CN106559998A - 预测对hdl升高剂或hdl模拟剂疗法的应答性的遗传标记 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了用于选择具有心血管疾病的患者的基因分型方法和组合物，所述患者将受益于利用HDL升高剂或HDL模拟剂、尤其利用CETP抑制剂/调节剂的治疗。

Description

预测对HDL升高剂或HDL模拟剂疗法的应答性的遗传标记
发明领域涉及患有心血管病症的受试者的治疗或预防。
尽管20年前一种治疗适合所有是通向强有力的“重磅炸弹”药物所采取的方案。现在，随着人类基因组测序和分子绘谱(molecular profiling)技术的进步，药物开发的方案正采取更层次化或个体化的方案。这些进步逐渐允许将个体分类为处于特定疾病的风险中、对特定治疗做出应答、对特定治疗不做出应答或当治疗时处于不利事件的高风险中的亚群。因此遗传试验可以用于告知诊断、预后和治疗选择。众多研究已经证实基因型和对药物治疗的应答之间的关联。这种方案在过去几年已经被广泛接受，尤其是在其中众多个体化药物方案已经被成功开发并且已经提供临床结果的重大改善的肿瘤学中。
在心血管病症中，对于特定的治疗干预来说，人群按照基因型分级已经是有限的。本发明的目标之一是证明，罹患心血管病症的人群可能行为不同并且因此可能对特定治疗做出不同的应答。降低LDL是心血管疾病的处理中的一种重要治疗策略。实际上，降低LDL的抑制素药物，诸如可定(Crestor)、立普妥(Lipitor)、普拉固(Pravachol)和Zocar被广泛使用并且属于最主要的处方药。一段时间内，也已经普遍接受的是，增加HDL在心血管疾病中也可以是治疗性的。已经开发了几种HDL升高药物，包括：烟酸和CETP抑制剂如托塞曲匹(torcetrapib)、安塞曲匹(anacetrapib)、依塞曲匹(evacetrapib)和达塞曲匹(dalcetrapib)。
胆固醇酯转移蛋白(CETP)(也被称为血浆脂质转移蛋白)是在几种组织中但是主要在肝脏中合成的疏水糖蛋白。CETP会促进胆固醇酯和甘油三酯在全血浆脂蛋白颗粒之间的双向转移。在具有CETP遗传缺陷的人中的观察会提供CETP活性对血浆脂蛋白的影响的第一证据。在日本在1989年将第一个CETP突变鉴定为明显提高的HDL-C的原因。从那时起已经在亚洲人中鉴定了十个与CETP缺陷有关的突变，在高加索人中鉴定了一个与CETP缺陷有关的突变。在日本发现，57％的具有HDL-C＞100mg/dL的水平的受试者具有CETP基因的突变。此外，37％的具有75-100mg/dL之间的HDL-C的水平的日本人具有CETP基因的突变。随后，用抗-CETP抗体治疗的动物的研究显示，CETP抑制会导致HDL-C的浓度的大幅增加。与用抗-CETP抗体治疗的CETP缺陷型患者和兔中的这些观察一致，从那时起已经发现，用CETP抑制剂药物治疗人类会增加HDL胆固醇和apoA-I(HDL中的主要载脂蛋白)的浓度。众多流行病学研究已经将CETP活性变化的影响与冠状动脉心脏病风险相关联，包括人类突变的研究(Hirano，K.I.Yamishita，S.和Matsuzawa Y.(2000)Curr.Opin.Lipido.11(4)，389-396)。
动脉粥样硬化及其临床后果，包括冠状动脉心脏病(CHD)、卒中和外周血管疾病，在国际上构成对健康护理***的巨大负担。抑制CETP的药物(CETP抑制剂)已经处于开发中一段时间，并且预见到，它们将可用于治疗或预防动脉粥样硬化。多种类型的CETP抑制剂药物已经被证实在人类中增加HDL、降低LDL，并且对治疗动脉粥样硬化和心血管疾病具有治疗效果，包括达塞曲匹、托塞曲匹、安塞曲匹、依塞曲匹、BAY60-5521和其它(表1)。
表1：领先的CETP抑制剂药物和临床状态的概述
但是，有证据表明，这些药物可能不会在所有患者中安全且有效。由于发生了患者的死亡，托塞曲匹的临床试验在III期终止，与单独用阿托伐他汀(atorvastatin)治疗的患者相比，给所述患者伴随地施用了托塞曲匹和阿托伐他汀。在这种情况下，由于相对于单独的他汀类药物缺乏效力，达塞曲匹的临床试验也在III期被暂停。在临床试验和稍早阶段的开发中仍然在寻找另外的CETP抑制剂。通常，使用提供较好效力、降低的脱靶效应的CETP抑制剂的治疗策略将会是临床上有益的。需要用于预测对CETP抑制剂的应答并且获取与CETP抑制剂的施用有关的不利事件的风险的生物标记、方法和方案。
CETP抑制剂可用于治疗和/或预防动脉粥样硬化(atherosclerosis)、外周血管疾病(peripheral vascular disease)、血脂异常(dyslipidemia)、高β脂蛋白血症(hyperbetalipoproteinemia)、低α脂蛋白血症(hypoalphalipoproteinemia)、高胆固醇血症(hypercholesterolemia)、高甘油三酯血症(hypertriglyceridemia)、家族性高胆固醇血症(familial hypercholesterolemia)、心血管病症(cardiovascular disorder)、心绞痛(angina)、缺血(ischemia)、心肌缺血(cardiac ischemia)、卒中(stroke)、心肌梗塞(myocardial infarction)、再灌注损伤(reperfusion injury)、血管成形再狭窄(angioplastic restenosis)、高血压(hypertension)、以及糖尿病(diabetes)、肥胖症(obesity)或内毒素血症(endotoxemia)的血管并发症(vascular complication)。
临床试验已经证实，患者对利用药物的治疗的应答经常是各种各样的。迫切需要改善药物开发、临床开发和药物对个体或患者亚群的治疗影响。单核苷酸多态性(SNP)可以用于鉴定最适合利用特定药学试剂的治疗的患者(这经常被称为“药物基因组学”)。类似地，由于患者增加的发生有毒副作用的可能性或它们不对治疗做出应答的可能性，SNP可以用于从某些治疗中排除患者。还可以在药物研究中使用药物基因组学以辅助药物开发和选择过程。Linder等人，Clinical Chemistry 43：254(1997)；Marshall，NatureBiotechnology 15：1249(1997)；国际专利申请WO 97/40462，Spectra Biomedical；和Schafer等人，Nature Biotechnology 16：3(1998)。
在最近因急性冠状动脉综合征(ACS)住院的稳定CHD患者中，达塞曲匹死亡率和发病率试验(dal-OUTCOMES)是一个双盲的、随机化的、安慰剂对照的、平行组、多中心研究。进行研究以测试以下假设：在患有近期ACS的患者中，通过经由CETP抑制来升高HDL-C的水平，CETP抑制将会降低复发的心血管事件的风险。合格的患者进入大约4至6周的单盲安慰剂准备阶段，以使得患者稳定并且完成计划的血运重建过程。在准备阶段的末期，以1∶1的比率将处于稳定条件的合格患者随机化至600mg达塞曲匹或安慰剂，并进行基于证据的用于ACS的医疗护理。达塞曲匹是胆固醇酯转移蛋白(CETP)的抑制剂。已经证实其在几个动物物种中和在人类中诱导与剂量有关的CETP活性的降低以及HDL-C水平的增加。通过不同方案降低CETP活性已经在几个动物模型中表现出抗动脉粥样硬化效果。由于无效，试验在2012年5月被DSMB中断。dal-OUTCOMES研究产生了与心血管疾病进展有关的意外观察。尽管HDL-c明显增加，接受治疗的患者没有显示出心血管事件的明显减少并且研究被终止。
在dal-OUTCOMES研究终止之后，假设研究中的患者的亚组对达塞曲匹不同地应答，并且达塞曲匹可以在患者的亚群中具有显著的治疗效果。为了患者分级和为了治疗选择，进行dal-OUTCOMES研究人群的药物基因组学研究，以研究在达塞曲匹应答中的个体间差异并且鉴定用于预测对达塞曲匹或其它CETP抑制剂的治疗应答的遗传标记。
本发明提供了用于选择可以受益于利用HDL升高剂或HDL模拟剂、尤其利用CETP抑制剂/调节剂的治疗的个体的基因分型(genotyping)方法、试剂和组合物，尤其是其中所述个体患有心血管病症。本发明还提供了治疗患有心血管病症的患者的方法，所述方法包括将可能受益于利用HDL升高剂或HDL模拟剂、尤其利用CETP抑制剂/调节剂的治疗的患者的基因分型和选择。令人惊讶地，dal-OUTCOMES患者组群的药物基因组学研究发现了单核苷酸多态性(SNP)，即遗传标记，其与个体对达塞曲匹的应答有关并且可用于预测对HDL升高剂或HDL模拟剂(特别是CETP抑制剂/调节剂)的治疗应答以及用于用HDL升高剂或HDL模拟剂(特别是CETP抑制剂/调节剂)治疗患者。
本发明还提供了用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括给有此需要的受试者施用有效地治疗或预防心血管病症的量的HDL升高剂或HDL模拟剂，其中所述受试者在所述受试者的ADCY9基因中具有在rs11647778处的多态性。在某些实施方案中，所述受试者具有在rs11647778处的CC基因型。在某些实施方案中，所述HDL升高剂或HDL模拟剂是烟酸、贝特类、格列酮、达塞曲匹、安塞曲匹、依塞曲匹、DEZ-001、ATH-03、DRL-17822(Dr.Reddy′s)、DLBS-1449、RVX-208、CSL-112、CER-001或ApoA1-Milnano。
在本发明的基因分型方法中检测的遗传标记包括：在染色体16上的9型腺苷酸环化酶(Adenylate Cyclase Type 9，ADCY9)基因中发生的20个SNP、rs11647778和任选的rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs2531971、rs2238448、rs12599911、rs12920508或rs13337675，特别是rs11647778或rs1967309，它们都处于强连锁不平衡(r2＝0.79)且与对HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂的应答强相关。
本发明的其它基因标记包括在ADCY9基因中的SNP，其与rs11647778或rs1967309处于连锁不平衡或提供具有统计P＜0.05的与临床事件的关联信号，并且可以提供rs11647778或rs1967309的可用替代生物标记。在一个实施方案中，检测由与rs11647778或rs1967309处于连锁不平衡而遗传的SNP组成的替代生物标记，并且推断rs11647778或rs1967309的基因型。
本发明涉及用HDL升高药物、特别是CETP抑制剂对患者进行基因分型和/或治疗的方法。在特定实施方案中，所述方法包括评估患者在rs11647778处的基因型。在rs11647778处的三种基因型会预测个体对HDL升高药物、特别是CETP抑制剂的应答：CC、CG和GG。在这些中，CC基因型与用HDL升高药物治疗的患者中改善的治疗应答有关，CG基因型与部分应答有关并且GG基因型与缺乏应答(不应答)有关。就本发明的目的而言：携带CC基因型的患者可以受益于利用HDL升高药物的治疗；携带CG基因型的患者可以受益于利用HDL升高药物的治疗，并且携带GG基因型的患者不能受益于利用HDL升高药物的治疗。在rs11647778处的两种基因型CC和CG指示在患有心血管病症的患者中对CETP抑制剂、特别是达塞曲匹的治疗应答。具体地，rs11647778的CC基因型指示在患有心血管病症的患者中对CETP抑制剂、特别是达塞曲匹的较大治疗应答。
本发明涉及含有多态性或基因变体的核酸分子，由这些核酸分子编码的变体蛋白、用于检测多态性核酸分子的试剂，和使用所述核酸分子和蛋白的方法、以及使用试剂用于它们的检测的方法(例如，用于在本发明的基因分型方法中使用的引物和探针)。
在一个实施方案中，本发明提供了：检测本发明的基因变体的方法以及用于在这些方法中使用的检测试剂，诸如探针或引物。
本发明具体提供了：与对HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂的治疗应答有关的遗传标记，以及含有本发明的基因变体的合成核酸分子(包括DNA和RNA分子)。本发明还提供了由含有这种基因变体的核酸分子编码的变体蛋白，针对所编码的变体蛋白的抗体，含有新型基因变体或SNP信息的基于计算机的数据储存***，检测试验样品中的这些SNP的方法，基于本发明的一种或多种基因变体的存在或不存在或一种或多种编码的变体产物(例如，变体mRNA转录物或变体蛋白)的检测来鉴定当施用HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂时在治疗上做出应答的个体的方法，以及治疗携带本发明的基因变体中的一种或多种的患有心血管疾病的个体的方法。
本发明的示例性实施方案还提供了用于选择或制定治疗方案的方法(例如，用于确定是否向个体施用HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂治疗的方法)。
本发明的不同实施方案还提供了用于基于个体的基因型选择可以向其治疗上施用HDL升高剂或HDL模拟剂(特别是CETP抑制剂/调节剂)的个体的方法，以及用于基于个体的基因型选择用于参加HDL升高剂或HDL模拟剂(特别是CETP抑制剂/调节剂)的临床试验的个体的方法(例如，基于他们的基因型，尤其是他们的基因型在rs11647778处是CC、在rs2238448处是TT和/或在rs1967309处是AA，选择最可能积极应答的个体参加试验和/或将不大可能对治疗积极应答的个体从试验中排除，或者选择不大可能积极应答的个体参加可能对其有益的备选药物的临床试验。
可以将本发明的核酸分子***在表达载体中，以在宿主细胞中产生变体蛋白。因而，本发明也提供了包含本发明的含SNP的核酸分子的载体，含有所述载体的遗传工程改造的宿主细胞，以及用于使用这样的宿主细胞表达重组变体蛋白的方法。在另一个具体实施方案中，可以使用宿主细胞、含SNP的核酸分子、和/或变体蛋白作为用于筛选或鉴定治疗剂的方法中的靶标，所述治疗剂是HDL升高剂或HDL模拟剂(特别是CETP抑制剂/调节剂)。
可以在本文提供的用于鉴定改善的对达塞曲匹的应答或用于治疗或预防患者的心血管疾病的方法中确定/评价的ADCY9的示例性SNP是这样的：其中突变导致在位置4,062,592、4,065,583、4,059,439和4,051,380(基因组组件GRCh37.p5)处的核苷酸序列的改变，其也被分别已知为如在SEQ.ID.NO.21、19和21中所示的具有标识符rs12595857、rs1967309、rs2238448和rs11647778的单核苷酸多态性。
本发明是基于遗传多态性的鉴定，所述遗传多态性指示利用HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂的治疗将会使患有心血管病症的患者受益的可能性增加。
图1：SNP rs1967309与用CETP抑制剂达塞曲匹治疗的患者中心血管事件(冠状动脉心脏病死亡、复苏的心脏停搏、非致命性心肌梗塞、非致命性缺血性卒中、不稳定型心绞痛或未预见的冠状动脉血运重建)的减少强相关。该图显示了来自dal-OUTCOMES试验的达塞曲匹分支的患者的全基因组关联研究的结果。A显示了Manhattan图中的结果，所述Manhattan图具有在染色体16的ADCY9基因区域中的强信号。每个点代表用Cox比例危险模型(其关于治疗期间心血管事件的发生)试验的＞0.05的SNP与最小等位基因频率的关联的P值，并关于遗传祖先的性别和5个基本组分进行调节。B显示了ADCY9区域中的单核苷酸多态性以及6个推定的SNP(具有P＜10-6)的结果。x轴显示了在染色体16上的ADCY9基因的基因组位置。左边y轴显示了心血管事件相对于无事件之间的对比的P值的负log10，其关于逻辑回归模型框架中的推定可能性进行加权。右边y轴显示了重组率。如从来自HapMap的参考CEU样品估计的，根据r2将连锁不平衡程度呈现在灰度梯度上。
图2：分别根据达塞曲匹和安慰剂治疗分支的研究终止并且根据ADCY9基因中的rs1967309基因型的心血管事件(dal-OUTCOMES主要复合事件或未预见的冠状动脉血运重建)的频率。以95％CI报告事件的百分比。
图3：分别针对达塞曲匹治疗分支和安慰剂分支并且通过在ADCY9基因中的rs1967309SNP处的三种基因型(GG、AG、AA)分级的心血管事件(dal-OUTCOMES主要复合事件或未预见的冠状动脉血运重建)的累积发病率。
图4：显示了根据24个月的达塞曲匹治疗期间的基因型的脂质水平的变化。图A.根据达塞曲匹分支的ADCY9 SNP rs1967309的基因型组的从基线到1个月的脂质值的变化的平均值±SE(mg/dL)。显示了关于脂质的变化与基因型之间的单变量统计的P值。图B.关于达塞曲匹分支中患者的dal-Outcomes试验的随访阶段期间LDL胆固醇的绝对值的平均值±95％CI。P值是关于多变量混合回归模型。
图5：显示了来自dal-Outcomes的遗传研究的6297名个体以及来自1000基因组数据集的83CEU祖先(founder)、186JPT-CHB和88YRI祖先的76,854个SNP的前两个维度(C1、C2)的多维尺度分析(MDS)图。存在436个从数据集除去的种族离群值(用+显示)，且显示了为分析保留的dal-Outcomes样品。
图6：通过根据来自dal-Outcomes的遗传研究的6297名个体以及来自1000基因组数据集的83CEU祖先、186JPT-CHB和88YRI祖先的76,854个SNP的基本组分分析中的前十个组分解释的基因组差异的图。
图7：观察的-log10(P值)相对于MAF≥0.05的SNP的全基因组关联的在零假设下的期望的分位数-分位数(QQ)图。阴影区域是通过计算在零假设下的分布的第2.5和第97.5百分位数而形成的95％集中带。点代表在达塞曲匹分支中至参与者的心血管事件发生的时间的Cox比例危险模型的排序P值，并关于遗传祖先的性别和5个基本组分进行调节。观察到的基因组膨大因子是1.01。
图8：显示r2值的、ADCY9基因中的27个基因分型的SNP的连锁不平衡，使用置信区间方法计算的连锁不平衡块以黑色显示，且D′统计以红色阴影显示。来自dal-Outcomes研究的5686个高加索人的连锁不平衡。
图9：显示r2值的、ADCY9基因中的27个基因分型的SNP的连锁不平衡，使用置信区间方法计算的连锁不平衡块以黑色显示，且D′统计以红色阴影显示。dal-Plaque-2研究的386个参与者的连锁不平衡。
图10：在dal-Outcomes达塞曲匹分支中遗传变体与事件(主要复合端点)的关联的Manhattan图，用PLINK软件使用逻辑回归框架内的推定SNP的剂量数据进行试验，并关于遗传祖先的性别和5个基本组分进行调节。
本文中公开了本发明的不同特征和实施方案，但是，基于提供的教导，相关领域的技术人员会明白本发明的其它特征、修改和等同方案。描述的发明不限于提供的实施例和实施方案，本领域技术人员会明白多种替代等同物。本文中使用的单数形式“一个”、“一种”和“所述”包括复数形式，除非上下文另外清楚地指明。例如，“一个”细胞也包括“多个细胞”。
当与引用的数值指示结合使用时，术语“约”是指所述数值指示加或减该引用的数值指示的至多10％。例如，“约100”是指90-110。
“等位基因”被定义为给定基因的任何一种或多种替代形式。在二倍体细胞或生物中，等位基因对的成员(即给定基因的两个等位基因)占据一对同源染色体上的相应位置(基因座)，并且就特定基因而言，如果这些等位基因是遗传学上相同的，则所述细胞或生物被称为“纯合的”，但是如果是遗传学上不同的，则所述细胞或生物被称为“杂合的”。
“基因”是位于特定染色体上的特定位置的核苷酸的有序序列，其编码特定的功能产物并且可以包括与编码区邻接的不翻译和不转录的序列。这样的非编码序列可以含有序列的转录和翻译所需的调节序列或内含子等，或者可以还具有由于它们而超越目标SNP的存在的任何功能。
