KR20190140952A - 막관통 및 인접막 도메인에서의 erbb2/her2 돌연변이 - Google Patents

막관통 및 인접막 도메인에서의 erbb2/her2 돌연변이 Download PDF

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제넨테크, 인크.
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Abstract

본 개시내용은 암에서의 체세포 ErbB2 돌연변이에 관한 것이고 ErbB2-양성 암을 확인하고, 진단하고 그리고 예측하는 방법을 제공한다. 본 개시내용은 환자의 특정 부분모집단을 포함하여 암을 치료하는 방법을 추가로 제공한다. 상기 돌연변이는 ErbB2의 막관통 도메인 또는 인접막 도메인 내에 있다.

Description

막관통 및 인접막 도메인에서의 ERBB2/HER2 돌연변이
관련출원
본원은 하기 특허에 대한 우선권을 주장한다: 미국 가출원 일련 번호 62/489,382로, 2017년 4월 24일 출원된 것, 및 미국 가출원 일련 번호 62/560,564로, 2017년 9월 19일 출원된 것으로, 이둘 모두는 본 명세서에 전체적으로 참고로 편입된다.
발명의 분야
본 개시내용은 암에서의 체세포 ErbB2 (Her2) 돌연변이에 관한 것이고 ErbB2 돌연변이된 암의 확인, 진단, 치료 결과의 예후, 및 치료를 위한 방법을 포함한다.
ErbB 수용체로도 알려져 있는, 수용체 티로신키나제 (RTK)의 인간 표피 성장 인자 수용체 (Her) 계열은 다음 4가지 구성원으로 구성된다: EGFR/ErbB1/Her1, ErbB2/Her2, ErbB3/Her3 및 ErbB4/Her4 (Hynes 등 Nature Reviews Cancer 5, 341-354 (2005); Baselga 등 Nature Reviews Cancer 9, 463-475 (2009)). ErbB 계열 구성원은 세포외 도메인 (ECD), 단일-스판 막관통 영역, 세포내 티로신 키나제 도메인, 및 C-말단 신호전달 꼬리를 함유한다 (Burgess 등 Mol Cell 12, 541-552 (2003); Ferguson.Annual Review of Biophysics 37, 353-373 (2008)). ECD는 2개의 L 도메인 (I 및 III) 및 2개의 시스테인-풍부 도메인 (II 및 IV)으로 구성되는 4개의 도메인 구조이다 (Burgess 등 Mol Cell 12, 541-552 (2003); Ferguson.Annual Review of Biophysics 37, 353-373 (2008)). ErbB 수용체는 표피 성장 인자 (EGF), 형질전환 성장 인자-α (TGF-α) 및 뉴레굴린을 포함하는 다중 리간드에 의해 활성화된다 (Yarden 등 Nat Rev Mol Cell Biol 2, 127-137 (2001)). 수용체의 활성화는 도메인 I 및 III에 동시에 결합하는 단일 리간드 분자를 포함하여, 도메인 II에서 이량체화 아암을 통해 이종이량체화 또는 동종이량체화를 초래한다 (Burgess 등 Mol Cell 12, 541-552 (2003); Ogiso 등 Cell 110, 775-787 (2002); Cho.Science 297, 1330-1333 (2002); Dawson 등 Molecular and Cellular Biology 25, 7734-7742 (2005); Alvarado 등 Cell 142, 568-579 (2010); Lemmon 등 Cell 141, 1117-1134 (2010)). 리간드의 부재에서, 도메인 II 이량체화 아암은 도메인 IV와 분자내 상호작용을 통해 감추어져, "결박된", 자가-억제된 배치형태를 초래한다 (Burgess 등 Mol Cell 12, 541-552 (2003); Cho.Science 297, 1330-1333 (2002); Lemmon 등 Cell 141, 1117-1134 (2010); Ferguson 등 Mol Cell 11, 507-517 (2003)).
비록 4개의 ErbB 수용체가 유사한 도메인 조직화를 공유하지만, 기능적 및 구조적 연구는 ErbB2가 임의의 알려진 ErbB 계열 리간드에 결합하지 않고 구성적으로 이량체화에 대해 적합한 "결박되지 않은" (열린) 형태로 된다는 것을 나타냈다 (Garrett 등 Mol Cell 11, 495-505 (2003). 그에 반해서, ErbB3은 비록 리간드 결합, 이종이량체화 및 신호전달이 가능하지만, 손상된 키나제 도메인을 갖는다 (Baselga 등 Nature Reviews Cancer 9, 463-475 (2009); Jura 등 Proceedings of the National Academy of Sciences 106, 21608-21613 (2009); Shi 등 Proceedings of the National Academy of Sciences 107, 7692￢7697 (2010). 비록, ErbB2 및 ErbB3은 스스로는 기능적으로 불완전하지만, 그것의 이종이량체는 세포 신호전달의 강력한 활성제이다 (Pinkas-Kramarski 등 The EMBO Journal 15, 2452-2467 (1996); Tzahar 등 Molecular and Cellular Biology 16, 5276-5287 (1996); Holbro 등 Proceedings of the National Academy of Sciences 100, 8933-8938 (2003)).
ErbB 수용체는 정상 성장 및 발달의 중요한 조절 인자인 반면에, 그것의 탈조절은 또한 암의 전개 및 진행에 연루되어 있다 (Baselga 등 Nature Reviews Cancer 9, 463-475 (2009); Sithanandam 등 Cancer Gene Ther 15, 413-448 (2008); Hynes 등 Current Opinion in Cell Biology 21, 177-184 (2009)). 특히, 수용체 과발현을 초래하고 체세포 돌연변이를 활성화시키는 유전자 증폭은 다양한 암에서 ErbB2 및 EGFR에서 발생하는 것으로 알려져 있다 (Sithanandam 등 Cancer Gene Ther 15, 413-448 (2008); Hynes 등 Current Opinion in Cell Biology 21, 177-184 (2009); Wang 등 Cancer Cell 10, 25-38 (2006); Yamauchi 등 Biomark Med 3, 139-151 (2009)). 이것은 EGFR 및 ErbB2를 표적화하는 다중 소분자 및 항체 기반 치료제의 개발을 초래했다 (Baselga 등 Nature Reviews Cancer 9, 463-475 (2009); Alvarez 등 Journal of Clinical Oncology 28, 3366-3379 (2010)). 비록 종양형성에서 ErbB4의 정확한 역할은 잘 확립되지 않았지만 (Koutras 등 Critical Reviews in Oncology/Hematology 74, 73-78 (2010)), ErbB4에서 체세포 돌연변이를 형질전환하는 것은 흑색종에서 보고된 바 있다 (Prickett 등 Nature Genetics 41, 1127-1132 (2009)).
최근에, ErbB2 (Her2) 돌연변이는 종양형성에 기여하는 것이 밝혀졌다 (Bose 등, 2013). 이러한 돌연변이는 ErbB2의 키나제 도메인과 ECD에 기재되어 있다 (Bose 등, 2013; Chmielecki 등, 2015; Greulich 등, 2012; Wang 등, 2006). 더욱 최근에, Her2의 막관통 (TM) 및 인접막 (JM) 도메인에서 돌연변이가 암에서 보고된 바 있다 (Ou 등, 2017; Yamamoto 등, 2014). Her2 표적화 요법에 대한 반응을 예측하는 ErbB2 돌연변이를 식별할 필요성이 존재한다.
본 개시내용은 암에 존재하는 ErbB2 (Her2) 돌연변이에 관한 것이다. 본 개시내용은 ErbB2-양성 암을 식별, 진단 및 예측하는 방법을 추가로 제공하고, 그리고 ErbB2에서 하나 이상의 돌연변이를 갖는 암을 치료하는 방법을 제공한다.
일 양태에서, 본 개시내용은 이를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법을 제공한다. 특정 구현예에서, 본 방법은 a) 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 ErbB2를 인코딩하는 핵산 서열에서의 ErbB2 체세포 돌연변이를 검출하는 단계를 포함하고, 상기 돌연변이는 천연 인간 ErbB2 아미노산 서열의 막관통 (TM) 또는 인접막 (JM) 도메인 내의 적어도 하나의 위치에서 아미노산 변동을 초래하고 그리고 상기 돌연변이는 대상체에서 암을 나타낸다. 특정 구현예에서, 본 방법은 b) 상기 대상체에게 항-암 치료제 제제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 특정 구현예에서, 돌연변이는 활성화 ErbB2 체세포 돌연변이이다. 특정 구현예에서, 상기 ErbB2 돌연변이는 표 1에 열거된 돌연변이 군으로부터 선택된다. 특정 구현예에서, 돌연변이는 V659E, G660D, G660R, R667Q, R678Q, Q709L 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 a) 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 천연 인간 ErbB2 아미노산 서열의 막관통 (TM) 또는 인접막 (JM) 도메인 내의 아미노산 돌연변이의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 포함하는 대상체에서 ErbB2-양성 암을 치료하는 방법을 제공하고, 여기서 ErbB2 돌연변이는 표 1에 열거된 돌연변이 군으로부터 선택되고 그리고 상기 돌연변이의 존재는 대상체에서 암을 나타낸다. 특정 구현예에서, 본 방법은 b) 상기 대상체에게 항-암 치료제 제제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 특정 구현예에서, 상기 돌연변이는 V659E, G660D, G660R, R667Q, R678Q, Q709L 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다. 특정 구현예에서, 상기 돌연변이는 Her2-활성화 돌연변이이다. 특정 구현예에서, 상기 암은 Her2-돌연변이된다. 특정 구현예에서, 상기 암은 유방, 위, 결장, 식도, 직장, 맹장, 결장직장, 담도, 요상피, 방광, 타액, 비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종, NSCLC (편평상피 암종), 신장 암종, 흑색종, 난소, 폐 대세포, 소세포 폐암 (SCLC), 간세포 (HCC), 폐, 및 췌장으로 구성된 군으로부터 선택된다. 특정 비-제한적인 구현예에서, 상기 암은 유방암이다. 특정 구현예에서, 상기 암은 Her2/ErbB2-양성 암이다. 특정 구현예에서, 상기 암은 Her2/ErbB2-돌연변이된 암으로 간주된다.
특정 구현예에서, 본 치료 방법은 ErbB2 길항제의 투여를 포함한다. 특정 구현예에서, 길항제는 소분자 억제제이다. 상기 소분자 억제성 제제는 ErbB2 키나제 억제성 소분자 약물일 수 있다. 특정 비-제한 구현예에서, 상기 ErbB2 키나제 억제성 소분자 약물은 라파티닙, 아파티닙 또는 네라티닙이다. 특정 구현예에서, ErbB2 길항제는 길항제 항체이다. 특정 구현예에서, 상기 항체는 단클론성 항체, 이중특이적 항체, 키메라 항체, 인간 항체, 인간화된 항체 및 항체 단편으로 구성된 군으로부터 선택된다. 특정 구현예에서, ErbB2 길항제는 길항제 항-ErbB2 항체 또는 항-ErbB2 항체-약물 콘주게이트이다. 특정 구현예에서, 항체는 트라스투주맙, 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1, 트라스투주맙 엠탄신), 또는 페르투주맙이다.
본 개시내용은 ErbB2 차단 항체 또는 항체-약물 콘주게이트의 효능을 결정하는 방법을 추가로 제공한다. 특정 구현예에서, 상기 방법은 a) ErbB2 차단 항체로 치료된 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 ErbB2를 인코딩하는 핵산 서열에서의 돌연변이를 검출하는 단계를 포함하고, 상기 돌연변이는 천연 인간 ErbB2 아미노산 서열의 막관통 (TM) 또는 인접막 (JM) 도메인 내의 적어도 하나의 위치에서 아미노산 변동을 초래하고 그리고 상기 돌연변이는 대상체에서 ErbB2 돌연변이된 암을 나타낸다. 특정 구현예에서, 본 방법은 추가로 b) 검출된 ErbB2 돌연변이에 기반하여 상기 대상체에서 치료적 반응을 예측하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, ErB2 돌연변이는 표 1에 열거된 돌연변이 군으로부터 선택된다. 특정 구현예에서, 상기 돌연변이는 V659E, G660D, G660R, R667Q, R678Q, Q709L 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다. 특정 구현예에서, 상기 돌연변이는 Her2-활성화 돌연변이이다. 특정 구현예에서, 본 ErbB2 돌연변이된 암은 유방, 위, 결장, 식도, 직장, 맹장, 결장직장, 담도, 요상피, 방광, 타액, 비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종, NSCLC (편평상피 암종), 신장 암종, 흑색종, 난소, 폐 대세포, 소세포 폐암 (SCLC), 간세포 (HCC), 폐, 및 췌장으로 구성된 군으로부터 선택된다.
특정 구현예에서, ErbB2 차단 항체의 효능을 결정하는 방법은 ErbB2 길항제를 포함한다. 특정 구현예에서, 상기 항체는 단클론성 항체, 이중특이적 항체, 키메라 항체, 인간 항체, 인간화된 항체 및 항체 단편으로 구성된 군으로부터 선택된다. 특정 구현예에서, 상기 항체는 트라스투주맙, 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1), 또는 페르투주맙이다. 특정 구현예에서 상기 방법은 a) ErbB2 차단 항체로 치료된 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 ErbB2를 인코딩하는 핵산 서열에서의 돌연변이를 검출하는 단계를 포함하고, 상기 돌연변이는 천연 인간 ErbB2 아미노산 서열의 막관통 (TM) 또는 인접막 (JM) 도메인 내의 적어도 하나의 위치에서 아미노산 변동을 초래하고 그리고 상기 돌연변이는 대상체에서 ErbB2 돌연변이된 암을 나타낸다. 특정 구현예에서, 본 방법은 추가로 검출된 ErbB2 돌연변이에 기반하여 상기 대상체에서 치료적 반응을 예측하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, ErB2 돌연변이는 표 1에 열거된 돌연변이 군으로부터 선택된다. 특정 구현예에서, 상기 돌연변이는 V659E, G660D, G660R, R667Q, R678Q, Q709L 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다. 특정 구현예에서, 상기 돌연변이는 Her2-활성화 돌연변이이다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 ErbB2 수용체의 TM 영역에 돌연변이를 포함하는 ErbB2-양성 암이 있는 환자를 치료하는 방법을 제공한다. 특정 구현예에서, 본 방법은 상기 환자에게 유효량의 트라스투주맙 또는 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1)을 투여하는 것을 포함한다. 특정 구현예에서, 상기 TM 영역에서의 돌연변이는 표 1에 제공된 TM 돌연변이의 군으로부터 선택된다. 특정 구현예에서, 상기 TM 영역에서의 돌연변이는 위치 V659 또는 G660에 있다. 특정 구현예에서, 상기 TM 영역에서의 돌연변이는 V659E, G660D 또는 G660R이다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 ErbB2 수용체의 JM 영역에 돌연변이를 포함하는 ErbB2-양성 암이 있는 환자를 치료하는 방법을 제공한다. 특정 구현예에서, 본 방법은 상기 환자에게 유효량의 트라스투주맙, 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1) 또는 페르투주맙을 투여하는 것을 포함한다. 특정 구현예에서, 상기 JM 영역에서의 돌연변이는 표 1에 제공된 JM 돌연변이의 군으로부터 선택된다. 특정 구현예에서, 상기 JM 영역에서의 돌연변이는 위치 R667, R678 또는 Q709에 있다. 특정 구현예에서, 상기 JM 영역에서의 돌연변이는 R667Q, R678Q 또는 Q709L이다. 특정 구현예에서, ErbB2-양성 암은 위, 결장, 식도, 직장, 맹장, 결장직장, 비-소세포폐 (NSCLC) 선암종, NSCLC (편평상피 암종), 신장 암종, 흑색종, 난소, 폐 대세포, 소세포 폐암 (SCLC), 간 세포 (HCC), 폐, 및 췌장으로 구성된 군으로부터 선택된다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 대상체에서 암을 진단하는 방법을 제공한다. 특정 구현예에서, 상기 방법은 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 ErbB2를 인코딩하는 핵산 서열에서의 돌연변이를 검출하는 단계를 포함하고, 상기 돌연변이는 천연 인간 ErbB2 아미노산 서열의 막관통 (TM) 또는 인접막 (JM) 도메인 내의 적어도 하나의 위치에서 아미노산 변동을 초래하고 그리고 상기 돌연변이는 대상체에서 ErbB2 돌연변이된 암을 나타내고, 그리고 상기 아미노산 변동은 표 1에 열거된 돌연변이의 군으로부터 선택되고 암의 존재를 나타낸다. 특정 구현예에서, 상기 돌연변이는 V659E, G660D, G660R, R667Q, R678Q, Q709L 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다. 특정 구현예에서, 상기 암은 유방, 위, 결장, 식도, 직장, 맹장, 결장직장, 담도, 요상피, 방광, 타액, 비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종, NSCLC (편평상피 암종), 신장 암종, 흑색종, 난소, 폐 대세포, 소세포 폐암 (SCLC), 간세포 (HCC), 폐, 및 췌장으로 구성된 군으로부터 선택된다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 환자가 항-ErbB2 요법에 대해 반응성인 것으로 기대되는지 여부를 결정하는 방법을 제공한다. 특정 구현예에서, 상기 방법은 인간 대상체로부터 세포 물질의 샘플을 획득하는 단계; 상기 세포 물질에서 하나 이상의 ErbB2 유전자 중 적어도 일부로부터 핵산 물질을 검사하는 단계; 및 이러한 핵산 물질이 천연 인간 ErbB2 폴리펩타이드의 막관통 (TM) 또는 인접막 (JM) 도메인을 인코딩하는 서열에 하나 이상의 돌연변이를 포함하는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 상기 ErbB2 돌연변이는 표 1에 열거된 돌연변이 군으로부터 선택된다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 환자가 트라스투주맙 또는 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1)으로의 요법에 대해 민감한지 여부를 결정하는 방법을 제공한다. 특정 구현예에서, 상기 방법은 환자가 ErbB2의 막관통 (TM) 도메인에서의 아미노산 돌연변이를 특징으로 하는 ErbB2 돌연변이된 암을 앓고 있는지 여부를 결정하는 단계; 및 상기 ErbB2 돌연변이된 암이 있는 환자에게 트라스투주맙 또는 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1)을 투여하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 상기 TM 영역에서의 돌연변이는 표 1에 제공된 TM 돌연변이로부터 선택된다. 특정 구현예에서, 상기 TM 영역에서의 돌연변이는 위치 V659 또는 G660에 있다. 특정 구현예에서, 상기 TM 영역에서의 돌연변이는 V659E, G660D 또는 G660R이다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 환자가 트라스투주맙, 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1) 또는 페르투주맙으로의 요법에 대해 민감한지 여부를 결정하는 방법을 제공한다. 특정 구현예에서, 상기 방법은 환자가 ErbB2의 인접막 (JM) 도메인에서의 아미노산 돌연변이를 특징으로 하는 ErbB2 돌연변이된 암을 앓고 있는지 여부를 결정하는 단계; 및 상기 ErbB2 돌연변이된 암이 있는 환자에게 트라스투주맙, 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1) 또는 페르투주맙을 투여하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 상기 JM 영역에서의 돌연변이는 표 1에 제공된 JM 돌연변이로부터 선택된다. 특정 구현예에서, 상기 JM 영역에서의 돌연변이는 위치 R667, R678 또는 Q709에 있다. 특정 구현예에서, 상기 JM 영역에서의 돌연변이는 R667Q, R678Q, Q709L 또는 이들의 조합이다. 특정 구현예에서, ErbB2-양성 암은 위, 결장, 식도, 직장, 맹장, 결장직장, 비-소세포폐 (NSCLC) 선암종, NSCLC (편평상피 암종), 신장 암종, 흑색종, 난소, 폐 대세포, 소세포 폐암 (SCLC), 간 세포 (HCC), 폐, 및 췌장으로 구성된 군으로부터 선택된다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 HER2-돌연변이된 암이 있는 인간 환자에서 치료에 대한 반응 가능성을 증가시키는 방법을 제공한다. 특정 구현예에서, 상기 방법은 a) 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 ErbB2를 인코딩하는 핵산 서열에서의 돌연변이를 검출하는 단계를 포함하고, 상기 돌연변이는 천연 인간 ErbB2 아미노산 서열의 막관통 (TM) 또는 인접막 (JM) 도메인 내의 적어도 하나의 위치에서 아미노산 변동을 초래하고 그리고 상기 돌연변이는 대상체에서 암을 나타낸다. 특정 구현예에서, 본 방법은 추가로 b) 상기 대상체에게 트라스투주맙, 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1) 또는 페르투주맙을 투여하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, ErB2 돌연변이는 표 1에 열거된 돌연변이 군으로부터 선택된다.
특정 구현예에서, 본 개시내용은 ErbB2의 막관통 (TM) 도메인 또는 인접막 (JM) 도메인에서 아미노산 돌연변이를 특징으로 하는 ErbB2 돌연변이된 암의 치료를 위한 ErbB2 길항제의 사용을 기술한다. 특정 구현예에서, 본 개시내용은 ErbB2의 막관통 (TM) 도메인 또는 인접막 (JM) 도메인에서 아미노산 돌연변이를 특징으로 하는 ErbB2 돌연변이된 암의 치료를 위한 약제를 제조하는데 ErbB2 길항제의 사용을 기술한다. 특정 구현예에서, 상기 돌연변이는 표 1에 열거된 돌연변이로부터 선택될 수 있다. 특정 구현예에서, 돌연변이는 V659E, G660D, G660R, R667Q, R678Q 및 Q709L로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다. 특정 구현예에서, 암은 유방, 위, 결장, 식도, 직장, 맹장, 결장직장, 담도, 요상피, 방광, 타액, 비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종, NSCLC (편평상피 암종), 신장 암종, 흑색종, 난소, 폐 대세포, 소세포 폐암 (SCLC), 간세포 (HCC), 폐, 및 췌장으로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다. 특정 구현예에서, 상기 ErbB2 길항제는 소분자 억제제일 수 있다. 특정 구현예에서, 상기 소분자 억제제는 ErbB2 키나제 억제제일 수 있다. 특정 구현예에서, 상기 ErbB2 키나제 억제제는 라파티닙, 아파티닙 및 네라티닙으로 구성된 군으로부터 선택될 수 있다. 특정 구현예에서, 상기 ErbB2 길항제는 길항제 항-ErbB2 항체 또는 항-ErbB2 항체-약물 콘주게이트일 수 있다. 특정 구현예에서, 상기 항-ErbB2 항체는 트라스투주맙 또는 페르투주맙일 수 있다. 특정 구현예에서, 상기 ErbB2 길항제는 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1, 트라스투주맙 엠탄신)일 수 있다.
