TW201902509A - Erbb2/her2突變 - Google Patents

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Abstract

本發明係關於癌症中的體細胞ErbB2突變，並且提供識別、診斷及預測ErbB2陽性癌症的方法。本發明進一步提供了治療癌症，包括某些患者亞群的方法。

Description

ERBB2/HER2突變
本發明係關於癌症中的體細胞ErbB2(Her2)突變，並且包括用於識別、診斷、治療結果的預後以及治療ErbB2突變的癌症的方法。
受體酪胺酸激酶(RTK)的人類表皮生長因子受體(Her)家族也稱為ErbB受體，由四個成員組成：EGFR/ErbB1/Her1、ErbB2/Her2、ErbB3/Her3及ErbB4/Her4(Hynes等人Nature Reviews Cancer 5, 341-354 (2005)；Baselga等人Nature Reviews Cancer 9, 463-475 (2009))。ErbB家族成員包含細胞外結構域(ECD)、單段跨膜區、細胞內酪胺酸激酶結構域及C端信號尾(Burgess等人Mol Cell 12, 541-552 (2003)；Ferguson. Annual Review of Biophysics 37, 353-373 (2008))。ECD是由兩個L結構域(I及III)及兩個富含半胱胺酸的結構域(II及IV)組成的四結構域結構(Burgess等人Mol Cell 12, 541-552 (2003)；Ferguson. Annual Review of Biophysics 37, 353-373 (2008))。ErbB受體藉由多種配位體來活化，包括表皮生長因子(EGF)、轉化生長因子-α(TGF-α)及神經調節蛋白(Yarden等人Nat Rev Mol Cell Biol 2, 127-137 (2001))。受體的活化涉及單個配位體分子同時結合至結構域I及III，經由結構域II中的二聚化臂導致異二聚化或同二聚化(Burgess等人Mol Cell 12, 541-552 (2003)；Ogiso等人Cell 110, 775-787 (2002)；Cho. Science 297, 1330-1333 (2002)；Dawson等人Molecular and Cellular Biology 25, 7734-7742 (2005)；Alvarado等人Cell 142, 568-579 (2010)；Lemmon等人Cell 141, 1117-1134 (2010))。在不存在配位體的情況下，結構域II二聚化臂經由與結構域IV的分子內相互作用而隱藏起來，從而產生「經栓系之」自我抑制構型(Burgess等人Mol Cell 12, 541-552 (2003)；Cho. Science 297, 1330-1333 (2002)；Lemmon等人Cell 141, 1117-1134 (2010)；Ferguson等人Mol Cell 11, 507-517 (2003))。
雖然四種ErbB受體共享相似的結構域組織，但功能及結構研究證明ErbB2不結合已知ErbB家族配位體中之任一者，並且組成性地處於適合二聚化的「未經栓系之」(開放)構形中(Garrett等人Mol Cell 11, 495-505 (2003)。相反，ErbB3雖然能夠與配位體結合、異二聚化及信號傳導，但具有受損的激酶結構域(Baselga等人Nature Reviews Cancer 9, 463-475 (2009)；Jura等人Proceedings of the National Academy of Sciences 106, 21608-21613 (2009)；Shi等人Proceedings of the National Academy of Sciences 107, 7692¬7697 (2010)。儘管ErbB2及ErbB3就其自身而言在功能上是不完全的，但它們的異二聚體是細胞信號傳導的有效活化劑(Pinkas-Kramarski等人The EMBO Journal 15, 2452-2467 (1996)；Tzahar等人Molecular and Cellular Biology 16, 5276-5287 (1996)；Holbro等人Proceedings of the National Academy of Sciences 100, 8933-8938 (2003))。
雖然ErbB受體是正常生長及發育的關鍵調控劑，但其失調也與癌症的發展及進展有關(Baselga等人Nature Reviews Cancer 9, 463-475 (2009)；Sithanandam等人Cancer Gene Ther 15, 413-448 (2008)；Hynes等人Current Opinion in Cell Biology 21, 177-184 (2009))。具體而言，已知在各種癌症中，導致受體過表現並且活化體細胞突變的基因擴增在ErbB2及EGFR中發生(Sithanandam等人Cancer Gene Ther 15, 413-448 (2008)；Hynes等人Current Opinion in Cell Biology 21, 177-184 (2009)；Wang等人Cancer Cell 10, 25-38 (2006)；Yamauchi等人Biomark Med 3, 139-151 (2009))。這導致開發了多種靶向EGFR及ErbB2的基於小分子及抗體的療法(Baselga等人Nature Reviews Cancer 9, 463-475 (2009)；Alvarez等人Journal of Clinical Oncology 28, 3366-3379 (2010))。雖然ErbB4在腫瘤發生中的確切作用尚未完全確立(Koutras等人Critical Reviews in Oncology/Hematology 74, 73-78 (2010))，但在黑素瘤中報道了ErbB4中的轉化性體細胞突變(Prickett等人Nature Genetics 41, 1127-1132 (2009))。
最近，ErbB2(Her2)突變已被證明有助於腫瘤發生(Bose等人2013)。已經描述了在ErbB2的ECD及激酶結構域中的此等突變(Bose等人2013；Chmielecki等人2015；Greulich等人2012；Wang等人2006)。最近，報道了在癌症中的Her2的跨膜(TM)及近膜(JM)結構域的突變(Ou等人2017；Yamamoto等人2014)。需要確定能夠預測對Her2靶向治療的反應的ErbB2突變。
本發明涉及存在於癌症中的ErbB2(Her2)突變。本發明還提供了用於識別、診斷及預測ErbB2陽性癌症的方法，並且提供了治療在ErbB2中具有一個或多個突變的癌症的方法。
在一個態樣，本發明提供了治療有需要的受試者的癌症的方法。在某些實施例中，該方法包括a)在獲自該受試者的生物樣品中檢測編碼ErbB2的核酸序列中的ErbB2體細胞突變，其中該突變導致天然人ErbB2胺基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)結構域中至少一個位置處的胺基酸變異，並且其中該突變指示受試者中的癌症。在某些實施例中，該方法還包括b)向該受試者投與抗癌治療劑。在某些實施例中，突變是活化性ErbB2體細胞突變。在某些實施例中，ErbB2突變選自表1中列出的突變之群。在某些實施例中，突變選自由V659E、G660D、G660R、R667Q、R678Q、Q709L及其組合組成之群。
另一態樣，本發明提供了治療受試者的ErbB2陽性癌症的方法，其包括a)在從受試者獲得的生物樣品中檢測天然人ErbB2胺基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)結構域的胺基酸突變的存在或不存在，其中該ErbB2突變選自表1中列出的突變之群，並且其中該突變的存在指示受試者中的癌症。在某些實施例中，該方法還包括b)向該受試者投與抗癌治療劑。在某些實施例中，突變選自由V659E、G660D、G660R、R667Q、R678Q、Q709L及其組合組成之群。在某些實施例中，突變是Her2活化性突變。在某些實施例中，癌症是Her2突變的。在某些實施例中，癌症選自由以下組成之群：乳癌、胃癌、結腸癌、食管癌、直腸癌、盲腸癌、結腸直腸癌、膽管癌、膀胱上皮癌、膀胱癌、唾液腺癌、非小細胞肺(NSCLC)腺癌、NSCLC(鱗狀癌)、腎癌、黑素瘤、卵巢癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌(SCLC)、肝細胞癌(HCC)、肺癌及胰腺癌。在某個非限制性實施例中，癌症是乳癌。在某些實施例中，癌症是Her2/ErbB2陽性癌症。在某些實施例中，癌症被認為是Her2/ErbB2-突變的癌症。
在某些實施例中，治療方法涉及投與ErbB2拮抗劑。在某些實施例中，拮抗劑是小分子抑制劑。小分子抑制劑可以是ErbB2激酶抑制性小分子藥物。在某些非限制性實施例中，ErbB2激酶抑制性小分子藥物是拉帕替尼、阿法替尼或奈拉替尼。在某些實施例中，ErbB2拮抗劑是拮抗性抗體。在某些實施例中，抗體選自由單株抗體、雙特異性抗體、嵌合抗體、人抗體、人源化抗體及抗體片段組成之群。在某些實施例中，ErbB2拮抗劑是拮抗性抗ErbB2抗體或抗ErbB2抗體-藥物偶聯物。在某些實施例中，抗體是曲妥珠單抗、曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1，曲妥珠單抗emtansine)或培妥珠單抗。
本發明還提供了確定ErbB2阻斷抗體或抗體-藥物偶聯物的功效的方法。在某些實施例中，該方法包括a)在獲自用ErbB2阻斷抗體處理的受試者的生物樣品中檢測編碼ErbB2的核酸序列中的突變，其中該突變導致天然人ErbB2胺基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)結構域中至少一個位置處的胺基酸變異，並且其中該突變指示受試者中ErbB2突變的癌症。在某些實施例中，該方法進一步包括b)基於檢測到的ErbB2突變預測該受試者中的治療反應。在某些實施例中，ErB2突變選自表1中列出的突變之群。在某些實施例中，突變選自由V659E，G660D，G660R，R667Q，R678Q，Q709L及其組合組成之群。在某些實施例中，突變是Her2活化性突變。在某些實施例中，ErbB2突變的癌症選自乳癌，胃癌，結腸癌，食道癌，直腸癌，盲腸癌，結直腸癌，膽管癌，膀胱上皮癌，膀胱癌，唾液腺癌，非小細胞肺(NSCLC)腺癌，NSCLC(鱗狀細胞癌)，腎癌，黑素瘤，卵巢癌，肺大細胞癌，小細胞肺癌(SCLC)，肝細胞癌(HCC)，肺癌及胰腺癌。
在某些實施例中，確定ErbB2阻斷抗體功效的方法涉及ErbB2拮抗劑。在某些實施例中，抗體選自由單株抗體，雙特異性抗體，嵌合抗體，人抗體，人源化抗體及抗體片段組成之群。在某些實施例中，抗體是曲妥珠單抗，曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)或培妥珠單抗。在某些實施例中，該方法包括a)在獲自用ErbB2阻斷抗體處理的受試者的生物樣品中檢測編碼ErbB2的核酸序列中的突變，其中該突變導致天然人ErbB2胺基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)結構域內至少一個位置處的胺基酸變異，並且其中該突變指示受試者中ErbB2突變的癌症。在某些實施例中，該方法進一步包括基於檢測到的ErbB2突變預測該受試者中的治療反應。在某些實施例中，ErB2突變選自表1中列出的突變之群。在某些實施例中，突變選自由V659E，G660D，G660R，R667Q，R678Q，Q709L及其組合組成之群。在某些實施例中，突變是Her2活化性突變。
另一態樣，本發明提供了治療ErbB2陽性癌症的患者的方法，該ErbB2陽性癌症在ErbB2受體的TM區域中包含突變。在某些實施例中，該方法包括向患者投與有效量的曲妥珠單抗或曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)。在某些實施例中，TM區中的突變選自表1中提供的TM突變之群。在某些實施例中，TM區中的突變位於V659或G660。在某些實施例中，TM區中的突變是V659E，G660D或G660R。
另一態樣，本發明提供了治療ErbB2陽性癌症患者的方法，該ErbB2陽性癌症在ErbB2受體的JM區域中包含突變。在某些實施例中，該方法包括向患者投與有效量的曲妥珠單抗，曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)或培妥珠單抗。在某些實施例中，JM區中的突變選自表1中提供的JM突變之群。在某些實施例中，JM區中的突變位於R667，R678或Q709位。在某些實施例中，JM區中的突變是R667Q，R678Q或Q709L。在某些實施例中，ErbB2陽性癌選自由以下組成之群：胃癌，結腸癌，食道癌，直腸癌，盲腸癌，結直腸癌，非小細胞肺(NSCLC)腺癌，NSCLC(鱗狀癌)，腎癌，黑素瘤，卵巢癌，肺大細胞癌，小細胞肺癌(SCLC)，肝細胞癌(HCC)，肺癌及胰腺癌。
另一態樣，本發明提供了用於診斷受試者中的癌症的方法。在某些實施例中，該方法包括檢測獲自該受試者的生物樣品中編碼ErbB2的核酸序列中的突變，其中該突變導致天然人ErbB2胺基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)結構域內至少一個位置處的胺基酸變異，並且其中該突變指示該受試者中ErbB2突變的癌症，並且其中該胺基酸變異選自表1中列出的突變之群並指示癌症的存在。在某些實施例中，突變選自由V659E，G660D，G660R，R667Q，R678Q，Q709L及其組合組成之群。在某些實施例中，癌症選自乳癌，胃癌，結腸癌，食道癌，直腸癌，盲腸癌，結直腸癌，膽管癌，膀胱上皮癌，膀胱癌，唾液腺癌，非小細胞肺(NSCLC)腺癌，NSCLC(鱗狀細胞癌)，腎癌，黑素瘤，卵巢癌，肺大細胞癌，小細胞肺癌(SCLC)，肝細胞癌(HCC)，肺癌及胰腺癌。
另一態樣，本發明提供了用於確定患者是否預期對抗ErbB2療法有反應的方法。在某些實施例中，該方法包括以下步驟：從人受試者獲得細胞材料的樣品；檢查來自該細胞材料中的一種或多種ErbB2基因的至少部分的核酸材料；並確定這種核酸材料是否在編碼天然人ErbB2多肽的跨膜(TM)或近膜(JM)結構域的序列中包含一個或多個突變。在某些實施例中，ErbB2突變選自表1中列出的突變之群。
另一態樣，本發明提供了用於確定患者是否對用曲妥珠單抗或曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)治療敏感的方法。在某些實施例中，該方法包括以下步驟：確定患者是否患有以ErbB2的跨膜(TM)結構域中的胺基酸突變為特徵的ErbB2突變的癌症；及將曲妥珠單抗或曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)給予患有該ErbB2突變的癌症的患者。在某些實施例中，TM區中的突變選自表1中提供的TM突變。在某些實施例中，TM區中的突變位於V659或G660。在某些實施例中，TM區中的突變是V659E，G660D或G660R。
另一態樣，本發明提供了確定患者是否對曲妥珠單抗，曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)或培妥珠單抗的治療敏感的方法。在某些實施例中，該方法包括以下步驟：確定患者是否患有以ErbB2的近膜(JM)結構域中的胺基酸突變為特徵的ErbB2突變癌症；及將曲妥珠單抗，曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)或培妥珠單抗給予患有該ErbB2突變的癌症的患者。在某些實施例中，JM區中的突變選自表1中提供的JM突變。在某些實施例中，JM區中的突變位於R667，R678或Q709位。在某些實施例中，JM區中的突變是R667Q，R678Q，Q709L或其組合。在某些實施例中，ErbB2陽性癌選自由以下組成之群：胃癌，結腸癌，食道癌，直腸癌，盲腸癌，結直腸癌，非小細胞肺(NSCLC)腺癌，NSCLC(鱗狀癌)，腎癌，黑素瘤，卵巢癌，肺大細胞癌，小細胞肺癌(SCLC)，肝細胞癌(HCC)，肺癌及胰腺癌。
