 상당히 연관된 경로는 세포 주기, DNA 복제 및 DNA 손상, 검출 및 회복에 관여된 것들이었다 (도 1g, 표 9). 이들 경로에 대한 서명은 MKI67과, 그리고 따라서, 증식과 상관되었다 (도 1h). 두 번째로, 본 발명자들은 아포지질단백질 B mRNA 편집 효소, 촉매 폴리펩타이드-유사 3A (APOBEC3A) 및 APOBEC3B, 방광 및 다른 암에서 상향조절된 2개 시티딘 데아미나제에 대한 발현 수준이 약하지만 TMB 및 반응과 상당히 상관되었다는 것을 관측했다 (도 1i 및 1j). 세 번째로, 본 발명자들은 DNA 손상 반응 (DDR)의 구성원에서 기능상실 돌연변이 또는, 증식 속도의 관련성을 고려하여, TMB와의 상관관계에 대한 세포 주기 조절인자 유전자 세트를 검사했다. DDR 유전자 세트에서 하나 이상의 돌연변이를 갖는 종양은 TP53의 봉입과 함께 및 없이 ("w/o") 양자에서 상당히 더 높은 반응 속도 및 TMB를 나타냈다 (도 1k 및 1l, 표 11). 표 11은 DNA 회복 (DDR)을 도시하고 세포 주기 조절 유전자 세트는 TP53의 봉입과 함께 및 없이, 반응과 연관성 (CR/PR 대 SD/PD) 및 TMB ("카테고리")에 대해 시험되었다. 유전자 세트에 속하는 유전자에서 적어도 하나의 돌연변이를 갖는 환자의 수 ("n 돌연변이체"), 효과 크기 ("추정") 뿐만 아니라 명목 p-값이 보고된다. MKI67 발현 및 DNA 복제 점수는 또한 아테졸리주맙에 대한 반응과 연관된다 (도 1z).
표 11:DNA 회복 및 세포 주기 조절 경로의 돌연변이 상태와 반응 및 TMB와 연관성
Figure pct00026
세포 주기 조절인자 세트에서 하나 이상의 돌연변이를 갖는 종양은 또한, 비록 반응과의 연관성이 여기서 TP53에 의해 유도되었지만, 상당히 더 높은 TMB 및 반응 속도를 나타냈다 (도 1m 및 1n, 표 11 및 12). 이와 함께, 이들 결과는 증식, APOBEC 활성 및 DDR 또는 세포 주기 조절에서의 결함을 포함한 다중 인자가 방광암에서 TMB에 기여하여, PD-L1 차단에 대한 증가된 반응으로 이어진다는 것을 입증한다. 표 12에서, 돌연변이체 환자의 수와 기호가 각각의 시험된 유전자에 대해 주어져 있다. 돌연변이 상태와 연관성은 반응 (CR/PR 대 SD/PD) 및 TMB ("카테고리") 둘 모두에 대해 시험되었다. 효과 크기 ("추정") 뿐만 아니라 명목 ("p") 및 조정된 p-값 ("p (adj.)")이 보고되어 있다. 마지막 두 칼럼은 주어진 유전자가 DDR 및/또는 세포 주기 조절인자 ("CCReg") 유전자 세트의 구성원인지 여부를 나타낸다.
표 12: 단일 유전자의 돌연변이 상태와 반응 및 TMB와 연관성
Figure pct00027
Figure pct00028
Figure pct00029
Figure pct00030
Figure pct00031
Figure pct00032
Figure pct00033
Figure pct00034
Figure pct00035
Figure pct00036
실시예 3: TGF-β 축은 일차 면역 탈출과 연관된다
다음으로, 본 발명자들은 반응과 연관된 CD8+ T-세포 면역 및 TMB를 넘어 임의의 추가의 특징을 확인하고자 하였다. 증식과 TMB 사이의 양성 관계에 일치하여, DNA 복제, 세포 주기, 및 히스톤과 연관된 유전자 세트가 반응군에서 상당히 풍부하였다 (도 1O, 표 8). 유전자 세트 강화 분석은 또한 비-반응과 연관된 단독 특징으로 사이토카인-사이토카인 수용체 유전자 세트를 확인했다 (도 1O, 표 8). 중요하게는, 이 경로 내에서 가장 상당히 연관된 유전자는 IFNGR1 및 TGFB1, ACVR1, 및 TGFBR2를 포함한, TGF-β 신호전달 경로에 관여된 유전자였다. IFN-γ는 항종양 면역에 대해 양호한 효과를 갖는 것으로 알려져 있지만, 이 사이토카인은 또한 체크포인트 요법 및 획득된 면역 탈출에 대한 일차 저항에서 핵심 플레이어로 부상하고 있다. mUC를 갖는 환자의 큰 집단에서, 본 발명자들은 반응군에서 IFN-γ의 상당히 향상된 발현을 관측하였고, 반면에 IFNGR1 발현은 비-반응군에서 풍부하였다. 이것은 IFN-γ 신호전달이 다중 T-세포 억제성 리간드의 발현을 촉진하고 T-세포를 억제하는 후성유전적 기전을 유도한다는 것을 시사하는 최근 연구와 일치한다.
TGF-β는 다중 종양 유형에서 불량한 예후와 연관된 다면발현성 사이토카인이다. TGF-β 신호전달은 일반적으로 면역억제, 혈관신생, 전이, 간엽 전이에 대한 상피성 (EMT), 섬유모세포 활성화, 및 결합조직형성을 증진함에 의해 진행된 암에서 향-종양형성 역할을 수행하는 것으로 생각된다. IMvigor210에서, TGFB1 및 TGFBR2로 구성된 2개의 최고-평점 TGF-β 경로 유전자에 기초한 서명은 비-반응군에서 증가된 평균 발현을 나타냈다 (도 1p). TGFB1 발현은 불량한 객관적 반응과 연관되었고, 사분위수로 분할될 때, 또한 감소된 OS와 연관되었다 (도 1x 및 1y). 상승된 TGF-β 발현이 증가된 T 조절 세포 기능, EMT, 및/또는 기질-연관된 면역억제를 나타낸다는 것을 고려하면, 이것은 아테졸리주맙에 대한 반응을 제한하는데 상당한 역할을 하기 쉽다.
실시예 4: 3개 코어 경로는 항-PD-L1 요법에 대한 반응 및 저항을 유도한다
집합적으로, 이들 데이터는 방광암에서 체크포인트 억제에 대한 반응이 3개 코어 생물학적 축의 조합에 의해 지시된다는 것을 시사한다: 기존의 T-세포 면역 및 TMB는 아테졸리주맙에 대한 반응과 양성으로 연관되고, 반면에 TGF-β 경로 활성은 질환 진행 및 반응의 결여와 연관된다 (도 1q).
이들 3개 경로가 서로 어떻게 관련되어 있는지 더 잘 이해하고 결과를 예측하는데 있어서 그것의 상대적 중요성을 밝히기 위해, 경쟁 모델의 통계적인 분석이 수행되었다. 로지스틱 퇴행 슈도-R2은 전체적인 환자 반응에서 "설명된 변동"의 척도로 사용되었다 (즉, 생물학적 입력에 기인할 수 있는 환자 반응에서의 변동의 퍼센트) (하기 참고: 예를 들어, Dobson 등 (상동)). 단일 입력이 고려될 때, CD8+ Teff 서명은 환자 반응에서 5%의 가변성을 설명하였고, 반면 2-유전자 TGF-β 서명은 16%를 설명하였고 TMB는 30%를 설명하였다 (도 1r). 본 발명자들은 다음으로 이들 세 가지 생물학적 입력이 교환가능한지 또는 독립적으로 반응을 예측하는데 기여하는지를 조사했다. 세 가지 축 모두를 조합한 모델은 환자 반응에서 설명된 변동을 42%로 증가시켰으며 각각의 단일-축 모델에 비해 개선되었다 (도 1r). 세 가지 축 모두를 조합한 모델은 또한 모든 2-축 모델 상에서 상당히 개선되어 (도 1s), 각각의 축에 의해 제공된 정보가 다른 두 개와 적어도 부분적으로 독립적임을 나타낸다.
실시예 5: 분자 분류법은 반응 및 저항의 드라이버 간의 관계를 밝힌다
상기에 기재된 세 가지 경로 (즉, 기존의 T-세포 면역, TMB, 및 TGF-β 경로 활성)의 본 프레임워크의 힘을 강조하고 TGF-β 신호전달의 관련성을 설명하기 위해, 본 발명자들은 확립된 종양 분자 아형식과 세 가지 경로 사이의 관계를 탐구했다. 유전자 발현에 기초한 다중 분류학적 분류 방법이 최근에 기술되었다 (Lerner 등 (상동)). 본 발명자들은 이전에 암 게놈 지도(The Cancer Genome Atlas; TCGA) 분류법을 하기에 적용했다 (Calon 등 Nat. Genet.47:320-329, 2015): IMvigor210 샘플뿐만 아니라 탐구된 룬드 분류법 (Sj
Figure pct00037
dahl 등 Clin.Cancer Res.18:3377-3386, 2012; Sj
Figure pct00038
dahl 등 Am. J. Pathol.183:681-691, 2013), 이것은 유전적으로 불안정한 (GU) 아형을 포함하도록 mUC를 추가로 분류한다 (도 2a). TMB의 실증된 중요성을 고려하여, 본 발명자들은 GU 아형이 반응군에 대해 상당히 풍부할 것이다는 것을 가정했다. 사실상, GU는 고-TMB 종양에 대해 풍부하였고 (도 2a-2c) 다른 룬드 아형 (17.6%)보다 훨씬 높은 반응 속도 (47.2%)를 가졌다 (도 2d). GU 아형에서 반응 속도의 증가는 TCGA 아형 중에서 관측된 차이를 초과했지만 (도 2e), 예상외로, TCGA 내강 II 아형이 고-TMB 종양에 대해 유사하게 풍부하였기 때문에 이는 돌연변이 부담에 기인할 수 없었다 (도 2b 및 2c). 대신에, 본 발명자들은 TCGA 내강 II 단독, 룬드 GU 단독, 또는 둘 모두로 분류된 환자를 별도로 평가함에 의해 차이의 원인을 확인했다 (도 2f). 내강 II 종양이 그것의 룬드 표지와 무관하게 더 높은 CD8+ Teff 유전자 발현을 가졌지만, 또한 GU로 분류된 이들 내강 II 종양만이 낮은 TGF-β 서명을 가졌다. 따라서, 이롭지 않은 CD8 Teff 대 TGF-β 비로 이어지는, 이롭지 않은 TGF-β 서명은 이 환자 그룹에서 높은 TMB를 능가하여 불량한 반응을 초래한다.
암 게놈 지도 (TCGA)에 의해 정의된 발현 아형과 IMvigor210의 개별 집단에서 아테졸리주맙 단일요법에 대한 임상 반응 사이의 연관성이 확인되었다. 본 발명자들은 TMB가 반응에 강하게 관련되고, 또한 유전자 발현의 패턴에 의해 적어도 부분적으로 포착된다는 것을 발견하였다. 이를 염두에 두고, 본 발명자들은 UC에 대한 대안적인 분자 분류인, 룬드 분류법을 탐구했다 (Sj
Figure pct00039
dahl 등 Clin.Cancer Res.18:3377-3386, 2012; Sj
Figure pct00040
dahl 등 Am. J. Pathol.183:681-691, 2013), 이것은 유전적으로-불안정한 (GU) 아형을 포함한다 (도 2a).
룬드 GU 아형은 다른 룬드 아형보다 극적으로 더 높은 반응 속도를 가졌고 (도 2d), 고-TMB 종양에 대해 강력하게 풍부하였다 (도 2b 및 2c). 룬드 GU 아형은 또한 증식과 돌연변이 사이의 연관성과 일치하는, TP53 (34%) 및 RB1 (43%)에 대해 최고 돌연변이율을 가졌다 (도 2a).
기저/SCC-유사 (SCCL) 및 요상피-유사 B (UroB) 아형은 CD8+ T-효과기 유전자 및, IC 상의 높은 PD-L1 발현을 포함하는, 그것의 관련요인의 높은 발현과 연관되었다 (도 2a). 비록 이들 종양은 GU 종양에 대해 유사한 CR 속도를 나타냈지만, 전체적인 반응 속도는 더 낮았다 (도 2d). 이것은 낮은 TMB 및 TGF-β 서명의 상대적인 강화에 부분적으로 기인할 수 있다 (도 2a 및 2g).
요상피-유사 A (UroA) 종양은 TCGA 분류에 의해 내강 I 아형과 많은 분자 특징, 예를 들어, 높은 FGFR3, TP63, 및 WNT7B 발현을 공유했다 (도 2h). UroA 아형에서 관측된 최소 반응 속도는 낮은 TMB 및 제한된 기존의 면역의 반영이기 쉽다.
룬드 침윤된 아형은 T-세포 및 근섬유모세포 양자의 존재에 기인한 것으로 명명되었다. 이 분류에 따라, 침윤된 종양은 CD8+ T-효과기 유전자의 상승된 발현뿐만 아니라, CD8+ T-효과기 대 TGF-β 서명의 이롭지 않은 비로 이어지는, TGF-β, 기질 활성화와 혈관신생, 세포외 기질, 및 EMT를 포함한, 향-종양형성 및 면역억제성 경로와 연관된 유전자의 최고 상대적 발현을 가졌다 (도 2a 및 2g). 침윤된 아형은 또한 최저 중앙 TMB를 가졌으며 (도 2b 및 2c), 이것은 이롭지 않은 CD8+ T-효과기 대 TGF-β 비와 조합하여 가장 불량한 반응 속도를 나타내는 침윤된 아형과 일치한다 (도 2d).
실시예 6: TGF-β 경로 활성화는 면역 배제된 종양에서 항-PD-L1에 대한 반응을 제한한다
하기의 연관성을 고려하여; TGF-β 신호전달과 기질 성분 및 기질 세포가 CD8+ T-세포 상에 미칠 수 있는 부정적 영향, 본 발명자들은 다음에 종양-면역 표현형과 하기 사이의 관계를 검사했다: 아테졸리주맙에 대한 반응.본 발명자들은 면역조직화학을 사용하여 CD8+ T-세포 침윤을 평가하고, TME에서 CD8+ T-세포의 존재 및 위치에 기초하여 면역 불모지, 면역 배제된, 또는 면역 염증성 표현형으로 종양을 분류했다 (도 3a). 방광 종양의 상당한 부분 (대략 48%)은 면역 배제된 표현형을 나타냈고, 반면에 면역 불모지 및 면역 염증성 종양은 각각 대략 26%를 구성했다. 면역 배제된 표현형은 콜라겐 섬유에 나란히 놓인, 종양주위 기질 구획에 주로 CD8+ T-세포의 편재화를 특징으로 한다 (트리크롬 염색에 의해 드러남; 도 3b).
면역 배제된 종양에서 결합조직형성 기질에 대한 CD8 T-세포의 근접 (도 3a 및 3b) 및 하기의 연관성: TGF-β 리간드 및 반응의 결여를 갖는 수용체 유전자 발현 (도 1O) 양자는 하기를 연루시킨다: TGF-β 경로.이 경로의 역할을 더 잘 이해하기 위해 , 본 발명자들은 2개의 상이한 유전자 서명을 고려했다. 첫째는 경로에 대한 입력을 나타내는 2-유전자 서명 (상기에 기재된 TGFB1 및 TGFBR2)이다. 2-유전자 입력 서명은 면역 표현형에 걸쳐 발현 수준에서 차이를 나타내지 않았지만, 면역 배제된 종양에서만 비-반응군에서 상승되었다 (도 3c). 제2 서명은 상이한 조직으로부터 섬유모세포에서 구체적으로 TGF-β 경로 출력을 측정하기 위해 개발되었다. "범-섬유모세포 TGF-β 반응 서명" (Pan-F-TBRS)은 6개 조직으로부터 유래된 인간 일차 섬유모세포주의 패널에 걸쳐 TGFB1에 의해 강력하고 구체적으로 유도된 19개 유전자를 포함한다. 2-유전자 서명과 마찬가지로, 면역 배제된 종양에서의 반응의 결여는 더 높은 Pan-F-TBRS 점수와 상당히 연관되었다 (도 3d). 2-유전자 서명과 달리, Pan-F-TBRS 점수는 면역 염증성 및 면역 배제된 종양 둘 모두에서 상승되었다. 그러나, 2-유전자 TGF-β 서명과 일치하여, Pan-F-TBRS는 요법을 진행한 환자에서 상당한 강화로, 면역 배제된 종양에서 비-반응군 및 반응군만 계층화했다. 이들 결과는 TGF-β 경로 유전자와 비-반응 사이의 관측된 연관성이 조직 미세환경 (TME)에서 섬유모세포에 대한 이 경로의 영향에 적어도 부분적으로 기인할 수 있음을 시사한다.
실시예 7: TGF-β 억제는 항-PD-L1에 대한 T-세포 침윤 및 치료적 반응을 개선시킨다
아마 바이오마커 분석의 가장 예기치 못한 연루는 IMvigor210에서 아테졸리주맙에 대한 반응의 결여와 TGF-β 경로의 연관성이다 (도 1o, 1p, 3c, 및 3d). TGF-β 신호전달 은 종양 및 면역계 양자에 대한 많은 복잡한 효과, 예컨대 초기 단계에서 종양 성장을 직접적으로 방해하고, 종양 EMT 및 전이를 촉진하고, T 조절 세포의 발달에 유리하고, 그리고 종양의 기질 투자를 촉진하는 효과를 가질 수 있다. 면역 배제된 표현형에서 상승된 Pan-F-TBRS 수준을 관찰하는 것은 하기의 효과를 제안했다; 즉, 활성화된 기질에 대한 TGF-β 신호전달의 효과는 하기의 제한으로 이어질 수 있다: T-세포 유입 및 효능 둘 모두. 사실상, 활성화된 CD8+ T-세포는 면역 배제된 종양을 결여하지 않았고 (면역 불모지 종양과는 대조적임; 도 3a), 그리고 이들은 낮은 TMB를 나타내지 않아 (도 3e), 기질 장벽에 의해 종양 실질로부터 T-세포의 물리적 배제가 이 그룹에서 요법에 대한 반응을 제한하는 중요한 특징이었다는 것을 시사한다.
본 발명자들은 따라서 TGF-β-활성화된 기질에 대한 장벽을 조사하기 위해 마우스 모델을 확립했다. 이러한 목적을 위해, 본 발명자들은 EMT6 마우스 유선 암종 모델을 이용했는데, 이는 이것이 콜라겐 섬유와 관련하여 T-세포가 종양의 주변에 국소화된 면역 배제된 표현형을 요약하고 (도 4a), 모든 TGF-β 동형체 및 PD-L1은 TME에서 발현되기 때문이다 (도 4b 및 4c). EMT6 종양 세포는 BALB/c 마우스 안으로 동소이식으로 이식되었다. 일단 종양이 대략　160 mm3에 도달되면, 항-PD-L1 및/또는 1D11, 범-특이적 TGF-β 차단 항체로 치료가 개시되었다. 1D11 치료는 감소된 수준의 종양 내 인산화된 SMAD2/3 (도 4l) 및 혈장 내 VEGF-A (도 4m)에 의해 실증된 바와 같이 TGF-β 신호전달을 감소시켰다. 확립된 종양을 갖는 마우스 내 PD-L1 및 TGF-β의 이중 차단은 다수의 마우스에서 완전한 종양 퇴화를 초래한, 반면에 항-PD-L1 단독은 보다 적은 완전한 퇴화를 초래했다 (도 4d-4f). TGF-β의 차단 단독은 생체내 종양 성장에 대해 효과가 없었다 (도 4d-4f). 이중 항체 차단 또한 종양 침윤하는 T-세포의 존재도에서의 증가를 초래했다 (도 4g-4i 및 4o). 그란자임 B 수준은 또한 조합 요법 아암에서 CD8+ T-세포 기준으로 증가했다 (도 4j 및 4n). 특히, 조합된 PD-L1 및 TGF-β 차단은 주로 종양주위 편재화로부터 보다 종양내 패턴으로 T-세포의 분포를 변경했다 (도 4g, 4k, 및 4o). 따라서, 하기의 이중 차단, 즉 TGF-β 및 PD-L1은 종양 섬으로 T-세포 편재화를 촉진시켰고 치료적 반응을 개선시켰다,
이 이중 차단에 대한 반응에 기본이 되는 기전을 더 잘 이해하기 위해, 본 발명자들은 각각의 4가지 치료 조건으로부터 종양에 대한 RNA 서열분석을 수행했다. 인간 종양을 분석하기 위해 사용된 CD8+ Teff 서명은 항-PD-L1 및 항-TGF-β의 조합으로 치료된 마우스 종양에서 상승되었다 (도 4p 및 4t). 항-PD-L1 단일요법이 Teff 유전자 서명의 발현을 증가시킴에도 불구하고, 본 효과는 상당하지 않았다 (도 4p). 이들 결과는 TGF-β 억제가 항종양 면역을 향상시키는 중요한 방식으로 항-PD-L1의 효과를 강화시켰음을 제안했다. 본 발명자들은 그 다음 종양 내에서 상이한 기질 세포 모집단에서 TGF-β 발현 서명을 평가했다. Pan-F-TBRS는 조합 치료에서 상당히 감소되었다 (도 4q). 그에 반해서, T-세포 또는 대식세포와 연관된 TBRS에서는 감소가 관측되지 않았다 (도 4r). 이들 결과와 일치하여, EMT6 종양에서 포스포플로우 분석은 TGF-β 신호전달이, pSMAD2/3에 의해 반영된 바와 같이, 조합 요법에 따라 CD45+ 세포에서가 아닌 CD45-에서 상당히 감소되었다 (도 4l)는 것을 실증했다. TME에서 Teff 서명 및 Pan-F-TBRS의 경쟁 효과는 Teff 대 Pan-F-TBRS 비와 통합될 수 있다. 이 비 점수는 대조군 및 단일 항체 치료와 비교하여 조합 치료에서 증가를 보여주었다 (도 4s). 하기의 발현; 즉, CD8+ Teff 유전자 는 항-PD-L1 및 항-TGF-β의 조합으로 치료된 마우스 종양에 상승되었고, 반면 암-연관된 섬유모세포 (CAF) 리모델링 유전자의 발현은 줄어들었다 (도 4t 및 4u). 예를 들어, IFNG, GZMB, 및 제타-사슬 연관된 단백질 키나제 70 (ZAP70)의 발현은 항-PD-L1 및 항-TGF-β의 조합으로 치료된 마우스 종양에서 상승되었고, 라이실 옥시다제 동족체 2 (LOXL2), 테나스신 C (TNC), 및 페리오스틴 (POSTN)의 발현은 하기에서 줄어들었다: 항-PD-L1 및 항-TGF-β의 조합으로 치료된 마우스 종양 (도 4u). 이론에 의해 구속되기를 바라지 않으면서, TGF-β 및 PD-L1의 이중 치료적 차단은 CAF를 재프로그래밍하고 기질 구조를 변형시킴으로써 면역 배제된 종양을 염증성 종양으로 전환시킬 수 있다.
요약하면, TGF-β의 차단은 항-PD-L1 항체와 상승 작용하여 종양 층에서 CD8+ Teff 세포수를 증가시키고 강력한 항종양 면역을 유도할 수 있다. 상승된 TGF-β 신호전달이 추가의 결과를 가질 수 있지만, 이들 결과는 면역 배제된 그룹에서의 TGF-β-활성화된 기질이 Teff 기능을 약화시키고 종양 자체로의 T-세포 진입을 물리적으로 제한한다는 생각과 일치한다.
범-암 서명
본 발명자들은 mUC에서 아테졸리주맙의 효능을 테스트하는 단계 2, 단일 아암 연구에 등록된 환자에서 체크포인트 차단에 대한 반응 및 일차 면역 탈출과 연관된 분자, 세포 및 종양 유전적 인자의 포괄적인 평가를 수행했다. 이 분석에 사용된 집단의 큰 크기를 고려할 때, 본 발명자들은 반응의 가능성을 결정하는 종양 특성에 관한 몇 가지 중요한 기능적 결론에 도달했다. 사실상, 세 가지 생물학적 축이 뚜렷한 및 독립적인 역할을 수행하는 것으로 밝혀졌다:(1) IC 상의 PD-L1 발현 및 유전자 발현 또는 CD8+ Teff 활성의 조직학적 관련요인에 의해 제시된 바와 같은, 기존의 면역; (2) 직접적으로 측정되지만 또한 증식 및 DNA 손상 반응의 분자 서명 또는 이들 과정에 영향을 미치는 기능상실 돌연변이에서 반영된, TMB; 및 (3) TGF-β 경로 신호전달.각각이 다인성 반응의 기초에 상당히 기여하는 반면, TGF-β 신호전달 및 TMB는 함께 방광암에 대해 가장 큰 설명력을 제공한다.
비-반응하는 면역 배제된 mUC 종양에서의 TGF-β 서명의 강화뿐만 아니라 비-반응에 대해 풍부한 룬드 아형에서 높은 TMB 및/또는 기존의 면역을 상쇄하는데 있어 가능한 역할에 기초하여, 본 발명자들은 TGF-β 신호전달이 항종양 면역에 반작용을 할 수 있음을 가정했다. 이 가설을 테스트하고 면역 관문 차단에 대한 반응을 억제하는데 있어서 TGF-β의 기능적 역할을 더 잘 이해하기 위해, 본 발명자들은 환자에서 면역 배제된 종양의 몇 개의 양태를 모방하는 마우스 모델을 사용하였다. 이 모델에서, TGF-β 및 PD-L1 신호전달의 동시 억제는 종양을 배제된 표현형에서 염증성 표현형으로 전환시켜, CD8+ Teff 세포에 의한 향상된 종양 침윤과 종양 퇴화에서 현저한 증가를 초래하였다.
본 명세서에서 기재된 면역요법에 대한 다인성 반응의 기초는 방광암 이외의 다른 종양 유형에 적용가능할 것으로 기대되고, 면역 관문 차단에 대한 범-암 반응 속도는 세 가지 축 모두를 고려함으로써 추가로 개선될 수 있다. 마찬가지로, 항-PD-L1 요법에 대한 반응 및 저항의 결정인자는 다른 면역 관문 억제제로 연장되는 것으로 기대된다.
총체적으로, 이들 데이터는, 예를 들어, 하기를 포함하는 항-암 요법에 대해 암 환자 (예를 들어, 방광암 환자)의 반응을 예측하고 모니터링하는 예측 및 약력학적 바이오마커로서, 본 명세서에서 기재된 바이오마커 및 서명 (예를 들어, 범-F-TBRS)의 사용을 지지한다: 면역요법 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제 예컨대 항-PD-L1 항체 (예를 들어, 아테졸리주맙)) 및 억제성 기질 길항제 (예를 들어, TGF-β 길항제 예컨대 항-TGF-β 항체).
VII. 기타 실시형태
비록 전술한 발명이 이해의 명확함을 위해 설명 및 실시예로서 일부 상세히 기재되었지만, 설명 및 실시예는 본 발명의 범위를 제한하는 것으로 해석되어서는 안된다. 본원에서 인용된 모든 특허 및 과학적 문헌의 개시내용은 명확히 그 전체가 참고로 편입된다.
SEQUENCE LISTING <110> Genentech, Inc. F. Hoffmann-La Roche AG <120> DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC METHODS FOR CANCER <130> 50474-172WO4 <150> US 62/657,468 <151> 2018-04-13 <150> US 62/595,957 <151> 2017-12-07 <150> US 62/582,207 <151> 2017-11-06 <160> 82 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 2741 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 1 accucccucc gcggagcagc cagacagcga gggccccggc cgggggcagg ggggacgccc 60 cguccggggc acccccccgg cucugagccg cccgcggggc cggccucggc ccggagcgga 120 ggaaggaguc gccgaggagc agccugaggc cccagagucu gagacgagcc gccgccgccc 180 ccgccacugc ggggaggagg gggaggagga gcgggaggag ggacgagcug gucgggagaa 240 gaggaaaaaa acuuuugaga cuuuuccguu gccgcuggga gccggaggcg cggggaccuc 300 uuggcgcgac gcugccccgc gaggaggcag gacuugggga ccccagaccg ccucccuuug 360 ccgccgggga cgcuugcucc cucccugccc ccuacacggc gucccucagg cgcccccauu 420 ccggaccagc ccucgggagu cgccgacccg gccucccgca aagacuuuuc cccagaccuc 480 gggcgcaccc ccugcacgcc gccuucaucc ccggccuguc uccugagccc ccgcgcaucc 540 uagacccuuu cuccuccagg agacggaucu cucuccgacc ugccacagau ccccuauuca 600 agaccaccca ccuucuggua ccagaucgcg cccaucuagg uuauuuccgu gggauacuga 660 gacacccccg guccaagccu ccccuccacc acugcgcccu ucucccugag gaccucagcu 720 uucccucgag gcccuccuac cuuuugccgg gagaccccca gccccugcag gggcggggcc 780 uccccaccac accagcccug uucgcgcucu cggcagugcc ggggggcgcc gccuccccca 840 ugccgcccuc cgggcugcgg cugcugccgc ugcugcuacc gcugcugugg cuacuggugc 900 ugacgccugg ccggccggcc gcgggacuau ccaccugcaa gacuaucgac auggagcugg 960 ugaagcggaa gcgcaucgag gccauccgcg gccagauccu guccaagcug cggcucgcca 1020 gccccccgag ccagggggag gugccgcccg gcccgcugcc cgaggccgug cucgcccugu 1080 acaacagcac ccgcgaccgg guggccgggg agagugcaga accggagccc gagccugagg 1140 ccgacuacua cgccaaggag gucacccgcg ugcuaauggu ggaaacccac aacgaaaucu 1200 augacaaguu caagcagagu acacacagca uauauauguu cuucaacaca ucagagcucc 1260 gagaagcggu accugaaccc guguugcucu cccgggcaga gcugcgucug cugaggcuca 1320 aguuaaaagu ggagcagcac guggagcugu accagaaaua cagcaacaau uccuggcgau 1380 accucagcaa ccggcugcug gcacccagcg acucgccaga gugguuaucu uuugauguca 1440 ccggaguugu gcggcagugg uugagccgug gaggggaaau ugagggcuuu cgccuuagcg 1500 cccacugcuc cugugacagc agggauaaca cacugcaagu ggacaucaac ggguucacua 1560 ccggccgccg aggugaccug gccaccauuc auggcaugaa ccggccuuuc cugcuucuca 1620 uggccacccc gcuggagagg gcccagcauc ugcaaagcuc ccggcaccgc cgagcccugg 1680 acaccaacua uugcuucagc uccacggaga agaacugcug cgugcggcag cuguacauug 1740 acuuccgcaa ggaccucggc uggaagugga uccacgagcc caagggcuac caugccaacu 1800 ucugccucgg gcccugcccc uacauuugga gccuggacac gcaguacagc aagguccugg 1860 cccuguacaa ccagcauaac ccgggcgccu cggcggcgcc gugcugcgug ccgcaggcgc 1920 uggagccgcu gcccaucgug uacuacgugg gccgcaagcc caagguggag cagcugucca 1980 acaugaucgu gcgcuccugc aagugcagcu gaggucccgc cccgccccgc cccgccccgg 2040 caggcccggc cccaccccgc cccgcccccg cugccuugcc caugggggcu guauuuaagg 2100 acacccgugc cccaagccca ccuggggccc cauuaaagau ggagagagga cugcggaucu 2160 cugugucauu gggcgccugc cuggggucuc caucccugac guucccccac ucccacuccc 2220 ucucucuccc ucucugccuc cuccugccug ucugcacuau uccuuugccc ggcaucaagg 2280 cacaggggac caguggggaa cacuacugua guuagaucua uuuauugagc accuugggca 2340 cuguugaagu gccuuacauu aaugaacuca uucagucacc auagcaacac ucugagaugc 2400 agggacucug auaacaccca uuuuaaaggu gaggaaacaa gcccagagag guuaagggag 2460 gaguuccugc ccaccaggaa ccugcuuuag ugggggauag ugaagaagac aauaaaagau 2520 aguaguucag gccaggcggg guggcucacg ccuguaaucc uagcacuuuu gggaggcaga 2580 gaugggagga uuacuugaau ccaggcauuu gagaccagcc uggguaacau agugagaccc 2640 uaucucuaca aaacacuuuu aaaaaaugua caccuguggu cccagcuacu cuggaggcua 2700 aggugggagg aucacuugau ccugggaggu caaggcugca g 2741 <210> 2 <211> 390 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Met Pro Pro Ser Gly Leu Arg Leu Leu Leu Leu Leu Leu Pro Leu Leu 1 5 10 15 Trp Leu Leu Val Leu Thr Pro Gly Arg Pro Ala Ala Gly Leu Ser Thr 20 25 30 Cys Lys Thr Ile Asp Met Glu Leu Val Lys Arg Lys Arg Ile Glu Ala 35 40 45 Ile Arg Gly Gln Ile Leu Ser Lys Leu Arg Leu Ala Ser Pro Pro Ser 50 55 60 Gln Gly Glu Val Pro Pro Gly Pro Leu Pro Glu Ala Val Leu Ala Leu 65 70 75 80 Tyr Asn Ser Thr Arg Asp Arg Val Ala Gly Glu Ser Ala Glu Pro Glu 85 90 95 Pro Glu Pro Glu Ala Asp Tyr Tyr Ala Lys Glu Val Thr Arg Val Leu 100 105 110 Met Val Glu Thr His Asn Glu Ile Tyr Asp Lys Phe Lys Gln Ser Thr 115 120 125 His Ser Ile Tyr Met Phe Phe Asn Thr Ser Glu Leu Arg Glu Ala Val 130 135 140 Pro Glu Pro Val Leu Leu Ser Arg Ala Glu Leu Arg Leu Leu Arg Leu 145 150 155 160 Lys Leu Lys Val Glu Gln His Val Glu Leu Tyr Gln Lys Tyr Ser Asn 165 170 175 Asn Ser Trp Arg Tyr Leu Ser Asn Arg Leu Leu Ala Pro Ser Asp Ser 180 185 190 Pro Glu Trp Leu Ser Phe Asp Val Thr Gly Val Val Arg Gln Trp Leu 195 200 205 Ser Arg Gly Gly Glu Ile Glu Gly Phe Arg Leu Ser Ala His Cys Ser 210 215 220 Cys Asp Ser Arg Asp Asn Thr Leu Gln Val Asp Ile Asn Gly Phe Thr 225 230 235 240 Thr Gly Arg Arg Gly Asp Leu Ala Thr Ile His Gly Met Asn Arg Pro 245 250 255 Phe Leu Leu Leu Met Ala Thr Pro Leu Glu Arg Ala Gln His Leu Gln 260 265 270 Ser Ser Arg His Arg Arg Ala Leu Asp Thr Asn Tyr Cys Phe Ser Ser 275 280 285 Thr Glu Lys Asn Cys Cys Val Arg Gln Leu Tyr Ile Asp Phe Arg Lys 290 295 300 Asp Leu Gly Trp Lys Trp Ile His Glu Pro Lys Gly Tyr His Ala Asn 305 310 315 320 Phe Cys Leu Gly Pro Cys Pro Tyr Ile Trp Ser Leu Asp Thr Gln Tyr 325 330 335 Ser Lys Val Leu Ala Leu Tyr Asn Gln His Asn Pro Gly Ala Ser Ala 340 345 350 Ala Pro Cys Cys Val Pro Gln Ala Leu Glu Pro Leu Pro Ile Val Tyr 355 360 365 Tyr Val Gly Arg Lys Pro Lys Val Glu Gln Leu Ser Asn Met Ile Val 370 375 380 Arg Ser Cys Lys Cys Ser 385 390 <210> 3 <211> 4704 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 3 ggagagggag aaggcucucg ggcggagaga gguccugccc agcuguuggc gaggaguuuc 60 cuguuucccc cgcagcgcug aguugaaguu gagugaguca cucgcgcgca cggagcgacg 120 acacccccgc gcgugcaccc gcucgggaca ggagccggac uccugugcag cuucccucgg 180 ccgccggggg ccuccccgcg ccucgccggc cuccaggccc ccuccuggcu ggcgagcggg 240 cgccacaucu ggcccgcaca ucugcgcugc cggcccggcg cgggguccgg agagggcgcg 300 gcgcggaggc gcagccaggg guccgggaag gcgccguccg cugcgcuggg ggcucggucu 360 augacgagca gcggggucug ccaugggucg ggggcugcuc aggggccugu ggccgcugca 420 caucguccug uggacgcgua ucgccagcac gaucccaccg cacguucaga agucggaugu 480 ggaaauggag gcccagaaag augaaaucau cugccccagc uguaauagga cugcccaucc 540 acugagacau auuaauaacg acaugauagu cacugacaac aacggugcag ucaaguuucc 600 acaacugugu aaauuuugug augugagauu uuccaccugu gacaaccaga aauccugcau 660 gagcaacugc agcaucaccu ccaucuguga gaagccacag gaagucugug uggcuguaug 720 gagaaagaau gacgagaaca uaacacuaga gacaguuugc caugacccca agcuccccua 780 ccaugacuuu auucuggaag augcugcuuc uccaaagugc auuaugaagg aaaaaaaaaa 840 gccuggugag acuuucuuca uguguuccug uagcucugau gagugcaaug acaacaucau 900 cuucucagaa gaauauaaca ccagcaaucc ugacuuguug cuagucauau uucaagugac 960 aggcaucagc cuccugccac cacugggagu ugccauaucu gucaucauca ucuucuacug 1020 cuaccgcguu aaccggcagc agaagcugag uucaaccugg gaaaccggca agacgcggaa 1080 gcucauggag uucagcgagc acugugccau cauccuggaa gaugaccgcu cugacaucag 1140 cuccacgugu gccaacaaca ucaaccacaa cacagagcug cugcccauug agcuggacac 1200 ccuggugggg aaaggucgcu uugcugaggu cuauaaggcc aagcugaagc agaacacuuc 1260 agagcaguuu gagacagugg cagucaagau cuuucccuau gaggaguaug ccucuuggaa 1320 gacagagaag gacaucuucu cagacaucaa ucugaagcau gagaacauac uccaguuccu 1380 gacggcugag gagcggaaga cggaguuggg gaaacaauac uggcugauca ccgccuucca 1440 cgccaagggc aaccuacagg aguaccugac gcggcauguc aucagcuggg aggaccugcg 1500 caagcugggc agcucccucg cccgggggau ugcucaccuc cacagugauc acacuccaug 1560 ugggaggccc aagaugccca ucgugcacag ggaccucaag agcuccaaua uccucgugaa 1620 gaacgaccua accugcugcc ugugugacuu ugggcuuucc cugcgucugg acccuacucu 1680 gucuguggau gaccuggcua acagugggca ggugggaacu gcaagauaca uggcuccaga 1740 aguccuagaa uccaggauga auuuggagaa uguugagucc uucaagcaga ccgaugucua 1800 cuccauggcu cuggugcucu gggaaaugac aucucgcugu aaugcagugg gagaaguaaa 1860 agauuaugag ccuccauuug guuccaaggu gcgggagcac cccugugucg aaagcaugaa 1920 ggacaacgug uugagagauc gagggcgacc agaaauuccc agcuucuggc ucaaccacca 1980 gggcauccag auggugugug agacguugac ugagugcugg gaccacgacc cagaggcccg 2040 ucucacagcc cagugugugg cagaacgcuu cagugagcug gagcaucugg acaggcucuc 2100 ggggaggagc ugcucggagg agaagauucc ugaagacggc ucccuaaaca cuaccaaaua 2160 gcucuucugg ggcaggcugg gccaugucca aagaggcugc cccucucacc aaagaacaga 2220 ggcagcagga agcugccccu gaacugaugc uuccuggaaa accaaggggg ucacuccccu 2280 cccuguaagc uguggggaua agcagaaaca acagcagcag ggagugggug acauagagca 2340 uucuaugccu uugacauugu cauaggauaa gcuguguuag cacuuccuca ggaaaugaga 2400 uugauuuuua caauagccaa uaacauuugc acuuuauuaa ugccuguaua uaaauaugaa 2460 uagcuauguu uuauauauau auauauauau cuauauaugu cuauagcucu auauauauag 2520 ccauaccuug aaaagagaca aggaaaaaca ucaaauauuc ccaggaaauu gguuuuauug 2580 gagaacucca gaaccaagca gagaaggaag ggacccauga cagcauuagc auuugacaau 2640 cacacaugca gugguucucu gacuguaaaa cagugaacuu ugcaugagga aagaggcucc 2700 augucucaca gccagcuaug accacauugc acuugcuuuu gcaaaauaau cauucccugc 2760 cuagcacuuc ucuucuggcc auggaacuaa guacaguggc acuguuugag gaccaguguu 2820 cccgggguuc cugugugccc uuauuucucc uggacuuuuc auuuaagcuc caagccccaa 2880 aucugggggg cuaguuuaga aacucucccu caaccuaguu uagaaacucu accccaucuu 2940 uaauaccuug aauguuuuga accccacuuu uuaccuucau ggguugcaga aaaaucagaa 3000 cagauguccc cauccaugcg auugccccac caucuacuaa ugaaaaauug uucuuuuuuu 3060 caucuuuccc cugcacuuau guuacuauuc ucugcuccca gccuucaucc uuuucuaaaa 3120 aggagcaaau ucucacucua ggcuuuaucg uguuuacuuu uucauuacac uugacuugau 3180 uuucuaguuu ucuauacaaa caccaauggg uuccaucuuu cugggcuccu gauugcucaa 3240 gcacaguuug gccugaugaa gaggauuuca acuacacaau acuaucauug ucaggacuau 3300 gaccucaggc acucuaaaca uauguuuugu uuggucagca cagcguuuca aaaagugaag 3360 ccacuuuaua aauauuugga gauuuugcag gaaaaucugg auccccaggu aaggauagca 3420 gaugguuuuc aguuaucucc aguccacguu cacaaaaugu gaaggugugg agacacuuac 3480 aaagcugccu cacuucucac uguaaacauu agcucuuucc acugccuacc uggaccccag 3540 ucuaggaauu aaaucugcac cuaaccaagg ucccuuguaa gaaaugucca uucaagcagu 3600 cauucucugg guauauaaua ugauuuugac uaccuuaucu gguguuaaga uuugaaguug 3660 gccuuuuauu ggacuaaagg ggaacuccuu uaagggucuc aguuagccca aguuucuuuu 3720 gcuuauaugu uaauaguuuu acccucugca uuggagagag gagugcuuua cuccaagaag 3780 cuuuccucau gguuaccguu cucuccauca ugccagccuu cucaaccuuu gcagaaauua 3840 cuagagagga uuugaaugug ggacacaaag gucccauuug caguuagaaa auuugugucc 3900 acaaggacaa gaacaaagua ugagcuuuaa aacuccauag gaaacuuguu aaucaacaaa 3960 gaaguguuaa ugcugcaagu aaucucuuuu uuaaaacuuu uugaagcuac uuauuuucag 4020 ccaaauagga auauuagaga gggacuggua gugagaauau cagcucuguu uggauggugg 4080 aaggucucau uuuauugaga uuuuuaagau acaugcaaag guuuggaaau agaaccucua 4140 ggcacccucc ucaguguggg ugggcugaga guuaaagaca guguggcugc aguagcauag 4200 aggcgccuag aaauuccacu ugcaccguag ggcaugcuga uaccauccca auagcuguug 4260 cccauugacc ucuaguggug aguuucuaga auacuggucc auucaugaga uauucaagau 4320 ucaagaguau ucucacuucu ggguuaucag cauaaacugg aauguagugu cagaggauac 4380 uguggcuugu uuuguuuaug uuuuuuuuuc uuauucaaga aaaaagacca aggaauaaca 4440 uucuguaguu ccuaaaaaua cugacuuuuu ucacuacuau acauaaaggg aaaguuuuau 4500 ucuuuuaugg aacacuucag cuguacucau guauuaaaau aggaauguga augcuauaua 4560 cucuuuuuau aucaaaaguc ucaagcacuu auuuuuauuc uaugcauugu uugucuuuua 4620 cauaaauaaa auguuuauua gauugaauaa agcaaaauac ucaggugagc auccugccuc 4680 cuguucccau uccuaguagc uaaa 4704 <210> 4 <211> 566 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 4 Gly Arg Gly Leu Leu Arg Gly Leu Trp Pro Leu His Ile Val Leu Trp 1 5 10 15 Thr Arg Ile Ala Ser Thr Ile Pro Pro His Val Gln Lys Ser Val Asn 20 25 30 Asn Asp Met Ile Val Thr Asp Asn Asn Gly Ala Val Lys Phe Pro Gln 35 40 45 Leu Cys Lys Phe Cys Asp Val Arg Phe Ser Thr Cys Asp Asn Gln Lys 50 55 60 Ser Cys Met Ser Asn Cys Ser Ile Thr Ser Ile Cys Glu Lys Pro Gln 65 70 75 80 Glu Val Cys Val Ala Val Trp Arg Lys Asn Asp Glu Asn Ile Thr Leu 85 90 95 Glu Thr Val Cys His Asp Pro Lys Leu Pro Tyr His Asp Phe Ile Leu 100 105 110 Glu Asp Ala Ala Ser Pro Lys Cys Ile Met Lys Glu Lys Lys Lys Pro 115 120 125 Gly Glu Thr Phe Phe Met Cys Ser Cys Ser Ser Asp Glu Cys Asn Asp 130 135 140 Asn Ile Ile Phe Ser Glu Glu Tyr Asn Thr Ser Asn Pro Asp Leu Leu 145 150 155 160 Leu Val Ile Phe Gln Val Thr Gly Ile Ser Leu Leu Pro Pro Leu Gly 165 170 175 Val Ala Ile Ser Val Ile Ile Ile Phe Tyr Cys Tyr Arg Val Asn Arg 180 185 190 Gln Gln Lys Leu Ser Ser Thr Trp Glu Thr Gly Lys Thr Arg Lys Leu 195 200 205 Met Glu Phe Ser Glu His Cys Ala Ile Ile Leu Glu Asp Asp Arg Ser 210 215 220 Asp Ile Ser Ser Thr Cys Ala Asn Asn Ile Asn His Asn Thr Glu Leu 225 230 235 240 Leu Pro Ile Glu Leu Asp Thr Leu Val Gly Lys Gly Arg Phe Ala Glu 245 250 255 Val Tyr Lys Ala Lys Leu Lys Gln Asn Thr Ser Glu Gln Phe Glu Thr 260 265 270 Val Ala Val Lys Ile Phe Pro Tyr Glu Glu Tyr Ala Ser Trp Lys Thr 275 280 285 Glu Lys Asp Ile Phe Ser Asp Ile Asn Leu Lys His Glu Asn Ile Leu 290 295 300 Gln Phe Leu Thr Ala Glu Glu Arg Lys Thr Glu Leu Gly Lys Gln Tyr 305 310 315 320 Trp Leu Ile Thr Ala Phe His Ala Lys Gly Asn Leu Gln Glu Tyr Leu 325 330 335 Thr Arg His Val Ile Ser Trp Glu Asp Leu Arg Lys Leu Gly Ser Ser 340 345 350 Leu Ala Arg Gly Ile Ala His Leu His Ser Asp His Thr Pro Cys Gly 355 360 365 Arg Pro Lys Met Pro Ile Val His Arg Asp Leu Lys Ser Ser Asn Ile 370 375 380 Leu Val Lys Asn Asp Leu Thr Cys Cys Leu Cys Asp Phe Gly Leu Ser 385 390 395 400 Leu Arg Leu Asp Pro Thr Leu Ser Val Asp Asp Leu Ala Asn Ser Gly 405 410 415 Gln Val Gly Thr Ala Arg Tyr Met Ala Pro Glu Val Leu Glu Ser Arg 420 425 430 Met Asn Leu Glu Asn Val Glu Ser Phe Lys Gln Thr Asp Val Tyr Ser 435 440 445 Met Ala Leu Val Leu Trp Glu Met Thr Ser Arg Cys Asn Ala Val Gly 450 455 460 Glu Val Lys Asp Tyr Glu Pro Pro Phe Gly Ser Lys Val Arg Glu His 465 470 475 480 Pro Cys Val Glu Ser Met Lys Asp Asn Val Leu Arg Asp Arg Gly Arg 485 490 495 Pro Glu Ile Pro Ser Phe Trp Leu Asn His Gln Gly Ile Gln Met Val 500 505 510 Cys Glu Thr Leu Thr Glu Cys Trp Asp His Asp Pro Glu Ala Arg Leu 515 520 525 Thr Ala Gln Cys Val Ala Glu Arg Phe Ser Glu Leu Glu His Leu Asp 530 535 540 Arg Leu Ser Gly Arg Ser Cys Ser Glu Glu Lys Ile Pro Glu Asp Gly 545 550 555 560 Ser Leu Asn Thr Thr Lys 565 <210> 5 <211> 1805 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 5 gcaggcucuc uccccgcccc cgcggggcgg cgcgcacuca cccacccgcg ccggagcgga 60 ccuuuggcuu ggcuugucag ggcuugucca ggaguuccgc uccucucucc aaccgggguc 120 ccccuccagc gacccuaaag cuucccagac uuccgcuuca auuccugucc gcaccccacg 180 cccaccucaa cguggagcgc aguggucucc gaggagcgcc ggagcugccc cgccugccca 240 gcggggucag cacuucgcau caaggcccaa gaaaagcaag uccuccagcg uucugagcac 300 ccgggccuga gggaaggucc uaacagcccc cgggagccag ucuccaacgc cucccgcagc 360 agcccgccgc ucccaggugc ccgcgugcgc cgcugccgcc gcaaucccgc acgcgucccg 420 cgcccgcccc acuuugccua uccccgggac uaagacggga auccugugaa gcagcuccag 480 cuauguguga agaagaggac agcacugccu ugguguguga caauggcucu gggcucugua 540 aggccggcuu ugcuggggac gaugcuccca gggcuguuuu cccauccauu gugggacguc 600 ccagacauca gggggugaug gugggaaugg gacaaaaaga cagcuacgug ggugacgaag 660 cacagagcaa aagaggaauc cugacccuga aguacccgau agaacauggc aucaucacca 720 acugggacga cauggaaaag aucuggcacc acucuuucua caaugagcuu cguguugccc 780 cugaagagca ucccacccug cucacggagg caccccugaa ccccaaggcc aaccgggaga 840 aaaugacuca aauuauguuu gagacuuuca augucccagc cauguaugug gcuauccagg 900 cggugcuguc ucucuaugcc ucuggacgca caacuggcau cgugcuggac ucuggagaug 960 gugucaccca caaugucccc aucuaugagg gcuaugccuu gccccaugcc aucaugcguc 1020 uggaucuggc uggccgagau cucacugacu accucaugaa gauccugacu gagcguggcu 1080 auuccuucgu uacuacugcu gagcgugaga uuguccggga caucaaggag aaacuguguu 1140 auguagcucu ggacuuugaa aaugagaugg ccacugccgc auccucaucc ucccuugaga 1200 agaguuacga guugccugau gggcaaguga ucaccaucgg aaaugaacgu uuccgcugcc 1260 cagagacccu guuccagcca uccuucaucg ggauggaguc ugcuggcauc caugaaacca 1320 ccuacaacag caucaugaag ugugauauug acaucaggaa ggaccucuau gcuaacaaug 1380 uccuaucagg gggcaccacu auguacccug gcauugccga ccgaaugcag aaggagauca 1440 cggcccuagc acccagcacc augaagauca agaucauugc cccuccggag cgcaaauacu 1500 cugucuggau cgguggcucc auccuggccu cucuguccac cuuccagcag auguggauca 1560 gcaaacagga auacgaugaa gccgggccuu ccauugucca ccgcaaaugc uucuaaaaca 1620 cuuuccugcu ccucucuguc ucuagcacac aacugugaau guccugugga auuaugccuu 1680 caguucuuuu ccaaaucauu ccuagccaaa gcucugacuc guuaccuaug uguuuuuuaa 1740 uaaaucugaa auaggcuacu gguaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 1800 aaaaa 1805 <210> 6 <211> 377 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 6 Met Cys Glu Glu Glu Asp Ser Thr Ala Leu Val Cys Asp Asn Gly Ser 1 5 10 15 Gly Leu Cys Lys Ala Gly Phe Ala Gly Asp Asp Ala Pro Arg Ala Val 20 25 30 Phe Pro Ser Ile Val Gly Arg Pro Arg His Gln Gly Val Met Val Gly 35 40 45 Met Gly Gln Lys Asp Ser Tyr Val Gly Asp Glu Ala Gln Ser Lys Arg 50 55 60 Gly Ile Leu Thr Leu Lys Tyr Pro Ile Glu His Gly Ile Ile Thr Asn 65 70 75 80 Trp Asp Asp Met Glu Lys Ile Trp His His Ser Phe Tyr Asn Glu Leu 85 90 95 Arg Val Ala Pro Glu Glu His Pro Thr Leu Leu Thr Glu Ala Pro Leu 100 105 110 Asn Pro Lys Ala Asn Arg Glu Lys Met Thr Gln Ile Met Phe Glu Thr 115 120 125 Phe Asn Val Pro Ala Met Tyr Val Ala Ile Gln Ala Val Leu Ser Leu 130 135 140 Tyr Ala Ser Gly Arg Thr Thr Gly Ile Val Leu Asp Ser Gly Asp Gly 145 150 155 160 Val Thr His Asn Val Pro Ile Tyr Glu Gly Tyr Ala Leu Pro His Ala 165 170 175 Ile Met Arg Leu Asp Leu Ala Gly Arg Asp Leu Thr Asp Tyr Leu Met 180 185 190 Lys Ile Leu Thr Glu Arg Gly Tyr Ser Phe Val Thr Thr Ala Glu Arg 195 200 205 Glu Ile Val Arg Asp Ile Lys Glu Lys Leu Cys Tyr Val Ala Leu Asp 210 215 220 Phe Glu Asn Glu Met Ala Thr Ala Ala Ser Ser Ser Ser Leu Glu Lys 225 230 235 240 Ser Tyr Glu Leu Pro Asp Gly Gln Val Ile Thr Ile Gly Asn Glu Arg 245 250 255 Phe Arg Cys Pro Glu Thr Leu Phe Gln Pro Ser Phe Ile Gly Met Glu 260 265 270 Ser Ala Gly Ile His Glu Thr Thr Tyr Asn Ser Ile Met Lys Cys Asp 275 280 285 Ile Asp Ile Arg Lys Asp Leu Tyr Ala Asn Asn Val Leu Ser Gly Gly 290 295 300 Thr Thr Met Tyr Pro Gly Ile Ala Asp Arg Met Gln Lys Glu Ile Thr 305 310 315 320 Ala Leu Ala Pro Ser Thr Met Lys Ile Lys Ile Ile Ala Pro Pro Glu 325 330 335 Arg Lys Tyr Ser Val Trp Ile Gly Gly Ser Ile Leu Ala Ser Leu Ser 340 345 350 Thr Phe Gln Gln Met Trp Ile Ser Lys Gln Glu Tyr Asp Glu Ala Gly 355 360 365 Pro Ser Ile Val His Arg Lys Cys Phe 370 375 <210> 7 <211> 1345 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 7 gccucugggg uuuuauauug cucugguauu caugccaaag acacaccagc ccucagucac 60 ugggagaaga accucucaua cccucggugc uccagucccc agcucacuca gccacacaca 120 ccauguguga agaggagacc accgcgcucg ugugugacaa uggcucuggc cugugcaagg 180 caggcuucgc aggagaugau gccccccggg cugucuuccc cuccauugug ggccgcccuc 240 gccaccaggg ugugauggug ggaaugggcc agaaagacag cuaugugggg gaugaggcuc 300 agagcaagcg agggauccua acucucaaau accccauuga acacggcauc aucaccaacu 360 gggaugacau ggagaagauc uggcaccacu ccuucuacaa ugagcugcgu guagcaccug 420 aagagcaccc cacccugcuc acagaggcuc cccuaaaucc caaggccaac agggaaaaga 480 ugacccagau cauguuugaa accuucaaug ucccugccau guacgucgcc auucaagcug 540 ugcucucccu cuaugccucu ggccgcacga caggcaucgu ccuggauuca ggugauggcg 600 ucacccacaa uguccccauc uaugaaggcu augcccugcc ccaugccauc augcgccugg 660 acuuggcugg ccgugaccuc acggacuacc ucaugaagau ccucacagag agaggcuauu 720 ccuuugugac cacagcugag agagaaauug ugcgagacau caaggagaag cugugcuaug 780 uggcccugga uuuugagaau gagauggcca cagcagcuuc cucuuccucc cuggagaaga 840 gcuaugagcu gccagauggg cagguuauca ccauuggcaa ugagcgcuuc cgcugcccug 900 agacccucuu ccagccuucc uuuauuggca uggaguccgc uggaauucau gagacaaccu 960 acaauuccau caugaagugu gacauugaca uccguaagga cuuauaugcc aacaaugucc 1020 ucucuggggg caccaccaug uacccuggca uugcugacag gaugcagaag gagaucacag 1080 cccuggcccc cagcaccaug aagaucaaga uuauugcucc cccagagcgg aaguacucag 1140 ucuggaucgg gggcucuauc cuggccucuc ucuccaccuu ccagcagaug uggaucagca 1200 agccugagua ugaugaggca gggcccucca uuguccacag gaagugcuuc uaaagucaga 1260 acagguucuc caaggauccc cucgagacua cucuguuacc agucaugaaa cauuaaaacc 1320 uacaagccuu aaaaaaaaaa aaaaa 1345 <210> 8 <211> 376 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 8 Met Cys Glu Glu Glu Thr Thr Ala Leu Val Cys Asp Asn Gly Ser Gly 1 5 10 15 Leu Cys Lys Ala Gly Phe Ala Gly Asp Asp Ala Pro Arg Ala Val Phe 20 25 30 Pro Ser Ile Val Gly Arg Pro Arg His Gln Gly Val Met Val Gly Met 35 40 45 Gly Gln Lys Asp Ser Tyr Val Gly Asp Glu Ala Gln Ser Lys Arg Gly 50 55 60 Ile Leu Thr Leu Lys Tyr Pro Ile Glu His Gly Ile Ile Thr Asn Trp 65 70 75 80 Asp Asp Met Glu Lys Ile Trp His His Ser Phe Tyr Asn Glu Leu Arg 85 90 95 Val Ala Pro Glu Glu His Pro Thr Leu Leu Thr Glu Ala Pro Leu Asn 100 105 110 Pro Lys Ala Asn Arg Glu Lys Met Thr Gln Ile Met Phe Glu Thr Phe 115 120 125 Asn Val Pro Ala Met Tyr Val Ala Ile Gln Ala Val Leu Ser Leu Tyr 130 135 140 Ala Ser Gly Arg Thr Thr Gly Ile Val Leu Asp Ser Gly Asp Gly Val 145 150 155 160 Thr His Asn Val Pro Ile Tyr Glu Gly Tyr Ala Leu Pro His Ala Ile 165 170 175 Met Arg Leu Asp Leu Ala Gly Arg Asp Leu Thr Asp Tyr Leu Met Lys 180 185 190 Ile Leu Thr Glu Arg Gly Tyr Ser Phe Val Thr Thr Ala Glu Arg Glu 195 200 205 Ile Val Arg Asp Ile Lys Glu Lys Leu Cys Tyr Val Ala Leu Asp Phe 210 215 220 Glu Asn Glu Met Ala Thr Ala Ala Ser Ser Ser Ser Leu Glu Lys Ser 225 230 235 240 Tyr Glu Leu Pro Asp Gly Gln Val Ile Thr Ile Gly Asn Glu Arg Phe 245 250 255 Arg Cys Pro Glu Thr Leu Phe Gln Pro Ser Phe Ile Gly Met Glu Ser 260 265 270 Ala Gly Ile His Glu Thr Thr Tyr Asn Ser Ile Met Lys Cys Asp Ile 275 280 285 Asp Ile Arg Lys Asp Leu Tyr Ala Asn Asn Val Leu Ser Gly Gly Thr 290 295 300 Thr Met Tyr Pro Gly Ile Ala Asp Arg Met Gln Lys Glu Ile Thr Ala 305 310 315 320 Leu Ala Pro Ser Thr Met Lys Ile Lys Ile Ile Ala Pro Pro Glu Arg 325 330 335 Lys Tyr Ser Val Trp Ile Gly Gly Ser Ile Leu Ala Ser Leu Ser Thr 340 345 350 Phe Gln Gln Met Trp Ile Ser Lys Pro Glu Tyr Asp Glu Ala Gly Pro 355 360 365 Ser Ile Val His Arg Lys Cys Phe 370 375 <210> 9 <211> 8050 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 9 acgccgccaa cuggcggggg ugcgggggag acaauaauuu guuccgcggu aauaagaacg 60 gugacugcug gccguggauc cauuucacag gccugccuuc ucucacuaac gcucuuccua 120 guccccgggc caacucggac aguuugcuca uuuauugcaa cggucaaggc uggcuugugc 180 cagaacggcg cgcgcgcgcg cacgcacgca cacacacggg gggaaacuuu uuuaaaaaug 240 aaaggcuaga agagcucagc ggcggcgcgg gcgcugcgcg agggcuccgg agcugacucg 300 ccgaggcagg aaaucccucc ggucgcgacg cccggccccg gcucggcgcc cgcgugggau 360 ggugcagcgc ucgccgccgg gcccgagagc ugcugcacug aaggccggcg acgauggcag 420 cgcgcccgcu gcccgugucc cccgcccgcg cccuccugcu cgcccuggcc ggugcucugc 480 ucgcgcccug cgaggcccga ggggugagcu uauggaacca aggaagagcu gaugaaguug 540 ucagugccuc uguugggagu ggggaccucu ggaucccagu gaagagcuuc gacuccaaga 600 aucauccaga agugcugaau auucgacuac aacgggaaag caaagaacug aucauaaauc 660 uggaaagaaa ugaaggucuc auugccagca guuucacgga aacccacuau cugcaagacg 720 guacugaugu cucccucgcu cgaaauuaca cgguaauucu gggucacugu uacuaccaug 780 gacauguacg gggauauucu gauucagcag ucagucucag cacguguucu ggucucaggg 840 gacuuauugu guuugaaaau gaaagcuaug ucuuagaacc aaugaaaagu gcaaccaaca 900 gauacaaacu cuucccagcg aagaagcuga aaagcguccg gggaucaugu ggaucacauc 960 acaacacacc aaaccucgcu gcaaagaaug uguuuccacc acccucucag acaugggcaa 1020 gaaggcauaa aagagagacc cucaaggcaa cuaaguaugu ggagcuggug aucguggcag 1080 acaaccgaga guuucagagg caaggaaaag aucuggaaaa aguuaagcag cgauuaauag 1140 agauugcuaa ucacguugac aaguuuuaca gaccacugaa cauucggauc guguugguag 1200 gcguggaagu guggaaugac auggacaaau gcucuguaag ucaggaccca uucaccagcc 1260 uccaugaauu ucuggacugg aggaagauga agcuucuacc ucgcaaaucc caugacaaug 1320 cgcagcuugu cagugggguu uauuuccaag ggaccaccau cggcauggcc ccaaucauga 1380 gcaugugcac ggcagaccag ucugggggaa uugucaugga ccauucagac aauccccuug 1440 gugcagccgu gacccuggca caugagcugg gccacaauuu cgggaugaau caugacacac 1500 uggacagggg cuguagcugu caaauggcgg uugagaaagg aggcugcauc augaacgcuu 1560 ccaccgggua cccauuuccc augguguuca gcaguugcag caggaaggac uuggagacca 1620 gccuggagaa aggaaugggg gugugccugu uuaaccugcc ggaagucagg gagucuuucg 1680 ggggccagaa gugugggaac agauuugugg aagaaggaga ggagugugac uguggggagc 1740 cagaggaaug uaugaaucgc ugcugcaaug ccaccaccug uacccugaag ccggacgcug 1800 ugugcgcaca ugggcugugc ugugaagacu gccagcugaa gccugcagga acagcgugca 1860 gggacuccag caacuccugu gaccucccag aguucugcac aggggccagc ccucacugcc 1920 cagccaacgu guaccugcac gaugggcacu caugucagga uguggacggc uacugcuaca 1980 auggcaucug ccagacucac gagcagcagu gugucacgcu cuggggacca ggugcuaaac 2040 cugccccugg gaucugcuuu gagagaguca auucugcagg ugauccuuau ggcaacugug 2100 gcaaagucuc gaagaguucc uuugccaaau gcgagaugag agaugcuaaa uguggaaaaa 2160 uccaguguca aggaggugcc agccggccag ucauugguac caaugccguu uccauagaaa 2220 caaacauccc ccugcagcaa ggaggccgga uucugugccg ggggacccac guguacuugg 2280 gcgaugacau gccggaccca gggcuugugc uugcaggcac aaagugugca gauggaaaaa 2340 ucugccugaa ucgucaaugu caaaauauua gugucuuugg gguucacgag ugugcaaugc 2400 agugccacgg cagaggggug ugcaacaaca ggaagaacug ccacugcgag gcccacuggg 2460 caccucccuu cugugacaag uuuggcuuug gaggaagcac agacagcggc cccauccggc 2520 aagcagauaa ccaagguuua accauaggaa uucuggugac cauccugugu cuucuugcug 2580 ccggauuugu gguuuaucuc aaaaggaaga ccuugauacg acugcuguuu acaaauaaga 2640 agaccaccau ugaaaaacua aggugugugc gcccuucccg gccaccccgu ggcuuccaac 2700 ccugucaggc ucaccucggc caccuuggaa aaggccugau gaggaagccg ccagauuccu 2760 acccaccgaa ggacaauccc aggagauugc ugcaguguca gaauguugac aucagcagac 2820 cccucaacgg ccugaauguc ccucagcccc agucaacuca gcgagugcuu ccuccccucc 2880 accgggcucc acgugcaccu agcgucccug ccagaccccu gccagccaag ccugcacuua 2940 ggcaggccca ggggaccugu aagccaaacc ccccucagaa gccucugccu gcagauccuc 3000 uggccagaac aacucggcuc acucaugccu uggccaggac cccaggacaa ugggagacug 3060 ggcuccgccu ggcaccccuc agaccugcuc cacaauaucc acaccaagug cccagaucca 3120 cccacaccgc cuauauuaag ugagaagccg acaccuuuuu ucaacaguga agacagaagu 3180 uugcacuauc uuucagcucc aguuggaguu uuuuguacca acuuuuagga uuuuuuuuaa 3240 uguuuaaaac aucauuacua uaagaacuuu gagcuacugc cgucagugcu gugcugugcu 3300 auggugcucu gucuacuugc ucagguacuu guaaauuauu aauuuaugca gaauguugau 3360 uacagugcag ugcgcuguag uaggcauuuu uaccaucacu gaguuuucca uggcaggaag 3420 gcuuguugug cuuuuaguau uuuagugaac uugaaauauc cugcuugaug ggauucugga 3480 caggaugugu uugcuuucug aucaaggccu uauuggaaag caguccccca acuaccccca 3540 gcugugcuua ugguaccaga ugcagcucaa gagaucccaa guagaaucuc aguugauuuu 3600 cuggauuccc caucucaggc cagagccaag gggcuucagg uccaggcugu guuuggcuuu 3660 cagggaggcc cugugccccu ugacaacugg caggcaggcu cccagggaca ccugggagaa 3720 aucuggcuuc uggccaggaa gcuuugguga gaaccugggu ugcagacagg aaucuuaagg 3780 uguagccaca ccaggauaga gacuggaaca cuagacaagc cagaacuuga cccugagcug 3840 accagccgug agcauguuug gaaggggucu guagugucac ucaaggcggu gcuugauaga 3900 aaugccaagc acuucuuuuu cucgcugucc uuucuagagc acugccacca guagguuauu 3960 uagcuuggga aagguggugu uucuguaaga aaccuacugc ccaggcacug caaaccgcca 4020 ccucccuaua cugcuuggag cugagcaaau caccacaaac uguaauacaa ugauccugua 4080 uucagacaga ugaggcuuuc caugggacca caacuauuuu cagaugugaa ccauuaacca 4140 gaucuaguca aucaagucug uuuacugcaa gguucaacuu auuaacaauu aggcagacuc 4200 uuuaugcuug caaaaacuac aaccaaugga augugauguu cauggguaua guucaugucu 4260 gcuaucauua uucguagaua uuggacaaag aaccuucucu auggggcauc cucuuuuucc 4320 