도 1은 종양유전자에 의한 생존 신호전달을 검정하기 위해 사용된 BaF3 시스템을 설명한다.
도 2는 야생형 Her2의 존재 및 부재에서 BaF3에서 발현된 Her2 돌연변이체에 의한 세포 생존 신호전달의 수준을 도시한다.
도 3A-3C는 HER2 TM 도메인의 포화 돌연변이유발 스크린의 작업흐름 개략도 (A), 상기 스크린에서 확인된 HER2 돌연변이의 대립유전자 빈도를 나타내는 막대 플롯 (B), 및 HER2 G660D 돌연변이체에 대한 활성화의 막대 알로스테릭 방식 (C)을 도시한다.
도 4A-C는 V659E (A), G660D (B) 및 G660R (C) Her2 TM 도메인 돌연변이체 매개된 세포 생존 신호전달이 트라스투주맙에 의해 차단된다는 것을 입증한다.
도 5A 및 5B는 R667Q (A) 및 R678Q (B) Her2 JM 도메인 돌연변이체 매개된 세포 생존 신호전달이 트라스투주맙 및 페르투주맙에 의해 차단된다는 것을 입증한다.
도 6은 Q709L JM 도메인 돌연변이체 매개된 생존 신호전달이 트란스투주맙 및 페르투주맙에 의해 차단된다는 것을 입증한다.
도 7은 Her2 TM/JM 돌연변이체가 표시된 ERBB2 키나제 억제성 소분자 약물에 반응한다는 것을 입증한다.
도 8은 ErbB2 수용체의 다양한 도메인을 나타내는 도식을 도시한다.
도 9는 천연 인간 Her2/ErbB2의 핵산 서열을 도시한다 (수탁번호 X03363) (서열번호:1).
도 10은 천연 인간 Her2/ErbB2의 단백질 서열을 도시한다 (수탁번호P04626) (서열번호:2).
본 개시내용의 실시는, 달리 나타내지 않는 한, 당 업계의 기술 내에 있는 분자생물학 (재조합 기술을 포함함), 미생물학, 세포생물학, 및 생화학의 통상적인 기술을 이용할 것이다. 그와 같은 기술은 하기와 같은 문헌에 완전하게 설명되어 있다: "Molecular Cloning:A Laboratory Manual", 2nd edition (Sambrook 등, 1989); "Oligonucleotide Synthesis" (M.J. Gait, ed., 1984); "Animal Cell Culture" (R.I.Freshney, ed., 1987); "Methods in Enzymology" (Academic Press, Inc.);"Handbook of Experimental Immunology", 4th edition (D.M.Weir & C.C. Blackwell, eds., Blackwell Science Inc., 1987); "Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells" (J.M.Miller & M.P.Calos, eds., 1987); "Current Protocols in Molecular Biology" (F.M.Ausubel 등, eds., 1987); 및 "PCR:The Polymerase Chain Reaction", (Mullis 등, eds., 1994).
정의
달리 정의되지 않는 한, 본 명세서에서 사용된 모든 기술 용어, 표기법 및 다른 과학적 용어는 본 개시내용이 속하는 당해 분야의 숙련가에 의해 통상적으로 이해되는 의미를 갖도록 의도된다. 일부 경우에, 통상적으로 이해되는 의미를 갖는 용어는 명백하게 하기 위해 및/또는 준비된 참조를 위해 본 명세서에서 정의되며, 본 명세서에서의 이러한 정의의 포함은 당 업계에서 일반적으로 이해되는 것과 실질적인 차이를 나타내는 것으로 반드시 해석되지 않아야 한다. 본 명세서에서 기재되거나 언급된 기술 및 절차는, 예를 들어, 하기 문헌에 기재된 광범위하게 이용되는 분자 클로닝 방법론과 같은 당해 분야의 숙련가에 의해 통상적인 방법론을 사용하여 일반적으로 잘 이해되고 통상적으로 이용된다: Sambrook 등, Molecular Cloning:A Laboratory Manual 2nd. edition (1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.적절한 경우, 상업적으로 입수가능한 키트 및 시약의 사용과 관련된 절차는 달리 지적되지 않는 한 일반적으로 제조자 정의된 프로토콜 및/또는 파라미터에 따라 수행된다. 따라서 본 방법, 키트 및 사용이 기재되기 전에, 본 발명은 물론 기재된 특정한 방법론, 프로토콜, 세포주, 동물 종 또는 속, 작제물 및 시약에 제한되지 않고 다양할 수 있다는 것을 이해해야 한다. 본 명세서에서 사용된 용어는 단지 특정 구현예들을 설명하기 위한 것이며, 첨부된 청구항들에 의해서만 제한되는 본 개시내용의 범위를 한정하고자 하는 것이 아님이 또한 이해되어야 한다.
본 명세서 및 첨부된 청구항들에서 사용된 바와 같이 단수 형태 "a", "및", 및 "the"는 문맥에서 달리 명확히 명시되지 않는 한 복수의 지시대상을 포함한다는 점에 유의해야 한다.
본 명세서 및 청구범위 전반에 걸쳐서, "포함하다"라는 단어 또는 "포함한다" 또는 "포함하는"과 같은 변형은 언급된 정수 또는 정수의 그룹을 포함하지만 임의의 다른 정수 또는 정수의 그룹을 배제하지 않는 것을 의미하는 것으로 이해될 것이다.
본 명세서에서 상호교환적으로 사용되는 바와 같은, 용어 “폴리뉴클레오타이드" 또는 "핵산"은 임의의 길이의 뉴클레오타이드의 폴리머를 지칭하고, DNA 및 RNA를 포함한다. 뉴클레오타이드는 데옥시리보뉴클레오타이드, 리보뉴클레오타이드, 변형된 뉴클레오타이드 또는 염기, 및/또는 그것의 유사체, 또는 DNA 또는 RNA 중합효소에 의해 폴리머 안으로 편입될 수 있는 임의의 기질일 수 있다. 폴리뉴클레오타이드는 변형된 뉴클레오타이드, 예컨대 메틸화된 뉴클레오타이드 및 그것의 유사체를 포함할 수 있다. 존재할 경우, 뉴클레오타이드 구조에 대한 변형은 폴리머의 어셈블리 전 후에 부여될 수 있다. 뉴클레오타이드의 서열은 비-뉴클레오타이드 성분에 의해 차단될 수 있다. 폴리뉴클레오타이드는 중합 후, 예컨대 표지 성분으로 콘주게이션에 의해 추가로 변형될 수 있다. 다른 변형 유형은, 예를 들어, 뉴클레오타이드간 변형인 유사체 예컨대, 예를 들어, 비하전된 연결기 (예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포아미데이트, 카바메이트, 등)를 갖는 것 및 하전된 연결기 (예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 등)를 갖는 것, 현수 모이어티, 예컨대, 예를 들어, 단백질 (예를 들어, 뉴클레아제, 독소, 항체, 신호 펩타이드, 폴리-L-라이신, 등)을 함유하는 것, 삽입제 (예를 들어, 아크리딘, 소랄렌, 등)를 갖는 것, 킬레이터 (예를 들어, 금속, 방사성 금속, 붕소, 산화 금속, 등)를 함유하는 것, 알킬화제를 함유하는 것, 변형된 연결기 (예를 들어, 알파 아노머성 핵산, 등)를 갖는 것뿐만 아니라 비변형된 형태의 폴리뉴클레오타이드(들)로 자연 발생 뉴클레오타이드 중 하나 이상의 치환인, "캡스"를 포함한다. 또한, 당류에 통상적으로 존재하는 임의의 하이드록실 기는 예를 들어, 포스포네이트 기, 포스페이트 기로 대체될 수 있거나, 표준 보호기로 보호될 수 있거나, 또는 활성화되어 추가의 뉴클레오타이드에 대한 추가의 연결기를 만들 수 있거나, 또는 고형 지지체에 접합될 수 있다. 5' 및 3' 말단 OH는 인산화될 수 있거나 1 내지 20 탄소 원자의 아민 또는 유기 캡핑 그룹 모이어티로 치환될 수 있다. 다른 하이드록실은 또한 표준 보호기로 유도될 수 있다. 폴리뉴클레오타이드는 또한, 예를 들어, 2'-O-메틸-2'-O-알릴, 2'-플루오로- 또는 2'-아지도-리보오스, 탄소환형 당 유사체, 알파-아노머성 당, 에피머 당류 예컨대 아라비노오스, 자일로스 또는 릭소스, 파이라노스 당, 푸라노스 당, 세도헵툴로스, 비환형 유사체 및 무염기성 뉴클레오사이드 유사체 예컨대 메틸리 보사이드를 포함하여, 일반적으로 당 업계에서 알려진 리보오스 또는 데옥시리보스 당류의 유사한 형태를 함유할 수 있다. 하나 이상의 포스포디에스테르 결합은 대안적인 연결기에 의해 대체될 수 있다. 이들 대안적인 연결기는, 비제한적으로, 포스페이트가 P(O)S ("티오에이트"), P(S)S ("디티오에이트"), "(O)NR 2 ("아미데이트"), P(O)R, P(O)OR', CO 또는 CH2 ("포름아세탈")에 의해 대체된 구현예를 포함하고, 여기서 각각의 R 또는 R'는 독립적으로 H 또는, 선택적으로, 에테르 (--O--) 연결, 아릴, 알케닐, 사이클로알킬, 사이클로알케닐 또는 아랄딜을 함유하는 치환된 또는 비치환된 알킬 (1-20 C)이다. 폴리뉴클레오타이드에서의 연결기는 전혀 동일할 필요가 없다. 이전의 설명은 RNA 및 DNA를 포함하여 본 명세서에서 언급된 모든 폴리뉴클레오타이드에 적용한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 "올리고뉴클레오타이드"는 적어도 약 7개의 뉴클레오타이드 및 약 250개 미만의 뉴클레오타이드인 짧은, 단일 가닥 폴리뉴클레오타이드를 지칭한다. 올리고뉴클레오타이드는 합성될 수 있다. 용어들 "올리고뉴클레오타이드" 및 "폴리뉴클레오타이드" 상호 배타적이지 않다. 폴리뉴클레오타이드에 대한 상기 설명은 올리고뉴클레오타이드에 동등하게 및 완전하게 적용가능하다.
용어 “프라이머"는 일반적으로 유리 3'--OH 기를 제공함에 의해, 핵산에 혼성화될 수 있고 상보적 핵산의 중합을 가능하게 하는 단일 가닥 폴리뉴클레오타이드를 지칭한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같은, 용어 “유전자"는 그것의 템플레이트 또는 메신저 RNA를 통해 특이적 펩타이드, 폴리펩타이드, 또는 단백질의 아미노산 특징의 서열을 인코딩하는 DNA 서열을 지칭한다. 용어 “유전자"는 또한 RNA 생성물을 인코딩하는 DNA 서열을 지칭한다. 게놈 DNA와 관련하여 본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 유전자는 개재하는, 비-코딩 영역뿐만 아니라 조절 영역을 포함하고 5' 및 3' 말단을 포함할 수 있다.
용어 “체세포 돌연변이" 또는 "체세포 변동"은 생식 계열 세포와는 대조적으로 신체의 세포에서 획득된 뉴클레오타이드 서열에서의 변화 (예를 들어, 하나 이상의 뉴클레오타이드의 삽입, 결실, 역전, 또는 치환)를 지칭한다. 본 용어는 또한, 달리 나타내지 않는 한, 뉴클레오타이드 서열의 상보체에서 상응하는 변화를 포함한다.
용어 “활성화 돌연변이" 또는 "활성화 체세포 돌연변이"는 종양 형성을 유도하는데 관여하는 돌연변이를 지칭하기 위해 본 명세서에서 사용된다.
용어 “아미노산 변동"은 참조 서열에 비교하여 아미노산 서열에서의 변화 (예를 들어, 하나 이상의 아미노산의 삽입, 치환, 또는 결실, 예컨대 내부 결실 또는 N- 또는 C-말단 절단)를 지칭한다.
용어 “변동"은 뉴클레오타이드 변동 또는 아미노산 변동 중 어느 하나를 지칭한다.
용어 “체세포 돌연변이에 상응하는 뉴클레오타이드 위치에서의 유전적 변이", " 체세포 돌연변이에 상응하는 뉴클레오타이드 위치에서의 뉴클레오타이드 변동" 및 이들의 문법적 변이형은 상기 체세포 돌연변이에 의해 점유된 상대적인 상응하는 DNA 위치에서 폴리뉴클레오타이드 서열에서의 뉴클레오타이드 변동을 지칭한다. 본 용어는 또한 달리 나타내지 않는 한 뉴클레오타이드 서열의 상보체에서의 상응하는 변동을 포함한다.
용어 “어레이" 또는 "마이크로어레이"는 기판 상에 혼성화가능한 어레이 요소, 바람직하게는 폴리뉴클레오타이드 프로브 (예를 들어, 올리고뉴클레오타이드)의 정렬된 배열을 지칭한다. 본 기판은 고체 기판, 예컨대 유리 슬라이드, 또는 반-고체 기판, 예컨대 니트로셀룰로스 막일 수 있다.
용어 “증폭"은 참조 핵산 서열 또는 그것의 상보체의 하나 이상의 복제본을 생성하는 과정을 지칭한다. 증폭은 선형 또는 지수적일 수 있다 (예를 들어, 중합효소 연쇄 반응 (PCR)). "복제본"은 템플레이트 서열에 대해 반드시 완전한 서열 상보성 또는 동일성을 의미하지는 않는다. 예를 들어, 복제본은 뉴클레오타이드 유사체 예컨대 데옥시이노신, 의도적인 서열 변경 (예컨대 템플레이트에 혼성화가능하지만 완전하게 상보적이지 않은 서열을 포함하는 프라이머를 통해 도입된 서열 변경), 및/또는 증폭 과정에서 발생하는 서열 에러를 포함할 수 있다.
용어 “돌연변이-특이적 올리고뉴클레오타이드"는 뉴클레오타이드 변동 (종종 치환)을 포함하는 표적 핵산의 영역에 혼성화하는 올리고뉴클레오타이드를 지칭한다. "체세포 돌연변이-특이적 하이브리드화"는, 돌연변이-특이적 올리고뉴클레오타이드가 그것의 표적 핵산에 혼성화될 때, 돌연변이-특이적 올리고뉴클레오타이드에서의 뉴클레오타이드가 구체적으로 뉴클레오타이드 변동을 갖는 쌍에 기반한다는 것을 의미한다. 특정 뉴클레오타이드 변동에 관하여 돌연변이-특이적 하이브리드화할 수 있는 체세포 돌연변이-특이적 올리고뉴클레오타이드는 그 변동에 "특이적인" 것으로 언급된다.
용어 “표적 서열", "표적 핵산" 또는 "표적 핵산 서열"은 증폭에 의해 생성된 이러한 표적 핵산의 복제본을 포함하여, 뉴클레오타이드 변동이 존재하는 것으로 의심되거나 또는 알려진 관심 있는 폴리뉴클레오타이드 서열을 일반적으로 지칭한다.
용어 “검출"은 직접적인 및 간접적인 검출을 포함한, 임의의 검출 수단을 포함한다.
용어들 "암" 및 "암성"은 전형적으로 조절되지 않은 세포 성장을 특징으로 하는 포유동물에서의 생리적 병태를 지칭하거나 기술한다. 본 개시내용에 따라 진단 및/또는 치료된 암은, 비제한적으로, 유방암, 편평상피 세포암, 소세포 폐암, 비-소세포 폐암, 위장암, 췌장암, 교모세포종, 자궁경부암, 난소암, 간암, 방광암, 간종양, 결장암, 결장직장암, 자궁내막암종, 타액샘암종, 신장암, 간암, 전립선암, 외음부암, 갑상선암, 간암종 및 다양한 유형의 두경부 암을 포함하여, 구체적으로 전이성 또는 국소적으로 진전된 비-절제성 암을 포함한, ErbB2 돌연변이의 존재를 특징으로 하는 임의의 유형의 암이다.
본 명세서에서, "항-암 치료제 제제"는 암을 치료하기 위해 사용된 약물을 지칭한다. 본 명세서에서 항-암 치료제 제제의 비-제한적인 예는 화학요법 제제, HER 이량체화 억제제, HER 항체, HER 항체-약물 콘주게이트, 종양 연관된 항원에 지향된 항체, 항-호르몬 화합물, 사이토카인, EGFR-표적화된 약물, 항-혈관신생제, 티로신 키나제 억제제, 성장 억제성 제제 및 항체, 세포독성 약물, 세포자멸사를 유도하는 항체, COX 억제제, 파르네실 전달효소 억제제, 종양태아 단백질 CA 125를 결합하는 항체, HER2 백신, Raf 또는 ras억제제, 리포좀 독소루비신, 토포테칸, 탁산, 이중 티로신 키나제 억제제, TLK286, EMD-7200, 페르투주맙, 트라스투주맙, 트라스투주맙-MCC-DM1, 에를로티닙, 및 베바시주맙을 포함한다.
용어 “ErbB2-양성 암" 또는 "Her2-양성 암"은 세포, 예를 들어, 그것의 세포 표면에 존재하는 Her2 단백질을 갖는 세포를 포함하는 암을 지칭한다. Her2 단백질은, 예를 들어, 유전자 증폭에 의해 과발현될 수 있다. 종양 과발현 Her2는 세포당 발현된 Her2 분자의 복제본의 수에 따른 면역조직화학 점수에 의해 평가될 수 있고 생화학적으로 결정될 수 있다: 0 = 0-10,000 복제본/세포, 1+ = 적어도 약 200,000 복제본/세포, 2+ = 적어도 약 500,000 복제본/세포, 3+ = 적어도 약 2,000,000 복제본/세포.3+ 수준에서 Her2의 과발현으로는, 티로신 키나제의 리간드-독립적인 활성화를 유발시키고 (Hudziak 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84:7159-7163 [1987]), 대략 30%의 유방암에서 발생하고, 그리고 이들 환자에서, 재발-없는 생존 및 전체 생존은 줄어든다 (Slamon 등, Science 244:707-712 [1989]; Slamon 등, Science 235:177-182 [1987]).
용어 “ErbB2-돌연변이된 암"은 ErbB2 아미노산 서열, 특히 하기의 천연 인간 ErbB2 아미노산 서열의 막관통 (TM) 도메인 또는 인접막 (JM) 도메인 내에서 아미노산 변동에 의해 정의된 암을 지칭하기 위해 본 명세서에서 사용된다: 서열번호:2.
본 명세서에서 사용된 바와 같은, "초기 단계 유방암" 또는 "초기 유방암" 또는 "eBC"는 유방 또는 겨드랑이 림프절을 넘어 퍼지지 않은 유방암을 지칭한다. 이러한 암은 일반적으로 네오아쥬반트 또는 아쥬반트 요법으로 치료된다.
"진전된" 암은 국소 침습 또는 전이에 의해 기원의 부위 또는 장기 외부로 퍼진 암이다. 따라서, 용어 "진전된" 암은 국소적으로 진전된 및 전이성 질환 둘 모두, 예컨대 "진전된 유방암"을 포함한다.
"난치성" 암은 화학 요법과 같은 항 종양 제제가 암 환자에게 투여되더라도 진행되는 암이다. 난치성 암의 예는 백금 난치성인 암이다.
"재발성" 암은 수술과 같은 초기 요법에 대한 반응 후 초기 부위 또는 원위 부위에서 재발한 암이다.
"국소적으로 재발성" 암은 이전에 치료된 암과 동일한 장소에서 치료 후 복귀하는 암이다.
"비-절제성" 또는 "절제불가능" 암은 수술에 의해 제거 (절제)될 수 없다.
"아쥬반트 요법" 또는 "아쥬반트 치료" 또는 "아쥬반트 투여"는 수술 후 제공되는 전신 요법을 지칭한다.
"네오아쥬반트 요법" 또는 "네오아쥬반트 치료" 또는 "네오아쥬반트 투여"는 수술 전 제공되는 전신 요법을 지칭한다.
"전이성" 암은 신체의 한 부분 (예를 들어, 유방)에서 신체의 다른 일부분으로 퍼진 암을 지칭한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 암이 발병할 "위험에 처한" 대상체는 검출가능한 질환 또는 질환의 증상을 갖거나 갖지 않을 수 있고, 본 명세서에서 기재된 진단 방법 전에 검출가능한 질환 또는 질환의 증상을 나타내거나 나타내지 않을 수 있다. "위험에 처한"은 대상체가 본 명세서에서 기재되고 당 업계에서 알려진 바와 같이 암의 발병과 관련이 있는 측정가능한 파라미터인 하나 이상의 위험 인자를 갖는 것을 나타낸다. 이들 위험 인자 중 하나 이상을 갖는 대상체는 이들 위험 인자(들) 중 하나 이상이 없는 대상체보다 암을 발병할 개연성이 더 높다.
용어 "진단"은 본 명세서에서 분자 또는 병리적 상태, 질환 또는 병태, 예를 들어, 암의 확인 또는 분류를 지칭하기 위해 사용된다. "진단"은 또한, 예를 들어, 분자 특징 (예를 들어, 특정 유전자 또는 핵산 영역에서 뉴클레오타이드 변동(들)을 특징으로 하는 환자 부분모집단)에 의한 특정 하위 유형의 암의 분류를 지칭할 수 있다.
용어 "진단 보조"는 본 명세서에서 암의 특정 유형의 증상 또는 상태의 존재 또는 성질에 관한 임상 결정을 하는데 도움이 되는 방법을 지칭하기 위해 사용된다. 예를 들어, 암의 진단을 보조하는 방법은 암을 나타내는 하나 이상의 유전자 마커의 부재 또는 개체로부터의 생물학적 샘플에서 암을 갖는 증가된 위험의 존재를 측정하는 단계를 포함할 수 있다.
