RU2703192C2 - Генетические маркеры для прогнозирования ответа на терапию поднимающими уровень hdl или имитирующими hdl агентами - Google Patents
Генетические маркеры для прогнозирования ответа на терапию поднимающими уровень hdl или имитирующими hdl агентами Download PDFInfo
- Publication number
- RU2703192C2 RU2703192C2 RU2017104149A RU2017104149A RU2703192C2 RU 2703192 C2 RU2703192 C2 RU 2703192C2 RU 2017104149 A RU2017104149 A RU 2017104149A RU 2017104149 A RU2017104149 A RU 2017104149A RU 2703192 C2 RU2703192 C2 RU 2703192C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- ischemia
- genotype
- subject
- additional
- improved response
- Prior art date
Links
- 230000004044 response Effects 0.000 title claims abstract description 190
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 title abstract description 70
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 title abstract description 52
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims abstract description 188
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 187
- 208000024172 Cardiovascular disease Diseases 0.000 claims abstract description 119
- 102210010530 rs1967309 Human genes 0.000 claims description 144
- 208000028867 ischemia Diseases 0.000 claims description 114
- YZQLWPMZQVHJED-UHFFFAOYSA-N 2-methylpropanethioic acid S-[2-[[[1-(2-ethylbutyl)cyclohexyl]-oxomethyl]amino]phenyl] ester Chemical compound C=1C=CC=C(SC(=O)C(C)C)C=1NC(=O)C1(CC(CC)CC)CCCCC1 YZQLWPMZQVHJED-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 105
- 229950004181 dalcetrapib Drugs 0.000 claims description 79
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 45
- 101150072832 adcy9 gene Proteins 0.000 claims description 43
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 35
- 208000029078 coronary artery disease Diseases 0.000 claims description 30
- 208000000563 Hyperlipoproteinemia Type II Diseases 0.000 claims description 27
- 201000001386 familial hypercholesterolemia Diseases 0.000 claims description 27
- 230000007211 cardiovascular event Effects 0.000 claims description 26
- 208000010125 myocardial infarction Diseases 0.000 claims description 25
- 208000031226 Hyperlipidaemia Diseases 0.000 claims description 22
- 208000004476 Acute Coronary Syndrome Diseases 0.000 claims description 21
- 201000001320 Atherosclerosis Diseases 0.000 claims description 18
- 208000035150 Hypercholesterolemia Diseases 0.000 claims description 18
- 208000018262 Peripheral vascular disease Diseases 0.000 claims description 18
- 206010021024 Hypolipidaemia Diseases 0.000 claims description 17
- 208000006575 hypertriglyceridemia Diseases 0.000 claims description 17
- 208000029498 hypoalphalipoproteinemia Diseases 0.000 claims description 17
- 230000000250 revascularization Effects 0.000 claims description 15
- 208000032928 Dyslipidaemia Diseases 0.000 claims description 12
- 208000037487 Endotoxemia Diseases 0.000 claims description 12
- 206010020772 Hypertension Diseases 0.000 claims description 12
- 208000017170 Lipid metabolism disease Diseases 0.000 claims description 12
- 208000008589 Obesity Diseases 0.000 claims description 12
- 206010012601 diabetes mellitus Diseases 0.000 claims description 12
- 235000020824 obesity Nutrition 0.000 claims description 12
- 230000002792 vascular Effects 0.000 claims description 11
- 206010002383 Angina Pectoris Diseases 0.000 claims description 10
- 102100024640 Low-density lipoprotein receptor Human genes 0.000 claims description 10
- 206010045261 Type IIa hyperlipidaemia Diseases 0.000 claims description 10
- 208000020346 hyperlipoproteinemia Diseases 0.000 claims description 10
- 206010061216 Infarction Diseases 0.000 claims description 8
- 208000032382 Ischaemic stroke Diseases 0.000 claims description 8
- 208000007814 Unstable Angina Diseases 0.000 claims description 8
- 238000002399 angioplasty Methods 0.000 claims description 8
- 230000007574 infarction Effects 0.000 claims description 8
- 208000010496 Heart Arrest Diseases 0.000 claims description 6
- 230000000747 cardiac effect Effects 0.000 claims description 6
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 6
- 206010019280 Heart failures Diseases 0.000 claims description 3
- 230000002265 prevention Effects 0.000 claims description 3
- 101100293260 Homo sapiens NAA15 gene Proteins 0.000 claims 25
- 102100026781 N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit Human genes 0.000 claims 25
- 206010003210 Arteriosclerosis Diseases 0.000 claims 3
- 241000283074 Equus asinus Species 0.000 claims 3
- 208000011775 arteriosclerosis disease Diseases 0.000 claims 3
- 101000775499 Homo sapiens Adenylate cyclase type 9 Proteins 0.000 claims 2
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 abstract description 46
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 19
- HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N cholesterol Chemical compound C1C=C2C[C@@H](O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H]([C@H](C)CCCC(C)C)[C@@]1(C)CC2 HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N 0.000 abstract description 16
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 abstract description 12
- 235000012000 cholesterol Nutrition 0.000 abstract description 8
- 239000000203 mixture Substances 0.000 abstract description 5
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 abstract description 3
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 abstract description 3
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract description 2
- 102000015779 HDL Lipoproteins Human genes 0.000 description 192
- 108010010234 HDL Lipoproteins Proteins 0.000 description 192
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 99
- 239000003354 cholesterol ester transfer protein inhibitor Substances 0.000 description 87
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 78
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 78
- 229940125881 cholesteryl ester transfer protein inhibitor Drugs 0.000 description 76
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 70
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 53
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 52
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 45
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 44
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 44
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 33
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 31
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 30
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 27
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 26
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 25
- 239000000902 placebo Substances 0.000 description 24
- 229940068196 placebo Drugs 0.000 description 24
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 23
- 230000003028 elevating effect Effects 0.000 description 23
- 102100032156 Adenylate cyclase type 9 Human genes 0.000 description 18
- 108010066700 adenylate cyclase 9 Proteins 0.000 description 18
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 18
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 17
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 17
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 17
- MZZLGJHLQGUVPN-HAWMADMCSA-N anacetrapib Chemical compound COC1=CC(F)=C(C(C)C)C=C1C1=CC=C(C(F)(F)F)C=C1CN1C(=O)O[C@H](C=2C=C(C=C(C=2)C(F)(F)F)C(F)(F)F)[C@@H]1C MZZLGJHLQGUVPN-HAWMADMCSA-N 0.000 description 16
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 16
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 16
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 16
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 14
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 14
- IHIUGIVXARLYHP-YBXDKENTSA-N evacetrapib Chemical compound C1([C@@H](N(CC=2C=C(C=C(C=2)C(F)(F)F)C(F)(F)F)C2=NN(C)N=N2)CCC2)=CC(C)=CC(C)=C1N2C[C@H]1CC[C@H](C(O)=O)CC1 IHIUGIVXARLYHP-YBXDKENTSA-N 0.000 description 14
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 14
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 14
- 229950000285 anacetrapib Drugs 0.000 description 13
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 13
- 229950000005 evacetrapib Drugs 0.000 description 13
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 12
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 12
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 12
- CMSGWTNRGKRWGS-NQIIRXRSSA-N torcetrapib Chemical compound COC(=O)N([C@H]1C[C@@H](CC)N(C2=CC=C(C=C21)C(F)(F)F)C(=O)OCC)CC1=CC(C(F)(F)F)=CC(C(F)(F)F)=C1 CMSGWTNRGKRWGS-NQIIRXRSSA-N 0.000 description 12
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 11
- -1 fibrates Chemical compound 0.000 description 11
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 11
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 11
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 11
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 10
- 235000010855 food raising agent Nutrition 0.000 description 10
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 10
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 9
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 9
- 229950004514 torcetrapib Drugs 0.000 description 9
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 8
- 210000001168 carotid artery common Anatomy 0.000 description 8
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 8
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 7
- 230000008859 change Effects 0.000 description 7
- 210000004351 coronary vessel Anatomy 0.000 description 7
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 7
- 102000054767 gene variant Human genes 0.000 description 7
- 230000002974 pharmacogenomic effect Effects 0.000 description 7
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 230000003143 atherosclerotic effect Effects 0.000 description 6
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 6
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 6
- 210000001715 carotid artery Anatomy 0.000 description 6
- 230000003111 delayed effect Effects 0.000 description 6
- 208000019622 heart disease Diseases 0.000 description 6
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 6
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 6
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 6
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 6
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 6
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 description 5
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 5
- 238000008214 LDL Cholesterol Methods 0.000 description 5
- 102000007330 LDL Lipoproteins Human genes 0.000 description 5
- 108010007622 LDL Lipoproteins Proteins 0.000 description 5
- PVNIIMVLHYAWGP-UHFFFAOYSA-N Niacin Chemical compound OC(=O)C1=CC=CN=C1 PVNIIMVLHYAWGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 5
- 208000006011 Stroke Diseases 0.000 description 5
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 5
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 5
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 5
- 230000000996 additive effect Effects 0.000 description 5
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 5
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 5
- 238000011161 development Methods 0.000 description 5
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 5
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 5
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 description 5
- 229960003512 nicotinic acid Drugs 0.000 description 5
- 235000001968 nicotinic acid Nutrition 0.000 description 5
- 239000011664 nicotinic acid Substances 0.000 description 5
- NRWORBQAOQVYBJ-GJZUVCINSA-N obicetrapib Chemical compound N=1C=C(OCCCC(O)=O)C=NC=1N([C@H]1C[C@@H](CC)N(C2=CC=C(C=C21)C(F)(F)F)C(=O)OCC)CC1=CC(C(F)(F)F)=CC(C(F)(F)F)=C1 NRWORBQAOQVYBJ-GJZUVCINSA-N 0.000 description 5
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 5
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 5
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 5
- 208000037803 restenosis Diseases 0.000 description 5
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 5
- BHKIPHICFOJGLD-HOFKKMOUSA-N (5s)-4-cyclohexyl-2-cyclopentyl-3-[(s)-fluoro-[4-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-7,7-dimethyl-6,8-dihydro-5h-quinolin-5-ol Chemical compound C1([C@@H](F)C=2C=CC(=CC=2)C(F)(F)F)=C(C2CCCCC2)C([C@@H](O)CC(C2)(C)C)=C2N=C1C1CCCC1 BHKIPHICFOJGLD-HOFKKMOUSA-N 0.000 description 4
- NKOHRVBBQISBSB-UHFFFAOYSA-N 5-[(4-hydroxyphenyl)methyl]-1,3-thiazolidine-2,4-dione Chemical compound C1=CC(O)=CC=C1CC1C(=O)NC(=O)S1 NKOHRVBBQISBSB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 206010002388 Angina unstable Diseases 0.000 description 4
- 229940121710 HMGCoA reductase inhibitor Drugs 0.000 description 4
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 4
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 4
- NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N Piperidine Chemical compound C1CCNCC1 NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 206010063837 Reperfusion injury Diseases 0.000 description 4
- 108060000200 adenylate cyclase Proteins 0.000 description 4
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 4
- 229940125753 fibrate Drugs 0.000 description 4
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 4
- 230000006870 function Effects 0.000 description 4
- 201000004332 intermediate coronary syndrome Diseases 0.000 description 4
- 208000031225 myocardial ischemia Diseases 0.000 description 4
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 4
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 4
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 4
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 4
- 125000006176 2-ethylbutyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])(C([H])([H])*)C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 3
- OCNBSSLDAIWTKS-UHFFFAOYSA-N 3-[[[3,5-bis(trifluoromethyl)phenyl]methyl-(2-methyltetrazol-5-yl)amino]methyl]-n,n-bis(cyclopropylmethyl)-8-methylquinolin-2-amine Chemical compound C1CC1CN(CC1CC1)C=1N=C2C(C)=CC=CC2=CC=1CN(C1=NN(C)N=N1)CC1=CC(C(F)(F)F)=CC(C(F)(F)F)=C1 OCNBSSLDAIWTKS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108700012841 Cholesteryl Ester Transfer Protein Deficiency Proteins 0.000 description 3
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 3
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 3
- 102000004895 Lipoproteins Human genes 0.000 description 3
- 108090001030 Lipoproteins Proteins 0.000 description 3
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 3
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 description 3
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 3
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 3
- 238000009509 drug development Methods 0.000 description 3
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 3
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 3
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 3
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 3
- 230000003278 mimic effect Effects 0.000 description 3
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 3
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 3
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 3
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 3
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 3
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 3
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 3
- 208000019553 vascular disease Diseases 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- XUKUURHRXDUEBC-KAYWLYCHSA-N Atorvastatin Chemical compound C=1C=CC=CC=1C1=C(C=2C=CC(F)=CC=2)N(CC[C@@H](O)C[C@@H](O)CC(O)=O)C(C(C)C)=C1C(=O)NC1=CC=CC=C1 XUKUURHRXDUEBC-KAYWLYCHSA-N 0.000 description 2
- XUKUURHRXDUEBC-UHFFFAOYSA-N Atorvastatin Natural products C=1C=CC=CC=1C1=C(C=2C=CC(F)=CC=2)N(CCC(O)CC(O)CC(O)=O)C(C(C)C)=C1C(=O)NC1=CC=CC=C1 XUKUURHRXDUEBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010002025 CER-001 Proteins 0.000 description 2
- 101150069040 CETP gene Proteins 0.000 description 2
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- IHIUGIVXARLYHP-UXNJHFGPSA-N Evacetrapib Chemical compound C1([C@@H](N(CC=2C=C(C=C(C=2)C(F)(F)F)C(F)(F)F)C2=NN(C)N=N2)CCC2)=CC(C)=CC(C)=C1N2CC1CCC(C(O)=O)CC1 IHIUGIVXARLYHP-UXNJHFGPSA-N 0.000 description 2
- 206010053172 Fatal outcomes Diseases 0.000 description 2
- 108091027305 Heteroduplex Proteins 0.000 description 2
- 101000616435 Homo sapiens Gamma-sarcoglycan Proteins 0.000 description 2
- AVXURJPOCDRRFD-UHFFFAOYSA-N Hydroxylamine Chemical compound ON AVXURJPOCDRRFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 2
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N acridine Chemical compound C1=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3N=C21 DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 2
- 239000000556 agonist Substances 0.000 description 2
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 2
- NETXMUIMUZJUTB-UHFFFAOYSA-N apabetalone Chemical compound C=1C(OC)=CC(OC)=C(C(N2)=O)C=1N=C2C1=CC(C)=C(OCCO)C(C)=C1 NETXMUIMUZJUTB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 2
- 229960005370 atorvastatin Drugs 0.000 description 2
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 2
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 2
- 238000002680 cardiopulmonary resuscitation Methods 0.000 description 2
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 2
- 238000002487 chromatin immunoprecipitation Methods 0.000 description 2
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 2
- 239000002131 composite material Substances 0.000 description 2
- 210000002808 connective tissue Anatomy 0.000 description 2
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 2
- 230000001186 cumulative effect Effects 0.000 description 2
- 230000034994 death Effects 0.000 description 2
- 238000003935 denaturing gradient gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 230000008021 deposition Effects 0.000 description 2
- 238000002059 diagnostic imaging Methods 0.000 description 2
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 2
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 238000001917 fluorescence detection Methods 0.000 description 2
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 2
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 2
- 239000002471 hydroxymethylglutaryl coenzyme A reductase inhibitor Substances 0.000 description 2
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 2
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 2
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 2
- 238000000370 laser capture micro-dissection Methods 0.000 description 2
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 2
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 2
- 229910000489 osmium tetroxide Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000012285 osmium tetroxide Substances 0.000 description 2
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 2
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 description 2
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 description 2
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 2
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 2
- 229940121649 protein inhibitor Drugs 0.000 description 2
- 239000012268 protein inhibitor Substances 0.000 description 2
- ZCCUUQDIBDJBTK-UHFFFAOYSA-N psoralen Chemical compound C1=C2OC(=O)C=CC2=CC2=C1OC=C2 ZCCUUQDIBDJBTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 2
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 2
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 2
- 239000013074 reference sample Substances 0.000 description 2
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 2
- 238000009097 single-agent therapy Methods 0.000 description 2
- 238000013517 stratification Methods 0.000 description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 2
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 2
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 2
- 150000003626 triacylglycerols Chemical class 0.000 description 2
- 238000002604 ultrasonography Methods 0.000 description 2
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 2
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 2
- CWOUDBOBZZCQFG-UHFFFAOYSA-N 1-(2-ethylbutyl)-n-[2-[[2-[[1-(2-ethylbutyl)cyclohexanecarbonyl]amino]phenyl]disulfanyl]phenyl]cyclohexane-1-carboxamide Chemical compound C=1C=CC=C(SSC=2C(=CC=CC=2)NC(=O)C2(CC(CC)CC)CCCCC2)C=1NC(=O)C1(CC(CC)CC)CCCCC1 CWOUDBOBZZCQFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FFAADXOKPZHULO-UHFFFAOYSA-N 2-methylpropanethioic s-acid Chemical compound CC(C)C(S)=O FFAADXOKPZHULO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VXGRJERITKFWPL-UHFFFAOYSA-N 4',5'-Dihydropsoralen Natural products C1=C2OC(=O)C=CC2=CC2=C1OCC2 VXGRJERITKFWPL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100032158 Adenylate cyclase type 6 Human genes 0.000 description 1
- 241000269627 Amphiuma means Species 0.000 description 1
- 108010071619 Apolipoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000007592 Apolipoproteins Human genes 0.000 description 1
- 102000013918 Apolipoproteins E Human genes 0.000 description 1
- 108010025628 Apolipoproteins E Proteins 0.000 description 1
- 101100041621 Arabidopsis thaliana SAC6 gene Proteins 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- 241000120529 Chenuda virus Species 0.000 description 1
- 108010061846 Cholesterol Ester Transfer Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000012336 Cholesterol Ester Transfer Proteins Human genes 0.000 description 1
- 229920000742 Cotton Polymers 0.000 description 1
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 1
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 description 1
- SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N Digoxigenin Natural products C1CC(C2C(C3(C)CCC(O)CC3CC2)CC2O)(O)C2(C)C1C1=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 description 1
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 description 1
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 1
- 101000880514 Homo sapiens Cholesteryl ester transfer protein Proteins 0.000 description 1
- 101001035752 Homo sapiens Hydroxycarboxylic acid receptor 3 Proteins 0.000 description 1
- 102100039356 Hydroxycarboxylic acid receptor 3 Human genes 0.000 description 1
- 238000003657 Likelihood-ratio test Methods 0.000 description 1
- 102000004882 Lipase Human genes 0.000 description 1
- 108090001060 Lipase Proteins 0.000 description 1
- 239000004367 Lipase Substances 0.000 description 1
- 108091092878 Microsatellite Proteins 0.000 description 1
- 101001024425 Mus musculus Ig gamma-2A chain C region secreted form Proteins 0.000 description 1
- 108700019961 Neoplasm Genes Proteins 0.000 description 1
- 102000048850 Neoplasm Genes Human genes 0.000 description 1
- 108700010041 Nicotinic acid receptor Proteins 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 229940126033 PPAR agonist Drugs 0.000 description 1
- 208000031481 Pathologic Constriction Diseases 0.000 description 1
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000012228 RNA interference-mediated gene silencing Methods 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 229940123863 Thyroid-stimulating hormone receptor agonist Drugs 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 108010023957 adenylyl cyclase 6 Proteins 0.000 description 1
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000002168 alkylating agent Substances 0.000 description 1
- 229940100198 alkylating agent Drugs 0.000 description 1
- INJRKJPEYSAMPD-UHFFFAOYSA-N aluminum;silicic acid;hydrate Chemical compound O.[Al].[Al].O[Si](O)(O)O INJRKJPEYSAMPD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 230000000879 anti-atherosclerotic effect Effects 0.000 description 1
- 230000003110 anti-inflammatory effect Effects 0.000 description 1
- 239000003963 antioxidant agent Substances 0.000 description 1
- 230000003078 antioxidant effect Effects 0.000 description 1
- 210000001367 artery Anatomy 0.000 description 1
- 238000012093 association test Methods 0.000 description 1
- 230000000778 atheroprotective effect Effects 0.000 description 1
- FQCKMBLVYCEXJB-MNSAWQCASA-L atorvastatin calcium Chemical compound [Ca+2].C=1C=CC=CC=1C1=C(C=2C=CC(F)=CC=2)N(CC[C@@H](O)C[C@@H](O)CC([O-])=O)C(C(C)C)=C1C(=O)NC1=CC=CC=C1.C=1C=CC=CC=1C1=C(C=2C=CC(F)=CC=2)N(CC[C@@H](O)C[C@@H](O)CC([O-])=O)C(C(C)C)=C1C(=O)NC1=CC=CC=C1 FQCKMBLVYCEXJB-MNSAWQCASA-L 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 229920001222 biopolymer Polymers 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 210000001772 blood platelet Anatomy 0.000 description 1
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 1
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 1
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 210000003467 cheek Anatomy 0.000 description 1
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 1
- 150000001840 cholesterol esters Chemical class 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 238000010835 comparative analysis Methods 0.000 description 1
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 1
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 1
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000013500 data storage Methods 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 239000005546 dideoxynucleotide Substances 0.000 description 1
- 230000037213 diet Effects 0.000 description 1
- 235000005911 diet Nutrition 0.000 description 1
- QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N digitoxigenin Natural products CC12CCC(C3(CCC(O)CC3CC3)C)C3C11OC1CC2C1=CC(=O)OC1 QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N digoxigenin Chemical compound C1([C@@H]2[C@@]3([C@@](CC2)(O)[C@H]2[C@@H]([C@@]4(C)CC[C@H](O)C[C@H]4CC2)C[C@H]3O)C)=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N 0.000 description 1
- 238000004141 dimensional analysis Methods 0.000 description 1
- 210000001840 diploid cell Anatomy 0.000 description 1
- 231100000673 dose–response relationship Toxicity 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 230000002526 effect on cardiovascular system Effects 0.000 description 1
- 238000000835 electrochemical detection Methods 0.000 description 1
- 238000002848 electrochemical method Methods 0.000 description 1
- 210000002889 endothelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 1
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 1
- 238000011049 filling Methods 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002795 fluorescence method Methods 0.000 description 1
- 230000005714 functional activity Effects 0.000 description 1
- 230000009368 gene silencing by RNA Effects 0.000 description 1
- 230000007614 genetic variation Effects 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 238000013537 high throughput screening Methods 0.000 description 1
- 102000052454 human CETP Human genes 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- 206010020718 hyperplasia Diseases 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 229910052738 indium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000411 inducer Substances 0.000 description 1
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 238000009830 intercalation Methods 0.000 description 1
- 239000010443 kyanite Substances 0.000 description 1
- 229910052850 kyanite Inorganic materials 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 235000019421 lipase Nutrition 0.000 description 1
- 108010053156 lipid transfer protein Proteins 0.000 description 1
- 229940002661 lipitor Drugs 0.000 description 1
- 238000001459 lithography Methods 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 230000033001 locomotion Effects 0.000 description 1
- 238000007477 logistic regression Methods 0.000 description 1
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 238000001840 matrix-assisted laser desorption--ionisation time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 239000002207 metabolite Substances 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N methamphetamine Chemical compound CN[C@@H](C)CC1=CC=CC=C1 MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 1
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 1
- YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N methylphosphonic acid Chemical compound CP(O)(O)=O YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010208 microarray analysis Methods 0.000 description 1
- 238000012775 microarray technology Methods 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 210000004165 myocardium Anatomy 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 1
- 230000000414 obstructive effect Effects 0.000 description 1
- 239000000816 peptidomimetic Substances 0.000 description 1
- 238000013146 percutaneous coronary intervention Methods 0.000 description 1
- 230000000737 periodic effect Effects 0.000 description 1
- 239000002307 peroxisome proliferator activated receptor agonist Substances 0.000 description 1
- 239000008177 pharmaceutical agent Substances 0.000 description 1
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 description 1
- 238000001050 pharmacotherapy Methods 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 150000003904 phospholipids Chemical class 0.000 description 1
- PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-L phosphoramidate Chemical compound NP([O-])([O-])=O PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 description 1
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 1
- 238000000634 powder X-ray diffraction Methods 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 1
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 description 1
- 238000000513 principal component analysis Methods 0.000 description 1
- 239000000651 prodrug Substances 0.000 description 1
- 229940002612 prodrug Drugs 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 1
- 238000012175 pyrosequencing Methods 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000009711 regulatory function Effects 0.000 description 1
- 238000004153 renaturation Methods 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 239000010703 silicon Substances 0.000 description 1
- 229910052710 silicon Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 208000037804 stenosis Diseases 0.000 description 1
- 230000036262 stenosis Effects 0.000 description 1
- 208000023516 stroke disease Diseases 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 210000001179 synovial fluid Anatomy 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 125000002023 trifluoromethyl group Chemical group FC(F)(F)* 0.000 description 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/16—Amides, e.g. hydroxamic acids
- A61K31/165—Amides, e.g. hydroxamic acids having aromatic rings, e.g. colchicine, atenolol, progabide
- A61K31/167—Amides, e.g. hydroxamic acids having aromatic rings, e.g. colchicine, atenolol, progabide having the nitrogen of a carboxamide group directly attached to the aromatic ring, e.g. lidocaine, paracetamol
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
- A61P3/04—Anorexiants; Antiobesity agents
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
- A61P3/06—Antihyperlipidemics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
- A61P3/08—Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis
- A61P3/10—Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis for hyperglycaemia, e.g. antidiabetics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
- A61P9/02—Non-specific cardiovascular stimulants, e.g. drugs for syncope, antihypotensives
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
- A61P9/10—Drugs for disorders of the cardiovascular system for treating ischaemic or atherosclerotic diseases, e.g. antianginal drugs, coronary vasodilators, drugs for myocardial infarction, retinopathy, cerebrovascula insufficiency, renal arteriosclerosis
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
- A61P9/12—Antihypertensives
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Abstract
Данное изобретение относится к биотехнологии. Предложены способы генотипирования и композиции для выбора пациентов, страдающих сердечно-сосудистым заболеванием, которым может принести пользу терапия поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом, в частности ингибитором/модулятором белка-переносчика эстерифицированного холестерина (СЕТР). 6 н. и 90 з.п. ф-лы, 10 ил., 13 табл., 2 пр.
