CN106068277A - 抗锯齿蛋白1抗体及使用方法 - Google Patents

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Abstract

本公开文本提供抗锯齿蛋白1抗体及其使用方法。

Description

抗锯齿蛋白1抗体及使用方法
发明领域
本发明涉及抗锯齿蛋白(Jagged)抗体及其使用方法。
发明背景
刻缺蛋白(Notch)信号传导途径调节一系列多样的细胞功能(Kopan et al.，Cell137：216-233(2009))。已经在哺乳动物中鉴定了四种刻缺蛋白受体，即刻缺蛋白1-4，它们共享基本结构元件，包括胞外域，跨膜域，和胞内域。类似地，规范的刻缺蛋白配体共享某些结构相似性，但是也已经鉴定了一些非规范的刻缺蛋白配体(Kopan et al.，Cell 137：216-233(2009))。哺乳动物中的五种规范配体是德耳塔样(Delta-like)1，德耳塔样3，德耳塔样4，锯齿蛋白1和锯齿蛋白2。刻缺蛋白配体对刻缺蛋白受体胞外域的结合启动始于ADAM(解联蛋白和金属蛋白酶)家族的α-分泌酶在胞外S2位点处的蛋白水解切割的信号传导级联。S2处的切割继以γ-分泌酶在胞内S3位点处的蛋白水解切割，这导致胞内域释放和下游事件，最终活化刻缺蛋白依赖性转录因子诸如Hes1和Hey。
异常刻缺蛋白表达和信号传导牵涉多种疾病，包括癌症(Koch et al.，Cell.Mol.Life Sci.64：2746-2762(2007))。清楚的是仍然需要具有最适于开发成治疗剂的临床属性的药剂。本文所述发明满足了此需求并提供了其它好处。
发明概述
本发明提供抗锯齿蛋白1抗体及其使用方法。
本发明人出乎意料地发现，抗锯齿蛋白1抗体A-1(见图4和PCT公开文本No.2014/028446)在热处理和/或冻融条件后在重链中受到切割。该抗体较差的稳定性潜在地降低它作为治疗剂的价值。分析切割位点没有揭示已知的蛋白酶切割基序。因此不知道改变抗体序列是否能降低观察到的切割。而且，因为切割位点在一个重链HVR中，所以即使氨基酸改变会降低切割，也不知道是否能在没有显著降低该抗体对锯齿蛋白1的亲和力的情况下进行此类改变。发明人令人惊讶地发现突变HVR-H3中第101位处的氨基酸降低切割且亲和力只有轻微损失。
在一些实施方案中，提供了一种结合人锯齿蛋白1的分离的抗体，其中该抗体包含包含氨基酸序列SEQ ID NO：55或59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，该抗体包含至少一个，至少两个，至少三个，至少四个，或五个选自下述的HVR：包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：28或36的HVR-H2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：16或40的HVR-L3。在一些实施方案中，该抗体包含(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；和包含氨基酸序列SEQID NO：55的HVR-H3；或(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ IDNO：36的HVR-H2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3；或(c)包含氨基酸序列SEQ IDNO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：28的HVR-H2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3。在本文所述任何实施方案中，该抗体可包含(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：40的HVR-L3；或(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3；或(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。
在一些实施方案中，结合锯齿蛋白1的分离的抗体包含(a)包含氨基酸序列SEQ IDNO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：55的HVR-H3；包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：40的HVR-L3；或(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3；包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3；或(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：28的HVR-H2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3；包含氨基酸序列SEQID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ IDNO：16的HVR-L3。
在一些实施方案中，结合锯齿蛋白1的分离的抗体包含与氨基酸序列SEQ ID NO：54，58，或62具有至少95％同一性的VH序列。在一些实施方案中，结合锯齿蛋白1的分离的抗体包含与氨基酸序列SEQ ID NO：10，26，或34具有至少95％同一性的VL序列。在一些实施方案中，该抗体包含(a)与氨基酸序列SEQ ID NO：54具有至少95％同一性的VH序列和与氨基酸序列SEQ ID NO：34具有至少95％同一性的VL序列；或(b)与氨基酸序列SEQ ID NO：58具有至少95％同一性的VH序列和与氨基酸序列SEQ ID NO：10具有至少95％同一性的VL序列；或(c)与氨基酸序列SEQ ID NO：62具有至少95％同一性的VH序列和与氨基酸序列SEQ IDNO：26具有至少95％同一性的VL序列。
在一些实施方案中，结合人锯齿蛋白1的分离的抗体包含(a)VH序列SEQ ID NO：54，其中X为除S以外的任何氨基酸，和VL序列SEQ ID NO：34；或(b)VH序列SEQ ID NO：58，其中X为除S以外的任何氨基酸，和VL序列SEQ ID NO：10；或(c)VH序列SEQ ID NO：62，其中X为除S以外的任何氨基酸，和VL序列SEQ ID NO：26。在一些实施方案中，该抗体包含VH序列SEQID NO：54和VL序列SEQ ID NO：34。在一些实施方案中，重链包含氨基酸序列SEQ ID NO：56且轻链包含氨基酸序列SEQ ID NO：53。在一些实施方案中，重链包含氨基酸序列SEQ IDNO：57且轻链包含氨基酸序列SEQ ID NO：53。
在本文所述任何实施方案中，X可以是除S或H以外的任何氨基酸。在本文所述任何实施方案中，X可以选自A，D，E，G，I，K，L，N，Q，R，T，和V。在本文所述任何实施方案中，X可以是T。
在一些实施方案中，提供了一种结合人锯齿蛋白1的分离的抗体，其包含(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：37的HVR-H3；包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：40的HVR-L3；或(b)包含氨基酸序列SEQID NO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：64的HVR-H3；包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3；或(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：28的HVR-H2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：64的HVR-H3；包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。
在一些实施方案中，提供了一种结合人锯齿蛋白1的分离的抗体，其包含(a)VH序列SEQ ID NO：33和VL序列SEQ ID NO：34；或(b)VH序列SEQ ID NO：65和VL序列SEQ ID NO：10；或(c)VH序列SEQ ID NO：66和VL序列SEQ ID NO：26。在一些实施方案中，该抗体包含VH序列SEQ ID NO：33和VL序列SEQ ID NO：34。
在本文所述任何上述实施方案中，该抗体可以是是单克隆抗体。在某些实施方案中，该抗体是人抗体，人源化抗体，或嵌合抗体。在本文所述任何上述实施方案中，该抗体可以是抗体片段。
任何上述实施方案可以是全长IgG1抗体。在一些实施方案中，该抗体是缺乏效应器功能的IgG1抗体。在一些实施方案中，该抗体是包含N297G或N297A突变的IgG1抗体。在一些实施方案中，该抗体是包含N297G突变的IgG1抗体。
在一些实施方案中，提供了一种结合锯齿蛋白1的分离的抗体，其中重链包含氨基酸序列SEQ ID NO：51且轻链包含氨基酸序列SEQ ID NO：53。在一些实施方案中，重链包含氨基酸序列SEQ ID NO：52且轻链包含氨基酸序列SEQ ID NO：53。在一些实施方案中，该抗体包含(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：69的重链和包含氨基酸序列SEQ ID NO：75的轻链；或(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：70的重链和包含氨基酸序列SEQ ID NO：76的轻链；或(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：79的重链和包含氨基酸序列SEQ ID NO：75的轻链；或(d)包含氨基酸序列SEQ ID NO：80的重链和包含氨基酸序列SEQ ID NO：76的轻链。
在本文所述任何实施方案中，该抗体可以是锯齿蛋白1介导的信号传导的拮抗剂。在一些实施方案中，该抗体结合人和鼠锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体结合人，鼠，大鼠，和食蟹猴(cynomolgus monkey)锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体结合锯齿蛋白1但不结合锯齿蛋白2。在一些实施方案中，该抗体结合人锯齿蛋白1但不结合人锯齿蛋白2。在一些实施方案中，该抗体结合人和鼠锯齿蛋白1但不结合人或鼠锯齿蛋白2。在一些实施方案中，该抗体结合人，鼠，大鼠，和食蟹猴锯齿蛋白1但不结合人，食蟹猴，或鼠锯齿蛋白2。在一些实施方案中，该抗体结合锯齿蛋白1但不结合锯齿蛋白2或DLL1。在一些实施方案中，该抗体结合人锯齿蛋白1但不结合人锯齿蛋白2或人DLL1。在一些实施方案中，该抗体结合人和鼠锯齿蛋白1但不结合人或鼠锯齿蛋白2或人或鼠DLL1。在一些实施方案中，该抗体结合人，鼠，和食蟹猴锯齿蛋白1但不结合人，鼠，或食蟹猴锯齿蛋白2或人，鼠，或食蟹猴DLL1。在一些实施方案中，该抗体结合锯齿蛋白1但不结合锯齿蛋白2，DLL1，或DLL4。在一些实施方案中，该抗体结合人锯齿蛋白1但不结合人锯齿蛋白2，人DLL1，或人DLL4。在一些实施方案中，该抗体结合人和鼠锯齿蛋白1但不结合人或鼠锯齿蛋白2，人或鼠DLL1，或人或鼠DLL4。在一些实施方案中，该抗体结合人，鼠，大鼠，和食蟹猴锯齿蛋白1但不结合人，鼠，或食蟹猴锯齿蛋白2，人，鼠，或食蟹猴DLL1，或人，鼠，或食蟹猴DLL4。
在一些实施方案中，该抗体以2nM或更强(即小于2nM)的亲和力(Kd)结合人锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体以1.5nM或更强，或1nM或更强，或0.9nM或更强，或0.8nM或更强，或0.7nM或更强(即小于1.5nM，小于1nM，小于0.9nM，小于0.8nM，或小于0.7nM)的亲和力(Kd)结合人锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体以2nM或更强(即小于2nM)的亲和力(Kd)结合鼠锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体以1.5nM或更强，或1nM或更强，或0.9nM或更强，或0.8nM或更强，或0.7nM或更强，或0.6nM或更强，或0.5nM或更强(即小于1.5nM，小于1nM，小于0.9nM，小于0.8nM，小于0.7nM，小于0.6nM，或小于0.5nM)的亲和力(Kd)结合鼠锯齿蛋白1。在一些实施方案中，亲和力(Kd)是使用表面等离振子共振测量的。
在一些实施方案中，该抗体以至少1.0E+04/Ms，或至少1.5E+04/Ms，或至少2.0E+04/Ms的结合常数(kon)结合人锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体以小于10.0E-04/s，或小于9.0E-04/s，或小于8.0E-04/s，或小于7.0E-04/s的解离常数(koff)结合人锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体以至少1.0E+04/Ms，或至少1.5E+04/Ms，或至少2.0E+04/Ms，或至少3.0E+04/Ms，或至少4.0E+04/Ms，或至少5.0E+04/Ms，或至少6.0E+04/Ms，或至少7.0E+04/Ms的结合常数(kon)结合鼠锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体以小于10.0E-04/s，或小于9.0E-04/s，或小于8.0E-04/s，或小于7.0E-04/s的解离常数(koff)结合鼠锯齿蛋白1。在一些实施方案中，结合和解离常数是使用表面等离振子共振测量的。
在一些实施方案中，该抗体结合天然的，折叠的锯齿蛋白1，但不结合变性的锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体结合酶联免疫吸附测定法(ELISA)中的锯齿蛋白1但不结合Western印迹上的锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体结合酶联免疫吸附测定法(ELISA)中的折叠的锯齿蛋白1但不结合Western印迹上的变性的锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体结合生理条件下的折叠的锯齿蛋白1但不结合变性的锯齿蛋白1。
在一些实施方案中，该抗体在小鼠异种移植物模型中降低肿瘤生长而不引起重量损失。在一些实施方案中，该小鼠异种移植物模型是肝癌异种移植物模型。在一些实施方案中，肿瘤生长降低至少50，至少60，至少70，至少80，或至少90AUC/天TGI％。
在一些实施方案中，该锯齿蛋白1抗体的使用在气道高反应性的小鼠模型中降低肺中的杯形细胞化生。在一些实施方案中，该抗体的施用将肺中杯形细胞的数目降低至少30％，至少40％，至少50％，至少60％，至少70％，至少80％，或至少90％。另一方面，本发明提供一种分离的抗体，其与任何上述实施方案竞争对锯齿蛋白1的特异性结合。在一些实施方案中，抗体与包含包含序列SEQ ID NO：33的重链可变区和包含序列SEQ ID NO：34的轻链可变区的抗体竞争对人锯齿蛋白1的结合，其中该抗体不是抗体A，抗体A-1，或抗体A-2。
另一方面，本发明提供一种分离的核酸，其编码上述实施方案的分离的抗体。又一方面，本发明提供一种宿主细胞，其包含编码该抗体的该分离的核酸。又一方面，本发明提供一种生成抗体的方法，其包括培养该宿主细胞，使得该抗体生成。
另一方面，本发明提供一种免疫缀合物，其包含任何上述实施方案的抗体和细胞毒剂。
另一方面，本发明提供一种药物组合物，其包含任何上述实施方案的抗体和药学可接受载剂。
另一方面，提供了任何上述实施方案的抗体，其用作药物。在一些实施方案中，提供了任何上述实施方案的抗体，其用于治疗癌症。在一些实施方案中，提供了任何上述实施方案的抗体，其用于降低癌细胞生长。
另一方面，提供了一种抑制锯齿蛋白1介导的信号传导的方法。在一个实施方案中，提供了一种在体外抑制锯齿蛋白1介导的信号传导的方法。在一个实施方案中，提供了一种在体内抑制锯齿蛋白1介导的信号传导的方法。
另一方面，提供了一种治疗具有癌症的个体的方法，其包括对该个体施用有效量的任何上述实施方案的抗体。在一个实施方案中，该癌症选自下组：乳腺癌，肺癌，脑癌，***，结肠癌，肝癌，胆管癌，胰腺癌，皮肤癌，B细胞恶性肿瘤，和T细胞恶性肿瘤。
本发明人发现，锯齿蛋白1抗体处理使气道中的细胞命运偏离分泌细胞(包括杯形细胞)命运而偏向纤毛细胞命运。锯齿蛋白1信号传导对于维持分泌细胞命运是重要的，而且抑制锯齿蛋白1信号传导阻止杯形细胞化生。本发明人还显示，club细胞变成纤毛细胞的转变是直接的，不涉及细胞***(数据未显示)。一种细胞类型变成另一种细胞类型的这种转分化在成年肺中发生，而且与涉及祖细胞***的细胞命运选择(诸如损伤后或发育期间的)不同。杯形细胞化生或粘液过多是数种气道病(诸如哮喘，囊性纤维化，COPD和Barrett氏食道)的一项特点。这些锯齿蛋白抑制结果为涉及使用锯齿蛋白1或锯齿蛋白2抑制剂来阻止或逆转杯形细胞化生及治疗特征在于粘液过多的状况(如在气道病(例如哮喘，COPD，囊性纤维化)和Barrett氏食道中)的治疗性应用提供了基础。
在一些实施方案中，提供的是使club细胞转变成纤毛细胞方法，其包括对个体施用结合人锯齿蛋白1的拮抗性抗体(包括但不限于本文所述任何抗锯齿蛋白1抗体)。在一些实施方案中，提供的是提高club细胞变成纤毛细胞的转变的方法，其包括对个体施用结合人锯齿蛋白1的拮抗性抗体(包括但不限于本文所述任何抗锯齿蛋白1抗体)。在一些实施方案中，该club细胞存在于成年人气道(例如肺)中。在一些实施方案中，该转变在club细胞***缺失下发生。在一些实施方案中，该个体具有选自***反应，哮喘，自身免疫病，与杯形细胞化生(例如在肺中)有关的疾病和与粘液过多有关的疾病的疾病。在一些实施方案中，该疾病与杯形细胞化生有关。在一些实施方案中，该疾病选自哮喘，慢性阻塞性肺病(COPD)，囊性纤维化，和Barrett氏食道。
在一些实施方案中，提供的是减少杯形细胞的数目的方法，其包括对个体施用结合人锯齿蛋白1的拮抗性抗体(包括但不限于本文所述任何抗锯齿蛋白1抗体)。在一些实施方案中，提供的是减少club细胞变成杯形细胞的转变的方法，其包括对个体施用结合人锯齿蛋白1的拮抗性抗体(包括但不限于本文所述任何抗锯齿蛋白1抗体)。在一些实施方案中，该杯形细胞存在于成年人气道(例如肺)中。在一些实施方案中，该个体具有选自***反应，哮喘，自身免疫病，与杯形细胞化生(例如在肺中)有关的疾病和与粘液过多有关的疾病的疾病。在一些实施方案中，该疾病与杯形细胞化生有关。在一些实施方案中，该疾病选自哮喘，慢性阻塞性肺病(COPD)，囊性纤维化，和Barrett氏食道。
在一些实施方案中，提供的是降低受试者中杯形细胞的形成的方法，其包括对个体施用结合人锯齿蛋白1的拮抗性抗体(包括但不限于本文所述任何抗锯齿蛋白1抗体)。在一些实施方案中，成年人气道(例如肺)中杯形细胞的形成降低。在一些实施方案中，该个体具有选自***反应，哮喘，自身免疫病，与杯形细胞化生(例如在肺中)有关的疾病和与粘液过多有关的疾病的疾病。在一些实施方案中，该疾病与杯形细胞化生有关。在一些实施方案中，该疾病选自哮喘，慢性阻塞性肺病(COPD)，囊性纤维化，和Barrett氏食道。
在一些实施方案中，提供的是减少粘液的方法，其包括对个体施用结合人锯齿蛋白1的拮抗性抗体(包括但不限于本文所述任何抗锯齿蛋白1抗体)。在一些实施方案中，该粘液是气道粘液。在一些实施方案中，该粘液存在于成年人气道(例如肺)中。在一些实施方案中，该个体具有选自***反应，哮喘，自身免疫病，与杯形细胞化生(例如在肺中)有关的疾病和与粘液过多有关的疾病的疾病。在一些实施方案中，该疾病与杯形细胞化生有关。在一些实施方案中，该疾病选自哮喘，慢性阻塞性肺病(COPD)，囊性纤维化，和Barrett氏食道。
在一些实施方案中，提供的是增加纤毛细胞的数目的方法，其包括对个体施用结合人锯齿蛋白1的拮抗性抗体(包括但不限于本文所述任何抗锯齿蛋白1抗体)。在一些实施方案中，提供的是提高纤毛细胞的形成的方法，其包括对个体施用结合人锯齿蛋白1的拮抗性抗体(包括但不限于本文所述任何抗锯齿蛋白1抗体)。在一些实施方案中，该纤毛细胞存在于成年人气道(例如肺)中。在一些实施方案中，该个体具有选自***反应，哮喘，自身免疫病，与杯形细胞化生(例如在肺中)有关的疾病和与粘液过多有关的疾病的疾病。在一些实施方案中，该疾病与杯形细胞化生有关。在一些实施方案中，该疾病选自哮喘，慢性阻塞性肺病(COPD)，囊性纤维化，和Barrett氏食道。
在一些实施方案中，提供了结合人锯齿蛋白1的抗体(包括例如本文所述任何抗锯齿蛋白1抗体)，用于治疗选自***反应，哮喘，自身免疫病，与杯形细胞化生(例如在肺中)有关的疾病和与粘液过多有关的疾病的疾病，其包括对具有癌症的个体施用有效量的本文所述任何实施方案的抗体。在一些实施方案中，该疾病与杯形细胞化生有关。在一些实施方案中，该疾病选自哮喘，慢性阻塞性肺病(COPD)，囊性纤维化，和Barrett氏食道。
在一些实施方案中，提供了结合人锯齿蛋白1的抗体(包括例如本文所述任何抗锯齿蛋白1抗体)，用于治疗选自***反应，哮喘，自身免疫病，与杯形细胞化生(例如在肺中)有关的疾病和与粘液过多有关的疾病的疾病，其包括对具有癌症的个体施用有效量的本文所述任何实施方案的抗体，其中该结合人锯齿蛋白1的抗体提高成年人气道(例如肺)中club细胞变成纤毛细胞的转变。在一些实施方案中，该疾病与杯形细胞化生有关。在一些实施方案中，该疾病选自哮喘，慢性阻塞性肺病(COPD)，囊性纤维化，和Barrett氏食道。
在一些实施方案中，提供了结合人锯齿蛋白1的抗体(包括例如本文所述任何抗锯齿蛋白1抗体)，用于治疗选自***反应，哮喘，自身免疫病，与杯形细胞化生(例如在肺中)有关的疾病和与粘液过多有关的疾病的疾病，其包括对具有癌症的个体施用有效量的本文所述任何实施方案的抗体，其中该结合人锯齿蛋白1的抗体减少成年人气道(例如肺)中杯形细胞的数目。在一些实施方案中，该疾病与杯形细胞化生有关。在一些实施方案中，该疾病选自哮喘，慢性阻塞性肺病(COPD)，囊性纤维化，和Barrett氏食道。
在一些实施方案中，提供了结合人锯齿蛋白1的抗体(包括例如本文所述任何抗锯齿蛋白1抗体)，用于治疗选自***反应，哮喘，自身免疫病，与杯形细胞化生(例如在肺中)有关的疾病和与粘液过多有关的疾病的疾病，其包括对具有癌症的个体施用有效量的本文所述任何实施方案的抗体，其中该结合人锯齿蛋白1的抗体降低成年人气道(例如肺)中杯形细胞的形成。在一些实施方案中，该疾病与杯形细胞化生有关。在一些实施方案中，该疾病选自哮喘，慢性阻塞性肺病(COPD)，囊性纤维化，和Barrett氏食道。
在一些实施方案中，提供了结合人锯齿蛋白1的抗体(包括例如本文所述任何抗锯齿蛋白1抗体)，用于治疗选自***反应，哮喘，自身免疫病，与杯形细胞化生(例如在肺中)有关的疾病和与粘液过多有关的疾病的疾病，其包括对具有癌症的个体施用有效量的本文所述任何实施方案的抗体，其中该结合人锯齿蛋白1的抗体减少成年人气道(例如肺)中的粘液。在一些实施方案中，该疾病与杯形细胞化生有关。在一些实施方案中，该疾病选自哮喘，慢性阻塞性肺病(COPD)，囊性纤维化，和Barrett氏食道。
在一些实施方案中，提供了结合人锯齿蛋白1的抗体(包括例如本文所述任何抗锯齿蛋白1抗体)，用于治疗选自***反应，哮喘，自身免疫病，与杯形细胞化生(例如在肺中)有关的疾病和与粘液过多有关的疾病的疾病，其包括对具有癌症的个体施用有效量的本文所述任何实施方案的抗体，其中该结合人锯齿蛋白1的抗体增加成年人气道(例如肺)中带纤毛的细胞的数目。在一些实施方案中，该疾病与杯形细胞化生有关。在一些实施方案中，该疾病选自哮喘，慢性阻塞性肺病(COPD)，囊性纤维化，和Barrett氏食道。
在一些实施方案中，提供了结合人锯齿蛋白1的抗体(包括例如本文所述任何抗锯齿蛋白1抗体)，用于治疗选自***反应，哮喘，自身免疫病，与杯形细胞化生(例如在肺中)有关的疾病和与粘液过多有关的疾病的疾病，其包括对具有癌症的个体施用有效量的本文所述任何实施方案的抗体，其中该结合人锯齿蛋白1的抗体提高成年人气道(例如肺)中纤毛细胞的形成。在一些实施方案中，该疾病与杯形细胞化生有关。在一些实施方案中，该疾病选自哮喘，慢性阻塞性肺病(COPD)，囊性纤维化，和Barrett氏食道。
另一方面，提供的是(a)使纤毛细胞转变成club细胞(例如其中该纤毛细胞在成年人气道，例如肺中找到)，(b)增加粘液(例如气道粘液)，(c)减少纤毛细胞(例如人气道纤毛细胞)的数目的方法，其包括对个体施用锯齿蛋白信号传导的激动剂。
在一些实施方案中，提供了一种治疗选自***反应，哮喘，自身免疫病，与杯形细胞化生(例如在肺中)有关的疾病和与粘液过多有关的疾病的疾病的方法，其包括对具有癌症的个体施用有效量的结合人锯齿蛋白1的抗体(包括例如本文所述任何结合人锯齿蛋白1的抗体)。在一些实施方案中，该疾病与杯形细胞化生(例如肺中的)有关。在一些实施方案中，该疾病选自哮喘，慢性阻塞性肺病(COPD)，囊性纤维化，和Barrett氏食道。