“基因分型”表示个体在基因组中的一个或多个位置所携带的遗传信息的确定。例如，基因分型可以包括个体因一个SNP而携带的一个等位基因或多个等位基因的确定或者个体因多个SNP而携带的一个等位基因或多个等位基因的确定。例如，在rs1967309处，核苷酸在一些个体中可以是A，并且在其它个体中可以是G。在该位置具有A的那些个体具有A等位基因，并且具有G的那些个体具有G等位基因。在二倍体生物中，个体将具有两个拷贝的含有多态性位置的序列，因此个体可以具有A等位基因和G等位基因，或可替换地，两个拷贝的A等位基因或两个拷贝的G等位基因。具有两个拷贝的G等位基因的那些个体是G等位基因纯合的，具有两个拷贝的A等位基因的那些个体是A等位基因纯合的，并且具有一个拷贝的每种等位基因的那些个体是杂合的。所述等位基因通常被称为A等位基因(其通常是主要的等位基因)以及B等位基因(其通常是次要的等位基因)。基因型可以是AA(纯合的A)、BB(纯合的B)或AB(杂合的)。基因分型方法通常提供样品作为AA、BB或AB的鉴定。
术语“包括”意指组合物和方法包括所列举的要素，但是并不排除其它要素。
“HDL升高剂或HDL模拟剂”表示通过以下机制之一增加HDL水平的化合物：CETP抑制/调节、PPAR激动、LXR激动、HM74激动(烟酸受体)促甲状腺素激素受体激动、脂肪酶的抑制剂和HDL分解代谢ApoA1诱导物，提供至少一种HDL防动脉粥样硬化(athero-protective)活性的化合物诸如将会增加细胞脂质流出(胆固醇和/或磷脂)的化合物，具有抗氧化和抗炎活性的化合物。具体地，HDL模拟剂是ApoA1和ApoA1衍生物(如apoA1 Milano、ApoA1Paris)和其它类似物、重构的含有HDL的ApoA1和/或ApoAII以及适合的脂质如磷脂。两亲脂蛋白的ApoE、衍生物、类似物、和肽拟似物。“HDL升高剂或HDL模拟剂”的例子是烟酸、贝特类、格列酮、达塞曲匹、安塞曲匹、依塞曲匹、DEZ-001(以前被称为TA-8995)(MitsubishiTanabe Pharma)、ATH-03(Affris)、DRL-17822(Dr.Reddy′s)、DLBS-1449(Dexa Medica)、RVX-208(Resverlogix)、CSL-112(Cls Behring)、CER-001(Cerenis)、ApoA1-Milnano(Medicine Company)。“HDL升高剂或HDL模拟剂”的具体例子是烟酸、贝特类、格列酮、达塞曲匹、安塞曲匹、依塞曲匹、托塞曲匹，优选烟酸、贝特类、格列酮、达塞曲匹、安塞曲匹或依塞曲匹。更具体地，HDL升高剂或模拟剂选自CETP抑制剂/调节剂。CETP抑制剂/调节剂的例子是达塞曲匹、安塞曲匹、依塞曲匹、DEZ-001(以前被称为TA-8995)(Mitsubishi TanabePharma)、ATH-03(Affris)、DRL-17822(Dr.Reddy′s)、DLBS-1449(Dexa Medica)。更具体地，CETP抑制剂/调节剂的例子是达塞曲匹、安塞曲匹、依塞曲匹和托塞曲匹，优选达塞曲匹、安塞曲匹和依塞曲匹。最具体地，根据本发明的HDL升高剂或模拟剂表示CETP抑制剂/调节剂，尤其是当CETP抑制剂/调节剂是达塞曲匹时。
“CETP抑制剂/调节剂”表示通过抑制CETP和/或一旦与CETP多肽结合即诱导CETP多肽的构象变化来降低CETP活性(通过标准转移测定评估的)的化合物。CETP多肽的CETP构象变化允许在HDL粒子之间形成CETP活性并且通过增加初生前βHDL形成的制备而增加其再循环/转换。优选地，CETP抑制剂/调节剂是指将会与CETP多肽的半胱氨酸13结合的所有化合物。更优选地，“CETP抑制剂/调节剂”选自S-[2-[1-(2-乙基丁基)环己基羰基氨基]-苯基]2-甲基硫代丙酸酯、1-(2-乙基-丁基)-环己烷甲酸(2-巯基-苯基)-酰胺和或双[2-[1-(2-乙基丁基)环己基羰基氨基]苯基]二硫化物。最优选地，“CETP抑制剂/调节剂”是作为前药的S-[2-[1-(2-乙基丁基)环己基羰基氨基]-苯基]2-甲基硫代丙酸酯或作为其活性代谢物的1-(2-乙基-丁基)-环己烷甲酸(2-巯基-苯基)-酰胺。
“安塞曲匹”表示((4S，5R)-5-[3，5-双(三氟甲基)苯基]-3-{[4′-氟-2′-甲氧基-5′-(丙烷-2-基)-4-(三氟甲基)[1，1′-联苯基]-2-基]甲基}-4-甲基-I，3-噁唑烷-2-酮)，其也被称为MK 0859、CAS 875446-37-0或式(XA)的化合物。
在WO2006/014413、WO2006/014357、WO2007005572中描述了安塞曲匹以及制造和使用该化合物的方法。
“依塞曲匹”表示反式-4-({(5S)-5-[{[3，5-双(三氟甲基)苯基]甲基}(2-甲基-2H-四唑-5-y1)氨基]-7，9-二甲基-2，3，4，5-四氢-1H-苯并氮杂环庚三烯-1-基}甲基)环己烷甲酸，其也被称为LY2484595、CAS1186486-62-3或式(XB)的化合物
在WO2011002696中描述了依塞曲匹以及制造和使用该化合物的方法。
“托塞曲匹”表示(2R，4S)-4-[(3，5-二三氟甲基苄基)甲氧基羰基氨基]-2-乙基-6-三氟甲基-3，4-二氢-2H-喹啉-1-甲酸乙酯，其也被称为CP-529，414、CAS 262352-17-0或式(XC)的化合物
在WO0017164或WO0140190中描述了托塞曲匹以及制造和使用该化合物的方法。
“BAY 60-5521”表示(5S)-4-环己基-2-环戊基-3-[(S)-氟[4-(三氟甲基)苯基]甲基]-5，6，7，8-四氢-7，7-二甲基-5-喹啉醇，其也被称为CAS 893409-49-9或式(XD)的化合物
在WO2006063828中描述了BAY 60-5521以及制造和使用该化合物的方法。
“治疗”表示治疗性处理和预防性或防止性措施。需要治疗的那些包括已经患有病症的那些以及要在其中预防或延迟病症的那些。
术语“多态性”、“多态性位点”、“多态位点”或“单核苷酸多态性位点”(SNP位点)或“单核苷酸多态性”表示在人群中变化的基因的序列中的位置。多态性是两种或更多种形式的基因或位置在人群中在基因“等位基因”内的发生，其发生频率使得不能仅通过突变来解释最罕见形式的存在。优选的多态位点具有至少两个等位基因。暗示着多态等位基因给宿主赋予一些表型可变性。多态性可以发生在基因的编码区和非编码区。多态性可以发生在单核苷酸位点或者可以包括***或缺失。通过其在染色体上的基因中的核苷酸位置，或者通过在转录子(transcriptor)上由核苷酸多态性改变的氨基酸，可以鉴定这样的多态性的位置。单个的多态性还被指定为唯一的标识符(“Reference SNP”、“refSNP”或“rs#”)，其对于本领域技术人员来说是已知的，并且例如在可在NCBI网站上获得的核苷酸序列变化的单核苷酸多态性数据库(dbSNP)中使用。
术语“连锁不平衡”或“处于连锁不平衡”或“LD”表示在一组个体中等位基因的非随机关联，换句话说这是特定的多态性形式与在不同染色***置的另一种多态性形式的比预期偶然更频繁的优先分离。相反，以预期频率共同存在的等位基因据称处于“连锁平衡”。
“rs”前缀表示在NCBl SNP数据库http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/？term.找到的数据库中的SNP。“rs”数字是NCBIrsSNP ID形式。
术语“样品”包括任何从患者或个体获取的生物样品，包括细胞、组织样品或体液。例如，样品可以包括皮肤样品、脸颊细胞样品、唾液或血细胞。样品可以包括，但不限于，单种细胞、多种细胞、细胞片段、体液的等分试样、全血、血小板、血清、血浆、红血细胞、白血细胞、内皮细胞、活组织检查材料、滑液和淋巴液。具体地，“样品”表示血细胞。
术语“治疗剂”表示能够治疗或预防心血管病症的试剂。本文中使用的“能够治疗或预防心血管病症”的试剂表示能够治疗和/或预防人类中和/或所述心血管病症的细胞或动物模型中的心血管病症的分子。
本文中使用的“提高的应答多态性”、“提高的应答基因型”或“应答性基因型”表示在如在本文所描述的ADCY9基因内的一个或多个多态位点处的等位基因变体或基因型(例如，rs11647778/CC)，其与预测受试者将会对HDL升高剂或HDL模拟剂施用较差地做出应答的等位基因变体或基因型或多态性(例如，rs11647778/CG或rs11647778/GG)相比，预测受试者将会在治疗上做出应答并且受益于利用HDL升高剂或HDL模拟剂的治疗(这可以通过减少的心血管事件的数量来测量)。通过心血管事件的数量相对于具有“提高的应答基因型”的受试者的相对增加，可以测量“减少的应答”、“部分应答”、“不应答”或“缺乏治疗效果”。可替换地，通过心血管事件的数量相对于携带与对HDL升高剂或HDL模拟剂“不应答”或“部分应答”有关的多态性的受试者的相对减少，可以测量“提高的应答”、“应答者”或“治疗效果”。具体地rs11647778/CC和任选的rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG、rs8061182/AA和rs2238448/TT是提高的应答基因型。更具体地，rsl1647778/CC和任选的rs1967309/AA和rs2238448/TT是提高的应答基因型。最具体地，rs11647778/CC和rs1967309/AA是提高的应答基因型。
本文中使用的“心血管事件”表示心血管死亡、非致命性心肌梗塞(MI)、缺血性起源的非致命性卒中、因不稳定型心绞痛住院和冠状动脉血运重建。
本文中使用的“寡核苷酸”是可变长度的核酸或多核苷酸。这种寡核苷酸可以用作探针、引物，并且用于制造用于特定核酸的检测和/或扩增的微阵列(阵列)。这种DNA或RNA链可以通过将活性单体连续添加(5′-3′或3′-5′)至可以与不溶性载体连接的增长链来合成。在本领域中已知许多方法用于合成用于随后的单独用途或用作不溶性载体的一部分的寡核苷酸，例如在阵列中(BERNFIELD MR.和ROTTMAN FM.J.Biol.Chem.(1967)242(18)：4134-43；SULSTON J.等人PNAS(1968)60(2)：409-415；GILLAM S.等人NucleicAcidRes.(1975)2(5)：613-624；BONORA GM.等人NucleicAcidRes.(1990)18(11)：3155-9；LASHKARIDA.等人PNAS(1995)92(17)：7912-5；MCGALL G.等人PNAS(1996)93(24)：13555-60；ALBERTTJ.等人Nucleic Acid Res.(2003)31(7)：e35；GAO X.等人Biopolymers(2004)73(5)：579-96；和MOORCROFT MJ.等人Nucleic Acid Res.(2005)33(8)：e75)。通常，通过在取决于所使用的方法的各种条件下分步添加活性且受保护的单体来合成寡核苷酸。随后，可以移除特定的保护基以允许进一步延伸，并且随后，一旦合成完成，即可以移除所有保护基并且从其固体载体中移除寡核苷酸用于完整链的纯化(如果需要的话)。
术语“基因型”表示生物的遗传构成，通常是就与特定上下文相关的一个基因或一些基因或基因区域(即负责特定表现型的遗传基因座)而言。具体地，在基因中给定位置的等位基因的特定组合，如例如，基因型AA、AG、或GG，它们是rs1967309 SNP的可能的基因型。
“表型”被定义为生物的可观察到的特征。表2、3、4和5以表示对利用HDL升高剂或HDL模拟剂的心血管病症的治疗的应答性的指征的数值显示了ADCY9 SNP的基因型相关性。
本文中使用的术语“生物标记”表示特定的变体等位基因(多态性位点，如SNP)或野生型等位基因的序列特征。生物标记也指由特定变体或野生型等位基因编码的肽或表位。
本文中使用的术语“替代标记”表示遗传变体，包括SNP，其处于与本发明的提高的应答基因型、特别是rs11647778/CC的连锁不平衡中而存在。
本文中使用的术语“遗传标记”表示与对HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂的应答有关的特定基因的多态位点的变体。具体地，本文中使用的‘遗传标记’表示与对HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂的应答有关的ADCY9基因中的多态位点的变体。
在rs11647778处的三种基因型预测个体对HDL升高药物、特别是CETP抑制剂的应答：CC、CG和GG。在这些中，CC基因型与患者中对HDL升高药物的提高的治疗应答有关，CG基因型与部分应答有关，且GG基因型与应答的缺乏(不应答)有关。就本发明的目的而言：携带CC基因型的患者可以受益于利用HDL升高药物的治疗；携带CG基因型的患者可以受益于利用HDL升高药物的治疗，且携带GG基因型的患者不可受益于利用HDL升高药物的治疗。在患有心血管病症的患者中在rs11647778处的CC和CG基因型指示对CETP抑制剂、特别是达塞曲匹的治疗应答。具体地，在患有心血管病症的患者中在rs11647778处的CC基因型指示对CETP抑制剂、特别是达塞曲匹的更大治疗应答。
在rs2238448处的三种基因型预测个体对HDL升高药物、特别是CETP抑制剂的应答：TT、TC和CC。在这三种基因型中，TT基因型与用HDL升高药物治疗的患者中提高的治疗应答有关，而CC基因型与应答的缺乏(不应答)有关。携带TC基因型的患者可以受益于利用HDL升高药物的治疗，因为该基因型与部分应答有关。就本发明的目的而言：携带TT或CT基因型的患者可以受益于利用HDL升高药物的治疗，且携带CC基因型的患者不可受益于利用HDL升高药物的治疗。在患有心血管病症的患者中在rs2238448处的TT基因型指示与其它基因型相比对CETP抑制剂、特别是达塞曲匹的更大治疗应答。
在本文所描述的某些方法中，使用一种或多种生物标记鉴定或选择将受益于利用HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂的治疗的个体。用于在本发明中使用的SNP生物标记可以预测对治疗的治疗应答(R)或对治疗的不应答(NR)。表2显示了在dal-Outcomes组群中观察到的、在多态位点rs1967309处存在的基因型，其可以用作生物标记以预测对达塞曲匹或HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是对其它CETP抑制剂/调节剂的应答。表4显示了在dal-Outcomes和dal-Plaque-2组群中观察到的基因型，其存在于多态位点rs11647778处，其可以用作生物标记以预测对达塞曲匹或HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是对其它CETP抑制剂/调节剂的应答。表2-5中所示的每种基因型可以单独地或与在其它多态位点的基因型组合地用作生物标记以预测对HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是对CETP抑制剂/调节剂的应答。
表2：遗传标记和预测的对利用HDL升高剂或HDL模拟剂的治疗的应答
SNP 基因型 对治疗的应答性
rs1967309 AA R
rs1967309 AG PR
rs1967309 GG NR
R：应答
PR：部分应答
NR：不应答
表3：遗传标记和预测的对利用HDL升高剂或HDL模拟剂的治疗的应答
SNP 基因型 对治疗的应答性
rs12595857 AA NR
rs12595857 AG PR
rs12595857 GG R
R：应答
PR：部分应答
NR：不应答
表4：遗传标记和预测的对利用HDL升高剂或HDL模拟剂的治疗的应答
SNP 基因型 对治疗的应答性
rs11647778 GG NR
rs11647778 CG PR
rs11647778 CC R
R：应答
PR：部分应答
NR：不应答
表5：遗传标记和预测的对利用HDL升高剂或HDL模拟剂的治疗的应答
R：应答
PR：部分应答
NR：不应答
Rs11647778、rs1967309和rs12595857都位于与具有对ADCY9基因表达的调控活性一致的区域中的ADCY9基因的内含子(非编码)区域。
在本文所描述的某些方法中，鉴定并选择将会对利用HDL升高剂或HDL模拟剂、尤其利用CETP抑制剂/调节剂的治疗在治疗上做出应答的个体，以用于使用本发明的基因分型方法治疗。具体地，选择携带rs11647778/CC和任选的以下提高的应答基因型中的一种或多种的患者用于本发明的方法中的治疗：rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG、rs8061182/AA、rs2238448/TT。更具体地，选择携带rs11647778/CC和任选的rs12595857/GG、rs2238448/TT和/或rs1967309/AA基因型的患者用于在本发明的方法中的治疗：最具体地，选择携带rs11647778/CC和rs1967309/AA基因型的患者用于在本发明的方法中的治疗。
在另一个实施方案中，本发明提供了用于鉴定受益于HDL升高剂或HDL模拟剂的受试者的方法，所述方法包括确定所述受试者在ADCY9基因中的一个或多个多态位点处的基因型(例如，基因分型)。
在另一个实施方案中，本发明提供了用于确定个体对HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂的应答性的方法，所述方法包括使用在本文中公开的一种或多种引物或探针确定所述受试者在rs11647778和任选的rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs13337675、rs12920508、rs12599911、rs2531971或rs2238448中的一个或多个处的基因型(例如，基因分型)。
在另一个实施方案中，本发明提供了用于确定个体对HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂的应答性的方法，所述方法包括使用在本文中公开的一种或多种引物或探针确定所述受试者在rs11647778和任选的rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967或rs3730119、rs13337675中的一个或多个处的基因型(例如，基因分型)。
在一个特定实施方案中，本发明提供了在本文中描述的方法，其中所述多态位点包括rs11647778和任选的选自以下位点中的一个或多个：rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs13337675、rs12920508、rs12599911、rs2531971或rs2238448，具体地，其中所述多态位点选自：rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119和rs13337675，更具体地，其中所述多态位点是rs11647778和任选的rs1967309或rs12595857，更具体地，其中所述多态位点是rs11647778和任选的rs1967309，具体地其中对应的基因型分别包含CC和AA。
在一个特定实施方案中，本发明提供了将一个或多个多态位点基因分型的方法，其中至少一个多态位点是rs11647778和任选的选自以下的一个或多个多态位点：rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs13337675、rs12920508、rs12599911、rs2531971或rs2238448，具体地其中所述任选的多态位点选自rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119和rs13337675，更具体地其中所述任选的多态位点是rs1967309或rs12595857，更具体地，其中所述任选的多态位点是rs1967309。
