JP7250674B2 - がんの治療及び診断方法 - Google Patents

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Description

ここで提供されるのは、がん（例えば、メラノーマ）などの病態のための治療及び診断方法並びに組成物と、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを使用する方法である。特に、本発明は、治療に対する応答をモニターする方法、治療の方法、製造品及びキットを提供する。
がんは依然としてヒトの健康に対する最も致命的な脅威の一つである。がん、又は悪性腫瘍は、制御されない形で転移し急速に増殖し、時宜を得た検出及び治療を極めて困難にする。
ＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２を含むリガンドに結合する、プログラム死１ポリペプチド（ＰＤ－１）。プログラム死－リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）は、慢性感染症、妊娠、組織同種移植、自己免疫疾患、及びがんの間の免疫系応答の抑制に関与している。正常組織及び末梢血中のＴリンパ球とは対照的に、腫瘍浸潤性Ｔリンパ球の大部分は、ＰＤ－１を優勢的に発現する。ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１及びＰＤ－Ｌ１／Ｂ７－１複合体の形成は、Ｔ細胞受容体シグナル伝達を負に調節し、ＣＤ８＋Ｔ細胞活性化及びＣＤ８＋Ｔ細胞媒介腫瘍細胞死滅のその後のダウンレギュレーションをもたらすと考えられている。
腫瘍微小環境内のＣＤ８＋Ｔ細胞コンパートメントに焦点を当てた研究では、治療された患者のかなりの部分、大まかに３０％において明らかな臨床上の利益があるにもかかわらず、抗ＰＤ－１免疫療法の作用機序をこれまで明らかにできなかった。研究は主にＣＤ８＋Ｔ細胞に焦点を当てているが、最近、マイクロサテライト不安定腫瘍における腫瘍浸潤性ＣＤ４＋Ｔ細胞が、マイクロサテライト安定腫瘍におけるよりも高いレベルのＰＤ－１を発現することが観察された（Llosa及びCruise, Cancer discovery 5(1): 43-51 (2015)）。加えて、メラノーマにおいて、腫瘍浸潤性ＣＤ４＋Ｔ細胞はしばしば変異した抗原を認識する（Linnemann及びvan Buuren, Nature medicine 21(1): 81-85 (2015)）。これらの研究と一致して、結腸直腸がん及びメラノーマの動物モデルにおいて実施された実験では、ＭＨＣクラスＩＩ拘束性Ｔ細胞応答が腫瘍制御において重要な役割を果たしうること（Kreiter等, Nature 520(7549): 692-696 (2015)）、腫瘍反応性ＣＤ４＋Ｔ細胞が細胞傷害性能力を発達させ、大きな樹立腫瘍を根絶しうること（Quezada等, J Exp. Med., 207(3): 637-650 (2010)）が実証された。ここで報告された研究の前には、ＰＤ－１遮断薬、例えば抗ＰＤ－１抗体がヒトがんの状況においてＣＤ４＋Ｔ細胞に影響を及ぼすかどうか、また如何にして影響を及ぼすかは知られていなかった。
メラノーマなどの様々ながんの治療、安定化、予防、及び／又は進行の遅延のためにＰＤ－１受容体／リガンド相互作用の遮断を含む治療戦略をモニターし最適化する必要性が依然としてある。具体的には、そのような治療に応答する可能性が高い患者を特定すること、並びに進行中の治療の有効性を迅速にモニターする方法が依然として必要とされている。
この発明は、がんのための治療及び診断方法並びに組成物に関する。
一態様では、本発明は、個体におけるがんを治療するか又はがんの進行を遅らせるための方法であって、治療有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストを患者に投与することを含み、患者から得られた血液試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が１以上であると決定されている、方法を特徴とする。
一態様では、本発明は、がんに罹患している個体がＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む治療に応答しているかどうかを決定するための方法であって、個体から得られた試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比を決定することを含み、試料中の１以上のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が、個体がＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む治療に応答していることを示す、方法に関する。
上記態様の幾つかの実施態様では、試料は血液試料である。幾つかの実施態様では、試料は全血試料又は末梢血単核細胞試料である。幾つかの実施態様では、血液試料は、ＰＤ－１アンタゴニストによる最後の治療後２ヶ月以内に個体から採取されている。幾つかの実施態様では、個体は、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む治療を受けているか又は受けたことがある。幾つかの実施態様では、がんは、膀胱がん、扁平上皮がん、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肺腺がん、肺扁平上皮がんを含む肺がん、腹膜がん、肝細胞がん、胃腸がんを含む胃（gastric又はstomach）がん、膵臓がん、膠芽腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん（liver cancer）、ヘパトーマ、乳がん、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜又は子宮がん、唾液腺がん、腎がん、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、肝がん（hepatic carcinoma）、肛門がん、陰茎がん、メルケル細胞がん、精巣がん、食道がん、胆道腫瘍、頭頸部がん及び血液悪性腫瘍からなる群から選択される。幾つかの実施態様では、がんはメラノーマである。幾つかの実施態様では、がんは尿路上皮膀胱がんである。幾つかの実施態様では、尿路上皮膀胱がんは転移性尿路上皮膀胱がんである。幾つかの実施態様では、尿路上皮膀胱がんは局所進行性尿路上皮膀胱がんである。幾つかの実施態様では、個体におけるがん細胞はＰＤ－Ｌ１を発現する。
幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１発現は免疫組織化学（ＩＨＣ）アッセイによって決定される。幾つかの実施態様では、個体は、局所進行性又は転移性がんに対して以前に２回以下の細胞傷害性治療レジメン（例えば０、１、又は２回の以前の細胞傷害性治療レジメン）を受けたことがある。幾つかの実施態様では、個体は、局所進行性又は転移性がんに対して以前に標的全身治療を受けたことがない。幾つかの実施態様では、治療に対する個体の応答は完全寛解である。幾つかの実施態様では、治療に対する個体の応答は部分応答である。幾つかの実施態様では、治療に対する個体の応答は、治療中止後の持続応答である。
幾つかの実施態様では、グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比は４である。幾つかの実施態様では、グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比は４５である。
上記態様の幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト、ＰＤ－１結合アンタゴニスト、及びＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストから選択される。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストはＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のそのリガンド結合パートナーの一又は複数への結合を阻害する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のＰＤ－１への結合を阻害する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のＢ７－１への結合を阻害する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のＰＤ－１とＢ７－１の両方への結合を阻害する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは抗体である。幾つかの実施態様では、抗体は、アテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａ）、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＤＸ－１１０５、ＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）、及びＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）からなる群から選択される。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号：１９のＨＶＲ－Ｈ１配列、配列番号：２０のＨＶＲ－Ｈ２配列、及び配列番号：２１のＨＶＲ－Ｈ３配列を含む重鎖と；配列番号：２２のＨＶＲ－Ｌ１配列、配列番号：２３のＨＶＲ－Ｌ２配列、及び配列番号：２４のＨＶＲ－Ｌ３配列を含む軽鎖とを含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号：２５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と配列番号：４のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含む。
幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストはＰＤ－１結合アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のそのリガンド結合パートナーの一又は複数への結合を阻害する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ１への結合を阻害する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ２への結合を阻害する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ１とＰＤ－Ｌ２の両方への結合を阻害する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは抗体である。幾つかの実施態様では、抗体は、ＭＤＸ－１１０６（ニボルマブ）、ＭＫ－３４７５（ペンブロリズマブ）、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、及びＢＧＢ－１０８からなる群から選択される。
幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストはＦｃ融合タンパク質である。幾つかの実施態様では、Ｆｃ融合タンパク質はＡＭＰ－２２４である。
上記態様の先の実施態様の何れかにおいて、個体は有効量の第二の治療剤の投与を受けているか受けたことがある。幾つかの実施態様では、第二の治療剤は、細胞傷害剤、増殖阻害剤、放射線療法剤、抗血管新生剤、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。幾つかの実施態様では、細胞傷害剤は化学療法剤である。幾つかの実施態様では、化学療法剤はタキサンである。幾つかの実施態様では、タキサンは、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストの前、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストと同時、又はＰＤ－１軸結合アンタゴニストの後に投与される。幾つかの実施態様では、タキサンは、ｎａｂ－パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標））、パクリタキセル、又はドセタキセルである。幾つかの実施態様では、個体は、白金系化学療法剤による治療後に進行している。
上記態様の先の実施態様の何れかにおいて、グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比は、グランザイムＢタンパク質を発現するＣＤ４＋Ｔ細胞の数とＦＯＸＰ３タンパク質を発現するＣＤ４＋Ｔ細胞の数を決定することによって決定される。幾つかの実施態様では、グランザイムＢとＦＯＸＰ３の少なくとも一つのタンパク質発現レベルは、免疫組織化学（ＩＨＣ）、免疫蛍光法、フローサイトメトリー、及びウエスタンブロットからなる群から選択される方法を使用して決定される。幾つかの実施態様では、グランザイムＢとＦＯＸＰ３の少なくとも一つのタンパク質発現レベルは、フローサイトメトリーを使用して決定される。幾つかの実施態様では、グランザイムＢとＦＯＸＰ３の少なくとも一つの発現レベルはｍＲＮＡ発現レベルである。幾つかの実施態様では、グランザイムＢとＦＯＸＰ３の少なくとも一つのｍＲＮＡ発現レベルは、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）、逆転写ｑＰＣＲ（ＲＴ－ｑＰＣＲ）、ＲＮＡシークエンシング、マイクロアレイ解析、インサイツハイブリダイゼーション、及び遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）からなる群から選択される方法を使用して決定される。
別の態様では、本発明は、がんに罹患している患者の、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療に対する応答性を予測するための方法であって、個体から得られた試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比を決定することを含み、１以上のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が、個体がＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いことを示す、方法を特徴とする。幾つかの実施態様では、個体に少なくとも１用量のＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストが投与された後に個体から試料が得られる。
別の態様では、本発明は、がんに罹患している個体に対する治療法を選択するための方法であって、個体から得られた試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比を決定し、試料中の１以上のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比に基づいて個体に対してＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療法を選択することを含む、方法を特徴とする。
別の態様では、本発明は、がんに罹患している個体を治療するのに使用するためのＰＤ－１軸結合アンタゴニストであって、個体から得られた血液試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が１以上であると決定されている、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを特徴とする。
別の態様では、本発明は、がんに罹患している個体を治療するのに使用するための医薬の製造における有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストの使用であって、個体から得られた血液試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が１以上であると決定されている、使用を特徴とする。
別の態様では、本発明は、がんに罹患している個体を治療する方法に使用するための有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含有する組成物であって、個体から得られた血液試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が１以上であると決定されている、組成物を特徴とする。
別の態様では、本発明は、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを用いてメラノーマを有する個体において免疫機能を増強する方法であって、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストを個体に投与することを含み、個体から得られた血液試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が１以上であると決定されている、方法を特徴とする。一実施態様では、個体から得られた血液試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の数は、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストの投与前と比較して増加している。一実施態様では、個体から得られた血液試料中のＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の数は、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストの投与前と比較して減少している。一実施態様では、Ｔ細胞消耗が、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストの投与前と比較して減少している。
別の態様では、本発明は、治療のための個体を選択し、個体におけるがんを治療し又はがんの進行を遅らせる方法であって、（ａ）個体から血液試料を得るステップ；（ｂ）個体から得られた血液試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比を決定するステップ；（ｃ）グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が１以上である場合、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む治療のために個体を選択するステップ；及び（ｄ）ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを個体に投与するステップを含む、方法を特徴とする。
別の態様では、本発明は、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストと任意の薬学的に許容可能な担体を含有する医薬と、個体におけるがんを治療し又はがんの進行を遅らせるための医薬の投与の説明書を含む添付文書を含むキットを特徴とし、ここで、個体から得られた血液試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が１以上であると決定されている。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストはＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストはＭＰＤＬ３２８０Ａである。幾つかの実施態様では、医薬は、約８４０ｍｇの用量のＭＰＤＬ３２８０Ａを含む。幾つかの実施態様では、添付文書は、２週間に１回の個体への医薬の投与のための説明書を含む。
前述の態様の何れか一つにおいて、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－１結合アンタゴニスト、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト、及びＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストからなる群から選択されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストはＰＤ－１結合アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のそのリガンド結合パートナーへの結合を阻害する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ１への結合を阻害する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ２への結合を阻害する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ１とＰＤ－Ｌ２の両方への結合を阻害する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは抗体である。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＭＤＸ１１０６（ニボルマブ）、ＭＫ－３４７５（ペンブロリズマブ）、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、及びＢＧＢ－１０８からなる群から選択される。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストはＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のＰＤ－１への結合を阻害する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のＢ７－１への結合を阻害する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のＰＤ－１とＢ７－１の両方への結合を阻害する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは抗体である。幾つかの実施態様では、抗体は、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（アテゾリズマブ）、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＤＸ－１１０５、ＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）、及びＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）からなる群から選択される。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号：１９のＨＶＲ－Ｈ１配列、配列番号：２０のＨＶＲ－Ｈ２配列、及び配列番号：２１のＨＶＲ－Ｈ３配列を含む重鎖と；配列番号：２２のＨＶＲ－Ｌ１配列、配列番号：２３のＨＶＲ－Ｌ２配列、及び配列番号：２４のＨＶＲ－Ｌ３配列を含む軽鎖とを含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号：２６のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と配列番号：４のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号：２５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域と配列番号：４のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域とを含む。
ここに記載の様々な実施態様の特性のうちの一つ、幾つか、又は全てを組み合わせて本発明の他の実施態様を形成してもよいことを理解されたい。本発明のこれらの態様及び他の態様は当業者には明らかであろう。本発明のこれらの実施態様及び他の実施態様を、次の詳細な説明によって更に記載する。
本出願書類には、カラーで作成された少なくとも一つの図面が含まれる。カラー図面を含む本特許又は特許出願の写しは、請求と必要な手数料の支払いにより、特許庁により提供される。
図１Ａ及びＢは、ｍＭＬＲアッセイにおけるＣＤ４＋Ｔ細胞単独（図１Ａ）及び同種ＤＣを伴うＣＤ４＋Ｔ細胞（図１Ｂ）におけるＰＤ－１発現を示す。ｙ軸はＰＤ－１発現を示し、ｘ軸はＣＦＳＥ発現を示す。図１Ｂは、ＣＦＳＥ低集団として同定されたアロ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞におけるＰＤ－１発現プロファイルを示す。 図２は、ＰＤ－１遮断がＣＤ４＋Ｔ細胞によるＩＦＮ－γ分泌を増加させることを示す。抗ＰＤ－１遮断抗体又はアイソタイプ対照を加えて又は加えないで、同種ＤＣと共培養したＣＤ４＋Ｔ細胞の上清中に存在するＩＦＮ－γのレベル。各データ点（円、正方形又は三角形）は各独立した実験からの１ドナーを表す。 図３Ａ～Ｃは、ＰＤ－１遮断がＣＤ４＋Ｔ細胞によるグランザイムＢ産生を増加させることを示す。図３Ａ及びＢは、ｍＭＬＲアッセイ単独（図３Ａ）又は５日間のＰＤ－１遮断後（図３Ｂ）のグランザイムＢ陽性ＣＦＳＥ低ＣＤ４Ｔ細胞の頻度を示す、ＣＤ４でゲーティングされた代表的なＦＡＣＳプロットを示す。ｙ軸：グランザイムＢ；ｘ軸：ＣＦＳＥ。 図３Ｃは、抗ＰＤ－１遮断抗体を加えて又は加えないで、あるいはアイソタイプ対照抗体を加えて、同種ＤＣと５日間共培養した際にグランザイムＢを産生するＣＤ４Ｔ細胞の頻度をまとめるグラフを示す。各データ点（円、正方形又は三角形）は各独立した実験からの１ドナーを表す。 図４Ａ～Ｂは、ベースライン（培養物に抗体を加えない，”－”）に対する抗ＰＤ－１抗体０３７６、ＭＤＸ－１１０６及びＭＫ－３４７５又はアイソタイプ対照を用いたＩＦＮ－γ及びグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の誘導の比較を示す。抗ＰＤ－１抗体０３７６、ＭＤＸ－１１０６及びＭＫ－３４７５は同様な量のＩＦＮ－γの分泌を誘発するが（図４Ａ）、０３７６はグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の誘導において有意に優れている（Ｐ＝０．０２）（図４Ｂ）。 上記 図５Ａ～Ｂは、抗ＰＤ－Ｌ１処理がＩＦＮ－γ及びグランザイムＢ産生を誘導することを示す。抗ＰＤ－１遮断抗体又は抗ＰＤＬ－１を加えて又は加えないで、同種ＤＣと共培養したＣＤ４＋Ｔ細胞の上清中に存在するＩＦＮ－γのレベル（図５Ａ）及びＣＤ４＋Ｔ細胞によるグランザイムＢの発現（図５Ｂ）。各データ点（円、正方形又は三角形）は各独立した実験からの１ドナーを表す。試験条件では、ＰＤ－１遮断がＰＤＬ－１遮断よりも多くのＩＦＮ－γ分泌と僅かに多いグランザイムＢ発現を誘導した。 図６Ａ及びＢは、ニボルマブで処置されたメラノーマ患者の末梢血中のＣＤ４＋Ｔ細胞プロファイルを示す。図６Ａ及びＢは、２つの異なる時点での同じメラノーマ患者からのＣＤ４＋Ｔ細胞内の制御性Ｔ細胞（ＦＯＸＰ３＋）対グランザイムＢ＋の頻度を示す：図６Ａは、患者が抗ＰＤ－１（ＭＤＸ－１１０６）療法に応答している間の結果を示し、図６Ｂは、４ヵ月後の再発中の同じ患者に対する結果を示す。 図７は、ニボルマブで処置されたメラノーマ患者の末梢血中のＣＤ４Ｔ細胞集団内のグランザイムＢ＋細胞とＴｒｅｇ細胞との比を示す。グランザイムＢ＋対ＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の間の比（ｙ軸）は、より高い頻度の細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞及び比例してより長い無病生存期間を有するＴｒｅｇを有する２名のメラノーマ患者を強調する一方、他の患者は疾患が絶えず悪化していた。 図８は、健康なドナー（ＨＤ）、未処置及び抗ＰＤ－１処置メラノーマ患者における細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞の頻度を示す。各点は１ドナーを表す。この図は、抗ＰＤ－１処置メラノーマ患者の末梢血中の細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞の頻度の増加を示す（Ｐ＝０．０４）。 図９は、疾患が進行しない日数での期間に対する抗ＰＤ－１療法で処置されたメラノーマ患者からのグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の頻度を示す。末梢血中の細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞の頻度は、抗ＰＤ１療法に対するメラノーマ患者の応答と相関している。 図１０は、抗ＰＤ－１療法で処置されたメラノーマ患者におけるグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比対無増悪期間を示す。末梢血中の細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞頻度とＴｒｅｇ頻度との比は、抗ＰＤ１療法に対するメラノーマ患者の応答と相関する。 図１１は、末梢血中の細胞傷害性ＣＤ４Ｔ＋細胞頻度とＴｒｅｇ頻度との比が抗ＰＤ－１処置患者及び治療応答を特定することを示す。グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比は、抗ＰＤ－１アンタゴニストで処置されたメラノーマ患者において増加し、応答者群において更に高い。メラノーマ未処置群は抗ＰＤ－１を受けなかった患者を表し、処置前の患者（ベースライン群）は臨床転帰に基づいてＰＤ＝進行者及びＰＲ＝応答者に分けられる。ＨＤは健康なドナーを示す。各点は１ドナーを表す。
Ｉ．定義
発明を詳細に説明する前に、この発明は、特定の組成物又は生物系（当然、変わりうる）に限定されるものではないことが理解されるべきである。また、ここで使用される専門用語は、特定の実施態様を説明するためだけのものであり、限定することを意図するものではないことが理解されるべきである。
この明細書と添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、その内容がそうではないことを明らかに示していない限り複数の指示対象を含む。従って、例えば、「分子（ａ ｍｏｌｅｃｕｌｅ）」への言及は、任意選択的に二以上のそのような分子の組合せを含む等である。
ここで使用される「約」という用語は、それぞれの値についてのこの技術分野における当業者に容易に知られている通常の誤差範囲を意味する。ここでの値又はパラメーターへの「約」の言及は、その値又はパラメーター自体に対する実施態様を含む（そして記載する）。
ここに記載される発明の態様及び実施態様は、態様及び実施態様を「含む」、それら「からなる」及び／又は「から本質的になる」ことを含む。
「ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ－１シグナル伝達軸上のシグナル伝達に起因するＴ細胞機能不全を除去し、Ｔ細胞機能（例えば、増殖、サイトカイン産生、及び／又は標的細胞死滅）を回復又は増強するという結果をもたらすように、ＰＤ－１軸結合パートナーとその結合パートナーの一又は複数との相互作用を阻害する分子を指す。ここで使用される場合、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－１結合アンタゴニスト、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト、及びＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストを含む。
「ＰＤ－１結合アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ－１と、ＰＤ－Ｌ１及び／又はＰＤ－Ｌ２のようなその結合パートナーの一又は複数との相互作用に起因するシグナル伝達を、低減させ、遮断し、阻害し、抑止し又は妨害する分子を指す。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のその結合パートナーの一又は複数に対する結合を阻害する分子である。特定の態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ１及び／又はＰＤ－Ｌ２に対する結合を阻害する。例えば、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１とＰＤ－Ｌ１及び／又はＰＤ－Ｌ２との相互作用に起因するシグナル伝達を低減させ、遮断し、阻害し、抑止し又は妨害する抗ＰＤ－１抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、及び他の分子を含む。一実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１を介するシグナル伝達が媒介されるＴリンパ球上に発現される細胞表面タンパク質により又は同タンパク質を介して媒介される負の共刺激シグナルを低減し、機能障害性Ｔ細胞の機能障害性を低下させる（例えば、抗原認識に対するエフェクター応答を増強する）。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは抗ＰＤ－１抗体である。特定の態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストはここに記載されるＭＤＸ－１１０６（ニボルマブ）である。別の特定の態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ここに記載されるＭＫ－３４７５（ペンブロリズマブ）である。別の特定の態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ここに記載されるＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４）である。別の特定の態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ここに記載されるＰＤＲ００１である。別の特定の態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ここに記載されるＲＥＧＮ２８１０である。別の特定の態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ここに記載されるＢＧＢ－１０８である。
「ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ－Ｌ１と、ＰＤ－１及び／又はＢ７－１のようなその結合パートナーの何れか一又は複数との相互作用に起因するシグナル伝達を低減させ、遮断し、阻害し、抑止し又は妨害する分子を指す。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のその結合パートナーに対する結合を阻害する分子である。特定の態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のＰＤ－１及び／又はＢ７－１に対する結合を阻害する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１と、ＰＤ－１及び／又はＢ７－１のようなその結合パートナーの一又は複数との相互作用に起因するシグナル伝達を低減させ、遮断し、阻害し、抑止し又は妨害する抗ＰＤ－Ｌ１抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド及び他の分子を含む。一実施態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１を介するシグナル伝達が媒介されるＴリンパ球上に発現される細胞表面タンパク質により又は同タンパク質を介して媒介される負の共刺激シグナルを低減し、機能障害性Ｔ細胞の機能障害性を低下させる（例えば、抗原認識に対するエフェクター応答を増強する）。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。特定の態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ここに記載されるＭＰＤＬ３２８０Ａ（アテゾリズマブ）である。別の特定の態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ここに記載されるＭＤＸ－１１０５である。また別の特定の態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ここに記載されるＹＷ２４３．５５．Ｓ７０である。また別の特定の態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ここに記載されるＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）である。また別の特定の態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ここに記載されるＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）である。
「ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ－Ｌ２と、ＰＤ－１のようなその結合パートナーの何れか一又は複数との相互作用に起因するシグナル伝達を低減させ、遮断し、阻害し、抑止し又は妨害する分子を指す。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ２のその結合パートナーの一又は複数に対する結合を阻害する分子である。特定の態様では、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ２のＰＤ－１に対する結合を阻害する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ２アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ２と、ＰＤ－１のようなその結合パートナーの何れか一又は複数との相互作用に起因するシグナル伝達を低減させ、遮断し、阻害し、抑止し又は妨害する抗ＰＤ－Ｌ２抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、オリゴペプチド及び他の分子を含む。一実施態様では、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ２を介するシグナル伝達が媒介されるＴリンパ球上に発現される細胞表面タンパク質により又は同タンパク質を介して媒介される負の共刺激シグナルを低減し、機能障害性Ｔ細胞の機能障害性を低下させる（例えば、抗原認識に対するエフェクター応答を増強する）。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストはイムノアドヘシンである。
ここで使用される「タキサン」は、チューブリンに結合し、微小管アセンブリ及び安定化を促進し、及び／又は微小管脱重合を阻止しうるジテルペンである。ここに含まれるタキサンは、タキソイド１０－デアセチルバッカチンＩＩＩ及び／又はその誘導体を含む。例示的なタキサンには、限定されないが、パクリタキセル（すなわち、ＴＡＸＯＬ（登録商標）、ＣＡＳ＃３３０６９－６２－４）、ドセタキセル（すなわち、ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）、ＣＡＳ＃１１４９７７－２８－５）、ラロタキセル、カバジタキセル、ミラタキセル、テセタキセル、及び／又はオラタキセル（orataxel）が含まれる。幾つかの実施態様では、タキサンは、アルブミン被覆ナノ粒子（例えば、ナノ－アルブミン結合（ｎａｂ）－パクリタキセル、すなわち、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標）及び／又はｎａｂ－ドセタキセル、ＡＢＩ－００８）である。幾つかの実施態様では、タキサンは、ｎａｂ－パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標））である。幾つかの実施態様では、タキサンは、ＣＲＥＭＡＰＨＯＲ（登録商標）（例えば、ＴＡＸＯＬ（登録商標））及び／又はＴｗｅｅｎ、例えばポリソルベート８０（例えば、ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標））において製剤化される。幾つかの実施態様では、タキサンは、リポソームに封入されたタキサンである。幾つかの実施態様では、タキサンは、タキサンのプロドラッグ形態及び／又はコンジュゲート形態（例えば、パクリタキセル、パクリタキセルポリグルメクス、及び／又は炭酸リノレイル－パクリタキセルに共有結合的にコンジュゲートされたＤＨＡ）である。幾つかの実施態様では、パクリタキセルは、実質的に界面活性剤なしで（例えば、ＣＲＥＭＡＰＨＯＲ及び／又はＴｗｅｅｎの不存在下で－ＴＯＣＯＳＯＬ（登録商標）パクリタキセルなど）製剤化される。