在本文所述任何实施方案中，其中该锯齿蛋白1抗体降低小鼠异种移植物模型中的肿瘤生长而不引起重量损失。
在本文所述任何实施方案中，该抗锯齿蛋白1抗体可以是缀合至标记物的。在一些实施方案中，该标记物是正电子发射体。在一些实施方案中，该正电子发射体是89Zr。在一些实施方案中，提供了一种检测生物学样品中的人锯齿蛋白1的方法，其包括在允许本文所述抗体结合天然发生人锯齿蛋白1的条件下使该生物学样品与该抗体接触，并检测该抗体和该生物学样品中的天然发生人锯齿蛋白1之间是否形成复合物。在一些实施方案中，该生物学样品选自乳腺癌，肺癌，脑癌，***，结肠癌，肝癌，胆管癌，胰腺癌，皮肤癌，B细胞恶性肿瘤，和T细胞恶性肿瘤。
附图简述
图1显示人和鼠锯齿蛋白1蛋白的例示性氨基酸序列。
图2显示人和鼠锯齿蛋白2蛋白的例示性氨基酸序列。
图3A-D显示用于噬菌体抗体文库筛选和选择的肽的氨基酸序列。在BEVS细胞中作为分泌型蛋白质表达所有蛋白质，以N端至C端方向列出它们的序列。(A)表达的蛋白质鼠Jag1-DSL-EGF1-4(Q34-D377)的氨基酸序列。N端处的粗体代表短接头序列(ADLGS)(SEQ IDNO：82)。C端处的粗体代表短接头序列(EFG)，凝血酶切割位点(LVPRGS)(SEQ ID NO：83)，G间隔物和6-His标签。(B)表达的蛋白质人Jag1-DSL-EGF1-4的氨基酸序列。只显示了Jag1序列，尽管该抗原还在C端包含TEV蛋白酶切割位点和6-His标签。(C)表达的蛋白质鼠Jag2-DSL-EGF1-4(M27-E388)的氨基酸序列。N端处的粗体代表短接头序列(ADLGS)(SEQ ID NO：82)。C端处的粗体代表短接头序列(EFG)，凝血酶切割位点(LVPRGS)(SEQ ID NO：83)，G间隔物和6-His标签。(D)表达的蛋白质人Jag2-DSL-EGF1-4(R2-E388)的氨基酸序列。C端处的粗体代表短接头序列(EFG)，凝血酶切割位点(LVPRGS)(SEQ ID NO：83)，G间隔物和6-His标签。
图4A-1-B-2显示抗锯齿蛋白1(A，A-1，A-2)，抗锯齿蛋白2(B，B-1，B-2，B-3)，和抗锯齿蛋白1/2抗体(C，C-1，D，D-1，D-2，D-3，D-4，D-5)重(图4A-1和图4A-2)和轻(图4B-1和图4B-2)链可变域的氨基酸序列比对。标示了互补决定区(CDR)的氨基酸位置。
图5A-B显示实施例中描述的抗锯齿蛋白1抗体的H1，H2，和H3重链高变区(HVR)序列。氨基酸位置是依照本文及别处所述Kabat编号***编号的。
图6显示实施例中描述的抗锯齿蛋白1抗体的L1，L2，和L3轻链HVR序列。氨基酸位置是依照下文所述Kabat编号***编号的。
图7显示实施例中描述的抗锯齿蛋白1抗体的轻和重链框架序列。上标中的数字指示依照Kabat的氨基酸位置。
图8显示筛选获得的抗体的结合特异性。测量在筛选期间鉴定的抗体A和B(对抗体A使用人Jag1-DSL-EGF1-4(图3B)，对抗体B使用鼠和人Jag2-DSL-EGF1-4(图3C和D))的结合特异性的ELISA测定法的结果。黑色柱＝对人锯齿蛋白1的结合；灰色柱＝对人锯齿蛋白2的结合。C-1是结合锯齿蛋白1和锯齿蛋白2二者的抗体。
图9A-B显示亲和力成熟的抗锯齿蛋白抗体对刻缺蛋白信号传导的抑制。如实施例3中所述实施共培养测定法。在x轴上指示指定浓度的噬菌体抗体。指定浓度的DAPT充当抑制刻缺蛋白信号传导的阳性对照；DMSO充当媒介物对照。通过锯齿蛋白1(深灰色柱)或锯齿蛋白2(浅灰色柱)诱导信号传导。无处理＝未用配体刺激且未用抗体处理的培养物；无刺激＝未用配体刺激的培养物；agD＝同种型对照抗体；刺激/无抗体＝用配体刺激但未用抗体处理的培养物；γ-分泌酶抑制剂DAPT或DAPT媒介物对照DMSO。
图10A-B显示组合抑制锯齿蛋白1和锯齿蛋白2引起快速重量减轻。(A)每周两次给小鼠服用抗锯齿蛋白1/2抗体C-1(抗J1/2；5-10mpk)，抗锯齿蛋白1抗体A-2(抗J1；5-20mpk)，抗锯齿蛋白2抗体B-3(抗J2；5-20mpk)，抗体A-2和B-3一起(抗J1和J2；各5mpk)或同种型对照抗体(20mpk)。在必要时用同种型对照抗体使每项给药的总抗体浓度达到20mpk。将平均体重变化(y轴)作为起始体重的百分比随时间(x轴)绘图。(B)每周两次给Balb/c小鼠(每组10只，单独饲养)IP注射30mpk抗gD同种型对照抗体或15mpk抗体A-2加15mpk抗体B-3的组合，进行8天。通过每天称重每笼投递和剩余的食物来评估食物摄取。误差棒代表标准偏差(n＝10)。
图11A-1-B-2显示抗锯齿蛋白1拮抗性抗体对人肺癌细胞生长的体内抑制。每周两次给携带人肺癌异种移植物的小鼠腹膜内(IP)注射20mpk抗gD同种型对照抗体(同种型对照抗体)或抗锯齿蛋白1抗体A-2(抗Jag1)，在平均肿瘤体积(用测径器测量)达到大约180mm3后开始注射。随后测量肿瘤体积(y轴)19天。图11A-1和图11A-2：使用线性混合影响模型将每组(n＝10)的平均肿瘤体积随时间(x轴)绘图(图11A-1)。每组中的每只小鼠的肿瘤体积描绘于图11A-2的两幅小图。图11B-1和图11B-2：测量每只小鼠的总体重，并作为每组平均的(图11B-1)或每组中的每只小鼠的(图11B-2)百分比变化绘图。
图12A-B显示抗锯齿蛋白1和抗锯齿蛋白2拮抗性抗体对人乳腺癌细胞生长的体内抑制。在第0，4，7，12，15，18，22，25，29，32，36，43，50，和57天给带有人乳腺癌异种移植物的C.B-17SCID.bg小鼠注射抗gD同种型对照抗体(抗gD)，抗豚草同种型对照抗体(抗豚草)，人IgG1主链中的抗锯齿蛋白1抗体A-2(抗Jag1 A-2(hIgG1))，鼠IgG2a主链中的抗锯齿蛋白1抗体A-2(抗Jag1 A-2(mIgG2a))，或人IgG1主链中的抗锯齿蛋白2抗体B-3(抗Jag2 B-3(hIgG1))。使用线性混合影响模型将处理组(A)或个别动物(B)的肿瘤体积(y轴)随时间(x轴)绘图。
图13A-C显示抗锯齿蛋白1抗体在重链中的切割。(A)在还原剂DTT缺失(-)或存在(+)下通过标准SDS-PAGE和蛋白质染色方法分析抗体A，A-1和A-2，如所示的。还显示了分子量标准(以kD计)。小图(B)展示A-1的质谱术(MS)分析(LC-MS/TOF，还原性条件)的一项代表性扫描。注释了有关片段(峰)的位置，而且在峰上方显示了分子量。此分析指示切割位点在CDR3中HC氨基酸G100和S101之间，如小图(C)中HC氨基酸序列中图示的，箭标注切割位置。
图14A-C显示抗锯齿蛋白1抗体重链切割位点的N端肽测序。遵循还原性条件下的SDS-PAGE和蛋白质染色的标准方法，分开并鉴定所示抗体制备物的全长和切割片段(A)。自凝胶切出C端(B)和N端(C)切割肽片段，并使用肽N端测序的标准方法测序以精确鉴定切割位点。小图(B)和(C)中以红色字体突显的序列记录每一种测序的肽的N端序列，小图(B)中的序列标注切割位点，而小图(C)中的序列标注HC的N端。
图15显示抗锯齿蛋白1抗体的重链S101处的氨基酸改变对重链切割的影响。
图16A-B显示(A)于70℃温育的抗锯齿蛋白1抗体切割的SDS-PAGE分析；和(B)于70℃和95℃对每一种抗体制备物观察到的百分比重链切割的汇总。
图17A-B显示(A)不同数目的冻融循环后抗锯齿蛋白1抗体A-1切割的SDS-PAGE分析，和(B)在每一种条件下观察到的百分比重链切割。
图18A-C显示(A)抗锯齿蛋白1抗体A-1(左柱)和A-1(S101T)(右柱)于不同浓度对锯齿蛋白1诱导的活化的抑制。小图(B)和(C)分别显示平均萤火虫萤光素酶值和平均海肾萤光素酶值，它们用于计算(A)中的数据，如实施例10中描述的。
图19显示与抗锯齿蛋白1抗体A-1或A-1(S101T)，或同种型对照组合施用抗锯齿蛋白2抗体的小鼠的支气管上皮中纤毛细胞(如通过红色的α-微管蛋白的免疫荧光检测标注的)和club细胞(如通过绿色的CC10的免疫荧光检测标注的)的免疫荧光染色，如实施例11中描述的。
图20A-B显示(A)用抗锯齿蛋白1抗体A-1或A-1(S101T)处理的肝癌异种移植物模型小鼠中肿瘤体积的LME(线性混合效应)图，和(B)(A)中所示处理组和剂量，研究最后一天(第44天)的肿瘤体积，AUC/天％TGI(相对于对照而言曲线下面积/天百分比肿瘤生长抑制(TGI)，其中下和上分别指对于每一组中动物个体而言最低和最高％TGI值)，以天计的肿瘤加倍时间(TTP2X)，和实验期间显示部分响应的小鼠的数目(PR)。
图21A-B显示(A)图20中所示小鼠的小鼠体重随时间的LME(线性混合效应)图，和(B)(A)中所示处理组和剂量，％研究最后一天的体重变化(％BW最后一天)，最大％体重变化(最大％BW)，和最大体重变化发生日(最大％BW日)，和(AUC/天(下，上))。
图22A-B显示抗锯齿蛋白1抗体A-1(S101T)的(A)重链和(B)轻链可变域的氨基酸序列。标示了互补决定区(CDR)的氨基酸位置。
图23A-C显示(A)对照，抗锯齿蛋白1，抗锯齿蛋白2或抗锯齿蛋白1+抗锯齿蛋白2组合处理小鼠的肺气道的高碘酸-Schiff染色，(B)不同处理组的气道中杯形细胞的数目的量化，和(C)炎症指数，如通过H&E染色评估的。
图24显示(左)抗锯齿蛋白1抗体A-2和(右)抗锯齿蛋白1/2抗体C-1对人锯齿蛋白1，鼠锯齿蛋白1，人锯齿蛋白2，鼠锯齿蛋白2，人DLL1，鼠DLL1，人DLL4和鼠DLL4的结合。
图25显示小鼠中单次静脉内施用三种不同剂量的抗锯齿蛋白1A-1-S101T抗体后该抗体的清除。
发明详述
I.定义
出于本文中的目的，“受体人框架”指包含自人免疫球蛋白框架或如下文定义的人共有框架衍生的轻链可变域(VL)框架或重链可变域(VH)框架的氨基酸序列的框架。自人免疫球蛋白框架或人共有框架“衍生”的受体人框架可以包含其相同的氨基酸序列，或者它可以含有氨基酸序列变化。在一些实施方案中，氨基酸变化的数目是10或更少，9或更少，8或更少，7或更少，6或更少，5或更少，4或更少，3或更少，或2或更少。在一些实施方案中，VL受体人框架与VL人免疫球蛋白框架序列或人共有框架序列在序列上相同。
“亲和力”指分子(例如抗体)的单一结合位点与其结合配偶体(例如抗原)之间全部非共价相互作用总和的强度。除非另有指示，如本文中使用的，“结合亲和力”指反映结合对的成员(例如抗体和抗原)之间1∶1相互作用的内在结合亲和力。分子X对其配偶体Y的亲和力通常可以用解离常数(Kd)来表述。亲和力可以通过本领域知道的常用方法来测量，包括本文中所描述的方法。下文描述了用于测量结合亲和力的具体的说明性和例示性的实施方案。
“亲和力成熟的”抗体指在一个或多个高变区(HVR)中具有一处或多处改变的抗体，与不拥有此类改变的亲本抗体相比，此类改变导致该抗体对抗原的亲和力改善。
术语“抗锯齿蛋白抗体”和“结合锯齿蛋白的抗体”指能够以足够亲和力结合锯齿蛋白1，锯齿蛋白2，或锯齿蛋白1和2(锯齿蛋白1/2)，使得该抗体可作为诊断剂和/或治疗剂用于靶向锯齿蛋白的抗体。在一个实施方案中，根据例如通过放射免疫测定法(RIA)的测量，抗锯齿蛋白抗体结合无关的，非锯齿蛋白的蛋白质的程度小于该抗体对锯齿蛋白的结合的约10％。在某些实施方案中，结合锯齿蛋白的抗体具有≤1μM，≤100nM，≤10nM，≤1nM，≤0.1nM，≤0.01nM，或≤0.001nM(例如10-8M或更少，例如10-8M到10-13M，例如10-9M到10-13M)的解离常数(Kd)。在某些实施方案中，抗锯齿蛋白抗体结合在来自不同物种的锯齿蛋白中保守的锯齿蛋白表位。术语“抗锯齿蛋白1抗体”和“结合锯齿蛋白1的抗体”指能够以足够亲和力结合锯齿蛋白1，使得该抗体可作为诊断剂和/或治疗剂用于靶向锯齿蛋白1的抗体。
本文中的术语“抗体”以最广义使用，并且涵盖各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体，多克隆抗体，多特异性抗体(例如双特异性抗体)，和抗体片段，只要它们展现出期望的抗原结合活性。
如本文中使用的，“哮喘”指特征为可变和复发症状，可逆气道阻塞(例如通过支气管扩张药)和支气管高反应性(其可能与根本的炎症有关或无关)的复杂病症。哮喘的例子包括阿司匹林敏感/加重型哮喘，特应性哮喘，重度哮喘，轻度哮喘，中度至重度哮喘，未接触皮质类固醇的哮喘，慢性哮喘，皮质类固醇抗性哮喘，皮质类固醇不应性哮喘，新诊断且未治疗的哮喘，吸烟所致哮喘，不受皮质类固醇控制的哮喘和其它哮喘，如J Allergy ClinImmunol(2010)126(5)：926-938中提到的。
“阻断性”抗体或“拮抗性”抗体指显著抑制(部分地或完全地)其所结合的抗原的生物学活性的抗体。
“抗体片段”指与完整抗体不同的分子，其包含完整抗体的一部分且结合完整抗体结合的抗原。抗体片段的例子包括但不限于Fv，Fab，Fab’，Fab’-SH，F(ab’)2；双抗体；线性抗体；单链抗体分子(例如scFv)；和由抗体片段形成的多特异性抗体。
与参照抗体“结合相同表位的抗体”指在竞争测定法中将参照抗体对其抗原的结合阻断50％或更多的抗体，且相反，参照抗体在竞争测定法中将该抗体对其抗原的结合阻断50％或更多。本文中提供了例示性的竞争测定法。
术语“嵌合”抗体指其中的重和/或轻链的一部分自特定的来源或物种衍生，而重和/或轻链的剩余部分自不同来源或物种衍生的抗体。
抗体的“类”指其重链拥有的恒定域或恒定区的类型。抗体有5大类：IgA，IgD，IgE，IgG，和IgM，并且这些中的几种可以进一步分成亚类(同种型)，例如，IgG1，IgG2，IgG3，IgG4，IgA1，和IgA2。与不同类免疫球蛋白对应的重链恒定域分别称作α，δ，ε，γ，和μ。
在用于本文时，术语“细胞毒剂”指抑制或阻止细胞功能和/或引起细胞死亡或破坏的物质。细胞毒剂包括但不限于：放射性同位素(例如At211，I131，I125，Y90，Re186，Re188，Sm153，Bi212，P32，Pb212和Lu的放射性同位素)；化学治疗剂或药物(例如甲氨蝶呤(methotrexate)，阿霉素(adriamicin)，长春花生物碱类(vinca alkaloids)(长春新碱(vincristine)，长春碱(vinblastine)，依托泊苷(etoposide))，多柔比星(doxorubicin)，美法仑(melphalan)，丝裂霉素(mitomycin)C，苯丁酸氮芥(chlorambucil)，柔红霉素(daunorubicin)或其它嵌入剂)；生长抑制剂；酶及其片段，诸如溶核酶；抗生素；毒素，诸如小分子毒素或者细菌，真菌，植物或动物起源的酶活性毒素，包括其片段和/或变体；及下文公开的各种抗肿瘤或抗癌剂。
“效应器功能”指那些可归于抗体Fc区且随抗体同种型而变化的生物学活性。抗体效应器功能的例子包括：C1q结合和补体依赖性细胞毒性(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬作用；细胞表面受体(例如B细胞受体)下调；和B细胞活化。
药剂(例如药物配制剂)的“有效量”指在必需的剂量和时段上有效实现期望的治疗或预防结果的量。
本文中的术语“Fc区”用于定义免疫球蛋白重链中至少含有恒定区一部分的C端区。该术语包括天然序列Fc区和变体Fc区。在一个实施方案中，人IgG重链Fc区自Cys226，或自Pro230延伸至重链的羧基端。然而，Fc区的C端赖氨酸(Lys447)可以存在或不存在。除非本文中另有规定，Fc区或恒定区中的氨基酸残基的编号方式依照EU编号***，又称作EU索引，如记载于Kabat等，Sequences of Proteins of Immunological Interest，第5版Public Health Service，National Institutes of Health，Bethesda，MD，1991。
“框架”或“FR”指除高变区(HVR)残基外的可变域残基。一般地，可变域的FR由4个FR域组成：FRI，FR2，FR3，和FR4。因而，HVR和FR序列在VH(或VL)中一般以如下的顺序出现：FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。
术语“全长抗体”，“完整抗体”，和“全抗体”在本文中可互换使用，指与天然抗体结构具有基本上类似的结构或者具有含有如本文中所限定的Fc区的重链的抗体。
术语“宿主细胞”，“宿主细胞系”，和“宿主细胞培养物”可互换使用，并且指已经导入外源核酸的细胞，包括此类细胞的后代。宿主细胞包括“转化体”和“经转化的细胞”，其包括原代的经转化的细胞及自其衍生的后代而不考虑传代的次数。后代在核酸内容物上可以与亲本细胞不完全相同，而是可以含有突变。本文中包括具有与在初始转化细胞中筛选或选择的相同功能或生物学活性的突变体后代。
“人抗体”指拥有与由人或人细胞生成的或利用人抗体全集或其它人抗体编码序列自非人来源衍生的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列的抗体。人抗体的此定义明确排除包含非人抗原结合残基的人源化抗体。
“人共有框架”指代表人免疫球蛋白VL或VH框架序列选集中最常存在的氨基酸残基的框架。通常，人免疫球蛋白VL或VH序列选集来自可变域序列亚组。通常，序列亚组是如Kabat等，Sequences of Proteins of Immunological Interest，第五版，NIHPublication 91-3242，Bethesda MD(1991)，第1-3卷中的亚组。在一个实施方案中，对于VL，亚组是如Kabat等，见上文中的亚组κI。在一个实施方案中，对于VH，亚组是如Kabat等，见上文中的亚组III。
“人源化”抗体指包含来自非人HVR的氨基酸残基和来自人FR的氨基酸残基的嵌合抗体。在某些实施方案中，人源化抗体会包含至少一个，通常两个基本上整个可变域，其中所有或基本上所有HVR(例如，CDR)对应于非人抗体的那些，且所有或基本上所有FR对应于人抗体的那些。任选地，人源化抗体可以至少包含自人抗体衍生的抗体恒定区的一部分。抗体，例如非人抗体的“人源化形式”指已经经历人源化的抗体。
在用于本文时，术语“高变区”或“HVR”指抗体可变域中在序列上高变的(“互补决定区”或“CDR”)和/或形成结构上限定的环(“高变环”)和/或含有抗原接触残基(“抗原接触”)的每个区。一般地，抗体包含6个HVR：三个在VH中(H1，H2，H3)，且三个在VL中(L1，L2，L3)。本文中的例示性HVR包括：
(a)高变环，存在于氨基酸残基26-32(L1)，50-52(L2)，91-96(L3)，26-32(H1)，53-55(H2)，和96-101(H3)(Chothia and Lesk，J.Mol.Biol.196：901-917(1987))；
(b)CDR，存在于氨基酸残基24-34(L1)，50-56(L2)，89-97(L3)，31-35b(H1)，50-65(H2)，和95-102(H3)(Kabat et al.，Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest，5th Ed.Public Health Service，National Institutes of Health，Bethesda，MD(1991))；
(c)抗原接触，存在于氨基酸残基27c-36(L1)，46-55(L2)，89-96(L3)，30-35b(H1)，47-58(H2)，和93-101(H3)(MacCallum et al.J.Mol.Biol.262：732-745(1996))；和
(d)(a)，(b)，和/或(c)的组合，包括HVR氨基酸残基46-56(L2)，47-56(L2)，48-56(L2)，49-56(L2)，26-35(H1)，26-35b(H1)，49-65(H2)，93-102(H3)，和94-102(H3)。
除非另有说明，HVR残基及可变域中的其它残基(例如FR残基)在本文中是依照Kabat等，见上文编号的。
“免疫缀合物”指与一种或多种异源分子，包括但不限于细胞毒剂缀合的抗体。
“个体”或“受试者”是哺乳动物。哺乳动物包括但不限于驯养的动物(例如，牛，绵羊，猫，犬，和马)，灵长类(例如，人和非人灵长类诸如猴)，家兔，和啮齿类(例如，小鼠和大鼠)。在某些实施方案中，个体或受试者是人。
“分离的抗体”指已经与其天然环境的组分分开的抗体。在一些实施方案中，抗体纯化至大于95％或99％的纯度，如通过例如电泳(例如，SDS-PAGE，等电聚焦(IEF)，毛细管电泳)或层析(例如，离子交换或反相HPLC)测定的。关于用于评估抗体纯度的方法的综述，见例如Flatman等，J.Chromatogr.B 848：79-87(2007)。
“分离的核酸”指已经与其天然环境的组分分开的核酸分子。分离的核酸包括通常含有核酸分子的细胞中含有的核酸分子，但是核酸分子在染色体外或在与其天然染色***置不同的染色***置处存在。
“编码抗锯齿蛋白抗体的分离的核酸”指编码抗体重和轻链(或其片段)的一种或多种核酸分子，包括单一载体或不同载体中的此类核酸分子，和存在于宿主细胞中的一个或多个位置的此类核酸分子。
在用于本文时，术语“单克隆抗体”指从一群基本上同质的抗体获得的抗体，即构成群体的各个抗体是相同的和/或结合相同表位，除了例如含有天然存在的突变或在单克隆抗体制备物的生成期间发生的可能的变体抗体外，此类变体一般以极小量存在。与通常包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物不同，单克隆抗体制备物的每种单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。如此，修饰语“单克隆”指示抗体自一群基本上同质的抗体获得的特性，而不应解释为要求通过任何特定方法来生成抗体。例如，可以通过多种技术来生成要依照本发明使用的单克隆抗体，包括但不限于杂交瘤方法，重组DNA方法，噬菌体展示方法，和利用含有所有或部分人免疫球蛋白基因座的转基因动物的方法，本文中描述了用于生成单克隆抗体的此类方法和其它例示性方法。
“裸抗体”指未与异源模块(例如细胞毒性模块)或放射性标记物缀合的抗体。裸抗体可以存在于药物配制剂中。
“天然抗体”指具有不同结构的天然存在的免疫球蛋白分子。例如，天然IgG抗体是约150，000道尔顿的异四聚糖蛋白，由二硫化物键合的两条相同轻链和两条相同重链构成。从N至C端，每条重链具有一个可变区(VH)，又称作可变重域或重链可变域，接着是三个恒定域(CH1，CH2，和CH3)。类似地，从N至C端，每条轻链具有一个可变区(VL)，又称作可变轻域或轻链可变域，接着是一个恒定轻(CL)域。根据其恒定域氨基酸序列，抗体轻链可归入两种类型中的一种，称作卡帕(κ)和拉姆达(λ)。
术语“包装插页”用于指治疗产品的商业包装中通常包含的用法说明书，其含有关于涉及此类治疗产品应用的适应症，用法，剂量，施用，联合疗法，禁忌症和/或警告的信息。
关于参照多肽序列的“百分比(％)氨基酸序列同一性”定义为比对序列并在必要时引入缺口以获取最大百分比序列同一性后，且不将任何保守替代视为序列同一性的一部分时，候选序列中与参照多肽序列中的氨基酸残基相同的氨基酸残基的百分率。为测定百分比氨基酸序列同一性目的的对比可以以本领域技术范围内的多种方式进行，例如使用公众可得到的计算机软件，诸如BLAST，BLAST-2，ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员可以决定用于比对序列的合适参数，包括对所比较序列全长获得最大对比所需的任何算法。然而，为了本发明的目的，％氨基酸序列同一性值是使用序列比较计算机程序ALIGN-2产生的。ALIGN-2序列比较计算机程序由Genentech，Inc.编写，并且源代码已经连同用户文档一起提交给美国版权局(US Copyright Office，Washington D.C.，20559)，其中其以美国版权注册号TXU510087注册。公众自Genentech，Inc.，South San Francisco，California可获得ALIGN-2程序，或者可以从源代码编译。ALIGN2程序应当编译成在UNIX操作***，包括数码UNIX V4.0D上使用。所有序列比较参数由ALIGN-2程序设定且不变。
在采用ALIGN-2来比较氨基酸序列的情况中，给定氨基酸序列A相对于(to)，与(with)，或针对(against)给定氨基酸序列B的％氨基酸序列同一性(或者可表述为具有或包含相对于，与，或针对给定氨基酸序列B的某一％氨基酸序列同一性的给定氨基酸序列A)如下计算：
分数X/Y乘100
其中X为由序列比对程序ALIGN-2在该程序的A和B比对中评分为相同匹配的氨基酸残基数，且其中Y是B中的氨基酸残基总数。应当领会，若氨基酸序列A的长度与氨基酸序列B的长度不相等，则A相对于B的％氨基酸序列同一性将不等于B相对于A的％氨基酸序列同一性。除非另有明确说明，本文中所使用的所有％氨基酸序列同一性值都是依照上一段所述，使用ALIGN-2计算机程序获得的。
术语“药物配制剂”指处于如下的形式，使得容许其中含有的活性成分的生物学活性是有效的，且不含对会接受配制剂施用的受试者具有不可接受的毒性的别的组分的制剂。
“药学可接受载剂”指药物配制剂中与活性成分不同的，且对受试者无毒的成分。药学可接受载剂包括但不限于缓冲剂，赋形剂，稳定剂，或防腐剂。