另一態樣，本發明提供了改善患有HER2突變癌症的人類患者的治療反應可能性的方法。在某些實施例中，該方法包括a)檢測獲自該受試者的生物樣品中編碼ErbB2的核酸序列中的突變，其中該突變導致天然人ErbB2胺基酸序列的跨膜(TM)或近膜結構域中至少一個位置處的胺基酸變異(JM)，並且其中該突變指示該受試者中的癌症。在某些實施例中，該方法進一步包括b)向該受試者投與曲妥珠單抗，曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)或培妥珠單抗。在某些實施例中，ErB2突變選自表1中列出的突變之群。
在某些實施例中，本發明描述了ErbB2拮抗劑用於治療以ErbB2的跨膜(TM)結構域或近膜(JM)結構域中的胺基酸突變為特徵的ErbB2突變癌症的用途。在某些實施例中，本發明描述了ErbB2拮抗劑用於製備用於治療ErbB2突變癌症的藥物的用途，該ErbB2突變癌症的特徵在於ErbB2的跨膜(TM)結構域或近膜(JM)結構域中的胺基酸突變。在某些實施例中，突變可以選自表1中列出的突變。在某些實施例中，突變可以選自由V659E，G660D，G660R，R667Q，R678Q及Q709L組成之群。在某些實施例中，癌症可以選自乳癌，胃癌，結腸癌，食道癌，直腸癌，盲腸癌，結直腸癌，膽管癌，膀胱上皮癌，膀胱癌，唾液腺癌，非小細胞肺(NSCLC)腺癌，NSCLC(鱗狀細胞癌)，腎癌，黑素瘤，卵巢癌，肺大細胞癌，小細胞肺癌(SCLC)，肝細胞癌(HCC)，肺癌及胰腺癌。在某些實施例中，ErbB2拮抗劑可以是小分子抑制劑。在某些實施例中，小分子抑制劑可以是ErbB2激酶抑制劑。在某些實施例中，ErbB2激酶抑制劑可以選自拉帕替尼，阿法替尼及奈拉替尼。在某些實施例中，ErbB2拮抗劑可以是拮抗性抗ErbB2抗體或抗ErbB2抗體-藥物偶聯物。在某些實施例中，抗ErbB2抗體可以是曲妥珠單抗或培妥珠單抗。在某些實施例中，ErbB2拮抗劑可以是曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1，曲妥珠單抗emtansine)。
相關申請案之交互參照
本申請案要求2017年4月24日申請之美國臨時專利申請案第62/489,382號及2017年9月19日申請之美國臨時專利申請案第62/560,564號之優先權，該等申請案以全文引用方式併入本文中。
除非另有說明，否則本發明的實踐將採用在此項技術範圍內的分子生物學(包括重組技術)，微生物學，細胞生物學及生物化學的習知技術。這些技術在文獻中有充分的解釋，例如"Molecular Cloning: A Laboratory Manual", 第2版 (Sambrook等人, 1989); "Oligonucleotide Synthesis" (M.J. Gait編, 1984); "Animal Cell Culture" (R.I. Freshney編, 1987); "Methods in Enzymology" (Academic Press, Inc.); "Handbook of Experimental Immunology", 第4版 (D.M. Weir & C.C. Blackwell編, Blackwell Science Inc., 1987); "Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells" (J.M. Miller & M.P. Calos編, 1987); "Current Protocols in Molecular Biology" (F.M. Ausubel等人編, 1987); 及 "PCR: The Polymerase Chain Reaction", (Mullis等人編, 1994)。 定義
除非另外定義，否則本文使用的所有技術術語、符號及其他科學術語意欲具有本發明所屬技術領域的技術人員通常理解的含義。在一些情況下，為了清楚及/或為了便於參考而在本文中定義了具有通常理解的含義的術語，並且在本文中包括此等定義不應該被解釋為表示與此項技術中通常理解的實質差異。在此描述或引用的技術及程序一般是熟知的並且通常被熟習此項技術者使用習知方法來採用，例如，在Sambrook等人, Molecular Cloning: A Laboratory Manual 第2版 (1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N. Y.中描述的廣泛使用的分子選殖方法。根據情況，除非另有說明，否則涉及使用市售套組及試劑的程序通常根據製造商定義的方案及/或參數進行。因此，在描述本發明方法、其套組及用途之前，應理解的是，本發明不限於所描述的特定方法、方案、細胞株、動物物種或屬種、構建體及試劑，因為這些理所當然可以變化。亦應瞭解本文所用之術語係僅出於描述特定實施例之目的，且不欲限制本發明之範疇，本發明之範疇將僅由隨附申請專利範圍限定。
必須注意的是，除非上下文另外明確規定，否則如本文及隨附申請專利範圍中所用，單數形式「一」及「該」包括複數個指示物。
在整個說明書及申請專利範圍中，詞語「包括(comprise)」或諸如「包括(comprises)」或「包括(comprising)」的變化形式將被理解為暗示包括所述整數或整數群，但不排除任何其他整數或整數群。
如本文中可互換使用之術語「聚核苷酸」或「核酸」係指任何長度之核苷酸的聚合物，且包括DNA及RNA。核苷酸可為脫氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、經修飾之核苷酸或鹼基、及/或其類似物，或可藉由DNA或RNA聚合酶併入聚合物中之任何基質。多核苷酸可包含經修飾之核苷酸，諸如甲基化核苷酸及其類似物。若存在，對核苷酸結構之修飾可在聚合物組裝之前或之後賦予。核苷酸之序列可藉由非核苷酸組分間斷。聚核苷酸可在聚合之後進一步經修飾，諸如藉由與標記組分結合。其他修飾類型包括例如「帽」、一或多個天然存在的核苷酸經類似物取代、核苷酸間修飾諸如例如具有不帶電鍵聯(例如，甲基膦酸酯、磷酸三酯、磷醯胺酯、胺基甲酸酯等)及帶電鍵聯(例如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)之彼等、含有側基部分諸如例如蛋白質(例如，核酸酶、毒素、抗體、信號肽、poly-L-離胺酸等)之彼等、具有嵌入劑(例如，吖啶、補骨脂素等)之彼等、含有螯合劑(例如，金屬、放射性金屬、硼、氧化金屬等)之彼等、含有烷基化劑(alkylator)之彼等、具有經修飾之鍵聯(例如，α變旋異構核酸等)之彼等、以及多核苷酸之未修飾形式。此外，通常存在於糖中之任何羥基皆可例如由膦酸酯基、磷酸酯基置換，由標準保護基保護，或經活化以製備與額外核苷酸之額外鍵聯，或可與固體支持物接合。5'末端及3'末端OH可經1至20個碳原子之胺或有機加帽基團部分磷酸化或取代。其他羥基亦可衍生化成標準保護基。多核苷酸亦可含有此項技術一般已知的核糖或脫氧核糖之類似形式，包括例如2'-O-甲基-2'-O-烯丙基、2'-氟-或2'-疊氮基-核糖、碳環糖類似物、α-變旋異構糖、差向異構糖諸如***糖、木糖或來蘇糖、哌喃糖、呋喃糖、景天庚酮糖、非環類似物、及無鹼基核苷類似物諸如甲基核糖苷。一或多個磷酸二酯鍵聯可由替代性鍵聯基置換。此等替代性鍵聯基包括但不限於磷酸酯由P(O)S (「硫代酯」)、P(S)S (「二硫代酯」)、「(O)NR2 (「醯胺酯」)、P(O)R、P(O)OR'、CO、或CH2(「甲縮醛(formacetal)」)置換之實施例，其中各R或R'獨立地為H或視情況含有醚(--O--)鍵聯、芳基、烯基、環烷基、環烯基、或芳烷基之取代或未取代之烷基(1-20個C)。並非聚核苷酸中之所有鍵均需要同一。先前描述適用於本文所提及之所有多核苷酸，包括RNA及DNA。
如本文所用，「寡核苷酸」是指長度至少約7個核苷酸且長度小於約250個核苷酸的短的單鏈多核苷酸。寡核苷酸可為合成的。術語「寡核苷酸」及「多核苷酸」並非互斥的。上文對於多核苷酸之描述同等且完全適用於寡核苷酸。
術語「引子」係指能夠與核酸雜交且隨後一般藉由提供自由3'--OH基團進行互補核酸之聚合之單鏈多核苷酸。
如本文所用，術語「基因」是指藉由其模板或信使RNA來編碼特定肽、多肽或蛋白質特有的胺基酸序列的DNA序列。術語「基因」也指編碼RNA產物的DNA序列。本文關於基因組DNA使用的術語基因包括***的非編碼區以及調控區，並且可以包括5'及3'末端。
術語「體細胞突變」或「體細胞變異」是指在身體細胞，而不是生殖細胞中獲得的核苷酸序列的變化(例如***、缺失、倒置或取代一個或多個核苷酸)。除非另有說明，該術語還包括核苷酸序列的互補序列的相應變化。
術語「活化突變」或「活化體細胞突變」在本文中用於指涉及驅動腫瘤發生的突變。
術語「胺基酸變異」是指相對於參考序列的胺基酸序列的變化(例如，一個或多個胺基酸的***、取代或缺失，如內部缺失或N-或C-末端截短)。
術語「變異」是指核苷酸變異或胺基酸變異。
術語「對應於體細胞突變的核苷酸位置處的遺傳變異」、「對應於體細胞突變的核苷酸位置處的核苷酸變異」及其語法變體是指在多核苷酸序列中的由該體細胞突變佔據的相對應DNA位置處的核苷酸變異。除非另有說明，該術語還包括核苷酸序列的互補序列的相應變化。
術語「陣列」或「微陣列」是指在基質上的可雜交陣列元件，較佳多核苷酸探針(例如寡核苷酸)的有序排列。基質可以是固體基質，如載玻片，或半固體基質，如硝酸纖維素膜。
術語「擴增」是指產生參考核酸序列或其互補序列的一個或多個複本的過程。擴增可以是線性的或指數的(例如聚合酶鏈式反應(PCR))。「複本」並不一定意指與模板序列之完美序列互補性或一致性。舉例而言，複本可包括核苷酸類似物諸如脫氧肌苷、有意序列改變(諸如通過包含可與模板雜交但不互補之序列之引子引入的序列改變)、及/或擴增期間發生之序列錯誤。
術語「突變特異性寡核苷酸」是指與包含核苷酸變異(通常為取代)的靶核酸區域雜交的寡核苷酸。「體細胞突變特異性雜交」意指當突變特異性寡核苷酸與其靶核酸雜交時，突變特異性寡核苷酸中的核苷酸與核苷酸變異特異性鹼基配對。能夠針對特定核苷酸變異進行突變特異性雜交的體細胞突變特異性寡核苷酸被稱為對於該變異「具有特異性」。
術語「靶序列」、「靶核酸」或「靶核酸序列」通常是指其中懷疑或已知存在核苷酸變異的感興趣的多核苷酸序列，包括藉由擴增產生的此類靶核酸的複本。
術語「檢測」包括任何檢測手段，包括直接及間接檢測。
術語「癌症」及「癌性」係指或描述哺乳動物中之生理病狀，其特徵通常在於不受調控之細胞生長。根據本發明診斷及/或治療的癌症是以ErbB2突變的存在為特徵的任何類型的癌症，具體包括轉移或局部晚期不可切除的癌症，包括但不限於乳癌，鱗狀細胞癌，小細胞肺癌，非小細胞肺癌，胃腸癌，胰腺癌，成膠質細胞瘤，宮頸癌，卵巢癌，肝癌，膀胱癌，肝癌，結腸癌，結腸直腸癌，子宮內膜癌，唾液腺癌，腎癌，肝癌，***癌，外陰癌，甲狀腺癌，肝癌及各種類型的頭頸癌。
在本文中，「抗腫瘤藥劑」係指治療癌症所用之藥物。本文抗腫瘤藥劑之非限制性實例包括化療藥劑、HER二聚合抑制劑、HER抗體、HER抗體-藥物偶聯物、針對腫瘤相關抗原之抗體、抗激素化合物、細胞介素、EGFR靶向藥物、抗生成血管藥劑、酪胺酸激酶抑制劑、生長抑制藥劑及抗體、細胞毒性劑、誘導細胞凋亡之抗體、COX抑制劑、法尼基(farnesyl)轉移酶抑制劑、結合癌胚蛋白CA 125之抗體、HER2疫苗、Raf或ras抑制劑、脂質體多柔比星、拓撲替康(topotecan)、紫杉烷、雙重酪胺酸激酶抑制劑、TLK286、EMD-7200、培妥珠單抗、曲妥珠單抗、曲妥珠單抗-MCC-DM1、埃羅替尼(erlotinib)及貝伐單抗。
術語「ErbB2陽性癌症」或「Her2陽性癌症」是指包含在細胞中，例如在其細胞表面處存在Her2蛋白的細胞的癌症。Her2蛋白可以過表現，例如藉由基因擴增。根據每個細胞表達的Her2分子的複本數量，可以藉由免疫組織化學評分來評價過表現Her2的腫瘤，並且可以藉由生物化學方法測定：0 = 0-10,000個複本/細胞，1 + =至少約200,000個複本/細胞，2+ =至少約500,000個複本/細胞，3 + =至少約2,000,000個複本/細胞。3+水準之Her2之過表現(其引起酪胺酸激酶之配位體非依賴性活化) (Hudziak等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 84:7159-7163 [1987])發生於約30%乳癌中，且在此等患者中，無復發存活及總體存活減少(Slamon等人, Science, 244:707-712 [1989]； Slamon等人, Science, 235:177-182 [1987])。
術語「ErbB2突變的癌症」在本文中用於指由ErbB2胺基酸序列，尤其是天然人ErbB2胺基酸序列SEQ ID NO：2的跨膜(TM)結構域或近膜(JM)結構域內的胺基酸變異定義的癌症。
如本文所用，「早期階段乳癌」或「早期乳癌」或「eBC」係指尚未擴散超過***或腋淋巴結的乳癌。此類癌症通常用新輔助或輔助療法治療。
「晚期」癌症為藉由局部侵入或轉移擴散起源部位或器官以外的癌症。據此，術語「晚期」癌症包括局部晚期及轉移性疾病，諸如「晚期乳癌」。
「難治性」癌症為即使向癌症患者投與抗腫瘤劑(諸如化療)亦進展的癌症。難治性癌症之實例為鉑難治性癌症。
「復發性」癌症為在對初始療法(諸如手術)反應之後在初始部位或遠處部位處重新生長的癌症。
「局部復發性」癌症為在治療後在與先前治療的癌症相同的位置中重返之癌症。
「非可切除」或「不可切除」癌症不能藉由手術來移除(切除)。
「輔助療法」、或「輔助治療」或「輔助投與」係指在手術之後給予之全身性療法。
「新輔助療法」、或「新輔助治療」、或「新輔助投與」係指在手術之前給予之全身性療法。
「轉移性」癌症係指從身體之一個部分(例如，***)擴散至身體之另一部分的癌症。
如本文所用，處於患上癌症的「風險」的受試者可能具有或可能不具有可檢測的疾病或疾病症狀，並且在本文所述的診斷方法之前，可能或可能未顯示可檢測的疾病或疾病症狀。「處於危險中」表示受試者具有一種或多種風險因素，該等因素是本文所述並且在此項技術中已知的與癌症發展相關的可量測參數。具有一種或多種這些風險因子的受試者比沒有一種或多種這些風險因子的受試者具有更高的患上癌症的可能性。
術語「診斷」在本文中用以指代鑒別或分類分子或病理狀態、疾病、或病狀(例如，癌症)。「診斷」還可以指例如藉由分子特徵來對特定亞型之癌症進行分類(例如以特定基因或核酸區域中的核苷酸變異為特徵的患者亞群)。
術語「輔助診斷」在本文用以指代幫助進行關於癌症之症狀或病狀之特定類型之存在或性質之臨床測定之方法。例如，輔助診斷癌症的方法可以包括在來自個體的生物樣品中量測指示癌症或癌症風險增加的一種或多種遺傳標記物的存在或不存在。
術語「預後」在本文中用於指代患上癌症的可能性的預測。術語「預測」在本文中用於指代患者將對藥物或藥物集合有利地或不利地作出反應的可能性。在某些實施例中，預測涉及那些反應的程度。在某些實施例中，預測涉及患者在治療，例如用特定治療劑治療之後是否將會存活或改善，並且在沒有疾病復發的情況下持續一段時間及/或上述情況的可能性。本發明的預測方法可以臨床用於藉由為任何特定患者選擇最適當的治療方式來作出治療決定。本發明的預測方法在預測以下情況方面是有價值的工具：患者是否可能有利地響應於治療方案，例如給定的治療方案，包括例如投與治療劑或組合、外科手術、類固醇治療等，或者在治療方案可行之後，是否患者可能長期存活。
如本文所用，「治療」是指試圖改變正在治療的個體或細胞的自然進程的臨床干預，並且可以在臨床病理學過程之前或期間進行。治療的理想效果包括預防疾病或其病狀或症狀的發生或復發，減輕疾病的病狀或症狀，減少疾病的任何直接或間接病理學後果，降低疾病進展速度，改善或緩解疾病狀態，並達到緩解或改善預後。在某些實施例中，本發明的方法及組合物可用於試圖延緩疾病或病症的發展。
術語「醫藥調配物」係指以下製劑：其呈允許其中所含之活性成分之生物活性有效之形式，且不含對將投與調配物之受檢者具有不可接受毒性之額外組分。
「醫藥學上可接受之載劑」係指醫藥調配物中除活性成分以外之對受試者無毒的成分。醫藥學上可接受之載劑包括(但不限於)緩衝劑、賦形劑、穩定劑或防腐劑。
「有效量」係指在各種劑量下且持續必要時期，有效達成所要治療或防治結果之量。治療劑之「治療有效量」可根據諸如個體之疾病狀態、年齡、性別及體重、及抗體於個體中引發所要反應之能力等因素變化。治療有效量亦為治療有益作用超過治療劑之任何毒性或有害作用之量。在癌症之情形下，治療有效量之藥物可減少癌細胞之數目；降低腫瘤尺寸；抑制(亦即在某種程度上減慢且較佳地停止)癌細胞浸潤至外周器官中；抑制(亦即在某種程度上減慢且較佳地停止)腫瘤轉移；在某種程度上抑制腫瘤生長；及/或在某種程度上減輕與癌症相關之一或多種症狀。倘若藥物可預防生長及/或殺傷現有癌細胞，則其可為細胞抑制性的及/或細胞毒性的。有效量可延長無進展存活(例如，如藉由實體腫瘤反應評估標準RECIST或CA-125改變所測量)，導致客觀反應(包括部分反應PR或完全反應CR)，增加總體存活時間，及/或改良癌症之一或多種症狀(例如，如藉由FOSI所評定)。
