JP2022518399A - Ｐｄ－１軸結合アンタゴニスト及びｒｎａワクチンを用いてがんを処置する方法 - Google Patents

Ｐｄ－１軸結合アンタゴニスト及びｒｎａワクチンを用いてがんを処置する方法 Download PDF

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Abstract

本開示は、個体においてがんを処置するための方法、使用及びキットを提供する。該方法は、個体にＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（抗ＰＤ－１抗体又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体等）及びＲＮＡワクチン（例えば、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１種以上のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む個別化がんワクチン）を投与することを含む。ＲＮＡ分子（例えば、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１種以上のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む個別化ＲＮＡがんワクチン）と並んで、ＲＮＡワクチンの製造又は使用に有用なＤＮＡ分子及び方法を、本明細書において更に提供する。【選択図】図１

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１９年１月１４日に出願された米国仮出願第６２／７９２，３８７号、２０１９年１月２２日に出願された第６２／７９５，４７６号、及び２０１９年８月１５日に出願された第６２／８８７，４１０号の利益を主張するものであり、それぞれの内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
ＡＳＣＩＩテキストファイルによる配列表の提出
ＡＳＣＩＩテキストファイルでの以下の提出内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる：コンピュータ可読形態（ＣＲＦ）の配列表（ファイル名：１４６３９２０４６９４０ＳＥＱＬＩＳＴ．ｔｘｔ、記録日：２０２０年１月１３日、サイズ：４１ＫＢ）。
本開示は、ＲＮＡワクチンと組み合わせてＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－１抗体又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体）を投与することによるがんの処置に関連する方法、使用及びキットに関する。ＲＮＡ分子（例えば、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１種以上のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む個別化ＲＮＡがんワクチン）、並びにＲＮＡワクチンの製造又は使用に有用なＤＮＡ分子及び方法を、本明細書中に更に提供する。
メラノーマは、メラノサイトに由来する命に関わる危険性がある形態の皮膚がんである。２０１２年には、世界中でメラノーマにより約２３２，０００例の新規症例及び５５，０００例の死亡があり、欧州では１００，０００例を超える新規症例及び２２，０００例の死亡があった（Ｆｅｒｌａｙ Ｊ，Ｓｔｅｌｉａｒｏｖａ－Ｆｏｕｃｈｅｒ Ｅ，Ｌｏｒｔｅｔ－Ｔｉｅｕｌｅｎｔ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｅｕｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ ２０１３；４９：１３７４－４０３）。２０１８年に米国では、推定９１，２７０人のメラノーマの新規診断が予測され、およそ９，３２０人の患者がこの疾患で死亡すると予想されている（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｓｏｃｉｅｔｙ ２０１８）。更に、推定値は、メラノーマの発生率が１０～２０年毎に倍増することを示唆している（Ｇａｒｂｅ Ｃ，Ｌｅｉｔｅｒ Ｕ．Ｃｌｉｎ Ｄｅｒｍａｔｏｌ ２００９；２７：３－９）。
メラノーマ患者の臨床転帰は、発現時の病期に大きく依存する。最近まで、転移性メラノーマの処置選択肢は限られていた。ダカルバジン（Ｄａｃａｒｂａｚｉｎｅ）は、標準的な第一選択処置であると考えられた、転帰は不良であり、奏効率は５％～１２％、無増悪生存期間（ＰＦＳ）の中央値は２ヶ月未満、全生存期間（ＯＳ）の中央値は６．４ヶ月～９．１ヶ月であった（Ｍｉｄｄｌｅｔｏｎ ＭＲ，Ｇｒｏｂ ＪＪ，Ａａｒｏｎｓｏｎ Ｎ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２０００；１８：１５８－６６；Ｂｅｄｉｋｉａｎ ＡＹ，Ｍｉｌｌｗａｒｄ Ｍ，Ｐｅｈａｍｂｅｒｇｅｒ Ｈ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２００６；２４：４７３８－４５；Ｃｈａｐｍａｎ ＰＢ，Ｈａｕｓｃｈｉｌｄ Ａ，Ｒｏｂｅｒｔ Ｃ，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２０１１；３６４：２５０７－１６；Ｒｏｂｅｒｔ Ｃ，Ｔｈｏｍａｓ Ｌ，Ｂｏｎｄａｒｅｎｋｏ Ｉ，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２０１１；３６４：２５１７－２６）。併用化学療法及びインターフェロン－α（ＩＦＮ）－α又はインターロイキン－２（ＩＬ－２）と組み合わせた化学療法は、改善された奏効率を示すが、改善されたＯＳをもたらさなかった（Ｃｈａｐｍａｎ ＰＢ，Ｅｉｎｈｏｒｎ ＬＨ，Ｍｅｙｅｒｓ ＭＬ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ １９９９；１７：２７４５－５１；Ｉｖｅｓ ＮＪ，Ｓｔｏｗｅ ＲＬ，Ｌｏｒｉｇａｎ Ｐ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２００７；２５：５４２６－３４）。
共阻害受容体又はＴ細胞活性化を抑制する「免疫チェックポイント」を標的とする免疫療法剤は、進行したメラノーマ患者の転帰を改善した。これらの進歩にもかかわらず、多くの患者は現在の治療法に反応しないか、又はそれらの疾患のため脂肪し、より効果的な処置選択肢に対する未だ満たされていない医学的必要性を強調している。
現在利用可能な免疫療法に関する臨床データ及び非臨床データは、単剤免疫療法が患者の大部分において完全で永続的な抗腫瘍応答を誘導する可能性は低いことを示唆している。悪性細胞による宿主免疫抑制は、複数の経路によって媒介されるため、２種以上の標的化がん免疫療法（ＣＩＴ）剤を採用する併用療法レジメンが、宿主免疫系の抗腫瘍能に完全に関与するために必要とされ得る。
治療用ワクチンは、有望ではあるが、歴史的に期待外れとなっている。潜在的な理由の１つは、がん特異的Ｔ細胞ががん細胞への慢性曝露中に機能的に疲弊することである。
特許出願、特許公報、及びＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号を含む、本明細書において引用される全ての参考文献は、個々の参考文献がそれぞれ参照により組み込まれるように具体的かつ個別に示されているかのように、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
がんを処置するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ１抗体又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体）及びＲＮＡワクチンを含む方法、キット及び使用が本明細書で提供される。
いくつかの態様では、個体においてがんを処置する方法であって、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンが、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１種以上のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む方法が本明細書で提供される。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－１結合アンタゴニストである。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－１抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体はニボルマブ又はペンブロリズマブである。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、個体に約２００ｍｇの用量で投与する。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストである。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体はアベルマブ又はデュルバルマブである。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、以下：（ａ）ＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨのアミノ酸配列（配列番号１）を含むＨＶＲ－Ｈ１、ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧのアミノ酸配列（配列番号２）を含むＨＶＲ－２、及びアミノ酸ＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号３）を含むＨＶＲ－３を含む重鎖可変領域（ＶＨ）と、（ｂ）ＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡのアミノ酸配列（配列番号４）を含むＨＶＲ－Ｌ１、ＳＡＳＦＬＹＳのアミノ酸配列（配列番号５）を含むＨＶＲ－Ｌ２、及びＱＱＹＬＹＨＰＡＴのアミノ酸配列（配列番号６）を含むＨＶＲ－Ｌ３を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）と、を含む。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、配列番号７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）と、配列番号８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）と、を含む。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、アテゾリズマブである。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体を、個体に約１２００ｍｇの用量で投与する。
上記の実施形態のいずれかのいくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、２１日又は３週間の間隔で個体に投与する。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異から生じる１０～２０個のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンはリポプレックスナノ粒子又はリポソームに製剤化される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンを、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、又は約１００μｇの用量で個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンを、２１日又は３週間の間隔で個体に投与する。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、８回の２１日間サイクルで個体に投与し、ＲＮＡワクチンは、サイクル２の１、８及び１５日目並びにサイクル３～７の１日目に個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、サイクル１～８の１日目に個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、サイクル８の後に個体に更に投与する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、１７回の追加の２１日間のサイクルで個体に更に投与し、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、サイクル１３～２９の１日目に個体に投与し、ＲＮＡワクチンを、サイクル１３、２１、及び２９の１日目に個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、８回の２１日間サイクルで個体に投与し、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストはペンブロリズマブであり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、サイクル１～８の１日目に約２００ｍｇの用量で個体に投与し、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１、８、及び１５日目、並びにサイクル３～７の１日目に約２５μｇの用量で個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１日目に約２５μｇ、サイクル２の８日目に約２５μｇ、サイクル２の１５日目に約２５μｇ、及びサイクル３～７のそれぞれの１日目に約２５μｇの用量で個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、静脈内投与する。いくつかの実施形態では、個体は、ヒトである。
いくつかの実施形態では、がんは、非小細胞肺がん、膀胱がん、結腸直腸がん、トリプルネガティブ乳がん、腎がん、及び頭頸部がんからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、がんは、メラノーマである。いくつかの実施形態では、メラノーマは、皮膚メラノーマ又は粘膜メラノーマである。いくつかの実施形態では、メラノーマは、眼メラノーマ又は肢端メラノーマではない。いくつかの実施形態では、メラノーマは、転移性（例えば、ステージＩＶ（再発性又はｄｅ ｎｏｖｏステージＩＶ等））又は切除不能な局所進行型（例えば、ステージＩＩＩＣ又はステージＩＩＩＤ）のメラノーマである。いくつかの実施形態では、メラノーマは、局所進行性メラノーマである。いくつかの実施形態では、上記方法は、改善された無増悪生存期間（ＰＦＳ）をもたらす。いくつかの実施形態では、方法は、客観的奏効率（ＯＲＲ）の増加をもたらす。
いくつかの態様では、上記実施形態のいずれか１つの方法に従ってがんを有する個体を処置するためのＲＮＡワクチンと組み合わせて使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含むキット又は製造品が本明細書で提供される。
いくつかの態様では、がんを有するヒト個体を処置する方法で使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストが本明細書で提供され、該方法は、ＲＮＡワクチンと組み合わせて有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンは、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１種以上のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む。いくつかの態様では、がんを有するヒト個体を処置する方法で使用するためのＲＮＡワクチンが本明細書で提供され、該方法は、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストと組み合わせて有効量のＲＮＡワクチンを個体に投与することを含み、ＲＮＡワクチンは、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１種以上のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの態様では、５’→３’方向に、以下を含むＲＮＡ分子が本明細書で提供される：（１）５’キャップ；（２）５’非翻訳領域（ＵＴＲ）；（３）分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列；（４）主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列；（５）３’ＵＴＲであって、（ａ）Ｓｐｌｉｔ（ＡＥＳ）ｍＲＮＡのアミノ末端エンハンサーの３’非翻訳領域又はその断片；及び（ｂ）ミトコンドリアにコードされた１２Ｓ ＲＮＡの非コードＲＮＡ又はその断片を含む３’ＵＴＲ；並びに（６）ポリ（Ａ）配列。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、少なくとも１種のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を更に含み、少なくとも１種のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列が、５’→３’方向に、分泌シグナルペプチド（例えば、上記の（３））をコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部（例えば、上記の（４））をコードするポリヌクレオチド配列との間にある。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個又は２０個の異なるネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、５’→３’方向に、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列、及びネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を更に含み、アミノ酸リンカー及びネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列は、第１のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成し、第１のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成するポリヌクレオチド配列は、５’→３’方向に、分泌シグナルペプチド（例えば、上記の（３））をコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部（例えば、上記の（４））をコードするポリヌクレオチド配列との間にある。いくつかの実施形態では、アミノ酸リンカーは、配列ＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧ（配列番号３９）を含む。いくつかの実施形態では、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列は、配列ＧＧＣＧＧＣＵＣＵＧＧＡＧＧＡＧＧＣＧＧＣＵＣＣＧＧＡＧＧＣ（配列番号３７）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、５’→３’方向に、少なくとも第２のリンカー－エピトープモジュールを更に含み、少なくとも第２のリンカー－エピトープモジュールは、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列と、ネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列とを含み、第２のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成するポリヌクレオチド配列は、５’→３’方向に、第１のリンカー－ネオエピトープモジュールのネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部（例えば、上記の（４））をコードするポリヌクレオチド配列との間にあり、第１のリンカー－エピトープモジュールのネオエピトープは、第２のリンカー－エピトープモジュールのネオエピトープとは異なる。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、又は２０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、各リンカー－エピトープモジュールは異なるネオエピトープをコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個又は２０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、ＲＮＡ分子は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個又は２０個の異なるネオエピトープをコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、アミノ酸リンカーをコードする第２のポリヌクレオチド配列を更に含み、アミノ酸リンカーをコードする第２のポリヌクレオチド配列は、３’方向において最も遠位にあるネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列との間（例えば、上記の（４））にある。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、図４に示す配列を含む。いくつかの実施形態では、図４のＮは、１種以上のネオエピトープをコードする（例えば，、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、又は２０個の異なるネオエピトープをコードする）ポリヌクレオチド配列を表す。いくつかの実施形態では、図４のＮは、１種以上の（例えば、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、又は２０個の異なる）リンカー－ネオエピトープモジュール（複数可）を表し、各モジュールは、５’→３’方向に１種以上のアミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列及びネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子の５’キャップ（例えば、上記の（１））は、以下の構造のＤ１ジアステレオ異性体を含む：
Figure 2022518399000002
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子の５’ＵＴＲ（例えば、上記の（２））は、配列ＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２３）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子の５’ＵＴＲ（例えば、上記の（２））は、配列ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２１）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子によってコードされる分泌シグナルペプチド（例えば、上記の（３）において、）は、アミノ酸配列ＭＲＶＭＡＰＲＴＬＩＬＬＬＳＧＡＬＡＬＴＥＴＷＡＧＳ（配列番号２７）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子の分泌シグナルペプチド（例えば、上記の（３））をコードするポリヌクレオチド配列は、配列ＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号２５）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子によってコードされるＭＨＣ分子（例えば、上記の（４））の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部は、アミノ酸配列ＩＶＧＩＶＡＧＬＡＶＬＡＶＶＶＩＧＡＶＶＡＴＶＭＣＲＲＫＳＳＧＧＫＧＧＳＹＳＱＡＡＳＳＤＳＡＱＧＳＤＶＳＬＴＡ（配列番号３０）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子のＭＨＣ分子（例えば、上記の（４））の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列は、配列ＡＵＣＧＵＧＧＧＡＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧＡＣＡＧＣＣ（配列番号２８）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子のＡＥＳ ｍＲＮＡ（例えば、上記の（５ａ））の３’非翻訳領域は、配列ＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣ（配列番号３３）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子のミトコンドリアにコードされる１２Ｓ ＲＮＡ（例えば、上記の（５ｂ））の非コードＲＮＡは、配列ＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ（配列番号３５）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子の３’ＵＴＲ（例えば、上記の（５））は、配列ＣＵＣＧＡＧＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣＣＧＣＧＵＣＧＣＵ（配列番号３１）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子のポリ（Ａ）配列（例えば、上記の（６））は１２０個のアデニンヌクレオチドを含む。
いくつかの態様では、本明細書に提供されるのは、５’→３’方向に、ポリヌクレオチド配列ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号１９）、及びポリヌクレオチド配列ＡＵＣＧＵＧＧＧＡＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧＡＣＡＧＣＣＵＡＧＵＡＡＣＵＣＧＡＧＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣＣＧＣＧＵＣＧＣＵ（配列番号２０）を含む。
いくつかの態様では、５’→３’方向に、以下のポリヌクレオチド配列を含むＲＮＡ分子が本明細書で提供される：
ＧＧＧＧＣＧＡＡＣＵ ＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣ ＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣ ＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧ ＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣ
ＡＣＣＡＵＧＡＧＡＧ ＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣ ＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧ ＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣ ＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣ
ＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧ ＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵ ＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧ ＣＮＡＵＣＧＵＧＧＧＡ ＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧ
ＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵ ＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧ ＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧ ＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵ ＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧ
ＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣ ＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧ ＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧ ＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵ ＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣ
ＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵ ＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣ ＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡ ＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧ ＡＣＡＧＣＣＵＡＧＵ
ＡＡＣＵＣＧＡＧＣＵ ＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵ ＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧ ＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣ ＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣ
ＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣ ＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣ ＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧ ＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡ ＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣ
ＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣ ＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡ ＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧ ＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣ ＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡ
ＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧ ＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡ ＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵ ＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣ ＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡ
ＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵ ＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧ ＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡ ＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵ ＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵ
ＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧ ＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵ ＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣ ＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡ ＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧ
ＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣ ＣＧＣＧＵＣＧＣＵＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ
ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡ（配列番号４２）
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、少なくとも１種のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を更に含み、少なくとも１種のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号１９の配列と配列番号２０の配列との間にあるか、又は配列番号４２において「Ｎ」と記された位置にある。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個又は２０個の異なるネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、５’→３’方向（例えば、配列番号１９の配列と配列番号２０の配列との間、又は配列番号４２の「Ｎ」と記された位置）に、（ａ）少なくとも第１のリンカー－ネオエピトープモジュールであって、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列及びネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を含む、少なくとも第１のリンカー－ネオエピトープモジュールと、（ｂ）アミノ酸リンカーをコードする第２のポリヌクレオチド配列と、を更に含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、又は２０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、各リンカー－エピトープモジュールは異なるネオエピトープをコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個又は２０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、ＲＮＡ分子は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個又は２０個の異なるネオエピトープをコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は５’キャップを更に含み、５’キャップは配列ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号１９）に対して５’に位置する。いくつかの実施形態では、５’キャップは２つのグアニンヌクレオチドの間に位置する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、５’キャップを更に含み、５’キャップは、配列番号４２（例えば、図４に示す）の最初の２つのＧ塩基の間に位置する。いくつかの実施形態では、５’キャップは、以下の構造のＤ１ジアステレオ異性体を含む：
Figure 2022518399000003
いくつかの態様では、上記の実施形態のいずれか１種のＲＮＡ分子（例えば、本明細書に記載されるか、又は配列表若しくは図に記載されるＲＮＡ分子のいずれかを含む）及び１種以上の脂質を含むリポソームが本明細書で提供され、１種以上の脂質は、ＲＮＡ分子をカプセル化する多層構造を形成する。いくつかの実施形態では、１種以上の脂質は、少なくとも１種のカチオン性脂質及び少なくとも１種のヘルパー脂質を含む。いくつかの実施形態では、１種以上の脂質は、（Ｒ）－Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチル－２，３－ジオレイルオキシ－１－プロパンアミニウムクロリド（ＤＯＴＭＡ）及び１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）を含む。いくつかの実施形態では、生理学的ｐＨでは、リポソームの正電荷対負電荷の全電荷比は１．３：２（０．６５）である。いくつかの実施形態では、生理学的ｐＨでは、リポソームの正電荷対負電荷の全電荷比は１．０：２．０以上である。いくつかの実施形態では、生理学的ｐＨでは、リポソームの正電荷対負電荷の全電荷比は１．９：２．０以下である。いくつかの実施形態では、生理学的ｐＨでは、リポソームの正電荷対負電荷の全電荷比は、１．０：２．０以上１．９：２．０以下である。
いくつかの態様では、個体においてがんを処置するか又はその進行を遅延させる方法であって、有効量の上記の実施形態のいずれか１種のＲＮＡ分子（例えば、本明細書に記載されるか、又は配列表若しくは図に記載されるＲＮＡ分子のいずれかを含む）又は上記の実施形態のいずれか１種のリポソームを個体に投与することを含む方法が本明細書中に提供される。個体におけるがんを処置するか又はその進行を遅延させる方法において使用するための上記の実施形態のいずれか１種のＲＮＡ分子又は上記の実施形態のいずれか１種のリポソームも本明細書において提供され、該方法は、有効量のＲＮＡ分子又はリポソームを個体に投与することを含む。個体においてがんを処置するため又はがんの進行を遅延させるための医薬の製造において使用するための上記実施形態のいずれか１種のＲＮＡ分子（例えば、本明細書に記載されるか、又は配列表若しくは図に記載されるＲＮＡ分子のいずれかを含む）又は上記実施形態のいずれか１種のリポソームも本明細書において提供される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１種以上のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、上記方法は、個体にＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤＬ１抗体）を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、がんは、メラノーマ、非小細胞肺がん、膀胱がん、結腸直腸がん、トリプルネガティブ乳がん、腎がん、及び頭頸部がんからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子又はリポソームを、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ又は約１００μｇの用量で投与する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子又はリポソームを、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ又は約１００μｇの用量で投与し、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤＬ１抗体）は、約２００又は約１２００ｍｇの用量で投与する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡ分子又はリポソームを、８回の２１日間サイクルで個体に投与し、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストはペンブロリズマブであり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、サイクル１～８の１日目に約２００ｍｇの用量で個体に投与し、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１、８、及び１５日目、並びにサイクル３～７の１日目に約２５μｇの用量で個体に投与する。
いくつかの態様では、本明細書に記載のＲＮＡ分子のいずれかをコードするＤＮＡ分子が本明細書において提供される。いくつかの態様では、５’→３’方向に、以下を含むＤＮＡ分子が本明細書で提供される：（１）５’非翻訳領域（ＵＴＲ）をコードするポリヌクレオチド配列；（２）分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列；（３）主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列；（４）３’ＵＴＲをコードするポリヌクレオチド配列であって、（ａ）Ｓｐｌｉｔ（ＡＥＳ）ｍＲＮＡのアミノ末端エンハンサー又はその断片の３’非翻訳領域；及び（ｂ）ミトコンドリアにコードされた１２Ｓ ＲＮＡ又はその断片の非コードＲＮＡを含む３’ＵＴＲ；並びに（５）ポリ（Ａ）配列をコードするポリヌクレオチド。