용어 "예후"는 암이 발생할 가능성의 예측을 지칭하기 위해 본 명세서에서 사용된다. 용어 "예측"은 환자가 약물 또는 약물 세트에 대해 유리하게 또는 유리하지 않게 반응할 가능성을 지칭하기 위해 본 명세서에서 사용된다. 특정 구현예에서, 예측은 이들 반응의 정도와 관련이 있다. 특정 구현예에서, 예측은 환자가 치료 후, 예를 들어 특정 치료제로의 치료 후 및 질환 재발 없이 특정 기간 동안 생존 또는 개선될지 여부 및/또는 개연성에 관한 것이다. 본 개시내용의 예측의 방법은 임의의 특정 환자에 대해 가장 적절한 치료 양식을 선택함으로써 치료 결정을 내리기 위해 임상적으로 사용될 수 있다. 본 개시내용의 예측의 방법은 환자가 치료 레지멘 예컨대, 예를 들어 주어진 치료제 또는 조합물의 투여, 수술 개입, 스테로이드 치료 등을 포함하는 주어진 치료 레지멘에 대해 유리하게 반응할 가능성이 있는지, 또는 치료 레지멘에 따라 환자의 장기간 생존이 가능한지 여부를 예측하는데 귀중한 도구이다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, “치료”는 치료되는 개체 또는 세포의 자연스러운 과정을 변경하려는 시도에서의 임상 개입을 지칭하며, 임상 병리의 과정 전 또는 과정 동안 수행될 수 있다. 바람직한 치료 효과는 질환 또는 병태의 발생 또는 재발 또는 이의 증상을 방지하는 것, 질환의 병태 또는 증상을 경감시키는 것, 임의의 질환의 직접 또는 간접적 병리적 결과를 감소시키는 것, 질환 진행률을 감소시키는 것, 질환 상태를 개선 또는 경감시키는 것 및 차도 또는 개선된 예후를 달성하는 것을 포함한다. 특정 구현예에서, 본 개시내용의 방법 및 조성물은 질환 또는 장애의 발달을 지연시키려는 시도에 유용하다.
용어 “약제학적 제형"은 그러한 형태에서 그 안에 함유된 활성 성분의 생물학적 활성이 효과적이도록 하고, 제형가 투여될 수 있는 대상체에게 허용할 수 없는 독성을 갖는 추가의 성분을 함유하지 않는 제제를 지칭한다.
"약제학적으로 허용가능한 담체"는 대상체에게 비독성인, 활성 성분 이외의, 약제학적 제형에서의 성분을 지칭한다. 약제학적으로 허용가능한 담체는 비제한적으로, 완충액, 부형제, 안정화제, 또는 보존제를 포함한다.
"유효량"은 원하는 치료적 또는 예방적 결과를 달성하기 위해 필요한 투약량 및 기간 동안 효과적인 양을 지칭한다. 치료제의 "치료 유효량"은 개체의 질환 상태, 연령, 성별 및 체중과 같은 인자, 및 개체에서 원하는 반응을 유도하는 항체의 능력에 따라 달라질 수 있다. 치료 유효량은 또한 치료제의 임의의 독성 또는 유해 효과가 치료적으로 유익한 효과보다 더 우세하게 되는 양이다. 암의 경우, 약물의 치료 유효량은 암 세포의 수를 감소시킬 수 있고; 종양 크기를 줄일 수 있고; 주변 기관으로의 암 세포 침윤을 억제 (즉, 어느 정도까지 늦추고 바람직하게는 정지)할 수 있고; 종양 전이를 억제 (즉, 어느 정도까지 늦추고 바람직하게는 정지)할 수 있고; 종양 성장을 어느 정도까지 억제할 수 있고; 및/또는 암과 관련된 하나 이상의 증상을 어느 정도까지 완화시킬 수 있다. 약물이 성장을 예방할 수 있고 및/또는 현존하는 암 세포를 사멸시킬 수 있는 정도까지, 약물은 세포증식 억제성 및/또는 세포독성일 수 있다. 유효량은, 예를 들어, 무진행 생존 (예를 들어, 고형 종양에 대한 반응 평가 기준인, RECIST 또는 CA-125 변화에 의해 측정됨)을 연장시킬 수 있거나, 객관적인 반응 (부분적인 반응인 PR 또는 완전한 반응인 CR을 포함함)을 초래할 수 있거나, 전체 생존 시간 증가시킬 수 있거나 및/또는 하나 이상의 암의 증상 (예를 들어, FOSI에 의해 평가됨)을 개선시킬 수 있다.
"예방적 유효량"은 원하는 예방적 결과를 달성하기 위해 투약량 및 필요한 기간 동안 효과적인 양을 지칭한다. 전형적으로 반드시는 아니지만, 예방적 용량은 질환의 이전 또는 초기 단계의 대상체에서 사용되기 때문에, 예방적 유효량은 치료 유효량보다 적을 것이다. "개체", "대상체" 또는 "환자"는 척추동물이다. 특정 구현예에서, 상기 척추동물은 포유동물이다. 포유동물은 비제한적으로, 영장류 (인간 및 비-인간 영장류를 포함함) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 포함한다. 특정 구현예에서, 포유동물은 인간이다.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 "환자 부분모집단," 및 이것의 문법적 변형은 환자 서브셋이 이것이 속하는 더 넓은 질환 카테고리에서 다른 것과 구별되는 하나 이상의 특유의 측정가능한 및/또는 확인가능한 특성을 갖는 것을 특징으로 하는 환자 서브셋을 지칭한다. 이러한 특성은 질환 하위 카테고리, 성별, 생활 방식, 건강 이력, 관여된 기관/조직, 치료 이력 등을 포함한다. 특정 구현예에서, 환자 부분모집단은 특히 뉴클레오타이드 위치 및/또는 영역에서 뉴클레오타이드 변동 (예컨대 체세포 돌연변이)을 포함한, 핵산 서명이 특징으로 된다.
"대조군 대상체"는 암을 갖는 것으로 진단되지 않았고 암과 연관된 임의의 징후 또는 증상을 겪지 않는 건강한 대상체를 지칭한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어 "샘플"은, 예를 들어 물리적, 생화학적, 화학적 및/또는 생리적 특성에 기반하여 특성규명 및/또는 확인되는 세포 및/또는 다른 분자 독립체를 함유하는 관심 있는 대상체로부터 수득 또는 유래된 조성물을 지칭한다. 예를 들어, 어구 "질환 샘플" 및 이들의 변형은 특성규명되는 세포 및/또는 분자 독립체를 함유하는 것으로 기대되거나 알려진 관심 있는 대상체으로부터 수득된 임의의 샘플을 지칭한다.
"조직 또는 세포 샘플"은 대상체 또는 환자의 조직으로부터 수득된 유사한 세포의 수집을 의미한다. 조직 또는 세포 샘플의 공급원은 신선한, 냉동 및/또는 보존된 장기 또는 조직 샘플 또는 생검 또는 흡인물로부터의 고체 조직; 혈액 또는 임의의 혈액 구성성분; 혈청, 소변, 가래 또는 타액과 같은 체액일 수 있다. 조직 샘플은 또한 일차 또는 배양 세포 또는 세포주일 수 있다. 선택적으로, 조직 또는 세포 샘플은 질환 조직/장기로부터 수득된다. 조직 샘플은 보존제, 항응고제, 완충액, 정착액, 영양소, 항생제 등과 같이 본질상 조직과 자연적으로 상호 혼합되지 않은 화합물을 함유할 수 있다. 본 명세서에서 사용된 바와 같은 "기준 샘플", "기준 세포", "기준 조직", "대조군 샘플", "대조군 세포" 또는 "대조군 조직"은 공지된 공급원, 또는 본 개시내용의 방법 또는 조성물이 확인을 위해 사용되는 질환 또는 병태에 걸리지 않는 것으로 여겨진 공급원으로부터 수득된 샘플, 세포 또는 조직을 지칭한다. 특정 구현예에서, 기준 샘플, 기준 세포, 기준 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포 또는 대조군 조직은 본 개시내용의 조성물 또는 방법을 사용하여 질병 또는 병태가 확인되는 동일한 대상체 또는 환자의 신체의 건강한 일부분으로부터 수득된다. 특정 구현예에서, 기준 샘플, 기준 세포, 기준 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포 또는 대조군 조직은 본 개시내용의 조성물 또는 방법을 사용하여 질병 또는 병태가 확인되는 대상체 또는 환자가 아닌 개체의 신체의 건강한 일부분으로부터 수득된다.
본 명세서에서 목적 상, 조직 샘플의 "부문"은 조직 샘플의 단일 일부분 또는 조각, 예를 들어 조직 샘플로부터 절단된 조직 또는 세포의 얇은 슬라이스이다. 본 개시내용이 조직 샘플의 동일한 부분이 형태적 및 분자적 수준 둘 모두에서 분석되거나 또는 단백질 및 핵산 둘 모두에 대해 분석되는 방법을 포함하는 것이 이해되는 경우, 본 개시내용에 따라 다수의 조직 샘플의 부문이 취해지고 분석될 수 있는 것이 이해된다.
용어들 "상호 관련된다" 또는 "상호 관련하는"은 임의의 방식으로 제1 분석 또는 프로토콜의 성능 및/또는 결과와 제2 분석 또는 프로토콜의 성능 및/또는 결과의 비교를 지칭한다. 예를 들어, 제2 프로토콜을 수행할 때 제1 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있고 및/또는 제2 분석 또는 프로토콜이 수행되어야 하는지 여부를 결정하기 위해 제1 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있다. 유전자 발현 분석 또는 프로토콜의 구현예와 관련하여, 특이적 치료 레지멘이 수행되어야 하는지 여부를 결정하기 위해 유전자 발현 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있다.
"소분자" 또는 "작은 유기 분자"는 본 명세서에서 분자량이 약 500 달톤 미만인 유기 분자로 정의된다.
본 명세서에서 사용된 단어 "표지"는 검출가능한 화합물 또는 조성물을 지칭한다. 상기 표지는 그 자체로 검출될 수 있거나 (예를 들어, 방사성동위원소 표지 또는 형광 표지), 효소적 표지의 경우에 검출가능한 생성물을 초래하는 기질 화합물 또는 조성물의 화학적 변경을 촉매할 수 있다. 검출가능한 표지로서 작용할 수 있는 방사선 핵종은, 예를 들어, I-131, I-123, I-125, Y-90, Re-188, Re-186, At-211, Cu-67, Bi-212, 및 Pd-109를 포함한다.
본 명세서에서 값 또는 파라미터 "약"에 대한 언급은 그 값 또는 파라미터 자체에 대한 구현예들을 포함한다 (그리고 기술한다). 예를 들어, "약 X"를 언급하는 설명은 "X"의 설명을 포함한다.
용어 "포장 삽입물"은 본 명세서에서 치료 제품의 상업적 포장에 관례상 포함된 지침서를 지칭하는데 사용되며, 이러한 치료 제품의 사용에 관한 징후, 용법, 투약량, 투여, 병용 요법, 사용금지사유 및/또는 경고에 관한 정보를 포함한다.
용어들 "항체" 및 "면역글로불린"은 가장 넓은 의미에서 상호교환적으로 사용되고, 그리고 단클론성 항체 (예를 들어, 전장 또는 온전한 단클론성 항체), 다클론성 항체, 1가 항체, 다가 항체, 다중특이적 항체 (예를 들어, 이들이 원하는 생물학적 활성을 나타내는 한 이중특이적 항체)를 포함하고 또한 (본 명세서에서 더 상세히 기재된 바와 같은) 특정 항체 단편을 포함할 수 있다. 항체는 키메라, 인간, 인간화 및/또는 친화도 성숙된 것일 수 있다. "항체 단편"은 바람직하게는 이들의 항원 결합 영역을 포함하는 온전한 항체의 일부분을 포함한다. 항체 단편의 예는 Fab, Fab', F(ab')2, 및 Fv 단편; 디아바디; 선형 항체; 단일-사슬 항체 분자; 및 항체 단편으로부터 형성된 다중특이적 항체를 포함한다.
관심 있는 항원을 "결합하는" 본 개시내용의 항체는 상기 항체가 항원을 발현하는 단백질 또는 세포나 조직을 표적화하는데 진단 및/또는 치료제로서 유용하도록 충분한 친화도로 항원에 결합하는 것이다. 표적 분자에 대한 항체의 결합과 관련하여, 용어 "특이적 결합" 또는 "특이적으로 결합하는" 또는 특정 폴리펩타이드 또는 특정 폴리펩타이드 표적상의 에피토프”에 대해 특이적인"은 비-특이적 상호작용과 측정가능하게 다른 결합을 의미한다. 특이적 결합은, 예를 들어, 대조군 분자의 결합과 비교하여 분자의 결합을 결정함으로써 측정될 수 있다. 예를 들어, 특이적 결합은 표적, 예를 들어 과잉의 비-표지된 표적과 유사한 대조군 분자와 경쟁에 의해 결정될 수 있다.
"Her 수용체" 또는 "ErbB 수용체"는 Her 수용체 계열에 속하는 수용체 단백질 티로신 키나제이고 EGFR (ErbB 1, Herl), Her2 (ErbB2), Her3 (ErbB3) 및 Her4 (ErbB4) 수용체를 포함한다.
용어들 "ErbBl", "Herl", "표피 성장 인자 수용체" 및 "EGFR"은 본 명세서에서 상호교환적으로 사용되고, 예를 들어, 하기 문헌에서 개시된 바와 같은 EGFR을 지칭하고: Carpenter 등 Ann.Rev. Biochem.56:881-914 (1987), 이것은 이들의 자연 발생 돌연변이체 형태 (예를 들어, Ullrich et al, Nature (1984) 309:418425 및 Humphrey 등 PNAS (USA) 87:4207-4211 (1990)에서와 같은 결실 돌연변이체 EGFR), 뿐만 아니라 이들의 변이체, 예컨대 EGFRvIII을 포함한다. EGFR의 변이체는 또한 결실형, 치환형 및 삽입형 변이체, 예를 들어 Lynch 등 (New England Journal of Medicine 2004, 350:2129), Paez 등 (Science 2004, 304:1497), 및 Pao 등 (PNAS 2004, 101:13306)에 기재된 것들을 포함한다.
표현 “ErbB2" 및 "Her2"는 본 명세서에서 상호교환적으로 사용되고, 예를 들어, Semba 등, PNAS (USA) 82:6497-6501 (1985) 및 Yamamoto 등 Nature 319:230-234 (1986) (유전자은행 수탁 번호 X03363)에 기재된 인간 Her2 단백질을 지칭한다. 특정 구현예에서, ErbB2 수용체는 하기에 도시된 아미노산 서열을 포함한다: 서열번호:2.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "Her2 세포외 도메인" 또는 "Her2 ECD"는, 그것의 단편을 포함하여, 세포막에 고정되거나 또는 순환하는 세포의 외부에 있는 Her2의 도메인을 지칭한다. 특정 구현예에서, Her2의 세포외 도메인은 4개의 도메인을 포함할 수 있다: "도메인 I" (아미노산 잔기 약 22-195, "도메인 II" (아미노산 잔기 약 196-321), "도메인 III" (아미노산 잔기 약 322-498), 및 "도메인 IV" (아미노산 잔기 약 499-648) (잔기는 신호 펩타이드 없이 넘버링됨). 하기 문헌 참고: Garrett 등 Mol. Cell.11:495-505 (2003), Cho 등 Nature 421:756-760 (2003), Franklin 등 Cancer Cell 5:317-328 (2004), 및 Plowman 등 Proc. Natl. Acad. Sci 90:1746-1750 (1993).
Her2 "막관통 도메인" 또는 "TM 도메인"은 세포막의 인지질 이중층 전체에 걸쳐 있고 막에서 열역학적으로 안정한 3차원 구조를 갖는 단백질의 분절을 지칭한다. 이것은, 예를 들어, 단일 알파 나선, 막관통 베타 배럴, 또는 전형적으로 보다 소수성 잔기로 구성된 베타-나선 구조일 수 있다. 특정 구현예에서, Her2의 막관통 도메인은 아미노산 잔기 약 649-675를 포함한다 (도 8 참고).
Her2 "인접막 도메인" 또는 "JM 도메인"은 막관통 도메인을 촉매 도메인과 연결하고 신호 형질도입에서 TM 도메인과 상승적으로 작용하기 쉬운 도메인을 지칭한다. 인접막 도메인은 일반적으로 40-80 잔기 길이의 것이고, 막 표면에 가까이 위치한 몇 개의 염기성 잔기 (Lys 및 Arg)를 함유한다. 이 영역에서의 아미노산은 신호전달 분자에 대한 결합 및 인산화 부위로서 작용하는 것으로 밝혀졌다. 특정 구현예에서, Her2의 막관통 도메인은 아미노산 잔기 약 676-714를 포함한다 (도 8 참고).
"ErbB3"및 "Her3"은, 예를 들어, 미국 특허 번호 5,183,884 및 5,480,968뿐만 아니라 Kraus 등 PNAS (USA) 86:9193-9197 (1989)에 개시된 바와 같은 수용체 폴리펩타이드를 지칭한다.
본 명세서에서, "Her3 세포외 도메인" 또는 "Her3 ECD" 또는 "ErbB3 세포외 도메인"은, 그것의 단편을 포함하여, 세포막에 고정되거나 또는 순환하는 세포의 외부에 있는 Her3의 도메인을 지칭한다.
본 명세서에서 용어들 "ErbB4" 및 "Her4"는, 예를 들어, 하기에 개시된 바와 같은 수용체 폴리펩타이드를 지칭하고: 유럽 특허 출원번호 599,274; Plowman 등, Proc. Natl. Acad. Sci USA, 90:1746-1750 (1993); 및 Plowman 등, Nature, 366:473-475 (1993), 예를 들어, 1999년 4월 22일자로 공개된 WO99/19488에 개시된 바와 같은 이들의 동형체를 포함한다.
용어 “에피토프"는 항체가 결합하는 항원 분자상의 특정한 부위를 지칭한다.
"에피토프 4 D5" 또는 "4 D5 에피토프" 또는 "4 D5"는 항체 4 D5 (ATCC CRL 10463) 및 트라스투주맙이 결합하는 Her2의 세포외 도메인에서의 영역이다. 이 에피토프는 Her2의 막관통 도메인에 가깝고 Her2의 도메인 IV 내에 있다. 4 D5 에피토프에 결합하는 항체를 스크리닝하기 위해, 문헌 [Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Ed Harlow and David Lane (1988)]에 기재된 것과 같은 일상적인 교차-차단 검정을 수행할 수 있다. 대안적으로, 에피토프 맵핑은 항체가 하기를 포함한, Her2의 4 D5 에피토프 (예를 들어 영역 약 잔기 550 내지 약 잔기 610 내 임의의 하나 이상의 잔기에 결합하는지 여부를 검정하기 위해 수행될 수 있다: Her2 (서열번호:2).
"에피토프 2C4" 또는 "2C4 에피토프"는 항체 2C4가 결합하는 Her2의 세포외 도메인에서의 영역이다. 2C4 에피토프에 결합하는 항체에 대해 스크리닝하기 위해, 문헌 [Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Ed Harlow and David Lane (1988)]에 기재된 것과 같은 일상적인 교차-차단 검정을 수행할 수 있다. 대안적으로, 에피토프 맵핑은 항체가 Her2의 2C4 에피토프에 결합하는지 여부를 검정하기 위해 수행될 수 있다. 에피토프 2C4는 Her2의 세포외 도메인에서 도메인 II로부터의 잔기를 포함한다. 2C4 항체 및 페르투주맙은 도메인 I, II 및 III의 접합에서 Her2의 세포외 도메인에 결합한다 (Franklin 등 Cancer Cell 5:317-328 (2004)).
본 명세서에서 "Her 이종이량체"는 적어도 2개의 상이한 Her 수용체를 포함하는 비공유적으로 연관된 이종이량체, 예컨대 EGFR-Her2, EGFR-Her3, EGFR-Her4, Her2-Her3 또는 Her2-Her4 이종이량체이다.
"Her 억제제" 또는 "ErbB 억제제" 또는 "ErbB 길항제"는 Her 활성화 또는 기능을 방해하는 제제이다. Her 억제제의 예는 Her 항체 (예를 들어 EGFR, Her2, Her3, 또는 Her4 항체); EGFR-표적화된 약물; 소분자 Her 길항제; Her 티로신 키나제 억제제; Her2 및 EGFR 이중 티로신 키나제 억제제 예컨대 라파티닙/GW572016; 안티센스 분자 (예를 들어, WO 2004/87207 참고); 및/또는 MAPK 또는 Akt와 같은, 다운스트림 신호전달 분자에 결합하거나 또는 이들의 기능을 방해하는 제제를 포함한다. 바람직하게는, Her 억제제는 Her 수용체에 결합하는 항체이다. 일반적으로, Her 억제제는 특정 Her 수용체에 특이적으로 결합하고 그것의 신호전달 활성을 예방 또는 감소시키지만 다른 Her 수용체에 특이적으로 결합하지 않는 화합물을 지칭한다. 예를 들어, Her3 길항제는 그것의 활성을 감소시키기 위해 특이적으로 결합하지만, EGFR, Her2 또는 Her4에는 특이적으로 결합하지 않는다.
"Her 이량체화 억제제" 또는 "HDI"는 Her 동종이량체 또는 Her 이종이량체의 형성을 억제하는 제제이다. 바람직하게는, Her 이량체화 억제제는 항체이다. 그러나, Her 이량체화 억제제는 또한 Her 동종- 또는 이종이량체의 형성을 억제하는 펩타이드 및 비-펩타이드 소분자, 및 다른 화학적 독립체를 포함한다.