「防治有效量」係指在各種劑量下且持續必要時期，有效達成所要防治結果之量。通常但非必定，因為防治劑量係在疾病之前或早期用於受試者中，所以防治有效量將小於治療有效量。「個體」、「受試者」或「患者」是脊椎動物。在某些實施例中，脊椎動物為哺乳動物。哺乳動物包括但不限於靈長類動物(包括人類及非人靈長類動物)及齧齒動物(例如小鼠及大鼠)。在某些實施例中，哺乳動物為人類。
如本文所用，「患者亞群」及其語法變體係指特徵在於具有一個或多個區別性可量測及/或可識別特徵的患者子集，該等特徵在該患者子集所屬的更廣泛疾病類別中將該患者子集與其他患者子集區分開來。這些特徵包括疾病亞類，性別，生活方式，健康史，涉及的器官/組織，治療史等。在某些實施例中，患者亞群的特徵在於核酸標記，包括特定核苷酸位置及/或區域中的核苷酸變異(例如體細胞突變)。
「對照受試者」是指未被診斷為患有癌症並且沒有患任何癌症跡象或症狀的健康受試者。
如本文所用之術語「樣品」係指自所關注受試者獲得或源於該受試者之含有欲例如基於物理、生物化學、化學及/或生理特徵加以表徵及/或鑒別之細胞及/或其他分子實體的組合物。舉例而言，片語「疾病樣品」及其變化形式係指獲自所關注受試者之預期或已知含有欲特性化之細胞及/或分子實體之任何樣品。
「組織或細胞樣品」意指自受試者或患者之組織獲得的類似細胞之集合。組織或細胞樣品的來源可以是來自新鮮、冷凍及/或保存的器官或組織樣品或生檢或抽吸物的固體組織；血液或任何血液成分；體液如血清，尿液，痰液或唾液。組織樣品亦可為初代或培養細胞或細胞株。視情況，組織或細胞樣品獲自疾病組織/器官。組織樣品可含有在自然界中不與組織天然混雜之化合物，諸如防腐劑、抗凝血劑、緩衝劑、固定劑、養分、抗生素、或其類似物。本文使用的「參考樣品」、「參考細胞」、「參考組織」、「對照樣品」、「對照細胞」或「對照組織」是指從已知或相信不患有使用本發明的方法或組合物來識別的疾病或病狀的來源獲得的樣品、細胞或組織。在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織從使用本發明的組合物或方法來鑒別的相同受試者或患者的身體的健康部分獲得。在某些實施例中，參考樣品、參考細胞、參考組織、對照樣品、對照細胞或對照組織從不是使用本發明的組合物或方法來識別疾病或病狀的受試者或患者的個體的身體的健康部分獲得。
出於本文之目的，組織樣品之「切片」是組織樣品之單一部分或塊，例如自組織樣品切割之組織或細胞薄片。應該理解，根據本發明可以取得組織樣品的多個切片並進行分析，其限制條件是應理解本發明包括一種方法，其中組織樣品的同一切片在形態學及分子水準上進行分析，或者相關於蛋白質及核酸來進行分析。
術語「相關(correlate)」或「相關(correlating)」意指以任何方式將第一分析或方案之性能及/或結果與第二分析或方案之性能及/或結果比較。舉例而言，在執行第二方案中可使用第一分析或方案之結果，及/或可使用第一分析或方案之結果來確定是否應進行第二分析或方案。關於基因表現分析或方案之實施例，可使用基因表現分析或方案之結果來確定是否應進行具體治療方案。
本文將「小分子」或「小有機分子」定義為分子量低於約500道爾頓的有機分子。
本文使用的詞語「標記」是指可檢測的化合物或組合物。該標記本身可以是可檢測的(例如放射性同位素標記或螢光標記)，或者在酶標記的情況下可以催化導致可檢測產物的基質化合物或組合物的化學改變。可用作可檢測標記的放射性核素包括例如1-131、1-123、1-125、Y-90、Re-188、Re-186、At-211、Cu-67、Bi-212及Pd-109。
本文中對「約」某一個值或參數的提及包括(並且描述)針對該值或參數本身的實施例。舉例而言，關於「約X」之描述包括對「X」之描述。
術語「包裝插頁」用於代表慣常包括在治療產品之商業包裝中之說明書，其含有關於適應症、用法、劑量、投藥、組合療法、禁忌症及/或涉及此等治療產品之使用之警告的資訊。
術語「抗體」及「免疫球蛋白」以最廣泛含義可互換使用，並且包括單株抗體(例如全長或完整單株抗體)，多株抗體，單價抗體，多價抗體，多特異性抗體(例如雙特異性抗體，只要它們表現出期望的生物活性)並且還可以包括某些抗體片段(如本文更詳細描述的)。抗體可以是嵌合的、人的、人源化的及/或親和力成熟的。「抗體片段」包含完整抗體之一部分，較佳包含其抗原結合區。抗體片段之實例包括Fab、Fab'、F(ab')2及Fv片段；雙功能抗體；線性抗體；單鏈抗體分子；及由抗體片段形成之多特異性抗體。
「結合」感興趣抗原的本發明的抗體是以足夠親和力結合抗原的抗體，使得該抗體可在靶向表現抗原的蛋白質或細胞或組織的過程中用作診斷劑及/或治療劑。關於抗體與標靶分子之結合，術語「特異性結合」或「特異性結合至」或「特異於」特定多肽或特定多肽標靶上之表位意指可測量地不同於非特異性相互作用之結合。特異性結合可例如藉由與對照分子之結合相比測定分子之結合來量測。例如，特異性結合可藉由與類似於靶標之對照分子(例如，過量非標記靶標)競爭來測定。
「Her受體」或「ErbB受體」是屬Her受體家族的受體蛋白酪胺酸激酶，並且包括EGFR(ErbB1，Herl)、Her2(ErbB2)、Her3(ErbB3)及Her4(ErbB4)受體。
術語「ErbBl」、「Herl」、「表皮生長因子受體」及「EGFR」在本文中可互換使用，並且指例如在Carpenter等人Ann. Rev. Biochem. 56:881-914 (1987)中揭示的EGFR，包括其天然存在的突變體形式(例如缺失突變體EGFR，如在Ullrich等人, Nature (1984) 309:418425及Humphrey等人PNAS (USA) 87:4207-4211 (1990)中)以及其變體，例如EGFRvIII。EGFR的變體還包括缺失、取代及***變體，例如在Lynch等人 (New England Journal of Medicine 2004, 350:2129), Paez等人(Science 2004, 304:1497)及Pao等人(PNAS 2004, 101 :13306)中描述的那些變體。
表述「ErbB2」及「Her2」可在本文互換使用且係指例如Semba等人, PNAS (USA) 82:6497-6501 (1985)及Yamamoto 等人 Nature 319:230-234 (1986)中所述之人類Her2蛋白(GenBank登錄號X03363)。在某些實施例中，ErbB2受體包含SEQ ID NO：2中所示的胺基酸序列。
如在本文中使用，「Her2細胞外域」或「Her2 ECD」係指Her2之處於細胞外、錨定至細胞膜或處於循環中的域，包括其片段。在某些實施例中，Her2的胞外結構域可包含四個結構域：「結構域I」(約22-195的胺基酸殘基，「結構域II」(約196-321的胺基酸殘基)，「結構域III」(約322-498的胺基酸殘基)及「結構域IV」(約499-648的胺基酸殘基)(無信號肽的殘基編號)。參見Garrett等人Mol. Cell. 11:495-505 (2003)、Cho等人Nature 421:756-760 (2003)、Franklin等人Cancer Cell 5:317-328 (2004)及Plowman等人Proc. Natl. Acad. Sci 90:1746-1750 (1993)。
Her2「跨膜結構域」或「TM結構域」是指跨越細胞膜的整個磷脂雙層並且具有在膜中熱力學穩定的三維結構的蛋白質片段。這可以是例如單個α螺旋、跨膜β桶或通常由更多疏水殘基組成的β-螺旋結構。在某些實施例中，Her2的跨膜結構域包含約649-675的胺基酸殘基(參見圖8)。
Her2「近膜結構域」或「JM結構域」是指連接跨膜結構域及催化結構域的結構域，並且可能在信號轉導中與TM結構域協同作用。近膜結構域通常為40-80個殘基長，並且包含位於膜表面附近的幾個鹼性殘基(Lys及Arg)。已顯示該區域中的胺基酸用作信號傳導分子的結合及磷酸化位點。在某些實施例中，Her2的跨膜結構域包含約676-714的胺基酸殘基(參見圖8)。
「ErbB3」及「Her3」是指例如在美國專利第5,183,884號及第5,480,968號以及Kraus等人PNAS (USA) 86:9193-9197 (1989)中揭示的受體多肽。
在本文中，「Her3細胞外域」、或「Her3 ECD」、或「ErbB3細胞外域」係指Her3之處於細胞外、錨定至細胞膜或處於循環中的域，包括其片段。
本文中的術語「ErbB4」及「Her4」指例如在EP專利申請案第599,274號；Plowman等人, Proc. Natl. Acad. Sci USA, 90:1746-1750 (1993)；及Plowman等人, Nature, 366:473-475 (1993)中揭示的受體多肽，包括其同種型，例如在1999年4月22日公開的WO99/19488中揭示者。
術語「抗原決定基」係指抗原分子上抗體所結合之特定位點。
「表位4 D5」或「4 D5表位」或「4 D5」是抗體4 D5(ATCC CRL 10463)及曲妥珠單抗結合的Her2胞外結構域中的區域。該表位接近Her2的跨膜結構域，並且在Her2的結構域IV內。為了篩檢結合至4 D5表位的抗體，可執行例行交叉阻斷分析，諸如Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Harlow及David Lane編 (1988)中所述者。可替代地，可執行表位定位以評定抗體是否結合至Her2之4 D5表位(例如，Her2 (SEQ ID NO: 2)的約殘基550至約殘基610之區中的任一或多個殘基，包括殘基550及殘基610。
「表位2C4」或「2C4表位」為抗體2C4結合的Her2之細胞外域中之區。為了篩檢結合至2C4表位的抗體，可執行例行交叉阻斷分析，諸如Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Harlow及David Lane編 (1988)中所述者。可替代地，可執行表位定位以評定抗體是否結合至Her2之2C4表位。表位2C4包含來自Her2細胞外結構域中的結構域II的殘基。2C4抗體及培妥珠單抗在域I、II及III的連接處與Her2的胞外域結合(Franklin等人Cancer Cell 5:317-328 (2004))。
本文「Her異二聚體」為包含至少兩種不同Her受體之非共價締合異二聚體，諸如EGFR-Her2、EGFR-Her3、EGFR-Her4、Her2-Her3或Her2-Her4異二聚體。
「Her抑制劑」或「ErbB抑制劑」或「ErbB拮抗劑」是干擾Her活化或功能的藥劑。Her抑制劑的實例包括Her抗體(例如EGFR，Her2，Her3或Her4抗體)；EGFR靶向藥物；小分子Her拮抗劑；Her酪胺酸激酶抑制劑；Her2及EGFR雙重酪胺酸激酶抑制劑，例如拉帕替尼/GW572016；反義分子(參見例如WO 2004/87207)；及/或與下游信號分子如MAPK或Akt結合或干擾其功能的試劑。較佳地，Her抑制劑是與Her受體結合的抗體。通常，Her抑制劑是指特異性結合至特定Her受體並阻止或降低其信號傳導活性但不與其他Her受體特異性結合的那些化合物。例如，Her3拮抗劑特異性結合以降低其活性，但不特異性結合EGFR、Her2或Her4。
「Her二聚化抑制劑」或「HDI」是抑制Her同二聚體或Her異二聚體形成的試劑。較佳地，Her二聚化抑制劑是抗體。然而，Her二聚化抑制劑還包括肽及非肽小分子以及抑制Her同二聚體或異二聚體形成的其他化學實體。
「抑制Her二聚合」之抗體為抑制或干擾Her二聚體之形成的抗體，不管潛在機制為何。在某些實施例中，此一抗體在Her2之異二聚結合位點結合至Her2。二聚化抑制抗體的一個具體實例是培妥珠單抗(Pmab)或MAb 2C4。Her二聚合抑制劑之其他非限制性實例包括結合至EGFR且抑制其與一或多種其他Her受體(例如EGFR單株抗體806，MAb 806，其結合至活化或「未拴住之」EGFR；參見Johns等, J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384 (2004))二聚合之抗體；結合至Her3且抑制其與一或多種其他Her受體二聚合之抗體；以及結合至Her4且抑制其與一或多種其他Her受體二聚合之抗體；肽二聚合抑制劑(美國專利案第6,417,168號)；反義二聚合抑制劑；等。
「Her抗體」為結合至Her受體之抗體。視情況，Her抗體進一步干擾Her活化或功能。特定的Her2抗體包括培妥珠單抗及曲妥珠單抗。特定的EGFR抗體的實例包括西妥昔單抗及帕尼單抗。與Her2抗體有關之專利公開案包括：美國專利第5,677,171號；第5,720,937號；第5,720,954號；第5,725,856號；第5,770,195號；第5,772,997號；第6,165,464號；第6,387,371號；第6,399,063號；第6,015,567號；第6,333,169號；第4,968,603號；第5,821,337號；第6,054,297號；第6,407,213號；第6,639,055號；第6,719,971號；第6,800,738號；第5,648,237號；第7,018,809號；第6,267,958號；第6,695,940號；第6,821,515號；第7,060,268號；第7,682,609號；第7,371,376號；第6,127,526號；第6,333,398號；第6,797,814號；第6,339,142號；第6,417,335號；第6,489,447號；第7,074,404號；第7,531,645號；第7,846,441號；第7,892,549號；第6,573,043號；第6,905,830號；第7,129,840號；第7,344,840號；第7,468,252號；第7,674,589號；第6,949,245號；第7,485,302號；第7,498,030號；第7,501,122號；第7,537,931號；第7,618,631號；第7,862,817號；第7,041,292號；第6,627,196號；第7,371,379號；第6,632,979號；第7,097,840號；第7,575,748號；第6,984,494號；第7,279,287號；第7,811,773號；第7,993,834號；第7,435,797號；第7,850,966號；第7,485,704號；第7,807,799號；第7,560,111號；第7,879,325號；第7,449,184號；第7,700,299號；第8,591,897號；及US 2010/0016556；US 2005/0244929；US 2001/0014326；US 2003/0202972；US 2006/0099201；US 2010/0158899；US 2011/0236383；US 2011/0033460；US 2005/0063972；US 2006/018739；US 2009/0220492；US 2003/0147884；US 2004/0037823；US 2005/0002928；US 2007/0292419；US 2008/0187533；US 2003/0152987；US 2005/0100944；US 2006/0183150；US2008/0050748；US 2010/0120053；US 2005/0244417；US 2007/0026001；US 2008/0160026；US 2008/0241146；US 2005/0208043；US 2005/0238640；US 2006/0034842；US 2006/0073143；US 2006/0193854；US 2006/0198843；US 2011/0129464；US 2007/0184055；US 2007/0269429；US 2008/0050373；US 2006/0083739；US 2009/0087432；US 2006/0210561；US 2002/0035736；US 2002/0001587；US 2008/0226659；US 2002/0090662；US 2006/0046270；US 2008/0108096；US 007/0166753；US 2008/0112958；US 2009/0239236；US 2004/008204；US 2009/0187007；US 2004/0106161；US 2011/0117096；US 2004/048525；US 2004/0258685；US 2009/0148401；US 2011/0117097；US 2006/0034840；US 2011/0064737；US 2005/0276812；US 2008/0171040；US 2009/0202536；US 2006/0013819；US 2006/0018899；US 2009/0285837；US 2011/0117097；US 2006/0088523；US 2010/0015157；US 2006/0121044；US 2008/0317753；US2006/0165702；US 2009/0081223；US 2006/0188509；US 2009/0155259；US 2011/0165157；US 2006/0204505；US 2006/0212956；US 2006/0275305；US 2007/0009976；US 2007/0020261；US 2007/0037228；US 2010/0112603；US 2006/0067930；US 2007/0224203；US 2008/0038271；US 2008/0050385；2010/0285010；US 2008/0102069；US 2010/0008975；US 2011/0027190；US 2010/0298156；US 2009/0098135；US 2009/0148435；US 2009/0202546；US 2009/0226455；US 2009/0317387；及US 2011/0044977。其內容以全文引用方式併入本文中。