在用于本文时，术语“锯齿蛋白”或“Jag”指来自任何脊椎动物来源，包括哺乳动物诸如灵长类(例如人)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)的任何天然锯齿蛋白，除非另有说明。该术语涵盖“全长”，未加工的锯齿蛋白以及锯齿蛋白因细胞中的加工所致的任何形式。该术语还涵盖锯齿蛋白的天然存在变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人和鼠锯齿蛋白1和锯齿蛋白2的氨基酸序列分别显示于图1和2(SEQ ID NO：1-4)。
在用于本文时，“治疗”(及其语法变化形式，诸如“处理”或“处置”)指试图改变所治疗个体的自然进程的临床干预，可以是为了预防或在临床病理学的进程中进行。治疗的期望效果包括但不限于预防疾病的发生或复发，缓解症状，削弱疾病的任何直接或间接病理学后果，预防转移，减缓疾病进展的速率，改善或减轻疾病状态，及免除或改善预后。在有些实施方案中，本发明的抗体用于延迟疾病的发生/发展，或用于减缓疾病的进展。
术语“可变区”或“可变域”指抗体重或轻链中牵涉抗体结合抗原的域。天然抗体的重链和轻链可变域(分别为VH和VL)一般具有类似的结构，其中每个域包含4个保守的框架区(FR)和3个高变区(HVR)。(见例如Kindt等Kuby Immunology，第6版，W.H.Freeman andCo.，第91页(2007))。单个VH或VL域可以足以赋予抗原结合特异性。此外，可以分别使用来自结合抗原的抗体的VH或VL域筛选互补VL或VH域的文库来分离结合特定抗原的抗体。见例如，Portolano等，J.Immunol.150：880-887(1993)；Clarkson等，Nature352：624-628(1991)。
在用于本文时，术语“载体”指能够增殖与其连接的另一种核酸的核酸分子。该术语包括作为自身复制型核酸结构的载体及整合入接受其导入的宿主细胞的基因组中的载体。某些载体能够指导与其可操作连接的核酸的表达。此类载体在本文中称为“表达载体”。
II.组合物和方法
一方面，本发明部分基于抗锯齿蛋白抗体及其片段的鉴定。在某些实施方案中，提供了与至少一种锯齿蛋白结合的抗体。本发明的抗体可用于例如癌症的诊断或治疗。因而，本发明提供涉及抗锯齿蛋白抗体的方法，组合物，试剂盒，和制品。
A.例示性抗锯齿蛋白1抗体
一方面，本发明提供结合锯齿蛋白1的分离的抗体。
在一些实施方案中，该抗体是锯齿蛋白1介导的信号传导的拮抗剂。在一些实施方案中，该抗体结合人和鼠锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体结合人，鼠，和食蟹猴锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体结合锯齿蛋白1但不结合锯齿蛋白2。在一些实施方案中，该抗体结合人锯齿蛋白1但不结合人锯齿蛋白2。在一些实施方案中，该抗体结合人和鼠锯齿蛋白1但不结合人或鼠锯齿蛋白2。在一些实施方案中，该抗体结合人，鼠，和食蟹猴锯齿蛋白1但不结合人，食蟹猴，或鼠锯齿蛋白2。在一些实施方案中，该抗体结合锯齿蛋白1但不结合锯齿蛋白2或DLL1。在一些实施方案中，该抗体结合人锯齿蛋白1但不结合人锯齿蛋白2或人DLL1。在一些实施方案中，该抗体结合人和鼠锯齿蛋白1但不结合人或鼠锯齿蛋白2或人或鼠DLL1。在一些实施方案中，该抗体结合人，鼠，和食蟹猴锯齿蛋白1但不结合人，鼠，或食蟹猴锯齿蛋白2或人，鼠，或食蟹猴DLL1。在一些实施方案中，该抗体结合锯齿蛋白1但不结合锯齿蛋白2，DLL1，或DLL4。在一些实施方案中，该抗体结合人锯齿蛋白1但不结合人锯齿蛋白2，人DLL1，或人DLL4。在一些实施方案中，该抗体结合人和鼠锯齿蛋白1但不结合人或鼠锯齿蛋白2，人或鼠DLL1，或人或鼠DLL4。在一些实施方案中，该抗体结合人，鼠，和食蟹猴锯齿蛋白1但不结合人，鼠，或食蟹猴锯齿蛋白2，人，鼠，或食蟹猴DLL1，或人，鼠，或食蟹猴DLL4。
在一些实施方案中，该抗体以2nM或更强(即小于2nM)的亲和力(Kd)结合人锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体以1.5nM或更强，或1nM或更强，或0.9nM或更强，或0.8nM或更强，或0.7nM或更强(即小于1.5nM，小于1nM，小于0.9nM，小于0.8nM，或小于0.7nM)的亲和力(Kd)结合人锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体以2nM或更强(即小于2nM)的亲和力(Kd)结合鼠锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体以1.5nM或更强，或1nM或更强，或0.9nM或更强，或0.8nM或更强，或0.7nM或更强，或0.6nM或更强，或0.5nM或更强(即小于1.5nM，小于1nM，小于0.9nM，小于0.8nM，小于0.7nM，小于0.6nM，或小于0.5nM)的亲和力(Kd)结合鼠锯齿蛋白1。
在一些实施方案中，该抗体结合天然的，折叠的锯齿蛋白1，但不结合变性的锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体结合酶联免疫吸附测定法(ELISA)中的锯齿蛋白1但不结合Western印迹上的锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体结合酶联免疫吸附测定法(ELISA)中的折叠的锯齿蛋白1但不结合Westem印迹上的变性的锯齿蛋白1。在一些实施方案中，该抗体结合生理条件下的折叠的锯齿蛋白1但不结合变性的锯齿蛋白1。“天然的，折叠的”锯齿蛋白1指经历生理条件下的蛋白质折叠且维持折叠状态的锯齿蛋白1。在一些实施方案中，锯齿蛋白1在溶液中维持折叠状态。
在一些实施方案中，本发明提供一种抗锯齿蛋白1抗体，其包含至少一个，两个，三个，四个，五个，或六个选自下述的HVR：(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：28或36的HVR-H2；(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：55或59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸；(d)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；(e)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和(f)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16或40的HVR-L3。在一些实施方案中，本发明提供一种抗锯齿蛋白1抗体，其包含至少一个，两个，三个，四个，五个，或六个选自下述的HVR：(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：55的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸；(d)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；(e)包含氨基酸序列SEQID NO：39的HVR-L2；和(f)包含氨基酸序列SEQ ID NO：40的HVR-L3。在一些实施方案中，本发明提供一种抗锯齿蛋白1抗体，其包含至少一个，两个，三个，四个，五个，或六个选自下述的HVR：(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：28的HVR-H2；(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸；(d)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；(e)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和(f)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。在一些实施方案中，本发明提供一种抗锯齿蛋白1抗体，其包含至少一个，两个，三个，四个，五个，或六个选自下述的HVR：(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸；(d)包含氨基酸序列SEQID NO：38的HVR-L1；(e)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和(f)包含氨基酸序列SEQID NO：16的HVR-L3。在一些实施方案中，X为除S以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X为除S或H以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X选自A，D，E，G，I，K，L，N，Q，R，T，和V。在一些实施方案中，X为T。
在一些实施方案中，本发明提供一种抗锯齿蛋白1抗体，其包含至少一个，两个，三个，四个，五个，或六个选自下述的HVR：(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：37的HVR-H3；(d)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；(e)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和(f)包含氨基酸序列SEQ ID NO：40的HVR-L3。在一些实施方案中，本发明提供一种抗锯齿蛋白1抗体，其包含至少一个，两个，三个，四个，五个，或六个选自下述的HVR：(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：28的HVR-H2；(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：64的HVR-H3；(d)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；(e)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和(f)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。在一些实施方案中，本发明提供一种抗锯齿蛋白1抗体，其包含至少一个，两个，三个，四个，五个，或六个选自下述的HVR：(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：64的HVR-H3；(d)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；(e)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和(f)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。
一方面，本发明提供一种抗体，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VH HVR序列：(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQID NO：28或36的HVR-H2；和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：55或59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸。在一个实施方案中，该抗体包含包含氨基酸序列SEQ ID NO：55或59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸。在另一个实施方案中，该抗体包含包含氨基酸序列SEQ ID NO：55或59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸和包含氨基酸序列SEQ ID NO：16或40的HVR-L3。在又一个实施方案中，该抗体包含包含氨基酸序列SEQ ID NO：55或59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸，包含氨基酸序列SEQ ID NO：16或40的HVR-L3，和包含氨基酸序列SEQ ID NO：28或36的HVR-H2。在又一个实施方案中，该抗体包含(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：28或36的HVR-H2；和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：55或59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X为除S以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X为除S或H以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X选自A，D，E，G，I，K，L，N，Q，R，T，和V。在一些实施方案中，X为T。
一方面，本发明提供一种抗体，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VH HVR序列：(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQID NO：36的HVR-H2；和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：55的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸。在一个实施方案中，该抗体包含包含氨基酸序列SEQ ID NO：55的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸。在另一个实施方案中，该抗体包含包含氨基酸序列SEQ ID NO：55的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸和包含氨基酸序列SEQ ID NO：40的HVR-L3。在又一个实施方案中，该抗体包含包含氨基酸序列SEQ ID NO：55的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸，包含氨基酸序列SEQ ID NO：40的HVR-L3，和包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2。在又一个实施方案中，该抗体包含(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：55的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X为除S以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X为除S或H以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X选自A，D，E，G，I，K，L，N，Q，R，T，和V。在一些实施方案中，X为T。在又一个实施方案中，该抗体包含(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：37的HVR-H3。
一方面，本发明提供一种抗体，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VH HVR序列：(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQID NO：28的HVR-H2；和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸。在一个实施方案中，该抗体包含包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸。在另一个实施方案中，该抗体包含包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸和包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。在又一个实施方案中，该抗体包含包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸，包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3，和包含氨基酸序列SEQ ID NO：28的HVR-H2。在又一个实施方案中，该抗体包含(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：28的HVR-H2；和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X为除S以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X为除S或H以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X选自A，D，E，G，I，K，L，N，Q，R，T，和V。在一些实施方案中，X为T。在又一个实施方案中，该抗体包含(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：28的HVR-H2；和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：64的HVR-H3。
一方面，本发明提供一种抗体，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VH HVR序列：(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQID NO：36的HVR-H2；和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸。在一个实施方案中，该抗体包含包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸。在另一个实施方案中，该抗体包含包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸和包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。在又一个实施方案中，该抗体包含包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸，包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3，和包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2。在又一个实施方案中，该抗体包含(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X为除S以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X为除S或H以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X选自A，D，E，G，I，K，L，N，Q，R，T，和V。在一些实施方案中，X为T。在又一个实施方案中，该抗体包含(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：64的HVR-H3。
另一方面，本发明提供一种抗体，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VL HVR序列：(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；(b)包含氨基酸序列SEQ IDNO：39的HVR-L2；和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16或40的HVR-L3。在一个实施方案中，该抗体包含(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16或40的HVR-L3。在一个实施方案中，该抗体包含(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。在一个实施方案中，该抗体包含(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：40的HVR-L3。
另一方面，本发明的抗体包含(a)VH域，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VH HVR序列：(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：28或36的HVR-H2，和(iii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：55或59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸；和(b)VL域，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VLHVR序列：(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2，和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16或40的HVR-L3。另一方面，本发明的抗体包含(a)VH域，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VH HVR序列：(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2，和(iii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：55的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸；和(b)VL域，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VL HVR序列：(i)包含氨基酸序列SEQID NO：38的HVR-L1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2，和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：40的HVR-L3。另一方面，本发明的抗体包含(a)VH域，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VH HVR序列：(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：28的HVR-H2，和(iii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸；和(b)VL域，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VL HVR序列：(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2，和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。另一方面，本发明的抗体包含(a)VH域，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VH HVR序列：(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2，和(iii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸；和(b)VL域，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VL HVR序列：(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2，和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。在一些实施方案中，X为除S以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X为除S或H以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X选自A，D，E，G，I，K，L，N，Q，R，T，和V。