"Her 이량체화를 억제하는" 항체는 기본적인 기전에 무관하게, Her 이량체의 형성을 억제하거나 방해하는 항체이다. 특정 구현예에서, 이러한 항체는 그것의 이종이량체성 결합 부위에서 Her2에 결합한다. 이량체화 억제 항체의 하나의 특정 예는 페르투주맙 (Pmab), 또는 MAb 2C4이다. Her 이량체화 억제제의 다른 비-제한적 예는 하기를 포함한다: EGFR에 결합하고 하나 이상의 다른 Her 수용체로 그것의 이량체화를 억제하는 항체 (예를 들어, 활성화되거나 또는 "묶이지 않은" EGFR에 결합하는, EGFR 단클론성 항체 806, MAb 806; 하기 참고: Johns 등, J. Biol. Chem.279(29): 30375-30384 (2004)); Her3에 결합하고 하나 이상의 다른 Her 수용체로 그것의 이량체화를 억제하는 항체; Her4에 결합하고 하나 이상의 다른 Her 수용체로 그것의 이량체화를 억제하는 항체; 펩타이드 이량체화 억제제 (미국 특허 번호 6,417,168); 안티센스 이량체화 억제제; 등.
"Her 항체"는 Her 수용체에 결합하는 항체이다. 선택적으로, Her 항체는 Her 활성화 또는 기능을 추가로 방해한다. 특정 Her2 항체는 페르투주맙 및 트라스투주맙을 포함한다. 특정 EGFR 항체의 예는 세툭시맙 및 파니투무맙을 포함한다. Her2 항체에 관련된 특허 공보는 하기를 포함한다: 미국 특허 번호 5,677,171; 5,720,937; 5,720,954; 5,725,856; 5,770,195; 5,772,997; 6,165,464; 6,387,371; 6,399,063; 6,015,567; 6,333,169; 4,968,603; 5,821,337; 6,054,297; 6,407,213; 6,639,055; 6,719,971; 6,800,738; 5,648,237; 7,018,809; 6,267,958; 6,695,940; 6,821,515; 7,060,268; 7,682,609; 7,371,376; 6,127,526; 6,333,398; 6,797,814; 6,339,142; 6,417,335; 6,489,447; 7,074,404; 7,531,645; 7,846,441; 7,892,549; 6,573,043; 6,905,830; 7,129,840; 7,344,840; 7,468,252; 7,674,589; 6,949,245; 7,485,302; 7,498,030; 7,501,122; 7,537,931; 7,618,631; 7,862,817; 7,041,292; 6,627,196; 7,371,379; 6,632,979; 7,097,840; 7,575,748; 6,984,494; 7,279,287; 7,811,773; 7,993,834; 7,435,797; 7,850,966; 7,485,704; 7,807,799; 7,560,111; 7,879,325; 7,449,184; 7,700,299; 8,591,897; 및 US 2010/0016556; US 2005/0244929; US 2001/0014326; US 2003/0202972; US 2006/0099201; US 2010/0158899; US 2011/0236383; US 2011/0033460; US 2005/0063972; US 2006/018739; US 2009/0220492; US 2003/0147884; US 2004/0037823; US 2005/0002928; US 2007/0292419; US 2008/0187533; US 2003/0152987; US 2005/0100944; US 2006/0183150; US2008/0050748; US 2010/0120053; US 2005/0244417; US 2007/0026001; US 2008/0160026; US 2008/0241146; US 2005/0208043; US 2005/0238640; US 2006/0034842; US 2006/0073143; US 2006/0193854; US 2006/0198843; US 2011/0129464; US 2007/0184055; US 2007/0269429; US 2008/0050373; US 2006/0083739; US 2009/0087432; US 2006/0210561; US 2002/0035736; US 2002/0001587; US 2008/0226659; US 2002/0090662; US 2006/0046270; US 2008/0108096; US 007/0166753; US 2008/0112958; US 2009/0239236; US 2004/008204; US 2009/0187007; US 2004/0106161; US 2011/0117096; US 2004/048525; US 2004/0258685; US 2009/0148401; US 2011/0117097; US 2006/0034840; US 2011/0064737; US 2005/0276812; US 2008/0171040; US 2009/0202536; US 2006/0013819; US 2006/0018899; US 2009/0285837; US 2011/0117097; US 2006/0088523; US 2010/0015157; US 2006/0121044; US 2008/0317753; US2006/0165702; US 2009/0081223; US 2006/0188509; US 2009/0155259; US 2011/0165157; US 2006/0204505; US 2006/0212956; US 2006/0275305; US 2007/0009976; US 2007/0020261; US 2007/0037228; US 2010/0112603; US 2006/0067930; US 2007/0224203; US 2008/0038271; US 2008/0050385; 2010/0285010; US 2008/0102069; US 2010/0008975; US 2011/0027190; US 2010/0298156; US 2009/0098135; US 2009/0148435; US 2009/0202546; US 2009/0226455; US 2009/0317387; 및 US 2011/0044977. 이들의 내용은 이로써 그것의 전체로 참고로 편입된다.
"Her 활성화"는 임의의 하나 이상의 Her 수용체의 활성화, 또는 인산화를 지칭한다. 일반적으로, Her 활성화는 (예를 들어 Her 수용체 또는 기질 폴리펩타이드에서 Her 수용체 포스포릴화 티로신 잔기의 세포내 키나제 도메인에 의해 야기된) 신호 형질도입을 초래한다. Her 활성화는 관심 있는 Her 수용체를 포함하는 Her 이량체에 결합하는 Her 리간드에 의해 매개될 수 있다. Her 이량체에 결합하는 Her 리간드는 이량체에서 하나 이상의 Her 수용체의 키나제 도메인을 활성화시킬 수 있고, 그것에 의해 Akt 또는 MAPK 세포내 키나제와 같은 추가의 기질 폴리펩타이드(들)에서 티로신 잔기의 인산화 및/또는 Her 수용체들 중 하나 이상에서 티로신 잔기의 인산화를 초래한다.
"인산화"는 단백질, 예컨대 Her 수용체, 또는 이들의 기질에 하나 이상의 포스페이트 기(들)의 첨가를 지칭한다.
Her2 상의 "이종이량체성 결합 부위"는 이들과 이량체의 형성시 EGFR, Her3 또는 Her4의 세포외 도메인의 영역과 접촉하거나 계면하는 Her2의 세포외 도메인의 영역을 지칭한다. 본 영역은 Her2의 도메인 II에서 발견된다. Franklin 등 Cancer Cell 5:317-328 (2004).
Her2의 "이종이량체성 결합 부위에 결합하는” Her2 항체는, 도메인 II에서의 잔기에 결합하고 (또한 선택적으로 Her2 세포외 도메인의 다른 도메인, 예컨대 도메인 I 및 III에 결합하고), 그리고 Her2-EGFR, Her2-Her3, 또는 Her2-Her4 이종이량체의 형성을 적어도 어느 정도까지 입체적으로 방해할 수 있다. Franklin 등 Cancer Cell 5:317-328 (2004)는, Her2의 이종이량체성 결합 부위에 결합하는 예시적인 항체를 예시하는, RC SB 단백질 데이터 은행 (ID 코드 IS78)에 기탁된 Her2-페르투주맙 결정 구조를 특징화한다. Her2의 "도메인 II에 결합하는" 항체는 도메인 II에서의 잔기 및 선택적으로 도메인 I 및 III과 같은 Her2의 다른 도메인(들)에서의 잔기에 결합한다.
본 명세서에서 개시된 다양한 항체를 기술하기 위해 사용될 때 "단리된"은 이것이 발현된 세포 또는 세포 배양물로부터 확인 및 분리 및/또는 회수된 항체를 의미한다. 그것의 천연 환경의 오염물질 성분은 폴리펩타이드의 진단 또는 치료 용도를 전형적으로 방해하는 물질이며 효소, 호르몬 및 기타 단백질성 또는 비-단백질성 용질을 포함할 수 있다. 바람직한 구현예에서, 항체는 (1) 회전 컵 서열분석기의 사용에 의하여 N-말단 또는 내부 아미노산 서열의 적어도 15개의 잔기를 수득하기에 충분한 정도로, 또는 (2) 쿠마씨 청색 또는, 바람직하게는, 은 염색을 사용하는 비-환원 또는 환원 조건 하에서 SDS-PAGE에 의한 균질성으로 정제될 것이다. 단리된 항체는 폴리펩타이드 천연 환경의 적어도 하나의 성분이 존재하지 않을 것이기 때문에 재조합 세포 내의 원 위치에 항체를 포함한다. 그러나, 통상적으로 단리된 폴리펩타이드는 적어도 하나의 정제 단계에 의해 제조될 것이다.
"ErbB2-양성 암 검출 제제"는 ErbB2 핵산 서열 또는 아미노산 서열 내의 ErbB2-양성 암과 연관된 돌연변이를 검출할 수 있는 제제를 지칭한다. 전형적으로, 검출 제제는 ErbB2 서열에 특이적으로 결합할 수 있는 시약을 포함한다. 바람직한 구현예에서, 시약은 ErbB2 핵산 서열에서 ErbB2 돌연변이에 특이적으로 결합할 수 있다. 특정 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 돌연변이를 포함하는 ErbB2 서열에 구체적으로 혼성화되는 핵산 서열을 포함하는 프로브이다. 특정 구현예에서, 검출 제제는 ErbB2 아미노산 서열에 특이적으로 결합할 수 있는 시약을 포함한다. 특정 구현예에서, 아미노산 서열은 본 명세서에서 기재된 바와 같은 돌연변이를 포함한다. 검출 제제는 표지를 추가로 포함할 수 있다.
ErbB2 체세포 돌연변이
본 개시내용은 대상체로부터의 샘플에서 암과 연관된 ErbB2 체세포 돌연변이의 존재 또는 부재를 검출하는 방법을 제공한다. 본 개시내용은 대상체로부터의 샘플에서 하나 이상의 이들 체세포 돌연변이의 존재 또는 부재를 검출함에 의해 암을 진단 및 예측하는 방법을 추가로 제공하였으며, 여기서 체세포 돌연변이의 존재는 상기 대상체에게 암이 있음을 나타낸다. 암 위험과 연관된 ErbB2 체세포 돌연변이는 게놈-전체 연관 연구, 개질제 스크린, 및 계열-기반 스크리닝을 포함한 전략을 사용하여 확인되었다.
본 개시내용의 방법에 사용하기 위한 체세포 돌연변이 또는 변이는 ErbB2, 또는 이 단백질을 인코딩하는 유전자에서의 변이를 포함한다. 특정 구현예에서, 체세포 돌연변이는 유전자 (또는 그것의 조절 영역)를 인코딩하는 게놈 DNA에서 된다. 특정 구현예에서, 체세포 돌연변이는 ErbB2를 코딩하는 핵산에서의 치환, 삽입 또는 결실이다 (참고, 다음의 핵산 서열: 서열번호:1; 도 9 (수탁번호 X03363); 및 다음의 단백질 서열: 서열번호:2, 도 10 (수탁번호 P04626)). 특정 구현예에서, 변이는 Her2의 막관통 (TM), 인접막 (JM) 도메인 및/또는 인접한 영역에서 아미노산 치환을 초래하는 돌연변이이다. 특정 구현예에서, 변이는 ErbB2에서의 아미노산 치환, 삽입, 절단 또는 결실이다. 특정 구현예에서, 변이는 아미노산 치환이다.
체세포 돌연변이의 검출
본 명세서에서 기재된 임의의 방법 검출에 사용된 핵산은 게놈 DNA; 게놈 DNA로부터 전사된 RNA; 또는 RNA로부터 생성된 cDNA일 수 있다. 핵산은 척추동물, 예를 들어 포유동물로부터 유래될 수 있다. 핵산은 특정 공급원으로부터 직접적으로 수득되거나 그것이 해당 공급원에서 발견된 핵산의 복제물인 경우 특정 공급원으로부터 "유래된" 것으로 언급된다.
특정 구현예에서, 핵산은 핵산의 복제본, 예를 들어 증폭으로부터 생성된 복제본을 포함한다. 예를 들어, 변이를 검출하기 위해 원하는 양의 물질을 얻기 위한 증폭이 특정 사례에서 바람직할 수 있다. 앰플리콘은 변이가 앰플리콘에 존재하는지 여부를 결정하기 위해 그런 다음 변이 검출 방법, 예컨대 아래에 기재된 것들을 거칠 수 있다.
체세포 돌연변이 또는 변이는 당해 분야의 숙련가에게 알려진 특정 방법에 의해 검출될 수 있다. 그와 같은 방법은, 비제한적으로, DNA 서열분석; 체세포 돌연변이-특이적 뉴클레오타이드 편입 검정 및 체세포 돌연변이-특이적 프라이머 연장 검정 (예를 들어, 체세포 돌연변이-특이적 PCR, 체세포 돌연변이-특이적 결찰 연쇄 반응 (LCR), 및 gap-LCR)을 포함하는 프라이머 연장 검정; 돌연변이-특이적 올리고뉴클레오타이드 하이브리드화 검정 (예를 들어, 올리고뉴클레오타이드 결찰 검정); 핵산 듀플렉스에서 불인치된 염기를 검출하기 위해 절단 제제로부터의 보호가 사용된 절단 보호 검정; MutS 단백질 결합의 분석; 변이체 및 야생형 핵산 분자의 이동도를 비교하는 전기영동 분석; 변성-구배 겔 전기 영동 (예를 들어, Myers 등 (1985) Nature 313:495에서와 같은 DGGE); 불인치된 염기 쌍에서 RNase 절단의 분석; 헤테로이중나선 DNA의 화학적 또는 효소적 절단의 분석; 질량 분광분석법 (예를 들어, MALDI-TOF); 유전적 비트 분석 (GBA); 5' 뉴클레아제 검정 (예를 들어, TaqManTm); 및 분자 항로표지를 이용한 검정을 포함한다. 이들 방법 중 특정한 것은 아래에서 더욱 상세하게 논의된다.
표적 핵산에서의 변이의 검출은 당해 분야에서 잘 알려진 기술을 사용하여 상기 표적 핵산의 분자 클로닝 및 서열분석에 의해 달성될 수 있다. 대안적으로, 증폭 기술 예컨대 중합효소 연쇄 반응 (PCR)을 사용하여 종양 조직으로부터의 게놈 DNA 제제로부터 직접적으로 표적 핵산 서열을 증폭시킬 수 있다. 증폭된 서열의 핵산 서열을 그런 다음 결정하고 그로부터 변이를 확인할 수 있다. 증폭 기술은 당해 분야에서 잘 알려져 있고, 예를 들어, 중합효소 연쇄 반응은 다음에 기재되어 있다: Saiki 등, Science 239:487, 1988; 미국특허 번호 4,683,203 및 4,683,195.
당 업계에서 알려진 리가제 연쇄 반응이 또한 표적 핵산 서열을 증폭시키기 위해 사용될 수 있다. 예를 들어, Wu 등, Genomics 4:560-569 (1989) 참고.또한, 대립유전자-특이적 PCR로 알려진 기술이 또한 사용되어 체세포 돌연변이 (예를 들어, 치환)를 검출할 수 있다. 예를 들어, 하기 참고: Ruano and Kidd (1989) Nucleic Acids Research 17:8392; McClay 등 (2002) Analytical Biochem.301:200-206.이 기술의 특정 구현예에서, 프라이머의 3' 말단 뉴클레오타이드가 표적 핵산의 특정 변이에 상보적인 (즉, 구체적으로 이들과 염기쌍을 형성할 수 있는) 돌연변이-특이적 프라이머가 사용된다. 특정한 변이가 존재하지 않으면, 증폭 생성물이 관찰되지 않는다. 증폭 내성 돌연변이 시스템 (ARMS)이 또한 사용되어 변이 (예를 들어, 치환)를 검출할 수 있다. ARMS는, 예를 들어, 유럽 특허 출원 공개 번호 0332435, 및 Newton 등, Nucleic Acids Research, 17:7, 1989에 기재되어 있다.
변이 (예를 들어, 치환)를 검출하는데 유용한 다른 방법은, 비제한적으로, 하기를 포함한다: (1) 돌연변이-특이적 뉴클레오타이드 편입 검정, 예컨대 단일 염기 연장 검정 (참고, 예를 들어, Chen 등 (2000) Genome Res. 10:549-557; Fan 등 (2000) Genome Res. 10:853-860; Pastinen 등 (1997) Genome Res. 7:606-614; 및 Ye 등 (2001) Hum.Mut.17:305-316); (2) 돌연변이-특이적 프라이머 연장 검정 (참고, 예를 들어, Ye 등 (2001) Hum.Mut.17:305-316; 및 Shen 등 Genetic Engineering News, vol. 23, Mar. 15, 2003)으로, 대립유전자-특이적 PCR을 포함함; (3) 5' 뉴클레아제 검정 (참고, 예를 들어, De La Vega 등 (2002) BioTechniques 32:S48-S54 (TaqMan® 검정을 기술함); Ranade 등 (2001) Genome Res. 11:1262-1268; 및 Shi (2001) Clin.Chem.47:164-172); (4) 분자 항로표지를 이용한 검정 (참고, 예를 들어, Tyagi 등 (1998) Nature Biotech.16:49-53; 및 Mhlanga 등 (2001) Methods 25:463-71); 및 (5) 올리고뉴클레오타이드 결찰 검정 (참고, 예를 들어, Grossman 등 (1994) Nuc.Acids Res. 22:4527-4534; 특허 출원 공개 번호 US 2003/0119004 Al; PCT 국제 공개 번호 WO 01/92579 A2; 및 미국특허 번호 6,027,889).
변이는 또한 불일치 검출 방법에 의해 검출될 수 있다. 불일치는 100% 상보적이지 않은 혼성화된 핵산 듀플렉스이다. 총 상보성의 결여는 결실, 삽입, 역전, 또는 치환에 기인할 수 있다. 불일치 검출 방법의 일 예는, 예를 들어, 하기에 기재된 불일치 회복 검출 (MRD) 검정이다: Faham 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102:14717-14722 (2005) 및 Faham 등, Hum.Mol. Genet.10:1657-1664 (2001). 불일치 절단 기술의 또 다른 예는, Winter 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82:7575, 1985, 및 Myers 등, Science 230:1242, 1985에 상세히 기재된 RNase 보호 방법이다. 예를 들어, 본 개시내용의 방법은 인간 야생형 표적 핵산에 상보적인 라벨링된 리보프로브의 사용을 포함할 수 있다. 조직 샘플로부터 유래된 리보프로브 및 표적 핵산은 함께 어닐링 (혼성화)되고, 후속으로 듀플렉스 RNA 구조에서 일부 불일치를 검출할 수 있는 효소 RNase A로 소화된다. 불일치가 RNase A에 의해 검출되면, 불일치의 부위에서 절단한다. 따라서, 어닐링된 RNA 제제가 전기영동 겔 매트릭스 상에서 분리될 때, 불일치가 RNase A에 의해 검출되고 절단되면, mRNA 또는 DNA 및 리보프로브에 대한 전장 듀플렉스 RNA보다 더 작은 RNA 생성물이 관찰될 것이다. 그것이 변이를 갖는 것으로 의심되는 위치를 포함하는 한, 리보프로브는 표적 핵산의 전장일 필요는 없지만, 표적 핵산의 일부가 될 수 있다.
유사한 방식으로, DNA 프로브는 예를 들어 효소적 또는 화학적 절단을 통해 불일치를 검출하는데 사용될 수 있다. 예를 들어, Cotton 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85:4397, 1988; 및 Shenk 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 72:989, 1975 참고.대안적으로, 불일치는 매칭된 듀플렉스에 대한 불일치된 듀플렉스의 전기영동 이동도의 전이에 의해 검출될 수 있다. 예를 들어, Cariello, Human Genetics, 42:726, 1988 참고.리보프로브 또는 DNA 프로브 중 어느 하나로, 변이를 포함하는 것으로 의심되는 표적 핵산은 혼성화 전에 증폭될 수 있다. 특히, 변화가 결실 및 삽입과 같은 심한 재배열인 경우, 서던 하이브리드화를 사용하여 표적 핵산에서의 변화가 또한 검출될 수 있다.
표적 핵산 또는 주위 마커 유전자에 대한 제한 단편 길이 다형성 (RFLP) 프로브는 변이, 예를 들어 삽입 또는 결실을 검출하는데 사용될 수 있다. 삽입 및 결실은 또한 표적 핵산의 클로닝, 서열분석 및 증폭에 의해 검출될 수 있다. 단일 가닥 형태 다형성 (SSCP) 분석이 또한 대립유전자의 염기 변경 변이체를 검출하는데 사용될 수 있다. 예를 들어, Orita 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:2766-2770, 1989, 및 Genomics, 5:874-879, 1989 참고.SSCP는 ErbB2 체세포 돌연변이의 검출을 위해 변형될 수 있다. SSCP는 단일 가닥 PCR 생성물의 전기영동 이동에서의 변경에 의한 염기 차이를 확인한다. 단일-가닥 PCR 생성물은 이중 가닥 PCR 생성물을 가열하거나 또는 달리는 변성함에 의해 생성될 수 있다. 단일-가닥 핵산은 염기 서열에 부분적으로 의존적인 이차 구조를 재접힘 또는 형성할 수 있다. 단일-가닥 증폭 생성물의 상이한 전기영동 이동도는 SNP 위치에서의 염기-서열 차이에 관련된다. 변성 구배 겔 전기영동 (DGGE)은 다형성 DNA에 고유한 상이한 서열-의존적 안정성 및 용융 특성과 변성 구배 겔에서의 전기영동 이동 패턴에서 대응하는 차이에 기반하여 SNP 대립유전자를 분화시킨다.
체세포 돌연변이 또는 변형 또한 마이크로어레이의 사용으로 검출될 수 있다. 마이크로어레이는 전형적으로 높은-엄격성 조건 하에서, 예를 들어, cDNA 또는 cRNA 샘플과 혼성화하기 위해 배열된 일련의 수천의 핵산 프로브를 사용하는 멀티플렉스 기술이다. 프로브-표적 하이브리드화는 전형적으로 형광단-, 은-, 또는 화학발광-표지된 표적의 검출에 의해 검출되고 정량화되어 표적에서의 핵산 서열의 상대적 존재비를 결정한다. 전형적인 마이크로어레이에서, 프로브는 (에폭시-실란, 아미노-실란, 라이신, 폴리아크릴아미드 또는 기타를 통해) 화학적 매트릭스에 공유 결합에 의해 단단한 표면에 부착된다. 단단한 표면은 예를 들어, 유리, 실리콘 칩, 또는 현미경적 비드이다. 예를 들어, Affymetrix, Inc. 및 Illumina, Inc.에 의해 제조된 것들을 포함하여, 다양한 마이크로어레이가 상업적으로 입수가능하다.