「Her活化」係指任何一或多種Her受體之活化或磷酸化。一般而言，Her活化導致信號轉導(例如由使Her受體或受質多肽中之酪胺酸殘基磷酸化的Her受體之細胞內激酶域所致)。Her活化可藉由結合至包含關注之Her受體之Her二聚體的Her配位體而介導。結合至Her二聚體之Her配位體可活化二聚體中Her受體之一或多者之激酶域，且從而導致Her受體之一或多者中酪胺酸殘基之磷酸化及/或額外受質多肽中酪胺酸激酶之磷酸化，諸如Akt或MAPK細胞內激酶。
「磷酸化」係指將一或多個磷酸酯基團添加至蛋白質諸如Her受體、或其受質。
Her2上之「異二聚體結合位點」係指與Her2之細胞外域中的在與EGFR、Her3或Her4形成二聚體時與EGFR、Her3或Her4之細胞外域中的區接觸或交界的區。該區域位於Her2的域II中。Franklin等人Cancer Cell 5:317-328 (2004)。
「結合至Her2之異二聚體結合位點」的Her2抗體結合至域II中的殘基，且亦視情況結合至Her2細胞外域之其他域(諸如域I及III)中的殘基，且至少在一定程度上可空間阻礙Her2-EGFR、Her2-Her3或Her2-Her4異二聚體之形成。Franklin等人 Cancer Cell 5:317-328 (2004)表徵Her2-培妥珠單抗晶體結構，RC SB蛋白質資料庫保藏(ID碼IS78)，其例示結合至Her2之異二聚結合位點的示範性抗體。結合至Her2的「結構域II」的抗體結合至結構域II中的殘基，以及視情況Her2之其他結構域，例如結構域I及III中的殘基。
當「分離」用以描述本文揭示之各種抗體時，表示已自其得到表現之細胞或細胞培養物識別及分開及/或回收之抗體。其天然環境中之污染物組分為干擾多肽之診斷性或治療性使用的物質，且可包括酶、激素及其他蛋白質或非蛋白質溶解物。在較佳的實施例中，藉由使用旋杯式序列分析儀將抗體純化(1)到足以獲得N端或內部胺基酸序列的至少15個殘基的程度，或(2)藉由在非還原或還原條件下使用考馬斯藍或較佳銀染色的SDS-PAGE來純化至均質性。分離的抗體包括重組細胞內的原位抗體，因為多肽天然環境的至少一種組分不會存在。然而，通常，分離之抗體將藉由至少一個純化步驟來製備。
「ErbB2陽性癌症檢測劑」是指能夠檢測ErbB2核酸序列或胺基酸序列內與ErbB2陽性癌症有關的突變的試劑。通常，檢測劑包含能夠特異性結合ErbB2序列的試劑。在一個較佳的實施例中，該試劑能夠特異性結合ErbB2核酸序列中的ErbB2突變。在某些實施例中，多核苷酸是包含與包含突變的ErbB2序列特異性雜交的核酸序列的探針。在某些實施例中，檢測劑包含能夠特異性結合ErbB2胺基酸序列的試劑。在某些實施例中，胺基酸序列包含如本文所述的突變。檢測劑可以進一步包含標記。 ErbB2體細胞突變
本發明提供了檢測來自受試者的樣品中與癌症相關的ErbB2體細胞突變的存在或不存在的方法。本發明還提供了藉由檢測來自受試者的樣品中這些體細胞突變中一種或多種的存在或不存在來診斷及預測癌症的方法，其中體細胞突變的存在表明受試者患有癌症。與癌症風險相關的ErbB2體細胞突變用包括全基因組關聯研究、修飾基因篩選及家族篩選在內的策略進行識別。
用於本發明方法的體細胞突變或變異包括ErbB2或編碼該蛋白質的基因的變異。在某些實施例中，體細胞突變位於編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中。在某些實施例中，體細胞突變是編碼ErbB2的核酸中的取代、***或缺失(參見SEQ ID NO：1的核酸序列；圖9(登錄號X03363)；及SEQ ID NO：2的蛋白質序列，圖10(登錄號P04626))。在某些實施例中，變異是導致Her2的跨膜(TM)、近膜(JM)結構域及/或鄰接區域中的胺基酸取代的突變。在某些實施例中，該變異是ErbB2中的胺基酸取代、***、截短或缺失。在某些實施例中，該變異是胺基酸取代。 體細胞突變的檢測
如本文所述的任何檢測方法中使用的核酸可以是基因組DNA；從基因組DNA轉錄的RNA；或從RNA產生的cDNA。核酸可以來源於脊椎動物，例如哺乳動物。如果核酸是直接從特定來源獲得的，或者如果它是在該來源中發現的核酸的複本，則稱該核酸「源自」該來源。
在某些實施例中，核酸包括核酸的複本，例如由擴增產生的複本。在某些情況下擴增可能是需要的，例如為了獲得用於檢測變異的期望量的材料。然後可以對擴增子進行變異檢測方法，如下文所述，以確定變異是否存在於擴增子中。
體細胞突變或變異可以藉由熟習此項技術者已知的某些方法檢測。這些方法包括但不限於DNA測序；包括體細胞突變特異性核苷酸摻入測定及體細胞突變特異性引子延伸測定(例如體細胞突變特異性PCR，體細胞突變特異性連接鏈反應(LCR)及gap-LCR)的引子延伸測定；突變特異性寡核苷酸雜交測定(例如，寡核苷酸連接測定)；裂解保護測定，其中使用來自裂解劑的保護來檢測核酸雙鏈體中的錯配鹼基； MutS蛋白結合分析；比較變體及野生型核酸分子的遷移率的電泳分析；變性梯度凝膠電泳(DGGE，如在例如Myers等人(1985) Nature 313:495中所述)；分析錯配鹼基對處的RNA酶裂解；分析異源雙鏈DNA的化學或酶裂解；質譜(例如MALDI-TOF)；遺傳位分析(GBA)； 5'核酸酶測定(例如，TaqManTm)；及採用分子信標的分析。以下將進一步詳細討論這些方法中的某些。
使用此項技術中眾所周知的技術，藉由靶核酸的分子選殖及測序可以檢測靶核酸中的變異。或者，可以使用擴增技術如聚合酶鏈式反應(PCR)來直接從腫瘤組織的基因組DNA製備物中擴增靶核酸序列。然後可以確定擴增序列的核酸序列並從中識別變異。擴增技術在此項技術中是眾所周知的，例如，聚合酶鏈式反應描述於Saiki等人，Science 239:487, 1988；美國專利第4,683,203號及第4,683,195號中。
此項技術中已知的連接酶鏈式反應也可用於擴增靶核酸序列。參見例如Wu等人, Genomics 4:560-569 (1989)。另外，稱為等位基因特異性PCR的技術也可用於檢測體細胞突變(例如取代)。參見例如Ruano及Kidd (1989) Nucleic Acids Research 17:8392；McClay等人(2002) Analytical Biochem. 301:200-206。在該技術的某些實施例中，使用突變特異性引子，其中引子的3'末端核苷酸與靶核酸中的特定變異互補(即能夠與其特異性鹼基配對)。如果不存在特定變異，則不會觀察到擴增產物。擴增阻礙突變系統(ARMS)也可用於檢測變異(例如取代)。ARMS例如在歐洲專利申請公開案第0332435號及Newton等人, Nucleic Acids Research, 17:7, 1989中描述。
可用於檢測變異(例如，取代)的其他方法包括但不限於：(1)突變特異性核苷酸摻入測定，例如單鹼基延伸測定(參見例如Chen等人 (2000) Genome Res. 10:549-557；Fan等人 (2000) Genome Res. 10:853-860；Pastinen等人 (1997) Genome Res. 7:606-614；及Ye等人 (2001) Hum. Mut. 17:305-316)；(2) 突變特異性引子延伸測定(參見例如Ye等人 (2001) Hum. Mut. 17:305-316；及Shen等人 Genetic Engineering News, 第23卷，2003年3月15日)，包括等位基因特異性PCR；(3) 5'核酸酶測定(參見例如De La Vega等人 (2002) BioTechniques 32:S48-S54(描述TaqMan®測定)；Ranade等人 (2001) Genome Res. 11:1262-1268；及Shi (2001) Clin. Chem. 47:164-172)；(4) 採用分子信標的分析(參見例如Tyagi等人 (1998) Nature Biotech. 16:49-53；及Mhlanga等人 (2001) Methods 25:463-71)；及(5) 寡核苷酸連接測定(參見例如Grossman等人 (1994) Nuc. Acids Res. 22:4527-4534；專利申請公開案第US 2003/0119004 A1號；PCT國際公開案第WO 01/92579 A2號；及美國專利案第6,027,889號)。
變異也可以藉由錯配檢測方法來檢測。錯配是不是100%互補的雜交核酸雙鏈體。缺乏完整的互補性可能是由於缺失、***、倒位或取代。錯配檢測方法的一個實例是例如在Faham等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102:14717-14722 (2005)及Faham等人, Hum. Mol. Genet. 10:1657-1664 (2001)中描述的錯配修復檢測(MRD)測定。錯配裂解技術的另一個實例是RNA酶保護方法，其詳細描述於Winter等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82:7575, 1985及Myers等人, Science 230:1242, 1985中。例如，本發明的方法可涉及使用與人野生型靶核酸互補的經標記的核糖核酸探針。來源於組織樣品的核糖核酸探針及靶核酸一起退火(雜交)並且隨後用能夠檢測雙鏈RNA結構中的一些錯配的酶RNA酶A消化。如果RNA酶A檢測到錯配，它會在錯配位點裂解。因此，當退火的RNA製備物在電泳凝膠基質上分離時，如果已經檢測到錯配並且被RNA酶A裂解，則可以看到RNA產物比核糖核酸探針及mRNA或DNA的全長雙鏈RNA小。核糖核酸探針不一定是靶核酸的全長，但可以是靶核酸的一部分，只要它包含懷疑具有變異的位置即可。
以類似的方式，DNA探針可用於檢測錯配，例如藉由酶或化學裂解。參見例如Cotton等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85:4397, 1988；及Shenk等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 72:989, 1975。或者，錯配可以藉由錯配雙鏈體的電泳遷移率相對於匹配雙鏈體的移位來檢測。參見例如Cariello, Human Genetics, 42:726, 1988。對於核糖核酸探針或DNA探針，疑似包含變異的靶核酸可在雜交前擴增。靶核酸的變化也可以使用南方雜交檢測，特別是如果變化是總體重排，例如缺失及***。
用於靶核酸或周圍標記基因的限制性片段長度多態性(RFLP)探針可用於檢測變異，例如***或缺失。***及缺失也可以藉由選殖、測序及擴增靶核酸來檢測。單鏈構象多態性(SSCP)分析也可用於檢測等位基因的鹼基變化變體。參見例如Orita等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:2766-2770, 1989及Genomics, 5:874-879, 1989。可以修改SSCP以檢測ErbB2體細胞突變。SSCP藉由改變單鏈PCR產物的電泳遷移來識別鹼基差異。單鏈PCR產物可以藉由加熱或以其他方式使雙鏈PCR產物變性而產生。單鏈核酸可以再折疊或形成部分依賴於鹼基序列的二級結構。單鏈擴增產物的不同電泳遷移率與SNP位置處的鹼基序列差異有關。變性梯度凝膠電泳(DGGE)將基於多態性DNA中固有的不同序列依賴性穩定性及熔解性質的SNP等位基因與變性梯度凝膠中電泳遷移模式的相應差異加以區分。
使用微陣列也可檢測體細胞突變或變異。微陣列是一種多重技術，通常使用排列的數千個核酸探針系列與例如cDNA或cRNA樣品在高嚴格條件下雜交。通常藉由檢測螢光團、銀或化學發光標記的靶來檢測及定量探針-靶雜交以確定靶中核酸序列的相對豐度。在典型的微陣列中，探針藉由與化學基質(藉由環氧-矽烷、胺基-矽烷、離胺酸、聚丙烯醯胺或其他基質)的共價鍵來連接到固體表面。固體表面例如是玻璃、矽晶片或微珠。各種微陣列是可商購的，包括由例如Affymetrix公司及Illumina公司製造的那些微陣列。
檢測體細胞突變的另一種方法是基於質譜法。質譜利用了DNA四種核苷酸中每一種的獨特質量。藉由量測具有體細胞突變的核酸的質量差異，可以藉由質譜法明確分析含有潛在突變的ErbB2核酸。MALDI-TOF(基質輔助雷射解吸電離-飛行時間)質譜技術適用於極其精確的分子量測定，如含有體細胞突變的核酸。已經基於質譜開發了許多核酸分析方法。示例性的基於質譜法的方法包括引子延伸測定法，其也可以與其他方法例如傳統的基於凝膠的形式及微陣列組合使用。
序列特異性核酶(美國專利案第5,498,531號)也可以用於基於核酶裂解位點的發展或丟失來檢測體細胞突變。可以藉由核酸酶裂解消化測定或藉由熔解溫度的差異將完美匹配的序列與錯配序列區分開來。如果突變影響限制酶裂解位點，則可藉由限制酶消化模式的改變以及藉由凝膠電泳確定的核酸片段長度的相應改變來識別突變。
在本發明的某些實施例中，基於蛋白質的檢測技術用於檢測由本文揭示的具有遺傳變異的基因編碼的變體蛋白質。可以使用此項技術已知的任何合適的技術，例如電泳(例如，變性或非變性聚丙烯醯胺凝膠電泳，2維凝膠電泳，毛細管電泳及等電聚焦)，層析(例如，尺寸層析法，高效液相層析法(HPLC)及陽離子交換HPLC)及質譜法(例如MALDI-TOF質譜法，電噴霧電離(ESI)質譜法及串聯質譜法) 來確定蛋白質的變體形式的存在。參見例如Ahrer及Jungabauer (2006) J. Chromatog. B. Analyt. Technol. Biomed. Life Sci. 841: 110-122；及 Wada (2002) J. Chromatog. B. 781: 291-301)。可以部分基於要檢測的變異的性質來選擇合適的技術。例如，可以藉由等電聚焦來檢測導致胺基酸取代的變異，其中取代的胺基酸具有與原始胺基酸不同的電荷。多肽藉由在高電壓下具有pH梯度的凝膠的等電聚焦藉由其pI來分離蛋白質。可以將pH梯度凝膠與包含野生型蛋白質的同時運行的凝膠進行比較。在變異導致產生新蛋白水解裂解位點或取消現有蛋白水解位點的情況下，樣品可以進行蛋白水解消化，接著使用適當的電泳、層析或質譜技術進行肽圖譜。也可以使用蛋白質測序技術如Edman降解或某些質譜形式來檢測變異的存在。
也可以使用在此項技術中已知的使用這些技術的組合的方法。例如，在HPLC-顯微鏡串聯質譜技術中，對蛋白質進行蛋白水解消化，並且藉由反相層析分離來分離所得的肽混合物。然後進行串聯質譜分析並分析從中收集的資料。(Gatlin等人 (2000) Anal. Chem., 72:757-763)。在另一個實例中，非變性凝膠電泳與MALDI質譜結合 (Mathew等人 (2011) Anal. Biochem. 416: 135-137)。
在某些實施例中，可以使用試劑(例如特異性結合蛋白質的抗體或肽)從樣品分離蛋白質，然後使用上文揭示的任何技術進一步分析以確定遺傳變異的存在或不存在。
