KR20130103734A - 바이오마커 및 치료 방법 - Google Patents

바이오마커 및 치료 방법 Download PDF

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KR20130103734A
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에이미 씨. 피터슨
로버트 엘. 야우츠
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제넨테크, 인크.
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Abstract

본 발명은 암 바이오마커에 관한 것이다. 특히, 본 발명은 암에서의 환자 선택 및 환자 예후를 위한 바이오마커로서의 c-met 뿐만 아니라 치유적 치료 방법, 제조품 및 그의 제조 방법, 진단 키트, 검출 방법 및 이와 관련된 광고 방법에 관한 것이다.

Description

바이오마커 및 치료 방법 {BIOMARKERS AND METHODS OF TREATMENT}
관련 출원에 대한 상호 참조
본원은 미국 특허 출원 번호 61/378,911 (2010년 8월 31일 출원), 미국 특허 출원 번호 61/389,922 (2010년 10월 5일 출원), 미국 특허 출원 번호 61/390,995 (2010년 10월 7일 출원), 미국 특허 출원 번호 61/420,703 (2010년 12월 7일 출원), 미국 특허 출원 번호 61/487,527 (2011년 5월 18일 출원), 미국 특허 출원 번호 61/492,338 (2011년 6월 1일 출원) 및 미국 특허 출원 번호 61/503,489 (2011년 6월 30일 출원)를 우선권 주장하고, 이들 내용은 그 전문이 본원에 참고로 포함된다.
서열 목록
본원은 EFS-웹을 통해 ASCII 포맷으로 제출된 서열 목록을 함유하며, 그 전체 내용이 본원에 참고로 포함된다. 2011년 8월 20일에 생성된 상기 ASCII 복제본은 P4492R1U.txt로 명명되며, 크기는 16,513 바이트이다.
발명의 분야
본 발명은 암 바이오마커에 관한 것이다. 특히, 본 발명은 암에서의 환자 선택 및 예후를 위한 바이오마커로서의 c-met 뿐만 아니라 치유적 치료 방법, 제조품 및 그의 제조 방법, 진단 키트, 검출 방법 및 이와 관련된 광고 방법에 관한 것이다.
배경
암은 인간 건강에 가장 치명적인 위협 중 하나인 것으로 남아있다. 미국에서 암은 매년 거의 130만명의 새로운 환자에게 영향을 미치고, 이는 심장 질환 다음의 제2 주요 사망 원인이며, 사망자 4명 중 대략 1명을 차지한다. 예를 들어, 유방암은 제2의 가장 일반적인 형태의 암이며, 미국 여성 중 제2 주요 암 사망 원인이다. 또한, 암은 5년 내 사망의 1위 원인으로서 심혈관 질환을 능가할 수 있을 것으로 예측된다. 고형 종양은 대부분의 이러한 사망의 원인이 된다. 특정 암의 의학적 치료에서는 상당한 발전이 있었지만, 모든 암에 대한 전반적인 5년 생존율은 지난 20년 동안 단지 약 10% 정도만 개선되었다. 암 또는 악성 종양은 제어되지 않는 방식으로 신속하게 전이하고 성장하기 때문에, 적기 검출 및 치료가 극도로 어려워지게 한다.
암 치료에서의 상당한 발전에도 불구하고, 개선된 요법이 여전히 추구되고 있다.
특허 출원 및 공보를 비롯한 본원에 인용된 모든 참고문헌은 그 전문이 참고로 포함된다.
발명의 개요
암 환자의 효과적인 치료를 위한 c-met 길항제의 용도가 제공된다. 본원은 또한, 임의로 c-met 길항제로 질환을 치료하는데 사용하기 위한 더 우수한 질환 진단 방법을 제공한다. 특히, 본 발명은, 2차 및 3차 비소세포 폐암 (NSCLC)에 걸린 대상체에서의 에를로티닙 (타르세바(TARCEVA)®)과 조합된 항-c-met 항체 MetMAb (오나르투주맙)의 랜덤화 II상 임상 시험으로부터 데이터를 제공한다. c-met 바이오마커를 사용하여, MetMAb + 에를로티닙 치료가 무진행 생존 및 전체 생존에 의해 평가되는 임상적으로 의미있는 이익을 제공하는 환자 집단, 및 MetMAb + 에를로티닙 치료제가 (에를로티닙 단독으로의 치료에 비해) 암 진행 및 사망의 위험을 유의하게 증가시키는 환자 집단을 확인하였다. 이러한 더 악화된 결과는 c-met 길항제 (예를 들어, EGFR 길항제와 조합됨)로의 치료로부터 이익을 얻을 환자를 선택할 필요성을 강조한다.
임상 시험에서, MetMAb 및 에를로티닙으로의 치료는 높은 수준의 c-met 바이오마커를 발현하는 NSCLC 환자에게 임상적으로 의미있는 이익을 제공하였다. 이러한 결과는, 무진행 생존 (PFS) 및 전체 생존 (OS)에 의해 평가되는 바와 같이, 특히 에를로티닙 단독 치료에 대한 PFS 및 OS 데이터와 비교시 효능이 양성임을 보여주었다. 그 차이는 통계적으로 유의하고, MetMAb의 에를로티닙에의 첨가는 높은 수준의 c-met 바이오마커를 발현하는 NSCLC 환자에서 무진행 생존 및 전체 생존을 거의 2배가 되게 하였다. 임상 시험 데이터는 또한 에를로티닙과 조합된 MetMAb로의 치료가 에를로티닙 단독으로 치료되는 NSCLC 환자에서의 진행 및 사망 위험과 비교하여 낮은 수준의 c-met 바이오마커를 발현하는 이러한 환자에서의 진행 및 사망의 위험을 증가시켰음을 보여주었다. 이러한 결과는, PFS 및 OS에 의해 평가되는 바와 같이, 에를로티닙 단독 치료에 대한 PFS 및 OS 데이터와 비교시, MetMAb 및 에를로티닙으로 치료된 환자에서의 효능이 더 악화되었음을 보여주었다. 그 차이는 통계적으로 유의하다.
임상 시험 데이터는 또한 높은 (또한 "상승된"으로 명명됨) c-met 발현이 에를로티닙-치료된 NSCLC 환자에서 더 악화된 예후와 강력하게 연관되어 있음을 보여주었다. 높은 c-met 바이오마커를 발현하는 NSCLC 환자는 낮은 c-met 바이오마커를 발현하는 NSCLC 환자에 비해 진행 위험이 증가하였고 사망 위험이 대략 2배가 되었다. 따라서, 높은 c-met 발현은 에를로티닙-치료된 2차 또는 3차 NSCLC 환자에서 진행 및 생존에 대한 매우 유의한 예후 인자였다.
한 측면에서, 본 발명은 환자의 암이 높은 양의 c-met 바이오마커를 갖는지를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 c-met 바이오마커 발현은 환자가 c-met 길항제로의 치료에 반응할 가능성이 있음을 나타내는 것인, c-met 길항제로의 치료에 반응할 가능성이 있는 암 환자를 확인하는 방법을 제공한다. 본원에 사용된 바와 같이, "상승된" 또는 "높은" c-met는 치료에 대한 환자 반응성과 연관된 c-met의 양을 지칭한다.
또 다른 측면에서, 본 발명은 환자의 암이 높은 양의 c-met 바이오마커를 갖는지를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 c-met 바이오마커 발현은 환자가 c-met 길항제로 치료되는 경우에 상기 환자가 증가된 전체 생존 (OS) 및/또는 무진행 생존 (PFS)을 가질 가능성이 있음을 나타내는 것인, 암 환자 예후를 결정하는 방법을 제공한다.
또 다른 측면에서, 본 발명은 환자의 암이 높은 양의 c-met 바이오마커를 갖는지를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 c-met 바이오마커 발현은 단백질 발현이고, IHC를 이용하여 환자로부터의 샘플에서 결정되고, 높은 c-met 바이오마커 발현은 중간 c-met 염색 강도, 복합적 중간/높은 c-met 염색 강도 또는 높은 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이고, c-met 발현은 c-met 항체를 사용하여 검출되고, c-met 바이오마커 발현은 환자가 c-met 길항제로 치료되는 경우에 상기 환자가 증가된 OS 및/또는 PFS를 가질 가능성이 있음을 나타내는 것인, c-met 바이오마커 발현을 결정하는 방법을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 환자의 암 샘플에서 c-met 바이오마커의 양을 결정하는 것을 포함하는, 환자 예후를 결정하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 높은 c-met 바이오마커 발현은 환자가 항-c-met 항체 및 에를로티닙의 조합물로 치료되는 경우에 증가된 PFS 및/또는 OS를 의미한다. 일부 실시양태에서, 낮은 c-met 바이오마커 발현은 환자가 항-c-met 항체 및 에를로티닙의 조합물로 치료되는 경우에 감소된 PFS 및/또는 OS를 의미한다.
한 측면에서, 본 발명은 환자의 암 샘플에서 c-met 바이오마커 발현의 양을 결정하는 것을 포함하는, 치료 효능을 최적화하는 방법을 제공한다.
높은 c-met 바이오마커 발현과 관련된 본 발명의 방법의 일부 실시양태에서, c-met 바이오마커 단백질 발현은 면역조직화학 (IHC)을 이용하여 환자로부터의 샘플에서 결정된다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 2 또는 3이다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 2이다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 3이다. 일부 실시양태에서, 높은 c-met 바이오마커 발현은 중간 c-met 염색 강도, 복합적 중간/높은 c-met 염색 강도 또는 높은 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이다. 일부 실시양태에서, c-met 발현 염색 강도는 대조 세포 펠릿의 c-met 염색 강도와 비교하여 결정된다. 일부 실시양태에서, 세포주 A549는 중간 c-met 염색 강도를 갖는다. 일부 실시양태에서, 세포주 H441은 강한 c-met 염색 강도를 갖는다. 일부 실시양태에서, c-met 바이오마커 발현은 핵산 발현이고, 유전자 발현 프로파일링, PCR (예컨대 rtPCR), RNN-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, 매스어레이(MassARRAY) 기술 또는 FISH를 이용하여 환자로부터의 샘플에서 결정된다. 일부 실시양태에서, 암이 높은 양의 c-met 바이오마커를 갖는 환자는 암이 높은 양의 c-met 바이오마커를 갖지 않은 환자와 비교하여 더 큰 PFS 및/또는 OS의 증가 가능성을 갖는다. 본원에 개시된 임의의 본 발명의 일부 실시양태에서, 높은 c-met 바이오마커 발현은 본원의 표 A에 따라 정의된 바와 같이 met 진단 양성 (met 진단 양성 임상 상태)이다.
또 다른 측면에서, 본 발명은 환자의 암이 낮은 양의 c-met 바이오마커를 갖는지를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 c-met 바이오마커 발현은 환자가 c-met 길항제로의 치료에 반응할 가능성이 더 적음을 나타내는 것인, c-met 길항제의 치료에 반응할 가능성이 더 적은 암 환자를 확인하는 방법을 제공한다. 본원에 사용된 "낮은" 양의 c-met는 치료에 대한 반응 결핍과 연관된 c-met의 양, 또는 일부 실시양태에서, 치료에 대해 더 악화된 반응 (예를 들어, 치료가 없을 때와 비교하여 임상적 이익이 감소됨)과 연관된 c-met의 양을 지칭한다. 일부 실시양태에서, c-met 바이오마커 발현은 단백질 발현이고, 면역조직화학 (IHC)을 이용하여 환자로부터의 샘플에서 결정된다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 1 또는 0이다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 1이다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 0이다. 일부 실시양태에서, 낮은 c-met 바이오마커 발현은 음성 c-met 염색, 약한 또는 복합적 약한 및 중간 c-met 염색 강도를 갖는 50% 미만의 종양 세포, 또는 약한 또는 복합적 약한 및 중간 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이지만 중간 또는 복합적 중간 및 강한 c-met 염색 강도를 갖는 50% 미만의 종양 세포이다. 일부 실시양태에서, c-met 발현 염색 강도는 대조 세포 펠릿의 c-met 염색 강도와 비교하여 결정된다. 일부 실시양태에서, 세포주 H1155는 음성 c-met 염색 강도를 갖는다. 일부 실시양태에서, 세포주 HEK-293은 낮은 c-met 염색 강도를 갖는다. 본원에 개시된 임의의 본 발명의 일부 실시양태에서, 낮은 c-met 바이오마커 발현은 본원의 표 A에 따라 정의된 바와 같이 met 진단 음성 (met 진단 음성 임상 상태)이다.
한 실시양태에 따르면, 본 발명은 암 환자가 상승된 (높은) 양의 c-met (즉, 높은 c-met 바이오마커 발현)를 갖는 것으로 밝혀진 경우에 상기 암 환자에게 치료 유효량의 c-met 길항제를 투여하는 것을 포함하는, 상기 암 환자를 치료하는 방법에 관한 것이다.
한 측면에서, 본 발명은 암 환자가 높은 양의 c-met 바이오마커를 갖는 것으로 밝혀진 경우에 상기 암 환자에게 치료 유효량의 c-met 길항제를 투여하는 것을 포함하는, 상기 암 환자를 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 환자의 암은 높은 양의 c-met 바이오마커를 갖는 것으로 밝혀졌다. 일부 실시양태에서, c-met 길항제는 항-c-met 항체이다. 일부 실시양태에서, 항-c-met 항체는 MetMAb (오나르투주맙)이다. 일부 실시양태에서, c-met 바이오마커 단백질 발현은 면역조직화학 (IHC)을 이용하여 환자로부터의 샘플에서 결정된다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 2 또는 3이다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 2이다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 3이다. 일부 실시양태에서, 높은 c-met 바이오마커 발현은 중간 c-met 염색 강도, 복합적 중간/높은 c-met 염색 강도 또는 높은 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이다. 일부 실시양태에서, c-met 발현 염색 강도는 대조 세포 펠릿의 c-met 염색 강도와 비교하여 결정된다. 일부 실시양태에서, 세포주 A549는 중간 c-met 염색 강도를 갖는다. 일부 실시양태에서, 세포주 H441은 강한 c-met 염색 강도를 갖는다. 일부 실시양태에서, c-met 바이오마커 발현은 핵산 발현이고, 유전자 발현 프로파일링, PCR (예컨대 rtPCR), RNN-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, 매스어레이 기술 또는 FISH를 이용하여 환자로부터의 샘플에서 결정된다. 일부 실시양태에서, 환자는 높은 c-met 바이오마커를 갖지 않은 환자와 비교하여 더 큰 PFS 및/또는 OS(의 더 큰 가능성)를 갖는다. 본원에 개시된 임의의 본 발명의 일부 실시양태에서, 높은 c-met 바이오마커 발현은 본원의 표 A에 따라 정의된 바와 같이 met 진단 양성 임상 상태이다.
추가로, 본 발명은 암 환자가 낮은 (즉, 낮은 또는 실질적으로 검출가능하지 않은) 양의 c-met 바이오마커를 갖는 것으로 밝혀진 경우에 상기 암 환자에게 c-met 길항제 이외의 치료 유효량의 암 의약을 투여하는 것을 포함하는, 상기 암 환자를 치료하는 방법에 관한 것이다.
또 다른 측면에서, 본 발명은 낮은 c-met 바이오마커를 발현하는 것으로 밝혀진 (즉, 낮은 양의 c-met 바이오마커를 갖는) 암 환자에게 c-met 길항제 이외의 치료 유효량의 암 의약을 투여하는 것을 포함하는, 상기 암 환자를 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 환자의 암은 낮은 c-met 바이오마커를 발현하는 것으로 밝혀졌다. 일부 실시양태에서, c-met 바이오마커 단백질 발현은 면역조직화학 (IHC)을 이용하여 환자로부터의 샘플에서 결정된다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 1 또는 0이다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 1이다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 0이다. 일부 실시양태에서, 낮은 c-met 바이오마커 발현은 음성 c-met 염색, 약한 또는 복합적 약한 및 중간 c-met 염색 강도를 갖는 50% 미만의 종양 세포, 또는 약한 또는 복합적 약한 및 중간 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이지만 중간 또는 복합적 중간 및 강한 c-met 염색 강도를 갖는 50% 미만의 종양 세포의 존재에 의해 검출된다. 일부 실시양태에서, c-met 발현 염색 강도는 대조 세포 펠릿의 c-met 염색 강도와 비교하여 결정된다. 일부 실시양태에서, 세포주 H1155는 음성 c-met 염색을 갖는다. 일부 실시양태에서, 세포주 HEK-293은 낮은 c-met 염색 강도를 갖는다. 본원에 개시된 임의의 본 발명의 일부 실시양태에서, 낮은 c-met 바이오마커 발현은 본원의 표 A에 따라 정의된 바와 같이 met 진단 음성 임상 상태이다.
본 발명은 또한, 환자로부터의 샘플에서 c-met 바이오마커의 발현을 결정하고, 바이오마커의 발현 수준을 기준으로 하여 암 의약을 선택하는 것을 포함하는, 암 환자를 위한 요법을 선택하는 방법에 관한 것이다. 한 실시양태에서, 암 샘플이 c-met 바이오마커를 높은 수준으로 발현하는 경우에 환자가 c-met 길항제 (예를 들어, 항-c-met 항체)로의 치료를 위해 선택된다. 일부 실시양태에서, 환자는 치료 유효량의 c-met 길항제를 사용하여 암에 대해 치료된다. 따라서, 일부 실시양태에서, 환자의 암 샘플이 c-met 바이오마커를 높은 수준으로 발현하는 경우에 환자가 c-met 길항제 (예를 들어, 항-c-met 항체)로의 치료를 위해 선택되고, (선택 후에) 상기 환자는 치료 유효량의 c-met 길항제를 사용하여 암에 대해 치료된다. 또 다른 실시양태에서, 암 샘플이 c-met 바이오마커를 낮은 수준으로 발현하는 경우에 (예를 들어, 암 샘플이 낮은 또는 실질적으로 검출가능하지 않은 수준의 바이오마커를 발현하는 경우에), 환자가 c-met 길항제 이외의 암 의약으로의 치료를 위해 선택된다. 일부 실시양태에서, 환자는 c-met 길항제 이외의 치료 유효량의 암 의약을 사용하여 암에 대해 치료된다. 따라서, 일부 실시양태에서, 암 샘플이 c-met 바이오마커를 낮은 (즉, 낮은 또는 실질적으로 검출가능하지 않은) 수준으로 발현하는 경우에 환자가 c-met 길항제 (예를 들어, EGFR 길항제, 예를 들어, 에를로티닙) 이외의 암 의약으로의 치료를 위해 선택되고, (선택 후에) 상기 환자는 치료 유효량의 c-met 길항제를 사용하여 암에 대해 치료된다.
게다가, 본 발명은 표적 청중에게 c-met 바이오마커의 발현을 기준으로 하여 암 환자를 치료하기 위한 암 의약의 사용을 프로모션하는 것을 포함하는, 암 의약 (예를 들어, c-met 길항제)을 광고하는 방법에 관한 것이다. 프로모션은 사용가능한 임의의 수단에 의해 시행될 수 있다. 일부 실시양태에서, 프로모션은 c-met 길항제 (예컨대 항-c-met 항체)의 시판 제제를 동봉한 포장 삽입물에 의한 것이다. 프로모션은 또한 제2 의약 (치료가 c-met 길항제 및 제2 의약, 예를 들어 EGFR 길항제, 예컨대 에를로티닙을 사용하는 조합 요법인 경우)의 시판 제제를 동봉한 포장 삽입물에 의한 것일 수 있다. 프로모션은 의사 또는 건강 관리 제공자에게 서면 또는 구두 커뮤니케이션에 의한 것일 수 있다. 일부 실시양태에서, 프로모션은 c-met 길항제, 및 일부 실시양태에서, 제2 의약, 예컨대 EGFR 길항제 (예컨대 에를로티닙)와 조합된, 또는 다른 실시양태에서, 항-VEGF 항체와 조합된 c-met 길항제로의 요법을 받는 것에 대한 지침서를 제공하는 포장 삽입물에 의한 것이다. 일부 실시양태에서, 프로모션은 제2 의약 (예를 들어, 에를로티닙)과 함께 또는 없이 c-met 길항제를 사용한 환자의 치료로 이어진다. 일부 실시양태에서, 프로모션은 c-met 길항제로의 치료와 함께 또는 없이 제2 의약으로의 환자의 치료로 이어진다. 일부 실시양태에서, 포장 삽입물은, c-met 길항제가 환자의 암 샘플이 높은 c-met 바이오마커를 발현하는 경우의 환자를 치료하기 위해 사용됨을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 포장 삽입물은, c-met 길항제가 환자의 암 샘플이 낮은 c-met 바이오마커를 발현하는 경우의 환자를 치료하기 위해서는 사용되지 않음을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 높은 c-met 바이오마커는 환자가 c-met 길항제로 치료되는 경우에 (또는 일부 실시양태에서, EGFR 길항제와 조합된 c-met 길항제로 치료되는 경우에) 증가된 PFS 및/또는 OS의 가능성을 의미한다. 일부 실시양태에서, 낮은 c-met 바이오마커는 환자가 c-met 길항제로 치료되는 경우에 (또는 일부 실시양태에서, EGFR 길항제와 조합된 c-met 길항제로 치료되는 경우에) 감소된 PFS 및 OS의 가능성을 의미한다. 일부 실시양태에서, PFS 및/또는 OS는 c-met 길항제로 치료 (또는 일부 실시양태에서, EGFR 길항제와 조합된 c-met 길항제로 치료)되지 않은 환자에 비해 감소된다. 일부 실시양태에서, 프로모션은 EGFR 길항제와 조합된 c-met 길항제로의 요법을 받는 것에 대한 지침서를 제공하는 포장 삽입물에 의한 것이다. 일부 실시양태에서, 프로모션은 제2 의약과 함께 또는 없이 항-c-met 항체로의 환자의 치료로 이어진다.
일부 측면에서, 본 발명은, 예를 들어, 환자의 생존을 증가시키고/거나, 환자의 암 재발 위험을 감소시키고/거나 환자의 생존 가능성을 증가시키기 위해 c-met 길항제 (예를 들어, 항-c-met 항체)로의 치료, 및 일부 실시양태에서, 제2 의약 (예컨대 EGFR 길항제, 예를 들어 에를로티닙)으로의 치료를 받는 것에 대한 지침서를 제공함으로써 높은 수준의 c-met 바이오마커를 발현하는 암 (예컨대 NSCLC) 환자를 지시하는 방법을 특징으로 한다. 일부 실시양태에서, 치료는 NSCLC 환자에게 EGFR 길항제, 예컨대 에를로티닙과 조합되어 투여되는 항-c-met 항체 (예를 들어, MetMAb)를 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 하나 이상의 화학요법제로의 치료를 받는 것에 대한 지침서를 제공하는 것을 추가로 포함한다. 특정 실시양태에서, 환자는 지시 방법에 의해 지시된 바와 같이 치료된다. 일부 실시양태에서, 포장 삽입물은 c-met 길항제가 환자의 암 샘플이 높은 c-met 바이오마커를 발현하는 경우의 환자를 치료하기 위해 사용되는 것임을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 지침서는 c-met 길항제가 환자의 암 샘플이 낮은 c-met 바이오마커를 발현하는 경우의 환자를 치료하기 위해 사용되지 않음을 나타내고, 여기서 낮은 c-met 바이오마커는 환자가 c-met 길항제로 치료 (또는 일부 실시양태에서, EGFR 길항제와 조합된 c-met 길항제로 치료)된 경우에 감소된 PFS 및 OS를 의미한다. 일부 실시양태에서, PFS 및/또는 OS는 c-met 길항제로 치료 (또는 일부 실시양태에서, EGFR 길항제와 조합된 c-met 길항제로 치료)되지 않은 환자에 비해 감소된다.
본 발명은 또한 인간 환자에서 암 (예를 들어, NSCLC)의 치료를 위해 c-met 길항제 (예를 들어, 항-c-met 항체)를 마케팅하는 것을 포함하고, 여기서 상기 환자의 암은 높은 (상승된) c-met 바이오마커 발현을 발현하여, 예를 들어, 생존을 증가시키고/거나 환자의 암 재발 가능성을 감소시키고/거나 환자의 생존 가능성을 증가시키는 것인 비즈니스 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 치료는 암 환자에게 항-c-met 항체 (예를 들어, MetMAb), 및 일부 실시양태에서, 제2 의약 (예를 들어, EGFR 길항제, 예컨대 에를로티닙)을 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 마케팅은 c-met 길항제 (예컨대 항-c-met 항체)로의 환자의 치료, 및 일부 실시양태에서, 항-c-met 항체 및/또는 EGFR 길항제로의 환자의 치료로 이어진다. 일부 측면에서, 본 발명은 c-met 길항제 이외의 암 의약으로의 치료를 받는 것에 대한 지침서를 제공함으로써 낮은 (즉, 낮은 또는 실질적으로 검출가능하지 않은) 수준의 c-met 바이오마커를 발현하는 암 (예컨대 NSCLC) 환자를 지시하는 방법을 특징으로 한다. 특정 실시양태에서, 환자는 상기 지시 방법에 의해 지시된 바와 같이 치료된다.
한 측면에서, 본 발명은 높은 양의 c-met 바이오마커를 발현하는 암 환자의 치료에 사용하기 위한 c-met 길항제를 제공한다. 일부 실시양태에서, 환자의 암은 높은 양의 c-met 바이오마커를 발현한다.
한 측면에서, 본 발명은, 높은 양의 c-met 바이오마커를 발현하는, c-met 길항제로의 치료에 적합한 암 환자를 확인하기 위한 시험관내 c-met IHC 검정의 용도를 제공한다. 일부 실시양태에서, 환자의 암은 높은 양의 c-met 바이오마커를 발현한다.
한 측면에서, 본 발명은 암 (예를 들어, NSCLC) 환자로부터의 샘플에서 c-met 바이오마커의 발현을 결정하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하는 진단 키트를 제공한다. 진단 키트는 본원에 기재된 임의의 방법과 함께 사용하는데 적합하다. 일부 실시양태에서, 환자가 c-met 길항제로 치료되는 경우에, 높은 c-met 바이오마커의 검출은 증가된 PFS 및/또는 OS를 의미한다. 일부 실시양태에서, 환자가 c-met 길항제로 치료되는 경우에, 낮은 c-met 바이오마커의 검출은 감소된 PFS 및/또는 OS를 의미한다. 일부 실시양태에서, 키트는 NSCLC 환자 치료용 c-met 의약을 선택하기 위한 키트를 사용하는 것에 대한 지침서를 추가로 포함한다.
한 측면에서, 본 발명은, 높은 양의 c-met 바이오마커를 발현하는, c-met 길항제로의 치료에 적합한 암 환자를 확인하기 위한 진단 키트의 용도를 제공한다. 일부 실시양태에서, 환자의 암은 높은 양의 c-met 바이오마커를 발현한다.
본 발명은 또한 함께 포장된, 제약상 허용되는 담체 중 c-met 길항제, 및 상기 c-met 길항제가 c-met 바이오마커의 발현을 기준으로 하여 암 환자를 치료하기 위한 것임을 나타내는 포장 삽입물을 포함하는 제조품에 관한 것이다. 치료 방법은 본원에 개시된 임의의 치료 방법을 포함한다. 일부 실시양태에서, 포장 삽입물은 c-met 길항제가 환자의 암 샘플이 높은 c-met 바이오마커를 발현하는 경우의 환자를 치료하기 위해 사용됨을 나타낸다. 일부 실시양태에서, PFS 및/또는 OS는 c-met 길항제로 치료 (또는 일부 실시양태에서, EGFR 길항제와 조합된 c-met 길항제로 치료)되지 않은 환자에 비해 증가될 것이다. 일부 실시양태에서, 포장 삽입물은 c-met 길항제가 환자의 암 샘플이 낮은 c-met 바이오마커를 발현하는 경우의 환자를 치료하기 위해 사용되는 것이 아님을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 낮은 c-met 바이오마커는 환자가 c-met 길항제로 치료 (또는 일부 실시양태에서, EGFR 길항제와 조합된 c-met 길항제로 치료)된 경우에 감소된 PFS 및 OS를 의미한다. 일부 실시양태에서, PFS 및/또는 OS는 c-met 길항제로 치료 (또는 일부 실시양태에서, EGFR 길항제와 조합된 c-met 길항제로 치료)되지 않은 환자에 비해 감소될 것이다.
관련 측면에서, 본 발명은 암 의약을 포함하는 제약 조성물, 및 상기 제약 조성물이 c-met 바이오마커의 발현을 기준으로 하여 암 환자를 치료하기 위한 것임을 나타내는 포장 삽입물을 포장 내에 조합하는 것을 포함하는, 제조품의 제조 방법에 관한 것이다. 치료 방법은 본원에 개시된 임의의 치료 방법을 포함한다. 일부 실시양태에서, 포장 삽입물은 c-met 길항제가 환자의 암 샘플이 높은 c-met 바이오마커를 발현하는 경우의 환자를 치료하기 위해 사용되는 것임을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 포장 삽입물은 c-met 길항제가 환자의 암 샘플이 낮은 c-met 바이오마커를 발현하는 경우의 환자를 치료하기 위해 사용되는 것이 아님을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 낮은 c-met 바이오마커는 환자가 c-met 길항제로 치료 (또는 일부 실시양태에서, EGFR 길항제로 조합된 c-met 길항제로 치료)된 경우에 감소된 PFS 및 OS의 가능성을 의미한다. 일부 실시양태에서, PFS 및/또는 OS는 c-met 길항제로 치료 (또는 일부 실시양태에서, EGFR 길항제와 조합된 c-met 길항제로 치료)되지 않은 환자에 비해 감소된다.
본원에 기재된 임의의 본 발명의 특정 실시양태에서, 암은 비소세포 폐암 (예를 들어, 편평 세포 암종 (SCC) 포함), 신세포암, 췌장암, 위 암종, 방광암, 식도암, 중피종, 흑색종, 유방암 (삼중-음성 유방암 포함), 갑상선암, 결장직장암, 두경부암, 골육종, 전립선암 또는 교모세포종일 수 있다. 일부 실시양태에서, 암은 NSCLC이다. 일부 실시양태에서, NSCLC는 2차 또는 3차 국부 진행성 또는 전이성 비소세포 폐암이다. 일부 실시양태에서, NSCLC는 선암종이다. 일부 실시양태에서, NSCLC는 편평 세포 암종이다. 다른 예시적인 암은 본원에 기재되어 있다. 일부 실시양태에서, NSCLC는 적어도 하나의 선행 화학치료 요법의 실패 후의 국부 진행성 또는 전이성 NSCLC이다.
본원에 제공된 임의의 본 발명의 특정 실시양태에서, 환자는 병기 IIIB/IV에 대해 2가지 초과의 선행 치료를 받지 않았다. 일부 실시양태에서, 환자는 EGFR 억제에 의해 작용할 수 있는 연구 또는 시판 작용제, 또는 용량 변경을 야기하는 공지된 EGFR-관련 독성에 30일 초과로 노출되지 않았다. EGFR 억제제는 게피티닙, 에를로티닙 및 세툭시맙을 포함한다 (이에 제한되지 않음). 일부 실시양태에서, 환자는 랜덤화 전 28일 내에 화학요법, 생물학적 요법, 방사선요법 또는 연구 약물을 받지 않았다 (단, 임의로, 임의의 약물 관련 독성이 적절하게 해결되었다면, 랜덤화 전 2주 내에 키나제 억제제를 사용할 수 있음). 일부 실시양태에서, 환자는 미치료된 및/또는 활성 (진행성, 또는 징후적 제어를 위한 항경련제 또는 코르티코스테로이드 요구성) CNS 전이를 갖는 환자가 아니다. 일부 실시양태에서, 환자의 암의 샘플은 야생형 EGFR을 갖는 것으로 나타났다. 일부 실시양태에서, 환자의 암의 샘플은 돌연변이된 EGFR을 갖는 것으로 나타나지 않았다. 기타 환자 제외 기준은 실시예에 기재되어 있고, 본 발명은 그 안에 기재된 하나 이상의 제외를 사용하는 것으로 예상된다.
예를 들어, 본원에 기재된 임의의 본 발명에 사용하기에 적합한 c-met 길항제는 당업계에 공지되어 있고, 일부는 본원에 추가로 기재되어 있다. 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 길항제 항-c-met 항체이다. 특정 실시양태에서, 항-c-met 항체는 (a) 서열
Figure pct00001
을 포함하는 HVR1; (b) 서열
Figure pct00002
을 포함하는 HVR2; (c) 서열
Figure pct00003
을 포함하는 HVR3-HC; (d) 서열
Figure pct00004
을 포함하는 HVR1-LC; (e) 서열
Figure pct00005
을 포함하는 HVR2-LC; 및 (f) 서열
Figure pct00006
을 포함하는 HVR3-LC를 포함한다. 특정 실시양태에서, 항-c-met 항체는 1가이고, (a) 중쇄를 포함하며, 서열 11의 서열을 포함하는 제1 폴리펩티드; (b) 경쇄를 포함하며, 서열 12의 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드; 및 (c) Fc 서열을 포함하며, 서열 13의 서열을 포함하는 제3 폴리펩티드를 포함하며, 여기서 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인은 복합체로서 존재하고, 단일 항원 결합 아암을 형성하고, 제1 및 제2 Fc 폴리펩티드는 복합체로서 존재하고, 상기 항원 결합 아암을 포함하는 Fab 분자와 비교하여 상기 항체 단편의 안정성을 증가시키는 Fc 영역을 형성한다. 특정 실시양태에서, c-met 항체는 MetMAb (교환가능하게 "오나르투주맙"으로 명명됨)이다. 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 크리조티닙, 티반티닙, 카보잔티닙, MGCD-265, 피클라투주맙, 인간화 TAK-701, 릴로투무맙, 포레티닙, h224G11, DN-30, MK-2461, E7050, MK-8033, PF-4217903, AMG208, JNJ-38877605, EMD1204831, INC-280, LY-2801653, SGX-126, RP1040, LY2801653, BAY-853474 및/또는 LA480 중 임의의 하나 이상이다. 본 발명에 사용하기에 적합한 다른 c-met 길항제는 본원에 기재되어 있다.
암 의약은 단독으로 또는 다른 암 의약과 조합하여 사용될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, c-met 길항제 (예를 들어, 항-c-met 항체)는 EGFR 길항제 (예를 들어, 에를로티닙)와 조합하여 사용된다. 특정 실시양태에서, 에를로티닙은 3주 주기의 각 해당일에 150 mg의 용량으로 투여된다. 특정 실시양태에서, 에를로티닙은 3주 주기의 각 해당일에 100 mg의 용량으로 투여된다. 특정 실시양태에서, 에를로티닙은 3주 주기의 각 해당일에 50 mg의 용량으로 투여된다. 예시적인 프로토콜은 NSCLC 환자에게 (a) 3주마다 약 15 mg/kg 용량의 항-c-met 항체 (예컨대 MetMAb); 및 (b) 3주 주기의 각 해당일에 150 mg 용량의 에를로티닙 (N-(3-에티닐페닐)-6,7-비스(2-메톡시에톡시)-4-퀴나졸린아민)을 투여하는 것이다. 다른 실시양태에서, c-met 길항제 (예를 들어, 항-c-met 항체)는 항-VEGF 항체 및 화학요법 (예를 들어, 탁산)과 조합하여 사용된다. 예시적인 프로토콜은 삼중-음성 전이성 유방암 환자에게 28-일 주기 중 제1일 및 제15일에 10 mg/kg의 용량으로 투여되는 항-c-met 항체 (예를 들어, MetMAb), 28-일 주기 중 제1일 및 제15일에 10 mg/kg의 용량으로 투여되는 항-VEGF 항체 (예를 들어, 베바시주맙) 및 28-일 주기 중 제1일, 제8일 및 제15일에 IV 주입에 의해 90 mg/m2의 용량으로 투여되는 파클리탁셀을 투여하는 것이다. 또 다른 예시적인 프로토콜은 삼중-음성 전이성 유방암 환자에게 28-일 주기 중 제1일 및 제15일에 10 mg/kg의 용량으로 투여되는 항-c-met 항체 (예를 들어, MetMAb) 및 28-일 주기 중 제1일, 제8일 및 제15일에 IV 주입에 의해 90 mg/m2의 용량으로 투여되는 파클리탁셀을 투여하는 것이다. 특정 실시양태에서, MetMAb는 3주마다 약 15 mg/kg의 용량으로, 또는 2주마다 약 10 mg/kg의 용량으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 크리조티닙은 EGFR 길항제 (일부 실시양태에서, 에를로티닙)와 조합하여 사용된다. 일부 실시양태에서, 카보잔티닙은 EGFR 길항제 (일부 실시양태에서, 에를로티닙)와 조합하여 사용된다. 일부 실시양태에서, 포레티닙은 EGFR 길항제 (일부 실시양태에서, 에를로티닙)와 조합하여 사용된다. 일부 실시양태에서, 티반티닙은 EGFR 길항제 (일부 실시양태에서, 에를로티닙)와 조합하여 사용된다. 일부 실시양태에서, MGCD-265는 EGFR 길항제 (일부 실시양태에서, 에를로티닙)와 조합하여 사용된다. 일부 실시양태에서, 릴로투무맙은 EGFR 길항제 (일부 실시양태에서, 에를로티닙)와 조합하여 사용된다. 일부 실시양태에서, 피클라투주맙은 EGFR 길항제 (일부 실시양태에서, 에를로티닙)와 조합하여 사용된다. 일부 실시양태에서, 인간화 항-HGF 항체 TAK-701은 EGFR 길항제 (일부 실시양태에서, 에를로티닙)와 조합하여 사용된다. 다른 암 의약은 본원에 기재되어 있다.
c-met 바이오마커의 검출은 본원에 개시되고 예시되어 있다. 본원에 기재된 임의의 본 발명의 일부 실시양태에서, 환자의 암에서의 c-met 바이오마커의 높은 발현은 높은 단백질 발현이고, 추가 실시양태에서 IHC를 이용하여 결정된다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 2 또는 3이다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 3이다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 2이다. 일부 실시양태에서, 높은 c-met 바이오마커는 중간 c-met 염색 강도, 복합적 중간/높은 c-met 염색 강도 또는 높은 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이다 (이를 의미함). 일부 실시양태에서, 높은-c-met 바이오마커는 중간 또는 높은 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이다. 일부 실시양태에서, c-met 바이오마커의 높은 발현은 높은 mRNA 발현이다 (일부 실시양태에서 정성적 RT-PCR 또는 계내 혼성화를 이용하여 검출됨). 일부 실시양태에서, c-met 바이오마커의 높은 발현은c-met 유전자 증폭이다 (일부 실시양태에서 FISH를 이용하여 검출됨). 다른 실시양태에서, 유전자 발현 프로파일링, PCR (예컨대 rtPCR), RNN-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, 매스어레이 기술 또는 FISH는 c-met 바이오마커를 검출하는데 이용된다. 일부 실시양태에서, PFS 및/또는 OS는 c-met 길항제로 치료 (또는 일부 실시양태에서, EGFR 길항제와 조합된 c-met 길항제로 치료)되지 않은 환자에 비해 증가될 것이다 (즉, 증가된 PFS 및/또는 OS의 가능성이 있음). 본원에 개시된 임의의 본 발명의 일부 실시양태에서, 높은 c-met 바이오마커 발현은 본원의 표 A에 따라 정의된 바와 같이 met 진단 양성 임상 상태이다.