いくつかの実施形態では、ＤＮＡ分子は、少なくとも１種のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を更に含み、少なくとも１種のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列は、５’→３’方向に、分泌シグナルペプチド（例えば、上記の（２））をコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部（例えば、上記の（３））をコードするポリヌクレオチド配列との間にある。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ分子は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個又は２０個の異なるネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ分子は、５’→３’方向に、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列、及びネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を更に含み、アミノ酸リンカー及びネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列は、第１のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成し、第１のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成するポリヌクレオチド配列は、５’→３’方向に、分泌シグナルペプチド（例えば、上記の（２））をコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部（例えば、上記の（３））をコードするポリヌクレオチド配列との間にある。いくつかの実施形態では、アミノ酸リンカーは、配列ＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧ（配列番号３９）を含む。いくつかの実施形態では、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列は、配列ＧＧＣＧＧＣＴＣＴＧＧＡＧＧＡＧＧＣＧＧＣＴＣＣＧＧＡＧＧＣ（配列番号３８）を含む。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ分子は、５’→３’方向に、少なくとも第２のリンカー－エピトープモジュールを更に含み、少なくとも第２のリンカー－エピトープモジュールは、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列と、ネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列とを含み、第２のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成するポリヌクレオチド配列は、５’→３’方向に、第１のリンカー－ネオエピトープモジュールのネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部（例えば、上記の（３））をコードするポリヌクレオチド配列との間にあり、第１のリンカー－エピトープモジュールのネオエピトープは、第２のリンカー－エピトープモジュールのネオエピトープとは異なる。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ分子は、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、又は２０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、各リンカー－エピトープモジュールは異なるネオエピトープをコードする。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ分子は、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個又は２０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、ＤＮＡ分子は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個又は２０個の異なるネオエピトープをコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ分子は、アミノ酸リンカーをコードする第２のポリヌクレオチド配列を更に含み、アミノ酸リンカーをコードする第２のポリヌクレオチド配列は、３’方向において最も遠位にあるネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列との間（例えば、上記の（３））にある。いくつかの実施形態では、５’ＵＴＲをコードするポリヌクレオチド（例えば、上記の（１））は、配列ＴＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＴＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２４）を含む。いくつかの実施形態では、５’ＵＴＲをコードするポリヌクレオチド（例えば、上記の（１））は、配列ＧＧＣＧＡＡＣＴＡＧＴＡＴＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＴＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２２）を含む。いくつかの実施形態では、分泌シグナルペプチド（例えば、上記の（２）によって符号化される）は、アミノ酸配列ＭＲＶＭＡＰＲＴＬＩＬＬＬＳＧＡＬＡＬＴＥＴＷＡＧＳ（配列番号２７）を含む。いくつかの実施形態では、分泌シグナルペプチド（例えば、上記の（２））をコードするポリヌクレオチド配列は、配列ＡＴＧＡＧＡＧＴＧＡＴＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＴＧＡＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧＴＣＴＧＧＣＧＣＣＣＴＧＧＣＣＣＴＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＴＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号２６）を含む。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部（例えば、上記の（３）によってコードされる）は、アミノ酸配列ＩＶＧＩＶＡＧＬＡＶＬＡＶＶＶＩＧＡＶＶＡＴＶＭＣＲＲＫＳＳＧＧＫＧＧＳＹＳＱＡＡＳＳＤＳＡＱＧＳＤＶＳＬＴＡ（配列番号３０）を含む。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部（例えば、上記の（３））をコードするポリヌクレオチド配列は、配列ＡＴＣＧＴＧＧＧＡＡＴＴＧＴＧＧＣＡＧＧＡＣＴＧＧＣＡＧＴＧＣＴＧＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＴＧＡＴＣＧＧＡＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＣＴＡＣＣＧＴＧＡＴＧＴＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＴＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＴＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＴＣＴＧＡＴＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＴＧＴＣＡＣＴＧＡＣＡＧＣＣ（配列番号２９）を含む。いくつかの実施形態では、ＡＥＳ ｍＲＮＡの３’非翻訳領域をコードするポリヌクレオチド配列（例えば、上記の（４ａ））は、配列ＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣ（配列番号３４）を含む。いくつかの実施形態では、ミトコンドリアにコードされる１２Ｓ ＲＮＡ（例えば、上記の（４ｂ））の非コードＲＮＡをコードするポリヌクレオチドは、配列ＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ（配列番号３６）を含む。いくつかの実施形態では、３’ＵＴＲをコードするポリヌクレオチド（例えば、上記の（４））は、配列ＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＴＧＧＴＣＣＡＧＡＧＴＣＧＣＴＡＧＣＣＧＣＧＴＣＧＣＴ（配列番号３２）を含む。いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）配列（例えば、上記の（５））は１２０個のアデニンヌクレオチドを含む。
いくつかの態様では、本明細書に提供されるのは、５’→３’方向に、ポリヌクレオチド配列ＧＧＣＧＡＡＣＴＡＧＴＡＴＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＴＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣＡＴＧＡＧＡＧＴＧＡＴＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＴＧＡＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧＴＣＴＧＧＣＧＣＣＣＴＧＧＣＣＣＴＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＴＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号４０）、及びポリヌクレオチド配列ＡＴＣＧＴＧＧＧＡＡＴＴＧＴＧＧＣＡＧＧＡＣＴＧＧＣＡＧＴＧＣＴＧＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＴＧＡＴＣＧＧＡＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＣＴＡＣＣＧＴＧＡＴＧＴＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＴＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＴＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＴＣＴＧＡＴＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＴＧＴＣＡＣＴＧＡＣＡＧＣＣＴＡＧＴＡＡＣＴＣＧＡＧＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＴＧＧＴＣＣＡＧＡＧＴＣＧＣＴＡＧＣＣＧＣＧＴＣＧＣＴ（配列番号４１）を含む。
いくつかの実施形態では、ＤＮＡ分子は、少なくとも１種のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を更に含み、少なくとも１種のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号４０の配列と配列番号４１の配列との間にある。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ分子は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個又は２０個の異なるネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ分子は、配列番号４０の配列と配列番号４１の配列との間の５’→３’方向に、（ａ）少なくとも第１のリンカー－ネオエピトープモジュールであって、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列及びネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を含む、少なくとも第１のリンカー－ネオエピトープモジュールと、（ｂ）アミノ酸リンカーをコードする第２のポリヌクレオチド配列と、を更に含む。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ分子は、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、又は２０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、各リンカー－エピトープモジュールは異なるネオエピトープをコードする。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ分子は、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個又は２０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、ＤＮＡ分子は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個又は２０個の異なるネオエピトープをコードするポリヌクレオチドを含む。
いくつかの態様では、上記実施形態のいずれか１種のＤＮＡ分子を転写することを含む、ＲＮＡ分子を産生する方法が本明細書で提供される。
本明細書に記載の様々な実施形態の特性のうちの１つ、いくつか、又は全てを組み合わせて、本発明の他の実施形態を形成することができることを理解されたい。本発明のこれら及び他の態様は、当業者に明らかであろう。本発明のこれら及び他の実施形態は、以下の発明を実施するための形態によって更に説明される。
本特許又は出願ファイルには、カラーで作成された少なくとも１つの図面が含まれている。カラー図面を含む本特許又は特許出願公開のコピーは、申請に応じて、必要な手数料を支払うことにより、米国特許庁から提供されることになる。
図１は、ＲＮＡベースの個別化がんワクチン（Ｒ０７１９８４５７）＋抗ＰＤ１抗体（ペンブロリズマブ）の有効性及び安全性を評価するように設計された第ＩＩ相無作為化非盲検試験の研究スキームを示す。無作為化段階では、患者を実験的処置（Ｂ群）又は対照処置（Ａ群）に無作為化（２：１）する。ＩＭＣ＝内部モニタリング委員会；ＬＤＨ＝乳酸脱水素酵素；Ｑ３Ｗ＝３週間ごと；ＴＢＤ＝未定；ＵＬＮ＝正常上限。
図２は、第ＩＩ相試験のＡ群（ペンブロリズマブ）及び安全性導入（ｓａｆｅｔｙ ｒｕｎ－ｉｎ）段階及びＢ群（Ｒ０７１９８４５７＋ペンブロリズマブ）の投薬スキームを示す。Ｃ＝サイクル；Ｄ＝日。
図３は、例示的ＲＮＡワクチン（すなわち、ポリネオエピトープＲＮＡ）の一般構造を示す。この図は、定常５’キャップ（β－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１））、５’及び３’非翻訳領域（それぞれｈＡｇ－Ｋｏｚａｋ及びＦＩ）、Ｎ末端及びＣ末端融合タグ（それぞれｓｅｃ２．０及びＭＩＴＤ）、並びにポリ（Ａ）尾部（Ａ１２０）と並んで、ＧＳリッチリンカーによって融合されたネオエピトープ（ｎｅｏ１～１０）をコードする患者特異的配列を有するＲＮＡ薬物物質の一般構造の概略図である。
図４は、例示的ＲＮＡワクチン（配列番号４２）の定常領域のリボヌクレオチド配列（５’→３’）である。最初の２つのＧ残基間の結合は、５’キャップ構造について表５及び図５に示されるような異常な結合（５’→５’）－ｐｐｓｐ－である。患者のがん特異的配列の挿入部位は、Ｃ１３１残基とＡ１３２残基との間である（太字でマークされている）。「Ｎ」は、（任意のリンカーによって分離された）１種以上の（例えば、１～２０の）ネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列（複数可）の位置を指す。
図５は、ＲＮＡ定常領域の５’末端で使用される５’－キャッピング構造β－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１）（ｍ２ ７ ２’ ＯＧｐｐｓｐＧ）である。ステレオジェニックＰ中心は、「Ｄ１」異性体においてＲｐ配置である。注：β－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１）と基本的なキャップ構造ｍ７ＧｐｐｐＧとの違いを赤色で示す；構成要素ｍ７ＧのＣ２’位に－ＯＣＨ３基を有し、β－ホスフェートの非架橋酸素が硫黄で置換されている。ステレオジェニックＰ中心（＊で標識されている）の存在により、ホスホロチオエートキャップ類縁体β－Ｓ－ＡＲＣＡは２つのジアステレオマーとして存在する。逆相高速液体クロマトグラフィーにおける溶出順序に基づいて、これらを０１及び０２と命名した。
Ｉ．定義
本発明を詳細に説明する前に、本発明が特定の組成物又は生物学的系に限定されず、それらが言うまでもなく多種多様であることを理解されたい。本明細書で使用される専門用語は、特定の実施形態を説明することのみを目的としており、限定することを意図していないことも理解されたい。
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用されるとき、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、及び「その（ｔｈｅ）」は、別途内容が明確に指示しない限り、複数の指示対象を含む。したがって、例えば、「１つの分子」への言及は、任意に、２つ以上のかかる分子の組合せ等を含む。
本明細書で使用される「約」という用語は、当業者であれば容易に理解する、それぞれの値に対する通常の誤差範囲を指す。本明細書における「約」の値又はパラメータへの言及は、その値又はパラメータ自体を対象とする実施形態を含む（かつ説明する）。
本明細書に記載の本発明の態様及び実施形態が、態様及び実施形態「を含む」、「からなる」、及び「から本質的になる」を含むことが理解される。
「ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ－１シグナル伝達軸上のシグナル伝達に起因するＴ細胞機能障害を除去するようにＰＤ－１軸結合パートナーとその結合パートナーのうちのいずれか１つ以上との相互作用を阻害し、結果として、Ｔ細胞機能（例えば、増殖、サイトカイン産生、標的細胞死滅）復元又は増強する分子を指す。本明細書で使用される場合、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－１結合アンタゴニスト、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト、及びＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストを含む。
「ＰＤ－１結合アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ－１と、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２等の１種以上の結合パートナーとの相互作用の結果として生じるシグナル伝達を減少、遮断、阻害、侵害、又は妨害する分子を指す。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のその結合パートナーのうちの１つ以上への結合を阻害する分子である。特定の態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ１及び／又はＰＤ－Ｌ２への結合を阻害する。例えば、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－１抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、並びにＰＤ－１とＰＤ－Ｌ１及び／又はＰＤ－Ｌ２との相互作用に起因するシグナル伝達を低減、遮断、阻害、抑止、又は妨害する他の分子を含む。一実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１を介するシグナル伝達を媒介したＴリンパ球で発現された細胞表面タンパク質によって又はそれを介して媒介される負の共刺激シグナルを低減し、機能障害Ｔ細胞の機能障害性をより低くする（例えば、抗原認識へのエフェクター応答を増強する）。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－１抗体である。ＰＤ－１結合アンタゴニストの具体的な例を以下に提示する。
「ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ－Ｌ１とその結合パートナーのうちのいずれか１つ以上、例えば、ＰＤ－１、Ｂ７－１との相互作用に起因するシグナル伝達を低減、遮断、阻害、抑止、又は妨害する分子を指す。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のその結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の態様において、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のＰＤ－１及び／又はＢ７－１への結合を阻害する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、及びＰＤ－Ｌ１とその結合パートナーのうちの１つ以上、例えば、ＰＤ－１、Ｂ７－１との相互作用に起因するシグナル伝達を低減、遮断、阻害、抑止、又は妨害する他の分子を含む。一実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１を介するシグナル伝達を媒介したＴリンパ球で発現された細胞表面タンパク質によって又はそれを介して媒介される負の共刺激シグナルを低減し、機能障害Ｔ細胞の機能障害性をより低くする（例えば、抗原認識へのエフェクター応答を増強する）。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストの具体的な例を以下に提示する。
「ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ－Ｌ２とＰＤ－１等の１種以上の結合パートナーのいずれかとの相互作用の結果として生じるシグナル伝達を減少させたり、遮断したり、阻害したり、妨害したりする分子を指す。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ２のその結合パートナーのうちの１種以上への結合を阻害する分子である。特定の態様において、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ２のＰＤ－１への結合を阻害する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ２アンタゴニストは、抗ＰＤ－Ｌ２抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、及びＰＤ－Ｌ２とその結合パートナーのうちのいずれか１つ以上、例えば、ＰＤ－１との相互作用に起因するシグナル伝達を低減、遮断、阻害、抑止、又は妨害する他の分子を含む。一実施形態では、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ２を介するシグナル伝達を媒介したＴリンパ球で発現された細胞表面タンパク質によって又はそれを介して媒介される負の共刺激シグナルを低減し、機能障害Ｔ細胞の機能障害性をより低くする（例えば、抗原認識へのエフェクター応答を増強する）。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストは、イムノアドヘシンである。
「持続的奏効」とは、処置の中止後の腫瘍成長の低減への持続的効果を指す。例えば、腫瘍サイズは、投与期の開始時のサイズと比較して同じままであるか、又はより小さくなり得る。いくつかの実施形態では、持続的奏効は、処置期間と少なくとも同じ期間、処置期間の少なくとも１．５倍、２．０倍、２．５倍、又は３．０倍の期間を有する。
「薬学的製剤」という用語は、活性成分の生物学的活性が有効になるような形態であり、かつ製剤が投与される対象に許容できないほどに有毒な追加の成分を含有しない調製物を指す。このような製剤は、無菌である。「薬学的に許容可能な」賦形剤（ビヒクル、添加剤）は、対象哺乳動物に適度に投与されて、用いられる有効用量の活性成分を提供することができるものである。
本明細書で使用される場合、「処置」という用語は、臨床病理学の過程中に処置される個体又は細胞の自然な経過を変えるように設計された臨床的介入を指す。処置の望ましい効果としては、疾患進行速度の低減、疾患状態の回復又は緩和、及び予後の寛解又は改善が挙げられる。例えば、個体は、がん性細胞の増殖の低減（若しくは破壊）、疾患に起因する症状の軽減、疾患に罹患している者の生活の質の向上、疾患の処置に必要な他の薬剤の用量の低減、及び／又は個体の生存期間の延長を含むが、これらに限定されない、がんに関連する１種以上の症候が軽減又は排除された場合、「処置」に成功する。
本明細書で使用されるとき、「疾患の進行を遅延させる」とは、疾患（がん等）の発症を延期し、妨害し、減速し、遅らせ、安定させ、かつ／又は延ばすことを意味する。この遅延は、病歴及び／又は処置される個体に応じて様々な期間のものであり得る。当業者に明らかであるように、充分又は著しい遅延は、個体が疾患を発症しないという点で、予防を事実上包含し得る。例えば、転移の発症等の末期がんを遅延させることができる。
「有効量」とは、特定の障害の測定可能な改善又は予防の達成に必要な少なくとも最小の量である。本明細書における有効量は、患者の疾患状態、年齢、性別、及び体重、並びに個体における所望の応答を誘発する抗体の能力等の要因に応じて異なり得る。有効量はまた、任意の処置の毒性又は有害な効果を治療上有益な効果が優る量である。予防的使用の場合、有益な又は所望の結果としては、疾患の生化学的、組織学的、及び／又は挙動的症候、その合併症、並びに疾患の発症中に現れる中間病理学的表現型を含む、疾患のリスクの排除又は低減、疾患の重症度の軽減、又は疾患の発生の遅延等の結果が挙げられる。治療的使用の場合、有益な又は所望の結果としては、疾患に起因する１種以上の症候の軽減、疾患に罹患している者の生活の質の向上、疾患の処置に必要な他の薬剤の用量の低減、別の薬剤の効果の増強（例えば、標的による）、疾患の進行の遅延、及び／又は生存期間の延長等の臨床結果が挙げられる。がん又は腫瘍の場合、有効量の薬物は、がん細胞の数を減少させ、腫瘍サイズを低減させ、がん細胞の末梢器官への浸潤を阻害し（すなわち、ある程度遅らせるか、又は望ましくは停止し）、腫瘍転移を阻害し（すなわち、ある程度遅らせるか、又は望ましくは停止し）、腫瘍成長をある程度阻害し、かつ／又は障害に関連する症候のうちの１種以上をある程度軽減する効果を有し得る。有効量は、１回の投与でも、複数回の投与でもよい。本発明では、薬物、化合物、又は医薬組成物の有効量は、予防的処置又は治療的処置を直接又は間接的に達成するのに充分な量である。臨床的に理解されるように、有効量の薬物、化合物、又は医薬組成物とは、別の薬物、化合物、又は医薬組成物と組み合わせて達成されてもよいし、達成されなくてもよい。したがって、「有効量」は、１種以上の治療剤を投与する文脈で考えられてよく、１種以上の他の薬剤と組み合わせて、望ましい結果が得られるか、又は達成される場合には、単一の薬剤が有効量で投与されると考えられてよい。
本明細書で使用される場合、「～と共に」又は「～と組み合わせて」とは、ある処置様式を、別の処置様式に加えて適用することを指す。したがって、「～と共に」又は「～と組み合わせて」とは、個体への１種の処置様式の適用前、適用中、又は施行後の別の処置様式の適用を指す。
「障害」とは、哺乳動物を問題の障害に罹患しやすくする病理学的状態を含む慢性及び急性障害又は疾患を含むが、これらに限定されない、処置から恩恵を受けることになる任意の状態である
「細胞増殖性疾患」及び「増殖性疾患」という用語は、ある程度の細胞の異常増殖を伴う疾患を指す。一実施形態では、細胞増殖性障害は、がんである。一実施形態では、細胞増殖性障害は、腫瘍である。
本明細書で使用される「腫瘍」とは、悪性であるか良性であるかを問わず、全ての新芽細胞の増殖及び増殖、並びに全ての前がん性及びがん性の細胞及び組織を指す。「がん」、「がん性」、「細胞増殖性障害」、「増殖性障害」、及び「腫瘍」という用語は、本明細書で言及されるとき、相互排他的ではない。
処置の目的のための「対象」又は「個体」は、哺乳類に分類される任意の動物を指し、ヒト、家畜及び農場動物、及び動物園動物、スポーツ動物、又はペット動物、例えばイヌ、ウマ、ネコ、ウシ等を含む。好ましくは、哺乳動物はヒトである。
本明細書における「抗体」という用語は、最も広い意味で使用され、具体的には、それらが所望の生物学的活性を呈する限り、モノクローナル抗体（全長モノクローナル抗体を含む）、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び抗体断片を包含する。
「単離された」抗体は、その自然環境の成分から特定及び分離され、かつ／又は回収された抗体である。その自然環境の混入成分は、抗体の試験的、診断的、又は治療的使用を妨害するであろう物質であり、それらとしては、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質性又は非タンパク質性溶質が挙げられ得る。いくつかの実施形態では、抗体は、（１）例えば、ローリー（Ｌｏｗｒｙ）法によって決定される、９５重量％超になるまで、いくつかの実施形態では、９９重量％超になるまで、（２）例えば、スピニングカップシークエネーターを使用して、Ｎ末端又は内部アミノ酸配列の少なくとも１５個の残基を得るのに充分な程度まで、又は（３）例えば、クマシーブルー又はシルバー染色を使用して、還元又は非還元条件下でＳＤＳ－ＰＡＧＥによって均質性が得られるまで精製される。単離された抗体は、抗体の自然環境の少なくとも１つの成分が存在しないため、組換え細胞内のｉｎ ｓｉｔｕ抗体を含む。しかしながら、通常、単離された抗体は、少なくとも１つの精製工程によって調製されることになる。
「天然抗体」は、通常、２つの同一の軽（Ｌ）鎖及び２つの同一の重（Ｈ）鎖からなる、約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。各軽鎖が１つのジスルフィド共有結合によって重鎖に連結される一方で、ジスルフィド結合の数は、異なる免疫グロブリンアイソタイプの重鎖間で異なる。各重及び軽鎖はまた、規則的に離間した鎖内ジスルフィド架橋も有する。各重鎖は、一方の端に可変ドメイン（ＶＨ）を有し、その後いくつかの定常ドメインが続く。各軽鎖は、一方の端に可変ドメイン（ＶＬ）を有し、その他方の端に定常ドメインを有し、軽鎖の定常ドメインは、重鎖の第１の定常ドメインと整列し、軽鎖の可変ドメインは、重鎖の可変ドメインと整列する。特定のアミノ酸残基は、軽鎖可変ドメインと重鎖可変ドメインとの間に界面を形成すると考えられている。
「定常ドメイン」という用語は、抗原結合部位を含有する可変ドメインである、免疫グロブリンの他の部分と比較して、より保存されたアミノ酸配列を有する免疫グロブリン分子の部分を指す。定常ドメインは、重鎖のＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３ドメイン（集合的に、ＣＨ）、並びに軽鎖のＣＨＬ（又はＣＬ）ドメインを含有する。
抗体の「可変領域」又は「可変ドメイン」は、抗体の重鎖又は軽鎖のアミノ末端ドメインを指す。重鎖可変ドメインは「ＶＨ」と称され得る。軽鎖可変ドメインは「ＶＬ」と称され得る。これらのドメインは、一般に、抗体の最も可変性の高い部分であり、抗原結合部位を含有する。
「可変」という用語は、可変ドメインのある特定の部分が、配列において抗体間で大きく異なり、かつ各特定の抗体の、その特定の抗原に対する結合及び特異性において使用されるという事実を指す。しかしながら、可変性は、抗体の可変ドメイン全体にわたって均等に分布してはいない。可変性は、軽鎖可変ドメイン及び重鎖可変ドメインの両方における超可変領域（ＨＶＲ）と呼ばれる３つのセグメントに集中している。可変ドメインのより高度に保存された部分は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる。天然の重鎖及び軽鎖の可変ドメインは各々、ベータシート構造を接続する、かついくつかの場合では、ベータシート構造の一部を形成する、ループを形成する３つのＨＶＲによって接続されたベータシート立体配置を主に採用する４つのＦＲ領域を含む。各鎖内のＨＶＲは、ＦＲ領域によって近接して互いに保持され、他方の鎖からのＨＶＲと共に、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１）を参照）。定常ドメインは、抗体の抗原への結合に直接関与しないが、抗体の抗体依存性細胞毒性への関与等の様々なエフェクター機能を呈する。
任意の哺乳動物種由来の抗体（免疫グロブリン）の「軽鎖」は、定常ドメインのアミノ酸配列に基づき、カッパ（「κ」）及びラムダ（「λ」）と呼ばれる２つの明らかに異なるタイプのうちの一方に割り当てられ得る。
本明細書で使用されるＩｇＧ「アイソタイプ」又は「サブクラス」という用語は、それらの定常領域の化学的及び抗原的特徴によって定義される免疫グロブリンのサブクラスのうちのいずれかを意味する。
重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、抗体（免疫グロブリン）は、異なるクラスに割り当てられ得る。免疫グロブリンの主な５つのクラスは、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭがあり、これらのうちのいくつかは、サブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２へと更に分けることができる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれ、α、γ、ε、γ、及びμと呼ばれる。様々なクラスの免疫グロブリンのサブユニット構造及び三次元構成が周知であり、例えば、Ａｂｂａｓ ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌｕｌａｒ ａｎｄ Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，４ｔｈ ｅｄ．（Ｗ．Ｂ．Ｓａｕｎｄｅｒｓ，Ｃｏ．，２０００）に一般的に記載されている。抗体は、抗体と１種以上の他のタンパク質又はペプチドとの共有又は非共有会合によって形成される、より大きい融合分子の一部であり得る。
「全長抗体」、「インタクトな抗体」、及び「全抗体」という用語は、以下で定義される抗体断片ではない、実質的にインタクトな形態の抗体を指すために、本明細書で互換的に使用される。これらの用語は、具体的には、Ｆｃ領域を含有する重鎖を有する抗体を指す。
本明細書における目的のための「裸抗体」は、細胞傷害性部分又は放射標識にコンジュゲートされていない抗体である。
「抗体断片」は、インタクトな抗体の一部を含み、好ましくはその抗原結合領域を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の抗体断片は、抗原結合断片である。抗体断片の例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びＦｖ断片、ダイアボディ、直鎖状抗体、一本鎖抗体分子、並びに抗体断片から形成された多重特異性抗体が挙げられる。
抗体のパパイン消化により、各々単一の抗原結合部位を有する「Ｆａｂ」断片と、容易に結晶化するその能力を反映して命名された残りの「Ｆｃ」断片と呼ばれる、２つの同一の抗原結合断片が産生される。ペプシン処理は、Ｆ（ａｂ’）２断片をもたらし、これは、２つの抗原結合部位を有し、依然として抗原を架橋することができる。
「Ｆｖ」は、完全な抗原結合部位を含有する最小の抗体断片である。一実施形態では、二本鎖Ｆｖ種は、密接に非共有会合した１つの重鎖可変ドメイン及び１つの軽鎖可変ドメインの二量体からなる。一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）種において、１つの重鎖可変ドメイン及び１つの軽鎖可変ドメインは、軽鎖及び重鎖が二本鎖Ｆｖ種における構造に類似の「二量体」構造で会合し得るように、可動性ペプチドリンカーによって共有結合し得る。各可変ドメインの３つのＨＶＲが相互作用して、ＶＨ－ＶＬ二量体の表面上の抗原結合部位を定義するのは、この立体配置においてである。集合的に、６つのＨＶＲが、抗体に抗原結合特異性を与える。しかしながら、全結合部位よりも低い親和性ではあるが、単一の可変ドメイン（又は抗原に特異的なＨＶＲを３つしか含まないＦｖの半分）でさえも、抗原を認識し、それに結合する能力を有する。
Ｆａｂ断片は、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含有し、軽鎖定常ドメイン及び第１の重鎖定常ドメイン（ＣＨ１）も含有する。Ｆａｂ’断片は、抗体ヒンジ領域由来の１つ以上のシステインを含む、重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端での数個の残基の付加によって、Ｆａｂ断片とは異なる。Ｆａｂ’－ＳＨは、定常ドメインのシステイン残基（複数可）が、遊離チオール基を持つＦａｂ’に対する本明細書での呼称である。Ｆ（ａｂ’）２抗体断片は、元々、間にヒンジシステインを有するＦａｂ’断片のペアとして産生されたものであった。抗体断片の他の化学的カップリングも既知である。
「一本鎖Ｆｖ」又は「ｓｃＦｖ」抗体断片は、抗体のＶＨ及びＶＬドメインを含み、これらのドメインは、単一のポリペプチド鎖中に存在する。一般に、ｓｃＦｖポリペプチドは、ＶＨドメインとＶＬドメインとの間にポリペプチドリンカーを更に含み、これにより、ｓｃＦｖが抗原結合に望ましい構造を形成することが可能になる。ｓｃＦｖに関するレビューについては、例えば、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，ｉｎ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ ｅｄｓ．，（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９４），ｐｐ．２６９－３１５を参照されたい。
「ダイアボディ」という用語は、２つの抗原結合部位を有する抗体断片を指し、これらの断片は（ＶＨ－ＶＬ）、同じポリペプチド鎖に軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に接続した重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含む。同じ鎖上の２つのドメイン間のペアリングを可能にするには短すぎるリンカーを使用することによって、これらのドメインは、別の鎖の相補的なドメインとペアリングさせられ、２つの抗原結合部位を作製する。ダイアボディは、二価又は二重特異性であり得る。ダイアボディは、例えば、欧州特許第４０４，０９７号、国際公開第１９９３／０１１６１号、Ｈｕｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９－１３４（２００３）、及びＨｏｌｌｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：６４４４－６４４８（１９９３）において、より完全に記載されている。トリアボディ及びテトラボディはまた、Ｈｕｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９－１３４（２００３）においても説明されている。
本明細書で使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に同種の抗体の集団から得られる抗体を指し、例えば、その集団を構成する個々の抗体は、少量で存在し得る可能な変異、例えば、天然に存在する変異を除いて同一である。したがって、「モノクローナル」という修飾語は、別個の抗体の混合物ではないという抗体の特徴を示す。ある特定の実施形態では、このようなモノクローナル抗体は、典型的には、標的に結合するポリペプチド配列を含む抗体を含み、該標的結合ポリペプチド配列は、複数のポリペプチド配列から単一の標的結合ポリペプチド配列の選択を含むプロセスによって得られたものである。例えば、この選択プロセスは、ハイブリドーマクローン、ファージクローン、又は組換えＤＮＡクローンのプール等の複数のクローンから特有のクローンを選択することであり得る。選択された標的結合配列が、例えば、標的への親和性を改善し、標的結合配列をヒト化し、細胞培養におけるその産生を改善し、ｉｎ ｖｉｖｏでのその免疫原性を低減し、多特異性抗体を作製するように更に改変されてもよく、かつ改変された標的結合配列を含む抗体が本発明のモノクローナル抗体でもあることを理解されたい。通常、異なる決定基（エピトープ）に対して指向する様々な抗体を含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、１つの抗原上の単一の決定基に対して指向する。それらの特異性に加えて、モノクローナル抗体調製物は、通常は他の免疫グロブリンによる混入がないという点で有利である。
「モノクローナル」という修飾語は、実質的に同種の抗体集団から得られるという抗体の特徴を示し、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とするものと解釈されるべきではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、例えば、ハイブリドーマ法（例えば、Ｋｏｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５－９７（１９７５）；Ｈｏｎｇｏ ｅｔ ａｌ．，Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ，１４（３）：２５３－２６０（１９９５），Ｈａｒｌｏｗ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，２ｎｄ ｅｄ．１９８８）；Ｈａｍｍｅｒｌｉｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｔ－Ｃｅｌｌ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ ５６３－６８１（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８１）におけるもの）、組換えＤＮＡ法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照）、ファージディスプレイ技術（例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４－６２８（１９９１）；Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１－５９７（１９９２）；Ｓｉｄｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９－３１０（２００４）；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３－１０９３（２００４）；Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０１（３４）：１２４６７－１２４７２（２００４）；及びＬｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２８４（１－２）：１１９－１３２（２００４）を参照）、及びヒト免疫グロブリン遺伝子座又はヒト免疫グロブリン配列をコードする遺伝子の一部又は全てを有する動物において、ヒト又はヒト様抗体を産生するための技術（例えば、国際公開第１９９８／２４８９３号、国際公開第１９９６／３４０９６号、国際公開第１９９６／３３７３５号、国際公開第１９９１／１０７４１号、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：２５５１（１９９３）；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３６２：２５５－２５８（１９９３）；Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｙｅａｒ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．７：３３（１９９３）、米国特許第５，５４５，８０７号、同第５，５４５，８０６号、同第５，５６９，８２５号、同第５，６２５，１２６号、同第５，６３３，４２５号、及び同第５，６６１，０１６号、Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：７７９－７８３（１９９２）；Ｌｏｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３６８：８５６－８５９（１９９４）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ ３６８：８１２－８１３（１９９４）；Ｆｉｓｈｗｉｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１４：８４５－８５１（１９９６）；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１４：８２６（１９９６）；及びＬｏｎｂｅｒｇ ａｎｄ Ｈｕｓｚａｒ，Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：６５－９３（１９９５）を参照）によって作製され得る。
本明細書におけるモノクローナル抗体は、具体的には、重鎖及び／又は軽鎖の一部が、特定の種に由来するか、又は特定の抗体クラス若しくはサブクラスに属する抗体中の対応する配列と同一又は相同である一方で、鎖（複数可）の残りが、別の種に由来するか、又は別の抗体クラス若しくはサブクラスに属する抗体中の対応する配列と同一又は相同である「キメラ抗体」、並びにそれらが所望の生物学的活性を呈する限り、そのような抗体の断片を含む（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号及びＭｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８１：６８５１－６８５５（１９８４）を参照）。キメラ抗体としては、ＰＲＩＭＡＴＴＺＥＤ（登録商標）抗体が挙げられ、この抗体の抗原結合領域は、例えば、目的とする抗原でマカクザルを免疫化することによって産生された抗体に由来する。
非ヒト（例えば、マウス）抗体の「ヒト化」形態は、非ヒト免疫グロブリン由来の最小限の配列を含有するキメラ抗体である。一実施形態では、ヒト化抗体は、レシピエントのＨＶＲ由来の残基が、所望の特異性、親和性、及び／又は能力を有するマウス、ラット、ウサギ、又は非ヒト霊長類等の非ヒト種（ドナー抗体）のＨＶＲ由来の残基によって置き換えられるヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。いくつかの事例では、ヒト免疫グロブリンのＦＲ残基は、対応する非ヒト残基により置き換えられる。更に、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にもドナー抗体にも見られない残基を含み得る。これらの修飾により、抗体の性能を更に洗練させることができる。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には、２つの可変ドメインのうちの実質的に全てを含み、超可変ループのうちの全て又は実質的に全てが、非ヒト免疫グロブリンの超可変ループに対応し、ＦＲのうちの全て又は実質的に全てが、ヒト免疫グロブリン配列のＦＲである。ヒト化抗体はまた、任意に、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）、典型的には、ヒト免疫グロブリンの定常領域の少なくとも一部を含む。更なる詳細については、例えば、Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３２１：５２２－５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３－３２９（１９８８）；及びＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．２：５９３－５９６（１９９２）を参照されたい。また、例えば、Ｖａｓｗａｎｉ ａｎｄ Ｈａｍｉｌｔｏｎ，Ａｎｎ．Ａｌｌｅｒｇｙ，Ａｓｔｈｍａ＆Ｉｍｍｕｎｏｌ．１：１０５－１１５（１９９８）；Ｈａｒｒｉｓ，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ ２３：１０３５－１０３８（１９９５）；Ｈｕｒｌｅ ａｎｄ Ｇｒｏｓｓ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．５：４２８－４３３（１９９４）、並びに米国特許第６，９８２，３２１号及び同第７，０８７，４０９号も参照されたい。