在一个特定实施方案中，本发明提供了一种方法，其中携带rs11647778/CC和任选的rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG、rs8061182/AA或rs2238448/TT中的一个或多个的受试者受益于利用HDL升高剂或HDL模拟剂的治疗，具体地，其中HDL升高剂或HDL模拟剂是CETP抑制剂/调节剂，并且更具体地，其中HDL升高剂或HDL模拟剂是S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯。在一个特定实施方案中，本发明提供了这样的方法，其中将HDL升高剂或HDL模拟剂施用给所述受试者。
在一个特定实施方案中，本发明提供了一种方法，其中利用HDL升高剂或HDL模拟剂治疗携带rs11647778/CC和任选的rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG、rs8061182/AA或rs2238448/TT中的一个或多个的受试者，具体地其中HDL升高剂或HDL模拟剂是CETP抑制剂/调节剂，且更具体地其中HDL升高剂或HDL模拟剂是S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯。
在一个特定实施方案中，本发明提供了一种方法，其中给携带rs11647778/CC和任选的rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG、rs8061182/AA或rs2238448/TT中的一个或多个的受试者施用HDL升高剂或HDL模拟剂，具体地其中HDL升高剂或HDL模拟剂是CETP抑制剂/调节剂，且更具体地其中HDL升高剂或HDL模拟剂是S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯。
在一个特定实施方案中，本发明提供了一种方法，其中受试者患有心血管病症，具体地，其中心血管病症选自：哺乳动物中的动脉粥样硬化(atherosclerosis)，外周血管疾病(peripheral vascular disease)，血脂异常(dyslipidemia)，高β脂蛋白血症(hyperbetalipoproteinemia)，低α脂蛋白血症(hypoalphalipoproteinemia)，高胆固醇血症(hypercholesterolemia)，高甘油三酯血症(hypertriglyceridemia)，家族性高胆固醇血症(familial hypercholesterolemia)，心绞痛(angina)，缺血(ischemia)，心肌缺血(cardiac ischemia)，卒中(stroke)，心肌梗塞(myocardial infarction)，再灌注损伤(reperfusion injury)，血管成形再狭窄(angioplastic restenosis)，高血压(hypertension)，以及糖尿病(diabetes)、肥胖症(obesity)或内毒素血症(endotoxemia)的血管并发症(vascular complication)，更具体地，其中所述心血管病症选自心血管疾病、冠状动脉心脏病、冠状动脉疾病、低α脂蛋白血症、高β脂蛋白血症、高胆固醇血症、高脂血症、动脉粥样硬化、高血压、高甘油三酯血症、高脂蛋白血症、外周血管病、心绞痛、缺血和心肌梗塞。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种在有此需要的受试者中治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括
(a)选择在rs11647778和任选的以下位点中的一个或多个处具有提高的应答基因型的受试者：rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs13337675、rs12920508、rs12599911、rs2531971或rs2238448；
(b)给所述受试者施用HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种在有此需要的受试者中治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括
(a)选择在rs11647778和任选的以下位点中的一个或多个处具有提高的应答基因型的受试者：rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs13337675；
(b)给所述受试者施用HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂。
在一个特定实施方案中，本发明提供了一种在有此需要的受试者中治疗心血管病症的方法，所述方法包括
(a)选择在rs11647778和任选的rs1967309和/或rs2238448处具有提高的应答多态性的受试者，具体地其中所述受试者具有在rs11647778处的CC基因型、在rs1967309处的AA基因型和在rs2238448处的TT基因型；
(b)给所述受试者施用HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂。
在一个特定实施方案中，本发明提供了一种在有此需要的受试者中治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括
(a)选择在rs11647778和任选的rs1967309处具有提高的应答多态性的受试者，具体地其中所述受试者具有在rs11647778处的CC基因型和在rs1967309处的AA基因型；
(b)给所述受试者施用HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种在有此需要的受试者中治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括
(a)在rs11647778和任选的以下位点中的一个或多个处将受试者基因分型：rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs13337675、rs12920508、rs12599911、rs2531971或rs2238448；
(b)给所述受试者施用HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种在有此需要的受试者中治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括
(a)在rs11647778和任选的以下位点中的一个或多个处将受试者基因分型：rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs13337675；
(b)给所述受试者施用HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂。
本发明还提供了一种治疗或预防患者的方法，所述方法包括：
a.针对遗传标记rs11647778/CC和任选的选自rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG和rs8061182/AA的一种或多种遗传标记的存在来分析患者样品，和
b.给携带所述遗传标记中的一种或多种的患者施用HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂。
本发明还提供了一种治疗患者的方法，所述方法包括：
a.针对遗传标记rs11647778/CC和任选的选自rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG和rs8061182/AA的一种或多种遗传标记的存在分析患者样品，和
b.用HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂治疗携带所述遗传标记中的一种或多种的患者。
在一个特定实施方案中，本发明提供了这样的方法，其中在rs11647778和任选的选自rs1967309和rs12595857的一个或多个位点处确定基因型。
在一个特定实施方案中，本发明提供了一种确定个体对HDL升高药物的应答性的方法，所述方法包括：
a.从所述个体得到样品，其中所述样品包含遗传物质；
b.使所述样品与试剂(诸如探针或引物)接触，从而产生所述试剂和选自表10的遗传标记之间的复合物；
c.检测所述复合物以获得与样品有关的数据集，和
d.分析所述数据集以确定遗传标记的存在或不存在。
在一个特定实施方案中，本发明提供了一种在具有心血管疾病的一种或多种征状的患者中确定对HDL升高药物的应答性的方法，所述方法包括：
a.从所述患者得到样品，其中所述样品包含遗传物质；
b.使所述遗传物质与试剂(诸如探针或引物集合)接触以产生所述试剂和选自表10的遗传标记之间的复合物；
c.检测所述复合物以获得与样品有关的数据集；
d.分析所述数据集以确定遗传标记的存在或不存在；和
e.将具有一种或多种遗传标记的患者鉴定为候选人以接受HDL升高药物。
在所提供的基因分型方法中生成的试剂(诸如探针或引物)和遗传标记之间的复合物可以通过聚合酶链式反应(PCR)或DNA测序生成。这样的方法如本文所述且是本领域技术人员众所周知的。
本发明提供了用于将选自以下的遗传标记基因分型的试剂(诸如探针或引物)：rs11647778/CC，rs12595857/GG；rs1967309/AA；rs111590482/AG；rs111590482/GG；rs11647828/GG；rs12935810/GG；rs17136707/GG；rs2239310/GG；rs2283497/AA；rs2531967/AA；rs3730119/AA；rs4786454/AA；rs74702385/GA；rs74702385/AA；rs8049452/GG；rs11647778/CG，rs8061182/AA；rs1967309/GA，rs12595857/AG，rs13337675/AG，rs13337675/GG，rs17136707/AG，rs2239310/AG，rs2283497/CA，rs2531967/GA，rs3730119/GA，rs4786454/GA，rs8049452/GA，rs8061182/AG，rs12595857/GG，rs1967309/AA，rs111590482/AG，rs111590482/GG，rs11647828/GG，rs12935810/GG，rs17136707/GG，rs2239310/GG， rs2283497/AA，rs2531967/AA，rs3730119/AA，rs4786454/AA，rs74702385/GA，rs74702385/AA，rs8049452/GG，rs8061182/AA，rs12935810/GA，rs12935810/AA，rs11647828/AA，rs2531967/GG，rs3730119/GG，rs2239310/AA，rs12595857/AA，rs111590482/AA，rs74702385/GG，rs11647778/GG，rs1967309/GG，rs2283497/CC，rs8061182/GG，rs17136707/AA，rs2238448/TT，rs2238448/TC，rs2238448/CC，rs8049452/AA，rs4786454/GG，rs13337675/AA和rs11647828/AG，优选rs11647778，特别是引物或探针。
在一个特定实施方案中，所述引物包含这样的DNA链：其具有15-30个核苷酸的长度并且在高严谨性条件下与16号染色体的邻接rs11647778、rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs13337675、rs12920508、rs12599911、rs2531971或rs2238448的区域杂交。
在一个特定实施方案中，所述引物包含这样的DNA链：其具有15-30个核苷酸的长度并且在高严谨性条件下与16号染色体的邻接rs11647778的区域杂交。
在一个特定实施方案中，所述引物包含这样的DNA链：其具有15-30个核苷酸的长度并且在高严谨性条件下与16号染色体的邻接rs11647778、rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs2238448或rs13337675的区域杂交。
在一个特定实施方案中，所述引物包含这样的DNA链：其具有15-30个核苷酸的长度并且在高严谨性条件下与16号染色体的邻接rs11647778的区域杂交。
在另一个实施方案中，所述试剂是包含DNA链的引物，所述DNA链具有15-30个核苷酸的长度并且在高严谨性条件下与染色体16的与rs11647778、rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs13337675、rs12920508、rs12599911、rs2531971或rs2238448重叠的区域杂交。
在另一个实施方案中，所述试剂是包含DNA链的引物，所述DNA链具有15-30个核苷酸的长度并且在高严谨性条件下与染色体16的与rs11647778重叠的区域杂交。
在另一个实施方案中，所述试剂是包含DNA链的引物，所述DNA链具有15-30个核苷酸的长度并且在高严谨性条件下与染色体16的与rs11647778、rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs2238448或rs13337675重叠的区域杂交。
在另一个实施方案中，所述试剂是包含DNA链的引物，所述DNA链具有15-30个核苷酸的长度并且在高严谨性条件下与染色体16的与rs11647778重叠的区域杂交。
在另一个实施方案中，所述探针是这样的核酸：其具有15-30个核苷酸的长度并且在高严谨性条件下与染色体16的与rs11647778、rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs13337675、rs12920508、rs12599911、rs2531971或rs2238448重叠的区域杂交。
在另一个实施方案中，所述探针是这样的核酸：其具有15-30个核苷酸的长度并且在高严谨性条件下与染色体16的与rs11647778重叠的区域杂交。
在另一个实施方案中，所述探针是这样的核酸：其具有15-30个核苷酸的长度并且在高严谨性条件下与染色体16的与rs11647778、rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs2238448或rs13337675重叠的区域杂交。
在另一个实施方案中，所述探针是这样的核酸：其具有15-30个核苷酸的长度并且在高严谨性条件下与染色体16的与rs11647778重叠的区域杂交。
在另一个实施方案中，所述探针是这样的核酸：其具有15-30个核苷酸的长度并且在高严谨性条件下与选自SEQ.ID.NO.1至SEQ.ID.NO 21的寡核苷酸杂交。
在另一个实施方案中，所述探针是这样的核酸：其具有15-30个核苷酸的长度并且在高严谨性条件下与具有SEQ.ID NO 21的序列的寡核苷酸杂交。
在另一个实施方案中，所述探针是这样的核酸：具有15-30个核苷酸的长度并且在高严谨性条件下与具有SEQ.ID NO.19的序列的寡核苷酸杂交。
在一个特定实施方案中，本发明提供了这样的方法，其中所述HDL升高剂或HDL模拟剂是CETP抑制剂/调节剂，具体地，其中所述HDL升高剂或HDL模拟剂是S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯。
在另一个实施方案中，本发明提供了HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂在药物制备中的用途，所述药物用于在有此需要的受试者中治疗或预防心血管病症，其中所述受试者具有在rs11647778和任选的以下位点中的一个或多个处的提高的应答基因型：rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs2238448或rs13337675。
在一个特定实施方案中，本发明提供了如本文中定义的用途，其中所述受试者具有在rs11647778处的提高的应答多态性。
在另一个实施方案中，本发明提供了用于在有此需要的受试者中治疗或预防心血管病症的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂，其中所述受试者携带遗传标记rs11647778/CC和任选的选自以下的一种或多种遗传标记：rs12595857/GG；rs1967309/AA；rs111590482/AG；rs111590482/GG；rs11647828/GG；rs12935810/GG；rs17136707/GG；rs2239310/GG；rs2283497/AA；rs2531967/AA；rs3730119/AA；rs4786454/AA；rs74702385/GA；rs74702385/AA；rs8049452/GG；rs8061182/AA；rs1967309/GA，rs12595857/AG，rs13337675/AG，rs13337675/GG，rs17136707/AG，rs2239310/AG，rs2283497/CA，rs2531967/GA，rs3730119/GA，rs4786454/GA，rs8049452/GA，rs8061182/AG，rs12595857/GG，rs1967309/AA，rs111590482/AG，rs111590482/GG，rs11647828/GG，rs12935810/GG，rs17136707/GG，rs2239310/GG，rs2283497/AA，rs2531967/AA，rs3730119/AA，rs4786454/AA，rs74702385/GA，rs74702385/AA，rs8049452/GG，rs8061182/AA，rs12935810/GA，rs12935810/AA，rs11647828/AA，rs2531967/GG，rs3730119/GG，rs2239310/AA，rs112595857/AA，rs111590482/AA，rs74702385/GG，rs1967309/GG，rs2283497/CC，rs8061182/GG，rs17136707/AA，rs8049452/AA，rs4786454/GG，rs13337675/AA，rs2238448/TT，和rs11647828/AG。
在另一个实施方案中，本发明提供了用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括给有此需要的受试者施用治疗有效量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂，其中所述受试者具有在rs11647778和任选的以下位点中的一个或多个处的提高的应答基因型：rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119rs2238448和rs13337675。