본원에 기재된 임의의 본 발명의 일부 실시양태에서, 환자의 암에서의 c-met 바이오마커의 낮은 발현은 낮은 단백질 발현이고, IHC를 이용하여 결정된다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 1이다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 0이다. 일부 실시양태에서, IHC 점수는 0 또는 1이다. 일부 실시양태에서, 낮은 c-met 바이오마커는 음성 c-met 염색, 약한 또는 복합적 약한 또는 중간 c-met 염색 강도를 갖는 50% 미만의 종양 세포, 또는 약한 또는 복합적 약한 및 중간 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이지만 중간 또는 복합적 중간 및 강한 c-met 염색 강도를 갖는 50% 미만의 종양 세포이다. 일부 실시양태에서, 낮은 c-met 바이오마커는 환자가 c-met 길항제로 치료 (또는 일부 실시양태에서, EGFR 길항제와 조합된 c-met 길항제로 치료)된 경우에 감소된 PFS 및 OS에 대한 증가된 가능성을 의미한다. 일부 실시양태에서, PFS 및/또는 OS는 c-met 길항제로 치료 (또는 일부 실시양태에서, EGFR 길항제와 조합된 c-met 길항제로 치료)되지 않은 환자에 비해 감소될 것이다 (즉, 감소된 PFS 및/또는 OS의 가능성이 있음). 본원에 개시된 임의의 본 발명의 일부 실시양태에서, 낮은 c-met 바이오마커 발현은 본원의 표 A에 따라 정의된 바와 같이 met 진단 음성 임상 상태이다.
임의로, 추가의 바이오마커가 환자의 샘플에서 검출될 수 있다. 일부 실시양태에서, 환자의 암은 야생형 EGFR을 발현하는 것으로 밝혀졌다 (일부 실시양태에서, c-met 유전자 증폭을 추가로 발현하고, 추가 실시양태에서, c-met 유전자 증폭을 발현하지 않음). 특정 실시양태에서, 환자의 암은 kras 및 EGFR로부터 선택된 바이오마커를 발현하는 것으로 밝혀졌다. 일부 실시양태에서, 환자의 암은 돌연변이된 kras를 발현하는 것으로 밝혀졌다. 일부 실시양태에서, 환자의 암은 야생형 kras를 발현하는 것으로 밝혀졌다. 일부 실시양태에서, 환자의 암은 돌연변이된 EGFR을 발현하는 것으로 밝혀졌다. 일부 실시양태에서, 환자의 암 (예를 들어, 환자의 NSCLC)은 역형성 림프종 키나제 (ALK) 전위를 발현하는 것으로 밝혀졌다. 일부 실시양태에서, ALK 전위는 EML4-ALK 전위이다. 일부 실시양태에서, 환자의 암은 돌연변이된 c-met를 발현하는 것으로 밝혀졌다. 일부 실시양태에서, 환자의 암은 야생형 c-met를 발현하는 것으로 밝혀졌다.
바이오마커 (예를 들어 c-met 바이오마커) 발현의 결정과 관련된 추가 실시양태는 본원에 개시되어 있다.
또 다른 측면에서, 본 발명은 높은 양의 c-met 바이오마커를 발현하는 암의 치료와 연관된 환자에서 유해 사례를 평가하는 방법을 제공하며, 여기서 치료는 c-met 길항제 (예를 들어, MetMAb (오나르투주맙))를 사용하고, 방법은 하나 이상의 유해 사례의 수 및/또는 심각성을 모니터링하는 단계를 포함한다. 예시적인 유해 사례는 본원에 개시되어 있다.
특허 또는 출원 파일은 컬러로 실행된 하나 이상의 도면을 포함한다. 컬러 도면(들)을 갖는 본 특허 또는 특허 출원 공보의 사본은 필요한 요금의 청구 및 납부시에 해당 관청에 의해 제공될 것이다.
도 1은 대조 세포 펠릿의 예시적인 IHC 분석을 보여준다.
도 2는 NSCLC 종양 샘플의 IHC 분석의 예를 보여준다.
도 3은 에를로티닙 + 위약 (실선) 대 에를로티닙 + MetMAb (파선)를 사용한 Met 고 환자의 치료의 분석을 보여준다.
도 4는 에를로티닙 + 위약 (실선) 대 에를로티닙 + MetMAb (파선)를 사용한 Met 저 환자의 치료의 분석을 보여준다.
도 5는 에를로티닙 + 위약 (실선) 대 에를로티닙 + MetMAb (파선)를 사용한 모든 환자의 치료의 분석을 보여준다.
도 6은 하위군에 의해 조사된 PFS를 보여준다.
도 7은 하위군에 의해 조사된 OS를 보여준다.
도 8은 에를로티닙 + 위약 치료된 환자에서 Met 발현에 의한 예후 분석을 보여준다. Met 저 = 파선; Met 고 = 실선.
도 9는 Met 고 환자에서 PFS의 하위군 분석을 보여준다.
도 10은 Met 고 환자에서 OS의 하위군 분석을 보여준다.
도 11은 Met 저 환자에서 PFS의 하위군 분석을 보여준다.
도 12는 Met 저 환자에서 OS의 하위군 분석을 보여준다.
도 13은 에를로티닙 + 위약 (실선) 대 에를로티닙 + MetMAb (파선)를 사용한 Met 진단 양성 환자 치료의 최종 분석을 보여준다.
도 14는 에를로티닙 + 위약 (실선) 대 에를로티닙 + MetMAb (파선)를 사용한 Met 진단 음성 환자 치료의 최종 분석을 보여준다.
도 15는 에를로티닙 + 위약 (실선) 대 에를로티닙 + MetMAb (파선)를 사용한 모든 환자 치료의 최종 분석을 보여준다.
도 16은 하위군에 의해 조사된 OS를 보여준다.
도 17은 Met 진단 음성 환자에서 OS의 최종 분석을 보여준다
도 18은 환자의 특정 하위집단에 대한 OS 분석을 보여준다.
도 19는 Met 발현이 에를로티닙 + 위약 치료된 환자에서 더 악화된 결과와 연관됨을 보여준다.
도 20은 MET mRNA 수준과 met IHC 임상 점수와의 관계를 보여준다.
도 21은 덜 엄격한 Met 발현 컷오프 및 더 엄격한 Met 발현 컷오프를 이용하여 규정된 환자에서 평가되는, 에를로티닙과 조합된 MetMAb의 치료 효과를 보여준다. 모든 위험비는 비계층화된 분석으로부터 평가되었다.
발명의 실시양태의 상세한 설명
I. 정의
본원에서, "환자"는 인간 환자이다. 환자는 "암 환자", 즉 하나 이상의 암 증상을 앓거나 또는 앓을 위험이 있는 환자일 수 있다. 더욱이, 환자는 선행 치료된 암 환자일 수 있다. 환자는 "NSCLC 암 환자", 즉 하나 이상의 NSCLC 증상을 앓거나 또는 앓을 위험이 있는 환자일 수 있다. 더욱이, 환자는 선행 치료된 NSCLC 환자일 수 있다.
본원에 사용된 용어 "c-met" 또는 "Met"는, 달리 나타내지 않는 한, 임의의 천연 또는 변이형 (천연이든 또는 합성이든) c-met 폴리펩티드를 지칭한다. 용어 "야생형 c-met"는 일반적으로 자연 발생 c-met 단백질의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩티드를 지칭한다. 용어 "야생형 c-met 서열"은 일반적으로 자연 발생 c-met에서 발견되는 아미노산 서열를 지칭한다.
"항-c-met 항체"는 충분한 친화도 및 특이성으로 c-met에 결합하는 항체이다. 선택된 항체는 통상적으로 c-met에 대해 충분히 강력한 결합 친화도를 가질 것이고, 예를 들어 상기 항체는 100 nM 내지 1 pM의 Kd 값으로 인간 c-met에 결합할 수 있다. 항체 친화도는 예를 들어 표면 플라즈몬 공명 기반 검정 (예컨대 PCT 출원 공보 번호 WO2005/012359에 기재된 바와 같은 비아코어(BIAcore) 검정); 효소-결합 면역흡착 검정 (ELISA); 및 경쟁 검정 (예를 들어, RIA)에 의해 결정될 수 있다. 특정 실시양태에서, 항-c-met 항체는 c-met 활성이 관여하는 질환 또는 상태를 표적화하고 이를 방해하는데 있어서 치료제로서 사용될 수 있다. 또한, 상기 항체는, 예를 들어 치료제로서의 그의 유효성을 평가하기 위해 다른 생물학적 활성 검정에 적용될 수 있다. 이러한 검정은 당업계에 공지되어 있고, 항체에 대한 표적 항원 및 의도된 용도에 따라 달라진다.
"c-met 길항제" (교환가능하게 "c-met 억제제"로 명명됨)는 c-met 활성화 또는 기능을 방해하는 작용제이다. c-met 억제제의 예는 c-met 항체; HGF 항체; 소분자 c-met 길항제; c-met 티로신 키나제 억제제; 안티센스 및 억제 RNA (예를 들어, shRNA) 분자 (예를 들어, WO2004/87207 참조)를 포함한다. 바람직하게는, c-met 억제제는 c-met에 결합하는 항체 또는 소분자이다. 특정한 실시양태에서, c-met 억제제는 c-met에 대해 약 1,000 nM 이하의 결합 친화도 (해리 상수)를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, c-met 억제제는 c-met에 대해 약 100 nM 이하의 결합 친화도를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, c-met 억제제는 c-met에 대해 약 50 nM 이하의 결합 친화도를 갖는다. 특정한 실시양태에서, c-met 억제제는 c-met에 공유 결합된다. 특정한 실시양태에서, c-met 억제제는 c-met 신호전달을 1,000 nM 이하의 IC50으로 억제한다. 또 다른 실시양태에서, c-met 억제제는 c-met 신호전달을 500 nM 이하의 IC50으로 억제한다. 또 다른 실시양태에서, c-met 억제제는 c-met 신호전달을 50 nM 이하의 IC50으로 억제한다.
"c-met 활성화"는 c-met 수용체의 활성화 또는 인산화를 지칭한다. 일반적으로, c-met 활성화는 신호 전달 (예를 들어, c-met 또는 기질 폴리펩티드 내의 티로신 잔기를 인산화하는, c-met 수용체의 세포내 키나제 도메인에 의해 야기됨)을 유발한다. c-met 활성화는 관심 c-met 수용체에 대한 c-met 리간드 (HGF) 결합에 의해 매개될 수 있다. c-met에의 HGF 결합은 c-met의 키나제 도메인을 활성화시키고, 이에 따라 c-met 내 티로신 잔기의 인산화 및/또는 추가의 기질 폴리펩티드(들) 내 티로신 잔기의 인산화를 유발할 수 있다.
대상체의 "집단"은 임상 시험에서와 같이, 또는 유방암 요법과 같은 특정한 적응증에 대한 FDA 승인 후에 종양학자에 의해 관찰되는 바와 같이 암에 걸린 일군의 대상체를 지칭한다.
본원에 사용된 바이오마커에 대한 어구 "실질적 바이오마커 발현을 보유하지 않는" 또는 "실질적으로 어떠한 바이오마커 발현도 없는"은, 바이오마커가 통계적 유의성을 갖는 상기 백그라운드 수준으로 발현 수준을 나타내지 않음을 의미한다. 본원에 사용된 바이오마커에 대한 어구 "바이오마커 발현이 거의 없는 내지 전혀 없는"은, 바이오마커가 발현의 생물학적으로 의미있는 양을 나타내지 않음을 의미한다. 당업계에서 이해되는 바와 같이, 발현의 양은, 바이오마커 샘플 및 참조 대응물 사이에 비교가 행해질 수 있는 한, 정량적으로 또는 정성적으로 결정될 수 있다. 발현은 당업계에 공지된 임의의 검정 또는 기술 (예를 들어, 본원에 기재된 것 (예컨대 IHC)을 포함)에 따라 측정되거나 검출될 수 있다.
용어 "유전자 증폭"은 다중 카피의 유전자 또는 유전자 단편이 특정한 세포 또는 세포주에서 형성되는 과정을 지칭한다.
본 발명의 방법에 대해, 용어 환자를 "지시하는"은 적용가능한 요법, 의약, 치료, 치료 요법 등에 관한 지시를 임의의 수단에 의해, 그러나 바람직하게는 서면, 예컨대 포장 삽입물 또는 기타 서면 프로모션 자료의 형태로 제공하는 것을 의미한다.
본 발명의 방법에 대해, 용어 "프로모션하는"은 특정한 약물, 약물 조합물, 또는 치료 양식을 포장 삽입물 형태와 같은 서면을 비롯한 임의의 수단에 의해 제공하거나 광고하거나 판매하거나 기재하는 것을 의미한다. 본원에서 프로모션은 적응증, 예컨대 NSCLC 치료를 위한 치료제(들), 예컨대 항-c-met 항체 및/또는 에를로티닙의 프로모션을 지칭하며, 이러한 프로모션은 대상체 집단 내에서 통계적으로 유의한 치료 효능 및 허용되는 안전성과 연관된 것으로 입증되어야 미국 식품 의약품국 (FDA)에 의해 승인된다.
용어 "마케팅"은 제품 (예를 들어, 약물)의 프로모션, 판매 또는 유통을 설명하기 위해 본원에서 사용된다. 마케팅은 구체적으로 제품을 상품화할 목적으로 하는 포장, 광고 및 임의의 비지니스 활동을 포함한다.
본원에서의 목적을 위해, "선행 치료된" 암 환자는 선행 암 요법을 받은 바 있다.
"불응성" 암은 항종양제, 예를 들어 화학요법제를 암 환자에게 투여함에도 불구하고 진행한다.
"암 의약"은 암 치료에 효과적인 약물이다. 암 의약의 예는 하기 언급되는 화학요법제 및 화학치료 요법; c-met 길항제, 예를 들어 항-c-met 항체, 예컨대 MetMAb를 포함한다.
본원에 사용된 용어 "바이오마커" 또는 "마커"는 일반적으로 조직 또는 세포 내에서 또는 그 상에서의 그의 발현 또는 분비가 공지의 방법 (또는 본원에 개시된 방법)에 의해 검출될 수 있고, 치료 요법에 대한 세포, 조직 또는 환자의 반응성을 예측하거나 또는 예측하기 위해 (또는 예측을 돕기 위해) 사용될 수 있는, 유전자, mRNA, 단백질, 탄수화물 구조물 또는 당지질을 비롯한 분자를 지칭한다. 본원에서 특정한 관심 바이오마커는 c-met이다. 일부 실시양태에서, c-met 바이오마커는 c-met 유전자의 증폭을 포함하지 않는다 (예를 들어, 세포 집단에서 평균 3 카피 이상, 4 카피 이상 또는 5 카피 이상의 c-met 유전자, 또는 그 초과, 예컨대 평균 8 카피 이상 또는 10 카피 이상의 c-met 유전자).
"환자 샘플"은 암 환자로부터 수득된 유사한 세포의 집합을 의미한다. 조직 또는 세포 샘플의 공급원은 신선한, 동결 및/또는 보존된 기관 또는 조직 샘플 또는 생검 또는 흡인물로부터의 고형 조직; 혈액 또는 임의의 혈액 구성성분; 체액, 예를 들어 뇌척수액, 양수, 복수 또는 간질액; 대상체의 임신 또는 발생 중의 임의의 시점으로부터의 세포일 수 있다. 조직 샘플은 자연에서 조직과 자연적으로 서로 혼합되지 않는 화합물, 예를 들어 보존제, 항응고제, 완충제, 고정제, 영양소, 항생제 등을 함유할 수 있다. 본원에서 종양 샘플의 예는 종양으로부터 유래되거나 종양-유사 특성을 나타내는 종양 생검, 순환 종양 세포, 혈청 또는 혈장, 순환 혈장 단백질, 복수액, 일차 세포 배양물 또는 세포주 뿐만 아니라 보존된 종양 샘플, 예컨대 포르말린-고정, 파라핀-포매된 종양 샘플 또는 동결된 종양 샘플을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 한 실시양태에서, 샘플은 NSCLC (예를 들어, 편평 하위유형 또는 비평편 하위유형) 종양 샘플을 포함한다.
의약으로의 치료에 대한 환자의 "유효 반응" 또는 환자의 "반응성", 및 유사한 단어는 암 의약의 투여시에 암 (예를 들어, NSCLC)에 대한 위험이 있거나 또는 암을 앓는 환자에게 부여된 임상 또는 치료 이익을 지칭한다. 이러한 이익은 다음 중 임의의 하나 이상을 포함한다: 생존 (전체 생존 및 무진행 생존 포함) 연장; 객관적 반응 (완전한 반응 또는 부분적 반응 포함) 생성; 또는 암의 징후 또는 증상의 개선 등. 한 실시양태에서, 바이오마커 (예를 들어, IHC를 이용하여 결정되는 바와 같은, 예를 들어 c-met 발현)는 동일한 수준의 바이오마커를 발현하지 않는 환자와 비교하여 의약 (예를 들어, 항-c-met 항체)으로 치료된 경우에 더 큰 무진행 생존 (PFS)을 가질 것으로 예상되는 환자를 확인하는데 사용된다. 한 실시양태에서, 바이오마커는 동일한 수준의 바이오마커를 발현하지 않고 의약으로 치료된 환자와 비교하여, 또는 동일한 수준의 바이오마커를 발현하지 않고 의약으로 치료되지 않은 환자와 비교하여 감소된 PFS를 가질 것으로 예상되는 환자를 확인하는데 사용된다. 한 실시양태에서, 바이오마커는 동일한 수준의 바이오마커를 발현하지 않는 환자와 비교하여 의약으로 치료된 경우에 더 큰 전체 생존 (OS)을 가질 것으로 예상되는 환자를 확인하는데 사용된다. 한 실시양태에서, 바이오마커는 동일한 수준의 바이오마커를 발현하지 않고 의약으로 치료된 환자와 비교하여, 또는 동일한 수준의 바이오마커를 발현하지 않고 의약으로 치료되지 않은 환자와 비교하여 감소된 전체 생존 (OS)을 가질 것으로 예상되는 환자를 확인하는데 사용된다. 본원의 바이오마커(들)의 발생은 이러한 유효 반응을 효과적으로 예측하거나 또는 높은 민감도로 예측한다.
"생존"은 환자가 계속 살아있는 것을 의미하고, 전체 생존 뿐만 아니라 무진행 생존을 포함한다.
"전체 생존"은 환자가 진단 또는 치료 시점으로부터 1년, 5년 등과 같은 정해진 기간 동안 계속 살아있는 것을 지칭한다.
"무진행 생존"은 암이 진행되거나 악화되지 않으면서 환자가 계속 살아있는 것을 지칭한다.
"생존 연장"은 비치료된 환자에 비해 (즉, 의약으로 치료되지 않은 환자에 비해) 또는 바이오마커를 지정된 수준으로 발현하지 않는 환자에 비해, 및/또는 승인된 항종양제 (예컨대 에를로티닙의 화학치료 요법)로 치료된 환자에 비해, 치료된 환자에서의 전체 생존 또는 무진행 생존이 증가하는 것을 의미한다.
"객관적 반응"은 완전한 반응 (CR) 또는 부분적 반응 (PR)을 비롯한 측정가능한 반응을 지칭한다.
"완전한 반응" 또는 "CR"은 치료에 대한 반응에서 암의 모든 증상의 소멸을 의도한다. 이것은 항상 암이 치유되었음을 의미하지는 않는다.
"부분적 반응" 또는 "PR"은 치료에 대한 반응에서 하나 이상의 종양 또는 병변 크기의 감소, 또는 신체 내 암 정도의 감소를 지칭한다.
암 (예를 들어 NSCLC) 환자에 대한 증가된 임상적 이익과 연관된 바이오마커의 "양" 또는 "수준"은 생물학적 샘플에서 검출가능한 수준을 지칭하고, 여기서 상기 바이오마커의 수준은 증가된 환자 임상적 이익과 연관된다. 이들은 당업자들에게 공지되고 또한 본 발명에 의해 개시된 방법에 의해 측정될 수 있다. 평가되는 바이오마커의 발현 수준 또는 양은 치료에 대한 반응을 결정하기 위해 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 바이오마커의 양 또는 수준은 (예를 들어, 환자 종양 샘플의) IHC를 이용하여 결정된다. 일부 실시양태에서, 암 환자에서의 증가된 임상적 이익과 연관된 c-met 바이오마커의 양 또는 수준은 IHC 점수 2, IHC 점수 3, 또는 IHC 점수 2 또는 3이다. 일부 실시양태에서, 암 환자에서의 증가된 임상적 이익과 연관된 c-met 바이오마커의 양 또는 수준은 중간 c-met 염색 강도, 복합적 중간/높은 c-met 염색 강도 또는 높은 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이다. 일부 실시양태에서, 암 환자에서의 증가된 임상적 이익과 연관된 c-met 바이오마커의 양 또는 수준은 중간 또는 높은 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이다.
암 (예를 들어 NSCLC) 환자에 대한 감소된 임상적 이익과 연관된 바이오마커의 "양" 또는 "수준"은 생물학적 샘플에서 검출가능한 바이오마커의 결핍 또는 낮은 검출가능한 수준을 지칭하고, 여기서 상기 바이오마커의 수준은 감소된 환자 임상적 이익과 연관된다. 이들은 당업자들에게 공지되고 또한 본 발명에 의해 개시된 방법에 의해 측정될 수 있다. 평가되는 바이오마커의 발현 수준 또는 양은 치료에 대한 반응을 결정하기 위해 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 바이오마커의 양 또는 수준은 (예를 들어, 환자 종양 샘플의) IHC를 이용하여 결정된다. 일부 실시양태에서, 암 환자에서의 감소된 임상적 이익과 연관된 c-met 바이오마커의 양 또는 수준은 IHC 점수 0, IHC 점수 1, 또는 IHC 점수 0 또는 1이다. 일부 실시양태에서, 암 환자에서의 감소된 임상적 이익과 연관된 c-met 바이오마커의 양 또는 수준은 음성 c-met 염색, 약한 또는 복합적 약한 및 중간 c-met 염색 강도를 갖는 50% 미만의 종양 세포, 또는 약한 또는 복합적 약한 및 중간 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이지만 중간 또는 복합적 중간 및 강한 c-met 염색 강도를 갖는 50% 미만의 종양 세포이다.
일반적으로 용어 "발현의 수준" 또는 "발현 수준"은 교환가능하게 이용되고, 일반적으로 생물학적 샘플에서 폴리뉴클레오티드, mRNA 또는 아미노산 산물 또는 단백질의 양을 지칭한다. "발현"은 일반적으로 유전자-코딩 정보가, 세포 내에 존재하고 작동하는 구조로 전환되는 과정을 지칭다. 따라서, 본 발명에 따르면, 유전자의 "발현"은 폴리뉴클레오티드로의 전사, 단백질로의 번역, 또는 심지어는 단백질의 번역후 변형을 지칭할 수 있다. 전사된 폴리뉴클레오티드, 번역된 단백질 또는 번역후 변형된 단백질의 단편은 또한 이들이 대안적 스플라이싱에 의해 생성된 전사체 또는 분해된 전사체로부터 유래하든지 또는 예를 들어 단백질분해에 의한 단백질의 번역후 프로세싱으로부터 유래하든지 발현되는 것으로 여겨질 것이다. 일부 실시양태에서, "발현의 수준"은 IHC를 이용하여 결정되는 바와 같이 생물학적 샘플 내의 단백질의 양을 지칭한다.
본원에 사용된 경우의 어구 "의 발현을 기준으로 하여"는 본원에서 하나 이상의 바이오마커의 발현 수준에 대한 정보가 치료 결정, 포장 삽입물 상에 제공되는 정보 또는 마케팅/프로모션 지침 등을 통지하기 위해 이용된다는 것을 의미한다. 바이오마커의 높은 발현의 경우에, 환자는 암 (예를 들어 NSCLC) 의약, 예컨대 c-met 길항제 (예를 들어, 항-c-met 항체, 예를 들어, MetMAb)로 치료될 수 잇다. 바이오마커의 감소된 발현 수준의 경우에, 환자는 c-met 길항제 (예를 들어, 항-c-met 항체, 예를 들어 MetMAb) 이외의 암 의약으로 치료될 수 있다.
"치료"는 치유적 치료, 및 예방적 또는 방지적 조치 둘 다를 지칭한다. 치료를 필요로 하는 대상은 이미 양성, 전암성 또는 비전이성 종양에 걸린 대상 뿐만 아니라 암의 발생 또는 재발을 예방하고자 하는 대상을 포함한다.
용어 "치료 유효량"은 포유동물에서 질환 또는 장애를 치료 또는 예방하는 치료제의 양을 지칭한다. 암의 경우에, 치료제의 치료 유효량은 암 세포의 수를 감소시킬 수 있고/거나; 원발성 종양 크기를 감소시킬 수 있고/거나; 말초 기관 내로의 암 세포 침윤을 억제 (즉, 어느 정도까지 느리게 하고, 바람직하게는 정지)할 수 있고/거나; 종양 전이를 억제 (즉, 어느 정도까지 느리게 하고 바람직하게는 정지)할 수 있고/거나; 종양 성장을 어느 정도까지 억제할 수 있고/거나; 장애와 연관된 하나 이상의 증상을 어느 정도까지 완화할 수 있다. 약물은, 기존 암 세포의 성장을 방지하고/거나 기존 암 세포를 사멸시킬 수 있는 정도까지 세포증식억제성 및/또는 세포독성일 수 있다. 암 요법의 경우에, 생체내 효능은 예를 들어 생존 기간, 질환 진행까지의 시간 (TTP), 반응률 (RR), 반응 지속기간 및/또는 삶의 질을 평가함으로써 측정될 수 있다.
용어 "암" 및 "암성"은 조절되지 않는 세포 성장을 전형적으로 특징으로 하는 포유동물에서의 생리적 상태를 지칭하거나 또는 기재한다. 이 정의에는 양성 및 악성 암이 포함된다. "초기 병기 암" 또는 "초기 병기 종양"은 침습성 또는 전이성이 아닌 암을 의미하거나, 또는 0, I 또는 II기의 암으로 분류된다. 암의 예는 암종, 림프종, 모세포종 (수모세포종 및 망막모세포종 포함), 육종 (지방육종 및 활막 세포 육종 포함), 신경내분비 종양 (카르시노이드 종양, 가스트린종 및 도세포암 포함), 중피종, 슈반세포종 (청신경종 포함), 수막종, 선암종, 흑색종, 및 백혈병 또는 림프성 악성종양을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 상기 암의 보다 특정한 예는 편평세포암 (예를 들어, 상피 편평세포암), 폐암, 예를 들어 소세포 폐암 (SCLC), 비소세포 폐암 (NSCLC), 폐의 선암종 및 폐의 편평세포 암종, 복막암, 간세포성암, 위장암을 비롯한 위의 암 또는 위암, 췌장암, 교모세포종, 자궁경부암, 난소암, 간암, 방광암, 간세포암, 유방암 (전이성 유방암 포함), 결장암, 직장암, 결장직장암, 자궁내막 또는 자궁 암종, 타액선 암종, 신장암 또는 신암, 전립선암, 외음부암, 갑상선암, 간 암종, 항문 암종, 음경 암종, 고환암, 식도암, 담도의 종양 뿐만 아니라 두경부암을 포함한다. 일부 실시양태에서, 암은 국부 재발성 또는 전이성 질환 (여기서 국부 재발성 질환은 치유 의도를 갖는 절제로 다룰 수 없음)을 갖는 유방의 임의의 조직학적으로 확인된 삼중-음성 (ER-, PR-, HER2-) 선암종을 비롯한 삼중-음성 전이성 유방암이다.
"c-met 발현을 나타내는" 암 또는 생물학적 샘플은 진단 시험에서 c-met 수용체를 발현 (과다발현 포함)하는 것이다.
"c-met 증폭을 나타내는" 암 또는 생물학적 샘플은 진단 시험에서 증폭된 c-met 유전자를 갖는 것이다. 일부 실시양태에서, 증폭된 c-met 유전자는 평균 (세포 집단에서) 5 카피 이상의 c-met 유전자, 또는 평균 8 카피 이상의 c-met 유전자, 또는 그 초과이다.
"c-met 증폭을 나타내지 않는" 암 또는 생물학적 샘플은 진단 시험에서 증폭된 c-met 유전자를 갖지 않은 것이다. 일부 실시양태에서, c-met 증폭을 나타내지 않는 샘플은 평균 4 카피 미만의 c-met 유전자를 갖는 샘플이다.
"EGFR"은 문헌 [Ullrich et al., Nature (1984) 309:418425]에 기재되어 있는 수용체 티로신 키나제 폴리펩티드 표피 성장 인자 수용체를 의미하며, 다르게는 Her-1 및 c-erbB 유전자 산물 뿐만 아니라 그의 변이체, 예컨대 EGFRvIII을 지칭한다. 또한 EGFR의 변이체는 결실, 치환 및 삽입 변이체, 예를 들어 문헌 [Lynch et al. (New England Journal of Medicine 2004, 350:2129)], [Paez et al. (Science 2004, 304:1497)], [Pao et al. (PNAS 2004, 101:13306)]에 기재되어 있는 것들을 포함한다.
"EGFR 길항제" (교환가능하게 "EGFR 억제제"로 명명됨)는 EGFR 활성화 또는 기능을 방해하는 작용제이다. EGFR 억제제의 예는 EGFR 항체; EGFR 리간드 항체; 소분자 EGFR 길항제; EGFR 티로신 키나제 억제제; 안티센스 및 억제 RNA (예를 들어, shRNA) 분자 (예를 들어, WO2004/87207 참조)를 포함한다. 바람직하게는, EGFR 억제제는 EGFR에 결합하는 항체 또는 소분자이다. 일부 실시양태에서, EGFR 억제제는 EGFR-표적화 약물이다. 특정한 실시양태에서, EGFR 억제제는 EGFR에 대해 약 1,000 nM 이하의 결합 친화도 (해리 상수)를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, EGFR 억제제는 EGFR에 대해 약 100 nM 이하의 결합 친화도를 갖는다. 또 다른 실시양태에서, EGFR 억제제는 EGFR에 대해 약 50 nM 이하의 결합 친화도를 갖는다. 특정한 실시양태에서, EGFR 억제제는 EGFR에 공유 결합된다. 특정한 실시양태에서, EGFR 억제제는 EGFR 신호전달을 1,000 nM 이하의 IC50으로 억제한다. 또 다른 실시양태에서, EGFR 억제제는 EGFR 신호전달을 500 nM 이하의 IC50으로 억제한다. 또 다른 실시양태에서, EGFR 억제제는 EGFR 신호전달을 50 nM 이하의 IC50으로 억제한다. 특정 실시양태에서, EGFR 길항제는 EGFR의 발현 수준 또는 생물학적 활성을 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 초과만큼 감소시키거나 억제한다.
"EGFR 활성화"는 EGFR의 활성화 또는 인산화를 지칭한다. 일반적으로, EGFR 활성화는 신호 전달 (예를 들어, EGFR 또는 기질 폴리펩티드 내의 티로신 잔기를 인산화하는, EGFR 수용체의 세포내 키나제 도메인에 의해 야기됨)을 유발한다. EGFR 활성화는 EGFR을 포함하는 EGFR 이량체에 결합하는 EGFR 리간드에 의해 매개될 수 있다. EGFR 이량체에 결합한 EGFR 리간드는 이량체 내 하나 이상의 EGFR의 키나제 도메인을 활성화시킬 수 있고, 이에 따라 하나 이상의 EGFR의 티로신 잔기의 인산화 및/또는 추가의 기질 폴리펩티드(들) 내의 티로신 잔기의 인산화를 유발한다.
본원에 사용된 용어 "EGFR-표적화 약물"은, EGFR에 결합하고 EGFR 활성화를 억제하는 치료제를 지칭한다. 이러한 작용제의 예는 EGFR에 결합하는 항체 및 소분자를 포함한다. EGFR에 결합하는 항체의 예는 MAb 579 (ATCC CRL HB 8506), MAb 455 (ATCC CRL HB8507), MAb 225 (ATCC CRL 8508), MAb 528 (ATCC CRL 8509) (미국 특허 번호 4,943,533 (Mendelsohn et al.) 참조) 및 그의 변이체, 예컨대 키메라화 225 (C225 또는 세툭시맙; 에르부틱스(ERBUTIX)®) 및 재형상화 인간 225 (H225) (WO 96/40210, 임클론 시스템즈 인크.(Imclone Systems Inc.) 참조); IMC-11F8, 완전 인간, EGFR-표적화 항체 (임클론); II형 돌연변이체 EGFR에 결합하는 항체 (미국 특허 번호 5,212,290); 미국 특허 번호 5,891,996에 기재된 바와 같이 EGFR에 결합하는 인간화 및 키메라 항체; 및 EGFR에 결합하는 인간 항체, 예컨대 ABX-EGF (WO98/50433, 아브게닉스(Abgenix) 참조); EMD 55900 (문헌 [Stragliotto et al. Eur. J. Cancer 32A:636-640 (1996)]); EGFR 결합에 대해 EGF 및 TGF-알파 둘 다와 경쟁하는 EGFR에 대해 지시된 인간화 EGFR 항체인 EMD7200 (마투주맙); 및 mAb 806 또는 인간화 mAb 806 (문헌 [Johns et al., J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384 (2004)])을 포함한다. 항-EGFR 항체는 세포독성제와 접합되어 면역접합체를 생성할 수 있다 (예를 들어, EP659,439A2 (머크 페이턴트 게엠베하(Merck Patent GmbH)) 참조). EGFR에 결합하는 소분자의 예는 ZD1839 또는 게피티닙 (이레사(IRESSA); 아스트라 제네카(Astra Zeneca)); CP-358774 또는 에를로티닙 (타르세바™, 제넨테크(Genentech)/OSI); 및 AG1478, AG1571 (SU 5271; 수젠(Sugen)); EMD-7200을 포함한다.
본원에 일반적으로 사용된 "폴리머라제 연쇄 반응" 또는 "PCR"의 기술은 극미량의 핵산, RNA 및/또는 DNA의 특정한 소편을 미국 특허 번호 4,683,195 (1987년 7월 28일 등록)에 기재된 바와 같이 증폭시키는 절차를 지칭한다. 일반적으로, 올리고뉴클레오티드 프라이머가 설계될 수 있도록, 관심 영역 말단 또는 그 너머로부터의 서열 정보는 활용될 필요가 있으며; 이러한 프라이머는 증폭시키려는 주형의 대향 가닥에 대한 서열과 동일하거나 유사할 것이다. 2개 프라이머의 5' 말단 뉴클레오티드는 증폭되는 물질의 말단과 일치할 수 있다. PCR은 특정한 RNA 서열, 전체 게놈 DNA로부터의 특정한 DNA 서열, 및 전체 세포 RNA로부터 전사되는 cDNA, 박테리오파지 또는 플라스미드 서열 등을 증폭하는데 사용될 수 있다. 일반적으로 문헌 [Mullis et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 51: 263 (1987)]; [Erlich, ed., PCR Technology, (Stockton Press, NY, 1989)]을 참조한다. 본원에 사용된 PCR은 프라이머로서 공지의 핵산 (DNA 또는 RNA)을 사용하는 것을 포함하는 핵산 시험 샘플을 증폭시키는 핵산 폴리머라제 반응 방법의 하나의 예이지만 유일한 예는 아닌 것으로 간주되고, 핵산 폴리머라제를 활용하여 특정한 소편의 핵산을 증폭 또는 생성하거나 또는 특정한 핵산에 상보성인 특정한 소편의 핵산을 증폭 또는 생성한다.
"정량적 실시간 폴리머라제 연쇄 반응" 또는 "qRT-PCR"은 PCR 산물의 양이 PCR 반응에서 각각의 단계에서 측정되는 PCR의 형태를 지칭한다. 이러한 기술은 문헌 [Cronin et al., Am. J. Pathol. 164(1):35-42 (2004)]; 및 [Ma et al., Cancer Cell 5:607-616 (2004)]을 비롯한 다양한 공개문헌에 기재되어 있다.
용어 "마이크로어레이"는 기판 상의 혼성화가능한 어레이 요소, 바람직하게는 폴리뉴클레오티드 프로브의 정렬된 배열을 지칭한다.
용어 "폴리뉴클레오티드"는 단수 또는 복수로 사용될 때 일반적으로 비변형된 RNA 또는 DNA 또는 변형된 RNA 또는 DNA일 수 있는 임의의 폴리리보뉴클레오티드 또는 폴리데옥시리보뉴클레오티드를 지칭한다. 따라서, 예를 들어 본원에 정의된 바와 같은 폴리뉴클레오티드는 단일-가닥 및 이중-가닥 DNA, 단일-가닥 및 이중-가닥 영역을 포함하는 DNA, 단일-가닥 및 이중-가닥 RNA, 및 단일-가닥 및 이중-가닥 영역을 포함하는 RNA, 단일-가닥 또는 보다 전형적으로는 이중-가닥일 수도 있거나 또는 단일-가닥 및 이중-가닥 영역을 포함할 수 있는 DNA 및 RNA를 포함하는 하이브리드 분자를 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 또한, 본원에 사용된 용어 "폴리뉴클레오티드"는 RNA 또는 DNA, 또는 RNA와 DNA 둘 다를 포함하는 삼중-가닥 영역을 지칭한다. 이러한 영역 내 가닥들은 동일 분자 또는 상이한 분자로부터의 것일 수 있다. 상기 영역은 모두 1개 이상의 분자를 포함할 수 있지만, 보다 전형적으로는 일부 분자의 한 영역만을 포함한다. 삼중-나선 영역의 분자 중 하나는 종종 올리고뉴클레오티드이다. 용어 "폴리뉴클레오티드"는 구체적으로 cDNA를 포함한다. 상기 용어는 1개 이상의 변형된 염기를 함유하는 DNA (cDNA 포함) 및 RNA를 포함한다. 따라서, 안정성 또는 다른 이유로 인해 변형된 백본을 갖는 DNA 또는 RNA는 "폴리뉴클레오티드"이고, 상기 용어는 본원에 의도된 바와 같다. 또한, 이노신과 같은 비통상적 염기 또는 삼중수소화 염기와 같은 변형된 염기를 포함하는 DNA 또는 RNA가 본원에 정의된 바와 같은 용어 "폴리뉴클레오티드"에 포함된다. 일반적으로, 용어 "폴리뉴클레오티드"는 비변형된 폴리뉴클레오티드의 모든 화학적으로, 효소적으로 및/또는 대사적으로 변형된 형태뿐만 아니라 바이러스 및 세포 (단순 및 복합 세포 포함)의 특징적인 DNA 및 RNA의 화학적 형태를 포함한다.
용어 "올리고뉴클레오티드"는 단일-가닥 데옥시리보뉴클레오티드, 단일-가닥 또는 이중-가닥 리보뉴클레오티드, RNA:DNA 하이브리드 및 이중-가닥 DNA를 포함하나 이에 제한되지 않는 비교적 짧은 폴리뉴클레오티드를 지칭한다. 올리고뉴클레오티드, 예컨대 단일-가닥 DNA 프로브 올리고뉴클레오티드는 종종 예를 들어 상업적으로 입수가능한 자동화 올리고뉴클레오티드 합성기를 이용하여 화학적 방법에 의해 합성된다. 그러나, 올리고뉴클레오티드는 시험관내 재조합 DNA-매개 기술을 비롯한 다양한 다른 방법에 의해 및 세포 및 유기체에서 DNA의 발현에 의해 제조될 수 있다.