체세포 돌연변이의 검출을 위한 또 다른 방법은 질량 분광분석법에 기반된다. 질량 분광분석법은 DNA의 4개 뉴클레오타이드 각각의 독특한 질량을 이용한다. 잠재적 돌연변이-함유 ErbB2 핵산은 체세포 돌연변이를 갖는 핵산의 질량의 차이를 측정함으로써 질량 분광분석법에 의해 명백하게 분석될 수 있다. MALDI-TOF (매트릭스 보조된 레이저 탈착 이온화-비과시간) 질량 분광분석법 기술은 체세포 돌연변이를 함유하는 핵산과 같은 분자량의 극도로 정확한 결정에 유용하다. 핵산 분석에 대한 수많은 접근법은 질량 분광분석법에 기반하여 개발되어 왔다. 예시적인 질량 분광분석법-기반 방법은, 또한 다른 접근법, 예컨대 전통적 겔-기반 포맷 및 마이크로어레이와 조합하여 이용될 수 있는, 프라이머 연장 검정을 포함한다.
서열-특이적 리보자임 (미국특허 번호 5,498,531)이 또한 사용되어 리보자임 절단 부위의 전개 또는 손실에 기반하여 체세포 돌연변이를 검출할 수 있다. 완벽하게 일치하는 서열은 뉴클레아제 절단 소화 검정 또는 용융 온도에서의 차이에 의해 불일치된 서열과 구별될 수 있다. 돌연변이가 제한 효소 절단 부위에 영향을 미치는 경우, 돌연변이는 제한 효소 소화 패턴에서의 변경 및 겔 전기영동에 의해 결정된 핵산 단편 길이에서의 상응하는 변화에 의해 확인될 수 있다.
본 개시내용의 특정 구현예에서, 단백질-기반 검출 기술은 본 명세서에서 개시된 바와 같은 유전자 변이를 갖는 유전자에 의해 인코딩된 변이체 단백질을 검출하는데 사용된다. 단백질의 변이체 형태의 존재의 결정은 당 업계에서 알려진 임의의 적합한 기술, 예를 들어, 전기영동 (예를 들어, 변성 또는 비-변성 폴리아크릴아미드 겔 전기영동, 2-차원 겔 전기영동, 모세관 전기영동, 및 등전자초점조정), 크로마토그래피 (예를 들어, 사이징 크로마토그래피, 고성능 액체 크로마토그래피 (HPLC), 및 양이온 교환 HPLC), 및 질량 분광법 (예를 들어, MALDI-TOF 질량 분광법, 전기분무 이온화 (ESI) 질량 분광법, 및 탠덤 질량 분광법)을 사용하여 수행될 수 있다. 참고, 예를 들어, Ahrer and Jungabauer (2006) J. Chromatog.B.Analyt.Technol.Biomed.Life Sci. 841:110-122; 및 Wada (2002) J. Chromatog.B.781:291-301). 검출되는 변이의 본질에 부분적으로 기반하여 적합한 기술이 선택될 수 있다. 예를 들어, 치환된 아미노산이 최초 아미노산과 다른 전하를 갖는 아미노산 치환을 초래하는 변이는 등전점전기영동에 의해 검출될 수 있다. 고전압에서 pH 구배를 갖는 겔을 통한 폴리펩타이드의 등전점전기영동은 그것의 pI에 의해 단백질을 분리한다. pH 구배 겔은 야생형 단백질을 함유하는 동시 작동 겔에 비교될 수 있다. 변이가 신규한 단백질분해 절단 부위의 생성 또는 현존하는 것의 폐지를 초래하는 사례에서, 샘플은 단백질분해 소화와 이어서 적절한 전기영동, 크로마토그래피, 또는 질량 분광법 기술을 사용한 펩타이드 맵핑될 수 있다. 변이의 존재는 또한 단백질 서열분석 기술 예컨대 Edman 열화 또는 특정 형태의 질량 분광법을 사용하여 검출될 수 있다.
이들 기술의 조합을 사용한 당해 분야에서 알려진 방법이 또한 사용될 수 있다. 예를 들어, HPLC-현미경검사 탠덤 질량 분광분석법 기술에서, 단백질분해 소화가 단백질 상에서 수행되고, 얻어진 펩타이드 혼합물은 역상 크로마토그래피 분리에 의해 분리된다. 탠덤 질량 분광분석법이 그 다음 수행되고 이로부터 수집된 데이터가 분석된다. (Gatlin 등 (2000) Anal.Chem., 72:757-763). 또 다른 예에서, 비변성 겔 전기영동이 MALDI 질량 분광법과 조합된다 (Mathew 등 (2011) Anal.Biochem.416:135-137).
특정 구현예에서, 단백질은 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 펩타이드와 같은 시약을 사용하여 샘플로부터 단리될 수 있고, 그 다음 추가로 분석되어 상기 개시된 임의의 기술을 사용하여 유전적 변이의 존재 또는 부재를 결정한다.
대안적으로, 샘플에서 변이체 단백질의 존재는 본 개시내용에 따른 유전적 변이를 갖는 단백질에 특이적인 항체, 즉 변이를 갖는 단백질에 특이적으로 결합하지만 변이가 없는 단백질의 형태에는 결합하지 않는 항체에 기반한 면역친화성 검정에 의해 검출될 수 있다. 이러한 항체는 당 업계에서 알려진 임의의 적합한 기술에 의해 생산될 수 있다. 항체는 용액 샘플로부터 특정 단백질을 면역침강시키거나 또는, 예를 들어, 폴리아크릴아미드 겔에 의해 분리된 단백질을 면역블랏팅하기 위해 사용될 수 있다. 면역세포화학적 방법이 또한 조직 또는 세포에서 특이 단백질 변이체를 검출하는데 사용될 수 있다. 예를 들어, 효소-결합 면역흡착 검정 (ELISA), 방사선면역-검정 (RIA), 면역방사계수법 (IRMA) 및 단클론성 또는 다클론성 항체를 사용한 샌드위치 검정을 포함한 면역효소적 검정 (IEMA)을 비롯한, 다른 잘 알려진 항체-기반 기술이 또한 사용될 수 있다. 참고, 예를 들어, 미국특허 번호 4,376,110 및 4,486,530.
암의 진단 및 예후
본 개시내용은 본 명세서에서 개시된 바와 같은 암과 관련된 하나 이상의 체세포 돌연변이 또는 변이의 대상체로부터 샘플에서의 존재를 검출함에 의해 대상체에서 암의 진단 또는 예후를 위한 방법을 제공한다. 본 개시내용의 방법에 사용하기 위한 체세포 돌연변이 또는 변이는 ErbB2, 또는 이 단백질을 인코딩하는 유전자에서의 변이를 포함한다. 특정 구현예에서, 체세포 돌연변이는 유전자 (또는 그것의 조절 영역)를 인코딩하는 게놈 DNA에서 된다. 특정 구현예에서, 체세포 돌연변이는 ErbB2를 코딩하는 유전자에서의 치환, 삽입 또는 결실이다. 일 구현예에서, 변이는 ErbB2의 아미노산 서열 (서열번호:2)에서 표 1에서 확인된 하나 이상의 위치에서 아미노산 치환을 초래하는 돌연변이이다. 특정 구현예에서, 변이는 ErbB2의 아미노산 서열 (서열번호:2)에서 V659, R667, R678, G660 및 Q709 중 하나 이상에서 아미노산 치환을 초래하는 돌연변이이다. 특정 구현예에서, 치환은 ErbB2의 아미노산 서열 (서열번호:2)에서 V659E, R667Q, R678Q, G660D, G660R 및 Q709L 중 적어도 하나이다. 특정 구현예에서, 돌연변이는 위, 결장, 식도, 직장, 맹장, 결장직장, 비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종, NSCLC (편평상피 암종), 신장 암종, 흑색종, 난소, 폐 대세포, 소세포 폐암 (SCLC), 간 세포 (HCC), 폐암, 및 췌장암으로 구성된 군으로부터 선택된 ErbB2-양성 암의 존재를 나타낸다.
특정 구현예에서, 변이는 ErbB2의 아미노산 서열 (서열번호:2)에서 V659E, R667Q, R678Q, G660D, G660R 중 하나 이상에서 아미노산 치환을 초래하는 돌연변이이다. 예를 들어, 비제한적으로써, 치환은 ErbB2의 아미노산 서열 (서열번호:2)에서 V659E, R667Q, R678Q, G660D, G660R 및 Q709L 중 적어도 하나이다. 특정 구현예에서, ErbB2 돌연변이는 위장암, 예를 들어, 위, 결장, 식도, 직장, 맹장, 및 결장직장 암의 존재를 나타낸다.
특정 구현예에서, ErbB2 치환은 V659에 있다. 예를 들어, 비제한적으로써, 치환은 V659E이다. 특정 구현예에서, 돌연변이는 결장암의 존재를 나타낸다.
특정 구현예에서, ErbB2 치환은 V659에 있다. 특정 구현예에서, 치환은 V659E이다. 예를 들어, 비제한적으로써, 돌연변이는 유방암의 존재를 나타낸다.
특정 구현예에서, ErbB2 치환은 R667에 있다. 특정 구현예에서, 치환은 R667Q이다. 예를 들어, 비제한적으로써, 돌연변이는 위암 또는 결장암의 존재를 나타낸다.
특정 구현예에서, ErbB2 치환은 R667에 있다. 특정 구현예에서, 치환은 R667Q이다. 예를 들어, 비제한적으로써, 돌연변이는 유방암의 존재를 나타낸다.
특정 구현예에서, ErbB2 치환은 R678에 있다. 특정 구현예에서, 치환은 R678Q이다. 예를 들어, 비제한적으로써, 돌연변이는 위암의 존재를 나타낸다.
특정 구현예에서, ErbB2 치환은 R678에 있다. 특정 구현예에서, 치환은 R678Q이다. 예를 들어, 비제한적으로써, 돌연변이는 유방암의 존재를 나타낸다.
특정 구현예에서, ErbB2 치환은 G660에 있다. 특정 구현예에서, 치환은 G660D 또는 G660R이다. 예를 들어, 비제한적으로써, 돌연변이는 위암의 존재를 나타낸다.
특정 구현예에서, ErbB2 치환은 G660에 있다. 예를 들어, 비제한적으로써, 치환은 G660D 또는 G660R이다. 예를 들어, 비제한적으로써, 돌연변이는 유방암의 존재를 나타낸다.
특정 구현예에서, ErbB2 치환은 Q709에 있다. 예를 들어, 비제한적으로써, 치환은 Q709L이다. 특정 구현예에서, 돌연변이는 결장암의 존재를 나타낸다.
특정 구현예에서, ErbB2 치환은 Q709에 있다. 예를 들어, 비제한적으로써, 치환은 Q709L이다. 특정 구현예에서, 돌연변이는 유방암의 존재를 나타낸다.
특정 구현예에서, ErbB2 치환은 V659에 있다. 예를 들어, 비제한적으로써, 치환은 V659E이다. 특정 구현예에서, 돌연변이는 폐암 (비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종) 또는 폐암 (비-소세포 폐 (NSCLC) 편평상피 암종)의 존재를 나타낸다.
특정 구현예에서, ErbB2 치환은 R667에 있다. 예를 들어, 비제한적으로써, 치환은 R667Q이다. 특정 구현예에서, 돌연변이는 폐암 (비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종) 또는 폐암 (비-소세포 폐 (NSCLC) 편평상피 암종)의 존재를 나타낸다.
특정 구현예에서, ErbB2 치환은 R678에 있다. 예를 들어, 비제한적으로써, 치환은 R678Q이다. 특정 구현예에서, 돌연변이는 폐암 (비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종) 또는 폐암 (비-소세포 폐 (NSCLC) 편평상피 암종)의 존재를 나타낸다.
특정 구현예에서, ErbB2 치환은 G660에 있다. 예를 들어, 비제한적으로써, 치환은 G660D 또는 G660R이다. 특정 구현예에서, 돌연변이는 폐암 (비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종) 또는 폐암 (비-소세포 폐 (NSCLC) 편평상피 암종)의 존재를 나타낸다.
특정 구현예에서, ErbB2 치환은 Q709에 있다. 예를 들어, 비제한적으로써, 치환은 Q709L이다. 특정 구현예에서, 돌연변이는 폐암 (비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종) 또는 폐암 (비-소세포 폐 (NSCLC) 편평상피 암종)의 존재를 나타낸다.
특정 구현예에서, 적어도 하나의 변이는 ErbB2에서 아미노산 치환, 삽입, 절단, 또는 결실이다. 특정 구현예에서, 변이는 아미노산 치환이다. 이들 변이 중 임의의 하나 이상은 아래에 기재된 검출, 진단 및 예후의 임의의 방법에 사용될 수 있다.
특정 구현예에서, 본 개시내용은, 하기 단계를 포함하는, 대상체에서 암을 나타내는 체세포 돌연변이의 존재 또는 부재를 검출하는 방법을 제공한다: (a) 대상체로부터의 샘플을 ErbB2 유전자 내 체세포 돌연변이의 존재 또는 부재를 검출할 수 있는 시약과 접촉시키는 단계; 및 (b) 돌연변이의 존재 또는 부재를 결정하는 단계로, 상기 돌연변이의 존재는 상기 대상체가 암으로 시달리거나 또는 암을 전개할 위험에 있는 것을 나타내는, 단계.
본 방법에 사용하기 위한 시약은 올리고뉴클레오타이드, DNA 프로브, RNA 프로브, 및 리보자임일 수 있다. 특정 구현예에서, 시약은 라벨링된다. 라벨은, 예를 들어, 방사성동위원소 라벨, 형광 라벨, 생물발광 라벨 또는 효소적 라벨을 포함할 수 있다. 검출가능한 표지로서 작용할 수 있는 방사선 핵종은, 예를 들어, I-131, I-123, I-125, Y-90, Re-188, Re-186, At-211, Cu-67, Bi-212, 및 Pd-109를 포함한다.
본 개시내용은 대상체에서 암을 나타내는 체세포 돌연변이를 검출하는 방법을 제공한다. 특정 구현예에서, 대상체에서 암을 나타내는 체세포 돌연변이를 검출하는 방법은 대상체로부터의 생물학적 샘플에서의 ErbB2 유전자 내 체세포 돌연변이의 존재 또는 부재를 결정하는 단계를 포함하고, 상기 돌연변이의 존재는 상기 대상체가 암으로 시달리거나 또는 암을 전개할 위험에 있는 것을 나타낸다. 본 방법의 특정 구현예에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 존재의 검출은 직접적인 서열분석, 돌연변이-특이적 프로브 하이브리드화, 돌연변이-특이적 프라이머 연장, 돌연변이-특이적 증폭, 돌연변이-특이적 뉴클레오타이드 편입, 5' 뉴클레아제 소화, 분자 항로표지 검정, 올리고뉴클레오타이드 결찰 검정, 크기 분석, 및 단일-가닥 형태 다형성으로 구성된 군으로부터 선택된 방법에 의해 수행된다. 특정 구현예에서, 샘플로부터의 핵산은 하나 이상의 돌연변이의 존재를 결정하기 전에 증폭된다.
본 개시내용은 대상체에서 암을 진단하거나 예측하는 방법을 추가로 제공한다. 특정 구현예에서, 상기 방법은 (a) 대상체로부터의 샘플을 ErbB2 유전자 내 체세포 돌연변이의 존재 또는 부재를 검출할 수 있는 시약과 접촉시키는 단계; 및 (b) 돌연변이의 존재 또는 부재를 결정하는 단계를 포함하고, 상기 돌연변이의 존재는 상기 대상체가 암으로 시달리거나 또는 암을 전개할 위험에 있는 것을 나타낸다. 특정 구현예에서, 본 방법은 대상체로부터 생물학적 샘플에서의 ErbB2 유전자 내 체세포 돌연변이의 존재 또는 부재를 결정하는 단계를 포함하고, 여기서 유전적 변이의 존재는 상기 대상체가 암으로 시달리거나 또는 암을 전개할 위험에 있는 것을 나타낸다.
특정 구현예에서, 대상체에서 암을 진단하거나 예측하는 방법은 (a) 대상체로부터 핵산 함유 샘플을 수득하는 단계, 및 (b) ErbB2 유전자 내 적어도 하나의 체세포 돌연변이의 존재를 검출하기 위해 샘플을 분석하는 단계를 포함할 수 있고, 상기 유전적 변이의 존재는 상기 대상체가 암으로 시달리거나 또는 암을 전개할 위험에 있는 것을 나타낸다.
특정 구현예에서, 진단 또는 예후의 방법은 대상체에게 암에 대한 하나 이상의 추가의 진단 시험, 예를 들어 하나 이상의 추가 마커를 스크리닝하거나 대상체를 이미지형성 절차에 적용하는 것을 추가로 포함한다.
특정 구현예에서, 상기 방법은 샘플에서 적어도 하나의 체세포 돌연변이의 존재를 검출하는 것을 추가로 포함한다. 특정 구현예에서, 적어도 하나의 추가의 체세포 돌연변이의 존재와 함께 제1 체세포 돌연변이의 존재는 제1 체세포 돌연변이를 갖고 적어도 하나의 추가의 체세포 돌연변이의 존재가 없는 대상체와 비교하여 암의 증가된 위험을 나타낸다.
본 개시내용은 암 진단의 위험이 증가된 대상체를 식별하는 방법을 추가로 제공한다. 특정 구현예에서, 본 방법은 (a) 대상체로부터 생물학적 샘플에서 ErbB2 유전자 내 제1 체세포 돌연변이의 존재 또는 부재를 결정하는 단계; 및 (b) 적어도 하나의 추가의 체세포 돌연변이의 존재 또는 부재를 결정하는 단계를 포함하고, 여기서 제1 및 적어도 하나의 추가의 체세포 돌연변이의 존재는 상기 대상체가 제1 및 적어도 하나의 추가의 체세포 돌연변이의 존재를 결하는 대상체에 비교하여 암의 진단의 증가된 위험을 갖는다는 것을 나타낸다.
또한 대상체에서에서 암의 하위-표현형의 진단 및/또는 예후를 보조하는 방법이 제공되고, 상기 방법은 상기 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 ErbB2를 인코딩하는 유전자에서 체세포 돌연변이의 존재를 검출하는 것을 포함한다.
본 개시내용은 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 하기 ErbB2의 아미노산 서열에서 아미노산 변동을 초래하는 체세포 돌연변이를 검출하는 것을 포함하는, ErbB 수용체를 표적화하는 암 치료제 제제에 대한 대상체의 반응을 예측하는 방법을 추가로 제공하고 (서열번호:2), 여기서 체세포 돌연변이의 존재는 ErbB 수용체를 표적화하는 치료제에 대한 반응을 나타낸다. 특정 구현예에서, 치료제는 ErbB 길항제 또는 결합제, 예를 들어, 항-ErbB 항체이다.
상기에 기재된 임의의 방법에서 사용하기 위한 생물학적 샘플은 당해 분야의 숙련가에게 알려진 특정 방법을 사용하여 수득될 수 있다. 생물학적 샘플은 척추동물, 및 특히, 포유동물로부터 수득될 수 있다. 특정 구현예에서, 생물학적 샘플은 세포 또는 조직을 포함한다. 표적 핵산 (또는 인코딩된 폴리펩타이드)에서의 변이는 조직 샘플 또는 다른 신체 샘플 예컨대 혈액, 혈청, 소변, 가래, 타액, 점막, 및 조직으로부터 검출될 수 있다. 이러한 신체 샘플을 스크리닝함에 의해, 질환 예컨대 암에 대한 간단한 조기 진단이 달성될 수 있다. 또한, 요법의 진행은 표적 핵산 (또는 인코딩된 폴리펩타이드)에서의 변이에 대해 이러한 신체 샘플을 테스트함에 의해 보다 쉽게 모니터링될 수 있다. 특정 구현예에서, 생물학적 샘플은 암이 있는 것으로 의심되는 개체로부터 수득된다.
대상체 또는 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플이 본 명세서에서 개시된 체세포 돌연변이를 포함한다는 결정에 이어서, 대상체에서 암을 치료하기 위해 유효량의 적절한 암 치료제 제제가 대상체에게 투여될 수 있는 것으로 고려된다.
또한 상기 기재된 방법에 따라, ErbB2에서 체세포 돌연변이를 포함하는 핵산에서의 하나 이상의 변이의 존재를 검출함에 의해 포유동물에서 암의 진단을 돕는 방법이 제공된다.
특정 구현예에서, 상기 기재된 방법에 따라, 대상체가 ErbB2에 체세포 돌연변이를 포함하는지 여부를 결정함에 의해 암을 갖는 대상체가 치료제에 반응할 것인지 여부를 예측하는 방법이 제공된다.
또한 ErbB2에서 체세포 돌연변이의 대상체에서 존재 또는 부재를 검출함에 의해 암을 발생시키는 대상체의 소인을 평가하는 방법이 제공된다.
또한 포유 동물에서 암을 하위-분류하는 방법이 제공되고, 상기 방법은 ErbB2에서 체세포 돌연변이의 존재를 검출하는 것을 포함한다.
또한 환자 부분모집단에서 암을 치료하는데 효과적인 치료제를 확인하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 ErbB2에서의 체세포 돌연변이의 존재와 제제의 효능을 상관시키는 것을 포함한다.
추가의 방법은 적절한 경우 적절한 임상 개입 단계를 결정하는 데 유용한 정보를 제공한다. 따라서, 본 개시내용의 방법의 특정 구현예에서, 본 방법은 본 명세서에서 개시된 바와 같은 암과 연관된 ErbB2 체세포 돌연변이의 존재 또는 부재의 평가 결과에 기반한 임상 개입 단계를 추가로 포함한다. 예를 들어, 적절한 개입은 본 개시내용의 방법에 의해 수득된 유전적 정보에 기반한 예방 및 치료 단계, 또는 임의의 현재의 예방 또는 치료 단계의 조정(들)을 포함할 수 있다.
