CN107098972A - 抗间皮素抗体和免疫偶联物 - Google Patents

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S·J·斯凯尔斯
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    • C07K2317/76—Antagonist effect on antigen, e.g. neutralization or inhibition of binding
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
    • C07K2317/77—Internalization into the cell
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
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    • C07K2317/90—Immunoglobulins specific features characterized by (pharmaco)kinetic aspects or by stability of the immunoglobulin
    • C07K2317/92—Affinity (KD), association rate (Ka), dissociation rate (Kd) or EC50 value
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
    • G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants

Abstract

本发明提供了抗间皮素抗体和免疫偶联物及其使用方法。

Description

抗间皮素抗体和免疫偶联物
本申请是申请日为2011年12月19日、中国申请号为201180067071.8、发明名称为“抗间皮素抗体和免疫偶联物”的发明申请的分案申请。
相关申请
本申请依据35USC 119(e)要求2010年12月20日提交的美国临时申请No.61/459,962的权益，通过提及而将其内容收入本文。
生物材料的保藏
下列生物材料已经保藏于美国典型培养物保藏中心(American Type CultureCollection,10801University Boulevard,Manassas,VA 20110-2209,USA)(ATCC)：保藏物ATCC保藏号 保藏日小鼠杂交瘤:MPF:3542(19C3.1.2)PTA-11464 2010年11月9日上文所述保藏杂交瘤生成本文中提到的19C3抗体。
此保藏是依据国际承认用于专利程序的微生物保藏布达佩斯条约(BudapestTreaty)及其(布达佩斯条约)实施细则的规定进行的。这保证了自保藏之日起30年和最近一次请求提供保藏物样品后至少5年保存保藏的存活培养物。保藏物可根据布达佩斯条约的条款通过ATCC获得，并服从Genentech公司与ATCC之间的协议，它保证了在有关美国专利授权后，保***对公众获取所保藏材料施加的所有限制将不可撤回的取消；保证了在有关美国专利授权后或者在任何美国或外国专利申请向公众公开后，以两者中居先者为准，公众可永久且不受限制的获得保藏培养物的后代；而且保证了依据35U.S.C.§122及依照它的管理章程(包括37C.F.R.§1.14，特别要提及886OG 638)由美国专利和商标局长批准的个人将有资格获得保藏培养物的后代。
序列表
本申请含有序列表，已经以ASCII格式经EFS-WEB提交且通过述及完整收入本文。2011年11月29日创建的所述ASCII拷贝命名为P4532R1-WO.txt，并且大小为53,169个字节。
发明领域
本发明涉及抗间皮素抗体和免疫偶联物及其使用方法。
发明背景
间皮素是一种细胞表面糖蛋白，其表达通常局限于间皮(腹膜，心包，和胸膜)。然而，间皮素在多种肿瘤类型中显著过表达。间皮素与MUC16(也称作CA125)(先前鉴定为卵巢肿瘤抗原的一种粘蛋白样糖蛋白)相互作用。MUC16具有胞外域，其包含至少14,000个残基且特征在于每段156个氨基酸、称作粘蛋白重复的串联重复(参见例如O’Brien et al.,Tumour Biol.22：348-366(2001)；Yin et al.,J.Biol.Chem.276：27371-27375(2001))。认为间皮素和MUC16之间的相互作用在异型细胞粘附和转移中发挥作用(参见例如Rump etal.,J.Biol.Chem.279：9190-9198(2004))。
间皮素作为71kDa前体蛋白合成，其成熟部分在细胞表面上表达。该前体蛋白被弗林蛋白酶蛋白水解切割成31kDa脱落组分(称作巨核细胞嵌合因子，或MPF)和40kDa间皮素组分。后一种组分可经GPI连接保持结合于细胞表面，但是也可经由蛋白水解机制脱落。
本领域需要靶向间皮素的药剂来诊断和治疗间皮素相关状况，诸如癌症。本发明实现该需要且提供其它好处。
发明概述
本发明提供抗间皮素抗体和免疫偶联物及其使用方法。
一方面，提供一种结合间皮素的分离的抗体，其中该抗体选自：(i)一种抗体，其结合包含E153和D174的SEQ ID NO:43表位且任选具有一项或多项下述特征：(a)不展现降低的对糖基化形式间皮素的结合；(b)不阻断间皮素结合MUC16；和(c)以≤5nM的亲和力结合间皮素；(ii)一种抗体，其结合包含E211的SEQ ID NO:43表位且任选具有一项或多项下述特征：(a)不阻断间皮素结合MUC16；和(b)以≤5nM的亲和力结合间皮素；和(iii)一种抗体，其结合SEQ ID NO:43氨基酸1-131内的表位且以≤5nM的亲和力结合间皮素。在某些实施方案中，该抗体为单克隆抗体。在某些实施方案中，该抗体为人抗体，人源化抗体，或嵌合抗体抗体。在某些实施方案中，该抗体为结合间皮素的抗体片段。在某些实施方案中，该间皮素为SEQ ID NO:43的人间皮素。
在某些实施方案中，该抗体包含：(a)(i)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:22，(ii)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:19，和(iii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQID NO:21；(b)(i)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:39，(ii)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:35，和(iii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:37；或(c)ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-H3，HVR-L3和HVR-H2。在某些实施方案中，该抗体包含(a)(i)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:20，(ii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ IDNO:21，和(iii)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:22；(b)(i)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:36，(ii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:37，和(iii)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:39；或(c)ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-H1，HVR-H2,和HVR-H3。在一个此类实施方案中，该抗体包含(a)(i)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:20，(ii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:21，(iii)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:22，(iv)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:17，(v)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:18，和(vi)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:19；(b)(i)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:36，(ii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:37，(iii)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:39，(iv)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:33，(v)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:34，和(vi)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:35；或(c)ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-H1，HVR-H2，HVR-H3，HVR-L1，HVR-L2和HVR-L3。在又一个实施方案中，该抗体包含(i)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQID NO:20，(ii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:21，(iii)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:22，(iv)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:17，(v)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:18，和(vi)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:19，且进一步包含轻链可变域，该轻链可变域包含框架FR2序列SEQ ID NO:25和FR3序列SEQ ID NO:27。
在某些实施方案中，该抗体包含(a)(i)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:17，(ii)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:18，和(iii)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ IDNO:19；(b)(i)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:33，(ii)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:34，和(iii)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:35；或(c)ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-L1，HVR-L2和HVR-L3。在一个此类实施方案中，该抗体包含HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:17，HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:18，和HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:19，且进一步包含轻链可变域，该轻链可变域包含框架FR2序列SEQ ID NO:25和FR3序列SEQ ID NO:27。
在某些实施方案中，该抗体包含(a)与氨基酸序列SEQ ID NO:8具有至少95％序列同一性的VH序列；(b)与氨基酸序列SEQ ID NO:4具有至少95％序列同一性的VL序列；(c)(a)中的VH序列和(b)中的VL序列；(d)与氨基酸序列SEQ ID NO:16具有至少95％序列同一性的VH序列；(e)与氨基酸序列SEQ ID NO:12具有至少95％序列同一性的VL序列；(f)(d)中的VH序列和(e)中的VL序列；(g)与ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VH序列的氨基酸序列具有至少95％序列同一性的VH序列；(h)与ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VL序列的氨基酸序列具有至少95％序列同一性的VL序列；或(i)(g)中的VH序列和(h)中的VL序列。在一个此类实施方案中，该抗体包含SEQ ID NO:8的VH序列，SEQID NO:16的VH序列，或ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VH序列。在另一个此类实施方案中，该抗体包含SEQ ID NO:4的VL序列，SEQ ID NO:12的VL序列，或ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VL序列。
又一方面，本发明提供一种抗体，其包含(a)SEQ ID NO:8的VH序列和SEQ ID NO:4的VL序列；(b)SEQ ID NO:16的VH序列和SEQ ID NO:12的VL序列；(c)ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VH序列和VL序列；或(d)ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体。
在某些实施方案中，依照任何上述实施方案的抗体为IgG1，IgG2a或IgG2b抗体。
又一方面，本发明提供一种分离的核酸，其编码依照任何上述实施方案的抗体。在一个实施方案中，提供一种宿主细胞，其包含该核酸。在另一个实施方案中，提供一种生成抗体的方法，该方法包括培养该宿主细胞，使得该抗体生成。
又一方面，提供一种免疫偶联物，其具有式Ab-(L-D)p，其中：
(a)Ab为任何上述实施方案的抗体；
(b)L为接头；
(c)D为式DE的药物
且其中R2和R6各自为甲基，R3和R4各自为异丙基，R5为H，R7为仲丁基，每一个R8独立选自CH3，O-CH3，OH和H；R9为H；且R18为-C(R8)2-C(R8)2-芳基；且
(d)p范围为1-8。
在一个实施方案中，该药物为auristatin。在一个此类实施方案中，该药物为MMAE。在另一个实施方案中，该接头是蛋白酶可切割的。在一个此类实施方案中，该接头包含val-cit二肽。
在又一个实施方案中，该免疫偶联物具有式：
其中S为硫原子。在一个此类实施方案中，p范围为2-5。在另一个此类实施方案中，该抗体包含(i)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:20，(ii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:21，(iii)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:22，(iv)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:17，(v)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:18，和(vi)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:19。在另一个此类实施方案中，该抗体包含(i)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:36，(ii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:37，(iii)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:39，(iv)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:33，(v)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:34，和(vi)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:35。在另一个此类实施方案中，该抗体包含(a)SEQ ID NO:8的VH序列和SEQ ID NO:4的VL序列。在另一个此类实施方案中，该抗体包含(b)SEQ ID NO:16的VH序列和SEQ ID NO:12的VL序列。
又一方面，本发明提供一种药物配制剂，其包含任何上述实施方案的免疫偶联物和药学可接受载剂。在一个实施方案中，该药物配制剂进一步包含别的治疗剂。在一个此类实施方案中，该别的治疗剂为吉西他滨。在另一个此类实施方案中，该别的治疗剂为与细胞毒剂偶联的抗MUC16抗体。
又一方面，本发明提供任何上述实施方案中的免疫偶联物，其用作药物。在某些实施方案中，本发明提供任何上述实施方案中的免疫偶联物，其用于治疗间皮素阳性癌症。在一个此类实施方案中，该间皮素阳性癌症选自胰腺癌，卵巢癌，肺癌，子宫内膜癌和间皮瘤。在另一个此类实施方案中，该间皮素阳性癌症为双重阳性癌症。
又一方面，本发明提供任何上述实施方案中的免疫偶联物在制备药物中的用途。在一个实施方案中，该药物用于治疗间皮素阳性癌症。在一个此类实施方案中，该间皮素阳性癌症选自胰腺癌，卵巢癌，肺癌，子宫内膜癌和间皮瘤。在另一个此类实施方案中，该间皮素阳性癌症为双重阳性癌症。
另一方面，提供一种治疗具有间皮素阳性癌症的个体的方法，该方法包括对个体施用有效量的任何上述实施方案中的免疫偶联物。在一个实施方案中，该间皮素阳性癌症选自胰腺癌，卵巢癌，肺癌，子宫内膜癌和间皮瘤。在另一个实施方案中，该间皮素阳性癌症为双重阳性癌症。在另一个实施方案中，该方法进一步包含包括对个体施用别的治疗剂。在一个此类实施方案中，该别的治疗剂为吉西他滨。在另一个此类实施方案中，该别的治疗剂为与细胞毒剂偶联的抗MUC16抗体。
另一方面，提供一种抑制间皮素阳性细胞增殖的方法，该方法包括在允许任何上述实施方案中的免疫偶联物结合该细胞表面上的间皮素的条件下将该细胞暴露于该免疫偶联物，由此抑制该细胞增殖。在一个实施方案中，该细胞为胰，卵巢，肺，间皮瘤，或子宫内膜细胞。在另一个实施方案中，该细胞为双重阳性细胞。
另一方面，本发明提供任何上述实施方案中的抗体，其中该抗体与标记物偶联。在一个实施方案中，该标记物为正电子发射体。在一个此类实施方案中，该正电子发射体为89Zr。
另一方面，提供一种检测生物学样品中的人间皮素的方法，该方法包括在允许任何上述实施方案中的抗间皮素抗体结合天然存在人间皮素的条件下将该生物学样品与该抗间皮素抗体接触，并检测该抗间皮素抗体和该生物学样品中的天然存在人间皮素之间是否形成复合物。在一个实施方案中，该抗间皮素抗体包含(a)ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-H1，HVR-H2，HVR-H3，HVR-L1，HVR-L2和HVR-L3；(b)ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VH序列和VL序列；或(d)ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体。在另一个实施方案中，该生物学样品为胰腺癌样品，卵巢癌样品，肺癌样品，子宫内膜癌样品，或间皮瘤样品。在另一个实施方案中，该方法包括对组织切片实施免疫组织化学。在另一个实施方案中，该生物学样品为血清。
又一方面，提供一种检测间皮素阳性癌症的方法，该方法包括将经标记的抗间皮素抗体(其中该抗间皮素抗体是任何上述实施方案中的抗间皮素抗体)施用于具有或怀疑具有间皮素阳性癌症的受试者，并检测该受试者中的该经标记的抗间皮素抗体，其中检测到该经标记的抗间皮素抗体指示该受试者中的间皮素阳性癌症。在一个实施方案中，该经标记的抗间皮素抗体包含与正电子发射体偶联的抗间皮素抗体。在一个此类实施方案中，该正电子发射体为89Zr。
本申请涉及下述实施方案。
1.一种结合间皮素的分离的抗体，其选自：
(i)一种抗体，其结合包含E153和D174的SEQ ID NO:43表位且任选具有一项或多项下述特征：
(a)不展现降低的对糖基化形式间皮素的结合；
(b)不阻断间皮素结合MUC16；和
(c)以≤5nM的亲和力结合间皮素；
(ii)一种抗体，其结合包含E211的SEQ ID NO:43表位且任选具有一项或多项下述特征：
(a)不阻断间皮素结合MUC16；和
(b)以≤5nM的亲和力结合间皮素；
和
(iii)一种抗体，其结合SEQ ID NO:43氨基酸1-131内的表位且以≤5nM的亲和力结合间皮素。
2.实施方案1的抗体，其为单克隆抗体。
3.实施方案1的抗体，其为人抗体，人源化抗体，或嵌合抗体。
4.实施方案1的抗体，其为结合间皮素的抗体片段。
5.实施方案1的抗体，其中间皮素为SEQ ID NO:43的人间皮素。
6.实施方案1的抗体，其中该抗体包含：
(a)(i)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:22，(ii)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:19，和(iii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:21；
(b)(i)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:39，(ii)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:35，和(iii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:37；或
(c)ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-H3，HVR-L3和HVR-H2。
7.实施方案1的抗体，其中该抗体包含：
(a)(i)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:20，(ii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:21，和(iii)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:22；
(b)(i)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:36，(ii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:37，和(iii)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:39；或
(c)ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-H1，HVR-H2和HVR-H3。
8.实施方案7的抗体，其包含：
(a)(i)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:20，(ii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:21，(iii)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:22，(iv)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:17，(v)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:18，和(vi)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:19；
(b)(i)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:36，(ii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:37，(iii)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:39，(iv)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:33，(v)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:34，和(vi)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:35；或
(c)ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-H1，HVR-H2，HVR-H3，HVR-L1，HVR-L2和HVR-L3。
9.实施方案1的抗体，其中该抗体包含：
(a)(i)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:17，(ii)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:18，和(iii)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:19；
(b)(i)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:33，(ii)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:34，和(iii)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:35；或
(c)ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-L1，HVR-L2和HVR-L3。
10.实施方案8(a)或9(a)的抗体，进一步包含轻链可变域，该轻链可变域包含框架FR2序列SEQ ID NO:25和FR3序列SEQ ID NO:27。
11.实施方案1的抗体，其中该抗体包含：
(a)与氨基酸序列SEQ ID NO:8具有至少95％序列同一性的VH序列；
(b)与氨基酸序列SEQ ID NO:4具有至少95％序列同一性的VL序列；
(c)(a)中的VH序列和(b)中的VL序列；
(d)与氨基酸序列SEQ ID NO:16具有至少95％序列同一性的VH序列；
(e)与氨基酸序列SEQ ID NO:12具有至少95％序列同一性的VL序列；
(f)(d)中的VH序列和(e)中的VL序列；
(g)与ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VH序列的氨基酸序列具有至少95％序列同一性的VH序列；
(h)与ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VL序列的氨基酸序列具有至少95％序列同一性的VL序列；或
(i)(g)中的VH序列和(h)中的VL序列。
12.实施方案11的抗体，其包含SEQ ID NO:8的VH序列，SEQ ID NO:16的VH序列，或ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VH序列。
13.实施方案11的抗体，其包含SEQ ID NO:4的VL序列，SEQ ID NO:12的VL序列，或ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VL序列。
14.一种抗体，其包含(a)SEQ ID NO:8的VH序列和SEQ ID NO:4的VL序列；(b)SEQID NO:16的VH序列和SEQ ID NO:12的VL序列；(c)ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VH序列和VL序列；或(d)ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体。
15.实施方案1的抗体，其为IgG1，IgG2a或IgG2b抗体。
16.分离的核酸，其编码实施方案1-15任一项的抗体。
17.一种宿主细胞，其包含实施方案16的核酸。
18.一种生成抗体的方法，包括培养实施方案17的宿主细胞，使得该抗体生成。
19.一种免疫偶联物，其具有式Ab-(L-D)p，其中：
(a)Ab为实施方案1-15任一项的抗体；
(b)L为接头；
(c)D为式DE的药物
且其中R2和R6各自为甲基，R3和R4各自为异丙基，R5为H，R7为仲丁基，每一个R8独立选自CH3，O-CH3，OH和H；R9为H；且R18为-C(R8)2-C(R8)2-芳基；且
(d)p范围为1-8。
20.实施方案19的免疫偶联物，其中该药物为auristatin。
21.实施方案20的免疫偶联物，其中该药物为MMAE。
22.实施方案19的免疫偶联物，其中该接头是蛋白酶可切割的。
23.实施方案22的免疫偶联物，其中该接头包含val-cit二肽。
24.实施方案19的免疫偶联物，其具有式：
其中S为硫原子。
25.实施方案24的免疫偶联物，其中p范围为2-5。
26.实施方案24的免疫偶联物，其包含实施方案8(a)的抗体。
27.实施方案24的免疫偶联物，其包含实施方案8(b)的抗体。
28.实施方案24的免疫偶联物，其包含实施方案14(a)的抗体。
29.实施方案24的免疫偶联物，其包含实施方案14(b)的抗体。
30.一种药物配制剂，其包含实施方案19-29任一项的免疫偶联物和药学可接受载剂。
31.实施方案30的药物配制剂，其进一步包含别的治疗剂。
32.实施方案31的药物配制剂，其中该别的治疗剂为吉西他滨。
33.实施方案31的药物配制剂，其中该别的治疗剂为与细胞毒剂偶联的抗MUC16抗体。
34.实施方案19-29任一项的免疫偶联物，其用作药物。
35.实施方案19-29任一项的免疫偶联物，其用于治疗间皮素阳性癌症。
36.如实施方案35中使用的免疫偶联物，其中该间皮素阳性癌症选自胰腺癌，卵巢癌，肺癌，子宫内膜癌和间皮瘤。
37.如实施方案35中使用的免疫偶联物，其中该间皮素阳性癌症为双重阳性癌症。
38.实施方案19-29任一项的免疫偶联物在制备药物中的用途。
39.实施方案38的用途，其中该药物用于治疗间皮素阳性癌症。
40.实施方案39的用途，其中该间皮素阳性癌症选自胰腺癌，卵巢癌，肺癌，子宫内膜癌和间皮瘤。
41.实施方案39的用途，其中该间皮素阳性癌症为双重阳性癌症。
42.一种治疗具有间皮素阳性癌症的个体的方法，该方法包括对个体施用有效量的实施方案19-29任一项的免疫偶联物。
43.实施方案42的方法，其中该间皮素阳性癌症选自胰腺癌，卵巢癌，肺癌，子宫内膜癌和间皮瘤。
44.实施方案42的方法，其中该间皮素阳性癌症为双重阳性癌症。
45.实施方案42的方法，其进一步包括对个体施用别的治疗剂。
46.实施方案45的方法，其中该别的治疗剂为吉西他滨。