"화학요법제"는 암의 치료에 유용한 화학적 화합물이다. 화학요법제의 예는 알킬화제, 예컨대 티오테파 및 시클로포스파미드 (시톡산(CYTOXAN)®); 알킬 술포네이트, 예컨대 부술판, 임프로술판 및 피포술판; 아지리딘, 예컨대 벤조도파, 카르보쿠온, 메투레도파 및 우레도파; 에틸렌이민 및 메틸라멜라민 (알트레타민, 트리에틸렌멜라민, 트리에틸렌포스포르아미드, 트리에틸렌티오포스포르아미드 및 트리메틸올로멜라민 포함); 아세토게닌 (특히 불라타신 및 불라타시논); 델타-9-테트라히드로칸나비놀 (드로나비놀, 마리놀(MARINOL)®); 베타-라파콘; 라파콜; 콜히친; 베툴린산; 캄프토테신 (합성 유사체 토포테칸 (하이캄틴(HYCAMTIN)®), CPT-11 (이리노테칸, 캄프토사르(CAMPTOSAR)®), 아세틸캄프토테신, 스코폴렉틴 및 9-아미노캄프토테신 포함); 브리오스타틴; 칼리스타틴; CC-1065 (그의 아도젤레신, 카르젤레신 및 비젤레신 합성 유사체 포함); 포도필로톡신; 포도필린산; 테니포시드; 크립토피신 (특히 크립토피신 1 및 크립토피신 8); 돌라스타틴; 두오카르마이신 (합성 유사체, KW-2189 및 CB1-TM1 포함); 엘레우테로빈; 판크라티스타틴; 사르코딕티인; 스폰지스타틴; 질소 머스타드, 예컨대 클로람부실, 클로르나파진, 클로로포스파미드, 에스트라무스틴, 이포스파미드, 메클로레타민, 메클로레타민 옥시드 히드로클로라이드, 멜팔란, 노벰비킨, 페네스테린, 프레드니무스틴, 트로포스파미드, 우라실 머스타드; 니트로스우레아, 예컨대 카르무스틴, 클로로조토신, 포테무스틴, 로무스틴, 니무스틴 및 라니무스틴; 항생제, 예컨대 에네디인 항생제 (예를 들어, 칼리케아미신, 특히 칼리케아미신 감마1I 및 칼리케아미신 오메가I1 (예를 들어, 문헌 [Nicolaou et al., Angew. Chem Intl. Ed. Engl., 33: 183-186 (1994)] 참조); CDP323 (경구 알파-4 인테그린 억제제); 다이네미신 (다이네미신 A 포함); 에스페라미신; 뿐만 아니라 네오카르지노스타틴 발색단 및 관련 색소단백질 에네디인 항생 발색단), 아클라시노마이신, 악티노마이신, 아우트라마이신, 아자세린, 블레오마이신, 칵티노마이신, 카라비신, 카르미노마이신, 카르지노필린, 크로모마이신, 닥티노마이신, 다우노루비신, 데토루비신, 6-디아조-5-옥소-L-노르류신, 독소루비신 (아드리아마이신(ADRIAMYCIN)®, 모르폴리노-독소루비신, 시아노모르폴리노-독소루비신, 2-피롤리노-독소루비신, 독소루비신 HCl 리포솜 주사 (독실(DOXIL)®), 리포솜 독소루비신 TLC D-99 (마이오세트(MYOCET)®), PEG화 리포솜 독소루비신 (케릭스(CAELYX)®) 및 데옥시독소루비신 포함), 에피루비신, 에소루비신, 이다루비신, 마르셀로마이신, 미토마이신, 예컨대 미토마이신 C, 미코페놀산, 노갈라마이신, 올리보마이신, 페플로마이신, 포트피로마이신, 퓨로마이신, 쿠엘라마이신, 로도루비신, 스트렙토니그린, 스트렙토조신, 투베르시딘, 우베니멕스, 지노스타틴, 조루비신; 항대사물, 예컨대 메토트렉세이트, 겜시타빈 (겜자르(GEMZAR)®), 테가푸르 (유프토랄(UFTORAL)®), 카페시타빈 (젤로다(XELODA)®), 에포틸론 및 5-플루오로우라실 (5-FU); 폴산 유사체, 예컨대 데노프테린, 메토트렉세이트, 프테로프테린, 트리메트렉세이트; 퓨린 유사체, 예컨대 플루다라빈, 6-메르캅토퓨린, 티아미프린, 티오구아닌; 피리미딘 유사체, 예컨대 안시타빈, 아자시티딘, 6-아자우리딘, 카르모푸르, 시타라빈, 디데옥시우리딘, 독시플루리딘, 에노시타빈, 플록수리딘; 항-아드레날, 예컨대 아미노글루테티미드, 미토탄, 트릴로스탄; 폴산 보충물, 예컨대 프롤린산; 아세글라톤; 알도포스파미드 글리코시드; 아미노레불린산; 에닐우라실; 암사크린; 베스트라부실; 비산트렌; 에다트락세이트; 데포파민; 데메콜신; 디아지쿠온; 엘포르니틴; 엘리프티늄 아세테이트; 에토글루시드; 갈륨 니트레이트; 히드록시우레아; 렌티난; 로니다이닌; 메이탄시노이드, 예컨대 메이탄신 및 안사미토신; 미토구아존; 미톡산트론; 모피단몰; 니트라에린; 펜토스타틴; 페나메트; 피라루비신; 로속산트론; 2-에틸히드라지드; 프로카르바진; PSK® 폴리사카라이드 복합체 (JHS 내츄럴 프로덕츠(JHS Natural Products), 오레곤주 유진); 라족산; 리족신; 시조피란; 스피로게르마늄; 테누아존산; 트리아지쿠온; 2,2',2"-트리클로로트리에틸아민; 트리코테센 (특히 T-2 독소, 베라쿠린 A, 로리딘 A 및 안구이딘); 우레탄; 다카르바진; 만노무스틴; 미토브로니톨; 미토락톨; 피포브로만; 가시토신; 아라비노시드 ("Ara-C"); 티오테파; 탁소이드, 예를 들어, 파클리탁셀 (탁솔(TAXOL)®), 파클리탁셀의 알부민-조작된 나노입자 제제 (아브락산(ABRAXANE)™), 및 도세탁셀 (탁소테레(TAXOTERE)®); 클로란부실; 6-티오구아닌; 메르캅토퓨린; 메토트렉세이트; 백금 작용제, 예컨대 시스플라틴, 옥살리플라틴 및 카르보플라틴; 미세소관을 형성하는 튜불린 중합을 억제하는 빈카 (빈블라스틴 (벨반(VELBAN)®), 빈크리스틴 (온코빈(ONCOVIN)®), 빈데신 (엘디신(ELDISINE)®, 필데신(FILDESIN)®) 및 비노렐빈 (나벨빈(NAVELBINE)®) 포함); 에토포시드 (VP-16); 이포스파미드; 미톡산트론; 류코보빈; 노반트론; 에다트렉세이트; 다우노마이신; 아미노프테린; 이반드로네이트; 토포이소머라제 억제제 RFS 2000; 디플루오로메틸오르니틴 (DMFO); 레티노이드, 예컨대 레티노산 (벡사로텐 (탈그레틴(TARGRETIN)®) 포함); 비스포스포네이트, 예컨대 클로드로네이트 (예를 들어, 보네포스(BONEFOS)® 또는 오스탁(OSTAC)®), 에티드로네이트 (디드로칼(DIDROCAL)®), NE-58095, 졸레드론산/졸레드로네이트 (조메타(ZOMETA)®), 알렌드로네이트 (포사맥스(FOSAMAX)®), 파미드로네이트 (아레디아(AREDIA)®), 틸루드로네이트 (스켈리드(SKELID)®) 또는 리세드로네이트 (악토넬(ACTONEL)®); 트록사시타빈 (1,3-디옥솔란 뉴클레오시드 시토신 유사체); 안티센스 올리고뉴클레오티드, 특히 비정상적인 세포 증식과 연관된 신호전달 경로에서 유전자의 발현을 억제하는 것, 예컨대 예를 들어, PKC-알파, Raf, H-Ras 및 표피 성장 인자 수용체 (EGF-R); 백신, 예컨대 테라토프(THERATOPE)® 백신 및 유전자 요법 백신, 예를 들어, 아로백틴(ALLOVECTIN)® 백신, 류벡틴(LEUVECTIN)® 백신 및 박시드(VAXID)® 백신; 토포이소머라제 1 억제제 (예를 들어, 루르토테칸(LURTOTECAN)®); rmRH (예를 들어, 아바렐릭스(ABARELIX)®); BAY439006 (소라페닙; 바이엘(Bayer)); SU-11248 (화이자(Pfizer)); 페리포신, COX-2 억제제 (예를 들어, 셀레콕시브 또는 에토리콕시브), 프로테오솜 억제제 (예를 들어, PS341); 보르테조밉 (벨케이드(VELCADE)®); CCI-779; 티피파르닙 (R11577); 오라페닙, ABT510; Bcl-2 억제제, 예컨대 오블리메르센 나트륨 (게나센스(GENASENSE)®); 픽산트론; EGFR 억제제 (하기의 정의 참조); 티로신 키나제 억제제 (하기의 정의 참조); 및 상기 중 임의의 것의 제약상 허용되는 염, 산 또는 유도체; 및 상기 중 2종 이상의 조합물, 예컨대 CHOP (사이클로포스파미드, 독소루비신, 빈크리스틴 및 플레드니솔론의 조합 요법의 약어) 및 FOLFOX (5-FU 및 류코보빈과 조합된 옥살리플라틴 (엘록사틴(ELOXATIN)™)을 사용한 치료 요법의 약어)를 포함한다.
본원에서 화학요법제는 암의 성장을 촉진할 수 있는 호르몬의 영향을 조절, 감소, 차단 또는 억제하는 작용을 하는 "항호르몬제" 또는 "내분비 치료제"를 포함한다. 이들은 혼합된 효능제/길항제 프로파일을 갖는 항에스트로겐, 예를 들어 타목시펜 (놀바덱스(NOLVADEX)®), 4-히드록시타목시펜, 토레미펜 (파레스톤(FARESTON)®), 이독시펜, 드롤록시펜, 랄록시펜 (에비스타(EVISTA)®), 트리옥시펜, 케옥시펜, 및 선택적 에스트로겐 수용체 조절제 (SERM), 예컨대 SERM3; 효능제 특성을 갖지 않는 순수한 항에스트로겐, 예컨대 풀베스트란트 (파슬로덱스(FASLODEX)®) 및 EM800 (이러한 작용제는 에스트로겐 수용체 (ER) 이량체화를 차단하고/거나, DNA 결합을 억제하고/거나, ER 턴오버를 증가시키고/거나 ER 수준을 저해할 수 있음); 아로마타제 억제제, 예를 들어 스테로이드성 아로마타제 억제제, 예컨대 포르메스탄 및 엑세메스탄 (아로마신(AROMASIN)®), 및 비스테로이드성 아로마타제 억제제, 예컨대 아나스트라졸 (아리미덱스(ARIMIDEX)®), 레트로졸 (페마라(FEMARA)®) 및 아미노글루테티미드, 및 다른 아로마타제 억제제, 예를 들어 보로졸 (리비소르(RIVISOR)®), 메게스트롤 아세테이트 (메가세(MEGASE)®), 파드로졸 및 4(5)-이미다졸; 황체화 호르몬-방출 호르몬 효능제, 예를 들어 류프롤리드 (루프론(LUPRON)® 및 엘리가드(ELIGARD)®, 고세렐린, 부세렐린 및 트립테렐린; 성 스테로이드, 예를 들어 프로게스틴, 예컨대 메게스트롤 아세테이트 및 메드록시프로게스트론 아세테이트, 에스트로겐, 예컨대 디에틸스틸베스트롤 및 프레마린, 및 안드로겐/레티노이드, 예컨대 플루옥시메스테론, 모든 트랜스레티온산 및 펜레티니드; 오나프리스톤; 항프로게스테론; 에스트로겐 수용체 하향 조절제 (ERD); 항안드로겐, 예컨대 플루타미드, 닐루타미드 및 비칼루타미드; 및 상기 중 임의의 것의 제약상 허용되는 염, 산 또는 유도체; 뿐만 아니라 상기 중 2종 이상의 조합물을 포함하나 이에 제한되지 않는 호르몬 그 자체일 수 있다.
본원에서 화학요법제 또는 화학치료 요법의 구체적인 예는 다음을 포함한다: 알킬화제 (예를 들어 클로람부실, 벤다무스틴 또는 시클로포스파미드); 뉴클레오시드 유사체 또는 항대사물 (예를 들어 플루다라빈), 플루다라빈 및 시클로포스파미드 (FC); 프레드니손 또는 프레드니솔론; 알킬화제-함유 조합 요법, 예를 들어 시클로포스파미드, 빈크리스틴, 프레드니솔론 (CHOP) 또는 시클로포스파미드, 빈크리스틴, 프레드니솔론 (CVP), 등.
"표적 청중"은, 마케팅 또는 광고에 의해서와 같이, 특히 특정한 용도, 치료 또는 적응증을 위한 특정한 의약이 프로모션되고 있거나 프로모션되도록 의도되는 일군의 사람들 또는 기관, 예컨대 개별 환자, 환자 집단, 신문, 의학 문헌 및 잡지의 구독자, 텔레비젼 또는 인터넷 시청자, 라디오 또는 인터넷 청취자, 의사, 제약 회사 등이다.
"포장 삽입물"은, 적응증, 사용법, 투여량, 투여, 금기, 포장된 제품과 조합되는 기타 치료 제품, 및/또는 이러한 치료 제품의 사용에 관한 경고 등에 관한 정보를 함유하는, 치료 제품의 상업용 포장에 관례상 포함되는 지침서를 지칭하기 위해 사용된다.
본원에서 용어 "항체"는 가장 넓은 의미로 사용되고, 모노클로날 항체, 폴리클로날 항체, 다중특이적 항체 (예를 들어, 이중특이적 항체), 및 바람직한 항원-결합 활성을 나타내는 한 항체 단편을 포함하나 이에 제한되지 않는 다양한 항체 구조를 포함한다.
"항체 단편"은 무손상 항체가 결합하는 항원에 결합하는 무손상 항체의 일부를 포함하는, 무손상 항체 이외의 분자를 지칭한다. 항체 단편의 예는 Fv, Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2; 디아바디; 선형 항체; 단일-쇄 항체 분자 (예를 들어, scFv); 및 항체 단편들로 형성된 다중특이적 항체를 포함하나 이에 제한되지 않는다.
"친화도 성숙" 항체는 항원에 대한 항체의 친화도를 개선시키는 변경을 보유하지 않은 모 항체에 비해 하나 이상의 초가변 영역 (HVR) 내에 하나 이상의 변경을 갖는 항체를 지칭한다.
참조 항체로서 "동일한 에피토프에 결합하는 항체"는 경쟁 검정에서 참조 항체가 그의 항원에 결합하는 것을 50% 이상 차단하는 항체, 및 반대로 경쟁 검정에서 항체가 그의 항원에 결합하는 것을 50% 이상 차단하는 참조 항체를 지칭한다.
용어 "키메라" 항체는, 중쇄 및/또는 경쇄의 일부가 특정한 공급원 또는 종으로부터 유래된 한편, 중쇄 및/또는 경쇄의 나머지가 다른 공급원 또는 종으로부터 유래된 항체를 지칭한다.
항체의 "부류"는 그의 중쇄가 보유하는 불변 도메인 또는 불변 영역의 유형을 지칭한다. 5가지 주요 부류의 항체: IgA, IgD, IgE, IgG 및 IgM이 존재하고, 이중 몇 가지는 하위부류 (이소형), 예를 들어 IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 및 IgA2로 추가로 분류될 수 있다. 상이한 부류의 이뮤노글로불린에 상응하는 중쇄 불변 도메인은 각각 α, δ, ω, γ 및 μ로 지칭된다.
본원에 사용된 용어 "세포독성제"는, 세포 기능을 억제 또는 저해하고/거나 세포 사멸 또는 파괴를 유발하는 물질을 지칭한다. 세포독성제는 방사성 동위원소 (예를 들어, At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, Pb212, 및 Lu의 방사성 동위원소), 화학요법제 또는 약물 (예를 들어, 메토트렉세이트, 아드리아미신, 빈카 알칼로이드 (빈크리스틴, 빈블라스틴, 에토포시드), 독소루비신, 멜팔란, 미토마이신 C, 클로람부실, 다우노루비신 또는 다른 삽입제); 성장 억제제; 효소 및 그의 단편, 예컨대 뉴클레오티드분해 효소; 항생제; 독소, 예컨대 박테리아, 진균, 식물 또는 동물 기원의 소분자 독소 또는 효소 활성 독소 (그의 단편 및/또는 변이체 포함); 및 하기 개시되는 다양한 항종양제 또는 항암제를 포함하나 이에 제한되지 않는다.
"이펙터 기능"은 항체 이소형에 따라 달라지는, 항체의 Fc 영역에 기인하는 생물학적 활성을 지칭한다. 항체 이펙터 기능의 예는 C1q 결합성 및 보체 의존성 세포독성 (CDC); Fc 수용체 결합성; 항체-의존성 세포-매개 세포독성 (ADCC); 포식작용; 세포 표면 수용체 (예를 들어, B-세포 수용체)의 하향 조절; 및 B 세포 활성화를 포함한다.
본원에서 용어 "Fc 영역"은 적어도 일부의 불변 영역을 함유하는 이뮤노글로불린 중쇄의 C-말단 영역을 정의하기 위해 사용된다. 상기 용어는 천연 서열 Fc 영역 및 변이체 Fc 영역을 포함한다. 한 실시양태에서, 인간 IgG 중쇄 Fc 영역은 Cys226으로부터 또는 Pro230으로부터 중쇄의 카르복실-말단까지 포괄한다. 그러나, Fc 영역의 C-말단 리신 (Lys447)은 존재할 수 있거나 존재하지 않을 수 있다. 본원에서 달리 명시되지 않는 한, Fc 영역 또는 불변 영역 내의 아미노산 잔기의 넘버링은 문헌 [Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991]에 기재된 바와 같이 EU 인덱스로도 지칭되는 EU 넘버링 시스템에 따른다.
"프레임워크" 또는 "FR"은 초가변 영역 (HVR) 잔기 이외의 다른 가변 도메인 잔기를 지칭한다. 가변 도메인의 FR은 일반적으로 하기 4개의 FR 도메인으로 구성된다: FR1, FR2, FR3 및 FR4. 따라서, HVR 및 FR 서열은 일반적으로 VH (또는 VL)에서 다음 순서로 나타난다: FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4.
용어 "전장 항체", "무손상 항체" 및 "전체 항체"는 천연 항체 구조와 실질적으로 유사한 구조를 갖거나 또는 본원에 정의된 바와 같은 Fc 영역을 함유하는 중쇄를 갖는 항체를 지칭하기 위해 본원에서 교환가능하게 사용된다.
"인간 항체"는 인간 또는 인간 세포에 의해 생산된 항체의 아미노산 서열에 상응하는 아미노산 서열을 보유하거나, 또는 인간 항체 레퍼토리 또는 다른 인간 항체-코딩 서열을 사용하여 비-인간 공급원으로부터 유래된 항체이다. 인간 항체의 이러한 정의는 비-인간 항원-결합 잔기를 포함하는 인간화 항체를 명확하게 배제한다.
"인간화" 항체는 비-인간 HVR로부터의 아미노산 잔기 및 인간 FR로부터의 아미노산 잔기를 포함하는 키메라 항체를 지칭한다. 특정 실시양태에서, 인간화 항체는 실질적으로 적어도 1개, 및 전형적으로 2개의 가변 도메인을 모두 포함할 것이고, 여기서 모든 또는 실질적으로 모든 HVR (예를 들어, CDR)은 비-인간 항체의 것에 해당하고, 모든 또는 실질적으로 모든 FR은 인간 항체의 것에 해당한다. 인간화 항체는 임의로 인간 항체로부터 유래된 적어도 일부의 항체 불변 영역을 포함할 수 있다. 항체, 예를 들어 비-인간 항체의 "인간화 형태"는 인간화를 겪은 항체를 지칭한다.
본원에 사용된 용어 "초가변 영역" 또는 "HVR"은 서열이 초가변성이고/이거나 구조적으로 한정된 루프 ("초가변 루프")를 형성하는 항체 가변 도메인의 각각의 영역을 지칭한다. 일반적으로, 천연 4-쇄 항체는 하기 6개의 HVR을 포함한다; VH 내의 3개 (H1, H2, H3) 및 VL 내의 3개 (L1, L2, L3). HVR은 일반적으로 초가변 루프로부터의 및/또는 "상보성 결정 영역" (CDR)으로부터의 아미노산 잔기를 포함하며, 후자는 서열 변동성이 가장 높고/거나 항원 인식과 관련된다. 예시적인 초가변 루프는 아미노산 잔기 26-32 (L1), 50-52 (L2), 91-96 (L3), 26-32 (H1), 53-55 (H2) 및 96-101 (H3)에서 발생한다. (문헌 [Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)]). 예시적인 CDR (CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3)은 L1의 아미노산 잔기 24-34, L2의 50-56, L3의 89-97, H1의 31-35B, H2의 50-65 및 H3의 95-102에서 발생한다. (문헌 [Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)]). VH 내의 CDR1을 제외하고는, CDR은 일반적으로 초가변 루프를 형성하는 아미노산 잔기를 포함한다. CDR은 또한 항원에 접촉하는 잔기인 "특이성 결정 잔기" 또는 "SDR"을 포함한다. SDR은 단축-CDR, 또는 a-CDR로 지칭되는 CDR의 영역 내에 함유된다. 예시적인 a-CDR (a-CDR-L1, a-CDR-L2, a-CDR-L3, a-CDR-H1, a-CDR-H2 및 a-CDR-H3)은 L1의 아미노산 잔기 31-34, L2의 50-55, L3의 89-96, H1의 31-35B, H2의 50-58 및 H3의 95-102에서 발생한다. (문헌 [Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)] 참조). 달리 나타내지 않는 한, 가변 도메인에서 HVR 잔기 및 다른 잔기 (예를 들어, FR 잔기)는 본원에서 문헌 [Kabat et al., 상기 문헌]에 따라 넘버링된다. 한 실시양태에서, c-met 항체는 본원에서 서열 1-6의 HVR을 포함한다.
"면역접합체"는 세포독성제를 비롯한 (이에 제한되지 않음) 하나 이상의 이종 분자(들)에 접합된 항체이다.
본원에 사용된 용어 "모노클로날 항체"는 실질적으로 동종 항체의 집단으로부터 수득된 항체를 지칭하기 위해 사용되고, 즉 이러한 집단을 구성하는 개별 항체는, 예를 들어 자연 발생 돌연변이를 함유하거나 또는 모노클로날 항체 제제의 생산 동안 발생하는 가능한 변이체 항체 (일반적으로 이러한 변이체는 미량으로 존재할 수 있음)를 제외하고는, 동일하고/하거나 동일한 에피토프에 결합한다. 상이한 결정기 (에피토프)에 대해 지시된 상이한 항체를 전형적으로 포함하는 폴리클로날 항체 제제와는 반대로, 모노클로날 항체 제제의 각각의 모노클로날 항체는 항원 상의 단일 결정기에 대해 지시된다. 따라서, 수식어 "모노클로날"은 항체의 실질적으로 동종 집단으로부터 수득된 바와 같은 항체의 특성을 나타내고, 임의의 특정한 방법에 의한 항체 생산을 필요로 하는 것으로서 간주되지 않아야 한다. 예를 들어, 본 발명에 따라 사용되는 모노클로날 항체는 하이브리도마 방법, 재조합 DNA 방법, 파지-디스플레이 방법, 및 인간 이뮤노글로불린 좌위의 전부 또는 일부를 함유하는 트랜스제닉 동물을 이용하는 방법을 포함하나 이에 제한되지 않는 다양한 기술에 의해 제조될 수 있고, 이러한 방법 및 모노클로날 항체를 제조하기 위한 다른 예시적인 방법이 본원에 기재되어 있다.
"네이키드 항체"는 이종 모이어티 (예를 들어, 세포독성 모이어티) 또는 방사성표지에 접합되지 않은 항체를 지칭한다. 네이키드 항체는 제약 제제에 존재할 수 있다.
"천연 항체"는 변화하는 구조를 갖는 자연 발생 이뮤노글로불린 분자를 지칭한다. 예를 들어, 천연 IgG 항체는 디술피드-결합된 2개의 동일한 경쇄 및 2개의 동일한 중쇄로 이루어진, 약 150,000 달톤의 이종사량체 당단백질이다. N-말단으로부터 C-말단으로, 각각의 중쇄는 가변 영역 (VH) (또한 가변 중쇄 도메인 또는 중쇄 가변 도메인으로 지칭됨)에 이어 3개의 불변 도메인 (CH1, CH2 및 CH3)을 갖는다. 유사하게, N-말단으로부터 C-말단으로, 각각의 경쇄는 가변 영역 (VL) (또한 가변 경쇄 도메인 또는 경쇄 가변 도메인으로 지칭됨)에 이어 불변 경쇄 (CL) 도메인을 갖는다. 항체의 경쇄는 그의 불변 도메인의 아미노산 서열을 기반으로, 카파 (κ) 및 람다 (λ)로 지칭되는 2가지 유형 중 하나로 지정될 수 있다.
용어 "제약 제제"는 의약의 생물학적 활성이 유효하게 할 수 있는 형태로 존재하고, 해당 제제가 투여되는 대상체에 대해 허용가능하지 않게 독성인 추가의 성분을 전혀 함유하지 않은 멸균 제제를 지칭한다.
"멸균" 제제는 무균이거나 또는 모든 살아있는 미생물 및 그의 포자가 없다.
"키트"는 하나 이상의 시약, 예를 들어 암 (예를 들어, NCSLC 또는 삼중-음성 유방암)을 치료하기 위한 의약 또는 본 발명의 바이오마커 유전자 또는 단백질을 특이적으로 검출하기 위한 시약 (예를 들어, 항체)을 포함하는 임의의 제조품 (예를 들어, 포장 또는 용기)이다. 제조품은 바람직하게는 본 발명의 방법을 수행하기 위한 단위로서 프로모션되거나, 유통되거나 또는 판매된다.
"제약상 허용되는 담체"는 대상체에게 비독성인, 활성 성분 이외의 제약 제제 내의 다른 성분을 지칭한다. 제약상 허용되는 담체는 완충제, 부형제, 안정화제 또는 보존제를 포함하나 이에 제한되지 않는다.
참조 폴리펩티드 서열에 대한 "아미노산 서열 동일성 퍼센트 (%)"는, 서열을 정렬시키고 필요한 경우에는 최대 서열 동일성 퍼센트 달성을 위해 갭을 도입한 후에, 임의의 보존적 치환은 서열 동일성의 일부로 간주하지 않으면서, 참조 폴리펩티드 서열 내의 아미노산 잔기와 동일한 후보 서열 내의 아미노산 잔기의 백분율로서 정의된다. 아미노산 서열 동일성 퍼센트를 결정하기 위한 정렬은 당업계 기술 내의 다양한 방법, 예를 들어 공개적으로 이용가능한 컴퓨터 소프트웨어, 예컨대 BLAST, BLAST-2, ALIGN 또는 메갈린(Megalign) (DNASTAR) 소프트웨어를 이용하여 달성할 수 있다. 당업자는 비교할 전장 서열에 대한 최대 정렬을 달성하는데 필요한 임의의 알고리즘을 포함하여 서열 정렬에 적절한 파라미터를 결정할 수 있다. 그러나, 본원의 목적상, 아미노산 서열 동일성 % 값은 서열 비교 컴퓨터 프로그램 ALIGN-2를 이용하여 생성된다. ALIGN-2 서열 비교 컴퓨터 프로그램은 제넨테크, 인크.(Genentech, Inc.)에 의해 소유되고, 소스 코드는 미국 저작권청 (20559 워싱턴 디.씨.)에 사용자 문서로 제출되어 있고, 미국 저작권 등록 번호 TXU510087로 등록되어 있다. ALIGN-2 프로그램은 제넨테크, 인크. (캘리포니아주 사우스 샌 프란시스코)를 통해 공개적으로 이용가능하거나, 또는 소스 코드로부터 컴파일링될 수 있다. ALIGN-2 프로그램은 디지털 UNIX V4.0D를 비롯한 UNIX 운영 시스템에서 사용되도록 컴파일링되어야 한다. 모든 서열 비교 파라미터는 ALIGN-2 프로그램에 의해 설정되어 있으며 변하지 않는다.
ALIGN-2가 아미노산 서열 비교를 위해 사용되는 상황에서, 주어진 아미노산 서열 B에, 주어진 아미노산 서열 B와, 또는 주어진 아미노산 서열 B에 대한 주어진 아미노산 서열 A의 아미노산 서열 동일성 % (대안적으로, 주어진 아미노산 서열 B에, 주어진 아미노산 서열 B와, 또는 주어진 아미노산 서열 B에 대한 특정 아미노산 서열 동일성 %를 갖거나 또는 이를 포함하는 주어진 아미노산 서열 A라는 어구로 기재될 수 있음)는 하기와 같이 계산된다:
X/Y의 분율 x 100
여기서, X는 서열 정렬 프로그램 ALIGN-2에 의한 A 및 B의 프로그램 정렬시에 상기 프로그램에 의해 동일한 매치로 점수화된 아미노산 잔기의 수이고, Y는 B의 전체 아미노산 잔기 수이다. 아미노산 서열 A의 길이가 아미노산 서열 B의 길이와 동일하지 않은 경우에는 B에 대한 A의 아미노산 서열 동일성 %가 A에 대한 B의 아미노산 서열 동일성 %와 동일하지 않을 것임을 이해할 것이다. 달리 구체적으로 언급되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 아미노산 서열 동일성 % 값은 ALIGN-2 컴퓨터 프로그램을 이용하여 상기 단락에 기재된 바와 같이 수득된다.
II. 암 의약
한 측면에서, 본 발명은 본원에 개시된 하나 이상의 바이오마커의 발현을 기준으로 하여 암 의약으로 치료될 수 있는 환자를 선택하는 것에 관한 것이다. 암 의약의 예는 하기를 포함하나 이에 제한되지 않는다:
- 항-c-met 항체를 비롯한 c-met 길항제.
- 화학요법제 및 화학치료 요법.
- 암, 예를 들어, NSCLC를 치료하기 위해 개발 또는 승인된 기타 의약 또는 그의 조합물.
한 실시양태에서, 의약은, 예를 들어 c-met 대해 지시되거나 또는 이에 결합하는 항체이다. 본원에서 항체는 키메라, 인간화 또는 인간 항체를 비롯한 모노클로날 항체를 포함한다. 한 실시양태에서, 항체는 항체 단편, 예를 들어 Fv, Fab, Fab', 1-아암 항체, scFv, 디아바디 또는 F(ab')2 단편이다. 또 다른 실시양태에서, 항체는 전장 항체, 예를 들어 무손상 IgG1 항체, 또는 본원에 정의된 바와 같은 다른 항체 부류 또는 이소형이다. 한 실시양태에서, 항체는 1가이다. 또 다른 실시양태에서, 항체는 Fc 영역을 포함하는 1-아암 항체 (즉, 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인이 단일 항원 결합 아암을 형성함)이고, 여기서 Fc 영역은 제1 및 제2 Fc 폴리펩티드를 포함하고, 여기서 제1 및 제2 Fc 폴리펩티드는 복합체로 존재하고, 상기 항원 결합 아암을 포함하는 Fab 분자와 비교하여 상기 항체 단편의 안정성을 증가시키는 Fc 영역을 형성한다. 1-아암 항체는 1가일 수 있다.
한 실시양태에서, c-met 길항제는 항-c-met 항체이다. 또 다른 실시양태에서, 항-c-met 항체는 MetMAb (오나르투주맙) 또는 그의 바이오시밀러 버전이다. MetMAb는 예를 들어 WO2006/015371; 문헌 [Jin et al., Cancer Res (2008) 68:4360]에 개시되어 있다. 또 다른 실시양태에서, 항-c-met 항체는 (a) 서열
Figure pct00007
을 포함하는 HVR1; (b) 서열
Figure pct00008
을 포함하는 HVR2; 및/또는 (c) 서열
Figure pct00009
을 포함하는 HVR3-HC 중 하나 이상을 포함하는 중쇄 가변 도메인을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항체는 (a) 서열
Figure pct00010
을 포함하는 HVR1-LC; 서열
Figure pct00011
을 포함하는 HVR2-LC; 및/또는 (c) 서열
Figure pct00012
을 포함하는 HVR3-LC 중 하나 이상을 포함하는 경쇄 가변 도메인을 포함한다. 일부 실시양태에서 항-c-met 항체는 (a) 서열
Figure pct00013
을 포함하는 HVR1; (b) 서열
Figure pct00014
을 포함하는 HVR2; 및 (c) 서열
Figure pct00015
을 포함하는 HVR3-HC를 포함하는 중쇄 가변 도메인, 및 (a) 서열
Figure pct00016
을 포함하는 HVR1-LC; 서열
Figure pct00017
을 포함하는 HVR2-LC; 및 (c) 서열
Figure pct00018
을 포함하는 HVR3-LC를 포함하는 경쇄 가변 도메인을 포함한다.
임의의 상기 실시양태에서, 예를 들어, 항-c-met 항체는 인간화될 수 있다. 한 실시양태에서, 항-c-met 항체는 임의의 상기 실시양태에서와 같이 HVR을 포함하고, 수용자 인간 프레임워크, 예를 들어 인간 이뮤노글로불린 프레임워크 또는 인간 컨센서스 프레임워크를 추가로 포함한다.
또 다른 측면에서, 항-c-met 항체는 서열 7의 아미노산 서열에 대해 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 중쇄 가변 도메인 (VH) 서열을 포함한다. 특정 실시양태에서, 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 VH 서열은 참조 서열에 대해 치환 (예를 들어, 보존적 치환), 삽입 또는 결실을 함유하지만, 이 서열을 포함하는 항-c-met 항체는 인간 c-met에 결합하는 능력을 유지한다. 특정 실시양태에서, 서열 7에서 총 1 내지 10개의 아미노산이 치환, 변경 삽입 및/또는 결실된다. 특정 실시양태에서, 치환, 삽입 또는 결실은 HVR 외부의 영역에서 (즉, FR에서) 발생한다. 임의로, 항-c-met-항체는 서열 7 (이들 서열의 번역후 변형 포함)의 VH 서열을 포함한다.
또 다른 측면에서, 서열 8의 아미노산 서열에 대해 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 경쇄 가변 도메인 (VL)을 포함하는 항-c-met 항체가 제공된다. 특정 실시양태에서, 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 VL 서열은 참조 서열에 대해 치환 (예를 들어, 보존적 치환), 삽입 또는 결실을 함유하지만, 이 서열을 포함하는 항-c-met 항체는 c-met에 결합하는 능력을 유지한다. 특정 실시양태에서, 서열 8에서 총 1 내지 10개의 아미노산이 치환, 삽입 및/또는 결실된다. 특정 실시양태에서, 치환, 삽입 또는 결실은 HVR 외부의 영역에서 (즉, FR에서) 발생한다. 임의로, 항-c-met 항체는 서열 8 (이들 서열의 번역후 변형 포함)의 VL 서열을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 항-c-met 항체는 서열 8의 아미노산 서열에 대해 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 VL 영역, 및 서열 7의 아미노산 서열에 대해 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 서열 동일성을 갖는 VH 영역을 포함한다. 추가 실시양태에서, 항-c-met 항체는 아미노산 서열 1을 포함하는 HVR-L1; 아미노산 서열 2를 포함하는 HVR-L2; 아미노산 서열 3을 포함하는 HVR-L3; 아미노산 서열 4를 포함하는 HVR-H1; 아미노산 서열 5를 포함하는 HVR-H2; 및 아미노산 서열 6을 포함하는 HVR-H3을 포함한다.
또 다른 측면에서, 상기 제공된 임의의 실시양태에서와 같은 VH 및 상기 제공된 임의의 실시양태에서와 같은 VL을 포함하는 항-c-met 항체가 제공된다.
추가 측면에서, 본 발명은 본원에 제공되는 항-c-met 항체와 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 제공한다. 예를 들어, 특정 실시양태에서, 서열 7의 VH 서열 및 서열 8의 VL 서열을 포함하는 항-c-met 항체와 동일한 에피토프에 결합하거나 또는 상기 항-c-met 항체에 의해 경쟁적으로 억제될 수 있는 항체가 제공된다.
본 발명의 추가의 측면에서, 임의의 상기 실시양태에 따른 항-c-met 항체는 1가, 키메라, 인간화 또는 인간 항체를 비롯한 모노클로날 항체일 수 있다. 한 실시양태에서, 항-c-met 항체는 항체 단편, 예를 들어 1-아암, Fv, Fab, Fab', scFv, 디아바디 또는 F(ab')2 단편이다. 또 다른 실시양태에서, 항체는 전장 항체, 예를 들어 무손상 IgG1 또는 IgG4 항체, 또는 본원에 정의된 바와 같은 다른 항체 부류 또는 이소형이다. 또 다른 실시양태에 따르면, 항체는 이중특이적 항체이다. 한 실시양태에서, 이중특이적 항체는 HVR을 포함하거나, 상기 기재된 VH 및 VL 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 항-c-met 항체는 1가이고, (a) 서열:
Figure pct00019
을 갖는 중쇄 가변 도메인, CH1 서열 및 제1 Fc 폴리펩티드를 포함하는 제1 폴리펩티드; (b) 서열:
Figure pct00020
을 갖는 경쇄 가변 도메인 및 CL1 서열을 포함하는 제2 폴리펩티드; 및 (c) 제2 Fc 폴리펩티드를 포함하는 제3 폴리펩티드를 포함하며, 여기서 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인은 복합체로 존재하고, 단일 항원 결합 아암을 형성하고, 제1 및 제2 Fc 폴리펩티드는 복합체로 존재하고, 상기 항원 결합 아암을 포함하는 Fab 분자와 비교하여 상기 항체 단편의 안정성을 증가시키는 Fc 영역을 형성한다. 일부 실시양태에서, 제1 폴리펩티드는 Fc 서열
Figure pct00021
을 포함하고, 제2 폴리펩티드는 Fc 서열
Figure pct00022
을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 항-c-met 항체는 1가이고, (a) 중쇄 가변 도메인을 포함하며, 서열:
Figure pct00023
을 포함하는 제1 폴리펩티드; (b) 경쇄 가변 도메인을 포함하며, 서열
Figure pct00024
을 포함하는 제2 폴리펩티드; 및 (c) Fc 서열을 포함하며, 서열
Figure pct00025
을 포함하는 제3 폴리펩티드를 포함하며, 여기서 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인은 복합체로 존재하고, 단일 항원 결합 아암을 형성하고, 제1 및 제2 Fc 폴리펩티드는 복합체로 존재하고, 상기 항원 결합 아암을 포함하는 Fab 분자와 비교하여 상기 항체 단편의 안정성을 증가시키는 Fc 영역을 형성한다.