당해 분야의 숙련가에게 분명한 바와 같이, 본 명세서에서 기재된 임의의 방법에서, 체세포 돌연변이의 존재의 검출은 질환의 특징 (예를 들어, 질환의 존재 또는 아형)을 양성으로 나타내는 반면, 체세포 돌연변이의 비-검출은 또한 질환의 상호 특성규명을 제공함으로써 정보제공적일 것이다.
암의 치료
본 개시내용은 ErbB2-양성 암을 갖는 환자를 치료하는 방법을 제공하며, 여기서 본 암은 ErbB2 수용체의 JM 또는 TM 도메인에서의 돌연변이를 포함한다. 특정 구현예에서, ErbB2-양성 암은 표 1에 나타낸 적어도 하나의 돌연변이를 포함한다. 특정 구현예에서, 환자에서 암을 치료하는 방법은 환자로부터 생물학적 샘플을 수득하는 단계, 본 명세서에서 개시된 바와 같은 ErbB2 체세포 돌연변이의 존재 또는 부재에 대해 생물학적 샘플을 검사하는 단계, 및 상기 조직 또는 세포 샘플에서 돌연변이의 존재 또는 부재를 결정함에 의해, 유효량의 적절한 치료제를 상기 환자에게 투여하는 단계를 포함한다. 선택적으로, 본 방법은 유효량의 표적화된 암 치료제 제제를 상기 포유동물에게 투여하는 단계를 포함한다. 예를 들어, 비제한적으로써, 생물학적 샘플에서 ErbB2 체세포 돌연변이가 검출된다면, 상기 방법은 유효량의 Her 억제제의 투여를 포함할 수 있다.
특정 구현예에서, 암을 갖는 대상체의 치료 방법은 대상체로부터 암의 샘플을 수득하는 단계 및 본 샘플에서 ErbB2 체세포 돌연변이의 존재를 검출하는 단계, 여기서 ErbB2 체세포 돌연변이가 검출되면, 상기 대상체에게 Her 억제제룰 투여하는 단계를 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, ErbB2 돌연변이는 ErbB2 수용체의 TM 영역 및/또는 JM 영역에서의 돌연변이를 포함한다. 특정 구현예에서, ErbB2 돌연변이는 아미노산 V659, G660 R667, R678, Q709 또는 이들의 조합 중 적어도 하나의 돌연변이이다. 예를 들어, 비제한적으로써, ErbB2 돌연변이는 V659E, G660D, G660R, R667Q, R678Q, Q709L 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다.
또한 ErbB2 체세포 돌연변이가 존재하는 것으로 알려진 대상체에서 암을 치료하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 대상체에게 암을 치료하는데 효과적인 치료제를 투여하는 것을 포함한다. 특정 구현예에서, ErbB2 돌연변이는 표 1에서 제공된 것이다. 특정 구현예에서, ErbB2 돌연변이는 아미노산 V659, G660 R667, R678, Q709 또는 이들의 조합 중 적어도 하나의 돌연변이이다. 예를 들어, 비제한적으로써, ErbB2 돌연변이는 V659E, G660D, G660R, R667Q, R678Q, Q709L 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다. 또한 특정 암 환자 부분모집단인 암 대상체를 상기 부분모집단에 대한 치료제로 승인된 유효량의 치료제를 대상체에게 투여하는 것을 포함하는 상기 대상체를 치료하는 방법이 제공되고, 여기서 본 부분모집단은 ErbB2 체세포 돌연변이와 회합에 의해 적어도 부분적으로 특성규명된다. 특정 구현예에서, ErbB2 돌연변이는 표 1에서 제공된 것이다. 특정 구현예에서, ErbB2 돌연변이는 아미노산 V659, G660 R667, R678, Q709 또는 이들의 조합 중 적어도 하나의 돌연변이이다. 예를 들어, 비제한적으로써, ErbB2 돌연변이는 V659E, G660D, G660R, R667Q, R678Q, Q709L 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다.
또한 ErbB2 체세포 돌연변이의 존재를 검출하는 것을 포함하는 암 치료제 제제로 치료를 위한 암을 앓고 있는 환자를 선정하는 방법이 제공된다. 특정 구현예에서, 환자는 표 1에 개시된 돌연변이 중 하나 이상의 존재에 기반하여 헤르셉틴 또는 페르투자맙으로 치료를 위해 선택된다.
특정 구현예에서, ErbB2 수용체의 TM 영역에 돌연변이를 포함하는 암을 앓고 있는 환자는 트라스투주맙 또는 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1)로 치료를 위해 선택된다. 특정 구현예에서, ErbB2 수용체의 TM 도메인의 아미노산 V659 또는 G660 중 적어도 하나에서 돌연변이를 포함하는 암을 앓고 있는 환자는 트라스투주맙 또는 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1)로 치료를 위해 선택된다. 특정 구현예에서, 암은 돌연변이 V659E를 포함한다. 특정 구현예에서, 암은 돌연변이 G660D를 포함한다. 특정 구현예에서, 암은 돌연변이 G660R을 포함한다. 특정 구현예에서, ErbB2 수용체의 TM 영역에서 돌연변이를 포함하는 암을 앓고 있는 환자에는 유효량의 트라스투주맙이 투여된다. 특정 구현예에서, ErbB2 수용체의 TM 영역에서 돌연변이를 포함하는 암을 앓고 있는 환자에는 유효량의 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1)이 투여된다.
특정 구현예에서, ErbB2 수용체의 JM 영역에서 돌연변이를 포함하는 암을 앓고 있는 환자는 트라스투주맙, 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1), 또는 페르투주맙으로 치료를 위해 선택된다. 특정 구현예에서, ErbB2 수용체의 JM 도메인의 아미노산 R667, R678 또는 Q709 중 적어도 하나에서 돌연변이를 포함하는 암을 앓고 있는 환자는 트라스투주맙, 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1), 또는 페르투주맙으로 치료를 위해 선택된다. 특정 구현예에서, 암은 돌연변이 R667Q를 포함한다. 특정 구현예에서, 암은 돌연변이 R678Q를 포함한다. 여전히 특정 구현예들에서, 암은 돌연변이 Q709L을 포함한다. 특정 구현예에서, ErbB2 수용체 환자의 JM 영역에서 돌연변이를 포함하는 암을 앓고 있는 환자에게는 유효량의 트라스투주맙이 투여된다. 특정 구현예에서, ErbB2 수용체의 JM 영역에서 돌연변이를 포함하는 암을 앓고 있는 환자에게는 유효량의 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1)이 투여된다. 특정 구현예에서, ErbB2 수용체의 JM 영역에서 돌연변이를 포함하는 암을 앓고 있는 환자에게는 유효량의 페르투주맙이 투여된다.
본 개시내용은 본 명세서에서 기재된 하나 이상의 체세포 돌연변이에 의해 확인된 Her2/ErbB2 암을 갖는 개체를 치료하는 방법을 제공한다. 특정 구현예에서, 상기 방법은 개체에게 유효량의 Her 억제제를 투여하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, Her 억제제는 Her 수용체에 결합하는 항체이다. 특정 구현예에서, 항체는 ErbB2 수용체에 결합한다. 특정 구현예에서, Her 억제제에 의해 치료된 암은 위, 결장, 식도, 직장, 맹장, 결장직장, 비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종, NSCLC (편평상피 암종), 신장 암종, 흑색종, 난소, 폐 대세포, 소세포 폐암 (SCLC), 간세포 (HCC), 폐암, 및 췌장암이다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 대상체에서 ErbB2-양성 암을 치료하는 방법에서 사용하기 위한 항-암 치료제 제제를 제공하고, 상기 방법은 (i) 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 ErbB2를 인코딩하는 핵산 서열에서 아미노산 돌연변이의 존재 또는 부재를 검출하는 단계로, 여기서, 상기 돌연변이는 (본 명세서에서 기재된 바와 같은) ErbB2 아미노산서열의 적어도 하나의 위치에서 아미노산 변화를 초래하고, 상기 돌연변이의 존재는 샘플이 수득된 상기 대상체에서 암의 존재를 나타내는, 단계; 및 (ii) 돌연변이가 상기 핵산 서열에서 검출된 경우, 상기 대상체에게 유효량의 항-암 치료제 제제를 투여하는 단계를 포함한다.
본 개시내용의 또 다른 양태는 개체에게 유효량의 Her 억제제를 투여하는 것을 포함하는 개체에서 Her 수용체의 생물학적 활성을 억제하는 방법을 제공한다. 특정 구현예에서, Her 수용체는 개체에서 암 세포에 의해 발현된 Her2 수용체이다. 특정 구현예에서, Her 억제제는 적어도 Her2에 특이적으로 결합하는 항원-결합 도메인을 포함하는 Her 항체이다.
특정 구현예에서, 본 개시내용은 하기를 포함하는 암이 있는 대상체의 생존 기간을 연장하는 방법을 제공한다: ErbB2 체세포 돌연변이.특정 구현예에서, 상기 방법은 대상체에게, 본 명세서에서 개시된 치료 유효량의 HER 억제제를 투여하는 것을 포함한다. 특정 구현예에서, 암이 있는 대상체의 생존의 기간은 본 개시된 방법을 사용하여 약 1 주, 약 2 주, 약 3 주, 약 1 개월, 약 2 개월, 약 4 개월, 약 6 개월, 약 8 개월, 약 10 개월, 약 12 개월, 약 14 개월, 약 18 개월, 약 20 개월, 약 2 년, 약 3 년, 약 5 년 또는 그 초과까지 늘어날 수 있다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 치료 방법에 사용하기 위한 몇 개의 상이한 유형의 적합한 Her 억제제를 제공한다. 특정 구현예에서, Her 억제제는 트라스투주맙 (ErbB2 도메인 IV에 결합하는 항-ErbB2 항체), 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1), 페르투주맙 (ErbB2 도메인 II에 결합하고 이량체화를 방지하는 항-ErbB2 항체) 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다. Her 억제제의 추가의 비-제한적인 예는 라파티닙, 아파티닙 및 네라티닙을 포함한다.
본 개시내용은 약제로 사용하기 위한 Her 항체를 추가로 제공한다. 본 개시내용의 또 다른 양태는 약제의 제조에 사용하기 위한 Her 항체를 제공한다. 특정 구현예에서, 본 명세서에서 기재된 체세포 돌연변이 중 하나 이상에 의해 확인된 ErbB2/Her2 암을 치료하기 위한 약제가 사용될 수 있다. 특정 구현예에서, Her 항체는 Her2, 또는 Her2와 적어도 하나의 추가의 Her 수용체에 특이적으로 결합하는 항원-결합 도메인을 포함한다.
트라스투주맙 (CAS 180288-69-1, 헤르셉틴®, huMAb4 D5-8, rhuMAb Her2, Genentech)은 Her2의 세포외 도메인에 세포 기반 검정에서 고친화도 (Kd=5 nM)로 선택적으로 결합하는 쥣과 항-Her2 항체의 인간화된 버전 (4 D5)인 재조합 DNA-유래된, IgG1 카파, 단클론성 항체이다 (미국특허 번호 5,677,171; 미국특허 번호 5,821,337; 미국특허 번호 6,054,297; 미국특허 번호 6,165,464; 미국특허 번호 6,339,142; 미국특허 번호 6,407,213; 미국특허 번호 6,639,055; 미국특허 번호 6,719,971; 미국특허 번호 6,800,738; 미국특허 번호 7,074,404; Coussens 등 (1985) Science 230:1132-9; Slamon 등 (1989) Science 244:707-12; Slamon 등 (2001) New Engl.J. Med. 344:783-792). 트라스투주맙은 시험관내 검정 및 동물 둘 모두에서 Her2를 과발현하는 인간 종양 세포의 증식을 억제하는 것으로 나타났다 (Hudziak 등 (1989) Mol Cell Biol 9:1165-72; Lewis 등 (1993) Cancer Immunol Immunother; 37:255-63; Baselga 등 (1998) Cancer Res. 58:2825-2831). 트라스투주맙은 항체-의존적 세포 세포독성인 ADCC의 매개체이다 (Lewis 등 (1993) Cancer Immunol Immunother 37(4): 255-263; Hotaling 등 (1996) [abstract].Proc. Annual Meeting Am Assoc Cancer Res; 37:471; Pegram M D, 등 (1997) [abstract].Proc Am Assoc Cancer Res; 38:602; Sliwkowski 등 (1999) Seminars in Oncology 26(4), Suppl 12:60-70; Yarden Y. 및 Sliwkowski, M.(2001) Nature Reviews:Molecular Cell Biology, Macmillan Magazines, Ltd., Vol. 2:127-137).
헤르셉틴®은 Her2-과발현 전이성 유방암이 있는 환자의 치료를 위하여 1998년에 승인되었으며 (Baselga 등, (1996) J. Clin.Oncol.14:737-744) 환자는 광범위한 사전 항-암 요법을 투여 받았고, 그 이래로 300,000명을 넘는 환자에서 사용되었다 (Slamon D J, 등 N Engl J Med 2001; 344:783-92; Vogel C L, 등 J Clin Oncol 2002; 20:719-26; Marty M, 등 J Clin Oncol 2005; 23:4265-74; Romond E H, 등 T N Engl J Med 2005; 353:1673-84; Piccart-Gebhart M J, 등 N Engl J Med 2005; 353:1659-72; Slamon D, 등 [요약]. Breast Cancer Res Treat 2006, 100 (Suppl 1): 52). 2006년에, FDA는 Her2-양성, 노드-양성 유방암이 있는 환자의 보조 치료를 위해 독소루비신, 사이클로포스파마이드 및 파클리탁셀을 함유하는 치료 레지멘의 일부로서 헤르셉틴®. (트라스투주맙, Genentech Inc.)을 승인했다.
Her2-양성 유방암의 치료를 위한 신규한 항체-약물 콘주게이트 (ADC)인, 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1, 트라스투주맙 엠탄신, 아도-트라스투주맙 엠탄신, 캐싸일라®)은 약 3.5의 평균 약물 부하 (약물 대 항체 비)로 MCC 링커를 통해 라이신 측쇄에서 트라스투주맙에 접합된 세포독성 약물 DM1 (티올-함유 메이탄시노이드 항-미세소관 제제)로 구성된다. 종양 세포 상에 발현된 Her2에 결합한 후, T-DM1은 수용체-매개된 내재화를 겪어, DM1을 함유하는 세포독성 이화대사물의 세포내 방출 및 후속적인 세포사를 초래한다.
미국 식품의약품국은 트라스투주맙 및 탁산으로 이전에 치료를 받은 Her2-양성, 전이성 유방암이 있는 환자의 치료를 위해 2013년 2월 22일자로 상표명 캐싸일라® 하에서 시판되는 아도-트라스투주맙 엠탄신을 승인했다.
페르투주맙 (재조합 인간화된 단클론성 항체 2C4인, rhuMAb 2C4로도 알려져 있음, 퍼제타®, Genentech, Inc, 사우스샌프란시스코 소재)은 Her 이량체화 억제제 (HDI)로서 알려진 신규한 부류의 제제 중 첫 번째를 나타내고 다른 Her 수용체 (예컨대 EGFR/Herl, Her2, Her3 및 Her4)와 활성 이종이량체 또는 동종이량체를 형성하는 Her2의 능력을 억제하는 기능을 한다. 하기 참고, 예를 들어, Harari and Yarden Oncogene 19:6102-14 (2000); Yarden and Sliwkowski.Nat Rev Mol Cell Biol 2:127-37 (2001); Sliwkowski Nat Struct Biol 10:158-9 (2003); Cho 등 Nature 421:756-60 (2003); 및 Malik 등 Pro Am Soc Cancer Res 44:176-7 (2003)
종양 세포에서 Her2-Her 3 이종이량체의 형성의 페르투주맙 차단은 감소된 종양 증식 및 생존을 초래하는 중요한 세포 신호전달을 억제하는 것으로 실증되었다 (Agus 등 Cancer Cell 2:127-37 (2002)).
페르투주맙은 전이성 질환에 대해 이전에 트라스투주맙을 투여받은 Her2-양성 전이성 유방암이 있는 환자에서 트라스투주맙과 조합한 페이스 II 연구에서 평가되었다. 미국 국립 암 연구소 (NCO에 의해 수행된 일 연구에 이전에 치료된 Her2-양성 전이성 유방암이 있는 11명의 환자가 등록했다. 11명의 환자 중 2명은 부분적인 반응 (PR)을 나타냈다 (Baselga 등, J Clin Oncol 2007 ASCO Annual Meeting Proceedings; 25:18 S (June 20 Supplement): 1004.2010년 12월 8-12일의 CTRC-AACR 샌 안토니오 유방암 심포지움 (SABCS)에서 제시된, 초기단계 Her2-양성 유방암이 있는 여성에서 페르투주맙 및 트라스투주맙 플러스 화학요법 (도세탁셀)의 신규한 조합 레지멘의 효과를 평가하는 페이스 II 네오아쥬반트 연구의 결과는 수술 이전에 설정한 네오아쥬반트에서 주어진 두 가지 Her2 항체 플러스 도세탁셀이 하기의 것에 비교하여 절반 초과로 유방에서 완전한 종양 사라짐 (45.8 퍼센트의 병리적 완전한 반응 속도, pCR)의 비율을 상당히 개선하였다: 트라스투주맙 플러스 도세탁셀 (pCR은 29.0 퍼센트), p=0.014.
상표명 퍼제타®로 시판되는 페르투주맙은 진전된 또는 후기 단계 (전이성) Her2-양성 유방암이 있는 환자의 치료를 위해 2012년에 승인되었다. Her2-양성 유방암은 암세포 성장 및 생존에 기여하는 Her2 단백질의 양을 증가시켰다.
암의 치료를 위한 치료제는 특정 구현예에서 약제학적 용도에 적합한 조성물 안에 포함될 수 있다. 이러한 조성물은 전형적으로 펩타이드 또는 폴리펩타이드, 및 허용가능한 담체, 예를 들어 약제학적으로 허용가능한 담체를 포함한다. "약제학적으로 허용가능한 담체"는 약제학적 투여에 양립가능한 임의의 및 모든 용매, 분산매, 코팅물, 항균 및 항진균제, 등장성 및 흡수 지연제, 및 동종의 것을 포함한다 (Gennaro, Remington:The science and practice of pharmacy.Lippincott, Williams & Wilkins, Philadelphia, Pa.(2000)). 이러한 캐리어 또는 희석제의 예는, 비제한적으로, 물, 염수, 핑거 용액, 덱스트로스 용액, 및 5% 인간 혈청 알부민을 포함한다. 리포좀 및 비-수성 비히클 예컨대 고정유가 또한 사용될 수 있다. 통상적인 매체 또는 제제가 활성 화합물과 양립할 수 없는 경우를 제외하고, 이들 조성물의 사용이 고려된다. 보충의 활성 화합물이 또한 조성물 안에 편입될 수 있다.
본 개시내용의 치료제 (및 암의 치료를 위한 임의의 추가의 치료제)는 비경구, 폐내, 척추강내 및 비강내, 및 국소 치료를 위해 필요한 경우 병소내 투여를 포함하는 임의의 적당한 수단에 의해 투여될 수 있다. 비경구 주입은, 예를 들어, 근육내, 정맥내, 동맥내, 복강내, 또는 피하 투여를 포함한다. 투약은 투여가 짧은지 만성인지에 부분적으로 의존하여 임의의 적합한 경로, 예를 들어 주사로, 예컨대 정맥내 또는 피하 주사로 될 수 있다. 비제한적으로 단일 또는 다양한 시점에 걸친 다중 투여, 볼러스 투여, 및 펄스 주입을 포함한 다양한 투약 계획이 본 명세서에서 고려된다.
암 치료제 제제를 투여하기 위한 효과적인 투약량 및 스케줄은 실험적으로 결정될 수 있으며, 이러한 결정을 내리는 것은 당 업계의 기술 내에 있다. 단일 또는 다중 투약량이 이용될 수 있다. 암 치료제 제제의 생체내 투여가 이용될 때, 정상적 투약량은 하루당 약 10 ng/kg 내지 최대 100 mg/kg의 포유동물 체중 또는 그 초과, 바람직하게는 투여 경로에 의존하여 약 1μg/kg/일 내지 10 mg/kg/일로 다양할 수 있다. 특정 투약량 및 전달의 방법에 관한 안내는 문헌에 제공되어 있다; 참고, 예를 들어, 미국특허 번호 4,657,760; 5,206,344; 또는 5,225,212.
병용 요법
병용 요법이 본 방법에서 이용될 수 있는 것으로 고려된다. 병용 요법은 비제한적으로 2종 또는 그 초과 암 치료제 제제의 투여를 포함할 수 있다. 조합하여 치료제의 투여는 전형적으로 정의된 기간 (일반적으로 선택된 조합에 따라 분, 시간, 일 또는 주)에 걸쳐 수행된다. 병용 요법은 순차적인 방식, 즉 각각의 치료제가 상이한 시간에 투여되는 방식으로 이들 치료제의 투여뿐만 아니라 실질적으로 동시 방식으로 이들 치료제 또는 2종 이상의 치료제의 투여를 포함하도록 의도된다.
치료제는 동일한 경로 또는 상이한 경로에 의해 투여될 수 있다. 예를 들어, 조합에서의 ErbB 길항제는 정맥내 주사에 의해 투여될 수 있는 반면, 조합에서의 화학 치료제는 경구로 투여될 수 있다. 대안적으로, 예를 들어, 치료제 둘 모두는 경구로 투여될 수 있거나, 또는 치료제 둘 모두는 특정한 치료제에 따라 정맥내 주사에 의해 투여될 수 있다. 치료제가 투여되는 순서는 또한 특정한 제제에 따라 다양하다.
