TW201923089A - 癌症之診斷及治療方法 - Google Patents

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Abstract

本發明提供癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌、肺癌、肝癌、卵巢癌、胰腺癌、結腸直腸癌或乳癌)之診斷方法、治療方法及用於治療該癌症之組合物。本發明至少部分地基於以下發現：來自患有癌症之個體之樣品中本文所描述之一或多種生物標記物之表現水準可用於以下各項中：鑑別可受益於包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，諸如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑)之抗癌療法之患有癌症之個體的方法、用於為患有癌症之個體選擇療法之方法、治療患有癌症之個體之方法、用於評價個體對利用包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，諸如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑)之抗癌療法進行治療之反應或監測該反應之方法，及相關套組、抗癌療法，及用途。

Description

癌症之診斷及治療方法
本發明係關於癌症之診斷及治療方法。亦提供相關套組及分析。
癌症仍然為對人類健康最致命的威脅之一。在美國，癌症每年影響近130萬新患者且為僅次於心臟病之第二大死因，約佔死亡人數之1/4。亦預測癌症可能在5年內超過心血管疾病，成為頭號死因。實體腫瘤為導致彼等死亡中之大多數死亡的原因。儘管在某些癌症之醫學治療方面取得了重大進展，但在過去20年中，所有癌症之5年總體存活率僅改良了約10%。具體而言，惡性實體腫瘤以不受控制之方式迅速轉移及生長，使得其及時偵測及治療變得極其困難。
在人類中用免疫檢查點抑制劑之研究已證明利用免疫系統來控制及根除腫瘤生長之前景。程式化死亡1 (PD-1)受體及其配位體程式化死亡配位體1 (PD-L1)為免疫檢查點蛋白，其已在慢性感染、懷孕、組織同種異體移植物、自體免疫疾病及癌症期間參與免疫系統反應之阻抑。PD-L1藉由結合至抑制性受體PD-1來調節免疫反應，該抑制性受體PD-1表現於T細胞、B細胞及單核球之表面上。PD-L1亦藉助與另一受體B7-1之相互作用負性地調節T細胞功能。PD-L1/PD-1及PD-L1/B7-1複合物之形成負性地調節T細胞受體信號傳導，導致後續T細胞活化之下調及抗腫瘤免疫活性之阻抑。
儘管在癌症之治療、改良之診斷方法及癌症療法方面取得了重大進展，但仍在尋求。
本發明提供用於治療患有癌症之個體之診斷及治療方法及組合物，該癌症包括(但不限於)膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌。
在一個態樣中，本發明提供一種鑑別可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的患有癌症之個體的方法，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之三者或更多者之表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2，其中樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之三者或更多者之表現水準等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的個體。
在另一態樣中，本發明提供一種為患有癌症之個體選擇療法之方法，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之三者或更多者之表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2，其中該樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之三者或更多者之表現水準等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的個體。
在任何前述態樣之一些實施例中，樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之三者或更多者之表現水準等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準，且該方法進一步包括向個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之至少四者、至少五者或所有六者之表現水準等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準。在一些實施例中，TGFB1及/或TGFBR1之表現水準等於或高於TGFB1及/或TGFBR1之參考水準。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之表現水準等於或高於ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之參考表現水準。
在另一態樣中，本發明提供一種治療患有癌症之個體之方法，該方法包括：(a)測定來自該個體之樣品中以下基因中之三者或更多者之表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2，其中樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之三者或更多者之表現水準經測定等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準；及(b)基於步驟(a)中測定之該三個或更多個基因之表現水準，向個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之至少四者、至少五者或所有六者之表現水準經測定等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準。在一些實施例中，TGFB1及/或TGFBR1之表現水準經測定等於或高於TGFB1及/或TGFBR1之參考水準。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之表現水準經測定等於或高於ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之參考表現水準。
在另一態樣中，本發明提供一種治療患有癌症之個體之方法，該方法包括向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法，其中在治療之前，樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之三者或更多者之表現水準已經測定等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之至少四者、至少五者或所有六者之表現水準已經測定等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準。在一些實施例中，TGFB1及/或TGFBR1之表現水準已經測定等於或高於TGFB1及/或TGFBR1之參考水準。在一些實施例中，樣品中之ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之表現水準已經測定等於或高於ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之參考表現水準。
在另一態樣中，本發明提供一種治療個體之癌症之方法，該個體經鑑別在來自該個體之樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之三者或更多者之表現水準等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準，該方法包括向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之至少四者、至少五者或所有六者之表現水準已經鑑別等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準。在一些實施例中，TGFB1及/或TGFBR1之表現水準已經鑑別等於或高於TGFB1及/或TGFBR1之參考水準。在一些實施例中，樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之表現水準已經鑑別等於或高於ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之參考表現水準。
在另一態樣中，本發明提供一種鑑別可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的患有癌症之個體的方法，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者之表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2，其中該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP，且其中該樣品中該一或多個基因之表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的個體。
在另一態樣中，本發明提供一種為患有癌症之個體選擇療法之方法，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者之表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2，其中該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP，且其中該樣品中該一或多個基因之表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的個體。
在任何前述態樣之一些實施例中，樣品中該一或多個基因之表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準，且該方法進一步包括向個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者或所有六者之表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。在一些實施例中，TGFB1及/或TGFBR1之表現水準等於或高於TGFB1及/或TGFBR1之參考水準。
在另一態樣中，本發明提供一種治療患有癌症之個體之方法，該方法包括：(a)測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者之表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2，其中該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP，且其中該樣品中該一或多個基因之表現水準經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準；及(b)基於步驟(a)中測定之該一或多個基因之表現水準向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者或所有六者之表現水準經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。在一些實施例中，TGFB1及/或TGFBR1之表現水準等於或高於TGFB1及/或TGFBR1之參考水準。
在另一態樣中，本發明提供一種治療患有癌症之個體之方法，該方法包括向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法，其中在治療之前，樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者之表現水準已經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準，其中該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者或所有六者之表現水準已經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。在一些實施例中，TGFB1及/或TGFBR1之表現水準已經測定等於或高於TGFB1及/或TGFBR1之參考水準。
在另一態樣中，本發明提供一種治療個體之癌症之方法，該個體經鑑別在來自該個體之樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者之表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準，該方法包括向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法，其中該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者或所有六者之表現水準已經鑑別等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。在一些實施例中，TGFB1及/或TGFBR1之表現水準已經鑑別等於或高於TGFB1及/或TGFBR1之參考水準。
在另一態樣中，本發明提供一種用於評價患有癌症之個體對包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的反應的方法，該方法包括：(a)在向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法期間或之後的某一時間點，測定來自該個體之樣品中以下基因中之五者或更多者之表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1；及(b)基於樣品中該五個或更多個基因之表現水準與該五個或更多個基因之參考表現水準之比較來維持、調整或停止治療，其中來自該個體之樣品中該五個或更多個基因之表現水準與該五個或更多個基因之參考表現水準相比的變化指示對利用抗癌療法之治療的反應。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者之表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1之表現水準。在一些實施例中，相對於該五個或更多個基因之參考表現水準，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者之表現水準有所變化。在一些實施例中，相對於ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1之參考表現水準，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1之表現水準有所變化。在一些實施例中，該變化為該五個或更多個基因之表現水準增加且調整或停止該治療。在一些實施例中，該變化為該五個或更多個基因之表現水準降低且維持該治療。
在另一態樣中，本發明提供一種用於監測患有癌症之個體對利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的反應的方法，該方法包括：(a)在向個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法期間或之後的某一時間點，測定來自該個體之樣品中以下基因中之五者或更多者之表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1；及(b)將來自該個體之樣品中該五個或更多個基因之表現水準與該五個或更多個基因之參考表現水準進行比較，從而監測經歷利用抗癌療法之治療之個體的反應。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者之表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1之表現水準。在一些實施例中，相對於該五個或更多個基因之參考表現水準，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者之表現水準有所變化。在一些實施例中，相對於ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1之參考表現水準，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1之表現水準有所變化。在一些實施例中，該五個或更多個基因之表現水準增加指示個體對治療沒有反應。在一些實施例中，該五個或更多個基因之表現水準降低指示個體對治療有反應。
在另一態樣中，本發明提供一種用於評價患有癌症之個體對利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的反應的方法，該方法包括：(a)在向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法期間或之後的某一時間點，測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者之表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1，其中該一或多個基因至少包括ADAM19、ACTG2、CNN1、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1；及(b)基於樣品中該一或多個基因之表現水準與該一或多個基因之參考表現水準之比較來維持、調整或停止該治療，其中來自該個體之樣品中該一或多個基因之表現水準與該一或多個基因之參考表現水準相比的變化指示對利用抗癌療法之治療之反應。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者之表現水準。在一些實施例中，相對於該一或多個基因之參考表現水準，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者之表現水準有所變化。在一些實施例中，該變化為該一或多個基因之表現水準增加且調整或停止該治療。在一些實施例中，該變化為該一或多個基因之表現水準降低且維持該治療。
在另一態樣中，本發明提供一種用於監測患有癌症之個體對利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療之反應的方法，該方法包括：(a)在向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法期間或之後的某一時間點，測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者之表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1，其中該一或多個基因至少包括ADAM19、ACTG2、CNN1、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1；及(b)將來自該個體之樣品中該一或多個基因之表現水準與該一或多個基因之參考表現水準進行比較，從而監測經歷利用抗癌療法之治療之個體的反應。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者之表現水準。在一些實施例中，相對於該五個或更多個基因之參考表現水準，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者之表現水準有所變化。在一些實施例中，該一或多個基因之表現水準增加指示該個體對該治療沒有反應。在一些實施例中，該一或多個基因之表現水準降低指示個體對治療有反應。
在任何前述態樣之一些實施例中，該方法進一步包括測定樣品中一或多個選自由以下各項組成之群的其他基因之表現水準：PD-L1、CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21。在一些實施例中，該一或多個其他基因為PD-L1。在一些實施例中，該一或多個其他基因係選自由以下各項組成之群：CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21。在一些實施例中，該方法進一步包括測定CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者或所有八者之表現水準。在一些實施例中，該方法進一步包括測定CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21之表現水準。
在任何前述態樣之一些實施例中，該方法進一步包括測定來自個體之腫瘤樣品中之腫瘤突變負荷(TMB)。
在另一態樣中，本發明提供一種為患有癌症之個體選擇療法之方法，該方法包括：測定(i)來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者之表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1；及(ii)來自該個體之樣品中一或多個選自由CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21組成之群的其他基因之表現水準，或來自該個體之腫瘤樣品中之TMB評分，其中：(i)之該一或多個基因之表現水準等於或高於(i)之該一或多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的個體，且(i)之該一或多個基因之表現水準低於該一或多個基因之參考表現水準且(ii)之該一或多個其他基因之表現水準等於或高於(ii)之該一或多個其他基因之參考表現水準或者腫瘤樣品中之TMB評分等於或高於參考TMB評分將該個體鑑別為可受益於利用包含單獨免疫療法之抗癌療法之治療的個體。在一些實施例中，該方法進一步包括向該個體投與抗癌療法，該個體可受益於該抗癌療法之治療。
在任何前述態樣之一些實施例中，癌症係選自由以下各項組成之群：膀胱癌、腎癌、肺癌、肝癌、卵巢癌、胰腺癌、結腸直腸癌或乳癌。在一些實施例中，癌症為膀胱癌。在一些實施例中，膀胱癌為尿路上皮癌(UC)。在一些實施例中，UC為轉移性UC。在一些實施例中，胰腺癌為胰腺導管腺癌(PDAC)。
在任何前述態樣之一些實施例中，來自個體之腫瘤具有以CD8+ T細胞定位於腫瘤周圍基質區室中為特徵之免疫豁免表型。在一些實施例中，CD8+ T細胞定位在膠原纖維處或附近。
在任何前述態樣之一些實施例中，參考表現水準係自患有癌症之個體之群體測定。在一些實施例中，參考表現水準為中值表現水準及/或藉由Z評分轉換之表現水準之主成份分析來測定。
在任何前述態樣之一些實施例中，表現水準為核酸表現水準。在一些實施例中，核酸表現水準為mRNA表現水準。在一些實施例中，mRNA表現水準係藉由RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、ISH或其組合來測定。
在任何前述態樣之其他實施例中，表現水準為蛋白質表現水準。在一些實施例中，蛋白質表現水準係藉由免疫組織化學(IHC)、西方墨點(Western blot)、酶聯免疫吸附分析(ELISA)、免疫沈澱、免疫螢光、放射免疫分析或質譜來測定。
在任何前述態樣之一些實施例中，樣品為組織樣品、細胞樣品、全血樣品、血漿樣品、血清樣品或其組合。在一些實施例中，組織樣品為腫瘤組織樣品。在一些實施例中，腫瘤組織樣品包括腫瘤細胞、腫瘤浸潤性免疫細胞、基質細胞或其組合。在一些實施例中，腫瘤組織樣品為福馬林(formalin)固定且石蠟包埋(FFPE)之樣品、檔案樣品、新鮮樣品或冷凍樣品。
在任何前述態樣之一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑為轉型生長因子β (TGF-β)、平足蛋白(podoplanin，PDPN)、白血球相關免疫球蛋白樣受體1 (LAIR1)、SMAD、退行性淋巴瘤激酶(ALK)、結締組織生長因子(CTGF/CCN2)、內皮素1 (ET-1)、AP-1、介白素(IL)-13、離胺醯氧化酶同源物2 (LOXL2)、內皮醣蛋白(CD105)、纖維母細胞活化蛋白(FAP)、血管細胞黏附蛋白1 (CD106)、胸腺細胞抗原1 (THY1)、β1整聯蛋白(CD29)、血小板源性生長因子(PDGF)、PDGF受體A (PDGFRα)、PDGF受體B (PDGFRβ)、波形蛋白、平滑肌肌動蛋白α (ACTA2)、肌間線蛋白(desmin)、內皮唾酸蛋白(endosialin) (CD248)或S100鈣結合蛋白A4 (S100A4)拮抗劑。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑為吡非尼酮(perfenidone)、高倫替布(galunisertib)或尼達尼布(nintedanib)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑為TGF-β拮抗劑。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑為TGF-β結合拮抗劑。在一些實施例中，TGF-β結合拮抗劑抑制TGF-β與其配位體結合搭配物之結合。在一些實施例中，TGF-β結合拮抗劑抑制TGF-β與TGF-β細胞受體之結合。在一些實施例中，TGF-β結合拮抗劑抑制TGF-β之活化。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑抑制TGF-β1、TGF-β2及/或TGF-β3。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑抑制TGF-β1、TGF-β2及TGF-β3。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑抑制TGF-β受體-1 (TGFBR1)、TGF-β受體-2 (TGFBR2)及/或TGF-β受體-3 (TGFBR3)。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑為多肽、小分子或核酸。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑為多肽。在一些實施例中，多肽為抗TGF-β抗體、可溶性TGF-β受體或肽。在一些實施例中，多肽為抗TGF-β抗體。在一些實施例中，抗TGF-β抗體為泛特異性(pan-specific)抗TGF-β抗體。在一些實施例中，抗TGF-β抗體為夫蘇木單抗(fresolimumab)、美替木單抗(metelimumab)、樂德木單抗(lerdelimumab)、1D11、2G7或其衍生物。在一些實施例中，肽為地司特肽(disitertide) (P144)。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑為小分子。在一些實施例中，小分子係選自由以下各項組成之群：高倫替布(LY2157299)、LY2382770、LY3022859、SB-431542、SD208、SM16、曲尼司特(tranilast)、吡非尼酮、TEW-7197、PF-03446962及吡咯-咪唑聚醯胺。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑為核酸。在一些實施例中，核酸為曲貝德森(trabedersen) (AP12009)或貝拉圖昔-L (belagenpumatucel-L)。
在任何前述態樣之一些實施例中，免疫療法包含CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、CD40、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMGB1或TLR促效劑。
在任何前述態樣之其他實施例中，免疫療法包含PD-L1軸、CTLA-4、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、***素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4或IL-13拮抗劑。在一些實施例中，免疫療法為PD-L1軸拮抗劑。在一些實施例中，PD-L1軸拮抗劑為PD-L1軸結合拮抗劑。在一些實施例中，PD-L1軸結合拮抗劑係選自由以下各項組成之群：PD-L1結合拮抗劑、PD-1結合拮抗劑及PD-L2結合拮抗劑。在一些實施例中，PD-L1軸結合拮抗劑為PD-L1結合拮抗劑。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與其一或多種配位體結合搭配物之結合。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與PD-1之結合。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與B7-1之結合。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與PD-1及B7-1二者之結合。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑為抗PD-L1抗體。在一些實施例中，抗PD-L1抗體為單株抗PD-L1抗體。在一些實施例中，抗PD-L1抗體為人類、人類化或嵌合抗PD-L1抗體。在一些實施例中，抗PD-L1抗體係選自由以下各項組成之群：MPDL3280A (阿替珠單抗(atezolizumab))、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736 (德瓦魯單抗(durvalumab))及MSB0010718C (阿維魯單抗(avelumab))。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含以下高度變異區(HVR)：(a) GFTFSDSWIH (SEQ ID NO：63)之HVR-H1序列；(b) AWISPYGGSTYYADSVKG (SEQ ID NO：64)之HVR-H2序列；(c) RHWPGGFDY (SEQ ID NO：65)之HVR-H3序列；(d) RASQDVSTAVA (SEQ ID NO：66)之HVR-L1序列；(e) SASFLYS (SEQ ID NO：67)之HVR-L2序列；及(f) QQYLYHPAT (SEQ ID NO：68)之HVR-L3序列。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含：(a)重鏈可變(VH)結構域，其包含與EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO：69)之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之胺基酸序列；
(b)輕鏈可變(VL)結構域，其包含與DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (SEQ ID NO：70)之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之胺基酸序列；或(c)如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含：(a) VH結構域，其包含與SEQ ID NO：69之胺基酸序列具有至少95%序列一致性之胺基酸序列；(b) VL結構域，其包含與SEQ ID NO：70之胺基酸序列具有至少95%序列一致性之胺基酸序列；或(c)如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含：(a) VH結構域，其包含與SEQ ID NO：69之胺基酸序列具有至少96%序列一致性之胺基酸序列；(b) VL結構域，其包含與SEQ ID NO：70之胺基酸序列具有至少96%序列一致性之胺基酸序列；或(c)如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含：(a) VH結構域，其包含與SEQ ID NO：69之胺基酸序列具有至少97%序列一致性之胺基酸序列；(b) VL結構域，其包含與SEQ ID NO：70之胺基酸序列具有至少97%序列一致性之胺基酸序列；或(c)如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含：(a) VH結構域，其包含與SEQ ID NO：69之胺基酸序列具有至少98%序列一致性之胺基酸序列；(b) VL結構域，其包含與SEQ ID NO：70之胺基酸序列具有至少98%序列一致性之胺基酸序列；或(c)如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含：(a) VH結構域，其包含與SEQ ID NO：69之胺基酸序列具有至少99%序列一致性之胺基酸序列；(b) VL結構域，其包含與SEQ ID NO：70之胺基酸序列具有至少99%序列一致性之胺基酸序列；或(c)如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含：(a) VH結構域，其包含SEQ ID NO：69之胺基酸序列；(b) VL結構域，其包含SEQ ID NO：70之胺基酸序列；或(c)如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含：(a)VH結構域，其包含SEQ ID NO：69之胺基酸序列；及(b)VL結構域，其包含SEQ ID NO：70之胺基酸序列。在一些實施例中，抗PD-L1抗體為阿替珠單抗。在一些實施例中，PD-L1軸結合拮抗劑為PD-1結合拮抗劑。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與其配位體結合搭配物之結合。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與PD-L1之結合。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與PD-L2之結合。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與PD-L1及PD-L2二者之結合。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑為抗PD-1抗體。在一些實施例中，抗PD-1抗體為單株抗PD-1抗體。在一些實施例中，抗PD-1抗體為人類、人類化或嵌合抗PD-1抗體。
在一些實施例中，該方法進一步包括向個體投與另一治療劑。在一些實施例中，該另一治療劑係選自由以下各項組成之群：免疫治療劑、細胞毒性劑、生長抑制劑、放射治療劑、抗血管生成劑及其組合。在一些實施例中，個體為人類。
在另一態樣中，本發明提供一種鑑別可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的患有癌症之個體的套組，該套組包括：(a)用於測定來自該個體之樣品中以下基因中之三者或更多者之表現水準的試劑：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2；及視情況，(b)使用該等試劑鑑別可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的患有癌症之個體的說明書。
在另一態樣中，本發明提供一種鑑別可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的患有癌症之個體的套組，該套組包括：(a)用於測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者之表現水準的試劑：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2，其中該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP；及視情況存在之(b)使用該等試劑鑑別可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的患有癌症之個體的說明書。
在另一態樣中，本發明提供一種包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法，其用於治療罹患癌症之個體之方法中，其中在治療之前，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之三者或更多者之表現水準已經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。
在另一態樣中，本發明提供一種包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法，其用於治療罹患癌症之個體之方法中，其中在治療之前，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者之表現水準已經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準，其中該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP。
在另一態樣中，本發明提供包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之用途，其用於製造用以治療罹患癌症之個體之藥劑，其中在治療前，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之三者或更多者之表現水準已經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。
在另一態樣中，本發明提供包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之用途，其用於製造用以治療罹患癌症之個體之藥劑，其中在治療前，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者之表現水準已經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準，其中該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP。
在另一態樣中，本發明提供一種監測患有癌症之個體之反應之套組，該套組包括：(a)用於測定來自該個體之樣品中以下基因中之五者或更多者之表現水準的試劑：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1；及視情況存在之(b)使用該等試劑監測患有癌症之個體對利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療之反應的說明書。
在另一態樣中，本發明提供一種監測患有癌症之個體之反應之套組，該套組包括：(a)用於測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者之表現水準的試劑：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1，其中該一或多個基因至少包括ADAM19、ACTG2、CNN1、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1；及視情況存在之(b)使用該等試劑監測患有癌症之個體對利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療之反應的說明書。
本發明提供癌症之診斷方法及用途、治療方法及用途以及用於治療癌症之組合物，該癌症包括(但不限於)膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌。本發明至少部分地基於以下發現：在自患有癌症(例如，膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體獲得之樣品中，一或多個基因(例如，TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)之表現水準可作為生物標記物(包括(但不限於)預測性生物標記及/或藥效學生物標記物)用於以下方法中：鑑別個體是否可受益於利用抗癌療法(包括免疫療法(包括(但不限於) PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(包括(但不限於) TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體))之治療或可能對該治療有反應之方法；選擇療法用於治療個體之方法；最佳化包括包含免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之抗癌療法之治療的治療功效的方法；及/或監測個體對包括包含免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之抗癌療法之治療的反應的方法。
I. 定義
應瞭解，本文描述之本發明之態樣及實施例包括「包含態樣及實施例」、「由態樣及實施例組成」及「實質上由態樣及實施例組成」。除非另有指示，否則如本文所用，單數形式「一(a, an)」及「該」包括複數指示物。
如本文所用之術語「約」係指熟習此項技術者容易知曉之各別值之一般誤差範圍。本文所提及之「約」值或參數包括(並描述)關於該值或參數本身之實施例。
如本文所用之術語「生物標記物」係指可在樣品中偵測到之指示物(例如預測性、診斷性及/或預後性)。生物標記物可用作以某些分子、病理、組織學及/或臨床特性為特徵之疾病或病症(例如癌症)之特定亞型之指示物。在一些實施例中，生物標記物為基因。生物標記物包括(但不限於)多核苷酸(例如DNA及/或RNA)、多核苷酸拷貝數改變(例如DNA拷貝數)、多肽、多肽及多核苷酸修飾(例如轉譯後修飾)、碳水化合物及/或基於醣脂之分子標記物。
此類生物標記物包括(但不限於) TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1。在一些實施例中，生物標記物為一或多種選自由以下各項組成之群的生物標記物：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2。在其他實施例中，生物標記物為一或多種選自由以下各項組成之群的生物標記物：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1。在自對治療(例如，利用包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之抗癌療法之治療)敏感或有反應之患者獲得的樣品中，此類生物標記物之表現可經測定高於或低於參考水準(包括(例如)在來自一組/群患者(例如患有癌症且經測試對治療有反應之患者)之樣品中生物標記物之中值表現水準；在來自一組/群患者(例如患有癌症且經鑑別對治療沒有反應之患者)之樣品中生物標記物之中值表現水準；先前在之前的時間自個體獲得之樣品中之水準；或者來自在原發性腫瘤環境中接受事先治療(例如利用包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之抗癌療法之治療)且現在可能正經歷轉移之患者之樣品中的水準。
術語「生物標記物印記」、「印記」、「生物標記物表現印記」或「表現印記」在本文中可互換使用，且係指其表現為指示物(例如預測性、診斷性及/或預後性)之生物標記物中之一者或其組合。生物標記物印記可用作以某些分子、病理、組織學及/或臨床特性為特徵之疾病或病症(例如癌症)之特定亞型的指示物。在一些實施例中，生物標記物印記為「基因印記」。術語「基因印記」與「基因表現印記」可互換使用，且係指其表現為指示物(例如預測性、診斷性及/或預後性)之多核苷酸中之一者或其組合。在一些實施例中，生物標記物印記為「蛋白質印記」。術語「蛋白質印記」與「蛋白質表現印記」可互換使用且係指其表現為指標物(例如預測性、診斷性及/或預後性)之多肽中之一者或其組合。在一些情況下，生物標記物包括一或多種選自由以下各項組成之群的生物標記物：TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1，其在本文中亦稱為「22-基因印記」。在一些情況下，生物標記物印記包括一或多種選自由以下各項組成之群的生物標記物：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2，其在本文中亦稱為「6-基因印記」。在其他情況下，生物標記物包括一或多種選自由以下各項組成之群的生物標記物：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1，其在本文中亦稱為「Pan-F-TBRS」。
除非另有指示，否則如本文所用之術語「TGFB1」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然TGFB1 (轉型生長因子β 1)。該術語涵蓋「全長」未處理之TGFB1以及由細胞內處理產生之TGFB1之任何形式。該術語亦涵蓋TGFB1之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類TGFB1之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_000660.6下或SEQ ID NO：1中。由人類TGFB1編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號P01137下或SEQ ID NO：2中。
除非另有指示，否則如本文所用之術語「TGFBR2」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然TGFBR2 (轉型生長因子β受體2；亦稱為TGFR-2或TGFβ-RII)。該術語涵蓋「全長」未處理之TGFBR2以及由細胞內處理產生之TGFBR2之任何形式。該術語亦涵蓋TGFBR2之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類TGFBR2之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_001024847下或SEQ ID NO：3中。由人類TGFBR2編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號P37173下或SEQ ID NO：4中。
除非另有指示，否則如本文所用之術語「ACTA2」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然ACTA2 (α-肌動蛋白-2，亦稱為主動脈平滑肌肌動蛋白或α-平滑肌肌動蛋白)。該術語涵蓋「全長」未處理之ACTA2以及由細胞內處理產生之ACTA2之任何形式。該術語亦涵蓋ACTA2之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類ACTA2之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_001141945下或SEQ ID NO：5中。由人類ACTA2編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號P62736下或SEQ ID NO：6中。
除非另有指示，否則如本文所用之術語「ACTG2」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然ACTG2 (肌動蛋白，γ腸平滑肌，亦稱為肌動蛋白，γ2)。該術語涵蓋「全長」未處理之ACTG2以及由細胞內處理產生之ACTG2之任何形式。該術語亦涵蓋ACTG2之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類ACTG2之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_001615下或SEQ ID NO：7中。由人類ACTG2編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號P63267下或SEQ ID NO：8中。
除非另有指示，否則如本文所用之術語「ADAM12」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然ADAM12 (解聚素及含金屬蛋白酶結構域之蛋白質12，亦稱為ADAM金屬肽酶結構域12、MCMP、CAR10及MLTN)。該術語涵蓋「全長」未處理之ADAM12以及由細胞內處理產生之ADAM12之任何形式。該術語亦涵蓋ADAM12之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。剪接變異體包括具有跨膜區之ADAM12-L及可溶且缺乏跨膜及細胞質結構域之較短變異體ADAM12-S。例示性人類ADAM12之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_003474下或SEQ ID NO：9中。由人類ADAM12編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號O43184下或SEQ ID NO：10中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「ADAM19」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類(例如人類)及囓齒類(例如小鼠及大鼠))之任何天然ADAM19 (解聚素及含金屬蛋白酶結構域之蛋白質19；亦稱為MADDAM或融合素β)。該術語涵蓋「全長」未處理之ADAM19以及由細胞內處理產生之ADAM19之任何形式。該術語亦涵蓋ADAM19之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類ADAM19之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_033274下或SEQ ID NO：11中。由人類ADAM19編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號Q9H013下或SEQ ID NO：12中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「COMP」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然COMP (軟骨寡聚基質蛋白；亦稱為凝血酶敏感蛋白-5)。該術語涵蓋「全長」未處理之COMP以及由細胞內處理產生之COMP之任何形式。該術語亦涵蓋COMP之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類COMP之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_000095下或SEQ ID NO：81中。由人類COMP編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號P49747下或SEQ ID NO：82中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「CNN1」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然CNN1 (鈣調蛋白1 (calponin 1))。該術語涵蓋「全長」未處理之CNN1以及由細胞內處理產生之CNN1之任何形式。該術語亦涵蓋CNN1之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類CNN1之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_001299下或SEQ ID NO：13中。由人類CNN1編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號P51911下或SEQ ID NO：14中。
除非另有指示，否則如本文所用之術語「COL4A1」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然COL4A1 (膠原，IV型，α I，亦稱為膠原α-1 (IV)鏈)。該術語涵蓋「全長」未處理之COL4A1以及由細胞內處理產生之COL4A1之任何形式。該術語亦涵蓋COL4A1之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類COL4A1之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_001845下或SEQ ID NO：15中。由人類COL4A1編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號P02462下或SEQ ID NO：16中。
除非另有指示，否則如本文所用之術語「CTGF」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然CTGF (結締組織生長因子，亦稱為CCN2或IGFBP8)。該術語涵蓋「全長」未處理之CTGF以及由細胞內處理產生之CTGF之任何形式。該術語亦涵蓋CTGF之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類CTGF之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_001901下或SEQ ID NO：17中。由人類CTGF編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號P29279下或SEQ ID NO：18中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「CTPS1」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然CTPS1 (CTP合酶1)。該術語涵蓋「全長」未處理之CTPS1以及由細胞內處理產生之CTPS1之任何形式。該術語亦涵蓋CTPS1之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類CTPS1之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_001905下或SEQ ID NO：19中。由人類CTPS1編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號P17812下或SEQ ID NO：20中。
除非另有指示，否則如本文所用之術語「FAM101B」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然FAM101B (序列相似家族101成員B，亦稱為細絲蛋白相互作用蛋白FAM101B、refilin B或RFLNB)。該術語涵蓋「全長」未處理之FAM101B以及由細胞內處理產生之FAM101B之任何形式。該術語亦涵蓋FAM101B之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類FAM101B之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_182705下或SEQ ID NO：21中。由人類FAM101B編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號Q8N5W9下或SEQ ID NO：22中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「FSTL3」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然FSTL3 (濾泡抑素相關蛋白3)。該術語涵蓋「全長」未處理之FSTL3以及由細胞內處理產生之FSTL3之任何形式。該術語亦涵蓋FSTL3之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類FSTL3之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_005860下或SEQ ID NO：23中。由人類FSTL3編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號O95633下或SEQ ID NO：24中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「HSPB1」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然HSPB1 (熱休克蛋白β-1，亦稱為熱休克蛋白27或HSP27)。該術語涵蓋「全長」未處理之HSPB1以及由細胞內處理產生之HSPB1之任何形式。該術語亦涵蓋HSPB1之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類HSPB1之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_001540下或SEQ ID NO：25中。由人類HSPB1編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號P04792下或SEQ ID NO：26中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「IGFBP3」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然IGFBP3 (胰島素樣生長因子結合蛋白3，亦稱為BP-53或IBP3)。該術語涵蓋「全長」未處理之IGFBP3以及由細胞內處理產生之IGFBP3之任何形式。該術語亦涵蓋IGFBP3之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類IGFBP3之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_001013398下或SEQ ID NO：27中。由人類IGFBP3編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號P17936下或SEQ ID NO：28中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「PXDC1」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然PXDC1 (含PX結構域之蛋白質1)。該術語涵蓋「全長」未處理之PXDC1以及由細胞內處理產生之PXDC1之任何形式。該術語亦涵蓋PXDC1之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類PXDC1之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_183373下或SEQ ID NO：29中。由人類PXDC1編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號Q5TGL8下或SEQ ID NO：30中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「SEMA7A」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然SEMA7A (信號素7A (semaphorin 7A)，亦稱為CD108或約翰-米爾頓-哈根(John-Milton-Hagen)血型抗原)。該術語涵蓋「全長」未處理之SEMA7A以及由細胞內處理產生之SEMA7A之任何形式。該術語亦涵蓋SEMA7A之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類SEMA7A之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_003612下或SEQ ID NO：31中。由人類SEMA7A編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號O75326下或SEQ ID NO：32中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「SH3PXD2A」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然SH3PXD2A (含有SH3及PX結構域之蛋白質2A)。該術語涵蓋「全長」未處理之SH3PXD2A以及由細胞內處理產生之SH3PXD2A之任何形式。該術語亦涵蓋SH3PXD2A之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類SH3PXD2A之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_014631下或SEQ ID NO：33中。由人類SH3PXD2A編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號Q5TCZ1下或SEQ ID NO：34中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「TAGLN」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然TAGLN (轉凝蛋白)。該術語涵蓋「全長」未處理之TAGLN以及由細胞內處理產生之TAGLN之任何形式。該術語亦涵蓋TAGLN之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類TAGLN之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_001001522下或SEQ ID NO：35中。由人類TAGLN編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號Q01995或SEQ ID NO：36中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「TGFBI」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然TGFBI (β誘導型轉型生長因子)。該術語涵蓋「全長」未處理之TGFBI以及由細胞內處理產生之TGFBI之任何形式。該術語亦涵蓋TGFBI之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類TGFBI之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_000358下或SEQ ID NO：37中。由人類TGFBI編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號Q15582下或SEQ ID NO：38中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「TNS1」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然TNS1 (張力蛋白1)。該術語涵蓋「全長」未處理之TNS1以及由細胞內處理產生之TNS1之任何形式。該術語亦涵蓋TNS1之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類TNS1之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_022648下或SEQ ID NO：39中。由人類TNS1編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號Q9HBL0下或SEQ ID NO：40中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「TPM1」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然TPM1 (原肌凝蛋白α-1鏈)。該術語涵蓋「全長」未處理之TPM1以及由細胞內處理產生之TPM1之任何形式。該術語亦涵蓋TPM1之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。人類TPM1基因經由選擇性剪接及/或使用兩種啟動子編碼至少10種變異體。例示性人類TPM1之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_001018005.1下或SEQ ID NO：41中。由人類TPM1編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號P09493下或SEQ ID NO：42中。人類TPM1蛋白同種型之序列顯示在UniProt登錄號P09493-1、P09493-2、P09493-3、P09493-4、P09493-5、P09493-6、P09493-7、P09493-8、P09493-9及P09493-10下。在一些實施例中，人類TPM1蛋白具有UniProt登錄號P09493-1下所顯示之胺基酸序列。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「CD8A」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然CD8A。該術語涵蓋「全長」未處理之CD8A以及由細胞內處理產生之CD8A之任何形式。該術語亦涵蓋CD8A之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類CD8A之核酸序列顯示在EMBL登錄號M12824下或SEQ ID NO：43中。由人類CD8A編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號P01732-1下或SEQ ID NO：44中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「CXCL9」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然CXCL9 (趨化介素(C-X-C基元)配位體9)。該術語涵蓋「全長」未處理之CXCL9以及由細胞內處理產生之CXCL9之任何形式。該術語亦涵蓋CXCL9之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類CXCL9之核酸序列列於SEQ ID NO：45中。由人類CXCL9編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示於SEQ ID NO：46中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「CXCL10」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然CXCL10 (趨化介素(C-X-C基元)配位體10)。該術語涵蓋「全長」未處理之CXCL10以及由細胞內處理產生之CXCL10之任何形式。該術語亦涵蓋CXCL10之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類CXCL10之核酸序列列於SEQ ID NO：47中。由人CXCL10編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示於SEQ ID NO：48中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「GZMA」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然GZMA (顆粒酶A)。該術語涵蓋「全長」未處理之GZMA以及由細胞內處理產生之GZMA之任何形式。該術語亦涵蓋GZMA之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類GZMA之核酸序列列於SEQ ID NO：49中。由人類GZMA編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示於SEQ ID NO：50中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「GZMB」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然GZMB (顆粒酶B)。該術語涵蓋「全長」未處理之GZMB以及由細胞內處理產生之GZMB之任何形式。該術語亦涵蓋GZMB之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類GZMB之核酸序列列於SEQ ID NO：51中。由人類GZMB編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示於SEQ ID NO：52中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「PRF1」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然PRF1 (穿孔蛋白1；亦稱為成孔蛋白)。該術語涵蓋「全長」未處理之PRF1以及由細胞內處理產生之PRF1之任何形式。該術語亦涵蓋PRF1之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類PRF1之核酸序列列於SEQ ID NO：53中。由人類PRF1編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示於SEQ ID NO：54中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「IFNG」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然IFNG (干擾素，γ；本文中亦稱為IFN-γ)。該術語涵蓋「全長」未處理之IFNG以及由細胞內處理產生之IFNG之任何形式。該術語亦涵蓋IFNG之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類IFNG之核酸序列列於SEQ ID NO：55中。由人類IFNG編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示於SEQ ID NO：56中。