aacuuggcug caggaaucuu uaaaagaugc uuuuaacaga gucugaaccu auuucuuaaa 4380 cacuugcaac cuaccuguug agcaucacag aaugugauaa ggaaaucaac uugcuuauca 4440 acuuccuaaa uauuaugaga ugcuggcuug ggcagcaucc ccuugaacuc uucacucuuc 4500 aaaugccuga cuagggagcc auguuucaca aggucuuuaa agugacuaau ggcaugagaa 4560 auacaaaaau acucagauaa gguaaaaugc caugaugccu cugucuucug gacugguuuu 4620 cacauuagaa gacaauugac aacaguuaca uaauucacuc ugaguguuuu augagaaagc 4680 cuucuuuugg gggucaacag uuuuccuaug cuuugaaaca gaaaaauaug uaccaagaau 4740 cuugguuugc cuuccagaaa acaaaacugc auuucacuuu cccgguguuc cccacuguau 4800 cuaggcaaca uaguauucau gacuauggau aaacuaaaca cgugacacaa acacacacaa 4860 aagggaaccc agcucuaaua cauuccaacu cguauagcau gcaucuguuu auucuauagu 4920 uauuaaguuc uuuaaaaugu aaagccaugc uggaaaauaa uacugcugag auacauacag 4980 aauuacugua acugauuaca cuugguaauu guacuaaagc caaacauaua uauacuauua 5040 aaaagguuua cagaauuuua uggugcauua cgugggcauu gucuuuuuag augcccaaau 5100 ccuuagaucu ggcauguuag cccuuccucc aauuauaaga ggauaugaac ugaguuuuuc 5160 uuuuguuguu uguucuuagc uguaauuccu augcuucuau uucagagagc caggagaguu 5220 ugauauuaaa ggagguuaaa acugugaucu uaugccaugu caucaauggc cacuuagggg 5280 ccauggcuga ugacacauuc uuaucucuac aguacuaaug uguuauuaua gagccaugca 5340 uuuuauuucu gaauaagaac auauuuaaac uaauauuccc uuacaauaug gacaguauua 5400 auccuuccaa gaugcaguau uuaucaagug aagcauauuu agcagcaaau uccauuuuaa 5460 cauaacuuag gaaccaauaa ccaggguguu uugugguugg gggaggcacg ggguggagua 5520 uucuuuuuua uauccucaaa acaaaaaaaa ucaauacuua uauuucaaug gcaaucuagu 5580 auuuuuuuaa aagacuguau aggcaugaau aauagaggug guuugaguuu uguagggcca 5640 ucaccuggaa agucaaugug acuagacaca aaguagccca gaggcuacuu uucuuccuac 5700 agcuuauuau aguuguaggu ucuaugaccu cacuucaugg guuccaggca auuccgcuga 5760 aagguuuguc uccugaaauu uuuuaaguuu guuuuccuga cacauguaau cagaugugua 5820 gcaaccgagg gaaacgaagc cuaacauucu ccauugugga aauacacaca ggagguuaca 5880 uuucacagcg uggauuuuuc cagcuuacac augugggaug acaucacaga aaccacaaaa 5940 gcagcaaauu aaacuguagg agagucaaua cuccugacga gucucggggg gggggcauuu 6000 uuaugccuuc uuaacuuuau gagaauucuc aggcugaacu auaggccauu guucccaggc 6060 aaaucaauac aucaaugcau ccucaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaacc ggcuaaaacu 6120 gugucaaaau guucuuaagg agccuauggu cuccacggug cuaaaaagag ccuggugcug 6180 ggccgacugg cagggcugag cauccuccug cccccucgcc acugauguuu acuaagcacu 6240 cugagccaau gagaccccca gcagcagaaa gggcacaagg uggcgccagg gcagcagggc 6300 cagaucuuuc ucaugcaccu cgaccucuug cagacuuucu ucgugagaug uacuacucau 6360 uucaaaacug cuuugcaggg cuccccuaug uauucggggg gcccacggca cacucaggcu 6420 ggagauccuu ccucacugcg cucaagaugg ccucagccag acaccaguua cccagcugaa 6480 agucacaauc ccucccagaa gucucccaac acuagugcug accagaggug gggcucucag 6540 gcuaggaguu ucacacacaa ugacaggcug cugggggaca uugcaggacc ccuuuuccuc 6600 uccucuccau gcuagaagcc agcccuaggc agcugcaguu acucccugug acucagcagc 6660 aggcugauuc aacacagcug cccacacaaa gccaguggcu aauacaucug uuuaccuuuc 6720 ccuaucaccc agacacaagc cccuuuccca ggucaaacca caggccgaug caucuccagu 6780 uugacaguca aaucacuacu uccauugcua cuuuagauca gccaaagugg ugacugcugc 6840 aguguguggc uaucccuaca aggcccaccc aagggaugcc caaagcccaa ccuucuccag 6900 ggcugcagcc cagagcaacc ccaccagccu aaguccagca gaggaccucc cacccaaugu 6960 cuuguucuaa uuagaagggg aaguuagcca cagaaaauca acuuaucuau aauuacaaaa 7020 uucucuugac ucaccuuaaa guuccuauug acaucuacug cuuuuaaacc uauuugaaaa 7080 cucugauacu aaaacaaaug acacucuaag aaaguuuggg agccccaugc ugagaaccau 7140 uucugugcag ugaggauguu uccagaagcu acuuaccuac augugaaugu gccauuuucu 7200 uuccuuuugu agagaaaauc cccuuuacuu uuuggaacag uaauggcagc uucuaguaca 7260 gccauuacag uuucauauga gaaaaauuaa gaauaacuau aaaauuguua aaauauccaa 7320 uaauggauaa ugauggccag aagauuuaac auacaaagua auucucaaug uaaagcuauu 7380 cagcucuucc agguugaaug cccuguaacc cacccugacc uuccacauca ucuucaaaaa 7440 gcaguuucuc uguuccccau gauucuccua uaagguaacu cuuuaguccu ccauuuagca 7500 cauuuuaaau ccuccaaaga auaaguauca ugugauuauu uuagcuuuac aaaaaaaaag 7560 uugaauggcg uuuuauuuuc auggccuaua agcagguacc uuaguagggc agauauagga 7620 aaaacaaauu agagcaaaac aaauccucua caaauccaag gcaggaaaag ugguggcaga 7680 gugacucauu cuccuguccc ucccaucagg ucaaaucagg aggcugcagu gaaugccugu 7740 ucuuugaaug uguagcaguu guuccuguaa cucuuuaaaa cuuggcuaua ggcuguuuag 7800 cacaguacag auuaaagaua caguuacgua aacagcaaag uaauuuuaua gugcuucauc 7860 cauuuaucau gcuuugguuu gcuaauuuuu ucacauaccu uuuucuauca cagucuguug 7920 cuuuuguaca cauuucucau auugggguuc gacagguaaa cacaaacugc uauuucagua 7980 gaaaaaguua uuguuaugaa uauuaaaccc aauaaauugu auaaagguaa auaucaaaaa 8040 aaaaaaaaaa 8050 <210> 10 <211> 909 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 10 Met Ala Ala Arg Pro Leu Pro Val Ser Pro Ala Arg Ala Leu Leu Leu 1 5 10 15 Ala Leu Ala Gly Ala Leu Leu Ala Pro Cys Glu Ala Arg Gly Val Ser 20 25 30 Leu Trp Asn Gln Gly Arg Ala Asp Glu Val Val Ser Ala Ser Val Gly 35 40 45 Ser Gly Asp Leu Trp Ile Pro Val Lys Ser Phe Asp Ser Lys Asn His 50 55 60 Pro Glu Val Leu Asn Ile Arg Leu Gln Arg Glu Ser Lys Glu Leu Ile 65 70 75 80 Ile Asn Leu Glu Arg Asn Glu Gly Leu Ile Ala Ser Ser Phe Thr Glu 85 90 95 Thr His Tyr Leu Gln Asp Gly Thr Asp Val Ser Leu Ala Arg Asn Tyr 100 105 110 Thr Val Ile Leu Gly His Cys Tyr Tyr His Gly His Val Arg Gly Tyr 115 120 125 Ser Asp Ser Ala Val Ser Leu Ser Thr Cys Ser Gly Leu Arg Gly Leu 130 135 140 Ile Val Phe Glu Asn Glu Ser Tyr Val Leu Glu Pro Met Lys Ser Ala 145 150 155 160 Thr Asn Arg Tyr Lys Leu Phe Pro Ala Lys Lys Leu Lys Ser Val Arg 165 170 175 Gly Ser Cys Gly Ser His His Asn Thr Pro Asn Leu Ala Ala Lys Asn 180 185 190 Val Phe Pro Pro Pro Ser Gln Thr Trp Ala Arg Arg His Lys Arg Glu 195 200 205 Thr Leu Lys Ala Thr Lys Tyr Val Glu Leu Val Ile Val Ala Asp Asn 210 215 220 Arg Glu Phe Gln Arg Gln Gly Lys Asp Leu Glu Lys Val Lys Gln Arg 225 230 235 240 Leu Ile Glu Ile Ala Asn His Val Asp Lys Phe Tyr Arg Pro Leu Asn 245 250 255 Ile Arg Ile Val Leu Val Gly Val Glu Val Trp Asn Asp Met Asp Lys 260 265 270 Cys Ser Val Ser Gln Asp Pro Phe Thr Ser Leu His Glu Phe Leu Asp 275 280 285 Trp Arg Lys Met Lys Leu Leu Pro Arg Lys Ser His Asp Asn Ala Gln 290 295 300 Leu Val Ser Gly Val Tyr Phe Gln Gly Thr Thr Ile Gly Met Ala Pro 305 310 315 320 Ile Met Ser Met Cys Thr Ala Asp Gln Ser Gly Gly Ile Val Met Asp 325 330 335 His Ser Asp Asn Pro Leu Gly Ala Ala Val Thr Leu Ala His Glu Leu 340 345 350 Gly His Asn Phe Gly Met Asn His Asp Thr Leu Asp Arg Gly Cys Ser 355 360 365 Cys Gln Met Ala Val Glu Lys Gly Gly Cys Ile Met Asn Ala Ser Thr 370 375 380 Gly Tyr Pro Phe Pro Met Val Phe Ser Ser Cys Ser Arg Lys Asp Leu 385 390 395 400 Glu Thr Ser Leu Glu Lys Gly Met Gly Val Cys Leu Phe Asn Leu Pro 405 410 415 Glu Val Arg Glu Ser Phe Gly Gly Gln Lys Cys Gly Asn Arg Phe Val 420 425 430 Glu Glu Gly Glu Glu Cys Asp Cys Gly Glu Pro Glu Glu Cys Met Asn 435 440 445 Arg Cys Cys Asn Ala Thr Thr Cys Thr Leu Lys Pro Asp Ala Val Cys 450 455 460 Ala His Gly Leu Cys Cys Glu Asp Cys Gln Leu Lys Pro Ala Gly Thr 465 470 475 480 Ala Cys Arg Asp Ser Ser Asn Ser Cys Asp Leu Pro Glu Phe Cys Thr 485 490 495 Gly Ala Ser Pro His Cys Pro Ala Asn Val Tyr Leu His Asp Gly His 500 505 510 Ser Cys Gln Asp Val Asp Gly Tyr Cys Tyr Asn Gly Ile Cys Gln Thr 515 520 525 His Glu Gln Gln Cys Val Thr Leu Trp Gly Pro Gly Ala Lys Pro Ala 530 535 540 Pro Gly Ile Cys Phe Glu Arg Val Asn Ser Ala Gly Asp Pro Tyr Gly 545 550 555 560 Asn Cys Gly Lys Val Ser Lys Ser Ser Phe Ala Lys Cys Glu Met Arg 565 570 575 Asp Ala Lys Cys Gly Lys Ile Gln Cys Gln Gly Gly Ala Ser Arg Pro 580 585 590 Val Ile Gly Thr Asn Ala Val Ser Ile Glu Thr Asn Ile Pro Leu Gln 595 600 605 Gln Gly Gly Arg Ile Leu Cys Arg Gly Thr His Val Tyr Leu Gly Asp 610 615 620 Asp Met Pro Asp Pro Gly Leu Val Leu Ala Gly Thr Lys Cys Ala Asp 625 630 635 640 Gly Lys Ile Cys Leu Asn Arg Gln Cys Gln Asn Ile Ser Val Phe Gly 645 650 655 Val His Glu Cys Ala Met Gln Cys His Gly Arg Gly Val Cys Asn Asn 660 665 670 Arg Lys Asn Cys His Cys Glu Ala His Trp Ala Pro Pro Phe Cys Asp 675 680 685 Lys Phe Gly Phe Gly Gly Ser Thr Asp Ser Gly Pro Ile Arg Gln Ala 690 695 700 Asp Asn Gln Gly Leu Thr Ile Gly Ile Leu Val Thr Ile Leu Cys Leu 705 710 715 720 Leu Ala Ala Gly Phe Val Val Tyr Leu Lys Arg Lys Thr Leu Ile Arg 725 730 735 Leu Leu Phe Thr Asn Lys Lys Thr Thr Ile Glu Lys Leu Arg Cys Val 740 745 750 Arg Pro Ser Arg Pro Pro Arg Gly Phe Gln Pro Cys Gln Ala His Leu 755 760 765 Gly His Leu Gly Lys Gly Leu Met Arg Lys Pro Pro Asp Ser Tyr Pro 770 775 780 Pro Lys Asp Asn Pro Arg Arg Leu Leu Gln Cys Gln Asn Val Asp Ile 785 790 795 800 Ser Arg Pro Leu Asn Gly Leu Asn Val Pro Gln Pro Gln Ser Thr Gln 805 810 815 Arg Val Leu Pro Pro Leu His Arg Ala Pro Arg Ala Pro Ser Val Pro 820 825 830 Ala Arg Pro Leu Pro Ala Lys Pro Ala Leu Arg Gln Ala Gln Gly Thr 835 840 845 Cys Lys Pro Asn Pro Pro Gln Lys Pro Leu Pro Ala Asp Pro Leu Ala 850 855 860 Arg Thr Thr Arg Leu Thr His Ala Leu Ala Arg Thr Pro Gly Gln Trp 865 870 875 880 Glu Thr Gly Leu Arg Leu Ala Pro Leu Arg Pro Ala Pro Gln Tyr Pro 885 890 895 His Gln Val Pro Arg Ser Thr His Thr Ala Tyr Ile Lys 900 905 <210> 11 <211> 6554 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 11 gagggcuggg agccgggugg ggaggcgcgg ggcgagccgg gggguuccag acgcgccucc 60 accgccgggc agugggcagg uauggcugag ggcgugugag cgccgagcgc uaagggccgc 120 cgccaccaug ccagggggcg caggcgccgc ccggcucugc uugcuggcgu uugcccugca 180 gccccuccgg ccgcgggcgg cgcgggagcc uggauggaca agaggaagug aggaaggcag 240 ccccaagcug cagcaugaac uuaucauacc ucaguggaag acuucagaaa gccccgugag 300 agaaaagcau ccacucaaag cugagcucag gguaauggcu gaggggcgag aacugauccu 360 ggaccuggag aagaaugagc aacuuuuugc uccuuccuac acagaaaccc auuauacuuc 420 aagugguaac ccucaaacca ccacacggaa auuggaggau cacugcuuuu accacggcac 480 ggugagggag acagaacugu ccagcgucac gcucagcacu ugccgaggaa uuagaggacu 540 gauuacggug agcagcaacc ucagcuacgu caucgagccc cucccugaca gcaagggcca 600 acaccuuauu uacagaucug aacaucucaa gccgcccccg ggaaacugug gguucgagca 660 cuccaagccc accaccaggg acugggcucu ucaguuuaca caacagacca agaagcgacc 720 ucgcaggaug aaaagggaag auuuaaacuc caugaaguau guggagcuuu accucguggc 780 ugauuauuua gaguuucaga agaaucgacg agaccaggac gccaccaaac acaagcucau 840 agagaucgcc aacuauguug auaaguuuua ccgauccuug aacauccgga uugcucucgu 900 gggcuuggaa guguggaccc acgggaacau gugugaaguu ucagagaauc cauauucuac 960 ccucuggucc uuucucaguu ggaggcgcaa gcugcuugcc cagaaguacc augacaacgc 1020 ccaauuaauc acgggcaugu ccuuccacgg caccaccauc ggccuggccc cccucauggc 1080 caugugcucu guguaccagu cuggaggagu caacauggac cacuccgaga augccauugg 1140 cguggcugcc accauggccc acgagauggg ccacaacuuu ggcaugaccc augauucugc 1200 agauugcugc ucggccagug cggcugaugg ugggugcauc auggcagcug ccacugggca 1260 ccccuuuccc aaaguguuca auggaugcaa caggagggag cuggacaggu aucugcaguc 1320 agguggugga augugucucu ccaacaugcc agacaccagg auguuguaug gaggccggag 1380 gugugggaac ggguaucugg aagaugggga agagugugac uguggagaag aagaggaaug 1440 uaacaacccc ugcugcaaug ccucuaauug uacccugagg ccgggggcgg agugugcuca 1500 cggcuccugc ugccaccagu guaagcuguu ggcuccuggg acccugugcc gcgagcaggc 1560 caggcagugu gaccucccgg aguucuguac gggcaagucu ccccacugcc cuaccaacuu 1620 cuaccagaug gaugguaccc ccugugaggg cggccaggcc uacugcuaca acggcaugug 1680 ccucaccuac caggagcagu gccagcagcu guggggaccc ggagcccgac cugccccuga 1740 ccucugcuuc gagaagguga auguggcagg agacaccuuu ggaaacugug gaaaggacau 1800 gaauggugaa cacaggaagu gcaacaugag agaugcgaag ugugggaaga uccaguguca 1860 gagcucugag gcccggcccc uggaguccaa cgcggugccc auugacacca cuaucaucau 1920 gaaugggagg cagauccagu gccggggcac ccacgucuac cgagguccug aggaggaggg 1980 ugacaugcug gacccagggc uggugaugac uggaaccaag uguggcuaca accauauuug 2040 cuuugagggg cagugcagga acaccuccuu cuuugaaacu gaaggcugug ggaagaagug 2100 caauggccau ggggucugua acaacaacca gaacugccac ugccugccgg gcugggcccc 2160 gcccuucugc aacacaccgg gccacggggg caguaucgac agugggccua ugcccccuga 2220 gagugugggu ccugugguag cuggaguguu gguggccauc uuggugcugg cgguccucau 2280 gcugauguac uacugcugca gacagaacaa caaacuaggc caacucaagc ccucagcucu 2340 cccuuccaag cugaggcaac aguucaguug ucccuucagg guuucucaga acagcgggac 2400 uggucaugcc aacccaacuu ucaagcugca gacgccccag ggcaagcgaa aggugaucaa 2460 cacuccggaa auccugcgga agcccuccca gccuccuccc cggcccccuc cagauuaucu 2520 gcgugguggg uccccaccug caccacugcc agcucaccug agcagggcug cuaggaacuc 2580 cccagggccc gggucucaaa uagagaggac ggagucgucc aggaggccuc cuccaagccg 2640 gccaauuccc cccgcaccaa auugcaucgu uucccaggac uucuccaggc cucggccgcc 2700 ccagaaggca cucccggcaa acccagugcc aggccgcagg agccucccca ggccaggagg 2760 ugcaucccca cugcggcccc cuggugcugg cccucagcag ucccggccuc uggcagcacu 2820 ugccccaaag uuuccagaau acagaucaca gagggcugga gggaugauua gcucgaaaau 2880 cuagaccugu ccaaggggcu ucucccuuuc cuugagcucu cuggacacug cagaggaccc 2940 auggccaugg aacccugaag aagcaugucu ggccgccucu gagcuccucc cacccuccuc 3000 caggaaccuc cacaucucca aaaaucuccc uguugacuca gugccuccuc ggcuuccuug 3060 gaagcccaga gggacuauga ucugauggcc ucuagguguu guuuugugca auauacagcc 3120 ccagguaggg aggggagagu augaggaggg ugacuggcag cuucuccucc agacuccuag 3180 ccccgaggug cugauggaga ugcucaaggc cagcaagccc cucaggccag cacuucgcuu 3240 gcagaagcca uccauucacu ccuggggugc agggcacgca agagagcuuc ccauugcuuc 3300 ugcucuccuc agaggucccg ggcuggaugg aggcugguac uuacccaccc cuuuuagcuu 3360 uuagggauua aggaaggguc aagccagcca cugcuguggc ccugcccagg gcuugguuga 3420 gggaacggcu ucuggcugua uggcugcaug ugacaagcca cguccccucc caccucuccc 3480 caaaccccug caucccugua uucacacggg ucacucugac ucagacaggu acuauucgua 3540 ggcaguguag acagcaggag gagcaccggg cuugggcuuc cucugagccg ugaugccaaa 3600 gguugcgacu ccugacucug gauaauuuuu aguugcucuu uguuuucucu gccgcacuuu 3660 ccuggugccc cacgcuuuuc ucucuuccuu ccccucucau ucucccucua auguguggug 3720 cuuuggugag caaacccuca gcaguccuga ccuucgggug accaggugcu ugugaccuac 3780 aagucagagu ccucucucac agucggccac uggauuuccc ucacuggcuc ucaggagugu 3840 gaccagagua gacuuggggc auggccauug gggucauaug uuuauuuuuc auuguguuuu 3900 gugaccucag cagggugggg gucuuccucc uuacucuaag cuaaaucuag gugagguuuc 3960 cccuuaggga gcccagcuau uuacaaagua cacacgaggg agcaggcugg ucauugacuu 4020 cgggcuggac cguugcccuc ugagcagaga acagacccau uucugggagc ugcccgagau 4080 cacuggagaa ggcagccagc agcagcugca cuggaacagu cagagcaggg agccucuucc 4140 ucaacccagc uuuuugucau ucacuuccuu uuguucucuc ucuggucacu gcccuuaccu 4200 gacccucaca gaaagagagc ucugagcagg ugaggggguc ugcgguggcu ccugucuucc 4260 cugcagcagg gaaggagggc cguguggugc uuugcuagau aggacgguuu uugcaaagca 4320 ccuggagaug uuugcuggga gauagacucc cacuccacaa aggugcuggg uggcucuccg 4380 gacaggagcu ggccugacuc ucacuccucu gaggcuuucc uggggccucc ucccauccug 4440 ccaugagcaa uuguuugcuc uugaaaaccu cacugcaagg cugaggcuga gcuucugauu 4500 caccacccca gggccuccuu auaguucucu gcacacaaua ggugcuucuu ggauguucuu 4560 ggguuuggaa auaaguggaa aauacgggau guaccccugg gggaaaagcc uggguugggu 4620 uuagaaagau cucaggaaaa ugaguuucuc uucccucagg guggcuguga uacagguucc 4680 ccauguccuu gccguggguc auccuugcug ugggucaucc uugcugugga gauccauucc 4740 ccaccuuucc uguggcccaa ccuuuuauuu aaaugugcua cccucugccu caaggcuugg 4800 uuccuggaaa guaaagguga aaacaucccc uuucaccccu cugcaaaaca aacaagcaac 4860 auccucaaaa cccaacccca ugccucacag agcuuccugu ggcuucucca gccuuucucc 4920 cucacaucag gagguagaua gcucugaaau gacagcgcca cagccauagu gacugcauga 4980 gccaucugaa ccugcagucc acccucccug gaaccacacc agaaagagac cuggguuguc 5040 guuuucuugc uuuuuguuuu guuuuguuuu auuauuuuca uaucaccucc aucccauaaa 5100 guuguacugu gaacuggaag augguggaau guuuuggaau uugauagacu uucggcaacc 5160 aguucuacua augcuucacu ccuggcucug uucagggagg cugcccagga ggaagacugg 5220 ccauuaugca uccccuuuuc uuuccagugc ccaguaugcu guuuugaggu gucaaauaca 5280 aauaaaucug ggcuuaggga aggagagacc uuauuccaaa gcacgauugc agaaggggaa 5340 agggaauauu gcaaaaggga gaggaagggg ccuuauggga auagugaaaa ggcucagacc 5400 gaccgauggc aagaucugca agcgucucaa agcccaggca gaaaaggacu uuucuuuuau 5460 uggaagaagu aaacauggcu agaaagaacc acguucaggg aaugacguug ugcccagccu 5520 uuuuuuuuuu uuuuuuuuuu uugucuccag gggaggggcu guuugcuggc ucaggcugag 5580 gauggcccaa aguccagggu cuggugggga ggagggaagc uuaacucaag uuuggguuag 5640 ugaguuagca agcucuuugu gcagaugggg auguagguaa aucuuuuuaa aagugaaauu 5700 aaccuccugc caauuuuaca acccaagaau uuuuuuuuaa gggccuugga gccaucucua 5760 aaacaaaccu caagggauuu agugcccugu cucccugucu cuagaagccu uagccugggc 5820 accuggcuca aucuuguaac ugccugcuag ccauagauuc cuuucagccu ugcugacuuc 5880 ucccuauaaa aguaaagccu uuuucugccc cagcucugag acacuugcag aucuuaaggu 5940 cugagacuug cugauuuucu gguuggagug uuuuuuugua uugccauagu cccuuccccc 6000 ugaagcaaua gccccucccc accuccugca auacgccuuu ccaaucuuua uuggaagucu 6060 cucccugccu acuuccuaau uuauucuuau uugacagagg guauggaaga cuugcaauuu 6120 gaaaacuggg gaccaguucc aaagucagua auuguguuaa ccacguguau aacagcucug 6180 cuggacaccc aagaaagcca ugggaacgcc aacuggaaag guccccuucc ccaggggagc 6240 cugcgaagga gagguucugu agaauccaag cccacauuuc caaagucacc cccaacgcgu 6300 ccucucacac cguccacugu gcguuuguau gugucuggga uccagggcaa ugugaauuuu 6360 cuuuuuauuu gggagauugu ucacggaaaa cagaucuucu ucucucuugu ccaccuauua 6420 auuguuuaca auauuuguac aucuaugcaa aauacuugaa ugggccaugg ugccuuuuuu 6480 ccuuguuagu auuuaauuaa aaaugaauug uuugucauuu gcaauguuaa aaaaaaaaaa 6540 aaaaaaaaaa aaaa 6554 <210> 12 <211> 955 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 12 Met Pro Gly Gly Ala Gly Ala Ala Arg Leu Cys Leu Leu Ala Phe Ala 1 5 10 15 Leu Gln Pro Leu Arg Pro Arg Ala Ala Arg Glu Pro Gly Trp Thr Arg 20 25 30 Gly Ser Glu Glu Gly Ser Pro Lys Leu Gln His Glu Leu Ile Ile Pro 35 40 45 Gln Trp Lys Thr Ser Glu Ser Pro Val Arg Glu Lys His Pro Leu Lys 50 55 60 Ala Glu Leu Arg Val Met Ala Glu Gly Arg Glu Leu Ile Leu Asp Leu 65 70 75 80 Glu Lys Asn Glu Gln Leu Phe Ala Pro Ser Tyr Thr Glu Thr His Tyr 85 90 95 Thr Ser Ser Gly Asn Pro Gln Thr Thr Thr Arg Lys Leu Glu Asp His 100 105 110 Cys Phe Tyr His Gly Thr Val Arg Glu Thr Glu Leu Ser Ser Val Thr 115 120 125 Leu Ser Thr Cys Arg Gly Ile Arg Gly Leu Ile Thr Val Ser Ser Asn 130 135 140 Leu Ser Tyr Val Ile Glu Pro Leu Pro Asp Ser Lys Gly Gln His Leu 145 150 155 160 Ile Tyr Arg Ser Glu His Leu Lys Pro Pro Pro Gly Asn Cys Gly Phe 165 170 175 Glu His Ser Lys Pro Thr Thr Arg Asp Trp Ala Leu Gln Phe Thr Gln 180 185 190 Gln Thr Lys Lys Arg Pro Arg Arg Met Lys Arg Glu Asp Leu Asn Ser 195 200 205 Met Lys Tyr Val Glu Leu Tyr Leu Val Ala Asp Tyr Leu Glu Phe Gln 210 215 220 Lys Asn Arg Arg Asp Gln Asp Ala Thr Lys His Lys Leu Ile Glu Ile 225 230 235 240 Ala Asn Tyr Val Asp Lys Phe Tyr Arg Ser Leu Asn Ile Arg Ile Ala 245 250 255 Leu Val Gly Leu Glu Val Trp Thr His Gly Asn Met Cys Glu Val Ser 260 265 270 Glu Asn Pro Tyr Ser Thr Leu Trp Ser Phe Leu Ser Trp Arg Arg Lys 275 280 285 Leu Leu Ala Gln Lys Tyr His Asp Asn Ala Gln Leu Ile Thr Gly Met 290 295 300 Ser Phe His Gly Thr Thr Ile Gly Leu Ala Pro Leu Met Ala Met Cys 305 310 315 320 Ser Val Tyr Gln Ser Gly Gly Val Asn Met Asp His Ser Glu Asn Ala 325 330 335 Ile Gly Val Ala Ala Thr Met Ala His Glu Met Gly His Asn Phe Gly 340 345 350 Met Thr His Asp Ser Ala Asp Cys Cys Ser Ala Ser Ala Ala Asp Gly 355 360 365 Gly Cys Ile Met Ala Ala Ala Thr Gly His Pro Phe Pro Lys Val Phe 370 375 380 Asn Gly Cys Asn Arg Arg Glu Leu Asp Arg Tyr Leu Gln Ser Gly Gly 385 390 395 400 Gly Met Cys Leu Ser Asn Met Pro Asp Thr Arg Met Leu Tyr Gly Gly 405 410 415 Arg Arg Cys Gly Asn Gly Tyr Leu Glu Asp Gly Glu Glu Cys Asp Cys 420 425 430 Gly Glu Glu Glu Glu Cys Asn Asn Pro Cys Cys Asn Ala Ser Asn Cys 435 440 445 Thr Leu Arg Pro Gly Ala Glu Cys Ala His Gly Ser Cys Cys His Gln 450 455 460 Cys Lys Leu Leu Ala Pro Gly Thr Leu Cys Arg Glu Gln Ala Arg Gln 465 470 475 480 Cys Asp Leu Pro Glu Phe Cys Thr Gly Lys Ser Pro His Cys Pro Thr 485 490 495 Asn Phe Tyr Gln Met Asp Gly Thr Pro Cys Glu Gly Gly Gln Ala Tyr 500 505 510 Cys Tyr Asn Gly Met Cys Leu Thr Tyr Gln Glu Gln Cys Gln Gln Leu 515 520 525 Trp Gly Pro Gly Ala Arg Pro Ala Pro Asp Leu Cys Phe Glu Lys Val 530 535 540 Asn Val Ala Gly Asp Thr Phe Gly Asn Cys Gly Lys Asp Met Asn Gly 545 550 555 560 Glu His Arg Lys Cys Asn Met Arg Asp Ala Lys Cys Gly Lys Ile Gln 565 570 575 Cys Gln Ser Ser Glu Ala Arg Pro Leu Glu Ser Asn Ala Val Pro Ile 580 585 590 Asp Thr Thr Ile Ile Met Asn Gly Arg Gln Ile Gln Cys Arg Gly Thr 595 600 605 His Val Tyr Arg Gly Pro Glu Glu Glu Gly Asp Met Leu Asp Pro Gly 610 615 620 Leu Val Met Thr Gly Thr Lys Cys Gly Tyr Asn His Ile Cys Phe Glu 625 630 635 640 Gly Gln Cys Arg Asn Thr Ser Phe Phe Glu Thr Glu Gly Cys Gly Lys 645 650 655 Lys Cys Asn Gly His Gly Val Cys Asn Asn Asn Gln Asn Cys His Cys 660 665 670 Leu Pro Gly Trp Ala Pro Pro Phe Cys Asn Thr Pro Gly His Gly Gly 675 680 685 Ser Ile Asp Ser Gly Pro Met Pro Pro Glu Ser Val Gly Pro Val Val 690 695 700 Ala Gly Val Leu Val Ala Ile Leu Val Leu Ala Val Leu Met Leu Met 705 710 715 720 Tyr Tyr Cys Cys Arg Gln Asn Asn Lys Leu Gly Gln Leu Lys Pro Ser 725 730 735 Ala Leu Pro Ser Lys Leu Arg Gln Gln Phe Ser Cys Pro Phe Arg Val 740 745 750 Ser Gln Asn Ser Gly Thr Gly His Ala Asn Pro Thr Phe Lys Leu Gln 755 760 765 Thr Pro Gln Gly Lys Arg Lys Val Ile Asn Thr Pro Glu Ile Leu Arg 770 775 780 Lys Pro Ser Gln Pro Pro Pro Arg Pro Pro Pro Asp Tyr Leu Arg Gly 785 790 795 800 Gly Ser Pro Pro Ala Pro Leu Pro Ala His Leu Ser Arg Ala Ala Arg 805 810 815 Asn Ser Pro Gly Pro Gly Ser Gln Ile Glu Arg Thr Glu Ser Ser Arg 820 825 830 Arg Pro Pro Pro Ser Arg Pro Ile Pro Pro Ala Pro Asn Cys Ile Val 835 840 845 Ser Gln Asp Phe Ser Arg Pro Arg Pro Pro Gln Lys Ala Leu Pro Ala 850 855 860 Asn Pro Val Pro Gly Arg Arg Ser Leu Pro Arg Pro Gly Gly Ala Ser 865 870 875 880 Pro Leu Arg Pro Pro Gly Ala Gly Pro Gln Gln Ser Arg Pro Leu Ala 885 890 895 Ala Leu Ala Pro Lys Val Ser Pro Arg Glu Ala Leu Lys Val Lys Ala 900 905 910 Gly Thr Arg Gly Leu Gln Gly Gly Arg Cys Arg Val Glu Lys Thr Lys 915 920 925 Gln Phe Met Leu Leu Val Val Trp Thr Glu Leu Pro Glu Gln Lys Pro 930 935 940 Arg Ala Lys His Ser Cys Phe Leu Val Pro Ala 945 950 955 <210> 13 <211> 1646 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 13 gggaggggaa ggcagcugag guuguggggg gaggugcccc gccccuuggc aggccccuac 60 agccaaugga acggcccugg aagagacccg ggucgccucc ggagcuucaa aaacauguga 120 ggagggaaga gugugcagac ggaacuucag ccgcugccuc uguucucagc gucagugccg 180 ccacugcccc cgccagagcc caccggccag cauguccucu gcucacuuca accgaggccc 240 ugccuacggg cugucagccg agguuaagaa caagcuggcc cagaaguaug accaccagcg 300 ggagcaggag cugagagagu ggaucgaggg ggugacaggc cgucgcaucg gcaacaacuu 360 cauggacggc cucaaagaug gcaucauucu uugcgaauuc aucaauaagc ugcagccagg 420 cuccgugaag aagaucaaug agucaaccca aaauuggcac cagcuggaga acaucggcaa 480 cuucaucaag gccaucacca aguauggggu gaagccccac gacauuuuug aggccaacga 540 ccuguuugag aacaccaacc auacacaggu gcaguccacc cuccuggcuu uggccagcau 600 ggcgaagacg aaaggaaaca aggugaacgu gggagugaag uacgcagaga agcaggagcg 660 gaaauucgag ccggggaagc uaagagaagg gcggaacauc auugggcugc agaugggcac 720 caacaaguuu gccagccagc agggcaugac ggccuauggc acccggcgcc accucuacga 780 ccccaagcug ggcacagacc agccucugga ccaggcgacc aucagccugc agaugggcac 840 caacaaagga gccagccagg cuggcaugac ugcgccaggg accaagcggc agaucuucga 900 gccggggcug ggcauggagc acugcgacac gcucaauguc agccugcaga ugggcagcaa 960 caagggcgcc ucgcagcggg gcaugacggu guaugggcug ccacgccagg ucuacgaccc 1020 caaguacugu cugacucccg aguacccaga gcugggugag cccgcccaca accaccacgc 1080 acacaacuac uacaauuccg ccuagggcca caaggccuuc ccuguuuucc ccccaaggga 1140 ggcugcugcu gcucuuggcu ggacccagcc aggcccagcc gacccccucu cccugcaugg 1200 cauccuccag ccccuguaga acucaaccuc uacaggguua gaguuuggag agagcagacu 1260 ggcggggggc ccauuggggg gaaggggacc cuccgcucug uagugcuaca ggguccaaca 1320 uagagccggg uguccccaac agcgcccaaa ggacgcacug agcaacgcua uuccagcugu 1380 ccccccacuc ccucacaagu ggguaccccc aggaccagaa gcucccccag caaagccccc 1440 agagcccagg cucggccugc ccccacccca uucccgcagu gggagcaaac ugcaugccca 1500 gagacccagc ggacacacgc gguuugguuu gcagcgacug gcauacuaug uggaugugac 1560 aguggcguuu guaaugagag cacuuucuuu uuuuucuauu ucacuggagc acaauaaaug 1620 gcuguaaaau cucaaaaaaa aaaaaa 1646 <210> 14 <211> 297 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 14 Met Ser Ser Ala His Phe Asn Arg Gly Pro Ala Tyr Gly Leu Ser Ala 1 5 10 15 Glu Val Lys Asn Lys Leu Ala Gln Lys Tyr Asp His Gln Arg Glu Gln 20 25 30 Glu Leu Arg Glu Trp Ile Glu Gly Val Thr Gly Arg Arg Ile Gly Asn 35 40 45 Asn Phe Met Asp Gly Leu Lys Asp Gly Ile Ile Leu Cys Glu Phe Ile 50 55 60 Asn Lys Leu Gln Pro Gly Ser Val Lys Lys Ile Asn Glu Ser Thr Gln 65 70 75 80 Asn Trp His Gln Leu Glu Asn Ile Gly Asn Phe Ile Lys Ala Ile Thr 85 90 95 Lys Tyr Gly Val Lys Pro His Asp Ile Phe Glu Ala Asn Asp Leu Phe 100 105 110 Glu Asn Thr Asn His Thr Gln Val Gln Ser Thr Leu Leu Ala Leu Ala 115 120 125 Ser Met Ala Lys Thr Lys Gly Asn Lys Val Asn Val Gly Val Lys Tyr 130 135 140 Ala Glu Lys Gln Glu Arg Lys Phe Glu Pro Gly Lys Leu Arg Glu Gly 145 150 155 160 Arg Asn Ile Ile Gly Leu Gln Met Gly Thr Asn Lys Phe Ala Ser Gln 165 170 175 Gln Gly Met Thr Ala Tyr Gly Thr Arg Arg His Leu Tyr Asp Pro Lys 180 185 190 Leu Gly Thr Asp Gln Pro Leu Asp Gln Ala Thr Ile Ser Leu Gln Met 195 200 205 Gly Thr Asn Lys Gly Ala Ser Gln Ala Gly Met Thr Ala Pro Gly Thr 210 215 220 Lys Arg Gln Ile Phe Glu Pro Gly Leu Gly Met Glu His Cys Asp Thr 225 230 235 240 Leu Asn Val Ser Leu Gln Met Gly Ser Asn Lys Gly Ala Ser Gln Arg 245 250 255 Gly Met Thr Val Tyr Gly Leu Pro Arg Gln Val Tyr Asp Pro Lys Tyr 260 265 270 Cys Leu Thr Pro Glu Tyr Pro Glu Leu Gly Glu Pro Ala His Asn His 275 280 285 His Ala His Asn Tyr Tyr Asn Ser Ala 290 295 <210> 15 <211> 6545 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 15 aggucuccgc uuggagccgc cgcacccggg acggugcgua gcgcuggaag uccggccuuc 60 cgagagcuag cuguccgccg cggcccccgc acgccgggca gccgucccuc gccgccucgg 120 gcgcgccacc auggggcccc ggcucagcgu cuggcugcug cugcugcccg ccgcccuucu 180 gcuccacgag gagcacagcc gggccgcugc gaaggguggc ugugcuggcu cuggcugugg 240 caaaugugac ugccauggag ugaagggaca aaagggugaa agaggccucc cgggguuaca 300 aggugucauu ggguuuccug gaaugcaagg accugagggg ccacagggac caccaggaca 360 aaagggugau acuggagaac caggacuacc uggaacaaaa gggacaagag gaccuccggg 420 agcaucuggc uacccuggaa acccaggacu ucccggaauu ccuggccaag acggcccgcc 480 aggcccccca gguauuccag gaugcaaugg cacaaagggg gagagagggc cgcucgggcc 540 uccuggcuug ccugguuucg cuggaaaucc cggaccacca ggcuuaccag ggaugaaggg 600 ugauccaggu gagauacuug gccaugugcc cgggaugcug uugaaaggug aaagaggauu 660 ucccggaauc ccagggacuc caggcccacc aggacugcca gggcuucaag guccuguugg 720 gccuccagga uuuaccggac caccaggucc cccaggcccu cccggcccuc caggugaaaa 780 gggacaaaug ggcuuaaguu uucaaggacc aaaaggugac aagggugacc aaggggucag 840 ugggccucca ggaguaccag gacaagcuca aguucaagaa aaaggagacu ucgccaccaa 900 gggagaaaag ggccaaaaag gugaaccugg auuucagggg augccagggg ucggagagaa 960 aggugaaccc ggaaaaccag gacccagagg caaacccgga aaagauggug acaaagggga 1020 aaaagggagu cccgguuuuc cuggugaacc cggguaccca ggacucauag gccgccaggg 1080 cccgcaggga gaaaagggug aagcaggucc uccuggccca ccuggaauug uuauaggcac 1140 aggaccuuug ggagaaaaag gagagagggg cuacccugga acuccggggc caagaggaga 1200 gccaggccca aaagguuucc caggacuacc aggccaaccc ggaccuccag gccucccugu 1260 accugggcag gcuggugccc cuggcuuccc uggugaaaga ggagaaaaag gugaccgagg 1320 auuuccuggu acaucucugc caggaccaag uggaagagau gggcucccgg guccuccugg 1380 uuccccuggg cccccugggc agccuggcua cacaaaugga auuguggaau gucagcccgg 1440 accuccaggu gaccaggguc cuccuggaau uccagggcag ccaggauuua uaggcgaaau 1500 uggagagaaa ggucaaaaag gagagaguug ccucaucugu gauauagacg gauaucgggg 1560 gccucccggg ccacagggac ccccgggaga aauagguuuc ccagggcagc caggggccaa 1620 gggcgacaga gguuugccug gcagagaugg uguugcagga gugccaggcc cucaagguac 1680 accagggcug auaggccagc caggagccaa gggggagccu ggugaguuuu auuucgacuu 1740 gcggcucaaa ggugacaaag gagacccagg cuuuccagga cagcccggca ugccagggag 1800 agcggguucu ccuggaagag auggccaucc gggucuuccu ggccccaagg gcucgccggg 1860 uucuguagga uugaaaggag agcguggccc cccuggagga guuggauucc caggcagucg 1920 uggugacacc ggccccccug ggccuccagg auaugguccu gcugguccca uuggugacaa 1980 aggacaagca ggcuuuccug gaggcccugg auccccaggc cugccagguc caaaggguga 2040 accaggaaaa auuguuccuu uaccaggccc cccuggagca gaaggacugc cggggucccc 2100 aggcuuccca gguccccaag gagaccgagg cuuucccgga accccaggaa ggccaggccu 2160 gccaggagag aagggcgcug ugggccagcc aggcauugga uuuccagggc cccccggccc 2220 caaagguguu gacggcuuac cuggagacau ggggccaccg gggacuccag gucgcccggg 2280 auuuaauggc uuaccuggga acccaggugu gcagggccag aagggagagc cuggaguugg 2340 ucuaccggga cucaaagguu ugccaggucu ucccggcauu ccuggcacac ccggggagaa 2400 ggggagcauu gggguaccag gcguuccugg agaacaugga gcgaucggac ccccugggcu 2460 ucaggggauc agaggugaac cgggaccucc uggauugcca ggcuccgugg ggucuccagg 2520 aguuccagga auaggccccc cuggagcuag gggucccccu ggaggacagg gaccaccggg 2580 guugucaggc ccuccuggaa uaaaaggaga gaaggguuuc cccggauucc cuggacugga 2640 caugccgggc ccuaaaggag auaaaggggc ucaaggacuc ccuggcauaa cgggacaguc 2700 ggggcucccu ggccuuccug gacagcaggg ggcuccuggg auuccugggu uuccagguuc 2760 caagggagaa augggcguca uggggacccc cgggcagccg ggcucaccag gaccaguggg 2820 ugcuccugga uuaccgggug aaaaagggga ccauggcuuu ccgggcuccu caggacccag 2880 gggagacccu ggcuugaaag gugauaaggg ggaugucggu cucccuggca agccuggcuc 2940 cauggauaag guggacaugg gcagcaugaa gggccagaaa ggagaccaag gagagaaagg 3000 acaaauugga ccaauuggug agaagggauc ccgaggagac ccugggaccc caggagugcc 3060 uggaaaggac gggcaggcag gacagccugg gcagccagga ccuaaaggug auccagguau 3120 aaguggaacc ccaggugcuc caggacuucc gggaccaaaa ggaucuguug guggaauggg 3180 cuugccagga acaccuggag agaaaggugu gccuggcauc ccuggcccac aagguucacc 3240 uggcuuaccu ggagacaaag gugcaaaagg agagaaaggg caggcaggcc caccuggcau 3300 aggcauccca gggcugcgag gugaaaaggg agaucaaggg auagcggguu ucccaggaag 3360 cccuggagag aagggagaaa aaggaagcau ugggauccca ggaaugccag gguccccagg 3420 ccuuaaaggg ucucccggga guguuggcua uccaggaagu ccugggcuac cuggagaaaa 3480 aggugacaaa ggccucccag gauuggaugg caucccuggu gucaaaggag aagcaggucu 3540 uccugggacu ccuggcccca caggcccagc uggccagaaa ggggagccag gcagugaugg 3600 aaucccgggg ucagcaggag agaaggguga accaggucua ccaggaagag gauucccagg 3660 guuuccaggg gccaaaggag acaaagguuc aaagggugag guggguuucc caggauuagc 3720 cgggagccca ggaauuccug gauccaaagg agagcaagga uucauggguc cuccggggcc 3780 ccagggacag ccgggguuac cgggaucccc aggccaugcc acggaggggc ccaaaggaga 3840 ccgcggaccu cagggccagc cuggccugcc aggacuuccg ggacccaugg ggccuccagg 3900 gcuuccuggg auugauggag uuaaagguga caaaggaaau ccaggcuggc caggagcacc 3960 cgguguccca gggcccaagg gagacccugg auuccagggc augccuggua uugguggcuc 4020 uccaggaauc acaggcucua agggugauau ggggccucca ggaguuccag gauuucaagg 4080 uccaaaaggu cuuccuggcc uccagggaau uaaaggugau caaggcgauc aaggcguccc 4140 gggagcuaaa ggucucccgg guccuccugg ccccccaggu ccuuacgaca ucaucaaagg 4200 ggagcccggg cucccugguc cugagggccc cccagggcug aaagggcuuc agggacugcc 4260 aggcccgaaa ggccagcaag guguuacagg auuggugggu auaccuggac cuccagguau 4320 uccuggguuu gacggugccc cuggccagaa aggagagaug ggaccugccg ggccuacugg 4380 uccaagagga uuuccagguc caccaggccc cgauggguug ccaggaucca uggggccccc 4440 aggcacccca ucuguugauc acggcuuccu ugugaccagg cauagucaaa caauagauga 4500 cccacagugu ccuucuggga ccaaaauucu uuaccacggg uacucuuugc ucuacgugca 4560 aggcaaugaa cgggcccaug gccaggacuu gggcacggcc ggcagcugcc ugcgcaaguu 4620 cagcacaaug cccuuccugu ucugcaauau uaacaacgug ugcaacuuug caucacgaaa 4680 ugacuacucg uacuggcugu ccaccccuga gcccaugccc augucaaugg cacccaucac 4740 gggggaaaac auaagaccau uuauuaguag gugugcugug ugugaggcgc cugccauggu 4800 gauggccgug cacagccaga ccauucagau cccaccgugc cccagcgggu gguccucgcu 4860 guggaucggc uacucuuuug ugaugcacac cagcgcuggu gcagaaggcu cuggccaagc 4920 ccuggcgucc cccggcuccu gccuggagga guuuagaagu gcgccauuca ucgaguguca 4980 cggccguggg accugcaauu acuacgcaaa cgcuuacagc uuuuggcucg ccaccauaga 5040 gaggagcgag auguucaaga agccuacgcc guccaccuug aaggcagggg agcugcgcac 5100 gcacgucagc cgcugccaag ucuguaugag aagaacauaa ugaagccuga cucagcuaau 5160 gucacaacau ggugcuacuu cuucuucuuu uuguuaacag caacgaaccc uagaaauaua 5220 uccuguguac cucacugucc aauaugaaaa ccguaaagug ccuuauagga auuugcguaa 5280 cuaacacacc cugcuucauu gaccucuacu ugcugaagga gaaaaagaca gcgauaagcu 5340 uucaauagug gcauaccaaa uggcacuuuu gaugaaauaa aauaucaaua uuuucugcaa 5400 uccaaugcac ugauguguga agugagaacu ccaucagaaa accaaagggu gcuaggaggu 5460 gugggugccu uccauacugu uugcccauuu ucauucuugu auuauaauua auuuucuacc 5520 cccagagaua aauguuuguu uauaucacug ucuagcuguu ucaaaauuua ggucccuugg 5580 ucuguacaaa uaauagcaau guaaaaaugg uuuuuugaac cuccaaaugg aauuacagac 5640 ucaguagcca uaucuuccaa ccccccagua uaaauuucug ucuuucugcu auguguggua 5700 cuuugcagcu gcuuuugcag aaaucacaau uuuccugugg aauaaagaug guccaaaaau 5760 agucaaaaau uaaauauaua uauauauuag uaauuuauau agaugucagc aauuaggcag 5820 aucaagguuu aguuuaacuu ccacuguuaa aauaaagcuu acauaguuuu cuuccuuuga 5880 aagacugugc uguccuuuaa cauagguuuu uaaagacuag gauauugaau gugaaacauc 5940 cguuuucauu guucacuucu aaaccaaaaa uuauguguug ccaaaaccaa acccagguuc 6000 augaauaugg ugucuauuau agugaaacau guacuuugag cuuauuguuu uuauucugua 6060 uuaaauauuu ucaggguuuu aaacacuaau cacaaacuga augacuugac uucaaaagca 6120 acaaccuuaa aggccgucau uucauuagua uuccucauuc ugcauccugg cuugaaaaac 6180 agcucuguug aaucacagua ucaguauuuu cacacguaag cacauucggg ccauuuccgu 6240 gguuucucau gagcuguguu cacagaccuc agcagggcau cgcauggacc gcaggagggc 6300 agauucggac cacuaggccu gaaaugacau uucacuaaaa gucuccaaaa cauuucuaag 6360 acuacuaagg ccuuuuaugu aauuucuuua aauguguauu ucuuaagaau ucaaauuugu 6420 aauaaaacua uuuguauaaa aauuaagcuu uuauuaauuu guugcuagua uugccacaga 6480 cgcauuaaaa gaaacuuacu gcacaagcug cuaauaaauu uguaagcuuu gcauaccuua 6540 gauua 6545 <210> 16 <211> 1669 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 16 Met Gly Pro Arg Leu Ser Val Trp Leu Leu Leu Leu Pro Ala Ala Leu 1 5 10 15 Leu Leu His Glu Glu His Ser Arg Ala Ala Ala Lys Gly Gly Cys Ala 20 25 30 Gly Ser Gly Cys Gly Lys Cys Asp Cys His Gly Val Lys Gly Gln Lys 35 40 45 Gly Glu Arg Gly Leu Pro Gly Leu Gln Gly Val Ile Gly Phe Pro Gly 50 55 60 Met Gln Gly Pro Glu Gly Pro Gln Gly Pro Pro Gly Gln Lys Gly Asp 65 70 75 80 Thr Gly Glu Pro Gly Leu Pro Gly Thr Lys Gly Thr Arg Gly Pro Pro 85 90 95 Gly Ala Ser Gly Tyr Pro Gly Asn Pro Gly Leu Pro Gly Ile Pro Gly 100 105 110 Gln Asp Gly Pro Pro Gly Pro Pro Gly Ile Pro Gly Cys Asn Gly Thr 115 120 125 Lys Gly Glu Arg Gly Pro Leu Gly Pro Pro Gly Leu Pro Gly Phe Ala 130 135 140 Gly Asn Pro Gly Pro Pro Gly Leu Pro Gly Met Lys Gly Asp Pro Gly 145 150 155 160 Glu Ile Leu Gly His Val Pro Gly Met Leu Leu Lys Gly Glu Arg Gly 165 170 175 Phe Pro Gly Ile Pro Gly Thr Pro Gly Pro Pro Gly Leu Pro Gly Leu 180 185 190 Gln Gly Pro Val Gly Pro Pro Gly Phe Thr Gly Pro Pro Gly Pro Pro 195 200 205 Gly Pro Pro Gly Pro Pro Gly Glu Lys Gly Gln Met Gly Leu Ser Phe 210 215 220 Gln Gly Pro Lys Gly Asp Lys Gly Asp Gln Gly Val Ser Gly Pro Pro 225 230 235 240 Gly Val Pro Gly Gln Ala Gln Val Gln Glu Lys Gly Asp Phe Ala Thr 245 250 255 Lys Gly Glu Lys Gly Gln Lys Gly Glu Pro Gly Phe Gln Gly Met Pro 260 265 270 Gly Val Gly Glu Lys Gly Glu Pro Gly Lys Pro Gly Pro Arg Gly Lys 275 280 285 Pro Gly Lys Asp Gly Asp Lys Gly Glu Lys Gly Ser Pro Gly Phe Pro 290 295 300 Gly Glu Pro Gly Tyr Pro Gly Leu Ile Gly Arg Gln Gly Pro Gln Gly 305 310 315 320 Glu Lys Gly Glu Ala Gly Pro Pro Gly Pro Pro Gly Ile Val Ile Gly 325 330 335 Thr Gly Pro Leu Gly Glu Lys Gly Glu Arg Gly Tyr Pro Gly Thr Pro 340 345 350 Gly Pro Arg Gly Glu Pro Gly Pro Lys Gly Phe Pro Gly Leu Pro Gly 355 360 365 Gln Pro Gly Pro Pro Gly Leu Pro Val Pro Gly Gln Ala Gly Ala Pro 370 375 380 Gly Phe Pro Gly Glu Arg Gly Glu Lys Gly Asp Arg Gly Phe Pro Gly 385 390 395 400 Thr Ser Leu Pro Gly Pro Ser Gly Arg Asp Gly Leu Pro Gly Pro Pro 405 410 415 Gly Ser Pro Gly Pro Pro Gly Gln Pro Gly Tyr Thr Asn Gly Ile Val 420 425 430 Glu Cys Gln Pro Gly Pro Pro Gly Asp Gln Gly Pro Pro Gly Ile Pro 435 440 445 Gly Gln Pro Gly Phe Ile Gly Glu Ile Gly Glu Lys Gly Gln Lys Gly 450 455 460 Glu Ser Cys Leu Ile Cys Asp Ile Asp Gly Tyr Arg Gly Pro Pro Gly 465 470 475 480 Pro Gln Gly Pro Pro Gly Glu Ile Gly Phe Pro Gly Gln Pro Gly Ala 485 490 495 Lys Gly Asp Arg Gly Leu Pro Gly Arg Asp Gly Val Ala Gly Val Pro 500 505 510 Gly Pro Gln Gly Thr Pro Gly Leu Ile Gly Gln Pro Gly Ala Lys Gly 515 520 525 Glu Pro Gly Glu Phe Tyr Phe Asp Leu Arg Leu Lys Gly Asp Lys Gly 530 535 540 Asp Pro Gly Phe Pro Gly Gln Pro Gly Met Thr Gly Arg Ala Gly Ser 545 550 555 560 Pro Gly Arg Asp Gly His Pro Gly Leu Pro Gly Pro Lys Gly Ser Pro 565 570 575 Gly Ser Val Gly Leu Lys Gly Glu Arg Gly Pro Pro Gly Gly Val Gly 580 585 590 Phe Pro Gly Ser Arg Gly Asp Thr Gly Pro Pro Gly Pro Pro Gly Tyr 595 600 605 Gly Pro Ala Gly Pro Ile Gly Asp Lys Gly Gln Ala Gly Phe Pro Gly 610 615 620 Gly Pro Gly Ser Pro Gly Leu Pro Gly Pro Lys Gly Glu Pro Gly Lys 625 630 635 640 Ile Val Pro Leu Pro Gly Pro Pro Gly Ala Glu Gly Leu Pro Gly Ser 645 650 655 Pro Gly Phe Pro Gly Pro Gln Gly Asp Arg Gly Phe Pro Gly Thr Pro 660 665 670 Gly Arg Pro Gly Leu Pro Gly Glu Lys Gly Ala Val Gly Gln Pro Gly 675 680 685 Ile Gly Phe Pro Gly Pro Pro Gly Pro Lys Gly Val Asp Gly Leu Pro 690 695 700 Gly Asp Met Gly Pro Pro Gly Thr Pro Gly Arg Pro Gly Phe Asn Gly 705 710 715 720 Leu Pro Gly Asn Pro Gly Val Gln Gly Gln Lys Gly Glu Pro Gly Val 725 730 735 Gly Leu Pro Gly Leu Lys Gly Leu Pro Gly Leu Pro Gly Ile Pro Gly 740 745 750 Thr Pro Gly Glu Lys Gly Ser Ile Gly Val Pro Gly Val Pro Gly Glu 755 760 765 His Gly Ala Ile Gly Pro Pro Gly Leu Gln Gly Ile Arg Gly Glu Pro 770 775 780 Gly Pro Pro Gly Leu Pro Gly Ser Val Gly Ser Pro Gly Val Pro Gly 785 790 795 800 Ile Gly Pro Pro Gly Ala Arg Gly Pro Pro Gly Gly Gln Gly Pro Pro 805 810 815 Gly Leu Ser Gly Pro Pro Gly Ile Lys Gly Glu Lys Gly Phe Pro Gly 820 825 830 Phe Pro Gly Leu Asp Met Pro Gly Pro Lys Gly Asp Lys Gly Ala Gln 835 840 845 Gly Leu Pro Gly Ile Thr Gly Gln Ser Gly Leu Pro Gly Leu Pro Gly 850 855 860 Gln Gln Gly Ala Pro Gly Ile Pro Gly Phe Pro Gly Ser Lys Gly Glu 865 870 875 880 Met Gly Val Met Gly Thr Pro Gly Gln Pro Gly Ser Pro Gly Pro Val 885 890 895 Gly Ala Pro Gly Leu Pro Gly Glu Lys Gly Asp His Gly Phe Pro Gly 900 905 910 Ser Ser Gly Pro Arg Gly Asp Pro Gly Leu Lys Gly Asp Lys Gly Asp 915 920 925 Val Gly Leu Pro Gly Lys Pro Gly Ser Met Asp Lys Val Asp Met Gly 930 935 940 Ser Met Lys Gly Gln Lys Gly Asp Gln Gly Glu Lys Gly Gln Ile Gly 945 950 955 960 Pro Ile Gly Glu Lys Gly Ser Arg Gly Asp Pro Gly Thr Pro Gly Val 965 970 975 Pro Gly Lys Asp Gly Gln Ala Gly Gln Pro Gly Gln Pro Gly Pro Lys 980 985 990 Gly Asp Pro Gly Ile Ser Gly Thr Pro Gly Ala Pro Gly Leu Pro Gly 995 1000 1005 Pro Lys Gly Ser Val Gly Gly Met Gly Leu Pro Gly Thr Pro Gly 1010 1015 1020 Glu Lys Gly Val Pro Gly Ile Pro Gly Pro Gln Gly Ser Pro Gly 1025 1030 1035 Leu Pro Gly Asp Lys Gly Ala Lys Gly Glu Lys Gly Gln Ala Gly 1040 1045 1050 Pro Pro Gly Ile Gly Ile Pro Gly Leu Arg Gly Glu Lys Gly Asp 1055 1060 1065 Gln Gly Ile Ala Gly Phe Pro Gly Ser Pro Gly Glu Lys Gly Glu 1070 1075 1080 Lys Gly Ser Ile Gly Ile Pro Gly Met Pro Gly Ser Pro Gly Leu 1085 1090 1095 Lys Gly Ser Pro Gly Ser Val Gly Tyr Pro Gly Ser Pro Gly Leu 1100 1105 1110 Pro Gly Glu Lys Gly Asp Lys Gly Leu Pro Gly Leu Asp Gly Ile 1115 1120 1125 Pro