「ヒト抗体」は、ヒトによって産生され、かつ／又は本明細書に開示されるヒト抗体を作製するための技法のうちのいずれかを使用して作製された抗体のアミノ酸配列に対応する、アミノ酸配列を有する抗体である。このヒト抗体の定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を特定的に除外する。ヒト抗体は、ファージ－ディスプレイライブラリを含む当技術分野で公知の様々な技法を使用して産生され得る。Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１（１９９１）；Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１（１９９１）．Ｃｏｌｅ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ａｌａｎ Ｒ．Ｌｉｓｓ，ｐ．７７（１９８５）；Ｂｏｅｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７（１）：８６－９５（１９９１）に記載されている方法もまた、ヒトモノクローナル抗体の調製に利用可能である。ｖａｎ Ｄｉｊｋ ａｎｄ ｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．，５：３６８－７４（２００１）もまた、参照されたい。ヒト抗体は、抗原投与に応答してこのような抗体を産生するよう改変されているが、その内在性遺伝子座は無能になっているトランスジェニック動物、例えば、免疫化ゼノマウスに抗原を投与することによって調製することが可能である（例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術に関する米国特許第６，０７５，１８１号及び同第６，１５０，５８４号を参照）。また、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術により産生されるヒト抗体については、例えば、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１０３：３５５７－３５６２（２００６）を参照されたい。
「種依存性抗体」は、第２の哺乳動物種由来の抗原のホモログに対する結合親和性よりも、第１の哺乳類種由来の抗原に対して、より強い結合親和性を有する抗体である。通常、種依存性抗体は、ヒト抗原に「特異的に」結合する（例えば、約１×１０－７Ｍ以下、好ましくは約１×１０－８Ｍ以下、好ましくは約１×１０－９Ｍ以下の結合親和性（Ｋｄ）値を有する）が、ヒト抗原に対する結合親和性よりも少なくとも約５０倍、又は少なくとも約５００倍、又は少なくとも約１０００倍弱い、第２の非ヒト哺乳動物種由来の抗原のホモログに対する結合親和性を有する。種依存性抗体は、上で定義される様々な種類の抗体のうちのいずれかであり得るが、好ましくは、ヒト化抗体又はヒト抗体である。
「超可変領域」、「ＨＶＲ」、又は「ＨＶ」という用語は、本明細書で使用される場合、配列が超可変性であり、かつ／又は構造的に定義されたループを形成する抗体可変ドメインの領域を指す。一般に、抗体は、６つのＨＶＲを含み、３つがＶＨ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）に、３つがＶＬ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）にある。天然抗体では、Ｈ３及びＬ３が、６つのＨＶＲのうちで最も高い多様性を示し、特にＨ３が抗体に優れた特異性を与える上で特有の役割を果たすと考えられている。例えば、Ｘｕ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １３：３７－４５（２０００）；Ｊｏｈｎｓｏｎ ａｎｄ Ｗｕ，ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２４８：１－２５（Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．，２００３）．を参照されたい。実際に、重鎖のみからなる、天然に存在するラクダ抗体は、軽鎖の不在下で機能的であり、安定している。例えば、Ｈａｍｅｒｓ－Ｃａｓｔｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３６３：４４６－４４８（１９９３）；Ｓｈｅｒｉｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．３：７３３－７３６（１９９６）を参照されたい。
いくつかのＨＶＲ説明が本明細書で使用され、本明細書に包含される。Ｋａｂａｔ相補性決定領域（ＣＤＲ）は、配列可変性に基づくものであり、最も一般的に使用されている（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１））。代わりに、Ｃｈｏｔｈｉａは、構造的ループの位置を指す（Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７（１９８７））。ＡｂＭ ＨＶＲは、ＫａｂａｔのＨＶＲとＣｈｏｔｈｉａの構造的ループとの間の折衷物を表し、Ｏｘｆｏｒｄ ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアによって使用されている。「接触」ＨＶＲは、利用可能な複合体結晶構造の分析に基づく。これらＨＶＲの各々に由来する残基が、以下に示される。
ループ Ｋａｂａｔ ＡｂＭ Ｃｈｏｔｈｉａ 接触
L1 L24-L34 L24-L34 L26-L32 L30-L36
L2 L50-L56 L50-L56 L50-L52 L46-L55
L3 L89-L97 L89-L97 L91-L96 L89-L96
H1 H31-H35B H26-H35B H26-H32 H30-H35B(Kabatナンハ゛リンク゛)
H1 H31-H35 H26-H35 H26-H32 H30-H35(Chothiaナンハ゛リンク゛)
H2 H50-H65 H50-H58 H53-H55 H47-H58
H3 H95-H102 H95-H102 H96-H101 H93-H101
ＨＶＲは、以下の「伸長ＨＶＲ」を含み得る：ＶＬにおいて、２４～３６又は２４～３４（Ｌ１）、４６～５６又は５０～５６（Ｌ２）、及び８９～９７又は８９～９６（Ｌ３）、並びにＶＨにおいて、２６～３５（Ｈ１）、５０～６５又は４９～６５（Ｈ２）、及び９３～１０２、９４～１０２、又は９５～１０２（Ｈ３）。可変ドメイン残基は、これらの定義の各々について、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．（上記参照）に従ってナンバリングされる。
ＨＶＲは、以下の「伸長ＨＶＲ」を含み得る：ＶＬにおいて、２４～３６又は２４～３４（Ｌ１）、４６～５６又は５０～５６（Ｌ２）、及び８９～９７又は８９～９６（Ｌ３）、並びにＶＨにおいて、２６～３５（Ｈ１）、５０～６５又は４９～６５（Ｈ２）、及び９３～１０２、９４～１０２、又は９５～１０２（Ｈ３）。可変ドメイン残基は、これらの定義の各々について、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．（上記参照）に従ってナンバリングされる。
「フレームワーク」又は「ＦＲ」残基は、本明細書で定義されるＨＶＲ残基以外の可変ドメイン残基である。
「Ｋａｂａｔにおけるような可変ドメイン残基ナンバリング」又は「Ｋａｂａｔにおけるようなアミノ酸位置ナンバリング」という用語、及びそれらの変形は、Ｋａｂａｔら（上記参照）における抗体の編集物の重鎖可変ドメイン又は軽鎖可変ドメインに使用されるナンバリングシステムを指す。このナンバリングシステムを使用して、実際の直鎖状アミノ酸配列は、可変ドメインのＦＲ若しくはＨＶＲの短縮、又はそれへの挿入に対応する、より少ないアミノ酸又は追加のアミノ酸を含有し得る。例えば、重鎖可変ドメインは、Ｈ２の残基５２の後に単一のアミノ酸挿入（Ｋａｂａｔに従う残基５２ａ）、及び重鎖ＦＲ残基８２の後に挿入された残基（例えば、Ｋａｂａｔに従う残基８２ａ、８２ｂ、及び８２ｃ等）を含んでもよい。残基のＫａｂａｔナンバリングは、所与の抗体に対して、「標準の」Ｋａｂａｔによってナンバリングされた配列を有する抗体の配列の相同領域での整列によって決定され得る。
Ｋａｂａｔ番号付けシステムは一般に、可変ドメイン（およそ軽鎖の残基１～１０７及び重鎖の残基１～１１３）内の残基に言及するときに使用される（例えば、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ．５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１））。「ＥＵナンバリングシステム」又は「ＥＵインデックス」は、一般に、免疫グロブリン重鎖定常領域における残基について言及するときに使用される（例えば、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．（上記参照）で報告されるＥＵインデックス）。「ＫａｂａｔにおけるようなＥＵインデックス」は、ヒトＩｇＧ１ ＥＵ抗体の残基ナンバリングを指す。
「直鎖状抗体」という表現は、Ｚａｐａｔａ ｅｔ ａｌ．（１９９５ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ，８（１０）：１０５７－１０６２）に記載されている抗体を指す。簡潔には、これらの抗体は、相補的軽鎖ポリペプチドと一緒になって一対の抗原結合領域を形成する一対のタンデムＦｄセグメント（ＶＨ－ＣＨ１－ＶＨ－ＣＨ１）を含む。直鎖状抗体は、二重特異性又は単一特異性であり得る。
本明細書で使用されるとき、「結合する」、「に特異的に結合する」、又は「に特異的な」という用語は、生物学的分子等の異種分子集団の存在下で標的の存在を決定する標的と抗体との間の結合等の測定可能かつ再現可能な相互作用を指す。例えば、標的（エピトープであり得る）に結合するか、又はそれに特異的に結合する抗体は、この標的に、他の標的に結合するよりも高い親和性で、結合力で、より容易に、かつ／又はより長期間結合する抗体である。一実施形態では、抗体が無関係の標的に結合する程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定される、抗体の標的への結合の約１０％未満である。ある特定の実施形態では、標的に特異的に結合する抗体は、１μＭ以下、１００ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、１ｎＭ以下、又は０．１ｎＭ以下の解離定数（Ｋｄ）を有する。ある特定の実施形態では、抗体は、異なる種由来のタンパク質間で保存されるタンパク質上のエピトープに特異的に結合する。別の実施形態では、特異的結合は、排他的結合を含み得るが、それを必要としない。
本明細書で使用される「試料」という用語は、例えば、物理的、生化学的、化学的、及び／又は生理学的特性に基づいて、特性評価及び／又は同定される細胞及び／又は他の分子の実体を含有する、目的とする対象及び／又は個体から得られるか、又はそれに由来する組成物を指す。例えば、「疾患試料」という語句及びその変化形は、特性評価される細胞及び／又は分子実体を含有することが予期されるか、又は含有することが既知である、目的の対象から得られた任意の試料を指す。試料としては、初代又は培養細胞又は細胞株、細胞上清、細胞溶解物、血小板、血清、血漿、硝子体液、リンパ液、滑液、卵胞液、***、羊水、乳、全血、血液由来の細胞、尿、脳脊髄液、唾液、痰、涙、汗、粘液、腫瘍溶解物、及び組織培養培地、組織抽出物、例えば、均質化組織、腫瘍組織、細胞抽出物、並びにそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、試料は、腫瘍細胞及び任意に腫瘍浸潤免疫細胞を含む個体のがんから得られた試料（例えば、腫瘍試料）である。例えば、試料は、パラフィンブロックに包埋された腫瘍標本、又は新たに切断された連続非染色切片を含む腫瘍標本であり得る。いくつかの実施形態では、試料は生検からのものであり、５０個以上の生存腫瘍細胞（例えば、コアニードル生検によるものであり、任意にパラフィンブロックに埋め込まれる；切除生検、切開生検、パンチ生検又は鉗子生検；又は腫瘍組織切除によるものである）を含む。
「組織試料」又は「細胞試料」は、対象又は個体の組織から得られた同様の細胞の集合を意味する。組織又は細胞試料の供給源は、新鮮な、凍結した、及び／又は保存された器官、組織試料、生検、及び／又は吸引液から等の固形組織；血漿等の血液又は任意の血液構成物；脳脊髄液、羊水、腹水、又は間質液等の体液；対象の妊娠又は発育における任意の時期の細胞であってもよい。組織試料はまた、初代又は培養細胞又は細胞株であってもよい。任意に、組織又は細胞試料は、疾患組織／器官から得られる。組織試料は、保存剤、抗凝固剤、緩衝液、固定剤、栄養剤、又は抗生物質等の天然の組織と天然では混合しない化合物を含有し得る。
本明細書で使用される場合、「参照試料」、「参照細胞」、「参照組織」、「対照試料」、「対照細胞」、又は「対照組織」とは、比較目的のために使用される試料、細胞、組織、標準物、又はレベルを指す。一実施形態では、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞、又は対照組織は、同じ対象又は個体の身体の健常な及び／又は罹患していない部分（例えば、組織又は細胞）から得られる。例えば、罹患細胞又は組織に隣接する健常及び／又は非罹患の細胞又は組織（例えば、腫瘍に隣接する細胞又は組織）。別の実施形態では、参照試料は、同じ対象又は個体の身体の未処置な組織及び／又は細胞から得られる。更に別の実施形態では、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞、又は対照組織は、対象又は個体ではない個体の身体の健常な及び／又は罹患していない部分（例えば、組織又は細胞）から得られる。更に別の実施形態では、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞、又は対照組織は、対象又は個体ではない個体の身体の未処置の組織及び／又は細胞から得られる。
薬品を用いた処置に対する患者の「有効な応答」又は患者の「応答性」及び類似の単語は、がん等の疾患若しくは障害の危険性があるか、又はそれを患う患者に付与される臨床的又は治療的有益性を指す。一実施形態では、そのような利益としては、生存期間（全生存期間及び無増悪生存期間を含む）を延長すること、客観的奏効（完全奏効若しくは部分奏効を含む）をもたらすこと、又はがんの徴候若しくは症候を改善することのいずれか１つ以上が挙げられる。
処置に「有効な応答を示さない」患者とは、生存期間（全体的な生存及び無増悪生存期間を含む）が延長すること、客観的応答（完全応答若しくは部分的応答を含む）がもたらされること、又はがんの徴候又は症候が改善されることのうちのいずれも有しない患者を指す。
「機能的Ｆｃ領域」は、ネイティブ配列Ｆｃ領域の「エフェクター機能」を有する。例示的な「エフェクター機能」としては、Ｃ１ｑ結合；ＣＤＣ；Ｆｃ受容体結合；ＡＤＣＣ；食作用；細胞表面受容体（例えば：Ｂ細胞受容体；ＢＣＲ）等のダウンレギュレーションが挙げられる。そのようなエフェクター機能は、一般に、Ｆｃ領域が結合ドメイン（例えば、抗体可変ドメイン）と結合することを必要とし、例えば、本明細書の定義に開示されているように、様々なアッセイを使用して評価することができる。
「ヒトエフェクター細胞を有する」がん又は生体試料は、診断研究において、試料中に存在するヒトエフェクター細胞（例えば、浸潤性ヒトエフェクター細胞）を有するものである。
「ＦｃＲ発現細胞を有する」がん又は生体試料は、診断研究において、試料中に存在するＦｃＲ発現（例えば、浸潤性ＦｃＲ発現細胞）を有するものである。いくつかの実施形態では、ＦｃＲは、ＦｃγＲである。いくつかの実施形態では、ＦｃＲは、活性化ＦｃγＲである。
ＩＩ．概要
個体におけるがんを処置するため又はがんの進行を遅延させるための方法であって、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－１抗体又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体）及びＲＮＡワクチンを個体に投与することを含む方法が、本明細書において中に提供される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、がんに存在する、例えば個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１種以上のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、個体は、ヒトである。
いくつかの実施形態では、個体に有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－１抗体又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体）及びＲＮＡワクチンを投与することを含む、個体においてがんを処置する方法又はその信仰を遅延する方法が本明細書で提供され、ＲＮＡワクチンは、個体から得られた腫瘍試料中に存在する体細胞変異に基づいて同定された１種以上のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、個体に有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－１抗体又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体）及びＲＮＡワクチンを投与することを含む、個体においてがんを処置する方法又はその信仰を遅延する方法が本明細書で提供され、ＲＮＡワクチンは、個体から得られた腫瘍試料中に存在する体細胞変異に対応する１種以上のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、処置は、ＲＮＡワクチンの不在下でのＰＤ－１軸結合アンタゴニストの投与を含む処置と比較して、個体の無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び／又は全生存期間（ＯＳ）を延長する。いくつかの実施形態では、処置は、ＲＮＡワクチンの不在下でのＰＤ－１軸結合アンタゴニストの投与を含む処置と比較して全奏効率（ＯＲＲ）を改善する。いくつかの実施形態では、ＯＲＲは、完全奏効（ＣＲ）又は部分奏効（ＰＲ）を伴う患者の割合を指す。いくつかの実施形態では、処置は、ＲＮＡワクチンの不在下でのＰＤ－１軸結合アンタゴニストの投与を含む処置と比較して、個体における応答期間（ＤＯＲ）を延長する。いくつかの実施形態では、処置は、ＲＮＡワクチンの不在下でのＰＤ－１軸結合アンタゴニストの投与を含む処置と比較して、個体における健康に関連した生活の質（ＨＲＱｏＬ）スコアを改善する。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、２１日又は３週間の間隔で個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、２１日又は３週間の間隔で、例えば約２００ｍｇの用量で個体に投与する抗ＰＤ－１抗体（例えば、ペンブロリズマブ）である。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、２１日又は３週間の間隔で、例えば約１２００ｍｇの用量で個体に投与する抗ＰＤ－Ｌ１抗体（例えば、アテゾリズマブ）である。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンを、２１日又は３週間の間隔で個体に投与する。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、８回の２１日間サイクルで個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の第１、８、及び１５日目、並びにサイクル３～７の１日目に個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、サイクル１～８の１日目に個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の第１、８及び１５日目並びにサイクル３～７の１日目に個体に投与し、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、サイクル１～８の１日目に個体に投与する。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、サイクル８の後に個体に更に投与する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、１７回の追加の２１日間のサイクルで個体に更に投与し、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、サイクル１３～２９の１日目に個体に投与し、及び／又はＲＮＡワクチンを、サイクル１３、２１、及び２９の１日目に個体に投与する。
特定の実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、８回の２１日間サイクルで個体に投与を、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストはペンブロリズマブであり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストをサイクル１～８の１日目に約２００ｍｇの用量で個体に投与し、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１、８、及び１５日目、並びにサイクル３～７の１日目に約２５μｇの用量で個体に投与する。特定の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、８回の２１日間サイクルで個体に投与し、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストはアテゾリズマブであり、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストをサイクル１～８の１日目に約１２００ｍｇの用量で個体に投与し、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１、８、及び１５日目、並びにサイクル３～７の１日目に約２５μｇの用量で個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１日目に約２５μｇ、サイクル２の８日目に約２５μｇ、サイクル２の１５日目に約２５μｇ、及びサイクル３～７のそれぞれの１日目に約２５μｇの用量で個体に投与する（すなわち、合計約７５μｇのワクチンを、サイクル２の間に３回の用量にわたって個体に投与する）。いくつかの実施形態では、合計約７５μｇのワクチンを、ＲＮＡワクチンを投与するサイクル１の間に３回にわたって個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＰＣＶを、例えばリポソーム製剤中で、１５μｇ、２５μｇ、３８μｇ、５０μｇ、又は１００μｇの用量で静脈内投与する。いくつかの実施形態では、１５μｇ、２５μｇ、３８μｇ、５０μｇ又は１００μｇのＲＮＡが、用量あたりで送達される（すなわち、用量重量は投与されたＲＮＡの重量を反映し、投与された製剤又はリポプレックスの総重量を反映しない）。
ＩＩＩ．ＲＮＡワクチン
本開示の特定の態様は、個別化がんワクチン（ＰＣＶ）に関する。いくつかの実施形態では、ＰＣＶはＲＮＡワクチンである。例示的なＲＮＡワクチンの特徴を以下に記載する。いくつかの実施形態では、本開示は、以下に記載される１種以上のＲＮＡワクチンの特徴／配列を含むＲＮＡポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡポリヌクレオチドは一本鎖ｍＲＮＡポリヌクレオチドである。いくつかの他の実施形態では、本開示は、以下に記載される１種以上のＲＮＡワクチンの特徴／配列を含むＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチドを提供する。
個別化がんワクチンは、潜在的な免疫刺激活性を有すると同定された個別化ネオ抗原（すなわち、患者のがんにおいて特異的に発現される腫瘍関連抗原（ＴＡＡ））を含む。本明細書に記載の実施形態では、ＰＣＶは核酸、例えばメッセンジャーＲＮＡである。したがって、理論に拘束されることを望むものではないが、投与されると、個別化がんワクチンは、抗原提示細胞（ＡＰＣ）によって取り込まれ、翻訳され、発現されたタンパク質は、ＡＰＣの表面上の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子を介して提示されると考えられる。これは、ＴＡＡを発現するがん細胞（複数可）に対する細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）及びメモリーＴ細胞依存性免疫応答の両方の誘導をもたらす。
ＰＣＶは、典型的には、複数のネオ抗原エピトープ（「ネオエピトープ」）、例えば、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２８個、２９個若しくは３０個のネオエピトープ、又は少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２８個、２９個若しくは３０個のネオエピトープを含み、任意に個々のネオエピトープ間にリンカー配列を有する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用されるネオエピトープは、患者のがんに特異的であるが、患者の正常細胞には見られない新規エピトープを指す。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、ＭＨＣに結合した場合にＴ細胞に提示される。いくつかの実施形態では、ＰＣＶは、５’ｍＲＮＡキャップ類縁体、５’ＵＴＲ、シグナル配列、抗原発現を促進するドメイン、３’ＵＴＲ、及び／又はポリＡテールも含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異から生じる１０～２０個のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異から生じる少なくとも５個のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異から生じる５～２０個のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異から生じる５～１０個のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、本開示のＲＮＡワクチンの製造は多段階プロセスであり、それによって患者の腫瘍における体細胞変異が次世代シーケンシング（ＮＧＳ）によって同定され、免疫原性ネオ抗原エピトープ（又は「ネオエピトープ」）が予測される。選択されたネオエピトープを標的とするＲＮＡがんワクチンは、患者ごとに製造される。いくつかの実施形態では、ワクチンは、患者の腫瘍に特異的な最大１０個のネオエピトープ（合計で最大２０個のネオエピトープ）をそれぞれコードする最大２個のメッセンジャーＲＮＡ分子からなるＲＮＡベースのがんワクチンである。
いくつかの実施形態では、発現された非同義変異は、腫瘍ＤＮＡ及び末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）ＤＮＡの全エクソームシーケンシング（ＷＥＳ）（患者由来の健康な組織の供給源として）並びに腫瘍ＲＮＡシーケンシング（発現を評価するため）によって同定される。得られた変異タンパク質のリストから、個々の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に対する予測エピトープの結合親和性、及び関連ＲＮＡの発現レベルを含む複数の因子に基づいて、それらの可能性のある免疫原性をランク付けするバイオインフォマティクスワークフローを使用して、潜在的ネオ抗原を予測する。突然変異の発見、優先順位付け、及び確認プロセスは、健康な組織におけるそれぞれの野生型遺伝子の発現レベルに関する包括的な情報を提供するデータベースによって補完される。この情報は、好ましくないリスクプロファイルを有する対象候補を除去することによって、個人向けリスク軽減戦略の開発を可能にする。重要な器官における可能性のあるより高い自己免疫リスクを有するタンパク質に生じる変異は除外され、ワクチン産生のために考慮されない。いくつかの実施形態では、個々の患者についてそれぞれＣＤ８＋Ｔ細胞及び／又はＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘発すると予測される最大２０個のＭＨＣＩ及びＭＨＣＩＩネオエピトープが、ワクチンへの包含のために選択される。複数のネオエピトープに対するワクチン接種は、ＰＣＶに対する全体的な免疫応答の幅及び大きさを増加させると予想され、腫瘍が有効な免疫応答の選択圧に曝露された場合に起こり得る免疫回避のリスクを軽減するのに役立ち得る（Ｔｒａｎ Ｅ，Ｒｏｂｂｉｎｓ ＰＦ，Ｌｕ ＹＣ，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２０１６；３７５：２２５５－６２；Ｖｅｒｄｅｇａａｌ ＥＭ，ｄｅ Ｍｉｒａｎｄａ ＮＦ，Ｖｉｓｓｅｒ Ｍ，ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ２０１６；５３６：９１－５）。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、アミノ酸リンカーをコードする１種以上のポリヌクレオチド配列を含む。例えば、アミノ酸リンカーは、２つの患者特異的ネオエピトープ配列の間、患者特異的ネオエピトープ配列と融合タンパク質タグ（例えば、ＭＨＣ複合体ポリペプチドに由来する配列を含む）の間、又は分泌シグナルペプチドと患者特異的ネオエピトープ配列の間で使用することができる。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは複数のリンカーをコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異から生じる５～２０個のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含み、各エピトープをコードするポリヌクレオチドは、リンカー配列をコードするポリヌクレオチドによって分離されている。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異から生じる５～１０個のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含み、各エピトープをコードするポリヌクレオチドは、リンカー配列をコードするポリヌクレオチドによって分離されている。幾つかの実施形態では、リンカー配列をコードするポリヌクレオチドはまた、Ｎ末端融合タグ（例えば、分泌シグナルペプチド）をコードするポリヌクレオチドとネオエピトープのうちの１つをコードするポリヌクレオチドとの間、及び／又はネオエピトープのうちの１つをコードするポリヌクレオチドとＣ末端融合タグ（例えば、ＭＨＣポリペプチドの一部を含む）をコードするポリヌクレオチドとの間に存在する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンによってコードされる２つ以上のリンカーは、異なる配列を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、複数のリンカーをコードし、その全てが同じアミノ酸配列を共有する。
様々なリンカー配列が当技術分野で公知である。いくつかの実施形態では、リンカーは可動性リンカーである。いくつかの実施形態では、リンカーは、Ｇ、Ｓ、Ａ及び／又はＴ残基を含む。いくつかの実施形態では、リンカーはグリシン残基及びセリン残基からなる。いくつかの実施形態では、リンカーは、約５～約２０アミノ酸長又は約５～約１２アミノ酸長、例えば、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９又は約２０アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、リンカーは、配列ＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧ（配列番号３９）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンのリンカーは、配列ＧＧＣＧＧＣＵＣＵＧＧＡＧＧＡＧＧＣＧＧＣＵＣＣＧＧＡＧＧＣ（配列番号３７）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンのリンカーは、配列ＧＧＣＧＧＣＴＣＴＧＧＡＧＧＡＧＧＣＧＧＣＴＣＣＧＧＡＧＧＣ（配列番号３８）を含むＤＮＡによってコードされる。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは５’キャップを含む。基本的なｍＲＮＡキャップ構造は、２つのヌクレオシド（例えば、２つのグアニン）と遠位グアニン上の７－メチル基、すなわち、ｍ７ＧｐｐｐＧとの間に５’－５’三リン酸結合を含むことが知られている。例示的なキャップ構造は、例えば、米国特許第８，１５３，７７３号及び同第９，２９５，７１７号、並びにＫｕｈｎ，Ａ．Ｎ．ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．１７：９６１－９７１に見ることができる。いくつかの実施形態では、５’キャップは、構造ｍ２ ７，２’－ＯＧｐｐｓｐＧを有する。いくつかの実施形態では、５’キャップはベータ－Ｓ－ＡＲＣＡキャップである。Ｓ－ＡＲＣＡキャップ構造は、（例えば、ｍ７ＧのＣ２’位に）２’－Ｏメチル置換及びリン酸基の１種以上にＳ置換を含む。いくつかの実施形態では、５’キャップは、以下の構造を含む：
Figure 2022518399000004
いくつかの実施形態では、５’キャップは、β－Ｓ－ＡＲＣＡのＤ１ジアステレオ異性体（例えば、米国特許第９，２９５，７１７号を参照）である。上記構造中の＊は、２つのジアステレオ異性体（Ｄ１及びＤ２と命名）中に存在することができるステレオジェニックＰ中心を示す。ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ又はベータ－Ｓ－ＡＲＣＡのＤ１ジアステレオマー（Ｄ１）は、ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡのＤ２ジアステレオマー（ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ２））と比較してＨＰＬＣカラムで最初に溶出し、したがってより短い保持時間を示すβ－Ｓ－ＡＲＣＡのジアステレオマーである。ＨＰＬＣは、好ましくは分析ＨＰＬＣである。一実施形態では、好ましくは、分離には５μｍ、４．６×２５０ｍｍのフォーマットのＳｕｐｅｌｃｏｓｉｌ ＬＣ－１８－Ｔ ＲＰカラムを用いることにより、流速１．３ｍｌ／分を適用することができる。一実施形態では、１５分以内の酢酸アンモニウム中のメタノールの勾配、例えば０．０５Ｍ酢酸アンモニウム中のメタノールの０～２５％の直線勾配（ｐＨ＝５．９）が使用される。ＵＶ検出（ＶＷＤ）は２６０ｎｍで行うことができ、蛍光検出（ＦＬＤ）は２８０ｎｍでの励起及び３３７ｎｍの検出で行うことができる。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは５’ＵＴＲを含む。ｍＲＮＡ中のタンパク質コード配列に対して５’に見出される特定の非翻訳配列は、翻訳効率を高めることが示されている。例えばＫｏｚａｋ，Ｍ．（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９４７－９５０を参照されたい。いくつかの実施形態では、５’ＵＴＲは、ヒトアルファグロビンｍＲＮＡからの配列を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、ＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２３）の５’ＵＴＲ配列を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンの５’ＵＴＲ配列は、配列ＴＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＴＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２４）を含むＤＮＡによってコードされる。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンの５’ＵＴＲ配列は、配列ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２１）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンの５’ＵＴＲ配列は、配列ＧＧＣＧＡＡＣＴＡＧＴＡＴＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＴＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２２）を含むＤＮＡによってコードされる。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む。当技術分野で公知のように、分泌シグナルペプチドは、翻訳時にポリペプチドを小胞体から分泌経路に輸送するように指示するアミノ酸配列である。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、ＭＨＣポリペプチド等のヒトポリペプチドに由来する。例えば、ヒト樹状細胞におけるＭＨＣクラスＩ及びＩＩエピトープのプロセシング及び提示を改善する例示的な分泌シグナルペプチドを記載するＫｒｅｉｔｅｒ，Ｓ．ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８０：３０９－３１８を参照されたい。いくつかの実施形態では、翻訳時に、シグナルペプチドは、ＲＮＡワクチンによってコードされる１種以上のネオエピトープ配列（複数可）に対してＮ末端にある。いくつかの実施形態では、分泌シグナルペプチドは、配列ＭＲＶＭＡＰＲＴＬＩＬＬＬＳＧＡＬＡＬＴＥＴＷＡＧＳ（配列番号２７）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンの分泌シグナルペプチドは、配列ＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号２５）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンの分泌シグナルペプチドは、配列ＡＴＧＡＧＡＧＴＧＡＴＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＴＧＡＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧＴＣＴＧＧＣＧＣＣＣＴＧＧＣＣＣＴＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＴＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号２６）を含むＤＮＡによってコードされる。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、膜貫通ドメイン及び／又は細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメイン及び／又は細胞質ドメインは、ＭＨＣ分子の膜貫通／細胞質ドメインに由来する。「主要組織適合遺伝子複合体」という用語及び略語「ＭＨＣ」は、全ての脊椎動物で生じる遺伝子の複合体に関する。正常な免疫応答におけるリンパ球と抗原提示細胞との間のシグナル伝達におけるＭＨＣタンパク質又は分子の機能は、それらがペプチドに結合し、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）による可能な認識のためにそれらを提示することを含む。ＭＨＣ分子は、細胞内プロセシング区画内のペプチドに結合し、抗原提示細胞の表面上のこれらのペプチドをＴ細胞に提示する。ＨＬＡとも呼ばれるヒトＭＨＣ領域は、６番染色体上に位置し、クラスＩ領域及びクラスＩＩ領域を含む。クラスＩアルファ鎖は、約４４ｋＤａの分子量を有する糖タンパク質である。ポリペプチド鎖は、３５０アミノ酸残基を幾分超える長さを有する。これは、３つの機能的領域、すなわち外部、膜貫通及び細胞質領域に分けることができる。外部領域は、２８３アミノ酸残基の長さを有し、アルファ１、アルファ２及びアルファ３の３つのドメインに分けられる。ドメイン及び領域は、通常、クラスＩ遺伝子の別個のエクソンによってコードされる。膜貫通領域は、原形質膜の脂質二重層に及ぶ。これは、通常、アルファヘリックスに配置された２３個の疎水性アミノ酸残基からなる。細胞質領域、すなわち細胞質に面し、膜貫通領域に接続している部分は、典型的には３２アミノ酸残基の長さを有し、細胞骨格の要素と相互作用することができる。アルファ鎖は、ベータ２－ミクログロブリンと相互作用し、したがって、細胞表面上にアルファ－ベータ２二量体を形成する。「ＭＨＣクラスＩＩ」又は「クラスＩＩ」という用語は、主要組織適合遺伝子複合体クラスＩＩタンパク質又は遺伝子に関する。ヒトＭＨＣクラスＩＩ領域内には、クラスＩＩα鎖遺伝子及びβ鎖遺伝子のＤＰ、ＤＱ及びＤＲサブ領域がある（すなわち、ＤＰα、ＤＰβ、ＤＱα、ＤＱβ、ＤＲα及びＤＲβ）。クラスＩＩ分子は、それぞれアルファ鎖及びベータ鎖からなるヘテロ二量体である。両方の鎖は、３１～３４ｋＤａ（ａ）又は２６～２９ｋＤＡ（ベータ）の分子量を有する糖タンパク質である。アルファ鎖の全長は２２９～２３３アミノ酸残基まで変動し、ベータ鎖の全長は２２５～２３８残基まで変動する。アルファ鎖及びベータ鎖はいずれも、外部領域、接続ペプチド、膜貫通領域及び細胞質尾部からなる。外部領域は、２つのドメイン、アルファ１及びアルファ２、又はベータ１及びベータ２からなる。接続ペプチドは、それぞれアルファ鎖及びベータ鎖の９残基長である。これは、アルファ鎖及びベータ鎖の両方において２３アミノ酸残基からなる膜貫通領域に二つのドメインを接続する。細胞質領域、すなわち細胞質に面し、膜貫通領域に接続している部分の長さは、アルファ鎖では３～１６残基、ベータ鎖では８～２０残基で変化する。例示的な膜貫通／細胞質ドメイン配列は、米国特許第８，１７８，６５３号及び同第８，６３７，００６号に記載されている。いくつかの実施形態では、翻訳時に、膜貫通及び／又は細胞質ドメインは、ＲＮＡワクチンによってコードされる１種以上のネオエピトープ配列（複数可）のＣ末端にある。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンによってコードされるＭＨＣ分子の膜貫通ドメイン及び／又は細胞質ドメインは、配列ＩＶＧＩＶＡＧＬＡＶＬＡＶＶＶＩＧＡＶＶＡＴＶＭＣＲＲＫＳＳＧＧＫＧＧＳＹＳＱＡＡＳＳＤＳＡＱＧＳＤＶＳＬＴＡ（配列番号３０）を含む。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ分子の膜貫通及び／又は細胞質ドメインは、配列ＡＵＣＧＵＧＧＧＡＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧＡＣＡＧＣＣ（配列番号２８）を含む。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ分子の膜貫通及び／又は細胞質ドメインは、配列ＡＴＣＧＴＧＧＧＡＡＴＴＧＴＧＧＣＡＧＧＡＣＴＧＧＣＡＧＴＧＣＴＧＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＴＧＡＴＣＧＧＡＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＣＴＡＣＣＧＴＧＡＴＧＴＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＴＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＴＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＴＣＴＧＡＴＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＴＧＴＣＡＣＴＧＡＣＡＧＣＣ（配列番号２９）を含むＤＮＡによってコードされる。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、１種以上のネオエピトープ配列（複数可）に対してＮ末端である分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列と、１種以上ネオエピトープ配列（複数可）に対してＣ末端である膜貫通ドメイン及び／又は細胞質ドメインをコードするポリヌクレオチド配列の両方を含む。そのような配列を組み合わせることにより、ヒト樹状細胞におけるＭＨＣクラスＩ及びＩＩエピトープのプロセシング及び提示が改善されることが示されている。例えば、Ｋｒｅｉｔｅｒ，Ｓ．ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８０：３０９－３１８を参照されたい。