免疫機能不全の文脈における「機能不全」という用語は、抗原刺激に対する免疫応答性が低下した状態を指す。この用語には、抗原認識が起こりうるが、続いて起こる免疫応答が感染又は腫瘍増殖の制御に効果がない「消耗」及び／又は「アネルギー」両方の一般的要素が含まれる。
ここで使用される「機能不全」という用語は、抗原認識に対する抵抗性又は非応答性、特に、抗原認識を下流のＴ細胞エフェクター機能、例えば増殖、サイトカイン産生（例えば、ＩＬ－２）及び／又は標的細胞死滅へ翻訳する能力の不全をまた含む。
ここで使用される場合、「細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞」は、細胞傷害性グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞を指す。「細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞」、「ＣＤ４＋細胞傷害性Ｔ細胞」、及び「細胞傷害性グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞」は同義的に使用される。これらの細胞は、当該技術分野で知られている方法、例えばＣＤ４及びグランザイムＢに対する蛍光標識抗体で細胞を染色し、蛍光標識細胞分取を使用して、ＣＤ４陽性細胞及びグランザイムＢ二重陽性細胞上でのゲーティングにより、同定することができる。
ここで使用される場合、制御性Ｔ細胞又はＴｒｅｇは、ＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞を指す。「制御性Ｔ細胞」、「Ｔｒｅｇ」、及び「ＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞」は同義的に使用される。これらの細胞は、当該技術分野で知られた方法、例えばＣＤ４及びＦＯＸＰ３に対する蛍光標識抗体で細胞を染色し、蛍光標識細胞分取を使用して、ＣＤ４陽性細胞及びＦＯＸＰ３二重陽性細胞上でのゲーティングにより、同定することができる。
ここで使用される場合、「グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比」は、ＣＤ４陽性細胞集団内のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞をＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞で割った頻度を指す。
「Ｔ細胞機能の増強」とは、持続もしくは増幅した生物学的機能を有するように、又は消耗しもしくは不活性なＴ細胞を再生もしくは再活性化するように、Ｔ細胞を誘導し、作用し又は刺激することを意味する。Ｔ細胞機能の増強の例には、治療介入前の同様のレベルと比較した場合の、ＣＤ８＋Ｔ細胞由来のγ－インターフェロンの分泌の増大、増殖の増大、抗原応答性（例えば、ウイルス、病原体、又は腫瘍クリアランス）の増大が含まれる。一実施態様では、増強のレベルは少なくとも５０％、あるいは６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１２０％、１５０％、２００％の増強である。この増強を測定する方法は当業者には知られている。
「Ｔ細胞機能不全障害」は、抗原刺激に対する応答性の低下を特徴とするＴ細胞の障害又は状態である。特定の実施態様では、Ｔ細胞機能不全障害は、ＰＤ－１によるシグナル伝達の不適切な増大と特異的に関連する障害である。別の実施態様では、Ｔ細胞機能不全障害は、Ｔ細胞がアネルギー性であるか又はサイトカインを分泌し、増殖し、もしくは細胞溶解活性を達成する能力が低下した障害である。特定の態様では、応答性の低下により、免疫原を発現する病原体又は腫瘍の制御が無効となる。Ｔ細胞機能不全を特徴とするＴ細胞機能不全障害の例には、未解明の急性感染症、慢性感染症及び腫瘍免疫が含まれる。
「腫瘍免疫」は、腫瘍が免疫認識及びクリアランスを回避するプロセスを指す。従って、治療的概念として、このような回避が減弱されて、腫瘍が免疫系によって認識され攻撃されるとき、腫瘍免疫は「治療」される。腫瘍認識の例には、腫瘍結合、腫瘍縮小及び腫瘍クリアランスが含まれる。
「免疫原性」とは、免疫応答を誘発する特定の物質の能力を指す。腫瘍は、免疫原性であり、腫瘍免疫原性の増強により、免疫応答による腫瘍細胞のクリアランスが支援される。腫瘍免疫原性の増強の例には、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト及びタキサンでの治療が含まれる。
「持続応答」は、治療の休止後の腫瘍増殖の低減に対する持続効果を指す。例えば、腫瘍サイズが、投薬フェーズの開始時のサイズと比較して同じに又は小さく維持されうる。幾つかの実施態様では、持続応答は、治療期間と少なくとも同じ期間、治療期間の少なくとも１．５×、２．０×、２．５×、又は３．０×の長さを有する。
ここで使用される場合、「がんの再発を低減し又は阻害する」とは、腫瘍もしくはがんの再発又は腫瘍もしくはがんの進行を低減し又は阻害することを意味する。ここで開示される場合、がんの再発及び／又はがんの進行は、限定されないが、がんの転移を含む。
ここで使用される場合、「完全寛解」又は「ＣＲ」は、全ての標的病変の消失を指す。
ここで使用される場合、「部分応答」又は「ＰＲ」は、ベースラインＳＬＤを参照として、標的病変の最長直径（ＳＬＤ）の合計の少なくとも３０％の減少を指す。
ここで使用される場合、「安定した疾患」又は「ＳＤ」は、治療開始以来最小のＳＬＤを参照として、ＰＲに適格な標的病変の十分な縮小がないしＰＤに適格な十分な増加もないことを指す。
ここで使用される場合、「進行性疾患」又は「ＰＤ」は、治療開始以来記録された最小のＳＬＤ又は一又は複数の新しい病変の存在を参照として、標的病変のＳＬＤの少なくとも２０％の増加を指す。
ここで使用される場合、「無増悪生存期間」（ＰＦＳ）は、治療中の疾患（例えば、がん）が悪化しない治療中及び治療後の期間の長さを指す。無増悪生存期間には、患者が完全寛解又は部分応答を経験した時間の量、並びに患者が安定した疾患を経験した時間の量が含まれうる。
ここで使用される場合、「全奏効率」又は「客観的奏効率」（ＯＲＲ）は、完全寛解（ＣＲ）率及び部分応答（ＰＲ）率の合計を指す。
ここで使用される場合、「全生存期間」（ＯＳ）は、特定の期間の後に生存している可能性が高い群内の個体の割合を指す。
「薬学的製剤」という用語は、活性成分の生物学的活性を有効にするような形態であり、製剤が投与される対象にとって許容できない毒性である追加の成分を含んでいない調製物を指す。このような製剤は無菌である。「薬学的に許容可能な」賦形剤（ビヒクル、添加剤）は、用いられる活性成分の有効用量をもたらすために対象の哺乳動物に合理的に投与されうるものである。
「薬学的に許容可能な担体」は、対象に対して無毒である、活性成分以外の薬学的製剤中の成分を指す。薬学的に許容可能な担体には、限定されないが、緩衝液、賦形剤、安定剤、又は保存料が含まれる。
ここで使用される場合、「治療」という用語は、臨床病理学の過程中に治療される個体又は細胞の自然経過を変更するように設計された臨床的介入を指す。治療の望ましい効果には、疾患の進行速度の低下、病状の軽減もしくは緩和、及び寛解又は予後の改善が含まれる。例えば、個体は、限定されないが、がん性細胞の増殖の低減（又は破壊）、疾患に起因する症候の軽減、疾患罹患者の生活の質の向上、疾患を治療するために必要とされる他の薬物の用量の低減、及び／又は個体の生存期間の延長を含む、がんに関連する一又は複数の症候が軽減され又は排除された場合に成功裏に「治療」される。
ここで使用される場合、疾患の「進行を遅らせる」とは、疾患（例えば、がん）の発生を、延ばし、妨げ、遅くし、遅延させ、安定させ、及び／又は延期することを意味する。この遅延は、疾患の病歴及び／又は治療される個体に応じて、様々な時間の長さでありうる。当業者には明らかであるように、十分な又は有意な遅延は、実際には、個体が疾患を発症しない予防を包含しうる。例えば、転移の発生などの末期がんを遅延させることができる。
「有効量」又は「治療有効量」は、少なくとも、特定の障害の測定可能な改善又は予防を生じさせるために必要な最小量である。ここでの有効量は、患者の疾患状態、年齢、性別、及び体重、並びに個体に所望の応答を導く薬剤の能力などの要因に応じて変化しうる。有効量は、治療の何らかの毒性の又は有害な影響を治療的に有益な効果が凌駕する量でもある。予防的使用の場合、有益な又は望ましい結果には、リスクを排除もしくは低減すること、重症度を軽減すること、又は疾患の生化学的、組織学的及び／又は行動症候、その合併症、及び疾患の発生中に提示される中間的な病理学的表現型を含む疾患の発症を遅延させることが含まれる。治療的使用の場合、有益な又は望ましい結果には、疾患に起因する一又は複数の症候の低減、疾患罹患者の生活の質の向上、疾患を治療するために必要とされる他の薬物の用量の低減、例えば標的化による別の薬物の効果の増強、疾患の進行の遅延、及び／又は生存期間の延長などの臨床結果が含まれる。がん又は腫瘍の場合、有効量の薬物は、がん細胞数を減少させ；腫瘍サイズを縮小させ；末梢器官へのがん細胞浸潤を阻害し（すなわち、ある程度遅らせ、望ましくは停止させ）；腫瘍転移を阻害し（すなわち、ある程度遅らせ、望ましくは停止させ）；腫瘍増殖をある程度阻害し；及び／又は障害に関連する一又は複数の症状をある程度緩和する点で効果を有しうる。有効量は、一又は複数回の投与で投与することができる。本発明の目的のために、有効量の薬物、化合物、又は薬学的組成物は、直接的又は間接的に、予防的又は治療的処置を達成するために十分な量である。臨床的文脈で理解されるように、薬物、化合物、又は薬学的組成物の有効量は、別の薬物、化合物、又は薬学的組成物と併せて達成されても又はされなくてもよい。従って、「有効量」は一又は複数の治療剤を投与する状況において考慮され得、単一の薬剤は、一又は複数の他の薬剤との組み合わせで所望の結果が達成されうるか又は達成される場合、有効量で投与されると考慮されうる。
ここで使用される場合、「～と併せて」とは、別の治療様式に加えた一つの治療様式の投与を指す。而して、「～と併せて」は、個体に対し、他の治療様式での投与の前、最中、又は後の、一つの治療様式での投与を指す。
「障害」は、哺乳動物を当該障害に罹患させる病態を含む、慢性及び急性の障害又は疾患を含むがこれらに限定されない、治療からベネフィットを受けるであろう任意の状態である。
「細胞増殖性障害」及び「増殖性障害」という用語は、ある程度の異常な細胞増殖と関係している障害を指す。一実施態様では、細胞増殖性障害はがんである。一実施態様では、細胞増殖性障害は腫瘍である。
ここで使用される「腫瘍」という用語とは、悪性又は良性を問わず、全ての腫瘍性細胞成長及び増殖並びに全ての前がん性及びがん性の細胞及び組織を指す。「がん」、「がん性」、「細胞増殖性障害」、「増殖性障害」、及び「腫瘍」という用語は、ここで言及される場合、互いを排除しない。
「がん」及び「がん性」という用語は、未制御の細胞増殖によって典型的には特徴付けられる哺乳動物における生理学的状態を指すか又は記述する。この定義に含まれるものは良性及び悪性がんである。「早期がん」又は「早期腫瘍」とは、非浸潤もしくは非転移又はステージ０、１、又は２のがんを意味する。がんの例には、限定されないが、がん腫、リンパ腫、芽細胞腫、（髄芽細胞腫及び網膜芽細胞腫を含む）、肉腫（脂肪肉腫及び滑膜細胞肉腫を含む）、神経内分泌腫瘍（カルチノイド腫瘍、ガストリン産生腫瘍、及び島細胞がんを含む）、中皮腫、シュワン細胞腫（聴神経腫瘍を含む）、髄膜腫、腺がん、メラノーマ、及び白血病又はリンパ系腫瘍が含まれる。このようながんのより特定の例には、膀胱がん（例えば、尿路上皮膀胱がん（例えば、移行上皮又は尿路上皮がん、筋層非浸潤性膀胱がん、筋層浸潤性膀胱がん、及び転移性膀胱がん）及び非尿路上皮膀胱がん）、扁平上皮細胞がん（例えば、上皮系扁平上皮細胞がん）、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肺の腺がん、及び肺の扁平上皮がんを含む肺がん、腹膜のがん、肝細胞がん、消化管がんを含む胃（gastric）又は胃（stomach）がん、膵臓がん、膠芽腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、ヘパトーマ、乳がん（転移性乳がんを含む）、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜又は子宮がん、唾液腺がん、腎臓（kidney）又は腎臓（renal）がん、前立腺がん、外陰部がん、甲状腺がん、肝がん、肛門がん、陰茎がん、メルケル細胞がん、菌状息肉腫、精巣がん、食道がん、胆管の腫瘍、並びに頭頸部がん及び血液悪性腫瘍が含まれる。幾つかの実施態様では、がんは、トリプルネガティブ転移性乳がんであり、これには、局所再発性又は転移性疾患（局所再発性疾患は、治療意図での摘出を受けることができない）を伴う、任意の組織学的に確認されたトリプルネガティブ（ＥＲ、ＰＲ、ＨＥＲ２）乳腺がんが含まれる。幾つかの実施態様では、がんは膀胱がんである。特定の実施態様では、膀胱がんは尿路上皮膀胱がんである。
ここで使用される「試料」という用語は、例えば、物理的、生化学的、化学的、及び／又は生理学的特性に基づいて、特徴付けされ及び／又は特定される細胞及び／又は他の分子実体を含む、目的の対象及び／又は個体から得られるか又は由来する組成物を指す。例えば、「疾患試料」という語句とその変化形は、特徴付けられる細胞及び／又は分子実体を含んでいることが予想されるか又は知られている、目的の対象から得られた任意の試料を指す。試料には、限定されないが、組織試料、初代又は培養細胞又は細胞株、細胞上清、細胞可溶化物、血小板、血清、血漿、硝子体液、リンパ液、滑液、卵胞液、***、羊水、乳、全血、血液由来細胞、尿、脳脊髄液、唾液、痰、涙、汗、粘液、腫瘍可溶化物、及び組織培養培地、組織抽出物、例えば、均質化組織、腫瘍組織、細胞抽出物、及びそれらの組み合わせが含まれる。
「組織試料」又は「細胞試料」とは、対象又は個体の組織から得られた類似の細胞の集合を意味する。組織又は細胞試料源は、新鮮、凍結、及び／又は保存器官、組織試料、生検、及び／又は吸引液由来の固形組織；血液又は任意の血液成分、例えば、血漿；体液、例えば、脳脊髄液、羊水、腹水、もしくは間質液；対象の妊娠又は発育中の任意の時点の細胞でありうる。組織試料はまた初代又は培養された細胞又は細胞株でありうる。場合によっては、組織又は細胞試料は、疾患組織／器官から得られる。例えば、「腫瘍試料」は、腫瘍又は他のがん性組織から得られた組織試料である。組織試料は、細胞型の混合集団（例えば、腫瘍細胞と非腫瘍細胞、がん性細胞と非がん性細胞）を含みうる。組織試料は、保存料、抗凝固剤、緩衝液、固定剤、栄養剤、抗生物質など、本来は組織とは天然には混ざり合わない化合物を含みうる。
「検出」という用語は、直接的及び間接的検出を含む、任意の検出手段を含む。
ここで使用される「バイオマーカー」という用語は、試料中で検出されうる指標、例えば、予測指標、診断指標、及び／又は予後指標を指す。バイオマーカーは、ある特定の分子的、病理学的、組織学的、及び／又は臨床的特徴によって特徴付けられる疾患又は障害（例えば、がん）の特定のサブタイプの指標としての機能を果たしうる。幾つかの実施態様では、バイオマーカーは遺伝子である。バイオマーカーには、限定されないが、ポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ及び／又はＲＮＡ）、ポリヌクレオチドコピー数改変（例えば、ＤＮＡコピー数）、ポリペプチド、ポリペプチド及びポリヌクレオチド修飾（例えば、翻訳後修飾）、炭水化物、及び／又は糖脂質ベースの分子マーカーが含まれる。
ここで使用される「細胞傷害性剤」という用語は、細胞に有害な（例えば、細胞死を引き起こし、増殖を阻害し、又は他に細胞機能を妨げる）あらゆる薬剤を指す。細胞傷害性剤には、限定されないが、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体）；化学療法剤；増殖阻害剤；酵素及びその断片、例えば核酸分解酵素など；及び毒素、例えば小分子毒素、又は細菌、真菌、植物又は動物由来の酵素活性毒素（それらの断片及び／又はバリアントを含む）が含まれる。例示的な細胞傷害性剤は、抗微小管剤、白金配位錯体、アルキル化剤、抗生物質製剤、トポイソメラーゼＩＩ阻害剤、代謝拮抗物質、トポイソメラーゼＩ阻害剤、ホルモン剤及びホルモン類似体、シグナル伝達経路阻害剤、非受容体型チロシンキナーゼ血管新生阻害剤、免疫療法剤、アポトーシス促進剤、ＬＤＨ－Ａの阻害剤、脂肪酸生合成の阻害剤、細胞周期シグナル伝達阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、プロテアソーム阻害剤、及びがん代謝の阻害剤から選択することができる。一実施態様では、細胞傷害性剤は白金系化学療法剤である。一実施態様では、細胞傷害性剤はＥＧＦＲのアンタゴニストである。一実施態様では、細胞傷害性剤は、Ｎ－（３－エチニルフェニル）－６，７－ビス（２－メトキシエトキシ）キナゾリン－４－アミン（例えば、エルロチニブ，ＴＡＲＣＥＶＡＴＭ）である。一実施態様では、細胞傷害性剤はＲＡＦ阻害剤である。一実施態様では、ＲＡＦ阻害剤はＢＲＡＦ及び／又はＣＲＡＦ阻害剤である。一実施態様では、ＲＡＦ阻害剤はベムラフェニブである。一実施態様では、細胞傷害性剤はＰＩ３Ｋ阻害剤である。
ここで使用される場合、「化学療法剤」という用語は、がんの治療に有用な化合物を含む。化学療法剤の例には、エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＯＳＩ Ｐｈａｒｍ．）、ボルテゾミブ（ＶＥＬＣＡＤＥ（登録商標）、Ｍｉｌｌｅｎｎｉｕｍ Ｐｈａｒｍ．）、ジスルフィラム、没食子酸エピガロカテキン、サリノスポラミドＡ、カーフィルゾミブ、１７－ＡＡＧ（ゲルダナマイシン）、ラディシコール、乳酸デヒドロゲナーゼＡ（ＬＤＨ－Ａ）、フルベストラント（ＦＡＳＬＯＤＥＸ（登録商標）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、スニチブ（sunitib）（スーテント（登録商標）、Ｐｆｉｚｅｒ／Ｓｕｇｅｎ）、レトロゾール（ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、メシル酸イマチニブ（ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、フィナスネート（finasunate）（ＶＡＴＡＬＡＮＩＢ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、オキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮ（登録商標）、Ｓａｎｏｆｉ）、５－ＦＵ（５－フルオロウラシル）、ロイコボリン、ラパマイシン（Ｓｉｒｏｌｉｍｕｓ、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標）、Ｗｙｅｔｈ）、ラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ（登録商標）、ＧＳＫ５７２０１６、Ｇｌａｘｏ Ｓｍｉｔｈ Ｋｌｉｎｅ）、ロナファミブ（lonafamib）（ＳＣＨ６６３３６）、ソラフェニブ（ＮＥＸＡＶＡＲ（登録商標）、Ｂａｙｅｒ Ｌａｂｓ）、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（登録商標）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ＡＧ１４７８、アルキル化剤、例えばチオテパ及びシトキサン（登録商標）シクロスホスファミド；アルキルスルホネート、例えばブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファン；アジリジン、例えばベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、及びウレドーパ；エチレンイミン及びメチラメラミン（methylamelamine）（アルトレタミンを含む）、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド及びトリメチロメラミン；アセトゲニン（特にブラタシン及びブラタシノン）；カンプトテシン（トポテカン及びイリノテカンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ－１０６５（そのアドゼレシン、カルゼルシン及びビゼレシン合成類似体を含む）；クリプトフィシン（特にクリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；副腎皮質ステロイド（プレドニゾン及びプレドニゾロンを含む）；酢酸シプロテロン；フィナステリド及びデュタステリドを含む５α－レダクターゼ；ボリノスタット、ロミデプシン、パノビノスタット、バルプロ酸、モセチノスタットドラスタチン；アルデスロイキン、タルクズオカルマイシン（合成類似体、ＫＷ－２１８９及びＣＢ１－ＴＭ１を含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチイン；スポンギスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えばクロラムブシル、クロマファジン（chlomaphazine）、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベムビチン（novembichin）、フェネステリン（phenesterine）、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソウレア類、例えばカルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムスチン（ranimnustine）；抗生物質、例えばエンジイン抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシンγ１Ｉ及びカリケアマイシンω１Ｉ（Angew Chem. Intl. Ed. Engl. 33:183-186 (1994)）；ジネマイシンＡを含むジネマイシン；ビスホスホネート、例えばクロドロネート；エスペラミシン；並びにネオカルジノスタチン発色団及び関連する色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アントラマイシン（authramycin）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６－ジアゾ－５－オキソ－Ｌ－ノルロイシン、アドリアマイシン（登録商標）（ドキソルビシン）、モルホリノ－ドキソルビシン、シアノモルホリノ－ドキソルビシン、２－ピロリノ－ドキソルビシン及びデオキシドキソルビシン）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えばマイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン（quelamycin）、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗剤、例えばメトトレキサート及び５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）；葉酸アナログ、例えばデノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート；プリンアナログ、例えばフルダラビン、６－メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジンアナログ、例えばアンシタビン、アザシチジン、６－アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン；アンドロゲン、例えばカルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎剤（anti-adrenals）、例えばアミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補充薬、例えばフォリン酸（frolinic acid）；アセグラトン；アルドホスファミドグルコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビスアントレン；エダトレキサート（edatraxate）；デフォファミン（defofamine）；デメコルシン；ジアジクオン；エルフォミチン（elfomithine）；エリプチニウムアセテート；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシウレア；レンチナン；ロニダイニン（lonidainine）；メイタンシノイド、例えばメイタンシン及びアンサマイトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール（mopidamnol）；ニトラエリン（nitraerine）；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸（podophyllinic acid）；２－エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）多糖類複合体（ＪＨＳ Ｎａｔｕｒａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，Ｏｒｅｇ．）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン；２，２’，２’’－トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特にＴ－２トキシン、ベラクリン（verracurin）Ａ、ロリジンＡ及びアングイジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン（gacytosine）；アラビノシド（「Ａｒａ－Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキサン；クロラムブシル；ＧＥＭＺＡＲ（登録商標）（ゲムシタビン）；６－チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；ビンブラスチン；エトポシド（ＶＰ－１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標）（ビノレルビン）；ノバントロン；テニポシド；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；カペシタビン（ゼローダ（登録商標））；イバンドロネート；ＣＰＴ－１１；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド、例えばレチノイン酸；並びに上記の何れかの薬学的に許容可能な塩、酸、及び誘導体が含まれる。
化学療法剤には、白金を分子の不可欠な部分として含む有機化合物を含む「白金系」化学療法剤がまた含まれる。典型的には、白金系化学療法剤は白金の配位錯体である。白金系化学療法剤は、当該技術分野において「プラチン」と呼ばれることがある。白金系化学療法剤の例には、限定されないが、カルボプラチン、シスプラチン、及びオキサリプラチンが含まれる。
化学療法剤には、（ｉ）例えば、タモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標）；タモキシフェンシトレートを含む）、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、ヨードキシフェン、４－ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン、及びフェアストン（登録商標）（クエン酸トレミフェン（toremifine））を含む、例えば抗エストロゲン及び選択的エストロゲン受容体モジュレーター（ＳＥＲＭ）のような、腫瘍に対するホルモン作用を調節し又は阻害するように作用する抗ホルモン剤；（ｉｉ）例えば４（５）－イミダゾール、アミノグルテチミド、ＭＥＧＡＳＥ（登録商標）（酢酸メゲストロール）、ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標）（エキセメスタン；Ｐｆｉｚｅｒ）、ホルメスタン（formestanie）、ファドロゾール、ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標）（ボロゾール）、ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）（レトロゾール；Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、及びＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標）（アナストロゾ－ル；ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）のような、副腎におけるエストロゲン生成を調節する、酵素アロマターゼを阻害するアロマターゼ阻害剤；（ｉｉｉ）抗アンドロゲン剤、例えばフルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド及びゴセレリン；ブセレリン、トリプテレリン（tripterelin）、酢酸メドロキシプロゲステロン、ジエチルスチルベストロール、プレマリン、フルオキシメステロン、ａｌｌ－ｔｒａｎｓ－レチノイン酸、フェンレチニド、並びにトロキサシタビン（１，３－ジオキソランヌクレオシドシトシンアナログ）；（ｉｖ）プロテインキナーゼ阻害剤；（ｖ）脂質キナーゼ阻害剤；（ｖｉ）アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に、例えばＰＫＣ－アルファ、Ｒａｌｆ及びＨ－Ｒａｓのような、異常な細胞増殖に関与しているシグナル伝達経路における遺伝子の発現を阻害するもの；（ｖｉｉ）リボザイム、例えばＶＥＧＦ発現阻害剤（例えば、ＡＮＧＩＯＺＹＭＥ（登録商標））及びＨＥＲ２発現阻害剤；（ｖｉｉｉ）遺伝子療法ワクチンのようなワクチン、例えば、ＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）、及びＶＡＸＩＤ（登録商標）；ＰＲＯＬＥＵＫＩＮ（登録商標）、ｒＩＬ－２；トポイソメラーゼ１阻害剤、例えばＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標）；ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標）ｒｍＲＨ；及び（ｉｘ）上記の何れかの薬学的に許容可能な塩、酸及び誘導体がまた含まれる。
化学療法剤には、抗体、例えばアレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ）、ベバシズマブ（アバスチン（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；セツキシマブ（ＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標）、Ｉｍｃｌｏｎｅ）；パニツムマブ（ＶＥＣＴＩＢＩＸ（登録商標）、Ａｍｇｅｎ）、リツキシマブ（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｂｉｏｇｅｎ Ｉｄｅｃ）、ペルツズマブ（ＯＭＮＩＴＡＲＧ（登録商標）、２Ｃ４、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、トラスツズマブ（ハーセプチン（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、トシツモマブ（Ｂｅｘｘａｒ、Ｃｏｒｉｘｉａ）、及び抗体薬物コンジュゲート、ゲムツズマブオゾガミシン（マイロターグ（登録商標）、Ｗｙｅｔｈ）がまた含まれる。本発明の化合物と組み合わせられる薬剤として治療可能性を有する追加的なヒト化モノクローナル抗体には、アポリズマブ、アセリズマブ（aselizumab）、アトリズマブ、バピヌズマブ、ビヴァツズマブ メルタンシン、カンツズマブメルタンシン、セデリズマブ（cedelizumab）、セルトリズマブペゴル、シドフシツズマブ（cidfusituzumab）、シドツズマブ（cidtuzumab）、ダクリズマブ、エクリズマブ、エファリズマブ、エプラツズマブ、エルリズマブ（erlizumab）、フェルビズマブ（felvizumab）、フォントリズマブ、ゲムツズマブオゾガマイシン、イノツズマブオゾガマイシン、イピリムマブ、ラベツズマブ、リンツズマブ、マツズマブ、メポリズマブ、モタビズマブ、モトビズマブ、ナタリズマブ、ニモツズマブ、ノロビズマブ（nolovizumab）、ヌマビズマブ（numavizumab）、オクレリズマブ、オマリズマブ、パリビズマブ、パスコリズマブ（pascolizumab）、ペクフシツマブ（pecfusituzumab）、ペクツズマブ（pectuzumab）、ペクセリズマブ、ラリビズマブ（ralivizumab）、ラニビズマブ、レスリビズマブ（reslivizumab）、レスリズマブ、レシビズマブ（resyvizumab）、ロベリズマブ（rovelizumab）、ルピリズマブ（ruplizumab）、シブロツズマブ（sibrotuzumab）、シプリズマブ、ソンツズマブ（sontuzumab）、タカツズマブテトラキセタン、タドシズマブ（tadocizumab）、タリズマブ、テフィバズマブ、トシリズマブ、トラリズマブ、ツコツズマブセルモロイキン、ツクシツズマブ（tucusituzumab）、ウマビズマブ（umavizumab）、ウルトキサズマブ、ウステキヌマブ、ビシリズマブ、及びインターロイキン－１２ｐ４０タンパク質を認識するように遺伝的に修飾された組み換え独占的ヒト配列の完全長ＩｇＧ１λ抗体である抗インターロイキン－１２（ＡＢＴ－８７４／Ｊ６９５，Wyeth Research and Abbott Laboratories）が含まれる。
化学療法剤には、ＥＧＦＲに結合するか又は他の様式でそれと直接相互作用し、そのシグナル伝達活性を防止又は低減する化合物を指し、「ＥＧＦＲアンタゴニスト」とも称される「ＥＧＦＲ阻害剤」がまた含まれる。このような薬剤の例には、ＥＧＦＲに結合する抗体及び小分子が含まれる。ＥＧＦＲに結合する抗体の例には、ＭＡｂ ５７９（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ＨＢ ８５０６）、ＭＡｂ ４５５（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ＨＢ８５０７）、ＭＡｂ ２２５（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ８５０８）、ＭＡｂ ５２８（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ８５０９）（米国特許第４９４３５３３号を参照）とそれらのバリアント、例えば、キメラ化２２５（Ｃ２２５又はセツキシマブ；ＥＲＢＵＴＩＸ（登録商標））及び再構成（reshaped）ヒト２２５（Ｈ２２５）（例えば国際公開第９６／４０２１０号（Ｉｍｃｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．）を参照）、ＩＭＣ－１１Ｆ８、完全ヒトＥＧＦＲ標的抗体（Ｉｍｃｌｏｎｅ）；ＩＩ型変異ＥＧＦＲに結合する抗体（米国特許第５２１２２９０号）、米国特許第５８９１９９６号に記載のＥＧＦＲに結合するヒト化及びキメラ抗体、並びにＥＧＦＲに結合するヒト抗体、例えば、ＡＢＸ－ＥＧＦ又はパニツムマブ（国際公開第９８／５０４３３号（Ａｂｇｅｎｉｘ／Ａｍｇｅｎ）を参照）；ＥＭＤ５５９００（Stragliotto等 Eur. J. Cancer 32A:636-640 (1996)）；ＥＧＦＲ結合についてＥＧＦ及びＴＧＦ－アルファの両方と競合するＥＧＦＲに対して産生されたヒト化ＥＧＦＲ抗体ＥＭＤ７２００（マツズマブ）（ＥＭＤ／Ｍｅｒｃｋ）；ヒトＥＧＦＲ抗体ＨｕＭａｘ－ＥＧＦＲ（ＧｅｎＭａｂ）；Ｅ１．１、Ｅ２．４、Ｅ２．５、Ｅ６．２、Ｅ６．４、Ｅ２．１１、Ｅ６．３及びＥ７．６．３として知られ、米国特許第６２３５８８３号に記載された完全ヒト抗体；ＭＤＸ－４４７（Ｍｅｄａｒｅｘ Ｉｎｃ）；及びｍＡｂ８０６又はヒト化ｍＡｂ８０６（Johns等, J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384 (2004)）が含まれる。抗ＥＧＦＲ抗体は、細胞傷害剤にコンジュゲートされ、それにより免疫コンジュゲートを作製できる（例えば、欧州特許出願公開第６５９４３９Ａ２号、Ｍｅｒｃｋ Ｐａｔｅｎｔ ＧｍｂＨを参照）。ＥＧＦＲアンタゴニストには、米国特許第５６１６５８２号、同第５４５７１０５号、同第５４７５００１号、同第５６５４３０７号、同第５６７９６８３号、同第６０８４０９５号、同第６２６５４１０号、同第６４５５５３４号、同第６５２１６２０号、同第６５９６７２６号、同第６７１３４８４号、同第５７７０５９９号、同第６１４０３３２号、同第５８６６５７２号、同第６３９９６０２号、同第６３４４４５９号、同第６６０２８６３号、同第６３９１８７４号、同第６３４４４５５号、同第５７６００４１号、同第６００２００８号、及び同第５７４７４９８号、並びに次のＰＣＴ公報：国際公開第９８／１４４５１号、国際公開第９８／５００３８号、国際公開第９９／０９０１６号、及び国際公開第９９／２４０３７号に記載の化合物などの小分子が含まれる。特定の小分子ＥＧＦＲアンタゴニストには、ＯＳＩ－７７４（ＣＰ－３５８７７４、エルロチニブ、ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＯＳＩ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ））；ＰＤ１８３８０５（ＣＩ１０３３，２－プロペンアミド，Ｎ－［４－［（３－クロロ－４－フルオロフェニル）アミノ］－７－［３－（４－モルホリニル）プロポキシ］－６－キナゾリニル］－，二塩酸塩、Ｐｆｉｚｅｒ Ｉｎｃ．）；ＺＤ１８３９，ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（登録商標））４－（３’－クロロ－４’－フルオロアニリノ）－７－メトキシ－６－（３－モルホリノプロポキシ）キナゾリン、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＺＭ１０５１８０（（６－アミノ－４－（３－メチルフェニル－アミノ）－キナゾリン、Ｚｅｎｅｃａ）；ＢＩＢＸ－１３８２（Ｎ８－（３－クロロ－４－フルオロ－フェニル）－Ｎ２－（１－メチル－ピペリジン－４－イル）－ピリミド［５，４－ｄ］ピリミジン－２，８－ジアミン、Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）；ＰＫＩ－１６６（（Ｒ）－４－［４－［（１－フェニルエチル）アミノ］－１Ｈ－ピロロ［２，３－ｄ］ピリミジン－６－イル］－フェノール）；（Ｒ）－６－（４－ヒドロキシフェニル）－４－［（１－フェニルエチル）アミノ］－７Ｈ－ピロロ［２，３－ｄ］ピリミジン）；ＣＬ－３８７７８５（Ｎ－［４－［（３－ブロモフェニル）アミノ］－６－キナゾリニル］－２－ブチンアミド）；ＥＫＢ－５６９（Ｎ－［４－［（３－クロロ－４－フルオロフェニル）アミノ］－３－シアノ－７－エトキシ－６－キノリニル］－４－（ジメチルアミノ）－２－ブチンアミド）（Ｗｙｅｔｈ）；ＡＧ１４７８（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＡＧ１５７１（ＳＵ５２７１；Ｐｆｉｚｅｒ）；二重ＥＧＦＲ／ＨＥＲ２チロシンキナーゼ阻害剤、例えば、ラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ（登録商標），ＧＳＫ５７２０１６又はＮ－［３－クロロ－４－［（３－フルオロフェニル）メトキシ］フェニル］－６［５［［［２－メチルスルホニル）エチル］アミノ］メチル］－２－フラニル］－４－キナゾリンアミン）が含まれる。