Gly Val Lys Gly Glu Ala Gly Leu Pro Gly Thr Pro Gly Pro 1130 1135 1140 Thr Gly Pro Ala Gly Gln Lys Gly Glu Pro Gly Ser Asp Gly Ile 1145 1150 1155 Pro Gly Ser Ala Gly Glu Lys Gly Glu Pro Gly Leu Pro Gly Arg 1160 1165 1170 Gly Phe Pro Gly Phe Pro Gly Ala Lys Gly Asp Lys Gly Ser Lys 1175 1180 1185 Gly Glu Val Gly Phe Pro Gly Leu Ala Gly Ser Pro Gly Ile Pro 1190 1195 1200 Gly Ser Lys Gly Glu Gln Gly Phe Met Gly Pro Pro Gly Pro Gln 1205 1210 1215 Gly Gln Pro Gly Leu Pro Gly Ser Pro Gly His Ala Thr Glu Gly 1220 1225 1230 Pro Lys Gly Asp Arg Gly Pro Gln Gly Gln Pro Gly Leu Pro Gly 1235 1240 1245 Leu Pro Gly Pro Met Gly Pro Pro Gly Leu Pro Gly Ile Asp Gly 1250 1255 1260 Val Lys Gly Asp Lys Gly Asn Pro Gly Trp Pro Gly Ala Pro Gly 1265 1270 1275 Val Pro Gly Pro Lys Gly Asp Pro Gly Phe Gln Gly Met Pro Gly 1280 1285 1290 Ile Gly Gly Ser Pro Gly Ile Thr Gly Ser Lys Gly Asp Met Gly 1295 1300 1305 Pro Pro Gly Val Pro Gly Phe Gln Gly Pro Lys Gly Leu Pro Gly 1310 1315 1320 Leu Gln Gly Ile Lys Gly Asp Gln Gly Asp Gln Gly Val Pro Gly 1325 1330 1335 Ala Lys Gly Leu Pro Gly Pro Pro Gly Pro Pro Gly Pro Tyr Asp 1340 1345 1350 Ile Ile Lys Gly Glu Pro Gly Leu Pro Gly Pro Glu Gly Pro Pro 1355 1360 1365 Gly Leu Lys Gly Leu Gln Gly Leu Pro Gly Pro Lys Gly Gln Gln 1370 1375 1380 Gly Val Thr Gly Leu Val Gly Ile Pro Gly Pro Pro Gly Ile Pro 1385 1390 1395 Gly Phe Asp Gly Ala Pro Gly Gln Lys Gly Glu Met Gly Pro Ala 1400 1405 1410 Gly Pro Thr Gly Pro Arg Gly Phe Pro Gly Pro Pro Gly Pro Asp 1415 1420 1425 Gly Leu Pro Gly Ser Met Gly Pro Pro Gly Thr Pro Ser Val Asp 1430 1435 1440 His Gly Phe Leu Val Thr Arg His Ser Gln Thr Ile Asp Asp Pro 1445 1450 1455 Gln Cys Pro Ser Gly Thr Lys Ile Leu Tyr His Gly Tyr Ser Leu 1460 1465 1470 Leu Tyr Val Gln Gly Asn Glu Arg Ala His Gly Gln Asp Leu Gly 1475 1480 1485 Thr Ala Gly Ser Cys Leu Arg Lys Phe Ser Thr Met Pro Phe Leu 1490 1495 1500 Phe Cys Asn Ile Asn Asn Val Cys Asn Phe Ala Ser Arg Asn Asp 1505 1510 1515 Tyr Ser Tyr Trp Leu Ser Thr Pro Glu Pro Met Pro Met Ser Met 1520 1525 1530 Ala Pro Ile Thr Gly Glu Asn Ile Arg Pro Phe Ile Ser Arg Cys 1535 1540 1545 Ala Val Cys Glu Ala Pro Ala Met Val Met Ala Val His Ser Gln 1550 1555 1560 Thr Ile Gln Ile Pro Pro Cys Pro Ser Gly Trp Ser Ser Leu Trp 1565 1570 1575 Ile Gly Tyr Ser Phe Val Met His Thr Ser Ala Gly Ala Glu Gly 1580 1585 1590 Ser Gly Gln Ala Leu Ala Ser Pro Gly Ser Cys Leu Glu Glu Phe 1595 1600 1605 Arg Ser Ala Pro Phe Ile Glu Cys His Gly Arg Gly Thr Cys Asn 1610 1615 1620 Tyr Tyr Ala Asn Ala Tyr Ser Phe Trp Leu Ala Thr Ile Glu Arg 1625 1630 1635 Ser Glu Met Phe Lys Lys Pro Thr Pro Ser Thr Leu Lys Ala Gly 1640 1645 1650 Glu Leu Arg Thr His Val Ser Arg Cys Gln Val Cys Met Arg Arg 1655 1660 1665 Thr <210> 17 <211> 2358 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 17 aaacucacac aacaacucuu ccccgcugag aggagacagc cagugcgacu ccacccucca 60 gcucgacggc agccgccccg gccgacagcc ccgagacgac agcccggcgc gucccggucc 120 ccaccuccga ccaccgccag cgcuccaggc cccgccgcuc cccgcucgcc gccaccgcgc 180 ccuccgcucc gcccgcagug ccaaccauga ccgccgccag uaugggcccc guccgcgucg 240 ccuucguggu ccuccucgcc cucugcagcc ggccggccgu cggccagaac ugcagcgggc 300 cgugccggug cccggacgag ccggcgccgc gcugcccggc gggcgugagc cucgugcugg 360 acggcugcgg cugcugccgc gucugcgcca agcagcuggg cgagcugugc accgagcgcg 420 accccugcga cccgcacaag ggccucuucu gugacuucgg cuccccggcc aaccgcaaga 480 ucggcgugug caccgccaaa gauggugcuc ccugcaucuu cggugguacg guguaccgca 540 gcggagaguc cuuccagagc agcugcaagu accagugcac gugccuggac ggggcggugg 600 gcugcaugcc ccugugcagc auggacguuc gucugcccag cccugacugc cccuucccga 660 ggagggucaa gcugcccggg aaaugcugcg aggagugggu gugugacgag cccaaggacc 720 aaaccguggu ugggccugcc cucgcggcuu accgacugga agacacguuu ggcccagacc 780 caacuaugau uagagccaac ugccuggucc agaccacaga guggagcgcc uguuccaaga 840 ccugugggau gggcaucucc acccggguua ccaaugacaa cgccuccugc aggcuagaga 900 agcagagccg ccugugcaug gucaggccuu gcgaagcuga ccuggaagag aacauuaaga 960 agggcaaaaa gugcauccgu acucccaaaa ucuccaagcc uaucaaguuu gagcuuucug 1020 gcugcaccag caugaagaca uaccgagcua aauucugugg aguauguacc gacggccgau 1080 gcugcacccc ccacagaacc accacccugc cgguggaguu caagugcccu gacggcgagg 1140 ucaugaagaa gaacaugaug uucaucaaga ccugugccug ccauuacaac ugucccggag 1200 acaaugacau cuuugaaucg cuguacuaca ggaagaugua cggagacaug gcaugaagcc 1260 agagagugag agacauuaac ucauuagacu ggaacuugaa cugauucaca ucucauuuuu 1320 ccguaaaaau gauuucagua gcacaaguua uuuaaaucug uuuuucuaac ugggggaaaa 1380 gauucccacc caauucaaaa cauugugcca ugucaaacaa auagucuauc aaccccagac 1440 acugguuuga agaauguuaa gacuugacag uggaacuaca uuaguacaca gcaccagaau 1500 guauauuaag guguggcuuu aggagcagug ggaggguacc agcagaaagg uuaguaucau 1560 cagauagcau cuuauacgag uaauaugccu gcuauuugaa guguaauuga gaaggaaaau 1620 uuuagcgugc ucacugaccu gccuguagcc ccagugacag cuaggaugug cauucuccag 1680 ccaucaagag acugagucaa guuguuccuu aagucagaac agcagacuca gcucugacau 1740 ucugauucga augacacugu ucaggaaucg gaauccuguc gauuagacug gacagcuugu 1800 ggcaagugaa uuugccugua acaagccaga uuuuuuaaaa uuuauauugu aaauauugug 1860 ugugugugug uguguguaua uauauauaua uguacaguua ucuaaguuaa uuuaaaguug 1920 uuugugccuu uuuauuuuug uuuuuaaugc uuugauauuu caauguuagc cucaauuucu 1980 gaacaccaua gguagaaugu aaagcuuguc ugaucguuca aagcaugaaa uggauacuua 2040 uauggaaauu cugcucagau agaaugacag uccgucaaaa cagauuguuu gcaaagggga 2100 ggcaucagug uccuuggcag gcugauuucu agguaggaaa ugugguagcc ucacuuuuaa 2160 ugaacaaaug gccuuuauua aaaacugagu gacucuauau agcugaucag uuuuuucacc 2220 uggaagcauu uguuucuacu uugauaugac uguuuuucgg acaguuuauu uguugagagu 2280 gugaccaaaa guuacauguu ugcaccuuuc uaguugaaaa uaaaguguau auuuuuucua 2340 uaaaaaaaaa aaaaaaaa 2358 <210> 18 <211> 349 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 18 Met Thr Ala Ala Ser Met Gly Pro Val Arg Val Ala Phe Val Val Leu 1 5 10 15 Leu Ala Leu Cys Ser Arg Pro Ala Val Gly Gln Asn Cys Ser Gly Pro 20 25 30 Cys Arg Cys Pro Asp Glu Pro Ala Pro Arg Cys Pro Ala Gly Val Ser 35 40 45 Leu Val Leu Asp Gly Cys Gly Cys Cys Arg Val Cys Ala Lys Gln Leu 50 55 60 Gly Glu Leu Cys Thr Glu Arg Asp Pro Cys Asp Pro His Lys Gly Leu 65 70 75 80 Phe Cys His Phe Gly Ser Pro Ala Asn Arg Lys Ile Gly Val Cys Thr 85 90 95 Ala Lys Asp Gly Ala Pro Cys Ile Phe Gly Gly Thr Val Tyr Arg Ser 100 105 110 Gly Glu Ser Phe Gln Ser Ser Cys Lys Tyr Gln Cys Thr Cys Leu Asp 115 120 125 Gly Ala Val Gly Cys Met Pro Leu Cys Ser Met Asp Val Arg Leu Pro 130 135 140 Ser Pro Asp Cys Pro Phe Pro Arg Arg Val Lys Leu Pro Gly Lys Cys 145 150 155 160 Cys Glu Glu Trp Val Cys Asp Glu Pro Lys Asp Gln Thr Val Val Gly 165 170 175 Pro Ala Leu Ala Ala Tyr Arg Leu Glu Asp Thr Phe Gly Pro Asp Pro 180 185 190 Thr Met Ile Arg Ala Asn Cys Leu Val Gln Thr Thr Glu Trp Ser Ala 195 200 205 Cys Ser Lys Thr Cys Gly Met Gly Ile Ser Thr Arg Val Thr Asn Asp 210 215 220 Asn Ala Ser Cys Arg Leu Glu Lys Gln Ser Arg Leu Cys Met Val Arg 225 230 235 240 Pro Cys Glu Ala Asp Leu Glu Glu Asn Ile Lys Lys Gly Lys Lys Cys 245 250 255 Ile Arg Thr Pro Lys Ile Ser Lys Pro Ile Lys Phe Glu Leu Ser Gly 260 265 270 Cys Thr Ser Met Lys Thr Tyr Arg Ala Lys Phe Cys Gly Val Cys Thr 275 280 285 Asp Gly Arg Cys Cys Thr Pro His Arg Thr Thr Thr Leu Pro Val Glu 290 295 300 Phe Lys Cys Pro Asp Gly Glu Val Met Lys Lys Asn Met Met Phe Ile 305 310 315 320 Lys Thr Cys Ala Cys His Tyr Asn Cys Pro Gly Asp Asn Asp Ile Phe 325 330 335 Glu Ser Leu Tyr Tyr Arg Lys Met Tyr Gly Asp Met Ala 340 345 <210> 19 <211> 3248 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 19 acuuccgucu uggaggccag gguggcgcug ccgccguccc ucgcccggag gcagagaugc 60 gcuggcgcau caccgccagg agcccacagu gaaagaccau cggauggaag gcgacgccca 120 gaacuccagg agaccgcugu gggaggacgc gaggccaggu gacgaauagg ccaggcguga 180 guucccaaac agccuccucc ccuucaagag aguaagcuug ggccacaggc ugggacggaa 240 gcagaggggc agacacgcca ccacccgccc ggccucgaac cuacggcggc acaguucagc 300 ggaggcggcc cagcgguccu gucccgcgcc ugcgcacucc aggccccgcc ccgccccgcg 360 cccuccaggc ccggcccgcc cuccaaccuc ugcgugcgca cagccuagag cccgccuccg 420 ugaaagacug ccgggcgcau gcggucgggg uuguucacug gcuguccggg gcuccgcgcg 480 cgucgccggc ccagcucugu cgcugacggg aggaucugaa gccggccgca ggucaaagag 540 uaaaaugaag uacauucugg uuacuggugg uguuauauca ggaauuggaa aaggaaucau 600 ugccagcagu gugggcacaa uacucaaguc augugguuua cauguaacuu caaucaaaau 660 ugaccccuac auuaacauug augcaggaac auucucuccu uaugagcaug gugagguuuu 720 ugugcuggau gauggugggg aaguagaccu ugaccugggu aacuaugagc gguuccuuga 780 cauccgccuc accaaggaca auaaucugac cacuggaaag auauaccagu augucauuaa 840 caaggaacgg aaaggagauu acuuggggaa aacuguccaa guugucccuc auaucacaga 900 ugcaauccag gaguggguga ugagacaggc guuaauaccu guagaugaag auggccugga 960 accucaagug uguguuauug agcuuggugg aaccgugggg gacauagaaa gcaugcccuu 1020 uauugaggcc uuccgucagu uccaauucaa ggucaaaaga gagaacuuuu guaacaucca 1080 cgucagucua guuccccagc caaguucaac aggggaacag aagacuaaac cuacccagaa 1140 uaguguucgg gaacuuagag gacuugggcu uuccccagau cugguuguau gcaggugcuc 1200 aaauccacuu gacacaucag ugaaggagaa aauaucaaug uucugccaug uugagccuga 1260 acaagugauc uguguccacg augucucauc caucuaccga guccccuugu uguuagagga 1320 gcaagggguu guagauuauu uucuucgaag acuugaccuu ccuauugaga ggcagccaag 1380 aaaaaugcug augaaaugga aagagauggc ugacagauau gaucgcuugc uggagaccug 1440 cucuauugcc cuugugggca aauacacgaa guucucagac uccuaugccu cugucauuaa 1500 ggcucuggag cauucugcac uggccaucaa ccacaaauug gaaaucaagu acauagauuc 1560 ugcggacuug gagcccauca ccucgcaaga agagcccgug cgcuaccacg aagcuuggca 1620 gaagcucugu agugcucaug gagugcuggu uccaggagga uuugguguuc gaggaacaga 1680 aggaaaaauc caagcaauug ccugggcucg gaaucagaaa aagccuuuuu ugggcgugug 1740 cuuagggaug caguuggcag ugguugaauu cucaagaaac gugcugggau ggcaagaugc 1800 caauucuaca gaguuugacc cuacgaccag ucaucccgug gucguagaca ugccagaaca 1860 caacccaggg cagaugggcg gaaccaugag gcugggcaag aggagaaccc uguuccagac 1920 caagaacuca gucaugagga aacucuaugg agacgcagac uacuuggaag agaggcaccg 1980 ccaccgauuu gaggugaauc cagucuggaa aaaguguuug gaagaacaag gcuugaaguu 2040 uguuggccaa gauguugaag gagagagaau ggaaauugug gaguuagaag aucaucccuu 2100 uuuuguuggg guucaguacc acccugaguu ccuguccagg ccuaucaagc ccuccccacc 2160 auacuuuggc cuccuccugg ccucuguggg gcggcucuca cauuaccucc agaaaggcug 2220 caggcucuca cccagggaca ccuauaguga caggagugga agcagcuccc cugacucuga 2280 aaucaccgaa cugaaguuuc caucaauaaa ucaugacuga ucuuguagcg gaugauucuu 2340 caagagaccc uucaaacuug gguagaguuu acagcucuga cuuuacacuc ggcuuuggag 2400 acuuucuuua aauuauguuu uuauuaagau uauuuuauua ugcggaaagg uauuugggaa 2460 acuugucacu ugcauguccc aucacgugua cuggcuccuc uguggugucu gccuguugcg 2520 ugacacucuc cuugcaguuc uugaguugcg gcagaacauc gcgaugggaa ccgauggugg 2580 guggggcugc agagugcccc aucggucacc uuguuucuca acuaccucgc aucauugcag 2640 augcuagcgc guugccuguc gcuuucccuu ggauaccuag accguuauaa agugugccac 2700 auggacuuac cgagcaugga gagaggauuu uagcuaggau uugaacacuu ggugcuggga 2760 accucagggu auugcuugcc acuaagccau gaaaccagag acaaaaucuc uauacugccc 2820 ugaguugggg ggaauucuca gugccaacug uggcuggucc ucauucaaag ggacggucag 2880 uuugguguca acaugaaaca ccaagauguc ugucucugaa gcgugauuuu aaaaucccca 2940 ugccuguggc ugcgcuuccu auuucuaggg cugggaaaca cuccuugcau caagggguca 3000 cuuacagaac aaagaaucuu uugggggaaa cuuccucuaa aacccucuca uauauagaca 3060 gcuuugacug gaggguccau uuuucuucca ggaugguguu acugcaguug aaagggcaau 3120 augaaguuac uuucuuaaug ugaccuagca auaggcauag cuacguggca cuauauucug 3180 gccagacucg auguguacuc uaacuuaaga aauaaaucag uaaggcagaa caagagaaaa 3240 aaaaaaaa 3248 <210> 20 <211> 591 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 20 Met Lys Tyr Ile Leu Val Thr Gly Gly Val Ile Ser Gly Ile Gly Lys 1 5 10 15 Gly Ile Ile Ala Ser Ser Val Gly Thr Ile Leu Lys Ser Cys Gly Leu 20 25 30 His Val Thr Ser Ile Lys Ile Asp Pro Tyr Ile Asn Ile Asp Ala Gly 35 40 45 Thr Phe Ser Pro Tyr Glu His Gly Glu Val Phe Val Leu Asp Asp Gly 50 55 60 Gly Glu Val Asp Leu Asp Leu Gly Asn Tyr Glu Arg Phe Leu Asp Ile 65 70 75 80 Arg Leu Thr Lys Asp Asn Asn Leu Thr Thr Gly Lys Ile Tyr Gln Tyr 85 90 95 Val Ile Asn Lys Glu Arg Lys Gly Asp Tyr Leu Gly Lys Thr Val Gln 100 105 110 Val Val Pro His Ile Thr Asp Ala Ile Gln Glu Trp Val Met Arg Gln 115 120 125 Ala Leu Ile Pro Val Asp Glu Asp Gly Leu Glu Pro Gln Val Cys Val 130 135 140 Ile Glu Leu Gly Gly Thr Val Gly Asp Ile Glu Ser Met Pro Phe Ile 145 150 155 160 Glu Ala Phe Arg Gln Phe Gln Phe Lys Val Lys Arg Glu Asn Phe Cys 165 170 175 Asn Ile His Val Ser Leu Val Pro Gln Pro Ser Ser Thr Gly Glu Gln 180 185 190 Lys Thr Lys Pro Thr Gln Asn Ser Val Arg Glu Leu Arg Gly Leu Gly 195 200 205 Leu Ser Pro Asp Leu Val Val Cys Arg Cys Ser Asn Pro Leu Asp Thr 210 215 220 Ser Val Lys Glu Lys Ile Ser Met Phe Cys His Val Glu Pro Glu Gln 225 230 235 240 Val Ile Cys Val His Asp Val Ser Ser Ile Tyr Arg Val Pro Leu Leu 245 250 255 Leu Glu Glu Gln Gly Val Val Asp Tyr Phe Leu Arg Arg Leu Asp Leu 260 265 270 Pro Ile Glu Arg Gln Pro Arg Lys Met Leu Met Lys Trp Lys Glu Met 275 280 285 Ala Asp Arg Tyr Asp Arg Leu Leu Glu Thr Cys Ser Ile Ala Leu Val 290 295 300 Gly Lys Tyr Thr Lys Phe Ser Asp Ser Tyr Ala Ser Val Ile Lys Ala 305 310 315 320 Leu Glu His Ser Ala Leu Ala Ile Asn His Lys Leu Glu Ile Lys Tyr 325 330 335 Ile Asp Ser Ala Asp Leu Glu Pro Ile Thr Ser Gln Glu Glu Pro Val 340 345 350 Arg Tyr His Glu Ala Trp Gln Lys Leu Cys Ser Ala His Gly Val Leu 355 360 365 Val Pro Gly Gly Phe Gly Val Arg Gly Thr Glu Gly Lys Ile Gln Ala 370 375 380 Ile Ala Trp Ala Arg Asn Gln Lys Lys Pro Phe Leu Gly Val Cys Leu 385 390 395 400 Gly Met Gln Leu Ala Val Val Glu Phe Ser Arg Asn Val Leu Gly Trp 405 410 415 Gln Asp Ala Asn Ser Thr Glu Phe Asp Pro Thr Thr Ser His Pro Val 420 425 430 Val Val Asp Met Pro Glu His Asn Pro Gly Gln Met Gly Gly Thr Met 435 440 445 Arg Leu Gly Lys Arg Arg Thr Leu Phe Gln Thr Lys Asn Ser Val Met 450 455 460 Arg Lys Leu Tyr Gly Asp Ala Asp Tyr Leu Glu Glu Arg His Arg His 465 470 475 480 Arg Phe Glu Val Asn Pro Val Trp Lys Lys Cys Leu Glu Glu Gln Gly 485 490 495 Leu Lys Phe Val Gly Gln Asp Val Glu Gly Glu Arg Met Glu Ile Val 500 505 510 Glu Leu Glu Asp His Pro Phe Phe Val Gly Val Gln Tyr His Pro Glu 515 520 525 Phe Leu Ser Arg Pro Ile Lys Pro Ser Pro Pro Tyr Phe Gly Leu Leu 530 535 540 Leu Ala Ser Val Gly Arg Leu Ser His Tyr Leu Gln Lys Gly Cys Arg 545 550 555 560 Leu Ser Pro Arg Asp Thr Tyr Ser Asp Arg Ser Gly Ser Ser Ser Pro 565 570 575 Asp Ser Glu Ile Thr Glu Leu Lys Phe Pro Ser Ile Asn His Asp 580 585 590 <210> 21 <211> 3895 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 21 gucugcgccc cucgcugucc cgcgaccccg gcgcgggugc cucgggcccc ccucgcgcgc 60 cgccauggug ggccggcuga gccuacagga ugugcccgag cucguggacg cgaagaagaa 120 gggcgacggc guccuggaca gcccggacuc ggggcugccc cccagcccca gccccagcca 180 cugggggcuc gcggcgggcg gaggcggcgg agagcgcgcg gcggcaccgg ggacgcugga 240 gcccgacgcg gcggcggcga cccccgcggc uccgagucca gcgucucucc cccuggcucc 300 cggcugugcg cugaggcuuu guccccuguc cuuuggcgaa ggaguggagu uugaccccuu 360 accaccaaag gaaguaaggu acaccuccuu ggucaaguac gacuccgaga ggcacuucau 420 cgacgacgug cagcugcccc ugggccuggc gguggccucc ugcagccaga cggucaccug 480 uguccccaau ggcacguggc gcaacuacaa ggccgaggug cgcuucgagc cacgccacag 540 gcccacccgc uuccucagua ccaccaucgu guaccccaag uaccccaagg ccgucuacac 600 caccacccug gauuacaacu gccgcaagac gcugaggagg uuucugucca gcguggagcu 660 cgaagccgcg gagcucccgg gcagcgacga ccucucugau gaaugcugac ccagcaggcu 720 gggcuggggu cggaccggcu cucccgcugu ccugcccccg acugcccugg ccaagcuggg 780 cgaccuuacc cuucacguca uuccagcccc agaggagucu aaccuagaga uaccuccaag 840 cgcggccggg ggaagagaaa aaaaagaaaa aaucacugca ucucauaauu auugagaucu 900 uuguguugua auuuucaagc uguuuuuaga gggaauauau guccugguuu gcugcugugu 960 uguuucccca aagucucaau cagaugaggc aacaaaaaga ccaccagaau ugcaggaaag 1020 cagcagcagu cugggauagg gaggggggag gagagcucuc ccuccguggu caguuuguca 1080 gaagaaaagc auggaaaaag ugagauuuaa gaaaucucag ccacgggugu cuucacugca 1140 caaaaguggu gcuaauucag uaaacaguga caccugugug gguucaaucu guggagaguu 1200 gaguuccauu ccuuuguuuu uaaauuucca ccuccauuug uguuuccuau uaaccuaaac 1260 ucuuguaauu cucuaaaucu uuuuucauga uauaaaaaaa aaagaaaauc ccaaaccaca 1320 auuuaagaug ccuuuuuuuu uuaaaaaaaa agguucuccg uguugccacc ugcuccggga 1380 aggccaggcc gaugggcggc cagguuuggg agcagcggcu ucggcuccga uugcuuccug 1440 acggucaguu ccaagcacag gcucugagaa acgccucgaa cccuugguau cuggugaccg 1500 ucuccgcagg cuuccgugag ucuccgauag guguuuuggg cuuuuggaau acuuucagaa 1560 uacuuuccca uuuuuucaua aggcaaaacg gaguggacgg ccuuuuuuug agagaaacag 1620 cauucuaaga gugugcuugg aaaacacacu uuuugggagu ccacgugggg aguggacacu 1680 caggacagga agcgguggcc cuaagaccug cggccacccg gaggaggcag acgcaggcga 1740 ugaccugguu caucaugaga ggagcuagag uugacucagu cuuaggaucu cgauggcguc 1800 agaauugcag aggguuucug ccagugccuu aggucuaauu cagaaagcaa ggaaggcugg 1860 gcacgguggc uggcgccugu agucucagcu acuuggaaac ugaggcagga ggaucucuug 1920 agcccaagaa uucgagaccg gucuggcaac auagugagcc uccaucucua aaaaaaagug 1980 gcaaagcuga ggaaaucugu gcccccaucc cccgacacca gacaagcuaa ggugcauuca 2040 gaguagggaa cgaugucaaa accuggccgc cgugguggcg cgcauuccuc ucacaccacc 2100 guacggaggc aggugacagu caacugaaau guccccaagg accgugugaa uucggcuggc 2160 guggcccagc agcggggugg accagggugc gguggcuuca gaccugccuc ccgccacccc 2220 guccuccccu aaccccuucu ugggaccucc ugccaauccc ugugguguuu gaguaaagaa 2280 aguggcugau gguuuuacuu uuuucuucca auauuggaaa gaacaaacua gauauucccc 2340 uugaacacau ccaaauuauu uccagugccu gaggguuacc gagcacugua agcucagcuc 2400 ggcuguagcu ccggguuucu gccgauggcc uccaucugcg ccgaaagcug aacugagccc 2460 cgcggugccc cggagccaca gcagcaggug cagcgacaau cgccgucgug cgcagucgcu 2520 ggaguccugg agagccacgc uguccucugc agacaacagc aucaguccgc ugugccccaa 2580 ugcaucgacg cccuguggac ggggccugca guccacccgu ggucugagcu ugccgggcug 2640 aagcucggcu gggacccagg gaggggccac ccugggaccc acagucuccu cagucacgug 2700 cagagcaaaa aaugcuuccu guguuuggaa gagcaaguga cgcagcauuu auugauaaaa 2760 auggauuuuu cugucugauu ucaugcugug gucguuuaag uggucaaugu cuuuuuuuuu 2820 uuuuuuuuug acauggaguc ucgcucuguu gcccaggcug aguggaaugg cgccaacuca 2880 gcucacugca accuucaccu cccaggcuca agcgacucuc cugccucagc cuccugagca 2940 gcugggauua caggugccca ccaccacgcc cagcuaauuu uuguauuuuu aguagagacg 3000 ggguuucacc auguuggcca ggcuggucuc gaacaccuga ccuugugauc cacccgccuc 3060 ggccucccaa uaauuuguaa guuauguuag cgggauccuc aaggccuugc uuugccccgu 3120 ggagacgcuu gcucggauga gcucaggaaa caguaccggc ugcguggcag gucugggugu 3180 ugugugcgag gacguggccu uugaacaccg cuguguucuc agagguccuu aggagauauu 3240 uuuuuuuguc uuagggggac uguguuaagu ucagacaaau caugcugggu guguagagag 3300 ugugaaauac gucagugaag uaaguagcag ugagcgauug ugaaugugua auguaaaugg 3360 aaaaccgggu uuuaccgugu uaaguuauuc acuagggagc cagucguagu ucuuuguaau 3420 ccucuuucuu ccaaaccugc uuugcugaaa guugcagaaa aggaagugug uggagagaaa 3480 cagaacccuu cagggugggu cagaggacgc cauccacagu ggauucgugu ucguuugcag 3540 guggaagcag ugauuuuuag gacccacuga uuaaaaacaa acauucccaa gugucucuga 3600 gagaugcugu uuauuuguua auuaaaaagc uuuuuucucu gucuuuuaaa uuauggcuuu 3660 cauguaauaa ggauauuuuu agugaaaaau uguuuuccuu ucaaauuaca gaccuuuuaa 3720 aaaaacuuaa uuugagcgag uaccuuuuca uuugacacuu uuccuguuuc uaaccuuagg 3780 aaaccagaau agcguuuggc agacacgacg uuuucaguuu accuuugaca ccugccccac 3840 uccauuuugc uuugugaugu cuucauuuaa caauaaauua ucugaaaaaa caaaa 3895 <210> 22 <211> 214 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 22 Met Val Gly Arg Leu Ser Leu Gln Asp Val Pro Glu Leu Val Asp Ala 1 5 10 15 Lys Lys Lys Gly Asp Gly Val Leu Asp Ser Pro Asp Ser Gly Leu Pro 20 25 30 Pro Ser Pro Ser Pro Ser His Trp Gly Leu Ala Ala Gly Gly Gly Gly 35 40 45 Gly Glu Arg Ala Ala Ala Pro Gly Thr Leu Glu Pro Asp Ala Ala Ala 50 55 60 Ala Thr Pro Ala Ala Pro Ser Pro Ala Ser Leu Pro Leu Ala Pro Gly 65 70 75 80 Cys Ala Leu Arg Leu Cys Pro Leu Ser Phe Gly Glu Gly Val Glu Phe 85 90 95 Asp Pro Leu Pro Pro Lys Glu Val Arg Tyr Thr Ser Leu Val Lys Tyr 100 105 110 Asp Ser Glu Arg His Phe Ile Asp Asp Val Gln Leu Pro Leu Gly Leu 115 120 125 Ala Val Ala Ser Cys Ser Gln Thr Val Thr Cys Val Pro Asn Gly Thr 130 135 140 Trp Arg Asn Tyr Lys Ala Glu Val Arg Phe Glu Pro Arg His Arg Pro 145 150 155 160 Thr Arg Phe Leu Ser Thr Thr Ile Val Tyr Pro Lys Tyr Pro Lys Ala 165 170 175 Val Tyr Thr Thr Thr Leu Asp Tyr Asn Cys Arg Lys Thr Leu Arg Arg 180 185 190 Phe Leu Ser Ser Val Glu Leu Glu Ala Ala Glu Leu Pro Gly Ser Asp 195 200 205 Asp Leu Ser Asp Glu Cys 210 <210> 23 <211> 2525 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 23 gggaagucgg ugccgcugcc gucucugcgu ucgccaugcg ucccggggcg ccagggccac 60 ucuggccucu gcccuggggg gcccuggcuu gggccguggg cuucgugagc uccaugggcu 120 cggggaaccc cgcgcccggu gguguuugcu ggcuccagca gggccaggag gccaccugca 180 gccuggugcu ccagacugau gucacccggg ccgagugcug ugccuccggc aacauugaca 240 ccgccugguc caaccucacc cacccgggga acaagaucaa ccuccucggc uucuugggcc 300 uuguccacug ccuucccugc aaagauucgu gcgacggcgu ggagugcggc ccgggcaagg 360 cgugccgcau gcuggggggc cgcccgcgcu gcgagugcgc gcccgacugc ucggggcucc 420 cggcgcggcu gcaggucugc ggcucagacg gcgccaccua ccgcgacgag ugcgagcugc 480 gcgccgcgcg cugccgcggc cacccggacc ugagcgucau guaccggggc cgcugccgca 540 aguccuguga gcacguggug ugcccgcggc cacagucgug cgucguggac cagacgggca 600 gcgcccacug cguggugugu cgagcggcgc ccugcccugu gcccuccagc cccggccagg 660 agcuuugcgg caacaacaac gucaccuaca ucuccucgug ccacaugcgc caggccaccu 720 gcuuccuggg ccgcuccauc ggcgugcgcc acgcgggcag cugcgcaggc accccugagg 780 agccgccagg uggugagucu gcagaagagg aagagaacuu cgugugagcc ugcaggacag 840 gccugggccu ggugcccgag gccccccauc auccccuguu auuuauugcc acagcagagu 900 cuaauuuaua ugccacggac acuccuuaga gcccggauuc ggaccacuug gggaucccag 960 aaccucccug acgauauccu ggaaggacug aggaagggag gccugggggc cggcuggugg 1020 gugggauaga ccugcguucc ggacacugag cgccugauuu agggcccuuc ucuaggaugc 1080 cccagccccu acccuaagac cuauugccgg ggaggauucc acacuuccgc uccuuugggg 1140 auaaaccuau uaauuauugc uacuaucaag agggcugggc auucucugcu gguaauuccu 1200 gaagaggcau gacugcuuuu cucagcccca agccucuagu cugggugugu acggaggguc 1260 uagccugggu guguacggag ggucuagccu gggugaguac ggagggucua gccuggguga 1320 guacggaggg ucuagccugg gugaguacgg agggucuagc cugggugugu auggaggauc 1380 uagccugggu gaguauggag ggucuagccu gggugaguau ggagggucua gccugggugu 1440 guauggaggg ucuagccugg gugaguaugg agggucuagc cugggugugu auggaggguc 1500 uagccugggu gaguauggag ggucuagccu ggguguguac ggagggucua gucugagugc 1560 guguggggac cucagaacac ugugaccuua gcccagcaag ccaggcccuu caugaaggcc 1620 aagaaggcug ccaccauucc cugccagccc aagaacucca gcuuccccac ugccucugug 1680 ugccccuuug cguccuguga aggccauuga gaaaugccca gugugccccc ugggaaaggg 1740 cacggccugu gcuccugaca cgggcugugc uuggccacag aaccacccag cgucuccccu 1800 gcugcugucc acgucaguuc augaggcaac gucgcguggu cucagacgug gagcagccag 1860 cggcagcuca gagcagggca cuguguccgg cggagccaag uccacucugg gggagcucug 1920 gcggggacca cgggccacug cucacccacu ggccccgagg gggguguaga cgccaagacu 1980 cacgcaugug ugacauccgg aguccuggag ccgggugucc caguggcacc acuaggugcc 2040 ugcugccucc acaguggggu ucacacccag ggcuccuugg ucccccacaa ccugccccgg 2100 ccaggccugc agacccagac uccagccaga ccugccucac ccaccaaugc agccggggcu 2160 ggcgacacca gccaggugcu ggucuugggc caguucuccc acgacggcuc acccuccccu 2220 ccaucugcgu ugaugcucag aaucgccuac cugugccugc guguaaacca cagccucaga 2280 ccagcuaugg ggagaggaca acacggagga uauccagcuu ccccggucug gggugaggaa 2340 uguggggagc uugggcaucc uccuccagcc uccuccagcc cccaggcagu gccuuaccug 2400 uggugcccag aaaagugccc cuagguuggu gggucuacag gagccucagc caggcagccc 2460 accccacccu ggggcccugc cucaccaagg aaauaaagac ucaagccauu uaaaaaaaaa 2520 aaaaa 2525 <210> 24 <211> 263 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 24 Met Arg Pro Gly Ala Pro Gly Pro Leu Trp Pro Leu Pro Trp Gly Ala 1 5 10 15 Leu Ala Trp Ala Val Gly Phe Val Ser Ser Met Gly Ser Gly Asn Pro 20 25 30 Ala Pro Gly Gly Val Cys Trp Leu Gln Gln Gly Gln Glu Ala Thr Cys 35 40 45 Ser Leu Val Leu Gln Thr Asp Val Thr Arg Ala Glu Cys Cys Ala Ser 50 55 60 Gly Asn Ile Asp Thr Ala Trp Ser Asn Leu Thr His Pro Gly Asn Lys 65 70 75 80 Ile Asn Leu Leu Gly Phe Leu Gly Leu Val His Cys Leu Pro Cys Lys 85 90 95 Asp Ser Cys Asp Gly Val Glu Cys Gly Pro Gly Lys Ala Cys Arg Met 100 105 110 Leu Gly Gly Arg Pro Arg Cys Glu Cys Ala Pro Asp Cys Ser Gly Leu 115 120 125 Pro Ala Arg Leu Gln Val Cys Gly Ser Asp Gly Ala Thr Tyr Arg Asp 130 135 140 Glu Cys Glu Leu Arg Ala Ala Arg Cys Arg Gly His Pro Asp Leu Ser 145 150 155 160 Val Met Tyr Arg Gly Arg Cys Arg Lys Ser Cys Glu His Val Val Cys 165 170 175 Pro Arg Pro Gln Ser Cys Val Val Asp Gln Thr Gly Ser Ala His Cys 180 185 190 Val Val Cys Arg Ala Ala Pro Cys Pro Val Pro Ser Ser Pro Gly Gln 195 200 205 Glu Leu Cys Gly Asn Asn Asn Val Thr Tyr Ile Ser Ser Cys His Met 210 215 220 Arg Gln Ala Thr Cys Phe Leu Gly Arg Ser Ile Gly Val Arg His Ala 225 230 235 240 Gly Ser Cys Ala Gly Thr Pro Glu Glu Pro Pro Gly Gly Glu Ser Ala 245 250 255 Glu Glu Glu Glu Asn Phe Val 260 <210> 25 <211> 914 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 25 gcauggggag gggcggcccu caaacggguc auugccauua auagagaccu caaacaccgc 60 cugcuaaaaa uacccgacug gaggagcaua aaagcgcagc cgagcccagc gccccgcacu 120 uuucugagca gacguccaga gcagagucag ccagcaugac cgagcgccgc guccccuucu 180 cgcuccugcg gggccccagc ugggaccccu uccgcgacug guacccgcau agccgccucu 240 ucgaccaggc cuucgggcug ccccggcugc cggaggagug gucgcagugg uuaggcggca 300 gcagcuggcc aggcuacgug cgcccccugc cccccgccgc caucgagagc cccgcagugg 360 ccgcgcccgc cuacagccgc gcgcucagcc ggcaacucag cagcgggguc ucggagaucc 420 ggcacacugc ggaccgcugg cgcguguccc uggaugucaa ccacuucgcc ccggacgagc 480 ugacggucaa gaccaaggau ggcguggugg agaucaccgg caagcacgag gagcggcagg 540 acgagcaugg cuacaucucc cggugcuuca cgcggaaaua cacgcugccc cccggugugg 600 accccaccca aguuuccucc ucccuguccc cugagggcac acugaccgug gaggccccca 660 ugcccaagcu agccacgcag uccaacgaga ucaccauccc agucaccuuc gagucgcggg 720 cccagcuugg gggcccagaa gcugcaaaau ccgaugagac ugccgccaag uaaagccuua 780 gcccggaugc ccaccccugc ugccgccacu ggcugugccu cccccgccac cuguguguuc 840 uuuugauaca uuuaucuucu guuuuucuca aauaaaguuc aaagcaacca ccugucaaaa 900 aaaaaaaaaa aaaa 914 <210> 26 <211> 205 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 26 Met Thr Glu Arg Arg Val Pro Phe Ser Leu Leu Arg Gly Pro Ser Trp 1 5 10 15 Asp Pro Phe Arg Asp Trp Tyr Pro His Ser Arg Leu Phe Asp Gln Ala 20 25 30 Phe Gly Leu Pro Arg Leu Pro Glu Glu Trp Ser Gln Trp Leu Gly Gly 35 40 45 Ser Ser Trp Pro Gly Tyr Val Arg Pro Leu Pro Pro Ala Ala Ile Glu 50 55 60 Ser Pro Ala Val Ala Ala Pro Ala Tyr Ser Arg Ala Leu Ser Arg Gln 65 70 75 80 Leu Ser Ser Gly Val Ser Glu Ile Arg His Thr Ala Asp Arg Trp Arg 85 90 95 Val Ser Leu Asp Val Asn His Phe Ala Pro Asp Glu Leu Thr Val Lys 100 105 110 Thr Lys Asp Gly Val Val Glu Ile Thr Gly Lys His Glu Glu Arg Gln 115 120 125 Asp Glu His Gly Tyr Ile Ser Arg Cys Phe Thr Arg Lys Tyr Thr Leu 130 135 140 Pro Pro Gly Val Asp Pro Thr Gln Val Ser Ser Ser Leu Ser Pro Glu 145 150 155 160 Gly Thr Leu Thr Val Glu Ala Pro Met Pro Lys Leu Ala Thr Gln Ser 165 170 175 Asn Glu Ile Thr Ile Pro Val Thr Phe Glu Ser Arg Ala Gln Leu Gly 180 185 190 Gly Pro Glu Ala Ala Lys Ser Asp Glu Thr Ala Ala Lys 195 200 205 <210> 27 <211> 2638 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 27 agaugcgagc acugcggcug ggcgcugagg aucagccgcu uccugccugg auuccacagc 60 uucgcgccgu guacugucgc cccaucccug cgcgcccagc cugccaagca gcgugccccg 120 guugcaggcg ucaugcagcg ggcgcgaccc acgcucuggg ccgcugcgcu gacucugcug 180 gugcugcucc gcgggccgcc gguggcgcgg gcuggcgcga gcucggcggg cuuggguccc 240 guggugcgcu gcgagccgug cgacgcgcgu gcacuggccc agugcgcgcc uccgcccgcc 300 gugugcgcgg agcuggugcg cgagccgggc ugcggcugcu gccugacgug cgcacugagc 360 gagggccagc cgugcggcau cuacaccgag cgcuguggcu ccggccuucg cugccagccg 420 ucgcccgacg aggcgcgacc gcugcaggcg cugcuggacg gccgcgggcu cugcgucaac 480 gcuagugccg ucagccgccu gcgcgccuac cugcugccag cgccgccagc uccaggugag 540 ccgcccgcgc caggaaaugc uagugagucg gaggaagacc gcagcgccgg caguguggag 600 agcccguccg ucuccagcac gcaccgggug ucugauccca aguuccaccc ccuccauuca 660 aagauaauca ucaucaagaa agggcaugcu aaagacagcc agcgcuacaa aguugacuac 720 gagucucaga gcacagauac ccagaacuuc uccuccgagu ccaagcggga gacagaauau 780 ggucccugcc guagagaaau ggaagacaca cugaaucacc ugaaguuccu caaugugcug 840 agucccaggg guguacacau ucccaacugu gacaagaagg gauuuuauaa gaaaaagcag 900 ugucgcccuu ccaaaggcag gaagcggggc uucugcuggu guguggauaa guaugggcag 960 ccucucccag gcuacaccac caaggggaag gaggacgugc acugcuacag caugcagagc 1020 aaguagacgc cugccgcaag guuaaugugg agcucaaaua ugccuuauuu ugcacaaaag 1080 acugccaagg acaugaccag cagcuggcua cagccucgau uuauauuucu guuuguggug 1140 aacugauuuu uuuuaaacca aaguuuagaa agagguuuuu gaaaugccua ugguuucuuu 1200 gaaugguaaa cuugagcauc uuuucacuuu ccaguaguca gcaaagagca guuugaauuu 1260 ucuugucgcu uccuaucaaa auauucagag acucgagcac agcacccaga cuucaugcgc 1320 ccguggaaug cucaccacau guuggucgaa gcggccgacc acugacuuug ugacuuaggc 1380 ggcuguguug ccuauguaga gaacacgcuu cacccccacu ccccguacag ugcgcacagg 1440 cuuuaucgag aauaggaaaa ccuuuaaacc ccggucaucc ggacauccca acgcaugcuc 1500 cuggagcuca cagccuucug uggugucauu ucugaaacaa gggcguggau cccucaacca 1560 agaagaaugu uuaugucuuc aagugaccug uacugcuugg ggacuauugg agaaaauaag 1620 guggaguccu acuuguuuaa aaaauaugua ucuaagaaug uucuagggca cucugggaac 1680 cuauaaaggc agguauuucg ggcccuccuc uucaggaauc uuccugaaga cauggcccag 1740 ucgaaggccc aggauggcuu uugcugcggc cccguggggu aggagggaca gagagacagg 1800 gagagucagc cuccacauuc agaggcauca caaguaaugg cacaauucuu cggaugacug 1860 cagaaaauag uguuuuguag uucaacaacu caagacgaag cuuauuucug aggauaagcu 1920 cuuuaaaggc aaagcuuuau uuucaucucu caucuuuugu ccuccuuagc acaauguaaa 1980 aaagaauagu aauaucagaa caggaaggag gaauggcuug cuggggagcc cauccaggac 2040 acugggagca cauagagauu cacccauguu uguugaacuu agagucauuc ucaugcuuuu 2100 cuuuauaauu cacacauaua ugcagagaag auauguucuu guuaacauug uauacaacau 2160 agccccaaau auaguaagau cuauacuaga uaauccuaga ugaaauguua gagaugcuau 2220 augauacaac uguggccaug acugaggaaa ggagcucacg cccagagacu gggcugcucu 2280 cccggaggcc aaacccaaga aggucuggca aagucaggcu cagggagacu cugcccugcu 2340 gcagaccucg guguggacac acgcugcaua gagcucuccu ugaaaacaga ggggucucaa 2400 gacauucugc cuaccuauua gcuuuucuuu auuuuuuuaa cuuuuugggg ggaaaaguau 2460 uuuugagaag uuugucuugc aauguauuua uaaauaguaa auaaaguuuu uaccauuaaa 2520 aaaauaucuu ucccuuuguu auugaccauc ucugggcuuu guaucacuaa uuauuuuauu 2580 uuauuauaua auaauuauuu uauuauaaua aaauccugaa aggggaaaau aaaaaaaa 2638 <210> 28 <211> 291 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 28 Met Gln Arg Ala Arg Pro Thr Leu Trp Ala Ala Ala Leu Thr Leu Leu 1 5 10 15 Val Leu Leu Arg Gly Pro Pro Val Ala Arg Ala Gly Ala Ser Ser Ala 20 25 30 Gly Leu Gly Pro Val Val Arg Cys Glu Pro Cys Asp Ala Arg Ala Leu 35 40 45 Ala Gln Cys Ala Pro Pro Pro Ala Val Cys Ala Glu Leu Val Arg Glu 50 55 60 Pro Gly Cys Gly Cys Cys Leu Thr Cys Ala Leu Ser Glu Gly Gln Pro 65 70 75 80 Cys Gly Ile Tyr Thr Glu Arg Cys Gly Ser Gly Leu Arg Cys Gln Pro 85 90 95 Ser Pro Asp Glu Ala Arg Pro Leu Gln Ala Leu Leu Asp Gly Arg Gly 100 105 110 Leu Cys Val Asn Ala Ser Ala Val Ser Arg Leu Arg Ala Tyr Leu Leu 115 120 125 Pro Ala Pro Pro Ala Pro Gly Asn Ala Ser Glu Ser Glu Glu Asp Arg 130 135 140 Ser Ala Gly Ser Val Glu Ser Pro Ser Val Ser Ser Thr His Arg Val 145 150 155 160 Ser Asp Pro Lys Phe His Pro Leu His Ser Lys Ile Ile Ile Ile Lys 165 170 175 Lys Gly His Ala Lys Asp Ser Gln Arg Tyr Lys Val Asp Tyr Glu Ser 180 185 190 Gln Ser Thr Asp Thr Gln Asn Phe Ser Ser Glu Ser Lys Arg Glu Thr 195 200 205 Glu Tyr Gly Pro Cys Arg Arg Glu Met Glu Asp Thr Leu Asn His Leu 210 215 220 Lys Phe Leu Asn Val Leu Ser Pro Arg Gly Val His Ile Pro Asn Cys 225 230 235 240 Asp Lys Lys Gly Phe Tyr Lys Lys Lys Gln Cys Arg Pro Ser Lys Gly 245 250 255 Arg Lys Arg Gly Phe Cys Trp Cys Val Asp Lys Tyr Gly Gln Pro Leu 260 265 270 Pro Gly Tyr Thr Thr Lys Gly Lys Glu Asp Val His Cys Tyr Ser Met 275 280 285 Gln Ser Lys 290 <210> 29 <211> 2211 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 29 agucaccgac cugcggcucc ggggccgcga gggaggaggc gcggggggcg cgaggcgggg 60 gcgagcgcuu gggacucggc ccggcucccg gcuccggggg uucucguggc cgcggcagcg 120 cggucucugc ggaggcggcg ggggcgcggc cagccggacc ucuuccuuuc cagagcggcc 180 cgcggcgccc guuccgcggg aggcgggcgg gaggcggacg cggccuaacc ucgacgucga 240 cuaccgcgcc gcccgcgaug ggaagcgccu uauaaagccg cgcccggccg gcccgagcca 300 cucgccgccg cgccgccccg cugccccgaa cgcgggccau acgcagccuc cuuggaguga 360 cgggccgacc ccggacgacc ccggccacgg acagacccgg gacgaccccg gccggggcgc 420 gccuccugcg ggcgggcggg cggcggggcu ggggagcccu uggcgggggc augcgugcga 480 cauggccucg gcgguguuug agggcacguc gcucgugaac auguucgugc gcggcugcug 540 ggugaacggc auccgcaggc ucaucgucag ccggcgcggc gacgaagagg aguucuucga 600 gauccgcacg gaguggucgg accgcagcgu gcucuaccug caccgcagcc uggcggaccu 660 gggccgccug uggcagcgcc ugcgcgacgc cuuucccgag gaccgguccg aacuggcgca 720 ggggccgcug cggcaaggac ugguugccau aaaggaagcc cacgacauag agaccaggcu 780 uaaugaggug gagaagcugc ugaagacgau cauaagcaug cccuguaaau auucuagauc 840 ggaaguugug cucaccuucu ucgaaagauc uccucuggau cagguguuaa aaaaugauaa 900 ugugcauaaa auucaaccca gcuuucaaag uccagucaaa auaucagaaa ucaugagguc 960 caauggauuu uguuuagcaa auaccgaaac aauaguuauu gaccacagua uaccaaaugg 1020 aagagaccag cagcugggcg uggacccaac agagcauuua uuugagaaug gcagugaguu 1080 ucccucagag cuggaggacg gggacgaccc agcagccuac gucaccaacc ugucauauua 1140 ccaccugguc cccuucgaga cagacauuug ggacugaacc ucucuaucag gccucccccg 1200 ccucagcugu ucacugccag cucugaugcu guccacugug cuggccccca uggucacagc 1260 ugcugcccca gcucuggaac ucccagacgu cccaggcccc acugacgcca ggaggccugg 1320 guguccugca aguggagcag caggggcucc uagugggcca ggcugaccgc agagucucca 1380 gcaagcugag gucacagccg gaggccacag ggccuguguu cugagggucu ucacucccug 1440 cuuggugccc acagggcugc gcacugccag ggcagggaca guuccugugg ggcucgcucu 1500 cacugcuacu gcuuccuggg aggugcaucc cucuugguga aguggccuag ugccccccag 1560 ccacccugac uccccaccau ucccucccac ggcaaacgca caaaacgucu ugagggagau 1620 uuugacaagu cacccauucc aggugccaca ggcaggggau guuuaguaau ccaggauuuc 1680 ucugagaacu gggauaugug gccuuuuuuu uuuucuuuuu aucuuuuauc uggaaacugg 1740 guuuggguca accccaggag uauuugcaga aggcccagca cagugggggg uauuggcugc 1800 agggcaggga aggcauugcc gacuagauaa ccgugugagc uuggacugag cguugguggu 1860 ucuucccaaa ggaaaggaau uucuucccgg ccugccaggu cucugggccu ucagcgcggg 1920 uccuggugcu gcggccacac cacccugggg ugcucauuga cagagcugcc auaaugaacu 1980 ugaaaggacg ggaaucacga gggaagcugg ggcuccccug cccacaggag aggauccccg 2040 uucuucaagc uucucugcuc agugucuacu aacgaccgac auuugcuaau guaaauaaua 2100 guaaauuauu gagaauucua auucuuuuac acagucuguu uuuaaucuau uuuaauuaaa 2160 uaaaaucuau gacucuacuu ugaucugucc aggaaaaaaa aaaaaaaaaa a 2211 <210> 30 <211> 231 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 30 Met Ala Ser Ala Val Phe Glu Gly Thr Ser Leu Val Asn Met Phe Val 1 5 10 15 Arg Gly Cys Trp Val Asn Gly Ile Arg Arg Leu Ile Val Ser Arg Arg 20 25 30 Gly Asp Glu Glu Glu Phe Phe Glu Ile Arg Thr Glu Trp Ser Asp Arg 35 40 45 Ser Val Leu Tyr Leu His Arg Ser Leu Ala Asp Leu Gly Arg Leu Trp 50 55 60 Gln Arg Leu Arg Asp Ala Phe Pro Glu Asp Arg Ser Glu Leu Ala Gln 65 70 75 80 Gly Pro Leu Arg Gln Gly Leu Val Ala Ile Lys Glu Ala His Asp Ile 85 90 95 Glu Thr Arg Leu Asn Glu Val Glu Lys Leu Leu Lys Thr Ile Ile Ser 100 105 110 Met Pro Cys Lys Tyr Ser Arg Ser Glu Val Val Leu Thr Phe Phe Glu 115 120 125 Arg Ser Pro Leu Asp Gln Val Leu Lys Asn Asp Asn Val His Lys Ile 130 135 140 Gln Pro Ser Phe Gln Ser Pro Val Lys Ile Ser Glu Ile Met Arg Ser 145 150 155 160 Asn Gly Phe Cys Leu Ala Asn Thr Glu Thr Ile Val Ile Asp His Ser 165 170 175 Ile Pro Asn Gly Arg Asp Gln Gln Leu Gly Val Asp Pro Thr Glu His 180 185 190 Leu Phe Glu Asn Gly Ser Glu Phe Pro Ser Glu Leu Glu Asp Gly Asp 195 200 205 Asp Pro Ala Ala Tyr Val Thr Asn Leu Ser Tyr Tyr His Leu Val Pro 210 215 220 Phe Glu Thr Asp Ile Trp Asp 225 230 <210> 31 <211> 3389 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 31 cagucucggc ugauugccgc ugucgcuccc ggggccacgg gaugacgccu ccuccgcccg 60 gacgugccgc ccccagcgca ccgcgcgccc gcgucccugg cccgccggcu cgguuggggc 120 uuccgcugcg gcugcggcug cugcugcugc ucugggcggc cgccgccucc gcccagggcc 180 accuaaggag cggaccccgc aucuucgccg ucuggaaagg ccauguaggg caggaccggg 240 uggacuuugg ccagacugag ccgcacacgg ugcuuuucca cgagccaggc agcuccucug 300 uguggguggg aggacguggc aaggucuacc ucuuugacuu ccccgagggc aagaacgcau 360 cugugcgcac ggugaauauc ggcuccacaa agggguccug ucuggauaag cgggacugcg 420 agaacuacau cacucuccug gagaggcgga gugaggggcu gcuggccugu ggcaccaacg 480 cccggcaccc cagcugcugg aaccugguga auggcacugu ggugccacuu ggcgagauga 540 gaggcuacgc ccccuucagc ccggacgaga acucccuggu ucuguuugaa ggggacgagg 600 uguauuccac cauccggaag caggaauaca augggaagau cccucgguuc cgccgcaucc 660 ggggcgagag ugagcuguac accagugaua cugucaugca gaacccacag uucaucaaag 720 ccaccaucgu gcaccaagac caggcuuacg augacaagau cuacuacuuc uuccgagagg 780 acaauccuga caagaauccu gaggcuccuc ucaauguguc ccguguggcc caguugugca 840 ggggggacca ggguggggaa aguucacugu cagucuccaa guggaacacu uuucugaaag 900 ccaugcuggu augcagugau gcugccacca acaagaacuu caacaggcug caagacgucu 960 uccugcuccc ugaccccagc ggccagugga gggacaccag ggucuauggu guuuucucca 1020 accccuggaa cuacucagcc gucugugugu auucccucgg ugacauugac aaggucuucc 1080 guaccuccuc acucaagggc uaccacucaa gccuucccaa cccgcggccu ggcaagugcc 1140 ucccagacca gcagccgaua cccacagaga ccuuccaggu ggcugaccgu cacccagagg 1200 uggcgcagag gguggagccc auggggccuc ugaagacgcc auuguuccac ucuaaauacc 1260 acuaccagaa aguggccguc caccgcaugc aagccagcca cggggagacc uuucaugugc 1320 uuuaccuaac uacagacagg ggcacuaucc acaagguggu ggaaccgggg gagcaggagc 1380 acagcuucgc cuucaacauc auggagaucc agcccuuccg ccgcgcggcu gccauccaga 1440 ccaugucgcu ggaugcugag cggaggaagc uguaugugag cucccagugg gaggugagcc 1500 aggugccccu ggaccugugu gaggucuaug gcgggggcug ccacgguugc cucauguccc 1560 gagaccccua cugcggcugg gaccaaggcc gcugcaucuc caucuacagc uccgaacggu 1620 cagugcugca auccauuaau ccagccgagc cacacaagga gugucccaac cccaaaccag 1680 acaaggcccc acugcagaag guuucccugg ccccaaacuc ucgcuacuac cugagcugcc 1740 ccauggaauc ccgccacgcc accuacucau ggcgccacaa ggagaacgug gagcagagcu 1800 gcgaaccugg ucaccagagc cccaacugca uccuguucau cgagaaccuc acggcgcagc 1860 aguacggcca cuacuucugc gaggcccagg agggcuccua cuuccgcgag gcucagcacu 1920 ggcagcugcu gcccgaggac ggcaucaugg ccgagcaccu gcugggucau gccugugccc 1980 uggccgccuc ccucuggcug ggggugcugc ccacacucac ucuuggcuug cugguccacu 2040 agggccuccc gaggcugggc augccucagg cuucugcagc ccagggcacu agaacgucuc 2100 acacucagag ccggcuggcc cgggagcucc uugccugcca cuucuuccag gggacagaau 2160 aacccagugg aggaugccag gccuggagac guccagccgc aggcggcugc ugggccccag 2220 guggcgcacg gauggugagg ggcugagaau gagggcaccg acugugaagc uggggcaucg 2280 augacccaag acuuuaucuu cuggaaaaua uuuuucagac uccucaaacu ugacuaaaug 2340 cagcgaugcu cccagcccaa gagcccaugg gucggggagu ggguuuggau aggagagcug 2400 ggacuccauc ucgacccugg ggcugaggcc ugaguccuuc uggacucuug guacccacau 2460 ugccuccuuc cccucccucu cucauggcug gguggcuggu guuccugaag acccagggcu 2520 acccucuguc cagcccuguc cucugcagcu cccucucugg uccugggucc cacaggacag 2580 ccgccuugca uguuuauuga aggauguuug cuuuccggac ggaaggacgg aaaaagcucu 2640 auuuuuaugu uaggcuuauu ucauguauag cuacuuccga cugcaucugu augaaaauac 2700 