在另一个实施方案中，本发明提供了用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括给有此需要的受试者施用一定量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂，所述量有效地治疗或预防心血管病症，其中所述受试者具有在rs11647778和任选的以下位点中的一个或多个处的提高的应答基因型：rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs2238448和rs13337675。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括将治疗有效量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂施用给受试者，所述受试者具有在rs11647778和任选的以下位点中的一个或多个处的提高的应答基因型：rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs13337675、rs2238448。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括将有效地治疗或预防心血管病症的量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂施用给受试者，所述受试者具有在rs11647778和任选的以下位点中的一个或多个处的提高的应答基因型：rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs13337675、rs2238448。
在一个特定实施方案中，本发明提供了用于治疗心血管病症的方法，所述方法包括给有此需要的患者施用治疗有效量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂，其中所述治疗的受试者具有提高的应答基因型，其中所述基因型是rs11647778/CC和任选的rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA；、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG和/或rs8061182/AA。
在一个特定实施方案中，本发明提供了用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括给有此需要的受试者施用有效地治疗或预防心血管病症的量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂，其中所述受试者携带基因型rs11647778/CC和任选的rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG、rs2238448/TT和/或rs8061182/AA。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括将治疗有效量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂施用给受试者，所述受试者具有在rs11647778/CC和任选的rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG和/或rs8061182/AA处的提高的应答基因型。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括将有效地治疗或预防心血管病症的量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂施用给受试者，所述受试者具有基因型rs11647778/CC和任选的rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG、rs2238448/TT和/或rs8061182/AA。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括给有此需要的受试者施用治疗有效量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂，其中所述治疗的受试者具有在rs11647778和任选的rs1967309、rs2238448或rs12595857处的提高的应答基因型。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括给有此需要的受试者施用有效地治疗或预防心血管病症的量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂，其中所述受试者具有在rs11647778和任选的rs1967309、rs2238448或rs12595857处的提高的应答基因型。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括将治疗有效量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂施用给受试者，所述受试者具有在rs11647778和任选的rs1967309、rs2238448或rs12595857处的提高的应答基因型。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括将有效地治疗或预防心血管病症的量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂施用给受试者，所述受试者具有在rs11647778和任选的rs1967309、rs2238448或rs12595857处的提高的应答基因型。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括给有此需要的受试者施用治疗有效量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂，其中所述治疗的受试者具有在rs11647778和任选的rs1967309处的提高的应答基因型。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括给有此需要的受试者施用有效地治疗或预防心血管病症的量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂，其中所述受试者具有在rs11647778和任选的rs1967309处的提高的应答基因型。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括将治疗有效量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂施用给受试者，所述受试者具有在rs11647778和任选的rs1967309处的提高的应答基因型。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括将有效地治疗或预防心血管病症的量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂施用给受试者，所述受试者具有在rs11647778和任选的rs1967309处的提高的应答基因型。
在一个特定实施方案中，本发明提供了用于治疗或预防心血管病症的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂，其中所述治疗的受试者携带提高的应答基因型rs11647778。
在一个特定实施方案中，本发明提供了如本文中定义的HDL升高剂或HDL模拟剂，其中所述提高的应答基因型是CC。
在一个特定实施方案中，本发明提供了用于治疗或预防受试者的心血管病症的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂，其中所述受试者携带提高的应答基因型rs11647778。在一个特定实施方案中，本发明提供了如本文中定义的HDL升高剂或HDL模拟剂，其中所述在rs11647778处的提高的应答基因型是CC。
在一个特定实施方案中，本发明提供了如本文中所述的HDL升高剂或HDL模拟剂，其中所述心血管病症选自哺乳动物中的动脉粥样硬化、外周血管疾病、血脂异常、高β脂蛋白血症、低α脂蛋白血症、高胆固醇血症、高甘油三酯血症、家族性高胆固醇血症、心绞痛、缺血、心肌缺血、卒中、心肌梗塞、再灌注损伤、血管成形再狭窄、高血压、以及糖尿病、肥胖症或内毒素血症的血管并发症。
在一个特定实施方案中，本发明提供了如本文中所述的HDL升高剂或HDL模拟剂，其中所述心血管病症是心血管疾病、冠状动脉心脏病、冠状动脉疾病、低α脂蛋白血症、高β脂蛋白血症、高胆固醇血症、高脂血症、动脉粥样硬化、高血压、高甘油三酯血症、高脂蛋白血症、外周血管病、心绞痛、缺血或心肌梗塞。
在一个特定实施方案中，本发明提供了如本文中所述的HDL升高剂或HDL模拟剂，其中所述HDL升高剂或模拟剂是HDL升高剂，特别是CETP抑制剂/调节剂，更具体地，是S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯。
在另一个实施方案中，本发明提供了用于在有此需要的受试者中治疗或预防心血管病症的S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯，所述受试者具有基因型rs11647778/CC和任选的rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG、rs2238448/TT或rs8061182/AA，更具体地，其中所述基因型是rs11647778/CC和任选的rs1967309/AA。
在另一个实施方案中，本发明提供了用于治疗或预防具有心血管病症的患者的S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯，所述患者携带提高的应答基因型，具体地其中所述基因型是rs11647778/CC和任选的rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG或rs8061182/AA，更具体地，其中所述基因型是rs11647778/CC和任选的rs1967309/AA。
在一个特定实施方案中，本发明提供了用于治疗或预防患有心血管病症的患者的S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯，所述患者携带提高的应答基因型，其中所述心血管病症选自：哺乳动物中的动脉粥样硬化、外周血管疾病、血脂异常、高β脂蛋白血症、低α脂蛋白血症、高胆固醇血症、高甘油三酯血症、家族性高胆固醇血症、心绞痛、缺血、心肌缺血、卒中、心肌梗塞、再灌注损伤、血管成形再狭窄、高血压、以及糖尿病、肥胖症或内毒素血症的血管并发症。
在一个特定实施方案中，本发明提供了用于在有此需要的受试者中治疗或预防心血管病症的S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯，所述受试者具有提高的应答基因型，其中所述心血管病症是动脉粥样硬化、外周血管疾病、血脂异常、高β脂蛋白血症、低α脂蛋白血症、高胆固醇血症、高甘油三酯血症、家族性高胆固醇血症、心绞痛、缺血、心肌缺血、卒中、心肌梗塞、再灌注损伤、血管成形再狭窄、高血压、、以及糖尿病、肥胖或内毒素血症的血管并发症。
在一个特定实施方案中，本发明提供了用于治疗或预防患有心血管病症的患者的S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯，所述患者携带提高的应答基因型，其中所述心血管病症选自：心血管疾病、冠状动脉心脏病、冠状动脉疾病、低α脂蛋白血症、高β脂蛋白血症、高胆固醇血症、高脂血症、动脉粥样硬化、高血压、高甘油三酯血症、高脂蛋白血症、外周血管病、心绞痛、缺血和心肌梗塞。
在一个特定实施方案中，本发明提供了用于在有此需要的受试者中治疗或预防心血管病症的S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯，所述受试者具有提高的应答基因型，其中所述心血管病症是心血管疾病、冠状动脉心脏病、冠状动脉疾病、低α脂蛋白血症、高β脂蛋白血症、高胆固醇血症、高脂血症、动脉粥样硬化、高血压、高甘油三酯血症、高脂蛋白血症、外周血管病、心绞痛、缺血或心肌梗塞。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种预测被诊断出具有或具有心血管疾病的一种或多种征状的患者是否具有增加的受益于利用HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂的治疗的可能性的方法，所述方法包括针对9型腺苷酸环化酶基因(ADCY9)中选自rs11647778/CC、rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG、rs2238448/TT或rs8061182/AA的遗传标记筛选得自所述患者的样品，其中所述遗传标记的存在指示，所述患者具有增加的受益于所述利用HDL升高剂或HDL模拟剂的治疗的可能性。在一个特定实施方案中，所述筛选的遗传标记是rs11647778/CC和任选的rs12595857/GG、rs2238448/TT和/或rs1967309/AA，更具体地所述筛选的遗传标记是rs11647778/CC和任选的rs1967309/AA。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种预测心血管病症患者是否具有增加的受益于利用HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂的治疗的可能性的方法，所述方法包括针对9型腺苷酸环化酶基因(ADCY9)中选自rs11647778/CC、rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG、rs8061182/AA的遗传标记筛选从所述患者分离的样品，其中所述患者具有增加的受益于所述利用HDL升高剂或HDL模拟剂的治疗的可能性。在一个特定实施方案中，所述筛选的遗传标记是rs11647778/CC和任选地选自rs12595857/GG；rs1967309/AA，更具体地所述筛选的遗传标记是rs11647778/CC和任选的rs1967309/AA。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种选择可能对HDL升高剂或HDL模拟剂做出应答的患者的方法，所述方法包括
(a)在来自被诊断出具有或具有心血管病症的一种或多种征状的患者的样品中确定在rs11647778处的基因型，和
(b)将具有基因型CC的患者选择为更可能对HDL升高剂或HDL模拟剂做出应答。
在另一个实施方案中，所述方法还包括确定在rs1967309和/或rs2238448处的基因型，和选择在rs1967309处具有基因型AA和/或在rs2238448处具有基因型TT的患者作为可能对HDL升高剂或HDL模拟剂做出应答。在某些实施方案中，所述方法还包括给选择的患者施用HDL升高剂或HDL模拟剂(例如达塞曲匹)。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种将患有心血管病症的患者选择为可能对包含HDL升高剂或HDL模拟剂的疗法做出应答的方法，所述方法包括
(a)在来自患者的样品中检测在rs11647778处的CC基因型，
(b)当在来自患者的样品中检测到具有CC基因型的rs11647778时，将所述患者选择为更可能对包含HDL升高剂或HDL模拟剂的疗法做出应答。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种将患有心血管病症的患者选择为可能对包含HDL升高剂或HDL模拟剂的疗法做出应答的方法，所述方法包括
(a)在来自患者的样品中检测在rs11647778处的CC基因型和在rs1967309处的AA基因型，
(b)当在来自患者的样品中检测到具有CC基因型的rs11647778和具有AA基因型的rs1967309时，将所述患者选择为更可能对包含HDL升高剂或HDL模拟剂的疗法做出应答。
在一个特定实施方案中，本发明提供了在本文中描述的方法，其中在rs11647778处的CC基因型在参考样品中的存在(在根据本发明的利用HDL升高剂或HDL模拟剂的疗法之前)指示，所述患者更可能对利用HDL升高剂或HDL模拟剂的疗法做出应答。
在一个特定实施方案中，本发明提供了在本文中描述的方法，在rs11647778处的CC基因型和在rs1967309处的AA基因型在参考样品中的存在指示，所述患者更可能对利用HDL升高剂或HDL模拟剂的疗法做出应答。
在一个特定实施方案中，本发明提供了在本文中描述的方法，所述方法还包括c)选择包含HDL升高剂或HDL模拟剂的疗法。
在一个特定实施方案中，本发明提供了在本文中描述的方法，其中在来自患者的样品中确定在rs11647778处的基因型包括，使所述样品与结合rs11647778序列的基因型特异性的试剂(例如引物和/或探针)接触，由此形成试剂和rs11647778序列之间的复合物，并检测形成的复合物，由此确定在rs11647778处的基因型。
一种用于确定人患者中对HDL升高剂或HDL模拟剂的临床应答的预后的方法，所述方法包括确定至少一个多态性在患者的ADCY9基因中的存在，其中所述多态性位点与延迟的、部分次优的或缺乏对所述HDL升高剂或模拟剂的临床应答有关，其中至少一个多态性位点是rs11647778。
一种用于确定人患者中对HDL升高剂或HDL模拟剂的临床应答的预后的方法，所述方法包括确定至少一个多态性在患者的ADCY9基因中的存在，其中所述多态性位点与延迟的、部分次优的或缺乏对所述HDL升高剂或模拟剂的临床应答有关，其中至少两个多态性位点是rs11647778和rs1967309。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种用于确定人患者中对HDL升高剂或HDL模拟剂的临床应答的预后的方法，所述方法包括确定在患者的ADCY9基因中的至少一个多态性位点的基因型，其中所述多态性位点与延迟的、部分次优的或缺乏对所述HDL升高剂或模拟剂的临床应答有关。在一个实施方案中，所述多态性位点是rs11647778，且所述GG基因型指示延迟的、部分次优的或缺乏对所述HDL升高剂或模拟剂的临床应答。在另一个实施方案中，所述多态性位点是rs1967309，且所述GG基因型指示延迟的、部分次优的或缺乏对所述HDL升高剂或模拟剂的临床应答。在另一个实施方案中，所述多态性位点是rs2238448，且所述CC基因型指示延迟的、部分次优的或缺乏对所述HDL升高剂或模拟剂的临床应答。
在一个特定实施方案中，本发明提供了在本文中描述的方法，其中所述多态性通过基因分型分析来确定。
在一个特定实施方案中，本发明提供了在本文中描述的方法，其中所述基因分型分析包括微阵列分析或质谱分析或者利用多态性特异性的引物和/或探针，特别是引物延伸反应。
在一个特定实施方案中，本发明提供了在本文中描述的方法，其中HDL升高剂或HDL模拟剂是HDL升高剂、特别是CETP抑制剂/调节剂，更具体地，S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯。
在一个特定实施方案中，所述“CETP抑制剂/调节剂”是硫代异丁酸S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯，也被称作S-[2-([[1-(2-乙基丁基)-环己基]-羰基]氨基)苯基]2-甲基硫代丙酸酯，达塞曲匹或式I的化合物
已经证实S-[2-([[1-(2-乙基丁基)环己基]羰基]氨基)苯基]2-甲基硫代丙酸酯是人(de Grooth等人，Circulation，105，2159-2165(2002))和兔(Shinkai等人，J.Med.Chem.，43，3566-3572(2000)；Kobayashi等人，Atherosclerosis，162，131-135(2002)；和Okamoto等人，Nature，406(13)，203-207(2000))中的CETP活性的抑制剂。已经证实S-[2-([[1-(2-乙基丁基)环己基]羰基]氨基)苯基]2-甲基硫代丙酸酯会增加人(deGrooth等人，出处同上)和兔(Shinkai等人，出处同上；Kobayashi等人，出处同上；Okamoto等人，出处同上)中的血浆HDL胆固醇。此外，已经证实S-[2-([[1-(2-乙基丁基)环己基]羰基]氨基)苯基]2-甲基硫代丙酸酯会降低人(de Grooth等人，出处同上)和兔(Okamoto等人，出处同上)中的LDL胆固醇。在EP1020439、Shinkai等人，J.Med.Chem.43：3566-3572(2000)或WO 2007/051714、WO 2008/074677或WO2011/000793中描述了S-[2-([[1-(2-乙基丁基)环己基]羰基]氨基)苯基]2-甲基硫代丙酸酯以及制造和使用该化合物的方法。