47.实施方案45的方法，其中该别的治疗剂为与细胞毒剂偶联的抗MUC16抗体。
48.一种抑制间皮素阳性细胞增殖的方法，该方法包括在允许实施方案19-29任一项的免疫偶联物结合该细胞表面上的间皮素的条件下将该细胞暴露于该免疫偶联物，由此抑制该细胞增殖。
49.实施方案48的方法，其中该细胞为胰，卵巢，肺，或子宫内膜癌细胞或间皮瘤细胞。
50.实施方案48的方法，其中该细胞为双重阳性细胞。
51.实施方案1-15任一项的抗体，其与标记物偶联。
52.实施方案51的抗体，其中该标记物为正电子发射体。
53.实施方案52的抗体，其中该正电子发射体为89Zr。
54.一种检测生物学样品中的人间皮素的方法，其包括在允许实施方案1-15任一项的抗间皮素抗体结合天然存在人间皮素的条件下将该生物学样品与该抗间皮素抗体接触，并检测该抗间皮素抗体和该生物学样品中的天然存在人间皮素之间是否形成复合物。
55.实施方案54的方法，其中该抗间皮素抗体为实施方案8(c)，14(c)和14(d)任一项的抗体。
56.实施方案54的方法，其中该生物学样品为胰腺癌样品，卵巢癌样品，肺癌样品，子宫内膜癌样品或间皮瘤样品。
57.实施方案54的方法，其中该方法包括对组织切片实施免疫组织化学。
58.实施方案54的方法，其中该生物学样品为血清。
59.一种用于检测间皮素阳性癌症的方法，其包括(i)将经标记的抗间皮素施用于具有或怀疑具有间皮素阳性癌症的受试者，其中该经标记的抗间皮素抗体包含实施方案1-15任一项的抗间皮素抗体，并(ii)检测该受试者中的该经标记的抗间皮素抗体，其中检测到该经标记的抗间皮素抗体指示该受试者中的间皮素阳性癌症。
60.实施方案59的方法，其中该经标记的抗间皮素抗体为经标记的实施方案8(a)或14(a)的抗体。
61.实施方案59或实施方案60的方法，其中该经标记的抗间皮素抗体包含与正电子发射体偶联的抗间皮素抗体。
62.实施方案61的方法，其中该正电子发射体为89Zr。
63.实施方案8的抗体，其包含：(i)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:20，(ii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:21，(iii)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:22，(iv)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:17，(v)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:18，和(vi)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:19。
64.实施方案63的抗体，其进一步包含轻链可变域，该轻链可变域包含框架FR2序列SEQ ID NO:25和FR3序列SEQ ID NO:27。
65.实施方案8的抗体，其包含：(i)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:36，(ii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:37，(iii)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:39，(iv)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:33，(v)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:34，和(vi)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:35。
66.实施方案8的抗体，其包含ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-H1，HVR-H2，HVR-H3，HVR-L1，HVR-L2和HVR-L3。
67.实施方案14的抗体，其包含VH序列SEQ ID NO:8和VL序列SEQ ID NO:4。
68.实施方案14的抗体，其包含VH序列SEQ ID NO:16和VL序列SEQ ID NO:12。
69.实施方案14的抗体，其包含ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VH序列和VL序列。
70.实施方案14的抗体，其ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成。
附图简述
图1显示通过前体蛋白蛋白水解切割成31kDa脱落组分(称作巨核细胞强化因子，或MPF)和40kDa间皮素组分而生成间皮素。后一种组分可保持结合于细胞表面但也可脱落。“CHO”代表四个糖基化位点，一个在MPF中，三个在间皮素中。
图2显示各种组织中人间皮素基因表达的水平的图示，如实施例A中描述的。
图3显示分离的抗间皮素单克隆抗体的特性，如实施例B中描述的。
图4显示小鼠(murine)抗体7D9(mu7D9)及其人源化变体(7D9.v1和7D9.v3)的可变轻链区序列的比对。
图5显示小鼠抗体7D9(mu7D9)及其人源化变体(7D9.v1和7D9.v3)的可变重链区序列的比对。
图6显示7D9的嵌合和人源化变体的特性，如实施例C中描述的。
图7显示小鼠抗体22A10(22A10)及其人源化变体(hu22A10graft和22A10.v83)的可变轻链区序列的比对。
图8显示小鼠抗体22A10(22A10)及其人源化变体(hu22A10graft和22A10.v83)的可变重链区序列的比对。
图9A显示22A10的人源化变体在间皮素稳定转染BJAB细胞上的Scatchard分析，如实施例C中描述的。
图9B显示22A10的人源化变体自相同稳定转染BJAB细胞对间皮素的免疫沉淀，如实施例C中描述的。
图10A显示7D9的人源化变体的高变和框架区的序列。
图10B显示22A10的人源化变体的高变和框架区的序列。
图11显示来自不同物种的间皮素之间的序列同源性，如实施例D中描述的。图11公开SEQ ID NO 43和46-48，依呈现的次序。
图12显示h7D9.v3和h22A10.v83与来自不同物种的间皮素的交叉反应性，如实施例D中描述的。
图13显示人源化抗间皮素抗体的亲和力，通过稳定表达间皮素的转染细胞系和表达内源间皮素的细胞系的Scatchard分析测定，如实施例E中描述的。
图14显示抗体7D9或22A10和图3中所列其它单克隆抗体之间的竞争测定法的结果，如实施例F中描述的。
图15显示用于表位定位的嵌合间皮素构建物(依刻度绘制)，如实施例G中描述的。图15分别以SEQ ID NO 51-53公开“EVEK”、“DAEQ”、和“DVER”。
图16显示评估7D9和22A10对表达嵌合间皮素的细胞的结合的FACS的结果，如实施例G中描述的。
图17显示一种用于鉴定h7D9.v3和h22A10.v83结合的氨基酸的突变策略，如实施例G中描述的。图17以SEQ ID NO:51公开"EVEK"；分别以SEQ ID NO 54-57公开"人132-212"、"猕猴132-212"、"大鼠132-212"和"小鼠132-212"；分别以SEQ ID NO 58-73公开人和小鼠"MUT1"、"MUT3"、"MUT6"、"MUT7"、"MUT9"、"MUT10"、"MUT13"和"MUT15"；及分别以SEQID NO 73和74公开"STKD"和"SVKD"。
图18A显示评估h7D9.v3和h22A10.v83对表达人间皮素突变体的细胞的结合的FACS的结果，如实施例G中描述的。
图18B显示评估h7D9.v3对表达猕猴间皮素突变体的细胞的结合的FACS的结果，如实施例G中描述的。
图19显示7D9/h7D9.v3和22A10/h22A10.v83结合的表位内的关键氨基酸残基，如实施例G中描述的。图19分别公开SEQ ID NO 54-57，依出现的次序。
图20显示h7D9.v3对糖基化间皮素的结合，如实施例H中描述的。
图21显示测定抗体19C3，7D9和22A10是否阻断间皮素结合MUC16及相反的两项测定法的结果，如实施例I中描述的。
图22显示胰管腺癌中间皮素的表达，通过免疫组织化学(IHC)，如实施例J中描述的。
图23显示卵巢浆液性腺癌肿瘤中间皮素的表达，通过免疫组织化学(IHC)，如实施例J中描述的。
图24显示非小细胞肺癌(NSCLC)腺癌中间皮素的表达，通过免疫组织化学(IHC)，如实施例J中描述的。
图25显示来自猕猴(右边小图)的组织中间皮素的表达，通过免疫组织化学(IHC)，如实施例J中描述的。
图26显示免疫偶联物h7D9.v3-vcMMAE在HPAC胰异种移植物中展现出功效，如实施例L中描述的。
图27显示免疫偶联物h7D9.v3-vcMMAE在原代胰异种移植物中展现出功效，如实施例M中描述的。
图28显示免疫偶联物h7D9.v3-vcMMAE在卵巢肿瘤异种移植物模型中展现出功效，如实施例N中描述的。
图29显示免疫偶联物h7D9.v3-vcMMAE在肺鳞状细胞癌异种移植物模型中展现出功效，如实施例O中描述的。
图30显示在转染BJAB异种移植物肿瘤模型中，免疫偶联物h7D9.v3-vcMMAE针对人间皮素的功效与免疫偶联物h22A10.v83-vcMMAE针对猕猴间皮素的功效相似，如实施例P中描述的。
图31显示在间皮瘤和卵巢肿瘤模型中，免疫偶联物h7D9.v3-vcMMAE的功效与免疫偶联物h22A10.v83-vcMMAE的功效相似，如实施例P中描述的。
图32显示MUC16与间皮素形成复合物，而且这两种蛋白质自双重阳性细胞系共脱落，如实施例Q中描述的。
图33显示19C3自间皮素置换预结合的MUC16，但是7D9不然。
发明详述
I.定义
出于本文中的目的，“受体人框架”指包含自人免疫球蛋白框架或如下文定义的人共有框架衍生的轻链可变域(VL)框架或重链可变域(VH)框架的氨基酸序列的框架。自人免疫球蛋白框架或人共有框架“衍生”的受体人框架可以包含其相同的氨基酸序列，或者它可以含有氨基酸序列变化。在一些实施方案中，氨基酸变化的数目是10或更少、9或更少、8或更少、7或更少、6或更少、5或更少、4或更少、3或更少、或2或更少。在一些实施方案中，VL受体人框架与VL人免疫球蛋白框架序列或人共有框架序列在序列上相同。
“亲和力”指分子(例如抗体)的单一结合位点与其结合配偶体(例如抗原)之间全部非共价相互作用总和的强度。除非另有指示，如本文中使用的，“结合亲和力”指反映结合对的成员(例如抗体和抗原)之间1:1相互作用的内在结合亲和力。分子X对其配偶体Y的亲和力通常可以用解离常数(Kd)来表述。亲和力可以通过本领域知道的常用方法来测量，包括本文中所描述的方法。下文描述了用于测量结合亲和力的具体的说明性和例示性的实施方案。
“亲和力成熟的”抗体指在一个或多个高变区(HVR)中具有一处或多处改变的抗体，与不拥有此类改变的亲本抗体相比，此类改变导致该抗体对抗原的亲和力改善。
术语“抗间皮素抗体”和“结合间皮素的抗体”指能够以足够亲和力结合间皮素，使得该抗体可作为诊断剂和/或治疗剂用于靶向间皮素的抗体。在一个实施方案中，根据例如通过放射免疫测定法(RIA)的测量，抗间皮素抗体结合无关的、非间皮素的蛋白质的程度小于该抗体对间皮素的结合的约10％。在某些实施方案中，结合间皮素的抗体具有≤1μM、≤100nM、≤10nM、≤1nM、≤0.1nM、≤0.01nM、或≤0.001nM(例如10-8M或更少，例如10-8M到10-13M，例如10-9M到10-13M)的解离常数(Kd)。在某些实施方案中，抗间皮素抗体结合在来自不同物种的间皮素中保守的间皮素表位。
本文中的术语“抗体”以最广义使用，并且涵盖各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体)、和抗体片段，只要它们展现出期望的抗原结合活性。
“抗体片段”指与完整抗体不同的分子，其包含完整抗体的一部分且结合完整抗体结合的抗原。抗体片段的例子包括但不限于Fv、Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2；双抗体；线性抗体；单链抗体分子(例如scFv)；和由抗体片段形成的多特异性抗体。
与参照抗体“结合相同表位的抗体”指在竞争测定法中将参照抗体对其抗原的结合阻断50％或更多的抗体，且相反，参照抗体在竞争测定法中将该抗体对其抗原的结合阻断50％或更多。本文中提供了例示性的竞争测定法。
术语“癌症”和“癌性”指向或描述哺乳动物中特征通常为细胞生长/增殖不受调控的生理疾患。癌症的例子包括但不限于癌、淋巴瘤(例如何杰金氏(Hodgkin)淋巴瘤和非何杰金氏淋巴瘤)、母细胞瘤、肉瘤和白血病。此类癌症的更具体例子包括鳞状细胞癌、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肺的腺癌、肺的鳞癌、腹膜癌、肝细胞癌、胃肠癌、胰腺癌、胶质瘤、***、卵巢癌、肝癌(liver cancer)、膀胱癌、肝瘤(hepatoma)、乳腺癌、结肠癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌或子宫癌、唾液腺癌、肾癌、***癌、外阴癌、甲状腺癌、肝癌(hepaticcarcinoma)、白血病和其它淋巴增殖性病症、及各种类型的头和颈癌。
术语“嵌合”抗体指其中的重和/或轻链的一部分自特定的来源或物种衍生，而重和/或轻链的剩余部分自不同来源或物种衍生的抗体。
抗体的“类”指其重链拥有的恒定域或恒定区的类型。抗体有5大类：IgA、IgD、IgE、IgG、和IgM，并且这些中的几种可以进一步分成亚类(同种型)，例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、和IgA2。与不同类免疫球蛋白对应的重链恒定域分别称作α、δ、ε、γ、和μ。
在用于本文时，术语“细胞毒剂”指抑制或阻止细胞功能和/或引起细胞死亡或破坏的物质。细胞毒剂包括但不限于：放射性同位素(例如At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和Lu的放射性同位素)；化学治疗剂或药物(例如甲氨蝶呤(methotrexate)、阿霉素(adriamycin)、长春花生物碱类(vinca alkaloids)(长春新碱(vincristine)、长春碱(vinblastine)、依托泊苷(etoposide))、多柔比星(doxorubicin)、美法仑(melphalan)、丝裂霉素(mitomycin)C、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、柔红霉素(daunorubicin)或其它嵌入剂)；生长抑制剂；酶及其片段，诸如溶核酶；抗生素；毒素，诸如小分子毒素或者细菌、真菌、植物或动物起源的酶活性毒素，包括其片段和/或变体；及下文公开的各种抗肿瘤或抗癌剂。
术语“双重阳性癌症”指包含间皮素和MUC16二者呈阳性的细胞的癌症。
术语“双重阳性细胞”指在其表面上表达间皮素和MUC16二者的细胞。
“效应器功能”指那些可归于抗体Fc区且随抗体同种型而变化的生物学活性。抗体效应器功能的例子包括：C1q结合和补体依赖性细胞毒性(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬作用；细胞表面受体(例如B细胞受体)下调；和B细胞活化。
药剂(例如药物配制剂)的“有效量”指在必需的剂量和时段上有效实现期望的治疗或预防结果的量。
术语“表位”指抗原分子上抗体所结合的特定位点。
本文中的术语“Fc区”用于定义免疫球蛋白重链中至少含有恒定区一部分的C端区。该术语包括天然序列Fc区和变体Fc区。在一个实施方案中，人IgG重链Fc区自Cys226，或自Pro230延伸至重链的羧基端。然而，Fc区的C端赖氨酸(Lys447)可以存在或不存在。除非本文中另有规定，Fc区或恒定区中的氨基酸残基的编号方式依照EU编号***，又称作EU索引，如记载于Kabat等,Sequences of Proteins of Immunological Interest,第5版Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD,1991。
“框架”或“FR”指除高变区(HVR)残基外的可变域残基。一般地，可变域的FR由4个FR域组成：FR1、FR2、FR3、和FR4。因而，HVR和FR序列在VH(或VL)中一般以如下的顺序出现：FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。
术语“全长抗体”、“完整抗体”、和“全抗体”在本文中可互换使用，指与天然抗体结构具有基本上类似的结构或者具有含有如本文中所限定的Fc区的重链的抗体。
术语“间皮素的糖基化形式”指通过添加碳水化合物残基经过翻译后修饰的间皮素天然存在形式。
术语“宿主细胞”、“宿主细胞系”、和“宿主细胞培养物”可互换使用，并且指已经导入外源核酸的细胞，包括此类细胞的后代。宿主细胞包括“转化体”和“经转化的细胞”，其包括原代的经转化的细胞及自其衍生的后代而不考虑传代的次数。后代在核酸内容物上可以与亲本细胞不完全相同，而是可以含有突变。本文中包括具有与在初始转化细胞中筛选或选择的相同功能或生物学活性的突变体后代。
“人抗体”指拥有与由人或人细胞生成的或利用人抗体全集或其它人抗体编码序列自非人来源衍生的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列的抗体。人抗体的此定义明确排除包含非人抗原结合残基的人源化抗体。
“人共有框架”指代表人免疫球蛋白VL或VH框架序列选集中最常存在的氨基酸残基的框架。通常，人免疫球蛋白VL或VH序列选集来自可变域序列亚组。通常，序列亚组是如Kabat等，Sequences of Proteins of Immunological Interest,第五版,NIHPublication 91-3242,Bethesda MD(1991),第1-3卷中的亚组。在一个实施方案中，对于VL，亚组是如Kabat等，见上文中的亚组κI。在一个实施方案中，对于VH，亚组是如Kabat等，见上文中的亚组III。
“人源化”抗体指包含来自非人HVR的氨基酸残基和来自人FR的氨基酸残基的嵌合抗体。在某些实施方案中，人源化抗体会包含至少一个，通常两个基本上整个可变域，其中所有或基本上所有HVR(例如，CDR)对应于非人抗体的那些，且所有或基本上所有FR对应于人抗体的那些。任选地，人源化抗体可以至少包含自人抗体衍生的抗体恒定区的一部分。抗体，例如非人抗体的“人源化形式”指已经经历人源化的抗体。
在用于本文时，术语“高变区”或“HVR”指抗体可变域中在序列上高变的和/或形成结构上限定的环(“高变环”)的每个区。一般地，天然的4链抗体包含6个HVR；三个在VH中(H1、H2、H3)，且三个在VL中(L1、L2、L3)。HVR一般包含来自高变环和/或来自“互补决定区”(CDR)的氨基酸残基，后一种是最高序列变异性的和/或牵涉抗原识别。例示性高变区存在于氨基酸残基26-32(L1)、50-52(L2)、91-96(L3)、26-32(H1)、53-55(H2)、和96-101(H3)(Chothia和Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987))。例示性CDR(CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3、CDR-H1、CDR-H2、和CDR-H3)存在于氨基酸残基L1的24-34、L2的50-56、L3的89-97、H1的31-35B、H2的50-65、和H3的95-102(Kabat等,Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest,第5版Public Health Service,National Institutes ofHealth,Bethesda,MD(1991))。除了VH中的CDR1外，CDR一般包含形成高变环的氨基酸残基。CDR还包含“特异性决定残基”，或“SDR”，其是接触抗原的残基。SDR包含在称作缩短的-CDR，或a-CDR的CDR区内。例示性的a-CDR(a-CDR-L1、a-CDR-L2、a-CDR-L3、a-CDR-H1、a-CDR-H2、和a-CDR-H3)存在于L1的氨基酸残基31-34、L2的50-55、L3的89-96、H1的31-35B、H2的50-58、和H3的95-102(见Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008))。除非另有指示，可变域中的HVR残基和其它残基(例如，FR残基)在本文中依照Kabat等，见上文编号。
“免疫缀合物”指与一种或多种异源分子，包括但不限于细胞毒剂缀合的抗体。
“个体”或“受试者”是哺乳动物。哺乳动物包括但不限于驯养的动物(例如，牛、绵羊、猫、犬、和马)、灵长类(例如，人和非人灵长类诸如猴)、家兔、和啮齿类(例如，小鼠和大鼠)。在某些实施方案中，个体或受试者是人。
“分离的抗体”指已经与其天然环境的组分分开的抗体。在一些实施方案中，抗体纯化至大于95％或99％的纯度，如通过例如电泳(例如，SDS-PAGE、等电聚焦(IEF)、毛细管电泳)或层析(例如，离子交换或反相HPLC)测定的。关于用于评估抗体纯度的方法的综述，见例如Flatman等,J.Chromatogr.B848:79-87(2007)。
“分离的核酸”指已经与其天然环境的组分分开的核酸分子。分离的核酸包括通常含有核酸分子的细胞中含有的核酸分子，但是核酸分子在染色体外或在与其天然染色***置不同的染色***置处存在。
“编码抗间皮素抗体的分离的核酸”指编码抗体重和轻链(或其片段)的一种或多种核酸分子，包括单一载体或不同载体中的此类核酸分子，和存在于宿主细胞中的一个或多个位置的此类核酸分子。
如本文中使用的，术语“间皮素”指源自细胞中间皮素前体蛋白加工的任何天然、成熟间皮素。该术语包括来自任何脊椎动物来源的间皮素，包括哺乳动物诸如灵长类动物(例如人和猕猴)和啮齿类动物(例如小鼠和大鼠)，除非另有说明。该术语还包括间皮素的天然存在变体，例如剪接变体或等位变体。一种例示性人间皮素前体蛋白的氨基酸序列显示于SEQ ID NO:42，而一种例示性人间皮素显示于SEQ ID NO:43。本文中描述了别的例示性间皮素序列。
术语“间皮素阳性癌症”指包含在其表面上表达间皮素的细胞的癌症。
术语“间皮素阳性细胞”指在其表面上表达间皮素的细胞。
在用于本文时，术语“单克隆抗体”指从一群基本上同质的抗体获得的抗体，即构成群体的各个抗体是相同的和/或结合相同表位，除了例如含有天然存在的突变或在单克隆抗体制备物的生成期间发生的可能的变体抗体外，此类变体一般以极小量存在。与通常包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物不同，单克隆抗体制备物的每种单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。如此，修饰语“单克隆”指示抗体自一群基本上同质的抗体获得的特性，而不应解释为要求通过任何特定方法来生成抗体。例如，可以通过多种技术来生成要依照本发明使用的单克隆抗体，包括但不限于杂交瘤方法、重组DNA方法、噬菌体展示方法、和利用含有所有或部分人免疫球蛋白基因座的转基因动物的方法，本文中描述了用于生成单克隆抗体的此类方法和其它例示性方法。
术语“MUC16阳性癌症”指包含在其表面上表达MUC16的细胞的癌症。
术语“MUC16阳性细胞”指在其表面上表达MUC16的细胞。
“裸抗体”指未与异源模块(例如细胞毒性模块)或放射性标记物缀合的抗体。裸抗体可以存在于药物配制剂中。
“天然抗体”指具有不同结构的天然存在的免疫球蛋白分子。例如，天然IgG抗体是约150,000道尔顿的异四聚糖蛋白，由二硫化物键合的两条相同轻链和两条相同重链构成。从N至C端，每条重链具有一个可变区(VH)，又称作可变重域或重链可变域，接着是三个恒定域(CH1、CH2、和CH3)。类似地，从N至C端，每条轻链具有一个可变区(VL)，又称作可变轻域或轻链可变域，接着是一个恒定轻(CL)域。根据其恒定域氨基酸序列，抗体轻链可归入两种类型中的一种，称作卡帕(κ)和拉姆达(λ)。
术语“包装插页”用于指治疗产品的商业包装中通常包含的用法说明书，其含有关于涉及此类治疗产品应用的适应症、用法、剂量、施用、联合疗法、禁忌症和/或警告的信息。
关于参照多肽序列的“百分比(％)氨基酸序列同一性”定义为比对序列并在必要时引入缺口以获取最大百分比序列同一性后，且不将任何保守替代视为序列同一性的一部分时，候选序列中与参照多肽序列中的氨基酸残基相同的氨基酸残基的百分率。为测定百分比氨基酸序列同一性目的的对比可以以本领域技术范围内的多种方式进行，例如使用公众可得到的计算机软件，诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员可以决定用于比对序列的合适参数，包括对所比较序列全长获得最大对比所需的任何算法。然而，为了本发明的目的，％氨基酸序列同一性值是使用序列比较计算机程序ALIGN-2产生的。ALIGN-2序列比较计算机程序由Genentech,Inc.编写，并且源代码已经连同用户文档一起提交给美国版权局(US Copyright Office,Washington D.C.,20559)，其中其以美国版权注册号TXU510087注册。公众自Genentech,Inc.,South San Francisco,California可获得ALIGN-2程序，或者可以从源代码编译。ALIGN2程序应当编译成在UNIX操作***，包括数码UNIX V4.0D上使用。所有序列比较参数由ALIGN-2程序设定且不变。
在采用ALIGN-2来比较氨基酸序列的情况中，给定氨基酸序列A相对于(to)、与(with)、或针对(against)给定氨基酸序列B的％氨基酸序列同一性(或者可表述为具有或包含相对于、与、或针对给定氨基酸序列B的某一％氨基酸序列同一性的给定氨基酸序列A)如下计算：
分数X/Y乘100
其中X是由序列比对程序ALIGN-2在该程序的A和B比对中评分为相同匹配的氨基酸残基数，且其中Y是B中的氨基酸残基总数。应当领会，若氨基酸序列A的长度与氨基酸序列B的长度不相等，则A相对于B的％氨基酸序列同一性将不等于B相对于A的％氨基酸序列同一性。除非另有明确说明，本文中所使用的所有％氨基酸序列同一性值都是依照上一段所述，使用ALIGN-2计算机程序获得的。
术语“药物配制剂”指处于如下的形式，使得容许其中含有的活性成分的生物学活性是有效的，且不含对会接受配制剂施用的受试者具有不可接受的毒性的别的组分的制剂。
“药学可接受载体”指药物配制剂中与活性成分不同的，且对受试者无毒的成分。药学可接受载体包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂、或防腐剂。
在用于本文时，“治疗”(及其语法变化形式，诸如“处理”或“处置”)指试图改变所治疗个体的自然进程的临床干预，可以是为了预防或在临床病理学的进程中进行。治疗的期望效果包括但不限于预防疾病的发生或复发、缓解症状、削弱疾病的任何直接或间接病理学后果、预防转移、减缓疾病进展的速率、改善或减轻疾病状态、及免除或改善预后。在有些实施方案中，本发明的抗体用于延迟疾病的发生/发展，或用于减缓疾病的进展。
术语“可变区”或“可变域”指抗体重或轻链中牵涉抗体结合抗原的域。天然抗体的重链和轻链可变域(分别为VH和VL)一般具有类似的结构，其中每个域包含4个保守的框架区(FR)和3个高变区(HVR)。(见例如Kindt等Kuby Immunology,第6版,W.H.Freeman andCo.,第91页(2007))。单个VH或VL域可以足以赋予抗原结合特异性。此外，可以分别使用来自结合抗原的抗体的VH或VL域筛选互补VL或VH域的文库来分离结合特定抗原的抗体。见例如，Portolano等,J.Immunol.150:880-887(1993)；Clarkson等,Nature352:624-628(1991)。
在用于本文时，术语“载体”指能够增殖与其连接的另一种核酸的核酸分子。该术语包括作为自身复制型核酸结构的载体及整合入接受其导入的宿主细胞的基因组中的载体。某些载体能够指导与其可操作连接的核酸的表达。此类载体在本文中称为“表达载体”。
II.组合物和方法
一方面，本发明部分基于结合间皮素的抗体和包含此类抗体的免疫偶联物。本发明的抗体和免疫偶联物可用于例如诊断或治疗间皮素阳性癌症。
A.例示性抗间皮素抗体
一方面，本发明提供结合间皮素的分离的抗体。天然存在间皮素源自对细胞中间皮素前体蛋白的切割，产生间皮素和巨核细胞强化因子(MPF)，如图1中所示。间皮素相对于前体蛋白含有C端截短。该截短可容许GPI锚附着。间皮素可保持结合于细胞表面，例如经GPI锚，或者间皮素可自细胞释放(例如GPI锚可被至今未鉴定的酶切割)以生成细胞培养物或动物血清中脱落的间皮素。
一种例示性天然存在人间皮素前体蛋白序列提供于SEQ ID NO:42，而且相应间皮素序列显示于SEQ ID NO:43(对应于SEQ ID NO:42的氨基酸296-580)。一种备选间皮素序列对应于SEQ ID NO:42的氨基酸296-598。SEQ ID NO:44是SEQ ID NO:42的一种天然存在变体，其加工产生具有序列SEQ ID NO:45的间皮素。SEQ ID NO:45相对于SEQ ID NO:43在氨基酸116处含有一段八个氨基酸的***。SEQ ID NO:45中显示的变体形式间皮素表现出占肿瘤细胞系中间皮素转录物的约5％。
在某些实施方案中，抗间皮素抗体具有至少一项或多项下述特征(任意组合)：
(a)结合包含(i)E153和D174或(ii)E211的SEQ ID NO:43表位；
(b)展现或不展现改变的或降低的对不同糖基化形式间皮素的结合；
(c)阻断或不阻断间皮素结合MUC16；
(d)以≤5nM，或者≤1nM，或者≤0.5nM，或者≤0.1nM，且任选≥0.0001nM的亲和力结合间皮素。
在任何上述实施方案中，不阻断间皮素结合MUC16的抗体是增强间皮素结合MUC16的抗体。
在另一个实施方案中，抗间皮素抗体结合包含E153和D174的SEQ ID NO:43表位。在一个此类实施方案中，该抗间皮素抗体进一步具有一项或多项下述特征(任意组合)：
(a)不展现降低的对糖基化形式间皮素的结合；
(b)不阻断间皮素结合MUC16；
(c)以≤5nM，或者≤1nM，或者≤0.5nM，且任选≥0.0001nM的亲和力结合间皮素。
在此类实施方案中，不阻断间皮素结合MUC16的抗体增强间皮素结合MUC16和/或抗体以≤1nM的亲和力结合。一种具有上述特征的例示性抗体是本文中公开的7D9及其人源化变体，诸如h7D9.v3。在任何上述实施方案中，抗间皮素抗体结合的间皮素是人间皮素。
在另一个实施方案中，抗间皮素抗体结合包含E211的SEQ ID NO:43表位。在一个此类实施方案中，该抗间皮素抗体进一步具有一项或多项下述特征：
(a)不阻断间皮素结合MUC16；
(b)以≤5nM，或者≤1nM，或者≤0.5nM，且任选≥0.0001nM的亲和力结合间皮素。
在此类实施方案中，不阻断间皮素结合MUC16的抗体增强间皮素结合MUC16，和/或该抗体以≤1nM的亲和力结合。一种具有上述特征的例示性抗体是本文中公开的22A10及其人源化变体，诸如22A10.v83。在任何上述实施方案中，抗间皮素抗体结合的间皮素是人间皮素，猕猴间皮素，和/或大鼠间皮素。
在另一个实施方案中，抗间皮素抗体：
(a)结合SEQ ID NO:43氨基酸1-131内的表位；且
(b)以≤5nM，或者≤1nM，或者≤0.5nM，或者≤0.1nM，且任选≥0.0001nM的亲和力结合间皮素。
在一个此类实施方案中，该抗体阻断间皮素结合MUC16和/或结合SEQ ID NO:43氨基酸1-64或1-70内的表位。在一个此类实施方案中，该抗体置换结合至间皮素的MUC16。一种具有上述特征的例示性抗体是本文中公开的19C3。在任何上述实施方案中，抗间皮素抗体结合的间皮素是人间皮素。
测定法
为了确定抗间皮素抗体是否“结合包含E153和D174的SEQ ID NO:43表位”或“结合包含E211的SEQ ID NO:43表位”，在包含SEQ ID NO:43的多肽中突变那些残基，并如实施例G中所述通过FACS测试抗体与293细胞中表达的突变型多肽的结合，其中抗体与突变型多肽的结合的实质性降低(≥70％降低)或消除指示该抗体结合包含E153和D174或包含E211的SEQ ID NO:43表位。