化学療法剤には「チロシンキナーゼ阻害剤」もまた含まれ、これは、前段落に記載のＥＧＦＲ標的化薬物；小分子ＨＥＲ２チロシンキナーゼ阻害剤、例えばＴａｋｅｄａから入手可能なＴＡＫ１６５；ＥｒｂＢ２受容体チロシンキナーゼの経口選択的阻害剤であるＣＰ－７２４７１４（Ｐｆｉｚｅｒ及びＯＳＩ）；優先的にＥＧＦＲに結合するがＨＥＲ２及びＥＧＦＲ過剰発現細胞の両方を阻害するＥＫＢ－５６９（Ｗｙｅｔｈから入手可能）のような二重ＨＥＲ阻害剤；経口ＨＥＲ２及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤であるラパチニブ（ＧＳＫ５７２０１６；Ｇｌａｘｏ－ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅから入手可能）；ＰＫＩ－１６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓから入手可能）；ｐａｎ－ＨＥＲ阻害剤、例えばカネルチニブ（ＣＩ－１０３３；Ｐｈａｒｍａｃｉａ）；Ｒａｆ－１阻害剤、例えばＲａｆ－１シグナル伝達を阻害する、ＩＳＩＳ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓから入手可能なアンチセンス剤ＩＳＩＳ－５１３２；非ＨＥＲ標的化ＴＫ阻害剤、例えばメシル酸イマチニブ（ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標）、Ｇｌａｘｏ ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅから入手可能）；多標的化チロシンキナーゼ阻害剤、例えばスニチニブ（スーテント（登録商標）、Ｐｆｉｚｅｒから入手可能）；ＶＥＧＦ受容体チロシンキナーゼ阻害剤、例えばバタラニブ（ＰＴＫ７８７／ＺＫ２２２５８４、Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎ ＡＧから入手可能）；ＭＡＰＫ細胞外調節キナーゼＩ阻害剤ＣＩ－１０４０（Ｐｈａｒｍａｃｉａから入手可能）；キナゾリン、例えばＰＤ１５３０３５，４－（３－クロロアニリノ）キナゾリン；ピリドピリミジン；ピリミドピリミジン；ピロロピリミジン、例えばＣＧＰ５９３２６、ＣＧＰ６０２６１及びＣＧＰ６２７０６；ピラゾロピリミジン、４－（フェニルアミノ）－７Ｈ－ピロロ［２，３－ｄ］ピリミジン；クルクミン（ジフェルロイルメタン、４，５－ビス（４－フルオロアニリノ）フタルイミド）；ニトロチオフェン部分を含むチロホスチン；ＰＤ－０１８３８０５（Ｗａｒｎｅｒ－Ｌａｍｂｅｒ）；アンチセンス分子（例えばＨＥＲコード化核酸に結合するもの）；キノキサリン誘導体（米国特許第５８０４３９６号）； チルホスチン（tryphostin）（米国特許第５８０４３９６号）；ＺＤ６４７４（Ａｓｔｒａ Ｚｅｎｅｃａ）；ＰＴＫ－７８７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ ＡＧ）；ｐａｎ－ＨＥＲ阻害剤、例えばＣＩ－１０３３（Ｐｆｉｚｅｒ）；Ａｆｆｉｎｉｔａｃ（ＩＳＩＳ３５２１；Ｉｓｉｓ／Ｌｉｌｌｙ）；メシル酸イマチニブ（ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標））；ＰＫＩ１６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＧＷ２０１６（Ｇｌａｘｏ ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）；ＣＩ－１０３３（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＥＫＢ－５６９（Ｗｙｅｔｈ）；セマキシニブ（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＺＤ６４７４（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＰＴＫ－７８７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ ＡＧ）；ＩＮＣ－１Ｃ１１（Ｉｍｃｌｏｎｅ）、ラパマイシン（シロリムス、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標））；又は次の特許公報：米国特許第５８０４３９６号；国際公開第１９９９／０９０１６号（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｙａｎａｍｉｄ）；国際公開第１９９８／４３９６０号（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｙａｎａｍｉｄ）；国際公開第１９９７／３８９８３号（Ｗａｒｎｅｒ Ｌａｍｂｅｒｔ）；国際公開第１９９９／０６３７８号（Ｗａｒｎｅｒ Ｌａｍｂｅｒｔ）；国際公開第１９９９／０６３９６号（Ｗａｒｎｅｒ Ｌａｍｂｅｒｔ）；国際公開第１９９６／３０３４７号（Ｐｆｉｚｅｒ，Ｉｎｃ）；国際公開第１９９６／３３９７８号（Ｚｅｎｅｃａ）；国際公開第１９９６／３３９７号（Ｚｅｎｅｃａ）及び国際公開第１９９６／３３９８０（Ｚｅｎｅｃａ）の何れかに記載のものが含まれる。
化学療法剤には、デキサメタゾン、インターフェロン、コルヒチン、メトプリン、シクロスポリン、アンホテリシン、メトロニダゾール、アレムツズマブ、アリトレチノイン、アロプリノール、アミホスチン、三酸化ヒ素、アスパラギナーゼ、ＢＣＧ生、ベバクジマブ（bevacuzimab）、ベキサロテン、クラドリビン、クロファラビン、ダルベポエチンアルファ、デニロイキン、デクスラゾキサン、エポエチンアルファ、エロチニブ（elotinib）、フィルグラスチム、酢酸ヒストレリン、イブリツモマブ、インターフェロンアルファ－２ａ、インターフェロンアルファ－２ｂ、レナリドミド、レバミソール、メスナ、メトキサレン、ナンドロロン、ネララビン、ノフェツモマブ、オプレルベキン、パリフェルミン、パミドロネート、ペガデマーゼ、ペグアスパルガーゼ、ペグフィルグラスチム、ペメトレキセド二ナトリウム、プリカマイシン、ポルフィマーナトリウム、キナクリン、ラスブリカーゼ、サルグラモスチム、テモゾロミド、ＶＭ－２６、６－ＴＧ、トレミフェン、トレチノイン、ＡＴＲＡ、バルルビシン、ゾレドロネート、及びゾレドロン酸、並びにそれらの薬学的に許容可能な塩がまた含まれる。
化学療法剤には、ヒドロコルチゾン、酢酸ヒドロコルチゾン、酢酸コルチゾン、ピバリン酸チクソコルトール、トリアムシノロンアセトニド、トリアムシノロンアルコール、モメタゾン、アムシノニド、ブデソニド、デソニド、フルオシノニド、フルオシノロンアセトニド、ベタメタゾン、リン酸ベタメタゾンナトリウム、デキサメタゾン、リン酸デキサメタゾンナトリウム、フルオコルトロン、ヒドロコルチゾン－１７－ブチレート、ヒドロコルチゾン－１７－バレレート、ジプロピオン酸アクロメタゾン、吉草酸ベタメタゾン、ジプロピオン酸ベタメタゾン、プレドニカルベート、クロベタゾン－１７－ブチレート、クロベタゾール－１７－プロピオネート、カプロン酸フルオコルトロン、ピバリン酸フルオコルトロン及び酢酸フルプレドニデン；免疫選択的抗炎症ペプチド（ＩｍＳＡＩＤ）、例えばフェニルアラニン－グルタミン－グリシン（ＦＥＧ）とそのＤ－異性体型（ｆｅＧ）（ＩＭＵＬＡＮ ＢｉｏＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，ＬＬＣ）、抗リウマチ薬、例えばアザチオプリン、シクロスポリン（シクロスポリンＡ）、Ｄ－ペニシラミン，金塩、ヒドロキシクロロキン、レフルノミドミノサイクリン、スルファサラジン、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦα）遮断薬、例えばエタネルセプト（Ｅｎｂｒｅｌ）、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ）、アダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ）、セルトリズマブペゴル（Ｃｉｍｚｉａ）、ゴリムマブ（Ｓｉｍｐｏｎｉ）、インターロイキン１（ＩＬ－１）遮断薬、例えばアナキンラ（Ｋｉｎｅｒｅｔ）、Ｔ細胞共刺激遮断薬、例えばアバタセプト（Ｏｒｅｎｃｉａ）、インターロイキン６（ＩＬ－６）遮断薬、例えばトシリズマブ（ＡＣＴＥＭＲＡ（登録商標））；インターロイキン１３（ＩＬ－１３）遮断薬、例えばレブリキズマブ；インターフェロンアルファ（ＩＦＮ）遮断薬、例えばロンタリズマブ；ベータ７インテグリン遮断薬、例えばｒｈｕＭＡｂベータ７；ＩｇＥ経路遮断薬、例えば抗Ｍ１プライム；分泌ホモ三量体ＬＴａ３及び膜結合ヘテロ三量体ＬＴａ１／β２遮断薬、例えば抗リンホトキシンアルファ（ＬＴａ）；放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体）；
種々の治験薬、例えばチオプラチン、ＰＳ－３４１、フェニルブチレート、ＥＴ－１８－ＯＣＨ３、又はファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤（Ｌ－７３９７４９、Ｌ－７４４８３２）；ポリフェノール、例えばケルセチン、レスベラトロール、ピセタノール、没食子酸エピガロカテキン、テアフラビン、フラバノール、プロシアニジン、ベツリン酸及びその誘導体；オートファジー阻害剤、例えばクロロキン；デルタ－９－テトラヒドロカンナビノール（ドロナビノール、ＭＡＲＩＮＯＬ（登録商標））；ベータ－ラパコン；ラパコール；コルヒチン；ベツリン酸；アセチルカンプトテシン、スコポレクチン（scopolectin）、及び９－アミノカンプトテシン）；ポドフィロトキシン；テガフール（ＵＦＴＯＲＡＬ（登録商標））；ベキサロテン（ＴＡＲＧＲＥＴＩＮ（登録商標））；ビスホスホネート、例えばクロドロネート（例えば、ＢＯＮＥＦＯＳ（登録商標）又はＯＳＴＡＣ（登録商標））、エチドロネート（ＤＩＤＲＯＣＡＬ（登録商標））、ＮＥ－５８０９５、ゾレドロン酸／ゾレドロネート（ＺＯＭＥＴＡ（登録商標））、アレンドロネート（ＦＯＳＡＭＡＸ（登録商標））、パミドロネート（ＡＲＥＤＩＡ（登録商標））、チルドロネート（ＳＫＥＬＩＤ（登録商標））、又はリセドロネート（ＡＣＴＯＮＥＬ（登録商標））；及び上皮増殖因子受容体（ＥＧＦ－Ｒ）；ワクチン、例えばＴＨＥＲＡＴＯＰＥ（登録商標）ワクチン；ペリフォシン、ＣＯＸ－２阻害剤（例えばセレコキシブ又はエトリコキシブ）、プロテオソーム阻害剤（例えばＰＳ３４１）；ＣＣＩ－７７９；ティピファニブ（Ｒ１１５７７）；オラフェニブ（orafenib）、ＡＢＴ５１０；Ｂｃｌ－２阻害剤、例えばオブリメルセンナトリウム（ＧＥＮＡＳＥＮＳＥ（登録商標））；ピクサントロン；ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤、例えば、ロナファーニブ（ＳＣＨ６６３６、ＳＡＲＡＳＡＲＴＭ）；及び上記の何れかの薬学的に許容可能な塩、酸、又は誘導体；並びに上記の二つ以上の組み合わせ、例えばＣＨＯＰ（シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、及びプレドニゾロンの併用療法の略記）；及びＦＯＬＦＯＸ（５－ＦＵ及びロイコボリンと組み合わせたオキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮＴＭ）を用いた治療レジメンの略記）がまた含まれる。
化学療法剤には、鎮痛、解熱及び抗炎症効果を有する非ステロイド性抗炎症薬がまた含まれる。ＮＳＡＩＤには、酵素シクロオキシゲナーゼの非選択的阻害剤が含まれる。ＮＳＡＩＤの特定の例には、アスピリン、プロピオン酸誘導体、例えばイブプロフェン、フェノプロフェン、ケトプロフェン、フルルビプロフェン、オキサプロジン及びナプロキセン、酢酸誘導体、例えばインドメタシン、スリンダク、エトドラク、ジクロフェナク、エノール酸（enolic acid）誘導体、例えばピロキシカム、メロキシカム、テノキシカム、ドロキシカム、ロルノキシカム及びイソキシカム、フェナム酸誘導体、例えばメフェナム酸、メクロフェナム酸、フルフェナム酸、トルフェナム酸、及びＣＯＸ－２阻害剤、例えばセレコキシブ、エトリコキシブ、ルミラコキシブ、パレコキシブ、ロフェコキシブ、ロフェコキシブ、及びバルデコキシブが含まれる。ＮＳＡＩＤは、関節リウマチ、変形性関節症、炎症性関節症、強直性脊椎炎、乾癬性関節炎、ライター症候群、急性痛風、月経困難症、転移部骨痛、頭痛及び片頭痛、術後痛、炎症及び組織傷害に起因する軽度から中程度の疼痛、発熱、腸閉塞、及び腎疝痛のような状態の症状緩和のために適用されうる。
ここで使用される場合、「増殖阻害剤」は、インビトロ又はインビボの何れかで細胞の増殖を阻害する化合物又は組成物を指す。一実施態様では、増殖阻害剤は、抗体が結合する抗原を発現している細胞の増殖を予防又は低減する増殖阻害抗体である。別の実施態様では、増殖阻害剤は、Ｓ期で細胞の割合を有意に減少させるものでありうる。増殖阻害剤の例には、細胞周期の進行を（Ｓ期以外の場所で）遮断する薬剤、例えばＧ１停止又はＭ期停止を誘導する薬剤が含まれる。古典的なＭ期遮断薬には、ビンカ（ビンクリスチン及びビンブラスチン）、タキサン、及びトポイソメラーゼＩＩ阻害剤、例えばドキソルビシン、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド、及びブレオマイシンが含まれる。またＧ１停止させるこれらの薬剤は、Ｓ期停止にも波及し、例えば、ＤＮＡアルキル化剤、例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキセート、５－フルオロウラシル、及びａｒａ－Ｃ（アラビノフラノシルシトシン）である。更なる情報は、Mendelsohn及びIsrael編, The Molecular Basis of Cancer, Chapter 1, Murakami等, 表題“Cell cycle regulation, oncogenes, and antineoplastic drugs”（W.B. Saunders, Philadelphia, 1995）、例えば１３頁に見出すことができる。
「放射線療法」とは、正常に機能する能力を制限するか、又は細胞を完全に破壊するように細胞に十分な損傷を誘導する指向性ガンマ線又はベータ線の使用を意味する。投薬量及び治療期間を決定するための当該技術分野で知られた方法が多く存在することが理解される。典型的な治療剤は、１回の投与として与えられ、典型的な投薬量は、１日当たり１０～２００単位（グレイ）の範囲である。
治療の目的のための「個体」又は「対象」は、哺乳動物として分類される何れかの動物を指し、ヒト、家畜動物、及び動物園、スポーツ、又はペット動物、例えば、イヌ、ウマ、ネコ、ウシなどを含む。個体又は対象は患者でありうる。特定の実施態様では、個体又は患者はヒトである。
ここでの「抗体」という用語は、最も広い意味で使用され、具体的には、モノクローナル抗体（完全長モノクローナル抗体を含む）、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び所望の生物学的活性を示す限り、抗体断片を包含する。
「単離された」抗体は、その自然環境の成分から同定されて分離され、及び／又は回収されたものである。その自然環境の汚染成分とは、抗体の研究、診断又は治療への使用を妨害する物質であり、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質様又は非タンパク質様溶質を含みうる。幾つかの実施態様では、抗体は、（１）例えばローリー法で測定して抗体の９５重量％を超えるまで、幾つかの実施態様では９９重量％を超えるまで；（２）例えばスピニングカップシークエネーターを使用することにより、少なくとも１５残基のＮ末端あるいは内部アミノ酸配列を得るのに充分な程度まで、又は（３）例えばクーマシーブルー又は銀色素を使用した還元又は非還元条件下でのＳＤＳ－ＰＡＧＥにより均一になるまで精製される。単離された抗体は、抗体の自然環境の少なくとも一つの成分が存在しないため、組換え細胞内のインサイツの抗体を含む。しかしながら、通常は、単離された抗体は少なくとも一の精製工程により調製される。
「天然抗体」は、通常、二つの同一の軽（Ｌ）鎖と二つの同一の重（Ｈ）鎖からなる、約１５００００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。各軽鎖は一つの共有ジスルフィド結合により重鎖に結合しており、ジスルフィド結合の数は、異なった免疫グロブリンアイソタイプの重鎖間で変化する。また各重鎖と軽鎖は、規則的に離間した鎖内ジスルフィド架橋を有している。各重鎖は、複数の定常ドメインが続く可変ドメイン（ＶＨ）を一端に有する。各軽鎖は、一端に可変ドメイン（ＶＬ）を、その他端に定常ドメインを有し；軽鎖の定常ドメインは重鎖の第一定常ドメインと整列し、軽鎖の可変ドメインは重鎖の可変ドメインと整列している。特定のアミノ酸残基が、軽鎖及び重鎖可変ドメイン間の界面を形成すると考えられる。
「定常ドメイン」という用語は、免疫グロブリンの他の部分、すなわち抗原結合部位を含む可変ドメインより多くの保存アミノ酸配列を有する免疫グロブリンの部分を指す。定常ドメインは、重鎖のＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３ドメイン（まとめてＣＨという）、及び軽鎖のＣＨＬ（又はＣＬ）ドメインを含む。
抗体の「可変領域」又は「可変ドメイン」は、抗体の重鎖又は軽鎖のアミノ末端ドメインを指す。重鎖の可変ドメインは、「ＶＨ」と呼ばれることがある。軽鎖の可変ドメインは「ＶＬ」と呼ばれることがある。これらドメインは、通常、抗体の最も可変度の高い部分であり、抗原結合部位を含んでいる。
「可変」なる用語は、可変ドメインのある部分が、抗体間で配列が広範囲に相違しているという事実を指し、各特定の抗体のその特定の抗原への結合及び特異性に使用される。しかしながら、可変性は、抗体の可変ドメイン全体に均一に分布しているのではない。それは、軽鎖及び重鎖可変ドメインの双方において、超可変領域（ＨＶＲ）と呼ばれる三つのセグメントに集中している。可変ドメインのより高度に保存されている部分は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる。天然の重鎖及び軽鎖の可変ドメインは、それぞれ四つのＦＲ領域を含み、ベータシート構造を連結し、場合によってはその一部を形成するループを形成する、三つのＨＶＲにより連結されたベータシート立体配置を大部分がとる。各鎖のＨＶＲは、ＦＲ領域により互いに近接した状態で保持され、他の鎖のＨＶＲと共に、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Kabat等, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5版, National Institute of Health, Bethesda, Md.(1991)を参照）。定常ドメインは、抗原との抗体の結合には直接関わっていないが、抗体依存性細胞毒性における抗体の関与など、様々なエフェクター機能を示す。
任意の哺乳動物種由来の抗体（免疫グロブリン）の「軽鎖」は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）及びラムダ（λ）と呼ばれる二つの明確に区別される型の一つに割り当てることができる。
ここで使用されるＩｇＧの「アイソタイプ」又は「サブクラス」という用語は、それらの定常領域の化学特性及び抗原特性により定まる免疫グロブリンのサブクラスの何れかを意味する。
その重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、抗体（免疫グロブリン）を異なるクラスに割り当てることができる。免疫グロブリンには５つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭがあり、これらの幾つかは、更にサブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩＧＡ１、及びＩｇＡ２に分けることができる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、γ、ε、γ、及びμと呼ばれる。免疫グロブリンの異なるクラスのサブユニット構造及び三次元立体配置はよく知られており、一般的に、例えば、Abbas等 Cellular and Mol. Immunology, 4版（W.B. Saunders, Co., 2000）に記載されている。抗体は、抗体と一又は複数の他のタンパク質もしくはペプチドとの共有的又は非共有的結合により形成される、より大きな融合分子の一部であってもよい。
「完全長抗体」、「インタクトな抗体」及び「全抗体」という用語は、ここでは互換可能に使用されて、その実質的にインタクトな形態の抗体を指し、以下に定義する抗体断片を指すのではない。該用語は、特にＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
ここでの目的のための「ネイキッド抗体」は、細胞傷害性部分又は放射標識にコンジュゲートされていない抗体である。
「抗体断片」は、インタクトな抗体の一部を含み、好ましくはその抗原結合領域を含む。幾つかの実施態様では、ここに記載の抗体断片は抗原結合断片である。抗体断片の例には、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びＦｖ断片；ダイアボディ；直鎖状抗体；単鎖抗体分子；及び抗体断片から形成された多重特異性抗体が含まれる。
抗体のパパイン消化は、各々が単一の抗原結合部位を持つ「Ｆａｂ」断片と呼ばれる二つの同一の抗体結合断片と、その名前が容易に結晶化する能力を反映する残りの「Ｆｃ」断片を生成する。パパイン処理は、二つの抗原結合部位を有し、なお抗原を架橋することが可能なＦ（ａｂ’）２断片を生じる。
「Ｆｖ」は、完全な抗原結合部位を含む最小抗体断片である。一実施態様では、二本鎖「Ｆｖ」種は、一本の重鎖と一本の軽鎖の可変ドメインが堅固な非共有結合をなした二量体からなる。一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）種では、柔軟なペプチドリンカーによって一つの重鎖及び一つの軽鎖可変ドメインが共有結合的に連結され得、軽鎖及び重鎖が、二本鎖Ｆｖ種のものと類似の「二量体」構造で結合しうる。各可変ドメインの三つのＨＶＲが相互作用し、ＶＨ－ＶＬ二量体の表面に抗原結合部位を形成するのはこの配置においてである。集合的に、六つのＨＶＲが抗体に抗原結合特異性を付与する。しかしながら、単一の可変ドメイン（又は抗原に対して特異的な三つのＨＶＲのみを含むＦｖの半分）でさえ、全結合部位よりも親和性が低下するものの、抗原を認識して結合する能力を有している。
Ｆａｂ断片は、重鎖及び軽鎖可変ドメインを含み、また軽鎖の定常ドメイン及び重鎖の第一定常ドメイン（ＣＨ１）を含む。Ｆａｂ’断片は、抗体ヒンジ領域からの一又は複数のシステインを含む重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端に数個の残基が付加されている点でＦａｂ断片とは異なる。Ｆａｂ’－ＳＨは、ここでは、定常ドメインのシステイン残基が遊離チオール基を持つＦａｂ’に対する名称である。Ｆ（ａｂ’）２抗体断片は、間にヒンジシステインを有するＦａｂ’断片の対として生産された。抗体断片の他の化学結合もまた知られている。
「単鎖Ｆｖ」又は「ｓｃＦｖ」抗体断片は抗体のＶＨドメイン及びＶＬドメインを含み、これらのドメインは単一のポリペプチド鎖に存在する。一般に、ｓｃＦｖポリペプチドは、ｓｃＦＶが抗原結合に望まれる構造を形成することを可能にするポリペプチドリンカーをＶＨドメインとＶＬドメインの間に更に含む。ｓｃＦｖの概説については、例えば、Pluckthun, The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg及びMoore編, (Springer-Verlag, New York, 1994), pp. 269-315を参照のこと。
「ダイアボディ」という用語は、二つの抗原結合部位を持つ抗体断片を指し、その断片は、同一ポリペプチド鎖の軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に連結した重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含む（ＶＨ－ＶＬ）。非常に短いために同一鎖上で二つのドメインの対形成ができないリンカーを使用して、ドメインを他の鎖の相補ドメインと強制的に対形成させ、二つの抗原結合部位を生成する。ダイアボディは二価でも二重特異性でもよい。ダイアボディは、例えば、欧州特許出願公開第４０４０９７号；国際公開第１９９３／０１１６１号；Hudson等, Nat. Med. 9:129-134 (2003)；及びHollinger等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)により十分に記載されている。トリアボディ及びテトラボディもHudson等, Nat. Med. 9:129-134 (2003)に記載されている。
ここで使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を意味し、例えば、少量で存在しうる可能な変異、例えば天然に生じる変異を除き、その集団を構成する個々の抗体が同一である。従って、「モノクローナル」という修飾語は、別々の抗体の混合物ではないという抗体の性質を示す。所定の実施態様では、そのようなモノクローナル抗体は、典型的には、標的に結合するポリペプチド配列を含む抗体を含み、ここで、標的に結合するポリペプチド配列は、複数のポリペプチド配列から単一の標的結合ポリペプチド配列を選択することを含むプロセスにより得られた。例えば、選択プロセスは、ハイブリドーマクローン、ファージクローン又は組換えＤＮＡクローンのプールのような、複数のクローンからの独特のクローンの選択とすることができる。選択された標的結合配列を更に改変させることにより、例えば標的に対する親和性を改善し、標的結合配列をヒト化し、細胞培養中におけるその生成を改善し、インビボでの免疫原性を低減させ、多重特異性抗体を作製することなどが可能になること、また、改変させた標的結合配列を含む抗体もまた本発明のモノクローナル抗体であることが理解されるべきである。異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を典型的には含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対するものである。その特異性に加えて、モノクローナル抗体調製物は、他の免疫グロブリンで典型的には汚染されていないという点で有利である。
「モノクローナル」という修飾語は、実質的に均一な抗体集団から得られているという抗体の特徴を示し、抗体を何か特定の方法で作製しなければならないことを意味するものではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、例えば、ハイブリドーマ法（例えば、Kohler及びMilstein, Nature, 256:495-97 (1975)；Hongo等, Hybridoma, 14 (3): 253-260 (1995)；Harlow 等, Antibodies: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2版 1988)；Hammerling等 : Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563-681 (Elsevier, N.Y., 1981)）、組換えＤＮＡ法（例えば、米国特許第４８１６５６７号参照）、ファージ－ディスプレイ技術（例えば、Clackson等, Nature, 352: 624-628 (1991)；Marks等, J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992)；Sidhu等, J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004)；Lee等, J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004)；Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004)；及びLee等, J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132 (2004)参照）、並びに、ヒト免疫グロブリン配列をコードする遺伝子又はヒト免疫グロブリン座位の一部もしくは全部を有するヒト又はヒト様抗体を動物において産生させる技術（例えば、国際公開第１９９８／２４８９３号；同第１９９６／３４０９６号；同第１９９６／３３７３５号；同第１９９１／１０７４１号；Jakobovits等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 2551 (1993)；Jakobovits等, Nature 362: 255-258 (1993)；Bruggemann等, Year in Immunol. 7:33 (1993)；米国特許第５５４５８０７号；同第５５４５８０６号；同第５５６９８２５号；同第５６２５１２６号；同第５６３３４２５号；及び同第５６６１０１６；Marks等, Bio/Technology 10: 779-783 (1992)；Lonberg等, Nature 368: 856-859 (1994)；Morrison, Nature 368: 812-813 (1994)；Fishwild等, Nature Biotechnol. 14: 845-851 (1996)；Neuberger, Nature Biotechnol. 14: 826 (1996)；及びLonberg等, Intern. Rev. Immunol. 13: 65-93 (1995)参照）を含む様々な技術により作製することができる。
ここでのモノクローナル抗体は、重鎖及び／又は軽鎖の一部分が特定の種に由来する抗体又は特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列と同一もしくは相同であるが、鎖の残りが別の種に由来する抗体又は別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列と同一もしくは相同である「キメラ」抗体、並びに所望の生物学的活性を示す限りそのような抗体の断片を、特に含む（例えば、米国特許第４８１６５６７号；及びMorrison等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855 (1984)を参照）。キメラ抗体は、抗体の抗原結合領域が、例えば、対象とする抗原でマカクザルを免疫化することにより生成される抗体に由来する、ＰＲＩＭＡＴＩＺＥＤ（登録商標）抗体を含む。
非ヒト（例えばマウス）抗体の「ヒト化」型は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含むキメラ抗体である。一実施態様では、ヒト化抗体は、レシピエントのＨＶＲ由来の残基が、所望の特異性、親和性、及び／又は能力を有するマウス、ラット、ウサギ、又は非ヒト霊長類などの非ヒト種（ドナー抗体）のＨＶＲ由来の残基によって置き換えられた、ヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。幾つかの例では、ヒト免疫グロブリンのＦＲ残基は、対応する非ヒト残基によって置き換えられる。更に、ヒト化抗体はレシピエント抗体又はドナー抗体において見出されない残基を含みうる。これら修飾は、抗体性能を更に洗練させるためになされうる。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも一つ、典型的には二つの可変ドメインの全てを実質的に含み、超可変ループの全て又は実質的に全てが非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、ＦＲの全て又は実質的に全てがヒト免疫グロブリン配列のものである。また、ヒト化抗体は、場合によっては、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部、典型的にはヒト免疫グロブリンのものを含む。更なる詳細については、例えばJones等, Nature 321:522-525 (1986)；Riechmann等, Nature 332:323-329 (1988)；及びPresta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596 (1992)を参照のこと。例えば、Vaswani及びHamilton, Ann. Allergy, Asthma & Immunol. 1:105-115 (1998)；Harris, Biochem. Soc. Transactions 23:1035-1038 (1995)；Hurle及びGross, Curr. Op. Biotech. 5:428-433 (1994)；並びに米国特許第６９８２３２１号及び同第７０８７４０９号もまた参照のこと。
「ヒト抗体」は、ヒトによって産生される抗体のアミノ酸配列に相当するアミノ酸配列を有し、及び／又はここに開示されるヒト抗体を作製するための何れかの技術を使用して作製されたものである。ヒト抗体のこの定義は、特に非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を除外する。ヒト抗体は、ファージディスプレイライブラリーを含む、当該技術分野で知られた様々な技術を使用して生成することができる。Hoogenboom及びWinter, J. Mol. Biol., 227:381 (1991)；Marks等, J. Mol. Biol., 222:581 (1991)。ヒトモノクローナル抗体の調製にまた利用可能であるものは、Cole等, Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, p. 77 (1985)；Boerner等, J. Immunol., 147(1):86-95 (1991)に記載の方法である。van Dijk及びvan de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol., 5: 368-74 (2001)もまた参照のこと。ヒト抗体は、抗原を、抗原曝露に応答してこのような抗体を生成するように修飾されているが、その内因性座位が無能にされているトランスジェニック動物、例えば免疫化キセノマウスに投与することにより調製することができる（例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥＴＭ技術に関する米国特許第６０７５１８１号及び６１５０５８４号を参照）。例えば、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術により作製されたヒト抗体に関するLi等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)をまた参照のこと。
ここで使用される場合、「超可変領域」、「ＨＶＲ」又は「ＨＶ」という用語は、配列が超可変であり、及び／又は構造的に定まったループを形成する抗体可変ドメインの領域を指す。一般的に、抗体は、ＶＨに三つ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）、ＶＬに三つ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）の計六つのＨＶＲを含む。天然抗体では、Ｈ３とＬ３が六つのＨＶＲのうちで最も高い多様性を示し、特にＨ３は抗体に高度な特異性を付与するのに独特の役割を果たすと考えられている。例えば、Xu等, Immunity 13:37-45 (2000)；Johnson及びWu, in Methods in Molecular Biology 248:1-25 (Lo編, Human Press, Totowa, N.J., 2003)を参照のこと。実際、重鎖のみからなる天然に生じるラクダ科の抗体は、軽鎖の非存在下で機能的で安定である。例えば、Hamers-Casterman等, Nature 363:446-448 (1993)；Sheriff等, Nature Struct. Biol. 3:733-736 (1996)を参照のこと。
複数のＨＶＲの描写が使用されており、ここに包含される。Ｋａｂａｔ相補性決定領域（ＣＤＲ）は配列可変性に基づいており、最も一般的に使用されている（Kabat等, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5版 Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)）。Ｃｈｏｔｈｉａは、代わりに、構造ループの位置を指す（Chothia及びLesk J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)）。ＡｂＭ ＨＶＲは、ＫａｂａｔのＨＶＲとＣｈｏｔｈｉａの構造的ループとの間の妥協を表し、Ｏｘｆｏｒｄ ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアによって使用される。「接触」ＨＶＲは、利用できる複合体結晶構造の解析に基づく。これらのＨＶＲの各々からの残基は以下に記される。
Figure 0007250674000001
ＨＶＲは、次のような「伸長ＨＶＲ」を含みうる：ＶＬの２４～３６又は２４～３４（Ｌ１）、４６～５６又は５０～５６（Ｌ２）及び８９～９７又は８９～９６（Ｌ３）、並びにＶＨの２６～３５（Ｈ１）、５０～６５又は４９～６５（Ｈ２）及び９３～１０２、９４～１０２、又は９５～１０２（Ｈ３）。可変ドメイン残基には、これらの定義の各々に対して、上掲のＫａｂａｔ等に従って番号が付される。
「フレームワーク」又は「ＦＲ」残基は、ここで定義されているＨＶＲ残基以外の可変ドメイン残基である。
「Ｋａｂａｔの可変ドメイン残基番号付け」又は「Ｋａｂａｔのアミノ酸位置番号付け」という用語及びそれらの変形語は、上掲のＫａｂａｔ等の抗体の編集の重鎖可変ドメイン又は軽鎖可変ドメインに対して使用される番号付けシステムを指す。この番号付けシステムを使用して、実際の線状アミノ酸配列は、可変ドメインのＦＲ又はＨＶＲの短縮物又はそれらへの挿入物に相当する、より少ないアミノ酸又は付加的なアミノ酸を含みうる。例えば、重鎖可変ドメインは、Ｈ２の残基５２の後に単一のアミノ酸挿入物（Ｋａｂａｔによれば残基５２ａ）及び重鎖ＦＲ残基８２の後に挿入残基（例えば、Ｋａｂａｔによれば残基８２ａ、８２ｂ、及び８２ｃなど）を含みうる。残基のＫａｂａｔ番号付けは、「標準的な」Ｋａｂａｔ番号付け配列との抗体の配列の相同性がある領域におけるアラインメントにより、所与の抗体について決定されうる。
Ｋａｂａｔ番号付けシステムは、可変ドメイン内の残基（およそ軽鎖の残基１～１０７及び重鎖の残基１～１１３）を指す場合に一般に使用される（例えば、Kabat等, Sequences of Immunological Interest. 5版 Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)）。免疫グロブリン重鎖定常領域内の残基を指す場合には、一般に「ＥＵ番号付けシステム」又は「ＥＵインデックス」が使用される（例えば、上掲のＫａｂａｔ等に報告されたＥＵインデックス）。「ＫａｂａｔのＥＵインデックス」はヒトＩｇＧ１ ＥＵ抗体の残基番号付けを指す。
「直鎖状抗体」という表現は、Ｚａｐａｔａ等（1995 Protein Eng, 8(10):1057-1062）に記載される抗体を指す。簡潔には、これら抗体は、相補的な軽鎖ポリペプチドと共に一対の抗原結合領域を形成する、一対のタンデム型Ｆｄセグメント（ＶＨ－ＣＨ１－ＶＨ－ＣＨ１）を含む。直鎖状抗体は、二重特異性又は単一特異性でありうる。
ここで使用される場合、「結合する」、「～に特異的に結合する」、又は「～に特異的」という用語は、生体分子を含む分子の異種集団の存在下における標的の存在を決定付ける、標的と抗体の間の結合などの測定可能で再生可能な相互作用を指す。例えば、標的（エピトープでありうる）に結合し又は特異的に結合する抗体は、この標的に対し、他の標的に結合するより高い親和性、結合活性で、より容易に、及び／又はより長い期間にわたって結合する抗体である。一実施態様では、抗体の無関係な標的への結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定される場合、抗体の標的への結合の約１０％未満である。所定の実施態様では、標的に特異的に結合する抗体は、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、又は≦０．１ｎＭの解離定数（Ｋｄ値）を有する。所定の実施態様では、抗体は、異なる種由来のタンパク質間に保存されているタンパク質上のエピトープに特異的に結合する。別の実施態様では、特異的な結合は、必須ではないが排他的結合を含みうる。
ＩＩ．ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト
ここに提供されるものは、治療有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストを患者に投与することを含む、がんに罹患した患者を治療する方法であって、患者から得られた血液試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が１以上であると決定されている方法である。ここにまた提供されるものは、がんに罹患した患者が、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があるかどうかを決定するための方法である。例えば、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ＰＤ－１結合アンタゴニスト、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト及びＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストを含む。ＰＤ－１（プログラム死１）は、当該技術分野では「プログラム細胞死１」、「ＰＤＣＤ１」、「ＣＤ２７９」及び「ＳＬＥＢ２」とまた呼ばれる。例示的なヒトＰＤ－１は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ１５１１６に示されている。ＰＤ－Ｌ１（プログラム死リガンド１）はまた当該技術分野では「プログラム細胞死１リガンド１」、「ＰＤＣＤ１ＬＧ１」、「ＣＤ２７４」、「Ｂ７－Ｈ」、及び「ＰＤＬ１」と呼ばれる。例示的なヒトＰＤ－Ｌ１は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＺＱ７．１に示されている。ＰＤ－Ｌ２（プログラム死リガンド２）はまた当該技術分野では、「プログラム細胞死１リガンド２」、「ＰＤＣＤ１ＬＧ２」、「ＣＤ２７３」、「Ｂ７－ＤＣ」、「Ｂｔｄｃ」、及び「ＰＤＬ２」と呼ばれる。例示的なヒトＰＤ－Ｌ２は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＢＱ５１に示されている。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、及びＰＤ－Ｌ２は、ヒトＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２である。
幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１のそのリガンド結合パートナーに対する結合を阻害する分子である。特定の態様では、ＰＤ－１リガンド結合パートナーはＰＤ－Ｌ１及び／又はＰＤ－Ｌ２である。別の実施態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１のその結合パートナーに対する結合を阻害する分子である。特定の態様では、ＰＤ－Ｌ１結合パートナーはＰＤ－１及び／又はＢ７－１である。別の実施態様では、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ２のその結合パートナーに対する結合を阻害する分子である。特定の態様では、ＰＤ－Ｌ２結合パートナーはＰＤ－１である。アンタゴニストは、抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、又はオリゴペプチドでありうる。
幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－１抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、又はキメラ抗体）である。幾つかの実施態様では、抗ＰＤ－１抗体は、ＭＤＸ１１０６（ニボルマブ）、ＭＫ－３４７５（ペンブロリズマブ）、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、及びＢＧＢ－１０８からなる群から選択される。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、イムノアドヘシン（例えば、定常領域（例えば、免疫グロブリン配列のＦｃ領域）に融合したＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－Ｌ２の細胞外又はＰＤ－１結合部分を含むイムノアドヘシン）である。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１結合アンタゴニストはＡＭＰ－２２４である。幾つかの実施態様では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。幾つかの実施態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＤＸ－１１０５、ＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）、及びＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）からなる群より選択される。抗体ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０は、国際公開第２０１０／０７７６３４号に記載される抗ＰＤ－Ｌ１である。ＢＭＳ－９３６５５９としても知られるＭＤＸ－１１０５は、国際公開第２００７／００５８７４号に記載される抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。ＭＥＤＩ４７３６は、国際公開第２０１１／０６６３８９号及び米国特許出願公開第２０１３／０３４５５９号に記載される抗ＰＤ－Ｌ１モノクローナル抗体である。ＭＤＸ－１１０６－０４、ＯＮＯ－４５３８、ＢＭＳ－９３６５５８、又はニボルマブとしても知られるＭＤＸ－１１０６は、国際公開第２００６／１２１１６８号に記載される抗ＰＤ－１抗体である。ランブロリズマブとしてもまた知られているＭＫ－３４７５は、国際公開第２００９／１１４３３５号に記載される抗ＰＤ－１抗体である。Ｂ７－ＤＣＩｇとしても知られるＡＭＰ－２２４は、国際公開第２０１０／０２７８２７号及び国際公開第２０１１／０６６３４２号に記載されるＰＤ－Ｌ２－Ｆｃ融合可溶型受容体である。
幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。幾つかの実施態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ＰＤ－Ｌ１とＰＤ－１の間の結合及び／又はＰＤ－Ｌ１とＢ７－１の間の結合を阻害することができる。幾つかの実施態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体はモノクローナル抗体である。幾つかの実施態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’－ＳＨ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、及び（Ｆａｂ’）２断片からなる群から選択される抗体断片である。幾つかの実施態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体はヒト化抗体である。幾つかの実施態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体はヒト抗体である。
この発明の方法に有用な抗ＰＤ－Ｌ１抗体、並びにその作製方法の例は、ＰＣＴ特許出願の国際公開第２０１０／０７７６３４号、国際公開第２００７／００５８７４号、国際公開第２０１１／０６６３８９号、及び米国特許出願公開第２０１３／０３４５５９号に記載されており、それら特許文献は出典明示によりここに援用される。この発明に有用な抗ＰＤ－Ｌ１抗体（そのような抗体を含む組成物を含む）は、タキサンと組み合わせてがんを治療するために使用されうる。
［抗ＰＤ－１抗体］
幾つかの実施態様では、抗ＰＤ－１抗体はＭＤＸ－１１０６である。「ＭＤＸ－１１０６」の別名には、ＭＤＸ－１１０６－０４、ＯＮＯ－４５３８、ＢＭＳ－９３６５５８、又はニボルマブが含まれる。幾つかの実施態様では、抗ＰＤ－１抗体はニボルマブ（ＣＡＳ登録番号：９４６４１４－９４－４）である。また更なる実施態様では、配列番号：１の重鎖可変領域アミノ酸配列を含む重鎖可変領域及び／又は配列番号：２の軽鎖可変領域アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、単離された抗ＰＤ－１抗体が提供される。また更なる実施態様では、重鎖及び／又は軽鎖配列を含む単離された抗ＰＤ－１抗体が提供され、ここで、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
ＱＶＱＬＶＥＳＧＧＧＶＶＱＰＧＲＳＬＲＬＤＣＫＡＳＧＩＴＦＳＮＳＧＭＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＶＩＷＹＤＧＳＫＲＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＦＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＴＮＤＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧＫ（配列番号：１）
に対して少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有し、かつ
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
ＥＩＶＬＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＥＰＥＤＦＡＶＹＹＣＱＱＳＳＮＷＰＲＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号：２）
に対して少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する。
［抗ＰＤ－Ｌ１抗体］
幾つかの実施態様では、製剤中の抗体は、重鎖及び／又は軽鎖配列中に少なくとも一つのトリプトファン（例えば、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つ）を含む。幾つかの実施態様では、アミノ酸トリプトファンは、抗体のＨＶＲ領域、フレームワーク領域及び／又は定常領域中にある。幾つかの実施態様では、抗体は、ＨＶＲ領域に二つ又は三つのトリプトファン残基を含む。幾つかの実施態様では、製剤中の抗体は抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。ＰＤＬ１、Ｂ７－Ｈ１、Ｂ７－４、ＣＤ２７４、及びＢ７－Ｈとしても知られるＰＤ－Ｌ１（プログラム死リガンド１）は、膜貫通タンパク質であり、ＰＤ－１とのその相互作用はＴ細胞活性化及びサイトカイン産生を阻害する。幾つかの実施態様では、ここに記載の抗ＰＤ－Ｌ１抗体はヒトＰＤ－Ｌ１に結合する。ここに記載の方法で使用することができる抗ＰＤ－Ｌ１抗体の例は、その全体が出典明示によりここに援用されるＰＣＴ特許出願の国際公開第２０１０／０７７６３４Ａ１号及び米国特許第８２１７１４９号に記載されている。
幾つかの実施態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ＰＤ－Ｌ１とＰＤ－１の間及び／又はＰＤ－Ｌ１とＢ７－１の間の結合を阻害することができる。幾つかの実施態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体はモノクローナル抗体である。幾つかの実施態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’－ＳＨ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、及び（Ｆａｂ’）２断片からなる群から選択される抗体断片である。幾つかの実施態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体はヒト化抗体である。幾つかの実施態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体はヒト抗体である。
国際公開第２０１０／０７７６３４Ａ１号及び米国特許第８２１７１４９号に記載される抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ここに記載される方法に使用されうる。幾つかの実施態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、配列番号：３の重鎖可変領域配列及び／又は配列番号：４の軽鎖可変領域配列を含む。また更なる実施態様では、重鎖可変領域及び／又は軽鎖可変領域配列を含む単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、ここで、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＡ（配列番号：３）
に対して少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有し、かつ
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＳＡＳＦＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号：４）
に対して少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する。
一実施態様では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２及びＨＶＲ－Ｈ３配列を含む重鎖可変領域ポリペプチドを含み、ここで、
（ａ）ＨＶＲ－Ｈ１配列はＧＦＴＦＳＸ１ＳＷＩＨ（配列番号：５）であり；
（ｂ）ＨＶＲ－Ｈ２配列はＡＷＩＸ２ＰＹＧＧＳＸ３ＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号：６）であり；
（ｃ）ＨＶＲ－Ｈ３配列はＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号：７）であり；
更にここで、Ｘ１はＤ又はＧであり；Ｘ２はＳ又はＬであり；Ｘ３はＴ又はＳである。特定の一態様では、Ｘ１はＤであり；Ｘ２はＳであり、Ｘ３はＴである。
別の態様では、ポリペプチドは、式：（ＨＣ－ＦＲ１）－（ＨＶＲ－Ｈ１）－（ＨＣ－ＦＲ２）－（ＨＶＲ－Ｈ２）－（ＨＣ－ＦＲ３）－（ＨＶＲ－Ｈ３）－（ＨＣ－ＦＲ４）に従ってＨＶＲ間に並置された可変領域重鎖フレームワーク配列を更に含む。また別の態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。更なる態様では、フレームワーク配列はＶＨサブグループＩＩＩコンセンサスフレームワークである。また更なる態様では、フレームワーク配列の少なくとも一つが次の通りである：
ＨＣ－ＦＲ１がＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳ（配列番号：８）である。
ＨＣ－ＦＲ２がＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶ（配列番号：９）である。
ＨＣ－ＦＲ３がＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲ（配列番号：１０）である。
ＨＣ－ＦＲ４がＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＡ（配列番号：１１）である。
また更なる態様では、重鎖ポリペプチドは、ＨＶＲ－Ｌ１、ＨＶＲ－Ｌ２及びＨＶＲ－Ｌ３を含む可変領域軽鎖と更に組み合わされ、ここで、
（ａ）ＨＶＲ－Ｌ１配列はＲＡＳＱＸ４Ｘ５Ｘ６ＴＸ７Ｘ８Ａ（配列番号：１２）であり；
（ｂ）ＨＶＲ－Ｌ２配列はＳＡＳＸ９ＬＸ１０Ｓ，（配列番号：１３）であり；
（ｃ）ＨＶＲ－Ｌ３配列はＱＱＸ１１Ｘ１２Ｘ１３Ｘ１４ＰＸ１５Ｔ（配列番号：１４）であり；
ここで、Ｘ４はＤ又はＶであり；Ｘ５はＶ又はＩであり；Ｘ６はＳ又はＮであり；Ｘ７はＡ又はＦであり；Ｘ８はＶ又はＬであり；Ｘ９はＦ又はＴであり；Ｘ１０はＹ又はＡであり；Ｘ１１はＹ、Ｇ、Ｆ、又はＳであり；Ｘ１２はＬ、Ｙ、Ｆ又はＷであり；Ｘ１３はＹ、Ｎ、Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｆ又はＩであり；Ｘ１４はＨ、Ｖ、Ｐ、Ｔ又はＩであり；Ｘ１５はＡ、Ｗ、Ｒ、Ｐ又はＴである。また更なる態様では、Ｘ４はＤであり；Ｘ５はＶであり；Ｘ６はＳであり；Ｘ７はＡであり；Ｘ８はＶであり；Ｘ９はＦであり；Ｘ１０はＹであり；Ｘ１１はＹであり；Ｘ１２はＬであり；Ｘ１３はＹであり；Ｘ１４はＨであり；Ｘ１５はＡである。
また更なる態様では、軽鎖は、式：（ＬＣ－ＦＲ１）－（ＨＶＲ－Ｌ１）－（ＬＣ－ＦＲ２）－（ＨＶＲ－Ｌ２）－（ＬＣ－ＦＲ３）－（ＨＶＲ－Ｌ３）－（ＬＣ－ＦＲ４）に従ってＨＶＲ間に並置された可変領域軽鎖フレームワーク配列を更に含む。また更なる態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。また更なる態様では、フレームワーク配列はＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。また更なる態様では、フレームワーク配列の少なくとも一つは次の通りである：
ＬＣ－ＦＲ１がＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣ（配列番号：１５）であり
ＬＣ－ＦＲ２がＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹ（配列番号：１６）であり、
ＬＣ－ＦＲ３がＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣ（配列番号：１７）であり、
ＬＣ－ＦＲ４がＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号：１８）である。
別の実施態様では、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体又は抗原結合断片が提供され、ここで、
（ａ）重鎖はＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２及びＨＶＲ－Ｈ３を含み、更に、
（ｉ）ＨＶＲ－Ｈ１配列はＧＦＴＦＳＸ１ＳＷＩＨ；（配列番号：５）であり、
（ｉｉ）ＨＶＲ－Ｈ２配列はＡＷＩＸ２ＰＹＧＧＳＸ３ＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号：６）であり、
（ｉｉｉ）ＨＶＲ－Ｈ３配列はＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号：７）であり、かつ
（ｂ）軽鎖はＨＶＲ－Ｌ１、ＨＶＲ－Ｌ２及びＨＶＲ－Ｌ３を含み、更に、
（ｉ）ＨＶＲ－Ｌ１配列はＲＡＳＱＸ４Ｘ５Ｘ６ＴＸ７Ｘ８Ａ（配列番号：１２）であり、
（ｉｉ）ＨＶＲ－Ｌ２配列はＳＡＳＸ９ＬＸ１０Ｓ（配列番号１３）であり、及び
（ｉｉｉ）ＨＶＲ－Ｌ３配列はＱＱＸ１１Ｘ１２Ｘ１３Ｘ１４ＰＸ１５Ｔ（配列番号：１４）であり、
ここで、Ｘ１はＤ又はＧであり；Ｘ２はＳ又はＬであり；Ｘ３はＴ又はＳであり；Ｘ４はＤ又はＶであり；Ｘ５はＶ又はＩであり；Ｘ６はＳ又はＮであり；Ｘ７はＡ又はＦであり；Ｘ８はＶ又はＬであり；Ｘ９はＦ又はＴであり；Ｘ１０はＹ又はＡであり；Ｘ１１はＹ、Ｇ、Ｆ、又はＳであり；Ｘ１２はＬ、Ｙ、Ｆ又はＷであり；Ｘ１３はＹ、Ｎ、Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｆ又はＩであり；Ｘ１４はＨ、Ｖ、Ｐ、Ｔ又はＩであり；Ｘ１５はＡ、Ｗ、Ｒ、Ｐ又はＴである。特定の態様では、Ｘ１はＤであり；Ｘ２はＳであり、Ｘ３はＴである。別の態様では、Ｘ４はＤであり；Ｘ５はＶであり；Ｘ６はＳであり；Ｘ７はＡであり；Ｘ８はＶであり；Ｘ９はＦであり；Ｘ１０はＹであり；Ｘ１１はＹであり；Ｘ１２はＬであり；Ｘ１３はＹであり；Ｘ１４はＨであり；Ｘ１５はＡである。また別の態様では、Ｘ１はＤであり；Ｘ２はＳであり、Ｘ３はＴであり、Ｘ４はＤであり；Ｘ５はＶであり；Ｘ６はＳであり；Ｘ７はＡであり；Ｘ８はＶであり；Ｘ９はＦであり；Ｘ１０はＹであり；Ｘ１１はＹであり；Ｘ１２はＬであり；Ｘ１３はＹであり；Ｘ１４はＨであり、及びＸ１５はＡである。
更なる態様では、重鎖可変領域は、（ＨＣ－ＦＲ１）－（ＨＶＲ－Ｈ１）－（ＨＣ－ＦＲ２）－（ＨＶＲ－Ｈ２）－（ＨＣ－ＦＲ３）－（ＨＶＲ－Ｈ３）－（ＨＣ－ＦＲ４）のようにＨＶＲ間に並置された一又は複数のフレームワーク配列を含み、かつ軽鎖可変領域は、（ＬＣ－ＦＲ１）－（ＨＶＲ－Ｌ１）－（ＬＣ－ＦＲ２）－（ＨＶＲ－Ｌ２）－（ＬＣ－ＦＲ３）－（ＨＶＲ－Ｌ３）－（ＬＣ－ＦＲ４）のようにＨＶＲ間に並置された一又は複数のフレームワーク配列を含む。また更なる態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。また更なる態様では、重鎖フレームワーク配列はＫａｂａｔサブグループＩ、ＩＩ、又はＩＩＩ配列に由来する。また更なる態様では、重鎖フレームワーク配列はＶＨサブグループＩＩＩコンセンサスフレームワークである。また更なる態様では、重鎖フレームワーク配列の一又は複数は、配列番号：８、９、１０及び１１として規定される。また更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔカッパＩ、ＩＩ、ＩＩ又はＩＶサブグループ配列に由来する。また更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列はＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。また更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列の一又は複数は、配列番号：１５、１６、１７及び１８として規定される。
また更なる特定の態様では、抗体はヒト又はマウス定常領域を更に含む。また更なる態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。また更なる特定の態様では、ヒト定常領域はＩｇＧ１である。また更なる態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、ＩｇＧ３からなる群から選択される。また更なる態様では、マウス定常領域はＩｇＧ２Ａである。また更なる特定の態様では、抗体は低下した又は最小のエフェクター機能を有する。また更なる特定の態様では、最小のエフェクター機能は「エフェクター不足Ｆｃ変異」又は非グリコシル化に起因する。また更なる実施態様では、エフェクター不足Ｆｃ変異は、定常領域におけるＮ２９７Ａ又はＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。
また別の実施態様では、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、ここで、
（ａ）重鎖は、ＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨ（配列番号：１９）、ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号：２０）及びＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号：２１）に対してそれぞれ少なくとも８５％の配列同一性を有するＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２及びＨＶＲ－Ｈ３配列を更に含むか、又は
（ｂ）軽鎖は、ＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡ（配列番号：２２）、ＳＡＳＦＬＹＳ（配列番号：２３）及びＱＱＹＬＹＨＰＡＴ（配列番号：２４）に対してそれぞれ少なくとも８５％の配列同一性を有するＨＶＲ－Ｌ１、ＨＶＲ－Ｌ２及びＨＶＲ－Ｌ３配列を更に含む。
特定の態様では、配列同一性は、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％である。
別の態様では、重鎖可変領域は、（ＨＣ－ＦＲ１）－（ＨＶＲ－Ｈ１）－（ＨＣ－ＦＲ２）－（ＨＶＲ－Ｈ２）－（ＨＣ－ＦＲ３）－（ＨＶＲ－Ｈ３）－（ＨＣ－ＦＲ４）のようにＨＶＲ間に並置された一又は複数のフレームワーク配列を含み、かつ軽鎖可変領域は、（ＬＣ－ＦＲ１）－（ＨＶＲ－Ｌ１）－（ＬＣ－ＦＲ２）－（ＨＶＲ－Ｌ２）－（ＬＣ－ＦＲ３）－（ＨＶＲ－Ｌ３）－（ＬＣ－ＦＲ４）のようにＨＶＲ間に並置された一又は複数のフレームワーク配列を含む。また別の態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。また更なる態様では、重鎖フレームワーク配列はＫａｂａｔサブグループＩ、ＩＩ、又はＩＩＩ配列に由来する。また更なる態様では、重鎖フレームワーク配列はＶＨサブグループＩＩＩコンセンサスフレームワークである。また更なる態様では、重鎖フレームワーク配列の一又は複数は、配列番号：８、９、１０及び１１として規定される。また更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔカッパＩ、ＩＩ、ＩＩ又はＩＶサブグループ配列に由来する。また更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列はＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。また更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列の一又は複数は、配列番号：１５、１６、１７及び１８として規定される。
また更なる特定の態様では、抗体は、ヒト又はマウス定常領域を更に含む。また更なる態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。また更なる特定の態様では、ヒト定常領域はＩｇＧ１である。また更なる態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、ＩｇＧ３からなる群から選択される。また更なる態様では、マウス定常領域はＩｇＧ２Ａである。また更なる特定の態様では、抗体は低下した又は最小のエフェクター機能を有する。また更なる特定の態様では、最小のエフェクター機能は「エフェクター不足Ｆｃ変異」又は非グリコシル化に起因する。また更なる実施態様では、エフェクター不足Ｆｃ変異は、定常領域におけるＮ２９７Ａ又はＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。
別の更なる実施態様では、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む、単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、ここで、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号：２５）
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有し、及び／又は
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＳＡＳＦＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号：４）
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する。
特定の態様では、配列同一性は、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％である。別の態様では、重鎖可変領域は、（ＨＣ－ＦＲ１）－（ＨＶＲ－Ｈ１）－（ＨＣ－ＦＲ２）－（ＨＶＲ－Ｈ２）－（ＨＣ－ＦＲ３）－（ＨＶＲ－Ｈ３）－（ＨＣ－ＦＲ４）のようにＨＶＲ間に並置された一又は複数のフレームワーク配列を含み、かつ軽鎖可変領域は、（ＬＣ－ＦＲ１）－（ＨＶＲ－Ｌ１）－（ＬＣ－ＦＲ２）－（ＨＶＲ－Ｌ２）－（ＬＣ－ＦＲ３）－（ＨＶＲ－Ｌ３）－（ＬＣ－ＦＲ４）のようにＨＶＲ間に並置された一又は複数のフレームワーク配列を含む。また別の態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。更なる態様では、重鎖フレームワーク配列はＫａｂａｔサブグループＩ、ＩＩ、又はＩＩＩ配列に由来する。また更なる態様では、重鎖フレームワーク配列はＶＨサブグループＩＩＩコンセンサスフレームワークである。また更なる態様では、重鎖フレームワーク配列の一又は複数は、配列番号：８、９、１０及びＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号：２７）として規定される。
また更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔカッパＩ、ＩＩ、ＩＩ又はＩＶサブグループ配列に由来する。また更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列はＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。また更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列の一又は複数は、配列番号：１５、１６、１７及び１８として規定される。
また更なる特定の態様では、抗体は、ヒト又はマウス定常領域を更に含む。また更なる態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。また更なる特定の態様では、ヒト定常領域はＩｇＧ１である。また更なる態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、ＩｇＧ３からなる群から選択される。また更なる態様では、マウス定常領域はＩｇＧ２Ａである。また更なる特定の態様では、抗体は低下した又は最小のエフェクター機能を有する。また更なる特定の態様では、最小のエフェクター機能は原核細胞における生成に起因する。また更なる特定の態様では、最小のエフェクター機能は「エフェクター不足Ｆｃ変異」又は非グリコシル化に起因する。また更なる実施態様では、エフェクター不足Ｆｃ変異は、定常領域におけるＮ２９７Ａ又はＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。
更なる態様では、重鎖可変領域は、（ＨＣ－ＦＲ１）－（ＨＶＲ－Ｈ１）－（ＨＣ－ＦＲ２）－（ＨＶＲ－Ｈ２）－（ＨＣ－ＦＲ３）－（ＨＶＲ－Ｈ３）－（ＨＣ－ＦＲ４）のようにＨＶＲ間に並置された一又は複数のフレームワーク配列を含み、かつ軽鎖可変領域は、（ＬＣ－ＦＲ１）－（ＨＶＲ－Ｌ１）－（ＬＣ－ＦＲ２）－（ＨＶＲ－Ｌ２）－（ＬＣ－ＦＲ３）－（ＨＶＲ－Ｌ３）－（ＬＣ－ＦＲ４）のようにＨＶＲ間に並置された一又は複数のフレームワーク配列を含む。また更なる態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。また更なる態様では、重鎖フレームワーク配列はＫａｂａｔサブグループＩ、ＩＩ、又はＩＩＩ配列に由来する。また更なる態様では、重鎖フレームワーク配列はＶＨサブグループＩＩＩコンセンサスフレームワークである。また更なる態様では、重鎖フレームワーク配列の一又は複数は次の通りである：
ＨＣ－ＦＲ１ ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳ（配列番号：２９）
ＨＣ－ＦＲ２ ＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡ（配列番号：３０）
ＨＣ－ＦＲ３ ＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲ（配列番号：１０）
ＨＣ－ＦＲ４ ＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号：２７）。
また更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔカッパＩ、ＩＩ、ＩＩ又はＩＶサブグループ配列に由来する。また更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列はＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。また更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列の一又は複数は次の通りである：
ＬＣ－ＦＲ１ ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣ（配列番号：１５）
ＬＣ－ＦＲ２ ＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹ（配列番号：１６）
ＬＣ－ＦＲ３ ＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣ（配列番号：１７）
ＬＣ－ＦＲ４ ＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ（配列番号：２８）。
また更なる特定の態様では、抗体は、ヒト又はマウス定常領域を更に含む。また更なる態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。また更なる特定の態様では、ヒト定常領域はＩｇＧ１である。また更なる態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、ＩｇＧ３からなる群から選択される。また更なる態様では、マウス定常領域はＩｇＧ２Ａである。また更なる特定の態様では、抗体は低下した又は最小のエフェクター機能を有する。また更なる特定の態様では、最小のエフェクター機能は「エフェクター不足Ｆｃ変異」又は非グリコシル化に起因する。また更なる実施態様では、エフェクター不足Ｆｃ変異は、定常領域におけるＮ２９７Ａ又はＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。
また別の実施態様では、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、ここで、
（ｃ）重鎖は、ＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨ（配列番号：１９）、ＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号：２０）及びＲＨＷＰＧＧＦＤＹ（配列番号：２１）に対してそれぞれ少なくとも８５％の配列同一性を有するＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２及びＨＶＲ－Ｈ３配列を更に含み、及び／又は
（ｄ）軽鎖は、ＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡ（配列番号：２２）、ＳＡＳＦＬＹＳ（配列番号：２３）及びＱＱＹＬＹＨＰＡＴ（配列番号：２４）に対してそれぞれ少なくとも８５％の配列同一性を有するＨＶＲ－Ｌ１、ＨＶＲ－Ｌ２及びＨＶＲ－Ｌ３配列を更に含む。
特定の態様では、配列同一性は、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％である。
別の態様では、重鎖可変領域は、（ＨＣ－ＦＲ１）－（ＨＶＲ－Ｈ１）－（ＨＣ－ＦＲ２）－（ＨＶＲ－Ｈ２）－（ＨＣ－ＦＲ３）－（ＨＶＲ－Ｈ３）－（ＨＣ－ＦＲ４）のようにＨＶＲ間に並置された一又は複数のフレームワーク配列を含み、かつ軽鎖可変領域は、（ＬＣ－ＦＲ１）－（ＨＶＲ－Ｌ１）－（ＬＣ－ＦＲ２）－（ＨＶＲ－Ｌ２）－（ＬＣ－ＦＲ３）－（ＨＶＲ－Ｌ３）－（ＬＣ－ＦＲ４）のようにＨＶＲ間に並置された一又は複数のフレームワーク配列を含む。また別の態様では、フレームワーク配列は、ヒトコンセンサスフレームワーク配列に由来する。また更なる態様では、重鎖フレームワーク配列はＫａｂａｔサブグループＩ、ＩＩ、又はＩＩＩ配列に由来する。また更なる態様では、重鎖フレームワーク配列はＶＨサブグループＩＩＩコンセンサスフレームワークである。また更なる態様では、重鎖フレームワーク配列の一又は複数は、配列番号：８、９、１０及びＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫ（配列番号：３１）として規定される。
また更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列は、ＫａｂａｔカッパＩ、ＩＩ、ＩＩ又はＩＶサブグループ配列に由来する。また更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列はＶＬカッパＩコンセンサスフレームワークである。また更なる態様では、軽鎖フレームワーク配列の一又は複数は、配列番号：１５、１６、１７及び１８として規定される。また更なる特定の態様では、抗体はヒト又はマウス定常領域を更に含む。また更なる態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択される。また更なる特定の態様では、ヒト定常領域はＩｇＧ１である。また更なる態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、ＩｇＧ３からなる群から選択される。また更なる態様では、マウス定常領域はＩｇＧ２Ａである。また更なる特定の態様では、抗体は低下した又は最小のエフェクター機能を有する。また更なる特定の態様では、最小のエフェクター機能は「エフェクター不足Ｆｃ変異」又は非グリコシル化に起因する。また更なる実施態様では、エフェクター不足Ｆｃ変異は、定常領域におけるＮ２９７Ａ又はＤ２６５Ａ／Ｎ２９７Ａ置換である。
また更なる実施態様では、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む、単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、ここで、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫ（配列番号：２６）
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有するか、又は
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＳＡＳＦＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号：４）
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する。
幾つかの実施態様では、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む、単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、ここで、軽鎖可変領域配列は、配列番号：４のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する。幾つかの実施態様では、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む、単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、ここで、重鎖可変領域配列は、配列番号：２６のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する。幾つかの実施態様では、重鎖及び軽鎖可変領域配列を含む、単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、ここで、軽鎖可変領域配列は、配列番号：４のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％の配列同一性を有し、かつ重鎖可変領域配列は、配列番号：２６のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％の配列同一性を有する。幾つかの実施態様では、重鎖及び／又は軽鎖のＮ末端における１、２、３、４又は５のアミノ酸残基が、欠失され、置換され又は修飾されうる。
更なる実施態様では、重鎖及び軽鎖配列を含む、単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、ここで、
（ａ）重鎖配列は、重鎖配列：