Description
Область изобретения относится к лечению или профилактике субъекта, страдающего сердечно-сосудистым расстройством.
Принятая двадцать лет концепция «универсальной терапии, подходящей всем» привела к появлению важных лекарственных препаратов, ставших лидерами продаж. Сегодня секвенирование генома человека и успехи технологии молекулярного профилирования позволяют перейти к более стратифицированному или персонализированному подходу в разработке лекарственных средств. Эти достижения позволяют разделить индивидов на субпопуляции, подверженные риску определенного заболевания, субпопуляции, в которых заболевание поддается определенному лечению, и субпопуляции, в которых заболевание не поддается определенному лечению или высок риск развития нежелательных явлений на фоне терапии. Таким образом, генетические тесты могут применяться, чтобы способствовать постановке диагноза, определению прогноза и выбору терапии. Многочисленные исследования показали зависимость между генотипом и ответом на фармакотерапию. Данный подход широко использовался в последние годы, в частности в онкологии, где был разработан ряд персонализированных терапевтических подходов, позволивших добиться значительного улучшения клинических результатов.
При сердечно-сосудистых заболеваниях стратификация популяции в зависимости от генотипа перед проведением определенных терапевтических вмешательств применяется редко. Одной из задач данного изобретения является демонстрация того, что популяция пациентов, страдающих сердечно-сосудистыми заболеваниями, может быть гетерогенной и, следовательно, по-разному реагировать на определенную терапию. Снижение LDL (от англ. low density lipoprotein, липопротеины низкой плотности) является важной терапевтической стратегией в контролировании сердечно-сосудистых заболеваний. Так, статины, снижающие LDL, такие как крестор, липитор, правахол и зокор, нашли широкое применение и являются наиболее часто выписываемыми лекарствами. Некоторое время назад полагали, что повышение уровня HDL (от англ. high density lipoprotein, липопротеины высокой плотности) также может оказывать терапевтическое воздействие при сердечно-сосудистых заболеваниях. Было разработано несколько поднимающих уровень HDL препаратов, в том числе, ниацин и ингибиторы белка-переносчика эстерифицированного холестерина, такие как торцетрапиб, анацетрапиб, эвацетрапиб и дальцетрапиб.
Белок-переносчик эстерифицированного холестерина (СЕТР, от англ. Cholesterylester transfer protein), также носит название белка, переносящего липиды плазмы, и представляет собой гидрофобный гликопротеин, который синтезируется в нескольких типах тканей, но преимущественно, в печени. СЕТР осуществляет перенос эфиров холестерина и триглицеридов между частицами липопротеинов плазмы в обоих направлениях. Первые свидетельства влияния активности СЕТР на липопротеины плазмы были получены при наблюдениях за людьми с генетически обусловленной недостаточностью СЕТР. Мутация СЕТР, являвшаяся причиной выраженного повышения C-HDL, была впервые выявлена в Японии в 1989 году. С тех пор было выявлено 10 мутаций, ассоциированных с недостаточностью СЕТР у азиатов и одна у европейцев. Оказалось, что в Японии 57% субъектов с уровнем С-HDL выше 100 мг/дл имеют мутации гена СЕТР. Кроме того, мутации гена СЕТР имеют 37% японцев с уровнем C-HDL от 75 до 100 мг/дл. Впоследствии, исследования на животных, получавших антитела к СЕТР, показали, что ингибирование СЕТР приводило к существенному повышению концентрации С-HDL. Позже обнаружили, что лекарственные ингибиторы СЕТР повышают концентрацию холестерина HDL и apoA-l (основного аполипопротеина HDL) у человека, что согласуется с данными наблюдений за пациентами с недостаточностью СЕТР, а также результатами исследований на кроликах, получавших антитело к СЕТР. Многочисленные эпидемиологические исследования, в том числе исследования мутаций у человека, выявили взаимосвязь между изменением активности СЕТР и риском ишемической болезни сердца (Hirano, K.I. Yamishita, S. and Matsuzawa Y. (2000) Curr. Opin. Lipido. 11(4), 389-396).
Атеросклероз и его клинические осложнения, включая ишемическую болезнь сердца (ИБС), инсульт и заболевание периферических сосудов, тяжким бременем ложатся на системы здравоохранения во всем мире. Лекарства, ингибирующие СЕТР (ингибиторы СЕТР), в течение некоторого времени находились в разработке в расчете на их эффективность в лечении или предупреждении атеросклероза. Ряд классов ингибиторов СЕТР, включая дальцетрапиб, торцетрапиб, анацетрапиб, эвацетрапиб, BAY 60-5521 и другие (Таблица 1), продемонстрировали способность повышать HDL, снижать LDL у человека и оказывать терапевтическое воздействие при лечении атеросклероза и сердечно-сосудистых заболеваний.
Однако, есть данные, что эти лекарства безопасны и эффективны не для всех пациентов. Клинические исследования торцетрапиба были остановлены на III фазе по причине более высокой смертности среди пациентов, одновременно получавших торцетрапиб и аторвастатин, по сравнению с пациентами, получавшими аторвастатин в виде монотерапии. Клиническое исследование дальцетрапиба также было прекращено на III фазе, в данном случае из-за отсутствия эффективности по сравнению с монотерапией статинами. Другие ингибиторы СЕТР по-прежнему находятся на стадии клинических исследований или на более ранних стадиях разработки. В целом, стратегии терапии с использованием ингибиторов СЕТР, обеспечивающих большую эффективность и меньше побочных эффектов, могут оказаться эффективными в клинической практике. Существует потребность в биомаркерах, способах и стратегиях предсказания ответа на ингибиторы СЕТР и оценки риска нежелательных явлений, связанных с введением ингибиторов СЕТР.
Ингибиторы СЕТР могут найти применение в лечении и/или профилактике атеросклероза, заболевания периферических сосудов, дислипидемии, гипербеталипопротеинемии, гипоальфалипопротеинемии, гиперхолестеринемии, гипертриглицеридемии, семейной гиперхолестеринемии, сердечно-сосудистых заболеваний, стенокардии, ишемии, ишемии сердца, инсульта, инфаркта миокарда, реперфузионного повреждения, рестеноза после ангиопластики, гипертензии и сосудистых осложений диабета, ожирения или эндотоксемии.
Клинические исследования показали, что отклик пациентов на лечение лекарственными препаратами зачастую бывает гетерогенным. Существует острая необходимость усовершенствования разработки лекарственных препаратов, клинических разработок и терапевтического эффекта лекарственных препаратов для отдельных пациентов или категорий пациентов. Для выявления пациентов, наиболее подходящих для терапии конкретными фармацевтическими агентами, можно использовать однонуклеотидные полиморфизмы (ОНП) (эту область исследований часто называют «фармакогеномикой»). Также, ОНП можно использовать для исключения пациентов из определенной терапии вследствие повышенной вероятности развития токсических побочных эффектов или вероятности отсутствия у них отклика на лечение. Фармакогеномика также может применяться в фармацевтических исследованиях и способствовать разработкам лекарств и процессу отбора. Linder et al, Clinical Chemistry 43:254 (1997); Marshall, Nature Biotechnology 15:1249 (1997); международная заявка на патент WO 97/40462, Spectra Biomedical; and Schafer et al, Nature Biotechnology 16:3 (1998).
Исследование заболеваемости и смертности на фоне приема дальцетрапиба (dal-OUTCOMES) было двойным слепым рандомизированным плацебо-контролируемым многоцентровым исследованием на параллельных группах пациентов со стабильной ИБС, недавно госпитализированных по поводу острого коронарного синдрома (ОКС). Исследование проводили для проверки гипотезы, что ингибирование СЕТР будет снижать риск повторных сердечно-сосудистых событий у пациентов с недавно имевшим место ОКС за счет повышения уровня C-HDL благодаря ингибированию СЕТР. Удовлетворяющие критериям пациенты включались в простое слепое исследование с назначением плацебо в течение подготовительного периода, длившегося от 4 до 6 недель, для стабилизации состояния пациентов и завершения запланированных процедур реваскуляризации. После окончания подготовительного периода удовлетворяющих критериям пациентов в стабильном состоянии рандомизировали в соотношении 1:1 в группы, где наряду с оказанием научно-обоснованной медицинской помощи по поводу ОКС назначали 600 мг дальцетрапиба или плацебо. Дальцетрапиб представляет собой ингибитор белка-переносчика эстерифицированного холестерина (СЕТР). Показано, что он индуцирует дозозависимое снижение активности СЕТР и повышает уровень C-HDL у некоторых видов животных и у человека. Снижение активности СЕТР разными способами продемонстрировало антиатеросклеротический эффект в нескольких моделях на животных. Исследование было прекращено в мае 2012 Независимым комитетом по мониторингу данных как бесперспективное. В исследовании dal-OUTCOMES были получены неожиданные результаты, связанные с прогрессированием сердечно-сосудистых заболеваний. Несмотря на повышение C-HDL, у пациентов, получавших лечение, существенного уменьшения частоты сердечно-сосудистых событий не наблюдалось, и исследование было прекращено.
После остановки исследования dal-OUTCOMES была выдвинута гипотеза, что подгруппа пациентов, участвовавших в исследовании, по-разному реагировала на дальцетрапиб, и что дальцетрапиб мог оказывать значимое терапевтическое воздействие на субпопуляцию пациентов. Для изучения межиндивидуальной вариабельности ответа на дальцетрапиб и выявления генетических маркеров, предсказывающих ответ на терапию дальцетрапибом или другими ингибиторами СЕТР для стратификации пациентов и выбора лечения, провели фармакогеномное исследование пациентов, участвовавших в исследовании dal-OUTCOMES.
В данном изобретении предложены способы генотипирования, реагенты и композиции для выбора индивидуумов, которым терапия поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом, в частности, ингибитором/модулятором СЕТР, может принести пользу, в частности, когда индивидуум страдает сердечнососудистым расстройством. В изобретении также предложены способы лечения пациентов, страдающих сердечно-сосудистым расстройством, включающие генотипирование, и выбора пациентов, которым терапия поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом, в частности, ингибитором/модулятором СЕТР, может принести пользу. Неожиданно, фармакогеномное исследование когорты пациентов dal-OUTCOMES позволило обнаружить однонуклеотидные полиморфизмы (ОНП), генетические маркеры, ассоциированные с ответом индивидуума на дальцетрапиб, которые могут найти применение в предсказании ответа на терапию поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом (в частности, ингибитором/модулятором СЕТР) и в лечении пациентов поднимающим уровень HDL и имитирующим HDL агентом (в частности, ингибитором/модулятором СЕТР).
В изобретении также предложены способы лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, включающие введение субъекту, которому это необходимо, поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в количестве, эффективном для лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, где субъект имеет полиморфизм по rs11647778 гена ADCY9 субъекта. В некоторых воплощениях пациент имеет rs11647778 с генотипом СС. В некоторых воплощениях поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент представляет собой ниацин, фибраты, глитазон, дальцетрапиб, анацетрапиб, эвацетрапиб, DEZ-001, АТН-03, DRL-17822 (Dr. Reddy"s), DLBS-1449, RVX-208, CSL-112, CER-001 или ApoA1-Milano.
Генетические маркеры, выявленные способами генотипирования по изобретению, включают: 20 ОНП, которые могут присутствовать в гене аденилатциклазы 9 типа (ADCY9) на хромосоме 16, rs11647778 и, возможно, rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs2531971, rs2238448, rs12599911, rs12920508, или rs13337675, в частности, rs11647778 или rs1967309, находящиеся в сильном неравновесном сцеплении друг с другом (r2=0,79)
Другие генетические маркеры по изобретению включают ОНП гена ADCY9, которые либо находятся в неравновесном сцеплении с rs11647778 или rs1967309, либо ассоциированы с клиническими событиями со статистической значимостью Р<0,05, и могут служить полезными суррогатными биомаркерами rs11647778 или rs1967309. В одном воплощении детектируют суррогатный биомаркер, представляющий собой ОНП, унаследованный в неравновесном сцеплении с rs11647778 или rs1967309, и делают заключение о генотипе rs11647778 или rs1967309.
Данное изобретение относится к способам генотипирования пациентов и/или лечения пациентов поднимающим уровень HDL лекарственным средством, в частности, ингибитором СЕТР. В конкретных воплощениях способы включают оценку генотипа пациента по rs11647778. Три генотипа по rs11647778 позволяют предсказать ответ индивидуума на поднимающее уровень HDL лекарственное средство, в частности, ингибитор СЕТР: СС, CG и GG. Из них генотип СС ассоциирован с лучшим ответом пациента на терапию среди пациентов, получавших поднимающее уровень HDL лекарственное средство, генотип CG ассоциирован с частичным ответом, а генотип GG ассоциирован с отсутствием ответа. В контексте данного изобретения пациентам, несущим генотип СС, лечение поднимающим уровень HDL лекарственным средством может приносить пользу; пациентам, несущим генотип CG, лечение поднимающим уровень HDL лекарственным средством может приносить пользу, а пациентам, несущим генотип GG, лечение поднимающим уровень HDL лекарственным средством не может приносить пользу. Два генотипа rs11647778, СС и CG, указывают на ответ на терапию ингибитором СЕТР, в частности, дальцетрапибом, у пациентов, страдающих сердечно-сосудистым расстройством. В частности, СС генотип rs11647778 указывают на более выраженный ответ на терапию ингибитором СЕТР, в частности, дальцетрапибом, у пациентов, страдающих сердечно-сосудистым расстройством.
Данное изобретение относится к молекулам нуклеиновых кислот, содержащим полиморфизмы или варианты генов, вариантам белков, кодируемым указанными молекулами нуклеиновых кислот, реагентам для выявления полиморфных молекул нуклеиновых кислот и к способам применения молекул нуклеиновых кислот и белков, а также к способам применения реагентов для их выявления (например, праймеров и зондов для применения в способах генотипирования по изобретению).
В одном воплощении изобретения предложены способы детекции вариантов генов по изобретению и реагенты для детекции, такие как зонды или праймеры для применения в указанных способах.
В частности, в изобретении предложены генетические маркеры, ассоциированные с ответом на терапию поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом, в частности, ингибитором/модулятором СЕТР, и искусственно синтезированные молекулы нуклеиновых кислот (включая молекулы ДНК и РНК), содержащие предложенные варианты генов. В изобретении также предложены варианты белков, кодируемые молекулами нуклеиновых кислот, содержащими указанные варианты генов, антитела к кодируемым вариантам белков, компьютерные системы и системы хранения данных, содержащие информацию о новых генетических вариантах или ОНП, способы детектирования указанных ОНП в исследуемом образце, способы выявления индивидуумов, отвечающих на терапию при введении поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР, на основании наличия или отсутствия одного или более предложенных вариантов генов или детектирования одного или нескольких кодируемых вариантов продуктов (например, транскриптов мРНК или вариантов белков), и способы лечения индивидуумов, страдающих сердечно-сосудистыми заболеваниями, являющихся носителями одного или нескольких предложенных вариантов генов.
Примеры воплощений данного изобретения также включают способы выбора или назначения режима терапии (например, способы определения, следует ли назначать индивидууму терапию поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом, в частности, ингибитором/модулятором СЕТР).
В различных воплощениях данного изобретения также предложены способы отбора индивидуумов, которым можно вводить поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент (в частности, ингибитор/модулятор СЕТР) в составе терапии на основании генотипа пациента и способы отбора индивидуумов для участия в клиническом исследовании поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента (в частности, ингибитора/модулятора СЕТР) на основании генотипа индивидуума (например, отбора для участия в исследовании индивидуумов, которые наиболее вероятно будут хорошо реагировать на терапию и/или исключения из исследования индивидуумов, у которых хороший ответ на терапию маловероятен, на основании их генотипов, в частности, СС генотипа rs11647778, ТТ генотипа rs2238448, и/или АА генотипа rs1967309, или отбора индивидуумов, у которых хороший ответ маловероятен, для участия в клиническом исследовании альтернативного препарата, способного принести им пользу.
Молекулы нуклеиновых кислот по изобретению можно встраивать в экспрессирующий вектор для получения вариантов белков в клетке-хозяине. Таким образом, в изобретении также предложен вектор, включающий в себя предложенную ОНП-содержащую молекулу нуклеиновой кислоты, генетически модифицированную клетку-хозяина, содержащую вектор, и способы экспрессии рекомбинантного варианта белка с использованием таких клеток-хозяев. В другом конкретном воплощении клетки-хозяева, ОНП-содержащие молекулы нуклеиновых кислот и/или варианты белков могут применяться в качестве мишеней в способах скрининга или идентификации терапевтических агентов, которые представляют собой поднимающие уровень HDL или имитирующие HDL агенты (в частности, ингибиторы/модуляторы СЕТР).
Примеры ОНП ADCY9, которые можно выявить/оценить предложенным способом для выявления лучшего ответа на дальцетрапиб или для лечения или предупреждения сердечно-сосудистого заболевания у пациента, представляют собой ОНП, в которых мутация приводит к замене нуклеотидной последовательности в позиции 4,062,592, 4,065, 583, 4,059,439 и 4,051,380 (геном сборки GRCh37.p5), также известным под названием однонуклеотидных полиморфизмов с идентификаторами rs12595857, rs1967309, rs2238448 и rs11647778, соответственно, как показано в SEQ. ID. NO. 1, 19 и 21.
Данное изобретение основано на выявлении генетических полиморфизмов, позволяющих предсказать повышенную вероятность того, что лечение поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом, в частности, ингибитором/модулятором СЕТР, может оказать благотворное влияние на пациентов, страдающих сердечно-сосудистыми расстройствами.
Фиг. 1. ОНП rs1967309 сильно ассоциирован с уменьшением числа сердечно-сосудистых событий (летальный исход по причине ишемической болезни сердца, реанимация при остановке сердечной деятельности, нефатальный инфаркт миокарда, нефатальный ишемический инсульт, нестабильная стенокардия или непредвиденная реваскуляризация коронарных артерий) у пациентов, получавших ингибитор СЕТР дальцетрапиб. На Фиг. показаны результаты полногеномного поиска ассоциаций у пациентов из группы, получавшей дальцетрапиб, в исследовании dal-OUTCOMES. Панель А: график типа Манхэттен показывает наличие сильного сигнала в области гена ADCY9 на хромосоме 16. Каждая точка представляет значение Р, полученное при анализе взаимосвязи между ОНП с частотой минорного аллеля >0,05 и возникновением сердечно-сосудистых событий в ходе лечения, при помощи модели пропорциональных рисков Кокса, с поправкой на пол и 5 главных компонент, описывающих генетическое происхождение. Панель Б: результаты для однонуклеотидных полиморфизмов в области ADCY9 и 6 предсказанных ОНП со значениями Р<10-6. На оси X показано расположение гена ADCY9 на хромосоме 16. На левой оси Y показаны взятые с отрицательным знаком показатели десятичного логарифма значений Р, полученные в рамках регрессионной логистической модели и взвешенные с учетом вероятности предсказания при сравнении субъектов с наличием и отсутствием сердечнососудистых событий. На правой оси Y показана частота рекомбинации. Степень неравновесия по сцеплению представлена показателем r2, который оценивали на референтных образцах CEU из базы данных НарМар (показан градиентом серого).
Фиг. 2. Частота сердечно-сосудистых событий (первичный составной исход в dal-OUTCOMES или незапланированная реваскуляризация коронарных артерий) по окончании исследования отдельно для групп, получавших дальцетрапиб и плацебо, и для генотипов rs1967309 гена ADCY9. Показана частота событий, выраженная в процентах, с 95% ДИ.
Фиг. 3. Кумулятивная частота сердечно-сосудистых событий (первичный составной исход в dal-OUTCOMES или незапланированная реваскуляризация коронарных артерий) отдельно для групп, получавших дальцетрапиб и плацебо, стратифицированная по трем генотипам ОНП rs1967309 гена ADCY9 (GG, AG, АА).
Фиг. 4. Показаны изменения уровня липидов на протяжении 24 месяцев в зависимости от генотипа на фоне терапии дальцетрапибом. Панель А. Среднее ± стандартна ошибка среднего (мг/дл) изменения липидных показателей через 1 месяц по сравнению с исходным в группах генотипов ОНП ADCY9 rs1967309 в группе дальцетрапиба. Приведены значения Р, полученные с помощью одномерных статистических методов, при анализе изменений липидных показателей в зависимости от генотипа. Панель Б. Среднее ±95% ДИ для абсолютных показателей C-LDL в группе пациентов, получавших дальцетрапиб, в периоде наблюдения в исследовании dal-Outcomes. Значения Р получены с помощью смешанной многомерной регрессионной модели.
Фиг. 5. График многомерного шкалирования, показывающий первые две координаты (С1, С2) для 76 854 ОНП у 6297 индивидуумов, участвовавших в генетическом исследовании dal-Outcomes, а также 83 представителей популяции CEU, 186 JPT-CHB и 88 представителей популяции YRI из базы данных «1000 genome». Из массива данных исключили 436 субъектов, выпадающих из этнических групп (обозначены +), также показаны образцы из исследования dal-Outcomes, вошедшие в анализ.
Фиг. 6 График, построенный для первых десяти компонент, объясняющих генетическое разнообразие, выделенных методом главных компонент при анализе 76 854 ОНП у 6297 индивидуумов, участвовавших в генетическом исследовании dal-Outcomes, а также 83 представителей популяции CEU, 186 JPT-CHB и 88 представителей популяции YRI из базы данных «1000 genome».
Фиг. 7. График квантиль-квантиль (QQ) наблюдаемых -log10 (значений Р) относительно ожидаемых согласно нулевой гипотезе при полногеномном поиске ассоциаций ОНП с частотой минорного аллеля ≥0,05. Заштрихованная область обозначает зону, в которой сосредоточены 95% значений при расчете 2,5 и 97,5 процентилей распределения согласно нулевой гипотезе. Точками обозначены ранжированные значения Р, полученные с помощью модели пропорциональных рисков Кокса, для времени наступления сердечно-сосудистых событий у участников в группе дальцетрапиба, с поправкой на пол и 5 главных компонент, описывающих генетическое происхождение. Наблюдаемое значение увеличивающего множителя (т.н. genomic inflation factor), характеризующего распределение статистики критерия, составляло 1,01.
Фиг. 8. Показаны значения r2, характеризующие неравновесие по сцеплению 27 генотипированных ОНП гена ADCY9, блоки неравновесия по сцеплению, рассчитанные с помощью метода доверительных интервалов (показаны черным) и показатель D' (показан оттенками красного). Неравновесие по сцеплению для 5686 европеоидов в исследовании dal-Outcomes.
Фиг. 9. Показаны значения r2, характеризующие неравновесие по сцеплению 27 генотипированных ОНП гена ADCY9, блоки неравновесия по сцеплению, рассчитанные с помощью метода доверительных интервалов (показаны черным) и показатель D' (показан оттенками красного). Неравновесие по сцеплению для 386 участников исследования dal-Plaque-2.
Фиг. 10. График типа Манхэттен, демонстрирующий взаимосвязь вариантов генов с событиями (первичная комбинированная конечная точка) в группе, получавшей дальцетрапиб в dal-Outcomes, где в рамках логистической регрессионной модели использовали ожидаемое число копий «аллелей риска» предсказанных ОНП, анализ проводили с помощью программы PLINK и вносили поправку на пол и 5 главных компонент, описывающих генетическое происхождение.
В данном описании изложены различные признаки и воплощения данного изобретения, однако для специалиста в соответствующей области техники не составит труда на основе изложенной информации найти другие признаки изобретения, варианты и эквиваленты. Описанное изобретение не ограничивается приведенными примерами и воплощениями, специалисту в области техники будут очевидны различные альтернативные варианты. В данном документе все термины в единственном числе охватывают термины во множественном числе, за исключением случаев, когда из контекста не следует противоположное. Например, термин «клетка» также охватывает термин «клетки».
Термин «приблизительно», употребляемый при упоминании численных значений, означает упомянутые численные значения плюс или минус 10% включительно от упомянутого численного значения. Например, «приблизительно 100» означает от 90 до 110.
«Аллель» означает одну или несколько альтернативных форм указанного гена. В диплоидной клетке или организме представители аллельной пары (т.е. двух аллелей данного гена) занимают соответствующие позиции (локусы) в паре гомологичных хромосом и если указанные аллели генетически идентичны, говорят, что клетка или организм «гомозиготны», а если они генетически различны, то говорят, что клетка или организм «гетерозиготны» по конкретному гену.
«Ген» представляет собой упорядоченную последовательность нуклеотидов, расположенных в конкретной позиции на конкретной хромосоме, кодирующую определенный функциональный продукт и может включать нетранслируемые и нетранскрибируемые последовательности, расположенные вблизи кодирующих областей. Такие некодирующие последовательности могут содержать регуляторные последовательности, необходимые для транскрипции и трансляции последовательности или интрона и т.д., или могут выполнять любую присущую им функцию, помимо возникновения ОНП, представляющего интерес.
«Генотипирование» означает определение генетической информации, которую несет индивидуум в одной или нескольких позициях генома. Например, генотипирование может включать определение, какой аллель или аллели одного ОНП несет индивидуум, или определение, какой аллель или аллели нескольких ОНП несет индивидуум. Например, нуклеотидами rs1967309 могут быть А у одних индивидуумов и G у других индивидуумов. Индивидуумы, у которых в указанной позиции присутствует А, имеют аллель А, а те, у которых присутствует G, имеют аллель G. У диплоидного организма индивидуум будет иметь две копии последовательности, включающей в себя полиморфную позицию, таким образом, индивидуум может иметь аллель А и аллель G, либо, в альтернативном случае, две копии аллеля А или две копии аллеля G. Те индивидуумы, которые имеют две копии аллелей G, являются гомозиготными по аллелю G, те индивидуумы, которые имеют две копии аллелей А, являются гомозиготными по аллелю А, а те индивидуумы, которые имеют по одной копии каждого аллеля, являются гетерозиготными. Основной аллель часто обозначают аллелем А, а минорный аллель - аллелем В. Генотипы могут представлять собой АА (гомозиготный по А), ВВ (гомозиготный по В) или АВ (гетерозиготный). Способы генотипирования обычно позволяют идентифицировать образец как АА, ВВ или АВ.
Термин «содержащий» означает, что композиции и способы включают указанные элементы, но не исключают других элементов.
«Поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент» относится к соединениям, которые повышают уровень HDL посредством одного из следующих механизмов: ингибируют/модулируют СЕТР, выступают агонистом PPAR, выступают агонистом LXR, выступают агонистом НМ74 (рецептора ниацина), выступают агонистом рецептора тиреотропного гормона, ингибируют липазы и катаболизм HDL, являются индукторами АроА1, к соединениям, которые обеспечивают по меньшей мере одну из атеропротекторных функций HDL, как соединения, которые усиливают отток липидов (холестерина и/или фосфолипидов) из клеток, обладают антиоксидантной и противовоспалительной активностью. В частности, имитирующий HDL агент представляет собой АроА1 и производное АроА1 (такое как ароА1 Milano, АроА1 Paris) и другие аналоги, реконструированные HDL, содержащие АроА1 и/или ApoAII и соответствующие липиды, такие как фосфолипиды. АроЕ, производные, аналоги и пептидомиметики амфипатических липопротеинов. Примерами «поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента» являются ниацин, фибраты, глитазон, дальцетрапиб, анацетрапиб, эвацетрапиб, DEZ-001 (ранее известный как ТА-8995) (Mitsubishi Tanabe Pharma), АТН-03 (Affris), DRL-17822 (Dr. Reddy's), DLBS-1449 (Dexa Medica), RVX-208 (Resverlogix), CSL-112 (Cls Behring), CER-001 (Cerenis), ApoA1-Milano (Medicine Company). Конкретными примерами «поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента» являются ниацин, фибраты, глитазон, дальцетрапиб, анацетрапиб, эвацетрапиб, торцетрапиб, предпочтительно, ниацин, фибраты, глитазон, дальцетрапиб, анацетрапиб или эвацетрапиб. Более конкретно, поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент выбран из ингибитора/модулятора СЕТР. Примерами ингибитора/модулятора СЕТР являются дальцетрапиб, анацетрапиб, эвацетрапиб, DEZ-001 (ранее известный как ТА-8995) (Mitsubishi Tanabe Pharma), ATH-03 (Affris), DRL-17822 (Dr. Reddy's), DLBS-1449 (Dexa Medica). Более конкретно, примерами ингибитора/модулятора СЕТР являются дальцетрапиб, анацетрапиб, эвацетрапиб и торцетрапиб, предпочтительно, дальцетрапиб, анацетрапиб и эвацетрапиб. Более конкретно, поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент по изобретению будет относиться к ингибитору/модулятору СЕТР, особенно когда ингибитором/модулятором СЕТР является дальцетрапиб.
«Ингибитор/модулятор СЕТР» обозначает соединение, понижающее активность СЕТР (которую оценивают стандартными методами исследования переноса липидов), за счет ингибирования СЕТР и/или индукции конформационных изменений полипептида СЕТР после связывания с полипептидом СЕТР. Конформационные изменения полипептида СЕТР опосредуют функциональную активность СЕТР, ускоряют кругооборот частиц HDL, увеличивая образование насцентных (формирующихся, или незрелых) пре-бета HDL. Предпочтительно, ингибитор/модулятор СЕТР относится ко всем соединениям, которые связываются с цистеином 13 полипептида СЕТР. Более предпочтительно, «ингибитор/модулятор СЕТР» выбран из S-[2-[1-(2-этилбутил)циклогексилкарбониламино]-фенил] 2-метилтиопропионата, (2-меркапто-фенил)-амида 1-(2-этил-бутил)-циклогексанкарбоновой кислоты и/или бис [2-[1-(2-этилбутил)циклогексилкарбониламино]фенил] дисульфида. Более предпочтительно, «ингибитор/модулятор СЕТР» представляет собой S-[2-[1-(2-этилбутил)циклогексилкарбониламино]-фенил]2-метилтиопропионат, как пролекарство, или (2-меркапто-фенил)-амид 1-(2-этил-бутил)-циклогексанкарбоновой кислоты, как его активный метаболит.
«Анацетрапиб» относится к ((4S,5R)-5-[3,5-бис(трифторметил)фенил]-3-{[4'-фтор-2'-метокси-5'-(пропан-2-ил)-4-(трифторметил)[1,1'-бифенил]-2-ил]метил}-4-метил-1,3-оксазолидин-2-ону), также известному как МК 0859, CAS 875446-37-0 или соединению формулы (ХА).
Анацетрапиб, а также способы получения и применения соединения описаны в WO 2006/014413, WO 2006/014357, WO 2007005572.
«Эвацетрапиб» относится к транс-4-({(5S)-5-[{[3,5-бис(трифторметил)фенил]метил}(2-метил-2Н-тетразол-5-ил)амино]-7,9-диметил-2,3,4,5-тетрагидро-1H-бензазепин-1-ил}метил) циклогексанкарбоновой кислоте, также известной как LY2484595, С AS 1186486-62-3 или соединение формулы (XB)
Эвацетрапиб, а также способы получения и применения соединения описаны в WO 2011002696.
«Торцетрапиб» относится к этиловому эфиру (2R,4S)-4-[(3,5-бистрифторметилбензил)метоксикарбониламино]-2-этил-6-трифторметил-3,4-дигидро-2Н-хинолин-1-карбоновой кислоты, также известному как СР-529,414, CAS 262352-17-0 или соединение формулы (XC)
Торцетрапиб, а также способы получения и применения соединения описаны в WO 0017164 или WO 0140190.
«BAY 60-5521» относится к 4-циклогексил-2-циклопентил-3-[(S)-фтор[4-(трифторметил)фенил]метил]-5,6,7,8-тетрагидро-7,7-диметилу, также известному как CAS 893409-49-9 или соединению формулы (XD).
BAY 60-5521, а также способы получения и применения соединения описаны в WO2006063828.
«Терапия» относится как к лечебным, так и к профилактическим или превентивным мероприятиям. Тем, кому необходима терапия, включают тех, кто уже страдает расстройством, а также тех, у кого следует предупредить или замедлить развитие расстройства.
Термин «полиморфизм», «полиморфный сайт», «сайт полиморфизма» или «сайт однонуклеотидного полиморфизма» (сайт ОНП) или «однонуклеотидный полиморфизм» относится к местоположению в последовательности гена, в котором у представителей популяции встречаются отличия. Полиморфизм представляет собой наличие двух или более форм гена или позиции в «аллеле» гена в популяции, встречающееся с такой частотой, что наличие наиболее редких форм нельзя объяснить исключительно мутацией. Предпочтительные полиморфные сайты имеют по меньшей мере два аллеля. Подразумевают, что полиморфные аллели обусловливают определенную фенотипическую изменчивость хозяев. Полиморфизм может возникать как в кодирующих областях, так и в некодирущих областях генов. Полиморфизм может затрагивать одиночные нуклеотидные сайты или может приводить к вставкам или делециям. Расположение такого полиморфизма можно охарактеризовать позицией нуклеотида в составе гена, на хромосоме или в транскрипте, по аминокислотам, которые изменяются в результате полиморфизма нуклеотида. Отдельным полиморфизмам также присваивают уникальные идентификаторы («Reference SNP», «refSNP» или «rs#»), известные специалистам в области техники, и используют, например, в базе данных однонуклеотидных полиморфизмов (dbSNP) вариантов нуклеотидных последовательностей, доступ к которой можно получить на сайте NCBI.
Термин «неравновесное сцепление» или «неравновесие по сцеплению» или «LD» (от англ. linkage disequilibrium) обозначает неслучайную ассоциацию аллелей у совокупности индивидуумов, или другими словами, представляет собой предпочтительную сегрегацию конкретной полиморфной формы с другой полиморфной формой, расположенной в другом локусе хромосомы, частота которой превышает частоту, ожидаемую при случайном распределении. Напротив, аллели, частота распределения которых совпадает с ожидаемой, называют находящимися в «равновесии по сцеплению».
Приставка «rs» относится к ОНП в базе данных NCBI, находящейся по адресу http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/?term. Нумерация «rs» представляет собой форму идентификаторов однонуклеотидных полиморфизмов, принятую NCBI.
Термин «образец» охватывает любой биологический образец, взятый у пациента или индивидуума, включая клетку, образец ткани или жидкости организма. Например, образец может охватывать образец кожи, образец клеток щеки, слюны или клеток крови. Образец может охватывать одиночные клетки, множество клеток, фрагменты клеток, аликвоту жидкости организма, цельную кровь, тромбоциты, сыворотку, плазму, эритроциты, лейкоциты, эндотелиальные клетки, биоптат ткани, синовиальную жидкость и лимфу. В частности, «образец» относится к клеткам крови.
Термин «терапевтический агент» относится к агентам, способным лечить или предупреждать сердечно-сосудистое расстройство. В данном описании агент, «способный лечить или предупреждать сердечно-сосудистое расстройство», относится к молекуле, которая способна лечить или предупреждать сердечно- сосудистое расстройство у человека и/или на клеточной модели или модели указанного сердечно-сосудистого расстройства у животных.
«Полиморфизм, ассоциированный с лучшим ответом», «генотип, ассоциированный с лучшим ответом» или «генотип, ассоциированный с ответом» в данном описании относятся к аллельному варианту или генотипу по одному или нескольким полиморфным сайтам в составе гена ADCY9, описанным в данном документе (например, rs11647778/CC), который предсказывает, что у субъекта будет получен отклик на терапию, и терапия поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом принесет ему пользу (которую можно оценить по уменьшению числа сердечно-сосудистых событий) при сравнении с аллельным вариантом или генотипом или полиморфизмом (например, rs11647778/CG или rs11647778/GG), предсказывающим менее выраженный отклик субъекта на введение поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента. «Сниженный ответ», «частичный ответ», «отсутствие ответа» или «отсутствие терапевтического эффекта» можно оценивать по относительному увеличению числа сердечно-сосудистых событий при сравнении с субъектами, обладающими «генотипом, ассоциированным с лучшим ответом». В альтернативном случае «улучшенный ответ», «достижение лечебного эффекта» или «терапевтическую эффективность» можно оценивать по относительному уменьшению числа сердечно-сосудистых событий в сравнении с субъектами, которые являются носителями полиморфизмов, ассоциированных с «отсутствием ответа» или «частичным ответом» на поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент. В частности, генотипами, ассоциированными с лучшим ответом, являются rs11647778/СС и, возможно, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA и rs2238448/TT. Более конкретно, генотипами, ассоциированный с лучшим ответом, являются rs11647778/СС и, возможно, rs1967309/AA и rs2238448/TT. Более конкретно, генотипами, ассоциированный с лучшим ответом, являются rs11647778/СС и rs1967309/AA.
«Сердечно-сосудистые события» в данном описании относятся к летальному исходу по причине сердечно-сосудистой патологии, нефатальному инфаркту миокарда (ИМ), нефатальному ишемическому инсульту, госпитализации по причине нестабильной стенокардии и реваскуляризации коронарных артерий.
«Олигонуклеотиды» в данном описании представляют собой нуклеиновые кислоты или полинуклеотиды различной длины. Такие олигонуклеотиды могут применяться в качестве зондов, праймеров и в изготовлении микрочипов (чипов) для детекции и/или амплификации определенных нуклеиновых кислот. Такие цепочки ДНК или РНК можно синтезировать путем последовательного добавления (5'-3' или 3'-5') активированных мономеров к растущей цепи, которая может быть присоединена к нерастворимому носителю. В области техники известны различные способы синтеза олигонуклеотидов для последующего самостоятельного применения или применения в качестве части нерастворимого носителя, например, в чипах (BERNFIELD MR. and ROTTMAN FM. J. Biol. Chem. (1967) 242(18):4134-43; SULSTON J. et al. PNAS (1968) 60(2):409-415; GILLAM S. et al. Nucleic Acid Res.(1975) 2(5):613-624; BONORA GM. et al. Nucleic Acid Res.(1990) 18(11):3155-9; LASHKARI DA. et al. PNAS (1995) 92(17):7912-5; MCGALL G. et al. PNAS (1996) 93(24):13555-60; ALBERT TJ. et al. Nucleic Acid Res.(2003) 31(7):e35; GAO X. et al. Biopolymers (2004) 73(5):579-96; and MOORCROFT MJ. et al. Nucleic Acid Res.(2005) 33(8):e75). Как правило, олигонуклеотиды синтезируют посредством пошагового добавления активированных и защищенных мономеров в разных условиях, в зависимости от используемого способа. Затем, определенные защитные группы можно удалять для возможности дальнейшей элонгации, а затем, по окончании синтеза можно удалить все защитные группы и отделить олигонуклеотиды от твердой основы для очистки собранных цепей, если это необходимо.
Термин «генотип» относится к генетической конституции организма, обычно применительно к одному гену или нескольким генам или области гена, рассматриваемым в конкретном контексте (т.е. локусам генов, отвечающих за конкретный генотип). В частности, к определенной комбинации аллелей в заданной позиции гена, например, возможными генотипами ОНП rs1967309 являются генотипы АА, AG или GG.
«Фенотипом» называют наблюдаемые характеристики организма. В Таблицах 2, 3, 4 и 5 показана корреляция генотипов ОНП ADCY9, где значения указывают на ответ на терапию поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом при сердечно-сосудистых расстройствах.
Термин «биомаркер» в данном описании относится к характеристике последовательности конкретного варианта аллеля (полиморфного сайта, такого как ОНП) или аллеля дикого типа. Биомаркер также относится к пептиду или эпитопу, кодируемому конкретным вариантом аллеля или аллелем дикого типа.
Термин «суррогатный маркер» в данном описании относится к генетическому варианту, включая ОНП, который находится в неравновесии по сцеплению с генотипом, ассоциированным с лучшим ответом, согласно данному изобретению, в частности, rs11647778/СС.
Термин «генетический маркер» в данном описании относится к вариантам полиморфных сайтов конкретного гена, которые ассоциированы с ответом на поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, в частности, ингибитор/модулятор СЕТР. В частности, «генетический маркер» в данном описании относится к вариантам полиморфных сайтов гена ADCY9, которые ассоциированы с ответом на поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, в частности, ингибитор/модулятор СЕТР.
Предсказать ответ индивидуума на поднимающее уровень HDL лекарственное средство, в частности, ингибитор СЕТР: позволяют три генотипа rs11647778: СС, CG и GG. Из них генотип СС ассоциирован с лучшим ответом пациента на терапию поднимающим уровень HDL лекарственным средством, генотип CG ассоциирован с частичным ответом, а генотип GG ассоциирован с отсутствием ответа. В контексте данного изобретения терапия поднимающим уровень HDL лекарственным средством может приносить пользу пациентам, которые являются носителями генотипа СС, и пациентам, которые являются носителями генотипа CG, и не может приносить пользу пациентам, которые являются носителями генотипа GG. Генотипы СС и CG rs11647778, указывают на ответ на терапию ингибитором СЕТР, в частности, дальцетрапибом, у пациентов, страдающих сердечно-сосудистым расстройством. В частности, генотип СС rs11647778 указывает на более выраженный ответ на терапию ингибитором СЕТР, в частности, дальцетрапибом, у пациентов, страдающих сердечно-сосудистым расстройством.
Предсказать ответ индивидуума на поднимающее уровень HDL лекарственное средство, в частности, ингибитор СЕТР: позволяют три генотипа rs2238448: ТТ, ТС и СС. Из них генотип ТТ ассоциирован с лучшим ответом пациента на терапию среди пациентов, получавших поднимающие уровень HDL лекарственное средство, тогда как генотип СС ассоциирован с отсутствием ответа. Терапия поднимающим уровень HDL лекарственным средством может принести пользу пациентам, которые являются носителями генотипа ТС, поскольку данный генотип ассоциирован с частичным ответом. В контексте данного изобретения терапия поднимающим уровень HDL лекарственным средством может приносить пользу пациентам, которые являются носителями генотипа ТТ или СТ, и не может приносить пользу пациентам, которые являются носителями генотипа СС. Генотип ТТ rs2238448 указывает на более выраженный ответ на терапию ингибитором СЕТР, в частности, дальцетрапибом, у пациентов, страдающих сердечно-сосудистым расстройством, в сравнении с другими генотипами.
В описанных здесь способах выявления или отбора индивидуумов, которым терапия поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом, в частности, ингибитором/модулятором СЕТР, будет приносить пользу, используют один или несколько биомаркеров. ОНП биомаркер для применения в изобретении может предсказывать наличие ответа на терапию (R) или отсутствие ответа на терапию (NR). В Таблице 2 показаны генотипы, отмеченные в когорте dal-Outcomes, присутствующие в полиморфном сайте rs1967309, которые можно использовать в качестве биомаркеров для предсказания ответа на дальцетрапиб или поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, в частности, на ингибитор/модулятор СЕТР. В Таблице 4 показаны генотипы, отмеченные в когортах dal-Outcomes и dal-Plaque-2, присутствующие в полиморфном сайте rs11647778, которые можно использовать в качестве биомаркеров для предсказания ответа на дальцетрапиб или поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, в частности, на ингибитор/модулятор СЕТР. Каждый генотип, приведенный в Таблицах 2-5, в отдельности или в комбинации с генотипами по другим полиморфным сайтам, можно применять в качестве биомаркера для предсказания ответа на поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, в частности, на ингибитор/модулятор СЕТР.
R: Наличие ответа
PR: Частичный ответ
NR: Отсутствие ответа
R: Наличие ответа
PR: Частичный ответ
NR: Отсутствие ответа
R: Наличие ответа
PR: Частичный ответ
NR: Отсутствие ответа
R: Наличие ответа
PR: Частичный ответ
NR: Отсутствие ответа
Rs11647778, rs1967309 и rs12595857 расположены в интронной (некодирующей) области гена ADCY9 в области, которая обусловливает наличие регуляторной активности при экспрессии гена ADCY9.
В некоторых описанных здесь способах индивидуумов, которым терапия поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом, в частности, ингибитором/модулятором СЕТР, будет приносить пользу, идентифицируют и отбирают для лечения, применяя способы генотипирования по изобретению. В частности, для лечения способами по изобретению отбирают пациентов, которые являются носителями rs11647778/СС и, возможно, одного или нескольких генотипов, ассоциированных с лучшим ответом: rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA,rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA, rs2238448/TT. Более конкретно, для лечения способами по изобретению отбирают пациентов, которые являются носителями rs11647778/СС и, возможно, rs12595857/GG, rs2238448/TT и/или rs1967309/AA. Более конкретно, для лечения способами по изобретению отбирают пациентов, которые являются носителями генотипов rs11647778/СС и rs1967309/AA.
В другом воплощении изобретения предложен способ выявления субъекта, которому поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент будет приносить пользу, включающий определение генотипа указанного субъекта (например, генотипирование) по одному или нескольким полиморфным сайтам гена ADCY9.
В другом воплощении изобретения предложен способ предсказания ответа индивидуума на поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, который включает определение генотипа указанного субъекта (например, генотипирование) по rs11647778 и, возможно, по одному или нескольким rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 или rs2238448, с применением одного или нескольких праймеров или зондов, описанных в данном документе.
В другом воплощении изобретения предложен способ предсказания ответа индивидуума на поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, в частности, на ингибитор СЕТР, который включает определение генотипа указанного субъекта (например, генотипирование) по rs11647778 и, возможно, по одному или нескольким rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967 или rs3730119, rs13337675, с применением одного или нескольких праймеров или зондов, описанных в данном документе.
В конкретном воплощении изобретения предложен способ, описанный в данном документе, где полиморфный сайт содержит rs11647778 и, возможно, один или несколько из следующих сайтов, выбранных из группы, состоящей из: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 или rs2238448, в частности, где полиморфный сайт выбран из группы, состоящей из rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 и rs13337675, более конкретно, где полиморфным сайтом является rs11647778 и, возможно, rs1967309 или rs12595857, более конкретно, где полиморфным сайтом является rs11647778 и, возможно, rs1967309, в частности, где соответствующие генотипы содержат СС и АА, соответственно.
В конкретном воплощении изобретения предложен способ генотипирования одного или нескольких полиморфных сайтов, где по меньшей мере один полиморфный сайт представляет собой rs11647778 и один или несколько необязательных полиморфных сайтов выбраны из группы, состоящей из: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 или rs2238448, в частности, где необязательный полиморфный сайт выбран из группы, состоящей из rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 и rs13337675, более конкретно, где необязательным полиморфным сайтом является rs1967309 или rs12595857, более конкретно, где необязательным полиморфным сайтом является rs1967309.
В конкретном воплощении изобретения предложен способ, в котором терапия поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом приносит пользу субъекту, являющемуся носителем rs11647778/СС и, возможно, одного или нескольких из rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA или rs2238448/TT, в частности, когда поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент представляет собой ингибитор/модулятор СЕТР, и более конкретно, когда поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент представляет собой S-(2-{[1-(2-этил-бутил)-циклогексанкарбонил]-амино}-фениловый) эфир. В конкретном воплощении изобретения предложен способ, в котором указанному субъекту вводят поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент.
В конкретном воплощении изобретения предложен способ, в котором субъекта, который является носителем rs11647778/СС и, возможно, одного или нескольких из rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA или rs2238448/TT, лечат поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом, в частности, когда поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент представляет собой ингибитор/модулятор СЕТР, и более конкретно, когда поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент представляет собой S-(2-{[1-(2-этил-бутил)-циклогексанкарбонил]-амино}-фениловый) эфир.
В конкретном воплощении изобретения предложен способ, в котором субъекту, который является носителем rs11647778/СС и, возможно, одного или нескольких из rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA или rs2238448/TT, вводят поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агентом, в частности, когда поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент представляет собой ингибитор/модулятор СЕТР, и более конкретно, когда поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент представляет собой S-(2-{[1-(2-этил-бутил)-циклогексанкарбонил]-амино}-фениловый) эфир.
В конкретных воплощениях изобретения предложен способ, в котором субъект страдает сердечно-сосудистым расстройством, в частности, когда сердечно-сосудистое расстройство выбрано из группы, состоящей из атеросклероза, заболевания периферических сосудов, дислипидемии, гипербеталипопротеинемии, гипоальфалипопротеинемии, гиперхолестеринемии, гипертриглицеридемии, семейной гиперхолестеринемии, стенокардии, ишемии, ишемии сердца, инсульта, инфаркта миокарда, реперфузионного повреждения, рестеноза после ангиопластики, гипертензии и сосудистых осложений диабета, ожирения или эндотоксемии у млекопитающего, более конкретно, когда сердечно-сосудистое расстройство выбрано из группы, состоящей из сердечно-сосудистого заболевания, ишемической болезни сердца, атеросклеротической болезни сердца, гипоальфалипопротеинемии, гипербеталипопротеинемии, гиперхолестеринемии, гиперлипидемии, атеросклероза, гипертензии, гипертриглицеридемии, гиперлипопротеинемии, заболевания периферических сосудов, стенокардии, ишемии и инфаркта миокарда.
В другом воплощении изобретения предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства у субъекта, которому это необходимо, включающий:
(a) выбор субъекта, имеющего ассоциированный с лучшим ответом генотип rs11647778 и, возможно, ассоциированный с лучшим ответом генотип по одному или нескольким из следующих сайтов: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 или rs2238448;
(b) введение указанному субъекту поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР.
В другом воплощении изобретения предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства у субъекта, которому это необходимо, включающий:
(a) выбор субъекта, имеющего ассоциированный с лучшим ответом генотип rs11647778 и, возможно, определяющий улучшенный ответ генотип в одном или нескольких из следующих сайтов: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675;
(b) введение указанному субъекту поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР.
В конкретном воплощении изобретения предложен способ лечения сердечнососудистого расстройства у субъекта, которому это необходимо, включающий:
(а) выбор субъекта, имеющего ассоциированный с лучшим ответом полиморфизм rs11647778 и, возможно, ассоциированный с лучшим ответом полиморфизм rs1967309 и/или rs2238448, в частности, где субъект имеет rs11647778 с генотипом СС, rs1967309 с генотипом АА и rs2238448 с генотипом ТТ;
(b) введение указанному субъекту поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР.
В конкретном воплощении изобретения предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства у субъекта, которому это необходимо, включающий:
(a) выбор субъекта, имеющего ассоциированный с лучшим ответом полиморфизм rs11647778 и, возможно, ассоциированный с лучшим ответом полиморфизм rs1967309, в частности, где субъект имеет rs11647778 с генотипом СС и rs1967309 с генотипом АА;
(b) введение указанному субъекту поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР.
В другом воплощении изобретения предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства у субъекта, которому это необходимо, включающий:
(a) генотипирование субъекта по rs11647778 и, возможно, по одному или нескольким из следующих сайтов: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 или rs2238448;
(b) введение указанному субъекту поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР.
В другом воплощении изобретения предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства у субъекта, которому это необходимо, включающий:
(a) генотипирование субъекта по rs11647778 и, возможно, по одному или нескольким из следующих сайтов: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675;
(b) введение указанному субъекту поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР.
В изобретении также предложен способ лечения или профилактики пациента, включающий:
a. исследование образца пациента на предмет наличия генетического маркера rs11647778/СС и, возможно, одного или нескольких генетических маркеров, выбранных из группы, состоящей из rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG и rs8061182/AA, и
b. введение пациенту, который является носителем одного или нескольких из указанных генетических маркеров поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР.
В изобретении также предложен способ лечения пациента, включающий:
a. исследование образца пациента на предмет наличия генетического маркера rs11647778/СС и, возможно, одного или нескольких генетических маркеров, выбранных из группы, состоящей из rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA;, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG и rs8061182/AA, и
b. лечение пациента, который является носителем одного или нескольких из указанных генетических маркеров, поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом, в частности, ингибитором/модулятором СЕТР.
В конкретном воплощении изобретения предложен способ, в котором определяют генотип rs11647778 и, возможно, одного или нескольких сайтов, выбранных из rs1967309 и rs12595857.
В конкретном воплощении данного изобретения предложен способ предсказания ответа пациента на поднимающее уровень HDL лекарственное средство, включающий:
a. взятие образца у пациента, где образец содержит генетический материал;
b. приведение в контакт образца с реагентом, таким как зонды или праймеры, образование комплекса между реагентом и генетическим маркером, выбранным из Таблицы 10;
c. детекцию комплекса для получения массива данных, связанных с образцом, и
d. анализ массива данных для определения наличия или отсутствия генетического маркера.