为了确定抗间皮素抗体是否“不展现降低的对糖基化形式间皮素的结合”，在CHO细胞中表达带标签的人间皮素，纯化(经由标签)并依照电荷在Mono S柱上进一步分开成间皮素高度(级分A11)，中度(A12)，低度(B1)和低度至不(B5)糖基化的级分，如实施例H中描述的。使每种级分流过具有预结合的抗间皮素抗体的芯片，并为每种级分测量结合和解离速率。如果每种级分的亲和力彼此在25％以内，表明该抗体不展现降低的对糖基化形式间皮素的结合。
为了确定抗间皮素抗体是否“阻断间皮素结合MUC16”，“不阻断间皮素结合MUC16”，或“增强间皮素结合MUC16”，如下实施MUC16结合测定法。具体而言，在抗间皮素抗体存在或缺失下将一种生物素化MUC16片段(涵盖粘蛋白重复中的三个)与稳定表达间皮素的A431细胞一起温育，并用链霉亲合素-PE通过FACS测定MUC16-生物素结合细胞的水平。间皮素的MUC16结合位点已经暂时定位于间皮素的头64个氨基酸(Kaneko et al.，J.BiolChem.284:3739-49(2009))。相反，将稳定表达MUC16的PC3细胞与纯化的间皮素-his8("his8"作为SEQ ID NO:49公开)(其经过与抗间皮素抗体一起预温育)一起温育，并使用Alexa-647偶联抗His6抗体("His6"作为SEQ ID NO:50公开)通过FACS检测纯化的间皮素-his8:抗体复合物对表达MUC16的细胞的结合。如果在任一上述测定法中，FACS信号在抗间皮素抗体存在下比在缺失下低≥50％，那么认为该抗体阻断间皮素结合MUC16。如果在后一种上述测定法中，FACS信号在抗间皮素抗体存在下没有降低≥50％，那么认为该抗体不阻断间皮素结合MUC16。如果在后一种上述测定法中，FACS信号在抗间皮素抗体存在下比在抗间皮素抗体缺失下升高，那么认为该抗体增强间皮素结合MUC16。
如本文中II.A.1节所述依照Biacore测定法确定抗间皮素抗体是否“以≤5nM，或者≤1nM，或者≤0.5nM，或者≤0.1nM的亲和力结合”。具体而言，Kd是使用表面等离振子共振测定法使用或(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)于25℃使用固定化抗原CM5芯片在约10个响应单位(RU)测量的。简言之，依照供应商的用法说明书用盐酸N-乙基-N’-(3-二甲氨基丙基)-碳二亚胺(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化右旋糖苷生物传感器芯片(CM5,BIACORE,Inc.)。要使用的抗原是如实施例B中所述自大肠杆菌生成和分离的间皮素。将抗原用10mM乙酸钠pH 4.8稀释至5μg/ml(约0.2μM)，然后以5μl/分钟的流速注射以获得约10个响应单位(RU)的偶联蛋白质。注入抗原后，注入1M乙醇胺以封闭未反应基团。为了进行动力学测量，于25℃以约25μl/分钟的流速注入在含0.05％聚山梨酯20(TWEEN-20TM)表面活性剂的PBS(PBST)中两倍连续稀释的Fab(0.78nM至500nM)。使用简单一对一朗格缪尔(Langmuir)结合模型EvaluationSoftware version 3.2)通过同时拟合结合和解离传感图计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)以比率koff/kon计算。见例如Chen等,J.Mol.Biol.293:865-881(1999)。如果根据上文表面等离振子共振测定法，结合速率超过106M-1S-1，那么结合速率可使用荧光淬灭技术来测定，即根据分光计诸如配备了断流装置的分光光度计(AvivInstruments)或8000系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic)中用搅拌比色杯的测量，在存在浓度渐增的抗原的情况中，测量PBS pH 7.2中20nM抗抗原抗体(Fab形式)于25℃的荧光发射强度(激发＝295nm；发射＝340nm，16nm带通)的升高或降低。
抗体7D9及其它实施方案
一方面，本发明提供一种抗间皮素抗体，其包含至少一种、两种、三种、四种、五种、或六种选自下述的HVR：(a)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQID NO:20；(b)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:21；(c)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:22；(d)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:17；(e)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:18；和(f)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:19。
一方面，本发明提供一种抗体，其包含至少一种、至少两种、或所有三种选自下述的VH HVR序列：(a)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:20；(b)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:21；和(c)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:22。在一个实施方案中，该抗体包含HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:22。在另一个实施方案中，该抗体包含HVR-H3和HVR-L3，该HVR-H3包含氨基酸序列SEQ ID NO:22，该HVR-L3包含氨基酸序列SEQ ID NO:19。在又一个实施方案中，该抗体包含HVR-H3、HVR-L3和HVR-L2，该HVR-H3包含氨基酸序列SEQ ID NO:22，该HVR-L3包含氨基酸序列SEQ ID NO:19，该HVR-H2包含氨基酸序列SEQ IDNO:21。在又一个实施方案中，该抗体包含：(a)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:20；(b)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:21；和(c)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:22。
另一方面，本发明提供一种抗体，其包含至少一种、至少两种、或所有三种选自下述的VL HVR序列：(a)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:17；(b)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:18；和(c)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:19。在一个实施方案中，该抗体包含：(a)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:17；(b)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQID NO:18；和(c)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:19。
另一方面，本发明的抗体包含：(a)VH结构域，其包含至少一种、至少两种、或所有三种选自下述的VH HVR序列：(i)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:20，(ii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:21，和(iii)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:22；和(b)VL结构域，其包含至少一种、至少两种、或所有三种选自下述的VL HVR序列：(i)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:17，(ii)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:18，和(c)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:19。
另一方面，本发明提供一种抗体，其包含：(a)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ IDNO:20；(b)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:21；(c)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ IDNO:22；(d)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:17；(e)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ IDNO:18；和(f)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:19。
在任何上述实施方案，抗间皮素抗体是人源化的。在一个实施方案中，抗间皮素抗体包含任何上述实施方案中的HVR，而且进一步包含受体人框架，例如人免疫球蛋白框架或人共有框架。在某些实施方案中，人受体框架是人VL卡帕I共有(VLKI)框架和/或VH框架VHATA，其在3个位置不同于人VH亚组III共有(VHIII)：R71A，N73T和L78A(Carter et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:4285(1992))。在另一个实施方案中，抗间皮素抗体包含任何上述实施方案中的HVR，而且进一步包含轻链可变域，其包含框架FR2序列SEQ ID NO:25和FR3序列SEQ ID NO:27。在一个此类实施方案中，所述轻链可变域框架是经修饰人VL卡帕I共有(VLKI)框架，其具有FR2序列SEQ ID NO:25和FR3序列SEQ ID NO:27。
另一方面，抗间皮素抗体包含与氨基酸序列SEQ ID NO:8具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的重链可变域(VH)序列。在某些实施方案中，具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％同一性的VH序列相对于参照序列包含替代(例如保守替代)、***、或删除，但是包含该序列的抗间皮素抗体保留结合间皮素的能力。在某些实施方案中，在SEQ ID NO:8中替代、***和/或删除了总共1至10个氨基酸。在某些实施方案中，替代、***、或删除发生在HVR以外的区域中(即在FR中)。任选地，抗间皮素抗体包含VH序列SEQ ID NO:8，包括该序列的翻译后修饰。在一个特别的实施方案中，该VH包含一种、两种或三种选自下述的HVR：(a)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:20，(b)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:21，和(c)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:22。
另一方面，提供一种抗间皮素抗体，其中该抗体包含与氨基酸序列SEQ ID NO:4具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的轻链可变域(VL)。在某些实施方案中，具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％同一性的VL序列相对于参照序列包含替代(例如保守替代)、***、或删除，但是包含该序列的抗间皮素抗体保留结合间皮素的能力。在某些实施方案中，在SEQ IDNO:4中替代、***和/或删除了总共1至10个氨基酸。在某些实施方案中，替代、***、或删除发生在HVR以外的区域中(即在FR中)。任选地，抗间皮素抗体包含VH序列SEQ ID NO:4，包括该序列的翻译后修饰。在一个特别的实施方案中，该VL包含一种、两种或三种选自下述的HVR：(a)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:17；(b)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ IDNO:18；和(c)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:19。
另一方面，提供一种抗间皮素抗体，其中该抗体包含上文提供的任何实施方案中的VH和上文提供的任何实施方案中的VL。在一个实施方案中，该抗体包含分别SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:4中的VH和VL序列，包括那些序列的翻译后修饰。
又一方面，本发明提供与本文中提供的抗间皮素抗体结合相同表位的抗体。例如，在某些实施方案中，提供与包含VH序列SEQ ID NO:8和VL序列SEQ ID NO:4的抗间皮素抗体结合相同表位的抗体。在某些实施方案中，提供了一种抗体，其结合SEQ ID NO:43中来自氨基酸152-175、在氨基酸152-175内、或与氨基酸152-175交叠的表位。在某些实施方案中，提供了一种抗体，其结合SEQ ID NO:43中包含E153和D174的表位。在某些此类实施方案中，所述抗体结合氨基酸残基E153和D174。
在本发明的又一个方面，依照任何上述实施方案的抗间皮素抗体是单克隆抗体，包括嵌合抗体、人源化抗体或人抗体。在一个实施方案中，抗间皮素抗体是抗体片段，例如Fv、Fab、Fab’、scFv、双抗体、或F(ab’)2片段。在另一个实施方案中，抗体是基本上全长抗体，例如IgG1抗体或其它抗体类或同种型，如本文中定义的。
在又一个方面，依照任何上述实施方案的抗间皮素抗体可单一地或组合地掺入下文1-7节中描述的任何特征：
抗体22A10及其它实施方案
一方面，本发明提供一种抗间皮素抗体，其包含至少一种、两种、三种、四种、五种、或六种选自下述的HVR：(a)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:36；(b)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:37；(c)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:38或39；(d)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:33；(e)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:34；和(f)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:35。
一方面，本发明提供一种抗体，其包含至少一种、至少两种、或所有三种选自下述的VH HVR序列：(a)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:36；(b)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:37；和(c)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:38或39。在一个实施方案中，该抗体包含HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:38或39。在另一个实施方案中，该抗体包含HVR-H3和HVR-L3，该HVR-H3包含氨基酸序列SEQ ID NO:38或39，该HVR-L3包含氨基酸序列SEQ ID NO:35。在又一个实施方案中，该抗体包含HVR-H3、HVR-L3和HVR-L2，该HVR-H3包含氨基酸序列SEQ ID NO:38或39，该HVR-L3包含氨基酸序列SEQ ID NO:35，该HVR-H2包含氨基酸序列SEQ ID NO:37。在又一个实施方案中，该抗体包含：(a)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:36；(b)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:37；和(c)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:38或39。
另一方面，本发明提供一种抗体，其包含至少一种、至少两种、或所有三种选自下述的VL HVR序列：(a)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:33；(b)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:34；和(c)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:35。在一个实施方案中，该抗体包含：(a)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:33；(b)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQID NO:34；和(c)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:35。
另一方面，本发明的抗体包含：(a)VH结构域，其包含至少一种、至少两种、或所有三种选自下述的VH HVR序列：(i)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:36，(ii)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:37，和(iii)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:38或39；和(b)VL结构域，其包含至少一种、至少两种、或所有三种选自下述的VL HVR序列：(i)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:33，(ii)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:34，和(c)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:35。
另一方面，本发明提供一种抗体，其包含：(a)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ IDNO:36；(b)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:37；(c)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ IDNO:38或39；(d)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:33；(e)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:34；和(f)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:35。
在任何上述实施方案，抗间皮素抗体是人源化的。在一个实施方案中，抗间皮素抗体包含任何上述实施方案中的HVR，而且进一步包含受体人框架，例如人免疫球蛋白框架或人共有框架。在某些实施方案中，人受体框架是VLKI和/或VHIII受体框架。
另一方面，抗间皮素抗体包含与氨基酸序列SEQ ID NO:16具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的重链可变域(VH)序列。在某些实施方案中，具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％同一性的VH序列相对于参照序列包含替代(例如保守替代)、***、或删除，但是包含该序列的抗间皮素抗体保留结合间皮素的能力。在某些实施方案中，在SEQ ID NO:16中替代、***和/或删除了总共1至10个氨基酸。在某些实施方案中，替代、***、或删除发生在HVR以外的区域中(即在FR中)。任选地，抗间皮素抗体包含VH序列SEQ ID NO:16，包括该序列的翻译后修饰。在一个特别的实施方案中，该VH包含一种、两种或三种选自下述的HVR：(a)HVR-H1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:36，(b)HVR-H2，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:37，和(c)HVR-H3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:38或39。
另一方面，提供一种抗间皮素抗体，其中该抗体包含与氨基酸序列SEQ ID NO:12具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的轻链可变域(VL)。在某些实施方案中，具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％同一性的VL序列相对于参照序列包含替代(例如保守替代)、***、或删除，但是包含该序列的抗间皮素抗体保留结合间皮素的能力。在某些实施方案中，在SEQ IDNO:12中替代、***和/或删除了总共1至10个氨基酸。在某些实施方案中，替代、***、或删除发生在HVR以外的区域中(即在FR中)。任选地，抗间皮素抗体包含VH序列SEQ ID NO:12，包括该序列的翻译后修饰。在一个特别的实施方案中，该VL包含一种、两种或三种选自下述的HVR：(a)HVR-L1，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:33；(b)HVR-L2，其包含氨基酸序列SEQ IDNO:34；和(c)HVR-L3，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:35。
另一方面，提供一种抗间皮素抗体，其中该抗体包含上文提供的任何实施方案中的VH和上文提供的任何实施方案中的VL。在一个实施方案中，该抗体包含分别SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:12中的VH和VL序列，包括那些序列的翻译后修饰。
又一方面，本发明提供与本文中提供的抗间皮素抗体结合相同表位的抗体。例如，在某些实施方案中，提供与包含VH序列SEQ ID NO:16和VL序列SEQ ID NO:12的抗间皮素抗体结合相同表位的抗体。在某些实施方案中，提供了一种抗体，其结合SEQ ID NO:43中来自氨基酸211-327、在氨基酸211-327内、或与氨基酸211-327交叠的表位。在某些实施方案中，提供了一种抗体，其结合SEQ ID NO:43中包含E211的表位。在某些此类实施方案中，所述抗体结合氨基酸残基E211。
在本发明的又一个方面，依照任何上述实施方案的抗间皮素抗体是单克隆抗体，包括嵌合抗体、人源化抗体或人抗体。在一个实施方案中，抗间皮素抗体是抗体片段，例如Fv、Fab、Fab’、scFv、双抗体、或F(ab’)2片段。在另一个实施方案中，抗体是基本上全长抗体，例如IgG2a抗体或其它抗体类或同种型，如本文中定义的。
在又一个方面，依照任何上述实施方案的抗间皮素抗体可单一地或组合地掺入下文1-7节中描述的任何特征：
抗体19C3及其它实施方案
一方面，本发明提供一种抗间皮素抗体，其包含由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的至少一种、两种、三种、四种、五种、或六种HVR。在这一节中，HVR的称谓对应于本说明书中定义的CDR的氨基酸范围。
一方面，本发明提供一种抗体，其包含由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的至少一种、至少两种、或所有三种VH HVR序列。在一个实施方案中，该抗体包含由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-H3。在另一个实施方案中，该抗体包含由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-H3和HVR-L3。在又一个实施方案中，该抗体包含由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-H3、HVR-L3和HVR-H2。在又一个实施方案中，该抗体包含由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-H1、HVR-H2和HVR-H3。
另一方面，本发明提供一种抗体，其包含由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的至少一种、至少两种、或所有三种VL HVR序列。在一个实施方案中，该抗体包含由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-L1、HVR-L2和HVR-L3。
另一方面，本发明的抗体包含：(a)VH结构域，其包含由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的至少一种、至少两种、或所有三种VH HVR序列；和(b)VL结构域，其包含由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的至少一种、至少两种、或所有三种VL HVR序列。
另一方面，本发明提供一种抗体，其包含由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-H1、HVR-H2、HVR-H3、HVR-L1、HVR-L2和HVR-L3。
在任何上述实施方案，抗间皮素抗体是人源化的。在一个此类实施方案中，所述抗体是由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的人源化形式。在又一个实施方案中，抗间皮素抗体包含任何上述实施方案中的HVR，而且进一步包含受体人框架，例如人免疫球蛋白框架或人共有框架。
另一方面，抗间皮素抗体包含与由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VH具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的重链可变域(VH)序列。在某些实施方案中，VH序列相对于参照序列包含替代(例如保守替代)、***、或删除，但是包含该序列的抗间皮素抗体保留结合间皮素的能力。在某些实施方案中，在由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VH中替代、***和/或删除了总共1至10个氨基酸。在某些实施方案中，替代、***、或删除发生在HVR以外的区域中(即在FR中)。任选地，抗间皮素抗体包含由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VH序列，包括该序列的翻译后修饰。在一个特别的实施方案中，该VH包含一种、两种或三种选自下述的HVR：由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-H1、HVR-H2和HVR-H3。
另一方面，提供一种抗间皮素抗体，其中该抗体包含与由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VL具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的轻链可变域(VL)。在某些实施方案中，具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％同一性的VL序列相对于参照序列包含替代(例如保守替代)、***、或删除，但是包含该序列的抗间皮素抗体保留结合间皮素的能力。在某些实施方案中，在由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VL中替代、***和/或删除了总共1至10个氨基酸。在某些实施方案中，替代、***、或删除发生在HVR以外的区域中(即在FR中)。任选地，抗间皮素抗体包含由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VH序列，包括该序列的翻译后修饰。在一个特别的实施方案中，该VL包含一种、两种或三种选自下述的HVR：由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的HVR-L1、HVR-L2和HVR-L3。
另一方面，提供一种抗间皮素抗体，其中该抗体包含上文提供的任何实施方案中的VH和上文提供的任何实施方案中的VL。在一个实施方案中，该抗体分别包含由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VH和VL序列，包括那些序列的翻译后修饰。
又一方面，本发明提供与本文中提供的抗间皮素抗体结合相同表位的抗体。例如，在某些实施方案中，提供与由具有ATCC编号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体结合相同表位的抗体。
在本发明的又一个方面，依照任何上述实施方案的抗间皮素抗体是单克隆抗体，包括嵌合抗体、人源化抗体或人抗体。在一个实施方案中，抗间皮素抗体是抗体片段，例如Fv、Fab、Fab’、scFv、双抗体、或F(ab’)2片段。在另一个实施方案中，抗体是基本上全长抗体，例如IgG2b抗体或其它抗体类或同种型，如本文中定义的。
在又一个方面，依照任何上述实施方案的抗间皮素抗体可单一地或组合地掺入下文1-7节中描述的任何特征：
1.抗体亲和力
在某些实施方案中，本文中提供的抗体具有≤1μM、≤100nM、≤10nM、≤1nM、≤0.1nM、≤0.01nM、或≤0.001nM的解离常数(Kd)，且任选≥10-13M(例如10-8M或更少，例如10-8M至10-13M，例如，10-9M至10-13M)。
在一个实施方案中，Kd是通过如下述测定法所述用Fab型式的感兴趣抗体及其抗原实施的放射性标记抗原结合测定法(RIA)来测量的。通过在存在未标记抗原的滴定系列的情况中用最小浓度的(125I)标记抗原平衡Fab，然后用抗Fab抗体包被板捕捉结合的抗原来测量Fab对抗原的溶液结合亲和力(见例如Chen等,J.Mol.Biol.293：865-881(1999))。为了建立测定法的条件，将多孔板(Thermo Scientific)用50mM碳酸钠(pH9.6)中的5μg/ml捕捉用抗Fab抗体(Cappel Labs)包被过夜，随后用PBS中的2％(w/v)牛血清清蛋白于室温(约23℃)封闭2-5小时。在非吸附板(Nunc#269620)中，将100pM或26pM125I-抗原与连续稀释的感兴趣Fab(例如与Presta等,Cancer Res.57:4593-4599(1997)中抗VEGF抗体，Fab-12的评估一致)混合。然后将感兴趣的Fab温育过夜；然而，温育可持续更长时间(例如约65小时)以确保达到平衡。此后，将混合物转移至捕捉板，于室温温育(例如1小时)。然后除去溶液，并用PBS中的0.1％聚山梨酯20洗板8次。平板干燥后，加入150μl/孔闪烁液(MICROSCINT-20TM；Packard)，然后在TOPCOUNTTM伽马计数器(Packard)上对平板计数10分钟。选择各Fab给出小于或等于最大结合之20％的浓度用于竞争性结合测定法。