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＤＳＷＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＷＩＳＰＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＡＤＴＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＲＨＷＰＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＡＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧ（配列番号：３２）
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有し、及び／又は
（ｂ）軽鎖配列は、軽鎖配列：
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＶＳＴＡＶＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＳＡＳＦＬＹＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＬＹＨＰＡＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号：３３）
に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する。
幾つかの実施態様では、重鎖及び軽鎖配列を含む、単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、ここで、軽鎖配列は、配列番号：３３のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の配列同一性を有する。幾つかの実施態様では、重鎖及び軽鎖配列を含む、単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、ここで、重鎖配列は、配列番号：３２のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の配列同一性を有する。幾つかの実施態様では、重鎖及び軽鎖配列を含む、単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体が提供され、ここで、軽鎖配列は、配列番号：３３のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の配列同一性を有し、かつ重鎖配列は、配列番号：３２のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の配列同一性を有する。
幾つかの実施態様では、単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体は非グリコシル化型である。抗体のグリコシル化は典型的にはＮ結合又はＯ結合の何れかである。Ｎ結合は、アスパラギン残基の側鎖への炭水化物部分の結合を指す。トリペプチド配列のアスパラギン－Ｘ－セリン及びアスパラギン－Ｘ－スレオニン（ここで、Ｘは、プロリン以外の任意のアミノ酸である）は、アスパラギン側鎖への炭水化物部分の酵素的結合に対する認識配列である。よって、ポリペプチドにおけるこれらトリペプチド配列の何れかの存在が、潜在的なグリコシル化部位をつくる。Ｏ結合グリコシル化は、ヒドロキシアミノ酸、最も一般的にはセリン又はスレオニンに、糖類Ｎ－アセチルガラクトサミン、ガラクトース、又はキシロースの一つが結合することを指すが、５－ヒドロキシプロリン又は５－ヒドロキシリジンがまた使用されてもよい。抗体からのグリコシル化部位の除去は、上記トリペプチド配列の一つ（Ｎ結合グリコシル化部位のもの）が除去されるようにアミノ酸配列を改変することにより、簡便に達成される。改変は、グリコシル化部位内のアスパラギン、セリン又はスレオニン残基を別のアミノ酸残基（例えば、グリシン、アラニン又は保存的置換）で置換することによりなされうる。
ここでの実施態様の何れにおいても、単離された抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ヒトＰＤ－Ｌ１、例えばＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＺＱ７．１に示されるヒトＰＤ－Ｌ１又はそのバリアントに結合することができる。
また更なる実施態様では、ここに記載される抗体の何れかをコードする単離された核酸が提供される。幾つかの実施態様では、核酸は、前述の抗ＰＤ－Ｌ１抗体の何れかをコードする核酸の発現に適したベクターを更に含む。また更なる特定の態様では、ベクターは、核酸の発現に適した宿主細胞中にある。また更なる特定の態様では、宿主細胞は真核細胞又は原核細胞である。また更なる特定の態様では、真核細胞は哺乳動物細胞、例えばチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞である。
抗体又はその抗原結合断片は、当該技術分野において知られている方法を使用して、例えば発現に適した形態の前述の抗ＰＤ－Ｌ１抗体又は抗原結合断片の何れかをコードする核酸を含む宿主細胞を、そのような抗体又は断片を産生するために適した条件下で培養し、及び抗体又は断片を回収することを含む方法により、作製することができる。
ＩＩＩ．抗体調製物
ここに記載される抗体は、抗体を作製するための当該技術分野で利用可能な技術を使用して調製され、その例示的な方法を、次のセクションでより詳細に説明する。
抗体は、対象の抗原（例えば、ＰＤ１（例えばヒトＰＤ－１）、ＰＤ－Ｌ１（例えばヒトＰＤ－Ｌ１）、ＰＤ－Ｌ２（例えばヒトＰＤ－Ｌ２）等々）に対するものである。好ましくは、障害に罹患した哺乳動物に対する抗体の投与は、その哺乳動物に治療的ベネフィットをもたらしうる。
所定の実施態様では、ここで提供される抗体は、≦１μＭ、≦１５０ｎＭ、≦１００ｎＭ、≦５０ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ、又は≦０．００１ｎＭ（例えば１０－８Ｍ以下、例えば１０－８Ｍから１０－１３Ｍ、例えば、１０－９Ｍから１０－１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を有する。
一実施態様では、次のアッセイにより記載されるように、Ｋｄは、目的の抗体のＦａｂ型とその抗原を用いて実施される放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）により測定される。滴定系列の非標識抗原の存在下で最小濃度の（１２５Ｉ）標識抗原でＦａｂを平衡化し、ついで抗Ｆａｂ抗体被覆プレートで結合抗原を捕捉することによって、抗原に対するＦａｂの溶液結合親和性が測定される（例えば、Chen等, J. Mol. Biol. 293:865-881(1999)を参照）。アッセイ条件を確立するために、ＭＩＣＲＯＴＩＴＥＲ（登録商標）マルチウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を、５０ｍＭの炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）中の５μｇ／ｍｌの捕捉抗Ｆａｂ抗体（Ｃａｐｐｅｌ Ｌａｂｓ）で一晩被覆し、その後ＰＢＳ中の２％（ｗ／ｖ）のウシ血清アルブミンで２～５時間室温（およそ２３℃）でブロックする。非吸着プレート（Ｎｕｎｃ＃２６９６２０）において、１００ｐＭ又は２６ｐＭ［１２５Ｉ］の抗原を、段階希釈した対象のＦａｂと混合する。ついで対象のＦａｂを一晩インキュベートするが、インキュベーションは、平衡状態に達したことを確実にするために更に長い時間にわたって（例えば約６５時間）継続してもよい。その後、混合物を捕捉プレートに移し、室温で（例えば１時間）インキュベートする。ついで、溶液を除去し、ＰＢＳ中の０．１％のポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ－２０（登録商標））でプレートを８回洗浄する。プレートが乾燥したら、１５０μｌ／ウェルの閃光物質（ＭＩＣＲＯＳＣＩＮＴ－２０ＴＭ；Ｐａｃｋａｒｄ）を加え、プレートをＴＯＰＣＯＵＮＴＴＭガンマ計測器（Ｐａｃｋａｒｄ）で１０分間計測する。最大結合の２０％以下が得られるＦａｂの濃度が、競合結合アッセイでの使用のために選択される。
別の実施態様によれば、およそ１０応答単位（ＲＵ）で固定抗原ＣＭ５チップを用いた２５℃のＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）－２０００又はＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）－３０００（BIAcore, Inc., Piscataway, NJ）を使用する表面プラズモン共鳴アッセイを使用してＫｄを測定する。簡潔には、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（ＣＭ５，BIACORE, Inc.）を、供給者の指示書に従ってＮ－エチル－Ｎ’－（３－ジメチルアミノプロピル）－カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）及びＮ－ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）で活性化する。抗原を、１０ｍＭの酢酸ナトリウム（ｐＨ４．８）で５μｇ／ｍｌ（およそ０．２μＭ）に希釈した後、結合タンパク質の応答単位（ＲＵ）がおよそ１０になるように５μｌ／分の流量で注入する。抗原の注入後、未反応群をブロックするために１Ｍのエタノールアミンを注入する。動態測定のため、Ｆａｂの２倍段階希釈（０．７８ｎＭから５００ｎＭ）を、２５℃において約２５μｌ／分の流量で、０．０５％のポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ－２０ＴＭ）界面活性剤（ＰＢＳＴ）を含むＰＢＳに注入する。会合及び解離センサーグラムを同時にフィットさせることによる単純１対１ラングミュア結合モデル（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｓｏｆｔｗａｒｅバージョン３．２）を使用して、会合速度（ｋｏｎ）及び解離速度（ｋｏｆｆ）を算出する。平衡解離定数（Ｋｄ）をｋｏｆｆ／ｋｏｎ比として算出する。例えば、Chen等, J. Mol. Biol. 293:865-881 (1999)を参照のこと。上記の表面プラスモン共鳴アッセイによる会合速度が１０６Ｍ－１ｓ－１を上回る場合、会合速度は、分光計、例えばストップフローを備えた分光光度計（Aviv Instruments）又は撹拌キュベットを備えた８０００シリーズＳＬＭ－ＡＭＩＮＣＯＴＭ分光光度計（ThermoSpectronic）で測定して、漸増濃度の抗原の存在下、２５℃においてＰＢＳ（ｐＨ７．２）中２０ｎＭの抗抗原抗体（Ｆａｂ型）の蛍光放出強度（励起＝２９５ｎｍ；放出＝３４０ｎｍ、帯域通過＝１６ｎｍ）における増加又は減少を測定する蛍光消光技術を使用することによって測定することができる。
（ｉ）抗原調製物
場合によっては他の分子にコンジュゲートされる、可溶型抗原又はその断片を、抗体を作製するための免疫原として使用することができる。受容体などの膜貫通分子では、これらの断片（例えば、受容体の細胞外ドメイン）を免疫原として使用することができる。あるいは、膜貫通分子を発現する細胞を免疫原として使用することができる。このような細胞は、天然源（例えば、がん細胞株）に由来するものであり得、又は膜貫通分子を発現するように組換え技術によって形質転換された細胞でありうる。抗体の調製に有用な他の抗原及びその形態は、当業者には明らかであろう。
（ｉｉ）所定の抗体ベース法
ポリクローナル抗体は、好ましくは、関連する抗原とアジュバントの複数回にわたる皮下（ｓｃ）又は腹腔内（ｉｐ）注入により動物内で産生される。関連抗原を、免疫化される種において免疫原性であるタンパク質、例えばキーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシサイログロブリン、又はダイズトリプシン阻害因子に、二官能性又は誘導体化剤、例えば、マレイミドベンゾイルスルホスクシンイミドエステル（システイン残基によるコンジュゲーション）、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド（リジン残基による）、グルタルアルデヒド、無水コハク酸、ＳＯＣｌ２、又はＲ１Ｎ＝Ｃ＝ＮＲ（ここで、ＲとＲ１は異なるアルキル基）にコンジュゲートさせることが有用である場合がある。
動物は、例えば１００μｇ又は５μｇのタンパク質又はコンジュゲート（それぞれ、ウサギ又はマウスの場合）を完全フロイントアジュバント３体積と併せて、この溶液を複数部位に皮内注射することにより、抗原、免疫原性コンジュゲート、又は誘導体に対して免疫化される。一か月後、動物は、複数部位への皮下注射により、完全フロイントアジュバントの元の量の１／５から１／１０のペプチド又はコンジュゲートで追加免疫される。７日から１４日後、動物を出血させ、血清を、抗体力価についてアッセイする。動物を、力価がプラトーに達するまで追加免疫する。好ましくは、動物は、同じ抗原のコンジュゲートを用いて追加免疫されるが、異なるタンパク質に、及び／又は異なる架橋試薬により、コンジュゲートされる。また、コンジュゲートは、タンパク質融合として組換え細胞培養において作製することができる。また、ミョウバンのような凝集剤が、免疫応答を増強するために適切に使用される。
本発明のモノクローナル抗体は、最初にKohler等, Nature, 256:495 (1975)により記載され、更にヒト－ヒトハイブリドーマに関して例えば、Hongo等, Hybridoma, 14 (3): 253-260 (1995)、Harlow等, Antibodies: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2版 1988)；Hammerling等, in: Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563-681 (Elsevier, N.Y., 1981)、及びNi, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006)に記載されたハイブリドーマ法を使用して作製することができる。更なる方法には、例えば、ハイブリドーマ細胞株からのモノクローナルヒト天然ＩｇＭ抗体の産生に関する米国特許第７１８９８２６号に記載されているものが含まれる。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）が、Vollmers及びBrandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005)並びにVollmers及びBrandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91 (2005)に記載されている。
他の様々なハイブリドーマ技術については、例えば、米国特許出願公開第２００６／２５８８４１号；同第２００６／１８３８８７号（完全ヒト抗体）、同第２００６／０５９５７５号；同第２００５／２８７１４９号；同第２００５／１００５４６号；及び同第２００５／０２６２２９号；並びに米国特許第７０７８４９２号及び同第７１５３５０７号を参照のこと。ハイブリドーマ法を使用するモノクローナル抗体の産生のための例示的なプロトコールは次のように記載される。一実施態様では、マウス又はハムスターなどの他の適切な宿主動物が免疫化され、免疫化に使用されるタンパク質に特異的に結合する抗体を生成し又は生成することができるリンパ球を誘発する。本発明のポリペプチド又はその断片とアジュバント、例えばモノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ）／ジクリノミコール酸トレハロース（ＴＤＭ）（Ribi Immunochem. Research, Inc., Hamilton, MT）の複数回の皮下（ｓｃ）又は腹腔内（ｉｐ）注射によって、抗体が動物中で産生される。本発明のポリペプチド（例えば抗原）又はその断片は、当該技術分野でよく知られた方法、例えばその幾つかがここに更に記載される組換え法を使用して、調製されうる。免疫化した動物由来の血清が抗抗原抗体についてアッセイされ、場合によっては追加免疫が行われる。抗抗原抗体を産生する動物のリンパ球が単離される。あるいは、リンパ球はインビトロで免疫化されうる。
ついで、リンパ球を、ポリエチレングリコールのような適切な融合剤を使用して骨髄腫細胞と融合させ、ハイブリドーマ細胞を形成する。例えば、Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, pp. 59-103 (Academic Press, 1986)を参照のこと。効率よく融合し、選択された抗体産生細胞により抗体の安定した高レベル産生をサポートし、ＨＡＴ培地などの培地に対して感受性である骨髄腫細胞が、使用されうる。例示的な骨髄腫細胞株には、限定されないが、マウス骨髄種株、例えば、Ｓａｌｋ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ Ｃｅｌｌ Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ Ｃｅｎｔｅｒ（San Diego, Calif. USA）から入手可能なＭＯＰＣ－２１及びＭＰＣ－１１マウス腫瘍から誘導されるものやＡｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ ＣｕｌｔｕｒｅＣｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（Rockville, Md. USA）から入手可能なＳＰ－２又はＸ６３－Ａｇ８－６５３細胞が含まれる。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫及びマウス－ヒトヘテロ骨髄腫細胞株もまた記載されている（Kozbor, J. Immunol., 133:3001 (1984)；Brodeur等, Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)）。
このようにして調製されたハイブリドーマ細胞は、適切な培地中、例えば、未融合の親骨髄腫細胞の増殖又は生存を阻害する一又は複数の物質を含む培地に播種され、培養される。例えば、親骨髄腫細胞に酵素ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴ又はＨＰＲＴ）がない場合、ハイブリドーマの培地は、ヒポキサンチン、アミノプテリン、及びチミジンを典型的には含むことになり（ＨＡＴ培地）、これら物質はＨＧＰＲＴ欠損細胞の増殖を妨げる。好ましくは、例えば、Even等, Trends in Biotechnology, 24(3), 105-108 (2006)に記載されるように、無血清ハイブリドーマ細胞培養方法が、ウシ胎仔血清などの動物由来の血清の使用を低減するために使用される。
ハイブリドーマ細胞培養の生産性を向上させるツールとしてのオリゴペプチドが、Franek, Trends in Monoclonal Antibody Research, 111-122 (2005)に記載されている。具体的には、標準の培地が、所定のアミノ酸（アラニン、セリン、アスパラギン、プロリン）で、又はタンパク質加水分解物の画分で濃縮され、アポトーシスが、３～６個のアミノ酸残基からなる合成オリゴペプチドにより有意に抑制されうる。ペプチドは、ミリモル又はそれより高い濃度で存在する。
ハイブリドーマ細胞が増殖する培地は、本発明の抗体に結合するモノクローナル抗体の産生についてアッセイされうる。ハイブリドーマ細胞により産生されるモノクローナル抗体の結合特異性は、免疫沈降により又はインビトロ結合アッセイ、例えばラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）又は酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）により決定されうる。モノクローナル抗体の結合親和性は、例えば、スキャッチャード分析により決定されうる。例えば、Munson等, Anal. Biochem., 107:220 (1980)を参照のこと。
所望の特異性、親和性、及び／又は活性の抗体を産生するハイブリドーマ細胞が同定された後、クローンが、希釈手順を制限することによりサブクローニングされ、標準的方法により増殖させられうる。例えば、上掲のＧｏｄｉｎｇを参照のこと。この目的のための好適な培地には、例えば、Ｄ－ＭＥＭ又はＲＰＭＩ－１６４０培地が含まれる。加えて、ハイブリドーマ細胞は、動物において腹水腫瘍としてインビボで増殖させてもよい。サブクローンにより分泌されたモノクローナル抗体は、一般的な免疫グロブリン精製手順、例えば、プロテインＡ－セファロース、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、又はアフィニティークロマトグラフィーなどにより、培地、腹水、又は血清から適切に分離される。ハイブリドーマ細胞からタンパク質を単離するための一手順が、米国特許出願公開第２００５／１７６１２２号及び米国特許第６９１９４３６号に記載されている。その方法は、結合工程において離液性塩などの最小の塩を使用することと、好ましくはまた溶出工程において少量の有機溶媒を使用することを含む。
（ｉｉｉ）ライブラリー由来抗体
本発明の抗体は、所望の活性又は活性群を有する抗体のコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって単離されうる。例えば、ファージディスプレイライブラリーを作成して所望の結合特性を有する抗体のそのようなライブラリーをスクリーニングするための様々な方法が、当該技術分野で知られている。更なる方法は、例えば、Hoogenboom等, in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O’Brien等編, Human Press, Totowa, NJ, 2001)に概説があり、更に例えば、McCafferty等, Nature 348:552-554；Clackson等, Nature 352: 624-628 (1991)；Marks等, J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992)；Marks及びBradbury, in Methods in Molecular Biology 248:161-175 (Lo編, Human Press, Totowa, NJ, 2003)；Sidhu等, J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004)；Lee等, J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004)；Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004)；及びLee等, J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)に記載されている。
所定のファージディスプレイ法では、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーを、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により別個にクローニングし、ファージライブラリーにおいてランダムに再結合させ、これをついで、Winter等, Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994)に記載されるように、抗原結合ファージについてスクリーニングすることができる。ファージは、典型的には単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片又はＦａｂ断片の何れかとして抗体断片を提示する。免疫化された供給源からのライブラリーは、ハイブリドーマを構築する必要なしに、免疫原に対して高親和性の抗体を提供する。あるいは、Griffiths等, EMBO J, 12: 725-734 (1993)に記載されるように、ナイーブなレパートリーを、如何なる免疫感作も無く、広範囲の非自己抗原及び自己抗原に対して抗体の単一起源を提供するために、（例えば、ヒトから）クローニングすることができる。最後に、ナイーブなライブラリーは、幹細胞由来の再配置されていないＶ遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含むＰＣＲプライマーを使用して高度に可変性のＣＤＲ３領域をコードし、Hoogenboom及びWinter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)により記載されるようにインビトロでの再配置を達成することにより、合成的に作製することもできる。ヒト抗体ファージライブラリーを記載している特許刊行物には、例えば米国特許第５７５０３７３号、並びに米国特許出願公開第２００５／００７９５７４号、第２００５／０１１９４５５号、第２００５／０２６６０００号、第２００７／０１１７１２６号、第２００７／０１６０５９８号、第２００７／０２３７７６４号、第２００７／０２９２９３６号、及び第２００９／０００２３６０号が含まれる。
ヒト抗体ライブラリーから単離された抗体又は抗体断片は、ここではヒト抗体又はヒト抗体の断片とみなされる。
（ｉｖ）キメラ、ヒト化及びヒト抗体
所定の実施態様では、ここで提供される抗体はキメラ抗体である。所定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４８１６５６７号、及びMorrison等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984)に記載されている。一例では、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサル等の非ヒト霊長類由来の可変領域）とヒト定常領域とを含む。更なる例では、キメラ抗体は、クラス又はサブクラスが親抗体のものから変更されている「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合断片を含む。
所定の実施態様では、キメラ抗体はヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、ヒトに対する免疫原性を低減するために、親の非ヒト抗体の特異性と親和性を保持したままヒト化される。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えばＣＤＲ（又はその一部）が非ヒト抗体に由来し、かつＦＲ（又はその一部）がヒト抗体配列に由来する、一又は複数の可変ドメインを含む。ヒト化抗体は、場合によっては、ヒト定常領域の少なくとも一部をまた含むであろう。幾つかの実施態様では、ヒト化抗体の幾つかのＦＲ残基は、例えば、抗体特異性又は親和性を回復させ又は改善するために、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換される。
ヒト化抗体とそれらの作製方法は、例えば、Almagro及びFransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)において概説され、更に、例えばRiechmann等, Nature 332:323-329 (1988)；Queen等, Proc. Nat’l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989)；米国特許第５８２１３３７号、同第７５２７７９１号、同第６９８２３２１号、及び同第７０８７４０９号；Kashmiri等, Methods 36:25-34 (2005)（ＳＤＲ（ａ－ＣＤＲ）グラフティングを記載）；Padlan, Mol. Immunol. 28:489-498 (1991)（「リサーフェシング」を記載）；Dall’Acqua等, Methods 36:43-60 (2005)（「ＦＲシャッフリング」を記載）；及びOsbourn等, Methods 36:61-68 (2005)及びKlimka等, Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000)（ＦＲシャッフリングへの「誘導選択」手法を記載）に記載されている。
ヒト化に使用されうるヒトフレームワーク領域には、限定されないが、「ベストフィット」法を使用して選択されるフレームワーク領域（例えば、Sims等 J. Immunol. 151:2296 (1993)を参照）；軽鎖又は重鎖可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域（例えば、Carter等 Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992)；及びPresta等 J. Immunol., 151:2623 (1993)を参照）；ヒト成熟（体細胞変異）フレームワーク領域又はヒト生殖細胞系列フレームワーク領域（例えば、Almagro及びFransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 （2008）を参照）；及びＦＲライブラリーのスクリーニング由来のフレームワーク領域（例えば、Baca等, J. Biol. Chem. 272:10678-10684 （1997）及びRosok等, J. Biol. Chem. 271:22611-22618 （1996）を参照）が含まれる。
所定の実施態様では、ここで提供される抗体はヒト抗体である。ヒト抗体は、当該技術分野において知られている様々な技術を使用して産生することができる。ヒト抗体は一般にvan Dijk及びvan de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001)とLonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)に記載されている。
ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答してインタクトなヒト抗体又はヒト可変領域を有するインタクトな抗体を生成するように改変されたトランスジェニック動物に、免疫原を投与することによって調製することができる。そのような動物は、典型的には内因性免疫グロブリン遺伝子座を置換するか、又は染色体外に存在するかもしくは動物の染色体にランダムに組み込まれているヒト免疫グロブリン遺伝子座の全て又は一部を含む。そのようなトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座が一般に不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法の概説については、Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)を参照のこと。また、例えばＸＥＮＯＭＯＵＳＥＴＭ技術を記載している米国特許第６０７５１８１号及び第６１５０５８４号、ＨＵＭＡＢ（登録商標）技術を記載している米国特許第５７７０４２９号、Ｋ－Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載している米国特許第７０４１８７０号、及びＶＥＬＯＣＩＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載している米国特許出願公開第２００７／００６１９００号を参照のこと。そのような動物により産生されるインタクトな抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることにより、更に改変されうる。
ヒト抗体は、ハイブリドーマに基づく方法によって作製することもできる。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫及びマウス－ヒト異種骨髄腫細胞株が記述されている。（例えば、Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984)；Brodeur等, Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)；及びBoerner等, J. Immunol., 147: 86 (1991)を参照）。ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術により作製されるヒト抗体もまたLi等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)に記載されている。更なる方法には、例えば、米国特許第７１８９８２６号（ハイブリドーマ細胞株由来のモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生を記載）及びNi, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006)（ヒト－ヒトハイブリドーマを記載）に記載されるものが含まれる。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）もまたVollmers及びBrandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005)並びにVollmers及びBrandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91 (2005)に記載されている。
ヒト抗体は、ヒト由来のファージディスプレイライブラリーから選択されたＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによってもまた作製されうる。ついで、そのような可変ドメイン配列を、所望のヒト定常ドメインと組み合わせてもよい。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択するための技術を以下に記載する。
（ｖ）抗体断片
抗体断片は、酵素消化などの常套的手段によって、又は組換え技術によって作製されうる。所定の状況下では、全抗体よりも抗体断片を使用することに利点がある。より小さいサイズの断片であると、迅速なクリアランスが可能になり、固形腫瘍へのアクセス改善につながりうる。所定の抗体断片の概説については、Hudson等 (2003) Nat. Med. 9:129-134を参照のこと。
抗体断片を生成するために様々な技術が開発されてきている。伝統的には、これら断片は、インタクトな抗体のタンパク分解性消化によって誘導された（例えば、Morimoto等, Journal of Biochemical and Biophysical Methods 24:107-117 (1992)；及びBrennan等, Science, 229:81 (1985)を参照のこと）。しかしながら、これら断片は、今では組換え宿主細胞により直接生成することができる。Ｆａｂ、Ｆｖ及びＳｃＦｖ抗体断片は全て、大腸菌中に発現され、そこから分泌され得、よってこれらの断片の多量の生産が容易となる。抗体断片は、上で検討された抗体ファージライブラリーから単離されうる。あるいは、Ｆａｂ’－ＳＨ断片は、大腸菌から直接回収され、化学的に結合されてＦ（ａｂ’）２断片を形成しうる（Carter等, Bio/Technology 10:163-167 (1992)）。別の手法によれば、Ｆ（ａｂ’）２断片は、組換え宿主細胞培養物から直接単離されうる。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含む増加したインビボ半減期を有するＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２断片は、米国特許第５８６９０４６号に記載されている。抗体断片の生成のためのその他の技術は、当業者には明らかであろう。所定の実施態様では、抗体は一本鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦｖ）である。例えば、国際公開第９３／１６１８５号；米国特許第５５７１８９４号；及び同第５５８７４５８号を参照のこと。Ｆｖ及びｓｃＦｖは定常領域を欠いたインタクトな結合部位を有する唯一の種であり；従って、それらはインビボ使用中の非特異的結合減少に適している場合がある。ｓｃＦｖ融合タンパク質は、ｓｃＦｖのアミノ又はカルボキシ末端の何れかにエフェクタータンパク質の融合を生じるように構築されうる。上掲のAntibody Engineering, Borrebaeck編を参照のこと。抗体断片はまた、例えば米国特許第５６４１８７０号に記載されるように「直鎖状抗体」であってもよい。そのような直鎖状抗体は、単一特異性又は二重特異性でありうる。
（ｖｉ）多重特異性抗体
多重特異性抗体は、少なくとも二つの異なるエピトープに対して結合特異性を有し、そのエピトープは通常異なる抗原に由来している。そのような分子は通常二つの異なるエピトープにのみ結合するが（すなわち二重特異性抗体、ＢｓＡｂ）、この表現をここで使用する場合、三重特異性抗体のような更なる特異性を有する抗体も包含される。二重特異性抗体は、完全長抗体又は抗体断片（例えばＦ（ａｂ’）２二重特異性抗体）として調製されうる。
二重特異性抗体を作製するための方法は当該技術分野で知られている。完全長二重特異性抗体の伝統的な生成は、二つの免疫グロブリン重鎖－軽鎖対の共発現に基づいており、二本の鎖は異なる特異性を有する（例えば、Millstein等, Nature, 305:537-539 (1983)を参照）。免疫グロブリンの重鎖及び軽鎖がランダムに取り合わされるため、これらハイブリドーマ（クアドローマ）は１０個の異なる抗体分子の潜在的な混合物を生成し、そのうち１個のみが正しい二重特異性構造を有する。通常アフィニティークロマトグラフィー工程により行われる正しい分子の精製は、かなり面倒であり、生成物収率は低い。類似の手順が、国際公開第９３／０８８２９号とTraunecker等, EMBO J., 10:3655-3659 (1991)に開示されている
当該技術分野で知られている二重特異性抗体を作製するための一手法は、「ノブ・イントゥ・ホール」又は「空洞内***（protuberance-into-cavity）」法（例えば、米国特許第５７３１１６８号参照）である。この手法では、二つの免疫グロブリンポリペプチド（例えば、重鎖ポリペプチド）がそれぞれ界面を含む。一方の免疫グロブリンポリペプチドの界面が他方の免疫グロブリンポリペプチドの対応する界面と相互作用することにより、二つの免疫グロブリンポリペプチドが会合する。これら界面は、一方の免疫グロブリンポリペプチドの界面に位置する「ノブ」又は「***」（これらの用語はここでは互換可能に使用されうる）が、他方の免疫グロブリンポリペプチドの界面に位置する「ホール」又は「空洞」（これらの用語はここでは互換可能に使用されうる）に対応するように改変されうる。幾つかの実施態様では、ホールは、ノブと同じか同様のサイズであり、二つの界面が相互作用するとき、一方の界面のノブが他方の界面の対応するホール内に配置可能であるように、適切に配置される。理論に拘束されることを望まないが、このことは、ヘテロ多量体を安定させ、他の種、例えばホモ多量体よりヘテロ多量体の形成を促すと考えられる。幾つかの実施態様では、この手法は、異なるエピトープに対する結合特異性を有する二つの免疫グロブリンポリペプチドを含む二重特異性抗体を生成する、二つの異なる免疫グロブリンポリペプチドのヘテロ多量体化を促すために使用されうる。
幾つかの実施態様では、ノブは、小さなアミノ酸側鎖を、より大きな側鎖で置き換えることにより構築されうる。幾つかの実施態様では、ホールは、大きなアミノ酸側鎖を、より小さな側鎖で置き換えることにより構築されうる。ノブ又はホールは、元の界面に存在してもよく、又は合成的に導入されてもよい。例えば、ノブ又はホールは、少なくとも一つの「元の」アミノ酸残基を少なくとも一つの「移入」アミノ酸残基で置き換えるように、界面をコードする核酸配列を改変することにより、合成的に導入することができる。核酸配列を改変するための方法には、当該技術分野で周知の標準的な分子生物学的技術が含まれうる。様々なアミノ酸残基の側鎖体積を次の表に示す。幾つかの実施態様では、元の残基は小さな側鎖体積を有し（例えば、アラニン、アスパラギン、アスパラギン酸、グリシン、セリン、スレオニン、又はバリン）、ノブを形成するための移入残基は、天然に生じるアミノ酸であり、アルギニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンを含みうる。幾つかの実施態様では、元の残基はより大きな側鎖体積を有し（例えば、アルギニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファン）、ホールを形成するための移入残基は、天然に生じるアミノ酸であり、アラニン、セリン、スレオニン、及びバリンを含みうる。