В конкретном воплощении данного изобретения предложен способ предсказания ответа пациента, имеющего один или несколько симптомов сердечнососудистого заболевания, на поднимающее уровень HDL лекарственное средство, включающий:
a. взятие образца у пациента, где образец содержит генетический материал;
b. приведение в контакт образца с реагентом, таким как зонд или комплект праймеров, для образования комплекса между реагентом и генетическим маркером, выбранным из Таблицы 10;
c. детекцию комплекса для получения массива данных, связанных с образцом;
d. анализ массива данных для определения наличия или отсутствия генетического маркера и
e. установление, что пациент, имеющий один или несколько генетических маркеров, может быть кандидатом на получение поднимающего уровень HDL лекарственного средства.
Комплекс между реагентом (таким как зонды или праймеры) и генетическим маркером, образованный при осуществлении способа генотипирования, может образоваться в ходе полимеразной цепной реакции (ПЦР) или секвенирования ДНК. Указанные способы описаны в данном документе и хорошо известны специалистам в области техники.
В изобретении предложены реагенты (такие как зонды или праймеры) для генотипирования генетического маркера, выбранного из rs11647778/СС, rs12595857/GG; rs1967309/AA; rs111590482/AG; rs111590482/GG; rs11647828/GG; rs12935810/GG; rs17136707/GG; rs2239310/GG; rs2283497/AA; rs2531967/AA; rs3730119/AA; rs4786454/AA; rs74702385/GA; rs74702385/AA; rs8049452/GG; rs11647778/CG, rs8061182/AA; rs1967309/GA, rs12595857/AG, rs13337675/AG, rs13337675/GG, rs17136707/AG, rs2239310/AG, rs2283497/CA, rs2531967/GA, rs3730119/GA, rs4786454/GA, rs8049452/GA, rs8061182/AG, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA, rs12935810/GA, rs12935810/AA, rs11647828/AA, rs2531967/GG, rs3730119/GG, rs2239310/AA, rs12595857/AA, rs111590482/AA, rs74702385/GG, rs11647778/GG, rs1967309/GG, rs2283497/CC, rs8061182/GG, rs17136707/AA, rs2238448/TT, rs22384487TC, rs2238448/CC, rs8049452/AA, rs4786454/GG, rs13337675/AA и rs11647828/AG, предпочтительно rs11647778, в частности, праймер или зонд.
В конкретном воплощении праймер содержит цепь ДНК, которая имеет длину от 15 до 30 нуклеотидов и гибридизуется в жестких условиях с участком 16 хромосомы, примыкающим к rs11647778, rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 или rs2238448.
В конкретном воплощении праймер содержит цепь ДНК, которая имеет длину от 15 до 30 нуклеотидов и гибридизуется в жестких условиях с участком 16 хромосомы, примыкающим к rs11647778.
В конкретном воплощении праймер содержит цепь ДНК, которая имеет длину от 15 до 30 нуклеотидов и гибридизуется в жестких условиях с участком 16 хромосомы, примыкающим к rs11647778, rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs2238448 или rs13337675.
В конкретном воплощении праймер содержит цепь ДНК, которая имеет длину от 15 до 30 нуклеотидов и гибридизуется в жестких условиях с участком 16 хромосомы, примыкающим к rs11647778,
В другом воплощении реагент представляет собой праймер, который содержит цепь ДНК, которая имеет длину от 15 до 30 нуклеотидов и гибридизуется в жестких условиях с участком 16 хромосомы, перекрывающимся с rs11647778, rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 или rs2238448.
В другом воплощении реагент представляет собой праймер, который содержит цепь ДНК, которая имеет длину от 15 до 30 нуклеотидов и гибридизуется в жестких условиях с участком 16 хромосомы, перекрывающимся с rs11647778.
В другом воплощении реагент представляет собой праймер, который содержит цепь ДНК, которая имеет длину от 15 до 30 нуклеотидов и гибридизуется в жестких условиях с участком 16 хромосомы, перекрывающимся с rs11647778, rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs2238448 или rs13337675.
В другом воплощении реагент представляет собой праймер, который содержит цепь ДНК, которая имеет длину от 15 до 30 нуклеотидов и гибридизуется в жестких условиях с участком 16 хромосомы, перекрывающимся с rs11647778.
В другом воплощении зонд представляет собой нуклеиновую кислоту, которая имеет длину от 15 до 30 нуклеотидов и гибридизуется в жестких условиях с участком 16 хромосомы, перекрывающимся с rs11647778, rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs12920508, rs12599911, rs2531971 или rs2238448.
В другом воплощении зонд представляет собой нуклеиновую кислоту, которая имеет длину от 15 до 30 нуклеотидов и гибридизуется в жестких условиях с участком 16 хромосомы, перекрывающимся с rs11647778.
В другом воплощении зонд представляет собой нуклеиновую кислоту, которая имеет длину от 15 до 30 нуклеотидов и гибридизуется в жестких условиях с участком 16 хромосомы, перекрывающимся с rs11647778, rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs2238448 или rs13337675.
В другом воплощении зонд представляет собой нуклеиновую кислоту, которая имеет длину от 15 до 30 нуклеотидов и гибридизуется в жестких условиях с участком 16 хромосомы, перекрывающимся с rs11647778.
В другом воплощении зонд представляет собой нуклеиновую кислоту, которая имеет длину от 15 до 30 нуклеотидов и гибридизуется в жестких условиях с олигонуклеотидом, выбранным из SEQ. ID. NO. 1 - SEQ. ID. NO. 21.
В другом воплощении зонд представляет собой нуклеиновую кислоту, которая имеет длину от 15 до 30 нуклеотидов и гибридизуется в жестких условиях с олигонуклеотидом, имеющим последовательность SEQ. ID NO. 21.
В другом воплощении зонд представляет собой нуклеиновую кислоту, которая имеет длину от 15 до 30 нуклеотидов и гибридизуется в жестких условиях с олигонуклеотидом, имеющим последовательность SEQ. ID NO. 19.
В конкретном воплощении изобретения предложен способ, в котором поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент представляет собой ингибитор/модулятор СЕТР, в частности, где поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом является S-(2-{[1-(2-этил-бутил)-циклогексанкарбонил]-амино}-фениловый) эфир.
В следующем воплощении изобретения предложено применение поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР, в изготовлении лекарственного средства для лечения или профилактики сердечно-сосудистого расстройства у субъекта, которому это необходимо, где субъект имеет ассоциированный с лучшим ответом генотип rs11647778 и, возможно, ассоциированный с лучшим ответом генотип по одному или нескольким из следующих сайтов: rs 1967309, rs 12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs2238448 или rs13337675.
В конкретном воплощении изобретения предложено применение согласно данному описанию, где субъект имеет ассоциированный с лучшим ответом полиморфизм rs11647778.
В другом воплощении изобретения предложены поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, в частности, ингибитор/модулятор СЕТР для применения в лечении или предупреждении сердечно-сосудистого расстройства у субъекта, которому это необходимо, где субъект является носителем генетического маркера rs11647778/СС и, возможно, одного или нескольких генетических маркеров, выбранных из rs12595857/GG; rs1967309/AA; rs111590482/AG; rs111590482/GG; rs11647828/GG; rs12935810/GG; rs17136707/GG; rs2239310/GG; rs2283497/AA; rs2531967/AA; rs3730119/AA; rs4786454/AA; rs74702385/GA; rs74702385/AA; rs8049452/GG; rs8061182/AA; rs1967309/GA, rs12595857/AG, rs13337675/AG, rs13337675/GG, rs17136707/AG, rs2239310/AG, rs2283497/CA, rs2531967/GA, rs3730119/GA, rs4786454/GA, rs8049452/GA, rs8061182/AG, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA, rs12935810/GA, rs12935810/AA, rs11647828/AA, rs2531967/GG, rs3730119/GG, rs2239310/AA, rs12595857/AA, rs111590482/AA, rs74702385/GG, rs1967309/GG, rs2283497/CC, rs8061182/GG, rs17136707/AA, rs8049452/AA, rs4786454/GG, rs13337675/AA, rs2238448/TT и rs11647828/AG.
В другом воплощении изобретения предложены способы лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, включающие введение субъекту, которому это необходимо, терапевтически эффективного количества поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР, где субъект имеет ассоциированный с лучшим ответом генотип rs11647778 и, возможно, ассоциированный с лучшим ответом генотип в одном или нескольких из следующих сайтов: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119 rs223844 и rs13337675.
В другом воплощении изобретения предложены способы лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, включающие введение субъекту, которому это необходимо, поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР, в количестве, эффективном для лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, где субъект имеет ассоциированный с лучшим ответом генотип rs11647778 и, возможно, ассоциированный с лучшим ответом генотип в одном или нескольких из следующих сайтов: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs2238448 и rs13337675.
В другом воплощении изобретения предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, включающий введение субъекту, имеющему ассоциированный с лучшим ответом генотип rs11647778 и, возможно, ассоциированный с лучшим ответом генотип в одном или нескольких из следующих сайтов: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs2238448, терапевтически эффективного количества поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР.
В другом воплощении изобретения предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, включающий введение субъекту, имеющему ассоциированный с лучшим ответом генотип rs11647778 и, возможно, ассоциированный с лучшим ответом генотип в одном или нескольких из следующих сайтов: rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs2238448, поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР, в количестве, эффективном для лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства.
В конкретном воплощении изобретения предложен способ лечения сердечнососудистого расстройства, включающий введение субъекту, которому это необходимо, терапевтически эффективного количества поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР, где субъект, получающий терапию, имеет ассоциированный с лучшим ответом генотип, где генотип представляет собой rs11647778/СС и, возможно, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA;, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG и/или rs8061182/AA
В конкретном воплощении изобретения предложены способы лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, включающие введение субъекту, которому это необходимо, поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР, в количестве, эффективном для лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, где субъект является носителем генотипа rs11647778/СС и, возможно, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs2238448/TT и/или rs8061182/AA.
В другом воплощении изобретения предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, включающий введение субъекту, имеющему ассоциированный с лучшим ответом генотип rs11647778/СС и, возможно, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG и/или rs8061182/AA, терапевтически эффективного количества поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР.
В другом воплощении изобретения предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, включающий введение субъекту, имеющему генотип rs11647778/СС и, возможно, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs2238448/TT и/или rs8061182/AA, поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР, в количестве, эффективном для лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства.
В другом воплощении изобретения предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, включающий введение субъекту, которому это необходимо, терапевтически эффективного количества поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР, где субъект имеет ассоциированный с лучшим ответом генотип rs11647778 и, возможно, ассоциированный с лучшим ответом генотип rs1967309, rs2238448 или rs12595857.
В другом воплощении изобретения предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, включающий введение субъекту, которому это необходимо, поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР, в количестве, эффективном для лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, где субъект имеет ассоциированный с лучшим ответом генотип rs11647778 и, возможно, ассоциированный с лучшим ответом генотип rs1967309, rs2238448 или rs12595857.
В другом воплощении изобретения предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, включающий введение субъекту, имеющему ассоциированный с лучшим ответом генотип rs11647778 и, возможно, ассоциированный с лучшим ответом генотип rs1967309, rs2238448 или rs12595857, терапевтически эффективного количества поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР.
В другом воплощении изобретения предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, включающий введение субъекту, имеющему ассоциированный с лучшим ответом генотип rs11647778 и, возможно, ассоциированный с лучшим ответом генотип rs1967309, rs2238448 или rs12595857, поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР, в количестве, эффективном для лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства.
В другом воплощении изобретения предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, включающий введение субъекту, которому это необходимо, терапевтически эффективного количества поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР, где субъект имеет ассоциированный с лучшим ответом генотип rs11647778 и, возможно, ассоциированный с лучшим ответом генотип rs1967309.
В другом воплощении изобретения предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, включающий введение субъекту, которому это необходимо, поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР, в количестве, эффективном для лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, где субъект имеет ассоциированный с лучшим ответом генотип rs11647778 и, возможно, ассоциированный с лучшим ответом генотип rs1967309.
В другом воплощении изобретения предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, включающий введение субъекту, имеющему ассоциированный с лучшим ответом генотип rs11647778 и, возможно, ассоциированный с лучшим ответом генотип rs1967309, терапевтически эффективного количества поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР.
В другом воплощении изобретения предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, включающий введение субъекту, имеющему ассоциированный с лучшим ответом генотип rs11647778 и, возможно, ассоциированный с лучшим ответом генотип rs1967309, поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента, в частности, ингибитора/модулятора СЕТР, в количестве, эффективном для лечения или предупреждения сердечнососудистого расстройства.
В конкретном воплощении изобретения предложен поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, в частности, ингибитор/модулятор СЕТР, для применения в лечении или предупреждении сердечно-сосудистого расстройства, где получающий терапию субъект является носителем ассоциированного с лучшим ответом генотипа rs11647778.
В конкретном воплощении изобретения предложен поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент согласно данному описанию, где ассоциированный с лучшим ответом генотипом является СС.
В конкретном воплощении изобретения предложен поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, в частности, ингибитор/модулятор СЕТР, для применения в лечении или предупреждении сердечно-сосудистого расстройства у субъекта, где субъект является носителем ассоциированный с лучшим ответом генотипа rs11647778. В конкретном воплощении изобретения предложен поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент согласно данному описанию, где ассоциированным с лучшим ответом генотипом rs11647778 является СС.
В конкретном воплощении изобретения предложен поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент согласно данному описанию, где сердечнососудистое расстройство выбрано из группы, состоящей из атеросклероза, заболевания периферических сосудов, дислипидемии, гипербеталипопротеинемии, гипоальфалипопротеинемии, гиперхолестеринемии, гипертриглицеридемии, семейной гиперхолестеринемии, стенокардии, ишемии, ишемии сердца, инсульта, инфаркта миокарда, реперфузионного повреждения, рестеноза после ангиопластики, гипертензии и сосудистых осложений диабета, ожирения или эндотоксемии у млекопитающего.
В конкретном воплощении изобретения предложен поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент согласно данному описанию, где сердечнососудистое расстройство выбрано из группы, состоящей из сердечно-сосудистого заболевания, ишемической болезни сердца, атеросклеротической болезни сердца, гипоальфалипопротеинемии, гипербеталипопротеинемии, гиперхолестеринемии, гиперлипидемии, атеросклероза, гипертензии, гипертриглицеридемии, гиперлипопротеинемии, заболевания периферических сосудов, стенокардии, ишемии или инфаркта миокарда.
В конкретном воплощении изобретения предложен поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент согласно данному описанию, где поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL представляет собой ингибитор/модулятор СЕТР, более конкретно, S-(2-{[1-(2-этил-бутил)-циклогексанкарбонил]-амино}-фениловый) эфир.
В другом воплощении изобретения предложен S-(2-{[1-(2-этил-бутил)-циклогексанкарбонил]-амино}-фениловый) эфир для лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства у субъекта, которому это необходимо, имеющему генотип rs11647778/СС и, возможно, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs2238448/TT или rs8061182/AA, более конкретно, где генотип представляет собой rs11647778/СС и, возможно, rs1967309/AA.
В другом воплощении изобретения предложен S-(2-{[1-(2-этил-бутил)-циклогексанкарбонил]-амино}-фениловый) эфир для лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства у пациента, который является носителем ассоциированного с лучшим ответом генотипа rs11647778/СС и, возможно, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG или rs8061182/AA, более конкретно, где генотип представляет собой rs11647778/СС и, возможно, rs1967309/AA.
В конкретном воплощении изобретения предложен Э-(2-{[1-(2-этил-бутил)-циклогексанкарбонил]-амино}-фениловый) эфир для лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства у пациента, который является носителем ассоциированного с лучшим ответом генотипа, где сердечно-сосудистое расстройство выбрано из группы, состоящей из атеросклероза, заболевания периферических сосудов, дислипидемии, гипербеталипопротеинемии, гипоальфалипопротеинемии, гиперхолестеринемии, гипертриглицеридемии, семейной гиперхолестеринемии, стенокардии, ишемии, ишемии сердца, инсульта, инфаркта миокарда, реперфузионного повреждения, рестеноза после ангиопластики, гипертензии и сосудистых осложнений диабета, ожирения или эндотоксемии у млекопитающего.
В конкретном воплощении изобретения предложен S-(2-{[1-(2-этил-бутил)-циклогексанкарбонил]-амино}-фениловый) эфир для лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства у субъекта, которому это необходимо, имеющего ассоциированный с лучшим ответом генотип, где сердечно-сосудистое расстройство представляет собой атеросклероз, заболевание периферических сосудов, дислипидемию, гипербеталипопротеинемию, гипоальфалипопротеинемию, гиперхолестеринемию, гипертриглицеридемию, семейную гиперхолестеринемию, стенокардию, ишемию, ишемию сердца, инсульт, инфаркт миокарда, реперфузионное повреждение, рестеноз после ангиопластики, гипертензию и сосудистые осложнения диабета, ожирения или эндотоксемии.
В конкретном воплощении изобретения предложен S-(2-{[1-(2-этил-бутил)-циклогексанкарбонил]-амино}-фениловый) эфир для лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства у пациента, который является носителем ассоциированного с лучшим ответом генотипа, где сердечно-сосудистое расстройство выбрано из группы, состоящей из сердечно-сосудистого заболевания, ишемической болезни сердца, атеросклеротической болезни сердца, гипоальфалипопротеинемии, гипербеталипопротеинемии, гиперхолестеринемии, гиперлипидемии, атеросклероза, гипертензии, гипертриглицеридемии, гиперлипопротеинемии, заболевания периферических сосудов, стенокардии, ишемии и инфаркта миокарда.
В конкретном воплощении изобретения предложен S-(2-{[1-(2-этил-бутил)-циклогексанкарбонил]-амино}-фениловый) эфир для лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства у субъекта, которому это необходимо, имеющего ассоциированный с лучшим ответом генотип, где сердечно-сосудистое расстройство представляет собой сердечно-сосудистое заболевание, ишемическую болезнь сердца, атеросклеротическую болезнь сердца, гипоальфалипопротеинемию, гипербеталипопротеинемию, гиперхолестеринемию, гиперлипидемию, атеросклероз, гипертензию, гипертриглицеридемию, гиперлипопротеинемию, заболевание периферических сосудов, стенокардию, ишемию или инфаркт миокарда.
В другом воплощении изобретения предложен способ предсказания, повышена ли вероятность того, что лечение поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом, в частности, ингибитором/модулятором СЕТР, будет приносить пользу пациенту, у которого диагностировано сердечно-сосудистое заболевание или у которого имеются один или несколько симптомов сердечнососудистого заболевания, включающий скрининг образца, полученного у указанного пациента на наличие генетического маркера в гене аденилатциклазы 9 типа (ADCY9), выбранного из rs11647778/СС, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs2238448/TT или rs8061182/AA, где наличие генетического маркера указывает на повышенную вероятность того, что указанное лечение поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом будет приносить пользу пациенту. В конкретном воплощении генетический маркер, скрининг которого осуществляют, представляет собой rs11647778/СС и, возможно, rs12595857/GG, rs2238448/TT и/или rs1967309/AA. Более конкретно, генетический маркер, скрининг которого осуществляют, представляет собой rs11647778/СС и, возможно, rs1967309/AA.
В другом воплощении изобретения предложен способ предсказания, повышена ли вероятность того, что лечение поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом, в частности, ингибитором/модулятором СЕТР, будет приносить пользу пациенту, страдающему сердечно-сосудистым расстройством, включающий скрининг образца, взятого у указанного пациента на наличие генетического маркера в гене аденилатциклазы 9 типа (ADCY9), выбранного из rs11647778/СС, rs12595857/GG, rs1967309/AA, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs2239310/GG, rs2283497/AA, rs2531967/AA, rs3730119/AA, rs4786454/AA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8061182/AA, где повышена вероятность того, что указанное лечение поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом будет приносить пользу пациенту. В конкретном воплощении генетический маркер, скрининг которого осуществляют, представляет собой rs11647778/СС и, возможно, выбран из rs12595857/GG, rs1967309/AA. Более конкретно, генетический маркер, скрининг которого осуществляют, представляет собой rs11647778/СС и, возможно, rs1967309/AA.
В следующем воплощении изобретения предложен способ отбора пациента, у которого с большей вероятностью будет получен отклик на поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, где способ включает:
(a) определение генотипа rs11647778 в образце пациента, у которого диагностировано сердечно-сосудистое расстройство или у которого имеются один или несколько симптомов сердечно-сосудистого расстройства, и
(b) выбор пациента, имеющего генотип СС, у которого с большей вероятностью будет получен отклик на поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент.
В следующем воплощении способ дополнительно включает определение генотипа rs1967309 и/или rs2238448 и выбор пациента, имеющего rs1967309 с генотипом АА и/или rs2238448 с генотипом ТТ, у которого с большей вероятностью будет получен отклик на поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент. В некоторых воплощениях способ дополнительно включает введение поднимающего уровень HDL или имитирующего HDL агента (например, дальцетрапиба) выбранному пациенту.
В следующем воплощении изобретения предложен способ выбора пациента, страдающего сердечно-сосудистым расстройством, у которого с большей вероятностью будет получен отклик на терапию, включающую поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, где способ включает:
(а) обнаружение rs11647778 с генотипом СС в образце, взятом у пациента,
(b) выбор пациента, у которого с большей вероятностью будет получен отклик на терапию, включающую поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, когда в образце, взятом у пациента, обнаружен rs11647778 с генотипом СС.
В следующем воплощении изобретения предложен способ выбора пациента, страдающего сердечно-сосудистым расстройством, у которого с большей вероятностью будет получен отклик на терапию, включающую поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, где способ включает:
(a) обнаружение rs11647778 с генотипом СС и rs1967309 с генотипом АА в образце, взятом у пациента,
(b) выбор пациента, у которого с большей вероятностью будет получен отклик на терапию, включающую поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, когда в образце, взятом у пациента, обнаружен rs11647778 с генотипом СС и rs1967309 с генотипом АА.
В конкретном воплощении изобретения предложен способ, описанный в данном документе, где наличие rs11647778 с генотипом СС в референтном образце (до начала терапии поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом согласно изобретению) указывает на то, что у пациента с большей вероятностью будет получен отклик на терапию поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом.
В конкретном воплощении изобретения предложен способ, описанный в данном документе, где наличие rs11647778 с генотипом СС и rs1967309 с генотипом АА в референтном образце указывает на то, что у пациента с большей вероятностью будет получен отклик на терапию поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом.
В конкретном воплощении изобретения предложен способ, описанный в данном документе, который дополнительно включает в) выбор терапии, включающей поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент.
В конкретном воплощении изобретения предложен способ, описанный в данном документе, где определение генотипа rs11647778 в образце, взятом у пациента, включает приведение в контакт образца с реагентом, специфическим к генотипу (например, праймером и/или зондом), который связывается с последовательностью rs11647778, с формированием комплекса между реагентом и последовательностью rs11647778 и определение сформированного комплекса, и, таким образом определение генотипа rs11647778.
Способ прогнозирования клинического ответа у пациентов-людей на поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, включающий определение наличия по меньшей мере одного полиморфизма в гене ADCY9 пациента, где полиморфизм ассоциирован с замедленным, частичным, субоптимальным ответом или отсутствием клинического ответа на указанный поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, где по меньшей мере одним полиморфным сайтом является rs11647778.
Способ прогнозирования клинического ответа у пациентов-людей на поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, включающий определение наличия по меньшей мере одного полиморфизма в гене ADCY9 пациента, где полиморфизм ассоциирован с замедленным, частичным, субоптимальным ответом или отсутствием клинического ответа на указанный поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, где по меньшей мере два полиморфных сайта представляют собой rs11647778 и rs1967309.
В другом воплощении изобретения предложен способ прогнозирования клинического ответа у пациентов-людей на поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, включающий определение генотипа по меньшей мере одного полиморфного сайта в гене ADCY9 пациента, где полиморфный сайт ассоциирован с замедленным, частичным, субоптимальным ответом или отсутствием клинического ответа на указанный поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент. В одном воплощении полиморфным сайтом является rs11647778, а генотип GG указывает на замедленный, частичный, субоптимальный ответ или отсутствие клинического ответа на указанный поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент. В другом воплощении полиморфным сайтом является rs1967309, а генотип GG указывает на замедленный, частичный, субоптимальный ответ или отсутствие клинического ответа на указанный поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент. В другом воплощении полиморфным сайтом является rs2238448, а генотип СС указывает на замедленный, частичный, субоптимальный ответ или отсутствие клинического ответа на указанный поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент.
В конкретном воплощении изобретения предложен способ, описанный в данном документе, где полиморфизм определяют посредством генотипирования.
В конкретном воплощении изобретения предложен способ, описанный в данном документе, где генотипирование включает в себя микрочиповый анализ или масс-спектрометрический анализ или использование специфических в отношении полиморфизма праймеров и/или зондов, в частности, реакции достройки праймеров.
В конкретном воплощении изобретения предложен способ, описанный в данном документе, где поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент представляет собой ингибитор/модулятор СЕТР, более конкретно, S-(2-{[1-(2-этил-бутил)-циклогексанкарбонил]-амино}-фениловый) эфир.
В конкретном воплощении «модулятор СЕТР» представляет собой S-(2-{[1-(2-этил-бутил)-циклогексанкарбонил]-амино}-фениловый эфир тиоизобутировой кислоты, также известный как S-[2-([[1-(2-этилбутил)-циклогексил]-карбонил]амино)фенил]2-метилпропантиоат, дальцетрапиб или соединение формулы I
Показано, что S-[2-([[1-(2-этилбутил)циклогексил]карбонил] амино) фенил] 2-метилпропантиоат является модулятором активности СЕТР у человека (de Grooth et al., Circulation, 105, 2159-2165 (2002)) и кролика (Shinkai et al., J. Med. Chem., 43, 3566-3572 (2000); Kobayashi et al., Atherosclerosis, 162, 131-135 (2002); and Okamoto et al., Nature, 406 (13), 203-207 (2000)). Показано, что S-[2-([[1-(2-этилбутил)циклогексил] карбонил] амино) фенил] 2- метилпропантиоат повышает уровень холестерина HDL у человека (de Grooth et al., см. выше) и кролика (Shinkai et al., см. выше; Kobayashi et al., см. выше; Okamoto et al., см. выше). Кроме того, показано, что S-[2-([[1-(2-этилбутил)циклогексил] карбонил] амино) фенил] 2-метилпропантиоат понижает уровень холестерина LDL у человека (de Grooth et al., см. выше) и кролика (Okamoto et al., см. выше). S-[2-([[1-(2-этилбутил)циклогексил] карбонил] амино) фенил] 2-метилпропантиоат, а также способы получения и применения соединения описаны в патенте ЕР1020439, Shinkai et al., J. Med. Chem. 43:3566-3572 (2000) или WO 2007/051714, WO 2008/074677 или WO2011/000793.