依照另一个实施方案，Kd是使用表面等离振子共振测定法使用或(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)于25℃使用固定化抗原CM5芯片在约10个响应单位(RU)测量的。简言之，依照供应商的用法说明书用盐酸N-乙基-N’-(3-二甲氨基丙基)-碳二亚胺(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化右旋糖苷生物传感器芯片(CM5,BIACORE,Inc.)。将抗原用10mM乙酸钠pH 4.8稀释至5μg/ml(约0.2μM)，然后以5μl/分钟的流速注射以获得约10个响应单位(RU)的偶联蛋白质。注入抗原后，注入1M乙醇胺以封闭未反应基团。为了进行动力学测量，于25℃以约25μl/分钟的流速注入在含0.05％聚山梨酯20(TWEEN-20TM)表面活性剂的PBS(PBST)中两倍连续稀释的Fab(0.78nM至500nM)。使用简单一对一朗格缪尔(Langmuir)结合模型(Evaluation Software version3.2)通过同时拟合结合和解离传感图计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)以比率koff/kon计算。见例如Chen等,J.Mol.Biol.293:865-881(1999)。如果根据上文表面等离振子共振测定法，结合速率超过106M-1S-1，那么结合速率可使用荧光淬灭技术来测定，即根据分光计诸如配备了断流装置的分光光度计(Aviv Instruments)或8000系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic)中用搅拌比色杯的测量，在存在浓度渐增的抗原的情况中，测量PBS pH 7.2中20nM抗抗原抗体(Fab形式)于25℃的荧光发射强度(激发＝295nm；发射＝340nm，16nm带通)的升高或降低。
2.抗体片段
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是抗体片段。抗体片段包括但不限于Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2、Fv、和scFv片段，及下文所描述的其它片段。关于某些抗体片段的综述，见Hudson等Nat.Med.9:129-134(2003)。关于scFv片段的综述，见例如Pluckthün,于The Pharmacology of Monoclonal Antibodies,第113卷,Rosenburg和Moore编,(Springer-Verlag,New York),第269-315页(1994)；还可见WO 93/16185；及美国专利No.5,571,894和5,587,458。关于包含补救受体结合表位残基，并且具有延长的体内半衰期的Fab和F(ab’)2片段的讨论，见美国专利No.5,869,046。
双抗体是具有两个抗原结合位点的抗体片段，其可以是二价的或双特异性的。见例如EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)；及Hollinger等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90：6444-6448(1993)。三抗体和四抗体也记载于Hudson等,Nat.Med.9：129-134(2003)。
单域抗体是包含抗体的整个或部分重链可变域或整个或部分轻链可变域的抗体片段。在某些实施方案中，单域抗体是人单域抗体(Domantis,Inc.,Waltham,MA；见例如美国专利No.6,248,516B1)。
可以通过多种技术，包括但不限于对完整抗体的蛋白水解消化及重组宿主细胞(例如大肠杆菌或噬菌体)的生成来生成抗体片段，如本文中所描述的。
3.嵌合的和人源化的抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是嵌合抗体。某些嵌合抗体记载于例如美国专利No.4,816,567；及Morrison等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855(1984))。在一个例子中，嵌合抗体包含非人可变区(例如，自小鼠、大鼠、仓鼠、家兔、或非人灵长类，诸如猴衍生的可变区)和人恒定区。在又一个例子中，嵌合抗体是“类转换的”抗体，其中类或亚类已经自亲本抗体的类或亚类改变。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
在某些实施方案中，嵌合抗体是人源化抗体。通常，将非人抗体人源化以降低对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。一般地，人源化抗体包含一个或多个可变域，其中HVR，例如CDR(或其部分)自非人抗体衍生，而FR(或其部分)自人抗体序列衍生。任选地，人源化抗体还会至少包含人恒定区的一部分。在一些实施方案中，将人源化抗体中的一些FR残基用来自非人抗体(例如衍生HVR残基的抗体)的相应残基替代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
人源化抗体及其生成方法综述于例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008)，并且进一步记载于例如Riechmann等,Nature332:323-329(1988)；Queen等,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 86:10029-10033(1989)；美国专利No.5,821,337,7,527,791,6,982,321和7,087,409；Kashmiri等,Methods 36：25-34(2005)(描述了SDR(a-CDR)嫁接)；Padlan,Mol.Immunol.28:489-498(1991)(描述了“重修表面”)；Dall’Acqua等,Methods 36:43-60(2005)(描述了“FR改组”)；及Osbourn等,Methods 36:61-68(2005)和Klimka等,Br.J.Cancer,83:252-260(2000)(描述了FR改组的“引导选择”方法)。
可以用于人源化的人框架区包括但不限于：使用“最佳拟合(best-fit)”方法选择的框架区(见例如Sims等J.Immunol.151:2296(1993))；自轻或重链可变区的特定亚组的人抗体的共有序列衍生的框架区(见例如Carter等Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285(1992)；及Presta等J.Immunol.,151:2623(1993))；人成熟的(体细胞突变的)框架区或人种系框架区(见例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008))；和通过筛选FR文库衍生的框架区(见例如Baca等,J.Biol.Chem.272:10678-10684(1997)及Rosok等,J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996))。
4.人抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是人抗体。可以使用本领域中已知的多种技术来生成人抗体。一般地，人抗体记载于van Dijk和van de Winkel,Curr.Opin.Pharmacol.5:368-74(2001)及Lonberg,Curr.Opin.Immunol.20:450-459(2008)。
可以通过对转基因动物施用免疫原来制备人抗体，所述转基因动物已经修饰为响应抗原性攻击而生成完整人抗体或具有人可变区的完整抗体。此类动物通常含有所有或部分人免疫球蛋白基因座，其替换内源免疫球蛋白基因座，或者其在染色体外存在或随机整合入动物的染色体中。在此类转基因小鼠中，一般已经将内源免疫球蛋白基因座灭活。关于自转基因动物获得人抗体的方法的综述，见Lonberg,Nat.Biotech.23:1117-1125(2005)。还可见例如美国专利No.6,075,181和6,150,584，其描述了XENOMOUSETM技术；美国专利No.5,770,429，其描述了技术；美国专利No.7,041,870，其描述了技术，和美国专利申请公开文本No.US 2007/0061900，其描述了技术)。可以例如通过与不同人恒定区组合进一步修饰来自由此类动物生成的完整抗体的人可变区。
也可以通过基于杂交瘤的方法生成人抗体。已经描述了用于生成人单克隆抗体的人骨髓瘤和小鼠-人异骨髓瘤细胞系(见例如Kozbor J.Immunol.,133：3001(1984)；Brodeur等,Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications,第51-63页(Marcel Dekker,Inc.,New York,1987)；及Boerner等,J.Immunol.,147:86(1991))。经由人B细胞杂交瘤技术生成的人抗体也记载于Li等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562(2006)。其它方法包括那些例如记载于美国专利No.7,189,826(其描述了自杂交瘤细胞系生成单克隆人IgM抗体)和Ni,Xiandai Mianyixue,26(4):265-268(2006)(其描述了人-人杂交瘤)的。人杂交瘤技术(Trioma技术)也记载于Vollmers和Brandlein,Histologyand Histopathology,20(3):927-937(2005)及Vollmers和Brandlein,Methods andFindings in Experimental and Clinical Pharmacology,27(3):185-91(2005)。
也可以通过分离自人衍生的噬菌体展示文库选择的Fv克隆可变域序列生成人抗体。然后，可以将此类可变域序列与期望的人恒定域组合。下文描述了自抗体文库选择人抗体的技术。
5.文库衍生的抗体
可以通过对组合文库筛选具有期望的一种或多种活性的抗体来分离本发明的抗体。例如，用于生成噬菌体展示文库并对此类文库筛选拥有期望结合特征的抗体的多种方法是本领域中已知的。此类方法综述于例如Hoogenboom等于Methods in MolecularBiology 178:1-37(O’Brien等编,Human Press,Totowa,NJ,2001)，并且进一步记载于例如McCafferty等,Nature348：552-554；Clackson等,Nature 352：624-628(1991)；Marks等,J.Mol.Biol.222：581-597(1992)；Marks和Bradbury,于Methods in MolecularBiology248：161-175(Lo编,Human Press,Totowa,NJ,2003)；Sidhu等,J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004)；Lee等,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472(2004)；及Lee等,J.Immunol.Methods284(1-2):119-132(2004)。
在某些噬菌体展示方法中，将VH和VL基因的全集分别通过聚合酶链式反应(PCR)克隆，并在噬菌体文库中随机重组，然后可以对所述噬菌体文库筛选抗原结合噬菌体，如记载于Winter等,Ann.Rev.Immunol.,12:433-455(1994)的。噬菌体通常以单链Fv(scFv)片段或以Fab片段展示抗体片段。来自经免疫的来源的文库提供针对免疫原的高亲和力抗体，而不需要构建杂交瘤。或者，可以(例如自人)克隆天然全集以在没有任何免疫的情况中提供针对一大批非自身和还有自身抗原的抗体的单一来源，如由Griffiths等,EMBO J,12:725-734(1993)描述的。最后，也可以通过自干细胞克隆未重排的V基因区段，并使用含有随机序列的PCR引物编码高度可变的CDR3区并在体外实现重排来合成生成未免疫文库，如由Hoogenboom和Winter,J.Mol.Biol.,227:381-388(1992)所描述的。描述人抗体噬菌体文库的专利公开文本包括例如：美国专利No.5,750,373、和美国专利公开文本No.2005/0079574,2005/0119455,2005/0266000,2007/0117126,2007/0160598,2007/0237764,2007/0292936和2009/0002360。
认为自人抗体文库分离的抗体或抗体片段是本文中的人抗体或人抗体片段。
6.多特异性抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是多特异性抗体，例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些实施方案中，结合特异性之一针对间皮素，而另一种针对任何其它抗原。在某些实施方案中，双特异性抗体可以结合间皮素的两个不同表位。也可以使用双特异性抗体来将细胞毒剂定位于表达间皮素的细胞。双特异性抗体可以以全长抗体或抗体片段制备。
用于生成多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两对免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达(见Milstein和Cuello,Nature 305:537(1983))、WO 93/08829、和Traunecker等,EMBO J.10:3655(1991))、和“突起-入-空穴”工程化(见例如美国专利No.5,731,168)。也可以通过用于生成抗体Fc-异二聚体分子的工程化静电操纵效应(WO2009/089004A1)；交联两个或更多个抗体或片段(见例如美国专利No.4,676,980,及Brennan等,Science,229:81(1985))；使用亮氨酸拉链来生成双特异性抗体(见例如Kostelny等,J.Immunol.,148(5):1547-1553(1992))；使用用于生成双特异性抗体片段的“双抗体”技术(见例如Hollinger等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:6444-6448(1993))；及使用单链Fv(sFv)二聚体(见例如Gruber等,J.Immunol.,152:5368(1994))；及如例如Tutt等J.Immunol.147:60(1991)中所描述的，制备三特异性抗体来生成多特异性抗体。
本文中还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化改造抗体，包括“章鱼抗体”(见例如US 2006/0025576A1)。
本文中的抗体或片段还包括包含结合间皮素及另一种不同抗原的抗原结合位点的“双重作用FAb”或“DAF”(见例如US 2008/0069820)。
7.抗体变体
在某些实施方案中，涵盖本文中提供的抗体的氨基酸序列变体。例如，可以期望改善抗体的结合亲和力和/或其它生物学特性。可以通过将合适的修饰引入编码抗体的核苷酸序列中，或者通过肽合成来制备抗体的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如对抗体的氨基酸序列内的残基的删除、和/或***和/或替代。可以进行删除、***、和替代的任何组合以得到最终的构建体，只要最终的构建体拥有期望的特征，例如，抗原结合。
a)替代、***、和删除变体
在某些实施方案中，提供了具有一处或多处氨基酸替代的抗体变体。替代诱变感兴趣的位点包括HVR和FR。保守替代在表1中在“优选的替代”的标题下显示。更实质的变化在表1中在“例示性替代”的标题下提供，并且如下文参照氨基酸侧链类别进一步描述的。可以将氨基酸替代引入感兴趣的抗体中，并且对产物筛选期望的活性，例如保留/改善的抗原结合、降低的免疫原性、或改善的ADCC或CDC。
表1
依照共同的侧链特性，氨基酸可以如下分组：
(1)疏水性的：正亮氨酸,Met,Ala,Val,Leu,Ile；
(2)中性、亲水性的：Cys,Ser,Thr,Asn,Gln；
(3)酸性的：Asp,Glu；
(4)碱性的：His,Lys,Arg；
(5)影响链取向的残基：Gly,Pro；
(6)芳香族的：Trp,Tyr,Phe。
非保守替代会需要用这些类别之一的成员替换另一个类别的。
一类替代变体牵涉替代亲本抗体(例如人源化或人抗体)的一个或多个高变区残基。一般地，为进一步研究选择的所得变体相对于亲本抗体会具有某些生物学特性的改变(例如改善)(例如升高的亲和力、降低的免疫原性)和/或会基本上保留亲本抗体的某些生物学特性。例示性的替代变体是亲和力成熟的抗体，其可以例如使用基于噬菌体展示的亲和力成熟技术诸如本文中所描述的那些技术来方便地生成。简言之，将一个或多个HVR残基突变，并将变体抗体在噬菌体上展示，并对其筛选特定的生物学活性(例如结合亲和力)。
可以对HVR做出变化(例如，替代)，例如以改善抗体亲和力。可以对HVR“热点”，即由在体细胞成熟过程期间以高频率经历突变的密码子编码的残基(见例如Chowdhury,Methods Mol.Biol.207：179-196(2008))，和/或SDR(a-CDR)做出此类变化，其中对所得的变体VH或VL测试结合亲和力。通过次级文库的构建和再选择进行的亲和力成熟已经记载于例如Hoogenboom等于Methods in Molecular Biology 178：1-37(O’Brien等编,HumanPress,Totowa,NJ,(2001))。在亲和力成熟的一些实施方案中，通过多种方法(例如，易错PCR、链改组、或寡核苷酸指导的诱变)将多样性引入为成熟选择的可变基因。然后，创建次级文库。然后，筛选文库以鉴定具有期望的亲和力的任何抗体变体。另一种引入多样性的方法牵涉HVR指导的方法，其中将几个HVR残基(例如，一次4-6个残基)随机化。可以例如使用丙氨酸扫描诱变或建模来特异性鉴定牵涉抗原结合的HVR残基。特别地，经常靶向CDR-H3和CDR-L3。
在某些实施方案中，可以在一个或多个HVR内发生替代、***、或删除，只要此类变化不实质性降低抗体结合抗原的能力。例如，可以对HVR做出保守变化(例如，保守替代，如本文中提供的)，其不实质性降低结合亲和力。此类变化可以在HVR“热点”或SDR外部。在上文提供的变体VH和VL序列的某些实施方案中，每个HVR是未改变的，或者含有不超过1、2或3处氨基酸替代。
一种可用于鉴定抗体中可以作为诱变靶位的残基或区域的方法称作“丙氨酸扫描诱变”，如由Cunningham和Wells(1989)Science,244:1081-1085所描述的。在此方法中，将残基或靶残基的组(例如，带电荷的残基诸如arg、asp、his、lys、和glu)鉴定，并用中性或带负电荷的氨基酸(例如，丙氨酸或多丙氨酸)替换以测定抗体与抗原的相互作用是否受到影响。可以在对初始替代表明功能敏感性的氨基酸位置引入进一步的替代。或者/另外，利用抗原-抗体复合物的晶体结构来鉴定抗体与抗原间的接触点。作为替代的候选，可以靶向或消除此类接触残基和邻近残基。可以筛选变体以确定它们是否含有期望的特性。
氨基酸序列***包括长度范围为1个残基至含有100或更多个残基的多肽的氨基和/或羧基端融合，及单个或多个氨基酸残基的序列内***。末端***的例子包括具有N端甲硫氨酰基残基的抗体。抗体分子的其它***变体包括抗体的N或C端与酶(例如对于ADEPT)或延长抗体的血清半衰期的多肽的融合物。
b)糖基化变体
在某些实施方案中，改变本文中提供的抗体以提高或降低抗体糖基化的程度。可以通过改变氨基酸序列，使得创建或消除一个或多个糖基化位点来方便地实现对抗体的糖基化位点的添加或删除。
在抗体包含Fc区的情况中，可以改变其附着的碳水化合物。由哺乳动物细胞生成的天然抗体通常包含分支的、双触角寡糖，其一般通过N连接附着于Fc区的CH2域的Asn297。见例如Wright等TIBTECH 15：26-32(1997)。寡糖可以包括各种碳水化合物，例如，甘露糖、N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖、和唾液酸，以及附着于双触角寡糖结构“主干”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些实施方案中，可以对本发明抗体中的寡糖进行修饰以创建具有某些改善的特性的抗体变体。
在一个实施方案中，提供了抗体变体，其具有缺乏附着(直接或间接)于Fc区的岩藻糖的碳水化合物结构。例如，此类抗体中的岩藻糖量可以是1％至80％、1％至65％、5％至65％或20％至40％。通过相对于附着于Asn297的所有糖结构(例如，复合的、杂合的和高甘露糖的结构)的总和，计算Asn297处糖链内岩藻糖的平均量来测定岩藻糖量，如通过MALDI-TOF质谱术测量的，例如如记载于WO 2008/077546的。Asn297指位于Fc区中的约第297位(Fc区残基的Eu编号方式)的天冬酰胺残基；然而，Asn297也可以由于抗体中的微小序列变异而位于第297位上游或下游约±3个氨基酸，即在第294位和第300位之间。此类岩藻糖基化变体可以具有改善的ADCC功能。见例如美国专利公开文本No.US 2003/0157108(Presta,L.)；US 2004/0093621(Kyowa Hakko Kogyo Co.,Ltd)。涉及“脱岩藻糖基化的”或“岩藻糖缺乏的”抗体变体的出版物的例子包括：US 2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US2003/0115614；US 2002/0164328；US 2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/0109865；WO 2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki等J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki等Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够生成脱岩藻糖基化抗体的细胞系的例子包括蛋白质岩藻糖基化缺陷的Lec13CHO细胞(Ripka等Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；美国专利申请No US 2003/0157108A1,Presta,L；及WO 2004/056312A1,Adams等，尤其在实施例11)，和敲除细胞系，诸如α-1,6-岩藻糖基转移酶基因FUT8敲除CHO细胞(见例如Yamane-Ohnuki等Biotech.Bioeng.87：614(2004)；Kanda,Y.等,Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；及WO2003/085107)。
进一步提供了具有两分型寡糖的抗体变体，例如其中附着于抗体Fc区的双触角寡糖是通过GlcNAc两分的。此类抗体变体可以具有降低的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的例子记载于例如WO 2003/011878(Jean-Mairet等)；美国专利No.6,602,684(Umana等)；及US 2005/0123546(Umana等)。还提供了在附着于Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。此类抗体变体可以具有改善的CDC功能。此类抗体变体记载于例如WO 1997/30087(Patel等)；WO 1998/58964(Raju,S.)；及WO 1999/22764(Raju,S.)。
c)Fc区变体
在某些实施方案中，可以将一处或多处氨基酸修饰引入本文中提供的抗体的Fc区中，由此生成Fc区变体。Fc区变体可以包含在一个或多个氨基酸位置包含氨基酸修饰(例如替代)的人Fc区序列(例如，人IgG1、IgG2、IgG3或IgG4Fc区)。
在某些实施方案中，本发明涵盖拥有一些但不是所有效应器功能的抗体变体，所述效应器功能使其成为如下应用的期望候选物，其中抗体的体内半衰期是重要的，而某些效应器功能(诸如补体和ADCC)是不必要的或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定法以确认CDC和/或ADCC活性的降低/消减。例如，可以进行Fc受体(FcR)结合测定法以确保抗体缺乏FcγR结合(因此有可能缺乏ADCC活性)，但是保留FcRn结合能力。介导ADCC的主要细胞NK细胞仅表达FcγRIII，而单核细胞表达FcγRI、FcγRII和FcγRIII。在Ravetch和Kinet,Annu.Rev.Immunol.9:457-492(1991)的第464页上的表3中汇总了造血细胞上的FcR表达。评估感兴趣分子的ADCC活性的体外测定法的非限制性例子记载于美国专利No.5,500,362(见例如Hellstrom,I.等Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 83：7059-7063(1986))和Hellstrom,I等,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 82：1499-1502(1985)；5,821,337(见Bruggemann,M.等,J.Exp.Med.166:1351-1361(1987))。或者，可以采用非放射性测定方法(见例如用于流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性测定法(CellTechnology,Inc.Mountain View,CA；和非放射性细胞毒性测定法(Promega,Madison,WI))。对于此类测定法有用的效应细胞包括外周血单个核细胞(PBMC)和天然杀伤(NK)细胞。或者/另外，可以在体内评估感兴趣分子的ADCC活性，例如在动物模型中，诸如披露于Clynes等Proc.Nat’l Acad.Sci.USA95:652-656(1998)的。也可以实施C1q结合测定法以确认抗体不能结合C1q，并且因此缺乏CDC活性。见例如WO 2006/029879和WO 2005/100402中的C1q和C3c结合ELISA。为了评估补体激活，可以实施CDC测定法(见例如Gazzano-Santoro等,J.Immunol.Methods 202:163(1996)；Cragg,M.S.等,Blood 101:1045-1052(2003)；及Cragg,M.S.和M.J.Glennie,Blood103:2738-2743(2004))。也可以使用本领域中已知的方法来实施FcRn结合和体内清除/半衰期测定(见例如Petkova,S.B.等,Int’l.Immunol.18(12):1759-1769(2006))。
具有降低的效应器功能的抗体包括那些具有Fc区残基238,265,269,270,297,327和329中的一个或多个的替代的(美国专利No.6,737,056)。此类Fc突变体包括在氨基酸位置265、269、270、297和327中的两处或更多处具有替代的Fc突变体，包括残基265和297替代成丙氨酸的所谓的“DANA”Fc突变体(美国专利No.7,332,581)。
描述了具有改善的或降低的对FcR的结合的某些抗体变体(见例如美国专利No.6,737,056；WO 2004/056312，及Shields等,J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001))。
在某些实施方案中，抗体变体包含具有改善ADCC的一处或多处氨基酸替代，例如Fc区的位置298、333、和/或334(残基的EU编号方式)的替代的Fc区。
在一些实施方案中，对Fc区做出改变，其导致改变的(即，改善的或降低的)C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)，例如，如记载于美国专利No.6,194,551、WO 99/51642、及Idusogie等J.Immunol.164:4178-4184(2000)的。
具有延长的半衰期和改善的对新生儿Fc受体(FcRn)的结合的抗体记载于US2005/0014934A1(Hinton等)，新生儿Fc受体(FcRn)负责将母体IgG转移至胎儿(Guyer等,J.Immunol.117:587(1976)及Kim等,J.Immunol.24:249(1994))。那些抗体包含其中具有改善Fc区对FcRn结合的一处或多处替代的Fc区。此类Fc变体包括那些在Fc区残基238,256,265,272,286,303,305,307,311,312,317,340,356,360,362,376,378,380,382,413,424或434中的一处或多处具有替代，例如，Fc区残基434的替代的(美国专利No.7,371,826)。
还可见Duncan和Winter,Nature 322:738-40(1988)；美国专利No.5,648,260；美国专利No.5,624,821；及WO 94/29351，其关注Fc区变体的其它例子。
d)经半胱氨酸工程化改造的抗体变体
在某些实施方案中，可以期望创建经半胱氨酸工程化改造的抗体，例如，“thioMAb”，其中抗体的一个或多个残基用半胱氨酸残基替代。在具体的实施方案中，替代的残基存在于抗体的可接近位点。通过用半胱氨酸替代那些残基，反应性硫醇基团由此定位于抗体的可接近位点，并且可以用于将抗体与其它模块，诸如药物模块或接头-药物模块缀合，以创建免疫缀合物，如本文中进一步描述的。在某些实施方案中，可以用半胱氨酸替代下列残基之任一个或多个：轻链的V205(Kabat编号方式)；重链的A118(EU编号方式)；和重链Fc区的S400(EU编号方式)。可以如例如美国专利No.7,521,541所述生成经半胱氨酸工程化改造的抗体。
e)抗体衍生物
在某些实施方案中，可以进一步修饰本文中提供的抗体以含有本领域知道的且易于获得的额外非蛋白质性质模块。适合于抗体衍生化的模块包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性例子包括但不限于聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇共聚物、羧甲基纤维素、右旋糖苷、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧戊环、聚-1,3,6-三口恶烷、乙烯/马来酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或随机共聚物)、和右旋糖苷或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇、丙二醇均聚物、环氧丙烷/环氧乙烷共聚物、聚氧乙烯化多元醇(例如甘油)、聚乙烯醇及其混合物。由于其在水中的稳定性，聚乙二醇丙醛在生产中可能具有优势。聚合物可以是任何分子量，而且可以是分支的或不分支的。附着到抗体上的聚合物数目可以变化，而且如果附着了超过一个聚合物，那么它们可以是相同或不同的分子。一般而言，可根据下列考虑来确定用于衍生化的聚合物的数目和/或类型，包括但不限于抗体要改进的具体特性或功能、抗体衍生物是否将用于指定条件下的治疗等。