除非另有說明，否則如本文所用之術語「TBX21」係指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物，諸如靈長類動物(例如人類)及囓齒類動物(例如小鼠及大鼠))之任何天然TBX21 (T盒轉錄因子21)。該術語涵蓋「全長」未處理之TBX21以及由細胞內處理產生之TBX21之任何形式。該術語亦涵蓋TBX21之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。例示性人類TBX21之核酸序列顯示於NCBI參考序列NM_013351.1下或SEQ ID NO：57中。由人類TBX21編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示於UniProt登錄號Q9UL17下或SEQ ID NO：58中。
術語「程式化死亡配位體1」及「PD-L1」在本文中係指天然序列PD-L1多肽、多肽變異體及天然序列多肽及多肽變異體之片段(在本文中進一步定義)。本文描述之PD-L1多肽可為自各種來源(諸如自人類組織類型或自另一來源)分離或藉由重組或合成方法製備之多肽。
「天然序列PD-L1多肽」包含具有與源自自然界之相應PD-L1多肽相同之胺基酸序列的多肽。該術語涵蓋「全長」未處理之PD-L1以及由細胞內處理產生之PD-L1之任何形式。該術語亦涵蓋PD-L1之天然存在之變異體，例如剪接變異體或等位基因變異體。舉例而言，天然序列PD-L1多肽可為PD-L1同種型1 (亦稱為PD-L1I；參見例如UniProt登錄號Q9NZQ7-1)、PD-L1同種型2 (亦稱為PD-L1II；參見例如UniProt登錄號Q9NZQ7-2)或PD-L1同種型3 (參見例如UniProt登錄號Q9NZQ7-3)。例示性人類PD-L1之核酸序列顯示在NCBI參考序列NM_014143下或SEQ ID NO：59中。由人類PD-L1編碼之例示性蛋白質之胺基酸序列顯示在UniProt登錄號Q9NZQ7下或SEQ ID NO：60中。
「PD-L1多肽變異體」或其變化形式意謂PD-L1多肽，通常為活性PD-L1多肽，其如本文所定義與如本文所揭示之任何天然序列PD-L1多肽序列具有至少約80%之胺基酸序列一致性。此類PD-L1多肽變異體包括(例如)其中在天然胺基酸序列之N末端或C末端添加或缺失一或多個胺基酸殘基之PD-L1多肽。通常，PD-L1多肽變異體將與如本文所揭示之天然序列PD-L1多肽序列具有至少約80%之胺基酸序列一致性，或者至少約81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%之胺基酸序列一致性。通常，PD-L1變異體多肽之長度為至少約10個胺基酸，或者長度為至少約20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、281、282、283、284、285、286、287、288或289個胺基酸或更長。視情況，與天然PD-L1多肽序列相比，PD-L1變異體多肽將具有不超過一個保守胺基酸取代，或者與天然PD-L1多肽序列相比，將具有不超過2、3、4、5、6、7、8、9或10個保守胺基酸取代。
術語「偵測」在本文以最廣泛意義使用以包括目標分子之定性與定量量測。偵測包括鑑別樣品中目標分子僅僅存在以及確定目標分子是否以可偵測含量存在於樣品中。偵測可為直接的或間接的。
術語「表現之水準」或「表現水準」通常可互換使用且通常係指生物樣品中生物標記物之量。「表現」通常係指資訊(例如基因編碼及/或表觀遺傳資訊)轉化為細胞中存在並運行之結構的過程。因此，如本文所用之「表現」可指轉錄成多核苷酸、轉譯成多肽或甚至多核苷酸及/或多肽修飾物(例如多肽之轉譯後修飾物)。轉錄之多核苷酸、轉譯之多肽或多核苷酸及/或多肽修飾物(例如多肽之轉譯後修飾物)之片段亦應視為被表現，無論其係源於由選擇性剪接或降解之轉錄物產生的轉錄物抑或係源於多肽之轉譯後處理(例如藉由蛋白水解)。「表現之基因」包括轉錄成mRNA形式之多核苷酸且然後轉譯成多肽之彼等以及轉錄成RNA但未轉譯成多肽之彼等(例如轉移及核糖體RNA)。超過一個相關基因之表現水準可藉由熟習此項技術者已知且亦揭示於本文中之聚集法來測定，該等聚集法包括(例如)藉由計算相關基因之所有表現水準之中值或平均值。在聚集之前，可藉由使用熟習此項技術者已知且亦揭示於本文中之統計方法來正規化各相關基因之表現水準，包括(例如)正規化為一或多個持家基因之表現水準，或者正規化為總文庫大小，或者正規化為所有所量測基因之中值或平均表現水準值。在一些情況下，在多個相關基因之聚集之前，各相關基因之正規化表現水準可藉由使用熟習此項技術者已知且亦揭示於本文中之統計方法來標準化，該等統計方法包括(例如)藉由計算各相關基因之正規化表現水準之Z評分。
如本文所用術語「樣品」係指自相關患者及/或個體獲得或衍生之組合物，該組合物含有將基於(例如)物理、生物化學、化學及/或生理特徵加以表徵及/或鑑別之細胞及/或其他分子實體。樣品包括(但不限於)組織樣品、原代或經培養之細胞或細胞株、細胞上清液、細胞溶解物、血小板、血清、血漿、玻璃體液、淋巴液、滑液、濾泡液、***、羊水、***、全血、血液源性細胞、尿液、腦脊髓液、唾液、痰液、淚液、汗液、黏液、腫瘤溶解物及組織培養基、組織提取物(諸如經均質化之組織)、腫瘤組織、細胞提取物及其組合。
「表現」相關蛋白質之樣品或細胞為編碼該蛋白質之mRNA或該蛋白質(包括其片段)經確定存在於樣品或細胞中之樣品或細胞。
如本文所用，術語「參考表現水準」及「參考水準」可互換地用於指如下表現水準，將該表現水準與另一表現水準，例如來自個體之樣品中的本文所描述之一或多個基因(例如，表1中所示之任何基因或其任何組合(例如，表2-5中所示之任何組合))的表現水準相比較，以例如進行預測性、診斷性、預後性及/或治療性測定。舉例而言，參考表現水準可源自於參考群體中之表現水準(例如，參考群體(例如，患有癌症之患者群體)中之中值表現水準)、參考樣品及/或預分配值(例如一截止值，該截止值先前經測定基於個體對抗癌療法治療之反應性與個體對不同抗癌療法治療之反應性(高於截止值及/或低於截止值)之間的顯著差異將參考群體中已經抗癌療法(例如，包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之抗癌療法)治療之第一個體子集與同一參考群體中已經不同抗癌療法治療之第二個體子集顯著地(例如，統計學上顯著地)分離)。在一些實施例中，截止值可為參考群體中之中值或平均表現水準。在其他實施例中，參考水準可為參考群體中之表現水準的前40%、前30%、前20%、前10%、前5%或前1%。在特定實施例中，截止值可為參考群體中之中值表現水準。熟習此項技術者將瞭解，參考表現水準之數值可視以下各項而變化：適應症或病症(例如癌症(例如膀胱癌、腎癌、肺癌、肝癌、卵巢癌、胰腺癌、結腸直腸癌或乳癌))、用於偵測表現水準之方法(例如RNAseq或RT-qPCR)及/或所檢查基因之特定組合(例如，表1中所示之基因之任何組合；或表2-6中所列基因組合中之任一者)。
表現「高於」一水準(例如，高於參考水準)、「表現增加」、「表現水準增加」、「水準增加」、「表現升高」、「表現水準升高」或「水準升高」係指相對於對照中生物標記物之表現水準(例如，未罹患疾病或病症(例如，癌症)之個體、內部對照(例如，持家生物標記物)或在投與療法(例如，包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之抗癌療法)之前獲得之樣品中之生物標記物含量)，或相對於參考水準(例如，來自一組/群患者(例如，測試對包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之抗癌療法之反應性的患有癌症之患者)之樣品中生物標記物之中值表現水準；來自一組/群患者(例如，已經鑑別對包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之抗癌療法沒有反應的患有癌症之患者)之樣品中生物標記物之中值表現水準；或先前在之前的時間自個體獲得之樣品中的水準)，個體中生物標記物之表現增加或含量增加。
表現「低於」一水準(例如，低於參考水準)、「表現減小」、「表現水準減小」、「水準減小」、「表現降低」、「表現水準降低」或「水準降低」係指相對於對照中生物標記物之表現水準(例如，未罹患疾病或病症(例如，癌症)之個體、內部對照(例如，持家生物標記物)或在投與療法(例如，包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之抗癌療法)之前獲得之樣品中之生物標記物含量)，或相對於參考水準(例如，來自一組/群患者(例如，測試對包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之抗癌療法之反應性的患有癌症之患者)之樣品中生物標記物之中值表現水準；來自一組/群患者(例如，已經鑑別對包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之抗癌療法沒有反應的患有癌症之患者)之樣品中生物標記物之中值表現水準；或先前在之前的時間自個體獲得之樣品中的水準)，個體中生物標記物之表現減少或水準降低。在一些實施例中，表現減少為極少表現或不表現。
如本文所用之「參考樣品」、「參考細胞」、「參考組織」、「對照樣品」、「對照細胞」或「對照組織」係指用於比較目的之樣品、細胞、組織或標準物。在一個實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織係獲自同一患者或個體身體之健康及/或非患病部分(例如，組織或細胞)。舉例而言，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織可為與患病細胞或組織毗鄰之健康及/或非患病細胞或組織(例如，與腫瘤毗鄰之細胞或組織)。在另一實施例中，參考樣品係獲自同一患者或個體身體之未處理組織及/或細胞。在另一實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織係獲自不為該患者或個體之個體身體的健康及/或非患病部分(例如，組織或細胞)獲得。在甚至另一實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織係獲自不為該患者或個體之個體身體的未處理組織及/或細胞。在另一實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織係在投與療法(例如，包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)的抗癌療法)之前自患者獲得。
片語「基於」在本文中使用時意謂使用關於一或多種生物標記物之資訊來告知治療決定、包裝插頁上提供之資訊或銷售/促銷指南及類似物。
術語「持家生物標記物」係指通常類似地存在於所有細胞類型中之生物標記物或生物標記物群(例如，多核苷酸及/或多肽)。在一些實施例中，持家生物標記物為「持家基因」。「持家基因」在本文中係指編碼活性對於維持細胞功能至關重要且通常類似地存在於所有細胞類型中之蛋白質的基因或基因群。
「相關聯(correlate或correlating)」意謂以任何方式將第一分析或方案之效能及/或結果與第二分析或方案之效能及/或結果進行比較。舉例而言，可在實施第二方案時使用第一分析或方案之結果，及/或可使用第一分析或方案之結果來確定是否應實施第二分析或方案。關於多肽分析或方案之實施例，可使用多肽表現分析或方案之結果來確定是否應實施特定治療方案。關於多核苷酸分析或方案之實施例，可使用多核苷酸表現分析或方案之結果來確定是否應實施特定治療方案。
如本文所用之「擴增」通常係指產生所需序列之多個拷貝的過程。「多個拷貝」意謂至少兩個拷貝。「拷貝」不一定意謂與模板序列具有完美序列互補性或一致性。舉例而言，拷貝可包括核苷酸類似物(諸如去氧肌苷)、有意之序列改變(諸如藉助包含可與模板雜交但不互補之序列的引物引入之序列改變)及/或擴增期間出現之序列誤差。
術語「多重PCR」係指出於在單一反應中擴增兩個或更多個DNA序列之目的使用超過一個引物集對自單一來源(例如個體)獲得之核酸實施之單一PCR反應。
如本文所用之「聚合酶鏈反應」或「PCR」之技術通常係指如例如美國專利第4,683,195號中所描述對微量之特定核酸(RNA及/或DNA)片段進行擴增的程序。通常，需要來自相關區之末端或更遠之序列資訊為可獲得的，使得可設計寡核苷酸引物；此等引物之序列與待擴增模板之相對股一致或類似。兩個引物之5’末端核苷酸可與擴增材料之末端一致。PCR可用於擴增特定RNA序列、來自總基因組DNA之特定DNA序列以及自總細胞RNA、噬菌體或質體序列轉錄之cDNA等。大體參見Mullis等人,Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 51:263 (1987)及Erlich編,PCR Technology , (Stockton Press, NY, 1989)。如本文所用，PCR被視為用於擴增核酸測試樣品之核酸聚合酶反應方法之一個實例，但並非唯一的實例，其包括使用已知核酸(DNA或RNA)作為引物，且利用核酸聚合酶擴增或產生特定核酸片段或擴增或產生與特定核酸互補之特定核酸片段。
「定量即時聚合酶鏈反應」或「qRT-PCR」係指PCR之一種形式，其中在PCR反應之各步驟中量測PCR產物之量。此技術已描述於各種出版物中，包括(例如) Cronin等人,Am. J. Pathol. 164(1):35-42 (2004)及Ma等人,Cancer Cell 5:607-616 (2004)。
術語「微陣列」係指可雜交陣列元件、較佳多核苷酸探針在基板上之有序排列。
術語「RNAseq」亦稱為「RNA-seq」及「全轉錄組鳥槍法測序(WTSS)」，其係指使用高通量測序技術對cDNA進行測序及/或定量以獲得關於樣品RNA含量之資訊。描述RNAseq之出版物包括：Wang等人,Nature Reviews Genetics 10(1):57-63, 2009；Ryan等人,BioTechniques 45(1):81-94, 2008；及Maher等人,Nature 458(7234):97-101, 2009。
術語「診斷」在本文中用於指分子或病理狀態、疾病或病狀(例如癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌、肺癌、肝癌、卵巢癌、胰腺癌、結腸直腸癌或乳癌))之鑑別或歸類。在一些實施例中，癌症為膀胱癌(例如UC，例如mUC)。舉例而言，「診斷」可指特定癌症類型之鑑別。「診斷」亦可指例如藉由組織病理學準則或藉由分子特徵(例如，以生物標記物(例如，特定基因或由該等基因編碼之蛋白質)中之一者或其組合之表現為特徵的亞型)對特定癌症亞型進行歸類。
如本文所用之「腫瘤浸潤性免疫細胞」係指存在於腫瘤或其樣品中之任何免疫細胞。腫瘤浸潤性免疫細胞包括(但不限於)腫瘤內免疫細胞、瘤周免疫細胞、其他腫瘤基質細胞(例如纖維母細胞)或其任何組合。此類腫瘤浸潤性免疫細胞可為(例如) T淋巴球(諸如CD8+ T淋巴球及/或CD4+ T淋巴球)、B淋巴球或其他骨髓譜系細胞，包括顆粒球(例如嗜中性粒細胞、嗜酸性粒細胞及嗜鹼性粒細胞)、單核球、巨噬細胞(例如CD68+ /CD163+ 巨噬細胞)、樹突細胞(例如交錯性樹突細胞)、組織細胞及天然殺手(NK)細胞。
如本文所用之「腫瘤細胞」係指存在於腫瘤或其樣品中之任何腫瘤細胞。可使用此項技術中已知及/或本文所描述之方法將腫瘤細胞與可能存在於腫瘤樣品中之其他細胞(例如基質細胞及腫瘤浸潤性免疫細胞)區分開來。
如本文所用，術語「個體(individual)」、「患者」或「個體(subject)」可互換使用，且係指需要治療之任何單一動物，更佳為哺乳動物(包括非人類動物，例如貓、狗、馬、兔、動物園動物、牛、豬、綿羊及非人類靈長類動物)。在特定實施例中，本文中之患者為人類。該患者可為「癌症患者」，亦即罹患癌症(例如膀胱癌、腎癌、肺癌、肝癌、卵巢癌、胰腺癌、結腸直腸癌或乳癌)或有罹患癌症之風險或罹患癌症之一或多種症狀的患者。
術語「癌症」及「癌性」係指或描述哺乳動物中通常以細胞生長不受調節為特徵之生理病狀。癌症之實例包括(但不限於)癌瘤、淋巴瘤、母細胞瘤、肉瘤及白血病或淋巴惡性病。此類癌症之更特定實例包括(但不限於)膀胱癌(例如，尿路上皮癌(UC)，包括轉移性UC (mUC)；肌肉侵襲性膀胱癌(MIBC)及非肌肉侵襲性膀胱癌(NMIBC))；腎臟或腎癌(例如腎細胞癌(RCC))；肺癌，包括小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌及肺鱗狀癌；尿路癌；乳癌(例如，HER2+乳癌及三陰性乳癌(TNBC)，其為***受體陰性(ER-)、助孕酮受體陰性(PR-)及HER2陰性(HER2-)的)；***癌，諸如去勢抗性***癌(CRPC)；腹膜癌；肝細胞癌；胃癌(gastric cancer)或stomach cancer)，包括胃腸癌及胃腸基質癌；胰腺癌(例如，胰腺導管腺癌(PDAC))；神經膠質母細胞瘤；子宮頸癌；卵巢癌；肝癌(例如肝細胞癌(HCC))；肝細胞瘤；結腸癌；直腸癌；結腸直腸癌；子宮內膜癌或子宮癌；唾液腺癌；***癌；外陰癌；甲狀腺癌；肝癌；肛門癌；陰莖癌；黑色素瘤，包括表淺性擴散性黑色素瘤、小痣性惡性黑色素瘤、肢端小痣性黑色素瘤及結節性黑色素瘤；多發性骨髓瘤及B細胞淋巴瘤(包括低度/濾泡性非霍奇金氏淋巴瘤(non-Hodgkin’s lymphoma，NHL))；小淋巴細胞性(SL) NHL；中度/濾泡性NHL；中度瀰漫性NHL；高度免疫母細胞性NHL；高度淋巴母細胞性NHL；高度小無裂細胞NHL；大體積疾病NHL；外套細胞淋巴瘤；AIDS相關淋巴瘤；及華氏巨球蛋白血症(Waldenstrom’s Macroglobulinemia))；慢性淋巴細胞性白血病(CLL)；急性淋巴細胞性白血病(ALL)；急性髓性白血病(AML)；毛細胞白血病；慢性骨髓母細胞性白血病(CML)；移植後淋巴增生性症症(PTLD)；及骨髓發育不良症候群(MDS)，以及與斑痣性錯構瘤病相關之異常血管增生、水腫(諸如與腦瘤相關者)、梅格氏症候群(Meigs’ syndrome)、腦癌、頭頸癌及相關轉移。在一些實施例中，癌症為膀胱癌(例如UC，例如mUC)。
「早期癌症」或「早期腫瘤」意謂沒有侵襲性或轉移性之癌症，或者經歸類為0期、I期或II期癌症。
「晚期」癌症為藉由局部侵襲或轉移擴散至原發位點或器官以外之癌症。
「難治性」癌症為即使向癌症患者投與抗腫瘤劑(諸如化學治療劑)亦能進展之癌症。難治性癌症之實例為鉑難治性(platinum refractory)癌症。
「復發性」癌症為在對初始療法作出反應後在初始位點或在遠端位點已再生之癌症。
術語「細胞增殖性病症」及「增殖性病症」係指與某一程度之異常細胞增殖相關之病症。在一個實施例中，細胞增殖性病症為癌症。
如本文所用之術語「腫瘤」係指所有贅生性細胞生長及增殖(惡性抑或良性)及所有癌前及癌性細胞及組織。
術語「癌症」、「癌性」、「細胞增殖性病症」、「增殖性病症」及「腫瘤」在本文中提及時並不相互排斥。
如本文所用之術語「免疫發炎型腫瘤」係指以CD8+ T細胞浸潤及PD-L1表現為特徵之腫瘤(例如實體腫瘤)。參見例如Herbst等人,Nature 515:563-567, 2014及Hegde等人,Clin. Canc. Res. 22: 1865-1874, 2016。在一些實施例中，若觀測到CD8+細胞與惡性上皮細胞(呈基質浸潤物溢出進入腫瘤細胞聚集物中或CD8+細胞於腫瘤細胞聚集物或薄片中之瀰漫性浸潤的形式)直接接觸，則將腫瘤歸類為免疫發炎型腫瘤。
如本文所用之術語「免疫豁免型腫瘤」係指以富含細胞外基質之間質中累積T細胞為特徵之腫瘤(例如，實體腫瘤)。參見例如Herbst等人,Nature 515:563-567, 2014及Hegde等人,Clin. Canc. Res. 22: 1865-1874, 2016。在免疫豁免型腫瘤中，大多數T細胞沿圍繞腫瘤環周運行之對齊之膠原及纖連蛋白纖維遷移。參見例如Salmon等人,J. Clin. Invest. 122:899-910, 2012。在一些實施例中，若在毗鄰或位於主要腫瘤團塊內之基質中實質上或排他性地觀測到CD8+細胞，則將腫瘤歸類為免疫豁免型腫瘤。
如本文所用之術語「免疫沙漠型腫瘤」係指腫瘤或周圍基質內之浸潤性淋巴球貧乏之腫瘤(例如實體腫瘤)。參見例如Herbst等人,Nature 515:563-567, 2014及Hegde等人,Clin. Canc. Res. 22: 1865-1874, 2016。在一些實施例中，若CD8+細胞之盛行率較低(例如以10個代表性視野之平均值所計算，例如，在腫瘤及腫瘤相關基質之區域中，在約200×之放大倍數下，CD8+細胞少於約10個(例如，CD8+細胞為約10、9、8、7、6、5、4、3、2、1或0個))，則將腫瘤歸類為免疫沙漠型腫瘤。
「病症」為可受益於治療之任何病症，包括(但不限於)慢性及急性病症或疾病，包括使哺乳動物易患所論述之病症的彼等病理病狀。
如本文所用，「治療(treatment)」(及其語法變化形式，諸如「治療(treat)」或「治療(treating)」)係指嘗試改變所治療個體之自然病程之臨床介入，且可為了預防或在臨床病理學過程期間進行實施。合意之治療效應包括(但不限於)預防疾病之發生或復發、緩和症狀、減輕疾病之任何直接或間接病理後果、預防轉移、降低疾病進展速率、改善或緩和疾病狀態以及緩解或改良預後。在一些實施例中，治療係利用抗癌療法進行，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)。在一些實施例中，使用抗體(例如抗PD-L1抗體、抗PD-1抗體及/或抗TGF-β抗體)來延遲疾病之發展或減緩疾病或病症(例如癌症(例如膀胱癌、腎癌、肺癌、肝癌、卵巢癌、胰腺癌、結腸直腸癌或乳癌))之進展。
如本文所用，「投與」意謂給予患者一定劑量之化合物(例如免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體))或組合物(例如醫藥組合物，例如包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之醫藥組合物)之方法。本文所描述之方法中利用之組合物可以下列方式來投與：例如肌內、靜脈內、真皮內、經皮、動脈內、腹膜內、病灶內、顱內、關節內、***內、胸膜內、氣管內、鞘內、鼻內、***內、直腸內、經表面、腫瘤內、經腹膜、皮下、結膜下、囊內、經黏膜、心包內、臍內、眼內、眶內、玻璃體內(例如，藉由玻璃體內注射)、藉由滴眼劑、經口、經表面、經皮、非經腸、藉由吸入、藉由注射、藉由移植、藉由輸注、藉由連續輸注、藉由直接局部灌注浸浴靶細胞、藉由導管、藉由灌洗、於乳霜中或於脂質組合物中。本文所描述之方法中利用之組合物亦可全身或局部來投與。投與方法可視各種因素(例如，所投與之化合物或組合物以及所治療病狀、疾病或病症之嚴重程度)而變化。
「治療有效量」係指治療或預防哺乳動物之疾病或病症(例如，癌症(例如，膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌、肺癌、肝癌、卵巢癌、胰腺癌、結腸直腸癌或乳癌))之治療劑的量。在癌症之情形下，治療有效量之治療劑可減少癌細胞之數目；減小原發性腫瘤之尺寸；抑制(亦即，在一定程度上減緩且較佳阻止)癌細胞浸潤至外周器官中；抑制(亦即，在一定程度上減緩且較佳阻止)腫瘤轉移；在一定程度上抑制腫瘤生長；及/或在一定程度上減輕與病症相關之一或多種症狀。若藥物可阻止生長及/或殺死現有癌細胞，則藥物可能具細胞生長抑制性及/或細胞毒性。對於癌症療法，活體內功效可藉由(例如)評價存活(例如，總體存活或無進展存活)之持續時間、達至疾病進展之時間(TTP)、反應率(例如完全反應(CR)及部分反應(PR))、反應之持續時間及/或生活品質來量測。
術語「同時」在本文中用於指投與兩種或更多種治療劑，其中該投與之至少一部分在時間上重疊。因此，同時投與包括當一或多種藥劑之投與在中斷一或多種其他藥劑之投與後繼續進行時的給藥方案。舉例而言，在一些實施例中，可同時投與VEGF拮抗劑及PD-L1軸結合拮抗劑。
「降低或抑制」意謂引起20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或更大之總體減少的能力。降低或抑制可指例如所治療病症之症狀、轉移之存在或大小或者原發性腫瘤之尺寸。
本文中之「負載」劑量通常包含投與患者之治療劑之初始劑量，且隨後為其一或多個維持劑量。通常，投與單一負載劑量，但本文中涵蓋多個負載劑量。通常，所投與之負載劑量之量超過所投與之維持劑量之量及/或相較於維持劑量更頻繁地投與負載劑量，以便相較於維持劑量可達成的更早地達成治療劑之所需穩態濃度。
「維持」劑量或「延長」劑量在本文中係指在治療時段內投與患者之治療劑之一或多個劑量。通常，維持劑量係以隔開之治療間隔來投與，諸如大約每週、大約每2週、大約每3週或大約每4週來投與。
「對治療之反應」、「對治療之反應性」或「受益於治療」可使用任何指示對個體之益處的終點來評價，該終點包括(但不限於)：(1)在某種程度上抑制疾病進展(例如癌症進展)，包括減慢及完全阻止；(2)腫瘤尺寸減小；(3)抑制(亦即，減少、減慢或完全阻止)癌細胞浸潤至毗鄰外周器官及/或組織中；(4)抑制(亦即減少、減緩或完全阻止)轉移；(5)在某種程度上緩解與疾病或病症(例如癌症)相關之一或多種症狀；(6)增加或延長存活(包括總體存活(OS HR ＜ 1)及無進展存活(PFS HR＜1))之時長；及/或(9)降低在治療(例如，用抗癌療法之治療，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體))後之給定時間點的死亡率。
「客觀反應」係指可量測之反應，包括完全反應(CR)或部分反應(PR)。在一些實施例中，「客觀反應率(ORR)」係指完全反應(CR)率及部分反應(PR)率之總和。
「完全反應」或「CR」意指因應治療癌症之所有體征皆消失(例如，所有目標病灶皆消失)。此並不總意謂癌症已經治癒。
如本文所用，「部分反應」或「PR」係指一或多種腫瘤或病灶之大小或體內癌症之程度因應治療而減小。舉例而言，在一些實施例中，PR係指以基線SLD作為參考，目標病灶之最長直徑總和(SLD)至少減少30%。
「持續反應」係指停止治療後對減少腫瘤生長之持續效應。舉例而言，與投與階段開始時之大小相比，腫瘤大小可保持相同或更小。在一些實施例中，持續反應之持續時間至少與治療持續時間相同，至少為治療持續時間之1.5倍、2.0倍、2.5倍或3.0倍長或更長。
如本文所用，「穩定疾病」或「SD」係指以自治療開始以來之最小SLD作為參考，目標病灶既未充分縮小至符合PR，亦未充分增加至符合PD。
如本文所用，「進展性疾病」或「PD」係指目標病灶之SLD至少增加20% (以治療開始以來記錄之最小SLD作為參考)或存在一或多個新病灶。
術語「存活」係指患者保持活著，且包括總體存活以及無進展存活。
如本文所用，「無進展存活」或「PFS」係指在治療期間及之後，所治療疾病(例如，癌症(例如，膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌、肺癌、肝癌、卵巢癌、胰腺癌、結腸直腸癌或乳癌))未進展或惡化之時長。無進展存活可包括個體已經歷完全反應或部分反應之時間的量以及個體已經歷穩定疾病之時間的量。
如本文所用，「總體存活率」或「OS」係指群中在特定持續時間(例如，從診斷或治療時間起6個月、1年、2年、3年、4年、5年、10年、15年、20年或超過20年)後可能活著之個體的百分比。
「延長存活」意謂相對於未治療之患者(亦即相對於未用藥劑治療之患者)，或相對於未以指定水準表現生物標記物之患者，及/或相對於用經批准抗腫瘤劑(例如，免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體))治療之患者，增加經治療患者之總體存活或無進展存活。
如本文所用，「危險比」或「HR」為事件發生率之統計學定義。出於本發明之目的，危險比定義為表示實驗性(例如，治療)組/實驗組中事件(例如，PFS或OS)之機率除以對照性組/實驗組中任何具體時間點之事件機率。值為1之HR指示在「治療」及「對照」組中終點(例如死亡)之相對風險相等；大於1之值指示治療組相對於對照組之風險更大；且小於1之值指示對照組相對於治療組之風險更大。無進展存活分析中之「危險比」(亦即PFS HR)為兩個無進展存活曲線間之差異的彙總，表示隨訪時段期間治療後死亡風險相對於對照之降低。總體存活分析中之「危險比」(亦即OS HR)為兩個總體存活曲線間之差異的彙總，表示隨訪時段期間治療後死亡風險相對於對照之降低。
術語「抗癌療法」係指可用於治療癌症之療法。抗癌治療劑之實例包括(但不限於)細胞毒性劑、化學治療劑、生長抑制劑、放射療法中使用之藥劑、抗血管生成劑、細胞凋亡劑、抗微管蛋白劑及治療癌症之其他藥劑，例如抗CD20抗體、血小板源性生長因子抑制劑(例如GLEEVEC™ (甲磺酸伊馬替尼(imatinib mesylate)))、COX-2抑制劑(例如塞來昔布(celecoxib))、干擾素、細胞介素、結合至以下靶標中之一或多者之拮抗劑(例如中和抗體)：PDGFR-β、BIγS、APRIL、BCMA受體、TRAIL/Apo2、其他生物活性及有機化學藥劑及類似物。其組合亦包括在本發明中。
「活性(active或activity)」出於本文之目的係指保留天然或天然存在之多肽之生物及/或免疫活性之多肽形式，其中「生物」活性係指由天然或天然存在之多肽引起之生物功能(抑制或刺激)，而非誘導產生針對天然或天然存在之多肽所擁有之抗原決定基的抗體之能力，且「免疫」活性係指誘導產生針對天然或天然存在之多肽所擁有之抗原決定基的抗體之能力。
術語「拮抗劑」係以最廣泛意義使用，且包括部分或完全地阻斷、抑制或中和天然多肽之生物活性的任何分子。以類似方式，術語「促效劑」係以最廣泛意義使用且包括模擬天然多肽之生物活性之任何分子。適宜促效劑或拮抗劑分子尤其包括促效劑或拮抗劑抗體或抗體片段、天然多肽之片段或胺基酸序列變異體及類似物。鑑別多肽促效劑或拮抗劑之方法可包括使多肽與候選促效劑或拮抗劑分子接觸，以及量測通常與多肽相關之一或多種生物活性之可偵測變化。
術語「免疫療法」係指使用調節免疫反應之治療劑。免疫療法可為活化免疫療法或阻抑性免疫療法。術語「活化免疫療法」係指使用誘導、增強或促進免疫反應(包括(例如) T細胞反應)之治療劑。術語「阻抑性免疫療法」係指使用干擾、阻抑或抑制免疫反應(包括(例如) T細胞反應)之治療劑。
術語「PD-L1軸結合拮抗劑」係指如下分子，該分子抑制PD-L1軸結合搭配物與其結合搭配物中之一或多者之相互作用，以便去除由PD-1信號傳導軸上之信號傳導引起之T細胞功能障礙，且結果為T細胞功能恢復或增強。如本文所用，PD-L1軸結合拮抗劑包括PD-L1結合拮抗劑及PD-1結合拮抗劑以及干擾PD-L1與PD-1間之相互作用(例如，PD-L2-Fc融合)之分子。
術語「PD-L1結合拮抗劑」係指降低、阻斷、抑制、消除或干擾起因於PD-L1與其結合搭配物中之一或多者(諸如PD-1或B7-1)之相互作用之信號轉導的分子。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑為抑制PD-L1與其結合搭配物結合之分子。在一特定態樣中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與PD-1及/或B7-1之結合。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑包括抗PD-L1抗體及其抗原結合片段、免疫黏附素、融合蛋白、寡肽，及降低、阻斷、抑制、消除或干擾起因於PD-L1與其結合搭配物中之一或多者(諸如PD-1或B7-1)相互作用之信號轉導的其他分子。在一個實施例中，PD-L1結合拮抗劑減少藉由或藉助T淋巴球介導之藉助PD-L1進行之信號傳導時所表現的細胞表面蛋白所介導之負共刺激信號，以便使得功能障礙T細胞較不功能障礙(例如，增強對抗原識別之效應子反應)。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑為抗PD-L1抗體。在一特定實施例中，抗PD-L1抗體為阿替珠單抗(CAS登記號：1422185-06-5)，亦稱為MPDL3280A，且如本文所描述。在另一特定實施例中，抗PD-L1抗體為本文所描述之YW243.55.S70。在另一特定實施例中，抗PD-L1抗體為本文所描述之MDX-1105。在另一特定態樣中，抗PD-L1抗體為本文所描述之MEDI4736 (德瓦魯單抗)。在另一特定態樣中，抗PD-L1抗體為本文所描述之MSB0010718C (阿維魯單抗)。
如本文所用，「PD-1結合拮抗劑」為減少、阻斷、抑制、消除或干擾起因於PD-1與其結合搭配物中之一或多者(諸如PD-L1及/或PD-L2)相互作用之信號轉導的分子。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑為抑制PD-1與其結合搭配物結合之分子。在一特定態樣中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與PD-L1及/或PD-L2之結合。舉例而言，PD-1結合拮抗劑包括抗PD-1抗體及其抗原結合片段、免疫黏附素、融合蛋白、寡肽、小分子拮抗劑、多核苷酸拮抗劑，及降低、阻斷、抑制、消除或干擾起因於PD-1與PD-L1及/或PD-L2之相互作用之信號轉導的其他分子。在一個實施例中，PD-1結合拮抗劑減少藉由或藉助T淋巴球及其他細胞介導之藉助PD-1或PD-L1進行之信號傳導時所表現的細胞表面蛋白所介導之負信號，以便使得功能障礙T細胞較不功能障礙。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑為抗PD-1抗體。在一特定態樣中，PD-1結合拮抗劑為MDX-1106 (尼魯單抗(nivolumab))。在另一特定態樣中，PD-1結合拮抗劑為MK-3475 (派姆單抗(pembrolizumab))。在另一特定態樣中，PD-1結合拮抗劑為CT-011 (匹利珠單抗(pidilizumab))。在另一特定態樣中，PD-1結合拮抗劑為MEDI-0680 (AMP-514)。在另一特定態樣中，PD-1結合拮抗劑為PDR001。在另一特定態樣中，PD-1結合拮抗劑為REGN2810。在另一特定態樣中，PD-1結合拮抗劑為BGB-108。在另一特定態樣中，PD-1結合拮抗劑為AMP-224。
術語「抗PD-L1抗體」及「結合至PD-L1之抗體」係指能夠以足夠之親和力結合PD-L1使得抗體可用作靶向PD-L1之診斷劑及/或治療劑的抗體。在一個實施例中，抗PD-L1抗體與不相關之非PD-L1蛋白結合之程度不到如(例如)藉由RIA所量測之抗體與PD-L1結合的約10%。在某些實施例中，抗PD-L1抗體結合至在不同物種之PD-L1中保守之PD-L1抗原決定基。
術語「抗PD-1抗體」及「結合至PD-1之抗體」係指能夠以足夠之親和力結合PD-1使得抗體可用作靶向PD-1之診斷劑及/或治療劑的抗體。在一個實施例中，抗PD-1抗體與不相關之非PD-1蛋白結合之程度不到如(例如)藉由RIA所量測之抗體與PD-1結合的約10%。在某些實施例中，抗PD-1抗體結合至在不同物種之PD-1中保守之PD-1抗原決定基。
如本文所定義之「阻抑性基質拮抗劑」為部分或完全地阻斷、抑制或中和與基質(例如，腫瘤相關基質)相關之基因或基因產物之生物活性及/或功能的任何分子。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑部分或完全地阻斷、抑制或中和與纖維變性腫瘤相關之基因或基因產物之生物活性及/或功能。在一些實施例中，用阻抑性基質拮抗劑治療使得基質減少，從而使得免疫療法之活性增加；例如，藉由增加活化免疫細胞(例如促炎性細胞)浸潤纖維變性組織(例如纖維變性腫瘤)之能力。基質基因拮抗劑之靶標為此項技術中已知的；參見例如Turley等人,Nature Reviews Immunology 15:669-682, 2015及Rosenbloom等人,Biochimica et Biophysica Acta 1832:1088-1103, 2013。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑為轉型生長因子β (TGF-β)、平足蛋白(PDPN)、白血球相關免疫球蛋白樣受體1 (LAIR1)、SMAD、退行性淋巴瘤激酶(ALK)、結締組織生長因子(CTGF/CCN2)、內皮素1 (ET-1)、AP-1、介白素(IL)-13、離胺醯氧化酶同源物2 (LOXL2)、內皮醣蛋白(CD105)、纖維母細胞活化蛋白(FAP)、血管細胞黏附蛋白1 (CD106)、胸腺細胞抗原1 (THY1)、β1整聯蛋白(CD29)、血小板源性生長因子(PDGF)、PDGF受體A (PDGFRα)、PDGF受體B (PDGFRβ)、波形蛋白、平滑肌肌動蛋白α (ACTA2)、肌間線蛋白、內皮唾酸蛋白(CD248)或S100鈣結合蛋白A4 (S100A4)拮抗劑。
如本文所定義之「TGF-β拮抗劑」為減少、阻斷、抑制、消除或干擾由TGF-β與其相互作用搭配物中之一或多者(諸如TGF-β細胞受體)相互作用而產生之信號轉導的任何分子。在一些實施例中，「TGF-β結合拮抗劑」為抑制TGF-β與其結合搭配物結合之分子。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑抑制TGF-β之活化。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑包括抗TGF-β抗體、其抗原結合片段、免疫黏附素、融合蛋白、寡肽，以及減少、阻斷、抑制、消除或干擾起因於TGF-β與其相互作用搭配物中之一或多者相互作用之信號轉導的其他分子。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑為多肽、小分子或核酸。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑(例如，TGF-β結合拮抗劑)抑制TGF-β1、TGF-β2及/或TGF-β3。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑(例如，TGF-β結合拮抗劑)抑制TGF-β受體-1 (TGFBR1)、TGF-β受體-2 (TGFBR2)及/或TGF-β受體-3 (TGFBR3)。
術語「抗TGF-β抗體」及「結合至TGF-β之抗體」係指能夠以足夠之親和力結合TGF-β使得抗體可用作靶向TGF-β之診斷劑及/或治療劑的抗體。在一個實施例中，抗TGF-β抗體與不相關之非TGF-β蛋白結合之程度不到如(例如)藉由RIA所量測之抗體與TGF-β結合的約10%。在某些實施例中，抗TGF-β抗體結合至在不同物種之TGF-β中保守之TGF-β抗原決定基。在一些實施例中，抗TGF-β抗體抑制TGF-β1、TGF-β2及/或TGF-β3。在一些實施例中，抗TGF-β抗體抑制TGF-β1、TGF-β2及TGF-β3。在一些實施例中，抗TGF-β抗體為泛特異性抗TGF-β抗體。在一些實施例中，抗TGF-β抗體可為揭示於以下中之任何抗TGF-β抗體：例如美國專利第5,571,714號或國際專利申請案第WO 92/00330號、第WO 92/08480號、第WO 95/26203號、第WO 97/13844號、第WO 00/066631號、第WO 05/097832號、第WO 06/086469號、第WO 05/010049號、第WO 06/116002號、第WO 07/076391號、第WO 12/167143號、第WO 13/134365號、第WO 14/164709號或第WO 16/201282號，該等案件中之每一者以全文引用之方式併入本文中。在特定實施例中，抗TGF-β抗體為夫蘇木單抗(fresolimumab)、美替木單抗(metelimumab)、樂德木單抗(lerdelimumab)、1D11、2G7或其衍生物。
「血管生成抑制劑」或「抗血管生成劑」係指直接或間接抑制血管生成、血管新生或不合意之血管通透性之小分子量物質、多核苷酸、多肽、經分離之蛋白質、重組蛋白、抗體或其結合物或融合蛋白。應瞭解抗血管生成劑包括結合及阻斷血管生成因子或其受體之血管生成活性的彼等藥劑。舉例而言，抗血管生成劑為針對如上文所定義之血管生成劑之抗體或其他拮抗劑，例如針對VEGF-A或VEGF-A受體(例如KDR受體或Flt-1受體)之抗體、抗PDGFR抑制劑(諸如GLEEVEC™ (甲磺酸伊馬替尼))。抗血管生成劑亦包括天然血管生成抑制劑，例如血管抑素、內皮抑素等。參見例如Klagsbrun及D’Amore,Annu. Rev. Physiol. , 53:217-39 (1991)；Streit及Detmar,Oncogene , 22:3172-3179 (2003) (例如，表3列示惡性黑色素瘤中之抗血管生成療法)；Ferrara及Alitalo, Nature Medicine 5(12):1359-1364 (1999)；Tonini等人,Oncogene , 22:6549-6556 (2003)及SatoInt. J. Clin. Oncol. , 8:200-206 (2003)。
如本文所用之術語「細胞毒性劑」係指抑制或防止細胞功能及/或引起細胞破壞之物質。該術語意在包括放射性同位素(例如，At211 、I131 、I125 、Y90 、Re186 、Re188 、Sm153 、Bi212 、P32 及Lu之放射性同位素)；化學治療劑，例如胺甲喋呤(methotrexate)、阿黴素(adriamicin)、長春花生物鹼(長春新鹼(vincristine)、長春鹼(vinblastine)、依託泊苷(etoposide))、多柔比星(doxorubicin)、美法侖(melphalan)、絲裂黴素C (mitomycin C)、氮芥苯丁酸(chlorambucil)、道諾黴素(daunorubicin)或其他嵌入劑；酶及其片段(例如核溶解酶)；抗生素；及毒素，諸如細菌、真菌、植物或動物來源之小分子毒素或酶活性毒素，包括其片段及/或變異體，及下文所揭示之各種抗腫瘤劑或抗癌劑。殺腫瘤劑會破壞腫瘤細胞。
「化學治療劑」包括可用於治療癌症之化學化合物。化學治療劑之實例包括厄洛替尼(erlotinib) (TARCEVA®, Genentech/OSI Pharm.)、硼替佐米(bortezomib) (VELCADE®, Millennium Pharm.)、雙硫侖(disulfiram)、表沒食子兒茶素沒食子酸酯、鹽孢菌醯胺A (salinosporamide A)、卡菲佐米(carfilzomib)、17-AAG (格爾德黴素(geldanamycin))、根赤殼菌素(radicicol)、乳酸去氫酶A (LDH-A)、氟維司群(fulvestrant) (FASLODEX®, AstraZeneca)、舒尼替尼(sunitib) (SUTENT®, Pfizer/Sugen)、來曲唑(FEMARA®, Novartis)、甲磺酸伊馬替尼(GLEEVEC®, Novartis)、非納索特(finasunate) (VATALANIB®, Novartis)、奧沙利鉑(oxaliplatin) (ELOXATIN®, Sanofi)、5-FU (5-氟尿嘧啶)、甲醯四氫葉酸(leucovorin)、雷帕黴素(rapamycin) (西羅莫司(Sirolimus), RAPAMUNE®, Pfizer)、拉帕替尼(lapatinib) (TYKERB®, GSK572016, Glaxo Smith Kline)、洛那法米(Lonafamib) (SCH 66336)、索拉菲尼(sorafenib) (NEXAVAR®, Bayer Labs)、吉非替尼(gefitinib) (IRESSA®, AstraZeneca)、AG1478、烷基化劑(諸如噻替派(thiotepa)及CYTOXAN®環磷醯胺)；磺酸烷基酯，諸如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)及哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶(aziridine)，諸如苯并多巴(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、甲脲多巴(meturedopa)及脲多巴(uredopa)；伸乙亞胺及甲基蜜胺，包括六甲蜜胺(altretamine)、三伸乙基三聚氰胺、三伸乙基磷醯胺、三伸乙基硫磷醯胺及三羥甲基蜜胺；番荔枝內酯(acetogenin) (尤其布拉他辛(bullatacin)及布拉他辛酮(bullatacinone))；喜樹鹼(包括托泊替康(topotecan)及伊立替康(irinotecan))；苔蘚抑素(bryostatin)；卡利斯他汀(callystatin)；CC-1065 (包括其阿多來新(adozelesin)、卡折來新(carzelesin)及比折來新(bizelesin)合成類似物)；念珠藻素(cryptophycin) (尤其念珠藻素1及念珠藻素8)；腎上腺皮質類固醇(包括普賴松(prednisone)及波尼松龍(prednisolone))；乙酸環丙孕酮(cyproterone acetate)；5a-還原酶，包括非那雄胺(finasteride)及度他雄胺(dutasteride)；伏立諾他(vorinostat)、羅米地辛(romidepsin)、帕比司他(panobinostat)、丙戊酸、莫賽替諾司他尾海兔素(mocetinostat dolastatin)；阿地介白素(aldesleukin)、滑石倍癌黴素(talc duocarmycin) (包括合成類似物KW-2189及CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；水鬼蕉鹼(pancratistatin)；匍枝珊瑚醇(sarcodictyin)；海綿抑素(spongistatin)；氮芥(nitrogen mustard)，諸如氮芥苯丁酸(chlorambucil)、萘氮芥(chlomaphazine)、氯磷醯胺(chlorophosphamide)、雌莫司汀(estramustine)、異環磷醯胺(ifosfamide)、甲基二氯乙基胺(mechlorethamine)、甲氧氮芥鹽酸鹽(mechlorethamine oxide hydrochloride)、美法侖、新氮芥(novembichin)、膽甾醇對苯乙酸氮芥(phenesterine)、潑尼莫司汀(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)、尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亞硝基脲(nitrosourea)，諸如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)及雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素，諸如烯二炔抗生素(例如卡奇黴素(calicheamicin)，尤其卡奇黴素γ1I及卡奇黴素ω1I (Angew. Chem .Intl. Ed. Engl. 33:183-186, 1994)；達內黴素(dynemicin)，包括達內黴素A；雙膦酸鹽類，諸如氯膦酸鹽；埃斯波黴素(esperamicin)；以及新制癌菌素(neocarzinostatin)發色團及相關色蛋白烯二炔抗生素發色團)、阿克拉黴素(aclacinomysin)、放線菌素(actinomycin)、胺麯黴素(authramycin)、偶氮絲胺酸(azaserine)、博來黴素(bleomycin)、放線菌素C (cactinomycin)、卡拉黴素(carabicin)、洋紅黴素(caminomycin)、嗜癌黴素(carzinophilin)、色黴素(chromomycinis)、放線菌素D (dactinomycin)、道諾黴素、地托比星(detorubicin)、6-重氮-5-側氧基-L-正白胺酸、ADRIAMYCIN® (多柔比星)、嗎啉基-多柔比星、氰基嗎啉基-多柔比星、2-吡咯啉基-多柔比星及去氧多柔比星)、泛艾黴素(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊達比星(idarubicin)、麻西羅黴素(marcellomycin)、絲裂黴素(諸如絲裂黴素C)、黴酚酸(mycophenolic acid)、諾拉黴素(nogalamycin)、橄欖黴素(olivomycin)、培洛黴素(peplomycin)、泊非黴素(porfiromycin)、嘌呤黴素(puromycin)、三鐵阿黴素(quelamycin)、羅多比星(rodorubicin)、鏈黑黴素(streptonigrin)、鏈脲黴素(streptozocin)、殺結核菌素(tubercidin)、烏苯美司(ubenimex)、淨司他汀(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代謝物，諸如胺甲喋呤及5-氟尿嘧啶(5-FU)；葉酸類似物，諸如二甲葉酸(denopterin)、胺甲喋呤、蝶羅呤(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤類似物，諸如氟達拉濱(fludarabine)、6-巰嘌呤、硫咪嘌呤(thiamiprine)、硫鳥嘌呤；嘧啶類似物，諸如安西他濱(ancitabine)、阿紮胞苷(azacitidine)、6-氯雜尿苷(6-azauridine)、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、雙去氧尿苷、去氧氟尿苷、依諾他濱(enocitabine)、氟尿苷；雄激素，諸如卡魯睾酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)、環硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睪內酯；抗腎上腺藥，諸如胺魯米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；葉酸補充劑，諸如亞葉酸；醋葡醛內酯(aceglatone)；醛磷醯胺糖苷；胺基乙醯丙酸；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；倍曲布西(bestrabucil)；比生群(bisantrene)；依達曲沙(edatraxate)；地磷醯胺(defofamine)；秋水仙胺(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；依氟鳥胺酸(elfomithine)；依利醋銨(elliptinium acetate)；埃博黴素(epothilone)；依託格魯(etoglucid)；硝酸鎵；羥基脲；香菇多糖(lentinan)；氯尼達明(lonidainine)；類美登素(maytansinoid)，諸如美登素(maytansine)及安絲菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫派達醇(mopidamnol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；噴司他汀(pentostatin)；蛋胺氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；2-乙基醯肼；丙卡巴肼(procarbazine)；PSK®多醣複合物(JHS Natural Products, Eugene, Oreg.)；雷佐生(razoxane)；利索新(rhizoxin)；西佐喃(sizofuran)；鍺螺胺(spirogermanium)；替奴佐酸(tenuazonic acid)；三亞胺醌(triaziquone)；2,2’,2’’-三氯三乙胺；單端孢黴烯(trichothecene) (尤其T-2毒素、疣皰菌素A (verracurin A)、桿孢菌素A (roridin A)及蛇形菌素(anguidine))；烏拉坦(urethan)；長春地辛(vindesine)；達卡巴嗪(dacarbazine)；甘露莫司汀(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴衛矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；加賽特辛(gacytosine)；***糖苷(arabinoside) (「Ara-C」)；環磷醯胺；噻替派；類紫杉醇(taxoid)，例如，TAXOL (太平洋紫杉醇(paclitaxel)；Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, N.J.)、ABRAXANE® (無克列莫佛(Cremophor-free))、太平洋紫杉醇之白蛋白工程改造之奈米粒子調配物(American Pharmaceutical Partners, Schaumberg, Ill.)及TAXOTERE® (多西他賽(docetaxel/doxetaxel)；Sanofi-Aventis)；苯丁酸氮芥(chloranmbucil)；GEMZAR® (吉西他濱(gemcitabine))；6-硫鳥嘌呤；巰嘌呤；胺甲喋呤；鉑類似物，諸如順鉑(cisplatin)及卡鉑(carboplatin)；長春鹼；依託泊苷(VP-16)；異環磷醯胺；米托蒽醌；長春新鹼；NAVELBINE® (長春瑞濱(vinorelbine)；能滅瘤(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；依達曲沙(edatrexate)；道諾黴素；胺喋呤；卡培他濱(capecitabine) (XELODA®)；伊班膦酸鹽(ibandronate)；CPT-11；拓撲異構酶抑制劑RFS 2000；二氟甲基鳥胺酸(difluoromethylornithine，DMFO)；類視黃素，諸如視黃酸；及上述各項中任一者之醫藥學上可接受之鹽、酸及衍生物。
化學治療劑亦包括抗激素劑，其用於調節或抑制激素對腫瘤上之作用，諸如抗***及選擇性***受體調節劑(SERM)，包括(例如)他莫昔芬(tamoxifen) (包括NOLVADEX®；檸檬酸他莫昔芬)、雷洛昔芬(raloxifene)、屈洛昔芬(droloxifene)、碘氧芬(iodoxyfene)、4-羥基他莫昔芬、曲沃昔芬(trioxifene)、可莫昔芬(keoxifene)、LY117018、奧那司酮(onapristone)及FARESTON® (檸檬酸托瑞米芬(toremifine citrate))；抑制調節腎上腺中***產生之芳香酶之芳香酶抑制劑，諸如4(5)-咪唑、胺魯米特(aminoglutethimide)、MEGASE® (乙酸甲地孕酮(megestrol acetate))、AROMASIN® (依西美坦(exemestane)；Pfizer)、福美坦(formestanie)、法曲唑(fadrozole)、RIVISOR® (伏氯唑(vorozole))、FEMARA® (來曲唑；Novartis)及ARIMIDEX® (阿那曲唑(anastrozole)；AstraZeneca)；抗雄激素，諸如氟他胺(flutamide)、尼魯米特(nilutamide)、比卡魯胺(bicalutamide)、柳培林(leuprolide)及戈舍瑞林(goserelin)；布舍瑞林(buserelin)、曲普瑞林(tripterelin)、乙酸甲羥助孕酮、己烯雌酚(diethylstilbestrol)、普雷馬林(premarin)、氟甲睪酮、全反式維A酸(all transretionic acid)、芬維A胺(fenretinide)以及曲沙他濱(troxacitabine) (1,3-二氧戊環核苷胞嘧啶類似物)；蛋白激酶抑制劑；脂質激酶抑制劑；反義寡核苷酸，尤其抑制參與異常細胞增殖之信號傳導路徑中之基因表現的彼等反義寡核苷酸，諸如PKC-α、Ralf及H-Ras；核酶，諸如VEGF表現抑制劑(例如，ANGIOZYME®)及HER2表現抑制劑；疫苗，諸如基因療法疫苗，例如ALLOVECTIN®、LEUVECTIN®及VAXID®；PROLEUKIN®、rIL-2；拓撲異構酶1抑制劑，諸如LURTOTECAN®；ABARELIX® rmRH；及上述各項中任一者之醫藥學上可接受之鹽、酸及衍生物。
化學治療劑亦包括抗體，諸如阿倫單抗(alemtuzumab) (Campath)、貝伐珠單抗(bevacizumab) (AVASTIN®, Genentech)；西妥昔單抗(cetuximab) (ERBITUX®, Imclone)；帕尼單抗(panitumumab) (VECTIBIX®, Amgen)、利妥昔單抗(rituximab) (RITUXAN®, Genentech/Biogen Idec)、帕妥珠單抗(pertuzumab) (OMNITARG®, 2C4、Genentech)、曲妥珠單抗(trastuzumab) (HERCEPTIN®, Genentech)、托西莫單抗(tositumomab) (Bexxar, Corixa)，及抗體藥物結合物吉妥珠單抗奧唑米星(gemtuzumab ozogamicin) (MYLOTARG®, Wyeth)。作為藥劑與本發明化合物組合具有治療潛力之其他人類化單株抗體包括：阿泊珠單抗(apolizumab))、阿塞珠單抗(aselizumab)、阿利珠單抗(atlizumab)、巴匹珠單抗(bapineuzumab)、比伐單抗莫登素(bivatuzumab mertansine)、坎妥珠單抗莫登素(cantuzumab mertansine)、西利珠單抗(cedelizumab)、聚乙二醇化賽妥珠單抗(certolizumab pegol)、西夫妥珠單抗(cidfusituzumab)、西妥珠單抗(cidtuzumab)、達克珠單抗(daclizumab)、依庫珠單抗(eculizumab)、依法利珠單抗(efalizumab)、依帕珠單抗(epratuzumab)、厄利珠單抗(erlizumab)、非維珠單抗(felvizumab)、芳妥珠單抗(fontolizumab)、吉妥珠單抗奧唑米星、伊珠單抗奧唑米星(inotuzumab ozogamicin)、伊匹單抗(ipilimumab)、拉貝珠單抗(labetuzumab)、林妥珠單抗(lintuzumab)、馬妥珠單抗(matuzumab)、美泊利單抗(mepolizumab)、莫維珠單抗(motavizumab)、莫妥維珠單抗(motovizumab)、那他珠單抗(natalizumab)、尼妥珠單抗(nimotuzumab)、諾維珠單抗(nolovizumab)、奴馬珠單抗(numavizumab)、歐瑞珠單抗(ocrelizumab)、奧馬珠單抗(omalizumab)、帕利珠單抗(palivizumab)、帕考珠單抗(pascolizumab)、泊夫妥珠單抗(pecfusituzumab)、泊妥珠單抗(pectuzumab)、培克珠單抗(pexelizumab)、拉維珠單抗(ralivizumab)、蘭尼單抗(ranibizumab)、瑞利維珠單抗(reslivizumab)、瑞利珠單抗(reslizumab)、瑞維珠單抗(resyvizumab)、羅維珠單抗(rovelizumab)、魯利珠單抗(ruplizumab)、西羅珠單抗(sibrotuzumab)、西利珠單抗(siplizumab)、索土珠單抗(sontuzumab)、他妥珠單抗替曲坦(tacatuzumab tetraxetan)、他度珠單抗(tadocizumab)、他利珠單抗(talizumab)、替非珠單抗(tefibazumab)、托珠單抗(tocilizumab)、托利珠單抗(toralizumab)、托卡珠單抗西莫介白素(tucotuzumab celmoleukin)、土庫妥珠單抗(tucusituzumab)、烏維珠單抗(umavizumab)、烏珠單抗(urtoxazumab)、優特克單抗(ustekinumab)、維西珠單抗(visilizumab)及抗介白素-12 (ABT-874/J695，Wyeth Research and Abbott Laboratories)，其為經遺傳修飾以識別介白素-12 p40蛋白之重組的人類序列特有的全長IgG1 λ抗體。
化學治療劑亦包括「EGFR抑制劑」，其係指與EGFR結合或以其他方式直接相互作用並防止或降低其信號傳導活性之化合物，且或者稱為「EGFR拮抗劑」。此類藥劑之實例包括結合至EGFR之抗體及小分子。結合至EGFR之抗體的實例包括MAb 579 (ATCC CRL HB 8506)、MAb 455 (ATCC CRL HB8507)、MAb 225 (ATCC CRL 8508)、MAb 528 (ATCC CRL 8509) (參見美國專利第4,943, 533號，Mendelsohn等人)及其變異體，諸如嵌合225 (C225或西妥昔單抗；ERBUTIX®)及重塑人類225 (H225) (參見WO 96/40210，Imclone Systems Inc.)；IMC-11F8，一種全人類EGFR靶向抗體(Imclone)；結合II型突變EGFR之抗體(美國專利第5,212,290號)；結合EGFR之人類化及嵌合抗體，如美國專利第5,891,996號所描述；及結合EGFR之人類抗體，諸如ABX-EGF或帕尼單抗(參見WO98/50433，Abgenix/Amgen)；EMD 55900 (Stragliotto等人,Eur. J. Cancer 32A:636-640 (1996))；EMD7200 (馬妥珠單抗)，一種與EGF及TGF-α競爭EGFR結合之針對EGFR之人類化EGFR抗體(EMD/Merck)；人類EGFR抗體HuMax-EGFR (GenMab)；作為E1.1、E2.4、E2.5、E6.2、E6.4、E2.11、E6.3及E7.6.3已知並描述於US 6,235,883中之全人類抗體；MDX-447 (Medarex Inc)；及mAb 806或人類化mAb 806 (Johns等人,J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384 (2004))。抗EGFR抗體可與細胞毒性劑結合，從而產生免疫結合物(參見例如EP659,439A2，Merck Patent GmbH)。EGFR拮抗劑包括小分子，諸如描述於以下中之化合物：美國專利第5,616,582號、第5,457,105號、第5,475,001號、第5,654,307號、第5,679,683號、第6,084,095號、第6,265,410號、第6,455,534號、第6,521,620號、第6,596,726號、第6,713,484號、第5,770,599號、第6,140,332號、第5,866,572號、第6,399,602號、第6,344,459號、第6,602,863號、第6,391,874號、第6,344,455號、第5,760,041號、第6,002,008號及第5,747,498號，以及以下PCT公開案：WO98/14451、WO98/50038、WO99/09016及WO99/24037。特定小分子EGFR拮抗劑包括OSI-774 (CP-358774，厄洛替尼(erlotinib)，TARCEVA® Genentech/OSI Pharmaceuticals)；PD 183805 (CI 1033，2-丙烯醯胺，N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)胺基]-7-[3-(4-嗎啉基)丙氧基]-6-喹唑啉基]-二鹽酸鹽，Pfizer Inc.)；ZD1839，吉非替尼(gefitinib) (IRESSA®) 4-(3’-氯-4’-氟苯胺基)-7-甲氧基-6-(3-(N-嗎啉基)丙氧基)喹唑啉，AstraZeneca)；ZM 105180 ((6-胺基-4-(3-甲基苯基-胺基)-喹唑啉，Zeneca)；BIBX-1382 (N8-(3-氯-4-氟-苯基)-N2-(1-甲基-哌啶-4-基)-嘧啶并[5,4-d]嘧啶-2,8-二胺，Boehringer Ingelheim)；PKI-166 ((R)-4-[4-[(1-苯乙基)胺基]-1H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基]-苯酚)；(R)-6-(4-羥基苯基)-4-[(1-苯乙基)胺基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶；CL-387785 (N-[4-[(3-溴苯基)胺基]-6-喹唑啉基]-2-丁炔醯胺)；EKB-569 (N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)胺基]-3-氰基-7-乙氧基-6-喹啉基]-4-(二甲胺基)-2-丁烯醯胺) (Wyeth)；AG1478 (Pfizer)；AG1571 (SU 5271；Pfizer)；雙EGFR/HER2酪胺酸激酶抑制劑，諸如拉帕替尼(TYKERB®，GSK572016或N-[3-氯-4-[(3氟苯基)甲氧基]苯基]-6[5[[[2甲基磺醯基)乙基]胺基]甲基]-2-呋喃基]-4-喹唑啉胺)。