caaaacuaca ugcggggggg ugggugggaa agggaggggc ugggaaggga uggguugggg 2760 agcgggggug aucccagucu gaggcucccg gggaugagau aagagucugg agacgggcau 2820 ggguucuugg agaguggcau gagcuggcuc ugcccuggga gcccggucug agggggacgu 2880 uguuggagcc ccuaguguug ggggugguua ugggaggggg uggggugagg gaaacgggag 2940 aaugaaggag aaaacugagc ccuaguuuca ccguguucau uuggaaggac gagccggguc 3000 cucaggggga gguuccagga cucugcccuu ggcguugagg guuggggggc ggggggccuc 3060 cucccuuccu cucagccccc uuccccaggg gcugugcuuc caugcuccua gccucccacc 3120 uucgcucagg acauguuaua acuuaggcua aacugugaaa auuccggugg ggauggccug 3180 ggccgagcuc uccaggcagg cggcccugcc cccagcccug uccauccauu ucagggggga 3240 gcugggcccu ucuccggcug ugucuggcca cccagggcag uggcuggggc caguggccuu 3300 ccagcuuugg ccccugcacc ucuucucaau gcacuuuaau aauguaacau auuacuaaua 3360 aacaagcuau uuauuuaccu gcaaaaaaa 3389 <210> 32 <211> 666 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 32 Met Thr Pro Pro Pro Pro Gly Arg Ala Ala Pro Ser Ala Pro Arg Ala 1 5 10 15 Arg Val Pro Gly Pro Pro Ala Arg Leu Gly Leu Pro Leu Arg Leu Arg 20 25 30 Leu Leu Leu Leu Leu Trp Ala Ala Ala Ala Ser Ala Gln Gly His Leu 35 40 45 Arg Ser Gly Pro Arg Ile Phe Ala Val Trp Lys Gly His Val Gly Gln 50 55 60 Asp Arg Val Asp Phe Gly Gln Thr Glu Pro His Thr Val Leu Phe His 65 70 75 80 Glu Pro Gly Ser Ser Ser Val Trp Val Gly Gly Arg Gly Lys Val Tyr 85 90 95 Leu Phe Asp Phe Pro Glu Gly Lys Asn Ala Ser Val Arg Thr Val Asn 100 105 110 Ile Gly Ser Thr Lys Gly Ser Cys Leu Asp Lys Arg Asp Cys Glu Asn 115 120 125 Tyr Ile Thr Leu Leu Glu Arg Arg Ser Glu Gly Leu Leu Ala Cys Gly 130 135 140 Thr Asn Ala Arg His Pro Ser Cys Trp Asn Leu Val Asn Gly Thr Val 145 150 155 160 Val Pro Leu Gly Glu Met Arg Gly Tyr Ala Pro Phe Ser Pro Asp Glu 165 170 175 Asn Ser Leu Val Leu Phe Glu Gly Asp Glu Val Tyr Ser Thr Ile Arg 180 185 190 Lys Gln Glu Tyr Asn Gly Lys Ile Pro Arg Phe Arg Arg Ile Arg Gly 195 200 205 Glu Ser Glu Leu Tyr Thr Ser Asp Thr Val Met Gln Asn Pro Gln Phe 210 215 220 Ile Lys Ala Thr Ile Val His Gln Asp Gln Ala Tyr Asp Asp Lys Ile 225 230 235 240 Tyr Tyr Phe Phe Arg Glu Asp Asn Pro Asp Lys Asn Pro Glu Ala Pro 245 250 255 Leu Asn Val Ser Arg Val Ala Gln Leu Cys Arg Gly Asp Gln Gly Gly 260 265 270 Glu Ser Ser Leu Ser Val Ser Lys Trp Asn Thr Phe Leu Lys Ala Met 275 280 285 Leu Val Cys Ser Asp Ala Ala Thr Asn Lys Asn Phe Asn Arg Leu Gln 290 295 300 Asp Val Phe Leu Leu Pro Asp Pro Ser Gly Gln Trp Arg Asp Thr Arg 305 310 315 320 Val Tyr Gly Val Phe Ser Asn Pro Trp Asn Tyr Ser Ala Val Cys Val 325 330 335 Tyr Ser Leu Gly Asp Ile Asp Lys Val Phe Arg Thr Ser Ser Leu Lys 340 345 350 Gly Tyr His Ser Ser Leu Pro Asn Pro Arg Pro Gly Lys Cys Leu Pro 355 360 365 Asp Gln Gln Pro Ile Pro Thr Glu Thr Phe Gln Val Ala Asp Arg His 370 375 380 Pro Glu Val Ala Gln Arg Val Glu Pro Met Gly Pro Leu Lys Thr Pro 385 390 395 400 Leu Phe His Ser Lys Tyr His Tyr Gln Lys Val Ala Val His Arg Met 405 410 415 Gln Ala Ser His Gly Glu Thr Phe His Val Leu Tyr Leu Thr Thr Asp 420 425 430 Arg Gly Thr Ile His Lys Val Val Glu Pro Gly Glu Gln Glu His Ser 435 440 445 Phe Ala Phe Asn Ile Met Glu Ile Gln Pro Phe Arg Arg Ala Ala Ala 450 455 460 Ile Gln Thr Met Ser Leu Asp Ala Glu Arg Arg Lys Leu Tyr Val Ser 465 470 475 480 Ser Gln Trp Glu Val Ser Gln Val Pro Leu Asp Leu Cys Glu Val Tyr 485 490 495 Gly Gly Gly Cys His Gly Cys Leu Met Ser Arg Asp Pro Tyr Cys Gly 500 505 510 Trp Asp Gln Gly Arg Cys Ile Ser Ile Tyr Ser Ser Glu Arg Ser Val 515 520 525 Leu Gln Ser Ile Asn Pro Ala Glu Pro His Lys Glu Cys Pro Asn Pro 530 535 540 Lys Pro Asp Lys Ala Pro Leu Gln Lys Val Ser Leu Ala Pro Asn Ser 545 550 555 560 Arg Tyr Tyr Leu Ser Cys Pro Met Glu Ser Arg His Ala Thr Tyr Ser 565 570 575 Trp Arg His Lys Glu Asn Val Glu Gln Ser Cys Glu Pro Gly His Gln 580 585 590 Ser Pro Asn Cys Ile Leu Phe Ile Glu Asn Leu Thr Ala Gln Gln Tyr 595 600 605 Gly His Tyr Phe Cys Glu Ala Gln Glu Gly Ser Tyr Phe Arg Glu Ala 610 615 620 Gln His Trp Gln Leu Leu Pro Glu Asp Gly Ile Met Ala Glu His Leu 625 630 635 640 Leu Gly His Ala Cys Ala Leu Ala Ala Ser Leu Trp Leu Gly Val Leu 645 650 655 Pro Thr Leu Thr Leu Gly Leu Leu Val His 660 665 <210> 33 <211> 11264 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 33 ccgggagucc gggcagcguu cggcgcgccg ggccggggug gcgggcggcc ccgggacccc 60 ggcagcugga gaaggagccg gagcccggcc gggaugagaa ggugacgccg ccgggggcgc 120 cacucgcuuu gugggggaag augcucgccu acugcgugca ggaugccacc gugguggacg 180 uggagaagcg gaggaacccc uccaagcacu acguauacau aaucaaugug accuggucug 240 acuccaccuc ccagacuauc uaccggaggu acagcaaguu cuuugaccug cagaugcagc 300 uuuuggauaa guuucccauu gaagguggcc agaaggaccc caagcaaagg aucauccccu 360 uccucccagg caagauccuc uuccgcagaa gccacauccg ggacguagcu gugaagagac 420 ugaagcccau cgaugaauac ugccgggcac uuguccggcu gcccccccac aucucacagu 480 gugacgaagu cuuccgguuc uucgaggcuc gacccgagga ugucaacccu ccaaaagagg 540 acuauggcag uuccaagagg aaaucagugu ggcuguccag cugggcugag ucgcccaaga 600 aggacgugac aggugccgac gccaccgccg agcccaugau ccuggaacag uacguggugg 660 uguccaacua uaagaagcag gagaacucgg agcugagccu ccaggccggg gagguggugg 720 augucaucga gaagaacgag agcggcuggu gguucgugag cacuucugag gagcagggcu 780 gggucccugc caccuaccug gaggcccaga augguacucg ggaugacucc gacaucaaca 840 ccucuaagac uggagaagag gagaaguaug ucaccgugca gccuuacacc agccaaagca 900 aggacgagau uggcuuugag aagggcguca caguggaggu gauccggaag aaucuggaag 960 gcugguggua uaucagauac cugggcaaag agggcugggc gccagcaucc uaccugaaga 1020 aggccaagga ugaccugcca acccggaaga agaaccuggc cggcccagug gagaucauug 1080 ggaacaucau ggagaucagc aaccugcuga acaagaaggc gucuggggac aaggaaacuc 1140 caccagccga aggcgagggc caugaggccc ccauugccaa gaaggagauc agccugccca 1200 uccucugcaa ugccuccaau ggcagugccg ugggcguucc ugacaggacu gucuccaggc 1260 uggcccaggg cucuccagcu guggccagga uugccccuca gcgggcccag aucagcuccc 1320 cgaaccuacg gacaagaccu ccaccacgca gagaauccag ccugggguuc caacugccaa 1380 agccaccaga gcccccuucu guugaggugg aguacuacac cauugccgaa uuccagucgu 1440 gcauuuccga uggcaucagc uuucggggug gacagaaggc agaggucauu gauaagaacu 1500 cagguggcug gugguacgug cagaucggug agaaggaggg cugggccccc gcaucauaca 1560 ucgauaagcg caagaagccc aaccugagcc gccgcacaag cacgcugacc cggcccaagg 1620 ugcccccgcc agcacccccc agcaagccca aggaggccga ggagggcccu acgggggcca 1680 gugagagcca ggacuccccg cggaagcuca aguaugagga gccugaguau gacaucccug 1740 cauucggcuu ugacucagag ccugagcuga gcgaggagcc cguggaggac agagccucag 1800 gggagaggcg gccugcccag ccccaccggc ccucgccggc cucuucucug cagcgggccc 1860 gcuucaaggu gggugagucu ucagaggaug uggcccugga agaggagacc aucuaugaga 1920 augagggcuu ccggccauau gcagaggaca cccugucagc cagaggcucc uccggggaca 1980 gcgacucccc aggcagcucc ucgcuguccc ugaccaggaa aaacuccccc aaaucaggcu 2040 cccccaaguc aucaucacuc cuaaagcuca aggcagagaa gaaugcccag gcagaaaugg 2100 ggaagaacca cuccucagcc uccuuuuccu cauccaucac caucaacacc acuugcugcu 2160 ccuccucuuc cuccuccucc ucuuccuugu ccaaaaccag uggcgaccug aagccccgcu 2220 cugcuucgga cgcaggcauc cgcggcacuc ccaaggucag ggcaaagaag gaugcugaug 2280 cgaacgcugg gcugaccucc uguccccggg ccaagccauc gguccggccc aagccauucc 2340 uaaaccgagc agagucgcag agccaagaga agauggacau cagcacuuua cggcgccagc 2400 ugagacccac aggccagcuc cguggagggc ucaagggcuc caagagugag gauucggagc 2460 ugcccccgca gacggccucc gaggcuccca gugagggguc uaggagaagc ucauccgacc 2520 ucaucacccu cccagccacc acucccccau gucccaccaa gaaggaaugg gaagggccag 2580 ccaccucgua caugacaugc agcgccuacc agaaggucca ggacucggag aucagcuucc 2640 ccgcgggcgu ggaggugcag gugcuggaga agcaggagag cggguggugg uaugugaggu 2700 uuggggagcu ggagggcugg gccccuuccc acuauuuggu gcuggaugag aacgagcaac 2760 cugaccccuc uggcaaagag cuggacacag ugcccgccaa gggcaggcag aacgaaggca 2820 aaucagacag ccuggagaag aucgagaggc gcguccaagc acugaacacc gucaaccaga 2880 gcaagaaggc cacgcccccc auccccucca aaccucccgg gggcuucggc aagaccucag 2940 gcacuccagc ggugaagaug aggaacggag ugcggcaggu ggcggucagg ccccagucgg 3000 uguuuguguc cccgccaccc aaggacaaca accuguccug cgcccugcgg aggaaugagu 3060 cacucacggc cacugauggc cuccgaggcg uccgacggaa cuccuccuuu agcacugcuc 3120 gcuccgcugc cgccgaggcc aagggccgcc uggccgaacg ggcugccagc caggguucag 3180 acucaccccu acugcccgcc cagcgcaaca gcauacccgu guccccugug cgccccaagc 3240 ccaucgagaa gucucaguuc auccacaaua accucaaaga uguguacguc ucuaucgcag 3300 acuacgaggg ggaugaggag acagcaggcu uccaggaggg gguguccaug gagguucugg 3360 agaggaaccc uaauggcugg ugguacugcc agauccugga uggugugaag cccuucaaag 3420 gcugggugcc uuccaacuac cuugagaaaa agaacuagca gagggccugg gcucuuccag 3480 ccucagugug ccucucuggc cgcccacugg augagcggug agacgaacaa aagggaaagg 3540 aaaaaauggg gguggggggu ggggggugga caacauucaa cacugcagaa ugggugaccu 3600 caaagaugcc cccuguccaa gccaucccac agcuggaagg uaggggaugg gggugcccac 3660 acugagugag gaagggaaug gaccagggag ucccaggccu gggacccaga gccaagaaag 3720 cugagauauc cugugcacca uagggacuuc accaauggau uacaugccau cugggacagg 3780 ccauguggga gaccccaguu gugccuuugc uacagaucug gaaaagacaa ggucaugggg 3840 gccuccagug uccugccccu gcuuggccca guuuugauug cuggcaucuu gccaccccag 3900 guaucccugg uauuguccua agcuguauuu gugaauugug cugguuuccu gggcauugcc 3960 acgccuacca caggugggua cauuagaagc caccacuggc uuucaggcuu gggggugucu 4020 ucugagcuca agccugcuuc ugggccaggc cauugucacu guuaguugaa gaaaaagcag 4080 uucccaggug ccagcaaaga ccaucuuuca uaacugucac ugucuuggcc uugagaagag 4140 agcccgcucu ccguggggca ccccauggag gacacaguac cagaguuuac agagagggug 4200 ggcgaagcca ccggucucuu ccuaaucugc acagacuauu uuggguauuu cugggcgggc 4260 aguuccuuug cauguuucgg gagagguuug uugauuuggg gcuuauaugu caggccuuug 4320 guuugcgucu uauuuuaggg guuguuuggg ggccugggug gucggccuca caugggaagg 4380 ggauggguag uggauggggu uucuguugua ucuugugggc gggugauuuu gcuuuuguuu 4440 uuguuucaca uucuuccccc uccacaagcc aaagucguuu cauuugguuu ccacugugug 4500 gacugugcug gagcuuggcg ccugccagaa aaauuugggg cuaggcaagc cccagguugc 4560 agacauggug aagcagagaa acuguucuuc ugguuccugc acaaccucag aggggcaaaa 4620 acccucccca ggaaggagga ggguguucag gagccagacu uuuggagaga aggcagcucc 4680 cagccugcug ggugaccgcc auucugcgug uguuccccag cugggcaggg cuggaagccu 4740 uacguaugaa gcauggagaa gcagccauug uccccacuau gggcagaggg gggacccggc 4800 uggccccuug ggucagacug gagccaacac cgccagccac ccccucuggc cugcuggcaa 4860 ugccacaggu gcccaagaag auggaggauc ccugugccag gagccaaccu ggucuucccg 4920 agggucagug ccccagugaa gacagaagcg agagaauaaa guucccugua gguccucugu 4980 caccuuuggg uuguguuuuu caauuguuga cauuucagag gggacccucc agaagcccag 5040 ccggcuuccc ccaaggacuc ccccuucgcu gggaguggau uuccacacgu gccuuugauu 5100 ucggacagau ugggccucac agccaccgau ucagcugcca gggucccugg acuggggguu 5160 gguguuuucu auagaggagg aaaggcccuc ccucacccug cuccccaccc aggcagggca 5220 gcaugggacc cagugucuca gugccuucaa aacccacccc caccccuacc cuaccccacc 5280 acaccccauc ccagaggccu ugccugggca acccuaagcc ccugucccuc gccauacacu 5340 gaugccuggc agcuagagca aauggcucgu guucuuuguc gaaggccugu ggugagauug 5400 uuuuguuucc uuuuguuuug ugaguuuguu uaaaauugaa auuaguuauu uucuucugcu 5460 ggacaguauu aaauagagca ggauguugag uuaaucugcu agauugcagu acuaauggua 5520 gugguuuagu gucuucaugu uaauauuauu uguacuuauu ugaacaauaa ugauaaagaa 5580 gugguucauu auuuuuuaau uaaugcacuu uaaauaaggu agaauggaaa aaacccagag 5640 agcaaagugc auuacuuaaa gaugcaguau auacuuuucu cauuuuuaaa cagcacauau 5700 uuauuaagag aaaaaaagua auuuaugacu auuuaaaaua aaauuuaaaa guagagugac 5760 ugucagguaa agaaccuuca auguagcuau cuuccagggg gagggcccug cagccucgcu 5820 ccucagaugu cugcacugag ccaguucagu cacuagugcg ccagccaggc caggagggag 5880 ugcagagcau gucugccaag cacagagcau cucaguugga cuggaccaca gugcucccga 5940 gagccugccu uuccugcccu uccccaccac cugcacugcc ccccacauuc ucccagcccc 6000 ccccaaggac ccccucuccu ugacccccag ugcuguaagu aauagaguca uuaaaaugca 6060 ggacugaaag agaccucaga ggucucuauc ccaucccuuc cuguuacugc ggcccaagga 6120 caggaaacaa cuuuuccaaa aucccacagc uaguuaauga cagaucuccc cacuacauua 6180 aucccgugcu ccuccucacu gccauuauag uuuauugugu ggucauguuu acauugugac 6240 auccagcccc aaggauggcu gggaguugcu caggcaucca ggaaaagugg ggaaugcugc 6300 caucugguga cagcauguag auuugggcag ugaacaggga uugccaugcc ccagucuucg 6360 caccucgccc ccucaccccc uaacucacag cacaaacccu gcaaacccaa agagaauauu 6420 aauacuugaa gcaagaaggg ugcaugccag uccuucuccg acauggccag gggguaccag 6480 gccuugugcg ccuggccucc uagcccuagc cagggcgaga gggccuuucc cuugagcuac 6540 ugagcugcuu ugugaugcug aaggauacug ccggcagcag gcagaggagg gagggggccu 6600 agggcucuga cccaucugga ggaaaaccag aucggacuaa aaaaggaaaa agaaaaacaa 6660 aaucuccgca guguccaaac cuaguuuccc augaguugcg acugaaaaug ugaaacgaca 6720 cuguauugcu guauacugca acuuuaacca uaaugagccc uucugagguc auuauugagg 6780 uucauauaau gcccgaagau gcagcauuug gugcuuuguu uuccuuuccg uuucaagacc 6840 uuuuucuuuu auugcaaggg gaaaaaaaug ucaucucccc ccaccucauc ccucuuugug 6900 acagcagacc uggcuguguu gccccucucc uccucacuau ucucaccagg ccaugggacu 6960 uugggggcag ugagagagag cuggaaaggg gcaacccuga gcagcaggug ugccccaugc 7020 ccuguggguu uccccuaugu ccaaugacug uagacgggcu gucuugccag gccucagccc 7080 cgucuacccu aagccuggcc ccaaagguuu cucuuucuuc cuccuugauu uuccaucuug 7140 acgaaggcau uauauagaau cauuuuaauc acuuucagau guuagagcag cguauuuuac 7200 aggcauuuau auccauugcu uuccucagca aggcauguua cuacuuuuau caucuaagga 7260 aaaaagacaa gggaauucca gucaggcauu auuuuccuau uacuaguguu ugcagaauag 7320 guguaggacu auuuaaguuu agaccuuggu uugguaguuc uuguuuuuaa uaaggggaaa 7380 aagauaaaau aaccccuauu uuuccuguua uuguauuuaa cuaauauauu auuucuuuaa 7440 gguuacucac uuccccuacc ccuccaaaua ccuugcauuc ucaaucaaaa auggaaacaa 7500 ucugagagac aggaaaagug caauauuacc aagauggaug ccagggcuca uuggggacaa 7560 uggagggaau accaguggcg cucagagagc aagaggcagg gagcggggug cugaaggaau 7620 ccuagcugug gaacaggugg guggguuggu ggaguuugau cuuguggcgu ucuccucucc 7680 cccuucuuug ggaagaugau aggggucccu gccagaucca cccagaagaa agggauucag 7740 gcauggggcc cuugaccucu aggccccagu cccuggagca gaggcaggcc cucgggagcu 7800 guuccuuguu uugauuucug uuguggugca gccagcugcu cagagagacc uggccuaaaa 7860 augacuccca gcagcccucu cucaccccag uguccugaua uuugggcugu gauccuucug 7920 guguauguuu gaaucuuucu aaaacugggu gcccucaguu caguuucuag gcaggaagcc 7980 uagaagucac cagaucuuuu ugggggaugu gagaaccuug agccgcgcac acccugguga 8040 gacaccaauu cccacaagcc ugcagcaggg ccuggggcug agccugggcu gcccauucau 8100 cucagcgacu ucagccugag aagugagccc ugccugggcu ccacacccag agaguccaua 8160 caaauucugc uccgggaaga gucggggggu cuauucaagu uucucugcag acaaaacuuc 8220 ccacaacagg uaccaaucug gccuccuucc ucagcaccgg uagagaaagc aacagaaugg 8280 gaaguuuccu cuggguugga gccucagagc ucugccccuc aaggugacag ggacgucccu 8340 guggcuuguu cccuccaccu ccaguacugu augcuugcua cuucaacccc cuauuuggug 8400 aauuucugca cagacacaga ucucugugcc uggaauggga cugugcccug ugcgggucuc 8460 ucccuuggcg uauauccauc uagauauuua gucuuugaga aucucaaagc agagcucucu 8520 gggaagagaa cuguccacau ugcuaaauaa uuaagauucc cucacuuuuu ugagggccau 8580 guguugugag agagagagag agagagagag ugugugugug ugugugugug uguguguguc 8640 uguguaugca aguguuggua acuucccacu ugaacuaaau aacauggggu uagagaaaaa 8700 aaaauaccag gcaagcuguc uccauugaac aaguccuugg caaugggcag gucccaaggg 8760 acucacagcu ucuggcagca agugugucau ucacacacau cauucuggcu ggagagugca 8820 augugucauu uuuuuuucuu uuuguaauua uuuuauuaag uauuuaguug gaaauuucac 8880 acuggcauua acaggucuag cauaaguggc cuaggcaguc aucccaggcu ccaaaaugaa 8940 gaugugcaaa agagaugcca cugggaauag aaacacugag uugguucagu uaggucaucc 9000 ccugcagacg ugucaucgag caggcugacu cccaccccuc agccaugcca uggguaugag 9060 aagccccuua uaaugaaagc ugccagcccu uucguccuug uuucagaggg ugggucaggu 9120 gguuggggug agaacuugcu cacggugcac ccaacaagac cugcaggugc auauaaguuu 9180 agucccaacu gcagggccag accaaacacu uccugggaag uguguggagg gcugugcuag 9240 accuuccuga guuucuggcu aaaucaucag cccuguuugg ugcagucuca ugucucugug 9300 guucccaagc ugcaugauca gagccaguga gaagacagga ucagugaccc acagcuuugg 9360 ggaaaaacag ccccacuguu aacuucccuc cugcaaaccu ggguccccag gccauaaggu 9420 gggcacacug gugcuuacag acugggugga gagcccuacc uuccaagguc uugaucccag 9480 ccugccuaua agguugggau uagcaugcaa ucccccuucc ccaauccugu cuuuuuaaaa 9540 ucucaaguuu gcacuuaacc uugacaacag cacccucucc uacuccaguc cuagaacuca 9600 guggccuuag agaauggggu ccccugcacu gaaggucccc gccuugcucc caguuccauc 9660 cuggccaaua ggcugcgccu caagagguga aagagaaaaa agggagggag ggaggaagaa 9720 uuauuuagaa caaaaggaug gcucgagcac guuagaggca agugagaggc acguugguga 9780 gaagagcaug ugcauguuug ggguagcugg ggccuacugu cccuucauua gggaaggagg 9840 cuuccagaag cggaugucuu cuagaaagaa aaauugugug aaggcugaaa aggggcuugg 9900 aguuuugucu uuguugauua gaaagaagga agaagucagc ucugaguguu ucaggaagaa 9960 gagagcaggu agaaagggaa uuuagugauu uaacacccaa ggguccagcc auagcagguu 10020 ggaaaauccu ccaaauuugg ccacagaaac uggcuaggaa aaaacugcca cucauugggc 10080 cacacgcugg guccccauca guucucaaug aauggucauu gauuuacuua gcagagagaa 10140 gucaccagcc acaaaccaau cuuugaguuu gcaggcccug auuccagaau auaugcaucc 10200 agcucccggg uucucagcug guuuugccca cuucccuuug acuguccaau ccaaagccag 10260 ucucucaagu uguauggcuc aaagagcagu gaccacaaug ggucauacag uagggaccca 10320 ccuccacaaa uuagaaccag aguucagacu ccauugggca caucugggag gaaggcaacc 10380 uccuuugucg ucuuguuggu accagucauu cucaaguauc ucugacaccu guggugguuc 10440 aguuugcuga gccugccacc ugguaugaau uagacugggu gugaugaaca uucauccaug 10500 gauauacccu accauuuugc guugccuuau aaccaaggca cacuccccau aagaguuuac 10560 ugcagagaaa gaacagcaaa acagccaccc uccuugaauu uacaacucau uaucugcaac 10620 agguuuucuu uaaauccaag acacaggaug ggaaaugggu uuccccacca gguacucaga 10680 ggucugcagg aagugacucc cgggcaaggc agacuucagu aaucccugaa gcgugagcau 10740 guggacugca uggcugggug gggacuggug gaugucucug gagcuccaga accuuggaga 10800 auuccucaug gaauuccccu cccagcucuu agugggcucu guggggucag gaggagcccu 10860 uccuccaggu uuuccuucuu uccuccucag cagagaaacu ggagaaagga cauuaaacuc 10920 agugcagucg auuugagugc ugaaauauuu ccagaaucaa ugguggugcu aaacuaucuc 10980 cauguuucua gcauuuuuaa uaguggaguu gguuuguuuu uaaucucauc acaaaaaugc 11040 agugcccuug gggaagggac cagccccuug gccugccacu uuccaggugu ccuuuaucac 11100 uuugacggga cucuuugguc ugcagaaaau gcucugucuu ggcaugcuuc uagacuguaa 11160 gauuuggguu uuguuuugua uuuuauguuu acaugcaucu uauauuuccc ugaaaacuaa 11220 auaaaguuuu gggccuuuuu aaccgaaaaa aaaaaaaaaa aaaa 11264 <210> 34 <211> 1133 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 34 Met Leu Ala Tyr Cys Val Gln Asp Ala Thr Val Val Asp Val Glu Lys 1 5 10 15 Arg Arg Asn Pro Ser Lys His Tyr Val Tyr Ile Ile Asn Val Thr Trp 20 25 30 Ser Asp Ser Thr Ser Gln Thr Ile Tyr Arg Arg Tyr Ser Lys Phe Phe 35 40 45 Asp Leu Gln Met Gln Leu Leu Asp Lys Phe Pro Ile Glu Gly Gly Gln 50 55 60 Lys Asp Pro Lys Gln Arg Ile Ile Pro Phe Leu Pro Gly Lys Ile Leu 65 70 75 80 Phe Arg Arg Ser His Ile Arg Asp Val Ala Val Lys Arg Leu Lys Pro 85 90 95 Ile Asp Glu Tyr Cys Arg Ala Leu Val Arg Leu Pro Pro His Ile Ser 100 105 110 Gln Cys Asp Glu Val Phe Arg Phe Phe Glu Ala Arg Pro Glu Asp Val 115 120 125 Asn Pro Pro Lys Glu Asp Tyr Gly Ser Ser Lys Arg Lys Ser Val Trp 130 135 140 Leu Ser Ser Trp Ala Glu Ser Pro Lys Lys Asp Val Thr Gly Ala Asp 145 150 155 160 Ala Thr Ala Glu Pro Met Ile Leu Glu Gln Tyr Val Val Val Ser Asn 165 170 175 Tyr Lys Lys Gln Glu Asn Ser Glu Leu Ser Leu Gln Ala Gly Glu Val 180 185 190 Val Asp Val Ile Glu Lys Asn Glu Ser Gly Trp Trp Phe Val Ser Thr 195 200 205 Ser Glu Glu Gln Gly Trp Val Pro Ala Thr Tyr Leu Glu Ala Gln Asn 210 215 220 Gly Thr Arg Asp Asp Ser Asp Ile Asn Thr Ser Lys Thr Gly Glu Val 225 230 235 240 Ser Lys Arg Arg Lys Ala His Leu Arg Arg Leu Asp Arg Arg Trp Thr 245 250 255 Leu Gly Gly Met Val Asn Arg Gln His Ser Arg Glu Glu Lys Tyr Val 260 265 270 Thr Val Gln Pro Tyr Thr Ser Gln Ser Lys Asp Glu Ile Gly Phe Glu 275 280 285 Lys Gly Val Thr Val Glu Val Ile Arg Lys Asn Leu Glu Gly Trp Trp 290 295 300 Tyr Ile Arg Tyr Leu Gly Lys Glu Gly Trp Ala Pro Ala Ser Tyr Leu 305 310 315 320 Lys Lys Ala Lys Asp Asp Leu Pro Thr Arg Lys Lys Asn Leu Ala Gly 325 330 335 Pro Val Glu Ile Ile Gly Asn Ile Met Glu Ile Ser Asn Leu Leu Asn 340 345 350 Lys Lys Ala Ser Gly Asp Lys Glu Thr Pro Pro Ala Glu Gly Glu Gly 355 360 365 His Glu Ala Pro Ile Ala Lys Lys Glu Ile Ser Leu Pro Ile Leu Cys 370 375 380 Asn Ala Ser Asn Gly Ser Ala Val Gly Val Pro Asp Arg Thr Val Ser 385 390 395 400 Arg Leu Ala Gln Gly Ser Pro Ala Val Ala Arg Ile Ala Pro Gln Arg 405 410 415 Ala Gln Ile Ser Ser Pro Asn Leu Arg Thr Arg Pro Pro Pro Arg Arg 420 425 430 Glu Ser Ser Leu Gly Phe Gln Leu Pro Lys Pro Pro Glu Pro Pro Ser 435 440 445 Val Glu Val Glu Tyr Tyr Thr Ile Ala Glu Phe Gln Ser Cys Ile Ser 450 455 460 Asp Gly Ile Ser Phe Arg Gly Gly Gln Lys Ala Glu Val Ile Asp Lys 465 470 475 480 Asn Ser Gly Gly Trp Trp Tyr Val Gln Ile Gly Glu Lys Glu Gly Trp 485 490 495 Ala Pro Ala Ser Tyr Ile Asp Lys Arg Lys Lys Pro Asn Leu Ser Arg 500 505 510 Arg Thr Ser Thr Leu Thr Arg Pro Lys Val Pro Pro Pro Ala Pro Pro 515 520 525 Ser Lys Pro Lys Glu Ala Glu Glu Gly Pro Thr Gly Ala Ser Glu Ser 530 535 540 Gln Asp Ser Pro Arg Lys Leu Lys Tyr Glu Glu Pro Glu Tyr Asp Ile 545 550 555 560 Pro Ala Phe Gly Phe Asp Ser Glu Pro Glu Leu Ser Glu Glu Pro Val 565 570 575 Glu Asp Arg Ala Ser Gly Glu Arg Arg Pro Ala Gln Pro His Arg Pro 580 585 590 Ser Pro Ala Ser Ser Leu Gln Arg Ala Arg Phe Lys Val Gly Glu Ser 595 600 605 Ser Glu Asp Val Ala Leu Glu Glu Glu Thr Ile Tyr Glu Asn Glu Gly 610 615 620 Phe Arg Pro Tyr Ala Glu Asp Thr Leu Ser Ala Arg Gly Ser Ser Gly 625 630 635 640 Asp Ser Asp Ser Pro Gly Ser Ser Ser Leu Ser Leu Thr Arg Lys Asn 645 650 655 Ser Pro Lys Ser Gly Ser Pro Lys Ser Ser Ser Leu Leu Lys Leu Lys 660 665 670 Ala Glu Lys Asn Ala Gln Ala Glu Met Gly Lys Asn His Ser Ser Ala 675 680 685 Ser Phe Ser Ser Ser Ile Thr Ile Asn Thr Thr Cys Cys Ser Ser Ser 690 695 700 Ser Ser Ser Ser Ser Ser Leu Ser Lys Thr Ser Gly Asp Leu Lys Pro 705 710 715 720 Arg Ser Ala Ser Asp Ala Gly Ile Arg Gly Thr Pro Lys Val Arg Ala 725 730 735 Lys Lys Asp Ala Asp Ala Asn Ala Gly Leu Thr Ser Cys Pro Arg Ala 740 745 750 Lys Pro Ser Val Arg Pro Lys Pro Phe Leu Asn Arg Ala Glu Ser Gln 755 760 765 Ser Gln Glu Lys Met Asp Ile Ser Thr Leu Arg Arg Gln Leu Arg Pro 770 775 780 Thr Gly Gln Leu Arg Gly Gly Leu Lys Gly Ser Lys Ser Glu Asp Ser 785 790 795 800 Glu Leu Pro Pro Gln Thr Ala Ser Glu Ala Pro Ser Glu Gly Ser Arg 805 810 815 Arg Ser Ser Ser Asp Leu Ile Thr Leu Pro Ala Thr Thr Pro Pro Cys 820 825 830 Pro Thr Lys Lys Glu Trp Glu Gly Pro Ala Thr Ser Tyr Met Thr Cys 835 840 845 Ser Ala Tyr Gln Lys Val Gln Asp Ser Glu Ile Ser Phe Pro Ala Gly 850 855 860 Val Glu Val Gln Val Leu Glu Lys Gln Glu Ser Gly Trp Trp Tyr Val 865 870 875 880 Arg Phe Gly Glu Leu Glu Gly Trp Ala Pro Ser His Tyr Leu Val Leu 885 890 895 Asp Glu Asn Glu Gln Pro Asp Pro Ser Gly Lys Glu Leu Asp Thr Val 900 905 910 Pro Ala Lys Gly Arg Gln Asn Glu Gly Lys Ser Asp Ser Leu Glu Lys 915 920 925 Ile Glu Arg Arg Val Gln Ala Leu Asn Thr Val Asn Gln Ser Lys Lys 930 935 940 Ala Thr Pro Pro Ile Pro Ser Lys Pro Pro Gly Gly Phe Gly Lys Thr 945 950 955 960 Ser Gly Thr Pro Ala Val Lys Met Arg Asn Gly Val Arg Gln Val Ala 965 970 975 Val Arg Pro Gln Ser Val Phe Val Ser Pro Pro Pro Lys Asp Asn Asn 980 985 990 Leu Ser Cys Ala Leu Arg Arg Asn Glu Ser Leu Thr Ala Thr Asp Gly 995 1000 1005 Leu Arg Gly Val Arg Arg Asn Ser Ser Phe Ser Thr Ala Arg Ser 1010 1015 1020 Ala Ala Ala Glu Ala Lys Gly Arg Leu Ala Glu Arg Ala Ala Ser 1025 1030 1035 Gln Gly Ser Asp Ser Pro Leu Leu Pro Ala Gln Arg Asn Ser Ile 1040 1045 1050 Pro Val Ser Pro Val Arg Pro Lys Pro Ile Glu Lys Ser Gln Phe 1055 1060 1065 Ile His Asn Asn Leu Lys Asp Val Tyr Val Ser Ile Ala Asp Tyr 1070 1075 1080 Glu Gly Asp Glu Glu Thr Ala Gly Phe Gln Glu Gly Val Ser Met 1085 1090 1095 Glu Val Leu Glu Arg Asn Pro Asn Gly Trp Trp Tyr Cys Gln Ile 1100 1105 1110 Leu Asp Gly Val Lys Pro Phe Lys Gly Trp Val Pro Ser Asn Tyr 1115 1120 1125 Leu Glu Lys Lys Asn 1130 <210> 35 <211> 1574 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 35 ucaccacggc ggcagcccuu uaaaccccuc acccagccag cgccccaucc ugucuguccg 60 aacccagaca caagucuuca cuccuuccug cgagcccuga ggaagccuug ugagugcauu 120 ggcuggggcu uggagggaag uugggcugga gcuggacagg agcagugggu gcauuucagg 180 caggcucucc ugagguccca ggcgccagcu ccagcucccu ggcuagggaa acccacccuc 240 ucagucagca ugggggccca agcuccaggc agggugggcu ggaucacuag cguccuggau 300 cucucucaga cugggcagcc ccgggcucau ugaaaugccc cggaugacuu ggcuagugca 360 gaggaauuga uggaaaccac cggggugaga gggaggcucc ccaucucagc cagccacauc 420 cacaaggugu guguaagggu gcaggcgccg gccgguuagg ccaaggcucu acugucuguu 480 gccccuccag gagaacuucc aaggagcuuu ccccagacau ggccaacaag gguccuuccu 540 auggcaugag ccgcgaagug caguccaaaa ucgagaagaa guaugacgag gagcuggagg 600 agcggcuggu ggaguggauc auagugcagu guggcccuga ugugggccgc ccagaccgug 660 ggcgcuuggg cuuccagguc uggcugaaga auggcgugau ucugagcaag cuggugaaca 720 gccuguaccc ugauggcucc aagccgguga aggugcccga gaacccaccc uccauggucu 780 ucaagcagau ggagcaggug gcucaguucc ugaaggcggc ugaggacuau ggggucauca 840 agacugacau guuccagacu guugaccucu uugaaggcaa agacauggca gcagugcaga 900 ggacccugau ggcuuugggc agcuuggcag ugaccaagaa ugaugggcac uaccguggag 960 aucccaacug guuuaugaag aaagcgcagg agcauaagag ggaauucaca gagagccagc 1020 ugcaggaggg aaagcauguc auuggccuuc agaugggcag caacagaggg gccucccagg 1080 ccggcaugac aggcuacgga cgaccucggc agaucaucag uuagagcgga gagggcuagc 1140 ccugagcccg gcccuccccc agcuccuugg cugcagccau cccgcuuagc cugccucacc 1200 cacacccgug ugguaccuuc agcccuggcc aagcuuugag gcucugucac ugagcaaugg 1260 uaacugcacc ugggcagcuc cucccugugc ccccagccuc agcccaacuu cuuacccgaa 1320 agcaucacug ccuuggcccc ucccucccgg cugcccccau caccucuacu gucuccuccc 1380 ugggcuaagc aggggagaag cgggcugggg guagccugga ugugggccaa guccacuguc 1440 cuccuuggcg gcaaaagccc auugaagaag aaccagccca gccugccccc uaucuugucc 1500 uggaauauuu uugggguugg aacucaaaaa aaaaaaaaaa aaaucaaucu uuucucaaaa 1560 aaaaaaaaaa aaaa 1574 <210> 36 <211> 201 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 36 Met Ala Asn Lys Gly Pro Ser Tyr Gly Met Ser Arg Glu Val Gln Ser 1 5 10 15 Lys Ile Glu Lys Lys Tyr Asp Glu Glu Leu Glu Glu Arg Leu Val Glu 20 25 30 Trp Ile Ile Val Gln Cys Gly Pro Asp Val Gly Arg Pro Asp Arg Gly 35 40 45 Arg Leu Gly Phe Gln Val Trp Leu Lys Asn Gly Val Ile Leu Ser Lys 50 55 60 Leu Val Asn Ser Leu Tyr Pro Asp Gly Ser Lys Pro Val Lys Val Pro 65 70 75 80 Glu Asn Pro Pro Ser Met Val Phe Lys Gln Met Glu Gln Val Ala Gln 85 90 95 Phe Leu Lys Ala Ala Glu Asp Tyr Gly Val Ile Lys Thr Asp Met Phe 100 105 110 Gln Thr Val Asp Leu Phe Glu Gly Lys Asp Met Ala Ala Val Gln Arg 115 120 125 Thr Leu Met Ala Leu Gly Ser Leu Ala Val Thr Lys Asn Asp Gly His 130 135 140 Tyr Arg Gly Asp Pro Asn Trp Phe Met Lys Lys Ala Gln Glu His Lys 145 150 155 160 Arg Glu Phe Thr Glu Ser Gln Leu Gln Glu Gly Lys His Val Ile Gly 165 170 175 Leu Gln Met Gly Ser Asn Arg Gly Ala Ser Gln Ala Gly Met Thr Gly 180 185 190 Tyr Gly Arg Pro Arg Gln Ile Ile Ser 195 200 <210> 37 <211> 2805 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 37 cuccuugcac gggccggccc agcuuccccg ccccuggcgu ccgcucccuc ccgcucgcag 60 cuuacuuaac cuggcccggg cggcggaggc gcucucacuu cccuggagcc gcccgcuugc 120 ccgucggucg cuagcucgcu cggugcgcgu cgucccgcuc cauggcgcuc uucgugcggc 180 ugcuggcucu cgcccuggcu cuggcccugg gccccgccgc gacccuggcg ggucccgcca 240 agucgcccua ccagcuggug cugcagcaca gcaggcuccg gggccgccag cacggcccca 300 acgugugugc ugugcagaag guuauuggca cuaauaggaa guacuucacc aacugcaagc 360 agugguacca aaggaaaauc uguggcaaau caacagucau cagcuacgag ugcuguccug 420 gauaugaaaa ggucccuggg gagaagggcu guccagcagc ccuaccacuc ucaaaccuuu 480 acgagacccu gggagucguu ggauccacca ccacucagcu guacacggac cgcacggaga 540 agcugaggcc ugagauggag gggcccggca gcuucaccau cuucgccccu agcaacgagg 600 ccugggccuc cuugccagcu gaagugcugg acucccuggu cagcaauguc aacauugagc 660 ugcucaaugc ccuccgcuac cauauggugg gcaggcgagu ccugacugau gagcugaaac 720 acggcaugac ccucaccucu auguaccaga auuccaacau ccagauccac cacuauccua 780 augggauugu aacugugaac ugugcccggc ugcugaaagc cgaccaccau gcaaccaacg 840 ggguggugca ccucaucgau aaggucaucu ccaccaucac caacaacauc cagcagauca 900 uugagaucga ggacaccuuu gagacccuuc gggcugcugu ggcugcauca gggcucaaca 960 cgaugcuuga agguaacggc caguacacgc uuuuggcccc gaccaaugag gccuucgaga 1020 agaucccuag ugagacuuug aaccguaucc ugggcgaccc agaagcccug agagaccugc 1080 ugaacaacca caucuugaag ucagcuaugu gugcugaagc caucguugcg gggcugucug 1140 uagagacccu ggagggcacg acacuggagg ugggcugcag cggggacaug cucacuauca 1200 acgggaaggc gaucaucucc aauaaagaca uccuagccac caacggggug auccacuaca 1260 uugaugagcu acucauccca gacucagcca agacacuauu ugaauuggcu gcagagucug 1320 auguguccac agccauugac cuuuucagac aagccggccu cggcaaucau cucucuggaa 1380 gugagcgguu gacccuccug gcuccccuga auucuguauu caaagaugga accccuccaa 1440 uugaugccca uacaaggaau uugcuucgga accacauaau uaaagaccag cuggccucua 1500 aguaucugua ccauggacag acccuggaaa cucugggcgg caaaaaacug agaguuuuug 1560 uuuaucguaa uagccucugc auugagaaca gcugcaucgc ggcccacgac aagaggggga 1620 gguacgggac ccuguucacg auggaccggg ugcugacccc cccaaugggg acugucaugg 1680 auguccugaa gggagacaau cgcuuuagca ugcugguagc ugccauccag ucugcaggac 1740 ugacggagac ccucaaccgg gaaggagucu acacagucuu ugcucccaca aaugaagccu 1800 uccgagcccu gccaccaaga gaacggagca gacucuuggg agaugccaag gaacuugcca 1860 acauccugaa auaccacauu ggugaugaaa uccugguuag cggaggcauc ggggcccugg 1920 ugcggcuaaa gucucuccaa ggugacaagc uggaagucag cuugaaaaac aaugugguga 1980 gugucaacaa ggagccuguu gccgagccug acaucauggc cacaaauggc gugguccaug 2040 ucaucaccaa uguucugcag ccuccagcca acagaccuca ggaaagaggg gaugaacuug 2100 cagacucugc gcuugagauc uucaaacaag caucagcguu uuccagggcu ucccagaggu 2160 cugugcgacu agccccuguc uaucaaaagu uauuagagag gaugaagcau uagcuugaag 2220 cacuacagga ggaaugcacc acggcagcuc uccgccaauu ucucucagau uuccacagag 2280 acuguuugaa uguuuucaaa accaaguauc acacuuuaau guacaugggc cgcaccauaa 2340 ugagauguga gccuugugca ugugggggag gagggagaga gauguacuuu uuaaaucaug 2400 uucccccuaa acauggcugu uaacccacug caugcagaaa cuuggauguc acugccugac 2460 auucacuucc agagaggacc uaucccaaau guggaauuga cugccuaugc caagucccug 2520 gaaaaggagc uucaguauug uggggcucau aaaacaugaa ucaagcaauc cagccucaug 2580 ggaaguccug gcacaguuuu uguaaagccc uugcacagcu ggagaaaugg caucauuaua 2640 agcuaugagu ugaaauguuc ugucaaaugu gucucacauc uacacguggc uuggaggcuu 2700 uuauggggcc cuguccaggu agaaaagaaa ugguauguag agcuuagauu ucccuauugu 2760 gacagagcca ugguguguuu guaauaauaa aaccaaagaa acaua 2805 <210> 38 <211> 683 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 38 Met Ala Leu Phe Val Arg Leu Leu Ala Leu Ala Leu Ala Leu Ala Leu 1 5 10 15 Gly Pro Ala Ala Thr Leu Ala Gly Pro Ala Lys Ser Pro Tyr Gln Leu 20 25 30 Val Leu Gln His Ser Arg Leu Arg Gly Arg Gln His Gly Pro Asn Val 35 40 45 Cys Ala Val Gln Lys Val Ile Gly Thr Asn Arg Lys Tyr Phe Thr Asn 50 55 60 Cys Lys Gln Trp Tyr Gln Arg Lys Ile Cys Gly Lys Ser Thr Val Ile 65 70 75 80 Ser Tyr Glu Cys Cys Pro Gly Tyr Glu Lys Val Pro Gly Glu Lys Gly 85 90 95 Cys Pro Ala Ala Leu Pro Leu Ser Asn Leu Tyr Glu Thr Leu Gly Val 100 105 110 Val Gly Ser Thr Thr Thr Gln Leu Tyr Thr Asp Arg Thr Glu Lys Leu 115 120 125 Arg Pro Glu Met Glu Gly Pro Gly Ser Phe Thr Ile Phe Ala Pro Ser 130 135 140 Asn Glu Ala Trp Ala Ser Leu Pro Ala Glu Val Leu Asp Ser Leu Val 145 150 155 160 Ser Asn Val Asn Ile Glu Leu Leu Asn Ala Leu Arg Tyr His Met Val 165 170 175 Gly Arg Arg Val Leu Thr Asp Glu Leu Lys His Gly Met Thr Leu Thr 180 185 190 Ser Met Tyr Gln Asn Ser Asn Ile Gln Ile His His Tyr Pro Asn Gly 195 200 205 Ile Val Thr Val Asn Cys Ala Arg Leu Leu Lys Ala Asp His His Ala 210 215 220 Thr Asn Gly Val Val His Leu Ile Asp Lys Val Ile Ser Thr Ile Thr 225 230 235 240 Asn Asn Ile Gln Gln Ile Ile Glu Ile Glu Asp Thr Phe Glu Thr Leu 245 250 255 Arg Ala Ala Val Ala Ala Ser Gly Leu Asn Thr Met Leu Glu Gly Asn 260 265 270 Gly Gln Tyr Thr Leu Leu Ala Pro Thr Asn Glu Ala Phe Glu Lys Ile 275 280 285 Pro Ser Glu Thr Leu Asn Arg Ile Leu Gly Asp Pro Glu Ala Leu Arg 290 295 300 Asp Leu Leu Asn Asn His Ile Leu Lys Ser Ala Met Cys Ala Glu Ala 305 310 315 320 Ile Val Ala Gly Leu Ser Val Glu Thr Leu Glu Gly Thr Thr Leu Glu 325 330 335 Val Gly Cys Ser Gly Asp Met Leu Thr Ile Asn Gly Lys Ala Ile Ile 340 345 350 Ser Asn Lys Asp Ile Leu Ala Thr Asn Gly Val Ile His Tyr Ile Asp 355 360 365 Glu Leu Leu Ile Pro Asp Ser Ala Lys Thr Leu Phe Glu Leu Ala Ala 370 375 380 Glu Ser Asp Val Ser Thr Ala Ile Asp Leu Phe Arg Gln Ala Gly Leu 385 390 395 400 Gly Asn His Leu Ser Gly Ser Glu Arg Leu Thr Leu Leu Ala Pro Leu 405 410 415 Asn Ser Val Phe Lys Asp Gly Thr Pro Pro Ile Asp Ala His Thr Arg 420 425 430 Asn Leu Leu Arg Asn His Ile Ile Lys Asp Gln Leu Ala Ser Lys Tyr 435 440 445 Leu Tyr His Gly Gln Thr Leu Glu Thr Leu Gly Gly Lys Lys Leu Arg 450 455 460 Val Phe Val Tyr Arg Asn Ser Leu Cys Ile Glu Asn Ser Cys Ile Ala 465 470 475 480 Ala His Asp Lys Arg Gly Arg Tyr Gly Thr Leu Phe Thr Met Asp Arg 485 490 495 Val Leu Thr Pro Pro Met Gly Thr Val Met Asp Val Leu Lys Gly Asp 500 505 510 Asn Arg Phe Ser Met Leu Val Ala Ala Ile Gln Ser Ala Gly Leu Thr 515 520 525 Glu Thr Leu Asn Arg Glu Gly Val Tyr Thr Val Phe Ala Pro Thr Asn 530 535 540 Glu Ala Phe Arg Ala Leu Pro Pro Arg Glu Arg Ser Arg Leu Leu Gly 545 550 555 560 Asp Ala Lys Glu Leu Ala Asn Ile Leu Lys Tyr His Ile Gly Asp Glu 565 570 575 Ile Leu Val Ser Gly Gly Ile Gly Ala Leu Val Arg Leu Lys Ser Leu 580 585 590 Gln Gly Asp Lys Leu Glu Val Ser Leu Lys Asn Asn Val Val Ser Val 595 600 605 Asn Lys Glu Pro Val Ala Glu Pro Asp Ile Met Ala Thr Asn Gly Val 610 615 620 Val His Val Ile Thr Asn Val Leu Gln Pro Pro Ala Asn Arg Pro Gln 625 630 635 640 Glu Arg Gly Asp Glu Leu Ala Asp Ser Ala Leu Glu Ile Phe Lys Gln 645 650 655 Ala Ser Ala Phe Ser Arg Ala Ser Gln Arg Ser Val Arg Leu Ala Pro 660 665 670 Val Tyr Gln Lys Leu Leu Glu Arg Met Lys His 675 680 <210> 39 <211> 10294 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 39 cucaguugcu cccagcagug gcccugggac cagcucugcu ccuugcaccc cgcucccugc 60 cuggacacag gcucacucgc ugccuucuuc ugggggaaac cagcuucuug ccagccacag 120 cugcugccuc cgccacuggc caccgccccu guccugggag ucccuuggcc cagacaccca 180 ccugacuuag uggcuccucu gcaggaaagg uggcugcccc cugcguuccu ccauccaacc 240 augagcuggu gcccaucacc acugagaaug caccaaagaa uguaguggac aagggagaag 300 gagccucccg ggguggaaac acacggaaaa gccucgagga caacggcucc accaggguca 360 ccccgagugu ccagccccac cuccagccca ucagaaacau gagugugagc cggaccaugg 420 aggacagcug ugagcuggac cugguguacg ucacagagag gaucaucgcu gucuccuucc 480 ccagcacagc caaugaggag aacuuccgga gcaaccuccg ugagguggcg cagaugcuca 540 aguccaaaca uggaggcaac uaccugcugu ucaaccucuc ugagcggaga ccugacauca 600 cgaagcucca ugccaaggua cuggaauuug gcuggcccga ccuccacacc ccagcccugg 660 agaagaucug cagcaucugu aaggccaugg acacauggcu caaugcagac ccucacaaug 720 ucguuguucu acacaacaag ggaaaccgag gcaggauagg aguugucauc gcggcuuaca 780 ugcacuacag caacauuucu gccagugcgg accaggcucu ggaccgguuu gcaaugaagc 840 gguucuauga ggauaagauu gugcccauug gccagccauc ccaaagaagg uacgugcauu 900 acuucagugg ccugcucucc ggcuccauca aaaugaacaa caagcccuug uuucugcacc 960 acgugaucau gcacggcauc cccaacuuug agucuaaagg aggaugucgg ccauuucucc 1020 gcaucuacca ggccaugcaa ccuguguaca caucuggcau cuacaacauc ccaggagaca 1080 gccagacuag cgucugcauc accaucgagc caggacugcu cuugaaggga gacaucuugc 1140 ugaagugcua ccacaagaag uuccgaagcc cagcccgaga cgucaucuuc cgugugcagu 1200 uccacaccug ugccauccau gaccuggggg uugucuuugg gaaggaggac cuugaugaug 1260 cuuucaaaga ugaucgauuu ccagaguaug gcaaagugga guuuguauuu ucuuaugggc 1320 cagagaaaau ucaaggcaug gagcaccugg agaacgggcc gagcgugucu guggacuaua 1380 acaccuccga cccccucauc cgcugggacu ccuacgacaa cuucaguggg caucgagaug 1440 acggcaugga ggagguggug ggacacacgc aggggccacu agaugggagc cuguaugcua 1500 aggugaagaa gaaagacucc cugcacggca gcaccggggc uguuaaugcc acacguccua 1560 cacugucggc cacccccaac cacguggaac acacgcuuuc ugugagcagc gacucgggca 1620 acuccacagc cuccaccaag accgacaaga ccgacgagcc uguccccggg gccuccagug 1680 ccacugcugc cuugaguccc caggagaagc gggagcugga ccgccugcug aguggcuuug 1740 gcuuagagcg agagaagcaa ggcgccaugu accacaccca gcaccucagg ucccgcccag 1800 cagggggcuc ggcugugccc uccucuggac gccacguugu cccagcccag guucauguca 1860 augguggggc guuagcaucu gagcgggaga cagacauccu ggacgaugaa uugccaaacc 1920 aggaugguca cagugcgggc agcaugggca cacucucuuc ucuggacggg gucaccaaca 1980 ccagugaggg gggcuaccca gaggcccugu ccccacugac caacggucug gacaaguccu 2040 accccaugga gccuaugguc aauggaggag gcuaccccua cgagucugcc agccgggcgg 2100 ggccugccca ugcuggccac acggccccca ugcggcccuc cuacucugca caggaggguu 2160 uagcuggcua ccagagggag gggccccacc cagccuggcc acagccagug accaccuccc 2220 acuaugccca ugaccccagc gguauguucc gcucucaauc cuuuucggaa gcugaacccc 2280 agcugccccc agcuccgguc cgagggggaa gcagccggga ggcugugcaa aggggacuga 2340 auucguggca gcagcagcag cagcagcagc agcagccucg cccaccucca cgccagcagg 2400 aaagagccca cuuggagagu cuuguagcca gcaggcccag cccucagcca uuggcagaga 2460 cccccauccc cagucucccu gaguucccgc gagcagccuc ccagcaggag auugaacagu 2520 ccaucgaaac acucaauaug cugaugcugg accuggagcc agccuccgcu gcugccccac 2580 uacacaaguc ccagaguguc cccggggccu ggccaggggc uucuccacuc uccucccagc 2640 cccucucugg auccucccgu cagucccauc cacugaccca guccagaucu ggcuauaucc 2700 ccagugggca uucguuggga accccugagc cagccccacg ggccucucug gagucugucc 2760 cuccuggcag gucuuacuca ccuuaugacu aucagccaug uuuggcuggg ccuaaccagg 2820 auuuccauuc aaagagccca gccucuuccu ccuugccugc cuuccuuccg accacccaca 2880 gcccuccagg gccucagcaa cccccagccu cucucccugg ccucacugcu cagccucugc 2940 ucucaccaaa ggaagcgacu ucagaccccu cccggacucc agaggaggag ccauugaauu 3000 uagaagggcu gguggcccac aggguagcag ggguacaggc ucgggagaag cagccugcag 3060 agcccccagc cccucugcgg aggcgggcgg ccagugaugg acaguaugag aaccagucuc 3120 cagaagccac auccccucgu agcccugggg uucgcucccc uguccagugu gucuccccgg 3180 agcuggcucu uaccaucgcu cucaauccug gagggcggcc caaagagccc cauuugcaca 3240 gcuacaagga ggccuucgag gagauggagg gaaccucccc gagcagccca ccacccagug 3300 gggugcgguc ccccccgggu cuggccaaga caccccuguc ugcucugggc cugaaaccuc 3360 acaacccagc ggacauccug uugcacccca caggaguuac cagaagacgg auccagccag 3420 aggaagauga ggggaaggug guggucaggc ugucagaaga gccccggagc uauguggagu 3480 cuguggcacg gacagcggug gcuggacccc gagcucagga cucugagccc aagagcuuua 3540 gugcuccagc cacccaggcc uauggccaug agauaccccu gaggaacggg acccugggug 3600 gcuccuuugu cucccccagc ccccucucca ccagcagccc cauccucagu gcugacagca 3660 cuucaguggg gaguuucccg ucgggagaga gcagugacca ggguccccgg acgcccaccc 3720 agccucuguu ggagucuggc uuccgcucag gcagccuggg acagcccagc ccgucugccc 3780 agagaaacua ccagagcucu ucuccucucc cgacuguggg caguagcuac agcagccccg 3840 acuacucacu ucagcauuuc agcuccucuc cggaaagcca ggcucgagcu caguucagug 3900 uggcuggcgu ccacacggug ccugggagcc cucaggcgcg ccacagaaca gugggcacca 3960 acacuccccc uaguccuggc uucggcuggc gggccaucaa ucccagcaug gcugccccca 4020 gcagucccag uuugagccau caccagauga uggguccacc aggcacuggc uuccauggua 4080 gcacugucuc cagcccccag agcagugcag cgaccacccc ggggagcccc agccuguguc 4140 ggcacccagc aggggucuac cagguuucug gccuccacaa caaaguggcc accaccccgg 4200 ggagucccag ccugggccgg cacccugggg cucaccaagg caaccuggcc uccggucuuc 4260 auagcaaugc aauagccagc ccuggaagcc ccagccuggg ccgucaccuc ggagggucug 4320 gaucuguggu ucccggcagc cccugcuugg accggcaugu ggccuauggu ggcuauucua 4380 ccccggagga ucggagaccc acacuguccc ggcagagcag ugccucuggc uaccaggcuc 4440 cuuccacgcc cuccuucccu gucuccccug ccuacuaccc uggccugagc agcccugcca 4500 ccuccccguc accagacucc gcagccuucc ggcaagggag cccaacacca gccuugccag 4560 agaagcgaag