另一方面，本发明的抗体包含(a)VH域，其包含(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：28或36的HVR-H2，和(iii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：55或59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸；和(b)VL域，其包含(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2，和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16或40的HVR-L3。另一方面，本发明的抗体包含(a)VH域，其包含(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2，和(iii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：55的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸；和(b)VL域，其包含(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2，和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：40的HVR-L3。另一方面，本发明的抗体包含(a)VH域，其包含(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(ii)包含氨基酸序列SEQID NO：28的HVR-H2，和(iii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸；和(b)VL域，其包含(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2，和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。另一方面，本发明的抗体包含(a)VH域，其包含(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2，和(iii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸；和(b)VL域，其包含(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2，和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。在一些实施方案中，X为除S以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X为除S或H以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X选自A，D，E，G，I，K，L，N，Q，R，T，和V。
另一方面，本发明的抗体包含(a)VH域，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VH HVR序列：(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2，和(iii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：37的HVR-H3；和(b)VL域，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VL HVR序列：(i)包含氨基酸序列SEQ IDNO：38的HVR-L1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2，和(c)包含氨基酸序列SEQID NO：40的HVR-L3。另一方面，本发明的抗体包含(a)VH域，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VH HVR序列：(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：28的HVR-H2，和(iii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：64的HVR-H3；和(b)VL域，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VL HVR序列：(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2，和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。另一方面，本发明的抗体包含(a)VH域，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VH HVR序列：(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2，和(iii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：64的HVR-H3；和(b)VL域，其包含至少一个，至少两个，或所有三个选自下述的VL HVR序列：(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2，和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。
另一方面，本发明的抗体包含(a)VH域，其包含(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2，和(iii)包含氨基酸序列SEQID NO：37的HVR-H3；和(b)VL域，其包含(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2，和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：40的HVR-L3。另一方面，本发明的抗体包含(a)VH域，其包含(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：28的HVR-H2，和(iii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：64的HVR-H3；和(b)VL域，其包含(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2，和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。另一方面，本发明的抗体包含(a)VH域，其包含(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2，和(iii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：64的HVR-H3；和(b)VL域，其包含(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1，(ii)包含氨基酸序列SEQ IDNO：39的HVR-L2，和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。
在一些实施方案中，抗锯齿蛋白1抗体包含(a)VH域，其包含(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：71的HVR-H2，其中X1选自P和G，X2选自D和N，且X3选自T和S，和(iii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：72的HVR-H3，其中X1为除S以外的任何氨基酸，且X2为W或L；和(b)VL域，其包含(i)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1，(ii)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2，和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：74的HVR-L3，其中X1为S或Y，X2为P或A，且X3为P或T。在一些实施方案中，SEQ ID NO：72中的X1为除S或H以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，SEQ ID NO：72中的X1选自A，D，E，G，I，K，L，N，Q，R，T，和V。在一些实施方案中，SEQ ID NO：72中的X1为T。
在一个实施方案中，抗锯齿蛋白1抗体包含任何上述实施方案中的HVR，且进一步包含受体人框架，例如人免疫球蛋白框架或人共有框架。在另一个实施方案中，抗锯齿蛋白1抗体包含任何上述实施方案中的HVR，且进一步包含如下的VH，该VH包含至少一个，两个，三个，或四个选自下述的FR：包含氨基酸序列SEQ ID NO：47的FR1；包含氨基酸序列SEQ IDNO：48的FR2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：49的FR3；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：50的FR4。在另一个实施方案中，抗锯齿蛋白1抗体包含任何上述实施方案中的HVR，其进一步包含如下的VL，该VL包含至少一个，两个，三个，或四个选自下述的FR：包含氨基酸序列SEQ ID NO：43的FR1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：44的FR2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：45的FR3；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：46的FR4。
另一方面，抗锯齿蛋白1抗体包含与氨基酸序列SEQ ID NO：54，58，或62具有至少90％，91％，92％，93％，94％，95％，96％，97％，98％，99％，或100％序列同一性的重链可变域(VH)序列，其中X为除S以外的任何氨基酸。在一些此类实施方案中，该VH序列包含SEQ IDN0：55或59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，该VH包含一个，两个或三个选自下述的HVR：(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：55或59的HVR-H2，其中X为除S以外的任何氨基酸，和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：37或64的HVR-H3。在一些实施方案中，X为除S以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X为除S或H以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X选自A，D，E，G，I，K，L，N，Q，R，T，和V。在一些实施方案中，X为T。另一方面，抗锯齿蛋白1抗体包含与氨基酸序列SEQ ID NO：33，65，或66具有至少90％，91％，92％，93％，94％，95％，96％，97％，98％，99％，或100％序列同一性的重链可变域(VH)序列。在一些此类实施方案中，该VH序列包含SEQ ID NO：37或64的HVR-H3。在一些实施方案中，该VH包含一个，两个或三个选自下述的HVR：(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：28或36的HVR-H2，和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：37或64的HVR-H3。在某些实施方案中，具有至少90％，91％，92％，93％，94％，95％，96％，97％，98％，或99％同一性的VH序列相对于参照序列包含替代(例如保守替代)，***，或删除，但是包含该序列的抗锯齿蛋白1抗体保留结合至少一种锯齿蛋白1的能力。在某些实施方案中，替代，***，或删除发生在HVR以外的区域中(即在FR中)。在某些实施方案中，抗锯齿蛋白1抗体包含与氨基酸序列SEQ ID NO：33具有至少90％，91％，92％，93％，94％，95％，96％，97％，98％，99％，或100％序列同一性的重链可变域(VH)序列。在一些此类实施方案中，该VH序列包含SEQ ID NO：37的HVR-H3。在一些实施方案中，该VH包含一个，两个或三个选自下述的HVR：(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1，(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2，和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：37的HVR-H3。在一些实施方案中，该抗锯齿蛋白1抗体包含SEQ ID NO：33，65，或66中的VH序列，包括该序列的翻译后修饰。在一些实施方案中，该抗锯齿蛋白1抗体包含SEQ ID NO：33中的VH序列，包括该序列的翻译后修饰。在一些实施方案中，该抗锯齿蛋白1抗体包含SEQID NO：65中的VH序列，包括该序列的翻译后修饰。在一些实施方案中，该抗锯齿蛋白1抗体包含SEQ ID NO：66中的VH序列，包括该序列的翻译后修饰。
另一方面，提供了一种抗锯齿蛋白1抗体，其中该抗体包含与氨基酸序列SEQ IDNO：10，26，或34具有至少90％，91％，92％，93％，94％，95％，96％，97％，98％，99％，或100％序列同一性的轻链可变域(VL)。在某些实施方案中，具有至少90％，91％，92％，93％，94％，95％，96％，97％，98％，或99％同一性的VL序列相对于参照序列包含替代(例如保守替代)，***，或删除，但是包含该序列的抗锯齿蛋白1抗体保留结合锯齿蛋白1的能力。在某些实施方案中，在SEQ ID NO：10，26，或34中替代，***和/或删除了总共1至10个氨基酸。在某些实施方案中，替代，***，或删除发生在HVR以外的区域中(即在FR中)。在一些实施方案中，该VL包含一个，两个或三个选自下述的HVR：(a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；(b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和(c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16或40的HVR-L3。在一些实施方案中，该抗锯齿蛋白1抗体包含SEQ ID NO：10，26，或34中的VL序列，包括该序列的翻译后修饰。在一些实施方案中，该抗锯齿蛋白1抗体包含SEQ ID NO：34中的VL序列，包括该序列的翻译后修饰。在一些实施方案中，该抗锯齿蛋白1抗体包含SEQID NO：10中的VL序列，包括该序列的翻译后修饰。在一些实施方案中，该抗锯齿蛋白1抗体包含SEQ ID NO：26中的VL序列，包括该序列的翻译后修饰。
另一方面，提供了一种抗锯齿蛋白1抗体，其中该抗体包含上文提供的任何实施方案中的VH和上文提供的任何实施方案中的VL。在一个实施方案中，该抗体包含分别在SEQID NO：54(其中X为除S以外的任何氨基酸)和SEQ ID NO：34中的VH和VL序列，包括那些序列的翻译后修饰。在一个实施方案中，该抗体包含分别在SEQ ID NO：58(其中X为除S以外的任何氨基酸)和SEQ ID NO：10中的VH和VL序列，包括那些序列的翻译后修饰。在一个实施方案中，该抗体包含分别在SEQ ID NO：62(其中X为除S以外的任何氨基酸)和SEQ ID NO：26中的VH和VL序列，包括那些序列的翻译后修饰。在一些实施方案中，X为除S以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X为除S或H以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X选自A，D，E，G，I，K，L，N，Q，R，T，和V。在一些实施方案中，X为T。
另一方面，提供了一种抗锯齿蛋白1抗体，其中该抗体包含上文提供的任何实施方案中的VH和上文提供的任何实施方案中的VL。在一个实施方案中，该抗体包含分别在SEQID NO：33和SEQ ID NO：34中的VH和VL序列，包括那些序列的翻译后修饰。在一个实施方案中，该抗体包含分别在SEQ ID NO：65和SEQ ID NO：10中的VH和VL序列，包括那些序列的翻译后修饰。在一个实施方案中，该抗体包含分别在SEQ ID NO：66和SEQ ID NO：26中的VH和VL序列，包括那些序列的翻译后修饰。
在一些实施方案中，抗锯齿蛋白1抗体包含包含序列SEQ ID NO：57的重链，其中X为除S以外的任何氨基酸，和包含序列SEQ ID NO：53的轻链。在一些实施方案中，抗锯齿蛋白1抗体包含包含序列SEQ ID NO：67的重链，其中X为除S以外的任何氨基酸，和包含序列SEQ ID NO：75的轻链。在一些实施方案中，抗锯齿蛋白1抗体包含包含序列SEQ ID NO：68的重链，其中X为除S以外的任何氨基酸，和包含序列SEQ ID NO：76的轻链。在一些实施方案中，X为除S以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X为除S或H以外的任何氨基酸。在一些实施方案中，X选自A，D，E，G，I，K，L，N，Q，R，T，和V。在一些实施方案中，X为T。在一些实施方案中，抗锯齿蛋白1抗体包含包含序列SEQ ID NO：51的重链，和包含序列SEQ ID NO：53的轻链。在一些实施方案中，抗锯齿蛋白1抗体包含包含序列SEQ ID NO：52的重链，和包含序列SEQ ID NO：53的轻链。在一些实施方案中，抗锯齿蛋白1抗体包含包含序列SEQ ID NO：69的重链，和包含序列SEQ ID NO：75的轻链。在一些实施方案中，抗锯齿蛋白1抗体包含包含序列SEQ ID NO：70的重链，和包含序列SEQ ID NO：76的轻链。
又一方面，本发明提供与本文中提供的抗锯齿蛋白1抗体结合相同表位的抗体。例如，在某些实施方案中，提供了与包含VH序列SEQ ID NO：33和VL序列SEQ ID NO：34的抗锯齿蛋白1抗体结合相同表位的抗体。
又一方面，本发明提供与本文中提供的任何抗体竞争结合的抗体。
在本发明的又一方面，依照任何上述实施方案的抗锯齿蛋白1抗体是单克隆抗体，包括嵌合抗体，人源化抗体或人抗体。在一个实施方案中，抗锯齿蛋白1抗体是抗体片段，例如Fv，Fab，Fab’，scFv，双抗体，或F(ab’)2片段。在另一个实施方案中，该抗体是全长抗体，例如完整人IgG1抗体或其它抗体类或同种型，如本文中定义的。
又一方面，依照任何上述实施方案的抗锯齿蛋白1抗体可单一地或组合地并入下文1-7节中描述的任何特征：
1.抗体亲和力
在某些实施方案中，本文中提供的抗体具有≤1μM，≤100nM，≤10nM，≤1nM，≤0.1nM，≤0.01nM，或≤0.001nM的解离常数(Kd)(例如10-8M或更少，例如10-8M至10-13M，例如，10-9M至10-13M)。
在一个实施方案中，Kd是通过放射性标记抗原结合测定法(RIA)来测量的。在一个实施方案中，用Fab型式的感兴趣抗体及其抗原实施RIA。例如，通过在存在未标记抗原的滴定系列的情况中用最小浓度的(125I)标记抗原平衡Fab，然后用抗Fab抗体包被板捕捉结合的抗原来测量Fab对抗原的溶液结合亲和力(见例如Chen等，J.Mol.Biol.293：865-881(1999))。为了建立测定法的条件，将多孔板(Thermo Scientific)用50mM碳酸钠(pH 9.6)中的5μg/ml捕捉用抗Fab抗体(Cappel Labs)包被过夜，随后用PBS中的2％(w/v)牛血清清蛋白于室温(约23℃)封闭2-5小时。在非吸附板(Nunc#269620)中，将100pM或26pM[125I]-抗原与连续稀释的感兴趣Fab(例如与Presta等，Cancer Res.57：4593-4599(1997)中抗VEGF抗体，Fab-12的评估一致)混合。然后将感兴趣的Fab温育过夜；然而，温育可持续更长时间(例如约65小时)以确保达到平衡。此后，将混合物转移至捕捉板，于室温温育(例如1小时)。然后除去溶液，并用PBS中的0.1％聚山梨酯20洗板8次。平板干燥后，加入150μl/孔闪烁液(MICROSCINT-20TM；Packard)，然后在TOPCOUNT TM伽马计数器(Packard)上对平板计数10分钟。选择各Fab给出小于或等于最大结合之20％的浓度用于竞争性结合测定法。
依照另一个实施方案，Kd是使用表面等离振子共振测定法测量的。例如，于25℃使用固定化抗原CM5芯片在约10个响应单位(RU)使用或(BIAcore，Inc.，Piscataway，NJ)实施测定法。在一个实施方案中，依照供应商的用法说明书用盐酸N-乙基-N’-(3-二甲氨基丙基)-碳二亚胺(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化右旋糖苷生物传感器芯片(CM5，BIACORE，Inc.)。将抗原用10mM乙酸钠pH 4.8稀释至5μg/ml(约0.2μM)，然后以5μl/分钟的流速注射以获得约10个响应单位(RU)的偶联蛋白质。注入抗原后，注入1M乙醇胺以封闭未反应基团。为了进行动力学测量，于25℃以约25μl/分钟的流速注入在含0.05％聚山梨酯20(TWEEN-20TM)表面活性剂的PBS(PBST)中两倍连续稀释的Fab(0.78nM至500nM)。使用简单一对一朗格缪尔(Langmuir)结合模型(Evaluation Software version 3.2)通过同时拟合结合和解离传感图计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)以比率koff/kon计算。见例如Chen等，J.Mol.Biol.293：865-881(1999)。如果根据上文表面等离振子共振测定法，结合速率超过106M-1S-1，那么结合速率可使用荧光淬灭技术来测定，即根据分光计诸如配备了断流装置的分光光度计(Aviv Instruments)或8000系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic)中用搅拌比色杯的测量，在存在浓度渐增的抗原的情况中，测量PBSpH 7.2中20nM抗抗原抗体(Fab形式)于25℃的荧光发射强度(激发＝295nm；发射＝340nm，16nm带通)的升高或降低。
2.抗体片段
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是抗体片段。抗体片段包括但不限于Fab，Fab’，Fab’-SH，F(ab’)2，Fv，和scFv片段，及下文所描述的其它片段。关于某些抗体片段的综述，见Hudson等Nat.Med.9：129-134(2003)。关于scFv片段的综述，见例如Pluckthün，于The Pharmacology of Monoclonal Antibodies，第113卷，Rosenburg和Moore编，(Springer-Verlag，New York)，第269-315页(1994)；还可见WO 93/16185；及美国专利No.5,571,894和5,587,458。关于包含补救受体结合表位残基，并且具有延长的体内半衰期的Fab和F(ab’)2片段的讨论，见美国专利No.5,869,046。
双抗体是具有两个抗原结合位点的抗体片段，其可以是二价的或双特异性的。见例如EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等，Nat.Med.9：129-134(2003)；及Hollinger等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90：6444-6448(1993)。三抗体和四抗体也记载于Hudson等，Nat.Med.9：129-134(2003)。
单域抗体是包含抗体的整个或部分重链可变域或整个或部分轻链可变域的抗体片段。在某些实施方案中，单域抗体是人单域抗体(Domantis，Inc.，Waltham，MA；见例如美国专利No.6,248,516 B1)。
可以通过多种技术，包括但不限于对完整抗体的蛋白水解消化及重组宿主细胞(例如大肠杆菌或噬菌体)的生成来生成抗体片段，如本文中所描述的。