化學治療劑亦包括「酪胺酸激酶抑制劑」，包括前述段落提及之EGFR靶向藥物；小分子HER2酪胺酸激酶抑制劑，諸如獲自Takeda之TAK165；CP-724,714，一種ErbB2受體酪胺酸激酶之口服選擇性抑制劑(Pfizer及OSI)；雙HER抑制劑，諸如EKB-569 (獲自Wyeth)，其優先結合EGFR，但抑制HER2與EGFR過表現細胞；拉帕替尼(GSK572016；獲自Glaxo-SmithKline)，一種口服HER2及EGFR酪胺酸激酶抑制劑；PKI-166 (獲自Novartis)；pan-HER抑制劑，諸如卡奈替尼(canertinib) (CI-1033；Pharmacia)；Raf-1抑制劑，諸如獲自ISIS Pharmaceuticals之反義劑ISIS-5132，其抑制Raf-1信號傳導；非HER靶向TK抑制劑，諸如甲磺酸伊馬替尼(GLEEVEC®，獲自Glaxo SmithKline)；多靶酪胺酸激酶抑制劑，諸如舒尼替尼(sunitinib) (SUTENT®，獲自Pfizer)；VEGF受體酪胺酸激酶抑制劑，諸如瓦拉他尼(vatalanib) (PTK787/ZK222584，獲自Novartis/Schering AG)；MAPK胞外調節激酶I抑制劑CI-1040 (獲自Pharmacia)；喹唑啉，諸如PD 153035，4-(3-氯苯胺基)喹唑啉；吡啶并嘧啶；嘧啶并嘧啶；吡咯并嘧啶，諸如CGP 59326、CGP 60261及CGP 62706；吡唑并嘧啶4-(苯胺基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶；薑黃素(二阿魏醯基甲烷，4,5-雙(4-氟苯胺基)鄰苯二甲醯亞胺)；含硝基噻吩部分之酪胺酸磷酸化抑制劑(tyrphostine)；PD-0183805 (Warner-Lamber)；反義分子(例如結合至HER編碼核酸之彼等反義分子)；喹喏啉(美國專利第5,804,396號)；替伏汀(tryphostin) (美國專利第5,804,396號)；ZD6474 (Astra Zeneca)；PTK-787 (Novartis/Schering AG)；pan-HER抑制劑，諸如CI-1033 (Pfizer)；Affinitac (ISIS 3521；Isis/Lilly)；甲磺酸伊馬替尼(GLEEVEC®)；PKI 166 (Novartis)；GW2016 (Glaxo SmithKline)；CI-1033 (Pfizer)；EKB-569 (Wyeth)；賽馬西尼(Semaxinib) (Pfizer)；ZD6474 (AstraZeneca)；PTK-787 (Novartis/Schering AG)；INC-1C11 (Imclone)，雷帕黴素(西羅莫司，RAPAMUNE®)；或者如以下專利公開案之任一者中所描述：美國專利第5,804,396號、WO 1999/09016、WO 1998/43960、WO 1997/38983、WO 1999/06378、WO 1999/06396、WO 1996/30347、WO 1996/33978、WO 1996/3397及WO 1996/33980。
化學治療劑亦包括***(dexamethasone)、干擾素、秋水仙鹼、美托普林(metoprine)、環孢素(cyclosporine)、兩性黴素(amphotericin)、甲硝唑(metronidazole)、阿倫單抗、阿曲諾英(alitretinoin)、異嘌呤醇、阿米福汀(amifostine)、三氧化二砷、天冬醯胺酶、BCG live、貝伐珠單抗、貝沙羅汀(bexarotene)、克拉屈濱(cladribine)、氯法拉濱(clofarabine)、阿法達貝泊汀(darbepoetin alfa)、他尼白介素(denileukin)、右雷佐生(dexrazoxane)、阿法依泊汀(epoetin alfa)、厄洛替尼、非格司亭(filgrastim)、乙酸組胺瑞林(histrelin acetate)、替伊莫單抗(ibritummab)、干擾素α-2a、干擾素α-2b、來那度胺(lenalidomide)、左旋咪唑(levamisole)、美司鈉(mesna)、甲氯沙林(methoxsalen)、諾龍(nandrolone)、奈拉濱(nelarabine)、諾非單抗(nofetumomab)、奧普瑞白介素(oprelvekin)、帕利夫明(palifermin)、帕米膦酸鹽(pamidronate)、培加酶(pegademase)、培門冬酶(pegaspargase)、培非格司亭(pegfilgrastim)、培美曲塞二鈉(pemetrexed disodium)、普卡黴素(plicamycin)、卟吩姆鈉(porfimer sodium)、奎納克林(quinacrine)、拉布立酶(rasburicase)、沙格司亭(sargramostim)、替莫唑胺(temozolomide)、VM-26、6-TG、托瑞米芬(toremifene)、維甲酸(tretinoin)、全反式視黃酸(ATRA)、戊柔比星(valrubicin)、唑來膦酸鹽(zoledronate)及唑來膦酸，及其醫藥學上可接受之鹽。
如本文所用之術語「前藥」係指醫藥活性物質之前驅體或衍生物形式，與母體藥物相比，其對腫瘤細胞之細胞毒性較小，且能夠酶活化或轉化成活性更強之母體形式。參見例如Wilman, 「Prodrugs in Cancer Chemotherapy」Biochemical Society Transactions , 14，第375-382頁，第615次會議Belfast (1986)及Stella等人, 「Prodrugs: A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery,」Directed Drug Delivery , Borchardt等人(編)，第247-267頁, Humana Press (1985)。本發明之前藥包括(但不限於)含磷酸酯之前藥、含硫代磷酸酯之前藥、含硫酸酯之前藥、含肽之前藥、D-胺基酸修飾之前藥、經糖基化之前藥、含β-內醯胺之前藥、視情況經取代之含苯氧乙醯胺之前藥或視情況經取代之含苯乙醯胺之前藥、5-氟胞嘧啶及其他可轉化為活性更強之無細胞毒性藥物之5-氟尿苷前藥。可衍生成用於本發明之前藥形式之細胞毒性藥物的實例包括(但不限於)上文所描述之彼等化學治療劑。
「生長抑制劑」在本文中使用時係指在活體外或活體內抑制細胞(例如，生長依賴於PD-L1表現之細胞)生長及/或增殖之化合物或組合物。因此，生長抑制劑可為顯著降低S期細胞百分比之生長抑制劑。生長抑制劑之實例包括阻斷細胞週期進展(在S期以外之地方)之藥劑，諸如誘導G1阻滯及M期阻滯之藥劑。經典M期阻斷劑包括長春花(長春新鹼及長春鹼)、紫杉烷及拓撲異構酶II抑制劑，諸如蒽環類抗生素多柔比星((8S-順式)-10-[(3-胺基-2,3,6-十三氧基-α-L-來蘇-吡喃己糖基)氧基)-7,8,9,10-四氫-6,8,11-三羥基-8-(羥基乙醯基)-1-甲氧基-5,12-稠四苯二酮)、泛艾黴素、道諾黴素、依託泊苷及博來黴素。彼等阻滯G1之藥劑亦溢出至S期阻滯中，例如DNA烷基化劑，諸如他莫昔芬、普賴松、達卡巴嗪、甲基二氯乙基胺、順鉑、胺甲蝶呤、5-氟尿嘧啶及ara-C。其他資訊可參見「The Molecular Basis of Cancer ,」 Mendelsohn及Israel編，第1章，標題為「Cell cycle regulation, oncogenes, and antineoplastic drugs」，Murakami等人(WB Saunders: Philadelphia, 1995)，尤其第13頁。紫杉烷(太平洋紫杉醇及多西他賽)為均來源於紫杉樹之抗癌藥物。多西他賽(TAXOTERE®, Rhone-Poulenc Rorer)來源於歐洲紅豆杉(European yew)，為太平洋紫杉醇(TAXOL®, Bristol-Myers Squibb)之半合成類似物。紫杉醇及多西他賽促進自微管蛋白二聚體組裝微管，並藉由防止解聚來使微管穩定，從而抑制細胞有絲***。
「放射療法」意謂使用定向γ射線或β射線對細胞誘導足夠之損害，以限制該細胞正常起作用之能力或完全破壞該細胞。應瞭解此項技術中已知有許多方法來確定治療之劑量及持續時間。典型治療為以一次性投與來給予，且典型劑量在10至200單位(戈瑞(Gray))/天之範圍內。
術語「醫藥調配物」係指如下製劑，該製劑之形式允許其中所含活性成分之生物活性有效，且不含對可投與調配物之患者具有不可接受之毒性的其他組分。
「醫藥學上可接受之載劑」係指醫藥調配物中除活性成分以外之對患者無毒之成分。醫藥學上可接受之載劑包括(但不限於)緩衝劑、賦形劑、穩定劑或防腐劑。
術語「包裝插頁」用於指通常包括在治療產品之商業包裝中之說明書，其含有關於適應症、用法、劑量、投與、組合療法、禁忌及/或關於使用此類治療產品之警告的資訊。
「無菌」調配物為無菌的或不含所有活微生物及其孢子。
「製品」為包含至少一種試劑之任何製品(例如包裝或容器)或套組，該至少一種試劑為例如用於治療疾病或病症(例如癌症)之藥劑，或用於特異性地偵測本文所描述之生物標記物的探針。在某些實施例中，該製品或套組係作為用於實施本文所描述之方法之單元來促銷、分發或出售。
術語「小分子」係指分子量為約2000道耳頓(dalton)或更小、較佳約500道耳頓或更小之任何分子。
字語「標記」在本文中用於指直接或間接與諸如多核苷酸探針或抗體之試劑結合或融合且有利於偵測其所結合或融合之試劑的化合物或組合物。標記本身可為可偵測的(例如放射性同位素標記或螢光標記)，或者在酶標記之情形下，可催化可偵測之受質化合物或組合物之化學變化。該術語意在涵蓋藉由將可偵測物質結合(亦即物理連接)至探針或抗體來直接標記探針或抗體，以及藉由與直接標記之另一試劑反應來間接標記探針或抗體。間接標記之實例包括使用螢光標記之二級抗體偵測一級抗體，以及用生物素對DNA探針進行末端標記，使得其可用螢光標記之鏈黴親和素來偵測。
本文之術語「抗體」係以最廣泛意義使用且特定地涵蓋單株抗體、多珠抗體、半抗體、由至少兩種完整抗體形成之多特異性抗體(例如，雙特異性抗體)及抗體片段，只要其展現所需生物活性即可。術語「免疫球蛋白」 (Ig)在本文中可與抗體互換使用。
「天然抗體」通常為約150,000道耳頓之異四聚醣蛋白，其由兩條一致之輕(L)鏈及兩條一致之重(H)鏈組成。各輕鏈藉由一個共價二硫鍵連接至重鏈，而在不同免疫球蛋白同型之重鏈之間二硫鍵之數目不同。各重鏈及輕鏈亦具有規則隔開之鏈間二硫橋鍵。各重鏈在一端具有可變結構域(VH)，隨後具有許多恆定結構域。各輕鏈在一端具有可變結構域(VL)且在其另一端具有恆定結構域；輕鏈之恆定結構域與重鏈之第一恆定結構域對齊，且輕鏈可變結構域與重鏈之可變結構域對齊。咸信特定胺基酸殘基在輕鏈可變結構域與重鏈可變結構域之間形成界面。
「經分離」之抗體為已鑑別且自其天然環境之組分分離及/或回收之抗體。其天然環境中之污染物組分為會干擾抗體之研究、診斷及/或治療用途的物質，且可包括酶、激素及其他蛋白或非蛋白溶質。在一些實施例中，將抗體(1)如藉由(例如)勞里法(Lowry method)所測定，純化至抗體之大於95重量%，且在一些實施例中，純化至大於99重量%；(2)如藉由使用(例如)旋杯式測序儀所測定，純化至足以獲得N末端或內部胺基酸序列之至少15個殘基的程度，或者(3)如藉由SDS-PAGE在還原或非還原條件下使用(例如)考馬斯藍(Coomassie blue)或銀染所測定，純化至均質。經分離之抗體包括重組細胞內之原位抗體，因為抗體天然環境中之至少一種組分將不存在。然而，通常藉由至少一個純化步驟來製備經分離之抗體。
「阻斷性」抗體或抗體「拮抗劑」為抑制或降低其所結合抗原之生物活性的抗體。舉例而言，PD-L1特異性拮抗劑抗體結合PD-L1且減少、阻斷、抑制、消除或干擾由PD-1與PD-L1及/或PD-L2之相互作用引起之信號轉導。較佳阻斷性抗體或拮抗劑抗體完全抑制抗原之生物活性。
除非另有指示，否則表述「多功能抗體」在整個本說明書中用於表示包含三個或更多個抗原結合位點之抗體。多功能抗體較佳經工程改造以具有三個或更多個抗原結合位點，且通常不為天然序列IgM或IgA抗體。
來自任何哺乳動物物種之抗體(免疫球蛋白)之「輕鏈」可基於其恆定結構域之胺基酸序列分配至兩種明顯不同之類型(稱為喀帕(「κ」)及拉姆達(「λ」))中之一者。
術語「恆定結構域」係指免疫球蛋白分子中相對於免疫球蛋白之另一部分(亦即含有抗原結合位點之可變結構域)具有更保守之胺基酸序列的部分。恆定結構域含有重鏈之CH1、CH2及CH3結構域(統稱CH)及輕鏈之CHL (或CL)結構域。
抗體之「可變區」或「可變結構域」係指抗體重鏈或輕鏈之胺基末端結構域。重鏈之可變結構域可稱為「VH」。輕鏈之可變結構域可稱為「VL」。此等結構域通常為抗體之最可變部分且含有抗原結合位點。
術語「可變」係指在抗體之間可變結構域之某些片段之序列相差很大的事實。可變或「V」結構域介導抗原結合且定義特定抗體對其特定抗原之特異性。然而，在可變結構域之範圍內可變性並不均勻地分佈。相反，V區由具有15-30個胺基酸之稱為構架區(FR)之相對不變的片段組成，該等片段由各自長9-12個胺基酸之稱為「高度變異區」之較短的極端可變區隔開。術語「高度變異區」或「HVR」在本文中使用時係指抗體中負責抗原結合之胺基酸殘基。高度變異區通常包含來自以下胺基酸殘基：例如VL中之約殘基24-34 (L1)、50-56 (L2)及89-97 (L3)，以及VH中之約殘基26-35 (H1)、49-65 (H2)及95-102 (H3) (在一個實施例中，H1為約殘基31-35)；Kabat等人,Sequences of Proteins of Immunological Interest ，第5版Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991))；及/或來自「高度變異環」之彼等殘基(例如，VL中之殘基26-32 (L1)、50-52 (L2)及91-96 (L3)，以及VH中之26-32 (H1)、53-55 (H2)及96-101 (H3)；Chothia及Lesk,J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)。天然重鏈及輕鏈之可變結構域各自包含四個FR，其主要採用β-摺疊組態，由三個高度變異區連接，從而形成連接β-摺疊結構且在一些情形下形成β-摺疊結構之一部分的環。各鏈中之高度變異區藉由FR緊密地結合在一起，且與另一條鏈之高度變異區一起有助於形成抗體之抗原結合位點(參見Kabat等人,Sequences of Proteins of Immunological Interest ，第5版Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991))。因此，HVR及FR序列通常按以下序列出現在VH (或VL)中：FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。恆定結構域不直接參與抗體與抗原之結合，而是展現各種效應子功能，諸如抗體參與抗體依賴性細胞毒性(ADCC)。
「受體人類構架」出於本文之目的為包含如下文所定義衍生自人類免疫球蛋白構架或人類一致構架之輕鏈可變結構域(VL)構架或重鏈可變結構域(VH)構架之胺基酸序列的構架。「衍生自」人類免疫球蛋白構架或人類一致構架之受體人類構架可包含與該人類免疫球蛋白構架或人類一致構架相同之胺基酸序列，或者其可含有胺基酸序列變化。在一些實施例中，胺基酸變化之數目為10或更少、9或更少、8或更少、7或更少、6或更少、5或更少、4或更少、3或更少或2或更少。在一些實施例中，VL受體人類構架之序列與VL人類免疫球蛋白構架序列或人類一致構架序列一致。
如本文所用之術語「高度變異區」、「HVR」或「HV」係指抗體可變結構域中序列高度變異及/或形成結構限定之環的區。通常，抗體包含六個HVR；三個在VH中(H1、H2、H3)，且三個在VL中(L1、L2、L3)。在天然抗體中，H3及L3展現六個HVR之最大多樣性，且咸信尤其H3在賦予抗體精細特異性方面起獨特作用。參見例如Xu等人,Immunity 13:37-45 (2000)；Johnson及Wu,Methods in Molecular Biology 248:1-25 (Lo編，Human Press, Totowa, N.J., 2003)。實際上，僅由重鏈組成之天然存在之駱駝科動物抗體在不存在輕鏈之情況下為功能性的且穩定的。參見例如Hamers-Casterman等人,Nature 363:446-448 (1993)；Sheriff等人,Nature Struct. Biol. 3:733-736 (1996)。
許多HVR描繪正在使用中且涵蓋於本文中。Kabat互補決定區(CDR)係基於序列可變性且為最常用的(Kabat等人,Sequences of Proteins of Immunological Interest ，第5版Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991))。Chothia替代地提及結構環之位置(Chothia及LeskJ. Mol. Biol. 196:901-917 (1987))。AbM HVR表示Kabat HVR與Chothia結構環之間的折衷情況，且為Oxford Molecular之AbM抗體模型化軟體所用。「接觸」HVR係基於對可用複雜晶體結構之分析。下文提到了此等HVR中之每一者的殘基。
環 Kabat AbM Chothia 接觸
L1 L24-L34 L24-L34 L26-L32 L30-L36
L2 L50-L56 L50-L56 L50-L52 L46-L55
L3 L89-L97 L89-L97 L91-L96 L89-L96
H1 H31-H35b H26-H35b H26-H32 H30-H35b (Kabat編號)
H1 H31-H35 H26-H35 H26-H32 H30-H35 (Chothia編號)
H2 H50-H65 H50-H58 H53-H55 H47-H58
H3 H95-H102 H95-H102 H96-H101 H93-H101
HVR可包含如下「擴展HVR」：VL中之24-36或24-34 (L1)、46-56或50-56 (L2)及89-97或89-96 (L3)以及VH中之26-35 (H1)、50-65或49-65 (H2)及93-102、94-102或95-102 (H3)。對於此等定義中之每一者，可變結構域殘基係根據Kabat等人(見上文)來編號。
「構架」或「FR」殘基為除如本文所定義之HVR殘基以外之彼等可變結構域殘基。
「人類一致構架」為表示一系列人類免疫球蛋白VL或VH構架序列中最常見之胺基酸殘基的構架。通常，該系列人類免疫球蛋白VL或VH序列係來自可變結構域序列之子組。通常，該序列子組為如Kabat等人,Sequences of Proteins of Immunological Interest ，第五版, NIH Publication 91-3242, Bethesda MD (1991)，第1-3卷中之子組。在一個實施例中，對於VL，該子組為如Kabat等人(見上文)中之κ I子組。在一個實施例中，對於VH，該子組為如Kabat等人(見上文)中之III子組。
術語「如Kabat中之可變結構域殘基編號」或「如Kabat中之胺基酸位置編號」及其變化形式係指用於Kabat等人(見上文)中之抗體編譯之重鏈可變結構域或輕鏈可變結構域之編號系統。使用此編號系統，實際線性胺基酸序列可含有更少或額外的胺基酸(對應於可變結構域之FR或HVR之縮短或***)。舉例而言，重鏈可變結構域可包括在H2之殘基52後之單一胺基酸***物(根據Kabat之殘基52a)及在重鏈FR殘基82後之***殘基(例如，根據Kabat之殘基82a、82b及82c等)。給定抗體之殘基的Kabat編號可藉由在抗體序列之同源區與「標準」Kabat編號序列進行比對來確定。
在提及可變結構域中之殘基(大約輕鏈之殘基1-107及重鏈之殘基1-113)時通常使用Kabat編號系統(例如Kabat等人,Sequences of Immunological Interest .第5版Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991))。在提及免疫球蛋白重鏈恆定區中之殘基時通常使用「EU編號系統」或「EU索引」(例如Kabat等人(見上文)中報導之EU索引)。「如Kabat中之EU索引」係指人類IgG1 EU抗體之殘基編號。除非本文另有說明，否則所提及之抗體可變結構域中之殘基編號意謂藉由Kabat編號系統進行之殘基編號。除非本文另有說明，否則所提及之抗體恆定結構域中之殘基編號意謂藉由EU編號系統進行之殘基編號(例如，參見美國臨時申請案第60/640,323號，關於EU編號之圖式)。
除非另有指示，否則HVR殘基及可變結構域中之其他殘基(例如，FR殘基)在本文中係根據Kabat等人(見上文)來編號。
術語「全長抗體」、「完整抗體」及「整個抗體」在本文中可互換地用於指實質上完整形式之抗體，而非如下文所定義之抗體片段。該等術語特定而言係指具有含Fc區之重鏈的抗體。
「抗體片段」包含完整抗體中較佳包含其抗原結合區之部分。在一些實施例中，本文描述之抗體片段為抗原結合片段。抗體片段之實例包括Fab、Fab’、F(ab’)2 及Fv片段；雙功能抗體；線性抗體；單鏈抗體分子；及由抗體片段形成之多特異性抗體。
抗體之木瓜蛋白酶消化產生兩個一致之抗原結合片段(稱為「Fab」片段，各自具有單一抗原結合位點)及殘留「Fc」片段(其名稱反映了其易於結晶之能力)。胃蛋白酶處理產生F(ab’)2 片段，該片段具有兩個抗原結合位點且仍然能夠交聯抗原。
本文中之術語「Fc區」用於定義免疫球蛋白重鏈中含有恆定區之至少一部分的C末端區。該術語包括天然序列Fc區及變異體Fc區。在一個實施例中，人類IgG重鏈Fc區自Cys226或自Pro230延伸至重鏈之羧基末端。然而，Fc區之C末端離胺酸(Lys447)可能存在或可能不存在。除非本文另有說明，否則Fc區或恆定區中之胺基酸殘基之編號係如Kabat等人,Sequences of Proteins of Immunological Interest ，第5版Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)中所描述根據EU編號系統(亦稱為EU索引)來進行。
「效應子功能」係指可歸因於抗體之Fc區之彼等生物活性，該等生物活性隨抗體同型而變化。抗體效應子功能之實例包括：C1q結合及補體依賴性細胞毒性(CDC)；Fc受體結合；抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)；吞噬作用；細胞表面受體(例如B細胞受體)之下調；及B細胞活化。
「Fv」為含有完整抗原結合位點之最小抗體片段。在一個實施例中，雙鏈Fv物質由一個重鏈可變結構域及一個輕鏈可變結構域緊密、非共價締合之二聚體組成。在單鏈Fv (scFv)物質中，一個重鏈可變結構域及一個輕鏈可變結構域可藉由可撓性肽連接子共價連接，使得輕鏈及重鏈可以類似於雙鏈Fv物質之「二聚」結構締合。各可變結構域之三個HVR以此組態相互作用以在VH-VL二聚體之表面上界定抗原結合位點。總的來說，該六個HVR賦予抗體抗原結合特異性。然而，即使單一可變結構域(或僅包含三個抗原特異性HVR之Fv的一半)亦具有識別及結合抗原之能力，不過親和力低於整個結合位點。
Fab片段含有重鏈及輕鏈可變結構域且亦含有輕鏈之恆定結構域及重鏈之第一恆定結構域(CH1)。Fab’片段因在重鏈CH1結構域之羧基末端添加了一些殘基(包括來自抗體鉸鏈區之一或多個半胱胺酸)而與Fab片段不同。Fab’-SH在本文中為其中恆定結構域之半胱胺酸殘基帶有游離硫醇基之Fab’的名稱。F(ab’)2 抗體片段最初係作為其間具有鉸鏈半胱胺酸之Fab’片段對產生的。抗體片段之其他化學偶合亦為已知的。
「單鏈Fv」或「scFv」抗體片段包含抗體之VH及VL結構域，其中此等結構域存在於單一多肽鏈中。通常，scFv多肽進一步在VH結構域與VL結構域之間包含多肽連接子，該多肽連接子使得scFv能夠形成抗原結合所需之結構。關於scFv之綜述，參見例如Pluckthün,The Pharmacology of Monoclonal Antibodies ，第113卷，Rosenburg及Moore編，(Springer-Verlag, New York, 1994)，第269-315頁。
術語「多特異性抗體」係以最廣泛意義使用，且特定而言涵蓋包含重鏈可變結構域(VH)及輕鏈可變結構域(VL)之抗體，其中VH-VL單元具有多抗原決定基特異性(亦即，能夠結合至一個生物分子上之兩個不同抗原決定基或不同生物分子上之各個抗原決定基)。此類多特異性抗體包括(但不限於)全長抗體、具有兩個或更多個VL及VH結構域之抗體、抗體片段(諸如Fab、Fv、dsFv、scFv)、雙功能抗體、雙特異性雙功能抗體及三功能抗體、已共價或非共價連接之抗體片段。「多抗原決定基特異性」係指特異性結合至相同或不同靶標上之兩個或更多個不同抗原決定基之能力。「雙重特異性」或「雙特異性」係指特異性結合至相同或不同靶標上之兩個不同抗原決定基之能力。然而，與雙特異性抗體相比，雙重特異性抗體具有兩個在胺基酸序列方面一致之抗原結合臂，且各Fab臂能夠識別兩種抗原。雙重特異性允許抗體以單一Fab或IgG分子形式與兩種不同的抗原以高親和力相互作用。根據一個實施例，呈IgG1形式之多特異性抗體以5 μM至0.001 pM、3 μM至0.001 pM、1 μM至0.001 pM、0.5 μM至0.001 pM或0.1 μM至0.001 pM之親和力結合至各抗原決定基。「單特異性」係指僅結合一個抗原決定基之能力。
術語「雙功能抗體」係指具有兩個抗原結合位點之抗體片段，該等片段包含在同一多肽鏈中連接至輕鏈可變結構域(VL)的重鏈可變結構域(VH) (VH-VL)。藉由使用太短而不允許在同一鏈上之兩個結構域之間配對之連接子，迫使該等結構域與另一鏈之互補結構域配對，且產生兩個抗原結合位點。雙功能抗體可為二價的或雙特異性的。雙功能抗體在以下文獻中有更全面之描述：例如EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等人,Nat. Med. 9:129-134 (2003)；及Hollinger等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)。三功能抗體及四功能抗體在Hudson等人,Nat. Med. 9:129-134 (2003)中亦有描述。
抗體之「類別」係指其重鏈所擁有之恆定結構域或恆定區之類型。存在五大類抗體：IgA、IgD、IgE、IgG及IgM，且其中幾個可進一步分成亞類(同型)，例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及IgA2。對應於不同抗體類別之重鏈恆定結構域分別稱為α、δ、ɛ、γ及µ。
如本文所用之術語「單株抗體」係指自實質上均質之抗體群體獲得之抗體，例如除可以少量存在之可能突變(例如天然存在之突變)外，組成該群體之個別抗體為一致的。因此，修飾語「單株」指示抗體之特徵為不為離散抗體之混合物。在某些實施例中，此類單株抗體通常包括包含結合目標之多肽序列之抗體，其中目標結合多肽序列係藉由包括自複數個多肽序列選擇單一目標結合多肽序列之方法來獲得。舉例而言，選擇方法可為自複數個純系(諸如雜交瘤純系、噬菌體純系或重組DNA純系之彙集物)選擇獨特純系。應當理解，可進一步改變所選目標結合序列，以(例如)改良對靶標之親和力，從而使目標結合序列人類化，以改良其在細胞培養物中之產量，降低其活體內免疫原性，產生多特異性抗體等，且包含改變之目標結合序列之抗體亦為本發明之單株抗體。與通常包括針對不同決定簇(抗原決定基)之不同抗體的多株抗體製劑不同，單株抗體製劑之各單株抗體係針對抗原上之單一決定簇。除單株抗體製劑之特異性以外，該等單株抗體製劑之優勢在於其通常不會被其他免疫球蛋白污染。
修飾語「單株」指示自實質上均質之抗體群體獲得之抗體的特徵，且不應解釋為需要藉由任何特定方法產生抗體。舉例而言，根據本發明使用之單株抗體可藉由多種技術來製備，該等技術包括(例如)雜交瘤法(例如Kohler及Milstein，Nature 256:495-97 (1975)；Hongo等人,Hybridoma 14 (3): 253-260 (1995)，Harlow等人,Antibodies: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory Press，第2版，1988)；Hammerling等人,Monoclonal Antibodies and T cell Hybridomas 563-681 (Elsevier, N.Y., 1981))、重組DNA方法(參見例如美國專利第4,816,567號)、噬菌體展示技術(參見例如Clackson等人,Nature , 352: 624-628, 1991；Marks等人,J. Mol. Biol. 222: 581-597, 1992；Sidhu等人,J. Mol. Biol. 338(2): 299-310, 2004；Lee等人,J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093, 2004；Fellouse,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472, 2004；及Lee等人,J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132, 2004；以及在具有編碼人類免疫球蛋白序列之人類免疫球蛋白基因座或基因之部分或全部之動物中產生人類或人類樣抗體之技術(參見例如WO 1998/24893；WO 1996/34096；WO 1996/33735；WO 1991/10741；Jakobovits等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 2551, 1993；Jakobovits等人,Nature 362: 255-258, 1993；Bruggemann等人,Year in Immunol. 7:33, 1993；美國專利第5,545,807號；第5,545,806號；第5,569,825號；第5,625,126號；第5,633,425號；及第5,661,016號；Marks等人,Bio/Technology 10: 779-783 (1992)；Lonberg等人,Nature 368: 856-859, 1994；Morrison,Nature 368: 812-813, 1994；Fishwild等人,Nature Biotechnol. 14: 845-851, 1996；Neuberger,Nature Biotechnol. 14: 826, 1996；及Lonberg等人,Intern. Rev. Immunol. 13: 65-93, 1995。
本文中之單株抗體特定而言包括「嵌合」抗體，其中重鏈及/或輕鏈之一部分與衍生自特定物種或屬於特定抗體類別或亞類之抗體中之相應序列一致或同源，而該(等)鏈之其餘部分與衍生自另一物種或屬於另一抗體類別或亞類之抗體中之相應序列一致或同源；以及該等抗體之片段，只要其展現所需生物活性即可(參見例如美國專利第4,816,567號；及Morrison等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855 (1984))。嵌合抗體包括PRIMATIZED®抗體，其中該抗體之抗原結合區衍生自藉由(例如)用相關抗原對獼猴進行免疫所產生之抗體。
「人類抗體」為擁有對應於由人類或人類細胞產生或源自利用人類抗體譜或其他人類抗體編碼序列之非人類來源的抗體之胺基酸序列的抗體。人類抗體之此定義特定地排除了包含非人類抗原結合殘基之人類化抗體。
非人類(例如囓齒類動物)抗體之「人類化」形式為含有源自非人類抗體之最小序列的嵌合抗體。大多數情況下，人類化抗體為人類免疫球蛋白(接受者抗體)，其中來自接受者之高度變異區之殘基由來自具有所需抗體特異性、親和力及容量之非人類物種(供體抗體) (諸如小鼠、大鼠、兔或非人類靈長類動物)之高度變異區的殘基置換。在一些情況下，人類免疫球蛋白之FR殘基由相應非人類殘基置換。此外，人類化抗體可包含接受者抗體或供體抗體中未發現之殘基。進行此等修飾以進一步改進抗體效能。通常，人類化抗體將包含至少一個且通常兩個可變結構域中之實質上所有可變結構域，其中所有或實質上所有高度變異環皆對應於非人類免疫球蛋白之彼等高度變異環，且所有或實質上所有FR皆為人類免疫球蛋白序列之彼等FR。人類化抗體視情況亦將包含免疫球蛋白恆定區(Fc)之至少一部分，通常為人類免疫球蛋白之至少一部分。其他細節參見Jones等人,Nature 321:522-525, 1986；Riechmann等人,Nature 332:323-329, 1988；及Presta,Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596, 1992。
「野生型(WT)」或「參考」序列或「野生型」或「參考」蛋白質/多肽之序列(諸如參考抗體之HVR或可變結構域)可為藉助引入突變而衍生出變異體多肽之參考序列。通常，給定蛋白質之「野生型」序列為自然界中最常見之序列。類似地，「野生型」基因序列為自然界中最常見基因之序列。突變可藉助自然過程或人工誘導之方式引入「野生型」基因(及由此引入其編碼之蛋白質)中。此類過程之產物為原始「野生型」蛋白質或基因之「變異體」或「突變體」形式。
起始多肽或參考多肽(例如參考抗體或其可變結構域)/HVR)之「變異體」或「突變體」為如下多肽，其(1)具有不同於起始多肽或參考多肽之胺基酸序列，且(2)藉助天然或人工(人造)誘變自起始多肽或參考多肽衍生而來。此類變異體包括(例如)自相關多肽之胺基酸序列缺失及/或***及/或取代其中之殘基(在本文中稱為「胺基酸殘基改變」)。因此，變異體HVR係指包含相對於起始或參考多肽序列(諸如源抗體或抗原結合片段之起始或參考多肽序列)之變異體序列的HVR。在此背景下，胺基酸殘基改變係指胺基酸不同於起始或參考多肽序列(諸如參考抗體或其片段之起始或參考多肽序列)中相應位置處之胺基酸。可實現缺失、***及取代之任何組合以達成最終變異體或突變體構築體，前提條件為最終構築體擁有所需功能特徵。胺基酸變化亦可改變多肽之轉譯後過程，諸如改變糖基化位點之數目或位置。
「親和力」係指分子(例如抗體)之單一結合位點與其結合搭配物(例如抗原)之間的非共價相互作用之總和的強度。除非另有指示，否則如本文所用之「結合親和力」係指反映結合對成員(例如抗體及抗原)之間的1:1相互作用之固有結合親和力。分子X對其搭配物Y之親和力通常可由解離常數(Kd)來表示。親和力可藉由此項技術中已知之常用方法(包括本文所述之彼等方法)來量測。本文描述用於量測結合親和力之特定說明性及例示性實施例。
關於抗體與目標分子之結合，術語「特異性結合特定多肽或特定多肽靶標上之抗原決定基」或「特異性地結合至特定多肽或特定多肽靶標上之抗原決定基」或「對特定多肽或特定多肽靶標上之抗原決定基具特異性」意謂明顯不同於非特異性相互作用之結合。特異性結合可藉由(例如)測定與對照分子之結合相比的分子結合來量測。舉例而言，特異性結合可藉由與類似於靶標之對照分子(例如過量之未標記靶標)競爭來測定。在此情形下，若過量未標記靶標競爭性地抑制了經標記靶標與探針之結合，則指示特異性結合。如本文所用之術語「特異性結合特定多肽或特定多肽靶標上之抗原決定基」或「特異性地結合至特定多肽或特定多肽靶標上之抗原決定基」或「對特定多肽或特定多肽靶標上之抗原決定基具特異性」可藉由(例如)分子對靶標之Kd為以下值來展現：10-4 M或更低，或者10-5 M或更低，或者10-6 M或更低，或者10-7 M或更低，或者10-8 M或更低，或者10-9 M或更低，或者10-10 M或更低，或者10-11 M或更低，或者10-12 M或更低或在10-4 M至10-6 M或10-6 M至10-10 M或10-7 M至10-9 M範圍內之Kd。如熟習此項技術者將瞭解，親和力及Kd值為逆相關的。對抗原之親和力高係藉由低Kd值來度量。在一個實施例中，術語「特異性結合」係指如下結合：其中分子結合至特定多肽或特定多肽上之抗原決定基，而不實質上結合至任何其他多肽或多肽抗原決定基。
「親和力成熟」抗體係指在一或多個高度變異區(HVR)中具有一或多個改變之抗體，與不具有此類改變之親代抗體相比，此類改變使得抗體對抗原之親和力改良。
「結合至與參考抗體相同之抗原決定基之抗體」係指在競爭分析中將參考抗體與其抗原之結合阻斷50%或更多之抗體，且反過來，在競爭分析中參考抗體將該抗體與其抗原之結合阻斷50%或更多。
「免疫結合物」為與一或多種異源分子(包括(但不限於)細胞毒性劑)結合之抗體。
「融合蛋白」及「融合多肽」係指具有兩個共價連接在一起之部分的多肽，其中各個部分為具有不同特性之多肽。該特性可為生物特性，諸如活體外或活體內活性。該特性亦可為簡單的化學或物理特性，諸如結合至目標分子、催化反應及類似特性。該兩個部分可藉由單一肽鍵或藉助肽連接子直接連接，但彼此一起位於閱讀框中。
如本文所用，術語「免疫黏附素」指將異源蛋白(「黏附素」)之結合特異性與免疫球蛋白恆定結構域之效應子功能組合之抗體樣分子。在結構上，免疫黏附素包含具有不同於抗體之抗原識別及結合位點(亦即「異源」)之所需結合特異性之胺基酸序列以及免疫球蛋白恆定結構域序列之融合物。免疫黏附素分子之黏附素部分通常為至少包含受體或配位體之結合位點之鄰接胺基酸序列。免疫黏附素中之免疫球蛋白恆定結構域序列可獲自任何免疫球蛋白(諸如IgG1、IgG2 (包括IgG2A及IgG2B)、IgG3或IgG4亞型、IgA (包括IgA1及IgA2)、IgE、IgD或IgM)。Ig融合物較佳包括用本文所描述之多肽或抗體之結構域取代Ig分子內之至少一個可變區。在一尤佳實施例中，免疫球蛋白融合物包括鉸鏈、CH2及CH3，或IgG1分子之鉸鏈、CH1、CH2及CH3區。關於免疫球蛋白融合物之產生，亦參見美國專利第5,428,130號。舉例而言，可用作可用於本文療法之藥劑之免疫黏附素包括多肽，該等多肽包含PD-L1或PD-L2之細胞外結構域(ECD)或PD-1結合部分，或PD-1之細胞外或PD-L1或PD-L2結合部分，其分別融合至免疫球蛋白序列之恆定結構域，諸如PD-L1 ECD-Fc、PD-L2 ECD-Fc及PD-1 ECD-Fc。細胞表面受體之Ig Fc及ECD之免疫黏附素組合有時稱為可溶性受體。
相對於本文所鑑別之多肽序列之「胺基酸序列一致性百分比(%)」係定義為在比對序列並引入空位(若需要，為達成最大序列一致性百分比)並且不將任何保守取代視為序列一致性之一部分之後，候選序列中與所比較多肽中之胺基酸殘基相同之胺基酸殘基的百分比。用於測定胺基酸序列一致性百分比目的之比對可以在熟習此項技術者技術範圍內之各種方式來達成，例如，使用可公開獲得之計算機軟體，諸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign (DNASTAR)軟體。熟習此項技術者可確定用於量測比對之適當參數，包括在所比較序列之全長上達成最大比對所需之任何算法。然而，出於本文之目的，使用序列比較計算機程式ALIGN-2生成胺基酸序列一致性%值。ALIGN-2序列比較計算機程式係由Genentech, Inc.創作的，且源代碼已與用戶文件一起存檔於U.S. Copyright Office, Washington D.C., 20559，在該處其以美國著作權註冊號TXU510087註冊。ALIGN-2程式可由Genentech, Inc., South San Francisco, California公開獲得。ALIGN-2程式應經編譯用於UNIX作業系統(較佳數位UNIX V4.0D)上。所有序列比較參數皆由ALIGN-2程式設置且不改變。
在使用ALIGN-2進行胺基酸序列比較之情況下，給定胺基酸序列A對、與或針對給定胺基酸序列B之胺基酸序列一致性% (其或者可表述為給定胺基酸序列A對、與或針對給定胺基酸序列B具有或包含一定胺基酸序列一致性%)係如下來計算：
100倍×分數X/Y
其中X為藉由序列比對程式ALIGN-2在該程式之A及B比對中得分為一致匹配之胺基酸殘基的數目，且其中Y為B中胺基酸殘基之總數目。應瞭解，倘若胺基酸序列A之長度不等於胺基酸序列B之長度，則A對B之胺基酸序列一致性%將不等於B對A之胺基酸序列一致性%。除非另有特別說明，否則本文所使用之所有胺基酸序列一致性%值皆係如前一段落所描述使用ALIGN-2電腦程式獲得的。
如本文可互換使用之「多核苷酸」或「核酸」係指任何長度之核苷酸之聚合物，且包括DNA及RNA。核苷酸可為去氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、經修飾之核苷酸或鹼基及/或其類似物，或可藉由DNA或RNA聚合酶或藉由合成反應併入聚合物中之任何基質。因此，例如，如本文定義之多核苷酸包括(但不限於)單股及雙股DNA、包括單股及雙股區之DNA、單股及雙股RNA以及包括單股及雙股區之RNA、包含可為單股或更通常為雙股或包括單股及雙股區之DNA及RNA之雜交分子。另外，如本文所用之術語「多核苷酸」係指包含RNA或DNA或RNA與DNA二者之三股區。此類區中之股可來自同一分子或不同分子。該等區可包括該一或多種分子之全部，但更通常僅涉及一些分子之區。三螺旋區之分子中之一者通常為寡核苷酸。術語「多核苷酸」特定地包括cDNA。
多核苷酸可包含經修飾之核苷酸，諸如甲基化核苷酸及其類似物。若存在，可在聚合物組裝之前或之後對核苷酸結構進行修飾。核苷酸之序列可夾雜有非核苷酸組分。多核苷酸可在合成後進一步經修飾，諸如藉由與標記結合來進行。其他類型之修飾包括(例如) 「帽」；用類似物取代一或多個天然存在之核苷酸；核苷酸間修飾，諸如具有不帶電荷之鍵聯(例如，膦酸甲酯、磷酸三酯、磷醯胺酯、胺基甲酸酯及類似物)之彼等及具有帶電荷之鍵聯(例如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯及類似物)之彼等、含有側鏈部分(諸如蛋白質(例如，核酸酶、毒素、抗體、信號肽、聚L離胺酸及類似物))之彼等、具有嵌入劑(例如，吖啶、補骨脂素及類似物)之彼等、含有螯合劑(例如，金屬、放射性金屬、硼、氧化性金屬及類似物)之彼等、含有烷基化劑之彼等、具有經修飾鍵聯(例如，α變旋異構核酸)之彼等，以及多核苷酸之未修飾形式。此外，通常存在於糖中之任何羥基可由(例如)膦酸酯基、磷酸酯基置換、由標準保護基保護或經活化以製備針對其他核苷酸之其他鍵聯，或者可與固體或半固體載體結合。5’及3’末端OH可經磷酸化或經胺或1至20個碳原子之有機加帽基團部分取代。其他羥基亦可經衍生成為標準保護基。多核苷酸亦可含有此項技術中普遍已知之核糖或去氧核糖之類似形式，包括(例如) 2’-O-甲基-、2’-O-烯丙基-、2’-氟-或2’-疊氮基-核糖、碳環糖類似物、α-變旋異構糖、差向異構糖(諸如***糖、木糖或來蘇糖)、吡喃糖、呋喃糖、景天庚酮醣、無環類似物及無鹼基核苷類似物(諸如甲基核糖苷)。一或多個磷酸二酯鍵聯可由替代連接基團置換。此等替代連接基團包括(但不限於)其中磷酸酯經P(O)S (「硫代酸酯」)、P(S)S (「二硫代酸酯」)、「(O)NR2 (「醯胺酸酯(amidate)」)、P(O)R、P(O)OR’、CO或CH2 (「甲縮醛」)置換之實施例，其中各R或R’獨立地為H或視情況含有醚(-O-)鍵聯之經取代或未經取代之烷基(1-20個C)、芳基、烯基、環烷基、環烯基或芳烷基。並非多核苷酸中之所有鍵聯皆需要一致。前述描述適用於本文所提及之所有多核苷酸(包括RNA及DNA)。
如本文所用之「寡核苷酸」通常係指長度小於但不一定小於約250個核苷酸之短單股多核苷酸。寡核苷酸可為合成的。術語「寡核苷酸」及「多核苷酸」不相互排斥。多核苷酸之上述描述同樣且完全地適用於寡核苷酸。
術語「引物」係指通常藉由提供游離3’-OH基團而能夠與核酸雜交且允許互補核酸發生聚合之單股多核苷酸。
術語「宿主細胞」、「宿主細胞株」及「宿主細胞培養物」可互換使用且係指已引入外源核酸之細胞，包括此類細胞之後代。宿主細胞包括「轉型體」及「轉型之細胞」，其包括原代轉型細胞及由其衍生之後代，而不考慮傳代次數。後代之核酸含量與親代細胞可能不完全一致，而是可含有突變。具有與在最初轉型之細胞中篩選或選擇的相同之功能或生物活性之突變後代包括在本文中。
如本文所用之術語「載體」係指能夠使與其連接之另一核酸增殖之核酸分子。該術語包括作為自我複製核酸結構之載體，以及併入已引入之宿主細胞之基因組中的載體。某些載體能夠引導其可操作地連接之核酸的表現。此類載體在本文中稱為「表現載體」。
「經分離」之核酸分子為自至少一種污染物核酸分子鑑別並分離之核酸分子，在核酸之天然來源中該「經分離」核酸分子通常與該至少一種污染物核酸分子結合在一起。經分離之核酸分子不呈在自然界中發現之形式或設置。因此，經分離之核酸分子與存在於天然細胞中之核酸分子不同。然而，經分離之核酸分子包括通常表現抗體之細胞中所含之核酸分子，在該等細胞中，例如，該核酸分子處於與天然細胞不同之染色體位置。
如本文所用，術語「突變負載(mutational load、mutation load)」、「突變負荷」、「腫瘤突變負荷評分」、「TMB評分」、「組織腫瘤突變負荷評分」及「tTMB評分」中之每一者可互換使用，其係指在腫瘤組織樣品(例如FFPE腫瘤樣品、檔案腫瘤樣品、新鮮腫瘤樣品或冷凍腫瘤樣品)中偵測到之預定基因集合中(例如，在預定基因集合之編碼區中)每個預選單位(例如每百萬鹼基)之改變(例如，一或多種改變，例如，一或多種體細胞改變)之含量(例如，數目)。TMB評分可基於(例如)全基因組或外顯子組來量測或者基於基因組或外顯子組之子集來量測。在某些實施例中，可將基於基因組或外顯子組之子集量測之TMB評分外推以確定全基因組或外顯子組突變負載。在一些實施例中，TMB評分係指個體(例如動物(例如人類))內累積之體細胞突變之含量。TMB評分可指患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如RCC)、肺癌(例如NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之患者中累積之體細胞突變。在一些實施例中，TMB評分係指個體之全基因組中累積之突變。在一些實施例中，TMB評分係指自個體收集之特定組織樣品(例如腫瘤組織樣品生檢體，例如膀胱癌腫瘤樣品，例如UC腫瘤樣品)內累積之突變。
術語「體細胞突變」或「體細胞改變」係指發生在體細胞組織(例如生殖系外之細胞)中之遺傳改變。遺傳改變之實例包括(但不限於)點突變(例如，單一核苷酸交換為另一核苷酸(例如，沈默突變、錯義突變及無義突變))、***及缺失(例如，添加及/或去除一或多個核苷酸(例如，***缺失(indel)))、擴增、基因複製、拷貝數改變(CNA)、重排及剪接變異體。特定突變之存在可與疾病狀態(例如，癌症(例如，膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)相關。
在某些實施例中，體細胞改變為沈默突變(例如同義改變)。在其他實施例中，體細胞改變為非同義單核苷酸變異體(SNV)。在其他實施例中，體細胞改變為乘客突變(passenger mutation) (例如，對純系之適合性無可偵測影響之改變)。在某些實施例中，體細胞改變為意義不明之變異體(VUS)，例如，致病性既無法證實亦無法排除之改變。在某些實施例中，體細胞改變尚未被鑑別為與癌症表型相關。
在某些實施例中，體細胞改變與對細胞***、生長或存活之影響不相關，或不知道與該影響相關。在其他實施例中，體細胞改變與對細胞***、生長或存活之影響相關。
在某些實施例中，體細胞改變之數目不包括呈亞基因組間隔之功能性改變。
在一些實施例中，功能性改變為與參考序列(例如野生型或未突變序列)相比對細胞***、生長或存活有影響(例如促進細胞***、生長或存活)之改變。在某些實施例中，功能性改變本身係藉由納入功能性改變之資料庫(例如COSMIC資料庫)來鑑別(參見Forbes等人,Nucl. Acids Res. 43 (D1): D805-D811, 2015，其係以全文引用之方式併入本文)。在其他實施例中，功能性改變為具有已知功能狀態之改變(例如在COSMIC資料庫中作為已知體細胞改變存在)。在某些實施例中，功能性改變為具有可能功能狀態之改變(例如腫瘤阻抑基因中之截短)。在某些實施例中，功能性改變為驅動突變(例如藉由增加細胞存活或繁殖，使純系在其微環境中具有選擇性優點之改變)。在其他實施例中，功能性改變為能夠引起純系擴增之改變。在某些實施例中，功能性改變為能夠引起以下中之一者、二者、三者、四者、五者或所有六者之改變：(a)生長信號自給自足；(b)抗生長信號減少(例如對其不敏感)；(c)細胞凋亡減少；(d)複製潛力增加；(e)持續之血管生成；或(f)組織侵入或轉移。
在某些實施例中，功能性改變不為乘客突變(例如，不為對細胞純系之適合性無可偵測影響之改變)。在某些實施例中，功能性改變不為意義不明之變異體(VUS) (例如，不為致病性既無法證實亦無法排除之改變)。
在某些實施例中，排除預定基因集合中預選腫瘤基因中之複數個(例如，約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更多)功能性改變。在某些實施例中，排除預定基因集合中預選基因(例如腫瘤基因)之所有功能性改變。在某些實施例中，排除預定基因集合中複數個預選基因(例如腫瘤基因)之複數個功能性改變。在某些實施例中，排除預定基因集合中所有基因(例如腫瘤基因)之所有功能性改變。
在某些實施例中，體細胞改變之數目不包括呈亞基因組間隔之生殖系突變。
在某些實施例中，生殖系改變為SNP、鹼基取代、***、缺失、***缺失或沈默突變(例如同義突變)。
在某些實施例中，生殖系改變係藉由使用不使用與匹配正常序列之比較的方法來排除。在其他實施例中，生殖系改變係藉由包括使用算法之方法來排除。在某些實施例中，生殖系改變本身係藉由納入生殖系改變之資料庫(例如dbSNP資料庫)來鑑別(參見Sherry等人,Nucleic Acids Res . 29(1): 308-311, 2001，其以全文引用之方式併入本文中)。在其他實施例中，生殖系改變本身係藉由納入ExAC資料庫之兩個或更多個計數中來鑑別(參見Exome Aggregation Consortium等人, bioRxiv preprint，2015年10月30日，其以全文引用之方式併入本文中)。在一些實施例中，生殖系改變本身係藉由併入1000基因組計劃資料庫中來鑑別(McVean等人,Nature 491, 56-65, 2012，其以全文引用之方式併入本文中)。在一些實施例中，生殖系改變本身係藉由併入ESP資料庫中來鑑別(Exome Variant Server, NHLBI GO Exome Sequencing Project (ESP), Seattle, WA)。
如本文所用，術語「參考TMB評分」係指與另一TMB評分進行比較以(例如)作出診斷、預測、預後及/或治療決定之TMB評分。舉例而言，參考TMB評分可為參考樣品、參考群體中之TMB評分及/或預定值。在一些情況下，參考TMB評分為一截止值，該截止值基於個體對利用免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑療法)之治療的反應性與個體對利用非PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療的反應性(等於或高於截止值及/或低於截止值)之間的顯著差異將在參考群體中已用免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑療法)治療的第一個體子集與在同一參考群體中已用不包含免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑)之非PD-L1軸結合拮抗劑療法治療的第二個體子集顯著地分離。在一些情況下，相對於等於或高於截止值之個體對利用非PD-L1軸結合拮抗劑之治療的反應性，個體對利用免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑療法)之治療的反應性顯著改良。在一些情況下，相對於低於截止值之個體對利用免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑療法)之治療的反應性，個體對利用非PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療的反應性顯著改良。
熟習此項技術者將瞭解，參考TMB評分之數值可視用於量測TMB評分之方法的類型及/或用於產生TMB評分之統計方法之類型而變化。
術語「等效TMB值」係指對應於可藉由用體細胞變異體(例如，體細胞突變)之計數除以測序鹼基之數目(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)來計算之TMB評分的數值。應當理解，通常，TMB評分與所測序基因組區之大小線性相關。此類等效TMB值指示與TMB評分相比等效之腫瘤突變負荷程度，且在本文所述之方法中可互換地用於例如預測癌症患者對免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)之反應。舉例而言，在一些實施例中，等效TMB值為經正規化之TMB值，其可藉由用體細胞變異體(例如體細胞突變)之計數除以測序鹼基之數目來計算。舉例而言，等效TMB值可表示為在限定數目之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數目。舉例而言，約25之TMB評分(如作為在約1.1 Mb上計數之體細胞突變之數目所測定)對應於每Mb約23個突變之等效TMB值。應當理解，如本文所描述之TMB評分(例如，表示為在限定數目之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變數的TMB評分)涵蓋使用不同方法(例如，全外顯子組測序或全基因組測序)獲得之等效TMB值。舉例而言，對於全外顯子組面板，目標區可為約50 Mb，且經偵測具有約500個體細胞突變之樣品為與每Mb約10個突變之TMB評分等效的TMB值。在一些實施例中，作為在基因組或外顯子組之子集(例如，預定基因集合)中在限定數目之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數目所測定的TMB評分自藉由全外顯子組測序測定之TMB評分偏離不到約30% (例如，不到約30%、約25%、約20%、約15%、約10%、約5%、約4%、約3%、約2%、約1%或更少)。參見例如Chalmers等人,Genome Medicine 9:34, 2017。
II. 診斷方法及分析
本文提供用於鑑別可受益於利用抗癌療法之治療的患有癌症(包括(但不限於)膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法及用途，該抗癌療法包括免疫療法(包括(但不限於) PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(包括(但不限於) TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)。
本文所描述之方法及用途係部分基於以下發現：來自個體之樣品中一或多個基因(例如，TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)之表現水準可用於預測包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)之抗癌療法的治療功效。
本文另外提供為患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體選擇療法的方法及分析；確定患有癌症之個體是否可能對利用抗癌療法之治療有反應之方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)；預測患有癌症之個體對利用抗癌療法之治療之反應性的方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)；以及監測患有癌症之個體對利用抗癌療法之治療之反應的方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)。本文提供之任何方法可進一步包括向個體投與抗癌療法，此包括向個體投與免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體) (例如，如下文第IV部分所描述)。
在本文所描述之其中在患者樣品中測定超過一種生物標記物之表現水準並將其與參考表現水準相比較之任何實施例中，應瞭解，在一些實施例中，將患者樣品中各個別生物標記物之表現水準與各個別生物標記物之參考表現水準相比較。舉例而言，若在來自個體之樣品中測定TGFB1及TGFBR1之表現水準，並將其與TGFB1及TGFBR1之參考表現水準進行比較，則在一些實施例中，將來自個體之樣品中TGFB1之表現水準與TGFB1之參考表現水準進行比較，且將來自個體之樣品中TGFBR1之表現水準與TGFBR1之參考表現水準進行比較。在其他實施例中，超過一個相關基因之表現水準可藉由熟習此項技術者已知且亦揭示於本文中之聚集方法來測定，該等聚集方法包括(例如)藉由計算相關基因之所有表現水準之中值或平均值來進行。在聚集之前，可藉由使用熟習此項技術者已知且亦揭示於本文中之統計方法來正規化各相關基因之表現水準，包括(例如)正規化為一或多個持家基因之表現水準，或者正規化為總庫大小，或者正規化為所有所量測基因之中值或平均表現水準值。在一些情況下，在跨多個相關基因聚集之前，可藉由使用熟習此項技術者已知且亦揭示於本文中之統計方法將各相關基因之正規化表現水準標準化，該等統計方法包括(例如)藉由計算各相關基因之正規化表現水準之Z評分。
A. 例示性 22- 基因印記
在一些實施例中，本文之方法及用途涉及測定一或多個(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個)選自22-基因印記之基因的表現水準，該22-基因印記包括表1中所示之基因。
舉例而言，本文提供一種鑑別可受益於利用抗癌療法之治療的患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，該方法涉及測定來自個體之樣品中表1所示之一或多個(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個)基因之表現水準，其中表1所示之一或多個基因之表現水準之變化將該個體鑑別為可受益於包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)之抗癌療法之治療的個體。在一些情況下，該變化為增加。在其他情況下，該變化為減少。
表 1 ：例示性生物標記物
本發明亦提供為患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體選擇療法，此包括測定來自該個體之樣品中表1所示之一或多個(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個)基因之表現水準，其中表1所示之一或多個基因之表現水準之變化將該個體鑑別為可受益於利用包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)之抗癌療法之治療的個體。在一些情況下，該變化為增加。在其他情況下，該變化為減少。
在另一實施例中，本文提供一種診斷或預測癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之方法，該方法包括測定來自個體之樣品中一或多種(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22種)生物標記物之表現水準，以及將樣品中該一或多種生物標記物之表現水準與參考表現水準進行比較，從而診斷或預測癌症。在一些實施例中，樣品中該一或多種生物標記物之表現水準相對於參考表現水準之變化(例如，增加或減少)可診斷或預測個體。在一些實施例中，生物標記物示於表1中。在特定實施例中，該變化為增加。
在另一實施例中，本文提供一種確定患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體是否可能對利用抗癌療法之治療有反應的方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，該方法包括測定來自該個體之樣品中一或多種(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22種)生物標記物之表現水準，以及將樣品中該一或多種生物標記物之表現水準與參考表現水準進行比較，從而將該個體鑑別為可能對該抗癌療法有反應的個體。在一些實施例中，生物樣品中該一或多種生物標記物之表現水準相對於參考表現水準之變化(例如，增加或減少)將個體鑑別為可能對利用抗癌療法之治療有反應。在一些實施例中，生物標記物示於表1中。在特定實施例中，該變化為增加。
在其他實施例中，本文提供一種使抗癌療法之治療功效最佳化之方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)，該方法包括測定自個體獲得之生物樣品中一或多種(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22種)生物標記物之表現水準，以及將樣品中該一或多種生物標記物之表現水準與參考表現水準進行比較，其中生物樣品中該一或多種生物標記物之表現水準相對於參考表現水準之變化(例如，增加或減少)將該個體鑑別為可能對該抗癌療法有反應的個體。在一些實施例中，生物標記物示於表1中。在特定實施例中，該變化為增加。
在任何前述涉及22-基因印記之方法的一些實施例中，參考表現水準為參考群體(例如患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌、肺癌、肝癌、卵巢癌、胰腺癌、結腸直腸癌或乳癌)之個體群體)中一或多個(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個)基因(例如，TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)的表現水準。在特定實施例中，癌症為膀胱癌(例如UC，例如mUC)。在某些實施例中，參考表現水準為參考群體(例如患有癌症之個體群體)中該一或多個基因之中值表現水準。在其他實施例中，參考表現水準可為參考群體中表現水準的前40%、前30%、前20%、前10%、前5%或前1%。在一些實施例中，參考表現水準係藉由Z評分轉換之表現水準之主成分分析來測定。在某些實施例中，參考表現水準為該一或多個基因之預分配表現水準。在一些實施例中，參考表現水準為在先前時間點自患者獲得之生物樣品中該一或多個基因之表現水準，其中該先前時間點為在投與抗癌療法之後。在任何前述方法之一些實施例中，參考表現水準為在投與抗癌療法之前(例如，之前幾分鐘、幾小時、幾天、幾週(例如，1、2、3、4、5、6或7週)、幾個月或幾年)自患者獲得之生物樣品中一或多個基因(例如，TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)的表現水準。在其他實施例中，參考表現水準為在隨後時間點(例如，在投與抗癌療法後之幾分鐘、幾小時、幾天、幾週、幾個月或幾年)自患者獲得之生物樣品該一或多個基因之表現水準。
在任何前述涉及22-基因印記之方法的一些實施例中，高於參考表現水準之表現水準或升高或增加之表現或數目係指藉由諸如本文所描述及/或此項技術中已知之彼等方法的方法偵測，與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織相比，生物標記物(例如蛋白質、核酸(例如基因或mRNA)或細胞)之含量或數目總體增加約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或更大中之任一者。在某些實施例中，升高之表現或數目係指樣品中生物標記物(例如，TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1中之一或多者)的表現水準/量之增加，其中該增加為參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織中各別生物標記物之表現水準/量的至少約1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6倍、1.7倍、1.8倍、1.9倍、2倍、2.1倍、2.2倍、2.3倍、2.4倍、2.5倍、2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、100倍、500倍或1000倍中之任一者。在一些實施例中，升高之表現或數目係指與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、對照組織或內部對照(例如，持家基因)相比，生物標記物(例如，TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)之表現水準/量總體增加大於約1.1倍、約1.2倍、約1.3倍、約1.4倍、約1.5倍、約1.6倍、約1.7倍、約1.8倍、約1.9倍、約2倍、約2.1倍、約2.2倍、約2.3倍、約2.4倍、約2.5倍、約2.6倍、約2.7倍、約2.8倍、約2.9倍、約3倍、約3.5倍、約4倍、約4.5倍、約5倍、約6倍、約7倍、約8倍、約9倍、約10倍、約15倍、約20倍、約30倍、約40倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1,000倍或更大。
在任何前述涉及22-基因印記之方法的一些實施例中，低於參考表現水準之表現水準或降低(減少)之表現或數目係指藉由諸如本文所描述之彼等方法的此項技術中已知之標準方法偵測，與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織相比，生物標記物(例如蛋白質、核酸(例如基因或mRNA)或細胞)之含量總體降低約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或更大中之任一者。在某些實施例中，降低之表現或數目係指樣品中生物標記物(例如，TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1中之一或多者)的表現水準/量之減少，其中該減少為參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織中各別生物標記物之表現水準/量的至少約0.9倍、0.8倍、0.7倍、0.6倍、0.5倍、0.4倍、0.3倍、0.2倍、0.1倍、0.05倍或0.01倍中之任一者。在一些實施例中，降低(減少)之表現或數目係指與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、對照組織或內部對照(例如，持家基因)相比，生物標記物(例如，TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)之表現水準/量總體減少大於約1.1倍、約1.2倍、約1.3倍、約1.4倍、約1.5倍、約1.6倍、約1.7倍、約1.8倍、約1.9倍、約2倍、約2.1倍、約2.2倍、約2.3倍、約2.4倍、約2.5倍、約2.6倍、約2.7倍、約2.8倍、約2.9倍、約3倍、約3.5倍、約4倍、約4.5倍、約5倍、約6倍、約7倍、約8倍、約9倍、約10倍、約15倍、約20倍、約30倍、約40倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1,000倍或更大。
在任何前述涉及22-基因印記之方法的一些實施例中，來自個體之腫瘤具有以CD8+ T細胞定位在腫瘤周圍基質區室中為特徵之免疫豁免表型。在一些實施例中，CD8+ T細胞定位在膠原纖維處或附近。
B. 例示性 6- 基因印記
在一些實施例中，本文之方法及用途涉及測定一或多個(例如1、2、3、4、5或6個)選自包括ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之6-基因印記之基因的表現水準。
舉例而言，本文提供一種鑑別可受益於抗癌療法之治療的患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該抗癌療法包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2，其中該樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者的表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的個體。
在另一實施例中，本文提供一種為患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體選擇療法之方法，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2，其中樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者的表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)之抗癌療法之治療的個體。
在另一實施例中，本文提供一種診斷或預測癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之方法，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2；以及將樣品中該一或多個基因之表現水準與參考表現水準進行比較，從而診斷或預測癌症。在一些實施例中，樣品中該一或多種生物標記物之表現水準相對於參考表現水準之變化(例如，增加或減少)可診斷或預測個體。在特定實施例中，該變化為增加。
在另一實施例中，本文提供一種確定患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體是否可能對利用抗癌療法之治療有反應之方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2，其中該樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者的表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可能對利用包含免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)之抗癌療法之治療有反應的個體。