gaugucagug ggagaccggg caggcagccu ccccaacuau gccaccauca 4620 augggaaggu gucuucgccu gucgccagcg gcauguccag ucccaguggg ggcagcaccg 4680 ucuccuucuc ccacacucug cccgacuucu ccaaguacuc caugccagac aacagcccgg 4740 agacgcgggc uaaagugaag uuuguccagg acacuucuaa guauugguac aagccugaga 4800 ucuccaggga gcaggccauc gcgcuccuca aggaccagga gccgggggcc uucaucaucc 4860 gcgacaguca cuccuuccga ggcgcguacg ggcuggccau gaaggugucu ucgccaccuc 4920 caaccaucau gcagcagaau aaaaaaggag acaugaccca ugagcugguc aggcauuuuc 4980 ugauagagac uggccccaga ggagucaagc ucaagggcug ccccaaugag ccaaacuucg 5040 gaucgcuguc ugcccugguc uaccagcacu ccaucauccc auuggcccug ccuugcaagc 5100 uggucauucc aaaccgagac cccacagaug aaucgaaaga uagcuccggc ccugccaacu 5160 caacugcaga ccugcugaaa caaggggcag ccugcaaugu gcucuucguc aacucugugg 5220 acauggaguc acucacuggg ccacaggcca ucucuaaagc cacaucugag acguuggcug 5280 cagaccccac gccagcugcc accaucguuc acuucaaagu cucugcccag ggaaucacuc 5340 ugacugacaa ccagagaaag cucuuuuuca gacgccacua cccucucaac acugucaccu 5400 ucugugaccu ggauccacag gaaagaaagu ggaugaaaac agaggguggu gccccugcua 5460 agcucuucgg cuucguggcc cggaagcagg gcagcaccac ggacaacgcc ugccaccucu 5520 uugcugagcu ugaccccaac cagccggccu cugccaucgu caacuucguc uccaagguca 5580 ugcugaaugc cggccaaaag agaugaaccc ugccccuugc ccagggccag ugccaugggg 5640 aaggggcuug uggggagggg acccaugaau ccugaccacu cuugaaccca gaaggaggac 5700 uuugggccaa uuucggagga gagaagaaag ugcaacgugg ggagagggaa gugaauugca 5760 gaggggaggg ggaaaagaga gagagagaga gagagagaga gagagagaaa gauggaggag 5820 aagaacuugg auuccccugg guagauggaa acugcaaaaa cccaaagccu ccaaaacuaa 5880 ccagguccac cuaacacccc cucccucccc uaagaagaug gauguccuca aaagagaagg 5940 aacaaaccuc cuugggaauc cacauuuuuu gggggaaugg aaaagcucug ucucccuaac 6000 ucaacugcuu ugcaagggga aaucaagcug ggagaaucuu uuucuggcca ccuguggggu 6060 agguugucaa accaaacaga gccaccgugg gacaucaagu ggaagaacuu guuugcuuga 6120 aaguaucuca gacccaaggc accucagguc ucuuugcugu gccuccacua uauugucgug 6180 ugggugugug ucugcaccca cauccucaca cauugaucua gaucugccuu uauccacucg 6240 aauuauaaac agcucggcuu guccuugucc cauguguuug uagacacaca ugcauacugu 6300 ccaaagauua ggguuggugg uggcagugca gcaggggagg gacaaacaac caagcuaugg 6360 gugacagagg cucucuccug gugccugcac cugcacucua gugacccugg gugccgccag 6420 acccuucucu ucuacaaaga ccccagcagg agugggaggg ucugcaaugg caucgcccug 6480 uccugccuug gccagaagcc uggagcuuug guuugaggag guagagauau guguauccau 6540 aggaagagau cugucagaac aggcagcugu ugagcucggg gugucuuccc caaggcaugu 6600 ggcucagcag caagaaaggc aaguugcucc ugcuggggcc cuggacucug ccuuagcucc 6660 caccucucag ccuuguuauu ggguuucaug ccccuggacc agccuuaucu cagaccugcu 6720 uaccugcaug augccuuuuu gggggcuggg gauugagucu ugcugcucug cccagcccug 6780 uucuauucug cagggucccu guguuggaau ucucccuggg gaaccuacuu ucugcucagu 6840 gaggcuccgg ccagaaaccu ggaguccuua uccuccccuc uguaaguguu uuagggucug 6900 gcuuuugcag gcacccucug accucagcag agcuccuggg ccugcugccu gcacaccaca 6960 ucgccuaccu acaaugccaa agccucacug ucacccuuuc ugccuugguu ucccuagcug 7020 agccacgcug cccaugcagc agagggcaga aggcuugcac uugggccaaa gggccuaagg 7080 uccacuggac aguugggaaa acaccugacc accauuuaag gacucuaagc cagaauggaa 7140 aauucaccag gacuccauuc uuaagccuau gcgagucccc uagagagagg cauuguacug 7200 auauauaaau auuauauaau auauacauga gacauacuga cagaaucugu aagcuaauaa 7260 aauguaagaa aagguuaaaa aaagaauagg uaaauugaca agaaguauuu auuguuuuuc 7320 cauauugcuu uauugccuuc cuuggggaua aaccaauucc uauccuuuuu uauaugugua 7380 aguaaagccu gaaguguagg gggccuuugu ucuugaagca gccagggucu ccuugcccug 7440 gccuuggccu ucccuagacu guguggggcu cagcauuggg agggguugca caugucccag 7500 ccuuuggccc ccuuacuuuu cagcaagcca ggggcccagc agucagcucc caggaugugu 7560 ggggagcugu cccugacucu gcaggccuga gcgagugugu gagcaugcgg ggacaugggu 7620 guguauggca cacauaggug cguguguguc uuuuguauuu uuucuccucc aaggagcugu 7680 gucagugugg acguucuguu ucagggaguu ggaaaggagg gugucugcag aagguggaga 7740 gcaggggcag aggccccacu ggccaccccc ugcuucccag agugaaaccu ugugccuggu 7800 gaccaaaguc ccuccaaagu gcucuuccuu cuggguuauu caagccaaau aucuggguuu 7860 cccccucucc ucauucccua gcaaacccca auuaucuucc aagauaggag auauuuccca 7920 uccccuuccu uuguaaauau cucaucuccc acuggagagc ccaggagccu auuccuggca 7980 uggauguucu guccacacuu gaggcugggc gguguaucag acccuucaag cagccuggcu 8040 ggggcccagg acugagucug gggucagcuu ucacggucgc uuuucccuuc cucaccaccc 8100 accacagccc accuugcaug cauggccagc cccuccacuc cagccugagc caugugugcc 8160 ccugcgggag gacccauuca ugccagaaag cugguaacuc ccucccagca ucccugcgga 8220 aggagucagu uucugagagu gugacuuuuc aaggcgaaug auggggaagg guuccccagu 8280 ccccacagug gccccaccuc ugggcccugc accagagccc uucuguguca cggcgggcug 8340 ugcacccaug cacacaccua cgcacacaca acacuccgca cugcaguaua uucuugccaa 8400 agauuuccuu uaaaagcaag cacuuuuacu aauuauuauu uuguaaaugu uuaucuucuu 8460 cugucuucuc ccucccugaa ucuauuuuac uguuguuuau uguugaaucu gugugucagc 8520 caggagagcg cugucuggcc uugaacaugg gcugggaugg gaaagggucu gggagaagau 8580 gggcaacaaa gagccaggga gucauggaca ucgcagcgac gcagacccca gcagguucag 8640 ucccgugcug ccaccagcug uccagcuggg ugucuggagg gaagagggca gaggaggguc 8700 augucccuuc agcuggggga ggggcccagu gagcuccacg uggcuuuuuc ccaaagggag 8760 caagagggaa ggauugggcg agaaaacaau ggagagggga ccugcgaagg aaaacaggga 8820 ggaagugagc gguuugauca gccugcuauc acgguguucu ggcucucuua uuuagccagg 8880 cgcuuaaggg acagauacau cacauccuaa guuugggaaa ggccuuugac ccaugucauc 8940 ugagcgucuc cuccaguagc ucugaaagcu guggacacca auggccagga uuccuucucc 9000 ccugguuuuu gaggaucccu gggucuucug agacuggcca ggagagggau gguggggcca 9060 gugguugugu gaaagcagga ggggcagccc uccuggacaa gugugauccc ccuauaaacg 9120 gcucucagga gguuagugag uaggagauuc ugccuuguuc ugaugagccu gugcaggggc 9180 uccaggggag caugcugucc agggggcaca gaaggguggu gagugugauc aaaucuaguc 9240 ucacucccac uuuuuagucu cacuccuacu uuuguccacc accccugccu ccuggaucuu 9300 cucccacuuu uuuuuucagc uuuaggaccu ggggagaucc ugugagucaa ggcagacacc 9360 caauccugcc cccacacucg ggguccucca agagguuggg gggcagaguc ccagagcagc 9420 ccuuuacccc agguccaggc ccuggaaucc ugagacucgc guuuccuugg ccagugguaa 9480 cacaggacgu gugugcgcau gugcaagugu ggauguaugu gugugcgugu guuuugcuca 9540 uuucuuuagg gaacuuggga gucgggguug gaggugcugg gcaauggaac uucaaauuca 9600 augucgccca gcagugaggg gagucgggag gugaggccug uaggccaacc aauuggugga 9660 gucucagcga uagcccaggu gagaaguggu ucacccagag gggcagggug ggggccucgg 9720 gcagaucugu cccucuuggc accucugucc ucaaaugucc aaaauguugg aggaccucug 9780 uucauauccc acgccugggc ucuugccagc aguggaguua cuguagaggg augucccaag 9840 cuuguuuucc aaucaguguu aagcuguuug aaacucuccu gugucugugu uuuguuugug 9900 cgugugugug agagcacauc agugugugca ggcuguguuu ccccauuucu cuccucccuu 9960 cagacccauc auugagaaca aauguaagaa aucccuuccc accacccucc cugccuccca 10020 ggcccucugc gggggaaaca agaucaccca gcauccuucc ccaccccagc uguguauuua 10080 uauagaugga aauauacuuu auauuuugua ucaucgugcc uauagccgcu gccaccgugu 10140 auaaauccug guguaugcuc cuuauccugg acaugaaugu auuguacacu gacgcguccc 10200 cacuccugua cagcugcuuu guuucuuugc aaugcauugu auggcuuuau aaaugauaaa 10260 guuaaagaaa acucugaaaa aaaaaaaaaa aaaa 10294 <210> 40 <211> 1735 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 40 Met Ser Val Ser Arg Thr Met Glu Asp Ser Cys Glu Leu Asp Leu Val 1 5 10 15 Tyr Val Thr Glu Arg Ile Ile Ala Val Ser Phe Pro Ser Thr Ala Asn 20 25 30 Glu Glu Asn Phe Arg Ser Asn Leu Arg Glu Val Ala Gln Met Leu Lys 35 40 45 Ser Lys His Gly Gly Asn Tyr Leu Leu Phe Asn Leu Ser Glu Arg Arg 50 55 60 Pro Asp Ile Thr Lys Leu His Ala Lys Val Leu Glu Phe Gly Trp Pro 65 70 75 80 Asp Leu His Thr Pro Ala Leu Glu Lys Ile Cys Ser Ile Cys Lys Ala 85 90 95 Met Asp Thr Trp Leu Asn Ala Asp Pro His Asn Val Val Val Leu His 100 105 110 Asn Lys Gly Asn Arg Gly Arg Ile Gly Val Val Ile Ala Ala Tyr Met 115 120 125 His Tyr Ser Asn Ile Ser Ala Ser Ala Asp Gln Ala Leu Asp Arg Phe 130 135 140 Ala Met Lys Arg Phe Tyr Glu Asp Lys Ile Val Pro Ile Gly Gln Pro 145 150 155 160 Ser Gln Arg Arg Tyr Val His Tyr Phe Ser Gly Leu Leu Ser Gly Ser 165 170 175 Ile Lys Met Asn Asn Lys Pro Leu Phe Leu His His Val Ile Met His 180 185 190 Gly Ile Pro Asn Phe Glu Ser Lys Gly Gly Cys Arg Pro Phe Leu Arg 195 200 205 Ile Tyr Gln Ala Met Gln Pro Val Tyr Thr Ser Gly Ile Tyr Asn Ile 210 215 220 Pro Gly Asp Ser Gln Thr Ser Val Cys Ile Thr Ile Glu Pro Gly Leu 225 230 235 240 Leu Leu Lys Gly Asp Ile Leu Leu Lys Cys Tyr His Lys Lys Phe Arg 245 250 255 Ser Pro Ala Arg Asp Val Ile Phe Arg Val Gln Phe His Thr Cys Ala 260 265 270 Ile His Asp Leu Gly Val Val Phe Gly Lys Glu Asp Leu Asp Asp Ala 275 280 285 Phe Lys Asp Asp Arg Phe Pro Glu Tyr Gly Lys Val Glu Phe Val Phe 290 295 300 Ser Tyr Gly Pro Glu Lys Ile Gln Gly Met Glu His Leu Glu Asn Gly 305 310 315 320 Pro Ser Val Ser Val Asp Tyr Asn Thr Ser Asp Pro Leu Ile Arg Trp 325 330 335 Asp Ser Tyr Asp Asn Phe Ser Gly His Arg Asp Asp Gly Met Glu Glu 340 345 350 Val Val Gly His Thr Gln Gly Pro Leu Asp Gly Ser Leu Tyr Ala Lys 355 360 365 Val Lys Lys Lys Asp Ser Leu His Gly Ser Thr Gly Ala Val Asn Ala 370 375 380 Thr Arg Pro Thr Leu Ser Ala Thr Pro Asn His Val Glu His Thr Leu 385 390 395 400 Ser Val Ser Ser Asp Ser Gly Asn Ser Thr Ala Ser Thr Lys Thr Asp 405 410 415 Lys Thr Asp Glu Pro Val Pro Gly Ala Ser Ser Ala Thr Ala Ala Leu 420 425 430 Ser Pro Gln Glu Lys Arg Glu Leu Asp Arg Leu Leu Ser Gly Phe Gly 435 440 445 Leu Glu Arg Glu Lys Gln Gly Ala Met Tyr His Thr Gln His Leu Arg 450 455 460 Ser Arg Pro Ala Gly Gly Ser Ala Val Pro Ser Ser Gly Arg His Val 465 470 475 480 Val Pro Ala Gln Val His Val Asn Gly Gly Ala Leu Ala Ser Glu Arg 485 490 495 Glu Thr Asp Ile Leu Asp Asp Glu Leu Pro Asn Gln Asp Gly His Ser 500 505 510 Ala Gly Ser Met Gly Thr Leu Ser Ser Leu Asp Gly Val Thr Asn Thr 515 520 525 Ser Glu Gly Gly Tyr Pro Glu Ala Leu Ser Pro Leu Thr Asn Gly Leu 530 535 540 Asp Lys Ser Tyr Pro Met Glu Pro Met Val Asn Gly Gly Gly Tyr Pro 545 550 555 560 Tyr Glu Ser Ala Ser Arg Ala Gly Pro Ala His Ala Gly His Thr Ala 565 570 575 Pro Met Arg Pro Ser Tyr Ser Ala Gln Glu Gly Leu Ala Gly Tyr Gln 580 585 590 Arg Glu Gly Pro His Pro Ala Trp Pro Gln Pro Val Thr Thr Ser His 595 600 605 Tyr Ala His Asp Pro Ser Gly Met Phe Arg Ser Gln Ser Phe Ser Glu 610 615 620 Ala Glu Pro Gln Leu Pro Pro Ala Pro Val Arg Gly Gly Ser Ser Arg 625 630 635 640 Glu Ala Val Gln Arg Gly Leu Asn Ser Trp Gln Gln Gln Gln Gln Gln 645 650 655 Gln Gln Gln Pro Arg Pro Pro Pro Arg Gln Gln Glu Arg Ala His Leu 660 665 670 Glu Ser Leu Val Ala Ser Arg Pro Ser Pro Gln Pro Leu Ala Glu Thr 675 680 685 Pro Ile Pro Ser Leu Pro Glu Phe Pro Arg Ala Ala Ser Gln Gln Glu 690 695 700 Ile Glu Gln Ser Ile Glu Thr Leu Asn Met Leu Met Leu Asp Leu Glu 705 710 715 720 Pro Ala Ser Ala Ala Ala Pro Leu His Lys Ser Gln Ser Val Pro Gly 725 730 735 Ala Trp Pro Gly Ala Ser Pro Leu Ser Ser Gln Pro Leu Ser Gly Ser 740 745 750 Ser Arg Gln Ser His Pro Leu Thr Gln Ser Arg Ser Gly Tyr Ile Pro 755 760 765 Ser Gly His Ser Leu Gly Thr Pro Glu Pro Ala Pro Arg Ala Ser Leu 770 775 780 Glu Ser Val Pro Pro Gly Arg Ser Tyr Ser Pro Tyr Asp Tyr Gln Pro 785 790 795 800 Cys Leu Ala Gly Pro Asn Gln Asp Phe His Ser Lys Ser Pro Ala Ser 805 810 815 Ser Ser Leu Pro Ala Phe Leu Pro Thr Thr His Ser Pro Pro Gly Pro 820 825 830 Gln Gln Pro Pro Ala Ser Leu Pro Gly Leu Thr Ala Gln Pro Leu Leu 835 840 845 Ser Pro Lys Glu Ala Thr Ser Asp Pro Ser Arg Thr Pro Glu Glu Glu 850 855 860 Pro Leu Asn Leu Glu Gly Leu Val Ala His Arg Val Ala Gly Val Gln 865 870 875 880 Ala Arg Glu Lys Gln Pro Ala Glu Pro Pro Ala Pro Leu Arg Arg Arg 885 890 895 Ala Ala Ser Asp Gly Gln Tyr Glu Asn Gln Ser Pro Glu Ala Thr Ser 900 905 910 Pro Arg Ser Pro Gly Val Arg Ser Pro Val Gln Cys Val Ser Pro Glu 915 920 925 Leu Ala Leu Thr Ile Ala Leu Asn Pro Gly Gly Arg Pro Lys Glu Pro 930 935 940 His Leu His Ser Tyr Lys Glu Ala Phe Glu Glu Met Glu Gly Thr Ser 945 950 955 960 Pro Ser Ser Pro Pro Pro Ser Gly Val Arg Ser Pro Pro Gly Leu Ala 965 970 975 Lys Thr Pro Leu Ser Ala Leu Gly Leu Lys Pro His Asn Pro Ala Asp 980 985 990 Ile Leu Leu His Pro Thr Gly Val Thr Arg Arg Arg Ile Gln Pro Glu 995 1000 1005 Glu Asp Glu Gly Lys Val Val Val Arg Leu Ser Glu Glu Pro Arg 1010 1015 1020 Ser Tyr Val Glu Ser Val Ala Arg Thr Ala Val Ala Gly Pro Arg 1025 1030 1035 Ala Gln Asp Ser Glu Pro Lys Ser Phe Ser Ala Pro Ala Thr Gln 1040 1045 1050 Ala Tyr Gly His Glu Ile Pro Leu Arg Asn Gly Thr Leu Gly Gly 1055 1060 1065 Ser Phe Val Ser Pro Ser Pro Leu Ser Thr Ser Ser Pro Ile Leu 1070 1075 1080 Ser Ala Asp Ser Thr Ser Val Gly Ser Phe Pro Ser Gly Glu Ser 1085 1090 1095 Ser Asp Gln Gly Pro Arg Thr Pro Thr Gln Pro Leu Leu Glu Ser 1100 1105 1110 Gly Phe Arg Ser Gly Ser Leu Gly Gln Pro Ser Pro Ser Ala Gln 1115 1120 1125 Arg Asn Tyr Gln Ser Ser Ser Pro Leu Pro Thr Val Gly Ser Ser 1130 1135 1140 Tyr Ser Ser Pro Asp Tyr Ser Leu Gln His Phe Ser Ser Ser Pro 1145 1150 1155 Glu Ser Gln Ala Arg Ala Gln Phe Ser Val Ala Gly Val His Thr 1160 1165 1170 Val Pro Gly Ser Pro Gln Ala Arg His Arg Thr Val Gly Thr Asn 1175 1180 1185 Thr Pro Pro Ser Pro Gly Phe Gly Trp Arg Ala Ile Asn Pro Ser 1190 1195 1200 Met Ala Ala Pro Ser Ser Pro Ser Leu Ser His His Gln Met Met 1205 1210 1215 Gly Pro Pro Gly Thr Gly Phe His Gly Ser Thr Val Ser Ser Pro 1220 1225 1230 Gln Ser Ser Ala Ala Thr Thr Pro Gly Ser Pro Ser Leu Cys Arg 1235 1240 1245 His Pro Ala Gly Val Tyr Gln Val Ser Gly Leu His Asn Lys Val 1250 1255 1260 Ala Thr Thr Pro Gly Ser Pro Ser Leu Gly Arg His Pro Gly Ala 1265 1270 1275 His Gln Gly Asn Leu Ala Ser Gly Leu His Ser Asn Ala Ile Ala 1280 1285 1290 Ser Pro Gly Ser Pro Ser Leu Gly Arg His Leu Gly Gly Ser Gly 1295 1300 1305 Ser Val Val Pro Gly Ser Pro Cys Leu Asp Arg His Val Ala Tyr 1310 1315 1320 Gly Gly Tyr Ser Thr Pro Glu Asp Arg Arg Pro Thr Leu Ser Arg 1325 1330 1335 Gln Ser Ser Ala Ser Gly Tyr Gln Ala Pro Ser Thr Pro Ser Phe 1340 1345 1350 Pro Val Ser Pro Ala Tyr Tyr Pro Gly Leu Ser Ser Pro Ala Thr 1355 1360 1365 Ser Pro Ser Pro Asp Ser Ala Ala Phe Arg Gln Gly Ser Pro Thr 1370 1375 1380 Pro Ala Leu Pro Glu Lys Arg Arg Met Ser Val Gly Asp Arg Ala 1385 1390 1395 Gly Ser Leu Pro Asn Tyr Ala Thr Ile Asn Gly Lys Val Ser Ser 1400 1405 1410 Pro Val Ala Ser Gly Met Ser Ser Pro Ser Gly Gly Ser Thr Val 1415 1420 1425 Ser Phe Ser His Thr Leu Pro Asp Phe Ser Lys Tyr Ser Met Pro 1430 1435 1440 Asp Asn Ser Pro Glu Thr Arg Ala Lys Val Lys Phe Val Gln Asp 1445 1450 1455 Thr Ser Lys Tyr Trp Tyr Lys Pro Glu Ile Ser Arg Glu Gln Ala 1460 1465 1470 Ile Ala Leu Leu Lys Asp Gln Glu Pro Gly Ala Phe Ile Ile Arg 1475 1480 1485 Asp Ser His Ser Phe Arg Gly Ala Tyr Gly Leu Ala Met Lys Val 1490 1495 1500 Ser Ser Pro Pro Pro Thr Ile Met Gln Gln Asn Lys Lys Gly Asp 1505 1510 1515 Met Thr His Glu Leu Val Arg His Phe Leu Ile Glu Thr Gly Pro 1520 1525 1530 Arg Gly Val Lys Leu Lys Gly Cys Pro Asn Glu Pro Asn Phe Gly 1535 1540 1545 Ser Leu Ser Ala Leu Val Tyr Gln His Ser Ile Ile Pro Leu Ala 1550 1555 1560 Leu Pro Cys Lys Leu Val Ile Pro Asn Arg Asp Pro Thr Asp Glu 1565 1570 1575 Ser Lys Asp Ser Ser Gly Pro Ala Asn Ser Thr Ala Asp Leu Leu 1580 1585 1590 Lys Gln Gly Ala Ala Cys Asn Val Leu Phe Val Asn Ser Val Asp 1595 1600 1605 Met Glu Ser Leu Thr Gly Pro Gln Ala Ile Ser Lys Ala Thr Ser 1610 1615 1620 Glu Thr Leu Ala Ala Asp Pro Thr Pro Ala Ala Thr Ile Val His 1625 1630 1635 Phe Lys Val Ser Ala Gln Gly Ile Thr Leu Thr Asp Asn Gln Arg 1640 1645 1650 Lys Leu Phe Phe Arg Arg His Tyr Pro Leu Asn Thr Val Thr Phe 1655 1660 1665 Cys Asp Leu Asp Pro Gln Glu Arg Lys Trp Met Lys Thr Glu Gly 1670 1675 1680 Gly Ala Pro Ala Lys Leu Phe Gly Phe Val Ala Arg Lys Gln Gly 1685 1690 1695 Ser Thr Thr Asp Asn Ala Cys His Leu Phe Ala Glu Leu Asp Pro 1700 1705 1710 Asn Gln Pro Ala Ser Ala Ile Val Asn Phe Val Ser Lys Val Met 1715 1720 1725 Leu Asn Ala Gly Gln Lys Arg 1730 1735 <210> 41 <211> 1246 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 41 ggaagggggg caggagaaaa aagcuuuucc aaaaaaguau uggcugucuu gaggaaugcg 60 gucgcccccu ugggaaagua cauaucuggg agaagcaggc ggcuccgcgc ucgcacuccc 120 gcuccuccgc ccgaccgcgc gcucgccccg ccgcuccugc ugcagcccca gggccccucg 180 ccgccgccac cauggacgcc aucaagaaga agaugcagau gcugaagcuc gacaaggaga 240 acgccuugga ucgagcugag caggcggagg ccgacaagaa ggcggcggaa gacaggagca 300 agcagcugga agaugagcug gugucacugc aaaagaaacu caagggcacc gaagaugaac 360 uggacaaaua cucugaggcu cucaaagaug cccaggagaa gcuggagcug gcagagaaaa 420 aggccaccga ugcugaagcc gacguagcuu cucugaacag acgcauccag cugguugagg 480 aagaguugga ucgugcccag gagcgucugg caacagcuuu gcagaagcug gaggaagcug 540 agaaggcagc agaugagagu gagagaggca ugaaagucau ugagagucga gcccaaaaag 600 augaagaaaa aauggaaauu caggagaucc aacugaaaga ggccaagcac auugcugaag 660 augccgaccg caaauaugaa gagguggccc guaagcuggu caucauugag agcgaccugg 720 aacgugcaga ggagcgggcu gagcucucag aaggcaaaug ugccgagcuu gaagaagaau 780 ugaaaacugu gacgaacaac uugaagucac uggaggcuca ggcugagaag uacucgcaga 840 aggaagacag auaugaggaa gagaucaagg uccuuuccga caagcugaag gaggcugaga 900 cucgggcuga guuugcggag aggucaguaa cuaaauugga gaaaagcauu gaugacuuag 960 aagacgagcu guacgcucag aaacugaagu acaaagccau cagcgaggag cuggaccacg 1020 cucucaacga uaugacuucc auauaaguuu cuuugcuuca cuucucccaa gacucccucg 1080 ucgagcugga ugucccaccu cucugagcuc ugcauuuguc uauucuccag cugacccugg 1140 uucucucucu uagcauccug ccuuagagcc aggcacacac ugugcuuucu auuguacaga 1200 agcucuucgu uucaguguca aauaaacacu guguaagcua aaaaaa 1246 <210> 42 <211> 284 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 42 Met Asp Ala Ile Lys Lys Lys Met Gln Met Leu Lys Leu Asp Lys Glu 1 5 10 15 Asn Ala Leu Asp Arg Ala Glu Gln Ala Glu Ala Asp Lys Lys Ala Ala 20 25 30 Glu Asp Arg Ser Lys Gln Leu Glu Asp Glu Leu Val Ser Leu Gln Lys 35 40 45 Lys Leu Lys Gly Thr Glu Asp Glu Leu Asp Lys Tyr Ser Glu Ala Leu 50 55 60 Lys Asp Ala Gln Glu Lys Leu Glu Leu Ala Glu Lys Lys Ala Thr Asp 65 70 75 80 Ala Glu Ala Asp Val Ala Ser Leu Asn Arg Arg Ile Gln Leu Val Glu 85 90 95 Glu Glu Leu Asp Arg Ala Gln Glu Arg Leu Ala Thr Ala Leu Gln Lys 100 105 110 Leu Glu Glu Ala Glu Lys Ala Ala Asp Glu Ser Glu Arg Gly Met Lys 115 120 125 Val Ile Glu Ser Arg Ala Gln Lys Asp Glu Glu Lys Met Glu Ile Gln 130 135 140 Glu Ile Gln Leu Lys Glu Ala Lys His Ile Ala Glu Asp Ala Asp Arg 145 150 155 160 Lys Tyr Glu Glu Val Ala Arg Lys Leu Val Ile Ile Glu Ser Asp Leu 165 170 175 Glu Arg Ala Glu Glu Arg Ala Glu Leu Ser Glu Gly Lys Cys Ala Glu 180 185 190 Leu Glu Glu Glu Leu Lys Thr Val Thr Asn Asn Leu Lys Ser Leu Glu 195 200 205 Ala Gln Ala Glu Lys Tyr Ser Gln Lys Glu Asp Arg Tyr Glu Glu Glu 210 215 220 Ile Lys Val Leu Ser Asp Lys Leu Lys Glu Ala Glu Thr Arg Ala Glu 225 230 235 240 Phe Ala Glu Arg Ser Val Thr Lys Leu Glu Lys Ser Ile Asp Asp Leu 245 250 255 Glu Asp Glu Leu Tyr Ala Gln Lys Leu Lys Tyr Lys Ala Ile Ser Glu 260 265 270 Glu Leu Asp His Ala Leu Asn Asp Met Thr Ser Ile 275 280 <210> 43 <211> 1975 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 43 acuuuccccc cucggcgccc caccggcucc cgcgcgccuc cccucgcgcc cgagcuucga 60 gccaagcagc guccugggga gcgcgucaug gccuuaccag ugaccgccuu gcuccugccg 120 cuggccuugc ugcuccacgc cgccaggccg agccaguucc gggugucgcc gcuggaucgg 180 accuggaacc ugggcgagac aguggagcug aagugccagg ugcugcuguc caacccgacg 240 ucgggcugcu cguggcucuu ccagccgcgc ggcgccgccg ccagucccac cuuccuccua 300 uaccucuccc aaaacaagcc caaggcggcc gaggggcugg acacccagcg guucucgggc 360 aagagguugg gggacaccuu cguccucacc cugagcgacu uccgccgaga gaacgagggc 420 uacuauuucu gcucggcccu gagcaacucc aucauguacu ucagccacuu cgugccgguc 480 uuccugccag cgaagcccac cacgacgcca gcgccgcgac caccaacacc ggcgcccacc 540 aucgcgucgc agccccuguc ccugcgccca gaggcgugcc ggccagcggc ggggggcgca 600 gugcacacga gggggcugga cuucgccugu gauaucuaca ucugggcgcc ccuggccggg 660 acuugugggg uccuucuccu gucacugguu aucacccuuu acugcaacca caggaaccga 720 agacguguuu gcaaaugucc ccggccugug gucaaaucgg gagacaagcc cagccuuucg 780 gcgagauacg ucuaacccug ugcaacagcc acuacauuac uucaaacuga gauccuuccu 840 uuugagggag caaguccuuc ccuuucauuu uuuccagucu uccucccugu guauucauuu 900 ucaugauuau uauuuuagug ggggcggggu gggaaagauu acuuuuucuu uauguguuug 960 acgggaaaca aaacuaggua aaaucuacag uacaccacaa gggucacaau acuguugugc 1020 gcacaucgcg guagggcgug gaaaggggca ggccagagcu acccgcagag uucucagaau 1080 caugcugaga gagcuggagg cacccaugcc aucucaaccu cuuccccgcc cguuuuacaa 1140 agggggaggc uaaagcccag agacagcuug aucaaaggca cacagcaagu caggguugga 1200 gcaguagcug gagggaccuu gucucccagc ucagggcucu uuccuccaca ccauucaggu 1260 cuuucuuucc gaggccccug ucucagggug aggugcuuga gucuccaacg gcaagggaac 1320 aaguacuucu ugauaccugg gauacugugc ccagagccuc gaggagguaa ugaauuaaag 1380 aagagaacug ccuuuggcag aguucuauaa uguaaacaau aucagacuuu uuuuuuuuau 1440 aaucaagccu aaaauuguau agaccuaaaa uaaaaugaag uggugagcuu aacccuggaa 1500 aaugaauccc ucuaucucua aagaaaaucu cugugaaacc ccuacgugga ggcggaauug 1560 cucucccagc ccuugcauug cagaggggcc caugaaagag gacaggcuac cccuuuacaa 1620 auagaauuug agcaucagug agguuaaacu aaggcccucu ugaaucucug aauuugagau 1680 acaaacaugu uccugggauc acugaugacu uuuuauacuu uguaaagaca auuguuggag 1740 agccccucac acagcccugg ccuccgcuca acuagcagau acagggauga ggcagaccug 1800 acucucuuaa ggaggcugag agcccaaacu gcugucccaa acaugcacuu ccuugcuuaa 1860 gguaugguac aagcaaugcc ugcccauugg agagaaaaaa cuuaaguaga uaaggaaaua 1920 agaaccacuc auaauucuuc accuuaggaa uaaucuccug uuaauauggu guaca 1975 <210> 44 <211> 235 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 44 Met Ala Leu Pro Val Thr Ala Leu Leu Leu Pro Leu Ala Leu Leu Leu 1 5 10 15 His Ala Ala Arg Pro Ser Gln Phe Arg Val Ser Pro Leu Asp Arg Thr 20 25 30 Trp Asn Leu Gly Glu Thr Val Glu Leu Lys Cys Gln Val Leu Leu Ser 35 40 45 Asn Pro Thr Ser Gly Cys Ser Trp Leu Phe Gln Pro Arg Gly Ala Ala 50 55 60 Ala Ser Pro Thr Phe Leu Leu Tyr Leu Ser Gln Asn Lys Pro Lys Ala 65 70 75 80 Ala Glu Gly Leu Asp Thr Gln Arg Phe Ser Gly Lys Arg Leu Gly Asp 85 90 95 Thr Phe Val Leu Thr Leu Ser Asp Phe Arg Arg Glu Asn Glu Gly Tyr 100 105 110 Tyr Phe Cys Ser Ala Leu Ser Asn Ser Ile Met Tyr Phe Ser His Phe 115 120 125 Val Pro Val Phe Leu Pro Ala Lys Pro Thr Thr Thr Pro Ala Pro Arg 130 135 140 Pro Pro Thr Pro Ala Pro Thr Ile Ala Ser Gln Pro Leu Ser Leu Arg 145 150 155 160 Pro Glu Ala Cys Arg Pro Ala Ala Gly Gly Ala Val His Thr Arg Gly 165 170 175 Leu Asp Phe Ala Cys Asp Ile Tyr Ile Trp Ala Pro Leu Ala Gly Thr 180 185 190 Cys Gly Val Leu Leu Leu Ser Leu Val Ile Thr Leu Tyr Cys Asn His 195 200 205 Arg Asn Arg Arg Arg Val Cys Lys Cys Pro Arg Pro Val Val Lys Ser 210 215 220 Gly Asp Lys Pro Ser Leu Ser Ala Arg Tyr Val 225 230 235 <210> 45 <211> 2545 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 45 auccaauaca ggagugacuu ggaacuccau ucuaucacua ugaagaaaag ugguguucuu 60 uuccucuugg gcaucaucuu gcugguucug auuggagugc aaggaacccc aguagugaga 120 aagggucgcu guuccugcau cagcaccaac caagggacua uccaccuaca auccuugaaa 180 gaccuuaaac aauuugcccc aagcccuucc ugcgagaaaa uugaaaucau ugcuacacug 240 aagaauggag uucaaacaug ucuaaaccca gauucagcag augugaagga acugauuaaa 300 aagugggaga aacaggucag ccaaaagaaa aagcaaaaga augggaaaaa acaucaaaaa 360 aagaaaguuc ugaaaguucg aaaaucucaa cguucucguc aaaagaagac uacauaagag 420 accacuucac caauaaguau ucuguguuaa aaauguucua uuuuaauuau accgcuauca 480 uuccaaagga ggauggcaua uaauacaaag gcuuauuaau uugacuagaa aauuuaaaac 540 auuacucuga aauuguaacu aaaguuagaa aguugauuuu aagaauccaa acguuaagaa 600 uuguuaaagg cuaugauugu cuuuguucuu cuaccaccca ccaguugaau uucaucaugc 660 uuaaggccau gauuuuagca auacccaugu cuacacagau guucacccaa ccacauccca 720 cucacaacag cugccuggaa gagcagcccu aggcuuccac guacugcagc cuccagagag 780 uaucugaggc acaugucagc aaguccuaag ccuguuagca ugcuggugag ccaagcaguu 840 ugaaauugag cuggaccuca ccaagcugcu guggccauca accucuguau uugaaucagc 900 cuacaggccu cacacacaau gugucugaga gauucaugcu gauuguuauu ggguaucacc 960 acuggagauc accagugugu ggcuuucaga gccuccuuuc uggcuuugga agccauguga 1020 uuccaucuug cccgcucagg cugaccacuu uauuucuuuu uguuccccuu ugcuucauuc 1080 aagucagcuc uucuccaucc uaccacaaug cagugccuuu cuucucucca gugcaccugu 1140 cauaugcucu gauuuaucug agucaacucc uuucucaucu uguccccaac accccacaga 1200 agugcuuucu ucucccaauu cauccucacu caguccagcu uaguucaagu ccugccucuu 1260 aaauaaaccu uuuuggacac acaaauuauc uuaaaacucc uguuucacuu gguucaguac 1320 cacaugggug aacacucaau gguuaacuaa uucuugggug uuuauccuau cucuccaacc 1380 agauugucag cuccuugagg gcaagagcca caguauauuu cccuguuucu uccacagugc 1440 cuaauaauac uguggaacua gguuuuaaua auuuuuuaau ugauguuguu augggcagga 1500 uggcaaccag accauugucu cagagcaggu gcuggcucuu uccuggcuac uccauguugg 1560 cuagccucug guaaccucuu acuuauuauc uucaggacac ucacuacagg gaccagggau 1620 gaugcaacau ccuugucuuu uuaugacagg auguuugcuc agcuucucca acaauaagaa 1680 gcacguggua aaacacuugc ggauauucug gacuguuuuu aaaaaauaua caguuuaccg 1740 aaaaucauau aaucuuacaa ugaaaaggac uuuauagauc agccagugac caaccuuuuc 1800 ccaaccauac aaaaauuccu uuucccgaag gaaaagggcu uucucaauaa gccucagcuu 1860 ucuaagaucu aacaagauag ccaccgagau ccuuaucgaa acucauuuua ggcaaauaug 1920 aguuuuauug uccguuuacu uguuucagag uuuguauugu gauuaucaau uaccacacca 1980 ucucccauga agaaagggaa cggugaagua cuaagcgcua gaggaagcag ccaagucggu 2040 uaguggaagc augauuggug cccaguuagc cucugcagga uguggaaacc uccuuccagg 2100 ggagguucag ugaauugugu aggagagguu gucuguggcc agaauuuaaa ccuauacuca 2160 cuuucccaaa uugaaucacu gcucacacug cugaugauuu agagugcugu ccgguggaga 2220 ucccacccga acgucuuauc uaaucaugaa acucccuagu uccuucaugu aacuucccug 2280 aaaaaucuaa guguuucaua aauuugagag ucugugaccc acuuaccuug caucucacag 2340 guagacagua uauaacuaac aaccaaagac uacauauugu cacugacaca cacguuauaa 2400 ucauuuauca uauauauaca uacaugcaua cacucucaaa gcaaauaauu uuucacuuca 2460 aaacaguauu gacuuguaua ccuuguaauu ugaaauauuu ucuuuguuaa aauagaaugg 2520 uaucaauaaa uagaccauua aucag 2545 <210> 46 <211> 125 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 46 Met Lys Lys Ser Gly Val Leu Phe Leu Leu Gly Ile Ile Leu Leu Val 1 5 10 15 Leu Ile Gly Val Gln Gly Thr Pro Val Val Arg Lys Gly Arg Cys Ser 20 25 30 Cys Ile Ser Thr Asn Gln Gly Thr Ile His Leu Gln Ser Leu Lys Asp 35 40 45 Leu Lys Gln Phe Ala Pro Ser Pro Ser Cys Glu Lys Ile Glu Ile Ile 50 55 60 Ala Thr Leu Lys Asn Gly Val Gln Thr Cys Leu Asn Pro Asp Ser Ala 65 70 75 80 Asp Val Lys Glu Leu Ile Lys Lys Trp Glu Lys Gln Val Ser Gln Lys 85 90 95 Lys Lys Gln Lys Asn Gly Lys Lys His Gln Lys Lys Lys Val Leu Lys 100 105 110 Val Arg Lys Ser Gln Arg Ser Arg Gln Lys Lys Thr Thr 115 120 125 <210> 47 <211> 1172 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 47 gagacauucc ucaauugcuu agacauauuc ugagccuaca gcagaggaac cuccagucuc 60 agcaccauga aucaaacugc gauucugauu ugcugccuua ucuuucugac ucuaaguggc 120 auucaaggag uaccucucuc uagaaccgua cgcuguaccu gcaucagcau uaguaaucaa 180 ccuguuaauc caaggucuuu agaaaaacuu gaaauuauuc cugcaagcca auuuugucca 240 cguguugaga ucauugcuac aaugaaaaag aagggugaga agagaugucu gaauccagaa 300 ucgaaggcca ucaagaauuu acugaaagca guuagcaagg aaaugucuaa aagaucuccu 360 uaaaaccaga ggggagcaaa aucgaugcag ugcuuccaag gauggaccac acagaggcug 420 ccucucccau cacuucccua cauggaguau augucaagcc auaauuguuc uuaguuugca 480 guuacacuaa aaggugacca augaugguca ccaaaucagc ugcuacuacu ccuguaggaa 540 gguuaauguu caucauccua agcuauucag uaauaacucu acccuggcac uauaauguaa 600 gcucuacuga ggugcuaugu ucuuagugga uguucugacc cugcuucaaa uauuucccuc 660 accuuuccca ucuuccaagg guacuaagga aucuuucugc uuugggguuu aucagaauuc 720 ucagaaucuc aaauaacuaa aagguaugca aucaaaucug cuuuuuaaag aaugcucuuu 780 acuucaugga cuuccacugc cauccuccca aggggcccaa auucuuucag uggcuaccua 840 cauacaauuc caaacacaua caggaaggua gaaauaucug aaaauguaug uguaaguauu 900 cuuauuuaau gaaagacugu acaaaguaua agucuuagau guauauauuu ccuauauugu 960 uuucagugua cauggaauaa cauguaauua aguacuaugu aucaaugagu aacaggaaaa 1020 uuuuaaaaau acagauagau auaugcucug cauguuacau aagauaaaug ugcugaaugg 1080 uuuucaaaua aaaaugaggu acucuccugg aaauauuaag aaagacuauc uaaauguuga 1140 aagaucaaaa gguuaauaaa guaauuauaa cu 1172 <210> 48 <211> 98 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 48 Met Asn Gln Thr Ala Ile Leu Ile Cys Cys Leu Ile Phe Leu Thr Leu 1 5 10 15 Ser Gly Ile Gln Gly Val Pro Leu Ser Arg Thr Val Arg Cys Thr Cys 20 25 30 Ile Ser Ile Ser Asn Gln Pro Val Asn Pro Arg Ser Leu Glu Lys Leu 35 40 45 Glu Ile Ile Pro Ala Ser Gln Phe Cys Pro Arg Val Glu Ile Ile Ala 50 55 60 Thr Met Lys Lys Lys Gly Glu Lys Arg Cys Leu Asn Pro Glu Ser Lys 65 70 75 80 Ala Ile Lys Asn Leu Leu Lys Ala Val Ser Lys Glu Arg Ser Lys Arg 85 90 95 Ser Pro <210> 49 <211> 849 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 49 augaggaacu ccuauagauu ucuggcaucc ucucucucag uugucguuuc ucuccugcua 60 auuccugaag augucuguga aaaaauuauu ggaggaaaug aaguaacucc ucauucaaga 120 cccuacaugg uccuacuuag ucuugacaga aaaaccaucu gugcuggggc uuugauugca 180 aaagacuggg uguugacugc agcucacugu aacuugaaca aaagguccca ggucauucuu 240 ggggcucacu caauaaccag ggaagagcca acaaaacaga uaaugcuugu uaagaaagag 300 uuucccuauc caugcuauga cccagccaca cgcgaaggug accuuaaacu uuuacagcug 360 acggaaaaag caaaaauuaa caaauaugug acuauccuuc aucuaccuaa aaagggggau 420 gaugugaaac caggaaccau gugccaaguu gcaggguggg ggaggacuca caauagugca 480 ucuugguccg auacucugag agaagucaau aucaccauca uagacagaaa agucugcaau 540 gaucgaaauc acuauaauuu uaacccugug auuggaauga auaugguuug ugcuggaagc 600 cuccgaggug gaagagacuc gugcaaugga gauucuggaa gcccuuuguu gugcgagggu 660 guuuuccgag gggucacuuc cuuuggccuu gaaaauaaau gcggagaccc ucgugggccu 720 ggugucuaua uucuucucuc aaagaaacac cucaacugga uaauuaugac uaucaaggga 780 gcaguuuaaa uaaccguuuc cuuucauuua cuguggcuuc uuaaucuuuu cacaaauaaa 840 aucaauuug 849 <210> 50 <211> 262 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 50 Met Arg Asn Ser Tyr Arg Phe Leu Ala Ser Ser Leu Ser Val Val Val 1 5 10 15 Ser Leu Leu Leu Ile Pro Glu Asp Val Cys Glu Lys Ile Ile Gly Gly 20 25 30 Asn Glu Val Thr Pro His Ser Arg Pro Tyr Met Val Leu Leu Ser Leu 35 40 45 Asp Arg Lys Thr Ile Cys Ala Gly Ala Leu Ile Ala Lys Asp Trp Val 50 55 60 Leu Thr Ala Ala His Cys Asn Leu Asn Lys Arg Ser Gln Val Ile Leu 65 70 75 80 Gly Ala His Ser Ile Thr Arg Glu Glu Pro Thr Lys Gln Ile Met Leu 85 90 95 Val Lys Lys Glu Phe Pro Tyr Pro Cys Tyr Asp Pro Ala Thr Arg Glu 100 105 110 Gly Asp Leu Lys Leu Leu Gln Leu Met Glu Lys Ala Lys Ile Asn Lys 115 120 125 Tyr Val Thr Ile Leu His Leu Pro Lys Lys Gly Asp Asp Val Lys Pro 130 135 140 Gly Thr Met Cys Gln Val Ala Gly Trp Gly Arg Thr His Asn Ser Ala 145 150 155 160 Ser Trp Ser Asp Thr Leu Arg Glu Val Asn Ile Thr Ile Ile Asp Arg 165 170 175 Lys Val Cys Asn Asp Arg Asn His Tyr Asn Phe Asn Pro Val Ile Gly 180 185 190 Met Asn Met Val Cys Ala Gly Ser Leu Arg Gly Gly Arg Asp Ser Cys 195 200 205 Asn Gly Asp Ser Gly Ser Pro Leu Leu Cys Glu Gly Val Phe Arg Gly 210 215 220 Val Thr Ser Phe Gly Leu Glu Asn Lys Cys Gly Asp Pro Arg Gly Pro 225 230 235 240 Gly Val Tyr Ile Leu Leu Ser Lys Lys His Leu Asn Trp Ile Ile Met 245 250 255 Thr Ile Lys Gly Ala Val 260 <210> 51 <211> 934 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 51 ugagaagaug caaccaaucc ugcuucugcu ggccuuccuc cugcugccca gggcagaugc 60 aggggagauc aucgggggac augaggccaa gccccacucc cgccccuaca uggcuuaucu 120 uaugaucugg gaucagaagu cucugaagag gugcgguggc uuccugauac aagacgacuu 180 cgugcugaca gcugcucacu guuggggaag cuccauaaau gucaccuugg gggcccacaa 240 uaucaaagaa caggagccga cccagcaguu uaucccugug aaaagaccca ucccccaucc 300 agccuauaau ccuaagaacu ucuccaacga caucaugcua cugcagcugg agagaaaggc 360 caagcggacc agagcugugc agccccucag gcuaccuagc aacaaggccc aggugaagcc 420 agggcagaca ugcagugugg ccggcugggg gcagacggcc ccccugggaa aacacucaca 480 cacacuacaa gaggugaaga ugacagugca ggaagaucga aagugcgaau cugacuuacg 540 ccauuauuac gacaguacca uugaguugug cgugggggac ccagagauua aaaagacuuc 600 cuuuaagggg gacucuggag gcccucuugu guguaacaag guggcccagg gcauugucuc 660 cuauggacga aacaauggca ugccuccacg agccugcacc aaagucucaa gcuuuguaca 720 cuggauaaag aaaaccauga aacgcuacua acuacaggaa gcaaacuaag cccccgcugu 780 aaugaaacac cuucucugga gccaagucca gauuuacacu gggagaggug ccagcaacug 840 aauaaauacc ucucccagug uaaaucugga gccaagucca gauuuacacu gggagaggug 900 ccagcaacug aauaaauacc ucuuagcuga gugg 934 <210> 52 <211> 247 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 52 Met Gln Pro Ile Leu Leu Leu Leu Ala Phe Leu Leu Leu Pro Arg Ala 1 5 10 15 Asp Ala Gly Glu Ile Ile Gly Gly His Glu Ala Lys Pro His Ser Arg 20 25 30 Pro Tyr Met Ala Tyr Leu Met Ile Trp Asp Gln Lys Ser Leu Lys Arg 35 40 45 Cys Gly Gly Phe Leu Ile Arg Asp Asp Phe Val Leu Thr Ala Ala His 50 55 60 Cys Trp Gly Ser Ser Ile Asn Val Thr Leu Gly Ala His Asn Ile Lys 65 70 75 80 Glu Gln Glu Pro Thr Gln Gln Phe Ile Pro Val Lys Arg Pro Ile Pro 85 90 95 His Pro Ala Tyr Asn Pro Lys Asn Phe Ser Asn Asp Ile Met Leu Leu 100 105 110 Gln Leu Glu Arg Lys Ala Lys Arg Thr Arg Ala Val Gln Pro Leu Arg 115 120 125 Leu Pro Ser Asn Lys Ala Gln Val Lys Pro Gly Gln Thr Cys Ser Val 130 135 140 Ala Gly Trp Gly Gln Thr Ala Pro Leu Gly Lys His Ser His Thr Leu 145 150 155 160 Gln Glu Val Lys Met Thr Val Gln Glu Asp Arg Lys Cys Glu Ser Asp 165 170 175 Leu Arg His Tyr Tyr Asp Ser Thr Ile Glu Leu Cys Val Gly Asp Pro 180 185 190 Glu Ile Lys Lys Thr Ser Phe Lys Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Val 195 200 205 Cys Asn Lys Val Ala Gln Gly Ile Val Ser Tyr Gly Arg Asn Asn Gly 210 215 220 Met Pro Pro Arg Ala Cys Thr Lys Val Ser Ser Phe Val His Trp Ile 225 230 235 240 Lys Lys Thr Met Lys Arg Tyr 245 <210> 53 <211> 1668 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 53 auggcagccc gucugcuccu ccugggcauc cuucuccugc ugcugccccu gcccgucccu 60 gccccgugcc acacagccgc acgcucagag ugcaagcgca gccacaaguu cgugccuggu 120 gcauggcugg ccggggaggg uguggacgug accagccucc gccgcucggg cuccuuccca 180 guggacacac aaagguuccu gcggcccgac ggcaccugca cccucuguga aaaugcccua 240 caggagggca cccuccagcg ccugccucug gcgcucacca acuggcgggc ccagggcucu 300 ggcugccagc gccauguaac cagggccaaa gucagcucca cugaagcugu ggcccgggau 360 gcggcucgua gcauccgcaa cgacuggaag gucgggcugg acgugacucc uaagcccacc 420 agcaaugugc augugucugu ggccggcuca cacucacagg cagccaacuu ugcagcccag 480 aagacccacc aggaccagua cagcuucagc acugacacgg uggagugccg cuucuacagu 540 uuccaugugg uacacacucc cccgcugcac ccugacuuca agagggcccu cggggaccug 600 ccccaccacu ucaacgccuc cacccagccc gccuaccuca ggcuuaucuc caacuacggc 660 acccacuuca uccgggcugu ggagcugggu ggccgcauau cggcccucac ugcccugcgc 720 accugcgagc uggcccugga agggcucacg gacaacgagg uggaggacug ccugacuguc 780 gaggcccagg ucaacauagg cauccacggc agcaucucug ccgaagccaa ggccugugag 840 gagaagaaga agaagcacaa gaugacggcc uccuuccacc aaaccuaccg ggagcgccac 900 ucggaagugg uuggcggcca ucacaccucc auuaacgacc ugcuguucgg gauccaggcc 960 gggcccgagc aguacucagc cuggguaaac uccgugcccg gcagcccugg ccugguggac 1020 uacacccugg aaccccugca cgugcugcug gacagccagg acccgcggcg ggaggcacug 1080 aggagggccc ugagucagua ccugacggac agggcucgcu ggagggacug cagccggccg 1140 ugcccaccag ggcggcagaa gagcccccga gacccaugcc agugugugug ccauggcuca 1200 gcggucacca cccaggacug cugcccucgg cagaggggcc uggcccagcu ggaggugacc 1260 uucauccaag cauggagccu guggggggac ugguucacug ccacggaugc cuaugugaag 1320 cucuucuuug guggccagga gcugaggacg agcaccgugu gggacaauaa caaccccauc 1380 uggucagugc ggcuggauuu uggggaugug cuccuggcca caggggggcc ccugagguug 1440 caggucuggg aucaggacuc uggcagggac gaugaccucc uuggcaccug ugaucaggcu 1500 cccaagucug guucccauga ggugagaugc aaccugaauc auggccaccu aaaauuccgc 1560 uaucaugcca ggugcuugcc ccaccuggga ggaggcaccu gccuggacua ugucccccaa 1620 augcuucugg gggagccucc aggaaaccgg aguggggccg ugugguga 1668 <210> 54 <211> 555 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 54 Met Ala Ala Arg Leu Leu Leu Leu Gly Ile Leu Leu Leu Leu Leu Pro 1 5 10 15 Leu Pro Val Pro Ala Pro Cys His Thr Ala Ala Arg Ser Glu Cys Lys 20 25 30 Arg Ser His Lys Phe Val Pro Gly Ala Trp Leu Ala Gly Glu Gly Val 35 40 45 Asp Val Thr Ser Leu Arg Arg Ser Gly Ser Phe Pro Val Asp Thr Gln 50 55 60 Arg Phe Leu Arg Pro Asp Gly Thr Cys Thr Leu Cys Glu Asn Ala Leu 65 70 75 80 Gln Glu Gly Thr Leu Gln Arg Leu Pro Leu Ala Leu Thr Asn Trp Arg 85 90 95 Ala Gln Gly Ser Gly Cys Gln Arg His Val Thr Arg Ala Lys Val Ser 100 105 110 Ser Thr Glu Ala Val Ala Arg Asp Ala Ala Arg Ser Ile Arg Asn Asp 115 120 125 Trp Lys Val Gly Leu Asp Val Thr Pro Lys Pro Thr Ser Asn Val His 130 135 140 Val Ser Val Ala Gly Ser His Ser Gln Ala Ala Asn Phe Ala Ala Gln 145 150 155 160 Lys Thr His Gln Asp Gln Tyr Ser Phe Ser Thr Asp Thr Val Glu Cys 165 170 175 Arg Phe Tyr Ser Phe His Val Val His Thr Pro Pro Leu His Pro Asp 180 185 190 Phe Lys Arg Ala Leu Gly Asp Leu Pro His His Phe Asn Ala Ser Thr 195 200 205 Gln Pro Ala Tyr Leu Arg Leu Ile Ser Asn Tyr Gly Thr His Phe Ile 210 215 220 Arg Ala Val Glu Leu Gly Gly Arg Ile Ser Ala Leu Thr Ala Leu Arg 225 230 235 240 Thr Cys Glu Leu Ala Leu Glu Gly Leu Thr Asp Asn Glu Val Glu Asp 245 250 255 Cys Leu Thr Val Glu Ala Gln Val Asn Ile Gly Ile His Gly Ser Ile 260 265 270 Ser Ala Glu Ala Lys Ala Cys Glu Glu Lys Lys Lys Lys His Lys Met 275 280 285 Thr Ala Ser Phe His Gln Thr Tyr Arg Glu Arg His Ser Glu Val Val 290 295 300 Gly Gly His His Thr Ser Ile Asn Asp Leu Leu Phe Gly Ile Gln Ala 305 310 315 320 Gly Pro Glu Gln Tyr Ser Ala Trp Val Asn Ser Leu Pro Gly Ser Pro 325 330 335 Gly Leu Val Asp Tyr Thr Leu Glu Pro Leu His Val Leu Leu Asp Ser 340 345 350 Gln Asp Pro Arg Arg Glu Ala Leu Arg Arg Ala Leu Ser Gln Tyr Leu 355 360 365 Thr Asp Arg Ala Arg Trp Arg Asp Cys Ser Arg Pro Cys Pro Pro Gly 370 375 380 Arg Gln Lys Ser Pro Arg Asp Pro Cys Gln Cys Val Cys His Gly Ser 385 390 395 400 Ala Val Thr Thr Gln Asp Cys Cys Pro Arg Gln Arg Gly Leu Ala Gln 405 410 415 Leu Glu Val Thr Phe Ile Gln Ala Trp Gly Leu Trp Gly Asp Trp Phe 420 425 430 Thr Ala Thr Asp Ala Tyr Val Lys Leu Phe Phe Gly Gly Gln Glu Leu 435 440 445 Arg Thr Ser Thr Val Trp Asp Asn Asn Asn Pro Ile Trp Ser Val Arg 450 455 460 Leu Asp Phe Gly Asp Val Leu Leu Ala Thr Gly Gly Pro Leu Arg Leu 465 470 475 480 Gln Val Trp Asp Gln Asp Ser Gly Arg Asp Asp Asp Leu Leu Gly Thr 485 490 495 Cys Asp Gln Ala Pro Lys Ser Gly Ser His Glu Val Arg Cys Asn Leu 500 505 510 Asn His Gly His Leu Lys Phe Arg Tyr His Ala Arg Cys Leu Pro His 515 520 525 Leu Gly Gly Gly Thr Cys Leu Asp Tyr Val Pro Gln Met Leu Leu Gly 530 535 540 Glu Pro Pro Gly Asn Arg Ser Gly Ala Val Trp 545 550 555 <210> 55 <211> 1193 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 55 ugaagaucag cuauuagaag agaaagauca guuaaguccu uuggaccuga ucagcuugau 60 acaagaacua cugauuucaa cuucuuuggc uuaauucucu cggaaacgau gaaauauaca 120 aguuauaucu uggcuuuuca gcucugcauc guuuuggguu cucuuggcug uuacugccag 180 gacccauaug uaaaagaagc agaaaaccuu aagaaauauu uuaaugcagg ucauucagau 240 guagcggaua auggaacucu uuucuuaggc auuuugaaga auuggaaaga ggagagugac 300 agaaaaauaa ugcagagcca aauugucucc uuuuacuuca aacuuuuuaa aaacuuuaaa 360 gaugaccaga gcauccaaaa gaguguggag accaucaagg aagacaugaa ugucaaguuu 420 uucaauagca acaaaaagaa acgagaugac uucgaaaagc ugacuaauua uucgguaacu 480 gacuugaaug uccaacgcaa agcaauacau gaacucaucc aagugauggc ugaacugucg 540 ccagcagcua aaacagggaa gcgaaaaagg agucagaugc uguuucaagg ucgaagagca 600 ucccaguaau gguuguccug ccugcaauau uugaauuuua aaucuaaauc uauuuauuaa 660 uauuuaacau uauuuauaug gggaauauau uuuuagacuc aucaaucaaa uaaguauuua 720 uaauagcaac uuuuguguaa ugaaaaugaa uaucuauuaa uauauguauu auuuauaauu 780 ccuauauccu