骨髄ＤＣでは、ＲＮＡはサイトゾルに放出され、ポリネオエピトープペプチドに翻訳される。ポリペプチドは、抗原提示を増強するための追加の配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリペプチドのＮ末端のＭＨＣＩ重鎖からのシグナル配列（ｓｅｃ）を使用して、新生分子を小胞体に標的化し、これはＭＨＣＩ提示効率を高めることが示されている。理論に拘束されることを望むものではないが、ＭＨＣＩ重鎖の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインは、ＭＨＣＩＩ提示を改善することが示されたエンドソーム／リソソーム区画にポリペプチドを誘導すると考えられる。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは３’ＵＴＲを含む。ｍＲＮＡ中の３’対タンパク質コード配列に見られる特定の非翻訳配列は、ＲＮＡ安定性、翻訳、及びタンパク質発現を改善することが示されている。３’ＵＴＲとしての使用に適したポリヌクレオチド配列は、例えば、ＰＧ公開番号、米国特許出願公開第２０１９００７１６８２号に記載されている。いくつかの実施形態では、３’ＵＴＲは、ＡＥＳの３’非翻訳領域若しくはその断片及び／又はミトコンドリアにコードされた１２Ｓ ＲＮＡの非コードＲＮＡを含む。「ＡＥＳ」というは、スプリットのアミノ末端エンハンサー（Ａｍｉｎｏ－Ｔｅｒｍｉｎａｌ Ｅｎｈａｎｃｅｒ Ｏｆ Ｓｐｌｉｔ）に関し、ＡＥＳ遺伝子を含む（例えば、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ：１６６を参照）。この遺伝子によってコードされるタンパク質は、タンパク質のｇｒｏｕｃｈｏ／ＴＬＥファミリーに属し、ホモオリゴマーとして、又は他のファミリーメンバーと共にヘテロオロジマーとして機能して、他のファミリーメンバー遺伝子の発現を優位に抑制することができる。例示的なＡＥＳ ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列アクセッション番号ＮＭ＿１９８９６９で提供される。「ＭＴ＿ＲＮＲ１」という用語は、ミトコンドリアにコードされた１２Ｓ ＲＮＡに関し、ＭＴ＿ＲＮＲ１遺伝子（例えば、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ：４５４９を参照）を含む。このＲＮＡ遺伝子はＭｔ＿ｒＲＮＡクラスに属する。ＭＴ－ＲＮＲ１に関連する疾患には、拘束性心筋症及び聴覚神経障害が含まれる。その関連経路の中には、真核生物におけるリボソーム生合成及びＣＦＴＲ翻訳忠実度（クラスＩ変異）がある。例示的なＭＴ＿ＲＮＲ１ ＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列アクセッション番号ＮＣ＿０１２９２０に存在する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンの３’ＵＴＲは、配列ＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣ（配列番号３３）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンの３’ＵＴＲは、配列ＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ（配列番号３５）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンの３’ＵＴＲは、配列ＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣ（配列番号３３）及び配列ＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ（配列番号３５）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンの３’ＵＴＲは、配列ＣＵＣＧＡＧＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣＣＧＣＧＵＣＧＣＵ（配列番号３１）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンの３’ＵＴＲは、配列ＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣ（配列番号３４）を含むＤＮＡによってコードされる。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンの３’ＵＴＲは、配列ＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ（配列番号３６）を含むＤＮＡによってコードされる。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンの３’ＵＴＲは、ＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣ（配列番号３４）の配列及びＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ（配列番号３６）の配列を含むＤＮＡによってコードされる。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンの３’ＵＴＲは、配列ＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＴＧＧＴＣＣＡＧＡＧＴＣＧＣＴＡＧＣＣＧＣＧＴＣＧＣＴ（配列番号３２）を含むＤＮＡによってコードされる。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、その３’末端にポリ（Ａ）尾部を含む。いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）尾部は、５０個超又は１００個超のアデニンヌクレオチドを含む。例えば、いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）尾部は１２０個のアデニンヌクレオチドを含む。このポリ（Ａ）尾部は、ＲＮＡ安定性及び翻訳効率を高めることが実証されている（Ｈｏｌｔｋａｍｐ，Ｓ．ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｂｌｏｏｄ １０８：４００９－４０１７）。いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）尾部を含むＲＮＡは、少なくとも５０、１００又は１２０個のアデニン連続ヌクレオチドをコードするポリヌクレオチド配列及びＩＩＳ型制限エンドヌクレアーゼに対する認識配列を転写の５’→３’方向に含むＤＮＡ分子を転写することによって生成される。翻訳を改善する例示的なポリ（Ａ）尾部及び３’ＵＴＲ配列は、例えば、米国特許第９，４７６，０５５号に見られる。
いくつかの実施形態では、本開示のＲＮＡワクチン又はＲＮＡ分子は、以下の一般構造（５’→３’方向）を含む：（１）５’キャップ；（２）５’非翻訳領域（ＵＴＲ）；（３）分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列；（４）主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列；（５）３’ＵＴＲであって、（ａ）Ｓｐｌｉｔ（ＡＥＳ）ｍＲＮＡのアミノ末端エンハンサーの３’非翻訳領域又はその断片；及び（ｂ）ミトコンドリアにコードされた１２Ｓ ＲＮＡの非コードＲＮＡ又はその断片を含む３’ＵＴＲ；並びに（６）ポリ（Ａ）配列。いくつかの実施形態では、本開示のＲＮＡワクチン又はＲＮＡ分子は、５’→３’方向に、ポリヌクレオチド配列ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号１９）；及びポリヌクレオチド配列ＡＵＣＧＵＧＧＧＡＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧＡＣＡＧＣＣＵＡＧＵＡＡＣＵＣＧＡＧＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣＣＧＣＧＵＣＧＣＵ（配列番号２０）を含む。有利には、構造又は配列のこの組合せ及び配向を含むＲＮＡワクチンは、ＲＮＡ安定性の改善、翻訳効率の向上、抗原提示及び／又はプロセシングの改善（例えば、ＤＣによる）、並びにタンパク質発現の増加のうちの１つ以上を特徴とする。
いくつかの実施形態では、本開示のＲＮＡワクチン又はＲＮＡ分子は、配列番号４２の配列（５’→３’方向）を含む。例えば、図４を参照されたい。いくつかの実施形態では、Ｎは、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、又は３０個のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を指す。いくつかの実施形態では、Ｎは、１種以上のリンカー－エピトープモジュール（例えば、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、又は３０個の異なるリンカー－エピトープモジュール）をコードするポリヌクレオチド配列を指す。いくつかの実施形態では、Ｎは、１種以上のリンカー－エピトープモジュール（例えば、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、又は３０個の異なるリンカー－エピトープモジュール）及び３’末端に追加のアミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列を指す。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチン又はＲＮＡ分子は、少なくとも１種のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を更に含み、少なくとも１種のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列は、５’→３’方向に、分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列との間にある。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個又は２０個の異なるネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチン又はＲＮＡ分子は、５’→３’方向に、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列、及びネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を更に含む。いくつかの実施形態では、アミノ酸リンカー及びネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列は、リンカー－ネオエピトープモジュール（例えば、同じオープンリーディングフレーム内の５’→３’方向の連続配列）を形成する。いくつかの実施形態では、リンカー－ネオエピトープモジュールを形成するポリヌクレオチド配列は、５’→３’方向に、分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列との間、又は配列番号１９の配列と配列番号２０の配列との間にある。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチン又はＲＮＡ分子は、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２８個、２９個、又は３０個のリンカー－エピトープモジュールを含む。いくつかの実施形態では、リンカー－エピトープモジュールのそれぞれは、異なるネオエピトープをコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチン又はＲＮＡ分子は、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個又は２０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、ＲＮＡワクチン又はＲＮＡ分子は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個又は２０個の異なるネオエピトープをコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチン又はＲＮＡ分子は、５個、１０個、又は２０個のリンカー－エピトープモジュールを含む。いくつかの実施形態では、リンカー－エピトープモジュールのそれぞれは、異なるネオエピトープをコードする。いくつかの実施形態では、リンカー－エピトープモジュールは、同じオープンリーディングフレーム内で５’→３’方向に連続配列を形成する。いくつかの実施形態では、第１のリンカー－エピトープモジュールのリンカーをコードするポリヌクレオチド配列は、分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の３’である。いくつかの実施形態では、最後のリンカー－エピトープモジュールのネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列は、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列の５’である。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、少なくとも８００ヌクレオチド、少なくとも１０００ヌクレオチド、又は少なくとも１２００ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは２０００ヌクレオチド未満の長さである。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、少なくとも８００ヌクレオチドであるが２０００ヌクレオチド未満の長さ、少なくとも１０００ヌクレオチドであるが２０００ヌクレオチド未満の長さ、少なくとも１２００ヌクレオチドであるが２０００ヌクレオチド未満の長さ、少なくとも１４００ヌクレオチドであるが２０００ヌクレオチド未満の長さ、少なくとも８００ヌクレオチドであるが１４００ヌクレオチド未満の長さ、又は少なくとも８００ヌクレオチドであるが２０００ヌクレオチド未満の長さである。例えば、上記の要素を含むＲＮＡワクチンの定常領域は、およそ８００ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、５個の患者特異的ネオエピトープ（例えば、それぞれが２７個のアミノ酸をコードする）を含むＲＮＡワクチンは、１３００ヌクレオチド長を超える。いくつかの実施形態では、１０個の患者特異的ネオエピトープ（例えば、それぞれが２７個のアミノ酸をコードする）を含むＲＮＡワクチンは、１８００ヌクレオチド長を超える。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンはリポプレックスナノ粒子又はリポソームに製剤化される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（ＲＮＡ－リポプレックス）のためのリポプレックスナノ粒子製剤を使用して、本開示のＲＮＡワクチンのＩＶ送達を可能にする。いくつかの実施形態では、合成カチオン性脂質（Ｒ）－Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチル－２，３－ジオレイルオキシ－１－プロパンアミニウムクロリド（ＤＯＴＭＡ）及びリン脂質１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）を含むＲＮＡがんワクチン用のリポプレックスナノ粒子製剤を、例えばＩＶ送達を可能にするために使用する。ＤＯＴＭＡ／ＤＯＰＥリポソーム成分は、脾臓及び他のリンパ器官における抗原提示細胞のＩＶ送達及び標的化のために最適化されている。
一実施形態では、ナノ粒子は少なくとも１種の脂質を含む。一実施形態では、ナノ粒子は、少なくとも１種のカチオン性脂質を含む。カチオン性脂質は、モノカチオン性又はポリカチオン性であり得る。任意のカチオン性両親媒性分子、例えば、少なくとも１つの親水性及び親油性部分を含む分子は、本発明の意味の範囲内のカチオン性脂質である。一実施形態では、正電荷は少なくとも１種のカチオン性脂質によって占められ、負電荷はＲＮＡによって占められる。一実施形態では、ナノ粒子は、少なくとも１種のヘルパー脂質を含む。ヘルパー脂質は、中性又はアニオン性脂質であり得る。ヘルパー脂質は、天然脂質、例えばリン脂質若しくは天然脂質の類縁体、又は完全合成脂質、又は天然脂質と類似性のない脂質様分子であり得る。一実施形態では、カチオン性脂質及び／又はヘルパー脂質は、二重層形成脂質である。
一実施形態では、少なくとも１種のカチオン性脂質は、１，２－ジ－Ｏ－オクタデセニル－３－トリメチルアンモニウムプロパン（ＤＯＴＭＡ）又はその類縁体若しくは誘導体、及び／又は１，２－ジオレオイル－３－トリメチルアンモニウム－プロパン（ＤＯＴＡＰ）又はその類縁体若しくは誘導体を含む。
一実施形態では、少なくとも１種のヘルパー脂質は、１，２－ジ－（９Ｚ－オクタデセノイル）－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）又はその類縁体若しくは誘導体、コレステロール（Ｃｈｏｌ）又はその類縁体若しくは誘導体、及び／又は１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＤＯＰＣ）又はその類縁体若しくは誘導体を含む。
一実施形態では、少なくとも１種のカチオン性脂質対少なくとも１種のヘルパー脂質のモル比は、１０：０～３：７、好ましくは９：１～３：７、４：１～１：２、４：１～２：３、７：３～１：１、又は２：１～１：１、好ましくは約１：１である。一実施形態では、この比において、カチオン性脂質のモル量は、カチオン性脂質のモル量にカチオン性脂質の正電荷の数を乗じたものから生じる。
一実施形態では、脂質は、当該ＲＮＡをカプセル化する小胞に含まれる。小胞は、多層小胞、単層小胞、又はそれらの混合物であり得る。小胞は、リポソームであってもよい。
本明細書に記載のナノ粒子又はリポソームを、ＲＮＡに対するカチオン性脂質の（＋／－）電荷比に応じて正電荷対負電荷を調整し、ＲＮＡとカチオン性脂質を混合することによって形成することができる。本明細書に記載のナノ粒子中のＲＮＡに対するカチオン性脂質の＋／－電荷比を、以下の式によって計算することができる。（＋／－電荷比）＝［（カチオン性脂質量（ｍｏｌ））＊（カチオン性脂質中の正電荷の総数）］：［（ＲＮＡ量（ｍｏｌ））＊（ＲＮＡ中の負電荷の総数）］。ＲＮＡ量及びカチオン性脂質量は、ナノ粒子の調製時の負荷量を考慮して当業者が容易に決定することができる。例示的なナノ粒子の更なる説明については、例えば、ＰＧの米国特許出願公開第２０１５００８６６１２号を参照されたい。
一実施形態では、ナノ粒子又はリポソーム中の正電荷対負電荷の全電荷比（例えば、生理学的ｐＨで）は、１．４：１～１：８、好ましくは１．２：１～１：４、例えば１：１～１：３、例えば１：１．２～１：２、１：１．２～１：１．８、１：１．３～１：１．７、特に１：１．４～１：１．６、例えば約１：１．５である。いくつかの実施形態では、生理学的ｐＨにおいて、ナノ粒子の正電荷対負電荷の全電荷比は、
Figure 2022518399000005
である。いくつかの実施形態では、生理学的ｐＨにおいて、ナノ粒子又はリポソームの正電荷対負電荷の全電荷比は、１．６：２（０．８）～１：２（０．５）又は１．６：２（０．８）～１．１：２（０．５５）である。いくつかの実施形態では、生理学的ｐＨにおいて、ナノ粒子又はリポソームの正電荷対負電荷の全電荷比は１．３：２（０．６５）である。いくつかの実施形態では、生理学的ｐＨでは、リポソームの正電荷対負電荷の全電荷比は１．０：２．０以上である。いくつかの実施形態では、生理学的ｐＨでは、リポソームの正電荷対負電荷の全電荷比は１．９：２．０以下である。いくつかの実施形態では、生理学的ｐＨでは、リポソームの正電荷対負電荷の全電荷比は、１．０：２．０以上１．９：２．０以下である。
一実施形態では、ナノ粒子は、１０：０～１：９、好ましくは８：２～３：７、より好ましくは７：３～５：５のモル比でＤＯＴＭＡ及びＤＯＰＥを含むリポプレックスであり、ＲＮＡ中の負電荷に対するＤＯＴＭＡ中の正電荷の電荷比は、１．８：２～０．８：２、より好ましくは１．６：２～１：２、更により好ましくは１．４：２～１．１：２、更により好ましくは約１．２：２である。一実施形態では、ナノ粒子は、１０：０～１：９、好ましくは８：２～３：７、より好ましくは７：３～５：５のモル比でＤＯＴＭＡ及びコレステロールを含むリポプレックスであり、ＲＮＡ中の負電荷に対するＤＯＴＭＡ中の正電荷の電荷比は、１．８：２～０．８：２、より好ましくは１．６：２～１：２、更により好ましくは１．４：２～１．１：２、更により好ましくは約１．２：２である。一実施形態では、ナノ粒子は、１０：０～１：９、好ましくは８：２～３：７、より好ましくは７：３～５：５のモル比でＤＯＴＡＰ及びＤＯＰＥを含むリポプレックスであり、ＲＮＡ中の負電荷に対するＤＯＴＭＡ中の正電荷の電荷比は、１．８：２～０．８：２、より好ましくは１．６：２～１：２、更により好ましくは１．４：２～１．１：２、更により好ましくは約１．２：２である。一実施形態では、ナノ粒子は、ＤＯＴＭＡとＤＯＰＥとを２：１～１：２、好ましくは２：１～１：１のモル比で含むリポプレックスであり、ＲＮＡ中の負電荷に対するＤＯＴＭＡ中の正電荷の電荷比は１．４：１以下である。一実施形態では、ナノ粒子は、ＤＯＴＭＡとコレステロールとを２：１～１：２、好ましくは２：１～１：１のモル比で含むリポプレックスであり、ＲＮＡ中の負電荷に対するＤＯＴＭＡ中の正電荷の電荷比は１．４：１以下である。一実施形態では、ナノ粒子は、ＤＯＴＡＰとＤＯＰＥとを２：１～１：２、好ましくは２：１～１：１のモル比で含むリポプレックスであり、ＲＮＡ中の負電荷に対するＤＯＴＡＰ中の正電荷の電荷比は１．４：１以下である。
一実施形態では、ナノ粒子又はリポソームのゼータ電位は、－５以下、－１０以下、－１５以下、－２０以下又は－２５以下である。様々な実施形態では、ナノ粒子又はリポソームのゼータ電位は、－３５以上、－３０以上又は－２５以上である。一実施形態では、ナノ粒子又はリポソームは、０ｍＶ～－５０ｍＶ、好ましくは０ｍＶ～－４０ｍＶ又は－１０ｍＶ～－３０ｍＶのゼータ電位を有する。
いくつかの実施形態では、ナノ粒子又はリポソームの多分散指数は、動的光散乱によって測定される場合、０．５以下、０．４以下、又は０．３以下である。
いくつかの実施形態では、ナノ粒子又はリポソームは、動的光散乱によって測定される場合、約５０ｎｍ～約１０００ｎｍ、約１００ｎｍ～約８００ｎｍ、約２００ｎｍ～約６００ｎｍ、約２５０ｎｍ～約７００ｎｍ、又は約２５０ｎｍ～約５５０ｎｍの範囲の平均径を有する。
いくつかの実施形態では、ＰＣＶを、例えばリポソーム製剤中で、１５μｇ、２５μｇ、３８μｇ、５０μｇ、又は１００μｇの用量で静脈内投与する。いくつかの実施形態では、１５μｇ、２５μｇ、３８μｇ、５０μｇ又は１００μｇのＲＮＡが、用量あたりで送達される（すなわち、用量重量は投与されたＲＮＡの重量を反映し、投与された製剤又はリポプレックスの総重量を反映しない）。２種以上のＰＣＶを対象に投与してもよく、例えば、対象に、ネオエピトープの組合せを有する１種のＰＣＶを投与し、ネオエピトープの異なる組合せを有する別個のＰＣＶも投与する。いくつかの実施形態では、１０個のネオエピトープを有する第１のＰＣＶを、１０個の代替エピトープを有する第２のＰＣＶと組み合わせて投与する。
いくつかの実施形態では、ＰＣＶを、脾臓に送達されるように投与する。例えば、１種以上抗原（複数可）（例えば、患者特異的ネオ抗原）が抗原提示細胞（例えば、脾臓において）に送達されるように、ＰＣＴを投与することができる。
本開示のＰＣＶ又はＲＮＡワクチンのいずれも、本明細書に記載の方法において用途を見出すことができる。例えば、いくつかの実施形態では、本開示のＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、個別化がんワクチン（ＰＣＶ）、例えば上記のＲＮＡワクチンと組み合わせて投与する。
本開示のＲＮＡワクチンのいずれかをコードするＤＮＡ分子を、本明細書中に更に提供する。例えば、いくつかの実施形態では、本開示のＤＮＡ分子は、以下の一般構造（５’→３’方向）を含む：（１）５’非翻訳領域（ＵＴＲ）をコードするポリヌクレオチド配列；（２）分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列；（３）主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列；（４）３’ＵＴＲをコードするポリヌクレオチド配列であって、（ａ）Ｓｐｌｉｔ（ＡＥＳ）ｍＲＮＡのアミノ末端エンハンサー又はその断片の３’非翻訳領域；及び（ｂ）ミトコンドリアにコードされた１２Ｓ ＲＮＡ又はその断片の非コードＲＮＡを含む３’ＵＴＲ；並びに（５）ポリ（Ａ）配列をコードするポリヌクレオチド。いくつかの実施形態では、本開示のＤＮＡ分子は、５’→３’方向に、ポリヌクレオチド配列ＧＧＣＧＡＡＣＴＡＧＴＡＴＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＴＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣＡＴＧＡＧＡＧＴＧＡＴＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＴＧＡＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧＴＣＴＧＧＣＧＣＣＣＴＧＧＣＣＣＴＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＴＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号４０）及びポリヌクレオチド配列ＡＴＣＧＴＧＧＧＡＡＴＴＧＴＧＧＣＡＧＧＡＣＴＧＧＣＡＧＴＧＣＴＧＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＴＧＡＴＣＧＧＡＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＣＴＡＣＣＧＴＧＡＴＧＴＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＴＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＴＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＴＣＴＧＡＴＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＴＧＴＣＡＣＴＧＡＣＡＧＣＣＴＡＧＴＡＡＣＴＣＧＡＧＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＴＧＧＴＣＣＡＧＡＧＴＣＧＣＴＡＧＣＣＧＣＧＴＣＧＣＴ（配列番号４１）を含む。
いくつかの実施形態では、ＤＮＡ分子は、５’→３’方向に、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列、及びネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を更に含む。いくつかの実施形態では、アミノ酸リンカー及びネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列は、リンカー－ネオエピトープモジュール（例えば、同じオープンリーディングフレーム内の５’→３’方向の連続配列）を形成する。いくつかの実施形態では、リンカー－ネオエピトープモジュールを形成するポリヌクレオチド配列は、５’→３’方向に、分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列と、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列との間、又は配列番号４０の配列と配列番号４１の配列との間にある。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ分子は、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２８個、２９個、又は３０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、各リンカー－エピトープモジュールは異なるネオエピトープをコードする。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ分子は、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個又は２０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、ＤＮＡ分子は、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個又は２０個の異なるネオエピトープをコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ分子は、５個、１０個、又は２０個のリンカー－エピトープモジュールを含む。いくつかの実施形態では、リンカー－エピトープモジュールのそれぞれは、異なるネオエピトープをコードする。いくつかの実施形態では、リンカー－エピトープモジュールは、同じオープンリーディングフレーム内で５’→３’方向に連続配列を形成する。いくつかの実施形態では、第１のリンカー－エピトープモジュールのリンカーをコードするポリヌクレオチド配列は、分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の３’である。いくつかの実施形態では、最後のリンカー－エピトープモジュールのネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列は、ＭＨＣ分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列の５’である。
本開示のＤＮＡ分子を転写すること（例えば、直鎖状の二本鎖ＤＮＡ又はプラスミドＤＮＡの転写によって、例えばｉｎ ｖｉｔｒｏ転写によって）を含む、本開示のＲＮＡワクチンのいずれかを製造する方法も本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、該方法は、転写されたＲＮＡ分子をＤＮＡ分子から単離及び／又は精製する工程を更に含む。
いくつかの実施形態では、本開示のＲＮＡ又はＤＮＡ分子は、５’ＲＮＡポリメラーゼプロモーターの制御下でＲＮＡが転写されることを可能にし、ポリアデニルカセット（ポリ（Ａ）配列）を含むＩＩＳ型制限切断部位を含み、認識配列はポリ（Ａ）配列の３’側に位置するが、切断部位は上流側に位置し、したがってポリ（Ａ）配列内に位置する。ＩＩＳ型制限切断部位での制限切断は、米国特許第９，４７６，０５５号及び同第１０，１０６，８００号に記載されるように、プラスミドをポリ（Ａ）配列内で線状化することを可能にする。次いで、線状化プラスミドをｉｎ ｖｉｔｒｏ転写のための鋳型として使用することができ、得られた転写物はマスクされていないポリ（Ａ）配列で終わる。米国特許第９，４７６，０５５号及び同第１０，１０６，８００号に記載されているＩＩＳ型制限切断部位のいずれかを用いてもよい。
ＩＶ．ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト
いくつかの実施形態では、本開示のＰＣＶ（例えば、ＲＮＡワクチン）を、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストと組み合わせて投与する。
例えば、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとしては、ＰＤ－１結合アンタゴニスト、ＰＤＬ１結合アンタゴニスト、及びＰＤＬ２結合アンタゴニストが挙げられる。「ＰＤ－１」の代替名としては、ＣＤ２７９及びＳＬＥＢ２が挙げられる。「ＰＤＬ１」の代替名としては、Ｂ７－Ｈ１、Ｂ７－４、ＣＤ２７４及びＢ７－Ｈが挙げられる。「ＰＤＬ２」の代替名としては、Ｂ７－ＤＣ、Ｂｔｄｃ、及びＣＤ２７３が挙げられる。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１、ＰＤＬ１、及びＰＤＬ２は、ヒトＰＤ－１、ＰＤＬ１、及びＰＤＬ２である。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のそのリガンド結合パートナー（複数可）への結合を阻害する分子である。具体的な一態様では、ＰＤ－１のリガンド結合パートナーは、ＰＤＬ１及び／又はＰＤＬ２である。別の実施形態では、ＰＤＬ１結合アンタゴニストは、ＰＤＬ１のその結合パートナー（複数可）への結合を阻害する分子である。具体的な一態様では、ＰＤＬ１の結合パートナー（複数可）は、ＰＤ－１及び／又はＢ７－１である。別の実施形態では、ＰＤＬ２結合アンタゴニストは、ＰＤＬ２のその結合パートナー（複数可）への結合を阻害する分子である。具体的な一態様では、ＰＤＬ２の結合パートナーは、ＰＤ－１である。アンタゴニストは、抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、又はオリゴペプチドであってもよい。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－１抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、又はキメラ抗体）である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ニボルマブ（ＣＡＳ登録番号９４６４１４－９４－４）である。ニボルマブ（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ／Ｏｎｏ）、別名、ＭＤＸ－１１０６－０４、ＭＤＸ－１１０６、ＯＮＯ－４５３８、ＢＭＳ－９３６５５８、及びＯＰＤＩＶＯ（登録商標）は、国際公開第２００６／１２１１６８号に記載の抗ＰＤ－１抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、重鎖及び軽鎖配列を含み、
（ａ）該重鎖は、アミノ酸配列：ＱＶＱＬＶＥＳＧＧＧＶＶＱＰＧＲＳＬＲＬＤＣＫＡＳＧＩＴＦＳＮＳＧＭＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＶＩＷＹ ＤＧＳＫＲＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＦＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＴＮＤＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧ（配列番号１１）、及び
（ｂ）、を含み、該軽鎖は、アミノ酸配列：ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＮＲＡＴ ＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＳＳＮＷＰＲＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号１２）を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、配列番号１１及び配列番号１２からの６つのＨＶＲ配列（例えば、配列番号１１からの３つの重鎖ＨＶＲ及び配列番号１２からの３つの軽鎖ＨＶＲ）を含む。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、配列番号１１からの重鎖可変ドメイン及び配列番号１２からの軽鎖可変ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ペムブロリズマブ（ＣＡＳ登録番号：１３７４８５３－９１－４）である。ペムブロリズマブ（Ｍｅｒｃｋ）、別名、ＭＫ－３４７５、Ｍｅｒｃｋ ３４７５、ランブロリズマブ、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）、及びＳＣＨ－９００４７５は、国際公開第２００９／１１４３３５号に記載の抗ＰＤ－１抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、重鎖及び軽鎖配列を含み、
（ａ）該重鎖は、アミノ酸配列：
ＱＶＱＬＶＱＳＧＶＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＦＴＮＹＹＭＹＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＧ ＩＮＰＳＮＧＧＴＮＦＮＥＫＦＫＮＲＶＴＬＴＴＤＳＳＴＴＴＡＹＭＥＬＫＳＬＱＦＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＤＹＲＦＤＭＧＦＤＹＷ ＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶ ＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰ ＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫ ＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫ ＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮ ＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧ（配列番号１３）、及び
（ｂ）、を含み、該軽鎖は、アミノ酸配列：
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴ ＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＫＧＶＳＴＳＧＹＳＹＬＨＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＬＡＳＹＬＥＳ ＧＶＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＨＳＲＤＬＰＬＴＦＧＧＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦ ＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱ ＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号１４）を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、配列番号１３及び配列番号１４からの６種類のＨＶＲ配列（例えば、配列番号１３からの３種類の重鎖ＨＶＲ及び配列番号１４からの３種類の軽鎖ＨＶＲ）を含む。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、配列番号１３からの重鎖可変ドメイン及び配列番号１４からの軽鎖可変ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４；ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）である。ＭＥＤＩ－０６８０はヒト化ＩｇＧ４抗ＰＤ－１抗体である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤＲ００１（ＣＡＳ登録番号１８５９０７２－５３－９；Ｎｏｖａｒｔｉｓ）である。ＰＤＲ００１は、ＰＤ－１へのＰＤＬ１及びＰＤＬ２の結合をブロックする、ヒト化ＩｇＧ４抗ＰＤ１抗体である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ＲＥＧＮ２８１０（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）である。ＲＥＧＮ２８１０は、ＬＩＢＴＡＹＯ（登録商標）及びセミプリマブ－ｒｗｌｃとしても知られるヒト抗ＰＤ１抗体である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ＢＧＢ－１０８（ＢｅｉＧｅｎｅ）である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ＢＧＢ－Ａ３１７（ＢｅｉＧｅｎｅ）である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ＪＳ－００１（Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｊｕｎｓｈｉ）である。ＪＳ－００１はヒト化抗ＰＤ１抗体である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体はＳＴＩ－Ａ１１１０（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ）である。ＳＴＩ－Ａ１１１０はヒト抗ＰＤ１抗体である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ＩＮＣＳＨＲ－１２１０（Ｉｎｃｙｔｅ）である。ＩＮＣＳＨＲ－１２１０は、ヒトＩｇＧ４抗ＰＤ１抗体である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ＰＦ－０６８０１５９１（Ｐｆｉｚｅｒ）である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ＴＳＲ－０４２（ＡＮＢ０１１としても知られている；Ｔｅｓａｒｏ／ＡｎａｐｔｙｓＢｉｏ）である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ＡＭ０００１（ＡＲＭＯ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ＥＮＵＭ ２４４Ｃ８（Ｅｎｕｍｅｒａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｈｏｌｄｉｎｇｓ）である。ＥＮＵＭ ２４４Ｃ８は、ＰＤＬ１とＰＤ－１の結合を阻害することなく、ＰＤ－１の機能を阻害する抗ＰＤ１抗体である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、ＥＮＵＭ ３８８Ｄ４（Ｅｎｕｍｅｒａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｈｏｌｄｉｎｇｓ）である。ＥＮＵＭ ３８８Ｄ４は、ＰＤＬ１のＰＤ－１に対する結合を競合的に阻害する抗ＰＤ１抗体である。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１抗体は、６つのＨＶＲ配列（例えば、３つの重鎖ＨＶＲ及び３つの軽鎖ＨＶＲ）及び／又は、国際公開第２０１５／１１２８００号（出願人：Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）、国際公開第２０１５／１１２８０５号（出願人：Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）、国際公開第２０１５／１１２９００号（出願人：Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、米国特許出願公開第２０１５０２１０７６９号（Ｎｏｖａｒｔｉｓに譲渡）、国際公開第２０１６／０８９８７３号（出願人：Ｃｅｌｇｅｎｅ）、国際公開第２０１５／０３５６０６号（出願人：Ｂｅｉｇｅｎｅ）、国際公開第２０１５／０８５８４７号（出願人：Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｈｅｎｇｒｕｉ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ／Ｊｉａｎｇｓｕ Ｈｅｎｇｒｕｉ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ）、国際公開第２０１４／２０６１０７号（出願人：Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｊｕｎｓｈｉ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ／Ｊｕｎｍｅｎｇ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、国際公開第２０１２／１４５４９３号（出願人：Ａｍｐｌｉｍｍｕｎｅ）、米国特許第９２０５１４８号（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅに譲渡）、国際公開第２０１５／１１９９３０号（出願人：Ｐｆｉｚｅｒ／Ｍｅｒｃｋ）、国際公開第２０１５／１１９９２３号（出願人：Ｐｆｉｚｅｒ／Ｍｅｒｃｋ）、国際公開第２０１６／０３２９２７号（出願人：Ｐｆｉｚｅｒ／Ｍｅｒｃｋ）、国際公開第２０１４／１７９６６４号（出願人：ＡｎａｐｔｙｓＢｉｏ）、国際公開第２０１６／１０６１６０号（出願人：Ｅｎｕｍｅｒａｌ）、及び国際公開第２０１４／１９４３０２号（出願人：Ｓｏｒｒｅｎｔｏ）に記載されるＰＤ－１抗体からの重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、イムノアドヘシン（例えば、定常領域（例えば、免疫グロブリン配列のＦｃ領域に融合したＰＤＬ１又はＰＤＬ２の細胞外又はＰＤ－１結合部分を含むイムノアドヘシン）である。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストはＡＭＰ－２２４である。Ｂ７－ＤＣＩｇとしても知られるＡＭＰ－２２４（ＣＡＳ登録番号１４２２１８４－００－６；ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）は、国際公開第２０１０／０２７８２７号及び同第２０１１／０６６３４２号に記載されているＰＤＬ２－Ｆｃ融合可溶性受容体である。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ペプチド又は低分子化合物である。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＡＵＮＰ－１２（ＰｉｅｒｒｅＦａｂｒｅ／Ａｕｒｉｇｅｎｅ）である。例えば、国際公開第２０１２／１６８９４４号、同第２０１５／０３６９２７号、同第２０１５／０４４９００号、同第２０１５／０３３３０３号、同第２０１３／１４４７０４号、同第２０１３／１３２３１７号及び同第２０１１／１６１６９９を参照。