특정 구현예에서, 본 개시내용은 본 명세서에서 기재된 하나 이상의 체세포 돌연변이에 의해 확인된 ErbB2/Her2 암을 갖는 개체를 치료하는 방법을 제공하며, 여기서 치료 방법은 1 초과의 ErbB 억제제를 투여하는 것을 포함한다. 특정 구현예에서, 상기 방법은 1 초과의 ErbB2 억제제를 투여하는 단계를 포함한다. 예를 들어, 비제한적으로써, 본 명세서에서 개시된 치료 방법은 트라스투주맙, 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1), 페르투주맙, 라파티닙, 아파티닙, 네라티닙의 조합의 투여를 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 본 치료 방법은 트라스투주맙 또는 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1) 및 페르투주맙의 투여를 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 본 명세서에서 개시된 치료 방법은 트라스투주맙 및 페르투주맙의 투여를 포함할 수 있다. 대안적으로, 본 명세서에서 개시된 치료방법 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1) 및 페르투주맙의 투여를 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 본 치료 방법은 트라스투주맙 또는 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1) 및 라파티닙, 아파티닙 또는 네라티닙의 투여를 포함할 수 있다.
키트
본 명세서에서 기술되거나 제안된 적용에 사용하기 위해, 키트 또는 제조물품이 또한 제공된다. 이러한 키트는 바이알, 튜브 및 동종의 것과 같은 하나 이상의 용기 수단을 폐쇄된 감금으로 수용하기 위해 구획화되는 담체 수단을 포함할 수 있으며, 각각의 용기 수단은 본 방법에 사용될 별개의 요소 중 하나를 포함한다. 예를 들어, 용기 수단 중 하나는 검출가능하게 라벨링되거나 라벨링될 수 있는 프로브를 포함할 수 있다. 이러한 프로브는 본 명세서에서 개시된 바와 같은 암과 연관된 ErbB2 체세포 돌연변이를 포함하는 폴리뉴클레오타이드에 대해 특이적인 폴리뉴클레오타이드일 수 있다. 키트가 표적 핵산을 검출하기 위해 핵산 하이브리드화를 이용하는 경우, 키트는 또한 표적 핵산 서열의 증폭을 위한 뉴클레오타이드(들)를 함유하는 용기 및/또는 리포터 분자, 예컨대 효소, 형광, 또는 방사성 동위원소 표지에 결합된 리포터 수단, 예컨대 바이오틴-결합 단백질, 예컨대 아비딘 또는 스트렙타비딘을 함유하는 용기를 가질 수 있다. 특정 구현예에서, 본 개시내용의 키트는 본 명세서에서 기재된 바와 같은 하나 이상의 ErbB2-양성 암 검출 제제를 포함한다. 특정 구현예에서, 키트는 본 명세서에서 기재된 바와 같은 치료제 (예를 들어, ErbB2 억제제)를 추가로 포함한다.
특정 구현예에서, 본 키트는 본 명세서에서 개시된 바와 같은 암과 연관된 ErbB2 체세포 돌연변이를 포함하는 폴리펩타이드를 검출할 수 있는 라벨링된 제제를 포함할 수 있다. 이러한 제제는 폴리펩타이드에 결합하는 항체일 수 있다. 이러한 제제는 폴리펩타이드에 결합하는 펩타이드일 수 있다. 본 키트는, 예를 들어, 본 명세서에서 개시된 바와 같은 유전적 변이체를 포함하는 폴리펩타이드에 결합하는 제1 항체 (예를 들어, 고형 지지체에 부착됨); 및, 선택적으로, 폴리펩타이드 또는 제1 항체 중 어느 하나에 결합하고 검출가능한 표지에 접합되는 제2의 상이한 항체를 포함할 수 있다.
특정 구현예에서, 본 개시내용의 키트는 상기에 기재된 용기 및, 완충액, 희석제, 필터, 바늘, 주사기, 및 사용 지침을 갖는 포장 삽입물을 비롯하여 상업적 및 사용자 관점으로부터 바람직한 물질을 포함하는 하나 이상의 다른 용기를 포함할 수 있다. 표지는 조성물이 특정한 요법 또는 비-치료적 적용에 사용됨을 나타내고, 또한 상기에 기재된 것들과 같은 생체내 또는 시험관내 사용에 대한 지시를 나타낼 수 있도록 하기 위해 용기 상에 존재할 수 있다. 키트에서의 다른 선택적인 성분은 하나 이상의 완충제 (예를 들어, 블록 완충제, 세정 완충제, 기질 완충제 등), 다른 시약 예컨대 효소적 표지에 의해 화학적으로 변형된 기질 (예를 들어, 색원체), 에피토프 회수 용액, 대조군 샘플 (양성 및/또는 음성 대조군), 대조군 슬라이드(들) 등을 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 대상체에서 암을 검출하기 위한 키트의 제조에서 ErbB2-양성 암 검출 제제의 용도를 제공한다. 특정 구현예에서, ErbB2-양성 암의 검출은 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 내에 ErbB2를 인코딩하는 핵산 서열에서의 아미노산 돌연변이의 존재 또는 부재를 검출하는 것을 포함하며, 상기 돌연변이는 (본 명세서에서 기재된 바와 같이) ErbB2 아미노산 서열의 적어도 하나의 위치에서 아미노산 변화를 초래하고, 상기 돌연변이의 존재는 샘플이 수득된 대상체에서 암의 존재를 나타낸다. 특정 구현예에서, ErbB2-양성 암 검출 제제는 구체적으로 표 1에 제시된 하나 이상의 돌연변이를 인코딩하거나 포함하는 ErbB2 핵산 전사체 또는 단백질을 검출하고 야생형 ErbB2 핵산 전사체 또는 단백질은 검출하지 않는다.
마케팅 방법
본 명세서의 개시내용은 또한 표적 청중에게 본 개시된 방법의 사용을 광고, 지시, 및/또는 특정하는 것을 포함하는, 암의 진단 또는 예후의 개시된 방법을 마케팅하는 방법을 포괄한다.
마케팅은 일반적으로 후원자가 확인되고 메시지가 제어되는 비-개인 매체를 통해 통신된다. 본 명세서에서의 목적을 위한 마케팅은 홍보, 공공 관계, 제품 배치, 후원, 인수, 및 기타 동종의 것을 포함한다. 이 용어는 또한 임의의 인쇄 통신 매체에 나타나는 스폰서가 있는 정보 공개 통지를 포함한다.
본 명세서에서의 진단 방법의 마케팅은 임의의 수단에 의해 달성될 수 있다. 이들 메시지를 전달하는 데 사용되는 마케팅 매체의 예는 텔레비전, 라디오, 영화, 잡지, 신문, 인터넷 및 방송 매체에서 나타나는 메시지가 있는 상업용을 포함한 광고판을 포함한다.
사용되는 마케팅의 유형은, 예를 들어, 병원, 보험 회사, 클리닉, 의사, 간호사 및 환자 같은 도달할 대상 청중의 특성뿐만 아니라 비용 고려사항들 및 의약과 진단의 마케팅을 관리하는 관련된 관할구역의 법률 및 규정과 같은 많은 요인에 의존할 것이다. 마케팅은 서비스 상호작용 및/또는 다른 데이터 예컨대 사용자 인구통계 및 지리적 위치에 의해 정의된 사용자 특성규명에 기반하여 개별화되거나 맞춤화될 수 있다.
하기 실시예는 단지 설명하기 위해 제공되며, 어떠한 식으로든 본 개시내용의 범위를 한정하고자 하는 것은 아니다.
본 명세서에 인용된 모든 특허 및 문헌 참고는 이로써 전체적으로 참고로 편입된다.
실시예
실시예 - 종양형성에서 종양발생 ErbB2 돌연변이
인간 암에서 ErbB2의 중요성을 고려하여, 본 발명자들은 체계적으로 인간 암을 조사하고 ErbB2의 막관통 (TM) 및 인접막 (JM) 도메인뿐만 아니라 JM/TM 도메인에 인접한 영역에서 재발성 체세포 돌연변이를 확인하고, 또한 이들 돌연변이가 변형되고 있다는 것을 보여 주었다. 또한, 본 발명자들은 암의 ErbB2-돌연변이체 유도된 세포 기반 및 동물 모델에서 표적화된 치료제를 평가하였고, 이들이 ErbB2-돌연변이체 유도된 종양형성을 차단하는데 효과적인 것으로 나타났다.
물질 및 방법
종양 DNA, 돌연변이 확인
종양-DNA 돌연변이는 표시된 바와 같이 환자의 종양에서의 ErbB2 돌연변이 및/또는 TM/JM 도메인 영역 및 인접하는 분절에서의 관측된 돌연변이의 근접에서의 것들로부터 관측된 돌연변이 빈도에 기반하여 확인되었다 (표 1).
세포주
IL-3-의존적 마우스 pro-B 세포주 BaF3은 ATCC (미국 종균 협회, 버지니아주 머내서스 소재 )로부터 구매하였다. BaF3 세포는 10% (v/v) 우태 혈청 (Thermo Fisher Scientific, IL), 2 mM L-글루타민, 100 U/ml 페니실린, 100 mg/ml 스트렙토마이신 (완전한 RPMI) 및 2 ng/mL 마우스 IL-3이 보충된 RPMI 1640에서 유지하였다.
레트로바이러스 제제 및 안정한 세포주의 생성
N-말단 단순 포진 당단백질 D (gD) 태그로 전장 Her2 야생형 (WT)을 발현하는 pLPCX 레트로바이러스 벡터 (Clontech, CA)를 부위 지향된 돌연변이유발을 위해 사용하였다. Her2 돌연변이체는 Quikchange 부위 지향적 돌연변이유발 키트를 사용하여 생성되었다 (Agilent, CA; 표 1). 이전에 기재된 바와 같이 야생형 (WT) 또는 돌연변이체 Her2 플라스미드를 사용하여 생성된 레트로바이러스 (Jaiswal 등, 2009)을 사용하여 안정한 BaF3 세포주를 생성시켰다. 안정한 세포는 감염 전 일에 6 웰 플레이트에 분주된 Phoenix 세포를 사용하여 선택하였다. BaF3 세포는 재조합 쥣과 IL-3 (mIL-3) 및 퓨로마이신 (1μg/m1)이 보충된 완전한 RPMI 배지에서 배양하였다.
세포 생존 검정 및 웨스턴 블랏
BaF3 세포 생존 검정은 이전에 기재된 바와 같이 수행하였다 (Jaiswal 등, 2011). 간단히, Her2 WT 또는 돌연변이체를 발현하는 안정한 세포를 1x PBS로 2회 세정하고 IL-3이 없는 완전한 RPMI 배지에서 12번의 반복으로 96-웰 플레이트 (10,000 세포/웰)에 플레이팅하였다. 세포 생존력은 Cell Titer Glo Luminescence Cell Viability Kit (Promega, CA)를 사용하여 측정하였고, 플레이트는 Synergy 2 (Biotek Instruments) 발광 플레이트 리더 상에서 판독하였다. 보고된 상대적인 생존은 0일째에 측정된 RLU에 대해 4일째에 상대적인 루시퍼라제 활성 (RLU)의 비로서 계산되었다. 돌연변이체 Her2 작제물은 BaF3에서 단독으로 또는 표시된 바와 같이 WT Flag 태깅된 Her2의 존재에서 시험되었다.
태깅된 Her2의 발현은 이전에 기재된 바와 같이 웨스턴 블랏을 사용하여 시험되었다 (Jaiswal 등, 2011)
ErbB2 억제제 시험
ErbB2 G660D, G660R, V659E, R678Q, 또는 Q709L 돌연변이체를 안정적으로 발현하는 BaF3 세포를 PBS로 2회 세정하고 IL-3이 없는 RPMI에 현탁시켰다. 약 10000 세포를 100u1의 IL-3-유리 RPMI 배지에서 96 웰 플레이트의 각각의 웰에 분주하고 표시된 바와 같이 Her2 항체 (트라스투주맙 또는 페르투주맙) 또는 ErbB2 키나제 억제성 소분자 약물 (라파티닙, 아파티닙 또는 네라티닙) 중 어느 하나로 처리하였다. 생존 가능한 세포수는 Cell Titer-Glo 발광성 세포 생존력 검정 키트 (Promega, WI)를 사용하여 치료 4일 후 평가하였다. 항체 및 그것의 분획 또는 억제제의 비-선형 회귀 플롯이 생성되고 IC50의 계산은 GraphPad Prism 5.00 (GraphPad Software, CA)을 사용하여 수행되었다. 데이터는 적어도 3회 반복된 대표적인 실험의 적어도 3-4 반복의 평균 ± 표준오차로 제시된다.
동물 연구
ErbB2 야생형 또는 돌연변이체를 발현하는 BaF3 세포 (2 x 106)가 또한 꼬리 정맥 주사에 의해 8-12 주령 Balb/C 누드 마우스 안으로 이식될 수 있다. 생체내 항체 효능 연구를 위해, 마우스는 세포 이식 후 4일째에 시작하는 40 mg/kg QW 항-돼지풀 (대조군), 10mg/kg QW 트라스투주맙, 또는 10mg/kg QW 페르투주맙으로 처리될 수 있다. 대다수의 마우스는 생존에 대해 추적될 수 있고, 일부는 20일째에 골수, 비장 및 간의 조직학적 분석에 의해 질환 진행을 평가하기 위해 검시에 사용될 수 있다. 이들 동물로부터 수득된 골수 및 비장 단일 세포 현탁액은 또한 FACS 분석에 의해 GFP 양성 BaF3 세포의 존재 및 비율에 대해 분석될 수 있다. 가능한 경우 생존 연구에서 죽은 또는 빈사 동물을 해부하여 사망의 원인을 확인한다. 비장, 간 및 골수의 형태적 및 조직학적 분석이 또한 이들 동물에 대해 수행될 수 있다. 골수, 비장 및 간은 10% 중성 완충 포르말린에 고정하고, 그 다음 자동화 조직 프로세서 (TissueTek, CA)에서 가공하고 그리고 파라핀에 포매한다. 4-마이크론 두께 섹션을 H&E (Sigma, MO)로 염색하고 침윤성 종양 세포의 존재에 대해 조직학적으로 분석한다. 조직학 사진은 Nikon DS-R 카메라를 구비한 Nikon 80i 복합 현미경에서 촬영된다. 모든 동물 연구는 Genentech의 동물 실험 윤리 위원회 (IACUC) 승인 프로토콜 하에서 수행된다.
통계적인 분석
제시된 오차 막대는 평균 ± 표준 오차를 나타낸다. 스튜던트 t-시험 (양측 꼬리)을 GraphPad Prism 5.00 (GraphPad Software, 캘리포니아주 샌디에고 소재)을 사용하여 처리 그룹을 비교하기 위해 통계적인 분석에 사용하였다. P-값 <0.05는 통계적으로 상당한 것으로 간주되었다 (*p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001 및 ****p<0.0001). 생존 분석의 카플란-마이어 방법에 대해, 로그-순위 통계를 사용하여 생존에서의 차이를 테스트했다.
결과
ErbB2 돌연변이의 확인
표 1에서 확인된 Her2 돌연변이체는 지시된 바와 같은 환자로부터 종양에서 관측된 것들 및/또는 TM/JM 도메인 영역 및 인접하는 분절에서의 관측된 돌연변이의 근접에서의 것들이었다.
Figure pct00001
Figure pct00002
Figure pct00003
ErbB2 돌연변이체는 IL3-독립적인 세포 생존 및 전환을 증진한다
ErbB2 돌연변이의 종양발생 관련성을 추가로 확인하기 위해, 본 발명자들은 야생형 Her2의 존재 및 부재에서 BaF3 시스템에서 발현된 Her2 돌연변이체에 의한 세포 생존 신호전달을 시험하였다 (도 1). BaF3은 유전자의 종양발생 활성 및 종양발생 드라이버를 표적으로 하는 약물의 개발을 연구하는데 널리 사용되는 인터류킨 (IL)-3 의존적 pro-B 세포주이다 (Lee 등 (2006). PLoS medicine 3, e485; Warmuth 등 (2007) Current opinion in oncology 19, 55-60). BaF3에서 발현될 때 종양발생 돌연변이체는 IL-3을 대체하는 것으로 나타났으며 (Lee 등, 2006; Warmuth 등, 2007), 따라서 종양 유전자의 발현에 의해 BaF3 세포 IL-3을 독립적으로 만든다.
Her2 돌연변이체는 지시된 바와 같은 환자에서 종양에서 관측된 돌연변이 및/또는 TM/JM 도메인 영역 및 인접하는 분절에서의 관측된 돌연변이의 근접에서의 것들에 기반하여 생성된다 (표 1). 시험된 돌연변이는 Her2의 Pro 593 내지 Glu 719를 커버했다 (도 2). 이것은 TM 도메인 (Ser 649 내지 Ile 675) 및 JM 도메인 (Val 676 내지 Ile 714)을 포함한다. 그 안에 묘사된 바와 같이, 돌연변이체 클론이 시험된 위치는 아미노산 서열 번호 위에 *로 표시된다. TM, JM 및 인접하는 영역에서 활성화 돌연변이가 확인되었고 막대의 높이는 시험된 돌연변이체의 활성을 나타낸다 (즉, 막대가 클수록 돌연변이체는 더 활성이다). ErbB2 잔기 및 잔기 수는 막대 그래프 아래에 제시되어 있다. 잔기의 배경 색상은 범례에 나타난 바와 같이 독립적인 종양에서 관측된 돌연변이체의 수에 상응한다. (넘버링된) 도메인 경계가 있는 ErbB2의 도메인 다이어그램이 도면의 하단에 도시되어 있다. 본 발명자들은 TM, JM 도메인 및 JM/TM 도메인에 인접한 영역에서 다수의 돌연변이가 활성화되는 것을 발견하였다.
돌연변이 유발 스크린에 대한 작업 흐름을 도시하는 개략도가 도 3A에 도시되어있고, IL-3 제거 후 4일째에 스크린에서 확인된 HER2 돌연변이의 대립유전자 빈도를 나타내는 막대 그래프가 도 3B에 도시되어있다. 스크린은 WT HER2의 부재 (도 3B; 상부 패널) 및 존재 (도 3B; 하부 패널)에서 수행되었고, 암 환자에서 관찰된 HER2 돌연변이의 수는 도 3B의 하단에 색상이 코딩된 박스로 제시된다. 풍부한 대립 유전자 중에는 G660D 및 V659E를 코딩하는 돌연변이체가 있었다. 추가로, G641S, A644F, E645K, A648L, S649T, L663H, V655D, F671N, L674H, I675M, R677T, Q680F 및 1602G 모두는 대립유전자 빈도에서의 증가를 나타냈다. WT HER2의 존재에서, 본 발명자들은 R678Q가 고도로 풍부하고 이어서 R647T였다는 것을 발견하였다. 또한, 본 발명자들은 E645F, V659E, G660D 및 K675T가 풍부한 것을 발견하였다.
본 발명자들은 또한 HER2 돌연변이체-신호전달이 그것의 키나제 도메인에 대해 알로스테릭 활성화 방식을 이용했는지 여부를 이해하고자 했다. HER2 G660D 활성화는 비대칭 키나제 도메인 이량체화를 포함하고 구성적 생존 신호전달을 위한 기능적 키나제 도메인을 필요로 한다. 알로스테릭 활성화를 시험하기 위해, 본 발명자들은 BaF3 세포에서 키나제 손상된 K753M/G660D 이중 돌연변이체 HER2를 안정적으로 발현시키고 IL-3의 부재 하에서 생존 신호전달에 대해 평가하였다 (도 3C). HER2 G660D 활성화는 비대칭 키나제 도메인 이량체화를 포함하고 구성적 생존 신호전달을 위한 기능적 키나제 도메인을 필요로 한다. G660D HER2에 비교하여, K753M/G660D 이중돌연변이체는 BaF3 세포의 IL-3 독립적인 생존을 지원하지 않았으며, 이는 G660D의 키나제 활성이 그것의 종양발생 활성에 필수적이라는 것을 나타낸다. 키나제 도메인의 리시버 또는 활성제 계면에서의 구조 안내 점돌연변이는 ERBB 키나제의 알로스테릭 활성화에서 비대칭 이량체의 역할을 확인하기 위해 사용되었다. 본 발명자들은 또한 리시버 I714Q (RM) 또는 V956R (AM) 돌연변이를 손상시키는 활성제를 단독으로 또는 함께 또는 BaF3 세포에서 WT HER2와 조합하여 수반하고 생존 활성에 대해 분석된 HER2 G660D를 안정적으로 발현시켰다. 리시버 손상된 HER2 G660D-1714Q (RM) 또는 활성제 손상된 HER2 G660D-V956R (AM)의 발현은 독자적으로 IL-3 회수에 따른 BaF3 세포 생존을 촉진하지 않았다. 그러나, BaF3 세포에서 HER2 G660D-I714Q (RM) 및 HER2 G660D-V956R (AM)의 조합된 발현은 HER2 G660D 이량체화 후 키나제 도메인의 알로스테릭 활성화가 세포 생존 신호전달을 촉진한다는 것을 확인하는 HER2 G660D의 세포 생존 신호전달 활성을 회복시켰다. HER2 G660D 돌연변이체는 BaF3 세포에서 WT HER2의 존재에서 생존 신호전달을 촉진할 수 있기 때문에, 본 발명자들은 WT HER2의 존재에서 리시버 또는 활성제로서 우선적으로 기능하였는지 여부를 시험하였다. WT HER2의 존재에서 BaF3 세포에서 HER2 G660D-I714Q (RM)의 발현이 세포 생존을 촉진시키지 않았고, 이는 WT HER2의 활성제로서 기능할 수 없었음을 밝혀냈지만, HER2 G660D-V956R (AM)은 WT HER2의 존재에서 세포 생존을 촉진하여 HER2 G660D가 수신 확인을 채택하는데 취약함을 나타낸다.
표적화된 치료제는 ErbB2 돌연변이체에 대해 효과적이다
ErbB 수용체를 직접적으로 표적으로 하는 다중 제제는 다양한 암을 치료하는데 승인되었다 (Baselga and Swain Nature Reviews Cancer 9, 463-475 (2009); Alvarez 등 Journal of Clinical Oncology 28, 3366-3379 (2010)). ErbB2를 포함하여 ErbB 패밀리 구성원을 표적으로 하는 몇 개의 추가의 후보 약물 및 그것의 다운스트림 성분은 다양한 임상 시험 및 개발 단계에 있다 (Alvarez 등 Journal of Clinical Oncology 28, 3366-3379 (2010)). 본 발명자들은 트라스투주맙 - ErbB2 도메인 IV에 결합하는 항-ErbB2 항체 (Junttila 등 Cancer Cell 15, 429-440 (2009)) 및 페르투주맙 - ErbB2 도메인 II에 결합하고 이량체화를 방지하는 항-ErbB2 항체 (Junttila 등 Cancer Cell 15, 429-440 (2009))를 BaF3 시스템을 사용한 세포 생존에 대해 그것의 효과에 대해 시험하였다 (도 4, 도 5, 및 도 6).