在另一个实施方案中，提供了抗体和可以通过暴露于辐射选择性加热的非蛋白质性质模块的缀合物。在一个实施方案中，非蛋白质性质模块是碳纳米管(Kam等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102:11600-11605(2005))。辐射可以是任何波长的，并且包括但不限于对普通细胞没有损害，但是将非蛋白质性质模块加热至抗体-非蛋白质性质模块附近的细胞被杀死的温度的波长。
B.重组方法和组合物
可以使用重组方法和组合物来生成抗体，例如，如记载于美国专利No.4,816,567的。在一个实施方案中，提供了编码本文中所描述的抗间皮素抗体的分离的核酸。此类核酸可以编码包含抗体VL的氨基酸序列和/或包含VH的氨基酸序列(例如，抗体的轻和/或重链)。在又一个实施方案中，提供了包含此类核酸的一种或多种载体(例如，表达载体)。在又一个实施方案中，提供了包含此类核酸的宿主细胞。在一个此类实施方案中，宿主细胞包含(例如，已经用下列载体转化)：(1)包含核酸的载体，所述核酸编码包含抗体的VL的氨基酸序列和包含抗体的VH的氨基酸序列，或(2)第一载体和第二载体，所述第一载体包含编码包含抗体的VL的氨基酸序列的核酸，所述第二载体包含编码包含抗体的VH的氨基酸序列的核酸。在一个实施方案中，宿主细胞是真核的，例如中国仓鼠卵巢(CHO)细胞或淋巴样细胞(例如，Y0、NS0、Sp20细胞)。在一个实施方案中，提供了生成抗间皮素抗体的方法，其中该方法包括在适合于表达抗体的条件下培养包含编码抗体的核酸的宿主细胞，如上文提供的，并且任选地，自宿主细胞(或宿主细胞培养液)回收抗体。
对于抗间皮素抗体的重组生成，将编码抗体的核酸(例如如上文所描述的)分离，并***一种或多种载体中，以在宿主细胞中进一步克隆和/或表达。可以使用常规规程将此类核酸容易地分离并测序(例如，通过使用寡核苷酸探针来进行，所述寡核苷酸探针能够特异性结合编码抗体的重和轻链的基因)。
适合于克隆或表达抗体编码载体的宿主细胞包括本文中所描述的原核或真核细胞。例如，可以在细菌中生成抗体，特别是在不需要糖基化和Fc效应器功能时。对于抗体片段和多肽在细菌中的表达，见例如美国专利No.5,648,237,5,789,199和5,840,523(还可见Charlton,Methods in Molecular Biology,第248卷(B.K.C.Lo编,Humana Press,Totowa,NJ,2003),第245-254页，其描述了抗体片段在大肠杆菌(E.coli.)中的表达)。表达后，可以将抗体在可溶性级分中自细菌细胞团糊分离，并可以进一步纯化。
在原核生物外，真核微生物诸如丝状真菌或酵母是适合于抗体编码载体的克隆或表达宿主，包括其糖基化途径已经“人源化”，导致生成具有部分或完全人的糖基化样式的抗体的真菌和酵母菌株。见Gerngross,Nat.Biotech.22:1409-1414(2004),及Li等,Nat.Biotech.24:210-215(2006)。
适合于表达糖基化抗体的宿主细胞也自多细胞生物体(无脊椎动物和脊椎动物)衍生。无脊椎动物细胞的例子包括植物和昆虫细胞。已经鉴定出许多杆状病毒株，其可以与昆虫细胞一起使用，特别是用于转染草地夜蛾(Spodoptera frugiperda)细胞。
也可以利用植物细胞培养物作为宿主。见例如美国专利No.5,959,177,6,040,498,6,420,548,7,125,978和6,417,429(其描述了用于在转基因植物中生成抗体的PLANTIBODIESTM技术)。
也可以使用脊椎动物细胞作为宿主。例如，适合于在悬浮液中生长的哺乳动物细胞系可以是有用的。有用的哺乳动物宿主细胞系的其它例子是经SV40转化的猴肾CV1系(COS-7)；人胚肾系(293或293细胞，如记载于例如Graham等,J.Gen Virol.36:59(1977)的)；幼年仓鼠肾细胞(BHK)；小鼠塞托利(sertoli)细胞(TM4细胞，如记载于例如Mather,Biol.Reprod.23:243-251(1980)的)；猴肾细胞(CV1)；非洲绿猴肾细胞(VERO-76)；人***细胞(HELA)；犬肾细胞(MDCK；牛鼠(buffalo rat)肝细胞(BRL 3A)；人肺细胞(W138)；人肝细胞(Hep G2)；小鼠***肿瘤(MMT 060562)；TRI细胞，如记载于例如Mather等,AnnalsN.Y.Acad.Sci.383:44-68(1982)的；MRC 5细胞；和FS4细胞。其它有用的哺乳动物宿主细胞系包括中国仓鼠卵巢(CHO)细胞，包括DHFR-CHO细胞(Urlaub等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA77:4216(1980))；和骨髓瘤细胞系诸如Y0、NS0和Sp2/0。关于适合于抗体生成的某些哺乳动物宿主细胞系的综述，见例如Yazaki和Wu,Methods in Molecular Biology,第248卷(B.K.C.Lo编,Humana Press,Totowa,NJ),第255-268页(2003)。
C.测定法
可以通过本领域中已知的多种测定法对本文中提供的抗间皮素抗体鉴定、筛选、或表征其物理/化学特性和/或生物学活性。
一方面，对本发明的抗体测试其抗原结合活性，例如通过已知的方法诸如ELISA、FACS或Western印迹来进行。
另一方面，可使用竞争测定法来鉴定与本文所述任何抗体竞争对间皮素的结合的抗体。在某些实施方案中，此类竞争性抗体结合与本文所述任何抗体所结合表位相同的表位(例如线性或构象表位)。用于定位抗体所结合表位的详细例示性方法见Morris(1996)“Epitope Mapping Protocols”,Methods in Molecular Biology vol.66(Humana Press,Totowa,NJ)。
在一种例示性竞争测定法中，在包含第一经标记抗体(其结合间皮素，例如本文所述任何抗体)和第二未标记抗体(其要测试与第一抗体竞争对间皮素的结合的能力)的溶液中温育固定化间皮素。第二抗体可存在于杂交瘤上清液中。作为对照，在包含第一经标记抗体但不包含第二未标记抗体的溶液中温育固定化间皮素。在允许第一抗体结合间皮素的条件下温育后，除去过量的未结合抗体，并测量与固定化间皮素联合的标记物的量。如果测试样品中与固定化间皮素联合的标记物的量与对照样品相比实质性降低，那么这指示第二抗体与第一抗体竞争对间皮素的结合。参见Harlow and Lane(1988)Antibodies:ALaboratory Manual ch.14(Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,NY)。
D.免疫缀合物
本发明还提供了包含与一种或多种细胞毒剂，诸如化疗剂或药物、生长抑制剂、毒素(例如蛋白质毒素，细菌、真菌、植物或动物起源的酶活性毒素，或其片段)、或放射性同位素缀合的本文中的抗间皮素抗体的免疫缀合物。
在另一个实施方案中，免疫缀合物是抗体-药物缀合物(ADC)，其中抗体与一种或多种药物缀合，包括但不限于美登木素生物碱(见美国专利No.5,208,020、5,416,064和欧洲专利EP 0 425 235 B1)；auristatin诸如单甲基auristatin药物模块DE和DF(MMAE和MMAF)(见美国专利No.5,635,483和5,780,588及7,498,298)；多拉司他汀(dolastatin)；加利车霉素(calicheamicin)或其衍生物(见美国专利No.5,712,374,5,714,586,5,739,116,5,767,285,5,770,701,5,770,710,5,773,001和5,877,296；Hinman等,Cancer Res.53:3336-3342(1993)；及Lode等,Cancer Res.58:2925-2928(1998))；蒽环类抗生素诸如道诺霉素(daunomycin)或多柔比星(doxorubicin)(见Kratz等,Current Med.Chem.13:477-523(2006)；Jeffrey等,Bioorganic&Med.Chem.Letters16:358-362(2006)；Torgov等,Bioconj.Chem.16:717-721(2005)；Nagy等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:829-834(2000)；Dubowchik等,Bioorg.&Med.Chem.Letters 12:1529-1532(2002)；King等,J.Med.Chem.45:4336-4343(2002)；及美国专利No.6,630,579)；甲氨蝶呤；长春地辛(vindesine)；紫杉烷(taxane)诸如多西他赛(docetaxel)、帕利他塞、larotaxel、tesetaxel、和ortataxel；单端孢霉素(trichothecene)；和CC1065。
在另一个实施方案中，免疫缀合物包含与酶活性毒素或其片段缀合的如本文中所描述的抗体，所述酶活性毒素包括但不限于白喉A链、白喉毒素的非结合活性片段、外毒素A链(来自铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa))、蓖麻毒蛋白(ricin)A链、相思豆毒蛋白(abrin)A链、蒴莲根毒蛋白(modeccin)A链、α-帚曲霉素(sarcin)、油桐(Aleutitesfordii)毒蛋白、香石竹(dianthin)毒蛋白、美洲商陆(Phytolaca americana)蛋白(PAPI、PAPII和PAP-S)、苦瓜(Momordica charantia)抑制物、麻疯树毒蛋白(curcin)、巴豆毒蛋白(crotin)、肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制剂、白树毒蛋白(gelonin)、丝林霉素(mitogellin)、局限曲菌素(restrictocin)、酚霉素(phenomycin)、依诺霉素(enomycin)和单端孢菌素(trichothecenes)。
在一个实施方案中，免疫缀合物包含与放射性原子缀合以形成放射性缀合物的如本文中所描述的抗体。多种放射性同位素可用于生成放射性缀合物。例子包括At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和Lu的放射性同位素。在使用放射性缀合物进行检测时，它可以包含供闪烁法研究用的放射性原子，例如tc99m或I123，或供核磁共振(NMR)成像(又称为磁共振成像，mri)用的自旋标记物，诸如再一次的碘-123、碘-131、铟-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、钆、锰或铁。
可以使用多种双功能蛋白质偶联剂来生成抗体和细胞毒剂的缀合物，诸如N-琥珀酰亚氨基3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(SPDP)，琥珀酰亚氨基-4-(N-马来酰亚氨基甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC)，亚氨基硫烷(IT)，亚氨酸酯(诸如盐酸己二酰亚氨酸二甲酯)、活性酯类(诸如辛二酸二琥珀酰亚氨基酯)、醛类(诸如戊二醛)、双叠氮化合物(诸如双(对-叠氮苯甲酰基)己二胺)、双重氮衍生物(诸如双(对-重氮苯甲酰基)-乙二胺)、二异硫氰酸酯(诸如甲苯2,6-二异氰酸酯)、和双活性氟化合物(诸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)的双功能衍生物。例如，可以如Vitetta等,Science 238:1098(1987)中所述制备蓖麻毒蛋白免疫毒素。碳-14标记的1-异硫氰酸苄基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于将放射性核苷酸与抗体偶联的例示性螯合剂。参见WO94/11026。接头可以是便于在细胞中释放细胞毒性药物的“可切割接头”。例如，可使用酸不稳定接头、肽酶敏感性接头、光不稳定接头、二甲基接头或含二硫化物接头(Chari等,Cancer Res 52:127-131(1992)；美国专利No.5,208,020)。
本文中的免疫缀合物或ADC明确涵盖，但不限于用交联试剂制备的此类缀合物，所述交联试剂包括但不限于BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、sulfo-EMCS、sulfo-GMBS、sulfo-KMUS、sulfo-MBS、sulfo-SIAB、sulfo-SMCC、和sulfo-SMPB，及SVSB(琥珀酰亚氨基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯)，它们是商品化的(例如，来自Pierce Biotechnology,Inc.,Rockford,IL.,U.S.A)。
包含Auristatin和多拉司他汀的免疫偶联物
在有些实施方案中，免疫偶联物包含与多拉司他汀(dolastatin)或多拉司他汀肽类似物或衍生物(例如auristatin)(美国专利No.5,635,483；5,780,588)偶联的本发明抗体。多拉司他汀和auristatin已经显示出干扰微管动力学、GTP水解、及核和细胞***(Woyke等(2001)Antimicrob.Agents and Chemother.45(12):3580-3584)且具有抗癌(美国专利No.5663149)和抗真菌活性(Pettit等(1998)Antimicrob.Agents Chemother.42：2961-2965)。多拉司他汀或auristatin药物模块可经由肽药物模块的N(氨基)末端或C(羧基)末端附着于抗体(WO 02/088172)。
例示性的auristatin实施方案包括N-末端连接的单甲基auristatin药物模块DE和DF(参见美国专利No.7,659,241,7,498,298和7,745,394)。
肽药物模块可以选自下文通式DE和DF：
其中DE和DF的波形线指示抗体或抗体-接头构件的共价附着位点，且每个位置独立地是
R2选自H和C1-C8烃基；
R3选自H、C1-C8烃基、C3-C8碳环、芳基、C1-C8烃基-芳基、C1-C8烃基-(C3-C8碳环)、C3-C8杂环和C1-C8烃基-(C3-C8杂环)；
R4选自H、C1-C8烃基、C3-C8碳环、芳基、C1-C8烃基-芳基、C1-C8烃基-(C3-C8碳环)、C3-C8杂环和C1-C8烃基-(C3-C8杂环)；
R5选自H和甲基；
或者R4与R5一起形成碳环且具有通式-(CRaRb)n-，其中Ra和Rb独立地选自H、C1-C8烃基和C3-C8碳环，而n选自2、3、4、5和6；
R6选自H和C1-C8烃基；
R7选自H、C1-C8烃基、C3-C8碳环、芳基、C1-C8烃基-芳基、C1-C8烃基-(C3-C8碳环)、C3-C8杂环和C1-C8烃基-(C3-C8杂环)；
每个R8独立地选自H、OH、C1-C8烃基、C3-C8碳环和O-(C1-C8烃基)；
R9选自H和C1-C8烃基；
R10选自芳基或C3-C8杂环；
Z为O、S、NH或NR12，其中R12为C1-C8烃基；
R11选自H、C1-C20烃基、芳基、C3-C8杂环、-(R13O)m-R14或-(R13O)m-CH(R15)2；
m是范围为1-1000的整数；
R13为C2-C8烃基；
R14为H或C1-C8烃基；
R15每次出现独立为H、COOH、-(CH2)n-N(R16)2、-(CH2)n-SO3H或-(CH2)n-SO3-C1-C8烃基；
R16每次出现独立为H、C1-C8烃基或-(CH2)n-COOH；
R18选自-C(R8)2-C(R8)2-芳基、-C(R8)2-C(R8)2-(C3-C8杂环)和-C(R8)2-C(R8)2-(C3-C8碳环)；且
n是范围为0到6的整数。
在一个实施方案中，R3、R4和R7独立为异丙基或仲丁基，而R5为-H或甲基。在一个例示性的实施方案中，R3和R4各自为异丙基，R5为-H，而R7为仲丁基。
在又一个实施方案中，R2和R6各自为甲基，而R9为-H。
在又一个实施方案中，R8每次出现为-OCH3。
在一个例示性的实施方案中，R3和R4各自为异丙基，R2和R6各自为甲基，R5为-H，R7为仲丁基，R8每次出现为-OCH3，而R9为-H。
在一个实施方案中，Z为-O-或-NH-。
在一个实施方案中，R10为芳基。
在一个例示性的实施方案中，R10为-苯基。
在一个例示性的实施方案中，若Z为-O-，则R11为-H、甲基或叔丁基。
在一个实施方案中，若Z为-NH，则R11为-CH(R15)2，其中R15为-(CH2)n-N(R16)2，而R16为-C1-C8烃基或-(CH2)n-COOH。
在另一个实施方案中，若Z为-NH，则R11为-CH(R15)2，其中R15为-(CH2)n-SO3H。
通式DE的一种例示性auristatin实施方案是MMAE(单甲基auristatin E)，其中波形线指示共价附着至抗体-药物偶联物的接头：
通式DF的一种例示性auristatin实施方案是MMAF(单甲基auristatin F，auristatin E(MMAE)的一种变体，在药物的C末端具有苯丙氨酸)，其中波形线指示共价附着至抗体-药物偶联物的接头(参见US 2005/0238649及Doronina等(2006)BioconjugateChem.17:114-124)：
一方面，可以将亲水性基团在R11处附着于药物模块，所述亲水性基团包括但不限于三乙二醇酯(triethylene glycol ester,TEG)，如上所示。不限于任何特定理论，所述亲水性基团有助于药物模块的内在化和不聚集(non-agglomeration)。
包含auristatin/多拉司他汀或其衍生物的ADC的例示性实施方案记载于US2005/0238649A1及Doronina等(2006)Bioconjugate Chem.17:114-124，明确收入本文作为参考。包含MMAE或MMAF及各种接头构件的ADC的例示性实施方案具有如下结构和缩写(其中“Ab”是抗体；p是药物载荷(每个抗体的药物模块平均数)且范围为约1到约8；“vc”是“val-cit”，即缬氨酸-瓜氨酸二肽；而“S”是硫原子)：
包含MMAF及各种接头构件的ADC的例示性实施方案进一步包括Ab-MC-PAB-MMAF和Ab-PAB-MMAF。有趣的是，包含经不可蛋白水解切割的接头附着于抗体的MMAF的免疫偶联物显示出具有与包含经可蛋白水解切割的接头附着于抗体的MMAF的免疫偶联物相当的活性。参见Doronina等(2006)Bioconjugate Chem.17:114-124。在这种情况中，认为药物释放是由细胞中的抗体降解来实现的。同上。
典型的是，基于肽的药物模块可通过在两个或更多氨基酸和/或肽片段之间形成肽键来制备。此类肽键可依照例如肽化学领域众所周知的液相合成法来制备(参见E.和K.Lübke,“The Peptides”,卷1,pp 76-136,1965,Academic Press)。auristatin/多拉司他汀药物模块可依照以下文献中的方法来制备：US 2005/0238649A1；美国专利No.5635483；美国专利No.5780588；Pettit等(1989)J.Am.Chem.Soc.111:5463-5465；Pettit等(1998)Anti-CancerDrug Design 13:243-277；Pettit,G.R.等,Synthesis,1996,719-725；Pettit等(1996)J.Chem.Soc.Perkin Trans.1 5:859-863；及Doronina(2003)Nat.Biotechnol.21(7):778-784。
具体而言，通式DF的auristatin/多拉司他汀药物模块诸如MMAF及其衍生物可以使用US 2005/0238649A1及Doronina等(2006)Bioconjugate Chem.17:114-124中记载的方法来制备。通式DE的auristatin/多拉司他汀药物模块诸如MMAE及其衍生物可以使用Doronina等(2003)Nat.Biotech.21:778-784中记载的方法来制备。可以通过常规方法方便地合成药物-接头模块MC-MMAF、MC-MMAE、MC-vc-PAB-MMAF、和MC-vc-PAB-MMAE，例如Doronina等(2003)Nat.Biotech.21：778-784及美国专利申请公开号US 2005/0238649 A1中所记载的，然后将它们偶联至感兴趣的抗体。
E.用于诊断和检测的方法和组合物
在某些实施方案中，本文中提供的任何抗间皮素抗体可用于检测生物学样品中间皮素的存在。在用于本文时，术语“检测”涵盖定量或定性检测。“生物学样品”包括例如细胞或组织(例如活检材料，包括癌性或潜在癌性的胰、卵巢、肺、或子宫内膜组织，或间皮瘤)、或血清。
在一个实施方案中，提供了在诊断或检测方法中使用的抗间皮素抗体。在又一方面，提供了检测生物学样品中间皮素的存在的方法。在某些实施方案中，该方法包括在容许抗间皮素抗体结合间皮素的条件下使生物学样品与抗间皮素抗体接触，如本文中所描述的，并检测是否在抗间皮素抗体与生物学样品中的间皮素间形成复合物。此类方法可以是体外或体内方法。在一个实施方案中，使用抗间皮素抗体来选择适合用抗间皮素抗体治疗的受试者，例如其中间皮素是一种用于选择患者的生物标志。在又一个实施方案中，生物学样品是血清，例如其中检测自癌细胞脱落入血清的间皮素。
在又一个实施方案中，体内使用抗间皮素抗体来检测(例如通过体内成像)受试者中的间皮素阳性癌症，例如为了癌症诊断、预后、或分期，确定适宜的治疗过程，或监测癌症对治疗的响应的目的。本领域已知用于体内检测的一种方法是免疫-正电子发射体层摄影术(immuno-PET)，如记载于例如van Dongen et al.,The Oncologist 12:1379-1389(2007)及Verel et al.,J.Nucl.Med.44:1271-1281(2003)。在此类实施方案中，提供了一种用于检测受试者中的间皮素阳性癌症的方法，该方法包括将经过标记的抗间皮素抗体施用于具有或怀疑具有间皮素阳性癌症的受试者，并检测所述受试者中所述经过标记的抗间皮素抗体，其中检测到所述经过标记的抗间皮素抗体指示所述受试者中的间皮素阳性癌症。在某些此类实施方案中，经过标记的抗间皮素抗体包含与正电子发射体偶联的抗间皮素抗体，诸如68Ga、18F、64Cu、86Y、76Br、89Zr、和124I。在一个具体的实施方案中，正电子发射体是89Zr。
在又一些实施方案中，诊断或检测方法包括使固定化至基片的第一抗间皮素抗体与要测试间皮素存在情况的生物学样品接触，使该基片暴露于第二抗间皮素抗体，并检测该第二抗间皮素抗体是否结合至该第一抗间皮素抗体和该生物学样品中的间皮素之间的复合物。基片可以是任何支持性介质，例如玻璃、金属、陶瓷、聚合物珠、载玻片、芯片、和其它基片。在某些实施方案中，生物学样品包括细胞或组织(例如活检材料，包括癌性或潜在癌性的胰、卵巢、肺或子宫内膜组织，或间皮瘤)、或血清，其中脱落有间皮素的血清。在某些实施方案中，第一或第二抗间皮素抗体是本文所述任何抗体。在此类实施方案中，第二抗间皮素抗体可以是19C3或自19C3衍生的抗体，如本文中描述的。
可依照任何上述实施方案来诊断或检测的例示性病症包括间皮素阳性癌症，诸如间皮素阳性胰腺癌(包括胰管腺癌)、间皮素阳性卵巢癌(包括卵巢浆液性腺癌)、间皮素阳性肺癌(包括非小细胞肺癌(NSCLC))、间皮瘤、和间皮素阳性子宫内膜癌。在一个实施方案中，间皮素阳性癌症是在实施例J中本文所述条件下得到大于“0”的抗间皮素免疫组织化学(IHC)得分的癌症，这对应于>90％的肿瘤细胞中染色很弱或无染色。在另一个实施方案中，间皮素阳性癌症以1+、2+或3+水平表达间皮素，如在实施例J中本文所述条件下定义的。依照任何上述实施方案的间皮素阳性癌症可以是双重阳性癌症。
在某些实施方案中，提供了经标记的抗间皮素抗体。标记物包括但不限于直接检测的标记物或模块(诸如荧光、发色、电子致密、化学发光、和放射性标记物)、及例如经由酶反应或分子相互作用间接检测的模块，诸如酶或配体。例示性的标记物包括但不限于放射性同位素32P、14C、125I、3H、和131I、荧光团诸如稀土螯合物或荧光素及其衍生物、罗丹明(rhodamine)及其衍生物、丹酰、伞形酮、萤光素酶，例如，萤火虫萤光素酶和细菌萤光素酶(美国专利No.4,737,456)、萤光素、2,3-二氢酞嗪二酮、辣根过氧化物酶(HRP)、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、葡糖淀粉酶、溶菌酶、糖类氧化酶，例如，葡萄糖氧化酶、半乳糖氧化酶、和葡萄糖-6-磷酸脱氢酶、杂环氧化酶诸如尿酸酶和黄嘌呤氧化酶(其与采用过氧化氢氧化染料前体的酶诸如HRP偶联)、乳过氧化物酶、或微过氧化物酶、生物素/亲合素、自旋标记物、噬菌体标记物、稳定的自由基、等等。在另一个实施方案中，标记物是正电子发射体。正电子发射体包括但不限于68Ga、18F、64Cu、86Y、76Br、89Zr、和124I。在一个具体的实施方案中，正电子发射体是89Zr。
F.药物配制剂
通过混合具有期望纯度的此类抗体或免疫偶联物与一种或多种任选的药学可接受载体(Remington’s Pharmaceutical Sciences第16版,Osol,A.编(1980))混合以冻干配制剂或水性溶液形式制备如本文中所描述的抗间皮素抗体或免疫偶联物的药物配制剂。一般地，药学可接受载体在所采用的剂量和浓度对接受者是无毒的，而且包括但不限于缓冲剂，诸如磷酸盐、柠檬酸盐、和其它有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(诸如氯化十八烷基二甲基苄基铵；氯化己烷双胺；苯扎氯铵、苯索氯铵；酚、丁醇或苯甲醇；对羟基苯甲酸烃基酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或丙酯；邻苯二酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清清蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其它碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖类，诸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；成盐相反离子，诸如钠；金属复合物(例如Zn-蛋白质复合物)；和/或非离子表面活性剂，诸如聚乙二醇(PEG)。本文中的例示性的药学可接受载体进一步包含间质药物分散剂诸如可溶性中性活性透明质酸酶糖蛋白(sHASEGP)，例如人可溶性PH-20透明质酸酶糖蛋白，诸如rHuPH20BaxterInternational,Inc.)。某些例示性的sHASEGP和使用方法，包括rHuPH20记载于美国专利公开文本No.2005/0260186和2006/0104968。在一方面，将sHASEGP与一种或多种别的糖胺聚糖酶诸如软骨素酶组合。
例示性的冻干抗体或免疫偶联物配制剂记载于美国专利No.6,267,958。水性抗体或免疫偶联物配制剂包括那些记载于美国专利No.6,171,586和WO2006/044908的，后一种配制剂包含组氨酸-乙酸盐缓冲液。
本文中的配制剂还可含有超过一种所治疗具体适应症所必需的活性组分，优选那些活性互补且彼此没有不利影响的化合物。例如，可能希望进一步提供吉西他滨，例如用于治疗间皮素阳性癌症诸如间皮素阳性胰腺癌(胰腺腺癌)。又例如，可能希望进一步提供与细胞毒剂偶联的抗MUC16抗体，例如用于治疗间皮素阳性癌症或双重阳性癌症诸如间皮素阳性卵巢癌(卵巢浆液性腺癌)或双重阳性卵巢癌。此类活性组分适于以有效用于所需目的的量而组合存在。
活性成分可包载于例如通过凝聚技术或通过界面聚合制备的微胶囊中(例如分别是羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊)，在胶状药物投递***中(例如脂质体、清蛋白微球体、微乳剂、纳米颗粒和纳米胶囊)，或在粗滴乳状液中。此类技术披露于例如Remington′s Pharmaceutical Sciences,第16版,Osol,A.编(1980)。
可以制备持续释放制剂。持续释放制剂的合适的例子包括含有抗体或免疫偶联物的固体疏水性聚合物的半透性基质，该基质为成形商品形式，例如膜，或微胶囊。
用于体内施用的配制剂一般是无菌的。无菌性可容易地实现，例如通过穿过无菌滤膜过滤。
G.治疗性方法和组合物
可以在方法例如治疗性方法中使用本文中提供的任何抗间皮素抗体或免疫偶联物。
在一方面，本文中提供的抗间皮素抗体或免疫偶联物用于抑制间皮素阳性细胞增殖的方法，该方法包括在允许抗间皮素抗体或免疫偶联物结合细胞表面上的间皮素的条件下将细胞暴露于抗间皮素抗体或免疫偶联物，由此抑制细胞增殖。在某些实施方案中，所述方法是体外或体内方法。在又一些实施方案中，所述细胞是胰、卵巢、肺、间皮瘤、或子宫内膜细胞。在又一些实施方案中，所述细胞是双重阳性细胞。
体外细胞增殖抑制可使用可购自Promega(Madison,WI)的CellTiter-GloTM发光细胞存活力测定法来测定。该测定法基于存在的ATP的量化来测定培养物中的可存活细胞数目。参见Crouch et al.(1993)J.Immunol.Meth.160:81-88；美国专利No.6602677。该测定法可以以96孔或384孔形式进行，使之适应自动化高通量筛选(HTS)。参见Cree et al.(1995)AntiCancerDrugs 6:398-404。该测定法规程牵涉直接向培养细胞添加单一试剂(试剂)。这导致细胞溶解和通过萤光素酶反应产生的发光信号的生成。发光信号与存在的ATP的量成正比，后者直接与培养物中存在的可存活细胞数成正比。可以通过光度计或CCD照相机成像装置来记录数据。发光输出表述成相对光单位(RLU)。
在另一方面，提供了作为药物使用的抗间皮素抗体或免疫偶联物。在其它的方面，提供了在治疗方法中使用的抗间皮素抗体或免疫偶联物。在某些实施方案中，提供了用于治疗间皮素阳性癌症的抗间皮素抗体或免疫偶联物。在某些实施方案中，本发明提供了在治疗具有间皮素阳性癌症的个体的方法中使用的抗间皮素抗体或免疫偶联物，所述方法包括对个体施用有效量的抗间皮素抗体或免疫偶联物。在一个此类实施方案中，所述方法进一步包括对个体施用有效量的至少一种其它的治疗剂，
在又一方面，本发明提供了抗间皮素抗体或免疫偶联物在制造或制备药物中的用途。在一个实施方案中，所述药物用于治疗间皮素阳性癌症。在又一个实施方案中，所述药物用于治疗间皮素阳性癌症的方法，该方法包括对具有间皮素阳性癌症的个体施用有效量的所述药物。在一个此类实施方案中，所述方法进一步包括对个体施用有效量的至少一种其它的治疗剂，例如如下文所描述的。
在又一方面，本发明提供了治疗间皮素阳性癌症的方法。在一个实施方案中，所述方法包括对具有此类间皮素阳性癌症的个体施用有效量的抗间皮素抗体或免疫偶联物。在一个此类实施方案中，所述方法进一步包括对个体施用有效量的至少一种其它的治疗剂，如下文所描述的。
依照任何上述实施方案的间皮素阳性癌症可以是例如间皮素阳性胰腺癌(包括胰管腺癌)、间皮素阳性卵巢癌(包括卵巢浆液性腺癌)、间皮素阳性肺癌(包括非小细胞肺癌(NSCLC))、间皮瘤、和间皮素阳性子宫内膜癌。在一个实施方案中，间皮素阳性癌症是在实施例J中本文所述条件下得到大于“0”的抗间皮素免疫组织化学(IHC)得分的癌症，这对应于>90％的肿瘤细胞中染色很弱或无染色。在另一个实施方案中，间皮素阳性癌症以1+、2+或3+水平表达间皮素，如在实施例J中本文所述条件下定义的。依照任何上述实施方案的间皮素阳性癌症可以是双重阳性癌症。
依照任何上述实施方案的“个体”可以是人。
在又一方面，本发明提供了药物配制剂，其包含本文中提供的任何抗间皮素抗体或免疫偶联物，例如在任何上述治疗性方法中使用。在一个实施方案中，药物配制剂包含本文中提供的任何抗间皮素抗体或免疫偶联物和药学可接受载体。在另一个实施方案中，药物配制剂包含本文中提供的任何抗间皮素抗体或免疫偶联物和至少一种其它的治疗剂，例如如下文所描述的。
可以单独或与疗法中的其它药剂组合使用本发明的抗体或免疫偶联物。例如，可以与至少一种其它的治疗剂共施用本发明的抗体或免疫偶联物。在某些实施方案中，其它的治疗剂是吉西他滨。在某些实施方案中，其它的治疗剂是与细胞毒剂偶联的抗MUC16抗体。
上文记录的此类联合疗法涵盖联合施用(其中两种或更多种治疗剂包含在相同或不同配制剂中)，和分开施用，在该情况中，可以在施用其它的治疗剂和/或佐剂之前、同时、和/或之后发生本发明的抗体或免疫偶联物的施用。也可以与放射疗法组合使用本发明的抗体或免疫偶联物。