В предпочтительном воплощении ингибитор/модулятор СЕТР (например, соединение формулы I) представляет собой твердое соединение в кристаллической или аморфной форме, или, более предпочтительно, в кристаллической форме. В конкретном воплощении S-[2-([[1-(2-этилбутил)-циклогексил]-карбонил]амино)фенил]2-метилпропантиоат находится в кристаллической форме А, как описано в WO 2012/069087. Для формы А характерно наличие пиков приблизительно на 7,9°, 8,5°, 11,7°, 12,7°, 17,1°, 18,0°, 18,5°, 20,2°, 22,1°, 24,7±°0,2° в картине порошковой рентгеновской дифракции, в частности, дифракционные пики наблюдаются в области углов 2Theta 7,9°, 11,7°, 17,1°, 18,5° (±0,2°).
Другие ингибиторы СЕТР, которые известны в области техники и могут найти применение в данном изобретении, включают: эвацетрапиб, анацетрапиб и торцетрапиб, в частности, эвацетрапиб и анацетрапиб.
Соответственно, в изобретении предложен способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства у млекопитающего, включающий введение млекопитающему (предпочтительно, млекопитающему, которому это необходимо) терапевтически эффективного количества фармацевтической композиции. Предпочтительно, млекопитающим является человек (т.е. мужчина или женщина). Человек может быть любой расы (например, европеоидной или монголоидной).
Сердечно-сосудистое расстройство, в частности, представляет собой атеросклероз, заболевание периферических сосудов, дислипидемию, гипербеталипопротеинемию, гипоальфалипопротеинемию, гиперхолестеринемию, гипертриглицеридемию, семейную гиперхолестеринемию, стенокардию, ишемию, ишемию сердца, инсульт, инфаркт миокарда, реперфузионное повреждение, рестеноз после ангиопластики, гипертензию и сосудистые осложения диабета, ожирения или эндотоксемии. Более конкретно, сердечно-сосудистое расстройство представляет собой сердечно-сосудистое заболевание, ишемическую болезнь сердца, атеросклеротическую болезнь сердца, гипоальфалипопротеинемию, гипербеталипопротеинемию, гиперхолестеринемию, гиперлипидемию, атеросклероз, гипертензию, гипертриглицеридемию, гиперлипопротеинемию, заболевания периферических сосудов, стенокардию, ишемию или инфаркт миокарда.
В некоторых воплощениях данного изобретения субъектам или пациентам вводят от 100 мг до 600 мг S-[2-([[1-(2-этилбутил)-циклогексил]-карбонил]амино)фенил]2-метилпропантиоата. В частности, субъектам или пациентам вводят от 150 мг до 450 мг S-[2-([[1-(2-этилбутил)-циклогексил]-карбонил]амино)фенил]2-метилпропантиоата. Более конкретно, субъектам или пациентам вводят от 250 мг до 350 мг S-[2-([[1-(2-этилбутил)-циклогексил]-карбонил]амино)фенил]2-метилпропантиоата. Более конкретно, субъектам или пациентам вводят от 250 мг до 350 мг S-[2-([[1-(2-этилбутил)-циклогексил]-карбонил]амино)фенил]2-метилпропантиоата.
В другом воплощении данного изобретения для применения в педиатрии субъектам вводят от 25 мг до 300 мг S-[2-([[1-(2-этилбутил)-циклогексил]-карбонил]амино)фенил]2-метилпропантиоата. В частности, для применения в педиатрии субъектам вводят от 75 мг до 150 мг S-[2-([[1-(2-этилбутил)-циклогексил]-карбонил]амино)фенил]2-метилпропантиоата.
Ингибитор СЕТР можно вводить млекопитающим в любой подходящей дозировке (например, для достижения терапевтически эффективного количества). Например, подходящая дозировка терапевтически эффективного количества S-[2-([[1-(2-этилбутил)-циклогексил]-карбонил]амино)фенил]2-метилпропантиоата для введения пациенту будет составлять приблизительно от 100 мг до 1800 мг в сутки. Рекомендуемая доза предпочтительно составляет приблизительно от 300 мг до приблизительно 900 мг в сутки. Предпочтительная доза составляет приблизительно 600 мг в сутки.
Способы генотипирования
Установление конкретного генотипа образца ДНК может осуществляться любым из множества способов, хорошо известных специалистам в области техники. Например, выявление полиморфизма может осуществляться путем клонирования аллеля и его секвенирования способами, хорошо известными в области техники. В альтернативном случае, последовательности генов можно амплифицировать из геномной ДНК, например, с помощью ПЦР, и секвенировать продукт. В области техники известно множество способов выделения ДНК субъекта и определения в ней конкретного генетического маркера, включая полимеразную цепную реакцию (ПЦР), лигазную цепную реакцию (ЛЦР) или лигазную амплификацию и такие способы амплификации, как самоподдерживающаяся репликация последовательности. Ниже описано несколько способов анализа ДНК пациента на наличие мутаций в конкретных генных локусах, которые не являются исчерпывающими.
Можно применять технологию ДНК-микрочипов, например, ДНК-чипов и микрочипов высокой плотности для высокопроизводительного скрининга и микрочипов более низкой плотности. Способы изготовления микрочипов хорошо известны в области техники и включают различные технологии и способы струйного и микроструйного нанесения или раскапывания, способы фотолитографического синтеза олигонуклеотидов in situ или на-чипе, а также способы электронной адресации ДНК-зондов. Гибридизацию с ДНК-микрочипами успешно используют в анализе экспрессии генов и генотипировании точечных мутаций, однонуклеотидных полиморфизмов (ОНП) и коротких тандемных повторов. Дополнительные способы включают микрочипы, основанные на РНК-интерференции, и комбинации микрочипов с другими способами, такими как лазерная захватывающая микродиссекция (LCM, от англ. laser capture micro-dissection), сравнительная геномная гибридизация (CGH, от англ. comparative genomic hybridization) и иммунопреципитация хроматина (ChiP, от англ. chromatin immunoprecipitation). См., например, Не et al. (2007) Adv. Exp.Med. Biol. 593: 117-133 и Heller (2002) Annu. Rev. Biomed. Eng. 4: 129-153. Другие способы включают ПЦР, хМАР, анализ Invader, масс-спектрометрию и пиросеквенирование (Wang et al. (2007) Microarray Technology and Cancer Gene Profiling Vol 593 of book series Advances in Experimental Medicine and Biology, pub. Springer New York).
Другими способами детекции являются аллель-специфическая гибридизация с помощью зондов, перекрывающихся с полиморфным сайтом и содержащих вокруг полиморфного участка приблизительно 5 или, в альтернативном случае, 10 или, в альтернативном случае, 20 или, в альтернативном случае, 25 или, в альтернативном случае, 30 нуклеотидов. Например, несколько зондов, способных специфически гибридизоваться с аллельным вариантом или генетическим маркером, представляющим интерес, присоединены к твердому носителю, например, «чипу». Олигонуклеотидные зонды можно присоединять к твердому носителю с помощью различных процессов, включая литографию. Детекция мутаций с помощью таких чипов, содержащих олигонуклеотиды, которую также называют «анализом с использованием ДНК-зондов», описана, например, Cronin et al. (1996) Human Mutation 7':244.
В других способах детекции перед тем, как идентифицировать аллельный вариант, вначале необходимо амплифицировать по меньшей мере часть гена. Амплификацию можно осуществлять, например, посредством ПЦР и/или ЛЦР или другими способами, хорошо известными в области техники.
В некоторых случаях присутствие определенного аллеля в ДНК субъекта можно продемонстрировать при помощи рестрикционного анализа. Например, конкретный нуклеотидный полиморфизм может приводить к тому, что нуклеотидная последовательность будет содержать сайт рестрикции, который отсутствует в нуклеотидной последовательности другого аллельного варианта.
В следующем воплощении для детекции ошибочных оснований в гетеродуплексах РНК/РНК, ДНК/ДНК или РНК/ДНК можно использовать защиту от расщепляющих реагентов (таких как нуклеаза, гидроксиламин или тетраоксид осмия с пиперидином) (см., например, Myers et al. (1985) Science 230:1242). Как правило, методика «расщепления ошибочных нуклеотидов» начинается с того, что берут дуплекс, образованный гибридизующимся зондом, например, РНК или ДНК, который может быть меченым, содержащим нуклеотидную последовательность аллельного варианта гена, с образцом нуклеиновой кислоты, полученной из образца ткани. Двуцепочечные дуплексы обрабатывают агентом, который расщепляет одноцепочечные области дуплекса, как те, что образуются вследствие несовпадения пар оснований у цепей контроля и образца. Например, для ферментативного расщепления некомплементарных участков дуплексы РНК/ДНК можно обрабатывать РНКазой, а гибриды ДНК/ДНК - нуклеазой SI. В альтернативном случае для расщепления некомплементарных участков дуплексы ДНК/ДНК или РНК/ДНК можно обрабатывать гидроксиламином или тетраоксидом осмия и пиперидином. После расщепления некомплементарных участков полученный материал затем разделяют по размеру в полиакриламидном геле в присутствии денатурирующего агента и определяют, имеют ли нуклеиновые кислоты в контроле и в образце идентичную нуклеотидную последовательность или нуклеотиды в них различаются. См., например, патент US 6,455,249; Cotton et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:4397; Saleeba et al. (1992) Meth. Enzymol. 217:286-295.
Также, для идентификации конкретного аллельного варианта можно использовать изменение электрофоретической подвижности. Например, одноцепочечный конформационный полиморфизм (SSCP, от англ. single strand conformation polymorphism) можно использовать для детекции различий в электрофоретической подвижности между мутантной нуклеиновой кислотой и нуклеиновой кислотой дикого типа (Orita et al. (1989) Proc Natl. Acad. Sci USA 86:2766; Cotton (1993) Mutat. Res. 285: 125-144 and Hayashi (1992) Genet. Anal. Tech. Appl. 9:73-79). Одноцепочечные фрагменты ДНК нуклеиновых кислот образца и контроля подвергают денатурации и ренатурации. Вторичная структура одноцепочечных нуклеиновых кислот варьирует в зависимости от последовательности; происходящее изменение электрофоретической подвижности позволяет детектировать изменение даже единственного основания. Фрагменты ДНК могут быть меченными или для их детекции можно использовать меченные зонды. Чувствительность анализа можно повысить при использовании РНК (а не ДНК), вторичная структура которой более чувствительна к изменениям последовательности. В другом предпочтительном воплощении в способе используют гетеродуплексный анализ для разделения молекул двуцепочечных гетеродуплексов по изменению электрофоретической подвижности (Keen et al. (1991) Trends Genet. 7:5).
Аллельный вариант или генетический маркер можно также идентифицировать путем анализа перемещения нуклеиновой кислоты, содержащей полиморфный участок, в полиакриламидном геле, содержащем градиент денатурирующего агента, что осуществляют при помощи денатурирующего градиентного гель-электрофореза (DGGE, от англ. denaturing gradient gel electrophoresis) (Myers et al. (1985) Nature 313:495). Когда в качестве аналитического способа используют DGGE, ДНК модифицируют, чтобы она не денатурировала полностью, например, добавляя GC-застежку длиной приблизительно 40 пн, представленную богатой GC ДНК с высокой температурой плавления, при помощи ПЦР. В другом воплощении для идентификации различий в подвижности ДНК в контроле и образце вместо градиента денатурирующего агента используют градиент температуры (Rosenbaum and Reissner (1987) Biophys. Chem. 265:1275).
Примеры способов определения различий между 2 нуклеиновыми кислотами по меньшей мере по одному нуклеотиду включают селективную гибридизацию нуклеотидов, селективную амплификацию или селективную достройку праймеров. Например, можно создавать олигонуклеотидные зонды, в которых известные полиморфные нуклеотиды размещены в центральной части (аллель-специфические зонды) и затем осуществлять гибридизацию с целевой ДНК в условиях, обеспечивающих гибридизацию только в случае абсолютной комплементарности (Saiki et al. (1986) Nature 324:163); Saiki et al. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:6230). Такую методику аллель-специфической гибридизации олигонуклеотидов используют для детекции вариантов нуклеотидов в полиморфной области гена. Например, олигонуклеотидные зонды, имеющие нуклеотидную последовательность конкретного аллельного варианта, присоединяют к гибридизующей мембране и затем эта мембрана гибридизуется с меченым образцом нуклеиновой кислоты. Последующий анализ гибридизационного сигнала позволит идентифицировать нуклеотиды в образце нуклеиновой кислоты.
В альтернативном случае можно использовать технологию аллель-специфической амплификации, которая основана на селективной ПЦР-амплификации и может применяться в контексте данного изобретения.
Олигонуклеотиды, которые используют в качестве праймеров для специфической амплификации, могут нести аллельный вариант, представляющий интерес, в центральной части молекулы (таким образом, амплификация будет зависеть от неодинаковой гибридизации) (Gibbs et al. (1989) Nucl. Acids Res. 17:2437-2448) или на 3' конце одного из праймеров, когда в соответствующих условиях несовпадение может предупреждать или ограничивать достройку праймера полимеразой (Prossner (1993) Tibtechl 1:238 and Newton et al. (1989) Nucl. Acids Res. 17:2503). Данная методика носит название "PROBE" от англ. PRobeOligo Base Extension (достройка оснований олигонуклеотидного праймера). Кроме того, может быть целесообразным введение нового сайта рестрикции в области мутации для осуществления детекции, основанной на расщеплении (Gasparini et al. (1992) Mol. Cell. Probes 6:1).
В другом воплощении аллельный вариант или генетический маркер идентифицируют с помощью лигирования олигонуклеотидных зондов (oligonucleotide ligation assay, OLA), как описано, например, в патенте US 4,998,617 и Laridegren, U. et al. Science 241:1077-1080, 1988). В протоколе OLA используют два олигонуклеотидных зонда, которые способны гибридизоваться встык с одноцепочечными последовательностями мишени. Один из нуклеотидов связан с маркером, обеспечивающим выделение, например, биотинилирован, а другой несет метку, обеспечивающую детекцию. Если в молекуле-мишени присутствует абсолютно комплементарная последовательность, олигонуклеотиды будут гибридизоваться таким образом, что их концы будут располагаться встык и являться субстратом лигазы. Лигирование позволяет выделять меченые олигонуклеотиды с помощью авидина или другого лиганда биотина. Nickerson, D. A. et al. описали детектирование нуклеиновых кислот, в котором сочетаются свойства ПЦР и OLA (Nickerson, D.A. et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:8923-8927). В данном способе ПЦР используют для экспоненциальной амплификации ДНК-мишени, которую затем детектируют с помощью OLA. Вариант метода OLA описан Tobe et al. (1996) Nucleic Acids Res. 24:3728, где каждый аллель-специфический праймер помечен уникальным гаптеном, т.е. дигоксигенином и флуоресцеином, а для регистрации каждой реакции OLA используют гаптен-специфические антитела, меченные ферментами-репортерами.
В изобретении предложены способы детекции однонуклеотидного полиморфизма (ОНП) в ADCY9. Поскольку однонуклеотидные полиморфизмы фланкированы областями неизменяющейся последовательности, их анализ требует всего лишь идентификации одного альтернативного нуклеотида и нет необходимости определять всю последовательность гена для каждого пациента. Для облегчения анализа ОНП разработано несколько способов.
Однонуклеотидный полиморфизм можно определять с помощью специальных резистентных к экзонуклеазам нуклеотидов, как описано, например, в патенте US 4,656,127. Согласно способу, праймер, комплементарный аллельной последовательности, непосредственно примыкающей в направлении 3' к полиморфному сайту, гибридизуется с молекулой-мишенью, полученной у конкретного животного или человека. Если полиморфный сайт молекулы-мишени содержит нуклеотид, комплементарный конкретному производному резистентного к экзонуклеазам нуклеотида, то это производное будет присоединяться к концу гибридизованного праймера. Такое присоединение делает праймер устойчивым к экзонуклеазам и, таким образом, обеспечивает его детекцию. Поскольку резистентное к экзонуклеазам производное известно, тот факт, что праймер приобрел устойчивость к экзонуклеазам свидетельствует, что нуклеотид, присутствующий в полиморфном сайте молекулы-мишени, был комплементарен производному нуклеотида, использовавшемуся в реакции. Преимуществом способа является то, что он не требует генерировать большой объем избыточных данных.
Для идентификации полиморфного сайта нуклеотида способ также можно осуществлять в растворе (WO 91/02087). Как описано выше, используют праймер, комплементарный аллельной последовательности, непосредственно примыкающей в направлении 3' к полиморфному сайту. Способ позволяет идентифицировать нуклеотид данного сайта с помощью меченых производных дидезоксинуклеотидов, которые, будучи комплементарны нуклеотиду полиморфного сайта, будут присоединяться к концу праймера.
Альтернативный способ описан в WO 92/15712. В данном способе используют смеси меченых терминаторов и праймер, комплементарный последовательности, расположенной в направлении 3' относительно полиморфного сайта. Таким образом, определяют присоединяющийся меченый терминатор, комплементарный нуклеотиду, присутствующему в полиморфном сайте исследуемой молекулы-мишени. Способ обычно выполняют в формате гетерогенного исследования, где праймер или молекула-мишень иммобилизованы на твердой фазе.
Для исследования полиморфных сайтов ДНК описано множество других процедур праймер-опосредованного включения нуклеотидов (Komher, J.S. et al. (1989) Nucl. Acids. Res. 17:7779-7784; Sokolov, B.P. (1990) Nucl. Acids Res. 18:3671; Syvanen, A.-C, et al. (1990) Genomics 8:684-692; Kuppuswamy, M.N. et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:1143-1147; Prezant, T.R. et al. (1992) Hum. Mutat. 1:159-164; Ugozzoli, L. et al. (1992) GATA 9: 107-112; Nyren, P. et al. (1993) Anal.Biochem. 208:171-175). Все указанные способы основаны на включении меченых дезоксинуклеотидов для распознавания оснований в полиморфном сайте.
Кроме того, следует понимать, что любой из указанных способов детекции изменений гена или генного продукта или полиморфных вариантов также можно использовать для наблюдения за ходом лечения или терапии.
При осуществлении описанных в данном документе способов можно, например, применять заранее упакованные диагностические наборы, такие как описанные ниже, содержащие по меньшей мере один зонд, нуклеотидный праймер или реагент, который удобно использовать для генотипирования, например, анализа генетического маркера, присутствующего в гене ADCY9 для определения, существует ли повышенная вероятность того, что лечение поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом, включая поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, в частности, ингибитор/модулятор СЕТР, принесет пользу индивидууму. В частности, генетические маркеры являются такими, как описано ниже.
Праймеры или зонды согласно данному изобретению, предназначенные для применения в качестве реагентов для генотипирования генетических маркеров, присутствующих в гене ADCY9, содержат синтетическую нуклеотидную последовательность, комплементарную и гибридизующуюся с непрерывной последовательностью в составе гена ADCY9, предпочтительно состоящую из 12-30 нуклеотидов, прилегающих к одному или нескольким ОНП или включающих в себя один или несколько ОНП, выбранных из rs11647778, rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs2238448 и rs13337675, предпочтительно, rs11647778. В других аспектах праймер содержит 100 или менее нуклеотидов, в некоторых аспектах от 12 до 50 нуклеотидов или от 12 до 30 нуклеотидов. Праймер по меньшей мере на 70% идентичен непрерывной последовательности или последовательности, комплементарной непрерывной нуклеотидной последовательности, предпочтительно по меньшей мере на 80% идентичен, и более предпочтительно, по меньшей мере на 90% идентичен. Праймер или зонд по изобретению предпочтительно имеет длину 15-50 нуклеотидов, содержащих область из 15-20 нуклеотидов, комплементарных последовательности, выбранной из SEQ. ID. NO 1-21, в частности, комплементарных последовательности SEQ. ID No 1, 19 или 21. Степень комплементарности между зондом или праймером и последовательностью SEQ. ID. NO. 1-21 может составлять 100%, 95%, 90%, 85%, 80% или 75%.
Олигонуклеотиды, включая зонды и праймеры, «специфичные» в отношении аллеля гена или генетического маркера, связываются либо с полиморфной областью гена, либо с областью, примыкающей к полиморфной области гена. Применительно к олигонуклеотидам, которые предназначены для применения в качестве праймеров для амплификации, праймеры являются примыкающими, если они достаточно близки, чтобы применяться для получения пол и нуклеотида, содержащего полиморфную область. В одном воплощении олигонуклеотиды являются примыкающими, если они связываются приблизительно в пределах 1-2 тпн, например, на расстоянии менее 1 тпн от полиморфизма. Некоторые олигонуклеотиды способны гибридизоваться с последовательностью и при подходящих условиях не будут связываться с последовательностью, отличающейся по единственному нуклеотиду.
Олигонуклеотиды по изобретению, используемые в качестве зондов или праймеров, могут нести детектируемую метку. Метки можно детектировать либо напрямую, например, флуоресцентные метки, либо опосредовано. Опосредованная детекция включает любой способ детекции, известный специалистам в области техники, включая взаимодействие биотин-авидин, связывание антител и т.п. Флуоресцентно меченые олигонуклеотиды также содержат молекулу-гаситель. Олигонуклеотиды могут быть присоединены к поверхности. В некоторых воплощениях поверхность представляет собой кремний или стекло. В некоторых воплощениях поверхность представляет собой металлический электрод.
Зонды можно применять непосредственно для определения генотипа образца или применять одновременно с амплификацией или по окончании амплификации. Термин «зонд» охватывает одно- или двуцепочечные нуклеиновые кислоты естественного происхождения или рекомбинантные или нуклеиновые кислоты, синтезированные химическим способом. Они могут быть мечеными в ходе ник-трансляции, заполнения липких концов с помощью фрагмента Кленова, с помощью ПЦР или другими способами, известными в области техники. Зонды по данному изобретению, их получение и/или мечение описаны Sambrook et al. (1989) см. выше. Зонд может представлять собой полинуклеотид любой длины, подходящий для селективной гибридизации с нуклеиновой кислотой, содержащей полиморфную область по изобретению. Длина используемого зонда будет, отчасти, определяться особенностями применяемого анализа и условиями гибридизации.
Для амплификации полиморфизма также можно использовать меченые зонды (Holland et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:7276-7280). Патент US 5,210,015 описывает способы определения продуктов амплификации в ходе ПЦР в реальном времени на основе флуоресценции. В указанных способах применяют либо интеркалирующие красители (такие как бромистый этидий), указывающие количество присутствующей двуцепочечной ДНК, либо зонды, содержащие гасители флуоресценции (также обозначаемые «TaqMan®»), где зонд отщепляется в ходе амплификации с высвобождением флуоресцентных молекул, концентрация которых пропорциональна количеству присутствующей двуцепочечной ДНК. В ходе амплификации зонд расщепляется благодаря нуклеазной активности полимеразы, затем гибридизуется с последовательностью мишени, при этом флуоресцентная молекула и молекула-гаситель расходятся, в результате чего молекула-репортер испускает флуоресценцию. В подходе TaqMan® используют зонд, содержащий пару молекула-репортер - молекула-гаситель, которая специфически отжигается в участке полинуклеотида-мишени, содержащем полиморфизм.
Зонд может быть фиксирован на поверхности для использования в «генных чипах». Такие генные чипы могут применяться для выявления генетической изменчивости с использованием ряда методик, известных специалистам в данной области. В одной из методик олигонуклеотиды располагают на генном чипе для определения последовательности ДНК путем секвенирования с помощью гибридизационного похода, как описано в патентах US 6,025,136 и 6,018,041. Зонды по изобретению также можно использовать для флуоресцентной детекции последовательностей генов. Такие методики описаны, например, в патентах US. Зонды по изобретению также можно использовать для флуоресцентной детекции последовательностей генов. Такие методики описаны, например, в патентах US 5,968,740 и 5,858,659. Также, зонд может быть фиксирован на поверхности электрода для электрохимической детекции последовательностей нуклеиновых кислот, как описано в патенте US 5,952,172 и Kelley, S.О. et al. (1999) Nucl. Acids Res. 27:4830-4837. Один или несколько зондов для детекции ОНП по изобретению (Таблицы 2, 3, 4, 5 или 10, в частности, Таблица) могут быть фиксированы на чипе и такое устройство может применяться для предсказания ответа на поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, в частности, ингибитор/модулятор СЕТР, и для выбора эффективного лечения индивидуума, страдающего сердечно-сосудистым заболеванием. Допускают, что зонды для детекции ОНП по изобретению можно наносить на чип наряду с множеством других зондов для других применений, помимо предсказания ответа на поднимающий уровень HDL или имитирующий HDL агент, в частности, ингибитор/модулятор СЕТР.
Кроме того, синтетические олигонуклеотиды, используемые в качестве зондов или праймеров, могут быть модифицированы для придания им большей стабильности. Примеры молекул модифицированных нуклеиновых кислот включают незаряженные связи, такие как фосфорамидатные, фосфоротиоатные и метилфосфонатные аналоги ДНК (см. также патенты US 5,176,996; 5,264,564 и 5,256,775). Зонды и праймеры по изобретению могут включать, например, метилирование с включением метки, межнуклеотидные модификации, такие как подвешенные компоненты (например, полипептиды), интеркаляторы (например, акридин, псорален), хелаторы, алкилирующие агенты и модифицированные связи (например, альфа-аномерные нуклеиновые кислоты (с аномерным центром в альфа-конфигурации)). Сюда также входят синтетические молекулы, которые имитируют молекулы нуклеиновых кислот по своей способности связываться с заданной последовательностью посредством водородных связей и других химических взаимодействий, включая образование пептидных связей, замещающих фосфатные связи в нуклеотидном остове.