或者，樣品中變體蛋白的存在可以藉由基於根據本發明的具有遺傳變異的蛋白質特異性的抗體的免疫親和性測定來檢測，即，與具有變異的蛋白質特異性結合但不與缺乏變異的蛋白質形式特異性結合的抗體。這種抗體可以藉由此項技術已知的任何合適的技術產生。抗體可用於從溶液樣品中免疫沉澱特定蛋白質或免疫印跡由例如聚丙烯醯胺凝膠分離的蛋白質。免疫細胞化學方法也可以用於檢測組織或細胞中的特定蛋白質變體。也可以使用其他眾所周知的基於抗體的技術，包括例如酶聯免疫吸附測定(ELISA)、放射免疫測定(RIA)、免疫放射測定(IRMA)及免疫酶測定(IEMA)，包括使用單株或多株抗體的夾心式測定。參見例如美國專利第4,376,110號及第4,486,530號。 癌症的診斷及預後
本發明提供了藉由檢測來自受試者的樣品中存在一種或多種如本文中揭示的與癌症相關的體細胞突變或變異來診斷或預測受試者中的癌症的方法。用於本發明方法的體細胞突變或變異包括ErbB2或編碼該蛋白質的基因的變異。在某些實施例中，體細胞突變位於編碼基因(或其調節區)的基因組DNA中。在某些實施例中，體細胞突變是編碼ErbB2的基因中的取代、***或缺失。在一個實施例中，該變異是在ErbB2的胺基酸序列(SEQ ID NO：2)中導致表1中識別的一個或多個位置處的胺基酸取代的突變。在某些實施例中，該變異是導致ErbB2的胺基酸序列(SEQ ID NO：2)中的V659，R667，R678，G660及Q709中的一個或多個處的胺基酸取代的突變。在某些實施例中，取代是ErbB2的胺基酸序列(SEQ ID NO：2)中的V659E，R667Q，R678Q，G660D，G660R及Q709L中的至少一個。在某些實施例中，突變表示選自胃癌，結腸癌，食道癌，直腸癌，盲腸癌，結腸直腸癌，非小細胞肺(NSCLC)腺癌，NSCLC(鱗狀癌)，腎癌，黑素瘤，卵巢癌，肺大細胞癌，小細胞肺癌(SCLC)，肝細胞癌(HCC)，肺癌及胰腺癌的ErbB2陽性癌症的存在。
在某些實施例中，該變異是導致ErbB2的胺基酸序列(SEQ ID NO：2)中的V659E，R667Q，R678Q，G660D，G660R中的一個或多個處的胺基酸取代的突變。例如但不作為限制，取代是ErbB2的胺基酸序列(SEQ ID NO：2)中的V659E，R667Q，R678Q，G660D，G660R及Q709L中的至少一個。在某些實施例中，ErbB2突變指示胃腸癌，例如胃癌，結腸癌，食道癌，直腸癌，盲腸癌及結腸直腸癌的存在。
在某些實施例中，ErbB2取代在V659。例如但不作為限制，取代是V659E。在某些實施例中，突變指示結腸癌的存在。
在某些實施例中，ErbB2取代在V659。在某些實施例中，取代是V659E。例如但不作為限制，突變表明存在乳癌。
在某些實施例中，ErbB2取代在R667處。在某些實施例中，該取代是R667Q。例如但不作為限制，突變表明存在胃癌或結腸癌。
在某些實施例中，ErbB2取代在R667處。在某些實施例中，該取代是R667Q。例如但不作為限制，突變表明存在乳癌。
在某些實施例中，ErbB2取代在R678處。在某些實施例中，該取代是R678Q。例如但不作為限制，突變表明存在胃癌。
在某些實施例中，ErbB2取代在R678處。在某些實施例中，該取代是R678Q。例如但不作為限制，突變表明存在乳癌。
在某些實施例中，ErbB2取代在G660。在某些實施例中，該取代是G660D或G660R。例如但不作為限制，突變表明存在胃癌。
在某些實施例中，ErbB2取代在G660。例如但不作為限制，取代是G660D或G660R。例如但不作為限制，突變表明存在乳癌。
在某些實施例中，ErbB2取代在Q709。例如但不作為限制，取代是Q709L。在某些實施例中，突變指示結腸癌的存在。
在某些實施例中，ErbB2取代在Q709。例如但不作為限制，取代是Q709L。在某些實施例中，突變指示乳癌的存在。
在某些實施例中，ErbB2取代在V659。例如但不作為限制，取代是V659E。在某些實施例中，突變指示存在肺癌(非小細胞肺(NSCLC)腺癌)或肺癌(非小細胞肺(NSCLC)鱗狀癌)。
在某些實施例中，ErbB2取代在R667處。例如但不作為限制，取代是R667Q。在某些實施例中，突變指示存在肺癌(非小細胞肺(NSCLC)腺癌)或肺癌(非小細胞肺(NSCLC)鱗狀癌)。
在某些實施例中，ErbB2取代在R678處。例如但不作為限制，取代是R678Q。在某些實施例中，突變指示存在肺癌(非小細胞肺(NSCLC)腺癌)或肺癌(非小細胞肺(NSCLC)鱗狀癌)。
在某些實施例中，ErbB2取代在G660。例如但不作為限制，取代是G660D或G660R。在某些實施例中，突變指示存在肺癌(非小細胞肺(NSCLC)腺癌)或肺癌(非小細胞肺(NSCLC)鱗狀癌)。
在某些實施例中，ErbB2取代在Q709。例如但不作為限制，取代是Q709L。在某些實施例中，突變指示存在肺癌(非小細胞肺(NSCLC)腺癌)或肺癌(非小細胞肺(NSCLC)鱗狀癌)。
在某些實施例中，該至少一種變異是ErbB2中的胺基酸取代，***，截短或缺失。在某些實施例中，該變異是胺基酸取代。這些變異中的任何一個或多個可以用於下文所述的任何檢測，診斷及預後方法中。
在某些實施例中，本發明提供了用於檢測受試者中是否存在指示癌症的體細胞突變的方法，其包括：(a)使來自受試者的樣品與能夠檢測受試者中存在或不存在ErbB2基因中的體細胞突變的試劑接觸；及(b)確定該突變的存在或不存在，其中該突變的存在表明該受試者患有癌症或處於患癌症的風險中。
用於該方法的試劑可以是寡核苷酸，DNA探針，RNA探針及核酶。在某些實施例中，試劑被標記。標記可以包括例如放射性同位素標記，螢光標記，生物發光標記或酶標記。可用作可檢測標記的放射性核素包括例如1-131、1-123、1-125、Y-90、Re-188、Re-186、At-211、Cu-67、Bi-212及Pd-109。
本發明提供了用於檢測受試者中的指示癌症的體細胞突變的方法。在某些實施例中，用於檢測受試者中指示癌症的體細胞突變的方法包括確定來自受試者的生物樣品中ErbB2基因中存在或不存在體細胞突變，其中該突變的存在表明受試者患有癌症或有患癌症的風險。在該方法的某些實施例中，檢測一種或多種體細胞突變的存在是藉由選自以下組成之群的方法來執行：直接測序，突變特異性探針雜交，突變特異性引子延伸，突變特異性擴增，突變特異性核苷酸摻入，5'核酸酶消化，分子信標測定，寡核苷酸連接測定，大小分析及單鏈構象多態性。在某些實施例中，在確定一個或多個突變的存在之前擴增來自樣品的核酸。
本發明還提供了用於診斷或預測受試者中的癌症的方法。在某些實施例中，該方法包括(a)使來自受試者的樣品與能夠檢測ErbB2基因中存在或不存在體細胞突變的試劑接觸；及(b)確定該突變的存在或不存在，其中該突變的存在表明該受試者患有癌症或處於患癌症的風險中。在某些實施例中，該方法包括確定來自受試者的生物樣品中ErbB2基因中存在或不存在體細胞突變，其中該遺傳變異的存在表明該受試者患有癌症或處於患癌症的風險中。
在某些實施例中，診斷或預測受試者中癌症的方法可包括(a)從受試者獲得含有核酸的樣品，及(b)分析樣品以檢測在ErbB2基因中存在至少一種體細胞突變，其中遺傳變異的存在表明受試者患有癌症或處於患癌症的風險中。
在某些實施例中，診斷或預後的方法進一步包括對受試者進行一次或多次另外的癌症診斷測試，例如篩查一種或多種另外的標誌物，或使受試者接受成像程序。
在某些實施例中，上述方法還包括檢測樣品中至少一種體細胞突變的存在。在某些實施例中，與具有第一體細胞突變並缺乏存在至少一種另外的體細胞突變的受試者相比，第一體細胞突變的存在連同至少一種另外的體細胞突變的存在一起指示癌症風險增加突變。
本發明還提供了用於識別具有增加的癌症診斷風險的受試者的方法。在某些實施例中，該等方法包括(a)確定來自受試者的生物樣品中ErbB2基因中第一體細胞突變的存在或不存在；(b)確定至少一種另外的體細胞突變的存在或不存在，其中第一種及至少一種另外的體細胞突變的存在表明與缺乏第一種及至少一種另外的體細胞突變的存在的受試者相比，該受試者具有增加的癌症診斷風險。
還提供了輔助受試者中癌症的亞表型的診斷及/或預後的方法，該方法包括在源自該受試者的生物樣品中檢測編碼ErbB2的基因中存在體細胞突變。
本發明進一步提供了預測受試者對靶向ErbB受體的癌症治療劑的響應的方法，包括檢測從受試者獲得的生物樣品中導致ErbB2的胺基酸序列(SEQ ID NO：2)中的胺基酸變異的體細胞突變，其中該體細胞突變的存在指示對靶向ErbB受體的治療劑的響應。在某些實施例中，治療劑是ErbB拮抗劑或結合劑，例如抗ErbB抗體。
用於上述任何方法的生物樣品可以使用熟習此項技術者已知的某些方法獲得。生物樣品可以從脊椎動物，特別是哺乳動物獲得。在某些實施例中，生物樣品包含細胞或組織。目標核酸(或編碼的多肽)的變異可以從組織樣品或其他身體樣品如血液、血清、尿液、痰液、唾液、黏膜及組織中檢測到。藉由篩檢此類身體樣品，可實現該等癌症諸如癌症之簡單早期診斷。此外，可藉由測試此類身體樣品之標靶基因(或所編碼多肽)中的變異來更容易地監測療法之進展。在某些實施例中，生物樣品獲自疑似患有癌症的個體。
在確定受試者或從受試者獲得的生物樣品包含本文揭示的體細胞突變之後，預期可將有效量的適當的癌症治療劑投與受試者以治療受試者的癌症。
還提供了根據上述方法藉由檢測ErbB2中包含體細胞突變的核酸中的一種或多種變異的存在來輔助哺乳動物中的癌症診斷的方法。
在某些實施例中，根據上述方法，藉由確定受試者是否包含ErbB2中的體細胞突變，提供了用於預測患有癌症的受試者是否會對治療劑起反應的方法。
還提供了藉由檢測受試者中ErbB2中體細胞突變的存在或不存在來評估受試者發展癌症傾向性的方法。
還提供了在哺乳動物中對癌症進行再細分的方法，該方法包括檢測ErbB2中存在體細胞突變。
還提供了識別在患者亞群中有效治療癌症的治療劑的方法，該方法包括將該試劑的功效與ErbB2中存在體細胞突變相關聯。
如果適當的話，其他方法提供用於確定適當的臨床干預步驟的資訊。因此，在本發明的方法的某些實施例中，該方法還包括基於本文所揭示的與癌症相關的ErbB2體細胞突變的存在或不存在的評估結果的臨床干預步驟。例如，適當的干預可以涉及基於藉由本發明的方法獲得的遺傳資訊的預防及治療步驟，或任何當前的預防或治療步驟的調整。
對於熟習此項技術者來說顯而易見的是，在本文所述的任何方法中，雖然檢測到體細胞突變的存在將肯定地表明疾病的特徵(例如疾病的存在或亞型)，但未檢測到體細胞突變突變也可以藉由提供疾病的相反表徵來提供資訊。 癌症之治療
本發明提供了治療患有ErbB2陽性癌症的患者的方法，其中該癌症包含ErbB2受體的JM或TM結構域中的突變。在某些實施例中，ErbB2陽性癌症包含表1中所示的至少一種突變。在某些實施例中，治療患者癌症的方法包括以下步驟：從患者獲得生物樣品，檢查生物樣品中是否存在如本文所揭示的ErbB2體細胞突變，以及在確定存在或不存在該組織或細胞樣品中的突變後，向該患者投與有效量的適當治療劑。視情況地，該方法包括向該哺乳動物投與有效量的靶向癌症治療劑。例如但不作為限制，如果在生物樣品中檢測到ErbB2體細胞突變，則該方法可以包括投與有效量的Her抑制劑。
在某些實施例中，治療患有癌症的受試者的方法可包括從受試者獲得癌症樣品並檢測樣品中ErbB2體細胞突變的存在，其中如果檢測到ErbB2體細胞突變，向受試者投與Her抑制劑。在某些實施例中，ErbB2突變包括ErbB2受體的TM區及/或JM區中的突變。在某些實施例中，ErbB2突變是胺基酸V659，G660 R667，R678，Q709或其組合中的至少一個的突變。例如但不作為限制，ErbB2突變選自由V659E，G660D，G660R，R667Q，R678Q，Q709L及其組合組成之群。
還提供了治療已知存在ErbB2體細胞突變的受試者的癌症的方法，該方法包括向受試者投與有效治療癌症的治療劑。在某些實施例中，ErbB2突變是表1中提供的突變。在某些實施例中，ErbB2突變是胺基酸V659，G660 R667，R678，Q709或其組合中的至少一個的突變。例如但不作為限制，ErbB2突變選自由V659E，G660D，G660R，R667Q，R678Q，Q709L及其組合組成之群。還提供了治療特定癌症患者亞群的癌症受試者的方法，該方法包括向該受試者投與有效量的被批准作為該亞群的治療劑的治療劑，其中該亞群至少部分由與ErbB2體細胞突變的關聯來表徵。在某些實施例中，ErbB2突變是表1中提供的突變。在某些實施例中，ErbB2突變是胺基酸V659，G660 R667，R678，Q709或其組合中的至少一個的突變。例如但不作為限制，ErbB2突變選自由V659E，G660D，G660R，R667Q，R678Q，Q709L及其組合組成之群。
還提供了用於選擇患有癌症的患者用癌症治療劑治療的方法，包括檢測ErbB2體細胞突變的存在。在某些實施例中，基於表1中揭示的一種或多種突變的存在，選擇患者用Herceptin或Pertuzamab治療。
在某些實施例中，選擇患有包含ErbB2受體TM區域中的突變的癌症的患者用曲妥珠單抗或曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)治療。在某些實施例中，選擇患有在ErbB2受體的TM結構域的胺基酸V659或G660中的至少一個處包含突變的癌症的患者用曲妥珠單抗或曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)治療。在某些實施例中，癌症包含突變V659E。在某些實施例中，癌症包含突變G660D。在某些實施例中，癌症包含突變G660R。在某些實施例中，向患有包含ErbB2受體TM區域中的突變的癌症的患者投與有效量的曲妥珠單抗。在某些實施例中，向患有ErbB2受體TM區域中包含突變的癌症的患者投與有效量的曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)。
在某些實施例中，選擇患有包含ErbB2受體的JM區中的突變的癌症的患者用曲妥珠單抗，曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)或培妥珠單抗治療。在某些實施例中，選擇患有包含ErbB2受體的JM結構域的胺基酸R667，R678或Q709中的至少一個突變的癌症的患者用曲妥珠單抗，曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)，或培妥珠單抗來治療。在某些實施例中，癌症包含突變R667Q。在某些實施例中，癌症包含突變R678Q。在某些實施例中，癌症包含突變Q709L。在某些實施例中，向患有ErbB2受體患者的JM區中的突變的癌症的患者投與有效量的曲妥珠單抗。在某些實施例中，向患有包含ErbB2受體的JM區中的突變的癌症的患者投與有效量的曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)。在某些實施例中，向患有包含ErbB2受體的JM區域中的突變的癌症的患者投與有效量的培妥珠單抗。
本發明提供了治療患有由本文所述的一種或多種體細胞突變來識別的Her2/ErbB2癌症的個體的方法。在某些實施例中，該方法包括向個體投與有效量的Her抑制劑的步驟。在某些實施例中，Her抑制劑是與Her受體結合的抗體。在某些實施例中，抗體結合ErbB2受體。在某些實施例中，由Her抑制劑治療的癌症是胃癌，結腸癌，食道癌，直腸癌，盲腸癌，結腸直腸癌，非小細胞肺(NSCLC)腺癌，NSCLC(鱗狀癌)，腎癌，黑素瘤，卵巢癌，肺大細胞，小細胞肺癌(SCLC)，肝細胞(HCC)，肺癌及胰腺癌。
另一態樣，本發明提供了用於在受試者中治療ErbB2陽性癌症的方法中使用的抗癌治療劑，該方法包括(i)檢測從受試者獲得的生物樣品中存在或不存在編碼ErbB2的核酸序列中的胺基酸突變，其中該突變導致ErbB2胺基酸序列的至少一個位置處的胺基酸改變(如本文所述)，其中該突變的存在表明獲得樣本的受試者中存在癌症；及(ii)如果在核酸序列中檢測到突變，則向受試者投與有效量的抗癌治療劑。
本發明的另一個態樣提供了抑制個體中Her受體的生物學活性的方法，包括給予個體有效量的Her抑制劑。在某些實施例中，Her受體是個體中由癌細胞表現的Her2受體。在某些實施例中，Her抑制劑是Her抗體，其包含特異性結合至少Her2的抗原結合結構域。
在某些實施例中，本發明提供延長患有包括ErbB2體細胞突變的癌症的受試者的存活期的方法。在某些實施例中，該方法包括向受試者投與治療有效量的本文揭示的HER抑制劑。在某些實施例中，使用所揭示的方法，患有癌症的受試者的存活期可延長約1週，約2週，約3週，約1個月，約2個月，約4個月，約6個月，約8個月，約10個月，約12個月，約14個月，約18個月，約20個月，約2年，約3年，約5年或更長時間。
另一態樣，本發明提供了用於治療方法的幾種不同類型的合適Her抑制劑。在某些實施例中，Her抑制劑選自曲妥珠單抗(結合ErbB2結構域IV的抗ErbB2抗體)，曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)，培妥珠單抗(結合ErbB2結構域並防止二聚化的抗ErbB2抗體II)及其組合。Her抑制劑的其他非限制性實例包括拉帕替尼，阿法替尼及奈拉替尼。