可以通过任何合适的手段，包括胃肠外、肺内、和鼻内，及若期望用于局部治疗的话，损伤内施用来施用本发明的抗体或免疫偶联物(和任何其它的治疗剂)。胃肠外输注包括肌肉内、静脉内、动脉内、腹膜内、或皮下施用。部分根据施用是短暂的还是长期的，剂量给药可以通过任何合适的路径，例如通过注射，诸如静脉内或皮下注射进行。本文中涵盖各种剂量给药日程表，包括但不限于单次施用或在多个时间点里的多次施用、推注施用、和脉冲输注。
本发明的抗体或免疫偶联物应当以一种符合良好的医学实践的方式配制、确定剂量及给药。关于这一点考虑的因素包括在治疗的特定病症、在治疗的特定哺乳动物、患者个体的临床状态、病因、药物递送部位、给药方法、服药日程以及其它为开业医生所知的因素。抗体或免疫偶联物无需但可任选地与一种或多种目前用于预防或治疗所述病症的药物一起配制。上述其它药物的有效量取决于配方中所存在的抗体或免疫偶联物的量、所治疗病症的类型、以及其它上述讨论的因素。这些药物通常以相同的剂量使用并具有本文中所描述的给药途径，或以约1-99％的本文所描述的剂量使用，或以任何剂量并通过任何途径使用，所述剂量和途径是凭经验确定的/经临床测定合适的。
为了预防或治疗疾病，本发明的抗体或免疫偶联物(当单独或与一种或多种其它其它的治疗剂联合使用时)的合适剂量应取决于所要治疗的疾病的类型、抗体或免疫偶联物的种类、疾病的严重性和病程、所给予抗体或免疫偶联物的预防或治疗目的、之前的治疗、患者的临床史和对抗体或免疫偶联物的应答、以及主治医师的斟酌决定。抗体或免疫偶联物适合于在一次或一系列的治疗中给予患者。取决于疾病的类型和严重性，约1μg/kg-15mg/kg(例如0.1mg/kg-10mg/kg)的抗体或免疫偶联物可作为首次候选用量给予患者，无论是例如通过一次或多次单独的给药或通过连续输注。取决予上述提及的因素，一个典型的日剂量可在约1μg/kg-100mg/kg或更多的范围内。对于几天或更长时间的重复给药，取决于病情，治疗应通常持续直至出现病症得到期望的抑制为止。抗体或免疫偶联物的一种例示性剂量会在约0.05mg/kg到约10mg/kg的范围中。如此，可以对患者施用一剂或多剂约0.5mg/kg、2.0mg/kg、4.0mg/kg或10mg/kg(或其任意组合)。上述剂量可间歇给予，如每周或每三周给予一次(如使得患者得到约2-约20个，或例如约6个剂量的抗体)。可给予初始较高的负荷剂量，接着给予一个或多个较低的剂量。然而，可使用其它给药方案。通过常规技术和测定方法易于监测该治疗的进展。
应当理解，可以使用本发明的免疫偶联物和抗间皮素抗体二者实施任何上述配制剂或治疗性方法。
H.制品
在本发明的另一方面，提供了一种制品，其含有可用于治疗、预防和/或诊断上文所描述的病症的材料。制品包含容器和容器上或与容器联合的标签或包装插页。合适的容器包括例如瓶、管形瓶、注射器、IV溶液袋、等等。容器可以由多种材料诸如玻璃或塑料形成。容器容纳单独或与另一种组合物组合有效治疗、预防和/或诊断病症的组合物，并且可以具有无菌存取口(例如，容器可以是具有由皮下注射针可穿过的塞子的管形瓶或静脉内溶液袋)。组合物中的至少一种活性剂是本发明的抗体或免疫偶联物。标签或包装插页指示使用组合物来治疗选择的状况。此外，制品可以包含(a)具有其中含有的组合物的第一容器，其中组合物包含本发明的抗体或免疫偶联物；和(b)具有其中含有的组合物的第二容器，其中组合物包含其它的细胞毒性或其它方面治疗性的药剂。在本发明的此实施方案中的制品可以进一步包含包装插页，其指示可以使用组合物来治疗特定的状况。或者/另外，制品可以进一步包含第二(或第三)容器，其包含药学可接受缓冲液，诸如抑菌性注射用水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、Ringer氏溶液或右旋糖溶液。它可以进一步包含从商业和用户观点看期望的其它材料，包括其它缓冲液、稀释剂、滤器、针、和注射器。
III.实施例
以下是本发明的方法和组合物的实施例。应当理解，鉴于上文提供的一般描述，可以实施各种其它实施方案。
A.人间皮素基因表达
使用一种含有基因表达信息的专有数据库(Gene Logic Inc.，Gaithersburg，MD)分析人间皮素基因表达。使用一种微阵列图谱浏览器进行数据库的图形分析。图2是各种组织(其列于左边)中人间皮素基因表达的图形展示。穿过图顶部的刻度指示基于杂交信号强度的基因表达水平。点出现在邻近每种所列组织的线的上方和下方。出现在线上方的点代表正常组织中的基因表达，而出现在线下方的点代表肿瘤和患病组织中的基因表达。图2显示间皮素基因表达在某些肿瘤或患病组织中相对于它们的正常对应物升高。特别地，间皮素显示出在卵巢，胰，子宫内膜和肺肿瘤，包括腺癌和间皮瘤中实质性过表达。人间皮素表达在除正常间皮(腹膜，心包，和胸膜)外的正常组织中基本上缺失。
B.抗体生成
使用下述规程生成了针对人间皮素的单克隆抗体。均融合至N端unizyme His(HQ)标签的任一人MPF：间皮素(SEQ ID NO：42的氨基酸34-580)或人间皮素(SEQ ID NO：43，对应于SEQ ID NO：42的氨基酸296-580)在大肠杆菌58F3中表达并在Ni-NTA柱(Qiagen)上纯化，接着在20mM MES pH6.0，6M GdnHCl中在Superdex 200柱上凝胶过滤，如先前所述(Kirchhofer等，2003)并透析入1mM HCl，供于-80℃储存。
将5只Balb/c小鼠(Charles River Laboratories，Hollister，CA)用两种抗原在Ribi佐剂(Ribi Immunochem Research，Inc.，Hamilton，MO)中的2μg混合物超免疫接种6次。通过直接ELISA基于高抗体滴度选择最好的两只小鼠，合并它们的B细胞，并使用类似于先前记载的一种方案(Koehler和Milstein，1975；Hongo等，1995)的一种改良方案与小鼠骨髓瘤细胞(X63.Ag8.653；美国典型培养物保藏中心，Manassas，VA)融合。10-12天之后，自杂交瘤收获上清液并通过直接ELISA(分开)筛选对两种抗原的结合。为了验证对正确折叠的、糖基化的、细胞表面表达的间皮素的识别，通过gD-间皮素转染的SVT2细胞(gD是与抗gD抗体一起作为阳性对照使用的N端表位标签)上的FACS进一步筛选ELISA阳性上清液。通过有限稀释将阳性杂交瘤亚克隆两次，将11个扩大规模，并通过蛋白A层析纯化抗体。
图3显示分离的单克隆抗体，以及下文将进一步详细描述的某些特性。
C.7D9和22A10的人源化
如下所述将单克隆抗体7D9和22A10人源化。残基编号依照Kabat等，Sequences ofproteins of immunological interest，5th Ed.，Public Health Service，NationalInstitutes of Health，Bethesda，MD(1991)。
1.7D9的人源化
a)小鼠7D9可变域的克隆
使用标准方法自生成小鼠7D9的杂交瘤细胞提取总RNA。用重链和轻链的简并引物使用RT-PCR扩增轻链可变域(VL)和重链可变域(VH)。正向引物对VL和VH区的N端氨基酸序列特异性。LC和HC反向引物分别设计成与轻链恒定域(CL)和重链恒定域1(CH1)中在物种间高度保守的一个区域退火。使用常规测序方法测定***物的多核苷酸序列。7D9VL和VH氨基酸序列分别显示于图4和5。
b)受体人共有框架上的直接高变区嫁接物
以IgG的形式评估7D9人源化期间构建的变体。比对来自小鼠7D9的VL和VH域与人VL卡帕I(VLKI)和人VH亚组III(VHIII)共有序列。将来自小鼠7D9(mu7D9)抗体的高变区改造入VLKI和VHATA受体框架以生成7D9.v1。受体VH框架VHATA在3个位置与VHIII不同：R71A，N73T，和L78A(Carter等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89：4285(1992))。将来自mu7D9VL域的位置24-34(L1)，50-56(L2)和89-97(L3)嫁接入VLKI。将来自mu7D9VH域的位置26-35(H1)，49-65(H2)和95-102(H3)嫁接入VHATA(图1和2)。这些CDR定义包括由它们的序列高变性(Wu，T.T.&Kabat，E.A.(1970))，它们的结构位置(Chothia，C.&Lesk，A.M.(1987))和它们在抗原-抗体接触中的参与(MacCallum等，J.Mol.Biol.262：732-745(1996))定义的位置。
使用针对每一个高变区分开的寡核苷酸通过Kunkel诱变生成了直接嫁接物7D9.v1。将针对重链或轻链任一的三种磷酸化寡核苷酸添加至50mM Tris pH 7.5，10mMMgCl2中的571ng Kunkel模板，终体积40μl。将混合物退火90℃ 2分钟，50℃ 5分钟，然后在冰上冷却。然后通过添加0.5μl 100mM ATP，0.5μl 25mM dNTP(dATP，dCTP，dGTP和dTTP各25mM)，1μl 100mM DTT，1μl 10X TM缓冲液(0.5M Tris pH 7.5，0.1M MgCl2)，80U T4连接酶，和4U T7聚合酶(总体积13.6μl)，室温2小时补平10μl退火模板。然后将10μl补平、连接产物转化入XL1-blue细胞(Stratagene)。通过DNA测序鉴定出正确的克隆并作为IgG表达。
c)变体的评估
通过CHO瞬时转染作为IgG表达7D9变体。用蛋白G亲和层析纯化IgG。使用BIAcoreTM-2000通过表面等离振子共振测定每一种7D9IgG变体对人间皮素的亲和力。Biacore研究级CM5芯片使用来自Biacore的胺偶联试剂盒固定化大约110RU大肠杆菌衍生的重组人间皮素。以30μl/min的流速注射每一种7D9变体(0.488至1000nM，在含有0.05％Tween 20的PBS中)的连续2倍稀释液。每一份样品分析5分钟结合和3.5分钟解离。每一次注射之后，使用10mM甘氨酸pH 1.7再生芯片。通过减去来自以相似密度固定化无关IgG的流动室的RU来校正结合响应。使用同时拟合kon和koff的1:1Languir模型进行动力学分析。
d)结果
用于7D9人源化的人受体框架基于人VL卡帕I共有(VLKI)和受体VH框架VHATA，受体VH框架VHATA在3个位置与人VH亚组III共有(VHIII)不同：R71A，N73T，和L78A(Carter等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89：4285(1992))。比对小鼠7D9的VL和VH域与人VLKI和VHIII域；鉴定高变区并嫁接入人受体框架以生成7D9.v1(图4和5)。作为IgG，7D9.v1的亲和力相对于mu7D9降低约2倍(型式为嵌合7D9)，如通过Biacore评估的(图6)。
为了改进7D9.v1的结合亲和力，将轻链中的位置36和87和重链中的位置48，67，69，71，73，75，76，78和80变成在mu7D9中的这些位置处找到的残基。将这些改变的轻链和重链与来自7D9.v1的链的组合转染入CHO，作为IgG表达并纯化，并通过Biacore评估对人间皮素的结合(图6)。
变体7D9.v2和7D9.v3(都含有改变的轻链)具有与嵌合7D9相当的亲和力。变体7D9.v3在轻链中的2个位置与7D9.v1不同。单独的改变均不足以改进结合以与mu7D9相当(图6)。
人源化7D9.v3的改变的汇总：将6个小鼠7D9CDR(定义为位置24-34(L1)，50-56(L2)和89-97(L3)，26-35(H1)，49-65(H2)和93-102(H3))嫁接入人共有VLKI和VHATA受体域。将额外两个框架残基(轻链的36和87)变回小鼠残基，产生亲和力与mu7D9相当的7D9.v3。
2.22A10的人源化
a)小鼠22A10可变域的克隆
使用标准方法自生成小鼠22A10的杂交瘤细胞提取总RNA。用重链(HC)和轻链(LC)的简并引物使用RT-PCR扩增轻链可变域(VL)和重链可变域(VH)。正向引物对VL和VH区的N端氨基酸序列特异性。LC和HC反向引物分别设计成与轻链恒定域(CL)和重链恒定域1(CH1)中在物种间高度保守的一个区域退火。使用常规测序方法测定***物的多核苷酸序列。22A10VL和VH氨基酸序列分别显示于图7和8。
b)受体人共有框架上的直接高变区嫁接物
以IgG或作为Fab在噬菌体上单价展示的形式评估22A10人源化期间构建的变体。用于此项工作的噬菌粒是一种单价Fab-g3展示载体，其由在单一phoA启动子控制下的两个可读框组成。第一个可读框由与受体轻链VL和CH1域融合的stII信号序列组成，而第二个由与受体重链VH和CH1域(接着是次要噬菌体外壳蛋白P3)融合的stII信号序列组成。
比对来自小鼠22A10的VL和VH域与人VL卡帕I(VLKI)和人VH亚组III(VHIII)共有序列。将来自小鼠22A10(mu22A10)抗体的高变区改造入VLKI和VHIII受体框架以生成22A10嫁接物。将来自mu22A10VL域的位置24-34(L1)，50-56(L2)和89-97(L3)嫁接入VLKI。将来自mu22A10VH域的位置26-35(H1)，49-65(H2)和95-102(H3)嫁接入VHIII(图7和8)。这些CDR定义包括由它们的序列高变性(Wu，T.T.&Kabat，E.A.(1970))，它们的结构位置(Chothia，C.&Lesk，A.M.(1987))和它们在抗原-抗体接触中的参与(MacCallum等，J.Mol.Biol.262：732-745(1996))定义的位置。
使用针对每一个高变区分开的寡核苷酸通过Kunkel诱变生成了22A10嫁接物。将针对重链或轻链任一的三种磷酸化寡核苷酸添加至50mM Tris pH7.5，10mM MgCl2中的571ng Kunkel模板，终体积40μl。将混合物退火90℃2分钟，50℃ 5分钟，然后在冰上冷却。然后通过添加0.5μl 100mM ATP，0.5μl 25mM dNTP(dATP，dCTP，dGTP和dTTP各25mM)，1μl100mM DTT，1μl 10X TM缓冲液(0.5M Tris pH 7.5，0.1M MgCl2)，80U T4连接酶，和4U T7聚合酶(总体积13.6μl)，室温2小时补平10μl退火模板。然后将10μl补平、连接产物转化入XL1-blue细胞(Stratagene)。通过DNA测序鉴定出正确的克隆并作为IgG表达。
c)高变区的软随机化
使用一种软随机化(soft randomization)策略对22A10嫁接物进行亲和力成熟。将序列多样性分开导入每一个高变区，使得朝向小鼠高变区序列的倾向得以维持，这使用一种污染寡核苷酸合成策略(poisoned oligonucleotide synthesis strategy)来实现(Gallop等，J Med Chem 37：1233-51(1994))。对于每一个多样化位置，用70-10-10-10核苷酸混合物污染编码野生型氨基酸的密码子，导致每一个位置处平均50％的突变率。使用Kunkel诱变在22A10嫁接物的高变区中导入序列多样性以生成六个软随机化噬菌体文库，分开分选。生成的六个文库每一个由单个软随机化高变区组成。
d)噬菌体文库的生成
将设计用来将多样性导入每一个高变区的寡核苷酸在含有660ng寡核苷酸，50mMTris pH 7.5，10mM MgCl2，1mM ATP，20mM DTT，和5U多核苷酸激酶的20μl反应中37℃ 1小时分开磷酸化。
对于每一个文库，将2μl磷酸化寡核苷酸添加至50mM Tris pH 7.5，10mM MgCl2中的300ng Kunkel模板，终体积10μl。将混合物退火90℃ 2分钟，50℃ 5分钟，然后在冰上冷却。然后通过添加0.5μl 10mM ATP，0.5μl 10mM dNTP(dATP，dCTP，dGTP和dTTP各10mM)，1μl100mM DTT，1μl 10X TM缓冲液(0.5M Tris pH 7.5，0.1M MgCl2)，80U T4连接酶，和4U T7聚合酶(总体积20μl)，室温2小时补平退火模板。然后将这些补平并连接产物转化入XL1-blue细胞，在0.5ml含有5μg/ml四环素和M13/KO7辅助噬菌体(MOI 10)的2YT中于37℃培养2小时，然后合并并转移至500ml含有50μg/ml羧苄青霉素的2YT并于37℃培养16小时。
e)噬菌体选择
对于固相噬菌体选择，将293衍生的人或猕猴间皮素在50mM碳酸氢钠pH9.6中在MaxiSorp微量滴定板(Nunc，Rochester，NY)上于4℃固定化过夜。使用酪蛋白封闭剂(Pierce，Rockford，IL)将板封闭至少1小时。
自培养物上清液收获噬菌体并在含有5％奶粉和0.05％Tween 20的PBS(PBSBT)中重悬浮。添加噬菌体文库和1小时温育之后，用含有0.05％Tween20的PBS(PBST)彻底清洗微量滴定孔并通过将孔用20mM HCl，500mM KCl温育30分钟来洗脱结合的噬菌体。用1M Tris，pH 8中和洗脱的噬菌体并使用XL1-Blue细胞和M13/KO7辅助噬菌体扩增，在2YT，50μg/ml羧苄青霉素中于37℃培养过夜。将自含有靶物的孔洗脱的噬菌体的滴度与自不含靶物的孔回收的噬菌体的滴度比较以评估富集情况。
对于液相噬菌体选择，将生物素化的293衍生人或生物素化的猕猴间皮素添加至在含有5％奶粉和0.05％Tween 20的PBS(PBSBT)中悬浮的噬菌体。温育之后，在经链霉亲合素包被的微量滴定板上捕捉结合至生物素化的间皮素的噬菌体5分钟。用含有0.05％Tween20的PBS(PBST)彻底清洗微量滴定孔并通过将孔用20mM HCl，500mM KCl温育30分钟来洗脱结合的噬菌体。用1M Tris，pH 8中和洗脱的噬菌体并使用XL1-Blue细胞和M13/KO7辅助噬菌体扩增，在2YT，50μg/ml羧苄青霉素中于37℃培养过夜。将自含有靶物的孔洗脱的噬菌体的滴度与自不含靶物的孔回收的噬菌体的滴度比较以评估富集情况。
对于液相噬菌体选择，通过捕捉结合至溶液中递减浓度的生物素化的间皮素的噬菌体接着在中性亲合素上捕捉10分钟(结合速率选择)和通过延长清洗时间和提高清洗温度以容许洗掉弱结合噬菌体(解离速率选择)二者来逐渐提高选择严格性(Fuh等，J.Mol.Biol.340：1073-1093(2004))。
f)IgG生成
出于筛选目的，最初在293细胞中生成IgG变体。使用FUGENE***(Roche，Basel，Switzerland)将编码VL和VH的载体(25μg)转染入293细胞。将500μl FuGene与4.5ml不含FBS的DMEM培养基混合并于室温温育5分钟。将每条链(25μg)添加至此混合物并于室温温育20分钟，然后转移至五个T-150烧瓶，于37℃在5％CO2中转染过夜。次日，除去含有转染混合物的培养基并用23ml含0.1ml/L痕量元素(A0934)和10mg/L胰岛素(A0940)的PS04培养基更换。将细胞再温育5天，之后以1000rpm 5分钟收获培养基并使用0.22μm低蛋白质结合滤器无菌过滤。每125ml培养基添加2.5ml 0.1％PMSF之后，样品可储存于4℃。用蛋白G亲和层析纯化IgG。
g)亲和力测定
使用BIAcoreTM-2000通过表面等离振子共振测定22A10IgG变体对人或猕猴间皮素的亲和力。Biacore研究级CM5芯片使用来自Biacore的胺偶联试剂盒固定化大约110RU大肠杆菌衍生的重组人或猕猴间皮素。以30μl/min的流速注射每一种22A10变体(0.488至1000nM，在含有0.05％Tween 20的PBS中)的连续2倍稀释液。每一份样品分析5分钟结合和3.5分钟解离。每一次注射之后，使用10mM甘氨酸pH 1.7再生芯片。通过减去来自以相似密度固定化无关IgG的流动室的RU来校正结合响应。使用同时拟合kon和koff的1：1Languir模型进行动力学分析。
h)结果
用于22A10人源化的人受体框架基于共有人卡帕I VL域和共有人亚组III VH域。比对mu22A10的VL和VH域与人卡帕I和亚组III域；鉴定每一个互补决定区(CDR)并嫁接入人受体框架以生成CDR嫁接物，其可作为IgG表达或作为Fab在噬菌体上展示(图7和8)。
生成了六个软随机化文库，其中将多样性分开导入22A10CDR嫁接物的每一个CDR。使用固相和液相两种策略针对人和猕猴间皮素(衍生自293细胞)淘选文库(目的是改进对糖基化形式的猕猴或人间皮素的结合)。溶液分选法容许经由操作生物素化靶物浓度和噬菌体捕捉时间来选择高亲和力克隆，而添加未标记靶物可用于消除较快解离速率的克隆(Fuh等，J.Mol.Biol.340：1073-1093(2004))。挑取来自每一个文库最后一轮的克隆进行DNA序列分析，并揭示靶向除CDR-L2和CDR-H2以外的每一个CDR的序列变化，提示许多可能变异来改进抗原结合。针对人或猕猴间皮素任一选择的数个克隆具有CDR-H3中的变化，最丰富的是具有位置99处酪氨酸变成异亮氨酸的变化。作为IgG表达此变体以及数个其它变体，并通过Biacore和通过Scatchard分析表征对间皮素的结合(图9A)。数个克隆超出了22A10的嫁接物的亲和力。
使用人源化22A10变体来自稳定表达间皮素的细胞系免疫沉淀间皮素。人源化22A10变体(如图9B所示；Gr，嫁接物；v1(1)，v17(17)和v83(83))或h7D9.v3，h5B6抗gD或hIgG阴性对照(进行比较)免疫沉淀稳定表达带gD标签的不同物种间皮素的BJAB细胞。清洗免疫沉淀物并用小鼠抗gD抗体进行Western印迹以检测gD-间皮素。h2210.v83是h22A10变体中在其免疫沉淀所有三个物种的间皮素的能力方面最佳的(猕猴，上部；人，中部；和大鼠，下部印迹)。最右边的道显示20％输入裂解物(无免疫沉淀)，进行总表达水平的比较。分子量标记物(kDa)示于左边。
人源化22A10.v83的改变的汇总：从六个小鼠22A10CDR(定义为位置24-34(L1)，50-56(L2)，89-97(L3)，26-35(H1)，49-65(H2)和95-102(H3))在人共有卡帕I VL和亚组IIIVH中的嫁接物开始，使用CDR软随机化来鉴定CDR H3(Y99I)中改进对人和猕猴间皮素的结合的变化。22A10.v83显示出高亲和力结合，而且还显示出相对于其它人源化变体识别更多结合位点的能力。
贯穿本申请，小鼠单克隆抗体7D9和22A10分别可互换地称作7D9，m7D9或mu7D9；和22A10，m22A10或mu22A10。人源化单克隆抗体7D9.v3和22A10.v83分别可互换地称作7D9.v3，h7D9.v3或hu7D9.v3；和22A10.v83，h22A10.v83或hu22A10.v83，除非另有说明。
D.物种交叉反应性
测试单克隆抗体以确定它们是否与来自人以外的物种的间皮素起交叉反应。图11显示人(SEQ ID NO：43)，猕猴(SEQ ID NO：46)，大鼠(SEQ ID NO：47)和小鼠(SEQ ID NO：48)间皮素之间的序列同源性。标有阴影的残基在至少两个物种之间相同。未标阴影的残基在四个物种中的至少两个之间不同。图12显示经带gD表位标签的间皮素(人，猕猴，大鼠或小鼠间皮素)稳定转染的293细胞的FACS分析的结果；用10μg/ml h7D9.v3，h22A10.v83或抗gD h5B6染色，并用Alexa 647抗人抗体检测。未转染的293细胞正常情况下不表达间皮素(“WT”)。h7D9.v3是对人间皮素特异性的，而h22A10.v83结合人，猕猴和大鼠间皮素，但不结合小鼠间皮素。抗gD染色验证了小鼠间皮素确实表达了。
E.抗体亲和力
为了测定h7D9.v3和h22A10.v83的相对结合亲和力，遵循标准规程实施Scatchard分析(Holmes等，Science 256：1205-1210(1992))，简言之，将脱离的细胞与经[I125]标记的h7D9.v3或h22A10.v83一起在渐增浓度的未标记抗体存在下于室温温育2小时，清洗并通过闪烁计数来对细胞结合的放射性定量。用New Ligand程序(Genentech，Inc.，South SanFrancisco，CA)中的非线性回归曲线拟合分析数据以评估Kd值(Munson等，Anal.Biochem.，107220-239(1980))。
如图13所示，h7D9.v3分别以0.2，0.25和0.97nM的亲和力结合稳定转染的293，BJAB和HT1080细胞系(它们都不表达内源间皮素)上表达的带gD标签的人间皮素。这些Kd值涵盖在四种胰和两种卵巢细胞系中对内源间皮素看到的范围(0.41-1nM)。h22A10.v83对相同稳定细胞系上表达的人间皮素的亲和力分别为2.7，1.8和6.2nM，符合它对内源人间皮素的亲和力(约9-10nM)。h22A10.v83分别以7.3nM和2.7nM的亲和力结合稳定转染293细胞和BJAB细胞上表达的大鼠间皮素，这符合对正常胸膜细胞系4/4-RM4(Aronson等，InVitro17：61-70(1981))上的内源大鼠间皮素观察到的6.2nM Kd。
F.表位组
为了确定7D9和22A10是否与图3中所列其它抗间皮素抗体分享相同表位，通过标准交叉阻断ELISA实施单克隆抗体的表位作图。96孔Nunc免疫吸附板(Nalge Nunc，USA)用包被缓冲液(50mM碳酸钠，pH 9.5)中的100μL 1μg/mL人间皮素胞外域于4℃包被过夜。所有下述步骤于室温实施。在200μL清洗缓冲液(含有0.05％Tween 20的PBS，pH 7.4)中清洗3次之后，将板用ELISA缓冲液(含有0.5％牛血清清蛋白(BSA)和0.05％Tween 20的PBS，pH7.4)封闭60分钟。然后在ELISA缓冲液中以20μg/mL添加小鼠单克隆抗体7D9或22A10，2小时(100μL每孔)。不清洗就添加生物素化形式的所有测试抗间皮素抗体(100μL 2μg/mL)至终浓度1μg/mL，30分钟。在200μL清洗缓冲液中清洗3次之后，通过以1:5000稀释度添加链霉亲合素-辣根过氧化物酶(HRP)(Zymed；Carlsbad，CA)，30分钟来检测任何生物素化抗体结合。如上3次清洗之后，添加100μL显色3,3’,5,5’-四甲基联苯胺(TMB)底物(BioFXLaboratories；Owings Mills，MD)，5分钟。通过添加100μL终止试剂(BioFX Laboratories)来终止显色反应，并在Ultramicroplate Reader(Biotek Instruments；Winooski，VT)上于620nm读取吸光度。通过将它们与间皮素一起在非生物素化抗体7D9和22A10缺失下温育来平行测定每一种生物素化抗体最大程度的可能结合。
结果显示于图14。9种生物素化抗间皮素抗体任一的信号(*)指示缺乏对第一种抗体的竞争(右边的组也显示了每一种生物素化抗体在第一种抗体存在下的最大结合，进行比较)。7D9(在图14中称作7D9.5.2)是当存在7D9时不能结合的唯一抗体(即，它与自身竞争，左起第2条柱)，而22A10(在图14中称作22A10.1.2)正常结合(左边的组中的黑色柱)。相反，当22A10预结合时，22A10不能结合(中间的组的最后一条柱)，而7D9和其它抗体能结合。如此，不仅7D9和22A10彼此不竞争，而且各自结合远离其它7种抗体的表位。7D9被自身竞争，但不被任何其它抗体竞争(比较每一条柱与每一种抗体在ELISA包被抗体7D9或22A10缺失下结合板上的间皮素的最大信号)。类似地，22A10只竞争自身，不竞争其它抗体，包括7D9。如此，7D9和22A10相对于彼此及其它分离的单克隆抗体具有截然不同的表位。
G.使用人:小鼠和猕猴:人间皮素嵌合物的表位作图和突变分析
实施胰蛋白酶消化肽作图实验，其中使h7D9.v3结合至固定化的人间皮素，然后与胰蛋白酶一起温育，洗脱并通过质谱术来鉴定剩余抗体保护肽。那些实验指示SEQ ID NO：43的氨基酸133-183是h7D9.v3结合位点。为了确认这个区域，我们利用与人(图15中所示构建物#387)间皮素反应但与小鼠(构建物#385)或猕猴(构建物#383)间皮素不反应的7D9来生成嵌合物，我们预测它应当比截短突变体更好地折叠。我们构建了人:小鼠间皮素嵌合物(#398和#399)，使用氨基酸131处的沉默MfeI位点(编码QL)和氨基酸213处的沉默BglII位点(编码DL)将人序列导入小鼠构建物。或者，构建猕猴构建物(#400)，其中氨基酸131-178经MfeI位点用人间皮素的替换。每一种构建物均具有N端gD标签(未显示)来验证表达。
在293细胞中瞬时表达图15中所示带gD标签的、GPI锚定的间皮素构建物，并用0.02μg/ml小小鼠7D9，1μg/ml小鼠22A10，或1μg/ml抗gD标签(用于将不同表达水平标准化)染色。用Alexa 488抗小鼠抗体检测之后，清洗样品并通过FACS来分析，减去野生型293阴性对照细胞上的任何背景染色之后，荧光强度数据针对抗gD信号标准化。如图16所示，7D9结合人:小鼠嵌合物#399(具有人氨基酸1-213)，但不结合全长小鼠间皮素#385或#398(只有人氨基酸1-131)任一，指示7D9结合aa 131和213之间的表位。它结合猕猴:人嵌合物#400(具有人氨基酸131-178)，但不结合全长猕猴(#383)的能力将表位缩窄至氨基酸131和178之间。(注意：用7D9看到的比22A10相对较低的％结合归于7D9使用低50倍的抗体浓度)。
使用相同嵌合物来定位大鼠，猕猴和人(但没有小鼠)反应性22A10表位。在表达嵌合物#399的细胞上观察到结合，但#398没有。如此，22A10结合具有氨基酸131-213之间的至关重要残基的表位(图16)。
因为7D9和22A10彼此不竞争(图13)，所以推测它们结合氨基酸131-213内的不同表位。为了鉴定那些不同表位，在#399嵌合物背景中将人间皮素的2-4段氨基酸突变成相应小鼠氨基酸。四种物种间氨基酸132-212的比对显示于图17，带编号的框指示15种突变体的位置。对于图17底部的表格中所列15种突变体中的每一种，显示了突变成小鼠序列(下部)的人序列(上部)。(注意：没有成功生成突变体#11。)
在293细胞中表达来自图17除突变体#11外的所有突变体，并如图16中所示进行FACS分析，只是使用5μg/ml人源化形式的每一种抗体(即，h7D9.v3，h22A10.v83和h5B6抗gD标签(阳性对照))，其中使用Alexa488抗人抗体进行检测。结果显示于图18A，其中作为抗gD信号的百分比显示荧光数据以标准化表达水平。(注意：突变体#13在293细胞中不表达，因此自数据集省略。)h7D9.v3结合除#6和#9外的所有突变体，而h22A10.v83结合除突变体#15外的所有突变体(箭头所指)。
通过比对不同间皮素种类，将h7D9.v3表位中的关键残基精准至在人和非交叉反应性猕猴序列之间不同的两个单个氨基酸残基：突变体#6中的E153和突变体#9中的D174。通过突变猕猴间皮素中与相应人残基等同的残基(即R153变成E和G174变成D)，那些残基对抗体结合的重要性得到了确认。其它情况下不结合猕猴间皮素的h7D9.v3能够结合猕猴间皮素突变体(图18B)。将人间皮素序列中的残基E152突变成Q的进一步研究导致对h7D9.v3结合的抑制，提示残基E152也在抗体结合中发挥作用。
基于最近预测的间皮素犰狳样重复结构(Sathyanarayana等，BMC StructuralBiology 9：1(2009))，7D9抗体有可能桥接间皮素的内部螺旋4和外部螺旋5。类似地，由于h22A10.v83与大鼠(但不与小鼠)交叉反应，因此突变体#15中的残基E211(在Sathyanarayana等，见上文的外部螺旋6中)有可能是其表位的至关重要决定子。图19描绘受h7D9.v3和h22A10.v83结合的残基。
H.h7D9.v3的结合不受糖基化抑制
为了确定h7D9.v3是否结合糖基化间皮素，在CHO细胞中表达C端带his标签的人间皮素，纯化并在Mono S柱上依照电荷进一步分开成具有高度(级分A11)，中等(A12)，低等(B1)和低-至-无(B5)间皮素糖基化的级分，如通过SDS-PAGE凝胶上的考马斯蓝染色显示的。(图20，左边顶部)。使每一种级分流过预结合有h7D9.v3的芯片，并测量结合和解离速率以揭示每一份级分相同的亲和力(1.5nM)(图20，左边底部)，指示h7D9.v3的结合不受糖基化抑制。这些数据得到了确认，即显示了h7D9.v3能自稳定表达gD-人间皮素(其gD表位标签缺少糖基化位点)的HT1080细胞免疫沉淀所有与人源化抗gD h5B6抗体相同的条带，指示h7D9.v3能免疫沉淀人间皮素，不管糖基化状态。相反，人源化22A10优先免疫沉淀较低分子量(糖基化最少的)种类，指示22A10结合可能受糖基化影响。(图20，右边)。