Изобретение относится к синтетическим олигонуклеотидным молекулам, праймерам и зондам, которые гибридизуются в условиях высокой жесткости с олигонуклеотидами естественного происхождения, описанными в данном документе, генетическими маркерами гена ADCY9. Олигонуклеотиды можно детектировать и/или выделять при помощи специфической гибридизации в условиях высокой жесткости. «Условия высокой жесткости» известны в области техники и обеспечивают специфическую гибридизацию первого олигонуклеотида со вторым олигонуклеотидом, когда существует высокая степень комплементарности между первым и вторым олигонуклеотидами. Для способов генотипирования, описанных в данном документе, данная степень комплементарности составляет от 80% до 100%, предпочтительно от 90 до 100%.
ОНП по изобретению также можно детектировать на основании уже существующих данных, таких как результаты секвенирования полного генома, представленные в базе данных. В изобретении предложен компьютерный способ анализа данных генома для определения генотипа для предсказания ответа пациента на ингибитор СЕТР и лечения указанного пациента соответствующим образом, т.е. лечения ингибитором СЕТР пациентов, у которых может быть достигнут лечебный эффект.
Образец нуклеиновой кислоты для применения в способах генотипирования, выборе лечения или способах лечения может быть получен из любого типа клеток или тканей субъекта. Например, образец жидкости из организма субъекта (например, крови) может быть получен известными способами. В альтернативном случае, исследования нуклеиновых кислот можно проводить на сухих образцах (например, волос или кожи). Более конкретно, образец нуклеиновой кислоты для применения в способах генотипирования, в выборе лечения или в способах лечения может быть получен из клеток крови.
Описанное в данном документе изобретение относится к способам и реагентам, которые могут найти применение в определении и идентификации аллелей rs11647778, присутствующих в гене ADCY9 и, возможно, аллелей rs1967309, rs2238448 или rs12595857, или любого другого генетического варианта, находящегося в неравновесии по сцеплению с указанными ОНП, как показано на Фиг. 8 и 9, располагающихся между позициями chrl 6:4049365 и chrl 6:4077178 (сборка GRCh37/hg19). В частности, изобретение также относится к способам и реагентам для определения и идентификации аллелей rs11647778, присутствующих в гене ADCY9 и, возможно, аллелей rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs13337675, rs2238448, более конкретно, rs11647778 и, возможно, rs1967309 и/или rs12595857, и наиболее конкретно, rs11647778 и, возможно, rs1967309.
В соответствии с данным описанием, в изобретении также предложены способы выбора лечения, включающие определение одного или нескольких генетических маркеров, присутствующих в гене ADCY9. В некоторых воплощениях в способах применяют зонды или праймеры, содержащие последовательности нуклеотидов, которые комплементарны полиморфному участку ADCY9. Соответственно, в изобретении предложены наборы, содержащие зонды и праймеры для осуществления способов генотипирования по изобретению.
В некоторых воплощениях изобретения предложены наборы, которые могут найти применение для определения, существует ли повышенная вероятность того, что лечение поднимающим уровень HDL или имитирующим HDL агентом, в частности, ингибитором/модулятором СЕТР, принесет пользу пациенту, страдающему сердечно-сосудистым расстройством. Такие наборы содержат один или несколько реагентов, в частности, праймеров или зондов, описанных в данном документе, а также инструкции по применению. Например, в изобретении также предложены наборы, содержащие первый олигонуклеотид и второй олигонуклеотид, специфичные в отношении полиморфизма СС ОНП rs11647778 ADCY9 и, возможно, в отношении полиморфизма АА ОНП rs1967309 ADCY9, которые могут найти применение для определения, существует ли повышенная вероятность того, что лечение S-(2-{[1-(2-этил-бутил)-циклогексанкарбонил]-амино}-фениловым) эфиром тиоизобутировой кислоты принесет пользу пациенту, страдающему сердечнососудистым расстройством.
Набор может содержать по меньшей мере один зонд или праймер, способный специфически гибридизоваться с полиморфным участком ADCY9, а также инструкции по применению. Наборы могут содержать по меньшей мере одну из указанных выше нуклеиновых кислот.Наборы, которые можно применять для амплификации по меньшей мере части ADCY9, обычно содержат два праймера, из которых по меньшей мере один способен гибридизоваться с последовательностью аллельного варианта. Такие наборы подходят для детекции генотипа, например, флуоресцентным методом, электрохимическим методом или другим методом.
Другие наборы по изобретению содержат по меньшей мере один реагент, подходящий для проведения исследования. Например, набор может содержать фермент.В альтернативном случае набор может содержать буфер или любой другой необходимый реагент.
Наборы могут иметь в своем составе все или некоторые из описанных в данном документе положительных контролей, отрицательных контролей, реагентов, праймеров, маркеров секвенирования, зондов и антител для определения генотипа субъекта в полиморфном участке ADCY9.
Следующие примеры предназначены исключительно для иллюстрации осуществления данного изобретения и не ограничивают изобретение.
Данное изобретение относится к следующим нуклеотидным и аминокислотным последовательностям:
Приведенные в данном документе последовательности размещены в базе данных NCBI и к ним можно получить доступ по адресу в интернете ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gene; Указанные последовательности также относятся к аннотированным и модифицированным последовательностям. В данном изобретении также предложены методы и способы, в которых применяют гомологичные последовательности и варианты конкретных последовательностей, приведенных в данном документе. Предпочтительно, указанные «варианты» представляют собой генетические варианты. Нуклеотидная последовательность, кодирующая аденилатциклазу 9 типа Homo sapiens (ACDY9) размещена в базе данных NCBI.
Аденилатциклаза 9 типа Homo sapiens (ADCY9) RefSeqGene на хромосоме 16
Референтная последовательность NCBI: Номер доступа NCBI: NG_011434.1
Homo sapiens геномный контиг хромосомы 16, первичная сборка GRCh37.p10
Референтная последовательность NCBI: Номер доступа NCBI: NT_010393.16
Интронные последовательности для ОНП гена ACDY9 Homo sapiens с обозначениями "rs", аллели и соответствующие номера SEQ ID указаны в Таблицах 6, 7 и 8. Идентифицированные полиморфизмы выделены жирным шрифтом и взяты в скобки.
1. Источник: референтная геномная последовательность NCBI сборки 37.3
Таблица 7. Перечень генетических вариантов в гене ADCY9 на хромосоме chr16, которые оказались ассоциированы (Р<0.05) с ответом на терапию дальцетрапибом при полногеномном поиске ассоциаций, референтные последовательности взяты из документации к чипу для генотипирования, использованного в эксперименте (lllumina OMNI2.5SV.
Chr: номер хромосомы; значение Р: для ассоциации с сердечно-сосудистыми событиями (первичное комбинированное событие или незапланированная реваскуляризация коронарных артерий) у пациентов, получавших лечение ингибитором СЕТР дальцетрапибом; 1: Референтная последовательность из общедоступной базы данных 1000 Genomes, представленная в файле с аннотацией для чипа ILLUMINA OMNI 2.5S Chip HumanOmni25Exome-8v1_A.csv; 2; Референтная последовательность из общедоступной базы данных dbSNP версии 131 из NCBI, представленная в файле с аннотацией для чипа ILLUMINA OMNI 2.5S Chip HumanOmni25Exome-8v1_A.csv.
Примечания: a. rs1967309
1. Расположение, значения r2 и D' согласно общедоступной базе данных 1000 Genomes
2. Референтная последовательность и обозначения HGV из общедоступной базы данных dbSNP версии 137, разработанной и поддерживаемой NCBI
Пример 1.
Исследование Dal-OUTCOMES (NC20971) представляло собой двойное слепое рандомизированное плацебо-контролируемое многоцентровое исследование III фазы в параллельных группах для оценки безопасности и эффективности ингибитора СЕТР дальцетрапиба у пациентов, недавно госпитализированных по поводу острого коронарного синдрома (ОКС). На момент промежуточного анализа в исследовании участвовало 15871 рандомизированных пациентов, поделенных на две группы, получавших плацебо (7933 пациента) или дальцетрапиб (600 мг в сутки; 7938 пациентов). Исследование не продемонстрировало снижения частоты событий в первичной конечной точке оценки эффективности в группе дальцетрапиба по сравнению с группой плацебо. Подробное описание исследования dal-OUTCOMES представлено G. Schwartz et al., N. Engl. J. Med. 367; 22, 2012.
Пациентов для исследования dal-Outcomes набирали через 4-12 недель после госпитализации по поводу острого коронарного синдрома, характеризовавшегося повышением кардиальных биомаркеров, с симптомами острой ишемии миокарда, новых или предположительно новых электрокардиографических признаков ишемии или потери жизнеспособного миокарда при визуализирующем исследовании. Пациенты без повышения кардиальных биомаркеров допускались к участию, если симптомы острой ишемии миокарда сопровождались новыми или предположительно новыми электрокардиографическими изменениями и дополнительными признаками обструктивной коронарной болезни. (Schwartz GG et al. Am Heart J 2009; 158:896-901 е3). Пациенты, у которых инфаркт миокарда был ассоциирован с чрескожным коронарным вмешательством, также допускались к участию. Все пациенты следовали персонализированным схемам лечения, нацеленным на снижение уровня холестерина LDL до 100 мг/дл (2,5 ммоль/л) или ниже при помощи статинов, при их переносимости, и диеты. Конкретный препарат статина не упоминали и пациентов не исключали по показателям холестерина LDL. Всех пациентов с уровнем триглицеридов сыворотки 400 мг/дл (4,5 ммоль/л) или выше исключали. (Schwartz GG et al. N Engl J Med 2012; 367:2089-99). Удовлетворяющие критериям dal-Outcomes пациенты включались в простое слепое исследование с назначением плацебо в течение подготовительного периода, длившегося от 4 до 6 недель, для стабилизации состояния пациентов и завершения запланированных процедур реваскуляризации. После окончания подготовительного периода удовлетворяющие критериям пациенты были рандомизированы в соотношении 1:1 в группы, получавшие 600 мг дальцетрапиба или плацебо в дополнение к научно обоснованной медицинской помощи при ОКС. Заключение о сердечно-сосудистых событиях выносил независимый комитет по оценке конечных точек. Для фармакогеномного исследования было набрано 6338 пациентов с апреля 2008 по июль 2010 в 461 центре в 14 странах, которые подписали информированное согласие на участие в генетическом исследовании dal-OUTCOMES. ДНК выделяли из цельной крови. После очистки геномных данных образцы 5749 пациентов европейской расы использовали для полногеномного поиска ассоциаций.
Генотипирование
Для полногеномного поиска ассоциаций у 5749 участников исследования dal-OUTCOMES европеоидной расы использовали чип lllumina Infinium HumanOmni2.5Exome-8v1_A BeadChip, включающий 2 567 845 генетических вариантов (lllumina, San Diego, California). Участок хромосомы 16, включающий 5 генов, расположенных в направлении 5' и 3' относительно гена аденилатциклазы 9 типа (ADCY9) (CHR16: 3,400,000-4,600,000) предсказали с помощью программы IMPUTE2 и получили для анализа 17 764 вариантов, при этом полнота генотипирования составила в среднем 99,76%. Панель Sequenom использовали для подтверждения генотипа предсказанных однонуклеотидных полиморфизмов (ОНП) гена ADCY9, идентифицированных в dal-OUTCOMES, и для поиска ассоциаций в исследовании dal-PLAQUE-2, в том числе для генотипирования 20 ОНП, для которых при разведочном полногеномном поиске ассоциаций были получены значения Р<0,05.
ДНК выделяли из 1 мл цельной крови с помощью набора QiaSymphony DNA midi kit версии 1.1 (Qiagen, Garstilgweg, Швейцария), для ее количественного определения использовали систему QuantiFluor™ dsDNA System (Promega, Madison, Wl), получив среднюю концентрацию 91,5 нг/мкл и средний выход 18,3 мкг.97,9% образцов ДНК имели концентрацию выше 25 нг/мкл. Электрофорез в агарозном геле подтвердил высокое качество ДНК и отсутствие признаков деградации. ДНК нормализовали до 50 нг/мкл.
Полногеномный поиск ассоциаций: для полногеномного генотипирования использовали 200 нг геномной ДНК, генотипирование проводили в центре фармакогеномики Beaulieu-Saucier (Монреаль, Канада), соответствующем стандартам надлежащей лабораторной практики. Чип lllumina Infinium HumanOmni2.5Exome-8v1_A BeadChip (lllumina, Сан-Диего, Калифорния), включающий 2 567 845 геномных маркеров, использовали в соответствии с инструкциями производителя. Данный чип включает более 200000 экзонных вариантов, идентифицированных благодаря консорциуму Exome Chip. Оставшуюся часть чипа BeadChip занимает смесь редких и распространенных ОНП из проекта 1000 Genome, включенных для максимальной информативности у различных популяций населения планеты. Каждый чип BeadChip сканировали и анализировали с помощью считывающего устройства lllumina iScan Reader. Сканированные изображения анализировали с помощью программы lllumina's GenomeStudio версии 2011.1 и алгоритма GenTrain 2.0 cluster, с пороговым значением «No-Call» 0,15, без корректировки кластеров вручную и с применением файла кластеров lllumina HumanOmni25Exome-8v1_A от производителя. Файлы данных генотипирования состояли из трех частей сопоставимого размера, сгенерированных по мере появления данных.
Секвеном - разработали единую панель Sequenom и валидировали с использованием образцов ДНК НарМар. Панель включала 27 ОНП гена ADCY9, выбранных согласно следующим критериям: значение Р≤0,05 при разведочном полногеномном поиске ассоциаций (n=15), значение Р<10-6 при предсказании (n=6; 1 - неудача при разработке), предсказанная регуляторная функция (n=5; 1 исключен из-за низкой частоты минорного аллеля) или данные литературы (n=4; 1 - неудача при производстве). Использовали систему Sequenom MassArray Maldi-TOF (Sequenom, La Jolla, CA) с программным обеспечением Sequenom's Typer 4.0.22. Для каждой плашки кластеризацию проводили автоматически и при необходимости вносили коррективы вручную. Два образца ДНК из института Кориэлл (NA11993 и NA07357), которые использовали в качестве контроля на каждом планшете для генотипирования, показали 100% совпадение репликатов на всех плашках и 100% совпадение распознанных генотипов с ожидаемыми для соответствующих ОНП согласно референтным базам данных 1000 Genomes и НарМар. У 17 ОНП, генотипированных при полногеномном поиске ассоциаций и с помощью панели Sequenom, генотипы совпали в среднем на 99,95% (мин: 99,41, макс: 100,00%), а у 11 ранее предсказанных ОНП средняя степень совпадения генотипа с наиболее вероятным генотипом (предсказание с вероятностью >0,80) составила 99,75 (мин: 98,48, макс: 99,96).
Контроль качества генотипирования
Разведочный полногеномный поиск ассоциаций Dal-Outcomes Файлы генотипирования в формате PLINK, созданные программой GenomeStudio, объединяли и трансформировали в бинарный формат PLINK. Для построения графиков половой принадлежности, отношения Log R и частоты В-аллеля использовали файлы итогового отчета GenomeStudio. Для контроля качества использовали программы PyGenClean (Lemieux Perreault LP et al. Bioinformatics 2013; 29:1704-5) и PLINK версии 1.07, а также процесс очистки генетических данных. Эксперимент по генотипированию включал 68 планшетов с образцами ДНК. На каждом планшете было два контроля, один образец ДНК из института Кориэлла (по очереди один из четырех заранее выбранных образцов NA11993, NA11992, NA10860 и NA12763) и один внутренний контроль ДНК из четырех заранее выбранных образцов. При попарном сравнении образцов из института Кориэлла совпадение составило от 0,999807 до 0,999958. При попарном сравнении четырех внутренних контролей совпадение составило от 0,99976 до 0,99995. Сравнение генотипов образцов из института Кориэлла с ожидаемыми на основании данных 1000 Genomes показало совпадение в пределах от 0,996028 до 0,997783.
Этапы очистки данных генотипирования подробно представлены в Таблице 9. У дублирующихся ОНП оценивали степень совпадения, полноту генотипирования, распознавание аллеля и частоту минорного аллеля. Оставляли ОНП с различным распознаванием аллелей или ОНП с различной частотой минорного аллеля. Идентичные и совпадающие ОНП совмещали. Показатель полноты генотипирования для образцов и ОНП (доля генотипированных ОНП в образце и доля образцов с генотипированными ОНП, соответственно) установили на уровне 98%. ОНП, у которых отмечалась систематическая погрешность (обусловленная использованием 96-луночных планшетов для разведения образцов ДНК), отмечали флажками, но не отбрасывали, поскольку было невозможно исключить влияние генетического происхождения. Для выявления близкородственных связей использовали попарный анализ идентичности по статусу (IBS, от англ. identity-by-state). Пары родственников, а также дублирующиеся образцы (отношение IBS2*>0,80, для расчетов выбирали некоррелированные ОНП (r2<0,1)) отмечали флажками и оставляли для анализа только одного представителя. Матрицу попарного анализа идентичности по статусу использовали как меру расстояния для идентификации скрытых родственных связей между образцами и «выпадающих» образцов посредством многомерного шкалирования. На графике откладывали первые две компоненты многомерного шкалирования для каждого субъекта, включая данные для генотипов CEU, JPT-CHB и YRI из проекта НарМар (оставляя только индивидуумов-основателей). Образцы, выпадающие из основного кластера европеоидов, отмечали флажком и удаляли методом k ближайших соседей (Фиг. 5).
Для построения графика Кеттела и расчета кумулятивной объяснимой дисперсии использовали программу smartpca пакета EIGENSOFT (версия 3.0). Для опции numoutlieriter (максимальное число итераций удаления резко отклоняющихся значений) выбирали значение 0 (опция отключена), а для опции altnormstyle (формула нормализации) выбирали вариант NO (нет). (Price AL Nat Genet 2006; 38:904-9) (Фиг. 6)
Предсказание
Последовательность участка 16 хромосомы, включающего 5 генов в направлении 5' и 3' от ADCY9 (CHR16: 3,401,847-4,598,558; сборка NCBI GRCh37) предсказывали с помощью программ IMPUTE2 (версия 2.3.0) и GTOOL (версия 0.7.0) на Linux, используя 1096 генотипированных ОНП и 5749 образцов, полученных у пациентов европеоидной расы в исследовании dal-Outcomes. (Howie BN et Al. PLoS Genet 2009;5:e1000529). В случае ОНП, отличных от А/Т и C/G, для определения ориентации цепей нуклеотиды автоматически заменяли комплементарными. Допускающие двоякое толкование ОНП А/Т и C/G считали пропущенными и предсказывали. Для предсказания использовали стандартный пакет программ Impute2 ALL_1000G_phase1integrated_v3_chr16_impute. Пороговое значение вероятности предсказания для генотипа и для индивидуума установили на уровне 0,80, а показатель полноты генотипирования на уровне 98% или выше. У оставшихся 17 764 анализируемых вариантов полнота генотипирования в среднем составила 99,76%.
Согласно модели пропорциональных рисков Кокса, из проанализированных в масштабе генома 1 223 798 распространенных ОНП, достоверно ассоциирован с сердечно-сосудистыми событиями в группе дальцетрапиба оказался единственный участок, что позволило идентифицировать ОНП в гене ADCY9 на хромосоме 16: rs1967309 (Р=2,41×10-8) (Фиг 1А). Частота минорного аллеля генетического варианта в данной позиции составляла 0,41, а аддитивный генетический эффект одного аллеля (А) выражался ОР=0,65 (95% ДИ 0,56, 0,76) сердечно-сосудистого события в группе дальцетрапиба (Таблица 12а). Соседние ОНП, находящиеся в неравновесии по сцеплению с rs1967309, которые продемонстрировали менее выраженную, но достоверную ассоциацию, располагались в едином блоке сцепления (Фиг. 1Б). Предсказание в данном участке позволило идентифицировать 9 дополнительных ОНП гена ADCY9 с уровнем значимости Р<10-5, в том числе 6 с уровнем значимости Р<10-6 (Фиг 10). Ни один из 835 255 редких ОНП, проанализированных методом SKAT в группах 36 268 генов, не достиг порогового уровня значимости для включения в последующий анализ.
В группе, получавшей только плацебо, генетический эффект rs1967309 не определялся (модель пропорциональных рисков Кокса, ОР=0,92; Р=0,25) (Таблица 126). Было обнаружено статистически значимое взаимодействие между факторами «воздействие» и «ген» (Р=0,0014; бета: -0,340). Стратификация по генотипам в группе дальцетрапиба показала, что отношение рисков у гомозигот по минорному аллелю (АА) и гетерозигот (AG) по сравнению с гомозиготами GG по rs1967309 составляет 0,40 (95% ДИ 0,28, 0,57) и 0,68 (95% ДИ 0,55, 0,84), соответственно (Фиг. 3). Если принимали во внимание только пациентов с гомозиготным генотипом АА по rs1967309 (n=961), в группе дальцетрапиба по сравнению с группой плацебо отмечалось 39% снижение частоты предусмотренной комбинированной конечной точки, представляющей собой летальный исход по причине ишемической болезни сердца, реанимацию при остановке сердечной деятельности, нефатальный инфаркт миокарда, нефатальный ишемический инсульт, нестабильную стенокардию или непредвиденную реваскуляризацию коронарных артерий (ОР=0,61; 95% ДИ 0,41, 0,92). Схожие результаты были получены при исключении из первичной конечной точки реваскуляризации коронарных артерий (ОР=0,60; 95% ДИ 0,35, 1,02). При рассмотрении только пациентов с гомозиготным генотипом GG по rs1967309 (n=1984), наблюдалось 27% увеличение числа сердечно-сосудистых событий при терапии дальцетрапибом по сравнению с плацебо (ОР=1,27; 95% ДИ 1,02, 1,58). Гетерозиготные носители демонстрировали промежуточный ответ (n=2796; ОР=0,94; 95% ДИ 0,77, 1,16). Результаты подтверждали генотипированием 27 ОНП в гене ADCY9 с использованием технологии Sequenom (Таблица 10).
В когорте 5749 пациентов разведочного фармакогеномного исследования dal OUTCOMES всего 8 полиморфизмов (генотипированных или предсказанных) продемонстрировали ассоциацию с предусмотренной комбинированной конечной точкой, представляющей собой летальный исход по причине ишемической болезни сердца, реанимацию при остановке сердечной деятельности, нефатальный инфаркт миокарда, нефатальный ишемический инсульт, нестабильную стенокардию с объективными признаками ишемии или непредвиденную реваскуляризацию коронарных артерий, с уровнем значимости Р менее 10-6. В данном разведочном полногеномном поиске ассоциаций два из указанных восьми ОНП в гене ADCY9 продемонстрировали ассоциацию со значениями Р менее 5×10-8. В случае полиморфного нуклеотида rs1967309 у пациентов с генотипом АА (минорный или более редкий аллель) происходило снижение числа сердечно-сосудистых событий на 39% при лечении с дальцетрапибом по сравнению с плацебо, тогда как при носительстве генотипа GG (основной аллель) происходило увеличение риска на 27%. У гетерозиготных пациентов с генотипом AG ответ был промежуточным. Данные результаты наблюдались только в группе дальцетрапиба, но не в группе плацебо, и статистически значимое взаимодействие между полиморфизмами и воздействием (дальцетрапиб или плацебо), ассоциированное с клиническими событиями, подтверждало связь с геном ADCY9. Отношение рисков было схожим, когда из анализа исключали коронарную реваскуляризацию, что позволяло проводить прямое сравнение с первичной комбинированной конечной точкой глобального исследования dal-OUTCOMES (ишемическая болезнь сердца, реанимация при остановке сердечной деятельности, нефатальный инфаркт миокарда, нефатальный ишемический инсульт или нестабильная стенокардия). Все 8 полиморфизмов были в сильном неравновесии по сцеплению (r2>0,77), что подкрепляло предположение, что данный участок гена ADCY9 определяет клинический ответ на дальцетрапиб.
Липиды плазмы
Генотипы ОНП rs1967309 были достоверно ассоциированы с изменениями липидных показателей во времени, вызванными дальцетрапибом в исследовании dal-OUTCOMES. Одномерный статистический анализ показал ассоциацию генотипов с изменением общего холестерина через 1 месяц (Р=0,0001; Р=0,004 с учетом пола и генетического происхождения): у носителей генотипа GG повышение было менее выраженным (10,0±23,3 мг/дл) по сравнению с носителями AG (12,9±30,3) и АА (13,8±24,0). Данный эффект не наблюдался в группе плацебо. Аналогичный результат наблюдался в отношении динамики холестерина LDL через 1 месяц лечения дальцетрапибом: Изменения составили -2,0±20,0, -1,0±20,0 и+0,6±21,0 мг/дл у носителей rs1967309 с генотипами GG, AG и АА соответственно (Р=0,003 одномерный анализ; скорректированное значение Р=0,006). На протяжении лечения дальцетрапибом у носителей GG уровень холестерина LDL в целом был немного ниже (скорректированное значение Р=0,048; анализ повторных изменений, Фиг. 4).
1 из анализа исключили один образец в связи с выявлением возможной мозаичности ХО/ХХ
2 для 10 образцов было более одной причины исключить их из массива данных
Таблица 10. Отношение рисков (ОР) для показателя «время до наступления события» (летальный исход по причине ишемической болезни сердца, ИМ, госпитализация по поводу ОКС, реанимация при остановке сердечной деятельности, атеротромботический инсульт или непредвиденная реваскуляризация коронарных артерий) в группе, получавшей дальцетрапиб, по сравнению с группой плацебо, стратифицированное по генотипам ОНП гена ADCY9, ассоциированным с сердечно-сосудистыми событиями. Эффект терапии дальцетрапибом в сравнении с плацебо у 5686 пациентов из популяции, вошедшей в исследование dal-Outcomes, стратифицированных по генотипам 20 ОНП, генотипированных с использованием технологии Sequenom с целью валидации. Для расчета частоты минорного аллеля и значения r2 использовали данные всех индивидуумов (п=5686) 1МРх=отсутствие ответа; PR=частичный ответ; R=наличие ответа:
Таблица 12. Результаты полногеномного поиска ассоциаций dal-OUTCOMES с уровнем значимости Р<5Х10-8
а. Результаты, полученные с использованием модели пропорциональных рисков Кокса в группе дальцетрапиба в исследовании dal-OUTCOMES (n=2845)
1. Оценка параметра регрессии для аддитивного генетического эффекта, скорректированного на пол и 5 главных компонент, описывающих генетическое происхождение, где гомозиготы по основному аллелю обозначены 0, гетерозиготы обозначены 1, а гомозиготы по редкому аллелю обозначены 2; 2. тест отношения правдоподобия влияния генотипа, где Н0: βg=0; ОР: отношение рисков; ОНП: однонуклеотидный полиморфизм
Пример 2.