본 발명의 방법에 사용하기에 적합한 다른 항-c-met 항체는 본원에 기재되고 당업계에 공지되어 있다. 예를 들어, WO05/016382에 개시된 항-c-met 항체 (항체 13.3.2, 9.1.2, 8.70.2, 8.90.3을 포함하나 이에 제한되지 않음); CBA (제노아)에 ICLC 번호 PD 03001로 기탁된 하이브리도마 세포주에 의해 제조되거나, 또는 HGF 수용체의 β 쇄의 세포외 도메인 상의 에피토프를 인식하는 항-c-met 항체 (상기 에피토프는 모노클로날 항체에 의해 인식되는 것과 동일한 것임); WO2007/126799에 개시된 항-c-met 항체 (04536, 05087, 05088, 05091, 05092, 04687, 05097, 05098, 05100, 05101, 04541, 05093, 05094, 04537, 05102, 05105, 04696, 04682를 포함하나 이에 제한되지 않음); WO2009/007427에 개시된 항 c-met 항체 (2007년 3월 14일에 번호 I-3731, 2007년 3월 14일에 번호 I-3732, 2007년 7월 6일에 번호 I-3786, 2007년 3월 14일에 번호 I-3724로 CNCM, 인스티튜트 파스퇴르(CNCM, Institut Pasteur)(프랑스 파리)에 기탁된 항체를 포함하나 이에 제한되지 않음); 20110129481에 개시된 항-c-met 항체; US20110104176에 개시된 항-c-met 항체; WO2009/134776에 개시된 항-c-met 항체; WO2010/059654에 개시된 항-c-met 항체; WO2011020925에 개시된 항-c-met 항체 (2008년 3월 12일에 번호 I-3949로 CNCM, 인스티튜트 파스퇴르 (프랑스 파리)에 기탁된 하이브리도마 및 2010년 1월 14일에 번호 I-4273로 기탁된 하이브리도마로부터 분비된 항체를 포함하나 이에 제한되지 않음).
한 측면에서, 항-c-met 항체는 항체 단편 내의 Fc 서열의 동종이량체화를 최소화하면서 이종이량체화를 촉진하는 적어도 하나의 특성을 포함한다. 이러한 특성(들)은 이뮤노글로불린 집단의 수율 및/또는 순도 및/또는 동종성을 개선한다. 한 실시양태에서, 항체는 WO2005/063816에서 기재된 바와 같이 "노브" 및 "홀"을 구성하는 Fc 돌연변이를 포함한다. 예를 들어, 홀 돌연변이는 Fc 폴리펩티드에서 T366A, L368A 및/또는 Y407V 중 하나 이상일 수 있고, 공동 돌연변이는 T366W일 수 있다.
일부 실시양태에서, c-met 길항제는 항-간세포 성장 인자 (HGF) 항체, 예를 들어, 인간화 항-HGF 항체 TAK701, 릴로투무맙, 피클라투주맙 및/또는 WO2007/143090에 기재된 인간화 항체 2B8이다. 일부 실시양태에서, 항-HGF 항체는 US7718174B2에 기재된 항-HGF 항체이다.
일부 실시양태에서, c-met 길항제는 c-met 소분자 억제제이다. 일부 실시양태에서, c-met 소분자 억제제는 선택적 c-met 소분자 억제제이다.
한 실시양태에서, c-met 길항제는 c-met 세포외 도메인에 결합한다. 일부 실시양태에서, c-met 길항제는 c-met 키나제 도메인에 결합한다. 일부 실시양태에서, c-met 길항제는 간세포 성장 인자 (HGF)와 결합하는 c-met와 경쟁한다. 일부 실시양태에서, c-met 길항제는 HGF에 결합한다. 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 세포 증식, 예를 들어, 세포주 EBC-1, H441 및/또는 KP4의 HGF-유발 세포 증식을 억제한다. 일부 실시양태에서, 세포 증식은 600 nM 이하 (더 강력함), 500 nM 이하, 400 nM 이하, 300 nM 이하 또는 더 강력한 Ki로 억제된다. 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 EBC-1 세포가 10% 태아 소 혈청의 존재 하에 c-met 길항제로 치료되는 경우에 c-met 신호전달 (예를 들어, 포스포-c-met, 포스포-AKT, 포스포-MAPK)을 억제한다. 일부 실시양태에서, c-met 신호전달은 600 nM 이하 (더 강력함), 500 nM 이하, 400 nM 이하, 300 nM 이하 (더 강력함)의 Ki로 억제된다. 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 편평 세포 암종을 치료한다 (치료할 수 있음). 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 야생형 k-ras를 발현하는 NSCLC를 치료한다 (치료할 수 있음).
특정 실시양태에서, c-met 억제제는 비-ATP-경쟁 소분자가 아니다. 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 세포 증식, 예를 들어 세포주 EBC-1, H441 및/또는 KP4의 HGF-유발 세포 증식을 억제한다. 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 EBC-1 세포가 10% 태아 소 혈청의 존재 하에 c-met 길항제로 치료되는 경우에 c-met 신호전달 (예를 들어, 포스포-c-met, 및 하류 c-met 신호전달 경로, 예를 들어, 포스포-AKT, 포스포-MAPK)를 억제한다. 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 (외인성 HGF의 존재 또는 부재 하에) 세포주 MDA-MB-231 및 HT29의 세포 증식을 억제하지 않는다. 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 10% 태아 소 혈청의 존재 하에 세포주 MDA-MB-231 및 HT29의 세포 증식을 억제하지 않는다. 세포 증식을 검정하는 방법은 당업계에서 널리 공지되어 있고, 일부 방법은 WO2009/111691; WO2006/015371; 및 문헌 [Jin et al., Cancer Res (2008) 68:4360]에 기재되어 있다. 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 편평 세포 암종을 치료한다 (치료할 수 있음). 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 야생형 k-ras를 발현하는 NSCLC를 치료한다 (치료할 수 있음). 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 티반티닙 (ARQ-197)이 아니다. 특정한 실시양태에서, c-met 길항제는 1,000 nM 이하 (즉, 더 강력함)의 IC50으로 c-met 신호전달을 억제한다. 또 다른 실시양태에서, c-met 길항제는 400 nM 이하, 500 nM 이하, 600 nM 이하, 700 nM 이하의 IC50으로 c-met 신호전달을 억제한다. 또 다른 실시양태에서, c-met 길항제는 50 nM 이하의 IC50으로 c-met 신호전달을 억제한다. 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 크리조티닙이 아니다. 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 포레티닙이 아니다. 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 피클라투주맙이 아니다.
특정 실시양태에서, c-met 길항제는 다음 중 임의의 하나이다: SGX-523, 크리조티닙 (PF-02341066; 3-[(1R)-1-(2,6-디클로로-3-플루오로페닐)에톡시]-5-(1-피페리딘-4-일피라졸-4-일)피리딘-2-아민; CAS 번호 877399-52-5); JNJ-38877605 (CAS 번호 943540-75-8), BMS-698769, PHA-665752 (화이자), SU5416, INC-280 (인사이트(Incyte); SU11274 (수젠; [(3Z)-N-(3-클로로페닐)-3-({3,5-디메틸-4-[(4-메틸피페라진-1-일)카르보닐]-1H-피롤-2-일}메틸렌)-N-메틸-2-옥소인돌린-5-술폰아미드; CAS 번호 658084-23-2]), 포레티닙 (GSK1363089), XL880 (CAS 번호 849217-64-7; XL880은 met 및 VEGFR2 및 KDR의 억제제임); MGCD-265 (메틸진(MethylGene); MGCD-265는 c-MET, VEGFR1, VEGFR2, VEGFR3, Ron 및 Tie-2 수용체를 표적화함; CAS 번호 875337-44-3), 티반티닙 (ARQ 197; (-)-(3R,4R)-3-(5,6-디히드로-4H-피롤로[3,2,1-ij]퀴놀린-1-일)-4-(1H-인돌-3-일)피롤리딘-2,5-디온; 문헌 [Munchi et al., Mol Cancer Ther June 2010 9; 1544] 참조; CAS 번호 905854-02-6), LY-2801653 (릴리(Lilly)), LY2875358 (릴리), MP-470, 릴로투무맙 (AMG 102, 항-HGF 모노클로날 항체), 항체 223C4 또는 인간화 항체 223C4 (WO2009/007427), 인간화 L2G7 (인간화 TAK701; 인간화 항-HGF 모노클로날 항체); EMD 1214063 (머크 세로노(Merck Serono)), EMD 1204831 (머크 세로노), NK4, 카보잔티닙 (XL-184, CAS 번호 849217-68-1; 카보잔티닙은 met 및 VEGFR2의 이중 억제제임), MP-470 (슈퍼젠(SuperGen); 이는 c-KIT, MET, PDGFR, Flt3 및 AXL의 신규 억제제임), Comp-1, 피클라투주맙 (AV-299; 항-HGF 모노클로날 항체), E7050 (Cas 번호 1196681-49-8; E7050은 이중 c-met 및 VEGFR2 억제제임 (에사이(Esai)); MK-2461 (머크; N-((2R)-1,4-디옥산-2-일메틸)-N-메틸-N'-[3-(1-메틸-1H-피라졸-4-일)-5-옥소-5H-벤조[4,5]시클로헵타[1,2-b]피리딘-7-일]술파미드; CAS 번호 917879-39-1); MK8066 (머크), PF4217903 (화이자), AMG208 (암젠), SGX-126, RP1040, LY2801653, AMG458, EMD637830, BAY-853474, DP-3590. 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 크리조티닙, 티반티닙, 카보잔티닙, MGCD-265, 피클라투주맙, 인간화 TAK-701, 릴로투무맙, 포레티닙, h224G11, DN-30, MK-2461, E7050, MK-8033, PF-4217903, AMG208, JNJ-38877605, EMD1204831, INC-280, LY-2801653, SGX-126, RP1040, LY2801653, BAY-853474 및/또는 LA480 중 임의의 하나 이상이다. 특정 실시양태에서, c-met 길항제는 크리조티닙, 티반티닙, 카보잔티닙, MGCD-265, 피클라투주맙, 인간화 TAK-701, 릴로투무맙 및/또는 포레티닙 중 임의의 하나 이상이다.
EGFR 길항제는 니모투주맙 (YM 바이오사이언시스(YM Biosciences))으로 공지된 인간화 모노클로날 항체, 완전 인간 ABX-EGF (파니투무맙, 아브게닉스 인크(Abgenix Inc)), 뿐만 아니라 E1.1, E2.4, E2.5, E6.2, E6.4, E2.11, E6.3 및 E7.6.3으로 공지되어 있고 US 6,235,883에 기재된 완전 인간 항체; MDX-447 (메다렉스 인크(Medarex Inc))과 같은 항체를 포함한다. 페르투주맙 (2C4)은 HER2에 직접적으로 결합하지만 HER2-EGFR 이량체화를 방해함으로써 EGFR 신호전달을 억제하는 인간화 항체이다. EGFR에 결합하는 항체의 다른 예는 MAb 579 (ATCC CRL HB 8506), MAb 455 (ATCC CRL HB8507), MAb 225 (ATCC CRL 8508), MAb 528 (ATCC CRL 8509) (미국 특허 번호 4,943,533 (Mendelsohn et al.) 참조) 및 그의 변이체, 예컨대 키메라화 225 (C225 또는 세툭시맙; 에르부틱스®) 및 재형상화 인간 225 (H225) (WO 96/40210 (임클론 시스템즈 인크.) 참조); IMC-11F8, 완전 인간, EGFR-표적화 항체 (임클론); II형 돌연변이체 EGFR에 결합하는 항체 (미국 특허 번호 5,212,290); 미국 특허 번호 5,891,996에 기재된 바와 같이 EGFR에 결합하는 인간화 및 키메라 항체; 및 EGFR에 결합하는 인간 항체, 예컨대 ABX-EGF (WO 98/50433 (아브게닉스) 참조); EMD 55900 (문헌 [Stragliotto et al. Eur. J. Cancer 32A:636-640 (1996)]); EGFR 결합에 대해 EGF 및 TGF-알파 둘 다와 경쟁하는 EGFR에 대해 지시된 인간화 EGFR 항체인 EMD7200 (마투주맙); 및 mAb 806 또는 인간화 mAb 806 (문헌 [Johns et al., J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384 (2004)])을 포함한다. 항-EGFR 항체는 세포독성제와 접합되어 면역접합체를 생성할 수 있다 (예를 들어, EP659,439A2 (머크 페이턴트 게엠베하) 참조).
본 발명의 방법에서 유용한 항-EGFR 항체는 충분한 친화도 및 특이성으로 EGFR에 결합하고 EGFR 활성을 감소시키거나 억제할 수 있는 임의의 항체를 포함한다. 선택된 항체는 통상적으로 EGFR에 대해 충분히 강력한 결합 친화도를 가질 것이고, 예를 들어, 상기 항체는 100 nM 내지 1 pM의 Kd 값으로 인간 c-met에 결합할 수 있다. 항체 친화도는 예를 들어 표면 플라즈몬 공명 기반 검정 (예컨대 PCT 출원 공보 번호 WO2005/012359에 기재된 바와 같은 비아코어 검정); 효소-결합 면역흡착 검정 (ELISA); 및 경쟁 검정 (예를 들어, RIA)에 의해 결정될 수 있다. 바람직하게는, 본 발명의 항-EGFR 항체는 EGFR/EGFR 리간드 활성이 관여하는 질환 또는 상태를 표적화하고 이를 방해하는데 있어서 치료제로서 사용될 수 있다. 또한, 상기 항체는, 예를 들어 치료제로서의 그의 유효성을 평가기 위해 다른 생물학적 활성 검정에 적용될 수 있다. 이러한 검정은 당업계에 공지되어 있고, 항체에 대한 표적 항원 및 의도된 용도에 따라 달라진다.
이중특이적 항체는 적어도 2개의 상이한 에피토프에 대한 결합 특이성을 갖는 항체이다. 예시적인 이중특이적 항체는 EGFR 및 c-met에 결합할 수 있다. 또 다른 예에서, 예시적인 이중특이적 항체는 동일한 단백질, 예를 들어, c-met 단백질의 2개의 상이한 에피토프에 결합할 수 있다. 대안적으로, c-met 또는 EGFR 아암이 백혈구 상의 촉발 분자, 예컨대 T-세포 수용체 분자 (예를 들어 CD2 또는 CD3), 또는 IgG에 대한 Fc 수용체 (FcγR), 예컨대 FcγRI (CD64), FcγRII (CD32) 및 FcγRIII (CD16)에 결합하는 아암과 조합되어, 세포성 방어 메카니즘이 c-met 또는 EGFR-발현 세포에 집중되도록 할 수 있다. 또한, 이중특이적 항체를 사용하여 세포독성제를 EGFR 또는 c-met를 발현하는 세포에 국부화시킬 수 있다. 이러한 항체들은 EGFR 또는 c-met-결합 아암, 및 세포독성제 (예를 들어 사포린, 항-인터페론-α, 빈카 알칼로이드, 리신 A 쇄, 메토트렉세이트 또는 방사성 동위원소 합텐)에 결합하는 아암을 갖는다. 이중특이적 항체는 전장 항체 또는 항체 단편 (예를 들어, F(ab')2 이중특이적 항체)으로 제조될 수 있다. 한 실시양태에서, 이중특이적 항체는 US20100254989A에 개시된 임의의 이중특이적 MET-EGFR 항체이다.
EGFR 길항제는 또한 US5616582, US5457105, US5475001, US5654307, US5679683, US6084095, US6265410, US6455534, US6521620, US6596726, US6713484, US5770599, US6140332, US5866572, US6399602, US6344459, US6602863, US6391874, WO9814451, WO9850038, WO9909016, WO9924037, WO9935146, WO0132651, US6344455, US5760041, US6002008, US5747498에 기재된 화합물들과 같은 소분자를 포함한다. 특정한 소분자 EGFR 길항제는 OSI-774 (CP-358774, 에를로티닙, OSI 파마슈티칼스(OSI Pharmaceuticals))); PD 183805 (CI 1033, 2-프로펜아미드, N-[4-[(3-클로로-4-플루오로페닐)아미노]-7-[3-(4-모르폴리닐)프로폭시]-6-퀴나졸리닐]-, 디히드로클로라이드, 화이자 인크.(Pfizer Inc.)); 이레사® (ZD1839, 게피티닙, 아스트라제네카); ZM 105180 ((6-아미노-4-(3-메틸페닐-아미노)-퀴나졸린, 제네카); BIBX-1382 (N8-(3-클로로-4-플루오로-페닐)-N2-(1-메틸-피페리딘-4-일)-피리미도[5,4-d]피리미딘-2,8-디아민, 베링거 잉겔하임(Boehringer Ingelheim)); PKI-166 ((R)-4-[4-[(1-페닐에틸)아미노]-1H-피롤로[2,3-d]피리미딘-6-일]-페놀); (R)-6-(4-히드록시페닐)-4-[(1-페닐에틸)아미노]-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘); CL-387785 (N-[4-[(3-브로모페닐)아미노]-6-퀴나졸리닐]-2-부틴아미드); EKB-569 (N-[4-[(3-클로로-4-플루오로페닐)아미노]-3-시아노-7-에톡시-6-퀴놀리닐]-4-(디메틸아미노)-2-부텐아미드); 라파티닙 (타이커브, 글락소스미스클라인(Glaxo SmithKline)); ZD6474 (작티마, 아스트라제네카); CUDC-101 (큐리스(Curis)); 카네르티닙 (CI-1033); AEE788 (6-[4-[(4-에틸-1-피페라지닐)메틸]페닐]-N-[(1R)-1-페닐에틸]-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘-4-아민, WO2003013541, 노파르티스(Novartis)) 및 PKI166 (4-[4-[[(1R)-1-페닐에틸]아미노]-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘-6-일]-페놀, WO9702266 노파르티스))을 포함한다.
한 실시양태에서, 항체, 예를 들어 본원의 발명에 사용된 항체는 하기 섹션 1-6에 기재된 바와 같은 임의의 특징을 단독으로 또는 조합하여 포함할 수 있다:
1. 항체 단편
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 항체 단편이다. 항체 단편은 Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2, Fv 및 scFv 단편, 1-아암 항체 및 하기 기재된 다른 단편을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 특정 항체 단편의 검토에 대해서는, 문헌 [Hudson et al. Nat. Med. 9:129-134 (2003)]을 참조한다. scFv 단편의 검토를 위해, 예를 들어, 문헌 [Pluckthuen, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York), pp. 269-315 (1994)]; 또한 WO 93/16185; 및 미국 특허 번호 5,571,894 및 5,587,458을 참조한다. 샐비지 수용체 결합 에피토프 잔기를 포함하고 증가된 생체내 반감기를 갖는 Fab 및 F(ab')2 단편의 논의에 대해, 미국 특허 번호 5,869,046을 참조한다.
디아바디는 2가 또는 이중특이적일 수 있는 2개의 항원-결합 부위를 갖는 항체 단편이다. 예를 들어, EP 404,097; WO 1993/01161; 문헌 [Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003)]; 및 [Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)]을 참조한다. 트리아바디 및 테트라바디는 또한 문헌 [Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003)]에 기재되어 있다.
단일-도메인 항체는 항체의 중쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부 또는 경쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부를 포함하는 항체 단편이다. 특정 실시양태에서, 단일-도메인 항체는 인간 단일-도메인 항체이다 (도만티스, 인크.(Domantis, Inc.), 매사추세츠주 월섬; 예를 들어 미국 특허 번호 6,248,516 B1 참조).
1-아암 항체 (즉, 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인이 단일 항원 결합 아암을 형성함)는 예를 들어 WO2005/063816; 문헌 [Martens et al., Clin Cancer Res (2006), 12: 6144]에 개시되어 있다. 길항작용 기능을 필요로 하고 항체의 2가성이 바람직하지 않은 효능 효과를 야기하는 병리학적 상태를 치료하는 경우에, 1-아암 항체 (즉, 단일 항원 결합 아암을 포함하는 항체)의 1가 특성은 항체의 표적 분자에의 결합시에 길항작용 기능을 야기하고/거나 보장한다. 또한, Fc 영역을 포함하는 1-아암 항체는 유사한/실질적으로 동일한 항원 결합 특성을 갖는 Fab 형태와 비교하여 우수한 약동학 속성 (예컨대 증진된 생체내 반감기 및/또는 감소된 제거율)을 특징으로 하며, 이에 따라 종래의 1가 Fab 항체를 사용하는데 있어서의 주요 문제점이 극복된다. 1-아암 항체의 제조 기술은 "노브-인-홀" 조작 (예를 들어, 미국 특허 번호 5,731,168 참조)을 포함하나 이에 제한되지 않는다. MetMAb는 1-아암 항체의 예이다. [다른 1-아암 1가 포맷 추가? 젠맙?]
항체 단편은, 본원에 기재된 바와 같이, 무손상 항체의 단백질분해적 소화 뿐만 아니라 재조합 숙주 세포 (예를 들어, 이. 콜라이(E. coli) 또는 파지)에 의한 생산을 포함하나 이에 제한되지 않는 다양한 기술에 의해 제조될 수 있다.
2. 키메라 및 인간화 항체
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 키메라 항체이다. 특정 키메라 항체는 예를 들어 미국 특허 번호 4,816,567; 및 문헌 [Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984)]에 기재되어 있다. 한 예에서, 키메라 항체는 비-인간 가변 영역 (예를 들어, 마우스, 래트, 햄스터, 토끼 또는 비-인간 영장류, 예컨대 원숭이로부터 유래된 가변 영역) 및 인간 불변 영역을 포함한다. 추가의 예에서, 키메라 항체는 부류 또는 하위부류가 모 항체의 것으로부터 변화된 "부류 스위칭된" 항체이다. 키메라 항체는 그의 항원-결합 단편을 포함한다.
특정 실시양태에서, 키메라 항체는 인간화 항체이다. 전형적으로, 비-인간 항체는 인간화되어 인간에 대한 면역원성을 감소시키는 한편, 모 비-인간 항체의 특이성 및 친화도를 유지한다. 일반적으로, 인간화 항체는 HVR, 예를 들어 CDR (또는 그의 일부)이 비-인간 항체로부터 유래되고, FR (또는 그의 일부)이 인간 항체 서열로부터 유래된 하나 이상의 가변 도메인을 포함한다. 인간화 항체는 또한 임의로 인간 불변 영역의 적어도 일부를 포함할 것이다. 일부 실시양태에서, 인간화 항체의 일부 FR 잔기는 비-인간 항체 (예를 들어, HVR 잔기가 유래된 항체)로부터의 상응하는 잔기로 치환되어, 예를 들어 항체 특이성 또는 친화도를 복원하거나 또는 개선한다.
인간화 항체 및 그의 제조 방법은 예를 들어 문헌 [Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)]에서 검토되었고, 예를 들어 문헌 Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988)]; [Queen et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989)]; 미국 특허 번호 5,821,337, 7,527,791, 6,982,321 및 7,087,409; [Kashmiri et al., Methods 36:25-34 (2005)] (SDR (a-CDR) 그라프팅 기재); [Padlan, Mol. Immunol. 28:489-498 (1991)] ("리서페이싱" 기재); [Dall'Acqua et al., Methods 36:43-60 (2005)] ("FR 셔플링" 기재); 및 [Osbourn et al., Methods 36:61-68 (2005)] 및 [Klimka et al., Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000)] (FR 셔플링에 대한 "가이드 선택" 접근법 기재)에 추가로 기재되어 있다.
인간화에 사용될 수 있는 인간 프레임워크 영역은 "최적-적합" 방법을 이용하여 선택된 프레임워크 영역 (예를 들어, 문헌 [Sims et al. J. Immunol. 151:2296 (1993)] 참조); 경쇄 또는 중쇄 가변 영역의 특정한 하위군의 인간 항체의 컨센서스 서열로부터 유래된 프레임워크 영역 (예를 들어, 문헌 [Carter et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992)]; 및 [Presta et al. J. Immunol., 151:2623 (1993)] 참조); 인간 성숙 (체세포 성숙) 프레임워크 영역 또는 인간 배선 프레임워크 영역 (예를 들어, 문헌 [Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)] 참조); 및 FR 라이브러리 스크리닝으로부터 유래된 프레임워크 영역 (예를 들어, 문헌 [Baca et al., J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997)] 및 [Rosok et al., J. Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996)] 참조)을 포함하나 이에 제한되지 않는다.
3. 인간 항체
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 인간 항체이다. 인간 항체는 당업계의 공지된 다양한 기술을 이용하여 제조될 수 있다. 인간 항체는 일반적으로 문헌 [van Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001)] 및 [Lonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)]에 기재되어 있다.
인간 항체는 항원 챌린지에 반응하여 인간 가변 영역을 갖는 무손상 인간 항체 또는 무손상 항체를 생산하도록 변형된 트랜스제닉 동물에게 면역원을 투여하여 제조될 수 있다. 이러한 동물은 전형적으로 내인성 이뮤노글로불린 좌위를 대체하거나 또는 염색체외에 존재하거나 동물의 염색체로 랜덤하게 통합된 인간 이뮤노글로불린 좌위의 전부 또는 일부를 함유한다. 이러한 트랜스제닉 마우스에서, 내인성 이뮤노글로불린 좌위는 일반적으로 불활성화된다. 트랜스제닉 동물로부터 인간 항체를 수득하는 방법의 검토를 위해, 문헌 [Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)]을 참조한다. 또한, 예를 들어 미국 특허 번호 6,075,181 및 6,150,584 (제노마우스(XENOMOUSE)™ 기술 기재); 미국 특허 번호 5,770,429 (HuMab® 기술 기재); 미국 특허 번호 7,041,870 (K-M 마우스(K-M MOUSE)® 기술 기재), 및 미국 특허 출원 공보 번호 US 2007/0061900 (벨로시마우스(VelociMouse)® 기술 기재)을 참조한다. 이러한 동물에 의해 생성된 무손상 항체로부터의 인간 가변 영역은 예를 들어 상이한 인간 불변 영역과 조합시켜 추가로 변형될 수 있다.
인간 항체는 또한 하이브리도마-기반 방법에 의해 제조될 수 있다. 인간 모노클로날 항체의 생산을 위한 인간 골수종 및 마우스-인간 이종골수종 세포주가 기재되어 있다. (예를 들어, 문헌 [Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984)]; [Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)]; 및 [Boerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)] 참조). 인간 B-세포 하이브리도마 기술을 통해 생성된 인간 항체는 또한 문헌 [Li et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)]에 기재되어 있다. 추가의 방법은, 예를 들어 미국 특허 번호 7,189,826 (하이브리도마 세포주로부터의 모노클로날 인간 IgM 항체 생산 기재) 및 문헌 [Ni, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006)] (인간-인간 하이브리도마 기재)에 기재된 것을 포함한다. 인간 하이브리도마 기술 (트리오마(Trioma) 기술)은 또한 문헌 [Vollmers and Brandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005)] 및 [Vollmers and Brandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91 (2005)]에 기재되어 있다.
인간 항체는 또한 인간-유래 파지 디스플레이 라이브러리로부터 선택된 Fv 클론 가변 도메인 서열을 단리하여 생성될 수 있다. 이어서, 이러한 가변 도메인 서열은 바람직한 인간 불변 도메인과 조합될 수 있다. 항체 라이브러리로부터 인간 항체를 선택하기 위한 기술은 하기 기재되어 있다.
4. 라이브러리-유래 항체
본 발명의 항체는 바람직한 활성 또는 활성들을 갖는 항체에 대해 조합 라이브러리를 스크리닝하여 단리될 수 있다. 예를 들어, 파지 디스플레이 라이브러리를 생성하고, 이러한 라이브러리를 바람직한 결합 특성을 갖는 항체에 대해 스크리닝하는 다양한 방법이 당업계에 공지되어 있다. 이러한 방법은 예를 들어 문헌 [Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001))]에서 검토되고, 예를 들어 문헌 [McCafferty et al., Nature 348:552-554]; [Clackson et al., Nature 352: 624-628 (1991)]; [Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992)]; [Marks and Bradbury, in Methods in Molecular Biology 248:161-175 (Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003)]; [Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004)]; [Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004)]; [Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004)]; 및 [Lee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)]에 추가로 기재되어 있다.
특정 파지 디스플레이 방법에서, VH 및 VL 유전자의 레퍼토리는 개별적으로 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR)에 의해 클로닝되고, 파지 라이브러리에 랜덤하게 재조합되며, 이는 이어서 문헌 [Winter et al., Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994)]에 기재된 바와 같이 항원-결합 파지에 대해 스크리닝될 수 있다. 파지는 전형적으로 항체 단편을 단일-쇄 Fv (scFv) 단편 또는 Fab 단편으로서 디스플레이한다. 면역화된 공급원으로부터의 라이브러리는 하이브리도마를 구축할 필요 없이 면역원에 대한 고-친화도 항체를 제공한다. 대안적으로, 나이브 레퍼토리를 클로닝 (예를 들어, 인간으로부터)하여, 문헌 [Griffiths et al., EMBO J, 12: 725-734 (1993)]에 기재된 바와 같이 어떠한 면역화도 없이 광범위한 비-자가 및 또한 자가 항원에 대한 항체의 단일 공급원을 제공할 수 있다. 최종적으로, 문헌 [Hoogenboom amd Winter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)]에 기재된 바와 같이, 줄기 세포로부터의 재배열되지 않은 V-유전자 절편을 클로닝하고, 랜덤 서열을 함유하는 PCR 프라이머를 사용하여 고도로 가변성인 CDR3 영역을 코딩하고 시험관내 재배열을 달성함으로써, 나이브 라이브러리를 또한 합성적으로 제조할 수 있다. 인간 항체 파지 라이브러리를 설명하고 있는 특허 공개는 예를 들어 미국 특허 번호 5,750,373 및 미국 특허 공보 2005/0079574, 2005/0119455, 2005/0266000, 2007/0117126, 2007/0160598, 2007/0237764, 2007/0292936 및 2009/0002360을 포함한다.
인간 항체 라이브러리로부터 단리된 항체 또는 항체 단편은 본원에서 인간 항체 또는 인간 항체 단편으로 여겨진다.
5. 다중특이적 항체
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 다중특이적 항체, 예를 들어 이중특이적 항체이다. 다중특이적 항체는 적어도 2개의 상이한 부위에 대해 결합 특이성을 갖는 모노클로날 항체이다. 특정 실시양태에서, 결합 특이성 중 하나는 c-met에 대한 것이며, 다른 것은 임의의 다른 항원에 대한 것이다. 특정 실시양태에서, 이중특이적 항체는 c-met의 2개의 상이한 에피토프에 결합할 수 있다. 이중특이적 항체는 또한 c-met를 발현하는 세포에 세포독성제를 국부화시키는데 사용될 수 있다. 이중특이적 항체는 전장 항체 또는 항체 단편으로서 제조될 수 있다.
다중특이적 항체를 제조하기 위한 기술은 상이한 특이성을 갖는 2개의 이뮤노글로불린 중쇄-경쇄 쌍의 재조합 공동-발현 (문헌 [Milstein and Cuello, Nature 305: 537 (1983)], WO 93/08829, 및 [Traunecker et al., EMBO J. 10: 3655 (1991)] 참조), 및 "노브-인-홀" 조작 (예를 들어, 미국 특허 번호 5,731,168 참조)을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 또한, 다중특이적 항체는 항체 Fc-이종이량체 분자를 제조하기 위해 정전기적 스티어링 효과를 조작하고 (WO 2009/089004A1); 2개 이상의 항체 또는 단편을 가교-결합시키고 (예를 들어, 미국 특허 번호 4,676,980, 및 문헌 [Brennan et al., Science, 229: 81 (1985)] 참조); 이중-특이적 항체를 생산하기 위해 류신 지퍼를 사용하고 (예를 들어, [Kostelny et al., J. Immunol., 148(5):1547-1553 (1992)] 참조); 이중특이적 항체 단편을 제조하기 위해 "디아바디" 기술을 사용하고 (예를 들어, 문헌 [Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)] 참조); 단일-쇄 Fv (sFv) 이량체를 사용하고 (예를 들어, [Gruber et al., J. Immunol., 152:5368 (1994)] 참조); 예를 들어, 문헌 [Tutt et al. J. Immunol. 147: 60 (1991)]에 기재된 바와 같이 삼중특이적 항체를 제조함으로써 제조될 수 있다.
"옥토퍼스 항체"를 포함하는, 3개 이상의 기능적 항원 결합 부위를 갖는 조작된 항체가 또한 본원에 포함된다 (예를 들어, US 2006/0025576A1 참조).
본원의 항체 또는 단편은 또한 c-met 뿐만 아니라 또 다른 상이한 항원, 예컨대 EGFR에 결합하는 항원 결합 부위를 포함하는 "이중 작용 FAb" 또는 "DAF"를 포함한다 (예를 들어, US 2008/0069820 참조).
6. 항체 변이체
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체의 아미노산 서열 변이체가 고려된다. 예를 들어, 항체의 결합 친화도 및/또는 기타 생물학적 특성을 개선시키는 것이 바람직할 수 있다. 항체의 아미노산 서열 변이체는 항체를 코딩하는 뉴클레오티드 서열 내로 적절한 변형을 도입함으로써 또는 펩티드 합성에 의해 제조될 수 있다. 이러한 변형은 예를 들어 항체의 아미노산 서열 내 잔기로부터의 결실 및/또는 잔기 내로의 삽입 및/또는 잔기의 치환을 포함한다. 최종 구축물에 도달하기 위해 결실, 삽입 및 치환의 임의의 조합이 이루어질 수 있으며, 단, 최종 구축물은 바람직한 특성, 예를 들어 항원-결합을 보유한다.
특정 실시양태에서, 하나 이상의 아미노산 치환을 갖는 항체 변이체가 제공된다. 치환 돌연변이유발을 위한 관심 부위는 HVR 및 FR을 포함한다. 아미노산 치환은 관심 항체 내에 도입되고, 생성물은 목적 활성, 예를 들어 유지/개선된 항원 결합, 감소된 면역원성 또는 개선된 ADCC 또는 CDC를 위해 스크리닝될 수 있다.
치환 변이체의 한 가지 유형은 모 항체 (예를 들어, 인간화 또는 인간 항체)의 하나 이상의 초가변 영역 잔기를 치환하는 것을 포함한다. 일반적으로, 추가 연구를 위해 선택된 생성된 변이체(들)는 모 항체에 비해 특정 생물학적 특성 (예를 들어, 상승된 친화도, 감소된 면역원성)의 변형 (예를 들어, 개선)을 가질 것이고/거나, 모 항체의 특정 생물학적 특성을 실질적으로 유지할 것이다. 예시적인 치환 변이체는 예를 들어 본원에 기재된 것과 같은 파지 디스플레이-기반 친화도 성숙 기술을 이용하여 편리하게 생성될 수 있는 친화도 성숙 항체이다. 간략하게, 하나 이상의 HVR 잔기가 돌연변이화되고, 변이체 항체가 파지 상에 디스플레이되고, 특정한 생물학적 활성 (예를 들어, 결합 친화도)에 대해 스크리닝된다.
아미노산 서열 삽입은 길이 범위가 1개의 잔기 내지 100개 이상의 잔기를 함유하는 폴리펩티드에 이르는 아미노- 및/또는 카르복실-말단 융합, 뿐만 아니라 단일 또는 다수 아미노산 잔기의 서열내 삽입을 포함한다. 말단 삽입의 예는 N-말단 메티오닐 잔기를 갖는 항체를 포함한다. 항체 분자의 다른 삽입 변이체는 효소 (예를 들어, ADEPT의 경우) 또는 항체의 혈청 반감기를 증가시키는 폴리펩티드가 상기 항체의 N- 또는 C-말단에 융합된 것을 포함한다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 항체가 글리코실화되는 정도를 증가시키거나 감소시키도록 변경된다. 항체에 대한 글리코실화 부위의 부가 또는 결실은 하나 이상의 글리코실화 부위가 생성되거나 제거되도록 아미노산 서열을 변경함으로써 편리하게 달성될 수 있다.
항체가 Fc 영역을 포함하는 경우, 이에 부착된 탄수화물이 변경될 수 있다. 포유동물 세포에 의해 생산된 천연 항체는 전형적으로 Fc 영역의 CH2 도메인의 Asn297에의 N-연결에 의해 일반적으로 부착되는 분지형 이분지 올리고사카라이드를 포함한다. 예를 들어, 문헌 [Wright et al. TIBTECH 15:26-32 (1997)]을 참조한다. 올리고사카라이드는 다양한 탄수화물, 예를 들어 만노스, N-아세틸 글루코사민 (GlcNAc), 갈락토스 및 시알산 뿐만 아니라 이분지 올리고사카라이드 구조의 "줄기" 내의 GlcNAc에 부착된 푸코스를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 항체 내의 올리고사카라이드의 변형은 특정 개선된 특성을 갖는 항체 변이체를 생성하기 위해 이루어질 수 있다.
한 실시양태에서, Fc 영역에 (직접 또는 간접적으로) 부착된 푸코스가 결핍된 탄수화물 구조를 갖는 항체 변이체가 제공된다. 예를 들어, 이러한 항체에서 푸코스의 양은 1% 내지 80%, 1% 내지 65%, 5% 내지 65%, 또는 20% 내지 40%일 수 있다. 푸코스의 양은 예를 들어 WO 2008/077546에 기재된 바와 같은 MALDI-TOF 질량 분광결정법에 의해 측정되는 바와 같이, Asn 297에 부착된 모든 당구조물 (예를 들어, 복합체, 하이브리드 및 고 만노스 구조물)의 합과 비교하여 Asn297에서 당 쇄 내의 푸코스의 평균적인 양을 계산하여 결정된다. Asn297은 Fc 영역의 약 위치 297 (Fc 영역 잔기의 Eu 넘버링)에 위치한 아스파라긴 잔기를 지칭하지만; Asn297은 또한 항체의 부수적 서열 변이로 인해 위치 297의 약 ±3 아미노산 상류 또는 하류, 즉 위치 294 및 300 사이에 위치할 수 있다. 이러한 푸코실화 변이체는 개선된 ADCC 기능을 가질 수 있다. 예를 들어, 미국 특허 공개 번호 US 2003/0157108 (Presta, L.); US 2004/0093621 (교와 핫꼬 고교 캄파니, 리미티드(Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd))을 참조한다. "탈푸코실화" 또는 "푸코스-결핍" 항체와 관련된 공개 문헌의 예는 다음을 포함한다: US 2003/0157108; WO 2000/61739; WO 2001/29246; US 2003/0115614; US 2002/0164328; US 2004/0093621; US 2004/0132140; US 2004/0110704; US 2004/0110282; US 2004/0109865; WO 2003/085119; WO 2003/084570; WO 2005/035586; WO 2005/035778; WO2005/053742; WO2002/031140; 문헌 [Okazaki et al. J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004)]; [Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)]. 탈푸코실화 항체를 생산할 수 있는 세포주의 예는 단백질 푸코실화에서 결핍성인 Lec13 CHO 세포 (문헌 [Ripka et al. Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986)]; US 특허 출원 US 2003/0157108 A1 (Presta, L); 및 WO 2004/056312 A1 (Adams et al.), 특히 실시예 11), 및 녹아웃(knockout) 세포주, 예를 들어 알파-1,6-푸코실트랜스퍼라제 유전자, FUT8, 녹아웃 CHO 세포 (예를 들어, 문헌 [Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)]; [Kanda, Y. et al., Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006)]; 및 WO2003/085107 참조)를 포함한다.