在其他實施例中，本文提供一種使抗癌療法之功效最佳化之方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2；以及將樣品中該一或多個基因之表現水準與參考表現水準進行比較，其中該樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者的表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可能對利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療有反應的個體。在任何前述涉及6-基因印記之方法中，該方法可包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者或所有六者之表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之二者(例如，表2中所示之任何例示性組合)的表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之三者(例如，表3中所示之任何例示性組合)的表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之四者(例如，表4中所示之任何例示性組合)的表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之五者(例如，表5中所示之任何例示性組合)的表現水準。在一些實施例中，該方法涉及測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之表現水準。
在任何前述涉及6-基因印記之方法中，該方法可包括測定TGFB1及/或TGFBR2之表現水準。在任何前述方法中，該方法可包括測定TGFB1及TGFBR2之表現水準。
在任何前述涉及6-基因印記之方法之一些實施例中，該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP。在一些實施例中，該一或多個基因包括ADAM19。在其他實施例中，該一或多個基因包括COMP。在其他實施例中，該一或多個基因包括ADAM19及COMP。
表 2 ： ACTA2 、 ADAM19 、 COMP 、 CTGF 、 TGFB1 及 TGFBR2 之 2- 基因組合
表 3 ： ACTA2 、 ADAM19 、 COMP 、 CTGF 、 TGFB1 及 TGFBR2 之 3- 基因組合
表 4 ： ACTA2 、 ADAM19 、 COMP 、 CTGF 、 TGFB1 及 TGFBR2 之 4- 基因組合
表 5 ： ACTA2 、 ADAM19 、 COMP 、 CTGF 、 TGFB1 及 TGFBR2 之 5- 基因組合
在任何前述涉及6-基因印記之方法的一些實施例中，樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之一或多者(例如1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準，且該方法進一步包括向個體投與有效量之抗癌療法。舉例而言，在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者或所有六者之表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。在一些實施例中，樣品中表2-5所示之一或多個例示性組合之表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之表現水準等於或高於ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之參考表現水準。
在任何前述涉及6-基因印記之方法的一些實施例中，TGFB1及/或TGFBR1之表現水準等於或高於TGFB1及/或TGFBR1之參考表現水準。舉例而言，在一些實施例中，TGFB1之表現水準等於或高於TGFB1之參考表現水準。在一些實施例中，TGFBR1之表現水準等於或高於TGFBR1之參考表現水準。在一些實施例中，TGFB1及TGFBR1之表現水準等於或高於TGFB1及TGFBR1之參考表現水準。
在任何前述涉及6-基因印記之方法的一些實施例中，該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP。在一些實施例中，該一或多個基因包括ADAM19。在其他實施例中，該一或多個基因包括COMP。在其他實施例中，該一或多個基因包括ADAM19及COMP。
在任何前述涉及6-基因印記之方法的其他實施例中，樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之一或多者(例如1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準低於該一或多個基因之參考表現水準，且該方法進一步包括向個體投與有效量之包括單獨免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))之抗癌療法。舉例而言，在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者或所有六者之表現水準低於該一或多個基因之參考表現水準。在一些實施例中，樣品中表2-5所示之一或多個例示性組合之表現水準低於該一或多個基因之參考表現水準。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之表現水準低於ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之參考表現水準。在一些實施例中，該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP。在一些實施例中，該一或多個基因包括ADAM19。在其他實施例中，該一或多個基因包括COMP。在其他實施例中，該一或多個基因包括ADAM19及COMP。
舉例而言，在任何前述涉及6-基因印記之方法的某些實施例中，參考表現水準為參考群體(例如，患有癌症(例如，膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌、肺癌、肝癌、卵巢癌、胰腺癌、結腸直腸癌或乳癌)之個體群體)中一或多個(例如1、2、3、4、5或6個)基因(例如ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及/或TGFBR2)的表現水準。在特定實施例中，癌症為膀胱癌(例如UC，例如mUC)。在某些實施例中，參考表現水準為參考群體(例如患有癌症之個體群體)中一或多個基因之中值表現水準。在其他實施例中，參考表現水準可為參考群體中表現水準的前40%、前30%、前20%、前10%、前5%或前1%。在一些實施例中，參考表現水準係藉由Z評分轉換之表現水準之主成分分析來測定。在某些實施例中，參考表現水準為該一或多個基因之預分配表現水準。在一些實施例中，參考表現水準為在先前時間點自患者獲得之生物樣品中之一或多個基因之表現水準，其中該先前時間點為在投與抗癌療法之後。在任何前述方法之一些實施例中，參考表現水準為在投與抗癌療法之前(例如，之前幾分鐘、幾小時、幾天、幾週(例如，1、2、3、4、5、6或7週)、幾個月或幾年)自患者獲得之生物樣品中一或多個基因(例如，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及/或TGFBR2)的之表現水準。在其他實施例中，參考表現水準為在隨後時間點(例如，在投與抗癌療法後之幾分鐘、幾小時、幾天、幾週、幾個月或幾年)自患者獲得之生物樣品中一或多個基因之表現水準。
在任何前述涉及6-基因印記之方法的一些實施例中，高於參考表現水準之表現水準或升高或增加之表現或數目係指藉由諸如本文所描述及/或此項技術中已知之彼等方法的方法偵測，與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織相比，生物標記物(例如蛋白質、核酸(例如基因或mRNA)或細胞)之含量或數目總體增加約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或更大中之任一者。在某些實施例中，升高之表現或數目係指樣品中生物標記物(例如，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及/或TGFBR2中之一或多者)的表現水準/量之增加，其中該增加為參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織中各別生物標記物之表現水準/量的至少約1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6倍、1.7倍、1.8倍、1.9倍、2倍、2.1倍、2.2倍、2.3倍、2.4倍、2.5倍、2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、100倍、500倍或1000倍中之任一者。在一些實施例中，升高之表現或數目係指與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、對照組織或內部對照(例如，持家基因)相比，生物標記物(例如，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及/或TGFBR2)之表現水準/量總體增加大於約1.1倍、約1.2倍、約1.3倍、約1.4倍、約1.5倍、約1.6倍、約1.7倍、約1.8倍、約1.9倍、約2倍、約2.1倍、約2.2倍、約2.3倍、約2.4倍、約2.5倍、約2.6倍、約2.7倍、約2.8倍、約2.9倍、約3倍、約3.5倍、約4倍、約4.5倍、約5倍、約6倍、約7倍、約8倍、約9倍、約10倍、約15倍、約20倍、約30倍、約40倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1,000倍或更大。
在任何前述涉及6-基因印記之方法的一些實施例中，低於參考表現水準之表現水準或降低(減少)之表現或數目係指藉由諸如本文所描述之彼等方法的此項技術中已知之標準方法偵測，與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織相比，生物標記物(例如蛋白質、核酸(例如基因或mRNA)或細胞)之含量總體降低約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或更大中之任一者。在某些實施例中，降低之表現或數目係指樣品中生物標記物(例如，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及/或TGFBR2中之一或多者)的表現水準/量之減少，其中該減少為參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織中各別生物標記物之表現水準/量的至少約0.9倍、0.8倍、0.7倍、0.6倍、0.5倍、0.4倍、0.3倍、0.2倍、0.1倍、0.05倍或0.01倍中之任一者。在一些實施例中，降低(減少)之表現或數目係指與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、對照組織或內部對照(例如，持家基因)相比，生物標記物(例如，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及/或TGFBR2)之表現水準/量總體減少大於約1.1倍、約1.2倍、約1.3倍、約1.4倍、約1.5倍、約1.6倍、約1.7倍、約1.8倍、約1.9倍、約2倍、約2.1倍、約2.2倍、約2.3倍、約2.4倍、約2.5倍、約2.6倍、約2.7倍、約2.8倍、約2.9倍、約3倍、約3.5倍、約4倍、約4.5倍、約5倍、約6倍、約7倍、約8倍、約9倍、約10倍、約15倍、約20倍、約30倍、約40倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1,000倍或更大。
在任何前述涉及6-基因印記之方法的一些實施例中，來自個體之腫瘤具有以CD8+ T細胞定位在腫瘤周圍基質區室中為特徵之免疫豁免表型。在一些實施例中，CD8+ T細胞定位在膠原纖維處或附近。
C. 例示性 19- 基因印記 (Pan-F-TBRS)
在一些實施例中，本文之方法及用途涉及測定一或多個(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19個)選自19-基因印記之基因的表現水準，該19-基因印記包括ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1，該19-基因印記在本文中亦稱為Pan-F-TBRS。
舉例而言，本文提供一種鑑別可受益於利用抗癌療法之治療的患有癌症之個體的方法，該抗癌療法包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1，其中樣品中ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之一或多者的表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的個體。
在另一實施例中，本文提供一種為患有癌症之個體選擇療法之方法，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1，其中該樣品中ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之一或多者的表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)之抗癌療法之治療的個體。
在另一實施例中，本文提供一種診斷或預測癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之方法，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1；以及將該樣品中該一或多個基因之表現水準與參考表現水準進行比較，從而診斷或預測癌症。在一些實施例中，樣品中該一或多種生物標記物之表現水準相對於參考表現水準之變化(例如，增加或減少)可診斷或預測個體。在特定實施例中，該變化為增加。
在另一實施例中，本文提供一種確定患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體是否可能對利用抗癌療法之治療有反應的方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1，其中該樣品中ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之一或多者的表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可能對利用包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)之抗癌療法之治療有反應的個體。
在其他實施例中，本文提供一種使抗癌療法之功效最佳化之方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1；以及將該樣品中該一或多個基因之表現水準與參考表現水準進行比較，其中該樣品中ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之一或多者的表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可能對利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療有反應的個體。
在任何前述涉及19-基因印記之方法中，該方法可包括測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定以下中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者的表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1。在一些實施例中，該方法涉及測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1之表現水準。
在任何前述涉及19-基因印記之方法的一些實施例中，樣品中ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準，且該方法進一步包括向個體投與有效量之抗癌療法。舉例而言，在一些實施例中，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者的表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。在一些實施例中，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者的表現水準等於或高於ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者的參考表現水準。
在任何前述涉及19-基因印記之方法的一些實施例中，該一或多個基因包括以下中之至少一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者或15者)：ADAM19、ACTG2、CNN1、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1。
在任何前述涉及19-基因印記之方法的一些實施例中，參考表現水準為參考群體(例如患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌、肺癌、肝癌、卵巢癌、胰腺癌、結腸直腸癌或乳癌)之個體群體)中一或多個(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19個)基因(例如，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)的表現水準。在特定實施例中，癌症為膀胱癌(例如UC，例如mUC)。在某些實施例中，參考表現水準為參考群體(例如患有癌症之個體群體)中一或多個基因之中值表現水準。在其他實施例中，參考水準可為參考群體中表現水準的前40%、前30%、前20%、前10%、前5%或前1%。在一些實施例中，參考表現水準係藉由Z評分轉換之表現水準之主成分分析來測定。在某些實施例中，參考表現水準為一或多個基因之預分配表現水準。在一些實施例中，參考表現水準為在先前時間點自患者獲得之生物樣品中之一或多個基因之表現水準，其中該先前時間點為在投與抗癌療法之後。在任何前述方法之一些實施例中，參考表現水準為在投與抗癌療法之前(例如，之前幾分鐘、幾小時、幾天、幾週(例如，1、2、3、4、5、6或7週)、幾個月或幾年)自患者獲得之生物樣品中一或多個基因(例如，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)的表現水準。在其他實施例中，參考表現水準為在隨後時間點(例如，在投與抗癌療法後之幾分鐘、幾小時、幾天、幾週、幾個月或幾年)自患者獲得之生物樣品中一或多個基因之表現水準。
在任何前述涉及19-基因印記之方法的一些實施例中，高於參考表現水準之表現水準或升高或增加之表現或數目係指藉由諸如本文所描述及/或此項技術中已知之彼等方法的方法偵測，與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織相比，生物標記物(例如蛋白質、核酸(例如基因或mRNA)或細胞)之含量或數目總體增加約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或更大中之任一者。在某些實施例中，升高之表現或數目係指樣品中生物標記物(例如，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1中之一或多者)之表現水準/量之增加，其中該增加為參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織中各別生物標記物之表現水準/量的至少約1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6倍、1.7倍、1.8倍、1.9倍、2倍、2.1倍、2.2倍、2.3倍、2.4倍、2.5倍、2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、100倍、500倍或1000倍中之任一者。在一些實施例中，升高之表現或數目係指與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、對照組織或內部對照(例如，持家基因)相比，生物標記物(例如，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)之表現水準/量總體增加大於約1.1倍、約1.2倍、約1.3倍、約1.4倍、約1.5倍、約1.6倍、約1.7倍、約1.8倍、約1.9倍、約2倍、約2.1倍、約2.2倍、約2.3倍、約2.4倍、約2.5倍、約2.6倍、約2.7倍、約2.8倍、約2.9倍、約3倍、約3.5倍、約4倍、約4.5倍、約5倍、約6倍、約7倍、約8倍、約9倍、約10倍、約15倍、約20倍、約30倍、約40倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1,000倍或更大。
在任何前述涉及19-基因印記之方法的一些實施例中，低於參考表現水準之表現水準或降低(減少)之表現或數目係指藉由諸如本文所描述之彼等方法的此項技術中已知之標準方法偵測，與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織相比，生物標記物(例如蛋白質、核酸(例如基因或mRNA)或細胞)之含量總體降低約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或更大中之任一者。在某些實施例中，降低之表現或數目係指樣品中生物標記物(例如，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1中之一或多者)之表現水準/量之減少，其中該減少為參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織中各別生物標記物之表現水準/量的至少約0.9倍、0.8倍、0.7倍、0.6倍、0.5倍、0.4倍、0.3倍、0.2倍、0.1倍、0.05倍或0.01倍中之任一者。在一些實施例中，降低(減少)之表現或數目係指與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、對照組織或內部對照(例如，持家基因)相比，生物標記物(例如，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)之表現水準/量總體減少大於約1.1倍、約1.2倍、約1.3倍、約1.4倍、約1.5倍、約1.6倍、約1.7倍、約1.8倍、約1.9倍、約2倍、約2.1倍、約2.2倍、約2.3倍、約2.4倍、約2.5倍、約2.6倍、約2.7倍、約2.8倍、約2.9倍、約3倍、約3.5倍、約4倍、約4.5倍、約5倍、約6倍、約7倍、約8倍、約9倍、約10倍、約15倍、約20倍、約30倍、約40倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1,000倍或更大。
在任何前述涉及19-基因印記之方法的一些實施例中，來自個體之腫瘤具有以CD8+ T細胞定位在腫瘤周圍基質區室中為特徵之免疫豁免表型。在一些實施例中，CD8+ T細胞定位在膠原纖維處或附近。
D. 其他例示性生物標記物 ( 例如， CD8+ T- 效應子印記 )
任何前述方法(例如，如上文第II部分、A-C子部分分別關於22-基因、6-基因及19-基因(Pan-F-TBRS)印記所描述)可進一步包括測定樣品中一或多個(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9個)選自由以下各項組成之群的其他基因之表現水準：PD-L1、CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21。在一些實施例中，該一或多個其他基因為PD-L1。在其他實施例中，該一或多個(例如，1、2、3、4、5、6、7或8個)其他基因係選自由CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21組成之群，其在本文中亦稱為CD8+ T效應子(Teff)印記。在一些實施例中，該方法進一步包括測定CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者或所有八者之表現水準。在一些實施例中，該一或多個其他基因不CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21。
舉例而言，本文提供一種鑑別可受益於利用抗癌療法之治療的患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該抗癌療法包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下Teff基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者或8者)的表現水準：CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1或TBX21，以及該樣品中以下22-基因印記中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者、19者、20者、21者或22者)的表現水準：TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1，其中該樣品中一或多個Teff基因之表現水準等於或高於該一或多個Teff基因之參考表現水準並且一或多個22-基因印記基因之表現水準低於該一或多個22-基因印記基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))之抗癌療法之治療的個體。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。在一些實施例中，該方法進一步包括向患者投與抗癌療法。
在另一實施例中，本文提供一種鑑別可受益於抗癌療法之治療的患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該抗癌療法包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下Teff基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者或8者)的表現水準：CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1或TBX21，以及該樣品中以下6-基因印記基因中之一或多者(例如1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2，其中該樣品中一或多個Teff基因之表現水準等於或高於該一或多個Teff基因之參考表現水準並且一或多個6-基因印記基因之表現水準低於該一或多個6-基因印記基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))之抗癌療法之治療的個體。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。在一些實施例中，該方法進一步包括向患者投與抗癌療法。
在另一實施例中，本文提供一種鑑別可受益於利用抗癌療法之治療的患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該抗癌療法包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下Teff基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者或8者)的之表現水準：CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1或TBX21，以及該樣品中以下Pan-F-TBRS基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1，其中該樣品中一或多個Teff基因之表現水準等於或高於該一或多個Teff基因之參考表現水準並且一或多個Pan-F-TBRS基因之表現水準低於該一或多個Pan-F-TBRS基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))之抗癌療法之治療的個體。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。在一些實施例中，該方法進一步包括向患者投與抗癌療法。
舉例而言，本文提供一種為患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體選擇療法的方法，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下Teff基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者或8者)的表現水準：CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1或TBX21，以及該樣品中以下22-基因印記中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者、19者、20者、21者或22者)的表現水準：TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1，其中該樣品中一或多個Teff基因之表現水準等於或高於該一或多個Teff基因之參考表現水準並且一或多個22-基因印記基因之表現水準低於該一或多個22-基因印記基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))之抗癌療法之治療的個體。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。在一些實施例中，該方法進一步包括向患者投與抗癌療法。
在另一實施例中，本文提供一種為患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體選擇療法的方法，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下Teff基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者或8者)的表現水準：CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1或TBX21，以及該樣品中以下6-基因印記基因中之一或多者(例如1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2，其中該樣品中一或多個Teff基因之表現水準等於或高於該一或多個Teff基因之參考表現水準並且一或多個6-基因印記基因之表現水準低於該一或多個6-基因印記基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))之抗癌療法之治療的個體。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。在一些實施例中，該方法進一步包括向患者投與抗癌療法。
在另一實施例中，本文提供一種為患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體選擇療法的方法，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下Teff基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者或8者)的表現水準：CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1或TBX21，以及該樣品中以下Pan-F-TBRS基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1，其中該樣品中一或多個Teff基因之表現水準等於或高於該一或多個Teff基因之參考表現水準並且一或多個Pan-F-TBRS基因之表現水準低於該一或多個Pan-F-TBRS基因之參考水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))之抗癌療法之治療的個體。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。在一些實施例中，該方法進一步包括向患者投與抗癌療法。
E. 腫瘤突變負荷 (TMB)
任何前述實施例(例如，如上文第II部分、A-C子部分(分別關於22-基因、6-基因及19-基因(Pan-F-TBRS)印記)或第II部分、D子部分中所描述)可進一步包括測定來自個體之腫瘤樣品中之TMB。TMB可使用例如如下文實例1或國際專利申請案第PCT/US2017/055669號中所描述之任何適宜方法來測定，該國際專利申請案以全文引用之方式併入本文中。在一些實施例中，個體之腫瘤樣品中之TMB可能等於或高於參考TMB。在其他實施例中，個體之TMB可能低於參考TMB。
舉例而言，本發明提供一種鑑別可受益於利用免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))之治療的患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括測定(i)來自該患者之樣品中以下22-基因印記基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者、19者、20者、21者或22者)的表現水準：TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1；及(ii)來自該個體之腫瘤樣品之TMB評分，其中該樣品中該一或多個22-基因印記基因之表現水準低於參考水準並且該腫瘤樣品之TMB評分等於或高於參考TMB評分將該個體鑑別為可受益於包含免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如抗PD-L1抗體)之治療的個體。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。
本發明提供一種鑑別可受益於利用免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))之治療的患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括測定(i)來自該患者之樣品中以下6-基因印記基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2；及(ii)來自該個體之腫瘤樣品之TMB評分，其中該樣品中該一或多個6-基因印記基因之表現水準低於參考表現水準並且該腫瘤樣品之TMB評分等於或高於參考TMB評分將該個體鑑別為可受益於包含免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如抗PD-L1抗體)之治療的個體。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。
本發明提供一種鑑別可受益於利用免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))之治療的患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括測定(i)來自該患者之樣品中以下Pan-F-TBRS基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1；及(ii)來自該個體之腫瘤樣品之TMB評分，其中該樣品中該一或多個Pan-F-TBRS基因之表現水準低於參考表現水準並且該腫瘤樣品之TMB評分等於或高於參考TMB評分將該個體鑑別為可受益於包含免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))之治療的個體。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。
任何前述涉及TMB之方法可進一步包括測定來自個體之樣品中以下Teff基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者或8者)的表現水準：CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1或TBX21。
F. 用於測定生物標記物表現水準之例示性方法
上文所描述(例如，如上文第II部分、A-C子部分(分別關於22-基因、6-基因及19-基因(Pan-F-TBRS)印記)或第II部分、D及E子部分中所描述)之任何生物標記物的存在及/或表現水準可基於此項技術中已知之任何適宜準則(包括(但不限於) DNA、mRNA、cDNA、蛋白質、蛋白質片段及/或基因拷貝數)來定性及/或定量地評價。用於量測此類生物標記物之方法為此項技術中已知的且為熟習此項技術者所瞭解，包括(但不限於)免疫組織化學(「IHC」)、西方墨點分析(Western blot analysis)、免疫沈澱、分子結合分析、ELISA、ELIFA、螢光活化細胞分選(「FACS」)、MassARRAY、蛋白質組學、基於血液之定量分析(例如血清ELISA)、生物化學酶活性分析、原位雜交(ISH)、螢光原位雜交(FISH)、南方分析、北方分析、全基因組測序、聚合酶鏈反應(PCR) (包括定量實時PCR (qRT-PCR)及其他擴增類型偵測方法，諸如分支DNA、SISBA、TMA及類似物)、RNASeq、微陣列分析、基因表現剖析、全基因組測序(WGS)及/或基因表現系列分析(「SAGE」)以及可藉由蛋白質、基因及/或組織陣列分析實施之眾多分析中之任一者。用於評估基因狀態及基因產物之典型方案參見(例如) Ausubel等人編之(Current Protocols In Molecular Biology, 1995)第2單元(北方墨點法)、第4單元(南方墨點法)、第15單元(免疫墨點法)及第18單元(PCR分析)。亦可使用多重免疫分析，諸如可自Rules Based Medicine或Meso Scale Discovery (「MSD」)獲得之彼等多重免疫分析。
在任何前述方法之一些實施例中，生物標記物之表現水準可為核酸表現水準(例如，DNA表現水準或RNA表現水準(例如，mRNA表現水準))。可使用測定核酸表現水準之任何適宜方法。在一些實施例中，核酸表現水準係使用RNAseq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、ISH或其組合來測定。
用於評估細胞中之mRNA的方法為熟知的且包括(例如)基因表現系列分析(SAGE)、全基因組測序(WGS)、使用互補DNA探針之雜交分析(諸如使用對一或多個基因具有特異性之經標記核糖探針之原位雜交、北方墨點及相關技術)及各種核酸擴增分析(諸如使用對一或多個基因具有特異性之互補引物之RT-PCR (例如qRT-PCR)以及其他擴增類型偵測方法，諸如分支DNA、SISBA、TMA及類似物)。另外，此類方法可包括一或多個步驟，該一或多個步驟允許吾人測定生物樣品中目標mRNA之含量(例如，藉由同時檢查「持家」基因(諸如肌動蛋白家族成員)之比較對照mRNA序列的含量)。視情況，可測定經擴增目標cDNA之序列。視情況存在之方法包括藉由微陣列技術檢查或偵測組織或細胞樣品中之mRNA (諸如目標mRNA)的方案。使用核酸微陣列，將來自測試及對照組織樣品之測試及對照mRNA樣品反轉錄並標記以產生cDNA探針。然後使探針與固定於固體載體上之核酸陣列雜交。該陣列經組態使得該陣列各成員之序列及位置為已知的。舉例而言，可將一系列表現與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之治療的增加或降低之臨床益處相關的基因排列在固體載體上。經標記探針與特定陣列成員之雜交指示探針所來源之樣品表現該基因。
在任何前述方法之其他實施例中，生物標記物之表現水準可為蛋白質表現水準。在某些實施例中，該方法包括在允許結合生物標記物之條件下，使樣品與特異性結合至本文所述生物標記物之抗體接觸，及偵測在抗體與生物標記物之間是否形成複合物。此類方法可為活體外或活體內方法。在一些情況下，使用抗體來選擇適合利用抗癌療法之治療的患者，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)，例如用於選擇個體之生物標記物。
可使用此項技術中已知或本文提供之任何量測蛋白質表現水準之方法。舉例而言，在一些實施例中，生物標記物之蛋白質表現水準係使用選自由以下各項組成之群的方法來測定：流式細胞術(例如，螢光活化細胞分選(FACS™))、西方墨點法、酶聯免疫吸附分析(ELISA)、免疫沈澱、免疫組織化學(IHC)、免疫螢光、放射免疫分析、斑點墨點法、免疫偵測方法、HPLC、表面電漿子共振、光譜學、質譜及HPLC。在一些實施例中，在腫瘤浸潤性免疫細胞中測定生物標記物之蛋白質表現水準。在一些實施例中，在腫瘤細胞中測定生物標記物之蛋白質表現水準。在一些實施例中，在腫瘤浸潤性免疫細胞及/或腫瘤細胞中測定生物標記物之蛋白質表現水準。在一些實施例中，在外周血單核細胞(PBMC)中測定生物標記物之蛋白質表現水準。
在某些實施例中，使用IHC及染色方案檢查樣品中生物標記物蛋白之存在及/或表現水準/量。組織切片之IHC染色已顯示為確定或偵測樣品中蛋白質存在的可靠方法。在任何方法、分析及/或套組之一些實施例中，生物標記物為以下基因之蛋白質表現產物中的一或多者：TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1。在一個實施例中，使用包括以下各項之方法來測定生物標記物之表現水準：(a)用抗體對樣品(諸如自患者獲得之腫瘤樣品)進行IHC分析；及(b)測定樣品中生物標記物之表現水準。在一些實施例中，相對於參考測定IHC染色強度。在一些實施例中，參考為參考值。在一些實施例中，參考為參考樣品(例如，對照細胞株染色樣品、來自非癌患者之組織樣品，或者經確定為對相關生物標記物為陰性之腫瘤樣品)。
IHC可與其他技術(諸如形態學染色及/或原位雜交(例如ISH))組合來實施。可利用IHC之兩種一般方法；直接及間接分析。根據第一分析，抗體與目標抗原之結合係直接測定。此直接分析使用經標記之試劑，諸如螢光標籤或酶標記之一級抗體，其無需進一步抗體相互作用即可觀測到。在典型間接分析中，未結合之一級抗體結合至抗原，且然後經標記之二級抗體結合至一級抗體。在二級抗體結合至酶標記之情況下，添加生色或螢光受質以提供抗原之可視化。發生信號放大，因為若干二級抗體可能與一級抗體上之不同抗原決定基反應。
用於IHC之一級及/或二級抗體通常將用可偵測部分來標記。可利用多種標記，該等標記通常可分組至以下類別中：(a)放射性同位素，諸如35 S、14 C、125 1、3 H及131 I；(b)膠體金粒子；(c)螢光標記，包括(但不限於)稀土螯合物(銪螯合物)、得克薩斯紅(Texas Red)、羅丹明(rhodamine)、螢光黃、丹磺醯、麗絲胺(lissamine)、傘形酮、藻紅蛋白、藻藍蛋白或市售螢光團，諸如SPECTRUM ORANGE7及SPECTRUM GREEN7及/或上述任何一或多者之衍生物；(d)各種酶受質標記為可用的，且美國專利第4,275,149號提供了一些此等標記之綜述。酶標記之實例包括螢光素酶(例如螢火蟲螢光素酶及細菌螢光素酶；參見例如美國專利第4,737,456號)、螢光素、2,3-二氫鄰苯二氮雜二酮、蘋果酸去氫酶、脲酶、過氧化酶(諸如辣根過氧化酶(HRPO))、鹼性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、葡萄糖澱粉酶、溶菌酶、醣氧化酶(例如，葡萄糖氧化酶、半乳糖氧化酶及葡萄糖-6-磷酸去氫酶)、雜環氧化酶(諸如尿酸酶及黃嘌呤氧化酶)、乳過氧化酶、微過氧化酶及類似物。
酶-受質組合之實例包括(例如)利用過氧化氫酶作為受質之辣根過氧化酶(HRPO)；利用對硝基苯磷酸酯作為生色受質之鹼性磷酸酶(AP)；及利用生色受質(例如，對硝基苯基-β-D-半乳糖苷酶)或螢光受質(例如，4-甲基傘形基-β-D-半乳糖苷酶)之β-D-半乳糖苷酶(β-D-Gal)。關於此等組合之一般綜述，參見例如美國專利第4,275,149號及第4,318,980號。
樣本可例如手動或使用自動化染色儀器(例如，Ventana BenchMark XT或Benchmark ULTRA儀器)來製備。可將由此製備之樣本固定並加蓋玻片。然後，例如使用顯微鏡來確定載玻片評估，且可使用此項技術中常規使用之染色強度準則。在一個實施例中，應瞭解，當使用IHC檢查來自腫瘤之細胞及/或組織時，通常在腫瘤細胞及/或組織(與可能存在於樣品中之基質或周圍組織相反)中確定或評價染色。在一些實施例中，應瞭解，當使用IHC檢查來自腫瘤之細胞及/或組織時，染色包括確定或評價腫瘤浸潤性免疫細胞(包括瘤內或瘤周免疫細胞)。在一些實施例中，藉由IHC在如下量之樣品中偵測到生物標記物之存在：＞ 0%之樣品、至少1%之樣品、至少5%之樣品、至少10%之樣品、至少15%之樣品、至少15%之樣品、至少20%之樣品、至少25%之樣品、至少30%之樣品、至少35%之樣品、至少40%之樣品、至少45%之樣品、至少50%之樣品、至少55%之樣品、至少60%之樣品、至少65%之樣品、至少70%之樣品、至少75%之樣品、至少80%之樣品、至少85%之樣品、至少90%之樣品、至少95%之樣品或更多樣品。可使用此項技術中已知之任何方法對樣品進行評分，例如，由病理學家或藉由自動化圖像分析進行評分。
在任何方法之一些實施例中，生物標記物係藉由免疫組織化學使用診斷抗體(亦即一級抗體)來偵測。在一些實施例中，診斷抗體特異性地結合人類抗原。在一些實施例中，診斷抗體為非人類抗體。在一些實施例中，診斷抗體為大鼠、小鼠或兔抗體。在一些實施例中，診斷抗體為兔抗體。在一些實施例中，診斷抗體為單株抗體。在一些實施例中，直接標記診斷抗體。在其他實施例中，間接標記(例如，藉由二級抗體)診斷抗體。
在任何前述實施例之一些實施例中，樣品係在投與抗癌療法之前(例如，之前幾分鐘、幾小時、幾天、幾週(例如，1、2、3、4、5、6或7週)、幾個月或幾年)自個體獲得。在任何前述方法之一些實施例中，個體之樣品係在投與抗癌療法之後約2週至約10週(例如，2、3、4、5、6、7、8、9或10週)獲得。在一些實施例中，個體之樣品係在投與抗癌療法之後約4週至約6週獲得。
在任何前述方法之一些實施例中，生物標記物之表現水準或數目係在以下中偵測：組織樣品、原代或經培養之細胞或細胞株、細胞上清液、細胞溶解物、血小板、血清、血漿、玻璃體液、淋巴液、滑液、濾泡液、***、羊水、***、全血、血液源性細胞、尿液、腦脊髓液、唾液、痰液、淚液、汗液、黏液、腫瘤溶解物及組織培養基、組織提取物(諸如經均質化之組織)、腫瘤組織、細胞提取物或其任何組合。在一些實施例中，樣品為組織樣品(例如，腫瘤組織樣品)、細胞樣品、全血樣品、血漿樣品、血清樣品或其組合。在一些實施例中，腫瘤組織樣品，其中腫瘤組織樣品包括腫瘤細胞、腫瘤浸潤性免疫細胞、基質細胞或其組合。在一些實施例中，腫瘤組織樣品為福馬林固定且石蠟包埋(FFPE)之樣品、檔案樣品、新鮮樣品或冷凍樣品。
舉例而言，在任何前述方法之一些實施例中，生物標記物之表現水準係使用已知技術(例如，流式細胞術或IHC)在腫瘤浸潤性免疫細胞、腫瘤細胞、PBMC或其組合中偵測。腫瘤浸潤性免疫細胞包括(但不限於)瘤內免疫細胞、瘤周免疫細胞或其任何組合，以及其他腫瘤基質細胞(例如纖維母細胞)。此類腫瘤浸潤性免疫細胞可為T淋巴球(諸如CD8+ T淋巴球(例如CD8+ 效應子(Teff)細胞)及/或CD4+ T淋巴球(例如CD4+ Teff細胞)、B淋巴球或其他骨髓譜系細胞(包括顆粒球(嗜中性粒細胞、嗜酸性粒細胞、嗜鹼性粒細胞))、單核球、巨噬細胞、樹突細胞(例如交錯性樹突細胞)、組織細胞及天然殺手(NK)細胞。在一些實施例中，生物標記物之染色係作為膜染色、細胞質染色或其組合來偵測。在其他實施例中，相對於參考樣品，不存在生物標記物係偵測為在樣品中不存在或沒有染色。
在任何前述方法之特定實施例中，生物標記物之表現水準係在含有或疑似含有癌細胞之樣品中評價。樣品可為(例如)自罹患、疑似罹患或經診斷患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如RCC)、肺癌(例如NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之患者獲得的組織生檢體或轉移性病灶。在一些實施例中，樣品為膀胱組織之樣品、膀胱腫瘤之生檢體、已知或疑似轉移性膀胱癌病灶或切片，或已知或疑似包含循環癌細胞(例如膀胱癌細胞)之血液樣品(例如外周血樣品)。樣品可包含癌細胞(亦即腫瘤細胞)與非癌性細胞(例如淋巴球，諸如T細胞或NK細胞)二者，且在某些實施例中，包含癌性細胞與非癌性細胞二者。獲得生物樣品(包括組織切除物、生檢體及體液，例如包含癌症/腫瘤細胞之血液樣品)的方法為此項技術中熟知的。
在任何前述方法之一些實施例中，患者患有癌、淋巴瘤、母細胞瘤(包括髓母細胞瘤及視網膜母細胞瘤)、肉瘤(包括脂肪肉瘤及滑膜細胞肉瘤)、神經內分泌腫瘤(包括類癌瘤、胃泌素瘤及胰島細胞癌)、間皮瘤、神經鞘瘤(包括聽神經瘤)、腦脊髓膜瘤、腺癌、黑色素瘤及白血病或淋巴樣惡性病。在一些實施例中，癌症為膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如腎細胞癌(RCC)，例如晚期RCC或轉移性RCC (mRCC))、鱗狀細胞癌(例如上皮鱗狀細胞癌)、肺癌(包括小細胞肺癌(SCLC)、非小細胞肺癌(NSCLC)、肺腺癌及肺鱗狀細胞癌)、腹膜癌、肝細胞癌、胃癌(包括胃腸癌)、胰腺癌(例如PDAC)、神經膠質母細胞瘤、子宮頸癌、卵巢癌、肝癌(例如，HCC)、肝細胞瘤、乳癌(包括轉移性乳癌)、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮內膜癌或子宮癌、唾液腺癌、***癌、外陰癌、甲狀腺癌、肝癌、肛門癌、陰莖癌、默克爾細胞癌(Merkel cell cancer)、蕈樣真菌病、睪丸癌、食管癌、膽道腫瘤、頭頸癌、B細胞淋巴瘤(包括低度/濾泡性非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)；小淋巴細胞性(SL) NHL；中度/濾泡性NHL；中度瀰漫性NHL；高度免疫母細胞性NHL；高度淋巴母細胞性NHL；高度小無裂細胞NHL；大體積疾病NHL；外套細胞淋巴瘤；AIDS相關淋巴瘤；及華氏巨球蛋白血症)；慢性淋巴細胞性白血病(CLL)；急性淋巴母細胞性白血病(ALL)；毛細胞白血病；慢性骨髓母細胞性白血病；及移植後淋巴增生性病症(PTLD)、與斑痣性錯構瘤病相關之異常血管增生、水腫(諸如與腦瘤相關之水腫)或梅格氏症候群。在一些實施例中，癌症為膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如RCC)、肺癌(例如NSCLC)、肝癌(例如HCC)、卵巢癌或乳癌(例如TNBC)。在較佳實施例中，患者患有膀胱癌(例如UC，例如mUC)。患者可視情況患有晚期、難治性、復發性、化學療法抗性及/或鉑抗性形式之癌症。
在某些實施例中，與第二樣品中生物標記物之存在/不存在及/或表現水準/量相比，第一樣品中生物標記物存在及/或表現水準/量增加或升高。在某些實施例中，與第二樣品中生物標記物之存在及/或表現水準/量相比，第一樣品中生物標記物存在/不存在及/或表現水準/量減少或降低。在某些實施例中，第二樣品為參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織。
在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織為在與獲得測試樣品不同之一或多個時間點獲得之來自同一患者或個體之單一樣品或組合之多種樣品。舉例而言，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織係在較獲得測試樣品更早之時間點自同一患者或個體獲得。若在癌症之初始診斷期間獲得參考樣品，且稍後在癌症轉移時獲得測試樣品，則此類參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織可為有用的。
在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織為來自一或多個不為該患者之健康個體之組合的多種樣品。在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織為來自一或多個不為該患者或個體且患有疾病或病症(例如癌症)之個體之組合的多種樣品。在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織為來自正常組織之經彙集之RNA樣品或來自一或多個不為該患者之個體的經彙集之血漿或血清樣品。在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織為來自腫瘤組織之經彙集之RNA樣品或來自一或多個不為該患者且患有疾病或病症(例如癌症)之個體的經彙集之血漿或血清樣品。
III. 治療方法及用途
本文提供用於治療患有癌症(包括(但不限於)膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法及用途。在特定實施例中，癌症為膀胱癌，諸如UC，例如轉移性UC。在一些情況下，本發明之方法包括基於本發明之標記物的表現水準，向個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(包括(但不限於) PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(包括(但不限於) TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)。任何免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體))、阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑(例如，抗TGF-β抗體))或本文所描述(例如，如下文第IV部分及/或實例中所描述)或此項技術中已知之其他抗癌劑均可用於該等方法及用途中。本發明另外係關於改良罹患癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之患者之PFS及/或OS的方法藉由投與包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)之抗癌療法來達成。本發明另外係關於改良罹患癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之患者之反應(例如，ORR)的方法，其係藉由投與包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)之抗癌療法來達成。本文所描述之任何生物標記物之表現水準或數目可使用此項技術中已知及/或本文(例如，上文第II部分及/或工作實例中)所描述之任何方法來測定。
在一些實施例中，利用免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))與阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之組合的療法較佳延長及/或改良存活，包括PFS及/或OS。在一個實施例中，相對於藉由針對所治療癌症投與經批准之抗腫瘤劑或標準照護所達成之存活，利用免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))與阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之組合的療法將存活延長至少約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%或更多。在另一實施例中，相對於藉由針對所治療之癌症投與經批准之抗腫瘤劑或標準照護所達成之反應率，利用免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))與阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之組合的療法將反應率(例如，ORR、CR率或PR率)改良至少約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%或更多。
A. 例示性 22- 基因印記
在一些實施例中，本文之方法及用途涉及測定一或多個(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個)選自22-基因印記之基因的表現水準，該22-基因印記包括表1中所示之基因。舉例而言，本文提供治療患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體之方法，該方法包括(a)測定來自該個體之樣品中表1中所示基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者、19者、20者、21者或22者)的表現水準，其中表1中所示基因中之一或多者的表現水準經測定相對於參考表現水準有變化；及(b)基於步驟(a)中測定之該一或多個基因之表現水準，向該個體投與有效量之抗癌療法(例如包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之抗癌療法)。在一些情況下，該變化為增加。在其他情況下，該變化為減少。
本文亦提供一種治療患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括向該個體投與有效量之抗癌療法(例如，包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之抗癌療法)，其中來自該個體之樣品中表1中所示基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者、19者、20者、21者或22者)的表現水準已經測定相對於參考水準有變化，其中表1中所示基因中之一或多者的表現水準之變化將該個體鑑別為可受益於利用抗癌療法之治療的個體。在一些情況下，該變化為增加。在其他情況下，該變化為減少。
在另一態樣中，本發明提供一種治療個體之癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)的方法，該個體經鑑別在來自該個體之樣品中表1中所示基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者、19者、20者、21者或22者)的表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準，該方法包括向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體))。
在另一態樣中，本文提供一種用於評價患有癌症之個體對利用抗癌療法之治療之反應的方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，該方法包括：(a)在向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法期間或之後的時間點，測定來自該個體之樣品中表1中所列示基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者、19者、20者、21者或22者)的表現水準；及(b)基於該樣品中該一或多個基因之表現水準與該一或多個基因之參考表現水準的比較來維持、調整或停止治療，其中來自該個體之樣品中該一或多個基因之表現水準與該一或多個基因之參考表現水準相比的變化指示對利用抗癌療法之治療的反應。
在另一態樣中，本文提供一種用於監測患有癌症之個體對利用抗癌療法之治療之反應的方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，該方法包括：(a)在向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法期間或之後的時間點，測定來自該個體之樣品中表1中所列示基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者、19者、20者、21者或22者)的表現水準；及(b)將來自該個體之樣品中該一或多個基因之表現水準與該一或多個基因之參考表現水準進行比較，從而監測經歷利用抗癌療法之治療之個體的反應。
在任何前述涉及22-基因印記之方法的一些實施例中，該變化為該一或多個基因之表現水準增加，且調整或停止該治療。在任何前述方法之其他實施例中，該變化為該一或多個基因之表現水準降低，且維持該治療。
在任何前述涉及22-基因印記之方法的一些實施例中，五個或更多個基因之表現水準增加指示個體對治療沒有反應。在任何前述方法之其他實施例中，五個或更多個基因之表現水準降低指示個體對治療有反應。
在任何前述涉及22-基因印記之方法的一些實施例中，參考表現水準為參考群體(例如患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌、肺癌、肝癌、卵巢癌、胰腺癌、結腸直腸癌或乳癌)之個體群體)中一或多個(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個)基因(例如，TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)的表現水準。在特定實施例中，癌症為膀胱癌(例如UC，例如mUC)。在某些實施例中，參考表現水準為參考群體(例如患有癌症之個體群體)中該一或多個基因之中值表現水準。在其他實施例中，參考表現水準可為參考群體中表現水準的前40%、前30%、前20%、前10%、前5%或前1%。在一些實施例中，參考表現水準為係藉由Z評分轉換之表現水準之主成分分析來測定。在某些實施例中，參考表現水準為該一或多個基因之預分配表現水準。在一些實施例中，參考表現水準為在先前時間點自患者獲得之生物樣品中該一或多個基因之表現水準，其中先前時間點為在投與抗癌療法之後。在任何前述方法之一些實施例中，參考表現水準為在投與抗癌療法之前(例如，之前幾分鐘、幾小時、幾天、幾週(例如，1、2、3、4、5、6或7週)、幾個月或幾年)自患者獲得之生物樣品中一或多個基因(例如，TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)的表現水準。在其他實施例中，參考表現水準為在隨後時間點(例如，在投與抗癌療法後之幾分鐘、幾小時、幾天、幾週、幾個月或幾年)自患者獲得之生物樣品中該一或多個基因之表現水準。
在任何前述涉及22-基因印記之方法的一些實施例中，高於參考表現水準之表現水準或升高或增加之表現或數目係指藉由諸如本文所描述及/或此項技術中已知之彼等方法的方法偵測，與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織相比，生物標記物(例如蛋白質、核酸(例如基因或mRNA)或細胞)之含量或數目總體增加約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或更大中之任一者。在某些實施例中，升高之表現或數目係指樣品中生物標記物(例如，TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)之表現水準/量之增加，其中該增加為參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織中各別生物標記物之表現水準/量的至少約1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6倍、1.7倍、1.8倍、1.9倍、2倍、2.1倍、2.2倍、2.3倍、2.4倍、2.5倍、2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、100倍、500倍或1000倍中之任一者。在一些實施例中，升高之表現或數目係指與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、對照組織或內部對照(例如，持家基因)相比，生物標記物(例如，TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)之表現水準/量總體增加大於約1.1倍、約1.2倍、約1.3倍、約1.4倍、約1.5倍、約1.6倍、約1.7倍、約1.8倍、約1.9倍、約2倍、約2.1倍、約2.2倍、約2.3倍、約2.4倍、約2.5倍、約2.6倍、約2.7倍、約2.8倍、約2.9倍、約3倍、約3.5倍、約4倍、約4.5倍、約5倍、約6倍、約7倍、約8倍、約9倍、約10倍、約15倍、約20倍、約30倍、約40倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1,000倍或更大。
在任何前述涉及22-基因印記之方法的一些實施例中，低於參考表現水準之表現水準或降低(減少)之表現或數目係指藉由諸如本文所描述之彼等方法的此項技術中已知之標準方法偵測，與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織相比，生物標記物(例如蛋白質、核酸(例如基因或mRNA)或細胞)之含量總體降低約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或更大中之任一者。在某些實施例中，降低之表現或數目係指樣品中生物標記物(例如，TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)之表現水準/量之減少，其中該減少為參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織中各別生物標記物之表現水準/量的至少約0.9倍、0.8倍、0.7倍、0.6倍、0.5倍、0.4倍、0.3倍、0.2倍、0.1倍、0.05倍或0.01倍中之任一者。在一些實施例中，降低(減少)之表現或數目係指與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、對照組織或內部對照(例如，持家基因)相比，生物標記物(例如，TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)之表現水準/量總體減少大於約1.1倍、約1.2倍、約1.3倍、約1.4倍、約1.5倍、約1.6倍、約1.7倍、約1.8倍、約1.9倍、約2倍、約2.1倍、約2.2倍、約2.3倍、約2.4倍、約2.5倍、約2.6倍、約2.7倍、約2.8倍、約2.9倍、約3倍、約3.5倍、約4倍、約4.5倍、約5倍、約6倍、約7倍、約8倍、約9倍、約10倍、約15倍、約20倍、約30倍、約40倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1,000倍或更大。
在任何前述涉及22-基因印記之方法的一些實施例中，來自個體之腫瘤具有以CD8+ T細胞定位在腫瘤周圍基質區室中為特徵之免疫豁免表型。在一些實施例中，CD8+ T細胞定位在膠原纖維處或附近。
B. 例示性 6- 基因印記
在一些實施例中，本文之方法及用途涉及測定一或多個(例如1、2、3、4、5或6個)選自包括ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之6-基因印記之基因的表現水準。