在一个优选的实施方案中，所述CETP抑制剂/调节剂(例如，式I的化合物)是晶体或无定形形式、或更优选晶体形式的固体。在一个特定实施方案中，S-[2-([[1-(2-乙基丁基)-环己基]-羰基]氨基)苯基]2-甲基硫代丙酸酯是如WO2012/069087中公开的晶体形式A。通过具有在约7.9°、8.5°、11.7°、12.7°、17.1°、18.0°、18.5°、20.2°、22.1°、24.7°±0.2°处峰的X-射线粉末衍射图样，特别是通过在7.9°、11.7°、17.1°、18.5°(±0.2°)的衍射角2θ观察到的XRPD峰，表征形式A。
在本领域中已知的和在本发明中可用的其它CETP抑制剂包括：依塞曲匹、安塞曲匹和托塞曲匹，特别是依塞曲匹和安塞曲匹。
因此，本发明提供了一种用于治疗或预防哺乳动物中的心血管病症的方法，所述方法包括给哺乳动物(优选有此需要的哺乳动物)施用治疗有效量的药物组合物。哺乳动物优选是人(即，男人或女人)。人可以是任何种族的(例如，高加索人或东方人)。
所述心血管病症特别是动脉粥样硬化、外周血管疾病、血脂异常、高β脂蛋白血症、低α脂蛋白血症、高胆固醇血症、高甘油三酯血症、家族性高胆固醇血症、心绞痛、缺血、心肌缺血、卒中、心肌梗塞、再灌注损伤、血管成形再狭窄、高血压、以及糖尿病、肥胖症或内毒素血症的血管并发症。更具体地，所述心血管病症是心血管疾病、冠状动脉心脏病、冠状动脉疾病、低α脂蛋白血症、高β脂蛋白血症、高胆固醇血症、高脂血症、动脉粥样硬化、高血压、高甘油三酯血症、高脂蛋白血症、外周血管病、心绞痛、缺血或心肌梗塞。
在本发明的某些实施方案中，给所述受试者或患者施用100mg至600mg S-[2-([[1-(2-乙基丁基)-环己基]-羰基]氨基)苯基]2-甲基硫代丙酸酯。具体地，给所述受试者或患者施用150mg至450mg S-[2-([[1-(2-乙基丁基)-环己基]-羰基]氨基)苯基]2-甲基硫代丙酸酯。更具体地，给所述受试者或患者施用250mg至350mg S-[2-([[1-(2-乙基丁基)-环己基]-羰基]氨基)苯基]2-甲基硫代丙酸酯。最具体地，给所述受试者或患者施用250mg至350mg S-[2-([[1-(2-乙基丁基)-环己基]-羰基]氨基)苯基]2-甲基硫代丙酸酯。
在本发明的另一个实施方案中，给儿科用途的受试者施用25mg至300mg S-[2-([[1-(2-乙基丁基)-环己基]-羰基]氨基)苯基]2-甲基硫代丙酸酯。具体地，给儿科用途的受试者施用75mg至150mg S-[2-([[1-(2-乙基丁基)-环己基]-羰基]氨基)苯基]2-甲基硫代丙酸酯。
可以将CETP抑制剂以任意合适的剂量(例如，为了实现治疗有效量)施用给哺乳动物。例如，用于施用给患者的S-[2-([[1-(2-乙基丁基)-环己基]-羰基]氨基)苯基]2-甲基硫代丙酸酯的治疗有效量的的合适剂量将会是每天大约100mg至约1800mg。所需的剂量优选为每天约300mg至约900mg。一种优选的剂量为每天约600mg。
基因分型方法
可以通过对于本领域技术人员来说公知的多种方法中的任何一种进行DNA样品中特定基因型的鉴定。例如，可以通过使用在本领域内公知的技术克隆等位基因并且对其测序来完成多态性的鉴定。可替换地，可以例如使用PCR由基因组DNA扩增基因序列，并且对产物测序。在本领域中已知许多方法用于分离和分析受试者的DNA的给定的遗传标记，包括聚合酶链式反应(PCR)、连接链式反应(LCR)或连接扩增和扩增方法如自我持续序列复制。下面描述用于分析患者的DNA在给定的遗传基因座处的突变的多种非限制性方法。
可以使用DNA微阵列技术，例如DNA芯片装置和用于高通量筛选用途的高密度微阵列和较低密度微阵列。用于微阵列制造的方法是在本领域中已知的并且包括各种喷墨和微喷射沉积或点样(spotting)技术和工艺，原位或芯片上光刻法寡核苷酸合成工艺，以及电子DNA探针寻址工艺。已经将DNA微阵列杂交用途成功应用于对点突变、单核苷酸多态性(SNP)、和短串联重复序列(STR)的基因表达分析和基因分型的领域。额外的方法包括干扰RNA微阵列以及微阵列与其它方法如激光捕获显微切割(LCM)、比较基因组杂交(CGH)和染色质免疫沉淀(Chip)的组合。参见，例如，He等人(2007)Adv.Exp.Med.Biol.593：117-133和Heller(2002)Annu.Rev.Biomed.Eng.4：129-153。其它方法包括PCR、xMAP、侵入测定(invader assay)、质谱法、和焦磷酸测序(Wang等人(2007)微阵列技术和癌基因谱(Microarray Technology and Cancer Gene Profiling)，实验医学与生物学进展(Advances in Experimental Medicine and Biology)系列丛书第593卷，纽约Springer出版)。
另一种检测方法是使用与多态位点重叠并且在多态区域周围具有约5、或备选10、或备选20、或备选25、或备选30个核苷酸的探针的等位基因特异性杂交。例如，将多个能够与目标等位基因变体或遗传标记特异性地杂交的探针连接至固相载体，例如“芯片”。寡核苷酸探针可以通过包括光刻在内的各种工艺与固体载体结合。例如，在Cronin等人(1996)Human Mutation(人类突变)7′：244中描述了使用这些包含寡核苷酸的芯片的突变检测分析，其也被称为“DNA探针阵列”。
在其它检测方法中，需要在鉴定等位基因变体前首先扩增基因的至少一部分。例如，可以通过PCR和/或LCR或在本领域内公知的其它方法进行扩增。
在一些情况下，可以通过限制性酶分析显示来自受试者的DNA中的特定等位基因的存在。例如，特定的核苷酸多态性可以得到包含在另一个等位基因变体的核苷酸序列中不存在的限制性位点的核苷酸序列。
在另一个实施方案中，防范切割剂(如核酸酶、羟胺或四氧化锇以及哌啶)可以用于检测RNA/RNA DNA/DNA、或RNA/DNA异源双链体中错配的碱基(参见，例如，Myers等人(1985)Science 230：1242)。通常，“错配切割”的技术以提供通过将任选标记的、包含基因的等位基因变体的核苷酸序列的探针例如RNA或DNA与样品核酸杂交形成的双链体开始。利用切割双链体(诸如从对照和样品链之间的碱基对错配形成的双链体)的单链区的试剂处理双链的双链体。例如，RNA/DNA双链体可以利用RNase处理和DNA/DNA杂合体用SI核酸酶处理以将错配区酶促消化。可替换地，可以利用羟胺或四氧化锇以及哌啶处理DNA/DNA或RNA/DNA双链体以便消化错配区。在错配区消化之后，然后在变性聚丙烯酰胺凝胶上将所得到的材料按尺寸分离，以确定对照和样品核酸是否具有相同的核苷酸序列或者它们哪些核苷酸是不同的。参见，例如，美国专利号6,455,249；Cotton等人(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.USA85：4397；Saleeba等人(1992)Meth.Enzymol.217：286-295。
也可以利用电泳迁移率的改变来鉴定特定的等位基因变体。例如，可以使用单链构象多态性(SSCP)检测突变体和野生型核酸之间的电泳迁移率的差异(Orita等人(1989)Proc Natl.Acad.Sci USA 86：2766；棉花(1993)Mutat.Res.285：125-144和Hayashi(1992)Genet.Anal.Tech.Appl.9：73-79)。将样品和对照核酸的单链DNA片段变性并且使其复性。单链核酸的二级结构根据序列而变化；所得到的电泳迁移率的改变使得能够检测甚至单碱基变化。可以用标记的探针来标记或检测DNA片段。可以通过使用其中二级结构对序列中的变化更敏感的RNA(而不是DNA)来增强测定的灵敏度。在另一个优选的实施方案中，主题方法使用异源双链体分析基于电泳迁移率的变化将双链异源双链体分子分离(Keen等人(1991)Trends Genet.7：5)。
通过分析包含多态性区域的核酸在含有梯度变性剂的聚丙烯酰胺凝胶中的移动，即使用变性梯度凝胶电泳(DGGE)，也可以获得等位基因变体或遗传标记的特性(Myers等人(1985)Nature 313：495)。当使用DGGE作为分析方法时，将会修饰DNA以确保不使其完全变性，例如通过借助PCR加入大约40bp的高熔点的富含GC的DNA的GC钳(GC clamp)。在另一个实施方案中，使用温度梯度代替变性剂梯度以鉴定对照和样品DNA的迁移率的差异(Rosenbaum和Reissner(1987)Biophys.Chem.265：1275)。
用于检测2个核酸之间的至少一个核苷酸的差异的技术的例子包括，但不限于，选择性寡核苷酸杂交、选择性扩增、或选择性引物延伸。例如，可以制备寡核苷酸探针，其中已知的多态性核苷酸中心放置(等位基因特异性探针)并且之后与目标DNA在只有发现完美配对才允许杂交的条件下杂交(Saiki等人(1986)Nature 324：163)；Saiki等人(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86：6230)。这种等位基因特异性寡核苷酸杂交技术用于检测基因的多态区域中的变化。例如，将具有特定等位基因变体的核苷酸序列的寡核苷酸探针与杂交膜连接并且之后将这个膜与标记的样品核酸杂交。杂交信号的分析之后将会揭示样品核酸的核苷酸的特性。
可替换地，取决于选择性PCR扩增的等位基因特异性扩增技术可以与本发明结合使用。用作引物的用于特异性扩增的寡核苷酸可以在分子的中心携带目标等位基因变体(从而扩增取决于示差杂交)(Gibbs等人(1989)Nucl.AcidsRes.17：2437-2448)或者恰好在一个引物的3′末端携带目标等位基因变体，其中在适合的条件下，错配可以防止或减少聚合酶延伸(Prossner(1993)Tibtechll：238和Newton等人(1989)Nucl.Acids Res.17：2503)。这种技术也被称为“PROBE”，其代表PRobeOligo Base Extension。此外，可能所需的是在突变区中引入新的限制性位点以产生基于切割的检测(Gasparini等人(1992)Mol.Cell.Probes 6：1)。
在另一个实施方案中，使用寡核苷酸连接测定(OLA)进行等位基因变体或遗传标记的鉴定，如例如在美国专利号4,998,617中和在Laridegren，U.等人Science 241：1077-1080(1988)中描述的。OLA方案使用两个被设计为能够与邻接的目标的单链序列杂交的寡核苷酸探针。连接一个寡核苷酸以分离标记，例如生物素化的，并且另一个被可检测地标记。如果在目标分子中发现精确互补序列，寡核苷酸将会杂交以使它们的末端邻接，并且形成连接底物。之后连接允许使用抗生物素蛋白、或另一种生物素配体回收标记的寡核苷酸。Nickerson，D.A.等人已经描述了结合PCR和OLA的特性的核酸检测测定(Nickerson，D.A.等人(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA87：8923-8927)。在这种方法中，使用PCR实现目标DNA的指数扩增，其之后使用OLA检测。如Tobe等人(1996)Nucleic Acids Res.24：3728中描述的OLA方法的变化，用唯一的半抗原，即地高辛(digoxigein)和荧光素(florescein)标记每个等位基因特异性引物，并且使用利用报告酶标记的半抗原特异性抗体检测每个OLA反应。
本发明提供了用于检测ADCY9中的单核苷酸多态性(SNP)的方法。因为单核苷酸多态性的侧面是不变序列区，对于每个患者来说，它们的分析只需要确定单个变体核苷酸的特性，并且不需要确定全部基因序列。已经开发了多种方法以帮助SNP的分析。
可以通过使用如例如在美国专利号4,656,127中公开的专门的核酸外切酶抗性核苷酸来检测单碱基多态性。根据该方法，允许紧接多态位点的3′的与等位基因序列互补的引物与从特定的动物或人中得到的目标分子杂交。如果在目标分子上的多态位点含有与存在的特定核酸外切酶抗性核苷酸衍生物互补的核苷酸，则将会使该衍生物结合至杂交的引物的末端。这种结合使得引物对核酸外切酶具有抗性，并且从而允许其检测。因为样品的核酸外切酶抗性衍生物的特性是已知的，引物已经变得对核酸外切酶具有抗性的发现揭示了在目标分子的多态位点中存在的核苷酸与在反应中使用的核苷酸衍生物互补。这种方法具有这样的优点：其不需要确定大量的外部序列数据。
也可以使用基于溶液的方法确定多态位点的核苷酸的特性(WO 91/02087)。如上，采用与紧接多态位点的3′的等位基因序列互补的引物。该方法使用如果与多态位点的核苷酸互补则将会结合至引物末端的标记的双脱氧核苷酸衍生物确定了该位点的核苷酸的特性。
在WO 92/15712中描述了备选方法。这种方法使用标记的终止子和与连接多态位点的3′的序列互补的引物的混合物。因此，通过在被评价的目标分子的多态位点中存在的核苷酸，并且与其互补，确定了所结合的标记的终止子。该方法通常是非均相测定，其中将引物或目标分子固定至固相。
已经描述了用于测定DNA中的多态位点的许多其它引物导向的核苷酸结合过程(Komher，J.S.等人(1989)Nucl.Acids.Res.17：7779-7784；Sokolov，B.P.(1990)Nucl.AcidsRes.18：3671；Syvanen，A.-C等人(1990)Genomics 8：684-692；Kuppuswamy，M.N.等人(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88：1143-1147；Prezant，T.R.等人(1992)Hum.Mutat.1：159-164；Ugozzoli，L.等人(1992)GATA 9：107-112；Nyren，P.等人(1993)Anal.Biochem.208：171-175)。这些方法全部依赖于标记的脱氧核苷酸的结合以区分在多态位点处的碱基。
此外，应理解的是，可以用于以上用于检测基因或基因产物或多态性变体中的改变的方法中的任何一种以监测治疗或疗法的进程。
例如，通过使用预包装的诊断试剂盒，如以下所述的那些，其包含可以方便用于基因分型的至少一种探针、引物核酸、或试剂，可以进行在本文所描述的方法，例如分析ADCY9基因中存在的遗传标记以确定个体是否具有增加的受益于利用HDL升高剂或模拟剂的治疗的可能性，所述HDL升高剂或模拟剂包括HDL升高剂或HDL模拟剂，特别是CETP抑制剂/调节剂。具体地，遗传标记是如在本文所描述的。
本发明的引物或探针，用作用于将ADCY9基因中存在的遗传标记基因分型的试剂，包括与ADCY9基因内的连续序列互补并杂交的优选12至30个核苷酸的合成核苷酸序列，其邻接或包围选自rs11647778、rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs2238448和rs13337675的一种或多种SNP，优选rs11647778。在其它方面，引物包含100个或更少的核苷酸，在某些方面为12至50个核苷酸或12至30个核苷酸。引物具有与该连续序列或与该连续核苷酸序列的互补序列至少70％的同一性，优选至少80％的同一性，并且更优选至少90％的同一性。本发明的引物或探针优选是长度为15-50个核苷酸，其包含与选自SEQ.ID.NO 1-21的序列互补、具体地与序列SEQ.ID No 1、19或21互补的15至20个核苷酸的区域。探针或引物与SEQ.ID.NO.1-21之间的互补程度可以为100％、95％、90％、85％、80％或75％。
对遗传等位基因或遗传标记的“特异性的”寡核苷酸，包括探针和引物，与基因的多态区域结合或者与基因的多态区域相邻结合。对于要用作用于扩增的引物的寡核苷酸来说，如果它们足够接近以制备包含多态区域的多核苷酸，则引物是邻接的。在一个实施方案中，如果它们在约1-2kb内结合，例如，比多态性小1kb，则寡核苷酸是邻接的。特定的寡核苷酸能够与序列杂交，并且在适合的条件下将不会与仅单个核苷酸不同的序列结合。
无论是否用作探针或引物，本发明的寡核苷酸都可以被可检测地标记。标记可以直接(例如对于荧光标记来说)或者间接检测。间接检测可以包括对于本领域技术人员来说已知的任何检测方法，包括生物素-抗生物素蛋白相互作用、抗体结合等。荧光标记的寡核苷酸还可以含有猝灭分子。寡核苷酸可以与表面结合。在某些实施方案中，表面是二氧化硅或玻璃。在某些实施方案中，表面是金属电极。
探针可以用于直接确定样品的基因型或者可以与扩增同时使用或在其之后使用。术语“探针”包括自然存在的或重组单链或双链核酸或者化学合成的核酸。它们可以通过切口平移(nick translation)、Klenow填充反应、PCR或在本领域中已知的其它方法标记。在Sambrook等人(1989)见上文中，描述了本发明的探针、其制备和/或标记。探针可以是适用于与含有本发明的多态区域的核酸选择性杂交的任何长度的多核苷酸。所使用的探针的长度将会部分地取决于所使用的测定的性质和所采用的杂交条件。
标记的探针还可以与多态性的扩增一起使用。(Holland等人(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88：7276-7280)。美国专利号5,210,015描述了基于荧光的方案以提供在PCR期间的扩增产物的实时测量。这种方案已经采用了嵌入染料(如溴化乙锭)以指示存在的双链DNA的量，或者它们已经采用了荧光-猝灭剂对的探针(也被称为方案)，其中在扩增期间将探针切割以释放其浓度与存在的双链DNA的量成比例的荧光分子。在扩增期间，当与目标序列杂交时，通过聚合酶的核酸酶活性消化探针，以使得荧光分子与猝灭剂分子分离，从而使得来自报告分子的荧光出现。方案使用含有与含有多态性的目标多核苷酸的区域特异性退火的报告分子-猝灭剂分子对的探针。
探针可以附着至用作“基因芯片”的表面。这种基因芯片可以用于通过对于本领域技术人员来说已知的多种技术检测遗传变异。在一种技术中，将寡核苷酸布置在用于通过借助杂交方案的测序来确定DNA序列的基因芯片，如在美国专利号6,025,136和6,018,041中概述的。本发明的探针还可以用于遗传序列的荧光检测。这种技术已经描述于，例如美国专利号。本发明的探针还可以用于遗传序列的荧光检测。这种技术已经描述于，例如美国专利号5,968,740和5,858,659。探针还可以附着至用于核酸序列的电化学检测的电极表面，如在美国专利号5,952,172中和由Kelley，S.O.等人(1999)Nucl.Acids Res.27：4830-4837描述的。一种或多种用于检测本发明的SNP的探针(表2、3、4、5或10，尤其是表4)可以附着至芯片，并且这种设备用于预测对HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂的应答并且为患有心血管疾病的个体选择有效的治疗。可想到的是，可以在芯片上包括用于检测本发明的SNP的探针以及用于除预测对HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂的应答之外的用途的各种其它探针。
此外，可以将用作探针或引物的合成寡核苷酸修饰以变得更稳定。示例性的修饰的核酸分子包括不带电荷的键，如DNA的氨基磷酸酯、硫代磷酸酯和甲基膦酸酯类似物(还参见美国专利号5,176,996；5,264,564和5,256,775)。本发明的引物和探针可以包括例如，标记性的甲基化、核苷酸间修饰如侧基部分(例如，多肽)、嵌入剂(例如，吖啶、补骨脂素(psoralen))、螯合剂、烷基化剂和修饰的键(例如，α端基异构核酸)。还包括的是模仿核苷酸分子与指定序列通过氢键键合和其它化学相互作用结合的能力的合成分子，包括代替核苷酸骨架中的磷酸酯键的肽键。