本發明還提供了用作藥物的Her抗體。本發明的另一態樣提供了用於製造藥物的Her抗體。在某些實施例中，藥物可用於治療由本文所述的一種或多種體細胞突變來識別的ErbB2/Her2癌症。在某些實施例中，Her抗體包含特異性結合Her2或Her2及至少一種另外的Her受體的抗原結合結構域。
曲妥珠單抗(CAS 180288-69-1, HERCEPTIN®, huMAb4 D5-8, rhuMAb Her2, Genentech)是重組DNA衍生的IgG1κ單株抗體，其為人源化形式的鼠抗Her2抗體(4 D5)，其在基於細胞的測定中以高親和力(Kd=5 nM)選擇性結合至Her2的細胞外結構域(美國專利第5,677,171號；美國專利第5,821,337號；美國專利第6,054,297號；美國專利第6,165,464號；美國專利第6,339,142號；美國專利第6,407,213號；美國專利第6,639,055號；美國專利第6,719,971號；美國專利第6,800,738號；美國專利第7,074,404號；Coussens等人 (1985) Science 230:1132-9; Slamon等人 (1989) Science 244:707-12; Slamon等人 (2001) New Engl. J. Med. 344:783-792)。在活體外測定及動物中均顯示曲妥珠單抗抑制過度表現Her2的人腫瘤細胞的增殖 (Hudziak等人 (1989) Mol Cell Biol 9:1165-72; Lewis等人 (1993) Cancer Immunol Immunother; 37:255-63; Baselga等人 (1998) Cancer Res. 58:2825-2831)。曲妥珠單抗是抗體依賴性細胞毒性ADCC的介質 (Lewis等人 (1993) Cancer Immunol Immunother 37(4):255-263; Hotaling等人 (1996) [abstract]. Proc. Annual Meeting Am Assoc Cancer Res; 37:471; Pegram M D,等人 (1997) [abstract]. Proc Am Assoc Cancer Res; 38:602; Sliwkowski等人 (1999) Seminars in Oncology 26(4), Suppl 12:60-70; Yarden Y. and Sliwkowski, M. (2001) Nature Reviews: Molecular Cell Biology, Macmillan Magazines, Ltd., Vol. 2:127-137)。
HERCEPTIN®於1998年獲准用於治療Her2過表現的轉移性乳癌患者 (Baselga等人, (1996) J. Clin. Oncol. 14:737-744)，這些患者接受過廣泛的抗癌治療，並且該藥物已被用於超過300,000名患者中 (Slamon D J,等人. N Engl J Med 2001; 344:783-92; Vogel C L,等人. J Clin Oncol 2002; 20:719-26; Marty M,等人. J Clin Oncol 2005; 23:4265-74; Romond E H,等人. T N Engl J Med 2005; 353:1673-84; Piccart-Gebhart M J,等人. N Engl J Med 2005; 353:1659-72; Slamon D,等人. [abstract]. Breast Cancer Res Treat 2006, 100 (Suppl 1): 52)。2006年，FDA批准了HERCEPTIN®(曲妥珠單抗，Genentech Inc.)作為包含阿黴素、環磷醯胺及紫杉醇的治療方案的一部分以用於Her2陽性，淋巴結陽性乳癌患者的輔助治療。
一種用於治療Her2陽性乳癌的新型抗體-藥物偶聯物(ADC)，曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1，曲妥珠單抗emstansine，ado曲妥珠單抗emtansine，KADCYLA®)由經由MCC接頭在離胺酸側鏈與曲妥珠單抗偶聯的細胞毒性劑DM1(含巰基的美登木素生物鹼抗微管劑)組成，平均藥物負荷(藥物與抗體的比例)約為3.5。在與腫瘤細胞上表現的Her2結合後，T-DM1經歷受體介導的內化，導致細胞內釋放含有DM1的細胞毒性分解代謝物並隨後導致細胞死亡。
美國食品及藥物管理局在2013年2月22日批准以商品名KADCYLA®銷售的ado-曲妥珠單抗emtansine用於治療先前接受曲妥珠單抗及紫杉烷治療的Her2陽性轉移性乳癌患者。
培妥珠單抗(亦稱為重組人源化單株抗體2C4，rhuMAb 2C4，PERJETA®，Genentech, Inc, South San Francisco)代表稱為Her二聚合抑制劑(HDI)之新的一類藥劑之第一位，且起到抑制Her2與其他Her受體(諸如EGFR/Herl、Her2、Her3及Her4)形成活性異二聚體或同二聚體之能力的作用。參見例如Harari及Yarden Oncogene 19:6102-14 (2000); Yarden及Sliwkowski. Nat Rev Mol Cell Biol 2:127-37 (2001); Sliwkowski Nat Struct Biol 10:158-9 (2003); Cho等人 Nature 421:756-60 (2003); 及Malik等人 Pro Am Soc Cancer Res 44:176-7 (2003)
腫瘤細胞中Her2-Her3異二聚體之形成之培妥珠單抗阻斷已證明抑制關鍵細胞信號傳導，其導致腫瘤增殖及存活減少(Agus等人 Cancer Cell 2:127-37 (2002))。
培妥珠單抗已在患有Her2陽性轉移性乳癌之患者中以與曲妥珠單抗組合之形式在II期研究中經評估，該等患者先前已針對轉移性疾病接受曲妥珠單抗。由國家癌症學會(NCO)進行之一個研究招募11名患有先前經治療之Her2陽性轉移性乳癌之患者。11名患者中有兩名展現部分反應(PR) (Baselga等人, J Clin Oncol 2007 ASCO Annual Meeting Proceedings；25:18 S (6月20日增刊): 1004)。評估在具有早期階段Her2陽性乳癌之女性中培妥珠單抗及曲妥珠單抗加化療(多烯紫杉醇)之新穎組合方案(提出於CTRC-AACR聖安東尼奧乳癌研討會(SABCS)，2010年12月8-12日)之作用的II期新輔助研究之結果顯示，在手術之前在新輔助環境中給予兩種Her2抗體加多烯紫杉醇顯著相較於曲妥珠單抗加多烯紫杉醇(pCR為29.0百分比)顯著提高***中腫瘤完全消失速率(病理完全反應速率pCR為45.8百分比)超過一半，p=0.014。
2012年批准以商品名PERJETA®銷售的培妥珠單抗用於治療晚期(轉移性)Her2陽性乳癌患者。Her2陽性乳癌具有增加量的Her2蛋白，其有助於癌細胞生長及存活。
可以將用於治療癌症的治療劑摻入組合物中，其在某些實施例中適用於藥物用途。此類組合物通常包含肽或多肽以及可接受的載劑，例如醫藥學上可接受之載劑。「醫藥學上可接受之載劑」包括與藥物投與相容的任何及所有溶劑、分散介質、包衣、抗細菌劑及抗真菌劑、等滲劑及吸收延遲劑等 (Gennaro, Remington: The science and practice of pharmacy. Lippincott, Williams & Wilkins, Philadelphia, Pa. (2000))。此類載劑或稀釋劑的實例包括但不限於水、鹽水、Finger's溶液、葡萄糖溶液及5%人血清白蛋白。也可以使用脂質體及非水載體如固定油。除了習知介質或藥劑與活性化合物不相容時，可以考慮使用這些組合物。補充性活性化合物亦可併入組成物中。
本發明的治療劑(及用於治療癌症的任何另外的治療劑)可以藉由任何合適的手段投與，包括非經腸，肺內，鞘內及鼻內，並且如果需要局部治療，病灶內投與。非經腸輸注包括例如肌肉內、靜脈內、動脈內、腹膜內或皮下投與。給藥可藉由任何適合途徑進行，例如藉由注射，諸如靜脈內或皮下注射，部分地視投藥為暫時的抑或長期的而定。本文涵蓋各種給藥時程，包括(但不限於)單次投藥或歷經各種時間點多次投藥、團式投藥及脈衝輸注。
用於投與癌症治療劑的有效劑量及時程可以憑經驗確定，並且做出這樣的確定在此項技術之技能範圍內。可以使用單劑量或多劑量。當採用體內投與癌症治療劑時，正常劑量可以為每天約10 ng/kg到高達100 mg/kg哺乳動物體重或更多，較佳約1 μg/kg/天至10 mg/kg/天，取決於給藥途徑。文獻中提供了關於特定劑量及遞送方法的指導；例如，參見美國專利第4,657,760號；第5,206,344號；或第5,225,212號。 組合療法
預期可以在該等方法中採用組合療法。組合療法可以包括但不限於給予兩種或更多種癌症治療劑。聯合投與治療劑典型地在確定的時間段內(通常是數分鐘，數小時，數天或數週，取決於所選擇的組合)進行。組合療法旨在包括以順序方式投與這些治療劑，即，其中每種治療劑在不同的時間投與，以及這些治療劑或至少兩種治療劑以基本同時的方式來投與。
治療劑可以藉由相同的途徑或藉由不同的途徑投與。例如，組合中的ErbB拮抗劑可以藉由靜脈內注射投與，而組合中的化學治療劑可以口服投與。或者，例如，兩種治療劑都可以口服給藥，或兩種治療劑都可以藉由靜脈內注射給藥，這取決於具體的治療劑。治療劑給藥的順序也取決於特定的藥物。
在某些實施例中，本發明提供了治療患有由本文所述的一種或多種體細胞突變來識別的ErbB2/Her2癌症的個體的方法，其中該治療方法包括投與多於一種ErbB抑制劑。在某些實施例中，該方法包括投與多於一種ErbB2抑制劑。例如但不作為限制，本文揭示的治療方法可以包括投與曲妥珠單抗，曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)，培妥珠單抗，拉帕替尼，阿法替尼，奈拉替尼的組合。在某些實施例中，治療方法可包括投與曲妥珠單抗或曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)及培妥珠單抗。在某些實施例中，本文揭示的治療方法可以包括投與曲妥珠單抗及培妥珠單抗。或者，本文揭示的治療方法可包括投與曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)及培妥珠單抗。在某些實施例中，治療方法可包括投與曲妥珠單抗或曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)及拉帕替尼，阿法替尼或奈拉替尼。 套組
為了用於在此描述或建議的應用，還提供了套組或製品。這樣的套組可以包括載體裝置，該載體裝置被劃分為在緊密限定空間中容納一個或多個容器裝置，例如小瓶、管等，每個容器裝置包括用於該方法中的獨立元件之一。例如，容器裝置中之一者可以包括探針，該探針被可檢測地標記或者可以被可檢測地標記。此類探針可以是對於包含本文所揭示的與癌症相關的ErbB2體細胞突變的多核苷酸具有特異性的多核苷酸。在套組利用核酸雜交來檢測靶核酸的情況下，套組還可以具有含有用於擴增靶核酸序列的核苷酸的容器及/或包含報道物質的容器，該報道物質例如生物素結合蛋白如抗生物素蛋白或鏈黴抗生物素蛋白，其與報道分子例如酶促、螢光或放射性同位素標記結合。在某些實施例中，本發明的套組包含一種或多種如本文所述的ErbB2陽性癌症檢測劑。在某些實施例中，套組進一步包含如本文所述的治療劑(例如ErbB2抑制劑)。
在某些實施例中，套組可以包含能夠檢測包含如本文所揭示的與癌症相關的ErbB2體細胞突變的多肽的標記試劑。這樣的試劑可以是結合多肽的抗體。這樣的試劑可以是結合多肽的肽。該套組可以包含例如結合至包含本文揭示的遺傳變體的多肽的第一抗體(例如，附著於固體支持物)以及視情況的第二種不同的抗體，其與多肽或第一抗體結合並與可檢測標記物偶聯。
在某些實施例中，本發明的套組可以包括上述容器及一個或多個其他容器，所述其他容器包含從商業及用戶觀點期望的材料，包括緩衝液、稀釋劑、過濾器、針、注射器及具有使用說明書的包裝插頁。容器上可以存在標記以指示該組合物用於特定治療或非治療性應用，並且還可以指示用於在活體內或活體外使用的指導，例如上述那些用途。套組中的其它任選組分包括一種或多種緩衝液(例如封閉緩衝液，洗滌緩衝液，基質緩衝液等)，其他試劑如基質(例如色原體)，其藉由酶標記物來化學改變，表位修復溶液，對照樣本(陽性及/或陰性對照)，控制玻片等。
另一態樣，本發明提供ErbB2陽性癌症檢測劑在製備用於檢測受試者中的癌症的套組中的用途。在某些實施例中，ErbB2陽性癌症的檢測包括在從受試者獲得的生物樣品中檢測編碼ErbB2的核酸序列中存在或不存在胺基酸突變，其中該突變導致在ErbB2胺基酸序列(如本文所述)的至少一個位置處的胺基酸變化，其中該突變的存在指示獲得該樣品的受試者中存在癌症。在某些實施例中，ErbB2陽性癌症檢測劑特異性檢測編碼或包括表1中呈現的一個或多個突變的ErbB2核酸轉錄物或蛋白質並且不檢測野生型ErbB2核酸轉錄物或蛋白質。 銷售方法
本文的揭示內容還包括用於銷售所揭示的癌症的診斷或預後方法的方法，包括向目標受眾宣傳、指導及/或詳細說明所揭示的方法的使用。
銷售通常是藉由非個人媒體進行的有償通信，其中確認發起人並且訊息得到控制。用於本文中之目的之銷售包括宣傳、公共關係、產品置入、贊助、認購等。該術語還包括出現在任何印刷傳播媒體中的贊助性資訊公告。
這裡的診斷方法的銷售可以藉由任何手段來完成。用於傳遞這些訊息的銷售媒體的實例包括電視，無線電廣播，電影，雜誌，報紙，網際網路及廣告牌，包括作為出現在廣播媒體中的訊息的商業廣告。
所使用的銷售類型取決於許多因素，例如，要達到的目標受眾的性質，例如醫院，保險公司，診所，醫生，護士及患者，以及成本考慮因素及管理藥物及診斷劑銷售的相關管轄法律及法規。銷售可以基於由服務交互定義的用戶特徵及/或諸如用戶人口統計及地理位置的其他資料來個性化或定製。
提供以下實例僅係為說明性之目的，而非打算以任何方式限制本發明之範疇。
本說明書中所引證之全部專利及參考文獻其整個內容皆以引用之方式併入本文。實例 實例-腫瘤發生中的致癌ErbB2突變
鑒於ErbB2在人類癌症中的重要性，我們系統地調查了人類癌症，並在ErbB2的跨膜(TM)及近膜(JM)結構域以及與JM/TM結構域相鄰的區域中發現了復發性體細胞突變，並且還顯示這些突變是轉化性的。此外，我們評估了ErbB2突變體驅動的基於細胞的及動物的癌症模型中的靶向治療，並顯示它們有效阻斷ErbB2突變體驅動的腫瘤發生。材料及方法 腫瘤 DNA ，突變識別
根據觀察到的患者腫瘤中ErbB2突變及/或如所示(表1)TM/JM結構域及鄰接區段觀察到的突變附近的突變頻率來識別腫瘤DNA突變。 細胞株
IL-3依賴性小鼠原B細胞株BaF3購自ATCC(美國典型培養物保藏中心，Manassas，VA)。將BaF3細胞維持在補充有10%(v/v)胎牛血清(Thermo Fisher Scientific，IL)，2 mM L-麩醯胺，100 U/ml青黴素，100 mg/ml鏈黴素(完全RPMI)及2 ng/mL小鼠IL-3的RPMI 1640中。 逆轉錄病毒製備及穩定細胞株的產生
表現具有N-末端單純皰疹醣蛋白D(gD)標記物的全長Her2野生型(WT)的pLPCX逆轉錄病毒載體(Clontech，CA)用於定點誘變。使用Quikchange定點誘變套組(Agilent，CA；表1)產生Her2突變體。如前所述(Jaiswal等人，2009)，使用野生型(WT)或突變型Her2質體產生的逆轉錄病毒用於產生穩定的BaF3細胞株。使用Phoenix選擇穩定的細胞，在感染前一天將細胞鋪在6孔板中。BaF3細胞在補充有重組鼠IL-3(mIL-3)及嘌呤黴素(1 μg/ml)的完全RPMI培養基中培養。 細胞存活測定及蛋白質印跡
如先前所述(Jaiswal等人，2011)進行BaF3細胞存活測定。簡而言之，用lx PBS將表現Her2WT或突變體的穩定細胞洗滌兩次，並在不含IL-3的完全RPMI培養基中重複12次接種在96孔板(10,000個細胞/孔)中。使用Cell Titer Glo發光細胞活力套組(Promega，CA)量測細胞活力，並在Synergy 2(Biotek Instruments)發光板讀數器上讀板。報道的相對存活率計算為第4天相對螢光素酶活性(RLU)與第0天量測的RLU的比率。如所示，單獨或在存在WT Flag標記的Her2的情況下，在BaF3中測試突變型Her2構建體。