gugacugucu cacuuaaucc uuuguuuucu gacuaauuag gcaaggcuau 840 gugauuacaa ggcuuuaucu caggggccaa cuaggcagcc aaccuaagca agaucccaug 900 gguugugugu uuauuucacu ugaugauaca augaacacuu auaagugaag ugauacuauc 960 caguuacugc cgguuugaaa auaugccugc aaucugagcc agugcuuuaa uggcauguca 1020 gacagaacuu gaauguguca ggugacccug augaaaacau agcaucucag gagauuucau 1080 gccuggugcu uccaaauauu guugacaacu gugacuguac ccaaauggaa aguaacucau 1140 uuguuaaaau uaucaauauc uaauauauau gaauaaagug uaaguucaca acu 1193 <210> 56 <211> 166 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 56 Met Lys Tyr Thr Ser Tyr Ile Leu Ala Phe Gln Leu Cys Ile Val Leu 1 5 10 15 Gly Ser Leu Gly Cys Tyr Cys Gln Asp Pro Tyr Val Lys Glu Ala Glu 20 25 30 Asn Leu Lys Lys Tyr Phe Asn Ala Gly His Ser Asp Val Ala Asp Asn 35 40 45 Gly Thr Leu Phe Leu Gly Ile Leu Lys Asn Trp Lys Glu Glu Ser Asp 50 55 60 Arg Lys Ile Met Gln Ser Gln Ile Val Ser Phe Tyr Phe Lys Leu Phe 65 70 75 80 Lys Asn Phe Lys Asp Asp Gln Ser Ile Gln Lys Ser Val Glu Thr Ile 85 90 95 Lys Glu Asp Met Asn Val Lys Phe Phe Asn Ser Asn Lys Lys Lys Arg 100 105 110 Asp Asp Phe Glu Lys Leu Thr Asn Tyr Ser Val Thr Asp Leu Asn Val 115 120 125 Gln Arg Lys Ala Ile His Glu Leu Ile Gln Val Met Ala Glu Leu Ser 130 135 140 Pro Ala Ala Lys Thr Gly Lys Arg Lys Arg Ser Gln Met Leu Phe Arg 145 150 155 160 Gly Arg Arg Ala Ser Gln 165 <210> 57 <211> 2589 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 57 cggcccgcug gagaggaagc ccgagagcug ccgcgcgccu gccggacgag ggcguagaag 60 ccaggcguca gagcccgggc uccggugggg ucccccaccc ggcccucggg ucccccgccc 120 ccugcucccu gcccauccca gcccacgcga cccucucgcg cgcggagggg cggguccucg 180 acggcuacgg gaaggugcca gcccgccccg gaugggcauc guggagccgg guugcggaga 240 caugcugacg ggcaccgagc cgaugccggg gagcgacgag ggccgggcgc cuggcgccga 300 cccgcagcac cgcuacuucu acccggagcc gggcgcgcag gacgcggacg agcgucgcgg 360 gggcggcagc cuggggucuc ccuacccggg gggcgccuug gugcccgccc cgccgagccg 420 cuuccuugga gccuacgccu acccgccgcg accccaggcg gccggcuucc ccggcgcggg 480 cgaguccuuc ccgccgcccg cggacgccga gggcuaccag ccgggcgagg gcuacgccgc 540 cccggacccg cgcgccgggc ucuacccggg gccgcgugag gacuacgcgc uacccgcggg 600 acuggaggug ucggggaaac ugagggucgc gcucaacaac caccuguugu gguccaaguu 660 uaaucagcac cagacagaga ugaucaucac caagcaggga cggcggaugu ucccauuccu 720 gucauuuacu guggccgggc uggagcccac cagccacuac aggauguuug uggacguggu 780 cuugguggac cagcaccacu ggcgguacca gagcggcaag ugggugcagu guggaaaggc 840 cgagggcagc augccaggaa accgccugua cguccacccg gacuccccca acacaggagc 900 gcacuggaug cgccaggaag uuucauuugg gaaacuaaag cucacaaaca acaagggggc 960 guccaacaau gugacccaga ugauugugcu ccagucccuc cauaaguacc agccccggcu 1020 gcauaucguu gaggugaacg acggagagcc agaggcagcc ugcaacgcuu ccaacacgca 1080 uaucuuuacu uuccaagaaa cccaguucau ugccgugacu gccuaccaga augccgagau 1140 uacucagcug aaaauugaua auaaccccuu ugccaaagga uuccgggaga acuuugaguc 1200 cauguacaca ucuguugaca ccagcauccc cuccccgccu ggacccaacu gucaauuccu 1260 ugggggagau cacuacucuc cucuccuacc caaccaguau ccuguuccca gccgcuucua 1320 ccccgaccuu ccuggccagg cgaaggaugu gguuccccag gcuuacuggc ugggggcccc 1380 ccgggaccac agcuaugagg cugaguuucg agcagucagc augaagccug cauucuugcc 1440 cucugccccu gggcccacca uguccuacua ccgaggccag gagguccugg caccuggagc 1500 uggcuggccu guggcacccc aguacccucc caagaugggc ccggccagcu gguuccgccc 1560 uaugcggacu cugcccaugg aacccggccc uggaggcuca gagggacggg gaccagagga 1620 ccaggguccc cccuuggugu ggacugagau ugcccccauc cggccggaau ccagugauuc 1680 aggacugggc gaaggagacu cuaagaggag gcgcgugucc cccuauccuu ccagugguga 1740 cagcuccucc ccugcugggg ccccuucucc uuuugauaag gaagcugaag gacaguuuua 1800 uaacuauuuu cccaacugag cagaugacau gaugaaagga acagaaacag uguuauuagg 1860 uuggaggaca ccgacuaauu ugggaaacgg augaaggacu gagaaggccc ccgcucccuc 1920 uggcccuucu cuguuuagua guugguuggg gaaguggggc ucaagaagga uuuugggguu 1980 caccagaugc uuccuggccc acgaugaaac cugagagggg uguccccuug ccccauccuc 2040 ugcccuaacu acagucguuu accuggugcu gcgucuugcu uuugguuucc agcuggagaa 2100 aagaagacaa gaaagucuug ggcaugaagg agcuuuuugc aucuaguggg ugggaggggu 2160 cagguguggg acaugggagc aggagacucc acuuucuucc uuuguacagu aacuuucaac 2220 cuuuucguug gcaugugugu uaaucccuga uccaaaaaga acaaauacac guauguuaua 2280 accaucagcc cgccaggguc agggaaagga cucaccugac uuuggacagc uggccugggc 2340 ucccccugcu caaacacagu ggggaucaga gaaaaggggc uggaaagggg ggaauggccc 2400 acaucucaag aagcaagaua uuguuugugg ugguugugug ugggugugug uuuuuucuuu 2460 uucuuucuuu uuauuuuuuu ugaauggggg aggcuauuua uuguacugag aguggugucu 2520 ggauauauuc cuuuugucuu caucacuuuc ugaaaauaaa cauaaaacug uuaaaaaaaa 2580 aaaaaaaaa 2589 <210> 58 <211> 535 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 58 Met Gly Ile Val Glu Pro Gly Cys Gly Asp Met Leu Thr Gly Thr Glu 1 5 10 15 Pro Met Pro Gly Ser Asp Glu Gly Arg Ala Pro Gly Ala Asp Pro Gln 20 25 30 His Arg Tyr Phe Tyr Pro Glu Pro Gly Ala Gln Asp Ala Asp Glu Arg 35 40 45 Arg Gly Gly Gly Ser Leu Gly Ser Pro Tyr Pro Gly Gly Ala Leu Val 50 55 60 Pro Ala Pro Pro Ser Arg Phe Leu Gly Ala Tyr Ala Tyr Pro Pro Arg 65 70 75 80 Pro Gln Ala Ala Gly Phe Pro Gly Ala Gly Glu Ser Phe Pro Pro Pro 85 90 95 Ala Asp Ala Glu Gly Tyr Gln Pro Gly Glu Gly Tyr Ala Ala Pro Asp 100 105 110 Pro Arg Ala Gly Leu Tyr Pro Gly Pro Arg Glu Asp Tyr Ala Leu Pro 115 120 125 Ala Gly Leu Glu Val Ser Gly Lys Leu Arg Val Ala Leu Asn Asn His 130 135 140 Leu Leu Trp Ser Lys Phe Asn Gln His Gln Thr Glu Met Ile Ile Thr 145 150 155 160 Lys Gln Gly Arg Arg Met Phe Pro Phe Leu Ser Phe Thr Val Ala Gly 165 170 175 Leu Glu Pro Thr Ser His Tyr Arg Met Phe Val Asp Val Val Leu Val 180 185 190 Asp Gln His His Trp Arg Tyr Gln Ser Gly Lys Trp Val Gln Cys Gly 195 200 205 Lys Ala Glu Gly Ser Met Pro Gly Asn Arg Leu Tyr Val His Pro Asp 210 215 220 Ser Pro Asn Thr Gly Ala His Trp Met Arg Gln Glu Val Ser Phe Gly 225 230 235 240 Lys Leu Lys Leu Thr Asn Asn Lys Gly Ala Ser Asn Asn Val Thr Gln 245 250 255 Met Ile Val Leu Gln Ser Leu His Lys Tyr Gln Pro Arg Leu His Ile 260 265 270 Val Glu Val Asn Asp Gly Glu Pro Glu Ala Ala Cys Asn Ala Ser Asn 275 280 285 Thr His Ile Phe Thr Phe Gln Glu Thr Gln Phe Ile Ala Val Thr Ala 290 295 300 Tyr Gln Asn Ala Glu Ile Thr Gln Leu Lys Ile Asp Asn Asn Pro Phe 305 310 315 320 Ala Lys Gly Phe Arg Glu Asn Phe Glu Ser Met Tyr Thr Ser Val Asp 325 330 335 Thr Ser Ile Pro Ser Pro Pro Gly Pro Asn Cys Gln Phe Leu Gly Gly 340 345 350 Asp His Tyr Ser Pro Leu Leu Pro Asn Gln Tyr Pro Val Pro Ser Arg 355 360 365 Phe Tyr Pro Asp Leu Pro Gly Gln Ala Lys Asp Val Val Pro Gln Ala 370 375 380 Tyr Trp Leu Gly Ala Pro Arg Asp His Ser Tyr Glu Ala Glu Phe Arg 385 390 395 400 Ala Val Ser Met Lys Pro Ala Phe Leu Pro Ser Ala Pro Gly Pro Thr 405 410 415 Met Ser Tyr Tyr Arg Gly Gln Glu Val Leu Ala Pro Gly Ala Gly Trp 420 425 430 Pro Val Ala Pro Gln Tyr Pro Pro Lys Met Gly Pro Ala Ser Trp Phe 435 440 445 Arg Pro Met Arg Thr Leu Pro Met Glu Pro Gly Pro Gly Gly Ser Glu 450 455 460 Gly Arg Gly Pro Glu Asp Gln Gly Pro Pro Leu Val Trp Thr Glu Ile 465 470 475 480 Ala Pro Ile Arg Pro Glu Ser Ser Asp Ser Gly Leu Gly Glu Gly Asp 485 490 495 Ser Lys Arg Arg Arg Val Ser Pro Tyr Pro Ser Ser Gly Asp Ser Ser 500 505 510 Ser Pro Ala Gly Ala Pro Ser Pro Phe Asp Lys Glu Ala Glu Gly Gln 515 520 525 Phe Tyr Asn Tyr Phe Pro Asn 530 535 <210> 59 <211> 3691 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 59 ggcgcaacgc ugagcagcug gcgcgucccg cgcggcccca guucugcgca gcuucccgag 60 gcuccgcacc agccgcgcuu cuguccgccu gcagggcauu ccagaaagau gaggauauuu 120 gcugucuuua uauucaugac cuacuggcau uugcugaacg cauuuacugu cacgguuccc 180 aaggaccuau augugguaga guaugguagc aauaugacaa uugaaugcaa auucccagua 240 gaaaaacaau uagaccuggc ugcacuaauu gucuauuggg aaauggagga uaagaacauu 300 auucaauuug ugcauggaga ggaagaccug aagguucagc auaguagcua cagacagagg 360 gcccggcugu ugaaggacca gcucucccug ggaaaugcug cacuucagau cacagaugug 420 aaauugcagg augcaggggu guaccgcugc augaucagcu augguggugc cgacuacaag 480 cgaauuacug ugaaagucaa ugccccauac aacaaaauca accaaagaau uuugguugug 540 gauccaguca ccucugaaca ugaacugaca ugucaggcug agggcuaccc caaggccgaa 600 gucaucugga caagcaguga ccaucaaguc cugaguggua agaccaccac caccaauucc 660 aagagagagg agaagcuuuu caaugugacc agcacacuga gaaucaacac aacaacuaau 720 gagauuuucu acugcacuuu uaggagauua gauccugagg aaaaccauac agcugaauug 780 gucaucccag aacuaccucu ggcacauccu ccaaaugaaa ggacucacuu gguaauucug 840 ggagccaucu uauuaugccu ugguguagca cugacauuca ucuuccguuu aagaaaaggg 900 agaaugaugg augugaaaaa auguggcauc caagauacaa acucaaagaa gcaaagugau 960 acacauuugg aggagacgua auccagcauu ggaacuucug aucuucaagc agggauucuc 1020 aaccuguggu uuagggguuc aucggggcug agcgugacaa gaggaaggaa ugggcccgug 1080 ggaugcaggc aaugugggac uuaaaaggcc caagcacuga aaauggaacc uggcgaaagc 1140 agaggaggag aaugaagaaa gauggaguca aacagggagc cuggagggag accuugauac 1200 uuucaaaugc cugaggggcu caucgacgcc ugugacaggg agaaaggaua cuucugaaca 1260 aggagccucc aagcaaauca uccauugcuc auccuaggaa gacggguuga gaaucccuaa 1320 uuugaggguc aguuccugca gaagugcccu uugccuccac ucaaugccuc aauuuguuuu 1380 cugcaugacu gagagucuca guguuggaac gggacaguau uuauguauga guuuuuccua 1440 uuuauuuuga gucugugagg ucuucuuguc augugagugu gguugugaau gauuucuuuu 1500 gaagauauau uguaguagau guuacaauuu ugucgccaaa cuaaacuugc ugcuuaauga 1560 uuugcucaca ucuaguaaaa cauggaguau uuguaaggug cuuggucucc ucuauaacua 1620 caaguauaca uuggaagcau aaagaucaaa ccguugguug cauaggaugu caccuuuauu 1680 uaacccauua auacucuggu ugaccuaauc uuauucucag accucaagug ucugugcagu 1740 aucuguucca uuuaaauauc agcuuuacaa uuauguggua gccuacacac auaaucucau 1800 uucaucgcug uaaccacccu guugugauaa ccacuauuau uuuacccauc guacagcuga 1860 ggaagcaaac agauuaagua acuugcccaa accaguaaau agcagaccuc agacugccac 1920 ccacuguccu uuuauaauac aauuuacagc uauauuuuac uuuaagcaau ucuuuuauuc 1980 aaaaaccauu uauuaagugc ccuugcaaua ucaaucgcug ugccaggcau ugaaucuaca 2040 gaugugagca agacaaagua ccuguccuca aggagcucau aguauaauga ggagauuaac 2100 aagaaaaugu auuauuacaa uuuaguccag ugucauagca uaaggaugau gcgaggggaa 2160 aacccgagca guguugccaa gaggaggaaa uaggccaaug uggucuggga cgguuggaua 2220 uacuuaaaca ucuuaauaau cagaguaauu uucauuuaca aagagagguc gguacuuaaa 2280 auaacccuga aaaauaacac uggaauuccu uuucuagcau uauauuuauu ccugauuugc 2340 cuuugccaua uaaucuaaug cuuguuuaua uagugucugg uauuguuuaa caguucuguc 2400 uuuucuauuu aaaugccacu aaauuuuaaa uucauaccuu uccaugauuc aaaauucaaa 2460 agaucccaug ggagaugguu ggaaaaucuc cacuucaucc uccaagccau ucaaguuucc 2520 uuuccagaag caacugcuac ugccuuucau ucauauguuc uucuaaagau agucuacauu 2580 uggaaaugua uguuaaaagc acguauuuuu aaaauuuuuu uccuaaauag uaacacauug 2640 uaugucugcu guguacuuug cuauuuuuau uuauuuuagu guuucuuaua uagcagaugg 2700 aaugaauuug aaguucccag ggcugaggau ccaugccuuc uuuguuucua aguuaucuuu 2760 cccauagcuu uucauuaucu uucauaugau ccaguauaug uuaaauaugu ccuacauaua 2820 cauuuagaca accaccauuu guuaaguauu ugcucuagga cagaguuugg auuuguuuau 2880 guuugcucaa aaggagaccc augggcucuc cagggugcac ugagucaauc uaguccuaaa 2940 aagcaaucuu auuauuaacu cuguaugaca gaaucauguc uggaacuuuu guuuucugcu 3000 uucugucaag uauaaacuuc acuuugaugc uguacuugca aaaucacauu uucuuucugg 3060 aaauuccggc aguguaccuu gacugcuagc uacccugugc cagaaaagcc ucauucguug 3120 ugcuugaacc cuugaaugcc accagcuguc aucacuacac agcccuccua agaggcuucc 3180 uggagguuuc gagauucaga ugcccuggga gaucccagag uuuccuuucc cucuuggcca 3240 uauucuggug ucaaugacaa ggaguaccuu ggcuuugcca caugucaagg cugaagaaac 3300 agugucucca acagagcucc uuguguuauc uguuuguaca ugugcauuug uacaguaauu 3360 ggugugacag uguucuuugu gugaauuaca ggcaagaauu guggcugagc aaggcacaua 3420 gucuacucag ucuauuccua aguccuaacu ccuccuugug guguuggauu uguaaggcac 3480 uuuaucccuu uugucucaug uuucaucgua aauggcauag gcagagauga uaccuaauuc 3540 ugcauuugau ugucacuuuu uguaccugca uuaauuuaau aaaauauucu uauuuauuuu 3600 guuacuuggu acaccagcau guccauuuuc uuguuuauuu uguguuuaau aaaauguuca 3660 guuuaacauc ccaguggaga aaguuaaaaa a 3691 <210> 60 <211> 290 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 60 Met Arg Ile Phe Ala Val Phe Ile Phe Met Thr Tyr Trp His Leu Leu 1 5 10 15 Asn Ala Phe Thr Val Thr Val Pro Lys Asp Leu Tyr Val Val Glu Tyr 20 25 30 Gly Ser Asn Met Thr Ile Glu Cys Lys Phe Pro Val Glu Lys Gln Leu 35 40 45 Asp Leu Ala Ala Leu Ile Val Tyr Trp Glu Met Glu Asp Lys Asn Ile 50 55 60 Ile Gln Phe Val His Gly Glu Glu Asp Leu Lys Val Gln His Ser Ser 65 70 75 80 Tyr Arg Gln Arg Ala Arg Leu Leu Lys Asp Gln Leu Ser Leu Gly Asn 85 90 95 Ala Ala Leu Gln Ile Thr Asp Val Lys Leu Gln Asp Ala Gly Val Tyr 100 105 110 Arg Cys Met Ile Ser Tyr Gly Gly Ala Asp Tyr Lys Arg Ile Thr Val 115 120 125 Lys Val Asn Ala Pro Tyr Asn Lys Ile Asn Gln Arg Ile Leu Val Val 130 135 140 Asp Pro Val Thr Ser Glu His Glu Leu Thr Cys Gln Ala Glu Gly Tyr 145 150 155 160 Pro Lys Ala Glu Val Ile Trp Thr Ser Ser Asp His Gln Val Leu Ser 165 170 175 Gly Lys Thr Thr Thr Thr Asn Ser Lys Arg Glu Glu Lys Leu Phe Asn 180 185 190 Val Thr Ser Thr Leu Arg Ile Asn Thr Thr Thr Asn Glu Ile Phe Tyr 195 200 205 Cys Thr Phe Arg Arg Leu Asp Pro Glu Glu Asn His Thr Ala Glu Leu 210 215 220 Val Ile Pro Glu Leu Pro Leu Ala His Pro Pro Asn Glu Arg Thr His 225 230 235 240 Leu Val Ile Leu Gly Ala Ile Leu Leu Cys Leu Gly Val Ala Leu Thr 245 250 255 Phe Ile Phe Arg Leu Arg Lys Gly Arg Met Met Asp Val Lys Lys Cys 260 265 270 Gly Ile Gln Asp Thr Asn Ser Lys Lys Gln Ser Asp Thr His Leu Glu 275 280 285 Glu Thr 290 <210> 61 <211> 440 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 61 Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Asp Cys Lys Ala Ser Gly Ile Thr Phe Ser Asn Ser 20 25 30 Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Ala Val Ile Trp Tyr Asp Gly Ser Lys Arg Tyr Tyr Ala Asp Ser Val 50 55 60 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Phe 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Thr Asn Asp Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser 100 105 110 Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Cys Ser 115 120 125 Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp 130 135 140 Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr 145 150 155 160 Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr 165 170 175 Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys 180 185 190 Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp 195 200 205 Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala 210 215 220 Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro 225 230 235 240 Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val 245 250 255 Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val 260 265 270 Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln 275 280 285 Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln 290 295 300 Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly 305 310 315 320 Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro 325 330 335 Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr 340 345 350 Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser 355 360 365 Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr 370 375 380 Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr 385 390 395 400 Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe 405 410 415 Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys 420 425 430 Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys 435 440 <210> 62 <211> 214 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 62 Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly 1 5 10 15 Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Tyr 20 25 30 Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Ser Asn Trp Pro Arg 85 90 95 Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala 100 105 110 Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly 115 120 125 Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala 130 135 140 Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln 145 150 155 160 Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser 165 170 175 Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr 180 185 190 Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser 195 200 205 Phe Asn Arg Gly Glu Cys 210 <210> 63 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 63 Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser Trp Ile His 1 5 10 <210> 64 <211> 18 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 64 Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val 1 5 10 15 Lys Gly <210> 65 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 65 Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr 1 5 <210> 66 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 66 Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala Val Ala 1 5 10 <210> 67 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 67 Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser 1 5 <210> 68 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 68 Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala Thr 1 5 <210> 69 <211> 118 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 69 Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser 20 25 30 Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val 50 55 60 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr 100 105 110 Leu Val Thr Val Ser Ser 115 <210> 70 <211> 108 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 70 Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala 20 25 30 Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala 85 90 95 Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg 100 105 <210> 71 <211> 447 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 71 Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser 20 25 30 Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val 50 55 60 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr 100 105 110 Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro 115 120 125 Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly 130 135 140 Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn 145 150 155 160 Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln 165 170 175 Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser 180 185 190 Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser 195 200 205 Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr 210 215 220 His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser 225 230 235 240 Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg 245 250 255 Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro 260 265 270 Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala 275 280 285 Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Ala Ser Thr Tyr Arg Val Val 290 295 300 Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr 305 310 315 320 Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr 325 330 335 Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu 340 345 350 Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys 355 360 365 Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser 370 375 380 Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp 385 390 395 400 Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser 405 410 415 Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala 420 425 430 Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly 435 440 445 <210> 72 <211> 214 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 72 Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala 20 25 30 Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala 85 90 95 Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala 100 105 110 Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly 115 120 125 Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala 130 135 140 Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln 145 150 155 160 Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser 165 170 175 Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr 180 185 190 Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser 195 200 205 Phe Asn Arg Gly Glu Cys 210 <210> 73 <211> 449 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 73 Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr 20 25 30 Ile Met Met Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Ser Ser Ile Tyr Pro Ser Gly Gly Ile Thr Phe Tyr Ala Asp Thr Val 50 55 60 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Ile Lys Leu Gly Thr Val Thr Thr Val Asp Tyr Trp Gly Gln 100 105 110 Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val 115 120 125 Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala 130 135 140 Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser 145 150 155 160 Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val 165 170 175 Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro 180 185 190 Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys 195 200 205 Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp 210 215 220 Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly 225 230 235 240 Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile 245 250 255 Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu 260 265 270 Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His 275 280 285 Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg 290 295 300 Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys 305 310 315 320 Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu 325 330 335 Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr 340 345 350 Thr Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu 355 360 365 Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp 370 375 380 Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val 385 390 395 400 Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp 405 410 415 Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His 420 425 430 Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro 435 440 445 Gly <210> 74 <211> 216 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 74 Gln Ser Ala Leu Thr Gln Pro Ala Ser Val Ser Gly Ser Pro Gly Gln 1 5 10 15 Ser Ile Thr Ile Ser Cys Thr Gly Thr Ser Ser Asp Val Gly Gly Tyr 20 25 30 Asn Tyr Val Ser Trp Tyr Gln Gln His Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu 35 40 45 Met Ile Tyr Asp Val Ser Asn Arg Pro Ser Gly Val Ser Asn Arg Phe 50 55 60 Ser Gly Ser Lys Ser Gly Asn Thr Ala Ser Leu Thr Ile Ser Gly Leu 65 70 75 80 Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ser Ser Tyr Thr Ser Ser 85 90 95 Ser Thr Arg Val Phe Gly Thr Gly Thr Lys Val Thr Val Leu Gly Gln 100 105 110 Pro Lys Ala Asn Pro Thr Val Thr Leu Phe Pro Pro Ser Ser Glu Glu 115 120 125 Leu Gln Ala Asn Lys Ala Thr Leu Val Cys Leu Ile Ser Asp Phe Tyr 130 135 140 Pro Gly Ala Val Thr Val Ala Trp Lys Ala Asp Gly Ser Pro Val Lys 145 150 155 160 Ala Gly Val Glu Thr Thr Lys Pro Ser Lys Gln Ser Asn Asn Lys Tyr 165 170 175 Ala Ala Ser Ser Tyr Leu Ser Leu Thr Pro Glu Gln Trp Lys Ser His 180 185 190 Arg Ser Tyr Ser Cys Gln Val Thr His Glu Gly Ser Thr Val Glu Lys 195 200 205 Thr Val Ala Pro Thr Glu Cys Ser 210 215 <210> 75 <211> 450 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 75 Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Arg Tyr 20 25 30 Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Ala Asn Ile Lys Gln Asp Gly Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val 50 55 60 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Glu Gly Gly Trp Phe Gly Glu Leu Ala Phe Asp Tyr Trp Gly 100 105 110 Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser 115 120 125 Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala 130 135 140 Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val 145 150 155 160 Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala 165 170 175 Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val 180 185 190 Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His 195 200 205 Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser Cys 210 215 220 Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Phe Glu Gly 225 230 235 240 Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met 245 250 255 Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His 260 265 270 Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val 275 280 285 His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr 290 295 300 Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly 305 310 315 320 Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Ser Ile 325 330 335 Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val 340 345 350 Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser 355 360 365 Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu 370 375 380 Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro 385 390 395 400 Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val 405 410 415 Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met 420 425 430 His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser 435 440 445 Pro Gly 450 <210> 76 <211> 215 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 76 Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly 1 5 10 15 Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Arg Val Ser Ser Ser 20 25 30 Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu 35 40 45 Ile Tyr Asp Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser 50 55 60 Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu 65 70 75 80 Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Gly Ser Leu Pro 85 90 95 Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala 100 105 110 Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser 115 120 125 Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu 130 135 140 Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser 145 150 155 160 Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu 165 170 175 Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val 180 185 190 Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys 195 200 205 Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys 210 215 <210> 77 <211> 440 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 77 Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Asp Cys Lys Ala Ser Gly Ile Thr Phe Ser Asn Ser 20 25 30 Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Ala Val Ile Trp Tyr Asp Gly Ser Lys Arg Tyr Tyr Ala Asp Ser Val 50 55 60 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Phe 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Thr Asn Asp Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser 100 105 110 Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Cys Ser 115 120 125 Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp 130 135 140 Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr 145 150 155 160 Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr 165 170 175 Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys 180 185 190 Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp 195 200 205 Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala 210 215 220 Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro 225 230 235 240 Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val 245 250 255 Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val 260 265 270 Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln 275 280 285 Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln 290 295 300 Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly 305 310 315 320 Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro 325 330 335 Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr 340 345 350 Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser 355 360 365 Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr 370 375 380 Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr 385 390 395 400 Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe 405 410 415 Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys 420 425 430 Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys 435 440 <210> 78 <211> 214 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 78 Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly 1 5 10 15 Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Tyr 20 25 30 Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Ser Asn Trp Pro Arg 85 90 95 Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala 100 105 110 Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly 115 120 125 Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala 130 135 140 Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln 145 150 155 160 Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser 165 170 175 Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr 180 185 190 Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser 195 200 205 Phe Asn Arg Gly Glu Cys 210 <210> 79 <211> 447 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 79 Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Val Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asn Tyr 20 25 30 Tyr Met Tyr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met 35 40 45 Gly Gly Ile Asn Pro Ser Asn Gly Gly Thr Asn Phe Asn Glu Lys Phe 50 55 60 Lys Asn Arg Val Thr Leu Thr Thr Asp Ser Ser Thr Thr Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Met Glu Leu Lys Ser Leu Gln Phe Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Arg Asp Tyr Arg Phe Asp Met Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln 100 105 110 Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val 115 120 125 Phe Pro Leu Ala Pro Cys Ser Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala 130 135 140 Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser 145 150 155 160 Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val 165 170 175 Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro 180 185 190 Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys 195 200 205 Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro 210 215 220 Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val 225 230 235 240 Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr 245 250 255 Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu 260 265 270 Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys 275 280 285 Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser 290 295 300 Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys 305 310 315 320 Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile 325 330 335 Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro 340 345 350 Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu 355 360 365 Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn 370 375 380 Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser 385 390 395 400 Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg 405 410 415 Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu 420 425 430 His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys 435 440 445 <210> 80 <211> 218 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Construct <400> 80 Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly 1 5 10 15 Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Lys Gly Val Ser Thr Ser 20 25 30 Gly Tyr Ser Tyr Leu His Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro 35 40 45 Arg Leu Leu Ile Tyr Leu Ala Ser Tyr Leu Glu Ser Gly Val Pro Ala 50 55 60 Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser 65 70 75 80 Ser Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln His Ser Arg 85 90 95 Asp Leu Pro Leu Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg 100 105 110 Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln 115 120 125 Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr 130 135 140 Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser 145 150 155 160 Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr 165 170 175 Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys 180 185 190 His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro 195 200 205 Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys 210 215 <210> 81 <211> 2471 <212> RNA <213> Homo sapiens <400> 81 agaaagcgag cagccaccca gcuccccgcc accgccaugg uccccgacac cgccugcguu 60 cuucugcuca cccuggcugc ccucggcgcg uccggacagg gccagagccc guugggcuca 120 gaccugggcc cgcagaugcu ucgggaacug caggaaacca acgcggcgcu gcaggacgug 180 cgggagcugc ugcggcagca ggucagggag aucacguucc ugaaaaacac ggugauggag 240 ugugacgcgu gcgggaugca gcagucagua cgcaccggcc uacccagcgu gcggccccug 300 cuccacugcg cgcccggcuu cugcuucccc ggcguggccu gcauccagac ggagagcggc 360 gcgcgcugcg gccccugccc cgcgggcuuc acgggcaacg gcucgcacug caccgacguc 420 aacgagugca acgcccaccc cugcuucccc cgaguccgcu guaucaacac cagcccgggg 480 uuccgcugcg aggcuugccc gccgggguac agcggcccca cccaccaggg cguggggcug 540 gcuuucgcca aggccaacaa gcagguuugc acggacauca acgaguguga gaccgggcaa 600 cauaacugcg uccccaacuc cgugugcauc aacacccggg gcuccuucca gugcggcccg 660 ugccagcccg gcuucguggg cgaccaggcg uccggcugcc agcggcgcgc acagcgcuuc 720 ugccccgacg gcucgcccag cgagugccac gagcaugcag acugcguccu agagcgcgau 780 ggcucgcggu cgugcgugug ugccguuggc ugggccggca acgggauccu cuguggucgc 840 gacacugacc uagacggcuu cccggacgag aagcugcgcu gcccggagcg ccagugccgu 900 aaggacaacu gcgugacugu gcccaacuca gggcaggagg auguggaccg cgauggcauc 960 ggagacgccu gcgauccgga ugccgacggg gacggggucc ccaaugaaaa ggacaacugc 1020 ccgcuggugc ggaacccaga ccagcgcaac acggacgagg acaagugggg cgaugcgugc 1080 gacaacugcc ggucccagaa gaacgacgac caaaaggaca cagaccagga cggccggggc 1140 gaugcgugcg acgacgacau cgacggcgac cggauccgca accaggccga caacugcccu 1200 aggguaccca acucagacca gaaggacagu gauggcgaug guauagggga ugccugugac 1260 aacugucccc agaagagcaa cccggaucag gcggaugugg accacgacuu ugugggagau 1320 gcuugugaca gcgaucaaga ccaggaugga gacggacauc aggacucucg ggacaacugu 1380 cccacggugc cuaacagugc ccaggaggac ucagaccacg auggccaggg ugaugccugc 1440 gacgacgacg acgacaauga cggagucccu gacagucggg acaacugccg ccuggugccu 1500 aaccccggcc aggaggacgc ggacagggac ggcgugggcg acgugugcca ggacgacuuu 1560 gaugcagaca aggugguaga caagaucgac guguguccgg agaacgcuga agucacgcuc 1620 accgacuuca gggccuucca gacagucgug cuggacccgg agggugacgc gcagauugac 1680 cccaacuggg uggugcucaa ccagggaagg gagaucgugc agacaaugaa cagcgaccca 1740 ggccuggcug uggguuacac ugccuucaau ggcguggacu ucgagggcac guuccaugug 1800 aacacgguca cggaugacga cuaugcgggc uucaucuuug gcuaccagga cagcuccagc 1860 uucuacgugg ucauguggaa gcagauggag caaacguauu ggcaggcgaa ccccuuccgu 1920 gcuguggccg agccuggcau ccaacucaag gcugugaagu cuuccacagg ccccggggaa 1980 cagcugcgga acgcucugug gcauacagga gacacagagu cccaggugcg gcugcugugg 2040 aaggacccgc gaaacguggg uuggaaggac aagaaguccu aucguugguu ccugcagcac 2100 cggccccaag ugggcuacau cagggugcga uucuaugagg gcccugagcu gguggccgac 2160 agcaacgugg ucuuggacac aaccaugcgg gguggccgcc ugggggucuu cugcuucucc 2220 caggagaaca ucaucugggc caaccugcgu uaccgcugca augacaccau cccagaggac 2280 uaugagaccc aucagcugcg gcaagccuag ggaccagggu gaggacccgc cggaugacag 2340 ccacccucac cgcggcugga ugggggcucu gcacccagcc ccaaggggug gccguccuga 2400 gggggaagug agaagggcuc agagaggaca aaauaaagug ugugugcagg gaaaaaaaaa 2460 aaaaaaaaaa a 2471 <210> 82 <211> 757 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 82 Met Val Pro Asp Thr Ala Cys Val Leu Leu Leu Thr Leu Ala Ala Leu 1 5 10 15 Gly Ala Ser Gly Gln Gly Gln Ser Pro Leu Gly Ser Asp Leu Gly Pro 20 25 30 Gln Met Leu Arg Glu Leu Gln Glu Thr Asn Ala Ala Leu Gln Asp Val 35 40 45 Arg Glu Leu Leu Arg Gln Gln Val Arg Glu Ile Thr Phe Leu Lys Asn 50 55 60 Thr Val Met Glu Cys Asp Ala Cys Gly Met Gln Gln Ser Val Arg Thr 65 70 75 80 Gly Leu Pro Ser Val Arg Pro Leu Leu His Cys Ala Pro Gly Phe Cys 85 90 95 Phe Pro Gly Val Ala Cys Ile Gln Thr Glu Ser Gly Ala Arg Cys Gly 100 105 110 Pro Cys Pro Ala Gly Phe Thr Gly Asn Gly Ser His Cys Thr Asp Val 115 120 125 Asn Glu Cys Asn Ala His Pro Cys Phe Pro Arg Val Arg Cys Ile Asn 130 135 140 Thr Ser Pro Gly Phe Arg Cys Glu Ala Cys Pro Pro Gly Tyr Ser Gly 145 150 155 160 Pro Thr His Gln Gly Val Gly Leu Ala Phe Ala Lys Ala Asn Lys Gln 165 170 175 Val Cys Thr Asp Ile Asn Glu Cys Glu Thr Gly Gln His Asn Cys Val 180 185 190 Pro Asn Ser Val Cys Ile Asn Thr Arg Gly Ser Phe Gln Cys Gly Pro 195 200 205 Cys Gln Pro Gly Phe Val Gly Asp Gln Ala Ser Gly Cys Gln Arg Arg 210 215 220 Ala Gln Arg Phe Cys Pro Asp Gly Ser Pro Ser Glu Cys His Glu His 225 230 235 240 Ala Asp Cys Val Leu Glu Arg Asp Gly Ser Arg Ser Cys Val Cys Ala 245 250 255 Val Gly Trp Ala Gly Asn Gly Ile Leu Cys Gly Arg Asp Thr Asp Leu 260 265 270 Asp Gly Phe Pro Asp Glu Lys Leu Arg Cys Pro Glu Arg Gln Cys Arg 275 280 285 Lys Asp Asn Cys Val Thr Val Pro Asn Ser Gly Gln Glu Asp Val Asp 290 295 300 Arg Asp Gly Ile Gly Asp Ala Cys Asp Pro Asp Ala Asp Gly Asp Gly 305 310 315 320 Val Pro Asn Glu Lys Asp Asn Cys Pro Leu Val Arg Asn Pro Asp Gln 325 330 335 Arg Asn Thr Asp Glu Asp Lys Trp Gly Asp Ala Cys Asp Asn Cys Arg 340 345 350 Ser Gln Lys Asn Asp Asp Gln Lys Asp Thr Asp Gln Asp Gly Arg Gly 355 360 365 Asp Ala Cys Asp Asp Asp Ile Asp Gly Asp Arg Ile Arg Asn Gln Ala 370 375 380 Asp Asn Cys Pro Arg Val Pro Asn Ser Asp Gln Lys Asp Ser Asp Gly 385 390 395 400 Asp Gly Ile Gly Asp Ala Cys Asp Asn Cys Pro Gln Lys Ser Asn Pro 405 410 415 Asp Gln Ala Asp Val Asp His Asp Phe Val Gly Asp Ala Cys Asp Ser 420 425 430 Asp Gln Asp Gln Asp Gly Asp Gly His Gln Asp Ser Arg Asp Asn Cys 435 440 445 Pro Thr Val Pro Asn Ser Ala Gln Glu Asp Ser Asp His Asp Gly Gln 450 455 460 Gly Asp Ala Cys Asp Asp Asp Asp Asp Asn Asp Gly Val Pro Asp Ser 465 470 475 480 Arg Asp Asn Cys Arg Leu Val Pro Asn Pro Gly Gln Glu Asp Ala Asp 485 490 495 Arg Asp Gly Val Gly Asp Val Cys Gln Asp Asp Phe Asp Ala Asp Lys 500 505 510 Val Val Asp Lys Ile Asp Val Cys Pro Glu Asn Ala Glu Val Thr Leu 515 520 525 Thr Asp Phe Arg Ala Phe Gln Thr Val Val Leu Asp Pro Glu Gly Asp 530 535 540 Ala Gln Ile Asp Pro Asn Trp Val Val Leu Asn Gln Gly Arg Glu Ile 545 550 555 560 Val Gln Thr Met Asn Ser Asp Pro Gly Leu Ala Val Gly Tyr Thr Ala 565 570 575 Phe Asn Gly Val Asp Phe Glu Gly Thr Phe His Val Asn Thr Val Thr 580 585 590 Asp Asp Asp Tyr Ala Gly Phe Ile Phe Gly Tyr Gln Asp Ser Ser Ser 595 600 605 Phe Tyr Val Val Met Trp Lys Gln Met Glu Gln Thr Tyr Trp Gln Ala 610 615 620 Asn Pro Phe Arg Ala Val Ala Glu Pro Gly Ile Gln Leu Lys Ala Val 625 630 635 640 Lys Ser Ser Thr Gly Pro Gly Glu Gln Leu Arg Asn Ala Leu Trp His 645 650 655 Thr Gly Asp Thr Glu Ser Gln Val Arg Leu Leu Trp Lys Asp Pro Arg 660 665 670 Asn Val Gly Trp Lys Asp Lys Lys Ser Tyr Arg Trp Phe Leu Gln His 675 680 685 Arg Pro Gln Val Gly Tyr Ile Arg Val Arg Phe Tyr Glu Gly Pro Glu 690 695 700 Leu Val Ala Asp Ser Asn Val Val Leu Asp Thr Thr Met Arg Gly Gly 705 710 715 720 Arg Leu Gly Val Phe Cys Phe Ser Gln Glu Asn Ile Ile Trp Ala Asn 725 730 735 Leu Arg Tyr Arg Cys Asn Asp Thr Ile Pro Glu Asp Tyr Glu Thr His 740 745 750 Gln Leu Arg Gln Ala 755