本发明涉及在高严谨性杂交条件下与在本文所描述的自然存在的寡核苷酸、ADCY9基因的基因标记杂交的合成的寡核苷酸分子、引物和探针。可以通过在高严谨性条件下的特异性杂交来检测和/或分离寡核苷酸。“高严谨性条件”是在本领域中已知的并且允许第一寡核苷酸与第二寡核苷酸在第一和第二寡核苷酸之间存在高互补程度的情况下特异性杂交。对于在本文中所公开的基因分型方法来说，这种互补程度在80％至100％之间并且优选在90％至100％之间。
还可以根据事先存在的数据，如数据库中存在的全基因组序列数据检测本发明的SNP。本发明提供了查询基因组数据以确定基因型的计算机执行的方法，以用于预测患者对CETP抑制剂的应答以及因此治疗所述患者，即利用CETP抑制剂治疗应答者患者。
用于在基因分型方法、治疗选择或治疗方法中使用的样品核酸可以从受试者的任何细胞类型或组织中得到。例如，可以通过已知技术得到受试者的体液、样品、(例如，血液)。可替换地，可以对干燥样品(例如，毛发或皮肤)进行核酸测试。更具体地，用于基因分型方法、治疗选择或治疗方法的样品核酸将得自血液细胞类型。
本文所描述的发明涉及这样的方法和试剂：其可用于确定和鉴定ADCY9基因上在rs11647778和任选的rs1967309、rs2238448或rs12595857处存在的等位基因，或者与这些SNP处于连锁不平衡的任何其它遗传变体，如在图8和9中显示的，其跨位置chr16：4049365至chr16：4077178(组件GRCh37/hg19)。具体地，本发明还涉及用于确定和鉴定在ADCY9基因中在以下位置处存在的等位基因的方法和试剂：在rs11647778和任选的rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs13337675、rs2238448处，更具体地在rs11647778和任选的rs1967309和/或rs12595857处，最具体地在rs11647778和任选的rs1967309处。
如在本文中列出的，本发明还提供了治疗选择方法，其包括检测ADCY9基因中存在的一种或多种遗传标记。在某些实施方案中，该方法使用包含与ADCY9的多态区域互补的核苷酸序列的探针或引物。因此，本发明提供了包含用于进行本发明的基因分型方法的探针和引物的试剂盒。
在某些实施方案中，本发明提供了一种试剂盒，其可用于确定患有心血管病症的患者是否具有增加的受益于利用HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂的治疗的可能性。这种试剂盒含有一种或多种在本文所描述的试剂，特别是引物或探针，以及使用说明书。仅作为例子，本发明还提供了一种试剂盒，其可用于确定患有心血管病症的患者是否具有增加的受益于利用硫代异丁酸S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯的治疗的可能性，其包含对ADCY9rs11647778SNP中的CC多态性和任选的对ADCY9rs1967309SNP中的AA多态性特异性的第一寡核苷酸和第二寡核苷酸。
所述试剂盒可以包含至少一种能够与ADCY9的多态区域特异性杂交的探针或引物以及使用说明书。所述试剂盒可以包含上述核酸中的至少一种。可用于扩增ADCY9的至少一部分的试剂盒通常包含两种引物，其中至少一种能够与等位基因变体序列杂交。这种试剂盒适用于通过例如荧光检测、通过电化学检测、或通过其它检测来检测基因型。
但是，本发明的其它试剂盒包含至少一种可用于进行测定的试剂。例如，试剂盒可以包含酶。可替换地，试剂盒可以包含缓冲液或任何其它有用的试剂。
所述试剂盒可以包含在本文所描述的用于确定受试者的ADCY9的多态区域中的基因型的阳性对照、阴性对照、试剂、引物、测序标记、探针和抗体中的全部或一些。
以下实施例仅意在说明本发明的实施而不是以限制的方式提供。
本发明涉及以下核苷酸和氨基酸序列：
在本文中提供的序列可在NCBI数据库中获得并且可以从www.ncbi.nlm.nih.gov/ sites/entrez？db＝gene检索；这些序列还涉及注释的和修饰的序列。本发明还提供了其中使用同源序列和在本文中提供的简明序列的变体的技术和方法。优选地，这种“变体”是遗传变体。在NCB1数据库上，可获得编码智人(homo sapiens)9型腺苷酸环化酶(ACDY9)的核苷酸序列。
智人9型腺苷酸环化酶(ADCY9)，16号染色体上的RefSeqGene
NCBI参照序列：NCBI登录号NG_011434.1
智人16号染色体基因组重叠群(genomic contig)，GRCh37.p10主要组装
NCBI参照序列：NCBI登录号NT_010393.16
智人ACDY9基因SNP的内含子序列提供“rs”符号，等位基因和相应的SEQ ID数字符号在表6、7和8中公开。以粗体和在括号内鉴定多态性。
表6：ACDY9 SNP和各自的内含子序列
1.来自NCBI基因组参照物Build 37.3的来源
表7：chr16在基因ADCY9中的遗传变体的列表，其已经根据关于来自用于实验的基因分型芯片(Illumina OMNI2.5S)的参照序列的GWAS研究提供了与对利用达塞曲匹的治疗的应答的关联(P＜0.05)的证据：
Chr：染色体编号；P值：针对与利用CETP抑制剂达塞曲匹治疗的患者中的心血管事件(主要复合事件或未预见的冠状动脉血运重建)的关联；1：来自1000个基因组的公共数据库的参照序列，如在针对OMNI 2.5S芯片的ILLUMINA注释文件HumanOmni25Exome-8v1_A.csv中给出的；2：来自NCBI的dbSNP公共数据库版本131的参照序列，如在针对OMNI 2.5S芯片的ILLUMINA注释文件HumanOmni25Exome-8v1_A.csv中给出的。
表8：chr16上的基因ADCY9中的额外的遗传变体的列表：
索引：
a.rs1967309
1.来自1000个基因组的公共数据库的位置、r2和D′值
2.来自NCBI的dbSNP公共数据库版本137的参照序列和HGV名称
实施例1
Dal-OUTCOMES试验(NC20971)是双盲的、随机化的、安慰剂对照的、平行组、多中心的、III期研究，以评估CETP抑制剂达塞曲匹在最近因急性冠状动脉综合征(ACS)而住院的患者中的安全性和效力。在临时分析时，研究包括15871名随机化的患者，其被分配在两个治疗组：安慰剂(7933名患者)和达塞曲匹(每天600mg；7938名患者)。研究已经证实，与安慰剂组相比，在达塞曲匹组中，在主要效力终点中没有事件率降低的证据。dal-OUTCOMES研究详情可以在G.Schwartz等人，N.Engl.J.Med.367；22，2012中找到。
在因为特征在于升高的心脏生物标记的急性冠状动脉综合征住院治疗以后4-12周募集dal-Outcomes患者，所述患者具有急性心肌缺血的征状、新的或推定为新的缺血性心电图异常、或在成像时缺少活心肌。如果急性心肌缺血的征状伴有新的或推定为新的心电图变化且伴有梗阻性冠状疾病的另外证据，没有升高的心脏生物标记的患者适合参与(Schwartz GG等人.Am Heart J2009；158：896-901e3)。具有与经皮冠状动脉干预有关的心肌梗塞的患者也是合格的。所有患者遵循个体化的程序以靶向由抑制素(如果耐受的话)和饮食实现的100mg/分升(2.6mmol/升)或更低的LDL胆固醇水平。没有指定具体的抑制素试剂，并且基于LDL胆固醇值没有排除患者。排除了具有400mg/分升(4.5mmol/升)或更高的血清甘油三酯水平的患者(Schwartz GG等人.N Eng1 J Med 2012；367：2089-99)。dal-Outcomes试验的合格参与者进入大约4-6周的单盲安慰剂准备阶段以允许患者稳定和完成计划的血运重建程序。在准备阶段结束时，在基于证据的急性冠状动脉综合征的医疗护理上，将处于稳定条件的合格患者以1∶1比率随机化至600mg达塞曲匹或安慰剂。由独立临床端点委员会判断血管事件。对于药物基因组学研究，从2008年4月至2010年7月在14个国家的461个地方募集6338位患者，并提供书面知情同意书以参加dal-OUTCOMES试验的遗传研究。从全血提取DNA。在基因组数据清除以后，将来自5749个高加索患者的样品用于发现全基因组关联研究(GWAS)。
基因分型
将包括2,567,845个遗传变体的Illumina Infinium HumanOmni2.5Exome-8v1_ABeadChip(Illumina，San Diego，California)用于dal-OUTCOMES研究的5749个高加索人参与者的发现GWAS。使用IMPUTE2推定包括9型腺苷酸环化酶(ADCY9)基因的上游和下游5个基因的染色体16区域(CHR16：3,400,000-4,600,000)，从而提供17,764个变体用于分析，平均完成率为99.76％。将在dal-OUTCOMES中鉴定的ADCY9基因中的推定的单核苷酸多态性(SNP)使用Sequenom图证实，并在dal-PLAQUE-2研究中试验，所述研究包括20个SNP，具有来自发现GWAS的＜0.05的P值。
使用QiaSymphony DNA midi试剂盒1.1版(Qiagen，Garstilgweg，瑞士)从1ml全血提取DNA，并使用QuantiFluorTMdsDNA System(Promega，Madison，WI)定量，具有91.5ng/μL的平均浓度和18.3μg的平均收率。97.9％的DNA样品具有超过25ng/μL的浓度。琼脂糖凝胶电泳证实了DNA的高质量，没有降解的征象。将DNA标准化至50ng/μL。
全基因组关联研究(GWAS)-在Beaulieu-Saucier Pharmacogenomics Centre(蒙特利尔，加拿大)使用200ng基因组DNA在GLP-环境中执行全基因组基因分型。根据生产商的说明书使用和处理包括2,567,845个基因组标志物的Illumina InfiniumHumanOmni2.5Exome-8v1_A BeadChip(Illumina，San Diego，CA)。该芯片包括超过200,000个由Exome Chip Consortium鉴定的外显子组变体。剩余的BeadChip内容物是来自1000个基因组计划的罕见和常见SNP的混合物，其被设计成提供不同世界人群的最大信息。使用Illumina iScan Reader扫描和分析每个BeadChip。使用Illumina的GenomeStudio 2011.1版(其具有GenTrain 2.0簇算法)使用0.15的No-Call阈值分析扫描的图像，不经过手工簇条件，并使用生产商的Illumina HumanOmni25Exome-8v1_A簇文件。随着数据变得可得到，在可比较大小的三个分部中生成基因型数据文件。
Sequenom-使用HapMap DNA样品设计和验证单个Sequenom图。所述图包括根据以下方面选择的ADCY9基因中的27个SNP：在发现GWAS(n＝15)中≤0.05的P值，据推定＜10-6的P值(n＝6；1个在开发中失败)，预测的调节功能(n＝5；1个由于低MAF被排除)，或文献(n＝4；1个在生产中失败)。Sequenom MassArray Maldi-TOF System(Sequenom，La Jolla，CA)与Sequenom的Typer 4.0.22软件一起使用。将每个板使用自动聚簇仪聚簇，并根据需要手工地修改。用作每个基因分型板上的对照的两个Coriell Institute DNA样品(NA11993和NA07357)表现出所有板重复上的100％一致性和基因型调用的100％一致性，例外是在1000个基因组和HapMap参考数据库中的对应SNP。在GWAS和Sequenom图上基因分型的17个SNP提供了99.95％的平均基因型一致性(min：99.41，max：100.00％)，且以前推定的11个SNP提供了99.75(min：98.48，max：99.96)的与最可能基因型的平均基因型一致性(＞0.80推定可能性)。
基因组质量检查
Dal-Outcomes发现GWAS.将由GenomeStudio产生的PLINK格式的三个基因分型文件组合并转化成二元PLINK格式。使用GenomeStudio Final报告文件产生性别图、LRR和BAF图。将PyGenClean(Lemieux Perreault LP等人Bioinformatics 2013；29：1704-5)和PLINK1.07版用于质量检查(QC)和遗传数据清除过程。基因分型实验由68组DNA样品组成。在每个组中，存在2个对照，一个是来自四个预先选择的样品(NA11993、NA11992、NA10860和NA12763)的Coriell DNA替代且和一个是来自四个预先选择的样品的内部DNA对照。Coriell样品的配对一致性范围为0.999807-0.999958。四个内部对照的配对一致性范围为0.99976-0.99995。Coriell基因型与来自1000个基因组数据的例外的对比提供了0.996028-0.997783范围的一致性。
详细遗传数据清除步骤呈现在表9中。针对一致性、完成率、等位基因调用和MAF评价重复的SNP。保留具有不同的等位基因调用或不同的MAF的SNP。将相同的和一致的SNP合并。将样品和SNP的基因分型完成率设定为98％。将具有基因分型板偏向(plate bias)(基于用于稀释DNA样品的96孔板)的SNP加标记，但是不移除，因为不能排除遗传祖先的影响。使用成对的状态同一性(identity-by-state，IBD)进行亲密家族关系检查。基于不相关的SNP(r2＜0.1)的选择，将除了相关对和样品副本的一对成员(IBS2*比率＞0.80)以外的全部加标记并移除。使用成对的IBS矩阵作为公制距离，以通过多维尺度分析(MDS)鉴定样品与样品离群值之间的隐藏相关性。对每个受试者的前两个MDS成分作图，包括HapMap CEU、JPT-CHB、和YRI数据的基因型(仅保留祖先个体)。通过k最近邻将来自主要的高加索人种群体的离群值加标记并移除(图5)。使用EIGENSOFT套件的smartpca程序(3.0版)计算陡坡图和累积解释方差。所使用的选项是0(关闭)的numoutlieriter(离群值移除迭代(outlierremoval iteration)的最大数量)和等于NO的altnormstyle(标准化式)(Price AL NatGenet2006；38：904-9)(图6)。
推定
用1096个基因分型的SNP和5749个dal-Outcomes高加索人样品在Linux上使用程序IMPUTE2(2.3.0版)和GTOOL(0.7.0版)推定包括ADCY9的上游和下游的5个基因的染色体16区域(CHR16：3,401,847-4,598,558；NCBI build GRCh37)(Howie BN et Al.PLoSGenet2009；5：e1000529)。根据位置通过自动地翻转(flipping)非A/T和C/G SNP来解决标准比对。含糊的A/T和C/G SNP被认为缺失并推定。使用Impute2reference package ALL_1000G_phaselintegrated_v3_chr16_impute进行推定。我们使用0.80的截止值(对于每个基因型和每个个体的推定基因型概率)和98％或更高的完成率。保留17,764个变体用于分析，具有99.76％的平均完成率。
在1,223,798个分析的普通SNP中，通过达塞曲匹分支中的Cox比例危险建模发现具有全基因组重要性的单个区域与心血管事件有关，从而鉴定染色体16上的ADCY9基因中的SNP：rs1967309(P＝2.41×10-8)(图1A)。在该位置处的遗传变体具有0.41的最小等位基因频率，且对于达塞曲匹分支中的心血管事件而言一个等位基因(A)的累加遗传效应具有HR＝0.65(95％CI0.56，0.76)(表12a)。与rs1967309处于连锁不平衡中且为关联提供较低、但是支持性证据的邻近SNP位于普通重组块中(图1B)。在该区域的推定鉴定出具有P＜10-5的ADCY9基因中的9个另外SNP，包括具有P＜10-6的6个(图10)。在36,268个SKAT基因集合中分析的835,255个罕见SNP都没有通过随访的显著性阈值。
在单独的安慰剂分支中不存在rs1967309的可检测的遗传效应(Cox比例危险，HR＝0.92；P＝0.25)(表12b)。治疗的基因(gene-by-treatment)分支相互作用期限指示统计相互作用(P＝0.0014；β：-0.340)。达塞曲匹分支中通过基因型的分级表明，与参考GG纯合子相比，就心血管事件而言，在rs1967309处的次要等位基因的纯合子(AA)和杂合子(AG)分别具有HR＝0.40(95％CI0.28，0.57)和HR＝0.68(95％CI0.55，0.84)(图3)。仅考虑在rs1967309处具有纯合基因型AA的患者(n＝961)，与安慰剂相比使用达塞曲匹时存在冠状动脉心脏病死亡、复苏的心脏停搏、非致命性心肌梗塞、非致命性缺血性卒中、不稳定型心绞痛或未预见的冠状动脉血运重建的预先指定复合端点的39％减少(HR＝0.61；95％CI0.41，0.92)。当从主要端点除去冠状动脉血运重建时，观察到类似的结果(HR＝0.60；95％CI0.35，1.02)。当仅考虑在rs1967309处具有纯合基因型GG的患者时(n＝1984)，与安慰剂相比用达塞曲匹的治疗存在心血管事件的27％增加(HR＝1.27；95％CI1.02，1.58)。杂合载体具有中间应答(n＝2796；HR＝0.94；95％CI0.77，1.16)。通过Sequenom技术将ADCY9基因中的27个SNP基因分型证实了结果(表10)。
在来自dal OUTCOMES试验的药物基因组学研究的5749个患者的发现组群中共8个多态性(基因分型或推定)与小于10-6的P值有关，所述试验具有冠状动脉心脏病死亡、复苏的心脏停搏、非致命性心肌梗塞、非致命性缺血性卒中、具有缺血的客观证据的不稳定型心绞痛或冠状动脉血运重建的预先指定的主要复合端点。在该发现全基因组分析中，ADCY9基因的这8个SNP中的2个与小于5×10-8的P-值有关。对于多态核苷酸rs1967309，与安慰剂相比当用达塞曲匹治疗时，具有AA基因型(次要的或不常见的等位基因)的患者受益于39％的心血管事件减少，而具有GG基因型(主要等位基因)的那些被暴露于风险的27％增加。具有AG基因型的杂合患者具有中间应答。这些结果仅用达塞曲匹观察到，在安慰剂分支中没有观察到，并且在多态性和与临床事件有关的研究分支(达塞曲匹相对于安慰剂)之间存在统计相互作用，从而强化了与ADCY9基因的联系。当从分析除去冠状动脉血运重建时，危害比是类似的，这会提供与总dal-OUTCOMES试验(冠状动脉心脏病、复苏的心脏停搏、非致命性心肌梗塞、非致命性缺血性卒中或不稳定型心绞痛)的主要复合端点的直接对比。所有8个多态性处于强连锁不平衡(r2＞0.77)中，这会补强以下假定：ADCY9基因的该区域决定了对达塞曲匹的临床应答。
血浆脂质
rs1967309SNP的基因型与dal-OUTCOMES中由达塞曲匹诱导的脂质随时间的变化显著相关。使用单变量统计，基因型与在1个月中总胆固醇的变化有关(P＝0.0001；当控制性别和遗传祖先时，P＝0.004)：与AG(12.9±30.3)和AA(13.8±24.0)携带者相比，GG基因型携带者具有更小的增加(10.0±23.3mg/dl)。该效应在安慰剂分支中没有观察到。对于达塞曲匹治疗1个月以后LDL-胆固醇的变化，观察到类似的结果：在rs1967309的GG、AG和AA基因型携带者中的变化分别是-2.0±20.0、-1.0±20.0和+0.6±21.0mg/dl(P＝0.003单变量；经调节的P＝0.006)。在达塞曲匹治疗阶段中，GG携带者具有总体上稍微更低的LDL-胆固醇水平(经调节的P＝0.048；重复测量分析，图4)。
表9.在统计分析之前执行的遗传数据清除操作的总结信息
1一个样品被鉴定为可能的XO/XX嵌合体且从分析集合除去.