3.嵌合的和人源化的抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是嵌合抗体。某些嵌合抗体记载于例如美国专利No.4,816,567；及Morrison等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，81：6851-6855(1984))。在一个例子中，嵌合抗体包含非人可变区(例如，自小鼠，大鼠，仓鼠，家兔，或非人灵长类，诸如猴衍生的可变区)和人恒定区。在又一个例子中，嵌合抗体是“类转换的”抗体，其中类或亚类已经自亲本抗体的类或亚类改变。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
在某些实施方案中，嵌合抗体是人源化抗体。通常，将非人抗体人源化以降低对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。一般地，人源化抗体包含一个或多个可变域，其中HVR，例如CDR(或其部分)自非人抗体衍生，而FR(或其部分)自人抗体序列衍生。任选地，人源化抗体还会至少包含人恒定区的一部分。在一些实施方案中，将人源化抗体中的一些FR残基用来自非人抗体(例如衍生HVR残基的抗体)的相应残基替代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
人源化抗体及其生成方法综述于例如Almagro和Fransson，Front.Biosci.13：1619-1633(2008)，并且进一步记载于例如Riechmann等，Nature 332：323-329(1988)；Queen等，Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 86：10029-10033(1989)；美国专利No.5,821,337，7,527,791，6,982,321和7,087,409；Kashmiri等，Methods 36：25-34(2005)(描述了特异性决定区(SDR)嫁接)；Padlan，Mol.Immunol.28：489-498(1991)(描述了“重修表面”)；Dall’Acqua等，Methods 36：43-60(2005)(描述了“FR改组”)；及Osbourn等，Methods 36：61-68(2005)和Klimka等，Br.J.Cancer，83：252-260(2000)(描述了FR改组的“引导选择”方法)。
可以用于人源化的人框架区包括但不限于：使用“最佳拟合(best-fit)”方法选择的框架区(见例如Sims等J.Immunol.151：2296(1993))；自轻或重链可变区的特定亚组的人抗体的共有序列衍生的框架区(见例如Carter等Proc.Natl.Acad.Sci.USA，89：4285(1992)；及Presta等J.Immunol.，151：2623(1993))；人成熟的(体细胞突变的)框架区或人种系框架区(见例如Almagro和Fransson，Front.Biosci.13：1619-1633(2008))；和通过筛选FR文库衍生的框架区(见例如Baca等，J.Biol.Chem.272：10678-10684(1997)及Rosok等，J.Biol.Chem.271：22611-22618(1996))。
4.人抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是人抗体。可以使用本领域中已知的多种技术来生成人抗体。一般地，人抗体记载于van Dijk和van de Winkel，Curr.Opin.Pharmacol.5：368-74(2001)及Lonberg，Curr.Opin.Immunol.20：450-459(2008)。
可以通过对转基因动物施用免疫原来制备人抗体，所述转基因动物已经修饰为响应抗原性攻击而生成完整人抗体或具有人可变区的完整抗体。此类动物通常含有所有或部分人免疫球蛋白基因座，其替换内源免疫球蛋白基因座，或者其在染色体外存在或随机整合入动物的染色体中。在此类转基因小鼠中，一般已经将内源免疫球蛋白基因座灭活。关于自转基因动物获得人抗体的方法的综述，见Lonberg，Nat.Biotech.23：1117-1125(2005)。还可见例如美国专利No.6,075,181和6,150,584，其描述了XENOMOUSETM技术；美国专利No.5,770,429，其描述了技术；美国专利No.7,041,870，其描述了技术，和美国专利申请公开文本No.US 2007/0061900，其描述了技术)。可以例如通过与不同人恒定区组合进一步修饰来自由此类动物生成的完整抗体的人可变区。
也可以通过基于杂交瘤的方法生成人抗体。已经描述了用于生成人单克隆抗体的人骨髓瘤和小鼠-人异骨髓瘤细胞系(见例如Kozbor J.Immunol.，133：3001(1984)；Brodeur等，Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications，第51-63页(Marcel Dekker，Inc.，New York，1987)；及Boerner等，J.Immunol.，147：86(1991))。经由人B细胞杂交瘤技术生成的人抗体也记载于Li等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，103：3557-3562(2006)。其它方法包括那些例如记载于美国专利No.7,189,826(其描述了自杂交瘤细胞系生成单克隆人IgM抗体)和Ni，Xiandai Mianyixue，26(4)：265-268(2006)(其描述了人-人杂交瘤)的。人杂交瘤技术(Trioma技术)也记载于Vollmers和Brandlein，Histologyand Histopathology，20(3)：927-937(2005)及Vollmers和Brandlein，Methods andFindings in Experimental and Clinical Pharmacology，27(3)：185-91(2005)。
也可以通过分离自人衍生的噬菌体展示文库选择的Fv克隆可变域序列生成人抗体。然后，可以将此类可变域序列与期望的人恒定域组合。下文描述了自抗体文库选择人抗体的技术。
5.文库衍生的抗体
可以通过对组合文库筛选具有期望的一种或多种活性的抗体来分离本发明的抗体。例如，用于生成噬菌体展示文库并对此类文库筛选拥有期望结合特征的抗体的多种方法是本领域中已知的。此类方法综述于例如Hoogenboom等于Methods in MolecularBiology 178：1-37(O’Brien等编，Human Press，Totowa，NJ，2001)，并且进一步记载于例如McCafferty等，Nature 348：552-554；Clackson等，Nature 352：624-628(1991)；Marks等，J.Mol.Biol.222：581-597(1992)；Marks和Bradbury，于Methods in Molecular Biology248：161-175(Lo编，Human Press，Totowa，NJ，2003)；Sidhu等，J.Mol.Biol.338(2)：299-310(2004)；Lee等，J.Mol.Biol.340(5)：1073-1093(2004)；Fellouse，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34)：12467-12472(2004)；及Lee等，J.Immunol.Methods284(1-2)：119-132(2004)。
在某些噬菌体展示方法中，将VH和VL基因的全集分别通过聚合酶链式反应(PCR)克隆，并在噬菌体文库中随机重组，然后可以对所述噬菌体文库筛选抗原结合噬菌体，如记载于Winter等，Ann.Rev.Immunol.，12：433-455(1994)的。噬菌体通常以单链Fv(scFv)片段或以Fab片段展示抗体片段。来自经免疫的来源的文库提供针对免疫原的高亲和力抗体，而不需要构建杂交瘤。或者，可以(例如自人)克隆天然全集以在没有任何免疫的情况中提供针对一大批非自身和还有自身抗原的抗体的单一来源，如由Griffiths等，EMBO J，12：725-734(1993)描述的。最后，也可以通过自干细胞克隆未重排的V基因区段，并使用含有随机序列的PCR引物编码高度可变的CDR3区并在体外实现重排来合成生成未免疫文库，如由Hoogenboom和Winter，J.Mol.Biol.，227：381-388(1992)所描述的。描述人抗体噬菌体文库的专利公开文本包括例如：美国专利No.5,750,373，和美国专利公开文本No.2005/0079574，2005/0119455，2005/0266000，2007/0117126，2007/0160598，2007/0237764，2007/0292936和2009/0002360。
认为自人抗体文库分离的抗体或抗体片段是本文中的人抗体或人抗体片段。
6.多特异性抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是多特异性抗体，例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些实施方案中，结合特异性之一针对锯齿蛋白1，而另一种针对任何其它抗原。在某些实施方案中，双特异性抗体可以结合锯齿蛋白1的两个不同表位。也可以使用双特异性抗体来将细胞毒剂定位于表达锯齿蛋白1的细胞。双特异性抗体可以以全长抗体或抗体片段制备。
用于生成多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两对免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达(见Milstein和Cuello，Nature 305：537(1983))，WO 93/08829，和Traunecker等，EMBO J.10：3655(1991))，和“突起-入-空穴”工程化(见例如美国专利No.5,731,168)。也可以通过用于生成抗体Fc-异二聚体分子的工程化静电操纵效应(WO2009/089004A1)；交联两个或更多个抗体或片段(见例如美国专利No.4,676,980，及Brennan等，Science，229：81(1985))；使用亮氨酸拉链来生成双特异性抗体(见例如Kostelny等，J.Immunol.，148(5)：1547-1553(1992))；使用用于生成双特异性抗体片段的“双抗体”技术(见例如Hollinger等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，90：6444-6448(1993))；及使用单链Fv(sFv)二聚体(见例如Gruber等，J.Immunol.，152：5368(1994))；及如例如Tutt等J.Immunol.147：60(1991)中所描述的，制备三特异性抗体来生成多特异性抗体。
本文中还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化改造抗体，包括“章鱼抗体”(见例如US 2006/0025576A1)。
本文中的抗体或片段还包括包含结合锯齿蛋白1及另一种不同抗原的抗原结合位点的“双重作用FAb”或“DAF”(见例如US 2008/0069820)。
7.抗体变体
在某些实施方案中，涵盖本文中提供的抗体的氨基酸序列变体。例如，可以期望改善抗体的结合亲和力和/或其它生物学特性。可以通过将合适的修饰引入编码抗体的核苷酸序列中，或者通过肽合成来制备抗体的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如对抗体的氨基酸序列内的残基的删除，和/或***和/或替代。可以进行删除，***，和替代的任何组合以得到最终的构建体，只要最终的构建体拥有期望的特征，例如，抗原结合。
a)替代，***，和删除变体
在某些实施方案中，提供了具有一处或多处氨基酸替代的抗体变体。替代诱变感兴趣的位点包括HVR和FR。保守替代在表1中在“优选的替代”的标题下显示。更实质的变化在表1中在“例示性替代”的标题下提供，并且如下文参照氨基酸侧链类别进一步描述的。可以将氨基酸替代引入感兴趣的抗体中，并且对产物筛选期望的活性，例如保留/改善的抗原结合，降低的免疫原性，或改善的ADCC或CDC。
表1
依照共同的侧链特性，氨基酸可以如下分组：
(1)疏水性的：正亮氨酸，Met，Ala，Val，Leu，Ile；
(2)中性，亲水性的：Cys，Ser，Thr，Asn，Gln；
(3)酸性的：Asp，Glu；
(4)碱性的：His，Lys，Arg；
(5)影响链取向的残基：Gly，Pro；
(6)芳香族的：Trp，Tyr，Phe。
非保守替代会需要用这些类别之一的成员替换另一个类别的。
一类替代变体牵涉替代亲本抗体(例如人源化或人抗体)的一个或多个高变区残基。一般地，为进一步研究选择的所得变体相对于亲本抗体会具有某些生物学特性的改变(例如改善)(例如升高的亲和力，降低的免疫原性)和/或会基本上保留亲本抗体的某些生物学特性。例示性的替代变体是亲和力成熟的抗体，其可以例如使用基于噬菌体展示的亲和力成熟技术诸如本文中所描述的那些技术来方便地生成。简言之，将一个或多个HVR残基突变，并将变体抗体在噬菌体上展示，并对其筛选特定的生物学活性(例如结合亲和力)。
可以对HVR做出变化(例如，替代)，例如以改善抗体亲和力。可以对HVR“热点”，即由在体细胞成熟过程期间以高频率经历突变的密码子编码的残基(见例如Chowdhury，Methods Mol.Biol.207：179-196(2008))，和/或接触抗原的残基做出此类变化，其中对所得的变体VH或VL测试结合亲和力。通过次级文库的构建和再选择进行的亲和力成熟已经记载于例如Hoogenboom等于Methods in Molecular Biology 178：1-37(O’Brien等编，HumanPress，Totowa，NJ，(2001))。在亲和力成熟的一些实施方案中，通过多种方法(例如，易错PCR，链改组，或寡核苷酸指导的诱变)将多样性引入为成熟选择的可变基因。然后，创建次级文库。然后，筛选文库以鉴定具有期望的亲和力的任何抗体变体。另一种引入多样性的方法牵涉HVR指导的方法，其中将几个HVR残基(例如，一次4-6个残基)随机化。可以例如使用丙氨酸扫描诱变或建模来特异性鉴定牵涉抗原结合的HVR残基。特别地，经常靶向CDR-H3和CDR-L3。
在某些实施方案中，可以在一个或多个HVR内发生替代，***，或删除，只要此类变化不实质性降低抗体结合抗原的能力。例如，可以对HVR做出保守变化(例如，保守替代，如本文中提供的)，其不实质性降低结合亲和力。例如，此类变化可以在HVR中的抗原接触残基以外。在上文提供的变体VH和VL序列的某些实施方案中，每个HVR是未改变的，或者含有不超过1，2或3处氨基酸替代。
一种可用于鉴定抗体中可以作为诱变靶位的残基或区域的方法称作“丙氨酸扫描诱变”，如由Cunningham和Wells(1989)Science，244：1081-1085所描述的。在此方法中，将残基或靶残基的组(例如，带电荷的残基诸如arg，asp，his，lys，和glu)鉴定，并用中性或带负电荷的氨基酸(例如，丙氨酸或多丙氨酸)替换以测定抗体与抗原的相互作用是否受到影响。可以在对初始替代表明功能敏感性的氨基酸位置引入进一步的替代。或者/另外，利用抗原-抗体复合物的晶体结构来鉴定抗体与抗原间的接触点。作为替代的候选，可以靶向或消除此类接触残基和邻近残基。可以筛选变体以确定它们是否含有期望的特性。
氨基酸序列***包括长度范围为1个残基至含有100或更多个残基的多肽的氨基和/或羧基端融合，及单个或多个氨基酸残基的序列内***。末端***的例子包括具有N端甲硫氨酰基残基的抗体。抗体分子的其它***变体包括抗体的N或C端与酶(例如对于ADEPT)或延长抗体的血清半衰期的多肽的融合物。
b)糖基化变体
在某些实施方案中，改变本文中提供的抗体以提高或降低抗体糖基化的程度。可以通过改变氨基酸序列，使得创建或消除一个或多个糖基化位点来方便地实现对抗体的糖基化位点的添加或删除。
在抗体包含Fc区的情况中，可以改变其附着的碳水化合物。由哺乳动物细胞生成的天然抗体通常包含分支的，双触角寡糖，其一般通过N连接附着于Fc区的CH2域的Asn297。见例如Wright等TIBTECH 15：26-32(1997)。寡糖可以包括各种碳水化合物，例如，甘露糖，N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)，半乳糖，和唾液酸，以及附着于双触角寡糖结构“主干”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些实施方案中，可以对本发明抗体中的寡糖进行修饰以创建具有某些改善的特性的抗体变体。
在一个实施方案中，提供了抗体变体，其具有缺乏附着(直接或间接)于Fc区的岩藻糖的碳水化合物结构。例如，此类抗体中的岩藻糖量可以是1％至80％，1％至65％，5％至65％或20％至40％。通过相对于附着于Asn297的所有糖结构(例如，复合的，杂合的和高甘露糖的结构)的总和，计算Asn297处糖链内岩藻糖的平均量来测定岩藻糖量，如通过MALDI-TOF质谱术测量的，例如如记载于WO 2008/077546的。Asn297指位于Fc区中的约第297位(Fc区残基的Eu编号方式)的天冬酰胺残基；然而，Asn297也可以由于抗体中的微小序列变异而位于第297位上游或下游约±3个氨基酸，即在第294位和第300位之间。此类岩藻糖基化变体可以具有改善的ADCC功能。见例如美国专利公开文本No.US 2003/0157108(Presta，L.)；US 2004/0093621(Kyowa Hakko Kogyo Co.，Ltd)。在一些实施方案中，包含N297G或N297A突变的IgG1恒定区实质性缺乏效应器功能。涉及“脱岩藻糖基化的”或“岩藻糖缺乏的”抗体变体的出版物的例子包括：US 2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US 2003/0115614；US 2002/0164328；US 2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US2004/0110282；US 2004/0109865；WO 2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki等J.Mol.Biol.336：1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki等Biotech.Bioeng.87：614(2004)。能够生成脱岩藻糖基化抗体的细胞系的例子包括蛋白质岩藻糖基化缺陷的Lec13 CHO细胞(Ripka等Arch.Biochem.Biophys.249：533-545(1986)；美国专利申请No US 2003/0157108 A1，Presta，L；及WO 2004/056312 A1，Adams等，尤其在实施例11)，和敲除细胞系，诸如α-1，6-岩藻糖基转移酶基因FUT8敲除CHO细胞(见例如Yamane-Ohnuki等Biotech.Bioeng.87：614(2004)；Kanda，Y.等，Biotechnol.Bioeng.，94(4)：680-688(2006)；及WO2003/085107)。
进一步提供了具有两分型寡糖的抗体变体，例如其中附着于抗体Fc区的双触角寡糖是通过GlcNAc两分的。此类抗体变体可以具有降低的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的例子记载于例如WO 2003/011878(Jean-Mairet等)；美国专利No.6，602，684(Umana等)；及US 2005/0123546(Umana等)。还提供了在附着于Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。此类抗体变体可以具有改善的CDC功能。此类抗体变体记载于例如WO 1997/30087(Patel等)；WO 1998/58964(Raju，S.)；及WO 1999/22764(Raju，S.)。
c)Fc区变体
在某些实施方案中，可以将一处或多处氨基酸修饰引入本文中提供的抗体的Fc区中，由此生成Fc区变体。Fc区变体可以包含在一个或多个氨基酸位置包含氨基酸修饰(例如替代)的人Fc区序列(例如，人IgG1，IgG2，IgG3或IgG4Fc区)。
在某些实施方案中，本发明涵盖拥有一些但不是所有效应器功能的抗体变体，所述效应器功能使其成为如下应用的期望候选物，其中抗体的体内半衰期是重要的，而某些效应器功能(诸如补体和ADCC)是不必要的或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定法以确认CDC和/或ADCC活性的降低/消减。例如，可以进行Fc受体(FcR)结合测定法以确保抗体缺乏FcγR结合(因此有可能缺乏ADCC活性)，但是保留FcRn结合能力。介导ADCC的主要细胞NK细胞仅表达FcγRIII，而单核细胞表达FcγRI，FcγRII和FcγRIII。在Ravetch和Kinet，Annu.Rev.Immunol.9：457-492(1991)的第464页上的表3中汇总了造血细胞上的FcR表达。评估感兴趣分子的ADCC活性的体外测定法的非限制性例子记载于美国专利No.5,500,362(见例如Hellstrom，I.等Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 83：7059-7063(1986))和Hellstrom，I等，Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 82：1499-1502(1985)；5，821，337(见Bruggemann，M.等，J.Exp.Med.166：1351-1361(1987))。或者，可以采用非放射性测定方法(见例如用于流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性测定法(CellTechnology，Inc.Mountain View，CA；和非放射性细胞毒性测定法(Promega，Madison，WI))。对于此类测定法有用的效应细胞包括外周血单个核细胞(PBMC)和天然杀伤(NK)细胞。或者/另外，可以在体内评估感兴趣分子的ADCC活性，例如在动物模型中，诸如披露于Clynes等Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 95：652-656(1998)的。也可以实施C1q结合测定法以确认抗体不能结合C1q，并且因此缺乏CDC活性。见例如WO 2006/029879和WO 2005/100402中的C1q和C3c结合ELISA。为了评估补体激活，可以实施CDC测定法(见例如Gazzano-Santoro等，J.Immunol.Methods 202：163(1996)；Cragg，M.S.等，Blood 101：1045-1052(2003)；及Cragg，M.S.和M.J.Glennie，Blood 103：2738-2743(2004))。也可以使用本领域中已知的方法来实施FcRn结合和体内清除/半衰期测定(见例如Petkova，S.B.等，Int’l.Immunol.18(12)：1759-1769(2006))。
具有降低的效应器功能的抗体包括那些具有Fc区残基238，265，269，270，297，327和329中的一个或多个的替代的(美国专利No.6,737,056)。此类Fc突变体包括在氨基酸位置265，269，270，297和327中的两处或更多处具有替代的Fc突变体，包括残基265和297替代成丙氨酸的所谓的“DANA”Fc突变体(美国专利No.7,332,581)。
描述了具有改善的或降低的对FcR的结合的某些抗体变体(见例如美国专利No.6,737,056；WO 2004/056312，及Shields等，J.Biol.Chem.9(2)：6591-6604(2001))。
在某些实施方案中，抗体变体包含具有改善ADCC的一处或多处氨基酸替代，例如Fc区的位置298，333，和/或334(残基的EU编号方式)的替代的Fc区。
在一些实施方案中，对Fc区做出改变，其导致改变的(即，改善的或降低的)C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)，例如，如记载于美国专利No.6,194,551，WO 99/51642，及Idusogie等J.Immunol.164：4178-4184(2000)的。
具有延长的半衰期和改善的对新生儿Fc受体(FcRn)的结合的抗体记载于US2005/0014934A1(Hinton等)，新生儿Fc受体(FcRn)负责将母体IgG转移至胎儿(Guyer等，J.Immunol.117：587(1976)及Kim等，J.Immunol.24：249(1994))。那些抗体包含其中具有改善Fc区对FcRn结合的一处或多处替代的Fc区。此类Fc变体包括那些在Fc区残基238，256，265，272，286，303，305，307，311，312，317，340，356，360，362，376，378，380，382，413，424或434中的一处或多处具有替代，例如，Fc区残基434的替代的(美国专利No.7,371,826)。