舉例而言，在一個實施例中，本文提供一種治療可受益於利用抗癌療法之治療的患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該抗癌療法包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，該方法包括(a)測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2，其中該樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者的表現水準經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準；及(b)基於步驟(a)中測定之一或多個基因之表現水準，向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)。
該方法可包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者或所有六者的表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之二者(例如，表2中所示之任何例示性組合)的表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之三者(例如，表3中所示之任何例示性組合)的表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之四者(例如，表4中所示之任何例示性組合)的表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之五者(例如，表5中所示之任何例示性組合)的表現水準。在一些實施例中，該方法涉及測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之表現水準。
在任何前述涉及6-基因印記之方法中，該方法可包括測定TGFB1及/或TGFBR2之表現水準。在任何前述方法中，該方法可包括測定TGFB1及TGFBR2之表現水準。
在任何前述涉及6-基因印記之方法的一些實施例中，該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP。在一些實施例中，該一或多個基因包括ADAM19。在其他實施例中，該一或多個基因包括COMP。在其他實施例中，該一或多個基因包括ADAM19及COMP。
在另一實施例中，本文提供一種治療可受益於抗癌療法之治療的患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該抗癌療法包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，該方法包括向該個體投與包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)之抗癌療法，其中在治療前，該樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。
在另一態樣中，本發明提供一種治療個體之癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之方法，該個體經鑑別在來自該個體之樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準，該方法包括向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體))。
在任何前述涉及6-基因印記之方法中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準經測定等於或高於該一或多個基因之參考水準。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者或所有六者的表現水準經測定等於或高於該一或多個基因之參考水準。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之二者(例如，表2中所示之任何例示性組合)的表現水準經測定等於或高於該一或多個基因之參考水準。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之三者的表現水準(例如，表3中所示之任何例示性組合)經測定等於或高於該一或多個基因之參考水準。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之四者的表現水準(例如，表4中所示之任何例示性組合)已經測定等於或高於該一或多個基因之參考水準。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之五者的表現水準(例如，表5中所示之任何例示性組合)經測定等於或高於該一或多個基因之參考水準。在一些實施例中，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之表現水準經測定等於或高於ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之參考水準。
在任何前述涉及6-基因印記之方法中，TGFB1及/或TGFBR2之表現水準經測定等於或高於TGFB1及/或TGFBR2之參考表現水準。舉例而言，在一些實施例中，TGFB1之表現水準等於或高於TGFB1之參考表現水準。在一些實施例中，TGFBR1之表現水準等於或高於TGFBR1之參考表現水準。在任何前述方法中，TGFB1及TGFBR2之表現水準經測定等於或高於TGFB1及TGFBR2之參考表現水準。
在任何前述涉及6-基因印記之方法的一些實施例中，ADAM19或COMP之表現水準經測定等於或高於ADAM19或COMP之參考水準。在一些實施例中，ADAM19之表現水準經測定等於或高於ADAM19之參考水準。在一些實施例中，COMP之表現水準經測定等於或高於COMP之參考水準。在其他實施例中，該一或多個基因包括ADAM19及COMP。在一些實施例中，ADAM19及COMP之表現水準經測定等於或高於ADAM19及COMP之參考水準。
在另一態樣中，本文提供一種用於評價患有癌症之個體對利用抗癌療法之治療之反應的方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，該方法包括：(a)在向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法期間或之後的時間點測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2；及(b)基於樣品中該一或多個基因之表現水準與該一或多個基因之參考表現水準之比較來維持、調整或停止治療，其中來自該個體之樣品中該一或多個基因之表現水準與該一或多個基因之參考表現水準相比的變化指示對利用抗癌療法之治療的反應。
在另一態樣中，本文提供一種用於監測患有癌症之個體對利用抗癌療法之治療之反應的方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，該方法包括：(a)在向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法期間或之後的時間點測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2；及(b)將來自該個體之樣品中該一或多個基因之表現水準與該一或多個基因之參考表現水準進行比較，從而監測經歷利用抗癌療法之治療之個體的反應。
在任何前述涉及6-基因印記之方法中，該方法可包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者或所有六者的表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之二者(例如，表2中所示之任何例示性組合)的表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之三者(例如，表3中所示之任何例示性組合)的表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之四者(例如，表4中所示之任何例示性組合)的表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之五者(例如，表5中所示之任何例示性組合)的表現水準。在一些實施例中，該方法涉及測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之表現水準。
在任何前述涉及6-基因印記之方法中，該方法可包括測定TGFB1及/或TGFBR2之表現水準。在任何前述方法中，該方法可包括測定TGFB1及TGFBR2之表現水準。
在任何前述涉及6-基因印記之方法的一些實施例中，該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP。在一些實施例中，該一或多個基因包括ADAM19。在其他實施例中，該一或多個基因包括COMP。在其他實施例中，該一或多個基因包括ADAM19及COMP。
在任何前述涉及6-基因印記之方法的一些實施例中，該變化為該一或多個基因之表現水準增加，且調整或停止該治療。在任何前述方法之其他實施例中，該變化為該一或多個基因之表現水準降低，且維持該治療。
在任何前述涉及6-基因印記之方法的一些實施例中，五個或更多個基因之表現水準增加指示個體對治療沒有反應。在任何前述方法之其他實施例中，五個或更多個基因之表現水準降低指示個體對治療有反應。
在任何前述涉及6-基因印記之方法的一些實施例中，參考表現水準為參考群體(例如，患有癌症(例如，膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌、肺癌、肝癌、卵巢癌、胰腺癌、結腸直腸癌或乳癌)之個體群體)中一或多個(例如1、2、3、4、5或6個)基因(例如ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及/或TGFBR2)的表現水準。在特定實施例中，癌症為膀胱癌(例如UC，例如mUC)。在某些實施例中，參考表現水準為參考群體(例如患有癌症之個體群體)中該一或多個基因之中值表現水準。在其他實施例中，參考表現水準可為參考群體中表現水準的前40%、前30%、前20%、前10%、前5%或前1%。在一些實施例中，參考表現水準係藉由Z評分轉換之表現水準之主成分分析來測定。在某些實施例中，參考表現水準為該一或多個基因之預分配表現水準。在一些實施例中，參考表現水準為在先前時間點自患者獲得之生物樣品中該一或多個基因之表現水準，其中先前時間點為在投與抗癌療法之後。在任何前述方法之一些實施例中，參考表現水準為在投與抗癌療法之前(例如，之前幾分鐘、幾小時、幾天、幾週(例如，1、2、3、4、5、6或7週)、幾個月或幾年)自患者獲得之生物樣品中一或多個基因(例如，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及/或TGFBR2)之表現水準。在其他實施例中，參考表現水準為在隨後時間點(例如，在投與抗癌療法後之幾分鐘、幾小時、幾天、幾週、幾個月或幾年)自患者獲得之生物樣品中該一或多個基因之表現水準。
在任何前述涉及6-基因印記之方法的一些實施例中，高於參考表現水準之表現水準或升高或增加之表現或數目係指藉由諸如本文所描述及/或此項技術中已知之彼等方法的方法偵測，與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織相比，生物標記物(例如蛋白質、核酸(例如基因或mRNA)或細胞)之含量或數目總體增加約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或更大中之任一者。在某些實施例中，升高之表現或數目係指樣品中生物標記物(例如，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及/或TGFBR2中之一或多者)之表現水準/量之增加，其中該增加為參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織中各別生物標記物之表現水準/量的至少約1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6倍、1.7倍、1.8倍、1.9倍、2倍、2.1倍、2.2倍、2.3倍、2.4倍、2.5倍、2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、100倍、500倍或1000倍中之任一者。在一些實施例中，升高之表現或數目係指與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、對照組織或內部對照(例如，持家基因)相比，生物標記物(例如，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及/或TGFBR2)之表現水準/量總體增加大於約1.1倍、約1.2倍、約1.3倍、約1.4倍、約1.5倍、約1.6倍、約1.7倍、約1.8倍、約1.9倍、約2倍、約2.1倍、約2.2倍、約2.3倍、約2.4倍、約2.5倍、約2.6倍、約2.7倍、約2.8倍、約2.9倍、約3倍、約3.5倍、約4倍、約4.5倍、約5倍、約6倍、約7倍、約8倍、約9倍、約10倍、約15倍、約20倍、約30倍、約40倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1,000倍或更大。
在任何前述涉及6-基因印記之方法的一些實施例中，低於參考表現水準之表現水準或降低(減少)之表現或數目係指藉由諸如本文所描述之彼等方法的此項技術中已知之標準方法偵測，與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織相比，生物標記物(例如蛋白質、核酸(例如基因或mRNA)或細胞)之含量總體降低約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或更大中之任一者。在某些實施例中，降低之表現或數目係指樣品中生物標記物(例如，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及/或TGFBR2中之一或多者)之表現水準/量之減少，其中該減少為參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織中各別生物標記物之表現水準/量的至少約0.9倍、0.8倍、0.7倍、0.6倍、0.5倍、0.4倍、0.3倍、0.2倍、0.1倍、0.05倍或0.01倍中之任一者。在一些實施例中，降低(減少)之表現或數目係指與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、對照組織或內部對照(例如，持家基因)相比，生物標記物(例如，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及/或TGFBR2)之表現水準/量總體減少大於約1.1倍、約1.2倍、約1.3倍、約1.4倍、約1.5倍、約1.6倍、約1.7倍、約1.8倍、約1.9倍、約2倍、約2.1倍、約2.2倍、約2.3倍、約2.4倍、約2.5倍、約2.6倍、約2.7倍、約2.8倍、約2.9倍、約3倍、約3.5倍、約4倍、約4.5倍、約5倍、約6倍、約7倍、約8倍、約9倍、約10倍、約15倍、約20倍、約30倍、約40倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1,000倍或更大。
在任何前述涉及6-基因印記之方法的一些實施例中，來自個體之腫瘤具有以CD8+ T細胞定位在腫瘤周圍基質區室中為特徵之免疫豁免表型。在一些實施例中，CD8+ T細胞定位在膠原纖維處或附近。
C. 例示性 19- 基因印記 (Pan-F-TBRS)
在一些實施例中，本文之方法及用途涉及測定一或多個(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19個)選自19-基因印記之基因的表現水準，該19-基因印記包括ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1，該19-基因印記在本文中亦稱為Pan-F-TBRS。
舉例而言，在一個實施例中，本文提供一種治療患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括(a)測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1，其中該樣品中ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之一或多者的表現水準經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準；及(b)基於步驟(a)中測定之該一或多個基因之表現水準，向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)。
該方法可包括測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定以下中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者的表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1。在一些實施例中，該方法涉及測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1之表現水準。
在任何前述涉及19-基因印記之方法的一些實施例中，該方法包括測定一或多個(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15個)選自以下之基因的表現水準：ADAM19、ACTG2、CNN1、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1。
在另一實施例中，本文提供一種治療患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，其中在治療前，該樣品中ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。
在另一態樣中，本發明提供一種治療個體之癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之方法，該個體經鑑別在來自該個體之樣品中ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準，該方法包括向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包含免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體))。
在任何前述涉及19-基因印記之方法的一些實施例中，樣品中ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。舉例而言，在一些實施例中，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者的表現水準經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。在一些實施例中，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1之表現水準已經測定等於或高於ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1之參考表現水準。
在任何前述涉及19-基因印記之方法的一些實施例中，樣品中ADAM19、ACTG2、CNN1、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者或15者)的表現水準經測定等於或高於該一或多個基因之參考水準。
在另一態樣中，本文提供一種用於評價患有癌症之個體對利用抗癌療法之治療之反應的方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，該方法包括：(a)在向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法期間或之後的時間點測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1；及(b)基於樣品中該一或多個基因之表現水準與該一或多個基因之參考表現水準之比較來維持、調整或停止治療，其中來自該個體之樣品中該一或多個基因之表現水準與該一或多個基因之參考表現水準相比的變化指示對利用抗癌療法之治療的反應。
在另一態樣中，本文提供一種用於監測患有癌症之個體對利用抗癌療法之治療之反應的方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，該方法包括：(a)在向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法期間或之後的時間點測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1；及(b)將來自該個體之樣品中該一或多個基因之表現水準與該一或多個基因之參考表現水準進行比較，從而監測經歷利用抗癌療法之治療之個體的反應。
在任何前述涉及19-基因印記之方法中，該方法可包括測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準。在一些實施例中，該方法包括測定以下中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少五者、至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者的表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1。在一些實施例中，該方法涉及測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1之表現水準。
在任何前述涉及19-基因印記之方法的一些實施例中，該方法可包括測定一或多個(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15個)選自以下之基因的表現水準：ADAM19、ACTG2、CNN1、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1。
在任何前述涉及19-基因印記之方法的一些實施例中，該變化為該一或多個基因之表現水準增加，且調整或停止該治療。在任何前述方法之其他實施例中，該變化為該一或多個基因之表現水準降低，且維持該治療。
在任何前述涉及19-基因印記之方法的一些實施例中，五個或更多個基因之表現水準增加指示個體對治療沒有反應。在任何前述方法之其他實施例中，五個或更多個基因之表現水準降低指示個體對治療有反應。
在任何前述涉及19-基因印記之方法的一些實施例中，參考水準為參考群體(例如患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌、肺癌、肝癌、卵巢癌、胰腺癌、結腸直腸癌或乳癌)之個體群體)中一或多個(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19個)基因(例如，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)之表現水準。在特定實施例中，癌症為膀胱癌(例如UC，例如mUC)。在某些實施例中，參考水準為參考群體(例如患有癌症之個體群體)中該一或多個基因之中值表現水準。在其他實施例中，參考水準可為參考群體中表現水準的前40%、前30%、前20%、前10%、前5%或前1%。在一些實施例中，參考表現水準係藉由Z評分轉換之表現水準之主成分分析來測定。在某些實施例中，參考水準為該一或多個基因之預分配表現水準。在一些實施例中，參考水準為在先前時間點自患者獲得之生物樣品中該一或多個基因之表現水準，其中先前時間點為在投與抗癌療法之後。在任何前述方法之一些實施例中，參考水準為在投與抗癌療法之前(例如，之前幾分鐘、幾小時、幾天、幾週(例如，1、2、3、4、5、6或7週)、幾個月或幾年)自患者獲得之生物樣品中一或多個基因(例如，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)之表現水準。在其他實施例中，參考水準為在隨後時間點(例如，在投與抗癌療法後之幾分鐘、幾小時、幾天、幾週、幾個月或幾年)自患者獲得之生物樣品中該一或多個基因之表現水準。
在任何前述涉及19-基因印記之方法的一些實施例中，高於參考表現水準之表現水準或升高或增加之表現或數目係指藉由諸如本文所描述及/或此項技術中已知之彼等方法的方法偵測，與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織相比，生物標記物(例如蛋白質、核酸(例如基因或mRNA)或細胞)之含量或數目總體增加約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或更大中之任一者。在某些實施例中，升高之表現或數目係指樣品中生物標記物(例如，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1中之一或多者)之表現水準/量之增加，其中該增加為參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織中各別生物標記物之表現水準/量的至少約1.1倍、1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6倍、1.7倍、1.8倍、1.9倍、2倍、2.1倍、2.2倍、2.3倍、2.4倍、2.5倍、2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍、100倍、500倍或1000倍中之任一者。在一些實施例中，升高之表現或數目係指與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、對照組織或內部對照(例如，持家基因)相比，生物標記物(例如，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)之表現水準/量總體增加大於約1.1倍、約1.2倍、約1.3倍、約1.4倍、約1.5倍、約1.6倍、約1.7倍、約1.8倍、約1.9倍、約2倍、約2.1倍、約2.2倍、約2.3倍、約2.4倍、約2.5倍、約2.6倍、約2.7倍、約2.8倍、約2.9倍、約3倍、約3.5倍、約4倍、約4.5倍、約5倍、約6倍、約7倍、約8倍、約9倍、約10倍、約15倍、約20倍、約30倍、約40倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1,000倍或更大。
在任何前述涉及19-基因印記之方法的一些實施例中，低於參考表現水準之表現水準或降低(減少)之表現或數目係指藉由諸如本文所描述之彼等方法的此項技術中已知之標準方法偵測，與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織相比，生物標記物(例如蛋白質、核酸(例如基因或mRNA)或細胞)之含量總體降低約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或更大中之任一者。在某些實施例中，降低之表現或數目係指樣品中生物標記物(例如，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1中之一或多者)之表現水準/量之減少，其中該減少為參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織中各別生物標記物之表現水準/量的至少約0.9倍、0.8倍、0.7倍、0.6倍、0.5倍、0.4倍、0.3倍、0.2倍、0.1倍、0.05倍或0.01倍中之任一者。在一些實施例中，降低(減少)之表現或數目係指與參考表現水準、參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞、對照組織或內部對照(例如，持家基因)相比，生物標記物(例如，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及/或TPM1)之表現水準/量總體減少大於約1.1倍、約1.2倍、約1.3倍、約1.4倍、約1.5倍、約1.6倍、約1.7倍、約1.8倍、約1.9倍、約2倍、約2.1倍、約2.2倍、約2.3倍、約2.4倍、約2.5倍、約2.6倍、約2.7倍、約2.8倍、約2.9倍、約3倍、約3.5倍、約4倍、約4.5倍、約5倍、約6倍、約7倍、約8倍、約9倍、約10倍、約15倍、約20倍、約30倍、約40倍、約50倍、約100倍、約500倍、約1,000倍或更大。
在任何前述涉及19-基因印記之方法的一些實施例中，來自個體之腫瘤具有以CD8+ T細胞定位在腫瘤周圍基質區室中為特徵之免疫豁免表型。在一些實施例中，CD8+ T細胞定位在膠原纖維處或附近。
D. 其他例示性生物標記物 ( 例如， Teff 基因及 CAF 基因 )
任何前述方法(例如，如上文第III部分、A-C子部分(分別關於22-基因、6-基因及19-基因(Pan-F-TBRS)印記)所描述)可進一步包括測定樣品中一或多個(例如，1、2、3、4、5、6、7、8或9個)選自由以下各項組成之群的其他基因之表現水準：PD-L1、CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21。在一些實施例中，該一或多個其他基因為PD-L1。在其他實施例中，該一或多個(例如，1、2、3、4、5、6、7或8個)其他基因係選自由以下各項組成之群：CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21。在一些實施例中，該方法進一步包括測定CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者或所有八者的表現水準。在一些實施例中，該一或多個其他基因為CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21。
舉例而言，本文提供一種治療患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括(a)測定來自該個體之樣品中以下Teff基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者或8者)的表現水準：CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1或TBX21，以及該樣品中以下22-基因印記中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者、19者、20者、21者或22者)的表現水準：TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1；及(b)基於步驟(a)中測定之該一或多個Teff基因及該一或多個Pan-F-TBRS之表現水準，向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)。在一些實施例中，該一或多個Pan-F-TBRS基因之表現水準等於或高於參考表現水準，且該一或多個Teff基因之表現水準等於或高於或低於參考表現水準，且該方法包括向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β拮抗劑)。在其他實施例中，該一或多個Pan-F-TBRS基因之表現水準低於參考表現水準，且該一或多個Teff基因之表現水準等於或高於參考表現水準，且該方法包括向個體投與包括免疫療法之抗癌療法。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。
在另一實施例中，本文提供一種用於治療患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括向該個體投與包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))之抗癌療法，其中在治療前，來自該個體之樣品中以下Teff基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者或8者)的表現水準經測定等於或高於該一或多個Teff基因之參考表現水準：CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1或TBX21，且該樣品中以下22-基因印記基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者、19者、20者、21者或22者)的表現水準經測定低於該一或多個22-基因印記基因之參考表現水準：TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。在一些實施例中，該方法進一步包括向患者投與抗癌療法。
在另一實施例中，本文提供一種治療患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括(a)測定來自該個體之樣品中以下Teff基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者或8者)的表現水準：CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1或TBX21，以及該樣品中以下6-基因印記基因中之一或多者(例如1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2；及(b)基於步驟(a)中測定之該一或多個Teff基因及該一或多個6-基因印記之表現水準，向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)。在一些實施例中，該一或多個6-基因印記基因之表現水準等於或高於參考表現水準，且該一或多個Teff基因之表現水準等於或高於或低於參考表現水準，且該方法包括向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β拮抗劑)。在其他實施例中，該一或多個6-基因印記基因之表現水準低於參考表現水準，且該一或多個Teff基因之表現水準等於或高於參考表現水準，且該方法包括向個體投與包括免疫療法之抗癌療法。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。
舉例而言，本文提供一種鑑別用於治療患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))，其中在治療前，來自該個體之樣品中以下Teff基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者或8者)的表現水準經測定等於或高於該一或多個Teff基因之參考表現水準：CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1或TBX21，且該樣品中以下6-基因印記基因中之一或多者(例如1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準經測定低於該一或多個6-基因印記基因之參考表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。
在另一實施例中，本文提供一種治療患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括(a)測定來自該個體之樣品中以下Teff基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者或8者)的表現水準：CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1或TBX21，以及該樣品中以下Pan-F-TBRS基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1；及(b)基於步驟(a)中測定之該一或多個Teff基因及該一或多個Pan-F-TBRS之表現水準，向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)。在一些實施例中，該一或多個Pan-F-TBRS基因之表現水準等於或高於參考表現水準，且該一或多個Teff基因之表現水準等於或高於或低於參考表現水準，且該方法包括向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β拮抗劑)。在其他實施例中，該一或多個Pan-F-TBRS基因之表現水準低於參考表現水準，且該一或多個Teff基因之表現水準等於或高於參考表現水準，且該方法包括向個體投與包括免疫療法之抗癌療法。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。
在另一實施例中，本文提供一種用於治療患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，其中在治療前，來自該個體之樣品中以下Teff基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者或8者)的表現水準經測定等於或高於該一或多個Teff基因之參考表現水準：CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1或TBX21，且該樣品中以下Pan-F-TBRS基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準經測定低於該一或多個Pan-F-TBRS基因之參考表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。在一些實施例中，該方法進一步包括向患者投與抗癌療法。
在另一態樣中，本文提供一種用於評價患有癌症之個體對利用抗癌療法之治療之反應的方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，該方法包括：(a)在向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法期間或之後的時間點，測定來自該個體之樣品中一或多個Teff基因(例如，1、2或3個選自IFNG、GZMB及ZAP70之Teff基因)及/或一或多個CAF基因(例如，1、2或3個選自LOXL2、TNC及POSTN之CAF基因)之表現水準；及(b)基於該樣品中該一或多個Teff基因及/或該一或多個CAF基因之表現水準與該一或多個Teff基因及/或該一或多個CAF基因之參考表現水準的比較來維持、調整或停止治療，其中來自該個體之樣品中該一或多個Teff基因及/或該一或多個CAF基因之表現水準與該一或多個Teff基因及/或該一或多個CAF基因之參考表現水準相比的變化指示對利用抗癌療法之治療的反應。在一些實施例中，該變化為一或多個Teff基因(例如，IFNG、GZMB及/或ZAP70)之表現水準增加。在一些實施例中，該變化為一或多個CAF基因(例如，LOXL2、TNC及POSTN)之表現水準減少。
在另一態樣中，本文提供一種用於監測患有癌症之個體對利用抗癌療法之治療之反應的方法，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，該方法包括：(a)在向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法期間或之後的時間點，測定來自該個體之樣品中一或多個Teff基因(例如，1、2或3個選自IFNG、GZMB及ZAP70之Teff基因)及/或一或多個CAF基因(例如，1、2或3個選自LOXL2、TNC及POSTN之CAF基因)之表現水準；及(b)將來自該個體之樣品中該一或多個Teff基因及/或該一或多個CAF基因之表現水準與該一或多個Teff基因及/或該一或多個CAF基因之參考表現水準進行比較，從而監測經歷利用抗癌療法之治療之個體的反應。
E. 腫瘤突變負荷 (TMB)
任何前述實施例(例如，如上文第III部分、A-C子部分(分別關於22-基因、6-基因及19-基因(Pan-F-TBRS)印記)或第III部分、D子部分中所描述)可包括測定來自個體之腫瘤樣品中之TMB。TMB可使用例如如實例1或國際專利申請案第PCT/US2017/055669號中所描述之任何適宜方法來測定，該國際專利申請案以全文引用之方式併入本文中。在一些實施例中，個體之腫瘤樣品中之TMB可能等於或高於參考TMB。在其他實施例中，個體之TMB可能低於參考TMB。
本發明提供一種治療患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括：(a)測定(i)來自該個體之樣品中以下22-基因印記基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者、19者、20者、21者或22者)的表現水準：TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1；及(ii)來自該個體之腫瘤樣品之TMB評分；及(b)基於步驟(a)中測定之該一或多個22-基因印記基因之表現水準及TMB評分向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)。在一些實施例中，一或多個22-基因印記基因之表現水準等於或高於參考表現水準，且來自腫瘤樣品之TMB評分等於或高於或低於參考TMB評分，且該方法包括向個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)。在其他實施例中，一或多個22-基因印記基因之表現水準低於參考表現水準，且來自腫瘤樣品之TMB評分等於或高於參考TMB評分，且該方法包括向個體投與包括免疫療法之抗癌療法。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。
本發明進一步提供一種治療患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括：向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)，其中在治療前，來自該個體之樣品中以下22-基因印記基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者、19者、20者、21者或22者)的表現水準經測定低於該一或多個22-基因印記基因之參考表現水準：TGFB1、TGFBR2、ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、COMP、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1，且來自該患者之腫瘤樣品中之TMB評分經測定等於或高於參考TMB評分。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。
本發明提供一種治療患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括：(a)測定(i)來自該個體之樣品中以下6-基因印記基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2；及(ii)來自該個體之腫瘤樣品之TMB評分；及(b)基於步驟(a)中測定之該一或多個6-基因印記基因之表現水準及TMB評分向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)。在一些實施例中，一或多個6-基因印記基因之表現水準等於或高於參考表現水準，且來自腫瘤樣品之TMB評分等於或高於或低於參考TMB評分，且該方法包括向個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)。在其他實施例中，一或多個6-基因印記基因之表現水準低於參考表現水準，且來自腫瘤樣品之TMB評分等於或高於參考TMB評分，且該方法包括向個體投與包括免疫療法之抗癌療法。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。
本發明進一步提供一種治療患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括：向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)，其中在治療前，來自該個體之樣品中以下6-基因印記基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準經測定低於該一或多個6-基因印記基因之參考表現水準：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2，且來自該患者之腫瘤樣品中之TMB評分經測定等於或高於參考TMB評分。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。
本發明提供一種治療患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括：(a)測定(i)來自該個體之樣品中以下Pan-F-TBRS基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1；及(ii)來自該個體之腫瘤樣品之TMB評分；及(b)基於步驟(a)中測定之該一或多個Pan-F-TBRS基因之表現水準及TMB評分向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)。在一些實施例中，一或多個Pan-F-TBRS基因之表現水準等於或高於參考表現水準，且來自腫瘤樣品之TMB評分等於或高於或低於參考TMB評分，且該方法包括向個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)。在其他實施例中，一或多個Pan-F-TBRS基因之表現水準低於參考表現水準，且來自腫瘤樣品之TMB評分等於或高於參考TMB評分，且該方法包括向個體投與包括免疫療法之抗癌療法。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。
本發明進一步提供一種治療患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的方法，該方法包括向該個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如，抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)，其中在治療前，來自該個體之樣品中以下Pan-F-TBRS基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準經測定低於該一或多個Teff基因之參考表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1，且來自該患者之腫瘤樣品中之TMB評分經測定等於或高於參考TMB評分。在一些實施例中，免疫療法為單一療法。任何前述涉及TMB之方法可進一步包括測定來自個體之樣品中以下Teff基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者或8者)的表現水準：CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1或TBX21。
F. 用於測定生物標記物表現水準之例示性方法
在任何前述實施例(例如，如上文第III部分、A-C子部分(分別關於22-基因、6-基因及19-基因(Pan-F-TBRS)印記)或第III部分、D及E子部分中所描述)之一些實施例中，樣品係在投與抗癌療法之前(例如，之前幾分鐘、幾小時、幾天、幾週(例如，1、2、3、4、5、6或7週)、幾個月或幾年)自個體獲得。在任何前述方法之一些實施例中，個體之樣品係在投與抗癌療法之後約2週至約10週(例如，2、3、4、5、6、7、8、9或10週)獲得。在一些實施例中，個體之樣品係在投與抗癌療法之後約4週至約6週獲得。
在任何前述方法之一些實施例中，生物標記物之表現水準或數目係在以下各項中偵測：組織樣品、原代或經培養之細胞或細胞株、細胞上清液、細胞溶解物、血小板、血清、血漿、玻璃體液、淋巴液、滑液、濾泡液、***、羊水、***、全血、血液源性細胞、尿液、腦脊髓液、唾液、痰液、淚液、汗液、黏液、腫瘤溶解物及組織培養基、組織提取物(諸如經均質化組織)、腫瘤組織、細胞提取物或其任何組合。在一些實施例中，樣品為組織樣品(例如，腫瘤組織樣品)、細胞樣品、全血樣品、血漿樣品、血清樣品或其組合。在一些實施例中，腫瘤組織樣品包括腫瘤細胞、腫瘤浸潤性免疫細胞、基質細胞或其組合。在一些實施例中，腫瘤組織樣品為FFPE樣品、檔案樣品、新鮮樣品或冷凍樣品。
舉例而言，在任何前述方法之一些實施例中，生物標記物之表現水準係使用已知技術(例如，流式細胞術或IHC)在腫瘤浸潤性免疫細胞、腫瘤細胞、PBMC或其組合中偵測。腫瘤浸潤性免疫細胞包括(但不限於)瘤內免疫細胞、瘤周免疫細胞或其任何組合以及其他腫瘤基質細胞(例如纖維母細胞)。此類腫瘤浸潤性免疫細胞可為T淋巴球(諸如CD8+ T淋巴球(例如CD8+ Teff細胞)及/或CD4+ T淋巴球(例如CD4+ Teff細胞)、B淋巴球或其他骨髓譜系細胞(包括顆粒球(嗜中性粒細胞、嗜酸性粒細胞、嗜鹼性粒細胞))、單核球、巨噬細胞、樹突細胞(例如交錯性樹突細胞)、組織細胞及天然殺手(NK)細胞。在一些實施例中，生物標記物之染色係作為膜染色、細胞質染色或其組合來偵測。在其他實施例中，相對於參考樣品，不存在生物標記物係偵測為在樣品中不存在或沒有染色。
在任何前述方法之特定實施例中，生物標記物之表現水準係在含有或疑似含有癌細胞之樣品中評價。樣品可為(例如)自罹患、疑似罹患或經診斷患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC))之患者獲得之組織生檢體或轉移性病灶。在一些實施例中，樣品為膀胱組織之樣品、膀胱腫瘤之生檢體、已知或疑似轉移性膀胱癌病灶或切片或已知或疑似包含循環癌細胞(例如膀胱癌細胞)之血液樣品(例如外周血樣品)。樣品可包含癌細胞(亦即腫瘤細胞)與非癌性細胞(例如淋巴球，諸如T細胞或NK細胞)二者，且在某些實施例中，包含癌性細胞與非癌性細胞二者。獲得生物樣品(包括組織切除物、生檢體及體液，例如包含癌症/腫瘤細胞之血液樣品)之方法為此項技術中熟知的。
在任何前述方法之一些實施例中，患者患有癌、淋巴瘤、母細胞瘤(包括髓母細胞瘤及視網膜母細胞瘤)、肉瘤(包括脂肪肉瘤及滑膜細胞肉瘤)、神經內分泌腫瘤(包括類癌瘤、胃泌素瘤及胰島細胞癌)、間皮瘤、神經鞘瘤(包括聽神經瘤)、腦脊髓膜瘤、腺癌、黑色素瘤及白血病或淋巴樣惡性病。在一些實施例中，癌症為膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如腎細胞癌(RCC)，例如晚期RCC或轉移性RCC (mRCC))、鱗狀細胞癌(例如上皮鱗狀細胞癌)、肺癌(包括小細胞肺癌(SCLC)、非小細胞肺癌(NSCLC)、肺腺癌及肺鱗狀細胞癌)、腹膜癌、肝細胞癌、胃癌(包括胃腸癌、胰腺癌(例如PDAC)、神經膠質母細胞瘤、子宮頸癌、卵巢癌、肝癌(例如，HCC)、肝細胞瘤、乳癌(包括轉移性乳癌)、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮內膜癌或子宮癌、唾液腺癌、***癌、外陰癌、甲狀腺癌、肝癌、肛門癌、陰莖癌、默克爾細胞癌、蕈樣真菌病、睪丸癌、食管癌、膽道腫瘤、頭頸癌、B細胞淋巴瘤(包括低度/濾泡性非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)；小淋巴細胞性(SL) NHL；中度/濾泡性NHL；中度瀰漫性NHL；高度免疫母細胞性NHL；高度淋巴母細胞性NHL；高度小無裂細胞NHL；大體積疾病NHL；外套細胞淋巴瘤；AIDS相關淋巴瘤；及華氏巨球蛋白血症)；慢性淋巴細胞性白血病(CLL)；急性淋巴母細胞性白血病(ALL)；毛細胞白血病；慢性骨髓母細胞性白血病；以及移植後淋巴增生淋巴增生性病症(PTLD)、與斑痣性錯構瘤病相關之異常血管增生、水腫(諸如與腦瘤相關之水腫)或梅格氏症候群。在一些實施例中，癌症為膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如RCC)、肺癌(例如NSCLC)、肝癌(例如HCC)、卵巢癌或乳癌(例如TNBC)。在較佳實施例中，患者患有膀胱癌(例如UC，例如mUC)。患者可視情況患有晚期、難治性、復發性、化學療法抗性及/或鉑抗性形式之癌症。
在某些實施例中，與第二樣品中生物標記物之存在/不存在及/或表現水準/量相比，第一樣品中生物標記物存在及/或表現水準/量增加或升高。在某些實施例中，與第二樣品中生物標記物之存在及/或表現水準/量相比，第一樣品中生物標記物存在/不存在及/或表現水準/量減少或降低。在某些實施例中，第二樣品為參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織。
在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織為在與獲得測試樣品不同之一或多個時間點獲得之來自同一患者或個體之單一樣品或組合的多種樣品。舉例而言，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織係在較獲得測試樣品更早之時間點自同一患者或個體獲得。若在癌症之初始診斷期間獲得參考樣品，且稍後在癌症轉移時獲得測試樣品，則該參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織可為有用的。
在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織為來自一或多個不為該患者之健康個體之組合的多種樣品。在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織係來自一或多個不為該患者或個體且患有疾病或病症(例如癌症)之個體之組合的多種樣品。在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織為來自正常組織之經彙集之RNA樣品或來自一或多個不為該患者之個體的經彙集之血漿或血清樣品。在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織為來自腫瘤組織之經彙集之RNA樣品或來自一或多個不為該患者且患有疾病或病症(例如癌症)之個體的經彙集之血漿或血清樣品。
G. 例示性治療方法
在用於預防或治療癌症之任何前述方法及用途(例如，如第III部分、A-F子部分中所描述)之實施例中，抗癌療法(例如，包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之抗癌療法)之劑量將取決於如上文所定義之所治療癌症之類型、癌症之嚴重程度及病程、是否出於預防或治療目的投與抗癌療法、先前療法、患者之臨床病史及對藥物之反應及主治醫師之判斷。
在一些實施例中，抗癌療法(例如，包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之抗癌療法)可一次性地或歷經一系列治療適當地投與該患者。視上述因素而定，一個典型日劑量可在約1 μg/kg至100 mg/kg或更高之範圍內。對於幾天或更長時間(視病狀而定)之重複投與，治療通常會持續進行直至疾病症狀出現所需阻抑。此類劑量可間歇性地投與，例如每週或每三週來投與(例如，使得患者接受(例如)約2至約20個劑量或(例如)約6個劑量之抗癌療法)。可初始投與較高之負載劑量，隨後投與一或多個較低之劑量。然而，可使用其他劑量方案。此療法之進展容易藉由習知技術及分析來監測。
舉例而言，作為一般提議，投與人類之免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之治療有效量將在每公斤患者體重約0.01至約50 mg範圍內，無論係藉由一次投與抑或多次投與。在一些實施例中，所用治療劑(例如，抗體)為約0.01 mg/kg至約45 mg/kg、約0.01 mg/kg至約40 mg/kg、約0.01 mg/kg至約35 mg/kg、約0.01 mg/kg至約30 mg/kg、約0.01 mg/kg至約25 mg/kg、約0.01 mg/kg至約20 mg/kg、約0.01 mg/kg至約15 mg/kg、約0.01 mg/kg至約10 mg/kg、約0.01 mg/kg至約5 mg/kg或約0.01 mg/kg至約1 mg/kg，其係(例如)每日、每週、每兩週、每三週或每月來投與。在一些實施例中，抗體係以15 mg/kg來投與。然而，可使用其他劑量方案。在一個實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)係例如在21天週期之第1天(每三週，q3w)以如下劑量投與人類：約50 mg、約100 mg、約200 mg、約300 mg、約400 mg、約420 mg、約500 mg、約525 mg、約600 mg、約700 mg、約800 mg、約840mg、約900 mg、約1000 mg、約1050 mg、約1100 mg、約1200 mg、約1300 mg、約1400 mg、約1500 mg、約1600 mg、約1700 mg或約1800 mg。舉例而言，固定劑量可為大約420 mg、大約525 mg、大約840 mg或大約1050 mg。在一些實施例中，阿替珠單抗係每三週(q3w)以1200 mg靜脈內投與。倘若投與固定劑量，則較佳地該固定劑量在約5 mg至約2000 mg之範圍內。免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之劑量可以單一劑量或多個劑量(例如2、3、4、5、6、7、8、9或10或更多個劑量)來投與。倘若投與一系列劑量，則該等劑量可(例如)大約每週、大約每2週、大約每3週或大約每4週來投與。與單一治療相比，在組合治療中投與之拮抗劑之劑量可能會降低。此療法之進展容易藉由習知技術來監測。
本文所描述之免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及任何其他治療劑可以符合良好醫學實踐之方式來調配、給藥及投與。同樣，阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可以符合良好醫學實踐之方式調配、給藥及投與。在此情況下需要考慮之因素包括所治療之特定病症、所治療之特定哺乳動物、個別患者之臨床狀況、病症之原因、藥劑之遞送位點、投與方法、投與時間表及醫學從業者已知之其他因素。免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)不需要但可視情況與一或多種目前用於預防或治療所論述之病症的藥劑一起調配及/或同時投與。此類其他藥劑之有效量取決於調配物中存在之免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之量、病症或治療之類型以及上文所論述之其他因素。此等藥劑通常以與本文所描述相同之劑量及投與途徑使用，或以約為本文所描述劑量之1%至99%使用，或以任何劑量且藉由經驗/臨床確定適當之任何途徑使用。
在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))係與阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)同時投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)係作為同一調配物之一部分來投與。在其他實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))係與阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)分開投與。
在一些實施例中，任何前述方法可進一步包括投與另一治療劑。在一些實施例中，該另一治療劑係選自由以下各項組成之群：免疫治療劑、細胞毒性劑、生長抑制劑、放射治療劑、抗血管生成劑及其組合。
在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)係與針對活化共刺激分子之促效劑同時投與。在一些實施例中，活化共刺激分子可包括CD40、CD226、CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、HVEM或CD127。在一些實施例中，針對活化共刺激分子之促效劑為結合至CD40、CD226、CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、HVEM或CD127之促效劑抗體。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與針對抑制性共刺激分子之拮抗劑聯合投與。在一些實施例中，抑制性共刺激分子可包括CTLA-4 (亦稱為CD152)、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7-H3、B7-H4、IDO、TIGIT、MICA/B或精胺酸酶。在一些實施例中，針對抑制性共刺激分子之拮抗劑為結合至CTLA-4、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7-H3、B7-H4、IDO、TIGIT、MICA/B或精胺酸酶之拮抗劑抗體。
在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與針對CTLA-4 (亦稱為CD152)之拮抗劑(例如阻斷性抗體)聯合投與。在一些實施例中，免免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與伊匹單抗(亦稱為MDX-010、MDX-101或YERVOY®)聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與曲美目單抗(亦稱為替西木單抗(ticilimumab)或CP-675,206)聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與針對B7-H3 (亦稱為CD276)之拮抗劑(例如阻斷性抗體)聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與MGA271聯合投與。
在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與針對CD137 (亦稱為TNFRSF9、4-1BB或ILA)之促效劑(例如活化抗體)聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與烏瑞魯單抗(urelumab) (亦稱為BMS-663513)聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與針對CD40之促效劑(例如活化抗體)聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與CP-870893聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與針對OX40 (亦稱為CD134)之促效劑(例如活化抗體)聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與抗OX40抗體(例如AgonOX)聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與針對CD27之促效劑(例如活化抗體)聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與CDX-1127聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與針對TIGIT之拮抗劑(例如抗TIGIT抗體)聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與針對吲哚胺-2,3-雙加氧酶(IDO)之拮抗劑聯合投與。在一些實施例中，IDO拮抗劑為1-甲基-D-色胺酸(亦稱為1-D-MT)。
在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與癌症疫苗聯合投與。在一些實施例中，癌症疫苗為肽癌症疫苗，其在一些實施例中為個人化肽疫苗。在一些實施例中，肽癌症疫苗為多價長肽、多肽、肽混合劑、雜交肽或肽脈衝樹突細胞疫苗(參見例如Yamada等人,Cancer Sci. 104:14-21, 2013)。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與佐劑聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與包含TLR促效劑(例如Poly-ICLC (亦稱為HILTONOL®)、LPS、MPL或CpG ODN)之治療聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與腫瘤壞死因子(TNF) α聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與IL-1聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與HMGB1聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與IL-10拮抗劑聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與IL-4拮抗劑聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與IL-13拮抗劑聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與HVEM拮抗劑聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與ICOS促效劑聯合投與，例如藉由投與ICOS-L或針對ICOS之促效劑抗體來達成。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與靶向CX3CL1之治療聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與靶向CXCL9之治療聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與靶向CXCL10之治療聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與靶向CCL5之治療聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與LFA-1或ICAM1促效劑聯合投與。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與選擇素促效劑聯合投與。
因此，化學治療劑(若投與)通常以已知劑量投與，或者由於藥物之組合作用或可歸因於化學治療劑之投與的副作用而視情況降低劑量。此類化學治療劑之製備及給藥時間表可根據製造商之說明來使用，或者如熟習此項技術者根據經驗所確定。倘若化學治療劑為太平洋紫杉醇，則其較佳以介於約130 mg/m2 至200 mg/m2 之間(例如，約175 mg/m2 )之劑量投與，例如每3週一次經3小時來投與。倘若化學治療劑為卡鉑，則其較佳藉由使用卡弗特公式(Calvert formula)計算卡鉑劑量來投與，該卡弗特公式係基於患者預先存在之腎功能或腎功能及所需血小板最低點。腎***為卡鉑之主要消除途徑。與基於體表面積之經驗劑量計算相比，此劑量公式之使用允許補償患者在處理前腎功能方面之差別，否則該等差別可能會導致給藥不足(在超高平均腎功能之患者中)或給藥過量(在腎功能受損之患者中)。使用單劑卡鉑之目標AUC 4-6 mg/mL/min似乎為先前經治療之患者提供最適當的劑量範圍。
除上述治療方案以外，亦可使患者經受腫瘤及/或癌細胞之外科去除。
上述此類組合療法涵蓋組合投與(其中兩種或更多種治療劑包括在相同或單獨的調配物中)，及分開投與，在該情形下，投與免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可在投與該或該等其他治療劑之前、同時及/或之後進行。在一個實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之投與及另一治療劑之投與在彼此約一個月內、或約一週、兩週或三週內、或約一天、兩天、三天、四天、五天或六天內進行。