为了与h7D9.v3相比评估测试抗体结合糖基化间皮素的能力，实施FACS测定法，其中将测试抗体对OVCAR3细胞的结合与h7D9.v3对OVCAR3细胞的结合比较。使用合适的二抗来检测h7D9.v3和测试抗体对OVCAR3细胞的结合(例如，使用Alexa 647抗人抗体来检测h7D9.v3的结合)。
I.单克隆抗体19C3阻断MUC16对间皮素的相互作用
测试单克隆抗体以确定它们是否能够阻断MUC16对间皮素的结合。经过纯化的生物素化MUC16片段(Muc16-Bt，具有三个粘蛋白重复)对A431细胞(其在正常情况下不表达间皮素)上稳定表达的间皮素的结合显示于图21(“无Ab”)，左边小图。将细胞与5倍摩尔比的9C3(但7D9不)一起预温育抑制MUC16-Bt对间皮素的结合，如通过使用链霉亲合素-PE进行的FACS检测的，如图21左边小图所示。相反，在5倍摩尔过量的所示抗间皮素抗体缺失或存在下评估重组C端带his8标签的间皮素(自293细胞纯化)对稳定表达MUC16的PC3细胞的结合(图21，右边小图)，通过使用Alexa647-抗his6抗体进行的FACS来检测。将间皮素与19C3(但不与7D9或22A10)一起预温育抑制间皮素对表达MUC16的细胞的结合(图21，右边小图)。事实上，7D9和22A10在此测定法中表现出增强间皮素对MUC16的结合。
J.人间皮素在各种癌症类型中的流行性
使用免疫组织化学分析人间皮素在各种癌症中的表达。将胰管腺癌(图22)，卵巢浆液性腺癌(图23)和非小细胞肺腺癌(图24)的***固定、石蜡包埋(FFPE)肿瘤微阵列(一个1mm核/肿瘤)切片到显微镜载玻片上，脱石蜡并经由一系列稀释醇再水合。在Dako自动染色仪上使用靶物修复溶液(Dako，Glostrup，Denmark)预处理载玻片进行抗原修复，淬灭，封闭并用10μg/ml小鼠抗人间皮素单克隆抗体19C3染色60分钟。清洗后，用生物素化抗小鼠抗体检测19C3，接着是ABC复合物(VECTASTAIN ABC Elite Kit，VectorLaboratories，Burlingame，CA)并使用DAB(Pierce Laboratories)作为色原体来显现。然后，将载玻片用Meyers苏木精复染色并用一系列醇和二甲苯脱水，接着使用有机封固介质(PermaMount，Fisher Scientific，Pittsburgh，PA)盖上盖玻片。
由经过训练的病理学家依照下述方案对间皮素染色(褐色)进行评分，其中要考虑到强度(褐色染色的暗度)以及染色的宽度。每一种肿瘤类型的每一种间皮素得分的一个代表性例子显示于图22-24。
0(阴性)：>90％的肿瘤细胞染色很弱或无染色
1+(轻度)：主要染色样式是弱的
2+(中等)：大多数(>50％)赘生性细胞中的主要染色样式是中等强的
3+(强)：大多数(>50％)赘生性细胞中的主要染色样式是强的
图22显示70％的胰管腺癌为间皮素阳性，显示1+，2+，或3+水平的染色，33％显示2+或3+染色。图23显示98％的卵巢浆液性腺癌为间皮素阳性，其中74％显示2+或3+水平的染色。另外，测试的八份来自卵巢浆液性腺癌的转移均为间皮素阳性，提示原代卵巢肿瘤在转移后没有丧失间皮素表达。图24显示44％的非小细胞肺癌(NSCLC，腺癌亚型)为间皮素阳性，其中26％显示2+或3+水平的染色。另外，测试的八份来自间皮素阳性原代NSCLC患者肿瘤的匹配转移中的三份(38％)保持间皮素阳性染色。
间皮素在间皮瘤中及在子宫内膜癌中也表达，如通过使用19C3抗体的IHC测定的。
还检查了间皮素在猕猴中的表达。对来自人(***固定、石蜡包埋的切片)和猕猴(冷冻切片)的肺胸膜和心包间皮切片进行切片并分别用19C3单克隆抗体或22A10单克隆抗体进行染色。人间皮被19C3特异性染色(图25，左边)，而猕猴间皮被22A10特异性染色(图25，右边)。这些结果证明了22A10能识别内源猕猴间皮素，其具有与人中的分布类似的分布。
K.抗间皮素抗体药物偶联物的生成
抗间皮素抗体-药物偶联物(ADC)通过将h7D9.v3和h22A10.v83偶联至药物-接头模块MC-vc-PAB-MMAE来生成，这在上文II.D节中有描述。方便起见，药物-接头模块MC-vc-PAB-MMAE在这些实施例中及在附图中也称作“vcMMAE”或“VCE”。(例如，h7D9.v3-MC-vc-PAB-MMAE在这些实施例中及在附图中称作h7D9.v3-vcMMAE或h7D9.v3-VCE。)在偶联之前，使用依照WO 2004/010957A2中记载的方法学的标准方法用TCEP部分还原抗体。使用依照Doronina等(2003)Nat.Biotechnol.21：778-784和US 2005/0238649A1中记载的方法学的标准方法将部分还原的抗体偶联至药物-接头模块。简言之，将部分还原的抗体与药物-接头模块组合以容许该模块偶联至半胱氨酸残基。淬灭偶联反应，并纯化ADC。测定每一种ADC的药物载荷(每个抗体的平均药物模块数)，在所有情况中在3.33和4.0之间。
L.h7D9.v3-vcMMAE在体内HPAC模型中的功效
使用胰腺癌异种移植物模型调查h7D9.v3-vcMMAE的功效。在HBSS中将5x106个HPAC细胞(间皮素阳性(2+)，根据使用19C3进行的IHC)皮下注射入SCID米色小鼠并对肿瘤给药1.1，2.7，5.5，11和16.4mg/kg h7D9.v3-vcMMAE(3.5个MMAE/每个抗体)，或5，10和15mg/kg h5B6抗gD-vcMMAE(3.3个MMAE/每个抗体)，或15mg/kg裸h7D9.v3(无MMAE)。如图26所示，在5.5mg/kg h7D9.v3-vcMMAE实现了实质性肿瘤生长抑制，而且在11-16mg/kgh7D9.v3-vcMMAE实现了消退，但是用裸抗体或用gD-vcMMAE对照在15mg/kg没有观察到显著效果。显示了基于总体生长速率的模拟曲线拟合。图26右下小图显示了IHC和h7D9.v3在HPAC细胞中的内在化和FACS分析。
M.h7D9.v3-vcMMAE在原代胰腺癌模型中的功效
在原代胰腺癌模型(Oncotest，GMBH，Germany)中调查h7D9.v3-vcMMAE的功效。将原代人间皮素阳性胰肿瘤块(根据IHC以1-2+表达间皮素)皮下植入雌性NMRI裸小鼠，给其服用5，10和20mg/kg h7D9.v3-vcMMAE(3.5个MMAE/每个抗体)。均值肿瘤体积±标准偏差在图27中绘图。在所有h7D9.v3-vcMMAE剂量发现显著肿瘤生长抑制。原代胰肿瘤的IHC显示在右边。
N.h7D9.v3-vcMMAE在卵巢癌模型中的功效
使用卵巢癌异种移植物模型调查h7D9.v3-vcMMAE的功效。将10x106个OvCar3x2.1细胞(间皮素阳性(2-3+)，通过使用19C3进行的IHC)注射入CB17SCID米色小鼠的***脂肪垫，随后给其服用1，2.5，5，10和15mg/kg h7D9.v3-vcMMAE(3.5个MMAE/每个抗体)或h5B6抗gD-vcMMAE(3.3个MMAE/每个抗体)。如图28所示，在2.5mg/kg h7D9.v3-vcMMAE看到中等活性并在5mg/kg和更高剂量看到消退，而抗gD-vcMMAE在5mg/kg以下没有展现活性(在10mg/kg只有中等活性而在15mg/kg有肿瘤停滞)。显示了基于总体生长速率的模拟曲线拟合。图28右边小图显示了IHC和h7D9.v3在OvCar3x2.1细胞中的内在化和FACS分析。
O.h7D9.v30-vcMMAE在肺癌模型中的功效
使用肺癌(鳞状细胞癌)异种移植物模型调查h7D9.v3-vcMMAE的功效。在Matrigel:HBSS的50：50混合物中将5x106个H226x2细胞(间皮素阳性(3+)，根据IHC)注射入CB17SCID小鼠的体侧。均值肿瘤体积±标准偏差在图29中绘图。h7D9v3-vcMMAE(3.5个MMAE/每个抗体)在5mg/kg显示出中等活性且在10mg/kg显示出肿瘤停滞，而对照抗gD-vcMMAE偶联物(3.97个MMAE/每个抗体)在任一剂量没有显著活性。图29右边小图显示了IHC和h7D9.v3在H226x2细胞中的内在化和FACS分析。
P.h7D9.v3-vcMMAE和h22A10.v83-vcMMAE具有相似的功效
调查h7D9.v3-vcMMAE与h22A10.v83-vcMMAE相比的功效。20x106个稳定表达gD-人间皮素(左)或gD-猕猴间皮素(右)任一的BJAB细胞在HBSS缓冲液中皮下接种入CB17SCID小鼠。给小鼠服用0.5或2mg/kg h7D9.v3-vcMMAE(在接种BJAB-gD-人间皮素的小鼠中)或h22A10.v83-vcMMAE(在接种BJAB-gD-猕猴间皮素的小鼠中)，或作为阳性对照及作为两种细胞系之间的任何表达差异的标准化者使用的2mg/kg抗gD-vcMMAE。均值肿瘤体积±标准偏差在图30中绘图。h7D9.v3-vcMMAE和h22A10.v83-vcMMAE在2mg/kg都展现出比gD-vcMMAE对照更好的分别针对BJAB-gD-人间皮素和BJAB-gD-猕猴间皮素肿瘤的活性。这项实验中的阴性对照是缀合至vcMMAE的一种无关抗体，其没有展示显著活性。
为了进一步评估h22A10.v83-vcMMAE的活性，对图29的H226x2肿瘤和如图28所述培养的OvCar3x2.1肿瘤给药所示浓度的h7D9.v3-vcMMAE和h22A10.v83-vcMMAE(3.53个MMAE/每个抗体)，或作为阴性对照的抗gD-vcMMAE。均值肿瘤体积±标准偏差在图31中绘图。尽管根据FACS裸h22A10.v83对这两种细胞系的结合与h7D9.v3相比显著地弱，h22A10.v83-vcMMAE在H226x2模型中的效果与h7D9.v3-vcMMAE相似(左上小图)，而且在OvCar3x2.1模型中的活性只是略小(右上小图)，如给药6mg/kg后更快的肿瘤消退指示的。
Q.MUC16和间皮素在“双重阳性”细胞系上形成复合物
调查细胞系上MUC16和间皮素的相互作用。在1％NP40缓冲液中裂解表达间皮素和MUC16二者的OvCar3细胞。如图32左边小图所示，用m7D9或同种型对照IgG免疫沉淀裂解物并分别用抗MUC16抗体(上部印迹)或h7D9(下部印迹)进行Western印迹以检测间皮素:MUC16复合物或总间皮素。(20％未免疫沉淀输入显示于左边的道。)m7D9能够自OvCar3细胞裂解物与间皮素一起共免疫沉淀MUC16。该结果证明了MUC16与间皮素在表达间皮素和MUC16二者的细胞系(即“双重阳性”细胞系)中形成复合物。
如图32右边小图所示，使用针对间皮素或MUC16任一的抗体自所示细胞系在其中生长的条件化培养基免疫沉淀(IP)那些蛋白质。所述细胞系只表达间皮素(HPAC)，只表达MUC16(A431)，都不表达(H520)，或都表达(OvCar3，CAPAN-2，EKVX和OvCar429细胞)。使用抗间皮素嵌合抗体ch7D9(顶部和底部小图)或抗MUC16抗体(中部小图)任一进行免疫沉淀。用小鼠抗间皮素抗体2E5(顶部)或小鼠抗MUC16B结构域(M11样)抗体1.B.823(USBiological，Swampscott，MA；中部和底部小图)对经过清洗的免疫沉淀物进行Western印迹(WB)。因而，上部小图显示自表达间皮素的细胞系免疫沉淀的间皮素，中部小图显示自表达MUC16的细胞系免疫沉淀的MUC16，而底部小图显示免疫共沉淀的间皮素:MUC16复合物，这是表达这两种蛋白质的细胞系(双重阳性细胞系)特异性的。这些结果指示间皮素能在结合至MUC16的同时脱落入培养基中。因而，本发明的抗体和免疫偶联物可用于治疗间皮素阳性癌症，包括双重阳性癌症。
R.19C3(但7D9不)自间皮素置换预结合的MUC16
在MUC16存在下调查19C3对间皮素的结合。将MUC16-生物素(1ug/ml，或9.2nM)预结合至表达间皮素的HT1080细胞。添加19C3(5ug/ml)以确定它是否能置换预结合的MUC16。用SAPE检测试剂检测MUC16-生物素，并用Alexa488抗小鼠抗体检测结合的抗体。图33显示了19C3确实能够置换MUC16并结合至间皮素。使用结合间皮素中MUC16结合位点以外的一个区域的抗体7D9(33nM)作为阴性对照，预期它不能够置换预结合的MUC16。别的实验展现了19C3在0.1ug/ml也置换MUC16，而抗体2E5只在≥5ug/m能置换MUC161(数据未显示)。
虽然出于清楚理解的目的，前述发明已经作为例示和例子相当详细地进行了描述，但是说明书和实施例不应解释为限制本发明的范围。通过提及而明确将本文中引用的所有专利和科学文献的公开内容完整收录。
序列表
<110> 霍夫曼-拉罗奇有限公司(F. HOFFMANN-LA ROCHE AG);
　　　M.丹尼斯（Mark DENNIS）;
　　　S.J.斯凯尔斯（Suzanna J. SCALES）;
　　　S.D.斯潘塞（Susan D. SPENCER）;
　　　Y.张（Yin ZHANG）
<120> 抗间皮素抗体和免疫偶联物
<130> P4532R1-WO
<140>
<141>
<150> 61/459,962
<151> 2010-12-20
<160> 74
<170> PatentIn version 3.5
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50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser
100 105 110
Ser
<210> 14
<211> 117
<212> PRT
<213> 小鼠
<400> 14
Glu Leu Leu Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Phe Met Ser Trp Val Arg Gln Thr Pro Glu Lys Arg Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Thr Ile Ser Asn Gly Gly Thr Tyr Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Lys Asp Asn Ala Lys Asn Asn Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Ser Ser Leu Lys Ser Glu Asp Thr Ala Met Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Phe Asp Gly Tyr Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Thr
100 105 110
Leu Thr Val Ser Ser
115
<210> 15
<211> 117
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的多肽
<400> 15
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Phe Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Thr Ile Ser Asn Gly Gly Thr Tyr Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Phe Asp Gly Tyr Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 16
<211> 117
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的多肽
<400> 16
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr
20 25 30
Phe Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Thr Ile Ser Asn Gly Gly Thr Tyr Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Phe Asp Gly Tyr Ile Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu
100 105 110
Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 17
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 17
Lys Ser Ser Gln Ser Val Leu Tyr Ser Ser Asn Gln Lys Asn Tyr Leu
1 5 10 15
Ala
<210> 18
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 18
Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser
1 5
<210> 19
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 19
His Gln Tyr Leu Ser Ser Tyr Thr
1 5
<210> 20
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 20
Gly Tyr Thr Phe Thr Thr Tyr Trp Met His
1 5 10
<210> 21
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 21
Gly Tyr Ile Arg Pro Ser Thr Gly Tyr Thr Glu Tyr Asn Gln Lys Phe
1 5 10 15
Lys Asp
<210> 22
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 22
Ala Arg Ser Arg Trp Leu Leu Asp Tyr
1 5
<210> 23
<211> 23
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 23
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys
20
<210> 24
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 24
Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr
1 5 10 15
<210> 25
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 25
Trp Phe Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr
1 5 10 15
<210> 26
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的多肽
<400> 26
Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr
1 5 10 15
Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys
20 25 30
<210> 27
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的多肽
<400> 27
Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr
1 5 10 15
Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Phe Cys
20 25 30
<210> 28
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 28
Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg
1 5 10
<210> 29
<211> 25
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 29
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser
20 25
<210> 30
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 30
Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
1 5 10
<210> 31
<211> 30
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的多肽
<400> 31
Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr Leu Gln
1 5 10 15
Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
20 25 30
<210> 32
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 32
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser
1 5 10
<210> 33
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 33
Arg Ala Ser Gln Asp Ile Ser Asn Tyr Leu Asn
1 5 10
<210> 34
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 34
Tyr Thr Ser Arg Leu His Ser
1 5
<210> 35
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 35
Gln Gln Gly Asn Thr Leu Pro Tyr Thr
1 5
<210> 36
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 36
Gly Phe Thr Phe Ser Asp Tyr Phe Met Ser
1 5 10
<210> 37
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 37
Ala Thr Ile Ser Asn Gly Gly Thr Tyr Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val
1 5 10 15
Lys Gly
<210> 38
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 38
Ala Arg Phe Asp Gly Tyr Tyr Phe Asp Tyr
1 5 10
<210> 39
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 39
Ala Arg Phe Asp Gly Tyr Ile Phe Asp Tyr
1 5 10
<210> 40
<211> 30
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的多肽
<400> 40
Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr Leu Gln
1 5 10 15
Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
20 25 30
<210> 41
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的肽
<400> 41
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
1 5 10
<210> 42
<211> 622
<212> PRT
<213> 人
<400> 42
Met Ala Leu Pro Thr Ala Arg Pro Leu Leu Gly Ser Cys Gly Thr Pro
1 5 10 15
Ala Leu Gly Ser Leu Leu Phe Leu Leu Phe Ser Leu Gly Trp Val Gln
20 25 30
Pro Ser Arg Thr Leu Ala Gly Glu Thr Gly Gln Glu Ala Ala Pro Leu
35 40 45
Asp Gly Val Leu Ala Asn Pro Pro Asn Ile Ser Ser Leu Ser Pro Arg
50 55 60
Gln Leu Leu Gly Phe Pro Cys Ala Glu Val Ser Gly Leu Ser Thr Glu
65 70 75 80
Arg Val Arg Glu Leu Ala Val Ala Leu Ala Gln Lys Asn Val Lys Leu
85 90 95
Ser Thr Glu Gln Leu Arg Cys Leu Ala His Arg Leu Ser Glu Pro Pro
100 105 110
Glu Asp Leu Asp Ala Leu Pro Leu Asp Leu Leu Leu Phe Leu Asn Pro
115 120 125
Asp Ala Phe Ser Gly Pro Gln Ala Cys Thr Arg Phe Phe Ser Arg Ile
130 135 140
Thr Lys Ala Asn Val Asp Leu Leu Pro Arg Gly Ala Pro Glu Arg Gln
145 150 155 160
Arg Leu Leu Pro Ala Ala Leu Ala Cys Trp Gly Val Arg Gly Ser Leu
165 170 175
Leu Ser Glu Ala Asp Val Arg Ala Leu Gly Gly Leu Ala Cys Asp Leu
180 185 190
Pro Gly Arg Phe Val Ala Glu Ser Ala Glu Val Leu Leu Pro Arg Leu
195 200 205
Val Ser Cys Pro Gly Pro Leu Asp Gln Asp Gln Gln Glu Ala Ala Arg
210 215 220
Ala Ala Leu Gln Gly Gly Gly Pro Pro Tyr Gly Pro Pro Ser Thr Trp
225 230 235 240
Ser Val Ser Thr Met Asp Ala Leu Arg Gly Leu Leu Pro Val Leu Gly
245 250 255
Gln Pro Ile Ile Arg Ser Ile Pro Gln Gly Ile Val Ala Ala Trp Arg
260 265 270
Gln Arg Ser Ser Arg Asp Pro Ser Trp Arg Gln Pro Glu Arg Thr Ile
275 280 285
Leu Arg Pro Arg Phe Arg Arg Glu Val Glu Lys Thr Ala Cys Pro Ser
290 295 300
Gly Lys Lys Ala Arg Glu Ile Asp Glu Ser Leu Ile Phe Tyr Lys Lys
305 310 315 320
Trp Glu Leu Glu Ala Cys Val Asp Ala Ala Leu Leu Ala Thr Gln Met
325 330 335
Asp Arg Val Asn Ala Ile Pro Phe Thr Tyr Glu Gln Leu Asp Val Leu
340 345 350
Lys His Lys Leu Asp Glu Leu Tyr Pro Gln Gly Tyr Pro Glu Ser Val
355 360 365
Ile Gln His Leu Gly Tyr Leu Phe Leu Lys Met Ser Pro Glu Asp Ile
370 375 380
Arg Lys Trp Asn Val Thr Ser Leu Glu Thr Leu Lys Ala Leu Leu Glu
385 390 395 400
Val Asn Lys Gly His Glu Met Ser Pro Gln Val Ala Thr Leu Ile Asp
405 410 415
Arg Phe Val Lys Gly Arg Gly Gln Leu Asp Lys Asp Thr Leu Asp Thr
420 425 430
Leu Thr Ala Phe Tyr Pro Gly Tyr Leu Cys Ser Leu Ser Pro Glu Glu
435 440 445
Leu Ser Ser Val Pro Pro Ser Ser Ile Trp Ala Val Arg Pro Gln Asp
450 455 460
Leu Asp Thr Cys Asp Pro Arg Gln Leu Asp Val Leu Tyr Pro Lys Ala
465 470 475 480
Arg Leu Ala Phe Gln Asn Met Asn Gly Ser Glu Tyr Phe Val Lys Ile
485 490 495
Gln Ser Phe Leu Gly Gly Ala Pro Thr Glu Asp Leu Lys Ala Leu Ser
500 505 510
Gln Gln Asn Val Ser Met Asp Leu Ala Thr Phe Met Lys Leu Arg Thr
515 520 525
Asp Ala Val Leu Pro Leu Thr Val Ala Glu Val Gln Lys Leu Leu Gly
530 535 540
Pro His Val Glu Gly Leu Lys Ala Glu Glu Arg His Arg Pro Val Arg
545 550 555 560
Asp Trp Ile Leu Arg Gln Arg Gln Asp Asp Leu Asp Thr Leu Gly Leu
565 570 575
Gly Leu Gln Gly Gly Ile Pro Asn Gly Tyr Leu Val Leu Asp Leu Ser
580 585 590
Met Gln Glu Ala Leu Ser Gly Thr Pro Cys Leu Leu Gly Pro Gly Pro
595 600 605
Val Leu Thr Val Leu Ala Leu Leu Leu Ala Ser Thr Leu Ala
610 615 620
<210> 43
<211> 285
<212> PRT
<213> 人
<400> 43
Glu Val Glu Lys Thr Ala Cys Pro Ser Gly Lys Lys Ala Arg Glu Ile
1 5 10 15
Asp Glu Ser Leu Ile Phe Tyr Lys Lys Trp Glu Leu Glu Ala Cys Val
20 25 30
Asp Ala Ala Leu Leu Ala Thr Gln Met Asp Arg Val Asn Ala Ile Pro
35 40 45
Phe Thr Tyr Glu Gln Leu Asp Val Leu Lys His Lys Leu Asp Glu Leu
50 55 60