이등분된 올리고사카라이드를 갖는 항체 변이체가 추가로 제공되며, 예를 들어 항체의 Fc 영역에 부착된 이분지 올리고사카라이드는 GlcNAc에 의해 이등분된다. 이러한 항체 변이체는 푸코실화가 감소될 수 있고/거나 ADCC 기능이 개선될 수 있다. 이러한 항체 변이체의 예는, 예를 들어 WO 2003/011878 (Jean-Mairet et al.); 미국 특허 번호 6,602,684 (Umana et al.); 및 US 2005/0123546 (Umana et al.)에 기재되어 있다. Fc 영역에 부착된 올리고사카라이드 내에 적어도 1개의 갈락토스 잔기를 갖는 항체 변이체가 또한 제공된다. 이러한 항체 변이체는 개선된 CDC 기능을 가질 수 있다. 이러한 항체 변이체는, 예를 들어 WO 1997/30087 (Patel et al.); WO 1998/58964 (Raju, S.) 및 WO 1999/22764 (Raju, S.)에 기재되어 있다.
특정 실시양태에서, 하나 이상의 아미노산 변형이 본원에 제공된 항체의 Fc 영역에 도입되어 Fc 영역 변이체가 생성될 수 있다. Fc 영역 변이체는 하나 이상의 아미노산 위치에서 아미노산 변형 (예를 들어, 치환)을 포함하는 인간 Fc 영역 서열 (예를 들어, 인간 IgG1, IgG2, IgG3 또는 IgG4 Fc 영역)을 포함할 수 있다.
특정 실시양태에서, 본 발명은, 모든 이펙터 기능은 아니지만 일부 이펙터 기능을 보유하고 있고, 생체내 항체의 반감기가 중요하긴 하지만 특정 이펙터 기능 (예컨대 보체 및 ADCC)이 불필요하거나 해로운 적용에 대한 바람직한 후보가 되는 항체 변이체를 고려한다.
감소된 이펙터 기능을 갖는 항체는 Fc 영역 잔기 238, 265, 269, 270, 297, 327 및 329 중 하나 이상의 치환을 갖는 것을 포함한다 (미국 특허 번호 6,737,056). 이러한 Fc 돌연변이체는 아미노산 위치 265, 269, 270, 297 및 327 중 2개 이상의 위치에 치환을 갖는 Fc 돌연변이체 (잔기 265 및 297의 알라닌으로의 치환을 갖는, 소위 "DANA" Fc 돌연변이체 포함)를 포함한다 (미국 특허 번호 7,332,581).
FcR에 대해 개선된 또는 감소된 결합을 갖는 특정 항체 변이체가 기재되어 있다. (예를 들어, 미국 특허 번호 6,737,056; WO 2004/056312, 및 문헌 [Shields et al., J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001)] 참조.)
특정 실시양태에서, 항체 변이체는 ADCC를 개선시키는 하나 이상의 아미노산 치환, 예를 들어 Fc 영역의 위치 298, 333 및/또는 334 (잔기의 EU 넘버링)에서의 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 예를 들어 미국 특허 번호 6,194,551, WO 99/51642, 및 문헌 [Idusogie et al. J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)]에 기재된 바와 같이 변경된 (즉, 개선된 또는 감소된) C1q 결합 및/또는 보체 의존성 세포독성 (CDC)을 야기하는 변경이 Fc 영역에서 이루어진다.
증가된 반감기, 및 모체 IgG를 태아에게 전달하는 것을 담당하는 신생아 Fc 수용체 (FcRn) (문헌 [Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976)] 및 [Kim et al., J. Immunol. 24:249 (1994)])에 대한 개선된 결합을 갖는 항체가 US2005/0014934A1 (Hinton et al.)에 기재되어 있다. 이들 항체는 Fc 영역의 FcRn에의 결합을 개선시키는 하나 이상의 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다. 이러한 Fc 변이체는 Fc 영역 잔기 238, 256, 265, 272, 286, 303, 305, 307, 311, 312, 317, 340, 356, 360, 362, 376, 378, 380, 382, 413, 424 또는 434 중의 하나 이상에서의 치환, 예를 들어 Fc 영역 잔기 434의 치환을 갖는 것을 포함한다 (미국 특허 번호 7,371,826).
Fc 영역 변이체의 다른 예에 관해서는 또한 문헌 [Duncan & Winter, Nature 322:738-40 (1988)]; 미국 특허 번호 5,648,260; 미국 특허 번호 5,624,821; 및 WO 94/29351을 참조한다.
특정 실시양태에서, 항체의 하나 이상의 잔기를 시스테인 잔기로 치환시킨 시스테인 조작된 항체, 예를 들어 "티오MAb"를 제조하는 것이 바람직할 수 있다. 특정한 실시양태에서, 치환된 잔기는 항체의 접근가능한 부위에서 일어난다. 이들 잔기를 시스테인으로 치환함으로써, 반응성 티올 기가 이에 따라 항체의 접근가능한 부위에 배치되게 되고, 이것을 이용하여 항체를 본원에 추가로 기재된 바와 같이 다른 모이어티, 예컨대 약물 모이어티 또는 링커-약물 모이어티에 접합시켜 면역접합체를 생성할 수 있다. 특정 실시양태에서, 임의의 하나 이상의 다음 잔기가 시스테인으로 치환될 수 있다: 경쇄의 V205 (카바트 넘버링); 중쇄의 A118 (EU 넘버링); 및 중쇄 Fc 영역의 S400 (EU 넘버링). 시스테인 조작된 항체는, 예를 들어 미국 특허 번호 7,521,541에 기재된 바와 같이 생성될 수 있다.
특정 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 당업계에 공지되고 용이하게 입수가능한 추가의 비단백질성 잔기를 함유하도록 추가로 변형될 수 있다. 항체의 유도체화에 적합한 모이어티는 수용성 중합체를 포함하나 이에 제한되지 않는다. 수용성 중합체의 비제한적 예는 폴리에틸렌 글리콜 (PEG), 에틸렌 글리콜/프로필렌 글리콜의 공중합체, 카르복시메틸셀룰로스, 덱스트란, 폴리비닐 알콜, 폴리비닐 피롤리돈, 폴리-1,3-디옥솔란, 폴리-1,3,6-트리옥산, 에틸렌/말레산 무수물 공중합체, 폴리아미노산 (단독중합체 또는 랜덤 공중합체), 및 덱스트란 또는 폴리(n-비닐 피롤리돈)폴리에틸렌 글리콜, 프로프로필렌 글리콜 단독중합체, 폴리프로필렌 옥시드/에틸렌 옥시드 공중합체, 폴리옥시에틸화 폴리올 (예를 들어, 글리세롤), 폴리비닐 알콜, 및 그의 혼합물을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 폴리에틸렌 글리콜 프로피온알데히드가 물 중 그의 안정성으로 인해 제조에 이점을 가질 수 있다. 중합체는 임의의 분자량을 가질 수 있고, 분지형 또는 비분지형일 수 있다. 항체에 부착되는 중합체의 수는 다양할 수 있고, 1개 초과의 중합체가 부착될 경우에, 중합체들은 동일하거나 상이한 분자일 수 있다. 일반적으로, 유도체화에 사용되는 중합체의 수 및/또는 유형은 개선시키려는 항체의 특정한 특성 또는 기능, 항체 유도체가 규정된 조건 하의 요법에서 사용될 것인지의 여부 등을 포함하나 이에 제한되지 않는 고려사항을 기반으로 결정될 수 있다.
또 다른 실시양태에서, 항체, 및 방사선 노출에 의해 선택적으로 가열될 수 있는 비단백질성 모이어티의 접합체가 제공된다. 한 실시양태에서, 비단백질성 모이어티는 탄소 나노튜브이다 (문헌 [Kam et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605 (2005)]). 방사선은 임의의 파장일 수 있고, 통상적인 세포에는 해를 끼치지 않지만 항체-비단백질성 모이어티에 근접한 세포는 사멸시키는 온도로 비단백질성 모이어티를 가열하는 파장을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
한 실시양태에서, 의약은 하나 이상의 세포독성제, 예컨대 화학요법제 또는 약물, 성장 억제제, 독소 (예를 들어, 단백질 독소, 박테리아, 진균, 식물 또는 동물 기원의 효소 활성 독소 또는 그의 단편) 또는 방사성 동위원소에 접합된 항체 (예컨대 c-met 항체)를 포함하는 면역접합체이다.
한 실시양태에서, 면역접합체는 항체가 메이탄시노이드 (미국 특허 번호 5,208,020, 5,416,064 및 유럽 특허 EP 0 425 235 B1 참조); 아우리스타틴, 예컨대 모노메틸아우리스타틴 약물 모이어티 DE 및 DF (MMAE 및 MMAF) (미국 특허 번호 5,635,483 및 5,780,588, 및 7,498,298 참조); 돌라스타틴; 칼리케아미신 또는 그의 유도체 (미국 특허 번호 5,712,374, 5,714,586, 5,739,116, 5,767,285, 5,770,701, 5,770,710, 5,773,001 및 5,877,296; 문헌 [Hinman et al., Cancer Res. 53:3336-3342 (1993)]; 및 [Lode et al., Cancer Res. 58:2925-2928 (1998)] 참조); 안트라시클린, 예컨대 다우노마이신 또는 독소루비신 (문헌 [Kratz et al., Current Med. Chem. 13:477-523 (2006)]; [Jeffrey et al., Bioorganic & Med. Chem. Letters 16:358-362 (2006)]; [Torgov et al., Bioconj. Chem. 16:717-721 (2005)]; [Nagy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:829-834 (2000)]; [Dubowchik et al., Bioorg. & Med. Chem. Letters 12:1529-1532 (2002)]; [King et al., J. Med. Chem. 45:4336-4343 (2002)]; 및 미국 특허 번호 6,630,579 참조); 메토트렉세이트; 빈데신; 탁산, 예컨대 도세탁셀, 파클리탁셀, 라로탁셀, 테세탁셀 및 오르타탁셀; 트리코테센; 및 CC1065를 포함하나 이에 제한되지 않는 하나 이상의 약물에 접합된 항체-약물 접합체 (ADC)이다.
또 다른 실시양태에서, 면역접합체는 효소 활성 독소 또는 그의 단편 (디프테리아 A 쇄, 디프테리아 독소의 비결합 활성 단편, 외독소 A 쇄 (슈도모나스 아에루기노사(Pseudomonas aeruginosa)로부터 유래됨), 리신 A 쇄, 아브린 A 쇄, 모데신 A 쇄, 알파-사르신, 알레우리테스 포르디이(Aleurites fordii) 단백질, 디안틴 단백질, 피토라카 아메리카나(Phytolaca americana) 단백질 (PAPI, PAPII 및 PAP-S), 모모르디카 카란티아(momordica charantia) 억제제, 쿠르신, 크로틴, 사파오나리아 오피시날리스(sapaonaria officinalis) 억제제, 겔로닌, 미토겔린, 레스트릭토신, 페노마이신, 에노마이신 및 트리코테센을 포함하나 이에 제한되지 않음)에 접합된, 본원에 기재된 항체를 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 면역접합체는 방사성접합체를 형성하기 위해 방사성 원자에 접합된 본원에 기재된 바와 같은 항체를 포함한다. 다양한 방사성 동위원소가 방사성접합체의 생산을 위해 이용가능하다. 그 예는 At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, Pb212, 및 Lu의 방사성 동위원소를 포함한다. 방사성접합체가 검출용으로 사용되는 경우에, 신티그래피 연구용 방사성 원자, 예를 들어 tc99m 또는 I123을 포함하거나, 핵 자기 공명 (NMR) 영상화 (자기 공명 영상화, mri로도 공지됨)용 스핀 표지, 예컨대 다시 아이오딘-123, 아이오딘-131, 인듐-111, 플루오린-19, 탄소-13, 질소-15, 산소-17, 가돌리늄, 망가니즈 또는 철을 포함할 수 있다.
항체 및 세포독성제의 접합체는 다양한 이관능성 단백질 커플링제, 예컨대 N-숙신이미딜-3-(2-피리딜디티오) 프로피오네이트 (SPDP), 숙신이미딜-4-(N-말레이미도메틸) 시클로헥산-1-카르복실레이트 (SMCC), 이미노티올란 (IT), 이미도에스테르의 이관능성 유도체 (예컨대 디메틸 아디프이미데이트 HCl), 활성 에스테르 (예컨대 디숙신이미딜 수베레이트), 알데히드 (예컨대 글루타르알데히드), 비스-아지도 화합물 (예컨대 비스 (p-아지도벤조일) 헥산디아민), 비스-디아조늄 유도체 (예컨대 비스-(p-디아조늄벤조일)-에틸렌디아민), 디이소시아네이트 (예컨대 톨루엔 2,6-디이소시아네이트) 및 비스-활성 플루오린 화합물 (예컨대 1,5-디플루오로-2,4-디니트로벤젠)를 이용하여 제조될 수 있다. 예를 들어, 리신 면역독소는 문헌 [Vitetta et al., Science 238:1098 (1987)]에 기재된 바와 같이 제조될 수 있다. 탄소-14-표지된 1-이소티오시아네이토벤질-3-메틸디에틸렌 트리아민펜타아세트산 (MX-DTPA)은 항체에의 방사성뉴클레오티드의 접합을 위한 예시적인 킬레이트화제이다. WO94/11026을 참조한다. 링커는 세포에서 세포독성 약물의 방출을 용이하게 하는 "절단가능한 링커"일 수 있다. 예를 들어, 산-불안정성 링커, 펩티다제-감수성 링커, 광분해성 링커, 디메틸 링커 또는 디술피드-함유 링커 (문헌 [Chari et al., Cancer Res. 52:127-131 (1992)]; 미국 특허 번호 5,208,020)가 사용될 수 있다.
본원의 면역접합체 또는 ADC는 상업적으로 입수가능한 (예를 들어, 피어스 바이오테크놀로지, 인크.(Pierce Biotechnology, Inc.)로부터, 미국 일리노이주 록포드) 가교-링커 시약 (BMPS, EMCS, GMBS, HBVS, LC-SMCC, MBS, MPBH, SBAP, SIA, SIAB, SMCC, SMPB, SMPH, 술포-EMCS, 술포-GMBS, 술포-KMUS, 술포-MBS, 술포-SIAB, 술포-SMCC 및 술포-SMPB, 및 SVSB (숙신이미딜-(4-비닐술폰)벤조에이트)를 포함하나 이에 제한되지 않음)으로 제조된 상기 접합체를 명백하게 고려하나 이에 제한되지 않는다.
III. 진단 방법
한 측면에서, 본 발명은 환자의 암이 높은 양의 c-met 바이오마커를 갖는지를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 c-met 바이오마커 발현은 환자가 c-met 길항제로의 치료에 반응할 가능성이 있음을 나타내는 것인, c-met 길항제로의 치료에 반응할 가능성이 있는 암 환자를 확인하는 방법을 제공한다.
또 다른 측면에서, 본 발명은 환자의 암이 높은 양의 c-met 바이오마커를 갖는지를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 c-met 바이오마커 발현은 환자가 c-met 길항제로 치료되는 경우에 상기 환자가 증가된 전체 생존 (OS) 및/또는 무진행 생존 (PFS)을 가질 가능성이 있음을 나타내는 것인, 암 환자 예후를 결정하는 방법을 제공한다.
또 다른 측면에서, 본 발명은 환자의 암이 높은 양의 c-met 바이오마커를 갖는지를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 c-met 바이오마커 발현은 단백질 발현이고, IHC를 이용하여 환자로부터의 샘플에서 결정하고, 높은 c-met 바이오마커 발현은 중간 c-met 염색 강도, 복합적 중간/높은 c-met 염색 강도 또는 높은 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이고, c-met 발현은 c-met 항체를 사용하여 검출되고, c-met 바이오마커 발현은 환자가 c-met 길항제로 치료되는 경우에 상기 환자가 증가된 OS 및/또는 PFS를 가질 가능성이 있음을 나타내는 것인, c-met 바이오마커 발현을 결정하는 방법을 제공한다.
한 측면에서, 본 발명은 본원에서 바이오마커 환자로부터의 샘플에서 c-met의 발현을 결정하는 단계 및 바이오마커의 발현 수준을 기준으로 하여 암 의약을 선택하는 단계를 포함하는, 암 (예를 들어, NSCLC) 환자를 위한 요법을 선택하는 방법에 관한 것이다. 한 실시양태에서, 높은 수준의 바이오마커(들)는 환자의 치료에 사용되는 c-met 길항제, 예컨대 c-met 항체의 선택을 유발할 것이다. 또 다른 실시양태에서, 바이오마커(들)가 낮은 (즉, 낮은 또는 실질적으로 검출가능하지 않은) 수준으로 존재할 경우에, 환자는 c-met 길항제 이외의 암 의약으로의 치료를 위해 선택될 것이다. 일부 실시양태에서, 샘플은 환자의 암 (예를 들어, NSCLC)의 것이다.
한 측면에서, 본 발명은 환자 암 샘플에서 c-met 바이오마커 발현을 결정하는 것을 포함하는, 치료 효능을 최적화하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 높은 c-met 바이오마커의 검출은 환자가 c-met 길항제로 치료되는 경우에 증가된 PFS 및/또는 OS를 의미한다. 일부 실시양태에서, 낮은 c-met 바이오마커의 검출은 c-met 길항제로 치료되는 경우에 감소된 PFS 및/또는 OS를 의미한다. 일부 실시양태에서, 암은 NSCLC이다.
한 측면에서, 본 발명은 환자 암 샘플에서 c-met 바이오마커의 수준을 결정하는 것을 포함하는, 환자 예후를 결정하는 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 높은 c-met 바이오마커는 암이 낮은 c-met 바이오마커를 갖는 환자와 비교하여 감소된 PFS 및/또는 OS의 가능성을 의미한다. 일부 실시양태에서, 높은 c-met 바이오마커 발현은 환자가 c-met 길항제로 치료되는 경우에 증가된 PFS 및/또는 OS를 의미한다. 일부 실시양태에서, 낮은 c-met 바이오마커 발현은 환자가 c-met 길항제로 치료되는 경우에 감소된 PFS 및/또는 OS를 의미한다. 일부 실시양태에서, 암은 NSCLC이고, 높은 c-met 바이오마커 발현은 환자가 EGFR 길항제와 조합된 c-met 길항제로 치료되는 경우에 증가된 PFS 및/또는 OS를 의미한다. 일부 실시양태에서, 암은 NSCLC이고, 낮은 c-met 바이오마커 발현은 환자가 EGFR 길항제와 조합된 c-met 길항제로 치료되는 경우에 감소된 PFS 및/또는 OS를 의미한다.
한 측면에서, c-met 바이오마커 양은 (a) 항-c-met 항체를 사용하여 샘플 (예컨대 환자 암 샘플)의 IHC 분석을 수행하는 단계; 및 b) 상기 샘플에서 c-met 바이오마커의 발현을 결정하는 단계를 포함하는 방법을 이용하여 결정된다. 일부 실시양태에서, c-met IHC 염색 강도는 기준 값에 대해 결정된다. 일부 실시양태에서, c-met 바이오마커 발현은, 본원에 개시된, 예를 들어 하기 섹션 III.7의 표 A에 개시된 c-met 염색 강도 점수화 도식을 이용하여 결정된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 IHC 점수를 기준으로 하여 환자를 계층화하는 것을 추가로 포함한다.
한 측면에서, c-met 바이오마커의 발현 양은 샘플 (예컨대 환자의 암 샘플)에서 c-met 바이오마커의 발현을 결정하는 단계를 포함하는 방법을 이용하여 결정되고, 여기서 상기 환자의 샘플은 항-c-met 항체를 사용하는 IHC 분석에 적용된다. 일부 실시양태에서, c-met IHC 염색 강도는 기준 값에 대해 결정된다. 일부 실시양태에서, c-met 바이오마커 발현은, 본원에 개시된, 예를 들어 하기 섹션 III.7의 표 A에 개시된 c-met 염색 강도 점수화 도식을 이용하여 결정된다.
일부 실시양태에서, IHC 분석은 이전 또는 이후의 형태론적 염색을 추가로 포함한다. 한 실시양태에서, 헤마톡실린은 슬라이드의 세포 핵산의 염색을 위해 사용된다. 헤마톡실린은 광범위하게 사용가능하다. 적합한 헤마톡실린의 예는 헤마톡실린 II (벤타나(Ventana))이다. 더 밝은 청색 핵이 바람직한 경우에, 청색화 시약이 헤마톡실린 염색 후에 사용될 수 있다.
IHC를 이용하는 c-met 바이오마커의 검출이 본원에 개시되어 있고, c-met 염색 강도 점수화 도식은 본원에, 예를 들어, 하기 섹션 III.7의 표 A에 개시되어 있다. 본원에서 언급된 바와 같이, 다른 바이오마커가 검출될 수 있다. 예시적인 다른 바이오마커가 본원에서 개시되어 있다. 본원에 개시된 임의의 본 발명의 일부 실시양태에서, 높은 c-met 바이오마커 발현은 본원의 표 A에 따라 정의된 바와 같이 met 진단 양성 임상 상태이다. 본원에 개시된 임의의 본 발명의 일부 실시양태에서, 낮은 c-met 바이오마커 발현은 본원의 표 A에 따라 정의된 바와 같이 met 진단 음성 임상 상태이다.
한 측면에서, c-met 바이오마커 양은 (a) 항-c-met 항체를 사용하여 샘플 (예컨대 환자의 암 샘플)에 대해 유전자 발현 프로파일링, PCR (예컨대 rtPCR), RNN-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, 매스어레이 기술 또는 FISH를 수행하는 단계; 및 b) 상기 샘플에서 c-met 바이오마커의 발현을 결정하는 단계를 포함하는 방법을 이용하여 결정된다. 본원에 언급된 바와 같이, 다른 바이오마커가 검출될 수 있다. 예시적인 다른 바이오마커가 본원에 개시되어 있다.
환자로부터의 샘플은 본원에서 하나 이상의 바이오마커의 발현에 대해 시험된다. 조직 또는 세포 샘플의 공급원은 신선한, 동결 및/또는 보존된 기관 또는 조직 샘플 또는 생검 또는 흡인물로부터의 고형 조직; 혈액 또는 임의의 혈액 구성성분; 체액, 예를 들어 뇌척수액, 양수, 복수 또는 간질액; 대상체의 임신 또는 발생 중의 임의의 시점으로부터의 세포일 수 있다. 조직 샘플은 자연에서 조직과 자연적으로 서로 혼합되지 않는 화합물, 예컨대 보존제, 항응고제, 완충제, 고정제, 영양소, 항생제 등을 함유할 수 있다. 본원에서 종양 샘플의 예는 종양으로부터 유래하거나 또는 종양-유사 특성을 나타내는 종양 생검, 종양 세포, 혈청 또는 혈장, 순환 혈장 단백질, 복수액, 일차 세포 배양액 또는 세포주 뿐만 아니라 보존된 종양 샘플, 예컨대 포르말린-고정 파라핀-포매된 종양 샘플 또는 동결된 종양 샘플을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 한 실시양태에서, 환자 샘플은 포르말린-고정 파라핀-포매된 (FFPE) 종양 샘플 (예를 들어, NSCLC 종양 샘플 또는 유방암 종양 샘플)이다. 샘플은 암 의약 (예컨대 항-c-met 길항제)으로의 환자의 치료 전에 수득될 수 있다. 샘플은 원발성 종양 또는 전이성 종양으로부터 수득될 수 있다. 샘플은 암이 처음 진단될 때 또는 예를 들어 종양이 전이된 후에 수득될 수 있다. 일부 실시양태에서, 종양 샘플은 폐, 림프절, 간 또는 뇌의 것이다.
mRNA 또는 단백질의 발현, 또는 유전자 증폭을 결정하기 위한 다양한 방법은 유전자 발현 프로파일링, 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR), 예를 들어 정량적 실시간 PCR (qRT-PCR), RNA-Seq, FISH, 마이크로어레이 분석, 유전자 발현의 연속 분석 (SAGE), 매스어레이, 프로테오믹스, 면역조직화학 (IHC) 등을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 일부 실시양태에서, 단백질 발현이 정량화된다. 이러한 단백질 분석은, 예를 들어, 환자 종양 샘플에 대해 IHC를 이용하여 수행될 수 있다.
바이오마커 발현을 결정하기 위한 다양한 예시적인 방법을 이제 보다 상세히 기재할 것이다.
1. 유전자 발현 프로파일링
일반적으로, 유전자 발현 프로파일링의 방법은 2개의 큰 군, 즉 폴리뉴클레오티드의 혼성화 분석을 기초로 하는 방법 및 폴리뉴클레오티드의 서열분석을 기초로 하는 방법으로 분류될 수 있다. 샘플 내의 mRNA 발현의 정량화를 위해 가장 일반적으로 사용되는 당업계에 공지된 방법은 노던 블롯팅 및 계내 혼성화 (문헌 [Parker & Barnes, Methods in Molecular Biology 106:247-283 (1999)]); RNAse 보호 검정 (문헌 [Hod, Biotechniques 13:852- 854 (1992)]); 및 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR) (문헌 [Weis et al., Trends in Genetics 8:263-264 (1992)])을 포함한다. 대안적으로, DNA 듀플렉스, RNA 듀플렉스, 및 DNA-RNA 하이브리드 듀플렉스 또는 DNA-단백질 듀플렉스를 포함한 구체적인 듀플렉스를 인식할 수 있는 항체를 사용할 수 있다. 서열분석-기반의 유전자 발현 분석을 위한 대표적인 방법은 유전자 발현의 연속 분석 (SAGE), 및 대용량 병렬 시그너쳐 서열분석 (MPSS)에 의한 유전자 발현 분석을 포함한다.
2. 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR)
상기 나열된 기술 중에서, 민감하고 탄력적인 정량적 방법은 PCR이고, 이것은 상이한 샘플 집단에서, 정상 및 종양 조직에서, 약물 치료와 함께 또는 없이 mRNA 수준을 비교하여, 유전자 발현 패턴을 특성화하고, 밀접하게 관련된 mRNA를 서로 구별하고, RNA 구조를 분석하기 위해서 사용될 수 있다.
제1 단계는 표적 샘플로부터의 mRNA의 단리이다. 출발 물질은 전형적으로 각각 인간 종양 또는 종양 세포주, 및 상응하는 정상 조직 또는 세포주로부터 단리된 전체 RNA이다. 따라서, RNA는 건강한 공여자로부터 모은 DNA를 갖는, 유방, 폐, 결장, 전립선, 뇌, 간, 신장, 췌장, 비장, 흉선, 고환, 난소, 자궁 등의 종양을 비롯한 다양한 원발성 종양 또는 종양 세포주으로부터 단리될 수 있다. mRNA의 공급원이 원발성 종양이면, mRNA는 예를 들어, 동결 또는 보존된 파라핀-포매되고 고정된 (예를 들어 포르말린-고정된) 조직 샘플로부터 추출될 수 있다. mRNA 추출을 위한 일반적 방법은 당업계에 널리 공지되어 있고, 문헌 [Ausubel et al., Current Protocols of Molecular Biology, John Wiley and Sons (1997)]을 비롯한 분자 생물학의 표준 교과서에 개시되어 있다. 파라핀 포매된 조직으로부터의 RNA 추출을 위한 방법은 예를 들어 문헌 [Rupp and Locker, Lab Invest. 56:A67 (1987)] 및 [De Andres et al., BioTechniques 18:42044 (1995)]에 개시되어 있다. 특히, RNA 단리는 상업적인 제조업체, 예컨대 퀴아젠(Qiagen)으로부터의 정제 키트, 완충제 세트 및 프로테아제를 제조업체의 지시에 따라 사용하여 수행할 수 있다. 예를 들어, 배양액 중 세포로부터의 전체 RNA는 퀴아젠 RNeasy 미니-칼럼을 이용하여 단리될 수 있다. 다른 상업적으로 입수가능한 RNA 단리 키트는 마스터퓨어® 컴플리트 (MASTERPURE® Complete) DNA 및 RNA 정제 키트 (에피센터(EPICENTRE)®, 위스콘신주 매디슨)) 및 파라핀 블록 RNA 단리 키트 (암비온, 인크.(Ambion, Inc.))를 포함한다. 조직 샘플로부터의 전체 RNA는 RNA Stat-60 (텔-시험(Tel-Test))을 이용하여 단리될 수 있다. 종양으로부터 제조된 RNA는 예를 들어, 염화세슘 밀도 구배 원심분리에 의해 단리될 수 있다.
RNA가 PCR을 위한 주형으로서 기능할 수 없기 때문에, PCR에 의한 유전자 발현 프로파일링의 제1 단계는 RNA 주형의 cDNA로의 역전사, 이어서 PCR 반응에서 그의 기하급수적 증폭이다. 2가지 가장 흔히 사용되는 역전사효소는 조류 골수아세포증 바이러스 역전사효소 (AMV-RT) 및 몰로니(Moloney) 뮤린 백혈병 바이러스 역전사효소 (MMLV-RT)이다. 역전사 단계는 전형적으로 주위환경 및 발현 프로파일링의 목적에 따라 특이적 프라이머, 랜덤 헥사머 또는 올리고-dT 프라이머를 사용하여 프라이밍된다. 예를 들어, 추출된 RNA는 진앰프(GENEAMP)™, RNA PCR 키트 (퍼킨 엘머(Perkin Elmer), 미국 캘리포니아주)를 제조업체의 지시에 따라 사용하여 역전사될 수 있다. 이어서, 유도된 cDNA를 후속적인 PCR 반응에서 주형으로서 사용할 수 있다. PCR 단계는 다양한 내열성 DNA-의존성 DNA 폴리머라제를 이용할 수 있지만, 전형적으로 5'-3' 뉴클레아제 활성을 갖지만 3'-5' 교정 엔도뉴클레아제 활성은 결핍된 Taq DNA 폴리머라제를 이용한다. 따라서, 택맨(TAQMAN)® PCR은 전형적으로 그의 표적 앰플리콘에 결합된 혼성화 프로브를 가수분해하기 위해 Taq 또는 Tth 폴리머라제의 5'-뉴클레아제 활성을 이용하지만, 동등한 5' 뉴클레아제 활성을 갖는 임의의 효소를 사용할 수 있다. PCR 반응에서 전형적인 앰플리콘을 생성하기 위해 2개의 올리고뉴클레오티드 프라이머를 사용한다. 제3 올리고뉴클레오티드 또는 프로브는 2개의 PCR 프라이머 사이에 위치하는 뉴클레오티드 서열을 검출하기 위해 설계된다. 프로브는 Taq DNA 폴리머라제 효소에 의해 연장불가능하고, 리포터 형광 염료 및 켄처 형광 염료로 표지된다. 2가지 염료가 프로브 상에 있을 때 함께 근접하게 위치하는 경우에, 리포터 염료로부터 임의의 레이저-유도된 방출은 켄칭 염료에 의해 켄칭된다. 증폭 반응 동안, Taq DNA 폴리머라제 효소는 프로브를 주형-의존성 방식으로 절단한다. 생성된 프로브 단편은 용액 내에서 분리되고, 방출된 리포터 염료로부터의 신호는 제2 형광단 켄칭의 영향이 없다. 리포터 염료 중 1개의 분자가 합성된 각각의 새로운 분자에 대해 유리되고, 켄칭되지 않은 리포터 염료의 검출은 데이터의 정량적 해석을 위한 기반을 제공한다.
택맨® PCR은 상업적으로 이용가능한 기기, 예컨대 예를 들어, ABI 프리즘(PRISM) 7700® 서열 검출 시스템® (퍼킨-엘머-어플라이드 바이오시스템즈(Perkin-Elmer-Applied Biosystems), 미국 캘리포니아주 포스터 시티) 또는 라이트사이클러(Lightcycler) (로슈 몰레큘라 바이오케미칼스(Roche Molecular Biochemicals), 독일 만하임)를 이용하여 수행할 수 있다. 바람직한 실시양태에서, 5' 뉴클레아제 절차는 실시간 정량적 PCR 장치, 예컨대 ABI 프리즘 7700® 서열 검출 시스템에서 실시된다. 이 시스템은 열순환기, 레이저, 전하-커플링 소자 (CCD), 카메라 및 컴퓨터로 이루어진다. 시스템은 열순환기 상에서 96-웰 포맷으로 샘플을 증폭시킨다. 증폭 동안, 레이저-유도된 형광 신호는 모든 96개의 웰에 대해 광섬유 케이블을 통해 실시간으로 수집되고, CCD에서 검출된다. 이 시스템은 기기를 실행하고 데이터를 분석하기 위한 소프트웨어를 포함한다.
5'-뉴클레아제 검정 데이터는 초기에 Ct, 또는 역치 주기로서 표현된다. 상기 논의된 바와 같이, 형광 값은 모든 주기 동안 기록되고, 증폭 반응에서 그 지점까지 증폭된 산물의 양을 나타낸다. 형광 신호가 처음 통계상 유의한 것으로 기록될 때의 시점이 역치 주기 (Ct)이다.
오류 및 샘플-대-샘플 편차의 영향을 최소화하기 위해, PCR은 일반적으로 내부 표준을 사용하여 수행된다. 이상적인 내부 표준은 상이한 조직들 사이에서 일정한 수준으로 발현되고, 실험 처리에 의해 영향을 받지 않는다. 유전자 발현 패턴을 정규화하기 위해 가장 빈번하게 사용되는 RNA는 하우스키핑 유전자 글리세르알데히드-3-포스페이트-데히드로게나제 (GAPDH) 및 P-액틴에 대한 mRNA이다.
PCR 기술에 대한 보다 최근의 변형법은 정량적 실시간 PCR (qRT-PCR)이고, 이것은 이중-표지된 형광 프로브 (즉, 택맨® 프로브)를 통해 PCR 산물 축적을 측정한다. 실시간 PCR은 각각의 표적 서열에 대한 내부 경쟁자가 정규화를 위해 사용되는 정량적 경쟁 PCR, 및 샘플 내에 함유된 정규화 유전자 또는 PCR을 위한 하우스키핑 유전자를 사용하는 정량적 비교 PCR 모두와 상용성이다. 보다 상세한 내용에 대해서는, 예를 들어 문헌 [Held et al., Genome Research 6:986-994 (1996)]을 참조한다.
mRNA 단리, 정제, 프라이머 연장 및 증폭을 포함하는, RNA 공급원으로서의 고정된 파라핀-포매된 조직을 사용하여 유전자 발현을 프로파일링하기 위한 대표적인 프로토콜의 단계는 발표된 다양한 학회지 논문에 제시되어 있다 (예를 들어, [Godfrey et al., J. Molec. Diagnostics 2: 84-91 (2000)]; [Specht et al., Am. J. Pathol. 158: 419-29 (2001)] 참조). 간략하게, 대표적인 방법은 파라핀-포매된 종양 조직 샘플을 약 10 마이크로그램 두께의 절편으로 절단하는 것으로 출발한다. 이어서, RNA를 추출하고, 단백질 및 DNA를 제거한다. RNA의 농도 분석 후에, 필요한 경우 RNA 복구 및/또는 증폭 단계가 포함될 수 있고, RNA는 유전자 특이적 프로모터를 사용하여 역전사되고, 이어서 PCR을 수행한다.
본 발명의 한 측면에 따르면, PCR 프라이머 및 프로브는 증폭되는 유전자에 존재하는 인트론 서열을 기초로 하여 설계된다. 본 실시양태에서, 프라이머/프로브 설계의 제1 단계는 유전자 내의 인트론 서열의 서술이다. 이것은 공개적으로 입수가능한 소프트웨어, 예를 들어 문헌 [Kent, W., Genome Res. 12(4):656-64 (2002)]에서 개발된 DNA BLAT 소프트웨어, 또는 그의 변형을 포함하는 BLAST 소프트웨어에 의해 수행될 수 있다. 후속적인 단계는 PCR 프라이머 및 프로브 설계의 잘 확립된 방법에 뒤따른다.
비특이적 신호를 피하기 위해, 프라이머 및 프로브를 설계할 때 인트론 내에 반복 서열을 차폐하는 것이 중요하다. 이것은, DNA 서열을 반복 요소의 라이브러리에 대해 스크리닝하고 반복 요소가 차폐된 질의 서열로 되돌아가는, 베일러 의과대학(Baylor College of Medicine)을 통해 온-라인으로 이용가능한 리피트 마스커(Repeat Masker) 프로그램을 사용하여 용이하게 달성될 수 있다. 이어서, 차폐된 인트론 서열을 사용하여, 임의의 상업적으로 또는 다르게는 공개적으로 입수가능한 프라이머/프로브 설계 패키지, 예컨대 프라이머 익스프레스(Primer Express) (어플라이드 바이오시스템즈); MGB 어세이-바이-디자인 (어플라이드 바이오시스템즈); 프라이머3(Primer3) (문헌 [Rozen and Skaletsky (2000) Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. In: Krawetz S, Misener S (eds) Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, N.J., pp 365-386])을 이용하여 프라이머 및 프로브 서열을 설계할 수 있다.
PCR 프라이머 설계에 고려되는 인자는 프라이머 길이, 용융 온도 (Tm), 및 G/C 함량, 특이성, 상보적 프라이머 서열, 및 3'-말단 서열을 포함한다. 일반적으로, 최적 PCR 프라이머는 길이가 일반적으로 17-30개 염기이고, 약 20-80%, 예컨대 예를 들어 약 50-60%의 G+C 염기를 함유한다. 50 내지 80℃, 예를 들어 약 50 내지 70℃의 Tm이 전형적으로 바람직하다.
PCR 프라이머 및 프로브 설계에 대한 추가의 지침에 대해서는, 예를 들어 그 전체 개시내용이 본원에 참고로 포함된 문헌 [Dieffenbach et al., "General Concepts for PCR Primer Design" in: PCR Primer, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 1995, pp. 133-155]; [Innis and Gelfand, "Optimization of PCRs" in: PCR Protocols, A Guide to Methods and Applications, CRC Press, London, 1994, pp. 5-11]; 및 [Plasterer, T. N. Primerselect: Primer and probe design. Methods Mol. Biol. 70:520- 527 (1997)]을 참조한다.
3. RNN-Seq
RNA-Seq (전체 트랜스크립톰 샷건 서열분석 (Whole Transcriptome Shotgun Sequencing; WTSS)으로도 지칭됨)는 샘플의 RNA 함량에 대한 정보를 얻기 위해 cDNA를 서열분석하는 고처리량 서열분석의 사용을 지칭한다. RNA-Seq를 기재하는 공개문헌은 문헌 [Wang et al. "RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics" Nature Reviews Genetics 10 (1): 57-63 (January 2009)]; [Ryan et al. BioTechniques 45 (1): 81-94 (2008)]; 및 [Maher et al. "Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer". Nature 458 (7234): 97-101 (January 2009)]을 포함한다.