在免疫療法或阻抑性基質拮抗劑為抗體(例如，抗PD-L1抗體或抗TGF-β抗體)之實施例中，所投與之抗體可為裸抗體。所投與之免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)可與細胞毒性劑結合。較佳地，其所結合之結合物及/或抗原由細胞內化，使得結合物殺死其所結合之癌細胞的治療功效增加。在一較佳實施例中，細胞毒性劑靶向或干擾癌細胞中之核酸。此類細胞毒性劑之實例包括類美登素、卡奇黴素、核糖核酸酶及DNA內核酸酶。
本文所描述之方法中所利用之組合物可藉由任何適宜之方法來投與，包括(例如)靜脈內、肌內、皮下、真皮內、經皮、動脈內、腹膜內、病灶內、顱內、關節內、***內、胸膜內、氣管內、鞘內、鼻內、***內、直腸內、經表面、腫瘤內、經腹膜、結膜下、囊內、經黏膜、心包內、臍內、眼內、眶內、經口、經表面、經皮、玻璃體內(例如，藉由玻璃體內注射)、非經腸、藉由滴眼劑、藉由吸入、藉由注射、藉由植入、藉由輸注、藉由連續輸注、藉由直接局部灌注浸浴目標細胞、藉由導管、藉由灌洗、於乳霜中或於脂質組合物中。本文所描述之方法中所利用之組合物亦可全身或局部來投與。投與方法可視各種因素(例如，所投與之化合物或組合物以及所治療之病狀、疾病或病症之嚴重程度)而變化。在一些實施例中，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)係藉由以下方式來投與：靜脈內、肌內、皮下、經表面、經口、經皮、腹膜內、眶內、藉由移植、藉由吸入、鞘內、心室內或鼻內。在一些實施例中，經口投與多靶向酪胺酸激酶抑制劑。給藥可藉由任何適宜途徑進行，例如藉由注射(例如靜脈內或皮下注射)進行，此部分地取決於投與為短期抑或長期的。本文考慮了各種給藥時間表，包括(但不限於)在各個時間點之單次或多次投與、速注投與及脈衝輸注。
IV. 組合物及醫藥調配物
在一個態樣中，本發明部分地基於以下發現：本發明之生物標記物可用於鑑別可受益於包括免疫療法(包括(但不限於) PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗)及/或阻抑性基質拮抗劑(包括(但不限於) TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)之癌症療法的患有癌症(包括(但不限於)膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體。在一些實施例中，個體不太可能對單獨免疫療法有反應。在另一態樣中，本發明部分地基於以下發現：本發明之生物標記物可用於監測及/或評價利用包括免疫療法(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗)及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)之抗癌療法治療之患有癌症(例如，膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的治療反應。此等藥劑及其組合可例如作為本文(例如在上文第II及III部分中)所描述之任何方法及用途之一部分用於治療癌症。任何適宜之免疫療法及/或阻抑性基質拮抗劑均可用於本文所描述之方法及用途中。下文進一步描述適用於本發明之方法及用途中之非限制性實例。
A. 例示性免疫療法
在本發明之上下文中可使用任何適宜的免疫療法。免疫療法在此項技術中有描述(參見例如Chen等人,Immunity 39:1-10, 2013)。免疫療法可為活化性免疫療法或阻抑性免疫療法。在一些實施例中，活化性免疫療法包括CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1或TLR促效劑。在特定實施例中，促效劑(例如CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMBG1或TLR促效劑)增加、增強或刺激患有癌症之患者的免疫反應或功能。在一些實施例中，促效劑調節配位體(例如，T細胞受體配位體)之表現及/或活性，及/或增加或刺激配位體與其免疫受體之相互作用，及/或增加或刺激由配位體結合至免疫受體介導之細胞內信號傳導。在其他實施例中，阻抑性免疫療法包括PD-L1軸、CTLA-4、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、***素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4或IL-13拮抗劑。在特定實施例中，拮抗劑(例如，PD-L1軸、CTLA-4、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、***素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4或IL-13拮抗劑)為抑制及/或阻斷配位體(例如，T細胞受體配位體)與其免疫受體相互作用之藥劑或者為配位體及/或受體表現之拮抗劑，或者為阻斷由配位體(例如，T細胞受體配位體)與其免疫受體介導之細胞內信號傳導之藥劑。在一些實施例中，免疫療法為免疫檢查點抑制劑。免疫療法抗體可具有單獨或組合之如下文D子部分之第i-vii部分中所描述之任何特徵。
B. 例示性 PD-L1 軸結合拮抗劑
PD-L1軸結合拮抗劑包括PD-1結合拮抗劑、PD-L1結合拮抗劑及PD-L2結合拮抗劑。PD-1 (程式化死亡1)在此項技術中亦稱為「程式化細胞死亡1」、「PDCD1」、「CD279」及「SLEB2」。例示性人類PD-1顯示在UniProtKB/Swiss-Prot登錄號Q15116中。PD-L1 (程式化死亡配位體1)在此項技術中亦稱為「程式化細胞死亡1配位體1」、「PDCD1LG1」、「CD274」、「B7-H」及「PDL1」。例示性人類PD-L1顯示在UniProtKB/Swiss-Prot登錄號Q9NZQ7.1中。PD-L2 (程式化死亡配位體2)在此項技術中亦稱為「程式化細胞死亡1配位體2」、「PDCD1LG2」、「CD273」、「B7-DC」、「Btdc」及「PDL2」。例示性人類PD-L2顯示在UniProtKB/Swiss-Prot登錄號Q9BQ51中。在一些實施例中，PD-1、PD-L1及PD-L2為人類PD-1、PD-L1及PD-L2。在一些情況下，PD-L1軸結合拮抗劑可為PD-1結合拮抗劑、PD-L1結合拮抗劑或PD-L2結合拮抗劑。可明確預期，此類PD-L1軸結合拮抗劑抗體(例如，抗PD-L1抗體、抗PD-1抗體及抗PD-L2抗體)或用於本文所列舉之任何實施例中之本文所描述之其他抗體(例如，偵測PD-L1表現水準之抗PD-L1抗體)可單獨或組合地具有下文D子部分之第i-vii部分中所述之任何特性。
(i) PD-L1 結合拮抗劑
在一些情況下，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與其一或多種配位體結合搭配物之結合。在其他情況下，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與PD-1之結合。在其他情況下，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與B7-1之結合。在一些情況下，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與PD-1及B7-1二者之結合。PD-L1結合拮抗劑可為(但不限於)抗體、其抗原結合片段、免疫黏附素、融合蛋白、寡肽或小分子。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑為抑制PD-L1之小分子。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑為抑制PD-L1及VISTA之小分子。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑為CA-170 (亦稱為AUPM-170)。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑為抑制PDL1及TIM3之小分子。在一些實施例中，該小分子為描述於WO2015/033301及WO2015/033299中之化合物。
在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑為抗PD-L1抗體。本文涵蓋且描述多種抗PD-L1抗體。在本文之任何實施例中，經分離之抗PD-L1抗體可結合至人類PD-L1 (例如顯示於UniProtKB/Swiss-Prot登錄號Q9NZQ7.1中之人類PD-L1)或其變異體。在一些實施例中，抗PD-L1抗體能夠抑制PD-L1與PD-1之間及/或PD-L1與B7-1之間的結合。在一些實施例中，抗PD-L1抗體為單株抗體。在一些實施例中，抗PD-L1抗體為選自由以下各項組成之群的抗體片段：Fab、Fab’-SH、Fv、scFv及(Fab’)2片段。在一些實施例中，抗PD-L1抗體為嵌合抗體或人類化抗體。在一些實施例中，抗PD-L1抗體為人類抗體。可用於本發明方法中之抗PD-L1抗體之實例及其製備方法描述於國際專利申請公開案第WO 2010/077634號及美國專利第8,217,149號，該等專利中之每一者以全文引用之方式併入本文中。
在一些實施例中，抗PD-L1抗體為阿替珠單抗(CAS登記號：1422185-06-5)。阿替珠單抗(Genentech)亦稱為MPDL3280A，其為抗PD-L1抗體。
阿替珠單抗包含：
(a) 分別GFTFSDSWIH (SEQ ID NO：63)、AWISPYGGSTYYADSVKG (SEQ ID NO：64)及RHWPGGFDY (SEQ ID NO：65)之HVR-H1、HVR-H2及HVR-H3序列，以及
(b) 分別RASQDVSTAVA (SEQ ID NO：66)、SASFLYS (SEQ ID NO：67)及QQYLYHPAT (SEQ ID NO：68)之HVR-L1、HVR-L2及HVR-L3序列。
阿替珠單抗包含重鏈及輕鏈序列，其中：
(a) 重鏈可變區序列包含如下胺基酸序列：
(b) 輕鏈可變區序列包含如下胺基酸序列：
在一些情況下，抗PD-L1抗體包含(a) VH結構域，其包含與(SEQ ID NO：69)之序列具有至少95%序列一致性(例如，至少95%、96%、97%、98%或99%序列一致性)之胺基酸序列，或包含(SEQ ID NO：69)之序列；(b) VL結構域，其包含與(SEQ ID NO：70)之序列具有至少95%序列一致性(例如，至少95%、96%、97%、98%或99%序列一致性)之胺基酸序列，或包含(SEQ ID NO：70)之序列；或(c)如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。
阿替珠單抗包含重鏈及輕鏈序列，其中：
(a) 該重鏈包含如下胺基酸序列：
(b) 該輕鏈包含如下胺基酸序列：
在一些實施例中，抗PD-L1抗體為阿維魯單抗(CAS登記號：1537032-82-8)。阿維魯單抗亦稱為MSB0010718C，其為人類單株IgG1抗PD-L1抗體(Merck KGaA，Pfizer)。阿維魯單抗包含重鏈及輕鏈序列，其中：
(a) 該重鏈包含如下胺基酸序列：
(b) 該輕鏈包含如下胺基酸序列：
在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含六個來自SEQ ID NO：73及SEQ ID NO：74之HVR序列(例如，來自SEQ ID NO：73之三個重鏈HVR及來自SEQ ID NO：74之三個輕鏈HVR)。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含來自SEQ ID NO：73之重鏈可變結構域及來自SEQ ID NO：74之輕鏈可變結構域。
在一些實施例中，抗PD-L1抗體為德瓦魯單抗(CAS登記號：1428935-60-7)。德瓦魯單抗亦稱為MEDI4736，其為描述於WO2011/066389及US2013/034559中之Fc最佳化之人類單株IgG1 κ抗PD-L1抗體(MedImmune，AstraZeneca)。德瓦魯單抗包含重鏈及輕鏈序列，其中：
(a) 該重鏈包含如下胺基酸序列：
(b) 該輕鏈包含如下胺基酸序列：
在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含六個來自SEQ ID NO：75及SEQ ID NO：76之HVR序列(例如，來自SEQ ID NO：75之三個重鏈HVR及來自SEQ ID NO：76之三個輕鏈HVR)。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含來自SEQ ID NO：75之重鏈可變結構域及來自SEQ ID NO：76之輕鏈可變結構域。
在一些實施例中，抗PD-L1抗體為MDX-1105 (Bristol Myers Squibb)。MDX-1105亦稱為BMS-936559，其為WO2007/005874中描述之抗PD-L1抗體。
在一些實施例中，抗PD-L1抗體為LY3300054 (Eli Lilly)。
在一些實施例中，抗PD-L1抗體為STI-A1014 (Sorrento)。STI-A1014為人類抗PD-L1抗體。
在一些實施例中，抗PD-L1抗體為KN035 (Suzhou Alphamab)。KN035係自駱駝噬菌體展示文庫產生之單結構域抗體(dAB)。
在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含可裂解部分或連接子，當經裂解(例如，由腫瘤微環境中之蛋白酶裂解)時，該可裂解部分或連接子例如藉由去除非結合空間部分活化抗體之抗原結合結構域，以允許其結合其抗原。在一些實施例中，抗PD-L1抗體為CX-072 (CytomX Therapeutics)。
在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含六個HVR序列(例如，三個重鏈HVR及三個輕鏈HVR)及/或來自描述於以下各項中之抗PD-L1抗體的重鏈可變結構域及輕鏈可變結構域：US20160108123 (受讓於Novartis)、WO2016/000619 (申請人：Beigene)、WO2012/145493 (申請人：Amplimmune)、US9205148 (受讓於MedImmune)、WO2013/181634 (申請人：Sorrento)及WO2016/061142 (申請人：Novartis)。
在一些情況下，抗PD-L1抗體係選自由以下各項組成之群：阿替珠單抗、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736 (德瓦魯單抗)及MSB0010718C (阿維魯單抗)。抗體YW243.55.S70為描述於PCT公開案第WO 2010/077634號中之抗PD-L1。可用於本發明方法之抗PD-L1抗體之其他實例及其製備方法描述於以下各項中：PCT公開案第WO 2010/077634號、第WO 2007/005874號及第WO 2011/066389號以及美國專利第8,217,149號及美國公開案第2013/034559號，該等案件係以引用之方式併入本文中。
在另一特定態樣中，抗PD-L1抗體具有降低或最小之效應子功能。在另一特定態樣中，最小效應子功能由「無效應子Fc突變」或去糖基化突變引起。在另一實施例中，無效應子Fc突變為恆定區中之N297A或D265A/N297A取代。在一些實施例中，經分離之抗PD-L1抗體為去糖基化的。抗體之糖基化通常為N連接或O連接的。N連接係指碳水化合物部分與天冬醯胺殘基側鏈連接。三肽序列天冬醯胺-X-絲胺酸及天冬醯胺-X-蘇胺酸(其中X為除脯胺酸以外之任何胺基酸)為碳水化合物部分與天冬醯胺側鏈之酶連接的識別序列。因此，多肽中存在該等三肽序列中之任一者均可產生潛在糖基化位點。O-連接之糖基化係指糖N-乙醯半乳胺糖、半乳糖或木糖中之一者連接至羥基胺基酸(最常見的為絲胺酸或蘇胺酸)，不過亦可使用5-羥脯胺酸或5-羥離胺酸。自抗體去除糖基化位點可方便地藉由改變胺基酸序列使得去除上述三肽序列中之一者(對於N連接之糖基化位點)來實現。該變化可藉由用另一胺基酸殘基(例如甘胺酸、丙胺酸或保守取代)取代糖基化位點內之天冬醯胺、絲胺酸或蘇胺酸殘基來進行。
(ii) PD-1 結合拮抗劑
在一些情況下，PD-L1軸結合拮抗劑為PD-1結合拮抗劑。舉例而言，在一些情況下，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與其一或多種配位體結合搭配物之結合。在一些情況下，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與PD-L1之結合。在其他情況下，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與PD-L2之結合。在其他情況下，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與PD-L1及PD-L2二者之結合。PD-1結合拮抗劑可為(但不限於)抗體、其抗原結合片段、免疫黏附素、融合蛋白、寡肽或小分子。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑為免疫黏附素(例如，包含融合至恆定區(例如免疫球蛋白序列之Fc區)之PD-L1或PD-L2之細胞外或PD-1結合部分之免疫黏附素。舉例而言，在一些情況下，PD-1結合拮抗劑為Fc融合蛋白。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑為AMP-224。AMP-224亦稱為B7-DCIg，其為描述於WO 2010/027827及WO 2011/066342中之PD-L2-Fc融合可溶性受體。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑為肽或小分子化合物。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑為AUNP-12 (PierreFabre/Aurigene)。參見例如WO2012/168944、WO2015/036927、WO2015/044900、WO2015/033303、WO2013/144704、WO2013/132317及WO2011/161699。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑為抑制PD-1之小分子。
在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑為抗PD-1抗體。多種抗PD-1抗體可用於本文所揭示之方法及用途中。在本文之任何實施例中，PD-1抗體可結合至人類PD-1或其變異體。在一些實施例中，抗PD-1抗體為單株抗體。在一些實施例中，抗PD-1抗體為選自由以下各項組成之群的抗體片段：Fab、Fab’、Fab’-SH、Fv、scFv及(Fab’)2 片段。在一些實施例中，抗PD-1抗體為嵌合抗體或人類化抗體。在其他實施例中，抗PD-1抗體為人類抗體。
在一些實施例中，抗PD-1抗體為尼魯單抗(CAS登記號：946414-94-4)。尼魯單抗(Bristol-Myers Squibb/Ono)亦稱為MDX-1106-04、MDX-1106、ONO-4538、BMS-936558及OPDIVO®，其為描述於WO2006/121168中之抗PD-1抗體。尼魯單抗包含重鏈及輕鏈序列，其中：
(a) 該重鏈包含如下胺基酸序列：

(b) 該輕鏈包含如下胺基酸序列：
在一些實施例中，抗PD-1抗體包含六個來自SEQ ID NO：77及SEQ ID NO：78之HVR序列(例如，來自SEQ ID NO：77之三個重鏈HVR及來自SEQ ID NO：78之三個輕鏈HVR)。在一些實施例中，抗PD-1抗體包含來自SEQ ID NO：77之重鏈可變結構域及來自SEQ ID NO：78之輕鏈可變結構域。
在一些實施例中，抗PD-1抗體為派姆單抗(CAS登記號：1374853-91-4)。派姆單抗(Merck)亦稱為MK-3475、Merck 3475、蘭布魯珠單抗(lambrolizumab)、SCH-900475及KEYTRUDA®，其為描述於WO2009/114335中之抗PD-1抗體。派姆單抗包含重鏈及輕鏈序列，其中：
(a) 該重鏈包含如下胺基酸序列：

(b) 該輕鏈包含如下胺基酸序列：
在一些實施例中，抗PD-1抗體包含六個來自SEQ ID NO：79及SEQ ID NO：80之HVR序列(例如，來自SEQ ID NO：79之三個重鏈HVR及來自SEQ ID NO：80之三個輕鏈HVR)。在一些實施例中，抗PD-1抗體包含來自SEQ ID NO：79之重鏈可變結構域及來自SEQ ID NO：80之輕鏈可變結構域。
在一些實施例中，抗PD-1抗體為MEDI-0680 (AMP-514；AstraZeneca)。MEDI-0680為人類化IgG4抗PD-1抗體。
在一些實施例中，抗PD-1抗體為PDR001 (CAS登記號1859072-53-9；Novartis)。PDR001為人類化IgG4抗PD-1抗體，其阻斷PD-L1及PD-L2與PD-1之結合。
在一些實施例中，抗PD-1抗體為REGN2810 (Regeneron)。REGN2810為人類抗PD-1抗體。
在一些實施例中，抗PD-1抗體為BGB-108 (BeiGene)。在一些實施例中，抗PD-1抗體為BGB-A317 (BeiGene)。
在一些實施例中，抗PD-1抗體為JS-001 (Shanghai Junshi)。JS-001為人類化抗PD-1抗體。
在一些實施例中，抗PD-1抗體為STI-A1110 (Sorrento)。STI-A1110為人類抗PD-1抗體。
在一些實施例中，抗PD-1抗體為INCSHR-1210 (Incyte)。INCSHR-1210為人類IgG4抗PD-1抗體。
在一些實施例中，抗PD-1抗體為PF-06801591 (Pfizer)。
在一些實施例中，抗PD-1抗體為TSR-042 (亦稱為ANB011；Tesaro/AnaptysBio)。
在一些實施例中，抗PD-1抗體為AM0001 (ARMO Biosciences)。
在一些實施例中，抗PD-1抗體為ENUM 244C8 (Enumeral Biomedical Holdings)。ENUM 244C8為抗PD-1抗體，其抑制PD-1功能而不阻斷PD-L1與PD-1之結合。
在一些實施例中，抗PD-1抗體為ENUM 388D4 (Enumeral Biomedical Holdings)。ENUM 388D4為抗PD-1抗體，其競爭性地抑制PD-L1與PD-1之結合。
在一些實施例中，抗PD-1抗體包含六個HVR序列(例如，三個重鏈HVR及三個輕鏈HVR)及/或來自描述於以下各項中之抗PD-1抗體之重鏈可變結構域及輕鏈可變結構域：WO2015/112800 (申請人：Regeneron)、WO2015/112805 (申請人：Regeneron)、WO2015/112900 (申請人：Novartis)、US20150210769 (受讓於Novartis)、WO2016/089873 (申請人：Celgene)、WO2015/035606 (申請人：Beigene)、WO2015/085847 (申請人：Shanghai Hengrui Pharmaceutical/Jiangsu Hengrui Medicine)、WO2014/206107 (申請人：Shanghai Junshi Biosciences/Junmeng Biosciences)、WO2012/145493 (申請人：Amplimmune)、US9205148 (受讓於MedImmune)、WO2015/119930 (申請人：Pfizer/Merck)、WO2015/119923 (申請人：Pfizer/Merck)、WO2016/032927 (申請人：Pfizer/Merck)、WO2014/179664 (申請人：AnaptysBio)、WO2016/106160 (申請人：Enumeral)及WO2014/194302 (申請人：Sorrento)。
在另一實施例中，提供一種經分離之抗PD-1抗體，其包含重鏈可變區，其包含SEQ ID NO：61之重鏈可變區胺基酸序列；及/或輕鏈可變區，其包含SEQ ID NO：62之輕鏈可變區胺基酸序列。
在另一實施例中，提供一種包含重鏈及/或輕鏈序列之經分離抗PD-1抗體，其中：
(a) 該重鏈序列與如下重鏈序列具有至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%之序列一致性：

(b) 該輕鏈序列與如下輕鏈序列具有至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%之序列一致性：
在另一特定態樣中，抗PD-1抗體具有降低或最小之效應子功能。在另一特定態樣中，最小效應子功能由「無效應子Fc突變」或去糖基化突變引起。在另一實施例中，無效應子Fc突變為恆定區中之N297A或D265A/N297A取代。在一些實施例中，經分離之抗PD-1抗體為去糖基化的。自抗體去除糖基化位點可方便地藉由改變胺基酸序列使得去除上述三肽序列中之一者(對於N連接之糖基化位點)來實現。該變化可藉由用另一胺基酸殘基(例如甘胺酸、丙胺酸或保守取代)取代糖基化位點內之天冬醯胺、絲胺酸或蘇胺酸殘基來進行。
(iii) PD-L2 結合拮抗劑
在一些實施例中，PD-L2結合拮抗劑為抑制PD-L2與其配位體結合搭配物之結合的分子。在一特定態樣中，PD-L2結合配位體搭配物為PD-1。PD-L2結合拮抗劑可為(但不限於)抗體、其抗原結合片段、免疫黏附素、融合蛋白、寡肽或小分子。
在一些實施例中，PD-L2結合拮抗劑為抗PD-L2抗體。在本文之任何實施例中，PD-L2抗體可結合至人類PD-L2或其變異體。在一些實施例中，抗PD-L2抗體為單株抗體。在一些實施例中，抗PD-L2抗體為選自由以下各項組成之群的抗體片段：Fab、Fab’、Fab’-SH、Fv、scFv及(Fab’)2 片段。在一些實施例中，抗PD-L2抗體為嵌合抗體或人類化抗體。在其他實施例中，抗PD-L2抗體為人類抗體。在另一特定態樣中，抗PD-L2抗體具有降低或最小之效應子功能。在另一特定態樣中，最小效應子功能由「無效應子Fc突變」或去糖基化突變引起。在另一實施例中，無效應子Fc突變為恆定區中之N297A或D265A/N297A取代。在一些實施例中，經分離之抗PD-L2抗體為去糖基化的。
C. 例示性阻抑性基質拮抗劑
任何適宜之阻抑性基質拮抗劑均可用於本發明之上下文中。基質基因拮抗劑之靶標為此項技術中已知的；參見例如Turley等人,Nature Reviews Immunology 15:669-682, 2015及Rosenbloom等人,Biochimica et Biophysica Acta 1832:1088-1103, 2013。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向TGF-β (例如，TGF-β1及TGF-β2)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向表面醣蛋白，包括(但不限於)內皮醣蛋白(CD105)、3G5抗原、FAP、CSPG4 (NG2)及/或平足蛋白(GP38)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向黏附分子，包括(但不限於) PECAM (CD31)、VCAM (CD106)、ICAM1 (CD54)、THY1 (CD90)及/或β1整聯蛋白(CD29)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向生長因子受體，包括(但不限於) VEGFR1 (FLT1)、VEGFR2 (KDR)、VEGFR3 (FLT4)、PDGFRα (CD140α)及/或PDGFRβ (CD140β)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向細胞內結構蛋白，包括(但不限於)波形蛋白、αSMA (ACTA2)及/或肌間線蛋白。阻抑性基質拮抗劑之其他靶標包括(但不限於) 5NT (CD73或NT5E) RGS3、內皮唾酸蛋白(CD248)及FSP1 (S100A4)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向癌症相關纖維母細胞相關多肽。癌症相關纖維母細胞相關多肽之實例包括(但不限於)內皮醣蛋白(CD105)、FAP、平足蛋白、VCAM1、THY1、β1整聯蛋白、PDGFRα、PDGFRβ、波形蛋白、αSMA、肌間線蛋白、內皮唾酸蛋白及/或FSP1。
在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向TGF-β表現及活化。實例包括吡非尼酮、αvβ6抗體、ATI及ATII受體阻斷劑、ACE抑制劑、CAT-192 (抗TGF-β1單株抗體)及小窩蛋白支架結構域(CSD)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向TGF-β信號傳導路徑，包括經典信號傳導路徑TBR1 (例示性抑制劑為SM305)及SMAD3 (例示性抑制劑為SIS3)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向TGF-β信號傳導路徑，包括非經典信號傳導路徑，包括c-Abl (例示性抑制劑為甲磺酸伊馬替尼)、PDGFR (例示性抑制劑為達沙替尼)、c-kit (例示性抑制劑為尼羅替尼)及PKC-δ (例示性抑制劑包括小特異性多肽及羅特林(rottlerin)衍生物)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向CTGF (例示性抑制劑包括單株CTGF抗體)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向纖維細胞歸巢(包括CXCL12 (例示性抑制劑包括CXCL12抗體)、CXCR4 (例示性抑制劑包括AMD3100)及CCR2 (例示性抑制劑包括PF-04136309))之抑制。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向Src (例示性抑制劑包括達沙替尼及SU6656)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向VEGFR (例示性抑制劑包括尼達尼布及BIBF1120)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向FGFR (例示性抑制劑包括索拉菲尼)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向IL-13 (例示性抑制劑包括針對IL-13之人類化單株抗體)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向IL-6受體(例示性抑制劑包括托珠單抗)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向TLR (例示性抑制劑包括TLR抑制劑E5564、TAK-242)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向Nox4 (ROS) (例示性抑制劑包括GKT136901)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑靶向ET-1 (例示性抑制劑包括波生坦(Bosentan)及其他ET受體阻斷劑)。在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑為TGF-β、PDPN、LAIR-1、SMAD、ALK、結締組織生長因子(CTGF/CCN2)、內皮素-1 (ET-1)、AP-1、IL-13、PDGF、LOXL2、內皮醣蛋白(CD105)、FAP、平足蛋白(GP38)、VCAM1 (CD106)、THY1、β1整聯蛋白(CD29)、PDGFRα (CD140α)、PDGFRβ (CD140β)、波形蛋白、αSMA (ACTA2)、肌間線蛋白、內皮唾酸蛋白(CD248)或FSP1 (S100A4)拮抗劑。
在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑為吡非尼酮、高倫替布、達沙替尼、尼達尼布、尼羅替尼、羅特林及衍生物或索拉菲尼。
在一些實施例中，阻抑性基質拮抗劑為TGF-β拮抗劑。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑抑制TGF-β與其配位體結合搭配物之結合。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑抑制TGF-β與TGF-β細胞受體之結合。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑抑制TGF-β之活化。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑靶向TGF-β1。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑靶向TGF-β2。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑靶向TGF-β3。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑靶向TGF-β受體1。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑靶向TGF-β1、TGF-β2或TGF-β3中之一或多者。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑靶向TGF-β受體2。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑靶向TGF-β受體3。在一些實施例中，TGF-β拮抗劑靶向TGF-β受體1、TGF-β受體2或TGF-β受體3中之一或多者。
在一些實施例中，TGF-β拮抗劑為抗TGF-β抗體。在一些實施例中，抗TGF-β抗體能夠抑制抗TGF-β與其一或多個配位體之間的結合。在一些實施例中，抗TGF-β抗體能夠抑制TGF-β之活化。在一些實施例中，抗TGF-β抗體為單株抗體。在一些實施例中，抗TGF-β抗體為選自由以下各項組成之群的抗體片段：Fab、Fab'-SH、Fv、scFv及(Fab’)2 片段。在一些實施例中，抗TGF-β抗體為人類化抗體。在一些實施例中，抗TGF-β抗體為人類抗體。在一些實施例中，抗TGF-β抗體抑制TGF-β1、TGF-β2及/或TGF-β3。在一些實施例中，抗TGF-β抗體抑制TGF-β1、TGF-β2及TGF-β3。在一些實施例中，抗TGF-β抗體為泛特異性抗TGF-β抗體。在一些實施例中，抗TGF-β抗體可為揭示於以下各項中之任何抗TGF-β抗體：例如美國專利第5,571,714號或國際專利申請案第WO 92/00330號、第WO 92/08480號、第WO 95/26203號、第WO 97/13844號、第WO 00/066631號、第WO 05/097832號、第WO 06/086469號、第WO 05/010049號、第WO 06/116002號、第WO 07/076391號、第WO 12/167143號、第WO 13/134365號、第WO 14/164709號或第WO 16/201282號，該等案件中之每一者以全文引用之方式併入本文中。在特定實施例中，抗TGF-β抗體為夫蘇木單抗、美替木單抗、樂德木單抗、1D11、2G7或其衍生物。可明確預期，用於本文所列舉之任何實施例中之此類阻抑性基質拮抗劑抗體(例如，抗TGF-β抗體)可單獨或組合地具有下文D子部分之第i-vii部分中所描述之任何特徵。
在一些實施例中，用阻抑性基質拮抗劑治療允許增加組織中之免疫細胞浸潤。不受理論限制，阻抑性基質拮抗劑調節目標組織中之基質，以有利於免疫細胞浸潤至目標組織。舉例而言，用阻抑性基質拮抗劑治療表現本文所述生物標記物之纖維變性腫瘤可調節腫瘤內及腫瘤周圍之基質，以允許免疫細胞浸潤(例如，藉由免疫療法來調節)至腫瘤。在一些實施例中，免疫細胞浸潤增加為T細胞、B細胞、巨噬細胞或樹突細胞中之一或多者之之浸潤增加。在一些實施例中，T細胞為CD8+ T細胞及/或Teff細胞。在一些實施例中，在用阻抑性基質拮抗劑治療之前，個體對免疫療法具有抗性。在一些實施例中，個體已投與單一療法免疫療法。
D. 抗體
i. 抗體親和力
在某些實施例中，本文提供之抗體(例如，抗PD-L1抗體、抗PD-1抗體或抗TGF-β抗體)之解離常數(Kd) ≤ 1μM、≤ 100 nM、≤ 10 nM、≤ 1 nM、≤ 0.1 nM、≤ 0.01 nM或≤ 0.001 nM (例如為10-8 M或更小，例如，10-8 M至10-13 M，例如10-9 M至10-13 M)。
在一個實施例中，Kd係藉由放射標記之抗原結合分析(RIA)來量測。在一個實施例中，RIA係用相關抗體之Fab型式及其抗原來實施。舉例而言，Fab對抗原之溶液結合親和力係如下量測：在滴定系列之未標記抗原存在下，用最小濃度之(125 I)標記抗原平衡Fab，然後用抗Fab抗體塗佈之板捕獲結合之抗原(參見例如Chen等人,J. Mol. Biol. 293:865-881, 1999)。為建立分析條件，將MICROTITER®多孔板(Thermo Scientific)在50 mM碳酸鈉(pH 9.6)中用5 μg/ml捕獲抗Fab抗體(Cappel Labs)塗佈隔夜，且隨後在室溫(大約23℃)下在PBS中用2% (w/v)牛血清白蛋白阻斷2至5小時。在非吸附板(Nunc #269620)中，將100 pM或26 pM [125 I]-抗原與相關Fab之連續稀釋液混合(例如，與Presta等人,Cancer Res. 57:4593-4599, 1997中之抗VEGF抗體Fab-12之評價一致)。然後將相關Fab培育隔夜；然而，培育可持續更長時間(例如，約65小時)，以確保達至平衡。此後，將混合物轉移至捕獲板中以在室溫下培育(例如，1小時)。然後去除溶液，且用含0.1%聚山梨醇酯20 (TWEEN-20®)之PBS將板洗滌八次。當板已乾燥之後，添加每孔150 μl之閃爍劑(MICROSCINT-20™；Packard)，且將板在TOPCOUNT™ γ計數器(Packard)上計數十分鐘。選擇給出小於或等於最大結合之20%的各Fab之濃度，用於競爭性結合分析。
根據另一實施例，使用BIACORE®表面電漿子共振分析來量測Kd。舉例而言，在25℃下用約10個反應單位(RU)之經固定抗原CM5晶片實施使用BIACORE®-2000或BIACORE®-3000 (BIAcore, Inc., Piscataway, NJ)之分析。在一個實施例中，根據供應商之說明書，用N -乙基-N’ -(3-二甲基胺丙基)-碳二亞胺鹽酸鹽(EDC)及N -羥基琥珀醯亞胺(NHS)活化羧甲基化葡聚糖生物感測器晶片(CM5, BIACORE, Inc.)。用10 mM乙酸鈉(pH 4.8)將抗原稀釋至5 μg/ml (約0.2 μM)，然後以每分鐘5 μl之流速注射，以達成約10個反應單位(RU)之結合蛋白。在注射抗原之後，注射1 M乙醇胺以阻斷未反應之基團。對於動力學量測，在25℃下在具有0.05%聚山梨醇酯20 (TWEEN-20™)表面活性劑之PBS (PBST)中以約25 μl/min之流速注射Fab之兩倍連續稀釋液(0.78 nM至500 nM)。使用簡單一對一朗謬結合模型(simple one-to-one Langmuir binding model) (BIACORE®評估軟體3.2版)藉由同時擬合締合及解離感測圖來計算締合速率(k締合 )及解離速率(k解離 )。平衡離解常數(Kd)計算為k解離 /k締合 之比值。參見例如Chen等人, (J. Mol. Biol. 293:865-881, 1999)。若藉由上述表面電漿子共振分析，締合速率超過106 M-1 s-1 ，則可藉由使用螢光淬滅技術來測定締合速率，螢光淬滅技術在增加濃度之抗原(如在光譜儀(諸如配備斷流裝置之分光光度計(Aviv Instruments)或帶有攪拌比色管之8000系列SLM-AMINCO™分光光度計(ThermoSpectronic)中所量測)存在下在25℃下量測於PBS (pH 7.2)中之20 nM抗抗原抗體(Fab形式)之螢光發射強度之增加或減少(激發= 295 nm；發射= 340 nm，16 nm帶通)。
ii. 抗體片段
在某些實施例中，本文提供之抗體(例如，抗PD-L1抗體、抗PD-1抗體或抗TGF-β抗體)為抗體片段。抗體片段包括(但不限於) Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2 、Fv及scFv片段，以及下文所描述之其他片段。對於某些抗體片段之綜述，參見Hudson等人(Nat. Med. 9:129-134, 2003)。對於scFv片段之綜述，參見例如Pluckthün,The Pharmacology of Monoclonal Antibodies ，第113卷，Rosenburg及Moore編，(Springer-Verlag, New York)，第269-315頁(1994)。亦參見WO 93/16185；及美國專利第5,571,894號及第5,587,458號。對於包含補救受體結合抗原決定基殘基且具有增加之活體內半衰期之Fab及F(ab’)2 片段之論述，參見美國專利第5,869,046號。
雙功能抗體為具有兩個抗原結合位點之抗體片段，其可能為二價或雙特異性的。參見例如EP 404,097、WO 1993/01161、Hudson等人,Nat. Med. 9:129-134, 2003及Hollinger等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448, 1993。Hudson等人, (Nat. Med. 9:129-134, 2003)中亦描述了三功能抗體及四功能抗體。
單結構域抗體為包含抗體之重鏈可變結構域之全部或一部分或輕鏈可變結構域之全部或一部分的抗體片段。在某些實施例中，單結構域抗體為人類單結構域抗體(Domantis, Inc., Waltham, MA；參見例如美國專利第6,248,516 B1號)。
抗體片段可藉由各種技術來製備，包括(但不限於)完整抗體之蛋白水解消化以及根據已知方法由重組宿主細胞(例如大腸桿菌(E. coli )或噬菌體)產生。
iii. 嵌合及人類化抗體
在某些實施例中，本文提供之抗體(例如，抗PD-L1抗體、抗PD-1抗體或抗TGF-β抗體)為嵌合抗體。某些嵌合抗體描述於(例如)美國專利第4,816,567號及Morrison等人, (Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 81:6851-6855, 1984)中。在一個實例中，嵌合抗體包含非人類可變區(例如，源自小鼠、大鼠、倉鼠、兔或非人類靈長類動物(諸如猴)之可變區)及人類恆定區。在另一實例中，嵌合抗體為「種類切換」抗體，其中種類或亞類已相較於親代抗體有所改變。嵌合抗體包括其抗原結合片段。
在某些實施例中，嵌合抗體為人類化抗體。通常，非人類抗體經人類化以降低對人類之免疫原性，同時保持親代非人類抗體之特異性及親和力。通常，人類化抗體包含一或多個可變結構域，其中HVR (例如CDR) (或其部分)係源自非人類抗體，且FR (或其部分)係源自人類抗體序列。人類化抗體視情況亦將包含人類恆定區之至少一部分。在一些實施例中，人類化抗體中之一些FR殘基經非人類抗體(例如，產生HVR殘基之抗體)之相應殘基取代以(例如)恢復或改良抗體特異性或親和力。
人類化抗體及其製備方法綜述於(例如) Almagro及Fransson, (Front. Biosci. 13:1619-1633, 2008)中，且進一步描述於例如以下各項中：Riechmann等人(Nature 332:323-329, 1988)；Queen等人(Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:10029-10033, 1989)；美國專利第5, 821,337號、第7,527,791號、第6,982,321號及第7,087,409號；Kashmiri等人(Methods 36:25-34, 2005) (描述特異性決定區(SDR)移植)；Padlan, (Mol. Immunol. 28:489-498, 1991) (描述「表面重修」)；Dall’Acqua等人(Methods 36:43-60, 2005) (描述「FR改組」)；Osbourn等人(Methods 36:61-68, 2005)及Klimka等人(Br. J. Cancer , 83:252-260, 2000) (描述FR改組之「導向選擇」方法)。
可用於人類化之人類構架區包括(但不限於)：使用「最佳擬合」方法選擇之構架區(參見例如Sims等人,J. Immunol. 151:2296, 1993)；源自特定輕鏈或重鏈可變區子組之人類抗體之一致序列的構架區(參見例如Carter等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 89:4285, 1992；及Presta等人,J. Immunol. , 151:2623, 1993)；人類成熟(體細胞突變)構架區或人類生殖系構架區(參見例如Almagro及Fransson,Front. Biosci. 13:1619-1633, 2008)；及源自篩選FR文庫之構架區(參見例如J. Biol. Chem. 272:10678-10684, 1997及Rosok等人,J. Biol. Chem. 271:22611-22618, 1996)。
iv. 人類抗體
在某些實施例中，本文提供之抗體(例如，抗PD-L1抗體、抗PD-1抗體或抗TGF-β抗體)為人類抗體。人類抗體可使用此項技術中已知之各種技術產生。人類抗體大體描述於van Dijk及van de Winkel, (Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74, 2001)及Lonberg, (Curr. Opin. Immunol. 20:450-459, 2008)中。
人類抗體可藉由響應於抗原攻擊向已經修飾以產生完整人類抗體或具有人類可變區之完整抗體之基因轉殖動物投與免疫原來製備。此類動物通常含有人類免疫球蛋白基因座之全部或一部分，該等基因座替代內源性免疫球蛋白基因座，或其以染色體外方式存在或隨機整合至動物染色體中。在此類基因轉殖小鼠中，內源性免疫球蛋白基因座通常已去活化。關於自基因轉殖動物獲得人類抗體之方法的綜述，參見Lonberg，(Nat. Biotech. 23:1117-1125, 2005)。亦參見(例如)美國專利第6,075,181號及第6,150,584號，其描述XENOMOUSETM 技術；美國專利第5,770,429號，其描述HUMAB®技術；美國專利第7,041,870號，其描述K-M MOUSE®技術，及美國專利申請公開案第US 2007/0061900號，其描述VELOCIMOUSE®技術)。來自由此類動物產生之完整抗體的人類可變區可例如藉由與不同人類恆定區組合而進一步修飾。
人類抗體亦可藉由基於雜交瘤之方法來製備。已描述了用於產生人類單株抗體之人類骨髓瘤及小鼠-人類異源骨髓瘤細胞株。參見例如Kozbor, (J. Immunol. 133: 3001, 1984)；Brodeur等人, (Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications ，第51-63頁, Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)；及Boerner等人, (J. Immunol ., 147: 86, 1991)。經由人類B細胞雜交瘤技術產生之人類抗體亦描述於Li等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 103:3557-3562, 2006中。其他方法包括(例如)美國專利第7,189,826號(描述自雜交瘤細胞株產生單株人IgM抗體)及Ni, (Xiandai Mianyixue , 26(4):265-268, 2006) (描述人類-人類雜交瘤)中所描述之彼等方法。人類雜交瘤技術(三源雜交瘤技術)亦描述於Vollmers及Brandlein, (Histology and Histopathology , 20(3):927-937, 2005)以及Vollmers及Brandlein, (Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology , 27(3):185-91, 2005)中。
人類抗體亦可藉由分離選自人源噬菌體展示文庫之Fv純系可變結構域序列而產生。此類可變結構域序列然後可與所需人類恆定結構域組合。下文描述自抗體文庫選擇人類抗體之技術。
v. 文庫衍生之抗體
可藉由篩選組合庫中具有所需活性之抗體來分離抗體(例如，抗PD-L1抗體及抗PD-1抗體或抗TGF-β抗體)。舉例而言，此項技術中已知多種用於產生噬菌體展示文庫及篩選此類文庫中具有所需結合特徵之抗體的方法。此類方法綜述於(例如) Hoogenboom等人, (Methods in Molecular Biology 178:1-37、O’Brien等人編, Human Press, Totowa, NJ, 2001)中且進一步描述於例如以下各項中：McCafferty等人, (Nature 348:552-554, 1990)；Clackson等人, (Nature 352: 624-628, 1991)；Marks等人, (J. Mol. Biol. 222: 581-597, 1992)；Marks及Bradbury, (Methods in Molecular Biology 248:161-175, Lo編, Human Press, Totowa, NJ, 2003)；Sidhu等人, (J. Mol. Biol. 338(2): 299-310, 2004)；Lee等人, (J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093, 2004)；Fellouse, (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472, 2004)；及Lee等人, (J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132, 2004)。
在某些噬菌體展示方法中，藉由聚合酶鏈反應(PCR)分開選殖VH及VL基因庫，且在噬菌體文庫中進行隨機重組，然後可如Winter等人, (Ann. Rev. Immunol. , 12: 433-455, 1994)中所描述篩選抗原結合噬菌體。噬菌體通常以單鏈Fv (scFv)片段或Fab片段之形式展示抗體片段。來自經免疫來源之文庫在無需構築雜交瘤之情況下為免疫原提供高親和力抗體。或者，可選殖(例如，來自人類)原初文庫，以如Griffiths等人, (EMBO J, 12: 725-734, 1993)所描述在未經任何免疫之情況下為眾多非自身抗原及自身抗原提供單一抗體來源。最後，亦可如Hoogenboom及Winter, (J. Mol. Biol. , 227: 381-388, 1992)所描述如下來合成製備原初文庫：自幹細胞選殖未重排之V基因區段，且使用含有隨機序列之PCR引物來編碼高度可變之CDR3區並在活體外完成重排。描述人類抗體噬菌體文庫之專利公開案包括例如：美國專利第5,750,373號及美國專利公開案第2005/0079574號、第2005/0119455號、第2005/0266000號、第2007/0117126號、第2007/0160598號、第2007/0237764號、第2007/0292936號及第2009/0002360號。
自人類抗體文庫分離之抗體或抗體片段在本文中被視為人類抗體或人類抗體片段。
vi. 多特異性抗體
在上述任何態樣中，本文提供之抗體(例如，抗PD-L1抗體、抗PD-1抗體或抗TGF-β抗體)可為多特異性抗體，例如，雙特異性抗體。多特異性抗體為對至少兩個不同位點具有結合特異性之單株抗體。在某些實施例中，本文提供之抗體為多特異性抗體，例如雙特異性抗體。在某些實施例中，一種結合特異性係針對PD-L1，且另一種係針對任何其他抗原。在某些實施例中，一種結合特異性針對TGF-β，且另一種係針對任何其他抗原。在某些實施例中，雙特異性抗體可結合至PD-L1之兩個不同抗原決定基。在某些實施例中，雙特異性抗體可結合至TGF-β之兩個不同抗原決定基。雙特異性抗體亦可用於將細胞毒性劑定位至表現PD-L1或TGF-β之細胞。雙特異性抗體可經製備為全長抗體或抗體片段。
製備多特異性抗體之技術包括(但不限於)具有不同特異性之兩種免疫球蛋白重鏈-輕鏈對之重組共表現(參見Milstein及Cuello，Nature 305: 537, 1983)、WO 93/08829及Traunecker等人,EMBO J. 10: 3655, 1991)及「杵入臼」工程改造(參見例如美國專利第5,731,168號)。多特異性抗體亦可如下製備：藉由工程改造靜電轉向效應來製備抗體Fc-異二聚體分子(參見例如WO 2009/089004A1)；使兩種或更多種抗體或片段交聯(參見例如美國專利第4,676,980號及Brennan等人,Science 229: 81, 1985)；使用白胺酸拉鏈產生雙特異性抗體(參見例如Kostelny等人,J. Immunol. 148(5): 1547-1553, 1992)；使用「雙功能抗體」技術來製備雙特異性抗體片段(參見例如，Hollinger等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448, 1993)；及使用單鏈Fv (sFv)二聚體(參見例如Gruber等人,J. Immunol. 152:5368, 1994)；及如(例如)Tutt等人,J. Immunol. 147: 60, 1991)中所描述製備三特異性抗體。
本文亦包括具有三個或更多個功能性抗原結合位點之經工程改造之抗體(包括「章魚抗體(Octopus antibody)」) (參見例如US 2006/0025576A1)。
本文中之抗體或片段包括「雙作用FAb」或「DAF」，其包含結合至PD-L1及另一不同抗原之抗原結合位點。本文之抗體或片段亦包括DAF，其包含結合至VEGF及另一不同抗原之抗原結合位點。
vii. 抗體變異體
在某些實施例中，涵蓋抗體變異體(例如，抗PD-L1抗體、抗PD-1抗體及抗TGF-β抗體)之胺基酸序列。舉例而言，可能需要改良抗體之結合親和力及/或其他生物特性。抗體之胺基酸序列變異體可藉由在編碼抗體之核苷酸序列中引入適當修飾或藉由肽合成來製備。此類修飾包括(例如)自抗體之胺基酸序列缺失及/或***至抗體之胺基酸序列中及/或在抗體之胺基酸序列內取代殘基。缺失、***及取代之任何組合均可得到最終構築體，前提條件為最終構築體具有所需特徵，例如抗原結合。
a. 取代、***及缺失變異體
在某些實施例中，提供具有一或多個胺基酸取代之抗體變異體。用於取代誘變之相關位點包括HVR及FR。保守取代顯示於表6中之「較佳取代」標題下。更實質性之變化提供於表6中之「例示性取代」標題下，且如下文參考胺基酸側鏈類別進一步描述。可將胺基酸取代引入相關抗體中，並篩選產物中具有所需活性，例如保留/改良之抗原結合、減少之免疫原性或改良之ADCC或CDC的產物。
表 6 ：例示性及較佳胺基酸取代
可根據常見側鏈特性對胺基酸進行分組：
(1) 疏水性：正白胺酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile；
(2) 中性親水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln；
(3) 酸性：Asp、Glu；
(4) 鹼性：His、Lys、Arg；
(5) 影響鏈取向之殘基：Gly、Pro；
(6) 芳族：Trp、Tyr、Phe。
非保守取代將需要將此等種類中之一者的成員換成另一種類。
一種類型之取代變異體涉及取代親代抗體(例如人類化抗體或人類抗體)之一或多個高度變異區殘基。通常，選擇用於進一步研究之所得變異體將相對於親代抗體具有某些生物特性之改變(例如，改良) (例如，增加之親和力及/或降低之免疫原性)及/或將實質上保留親代抗體之某些生物特性。例示性取代變異體為親和力成熟抗體，其可使用(例如)基於噬菌體展示之親和力成熟技術(諸如本文所描述之彼等親和力成熟技術)方便地產生。簡而言之，使一或多個HVR殘基突變，且在噬菌體上展示變異體抗體，並針對特定生物活性(例如結合親和力)進行篩選。
可在HVR中進行改變(例如取代)以(例如)改良抗體親和力。此類改變可在HVR 「熱點」 (亦即體細胞成熟過程期間由經歷高頻突變之密碼子編碼之殘基(參見例如Chowdhury,Methods Mol. Biol. 207:179-196, 2008)及/或接觸抗原之殘基)中進行，並且測試所得變異體VH或VL之結合親和力。藉由構築二級文庫且自二級文庫重新選擇之親和力成熟已描述於(例如) Hoogenboom等人,Methods in Molecular Biology 178:1-37, O’Brien等人編，Human Press, Totowa, NJ, 2001)中。在親和力成熟之一些實施例中，藉由多種方法(例如易錯PCR、鏈改組或寡核苷酸導向誘變)中之任一者將多樣性引入選擇用於成熟之可變基因中。然後形成二級文庫。然後篩選該文庫以鑑別任何具有所需親和力之抗體變異體。引入多樣性之另一方法涉及HVR導向之方法，其中若干HVR殘基(例如，一次4-6個殘基)經隨機化。參與抗原結合之HVR殘基可使用(例如)丙胺酸掃描誘變或模型化來特異性地鑑別。特定而言，經常靶向CDR-H3及CDR-L3。
在某些實施例中，取代、***或缺失可發生在一或多個HVR內，只要此類改變不會實質上降低抗體結合抗原之能力即可。舉例而言，可在HVR中進行保守改變(例如，本文提供之保守取代)，該等保守改變不會實質上降低結合親和力。舉例而言，此類改變可能在HVR中之抗原接觸殘基外部。在上文提供之變異體VH及VL序列之某些實施例中，各HVR未改變或含有不超過一個、兩個或三個胺基酸取代。
可用於鑑別抗體中可為誘變所靶向之殘基或區的方法如Cunningham及Wells (Science , 244:1081-1085, 1989)中所描述稱為「丙胺酸掃描誘變」。在此方法中，鑑別一個殘基或一組目標殘基(例如帶電荷之殘基，諸如Arg、Asp、His、Lys及Glu)，並用中性或帶負電荷之胺基酸(例如丙胺酸或聚丙胺酸)置換，以確定抗體與抗原之相互作用是否受到影響。可在對初始取代展示功能敏感性之胺基酸位置引入其他取代。或者或另外，抗原-抗體複合物之晶體結構以鑑別抗體與抗原之間的接觸點。此類接觸殘基及相鄰殘基可作為取代之候選者而被靶向或消除。可對變異體進行篩選以確定其是否含有所需特性。
胺基酸序列***包括長度在一個殘基至含有一百個或更多個殘基之多肽範圍內之胺基及/或羧基末端融合，以及單一或多個胺基酸殘基之序列內***。末端***之實例包括具有N末端甲硫胺醯基殘基之抗體。抗體分子之其他***變異體包括抗體之N末端或C末端與酶(例如，對於ADEPT)或多肽之融合，此增加抗體之血清半衰期。
b. 糖基化變異體
在某些實施例中，可改變本發明之抗體以增加或減少抗體糖基化之程度。本發明抗體之糖基化位點之添加或缺失可藉由改變胺基酸序列從而產生或去除一或多個糖基化位點來方便地完成。
倘若抗體包含Fc區，可改變與其連接之碳水化合物。哺乳動物細胞產生之天然抗體通常包含分支雙觸角寡醣，該分支雙觸角寡醣通常藉由N鍵聯連接至Fc區之CH2結構域的Asn297。參見例如Wright等人,TIBTECH 15:26-32, 1997。寡醣可包括各種碳水化合物，例如甘露糖、N-乙醯基葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖及唾液酸，以及在雙觸角寡醣結構之「主幹」中連接至GlcNAc之海藻糖。在一些實施例中，可對本發明抗體中之寡醣進行修飾以便產生具有某些改良特性之抗體變異體。
在一個實施例中，提供具有缺乏連接(直接或間接)至Fc區之海藻糖之碳水化合物結構的抗體變異體。舉例而言，此類抗體中海藻糖之量可為1%至80%、1%至65%、5%至65%或20%至40%。海藻糖之量係如例如WO 2008/077546中所描述，藉由相對於連接至Asn 297之所有醣結構(例如，複合、雜合及高甘露糖結構)之總和(如藉由MALDI-TOF質譜所量測)，計算糖鏈內Asn297處之平均海藻糖量來測定。Asn297係指位於Fc區中約位置297 (Fc區殘基之EU編號)之天冬醯胺殘基；然而，由於抗體中之微小序列變異，Asn297亦可位於位置297上游或下游約± 3個胺基酸處，亦即在位置294與位置300之間。此類海藻糖基化變異體可具有改良之ADCC功能。參見例如美國專利公開案第US 2003/0157108號；第US 2004/0093621號。與「去海藻糖基化」或「海藻糖缺乏」之抗體變異體相關之出版物的實例包括：US 2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US 2003/0115614；US 2002/0164328；US 2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/0109865；WO 2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki等人(J. Mol. Biol. 336:1239-1249, 2004)；及Yamane-Ohnuki等人(Biotech. Bioeng. 87: 614, 2004)。能夠產生去海藻糖基化抗體之細胞株之實例包括缺乏蛋白質海藻糖基化之Lec13 CHO細胞(Ripka等人,Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545, 1986)；美國專利申請案第US 2003/0157108 A1號；及WO 2004/056312 A1，尤其實例11)及剔除細胞株，諸如α-1,6-海藻糖基轉移酶基因FUT8 剔除CHO細胞(參見例如Yamane-Ohnuki等人,Biotech. Bioeng. 87: 614, 2004；Kanda, Y.等人, Biotechnol. Bioeng ., 94(4):680-688, 2006；及WO2003/085107)。
另外提供具有平分寡醣之抗體變異體，例如，其中連接至抗體Fc區之雙觸角寡醣由GlcNAc平分。此類抗體變異體可能具有減少之海藻糖基化及/或改良之ADCC功能。此類抗體變異體之實例描述於(例如) WO 2003/011878、美國專利第6,602,684號及US 2005/0123546中。亦提供其中寡糖中之至少一個半乳糖殘基連接至Fc區之抗體變異體。此類抗體變異體可具有改良之CDC功能。此類抗體變異體描述於(例如) WO 1997/30087、WO 1998/58964及WO 1999/22764中。
c. Fc區變異體
在某些實施例中，可將一或多種胺基酸修飾引入本發明抗體之Fc區中，從而產生Fc區變異體。Fc區變異體可包含人類Fc區序列(例如，人類IgG1、IgG2、IgG3或IgG4 Fc區)，其在一或多個胺基酸位置包含胺基酸修飾(例如，取代)。
在某些實施例中，本發明涵蓋如下抗體變異體，該抗體變異體具有一些但並非所有效應子功能，此使得其成為如下應用中之理想候選物，在該應用中，抗體活體內半衰期為重要的，但某些效應子功能(諸如補體及ADCC)為不必要的或有害的。可進行活體外及/或活體內細胞毒性分析以證實CDC及/或ADCC活性之降低/耗竭。舉例而言，可進行Fc受體(FcR)結合分析以確保抗體缺乏FcγR結合(因此可能缺乏ADCC活性)，但保留FcRn結合能力。介導ADCC之原代細胞NK細胞僅表現FcγRIII，而單核球表現FcγRI、FcγRII及FcγRIII。造血細胞上之FcR表現概述於Ravetch及Kinet，(Annu. Rev. Immunol. 9:457-492, 1991)第464頁之表3中。用於評價相關分子之ADCC活性之活體外分析之非限制性實例描述於以下文獻中：美國專利第5,500,362號(參見例如，Hellstrom，I .等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83:7059-7063, 1986)及Hellstrom, I等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:1499-1502, 1985；美國專利第5,821,337號；Bruggemann等人,J. Exp. Med. 166:1351-1361, 1987)。或者，可採用非放射性分析方法(參見例如用於流式細胞術之ACTI™非放射性細胞毒性分析(CellTechnology, Inc. Mountain View, CA；及CYTOTOX 96®非放射性細胞毒性分析(Promega, Madison, WI)。可用於此類分析之效應細胞包括外周血單核細胞(PBMC)及天然殺手(NK)細胞。或者或另外，相關分子之ADCC活性可在活體內評價，例如在(諸如) Clynes等人, (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95:652-656, 1998)中所揭示之動物模型中評價。亦可實施C1q結合分析以證實抗體不能結合C1q且因此缺乏CDC活性。參見例如WO 2006/029879及WO 2005/100402中之C1q及C3c結合ELISA。為評價補體活化，可實施CDC分析(參見例如Gazzano-Santoro等人,J. Immunol. Methods 202:163, 1996；Cragg等人,Blood. 101:1045-1052, 2003；及Cragg等人,Blood. 103:2738-2743, 2004)。FcRn結合及活體內清除率/半衰期測定亦可使用此項技術中已知之方法來實施(參見例如Petkova等人,Int’l. Immunol. 18(12):1759-1769, 2006)。
效應子功能降低之抗體包括Fc區殘基238、265、269、270、297、327及329中之一或多者經取代之彼等抗體(美國專利第6,737,056號及第8,219,149號)。此類Fc突變體包括在胺基酸位置265、269、270、297及327中之二者或更多者處具有取代之Fc突變體，包括殘基265及297經丙胺酸取代之所謂的「DANA」 Fc突變體(美國專利第7,332,581號及第8,219,149號)。
描述了與FcR之結合改良或減弱之某些抗體變異體(參見例如美國專利第6,737,056號；WO 2004/056312及Shields等人,J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604, 2001)。
在某些實施例中，抗體變異體包含具有一或多個改良ADCC之胺基酸取代(例如Fc區之位置298、333及/或334 (殘基之EU編號)之取代)的Fc區。
在一些實施例中，在Fc區進行改變，該等改變導致C1q結合及/或補體依賴性細胞毒性(CDC)改變(亦即，改良或減弱)，例如，如美國專利第6,194,551號、WO 99/51642及Idusogie等人, (J. Immunol. 164: 4178-4184, 2000)中所描述。
半衰期延長且與負責將母體IgG轉移至胎兒(Guyer等人,J. Immunol. 117:587, 1976；及Kim等人,J. Immunol. 24:249, 1994)之新生兒Fc受體(FcRn)之結合改良的抗體描述於美國公開案第2005/0014934A1號中。彼等抗體包含其中具有一或多個改良Fc區與FcRn之結合之取代的Fc區。此類Fc變異體包括在如下Fc區殘基中之一或多者處具有取代之彼等變異體：238、256、265、272、286、303、305、307、311、312、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424或434，例如Fc區殘基434之取代(美國專利第7,371,826號)。
關於Fc區變異體之其他實例，亦參見Duncan及Winter, (Nature 322:738-40, 1988)；美國專利第5,648,260號；美國專利第5,624,821號；及WO 94/29351。
d. 經半胱胺酸工程改造之抗體變異體