如先前所述(Jaiswal等人，2011)使用蛋白質印跡來測試經標記的Her2的表現 ErbB2 抑制劑檢測
用PBS洗滌穩定表現ErbB2 G660D，G660R，V659E，R678Q或Q709L突變體的BaF3細胞兩次並懸浮於缺乏IL-3的RPMI中。將約10000個細胞鋪在96孔板的每個孔中100ul不含IL-3的RPMI培養基中，並用Her2抗體(曲妥珠單抗或培妥珠單抗)或ErbB2激酶抑制性小分子藥物(拉帕替尼，阿法替尼或奈拉替尼)來處理。處理後4天使用Cell Titer-Glo發光細胞活力測定套組(Promega，WI)評估活細胞數。產生抗體及其部分或抑制劑的非線性迴歸圖，並使用GraphPad Prism 5.00(GraphPad Software，CA)進行IC50的計算。資料表示為重複至少三次的代表性實驗的至少3-4次重複的平均值±SEM。 動物研究
表現ErbB2野生型或突變體的BaF3細胞(2×106)也可藉由尾靜脈注射植入8-12週齡的Balb/C裸鼠中。對於活體內抗體功效研究，可以在細胞植入後第4天開始用40 mg/kg QW抗豚草(對照)，10 mg/kg QW曲妥珠單抗或10mg/kg QW帕托珠單抗治療小鼠。可以追蹤大多數小鼠的存活率，並且可以將一些小鼠在第20天用於屍檢，藉由骨髓、脾臟及肝臟的組織學分析來評估疾病進展。藉由FACS分析也可以分析從這些動物獲得的骨髓及脾單細胞懸液的GFP陽性BaF3細胞的存在及比例。如果可能的話，解剖死亡或垂死的動物以確認死亡原因。脾、肝及骨髓的形態學及組織學分析也可以對於這些動物進行。將骨髓、脾臟及肝臟固定在10%中性緩衝福爾馬林中，然後在自動化組織處理器(TissueTek，CA)中處理並包埋在石蠟中。用H&E(Sigma，MO)將4微米厚的切片染色，並組織學分析浸潤腫瘤細胞的存在。使用Nikon DS-R相機在Nikon 80i複合顯微鏡上拍攝組織學照片。所有動物研究均在Genentech機構動物護理及使用委員會(IACUC)批准的方案下進行。 統計學分析
誤差線表示平均值±SEM。用GraphPad Prism 5.00(GraphPad Software，San Diego，CA)將學生t檢驗(雙尾)用於統計分析以比較治療組。P值＜0.05被認為是統計學顯著的(* p ＜0.05，** p ＜0.01，*** p ＜0.001及**** p ＜0.0001)。對於Kaplan-Meier生存分析方法，使用對數秩統計來檢驗存活差異。結果 ErbB2 突變的識別
表1中識別的Her2突變體是在來自患者的腫瘤中觀察到的那些突變體及/或如所示在TM/JM結構域區域及鄰接區段中觀察到的突變附近的突變體。 表1：JM/TM中的Her2突變體及鄰接Her2 JM/TM的區域中的突變 ErbB2 突變體促進 IL3 非依賴性細胞存活及轉化
為了進一步證實ErbB2突變的致癌相關性，我們測試了在存在及不存在野生型Her2的情況下，在BaF3系統中表現的Her2突變體的細胞存活信號傳導(圖1)。BaF3是白細胞介素(IL)-3依賴性前B細胞株，其已經被廣泛用於研究基因的致癌活性及靶向致癌驅動因子的藥物的開發 (Lee等人 (2006). PLoS medicine 3, e485; Warmuth等人 (2007) Current opinion in oncology 19, 55-60)。已經證明當致癌突變體在BaF3中表現時，致癌突變體替代IL-3 (Lee等人, 2006; Warmuth等人, 2007), 從而藉由致癌基因的表現使BaF3細胞與IL-3無關。
根據觀察到的患者腫瘤突變及/或如所示(表1)TM/JM結構域區域及相鄰區段所觀察到的突變附近的突變產生Her2突變體。測試的突變涵蓋了Her2的Pro 593至Glu 719(圖2)。它包括TM結構域(Ser 649至Ile 675)及JM結構域(Val 676至Ile714)。如其中所描繪的，突變株被測試的位置由胺基酸序列號上方的*表示。確定TM，JM及鄰接區域中的活化突變，並且條的高度顯示所測試突變體的活性(即條越高，突變體越活躍)。條形圖下方顯示了ErbB2殘基及殘基編號。如圖例所示，殘基的背景顏色對應於在獨立腫瘤中觀察到的突變體的數量。ErbB2的具有域邊界(編號)的域圖在圖式的底部顯示。我們在TM，JM結構域及與JM/TM結構域相鄰的區域發現了多個突變是活化性的。
在圖3A中描繪了顯示誘變篩選的工作流程的示意圖，並且在圖3B中顯示了表示IL-3去除後第4天在篩選中識別的HER2突變的等位基因頻率的條形圖。篩選在WT HER2不存在(圖3B；上圖)及存在(圖3B；下圖)的情況下完成，並且癌症患者中觀察到的HER2突變的計數表示為圖3B底部的顏色編碼框。在富集的等位基因中有編碼G660D及V659E的突變體。此外，G641S、A644F、E645K、A648L、S649T、L663H、V655D、F671N、L674H、I675M、R677T、Q680F及1602G均顯示等位基因頻率增加。在WT HER2存在下，我們發現R678Q高度富集，其次是R647T。另外，我們發現E645F、V659E、G660D及K675T是富集的。
我們還試圖瞭解HER2突變體信號傳導是否為其激酶結構域採用了變構活化模式。HER2 G660D活化涉及不對稱激酶結構域二聚化，並且其需要用於組成型存活信號的功能性激酶結構域。為了測試變構活化，我們在BaF3細胞中穩定表現激酶受損的K753M/G660D雙突變體HER2，並在缺乏IL-3的情況下評估其存活信號(圖3C)。HER2 G660D活化涉及不對稱激酶結構域二聚化，並且其需要用於組成型存活信號的功能性激酶結構域。與G660D HER2相比，K753M/G660D雙突變體不支持BaF3細胞的IL-3獨立存活，表明G660D的激酶活性對其致癌活性是必需的。激酶結構域的接收器或活化器界面中的結構指導點突變已用於確認不對稱二聚體在ERBB激酶的變構活化中的作用。我們在BaF3細胞中穩定地表現HER2 G660D，其單獨或一起或與WT HER2組合地攜帶接收器I714Q(RM)或活化器損害V956R(AM)突變，並測定存活活性。接收器受損的HER2 G660D-1714Q(RM)或活化器受損的HER2 G660D-V956R(AM)單獨的表現在IL-3排除後不促進BaF3細胞存活。然而，HER2 G660D-1714Q(RM)及HER2 G660D-V956R(AM)在BaF3細胞中的組合表現恢復了HER2 G660D的細胞存活信號傳導活性，證實了HER2 G660D二聚化後激酶結構域的變構活化促進了細胞存活信號傳導。由於HER2 G660D突變體可以在BaF3細胞中存在WT HER2的情況下促進存活信號傳導，因此我們測試了它是否優先在WT HER2存在下作為接收器或活化器起作用。儘管在存在WT HER2的情況下HER2 G660D-1714Q(RM)在BaF3細胞中的表現不促進細胞存活，表明其不能夠起WT WT2的活化器的作用，但在存在WT HER2的情況下，HER2 G660D-V956R(AM)促進了細胞存活，表明HER2 G660D易於採用接收確認。 靶向治療劑對抗 ErbB2 突變體是有效的
直接靶向ErbB受體的多種藥物被批准用於治療各種癌症 (Baselga及Swain Nature Reviews Cancer 9, 463-475 (2009); Alvarez等人 Journal of Clinical Oncology 28, 3366-3379 (2010))。靶向ErbB家族成員(包括ErbB2)及其下游組分的幾種其他候選藥物處於臨床測試及開發的不同階段 (Alvarez等人 Journal of Clinical Oncology 28, 3366-3379 (2010))。我們使用BaF3系統測試了曲妥珠單抗 - 一種結合ErbB2結構域IV的抗ErbB2抗體(Junttila等人 Cancer Cell 15, 429-440 (2009))及培妥珠單抗 - 一種結合ErbB2結構域II並且阻止二聚化的抗ErbB2抗體(Junttila等人 Cancer Cell 15, 429-440 (2009))對於細胞存活的影響(圖4、圖5及圖6)。
我們發現抗Her2抗體曲妥珠單抗及培妥珠單抗能有效阻斷TM/JM Her2突變體的活性。在BaF3細胞活力測定中，曲妥珠單抗對所有測試的突變體都有效。具體而言，曲妥珠單抗阻斷V659E、G660D及G660R Her2 TM結構域突變體介導的細胞存活信號傳導(圖4)。然而，曲妥珠單抗及培妥珠單抗均有效阻斷三種測試的JM結構域突變體。具體而言，R667Q、R678Q及Q709L Her2 JM結構域突變體介導細胞存活信號傳導(圖5及圖6)。
我們還使用BaF3系統測試了多種ErbB2激酶抑制性小分子藥物(例如拉帕替尼、阿法替尼及奈拉替尼)對細胞存活的影響(圖7)。我們發現所有測試的Her2 TM/JM突變體都對所示的ERBB2激酶抑制性小分子藥物有反應。
這些資料表明，開發或批准用於人類的多種治療劑可以有效抵抗ErbB2突變體驅動的腫瘤。
這些功能研究證明了TM及JM結構域ErbB2突變的致癌性質。已經測試了不同的治療劑在靶向ErbB2-突變體驅動的致癌信號傳導中的效用，我們發現抗ErbB2抗體在阻斷TM及JM結構域ErbB2突變體中的致癌信號方面非常有效。有趣的是，培妥珠單抗在阻斷TM結構域突變體方面不同樣有效，表明這些突變體可能有不同的作用模式。以前的研究表明，儘管培妥珠單抗在阻斷配位體介導的ErbB3/ErbB2二聚化方面非常有效，但曲妥珠單抗在阻斷配位體非依賴性ErbB2/ErbB3二聚體形成方面更有效 (Junttila, T. T. 等人 Cancer Cell 15, 429-440 (2009))。 ErbB2 突變體促進體內腫瘤發生的評估
我們及其他人已經證明，藉由異位表現致癌基因而變得IL-3非依賴性的BaF3細胞在植入小鼠時促進白血病樣疾病並導致總體存活率降低 (Horn等人 Oncogene 27, 4096-4106 (2008); Jaiswal等人 Cancer Cell 16, 463-474 (2009))。可以測試表現ErbB2-WT、TM-突變體(V659E、G660D或G660R)或JM結構域ErbB2突變體(R667Q及R678Q)的BaF3細胞促進白血病樣疾病的能力。可以使用單獨用ErbB3-WT或ErbB2與空載體一起轉導的BaF3細胞作為對照。然後評估移植了表現ErbB2突變體的BaF3細胞的小鼠的中值存活及白血病樣疾病的發展。為了追蹤疾病進展，根據治療在第20天對於三隻小鼠的另外群組進行屍檢。對這些動物的骨髓、脾臟及肝臟樣品進行病理學異常檢查。由於BaF3細胞用eGFP標記，我們可以藉由螢光活化細胞分選(FACS)檢查分離的骨髓及脾臟的浸潤細胞。與存活下降相一致，與來自接受ErbB2-WT或空載體對照細胞的小鼠的骨髓及脾臟相比，移植了表現ErbB2突變體的細胞的小鼠的骨髓及脾顯示顯著比例的浸潤eGFP陽性細胞。此外，與在ErbB2-WT細胞中觀察到的較長潛伏期一致，可能在來自這些動物的肝臟及脾臟中檢測到非常低水準的浸潤eGFP陽性細胞。此外，與空載體對照或ErbB2-WT相比，來自ErbB2突變體組的動物在20天時將預期顯示出增加的脾臟及肝臟大小及體重，進一步證實存在浸潤細胞。此外，在第20天，與對照相比，蘇木精及伊紅(H&E)染色的骨髓、脾臟及肝臟切片的組織學評估可能顯示出表現ErbB2-突變體的細胞顯著地浸潤動物中的母細胞。這些結果將證明ErbB2突變體的體內致癌潛力。 參考文獻： Bose, R., Kavuri, S.M., Searleman, A.C., Shen, W., Shen, D., Koboldt, D.C., Monsey, J., Goel, N., Aronson, A.B., Li, S., et al. (2013). Activating Her2 mutations in Her2 gene amplification negative breast cancer. Cancer Discov 3, 224-237. Chmielecki, J., Ross, J.S., Wang, K., Frampton, G.M., Palmer, G.A., Ali, S.M., Palma, N., Morosini, D., Miller, V.A., Yelensky, R., et al. (2015). Oncogenic alterations in ErbB2/Her2 represent potential therapeutic targets across tumors from diverse anatomic sites of origin. Oncologist 20, 7-12. Greulich, H., Kaplan, B., Mertins, P., Chen, T.H., Tanaka, K.E., Yun, C.H., Zhang, X., Lee, S.H., Cho, J., Ambrogio, L., et al. (2012). Functional analysis of receptor tyrosine kinase mutations in lung cancer identifies oncogenic extracellular domain mutations of ErbB2. Proc Natl Acad Sci U S A 109, 14476-14481. Jaiswal, B.S., Janakiraman, V., Kljavin, N.M., Chaudhuri, S., Stern, H.M., Wang, W., Kan, Z., Dbouk, H.A., Peters, B.A., Waring, P., et al. (2009). Somatic Mutations in p85a Promote Tumorigenesis through Class IA PI3K Activation. Cancer Cell 16, 463-474. Jaiswal, B.S., Kljavin, N.M., Stawiski, E., Chan, E., Parikh, C., Durinck, S., Chaudhuri, S., Pujara, K., Guilory, J., Edgar, K., A., et al. (2011). Oncogenic ErbB3 mutations in human cancers. Submitted. Ou, S.I., Schrock, A.B., Bocharov, E.V., Klempner, S.J., Haddad, C.K., Steinecker, G., Johnson, M., Gitlitz, B.J., Chung, J., Campregher, P.V., et al. (2017). Her2 Transmembrane Domain (TMD) Mutations (V659/G660) That Stabilize Homo- and Heterodimerization Are Rare Oncogenic Drivers in Lung Adenocarcinoma That Respond to Afatinib. J Thorac Oncol 12, 446-457. Wang, S.E., Narasanna, A., Perez-Tones, M., Xiang, B., Wu, F.Y., Yang, S., Carpenter, G., Gazdar, A.F., Muthuswamy, S.K., and Arteaga, C.L. (2006). Her2 kinase domain mutation results in constitutive phosphorylation and activation of Her2 and EGFR and resistance to EGFR tyrosine kinase inhibitors. Cancer Cell 10, 25-38. Yamamoto, H., Higasa, K., Sakaguchi, M., Shien, K., Soh, J., Ichimura, K., Furukawa, M., Hashida, S., Tsukuda, K., Takigawa, N., et al. (2014). Novel germline mutation in the transmembrane domain of Her2 in familial lung adenocarcinomas. J Natl Cancer Inst 106, djt338.