いくつかの実施形態では、ＰＤＬ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１を阻害する低分子である。いくつかの実施形態では、ＰＤＬ１結合アンタゴニストは、ＰＤＬ１を阻害する低分子である。いくつかの実施形態では、ＰＤＬ１結合アンタゴニストは、ＰＤＬ１及びＶＩＳＴＡを阻害する低分子である。いくつかの実施形態では、ＰＤＬ１結合アンタゴニストは、ＣＡ－１７０（ＡＵＰＭ－１７０としても知られている）である。いくつかの実施形態では、ＰＤＬ１結合アンタゴニストは、ＰＤＬ１及びＴＩＭ３を阻害する低分子である。いくつかの実施形態では、小分子は、国際公開第２０１５／０３３３０１号及び同第２０１５／０３３２９９号に記載されている化合物である。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、抗ＰＤＬ１抗体である。本明細書では、様々な抗ＰＤＬ１抗体が企図され、記載されている。本明細書における実施形態のうちのいずれかでは、単離された抗ＰＤＬ１抗体は、ヒトＰＤＬ１、例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＺＱ７．１に示されるヒトＰＤＬ１、又はその変異体に結合することができる。いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、ＰＤＬ１とＰＤ－１との間の結合及び／又はＰＤＬ１とＢ７－１との間の結合を阻害することができる。いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’－ＳＨ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ及び（Ｆａｂ’）２断片からなる群から選択される抗体断片である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、ヒト化抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、ヒト抗体である。本発明の方法に有用な抗ＰＤＬ１抗体の例、及びそれらの作製方法は、ＰＣＴ特許出願第２０１０／０７７６３４Ａ１号及び米国特許第８，２１７，１４９号に記載されており、これらは参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、重鎖可変領域配列及び軽鎖可変領域配列を含み、
（ａ）重鎖可変領域が、それぞれＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨ（配列番号１）、ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号２）及びＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号３）のＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２及びＨＶＲ－Ｈ３の配列を含み、
（ｂ）軽鎖可変領域は、それぞれＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡ（配列番号４）、ＳＡＳＦＬＹＳ（配列番号５）及びＱＱＹＬＹＨＰＡＴ（配列番号６）のＨＶＲ－Ｌ１、ＨＶＲ－Ｌ２及びＨＶＲ－Ｌ３の配列を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、アテゾリズマブ及びＴＥＣＥＮＴＲＩＱ（登録商標）（ＣＡＳ登録番号：１４２２１８５－０６－５）としても知られているＭＰＤＬ３２８０Ａであり、２０１５年１月１６日に発行されたＷＨＯ Ｄｒｕｇ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｎｏｎｐｒｏｐｒｉｅｔａｒｙ Ｎａｍｅｓ ｆｏｒ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｕｂｓｔａｎｃｅｓ）、Ｐｒｏｐｏｓｅｄ ＩＮＮ：Ｌｉｓｔ １１２，Ｖｏｌ．２８，Ｎｏ．４に記載されている（４８５頁を参照）に記載されている。いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、重鎖及び軽鎖配列を含み、
（ａ）該重鎖可変領域配列は、アミノ酸配列：ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号７）、及び
（ｂ）、を含み、該軽鎖可変領域配列は、アミノ酸配列：ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹ ＳＡＳＦ ＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号８）を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、重鎖及び軽鎖配列を含み、
（ａ）該重鎖は、アミノ酸配列：ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＡＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧ（配列番号９）、及び
（ｂ）、を含み、該軽鎖は、アミノ酸配列：ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＳＡＳＦＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号１０）を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、アベルマブ（ＣＡＳ登録番号１５３７０３２－８２－８）である。ＭＳＢ００１０７１８Ｃとしても知られるアベルマブは、ヒトモノクローナルＩｇＧ１抗ＰＤＬ１抗体（Ｍｅｒｃｋ ＫＧａＡ、Ｐｆｉｚｅｒ）である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、重鎖及び軽鎖配列を含み、
（ａ）該重鎖は、アミノ酸配列：ＥＶＱＬＬＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＳＹＩＭＭＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＳＩＹＰＳＧＧＩＴＦＹＡＤＴＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＩＫＬＧＴＶＴＴＶＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧ（配列番号１５）、及び
（ｂ）該軽鎖は、アミノ酸配列：ＱＳＡＬＴＱＰＡＳＶＳＧＳＰＧＱＳＩＴＩＳＣＴＧＴＳＳＤＶＧＧＹＮＹＶＳＷＹＱＱＨＰＧＫＡＰＫＬＭＩＹＤＶＳＮＲＰＳＧＶＳＮＲＦＳＧＳＫＳＧＮＴＡＳＬＴＩＳＧＬＱＡＥＤＥＡＤＹＹＣＳＳＹＴＳＳＳＴＲＶＦＧＴＧＴＫＶＴＶＬＧＱＰＫＡＮＰＴＶＴＬＦＰＰＳＳＥＥＬＱＡＮＫＡＴＬＶＣＬＩＳＤＦＹＰＧＡＶＴＶＡＷＫＡＤＧＳＰＶＫＡＧＶＥＴＴＫＰＳＫＱＳＮＮＫＹＡＡＳＳＹＬＳＬＴＰＥＱＷＫＳＨＲＳＹＳＣＱＶＴＨＥＧＳＴＶＥＫＴＶＡＰＴＥＣＳ（配列番号１６）を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、配列番号１５及び配列番号１６からの６つのＨＶＲ配列を含む（例えば、配列番号１５の３つの重鎖ＨＶＲ及び配列番号１６の３つの軽鎖ＨＶＲ）。いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、配列番号１５からの重鎖可変ドメイン及び配列番号１６からの軽鎖可変ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、デュルバルマブ（ＣＡＳ登録番号：１４２８９３５－６０－７）ＭＥＤＩ４７３６としても知られるデュルバルマブは、国際公開第２０１１／０６６３８９号及び米国特許出願公開第２０１３／０３４５５９号に記載されている、Ｆｃ最適化ヒトモノクローナルＩｇＧ１カッパ抗ＰＤＬ１抗体（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）である。いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、重鎖及び軽鎖配列を含み、
（ａ）該重鎖は、アミノ酸配列：ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＲＹＷＭＳＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＮＩＫＱＤＧＳＥＫＹＹＶＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＡＫＮＳＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＥＧＧＷＦＧＥＬＡＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＦＥＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧ（配列番号１７）、及び
（ｂ）該軽鎖は、アミノ酸配列：ＥＩＶＬＴＱＳＰＧＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＲＶＳＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＳＲＡＴＧＩＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＲＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＹＧＳＬＰＷＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号１８）を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、配列番号１７及び配列番号１８からの６つのＨＶＲ配列を含む（例えば、配列番号１７の３つの重鎖ＨＶＲ及び配列番号１８の３つの軽鎖ＨＶＲ）。いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、配列番号１７からの重鎖可変ドメイン及び配列番号１８からの軽鎖可変ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、ＭＤＸ－１１０５（Ｂｒｉｓｔｏｌ Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）である。ＭＤＸ－１１０５、別名、ＢＭＳ－９３６５５９は、国際公開第２００７／００５８７４号に記載の抗ＰＤＬ１抗体である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、ＬＹ３３０００５４（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体はＳＴＩ－Ａ１０１４（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ）である。ＳＴＩ－Ａ１０１４はヒト抗ＰＤＬ１抗体である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体はＫＮ０３５（Ｓｕｚｈｏｕ Ａｌｐｈａｍａｂ）である。ＫＮ０３５は、ラクダファージディスプレイライブラリーから生成されたシングルドメイン抗体（ｄＡＢ）である。
いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体は、（例えば、腫瘍微小環境中のプロテアーゼによって）切断されると、抗体抗原結合ドメインを活性化して、例えば、非結合性立体部位を除去することによって、その抗原を結合させることができるようにする、切断可能な部位又はリンカーから構成される。いくつかの実施形態では、抗ＰＤＬ１抗体はＣＸ－０７２（ＣｙｔｏｍＸ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）である。
いくつかの実施形態では、ＰＤＬ１抗体は、６つのＨＶＲ配列（例えば、３つの重鎖ＨＶＲ及び３つの軽鎖ＨＶＲ）、並びに／又は米国特許出願公開第２０１６０１０８１２３号（Ｎｏｖａｒｔｉｓに譲渡）、国際公開第２０１６／０００６１９号（出願人：Ｂｅｉｇｅｎｅ）、同第２０１２／１４５４９３号（出願人：Ａｍｐｌｉｍｍｕｎｅ）、米国特許第９２０５１４８号（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅに譲渡）、国際公開第２０１３／１８１６３４号（出願人：Ｓｏｒｒｅｎｔｏ）、及び同第２０１６／０６１１４２号（出願人：Ｎｏｖａｒｔｉｓ）に記載されたＰＤＬ１抗体からの重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含む。
なお更なる具体的な一態様では、本抗体は、ヒト又はマウス定常領域を更に含む。なお更なる一態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。なお更なる具体的な一態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１である。なお更なる一態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、ＩｇＧ３からなる群から選択される。なお更なる態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ２Ａである。
なお更なる具体的な一態様では、本抗体は、低減された又は最小のエフェクター機能を有する。更に具体的な一態様では、最小のエフェクター機能は、「エフェクターのないＦｃ突然変異」又はグリコシル化突然変異から生じる。なお更なる一実施形態では、エフェクターなしのＦｃ変異は、定常領域内のＮ２９７Ａ又はＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。いくつかの実施形態では、単離された抗ＰＤＬ１抗体は、アグリコシル化される。抗体のグリコシル化は、典型的には、Ｎ結合型又はＯ結合型のいずれかである。Ｎ結合型とは、炭水化物部分のアスパラギン残基の側鎖への結合を指す。トリペプチド配列であるアスパラギン－Ｘ－セリン及びアスパラギン－Ｘ－トレオニン（式中、Ｘは、プロリン以外の任意のアミノ酸である）は、炭水化物部分のアスパラギン側鎖への酵素結合の認識配列である。したがって、ポリペプチド内でのこれらのトリペプチド配列のいずれかの存在により、潜在的なグリコシル化部位が作製される。Ｏ結合型グリコシル化とは、糖類、Ｎ－アセチルガラクトサミン、ガラクトース、又はキシロースのうちの１種のヒドロキシアミノ酸、最も一般的にはセリン又はトレオニンへの結合を指すが、５－ヒドロキシプロリン又は５－ヒドロキシリジンも使用され得る。抗体からのグリコシル化部位の除去は、（Ｎ結合型グリコシル化部位について）上述のトリペプチド配列のうちの１種が除去されるようにアミノ酸配列を改変することによって好都合に達成される。この改変は、グリコシル化部位内のアスパラギン、セリン、又はトレオニン残基の別のアミノ酸残基（例えば、グリシン、アラニン又は保存的置換）との置換によって行われ得る。
なお更なる一実施形態では、本開示は、上述の抗ＰＤＬ１抗体のうちのいずれかと少なくとも１つの薬学的に許容可能な担体とを組み合わせて含む組成物を提供する。
なお更なる一実施形態では、本開示は、本明細書に提供される抗ＰＤＬ１、抗ＰＤ－１、若しくは抗ＰＤＬ２抗体、又はその抗原結合断片と、少なくとも１つの薬学的に許容可能な担体とを含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、個体に投与する抗ＰＤＬ１、抗ＰＤ－１、若しくは抗ＰＤＬ２抗体、又はその抗原結合断片は、１種以上の薬学的に許容可能な担体を含む組成物である。本明細書に記載の又は当該技術分野で既知の薬学的に許容可能な担体のうちのいずれかが使用され得る。
Ｖ．抗体調製
本明細書に記載の抗体は、抗体を生成するための当該技術分野で利用可能な技法を使用して調製され、その例示的な方法は、以下の節により詳細に記載される。
抗体は、目的の抗原（例えば、ヒトのＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１等のＰＤ－１又はＰＤ－Ｌ１）を対象とする。好ましくは、抗原は、生物学的に重要なポリペプチドであり、障害に罹患している哺乳動物への抗体の投与により、その哺乳動物に治療的利益がもたらされ得る。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、１μＭ以下、１５０ｎＭ以下、１００ｎＭ以下、５０ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、１ｎＭ以下、０．１ｎＭ以下、０．０１ｎＭ以下、又は０．００１ｎＭ以下（例えば、１０－８Ｍ以下、例えば１０－８Ｍ～１０－１３Ｍ、例えば、１０－９Ｍ～１０－１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を有する。
一実施形態では、Ｋｄは、以下のアッセイにより説明されるように、目的の抗体のＦａｂバージョン及びその抗原を用いて行われる放射性標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）によって測定される。抗原に対するＦａｂの溶液結合親和性は、非標識抗原の滴定系の存在下で、最小濃度の（１２５Ｉ）標識抗原によりＦａｂを平衡化し、次いで、結合した抗原を抗Ｆａｂ抗体でコーティングしたプレートで捕捉することによって測定する（例えば、Ｃｈｅｎら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、２９３：８６５～８８１（１９９９）を参照）。アッセイの条件を確立するために、ＭＩＣＲＯＴＩＴＥＲ（登録商標）マルチウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を、５０ｍＭの炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）中の５μｇ／ｍＬの捕捉用抗Ｆａｂ抗体（Ｃａｐｐｅｌ Ｌａｂｓ）で一晩コーティングし、その後、ＰＢＳ中の２％（ｗ／ｖ）ウシ血清アルブミンで２～５時間、室温（およそ２３℃）でブロッキングする。非吸着性プレート（Ｎｕｎｃ番号２６９６２０）中、１００ｐＭ又は２６ｐＭの［１２５Ｉ］抗原を、目的のＦａｂの段階希釈液と混合する。次いで、目的のＦａｂを一晩インキュベートするが、インキュベーションをより長い期間（例えば、約６５時間）続けて、平衡に達することを保証してもよい。その後、室温でのインキュベーション（例えば、１時間）のために混合物を捕捉プレートに移す。次いで、溶液を除去し、プレートを、ＰＢＳ中の０．１％のポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ－２０（登録商標））で８回洗浄する。プレートが乾燥したら、１５０μｌ／ウェルのシンチラント（ＭＩＣＲＯＳＣＩＮＴ－２０（商標）、Ｐａｃｋａｒｄ）を添加し、プレートを１０分間、ＴＯＰＣＯＵＮＴ（商標）ガンマカウンター（Ｐａｃｋａｒｄ）上で計数する。最大結合の２０％以下をもたらす各Ｆａｂの濃度を、競合結合アッセイでの使用のために選択する。
別の実施形態によると、Ｋｄは、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）－２０００又はＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）－３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ）を使用した表面プラズモン共鳴アッセイを使用して、２５℃で、約１０の応答ユニット（ＲＵ）で固定化抗原ＣＭ５チップを用いて測定される。簡潔には、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（ＣＭ５、ＢＩＡＣＯＲＥ，Ｉｎｃ．）を、供給業者の指示に従って、Ｎ－エチル－Ｎ’－（３－ジメチルアミノプロピル）－カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）及びＮ－ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）で活性化する。抗原を、ｐＨ４．８の１０ｍＭの酢酸ナトリウムによって、５μｇ／ｍｌ（約０．２μＭ）に希釈した後、５μｌ／分の流速でインジェクトし、カップリングされたタンパク質のおよそ１０応答ユニット（ＲＵ）を達成する。抗原のインジェクション後、１Ｍのエタノールアミンをインジェクトして、未反応基をブロックする。キネティクス測定のために、Ｆａｂ（０．７８ｎＭ～５００ｎＭ）の２倍段階希釈物（０．０５％のポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ－２０（商標））界面活性剤（ＰＢＳＴ）を有するＰＢＳ中）を、２５℃で、およそ２５μｌ／分の流速でインジェクトする。会合速度（ｋｏｎ）及び解離速度（ｋｏｆｆ）を、単純１対１ラングミュア結合モデル（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）評価ソフトウェアバージョン３．２）を使用して、会合及び解離センサグラムを同時にフィッティングすることによって、計算する。平衡解離定数（Ｋｄ）は、ｋｏｆｆ／ｋｏｎ比として算出される。例えば、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９３：８６５－８８１（１９９９）を参照されたい。上記の表面プラズモン共鳴アッセイによる会合速度が、１０６Ｍ－１ｓ－１を超える場合、会合速度は、ストップトフローを備えた分光光度計（Ａｖｉｖ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）又は撹拌キュベットを有する８０００シリーズＳＬＭ－ＡＭＩＮＣＯ（商標）分光光度計（ＴｈｅｒｍｏＳｐｅｃｔｒｏｎｉｃ）等の分光計で測定されるように、増加する抗原濃度の存在下、２５℃で、ＰＢＳ（ｐＨ７．２）中の２０ｎＭ抗－抗原抗体（Ｆａｂ形態）の蛍光発光強度（励起＝２９５ｎｍ、発光＝３４０ｎｍ、１６ｎｍバンドパス）の増加又は減少を測定する蛍光消光技法を使用して決定することができる。
キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体は、キメラ抗体である。ある特定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号、及びＭｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：６８５１－６８５５（１９８４））に記載されている。一例では、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサル等の非ヒト霊長類由来の可変領域）及びヒト定常領域を含む。更なる例では、キメラ抗体は、クラス又はサブクラスが、親抗体のそれから変更されている「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合断片を含む。
ある特定の実施形態では、キメラ抗体は、ヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、ヒトに対する免疫原性を低減させる一方で、親の非ヒト抗体の特異性及び親和性を保持するようにヒト化される。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えば、ＣＤＲ（又はその一部）が非ヒト抗体由来であり、かつＦＲ（又はその一部）がヒト抗体配列由来である、１つ以上の可変ドメインを含む。ヒト化抗体はまた、任意に、ヒト定常領域の少なくとも一部を含む。いくつかの実施形態では、ヒト化抗体におけるいくつかのＦＲ残基は、例えば、抗体特異性又は親和性を回復、又は改善するように、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換される。
ヒト化抗体及びそれらを作製する方法は、例えば、Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９－１６３３（２００８）でレビューされ、例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３－３２９（１９８８）；Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１００２９－１００３３（１９８９）、米国特許第５，８２１，３３７号、同第７，５２７，７９１号、同第６，９８２，３２１号、及び同第７，０８７，４０９号、Ｋａｓｈｍｉｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：２５－３４（２００５）（ＳＤＲ（ａ－ＣＤＲ）グラフトの記載）、Ｐａｄｌａｎ，Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：４８９－４９８（１９９１）（「リサーフェシング」の記載）、Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：４３－６０（２００５）（「ＦＲシャッフリング」の記載）、並びにＯｓｂｏｕｒｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：６１－６８（２００５）及びＫｌｉｍｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ，８３：２５２－２６０（２０００）（ＦＲシャッフリングの「ガイド付き選択」アプローチの記載）に更に記載されている。
ヒト化に使用され得るヒトフレームワーク領域には、以下のものが含まれるが、これらに限定されるものではない：「ベストフィット」法を用いて選択されたフレームワーク領域（例えば、、Ｓｉｍｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：２２９６（１９９３）を参照）；軽鎖又は重鎖可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域（例えば、Ｃａｒｔｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：４２８５（１９９２）；及びＰｒｅｓｔａ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５１：２６２３（１９９３）を参照）；ヒト成熟（体細胞変異）フレームワーク領域又はヒト生殖細胞フレームワーク領域（例えば、Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９－１６３３（２００８）を参照）；並びにＦＲライブラリのスクリーニングに由来するフレームワーク領域（例えば、Ｂａｃａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：１０６７８－１０６８４（１９９７）、及びＲｏｓｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：２２６１１－２２６１８（１９９６）を参照）。
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当技術分野で公知の様々な技法を使用して産生され得る。ヒト抗体は、一般に、ｖａｎ Ｄｉｊｋ ａｎｄ ｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５：３６８－７４（２００１）及びＬｏｎｂｅｒｇ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０：４５０－４５９（２００８）に記載されている。
ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答して、インタクトなヒト抗体又はヒト可変領域を有するインタクトな抗体を産生するように改変されたトランスジェニック動物に免疫原を投与することによって調製することができる。このような動物は、典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座に取って代わるヒト免疫グロブリン遺伝子座の全て又は一部を含むか、又は染色体外に存在するか、又は動物の染色体にランダムに統合されている。そのようなトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座は、一般的に不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法のレビューについては、Ｌｏｎｂｅｒｇ，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３：１１１７－１１２５（２００５）を参照されたい。また、例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術を記載する米国特許第６，０７５，１８１号及び同第６，１５０，５８４号；ＨｕＭａｂ（登録商標）技術を記載する米国特許第５，７７０，４２９号；Ｋ－Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載する米国特許第７，０４１，８７０号；及び、ＶｅｌｏｃｉＭｏｕｓｅ（登録商標）技術を記載する米国特許出願公開第２００７／００６１９００号も参照されたい。かかる動物によって生成されたインタクトな抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることによって更に修飾され得る。
また、ヒト抗体は、ハイブリドーマを用いた方法で作製することができる。ヒトモノクローナル抗体を産生するためのヒト骨髄腫細胞株及びマウス－ヒト異種骨髄腫細胞株が記載されている。（例えば、Ｋｏｚｂｏｒ Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）；Ｂｒｏｄｅｕｒ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ．５１－６３（Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８７）；及びＢｏｅｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７：８６（１９９１）を参照）ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を介して生成されたヒト抗体もまた、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１０３：３５５７－３５６２（２００６）に記載されている。更なる方法は、例えば、米国特許第７，１８９，８２６号（ハイブリドーマ細胞株由来のモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生を記載する）、及びＮｉ，Ｘｉａｎｄａｉ Ｍｉａｎｙｉｘｕｅ，２６（４）：２６５－２６８（２００６）（ヒト－ヒトハイブリドーマを記載する）を含む。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）はまた、Ｖｏｌｌｍｅｒｓ ａｎｄ Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ，２０（３）：９２７－９３７（２００５）及びＶｏｌｌｍｅｒｓ ａｎｄ Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｆｉｎｄｉｎｇｓ ｉｎ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ，２７（３）：１８５－９１（２００５）にも記載されている。
ヒト抗体はまた、ヒト由来のファージディスプレイライブラリから選択されるＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成することができる。その後、そのような可変ドメイン配列は、所望のヒト定常ドメインと組合せられ得る。抗体ライブラリからヒト抗体を選択するための技法を、以下に記載する。
抗体断片
抗体断片は、酵素消化等の従来の手段又は組換え技法によって生成され得る。ある特定の状況下では、全抗体ではなく抗体断片を使用する利点がある。より小さいサイズの断片により、迅速なクリアランスが可能になり、固形腫瘍へのアクセスの改善がもたらされ得る。ある特定の抗体断片のレビューについては、Ｈｕｄｓｏｎら（２００３）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９～１３４を参照されたい。
抗体断片を産生するために、様々な技法が開発されている。従来、これらの断片は、インタクトな抗体のタンパク分解を介して得られていた（例えば、Ｍｏｒｉｍｏｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ ａｎｄ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ２４：１０７～１１７（１９９２）、及びＢｒｅｎｎａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２２９：８１（１９８５）を参照）。しかしながら、これらの断片は、現在、組換え宿主細胞によって直接産生することができる。Ｆａｂ、Ｆｖ、及びＳｃＦｖ抗体断片は全て、大腸菌中で発現され、大腸菌から分泌され得るため、これらの断片の容易な大量生産が可能である。抗体断片を、上記の抗体ファージライブラリから単離することができる。代替的に、Ｆａｂ’－ＳＨ断片は、大腸菌から直接回収され、化学的にカップリングして、Ｆ（ａｂ’）２断片を形成することができる（Ｃａｒｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ１０：１６３－１６７（１９９２））。別のアプローチによると、Ｆ（ａｂ’）２断片を、組換え宿主細胞培養物から直接単離することができる。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、ｉｎ ｖｉｖｏ半減期が増加した、Ｆａｂ及びＦ（ａｂ’）２断片については、米国特許第５，８６９，０４６号に記載されている。抗体断片を産生するための他の技法は、当業者に明らかであろう。ある特定の実施形態では、抗体は、一本鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦｖ）である。国際公開第９３／１６１８５号、米国特許第５，５７１，８９４号、及び同第５，５８７，４５８号を参照されたい。Ｆｖ及びｓｃＦｖは、定常領域を欠くインタクトな結合部位を有する唯一の種であり、それゆえに、それらは、ｉｎ ｖｉｖｏでの使用中の非特異的結合の低減に好適であり得る。ｓｃＦｖ融合タンパク質を構築して、ｓｃＦｖのアミノ末端又はカルボキシ末端のいずれかでのエフェクタータンパク質の融合をもたらすことができる。上記のＡｎｔｉｂｏｄｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ｅｄ．Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋを参照されたい。抗体断片はまた、例えば、米国特許第５，６４１，８７０号に記載されているように、「直鎖状抗体」であり得る。このような直鎖状抗体は、単一特異性又は二重特異性であり得る。
単一ドメイン抗体
いくつかの実施形態では、本開示の抗体は単一ドメイン抗体である。単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全て若しくは一部、又は軽鎖可変ドメインの全て若しくは一部を含む、単一のポリペプチド鎖である。ある特定の実施形態では、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である（Ｄｏｍａｎｔｉｓ，Ｉｎｃ．、Ｗａｌｔｈａｍ、Ｍａｓｓ．、例えば、米国特許第６，２４８，５１６Ｂ１号を参照）。一実施形態では、単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全て又は一部からなる。
抗体変異体
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の抗体のアミノ酸配列修飾（複数可）が企図される。例えば、抗体の結合親和性及び／又は他の生物学的特性を改善させることが望ましい場合がある。抗体のアミノ酸配列変異体は、抗体をコードするヌクレオチド配列に適切な変化を導入することによって、又はペプチド合成によって調製することができる。そのような修飾は、例えば、抗体のアミノ酸配列内の残基の欠失、及び／又は挿入、及び／又は置換を含む。欠失、挿入、及び置換の任意の組合せにより、最終構築物に到達することができるが、但し、最終構築物が所望の特徴を有することを条件とする。主題の抗体のアミノ酸配列が作製されるときに、アミノ酸改変がその配列に導入されてもよい。
置換、挿入、及び欠失変異体
ある特定の実施形態では、１種以上のアミノ酸置換を有する抗体変異体が提供される。置換による変異導入のための目的の部位には、ＨＶＲ及びＦＲが含まれる。保存的置換を表３に示す。より実質的な変化は、表１において、「例示的な置換」という見出しの下に提供され、またアミノ酸側鎖クラスを参照して以下に更に記載されている通りである。目的の抗体中にアミノ酸置換を導入することができ、その産物を、所望の活性、例えば、保持／改善された抗原結合、減少した免疫原性、又は改善されたＡＤＣＣ若しくはＣＤＣについてスクリーニングする。
Figure 2022518399000006
アミノ酸は、一般的な側鎖特性に従ってグループ化され得る。
ａ．疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
ｂ．中性親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
ｃ．酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
ｄ．塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
ｅ．影響する残基
鎖配向：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
ｆ．芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
非保存的置換は、これらのクラスのうちの１つのメンバーを別のクラスと交換することを伴うことになる。
一種の置換変異体は、親抗体（例えば、ヒト化抗体又はヒト抗体）の１つ以上の超可変領域残基の置換を伴う。一般に、更なる研究のために選択される、得られた変異体（複数可）は、親抗体と比較して、ある特定の生物学的特性（例えば、増加した親和性、低減した免疫原性）における修飾（例えば、改善）を有し、かつ／又は実質的に保持された親抗体のある特定の生物学的特性を有することになる。例示的な置換変異体は、親和性成熟した抗体であり、例えば、本明細書に記載のファージディスプレイに基づく親和性成熟技法等を使用して、簡便に作成されてもよい。簡潔には、１つ以上のＨＶＲ残基が変異を受け、変異体抗体がファージにディスプレイされ、特定の生物学的活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
改変（例えば、置換）をＨＶＲに行い、例えば、抗体親和性を改善することができる。このような改変は、ＨＶＲの「ホットスポット」、すなわち、体細胞成熟プロセスの間に高頻度で変異が起こるコドンによってコードされる残基（例えば、Ｃｈｏｗｄｈｕｒｙ、Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２０７：１７９～１９６（２００８）を参照）、及び／又はＳＤＲ（ａ－ＣＤＲ）において行われてもよく、得られた変異体ＶＨ又はＶＬが、結合親和性について試験される。二次ライブラリからの構築と再選択による親和性成熟化は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ１７８：１－３７（Ｏ’Ｂｒｉｅｎ ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，（２００１）．）に記載されている。親和性成熟のいくつかの実施形態では、多様な方法（例えば、エラープローンＰＣＲ、鎖シャッフリング、又はオリゴヌクレオチド指向性変異導入）のいずれかによって、成熟のために選択される可変遺伝子に多様性が導入される。次いで、二次ライブラリが作製される。次いで、このライブラリをスクリーニングして、所望の親和性を有する抗体変異体を同定する。多様性を導入するための別の方法は、いくつかのＨＶＲ残基（例えば、一度に４～６個の残基）をランダム化する、ＨＶＲ指向性アプローチを含む。抗原結合に関与するＨＶＲ残基は、例えば、アラニンスキャニング変異導入又はモデリングを使用して、具体的に同定され得る。特に、ＣＤＲ－Ｈ３及びＣＤＲ－Ｌ３が、標的にされることが多い。
ある特定の実施形態では、置換、挿入、又は欠失は、このような改変が抗原に結合する抗体の能力を実質的に低下させない限り、１つ以上のＨＶＲ内で生じ得る。例えば、結合親和性を実質的に低下させない保存的改変（例えば、本明細書で提供される保存的置換）が、ＨＶＲ中になされてもよい。このような改変は、ＨＶＲ「ホットスポット」又はＳＤＲ外であってもよい。上に提供される変異体ＶＨ及びＶＬ配列のある特定の実施形態では、各ＨＶＲは、改変されていないか、又は１つ、２つ、若しくは３つ以下のアミノ酸置換を含有するかのいずれかである。
変異導入の標的となり得る抗体の残基又は領域を同定するための有用な方法は、Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ ａｎｄ Ｗｅｌｌｓ（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４４：１０８１－１０８５に記載されているように「アラニンスキャニング変異導入」と呼ばれる。この方法では、一残基又は一群の標的残基（例えば、ａｒｇ、ａｓｐ、ｈｉｓ、ｌｙｓ、及びｇｌｕ等の荷電残基）が同定され、中性又は負に荷電したアミノ酸（例えば、アラニン又はポリアラニン）によって置き換えられて、抗体の抗原との相互作用が影響を受けたかどうかが判定される。更なる置換が、最初の置換に対する機能的感受性を示すアミノ酸の位置に導入されてもよい。あるいは、又は加えて、抗体と抗原との間の接点を特定するための抗原－抗体複合体の結晶構造。そのような接触残基及び隣接残基は、置換の候補として標的とされるか、又は除去されてもよい。変異体は、所望の特性を有するか否かを判定するためにスクリーニングされてもよい。
アミノ酸配列挿入には、１個の残基から１００個以上の残基を含むポリペプチドまでの長さの範囲のアミノ末端及び／又はカルボキシル末端融合、並びに１個又は複数のアミノ酸残基の配列内挿入が含まれる。末端挿入の例としては、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体が挙げられる。抗体分子の他の挿入型変異体としては、（例えば、ＡＤＥＰＴのために）抗体の血清半減期を増加させる酵素又はポリペプチドへの抗体のＮ末端又はＣ末端の融合が挙げられる。
グリコシル化変異体
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体は、抗体がグリコシル化される程度を増加又は減少させるように変化する。抗体へのグリコシル化部位の付加又は欠失は、１つ以上のグリコシル化部位が作り出されるか、又は除去されるようにアミノ酸配列を改変させることにより好都合に達成され得る。
抗体がＦｃ領域を構成する場合、抗体に付着している糖質を変化させてもよい。哺乳動物細胞によって産生される天然抗体は、典型的には、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７へのＮ－連結によって一般的に結合された分岐したバイアンテナリーオリゴ糖を含む。例えば、Ｗｒｉｇｈｔ ｅｔ ａｌ．ＴＩＢＴＥＣＨ １５：２６－３２（１９９７）を参照されたい。オリゴ糖は、種々の炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ－アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮａｃ）、ガラクトース、及びシアル酸、並びにバイアンテナリーオリゴ糖構造の「ステム」のＧｌｃＮａｃに付着したフコースを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ある特定の特性が改善された抗体変異体を作製するために、本開示の抗体におけるオリゴ糖の修飾が行われ得る。