Claims (139)

  1. 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하는 방법으로서, 상기 방법은 상기 개체로부터의 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 유전자 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하되,
    여기서 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인하는, 방법.
  2. 암이 있는 개체에 대한 치료법을 선정하는 방법으로서, 상기 방법은 상기 개체로부터의 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 유전자 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하되,
    여기서 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인하는, 방법.
  3. 청구항 1 또는 2에 있어서, 상기 샘플에서의 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준은 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이고, 상기 방법은 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법을 투여하는 것을 추가로 포함하는, 방법.
  4. 청구항 1 내지 3 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준은 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인, 방법.
  5. 청구항 1 내지 4 중 어느 한 항에 있어서, 상기 TGFB1 및/또는 TGFBR1의 발현 수준은 TGFB1 및/또는 TGFBR1의 참조 수준에 있거나 또는 그 초과인, 방법.
  6. 청구항 4 또는 5에 있어서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 발현 수준은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인, 방법.
  7. 암이 있는 개체를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은,
    (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 유전자 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준을 결정하는 단계(상기 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준은 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정됨); 및
    (b) 단계　(a)에서 결정된 3개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에 기초하여 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법을 투여하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  8. 청구항 7에 있어서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준은 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정된, 방법.
  9. 청구항 7 또는 8에 있어서, TGFB1 및/또는 TGFBR1의 발현 수준은 TGFB1 및/또는 TGFBR1의 참조 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정된, 방법.
  10. 청구항 7 내지 9 중 어느 한 항에 있어서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 발현 수준은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정된, 방법.
  11. 암이 있는 개체를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법을 투여하는 단계를 포함하고, 여기서 치료 이전 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준은 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정된, 방법.
  12. 청구항 11에 있어서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준은 3개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정된, 방법.
  13. 청구항 11 또는 12에 있어서, TGFB1 및/또는 TGFBR1의 발현 수준은 TGFB1 및/또는 TGFBR1의 참조 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정된, 방법.
  14. 청구항 11 내지 13 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 발현 수준은 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 및 TGFBR2의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정된, 방법.
  15. 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하는 방법으로서, 상기 방법은 상기 개체로부터의 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하되,
    상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함하고, 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인하는, 방법.
  16. 암이 있는 개체에 대해 치료법을 선정하는 방법으로서, 상기 방법은 상기 개체로부터의 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하되,
    상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함하고, 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인하는, 방법.
  17. 청구항 15 또는 16에 있어서, 상기 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과이고, 상기 방법은 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법을 추가로 포함하는, 방법.
  18. 청구항 15 내지 17 중 어느 한 항에 있어서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인, 방법.
  19. 청구항 15 내지 18 중 어느 한 항에 있어서, TGFB1 및/또는 TGFBR1의 발현 수준은 TGFB1 및/또는 TGFBR1의 참조 수준에 있거나 또는 그 초과인, 방법.
  20. 암이 있는 개체를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은,
    (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계로서,
    상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함하고, 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정된, 상기 결정하는 단계; 및
    (b) 단계　(a)에서 결정된 하나 이상의 유전자의 발현 수준에 기초하여 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법을 투여하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  21. 청구항 20에 있어서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 것으로 결정된, 방법.
  22. 청구항 20 또는 21에 있어서, TGFB1 및/또는 TGFBR1의 발현 수준은 TGFB1 및/또는 TGFBR1의 참조 수준에 있거나 또는 그 초과인, 방법.
  23. 암이 있는 개체를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법을 투여하는 것을 포함하고, 여기서 치료 이전 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되었고, 상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함하는, 방법.
  24. 청구항 23에 있어서, ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 또는 6개 모두의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정된, 방법.
  25. 청구항 24에 있어서, TGFB1 및/또는 TGFBR1의 발현 수준은 TGFB1 및/또는 TGFBR1의 참조 수준에 있거나 또는 그 초과인, 방법.
  26. 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 평가하는 방법으로서, 상기 방법은,
    (a) 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 투여 동안 또는 그 후의 시점에서 상기 개체로부터의 샘플에서 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 유전자 중 5개 또는 그 초과의 발현 수준을 결정하는 단계; 및
    (b) 5개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준과 상기 샘플에서 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준의 비교에 기초하여 치료를 유지, 조정 또는 중단하는 단계를 포함하되,
    여기서 5개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 비교된 상기 개체로부터의 샘플에서 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에서의 변화는 항-암 요법으로의 치료에 반응을 나타내는, 방법.
  27. 청구항 26에 있어서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는, 방법.
  28. 청구항 27에 있어서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는, 방법.
  29. 청구항 26 내지 28 중 어느 한 항에 있어서, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준은 5개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 비하여 변화되는, 방법.
  30. 청구항 29에 있어서, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1의 발현 수준은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1의 참조 발현 수준에 비하여 변화되는, 방법.
  31. 청구항 26 내지 30 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변화는 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에서의 증가이고 치료는 조정 또는 중단되는, 방법.
  32. 청구항 26 내지 30 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변화는 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에서의 감소이고 치료는 유지되는, 방법.
  33. 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터링하는 방법으로서, 상기 방법은,
    (a) 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 투여 동안 또는 그 후의 시점에서 상기 개체로부터의 샘플에서 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 유전자 중 5개 또는 그 초과의 발현 수준을 결정하는 단계: 및
    (b) 상기 개체로부터의 샘플에서 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준을 5개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준과 비교하고, 그것에 의해 항-암 요법으로 치료를 받은 상기 개체의 반응을 모니터링하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  34. 청구항 33에 있어서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  35. 청구항 34에 있어서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  36. 청구항 33 내지 35 중 어느 한 항에 있어서, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준은 5개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 비하여 변화되는, 방법.
  37. 청구항 36에 있어서, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1의 발현 수준은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 및 TPM1의 참조 발현 수준에 비하여 변화되는, 방법.
  38. 청구항 33 내지 37 중 어느 한 항에 있어서, 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에서의 증가는 치료에 대한 개체의 반응의 결여를 나타내는, 방법.
  39. 청구항 33 내지 37 중 어느 한 항에 있어서, 5개 또는 그 초과 유전자의 발현 수준에서의 감소는 치료에 대한 개체의 반응을 나타내는, 방법.
  40. 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 평가하는 방법으로서, 상기 방법은,
    (a) 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 투여 동안 또는 그 후의 시점에서 상기 개체로부터의 샘플에서 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계(상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19, ACTG2, CNN1, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1을 포함함); 및
    (b) 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준과 상기 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 비교에 기초하여 치료를 유지, 조정 또는 중단하는 단계
    를 포함하되,
    여기서 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 비교된 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서의 변화는 항-암 요법으로의 치료에 반응을 나타내는 방법.
  41. 청구항 40에 있어서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  42. 청구항 40 또는 41에 있어서, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 비하여 변화되는, 방법.
  43. 청구항 40 내지 42 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변화는 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서 증가이고 상기 치료는 조정 또는 중단되는, 방법.
  44. 청구항 40 내지 43 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변화는 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서 감소이고 상기 치료는 유지되는, 방법.
  45. 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터링하는 방법으로서, 상기 방법은 하기 단계를 포함하는, 방법:
    (a) 상기 개체에게 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 투여 동안 또는 그 후의 시점에서 상기 개체로부터의 샘플에서 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하는 단계(상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19, ACTG2, CNN1, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1을 포함함); 및
    (b) 상기 개체로부터의 샘플에서 하나 이상의 유전자의 발현 수준을 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준과 비교하고, 그것에 의해 항-암 요법으로 치료를 받은 상기 개체의 반응을 모니터링하는 단계.
  46. 청구항 45에 있어서, 상기 방법은 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  47. 청구항 45 또는 46에 있어서, ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 또는 19개 모두의 발현 수준은 5개 또는 그 초과 유전자의 참조 발현 수준에 비하여 변화되는, 방법.
  48. 청구항 45 내지 47 중 어느 한 항에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서 증가는 치료에 대해 상기 개체의 반응의 결여를 나타내는, 방법.
  49. 청구항 45 내지 47 중 어느 한 항에 있어서, 상기 하나 이상의 유전자의 발현 수준에서 감소는 치료에 대해 상기 개체의 반응을 나타내는, 방법.
  50. 청구항 1 내지 49 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플에서 PD-L1, CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가의 유전자의 발현 수준을 결정하는 단계를 더 포함하는, 방법.
  51. 청구항 50에 있어서, 상기 하나 이상의 추가의 유전자는 PD-L1인, 방법.
  52. 청구항 50에 있어서, 상기 하나 이상의 추가의 유전자는 CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21로 구성되는 군으로부터 선택되는, 방법.
  53. 청구항 52에 있어서, 상기 방법은 CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21 중 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 또는 8개 모두의 발현 수준을 결정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  54. 청구항 53에 있어서, 상기 방법은 CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21의 발현 수준을 결정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  55. 청구항 1 내지 54 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 상기 개체로부터의 종양 샘플에서 종양 돌연변이 부담 (TMB) 점수를 결정하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  56. 암이 있는 개체에 대한 치료법을 선택하는 방법으로서, 상기 방법은 하기 단계를 포함하는, 방법:
    (i) 상기 개체로부터의 샘플에서 하기 유전자 중 하나 이상의 발현 수준:
    ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1; 및
    (ii) 상기 개체로부터의 샘플에서 CD8A, CXCL10, CXCL9, GZMA, GZMB, IFNG, PRF1, 및 TBX21로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 추가의 유전자의 발현 수준, 또는 상기 개체로부터의 종양 샘플에서 TMB 점수
    를 결정하는 단계로서,
    여기서:
    (i) 중 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 (i) 중 하나 이상의 유전자의 발현 수준은 상기 개체를 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인하고, 그리고
    하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준 미만인 (i) 중 하나 이상의 유전자의 발현 수준 및 (ii) 중 하나 이상의 추가의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 또는 그 초과인 (ii) 중 하나 이상의 추가의 유전자의 발현 수준, 또는 참조 TMB 점수에 있거나 또는 그 초과인 종양 샘플에서의 TMB 점수는 상기 개체를 면역요법 단독을 포함하는 항-암 요법으로의 치료로 이점이 있을 수 있는 개체로 확인함.
  57. 청구항 56에 있어서, 상기 개체에게 상기 개체가 치료부터 이점이 있을 수 있는 항-암 요법을 투여하는 것을 더 포함하는, 방법.
  58. 청구항 1 내지 57 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암은 방광암, 신장암, 폐암, 간암, 난소암, 췌장 암, 결장직장암, 또는 유방암으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  59. 청구항 58에 있어서, 상기 암은 방광암인, 방법.
  60. 청구항 59에 있어서, 상기 방광암은 요상피 암종 (UC)인, 방법.
  61. 청구항 60에 있어서, 상기 UC는 전이성 UC인, 방법.
  62. 청구항 58에 있어서, 상기 췌장 암은 췌장 관상 선암종 (PDAC)인, 방법.
  63. 청구항 1 내지 62 중 어느 한 항에 있어서, 상기 개체로부터의 종양은 종양주위 기질 구획에 CD8+ T-세포의 편재화를 특징으로 하는 면역 배제된 표현형을 갖는, 방법.
  64. 청구항 63에 있어서, CD8+ T-세포는 콜라겐 섬유 또는 그 근처에 편재하는, 방법.
  65. 청구항 1 내지 64 중 어느 한 항에 있어서, 상기 참조 발현 수준은 암이 있는 개체의 모집단으로부터 결정되는, 방법.
  66. 청구항 65에 있어서, 상기 참조 발현 수준은 중앙 발현 수준이거나 또는 Z-점수-형질전환된 발현 수준의 원리 성분 분석에 의해 결정되는, 방법.
  67. 청구항 1 내지 66 중 어느 한 항에 있어서, 상기 발현 수준은 핵산 발현 수준인, 방법.
  68. 청구항 67에 있어서, 상기 핵산 발현 수준은 mRNA 발현 수준인, 방법.
  69. 청구항 68에 있어서, 상기 mRNA 발현 수준은 RNA-seq, RT-qPCR, qPCR, 다중 qPCR 또는 RT-qPCR, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술, ISH, 또는 이들의 조합에 의해 결정되는, 방법.
  70. 청구항 1 내지 66 중 어느 한 항에 있어서, 상기 발현 수준은 단백질 발현 수준인, 방법.
  71. 청구항 70에 있어서, 상기 단백질 발현 수준은 면역조직화학 (IHC), 웨스턴 블랏, 효소-결합 면역흡착 검정 (ELISA), 면역침강, 면역형광, 방사선면역검정, 또는 질량 분광분석법에 의해 결정되는, 방법.
  72. 청구항 1 내지 71 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플은 조직 샘플, 세포 샘플, 전혈 샘플, 혈장 샘플, 혈청 샘플, 또는 이들의 조합인, 방법.
  73. 제72항에 있어서, 상기 조직 샘플은 종양 조직 샘플인, 방법.
  74. 청구항 73에 있어서, 상기 종양 조직 샘플은 종양 세포, 종양-침윤하는 면역 세포, 기질 세포, 또는 이들의 조합을 포함하는, 방법.
  75. 청구항 73 또는 74에 있어서, 상기 종양 조직 샘플은 포르말린-고정된 및 파라핀-포매된 (FFPE) 샘플, 기록 샘플, 신선한 샘플, 또는 냉동된 샘플인, 방법.
  76. 청구항 1 내지 75 중 어느 한 항에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제는 형질전환 성장 인자 베타 (TGF-β), 포도플라닌 (PDPN), 백혈구-연관된 면역글로불린-유사 수용체 1 (LAIR1), SMAD, 역형성 림프종 키나제 (ALK), 결합 조직 성장 인자 (CTGF/CCN2), 내피성-1 (ET-1), AP-1, 인터류킨 (IL)-13, 라이실 옥시다제 동족체 2 (LOXL2), 엔도글린 (CD105), 섬유모세포 활성화 단백질 (FAP), 혈관 세포 유착 단백질 1 (CD106), 흉선세포 항원 1 (THY1), 베타 1 인테그린 (CD29), 혈소판-유래된 성장 인자 (PDGF), PDGF 수용체 A (PDGFRα), PDGF 수용체 B (PDGFRβ), 비멘틴, 평활근 액틴 알파 (ACTA2), 데스민, 엔도시알린 (CD248), 또는 S100 칼슘-결합 단백질 A4 (S100A4) 길항제인, 방법.
  77. 청구항 1 내지 75 중 어느 한 항에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제는 퍼페니돈, 갈루니세르팁, 또는 닌테다닙인, 방법.
  78. 청구항 76에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제는 TGF-β 길항제인, 방법.
  79. 청구항 78에 있어서, 상기 TGF-β 길항제는 TGF-β 결합 길항제인, 방법.
  80. 청구항 79에 있어서, 상기 TGF-β 결합 길항제는 그것의 리간드 결합 파트너에 대한 TGF-β의 결합을 억제하는, 방법.
  81. 청구항 79 또는 80에 있어서, 상기 TGF-β 결합 길항제는 TGF-β에 대한 세포 수용체에 대해 TGF-β의 결합을 억제하는, 방법.
  82. 청구항 79 내지 81 중 어느 한 항에 있어서, 상기 TGF-β 결합 길항제는 TGF-β의 활성화를 억제하는, 방법.
  83. 청구항 78 내지 82 중 어느 한 항에 있어서, 상기 TGF-β 길항제는 TGF-β1, TGF-β2, 및/또는 TGF-β3을 억제하는, 방법.
  84. 청구항 83에 있어서, 상기 TGF-β 길항제는 TGF-β1, TGF-β2, 및 TGF-β3을 억제하는, 방법.
  85. 청구항 78 내지 84 중 어느 한 항에 있어서, 상기 TGF-β 길항제는 TGF-β 수용체-1 (TGFBR1), TGF-β 수용체-2 (TGFBR2), 및/또는 TGF-β 수용체-3 (TGFBR3)을 억제하는, 방법.
  86. 청구항 78 내지 85 중 어느 한 항에 있어서, 상기 TGF-β 길항제는 폴리펩타이드, 소분자, 또는 핵산인, 방법.
  87. 청구항 86에 있어서, 상기 TGF-β 길항제는 폴리펩타이드인, 방법.
  88. 청구항 87에 있어서, 상기 폴리펩타이드는 항-TGF-β 항체, 가용성 TGF-β 수용체, 또는 펩타이드인, 방법.
  89. 청구항 88에 있어서, 상기 폴리펩타이드는 항-TGF-β 항체인, 방법.
  90. 청구항 89에 있어서, 상기 항-TGF-β 항체는 범-특이적 항-TGF-β 항체인, 방법.
  91. 청구항 89 또는 90에 있어서, 상기 항-TGF-β 항체는 프레솔리무맙, 메텔리무맙, 레르델리무맙, 1D11, 2G7, 또는 이의 유도체인, 방법.
  92. 청구항 88에 있어서, 상기 펩타이드는 디시테르타이드 (P144)인, 방법.
  93. 청구항 86에 있어서, 상기 TGF-β 길항제는 소분자인, 방법.
  94. 청구항 93에 있어서, 상기 소분자는 갈루니세르팁 (LY2157299), LY2382770, LY3022859, SB-431542, SD208, SM16, 트라닐라스트, 피르페니돈, TEW-7197, PF-03446962, 및 피롤-이미다졸 폴리아미드로 구성되는 군으로부터 선택되는, 방법.
  95. 청구항 86에 있어서, 상기 TGF-β 길항제는 핵산인, 방법.
  96. 청구항 95에 있어서, 상기 핵산은 트라베데르센 (AP12009) 또는 벨라겐퓨마튜셀-L인, 방법.
  97. 청구항 1 내지 96 중 어느 한 항에 있어서, 상기 면역요법은 CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, CD40, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMGB1, 또는 TLR 효능제를 포함하는, 방법.
  98. 청구항 1 내지 96 중 어느 한 항에 있어서, 상기 면역요법은 PD-L1 축, CTLA-4, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제를 포함하는, 방법.
  99. 청구항 98에 있어서, 상기 면역요법은 PD-L1 축 길항제인, 방법.
  100. 청구항 99에 있어서, 상기 PD-L1 축 길항제는 PD-L1 축 결합 길항제인, 방법.
  101. 청구항 100에 있어서, 상기 PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제로 구성되는 군으로부터 선택되는, 방법.
  102. 청구항 101에 있어서, 상기 PD-L1 축 결합 길항제가 PD-L1 결합 길항제인, 방법.
  103. 청구항 102에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대의 하나 이상으로의 PD-L1의 결합을 억제하는, 방법.
  104. 청구항 103에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-1으로의 PD-L1의 결합을 억제하는, 방법.
  105. 청구항 103에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 B7-1으로의 PD-L1의 결합을 억제하는, 방법.
  106. 청구항 103 내지 105 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및 B7-1 둘 모두로의 PD-L1의 결합을 억제하는, 방법.
  107. 청구항 102 내지 106 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 항-PD-L1 항체인, 방법.
  108. 청구항 107에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는 단클론성 항-PD-L1 항체인, 방법.
  109. 청구항 107 또는 108에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는 인간, 인간화된, 또는 키메라 항-PD-L1 항체인, 방법.
  110. 청구항 107 내지 109 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는 MPDL3280A (아테졸리주맙), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (드루발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙)로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  111. 청구항 107 내지 110 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는 하기 초가변성 영역 (HVR)을 포함하는, 방법:
    (a) 하기의 HVR-H1 서열: GFTFSDSWIH (서열번호:63);
    (b) 하기의 HVR-H2 서열: AWISPYGGSTYYADSVKG (서열번호:64);
    (c) 하기의 HVR-H3 서열: RHWPGGFDY (서열번호:65);
    (d) 하기의 HVR-L1 서열: RASQDVSTAVA (서열번호:66);
    (e) 하기의 HVR-L2 서열: SASFLYS (서열번호:67); 및
    (f) 하기의 HVR-L3 서열: QQYLYHPAT (서열번호:68).
  112. 청구항 107 내지 111 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는,
    (a) 하기의 아미노산 서열에 적어도 90% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변성 (VH) 도메인: EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS (서열번호:69);
    (b) 하기의 아미노산 서열에 적어도 90% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변성 (VL) 도메인: DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (서열번호:70); 또는
    (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인
    을 포함하는, 방법.
  113. 청구항 112에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는,
    (a) 하기의 아미노산 서열에 적어도 95% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호:69;
    (b) 하기의 아미노산 서열에 적어도 95% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호:70; 또는
    (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인
    을 포함하는, 방법.
  114. 청구항 113에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는,
    (a) 하기의 아미노산 서열에 적어도 96% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호:69;
    (b) 하기의 아미노산 서열에 적어도 96% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호:70; 또는
    (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인
    을 포함하는, 방법.
  115. 청구항 114에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는,
    (a) 하기의 아미노산 서열에 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호:69;
    (b) 하기의 아미노산 서열에 적어도 97% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호:70; 또는
    (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인
    을 포함하는, 방법.
  116. 청구항 115에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는,
    (a) 하기의 아미노산 서열에 적어도 98% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호:69;
    (b) 하기의 아미노산 서열에 적어도 98% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호:70; 또는
    (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인
    을 포함하는, 방법.
  117. 청구항 116에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는,
    (a) 하기의 아미노산 서열에 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호:69;
    (b) 하기의 아미노산 서열에 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호:70; 또는
    (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인
    을 포함하는, 방법.
  118. 청구항 117에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는,
    (a) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호:69;
    (b) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호:70; 또는
    (c) (a)에서와 같은 VH 도메인 및 (b)에서와 같은 VL 도메인
    을 포함하는, 방법.
  119. 청구항 118에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는,
    (a) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VH 도메인: 서열번호:69; 및
    (b) 하기의 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인: 서열번호:70
    을 포함하는, 방법.
  120. 청구항 119에 있어서, 상기 항-PD-L1 항체는 아테졸리주맙인, 방법.
  121. 청구항 101에 있어서, 상기 PD-L1 축 결합 길항제가 PD-1 결합 길항제인, 방법.
  122. 청구항 121에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 그것의 리간드 결합 파트너에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 방법.
  123. 청구항 121 또는 122에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-L1에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 방법.
  124. 청구항 121 내지 123 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-L2에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 방법.
  125. 청구항 121 내지 124 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제가 PD-L1 및 PD-L2 둘 모두로의 PD-1의 결합을 억제하는, 방법.
  126. 청구항 121 내지 125 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 항-PD-1 항체인, 방법.
  127. 청구항 126에 있어서, 상기 항-PD-1 항체는 단클론성 항-PD-1 항체인, 방법.
  128. 청구항 126 또는 127에 있어서, 상기 항-PD-1 항체는 인간, 인간화된, 또는 키메라 항-PD-1 항체인, 방법.
  129. 청구항 1 내지 128 중 어느 한 항에 있어서, 상기 개체에게 추가의 치료제를 투여하는 것을 더 포함하는, 방법.
  130. 청구항 129에 있어서, 상기 추가의 치료제 면역요법제, 세포독성 약물, 성장 억제성 제제, 방사선 요법제, 항-혈관신생제, 및 이들의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는, 방법.
  131. 제1항 내지 제130항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 개체가 인간인, 방법.
  132. 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하기 위한 키트로서,
    (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 유전자 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준을 결정하기 위한 시약; 및, 선택적으로,
    (b) 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하기 위해 상기 시약을 사용하는 지침
    을 포함하는 키트.
  133. 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하기 위한 키트로서,
    (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약(상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함함); 및, 선택적으로,
    (b) 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로의 치료로부터 이점이 있을 수 있는 암이 있는 개체를 확인하기 위해 상기 시약을 사용하는 지침
    을 포함하는 키트.
  134. 암을 앓고 있는 개체를 치료하는 방법에 사용하기 위한 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로서, 여기서 치료 이전 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정된, 항-암 요법.
  135. 암을 앓고 있는 개체를 치료하는 방법에 사용하기 위한 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로서, 여기서 치료 이전 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되고, 상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함하는, 항-암 요법.
  136. 암을 앓고 있는 개체를 치료하기 위한 약제의 제조에 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 용도로서, 여기서 치료 이전 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 3개 또는 그 초과의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정된, 용도.
  137. 암을 앓고 있는 개체를 치료하기 위한 약제의 제조에 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법의 용도로서, 여기서 치료 이전 ACTA2, ADAM19, COMP, CTGF, TGFB1, 또는 TGFBR2 중 하나 이상의 발현 수준은 하나 이상의 유전자의 참조 발현 수준에 있거나 그 초과인 것으로 결정되고, 상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19 또는 COMP를 포함하는, 용도.
  138. 암이 있는 개체의 반응을 모니터링하는 키트로서,
    (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 유전자 중 5개 또는 그 초과의 발현 수준을 결정하기 위한 시약; 및, 선택적으로,
    (b) 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터하기 위해 상기 시약을 사용하는 지침
    을 포함하는, 키트.
  139. 암이 있는 개체의 반응을 모니터링하는 키트로서,
    (a) 상기 개체로부터의 샘플에서 ACTA2, ACTG2, ADAM12, ADAM19, CNN1, COL4A1, CTGF, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1 유전자 중 하나 이상의 발현 수준을 결정하기 위한 시약(상기 하나 이상의 유전자는 적어도 ADAM19, ACTG2, CNN1, CTPS1, FAM101B, FSTL3, HSPB1, IGFBP3, PXDC1, SEMA7A, SH3PXD2A, TAGLN, TGFBI, TNS1, 또는 TPM1을 포함함); 및, 선택적으로,
    (b) 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함한 항-암 요법으로 치료에 대해 암이 있는 개체의 반응을 모니터하기 위해 상기 시약을 사용하는 지침
    을 포함하는, 키트.
KR1020207014529A 2017-11-06 2018-11-05 암의 진단 및 치료 방법 KR20200075860A (ko)