210个样品具有超过一个从数据集排除的原因.
表10：通过SNP鉴定为与ADCY9基因中的心血管事件有关的基因型分级的、达塞曲匹治疗分支相对于安慰剂分支的至事件(CHD死亡、MI、因ACS而住院治疗、复苏的心脏停搏、动脉粥样硬化血栓性卒中或未预见的冠状动脉血运重建的第一次发生)的时间的危害比(HR)。通过Sequenom进行基因分型，针对在dal-Outcomes研究群体中的5686个患者进行基因分型的20个验证SNP通过基因型进行分级的达塞曲匹相对于安慰剂的治疗效应。在所有可得到的个体(n＝5686)上评价MAF(最小等位基因频率)和r2，NR不应答的；PR＝部分应答的；R＝应答的：
实施例2
dal-PLAQUE-2研究(Tardif JC等人，Circulation Cardiovascularimaging2011；4：319-33)是3b期多中心的、双盲的、随机化的、安慰剂对照的、平行组试验，其被设计成评价达塞曲匹对患者中的动脉粥样硬化性疾病进展的影响，所述患者具有冠状动脉疾病和在颈总动脉的远壁中至少0.65mm的颈动脉内膜中层厚度的证据，如通过B型超声检查所评估的。将共计931位患者随机化以接受每天600mg达塞曲匹或匹配安慰剂，预期治疗持续时间为24个月。但是，与dal OUTCOMES的终止(其由于无效)同时过早地终止试验。患者继续研究药物治疗直到他们在12个月返回进行颈动脉成像随访。在Montreal HeartInstitute的中心实验室在中央分析在基线、第6个月和第12个月时的颈动脉B型超声记录。在颈总动脉的远壁上分析内膜中层厚度(IMT)。使用自动化的边缘检测软件(CarotidAnalyzer，医学成像Applications，Coralville，Iowa)在系列检查上分析10mm长度的颈总动脉段。在dal-PLAQUE-2试验中的411个同意参加遗传研究的参与者中，386个在基线、6个月和12个月处具有成像措施(在达塞曲匹和安慰剂分支中分别是194和192个)。从全血提取DNA。研究方案经过有关的机构审查委员会或伦理委员会批准，且所有人参与者给出书面知情同意书。
在dal-Plaque-2试验中的颈动脉成像检查的中心分析
在医师监督下由熟练技师在Montreal Heart Institute的中心实验室分析所有获得的颈动脉超声记录。在随机分配至研究治疗之前，要求图像满足质量以及关于合格性的包含和排除标准。颈动脉内膜中层厚度分析的方法包括基线的逐侧观察和随访研究。
在与超声束垂直的纵向视图中评估颈动脉动脉壁区段，并水平展示动脉图像以便观察在最长的可能段上在血液和血管结构之间的界面。在基线和随访研究中对区段的可比较长度进行重新定位和分析时，颈总动脉的末端的定位用作界标。在右和左颈总动脉的远壁上分析内膜中层厚度，以减小测量结果的变异性。使用右和左颈总动脉的平均内膜中层厚度值的平均值。从颈动脉分岔近侧的5mm开始，在系列检查(基线、6个月和12个月)上分析10mm长度的颈总动脉的匹配区段。使用自动化的选项使用边缘检测软件Carotid Analyzer(Medical Imaging Applications LLC，Coralville，Iowa)分析内膜中层厚度。鉴定了两组颈动脉边界：首先，用读数器确定和验证中层-外膜边界。当需要时，将它们的位置半自动地改变至正确位置。当这些边界被批准时，使用用于引导的中层-外膜边界自动地检测腔-内膜边界。选择来自内膜中层厚度的成环序列的框架进行读出，并在需要时从分析除去差质量离群值框架。
在27个被选择用于通过Sequenom进行基因分型的SNP中，ADCY9基因中的20个SNP在发现组群中具有P＜0.05。我们在dal-PLAQUE-2试验中试验了与那些SNP的关联，以便得到关于关联的支持证据，其依赖于在达塞曲匹分支(n＝194)中治疗6和12个月以后得到的成像数据。20个SNP中的10个在dal-PLAQUE-2中提供了与IMT测量的关联(P＜0.05，表13)。值得注意的是，标志物rs2238448(其处于与rs1967309的连锁不平衡中(r2＝0.80))在dal-plaque-2中与IMT有关(P＝0.009)且在dal-OUTCOMES中与事件有关(P＝8.88×10-8；HR＝0.67，95％CI0.58，0.78)。用达塞曲匹治疗12个月以后，IMT的变化在次要等位基因(TT)的纯合子携带者中为-0.027±0.079mm，对于杂合子而言为0.000±0.048mm，且对于在rs2238448(P＝0.009)处的常见等位基因(CC)的纯合携带者而言为+0.009±0.038mm。该效应出现在6个月。所有20个SNP表现出与基因型组一致的IMT的减少，其表明在dal-OUTCOMES试验中降低的心血管风险(表13)。基因分型的SNP在安慰剂分支中都没有表现出关联(都P＞0.05)。仅rs2531967的治疗的基因(gene-by-treatment)相互作用期限在dal-PLAQUE-2中达到显著性(P＝0.024)，可能由于小样品大小。SNP rs1967309在dal-PLAQUE-2中没有达到显著性(P＝0.114)，但是IMT的减少具有与rs2238448类似的量级，并与在dal-OUTCOMES中的发现一致。用达塞曲匹治疗12个月以后，IMT的变化在AA纯合子中为-0.021±0.083mm，对于杂合子而言为-0.001±0.048mm，且对于在rs1967309处的GG纯合子而言为+0.005±0.042mm。
GWAS：全基因组关联研究；HR；危害率；MAF：最小等位基因频率；OR：比值比；SNP：单核苷酸多态性；M06，M12：达塞曲匹治疗6和12个月以后的测量。
1.来自NCBI Build GRCh37组件的变体的位置
2.使用来自dal-Plaque-2研究群体的386个样品计算
3.使用在6和12个月时cIMT的测量的混合回归模型(关于基线值进行调节)计算
4.在SAS中分析的Cox比例危险模型，具有遗传祖先的性别调节和5个基本组分，并报告关于次要等位基因的递增拷贝的累加遗传模型的HR。
5.基于基因分型的SNP的结果，所述基因分型的SNP来自OMNI2.5和来自关于已经推定的那些的Sequenom图。
HR＞1指示，在该SNP处次要等位基因的纯合子比主要等位基因的纯合子更危险。
实施例1和2的统计分析
使用JMP Genomics软件6.1版执行全基因组关联试验。在SAS软件(v.9.3)(SASInstitute Inc，Cary，NC，USA)中验证显著的结果。使用1-度的自由累加遗传试验，其中根据次要等位基因的计数将基因型编码为0、1或2。在有协变量存在下，关于协变量调节累加遗传试验的P值，使得或其中r是具有事件的概率，且其中在累加遗传试验下的零(H0)属于b1＝0。根据下式使用Cox比例危险回归模型试验治疗的基因(gene-by-treatment)相互作用：log(事件率)～基因型+治疗分支+基因型*治疗分支+性别+个基本组分，其中使用治疗和安慰剂分支样品。GWAS发现模型包括遗传祖先的性别调节和5个基本组分。使用来自治疗分支的样品计算MAF。使用包括协变量的序列内核关联试验(SKAT)(Wu MC等人，Am J Hum Genet2011；89：82-93)和使用β-加权功能(其具有设定至1的参数a1和设定至25的a2)，在基因内联合分析罕见变体(MAF＜0.05)。将位于2个基因之间的变体分析为独特集合。
对于dal-Plaque-2群体，在SAS软件中试验用于重复测量分析的混合回归模型。dal-Plaque-2试验的端点是在6个月和12个月就诊时颈总动脉的IMT测量的平均值，其中使用基线测量作为协变量。由于选择的SNP的高度相关性质，没有执行在Sequenom图上基因分型的27个SNP的多个试验的显著性阈值的调节。作为参照，使用dal-Outcomes群体样品，使用Gao等人，Genet Epidemiol 2008；32：361-9的方法将独立试验的数目(Meff)估计为Meff＝8。
对于连锁不平衡图(图8和9)，使用Haploview(4.2版)(Barrett JC等人Bioinformatics 2005；21：263-5)在配对矩阵图中与D′值的彩色热图一起展示连锁不平衡r2值。使用设定至[0.70，0.98]的置信区间方法构建连锁不平衡的块，其中强重组的上置信最大值为0.9，且信息对比中的强LD的分数≥0.95。
序列表
<110> 豪夫迈·罗氏有限公司
<120> 预测对疗法的应答性的遗传标记
<130> 32221
<160> 21
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 121
<212> DNA
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<221> y
<222> (61)..(61)
<223> y=A/G
<400> 1
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yagggttgaa agaaataaat aggttaaaaa agaaaaaaag ccacctaggt gactttcact 120
c 121
<210> 2
<211> 52
<212> DNA
<213> 智人（Homo sapiens）
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<223> Y=A/G
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cattgatttt aaacctcaac aacagcyatg tcttttatca gcttaatttt ac 52
<210> 3
<211> 121
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<213> 智人（Homo sapiens）
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t 121
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<220>
<221> Y
<222> (61)..(61)
<223> Y=T/C
<400> 8
aaaacagtgc tccaaaggca aagaaatagc aaagacagaa gtaaggcact taactatttg 60
ytgggtgaat atagaaatga atgaatgaat ggatggatga gcagatacat caagaagtta 120
a 121
<210> 9
<211> 121
<212> DNA
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<221> Y
<222> (61)..(61)
<223> Y=T/C
<400> 9
ggcagctatg taggaagcag tgaagatcca catccttcct tattggtgaa aggaatgaat 60
yggaaacaga aagttctttt ttacctttat taaataaacg tgaagtcata agaactacta 120
a 121
<210> 10
<211> 121
<212> DNA
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<221> y
<222> (61)..(61)
<223> Y=T/C
<400> 10
agactttgtc tcaaaaaaga aaaaaaaaaa aaaagaagtc ccaaataata aaatatgaga 60
yggatttatg gaagaaagtg aaagaaacaa agggtaggca ccttgcctgt ttaatttgat 120
c 121
<210> 11
<211> 121
<212> DNA
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<221> y
<222> (61)..(61)
<223> y=A/G
<400> 11
tggatggatg agcagataca tcaagaagtt aattcacaaa ttaaagccca ttatgaaact 60
yaagtagagg ctgggcgcgg tggatcacgc ctataatccc agcactttgg gaggtcaagg 120
c 121
<210> 12
<211> 121
<212> DNA
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<221> y
<222> (61)..(61)
<223> Y=T/G
<400> 12
tgtgatatga tggtcatatc atagcacagg gctgttgtga ggattaaatg agttgattca 60
ygtaaacagg gacatccgaa aaagggaaag acggtgcttg tcctgagaac agctgtgaat 120
g 121
<210> 13
<211> 121
<212> DNA
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<221> y
<222> (61)..(61)
<223> Y=A/G
<400> 13
aggtgagtgg ccttaaaggg gaaggagaaa ccttttgaaa gcaggacagg tcctctctga 60
ytcatccccg tatgggtaaa tctacatcac tagcttcatt actgactggt ccatgtagaa 120
a 121
<210> 14
<211> 121
<212> DNA
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<221> y
<222> (61)..(61)
<223> Y=A/G
<400> 14
caggtatgtc ttcaaaccta tgatggataa aagttacagt cagcacagat tgaaagcacc 60
ytctgttgaa acgcagctcc gtcttgctct ctggagagga ctcactcctg gaaagttgag 120
a 121
<210> 15
<211> 121
<212> DNA
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<221> y
<222> (61)..(61)
<223> y=A/G
<400> 15
tgtaaccaag taaccaatgg taaacctcta cagggtatta aggctccaga aaattctcta 60
ytcagccact tgctcctgct cgagcctgct cccactccgt ggagtgtact ttcatttcag 120
t 121
<210> 16
<211> 52
<212> DNA
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<221> y
<222> (27)..(27)
<223> y=C/G/T
<400> 16
tttggggtga cgaaaatgta aaattaygtt gtggtgatgg ttgcacaaca cc 52
<210> 17
<211> 52
<212> DNA
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<221> y
<222> (27)..(27)
<223> y=G/T
<400> 17
gaataaccac acacatggac cctgggytcc aagttcatta gaatggctct tt 52
<210> 18
<211> 52
<212> DNA
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<221> y
<222> (27)..(27)
<223> Y=G/T
<400> 18
aagacagagg aacccccata ggctggyggt gagcaggggg catgagggct aa 52
<210> 19
<211> 52
<212> DNA
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<221> y
<222> (27)..(27)
<223> y=c/t
<400> 19
tgtccaacta tttctttctt tcttttytga gatgggggtc tcactgtgtt gg 52
<210> 20
<211> 52
<212> DNA
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<221> misc_feature
<222> (27)..(27)
<223> X = C/T
<400> 20
ttaacctatt tatttctttc aaccctyagc ccagatccta accttcggta ag 52
<210> 21
<211> 51
<212> DNA
<213> 智人（Homo sapiens）
<220>
<221> misc_feature
<222> (26)..(26)
<223> Y=C/G
<400> 21
ggacctgcct ggtgctttct cagagyagac tgaggtttgg ggtttgcgga a 51

Claims (68)

1.一种用于鉴定将受益于HDL升高剂或HDL模拟剂的施用的受试者的方法，所述方法包括确定所述受试者在所述受试者的ADCY9基因中的一个或多个多态位点处的基因型，其中至少一个多态位点是rs11647778。