4. 마이크로어레이
차등 유전자 발현은 또한 마이크로어레이 기술을 이용하여 확인 또는 확증될 수 있다. 따라서, 유방암-연관 유전자의 발현 프로파일은 마이크로어레이 기술을 이용하여 신선한 또는 파라핀-포매된 종양 조직 중 하나에서 측정될 수 있다. 상기 방법에서, 관심 폴리뉴클레오티드 서열 (cDNA 및 올리고뉴클레오티드 포함)은 마이크로칩 기판 상에 플레이팅되거나 어레이로 배열된다. 이어서, 어레이로 배열된 서열은 관심 세포 또는 조직으로부터의 특이적 DNA 프로브와 혼성화시킨다. PCR 방법에서와 같이, mRNA의 공급원은 전형적으로 인간 종양 또는 종양 세포주, 및 상응하는 정상 조직 또는 세포주로부터 단리된 전체 RNA이다. 따라서, RNA는 다양한 원발성 종양 또는 종양 세포주로부터 단리될 수 있다. mRNA의 공급원이 원발성 종양인 경우에, mRNA는, 통상적으로 제조되고 일상적인 임상 실무 하에 보존된, 예를 들어 냉동된 또는 보관된 파라핀-포매 및 고정된 (예를 들어 포르말린-고정된) 조직 샘플로부터 추출될 수 있다.
마이크로어레이 기술의 구체적 실시양태에서, cDNA 클론의 PCR 증폭된 삽입물은 조밀한 어레이로 배열된 기판에 적용된다. 바람직하게는, 적어도 10,000개의 뉴클레오티드 서열이 기판에 적용된다. 각각 10,000개 요소로 마이크로칩 상에 고정된, 마이크로어레이 배열된 유전자가 엄격한 조건 하의 혼성화에 적합하다. 형광 표지된 cDNA 프로브는 관심 조직으로부터 추출된 RNA의 역전사에 의한 형광 뉴클레오티드의 통합을 통해 생성될 수 있다. 칩에 적용된 표지된 cDNA 프로브는 어레이 상에서 각 스팟의 DNA에 특이성을 가지면서 혼성화된다. 비특이적으로 결합된 프로브를 제거하기 위한 엄격한 세척 후에, 칩을 공초점 레이저 현미경에 의해 또는 또 다른 검출 방법, 예를 들어 CCD 카메라에 의해 스캐닝한다. 각각의 어레이 배열된 요소의 혼성화의 정량은 상응하는 mRNA 과다에 대한 평가를 허용한다. 이중 색상 형광과 함께, RNA의 2개의 공급원으로부터 생성된 별개로 표지된 cDNA 프로브는 어레이에 쌍으로 혼성화된다. 따라서, 각각의 지정된 유전자에 상응하는 2가지 공급원으로부터의 전사체의 상대적인 과다는 동시에 결정된다. 소형화된 규모의 혼성화는 매우 많은 유전자에 대한 발현 패턴의 간편하고 신속한 평가를 제공한다. 그러한 방법은 세포당 적은 카피로 발현되는 희귀 전사체를 검출하기 위해, 및 발현 수준에서 적어도 대략 2배의 차이를 재현가능하게 검출하기 위해 필요한 감도를 갖는 것으로 밝혀졌다 (문헌 [Schena et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93(2):106-149 (1996)]). 마이크로어레이 분석은 제조업체의 프로토콜에 따라 상업적으로 입수가능한 설비에 의해, 예컨대 아피메트릭스(Affymetrix) 진칩 (GenChip)™ 기술, 또는 인사이트의 마이크로어레이 기술을 이용하여 수행할 수 있다.
유전자 발현의 대규모 분석을 위한 마이크로어레이 방법의 개발은 암 분류, 및 다양한 종양 유형에서의 결과 예측을 위한 분자 마커를 체계적으로 탐색하는 것을 가능하게 한다.
5. 유전자 발현의 연속 분석 (SAGE)
유전자 발현 연속 분석 (SAGE)은 각각의 전사체에 대한 개별 혼성화 프로브를 제공할 필요 없이 다수의 유전자 전사체의 동시 및 정량적 분석을 허용하는 방법이다. 먼저, 전사체를 독특하게 확인하기에 충분한 정보를 함유하는 짧은 서열 태그 (약 10-14 bp)가 생성되며, 단, 태그는 각각의 전사체 내의 독특한 위치로부터 수득된다. 이어서, 많은 전사체를 함께 연결하여 긴 연속 분자를 형성하고, 이를 서열분석하여, 다수의 태그의 정체를 동시에 밝힐 수 있다. 임의의 집단의 전사체의 발현 패턴은 개별 태그의 존재량을 결정하고, 각각의 태그에 상응하는 유전자를 확인함으로써 정량적으로 평가될 수 있다. 보다 상세한 내용에 대해서는, 예를 들어 문헌 [Velculescu et al., Science 270:484-487 (1995)]; 및 [Velculescu et al., Cell 88:243-51 (1997)]을 참조한다.
6. 매스어레이 기술
매스어레이 (시퀘놈(Sequenom), 캘리포니아주 샌디에고) 기술은 검출을 위해 질량 분광결정법 (MS)을 이용하는, 유전자 발현 분석의 자동화된 고처리 방법이다. 이 방법에 따르면, RNA의 단리, 역전사 및 PCR 증폭 후에, cDNA는 프라이머 연장에 적용된다. cDNA-유래의 프라이머 연장 산물을 정제하고, MALTI-TOF MS 샘플 제조에 필요한 성분이 예비 로딩된 칩 어레이 상에 분배한다. 반응물 내에 존재하는 다양한 cDNA는 얻어진 질량 스펙트럼에서 피크 영역을 분석함으로써 정량화된다.
7. 면역조직화학
면역조직화학 ("IHC) 방법은 또한 본 발명의 바이오마커의 발현 수준을 검출하는데 적합하다. 조직 절편의 면역조직화학 염색은 샘플 내 단백질의 존재를 평가 또는 검출하기 위한 신뢰할 수 있는 방법으로 나타나있다. 면역조직화학 기술은 프로브에 대한 항체를 사용하고, 일반적으로는 발색 또는 형광 방법을 통해 계내에서 세포 항원을 가시화한다. 따라서, 각각의 마커에 대해 특이적인 항체 또는 항혈청, 바람직하게는 폴리클로날 항혈청, 가장 바람직하게는 모노클로날 항체가 발현을 검출하기 위해 사용된다. 하기에서 더 상세하게 논의되는 바와 같이, 항체는 예를 들어, 방사성 표지, 형광 표지, 합텐 표지, 예컨대 비오틴, 또는 효소, 예컨대 양고추냉이 퍼옥시다제 또는 알칼리성 포스파타제를 사용하는 항체 자체의 직접적인 표지에 의해 검출될 수 있다. 대안적으로, 비표지된 1차 항체는 1차 항체에 특이적인 항혈청, 폴리클로날 항혈청 또는 모노클로날 항체를 포함하는 표지된 2차 항체와 함께 사용된다. 면역조직화학 프로토콜 및 키트는 당업계에 널리 공지되어 있고 상업적으로 입수가능하다.
2가지 일반적인 IHC 방법; 즉 직접 및 간접 검정을 이용할 수 있다. 첫번째 검정에 따라, 표적 항원에 대한 항체의 결합을 직접 결정한다. 이러한 직접 검정은 추가의 항체 상호작용 없이도 가시화될 수 있는 표지된 시약, 예를 들어 형광 태그 또는 효소-표지된 1차 항체를 사용한다. 전형적인 간접 검정에서는, 미접합 1차 항체가 항원에 결합한 후, 표지된 2차 항체가 상기 1차 항체에 결합한다. 2차 항체가 효소 표지에 접합된 경우, 항원의 가시화를 제공하기 위해 발색 또는 형광 기질을 첨가한다. 여러 2차 항체가 1차 항체 상의 상이한 에피토프와 반응할 수 있기 때문에 신호 증폭이 발생한다.
면역조직화학에 사용되는 1차 및/또는 2차 항체는 전형적으로 검출가능한 모이어티로 표지될 것이다. 수많은 표지가 이용가능하고, 이들은 일반적으로 하기 카테고리로 그룹화될 수 있다.
(a) 방사성 동위원소, 예를 들어 35S, 14C, 125I, 3H 및 131I. 항체는 예를 들어 문헌 [Current Protocols in Immunology, Volumes 1 and 2, Coligen et al., Ed. Wiley-Interscience, New York, N.Y., Pubs. (1991)]에 기재된 기술을 이용하여 방사성 동위원소로 표지될 수 있고, 방사성은 섬광 계수를 이용하여 측정할 수 있다.
(b) 콜로이드성 금 입자.
(c) 형광 표지, 예컨대 이에 제한되지 않지만, 희토류 킬레이트 (유로퓸 킬레이트), 텍사스 레드(Texas Red), 로다민, 플루오레세인, 단실, 리사민, 움벨리페론, 피코크리테린, 피코시아닌, 또는 시판되는 형광단, 예를 들어 스펙트럼 오렌지(SPECTRUM ORANGE)® 및 스펙트럼 그린(SPECTRUM GREEN)® 및/또는 상기 중 임의의 하나 이상의 유도체. 형광 표지는 예를 들어 [Current Protocols in Immunology, 상기 문헌]에 개시된 기술을 이용하여 항체에 접합될 수 있다. 형광은 형광계를 사용하여 정량화될 수 있다.
(d) 다양한 효소-기질 표지가 이용가능하고, 미국 특허 번호 4,275,149는 이들 중 일부에 대한 검토를 제공한다. 효소는 일반적으로 발색 기질의 화학적 변경을 촉매하며, 이는 다양한 기술을 이용하여 측정될 수 있다. 예를 들어, 효소는 기질에서의 색 변화를 촉매할 수 있고, 이는 분광학적으로 측정될 수 있다. 대안적으로, 효소는 기질의 형광 또는 화학발광을 변경시킬 수 있다. 형광의 변화를 정량하는 기술은 상기 기재되어 있다. 화학발광 기질은 화학적 반응에 의해 전자적으로 여기된 후에, 측정 (예를 들어, 화학발광계 사용)할 수 있는 광을 방출하거나 또는 에너지를 형광 수용자에게 제공할 수 있다. 효소 표지의 예는 루시페라제 (예를 들어, 반딧불이 루시페라제 및 박테리아 루시페라제; 미국 특허 번호 4,737,456), 루시페린, 2,3-디히드로프탈라진디온, 말레이트 데히드로게나제, 우레아제, 퍼옥시다제, 예를 들어 양고추냉이 퍼옥시다제 (HRPO), 알칼리성 포스파타제, β-갈락토시다제, 글루코아밀라제, 리소자임, 사카라이드 옥시다제 (예를 들어, 글루코스 옥시다제, 갈락토스 옥시다제, 및 글루코스-6-포스페이트 데히드로게나제), 헤테로시클릭 옥시다제 (예를 들어, 우리카제 및 크산틴 옥시다제), 락토퍼옥시다제, 마이크로퍼옥시다제 등을 포함한다. 효소를 항체에 접합시키는 기술은 문헌 [O'Sullivan et al. Methods for the Preparation of Enzyme-Antibody Conjugates for use in Enzyme Immunoassay, in Methods in Enzym. (ed J. Langone & H. Van Vunakis), Academic press, New York, 73:147-166 (1981)]에 기재되어 있다.
효소-기질 조합의 예는 예를 들어 다음을 포함한다:
(i) 양고추냉이 퍼옥시다제 (HRPO)와 기질로서의 수소 퍼옥시다제 (여기서, 수소 퍼옥시다제는 염료 전구체 [예를 들어, 오르토페닐렌 디아민 (OPD) 또는 3,3',5,5'-테트라메틸 벤지딘 염산염 (TMB))]를 산화시킴. 또한, 3,3-디아미노벤지딘 (DAB)을 사용하여 HRP-표지된 항체를 가시화시킬 수 있음);
(ii) 알칼리성 포스파타제 (AP)와 발색 기질로서의 파라-니트로페닐 포스페이트; 및
(iii) β-D-갈락토시다제 (β-D-Gal)와 발색 기질 (예를 들어, p-니트로페닐-β-D-갈락토시다제) 또는 형광 기질 (예를 들어, 4-메틸움벨리페릴-β-D-갈락토시다제).
수많은 다른 효소-기질 조합이 당업자에게 이용가능하다. 이들의 일반적 검토를 위해, 미국 특허 4,275,149 및 4,318,980을 참조한다.
때때로, 표지는 항체와 간접적으로 접합된다. 당업자는 이를 달성하기 위한 각종 기술을 인지할 것이다. 예를 들어, 항체는 비오틴과 접합될 수 있고, 상기 언급된 4가지 넓은 카테고리의 표지 중 임의의 것이 아비딘과 접합될 수도 있고, 또는 그 반대의 경우도 가능하다. 비오틴은 아비딘에 선택적으로 결합하기 때문에, 표지는 이러한 간접적인 방식으로 항체와 접합될 수 있다. 다르게는, 표지와 항체의 간접 접합을 달성하기 위해서, 항체는 작은 합텐과 접합되고, 상기 언급된 표지의 상이한 유형 중 하나가 항-합텐 항체와 접합된다. 따라서, 표지와 항체의 간접적인 접합이 달성될 수 있다.
상기 논의된 샘플 제조 절차 외에, IHC 이전에, IHC 동안 또는 IHC 이후에 조직 절편을 추가로 처리하는 것이 바람직할 수 있다. 예를 들어, 에피토프 복구 방법, 예컨대 시트레이트 완충제 중의 조직 샘플의 가열을 수행할 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Leong et al. Appl. Immunohistochem. 4(3):201 (1996)] 참조).
임의적 차단 단계 후에, 1차 항체가 조직 샘플 중의 표적 단백질 항원에 결합하기에 충분한 기간 동안 및 적합한 조건 하에, 조직 절편을 1차 항체에 노출시킨다. 이를 달성하기에 적절한 조건은 통상적인 실험으로 결정될 수 있다.
샘플에의 항체의 결합 정도는 상기 논의된 검출가능한 표지 중 어느 하나를 사용하여 결정된다. 바람직하게는, 표지는 발색 기질, 예컨대 3,3'-디아미노벤지딘 발색체의 화학적 변경을 촉매하는 효소 표지 (예를 들어, HRPO)이다. 바람직하게는, 효소 표지는 1차 항체에 특이적으로 결합하는 항체에 접합된다 (예를 들어, 1차 항체는 토끼 폴리클로날 항체이고, 2차 항체는 염소 항-토끼 항체임).
이에 따라 제조된 시료를 탑재하고 커버 글라스를 덮을 수 있다. 이어서, 슬라이드 평가는, 예를 들어 현미경을 이용하여 결정된다.
IHC는 그 이전에 또는 그 이후에 형태론적 염색과 조합될 수 있다. 탈파라핀화 후에, 슬라이드 상에 탑재된 절편은 평가를 위한 형태론적 염색으로 염색될 수 있다. 사용되는 형태론적 염색은 조직 절편의 정확한 형태론적 평가를 위해 제공한다. 상기 절편은 상이한 세포 성분을 명백하게 염색하는 각각의 하나 이상의 염료로 염색될 수 있다. 한 실시양태에서, 헤마톡실린은 슬라이드의 세포 핵산을 염색하기 위해 사용된다. 헤마톡실린은 광범위하게 사용가능하다. 적합한 헤마톡실린의 예는 헤마톡실린 II (벤타나)이다. 더 밝은 청색 핵이 바람직한 경우, 청색화 시약이 헤마톡실린 염색 후에 사용될 수 있다. 당업자는 슬라이드가 염료에 남아있는 시간 길이를 증가시키거나 감소시킴으로써 주어진 조직에 대한 염색을 최적화할 수 있음을 인지할 것이다.
슬라이드 제조 및 IHC 처리를 위한 자동화 시스템은 상업적으로 이용가능하다. 벤타나® 벤치마크(BenchMark) XT 시스템은 이러한 자동화 시스템의 예이다.
염색 후에, 조직 절편은 현미경검사의 표준 기법에 의해 분석될 수 있다. 일반적으로, 병리학자 등은 비정상 또는 정상 세포 또는 특이적 세포 유형의 존재에 대해 조직을 평가하고, 관심 세포 유형의 좌위를 제공한다. 따라서, 예를 들어, 병리학자 등은 슬라이드를 검토하고, 정상 세포 (예컨대 정상 폐 세포) 및 비정상 세포 (예컨대 비정상 또는 신생물성 폐 세포)를 확인할 것이다. 관심 세포의 좌위를 규정하는 임의의 수단이 이용될 수 있다 (예를 들어, X-Y 축 상의 좌표).
IHC에 사용하기에 적합한 항-c-met 항체는 당업계에 널리 공지되어 있고, SP-44 (벤타나), DL-21 (업스테이트(Upstate)), ab27492 (압캠(Abcam)), PA1-37483 (피어스 안티바디스(Pierce Antibodies))를 포함한다. 당업자는 추가적인 적합한 항-c-met 항체가 예를 들어 본원에 개시된 IHC 프로토콜을 이용하여 c-met 항체와 비교함으로써 확인되고 특성화될 수 있음을 이해한다.
다양한 염색 강도를 갖는 대조 세포 펠릿은 IHC 분석용 대조군으로서 뿐만 아니라 점수화 대조군으로서 이용될 수 있다. 예를 들어, H441 (강한 c-met 염색 강도); A549 (중간 c-met 염색 강도); H1703 (약한 c-met 염색 강도), HEK-293 (293) (약한 c-met 염색 강도); 및 TOV-112D (음성 c-met 염색 강도) 또는 H1155 (음성 c-met 염색 강도). 일부 실시양태에서, 본원의 도 1 및/또는 2는 예시적인 c-met IHC 점수화 강도에 대해 언급될 수 있다. 일부 실시양태에서, 도 1은 예를 들어 하기 표 A의 점수화 도식에 따라, 예시적인 0, 1+, 2+ 및 3+ c-met IHC 점수화 강도를 도시한다. 일부 실시양태에서, 도 2는 예를 들어, 하기 표 A의 점수화 도식에 따라, 예시적인 c-met IHC 점수 0, 1, 2 및 3을 도시한다.
c-met 면역조직화학 프로토콜 및 점수화 도식이 본원에서 예증된다. c-met 염색 강도 기준은 표 A에 따라 평가될 수 있다:
<표 A>
Figure pct00026
일부 실시양태에서, 임상 "Met 진단 양성" 및 "Met 진단 음성" 카테고리는 다음과 같이 규정된다:
Met 진단 양성: IHC 점수 2 또는 3 (표 A에 정의된 바와 같음), 및
Met 진단 음성: IHC 점수 0 또는 1 (표 A에 정의된 바와 같음).
일부 실시양태에서, 관련된 높은 c-met 바이오마커는 IHC 점수 2, IHC 점수 3, 또는 IHC 점수 2 또는 3이다. 일부 실시양태에서, 높은 c-met 바이오마커는 중간 c-met 염색 강도, 복합적 중간/높은 c-met 염색 강도 또는 높은 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이다. 일부 실시양태에서, 높은-c-met 바이오마커는 중간 또는 높은 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이다. 일부 실시양태에서, 적어도 50의 종양 세포가 샘플로 분석된다. 일부 실시양태에서, 적어도 10, 20, 30, 40, 50, 60 또는 70, 또는 그 초과의 종양 세포가 샘플로 분석된다. 일부 실시양태에서, 높은 c-met 바이오마커 발현은 본원의 표 A에 따라 정의된 바와 같이 met 진단 양성 (met 진단 양성 임상 상태)이다.
일부 실시양태에서, 낮은 c-met 바이오마커는 IHC 점수 0, IHC 점수 1 또는 IHC 점수 0 또는 1이다. 일부 실시양태에서, 낮은 c-met 바이오마커는 음성 c-met 염색, 약한 또는 복합적 약한 및 중간 c-met 염색 강도를 갖는 50% 미만의 종양 세포, 또는 약한 또는 복합적 약한 및 중간 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이지만 중간 또는 복합적 중간 및 강한 c-met 염색 강도를 갖는 50% 미만의 종양 세포이다. 일부 실시양태에서, 적어도 10, 20, 30, 40, 50, 60 또는 70, 또는 그 초과의 종양 세포가 샘플로 분석된다. 일부 실시양태에서, 낮은 c-met 바이오마커 발현은 본원의 표 A에 따라 정의된 바와 같이 met 진단 음성 (met 진단 음성 임상 상태)이다.
8. 프로테오믹스
용어 "프로테옴"은 특정 시점에서 샘플 (예를 들어 조직, 유기체, 또는 세포 배양물)에 존재하는 단백질의 총체로서 규정된다. 프로테오믹스는 특히 샘플에서 단백질 발현의 전반적인 변화에 대한 연구를 포함한다 ("발현 프로테오믹스"로도 지칭됨). 프로테오믹스는 전형적으로 하기 단계를 포함한다: (1) 2-D 겔 전기영동 (2-D PAGE)에 의해 샘플 중의 개별 단백질의 분리 단계; (2) 예를 들어 질량 분광결정법 또는 N-말단 서열분석에 의한, 겔로부터 회수된 개별 단백질의 확인 단계, 및 (3) 생물정보학을 이용하는 데이터의 분석 단계. 프로테오믹스 방법은 다른 유전자 발현 프로파일링 방법에 대한 유용한 보완법이고, 본 발명의 예후 마커의 생성물을 검출하기 위해 단독으로 또는 다른 방법과 조합하여 이용될 수 있다.
9. 유전자 증폭
c-met 유전자 증폭의 검출은 당업자에게 공지된 특정 기술을 이용하여 달성된다. 예를 들어, 비교 게놈 혼성화는 염색체 위치의 함수로서 DNA 서열 카피수의 지도를 제조하는데 사용될 수 있다. 예를 들어 문헌 [Kallioniemi et al. (1992) Science 258:818-821]을 참조한다. c-met 유전자의 증폭은 또한, 예를 들어, c-met 유전자에 대해 특이적인 프로브를 사용하는 서던 혼성화에 의해 또는 실시간 정량적 PCR에 의해 검출될 수 있다.
특정 실시양태에서, c-met 유전자 증폭의 검출은 예를 들어 c-met 유전자에 혼성화되는 프로브를 사용하여 c-met 유전자의 카피수를 직접적으로 평가하는 것에 의해 달성된다. 예를 들어, FISH 검정이 수행될 수 있다. 특정 실시양태에서, c-met 유전자 증폭의 검출은 예를 들어 c-met 유전자 밖에 놓여있지만 c-met 유전자와 함께 공증폭되는 염색체 영역의 카피수를 평가함으로써 c-met 유전자의 카피수를 간접적으로 평가하는 것에 의해 달성된다. 바이오마커 발현은 또한 생체내 진단 검정을 이용하여, 예를 들어 검출하려는 분자에 결합하고 검출가능한 표지 (예를 들어 방사성 동위원소)로 태깅된 분자 (예를 들어 항체)를 투여하고 표지의 위치에 대해 환자를 외부에서 스캐닝함으로써 평가될 수 있다.
IV. 치료 방법
한 측면에서, 본 발명은 암 환자가 높은 (상승된) 양의 c-met 바이오마커를 갖는 것으로 밝혀진 경우에 상기 암 환자에게 치료 유효량의 c-met 길항제를 투여하는 것을 포함하는, 상기 암 환자를 치료하는 방법을 제공한다.
본 발명은 또한 NSCLC 환자가 높은 양의 c-met 바이오마커를 갖는 것으로 밝혀진 경우에 (예를 들어, IHC를 이용하여 결정되는 바와 같이, 예를 들어, 환자의 암이 높은 c-met 바이오마커를 발현하는 경우에) 상기 NSCLC 환자에게 치료 유효량의 c-met 길항제 (예를 들어, 항-c-met 항체, 예를 들어 MetMAb)를 투여하는 것을 포함하는, 상기 NSCLC 환자를 치료하는 방법에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, NSCLC는 편평 세포 암종이다. 일부 실시양태에서, NSCLC는 선암종이다. 일부 실시양태에서, NSCLC는 2차 또는 3차 국부 진행성 또는 전이성 NSCLC이다. 일부 실시양태에서, NSCLC는 적어도 하나의 선행 화학치료 요법의 실패 후의 국부 진행성 또는 전이성 NSCLC이다. IHC를 이용하여 c-met 발현을 결정하는 방법은 본원에서 논의되고 예시되어 있다. 일부 실시양태에서, 환자의 암은 IHC 점수 2, IHC 점수 3 또는 IHC 점수 2 이상 (2 또는 3)으로, 높은 c-met를 발현하는 것으로 나타났다. 일부 실시양태에서, 환자의 암 (환자의 암으로부터의 샘플)은 중간 c-met 염색 강도, 복합적 중간/높은 c-met 염색 강도 또는 높은 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상 종양 세포를 함유하는 것으로 나타났다. 일부 실시양태에서, 높은-c-met 바이오마커는 중간 또는 높은 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 기준은 c-met 바이오마커를 고 또는 저로서 점수화하는데 이용된다.
더욱이, 본 발명은 NSCLC 환자가 높은 양의 c-met 바이오마커를 갖는 것으로 밝혀진 경우에 상기 NSCLC 환자에게 치료 유효량의 c-met 길항제 (예컨대 항-c-met 항체, 예컨대 MetMAb) 및 EGRF 길항제 (예컨대 에를로티닙)의 조합물을 투여하는 것을 포함하는, 상기 NSCLC 환자를 치료하는 방법을 제공한다. 본원에서 치료되는 환자는 바람직하게는 감소된 양의 c-met 바이오마커를 갖는 환자에 비해 더 큰 무진행 생존 (PFS) 및 전체 생존 (OS)으로부터 이익을 얻을 것이다 (또는 이를 나타낼 가능성이 더 클 것임). 예시적인 EGFR 길항제가 본원에 기재되어 있다. 일부 실시양태에서, NSCLC는 적어도 하나의 선행 화학치료 요법의 실패 후의 국부 진행성 또는 전이성 NSCLC이다.
본 발명은 추가로 암 (예컨대 NSCLC) 환자가 감소된 양의 c-met 바이오마커를 갖는 것으로 밝혀진 경우에 (예를 들어, 환자의 암이, 예를 들어, IHC에 의해 결정되는 바와 같이 감소된 c-met 바이오마커를 나타내는 경우에) 상기 암 (예컨대 NSCLC) 환자에게 c-met 길항제 이외의 치료 유효량의 암 의약을 투여하는 것을 포함하는, 상기 암 (예컨대 NSCLC) 환자를 치료하는 방법에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 환자의 암은 c-met를 검출가능하게 발현하지 않거나 또는 c-met를 IHC 점수 0, IHC 점수 1, 또는 IHC 점수 0 또는 1을 갖도록 발현한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 기준은 c-met 바이오마커 상태를 음성으로서 점수화하는데 사용된다. 일부 실시양태에서, 환자의 암 (환자의 암으로부터의 샘플)은 음성 c-met 염색, 약한 또는 복합적 약한 및 중간 c-met 염색 강도를 갖는 50% 미만의 종양 세포, 또는 약한 또는 복합적 약한 및 중간 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이지만 중간 또는 복합적 중간 및 강한 c-met 염색 강도를 갖는 50% 미만의 종양 세포를 함유하는 것으로 나타난다.
본 발명의 암 의약은 단독으로 또는 다른 암 의약과 조합하여 사용될 수 있다. 예를 들어, 항-c-met 항체 (예를 들어, MetMAb)는 3주마다 약 15 mg/kg의 용량으로, 또는 2주마다 약 10 mg/kg의 용량으로 투여될 수 있다.
예를 들어, c-met 항체는 하나 이상의 추가 치료제, 예를 들어 화학요법제, 다른 c-met 길항제 (예컨대 다른 c-met 항체), EGFR 길항제 (예컨대 에를로티닙) 또는 항-VEGF 항체 (예컨대 베바시주맙)과 함께 공투여될 수 있다. c-met 항체는 추가의 c-met 길항제와 함께 공투여될 수 있다. 상기 언급된 이러한 조합 요법은 조합 투여 (여기서 2종 이상의 치료제는 동일 또는 개별 제제에 포함됨) 및 개별 투여 (이러한 경우에, 제1 의약의 투여는 제2 의약의 투여 이전에, 동시에 및/또는 이후에 발생할 수 있음)를 포함한다. 한 실시양태에서, 3주마다 약 15 mg/kg 용량의 항-c-met 항체 (예컨대 MetMAb)는 3주 주기의 각 해당일에 150 mg 용량의 에를로티닙 (N-(3-에티닐페닐)-6,7-비스(2-메톡시에톡시)-4-퀴나졸린아민)과 조합하여 사용된다. 다른 실시양태에서, c-met 길항제 (예를 들어, 항-c-met 항체)는 항-VEGF 항체 및 화학요법제 (예를 들어, 탁산)와 조합하여 사용된다. 예시적인 프로토콜은 삼중-음성 전이성 유방암 환자에게, 28-일 주기 중 제1일 및 제15일에 10 mg/kg의 용량으로 투여되는 항-c-met 항체 (예를 들어, MetMAb), 28-일 주기 중 제1일 및 제15일에 10 mg/kg의 용량으로 투여되는 항-VEGF 항체 (예를 들어, 베바시주맙) 및 28-일 주기 중 제1일, 제8일 및 제15일에 IV 주입에 의해 90 mg/m2의 용량으로 투여되는 파라클리탁셀을 투여하는 것이다. 예시적인 프로토콜은 삼중-음성 전이성 유방암 환자에게, 28-일 주기 중 제1일 및 제15일에 10 mg/kg의 용량으로 투여되는 항-c-met 항체 (예를 들어, MetMAb), 및 28-일 주기 중 제1일, 제8일 및 제15일에 IV 주입에 의해 90 mg/m2의 용량으로 투여되는 파라클리탁셀을 투여하는 것이다.
암 의약은 또한 방사선 요법과 조합하여 사용될 수 있다.
본원의 의약(들)은 비경구, 폐내 및 비강내를 비롯한 임의의 적합한 수단에 의해, 및 원하는 경우에 국부 치료, 병변내 투여를 위해 투여될 수 있다. 비경구 주입은 근육내, 정맥내, 동맥내, 복강내 또는 피하 투여를 포함한다. 투여는 임의의 적합한 경로, 예를 들어 부분적으로는 투여가 단기적인지 장기적인지의 여부에 따라 정맥내 또는 피하 주사와 같은 주사에 의해 수행될 수 있다. 다양한 시점에 걸친 단일 또는 다중 투여, 볼루스 투여 및 펄스 주입을 포함하나 이에 제한되지 않는 다양한 투여 계획이 본원에서 고려된다.
질환의 예방 또는 치료를 위해, 본 발명의 항체의 적절한 투여량 (단독으로, 또는 하나 이상의 다른 추가의 치료제와 조합하여 사용되는 경우)은 치료할 질환의 유형, 항체의 유형, 질환의 중증도 및 경과, 항체가 예방 또는 치료 목적으로 투여되는지의 여부, 선행 요법, 환자의 임상 병력 및 항체에 대한 반응, 및 담당의의 판단에 따라 달라질 것이다. 항체는 한번에 또는 일련의 치료에 걸쳐 환자에게 적합하게 투여된다. 한 가지 전형적인 1일 투여량은 상기 언급된 인자에 따라 약 1 μg/kg 내지 100 mg/kg 또는 그 초과의 범위일 수 있다. 수일 이상에 걸친 반복 투여의 경우에, 상태에 따라, 치료는 일반적으로 질환 증상이 바람직한 수준으로 저해될 때까지 지속될 것이다. 그러나, 다른 투여 요법이 유용할 수 있다. 이러한 요법의 진행은 통상의 기술 및 검정에 의해 용이하게 모니터링된다.
임의의 상기 제제 또는 치료 방법은 의약으로서의 항체 대신에 또는 이에 더하여 본 발명의 면역접합체를 사용하여 수행될 수 있는 것으로 이해된다.
일부 실시양태에서, 환자는 병기 IIIB/IV에 대해 2가지 초과의 선행 치료를 받지 않았다. 일부 실시양태에서, 환자는 EGFR 억제에 의해 작용할 수 있는 연구 또는 시판 작용제, 또는 용량 변경을 야기하는 공지된 EGFR-관련 독성에 30일 초과로 노출되지 않았다. EGFR 억제제는 게피티닙, 에를로티닙 및 세툭시맙을 포함한다 (이에 제한되지 않음). 일부 실시양태에서, 환자는 랜덤화 전 28일 내에, 화학요법, 생물학적 요법, 방사선요법 또는 연구 약물을 제공받지 않았다 (단, 임의로, 임의의 약물 관련 독성이 적절하게 해결되었다면, 랜덤화 전 2주 내에 키나제 억제제를 사용될 수 있음). 일부 실시양태에서, 환자는 미치료된 및/또는 활성 (진행성, 또는 징후적 제어를 위한 항경련제 또는 코르티코스테로이드 요구성) CNS 전이를 갖는 환자가 아니다. 기타 환자 제외 기준은 실시예에 기재되어 있고, 본 발명은 그 안에 기재된 하나 이상의 제외를 사용하는 것으로 예상된다. 일부 실시양태에서, 환자의 암 샘플은 야생형 EGFR을 갖는 것으로 나타났다. 일부 실시양태에서, 환자의 암 샘플은 돌연변이된 EGFR을 갖는 것으로 나타나지 않았다.
V. 제조품
본 발명의 또 다른 실시양태에서, 암 (예컨대 NSCLC 또는 유방암)을 치료하는데 사용되는 제조품이 제공된다. 제조품은 용기, 및 용기 상에 있거나 용기와 결합된 표지 또는 포장 삽입물을 포함한다. 적합한 용기는 예를 들어 병, 바이알, 시린지 등을 포함한다. 용기는 다양한 물질, 예컨대 유리 또는 플라스틱으로부터 형성될 수 있다. 용기는 활성제로서의 암 의약을 포함하는 조성물을 보유 또는 함유하고, 멸균 접근 포트를 가질 있을 수 있다 (예를 들어, 용기는 피하 주사 바늘로 관통가능한 스토퍼를 갖는 정맥주사액 백 또는 바이알일 수 있음).
제조품은 제약상 허용되는 희석 완충제, 예를 들어 정균 주사용수 (BWFI), 포스페이트-완충 염수, 링거 용액 및 덱스트로스 용액을 포함하는 제2 용기를 추가로 포함할 수 있다. 제조품은 상업적 및 사용자 관점에서 바람직한 다른 물질, 예를 들어 다른 완충제, 희석제, 필터, 바늘 및 시린지를 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 제조품은 또한 조성물이 본원의 바이오마커(들)의 발현 수준을 기준으로 하여 암을 치료하기 위해 사용되는 것임을 나타내는 정보를, 예를 들어 포장 삽입물 형태로 포함한다. 삽입물 또는 표지는 임의의 형태, 예를 들어 종이 또는 전자 매체, 예컨대 자기 기록 매체 (예를 들어, 플로피 디스크) 또는 CD-ROM에 존재할 수 있다. 표지 또는 삽입물은 또한 키트 또는 제조품 내의 제약 조성물 및 투여 형태에 관한 다른 정보를 포함할 수도 있다.
본 발명의 한 실시양태에 따르면, 함께 포장된, 제약상 허용되는 담체 중 c-met 길항제 (예를 들어, 항-c-met 항체), 및 상기 c-met 길항제가 c-met 바이오마커의 발현을 기준으로 하여 암 (예컨대 NSCLC) 환자를 치료하기 위한 것임을 나타내는 포장 삽입물을 포함하는 제조품이 제공된다.
본 발명은 또한 c-met 길항제 (예를 들어, 항-c-met 항체)를 포함하는 제약 조성물, 및 상기 제약 조성물이 c-met 바이오마커의 발현을 기준으로 하여 암 (예컨대 NSCLC) 환자를 치료하기 위한 것임을 나타내는 포장 삽입물을 포장 내에 조합하는 것을 포함하는, 제조품의 제조 방법에 관한 것이다.
제조품은 제약상 허용되는 희석 완충제, 예컨대 정균 주사용수 (BWFI), 포스페이트-완충 염수, 링거 용액 및/또는 덱스트로스 용액을 포함하는 추가의 용기를 추가로 포함할 수 있다. 제조품은 상업적 및 사용자 관점에서 바람직한 다른 물질, 예를 들어 다른 완충제, 희석제, 필터, 바늘 및 시린지를 추가로 포함할 수 있다.
VI. 진단 키트
본 발명은 또한 본원에서 확인된 바이오마커(들) 중 임의의 하나 이상을 검출하기에 유용한 진단 키트에 관한 것이다. 따라서, 암 환자로부터의 샘플에서 c-met, k-ras, ALK 및 EGFR 바이오마커 중 하나 이상의 발현을 결정하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하는 진단 키트가 제공된다. 임의로, 키트는 암 환자가 c-met 바이오마커를 높은 수준으로 발현하는 경우에 상기 암 환자를 치료하기 위한 암 의약 (예를 들어 c-met 길항제, 예컨대 항-c-met 항체)을 선택하기 위해 키트를 사용하는 것에 대한 지침서를 추가로 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 지침서는 환자가 바이오마커를 감소된 수준으로 발현하는 경우에 c-met 길항제 이외의 (또는 항-c-met 항체 이외의) 암 의약을 선택하기 위한 키트의 사용을 위한 것이다.
VII. 광고 방법
본 발명은 또한 본원에서 표적 청중에게 c-met 바이오마커의 발현을 기준으로 하여 암 환자를 치료하기 위한 암 의약 (예를 들어 항-c-met 항체)의 사용을 프로모션하는 것을 포함하는, 암 의약을 광고하는 방법에 관한 것이다.
광고는 일반적으로 광고주가 확인되고 메시지가 제어된, 비-개인적인 매체를 통한 유료 커뮤니케이션이다. 본원의 목적을 위한 광고는 선전, 홍보, 간접 광고, 후원, 인수 및 판촉을 포함한다. 이러한 용어는 또한 본원에서 본 발명을 구입하거나 지지하거나 승인하는 유리한 패턴으로 설득하거나 정보를 제공하거나 프로모션하거나 동기부여하거나 또는 다르게는 행동을 변형시키기 위해 대중에게 호소하도록 고안된 인쇄 커뮤니케이션 매체들 중 임의의 것으로 나타나는, 후원받은 정보성 공시를 또한 포함한다.
본원에서의 진단 방법의 광고 및 프로모션은 임의의 수단에 의해 달성될 수 있다. 이러한 메시지를 전달하기 위해 사용되는 광고 매체의 예는 방송 매체에서 메시지를 나타내는, 텔레비젼, 라디오, 영화, 잡지, 신문, 인터넷 및 광고판 (광고방송 포함)를 포함한다. 광고는 또한 식품점 카트의 시트, 공항 보도의 벽 및 버스 측면 상의 것들, 통화중 대기 메세지 또는 점포내 PA 시스템에서 들리는 것들, 시각적 또는 청각적 커뮤니케이션이 존재할 수 있는 어디에서든지 있는 것들을 포함한다.
프로모션 또는 광고 수단의 보다 구체적인 예는 텔레비전, 라디오, 영화, 인터넷, 예컨대 웹캐스트 및 웨비나, 동시 사용자들에게 도달하도록 의도된 쌍방향 컴퓨터 네트워크, 고정형 또는 전자식 광고판 및 기타 공공 간판, 포스터, 전통적인 또는 전자식 인쇄물, 예컨대 잡지 및 신문, 기타 매스컴, 프레젠테이션 또는 개인적인 접촉 (예를 들어, 이메일, 전화, 인스턴트 메시지, 우편, 택배, 대중, 또는 배달 우편, 개인 방문 등에 의한 접촉)을 포함한다.