Figure 0007250674000002
幾つかの実施態様では、ノブ又はホールを形成するための元の残基は、ヘテロ多量体の三次元構造に基づいて同定される。三次元構造を得るための当該技術分野で知られている技術にはＸ線結晶学及びＮＭＲが含まれうる。幾つかの実施態様では、界面は、免疫グロブリン定常ドメインのＣＨ３ドメインである。これら実施態様では、ヒトＩｇＧ１のＣＨ３／ＣＨ３界面は、四つの逆平行β鎖上に位置する各ドメインに１６の残基を含む。理論に拘束されることを望まないが、変異した残基は、パートナーＣＨ３ドメイン内の相補的なホールではなく周囲の溶媒にノブが収容される危険を最小化するために、好ましくは二つの中央の逆平行β鎖上に位置する。幾つかの実施態様では、二つの免疫グロブリンポリペプチドに対応するノブとホールを形成する変異は、次の表に提供される一又は複数の対に対応する。
Figure 0007250674000003
幾つかの実施態様では、免疫グロブリンポリペプチドは、上の表２に列挙された一又は複数のアミノ酸置換を含むＣＨ３ドメインを含む。幾つかの実施態様では、二重特異性抗体は、表２の左欄に列挙された一又は複数のアミノ酸置換を含むＣＨ３ドメインを含む第一免疫グロブリンポリペプチドと、表２の右欄に列挙された一又は複数の対応するアミノ酸置換を含むＣＨ３ドメインを含む第二免疫グロブリンポリペプチドとを含む。
上で検討されたＤＮＡの変異に続き、一又は複数の対応するノブ又はホール形成変異で修飾された免疫グロブリンポリペプチドをコードするポリヌクレオチドが、標準的な組換え技術及び当該技術分野で知られている細胞系を使用して発現され、精製されうる。例えば、米国特許第５７３１１６８号；同第５８０７７０６号；同第５８２１３３３号；同第７６４２２２８号；同第７６９５９３６号；同第８２１６８０５号；米国特許出願公開第２０１３／００８９５５３号；及びSpiess等, Nature Biotechnology 31: 753-758, 2013を参照のこと。修飾された免疫グロブリンポリペプチドは、大腸菌などの原核宿主細胞、又はＣＨＯ細胞などの真核生物宿主細胞を使用して産生されうる。対応するノブ及びホールを有する免疫グロブリンポリペプチドは、共培養物中の宿主細胞に発現されて、ヘテロ多量体として一緒に精製されうるか、又は単一の培養物中に発現されて別々に精製され、インビボでアセンブリされうる。幾つかの実施態様では、細菌宿主細胞の二つの株（一方はノブを有する免疫グロブリンポリペプチドを発現し、他方はホールを有する免疫グロブリンポリペプチドを発現する）が、当該技術分野で知られている標準的な細菌培養技術を使用して共培養される。幾つかの実施態様では、二つの株は、例えば、培養物中において等しい発現レベルを達成するために、特定の比で混合されうる。幾つかの実施態様では、二つの株は、５０：５０、６０：４０、又は７０：３０の比で混合されうる。ポリペプチド発現の後、細胞は一緒に溶解され得、タンパク質が抽出されうる。ホモ多量体種対ヘテロ多量体種の存在比の測定を可能にする当該技術分野で知られた標準的技術は、サイズ排除クロマトグラフィーを含みうる。幾つかの実施態様では、各々の修飾免疫グロブリンポリペプチドが、標準的組換え技術を使用して別々に発現され、インビトロで一緒にアセンブリされうる。アセンブリは、例えば、各修飾免疫グロブリンポリペプチドを精製し、それらを等しい質量で一緒に混合及びインキュベートし、ジスルフィドを還元し（例えば、ジチオスレイトールでの処理により）、濃縮し、ポリペプチドを再酸化させることにより達成されうる。形成された二重特異性抗体は、陽イオン交換クロマトグラフィーを含む標準的技術を使用して精製され得、サイズ排除クロマトグラフィーを含む標準的な技術を使用して測定されうる。これら方法のより詳細な説明については、Spiess等, Nat Biotechnol 31:753-8, 2013を参照のこと。幾つかの実施態様では、修飾免疫グロブリンポリペプチドは、ＣＨＯ細胞中に別々に発現され、上述の方法を使用してインビトロでアセンブリされうる。
異なる手法によれば、所望の結合特異性を有する抗体可変ドメイン（抗体－抗原結合部位）が免疫グロブリン定常ドメイン配列に融合される。融合は、好ましくは、ヒンジ、ＣＨ２、及びＣＨ３領域の少なくとも一部を含む免疫グロブリン重鎖定常ドメインとの間で行われる。典型的には、軽鎖結合に必要な部位を含む第一重鎖定常領域（ＣＨ１）が、融合体のうち少なくとも一つに存在する。免疫グロブリン重鎖融合体と、所望により免疫グロブリン軽鎖とをコードしているＤＮＡが別々の発現ベクター中に挿入され、適切な宿主生物中に共トランスフェクトされる。これにより、構築に使用される三つのポリペプチド鎖の等しくない比率が最適な収率をもたらす実施態様では、三つのポリペプチド断片の相互の割合を調節する際に大きな柔軟性がもたらされる。しかしながら、少なくとも二つのポリペプチド鎖が等しい比率で発現することで収率が高くなるとき、又はその比率が特に重要性を持たないとき、二つ又は三つ全てのポリペプチド鎖のコード配列を一つの発現ベクターに挿入することが可能である。
この手法の一実施態様では、二重特異性抗体は、一方のアームの第一の結合特異性を有するハイブリッド免疫グロブリン重鎖と、他方のアームのハイブリッド免疫グロブリン重鎖－軽鎖対（第二の結合特異性を提供）とから構成される。二重特異性分子の半分にしか免疫グロブリン軽鎖がない場合に容易な分離法が提供されるので、この非対称的構造が、不要な免疫グロブリン鎖の組み合わせからの所望の二重特異性化合物の分離を容易にすることが見出された。この手法は国際公開第９４／０４６９０号に開示されている。二重特異性抗体作製の更なる詳細については、例えば、Suresh等, Methods in Enzymology 121:210 (1986)を参照のこと。
国際公開第９６／２７０１１号に記載された別の手法によれば、一対の抗体分子間の界面を操作することにより、組換え細胞培養物から回収されるヘテロ二量体の割合を最大化することができる。一つの界面は、抗体定常ドメインのＣＨ３ドメインの少なくとも一部を含む。この方法では、第一抗体分子の界面由来の一又は複数の小さいアミノ酸側鎖が、より大きな側鎖（例えばチロシン又はトリプトファン）で置き換えられる。より大きな側鎖と同一又は類似のサイズを有する相補的な「空洞」は、大きいアミノ酸側鎖を小さな側鎖（例えばアラニン又はトレオニン）で置き換えることにより、第二の抗体分子の界面上に形成される。これは、ヘテロ二量体の収率を、ホモ二量体などの他の所望されない最終生成物よりも高める機構を提供する。
二重特異性抗体は、架橋又は「ヘテロコンジュゲート」抗体を含む。例えば、ヘテロコンジュゲートにおける抗体の一方はアビジンに、他方はビオチンに結合されうる。そのような抗体は、例えば、望ましくない細胞に対して免疫系細胞を標的化するため（米国特許第４６７６９８０号）、及びＨＩＶ感染症の治療のため（国際公開第９１／００３６０号、国際公開第９２／２００３７３号、及び欧州特許出願公開第０３０８９号）に提案されている。ヘテロコンジュゲート抗体は、任意の簡便な架橋方法を使用して作製されうる。好適な架橋剤は当該技術分野においてよく知られており、米国特許第４６７６９８０号において、多くの架橋技術と共に開示されている。
抗体断片から二重特異性抗体を作製するための技術もまた文献に記載されている。例えば、二重特異性抗体を、化学結合を使用して調製することができる。Brennan等, Science, 229: 81 (1985)には、インタクトな抗体をタンパク分解性に切断してＦ（ａｂ’）２断片を作製する手順が記載されている。これら断片をジチオール錯化剤である亜ヒ酸ナトリウムの存在下で還元して隣接ジチオールを安定化させ、分子間ジスルフィド形成を防止する。ついで、作製されたＦａｂ’断片をチオニトロベンゾアート（ＴＮＢ）誘導体に変換する。ついで、Ｆａｂ’－ＴＮＢ誘導体の一方を、メルカプトエチルアミンを用いた還元によりＦａｂ’－チオールに再変換し、等モル量の他方のＦａｂ’－ＴＮＢ誘導体と混合して二重特異性抗体を形成する。生成された二重特異性抗体は、酵素の選択的固定化用薬剤として使用されうる。
最近の進歩により、化学的にカップリングさせて二重特異性抗体を形成することができるＦａｂ’－ＳＨ断片を大腸菌から直接回収することが容易になった。Shalaby等, J. Exp. Med., 175: 217-225 (1992)は、完全ヒト化二重特異性抗体Ｆ（ａｂ’）２分子の生成を記述している。各Ｆａｂ’断片を大腸菌から別々に分泌させ、インビトロで定方向化学的カップリングに供して二重特異性抗体を形成する。
組換え細胞培養物から直接、二重特異性抗体断片を作製して単離するための様々な技術がまた記載されている。例えば、二重特異性抗体はロイシンジッパーを使用して生成されている。Kostelny等, J. Immunol., 148(5):1547-1553 (1992)。Ｆｏｓ及びＪｕｎタンパク質由来のロイシンジッパーペプチドは、遺伝子融合により、二つの異なる抗体のＦａｂ’部分と連結された。抗体ホモ二量体は、ヒンジ領域で還元されて単量体が形成され、ついで、再酸化されて抗体ヘテロ二量体が形成された。この方法は、抗体ホモ二量体の生成にもまた利用することができる。Hollinger等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)により記載された「ダイアボディ」技術は、二重特異性抗体断片を作製するための代替的メカニズムを提供した。その断片は、同一鎖上の二つのドメイン間の対形成を可能にするには短すぎるリンカーにより軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）と連結された重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含む。従って、一つの断片のＶＨ及びＶＬドメインを、もう一つの断片の相補的なＶＬ及びＶＨドメインと強制的に対形成させ、それにより二つの抗原結合部位を形成する。単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）二量体の使用により二重特異性抗体断片を作製するための別の戦略もまた報告されている。Gruber等, J. Immunol, 152:5368 (1994)参照。
二重特異性抗体断片を作製するための別の技術は、「二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー」又はＢｉＴＥ（登録商標）手法である（例えば、国際公開第２００４／１０６３８１号、同第２００５／０６１５４７号、同第２００７／０４２２６１号、及び同第２００８／１１９５６７号参照）。この手法は、単一のポリペプチド上に配置された二つの抗体可変ドメインを利用する。例えば、単一ポリペプチド鎖は、各々が、二つのドメイン間の分子内会合を可能にするために十分な長さのポリペプチドリンカーにより分離された可変重鎖（ＶＨ）及び可変軽鎖（ＶＬ）ドメインを有する、二つの単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片を含む。この単一ポリペプチドは、二つのｓｃＦｖ断片の間にポリペプチドスペーサー配列を更に含む。各ｓｃＦｖは異なるエピトープを認識し、各ｓｃＦｖがその同族エピトープと結合するときに二つの異なる細胞型の細胞が近接するか又は繋がるように、これらエピトープは異なる細胞型に対して特異的でありうる。この手法の特定の一実施態様には、悪性細胞又は腫瘍細胞のような標的細胞によって発現される細胞表面抗原を認識する別のｓｃＦｖに結合した、Ｔ細胞上のＣＤ３ポリペプチドのような免疫細胞によって発現される細胞表面抗原を認識するｓｃＦｖが含まれる。
単一ポリペプチドであるので、二重特異性Ｔ細胞エンゲージャーは、当該技術分野で知られている何れかの原核細胞又は真核細胞発現系、例えば、ＣＨＯ細胞株を使用して発現されうる。しかしながら、モノマーの意図された活性以外の生物学的活性を有しうる、単量体の二重特異性Ｔ細胞エンゲージャーを他の多量体種から分離するために、特定の精製技術（例えば、欧州特許出願公開第１６９１８３３号参照）が必要なこともある。例示的な一精製スキームでは、分泌されたポリペプチドを含む溶液を、先ず金属アフィニティークロマトグラフィーに供し、イミダゾール濃度の勾配を用いてポリペプチドを溶出させる。この溶出液は、陰イオン交換クロマトグラフィーを使用して更に精製され、ポリペプチドが、塩化ナトリウム濃度の勾配を用いて溶出される。最後に、この溶出液をサイズ排除クロマトグラフィーに供し、多量体種から単量体を分離する。
二価より多い抗体も考慮される。例えば、三重特異性抗体が調製されうる。例えば、Tuft等 J. Immunol. 147: 60 (1991)を参照のこと。
（ｖｉｉ）単一ドメイン抗体
幾つかの実施態様では、本発明の抗体は単一ドメイン抗体である。単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全てもしくは一部、又は軽鎖可変ドメインの全てもしくは一部を含む単一ポリペプチド鎖である。所定の実施態様では、単一ドメイン抗体はヒト単一ドメイン抗体である（Domantis, Inc., Waltham, Mass.；例えば、米国特許第６２４８５１６Ｂ１号参照）。一実施態様では、単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全て又は一部からなる。
（ｖｉｉｉ）抗体バリアント
幾つかの実施態様では、ここに記載される抗体のアミノ酸配列修飾が考慮される。例えば、抗体の結合親和性及び／又は他の生物学的特性を改善することが望ましい場合がある。抗体のアミノ酸配列バリアントは、抗体をコードするヌクレオチド配列に適切な改変を導入することにより、又はペプチド合成により調製されうる。そのような修飾は、例えば抗体のアミノ酸配列内の残基からの欠失、及び／又はそれへの挿入、及び／又はそれの置換を含む。最終コンストラクトが所望の特性を有する限り、欠失、挿入、及び置換の何れの組み合わせも最終コンストラクトに到達するように行なわれうる。アミノ酸改変は、配列が作製されるときに対象の抗体のアミノ酸配列に導入されうる。
（ｉｘ）置換、挿入、及び欠失バリアント
所定の実施態様では、一又は複数のアミノ酸置換を有する抗体バリアントが提供される。置換変異誘発の目的の部位は、ＨＶＲ及びＦＲを含む。好ましい置換は、「好ましい置換」と題して表３に示される。より実質的な変化は、「例示的置換」と題して表３に示され、アミノ酸側鎖クラスを参照して以下に更に記載される。アミノ酸置換は、目的の抗体に導入することができ、産物は、所望の活性、例えば、抗原結合の保持／改善、免疫原性の低下、又はＡＤＣＣもしくはＣＤＣの改善についてスクリーニングされる。
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アミノ酸は共通の側鎖特性に従ってグループ化することができる：
ａ．疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
ｂ．中性の親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
ｃ．酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
ｄ．塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
ｅ．鎖配向に影響する残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
ｆ．芳香性：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
非保存的置換は、これらのクラスのうちの一つのメンバーを別のクラスのものと交換することを必要とする。
置換バリアントの一種は、親抗体（例えばヒト化又はヒト抗体）の一又は複数の超可変領域残基の置換を伴う。一般には、更なる研究のために選択される得られたバリアントは、親抗体と比較して、所定の生物学的特性に修飾（例えば、改善）（例えば、親和性の向上、免疫原性の低下）を有し、及び／又は親抗体の所定の生物学的特性を実質的に保持しているであろう。例示的な置換バリアントは、親和性成熟抗体であり、これは、例えば、ここに記載されるもののようなファージディスプレイに基づく親和性成熟技術を使用して、簡便に作製されうる。簡潔に言えば、一又は複数のＨＶＲ残基が変異させられ、変異抗体がファージ上に提示され、特定の生物学的活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
改変（例えば、置換）は、例えば抗体親和性を向上させるために、ＨＶＲにおいて行うことができる。そのような改変は、ＨＶＲ「ホットスポット」、すなわち、体細胞成熟過程中に高頻度で変異を受けるコドンによりコードされた残基（例えばChowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008)を参照）、及び／又はＳＤＲ（ａ－ＣＤＲ）で行うことができ、得られたバリアントＶＨ又はＶＬが結合親和性について試験される。二次ライブラリーから構築し選択し直すことによる親和性成熟が、例えばHoogenboom等 Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O’Brien等編, Human Press, Totowa, NJ, (2001)に記載されている。親和性成熟の幾つかの実施態様では、多様性が、様々な方法（例えば、エラープローンＰＣＲ、鎖シャッフリング、又はオリゴヌクレオチド指向性突然変異誘発）の何れかにより、成熟のために選択された可変遺伝子中に導入される。ついで、二次ライブラリーが作成される。ついで、ライブラリーが、所望の親和性を持つ抗体バリアントを同定するためにスクリーニングされる。多様性を導入する別の方法は、幾つかのＨＶＲ残基（例えば、一度に４～６残基）がランダム化されるＨＶＲ指向性手法を含む。抗原結合に関与するＨＶＲ残基は、例えばアラニンスキャニング突然変異誘発又はモデリングを使用して、特異的に同定することができる。特に、ＣＤＲ－Ｈ３及びＣＤＲ－Ｌ３がしばしば標的とされる。
所定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、そのような改変が抗原に結合する抗体の能力を実質的に低下させない限り、一又は複数のＨＶＲ内で生じうる。例えば、実質的に結合親和性を低下させない保存的改変（例えばここで提供される保存的置換）をＨＶＲ内で行うことができる。このような改変は、ＨＶＲ「ホットスポット」又はＳＤＲの外側であってもよい。上に与えられたバリアントＶＨ又はＶＬ配列の所定の実施態様では、各ＨＶＲは不変であるか、又は多くとも一つ、二つ又は三つのアミノ酸置換しか含まない。
突然変異誘発のために標的とすることができる抗体の残基又は領域を同定するための有用な方法は、Cunningham及びWells (1989) Science, 244:1081-1085により記載されるように「アラニンスキャニング変異誘発」と呼ばれる。この方法では、残基又は標的残基群（例えば、Ａｒｇ、Ａｓｐ、Ｈｉｓ、Ｌｙｓ及びＧｌｕなどの荷電残基）が同定され、抗原と抗体との相互作用が影響を受けるかどうかを決定するために、中性又は負に荷電したアミノ酸（例えば、アラニン又はポリアラニン）により置き換えられる。更なる置換が、最初の置換に対する機能的感受性を示すアミノ酸位置に導入されうる。代替的に又は加えて、抗体と抗原の接触点を同定するための抗原－抗体複合体の結晶構造。そのような接触残基及び隣接残基が、置換の候補として標的とされてもよいし、又は排除されてもよい。バリアントは、所望の特性を含むかどうかを決定するためにスクリーニングされうる。
アミノ酸配列挿入物は、１残基から、１００以上の残基を有するポリペプチドの長さに及ぶアミノ－及び／又はカルボキシル末端融合体、並びに単一又は複数のアミノ酸残基の配列内挿入物を含む。末端挿入物の例は、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体を含む。抗体分子の他の挿入バリアントは、抗体の血清半減期を延ばすポリペプチド又は酵素（例えばＡＤＥＰＴのための）に対する抗体のＮ末端又はＣ末端への融合体を含む。
（ｘ）グリコシル化バリアント
所定の実施態様では、ここで提供される抗体は、抗体がグリコシル化される度合いを上昇させ又は低下させるように改変される。グリコシル化部位の抗体への付加又は欠失は、一又は複数のグリコシル化部位がつくり出され又は除去されるようにアミノ酸配列を改変することにより、簡便に達成することができる。
抗体がＦｃ領域を含む場合、それに結合する糖鎖を改変させることができる。哺乳動物細胞によって産生された天然抗体は、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７にＮ結合により一般に結合した分岐状の二分岐オリゴ糖を典型的に含む。例えばWright等 TIBTECH 15:26-32 (1997)を参照。オリゴ糖は、様々な糖鎖、例えば、マンノース、Ｎ－アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、及びシアル酸、並びに二分岐オリゴ糖構造の「幹」のＧｌｃＮＡｃに結合したフコースを含みうる。幾つかの実施態様では、本発明の抗体におけるオリゴ糖の修飾は、所定の改善された特性を有する抗体バリアントを作製するためになされうる。
一実施態様では、Ｆｃ領域に結合した糖鎖構造が、フコースが減少するか又はフコースを欠くＦｃ領域を含む抗体バリアントが提供され、これはＡＤＣＣ機能を向上させうる。具体的には、ここでは、野生型ＣＨＯ細胞において生成される同じ抗体上のフコースの量に対して減少したフコースを有する抗体が考慮される。すなわち、それらは、天然ＣＨＯ細胞（例えば、天然グリコシル化パターンを生むＣＨＯ細胞、例えば天然ＦＵＴ８遺伝子を含むＣＨＯ細胞）によって生成された場合に有するであろう量より少ないフコースを有することを特徴とする。所定の実施態様では、抗体は、その上のＮ結合グリカンのうちの約５０％、４０％、３０％、２０％、１０％、又は５％未満がフコースを含むものである。例えば、そのような抗体のフコースの量は、１％から８０％、１％から６５％、５％から６５％又は２０％から４０％である。所定の実施態様では、抗体は、その上のＮ－結合グリカンの何れもがフコースを有さない、すなわち、抗体が完全にフコースを伴わない、又はフコースを有さない、又はアフコシル化されている、抗体である。フコースの量は、例えば、国際公開第２００８／０７７５４６号に記載されているように、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ質量分析法によって測定されて、Ａｓｎ２９７に結合している全ての糖構造の合計（例えば、複合体、ハイブリッド及び高マンノース構造）に対して、糖鎖中のＡｓｎ２９７に平均量のフコースを計算することによって決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域（Ｆｃ領域残基のＥｕ番号付け）のおよそ２９７位に位置するアスパラギン残基を指す；しかしながら、Ａｓｎ２９７は、位置２９７の上流又は下流のおよそ±３アミノ酸に、すなわち抗体の軽微な配列変動に起因して、位置２９４と３００の間にまた位置してもよい。そのようなフコシル化バリアントは、改善されたＡＤＣＣ機能を有しうる。例えば、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号（Presta, L.）；米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号（協和発酵工業株式会社）を参照のこと。「脱フコシル化」又は「フコース欠損」抗体バリアントに関連する刊行物の例には、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号；国際公開第２０００／６１７３９号；同第２００１／２９２４６号；米国特許出願公開第２００３／０１１５６１４号；同第２００２／０１６４３２８号；同第２００４／００９３６２１号；同第２００４／０１３２１４０号；同第２００４／０１１０７０４号；同第２００４／０１１０２８２号；同第２００４／０１０９８６５号；国際公開第２００３／０８５１１９号；国際公開第２００３／０８４５７０号；同第２００５／０３５５８６号；同第２００５／０３５７７８号；同第２００５／０５３７４２号；同第２００２／０３１１４０号；Okazaki等 J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004)；Yamane-Ohnuki等 Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)が含まれる。脱フコシル化抗体を産生することができる細胞株の例には、タンパク質フコシル化を欠損しているＬｅｃ１３ ＣＨＯ細胞（Ripka等 Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986)；米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８Ａ１号；及び国際公開第２００４／０５６３１２Ａ１号、特に実施例１１）、及びノックアウト細胞株、例えばアルファ－１，６－フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞（例えば、Yamane-Ohnuki等 Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)；Kanda, Y.等, Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006)；及び国際公開第２００３／０８５１０７号を参照）が含まれる。
例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二分岐オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分されている、二分オリゴ糖を有する抗体バリアントが更に提供される。そのような抗体バリアントは、低下したフコシル化及び／又は改善されたＡＤＣＣ機能を有しうる。そのような抗体バリアントの例は、例えば、国際公開第２００３／０１１８７８号；米国特許第６６０２６８４号；米国特許出願公開第２００５／０１２３５４６号、及びFerrara等, Biotechnology and Bioengineering, 93(5): 851-861 (2006)に記載されている。Ｆｃ領域に結合したオリゴ糖中に少なくとも一のガラクトース残基を持つ抗体バリアントもまた提供される。そのような抗体バリアントは、改善されたＣＤＣ機能を有しうる。そのような抗体バリアントは、例えば、国際公開第１９９７／３００８７号；同第１９９８／５８９６４号；及び同第１９９９／２２７６４号に記載されている。
所定の実施態様では、ここに記載されるＦｃ領域を含む抗体バリアントは、ＦｃγＲＩＩＩに結合することができる。所定の実施態様では、ここに記載されるＦｃ領域を含む抗体バリアントは、ヒトエフェクター細胞の存在下においてＡＤＣＣ活性を有するか、又はヒト野生型ＩｇＧ１Ｆｃ領域を含むこと以外は同じ抗体と比較して、ヒトエフェクター細胞の存在下で増加したＡＤＣＣ活性を有する。
（ｘｉ）Ｆｃ領域バリアント
所定の実施態様では、一又は複数のアミノ酸修飾を、ここで提供される抗体のＦｃ領域に導入し、それによりＦｃ領域バリアントを作製することができる。Ｆｃ領域バリアントは、一又は複数のアミノ酸位置にアミノ酸修飾（例えば、置換）を含むヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４ Ｆｃ領域）を含みうる。
所定の実施態様では、本発明は、インビボでの抗体半減期は重要であるが、所定のエフェクター機能（例えば補体及びＡＤＣＣなど）が不要であるか又は有害である用途に対して望ましい候補とならしめる、全てではないが幾つかのエフェクター機能を有する抗体バリアントを意図している。インビトロ及び／又はインビボ細胞傷害性アッセイは、ＣＤＣ及び／又はＡＤＣＣ活性の低下／欠乏を確認するために実施することができる。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイを実施して、抗体が、ＦｃγＲ結合を欠く（従っておそらくＡＤＣＣ活性を欠く）がＦｃＲｎ結合能を保持することを確認することができる。ＡＤＣＣを媒介するための初代細胞であるＮＫ細胞はＦｃγＲＩＩＩのみを発現する一方、単球は、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞におけるＦｃＲの発現は、Ravetch及びKinet, Annu. Rev. Immunol. 9:457-492 (1991)の４６４ページの表３に要約されている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するためのインビトロアッセイの非限定的な例は、米国特許第５５００３６２号（例えば、Hellstrom等 Proc. Nat’l Acad. Sci. USA 83:7059-7063 (1986)を参照）及びHellstrom, I等, Proc. Nat’l Acad. Sci. USA 82:1499-1502 (1985)；第５８２１３３７号（Bruggemann等, J. Exp. Med. 166:1351-1361 (1987)を参照）に記載されている。あるいは、非放射性アッセイ法を用いてもよい（例えば、フローサイトメトリーのためのＡＣＴＩＴＭ非放射性細胞傷害性アッセイ（CellTechnology, Inc. Mountain View, CA；及びＣｙｔｏＴｏｘ９６（登録商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（Promega, Madison, WI）を参照）。そのようなアッセイに有用なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が含まれる。あるいは、又は加えて、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、例えば、Clynes等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95:652-656 (1998)に開示されているような動物モデルにおいて、インビボで評価されうる。また、Ｃ１ｑ結合アッセイを、抗体がＣ１ｑに結合できず、よってＣＤＣ活性を欠くことを確認するために実施することができる。例えば、国際公開第２００６／０２９８７９号及び国際公開第２００５／１００４０２号におけるＣ１ｑ及びＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照のこと。補体活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイを実施することができる（例えば、Gazzano-Santoro等, J. Immunol. Methods 202:163 (1996)；Cragg等, Blood 101:1045-1052 (2003)；及びCragg等, Blood 103:2738-2743 (2004)を参照）。ＦｃＲｎ結合及びインビボクリアランス／半減期の決定もまた当該分野で知られている方法を使用して実施することができる（例えば、Petkova等, Int’l. Immunol. 18(12):1759-1769 (2006)を参照）。
エフェクター機能が低下した抗体には、Ｆｃ領域残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７及び３２９のうちの一又は複数の置換を伴うものが含まれる（米国特許第６７３７０５６号）。そのようなＦｃ変異体には、残基２６５及び２９７のアラニンへの置換を有するいわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体を含め、アミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７及び３２７のうちの二以上に置換を有するＦｃ変異体が含まれる（米国特許第７３３２５８１号）。
ＦｃＲへの結合が改善し又は減少した所定の抗体バリアントが記載されている。（例えば、米国特許第６７３７０５６号；国際公開第２００４／０５６３１２号、及びShields等, J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001)を参照）。
所定の実施態様では、抗体バリアントは、ＡＤＣＣを改善する一又は複数のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の位置２９８、３３３、及び／又は３３４（残基のＥＵ番号付け）に置換を含むＦｃ領域を含む。例示的な実施態様では、抗体は、そのＦｃ領域に次のアミノ酸置換：Ｓ２９８Ａ、Ｅ３３３Ａ、及びＫ３３４Ａを含む。
幾つかの実施態様では、例えば、米国特許第６１９４５５１号、国際公開第９９／５１６４２号、及びIdusogie等 J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)に記載されるような、改変された（すなわち改善され又は低減された）Ｃ１ｑ結合及び／又は補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を生じる改変がＦｃ領域においてなされる。
半減期が延長され、胎児への母性ＩｇＧの移動を担う（Guyer等, J. Immunol. 117:587 (1976)及び Kim等, J. Immunol. 24:249 (1994)）新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合性が改善された抗体が、米国特許出願公開第２００５／００１４９３４Ａ１号（Hinton等）に記載されている。それら抗体は、ＦｃＲｎへのＦｃ領域の結合を改善する一又は複数の置換を伴うＦｃ領域を含む。そのようなＦｃバリアントは、Ｆｃ領域残基：２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４又は４３４のうちの一又は複数における置換、例えば、Ｆｃ領域残基４３４の置換を伴うものを含む（米国特許第７３７１８２６号）。Ｆｃ領域バリアントの他の例に関して、Duncan及びWinter, Nature 322:738-40 (1988)；米国特許第５６４８２６０号；同第５６２４８２１号；及び国際公開第９４／２９３５１号をまた参照のこと。
（ｘｉｉ）抗体誘導体
本発明の抗体は、当該技術分野で知られ、容易に入手可能な追加の非タンパク質部分を含むように更に改変されうる。所定の実施態様では、抗体の誘導体化に適した部分は水溶性ポリマーである。水溶性ポリマーの非限定的な例には、限定しないが、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールの共重合体、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ－１，３－ジオキソラン、ポリ－１，３，６－トリオキソラン、エチレン／無水マレイン酸共重合体、ポリアミノ酸（単独重合体又はランダム共重合体）、及びデキストラン又はポリ（ｎ－ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロピレングリコール単独重合体、プロピレンオキシド／エチレンオキシド共重合体、ポリオキシエチル化ポリオール（例えばグリセロール）、ポリビニルアルコール、及びそれらの混合物が含まれる。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドはその水中での安定性のために製造上の利点を有しうる。ポリマーは、任意の分子量であってよく、分枝状でも非分枝状でもよい。抗体に結合するポリマーの数は変化してもよく、一を超えるポリマーが結合する場合、それらは同じ分子でも異なる分子でもよい。一般に、誘導体化に使用されるポリマーの数及び／又は種類は、限定されないが、改善されるべき抗体の特定の特性又は機能、その抗体誘導体が定まった条件下で治療に使用されるかどうかを含む考慮事項に基づいて決定することができる。
（ｘｉｉｉ）ベクター、宿主細胞、及び組換え法
抗体は、組換え法を使用して生成することもできる。抗抗原抗体の組換え生産では、抗体をコードする核酸が単離され、更なるクローニング（ＤＮＡの増幅）又は発現のために複製可能なベクター中に挿入される。抗体をコードするＤＮＡは、容易に単離され得、常套的な手順を使用して （例えば、抗体の重鎖と軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合することができるオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）配列決定されうる。多くのベクターが利用可能である。ベクターの成分は、限定されないが、次のうちの一又は複数を一般に含む：シグナル配列、複製開始点、一又は複数のマーカー遺伝子、エンハンサーエレメント、プロモーター、及び転写終結配列。
（ａ）シグナル配列成分
本発明の抗体は、直接的に組換えで生産されるだけではなく、シグナル配列又は成熟タンパク質もしくはポリペプチドのＮ末端に特異的切断部位を有する他のポリペプチドである異種性ポリペプチドとの融合ペプチドとしても生産されうる。選択される異種シグナル配列は、好ましくは、宿主細胞によって認識され、プロセシング（例えば、シグナルペプチダーゼによって切断）されるものである。天然抗体シグナル配列を認識しプロセシングしない原核生物宿主細胞の場合、シグナル配列は、例えば、アルカリホスファターゼ、ペニシリナーゼ、ｌｐｐ、又は熱安定性エンテロトキシンＩＩリーダーの群から選択される原核生物シグナル配列により置換される。酵母分泌の場合、天然シグナル配列は、例えば、酵母インベルターゼリーダー、因子リーダー（サッカロミセス及びクリベロマイセスα因子リーダーを含む）、又は酸ホスファターゼリーダー、カンジダアルビカンスグルコアミラーゼリーダー、又は国際公開第９０／１３６４６号に記載のシグナルによって置換されうる。哺乳動物細胞での発現では、哺乳動物シグナル配列並びにウイルス分泌リーダー、例えば単純ヘルペスｇＤシグナルが利用可能である。
（ｂ）複製開始点
発現及びクローニングベクターは両方とも、一又は複数の選択された宿主細胞においてベクターが複製することを可能にする核酸配列を含む。一般に、クローニングベクター中では、この配列は、宿主の染色体ＤＮＡから独立してベクターが複製することを可能にするものであり、複製開始点又は自己複製配列を含む。そのような配列は、様々な細菌、酵母及びウイルスに対してよく知られている。プラスミドｐＢＲ３２２からの複製開始点は、大部分のグラム陰性細菌に適しており、２μ，プラスミド開始点は酵母に適しており、様々なウイルス開始点（ＳＶ４０、ポリオーマ、アデノウイルス、ＶＳＶ又はＢＰＶ）は哺乳動物細胞中におけるクローニングベクターに有用である。一般に、複製開始点成分は哺乳動物の発現ベクターには不要である（早期プロモーターを含むという理由のみでＳＶ４０開始点が通常使用されうる）。
（ｃ）選択遺伝子成分
発現及びクローニングべクターは、選択可能マーカーとも呼ばれる選択遺伝子を含みうる。典型的な選択遺伝子は、（ａ）抗生物質又は他の毒素、例えば、アンピシリン、ネオマイシン、メトトレキサート、又はテトラサイクリンに耐性を付与し、（ｂ）栄養要求性欠陥を補い、又は（ｃ）複合培地から得られない重要な栄養素、例えば、バシリに対する遺伝子コードＤ－アラニンラセマーゼを供給するタンパク質をコードする。
選択スキームの一例は、宿主細胞の増殖を停止させる薬物を利用する。異種遺伝子により首尾よく形質転換される細胞は、薬物耐性を付与するタンパク質を産生し、よって選択レジメンを生き延びる。そのような優性選択の例は、薬物ネオマイシン、ミコフェノール酸及びハイグロマイシンを使用する。
哺乳動物細胞のための適切な選択可能マーカーの別の例は、ＤＨＦＲ、グルタミンシンセターゼ（ＧＳ）、チミジンキナーゼ、メタロチオネイン－Ｉ及び－ＩＩ、好ましくは霊長類メタロチオネイン遺伝子、アデノシンデアミナーゼ、オルニチンデカルボキシラーゼなどの抗体コード核酸を取り込む能力を持つ細胞の同定を可能にするものである。
例えば、ＤＨＦＲ遺伝子で形質転換された細胞は、ＤＨＦＲの競合アンタゴニストであるメトトレキサート（Ｍｔｘ）を含む培地中で形質転換体を培養することにより同定される。これらの条件下で、ＤＨＦＲ遺伝子を、任意の他の共形質転換核酸と共に増幅させる。内因性のＤＨＦＲ活性を欠くチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞株（例えば、ＡＴＣＣ ＣＲＬ－９０９６）を使用することができる。
あるいは、ＧＳ遺伝子で形質転換された細胞は、ＧＳの阻害剤であるＬ－メチオニンスルホキシイミン（Ｍｓｘ）を含む培地中で形質転換体を培養することにより同定される。これらの条件下で、ＧＳ遺伝子を、任意の他の共形質転換核酸と共に増幅させる。ＧＳ選択／増殖系を、上述のＤＨＦＲ選択／増殖系と組み合わせて使用してもよい。