还可见Duncan和Winter，Nature 322：738-40(1988)；美国专利No.5,648,260；美国专利No.5,624,821；及WO 94/29351，其关注Fc区变体的其它例子。
d)经半胱氨酸工程化改造的抗体变体
在某些实施方案中，可以期望创建经半胱氨酸工程化改造的抗体，例如，“thioMAb”，其中抗体的一个或多个残基用半胱氨酸残基替代。在具体的实施方案中，替代的残基存在于抗体的可接近位点。通过用半胱氨酸替代那些残基，反应性硫醇基团由此定位于抗体的可接近位点，并且可以用于将抗体与其它模块，诸如药物模块或接头-药物模块缀合，以创建免疫缀合物，如本文中进一步描述的。在某些实施方案中，可以用半胱氨酸替代下列残基之任一个或多个：轻链的V205(Kabat编号方式)；重链的A118(EU编号方式)；和重链Fc区的S400(EU编号方式)。可以如例如美国专利No.7,521,541所述生成经半胱氨酸工程化改造的抗体。
e)抗体衍生物
在某些实施方案中，可以进一步修饰本文中提供的抗体以含有本领域知道的且易于获得的额外非蛋白质性质模块。适合于抗体衍生化的模块包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性例子包括但不限于聚乙二醇(PEG)，乙二醇/丙二醇共聚物，羧甲基纤维素，右旋糖苷，聚乙烯醇，聚乙烯吡咯烷酮，聚-1，3-二氧戊环，聚-1，3，6-三口恶烷，乙烯/马来酸酐共聚物，聚氨基酸(均聚物或随机共聚物)，和右旋糖苷或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇，丙二醇均聚物，环氧丙烷/环氧乙烷共聚物，聚氧乙烯化多元醇(例如甘油)，聚乙烯醇及其混合物。由于其在水中的稳定性，聚乙二醇丙醛在生产中可能具有优势。聚合物可以是任何分子量，而且可以是分支的或不分支的。附着到抗体上的聚合物数目可以变化，而且如果附着了超过一个聚合物，那么它们可以是相同或不同的分子。一般而言，可根据下列考虑来确定用于衍生化的聚合物的数目和/或类型，包括但不限于抗体要改进的具体特性或功能，抗体衍生物是否将用于指定条件下的治疗等。
在另一个实施方案中，提供了抗体和可以通过暴露于辐射选择性加热的非蛋白质性质模块的缀合物。在一个实施方案中，非蛋白质性质模块是碳纳米管(Kam等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102：11600-11605(2005))。辐射可以是任何波长的，并且包括但不限于对普通细胞没有损害，但是将非蛋白质性质模块加热至抗体-非蛋白质性质模块附近的细胞被杀死的温度的波长。
B.重组方法和组合物
可以使用重组方法和组合物来生成抗体，例如，如记载于美国专利No.4,816,567的。在一个实施方案中，提供了编码本文中所描述的抗锯齿蛋白1抗体的分离的核酸。此类核酸可以编码包含抗体VL的氨基酸序列和/或包含VH的氨基酸序列(例如，抗体的轻和/或重链)。在又一个实施方案中，提供了包含此类核酸的一种或多种载体(例如，表达载体)。在又一个实施方案中，提供了包含此类核酸的宿主细胞。在一个此类实施方案中，宿主细胞包含(例如，已经用下列载体转化)：(1)包含核酸的载体，所述核酸编码包含抗体的VL的氨基酸序列和包含抗体的VH的氨基酸序列，或(2)第一载体和第二载体，所述第一载体包含编码包含抗体的VL的氨基酸序列的核酸，所述第二载体包含编码包含抗体的VH的氨基酸序列的核酸。在一个实施方案中，宿主细胞是真核的，例如中国仓鼠卵巢(CHO)细胞或淋巴样细胞(例如，Y0，NS0，Sp20细胞)。在一个实施方案中，提供了生成抗锯齿蛋白1抗体的方法，其中该方法包括在适合于表达抗体的条件下培养包含编码抗体的核酸的宿主细胞，如上文提供的，并且任选地，自宿主细胞(或宿主细胞培养液)回收抗体。
对于抗锯齿蛋白1抗体的重组生成，将编码抗体的核酸(例如如上文所描述的)分离，并***一种或多种载体中，以在宿主细胞中进一步克隆和/或表达。可以使用常规规程将此类核酸容易地分离并测序(例如，通过使用寡核苷酸探针来进行，所述寡核苷酸探针能够特异性结合编码抗体的重和轻链的基因)。
适合于克隆或表达抗体编码载体的宿主细胞包括本文中所描述的原核或真核细胞。例如，可以在细菌中生成抗体，特别是在不需要糖基化和Fc效应器功能时。对于抗体片段和多肽在细菌中的表达，见例如美国专利No.5,648,237，5,789,199和5,840,523(还可见Charlton，Methods in Molecular Biology，第248卷(B.K.C.Lo编，Humana Press，Totowa，NJ，2003)，第245-254页，其描述了抗体片段在大肠杆菌(E.coli.)中的表达)。表达后，可以将抗体在可溶性级分中自细菌细胞团糊分离，并可以进一步纯化。
在原核生物外，真核微生物诸如丝状真菌或酵母是适合于抗体编码载体的克隆或表达宿主，包括其糖基化途径已经“人源化”，导致生成具有部分或完全人的糖基化样式的抗体的真菌和酵母菌株。见Gerngross，Nat.Biotech.22：1409-1414(2004)，及Li等，Nat.Biotech.24：210-215(2006)。
适合于表达糖基化抗体的宿主细胞也自多细胞生物体(无脊椎动物和脊椎动物)衍生。无脊椎动物细胞的例子包括植物和昆虫细胞。已经鉴定出许多杆状病毒株，其可以与昆虫细胞一起使用，特别是用于转染草地夜蛾(Spodoptera frugiperda)细胞。
也可以利用植物细胞培养物作为宿主。见例如美国专利No.5,959,177，6,040,498，6,420,548，7,125,978和6,417,429(其描述了用于在转基因植物中生成抗体的PLANTIBODIESTM技术)。
也可以使用脊椎动物细胞作为宿主。例如，适合于在悬浮液中生长的哺乳动物细胞系可以是有用的。有用的哺乳动物宿主细胞系的其它例子是经SV40转化的猴肾CV1系(COS-7)；人胚肾系(293或293细胞，如记载于例如Graham等，J.Gen Virol.36：59(1977)的)；幼年仓鼠肾细胞(BHK)；小鼠塞托利(sertoli)细胞(TM4细胞，如记载于例如Mather，Biol.Reprod.23：243-251(1980)的)；猴肾细胞(CV1)；非洲绿猴肾细胞(VERO-76)；人***细胞(HELA)；犬肾细胞(MDCK；牛鼠(buffalo rat)肝细胞(BRL 3A)；人肺细胞(W138)；人肝细胞(Hep G2)；小鼠***肿瘤(MMT 060562)；TRI细胞，如记载于例如Mather等，AnnalsN.Y.Acad.Sci.383：44-68(1982)的；MRC 5细胞；和FS4细胞。其它有用的哺乳动物宿主细胞系包括中国仓鼠卵巢(CHO)细胞，包括DHFR-CHO细胞(Urlaub等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA77：4216(1980))；和骨髓瘤细胞系诸如Y0，NS0和Sp2/0。关于适合于抗体生成的某些哺乳动物宿主细胞系的综述，见例如Yazaki和Wu，Methods in Molecular Biology，第248卷(B.K.C.Lo编，Humana Press，Totowa，NJ)，第255-268页(2003)。
C.测定法
可以通过本领域中已知的多种测定法对本文中提供的抗锯齿蛋白1抗体鉴定，筛选，或表征其物理/化学特性和/或生物学活性。
1.结合测定法和其它测定法
一方面，对本发明的抗体测试其抗原结合活性，例如通过已知的方法诸如ELISA或Western印迹等来进行。
另一方面，可使用竞争测定法来鉴定与抗体A，A-1，A-2，或A-1(S101T)竞争对人或鼠锯齿蛋白1的结合的抗体。在某些实施方案中，此类竞争性抗体结合与A，A-1，A-2，或A-1(S101T)所结合表位相同的表位(例如线性或构象表位)。
用于定位抗体所结合表位的详细例示性方法见Morris(1996)“Epitope MappingProtocols”，Methods in Molecular Biology vol.66(Humana Press，Totowa，NJ)。
在一种例示性竞争测定法中，在包含第一经标记抗体(其结合锯齿蛋白1，例如A，A-1，A-2，或A-1(S101T))和第二未标记抗体(其要测试与第一抗体竞争对锯齿蛋白1的结合的能力)的溶液中温育固定化锯齿蛋白1。第二抗体可存在于杂交瘤上清液中。作为对照，在包含第一经标记抗体但不包含第二未标记抗体的溶液中温育固定化锯齿蛋白1。在允许第一抗体结合锯齿蛋白1的条件下温育后，除去过量的未结合抗体，并测量与固定化锯齿蛋白1联合的标记物的量。如果测试样品中与固定化锯齿蛋白1联合的标记物的量与对照样品相比实质性降低，那么这指示第二抗体与第一抗体竞争对锯齿蛋白1的结合。参见Harlow andLane(1988)Antibodies：A Laboratory Manual ch.14(Cold Spring Harbor Laboratory，Cold Spring Harbor，NY)。
2.活性测定法
一方面，提供了用于鉴定具有生物学活性的抗锯齿蛋白1抗体的测定法。生物学活性可包括例如抑制锯齿蛋白1诱导的经由刻缺蛋白1的信号传导。在某些其它实施方案中，对本发明的抗体测试其抑制对锯齿蛋白1诱导的刻缺蛋白信号传导响应性的报告基因表达能力。实施例中提供了非限制性的例示性测定法。在某些实施方案中，对本发明的抗体测试此类生物学活性。还提供了在体内和/或在体外具有此类生物学活性的抗体。
D.免疫缀合物
本发明还提供了包含与一种或多种细胞毒剂，诸如化疗剂或药物，生长抑制剂，毒素(例如蛋白质毒素，细菌，真菌，植物或动物起源的酶活性毒素，或其片段)，或放射性同位素缀合的本文中的抗锯齿蛋白抗体的免疫缀合物。
在一个实施方案中，免疫缀合物是抗体-药物缀合物(ADC)，其中抗体与一种或多种药物缀合，包括但不限于美登木素生物碱(见美国专利No.5,208,020，5,416,064和欧洲专利EP 0 425 235 B1)；auristatin诸如单甲基auristatin药物模块DE和DF(MMAE和MMAF)(见美国专利No.5,635,483和5,780,588及7,498,298)；多拉司他汀(dolastatin)；加利车霉素(calicheamicin)或其衍生物(见美国专利No.5,712,374，5,714,586，5,739,116，5,767,285，5,770,701，5,770,710，5,773,001和5,877,296；Hinman等，Cancer Res.53：3336-3342(1993)；及Lode等，Cancer Res.58：2925-2928(1998))；蒽环类抗生素诸如道诺霉素(daunomycin)或多柔比星(doxorubicin)(见Kratz等，Current Med.Chem.13：477-523(2006)；Jeffrey等，Bioorganic&Med.Chem.Letters 16：358-362(2006)；Torgov等，Bioconj.Chem.16：717-721(2005)；Nagy等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97：829-834(2000)；Dubowchik等，Bioorg.&Med.Chem.Letters 12：1529-1532(2002)；King等，J.Med.Chem.45：4336-4343(2002)；及美国专利No.6,630,579)；甲氨蝶呤；长春地辛(vindesine)；紫杉烷(taxane)诸如多西他赛(docetaxel)，帕利他塞，larotaxel，tesetaxel，和ortataxel；单端孢霉素(trichothecene)；和CC1065。
在另一个实施方案中，免疫缀合物包含与酶活性毒素或其片段缀合的如本文中所描述的抗体，所述酶活性毒素包括但不限于白喉A链，白喉毒素的非结合活性片段，外毒素A链(来自铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa))，蓖麻毒蛋白(ricin)A链，相思豆毒蛋白(abrin)A链，蒴莲根毒蛋白(modeccin)A链，α-帚曲霉素(sarcin)，油桐(Aleutitesfordii)毒蛋白，香石竹(dianthin)毒蛋白，美洲商陆(Phytolaca americana)蛋白(PAPI，PAPII和PAP-S)，苦瓜(Momordica charantia)抑制物，麻疯树毒蛋白(curcin)，巴豆毒蛋白(crotin)，肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制剂，白树毒蛋白(gelonin)，丝林霉素(mitogellin)，局限曲菌素(restrictocin)，酚霉素(phenomycin)，依诺霉素(enomycin)和单端孢菌素(tricothecenes)。
在另一个实施方案中，免疫缀合物包含与放射性原子缀合以形成放射性缀合物的如本文中所描述的抗体。多种放射性同位素可用于生成放射性缀合物。例子包括At211，I131，I125，Y90，Re186，Re188，Sm153，Bi212，P32，Pb212和Lu的放射性同位素。在使用放射性缀合物进行检测时，它可以包含供闪烁法研究用的放射性原子，例如tc99m或I123，或供核磁共振(NMR)成像(又称为磁共振成像，mri)用的自旋标记物，诸如再一次的碘-123，碘-131，铟-111，氟-19，碳-13，氮-15，氧-17，钆，锰或铁。
可以使用多种双功能蛋白质偶联剂来生成抗体和细胞毒剂的缀合物，诸如N-琥珀酰亚氨基3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(SPDP)，琥珀酰亚氨基-4-(N-马来酰亚氨基甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC)，亚氨基硫烷(IT)，亚氨酸酯(诸如盐酸己二酰亚氨酸二甲酯)，活性酯类(诸如辛二酸二琥珀酰亚氨基酯)，醛类(诸如戊二醛)，双叠氮化合物(诸如双(对-叠氮苯甲酰基)己二胺)，双重氮衍生物(诸如双(对-重氮苯甲酰基)-乙二胺)，二异硫氰酸酯(诸如甲苯2，6-二异氰酸酯)，和双活性氟化合物(诸如1，5-二氟-2，4-二硝基苯)的双功能衍生物。例如，可以如Vitetta等，Science 238：1098(1987)中所述制备蓖麻毒蛋白免疫毒素。碳-14标记的1-异硫氰酸苄基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于将放射性核苷酸与抗体缀合的例示性螯合剂。参见WO94/11026。接头可以是便于在细胞中释放细胞毒性药物的“可切割接头”。例如，可使用酸不稳定接头，肽酶敏感性接头，光不稳定接头，二甲基接头或含二硫化物接头(Chari等，Cancer Res 52：127-131(1992)；美国专利No.5,208,020)。
本文中的免疫缀合物或ADC明确涵盖，但不限于用交联试剂制备的此类缀合物，所述交联试剂包括但不限于BMPS，EMCS，GMBS，HBVS，LC-SMCC，MBS，MPBH，SBAP，SIA，SIAB，SMCC，SMPB，SMPH，sulfo-EMCS，sulfo-GMBS，sulfo-KMUS，sulfo-MBS，sulfo-SIAB，sulfo-SMCC，和sulfo-SMPB，及SVSB(琥珀酰亚氨基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯)，它们是商品化的(例如，来自Pierce Biotechnology，Inc.，Rockford，IL.，U.S.A)。
E.用于诊断和检测的方法和组合物
在某些实施方案中，本文中提供的任何抗锯齿蛋白1抗体可用于检测生物学样品中锯齿蛋白1的存在。在用于本文时，术语“检测”涵盖定量或定性检测。在某些实施方案中，生物学样品包含细胞或组织，诸如癌性组织。
在一个实施方案中，提供了在诊断或检测方法中使用的抗锯齿蛋白1抗体。在又一方面，提供了检测生物学样品中锯齿蛋白1的存在的方法。在某些实施方案中，该方法包括在容许抗锯齿蛋白1抗体结合锯齿蛋白1的条件下使生物学样品与抗锯齿蛋白1抗体接触，如本文中所描述的，并检测是否在抗锯齿蛋白1抗体与锯齿蛋白1之间形成复合物。此类方法可以是体外或体内方法。在一个实施方案中，使用抗锯齿蛋白1抗体来选择适合用抗锯齿蛋白1抗体治疗的受试者，例如其中锯齿蛋白1是一种用于选择患者的生物标志。
可使用本发明的抗体来诊断的例示性病症包括癌症，例如乳腺癌，肺癌，脑癌，***，结肠癌，肝癌，胆管癌，胰腺癌，皮肤癌，B细胞恶性肿瘤，和T细胞恶性肿瘤。
在某些实施方案中，提供了经标记的抗锯齿蛋白1抗体。标记物包括但不限于直接检测的标记物或模块(诸如荧光，发色，电子致密，化学发光，和放射性标记物)，及例如经由酶反应或分子相互作用间接检测的模块，诸如酶或配体。例示性的标记物包括但不限于放射性同位素32P，14C，125I，3H，和131I，荧光团诸如稀土螯合物或荧光素及其衍生物，罗丹明(rhodamine)及其衍生物，丹酰，伞形酮，萤光素酶，例如，萤火虫萤光素酶和细菌萤光素酶(美国专利No.4,737,456)，萤光素，2，3-二氢酞嗪二酮，辣根过氧化物酶(HRP)，碱性磷酸酶，β-半乳糖苷酶，葡糖淀粉酶，溶菌酶，糖类氧化酶，例如，葡萄糖氧化酶，半乳糖氧化酶，和葡萄糖-6-磷酸脱氢酶，杂环氧化酶诸如尿酸酶和黄嘌呤氧化酶(其与采用过氧化氢氧化染料前体的酶诸如HRP偶联)，乳过氧化物酶，或微过氧化物酶，生物素/亲合素，自旋标记物，噬菌体标记物，稳定的自由基，等等。
F.药物配制剂
通过混合具有期望纯度的此类抗体与一种或多种任选的药学可接受载剂(Remington’s Pharmaceutical Sciences第16版，Osol，A.编(1980))以冻干配制剂或水性溶液形式制备如本文中所描述的抗锯齿蛋白1抗体的药物配制剂。一般地，药学可接受载剂在所采用的剂量和浓度对接受者是无毒的，而且包括但不限于缓冲剂，诸如磷酸盐，柠檬酸盐，和其它有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(诸如氯化十八烷基二甲基苄基铵；氯化己烷双胺；苯扎氯铵，苄索氯铵；酚，丁醇或苯甲醇；对羟基苯甲酸烃基酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或丙酯；邻苯二酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清清蛋白，明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸，谷氨酰胺，天冬酰胺，组氨酸，精氨酸或赖氨酸；单糖，二糖和其它碳水化合物，包括葡萄糖，甘露糖或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖类，诸如蔗糖，甘露醇，海藻糖或山梨醇；成盐相反离子，诸如钠；金属复合物(例如Zn-蛋白质复合物)；和/或非离子表面活性剂，诸如聚乙二醇(PEG)。本文中的例示性的药学可接受载剂进一步包含间质药物分散剂诸如可溶性中性活性透明质酸酶糖蛋白(sHASEGP)，例如人可溶性PH-20透明质酸酶糖蛋白，诸如rHuPH20(Baxter International，Inc.)。某些例示性的sHASEGP和使用方法，包括rHuPH20记载于美国专利公开文本No.2005/0260186和2006/0104968。在一方面，将sHASEGP与一种或多种别的糖胺聚糖酶诸如软骨素酶组合。
例示性的冻干抗体配制剂记载于美国专利No.6,267,958。水性抗体配制剂包括那些记载于美国专利No.6,171,586和WO2006/044908的，后一种配制剂包含组氨酸-乙酸盐缓冲液。
本文中的配制剂还可含有超过一种所治疗具体适应症所必需的活性组分，优选那些活性互补且彼此没有不利影响的化合物。例如，可能希望进一步提供细胞毒剂，例如化疗剂。此类活性组分适于以有效用于所需目的的量组合存在。
活性成分可包载于例如通过凝聚技术或通过界面聚合制备的微胶囊中(例如分别是羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊)，在胶状药物投递***中(例如脂质体，清蛋白微球体，微乳剂，纳米颗粒和纳米胶囊)，或在粗滴乳状液中。此类技术披露于例如Remington′s Pharmaceutical Sciences，第16版，Osol，A.编(1980)。
可以制备持续释放制剂。持续释放制剂的合适的例子包括含有抗体的固体疏水性聚合物的半透性基质，该基质为成形商品形式，例如膜，或微胶囊。
用于体内施用的配制剂一般是无菌的。无菌性可容易地实现，例如通过穿过无菌滤膜过滤。
G.治疗性方法和组合物
可以在治疗性方法中使用本文中提供的任何抗锯齿蛋白1抗体。
在一方面，提供了作为药物使用的抗锯齿蛋白1抗体。在其它的方面，提供了在治疗与异常刻缺蛋白信号传导有关的疾病或病症(例如癌症)中使用的抗锯齿蛋白1抗体。在某些实施方案中，提供了在治疗方法中使用的抗锯齿蛋白1抗体。在某些实施方案中，本发明提供了在治疗具有癌症的个体的方法中使用的抗锯齿蛋白1抗体，所述方法包括对个体施用有效量的抗锯齿蛋白1抗体。在一个此类实施方案中，所述方法进一步包括对个体施用有效量的至少一种其它的治疗剂，例如如下文所描述的。在一个此类实施方案中，所述方法进一步包括对个体施用有效量的至少一种其它的治疗剂，例如如下文所描述的。
在又一些实施方案中，本发明提供了在抑制肺癌生长中使用的抗锯齿蛋白1抗体。在某些实施方案中，本发明提供了在个体中降低肺癌生长的方法中使用的抗锯齿蛋白1抗体，所述方法包括对个体施用有效量的抗锯齿蛋白1抗体以降低肺癌生长。在某些实施方案中，本发明提供了在个体中降低乳腺癌生长的方法中使用的抗锯齿蛋白1抗体，所述方法包括对个体施用有效量的抗锯齿蛋白1抗体以降低乳腺癌生长。依照任何上述实施方案的“个体”优选是人。
在一些实施方案中，提供了在治疗***反应，哮喘，自身免疫病，与杯形细胞化生(例如在肺中)和/或粘液过多有关的疾病中使用的抗锯齿蛋白1抗体。可以用本文中提供的抗锯齿蛋白1抗体治疗的其它变应性疾病包括但不限于变应性鼻炎，特应性皮炎，食物过敏和荨麻疹；免疫介导的皮肤病包括大疱性皮肤病，多形性红斑和接触性皮炎；自身免疫病包括银屑病，类风湿性关节炎，青少年型慢性关节炎；炎性肠病(即溃疡性结肠炎，克罗恩氏病)；特发性间质性肺炎，与杯形细胞化生有关的疾病(诸如哮喘，COPD，囊性纤维化和Barrett氏食道)，肺病诸如囊性纤维化，麸质敏感性肠病，和Whipple氏病；肺的免疫学疾病，诸如嗜曙红细胞性肺炎，特发性肺纤维化和过敏性肺炎；慢性阻塞性肺病，RSV感染，葡萄膜炎，硬皮病，骨质疏松症，和何杰金氏淋巴瘤。
在又一方面，本发明提供了抗锯齿蛋白1抗体在制造或制备药物中的用途。在一个实施方案中，药物用于治疗与异常刻缺蛋白信号传导有关的疾病或病症。在一个实施方案中，药物用于治疗癌症。在又一个实施方案中，所述药物用于治疗癌症的方法，包括对具有癌症的个体施用有效量的药物。在一个此类实施方案中，所述方法进一步包括对个体施用有效量的至少一种其它的治疗剂，例如如下文所描述的。依照任何上述实施方案的“个体”可以是人。
在又一方面，本发明提供了治疗与异常刻缺蛋白信号传导有关的疾病或病症的方法。在一个实施方案中，所述方法包括对具有此类疾病或病症的个体施用有效量的抗锯齿蛋白1抗体。在一个实施方案中，所述方法包括对具有癌症的个体施用有效量的抗锯齿蛋白1抗体。在一个此类实施方案中，所述方法进一步包括对个体施用有效量的至少一种其它的治疗剂，如下文所描述的。在一个此类实施方案中，所述方法进一步包括对个体施用有效量的至少一种其它的治疗剂，如下文所描述的。依照任何上述实施方案的“个体”可以是人。
在又一个方面，本发明提供了用于在个体中抑制癌细胞生长的方法。在一个实施方案中，所述方法包括对个体施用有效量的抗锯齿蛋白1抗体以抑制癌细胞生长。在一个实施方案中，“个体”是人。
在一些实施方案中，本发明提供用于在个体中治疗***反应，哮喘，自身免疫病，与杯形细胞化生(例如在肺中)和/或粘液过多有关的疾病的方法。在一些实施方案中，本发明提供用于在个体中治疗变应性鼻炎，特应性皮炎，食物过敏和荨麻疹；免疫介导的皮肤病包括大疱性皮肤病，多形性红斑和接触性皮炎；自身免疫病包括银屑病，类风湿性关节炎，青少年型慢性关节炎；炎性肠病(即溃疡性结肠炎，克罗恩氏病)；特发性间质性肺炎，与杯形细胞化生有关的疾病(诸如哮喘，COPD，囊性纤维化和Barrett氏食道)，肺病诸如囊性纤维化，麸质敏感性肠病，和Whipple氏病；肺的免疫学疾病，诸如嗜曙红细胞性肺炎，特发性肺纤维化和过敏性肺炎；慢性阻塞性肺病，RSV感染，葡萄膜炎，硬皮病，骨质疏松症，和/或何杰金氏淋巴瘤的方法。在一些实施方案中，该方法包括对该个体施用有效量的本文中提供的抗锯齿蛋白1抗体。在一些实施方案中，“个体”是人。
在又一方面，本发明提供了药物配制剂，其包含本文中提供的任何抗锯齿蛋白1抗体，例如在任何上述治疗性方法中使用。在一个实施方案中，药物配制剂包含本文中提供的任何抗锯齿蛋白1抗体和药学可接受载剂。在另一个实施方案中，药物配制剂包含本文中提供的任何抗锯齿蛋白1抗体和至少一种其它的治疗剂，例如如下文所描述的。
可以单独或与疗法中的其它药剂组合使用本发明的抗体。例如，可以与至少一种其它的治疗剂共施用本发明的抗体。在某些实施方案中，其它的治疗剂是细胞毒剂。在某些实施方案中，其它的治疗剂是抗体。