Applications Claiming Priority (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201762582207P 2017-11-06 2017-11-06
US62/582,207 2017-11-06
US201762595957P 2017-12-07 2017-12-07
US62/595,957 2017-12-07
US201862657468P 2018-04-13 2018-04-13
US62/657,468 2018-04-13
PCT/US2018/059271 WO2019090263A1 (en) 2017-11-06 2018-11-05 Diagnostic and therapeutic methods for cancer

Publications (1)

Publication Number Publication Date
KR20200075860A true KR20200075860A (ko) 2020-06-26

Family

ID=64572478

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020207014529A KR20200075860A (ko) 2017-11-06 2018-11-05 암의 진단 및 치료 방법

Country Status (11)

Country Link
US (2) US11473151B2 (ko)
EP (1) EP3707510A1 (ko)
JP (1) JP2021502066A (ko)
KR (1) KR20200075860A (ko)
CN (1) CN111213059B (ko)
AU (1) AU2018359967A1 (ko)
CA (1) CA3077664A1 (ko)
IL (1) IL274246A (ko)
MX (1) MX2020004567A (ko)
TW (1) TW201923089A (ko)
WO (1) WO2019090263A1 (ko)

Families Citing this family (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106456694B (zh) * 2013-12-20 2020-06-30 通用医疗公司 与循环肿瘤细胞相关的方法和测定法
WO2018209270A1 (en) 2017-05-11 2018-11-15 Northwestern University Adoptive cell therapy using spherical nucleic acids (snas)
CN112367994A (zh) * 2018-06-27 2021-02-12 株式会社麦迪帕克特 诊断和治疗表达高水平TGF-β应答标记的癌症患者的方法
WO2020236620A1 (en) * 2019-05-17 2020-11-26 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Methods for predicting responsiveness of cancer to ferroptosis-inducing therapies
WO2020232548A1 (en) * 2019-05-21 2020-11-26 Ontario Institute For Cancer Research (Oicr) Pan-cancer transcriptional signature
WO2021077113A1 (en) * 2019-10-19 2021-04-22 Texas Biomedical Research Institute Methods of treatment of bladder cancer by using modified bacillus calmette-guérin
WO2022006555A2 (en) * 2020-07-02 2022-01-06 Gigagen, Inc. BISPECIFIC ANTIGEN BINDING PROTEINS TARGETING PD-L1 AND TGF-β AND METHODS OF USE
WO2022042537A1 (zh) * 2020-08-24 2022-03-03 江苏恒瑞医药股份有限公司 TGF-β受体的融合蛋白与多靶点酪氨酸激酶抑制剂联合在制备抗肿瘤药物中的用途
CN112268732B (zh) * 2020-11-02 2021-08-06 河南省肿瘤医院 一种乳腺导管原位癌的辅助检测***
CN114539415B (zh) * 2020-11-24 2024-02-02 普米斯生物技术(珠海)有限公司 一种抗PD-L1/VEGF/TGF-β多特异性抗体及其用途
WO2022119830A1 (en) 2020-12-02 2022-06-09 Genentech, Inc. Methods and compositions for neoadjuvant and adjuvant urothelial carcinoma therapy
WO2022216725A1 (en) * 2021-04-05 2022-10-13 Brown University Methods for optimizing the treatment of colorectal cancer
CN113234834A (zh) * 2021-07-09 2021-08-10 北京泱深生物信息技术有限公司 一组用于胰腺癌预后的基因及其应用
EP4137585A1 (en) * 2021-08-20 2023-02-22 Institut D'Investigacions Biomèdiques August Pi I Sunyer - IDIBAPS Cancer informative biomarker signature
WO2023081537A1 (en) * 2021-11-08 2023-05-11 Strata Oncology, Inc. Cancer biomarkers for immune checkpoint inhibitors
EP4183401A1 (en) * 2021-11-17 2023-05-24 Fundación Instituto de Estudios Ciencias de la Salud de Castilla y León (IECSCYL-IBSAL) In vitro method for the identification of mesenchymal stem/stromal cells
WO2023220266A1 (en) * 2022-05-13 2023-11-16 Nantcell, Inc. Systems and methods of analyzing microbiomes using artificial intelligence

Family Cites Families (180)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3773919A (en) 1969-10-23 1973-11-20 Du Pont Polylactide-drug mixtures
CU22545A1 (es) 1994-11-18 1999-03-31 Centro Inmunologia Molecular Obtención de un anticuerpo quimérico y humanizado contra el receptor del factor de crecimiento epidérmico para uso diagnóstico y terapéutico
US4275149A (en) 1978-11-24 1981-06-23 Syva Company Macromolecular environment control in specific receptor assays
US4318980A (en) 1978-04-10 1982-03-09 Miles Laboratories, Inc. Heterogenous specific binding assay employing a cycling reactant as label
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
US4943533A (en) 1984-03-01 1990-07-24 The Regents Of The University Of California Hybrid cell lines that produce monoclonal antibodies to epidermal growth factor receptor
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US5262319A (en) 1985-04-19 1993-11-16 Oncogene Science, Inc. Method for obtaining bone marrow free of tumor cells using transforming growth factor β3
US4737456A (en) 1985-05-09 1988-04-12 Syntex (U.S.A.) Inc. Reducing interference in ligand-receptor binding assays
US4676980A (en) 1985-09-23 1987-06-30 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Target specific cross-linked heteroantibodies
US6548640B1 (en) 1986-03-27 2003-04-15 Btg International Limited Altered antibodies
IL85035A0 (en) 1987-01-08 1988-06-30 Int Genetic Eng Polynucleotide molecule,a chimeric antibody with specificity for human b cell surface antigen,a process for the preparation and methods utilizing the same
DE3883899T3 (de) 1987-03-18 1999-04-22 Sb2 Inc Geänderte antikörper.
US5770701A (en) 1987-10-30 1998-06-23 American Cyanamid Company Process for preparing targeted forms of methyltrithio antitumor agents
US5606040A (en) 1987-10-30 1997-02-25 American Cyanamid Company Antitumor and antibacterial substituted disulfide derivatives prepared from compounds possessing a methyl-trithio group
GB8823869D0 (en) 1988-10-12 1988-11-16 Medical Res Council Production of antibodies
JP2919890B2 (ja) 1988-11-11 1999-07-19 メディカル リサーチ カウンスル 単一ドメインリガンド、そのリガンドからなる受容体、その製造方法、ならびにそのリガンドおよび受容体の使用
US5571714A (en) 1988-12-22 1996-11-05 Celtrix Pharmaceuticals, Inc. Monoclonal antibodies which bind both transforming growth factors β1 and β2 and methods of use
US5225538A (en) 1989-02-23 1993-07-06 Genentech, Inc. Lymphocyte homing receptor/immunoglobulin fusion proteins
DE3920358A1 (de) 1989-06-22 1991-01-17 Behringwerke Ag Bispezifische und oligospezifische, mono- und oligovalente antikoerperkonstrukte, ihre herstellung und verwendung
ATE135373T1 (de) 1989-09-08 1996-03-15 Univ Johns Hopkins Modifikationen der struktur des egf-rezeptor-gens in menschlichen glioma
US5208020A (en) 1989-10-25 1993-05-04 Immunogen Inc. Cytotoxic agents comprising maytansinoids and their therapeutic use
CA2026147C (en) 1989-10-25 2006-02-07 Ravi J. Chari Cytotoxic agents comprising maytansinoids and their therapeutic use
US6150584A (en) 1990-01-12 2000-11-21 Abgenix, Inc. Human antibodies derived from immunized xenomice
US6075181A (en) 1990-01-12 2000-06-13 Abgenix, Inc. Human antibodies derived from immunized xenomice
EP1690935A3 (en) 1990-01-12 2008-07-30 Abgenix, Inc. Generation of xenogeneic antibodies
US5661016A (en) 1990-08-29 1997-08-26 Genpharm International Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies of various isotypes
US5633425A (en) 1990-08-29 1997-05-27 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies
KR100272077B1 (ko) 1990-08-29 2000-11-15 젠팜인터내셔날,인코포레이티드 이종 항체를 생산할 수 있는 전이유전자를 가진 인간이외의 동물
US5625126A (en) 1990-08-29 1997-04-29 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals for producing heterologous antibodies
US5545806A (en) 1990-08-29 1996-08-13 Genpharm International, Inc. Ransgenic non-human animals for producing heterologous antibodies
US5770429A (en) 1990-08-29 1998-06-23 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies
DE69132275T2 (de) 1990-11-16 2001-01-25 Celtrix Pharma Beta-type ähnlicher transformierender wachstumfaktor
ATE164395T1 (de) 1990-12-03 1998-04-15 Genentech Inc Verfahren zur anreicherung von proteinvarianten mit geänderten bindungseigenschaften
US5571894A (en) 1991-02-05 1996-11-05 Ciba-Geigy Corporation Recombinant antibodies specific for a growth factor receptor
DK0590058T3 (da) 1991-06-14 2004-03-29 Genentech Inc Humaniseret heregulin-antistof
GB9114948D0 (en) 1991-07-11 1991-08-28 Pfizer Ltd Process for preparing sertraline intermediates
US5587458A (en) 1991-10-07 1996-12-24 Aronex Pharmaceuticals, Inc. Anti-erbB-2 antibodies, combinations thereof, and therapeutic and diagnostic uses thereof
WO1993008829A1 (en) 1991-11-04 1993-05-13 The Regents Of The University Of California Compositions that mediate killing of hiv-infected cells
AU661533B2 (en) 1992-01-20 1995-07-27 Astrazeneca Ab Quinazoline derivatives
EP1997894B1 (en) 1992-02-06 2011-03-30 Novartis Vaccines and Diagnostics, Inc. Biosynthetic binding protein for cancer marker
WO1994011026A2 (en) 1992-11-13 1994-05-26 Idec Pharmaceuticals Corporation Therapeutic application of chimeric and radiolabeled antibodies to human b lymphocyte restricted differentiation antigen for treatment of b cell lymphoma
US5635483A (en) 1992-12-03 1997-06-03 Arizona Board Of Regents Acting On Behalf Of Arizona State University Tumor inhibiting tetrapeptide bearing modified phenethyl amides
US5780588A (en) 1993-01-26 1998-07-14 Arizona Board Of Regents Elucidation and synthesis of selected pentapeptides
CA2163345A1 (en) 1993-06-16 1994-12-22 Susan Adrienne Morgan Antibodies
GB9314893D0 (en) 1993-07-19 1993-09-01 Zeneca Ltd Quinazoline derivatives
ATE207366T1 (de) 1993-12-24 2001-11-15 Merck Patent Gmbh Immunokonjugate
US5679683A (en) 1994-01-25 1997-10-21 Warner-Lambert Company Tricyclic compounds capable of inhibiting tyrosine kinases of the epidermal growth factor receptor family
IL112248A0 (en) 1994-01-25 1995-03-30 Warner Lambert Co Tricyclic heteroaromatic compounds and pharmaceutical compositions containing them
IL112249A (en) 1994-01-25 2001-11-25 Warner Lambert Co Pharmaceutical compositions containing di and tricyclic pyrimidine derivatives for inhibiting tyrosine kinases of the epidermal growth factor receptor family and some new such compounds
ES2140670T3 (es) 1994-03-29 2000-03-01 Univ Manchester Cicatrizacion de heridas.
US5773001A (en) 1994-06-03 1998-06-30 American Cyanamid Company Conjugates of methyltrithio antitumor agents and intermediates for their synthesis
WO1996003397A1 (en) 1994-07-21 1996-02-08 Akzo Nobel N.V. Cyclic ketone peroxide formulations
US5804396A (en) 1994-10-12 1998-09-08 Sugen, Inc. Assay for agents active in proliferative disorders
US5731168A (en) 1995-03-01 1998-03-24 Genentech, Inc. Method for making heteromultimeric polypeptides
DK0817775T3 (da) 1995-03-30 2001-11-19 Pfizer Quinazolinderivater
US5869046A (en) 1995-04-14 1999-02-09 Genentech, Inc. Altered polypeptides with increased half-life
DE69637481T2 (de) 1995-04-27 2009-04-09 Amgen Fremont Inc. Aus immunisierten Xenomäusen stammende menschliche Antikörper gegen IL-8
GB9508538D0 (en) 1995-04-27 1995-06-14 Zeneca Ltd Quinazoline derivatives
GB9508565D0 (en) 1995-04-27 1995-06-14 Zeneca Ltd Quiazoline derivative
EP0823941A4 (en) 1995-04-28 2001-09-19 Abgenix Inc HUMAN ANTIBODIES DERIVED FROM IMMUNIZED XENO MOUSES
US5747498A (en) 1996-05-28 1998-05-05 Pfizer Inc. Alkynyl and azido-substituted 4-anilinoquinazolines
CA2222231A1 (en) 1995-06-07 1996-12-19 Imclone Systems Incorporated Antibody and antibody fragments for inhibiting the growth of tumors
US5712374A (en) 1995-06-07 1998-01-27 American Cyanamid Company Method for the preparation of substantiallly monomeric calicheamicin derivative/carrier conjugates
US5714586A (en) 1995-06-07 1998-02-03 American Cyanamid Company Methods for the preparation of monomeric calicheamicin derivative/carrier conjugates
IL122855A (en) 1995-07-06 2004-08-31 Novartis Ag History of N-Phenyl (Alkyl) - 7H-Pyrolo [-3,2d] Pyrimidine - 4 Amine, their preparation and pharmaceutical preparations containing them
GB9601081D0 (en) 1995-10-06 1996-03-20 Cambridge Antibody Tech Specific binding members for human transforming growth factor beta;materials and methods
US5760041A (en) 1996-02-05 1998-06-02 American Cyanamid Company 4-aminoquinazoline EGFR Inhibitors
GB9603095D0 (en) 1996-02-14 1996-04-10 Zeneca Ltd Quinazoline derivatives
GB9603256D0 (en) 1996-02-16 1996-04-17 Wellcome Found Antibodies
PT892789E (pt) 1996-04-12 2002-07-31 Warner Lambert Co Inibidores irreversiveis de quinases de tirosina
US6391874B1 (en) 1996-07-13 2002-05-21 Smithkline Beecham Corporation Fused heterocyclic compounds as protein tyrosine kinase inhibitors
ID18494A (id) 1996-10-02 1998-04-16 Novartis Ag Turunan pirazola leburan dan proses pembuatannya
EP2305027B1 (en) 1996-12-03 2014-07-02 Amgen Fremont Inc. Transgenic mammals having human Ig loci including plural VH and Vkappa regions and antibodies produced therefrom
UA73073C2 (uk) 1997-04-03 2005-06-15 Уайт Холдінгз Корпорейшн Заміщені 3-ціанохіноліни, спосіб їх одержання та фармацевтична композиція
US6002008A (en) 1997-04-03 1999-12-14 American Cyanamid Company Substituted 3-cyano quinolines
US6235883B1 (en) 1997-05-05 2001-05-22 Abgenix, Inc. Human monoclonal antibodies to epidermal growth factor receptor
DK0980244T3 (da) 1997-05-06 2003-09-29 Wyeth Corp Anvendelse af quinazoline forbindelser til behandling af polycystisk nyresygdom
WO1998058964A1 (en) 1997-06-24 1998-12-30 Genentech, Inc. Methods and compositions for galactosylated glycoproteins
ZA986729B (en) 1997-07-29 1999-02-02 Warner Lambert Co Irreversible inhibitors of tyrosine kinases
ZA986732B (en) 1997-07-29 1999-02-02 Warner Lambert Co Irreversible inhibitiors of tyrosine kinases
TW436485B (en) 1997-08-01 2001-05-28 American Cyanamid Co Substituted quinazoline derivatives
WO1999022764A1 (en) 1997-10-31 1999-05-14 Genentech, Inc. Methods and compositions comprising glycoprotein glycoforms
AU1308799A (en) 1997-11-06 1999-05-31 American Cyanamid Company Use of quinazoline derivatives as tyrosine kinase inhibitors for treating colonic polyps
US6610833B1 (en) 1997-11-24 2003-08-26 The Institute For Human Genetics And Biochemistry Monoclonal human natural antibodies
ES2375931T3 (es) 1997-12-05 2012-03-07 The Scripps Research Institute Humanización de anticuerpo murino.
US6194551B1 (en) 1998-04-02 2001-02-27 Genentech, Inc. Polypeptide variants
JP2002510481A (ja) 1998-04-02 2002-04-09 ジェネンテック・インコーポレーテッド 抗体変異体及びその断片
EP2261229A3 (en) 1998-04-20 2011-03-23 GlycArt Biotechnology AG Glycosylation engineering of antibodies for improving antibody-dependent cellular cytotoxicity
IL143089A0 (en) 1998-11-19 2002-04-21 Warner Lambert Co N-[4-(3-chloro-4-fluoro-phenylamino)-7-(3-morpholin-4-yl-propoxy)-quinazolin-6-yl]-acrylamide, an irreversible inhibitor of tyrosine kinases
JP2003512019A (ja) 1999-01-15 2003-04-02 ジェネンテック・インコーポレーテッド 変化したエフェクター機能を有するポリペプチド変異体
US6737056B1 (en) 1999-01-15 2004-05-18 Genentech, Inc. Polypeptide variants with altered effector function
ES2420835T3 (es) 1999-04-09 2013-08-27 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. Procedimiento para controlar la actividad de las moléculas inmunofuncionales
US6492497B1 (en) 1999-04-30 2002-12-10 Cambridge Antibody Technology Limited Specific binding members for TGFbeta1
JP4668498B2 (ja) 1999-10-19 2011-04-13 協和発酵キリン株式会社 ポリペプチドの製造方法
WO2001044463A1 (en) 1999-12-15 2001-06-21 Genentech, Inc. Shotgun scanning, a combinatorial method for mapping functional protein epitopes
AU767394C (en) 1999-12-29 2005-04-21 Immunogen, Inc. Cytotoxic agents comprising modified doxorubicins and daunorubicins and their therapeutic use
JP2003531588A (ja) 2000-04-11 2003-10-28 ジェネンテック・インコーポレーテッド 多価抗体とその用途
US6946292B2 (en) 2000-10-06 2005-09-20 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Cells producing antibody compositions with increased antibody dependent cytotoxic activity
US7064191B2 (en) 2000-10-06 2006-06-20 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Process for purifying antibody
CA2953239A1 (en) 2000-10-06 2002-04-18 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. Antibody composition-producing cell
US6596541B2 (en) 2000-10-31 2003-07-22 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods of modifying eukaryotic cells
CN101940189A (zh) 2000-11-30 2011-01-12 米德列斯公司 用于生产人类抗体的转基因转染色体啮齿动物
EP1423510A4 (en) 2001-08-03 2005-06-01 Glycart Biotechnology Ag ANTIBODY GLYCOSYLATION VARIANTS WITH INCREASED CELL CYTOTOXICITY DEPENDENT OF ANTIBODIES
ES2326964T3 (es) 2001-10-25 2009-10-22 Genentech, Inc. Composiciones de glicoproteina.
US20040093621A1 (en) 2001-12-25 2004-05-13 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd Antibody composition which specifically binds to CD20
ATE503829T1 (de) 2002-04-09 2011-04-15 Kyowa Hakko Kirin Co Ltd Zelle mit erniedrigter oder deletierter aktivität eines am gdp-fucosetransport beteiligten proteins
AU2003236019A1 (en) 2002-04-09 2003-10-20 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. Drug containing antibody composition appropriate for patient suffering from Fc Gamma RIIIa polymorphism
CA2481837A1 (en) 2002-04-09 2003-10-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Production process for antibody composition
BR0309145A (pt) 2002-04-09 2005-02-01 Kyowa Hakko Kogyo Kk Células das quais o genoma é modificado
CA2481920A1 (en) 2002-04-09 2003-10-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Antibody composition-containing medicament
WO2003085119A1 (fr) 2002-04-09 2003-10-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Procede d'amelioration de l'activite d'une composition d'anticorps de liaison avec le recepteur fc$g(g) iiia
AU2003239966B9 (en) 2002-06-03 2010-08-26 Genentech, Inc. Synthetic antibody phage libraries
US7361740B2 (en) 2002-10-15 2008-04-22 Pdl Biopharma, Inc. Alteration of FcRn binding affinities or serum half-lives of antibodies by mutagenesis
PL212899B1 (pl) 2002-12-16 2012-12-31 Genentech Inc Humanizowane przeciwcialo, kompozycja zawierajaca to przeciwcialo, wyrób fabryczny, przeciwcialo lub jego fragment do zastosowania w sposobie indukowania apoptozy, izolowany kwas nukleinowy, wektor ekspresji, komórka gospodarza, sposób wytwarzania przeciwciala lub jego fragmentu, plynny preparat i zastosowanie przeciwciala do wytwarzania leku
EP1585767A2 (en) 2003-01-16 2005-10-19 Genentech, Inc. Synthetic antibody phage libraries
WO2005010049A2 (en) 2003-07-09 2005-02-03 Eli Lilly And Company Tgf-beta1 ligands
CA2542046A1 (en) 2003-10-08 2005-04-21 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Fused protein composition
CA2542125A1 (en) 2003-10-09 2005-04-21 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Process for producing antibody composition by using rna inhibiting the function of .alpha.1,6-fucosyltransferase
HUE031632T2 (en) 2003-11-05 2017-07-28 Roche Glycart Ag Antigen binding molecules with enhanced Fc receptor binding affinity and effector function
BR122018071808B8 (pt) 2003-11-06 2020-06-30 Seattle Genetics Inc conjugado
JPWO2005053742A1 (ja) 2003-12-04 2007-06-28 協和醗酵工業株式会社 抗体組成物を含有する医薬
JP5128935B2 (ja) 2004-03-31 2013-01-23 ジェネンテック， インコーポレイテッド ヒト化抗ＴＧＦ−β抗体
US7785903B2 (en) 2004-04-09 2010-08-31 Genentech, Inc. Variable domain library and uses
EP2360186B1 (en) 2004-04-13 2017-08-30 F. Hoffmann-La Roche AG Anti-P-selectin antibodies
TWI309240B (en) 2004-09-17 2009-05-01 Hoffmann La Roche Anti-ox40l antibodies
NZ580115A (en) 2004-09-23 2010-10-29 Genentech Inc Cysteine engineered antibody light chains and conjugates
CN104177497B (zh) 2005-02-08 2018-01-16 根茨美公司 针对TGFβ的抗体
EP1874818B1 (en) 2005-04-22 2011-04-13 Eli Lilly And Company Tgf beta 1 specific antibodies
DK2161336T4 (en) 2005-05-09 2017-04-24 Ono Pharmaceutical Co Human monoclonal antibodies for programmed death 1 (PD-1) and methods for treating cancer using anti-PD-1 antibodies alone or in combination with other immunotherapies
US8219149B2 (en) 2005-06-29 2012-07-10 Nokia Corporation Mobile communication terminal
EP1907424B1 (en) 2005-07-01 2015-07-29 E. R. Squibb & Sons, L.L.C. Human monoclonal antibodies to programmed death ligand 1 (pd-l1)
EP1957531B1 (en) 2005-11-07 2016-04-13 Genentech, Inc. Binding polypeptides with diversified and consensus vh/vl hypervariable sequences
EP1973951A2 (en) 2005-12-02 2008-10-01 Genentech, Inc. Binding polypeptides with restricted diversity sequences
WO2007076391A1 (en) 2005-12-23 2007-07-05 Eli Lilly And Company Tgf-beta binding compositions
TW200812616A (en) 2006-05-09 2008-03-16 Genentech Inc Binding polypeptides with optimized scaffolds
US20080226635A1 (en) 2006-12-22 2008-09-18 Hans Koll Antibodies against insulin-like growth factor I receptor and uses thereof
CA2675352A1 (en) * 2007-01-18 2008-07-24 University Of Southern California Genetic markers for predicting responsiveness to combination therapy
CN100592373C (zh) 2007-05-25 2010-02-24 群康科技(深圳)有限公司 液晶显示面板驱动装置及其驱动方法
US8592562B2 (en) 2008-01-07 2013-11-26 Amgen Inc. Method for making antibody Fc-heterodimeric molecules using electrostatic steering effects
US8168757B2 (en) 2008-03-12 2012-05-01 Merck Sharp & Dohme Corp. PD-1 binding proteins
US20110223188A1 (en) 2008-08-25 2011-09-15 Solomon Langermann Targeted costimulatory polypeptides and methods of use to treat cancer
PL2376535T3 (pl) 2008-12-09 2017-09-29 F.Hoffmann-La Roche Ag Przeciwciała ANTY-PD-L1 i ich zastosowanie do nasilania działania limfocytów T
JP2013512251A (ja) 2009-11-24 2013-04-11 アンプリミューン、インコーポレーテッド Ｐｄ−ｌ１／ｐｄ−ｌ２の同時阻害
SI3279215T1 (sl) 2009-11-24 2020-07-31 Medimmune Limited Usmerjena vezavna sredstva proti B7-H1
US8907053B2 (en) 2010-06-25 2014-12-09 Aurigene Discovery Technologies Limited Immunosuppression modulating compounds
KR101970025B1 (ko) 2011-04-20 2019-04-17 메디뮨 엘엘씨 Ｂ7-ｈ1 및 ｐｄ-1과 결합하는 항체 및 다른 분자들
CN103732623B (zh) 2011-06-03 2017-09-29 佐马技术有限公司 对TGF‑β具有特异性的抗体
US9096642B2 (en) 2011-06-08 2015-08-04 Aurigene Discovery Technologies Limited Therapeutic compounds for immunomodulation
CN104159911A (zh) 2012-03-07 2014-11-19 奥瑞基尼探索技术有限公司 作为免疫调节剂的模拟肽化合物
ES2694203T3 (es) 2012-03-08 2018-12-19 Ludwig Institute For Cancer Research Limited Anticuerpos específicos del Tgf-1 y métodos y usos de los mismos
KR20140142736A (ko) 2012-03-29 2014-12-12 오리진 디스커버리 테크놀로지스 리미티드 인간의 pd1의 bc 루프로부터의 면역조절 사이클릭 화합물
EP3553086A1 (en) 2012-05-31 2019-10-16 Sorrento Therapeutics Inc. Antigen binding proteins that bind pd-l1
EP3415633B1 (en) 2013-03-11 2020-10-28 Genzyme Corporation Engineered anti-tgf-beta antibodies and antigen-binding fragments
WO2014179664A2 (en) 2013-05-02 2014-11-06 Anaptysbio, Inc. Antibodies directed against programmed death-1 (pd-1)
CN111423511B (zh) 2013-05-31 2024-02-23 索伦托药业有限公司 与pd-1结合的抗原结合蛋白
CN104250302B (zh) 2013-06-26 2017-11-14 上海君实生物医药科技股份有限公司 抗pd‑1抗体及其应用
PL3363790T3 (pl) 2013-09-06 2020-07-27 Aurigene Discovery Technologies Limited Pochodne 1,2,4-oksadiazolu jako immunomodulatory
KR20160075506A (ko) 2013-09-06 2016-06-29 오리진 디스커버리 테크놀로지스 리미티드 면역조절제로서 사이클릭 펩티도미메틱 화합물
JP2016532711A (ja) 2013-09-06 2016-10-20 オーリジーン ディスカバリー テクノロジーズ リミテッドＡｕｒｉｇｅｎｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｌｉｍｉｔｅｄ 免疫調節剤としての１，３，４−オキサジアゾール及び１，３，４−チアジアゾールの誘導体
WO2015036927A1 (en) 2013-09-10 2015-03-19 Aurigene Discovery Technologies Limited Immunomodulating peptidomimetic derivatives
MX2016003292A (es) 2013-09-13 2016-06-24 Beigene Ltd Anticuerpos anti-muerte programada 1 y su uso como terapeuticos y diagnosticos.
WO2015044900A1 (en) 2013-09-27 2015-04-02 Aurigene Discovery Technologies Limited Therapeutic immunomodulating compounds
SI3081576T1 (sl) 2013-12-12 2019-12-31 Shanghai Hengrui Pharmaceutical Co., Ltd., Protitelo PD-1, njegov antigen-vezavni fragment in njegova medicinska uporaba
TWI680138B (zh) 2014-01-23 2019-12-21 美商再生元醫藥公司 抗ｐｄ-ｌ１之人類抗體
TWI681969B (zh) 2014-01-23 2020-01-11 美商再生元醫藥公司 針對ｐｄ-１的人類抗體
JOP20200094A1 (ar) 2014-01-24 2017-06-16 Dana Farber Cancer Inst Inc جزيئات جسم مضاد لـ pd-1 واستخداماتها
ES2783026T3 (es) 2014-02-04 2020-09-16 Pfizer Combinación de un antagonista de PD-1 y un agonista de 4-1BB para el tratamiento de cáncer
EP3102605B1 (en) 2014-02-04 2018-11-14 Pfizer Inc Combination of a pd-1 antagonist and a vegfr inhibitor for treating cancer
CA2934979A1 (en) * 2014-02-10 2015-08-13 Merck Patent Gmbh Targeted tgf.beta. inhibition
JP6526189B2 (ja) 2014-07-03 2019-06-05 ベイジーン リミテッド 抗ｐｄ−ｌ１抗体並びにその治療及び診断のための使用
CA2955676A1 (en) 2014-08-25 2016-03-03 Pfizer Inc. Combination of a pd-1 antagonist and an alk inhibitor for treating cancer
TR201907471T4 (tr) * 2014-08-28 2019-06-21 Halozyme Inc Bir hiyalüronan ayrıştırıcı enzim ve bir bağışıklık kontrol noktası inhibitörüyle kombinasyon terapisi.
CN107001478B (zh) 2014-10-14 2022-01-11 诺华股份有限公司 针对pd-l1的抗体分子及其用途
BR112017011536A2 (pt) 2014-12-02 2018-02-27 Celgene Corp terapias de combinação
US20170363614A1 (en) 2014-12-22 2017-12-21 Enumeral Biomedical Holdings, Inc. Methods For Screening Therapeutic Compounds
MY188749A (en) * 2015-04-17 2021-12-28 Bristol Myers Squibb Co Compositions comprising a combination of nivolumab and ipilimumab
IL255372B (en) * 2015-05-29 2022-07-01 Genentech Inc Therapeutic and diagnostic methods for cancer
WO2016201282A2 (en) 2015-06-12 2016-12-15 Ludwig Institute For Cancer Research Ltd TGF-β3 SPECIFIC ANTIBODIES AND METHODS AND USES THEREOF
MX2018014047A (es) * 2016-05-17 2019-06-20 Genentech Inc Firmas de genes estromales para el diagnóstico y uso en inmunoterapia.

Also Published As

Publication number Publication date
CN111213059A (zh) 2020-05-29
AU2018359967A1 (en) 2020-04-23
IL274246A (en) 2020-06-30
US20200263261A1 (en) 2020-08-20
WO2019090263A1 (en) 2019-05-09
US11473151B2 (en) 2022-10-18
US20240011098A1 (en) 2024-01-11
CA3077664A1 (en) 2019-05-09
EP3707510A1 (en) 2020-09-16
MX2020004567A (es) 2020-08-13
JP2021502066A (ja) 2021-01-28
TW201923089A (zh) 2019-06-16
CN111213059B (zh) 2024-01-09

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN111213059B (zh) 用于癌症的诊断和治疗方法
US11535671B2 (en) Therapeutic and diagnostic methods for cancer
US20230082122A1 (en) Diagnostic and therapeutic methods for cancer
KR102500659B1 (ko) 암에 대한 치료 및 진단 방법
KR20190003958A (ko) 암의 치료 및 모니터링 방법
JP2019515670A (ja) がんをモニタリングし治療するための方法
KR20210079311A (ko) 육종성 신장암에 대한 진단과 치료 방법
KR20210063330A (ko) 방광암에 대한 치료 및 진단 방법
US20240060135A1 (en) Therapeutic and diagnostic methods for cancer