あるいは、対象の抗体をコードするＤＮＡ配列、野生型ＤＨＦＲ遺伝子、及びアミノグリコシド３’－ホスホトランスフェラーゼ（ＡＰＨ）のような別の選択可能マーカーで形質転換又は共形質転換された宿主細胞（特に、内在性ＤＨＦＲを含む野生型宿主）は、カナマイシン、ネオマイシン、又はＧ４１８などのアミノグリコシド抗生物質のような選択可能マーカーの選択剤を含む培地中での細胞増殖により選択されうる。米国特許第４９６５１９９号を参照のこと。
酵母での使用に適した選択遺伝子は、酵母プラスミドＹＲｐ７中に存在するｔｒｐ１遺伝子である（Stinchcomb等, Nature, 282:39 (1979)）。ｔｒｐ１遺伝子は、ＡＴＣＣ番号４４０７６又はＰＥＰ４－１のようなトリプトファン中で増殖する能力を欠く酵母の変異株のための選択マーカーを提供する。Jones, Genetics, 85:12 (1977)。ついで、酵母宿主細胞ゲノムにおけるｔｒｐ１損傷の存在により、トリプトファンの非存在下における増殖による形質転換の検出に効果的な環境が提供される。同様に、Ｌｅｕ２欠損酵母株（ＡＴＣＣ２０６２２又は３８６２６）が、Ｌｅｕ２遺伝子を有する既知のプラスミドにより補完される。
加えて、１．６μｍの円形プラスミドｐＫＤ１から誘導されるベクターを、クリベロマイセス酵母の形質転換に使用することができる。あるいは、組換え仔ウシキモシンの大規模生産用の発現系が、クリベロマイセス・ラクティスに対して報告されている。Van den Berg, Bio/Technology, 8:135 (1990)。クリベロマイセスの工業用菌株による成熟した組換えヒト血清アルブミンの分泌のための安定なマルチコピー発現ベクターもまた開示されている。Fleer等, Bio/Technology, 9:968-975 (1991)。
（ｄ）プロモーター成分
発現及びクローニングベクターは、一般に、宿主生物によって認識され、抗体をコードする核酸に作用可能に連結されるプロモーターを含む。原核生物宿主との使用に適したプロモーターには、ｐｈｏＡプロモーター、β－ラクタマーゼ及びラクトースプロモーター系、アルカリホスファターゼプロモーター、トリプトファン（ｔｒｐ）プロモーター系、及びｔａｃプロモーターのようなハイブリッドプロモーターが含まれる。しかしながら、他の既知の細菌プロモーターも適している。細菌系に使用されるプロモーターもまた、抗体をコードするＤＮＡに作用可能に連結されたシャイン－ダルガーノ（Ｓ．Ｄ．）配列を含むであろう。
真核生物のためのプロモーター配列は知られている。実質的に全ての真核生物遺伝子は、転写が開始される部位からおよそ２５から３０塩基上流に位置するＡＴリッチ領域を有している。多くの遺伝子の転写の開始から７０から８０塩基上流に見出されるもう一つの配列は、Ｎが任意のヌクレオチドでありうるＣＮＣＡＡＴ領域である。大部分の真核生物遺伝子の３’末端には、コード配列の３’末端へのポリＡテールの付加に対するシグナルでありうるＡＡＴＡＡＡ配列がある。これら配列の全てが、真核生物発現ベクター中に適切に挿入される。
酵母宿主と共に使用するための適切なプロモーター配列の例には、３－ホスホグリセラートキナーゼ、又は他の糖分解酵素、例えばエノラーゼ、グリセルアルデヒド－３－ホスフェートデヒドロゲナーゼ、ヘキソキナーゼ、ピルビン酸デカルボキシラーゼ、ホスホフルクトキナーゼ、グルコース－６－ホスフェートイソメラーゼ、３－ホスホグリセレートムターゼ、ピルビン酸キナーゼ、トリオースリン酸イソメラーゼ、ホスホグルコースイソメラーゼ、及びグルコキナーゼのプロモーターが含まれる。
他の酵母プロモーターは、増殖条件によって転写が制御されるという更なる利点を有する誘導性プロモーターであり、アルコールデヒドロゲナーゼ２、イソチトクロムＣ、酸ホスファターゼ、窒素代謝と関連する分解酵素、メタロチオネイン、グリセルアルデヒド－３－ホスフェートデヒドロゲナーゼ、並びにマルトース及びガラクトース利用に貢献する酵素のプロモーター領域である。酵母の発現において使用される適切なベクター及びプロモータは、欧州特許出願公開第７３６５７号に更に記載されている。酵母エンハンサーもまた酵母プロモーターと共に有利に使用される。
哺乳動物宿主細胞中のベクターからの抗体転写は、そのようなプロモーターが宿主細胞系と適合性である限り、例えば、ポリオーマウイルス、鶏痘ウイルス、アデノウイルス（例えばアドノウイルス２）、ウシパピローマウイルス、トリ肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、レトロウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、サルウイルス４０（ＳＶ４０）のようなウイルスのゲノムから、あるいは例えばアクチンプロモーター又は免疫グロブリンプロモーターなどの異種哺乳動物プロモーターから、熱ショックプロモーターから得られたプロモーターによって、制御することができる。
ＳＶ４０ウイルスの初期及び後期プロモーターは、ＳＶ４０ウイルスの複製開始点をまた含むＳＶ４０制限断片として簡便に得られる。ヒトサイトメガロウイルスの前初期プロモーターは、ＨｉｎｄＩＩＩ Ｅ制限断片として簡便に得られる。ベクターとしてウシパピローマウイルスを使用する哺乳動物宿主中でＤＮＡを発現する系は、米国特許第４４１９４４６号に開示されている。この系の変形例は、米国特許第４６０１９７８号に記載されている。単純ヘルペスウイルス由来のチミジンキナーゼプロモーターの制御下でのマウス細胞中におけるヒトβ－インターフェロンｃＤＮＡの発現について、Reyes等, Nature 297:598-601 (1982)をまた参照のこと。あるいは、ラウス肉腫ウイルス末端反復配列をプロモーターとして使用することができる。
（ｅ）エンハンサーエレメント成分
より高等の真核生物による本発明の抗体をコードしているＤＮＡの転写は、ベクター中にエンハンサー配列を挿入することによってしばしば増強される。哺乳動物遺伝子由来の多くのエンハンサー配列が今は知られている（グロビン、エラスターゼ、アルブミン、α－フェトプロテイン、及びインスリン）。しかしながら、典型的には、真核細胞ウイルスからのエンハンサーが使用されるであろう。例としては、複製起点の後期側のＳＶ４０エンハンサー（１００～２７０塩基対）、サイトメガロウィルス初期プロモーターエンハンサー、複製起点の後期側のポリオーマエンハンサー、及びアデノウィルスエンハンサーが含まれる。真核生物プロモーターの活性化の増強要素についてYaniv, Nature 297:17-18 (1982)をまた参照のこと。エンハンサーは、抗体コード配列の５’又は３’位でベクター中にスプライシングされうるが、好ましくはプロモーターから５’部位に位置している。
（ｆ）転写終結成分
真核生物宿主細胞（酵母、真菌、昆虫、植物、動物、ヒト、又は他の多細胞生物由来の有核細胞）において使用される発現ベクターは、転写の終結及びｍＲＮＡの安定化に必要な配列をまた含む。そのような配列は、真核生物又はウイルスのＤＮＡ又はｃＤＮＡの５’、及び時には３’の未翻訳領域から一般に入手できる。これら領域は、抗体をコードするｍＲＮＡの未翻訳部分にポリアデニル化断片として転写されるヌクレオチドセグメントを含む。一つの有用な転写終結成分は、ウシ成長ホルモンポリアデニル化領域である。国際公開第９４／１１０２６号とそこに開示される発現ベクターを参照のこと。
（ｇ）宿主細胞の選択及び形質転換
ここでのベクター中でのＤＮＡのクローニング又は発現に適した宿主細胞は、上記の原核細胞、酵母、又は高等真核細胞である。この目的のための適切な原核生物には、グラム陰性又はグラム陽性生物のような真正細菌、例えば、大腸菌類のような腸内細菌科、例えば、大腸菌、エンテロバクター属、エルウィニア属、クレブシエラ属、プロテウス属、サルモネラ属、例えばネズミチフス菌、セラチア属、例えば霊菌、及びシゲラ属、並びに桿菌、例えば枯草菌及びバチルス・リケニフォルミス（例えば、１９８９年４月１２日公開のＤＤ２６６７１０に開示されたバチルス・リケニフォルミス４１Ｐ）、シュードモナス属、例えば緑膿菌、及びストレプトマイセス属が含まれる。一つの好ましい大腸菌クローニング宿主は大腸菌２９４（ＡＴＣＣ３１４４６）であるが、大腸菌Ｂ、大腸菌Ｘ１７７６（ＡＴＣＣ３１５３７）、及び大腸菌Ｗ３１１０（ＡＴＣＣ２７３２５）のような他の菌株も適している。これらの例は限定的なものではなく例示的なものである。
完全長抗体、抗体融合タンパク質、及び抗体断片は、特にグリコシル化及びＦｃエフェクター機能が不要であるとき、例えば治療抗体が、腫瘍細胞破壊においてそれ自体が効果を示す細胞傷害性薬物（例えば毒素）にコンジュゲートしているとき、細菌中で産生させることができる。完全長抗体は、より長い循環半減期を有する。大腸菌中での生成が、より速く、かつ最も費用効率がよい。抗体断片及びポリペプチドの細菌中での発現については、例えば、発現及び分泌を最適化するための翻訳開始領域（ＴＩＲ）及びシグナル配列について記載している米国特許５６４８２３７号（Carter等）、同第５７８９１９９号（Joly等）、同第５８４０５２３号（Simmons等）を参照のこと。また、大腸菌中での抗体断片の発現について記載しているCharlton, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B. K. C. Lo編, Humana Press, Totowa, N.J., 2003), pp. 245-254もまた参照のこと。発現後、抗体は、可溶型画分中において大腸菌細胞ペーストから単離され得、例えばアイソタイプに応じてプロテインＡ又はＧカラムにより精製することができる。最終的な精製は、例えばＣＨＯ細胞中で発現された抗体を精製するための方法と同様に実施されうる。
原核生物に加えて、糸状菌又は酵母などの真核微生物が、抗体をコードするベクターのための好適なクローニング又は発現宿主である。サッカロミセス・セレビシア、又は一般的なパン酵母が、下等真核生物宿主微生物の中で最も一般的に使用される。しかしながら、例えば***酵母；クリベロマイセス宿主、例えばクリベロマイセス・ラクティス、クリベロマイセス・フラジリス（ＡＴＣＣ１２４２４）、クリベロマイセス・ブルガリクス（ＡＴＣＣ１６０４５）、クリベロマイセス・ウィッケラミー（wickeramii）（ＡＴＣＣ２４１７８）、クリベロマイセス・ワルティー（waltii）（ＡＴＣＣ５６５００）、クリベロマイセス・ドロソフィラルム（drosophilarum）（ＡＴＣＣ３６９０６）、クリベロマイセス・サーモトレランス（thermotolerans）及びクリベロマイセス・マルキシアヌス（marxianus）；ヤロウイア属（ＥＰ４０２２２６）；ピキア・パストリス（ＥＰ１８３０７０）；カンジダ属；トリコデルマ・リージア（Trichoderma reesia）（ＥＰ２４４２３４）；アカパンカビ；シュワンニオマイセス（Schwanniomyces）属、例えばシュワンニオマイセス・オクシデンタリス（Schwanniomyces occidentalis）；及び糸状菌、例えばアカパンカビ属、アオカビ属、トリポクラディウム属（Tolypocladium）、及びアスペルギルス属宿主、例えばアスペルギルス・ニデュランス及びクロコウジカビのような多くの他の属、種、及び株が一般的に入手可能であり、ここで有用である。治療用タンパク質の生成のための酵母及び糸状菌の使用について検討している概説については、例えばGerngross, Nat. Biotech. 22:1409-1414 (2004)を参照のこと。
グリコシル化経路が「ヒト化」されている所定の真菌及び酵母株が選択され得、部分的又は完全なヒトグルコシル化パターンを有する抗体が産生されうる。例えば、Li等, Nat. Biotech. 24:210-215 (2006)（ピキア・パストリス中のグリコシル化経路のヒト化について記載）；及び上掲のGerngross等を参照のこと。
グリコシル化抗体の発現に適した宿主細胞は、多細胞生物（無脊椎動物及び脊椎動物）にもまた由来する。無脊椎動物細胞の例には、植物細胞及び昆虫細胞が含まれる。ヨトウガ（イモムシ）、ネッタイシマカ（蚊）、ヒトスジシマカ（蚊）、キイロショウジョウバエ（ショウジョウバエ）、及びカイコのような宿主由来の多数のバキュロウイルス株及びバリアント並びに対応する許容昆虫宿主細胞が同定されている。トランスフェクションのための様々なウイルス株、例えば、オートグラファ・カルフォルニカ（Autographa californica）ＮＰＶのＬ－１バリアント及びカイコＮＰＶのＢｍ－５株は公に入手可能であり、このようなウイルスは、特にヨトウガ細胞のトランスフェクションのために、本発明によるここでのウイルスとして使用される。
綿、トウモロコシ、ジャガイモ、ダイズ、ペチュニア、トマト、ウキクサ（ウキクサ科）、アルファルファ（タルウマゴヤシ（M. truncatula））、及びタバコの植物細胞培養物もまた宿主として利用することができる。例えば、米国特許第５９５９１７７号、第６０４０４９８号、第６４２０５４８号、第７１２５９７８号、及び第６４１７４２９号（トランスジェニック植物において抗体を生成するためのＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳＴＭ技術を記載）を参照のこと。
脊椎動物細胞を宿主として使用してもよく、培養（組織培養）での脊椎動物細胞の増殖は常套的手順となっている。有用な哺乳動物宿主細胞株の例は、ＳＶ４０によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株（ＣＯＳ－７、ＡＴＣＣ ＣＲＬ １６５１）；ヒト胎児腎臓株（懸濁培養での増殖のためにサブクローニングされた２９３又は２９３細胞、Graham等, J. Gen Virol. 36: 59 (1977)）；ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ、ＡＴＣＣ ＣＣＬ １０）；マウスセルトリ細胞（ＴＭ４、Mather, Biol. Reprod. 23: 243-251 (1980)）；サル腎臓細胞（ＣＶ１ ＡＴＣＣ ＣＣＬ ７０）；アフリカミドリザル腎臓細胞（ＶＥＲＯ－７６、ＡＴＣＣ ＣＲＬ－１５８７）；ヒト子宮頸がん細胞（ＨＥＬＡ、ＡＴＣＣ ＣＣＬ ２）；イヌ腎臓細胞（ＭＤＣＫ、ＡＴＣＣ ＣＣＬ ３４）；バッファローラット肝臓細胞（ＢＲＬ３Ａ、ＡＴＣＣ ＣＲＬ １４４２）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８、ＡＴＣＣ ＣＣＬ ７５）；ヒト肝臓細胞（ＨｅｐＧ２、ＨＢ ８０６５）；マウス***腫瘍（ＭＭＴ０６０５６２、ＡＴＣＣ ＣＣＬ５１）；ＴＲＩ細胞（Mather等, Annals N. Y Acad. Sci. 383: 44-68 (1982)）；ＭＲＣ５細胞；ＦＳ４細胞；及びヒト肝細胞種株（ＨｅｐＧ２）である。他の有用な哺乳動物宿主細胞株には、ＤＨＦＲ－ＣＨＯ細胞を含むチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞（Urlaub等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216 (1980)）；並びに骨髄腫細胞株、例えばＮＳ０及びＳｐ２／０が含まれる。抗体産生に適した所定の哺乳動物宿主細胞株の概説については、例えば、Yazaki及びWu, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B. K. C. Lo編, Humana Press, Totowa, N.J., 2003), pp. 255-268を参照のこと。
宿主細胞は、抗体産生のための上述の発現又はクローニングベクターを用いて形質転換され、プロモーターの誘導、形質転換体の選択、又は所望の配列をコードする遺伝子の増幅のために適切に改変された一般的な栄養培地中で培養される。
（ｈ）宿主細胞の培養
この発明の抗体を産生するために使用される宿主細胞は様々な培地中で培養されうる。市販の培地、例えばＨａｍのＦ１０（Sigma）、最小必須培地（（ＭＥＭ），（Sigma）、ＲＰＭＩ－１６４０（Sigma）及びダルベッコの改良イーグル培地（（ＤＭＥＭ），Sigma）が宿主細胞の培養に適している。加えて、Ham等, Meth. Enz. 58:44 (1979)、Barnes等, Anal. Biochem. 102:255 (1980)、米国特許第４７６７７０４号；同第４６５７８６６号；同第４９２７７６２号；同第４５６０６５５号；又は同第５１２２４６９号；国際公開第９０／０３４３０号；国際公開第８７／００１９５号；又は米国再発行特許第３０９８５号に記載の培地の何れもが、宿主細胞の培地として使用できる。これら培地の何れにも、ホルモン及び／又は他の増殖因子（例えばインスリン、トランスフェリン、又は上皮増殖因子）、塩（例えば塩化ナトリウム、カルシウム、マグネシウム、及びホスフェート）、緩衝液（例えばＨＥＰＥＳ）、ヌクレオチド（例えばアデノシン及びチミジン）、抗生物質（例えばＧＥＮＴＡＭＹＣＩＮＴＭ薬）、微量元素（最終濃度がマイクロモル範囲で通常存在する無機化合物として定義される）、及びグルコース又は同等のエネルギー源を必要に応じて補充することができる。任意の他の必要な補充物もまた当業者に既知の適切な濃度で含めることができる。温度、ｐＨなどの培養条件は、発現のために選択された宿主細胞と共に以前に使用されたものであり、当業者には明らかであろう。
（ｘｉｖ）抗体の精製
組換え技術を使用する場合、抗体は、細胞内、細胞膜周辺腔内で産生されるか、又は培地中に直接分泌されうる。抗体が細胞内に産生される場合、最初の工程として、宿主細胞か又は溶解断片の何れかである微粒子状デブリが、例えば遠心分離又は限外濾過により除去される。Carter等, Bio/Technology 10: 163-167 (1992)は、大腸菌の細胞膜周辺腔に分泌される抗体を単離するための手順を記載する。簡潔には、細胞ペーストが、酢酸ナトリウム（ｐＨ３．５）、ＥＤＴＡ、及びフッ化フェニルメチルスルホニル（ＰＭＳＦ）の存在下で約３０分間にわたって融解される。細胞デブリは遠心分離により除去されうる。抗体が培地中に分泌される場合、一般に、そのような発現系からの上清が先ず、市販のタンパク質濃縮フィルター、例えばＡｍｉｃｏｎ又はＭｉｌｌｉｐｏｒｅ Ｐｅｌｌｉｃｏｎ限外濾過ユニットを使用して濃縮される。ＰＭＳＦ等のプロテアーゼ阻害剤を、タンパク分解を阻害する前述の工程の何れかに含めることができ、抗生物質を、不定の夾雑物の増殖を防ぐために含めることができる。
細胞から調製された抗体組成物は、例えば、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、及びアフィニティークロマトグラフィーを使用して精製することができ、アフィニティークロマトグラフィーが典型的には好ましい精製工程の一つである。親和性リガンドとしてのプロテインＡの適合性は、抗体中に存在する任意の免疫グロブリンＦｃドメインの種及びアイソタイプに依存する。プロテインＡは、ヒトγ１、γ２、又はγ４重鎖に基づく抗体の精製に使用することができる（Lindmark等, J. Immunol. Meth. 62:1-13 (1983)）。プロテインＧは、全てのマウスアイソタイプとヒトγ３について推奨される（Guss等, EMBO J. 5:15671575 (1986)）。親和性リガンドが結合するマトリックスは、大抵の場合アガロースであるが、他のマトリックスも利用可能である。細孔制御ガラス又はポリ（スチレンジビニル）ベンゼンなどの機械的に安定なマトリックスによって、アガロースで達成されうるよりも速い流速及び短い処理時間が可能になる。抗体がＣＨ３ドメインを含む場合、精製のためにベーカーボンドＡＢＸＴＭ樹脂（J. T. Baker, Phillipsburg, N.J.）が有用である。タンパク質精製のための他の技術、例えばイオン交換カラムでの断片化、エタノール沈殿、逆相ＨＰＬＣ、シリカでのクロマトグラフィー、ヘパリンセファロースＴＭでのクロマトグラフィー、アニオン又はカチオン交換樹脂でのクロマトグラフィー（例えば、ポリアスパラギン酸カラム）、クロマトフォーカシング、ＳＤＳ－ＰＡＧＥ、及び硫酸アンモニウム沈殿もまた回収される抗体に応じて利用可能である。
一般に、研究、試験、及び臨床に使用される抗体を調製するための様々な方法が、当該技術分野で確立されており、上記方法に適合し、及び／又は対象となる特定の抗体について当業者により適切とみなされる。
（ｘｖ）生物学的に活性な抗体の選択
上述のように産生された抗体を一又は複数の「生物学的活性」アッセイに供し、治療的見地から有利な特性を持つ抗体を選択し、又は抗体の生物学的活性を保持する製剤及び条件を選択することができる。抗体は、それが産生された抗原に結合する能力について試験されうる。例えば、当該技術分野で知られている方法（例えばＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロットなど）を使用することができる。
例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体については、抗体の抗原結合特性を、ＰＤ－Ｌ１に結合する能力を検出するアッセイにおいて評価することができる。幾つかの実施態様では、抗体の結合は、例えば、飽和結合；ＥＬＩＳＡ；及び／又は競合アッセイ（例えばＲＩＡ）によって決定されうる。また、抗体を、例えば治療薬としてのその有効性を評価するために、他の生物学的活性アッセイに供してもよい。そのようなアッセイは、当該技術分野で知られており、標的抗原と抗体の意図された目的に依存する。例えば、抗体によるＰＤ－Ｌ１遮断の生物学的効果は、例えば米国特許第８２１７１４９号に記載のように、ＣＤ８＋Ｔ細胞、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）マウスモデル及び／又は同系腫瘍モデルにおいて評価することができる。
対象の抗原上の特定のエピトープに結合する抗体（例えば、ＰＤ－Ｌ１に対する、実施例の抗ＰＤ－Ｌ１抗体の結合を遮断するもの）をスクリーニングするために、Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Ed Harlow and David Lane （1988）に記載されたもののような常套的なクロスブロッキングアッセイが実施されうる。あるいは、例えばChampe等, J. Biol. Chem. 270:1388-1394 (1995)に記載のようにエピトープマッピングを実施し、抗体が対象のエピトープに結合するかどうかを決定することができる。
ＩＶ．薬学的組成物及び製剤
ここにまた提供されるのは、ここに記載のＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及び／又は抗体（例えば抗ＰＤ－１抗体又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体）と場合によっては薬学的に許容可能な担体とを含有する薬学的組成物及び製剤である。
ここに記載される薬学的組成物及び製剤は、所望の純度を有する活性成分（例えばＰＤ－１軸結合アンタゴニスト）を、一又は複数の任意選択的な薬学的に許容可能な担体（Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. （1980））と混合することにより、凍結乾燥製剤又は水溶液の形態で調製することができる。薬学的に許容可能な担体は、用いられる投薬量及び濃度で一般にレシピエントに非毒性であり、限定されないが、緩衝液、例えばホスフェート、シトレート、及び他の有機酸；アスコルビン酸及びメチオニンを含む抗酸化剤；保存料（例えば、塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチル又はベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えばメチル又はプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３－ペンタノール；及びｍ－クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）のポリペプチド；タンパク質、例えば血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えばポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えばグリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、又はリジン；グルコース、マンノース又はデキストリンを含む単糖類、二糖類、及び他の炭水化物；キレート剤、例えばＥＤＴＡ；糖、例えばスクロース、マンニトール、トレハロース又はソルビトール；塩形成対イオン、例えばナトリウム；金属錯体（例えば、Ｚｎ－タンパク質錯体）；及び／又は非イオン性界面活性剤、例えばポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を含む。ここでの例示的な薬学的に許容可能な担体は、介在性薬物分散剤、例えば可溶性の中性活性ヒアルロニダーゼ糖タンパク質（ｓＨＡＳＥＧＰ）、例えばｒＨｕＰＨ２０（ＨＹＬＥＮＥＸ（登録商標）、Baxter International, Inc.）を更に含む。所定の例示的なｓＨＡＳＥＧＰ及び使用法は、ｒＨｕＰＨ２０を含み、米国特許出願公開第２００５／０２６０１８６号及び同第２００６／０１０４９６８号に記載されている。一態様では、ｓＨＡＳＥＧＰは、コンドロイチナーゼなどの一又は複数の更なるグリコサミノグリカナーゼと組み合わせられる。
例示的な凍結乾燥抗体製剤は、米国特許第６２６７９５８号に記載されている。水性抗体製剤には、米国特許第６１７１５８６号及び国際公開第２００６／０４４９０８号に記載されたものが含まれ、後者の製剤はヒスチジン－アセテート緩衝液を含む。
ここでの組成物及び製剤は、治療される特定の適応症に必要な一を超える活性成分、好ましくは互いに悪影響を及ぼさない相補的な活性を有するものをまた含んでもよい。そのような活性成分は、適切には、意図される目的に有効である量の組み合わせで存在する。
活性成分は、例えばコアセルベーション技術又は界面重合法によって調製されたマイクロカプセル、例えばそれぞれヒドロキシメチルセルロースマイクロカプセル又はゼラチン－マイクロカプセル及びポリ－（メチルメタクリレート）マイクロカプセルに、コロイド薬物送達システム（例えばリポソーム、アルブミンミクロスフィア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子及びナノカプセル）に、又はマクロエマルジョンに封入することができる。そのような技術は、Remington’s Pharmaceutical Sciences 16版, Osol, A.編 (1980)に開示されている。
徐放性製剤が調製されてもよい。徐放性製剤の好適な例は、抗体、例えば抗ＰＤ１抗体又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体を含む固体疎水性ポリマーの半透性マトリクスを含み、そのようなマトリックスは、成形品、例えばフィルム又はマイクロカプセルの形態である。インビボ投与に使用される製剤は、一般的に無菌である。無菌性は、例えば、滅菌濾過膜を通して濾過することにより、容易に達成されうる。
ＩＶ．治療の方法
ここに提供されるものは、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストを個体に投与することを含む、個体におけるがん（例えば、メラノーマ）を治療し又はその進行を遅延させるための方法であり、ここで、患者から得られた血液試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が１以上であると決定されている。幾つかの実施態様では、治療は、治療後の個体に応答をもたらす。幾つかの実施態様では、応答は部分応答である。幾つかの実施態様では、応答は完全寛解である。幾つかの実施態様では、治療は、治療休止後の個体に持続性の応答（例えば、持続性の部分応答又は完全寛解）をもたらす。ここに記載される方法は、免疫原性の増強、例えばがんの治療のための腫瘍免疫原性の増大が望ましい状態の治療に用途を見出しうる。また、ここに提供されるものは、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、ニボルマブ（Nivolomab）、ペンブロリズマブ、アテゾリズマブ、又はアベルマブ）を、個体に投与することを含む、メラノーマを有する個体において免疫機能を増強する方法である。当該技術分野で知られているか又はここに記載されているＰＤ－１軸結合アンタゴニストの何れも、本方法において使用することができる。
幾つかの例では、ここに提供される方法は、ＰＤ－１結合アンタゴニスト、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト、及びＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストからなる群から選択されるＰＤ－１軸結合アンタゴニストの有効量を投与することを含む。幾つかの例では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、抗体、例えばＰＤ－Ｌ１のＰＤ－１及びＢ７．１への結合を阻害できるがＰＤ－１のＰＤ－Ｌ２への結合を妨害しない抗体である。幾つかの例では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト抗体はＭＰＤＬ３２８０Ａであり、これは、２週間毎に約７００ｍｇから約９００ｍｇ（例えば、２週間毎に約７５０ｍｇから約９００ｍｇ、例えば、２週間毎に約８００ｍｇから約８５０ｍｇ）の用量で投与されうる。幾つかの実施態様では、ＭＰＤＬ３２８０Ａは、２週間毎に約８４０ｍｇの用量で投与される。
一般命題として、ヒトに投与されうるＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、ＭＰＤＬ３２８０Ａ）の治療有効量は、投与回数が一回か複数回かを問わず患者の体重１ｋｇ当たり約０．０１から約５０ｍｇの範囲であろう。幾つかの実施態様では、例えば、アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、ＭＰＤＬ３２８０Ａ）は、例えば、毎日約０．０１から約４５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１から約４０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１から約３５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１から約３０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１から約２５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１から約２０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１から約１５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１から約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１から約５ｍｇ／ｋｇ、又は約０．０１から約１ｍｇ／ｋｇの用量で投与される。幾つかの実施態様では、アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、ＭＰＤＬ３２８０Ａ）は１５ｍｇ／ｋｇで投与される。しかしながら、他の投薬量レジメンも有用でありうる。一実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、ＭＰＤＬ３２８０Ａ）は、ヒトに対し、約１００ｍｇ、約２００ｍｇ、約３００ｍｇ、約４００ｍｇ、約５００ｍｇ、約６００ｍｇ、約７００ｍｇ、約８００ｍｇ、約９００ｍｇ、約１０００ｍｇ、約１１００ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１４００ｍｇ、又は約１５００ｍｇの用量で投与される。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、ＭＰＤＬ３２８０Ａ）は、約８００ｍｇから約８５０ｍｇの用量で、２週毎に投与される。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、ＭＰＤＬ３２８０Ａ）は、約８４０ｍｇの用量で２週間毎に投与される。用量は、単回の用量又は複数回の用量（例えば、２又は３回の用量）として、例えば点滴で投与されうる。併用治療において投与される抗体の用量は、単剤の場合と比較して低減されうる。幾つかの実施態様では、例えば、個体において局所進行性又は転移性乳がんを治療するため又はその進行を遅らせるための方法は、治療周期を含む投薬レジメンを含み、個体には、各周期の１日目と１５日目に、ヒトＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、ＭＰＤＬ３２８０Ａ）が約８４０ｍｇの用量で投与され、各周期は２８日間である（すなわち、各周期は２８日毎に繰り返される）。
この治療法の進行は、ここに記載の方法によりモニターされる。幾つかの実施態様では、ＣＤ４＋Ｔ細胞集団内の細胞傷害性グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞集団のサイズは、応答の持続性を予測するものである。例えば、３ヶ月間無病であると観察された患者は、グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＴｒｅｇの比が４であったが、６ヶ月間無病であると観察された患者は４５の比であった。従って、Ｂ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞のより大きい集団サイズが、より長い無病応答を示した。
幾つかの実施態様では、本方法は、有効量の少なくとも一種の更なる治療剤を投与することを更に含む。
幾つかの実施態様では、更なる治療剤は、ＰＩ３Ｋ／ＡＫＴ／ｍＴＯＲ経路を標的とする薬剤、ＨＳＰ９０阻害剤、チューブリン阻害剤、アポトーシス阻害剤、及び／又は化学予防剤である。更なる治療剤は、ここに記載される化学療法剤のうちの一又は複数でありうる。幾つかの例では、化学療法剤はカルボプラチンのような白金ベース化学療法剤である。
幾つかの例では、化学療法剤は、タキサン（例えば、ｎａｂ－パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標））、パクリタキセル、又はドセタキセル）である。幾つかの例では、タキサンは、ｎａｂ－パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標））である。幾つかの例では、ｎａｂ－パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標））は、毎週、約１００ｍｇ／ｍ２～約１２５ｍｇ／ｍ２の用量で個体に投与される。幾つかの例では、ｎａｂ－パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標））は、毎週、約１００ｍｇ／ｍ２の用量で個体に投与される。一般的な提案として、ヒトに投与されるタキサン（例えば、ｎａｂ－パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標））の治療有効量は、一又は複数回の投与によるかどうかにかかわらず、約２５～約３００ｍｇ／ｍ２（例えば、約２５ｍｇ／ｍ２、約５０ｍｇ／ｍ２、約７５ｍｇ／ｍ２、約１００ｍｇ／ｍ２、約１２５ｍｇ／ｍ２、約１５０ｍｇ／ｍ２、約１７５ｍｇ／ｍ２、約２００ｍｇ／ｍ２、約２２５ｍｇ／ｍ２、約２５０ｍｇ／ｍ２、約２７５ｍｇ／ｍ２、又は約３００ｍｇ／ｍ２）の範囲であろう。例えば、幾つかの実施態様では、約１００ｍｇ／ｍ２のｎａｂ－パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標））が投与される。幾つかの実施態様では、ｎａｂ－パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標））は、週に１回、１００ｍｇ／ｍ２で投与される。幾つかの実施態様では、約１２５ｍｇ／ｍ２のパクリタキセルが投与される。幾つかの実施態様では、パクリタキセルは、３週間毎に２００ｍｇ／ｍ２で投与される。幾つかの実施態様では、タキサン（例えば、ｎａｂ－パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標））は、毎週、２週間毎、３週間毎、４週間毎、各２１日サイクルの１、８、及び１５日目、又は各２８日サイクルの１、８、及び１５日目に投与されうる。
幾つかの例では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、ＭＰＤＬ３２８０Ａ）とタキサン（例えば、ｎａｂ－パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標））が、単回投薬レジメンで投与される。これらの薬剤の投与は、投薬レジメンの文脈内で同時又は別個でありうる。例えば、幾つかの例では、ここに提供される方法は、治療サイクルを含む投薬レジメンを含み、個体には、各サイクルの１及び１５日目に約８４０ｍｇの用量でヒトＰＤ－１軸結合アンタゴニストが、そして各サイクルの１、８、及び１５日目に約１００ｍｇ／ｍ２の用量でタキサンが投与され、各サイクルが２８日毎に繰り返される。
幾つかの実施態様では、個体はヒトである。幾つかの実施態様では、個体は、メラノーマに罹患している。幾つかの実施態様では、個体は肺がん、例えば非小細胞肺がんに罹患している。幾つかの実施態様では、個体はヒトである。幾つかの実施態様では、個体は膵臓がんに罹患している。幾つかの実施態様では、個体はヒトである。幾つかの実施態様では、個体は胃がんに罹患している。幾つかの実施態様では、個体はヒトである。幾つかの実施態様では、個体は結腸直腸がんに罹患している。幾つかの実施態様では、個体はヒトである。幾つかの実施態様では、個体は腎細胞がんに罹患している。幾つかの実施態様では、個体はヒトである。幾つかの実施態様では、個体は膵臓がんに罹患している。幾つかの実施態様では、個体は局所進行性又は転移性乳がんに罹患している。幾つかの実施態様では、転移性乳がんはｍＴＮＢＣである。幾つかの実施態様では、個体は、がんに対して以前に２回以下の細胞傷害性治療レジメンを受けたことがある。幾つかの実施態様では、個体は以前にがんに対する標的化全身治療を受けたことがない。幾つかの実施態様では、個体は、一又は複数のがん療法に対して耐性があるがんを有する。幾つかの実施態様では、がん療法に対する耐性は、がん又は難治性がんの再発を含む。再発とは、治療後に元の部位又は新しい部位にがんが再出現ることを指しうる。幾つかの実施態様では、がん療法に対する耐性は、抗がん療法での治療中のがんの進行を含む。幾つかの実施態様では、がん療法に対する耐性は、治療に応答しないがんを含む。がんは治療の開始時に耐性になることもあれば、又は治療中に耐性になることもある。幾つかの実施態様では、がんは早期段階又は後期段階にある。
ＰＤ－１軸結合アンタゴニストと第二治療剤、例えばタキサン（例えば、ｎａｂ－パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標））は、当該技術分野で知られている任意の好適な様式で投与されうる。例えば、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストと第二治療剤、例えばタキサンは、逐次的に（異なる時点で）又は同時に（同じ時点で）投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、第二治療剤と別個の組成物中に存在する。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、第二治療剤と同じ組成物中に存在する。
幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストと第二治療剤、例えば化学療法剤、例えばタキサンは、同じ投与経路によって、又は異なる投与経路によって投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、静脈内、筋肉内、皮下、局所、経口、経皮、腹腔内、眼窩内、移植により、吸入により、髄腔内、脳室内、又は鼻腔内投与される。幾つかの実施態様では、タキサンは、静脈内、筋肉内、皮下、局所、経口、経皮、腹腔内、眼窩内、移植により、吸入により、髄腔内、脳室内、又は鼻腔内投与される。有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストと、場合によっては第二治療剤は、疾患の予防又は治療のために投与されうる。ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及び／又は第二治療剤の適切な投薬量は、治療される疾患の種類、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストと第二治療剤の種類、疾患の重症度と経過、個体の臨床状態、個体の臨床歴と治療への応答、及び担当医師の裁量に基づいて決定されうる。