Исследование dal-PLAQUE-2 (Tardif JC et al, Circulation Cardiovascular imaging 2011; 4:319-33) представляло собой многоцентровое двойное слепое рандомизированное плацебо-контролируемое исследование фазы 3Б в параллельных группах для оценки влияния дальцетрапиба на прогрессирование атеросклероза у пациентов с признаками атеросклеротической болезни сердца и толщиной комплекса интима-медиа дальней (задней) стенки общих сонных артерий, оцениваемой с помощью ультразвукового исследования в В-режиме, по меньшей мере 0,65 мм. В общей сложности 931 пациента рандомизировали на группы, получавшие дальцетрапиб по 600 мг в сутки или соответствующее плацебо, с предполагаемой продолжительностью терапии 24 месяца. Однако, исследование было досрочно прекращено одновременно с остановкой исследования dal OUTCOMES (последнее было прекращено вследствие отсутствия целесообразности). Пациенты продолжали получать исследуемый препарат до прихода на повторное исследование сонной артерии через 12 месяцев. Ультрасонограммы, записанные в В-режиме при исследовании сонной артерии исходно, через 6 и 12 месяцев, анализировали централизовано в ведущей лаборатории института кардиологии Монреаля. Анализировали толщину комплекса интима-медиа дальней стенки общих сонных артерий. Сегмент общей сонной артерии длиной 10 мм анализировали при периодическом обследовании с применением программы автоматизированного выделения контуров изображения (анализатор сонной артерии Carotid Analyzer, Medical Imaging Applications, Coralville, Айова). Из 411 участников исследования dal-PLAQUE-2, давших согласие на участие в генетическом исследовании, у 386 имелись результаты визуализирующего исследования, полученные исходно, через 6 месяцев и 12 месяцев (у 194 и 192 в группах, получавших дальцетрапиб и плацебо, соответственно). ДНК выделяли из цельной крови. Протоколы исследования были утверждены соответствующими экспертными советами или этическими комитетами и все участники подписали информированное согласие.
Централизованный анализ ультрасонограмм сонных артерий в исследовании dal-Plaque-2
Анализ всех ультрасонограмм сонной артерии проводили опытные специалисты ведущей лаборатории института кардиологии Монреаля под контролем врача. Сонограммы должны были соответствовать критериям качества и критериям включения и исключения перед рандомизированным назначением исследуемого воздействия. Метод анализа толщины комплекса интима-медиа сонных артерий включал параллельное рассмотрение результатов исходного обследования и последующих обследований.
Сегменты стенки сонных артерий оценивали в продольном срезе, позиционируя перпендикулярно по отношению к УЗ лучу, так чтобы изображение артерии располагалось горизонтально для возможности визуализировать границы между кровью и структурами сосудистой стенки на максимально долгом протяжении. Расположение конца общей сонной артерии использовали как контрольную точку для последующего правильного позиционирования изображения и сравнительного анализа длины сегментов при исходном и последующих обследованиях. Для снижения разброса результатов измерений толщину комплекса интима-медиа анализировали по задней стенке правой и левой общих сонных артерий. Использовалось усредненное значение средней толщины комплекса интима-медиа правой и левой общих сонных артерий. В серии исследований (исходно, через 6 мес, и через 12 мес.) анализировали один и тот же сегмент общей сонной артерии длиной 10 мм, начинавшийся в 5 мм проксимальнее ее бифуркации. Для анализа толщины комплекса "интима-медиа" использовали программу определения контуров изображения Carotid Analyzer (Medical Imaging Applications LLC, Coralville, Айова) в автоматическом режиме. На сонной артерии определяли две границы: Вначале определялась граница между медией и адвентицией и верифицировалась оператором. В случае необходимости ее расположение корректировали в полуавтоматическом режиме до правильного уровня. После того, как устанавливали эти границы, автоматически определяли границы между интимой и просветом сосуда, используя ранее полученную границу между медией и адвентицией. Из видео-петли, фиксировавшей толщину комплекса "интима-медиа", выбирали для анализа отдельные кадры, при необходимости исключая из анализа кадры низкого качества.
Из 27 ОНП, выбранных для генотипирования по технологии Sequenom, 20 ОНП в гене ADCY9 характеризовались значением Р<0,05 в разведочной когорте. В исследовании dal-PLAQUE-2 проводили поиск ассоциации с указанными ОНП для подтверждения наличия ассоциации, основываясь на результатах визуализации, полученных через 6 и 12 месяцев терапии в группе дальцетрапиба (n=194). 10 из 20 ОНП были ассоциированы с показателями толщины комплекса интима-медиа в dal-PLAQUE-2 (Р<0,05, Таблица 13). Следует отметить, что маркер rs2238448 (который находился в неравновесном сцеплении с rs1967309 (r2=0,80)) был ассоциирован с показателями толщины комплекса интима-медиа в dal-plaque-2 (Р=0,009) и с событиями в dal-OUTCOMES (P=8,88×10-8; ОР=0,67, 95% ДИ 0,58, 0,78). Через 12 месяцев лечения дальцетрапибом изменения толщины комплекса интима-медиа составили -0,027±0,079 мм у гомозиготных носителей минорного аллеля (ТТ), 0,000±0,048 мм у гетерозигот и+0,009±0,038 мм у гомозиготных носителей основного аллеля (СС) rs2238448 (Р=0,009). Данный эффект проявлялся через 6 месяцев. Снижение толщины комплекса интима-медиа наблюдалось для всех 20 ОНП, что согласовывалось с результатами исследования dal-OUTCOMES, где генотип был ассоциирован со снижением риска сердечно-сосудистых событий (Таблица 13). Ни один из генотипированных ОНП не продемонстрировал ассоциации в группе плацебо (все значения Р>0,05). В исследовании dal-PLAQUE-2 взаимодействие факторов «ген» и «воздействие» достигало уровня значимости (Р=0,024) только в случае rs2531967, что по всей видимости, было обусловлено малым размером выборки. В случае ОНП rs1967309 уровень значимости не достигал критического значения в исследовании dal-PLAQUE-2 (Р=0,114), однако снижение толщина комплекса интима-медиа было сопоставимо с тем, которое наблюдалось в случае rs2238448 и согласовывалось с результатами dal-OUTCOMES. Через 12 месяцев терапии дальцетрапибом изменения толщины комплекса интима-медиа составили -0,021±0,083 мм у гомозигот АА, 0,000±0,048 мм у гетерозигот и +0,001±0,048 мм у гетерозигот и +0,005±0,042 мм у гомозигот GG по rs1967309.
Таблица 13. Изменения толщины комплекса интима-медиа через 6 и 12 месяцев терапии дальцетрапибом по сравнению с исходными. Результаты исследования dal-PLAQUE-2 приведены для 20 ОНП, у которых в исследовании dal-OUTCOMES был уровень значимости Р<0,05.
GWAS: полногеномный поиск ассоциаций; HR: отношение рисков; MAF: частота минорного аллеля; OR: отношение шансов; SNP: однонуклеотидный полиморфизм; М06, М12: измерение через 6 и 12 месяцев терапии дальцетрапибом.
1. Расположение вариантов в геноме сборки GRCh37 NCBI
2. Рассчитано по 386 образцам исследуемой популяции dal-Plaque-2
3. Рассчитано с помощью смешанной регрессионной модели для показателей изменения толщины комплекса интима-медиа через 6 и 12 месяцев с поправкой на исходные значения
4. Анализировали с использованием модели пропорциональных рисков Кокса в программе SAS с поправкой на пол и 5 главных компонент, описывающих генетическое происхождение, рассчитывали ОР при увеличении числа копий минорного аллеля согласно модели аддитивного действия генов.
5. Приведены результаты для ОНП, генотипированных с помощью OMNI2.5, а также для предсказанных ОНП, генотипированных с помощью панели Sequenom.
OP>1 указывает, что гомозиготы по минорному аллелю подвергаются большему риску, чем гомозиготы по основному аллелю данного ОНП.
Статистический анализ для обоих примеров 1 и 2
Полногеномный поиск ассоциаций выполняли с помощью программы JMP Genomics версии 6.1, для валидации значимых результатов использовали программу SAS (версии 9.3) (SAS Institute Inc., Сагу, NC, США). Исследовали аддитивный генетический эффект аллеля (число степеней свободы =1), при этом генотипы обозначали 0, 1 или 2, по числу минорных аллелей. При наличии ковариат для расчета значения Р при исследовании аддитивного генетического эффекта аллеля вносили поправки на ковариаты, так чтобыили ; где r представляет собой вероятность наступления события и где согласно нулевой гипотезе (Н 0 ) b1=0. Для исследования взаимодействия между факторами «ген» и «воздействие» использовали регрессионную модель пропорциональных рисков Кокса согласно формуле: log (частота событий) ~ генотип + воздействие + генотип*воздействие + пол + главные компоненты, используя образцы из группы, получавшей препарат, и из группы плацебо. Разведочная модель при полногеномном поиске ассоциаций включала поправку на пол и 5 главных компонент, описывающих генетическое происхождение. Частоту минорного аллеля рассчитывали, используя образцы из обоих групп. Редкие варианты генов (MAF<0,05) анализировали совместно методом SKAT (от англ. sequence kernel association test, поиск взаимосвязи между вариантами последовательности и признаками с помощью керн-функции) (Wu МС et al, Am J Hum Genet 2011; 89:82-93), включая ковариаты и используя весовую функцию в виде бета-распределения с параметрами α1=1 и α2=25. Варианты, расположенные между двумя генами, анализировали отдельно.
Для популяции dal-Plaque-2 строили смешанные регрессионные модели для анализа повторных измерений с помощью программы SAS. Конечная точка для популяции dal-Plaque-2 представляла собой среднее арифметическое значение толщины комплекса интима-медиа общих сонных артерий через 6 и 12 месяцев, где исходное значение использовали в качестве ковариаты. Порог статистической значимости не корректировали на множественные сравнения 27 ОНП, генотипированных с использованием панели Sequenom, поскольку между выбранными ОНП существовала сильная корреляция. Для справки, оценивали число независимых тестов (Meff) согласно методу Gao et al, Genet Epidemiol 2008;32:361-9, получив для выборки dal-Outcomes значение Meff=8.
Графики неравновесия по сцеплению (Фиг. 8 и 9) строили с помощью программы Haploview (version 4.2) (Barrett JC et al. Bioinformatics 2005; 21:263-5), значения r2, характеризующие степень неравновесия по сцеплению между парами ОНП, представлены в виде матрицы, значения коэффициента D' обозначены цветовой кодировкой. Блоки неравновесия по сцеплению определяли, используя метод доверительных интервалов, где верхний 95% доверительный предел >0,98, нижний 95% доверительный предел >0,70 свидетельствовали о сильном неравновесии по сцеплению, а верхний доверительный предел 0,9 свидетельствовал о рекомбинации.
Claims (96)
1. Применение дальцетрапиба в изготовлении лекарственного средства для лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства у субъекта, где у субъекта был обнаружен ассоциированный с улучшенным ответом генотип полиморфного сайта rs11647778.
2. Применение по п. 1, где ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой rs11647778/CC.
3. Применение по п. 1, где у субъекта также был обнаружен ассоциированный с улучшенным ответом генотип одного или более дополнительных сайтов гена ADCY9 субъекта.
4. Применение по п. 3, где один или более дополнительных сайтов гена ADCY9 субъекта представляют собой rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs12599911, rs12920508, rs2531971 и rs2238448.
5. Применение по п. 3, где один или более дополнительных ассоциированных с улучшенным ответом генотипов представляют собой один или более из следующих: rs1967309/AA, rs1967309/AG, rs12595857/GG, rs12595857/AG, rs111590482/AG, rs111590482/20 GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs17136707/AG, rs2239310/GG, rs2239310/AG, rs2283497/AA, rs2283497/CA, rs2531967/AA, rs2531967/GA, rs3730119/AA, rs3730119/GA, rs12920508/CG, rs12920508/GG, rs2531971/AC, rs2531971/AA, rs12599911/GT, rs12599911/GG, rs2238448/TC, rs4786454/AA, rs4786454/GA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8049452/GA, rs8061182/AA, rs8061182/AG и rs2238448/TT.
6. Применение по п. 3, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип полиморфного сайта rs1967309.
7. Применение по п. 6, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип AA или AG полиморфного сайта rs1967309.
8. Применение по п. 3, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип полиморфного сайта rs2238448.
9. Применение по п. 8, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип TT полиморфного сайта rs2238448.
10. Применение по п. 3, где один или более дополнительных ассоциированных с улучшенным ответом генотипов представляют собой генотип TT полиморфного сайта rs2238448 и генотип AA полиморфного сайта rs1967309.
11. Применение по любому из пп. 1-10, где сердечно-сосудистое расстройство представляет собой атеросклероз, заболевание периферических сосудов, дислипидемию, гипербеталипопротеинемию, гипоальфалипопротеинемию, гиперхолестеринемию, гипертриглицеридемию, семейную гиперхолестеринемию, стенокардию, ишемию, ишемию сердца, инсульт, инфаркт миокарда, реперфузионное повреждение, рестеноз после ангиопластики, гипертензию, сердечно-сосудистое заболевание, ишемическую болезнь сердца, заболевание коронарных артерий, гиперлипидемию, гиперлипопротеинемию или сосудистые осложнения диабета, ожирения или эндотоксемии.
12. Применение по любому из пп. 1-10, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе от 100 мг до 1800 мг в сутки.
13. Применение по любому из пп. 1-10, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе от 300 мг до 900 мг в сутки.
14. Применение по любому из пп. 1-10, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе 600 мг в сутки.
15. Применение по любому из пп. 1-10, где сердечно-сосудистое расстройство представляет собой острый коронарный синдром (ОКС).
16. Применение дальцетрапиба в лечении или предупреждении сердечно-сосудистого расстройства у субъекта, где субъект имеет ассоциированный с улучшенным ответом генотип полиморфного сайта rs11647778.
17. Применение по п. 16, где субъект имеет ассоциированный с улучшенным ответом генотип rs11647778/CC.
18. Применение по п. 16, где у субъекта также обнаружен один или более ассоциированных с улучшенным ответом генотипов одного или более дополнительных сайтов гена ADCY9 субъекта.
19. Применение по п. 18, где один или более дополнительных сайтов гена ADCY9 субъекта представляют собой rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs12599911, rs12920508, rs2531971 и rs2238448.
20. Применение по п. 19, где один или более дополнительных ассоциированных с улучшенным ответом генотипов представляют собой один или более из следующих: rs1967309/AA, rs1967309/AG, rs12595857/GG, rs12595857/AG, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs17136707/AG, rs2239310/GG, rs2239310/AG, rs2283497/AA, rs2283497/CA, rs2531967/AA, rs2531967/GA, rs3730119/AA, rs3730119/GA, rs12920508/CG, rs12920508/GG, rs2531971/AC, rs2531971/AA, rs12599911/GT, rs12599911/GG, rs2238448/TC, rs4786454/AA, rs4786454/GA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8049452/GA, rs8061182/AA, rs8061182/AG и rs2238448/TT.
21. Применение по п. 18, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип полиморфного сайта rs1967309.
22. Применение по п. 21, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип AA или AG полиморфного сайта rs1967309.
23. Применение по п. 18, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип полиморфного сайта rs223844820.
24. Применение по п. 23, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип TT полиморфного сайта rs2238448.
25. Применение по п. 18, где один или более дополнительных ассоциированных с улучшенным ответом генотипов представляют собой генотип TT полиморфного сайта rs2238448 и генотип AA полиморфного сайта rs1967309.
26. Применение по любому из пп. 16-25, где сердечно-сосудистое расстройство представляет собой атеросклероз, заболевание периферических сосудов, дислипидемию, гипербеталипопротеинемию, гипоальфалипопротеинемию, гиперхолестеринемию, гипертриглицеридемию, семейную гиперхолестеринемию, стенокардию, ишемию, ишемию сердца, инсульт, инфаркт миокарда, реперфузионное повреждение, рестеноз после ангиопластики, гипертензию, сердечно-сосудистое заболевание, ишемическую болезнь сердца, заболевание коронарных артерий, гиперлипидемию, гиперлипопротеинемию или сосудистые осложения диабета, ожирения или эндотоксемии.
27. Применение по любому из пп. 16-25, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе от 100 мг до 1800 мг в сутки.
28. Применение по любому из пп. 16-25, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе от 300 мг до 900 мг в сутки.
29. Применение по любому из пп. 16-25, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе 600 мг в сутки.
30. Применение по любому из пп. 16-25, где сердечно-сосудистое расстройство представляет собой острый коронарный синдром (ОКС).
31. Способ лечения или предупреждения сердечно-сосудистого расстройства, включающий введение эффективного количества дальцетрапиба субъекту, которому это необходимо и у которого обнаружен ассоциированный с улучшенным ответом генотип полиморфного сайта rs11647778.
32. Способ по п. 31, где ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой rs11647778/CC.
33. Способ по п. 31, где у субъекта также обнаружен один или более дополнительных ассоциированных с улучшенным ответом генотипов одного или более дополнительных сайтов гена ADCY9 субъекта.
34. Способ по п. 33, где один или более дополнительных сайтов гена ADCY9 субъекта представляют собой rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs12599911, rs12920508, rs2531971 и rs2238448.
35. Способ по п. 33, где один или более дополнительных ассоциированных с улучшенным ответом генотипов представляют собой один или более из следующего: rs1967309/AA, rs1967309/AG, rs12595857/GG, rs12595857/AG, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs17136707/AG, rs2239310/GG, rs2239310/AG, rs2283497/AA, rs2283497/CA, rs2531967/AA, rs2531967/GA, rs3730119/AA, rs3730119/GA, rs12920508/CG, rs12920508/GG, rs2531971/AC, rs2531971/AA, rs12599911/GT, rs12599911/GG, rs2238448/TC, rs4786454/AA, rs4786454/GA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8049452/GA, rs8061182/AA, rs8061182/AG и rs2238448/TT.
36. Способ по п. 33, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип полиморфного сайта rs1967309.
37. Способ по п. 36, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип AA или AG полиморфного сайта rs1967309.
38. Способ по п. 33, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип полиморфного сайта rs2238448.
39. Способ по п. 38, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип TT полиморфного сайта rs2238448.
40. Способ по п. 33, где один или более дополнительных ассоциированных с улучшенным ответом генотипов представляют собой генотип TT полиморфного сайта rs2238448 и генотип AA полиморфного сайта rs1967309.
41. Способ по любому из пп. 31-40, где сердечно-сосудистое расстройство представляет собой атеросклероз, заболевание периферических сосудов, дислипидемию, гипербеталипопротеинемию, гипоальфалипопротеинемию, гиперхолестеринемию, гипертриглицеридемию, семейную гиперхолестеринемию, стенокардию, ишемию, ишемию сердца, инсульт, инфаркт миокарда, реперфузионное повреждение, рестеноз после ангиопластики, гипертензию, сердечно-сосудистое заболевание, ишемическую болезнь сердца, заболевание коронарных артерий, гиперлипидемию, гиперлипопротеинемию или сосудистые осложения диабета, ожирения или эндотоксемии.
42. Способ по любому из пп. 31-40, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе от 100 мг до 1800 мг в сутки.
43. Способ по любому из пп. 31-40, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе от 300 мг до 900 мг в сутки.
44. Способ по любому из пп. 31-40, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе 600 мг в сутки.
45. Способ по любому из пп. 31-40, в котором сердечно-сосудистое расстройство представляет собой острый коронарный синдром (ОКС).
46. Применение дальцетрапиба в изготовлении лекарственного средства для снижения риска сердечно-сосудистого события у субъекта, где у субъекта обнаружен ассоциированный с улучшенным ответом генотип полиморфного сайта rs11647778.
47. Применение по п. 46, где ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой rs11647778/CC.
48. Применение по п. 46, где у субъекта также обнаружен один или более дополнительных ассоциированных с улучшенным ответом генотипов одного или более дополнительных сайтов гена ADCY9 субъекта.
49. Применение по п. 48, где один или более дополнительных сайтов гена ADCY9 субъекта представляют собой rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs12599911, rs12920508, rs2531971 и rs2238448.
50. Применение по п. 48, где один или более дополнительных ассоциированных с улучшенным ответом генотипов представляют собой один или более из следующих: rs1967309/AA, rs1967309/AG, rs12595857/GG, rs12595857/AG, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs17136707/AG, rs2239310/GG, rs2239310/AG, rs2283497/AA, rs2283497/CA, rs2531967/AA, rs2531967/GA, rs3730119/AA, rs3730119/GA, rs12920508/CG, rs12920508/GG, rs2531971/AC, rs2531971/AA, rs12599911/GT, rs12599911/GG, rs2238448/TC, rs4786454/AA, rs4786454/GA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8049452/GA, rs8061182/AA, rs8061182/AG и rs2238448/TT.
51. Применение по п. 48, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип полиморфного сайта rs1967309.
52. Применение по п. 51, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип AA или AG полиморфного сайта rs1967309.
53. Применение по п. 48, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип полиморфного сайта rs2238448.
54. Применение по п. 53, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип TT полиморфного сайта rs2238448.
55. Применение по п. 48, где один или более дополнительных ассоциированных с улучшенным ответом генотипов представляют собой генотип TT полиморфного сайта rs2238448 и генотип AA полиморфного сайта rs1967309.
56. Применение по любому из пп. 46-55, где сердечно-сосудистое событие представляет собой летальный исход по причине ишемической болезни сердца, реанимацию при остановке сердечной деятельности, нефатальный инфаркт миокарда, нефатальный ишемический инсульт, нестабильную стенокардию или непредвиденную реваскуляризацию коронарных артерий.
57. Применение по любому из пп. 46-55, где субъект имеет сердечно-сосудистое расстройство.
58. Применение по п. 57, где сердечно-сосудистое расстройство представляет собой атеросклероз, заболевание периферических сосудов, дислипидемию, гипербеталипопротеинемию, гипоальфалипопротеинемию, гиперхолестеринемию, гипертриглицеридемию, семейную гиперхолестеринемию, стенокардию, ишемию, ишемию сердца, инсульт, инфаркт миокарда, реперфузионное повреждение, рестеноз после ангиопластики, гипертензию, сердечно-сосудистое заболевание, ишемическую болезнь сердца, заболевание коронарных артерий, гиперлипидемию, гиперлипопротеинемию или сосудистые осложения диабета, ожирения или эндотоксемии.
59. Применение по любому из пп. 46-55, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе от 100 мг до 1800 мг в сутки.
60. Применение по любому из пп. 46-55, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе от 300 мг до 900 мг в сутки.
61. Применение по любому из пп. 46-55, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе 600 мг в сутки.
62. Применение по любому из пп. 46-55, в котором сердечно-сосудистое расстройство представляет собой острый коронарный синдром (ОКС).
63. Применение дальцетрапиба в снижении риска сердечно-сосудистого события у субъекта, где у субъекта обнаружен ассоциированный с улучшенным ответом генотип полиморфного сайта rs11647778.
64. Применение по п. 63, где ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой rs11647778/CC.
65. Применение по п. 63, где у субъекта также обнаружен один или более дополнительных ассоциированных с улучшенным ответом генотипов одного или более дополнительных сайтов гена ADCY9 субъекта.
66. Применение по п. 65, где один или более дополнительных сайтов гена ADCY9 субъекта представляют собой rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs12599911, rs12920508, rs2531971 и rs2238448.
67. Применение по п. 65, где один или более дополнительных ассоциированных с улучшенным ответом генотипов представляют собой один или более из следующих: rs1967309/AA, rs1967309/AG, rs12595857/GG, rs12595857/AG, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs17136707/AG, rs2239310/GG, rs2239310/AG, rs2283497/AA, rs2283497/CA, rs2531967/AA, rs2531967/GA, rs3730119/AA, rs3730119/GA, rs12920508/CG, rs12920508/GG, rs2531971/AC, rs2531971/AA, rs12599911/GT, rs12599911/GG, rs2238448/TC, rs4786454/AA, rs4786454/GA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8049452/GA, rs8061182/AA, rs8061182/AG и rs2238448/TT.
68. Применение по п. 65, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип полиморфного сайта rs1967309.
69. Применение по п. 68, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип AA или AG полиморфного сайта rs1967309.
70. Применение по п. 65, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип полиморфного сайта rs2238448.
71. Применение по п. 70, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип TT полиморфного сайта rs2238448.
72. Применение по п. 65, где один или более дополнительных ассоциированных с улучшенным ответом генотипов представляют собой генотип TT полиморфного сайта rs2238448 и генотип AA полиморфного сайта rs1967309.
73. Применение по любому из пп. 63-72, где сердечно-сосудистое событие представляет собой летальный исход по причине ишемической болезни сердца, реанимацию при остановке сердечной деятельности, нефатальный инфаркт миокарда, нефатальный ишемический инсульт, нестабильную стенокардию или непредвиденную реваскуляризацию коронарных артерий.
74. Применение по любому из пп. 63-72, где субъект имеет сердечно-сосудистое расстройство.
75. Применение по п. 74, где сердечно-сосудистое расстройство представляет собой атеросклероз, заболевание периферических сосудов, дислипидемию, гипербеталипопротеинемию, гипоальфалипопротеинемию, гиперхолестеринемию, гипертриглицеридемию, семейную гиперхолестеринемию, стенокардию, ишемию, ишемию сердца, инсульт, инфаркт миокарда, реперфузионное повреждение, рестеноз после ангиопластики, гипертензию, сердечно-сосудистое заболевание, ишемическую болезнь сердца, заболевание коронарных артерий, гиперлипидемию, гиперлипопротеинемию или сосудистые осложения диабета, ожирения или эндотоксемии.