圖 1 說明用於分析致癌基因的存活信號的BaF3系統。
圖 2 顯示了在存在及不存在野生型Her2的情況下，在BaF3中表現的Her2突變體的細胞存活信號傳導水準。
圖 3A-3C 顯示了HER2 TM結構域的飽和誘變篩選的工作流程示意圖(A)，代表在篩選中識別的HER2突變的等位基因頻率的條形圖(B)，以及HER2 G660D突變體的變構活化模式(C)。
圖 4A-C 證明曲妥珠單抗阻斷V659E(A)，G660D(B)及G660R(C)Her2 TM結構域突變體介導的細胞存活信號傳導。
圖 5A 及 5B 證明曲妥珠單抗及培妥珠單抗阻斷R667Q(A)及R678Q(B)Her2 JM結構域突變體介導的細胞存活信號傳導。
圖 6 證明，Q709L JM結構域突變體介導的存活信號傳導被曲妥珠單抗及培妥珠單抗阻斷。
圖 7 證明了Her2 TM/JM突變體對指定的ERBB2激酶抑制性小分子藥物有反應。
圖 8 顯示了指示ErbB2受體的各種結構域的示意圖。
圖 9 顯示天然人Her2/ErbB2的核酸序列(登錄號X03363)(SEQ ID NO：1)。
圖 10 顯示了天然人Her2/ErbB2的蛋白質序列(登錄號P04626)(SEQ ID NO：2)。

Claims (69)

  1. 一種治療有需要的人類受試者的癌症的方法，其包括： a) 在從該受試者獲得的生物樣品中檢測編碼ErbB2的核酸序列中的ErbB2體細胞突變，其中該突變導致在天然人ErbB2胺基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)結構域內的至少一個位置處的胺基酸變異，並且其中該突變指示該受試者中的癌症；及 b) 向該受試者投與抗癌治療劑。
  2. 如申請專利範圍第1項之方法，其中該突變係活化性ErbB2體細胞突變。
  3. 如申請專利範圍第1項之方法，其中導致胺基酸改變的突變位於選自表1中列出的突變之群的ErbB2的位置處。
  4. 如申請專利範圍第1項之方法，其中該治療劑係ErbB2拮抗劑。
  5. 如申請專利範圍第4項之方法，其中該ErbB2拮抗劑係小分子抑制劑。
  6. 如申請專利範圍第5項之方法，其中該小分子抑制劑係ErbB2激酶抑制劑。
  7. 如申請專利範圍第6項之方法，其中該ErbB2激酶抑制劑選自由拉帕替尼、阿法替尼及奈拉替尼組成之群。
  8. 如申請專利範圍第4項之方法，其中該ErbB2拮抗劑係拮抗性抗ErbB2抗體或抗ErbB2抗體-藥物偶聯物。
  9. 如申請專利範圍第8項之方法，其中該抗ErbB2抗體係曲妥珠單抗或培妥珠單抗。
  10. 如申請專利範圍第8項之方法，其中該ErbB2拮抗劑係曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1，曲妥珠單抗emtansine)。
  11. 如申請專利範圍第1至10項中任一項之方法，其中該癌症選自由以下組成之群：乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結直腸癌、膽管癌、膀胱上皮癌、膀胱癌、唾液腺癌、非小細胞肺(NSCLC)腺癌、NSCLC(鱗狀細胞癌)、腎癌、黑素瘤、卵巢癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌(SCLC)、肝細胞癌(HCC)、肺癌及胰腺癌。
  12. 如申請專利範圍第11項之方法，其中該癌症係乳癌。
  13. 一種治療人類受試者的癌症的方法，其包括： a) 在從該受試者獲得的生物樣品中檢測天然人ErbB2胺基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)結構域中存在或不存在胺基酸突變，其中該突變導致在選自表1中列出的突變之群的ErbB2中的至少一個位置處的胺基酸變異，並且其中該突變的存在指示該受試者中的癌症；及 b) 向該受試者投與抗癌治療劑。
  14. 如申請專利範圍第13項之方法，其中該突變選自由V659E、G660D、G660R、R667Q、R678Q及Q709L組成之群。
  15. 如申請專利範圍第13或14項之方法，其中該突變係Her2活化突變。
  16. 如申請專利範圍第13-15項中任一項之方法，其中該癌症係Her2陽性癌症。
  17. 如申請專利範圍第13-16項中任一項之方法，其中該癌症選自由以下組成之群：乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結直腸癌、膽管癌、膀胱上皮癌、膀胱癌、唾液腺癌、非小細胞肺(NSCLC)腺癌、NSCLC(鱗狀細胞癌)、腎癌、黑素瘤、卵巢癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌(SCLC)、肝細胞癌(HCC)、肺癌及胰腺癌。
  18. 如申請專利範圍第17項之方法，其中該癌症係乳癌。
  19. 如申請專利範圍第13-18項中任一項之方法，其中該治療劑係ErbB2拮抗劑。
  20. 如申請專利範圍第19項之方法，其中該拮抗劑係小分子抑制劑。
  21. 如申請專利範圍第20項之方法，其中該小分子抑制劑係ErbB2激酶抑制劑。
  22. 如申請專利範圍第21項之方法，其中該ErbB2激酶抑制劑選自由拉帕替尼、阿法替尼及奈拉替尼組成之群。
  23. 如申請專利範圍第19項之方法，其中該拮抗劑係拮抗性抗ErbB2抗體或抗ErbB2抗體-藥物偶聯物。
  24. 如申請專利範圍第23項之方法，其中該抗體選自由單株抗體、雙特異性抗體、嵌合抗體、人抗體、人源化抗體及抗體片段組成之群。
  25. 如申請專利範圍第24項之方法，其中該抗體係曲妥珠單抗或培妥珠單抗。
  26. 如申請專利範圍第24項之方法，其中該抗-ErbB2抗體-藥物偶聯物係曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1，曲妥珠單抗emtansine)。
  27. 一種測定ErbB2阻斷抗體或抗體-藥物偶聯物的功效的方法，其包括： a) 在獲自用ErbB2阻斷抗體處理的受試者的生物樣品中檢測編碼ErbB2的核酸序列中的突變，其中該突變導致天然人ErbB2胺基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)結構域內至少一個位置處的胺基酸變異，並且其中該突變指示受試者中的ErbB2突變癌症；及 b) 基於檢測到的ErbB2突變，預測該受試者中的治療反應。
  28. 如申請專利範圍第27項之方法，其中導致胺基酸改變的突變位於選自表1中列出的突變之群的ErbB2的位置處。
  29. 如申請專利範圍第28項之方法，其中該突變選自由V659E、G660D、G660R、R667Q、R678Q及Q709L組成之群。
  30. 如申請專利範圍第27或28項之方法，其中該突變係該突變係Her2-活化突變。
  31. 如申請專利範圍第27項之方法，其中該抗體選自由單株抗體、雙特異性抗體、嵌合抗體、人抗體、人源化抗體及抗體片段組成之群。
  32. 如申請專利範圍第27項之方法，其中該抗體或抗體-藥物偶聯物係曲妥珠單抗、曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)或培妥珠單抗。
  33. 如申請專利範圍第27項之方法，其中該ErbB2突變癌症選自由以下組成之群：乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結直腸癌、膽管癌、膀胱上皮癌、膀胱癌、唾液腺癌、非小細胞肺(NSCLC)腺癌、NSCLC(鱗狀細胞癌)、腎癌、黑素瘤、卵巢癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌(SCLC)、肝細胞癌(HCC)、肺癌及胰腺癌。
  34. 一種治療患有ErbB2陽性癌症的患者的方法，該ErbB2陽性癌症在ErbB2受體的TM區域中包含突變，該方法包括向該患者投與有效量的曲妥珠單抗或曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)。
  35. 如申請專利範圍第34項之方法，其中該TM區域中的突變選自由表1的TM突變組成之群。
  36. 如申請專利範圍第35項之方法，其中該TM區域中的突變位於V659或G660位置處。
  37. 如申請專利範圍第36項之方法，其中該TM區域中的突變係V659E、G660D或G660R。
  38. 一種治療患有ErbB2陽性癌症的患者的方法，該ErbB2陽性癌症在ErbB2受體的JM區域中包含突變，該方法包括向該患者投與有效量的曲妥珠單抗或曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)或培妥珠單抗。
  39. 如申請專利範圍第38項之方法，其中該JM區域中的突變選自由表1的JM突變組成之群。
  40. 如申請專利範圍第39項之方法，其中該JM區域中的突變位於R667、R678或Q709位置處。
  41. 如申請專利範圍第40項之方法，其中該JM區域中的突變係R667Q、R678Q或Q709L。
  42. 如申請專利範圍第34-41項中任一項之方法，其中該ErbB2陽性癌症選自由以下組成之群：乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結直腸癌、膽管癌、膀胱上皮癌、膀胱癌、唾液腺癌、非小細胞肺(NSCLC)腺癌、NSCLC(鱗狀細胞癌)、腎癌、黑素瘤、卵巢癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌(SCLC)、肝細胞癌(HCC)、肺癌及胰腺癌。
  43. 一種用於診斷受試者中的癌症的方法，其包括在從該受試者獲得的生物樣品中檢測編碼ErbB2的核酸序列中的突變，其中該突變導致天然人ErbB2胺基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)結構域內至少一個位置處的胺基酸變異，並且其中該突變指示該受試者中的ErbB2突變癌症，並且其中該胺基酸變異位於選自表1中列出的突變之群的ErbB2的位置處，指示癌症的存在。
  44. 如申請專利範圍第43項之方法，其中該突變選自由V659E、G660D、G660R、R667Q、R678Q及Q709L組成之群。
  45. 如申請專利範圍第42-44項中任一項之方法，其中該癌症選自由以下組成之群：乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結直腸癌、膽管癌、膀胱上皮癌、膀胱癌、唾液腺癌、非小細胞肺(NSCLC)腺癌、NSCLC(鱗狀細胞癌)、腎癌、黑素瘤、卵巢癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌(SCLC)、肝細胞癌(HCC)、肺癌及胰腺癌。
  46. 一種用於確定患者是否預期對抗ErbB2療法有反應的方法，其包括以下步驟： a) 從人類受試者獲得細胞材料樣品； b) 檢查來自該細胞材料中的一種或多種ErbB2基因的至少一部分的核酸材料；及 c) 確定此類核酸材料是否在編碼天然人ErbB2多肽的跨膜(TM)或近膜(JM)結構域的序列中包含一個或多個突變， 其中一個或多個突變的存在表明該患者預期對抗ErbB2療法有反應。
  47. 如申請專利範圍第46項之方法，其中該突變選自表1中列出的突變之群。
  48. 一種確定患者是否對用曲妥珠單抗或曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)治療敏感的方法，其包括以下步驟： a) 確定該患者是否患有以ErbB2的跨膜(TM)結構域中的胺基酸突變為特徵的ErbB2突變癌症；及 b) 向患有該ErbB2突變癌症的患者投與曲妥珠單抗或曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)。
  49. 如申請專利範圍第48項之方法，其中該TM區域中的突變選自由表1的TM突變組成之群。
  50. 如申請專利範圍第49項之方法，其中該TM區域中的突變位於V659或G660位置處。
  51. 如申請專利範圍第50項之方法，其中該TM區域中的突變係V659E、G660D或G660R。
  52. 一種用於確定患者是否對曲妥珠單抗、曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)或培妥珠單抗治療敏感的方法，其包括以下步驟： a) 確定該患者是否患有以ErbB2的近膜(JM)結構域中的胺基酸突變為特徵的ErbB2突變癌症；及 b) 向患有該ErbB2突變癌症的患者投與曲妥珠單抗、曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)或培妥珠單抗。
  53. 如申請專利範圍第52項之方法，其中該JM區域中的突變選自由表1的JM突變組成之群。
  54. 如申請專利範圍第53項之方法，其中該JM區域中的突變位於R667、R678或Q709位置處。
  55. 如申請專利範圍第54項之方法，其中該JM區域中的突變係R667Q、R678Q或Q709L。
  56. 如申請專利範圍第46-55項中任一項之方法，其中該ErbB2陽性癌症選自由以下組成之群：乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結直腸癌、膽管癌、膀胱上皮癌、膀胱癌、唾液腺癌、非小細胞肺(NSCLC)腺癌、NSCLC(鱗狀細胞癌)、腎癌、黑素瘤、卵巢癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌(SCLC)、肝細胞癌(HCC)、肺癌及胰腺癌。
  57. 一種在患有HER2突變癌症的患者中改善治療反應可能性的方法，其包括： a) 在從該受試者獲得的生物樣品中檢測編碼ErbB2的核酸序列中的突變，其中該突變導致天然人ErbB2胺基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)結構域內至少一個位置處的胺基酸變異，並且其中該突變指示該受試者中的癌症；及 b) 向該受試者投與曲妥珠單抗、曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1)或培妥珠單抗。
  58. 如申請專利範圍第57項之方法，其中導致胺基酸改變的突變位於選自表1中列出的突變之群的ErbB2的位置處。
  59. 一種ErbB2拮抗劑用於治療以ErbB2的跨膜(TM)結構域或近膜(JM)結構域中的胺基酸突變為特徵的ErbB2突變癌症的用途。
  60. 一種ErbB2拮抗劑用於製備供治療ErbB2突變癌症的藥物的用途，該ErbB2突變癌症以ErbB2的跨膜(TM)結構域或近膜(JM)結構域中的胺基酸突變為特徵。
  61. 如申請專利範圍第59或60項之用途，其中該突變選自表1中列出的突變。
  62. 如申請專利範圍第59或60項之用途，其中該突變選自由V659E、G660D、G660R、R667Q、R678Q及Q709L組成之群。
  63. 如申請專利範圍第59-62項中任一項之用途，其中該癌症選自由以下組成之群：乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結直腸癌、膽管癌、膀胱上皮癌、膀胱癌、唾液腺癌、非小細胞肺(NSCLC)腺癌、NSCLC(鱗狀細胞癌)、腎癌、黑素瘤、卵巢癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌(SCLC)、肝細胞癌(HCC)、肺癌及胰腺癌。
  64. 如申請專利範圍第59-63項中任一項之用途，其中該ErbB2拮抗劑係小分子抑制劑。
  65. 如申請專利範圍第64項之用途，其中該小分子抑制劑係ErbB2激酶抑制劑。
  66. 如申請專利範圍第65項之用途，其中該ErbB2激酶抑制劑選自由拉帕替尼、阿法替尼及奈拉替尼組成之群。
  67. 如申請專利範圍第59-63項中任一項之用途，其中該ErbB2拮抗劑係拮抗性抗ErbB2抗體或抗ErbB2抗體-藥物偶聯物。
  68. 如申請專利範圍第67項之用途，其中該抗ErbB2抗體係曲妥珠單抗或培妥珠單抗。
  69. 如申請專利範圍第67項之用途，其中該ErbB2拮抗劑係曲妥珠單抗-MCC-DM1(T-DM1，曲妥珠單抗emtansine)。
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