在某些實施例中，可能需要產生經半胱胺酸工程改造之抗體，例如「thioMAb」，其中抗體之一或多個殘基經半胱胺酸殘基取代。在特定實施例中，經取代之殘基出現在抗體之可及位點處。藉由用半胱胺酸取代彼等殘基，反應性硫醇基因此定位於抗體之可及位點處，且可用於使抗體與其他部分(諸如藥物部分或連接子-藥物部分)結合，以產生如本文進一步描述之免疫結合物。在某些實施例中，以下殘基中之任何一或多者可經半胱胺酸取代：輕鏈之V205 (Kabat編號)；重鏈之A118 (EU編號)；及重鏈Fc區之S400 (EU編號)。可如美國專利第7,521,541號中所描述產生經半胱胺酸改造之抗體。
e. 抗體衍生物
在某些實施例中，本文提供之抗體可經進一步修飾，以含有此項技術中已知且容易獲得之額外非蛋白質部分。適於衍生抗體之部分包括(但不限於)水溶性聚合物。水溶性聚合物之非限制性實例包括(但不限於)聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇共聚物、羧甲基纖維素、葡聚糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯啶酮、聚-1,3-二氧戊環、聚-1,3,6-三噁烷、乙烯/順丁烯二酸酐共聚物、聚胺基酸(均聚物或無規共聚物)及葡聚糖或聚(n-乙烯吡咯啶酮)聚乙二醇、聚丙二醇均聚物、聚氧化丙烯/氧化乙烯共聚物、聚氧乙烯多元醇(如甘油)、聚乙烯醇及其混合物。聚乙二醇丙醛因其在水中之穩定性而可在製造中具有優勢。聚合物可具有任何分子量，且可為分支或未分支的。連接至抗體之聚合物的數目可能不同，且若連接一個以上聚合物，則該等聚合物可為相同或不同分子。通常，用於衍生之聚合物的數目及/或類型可基於包括(但不限於)欲改良抗體之特定特性或功能、抗體衍生物是否將用於限定條件下之療法中等考慮因素來確定。
在另一實施例中，提供抗體與可藉由曝露於輻射來選擇性地加熱之非蛋白質部分的結合物。在一個實施例中，非蛋白質部分為碳奈米管(Kam等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605, 2005)。輻射可具有任何波長，且包括(但不限於)不損害普通細胞但會將非蛋白質部分加熱至殺死抗體-非蛋白質部分近側之細胞之溫度的波長。
f. 免疫結合物
本發明亦提供免疫結合物，其包含結合至一或多種細胞毒性劑之本文抗體(例如，抗PD-L1抗體、抗PD-1抗體或抗TGF-β抗體)，該一或多種細胞毒性劑為諸如化學治療劑或藥物、生長抑制劑、毒素(例如，蛋白質毒素、細菌、真菌、植物或動物來源之酶活性毒素或其片段)或放射性同位素。
在一個實施例中，免疫結合物為抗體-藥物結合物(ADC)，其中抗體結合至一或多種藥物，包括(但不限於)類美登素(參見美國專利第5,208,020號及第5,416,064號及歐洲專利EP 0 425 235 B1)；奧里斯他汀(auristatin)，諸如單甲基奧里斯他汀藥物部分DE及DF (MMAE及MMAF) (參見美國專利第5,635,483號、第5,780,588號及第7,498,298號)；尾海兔素；卡奇黴素或其衍生物(參見美國專利第5,712,374號、第5,714,586號、第5,739,116號、第5,767,285號、第5,770,701號、第5,770,710號、第5,773,001號及第5,877,296號；Hinman等人,Cancer Res. 53:3336-3342, 1993；及Lode等人,Cancer Res. 58:2925-2928, 1998)；蒽環，諸如道諾黴素或多柔比星(參見Kratz等人,Current Med. Chem. 13:477-523, 2006；Jeffrey等人,Bioorganic & Med. Chem. Letters 16:358-362, 2006；Torgov等人,Bioconj. Chem. 16:717-721 (2005)；Nagy等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:829-834 (2000)；Dubowchik等人,Bioorg. & Med. Chem. Letters 12:1529-1532, 2002；King等人,J. Med. Chem. 45:4336-4343, 2002；及美國專利第6,630,579號)；胺甲喋呤；長春地辛；紫杉烷，諸如多西他賽、太平洋紫杉醇、拉洛他賽(larotaxel)、替司他賽(tesetaxel)及奧他賽(ortataxel)；單端孢黴烯；及CC1065。
在另一實施例中，免疫結合物包含結合至酶活性毒素或其片段之如本文所描述之抗體，該酶活性毒素或其片段包括(但不限於)白喉A鏈、白喉毒素之非結合活性片段、外毒素A鏈(來自綠膿桿菌(Pseudomonas aeruginosa ))、蓖麻毒蛋白A鏈、相思子素A鏈、莫迪素A鏈(modeccin A chain)、α-八疊球菌、油桐(Aleurites fordii )蛋白、石竹素蛋白、美洲商路(Phytolaca americana )蛋白(PAPI、PAPII及PAP-S)、苦瓜抑制劑、瀉果素(curcin)、巴豆毒素、肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制劑、白樹素、有絲***素、侷限麴菌素、酚黴素、伊諾黴素(enomycin)及單端孢黴烯。
在另一實施例中，免疫結合物包含結合至放射性原子之如本文所描述之抗體以形成放射性結合物。多種放射性同位素可用於製備放射性結合物。實例包括At211 、I131 、I125 、Y90 、Re186 、Re188 、Sm153 、Bi212 、P32 、Pb212 及Lu之放射性同位素。當放射性結合物用於偵測時，其可包含用於閃爍攝影研究之放射性原子(例如tc99m或I123)或用於核磁共振(NMR)成像(亦稱為磁共振成像，MRI)之自旋標記(諸如再次碘-123、碘-131、銦-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、釓、錳或鐵)。抗體及細胞毒性劑之結合物可使用多種雙功能蛋白質偶合劑來製備，該等雙功能蛋白質偶合劑為諸如3-(2-吡啶基二硫代)丙酸N-琥珀醯亞胺酯(SPDP)、環己烷-1-甲酸琥珀醯亞胺基-4-(N-順丁烯二醯亞胺甲基)酯(SMCC)、亞胺基硫雜環戊烷(IT)、醯亞胺酯之雙功能衍生物(諸如己二酸二甲酯鹽酸鹽)、活性酯(諸如辛二酸二琥珀醯亞胺酯)、醛(諸如戊二醛)、雙疊氮基化合物(諸如雙(對疊氮苯甲醯基)己二胺)、雙重氮衍生物(諸如雙-(對重氮苯甲醯基)-乙二胺)、二異氰酸酯(諸如甲苯2,6-二異氰酸酯)及雙活性氟化合物(諸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)。舉例而言，蓖麻毒蛋白免疫毒素可如Vitetta等人, (Science 238:1098, 1987)中所描述來製備。碳-14標記之1-異硫氰基苯甲基-3-甲基二伸乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)為用於使放射性核苷酸與抗體結合之例示性螯合劑。參見WO94/11026。連接子可為促進細胞內細胞毒性藥物之釋放的「可裂解連接子」。舉例而言，可使用酸不穩定性連接子、肽酶敏感性連接子、光不穩定性連接子、二甲基連接子或含二硫化物之連接子(Chari等人,Cancer Res. 52:127-131, 1992；及美國專利第5,208,020號)。
本文中之免疫結合物或ADC明確涵蓋(但不限於)用交聯劑試劑製備之此類結合物，該等交聯劑試劑包括(但不限於) BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、磺基-EMCS、磺基-GMBS、磺基-KMUS、磺基-MBS、磺基-SIAB、磺基-SMCC及磺基-SMPB及SVSB (琥珀醯亞胺基-(4-乙烯基碸)苯甲酸酯)，其可自市面購得(例如，自Pierce Biotechnology, Inc., Rockford, IL., U.S.A購得)。
D. 醫藥調配物
根據本發明使用之治療劑(例如，免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，諸如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如，TGF-β拮抗劑，諸如抗TGF-β抗體))之治療調配物係藉由將具有所需純度之治療劑與視情況存在之醫藥學上可接受之載劑、賦形劑或穩定劑混合以凍乾調配物或水溶液之形式來製備以用於儲存。關於調配物之一般資訊參見例如Gilman等人(編)The Pharmacological Bases of Therapeutics ，第8版, Pergamon Press, 1990；A. Gennaro (編),Remington’s Pharmaceutical Sciences ，第 18版, Mack Publishing Co., Pennsylvania, 1990；Avis等人(編)Pharmaceutical Dosage Forms: Parenteral Medications Dekker, New York, 1993；Lieberman等人(編)Pharmaceutical Dosage Forms: Tablets Dekker, New York, 1990；Lieberman等人(編),Pharmaceutical Dosage Forms: Disperse Systems Dekker, New York, 1990；及Walters (編)Dermatological and Transdermal Formulations (Drugs and the Pharmaceutical Sciences)，第119卷, Marcel Dekker, 2002。
可接受之載劑、賦形劑或穩定劑在所用劑量及濃度下對接受者無毒，且包括緩衝劑，諸如磷酸鹽、檸檬酸鹽及其他有機酸；抗氧化劑，包括抗壞血酸及甲硫胺酸；防腐劑(諸如氯化十八烷基二甲基苯甲基銨；氯化六甲銨；苯紮氯銨、苄索氯銨；酚、丁基或苯甲醇；對羥基苯甲酸烷基酯，諸如對羥基苯甲酸甲酯或對羥基苯甲酸丙酯；兒茶酚；間苯二酚；環己醇；3-戊醇；及間甲酚)；低分子量(小於約10個殘基)多肽；蛋白質，諸如血清白蛋白、明膠或免疫球蛋白；親水聚合物，諸如聚乙烯吡咯啶酮；胺基酸，諸如甘胺酸、麩醯胺酸、天冬醯胺、組胺酸、精胺酸或離胺酸；單醣、二醣及其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合劑，諸如EDTA；糖，諸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；成鹽相對離子，諸如鈉；金屬錯合物(例如，鋅蛋白錯合物)；及/或非離子表面活性劑，諸如TWEEN™、PLURONICS™或聚乙二醇(PEG)。
本文之調配物亦可含有超過一種活性化合物，較佳為不會彼此不利地影響且具有互補活性之彼等活性化合物。此類藥劑之類型及有效量取決於(例如)存在於調配物中之治療劑的量及類型，以及患者之臨床參數。
亦可將活性成分包埋於(例如)藉由凝聚技術或藉由界面聚合製備之微膠囊(分別為例如羥甲基纖維素或明膠-微膠囊及聚(甲基丙烯酸甲酯)微膠囊)中、包埋於膠體藥物遞送系統(例如脂質體、白蛋白微球、微乳液、奈米粒子及奈米膠囊)中或包埋於***液中。此類技術揭示於Remington’s Pharmaceutical Sciences 第16版，Osol, A.編, 1980中。
可製備持續釋放製劑。持續釋放製劑之適宜實例包括含有治療劑之固體疏水聚合物之半透性基質，該等基質呈成型物品(例如薄膜或微膠囊)之形式。持續釋放基質之實例包括聚酯、水凝膠(例如聚(2-羥乙基-甲基丙烯酸酯)或聚(乙烯醇))、聚乳酸(美國專利第3,773,919號)、L-麩胺酸及L-麩胺酸γ乙酯之共聚物、不可降解之乙烯-乙酸乙烯酯、可降解之乳酸-乙醇酸共聚物(諸如LUPRON DEPOT™，由乳酸-乙醇酸共聚物及乙酸柳培林(leuprolide acetate)組成之可注射微球)及聚-D-(-)-3-羥基丁酸。
用於活體內投與之調配物必須為無菌的。此容易藉由經無菌過濾膜過濾來實現。
V. 製品及套組
在本發明之另一態樣中，提供一種套組或一種製品，其含有可用於治療、預防、診斷及/或監測個體之材料。
在一些情況下，此類套組或製品可用於鑑別可受益於抗癌療法之患有癌症(包括(但不限於)膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體，該抗癌療法包括免疫療法(包括(但不限於) PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(包括(但不限於) TGF-β拮抗劑，例如，抗TGF-β抗體)。此類製品或套組可包括(a)用於測定來自個體之樣品中表1中所示之一或多個基因或其任何組合(例如，表2-5中之任一者中所示之任何組合)之表現水準的試劑，以及(b)使用該等試劑鑑別可受益於利用包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之抗癌療法之治療的患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體的說明書。在其他態樣中，該等製品或套組可包括(a)用於測定來自個體之樣品中表1中所示之一或多個基因或其任何組合(例如，表2-5中之任一者中所示之任何組合)之表現水準的試劑，以及(b)使用該等試劑監測及/或評價患有癌症(例如膀胱癌(例如UC，例如mUC)、腎癌(例如，RCC)、肺癌(例如，NSCLC)、肝癌、卵巢癌、胰腺癌(例如，PDAC)、結腸直腸癌或乳癌)之個體對利用包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及/或阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之抗癌療法之治療的反應的說明書。
所描述之任何套組或製品可包括載體構件，該載體構件經分隔以嚴密容納一或多個容器構件(諸如小瓶、管及類似物)，容器構件中之每一者包括該方法中所用之單獨元件中之一者。倘若製品或套組利用核酸雜交來偵測目標核酸，則該套組亦可具有含有用於擴增目標核酸序列之核苷酸的容器及/或包含報導構件(諸如酶標記、螢光標記或放射性同位素標記)的容器。
在一些情況下，製品或套組包括上文所描述之容器及一或多個其他容器，該一或多個其他容器包括自商業及使用者角度合意之材料，包括緩衝液、稀釋劑、過濾器、針頭、注射器及帶有使用說明書之包裝插頁。容器上可存在標記以指示組合物用於特定應用，且亦可指示活體內或活體外使用之說明，諸如上文所描述之彼等內容。舉例而言，製品或套組可進一步包括容器，該容器包括醫藥學上可接受之緩衝液，諸如注射用抑菌水(BWFI)、磷酸鹽緩衝鹽水、林格氏溶液(Ringer’s solution)及右旋糖溶液。
本文所描述之套組或製品可具有多個實施例。在一種情況下，套組或製品包括容器、於該容器上之標記及含於該容器內之組合物，其中該組合物包括一或多種多核苷酸，該一或多種多核苷酸在嚴格條件下與本文所列之基因(例如，表1中所示之基因，或表2-5中所示基因之任何組合)之補體雜交，且該容器上之標記指示該組合物可用於評估樣品中本文所列基因(例如，表1中所示之基因，或表2-5中所示基因之任何組合)之存在，且其中該套組包括使用該或該等多核苷酸評估特定樣品類型中基因RNA或DNA之存在的說明書。
對於基於寡核苷酸之製品或套組，該製品或套組可包括例如：(1)寡核苷酸，例如經可偵測標記之寡核苷酸，其與編碼蛋白質之核酸序列雜交，或(2)一對引物，其可用於擴增核酸分子。該製品或套組亦可包括(例如)緩衝劑、防腐劑或蛋白質穩定劑。該製品或套組可進一步包括偵測可偵測標記所必需之組分(例如酶或受質)。該製品或套組亦可含有可分析且與測試樣品比較之對照樣品或一系列對照樣品。該製品或套組之各個組分可包封於個別容器內，且各個容器全部皆可連同用於解釋使用該套組實施之分析的結果的說明書一起在單一包裝內。
本發明提供一種用於鑑別可受益於利用抗癌療法之治療的患有癌症之個體的套組，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)，該套組包括：(a)用於測定來自該個體之樣品中表1中所示基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者、19者、20者、21者或22者)的表現水準之試劑，及視情況(b)使用該等試劑鑑別可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的患有癌症之個體的說明書。
在另一實例中，本文提供一種用於監測及/或評價患有癌症之個體對利用抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗)及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗TGF-β抗體)之治療之反應的套組，該套組包括：(a)用於測定來自該個體之樣品中表1中所示基因中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者、19者、20者、21者或22者)的表現水準的試劑；及視情況，(b)使用該等試劑監測及/或評價患有癌症之個體對利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法的治療之反應的說明書。
舉例而言，本文提供一種用於鑑別可受益於利用抗-PD-L1抗體(例如阿替珠單抗)及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗-TGF-β抗體)之治療的患有癌症之個體的套組，該套組包括：(a)用於測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準的試劑：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2；及視情況，(b)使用該等試劑鑑別可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的患有癌症之個體的說明書。
在另一實例中，本文提供一種用於監測及/或評價患有癌症之個體對利用抗-PD-L1抗體(例如阿替珠單抗)及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗-TGF-β抗體)之治療之反應的套組，該套組包括：(a)用於測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準的試劑：ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2；及視情況，(b)使用該等試劑監測及/或評價患有癌症之個體對利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法的治療之反應的說明書。
在任何前述實施例中，該套組可包括用於測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者(例如1者、2者、3者、4者、5者或6者)的表現水準的試劑。在一些實施例中，該套組包括用於測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者或所有六者之表現水準的試劑。在一些實施例中，該套組包括用於測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之二者(例如，表2中所顯示之任何例示性組合)之表現水準的試劑。在一些實施例中，該套組包括用於測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之三者(例如，表3中所顯示之任何例示性組合)之表現水準的試劑。在一些實施例中，該套組包括用於測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之四者(例如，表4中所顯示之任何例示性組合)之表現水準的試劑。在一些實施例中，該套組包括用於測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2中之五者(例如，表5中所顯示之任何例示性組合)之表現水準的試劑。在一些實施例中，該套組包括用於測定ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之表現水準的試劑。
在任何前述方法中，該套組可包括測定TGFB1及/或TGFBR2之表現水準的試劑。在任何前述方法中，該套組可包括用於測定TGFB1及TGFBR2之表現水準的試劑。
在任何前述套組之一些實施例中，該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP。在一些實施例中，該一或多個基因包括ADAM19。在其他實施例中，該一或多個基因包括COMP。在其他實施例中，該一或多個基因包括ADAM19及COMP。
舉例而言，本文提供一種用於鑑別可受益於利用抗-PD-L1抗體(例如阿替珠單抗)及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗-TGF-β抗體)之治療的患有癌症之個體的套組，該套組包括：(a)用於測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準的試劑：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1；及視情況，(b)使用該等試劑鑑別可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的患有癌症之個體的說明書。
在另一實例中，本文提供一種用於監測及/或評價患有癌症之個體對利用抗-PD-L1抗體(例如阿替珠單抗)及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，例如抗-TGF-β抗體)之治療之反應的套組，該套組包括：(a)用於測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者(例如1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準的試劑：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1；及視情況，(b)使用該等試劑監測及/或評價患有癌症之個體對利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之反應的說明書。
在任何前述方法中，該套組可包括用於測定以下中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者、15者、16者、17者、18者或19者)的表現水準的試劑：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1。在一些實施例中，該套組包括用於測定以下中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者之表現水準的試劑：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1。在一些實施例中，該套組包括用於測定以下各項之表現水準的試劑：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1。
在任何前述套組之一些實施例中，該一或多個基因至少包括以下各項中之一或多者(例如，1者、2者、3者、4者、5者、6者、7者、8者、9者、10者、11者、12者、13者、14者或15者)：ADAM19、ACTG2、CNN1、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1。
VI. 實例
以下為本發明方法之實例。應瞭解，鑒於上文所提供之一般描述，可實踐各種其他實施例。以下實例係以說明方式而非限制方式提供。
材料及方法
A. 研究設計、患者隊列、 PD-L1 測試、反應評價
此分析之樣品係自IMvigor210收集，該分析為在轉移性尿路上皮癌(mUC)患者中研究阿替珠單抗(1200 mg，每3週(q3w))之單臂II期研究(臨床試驗標識符：NCT02108652)。該試驗之主要終點為達成超過10%之部分反應(PR)率(實體腫瘤中之反應評估準則(RECIST) v1.1)。先前基於鉑之化學療法失敗之患者或不適於基於鉑之化學療法的先前未經治療之患者為合適的。先前經治療及未經治療之群體均達至主要終點。所有患者皆需要在進入研究前2年內取出腫瘤組織。該等組織最初用於PD-L1分析(SP142抗體，使用Ventana平台)。PD-L1陽性定義為腫瘤組織免疫組分中超過5%之細胞染色。其他組織用於探索性分析。所有患者在基線時皆有可量測之疾病以便於進行反應評價。使用RECIST v1.1來評價對療法之反應。每6週實施橫截面成像。此分析之所有患者皆得到了適當倫理批准。
B. PD-L1 免疫組織化學 (IHC)
PD-L1 IHC先前已描述於Powles等人,Nature 515:558-562, 2014中。簡言之，自存檔之石蠟包埋組織收集預篩選生檢體。要求患者在進入研究前將組織送至中心實驗室。在篩選時處理樣品。使用專有診斷性抗人類PD-L1單株抗體(SP142)藉由免疫組織化學針對PD-L1預先對FFPE腫瘤組織進行染色。針對腫瘤浸潤性免疫細胞(包括巨噬細胞、樹突細胞及淋巴球)上之PD-L1表現對樣品進行評分。若＜1%、≥1%但＜5%、≥5%但＜10%或≥10%之腫瘤浸潤性免疫細胞為PD-L1陽性，則將樣本分別評分為免疫組織化學IC 0、1、2或3。具有來自不同時間點或樣品之多份樣本之患者的PD-L1評分係基於最高評分。此分析經驗證在臨床試驗中在IC1及IC2截止值下具有研究性用途。對腫瘤細胞(TC)上PD-L1之表現進行了探索性分析。若＜1%、≥1%但＜5%、≥5%但＜50%或≥50%之腫瘤細胞為PD-L1陽性，則將樣本分別評分為免疫組織化學TC0、TC1、TC2或TC3。
C. 核酸樣品製備
各案例之病理診斷係藉由複查H&E染色載玻片來證實，且所有進展至核酸提取之樣品皆最少含有20%之腫瘤細胞。病理學家對H&E圖像進行標記用於宏觀解剖。然後自宏觀解剖之切片提取RNA (高純FFPET RNA分離套組, Roche)及DNA (QIAAMP® DNA FFPE組織套組, Qiagen)。
圖 5 顯示具有已知PD-L1 IC狀態及此處所分析之其他分子資料點(全外顯子組測序、基於FMOne之突變剖析、RNA測序及癌症免疫表型分型)中之至少一者的功效可評估患者之數目。表 7 提供生物標記物可評估患者(BEP)群體之人口統計細節。生成RNA測序資料之患者被選為代表性BEP，且與意圖治療(ITT)之群體相比，列出了關鍵臨床共變數之分佈；僅評價功效可評估之患者。給出了患者之數目以及百分比(括號中)二者。BCG：卡介苗(Bacille Calmette Guerin)，ECOG：東部腫瘤協作組(Eastern Cooperative Oncology Group)。
表 7 ： ITT 及 BEP 群體之人口統計
D. 突變剖析 ( 全外顯子組測序 (WES) 及 FOUNDATIONONE® (FMOne) 面板 )
使用Agilent SURESELECT® v5 (51 MB)套組在HISEQ® 2500 (ILLUMINA®)測序儀上，針對250名患者生成WES資料，對自腫瘤以及外周血單核細胞提取之DNA進行測序。使用GSNAP (Wu等人,Bioinformatics 26:873-881, 2010；Wu等人,Methods Mol. Biol. 1418:283-334, 2016)版本『2013-10-10』 (參數：『-M 2 -n 10 -B 2 -i 1 DNA成對讀段最大總長度(pairmax-dna)=1000 --極限臨限值(terminal-threshold)=1000 --gmap-模式=無--剪切-重疊』將FASTQ格式讀段與人類參考基因組(NCBI Build 38)進行比對。使用PicardTools標記所得BAM文件中之重複讀段，且使用GATK IndelRealigner工具對***缺失進行再比對。
使用Lofreq v2.1.2 (Wilm等人,Nucleic Acids Res. 40:11189-11201, 2012)及Strelka (Saunders等人,Bioinformatics 28:1811-1817, 2012)調用之聯合形式來調用體細胞變異體。使用「lofreq indelqual -dindel」將***缺失品質分配給比對，且使用帶有「--調用-***缺失」選項之「lofreq體細胞」調用體細胞突變。使用Strelka提供之配置文檔「strelka_config_bwa_default.ini」調用基於Strelka之體細胞突變，其中僅有之修改為設置「isSkipDepthFilters = 1」而非「isSkipDepthFilters = 0」。使用Ensembl變異體效應預測器(McLaren等人,Genome Biol. 17:122, 2016)在基於Refseq之基因模型上對體細胞突變對轉錄物之影響進行註釋。
為鑑別所表現之突變，使用來自R包VariantTools之tallyVariant函數對外顯子組資料中鑑別之體細胞突變進行RNAseq比對(Lawrence等人,VariantTools: Tools for Working with Genetic Variants 版本1.12.0)。基於藉由NetMHCcons (Karosiene等人,Immunogenetics 64:177-186, 2012)預測之最小IC50值，在鑑別個體之HLA基因型且在所有HLA等位基因及含有突變之8-11聚體肽之間分配最佳HLA-新抗原決定基對之後，預測各突變之新抗原潛力。使用Polysolver (Shukla等人,Nat. Biotech. 33:1152-1158, 2015)對來自外周血單核細胞(PBMC)之全外顯子組資料進行HLA基因分型。
另外，自293名患者之FFPE 10微米切片提取DNA，且將其提交至臨床實驗室改良修正案(CLIA)認證、紐約州認可且美國病理學家學院(CAP)認可之實驗室(Foundation Medicine, Cambridge, MA)進行基於靶向型下一代測序(NGS)之基因組剖析。適配體連接之DNA經歷對395個癌症相關基因之所有編碼外顯子以及癌症中通常重排之31個基因之選擇內含子的雜交捕獲(FMOne面板)。
在ILLUMINA® HISEQ® 2500上使用Agilent SURESELECT® v5套組以51 Mb將所捕獲之文庫測序至＞500倍(DNA)或約3M獨特讀段(RNA)之中值外顯子覆蓋深度，且如先前所描述(Frampton等人,Nat. Biotechnol. 31:1023-1031, 2013)，分析所得序列之鹼基取代、小***及缺失(***缺失)、拷貝數改變(局部擴增及純合缺失)及基因融合/重排。將來自千人基因組計劃之頻繁出現之生殖系變異體(dbSNP142)去除。為使不純臨床樣本中之突變偵測準確度(敏感度及特異度)達至最大，事先對測試進行優化並加以驗證，以偵測≥5%突變等位基因頻率(MAF)下之鹼基取代、在≥99%準確度下具有≥10% MAF之***缺失及在≥99%敏感度下在引誘型內含子/外顯子內發生之融合(Frampton等人(見上文))。以≥1%之等位基因頻率調用保存於癌症體細胞突變目錄(COSMIC v62)中之已知經證實體細胞改變(Forbes等人,Nucleic Acids Res. 39:D945-D950, 2011)。
由FMOne面板，由所偵測編碼區中短變異體(取代及***缺失，包括同義改變)之數目計算腫瘤突變負荷。已知及預測之生殖系改變以及已知之體細胞及可能的體細胞變異體不計算在內。每Mb之突變負荷為所計數之突變數目除以FMOne面板之基因組目標區域之Mb。除非另有指示，否則使用基於FMOne之突變負荷進行關於突變負荷之所有分析。
E. 突變與對阿替珠單抗之反應或突變負荷之間的關聯
對於各基因，若針對該基因報導了已知或可能的突變，則將患者稱為突變體。對於基於路徑之分析，若報導路徑內之任何基因具有已知或可能的突變，則將患者稱為該路徑方面之突變體。否則，將患者視為非突變體。使用費雪精確測試來確定反應者(完全反應者及部分反應者)與非反應者(穩定及進展性疾病)之間突變患者之數目是否不同。使用威爾克森秩和測試來測試突變狀態與突變負荷之間的關聯。使用本傑明及霍赫貝格調整(Benjamini and Hochberg adjustment)針對所實施測試之數目對單基因p 值進行校正。對於基於路徑之分析，報導標稱p 值。
F. 基因表現剖析
使用TRUSEQ® RNA Access技術(ILLUMINA®)針對368名患者生成全轉錄組圖譜。首先將RNAseq讀段與核糖體RNA序列進行比對以去除核糖體讀段。使用GSNAP (Wu等人,Bioinformatics 26:873-881, 2010；Wu等人,Methods Mol. Biol. 1418:283-334, 2016)版本『2013-10-10』將剩餘讀段與人類參考基因組(NCBI Build 38)進行比對，允許每75個鹼基序列最多兩個錯配(參數：『-M 2 -n 10 -B 2 -i 1 -N 1 -w 200000 -E 1 --RNA成對讀段最大總長度(pairmax-rna)=200000 --剪切-重疊』)。為定量基因表現水準，使用R/Bioconductor包GenomicAlignments (Lawrence等人,PLoS Comput. Biol. 0:e1003118, 2013)提供之功能以股特異性方式計算映射至各RefSeq基因外顯子之讀段的數目。
G. 差異基因表現及與突變負荷或 PD-L1 IHC 之關聯
在使用R/Bioconductor包arrayQualityMetrics (Kauffmann等人,Genomics 95:138-142, 2010)進行品質控制之後，使用M值之截尾平均值(TMM)對計數資料進行正規化，且利用相關之精密度權重使用voom 轉換為log2 -計數/百萬(Law等人,Genome Biol. 15:R29, 2014)。
為鑑別與免疫細胞(IC)上PD-L1蛋白染色相關之基因，使用各基因之經正規化之log2 轉換之表現作為反應變數，且使用log2 轉換之鑑別為PD-L1陽性之免疫細胞百分比(ICp)作為自變數，擬合線性回歸模型。所報導之效應大小代表模型擬合之係數，該模型擬合係按log2 轉換之ICp的標準偏差之兩倍乘以回歸斜率進行尺度轉換。圖 1C 僅繪製PD-L1 IC陽性項之效應大小及經調整p值之圖形。
為鑑別與對阿替珠單抗之反應相關之生物學，吾人將患者分組至反應者(完全及部分反應者)及非反應者(穩定及進展性疾病)中。使用R/Bioconductor包limma (Ritchie等人,Nucleic Acids Res. 43:e47, 2015)確定該兩個組之間差異表現之基因，該軟體實施經驗貝葉斯方法(Bayesian approach)使用經調整之t測試來估計基因表現變化。
為鑑別與腫瘤突變負荷相關之基因，使用各基因之經正規化之log2 轉換之表現作為反應變數，且使用突變負荷、批次以及隊列作為自變數(因為發現該後兩者與TMB相關)，擬合線性回歸模型。使用R之anova()函數，計算F測試p 值。所報導之效應大小代表模型擬合之係數，該模型擬合係按TMB之標準偏差之兩倍進行尺度轉換。
H. 使用京都基因及基因組百科全書 (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes ， KEGG) 之基因集合富集分析
在關聯測試(基因表現與反應或突變負荷)之後，Fios Genomics使用超幾何測試(Falcon等人,Bioinformatics 23:257-258, 2007)針對KEGG路徑成員之富集對前1,000個基因進行分析(按p 值排序)，分開評價上調基因及下調基因。使用本傑明及霍赫貝格程序，針對所測試路徑之數目校正富集p 值。富集分析之全部結果報導於表 8 (反應)及表 9 (突變負荷)中。表 8 列出了顯著(FDR ＜ 0.1)富含根據反應(CR/PR相較於SD/PD)差異表現之基因的KEGG基因集合。「方向」指示該類別在反應者中富含上調基因(「向上」)抑或下調基因(「向下」)。「鑑別出之基因」列出了在給定類別內發現與反應相關之所有基因。「S」指示此等基因之數目，「N」給出類別中之基因總數，而「p (調整)」表示經調整之富集p 值(超幾何測試)。表 9 列出了顯著(FDR ＜ 0.05)富含與TMB相關之基因的KEGG基因集合。「方向」指示該類別富含與TMB正相關之基因(「向上」)抑或負相關之基因(「向下」)。「鑑別出之基因」列出了在給定類別內發現與TMB相關之所有基因。「S」、「N」及「p (調整)」如表 8 中所示。
表 8 ：與反應相關之路徑
表 9 ：與 TMB 相關之路徑
I. 用於印記之基因集合
由於KEGG路徑通常包括大量僅具有不太相關功能之基因，故吾人為文中提及之四種核心生物學構築精細基因集合(表 10 )。具體而言：
(i) 對於DNA損傷修復基因，吾人使用如Lange等人,Nat. Rev. Cancer 11:96-110, 2011所描述之基因集合；
(ii) 對於細胞週期調節基因，吾人使用p53/Rb路徑內據TCGA報導通常報導於膀胱癌中之基因(The Cancer Genome Atlas ResearchNature 507:315-322, 2014)；
(iii) 對於CD8 T效應子基因，吾人使用吾人先前公開之印記(Rosenberg等人,Lancet 387:1909-1920, 2016；Balar等人,Lancet 389:67-76, 2017)；且
(iv)對於TGF-β，吾人考慮三種不同印記。首先，為監測路徑之輸入，吾人評估配位體(TGFB1、TGFB2及TGFB3)及受體(TGFBR1、TGFBR2及TGFBR3)與IMvigor210中之結果的關聯。TGFB1及TGFBR2與結果顯著相關(分別地，經調整之p = 8.956 × 10-3 及經調整之p = 1.070 × 10-2 )，且將該二者用作TGF-β 2-基因印記。其次，為監測路徑之輸出，吾人產生如下文所描述之泛纖維母細胞TGF-β反應印記(Pan-F-TBRS)。此外，在圖 2A 中，吾人亦顯示據報導參與細胞外基質組織之更大基因集合(Sjödahl等人,Clin. Cancer. Res. 18:3377-3386, 2012)。
J. 印記評分計算
對於基因表現分析，首先對印記中各基因之表現進行z評分轉換。然後，實施主成分分析，且提取主成分1以用作基因印記評分。此方法之優勢為使集合之評分集中於該集合中最大良好相關(或反相關)之基因區塊上，同時降低與其他集合成員不相符之基因的貢獻權重。
K. 基因印記評分或腫瘤突變負荷與相關性狀之間的關聯
以下為在所有實例中用於各種測試之統計方法：
(i) 對於與反應之關聯，僅考慮功效可評估之患者；除非另有說明，否則將此等患者分組至反應者(CR/PR)及非反應者(SD/PD)中；
(ii) 對於二元性狀(例如反應)與正常分佈之連續性狀(諸如基因表現評分)之關聯，實施兩次樣品t 測試；若在一個基因印記-性狀組合內實施多次逐對測試，則對p 值進行邦費羅尼校正；
(iii) 對於二元性狀(例如反應或突變狀態)與顯示偏斜分佈之TMB的關聯，實施威爾克森符號秩測試。對TMB進行log2 轉換；一名具有0 TMB之離群患者被排除在分析之外；
(iv) 為評價兩個類別性狀(例如反應及IC水準)之間的關聯，實施費雪精確測試；
(v) 對於與免疫表型之關聯，將免疫表型當作有序因子(沙漠＜豁免＜浸潤)，且使用ANOVA計算似然比測試p 值。此情況之例外為測試與TMB之關聯，其中使用了克魯斯卡爾沃利斯H測試(Kruskal Wallis H test)；且
(vi) 亦使用似然比測試來測試連續性狀(諸如基因表現印記評分)與具有2個以上組之類別性狀(諸如IC水準)之間的關聯。另外，使用同一測試來評價兩個性狀之間的相互作用，將該兩個性狀作為兩個自變數包括在內之模型與包括該兩個變數間之相互作用項之模型進行比較。
在log2 尺度上對TMB之可視化中，丟棄沒有突變之患者(視確切生物標記物可評估群體而定，此為僅一或兩名患者)。在所有圖中，在頂部給出各組內患者之數目。
L. 反應之所解釋變異數
使用二元反應(CR/PR相較於SD/PD)作為因變數且使用來自單個不同印記/不同印記之組合或TMB之評分作為自變數，擬合廣義線性模型。提取邏輯斯諦回歸(Logistic regression)偽R2 作為對患者反應之「所解釋變異數」(亦即可歸因於生物輸入貢獻之患者反應的變異百分比)之量度(參見Dobson等人,An Introduction to Generalized Linear Models . Chapman and Hall/CRC Press, 2008)。
M. 分子亞型化
TCGA亞型係根據Rosenberg等人(見上文)描述之方法來分配的。
為分配Lund亞型，Sjödahl等人(Sjödahl等人,Clin. Cancer Res. 18:3377-3386, 2012；Sjödahl等人,Am. J. Pathol. 183:681-691, 2013)提供了1038個基因之基因表現重心資料集。使用與在所報導RNAseq資料中偵測到之基因重疊之減小的884個重心之集合來分配分子亞型(MS1a、MS1b、MS2a1、MS2a2、MS2b1、MS2b2.1及MS2b2.2)。由於此等重心係基於來自微陣列之基因表現圖譜，其不能簡單地轉移至另一平台(如RNA測序)，故吾人選擇藉由計算該884個基因之中值為中心之(log2)表現水準與重心之間的斯皮爾曼相關距離(Spearman correlation distance)來實施分子亞型分配。在使用基於秩之方法時，吾人之目的為使平台特異性效應減至最小(然而，值得注意的是，使用皮爾森(Pearson)代替斯皮爾曼產生極其類似之結果)。各樣品均在最短距離之情況下分配分子亞型。隨後，將簇MS1a及MS1b分別與尿路上皮A、MS2a1及MS2a2組合成基因組不穩定亞型；簇MS2b1、MS2b2.1及MS2b2.2分別等效於浸潤亞型、尿路上皮B亞型及基底/SCC樣亞型。
請注意，最近已建議用「尿路上皮樣」替代原來之「尿基(urobasal)」(Lerner等人,Bladder Cancer 2:37-47, 2016)。吾人在此處使用更新之命名法。類似地，「基底/SCC樣」現較原來之「SCC樣」為較佳的。
N. 用於亞型熱圖之基因集合
如上文所描述分配Lund亞型標記。為更好地理解此等亞型與此手稿中考慮之各種生物學軸之間的關係，圖 2A 及圖 2H 顯示來自13種生物之其他基因(亦即，不一定用於亞型分配之基因)的基因表現值。所展示基因為所構築之較大基因集合的代表性成員，如下所示：
A ：Sjödahl等人2012 (見上文)報導之FGFR3基因印記(選擇代表)；
B ：CD8 T效應子印記(Rosenberg等人, 見上文)；
C ：Şenbabaoğlu等人Genome Biol. 17:231, 2016報導之抗原處理機制；
D ： 免疫檢查點印記；
E ： MKI67及選擇細胞週期基因(KEGG)，其有助於用於與反應相關聯之基因集合富集(表 8 )；
F ： DNA複製依賴性組蛋白(見於表 8 中之組蛋白的代表)；
G ： 上文所介紹之DNA損傷修復基因集合之選擇成員；
H ：Sjödahl等人2012報導之細胞外基質組織(ECM) (選擇代表)；
I ： TGF-β 2-基因印記；
J ：Sjödahl等人2012報導之血管生成印記(選擇代表)；
K ：Damrauer等人Proc. Natl. Acad. Sci. USA 111:3110-3115, 2014報導之上皮-間質轉變(EMT)標記物；
L ： 如下所述確定之Pan-F-TBRS；及
TCGA ： 表現TCGA亞型之基因-具體而言，如The Cancer Genome Atlas ResearchNature ( 見上文 ) 所報導(圖 2H )。
O. CD8/ 三色雙重染色
對4 µm FFPE切片實施組合之CD8/三色雙重染色。首先，在室溫下使用1:100稀釋之抗人類CD8兔單株抗體SP16 (Spring Bioscience；目錄號M3160)將IHC程序實施1小時，隨後使用細胞調節1試劑(CC1, Ventana Medical Systems；目錄號950-124)進行抗原修復。使用OMNIMAP™ DAB套組(Ventana，目錄號760-149)觀測特異性結合之一級抗體。在完成IHC程序並用蒸餾水沖洗之後，將載玻片在60℃下在布安氏固定劑(Bouin’s fixative)中固定1 h，且然後使其經歷常規三色染色，該常規三色染色如先前所描述(Laboratory Methods in Histotechnology , Armed Forces Institute of Pathology, 1992，第132頁)由魏格特氏蘇木素(Weigert’s hematoxylin)、比布列西猩紅-酸性洋紅(Biebrich scarlet-acid fuchsin)、磷鉬酸-磷鎢酸及苯胺藍組成。在染色程序結束時，將載玻片在增加濃度之乙醇中脫水，浸沒於二甲苯中，且然後使用合成之封固劑蓋上蓋玻片。
P. 活體內研究
EMT6鼠類乳癌細胞株係自美國模式培養物保藏所(American Type Culture Collection) (Manassas, VA)獲得。將細胞在加上2 mM L-麩醯胺酸及10%胎牛血清(HYCLONE®)之羅斯威爾帕克紀念研究所(Roswell Park Memorial Institute，RPMI) 1640培養基中培養。將對數期生長之細胞離心，用漢克氏平衡鹽溶液(Hank’s balanced salt solution，HBSS)洗滌一次，計數，且以每毫升1×106 個細胞之濃度再懸浮於50% HBSS及50% MATRIGEL™ (BD Biosciences)中，以注射至小鼠中。雌性Balb/c小鼠係自查爾斯河實驗室(Charles River Laboratories) (Hollister, CA)獲得。將小鼠圈養在標準囓齒類動物微隔離籠中，且使其在腫瘤細胞植入前適應研究條件持續至少3天。動物為8-10週齡。該研究僅使用看起來健康且沒有明顯異常之動物。在5號左側乳腺脂肪墊中用含於100 µl HBSS MATRIGEL™中之1 × 105 個EMT6細胞(1:1)對小鼠進行接種。當腫瘤達至130-230 mm3 之體積(接種後約8天)時，基於腫瘤體積將動物分配至處理組中，且用同型對照抗體、抗PD-L1 (10 mg/kg第一劑量，隨後5 mg/kg)、抗TGF β (10 mg/kg)或抗PD-L1與抗TGF β之組合進行處理。處理開始後7天時，對小鼠實施安樂死，且收集腫瘤以進行IHC或流式細胞術分析。對於功效研究，一週三次投與抗體持續3週(第一次給藥以靜脈內方式進行，且之後以腹膜內方式進行)。每週兩次用測徑器量測腫瘤，且使用改良之橢球公式1/2 × (長度 × 寬度2 )計算腫瘤體積。當腫瘤體積降至32 mm3 (偵測下限)以下時，將其視為完全消退(CR) (100%腫瘤生長抑制)。若腫瘤體積超過2000 mm3 ，則對小鼠實施安樂死。沒有小鼠因體重減輕而符合安樂死準則，且在研究期間其未展現不利臨床體征。本文之所有動物研究皆由Genentech機構動物照護及使用委員會批准。據估計，用於此研究之組大小為產生有意義資料所必需之最小尺寸大小。
Q. 小鼠之全腫瘤 RNA 及蛋白質定量
分別藉由RNAseq及ELISA在RNA及蛋白質層面對未經處理之EMT6腫瘤中的TGF-β同種型豐度進行分析。對於RNAseq分析，收集平均尺寸為300 mm3 之腫瘤。對於TGF-β蛋白之ELISA定量，在接種至乳腺脂肪墊中之後14天時收集腫瘤，快速冷凍，且隨後在TissueLyser破碎系統(Qiagen)上用放射免疫沈澱分析(RIPA)緩衝液進行溶解。藉由二喹啉甲酸(BCA)分析來定量總蛋白，且在樣品之間對總蛋白輸入進行正規化。將樣品中之TGF-β酸活化，且遵循ELISA套組說明書(小鼠TGF-β1及TGF-β2，R&D Systems；小鼠TGF-β3，LSBio)進行量測。在處理開始後7天時收集之血漿中使用小鼠VEGF QUANTIKINE® ELISA套組(R&D Systems)定量VEGF。
R. 用於流式細胞術之單細胞懸浮液製備及抗體染色
在處理開始後7天時收集腫瘤。對腫瘤進行稱重，且在37℃下使用中性蛋白酶(Life Technologies)、膠原酶P及DNA酶I (Roche)之混合劑將其酶消化45 min，以獲得單細胞懸浮液。使用VI-CELL® XR (Beckman Coulter)對細胞進行計數。
對於磷酸SMAD (pSMAD)染色，使用BD PHOSFLOW™溶解/固定緩衝液及BD PHOSFLOW™ Perm緩衝液III (BD Biosciences)遵循製造商之說明書將細胞固定並透性化。在冰上以0.08 μg/ml之濃度用針對SMAD2及SMAD3之磷酸化形式之藻紅素(PE)結合抗體(純系O72-670，BD Biosciences, San Jose, CA)將細胞染色1 h。對於T細胞染色，首先將細胞與小鼠BD Fc阻斷劑(純系2.4G2，5 μg/ml，BD Biosciences)及活力染色劑(LIVE/DEAD®水性可固定死細胞染色劑，Invitrogen)一起在冰上培育30 min。然後在冰上用下列抗體將細胞染色30 min：CD45 (BV605，純系30-F11，0.67 μg/ml，BD Biosciences)、TCRb (PE，純系H57-597，2 μg/ml，Biolegend)、CD8 (APC-Cy7，純系53-6.7，1 μg/ml，Biolegend)。對細胞進行固定及透性化(EBIOSCIENCE™ Foxp3 /轉錄因子染色緩衝液套裝，Thermo Fisher Scientific Inc.)以對顆粒酶B (FITC，純系NGZB，5 μg/ml，EBIOSCIENCE™，Thermo Fisher Scientific Inc.)進行染色。
用BD LSRFORTESSA™細胞分析儀或FACSYMPHONY™ (BD Biosciences)收集流式細胞術資料，且使用FLOWJO®軟體(版本10.2, FlowJo, LLC)進行分析。
S. 小鼠組織之免疫組織化學
在處理開始後7天時收集腫瘤。將腫瘤固定於10%中性緩衝福馬林(NBF)中並進行石蠟包埋。對固定於SUPERFROST™ Plus載玻片上之4 µm厚石蠟包埋組織切片實施IHC。在LAB VISION™自動染色器(ThermoFisher Scientific)上實施染色。將切片去石蠟，且用離子水再水合。在99℃下，用1× DAKO靶標修復溶液(Agilent Technologies)實施抗原修復持續20 min並冷卻至74℃。隨後，藉由在室溫下將切片在3% H2 O2 中培育4 min來使內源性過氧化酶停止反應。使用抗兔(7.5 µg/mL)二級抗體加上ABC過氧化酶精英偵測套組(Vector Laboratories，目錄號PK-6100)偵測CD3 (ThermoFisher Scientific，純系SP7，目錄號RM-9107-S，1:200稀釋)。用邁耶蘇木素(Mayer’s hematoxylin)對切片進行複染，脫水，用永久封固劑固定，且加蓋玻片。
T. 泛纖維母細胞 TGF-β 反應印記 (Pan-F-TBRS) 之產生
將來自膀胱(PHBR，原代正常膀胱纖維母細胞，PCS-420-013™，ATCC)、結腸(CCD-18Co，CRL-1459™，ATCC)、***(HMF，#7630，ScienCell Research Laboratories)、肺(IMR90，CCL-186™，ATCC)、胰腺(HPaSteC，#3836，ScienCell Research Laboratories)及卵巢(HOF，#7336，ScienCell Research Laboratories)之原代纖維母細胞實施血清饑餓隔夜，然後用(1)對照、(2) TGF-β1 (10 ng/mL, #)或(3) TGF-β1 (10 ng/mL) + TGF-β抑制劑高倫替布(10 μM)一式兩份地處理24 h。藉由RNAseq轉錄組分析來鑑別TGF-β誘導之基因，從而比較上述三種情況。使用以下準則測定F-TBRS：(1)與對照相比，經TGF-β1處理之組中之表現水準至少高2倍(錯誤發現率(FDR) 0.1)；(2)與單獨TGF-β1處理相比，TGF-β1 +抑制劑組中之表現水準至少低2倍(FDR 0.1)；(3)在所有6種纖維母細胞類型中滿足準則(1)及(2)。根據抑制強度(對照相較於TGF-β1 + TGF-β抑制劑)對通過該三個準則之基因(n=79)進行排序；且根據每百萬至少5個計數之平均減少量進行過濾以定義泛組織19-基因F-TBRS。
U. 泛組織 6- 基因 F-TBRS (6- 基因印記 ) 之產生
吾人基於上文描述之19-基因Pan-F-TBRS資料研發了泛組織6-基因F-TBRS，但對TGF-β路徑組分(TGFB1 及TGFBR2 )及靶標(CTGF 、 ADAM19 、 ACTA2 及 COMP) 進一步劃分優先順序。為驗證6-基因印記之預測價值，吾人針對預後效應(使用單變數連續Cox比例風險回歸模型)及預測效應計算了危險比，且針對阿替珠單抗臨床試驗中之預測效應(使用對數秩測試加上中值截止)計算了危險比。吾人之分析證明在UC、非小細胞肺癌(NSCLC)、三陰性乳癌(TNBC)及胰腺導管腺癌(PDAC)試驗中，6-基因印記之高表現與對阿替珠單抗(atezo)單一療法沒有反應為相關的。參見例如圖 6B 及圖 6C ，該等圖分別顯示來自IMvigor210及POPLAR研究(NCT01903993)之資料。另外，在TCGA結腸直腸癌(CRC)資料集中，6-基因印記之高表現亦與不良總體存活率顯著相關且為CMS4分子亞型所富集，此與CRC患者之不良存活率子組相關(Guinney等人,Nat. Med. 21(11):1350-1356, 2015)。參見圖 6A 、圖 7A 及圖 7B 。
V. 巨噬細胞及 T 細胞 TGF-β 反應印記 (M-TBRS 及 T 細胞 -TBRS)
巨噬細胞特異性TBRS及T細胞特異性TBRS取自Calon等人Nat. Genet. 47:320-329, 2015；分別為1178個及69個基因。如下計算印記評分：(1)基於EMT6 RNAseq資料推導印記基因之第一主成分(PC1)，(2)獲得與PC1具有至少0.8斯皮爾曼秩相關性之印記基因，以及(3)對步驟(2)中基因之Z評分取平均值。步驟(2)中之過濾分別針對M-TBRS及T細胞-TBRS得到101個及10個基因。
W. T 細胞浸潤之統計分析
藉由Hamamatsu NanoZoomer自動化載玻片掃描平台以200×之最終放大倍數獲取明視野圖像。用MATLAB®軟體包(MathWorks)之2016b版本對圖像進行分析。相關區(ROI)由病理學家定義。藉由強度定限及簡單形態學過濾來鑑別經位於ROI邊界內之經CD3+標記之細胞。針對各載玻片(亦即各小鼠)藉由計算該載玻片上ROI內所有CD3+標記之細胞中達至ROI邊界之平均最近距離來評估免疫細胞浸潤。然後，藉由除以自ROI邊界至ROI中心之最大距離，針對每一載玻片對平均距離進行正規化。然後彙集三項研究(666、1430、1436)之經正規化平均距離，且藉由線性回歸加以分析，並且以處理組為固定類別變數且以ROI面積及ROI內CD3+細胞之總數為共變數進行分析。針對各處理組報導共變數調整之平均值及95%信賴區間。使用圖基忠實顯著性差異(Tukey’s honest significant difference，HSD)測試在處理組之間進行逐對比較。所有分析皆使用R來實施，且距離計算係使用R包『spatstat』進行(Baddeley等人,Spatial Point Patterns: Methodology and Applications with R. Chapman and Hall/CRC Press, 2015)。
實例 1 ：預先存在之腫瘤免疫性與發炎腫瘤之完全反應相關
大多數人類實體腫瘤似乎展現三種不同免疫表型中之一者：「免疫發炎」表型，其以穩健之CD8+ T細胞浸潤及PD-L1表現為特徵；「免疫豁免」表型，其中T細胞累積於富含細胞外基質之間質中；以及「免疫沙漠」表型，其中腫瘤或周圍間質內明顯缺乏浸潤性淋巴球。與預測具有弱反應或無反應之免疫豁免或免疫沙漠表型相比，認為發炎腫瘤對檢查點阻斷之反應更強。然而，此關聯尚未在大型臨床試驗中或在單一腫瘤類型內經過系統測試。為瞭解mUC中對阿替珠單抗療法之反應，吾人將整合之分子及組織學分析與反轉譯方法組合以在功能上測試吾人之發現。
為研究阿替珠單抗情況下之PD-L1阻斷之臨床活性，在2期單臂臨床試驗(IMvigor210；NCT02108652)中招募429名患有晚期mUC之患者。根據RECIST v1.1評價客觀反應率並用作試驗終點。將達成完全反應(CR)或部分反應之患者歸類為反應者，且將其與展現穩定疾病(SD)或進展性疾病(PD)之非反應者進行比較。對基線腫瘤上腫瘤浸潤性免疫細胞(IC)上之PD-L1表現與反應(客觀反應率)之關聯的評價為協同主要終點。PD-L1 IC狀態由腫瘤微環境(TME)中PD-L1陽性免疫細胞之百分比來定義：IC0 (＜ 1%)、IC1 (≥ 1%但＜ 5%)及IC2+ (≥ 5%)。
如先前在較小患者隊列中所發現，IC上之PD-L1表現與反應顯著相關，且具有高PD-L1表現(IC2+)之腫瘤展現最高CR率(圖 1A )。相對於具有較低PD-L1 IC評分(IC0/1)之患者，在具有高PD-L1 IC評分(IC2/3)之患者中觀測到來自阿替珠單抗之改良的OS益處(圖 8A )。在來自298名IMvigor210參與者之處理前組織中實施全轉錄組RNA測序，以評估與對阿替珠單抗之反應相關之特徵，且鑑別表現水準與IC上之PD-L1表現相關之基因(圖 1B )。干擾素-γ (IFN-γ)可誘導基因為相關性最高的基因之一。與CD8+ T效應子(Teff)細胞及免疫檢查點分子相關之基因集合(表 10 )顯示最大差異表現(圖 1B 及圖 1C )，該基因集合中之許多基因為IFN-γ刺激之基因。CD8+ Teff基因集合亦與反應顯著相關，尤其與CR顯著相關(圖 1D )。CD8+ Teff評分四分位數與總體存活率相關(圖 1U )。此表明IC上之PD-L1表現標記如下腫瘤組織，該腫瘤組織具有預先存在之CD8+ T細胞免疫性及適應性免疫阻抑，但仍準備對抗PD-L1療法作出反應。
表 10 ：用於印記分析之基因集合
實例 2 ：由增殖、 APOBEC 表現或 DNA 損傷修復缺陷驅動之腫瘤突變負荷 (TMB) 與對阿替珠單抗之反應相關
膀胱癌以及黑色素瘤及非小細胞肺癌以人類癌症中最高之體細胞TMB之一為特徵。對阿替珠單抗之反應與mUC中之TMB顯著相關，且此關聯在完整IMvigor210資料集中亦為顯著的(圖 1E )。TMB之相關性可能係經由增加之針對免疫原性新抗原之潛力而達成且與此一致，所預測之腫瘤新抗原負荷(TNB)亦與反應顯著相關(圖 1F )。TMB及TNB亦與OS相關(圖 1V 及圖 1W )。舉例而言，相對於具有低TMB之患者，在具有高TMB之患者中觀測到來自阿替珠單抗之改良的OS益處，使用中值TMB作為截止值(圖 8B )。在具有高TMB與高PD-L1 IC評分之患者中亦觀測到來自阿替珠單抗之改良的OS (圖 8C )。
接下來吾人評價了mUC中TMB之轉錄及突變相關性。首先，吾人實施了差異基因表現分析，隨後實施了基因集合富集分析。與TMB最顯著相關之路徑為參與細胞週期、DNA複製及DNA損傷、偵測及修復之彼等路徑(圖 1G ，表 9 )。此等路徑之印記與MKI67 相關，且因此與增殖相關(圖 1H )。其次，吾人觀測到脂蛋白元B mRNA編輯酶、催化多肽樣3A (APOBEC3A )及APOBEC3B (在膀胱癌及其他癌症中上調之兩種胞苷去胺酶)之表現水準與TMB及反應微弱但顯著地相關(圖 1I 及圖 1J )。第三，吾人檢查了DNA損傷反應(DDR)成員中之功能喪失型突變，或鑒於增殖速率之相關性，檢查了細胞週期調節基因集合與TMB之相關性。在包括與不包括(「具有/不具有(w/o)」)TP53 之情況下，在DDR基因集合中具有一或多個突變之腫瘤顯示顯著更高之反應率及TMB (圖 1K 及圖 1L ，表 11 )。表 11 顯示在包括與不包括TP53之情況下，測試DNA修復(DDR)及細胞週期調節基因集合與反應(CR/PR相較於SD/PD)及TMB (「類別」)之關聯。報導了屬於一基因集合之基因中具有至少一個突變之患者的數目(「突變體數目」)、效應大小(「估計值」)以及標稱p 值。MKI67表現及DNA複製評分亦與對阿替珠單抗之反應相關(圖 1Z )。
表 11 ： DNA 修復及細胞週期調節路徑之突變狀態及與反應及 TMB 之關聯
在細胞週期調節因子集合中具有一或多個突變之腫瘤亦展現顯著更高之TMB及反應率，不過此處與反應之關聯係由TP53 驅動的(圖 1M 及圖 1N ，表 11 及表 12 )。總之，此等結果證明多種因素(包括增殖、APOBEC活性及DDR或細胞週期調節之缺陷)促成膀胱癌中之TMB，從而使得對PD-L1阻斷之反應增加。在表 12 中，給出各所測試基因之符號及突變患者數目。測試了突變狀態與反應(CR/PR相較於SD/PD)及TMB (「類別」)之關聯。報導了效應大小(「估計值」)以及標稱(「p 」)及經調整之p 值(「p (調整)」)。最後兩欄指示給定基因是否為DDR及/或細胞週期調節(「CCReg」)基因集合之成員。
表 12 ：單基因之突變狀態及與反應及 TMB 之關聯
實例 3 ： TGF-β 軸與初級免疫逃逸相關
接下來，吾人設法鑑別除CD8+ T細胞免疫性及TMB以外與反應相關之任何其他特徵。與增殖與TMB之間的正關係一致，反應者中顯著地富含與DNA複製、細胞週期及組蛋白相關之基因集合(圖 1O ，表 8 )。基因集合富集分析亦將細胞介素間受體基因集合鑑別為僅有之與非反應相關的特徵(圖 1O ，表 8 )。重要地，此路徑內最顯著相關之基因為IFNGR1 及TGF-β信號傳導路徑中所涉及之基因，包括TGFB1 、ACVR1 及TGFBR2 。儘管已知IFN-γ對抗腫瘤免疫性具有有利影響，但此細胞介素亦正成為主要檢查點療法抗性及後天性免疫逃逸之關鍵參與者。在吾人之患有mUC之大患者隊列中，吾人觀測到反應者中IFN-γ之表現顯著增強，而非反應者中富含IFNGR1 表現。此與最近多項研究相一致，該等研究表明IFN-γ信號傳導促進多種T細胞抑制配位體之表現且誘導阻抑T細胞之表觀遺傳機制。
TGF-β為與多種腫瘤類型之不良預後相關之多效性細胞介素。通常認為TGF-β信號傳導係藉由促進免疫阻抑、血管生成、轉移、上皮間質轉變(EMT)、纖維母細胞活化及結締組織增生而在晚期癌症中發揮促腫瘤作用。在IMvigor210中，基於包含TGFB1 及TGFBR2 之兩個評分最高的TGF-β路徑基因之印記顯示非反應者中之平均表現增加(圖 1P )。TGFB1表現與不良客觀反應相關，且當由四分位數分割時，亦與降低之OS相關(圖 1X 及圖 1Y )。鑒於升高之TGF-β表現可能指示增加之T調節細胞功能、EMT及/或基質相關免疫阻抑，其可能在限制對阿替珠單抗之反應中發揮重要作用。
實例 4 ：三條核心路徑驅動對抗 PD-L1 療法之反應及抗性
總起來說，此等資料表明在膀胱癌中對檢查點抑制之反應係由三個核心生物學軸之組合決定的：預先存在之T細胞免疫性及TMB與對阿替珠單抗之反應正相關，而TGF-β路徑活性與疾病進展及缺乏反應相關(圖 1Q )。
為更好地瞭解該三條路徑如何相互關聯，且為揭示其在預測結果中之相對重要性，實施競爭模型之統計分析。使用邏輯斯諦回歸偽-R 2 作為對總體患者反應中「所解釋變異數」(亦即可歸因於生物輸入之患者反應中之變異百分比)之量度(參見例如Dobson等人, 見上文)。當考慮單一輸入時，CD8+ Teff印記解釋患者反應中5%之可變性，而2-基因TGF-β印記解釋16%且TMB解釋30% (圖 1R )。接下來，吾人詢問該三種生物輸入是否可互換，或者其是否獨立地有助於預測反應。組合所有三個軸之模型使患者反應之所解釋變異數增加至42%，且相對於各單軸模型均有所改良(圖 1R )。相對於所有雙軸模型，組合所有三個軸之模型亦有顯著改良(圖 1S )，指示各軸提供之資訊至少部分地獨立於其他兩個軸。
實例 5 ：分子分類學揭示反應與抗性驅動因素之間的關係
為突出上文所描述之三條路徑的現有構架之力量(亦即，預先存在之T細胞免疫性、TMB及TGF-β路徑活性)且說明TGF-β信號傳導之相關性，吾人探索了已確立之腫瘤分子亞型化與該三條路徑之間的關係。最近描述了基於基因表現之多種分類方法(Lerner等人, 見上文)。吾人先前將癌症基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas，TCGA)分類學(Calon等人,Nat. Genet. 47:320-329, 2015)應用於IMvigor210樣品，且亦探索了Lund分類學(Sjödahl等人,Clin. Cancer Res. 18:3377-3386, 2012；Sjödahl等人,Am. J. Pathol. 183:681-691, 2013)，該分類學將mUC進一步歸類為包括基因組不穩定(GU)亞型(圖 2A )。鑒於所證明之TMB之重要性，吾人假設反應者將顯著富含GU亞型。實際上，GU為高TMB腫瘤所富含(圖 2A-2C )，且其反應率(47.2%)較其他Lund亞型(17.6%)高得多(圖 2D )。GU亞型反應率之提高超過了在TCGA亞型之間觀測到的差異(圖 2E )，但出人意料地，此不會歸因於突變負荷，因為高TMB腫瘤同樣富含TCGA管腔II亞型(圖 2B 及圖 2C )。實際上，吾人藉由分開評估歸類為僅TCGA管腔II、僅Lund GU或二者之患者來鑑別差異來源(圖 2F )。儘管無論管腔II腫瘤之Lund標記如何，該等管腔II腫瘤均具有較高CD8+ Teff基因表現，但僅彼等亦歸類為GU之管腔II腫瘤具有低TGF-β印記。因此，不利之TGF-β印記導致不利之CD8 Teff與TGF-β比率，其在此患者組中超過了高TMB，從而導致不良反應。
已鑑別癌症基因組圖譜(TCGA)所定義之表現亞型與IMvigor210之個別隊列中對阿替珠單抗單一療法之臨床反應間的關聯。吾人已發現TMB與反應強相關，且此外其至少部分地由基因表現型式引起。出於此考慮，吾人探索了UC之替代分子分類Lund分類學(Sjödahl等人,Clin. Cancer Res. 18:3377-3386, 2012；Sjödahl等人,Am. J. Pathol. 183:681-691, 2013)，該分類學包括基因組不穩定(GU)亞型(圖 2A )。
Lund GU亞型之反應率較其他Lund亞型顯著更高(圖2D)，且對於高TMB腫瘤而言為高度富集的(圖 2B 及圖 2C )。Lund GU亞型對於TP53 (34%)及RB1 (43%)亦具有最高突變率，此與增殖與突變之間的關聯一致(圖 2A )。
基底/SCC樣(SCCL)及尿路上皮樣B (UroB)亞型與CD8+ T效應子基因之高表現及其相關物(包括IC上之高PD-L1表現)相關(圖 2A )。儘管此等腫瘤顯示與GU腫瘤類似之CR率，但總體反應率較低(圖 2D )。此可能部分地歸因於低TMB及TGF-β印記之相對富集(圖 2A 及圖 2G )。
藉由TCGA分類，尿路上皮樣A (UroA)腫瘤與管腔I亞型共有許多分子特徵，例如高FGFR3 、TP63 及WNT7B 表現(圖 2H )。在UroA亞型中觀測到之最小反應率可能反映低TMB及有限的預先存在之免疫性。
Lund浸潤亞型本身係歸因於T細胞與肌纖維母細胞之存在而命名的。根據此分類，浸潤之腫瘤具有升高之CD8+ T效應子基因表現，且亦具有與促腫瘤及免疫阻抑路徑(包括TGF-β)、基質活化及血管生成、細胞外基質及EMT相關之基因的最高相對表現，從而產生不利的CD8+ T效應子與TGF-β印記之比率(圖 2A 及圖 2G )。浸潤亞型亦具有最低中值TMB (圖 2B 及圖 2C )，且此與不利之CD8+ T效應子與TGF-β之比率組合與顯示最差反應率之浸潤亞型一致(圖 2D )。
實例 6 ： TGF-β 路徑活化限制免疫豁免型腫瘤中對抗 PD-L1 之反應
鑒於TGF-β信號傳導與基質組分之關聯以及基質細胞可能對CD8+ T細胞之負面影響，吾人接下來檢查了腫瘤免疫表型與對阿替珠單抗之反應之間的關係。吾人使用免疫組織化學來評估CD8+ T細胞浸潤，且基於TME中CD8+ T細胞之存在及位置，將腫瘤歸類為免疫沙漠表型、免疫豁免表型或免疫發炎表型(圖 3A )。膀胱腫瘤之顯著比例(約48%)展現免疫豁免表型，而免疫沙漠型腫瘤及免疫發炎型腫瘤各佔約26%。免疫豁免表型之特徵在於CD8+ T細胞主要位於腫瘤周圍基質區室中，與膠原纖維併存(藉由三色染色揭示；圖 3B )。