一実施形態では、Ｆｃ領域を含む抗体変異体が提供され、Ｆｃ領域に結合した炭水化物構造は、フコースが減少しているか、又はフコースを欠き、これによりＡＤＣＣ機能が改善され得る。具体的には、野生型ＣＨＯ細胞で産生される同じ抗体のフコースの量と比較してフコースが減少した抗体が本明細書で企図される。すなわち、それらは、それらが天然ＣＨＯ細胞（例えば、天然ＦＵＴ８遺伝子を含有するＣＨＯ細胞等の天然グリコシル化パターンを産生するＣＨＯ細胞）によって産生された場合にさもなければ有するであろう量よりも少ない量のフコースを有することを特徴とする。ある特定の実施形態では、本抗体は、そのＮ結合型グリカンの約５０％、４０％、３０％、２０％、１０％、又は５％未満がフコースを含む抗体である。例えば、かかる抗体中のフコースの量は、１％～８０％、１％～６５％、５％～６５％、又は２０％～４０％であり得る。ある特定の実施形態では、本抗体は、そのＮ結合型グリカンのいずれもフコースを含まない抗体であり、すなわち、本抗体は、フコースを全く有しないか、又はフコースを有しないか、又はアフコシル化されている。フコースの量は、例えば、国際公開第２００８／０７７５４６号に記載されているように、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ質量分析法によって測定されたように、Ａｓｎ ２９７（例えば、複合体構造、ハイブリッド構造、及び高マンノース構造）に付着した全ての糖鎖構造の合計に対するＡｓｎ２９７における糖鎖内のフコースの平均量を計算することによって決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域内の約２９７位（Ｆｃ領域残基のＥＵ番号付け）に位置するアスパラギン残基を指すが、Ａｓｎ２９７はまた、抗体におけるマイナーな配列変異に起因して、２９７位から約±３アミノ酸の上流又は下流、すなわち、２９４～３００位の間に位置してもよい。このようなフコシル化変異体は、ＡＤＣＣの機能を改善している可能性がある。例えば、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号（Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ．）；同第２００４／００９３６２１号（Ｋｙｏｗａ Ｈａｋｋｏ Ｋｏｇｙｏ Ｃｏ．，Ｌｔｄ）を参照されたい。「脱フコシル化」又は「フコース欠乏」抗体変異体に関する刊行物の例としては：米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号；国際公開第２０００／６１７３９号；同第２００１／２９２４６号；米国特許出願公開第２００３／０１１５６１４号；同第２００２／０１６４３２８号；同第２００４／００９３６２１号；同第２００４／０１３２１４０号；同第２００４／０１１０７０４号；同第２００４／０１１０２８２号；同第２００４／０１０９８６５号；国際公開第２００３／０８５１１９号；同第２００３／０８４５７０号；同第２００５／０３５５８６号；同第２００５／０３５７７８号；同第２００５／０５３７４２号；同第２００２／０３１１４０号；Ｏｋａｚａｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３６：１２３９－１２４９（２００４）；Ｙａｍａｎｅ－Ｏｈｎｕｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）が挙げられる。脱フコシル化抗体を生成可能な細胞株の例としては、タンパク質フコシル化で欠失したＬｅｃ１３ ＣＨＯ細胞（Ｒｉｐｋａ ｅｔ ａｌ．Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．２４９：５３３－５４５（１９８６）；米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８Ａ１号、Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ；及び国際公開第２００４／０５６３１２Ａ１号、Ａｄａｍｓｅｔ ａｌ．，特に実施例１１において）、並びにα－１，６－フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞等のノックアウト細胞株（例えば、Ｙａｍａｎｅ－Ｏｈｎｕｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）；Ｋａｎｄａ，Ｙ．ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ，９４（４）：６８０－６８８（２００６）；及び国際公開第２００３／０８５１０７号を参照）が挙げられる。
例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二分岐オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分されている二分オリゴ糖を有する抗体変異体が更に提供される。そのような抗体変異体は、低減されたフコシル化及び／又は改善されたＡＤＣＣ機能を有していてもよい。このような抗体変異体の例は、例えば、国際公開第２００３／０１１８７８号（Ｊｅａｎ－Ｍａｉｒｅｔ ｅｔ ａｌ．）；米国特許第６，６０２，６８４号（Ｕｍａｎａ ｅｔ ａｌ．）；米国特許出願公開第２００５／０１２３５４６号（Ｕｍａｎａ ｅｔ ａｌ）、及びＦｅｒｒａｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，９３（５）：８５１－８６１（２００６）に記載されている。Ｆｃ領域に付着したオリゴ糖の少なくとも１つのガラクトース残基を有する抗体変異体も提供される。このような抗体変異体は、ＣＤＣの機能を改善している可能性がある。このような抗体変異体は、例えば、国際公開第１９９７／３００８７号（Ｐａｔｅｌ ｅｔ ａｌ．）；国際公開第１９９８／５８９６４号（Ｒａｊｕ，Ｓ．）、及び国際公開第１９９９／２２７６４号（Ｒａｊｕ，Ｓ．）に記載される。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載のＦｃ領域を有する抗体変異体は、ＦｃγＲＩＩＩに結合することができる。ある特定の実施形態では、本明細書に記載のＦｃ領域を含む抗体変異体は、ヒトエフェクター細胞の存在下でＡＤＣＣ活性を有するか、又はヒトエフェクター細胞の存在下でヒト野生型ＩｇＧ１Ｆｃ領域を有するという点以外は同じ抗体と比較して増加したＡＤＣＣ活性を有する。
Ｆｃ領域変異体
ある特定の実施形態では、１つ以上のアミノ酸修飾が、本明細書で提供される抗体のＦｃ領域に導入され、それによって、Ｆｃ領域変異体が生成され得る。Ｆｃ領域変異体は、１つ以上のアミノ酸位置にアミノ酸修飾（例えば、置換）を含む、ヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、又はＩｇＧ４ Ｆｃ領域）を含み得る。
ある特定の実施形態では、本開示は、全てではないが一部のエフェクター機能を有し、それによりｉｎ ｖｉｖｏでの抗体の半減期が重要であるが、特定のエフェクター機能（例えば、補体及びＡＤＣＣ等）が不要又は有害である用途にとって望ましい候補となる、抗体変異体を企図する。ｉｎ ｖｉｔｒｏ及び／又はｉｎ ｖｉｖｏの細胞毒性アッセイを行い、ＣＤＣ及び／又はＡＤＣＣ活性の低減／消失を確認することができる。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイを行い、抗体がＦｃγＲ結合を欠く（ゆえに、ＡＤＣＣ活性を欠く可能性がある）が、ＦｃＲｎ結合能力を保持することを保証することができる。ＡＤＣＣの媒介のための主要な細胞であるＮＫ細胞は、Ｆｃ（ＲＩＩＩのみを発現する一方で、単球は、Ｆｃ（ＲＩ、Ｆｃ（ＲＩＩ、及びＦｃ（ＲＩＩＩを発現する。造血細胞におけるＦｃＲの発現については、Ｒａｖｅｔｃｈ ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７－４９２（１９９１）の４６４頁の表３にまとめられている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するためのｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイの非限定的な例は、米国特許第５，５００，３６２号（例えば、Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ，Ｉ．ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８３：７０５９～７０６３（１９８６）を参照）、及びＨｅｌｌｓｔｒｏｍ，Ｉ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８２：１４９９－１５０２（１９８５）；５，８２１，３３７（Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ，Ｍ．ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１６６：１３５１－１３６１（１９８７）を参照）に記載されている。あるいは、非放射性アッセイ法が用いられ得る（例えば、フローサイトメトリーのためのＡＣＴＩ（商標）非放射性細胞毒性アッセイ（ＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ、ＣＡ）、及びＣｙｔｏＴｏｘ９６（登録商標）非放射性細胞毒性アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）を参照）。このようなアッセイに有用なエフェクター細胞としては、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が挙げられる。あるいは、又は更に、目的の分子のＡＤＣＣ活性を、例えば、Ｃｌｙｎｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９５：６５２－６５６（１９９８）に開示されているように、動物モデルにおいて、ｉｎ ｖｉｖｏで評価することができる。Ｃ１ｑ結合アッセイを実施して、抗体がＣ１ｑに結合することができないために、ＣＤＣ活性を欠くことを確認してもよい。例えば、国際公開第２００６／０２９８７９号及び国際公開第２００５／１００４０２号における、Ｃ１ｑ及びＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照されたい。補体活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイを行うことができる（例えば、Ｇａｚｚａｎｏ－Ｓａｎｔｏｒｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２０２：１６３（１９９６）；Ｃｒａｇｇ，Ｍ．Ｓ．ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ １０１：１０４５－１０５２（２００３）；及びＣｒａｇｇ，Ｍ．Ｓ．ａｎｄ Ｍ．Ｊ．Ｇｌｅｎｎｉｅ，Ｂｌｏｏｄ １０３：２７３８－２７４３（２００４）を参照）、ＦｃＲｎ結合及びｉｎ ｖｉｖｏクリアランス／半減期の判定はまた、当技術分野で公知の方法を使用して行うことができる（例えば、Ｐｅｔｋｏｖａ，Ｓ．Ｂ．ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ’ｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８（１２）：１７５９－１７６９（２００６）を参照）。
低減したエフェクター機能を有する抗体としては、Ｆｃ領域の残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７、及び３２９のうちの１つ以上の置換を有する抗体が挙げられる（米国特許第６，７３７，０５６号）。そのようなＦｃ変異体には、アミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７及び３２７のうちの２つ以上に置換を有するＦｃ変異体が挙げられ、残基２６５及び２９７がアラニンに置換されている、いわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体が含まれる（米国特許第７，３３２，５８１号）。
ＦｃＲへの結合が改善又は減少した特定の抗体変異体が記載されている。（例えば、米国特許第６，７３７，０５６号、国際公開第２００４／０５６３１２、及びＳｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．９（２）：６５９１－６６０４（２００１）を参照）。
ある特定の実施形態では、抗体変異体は、ＡＤＣＣを改善する１つ以上のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の２９８、３３３、及び／又は３３４位（残基のＥＵナンバリング）での置換を有するＦｃ領域を含む。例示的な一実施形態では、本抗体は、そのＦｃ領域に以下のアミノ酸置換を含む：Ｓ２９８Ａ、Ｅ３３３Ａ、及びＫ３３４Ａ。
いくつかの実施形態では、例えば、米国特許第６，１９４，５５１号、国際公開第９９／５１６４２、及びＩｄｕｓｏｇｉｅ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８－４１８４（２０００）に記載されているように、変化した（すなわち、改善されたか又は減少したかのいずれか）Ｃ１ｑ結合及び／又は補体依存性細胞毒性（ＣＤＣ）をもたらす改変が、Ｆｃ領域において行われる。
半減期が増加し、母体のＩｇＧの胎児への移行に関与する新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合が改善された抗体（Ｇｕｙｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７（１９７６）及びＫｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９（１９９４））は米国特許出願公開第２００５／００１４９３４号Ａ１（Ｈｉｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．）に記載されている。これらの抗体は、Ｆｃ領域の、ＦｃＲｎへの結合を改善する１つ以上の置換を有するＦｃ領域を含む。このようなＦｃ変異体は、Ｆｃ領域残基：２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４、又は４３４のうちの１つ以上で置換（例えば、Ｆｃ領域残基４３４の置換（米国特許第７，３７１，８２６号））を伴う変異体を含む。Ｆｃ領域変異体の他の例に関して、Ｄｕｎｃａｎ＆Ｗｉｎｔｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ ３２２：７３８－４０（１９８８）、米国特許第５，６４８，２６０号、米国特許第５，６２４，８２１号、及び国際公開第９４／２９３５１号も参照されたい。
ＶＩ．医薬組成物及び製剤
例えばがんの処置のための医薬組成物及び製剤も本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、医薬組成物及び製剤は、薬学的に許容可能な担体を更に含む。
目的の抗体を調製した後（例えば、本明細書に開示されているように製剤化することができる抗体を製造するための技術は、本明細書に精巧に記載されており、当技術分野で知られている）、それを構成する医薬製剤を調製する。ある特定の実施形態では、製剤化される抗体は、事前凍結乾燥に供されておらず、本明細書における目的とする製剤は、水性製剤である。ある特定の実施形態では、抗体は、完全長抗体である。一実施形態では、製剤中の抗体は、Ｆ（ａｂ’）２等の抗体断片であり、この場合、完全長抗体では起こり得ない問題（抗体のＦａｂへのクリッピング等）に対処しなければならない場合がある。製剤中に存在する抗体の治療有効量は、例えば、所望の用量体積及び投与様式（複数可）を考慮することによって決定される。約２５ｍｇ／ｍＬ～約１５０ｍｇ／ｍＬ、又は約３０ｍｇ／ｍＬ～約１４０ｍｇ／ｍＬ、又は約３５ｍｇ／ｍＬ～約１３０ｍｇ／ｍＬ、又は約４０ｍｇ／ｍＬ～約１２０ｍｇ／ｍＬ、又は約５０ｍｇ／ｍＬ～約１３０ｍｇ／ｍＬ、又は約５０ｍｇ／ｍＬ～約１２５ｍｇ／ｍＬ、又は約５０ｍｇ／ｍＬ～約１２０ｍｇ／ｍＬ、又は約５０ｍｇ／ｍＬ～約１１０ｍｇ／ｍＬ、又は約５０ｍｇ／ｍＬ～約１００ｍｇ／ｍＬ、又は約５０ｍｇ／ｍＬ～約９０ｍｇ／ｍＬ、又は約５０ｍｇ／ｍＬ～約８０ｍｇ／ｍＬ、又は約５４ｍｇ／ｍＬ～約６６ｍｇ／ｍＬは、例示的な製剤中の抗体濃度である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の抗ＰＤＬ１抗体（アテゾリズマブ等）を、約１２００ｍｇの用量で投与する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される抗ＰＤ１抗体（ペンブロリズマブ等）を、約２００ｍｇの用量で投与する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される抗ＰＤ１抗体（ニボルマブ等）を、約２４０ｍｇ（例えば、２週間ごと）又は４８０ｍｇ（例えば、４週間ごと）の用量で投与する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡワクチンを、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ、又は約１００μｇの用量で投与する。
本明細書に記載の医薬組成物及び製剤は、所望の純度を有する活性成分（例えば、抗体又はポリペプチド等）を１種以上の任意の薬学的に許容可能な担体（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ １６ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０））と混合することにより、凍結乾燥製剤又は水溶液の形態で調製され得る。薬学的に許容可能な担体は、一般的に、採用される用量及び濃度において受領者に無毒であり、以下を含むが、これらに限定されるものではない：リン酸塩、クエン酸塩、及び他の有機酸のような緩衝剤；アスコルビン酸及びメチオニンを含む酸化防止剤；防腐剤（例えば、塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチル又はベンジルアルコール；メチル又はプロピルパラベン等のアルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３－ペンタノール；及びｍ－クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド。血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン等のタンパク質；ポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、又はリジン等のアミノ酸。単糖類、二糖類、及びグルコース、マンノース、又はデキストリンを含む他の炭水化物；ＥＤＴＡのようなキレート剤；ショ糖、マンニトール、トレハロース又はソルビトールのような糖類；ナトリウムのような塩形成対イオン；金属錯体（例えば、Ｚｎ－タンパク質錯体）；及び／又はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）等の非イオン性界面活性剤。本明細書における例示的な薬学的に許容可能な担体は、可溶性の中性活性ヒアルロニダーゼ糖タンパク質（ｓＨＡＳＥＧＰ）、例えば、ｒＨｕＰＨ２０（ＨＹＬＥＮＥＸ（登録商標）、Ｂａｘｔｅｒ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．）等のヒト可溶性ＰＨ－２０ヒアルロニダーゼ糖タンパク質等の介在性薬物分散剤を更に含む。ｒＨｕＰＨ２０を含む、ある特定の例示的なｓＨＡＳＥＧＰ及び使用方法は、米国特許出願公開第２００５／０２６０１８６号及び同第２００６／０１０４９６８号に記載される。一態様では、ｓＨＡＳＥＧＰを、１種以上の更なるグリコサミノグリカナーゼ（例えば、コンドロイチナーゼ）と合わせる。
例示的な凍結乾燥した抗体製剤は、米国特許第６，２６７，９５８号に記載される。水性抗体製剤としては、米国特許第６，１７１，５８６号及び国際公開第２００６／０４４９０８号に記載されるものが挙げられ、後者の製剤は、酢酸ヒスチジン緩衝液を含む。
本明細書における組成物及び製剤は、処置される特定の適応症に必要な１種より多くの活性成分、好ましくは、互いに悪影響を及ぼさない相補的活性を有するものも含有し得る。かかる有効成分は、意図される目的に有効な量で組み合わせて好適に存在する。
有効成分はまた、例えば、コアセルベーション技術によって、又は界面重合によって調製されたマイクロカプセル、例えば、それぞれ、ヒドロキシメチルセルロース若しくはゼラチンマイクロカプセル及びポリ－（メチルメタクリレート）マイクロカプセルにより、コロイド薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミンマイクロスフェア、マイクロ乳濁液、ナノ粒子、及びナノカプセル）内、又はマクロ乳濁液中にも取り込まれ得る。そのような技術が、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ １６ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０）に開示されている。
持続放出性製剤を調製してもよい。徐放性調製物の好適な例としては、抗体を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリクスが含まれ、これらのマトリクスは、成形物品、例えば、フィルム又はマイクロカプセルの形態である。ｉｎ ｖｉｖｏ投与に使用される製剤は一般に、滅菌される。滅菌性は、例えば、滅菌濾過膜によりフィルタにかけることによって、容易に達成され得る。
アテゾリズマブ及びペンブロリズマブの医薬製剤は市販されている。例えば、アテゾリズマブは、（本明細書の他の箇所に記載されるような）ＴＥＣＥＮＴＲＩＱ（登録商標）の商品名で知られている。ペンブロリズマブは、（本明細書の他の箇所に記載されているように）ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）の商品名で知られている。いくつかの実施形態では、アテゾリズマブ及びＲＮＡワクチン、又はペンブロリズマブ及びＲＮＡワクチンは、別々の容器で提供される。いくつかの実施形態では、アテゾリズマブ及びペンブロリズマブは、市販製品と共に入手可能な処方情報に記載されているように、個体への投与のために使用及び／又は調製される。
ＶＩＩ．処置方法
個体においてがんを処置するため又はがんの進行を遅延させるための方法であって、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを個体に投与することを含む方法が、本明細書中に提供される。いくつかの実施形態では、個体は、ヒトである。
本開示のＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンのいずれも、本明細書中に記載の処置方法において使用が見出され得る。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異から生じる１０～２０個のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンは、腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異から生じる５～２０個のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンはリポプレックスナノ粒子又はリポソームに製剤化される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（ＲＮＡ－リポプレックス）のためのリポプレックスナノ粒子製剤を使用して、本開示のＲＮＡワクチンのＩＶ送達を可能にする。いくつかの実施形態では、ＰＣＶを、例えばリポソーム製剤中で、１５μｇ、２５μｇ、３８μｇ、５０μｇ、又は１００μｇの用量で静脈内投与する。いくつかの実施形態では、１５μｇ、２５μｇ、３８μｇ、５０μｇ又は１００μｇのＲＮＡが、用量あたりで送達される（すなわち、用量重量は投与されたＲＮＡの重量を反映し、投与された製剤又はリポプレックスの総重量を反映しない）。２種以上のＰＣＶを対象に投与してもよく、例えば、対象に、ネオエピトープの組合せを有する１種のＰＣＶを投与し、ネオエピトープの異なる組合せを有する別個のＰＣＶも投与する。いくつかの実施形態では、１０個のネオエピトープを有する第１のＰＣＶを、１０個の代替エピトープを有する第２のＰＣＶと組み合わせて投与する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、限定されないが、ペンブロリズマブを含む抗ＰＤ－１抗体である。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、限定されないが、アテゾリズマブを含む抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、２１日又は３週間の間隔で個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、２１日又は３週間の間隔で、例えば約２００ｍｇの用量で個体に投与する抗ＰＤ－１抗体（例えば、ペンブロリズマブ）である。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、２１日又は３週間の間隔で、例えば約３５０ｍｇの用量で個体に投与する抗ＰＤ－１抗体（例えば、セミプリマブ－ｒｗｌｃ）である。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、２１日又は３週間の間隔で、例えば約１２００ｍｇの用量で個体に投与する抗ＰＤ－Ｌ１抗体（例えば、アテゾリズマブ）である。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、１４日又は２８日の間隔で個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、２週間又は４週間の間隔で個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、１４日間、２週間、２８日間若しくは４週間の間隔で、例えば１４日間若しくは２週間の間隔で約２４０ｍｇの用量で、又は２８日間若しくは４週間の間隔で約４８０ｍｇの用量で個体に投与する抗ＰＤ－１抗体（例えば、ニボルマブ）である。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、２１日間又は３週間の間隔で、例えば、１、２、３、又は４回の用量で約１ｍｇ／ｋｇの用量で、任意に、抗ＣＴＬＡ－４抗体（例えば、イピリムマブ）と組み合わせて個体に投与する抗ＰＤ－１抗体（例えば、ニボルマブ）であり、任意に、続いて、１４日間、２週間、２８日間、又は４週間の間隔で単独で、例えば１４日間又は２週間の間隔で約２４０ｍｇの用量で、又は２８日間又は４週間の間隔で約４８０ｍｇの用量で、抗ＰＤ－１抗体（例えば、ニボルマブ）を投与する。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、１４日又は２週間の間隔で個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、１４日又は２週間の間隔で、例えば約１０ｍｇ／ｋｇの用量で（任意に、６０分間にわたる静脈内注入によって）個体に投与する抗ＰＤ－Ｌ１抗体（例えば、デュルバルマブ）である。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、１４日又は２週間の間隔で、例えば約１０ｍｇ／ｋｇの用量で（任意に、６０分間にわたる静脈内注入によって）個体に投与する抗ＰＤ－Ｌ１抗体（例えば、アベルマブ）である。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンを、２１日又は３週間の間隔で個体に投与する。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、８回の２１日間サイクルで個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の第１、８、及び１５日目、並びにサイクル３～７の１日目に個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、サイクル１～８の１日目に個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の第１、８及び１５日目並びにサイクル３～７の１日目に個体に投与し、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、サイクル１～８の１日目に個体に投与する。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、サイクル８の後に個体に更に投与する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、１７回の追加の２１日間のサイクルで個体に更に投与し、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、サイクル１３～２９の１日目に個体に投与し、及び／又はＲＮＡワクチンを、サイクル１３、２１、及び２９の１日目に個体に投与する。
特定の実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、８回の２１日間サイクルで個体に投与し、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストはペンブロリズマブであり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストをサイクル１～８の１日目に約２００ｍｇの用量で個体に投与し、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１、８、及び１５日目、並びにサイクル３～７の１日目に約２５μｇの用量で個体に投与する。特定の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、８回の２１日間サイクルで個体に投与し、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストはアテゾリズマブであり、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストをサイクル１～８の１日目に約１２００ｍｇの用量で個体に投与し、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１、８、及び１５日目、並びにサイクル３～７の１日目に約２５μｇの用量で個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１日目に約２５μｇ、サイクル２の８日目に約２５μｇ、サイクル２の１５日目に約２５μｇ、及びサイクル３～７のそれぞれの１日目に約２５μｇの用量で個体に投与する（すなわち、合計約７５μｇのワクチンを、サイクル２の間に３回の用量にわたって個体に投与する）。いくつかの実施形態では、合計約７５μｇのワクチンを、ＲＮＡワクチンを投与するサイクル１の間に３回にわたって個体に投与する。
特定の実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、８回の２１日間サイクルで個体に投与し、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストはペンブロリズマブであり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストをサイクル１～８の１日目に２００ｍｇの用量で個体に投与し、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１、８、及び１５日目、並びにサイクル３～７の１日目に２５μｇの用量で個体に投与する。特定の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、８回の２１日間サイクルで個体に投与し、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストはアテゾリズマブであり、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストをサイクル１～８の１日目に１２００ｍｇの用量で個体に投与し、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１、８、及び１５日目、並びにサイクル３～７の１日目に２５μｇの用量で個体に投与する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンを、サイクル２の１日目に２５μｇ、サイクル２の８日目に２５μｇ、サイクル２の１５日目に２５μｇ、及びサイクル３～７のそれぞれの１日目に２５μｇの用量で個体に投与する（すなわち、合計７５μｇのワクチンを、サイクル２の間に３回の用量にわたって個体に投与する）。いくつかの実施形態では、合計７５μｇのワクチンを、ＲＮＡワクチンを投与するサイクル１の間に３回にわたって個体に投与する。
ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンは、任意の順序で投与され得る。例えば、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンは、連続して（異なる時点で）又は同時に（同じ時点で）投与され得る。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとＲＮＡワクチンは別々の組成物中にある。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとＲＮＡワクチンは同じ組成物中にある。
いくつかの実施形態では、がんは、メラノーマ、非小細胞肺がん、膀胱がん、結腸直腸がん、トリプルネガティブ乳がん、腎がん、及び頭頸部がんからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、がんは、局所進行性又は転移性メラノーマ、非小細胞肺がん、膀胱がん、結腸直腸がん、トリプルネガティブ乳がん、腎がん、又は頭頸部がんである。いくつかの実施形態では、がんは、非小細胞肺がん、膀胱がん、結腸直腸がん、トリプルネガティブ乳がん、腎がん、及び頭頸部がんからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、がんは、局所進行性又は転移性の、非小細胞肺がん、膀胱がん、結腸直腸がん、トリプルネガティブ乳がん、腎がん、又は頭頸部がんである。
いくつかの実施形態では、がんは、メラノーマである。いくつかの実施形態では、メラノーマは、皮膚メラノーマ又は粘膜メラノーマである。いくつかの実施形態では、メラノーマは、皮膚メラノーマ、粘膜メラノーマ、又は肢端メラノーマである。いくつかの実施形態では、メラノーマは、眼メラノーマ又は肢端メラノーマではない。いくつかの実施形態では、メラノーマは、転移性又は切除不能な局所進行メラノーマである。いくつかの実施形態では、メラノーマは、ステージＩＶメラノーマである。いくつかの実施形態では、メラノーマは、ステージＩＩＩＣ又はステージＩＩＩＤのメラノーマである。いくつかの実施形態では、メラノーマは、切除不能又は転移性メラノーマである。いくつかの実施形態では、本方法は、メラノーマのアジュバント処置を提供する。
いくつかの実施形態では、がん（例えば、メラノーマ）は、事前に処置されていない。いくつかの実施形態では、がんは、局所進行性メラノーマである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法のいずれかによるＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンによる処置の前に、個体は、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストに基づく単剤療法、例えばＲＮＡワクチンの不在下でのペンブロリズマブによる処置による処置後に進行しているか、又は処置に十分に応答しなかった。
ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンは、同じ投与経路によって、又は異なる投与経路によって投与され得る。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、静脈内、筋肉内、皮下、局所、経口、経皮、腹腔内、眼窩内、移植、吸入、髄腔内、脳室内、又は鼻腔内投与する。いくつかの実施形態では、ＲＮＡワクチンを、（例えば、リポプレックス粒子又はリポソームで）静脈内、筋肉内、皮下、局所、経口、経皮、腹腔内、眼窩内、埋め込み、吸入、髄腔内、心室内、又は鼻腔内投与する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンを、静脈内注入を介して投与する。有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンは、疾患の予防又は処置のために投与され得る。
いくつかの実施形態では、これらの方法は、更なる治療法を更に含み得る。追加の治療法は、放射線療法、外科手術（例えば腫瘍切除及び***切除）、化学療法、遺伝子治療、ＤＮＡ療法、ウイルス療法、ＲＮＡ療法、免疫療法、骨髄移植、ナノセラピー、モノクローナル抗体治療、又は前述の組合せであり得る。追加の治療法は、アジュバント療法又はネオアジュバント療法の形態であり得る。いくつかの実施形態では、更なる治療法は、小分子酵素阻害剤又は抗転移薬の投与である。いくつかの実施形態では、追加の治療法は、副作用制限剤（例えば、処置の副作用の発生及び／又は重症度を軽減するよう意図された薬剤、例えば、制吐剤等）の投与である。いくつかの実施形態では、追加の治療法は放射線療法である。いくつかの実施形態では、追加の治療法は外科手術である。いくつかの実施形態では、追加の治療法は放射線療法と外科手術との組合せである。いくつかの実施形態では、追加の治療法はγ線照射である。
ＶＩＩＩ．製品又はキット
ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブ又はペンブロリズマブ）を含む製造品又はキットを本明細書中に更に提供する。いくつかの実施形態では、製造品又はキットは、個体においてがんを処置するか若しくはがんの進行を遅延させるために、又はがんを有する個体の免疫機能を増強するために、ＲＮＡワクチンと共にＰＤ－１軸結合アンタゴニストを使用するための説明書を含む添付文書を更に含む。ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、アテゾリズマブ又はペンブロリズマブ）及びＲＮＡワクチンを含む製品又はキットも本明細書で提供される。
いくつかの実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンは、同じ容器内又は別々の容器内にある。好適な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、袋、及びシリンジが挙げられる。容器は、ガラス、プラスチック（ポリ塩化ビニル若しくはポリオレフィン等）、又は金属合金（ステンレス鋼若しくはハステロイ等）等の様々な材料から形成され得る。いくつかの実施形態では、容器は、製剤を保持し、容器上のラベル又は容器に関連するラベルは、使用上の指示を示し得る。製品又はキットは、他の緩衝液、希釈剤、フィルタ、針、シリンジ、及び使用上の指示を有する添付文書等の商業的視点及び使用者の視点から望ましい他の材料を更に含み得る。いくつかの実施形態では、製品は、別の薬剤（例えば、化学療法剤及び抗新生物薬）のうちの１種以上を更に含む。１種以上の薬剤に好適な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、袋、及びシリンジが挙げられる。
本明細書は、当業者が本発明を実践することを可能にするのに充分なものであると見なされる。本明細書に示されて説明される修正に加えて、本発明の様々な修正は、前述の説明から当業者に明らかになり、それらは添付の特許請求の範囲内のものである。本明細書で引用される全ての公報、特許、及び特許出願は、あらゆる目的のために参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
本開示は、以下の実施例を参照することによってより完全に理解されることになる。しかしながら、本実施例は、本発明の範囲を制限するものとして解釈されるべきではない。本明細書に記載の例及び実施形態は、例証のみを目的とするものであり、それを考慮に入れた様々な修正又は変更が当業者に提案されるであろうが、それらは、本出願の趣旨及び範囲並びに添付の特許請求の範囲内に含まれるべきであることを理解されたい。
実施例１：事前に処置されていない進行性メラノーマの患者におけるペンブロリズマブと組み合わせたＲＮＡワクチンの有効性及び安全性の第ＩＩ相非盲検多施設無作為化試験
理論的根拠
上記のように、チェックポイント阻害剤は現在、転移性メラノーマの標準治療である。しかしながら、メラノーマを含む多様な悪性腫瘍にわたってＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１を標的とする薬剤で観察された永続的な臨床的利益は、患者のサブセットに限定されるようである。ＰＤ－１療法（ニボルマブ、ペンブロリズマブ）、又は抗ＰＤ１と抗－ＣＴＬＡ－４療法との組合せ（ニボルマブ及びイピリムマブ）等の現在広く投与されている免疫療法の開発を伴うＯＳの進歩にもかかわらず、かなりの割合の患者はチェックポイント阻害剤による処置に反応しないか、又は一過性の疾患安定化のみを経験しており（Ｒｏｂｅｒｔ Ｃ，Ｌｏｎｇ ＧＶ，Ｂｒａｄｙ Ｂ，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２０１５ａ；３７２：３２０－３０；Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＪＥ，Ｈｏｆｆｍａｎ－Ｃｅｎｓｉｔｓ Ｊ，Ｐｏｗｌｅｓ Ｔ，ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ ２０１６；３８７：１９０９－２０）、これは転移性固形腫瘍を有する患者に対する依然として満たされていない必要性を実証している。ＰＤ－１阻害剤による処置に応答する患者の約１０％－３０％における客観的応答は永続的である傾向があるが、これらの患者はそれにもかかわらず、進行のリスクがあるままである。ＰＤ－１遮断で処置されたメラノーマ患者の最近の研究では、ペンブロリズマブに対する客観的応答を有していた２０５名の患者のうち５３名（２６％）が、２１ヶ月の追跡期間の中央値で疾患進行を有していた（Ｒｉｂａｓ Ａ，Ｈａｍｉｄ Ｏ，Ｄａｕｄ Ａ，ｅｔ ａｌ．ＪＡＭＡ ２０１６；３１５：１６００－９）。
抗ＰＤ１及び抗ＰＤ１＋抗－ＣＴＬＡ－４の組合せは、メラノーマ患者の長期転帰を有意に改善したが、メラノーマは処置関連毒性の増加という代償を払ってきた。これらの改善にもかかわらず、かなりの割合の患者が依然として疾患進行及び疾患に屈するリスクがある。毒性の増加に伴う耐性チェックポイント遮断の機序に対処する併用療法が必要である。
抵抗性は、エフェクターＴ細胞のレベルで起こり得、その活性は、Ｔ細胞刺激が不十分であるために制限され得る。前臨床モデルでは、ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１経路の同時遮断と組み合わせた抗原特異的免疫の誘導は、単一薬剤ワクチンが限られた活性を有するモデルであっても、これらの経路のそれぞれの単一薬剤阻害剤よりも優れた有効性を実証した。これらの研究では、腫瘍浸潤Ｔ細胞は、ＰＤ－Ｌ１がブロックされた場合にのみＩＦＮ－γ発現の増加（Ｔ細胞の活性化及び抗腫瘍活性の顕著な特徴）を示したが、単－剤ワクチンでは示さなかった（Ｄｕｒａｉｓｗａｍｙ Ｊ，Ｋａｌｕｚａ ＫＭ，Ｆｒｅｅｍａｎ ＧＪ，ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２０１３；７３：３５９１－６０３；Ｆｕ Ｊ，Ｍａｌｍ ＩＪ，Ｋａｄａｙａｋｋａｒａ ＤＫ，ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２０１４；７４：４０４２－５２）。これらの研究に基づいて、ＲＯ７１９８４５７と抗－ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１との組合せは、抗腫瘍免疫応答の活性化をもたらし、腫瘍細胞の死滅の増強及びがん患者における臨床応答の改善をもたらし得ると仮定される。
目的
この研究では、事前に処置されていない進行性メラノーマの患者におけるペンブロリズマブ単独と比較した、個別化ＲＮＡネオエピトープワクチン（ＰＣＶ）、ＲＯ７１９８４５７＋ペンブロリズマブの有効性、安全性、薬物動態及び患者報告の転帰（ＰＲＯ）を評価する。本研究の具体的な目的及び対応するエンドポイントを以下に概説する。
この研究の有効性に関する主要評価項目は、以下のエンドポイントに基づいて、ペンブロリズマブ単独と比較したＲＯ７１９８４５７＋ペンブロリズマブの有効性を評価することである。
・無作為化後の無増悪生存期間（ＰＦＳ）（固形がん効果判定基準（Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｉｎ Ｓｏｌｉｄ Ｔｕｍｏｒｓ）バージョン１．１（ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１）に従って治験責任医師が決定した、無作為化から最初に疾患進行が起こるまでの時間又は何らかの原因による死亡までの時間（いずれか早い方）として定義される）。
・客観的奏効率（ＯＲＲ）（ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１に従って治験責任医師が決定した、≧４週間空けて連続する２回の場合における完全奏効（ＣＲ）又は部分奏効（ＰＲ）を有する患者の割合として定義される）
この研究の有効性に関する副次評価項目は、以下のエンドポイントに基づいて、ペムブロリズマブ単独と比較したＲＮＡネオエピトープワクチン＋ペムブロリズマブの有効性を評価することである。
・無作為化後の全生存期間（ＯＳ）（無作為化から任意の原因による死亡までの時間として定義される）
・奏効期間（ＤＯＲ）（ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１に従って治験責任医師が決定した、疾患進行又は何らかの原因による死亡に対する実証された客観的応答の最初の発生からの時間として定義される）
・指定された時点での、がんの研究及び処置のための欧州機構Ｑｕａｌｉｔｙ ｏｆ Ｌｉｆｅ－Ｃｏｒｅ ３０（ＥＯＲＴＣ ＱＬＱ－Ｃ３０）の２項目の全体的健康状態（ＧＨＳ）／ＨＲＱｏＬサブスケール（質問２９及び３０）の使用によって評価される健康関連の生活の質（ＨＲＱｏＬ）スコアのベースラインからの平均変化
この研究の別の有効性に関する副次評価項目は、ペンブロリズマブ単剤療法から併用療法（例えば、ＲＮＡネオエピトープワクチン＋ペンブロリズマブ）への交差後のＣＲ又はＰＲの客観的応答を有する参加者の割合を評価することである。
別の副次評価項目は、以下のエンドポイントに基づいて、ペンブロリズマブ単剤療法後に進行した患者におけるＲＮＡネオエピトープワクチン＋ペンブロリズマブの有効性を評価することである。