사용되는 광고의 유형은 많은 인자, 예를 들어 도달하려는 표적 청중의 성질, 예를 들어 병원, 보험 회사, 진료소, 의사, 간호사 및 환자, 뿐만 아니라 비용 고려사항, 및 의약 및 진단 광고를 규제하는 관련 관할 법률 및 규칙에 따라 결정될 것이다. 광고는 서비스 상호작용에 의해 정의되는 사용자 특성화 및/또는 기타 데이터, 예컨대 사용자 통계 및 지리적 위치를 기초로 하여 개별화 또는 주문제작될 수 있다.
실시예
물질 및 방법
샘플: 전처리 환자 샘플을, NSCLC에서 MetMAb + 에를로티닙 대 에를로티닙 + 위약으로의 치료의 예비 활성 및 안정성을 평가하기 위해 고안된 맹검 II상 랜덤화된 다기관 임상시험 (하기에 추가로 기재됨)으로부터 분석하였다. 대표 종양에 대한 포르말린-고정 파라핀-포매된 종양 시편 또는 비염색된 파라핀 슬라이드 (15개 슬라이드) 중 어느 하나의 제출은 연구에 등록된 모든 환자에 대해 요구되었다.
면역조직화학 (IHC): 포르말린-고정 파라핀-포매된 조직 절편을 항원 검색, 차단 및 1차 항-c-Met 항체와의 인큐베이션 전에 탈파라핀화시켰다. 2차 항체와의 인큐베이션 및 효소적 색상 발색 후에, 절편을 대조염색하고, 일련의 알콜 및 크실렌으로 탈수시킨 후에 커버슬립을 덮었다.
하기 프로토콜을 IHC를 위해 이용하였다. 벤타나 벤치마크 XT 시스템을 하기 시약 및 물질을 사용하여 c-met IHC 염색을 수행하는데 이용하였다:
1차 항체: 벤타나 항-전체 cMET (SP44) 토끼 모노클로날 1차 항체 (cat# M3444.R)
시편 유형: 포르말린-고정 파라핀 포매된 (FFPE) 샘플 및 다양한 염색 강도의 대조 세포 펠릿
절차에 사용된 종: 인간
기기: 벤치마크 XT
에피토프 회수 조건: 세포 컨디셔닝 1 (CC1, 벤타나, cat # 950-124)
1차 항체 조건: 37℃에서 10 ug/ml/16분
희석제: 벤타나 항체 희석 완충제 (트리스 HCl 완충제, cat# 95119)
음성 대조군을 위한 나이브 항체: 나이브 토끼 IgG 3 ug/ml (벤타나는 음성 대조군 토끼 IgG, cat# 760-1029을 확인함)
검출: 제조업체의 지침에 따라 사용되는 울트라뷰 유니버셜(Ultraview Universal) DAB 검출 키트 (벤치마크 시약, 중합체 시스템, 벤타나 cat # 760-500).
대조염색: 벤타나 헤마톡실린 II (cat # 790-2208)/청색화 시약 (cat # 760-2037) 함유
벤치마크 XT 프로토콜은 다음과 같았다:
1. 파라핀 (선택)
2. 탈파라핀화 (선택 )
3. 세포 컨디셔닝 (선택)
4. 컨디셔너 #1 (선택)
5. 순한 CC1 (선택)
6. 표준 CC1 (선택)
7. Ab 인큐베이션 온도 (선택)
8. 37℃ Ab 인큐베이션 (선택)
9. 적정 (선택)
10. 수동 적용 (1차 항체) 및 (0시간 16분) 동안의 인큐베이션
11. 대조염색 (선택)
12. (헤마톡실린 II) 한방울 적용 (대조염색), 커버슬립 적용, 및 (4분) 동안 인큐베이션
13. 후-대조염색 (선택)
14. (청색화 시약) 한방울 적용 (후-대조염색), 커버슬립 적용, 및 (4분) 동안 인큐베이션
15. 비눗물 중에서의 슬라이드 세척으로 오일 제거
16. 슬라이드를 물로 세정
17. 95% 에탄올, 100% 에탄올에서 크실렌 (라이카(Leica) 자동염색기 프로그램 #9)을 통한 슬라이트의 탈수
18. 슬립 덮기.
IHC에 의한 c-met 발현의 점수화: 종양 시편 내 c-met 발현의 존재 또는 부재는 IHC를 이용하여 평가하였다. NSCLC에서 광역 동적 범위의 c-met 염색 강도가 존재하고, 종양 세포는 음성, 약한, 중간 또는 강한 강도로 염색된다. 또한, NSCLC 종양 조직 내의 c-met 발현은 종종 불균질하고; 즉, 종양 세포는 샘플 내에서 상이한 수준의 met 발현을 나타내었다. IHC 염색 강도 (음성, 약한, 중간 또는 강한) 및 상이한 강도 수준으로 염색된 종양 세포의 비율 둘 다는 IHC에 의한 c-met 발현을 평가하는 경우에 고려되었다. met 진단 양성 종양 및 met 진단 음성 종양을 규정하는 기준은 하기의 점수화 기준에 따라 IHC에 의해 결정시에 비맹검 연구 이전에 규정되었다.
종양 세포를 c-Met 염색에 대해 점수화하였다. 대다수의 경우에서, 염색은 주로 약간의 세포질 신호 (M, c)를 갖는 막성이지만, 우세한 세포질 염색 (C, m)이 또한 5-10% 샘플에서 관찰되었다. 염색은 강한 (3+), 중간 (2+), 약한 (1+), 불분명한 (+/-) 또는 음성 (-) 염색 강도로서 분류되었다. 강한 염색 강도는 암갈색 내지 흑색 세포질 및/또는 유사한 강도의 비후된 암화된 막을 특징으로 하였다. 중간 염색 강도는 갈색 세포질 및/또는 막을 특징으로 하였다. 중간 염색은 강한 신호 강도에서 보여지는 흑도가 결여되었고, 막은 더 얇았다. 약한 신호 강도는 밝은 갈색 세포질을 특징으로 하였다. 약한 신호는 중간 염색 강도에서 보여지는 풍부한 갈색이 결여되었고, 막은 더 얇았다. 음성 또는 불분명한 신호 강도는 임의의 검출가능한 신호의 부재, 또는 갈색보다도 오히려 연회색 또는 황갈색 신호를 특징으로 하였고, 향상된 막 염색의 증거는 없었다.
염색 강도의 평가 이외에도, 다양한 염색 강도/패턴의 백분율을 불균질 신호를 갖는 샘플에서 시각적으로 평가하였다.
다양한 염색 강도를 갖는 다음의 대조 세포 펠릿은 IHC 분석에 대한 대조군으로서 뿐만 아니라 점수화 대조군으로서 포함되었다: H441 (+++ (강한) 염색); A549 (++ (중간) 염색); H1703 (+ (약한) 염색); 및 TOV-112D (- (음성) 염색) 또는 H1155 (- (음성) 염색). 폐 샘플의 경우에, 기관지 상피가 중간 (2+) 막 염색을 나타내었기 때문에, 상기 기관지 상피를 또한 내부 대조군으로서 사용하였다. 이소형 대조군 항체를 또한 시험중인 샘플의 기초 백그라운드 염색을 결정하는데 사용하였다. 양성 대조군 항체, 예컨대 Ki-67을 조직 품질을 평가하는데 사용하였다. 도 2는 상기 IHC 프로토콜에 따라 생성된, IHC 점수 0, 1, 2 또는 3을 갖는 NSCLC 조직 샘플의 예를 보여준다. 도 2에 나타낸 바와 같이, c-met 염색 신호는 종양의 신생물성 부분에 걸쳐 균질한 수준의 강도를 가지면서 균질하게 분포되거나, 또는 한가지 초과의 강도 수준을 가지면서 불균질하게 분포될 수 있다. 염색은 불균질할 수 있으며, 예를 들어 샘플은 한가지 초과의 강도 수준을 가질 수 있다. 도 1은 상기 IHC 프로토콜에 따라 제조된 예시적인 대조 세포 펠릿을 보여준다.
IHC 염색을 평가한 후에, IHC 점수는 하기의 점수화 컷오프를 갖는 적어도 50 종양 세포의 분석을 기준으로 하여 보고되었다:
Figure pct00027
혈관 염색이 입증되었지만, 부분적으로 일부 생검 샘플에서 충분한 혈관계가 부족하기 때문에, IHC 점수에는 사용하지 않았다.
임상 "Met 진단 양성" 및 "Met 진단 음성" 카테고리는 다음과 같이 규정되었다:
Met 진단 음성: IHC 점수 0 또는 1
Met 진단 양성: IHC 점수 2 또는 3.
명료성을 위해, 본원이 하기 용어를 이용하는 것을 주목한다:
Figure pct00028
또한, 본원에 대한 관련 특허 출원인 미국 특허 출원 번호 61/378,911 (2010년 8월 31일에 출원됨)에서, 용어는 "met 양성" 및 "met 음성"은 각각 IHC 점수 2 또는 3, 및 IHC 점수 0 또는 1을 지칭하는데 사용되었다.
임상 시험
폐암은 세계적으로 주요 암 사망 원인이다: 이것은 유방암, 결장암, 신장암, 간암, 흑색종 및 전립선암을 합친 것보다 더 많은 사람들을 사망하게 하였다. 질환의 결과로서 매년 118만명이 사망한다 (문헌 [Parkin DM. CA Cancer J Clin (2005) 55:74-108]). 대부분의 폐암 환자는 질환이 진행성 병기에 있고, 신체의 다른 부분으로 퍼져있는 것으로 진단된다.
비소세포 폐암 (NSCLC)은 모든 경우의 대략 85%를 차지하는 가장 일반적인 질환 형태이다. 진행성 (병기 IV) NSCLC로 진단된 사람들 중 단 7.5%만이 5년 후에 생존할 것으로 예상된다. NSCLC는 선암종, 편평 세포 암종 또는 대세포 암종으로서 분류될 수 있다. 선암종은 NSCLC의 가장 일반적인 형태이다. 2가지 주요 NSCLC 조직학 하위유형인 선암종 (폐암의 대략 40%를 차지함) 및 SCC (폐암의 대략 25%를 차지함)가 유사한 요법에 대해 차등 반응을 야기하는 독특한 생물학적 특성을 나타낸다는 증거가 증가하고 있다. 펨트렉세드는, 선암종에서 활성인 반면, SCC에서는 상대적으로 더 낮은 효능을 보여주었다 (문헌 [Scagliotti et al., 2008, J Clin Oncol. 26(21):3543-51. Epub 2008 May 27]). 중추 국부성 SCC를 갖는 NSCLC 환자에서 베바시주맙으로의 치료는 증가된 출혈 위험성에 기인하였다 (문헌 [Sandler et al 2006, N Engl J Med. 355(24):2542-50]). 최종적으로, 병력적으로 전이성 질환을 갖는 SCC 환자는 선암종에 비해 더 악화된 전체 생존을 갖는다. 따라서, 이 조직학 하위세트에 대한 효과적인 요법을 확인할 필요가 있다.
이 연구를 위한 최초 프로토콜은, 예를 들어, WO2010/045345에 기재되어 있으나; 상기 연구를 이후에 수정하여, 다음과 같이 편평 세포 조직학을 갖는 50명 환자를 추가 등록시켰다. 환자는 2개 치료 아암 중 하나에 1:1 비로 랜덤화하였다: MetMAb + 에를로티닙 대 에를로티닙 + 위약. 120명 환자를 포함하는 "전체" 집단이 등록되면, 적격성을 평편 세포 암종 (SCC) 병력을 갖는 환자에 제한하여, 대략 80명의 SCC 환자 전체가 본 연구에 등록되었음을 확실하게 하였다. 처음 120명 환자를 포함하는 "전체" 집단에 대한 랜덤화는 흡연 상태, 전신 상태 및 조직학에 따라 계층화시켰고, 다음 50명 SCC 환자에 대한 랜덤화는 흡연 상태 및 전신 상태에 따라 계층화시켰다. 본 연구 동안, 환자, 및 연구자를 비롯한 치료자가 연구 약물 (MetMAb 또는 위약)의 치료 배정을 모르게 하였다. 상기 연구로부터 2010년 6월 8일에 또는 그 이전에 수득된 데이터의 프로토콜-특이적 분석 (n = 128명 환자)은 종양이 더 낮은 수준의 c-met를 발현하는 경우의 환자가 MetMAb로부터의 이익을 파생시키지 않았음을 제안하였다. 이러한 데이터를 기초로 하여, 새로운 환자를 연구로 스크리닝 및 등록하는 것을 중단하고, 시험을 하기와 같이 수정하였다:
· 연구자의 판단에서 연구 약물로부터의 이익을 파생시키는 경우의 특정 환자를 제외하고는, c-met 진단-음성 종양을 갖는 환자에서 MetMAb를 중단하였다.
· 질환 진행 이외의 이유로 MetMAb를 중단한 c-met 진단 종양 환자는 에를로티닙 단독요법을 계속 수용하도록 허용될 수 있다.
· 신선한 조직 생검이 질환 진행에서 수득되었고 IHC 결과가 종양이 c-met 진단-양성임을 나타내는 경우에, 위약+에를로티닙 아암으로 랜덤화된, 질환 진행을 나타내는 c-met 진단 음성 종양을 갖는 환자만이 (계속적인 에를로티닙 이외에도) MetMAb를 제공받는 것으로 넘어가도록 허용되었다.
· 모든 다른 환자는 프로토콜에 따른 치료를 계속 받았다.
보정된 연구의 주요 목적은 Met 양성 종양 환자 (면역조직화학에 의해 결정되는 바와 같음), 평편 세포 조직학을 갖는 환자, 뿐만 아니라 모든 환자 (즉, Met 음성 종양 환자 포함)에서 에를로티닙 + 위약과 비교하여 MetMAb + 에를로티닙의 무진행 생존 (PFS)을 평가하는 것이다.
본 연구의 제2 목적은 (a) 편평 세포 조직학을 갖는 환자에서 무진행 생존 (PFS)를 평가하고; (b) c-met 양성 종양 환자, 편평 세포 조직학을 갖는 환자, 뿐만 아니라 전체 환자 집단에서의 반응의 전체적인 RECIST 1.0 반응률 및 반응 지속기간을 결정하고; (b) NSCLC 환자에서 MetMAb + 에를로티닙의 안정성 및 내약성을 특성화하고; (c) NSCLC 환자에서 MetMAb 및 에를로티닙 둘 다의 최소 농도 (Cmin) 및 최대 농도 (Cmax)를 평가하는 것이다.
본 연구의 추가적인 목적은 (a) 편평 세포 조직학을 갖는 환자, c-met 양성 종양 환자 뿐만 아니라 전체 집단에서 전체 생존을 평가하고; (b) 치료군에 의한 및 c-met 양성 종양 환자 뿐만 아니라 전체 환자에서의 FDG-PET 반응률을 평가하고; (c) 치료군에 의한 및 Met 양성 종양 뿐만 아니라 전체 집단에서, FDG-PET 반응자 대 비-반응자에서의 무진행 생존 (PFS)을 평가하고; (d) 첫번째 종양 평가에서 고형 종양에서의 반응 평가 기준 (RECIST) 1.0 반응 및 PFS 사이의 관계를 평가하고; (e) HGF/Met 및/또는 EGFR 신호전달 경로 (IL8 및 혈청 HGF를 포함하나 이에 제한되지 않음)와 관련된 바이오마커의 반응 및 변화 사이의 관계 (또는 그의 기준 발현)를 평가하고; (f) 연구가 진행중인 환자에서 내성의 잠재적 메카니즘을 평가하고; (g) c-met 양성 종양 환자 뿐만 아니라 전체 환자에서 시간 대 진행을 평가하는 것이다.
연구 설계. 본 연구는 2차 및 3차 NSCLC에서 MetMAb + 에를로티닙 대 에를로티닙 + 위약을 사용한 치료의 예비 활성 및 안전성을 평가하기 위해 설계된 II상, 이중 맹검, 랜덤화된 다기관 임상시험이다. 대략 40개의 다국적 사이트로부터의 대략 120명의 조직학적으로 비특이적인 환자를 2가지 치료 아암: MetMAb + 에를로티닙 대 에를로티닙 + 위약 중 하나에 대해 1:1 비로 랜덤화하였다. 120명 환자를 포함하는 "전체" 집단이 등록된 경우에, 적격성을 평편 세포 암종 (SCC) 조직학을 갖는 환자에 제한하여, 총 대략 80명의 SCC 환자가 본 연구에 등록됨을 확실하게 하였다. 처음 120명 환자를 포함하는 "전체" 집단에 대한 랜덤화는 흡연 상태 (비흡연자 및 10년 초과 전에 금연한 흡연자 대 현재 흡연자 및 10년 미만 전에 금연한 흡연자), 전신 상태 및 조직학에 따라 계층화시키고, 다음 50명의 SCC 환자에 대한 랜덤화는 흡연 상태 및 전신 상태에 따라 계층화될 것이다. 각 아암에서의 치료는 질환의 진행, 허용불가한 독성, 또는 임의의 다른 중단 기준이 충족될 때까지 계속하였다. 질환 진행시, 에를로티닙 + 위약 아암에 대해 랜덤화된 환자에게 (계속적인 에를로티닙 이외에도) MetMAb 투여 옵션을 제공하였으며, 단, 이들은 계속해서 적격의 기준을 충족하였다. 이러한 교차로부터 수집된 안전성 데이터를 가설 생성 목적으로 요약하였다. 상기 언급된 바와 같이, 상기 연구로부터 2010년 6월 8일에 또는 그 이전에 수득된 데이터의 프로토콜-특이적 분석 (n = 128명 환자)은 종양이 보다 낮은 수준의 c-met를 발현하는 경우의 환자가 MetMAb로부터의 이익을 파생시키지 않았음을 제안하였다. 이러한 데이터를 기초로 하여, 새로운 환자를 연구에 스크리닝 및 등록하는 것을 중단하고, 시험을 상기에 언급된 바와 같이 수정하였다.
연구 동안, 종양 측정 및 생존 상태에 대한 데이터는 PFS, 전체 생존 (OS) 및 전체 반응률 (ORR)의 평가를 위해 수집하였다. 기준선에서 및 대략 매 6주 간격 (즉, MetMAb/위약의 매 2회의 3주 주기마다)의 처음 4 주기 동안 CT 스캔을 수득하였다. 4 주기 후에, 대략 9주마다 (MetMAb/위약의 3 주기마다) 일상적 CT 스캔을 수행하였다. 기준선에서 및 주기 1의 제10일 내지 제14일에 FDG-PET 영상을 수득하였다. 본 연구의 과정 동안, 화상 판독 설비 (IRF)는 FDG-PET 결과를 평가하였고, 모든 참여 사이트에서 FDG-PET 영상화를 계속해야 할 것인지의 여부, 또는 수신된 데이터를 기반으로 하여 FDG-PET 영상화를 소수 사이트에 한정해야 할 것인지의 여부를 결정하였다.
일부 환자에서, 탐색적 혈청 및 혈장 샘플을 수집하여, IL-8 및 HGF를 포함하나 이에 제한되지 않는 잠재적 활성 마커의 순환 수준에 대한 MetMAb + 에를로티닙의 효과를 결정하였다. 이들 및 기타 마커와 임상 결과의 상관관계는 예측되는 바이오마커, 예를 들어 약물 활성 또는 요법에 대한 반응을 반영할 수 있는 순환에서의 마커를 확인하는데 도움이 된다. 혈청 및 혈장용 혈액은 미리 지정된 시간에 동의한 환자에서 채혈하였고, 이들 탐색적 마커의 수준을 평가하였다.
전처리된 종양 샘플에서 c-met 및/또는 EGFR의 발현이 결정되었다. c-met 및/또는 EGFR의 발현은 IHC 및/또는 FISH 분석에 의해 결정되었다.
EGFR-지시 요법으로 치료받은 경우에 동아시아인에서의 잘 확립된 생존 이점으로 인해, 본 연구는 평가가능한 연구 집단의 20% 초과가 동아시아인으로 이루어지는 것을 허용하지 않았다.
결과 측정. 본 연구의 1차 결과 측정은 고형 종양에서의 반응 평가 기준 (RECIST) 1.0에 의해 규정되는 무진행 생존 (PFS) 또는 마지막 치료 30일 내의 임의의 원인으로 인한 사망이다.
본 연구에 대한 2차적 결과 측정은 다음과 같다:
(a) Met 양성 종양 및 전체에서 RECIST 1.0을 이용하여 결정되는 바와 같은 전체 반응 (OR) (부분적 반응 + 완전한 반응); 및
(b) OR의 지속기간.
탐색적 결과 측정은 다음을 포함한다:
(a) 유럽 암연구 기관 (EORTC)의 정의에 기초하여 결정되는 바와 같은 FDG-PET 반응률;
(b) 모니터링될 연구 약물 투여 동안 및 그 후의 유해 사례 및 심각한 유해 사례의 발생, 속성 및 중증도, 및 활력 징후, 물리적 소견, 및 임상 실험실 결과의 변화; 및
(c) 전체 생존 (랜덤화로부터 마지막 연구 치료 30일 내의 임의의 원인으로 인한 사망까지의 시간).
1차 및 2차 결과 측정은 c-met 양성 종양 환자에서, SCC 환자에서 및 "전체" 집단에서 평가될 것이다.
혈청 샘플은 MetMAb 및 에를로티닙 약동학 및 약력학의 분석을 위해 수집될 것이다.
환자 선택 기준. 성인 환자가 수술 불가능한 국부 진행형 또는 전이형 (병기 IIIb/IV) NSCLC를 갖고 (예를 들어 조직학적 연구에 의해 결정되는 바와 같음), 병기 IIIb/IV NSCLC 질환에 대해 적어도 하나의, 그러나 2가지 이하의 선행 요법을 받은 경우, 이들이 본 연구에 참여하는데 적격이다. 조직 블록 (바람직함) 또는 15개의 비염색된 연속 슬라이드에서 적절한 생존 종양 세포를 갖는 결정적인 NSCLC 진단을 가능하게 하는 대표적인 포르말린-고정 파라핀-포매된 종양 시편 부위에서의 유용성 (연관 병리학 리포트에 수반됨)이 랜덤화 이전에 요구되었다. 세포학적 샘플 또는 세침 흡인 샘플은 허용가능하지 않았다. 환자가 적어도 5개 이상의 비염색된 연속 슬라이드를 제공하거나 또는 종양의 전처리 코어 또는 절제 생검에 동의하고 이를 경험하려고 하는 경우에, 상기 환자가 적격일 수 있다. 세포학적 또는 세침 흡인 샘플은 허용가능하지 않았다.
본 연구에서, 암 병기결정은 미국 암 연합 위원회의 AJCC 암 병기결정 매뉴얼 (제6판)에 따를 것이다. (병기 IIIb/IV에 대한) 1차 요법 이전에 병기 I-IIIa 질환에 대해 신-아주반트 및/또는 아주반트 요법을 받은 환자가 연구 참여에 적격이며, 단, 이들은 또한 병기 IIIb/IV 질환에 대한 1차 요법을 또한 받는다. 일부 실시양태에서, (임의의 병기에 대한) 적어도 하나의 화학치료 함유 요법은 백금에 기초한 것이다. 환자는 RECIST에 의해 결정되는 바와 같이 측정가능한 질환을 가져야 한다. 일부 실시양태에서, 환자는 전처리 FDG-PET 스캔 상의 적어도 하나의 측정가능한 병변 (또한 RECIST에 따른 CT 상의 표적 병변임)을 가져야 한다. 일부 실시양태에서, 환자는 전처리 종양 시편을 제공하고, 전처리 FDG-PET 스캔 상의 적어도 하나의 측정가능한 병변 (또한 RECIST에 따른 CT 상의 표적 병변임)을 보유하였다.
일부 실시양태에서, 병기 IIIB/IV에 대해 2가지 초과의 선행 치료를 받은 대상체는 배제된다. 일부 실시양태에서, EGFR 억제에 의해 작용할 수 있는 연구 또는 시판 작용제, 또는 용량 변경을 야기하는 공지된 EGFR-관련 독성에 30일 초과로 노출된 대상체를 포함하는 대상체는 배제된다. EGFR 억제제는 게피티닙, 에를로티닙 및 세툭시맙을 포함한다 (이에 제한되지 않음). 일부 실시양태에서, 랜덤화 전 28일 내에 화학요법, 생물학적 요법, 방사선요법 또는 연구 약물을 수용한 대상체 (단, 임의의 약물 관련 독성이 적절하게 해결되었다면, 랜덤화 전 2주 내에 키나제 억제제를 사용할 수 있음), 미치료된 및/또는 활성 (진행성, 또는 징후적 제어를 위한 항경련제 또는 코르티코스테로이드 요구성) CNS 전이를 갖는 대상체를 포함하는 대상체는 배제된다. 일부 실시양태에서, 뇌 전이 병력을 갖는 대상체는, 하기 기준을 충족시키는 한, 연구 참여에 적격이었다: (a) RECIST에 의해 규정되는 바와 같은, CNS 외부의 측정가능한 질환; (b) CNS-지시된 요법의 완료 및 스크리닝 방사선 연구 사이에 일시적 진행의 방사선 증거 없음; (c) 신경외과수술 또는 정위 방사선수술을 포함할 수 있는 CNS-지시된 치료; (d) CNS 방사선 연구의 스크리닝이 방사선치료 완료 후 4주 이상이 되었고, 코르티코스테로이드 및 항경련제의 중단 이후 2주 이상이 됨; (e) 방사선요법 및 정위 방사선수술은 제1일의 4주 이상 이전에 완료됨; 및 (f) 신경외과수술은 제1일의 24주 이상 전에 완료되고, 뇌 생검은 제1일의 12주 이상 전에 완료됨.
일부 실시양태에서, 또한 랜덤화 이전 마지막 6개월 이내의 심근경색, 비조절성 고혈압 (항고혈압제에 대해 지속성 혈압 > 150/100 mmHg), 불안정형 협심증, 뉴욕 심장 학회 (NYHA) 등급 II 이상의 울혈성 심부전, 투약을 필요로 하는 불안정형 징후적 부정맥 (만성 심방 부정맥, 즉 심방 세동 또는 발작성 심실상성 빈맥 환자가 적격임), 또는 등급 II 이상의 말초 혈관 질환; 공복 혈청 글루코스 수준이 200 mg/dL 초과인 것으로 입증된 바와 같은 비조절성 당뇨병; 랜덤화 전 28일 내의 주요 수술 절차 또는 현저한 외상성 손상; 연구 과정 동안 주요 수술 절차에 대한 필요의 예측; 랜덤화 전 7일 또는 14일 내의 국부 경감 방사선요법, 또는 랜덤화 전에 등급 II 이하로 해결되지 않은 방사선요법으로부터의 지속적 역효과; 경구 의약 섭취 불능 또는 IV 영양법 또는 지질을 갖는 총 비경구 영양에 대한 요구, 또는 위장 흡수에 영향을 미치는 수술 절차 이전의 질환을 비롯한, 심각한 전신 질환의 병력을 갖는 대상체를 포함하는 대상체는 배제된다. 일부 실시양태에서, (랜덤화 전 2주 내에) 하기 비보정된 비정상적인 혈액 값 중 임의의 것을 갖는 대상체를 포함하는 대상체는 배제된다: RBC 수혈 후 ANC < 1,500개 세포/μL, 혈소판 수 < 100,000개 세포/μL, 헤모글로빈 < 9.0 g/dL, (랜덤화 전 2주 내의) 기타 기준 실험실 값, 혈청 빌리루빈 > 1.5xULN, 혈청 크레아티닌 > 1.5xULN, 비조절성 고칼슘혈증 (> 11.5 mg/dL 또는 > 1.5 이온화 칼슘). 일부 실시양태에서, 비조절성 당뇨병을 갖는 대상체 및 비스포스포네이트 요법의 계속적인 사용을 필요로 하는 징후적 고칼슘혈증을 갖는 대상체를 포함하는 대상체는 배제된다.
일부 실시양태에서, 임신부 또는 수유부; 랜덤화 전 5년 내에 추정 외과적 또는 방사선요법 치료를 받고 있는, 의학 모니터링에 의해 논의될 수 있는 다른 악성종양 (예를 들어, 자궁경부의 상피내 암종, 전립선절제술 후 국부 전립선암, 또는 피부의 기저/편평 세포 암종)을 갖는 대상체; 또는 혼란 또는 방향감각상실의 증거, 및 주요 정신 질병의 병력이 있는 대상체를 포함하는 대상체는 배제된다. 또한, 에를로티닙 표지 상의 부가적인 배제사항을 참조한다.
통계적 방법 및 효능 분석. 1차 및 2차 효능 분석은 모든 랜덤화 환자를 포함하고, 상기 환자는 이들이 랜덤화되는 치료 아암에 배정되었다. 안정성 분석은 적어도 1회 용량의 연구 치료제를 제공받은 모든 랜덤화 환자를 포함하고, 상기 환자는 실제로 제공받은 요법과 연관된 치료 아암에 배정된다. 인구통계 및 기준 특성 (예를 들어 연령 및 성별)은 사용 수단, 표준 편차, 중앙값, 및 적절한 경우에 연속 변수에 대한 범위 및 범주형 변수에 대한 비율을 요약하였다. 상기 요약은 전체 환자 집단에 의해서 및 치료 아암에 의해 제시되었다. 임의의 변수의 기준값은 연구 치료의 제1 투여 이전에 마지막 입수가능한 값으로서 규정되었다.
키플란-마이어(Kaplan-Meier) 방법을 이용하여 각 치료 아암에 대한 중앙 PFS를 추정하였다. 계층화 인자는, 컴퓨터 판독가능한 형태 (CRF)의 데이터가 결여되지 않는 한, 랜덤화시의 상호작용하는 음성 판독가능 시스템에 의해 수집된 데이터에 의해서가 아니라 CRF 데이터에 의해 결정될 수 있다. 위험비의 추정치 (즉, 치료 효과 및 95% 신뢰 구간의 크기)는 MetMAb 치료에 대해 가변적인 지시자를 갖는 계층화된 Cox 회귀 모델를 이용하여 결정되었다. "전체" 집단 환자에서의 PFS에 대해 기재된 것과 같은 동일한 분석 방법이 met 양성 종양 환자 및 SCC 조직학을 갖는 환자에게 적용되었다. 마지막 치료 30일 내의 임의의 원인으로 인한 모든 사망은 PFS 사건으로서 포함되었다. 객관적 반응은 4주 이상의 간격으로 2회 연속 경우에 대해 결정되는 완전한 또는 부분적 반응으로 규정되었다. 기준선-후 종양 평가가 없는 환자는 비-반응자로 여겨졌다. 객관적 반응률 및 95% 신뢰 구간 (블리트-스틸-카셀라(Blyth-Still-Casella))의 추정치는 각각의 치료 아암에 대해 계산되었다. 종양 반응률에서의 차이에 대한 신뢰 구간 (Satnes and Snell 1980; Berger and Boos 1994)이 계산되었다. 객관적 반응을 갖는 환자의 경우에, 객관적 반응의 지속기간은 초기 반응으로부터 질환 진행 또는 마지막 치료 30일 내의 임의의 원인으로 인한 사망까지의 시간으로서 규정되었다. 취급 검열 방법 및 분석 방법은 PFS에 대해 기재된 바와 동일한 것이다. 모든 2차 효능 종점은 met 양성 종양 환자, SCC 조직학을 갖는 환자에 대해서 및 "전체" 환자 집단에 의해 평가되었다.
시험 약물. MetMAb는 c-met에 대해 지시된 공지의 재조합, 인간화, 1가 모노클로날 항체이다. MetMAb는 1회용 15-cc 바이알 내 멸균 액체로서 공급된다. 각 바이알은 600 mg의 MetMAb를 10 mM 히스티딘 아세테이트, 120nM 트레할로스, 0.02% 폴리소르베이트 20 (pH 5.4)의 10 ml 중에 60 mg/ml 농도로 함유한다. MetMAb 바이알을 2℃-8℃에서 냉장하고, 사용 직전까지 냉장 유지시켰다. MetMAb를 생리 염수에 희석한 후 (0.9%) 정맥내 투여하였다.
에를로티닙 (타르세바®)은 에를로티닙을 히드로클로라이드 염으로서 함유하는 통상적인 즉시-방출 정제로서 제공된다. 활성 성분인 에를로티닙 뿐만 아니라, 정제는 락토스 (함수), 미세결정성 셀룰로스, 나트륨 전분 글리콜레이트, 나트륨 라우릴 술페이트 및 스테아르산마그네슘을 함유하였다. 에를로티닙을 25 mg, 100 mg 및 150 mg 함유하는 정제가 사용가능하다.
위약은 250 cc 0.9% NSS (염수 IV 용액, 0.9%)로 이루어져 있다.
연구 치료제: MetMAb의 용량은 3주 주기의 제1일에 정맥내로 15 mg/kg이었다. MetMAb의 실제 용량을 결정하기 위해 스크리닝시의 체중을 이용하였다. 에를로티닙의 용량은 3주 주기의 각 해당일에 경구로 150 mg이었다. 에를로티닙의 투여량 수준은 에를로티닙에 기인할 수 있는 독성 (예를 들어, 발진, 설사)으로 인해 100 mg (1차 감소) 또는 50 mg (2차 감소)으로 감소될 수 있다.
MET 및 EGFR 카피수: MET 및 EGFR 유전자 카피수는 계내 형광 혼성화 (FISH)에 의해 평가되었다. 5 카피 이상의 MET/세포가 FISH 양성으로 지정되었다 (문헌 [Cappuzzo et al., J Clin Oncol (2009) 27:1667-9] 참조). 실제 MET 증폭은 10% 이상의 종양 세포에서 15 카피 이상의 MET 또는 2 이상의 MET/CEP7 비의 치밀한 유전자 클러스터로서 규정되었다. MET 및 EGFR 카피수 둘 다를 평가하는 실험에 있어서, 다중 임상 연구에 사용된 점수화 기준을 기준으로 하여, 종양은 MET 및 EGFR FISH 양성으로 여겨졌다 (문헌 [Varella-Garcia et al., J Clin Pathol (2009) 62, 970-7]; [Capuzzo et al., JNCI (2005); 97:643-55] 참조): FISH 양성: 유전자 증폭 또는 높은 다염색체성, FISH 음성: 낮은 다염색체성, 삼염색체성 또는 이염색체성, 유전자 증폭: 치밀한 유전자 클러스터, 또는 10% 이상의 종양 세포에서 15 카피 이상의 MET, 또는 MET 대 CEP7 비 2 이상, 높은 다염색체성: 40% 이상의 종양 세포에서 4 카피 이상의 MET.
EGFR, KRAS 및 MET 유전형: DNA는 거대-절제 종양 조직 슬라이드로부터 단리되었다. EGFR 및 KRAS 돌연변이는 DxS 유전형 키트를 이용하여 평가되었고, MET 엑손 14 변이체는 DHPLC (트랜스게노믹스 인크.(Transgenomics Inc.), 네브라스카주 오마하)에 의해 평가되고, MET N275S 다형성은 파이로시퀀싱에 의해 평가되었다.
mRNA 프로파일링: MET, HGF, EGFR, AREG 및 EREG mRNA 발현은 플루이다임(Fluidigm) 플랫폼을 이용하는 거대-절제 종양 조직 슬라이드로부터 추출된 RNA에서 평가되었다. 전사체 수준은 폐 조직에서 안정하게 발현된 2개의 참조 유전자의 평균에 대해 정규화하였고, 그 결과는 정규화된 발현 값 (2-Δ Ct)으로 표현된다.
혈장 HGF: 치료전에 수집된 혈장 중의 HGF 수준은 포획 ELISA에 의해 평가되었다.
2010년 6월 8일에 또는 그 이전의 데이터 컷오프 일자를 기준으로 하는 분석의 결과
2차 또는 3차 NSCLC에 걸린 128명의 환자를 2009년 3월부터 2010년 3월까지 25개의 세계적인 사이트에 등록시키고 랜덤화하였다: (a) MetMAb (15mg/kg IV q3wk) + 에를로티닙 치료 (교환가능하게 "ME"로 명명됨) (n=64) 또는 (b) 위약 + 에를로티닙 치료 (교환가능하게 "PE"로 명명됨) (n=64). 상기 분석에 사용된 데이터 컷오프 일자는 2010년 6월 8일 또는 그 이전이었다.
환자 소인은 표 1에 나타낸다.
<표 1>
Figure pct00029
환자 인구통계는 표 2에 나타낸다.
<표 2>
Figure pct00030
기준 특성은 Met 고 종양을 갖는 환자의 유병률 (51%/56.5%; PE/ME), Kras 돌연변이를 갖는 환자의 유병률 (23%/23%) 및 EGFR 돌연변이를 갖는 환자의 유병률 (11%/12.5%)을 비롯한 전체 (ITT) 집단에서 잘 균형을 이루고 있었다. 조직은 121명의 환자 (환자의 95%)에서 Met IHC 분석에 대해, 및 112명의 환자에서 EGFR 및 KRAS 돌연변이에 대해 평가가능하였다.
Met 상태에 따른 기준 특성은 표 3에 나타낸다.
<표 3>
Figure pct00031
본 연구에서, 조직은 환자의 100%로부터 수득되었다. 환자의 95%는 IDC에 의한 Met의 평가를 위해 적절한 조직을 가졌다. 환자의 54%는 "Met 고" NSCLC를 가졌다.
MetMAb 및 에를로티닙으로의 치료는 Met 고 NSCLC 환자에게 임상적으로 의미있는 이익을 제공하였다 (도 3). PFS 이익 (위험비 (HR) 0.56; 95% CI 0.31, 1.02; p=0.05) 및 OS 이익 (HR 0.55; 95% CI 0.25, 1.16; p=0.11) 둘 다는 MetMAb + 에를로티닙으로 치료된 Met-고 환자에서 관찰되었다. 곡선의 초기 분리 및 지속 분리가 관찰되었다. MetMAb의 에를로티닙에의 첨가는 에를로티닙 + 위약으로의 치료와 비교하여 met 고 NSCLC 환자에서의 무진행 생존 및 전체 생존을 거의 두배가 되게 하였다 (ME에서의 PFS가 12.4주인 것에 비해, PE에서는 6.4주이고; ME에서의 OS가 7.7주인 것에 비해, PE에서는 7.4주임). 에를로티닙 + 위약 아암으로부터의 23명 환자는 MetMAb으로 넘어갔고, ME로 넘어간 23명 환자 중 12명은 Met 고 바이오마커 발현을 가졌다.
Met 저 NSCLC 환자는 MetMAb + 에를로티닙으로의 치료로부터의 이익이 없었다 (도 4). MetMAb는 Met 저 NSCLC 환자에서 진행 및 사망 위험을 에를로티닙 및 위약으로의 치료에 비해 증가시켰고: PFS (HR 2.01; 95% CI 1.04, 3.91; p=0.04) 및 OS (HR 3.26; 95% CI 1.20, 8.80; p=0.01)는 둘 다 ME 코호트에서 더 악화되었다. MetMAb 및 에를로티닙으로 치료된 Met 저 환자의 약 70 퍼센트가 첫번째 평가에 따라 진행성이었다 (제6주에 CAT 스캔).