76. Применение по любому из пп. 63-72, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе от 100 мг до 1800 мг в сутки.
77. Применение по любому из пп. 63-72, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе от 300 мг до 900 мг в сутки.
78. Применение по любому из пп. 63-72, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе 600 мг в сутки.
79. Применение по любому из пп. 63-72, где сердечно-сосудистое расстройство представляет собой острый коронарный синдром (ОКС).
80. Способ снижения риска сердечно-сосудистого события у субъекта, включающий введение эффективного количества дальцетрапиба субъекту, которому это необходимо и у которого обнаружен ассоциированный с улучшенным ответом генотип полиморфного сайта rs11647778.
81. Способ по п. 80, где ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой rs11647778/CC.
82. Способ по п. 80, где у субъекта также обнаружен один или более дополнительных ассоциированных с улучшенным ответом генотипов одного или более дополнительных сайтов гена ADCY9 субъекта.
83. Способ по п. 82, где один или более дополнительных сайтов гена ADCY9 субъекта представляют собой rs1967309, rs12595857, rs2239310, rs11647828, rs8049452, rs12935810, rs74702385, rs17136707, rs8061182, rs111590482, rs4786454, rs2283497, rs2531967, rs3730119, rs12599911, rs12920508, rs2531971 и rs2238448.
84. Способ по п. 82, где один или более дополнительных ассоциированных с улучшенным ответом генотипов представляют собой один или более из следующих: rs1967309/AA, rs1967309/AG, rs12595857/GG, rs12595857/AG, rs111590482/AG, rs111590482/GG, rs11647828/GG, rs12935810/GG, rs17136707/GG, rs17136707/AG, rs2239310/GG, rs2239310/AG, rs2283497/AA, rs2283497/CA, rs2531967/AA, rs2531967/GA, rs3730119/AA, rs3730119/GA, rs12920508/CG, rs12920508/GG, rs2531971/AC, rs2531971/AA, rs12599911/GT, rs12599911/GG, rs2238448/TC, rs4786454/AA, rs4786454/GA, rs74702385/GA, rs74702385/AA, rs8049452/GG, rs8049452/GA, rs8061182/AA, rs8061182/AG и rs2238448/TT.
85. Способ по п. 82, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип полиморфного сайта rs1967309.
86. Способ по п. 85, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип AA или AG полиморфного сайта rs1967309.
87. Способ по п. 82, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип полиморфного сайта rs2238448.
88. Способ по п. 87, где дополнительный ассоциированный с улучшенным ответом генотип представляет собой генотип TT полиморфного сайта rs2238448.
89. Способ по п. 82, где один или более дополнительных ассоциированных с улучшенным ответом генотипов представляют собой генотип TT полиморфного сайта rs2238448 и генотип AA полиморфного сайта rs1967309.
90. Способ по любому из пп. 80-89, где сердечно-сосудистое событие представляет собой летальный исход по причине ишемической болезни сердца, реанимацию при остановке сердечной деятельности, нефатальный инфаркт миокарда, нефатальный ишемический инсульт, нестабильную стенокардию или непредвиденную реваскуляризацию коронарных артерий.
91. Способ по любому из пп. 80-89, где субъект имеет сердечно-сосудистое расстройство.
92. Способ по п. 91, где сердечно-сосудистое расстройство представляет собой атеросклероз, заболевание периферических сосудов, дислипидемию, гипербеталипопротеинемию, гипоальфалипопротеинемию, гиперхолестеринемию, гипертриглицеридемию, семейную гиперхолестеринемию, стенокардию, ишемию, ишемию сердца, инсульт, инфаркт миокарда, реперфузионное повреждение, рестеноз после ангиопластики, гипертензию, сердечно-сосудистое заболевание, ишемическую болезнь сердца, заболевание коронарных артерий, гиперлипидемию, гиперлипопротеинемию или сосудистые осложения диабета, ожирения или эндотоксемии.
93. Способ по любому из пп. 80-89, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе от 100 мг до 1800 мг в сутки.
94. Способ по любому из пп. 80-89, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе от 300 мг до 900 мг в сутки.
95. Способ по любому из пп. 80-89, где дальцетрапиб вводят субъекту в дозе 600 мг в сутки.
96. Способ по любому из пп. 80-89, в котором сердечно-сосудистое расстройство представляет собой острый коронарный синдром (ОКС).
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP14179048 | 2014-07-30 | ||
EP14179048.5 | 2014-07-30 | ||
PCT/EP2015/067098 WO2016016157A1 (en) | 2014-07-30 | 2015-07-27 | Genetic markers for predicting responsiveness to therapy with hdl-raising or hdl mimicking agent |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2017104149A RU2017104149A (ru) | 2018-08-28 |
RU2017104149A3 RU2017104149A3 (ru) | 2019-02-28 |
RU2703192C2 true RU2703192C2 (ru) | 2019-10-15 |
Family
ID=51265507
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2017104149A RU2703192C2 (ru) | 2014-07-30 | 2015-07-27 | Генетические маркеры для прогнозирования ответа на терапию поднимающими уровень hdl или имитирующими hdl агентами |
Country Status (12)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US10584385B2 (ru) |
EP (2) | EP3795695A1 (ru) |
JP (2) | JP6854752B2 (ru) |
KR (1) | KR102456013B1 (ru) |
CN (2) | CN106559998B (ru) |
CA (1) | CA2953483C (ru) |
ES (1) | ES2825675T3 (ru) |
IL (4) | IL300472A (ru) |
MX (2) | MX2017000582A (ru) |
PT (1) | PT3174995T (ru) |
RU (1) | RU2703192C2 (ru) |
WO (1) | WO2016016157A1 (ru) |
Families Citing this family (10)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
PT2118074E (pt) | 2007-02-01 | 2014-03-20 | Resverlogix Corp | Compostos para a prevenção e tratamento de doenças cardiovasculares |
EP2408454A2 (en) | 2009-03-18 | 2012-01-25 | Resverlogix Corp. | Novel anti-inflammatory agents |
RU2707533C2 (ru) | 2013-03-27 | 2019-11-27 | Ф. Хоффманн-Ля Рош Аг | Генетические маркеры для прогнозирования восприимчивости к терапии |
WO2016016157A1 (en) | 2014-07-30 | 2016-02-04 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Genetic markers for predicting responsiveness to therapy with hdl-raising or hdl mimicking agent |
CN107530356A (zh) | 2015-03-13 | 2018-01-02 | 雷斯韦洛吉克斯公司 | 用于治疗补体相关疾病之组合物及治疗方法 |
WO2019043018A1 (en) | 2017-08-29 | 2019-03-07 | Dalcor Pharma Uk Ltd., Stockport Zug Branch | METHODS OF TREATING OR PREVENTING CARDIOVASCULAR DISORDERS AND REDUCING THE RISK OF CARDIOVASCULAR EVENTS |
EP3696282A1 (en) * | 2019-02-14 | 2020-08-19 | Universidad del Pais Vasco | Method for diagnosing unstable atherosclerotic plaque |
AU2020232350A1 (en) | 2019-03-07 | 2021-07-29 | Dalcor Pharma Uk Ltd., Leatherhead, Zug Branch | Methods for treating or preventing heart failure and reducing risk of heart failure |
WO2022264678A1 (ja) | 2021-06-16 | 2022-12-22 | 富士フイルム株式会社 | 内視鏡用粘膜下注入材 |
CN117587115A (zh) * | 2021-08-25 | 2024-02-23 | 华中科技大学同济医学院附属协和医院 | Il9基因中与血脂相关的snp位点及其应用 |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2014154606A1 (en) * | 2013-03-27 | 2014-10-02 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Genetic markers for predicting responsiveness to therapy |
Family Cites Families (82)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
GB8311018D0 (en) | 1983-04-22 | 1983-05-25 | Amersham Int Plc | Detecting mutations in dna |
US4998617A (en) | 1986-09-15 | 1991-03-12 | Laura Lupton Inc | Facial cosmetic liquid make up kit |
US5202231A (en) | 1987-04-01 | 1993-04-13 | Drmanac Radoje T | Method of sequencing of genomes by hybridization of oligonucleotide probes |
US6270961B1 (en) | 1987-04-01 | 2001-08-07 | Hyseq, Inc. | Methods and apparatus for DNA sequencing and DNA identification |
US5176996A (en) | 1988-12-20 | 1993-01-05 | Baylor College Of Medicine | Method for making synthetic oligonucleotides which bind specifically to target sites on duplex DNA molecules, by forming a colinear triplex, the synthetic oligonucleotides and methods of use |
US5256775A (en) | 1989-06-05 | 1993-10-26 | Gilead Sciences, Inc. | Exonuclease-resistant oligonucleotides |
FR2650840B1 (fr) | 1989-08-11 | 1991-11-29 | Bertin & Cie | Procede rapide de detection et/ou d'identification d'une seule base sur une sequence d'acide nucleique, et ses applications |
US5264564A (en) | 1989-10-24 | 1993-11-23 | Gilead Sciences | Oligonucleotide analogs with novel linkages |
US5210015A (en) | 1990-08-06 | 1993-05-11 | Hoffman-La Roche Inc. | Homogeneous assay system using the nuclease activity of a nucleic acid polymerase |
US6004744A (en) | 1991-03-05 | 1999-12-21 | Molecular Tool, Inc. | Method for determining nucleotide identity through extension of immobilized primer |
US5858659A (en) | 1995-11-29 | 1999-01-12 | Affymetrix, Inc. | Polymorphism detection |
US5952172A (en) | 1993-12-10 | 1999-09-14 | California Institute Of Technology | Nucleic acid mediated electron transfer |
US5968740A (en) | 1995-07-24 | 1999-10-19 | Affymetrix, Inc. | Method of Identifying a Base in a Nucleic Acid |
WO1997040462A2 (en) | 1996-04-19 | 1997-10-30 | Spectra Biomedical, Inc. | Correlating polymorphic forms with multiple phenotypes |
JP2894445B2 (ja) | 1997-02-12 | 1999-05-24 | 日本たばこ産業株式会社 | Cetp活性阻害剤として有効な化合物 |
US6455249B1 (en) | 1997-09-10 | 2002-09-24 | National Institutes Of Health | Method of amplifying DNA and RNA mismatch cleavage products |
US6197786B1 (en) | 1998-09-17 | 2001-03-06 | Pfizer Inc | 4-Carboxyamino-2-substituted-1,2,3,4-tetrahydroquinolines |
CA2374100A1 (en) | 1999-06-04 | 2000-12-14 | Consejo Superior De Investigaciones Cientificas | High oleic high stearic plants, seeds and oils |
US20030092647A1 (en) | 2001-08-08 | 2003-05-15 | Crooke Rosanne M. | Antisense modulation of cholesteryl ester transfer protein expression |
CO5271716A1 (es) | 1999-11-30 | 2003-04-30 | Pfizer Prod Inc | Cristales de 4- carboxamino 1,2,3,4-tetrahidroquinolina 2- sustituida |
WO2003015708A2 (en) | 2001-08-18 | 2003-02-27 | Myriad Genetics, Inc | Composition and method for treating hiv infection |
WO2004067763A2 (en) | 2003-01-27 | 2004-08-12 | The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate | Genetic diagnosis of alcoholism subtypes |
BRPI0408442A (pt) | 2003-03-17 | 2006-04-04 | Japan Tobacco Inc | método para aumento da biodisponibilidade oral de s-[2-([[1-(2-etilbutil)ciclohexil]carbonil]amino)fenil]2- metilpropanotioato |
TWI494102B (zh) | 2003-05-02 | 2015-08-01 | Japan Tobacco Inc | 包含s-〔2(〔〔1-(2-乙基丁基)環己基〕羰基〕胺基)苯基〕2-甲基丙烷硫酯及hmg輔酶a還原酶抑制劑之組合 |
EP1644370A4 (en) | 2003-07-11 | 2008-06-04 | Bristol Myers Squibb Co | TETRAHYDROCHINOLINE DERIVATIVES AS CANNABINOID RECEPTOR MODULATORS |
US7326706B2 (en) | 2003-08-15 | 2008-02-05 | Bristol-Myers Squibb Company | Pyrazine modulators of cannabinoid receptors |
EP1670446A2 (en) | 2003-09-26 | 2006-06-21 | Japan Tobacco Inc. | Method of inhibiting remnant lipoprotein production |
WO2005037199A2 (en) | 2003-10-10 | 2005-04-28 | Bristol-Myers Squibb Company | Pyrazole derivatives as cannabinoid receptor modulators |
US7420059B2 (en) | 2003-11-20 | 2008-09-02 | Bristol-Myers Squibb Company | HMG-CoA reductase inhibitors and method |
BRPI0417820A (pt) | 2003-12-19 | 2007-03-27 | Bristol Myers Squibb Co | heterociclos azabicìclicos como moduladores de receptor canabinóide |
RU2006126122A (ru) | 2003-12-19 | 2008-01-27 | Бристол-Маерс Сквибб Компани (Us) | Азабициклические гетероциклы как модуляторы каннабиоидного рецептора |
CA2565324A1 (en) | 2004-03-30 | 2005-10-20 | Sapphire Therapeutics, Inc. | Method of reducing c-reactive protein using growth hormone secretagogues |
DOP2005000123A (es) | 2004-07-02 | 2011-07-15 | Merck Sharp & Dohme | Inhibidores de cetp |
RU2393151C2 (ru) | 2004-12-18 | 2010-06-27 | Байер Шеринг Фарма Акциенгезельшафт | 4-циклоалкилзамещенные производные тетрагидрохинолина и их применение в качестве лекарств |
EP1841436A4 (en) | 2005-01-05 | 2008-02-20 | Medicure Int Inc | COMPOUNDS AND METHOD FOR REGULATING TRIGLYCERID MIRRORS |
WO2006099142A2 (en) * | 2005-03-10 | 2006-09-21 | The Trustees Of Boston University | Prognostic method for vascular diseases |
JP2006288279A (ja) | 2005-04-11 | 2006-10-26 | Otsuka Pharmaceut Co Ltd | 出血時間延長傾向判定方法 |
EP2985022B1 (en) | 2005-07-01 | 2018-09-12 | Merck Sharp & Dohme Corp. | Process for synthesizing a cetp inhibitor |
CA2625416A1 (en) | 2005-10-21 | 2007-04-26 | Novartis Ag | Combination of a renin-inhibitor and an anti-dyslipidemic agent and/or an antiobesity agent |
US7435849B2 (en) | 2005-10-31 | 2008-10-14 | Hoffmann-La Roche Inc. | Process for the production of acid chlorides |
EP1948599A1 (en) | 2005-11-08 | 2008-07-30 | Ranbaxy Laboratories Limited | Process for (3r, 5r)-7-[2-(4-fluorophenyl)-5-isopropyl-3-phenyl-4- [(4-hydroxy methyl phenyl amino) carbonyl]-pyrrol-1-yl]-3, 5-dihydroxy-heptanoic acid hemi calcium salt |
WO2007071824A1 (en) * | 2005-12-20 | 2007-06-28 | Oy Jurilab Ltd | Novel genes and markers associated with high-density lipoprotein -cholesterol (hdl-c) |
PE20080251A1 (es) | 2006-05-04 | 2008-04-25 | Boehringer Ingelheim Int | Usos de inhibidores de dpp iv |
US20090035306A1 (en) | 2006-11-29 | 2009-02-05 | Kalypsys, Inc. | Quinazolinone modulators of tgr5 |
EP1935867A1 (en) | 2006-12-20 | 2008-06-25 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Process for preparing 1-(2-ethyl-butyl)-cyclohexanecarboxylic acid |
WO2008097976A1 (en) | 2007-02-09 | 2008-08-14 | Kalypsys, Inc. | Heterocyclic modulators of tgr5 for treatment of disease |
ES2395167T3 (es) | 2007-04-25 | 2013-02-08 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Nuevo proceso para la obtención de cloruros de ácido |
US20090054304A1 (en) | 2007-08-23 | 2009-02-26 | Kalypsys, Inc. | Heterocyclic modulators of tgr5 for treatment of disease |
WO2009026241A1 (en) | 2007-08-23 | 2009-02-26 | Kalypsys, Inc. | Heterocyclic modulators of tgr5 |
BRPI0909813B1 (pt) | 2008-04-04 | 2018-01-02 | F. Hoffmann-La Roche Ag | "processos para preparação de derivados de ácido ciclo-hexanocarboxílico, e intermediário" |
MX2010009876A (es) | 2008-04-04 | 2010-09-28 | Hoffmann La Roche | Nuevo proceso para la preparacion de derivados de acido ciclohexanocarboxilico por medio del derivado de ciclohexanocarboxamida correspondiente. |
CA2726931C (en) | 2008-06-17 | 2016-03-22 | F.Hoffmann-La Roche Ag | 1-(2-ethyl-butyl) -cyclohexanecarboxylic acid ester as an intermediate in the preparation of pharmaceutically active amides |
EP2177615A1 (en) | 2008-10-10 | 2010-04-21 | Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. | Method for a genome wide identification of expression regulatory sequences and use of genes and molecules derived thereof for the diagnosis and therapy of metabolic and/or tumorous diseases |
US20100183598A1 (en) | 2008-11-12 | 2010-07-22 | Carolus Therapeutics, Inc. | Methods of treating cardiovascular disorders |
JP5538423B2 (ja) | 2008-12-08 | 2014-07-02 | エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲー | 薬物の併用投与 |
RU2624506C2 (ru) | 2009-04-29 | 2017-07-04 | АМАРИН КОРПОРЕЙШН ПиЭлСи | Фармацевтические композиции, содержащие ера и сердечно-сосудистое средство, и способы их применения |
AR077208A1 (es) | 2009-06-30 | 2011-08-10 | Lilly Co Eli | Derivados del acido trans-4-[[(5s)-5-[[[3,5-bis(trifluorometil) fenil] metil] (2-metil-2h-tetrazol-5-il) amino) -2,3,4,5-tetrahidro-7,9-dimetil-1h-1-benzazepin-1-il) metil)-ciclohexancarboxilico y sus formas cristalinas, composiciones farmaceuticas que los comprenden, su uso para preparar un medicam |
US20110004011A1 (en) | 2009-07-01 | 2011-01-06 | Declan Costello | Novel process |
EP2454271A4 (en) | 2009-07-15 | 2015-08-12 | Univ California | PEPTIDES WITH CONTROLLABLE CELLULAR RECORDING |
EP2556159A1 (en) * | 2010-04-07 | 2013-02-13 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Modulation of cetp expression |
WO2012012870A1 (en) * | 2010-07-28 | 2012-02-02 | Institut De Cardiologie De Montreal | Pharmaceutical compositions for the treatment of left ventricular diastolic dysfunction comprising an apolipoprotein peptide/phospholipid complex |
ES2557559T3 (es) | 2010-09-16 | 2016-01-27 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Proceso para preparar un derivado de ciclohexanocarbonitrilo |
EP2635263B1 (en) | 2010-11-04 | 2015-09-23 | F.Hoffmann-La Roche Ag | A composition comprising s-[2-([[1-(2-ethylbutyl)-cyclohexyl]-carbonyl]amino)phenyl]2-methylpropanethioate and croscarmellose sodium |
WO2012069087A1 (en) | 2010-11-25 | 2012-05-31 | Mediasuccess Gmbh | Automatic text generation |
WO2012076443A1 (en) | 2010-12-08 | 2012-06-14 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Liposomal formulation of dalcetrapib |
CA2818628C (en) | 2010-12-16 | 2019-02-26 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Processes for the preparation of s-[2-[1-(2-ethylbutyl) cyclcohexanecarbonylamino]phenyl] 2-methylthiopropionate and derivativesthereof by hydrogenation of disulfide precursors |
US20140044668A1 (en) * | 2011-02-15 | 2014-02-13 | The Ohio State University | Methods for Predicting Cardiovascular Risks and Responsiveness to Statin Therapy Using SNPs |
KR20140006879A (ko) * | 2011-02-17 | 2014-01-16 | 에프. 호프만-라 로슈 아게 | 고온 용융 압출에 의해 활성 약학 성분을 과냉된 액체 상태로부터 제어되는 방식으로 결정화시키는 방법 |
US9541565B2 (en) | 2011-04-08 | 2017-01-10 | Zora Biosciences Oy | Biomarkers for sensitive detection of statin-induced muscle toxicity |
EP2694981A1 (en) * | 2011-04-08 | 2014-02-12 | Zora Biosciences OY | Biomarkers for sensitive detection of statin-induced muscle toxicity |
JP6258849B2 (ja) * | 2011-04-29 | 2018-01-10 | チルドレンズ ホスピタル アンド リサーチ センター アット オークランド | Hdlの逆コレステロール輸送支持能力を評価するための組成物および方法 |
US20120301439A1 (en) | 2011-05-24 | 2012-11-29 | Washington University | Inhibition of choroidal neovascularization |
US8975438B2 (en) | 2011-07-13 | 2015-03-10 | Hoffmann-La Roche Inc. | Process for the preparation of cyclohexanecarboxylic acid derivatives |
AR089853A1 (es) | 2012-02-01 | 2014-09-24 | Boehringer Ingelheim Int | Inhibidores de oxadiazol de la produccion de leucotrienos para terapia de combinacion, composicion farmaceutica, uso |
NZ628587A (en) | 2012-03-06 | 2016-07-29 | Boehringer Ingelheim Int | Benzodioxanes in combination with other actives for inhibiting leukotriene production |
RU2014146930A (ru) | 2012-04-30 | 2016-06-27 | Ф. Хоффманн-Ля Рош Аг | Новый препарат |
MX351059B (es) | 2012-08-17 | 2017-09-29 | Laboratorios Senosiain S A De C V Star | Composicion farmaceutica oral en forma de microesferas y proceso de elaboracion. |
CN105792820A (zh) | 2013-12-19 | 2016-07-20 | 豪夫迈·罗氏有限公司 | 用于治疗眼疾病的cetp调节剂 |
GB201401617D0 (en) * | 2014-01-30 | 2014-03-19 | Helperby Therapeutics Ltd | Novel combination and use |
WO2016016157A1 (en) | 2014-07-30 | 2016-02-04 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Genetic markers for predicting responsiveness to therapy with hdl-raising or hdl mimicking agent |
WO2019043018A1 (en) | 2017-08-29 | 2019-03-07 | Dalcor Pharma Uk Ltd., Stockport Zug Branch | METHODS OF TREATING OR PREVENTING CARDIOVASCULAR DISORDERS AND REDUCING THE RISK OF CARDIOVASCULAR EVENTS |
WO2020030814A1 (en) | 2018-08-09 | 2020-02-13 | Dalcor Pharma Uk Ltd., Leatherhead, Zug Branch | Methods for delaying occurrence of new-onset type 2 diabetes and for slowing progression of and treating type 2 diabetes |
-
2015
- 2015-07-27 WO PCT/EP2015/067098 patent/WO2016016157A1/en active Application Filing
- 2015-07-27 CA CA2953483A patent/CA2953483C/en active Active
- 2015-07-27 IL IL300472A patent/IL300472A/en unknown
- 2015-07-27 KR KR1020177002272A patent/KR102456013B1/ko active IP Right Grant
- 2015-07-27 CN CN201580040416.9A patent/CN106559998B/zh active Active
- 2015-07-27 ES ES15742250T patent/ES2825675T3/es active Active
- 2015-07-27 EP EP20184540.1A patent/EP3795695A1/en not_active Withdrawn
- 2015-07-27 CN CN202210024117.8A patent/CN114381512A/zh active Pending
- 2015-07-27 JP JP2017504647A patent/JP6854752B2/ja active Active
- 2015-07-27 PT PT157422502T patent/PT3174995T/pt unknown
- 2015-07-27 RU RU2017104149A patent/RU2703192C2/ru active
- 2015-07-27 EP EP15742250.2A patent/EP3174995B1/en active Active
- 2015-07-27 MX MX2017000582A patent/MX2017000582A/es unknown
-
2017
- 2017-01-13 MX MX2021006626A patent/MX2021006626A/es unknown
- 2017-01-25 US US15/415,112 patent/US10584385B2/en active Active
- 2017-01-26 IL IL250308A patent/IL250308B/en active IP Right Grant
-
2020
- 2020-01-27 US US16/773,040 patent/US11401554B2/en active Active
-
2021
- 2021-03-16 JP JP2021042828A patent/JP7244560B2/ja active Active
- 2021-03-30 IL IL281905A patent/IL281905B/en unknown
-
2022
- 2022-01-25 IL IL290115A patent/IL290115B2/en unknown
- 2022-06-16 US US17/842,282 patent/US20230151424A1/en active Pending
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2014154606A1 (en) * | 2013-03-27 | 2014-10-02 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Genetic markers for predicting responsiveness to therapy |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
Gregory G. Schwartz, Anders G. Olsson, Rationale and design of the dal-OUTCOMES trial: Efficacy and safety of dalcetrapib in patients with recent acute coronary syndrome, American Heart Journal, Volume 158, Issue 6, December 2009, Pages 896-901. * |
Gregory G. Schwartz, Anders G. Olsson, Rationale and design of the dal-OUTCOMES trial: Efficacy and safety of dalcetrapib in patients with recent acute coronary syndrome, American Heart Journal, Volume 158, Issue 6, December 2009, Pages 896-901. Денисова Д.В., ОБЗОР НЕКОТОРЫХ НОВЕЙШИХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ В ОБЛАСТИ АТЕРОСКЛЕРОЗА, Аторосклероз, том 9, номер 2, 2013 г., стр. 63-68. * |
Денисова Д.В., ОБЗОР НЕКОТОРЫХ НОВЕЙШИХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ В ОБЛАСТИ АТЕРОСКЛЕРОЗА, Аторосклероз, том 9, номер 2, 2013 г., стр. 63-68. * |
Also Published As
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
RU2703192C2 (ru) | Генетические маркеры для прогнозирования ответа на терапию поднимающими уровень hdl или имитирующими hdl агентами | |
US11549142B2 (en) | CETP inhibitors for therapeutic use | |
RU2809215C2 (ru) | Генетические маркеры для прогнозирования восприимчивости к терапии | |
BR112017001785B1 (pt) | Marcadores genéticos para predição de responsividade à terapia com agente de elevação de hdl ou imitação de hdl |