・ＯＲＲ：交差時に、ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１に従って治験責任医師が決定した、４週間≧の間隔の連続する２回の機会におけるＣＲ又はＰＲを有する患者の割合として定義される
この研究の別の目的は、有害事象（ＡＥ）の発生率及び重症度を評価することである。
研究計画
これは、事前に処置されていない進行性メラノーマの患者においてペンブロリズマブ単独と比較して、ＲＯ７１９８４５７（ＰＣＶ）＋ペンブロリズマブの有効性及び安全性を評価するように設計された第ＩＩ相無作為化非盲検多施設試験である。患者集団には、切除不能な局所進行型（ステージＩＩＩＣ及びＩＩＩＤ）及び転移性（再発性又は新たなステージＩＶ）メラノーマの患者が含まれる。この研究は、包括的に実施される。
この研究は２つの段階からなる。初期安全性導入段階及び無作為化段階（図１）。各段階は、２パートのスクリーニング期間、処置期間、及び処置後フォローアップ期間を有する。
安全性導入段階は、ＩＶ注入によって投与される２００ｍｇのペンブロリズマブの１サイクル（２１日間）と、その後のサイクルのための３週間毎の２５μｇのＲＯ７１９８４５７＋２００ｍｇのペンブロリズマブのＩＶ（Ｑ３Ｗ）とを受ける約６－１２人の患者を登録する単一アームからなる。無作為化段階での付加（Ａｃｃｒｕａｌ）は、内部監視委員会（ＩＭＣ）が安全導入段階で処置された最初の６人の患者の安全性データを検討するまで開始されない。
無作為化段階は、実験群又は対照群のいずれかに２：１の比で無作為化された約１２０人の患者を登録する：
・Ａ群（対照）：２００ｍｇのペンブロリズマブをＱ３ＷでのＩＶ注入によって投与
・Ｂ群（実験）：ＩＶ注入によって投与される２００ｍｇのペンブロリズマブを１サイクル、その後のサイクルでは２５μｇのＲＯ７１９８４５７＋２００ｍｇのペンブロリズマブのＩＶ Ｑ３Ｗ
疾患の進行が確認されると（ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１に従って治験責任医師によって評価された場合）、Ａ群に無作為化された患者には、適格基準を満たす限り、ＲＯ７１９８４５７とペンブロリズマブとの交差及び併用処置を受ける選択肢が与えられる。
スクリーニング期間の最初の部分（Ａ部）の間に、同意患者を予備的適格性（例えば、Ｅａｓｔｅｒｎ Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ Ｇｒｏｕｐ［ＥＣＯＧ］Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ Ｓｔａｔｕｓ、血液化学、ＨＩＶの血清学、Ｂ型肝炎ウイルス［ＨＢＶ］及びＣ型肝炎ウイルス［ＨＣＶ］）について評価し、腫瘍組織及び血液試料を採取して腫瘍特異的体細胞変異を定義し、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）タイピングを行ってＲＯ７１９８４５７の製造を可能にする。現在計画されている製造所要時間は、十分な量及び品質の血液試料及び腫瘍試料を受け取ってからおよそ４－６週間である。スクリーニング期間の第２の部分（Ｂ部）は、患者の適格性を確認するための１日目の前の２８日間である。
適格患者には、測定可能なステージＩＩＩＣ若しくはＩＩＩＤ（切除不能）又は転移性（再発性又はｄｅ ｎｏｖｏステージＩＶ）の浸潤性皮膚又は粘膜メラノーマが組織学的に確認され、進行性疾患の事前の処置を受けていない０又は１のＥＣＯＧパフォーマンスステータスを有する≧１８歳の男性及び女性患者が含まれる。眼メラノーマ若しくは肢端メラノーマ、又は未処置のＣＮＳ転移を有する患者は適格ではない。イピリムマブ、ＢＲＡＦ阻害剤、及び／又はＭＥＫ阻害剤による事前のアジュバント療法が許容される。抗－ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１剤を用いた事前のアジュバント療法は、最終用量がサイクル１の１日目の少なくとも６ヶ月前に投与されたことを条件として許容される。患者は、ワクチン製造及びＰＤ－Ｌ１試験のために腫瘍標本を提供できなければならない。
図２に示すように、Ａ群の患者（ペンブロリズマブ）には、サイクル１から開始してＱ３ＷでのＩＶ注入によって２００ｍｇのペンブロリズマブを投与した。安全性導入段階及び無作為化段階のＢ群の患者（２５μｇのＲＯ７１９８４５７＋２００ｍｇのペンブロリズマブ）は、サイクル１から開始してＱ３ＷでＩＶ注入によって投与されるペンブロリズマブを受ける。サイクル１は、ワクチン製造のための時間を可能にするペンブロリズマブ単剤療法導入（ｒｕｎ－ｉｎ）である。ＲＯ７１９８４５７＋ペンブロリズマブはサイクル２から開始し、ＲＯ７１９８４５７はペンブロリズマブ注入の完了の３０分後にＩＶ注入によって投与される。安全性導入段階及びＢ群については、ＲＯ７１９８４５７の投与をサイクル２の１日目に開始し、次いで、サイクル２の８日目及び１５日目、サイクル３－７の１日目、次いで、サイクル１３から開始して８サイクル毎（サイクル１３、２１、及び２９）にメンテナンス処置として投与する。ＲＯ７１９８４５７との併用処置の開始の遅延（例えば、ＲＯ７１９８４５７はサイクル２の１日目まで利用できない）又はＲＯ７１９８４５７の導入中の中断を経験する患者は、サイクル２の１日目より後に併用処置を開始すること、及び／又は初期処置期間の後にＲＯ７１９８４５７の補給用量を受けて、メディカルモニターの承認を得て、合計８つの導入用量を達成することが許可され得る（例えば、サイクル２の１日目を逃した患者は、サイクル２の８日目にＲＯ７１９８４５７を開始し、予定されていない通院としてサイクル３の８日目に補給用量を受け、サイクル２の１５日目にＲＯ７１９８４５７を開始した患者は、予定されていない通院としてサイクル３の８日目と１５日目の両方に補給用量を受ける等である）。
この研究の処置期間は、放射線写真データ及び臨床状態の統合評価後の疾患進行に起因する許容できない毒性又は症候性悪化がない場合に治験責任医師によって評価された臨床的利益を経験している限り、全ての患者について最大２４ヶ月である。患者は、進行性疾患に対するＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１基準が満たされた後、処置を継続することが許可され得る。Ａ群の患者は、交差適格基準が満たされている場合、疾患の進行が確認された後に、ＲＯ７１９８４５７＋ペンブロリズマブとの併用処置に切り替える選択肢を有し得る。更に、Ａ群の患者がペンブロリズマブの２４ヶ月を完了し、ペンブロリズマブを中止した＜６ヶ月後に確認された疾患進行を経験した場合、彼らはＲＯ７１９８４５７＋ペンブロリズマブによる交差処置を受ける選択肢を有し得る。
患者は、サイクル１、１日目後の最初の４８週間、ベースライン（サイクル１、１日目）、第１２週、及びその後６週間毎（２サイクル毎）に腫瘍評価を受ける。示される場合、皮膚病変のデジタル写真撮影は、スクリーニング時及び各腫瘍評価後の最初の来院時に行われる。サイクル１、１日目から４８週間後、患者は１２（±１）週間ごとに（およそ４サイクルごとに）腫瘍評価を受ける。腫瘍評価は、研究処置の中止、同意の撤回、主催者による研究の中止、又は死亡のいずれかが最初に起こるまで継続する。処置の中断をもたらす疾患の進行を経験した後、患者は、実行可能であれば、確認のための腫瘍評価のためにおよそ６（±２）週間後にクリニックに戻ることも求められる。疾患の進行以外の理由（例えば、毒性）で処置を中止する患者は、疾患の進行、同意の撤回、主催者による研究の中止、又は死亡のいずれかが最初に起こるまで、予定された腫瘍評価を継続すべきである。腫瘍評価に使用される一次画像データは、必要に応じて応答エンドポイントの集中的かつ独立したレビューを可能にするために、主催者によって収集される。
更に、患者はまた、疾患の進行又は処置の中止のいずれか遅い方まで、各サイクルの開始時にＰＲＯ評価を完了するように求められる。
組み入れ基準及び除外基準
患者は、次の研究登録基準を満たさなければならない：
・インフォームドコンセント書類の署名時年齢１８歳以上
・ＡＪＣＣ ｖ８．０（Ａｍｉｎ ＭＢ，Ｅｄｇｅ ＳＢ，Ｇｒｅｅｎｅ ＦＬ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄｉｔｏｒｓ．ＡＪＣＣ ｃａｎｃｅｒ ｓｔａｇｉｎｇ ｍａｎｕａｌ．８ｔｈ ｒｅｖ ｅｄ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：Ｓｐｒｉｎｇｅｒ；２０１７）によって定義される組織学的に確認される、転移性（再発性又はｄｅ ｎｏｖｏステージＩＶ）又は切除不能な局所進行性（ステージＩＩＩＣ又はＩＩＩＤ）の皮膚メラノーマ又は粘膜メラノーマ
〇粘膜メラノーマ患者の登録は、およそ１０名の患者に限定される。
・ＥＣＯＧパフォーマンスステータス０又は１
・平均余命≧１２週間
・最初の研究処置（サイクル１、１日目）の２８日前以内に得られた以下の臨床検査結果によって定義される、適切な血液学的及び終末器官機能：
〇ＡＮＣ≧１，５００細胞／μＬ（サイクル１の１日目の前の２週間以内に顆粒球コロニー刺激因子［ＧＣＳＦ］の支持なし）
〇白血球数≧２，５００／μＬ
〇血小板数≧１００，０００／μＬ（サイクル１、１日目の前の１４日間以内に輸血なし）
〇ヘモグロビン≧９ｇ／ｄＬ（患者は輸血されてもよく、又は局所標準治療に従って赤血球造血処置を受けてもよい）
〇総ビリルビン≦１．５×ＵＬＮ、但し以下の例外がある：既知のギルバート病患者：血清ビリルビン濃度≦３×ＵＬＮ。
〇ＡＳＴ及びＡＬＴ≦３×ＵＬＮ
〇ＡＬＰ≦２．５×ＵＬＮ、但し以下の例外がある：実証された肝臓又は骨転移を有する患者は、ＡＬＰ≦５×ＵＬＮを有し得る。
〇血清アルブミン≧２．５ｇ／ｄＬ
・ＣｏｃｋｃｒｏｆｔＧａｕｌｔ糸球体濾過量推定に基づいて測定又は計算されたクレアチニンＣＬ≧５０ｍＬ／分：
（１４０－年齢）×（キログラム単位の重量）×（女性の場合は０．８５）
７２×（血清クレアチニン ｍｇ／ｄＬ）
・ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１による測定疾患。事前に照射された病変は、病変内に進行が実証され、他の標的病変が利用可能でない限り、標的病変としてカウントされるべきではない。生検が意図される病変は、標的病変としてカウントされるべきではない。身体検査によってのみ検出可能な皮膚病変及び他の表在性病変は、標的病変としてカウントされるべきではないが、非標的病変として含まれ得る。
・以下のアジュバント療法を除いて、進行性メラノーマ（例えば、化学療法、ホルモン療法、標的療法、免疫療法、又は他の生物学的療法）に対する以前の全身性抗がん療法にナイーブ：
〇サイクル１、１日目の少なくとも６ヶ月前に中止され、以下の基準のいずれかを満たさない場合、抗－ＰＤ１／ＰＤ－Ｌ１又は抗ＣＴＬＡ－４によるアジュバント処置：
・以前のＣＩＴに起因する免疫関連グレード４有害事象の任意の病歴（置換療法で管理される内分泌不全症又は血清アミラーゼ若しくはリパーゼの無症候性上昇以外）
・局所処方情報、欧州臨床腫瘍学会（ＥＳＭＯ）ガイドライン（Ｈａａｎｅｎ ＪＢＡＧ，Ｃａｒｂｏｎｎｅｌ Ｆ，Ｒｏｂｅｒｔ Ｃ，ｅｔ ａｌ．Ａｎｎ Ｏｎｃｏｌ ２０１７；２８：ｉｖ１１９－ｉｖ１４２）又は米国臨床腫瘍学会（ＡＳＣＯ）ガイドライン（Ｂｒａｈｍｅｒ ＪＲ，Ｌａｃｃｈｅｔｔｉ Ｃ，Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ ＢＪ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２０１８；３６：１７１４－６８）に従って事前の免疫療法剤の永続的な中断を必要とした事前のＣＩＴに起因する免疫関連グレード３有害事象の任意の病歴
・脱毛症、白斑、又は補充療法で管理された内分泌障害を除いて、グレード≦１に回復していない以前の抗がん療法からの有害事象。リパーゼ／アミラーゼの無症候性上昇を有する患者は、メディカルモニターとの議論後に適格となり得る。
・ベースラインまで回復していない以前のＣＩＴ（置換療法で管理された内分泌不全症又は安定白斑以外）に関連する免疫関連有害事象。免疫関連有害事象のためにコルチコステロイドで処置された患者は、コルチコステロイドの中止後≧４週間、関連する症候又は徴候がないことを示さなければならない。
〇研究処置開始の少なくとも２ヶ月前に中止された場合の標的療法（例えば、ＢＲＡＦｉ／ＭＥＫｉ）によるアジュバント処置
〇研究処置の開始の少なくとも７日前に中止された場合のハーブ療法によるアジュバント処置
・ホルマリン固定され、パラフィン包埋されたブロック（好ましい）、又は切片化された組織（実験マニュアルに記載されている）における代表的な腫瘍標本の利用可能性を、関連する病理報告と共に確認した。許容可能な試料はまた、深部腫瘍組織に対するコアニードル生検（最低５個のコア）、皮膚、皮下、又は粘膜病変に対する切除生検、切開生検、パンチ生検、又は鉗子生検を含み得る。５個未満のコアを有する患者は、メディカルモニターからの承認を得て適格であると見なされ得る。微細針吸引試料、ブラッシング（ｂｒｕｓｈｉｎｇ）、滲出液又は腹水からの細胞ペレット、及び洗浄液試料は許容されない。骨転移からの腫瘍組織は、ＰＤ－Ｌ１発現について評価することが困難であり、回避されるべきである。しかしながら、骨転移部位が唯一の実行可能な組織源である場合、それはメディカルモニターの承認を得て許容可能な腫瘍標本であり得る。多くの試薬はＰＤ－Ｌ１ ＩＨＣに使用される抗原及び配列決定のための核酸を損傷する強酸を有することから、脱灰された骨組織は脱灰前に許容され得る。異なる時点（例えば、初期診断時及び疾患再発時）及び／又は複数の転移腫瘍からの適切な組織が利用可能である場合、最も近時に（理想的には、最も近時の全身性アジュバント療法の後に）採取された組織が優先されるべきである。利用可能性に基づき、所与の患者から複数の試料が採取され得るが、ブロック又は切片組織の要件は、単一の生検又は切除検体によって満たされるべきである。保存用組織が不十分又は利用できない患者は、患者が腫瘍の前処理生検試料採取に同意し、それを受ける意思がない限り、ＰＣＶを作成するための評価可能な腫瘍組織の必要性のために適格ではない（許容可能な試料については上記を参照）。
・登録は、少なくとも５つの同定された腫瘍ネオ抗原及び提供者によって定義されるワクチンの製造を可能にするのに十分な腫瘍材料（品質及び量の両方）を有する患者に限定される。保存用腫瘍組織はＣＩＴナイーブ患者に許容可能であり、これを登録前に突然変異の評価のために提出し、評価しなければならない。ベースライン腫瘍生検は、ＣＩＴ経験のある患者（すなわち、アジュバント療法において免疫チェックポイント阻害剤による処置を受けた患者）に必要であり、登録前に突然変異の評価のために提出及び評価しなければならない。ＣＩＴを受けた後であるが登録前に腫瘍生検を受けたことがあるＣＩＴ経験のある患者は、十分な材料が存在する場合、スクリーニングのためにその組織を使用し得る。利用可能な場合、患者は評価のために保存用腫瘍組織も提出すべきである。ベースラインの新鮮な腫瘍生検が製造に不十分である場合には、ＣＩＴ経験のある患者に保存用組織を使用することもできる。腫瘍組織が評価不能であるか、又はワクチンを製造するには不十分な数の突然変異を有する患者は、適格ではない。
・妊娠の可能性がある女性の場合：禁欲（異性間の***を控える）又は避妊手段を使用することの合意、及び卵の提供を控えることの合意
・男性の場合：禁欲（異性との***を控える）又はコンドームの使用の同意、及び***の提供を控える旨の同意
以下の基準のいずれかを満たす患者は、研究登録から除外される：
・眼メラノーマ又は肢端メラノーマ
・妊娠中若しくは授乳中、又は研究中若しくはＲＯ７１９８４５７の最終投与後１ヶ月以内若しくはペンブロリズマブの最終投与後４ヶ月以内のいずれか遅い方で妊娠を意図している。妊娠の可能性がある女性（卵管結紮術を受けた女性を含む）は、研究薬の開始前１４日以内（すなわち、サイクル１、１日目）に血清妊娠検査結果が陰性でなければならない。
・重大な心血管疾患、例えば、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ Ｈｅａｒｔ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎの心臓病（クラスＩＩ以上）、過去３カ月以内の心筋梗塞、不安定不整脈、及び／又は不安定狭心症。
・活動性のウイルス性、アルコール性又は他の肝炎、肝硬変、及び遺伝性肝疾患又は現在のアルコール乱用を含む、既知の臨床的に重要な肝疾患
・サイクル１の１日目の前の２８日以内の主要な外科的処置、又は研究の経過中での主要な外科的処置の必要になるという予想
・治験の薬の使用に禁忌を示す疾患又は状態の合理的な疑いを与えるか、結果の解釈に影響を及ぼし得るか、及び／又は患者を処置合併症に対して高リスクにする可能性がある任意の他の疾患、代謝機能障害、健康診断所見、又は臨床研究所見
・７．５ｍｇを超える用量のコルチコステロイド（生理学的置換のためでない場合）
・事前の脾臓摘出
・既知の原発性免疫不全、細胞性免疫不全（例えば、ＤｉＧｅｏｒｇｅ症候群、Ｔ陰性重症複合免疫不全症［ＳＣＩＤ］）又はＴ細胞及びＢ細胞の複合免疫不全（例えば、Ｔ及びＢ陰性ＳＣＩＤ、Ｗｉｓｋｏｔｔ－Ａｌｄｒｉｃｈ症候群、毛細血管拡張性運動失調症、一般的可変免疫不全）のいずれか
・症候性、未処置又は活発に進行するＣＮＳ転移。以下の基準の全てが満たされるならば、ＣＮＳ病変の病歴を有する患者は適格である：
〇ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１による測定可能な疾患はＣＮＳ外に存在しなければならない
〇テント上（ｓｕｐｒａｔｅｎｔｏｒｉａｌ）及び小脳転移のみが許容された（すなわち、中脳、橋、延髄又は脊髄への転移なし）
〇視神経（視神経及び視交差）の１０ｍｍ以内の転移の病歴
〇ＣＮＳ疾患の治療としてのコルチコステロイドの継続的な必要性はない
〇７日以内に定位放射線照射なし
〇事前の全脳照射なし
〇ＣＮＳに向けられた治療の完了とスクリーニングＸ線検査との間の暫定的な進行の臨床的証拠はない
〇スクリーニング検査で新たに無症候性ＣＮＳ転移が検出された患者は、ＣＮＳ転移に対する放射線療法及び／又は手術を受けていなければならない。処置後、これらの患者は、全ての他の基準が満たされる場合、サイクル１の１日目の前に追加の脳スキャンを必要とせずに適格となり得る。
〇安定な用量の抗痙攣薬による処置が可能である
〇ＣＮＳ病変からの頭蓋内出血の病歴なし
・軟膜転移性疾患の病歴
・制御されない腫瘍関連疼痛。麻薬性鎮痛薬を必要とする患者は、研究登録時に安定したレジメンでなければならない。姑息的放射線療法を受けることができる症候性病変（例えば、骨転移又は神経インピンジメントを引き起こす転移）は、登録前に処置されなければならない。患者は、放射線の影響から回復されなければならない。必要とされる最低限の回復期間はない。更なる成長（例えば、脊髄圧迫に現在関連していない硬膜外転移）を伴う機能障害又は難治性疼痛を引き起こす可能性が高い無症候性転移性病変は、登録前に適切な場合、局所領域療法について検討されるべきである。
・制御されない胸水、心膜滲出液、又は２８日ごとに複数回の繰り返し排液を必要とする腹水。留置型排液カテーテル（例えば、ＰｌｅｕｒＸ（登録商標））が可能である。
・研究処置の開始前の、化学療法、ホルモン療法、及び／又は放射線療法を含む、治験中であるか承認されているかにかかわらず、転移性の状況における任意の抗がん療法。但し、以下の例外がある。
〇ハーブ療法＞サイクル１、１日目の１週間前
〇サイクル１、１日目の２週間前＞の、感受性が高い可能性のある場所（例えば、硬膜外腔）における有痛性の転移又は転移に対する姑息的放射線治療
〇事前のがんワクチン（例えば、Ｔ－ｖｅｃ）は許容されない
・転移又は死亡の無視できるリスクを有するもの（例えば、適切に処置された非浸潤性子宮頸癌、基底細胞若しくは扁平上皮皮膚がん、限局性前立腺がん、又は非浸潤性乳管癌）を除く、サイクル１の１日目の前５年以内の研究下にある疾患以外の悪性腫瘍
・制御されない高カルシウム血症（＞１．５ｍｍｏｌ／Ｌイオン化カルシウム又はＣａ＋２＞１２ｍｇ／ｄＬ又は補正血清カルシウム≧ＵＬＮ）又はビスホスホネート療法の継続的な使用を必要とする症候性高カルシウム血症、特に骨格事象を予防するためにビスホスホネート療法又はデノスマブを受けており、臨床的に有意な高カルシウム血症の病歴がない患者が適格である。
・脊髄圧迫は、手術及び／又は放射線で確定的に処置されておらず、又は事前に診断及び処置された脊髄圧迫は、疾患がスクリーニング前の≧２週間にわたって臨床的に安定していたという証拠はない。
・全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、炎症性腸疾患、抗リン脂質症候群に関連する血管血栓症、ウェゲナー肉芽腫症、シェーグレン症候群、ベル麻痺、ギランバレー症候群、多発性硬化症、血管炎、又は糸球体腎炎を含むが、これらに限定されない自己免疫疾患の病歴；
〇安定した用量の甲状腺補充ホルモンを受ける、自己免疫甲状腺機能低下症の病歴を有する患者は、適格であり得る。
〇安定インスリン療法を受けている制御された１型糖尿病患者が適格であり得る。
〇湿疹、乾癬、慢性単純性苔癬、又は皮膚症状のみを有する白斑（例えば、乾癬性関節炎なし）を有する患者は、以下の条件を満たすならば適格であり得る。
・発疹は体表面積の１０％未満を覆っていなければならない
・疾患はベースラインで十分に制御されており、低効力の局所ステロイドのみを必要とする
・過去１２ヶ月以内に基礎疾患の急性増悪はない（例えば、ソラレン＋紫外線Ａ照射、メトトレキサート、レチノイド、生物学的薬剤、経口カルシニューリン阻害剤、高効力又は経口のステロイドを必要としない）
・サイクル１、１日目の前の３週間以内のモノアミンオキシダーゼ阻害剤（ＭＡＯＩ）による処置
・サイクル１、１日目の前の２週間以内の全身免疫抑制薬（プレドニゾン≧７．５ｍｇ／日、シクロホスファミド、アザチオプリン、メトトレキサート、サリドマイド及びＴＮＦαアンタゴニストを含むが、これらに限定されない）による処置
〇急性の低用量の全身性免疫抑制薬（例えば、悪心のためのデキサメタゾンの１回用量）を受けた患者は、メディカルモニターと協議及び承認後に研究に登録することができる：
〇吸入コルチコステロイド（例えば、慢性閉塞性肺疾患のためのフルチカゾン）の使用は許容される
〇経口ミネラルコルチコイド（例えば、起立性低血圧患者のためのフルドロコルチゾン）の使用は許容される
〇副腎不全のためのコルチコステロイドの生理学的用量は許容される
・特発性肺線維症、肺臓炎（薬物誘発性を含む）、器質化肺炎（すなわち、閉塞性細気管支炎、潜在性器質化肺炎等）の病歴、又は胸部コンピュータ断層撮影（ＣＴ）スキャンのスクリーニングでの活動性肺臓炎の病歴。放射線領域における放射線肺臓炎（線維症）の病歴は許容される。
・ＨＩＶ感染症の陽性検査
・活動性Ｂ型肝炎（スクリーニング時に陽性Ｂ型肝炎表面抗原［ＨＢｓＡｇ］検査を有すると定義される）。過去に又は解決されたＢ型肝炎感染を有した患者（陰性ＨＢｓＡｇ検査及びＢ型肝炎コア抗原に対する陽性ＩｇＧ抗体［抗ＨＢｃ］を有すると定義される）は適格である。ＨＢＶ ＤＮＡは、サイクル１の１日目の前にこれらの患者で取得されなければならず、活動性感染を示してはならない。
・活動性Ｃ型肝炎。ＨＣＶ抗体について陽性の患者は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）がＨＣＶ ＲＮＡについて陰性である場合にのみ適格である。
・既知の活動性又は潜伏結核感染。調査者が潜在的な患者が結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）に感染するリスクが高いと考える場合、潜伏結核の診断手順は、スクリーニング期間中に現地の実務基準に従って従わなければならない。
・感染症、菌血症、又は重度の肺炎の合併症を含むがこれらに限定されない、サイクル１の１日目の前４週間以内の重度の感染症
・以下を含む、重度の感染症の基準を満たさない最近の感染症：
〇サイクル１、１日目の前の２週間以内の感染の徴候又は症候
〇サイクル１、１日目の前の２週間以内に経口又はＩＶ抗生物質を受けた
〇予防用抗生物質（例えば、***症又は慢性閉塞性肺疾患の予防のため）を受ける患者は適格である
・事前の同種骨髄移植又は事前の固形臓器移植
・サイクル１、１日目の４週間前以内の生弱毒化ワクチンの投与、又はそのような生弱毒化ワクチンが研究中に必要とされることの予想。インフルエンザワクチン接種は、インフルエンザシーズン中にのみ行われるべきである。患者は、サイクル１、１日目の前の４週間以内、又は研究中のいつでも、及び最後の研究処置後５ヶ月間、生弱毒化インフルエンザワクチン（例えば、ＦｌｕＭｉｓｔ（登録商標））を受けてはならない。
・ワクチン中の活性物質又は賦形剤のいずれかに対する既知の過敏症
・キメラ抗体若しくはヒト化抗体又は融合タンパク質に対する重度のアレルギー反応、アナフィラキシー反応、又は他の過敏反応の病歴
・チャイニーズハムスター卵巣細胞生成物に対する既知の過敏症
・ペンブロリズマブ製剤の成分に対するアレルギー又は過敏症
実施例２：
この実施例は、本明細書中に記載される方法において使用される例示的なＲＮＡワクチンを記載する。
全体説明
ＲＮＡワクチンは、定常配列及び患者特異的腫瘍ネオ抗原配列をコードする一本鎖メッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）分子である。具体的には、５’キャップされた一本鎖メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）である。各ｍＲＮＡは、同定及び選択された患者の腫瘍特異的変異によって定義される最大２０個のネオエピトープをコードする。患者の腫瘍特異的突然変異を含有する配列は、典型的には８１ヌクレオチドで構成される。ｍＲＮＡ（この実施例では、１０個の患者特異的ネオエピトープをコードするｍＲＮＡ）の概略図を図３に示す。
定常配列エレメントは、以下を含む：５’キャップ（β－Ｓ－ＡＲＣＡ）、５’－、３’－非翻訳領域［ＵＴＲ］、分泌シグナルペプチド［ｓｅｃ２．０］、ＭＨＣ［主要組織適合遺伝子複合体］クラスＩ膜貫通ドメイン及び細胞質ドメイン［ＭＩＴＤ］、並びにポリ（Ａ）尾部。これらの定常配列は、ｍＲＮＡの翻訳効率及び安定性のために最適化されており、各バッチについて同一であり、したがって全ての患者について同一である。全ての定常配列要素の役割を表４に要約し、それらは、患者特異的ネオエピトープ領域及びグリシン／セリン（ＧＳ）リッチリンカーに隣接する。
Figure 2022518399000007
略語：ＡＥＳ＝スプリットのアミノ末端エンハンサー；ＭＨＣ＝主要組織適合遺伝子複合体；
ＭＩＴＤ＝ＭＨＣクラスＩ膜貫通ドメイン及び細胞質ドメイン；ＵＴＲ＝非翻訳領域。
定数配列の説明
ＲＮＡ［１，２－［ｍ２ ７・２’・Ｏ Ｇ－（５’→５’）－ｐｐｓｐ－Ｇ（Ｒｐ－異性体）］］（定常５’ＵＴＲ＋定常ＭＩＴＤに連結されたｓｅｃ２．０＋３’ＵＴＲ及びポリ（Ａ）尾部）
配列長：７３９ヌクレオチド（Ａ：２５５、Ｃ：２０４、Ｇ：１６８、Ｕ：１１２）
図４には、例示的ＲＮＡワクチンの定常領域のＲＮＡ配列が示されている。患者特異的配列（Ｃ１３１～Ａ１３２）の挿入部位を太字で示す。ＲＮＡ配列中の修飾塩基及び一般的でない連結については表５を参照されたい。
Figure 2022518399000008
全体として、各ＲＮＡの長さは、各ネオエピトープのサイズ及び各ＲＮＡにコードされるネオエピトープの数に応じて、約１０００～２０００ヌクレオチドの範囲を有する。ＲＮＡの定常領域は、患者特異的配列とは無関係に、７３９個のリボヌクレオチドを構成する。
参考文献
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配列
全てのポリヌクレオチド配列を５’→３方向に示す。全てのポリペプチド配列をＮ末端からＣ末端方向に示す。
抗ＰＤＬ１抗体ＨＶＲ－Ｈ１配列（配列番号１）
ＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨ
抗ＰＤＬ１抗体ＨＶＲ－Ｈ２配列（配列番号２）
ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ
抗ＰＤＬ１抗体ＨＶＲ－Ｈ３配列（配列番号３）
ＲＨＷＰＧＧＦＤＹ
抗ＰＤＬ１抗体ＨＶＲ－Ｌ１配列（配列番号４）
ＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡ
抗ＰＤＬ１抗体ＨＶＲ－Ｌ２配列（配列番号５）
ＳＡＳＦＬＹＳ
抗ＰＤＬ１抗体ＨＶＲ－Ｌ３配列（配列番号６）
ＱＱＹＬＹＨＰＡＴ
抗ＰＤＬ１抗体ＶＨ配列（配列番号７）
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ
抗ＰＤＬ１抗体ＶＬ配列（配列番号８）
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹ ＳＡＳＦ ＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ
抗ＰＤＬ１抗体重鎖配列（配列番号９）
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＡＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧ
抗ＰＤＬ１抗体軽鎖配列（配列番号１０）
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＳＡＳＦＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
ニボルマブ重鎖配列（配列番号１１）
ＱＶＱＬＶＥＳＧＧＧＶＶＱＰＧＲＳＬＲＬＤＣＫＡＳＧＩＴＦＳＮＳＧＭＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＶＩＷＹ ＤＧＳＫＲＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＦＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＴＮＤＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧ
ニボルマブ軽鎖配列（配列番号１２）
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＮＲＡＴ ＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＳＳＮＷＰＲＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
ペンブロリズマブ重鎖配列（配列番号１３）
ＱＶＱＬＶＱＳＧＶＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＦＴＮＹＹＭＹＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＧ ＩＮＰＳＮＧＧＴＮＦＮＥＫＦＫＮＲＶＴＬＴＴＤＳＳＴＴＴＡＹＭＥＬＫＳＬＱＦＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＤＹＲＦＤＭＧＦＤＹＷ ＧＱＧＴＴＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶ ＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰ ＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫ ＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫ ＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮ ＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧ
ペンブロリズマブ軽鎖配列（配列番号１４）
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴ ＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＫＧＶＳＴＳＧＹＳＹＬＨＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＬＡＳＹＬＥＳ ＧＶＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＨＳＲＤＬＰＬＴＦＧＧＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦ ＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱ ＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
アベルマブ重鎖配列（配列番号１５）
ＥＶＱＬＬＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＳＹＩＭＭＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＳＩＹＰＳＧＧＩＴＦＹＡＤＴＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＩＫＬＧＴＶＴＴＶＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧ
アベルマブ軽鎖配列（配列番号１６）
ＱＳＡＬＴＱＰＡＳＶＳＧＳＰＧＱＳＩＴＩＳＣＴＧＴＳＳＤＶＧＧＹＮＹＶＳＷＹＱＱＨＰＧＫＡＰＫＬＭＩＹＤＶＳＮＲＰＳＧＶＳＮＲＦＳＧＳＫＳＧＮＴＡＳＬＴＩＳＧＬＱＡＥＤＥＡＤＹＹＣＳＳＹＴＳＳＳＴＲＶＦＧＴＧＴＫＶＴＶＬＧＱＰＫＡＮＰＴＶＴＬＦＰＰＳＳＥＥＬＱＡＮＫＡＴＬＶＣＬＩＳＤＦＹＰＧＡＶＴＶＡＷＫＡＤＧＳＰＶＫＡＧＶＥＴＴＫＰＳＫＱＳＮＮＫＹＡＡＳＳＹＬＳＬＴＰＥＱＷＫＳＨＲＳＹＳＣＱＶＴＨＥＧＳＴＶＥＫＴＶＡＰＴＥＣＳ
デュルバルマブ重鎖配列（配列番号１７）
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＲＹＷＭＳＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＮＩＫＱＤＧＳＥＫＹＹＶＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＡＫＮＳＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＥＧＧＷＦＧＥＬＡＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＦＥＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧ
デュルバルマブ軽鎖配列（配列番号１８）
ＥＩＶＬＴＱＳＰＧＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＲＶＳＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＳＲＡＴＧＩＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＲＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＹＧＳＬＰＷＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
完全ＰＣＶ ＲＮＡ５’定常配列（配列番号１９）
ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ
完全ＰＣＶ ＲＮＡ３’定常配列（配列番号２０）
ＡＵＣＧＵＧＧＧＡＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧＡＣＡＧＣＣＵＡＧＵＡＡＣＵＣＧＡＧＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣＣＧＣＧＵＣＧＣＵ
完全ＰＣＶコザックＲＮＡ（配列番号２１）
ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ
完全ＰＣＶコザックＤＮＡ（配列番号２２）
ＧＧＣＧＡＡＣＴＡＧＴＡＴＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＴＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ
短いコザックＲＮＡ（配列番号２３）
ＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ
短いコザックＤＮＡ（配列番号２４）
ＴＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＴＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ
ｓｅｃ ＲＮＡ（配列番号２５）
ＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ
ｓｅｃ ＤＮＡ（配列番号２６）
ＡＴＧＡＧＡＧＴＧＡＴＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＴＧＡＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧＴＣＴＧＧＣＧＣＣＣＴＧＧＣＣＣＴＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＴＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ
ｓｅｃタンパク質（配列番号２７）
ＭＲＶＭＡＰＲＴＬＩＬＬＬＳＧＡＬＡＬＴＥＴＷＡＧＳ
ＭＩＴＤ ＲＮＡ（配列番号２８）
ＡＵＣＧＵＧＧＧＡＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧＡＣＡＧＣＣ
ＭＩＴＤ ＤＮＡ（配列番号２９）
ＡＴＣＧＴＧＧＧＡＡＴＴＧＴＧＧＣＡＧＧＡＣＴＧＧＣＡＧＴＧＣＴＧＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＴＧＡＴＣＧＧＡＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＣＴＡＣＣＧＴＧＡＴＧＴＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＴＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＴＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＴＣＴＧＡＴＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＴＧＴＣＡＣＴＧＡＣＡＧＣＣ
ＭＩＴＤタンパク質（配列番号３０）
ＩＶＧＩＶＡＧＬＡＶＬＡＶＶＶＩＧＡＶＶＡＴＶＭＣＲＲＫＳＳＧＧＫＧＧＳＹＳＱＡＡＳＳＤＳＡＱＧＳＤＶＳＬＴＡ
完全ＰＣＶ ＦＩ ＲＮＡ（配列番号３１）
ＣＵＣＧＡＧＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣＣＧＣＧＵＣＧＣＵ
完全ＰＣＶ ＦＩ ＤＮＡ（配列番号３２）
ＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＴＧＧＴＣＣＡＧＡＧＴＣＧＣＴＡＧＣＣＧＣＧＴＣＧＣＴ
ＦエレメントＲＮＡ（配列番号３３）
ＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣ
ＦエレメントＤＮＡ（配列番号３４）
ＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣ
ＩエレメントＲＮＡ（配列番号３５）
ＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ
ＩエレメントＤＮＡ（配列番号３６）
ＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ
リンカーＲＮＡ（配列番号３７）
ＧＧＣＧＧＣＵＣＵＧＧＡＧＧＡＧＧＣＧＧＣＵＣＣＧＧＡＧＧＣ
リンカーＤＮＡ（配列番号３８）
ＧＧＣＧＧＣＴＣＴＧＧＡＧＧＡＧＧＣＧＧＣＴＣＣＧＧＡＧＧＣ
リンカータンパク質（配列番号３９）
ＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧ
完全ＰＣＶ ＤＮＡ ５’定常配列（配列番号４０）
ＧＧＣＧＡＡＣＴＡＧＴＡＴＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＴＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣＡＴＧＡＧＡＧＴＧＡＴＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＴＧＡＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧＴＣＴＧＧＣＧＣＣＣＴＧＧＣＣＣＴＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＴＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ
完全ＰＣＶ ＤＮＡ ３’定常配列（配列番号４１）
ＡＴＣＧＴＧＧＧＡＡＴＴＧＴＧＧＣＡＧＧＡＣＴＧＧＣＡＧＴＧＣＴＧＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＴＧＡＴＣＧＧＡＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＣＴＡＣＣＧＴＧＡＴＧＴＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＴＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＴＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＴＣＴＧＡＴＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＴＧＴＣＡＣＴＧＡＣＡＧＣＣＴＡＧＴＡＡＣＴＣＧＡＧＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＴＧＧＴＣＣＡＧＡＧＴＣＧＣＴＡＧＣＣＧＣＧＴＣＧＣＴ
キャップ由来の５’ＧＧを有する完全ＰＣＶ ＲＮＡ（配列番号４２）
ＧＧＧＧＣＧＡＡＣＵ ＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣ ＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣ ＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧ ＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣ
ＡＣＣＡＵＧＡＧＡＧ ＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣ ＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧ ＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣ ＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣ
ＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧ ＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵ ＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧ ＣＮＡＵＣＧＵＧＧＧＡ ＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧ
ＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵ ＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧ ＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧ ＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵ ＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧ
ＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣ ＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧ ＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧ ＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵ ＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣ
ＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵ ＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣ ＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡ ＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧ ＡＣＡＧＣＣＵＡＧＵ
ＡＡＣＵＣＧＡＧＣＵ ＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵ ＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧ ＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣ ＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣ
ＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣ ＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣ ＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧ ＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡ ＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣ
ＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣ ＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡ ＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧ ＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣ ＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡ
ＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧ ＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡ ＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵ ＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣ ＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡ
ＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵ ＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧ ＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡ ＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵ ＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵ
ＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧ ＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵ ＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣ ＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡ ＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧ
ＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣ ＣＧＣＧＵＣＧＣＵＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ
ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ
ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ ＡＡＡＡＡＡＡＡＡ

Claims (108)

  1. 個体においてがんを処置するか又はその進行を遅延させる方法であって、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストとＲＮＡワクチンとを前記個体に投与することを含み、前記ＲＮＡワクチンが、前記個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１種以上のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む、方法。
  2. 前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが、ＰＤ－１結合アンタゴニストである、請求項１に記載の方法。
  3. 前記ＰＤ－１結合アンタゴニストが、抗ＰＤ－１抗体である、請求項２に記載の方法。
  4. 前記抗ＰＤ－１抗体が、ニボルマブ又はペンブロリズマブである、請求項３に記載の方法。
  5. 前記抗ＰＤ－１抗体を前記個体に約２００ｍｇの用量で投与する、請求項３又は請求項４に記載の方法。
  6. 前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストである、請求項１に記載の方法。
  7. 前記ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストが、抗ＰＤ－Ｌ１抗体である、請求項６に記載の方法。
  8. 前記抗ＰＤ－Ｌ１抗体が、アベルマブ又はデュルバルマブである、請求項７に記載の方法。
  9. 前記抗ＰＤ－Ｌ１抗体が、以下：
    （ａ）ＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨのアミノ酸配列（配列番号１）を含むＨＶＲ－Ｈ１、ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧのアミノ酸配列（配列番号２）を含むＨＶＲ－２、及びアミノ酸ＲＨＷＰＧＧＦＤＹを含むＨＶＲ－３（配列番号３）を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）と、
    （ｂ）ＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡのアミノ酸配列（配列番号４）を含むＨＶＲ－Ｌ１、ＳＡＳＦＬＹＳのアミノ酸配列を含むＨＶＲ－Ｌ２（配列番号５）、及びＱＱＹＬＹＨＰＡＴのアミノ酸配列を含むＨＶＲ－Ｌ３（配列番号６）を含む、軽鎖可変領域（ＶＬ）と、を含む、請求項７に記載の方法。
  10. 前記抗ＰＤ－Ｌ１抗体が、配列番号７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）と、配列番号８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）と、を含む、請求項７に記載の方法。
  11. 前記抗ＰＤ－Ｌ１抗体が、アテゾリズマブである、請求項７に記載の方法。
  12. 前記抗ＰＤ－Ｌ１抗体を前記個体に約１２００ｍｇの用量で投与する、請求項７～１１のいずれか一項に記載の方法。
  13. 前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを、２１日間又は３週間の間隔で前記個体に投与する、請求項１～１２のいずれか一項に記載の方法。
  14. 前記ＲＮＡワクチンが、前記腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１０～２０個のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む、請求項１～１３のいずれか一項に記載の方法。
  15. 前記ＲＮＡワクチンが、リポプレックスナノ粒子又はリポソームに製剤化される、請求項１～１４のいずれか一項に記載の方法。
  16. 前記ＲＮＡワクチンが、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ又は約１００μｇの用量で前記個体に投与される、請求項１～１５のいずれか一項に記載の方法。
  17. 前記ＲＮＡワクチンが、２１日間又は３週間の間隔で前記個体に投与される、請求項１～１６のいずれか一項に記載の方法。
  18. 前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及び前記ＲＮＡワクチンが、８回の２１日間サイクルで前記個体に投与され、前記ＲＮＡワクチンが、サイクル２の１、８及び１５日目、並びにサイクル３～７の１日目に前記個体に投与される、請求項１～１６のいずれか一項に記載の方法。
  19. 前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが、サイクル１～８の１日目に前記個体に投与される、請求項１８に記載の方法。
  20. 前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及び前記ＲＮＡワクチンが、サイクル８の後に前記個体に更に投与される、請求項１８又は請求項１９に記載の方法。
  21. 前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びＲＮＡワクチンが、１７回の追加の２１日間のサイクルで前記個体に更に投与され、前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが、サイクル１３～２９の１日目に前記個体に投与され、前記ＲＮＡワクチンが、サイクル１３、２１、及び２９の１日目に前記個体に投与される、請求項２０に記載の方法。
  22. 前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及び前記ＲＮＡワクチンが、８回の２１日間サイクルで前記個体に投与され、前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストがペンブロリズマブであり、サイクル１～８の１日目に約２００ｍｇの用量で前記個体に投与され、前記ＲＮＡワクチンが、サイクル２の１、８及び１５日目、並びにサイクル３～７の１日目に約２５μｇの用量で前記個体に投与される、請求項１に記載の方法。
  23. 前記ＲＮＡワクチンが、サイクル２の１日目に約２５μｇ、サイクル２の８日目に約２５μｇ、サイクル２の１５日目に約２５μｇ、及びサイクル３～７のそれぞれの１日目に約２５μｇの用量で前記個体に投与される、請求項２２に記載の方法。
  24. 前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及び前記ＲＮＡワクチンが静脈内投与される、請求項１～２３のいずれか一項に記載の方法。
  25. 前記個体が、ヒトである、請求項１～２４のいずれか一項に記載の方法。
  26. 前記がんが、非小細胞肺がん、膀胱がん、結腸直腸がん、トリプルネガティブ乳がん、腎がん、及び頭頸部がんからなる群から選択される、請求項１～２５のいずれか一項に記載の方法。
  27. 前記がんがメラノーマである、請求項１～２５のいずれか一項に記載の方法。
  28. 前記メラノーマが、皮膚メラノーマ又は粘膜メラノーマである、請求項２７に記載の方法。
  29. 前記メラノーマが、眼メラノーマ又は肢端メラノーマではない、請求項２７に記載の方法。
  30. 前記メラノーマが、転移性メラノーマ又は切除不能な局所進行性メラノーマである、請求項２７～２９のいずれか一項に記載の方法。
  31. 前記メラノーマが、ステージＩＶメラノーマである、請求項３０に記載の方法。
  32. 前記メラノーマが、ステージＩＩＩＣメラノーマ又はステージＩＩＩＤメラノーマである、請求項３０に記載の方法。
  33. 前記メラノーマが、事前に処置されていない進行性メラノーマである、請求項２７に記載の方法。
  34. 前記方法が、無増悪生存期間（ＰＦＳ）の改善をもたらす、請求項１～３３のいずれか一項に記載の方法。
  35. 前記方法が、客観的奏効率（ＯＲＲ）の増加をもたらす、請求項１～３４のいずれか一項に記載の方法。
  36. 請求項１～３５のいずれか一項に記載の方法に従ってがんを有する個体を処置するためのＲＮＡワクチンと組み合わせて使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む、キット。
  37. がんを有するヒト個体を処置する方法で使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、前記方法が、ＲＮＡワクチンと組み合わせて有効量の前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを前記個体に投与することを含み、前記ＲＮＡワクチンが、前記個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１種以上のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト。
  38. がんを有するヒト個体を処置する方法で使用するためのＲＮＡワクチンであって、前記方法が、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストと組み合わせて有効量の前記ＲＮＡワクチンを前記個体に投与することを含み、前記ＲＮＡワクチンが、前記個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１種以上のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む、ＲＮＡワクチン。
  39. ５’→３’方向に、
    （１）５’キャップ；
    （２）５’非翻訳領域（ＵＴＲ）；
    （３）分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列；
    （４）主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列；
    （５）３’ＵＴＲであって、
    （ａ）Ｓｐｌｉｔ（ＡＥＳ）ｍＲＮＡのアミノ末端エンハンサーの３’非翻訳領域又はその断片；及び
    （ｂ）ミトコンドリアにコードされた１２Ｓ ＲＮＡの非コードＲＮＡ又はその断片、を含む３’ＵＴＲ；並びに
    （６）ポリ（Ａ）配列、
    を含む、ＲＮＡ分子。
  40. 少なくとも１種のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を更に含み、前記少なくとも１種のネオエピトープをコードする前記ポリヌクレオチド配列が、５’→３’方向に、前記分泌シグナルペプチドをコードする前記ポリヌクレオチド配列と、前記ＭＨＣ分子の前記膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの前記少なくとも一部をコードする前記ポリヌクレオチド配列との間にある、請求項３９に記載のＲＮＡ分子。
  41. ５’→３’方向に、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列、及びネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を更に含み、
    前記アミノ酸リンカー及び前記ネオエピトープをコードする前記ポリヌクレオチド配列が、第１のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成し、
    前記第１のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成する前記ポリヌクレオチド配列が、５’→３’方向に、前記分泌シグナルペプチドをコードする前記ポリヌクレオチド配列と、前記ＭＨＣ分子の前記膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの前記少なくとも一部をコードする前記ポリヌクレオチド配列との間にある、請求項３９に記載のＲＮＡ分子。
  42. 前記アミノ酸リンカーが、配列ＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧ（配列番号３９）を含む、請求項４１に記載のＲＮＡ分子。
  43. 前記アミノ酸リンカーをコードする前記ポリヌクレオチド配列が、配列ＧＧＣＧＧＣＵＣＵＧＧＡＧＧＡＧＧＣＧＧＣＵＣＣＧＧＡＧＧＣ（配列番号３７）を含む、請求項４１に記載のＲＮＡ分子。
  44. ５’→３’方向に、少なくとも第２のリンカー－エピトープモジュールを更に含み、前記少なくとも第２のリンカー－エピトープモジュールが、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列及びネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を含み、
    前記第２のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成する前記ポリヌクレオチド配列が、５’→３’方向に、前記第１のリンカー－ネオエピトープモジュールの前記ネオエピトープをコードする前記ポリヌクレオチド配列と、前記ＭＨＣ分子の前記膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの前記少なくとも一部をコードする前記ポリヌクレオチド配列との間にあり、
    前記第１のリンカー－エピトープモジュールの前記ネオエピトープが、前記第２のリンカー－エピトープモジュールの前記ネオエピトープとは異なる、請求項４１～４３のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子。
  45. 前記ＲＮＡ分子が５個のリンカー－エピトープモジュールを含み、前記５個のリンカー－エピトープモジュールがそれぞれ異なるネオエピトープをコードする、請求項４４に記載のＲＮＡ分子。
  46. 前記ＲＮＡ分子が１０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、前記１０個のリンカー－エピトープモジュールがそれぞれ異なるネオエピトープをコードする、請求項４４に記載のＲＮＡ分子。
  47. 前記ＲＮＡ分子が２０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、前記２０個のリンカー－エピトープモジュールがそれぞれ異なるネオエピトープをコードする、請求項４４に記載のＲＮＡ分子。
  48. アミノ酸リンカーをコードする第２のポリヌクレオチド配列を更に含み、前記アミノ酸リンカーをコードする前記第２のポリヌクレオチド配列が、３’方向に、最も遠位にある前記ネオエピトープをコードする前記ポリヌクレオチド配列と、前記ＭＨＣ分子の前記膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの前記少なくとも一部をコードする前記ポリヌクレオチド配列との間にある、請求項４０～４７のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子。
  49. 前記５’キャップが、以下の構造：
    Figure 2022518399000009
    のＤ１ジアステレオ異性体を含む、請求項３９～４８のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子。
  50. 前記５’ＵＴＲが、配列ＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２３）を含む、請求項３９～４９のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子。
  51. 前記５’ＵＴＲが、配列ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２１）を含む、請求項３９～４９のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子。
  52. 前記分泌シグナルペプチドが、アミノ酸配列ＭＲＶＭＡＰＲＴＬＩＬＬＬＳＧＡＬＡＬＴＥＴＷＡＧＳ（配列番号２７）を含む、請求項３９～５１のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子。
  53. 前記分泌シグナルペプチドをコードする前記ポリヌクレオチド配列が、配列ＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号２５）を含む、請求項３９～５１のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子。
  54. 前記ＭＨＣ分子の前記膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの前記少なくとも一部が、アミノ酸配列ＩＶＧＩＶＡＧＬＡＶＬＡＶＶＶＩＧＡＶＶＡＴＶＭＣＲＲＫＳＳＧＧＫＧＧＳＹＳＱＡＡＳＳＤＳＡＱＧＳＤＶＳＬＴＡ（配列番号３０）を含む、請求項３９～５３のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子。
  55. 前記ＭＨＣ分子の前記膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの前記少なくとも一部をコードする前記ポリヌクレオチド配列が、配列ＡＵＣＧＵＧＧＧＡＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧＡＣＡＧＣＣ（配列番号２８）を含む、請求項３９～５３のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子。
  56. 前記ＡＥＳ ｍＲＮＡの前記３’非翻訳領域が、配列ＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣ（配列番号３３）を含む、請求項３９～５５のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子。
  57. 前記ミトコンドリアにコードされる１２Ｓ ＲＮＡの前記非コードＲＮＡが、配列ＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ（配列番号３５）を含む、請求項３９～５６のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子。
  58. 前記３’ＵＴＲが、配列ＣＵＣＧＡＧＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣＣＧＣＧＵＣＧＣＵ（配列番号３１）を含む、請求項３９～５７のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子。
  59. 前記ポリ（Ａ）配列が１２０個のアデニンヌクレオチドを含む、請求項３９～５８のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子。
  60. ５’→３’方向に、ポリヌクレオチド配列ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号１９）；及びポリヌクレオチド配列ＡＵＣＧＵＧＧＧＡＡＵＵＧＵＧＧＣＡＧＧＡＣＵＧＧＣＡＧＵＧＣＵＧＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＵＧＡＵＣＧＧＡＧＣＣＧＵＧＧＵＧＧＣＵＡＣＣＧＵＧＡＵＧＵＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＵＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＵＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＵＣＵＧＡＵＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＵＧＵＣＡＣＵＧＡＣＡＧＣＣＵＡＧＵＡＡＣＵＣＧＡＧＣＵＧＧＵＡＣＵＧＣＡＵＧＣＡＣＧＣＡＡＵＧＣＵＡＧＣＵＧＣＣＣＣＵＵＵＣＣＣＧＵＣＣＵＧＧＧＵＡＣＣＣＣＧＡＧＵＣＵＣＣＣＣＣＧＡＣＣＵＣＧＧＧＵＣＣＣＡＧＧＵＡＵＧＣＵＣＣＣＡＣＣＵＣＣＡＣＣＵＧＣＣＣＣＡＣＵＣＡＣＣＡＣＣＵＣＵＧＣＵＡＧＵＵＣＣＡＧＡＣＡＣＣＵＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＵＧＣＡＧＣＵＣＡＡＡＡＣＧＣＵＵＡＧＣＣＵＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＵＧＡＵＵＡＡＣＣＵＵＵＡＧＣＡＡＵＡＡＡＣＧＡＡＡＧＵＵＵＡＡＣＵＡＡＧＣＵＡＵＡＣＵＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＵＵＧＧＵＣＡＡＵＵＵＣＧＵＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＵＧＧＵＣＣＡＧＡＧＵＣＧＣＵＡＧＣＣＧＣＧＵＣＧＣＵ（配列番号２０）を含む、ＲＮＡ分子。
  61. 配列番号１９及び配列番号２０の配列の間に、少なくとも１種のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を更に含む、請求項６０に記載のＲＮＡ分子。
  62. 配列番号１９及び配列番号２０の配列の間の５’→３’方向に、
    （ａ）少なくとも第１のリンカー－ネオエピトープモジュールであって、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列及びネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を含む、前記少なくとも第１のリンカー－ネオエピトープモジュールと、
    （ｂ）アミノ酸リンカーをコードする第２のポリヌクレオチド配列とを更に含む、請求項６０に記載のＲＮＡ分子。
  63. ５個のリンカー－エピトープモジュールを含み、前記５個のリンカー－エピトープモジュールがそれぞれ異なるネオエピトープをコードする、請求項６２に記載のＲＮＡ分子。
  64. １０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、前記１０個のリンカー－エピトープモジュールがそれぞれ異なるネオエピトープをコードする、請求項６２に記載のＲＮＡ分子。
  65. ２０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、前記２０個のリンカー－エピトープモジュールがそれぞれ異なるネオエピトープをコードする、請求項６２に記載のＲＮＡ分子。
  66. ５’キャップを更に含み、前記５’キャップが、配列ＧＧＣＧＡＡＣＵＡＧＵＡＵＵＣＵＵＣＵＧＧＵＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＵＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣＡＵＧＡＧＡＧＵＧＡＵＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＵＧＡＵＣＣＵＧＣＵＧＣＵＧＵＣＵＧＧＣＧＣＣＣＵＧＧＣＣＣＵＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＵＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号１９）の５’側に位置する、請求項６０～６５のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子。
  67. 前記５’キャップが、以下の構造：
    Figure 2022518399000010
    のＤ１ジアステレオ異性体を含む、請求項６６に記載のＲＮＡ分子。
  68. 請求項３９～６７のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子及び１種以上の脂質を含むリポソームであって、前記１種以上の脂質が、前記ＲＮＡ分子をカプセル化する多層構造を形成する、リポソーム。
  69. 前記１種以上の脂質が、少なくとも１種のカチオン性脂質及び少なくとも１種のヘルパー脂質を含む、請求項６８に記載のリポソーム。
  70. 前記１種以上の脂質が、（Ｒ）－Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチル－２，３－ジオレイルオキシ－１－プロパンアミニウムクロリド（ＤＯＴＭＡ）及び１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）を含む、請求項６８に記載のリポソーム。
  71. 生理学的ｐＨにおいて、前記リポソームの正電荷対負電荷の全電荷比が１．３：２（０．６５）である、請求項７０に記載のリポソーム。
  72. 個体においてがんを処置するか又はその進行を遅延させる方法であって、有効量の請求項３９～６７のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子又は請求項６８～７１のいずれか一項に記載のリポソームを前記個体に投与することを含む方法。
  73. 前記ＲＮＡ分子が、前記個体から得られた腫瘍標本中に存在するがん特異的体細胞変異に起因する１種以上のネオエピトープをコードする１種以上のポリヌクレオチドを含む、請求項７２に記載の方法。
  74. 前記個体にＰＤ－１軸結合アンタゴニストを投与することを更に含む、請求項７２又は請求項７３に記載の方法。
  75. 前記がんが、メラノーマ、非小細胞肺がん、膀胱がん、結腸直腸がん、トリプルネガティブ乳がん、腎がん、及び頭頸部がんからなる群から選択される、請求項７２～７４のいずれか一項に記載の方法。
  76. 個体においてがんを処置するか、又はがんの進行を遅延させる方法において使用するための、請求項３９～６７のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子又は請求項６８～７１のいずれか一項に記載のリポソーム。
  77. ５’→３’方向に、
    （１）５’非翻訳領域（ＵＴＲ）をコードするポリヌクレオチド配列；
    （２）分泌シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列；
    （３）主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子の膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの少なくとも一部をコードするポリヌクレオチド配列；
    （４）３’ＵＴＲをコードするポリヌクレオチド配列であって、
    （ａ）Ｓｐｌｉｔ（ＡＥＳ）ｍＲＮＡのアミノ末端エンハンサーの３’非翻訳領域又はその断片；及び
    （ｂ）ミトコンドリアにコードされた１２Ｓ ＲＮＡの非コードＲＮＡ又はその断片、を含む３’ＵＴＲ；並びに
    （５）ポリ（Ａ）配列をコードするポリヌクレオチド配列、
    を含む、ＤＮＡ分子。
  78. 少なくとも１種のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を更に含み、前記少なくとも１種のネオエピトープをコードする前記ポリヌクレオチド配列が、５’→３’方向に、前記分泌シグナルペプチドをコードする前記ポリヌクレオチド配列と、前記ＭＨＣ分子の前記膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの前記少なくとも一部をコードする前記ポリヌクレオチド配列との間にある、請求項７７に記載のＤＮＡ分子。
  79. ５’→３’方向に、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列、及びネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を更に含み、
    前記アミノ酸リンカー及び前記ネオエピトープをコードする前記ポリヌクレオチド配列が、第１のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成し、
    前記第１のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成する前記ポリヌクレオチド配列が、５’→３’方向に、前記分泌シグナルペプチドをコードする前記ポリヌクレオチド配列と、前記ＭＨＣ分子の前記膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの前記少なくとも一部をコードする前記ポリヌクレオチド配列との間にある、請求項７７に記載のＤＮＡ分子。
  80. 前記アミノ酸リンカーが、前記配列ＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧ（配列番号３９）を含む、請求項７９に記載のＤＮＡ分子。
  81. 前記アミノ酸リンカーをコードする前記ポリヌクレオチド配列が、配列ＧＧＣＧＧＣＴＣＴＧＧＡＧＧＡＧＧＣＧＧＣＴＣＣＧＧＡＧＧＣ（配列番号３８）を含む、請求項７９に記載のＤＮＡ分子。
  82. ５’→３’方向に、少なくとも第２のリンカー－エピトープモジュールを更に含み、前記少なくとも第２のリンカー－エピトープモジュールが、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列及びネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を含み、
    前記第２のリンカー－ネオエピトープモジュールを形成する前記ポリヌクレオチド配列が、５’→３’方向に、前記第１のリンカー－ネオエピトープモジュールの前記ネオエピトープをコードする前記ポリヌクレオチド配列と、前記ＭＨＣ分子の前記膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの前記少なくとも一部をコードする前記ポリヌクレオチド配列との間にあり、
    前記第１のリンカー－エピトープモジュールの前記ネオエピトープが、前記第２のリンカー－エピトープモジュールの前記ネオエピトープとは異なる、請求項７９～８１のいずれか一項に記載のＤＮＡ分子。
  83. 前記ＤＮＡ分子が、５個のリンカー－エピトープモジュールを含み、前記５個のリンカー－エピトープモジュールがそれぞれ異なるネオエピトープをコードする、請求項８２に記載のＤＮＡ分子。
  84. 前記ＤＮＡ分子が、１０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、前記１０個のリンカー－エピトープモジュールがそれぞれ異なるネオエピトープをコードする、請求項８２に記載のＤＮＡ分子。
  85. 前記ＤＮＡ分子が、２０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、前記２０個のリンカー－エピトープモジュールがそれぞれ異なるネオエピトープをコードする、請求項８２に記載のＤＮＡ分子。
  86. アミノ酸リンカーをコードする第２のポリヌクレオチド配列を更に含み、前記アミノ酸リンカーをコードする前記第２のポリヌクレオチド配列が、３’方向に、最も遠位にある前記ネオエピトープをコードする前記ポリヌクレオチド配列と、前記ＭＨＣ分子の前記膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの前記少なくとも一部をコードする前記ポリヌクレオチド配列との間にある、請求項７８～８５のいずれか一項に記載のＤＮＡ分子。
  87. 前記５’ＵＴＲをコードする前記ポリヌクレオチドが、配列ＴＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＴＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２４）を含む、請求項７７～８４のいずれか一項に記載のＤＮＡ分子。
  88. 前記５’ＵＴＲをコードする前記ポリヌクレオチドが、配列ＧＧＣＧＡＡＣＴＡＧＴＡＴＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＴＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣ（配列番号２２）を含む、請求項７７～８４のいずれか一項に記載のＤＮＡ分子。
  89. 前記分泌シグナルペプチドが、アミノ酸配列ＭＲＶＭＡＰＲＴＬＩＬＬＬＳＧＡＬＡＬＴＥＴＷＡＧＳ（配列番号２７）を含む、請求項７７～８８のいずれか一項に記載のＤＮＡ分子。
  90. 前記分泌シグナルペプチドをコードする前記ポリヌクレオチド配列が、配列ＡＴＧＡＧＡＧＴＧＡＴＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＴＧＡＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧＴＣＴＧＧＣＧＣＣＣＴＧＧＣＣＣＴＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＴＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号２６）を含む、請求項７７～８８のいずれか一項に記載のＤＮＡ分子。
  91. 前記ＭＨＣ分子の前記膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの前記少なくとも一部が、アミノ酸配列ＩＶＧＩＶＡＧＬＡＶＬＡＶＶＶＩＧＡＶＶＡＴＶＭＣＲＲＫＳＳＧＧＫＧＧＳＹＳＱＡＡＳＳＤＳＡＱＧＳＤＶＳＬＴＡ（配列番号３０）を含む、請求項７７～９０のいずれか一項に記載のＤＮＡ分子。
  92. 前記ＭＨＣ分子の前記膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインの前記少なくとも一部をコードする前記ポリヌクレオチド配列が、配列ＡＴＣＧＴＧＧＧＡＡＴＴＧＴＧＧＣＡＧＧＡＣＴＧＧＣＡＧＴＧＣＴＧＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＴＧＡＴＣＧＧＡＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＣＴＡＣＣＧＴＧＡＴＧＴＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＴＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＴＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＴＣＴＧＡＴＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＴＧＴＣＡＣＴＧＡＣＡＧＣＣ（配列番号２９）を含む、請求項７７～９０のいずれか一項に記載のＤＮＡ分子。
  93. 前記ＡＥＳ ｍＲＮＡの前記３’非翻訳領域をコードする前記ポリヌクレオチド配列が、配列ＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣ（配列番号３４）を含む、請求項７７～９２のいずれか一項に記載のＤＮＡ分子。
  94. 前記ミトコンドリアにコードされる１２Ｓ ＲＮＡの前記非コードＲＮＡをコードする前記ポリヌクレオチドが配列ＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧ（配列番号３６）を含む、請求項７７～９３のいずれか一項に記載のＤＮＡ分子。
  95. 前記３’ＵＴＲをコードする前記ポリヌクレオチドが、配列ＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＴＧＧＴＣＣＡＧＡＧＴＣＧＣＴＡＧＣＣＧＣＧＴＣＧＣＴ（配列番号３２）を含む、請求項７７～９４のいずれか一項に記載のＤＮＡ分子。
  96. 前記ポリ（Ａ）配列が１２０個のアデニンヌクレオチドを含む、請求項７７～９５のいずれか一項に記載のＤＮＡ分子。
  97. ５’→３’方向に、ポリヌクレオチド配列ＧＧＣＧＡＡＣＴＡＧＴＡＴＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＣＣＣＡＣＡＧＡＣＴＣＡＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＣＣＡＣＣＡＴＧＡＧＡＧＴＧＡＴＧＧＣＣＣＣＣＡＧＡＡＣＣＣＴＧＡＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧＴＣＴＧＧＣＧＣＣＣＴＧＧＣＣＣＴＧＡＣＡＧＡＧＡＣＡＴＧＧＧＣＣＧＧＡＡＧＣ（配列番号４０）及びポリヌクレオチド配列ＡＴＣＧＴＧＧＧＡＡＴＴＧＴＧＧＣＡＧＧＡＣＴＧＧＣＡＧＴＧＣＴＧＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＴＧＡＴＣＧＧＡＧＣＣＧＴＧＧＴＧＧＣＴＡＣＣＧＴＧＡＴＧＴＧＣＡＧＡＣＧＧＡＡＧＴＣＣＡＧＣＧＧＡＧＧＣＡＡＧＧＧＣＧＧＣＡＧＣＴＡＣＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＧＣＴＣＴＧＡＴＡＧＣＧＣＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＧＡＣＧＴＧＴＣＡＣＴＧＡＣＡＧＣＣＴＡＧＴＡＡＣＴＣＧＡＧＣＴＧＧＴＡＣＴＧＣＡＴＧＣＡＣＧＣＡＡＴＧＣＴＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＴＴＣＣＣＧＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＣＣＣＧＡＧＴＣＴＣＣＣＣＣＧＡＣＣＴＣＧＧＧＴＣＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＴＣＣＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＴＧＣＣＣＣＡＣＴＣＡＣＣＡＣＣＴＣＴＧＣＴＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＡＣＣＴＣＣＣＡＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＡＡＴＧＣＡＧＣＴＣＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＧＣＣＡＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＧＡＡＡＣＡＧＣＡＧＴＧＡＴＴＡＡＣＣＴＴＴＡＧＣＡＡＴＡＡＡＣＧＡＡＡＧＴＴＴＡＡＣＴＡＡＧＣＴＡＴＡＣＴＡＡＣＣＣＣＡＧＧＧＴＴＧＧＴＣＡＡＴＴＴＣＧＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＣＣＧＡＧＡＣＣＴＧＧＴＣＣＡＧＡＧＴＣＧＣＴＡＧＣＣＧＣＧＴＣＧＣＴ（配列番号４１）を含む、ＤＮＡ分子。
  98. 配列番号４０及び配列番号４１の配列の間の５’→３’方向に、少なくとも１種のネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を更に含む、請求項９７に記載のＤＮＡ分子。
  99. 配列番号４０及び配列番号４１の配列の間の５’→３’方向に、
    （ａ）少なくとも第１のリンカー－ネオエピトープモジュールであって、アミノ酸リンカーをコードするポリヌクレオチド配列及びネオエピトープをコードするポリヌクレオチド配列を含む、前記少なくとも第１のリンカー－ネオエピトープモジュールと、
    （ｂ）アミノ酸リンカーをコードする第２のポリヌクレオチド配列と、
    を更に含む、請求項９７に記載のＤＮＡ分子。
  100. ５個のリンカー－エピトープモジュールを含み、前記５個のリンカー－エピトープモジュールがそれぞれ異なるネオエピトープをコードする、請求項９９に記載のＤＮＡ分子。
  101. １０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、前記１０個のリンカー－エピトープモジュールがそれぞれ異なるネオエピトープをコードする、請求項９９に記載のＤＮＡ分子。
  102. ２０個のリンカー－エピトープモジュールを含み、前記２０個のリンカー－エピトープモジュールがそれぞれ異なるネオエピトープをコードする、請求項９９に記載のＤＮＡ分子。
  103. ＲＮＡ分子を製造する方法であって、請求項７７～１０２のいずれか一項に記載のＤＮＡ分子を転写することを含む、方法。
  104. 個体においてがんを処置するか又はその進行を遅延させる方法であって、前記個体に、請求項１～３５のいずれか一項に記載の方法に従って、請求項３９～６７のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子又は請求項６８～７１のいずれか一項に記載のリポソームを投与することを含む、方法。
  105. 個体においてがんを処置するか又はその進行を遅延させる方法であって、前記個体に、請求項３９～６７のいずれか一項に記載のＲＮＡ分子又は請求項６８～７１のいずれか一項に記載のリポソーム－をＰＤ－１軸結合アンタゴニストと組み合わせて投与することを含む、方法。
  106. 前記ＲＮＡ分子又はリポソームが、約１５μｇ、約２５μｇ、約３８μｇ、約５０μｇ又は約１００μｇの用量で前記個体に投与され、前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが、約２００ｍｇ又は約１２００ｍｇの用量で前記個体に投与される、請求項１０５に記載の方法。
  107. 前記ＲＮＡ分子又はリポソーム及び前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが、８回の２１日間サイクルで前記個体に投与される、請求項１０５又は請求項１０６に記載の方法。
  108. 前記ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが、ペンブロリズマブであり、サイクル１～８の１日目に約２００ｍｇの用量で前記個体に投与され、前記ＲＮＡ分子又はリポソームがサイクル２の１、８及び１５日目並びにサイクル３～７の１日目に約２５μｇの用量で前記個体に投与される、請求項１０７に記載の方法。
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