上文记录的此类联合疗法涵盖联合施用(其中两种或更多种治疗剂包含在相同或不同配制剂中)，和分开施用，在该情况中，可以在施用一种或多种其它的治疗剂之前，同时，和/或之后发生本发明的抗体的施用。在一个实施方案中，施用抗锯齿蛋白1抗体和施用其它的治疗剂彼此在约1个月内，或在约1，2或3周内，或在约1，2，3，4，5或6天内发生。也可以与放射疗法组合使用本发明的抗体。
可以通过任何合适的手段，包括胃肠外，肺内，和鼻内，及若期望用于局部治疗的话，损伤内施用来施用本发明的抗体(和任何其它的治疗剂)。胃肠外输注包括肌肉内，静脉内，动脉内，腹膜内，或皮下施用。部分根据施用是短暂的还是长期的，剂量给药可以通过任何合适的路径，例如通过注射，诸如静脉内或皮下注射进行。本文中涵盖各种剂量给药日程表，包括但不限于单次施用或在多个时间点里的多次施用，推注施用，和脉冲输注。
本发明的抗体应当以一种符合良好的医学实践的方式配制，确定剂量及给药。关于这一点考虑的因素包括在治疗的特定病症，在治疗的特定哺乳动物，患者个体的临床状态，病因，药物递送部位，给药方法，服药日程以及其它为开业医生所知的因素。抗体无需但可任选地与一种或多种目前用于预防或治疗所述病症的药物一起配制。上述其它药物的有效量取决于配方中所存在的抗体的量，所治疗病症的类型，以及其它上述讨论的因素。这些药物通常以相同的剂量使用并具有本文中所描述的施用途径，或以约1-99％的本文所描述的剂量使用，或以任何剂量并通过任何途径使用，所述剂量和途径是凭经验确定的/经临床测定合适的。
为了预防或治疗疾病，本发明的抗体(当单独或与一种或多种其它的治疗剂联合使用时)的合适剂量应取决于所要治疗的疾病的类型，抗体的种类，疾病的严重性和病程，所给予抗体的预防或治疗目的，之前的治疗，患者的临床史和对抗体的应答，以及主治医师的斟酌决定。抗体适合于在一次或一系列的治疗中给予患者。取决于疾病的类型和严重性，约1μg/kg-15mg/kg(例如0.1mg/kg-10mg/kg)的抗体可作为首次候选用量给予患者，无论是例如通过一次或多次单独的给药或通过连续输注。取决予上述提及的因素，一个典型的日剂量可在约1μg/kg-100mg/kg或更多的范围内。对于几天或更长时间的重复给药，取决于病情，治疗应通常持续直至出现病症得到期望的抑制为止。抗体的一种例示性剂量会在约0.05mg/kg至约10mg/kg的范围内。如此，可对患者施用一剂或多剂约0.5mg/kg，2.0mg/kg，4.0mg/kg或10mg/kg(或其任意组合)。上述剂量可间歇给予，如每周或每三周给予一次(如使得患者得到约2-约20个，或例如约6个剂量的抗体)。可给予初始较高的加载剂量，接着给予一个或多个较低的剂量。一种例示性剂量给药方案包括施用约4mg/kg的初始加载剂量，接着是约2mg/kg抗体的每周维持剂量。然而，可使用其它给药方案。通过常规技术和测定方法易于监测该治疗的进展。
应当理解，可以使用本发明的免疫缀合物代替或补充抗锯齿蛋白1抗体来实施任何上述配制剂或治疗性方法。
H.制品
在本发明的另一方面，提供了一种制品，其含有可用于治疗，预防和/或诊断上文所描述的病症的材料。制品包含容器和容器上或与容器联合的标签或包装插页。合适的容器包括例如瓶，管形瓶，注射器，IV溶液袋，等等。容器可以由多种材料诸如玻璃或塑料形成。容器容纳单独或与另一种组合物组合有效治疗，预防和/或诊断状况的组合物，并且可以具有无菌存取口(例如，容器可以是具有由皮下注射针可穿过的塞子的管形瓶或静脉内溶液袋)。组合物中的至少一种活性剂是本发明的抗体。标签或包装插页指示使用组合物来治疗选择的状况。此外，制品可以包含(a)具有其中含有的组合物的第一容器，其中组合物包含本发明的抗体；和(b)具有其中含有的组合物的第二容器，其中组合物包含其它的细胞毒性或其它方面治疗性的药剂。在本发明的此实施方案中的制品可以进一步包含包装插页，其指示可以使用组合物来治疗特定的状况。或者/另外，制品可以进一步包含第二(或第三)容器，其包含药学可接受缓冲液，诸如抑菌性注射用水(BWFI)，磷酸盐缓冲盐水，Ringer氏溶液和右旋糖溶液。它可以进一步包含从商业和用户观点看期望的其它材料，包括其它缓冲液，稀释剂，滤器，针，和注射器。
应当理解，任何上述制品可包括本发明的免疫缀合物来代替或补充抗锯齿蛋白1抗体。
III.实施例
下面是本发明的方法和组合物的实施例。要理解，鉴于上文提供的一般描述，可实施各种其它实施方案。
实施例1：抗锯齿蛋白抗体的生成。
a.文库分进和筛选以鉴定抗锯齿蛋白1抗体
使用人噬菌体抗体文库(其在选定互补决定区中具有合成多样性，模拟人IgG全集的天然多样性)淘选在M13噬菌体颗粒表面上展示的Fab片段。使用人Jag1-DSL-EGF1-4(SEQID NO：6)或人Jag2-DSL-EGF1-4(SEQ ID NO：8)作为抗原进行文库分选。于4℃用靶抗原(10μg/ml)包被Nunc 96孔Maxisorp免疫板过夜，并于室温用噬菌体封闭缓冲液PBST(磷酸盐缓冲盐水(PBS)和1％(w/v)牛血清清蛋白(BSA)和0.05％(v/v)Tween-20)封闭1小时。分开添加抗体噬菌体文库VH(参见例如Lee et al.，J.Immunol.Meth.284：119-132(2004))和VH/VL(参见Liang et al.，JMB.366：815-829(2007))至抗原板，并于室温温育过夜。次日，用PBT(含0.05％Tween-20的PBS)清洗抗原包被板10次，用50mM HCl和500mM NaCl洗脱结合的噬菌体30分钟，并用等体积的1M Tris碱(pH7.5)中和。在大肠杆菌XL-1 Blue细胞中扩增回收的噬菌体。在后续选择轮次期间，抗体噬菌体与抗原包被板的温育缩短至2-3小时，并逐渐提高板清洗的严格性。
4轮淘选之后，观察到显著富集。自VH和VH/VL文库分选各挑取96个克隆以测定它们是否特异性结合人锯齿蛋白1或锯齿蛋白2。对这些克隆的可变区进行PCR测序以鉴定独特序列克隆。使用点竞争ELISA对噬菌体抗体的亲和力排序。使用竞争性噬菌体结合ELISA进一步测定噬菌体抗体IC50值。选择特异性结合人锯齿蛋白1(且不结合锯齿蛋白2)，锯齿蛋白2(且不结合锯齿蛋白1)，或锯齿蛋白1和锯齿蛋白2二者的独特噬菌体抗体，并重定形式成全长IgG，用于体外细胞测定法中的评估。
通过分别将各个克隆的VL和VH区克隆入含有人卡帕恒定域的pRK哺乳动物细胞表达载体(pRK.LPG3.HumanKappa)和编码全长人IgG1恒定域的表达载体(pRK.LPG4.HumanHC)(Shields et al.，J Biol Chem 2000；276：6591-6604)，将感兴趣克隆重定形式成IgG。然后在哺乳动物CHO细胞中瞬时表达抗体，并用蛋白A柱纯化。
b.用于亲和力改进自VH或VHVL文库衍生的克隆的文库的构建
自噬菌粒pV0350-2b(Lee et al.，J.Mol.Biol 340：1073-1093(2004)，在所有CDR-L3位置含有终止密码子(TAA)且在M13噬菌体的表面上展示单价Fab)衍生的噬菌粒pW0703充当文库模板用于嫁接来自VH文库的感兴趣克隆的重链可变域(VH)进行亲和力成熟。使用硬和软随机化策略二者进行亲和力成熟。对于硬随机化，一个轻链文库有三个轻链CDR的选定位置使用设计成模拟天然人抗体的氨基酸随机化，而且设计DNA简并性如Lee etal.，J.Mol.Biol 340：1073-1093(2004)所述。为了实现在选定位置处引入大约50％突变率的软随机化条件，以有利于野生型核苷酸的70-10-10-10碱基混合物合成诱变DNA(Gallopet al.，Journal of Medicinal Chemistry 37：1233-1251(1994))。对于软随机化，靶向CDR-L3位置91-96，CDR-H1位置30-33，35，CDR-H2位置50，52，53-54，和56，CDR-H3位置95-98处的残基；并选择三种不同CDR环组合(H1/L3，H2/L3，和H3/L3)进行随机化。
对于源自VHVL文库的克隆，个别地生成在每个CDR中含有4个终止密码子(TAA)且在M13噬菌体的表面上展示单价Fab的噬菌粒，并充当kunkel诱变的模板用于构建亲和力成熟文库。只有软随机化策略用于自VHVL文库衍生的克隆，即在未免疫文库中构建CDR-L3的多样性。为了实现软随机化条件，靶向CDR-L1位置28-31，CDR-L2位置50，53-55，CDR-L3位置91-96，CDR-H1位置30-35，CDR-H2位置50-56，CDR-H3位置95-100处的残基；并选择四种不同CDR环组合(H1/L3*，H2/L3*，和H3/L3*和L1/L2/L3*，其中*表示模板上终止密码子的位置)进行随机化。
c.噬菌体分进策略以产生亲和力改进
对于亲和力改进选择，首先在限制试剂条件下生物素化Jag1或Jag2抗原。对噬菌体文库进行一轮板分选和严格性渐增的五轮溶液分选。对于第一轮板分选，首先在Maxisorp板上包被10μg/ml抗原，并用封闭缓冲液(含1％BSA和0.05％Tween 20的PBS)预封闭。将封闭缓冲液中的3 O.D./ml噬菌体输入与抗原板温育3小时。用PBS-0.05％Tween 20清洗孔10次。用150μl/孔50mM HCl，500mM KCl洗脱结合的噬菌体30分钟，随后通过50μl/孔1M Tris pH8来中和，滴定，并扩增进行下一轮。对于后续轮次，以溶液相进行噬菌体文库淘选，其中于室温将噬菌体文库与100μl含1％Superblock(Pierce Biotechnology)和0.05％Tween 20的缓冲液中的100nM生物素化靶蛋白(浓度基于亲本克隆噬菌体IC50值)温育2小时。用1％Superblock进一步稀释混合物10倍，并于室温在温和摇动中将100μl/孔应用于中性亲合素包被孔(10μg/ml)30分钟。为了测定背景结合，在中性亲合素包被板上捕捉含有噬菌体的对照孔。然后如关于第一轮所述清洗结合的噬菌体，洗脱并扩增。再以渐增的选择严格性进行总共五轮溶液分选。其中头两轮为通过生物素化靶蛋白浓度自100nM降低至0.1nM进行的结合速率选择，而其中末两轮为通过于室温添加过量的非生物素化靶蛋白(多300至1000倍)以竞争掉更弱结合物进行的解离速率选择。
d.高通量亲和力筛选ELISA(单点竞争)
自第六轮筛选挑取菌落。于37℃在96孔板(Falcon)中在含50μg/ml羧苄青霉素和1x 1010/ml M13KO7的150μl/孔2YT培养基中培养菌落过夜。自同一块板，挑取一个亲本噬菌体感染的XL-1菌落作为对照。于4℃用100μl/孔PBS中的Jag1或Jag2(0.5μg/ml)包被96孔Nunc Maxisorp板过夜。用150μl含1％BSA和0.05％Tween 20的PBS 20封闭板1小时。
用含或不含5nM Jag1或Jag2的ELISA(酶联免疫吸附测定法)缓冲液(含0.5％BSA，0.05％Tween 20的PBS)稀释35μl噬菌体上清液至75μl，并在F板(NUNC)中让其于室温温育1小时。将95μl混合物并排转移至抗原包被板。将板温和摇动15分钟，并用PBS-0.05％Tween20清洗10次。如下量化结合，即添加ELISA缓冲液中(1：2500)的缀合有辣根过氧化物酶(HRP)的抗M13抗体，并于室温温育30分钟。用PBS-0.05％Tween 20清洗板10次。接着，添加100μl/孔过氧化物酶底物至孔，并于室温温育5分钟。如下停止反应，即添加100μl 0.1M磷酸(H3PO4)至每个孔，并让其于室温温育5分钟。于450nm使用标准ELISA读板仪测定每个孔中的黄色的O.D.(光密度)。在与亲本噬菌体孔(100％)的OD450nm降低(％)的比较中，挑取OD450nm降低(％)低于50％的克隆进行序列分析。选择独特克隆进行噬菌体制备以测定针对Jag1或Jag2的结合亲和力(噬菌体IC50)，这通过与各自亲本克隆比较来进行。然后将亲和力改进最大的克隆重定格式成人-IgG1进行抗体生成和进一步的BIAcore结合动力学分析和其它体外或体内测定法。
进一步的筛选轮次鉴定只对锯齿蛋白家族成员之一特异性的抗体，如通过ELISA测定的。抗体A结合人和鼠锯齿蛋白1，但不结合锯齿蛋白2(图8；重链可变区序列显示于SEQID NO：9，轻链可变区序列显示于SEQ ID NO：10)。相反，抗体B(抗体B-3的亲本抗体)结合人和鼠锯齿蛋白2，但不结合锯齿蛋白1(图8)。C-1结合锯齿蛋白1和锯齿蛋白2二者，而且充当对照。抗体C-1的重链和轻链可变区序列显示于图4。
实施例2：抗体结合亲和力和表位作图
使用BIAcoreTM-3000仪器通过表面等离振子共振(SRP)测量抗锯齿蛋白1噬菌体抗体的结合亲和力。通过CM5传感器芯片上包被的小鼠抗人IgG捕捉抗锯齿蛋白1/2噬菌体人IgG以实现大约150个响应单位(RU)。对于动力学测量，于25℃以流速30ml/min注射人或小鼠Jag1/2 DSL_EGF1-4在PBT缓冲液(含0.05％Tween 20的PBS)中的2倍连续稀释液(1.95nM至250nM)。使用简单一对一朗格缪尔(Langmuir)结合模型(BIAcore Evaluation Softwareversion 3.2)计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。以比率koff/kon计算平衡解离常数(kd)。
表2汇总抗体A，A-1，A-2，B，和B-3结合纯化的人锯齿蛋白1，人锯齿蛋白2，和小鼠锯齿蛋白2的结合常数。亲本抗体A特异性结合人和鼠锯齿蛋白1。亲和力成熟的抗体A-1和A-2以高亲和力结合人和鼠锯齿蛋白1二者。抗体A，A-1和A-2不结合人或鼠锯齿蛋白2。相反，抗体B和B-3不结合人或鼠锯齿蛋白1。B-3特异性结合人和小鼠锯齿蛋白2。
表2：Biacore汇总表
抗体A的重链和轻链可变区序列分别显示于SEQ ID NO：9和10。抗体A-1的重链和轻链可变区序列分别显示于SEQ ID NO：17和18。抗体A-2的重链和轻链可变区序列分别显示于SEQ ID NO：25和26。抗体B-3的重链和轻链可变区序列分别显示于SEQ ID NO：41和42。抗体B的重链和轻链可变区序列显示于图4。
实施例3：抗锯齿蛋白拮抗性抗体在体外抑制锯齿蛋白1诱导的信号传导
为了测定抗锯齿蛋白抗体是否能作为锯齿蛋白诱导的刻缺蛋白信号传导的拮抗剂起作用，基本上如Wu et al.，Nature 464：1052-1057(15April 2010)所述实施共培养实验。共培养改造成表达锯齿蛋白1(作为刻缺蛋白配体)的NIH-3T3细胞与稳定表达刻缺蛋白1且瞬时转染以表达刻缺蛋白响应性TP-1(12X CSL)萤火虫萤光素酶报告物和组成性表达的海肾萤光素酶报告物(pRL-CMV，Promega)的NIH 3T3细胞。在共培养物中观察到强刻缺蛋白报告物信号(萤火虫萤光素酶)(图12，J1诱导的阳性对照)。当添加γ-分泌酶抑制剂至共培养物时，报告物表达降低至背景水平，证明报告物构建物的刻缺蛋白依赖性表达。数据未显示。
添加递增量(0.016-50μg/ml)的抗锯齿蛋白抗体A-2(重链和轻链可变区序列分别为SEQ ID NO：25和26)或B-3(重链和轻链可变区序列分别为SEQ ID NO：41和42)导致对报告物表达的剂量依赖性抑制。通过锯齿蛋白1(图9A，深灰色柱)或锯齿蛋白2(图9B，浅灰色柱)诱导信号传导，并如上所述测定抑制。对照包括未用配体刺激且未用抗体处理(图9A和B，未处理)，未用配体刺激(图9A和B，无刺激)，用5-10μg/ml同种型对照抗体处理(图9A和B，agD)，用配体刺激但未用抗体处理(图9A和B，刺激/无抗体)，用5μMγ-分泌酶抑制剂DAPT或DAPT媒介对照DMSO处理的培养物。
抗体A-2以剂量依赖性方式抑制锯齿蛋白1诱导的信号传导，但不抑制锯齿蛋白2诱导的信号传导(图9A)。A-2关于锯齿蛋白1抑制的IC50介于2和10μg/ml之间，然而甚至在最高浓度50μg/ml观察到很少的锯齿蛋白2抑制或无锯齿蛋白2抑制。结果证明抗体A-2是锯齿蛋白1选择性拮抗剂，即抗体A-2抑制锯齿蛋白1介导的信号传导，但不抑制锯齿蛋白2介导的信号传导。比较而言，抗体B-3在测试的最低浓度有力地抑制锯齿蛋白2诱导的信号传导，但在测试的最高浓度不抑制锯齿蛋白1诱导的信号传导，如此确立B-3是锯齿蛋白1选择性拮抗剂(图9B)。
实施例4：抗锯齿蛋白抗体处理对体重的影响
如上所述，γ-分泌酶抑制剂和多种刻缺蛋白受体的其它抑制剂引起重量减轻和肠杯形细胞化生，这是临床施用不想要的。为了测定本文中描述的抗体如何影响体重和肠健康，每周两次给小鼠服用抗锯齿蛋白1抗体A-2(5-20mpk；重链和轻链可变区序列分别为SEQ ID NO：25和26)，抗锯齿蛋白2抗体B-3(5-20mpk；重链和轻链可变区序列分别为SEQ IDNO：41和42)，抗体A-2和B-3一起(各5mpk)，结合锯齿蛋白1和锯齿蛋白2二者的抗锯齿蛋白1/2抗体(C-1；5-10mg抗体每kg小鼠体重(mpk)；重链和轻链可变区序列显示于图4)，或同种型对照抗gD抗体(20mpk)。还使用同种型对照抗体将每次给药的总抗体浓度达到20mpk。在第一次施用抗体之前测定每只小鼠的总体重，并监测至研究第12天。平均体重变化描绘于图10，作为起始体重的百分比绘图。使用抗锯齿蛋白1/2抗体C-1或锯齿蛋白1特异性抗体A-2和锯齿蛋白2特异性抗体B-3一起的组合双重抑制锯齿蛋白1和锯齿蛋白2引起快速且实质性的重量减轻(图10A)。到第4天，一些接受抗锯齿蛋白1/2抗体C-1的小鼠丧失其超过5％的体重，到第7天发展至接近体重减轻8-10％(图10A)。接受A-2和B-3二者的小鼠也快速损失重量，在一些情况中到第11天达到17％(图10A)。比较而言，在5或20mpk，单独的锯齿蛋白1特异性或锯齿蛋白2特异性抗体无一在研究过程里引起重量减轻(图10A)。抗锯齿蛋白1加抗锯齿蛋白2抗体组合处理导致食物摄取减少(图10B)，这与观察到的体重减轻有关(图10A)且提示食物摄取减少可能部分或完全造成相关体重减轻。
实施例5：抗锯齿蛋白1拮抗性抗体在体内抑制人肺癌细胞生长
给Harlan无胸腺裸鼠皮下接种Calu-6细胞(一种人非小细胞肺癌系)。在肿瘤体积达到大约200mm3之后，每周两次(第0，4，7，11，14和18天)给小鼠腹膜内(IP)注射20mpk抗gD同种型对照抗体(n＝10)或抗锯齿蛋白1抗体A-2(n＝10；重链和轻链可变区序列分别为SEQID NO：25和26)。再用测径器测量每只小鼠中的肿瘤体积19天。在研究过程里监测每只小鼠的总体重。
相对于对照组中的肿瘤，用抗锯齿蛋白1处理的小鼠中的肿瘤显示肿瘤体积显著缩小(图11A)。早在处理后第7天就能检测到抗锯齿蛋白1抗体处理的效果(图11A)。在第18天，接受抗锯齿蛋白1抗体的小鼠中的平均肿瘤体积达到大约500mm3，而对照动物中的平均肿瘤体积在第18天达到大约750mm3。没能在处理和对照组之间观察到体重的显著变化(图11B)。
实施例6：抗锯齿蛋白1和抗锯齿蛋白2抗体在体内抑制人乳腺癌细胞生长
给C.B-17 SCID.bg小鼠在***脂肪垫中接种MDA-MD-468细胞(一种人基底乳腺癌系)。在肿瘤体积达到大约200mm3之后，在第0，4，7，12，15，18，22，25，29，32，36，43，50，和57天给小鼠IP服用30mpk抗gD同种型对照抗体(人IgG1同种型)，抗豚草同种型对照抗体(鼠IgG2a同种型)，人IgG1主链中的抗锯齿蛋白1抗体A-2(重链和轻链可变区序列分别为SEQID NO：25和26)，鼠IgG2a主链中的抗锯齿蛋白1抗体A-2或人IgG1主链中的抗锯齿蛋白2抗体B-3(重链和轻链可变区序列分别为SEQ ID NO：41和42)任一。在第一次注射之后用测径器测量肿瘤体积(y轴)60天。使用线性混合影响模型将每组(n＝9每组)的肿瘤体积绘图(图12A)。每组中的每只小鼠的肿瘤体积描绘于图12B。
实施例7：抗锯齿蛋白1抗体在重链中受到切割
通过SDS-PAGE和质谱术对抗体A(重链和轻链可变区序列分别为SEQ ID NO：9和10)，A-1(重链和轻链可变区序列分别为SEQ ID NO：17和18)，和A-2(重链和轻链可变区序列分别为SEQ ID NO：25和26)分析重链和轻链的完整性。对于SDS-PAGE分析，在10mM DTT缺失和存在下，将每份抗体样品与2x Tris-甘氨酸SDS样品缓冲液(Novex LC2676)以1∶1v/v比例混合。将样品于95℃加热5分钟，并将2μg每份样品加载到Novex 4-20％SDS-PAGE，1.0mm凝胶(Novex EC6025)上。还将10μL Mark 12分子量标准品(Invitrogen 100006637)加载到凝胶上。以恒定250V在1x Tris-甘氨酸SDS运行缓冲液(Invitrogen LC2675-5)中运行电泳直至示踪染料到达凝胶的底部。然后用基于考马斯的染剂(Expedeon InstantBlue#ISB1L)对凝胶染色。
对于质谱术分析，将每种抗体在PBS中稀释至终浓度1mg/mL。通过添加1∶10v/v1.0M Tris，pH 8.0将抗体的pH提到至8.0。添加DTT至溶液中终浓度10mM以还原抗体。然后将样品于37℃加热15分钟。然后使用Agilent 1200HPLC***将样品注射到加热至80℃的8μm，2.1x 50mm柱(Agilent，PL1912-1802)上，接着是Agilent 6210 TOFLC/MS***上的电喷射离子化。
那些分析的结果显示于图13。SDS-PAGE分析(图13A)揭示在每种抗体中一部分重链(HC)受到切割。与完整HC和轻链(LC)，以及HC的羧基(C)端和氨基(N)端切割片段对应的条带在凝胶右边标注。抗体A-1的一项代表性质谱术分析显示于图13B。此分析指示切割位点在CDR3中HC氨基酸G100和S101(顺序编号，对应于依照Kabat编号的G96和S97)之间，如图13C中的HC氨基酸序列中图示的，箭标注切割位置。类似分析揭示HC切割在这些抗体的所有测试的制备物中发生(包括在两种不同细胞类型(CHO和293)中表达后)，而且切割的发生不依赖于抗体Fc区类型(人IgG1或鼠IgG2a)。
实质性如上所述运行抗锯齿蛋白1抗体的一块SDS-PAGE凝胶。不是用基于考马斯的染剂染色，而是使用XCell Blot Module(Invitrogen EI9051)以恒定0.35A将抗体转移到PVDF膜(Invitrogen LC2002)上。用考马斯蓝R-250将膜染色。使用Applied BiosystemsProcise Sequencer 494依照Niall，1973，Meth.Enzymol.27：942-1010中描述的测序原理对膜上的样品进行N端序列分析。
测序分析的结果显示于图14。此方法确认切割位点与质谱术结果预测的相同，在HC序列的G100和S101(顺序编号，对应于依照Kabat编号的G96和S97)之间。
抗锯齿蛋白1抗体A，A-1，和A-2的重链切割是出乎意料的。对切割位点周围的氨基酸序列的一项分析没有鉴定出已知的蛋白酶切割位点。切割的机制不清楚，而且从抗体的序列看不是显而易见的。
实施例8：重链S101的突变降低抗锯齿蛋白1抗体重链的切割
由于观察到的抗锯齿蛋白1抗体的切割是出乎意料的且机制不清楚，因此不知道改变抗体序列是否能防止切割，同时保留抗体的亲和力和功效。另外，不知道应当改变抗体序列中的什么位置来防止切割。为了确定抗体切割是否能通过改变重链序列来防止，在重链位置S101(重链可变区序列SEQ ID NO：17的顺序编号，对应于依照Kabat编号的S97)进行了一系列氨基酸改变。依照标准规程在哺乳动物细胞中表达抗体并纯化。如实施例7中所述通过SDS-PAGE分析切割。结果显示于图15。位置S101处的氨基酸改变显著降低或消除HC切割，尽管对S101H突变检测到一些切割(图15，第5道)。这些结果通过如实施例7中所述实施的质谱术得到确认。
为了确定改变对结合经过纯化的Jag1胞外域蛋白质片段的影响，使用BIAcore测量突变型A-1抗体结合亲和力。表3显示每一种突变型A-1抗体的片段化和锯齿蛋白1结合亲和力的汇总。
表3：突变型A-1抗体的片段化和锯齿蛋白1结合亲和力
如表3中所示，改变位置101处的氨基酸残基降低切割至检测不到的水平，S101H除外。另外，由于不知道切割的机制，因此还测试改变位置100，G100A。G100A突变体仍然受到切割。见表3。令人惊讶地，鉴于在HVR-H3中进行突变，S101突变型抗体保留结合锯齿蛋白1的能力。
实施例9：温度和冻融循环对抗锯齿蛋白1抗体重链切割的影响
为了评估通过于渐增的温度温育，抗锯齿蛋白1抗体切割是否升高，将抗锯齿蛋白1抗体A-1(重链和轻链可变区序列分别为SEQ ID NO：17和18)和A-2(重链和轻链可变区序列分别为SEQ ID NO：25和26)，以及同种型对照抗体(不是抗锯齿蛋白1)的多种独立制备物于70℃或95℃温育10分钟。使用标准SDS-PAGE和蛋白质染色评估切割的程度。结果显示于图16。每一种抗锯齿蛋白1抗体制备物均于70℃受到切割，而对照抗体不然(图16A)。如表(图16B)中汇总的，通过于95℃温育，较之70℃，抗锯齿蛋白1切割的程度没有显著或一致变化。