Tyr Pro Gln Gly Tyr Pro Glu Ser Val Ile Gln His Leu Gly Tyr Leu
65 70 75 80
Phe Leu Lys Met Ser Pro Glu Asp Ile Arg Lys Trp Asn Val Thr Ser
85 90 95
Leu Glu Thr Leu Lys Ala Leu Leu Glu Val Asn Lys Gly His Glu Met
100 105 110
Ser Pro Gln Val Ala Thr Leu Ile Asp Arg Phe Val Lys Gly Arg Gly
115 120 125
Gln Leu Asp Lys Asp Thr Leu Asp Thr Leu Thr Ala Phe Tyr Pro Gly
130 135 140
Tyr Leu Cys Ser Leu Ser Pro Glu Glu Leu Ser Ser Val Pro Pro Ser
145 150 155 160
Ser Ile Trp Ala Val Arg Pro Gln Asp Leu Asp Thr Cys Asp Pro Arg
165 170 175
Gln Leu Asp Val Leu Tyr Pro Lys Ala Arg Leu Ala Phe Gln Asn Met
180 185 190
Asn Gly Ser Glu Tyr Phe Val Lys Ile Gln Ser Phe Leu Gly Gly Ala
195 200 205
Pro Thr Glu Asp Leu Lys Ala Leu Ser Gln Gln Asn Val Ser Met Asp
210 215 220
Leu Ala Thr Phe Met Lys Leu Arg Thr Asp Ala Val Leu Pro Leu Thr
225 230 235 240
Val Ala Glu Val Gln Lys Leu Leu Gly Pro His Val Glu Gly Leu Lys
245 250 255
Ala Glu Glu Arg His Arg Pro Val Arg Asp Trp Ile Leu Arg Gln Arg
260 265 270
Gln Asp Asp Leu Asp Thr Leu Gly Leu Gly Leu Gln Gly
275 280 285
<210> 44
<211> 630
<212> PRT
<213> 人
<400> 44
Met Ala Leu Pro Thr Ala Arg Pro Leu Leu Gly Ser Cys Gly Thr Pro
1 5 10 15
Ala Leu Gly Ser Leu Leu Phe Leu Leu Phe Ser Leu Gly Trp Val Gln
20 25 30
Pro Ser Arg Thr Leu Ala Gly Glu Thr Gly Gln Glu Ala Ala Pro Leu
35 40 45
Asp Gly Val Leu Ala Asn Pro Pro Asn Ile Ser Ser Leu Ser Pro Arg
50 55 60
Gln Leu Leu Gly Phe Pro Cys Ala Glu Val Ser Gly Leu Ser Thr Glu
65 70 75 80
Arg Val Arg Glu Leu Ala Val Ala Leu Ala Gln Lys Asn Val Lys Leu
85 90 95
Ser Thr Glu Gln Leu Arg Cys Leu Ala His Arg Leu Ser Glu Pro Pro
100 105 110
Glu Asp Leu Asp Ala Leu Pro Leu Asp Leu Leu Leu Phe Leu Asn Pro
115 120 125
Asp Ala Phe Ser Gly Pro Gln Ala Cys Thr Arg Phe Phe Ser Arg Ile
130 135 140
Thr Lys Ala Asn Val Asp Leu Leu Pro Arg Gly Ala Pro Glu Arg Gln
145 150 155 160
Arg Leu Leu Pro Ala Ala Leu Ala Cys Trp Gly Val Arg Gly Ser Leu
165 170 175
Leu Ser Glu Ala Asp Val Arg Ala Leu Gly Gly Leu Ala Cys Asp Leu
180 185 190
Pro Gly Arg Phe Val Ala Glu Ser Ala Glu Val Leu Leu Pro Arg Leu
195 200 205
Val Ser Cys Pro Gly Pro Leu Asp Gln Asp Gln Gln Glu Ala Ala Arg
210 215 220
Ala Ala Leu Gln Gly Gly Gly Pro Pro Tyr Gly Pro Pro Ser Thr Trp
225 230 235 240
Ser Val Ser Thr Met Asp Ala Leu Arg Gly Leu Leu Pro Val Leu Gly
245 250 255
Gln Pro Ile Ile Arg Ser Ile Pro Gln Gly Ile Val Ala Ala Trp Arg
260 265 270
Gln Arg Ser Ser Arg Asp Pro Ser Trp Arg Gln Pro Glu Arg Thr Ile
275 280 285
Leu Arg Pro Arg Phe Arg Arg Glu Val Glu Lys Thr Ala Cys Pro Ser
290 295 300
Gly Lys Lys Ala Arg Glu Ile Asp Glu Ser Leu Ile Phe Tyr Lys Lys
305 310 315 320
Trp Glu Leu Glu Ala Cys Val Asp Ala Ala Leu Leu Ala Thr Gln Met
325 330 335
Asp Arg Val Asn Ala Ile Pro Phe Thr Tyr Glu Gln Leu Asp Val Leu
340 345 350
Lys His Lys Leu Asp Glu Leu Tyr Pro Gln Gly Tyr Pro Glu Ser Val
355 360 365
Ile Gln His Leu Gly Tyr Leu Phe Leu Lys Met Ser Pro Glu Asp Ile
370 375 380
Arg Lys Trp Asn Val Thr Ser Leu Glu Thr Leu Lys Ala Leu Leu Glu
385 390 395 400
Val Asn Lys Gly His Glu Met Ser Pro Gln Ala Pro Arg Arg Pro Leu
405 410 415
Pro Gln Val Ala Thr Leu Ile Asp Arg Phe Val Lys Gly Arg Gly Gln
420 425 430
Leu Asp Lys Asp Thr Leu Asp Thr Leu Thr Ala Phe Tyr Pro Gly Tyr
435 440 445
Leu Cys Ser Leu Ser Pro Glu Glu Leu Ser Ser Val Pro Pro Ser Ser
450 455 460
Ile Trp Ala Val Arg Pro Gln Asp Leu Asp Thr Cys Asp Pro Arg Gln
465 470 475 480
Leu Asp Val Leu Tyr Pro Lys Ala Arg Leu Ala Phe Gln Asn Met Asn
485 490 495
Gly Ser Glu Tyr Phe Val Lys Ile Gln Ser Phe Leu Gly Gly Ala Pro
500 505 510
Thr Glu Asp Leu Lys Ala Leu Ser Gln Gln Asn Val Ser Met Asp Leu
515 520 525
Ala Thr Phe Met Lys Leu Arg Thr Asp Ala Val Leu Pro Leu Thr Val
530 535 540
Ala Glu Val Gln Lys Leu Leu Gly Pro His Val Glu Gly Leu Lys Ala
545 550 555 560
Glu Glu Arg His Arg Pro Val Arg Asp Trp Ile Leu Arg Gln Arg Gln
565 570 575
Asp Asp Leu Asp Thr Leu Gly Leu Gly Leu Gln Gly Gly Ile Pro Asn
580 585 590
Gly Tyr Leu Val Leu Asp Leu Ser Met Gln Glu Ala Leu Ser Gly Thr
595 600 605
Pro Cys Leu Leu Gly Pro Gly Pro Val Leu Thr Val Leu Ala Leu Leu
610 615 620
Leu Ala Ser Thr Leu Ala
625 630
<210> 45
<211> 293
<212> PRT
<213> 人
<400> 45
Glu Val Glu Lys Thr Ala Cys Pro Ser Gly Lys Lys Ala Arg Glu Ile
1 5 10 15
Asp Glu Ser Leu Ile Phe Tyr Lys Lys Trp Glu Leu Glu Ala Cys Val
20 25 30
Asp Ala Ala Leu Leu Ala Thr Gln Met Asp Arg Val Asn Ala Ile Pro
35 40 45
Phe Thr Tyr Glu Gln Leu Asp Val Leu Lys His Lys Leu Asp Glu Leu
50 55 60
Tyr Pro Gln Gly Tyr Pro Glu Ser Val Ile Gln His Leu Gly Tyr Leu
65 70 75 80
Phe Leu Lys Met Ser Pro Glu Asp Ile Arg Lys Trp Asn Val Thr Ser
85 90 95
Leu Glu Thr Leu Lys Ala Leu Leu Glu Val Asn Lys Gly His Glu Met
100 105 110
Ser Pro Gln Ala Pro Arg Arg Pro Leu Pro Gln Val Ala Thr Leu Ile
115 120 125
Asp Arg Phe Val Lys Gly Arg Gly Gln Leu Asp Lys Asp Thr Leu Asp
130 135 140
Thr Leu Thr Ala Phe Tyr Pro Gly Tyr Leu Cys Ser Leu Ser Pro Glu
145 150 155 160
Glu Leu Ser Ser Val Pro Pro Ser Ser Ile Trp Ala Val Arg Pro Gln
165 170 175
Asp Leu Asp Thr Cys Asp Pro Arg Gln Leu Asp Val Leu Tyr Pro Lys
180 185 190
Ala Arg Leu Ala Phe Gln Asn Met Asn Gly Ser Glu Tyr Phe Val Lys
195 200 205
Ile Gln Ser Phe Leu Gly Gly Ala Pro Thr Glu Asp Leu Lys Ala Leu
210 215 220
Ser Gln Gln Asn Val Ser Met Asp Leu Ala Thr Phe Met Lys Leu Arg
225 230 235 240
Thr Asp Ala Val Leu Pro Leu Thr Val Ala Glu Val Gln Lys Leu Leu
245 250 255
Gly Pro His Val Glu Gly Leu Lys Ala Glu Glu Arg His Arg Pro Val
260 265 270
Arg Asp Trp Ile Leu Arg Gln Arg Gln Asp Asp Leu Asp Thr Leu Gly
275 280 285
Leu Gly Leu Gln Gly
290
<210> 46
<211> 285
<212> PRT
<213> 猕猴(Macaca fascicularis)
<400> 46
Asp Val Glu Arg Thr Thr Cys Pro Pro Glu Lys Glu Val His Glu Ile
1 5 10 15
Asp Glu Asn Leu Ile Phe Tyr Lys Lys Arg Glu Leu Glu Ala Cys Val
20 25 30
Asp Ala Ala Leu Leu Ala Ala Gln Met Asp Arg Val Asp Ala Ile Pro
35 40 45
Phe Thr Tyr Glu Gln Leu Asp Val Leu Lys His Lys Leu Asp Glu Leu
50 55 60
Tyr Pro Gln Gly Tyr Pro Glu Ser Val Ile Arg His Leu Gly His Leu
65 70 75 80
Phe Leu Lys Met Ser Pro Glu Asp Ile Arg Lys Trp Asn Val Thr Ser
85 90 95
Leu Glu Thr Leu Lys Ala Leu Leu Lys Val Ser Lys Gly His Glu Met
100 105 110
Ser Ala Gln Val Ala Thr Leu Ile Asp Arg Val Val Val Gly Arg Gly
115 120 125
Gln Leu Asp Lys Asp Thr Val Asp Thr Leu Thr Ala Phe Cys Pro Gly
130 135 140
Cys Leu Cys Ser Leu Ser Pro Glu Arg Leu Ser Ser Val Pro Pro Ser
145 150 155 160
Val Ile Gly Ala Val Arg Pro Gln Asp Leu Asp Thr Cys Gly Pro Arg
165 170 175
Gln Leu Asp Val Leu Tyr Pro Lys Ala Arg Leu Ala Phe Gln Asn Met
180 185 190
Ser Gly Ser Glu Tyr Phe Val Lys Ile Arg Pro Phe Leu Gly Gly Ala
195 200 205
Pro Thr Glu Asp Leu Lys Ala Leu Ser Gln Gln Asn Val Ser Met Asp
210 215 220
Leu Ala Thr Phe Met Lys Leu Arg Arg Glu Ala Val Leu Pro Leu Thr
225 230 235 240
Val Ala Glu Val Gln Lys Leu Leu Gly Pro His Val Glu Gly Leu Lys
245 250 255
Val Glu Glu Gln His Ser Pro Val Arg Asp Trp Ile Leu Lys Gln Arg
260 265 270
Gln Asp Asp Leu Asp Thr Leu Gly Leu Gly Leu Gln Gly
275 280 285
<210> 47
<211> 285
<212> PRT
<213> 大鼠(Rattus sp.)
<400> 47
Asp Thr Glu Gln Lys Ala Cys Pro Pro Gly Lys Glu Pro Asn Val Val
1 5 10 15
Asp Glu Asn Leu Ile Phe Tyr Gln Asn Trp Glu Leu Glu Ala Cys Val
20 25 30
Asp Gly Thr Leu Leu Ala Gly Gln Met Asp Leu Val Asn Glu Ile Pro
35 40 45
Phe Thr Tyr Glu Gln Leu Ser Ile Phe Lys His Lys Leu Asp Lys Thr
50 55 60
Tyr Pro Gln Gly Tyr Pro Glu Ser Leu Ile Lys Gln Leu Gly His Phe
65 70 75 80
Phe Arg Tyr Val Ser Pro Glu Asp Ile Arg Gln Trp Asn Val Thr Ser
85 90 95
Pro Asp Thr Val Asn Thr Leu Leu Lys Val Ser Lys Gly Gln Lys Met
100 105 110
Asp Ala Gln Val Ile Ala Leu Val Ala Cys Tyr Leu Arg Gly Gly Gly
115 120 125
Lys Leu Asp Glu Asp Ile Val Lys Ala Leu Asp Asn Ile Pro Leu Ser
130 135 140
Tyr Leu Cys Asp Phe Ser Pro Gln Asp Leu His Ala Ile Pro Ser Ser
145 150 155 160
Val Met Trp Leu Val Gly Leu His Asp Leu Asp Lys Cys Ser Gln Arg
165 170 175
His Leu Gly Ile Leu Tyr Gln Lys Ala Cys Ser Ala Phe Gln Asn Val
180 185 190
Ser Gly Leu Glu Tyr Phe Glu Lys Ile Arg Thr Phe Leu Gly Gly Ala
195 200 205
Ser Arg Glu Asp Leu Arg Ala Leu Ser Gln His Asn Val Ser Met Asp
210 215 220
Ile Ala Thr Phe Lys Lys Leu Gln Val Asp Ala Leu Val Gly Leu Ser
225 230 235 240
Val Ala Glu Val Gln Lys Leu Leu Gly Pro His Ile Gly Asp Leu Lys
245 250 255
Thr Glu Glu Asp Lys Ser Pro Val Arg Asp Trp Leu Phe Arg Gln Gln
260 265 270
Gln Lys Asp Leu Asp Ser Leu Gly Leu Gly Leu Gln Gly
275 280 285
<210> 48
<211> 285
<212> PRT
<213> 小鼠
<400> 48
Asp Ala Glu Gln Lys Ala Cys Pro Pro Gly Lys Glu Pro Tyr Lys Val
1 5 10 15
Asp Glu Asp Leu Ile Phe Tyr Gln Asn Trp Glu Leu Glu Ala Cys Val
20 25 30
Asp Gly Thr Met Leu Ala Arg Gln Met Asp Leu Val Asn Glu Ile Pro
35 40 45
Phe Thr Tyr Glu Gln Leu Ser Ile Phe Lys His Lys Leu Asp Lys Thr
50 55 60
Tyr Pro Gln Gly Tyr Pro Glu Ser Leu Ile Gln Gln Leu Gly His Phe
65 70 75 80
Phe Arg Tyr Val Ser Pro Glu Asp Ile His Gln Trp Asn Val Thr Ser
85 90 95
Pro Asp Thr Val Lys Thr Leu Leu Lys Val Ser Lys Gly Gln Lys Met
100 105 110
Asn Ala Gln Ala Ile Ala Leu Val Ala Cys Tyr Leu Arg Gly Gly Gly
115 120 125
Gln Leu Asp Glu Asp Met Val Lys Ala Leu Gly Asp Ile Pro Leu Ser
130 135 140
Tyr Leu Cys Asp Phe Ser Pro Gln Asp Leu His Ser Val Pro Ser Ser
145 150 155 160
Val Met Trp Leu Val Gly Pro Gln Asp Leu Asp Lys Cys Ser Gln Arg
165 170 175
His Leu Gly Leu Leu Tyr Gln Lys Ala Cys Ser Ala Phe Gln Asn Val
180 185 190
Ser Gly Leu Glu Tyr Phe Glu Lys Ile Lys Thr Phe Leu Gly Gly Ala
195 200 205
Ser Val Lys Asp Leu Arg Ala Leu Ser Gln His Asn Val Ser Met Asp
210 215 220
Ile Ala Thr Phe Lys Arg Leu Gln Val Asp Ser Leu Val Gly Leu Ser
225 230 235 240
Val Ala Glu Val Gln Lys Leu Leu Gly Pro Asn Ile Val Asp Leu Lys
245 250 255
Thr Glu Glu Asp Lys Ser Pro Val Arg Asp Trp Leu Phe Arg Gln His
260 265 270
Gln Lys Asp Leu Asp Arg Leu Gly Leu Gly Leu Gln Gly
275 280 285
<210> 49
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的8xHis标签
<400> 49
His His His His His His His His
1 5
<210> 50
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述: 合成的6xHis标签
<400> 50
His His His His His His
1 5
<210> 51
<211> 4
<212> PRT
<213> 人
<400> 51
Glu Val Glu Lys
1
<210> 52
<211> 4
<212> PRT
<213> 小鼠
<400> 52
Asp Ala Glu Gln
1
<210> 53
<211> 4
<212> PRT
<213> 猕猴(Macaca fascicularis)
<400> 53
Asp Val Glu Arg
1
<210> 54
<211> 81
<212> PRT
<213> 人
<400> 54
Lys Asp Thr Leu Asp Thr Leu Thr Ala Phe Tyr Pro Gly Tyr Leu Cys
1 5 10 15
Ser Leu Ser Pro Glu Glu Leu Ser Ser Val Pro Pro Ser Ser Ile Trp
20 25 30
Ala Val Arg Pro Gln Asp Leu Asp Thr Cys Asp Pro Arg Gln Leu Asp
35 40 45
Val Leu Tyr Pro Lys Ala Arg Leu Ala Phe Gln Asn Met Asn Gly Ser
50 55 60
Glu Tyr Phe Val Lys Ile Gln Ser Phe Leu Gly Gly Ala Pro Thr Glu
65 70 75 80
Asp
<210> 55
<211> 81
<212> PRT
<213> 猕猴(Macaca fascicularis)
<400> 55
Lys Asp Thr Val Asp Thr Leu Thr Ala Phe Cys Pro Gly Cys Leu Cys
1 5 10 15
Ser Leu Ser Pro Glu Arg Leu Ser Ser Val Pro Pro Ser Val Ile Gly
20 25 30
Ala Val Arg Pro Gln Asp Leu Asp Thr Cys Gly Pro Arg Gln Leu Asp
35 40 45
Val Leu Tyr Pro Lys Ala Arg Leu Ala Phe Gln Asn Met Ser Gly Ser
50 55 60
Glu Tyr Phe Val Lys Ile Arg Pro Phe Leu Gly Gly Ala Pro Thr Glu
65 70 75 80
Asp
<210> 56
<211> 81
<212> PRT
<213> 大鼠(Rattus sp.)
<400> 56
Glu Asp Ile Val Lys Ala Leu Asp Asn Ile Pro Leu Ser Tyr Leu Cys
1 5 10 15
Asp Phe Ser Pro Gln Asp Leu His Ala Ile Pro Ser Ser Val Met Trp
20 25 30
Leu Val Gly Leu His Asp Leu Asp Lys Cys Ser Gln Arg His Leu Gly
35 40 45
Ile Leu Tyr Gln Lys Ala Cys Ser Ala Phe Gln Asn Val Ser Gly Leu
50 55 60
Glu Tyr Phe Glu Lys Ile Arg Thr Phe Leu Gly Gly Ala Ser Arg Glu
65 70 75 80
Asp
<210> 57
<211> 81
<212> PRT
<213> 小鼠
<400> 57
Glu Asp Met Val Lys Ala Leu Gly Asp Ile Pro Leu Ser Tyr Leu Cys
1 5 10 15
Asp Phe Ser Pro Gln Asp Leu His Ser Val Pro Ser Ser Val Met Trp
20 25 30
Leu Val Gly Pro Gln Asp Leu Asp Lys Cys Ser Gln Arg His Leu Gly
35 40 45
Leu Leu Tyr Gln Lys Ala Cys Ser Ala Phe Gln Asn Val Ser Gly Leu
50 55 60
Glu Tyr Phe Glu Lys Ile Lys Thr Phe Leu Gly Gly Ala Ser Val Lys
65 70 75 80
Asp
<210> 58
<211> 4
<212> PRT
<213> 人
<400> 58
Lys Asp Thr Leu
1
<210> 59
<211> 4
<212> PRT
<213> 小鼠
<400> 59
Glu Asp Met Val
1
<210> 60
<211> 4
<212> PRT
<213> 人
<400> 60
Thr Ala Phe Tyr
1
<210> 61
<211> 4
<212> PRT
<213> 小鼠
<400> 61
Gly Asp Ile Pro
1
<210> 62
<211> 4
<212> PRT
<213> 人
<400> 62
Glu Glu Leu Ser
1
<210> 63
<211> 4
<212> PRT
<213> 小鼠
<400> 63
Gln Asp Leu His
1
<210> 64
<211> 4
<212> PRT
<213> 人
<400> 64
Pro Ser Ser Ile
1
<210> 65
<211> 4
<212> PRT
<213> 小鼠
<400> 65
Ser Ser Val Met
1
<210> 66
<211> 4
<212> PRT
<213> 人
<400> 66
Thr Cys Asp Pro
1
<210> 67
<211> 4
<212> PRT
<213> 小鼠
<400> 67
Lys Cys Ser Gln
1
<210> 68
<211> 5
<212> PRT
<213> 人
<400> 68
Gln Leu Asp Val Leu
1 5
<210> 69
<211> 5
<212> PRT
<213> 小鼠
<400> 69
His Leu Gly Leu Leu
1 5
<210> 70
<211> 4
<212> PRT
<213> 人
<400> 70
Met Asn Gly Ser
1
<210> 71
<211> 4
<212> PRT
<213> 小鼠
<400> 71
Val Ser Gly Leu
1
<210> 72
<211> 4
<212> PRT
<213> 人
<400> 72
Pro Thr Glu Asp
1
<210> 73
<211> 4
<212> PRT
<213> 小鼠
<400> 73
Ser Thr Lys Asp
1
<210> 74
<211> 4
<212> PRT
<213> 小鼠
<400> 74
Ser Val Lys Asp
1

Claims (10)

1.一种结合间皮素的分离的抗体，其选自：
(i)一种抗体，其结合包含E153和D174的SEQ ID NO:43表位且任选具有一项或多项下述特征：
(a)不展现降低的对糖基化形式间皮素的结合；
(b)不阻断间皮素结合MUC16；和
(c)以≤5nM的亲和力结合间皮素；
(ii)一种抗体，其结合包含E211的SEQ ID NO:43表位且任选具有一项或多项下述特征：
(a)不阻断间皮素结合MUC16；和
(b)以≤5nM的亲和力结合间皮素；
和
(iii)一种抗体，其结合SEQ ID NO:43氨基酸1-131内的表位且以≤5nM的亲和力结合间皮素。
2.一种抗体，其包含(a)SEQ ID NO:8的VH序列和SEQ ID NO:4的VL序列；(b)SEQ IDNO:16的VH序列和SEQ ID NO:12的VL序列；(c)ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体的VH序列和VL序列；或(d)ATCC登录号PTA-11464的杂交瘤19C3生成的抗体。
3.分离的核酸，其编码权利要求1或2的抗体。
4.一种宿主细胞，其包含权利要求3的核酸。
5.一种生成抗体的方法，包括培养权利要求4的宿主细胞，使得该抗体生成。
6.一种免疫偶联物，其具有式Ab-(L-D)p，其中：
(a)Ab为权利要求1或2的抗体；
(b)L为接头；
(c)D为式DE的药物
且其中R2和R6各自为甲基，R3和R4各自为异丙基，R5为H，R7为仲丁基，每一个R8独立选自CH3，O-CH3，OH和H；R9为H；且R18为-C(R8)2-C(R8)2-芳基；且
(d)p范围为1-8。
7.一种治疗具有间皮素阳性癌症的个体的方法，该方法包括对个体施用有效量的权利要求6的免疫偶联物。
8.一种抑制间皮素阳性细胞增殖的方法，该方法包括在允许权利要求6的免疫偶联物结合该细胞表面上的间皮素的条件下将该细胞暴露于该免疫偶联物，由此抑制该细胞增殖。
9.一种检测生物学样品中的人间皮素的方法，其包括在允许权利要求1或2的抗间皮素抗体结合天然存在人间皮素的条件下将该生物学样品与该抗间皮素抗体接触，并检测该抗间皮素抗体和该生物学样品中的天然存在人间皮素之间是否形成复合物。
10.一种用于检测间皮素阳性癌症的方法，其包括(i)将经标记的抗间皮素施用于具有或怀疑具有间皮素阳性癌症的受试者，其中该经标记的抗间皮素抗体包含权利要求1或2的抗间皮素抗体，并(ii)检测该受试者中的该经标记的抗间皮素抗体，其中检测到该经标记的抗间皮素抗体指示该受试者中的间皮素阳性癌症。
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