전체 집단에서의 PFS 및 OS (도 5). PFS 및 OS는 전체 집단에서의 MetMAb + 에를로티닙 및 위약 + 에를로티닙 치료 아암에서 유의하게 상이하지 않았다. MetMAb + 에를로티닙 치료는 위약 + 에를로티닙 치료에 비해 전체 집단에서 이익을 나타내지 않았다. 전체 (교환가능하게는 "치료 의향" 또는 ITT로 명명됨) 집단에서의 PFS 및 OS에 대한 HR은 1.09 (95% CI 0.71, 1.67; p=0.70) 및 1.09 (95% CI 0.62, 1.91; p=0.76)였다. 중앙 PFS 및 중앙 OS는 유사한 질환 설정에서 상기에 보고된 소견과 일치하였다. 에를로티닙 + 위약 아암으로부터의 23명 환자는 MetMAb + 에를로티닙 치료로 넘어갔다. 객관적 반응률은 에를로티닙 + 위약 n=3 (4.7%), 에를로티닙 + MetMAb n=4 (6.3%)이었다.
PFS는 하위군에 의해 조사되었다 (도 6). Met IHC 상태 3 및 2의 환자는 MetMAb + 에를로티닙 치료로부터 이익을 나타내었고, 상태 3의 환자는 더 큰 이익을 나타내었다. Met IHC 상태 0 및 1의 환자는 MetMAb + 에를로티닙 치료로부터의 이익이 없었다. 상태 0의 환자는 상태 1의 환자보다 MetMAb + 에를로티닙에 대해 더 악화되었다. MetMAb + 에를로티닙 치료의 선택적 이익은 조직학 카테고리 (비평편 세포 대 평편 세포), 흡연 이력, ECOGCC, EGFR 돌연변이 또는 Kras 돌연변이를 비롯한 기타 하위군에서도 관찰되지 않았다.
도 9는 Met 고 환자에서 PFS의 하위군 분석을 나타낸다.
OS는 또한 하위군에 의해 조사되었다 (도 7). PFS 결과와 유사하게, Met 고 IHC 상태 3 및 2의 환자는 MetMAb + 에를로티닙 치료로부터의 이익을 나타내었고, 상태 3의 환자는 더 큰 이익을 나타내었다. Met 저 IHC 상태 0 및 1의 환자는 from MetMAb + 에를로티닙 치료로부터의 이익이 없었다. 상태 0의 환자는 상태 1의 환자보다 MetMAb + 에를로티닙에 대해 더 악화되었다. MetMAb + 에를로티닙 치료의 선택적 이익은 조직학 카테고리 (비평편 세포 대 평편 세포), 흡연 이력, ECOGCC, EGFR 돌연변이 또는 Kras 돌연변이를 비롯한 기타 하위 군에서도 관찰되지 않았다.
도 10은 Met 고 환자에서의 OS의 하위군 분석을 나타낸다. 도 11 및 12는 Met 저 환자에서 각각 PFS 및 OS의 하위군 분석을 보여준다.
전체 생존은 또한 공지된 EGFR 돌연변이를 갖는 환자를 제외한 Met 고 집단에서 분석되었다. MetMAb + 에를로티닙 치료의 이익 정도 (위약 + 에를로티닙과 비교) (OS HR =0.55, 95% CI 0.26, 1.20, p = 0.13)는 공지된 EGFR 돌연변이를 갖는 환자를 포함하는 Met 고 집단에서의 전체 생존과 대략 동일하였다. 따라서, Met 고 환자에서 MetMAb + 에를로티닙으로부터의 이익은 EGFR 돌연변이 상태에 따라 추진되지 않았다.
Met 상태에 따른 주요한 예후 변수는 표 4에 나타낸다.
<표 4>
Figure pct00032
Met 발현은 더 악화된 결과에 대한 예후였다 (도 8). 에를로티닙 + 위약-치료 환자의 분석에서, Met 고 환자는 Met 저 환자 (중앙 PFS 11.4주; 중앙 OS 9.2주)에 비해 진행 위험 (HR = 1.73; 중앙 PFS 6.4주)이 증가하였고, 사망 위험 (HR = 2.52; 중앙 OS 7.4주)이 대략 두배가 되었다. 따라서, Met 발현은 에를로티닙-치료된 2차 또는 3차 NSCLC 환자에서 진행 및 생존에 대한 예후 인자이고: Met 고 환자는 에를로티닙으로 치료되는 경우에 더 악화되는 반면, Met 저 환자는 에를로티닙으로 치료되는 경우에 더 나아졌다.
진행 패턴 (표적 성장 대 새로운 병변)은 치료군 사이에서 및 met 상태에 따라 비슷하였다 (표 5).
<표 5>
Figure pct00033
진행 패턴 (표적 성장 대 새로운 병변)은 치료군 사이에서 및 Met 상태에 따라 비슷하였다.
ORR의 효능 분석은 표 6에 나타낸다.
<표 6>
Figure pct00034
Met 상태에 따른 치료에 대한 노출은 표 7에 나타낸다.
<표 7>
Figure pct00035
안전성: 에를로티닙 + MetMAb로의 치료는 내약성이 양호하였다. 표 8은, 관계에 상관없이, 본 연구에서 관찰된 10% 초과 기록 빈도의 모든 유해 사례를 보여준다. 부종 (주로 등급 1-2)을 제외하고는, 에를로티닙 + MetMAb에 대한 전체 독성은 에를로티닙 + 위약에 필적하였다.
<표 8>
Figure pct00036
표 9는 본 연구에서 관찰된 모든 등급 3-5의 유해 사례를 나타낸다 (빈도 > 5%). 어떠한 등급 5의 사례도 없었다. 발진, 설사 및 피로는 Met 고 및 Met 저 하위집단 둘 다의 치료 아암 사이에서 비슷하였다. 등급 ≥ 3의 유해 사례의 발생은 Met 고 군에서는 ME 대 PE (54% 대 53%)에서 유사하였으나; 등급 ≥3의 유해 사례의 발생은 Met 저 군에서의 ME 아암에서 더 높았다 (52% 대 PE 아암에서의 35%).
<표 9>
Figure pct00037
안전성 요약은 표 10에 나타낸다.
<표 10>
Figure pct00038
* 에를로티닙+MetMAb 아암에 있는 Met 고 환자의 경우에: 흡인성 폐렴, 폐쇄성 헤르니아, 저산소증, 뇌경색, 식도 협착, 피로, NOS 및 손톱 독성.
** Met 저 환자인 경우에 사망으로 이어진 AE: 폐렴, 폐 색전증, 객혈, NSCLC
결론
· 항-c-met 항체 MetMAb는 Met 수용체의 선택적 및 강력한 억제제였다.
· Met 고 발현은 위약-치료 환자에서 더 악화된 결과와 연관되었다.
· 에를로티닙 및 MetMAb의 조합물로의 치료는 Met 고 NSCLC 환자에게 이익이었다.
· 에를로티닙 + MetMAb로 치료된 Met 저 NSCLC 환자에 대한 더 부족한 결과는 유해 사례에 의해 설명될 수 없다.
· 에를로티닙 + MetMab는 내약성이 양호하고, 어떠한 새로운 유의한 안전성 소견도 없었다.
· 전체 집단 대 Met 고 NSCLC 환자에 대한 결과는 진단법 이용의 중요성을 강조하였다.
2010년 11월 15일에 또는 그 이전의 데이터 컷오프 일자를 기준으로 하는 최종 분석
2차 또는 3차 NSCLC에 걸린 128명 환자를 2009년 3월부터 2010년 3월까지 25개의 세계적인 사이트에 등록시키고 랜덤화하였다: (a) MetMAb (15mg/kg IV q3wk) + 에를로티닙 치료 (교환가능하게 "ME"로 명명됨) (n=64) 또는 (b) 위약 + 에를로티닙 치료 (교환가능하게 "PE"로 명명됨) (n=64). 상기 분석에서 이용된 데이터 컷오프 일자는 2010년 11월 15일이었다.
환자 소인은 표 11에 나타낸다.
<표 11>
Figure pct00039
환자 인구통계는 표 12에 나타낸다.
<표 12>
Figure pct00040
기준 특성은 Met 진단 양성 종양을 갖는 환자의 유병률 (51%/56.5%; PE/ME), Kras 돌연변이를 갖는 환자의 유병률 (23%/23%) 및 EGFR 돌연변이를 갖는 환자의 유병률 (11%/12.5%)을 포함하여 전체 (ITT) 집단에서 잘 균형을 이루고 있었다. 조직은 121명의 환자 (환자의 95%)에서 Met IHC 분석에 대해, 및 112명의 환자에서 EGFR 및 KRAS 돌연변이에 대해 평가가능하였다.
Met 상태에 따른 기준 특성은 표 13에 나타낸다.
<표 13>
Figure pct00041
본 연구에서, 조직은 환자의 100%로부터 수득되었다. 환자의 95%는 IDC에 의한 Met의 평가를 위해 적절한 조직을 가졌다. 환자의 54%는 "Met 고" NSCLC를 가졌다.
MetMAb 및 에를로티닙으로의 치료는 Met 진단 양성 NSCLC 환자에게 통계적으로 유의하고 임상적으로 의미있는 이익을 제공하였다 (도 13). PFS 이익 (위험비 (HR) 0.53; 95% CI 0.28-0.99; p=0.04) 및 OS 이익 (HR .37; 95% CI 0.19-0.72; p=0.002) 둘 다는 MetMAb + 에를로티닙으로 치료된 Met 진단 양성 환자에서 관찰되었다. 곡선의 초기 분리 및 지속 분리가 관찰되었다. MetMAb의 에를로티닙에의 첨가는 사망 위험을 거의 3배 감소시켰다. MetMAb + 에를로티닙 (ME)으로 치료된 환자에서의 중앙 PFS는 2.9개월인 것에 비해, 위약+ 에를로티닙 (PE)으로 치료된 환자에서는 1.5개월이었고; MetMAb + 에를로티닙으로 치료된 환자에서의 중앙 OS는 12.6개월인 것에 비해, 위약 + 에를로티닙으로 치료된 환자에서는 3.8개월이었다.
Met 진단 음성 NSCLC 환자는 MetMAb + 에를로티닙으로의 치료로부터의 이익이 없었다 (도 14). MetMAb는 에를로티닙 및 위약으로의 치료에 비해 Met 저 NSCLC 환자에서 진행 및 사망 위험을 증가시켰고: 중앙 PFS (HR 1.82; 95% CI 0.99-3.32; p=0.05) 및 중앙 OS (HR 1.78; 95% CI 0.79 - 3.99; p=0.16)는 둘 다 MetMAb + 에를로티닙 코호트에서 더 악화되었다. MetMAb 및 에를로티닙으로 치료된 Met 저 환자 중 약 70 퍼센트가 제1 평가에 따라 진행성이었다 (제6주에서 CAT 스캔).
전체 집단에서의 PFS 및 OS는 도 15에 나타내었다. PFS 및 OS는 전체 집단에서의 MetMAb + 에를로티닙 및 위약 + 에를로티닙 치료 아암에서 유의하게 상이하지 않았다. MetMAb + 에를로티닙 치료는 위약 + 에를로티닙 치료에 비해 전체 집단에서 이익을 나타내지 않았다. 전체 (교환가능하게는 "치료 의향" 또는 ITT로 명명됨) 집단에서의 PFS 및 OS에 대한 위험비는 1.09 (95% CI 0.73-1.62; p=0.69) 및 0.8 (95% CI 0.5-1.3; p=0.76)이었다. 중앙 PFS 및 중앙 OS는 유사한 질환 설정에서 상기에 보고된 소견과 일치하였다.
OS는 또한 하위군에 의해 조사되었다 (도 16). Met 진단 양성 IHC 상태 3 및 2의 환자는 MetMAb + 에를로티닙 치료로부터의 이익을 나타내었고, 상태 3의 환자는 더 큰 이익을 나타내었다. Met 진단 음성 IHC 상태 0 및 1의 환자는 MetMAb + 에를로티닙 치료로부터의 이익이 없었고, 상태 0의 환자는 상태 1의 환자보다 MetMAb + 에를로티닙에 대해 더 악화되었다. MetMAb + 에를로티닙 치료의 선택적 이익은 조직학 카테고리 (비평편 세포 대 평편 세포), 흡연 이력, ECOGCC, EGFR 돌연변이 또는 Kras 돌연변이를 비롯한 기타 하위 군에서도 관찰되지 않았다.
도 17은 Met 진단 음성 환자에서 OS의 하위군 분석을 나타낸다.
전체 생존은 또한 환자의 중요한 하위집단에서 분석되었다: MET FISH 양성 환자 (5 카피 이상의 MET로 정의됨), Met 진단 양성/MET FISH 음성, Met 진단 양성/EGFR 야생형, 및 Met 진단 양성/MET FISH 음성/EGFR 야생형 (도 18). MetMAb을 에를로티닙에 첨가하는 것의 이익은 MET FISH 양성 환자를 배제하지 않았고, MET FISH 음성/Met 진단 양성 환자에서 관찰되었으며, 이는 IHC가 MetMAb로부터의 이익의 더 민감한 예측자임을 제안하였다. Met 진단 양성 환자에서 MetMAb + 에를로티닙으로부터의 이익은 EGFR 돌연변이 상태에 따라 추진되지 않았다.
Met 상태에 따른 주요한 예후 변수는 표 14에 나타낸다.
<표 14>
Figure pct00042
Met 발현은 더 악화된 결과에 대한 예후였다 (도 19). 에를로티닙 + 위약-치료 환자의 분석에서, Met 진단 양성 환자는 Met 진단 음성 환자 (중앙 PFS 2.7개월; 중앙 OS 15.3개월)에 비해 진행 위험 (HR = 1.7; 중앙 PFS 1.5개월)이 증가하였고, 사망 위험 (HR = 3.8; 중앙 OS 3.8개월)도 증가하였다. 따라서, Met 발현은 에를로티닙-치료된 2차 또는 3차 NSCLC 환자에서 진행 및 생존에 대한 예후 인자이고: Met 진단 양성 환자는 에를로티닙으로 치료되는 경우에 더 악화되는 반면, Met 진단 음성 환자는 에를로티닙으로 치료되는 경우에 더 나아졌다.
안전성: 에를로티닙 + MetMAb로의 치료는 내약성이 우수하였다. 안전성 데이터는 표 15에 요약된다.
<표 15>
Figure pct00043
MetMAb의 첨가는 진단 집단 둘 다에서 임의의 특이적 유해 사례의 빈도 (10 이상까지)를 실질적으로 증가시키지 않았고, 이것은, 말초 부종을 제외하고는, Met 진단 양성 및 진단 음성 집단 둘 다에서 MetMAb 치료된 아암에서 더 높았다. MetMAb + 에를로티닙에 대한 더 높은 비율의 Met 진단 양성 환자가 유해 사례로 인해 중단되고, MetMAb + 에를로티닙에 대한 더 높은 비율의 Met 진단 음성 환자가 유의한 유해 사례 및 등급 3 이상의 유해 사례를 가졌지만, Met 진단 상태와 무관하게 MetMAb 치료는 실질적인 새로운 독성을 첨가하지는 않았고, 공지된 에를로티닙 독성을 악화시키지도 않았다.
종양 성장 및 질환 진행: 종양 성장의 비율은 주기 2에서 Met 상태에 따른 치료 아암 사이에서 유의하게 상이하지 않았고, 이때까지 대부분의 PFS 사례가 발생하였다.
MetMAb + 에를로티닙 치료의 전체 생존 치료 효과는 또한 "met 양성"으로서 점수화된 환자를 규정하기 위해 상이한 IHC 점수화 도식을 이용하여 환자에서 평가되었다:
· 중간 (2+) 또는 높은 (3+) IHC 염색 강도를 갖는 10% 이상의 종양 세포의 덜 엄격한 컷오프 ("10% Met 진단 양성")
· 중간 (2+) 또는 높은 (3+) IHC 염색 강도를 갖는 90% 이상의 종양 세포의 더 엄격한 컷오프 ("90% Met 진단 양성").
환자 하위세트에서의 치료 효과의 추정치는 95% 신뢰 구간을 포함하여 비계층화된 Cox 모델을 이용하여 위험비로서 표현되었다. 이 분석의 결과는 도 21에 나타낸다. 10%를 컷오프로 사용할 경우에, 10% Met 진단 양성으로서 선택된 환자 (n=87)에서의 HR은 0.52이고, 95%CI는 0.30, 0.92였다. 50%를 컷오프로 사용할 경우에 (즉, 중간 (2+) 또는 높은 (3+)의 IHC 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포), Met 진단 양성으로서 선택된 환자 (n=66)에서의 HR은 0.38이고, 95%CI는 0.20, 0.71이었다. 90%를 컷오프로 사용할 경우에, 90% Met 진단 양성으로서 선택된 환자 (n=47)에서의 HR은 0.30이고, 95%CI는 0.14, 0.64였다. (a) 10% Met 진단 양성으로서 선택되고, (b) 50% 컷오프를 사용하는 Met 진단 양성이 아닌 환자 (n=21)에서, HR은 2.83이고, 95% CI는 0.53, 15.2였다. (a) 50% 컷오프를 사용하는 Met 진단 양성으로서 선택되고, (b) 90% Met 진단 양성이 아닌 환자 (n=19)에서, HR은 0.75이고, 95% CI는 0.24, 2.42였다. 상이한 IHC 점수화 도식의 이러한 상세한 분석은 IHC에 의해 중간 (2+) 또는 높은 (3+)의 Met 염색 강도의 50% 이상의 종양 세포로서의 Met 진단 양성의 정의의 사용을 지지한다.
결론
· 항-c-met 항체 MetMAb는 Met 수용체의 선택적 및 강력한 억제제였다.
· Met 고 발현은 위약-치료 환자에서의 더 악화된 결과와 연관되었다.
· 에를로티닙 및 MetMAb의 조합으로의 치료는 Met 진단 양성 NSCLC 환자에게 이익이었다.
· 에를로티닙 + MetMAb로 치료된 Met 진단 양성 NSCLC 환자에 대한 더 부족한 결과는 유해 사례에 의해 설명될 수 없다.
· 에를로티닙 + MetMAb는 내약성이 우수하였고, 어떠한 새로운 유의한 안전성 소견도 없었다.
· 전체 집단 대 Met 진단 양성 NSCLC 환자에 대한 결과는 진단법 이용의 중요성을 강조한다.
OAM4558g로부터의 탐색적 바이오마커 분석: 진행성 비소세포 폐암 (NSCLC) 환자에서의 에를로티닙 ± MetMAb의 위약-제어 II상 연구
c-Met 및/또는 EGFR 신호전달과 관련된 탐색적 종양 바이오마커는 기록된 종양 조직 시편으로부터 FISH, qRT-PCR 또는 다양한 돌연변이 검출 기술에 의해 측정되었다. 혈장 HGF 수준은 ELISA에 의해 측정되었다. 결과 분석은 Met 임상 진단 상태와 관계없어 수행되었다.
결과: 평가가능한 종양 또는 혈장 시편을 갖는 환자의 기준 특성은 일반적으로 비슷하였다.
EGFR 및 KRAS 돌연변이: EGFR 및 KRAS 데이터는 n=112명 (93%) 환자로부터 수득되었며, n=87명 (72%) 환자로부터 MET 엑손 14 변이체 및 n=113명 (93%) 환자로부터의 MET N375S snp를 수득하였다. EGFR 돌연변이는 연구에서 6/7의 객관적 반응에 대해 예상되었고, 치료 아암 사이에서 비슷하였다. KRAS 돌연변이 (평가가능한 시편 중 23% (26/112)에서 검출됨)는 EGFR 돌연변이 (평가가능한 시편 중 12% (13/112)에서 검출됨)와 서로 배타적이었고, ITT 또는 Met 진단 양성/음성 집단에서 MetMAb를 사용한 결과에 유의하게 충돌하지는 않았다.
MET 변이체 데이터: MET 엑손 14 결실 돌연변이는 평가가능한 시편 중 1% (n=1)에서 확인되었다. MET N375S snp는 평가가능한 시편 중 11% (n=12)에서 확인되었다. 치료 아암 사이의 불균형 때문에, 결과 분석은 수행될 수 없었다.
MET FISH: FISH 데이터는 n=96명 (75%) 환자로부터 수득되었다. 5 카피 이상의 MET/세포, 그러나 더 낮은 역치 (예를 들어, 4 카피 이상 (HR=0.89, p=0.82))는 아닌 것으로 정의되는, MET FISH 양성인 EGFR-야생형 환자에서의 개선된 결과에 대해서는 의미없는 경향성이 존재한다. 전체적으로, FISH 양성 환자 중 74%는 또한 Met 진단 양성이었다. 실제 유전자 증폭은 환자 중 8%에서 검출되었다. 그러나, Met 진단 양성 및 MET FISH 음성인 EGFR-야생형 환자는 개선된 결과 (OS HR=0.45, p=0.07)에 대한 경향성을 나타내고, 이는 FISH를 이용한 met 유전자 중폭에 대한 평가가 MetMAb 요법으로부터 이익을 얻을 수 있는 대형 환자 하위군을 잠재적으로 상실하는 것으로 나타났다. MET 및 EGFR FISH 양성 환자에서의 OS에서는 어떠한 유의한 차이도 없었다.
qRT-PCR에 의한 MET 및 EGFR 경로 유전자 분석, 및 혈장 HGF 수준 분석: mRNA 데이터는 n=67명 환자 (49%)로부터 수득되었다 (도 20). Met IHC 임상 점수를 갖는 종양 MET mRNA 수준의 비통계적으로 유의한 연합이 관찰되었으나; MET mRNA 또는 다른 유전자의 발현은 mRNA 데이터를 갖는 환자의 하위세트에서 PFS 또는 OS 이익을 독립적으로 예상하지는 않았다 (표 16).
<표 16>
Figure pct00044
기준 혈장 HGF 데이터는 n=96명 환자 (70%)로부터 수득되었다. 치료 전에 수집된 혈장 중 낮은 HGF 단백질 수준을 갖는 환자에서의 개선된 결과에 대한 유의하지 않은 경향성이 입증되었다.
결론: 본원에 제시된 데이터는 MetMAb 치료로부터의 OS 이익의 가장 강력하고 민감하고 독립적인 예측자로서의 Met IHC를 지지한다. 이러한 바이오마커의 추가 조사는 소규모의 본 연구로 주어지는 것으로 보장된다.
상기 본 발명이 이해를 명확하게 하고자 하는 목적으로 예시 및 실시예로서 어느 정도 상세하게 기재되었지만, 상기 설명 및 실시예가 본 발명의 범위를 제한하는 것으로 여겨져서는 안된다.
SEQUENCE LISTING <110> GENENTECH, INC. <120> BIOMARKERS AND METHODS OF TREATMENT <130> P4492R1 WO <140> <141> <150> 61/503,489 <151> 2011-06-30 <150> 61/492,338 <151> 2011-06-01 <150> 61/487,527 <151> 2011-05-18 <150> 61/420,703 <151> 2010-12-07 <150> 61/390,995 <151> 2010-10-07 <150> 61/389,922 <151> 2010-10-05 <150> 61/378,911 <151> 2010-08-31 <160> 13 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide" <400> 1 Gly Tyr Thr Phe Thr Ser Tyr Trp Leu His 1 5 10 <210> 2 <211> 18 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide" <400> 2 Gly Met Ile Asp Pro Ser Asn Ser Asp Thr Arg Phe Asn Pro Asn Phe 1 5 10 15 Lys Asp <210> 3 <211> 12 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide" <400> 3 Ala Thr Tyr Arg Ser Tyr Val Thr Pro Leu Asp 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Tyr Val Thr Pro Leu Asp Tyr Trp Gly Gln Gly 100 105 110 Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe 115 120 125 Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu 130 135 140 Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp 145 150 155 160 Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu 165 170 175 Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser 180 185 190 Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro 195 200 205 Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys 210 215 220 Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro 225 230 235 240 Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser 245 250 255 Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp 260 265 270 Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn 275 280 285 Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val 290 295 300 Val Ser Val Leu Thr Val 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His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser 210 215 220 Pro Gly Lys 225

Claims (78)

  1. 환자의 암이 높은 양의 c-met 바이오마커를 갖는지를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 c-met 바이오마커 발현은 환자가 c-met 길항제로의 치료에 반응할 가능성이 있음을 나타내는 것인, c-met 길항제로의 치료에 반응할 가능성이 있는 암 환자를 확인하는 방법.
  2. 환자의 암이 높은 양의 c-met 바이오마커를 갖는지를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 c-met 바이오마커 발현은 환자가 c-met 길항제로 치료되는 경우에 상기 환자가 증가된 전체 생존 (OS) 및/또는 무진행 생존 (PFS)을 가질 가능성이 있음을 나타내는 것인, 암 환자 예후를 결정하는 방법.
  3. 환자의 암이 낮은 양의 c-met 바이오마커를 갖는지를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 c-met 바이오마커 발현은 환자가 c-met 길항제로의 치료에 반응할 가능성이 더 적음을 나타내는 것인, c-met 길항제로의 치료에 반응할 가능성이 더 적은 암 환자를 확인하는 방법.
  4. 제1항 또는 제2항에 있어서, c-met 바이오마커 단백질 발현이 면역조직화학 (IHC)을 이용하여 환자로부터의 샘플에서 결정되는 것인 방법.
  5. 제4항에 있어서, IHC 점수가 2 또는 3인 방법.
  6. 제4항에 있어서, 높은 c-met 바이오마커 발현이 중간 c-met 염색 강도, 복합적 중간/높은 c-met 염색 강도 또는 높은 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포인 방법.
  7. 제10항에 있어서, c-met 발현 염색 강도가 대조 세포 펠릿의 c-met 염색 강도와 비교하여 결정되는 것인 방법.
  8. 제7항에 있어서, 세포주 A549가 중간 c-met 염색 강도를 갖는 것인 방법.
  9. 제7항에 있어서, 세포주 H441이 강한 c-met 염색 강도를 갖는 것인 방법.
  10. 제1항 또는 제2항에 있어서, c-met 바이오마커 발현이 핵산 발현이고, rtPCR, RNN-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, 매스어레이(MassARRAY) 기술 또는 FISH를 이용하여 환자로부터의 샘플에서 결정되는 것인 방법.
  11. 제1항, 제2항 및 제4항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 환자가 높은 c-met 바이오마커를 갖지 않은 환자에 비해 더 큰 PFS 및/또는 OS를 갖는 것인 방법.
  12. 제3항에 있어서, c-met 바이오마커 발현이 단백질 발현이고, 면역조직화학 (IHC)을 이용하여 환자로부터의 샘플에서 결정되는 것인 방법.
  13. 제12항에 있어서, IHC 점수가 1 또는 0인 방법.
  14. 제13항에 있어서, IHC 점수가 0인 방법.
  15. 제12항에 있어서, 낮은 c-met 바이오마커 발현이 음성 c-met 염색, 약한 또는 복합적 약한 및 중간 c-met 염색 강도를 갖는 50% 미만의 종양 세포, 또는 약한 또는 복합적 약한 및 중간 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이지만 중간 또는 복합적 중간 및 강한 c-met 염색 강도를 갖는 50% 미만의 종양 세포인 방법.
  16. 제15항에 있어서, c-met 발현 염색 강도가 대조 세포 펠릿의 c-met 염색 강도와 비교하여 결정되는 것인 방법.
  17. 제16항에 있어서, 세포주 H1155가 음성 c-met 염색 강도를 갖는 것인 방법.
  18. 제16항에 있어서, 세포주 HEK-293이 낮은 c-met 염색 강도를 갖는 것인 방법.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 환자 샘플이 환자의 암인 방법.
  20. 제19항에 있어서, 샘플이 c-met 길항제로의 치료 전에 수득된 것인 방법.
  21. 제20항에 있어서, 샘플이 암 의약으로의 치료 전에 수득된 것인 방법.
  22. 제20항에 있어서, 샘플이 암이 전이된 후에 수득된 것인 방법.
  23. 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 샘플이 포르말린 고정 및 파라핀 포매된 것인 방법.
  24. 제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, c-met IHC가 항-c-met 항체 SP44를 이용하여 수행되는 것인 방법.
  25. 제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 비소세포 폐암, 신세포암, 췌장암, 위 암종, 방광암, 식도암, 중피종, 흑색종, 유방암, 갑상선암, 결장직장암, 두경부암, 골육종, 전립선암 또는 교모세포종인 방법.
  26. 제25항에 있어서, 암이 비소세포 폐암 (NSCLC)인 방법.
  27. 제26항에 있어서, NSCLC가 2차 또는 3차 국부 진행성 또는 전이성 비소세포 폐암인 방법.
  28. 제26항 또는 제27항에 있어서, NSCLC가 선암종인 방법.
  29. 제26항 또는 제27항에 있어서, NSCLC가 편평 세포 암종인 방법.
  30. 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, c-met 길항제가 길항제 항-c-met 항체인 방법.
  31. 제30항에 있어서, 항-c-met 항체가 (a) 서열
    Figure pct00045
    을 포함하는 HVR1; (b) 서열
    Figure pct00046
    을 포함하는 HVR2; (c) 서열
    Figure pct00047
    을 포함하는 HVR3-HC; (d) 서열
    Figure pct00048
    을 포함하는 HVR1-LC; (e) 서열
    Figure pct00049
    을 포함하는 HVR2-LC; 및 (f) 서열
    Figure pct00050
    을 포함하는 HVR3-LC를 포함하는 것인 방법.
  32. 제31항에 있어서, 항-c-met 항체가 1가이고, (a) 중쇄를 포함하며, 서열:
    Figure pct00051

    을 포함하는 제1 폴리펩티드; (b) 경쇄를 포함하며, 서열
    Figure pct00052

    을 포함하는 제2 폴리펩티드; 및 (c) Fc 서열을 포함하며, 서열
    Figure pct00053

    을 포함하는 제3 폴리펩티드를 포함하며, 여기서 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인은 복합체로서 존재하고, 단일 항원 결합 아암을 형성하고, 제1 및 제2 Fc 폴리펩티드는 복합체로서 존재하고, 상기 항원 결합 아암을 포함하는 Fab 분자와 비교하여 상기 항체 단편의 안정성을 증가시키는 Fc 영역을 형성하는 것인 방법.
  33. 제1항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, c-met 길항제가 크리조티닙, 티반티닙, 카보잔티닙, MGCD-265, 피클라투주맙, 인간화 TAK-701, 릴로투무맙, 포레티닙, h224G11, DN-30, MK-2461, E7050, MK-8033, PF-4217903, AMG208, JNJ-38877605, EMD1204831, INC-280, LY-2801653, SGX-126, RP1040, LY2801653, BAY-853474 및/또는 LA480 중 하나 이상인 방법.
  34. 제33항에 있어서, 치료가 EGFR 길항제로의 치료와 조합되는 것인 방법.
  35. 제34항에 있어서, EGFR 길항제가 에를로티닙인 방법.
  36. 제1항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, c-met 길항제가 오나르투주맙이고, 치료가 에를로티닙으로의 치료를 추가로 포함하는 것인 방법.
  37. 제33항에 있어서, c-met 길항제가 크리조티닙, 티반티닙, 카보잔티닙, MGCD-265, 피클라투주맙, 인간화 TAK-701 또는 포레티닙이고, 치료가 에를로티닙으로의 치료를 추가로 포함하는 것인 방법.
  38. 환자의 암이 높은 수준의 c-met 바이오마커를 갖는지를 결정하는 단계를 포함하며, 여기서 c-met 바이오마커 발현은 단백질 발현이고, IHC를 이용하여 환자로부터의 샘플에서 결정되고, 높은 c-met 바이오마커 발현은 중간 c-met 염색 강도, 복합적 중간/높은 c-met 염색 강도 또는 높은 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이고, c-met 발현은 c-met 항체를 사용하여 검출되고, c-met 바이오마커 발현은 환자가 c-met 길항제로 치료되는 경우에 상기 환자가 증가된 OS 및/또는 PFS를 가질 가능성이 있음을 나타내는 것인, c-met 바이오마커 발현을 결정하는 방법.
  39. 환자의 암이 높은 양의 c-met 바이오마커를 갖는 것으로 밝혀진 경우에 암 환자에게 치료 유효량의 c-met 길항제를 투여하는 것을 포함하는, 상기 암 환자를 치료하는 방법.
  40. 제39항에 있어서, c-met 길항제가 항-c-met 항체인 방법.
  41. 제39항에 있어서, 항-c-met 항체가 오나르투주맙인 방법.
  42. 제39항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, c-met 바이오마커 단백질 발현이 면역조직화학 (IHC)를 이용하여 환자로부터의 샘플에서 결정되는 것인 방법.
  43. 제42항에 있어서, IHC 점수가 2 이상인 방법.
  44. 제42항에 있어서, 높은 c-met 바이오마커 발현이 중간 c-met 염색 강도, 복합적 중간/높은 c-met 염색 강도 또는 높은 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포인 방법.
  45. 제44항에 있어서, c-met 발현 염색 강도가 대조 세포 펠릿의 c-met 염색 강도와 비교하여 결정되는 것인 방법.
  46. 제45항에 있어서, 세포주 A549가 중간 c-met 염색 강도를 갖는 것인 방법.
  47. 제45항에 있어서, 세포주 H441이 강한 c-met 염색 강도를 갖는 것인 방법.
  48. 제42항에 있어서, c-met 바이오마커 발현이 핵산 발현이고, rtPCR, RNN-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, 매스어레이 기술 또는 FISH를 이용하여 환자로부터의 샘플에서 결정되는 것인 방법.
  49. 제39항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, 환자가 높은 c-met 바이오마커를 갖지 않은 환자에 비해 더 큰 PFS 및/또는 OS를 갖는 것인 방법.
  50. 환자의 암이 낮은 양의 c-met 바이오마커를 갖는 것으로 밝혀진 경우에 암 환자에게 c-met 길항제 이외의 치료 유효량의 의약을 투여하는 것을 포함하는, 상기 암 환자를 치료하는 방법.
  51. 제50항에 있어서, c-met 바이오마커 단백질 발현이 면역조직화학 (IHC)를 이용하여 환자로부터의 샘플에서 결정되는 것인 방법.
  52. 제51항에 있어서, IHC 점수가 1 이하인 방법.
  53. 제51항에 있어서, 낮은 c-met 바이오마커 발현이 음성 c-met 염색, 약한 또는 복합적 약한 및 중간 c-met 염색 강도를 갖는 50% 미만의 종양 세포, 또는 약한 또는 복합적 약한 및 중간 c-met 염색 강도를 갖는 50% 이상의 종양 세포이지만 중간 또는 복합적 중간 및 강한 c-met 염색 강도를 갖는 50% 미만의 종양 세포의 존재에 의해 검출되는 것인 방법.
  54. 제53항에 있어서, c-met 발현 염색 강도가 대조 세포 펠릿의 c-met 염색 강도와 비교하여 결정되는 것인 방법.
  55. 제54항에 있어서, 세포주 H1155가 음성 c-met 염색을 갖는 것인 방법.
  56. 제54항에 있어서, 세포주 293이 낮은 c-met 염색 강도를 갖는 것인 방법.
  57. 제50항 내지 제56항 중 어느 한 항에 있어서, 암이 비소세포 폐암, 신세포암, 췌장암, 위 암종, 방광암, 식도암, 중피종, 흑색종, 유방암, 갑상선암, 결장직장암, 두경부암, 골육종, 전립선암 또는 교모세포종인 방법.
  58. 제57항에 있어서, 암이 비소세포 폐암 (NSCLC)인 방법.
  59. 제58항에 있어서, NSCLC가 2차 또는 3차 국부 진행성 또는 전이성 비소세포 폐암인 방법.
  60. 제58항 또는 제59항에 있어서, NSCLC가 선암종인 방법.
  61. 제58항 또는 제59항에 있어서, NSCLC가 편평 세포 암종인 방법.
  62. 제2항에 있어서, 환자가 NSCLC를 앓고, 항-c-met 항체 및 EGFR 길항제의 조합으로 치료되는 것인 방법.
  63. 제62항에 있어서, EGFR 길항제가 에를로티닙인 방법.
  64. 제6항에 있어서, 환자가 NSCLC를 앓고, (a) 3주마다 약 15 mg/kg 용량의 오나르투주맙; 및 (b) 3주 주기의 각 해당일에 150 mg 용량의 에를로티닙 (N-(3-에티닐페닐)-6,7-비스(2-메톡시에톡시)-4-퀴나졸린아민)으로 치료되는 것인 방법.
  65. 환자의 암에서 c-met 바이오마커의 발현을 결정하고, 바이오마커의 발현 수준을 기준으로 하여 암 의약을 선택하는 것을 포함하는, 암 환자를 위한 요법을 선택하는 방법.
  66. 제65항에 있어서, 암 샘플이 바이오마커를 높은 수준으로 발현하는 경우에 환자가 c-met 길항제로의 치료를 위해 선택되는 것인 방법.
  67. 제65항에 있어서, 암 샘플이 바이오마커를 낮은 수준 또는 실질적으로 검출가능하지 않은 수준으로 발현하는 경우에 환자가 c-met 길항제 이외의 암 의약으로의 치료를 위해 선택되는 것인 방법.
  68. 표적 청중에게 c-met 바이오마커의 발현을 기준으로 하여 암 환자를 치료하기 위한 c-met 항체의 사용을 프로모션하는 것을 포함하는, c-met 항체를 광고하는 방법.
  69. 제68항에 있어서, 프로모션이 항-c-met 항체의 시판 제제를 동봉한 포장 삽입물에 의한 것인 방법.
  70. 제68항에 있어서, 프로모션이 제2 의약의 시판 제제를 동봉한 포장 삽입물에 의한 것인 방법.
  71. 제70항에 있어서, 제2 의약이 EGFR 길항제인 방법.
  72. 제71항에 있어서, 항-c-met 항체가 MetMAb이고, EGFR 길항제가 에를로티닙인 방법.
  73. 제68항에 있어서, 암 샘플이 바이오마커를 높은 수준으로 발현하는 경우에 환자가 c-met 길항제로의 치료를 위해 선택되는 것인 방법.
  74. 제68항에 있어서, 프로모션이 EGFR 길항제와 조합된 항-c-met 항체로의 요법을 받는 것에 대한 지침서를 제공하는 포장 삽입물에 의한 것인 방법.
  75. 제74항에 있어서, 프로모션이 제2 의약과 함께 또는 없이 항-c-met 항체로의 환자의 치료로 이어지는 것인 방법.
  76. NSCLC 환자로부터의 샘플에서 c-met 바이오마커의 발현을 결정하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하며, 여기서 상기 환자가 c-met 길항제로 치료된 경우에 높은 양의 c-met 바이오마커의 검출은 증가된 PFS 또는 OS를 의미하고, 상기 환자가 c-met 길항제로 치료된 경우에 낮은 또는 실질적으로 검출가능하지 않은 양의 c-met 바이오마커의 검출은 감소된 PFS를 의미하는 것인 진단 키트.
  77. 제76항에 있어서, 높은 양의 c-met 바이오마커가 결정된 경우에 NSCLC 환자를 치료하기 위한 c-met 의약을 선택하기 위해 키트를 사용하는 것에 대한 지침서를 추가로 포함하는 진단 키트.
  78. 암 의약을 포함하는 제약 조성물, 및 상기 제약 조성물이 c-met 바이오마커의 발현을 기준으로 하여 암 환자를 치료하기 위한 것임을 나타내는 포장 삽입물을 포장 내에 조합하는 것을 포함하는, 제76항의 진단 키트의 제조 방법.
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