为了评估切割是否源自抗锯齿蛋白1抗体制备物的冻融循环，对抗体A-1(重链和轻链可变区序列分别为SEQ ID NO：17和18)进行多轮-80℃冷冻接着融化。然后通过非还原(-DTT)或还原(+DTT)条件下的SDS-PAGE和蛋白质染色分析2μg每份样品，如所示的。使用Biorad GelDoc Easy Imager仪器对经过染色的凝胶成像，并使用Biorad Image Lab软件实施密度测定术分析。该实验的结果显示于图17。F/T 1指初始样品，渐增的数目指示额外轮次的冻融循环的数目。对于每一个循环，将A-1抗体于-80℃冷冻，然后于室温融化。取出等分试样进行SDS-PAGE。冻/融再重复两次，总共3个冻/融循环，每一个融化步骤后取出等分试样。表(图17B)汇总了每一种条件下切割的百分比。实验揭示了额外轮次的冻融对切割的百分比具有很少的影响。
实施例10：锯齿蛋白1在体外阻断A-1和A-1(S101T)的活性
实施Jagl诱导的刻缺蛋白报告物活性的体外共培养测定法来测量A-1(重链和轻链可变区序列分别为SEQ ID NO：17和18)和A-1(S101T)(重链和轻链可变区序列分别为SEQID NO：33和34)的Jag1阻断活性。用刻缺蛋白响应性TP-1(12X CSL)萤火虫(FF)萤光素酶报告物和组成性表达的海肾(Renilla)萤光素酶报告物(pRL-CMV，Promega)共转染表达高水平刻缺蛋白2的U87MG细胞以控制转染效率。参见Wu et al.，2010，Nature 464：1052-1057。转染后6小时与表达配体的细胞(经人Jag1稳定转染的NIH-3T3细胞或无配体对照)一起添加抗锯齿蛋白1抗体A-1或A-1(S101T)，同种型对照抗体，5μM DAPT(Calbiochem)，或DMSO媒介对照。共培养20小时后测量萤光素酶活性(Promega，Dual Glo萤光素酶)。典型地，对每一种条件分析4份复制品，数值作为相对萤光素酶单位(萤火虫信号除以海肾信号)表述并作为Jag1诱导的活性/抗豚草对照的百分比绘图。
该实验的结果显示于图18。依照标准方法进行萤火虫和海肾萤光素酶测量(分别为图18B和C)，并将萤火虫对海肾萤光素酶比率作为Jag1诱导的刻缺蛋白活性的标准化测量绘图(图18A)。结果显示A-1和A-1(S101T)二者以剂量依赖性方式抑制Jagl诱导的刻缺蛋白信号传导。见图18A和B。如此，A-1(S101T)保留亲本抗体A-1的抗锯齿蛋白1阻断活性。
实施例11：A-1和A-1(S101T)的体内锯齿蛋白1阻断活性
为了评估抗锯齿蛋白1抗体的体内锯齿蛋白1阻断活性，在给小鼠服用对照或抗锯齿蛋白1抗体后测量小鼠肺支气管上皮的club细胞和纤毛细胞组成。在第0天如下给野生型8周龄BALB/c雌性小鼠(每组3只小鼠)服药(所有组含有抗锯齿蛋白2抗体(B-3)以敏化支气管上皮以揭示清楚可测量的抗锯齿蛋白1活性的效果)：
1.对照1X-同种型对照(15mg抗体每kg小鼠体重)+抗Jag2 B-3(15mg/kg；重链和轻链可变区序列分别为SEQ ID NO：41和42)
2.A-1 1X-抗Jag1 A-1(15mg/kg；重链和轻链可变区序列分别为SEQ ID NO：17和18)+抗Jag2 B-3(15mg/kg)
3.A-1.5X-抗Jag1 A-1(7.5mg/kg)+抗Jag2 B-3(15mg/kg)
4.A-1.25X-抗Jag1 A-1(3.75mg/kg)+抗Jag2 B-3(15mg/kg)
5.A-1-S101T 2X-抗Jag1 A-1(S101T)(30mg/kg；重链和轻链可变区序列分别为SEQ ID NO：33和34)+抗Jag2 B-3(15mg/kg)
6.A-1-S101T 1X-抗Jag1 A-1(S101T)(15mg/kg)+抗Jag2 B-3(15mg/kg)
7.A-1-S101T.5X-抗Jag1 A-1(S101T)(7.5mg/kg)+抗Jag2 B-3(15mg/kg)
8.A-1-S101T.25X-抗Jag1 A-1(S101T)(3.75mg/kg)+抗Jag2 B-3(15mg/kg)
在第5天，如下为免疫荧光(IF)收获肺，膨胀，固定并染色。用含4％PFA的PBS膨胀肺。将整个肺转移至10％中性缓冲的***(NBF)，并于室温固定过夜。将经过固定的肺转移至70％乙醇达至少24小时。将肺用石蜡包埋并以5μm切片。纤毛细胞和Clara细胞的免疫荧光染色如下。将载玻片脱石蜡，并通过将载玻片在柠檬酸盐缓冲液(Dako S1700)中在高压锅中于125℃煮沸15分钟来修复抗原。将载玻片在2X PBS中简短漂洗，然后用含0.2％Triton-X100的PBS透化45分钟或3次15分钟。将切片用5％FBS/2％BSA封闭1小时。然后将载玻片与山羊抗CC10(1∶1000)和小鼠抗乙酰化α-微管蛋白(1∶200)一起在封闭缓冲液中温育2至3小时或过夜。将载玻片用PBS清洗3次15分钟。将载玻片与二抗一起温育1小时(Invitrogen Alexa Fluor二抗，1∶1000稀释)，然后用PBS漂洗2次15分钟。将核用DAPI(0.5ug/ml)染色15分钟。然后将载玻片用PBS漂洗2次15分钟，并盖上盖玻片。
该实验的结果显示于图19。阻断锯齿蛋白1和锯齿蛋白2信号传导引起小鼠支气管上皮中纤毛细胞(如通过红色的α-微管蛋白的免疫荧光检测标注的)数目增多和club细胞(如通过绿色的CC10的免疫荧光检测标注的)数目减少。阻断锯齿蛋白1加锯齿蛋白2二者导致club细胞接近完全丧失，使得所得上皮主要由纤毛细胞组成(红色；见图19中的“A-1，1X”和“A-1-S101T，2X”)。A-1和A-1(S101T)均在体内以剂量依赖性方式抑制锯齿蛋白1诱导的刻缺蛋白信号传导。如此，A-1(S101T)在体内保留亲本抗体A-1的抗锯齿蛋白1阻断活性。
实施例12：抗锯齿蛋白1抗体A-1和A-1(S101T)在体内抑制肝癌肿瘤的生长
人患者衍生的肝癌肿瘤LIV#78(Genendesign，China)在BALB-c免疫受损裸小鼠中作为皮下异种移植物生长。当肿瘤生长至150至200mm3时，将小鼠分入7个处理组，每组10只小鼠，并以所示剂量(以mg抗体每kg小鼠体重计)的所示抗体(A-1(S101T)抗体具有分别为SEQ ID NO：51和53的重链和轻链序列；“A-1-DANG(无效应器)”具有分别为SEQ ID NO：52和53的重链和轻链序列；而A-1抗体具有分别为SEQ ID NO：81和53的重链和轻链序列)每周服药一次(第5组除外，第5组每三周服药一次)。见图20B。通过测径器测量(长度x宽度x高度/2)评估肿瘤体积。
图20A显示每一个处理组中的肿瘤体积随研究过程的LME(线性混合效应)图。图20B汇总生长统计量，组身份和剂量给药方案。抗锯齿蛋白1A-1和A-1(S101T)抗体在体内显著抑制肝癌生长；对每一种抗锯齿蛋白1抗体观察到多例PR(部分响应)。类似地，抗锯齿蛋白1处理组无一显示44天研究期间肿瘤体积加倍，而对照组显示18.5天的肿瘤加倍进展前时间(TTP 2X)。见图20B。作为曲线下面积/天(AUC/天)与对照组相比的函数，肿瘤生长抑制百分比(％TGI，其中“下”和“上”分别指对于每一组中的动物个体而言最低和最高％TGI测量)依赖于抗锯齿蛋白1A-1-S101T的剂量，与反映锯齿蛋白1抑制程度的肿瘤生长抑制一致。类似地，使用A-1或A-1(S101T)的肿瘤生长抑制是相似的。比较例如图20B第3和7组。肿瘤生长抑制不依赖于抗体效应器功能，因为A-1的缺乏效应器功能的重链N297G突变体形式与A-1一样有效地抑制肿瘤生长。比较图20B第6和7组。
图21A显示图20中所示小鼠的小鼠体重随时间的LME(线性混合效应)图。图20B显示处理组的多项体重参数，包括研究最后一天的％体重变化(％BW最后一天)，最大％体重变化(最大％BW)，和最大体重变化发生日(最大％BW日)，和(AUC/天(下，上))。处理组(包括对照组)的体重图在统计学上不可区分，指示抗锯齿蛋白1处理得到较好耐受。
实施例13：在体内阻断锯齿蛋白1抑制杯形细胞化生
在35天腹膜内注射卵清蛋白敏化期后，连续7天用气雾化卵清蛋白攻击小鼠，之后处死它们并分析杯形细胞的数目。第一次气雾剂攻击后24小时和96小时用对照，抗锯齿蛋白1A-2抗体(具有鼠IgG2a Fc)，抗锯齿蛋白2B-3抗体(具有鼠IgG2a Fc)或抗锯齿蛋白1+抗锯齿蛋白2抗体组合处理小鼠。
图23A显示用抗锯齿蛋白1，抗锯齿蛋白2，抗锯齿蛋白1+抗锯齿蛋白2，或对照抗体处理的小鼠中肺气道的高碘酸-Schiff染色。图23B显示不同处理组的气道中杯形细胞的量化。对照和抗锯齿蛋白2组中明显可见丰富的杯形细胞。抗锯齿蛋白1组中存在少数杯形细胞，而抗锯齿蛋白1+抗锯齿蛋白2组中实际上检测不到杯形细胞。图23C显示炎症指数，如通过苏木精曙红(H&E)染色评估的。用锯齿蛋白1或-2阻断性抗体任一处理不影响肺中的炎症。
锯齿蛋白1诱导的刻缺蛋白信号传导使气道中的细胞命运偏向分泌细胞(包括杯形细胞)命运而偏离纤毛细胞命运。锯齿蛋白1信号传导对于维持分泌细胞命运是重要的，而且抑制锯齿蛋白1信号传导阻止杯形细胞化生。我们还显示了club细胞变成纤毛细胞的转变是直接的，不涉及细胞***(数据未显示)。club细胞在肺中产生杯形细胞。一种细胞类型变成另一种细胞类型的这种转分化在成年肺中发生，而且与涉及祖细胞***的细胞命运选择(诸如损伤后或发育期间的)不同。杯形细胞化生或粘液过多是数种气道病(诸如哮喘，囊性纤维化，COPD和Barrett氏食道)的一项特点。这些锯齿蛋白抑制结果为涉及使用锯齿蛋白1或锯齿蛋白2抑制剂来阻止或逆转杯形细胞化生及治疗特征在于粘液过多的状况(如在气道病(例如哮喘，COPD，囊性纤维化)和Barrett氏食道中)的治疗性应用提供了基础。
实施例14：抗锯齿蛋白1和抗锯齿蛋白2抗体的特异性结合
使用标准酶联免疫吸附测定法(ELISA)对抗体A-2(图24，左边小图)和C-1(图24，右边小图)测试对经过纯化的重组刻缺蛋白配体人锯齿蛋白1(hJag-1)，人锯齿蛋白2(hJag-2)，鼠锯齿蛋白2(mJag-2)，人德耳塔样1(hDLL1)，鼠德耳塔样1(mDLL1)，和人德耳塔样4(hDLL4)的结合。于40℃将PBS，pH7.4中的1μg/ml刻缺蛋白配体蛋白质(如所示的)包被到ELISA板(Nunc Maxisorp)上过夜。将板用含酪蛋白封闭剂的PBS(Pierce)于室温封闭1小时。对板添加抗体IgG(如所示的)在PBST缓冲液(含0.5％(w/v)BSA的PBT缓冲液(PBS+0.05％(v/v)Tween 20))中的连续3倍稀释液，并于室温温育1小时。然后用PBST清洗板，并用过氧化物酶缀合的山羊抗人Fab特异性IgG(Sigma)检测结合的抗体。使用TMB底物(3，3′，5，5′-四甲基联苯胺)，并使用标准ELISA读板仪阅读630nm处的吸光度。使用KaleidaGraph(Synergy Software)将吸光度针对IgG浓度绘图。图24显示结果，y轴上的A630代表结合的程度。
抗体A2结合人和鼠锯齿蛋白1，但不结合人锯齿蛋白2，鼠锯齿蛋白2，人DLL1，鼠DLL1，人DLL4，或鼠DLL4(图24，左边小图)。抗体C1结合人和鼠锯齿蛋白1，人和鼠DLL1，人和鼠锯齿蛋白2，但不结合人或鼠DLL4(图24，右边小图)。
使用BIAcoreTM-T200仪器通过表面等离振子共振(SPR)测量抗体结合亲和力和速率常数。通过CM5传感器芯片上包被的小鼠抗人IgG捕捉人IgG1抗体以实现大约150个响应单位(RU)。对于动力学或亲和力测量，于25℃以流速30ml/min注射人锯齿蛋白1，鼠锯齿蛋白1，人锯齿蛋白2，鼠锯齿蛋白2，人DLL1，鼠DLL1，人DLL4，鼠DLL4，和大鼠锯齿蛋白1在HBS-T缓冲液(0.01M HEPES pH 7.4，0.15M NaCl，0.05％v/v表面活性剂P20，GE Healthcare)中的4倍连续稀释液。配体片段为DSL-EGF1-4片段，大鼠锯齿蛋白1除外，大鼠锯齿蛋白1购自R&D Systems。对于动力学分析，使用简单一对一朗格缪尔(Langmuir)结合模型(BIAcoreT200Evaluation Software version 2.0)计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。作为比率koff/kon计算平衡解离常数(Kd)。对于亲和力分析，使用稳态亲和力模型(BIAcore T200Evaluation Software version 2.0)计算Kd。
表3汇总抗体A-2，B-3，C-1，A-1，和A-1 S101T结合经过纯化的人锯齿蛋白1，鼠锯齿蛋白1，人锯齿蛋白2，鼠锯齿蛋白2，人DLL1，鼠DLL1，人DLL4，鼠DLL4，和/或大鼠锯齿蛋白1的结合常数。n.d.＝未检测到，n.t.＝未测试。抗体A-2，A-1，和A-1-S101T.NG(具有N297G突变的抗体A-1 S101T)以高亲和力特异性结合人和鼠锯齿蛋白1。抗体A-1和A-1-S101T.NG还以高亲和力结合大鼠锯齿蛋白1。抗体B-3以高亲和力特异性结合人和鼠锯齿蛋白2。抗体C-1特异性结合人和鼠锯齿蛋白1和锯齿蛋白2。抗体B-3和C-1显示对人和小鼠DLL1的一些结合，但抗体A-2不然。测试的抗体无一结合人或小鼠DLL4。
实施例15：抗锯齿蛋白1A-1-S101T抗体的药动学
在雌性Balb/c裸小鼠(Charles River Laboratories，Hollister，CA)中评估以1，10，和100mg/kg单次静脉内注射后抗锯齿蛋白1A-1-S101T抗体的药动学概况。小鼠为5-8周龄且重大约17.3-21.8g。收集血清样品，并通过特异性酶联免疫吸附测定法(ELISA)分析抗体浓度。用JAG1胞外域-组氨酸包被特异性ELISA，并用山羊抗人Fc检测。测定法灵敏度具有小于标准值6.25ng/mL。用PhoenixTM (v.6.3；Pharsight Corporation；Mountain View，CA)使用非隔室模式估算药动学参数。所有PK分析基于动物个体数据的原始集合。
剂量范围1和100mg/kg内IV施用抗锯齿蛋白1A-1-S101T抗体后观察到大于与剂量成比例的暴露升高，提示靶物介导的抗体清除机制(图25和表4)。清除值的范围为大约13至75mL/天/kg。
表4：抗锯齿蛋白1A-1-S101T抗体的药动学特性
虽然出于清楚理解的目的，前述发明已经作为例示和例子相当详细地进行了描述，但是说明书和实施例不应解释为限制本发明的范围。通过提及而明确将本文中引用的所有专利和科学文献的公开内容完整收录。
序列的表格

Claims (57)

1.一种结合人锯齿蛋白1的分离的抗体，其中该抗体包含包含氨基酸序列SEQ ID NO：55或59的HVR-H3，其中X为除S以外的任何氨基酸。
2.权利要求1的分离的抗体，其中该抗体包含至少一个，至少两个，至少三个，至少四个，或五个选自下述的HVR：包含氨基酸序列SEQ ID NO：35或78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：28或36的HVR-H2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：16或40的HVR-L3。
3.前述权利要求任一项的分离的抗体，其中该抗体包含：
a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：55的HVR-H3；或
b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3；或
c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：28的HVR-H2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3。
4.前述权利要求任一项的分离的抗体，其中该抗体包含：
a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：40的HVR-L3；或
b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3；或
c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。
5.前述权利要求任一项的分离的抗体，其中该抗体包含：
a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：55的HVR-H3；包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：40的HVR-L3；或
b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3；包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3；或
c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：28的HVR-H2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：59的HVR-H3；包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。
6.前述权利要求任一项的分离的抗体，其中该抗体包含与氨基酸序列SEQ ID NO：54，58，或62具有至少95％同一性的VH序列。
7.前述权利要求任一项的分离的抗体，其中该抗体包含与氨基酸序列SEQ ID NO：10，26，或34具有至少95％同一性的VL序列。
8.前述权利要求任一项的分离的抗体，其中该抗体包含：
a)与氨基酸序列SEQ ID NO：54具有至少95％同一性的VH序列和与氨基酸序列SEQ IDNO：34具有至少95％同一性的VL序列；或
b)与氨基酸序列SEQ ID NO：58具有至少95％同一性的VH序列和与氨基酸序列SEQ IDNO：10具有至少95％同一性的VL序列；或
c)与氨基酸序列SEQ ID NO：62具有至少95％同一性的VH序列和与氨基酸序列SEQ IDNO：26具有至少95％同一性的VL序列。
9.一种结合人锯齿蛋白1的分离的抗体，其包含：
a)VH序列SEQ ID NO：54，其中X为除S以外的任何氨基酸，和VL序列SEQ ID NO：34；或
b)VH序列SEQ ID NO：58，其中X为除S以外的任何氨基酸，和VL序列SEQ ID NO：10；或
c)VH序列SEQ ID NO：62，其中X为除S以外的任何氨基酸，和VL序列SEQ ID NO：26。
10.权利要求9的分离的抗体，其中该抗体包含VH序列SEQ ID NO：54和VL序列SEQ IDNO：34。
11.权利要求10的分离的抗体，其中重链包含氨基酸序列SEQ ID NO：56且轻链包含氨基酸序列SEQ ID NO：53。
12.权利要求10的分离的抗体，其中重链包含氨基酸序列SEQ ID NO：57且轻链包含氨基酸序列SEQ ID NO：53。
13.前述权利要求任一项的分离的抗体，其中X为除S或H以外的任何氨基酸。
14.前述权利要求任一项的分离的抗体，其中X选自A，D，E，G，I，K，L，N，Q，R，T，和V。
15.前述权利要求任一项的分离的抗体，其中X为T。
16.一种结合人锯齿蛋白1的分离的抗体，其包含：
a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：37的HVR-H3；包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：40的HVR-L3；或
b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：36的HVR-H2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：64的HVR-H3；包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3；或
c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：78的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：28的HVR-H2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：64的HVR-H3；包含氨基酸序列SEQ ID NO：38的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：39的HVR-L2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3。
17.权利要求16的分离的抗体，其中该抗体包含：
a)VH序列SEQ ID NO：33和VL序列SEQ ID NO：34；或
b)VH序列SEQ ID NO：65和VL序列SEQ ID NO：10；或
c)VH序列SEQ ID NO：66和VL序列SEQ ID NO：26。
18.权利要求17的分离的抗体，其中该抗体包含VH序列SEQ ID NO：33和VL序列SEQ IDNO：34。
19.前述权利要求任一项的抗体，其为全长IgG1抗体。
20.权利要求19的抗体，其中该抗体实质性缺乏效应器功能。
21.权利要求19的抗体，其中重链包含N297G或N297A突变。
22.权利要求18的分离的抗体，其中重链包含氨基酸序列SEQ ID NO：51且轻链包含氨基酸序列SEQ ID NO：53。
23.权利要求18的分离的抗体，其中重链包含氨基酸序列SEQ ID NO：52且轻链包含氨基酸序列SEQ ID NO：53。
24.权利要求17的抗体，其中该抗体包含：
a)包含氨基酸序列SEQ ID NO：69的重链和包含氨基酸序列SEQ ID NO：75的轻链；或
b)包含氨基酸序列SEQ ID NO：70的重链和包含氨基酸序列SEQ ID NO：76的轻链；或
c)包含氨基酸序列SEQ ID NO：79的重链和包含氨基酸序列SEQ ID NO：75的轻链；或
d)包含氨基酸序列SEQ ID NO：80的重链和包含氨基酸序列SEQ ID NO：76的轻链。
25.前述权利要求任一项的抗体，其中该抗体是锯齿蛋白1介导的信号传导的拮抗剂。
26.前述权利要求任一项的抗体，其中该抗体不结合人锯齿蛋白2。
27.前述权利要求任一项的抗体，其中该抗体不结合人DLL4。
28.前述权利要求任一项的抗体，其中该抗体不结合人DLL1。
29.前述权利要求任一项的抗体，其中该抗体不结合鼠锯齿蛋白2，鼠DLL4，和/或鼠DLL1。
30.前述权利要求任一项的抗体，其中该抗体在小鼠异种移植物模型中降低肿瘤生长而不引起重量损失。
31.权利要求30的抗体，其中该小鼠异种移植物模型是肝癌异种移植物模型。
32.权利要求30或权利要求31的抗体，其中肿瘤生长降低至少50，至少60，至少70，至少80，或至少90AUC/天TGI％。
33.一种分离的核酸，其编码前述权利要求任一项的抗体。
34.一种宿主细胞，其包含权利要求33的核酸。
35.一种生成抗体的方法，其包括培养权利要求34的宿主细胞，使得该抗体生成。
36.一种免疫缀合物，其包含权利要求1-32任一项的抗体和细胞毒剂。
37.一种药物组合物，其包含权利要求1-32任一项的抗体和药学可接受载剂。
38.一种药物组合物，其包含权利要求36的免疫缀合物和药学可接受载剂。
39.权利要求1-33任一项的抗体或权利要求36的免疫缀合物，其用作药物。
40.权利要求1-33任一项的抗体或权利要求36的免疫缀合物，其用于治疗癌症。
41.权利要求1-33任一项的抗体或权利要求36的免疫缀合物，其用于降低癌细胞生长。
42.权利要求1-33任一项的抗体或权利要求36的免疫缀合物在制造药物中的用途。
43.权利要求42的用途，其中该药物用于治疗癌症。
44.权利要求42的用途，其中该药物用于降低癌细胞生长。
45.权利要求42的用途，其中该药物用于治疗***反应，哮喘，自身免疫病，与杯形细胞化生(例如在肺中)和/或粘液过多有关的疾病。
46.权利要求45的用途，其中该药物用于治疗与杯形细胞化生有关的疾病。
47.权利要求46的用途，其中该药物用于治疗哮喘，囊性纤维化，慢性阻塞性肺病，或Barrett氏食道。
48.一种治疗癌症的方法，其包括对具有癌症的个体施用有效量的权利要求1-33任一项的抗体或权利要求36的免疫缀合物。
49.权利要求48的方法，其中该癌症选自乳腺癌，肺癌，脑癌，***，结肠癌，肝癌，胆管癌，胰腺癌，皮肤癌，B细胞恶性肿瘤，和T细胞恶性肿瘤。
50.一种治疗选自***反应，哮喘，自身免疫病，与杯形细胞化生(例如在肺中)和粘液过多有关的疾病的疾病的方法，其包括对具有癌症的个体施用有效量的权利要求1至33任一项的抗体或权利要求36的免疫缀合物。
51.权利要求50的方法，其中该疾病与杯形细胞化生有关。
52.权利要求51的方法，其中该疾病选自哮喘，慢性阻塞性肺病(COPD)，囊性纤维化，和Barrett氏食道。
53.权利要求1至33任一项的分离的抗体，其是缀合至标记物的。
54.权利要求53的分离的抗体，其中该标记物为正电子发射体。
55.权利要求54的分离的抗体，其中该正电子发射体为89Zr。
56.一种检测生物学样品中的人锯齿蛋白1的方法，其包括在允许权利要求1-33和53-55任一项的抗体结合天然发生人锯齿蛋白1的条件下使该生物学样品与该抗体接触，并检测该抗体和该生物学样品中的天然发生人锯齿蛋白1之间是否形成复合物。
57.权利要求56的方法，其中该生物学样品选自乳腺癌，肺癌，脑癌，***，结肠癌，肝癌，胆管癌，胰腺癌，皮肤癌，B细胞恶性肿瘤，和T细胞恶性肿瘤。
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