2.根据权利要求1所述的方法，其中还确定在选自rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs13337675、rs12920508、rs12599911、rs2531971和rs2238448的多态位点处的基因型。
3.根据权利要求1所述的方法，其中还确定在选自rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119和rs13337675的多态位点处的基因型。
4.根据权利要求1或3所述的方法，其中还确定在多态位点rs1967309或rs12595857处的基因型。
5.根据权利要求1-4中的任一项所述的方法，其中还确定在rs1967309处的基因型。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述受试者的ADCY9基因中的rs11647778处的基因型CC指示所述受试者将受益于HDL升高剂或HDL模拟剂的施用。
7.根据权利要求1-6中的任一项所述的方法，其中HDL升高剂或HDL模拟剂是烟酸、贝特类、格列酮、达塞曲匹、安塞曲匹、依塞曲匹、DEZ-001、ATH-03、DRL-17822、DLBS-1449、RVX-208、CSL-112、CER-001或ApoA1-Milnano。
8.根据权利要求1-6中的任一项所述的方法，其中HDL升高剂或HDL模拟剂是CETP抑制剂/调节剂。
9.根据权利要求1-6中的任一项所述的方法，其中HDL升高剂或HDL模拟剂是达塞曲匹、安塞曲匹、依塞曲匹、DEZ-001、ATH-03、DRL-17822或DLBS-1449。
10.根据权利要求1-8中的任一项所述的方法，其中HDL升高剂或HDL模拟剂是S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯。
11.根据权利要求1-10中的任一项所述的方法，所述方法还包括给所述受试者施用HDL升高剂或HDL模拟剂。
12.根据权利要求1-11中的任一项所述的方法，其中受益的所述受试者具有心血管病症。
13.一种在有此需要的受试者中治疗心血管病症的方法，所述方法包括
(a)选择受试者，其具有在rs11647778和任选的以下位点中的一个或多个处的提高的应答基因型：rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs2238448和rs13337675；
(b)给所述受试者施用HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂。
14.HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂在药物制备中的用途，所述药物用于治疗或预防受试者中的心血管病症，其中所述受试者具有在rs11647778和任选的以下位点中的一个或多个处的提高的应答基因型：rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs2238448和rs13337675。
15.用于治疗或预防受试者中的心血管病症的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂，其中所述受试者具有在rs11647778和任选的以下位点中的一个或多个处的提高的应答基因型：rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs2238448和rs13337675。
16.用于治疗或预防受试者中的心血管病症的S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯，其中所述受试者具有提高的应答基因型rs11647778/CC且任选地具有选自rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG或rs8061182/AA的基因型。
17.根据权利要求1-12中的任一项所述的方法，其中心血管病症是动脉粥样硬化、外周血管疾病、血脂异常、高β脂蛋白血症、低α脂蛋白血症、高胆固醇血症、高甘油三酯血症、家族性高胆固醇血症、心绞痛、缺血、心肌缺血、卒中、心肌梗塞、再灌注损伤、血管成形再狭窄、高血压、以及糖尿病、肥胖症或内毒素血症的血管并发症。
18.根据权利要求1-13中的任一项所述的方法，其中所述心血管病症是心血管疾病、冠状动脉心脏病、冠状动脉疾病、低α脂蛋白血症、高β脂蛋白血症、高胆固醇血症、高脂血症、动脉粥样硬化、高血压、高甘油三酯血症、高脂蛋白血症、外周血管病、心绞痛、缺血或心肌梗塞。
19.根据权利要求13所述的方法，其中另外的位点是rs1967309或rs12595857。
20.根据权利要求13所述的方法，其中另外的位点是rs1967309。
21.根据权利要求13所述的方法，其中具有提高的应答基因型的受试者是在rs11647778处的CC。
22.根据权利要求13或21所述的方法，其中具有提高的应答基因型的受试者是在rs11647778处的CC和在rs1967309处的AA。
23.根据权利要求13-22中的任一项所述的方法，其中HDL升高剂或HDL模拟剂是CETP抑制剂/调节剂。
24.根据权利要求13-23中的任一项所述的方法，其中HDL升高剂或HDL模拟剂是S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯。
25.根据权利要求14所述的用途，其中所述提高的应答基因型是在rs11647778处的CC。
26.根据权利要求14所述的用途，其中所述提高的应答基因型是在rs11647778和rs1967309处。
27.根据权利要求14、25或26所述的用途，其中所述提高的应答基因型是在rs11647778处的CC和在rs1967309处的AA。
28.根据权利要求15所述的HDL升高剂或HDL模拟剂，其中所述提高的基因型是在rs11647778处的CC。
29.根据权利要求15所述的HDL升高剂或HDL模拟剂，其中所述受试者在rs11647778和rs1967309处具有提高的应答基因型。
30.根据权利要求15所述的HDL升高剂或HDL模拟剂，其中所述提高的应答基因型是在rs11647778处的CC和在rs1967309处的AA。
31.根据权利要求15、28-30中的任一项所述的HDL升高剂或HDL模拟剂，其中所述心血管病症是动脉粥样硬化、外周血管疾病、血脂异常、高β脂蛋白血症、低α脂蛋白血症、高胆固醇血症、高甘油三酯血症、家族性高胆固醇血症、心绞痛、缺血、心肌缺血、卒中、心肌梗塞、再灌注损伤、血管成形再狭窄、高血压、以及糖尿病、肥胖症或内毒素血症的血管并发症。
32.根据权利要求15、28-31中的任一项所述的HDL升高剂或HDL模拟剂，其中所述心血管病症是心血管疾病、冠状动脉心脏病、冠状动脉疾病、低α脂蛋白血症、高β脂蛋白血症、高胆固醇血症、高脂血症、动脉粥样硬化、高血压、高甘油三酯血症、高脂蛋白血症、外周血管病、心绞痛、缺血或心肌梗塞。
33.根据权利要求15、2832中的任一项所述的HDL升高剂或HDL模拟剂，其中所述HDL升高剂或模拟剂是HDL升高剂，特别是CETP抑制剂/调节剂，更具体地是-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯。
34.根据权利要求16所述的S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯，其中所述提高的应答基因型是在rs11647778处的CC。
35.根据权利要求16所述的S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯，其中所述提高的应答基因型是在rs11647778处的CC和在rs1967309处的AA。
36.根据权利要求16或34所述的S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯，其中所述心血管病症是外周血管病、血脂异常、高β脂蛋白血症、低α脂蛋白血症、高胆固醇血症、高甘油三酯血症、家族性高胆固醇血症、心绞痛、缺血、心肌缺血、卒中、心肌梗塞、再灌注损伤、血管成形再狭窄、高血压、以及糖尿病、肥胖症或内毒素血症的血管并发症。
37.根据权利要求16-36中的任一项所述的S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯，其中所述心血管病症是心血管疾病、冠状动脉心脏病、冠状动脉疾病、低α脂蛋白血症、高β脂蛋白血症、高胆固醇血症、高脂血症、动脉粥样硬化、高血压、高甘油三酯血症、高脂蛋白血症、外周血管病、心绞痛、缺血或心肌梗塞。
38.一种预测心血管病症患者是否具有增加的受益于利用HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂的治疗的可能性的方法，所述方法包括针对9型腺苷酸环化酶基因(ADCY9)中的遗传标记筛选从所述患者分离的样品，所述遗传标记是rs11647778/CC和任选的rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG、rs2238448/TT或rs8061182/AA，其中所述患者具有增加的受益于所述治疗的可能性。
39.根据权利要求38所述的方法，其中所述遗传标记是rs11647778/CC和任选的rs12595857/GG或rs1967309/AA，优选rs11647778/CC和rs1967309/AA。
40.一种将患有心血管病症的患者选择为可能对包含HDL升高剂或HDL模拟剂的疗法做出应答的方法，所述方法包括
a.在来自患者的样品中检测在rs11647778处的CC基因型，
b.当在来自患者的样品中检测到在rs11647778处的CC基因型时，将所述患者选择为更可能对包含HDL升高剂或HDL模拟剂的疗法做出应答。
41.一种将患有心血管病症的患者选择为可能对包含HDL升高剂或HDL模拟剂的疗法做出应答的方法，所述方法包括
a.在来自患者的样品中检测在rs11647778处的CC基因型和在rs1967309处的AA基因型，
b.当在来自患者的样品中检测到在rs11647778处的CC基因型和在rs1967309处的AA基因型时，将所述患者选择为更可能对包含HDL升高剂或HDL模拟剂的疗法做出应答。
42.根据权利要求40所述的方法，其中在rs11647778处的CC基因型在参考样品中的存在指示，所述患者更可能对利用HDL升高剂或HDL模拟剂的疗法做出应答。
43.根据权利要求41所述的方法，在rs11647778处的CC基因型和在rs1967309处的AA基因型在参考样品中的存在指示，所述患者更可能对利用HDL升高剂或HDL模拟剂的疗法做出应答。
44.根据权利要求40、41、42所述的方法，所述方法还包括c)选择包含HDL升高剂或HDL模拟剂的疗法。
45.根据权利要求40-44中的任一项所述的方法，其中检测rs11647778如下完成：在来自患者的样品中检测rs11647778，使样品与结合rs11647778的试剂(诸如探针或引物)接触，由此形成试剂和rs11647778之间的复合物，检测形成的复合物，和由此检测rs11647778。
46.一种用于确定人患者中对HDL升高剂或HDL模拟剂的临床应答的预后的方法，所述方法包括确定至少一个多态性在患者的ADCY9基因中的存在，其中多态性位点与延迟的、部分次优的或缺乏对所述HDL升高剂或模拟剂的临床应答有关，其中至少一个多态性位点是rs11647778。
47.一种用于确定人患者中对HDL升高剂或HDL模拟剂的临床应答的预后的方法，所述方法包括确定至少一个多态性在患者的ADCY9基因中的存在，其中多态性位点与延迟的、部分次优的或缺乏对所述HDL升高剂或模拟剂的临床应答有关，其中至少两个多态性位点是rs11647778和rs1967309。
48.根据权利要求46所述的方法，其中所述多态性通过基因分型分析来确定。
49.根据权利要求48所述的方法，其中所述基因分型分析包括执行微阵列分析或质谱分析或使用多态性特异性的引物和/或探针，特别是引物延伸反应。
50.根据权利要求46-49中的任一项所述的方法，其中所述HDL升高剂或HDL模拟剂是HDL升高剂。
51.根据权利要求46-50中的任一项所述的方法，其中所述HDL升高剂或HDL模拟剂是CETP抑制剂/调节剂。
52.根据权利要求46-50中的任一项所述的方法，其中所述HDL升高剂或HDL模拟剂是达塞曲匹、安塞曲匹、依塞曲匹、DEZ-001、ATH-03、DRL-17822或DLBS-1449。
53.根据权利要求46-51中的任一项所述的方法，其中所述HDL升高剂或HDL模拟剂是S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯。
54.根据权利要求1所述的方法，其中HDL升高剂或HDL模拟剂是通过下述增加HDL水平的化合物：CETP抑制/调节，PPAR激动，LXR激动，HM74激动(烟酸受体)促甲状腺素激素受体激动，脂肪酶的抑制剂和HDL分解代谢ApoA1诱导物。
55.一种用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括给有此需要的受试者施用有效地治疗或预防心血管病症的量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂，其中所述受试者至少在rs11647778和任选的以下位点中的一个或多个处具有提高的应答基因型：rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs2238448和rs13337675。
56.一种用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括给有此需要的受试者施用有效地治疗或预防心血管病症的量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂，其中所述受试者在rs11647778处具有CC基因型和任选的rs12595857/GG、rs1967309/AA、rs111590482/AG、rs111590482/GG、rs11647828/GG、rs12935810/GG、rs17136707/GG、rs2239310/GG、rs2283497/AA、rs2531967/AA、rs3730119/AA；、rs4786454/AA、rs74702385/GA、rs74702385/AA、rs8049452/GG和/或rs8061182/AA。
57.根据权利要求55或56所述的方法，其中所述心血管病症是动脉粥样硬化、外周血管疾病、血脂异常、高β脂蛋白血症、低α脂蛋白血症、高胆固醇血症、高甘油三酯血症、家族性高胆固醇血症、心绞痛、缺血、心肌缺血、卒中、心肌梗塞、再灌注损伤、血管成形再狭窄、高血压、以及糖尿病、肥胖症或内毒素血症的血管并发症。
58.根据权利要求55-57中的任一项所述的方法，其中所述心血管病症是心血管疾病、冠状动脉心脏病、冠状动脉疾病、低α脂蛋白血症、高β脂蛋白血症、高胆固醇血症、高脂血症、动脉粥样硬化、高血压、高甘油三酯血症、高脂蛋白血症、外周血管病、心绞痛、缺血或心肌梗塞。
59.根据权利要求55-58中的任一项所述的方法，其中所述受试者至少在rs11647778和rs1967309或rs12595857处具有提高的应答基因型。
60.根据权利要求55-59中的任一项所述的方法，其中所述受试者至少在rs11647778和rs1967309处具有提高的应答基因型。
61.一种用于治疗或预防心血管病症的方法，所述方法包括将有效地治疗或预防心血管病症的量的HDL升高剂或HDL模拟剂、特别是CETP抑制剂/调节剂施用给在rs11647778和任选的以下位点中的一个或多个处具有提高的应答基因型的患者：rs1967309、rs12595857、rs2239310、rs11647828、rs8049452、rs12935810、rs74702385、rs17136707、rs8061182、rs111590482、rs4786454、rs2283497、rs2531967、rs3730119、rs13337675。
62.根据权利要求61所述的方法，其中所述心血管病症是动脉粥样硬化、外周血管疾病、血脂异常、高β脂蛋白血症、低α脂蛋白血症、高胆固醇血症、高甘油三酯血症、家族性高胆固醇血症、心绞痛、缺血、心肌缺血、卒中、心肌梗塞、再灌注损伤、血管成形再狭窄、高血压、以及糖尿病、肥胖症或内毒素血症的血管并发症。
63.根据权利要求61所述的方法，其中所述心血管病症是心血管疾病、冠状动脉心脏病、冠状动脉疾病、低α脂蛋白血症、高β脂蛋白血症、高胆固醇血症、高脂血症、动脉粥样硬化、高血压、高甘油三酯血症、高脂蛋白血症、外周血管病、心绞痛、缺血或心肌梗塞。
64.根据权利要求55-61中的任一项所述的方法，其中所述HDL升高剂或HDL模拟剂是烟酸、贝特类、格列酮、达塞曲匹、安塞曲匹、依塞曲匹、DEZ-001、ATH-03、DRL-17822、DLBS-1449、RVX-208、CSL-112、CER-001或ApoA1-Milnano。
65.根据权利要求55-64中的任一项所述的方法，其中所述HDL升高剂或HDL模拟剂是CETP抑制剂/调节剂。
66.根据权利要求55-65中的任一项所述的方法，其中所述HDL升高剂或HDL模拟剂是达塞曲匹、安塞曲匹、依塞曲匹、DEZ-001、ATH-03、DRL-17822或DLBS-1449。
67.根据权利要求55-66中的任一项所述的方法，其中所述HDL升高剂或HDL模拟剂是S-(2-{[1-(2-乙基-丁基)-环己烷羰基]-氨基}-苯基)酯。
68.如前文描述的发明。
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