CD8 T細胞接近免疫豁免型腫瘤中之促結締組織增生性基質(圖 3A 及圖 3B )以及TGF-β配位體及受體基因表現與缺乏反應之關聯(圖 1O )均涉及TGF-β路徑。為更好地瞭解此路徑之作用，吾人考慮了兩種不同基因印記。第一個為2-基因印記(上文所描述之TGFB1 及TGFBR2 )，其代表路徑之輸入。2-基因輸入印記顯示在免疫表型間之表現水準沒有差異，而是僅在免疫豁免型腫瘤中在非反應者中有所升高(圖 3C )。研發了第二印記以特異性地量測來自不同組織之纖維母細胞中之TGF-β路徑輸出。「泛纖維母細胞TGF-β反應印記」(Pan-F-TBRS)包括19個基因，該等基因在一組源於六種組織之人類原代纖維母細胞株中由TGFB1 強烈且特異性地誘導。如同2-基因印記一樣，免疫豁免腫瘤中缺乏反應與較高之Pan-F-TBRS評分顯著相關(圖 3D )。與2-基因印記不同，Pan-F-TBRS評分在免疫發炎型與免疫豁免型腫瘤中均有所升高。然而，與2-基因TGF-β印記一致，Pan-F-TBRS僅在免疫豁免型腫瘤中將非反應者及反應者分層，且在治療後有所進展之患者中顯著富集。此等結果表明，所觀測到之TGF-β路徑基因與非反應之間的關聯可能至少部分地歸因於此路徑對組織微環境(TME)中之纖維母細胞的影響。
實例 7 ： TGF-β 抑制改良 T 細胞浸潤及對抗 -PD-L1 之治療反應
或許生物標記物分析之最出人意料的暗示為TGF-β路徑與IMvigor210中缺乏對阿替珠單抗之反應的關聯(圖 1O 、 1P 、 3C 及3D )。TGF-β信號傳導可能對腫瘤與免疫系統具有許多複雜影響，諸如在早期直接阻礙腫瘤生長、促進腫瘤EMT及轉移、有利於T調節細胞之發育以及促進腫瘤之基質投入。觀測到免疫豁免表型中Pan-F-TBRS含量升高表明TGF-β信號傳導對經活化基質之影響可能會導致T細胞流入量及功效受到限制。實際上，免疫豁免型腫瘤中不缺少經活化CD8+ T細胞(與免疫沙漠型腫瘤相反；圖 3A )，且其未展現低TMB (圖 3E )，表明T細胞因基質障壁而由腫瘤實質物理排斥為限制此組中對療法之反應的重要特徵。
因此，吾人建立了小鼠模型來研究TGF-β活化之基質的障壁作用。出於此目的，吾人利用EMT6小鼠乳癌模型，因為其概括了免疫豁免表型，其中T細胞與膠原纖維聯合定位於腫瘤周圍(圖 4A )，且所有TGF-β同種型及PD-L1皆表現於TME中(圖 4B 及圖 4C )。將EMT6腫瘤細胞原位植入BALB/c小鼠中。一旦腫瘤達至約160 mm3 ，即開始用抗PD-L1及/或1D11 (泛特異性TGF-β阻斷性抗體)進行處理。如由腫瘤中磷酸化SMAD2/3 (圖 4L )及血漿中VEGF-A (圖 4M )含量降低所證明，1D11處理減少TGF-β信號傳導。在患有經確定腫瘤之小鼠中，對PD-L1及TGF-β之雙重阻斷使得大多數小鼠之腫瘤完全消退，而單獨的抗PD-L1引起較少之完全消退(圖 4D-4F )。單獨阻斷TGF-β對活體內腫瘤生長沒有影響(圖 4D-4F )。雙重抗體阻斷亦使得腫瘤浸潤性T細胞之豐度增加(圖 4G-4I 及圖 4O )。在組合療法實驗組中，每一CD8+ T細胞之顆粒酶B含量亦增加(圖 4J 及圖 4N )。值得注意地，組合之PD-L1及TGF-β阻斷將T細胞之分佈自大多定位於腫瘤周圍改變為大多於腫瘤內之模式(圖 4G 、圖 4K 及圖 4O )。因此，TGF-β及PD-L1之雙重阻斷促進T細胞定位至腫瘤島且改良治療反應。
為更好地瞭解對此雙重阻斷之反應下的機制，吾人由四種處理條件中之每一者對腫瘤實施RNA測序。在用抗PD-L1與抗TGF-β之組合處理之小鼠腫瘤中，用於分析人類腫瘤之CD8+ Teff印記升高(圖 4P 及圖 4T )。儘管抗PD-L1單一療法增加Teff基因印記之表現，但影響不顯著(圖 4P )。此等結果表明，TGF-β抑制以顯著方式加強了抗PD-L1之影響，從而增強抗腫瘤免疫性。然後吾人評估了腫瘤內不同基質細胞群體中之TGF-β表現印記。在組合處理中Pan-F-TBRS顯著減少(圖 4Q )。相比之下，在與T細胞或巨噬細胞相關之TBRS中未觀測到減少(圖 4R )。與此等結果一致，EMT6腫瘤中之磷酸化流式分析證明，如由pSMAD2/3反映之TGF-β信號傳導在組合療法後在CD45−細胞中顯著減少，而在CD45 +細胞中未顯著減少(圖 4L )。可將TME中Teff印記及Pan-F-TBRS之競爭效應與Teff與Pan-F-TBRS之比率整合。此比率評分顯示在組合處理中與對照及單一抗體處理相比有所增加(圖 4S )。在用抗PD-L1與抗TGF-β之組合處理之小鼠腫瘤中CD8+ Teff基因之表現升高，而癌症相關纖維母細胞(CAF)重塑基因之表現減少(圖 4T 及圖 4U )。舉例而言，在用抗PD-L1與抗TGF-β之組合處理之小鼠腫瘤中，IFNG、GZMB及ζ鏈相關蛋白激酶70 (ZAP70)之表現升高，而在用抗PD-L1與抗TGF-β之組合處理之小鼠腫瘤中，離胺醯氧化酶同源物2 (LOXL2)、生腱蛋白C (TNC)及骨膜素(POSTN)之表現減少(圖 4U )。不期望受理論限制，TGF-β及PD-L1之雙重治療阻斷可能藉由將CAF再程式化及改變基質架構而將免疫豁免型腫瘤轉變為發炎型腫瘤。
總之，TGF-β之阻斷可與抗PD-L1抗體協同作用以增加腫瘤床中之CD8+ Teff細胞數目且驅動穩健抗腫瘤免疫性。儘管升高之TGF-β信號傳導可能具有其他後果，但此等結果與免疫豁免組中TGF-β活化之基質用於抑制Teff功能及物理地限制T細胞進入腫瘤本身中的觀點為一致的。
泛癌症印記
吾人對2期單臂研究中所招募之患者實施與對檢查點阻斷之反應及初級免疫逃逸相關之分子、細胞及腫瘤遺傳因素之綜合評估，該2期單臂研究測試阿替珠單抗在mUC中之功效。鑒於用於此分析之隊列的大小較大，吾人得出了關於決定反應之似然性之腫瘤特徵的若干重要功能性結論。實際上，發現三個生物學軸發揮不同且獨立之作用：(1)預先存在之免疫性，其如由IC上之PD-L1表現及CD8+ Teff活性之基因表現或組織學相關物所代表；(2) TMB，其係直接測得但亦在增殖及DNA損傷反應之分子印記中或影響此等過程之功能喪失型突變中有所反映；及(3) TGF-β路徑信號傳導。儘管各自對反應之多因素基礎有顯著貢獻，但TGF-β信號傳導及TMB一起針對膀胱癌提供最大解釋能力。
基於TGF-β印記在非反應免疫豁免型mUC腫瘤中之富集，以及在抵消因非反應而富集之Lund亞型中之高TMB及/或預先存在之免疫性中的可能之作用，吾人假設TGF-β信號傳導可能會抵消抗腫瘤免疫性。為測試此假設且更好地理解TGF-β在約束對免疫檢查點阻斷之反應中的功能作用，吾人使用模仿患者中免疫豁免型腫瘤之若干態樣的小鼠模型。在此模型中，同時抑制TGF-β及PD-L1信號傳導將腫瘤自豁免表型轉化為發炎表型，使得CD8+ Teff細胞之腫瘤浸潤增強且腫瘤消退顯著增加。
預期對本文所描述之免疫療法之反應的多因素基礎可適用於除膀胱癌以外之其他腫瘤類型，且藉由考慮所有三個軸，可進一步改良對免疫檢查點阻斷之泛癌症反應率。同樣，預期對抗PD-L1療法之反應及抗性之決定因素可擴展至其他免疫檢查點抑制劑。
總之，此等資料支持使用本文所描述之生物標記物及印記(例如pan-F-TBRS)作為(例如)用於預測及監測癌症患者(例如膀胱癌患者)對抗癌療法之反應的預測性及藥效學生物標記物，該抗癌療法包括免疫療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑，諸如抗PD-L1抗體(例如阿替珠單抗))及阻抑性基質拮抗劑(例如TGF-β拮抗劑，諸如抗TGF-β抗體)。
VII. 其他實施例
儘管已出於清楚瞭解之目的藉由說明及實例之方式相當詳細地描述了前述發明，但該等描述及實例不應視為限制本發明之範疇。本文所引用之所有專利及科學文獻之揭示內容皆以全文引用之方式明確地併入本文中。
本申請案含有至少一個以彩色製作之圖式。帶有彩色圖式之本專利或專利申請案之拷貝將在提出請求並支付必要費用後由專利局提供。
圖 1A 為表明腫瘤浸潤性免疫細胞(IC)上之程式化死亡配位體1 (PD-L1)蛋白質表現與對阿替珠單抗之反應相關(費雪精確測試(Fisher exact test)；p = 0.0038)的圖。IC2+腫瘤具有顯著更高之完全反應(CR)率(p = 0.0006)，但在所有IC水準範圍內部分反應者(PR)之比例為類似的(p = 0.53)。
圖 1B 為顯示與IC上PD-L1免疫組織化學(IHC)陽性相關之基因的圖。將經正規化之log2 轉換之基因表現與PD-L1 IC蛋白質表現進行比較，並繪製經調整之p 值(−log10 轉換，y軸)及相關效應大小(x軸)之圖形。干擾素γ刺激(「IFNg誘導型」)基因及先前報導之CD8 T效應子及免疫檢查點分子基因集合最顯著地上調。
圖 1C 及圖 1D 為顯示CD8 T效應子印記評分與PD-L1 IC或反應之間的關聯的一系列圖。CD8+ T效應子印記評分(y軸)係針對PD-L1 IC評分(圖 1C )及反應類別(圖 1D )來繪製的。在印記評分與PD-L1 IC染色(p = 4.2 × 10− 35 )及對阿替珠單抗之反應(p = 0.0087)之間存在顯著正相關。CD8 T效應子印記與反應之間的關聯係由CR組驅動的，該CR組具有顯著更高之CD8 T效應子印記(t 測試；p = 0.002)；其他三個反應組之間的差異不顯著(變異數分析(ANOVA)p = 0.08)。
圖 1E 及圖 1F 為顯示反應狀態與腫瘤突變負荷(TMB)或腫瘤新抗原負荷(TNB)之間的關係的一系列圖。顯示了如藉由Foundation Medicine之FOUNDATIONONE® (在本文亦稱為「FMOne」)面板(圖 1E )或針對經預測為所表現新抗原之彼等突變之全外顯子組過濾(圖 1F )所測定的每百萬鹼基突變(y軸)。兩個度量均與對阿替珠單抗之反應正相關(對於基於FMOne之突變，威爾克森(Wilcoxon)p = 1.4 × 10− 7 ，對於所預測之新抗原，威爾克森p = 5.3 × 10− 9 )。
圖 1G 為顯示富含表現與TMB相關之基因的KEGG路徑的圖。顯示了關於顯著(FDR ＜ 0.05)富含與TMB相關之基因的KEGG基因集合之富集的經調整-log10 p值。經推斷反映關鍵潛在生物過程之集合之色彩如下：增殖(藍綠色)、DNA損傷反應(DDR) (洋紅色)、TGF-β信號傳導(橙色)。僅顯示了每個集合之前七個基因(按單基因p值排序)。
圖 1H 為顯示不同基因表現印記之間的關係以及增殖標記物MKI67之單基因表現值的圖。在左側角落，目視觀測到印記評分/基因表現之間的相關性；在右側角落，給出了皮爾森相關係數(Pearson correlation coefficient)。基因集合成員在表 10 中給出。關於計算印記評分之資訊參見實例1。Pan-F-TBRS：泛纖維母細胞TGF-β反應印記。
圖 1I 及圖 1J 為顯示脂蛋白元B mRNA編輯酶、催化多肽樣(APOBEC) 3A (圖 1I )及APOBEC3B (圖1J)基因表現及其與反應及TMB之關聯的一系列圖。基因表現之正規化log2 轉變之計數顯示於y軸上；反應類別及TMB顯示於x軸上。APOBEC3A (p = 0.015)與APOBEC3B (p = 0.0025)在反應者中展現較高之平均表現。對於TMB，給出了皮爾森相關係數及p 值。繪製了基因表現與TMB之間的關係的趨勢線。對於圖 1J ，當計算基因表現與TMB之間的相關性時，排除兩個極端表現離群值。
圖 1K 為表明DDR基因之突變與TMB相關的圖。列中為基因且行中為患者，其中突變用黑色矩形來標記。上部條形圖描繪TMB，其中患者自高TMB至低TMB排列。下部各列表示整條路徑(包括或不包括TP53)之突變狀態。在左側給出攜帶基因或路徑突變之患者的百分比。
圖 1L 為顯示DDR基因之逐集突變狀態相較於反應之圖。若患者在一或多個DDR基因(不包括TP53 )中有突變，則將其標記為DDR突變體。針對該兩個患者子組對反應者(CR/PR)及非反應者(穩定疾病(SD)/進展性疾病(PD))之分數進行繪圖。DDR突變狀態與反應之間存在顯著關聯(p = 0.0117)。
圖 1M 為表明細胞週期調節基因之突變與TMB相關的圖。基因按列繪製且患者按行繪製，用黑色矩形標記具有突變之患者。上部條形圖描繪各患者之TMB，且患者自TMB高至TMB低排列。最後幾列表示整條路徑(包括或不包括TP53)之突變狀態。圖形左側之百分比指示盛行率。與TMB有顯著單基因關聯之基因標有星號。
圖 1N 為顯示根據反應之細胞週期調節(CCR)路徑中之突變狀態的圖。對於各患者，確定除TP53外其是否在屬於CCR路徑之基因中有任何突變。若患者在CCR路徑基因中有突變，則將其稱為該路徑之突變體。否則，將其視為非突變體。針對該兩個患者子組對反應者(CR/PR)及非反應者(SD/PD)之分數進行繪圖。排除TP53，CCR路徑之突變狀態與反應之間不存在關聯(p = 0.31104；表 6 )。
圖 1O 顯示與對阿替珠單抗之反應顯著相關之KEGG路徑。顯示了顯著(經調整p ＜ 0.1)富含與反應相關之基因的KEGG路徑之經調整-log10 p值。經推斷反映關鍵潛在生物過程之集合之色彩如下：增殖(藍綠色)、DDR (洋紅色)、TGF-β信號傳導(橙色)。僅顯示了每個集合之前七個基因(按單基因p 值排序)。差異表現基因之完整列表在表 3 中給出。
圖 1P 為表明包括TGFB1 及TGFBR2 之TGF-β 2-基因印記(y軸)與缺乏對阿替珠單抗之反應顯著相關(p = 9.6 × 10− 6 )的圖。
圖 1Q 為三個核心軸、詢問彼等軸之分析與患者反應之間的關係之示意圖。
圖 1R 為顯示患者反應之所解釋變異數的圖。使用二元反應(CR/PR對SD/PD)作為因變數且使用來自單一輸入或輸入組合之評分(x軸)作為自變數，擬合廣義線性模型。反應之所解釋變異數百分比繪製於y軸上。經由似然比測試在不同模型之間進行比較。包括DNA (TMB)及RNA標記物(CD8+ T效應子(Teff)及TGF-β 2-基因集合)之模型解釋了反應中觀測到之變異數的42%，且該變異數在所有單例模型上皆顯著改良。
圖 1S 為顯示所解釋之患者反應變異的圖。使用二元反應(CR/PR對SD/PD)作為因變數且使用來自單一輸入或輸入組合之評分(x軸)作為自變數，擬合廣義線性模型。反應之所解釋變異數百分比繪製於y軸上。經由似然比測試在不同模型之間進行比較；顯著p值意謂附加變數為該模型貢獻了獨立資訊。包括TMB以及Teff及TGF-β 2-基因印記之三元模型解釋了反應中觀測到之變異數的42%且在所有單例及雙生物學模型上皆顯著改良。此表明所有三種生物皆具有非冗餘解釋價值。
圖 1T 為顯示所解釋之患者反應變異的圖。使用二元反應(CR/PR對SD/PD)作為因變數且使用來自單一輸入或輸入組合之評分(x軸)作為自變數，擬合廣義線性模型。反應之所解釋變異數百分比繪製於y軸上。經由似然比測試在不同模型之間進行比較。TMB與反應之間的關聯顯著強於其替代性量測(APOBEC3B表現、MKI67表現或DDR集合成員之突變)。APOBEC3B及DDR基因集合突變未提供獨立於TMB直接量測之額外解釋資訊。將TMB與MKI67表現組合較單獨TMB確實略有改良，此可能係藉助MKI67與TFG-β之負關聯達成的(參見圖 1H )。
圖 1U 為表明Teff印記評分四分位數(「四分之一」)與總體存活率(OS)相關(p = 0.0092)之圖。
圖 1V 為表明TMB與總體存活率(OS)相關(似然比測試p = 2 × 10-5 )之圖。
圖 1W 為表明TNB與OS相關(似然比測試p = 0.00015)之圖。
圖 1X 為表明TGFB1 表現與不良客觀反應相關(p = 0.0001)之圖。
圖 1Y 為表明TGFB1 表現四分位數與降低之OS相關之圖。
圖 1Z 為表明MKI67表現(左圖)及DNA複製評分(右圖)與對阿替珠單抗之反應相關的一系列圖。
圖 2A 為呈現所有所評估患者之熱圖，該等患者係按照分子亞型且然後按反應進行排列。為進行比較，給出了免疫細胞(IC)及腫瘤細胞(TC) PD-L1狀態。此外，亦顯示了相關關鍵基因之TMB及突變狀態(灰色：沒有突變資料之患者)。熱圖之各列顯示了相關基因之表現(Z分值)，其分組至以下路徑中：A：FGFR3 基因印記，B：Teff印記，C：抗原處理機制，D：免疫檢查點印記，E：MKI67 及細胞週期基因，F：DNA複製依賴性組蛋白，G：DNA損傷修復基因，H：細胞外基質(ECM)組織基因集合，I：TGF-β 2-基因印記，J：血管生成印記，K：上皮-間質轉變(EMT)標記物，及L：癌症相關纖維母細胞基因。
圖 2B 為顯示針對Lund (左圖)及TCGA亞型(右圖) (x軸)繪製之TMB (y軸)的圖。Lund基因組不穩定亞型(威爾克森測試；p = 0.0002)及TCGA管腔II亞型(p = 5.94 × 10-5 )具有較高之中值TMB。UroA：尿路上皮樣A，GU：基因組不穩定，Inf：浸潤，UroB：尿路上皮樣B，SCCL：SCC樣。
圖 2C 為顯示基於中值TMB將患者分至TMB低(灰色)及TMB高(黑色)子組中之圖，且分別針對Lund (左圖)及TCGA (右圖)分子亞型中之每一者顯示了該兩個子組中之患者分數。
圖 2D 為顯示藉由Lund分子亞型劃分之所指示反應類別中之每一者的患者分數的圖。與所有其他亞型相比，GU亞型具有顯著更高之反應率(費雪精確測試；p = 1.6 × 10− 5 )。
圖 2E 為顯示藉由TCGA亞型劃分之所指示反應類別中之每一者的患者分數的圖。儘管管腔II子組達成最高反應率，與先前針對單獨耐鉑(platinum-resistant)隊列所報導之結果一致，但管腔II與其他子組之間的差異並不顯著(費雪精確測試；p = 0.12)。
圖 2F 為表明TGF-β可能為Lund GU及TCGA管腔II亞型中差異反應之驅動子的圖。Venn圖呈現進一步細分之三個子組：(i) Lund亞型化為GU但不包括TCGA管腔II (僅GU)，(ii) GU Lund管腔II (GU與II)，或(iii)管腔II，但不包括GU (僅II)。該熱圖顯示該等子組(行)中CD8 Teff及TGF-β 2-基因印記以及TMB之評價。在計算各組之中值之前，對相關生物學(列)進行尺度轉換。紅色意謂高，藍色意謂低。如條形圖中所示，三個子組之間的反應有顯著差異(p = 0.00062)：雖然「僅GU」及「GU與II」具有高分數之部分及/或完全反應者，但「僅II」顯示有限反應。Teff − TGF-β指示CD8 Teff印記評分減去TGF-β 2-基因印記評分。
圖 2G 為顯示相對於分子亞型之MKI67表現及相關印記以及TMB之評價的熱圖。在計算各Lund (左)及TCGA (右)分子亞型(行)之中值之前，對相關生物學進行尺度轉換。紅色意謂高，藍色意謂低。DNA rep.：DNA複製。
圖 2H 為顯示Lund與TCGA亞型化方案之間的比較的熱圖。該熱圖呈現所有所評估患者(沒有明確反應之患者除外)，按行排列且首先按分子亞型排列，然後按對阿替珠單抗之反應排列。對於左手圖，根據基於TCGA之亞型化方案對患者進行排列；對於右手圖，根據基於Lund之亞型化方案對患者進行排列(如圖 2A )。給出了IC及TC PD-L1狀態。此外，顯示了一些相關基因之TMB及突變狀態(突變的，黑色或未突變的，白色；灰色指示沒有突變資料之患者)。該熱圖之各列顯示相關基因之表現(z評分)，該等基因係分組至以下生物/路徑中：TCGA：TCGA亞型化基因，A：FGFR3基因印記，B：Teff印記，C：抗原處理機制，D：免疫檢查點印記，E：MKI67及細胞週期基因，F：DNA複製依賴性組蛋白，G：DNA損傷修復基因，H：ECM基因集合：I：TGFB 2-基因印記，J：血管生成印記，K：EMT標記物，及L：Pan-F-TBRS基因(關於此等印記之細節參見實例1)。
圖 3A 為一系列圖像顯示三種腫瘤免疫表型免疫「沙漠型」、免疫「豁免型」及免疫「發炎型」之組織學。基於針對CD8+ T細胞之存在進行免疫組織化學染色之福馬林固定、石蠟包埋(FFPE)的切片將腫瘤歸類為三種免疫表型實體中之一者。該歸類係基於CD8+細胞之盛行率以及關於惡性上皮細胞之浸潤模式。當CD8+細胞之盛行率(在200×之放大倍數下，腫瘤及腫瘤相關基質區域中之CD8+細胞＜10個；在較大樣本中，以10個代表性視野之平均值的形式對此進行計算)較低時，將腫瘤歸類為「沙漠型」。若在緊鄰或位於主要腫瘤團塊內之基質中排他性地觀測到CD8+細胞，則將腫瘤歸類為「豁免型」。若觀測到CD8+細胞與惡性上皮細胞(以基質浸潤物溢出進入腫瘤細胞聚集物中或CD8+細胞於腫瘤細胞聚集物或層片中之瀰漫性浸潤的形式)直接接觸，則將腫瘤歸類為「發炎型」。由於通常以局灶方式觀測到此等特徵，故在腫瘤病灶中之任何此類觀測均使得歸類為「發炎型」。H&E，蘇木素及伊紅染色。
圖 3B 為顯示在FFPE切片上實施以目視觀測CD8+ T細胞及膠原基質之空間分佈之組合CD8 IHC-三色染色的圖像。藉由3,3′-二胺基聯苯胺(DAB)染色(棕色)描繪之CD8+ T細胞主要位於膠原(藍色)基質內(白色箭頭)。罕見之CD8+ T細胞散佈在腫瘤細胞之間(綠色箭頭)。
圖 3C 及圖 3D 為顯示各腫瘤免疫表型組內TGF-β 2-基因印記及泛纖維母細胞TGF-β反應印記(Pan-F-TBRS)評分與反應狀態之間的關係的一系列圖。TGF-β 2-基因印記(圖 3C )或Pan-F-TBRS (圖 3D )評分(y軸)係按免疫表型及反應組來繪製的。圖 3C 表明各免疫表型中之TGF-β 2-基因印記為類似的，但僅在豁免表型中與反應顯著相關(經調整p = 5.7 × 10− 5 ；對三次測試進行邦費羅尼(Bonferroni)校正之t 測試p 值)。相互作用之似然比測試證實TGF-β印記與反應之間的表型特異性關係(p = 0.02251)。圖 3D 表明Pan-F-TBRS僅在豁免表型中與反應顯著相關(經調整p = 0.0066；對三次測試進行邦費羅尼校正之t 測試p值)。
圖 3E 為顯示針對腫瘤免疫表型繪製之TMB (y軸)的圖。癌症免疫表型之間的TMB不存在顯著差異(克瓦氏(Kruskal Wallis)p = 0.091)。
圖 4A 為顯示藉由免疫螢光染色之EMT6腫瘤中之膠原(綠色)及T細胞(CD3，紅色)的一系列圖像。
圖 4B 為顯示藉由RNA測序(RNAseq)定量整個EMT6腫瘤中之TGF-β及PD-L1 RNA的圖。正位接種腫瘤，且當體積達至300 mm3 時進行收集(N = 5；資料來自一個實驗)。
圖 4C 為顯示藉由酶聯免疫吸附分析(ELISA)定量整個EMT6腫瘤內之TGF-β蛋白的圖。在接種後14天時收集腫瘤，快速冷凍，並溶解以進行蛋白質定量(N = 4；資料來自一個實驗)。
圖 4D-4F 為顯示研究結果之一系列圖，在該等研究中BALB/c小鼠在乳腺脂肪墊中正位接種了EMT6腫瘤細胞。在接種後大約8天腫瘤體積達至≈ 160 mm3 (平均值± SD，161.8 ± 20.2 mm3 )時，用同型對照、抗PD-L1抗體、抗TGF-β抗體或抗PD-L1抗體與抗TGF-β抗體之組合處理小鼠。藉由測徑器每週兩次量測腫瘤並持續大約八週。當腫瘤體積下降至低於32 mm3 (偵測下限)時，將其視為CR (100%腫瘤生長抑制)。圖 4D 顯示2-6項獨立研究中CR之百分比。****p ＜ 0.0001，藉由單因子ANOVA、西達克(Sidak)多重比較測試測得。圖 4E 顯示各個別小鼠之腫瘤生長曲線。資料來自六個獨立實驗之一個代表，其中每組10隻小鼠。圖 4F 顯示與基線(處理開始)相比之腫瘤體積變化。資料來自6個獨立實驗之一個代表，其中每組10隻小鼠。
圖 4G 為顯示在開始如圖 4D-4F 中所描述之處理後七天時，藉由IHC及數位成像評價之腫瘤浸潤性淋巴球(TIL)之分佈的一系列圖像。棕色指示代表性CD3染色。線狀比例尺，100微米。
圖 4H-4J 為顯示在開始如關於圖 4D-4F 所描述之處理後七天時TIL之細胞螢光計數的一系列圖。顯示了總T細胞(圖 4H )、CD8+ T細胞(圖 4I )之豐度以及CD8+ T細胞中顆粒酶B之平均螢光強度(MFI) (圖 4J ) (所有組N = 15，除了單獨抗TGF-β抗體中N = 10；資料來自三個組合實驗，表示為相對於每毫克之同型細胞平均值的倍數變化)。*p ＜ 0.05；**p ＜ 0.01；****p ＜ 0.0001，藉由單因子ANOVA、西達克多重比較測試測得。
圖 4K 為顯示開始如圖 4D-4F 中所描述之處理後7天時之TIL定位定量的圖。T細胞係藉由IHC來染色(如圖 4G 中)，且其定位係以數位方式來分析。CD3 T細胞距腫瘤周邊之經正規化之平均距離係以百分比來顯示(N = 19-20；資料來自三個組合實驗)。****p ＜ 0.0001，藉由杜凱氏(Tukey) HSD多重比較測試測得。
圖 4L 為顯示開始如圖 4D-4F 中所描述之處理後7天時腫瘤中SMAD2/3之磷酸化流式分析的圖。顯示了總細胞、CD45-及CD45+細胞中磷酸SMAD2/3之MFI。資料表示為相對於同型MFI平均值之倍數變化(FC)。10隻小鼠/組，來自兩個組合實驗。*，p ＜ 0.05；**，p ＜ 0.01，單因子ANOVA，鄧奈特氏多重比較測試(Dunnett’s multiple comparisons test)，與同型相比。
圖 4M 為顯示開始如圖 4D-4F 中所描述之處理後七天時藉由ELISA定量血漿中之VEGF-A蛋白的圖。N=8，來自一個實驗。p = 0.0194，單因子ANOVA，鄧奈特氏多重比較測試，與同型相比。
圖 4N 為顯示在開始如圖 4D-4F 中所描述之處理後7天時T細胞之細胞螢光分析的圖。顯示了GzmB+ CD8 T細胞之百分比。所有組N=15，除了單獨抗TGF-β中N=10。此等資料來自三個組合實驗，表示為相對於每毫克之同型細胞平均值之倍數變化。**，p ＜ 0.01，單因子ANOVA，西達克多重比較測試。
圖 4O 為顯示在開始如圖 4D-4F 中所描述之處理後7天時如藉由免疫組織化學及數位成像所評價之TIL分佈的圖。棕色指示代表性CD3染色。線狀比例尺，500微米。
圖 4P-4S 為顯示在開始如圖 4D-4F 中所描述之處理後7天時對所收集之整個腫瘤之RNAseq分析的一系列圖。顯示了不同處理實驗組中之Teff評分(圖 4P )、Pan-F-TBRS評分(圖 4Q )、T細胞及巨噬細胞印記評分(圖 4R )以及Teff對Pan-F-TBRS之比率(圖 4S )。*p ＜ 0.05；**p ＜ 0.01；***p ＜ 0.001。
圖 4T 為顯示開始如關於圖 4D-4F 描述之處理後Teff及癌症相關纖維母細胞重塑(CAF)基因之表現的熱圖。抗TGF-β與抗PD-L1組合之治療性投與促進T細胞浸潤及CAF重塑，從而引起完全反應。
圖 4U 為顯示在開始如關於圖 4D-4F 描述之處理後所指示基因之表現的一系列圖。抗TGF-β與抗PD-L1組合之治療性投與使得Teff基因(包括IFNG、GZMB及ZAP70)之表現增加(頂部)以及CAF基因(包括LOXL2、TNC及POSTN)之表現減少(底部)。RPKM，每百萬個映射讀段中每千鹼基之讀段數。
圖 5 為顯示可評價功效之患者群體與全轉錄組(RNAseq)、FMOne、癌症免疫分型及全外顯子組測序(WES)資料之重疊(對於此等分析中之一或多者，n=326)的Venn圖。對於關於反應之基因表現分析，使用完整RNAseq資料集(n=298)。對於TMB或免疫表型情況下之基因表現分析，分別使用RNAseq與FMOne (n=237)或免疫表型(n=244)之間的交集。對於圍繞免疫表型之突變分析，使用FMOne與免疫表型之間的交集(n=220)。對於反應或基因突變狀態與TMB之間的關聯，使用完整FMOne資料集(n=251)。
圖 6A-6C 為表明6-基因印記(「6TBRS」)之高表現與不良預後(圖 6A )及缺乏來自阿替珠單抗單一療法之益處(圖 6B 及圖 6C )相關的一系列圖。圖 6A 顯示來自6-基因印記、TGFB1、TGFB2及TGFB3之TCGA結腸直腸癌資料集之資料。圖 6B 顯示來自6-基因印記、TGFB1、TGFB2及TGFB3之IMvigor210 UC資料集之資料。圖 6C 顯示來自TGFB1+TGFBR2及6-基因印記之POPLAR NSCLC資料集之資料。
圖 7A 為表明6-基因印記(在本文中亦稱為「curTBRS」)之表現與缺乏對阿替珠單抗之反應相關的圖。
圖 7B 為表明在CMS4分子亞型(CRC患者之不良存活亞組)中富含6-基因印記之高表現的圖。
圖 8A-8C 為表明高TMB及高PD-L1 IC評分與來自阿替珠單抗療法之改良之OS益處相關的一系列圖。圖 8A 按PD-L1狀態顯示OS；圖 8B 按TMB狀態顯示OS；且圖 8C 按組合之PD-L1 IC及TMB狀態顯示OS。

Claims (139)

  1. 一種鑑別可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的患有癌症之個體的方法，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之三者或更多者的表現水準： ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2， 其中該樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之三者或更多者的表現水準等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的個體。
  2. 一種用於為患有癌症之個體選擇療法的方法，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之三者或更多者的表現水準： ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2， 其中該樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之三者或更多者的表現水準等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的個體。
  3. 如申請專利範圍第1項或第2項之方法，其中該樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之三者或更多者的該表現水準等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準，且該方法進一步包括向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法。
  4. 如申請專利範圍第1項至第3項中任一項之方法，其中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之至少四者、至少五者或所有六者的該表現水準等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準。
  5. 如申請專利範圍第1項至第4項中任一項之方法，其中TGFB1及/或TGFBR1之該表現水準等於或高於TGFB1及/或TGFBR1之參考水準。
  6. 如申請專利範圍第4項或第5項之方法，其中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之該表現水準等於或高於ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之參考表現水準。
  7. 一種治療患有癌症之個體的方法，該方法包括： (a) 測定來自該個體之樣品中以下基因中之三者或更多者的表現水準： ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2， 其中該樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之三者或更多者之該表現水準經測定等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準；及 (b) 基於步驟(a)中測定之該三個或更多個基因之該表現水準，向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法。
  8. 如申請專利範圍第7項之方法，其中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之至少四者、至少五者或所有六者的該表現水準經測定等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準。
  9. 如申請專利範圍第7項或第8項之方法，其中TGFB1及/或TGFBR1之該表現水準經測定等於或高於TGFB1及/或TGFBR1之參考水準。
  10. 如申請專利範圍第7項至第9項中任一項之方法，其中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之該表現水準經測定等於或高於ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之參考表現水準。
  11. 一種治療患有癌症之個體的方法，該方法包括向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法，其中在治療之前，樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之三者或更多者的表現水準已經測定等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準。
  12. 如申請專利範圍第11項之方法，其中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之至少四者、至少五者或所有六者之該表現水準已經測定等於或高於該三個或更多個基因之參考表現水準。
  13. 如申請專利範圍第11項或第12項之方法，其中TGFB1及/或TGFBR1之該表現水準已經測定等於或高於TGFB1及/或TGFBR1之參考水準。
  14. 如申請專利範圍第11項至第13項中任一項之方法，其中該樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之該表現水準已經測定等於或高於ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1及TGFBR2之參考表現水準。
  15. 一種鑑別可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的患有癌症之個體的方法，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者的表現水準： ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2， 其中該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP，且其中該樣品中該一或多個基因之表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的個體。
  16. 一種用於為患有癌症之個體選擇療法的方法，該方法包括測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者的表現水準： ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2， 其中該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP，且其中該樣品中該一或多個基因的表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的個體。
  17. 如申請專利範圍第15項或第16項之方法，其中該樣品中該一或多個基因之該表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準，且該方法進一步包括向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法。
  18. 如申請專利範圍第15項至第17項中任一項之方法，其中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者或所有六者之該表現水準等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。
  19. 如申請專利範圍第15項至第18項中任一項之方法，其中TGFB1及/或TGFBR1之該表現水準等於或高於TGFB1及/或TGFBR1之參考水準。
  20. 一種治療患有癌症之個體的方法，該方法包括： (a) 測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者的表現水準： ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2， 其中該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP，且其中該樣品中該一或多個基因之該表現水準經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準；及 (b) 基於步驟(a)中測定之該一或多個基因之該表現水準，向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法。
  21. 如申請專利範圍第20項之方法，其中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者或所有六者的該表現水準經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。
  22. 如申請專利範圍第20項或第21項之方法，其中TGFB1及/或TGFBR1之該表現水準等於或高於TGFB1及/或TGFBR1之參考水準。
  23. 一種治療患有癌症之個體的方法，該方法包括向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法，其中在治療之前，樣品中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者的表現水準已經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準，其中該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP。
  24. 如申請專利範圍第23項之方法，其中ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者或所有六者的該表現水準已經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。
  25. 如申請專利範圍第24項之方法，其中TGFB1及/或TGFBR1之該表現水準等於或高於TGFB1及/或TGFBR1之參考水準。
  26. 一種用於評價患有癌症之個體對利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法的治療之反應的方法，該方法包括： (a) 在向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法期間或之後的一時間點，測定來自該個體之樣品中以下基因中之五者或更多者的表現水準： ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1；及 (b) 基於該樣品中該五個或更多個基因之該表現水準與該五個或更多個基因之參考表現水準的比較來維持、調整或停止該治療， 其中與該五個或更多個基因之該參考表現水準相比，來自該個體之該樣品中該五個或更多個基因之該表現水準的變化指示對利用該抗癌療法之治療的反應。
  27. 如申請專利範圍第26項之方法，其中該方法包括測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者的該表現水準。
  28. 如申請專利範圍第27項之方法，其中該方法包括測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1的該表現水準。
  29. 如申請專利範圍第26項至第28項中任一項之方法，其中相對於該五個或更多個基因之參考表現水準，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者的該表現水準有所變化。
  30. 如申請專利範圍第29項之方法，其中相對於ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1之參考表現水準，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1之該表現水準有所變化。
  31. 如申請專利範圍第26項至第30項中任一項之方法，其中該變化為該五個或更多個基因之該表現水準增加且調整或停止該治療。
  32. 如申請專利範圍第26項至第30項中任一項之方法，其中該變化為該五個或更多個基因之該表現水準降低且維持該治療。
  33. 一種用於監測患有癌症之個體對利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法的治療之反應的方法，該方法包括： (a) 在向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法期間或之後的一時間點，測定來自該個體之樣品中以下基因中之五者或更多者的表現水準： ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1；及 (b) 將來自該個體之該樣品中該五個或更多個基因之該表現水準與該五個或更多個基因之參考表現水準進行比較，從而監測經歷利用該抗癌療法之治療之該個體的反應。
  34. 如申請專利範圍第33項之方法，其中該方法包括測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者的該表現水準。
  35. 如申請專利範圍第34項之方法，其中該方法包括測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1之該表現水準。
  36. 如申請專利範圍第33項至第35項中任一項之方法，其中相對於該五個或更多個基因之參考表現水準，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者的該表現水準有所變化。
  37. 如申請專利範圍第36項之方法，其中相對於ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1之參考表現水準，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1及TPM1之該表現水準有所變化。
  38. 如申請專利範圍第33項至第37項中任一項之方法，其中該五個或更多個基因之該表現水準增加指示該個體對該治療沒有反應。
  39. 如申請專利範圍第33項至第37項中任一項之方法，其中該五個或更多個基因之該表現水準降低指示該個體對該治療有反應。
  40. 一種用於評價患有癌症之個體對利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法的治療之反應的方法，該方法包括： (a) 在向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法期間或之後的一時間點，測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者的表現水準： ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1， 其中該一或多個基因至少包括ADAM19、ACTG2、CNN1、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1；及 (b) 基於該樣品中該一或多個基因之該表現水準與該一或多個基因之參考表現水準的比較來維持、調整或停止該治療， 其中來自該個體之該樣品中該一或多個基因之該表現水準與該一或多個基因之該參考表現水準相比的變化指示對利用該抗癌療法之治療的反應。
  41. 如申請專利範圍第40項之方法，其中該方法包括測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者的該表現水準。
  42. 如申請專利範圍第40項或第41項之方法，其中相對於該一或多個基因之參考表現水準，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者的該表現水準有所變化。
  43. 如申請專利範圍第40項至第42項中任一項之方法，其中該變化為該一或多個基因之該表現水準增加且調整或停止該治療。
  44. 如申請專利範圍第40項至第43項中任一項之方法，其中該變化為該一或多個基因之該表現水準降低且維持該治療。
  45. 一種用於監測患有癌症之個體對利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法的治療之反應的方法，該方法包括： (a) 在向該個體投與包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法期間或之後的一時間點，測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者的表現水準： ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1， 其中該一或多個基因至少包括ADAM19、ACTG2、CNN1、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1；及 (b) 將來自該個體之該樣品中該一或多個基因之該表現水準與該一或多個基因之參考表現水準進行比較，從而監測經歷利用該抗癌療法之治療之該個體的反應。
  46. 如申請專利範圍第45項之方法，其中該方法包括測定ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者的該表現水準。
  47. 如申請專利範圍第45項或第46項之方法，其中相對於該五個或更多個基因之參考表現水準，ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者、至少八者、至少九者、至少十者、至少十一者、至少十二者、至少十三者、至少十四者、至少十五者、至少十六者、至少十七者、至少十八者或所有十九者的該表現水準有所變化。
  48. 如申請專利範圍第45項至第47項中任一項之方法，其中該一或多個基因之該表現水準增加指示該個體對該治療沒有反應。
  49. 如申請專利範圍第45項至第47項中任一項之方法，其中該一或多個基因之該表現水準降低指示該個體對該治療有反應。
  50. 如申請專利範圍第1項至第49項中任一項之方法，其進一步包括測定該樣品中一或多個選自由以下各項組成之群的其他基因之該表現水準：PD-L1、CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21。
  51. 如申請專利範圍第50項之方法，其中該一或多個其他基因為PD-L1。
  52. 如申請專利範圍第50項之方法，其中該一或多個其他基因係選自由以下各項組成之群：CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21。
  53. 如申請專利範圍第52項之方法，其中該方法進一步包括測定CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21中之至少二者、至少三者、至少四者、至少五者、至少六者、至少七者或所有八者的該表現水準。
  54. 如申請專利範圍第53項之方法，其中該方法進一步包括測定CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21之該表現水準。
  55. 如申請專利範圍第1項至第54項中任一項之方法，其中該方法進一步包括測定來自該個體之腫瘤樣品中的腫瘤突變負荷(TMB)評分。
  56. 一種為患有癌症之個體選擇療法的方法，該方法包括： 測定 (i) 來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者的表現水準：ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1；及 (ii) 來自該個體之該樣品中一或多個選自由CD8A、CXCL10、CXCL9、GZMA、GZMB、IFNG、PRF1及TBX21組成之群的其他基因之表現水準，或來自該個體之腫瘤樣品中的TMB評分， 其中： (i)之該一或多個基因之表現水準等於或高於(i)之該一或多個基因之參考表現水準將該個體鑑別為可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的個體，且 (i)之該一或多個基因之表現水準低於該一或多個基因之參考表現水準，以及(ii)之該一或多個其他基因之表現水準等於或高於(ii)之該一或多個其他基因之參考表現水準，或者該腫瘤樣品中之TMB評分等於或高於參考TMB評分將該個體鑑別為可受益於利用包含單獨免疫療法之抗癌療法之治療的個體。
  57. 如申請專利範圍第56項之方法，其進一步包括向該個體投與該個體可由治療受益之抗癌療法。
  58. 如申請專利範圍第1項至第57項中任一項之方法，其中該癌症係選自由以下各項組成之群：膀胱癌、腎癌、肺癌、肝癌、卵巢癌、胰腺癌、結腸直腸癌或乳癌。
  59. 如申請專利範圍第58項之方法，其中該癌症為膀胱癌。
  60. 如申請專利範圍第59項之方法，其中該膀胱癌為尿路上皮癌(UC)。
  61. 如申請專利範圍第60項之方法，其中該UC為轉移性UC。
  62. 如申請專利範圍第58項之方法，其中該胰腺癌為胰腺導管腺癌(PDAC)。
  63. 如申請專利範圍第1項至第62項中任一項之方法，其中來自該個體之腫瘤具有以CD8+ T細胞定位於腫瘤周圍基質區室中為特徵之免疫豁免表型。
  64. 如申請專利範圍第63項之方法，其中該等CD8+ T細胞定位於膠原纖維處或附近。
  65. 如申請專利範圍第1項至第64項中任一項之方法，其中該參考表現水準係自患有癌症之個體群體測定的。
  66. 如申請專利範圍第65項之方法，其中該參考表現水準為中值表現水準或者係藉由Z評分轉換之表現水準之主成分分析測定的。
  67. 如申請專利範圍第1項至第66項中任一項之方法，其中該表現水準為核酸表現水準。
  68. 如申請專利範圍第67項之方法，其中該核酸表現水準為mRNA表現水準。
  69. 如申請專利範圍第68項之方法，其中該mRNA表現水準係藉由RNA-seq、RT-qPCR、qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術、ISH或其組合測定的。
  70. 如申請專利範圍第1項至第66項中任一項之方法，其中該表現水準為蛋白質表現水準。
  71. 如申請專利範圍第70項之方法，其中該蛋白質表現水準係藉由免疫組織化學(IHC)、西方墨點法(Western blot)、酶聯免疫吸附分析(ELISA)、免疫沈澱、免疫螢光、放射免疫分析或質譜測定的。
  72. 如申請專利範圍第1項至第71項中任一項之方法，其中該樣品為組織樣品、細胞樣品、全血樣品、血漿樣品、血清樣品或其組合。
  73. 如申請專利範圍第72項之方法，其中該組織樣品為腫瘤組織樣品。
  74. 如申請專利範圍第73項之方法，其中該腫瘤組織樣品包含腫瘤細胞、腫瘤浸潤性免疫細胞、基質細胞或其組合。
  75. 如申請專利範圍第73項或第74項之方法，其中該腫瘤組織樣品為福馬林固定且石蠟包埋(formalin-fixed and paraffin-embedded，FFPE)之樣品、檔案樣品、新鮮樣品或冷凍樣品。
  76. 如申請專利範圍第1項至第75項中任一項之方法，其中該阻抑性基質拮抗劑為轉型生長因子β (TGF-β)、平足蛋白(PDPN)、白血球相關免疫球蛋白樣受體1 (LAIR1)、SMAD、退行性淋巴瘤激酶(ALK)、結締組織生長因子(CTGF/CCN2)、內皮素1 (ET-1)、AP-1、介白素(IL)-13、離胺醯氧化酶同源物2 (LOXL2)、內皮醣蛋白(CD105)、纖維母細胞活化蛋白(FAP)、血管細胞黏附蛋白1 (CD106)、胸腺細胞抗原1 (THY1)、β1整聯蛋白(CD29)、血小板源性生長因子(PDGF)、PDGF受體A (PDGFRα)、PDGF受體B (PDGFRβ)、波形蛋白、平滑肌肌動蛋白α (ACTA2)、肌間線蛋白(desmin)、內皮唾酸蛋白(CD248)或S100鈣結合蛋白A4 (S100A4)拮抗劑。
  77. 如申請專利範圍第1項至第75項中任一項之方法，其中該阻抑性基質拮抗劑為吡非尼酮(perfenidone)、高倫替布(galunisertib)或尼達尼布(nintedanib)。
  78. 如申請專利範圍第76項之方法，其中該阻抑性基質拮抗劑為TGF-β拮抗劑。
  79. 如申請專利範圍第78項之方法，其中該TGF-β拮抗劑為TGF-β結合拮抗劑。
  80. 如申請專利範圍第79項之方法，其中該TGF-β結合拮抗劑抑制TGF-β與其配位體結合搭配物之結合。
  81. 如申請專利範圍第79項或第80項之方法，其中該TGF-β結合拮抗劑抑制TGF-β與TGF-β細胞受體之結合。
  82. 如申請專利範圍第79項至第81項中任一項之方法，其中該TGF-β結合拮抗劑抑制TGF-β之活化。
  83. 如申請專利範圍第78項至第82項中任一項之方法，其中該TGF-β拮抗劑抑制TGF-β1、TGF-β2及/或TGF-β3。
  84. 如申請專利範圍第83項之方法，其中該TGF-β拮抗劑抑制TGF-β1、TGF-β2及TGF-β3。
  85. 如申請專利範圍第78項至第84項中任一項之方法，其中該TGF-β拮抗劑抑制TGF-β受體-1 (TGFBR1)、TGF-β受體-2 (TGFBR2)及/或TGF-β受體-3 (TGFBR3)。
  86. 如申請專利範圍第78項至第85項中任一項之方法，其中該TGF-β拮抗劑為多肽、小分子或核酸。
  87. 如申請專利範圍第86項之方法，其中該TGF-β拮抗劑為多肽。
  88. 如申請專利範圍第87項之方法，其中該多肽為抗TGF-β抗體、可溶性TGF-β受體或肽。
  89. 如申請專利範圍第88項之方法，其中該多肽為抗TGF-β抗體。
  90. 如申請專利範圍第89項之方法，其中該抗TGF-β抗體為泛特異性抗TGF-β抗體。
  91. 如申請專利範圍第89項或第90項之方法，其中該抗TGF-β抗體為夫蘇木單抗(fresolimumab)、美替木單抗(metelimumab)、樂德木單抗(lerdelimumab)、1D11、2G7或其衍生物。
  92. 如申請專利範圍第88項之方法，其中該肽為地司特肽(disitertide) (P144)。
  93. 如申請專利範圍第86項之方法，其中該TGF-β拮抗劑為小分子。
  94. 如申請專利範圍第93項之方法，其中該小分子係選自由以下各項組成之群：高倫替布(LY2157299)、LY2382770、LY3022859、SB-431542、SD208、SM16、曲尼司特(tranilast)、吡非尼酮、TEW-7197、PF-03446962及吡咯-咪唑聚醯胺。
  95. 如申請專利範圍第86項之方法，其中該TGF-β拮抗劑為核酸。
  96. 如申請專利範圍第95項之方法，其中該核酸為曲貝德森(trabedersen) (AP12009)或貝拉圖昔-L (belagenpumatucel-L)。
  97. 如申請專利範圍第1項至第96項中任一項之方法，其中該免疫療法包含CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、CD40、ICOS、HVEM、NKG2D、MICA、2B4、IL-2、IL-12、IFNγ、IFNα、TNFα、IL-1、CDN、HMGB1或TLR促效劑。
  98. 如申請專利範圍第1項至第96項中任一項之方法，其中該免疫療法包含PD-L1軸、CTLA-4、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7H4、CD96、TIGIT、CD226、***素、VEGF、內皮素B、IDO、精胺酸酶、MICA/MICB、TIM-3、IL-10、IL-4或IL-13拮抗劑。
  99. 如申請專利範圍第98項之方法，其中該免疫療法為PD-L1軸拮抗劑。
  100. 如申請專利範圍第99項之方法，其中該PD-L1軸拮抗劑為PD-L1軸結合拮抗劑。
  101. 如申請專利範圍第100項之方法，其中該PD-L1軸結合拮抗劑係選自由以下各項組成之群：PD-L1結合拮抗劑、PD-1結合拮抗劑及PD-L2結合拮抗劑。
  102. 如申請專利範圍第101項之方法，其中該PD-L1軸結合拮抗劑為PD-L1結合拮抗劑。
  103. 如申請專利範圍第102項之方法，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與其配位體結合搭配物中之一或多者的結合。
  104. 如申請專利範圍第103項之方法，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與PD-1之結合。
  105. 如申請專利範圍第103項之方法，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與B7-1之結合。
  106. 如申請專利範圍第103項至第105項中任一項之方法，其中該PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與PD-1及B7-1二者之結合。
  107. 如申請專利範圍第102項至第106項中任一項之方法，其中該PD-L1結合拮抗劑為抗PD-L1抗體。
  108. 如申請專利範圍第107項之方法，其中該抗PD-L1抗體為單株抗PD-L1抗體。
  109. 如申請專利範圍第107項或第108項之方法，其中該抗PD-L1抗體為人類、人類化或嵌合抗PD-L1抗體。
  110. 如申請專利範圍第107項至第109項中任一項之方法，其中該抗PD-L1抗體係選自由以下各項組成之群：MPDL3280A (阿替珠單抗(atezolizumab))、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736 (德瓦魯單抗(durvalumab))及MSB0010718C (阿維魯單抗(avelumab))。
  111. 如申請專利範圍第107項至第110項中任一項之方法，其中該抗PD-L1抗體包含以下高度變異區(HVR)： (a) GFTFSDSWIH (SEQ ID NO：63)之HVR-H1序列； (b) AWISPYGGSTYYADSVKG (SEQ ID NO：64)之HVR-H2序列； (c) RHWPGGFDY (SEQ ID NO：65)之HVR-H3序列； (d) RASQDVSTAVA (SEQ ID NO：66)之HVR-L1序列； (e) SASFLYS (SEQ ID NO：67)之HVR-L2序列；及 (f) QQYLYHPAT (SEQ ID NO：68)之HVR-L3序列。
  112. 如申請專利範圍第107項至第111項中任一項之方法，其中該抗PD-L1抗體包含： (a) 重鏈可變(VH)結構域，其包含與EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO：69)之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之胺基酸序列； (b) 輕鏈可變(VL)結構域，其包含與DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (SEQ ID NO：70)之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之胺基酸序列；或者 (c) 如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。
  113. 如申請專利範圍第112項之方法，其中該抗PD-L1抗體包含： (a) VH結構域，其包含與SEQ ID NO：69之胺基酸序列具有至少95%序列一致性之胺基酸序列； (b) VL結構域，其包含與SEQ ID NO：70之胺基酸序列具有至少95%序列一致性之胺基酸序列；或者 (c) 如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。
  114. 如申請專利範圍第113項之方法，其中該抗PD-L1抗體包含： (a) VH結構域，其包含與SEQ ID NO：69之胺基酸序列具有至少96%序列一致性之胺基酸序列； (b) VL結構域，其包含與SEQ ID NO：70之胺基酸序列具有至少96%序列一致性之胺基酸序列；或者 (c) 如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。
  115. 如申請專利範圍第114項之方法，其中該抗PD-L1抗體包含： (a) VH結構域，其包含與SEQ ID NO：69之胺基酸序列具有至少97%序列一致性之胺基酸序列； (b) VL結構域，其包含與SEQ ID NO：70之胺基酸序列具有至少97%序列一致性之胺基酸序列；或者 (c) 如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。
  116. 如申請專利範圍第115項之方法，其中該抗PD-L1抗體包含： (a) VH結構域，其包含與SEQ ID NO：69之胺基酸序列具有至少98%序列一致性之胺基酸序列； (b) VL結構域，其包含與SEQ ID NO：70之胺基酸序列具有至少98%序列一致性之胺基酸序列；或者 (c) 如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。
  117. 如申請專利範圍第116項之方法，其中該抗PD-L1抗體包含： (a) VH結構域，其包含與SEQ ID NO：69之胺基酸序列具有至少99%序列一致性之胺基酸序列； (b) VL結構域，其包含與SEQ ID NO：70之胺基酸序列具有至少99%序列一致性之胺基酸序列；或者 (c) 如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。
  118. 如申請專利範圍第117項之方法，其中該抗PD-L1抗體包含： (a) 包含SEQ ID NO：69之胺基酸序列之VH結構域； (b) 包含SEQ ID NO：70之胺基酸序列之VL結構域；或者 (c) 如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。
  119. 如申請專利範圍第118項之方法，其中該抗PD-L1抗體包含： (a) 包含SEQ ID NO：69之胺基酸序列之VH結構域；及 (b) 包含SEQ ID NO：70之胺基酸序列之VL結構域。
  120. 如申請專利範圍第119項之方法，其中該抗PD-L1抗體為阿替珠單抗。
  121. 如申請專利範圍第101項之方法，其中該PD-L1軸結合拮抗劑為PD-1結合拮抗劑。
  122. 如申請專利範圍第121項之方法，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與其配位體結合搭配物之結合。
  123. 如申請專利範圍第121項或第122項之方法，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與PD-L1之結合。
  124. 如申請專利範圍第121項至第123項中任一項之方法，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與PD-L2之結合。
  125. 如申請專利範圍第121項至第124項中任一項之方法，其中該PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與PD-L1及PD-L2二者之結合。
  126. 如申請專利範圍第121項至第125項中任一項之方法，其中該PD-1結合拮抗劑為抗PD-1抗體。
  127. 如申請專利範圍第126項之方法，其中該抗PD-1抗體為單株抗PD-1抗體。
  128. 如申請專利範圍第126項或第127項之方法，其中該抗PD-1抗體為人類、人類化或嵌合抗PD-1抗體。
  129. 如申請專利範圍第1項至第128項中任一項之方法，其進一步包括向該個體投與另一治療劑。
  130. 如申請專利範圍第129項之方法，其中該另一治療劑係選自由以下各項組成之群：免疫治療劑、細胞毒性劑、生長抑制劑、放射治療劑、抗血管生成劑及其組合。
  131. 如申請專利範圍第1項至第130項中任一項之方法，其中該個體為人類。
  132. 一種用於鑑別可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的患有癌症之個體的套組，該套組包括： (a) 用於測定來自該個體之樣品中以下基因中之三者或更多者的表現水準之試劑： ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2；及視情況 (b) 使用該等試劑鑑別可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的患有癌症之個體的說明書。
  133. 一種用於鑑別可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的患有癌症之個體的套組，該套組包括： (a) 用於測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者的表現水準之試劑： ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2， 其中該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP；及視情況 (b) 使用該等試劑鑑別可受益於利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法之治療的患有癌症之個體的說明書。
  134. 一種包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法，其用於治療罹患癌症之個體的方法中，其中在治療之前，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之三者或更多者的表現水準已經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。
  135. 一種包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法，其用於治療罹患癌症之個體的方法中，其中在治療之前，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者的表現水準已經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準，其中該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP。
  136. 一種包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法的用途，其用於製造用以治療罹患癌症之個體的藥劑，其中在治療前，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之三者或更多者的表現水準已經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準。
  137. 一種包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法的用途，其用於製造用以治療罹患癌症之個體的藥劑，其中在治療前，ACTA2、ADAM19、COMP、CTGF、TGFB1或TGFBR2中之一或多者的表現水準已經測定等於或高於該一或多個基因之參考表現水準，其中該一或多個基因至少包括ADAM19或COMP。
  138. 一種用於監測患有癌症之個體之反應的套組，該套組包括： (a) 用於測定來自該個體之樣品中以下基因中之五者或更多者的表現水準之試劑： ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1； 及視情況 (b) 使用該等試劑監測患有癌症之個體對利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法的治療之反應的說明書。
  139. 一種用於監測患有癌症之個體之反應的套組，該套組包括： (a) 用於測定來自該個體之樣品中以下基因中之一或多者的表現水準之試劑： ACTA2、ACTG2、ADAM12、ADAM19、CNN1、COL4A1、CTGF、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1， 其中該一或多個基因至少包括ADAM19、ACTG2、CNN1、CTPS1、FAM101B、FSTL3、HSPB1、IGFBP3、PXDC1、SEMA7A、SH3PXD2A、TAGLN、TGFBI、TNS1或TPM1； 及視情況 (b) 使用該等試劑監測患有癌症之個體對利用包含免疫療法及阻抑性基質拮抗劑之抗癌療法的治療之反應的說明書。
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