본 발명자들은 항-Her2 항체 트라스투주맙 및 페르투주맙이 TM/JM Her2 돌연변이체의 활성을 차단하는데 효과적인 것을 밝혀냈다. BaF3 세포 생존력 검정에서, 트라스투주맙은 시험된 모든 돌연변이체에 대해 효과적이었다. 구체적으로, V659E, G660D 및 G660R Her2 TM 도메인 돌연변이체 매개된 세포 생존 신호전달은 트라스투주맙에 의해 차단된다 (도 4). 그러나, 트라스투주맙 및 페르투주맙 둘 모두는 시험된 3개의 JM 도메인 돌연변이체를 차단하는데 효과적이었다. 구체적으로, R667Q, R678Q 및 Q709L Her2 JM 도메인 돌연변이체는 세포 생존 신호전달을 매개했다 (도 5 및 도 6).
본 발명자들은 또한 다중 ErbB2 키나제 억제성 소분자 약물 (예를 들어, 라파티닙, 아파티닙 및 네라티닙)을 BaF3 시스템을 사용하여 세포 생존에 대해 그것의 효과를 시험했다 (도 7). 본 발명자들은 시험된 모든 Her2 TM/JM 돌연변이체가 지시된 ERBB2 키나제 억제성 소분자 약물에 대해 반응한다는 것을 발견하였다.
이들 데이터는 개발 중이거나 인간 사용에 대해 승인된 다수의 치료제가 ErbB2-돌연변이체 유도된 종양에 대해 효과적일 수 있음을 나타낸다.
이들 기능적 연구는 TM 및 JM 도메인 ErbB2 돌연변이 둘 모두의 종양발생 성질을 입증한다. ErbB2-돌연변이체 유도된 종양발생 신호전달을 표적으로 하는 그것의 유용성에 대해 다른 치료제를 시험한 결과, 본 발명자들은 항-ErbB2 항체가 TM 및 JM 도메인 ErbB2 돌연변이체 둘 모두에서 종양발생 신호전달을 차단하는데 매우 효과적인 것을 밝혀냈다. 흥미롭게도, 페르투주맙은 TM 도메인 돌연변이체를 차단하는 데 효과적이지 않아서, 가능하게는 이들 돌연변이체에 의한 별개의 작용방식을 나타낸다. 이전의 연구는 페르투주맙이 리간드-매개된 ErbB3/ErbB2 이량체화를 차단하는데 매우 효과적인 반면에, 트라스투주맙은 리간드-독립적인 ErbB2/ErbB3 이량체 형성을 차단하는데 더 효과적이라는 것을 나타냈다 (Junttila, T.T. 등 Cancer Cell 15, 429-440 (2009)).
생체내 종양형성을 촉진하는데 대한 ErbB2 돌연변이체의 평가
본 발명자들과 다른 사람들은 종양 유전자의 이소성 발현에 의해 IL-3-독립성으로 된 BaF3 세포가 마우스에 이식될 때 백혈병-유사 질환을 촉진시키고 전체 생존을 감소시키는 것으로 나타났다 (Horn 등 Oncogene 27, 4096-4106 (2008); Jaiswal 등 Cancer Cell 16, 463-474 (2009)). ErbB2-WT, TM-돌연변이체 (V659E, G660D 또는 G660R) 또는 JM 도메인 ErbB2-돌연변이체 (R667Q 및 R678Q)를 발현하는 BaF3 세포의 능력은 백혈병-유사 질환을 촉진시키는 그것의 능력에 대해 시험될 수 있다. ErbB3-WT 단독으로 또는 빈 벡터와 함께 ErbB2로 형질도입된 BaF3 세포가 대조군으로서 사용될 수 있다. ErbB2 돌연변이체를 발현하는 BaF3 세포로 이식된 마우스는 그 다음 중앙 생존 및 백혈병 유사 질환의 전개에 대해 평가된다. 질환 진행을 추적하기 위해, 치료 당 3마리 마우스의 추가의 집단상에서 20일에 괴사를 수행하였다. 이들 동물로부터의 골수, 비장 및 간 샘플을 병리적 이상에 대해 검토한다. BaF3 세포가 eGFP로 태깅됨에 따라, 본 발명자들은 형광-활성화된 세포 분류 (FACS)에 의해 단리된 골수 및 비장을 침윤하는 세포에 대해 검사할 수 있다. 줄어든 생존과 일치하여, ErbB2 돌연변이체를 발현하는 세포가 이식된 마우스로부터의 골수 및 비장은 ErbB2-WT 또는 비어있는-벡터 대조군 세포를 수용하는 마우스로부터의 골수 및 비장과 비교하여 침윤하는 eGFP-양성 세포의 상당한 비율을 보여줄 것이다. 또한, ErbB2-WT 세포에서 관찰된 더 긴 잠복과 조화되어, 매우 낮은 수준의 침윤하는 eGFP 양성 세포가 이들 동물로부터 간 및 비장에서 검출될 수 있다. 또한, ErbB2 돌연변이체 아암으로부터의 동물은 20일에서 빈 벡터 대조군 또는 ErbB2-WT에 비교하여 증가된 비장 및 간 크기와 중량을 나타내는 것으로 기대될 것이며, 이는 침윤 세포의 존재를 추가로 확인할 것이다. 추가로, 헤마톡실린 및 에오신 (H&E) 염색된 골수, 비장 및 간 분절의 조직학적 평가는 20일째에서 대조군과 비교할 때 ErbB2-돌연변이체를 발현하는 세포를 갖는 동물에서 모세포의 상당한 침윤을 나타낼 수 있다. 이들 결과는 ErbB2 돌연변이체의 생체내 종양발생 가능성을 입증할 것이다.
참조문헌:
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Claims (69)

  1. 하기 단계를 포함하는, 치료를 요하는 인간 대상체에서 암을 치료하는 방법
    a) 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 ErbB2를 인코딩하는 핵산 서열에서의 ErbB2 체세포 돌연변이를 검출하는 단계로, 상기 돌연변이는 천연 인간 ErbB2 아미노산 서열의 막관통 (TM) 또는 인접막 (JM) 도메인 내의 적어도 하나의 위치에서 아미노산 변동을 초래하고 그리고 상기 돌연변이는 대상체에서 암을 나타내는, 단계; 및
    b) 항-암 치료제 제제를 상기 대상체에게 투여하는 단계.
  2. 청구항 1에 있어서, 상기 돌연변이는 활성화 ErbB2 체세포 돌연변이인, 방법.
  3. 청구항 1에 있어서, 아미노산 변화를 초래하는 상기 돌연변이는 표 1에서 열거된 돌연변이의 군으로부터 선택된 ErbB2의 위치에 있는, 방법.
  4. 청구항 1에 있어서, 상기 치료제는 ErbB2 길항제인, 방법.
  5. 청구항 4에 있어서, 상기 ErbB2 길항제는 소분자 억제제인, 방법.
  6. 청구항 5에 있어서, 상기 소분자 억제제는 ErbB2 키나제 억제제인, 방법.
  7. 청구항 6에 있어서, 상기 ErbB2 키나제 억제제는 라파티닙, 아파티닙 및 네라티닙으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  8. 청구항 4에 있어서, 상기 ErbB2 길항제는 길항제 항-ErbB2 항체 또는 항-ErbB2 항체-약물 콘주게이트인, 방법.
  9. 청구항 8에 있어서, 상기 항-ErbB2 항체는 트라스투주맙 또는 페르투주맙인, 방법.
  10. 청구항 8에 있어서, 상기 ErbB2 길항제는 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1, 트라스투주맙 엠탄신)인, 방법.
  11. 청구항 1 내지 10 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암은 유방, 위, 결장, 식도, 직장, 맹장, 결장직장, 담도, 요상피, 방광, 타액, 비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종, NSCLC (편평상피 암종), 신장 암종, 흑색종, 난소, 폐 대세포, 소세포 폐암 (SCLC), 간세포 (HCC), 폐, 및 췌장 암으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  12. 청구항 11에 있어서, 상기 암은 유방암인, 방법.
  13. 하기 단계를 포함하는 인간 대상체에서 암을 치료하는 방법:
    a) 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 천연 인간 ErbB2 아미노산 서열의 막관통 (TM) 또는 인접막 (JM) 도메인에서 아미노산 돌연변이의 존재 또는 부재를 검출하는 단계로, 상기 돌연변이는 표 1에 열거된 돌연변이의 군으로부터 선택된 ErbB2 내의 적어도 하나의 위치에서 아미노산 변동을 초래하고 그리고 상기 돌연변이의 존재는 대상체에서 암을 나타내는, 단계; 및
    b) 항-암 치료제 제제를 상기 대상체에게 투여하는 단계.
  14. 청구항 13에 있어서, 상기 돌연변이는 V659E, G660D, G660R, R667Q, R678Q 및 Q709L로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  15. 청구항 13 또는 14에 있어서, 상기 돌연변이는 Her2-활성화 돌연변이인, 방법.
  16. 청구항 13 내지 15 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암은 Her2 양성 암인, 방법.
  17. 청구항 13 내지 16 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암은 유방, 위, 결장, 식도, 직장, 맹장, 결장직장, 담도, 요상피, 방광, 타액, 비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종, NSCLC (편평상피 암종), 신장 암종, 흑색종, 난소, 폐 대세포, 소세포 폐암 (SCLC), 간세포 (HCC), 폐, 및 췌장으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  18. 청구항 17에 있어서, 상기 암은 유방암인, 방법.
  19. 청구항 13 내지 18 중 어느 한 항에 있어서, 상기 치료제는 ErbB2 길항제인, 방법.
  20. 청구항 19에 있어서, 상기 길항제는 소분자 억제제인, 방법.
  21. 청구항 20에 있어서, 상기 소분자 억제제는 ErbB2 키나제 억제제인, 방법.
  22. 청구항 21에 있어서, 상기 ErbB2 키나제 억제제는 라파티닙, 아파티닙 및 네라티닙으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  23. 청구항 19에 있어서, 상기 길항제는 길항제 항-ErbB2 항체 또는 항-ErbB2 항체-약물 콘주게이트인, 방법.
  24. 청구항 23에 있어서, 상기 항체는 단클론성 항체, 이중특이적 항체, 키메라 항체, 인간 항체, 인간화된 항체 및 항체 단편으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  25. 청구항 24에 있어서, 상기 항체는 트라스투주맙 또는 페르투주맙인, 방법.
  26. 청구항 24에 있어서, 상기 항-ErbB2 항체-약물 콘주게이트는 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1, 트라스투주맙 엠탄신)인, 방법.
  27. 하기 단계를 포함하는, ErbB2 차단 항체 또는 항체-약물 콘주게이트의 효능을 결정하는 방법
    a) ErbB2 차단 항체로 치료된 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 ErbB2를 인코딩하는 핵산 서열에서의 돌연변이를 검출하는 단계로, 상기 돌연변이는 천연 인간 ErbB2 아미노산 서열의 막관통 (TM) 또는 인접막 (JM) 도메인 내의 적어도 하나의 위치에서 아미노산 변동을 초래하고 상기 돌연변이는 대상체에서 ErbB2 돌연변이된 암을 나타내는, 단계; 및
    b) 검출된 ErbB2 돌연변이에 기반하여 상기 대상체에서 치료적 반응을 예측하는 단계.
  28. 청구항 27에 있어서, 아미노산 변화를 초래하는 상기 돌연변이는 표 1에서 열거된 돌연변이의 군으로부터 선택된 ErbB2의 위치에 있는, 방법.
  29. 청구항 28에 있어서, 상기 돌연변이는 V659E, G660D, G660R, R667Q, R678Q 및 Q709L로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  30. 청구항 27 또는 28에 있어서, 상기 돌연변이는 돌연변이는 Her2-활성화 돌연변이인, 방법.
  31. 청구항 27에 있어서, 상기 항체는 단클론성 항체, 이중특이적 항체, 키메라 항체, 인간 항체, 인간화된 항체 및 항체 단편으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  32. 청구항 27에 있어서, 상기 항체 또는 항체-약물 콘주게이트는 트라스투주맙, 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1) 또는 페르투주맙인, 방법.
  33. 청구항 27에 있어서, 상기 ErbB2 돌연변이된 암은 유방, 위, 결장, 식도, 직장, 맹장, 결장직장, 담도, 요상피, 방광, 타액, 비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종, NSCLC (편평상피 암종), 신장 암종, 흑색종, 난소, 폐 대세포, 소세포 폐암 (SCLC), 간세포 (HCC), 폐, 및 췌장으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  34. 환자에게 유효량의 트라스투주맙 또는 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1)을 투여하는 것을 포함하는, ErbB2 수용체의 TM 영역에 돌연변이를 포함하는 ErbB2 양성 암이 있는 환자를 치료하는 방법.
  35. 청구항 34에 있어서, 상기 TM 영역에서의 돌연변이는 표 1의 TM 돌연변이로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  36. 청구항 35에 있어서, 상기 TM 영역에서의 돌연변이는 위치 V659 또는 G660에 있는, 방법.
  37. 청구항 36에 있어서, 상기 TM 영역에서의 돌연변이는 V659E, G660D 또는 G660R인, 방법.
  38. 환자에게 유효량의 트라스투주맙, 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1) 또는 페르투주맙을 투여하는 것을 포함하는, ErbB2 수용체의 JM 영역에 돌연변이를 포함하는 ErbB2 양성 암이 있는 환자를 치료하는 방법.
  39. 청구항 38에 있어서, 상기 JM 영역에서의 돌연변이는 표 1의 JM 돌연변이로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  40. 청구항 39에 있어서, 상기 JM 영역에서의 돌연변이는 위치 R667, R678 또는 Q709에 있는, 방법.
  41. 청구항 40에 있어서, 상기 JM 영역에서의 돌연변이는 R667Q, R678Q 또는 Q709L인, 방법.
  42. 청구항 34 내지 41 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ErbB2-양성 암은 유방, 위, 결장, 식도, 직장, 맹장, 결장직장, 담도, 요상피, 방광, 타액, 비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종, NSCLC (편평상피 암종), 신장 암종, 흑색종, 난소, 폐 대세포, 소세포 폐암 (SCLC), 간세포 (HCC), 폐, 및 췌장으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  43. 대상체에서 암을 진단하는 방법으로서, 상기 방법은 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 ErbB2를 인코딩하는 핵산 서열에서의 돌연변이를 검출하는 단계를 포함하고, 상기 돌연변이는 천연 인간 ErbB2 아미노산 서열의 막관통 (TM) 또는 인접막 (JM) 도메인 내의 적어도 하나의 위치에서 아미노산 변동을 초래하고 그리고 상기 돌연변이는 대상체에서 ErbB2 돌연변이된 암을 나타내고, 그리고 상기 아미노산 변동은 표 1에 열거된 돌연변이의 군으로부터 선택된 ErbB2의 위치에 있고 암의 존재를 나타내는, 방법.
  44. 청구항 43에 있어서, 상기 돌연변이는 V659E, G660D, G660R, R667Q, R678Q 및 Q709L로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  45. 청구항 42 내지 44 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암은 유방, 위, 결장, 식도, 직장, 맹장, 결장직장, 담도, 요상피, 방광, 타액, 비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종, NSCLC (편평상피 암종), 신장 암종, 흑색종, 난소, 폐 대세포, 소세포 폐암 (SCLC), 간세포 (HCC), 폐, 및 췌장으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  46. 하기의 단계를 포함하는, 환자가 항-ErbB2 요법에 대해 반응성인 것으로 기대되는지 여부를 결정하는 방법:
    a) 인간 대상체로부터 세포 물질의 샘플을 획득하는 단계;
    b) 상기 세포 물질에서 하나 이상의 ErbB2 유전자 중 적어도 일부로부터 핵산 물질을 검사하는 단계; 및
    c) 이러한 핵산 물질이 천연 인간 ErbB2 폴리펩타이드의 막관통 (TM) 또는 인접막 (JM) 도메인을 인코딩하는 서열에 하나 이상의 돌연변이를 포함하는지 여부를 결정하는 단계,
    여기서 하나 이상의 돌연변이의 존재는 환자가 항-ErbB2 요법에 반응성인 것으로 기대된다는 것을 나타내는, 단계.
  47. 청구항 46에 있어서, 상기 돌연변이는 표 1에 열거된 돌연변이의 군으로부터 선택되는, 방법.
  48. 하기의 단계를 포함하는, 환자가 트라스투주맙 또는 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1)으로의 요법에 대해 민감한지 여부를 결정하는 방법:
    a) 환자가 ErbB2의 막관통 (TM) 도메인에서의 아미노산 돌연변이를 특징으로 하는 ErbB2 돌연변이된 암을 앓고 있는지 여부를 결정하는 단계; 및
    b) 상기 ErbB2 돌연변이된 암이 있는 환자에게 트라스투주맙 또는 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1)을 투여하는 단계.
  49. 청구항 48에 있어서, 상기 TM 영역에서의 돌연변이는 표 1의 TM 돌연변이로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  50. 청구항 49에 있어서, 상기 TM 영역에서의 돌연변이는 위치 V659 또는 G660에 있는, 방법.
  51. 청구항 50에 있어서, 상기 TM 영역에서의 돌연변이는 V659E, G660D 또는 G660R인, 방법.
  52. 하기의 단계를 포함하는, 환자가 트라스투주맙, 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1) 또는 페르투주맙으로의 요법에 대해 민감한지 여부를 결정하는 방법:
    a) 환자가 ErbB2의 인접막 (JM) 도메인에서의 아미노산 돌연변이를 특징으로 하는 ErbB2 돌연변이된 암을 앓고 있는지 여부를 결정하는 단계; 및
    b) 상기 ErbB2 돌연변이된 암이 있는 환자에게 트라스투주맙, 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1) 또는 페르투주맙을 투여하는 단계.
  53. 청구항 52에 있어서, 상기 JM 영역에서의 돌연변이는 표 1의 JM 돌연변이로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  54. 청구항 53에 있어서, 상기 JM 영역에서의 돌연변이는 위치 R667, R678 또는 Q709에 있는, 방법.
  55. 청구항 54에 있어서, 상기 JM 영역에서의 돌연변이는 R667Q, R678Q 또는 Q709L인, 방법.
  56. 청구항 46 내지 55 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ErbB2-양성 암은 유방, 위, 결장, 식도, 직장, 맹장, 결장직장, 담도, 요상피, 방광, 타액, 비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종, NSCLC (편평상피 암종), 신장 암종, 흑색종, 난소, 폐 대세포, 소세포 폐암 (SCLC), 간세포 (HCC), 폐, 및 췌장으로 구성된 군으로부터 선택되는, 방법.
  57. 하기 단계를 포함하는 HER2-돌연변이된 암이 있는 인간 환자에서 치료에 대한 반응 가능성을 향상시키는 방법
    a) 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플에서 ErbB2를 인코딩하는 핵산 서열에서의 돌연변이를 검출하는 단계로서, 상기 돌연변이는 천연 인간 ErbB2 아미노산 서열의 막관통 (TM) 또는 인접막 (JM) 도메인 내의 적어도 하나의 위치에서 아미노산 변동을 초래하고 그리고 상기 돌연변이는 대상체에서 암을 나타내는, 단계; 및
    b) 상기 대상체에게 트라스투주맙, 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1) 또는 페르투주맙을 투여하는 단계.
  58. 청구항 57에 있어서, 아미노산 변화를 초래하는 상기 돌연변이는 표 1에 열거된 돌연변이의 군으로부터 선택된 ErbB2의 위치에 있는, 방법.
  59. ErbB2의 막관통 (TM) 도메인 또는 인접막 (JM) 도메인에서의 아미노산 돌연변이를 특징으로 하는 ErbB2 돌연변이된 암의 치료를 위한 ErbB2 길항제의 용도.
  60. ErbB2의 막관통 (TM) 도메인 또는 인접막 (JM) 도메인에서의 아미노산 돌연변이를 특징으로 하는 ErbB2 돌연변이된 암의 치료를 위한 약제를 제조하기 위한 ErbB2 길항제의 용도.
  61. 청구항 59 또는 60에 있어서, 상기 돌연변이는 표 1에 열거된 돌연변이로부터 선택되는, 용도.
  62. 청구항 59 또는 60에 있어서, 상기 돌연변이는 V659E, G660D, G660R, R667Q, R678Q 및 Q709L로 구성된 군으로부터 선택되는, 용도.
  63. 청구항 59 내지 62 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암은 유방, 위, 결장, 식도, 직장, 맹장, 결장직장, 담도, 요상피, 방광, 타액, 비-소세포 폐 (NSCLC) 선암종, NSCLC (편평상피 암종), 신장 암종, 흑색종, 난소, 폐 대세포, 소세포 폐암 (SCLC), 간세포 (HCC), 폐, 및 췌장으로 구성된 군으로부터 선택되는, 용도.
  64. 청구항 59 내지 63 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ErbB2 길항제는 소분자 억제제인, 용도.
  65. 청구항 64에 있어서, 상기 소분자 억제제는 ErbB2 키나제 억제제인, 용도.
  66. 청구항 65에 있어서, 상기 ErbB2 키나제 억제제는 라파티닙, 아파티닙 및 네라티닙으로 구성된 군으로부터 선택되는, 용도.
  67. 청구항 59 내지 63 중 어느 한 항에 있어서, 상기 ErbB2 길항제는 길항제 항-ErbB2 항체 또는 항-ErbB2 항체-약물 콘주게이트인, 방법.
  68. 청구항 67에 있어서, 상기 항-ErbB2 항체는 트라스투주맙 또는 페르투주맙인, 용도.
  69. 청구항 67에 있어서, 상기 ErbB2 길항제는 트라스투주맙-MCC-DM1 (T-DM1, 트라스투주맙 엠탄신)인, 용도.

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