幾つかの実施態様では、本方法は、追加の治療法を更に含みうる。追加の治療法は、放射線療法、手術（例えば、乳腺腫瘍摘出術及び***切除術）、化学療法、遺伝子療法、ＤＮＡ療法、ウイルス療法、ＲＮＡ療法、免疫療法、骨髄移植術、ナノ療法、モノクローナル抗体療法、又は前述の組み合わせでありうる。追加の療法は、アジュバント療法又はネオアジュバント療法の形態でありうる。幾つかの実施態様では、追加の療法は、小分子酵素阻害剤又は抗転移薬の投与である。幾つかの実施態様では、追加の療法は、副作用制限剤（例えば、治療の副作用の発生及び／又は重症度を軽減するよう意図された薬剤、例えば、制嘔吐剤など）の投与である。幾つかの実施態様では、追加の療法は、放射線療法である。幾つかの実施態様では、追加の療法は、手術である。幾つかの実施態様では、追加の療法は、放射線療法と手術の組み合わせである。幾つかの実施態様では、追加の療法は、ガンマ照射である。
幾つかの実施態様では、本方法は、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト及びタキサンと共に白金系化学療法剤を投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、白金系化学療法剤はカルボプラチンである。カルボプラチンの投薬量及び投与は、当該技術分野で周知である。カルボプラチンの例示的な投薬量は、６ｍｇ／ｍｌの標的曲線下面積（ＡＵＣ）で投与される。幾つかの実施態様では、カルボプラチンは、３週間毎に静脈内投与される。
理論に束縛されることは望まないが、活性化共刺激分子を促進することによって又は負の共刺激分子を阻害することによってＴ細胞刺激を増強することで、腫痕細胞死を促進させ得、それによってがんが治療されるか又はがんの進行が遅延されると考えられる。幾つかの実施態様では、活性化共刺激分子に対するアゴニストと併用して、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば抗ＰＤ－１、例えばＭＤＸ－１１０６（ニボルマブ，Bristol-Myers Squibb）又はＭＫ－３４７５（ペンブロリズマブ，Merck）、又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えばＭＰＤＬ３２８０Ａ（アテゾリズマブ）又はアベルマブ）が投与されうる。幾つかの実施態様では、活性化共刺激分子には、ＣＤ４０、ＣＤ２２６、ＣＤ２８、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＤ１３７、ＣＤ２７、ＨＶＥＭ、又はＣＤ１２７が含まれうる。幾つかの実施態様では、活性化共刺激分子に対するアゴニストは、ＣＤ４０、ＣＤ２２６、ＣＤ２８、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＤ１３７、ＣＤ２７、ＨＶＥＭ、又はＣＤ１２７に結合するアゴニスト抗体である。幾つかの実施態様では、阻害性共刺激分子に対するアンタゴニストと併用して、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば抗ＰＤ－１、例えばＭＤＸ－１１０６又はＭＫ－３４７５、又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えばＭＰＤＬ３２８０Ａ）が投与されうる。幾つかの実施態様では、阻害性共刺激分子には、ＣＴＬＡ－４（ＣＤ１５２としても知られる）、ＰＤ－１、ＴＩＭ－３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、ＬＡＧ－３、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＩＤＯ、ＴＩＧＩＴ、ＭＩＣＡ／Ｂ、又はアルギナーゼが含まれうる。幾つかの実施態様では、阻害性共刺激分子に対するアンタゴニストは、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＴＩＭ－３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、ＬＡＧ－３、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＩＤＯ、ＴＩＧＩＴ、ＭＩＣＡ／Ｂ、又はアルギナーゼに結合するアンタゴニスト抗体である。
幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば抗ＰＤ－１、例えばＭＤＸ－１１０６又はＭＫ－３４７５、又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えばＭＰＤＬ３２８０Ａ）は、ＣＴＬＡ－４（ＣＤ１５２としてもまた知られている）に対するアンタゴニスト、例えば遮断抗体と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、イピリムマブ（ＭＤＸ－０１０、ＭＤＸ－１０１、又はＹＥＲＶＯＹ（登録商標）としても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、トレメリムマブ（チシリムマブ又はＣＰ－６７５２０６としても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、Ｂ７－Ｈ３（ＣＤ２７６としても知られている）に対するアンタゴニスト、例えば遮断抗体と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ＭＧＡ２７１と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ＴＧＦベータに対するアンタゴニスト、例えばメテリムマブ（ＣＡＴ－１９２としても知られている）、フレソリムマブ（ＧＣ１００８としても知られている）、又はＬＹ２１５７２９９と併用して投与されうる。
幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現するＴ細胞（例えば細胞傷害性Ｔ細胞又はＣＴＬ）の養子移植を含む治療と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ドミナントネガティブＴＧＦベータ受容体、例えばドミナントネガティブＴＧＦベータＩＩ型受容体を含むＴ細胞の養子移植を含む治療と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ＨＥＲＣＲＥＥＭプロトコル（例えば、ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ ＮＣＴ００８８９９５４を参照）を含む治療と併用して投与されうる。
幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ＣＤ１３７（ＴＮＦＲＳＦ９、４－１ＢＢ、又はＩＬＡとしても知られている）に対するアゴニスト、例えば活性化抗体と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ウレルマブ（ＢＭＳ－６６３５１３としても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、ＣＤ４０に対するアゴニスト、例えば活性化抗体と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＣＰ－８７０８９３と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＯＸ４０（ＣＤ－１３４としても知られている）に対するアゴニスト、例えば活性化抗体と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、抗ＯＸ４０抗体（例えばＡｇｏｎＯＸ）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＣＤ２７に対するアゴニスト、例えば活性化抗体と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＣＤＸ－１１２７と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、インドールアミン－２，３－ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）に対するアンタゴニストと併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＩＤＯアンタゴニストは、１－メチル－Ｄ－トリプトファン（１－Ｄ－ＭＴとしても知られている）である。
幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、抗体－薬剤コンジュゲートと併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、抗体－薬剤コンジュゲートは、メルタンシン又はモノメチルオーリスタチンＥ（ＭＭＡＥ）を含む。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、抗ＮａＰｉ２ｂ抗体－ＭＭＡＥコンジュゲート（ＤＮＩＢ０６００Ａ又はＲＧ７５９９としても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、トラスツズマブエムタンシン（Ｔ－ＤＭ１、アド－トラスツズマブエムタンシン、又はＫＡＤＣＹＬＡ（登録商標），Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈとしても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＤＭＵＣ５７５４Ａと併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、エンドテリンＢ受容体（ＥＤＮＢＲ）を標的とする抗体－薬剤コンジュゲート、例えばＭＭＡＥとコンジュゲートされたＥＤＮＢＲに対する抗体と併用して投与されうる。
幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、血管形成阻害薬と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＶＥＧＦ、例えばＶＥＧＦ－Ａに対する抗体と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えばＭＰＤＬ３２８０Ａ）とタキサン（例えばｎａｂ－パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標））は、ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標），Ｇｅｎｅｔｅｃｈとしても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、アンジオポイエチン２（Ａｎｇ２としても知られている）に対する抗体と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＭＥＤＩ３６１７と併用して投与されうる。
幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、抗悪性腫瘍薬と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＣＳＦ－１Ｒ（Ｍ－ＣＳＦＲ又はＣＤ１１５としても知られている）を標的とする薬剤と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、抗ＣＳＦ－１Ｒ（ＩＭＣ－ＣＳ４としても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、インターフェロン、例えばインターフェロンアルファ又はインターフェロンガンマと併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ロフェロン－Ａ（組換え型インターフェロンアルファ－２ａとしても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＧＭ－ＣＳＦ（組換え型ヒト顆粒球マクロファージコロニー刺激因子、ｒｈｕ ＧＭ－ＣＳＦ、サルグラモスチム、又はＬＥＵＫＩＮＥ（登録商標）としても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＩＬ－２（アルデスロイキン又はＰＲＯＬＥＵＫＩＮ（登録商標）としても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＩＬ－１２と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＣＤ２０を標的とする抗体と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＣＤ２０を標的とする抗体は、オビヌツズマブ（ＧＡ１０１又はＧＡＺＹＶＡ（登録商標）としても知られている）又はリツキシマブである。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＧＩＴＲを標的とする抗体と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＧＩＴＲを標的とする抗体は、ＴＲＸ５１８である。
幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、がんワクチンと併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、がんワクチンは、ペプチドがんワクチンであり、これは幾つかの実施態様では、個別化ペプチドワクチンである。幾つかの実施態様では、ペプチドがんワクチンは、多価長鎖ペプチド、マルチペプチド、ペプチドカクテル、ハイブリッドペプチド又はペプチドパルス樹状細胞ワクチン（例えばYamada等, Cancer Sci, 104:14-21, 2013を参照）である。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、アジュバントと併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＴＬＲアゴニスト、例えばポリ－ＩＣＬＣ（ＨＩＬＴＯＮＯＬ（登録商標）としても知られている）、ＬＰＳ、ＭＰＬ、又はＣｐＧ ＯＤＮを含む治療と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）アルファと併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＩＬ－１と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＨＭＧＢ１と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＩＬ－１０アンタゴニストと併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＩＬ－４アンタゴニストと併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＩＬ－１３アンタゴニストと併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＨＶＥＭアンタゴニストと併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、例えばＩＣＯＳ－Ｌの投与によるＩＣＯＳアゴニスト、又はＩＣＯＳに対するアゴニスト抗体と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＣＸ３ＣＬ１を標的とする治療と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＣＸＣＬ９を標的とする治療と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＣＸＣＬ１０を標的とする治療と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＣＣＬ５を標的とする治療と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＬＦＡ－１又はＩＣＡＭ１アゴニストと併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、セレクチンアゴニストと併用して投与されうる。
幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、標的療法と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、Ｂ－Ｒａｆの阻害物質と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ベムラフェニブ（ＺＥＬＢＯＲＡＦ（登録商標）としても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ダブラフェニブ（ＴＡＦＩＮＬＡＲ（登録商標）としても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）としても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＭＥＫ、例えばＭＥＫ１（ＭＡＰ２Ｋ１としても知られている）又はＭＥＫ２（ＭＡＰ２Ｋ２としても知られている）の阻害剤と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、コビメチニブ（ＧＤＣ－０９７３又はＸＬ－５１８としても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、トラメチニブ（ＭＥＫＩＮＩＳＴ（登録商標）としても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、Ｋ－Ｒａｓの阻害剤と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ｃ－Ｍｅｔの阻害剤と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、オナルツズマブ（ＭｅｔＭＡｂとしても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、Ａｌｋの阻害剤と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＡＦ８０２（ＣＨ５４２４８０２又はアレクチニブとしても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ホスファチジルイノシトール３－キナーゼ（ＰＩ３Ｋ）の阻害剤と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＢＫＭ１２０と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、イデラリシブ（ＧＳ－１１０１又はＣＡＬ－１０１としても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ペリフォシン（ＫＲＸ－０４０１としても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、Ａｋｔの阻害剤と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＭＫ２２０６と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＧＳＫ６９０６９３と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＧＤＣ－０９４１と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ｍＴＯＲの阻害剤と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、シロリムス（ラパマイシンとしても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、テムシロリムス（ＣＣＩ－７７９又はＴＯＲＩＳＥＬ（登録商標）としても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、エベロリムス（ＲＡＤ００１としても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、リダフォロリムス（ＡＰ－２３５７３、ＭＫ－８６６９、又はデフォロリムスとしても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＯＳＩ－０２７と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＡＺＤ８０５５と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＩＮＫ１２８と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、二重ＰＩ３Ｋ／ｍＴＯＲ阻害剤と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＸＬ７６５と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＧＤＣ－０９８０と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＢＥＺ２３５（ＮＶＰ－ＢＥＺ２３５としても知られている）と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＢＧＴ２２６と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＧＳＫ２１２６４５８と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＰＦ－０４６９１５０２と併用して投与されうる。幾つかの実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストとタキサンは、ＰＦ－０５２１２３８４（ＰＫＩ－５８７としても知られている）と併用して投与されうる。
ここに記載される新規な方法は、腫瘍縮小が検出されうる前に、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療の有効性を判定するために使用することができる。更に、ここに記載の新規な方法を使用して、治療中の進行性疾患と偽性進行（pseudoprogression）とを区別することにより、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療の有効性を判定することができる。幾つかの例では、腫瘍サイズは、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストを含む治療を伴う治療の後に最初は増加する。この増加は、実際には、腫瘍量の増加によるものではなく、むしろ、腫瘍サイズの一時的な増加は、治療の結果、例えば、一般には「偽性進行」と呼ばれている免疫細胞の流入及び／又は増殖である。ここに記載される方法は、そのような偽性進行と進行性疾患とを区別することができる。
ＶＩ．製造品又はキット
本発明の別の実施態様では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、ＭＰＤＬ３２８０Ａ）と、個体から得られた血液試料におけるグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が１以上の個体において、又は個体から得られた血液試料におけるグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が１以上の個体の免疫機能を増強するために、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを使用するための説明書を含む添付文書とを含む製造品又はキットが提供される。ここに記載のＰＤ－１軸結合アンタゴニストの何れも製造品又はキットに含めることができる。
製造品又はキットのための適切な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、バッグ及びシリンジが含まれる。容器は、ガラス、プラスチック（例えばポリ塩化ビニル又はポリオレフィン）、又は金属合金（例えばステンレス鋼又はハステロイ）等の様々な材料から形成されうる。幾つかの実施態様では、容器は製剤を収容し、容器上の又は容器に付随したラベルは使用のため説明を示しうる。製造品又はキットは、他の緩衝液、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、及び使用説明書を伴う添付文書を含む、商業的及び使用者の見地から望ましい他の材料を更に含みうる。幾つかの実施態様では、製造品は、一又は複数の他の薬剤（例えば、化学療法剤及び抗腫瘍剤）を更に含む。その一又は複数の薬剤のための適切な容器には、例えば、ボトル、バイアル、バッグ及びシリンジが含まれる。
本明細書は、当業者が本発明を実施できるようにするために充分なものと考えられる。ここに示され記載されたものに加えて、本発明の様々な変形が、前述の記載から当業者には明らかとなり、添付の特許請求の範囲に入るものである。
本発明は、次の実施例を参照することにより更に十分に理解されるであろう。しかしながら、これら実施例は、本発明の範囲を限定するものと見なされてはならない。ここに記載の実施例及び実施態様は、単に例示を目的とするものであること、またそれに照らした様々な変形又は変更が当業者に示唆され、本出願の精神及び範囲並びに添付の特許請求の範囲に含まれるものであることが理解される。
実施例１
ｍＭＬＲアッセイにおけるＣＤ４＋Ｔ細胞及び同種ＤＣ
ＰＤ－１遮断の根底にある機序を解明するために、我々は、ＣＤ４＋Ｔ細胞が同種ＭＨＣＩＩを認識し、検出可能な免疫応答を開始することができる、ＣＤ４＋Ｔ細胞に焦点を合わせたインビトロ機能アッセイを開発した。最小ＭＬＲ（ｍＭＬＲ）と呼ばれるこのアッセイで我々は、健康なドナーから得た選別されたＣＤ４Ｔ細胞を、無関係のドナー由来の単球由来成熟樹状細胞と共培養した。
［最小混合リンパ球反応］我々は、新鮮に精製されたＣＤ４＋Ｔ細胞を単球由来同種成熟樹状細胞（ｍＤＣ）の存在下で５日間共培養するアッセイを開発した。プラスチック接着と続く非接着細胞の除去により共培養の１週間前に単球を新鮮なＰＢＭＣから単離した。我々はついで単球をＧＭ－ＣＳＦ（５０ｎｇ／ｍｌ）及びＩＬ－４（１００ｎｇ／ｍｌ）を含む培地中で５日間培養することにより、単球から未成熟ＤＣ（ｉＤＣ）を生成した。ｉＤＣの成熟を誘導するために、我々は更に２日間、培養培地にＴＮＦ－α、ＩＬ－１β及びＩＬ－６（それぞれ５０ｎｇ／ｍｌ）を加えた。我々は、ついで、フローサイトメトリー（ＬＳＲＦｏｒｔｅｓｓａ，ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）によって主要組織適合抗原クラスＩＩ（ＭＨＣＩＩ，ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、ＣＤ８０、ＣＤ８３及びＣＤ８６（全てＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから）のその表面発現を測定することによりＤＣ成熟を評価した。最小混合リンパ球反応（ｍＭＬＲ）の日に、無関係のドナーから得た１０８のＰＢＭＣからマイクロビーズキット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）によってＣＤ４＋Ｔ細胞を濃縮した。前の培養では、ＣＤ４＋Ｔ細胞を５μＭのカルボキシ－フルオレセイン－スクシンイミジルエステル（ＣＦＳＥ）で標識した。ついで、１０５のＣＤ４Ｔ細胞を、遮断抗ＰＤ－１抗体（１０μｇ／ｍｌの濃度の０３７６又はＭＤＸ－１１０６の何れか）の存在下又は非存在下で成熟同種ＤＣ（５：１）と共に９６ウェルプレートＵ底にプレーティングした。ｍＭＬＲにより、共培養から５日目までに、アロ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞のほとんどで高いＰＤ－１発現レベルを誘導することが可能になった（図１）。
［統計］**は、一元配置分散分析（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ）で計算したＰ＜０．０１に、***はＰ＜０．００１に対応する。
実施例２
ＰＤ－１遮断はＣＤ４＋Ｔ細胞によるＩＦＮ－γ分泌及びグランザイムＢ産生を増加させる
我々は次に実施例１に記載したｍＭＬＲ培養物に添加した抗ＰＤ－１遮断抗体の効果を決定した 。
［サイトカイン細胞内染色及びＥＬＩＳＡ］ｍＭＬＲ共培養から５日目に、我々は細胞培養上清を回収し、ＥＬＩＳＡ（Ｒ＆Ｄシステムズ、製造者の指示に従う）によるＩＦＮ－γレベルの測定に使用し、細胞を、ゴルジプラグ（ブレフェルジンＡ，ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）及びゴルジストップ（モネンシン，ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）の存在下で更に５時間の間３７℃に放置した。次に細胞を洗浄し、Ｆｉｘ／Ｐｅｒｍ緩衝液（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）で固定／透過処理する前に、抗ヒトＣＤ４抗体及びＬｉｖｅ／Ｄｅａｄ固定化色素Ａｑｕａ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で表面を染色した。次に、グランザイムＢ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、ＩＦＮ－γ及びＩＬ－２（両方ともｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅからの抗体）について細胞内染色を実施した。共培養後１日目に抗ＰＤ－１遮断抗体（Ｒｏｃｈｅ ０３７６）を添加することにより、５日目までに上清中に放出されるＩＦＮ－γの量を増加させることができ（図２）、驚くべきことに、共培養単独とアイソタイプ対照の存在下と比較した場合、ＣＤ４＋Ｔ細胞による有意なグランザイムＢの産生を誘導することができた（図３）。
Figure 0007250674000005
Figure 0007250674000006
実施例３
様々な抗ＰＤ－１軸遮断抗体に応答した細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞の誘導
抗ＰＤ－１抗体０３７６、ＭＤＸ－１１０６（ニボルマブ，Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）及びＭＫ－３４７５（ペンブロリズマブ，Ｍｅｒｃｋ）を、本質的に実施例２に記載の通りに実施したｍＭＬＲアッセイにおいて比較した。試験した全ての抗体は最小ＭＬＲアッセイにおいてＣＤ４＋Ｔ細胞によるＩＦＮ－γ分泌の誘導において同等であったが（図４Ａ）、０３７６は、細胞傷害性グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖及び／又はその出現の誘導において優れた効果を示した（図４Ｂ）。
我々はまた抗ＰＤ－Ｌ１抗体（表５のＰＤ－Ｌ１ ｍｕｌｇＧ１ ＤＡＰＧ）でＰＤ－ １リガンド、ＰＤ－Ｌ１を遮断することが、最小ＭＬＲアッセイにおいてＣＤ４＋Ｔ細胞に対して同様な効果を有するかどうかを評価した。全ての抗ＰＤ－１抗体（０３７６、ＭＤＸ－１１０６及びＭＫ－３４７５）及び抗ＰＤ－Ｌ１抗体が、ＣＤ４＋Ｔ細胞によるＩＦＮ－γ分泌を誘導した（図４Ａ、図５Ａ）。抗ＰＤ－Ｌ１抗体はまた細胞傷害性グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の出現を誘導した（図４Ｂ及び図５Ｂ）。
実施例４
ニボルマブで処置されたメラノーマ患者の末梢血中のＣＤ４＋Ｔ細胞プロファイル
［メラノーマ患者のＰＢＭＣのエクスビボ表現型及び機能特徴付け］解凍後、ＰＢＭＣを、ゴルジプラグ（ブレフェルジンＡ，ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）及びゴルジストップ（モネンシン，BD Bioscience）の存在下で１ｍｌ当たり２×１０５～１０６の範囲の濃度でＲＰＭＩ１０％ＦＢＳに再懸濁し、３７℃で１２時間インキュベートした。ついでＰＢＭＣを洗浄し、表面を抗ＣＤ３（ＢＤ Ｈｏｒｉｚｏｎ，ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、抗ＣＤ８（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）及び抗ＣＤ４抗体（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）で染色し、続いてＦＯＸＰ３／転写因子緩衝液セット（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を用いた透過処理／固定を行った。細胞をＦＯＸＰ３（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、グランザイムＢ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎce）、ＩＦＮ－γ、ＩＬ－２（両方ともｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅから）及びＫｉ６７（ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）について細胞内染色し、フローサイトメーター（ＬＳＲＦｏｒｔｅｓｓａ，ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）で取得した。
細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞は、健康な個体の末梢血中に非常に低い頻度で存在し、それらが抗ウイルス免疫応答において決定的な役割を果たすウイルス感染の間に数が増加することが記載されている（Appay, Clin. Exp. Immunol. 138(1):10-13 (2004)）。
我々のインビトロでの知見をインビボで確認するために、我々は、細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞（グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞）を探して抗ＰＤ－１抗体（ＭＤＸ－１１０６）で処置され又は処置されなかったメラノーマ患者の小コホートからのＰＢＭＣの機能及び表現型プロファイルを評価した。サイトカイン分泌を一晩遮断した後、我々は細胞を系列マーカーで染色し、グランザイムＢについて細胞内染色を実施した。我々は、最後の処置後最後の２ヶ月で収集されたＰＢＭＣ中の抗ＰＤ－１抗体（ＭＤＸ－１１０６）で処置された患者において細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞集団を有意に（Ｐ＝０．０４）検出できた。このＣＤ４＋細胞傷害性Ｔ細胞集団は、健康なドナーにおいては実質的に存在しないか又は非常に低い頻度でのみ存在する（図８）。
ある特定の場合では、我々は１名のメラノーマ患者（ＨＧ１５４４３）で細胞傷害性グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞を検出することができたところ、その患者は無増悪であったが、我々は、腫瘍がひとたび免疫監視機構を免れたら後の時点で同患者（ＨＧ１５９５２）においてグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞亜集団を検出することができなかった（図６Ａ及びＢ）。
我々は、抗ＰＤ－１抗体で処置した患者における細胞傷害性グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞集団の増加と平行して、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ、ＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞）頻度の減少もまた観察した（図６Ａ）。従って、我々は細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞対Ｔｒｅｇの比を計算した。我々は、３ヶ月及び５．６ヶ月の無病生存期間を有する２名の抗ＰＤ－１抗体処置患者が、それぞれ４及び４５のグランザイムＢ＋：Ｔｒｅｇ比を有し、１より大きいグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＴｒｅｇの比と抗ＰＤ－１療法の臨床上のベネフィットの間の正の相関を示すことを見出した。対照的に、健康なドナー及び未処置のメラノーマ患者は、１以下のグランザイムＢ：Ｔｒｅｇ比を有していた（図７）。また、Ｔｒｅｇ集団に対するグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞集団の大きさが、応答の持続性を予測するように思われた。４の比を有する患者は３ヶ月間無病であると観察されたが、６ヶ月の間無病であると観察された患者は４５の比を有していた（図７）。従って、グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞のより大きな集団サイズが、より長い無病応答を予測するものであった。
ＰＤ－１遮断の機序が明らかにされたのは、出願人の知る限り、これが最初である。ここに提示される知見は、抗ＰＤ－１軸結合分子、例えば抗ＰＤ１及び抗ＰＤ－Ｌ１抗体での治療に対して重要な意味を有する。グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の評価は、抗ＰＤ－１療法に対する患者の応答を長期的にモニターするバイオマーカーとして役立ちうる。重要なことに、細胞は末梢血から単離することができ、侵襲的生検を通して細胞又は組織を単離することを不要にする。グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の評価、より具体的には、ここに記載のグランザイムＢ：Ｔｒｅｇ比の計算は、患者がＰＤ－１軸結合分子、例えば抗ＰＤ－１又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体での治療に応答しているかどうかを迅速にモニターするために医師によって適用されうる。
無増悪生存（ＰＦＳ）期間に対する細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞の頻度のプロットは、細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞集団のサイズと疾患が安定しているか又は退行する期間との間の有意な相関関係（Ｐ＝０．０１６３）を明らかにした（図９）。この知見は、細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞の存在と抗ＰＤ－１療法の臨床的ベネフィットとの間に正の相関関係があることを示している。
意外なことに、抗ＰＤ－１抗体で処置した患者において、我々は、細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞の増加と並行して、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）頻度の減少もまた観察できた。従って、我々は、細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞とＴｒｅｇの比を計算し、それを無病生存期間との関係で示した。興味深いことに、我々は、細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞／Ｔｒｅｇ比と疾患の進行の遅れとの間に非常に有意な相関関係があることを見出した（Ｐ＝０．００１３）（図１０）。
処置と処置に対する応答に基づく患者の層別化は、抗ＰＤ－１療法が、ベースラインとして示された処置前の時点と比較した場合、細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞対Ｔｒｅｇにおいて応答者群に対して有意な増加（Ｐ＝０．０２）を誘導することを明らかにした。加えて、抗ＰＤ－１療法に応答する患者と進行性疾患を有する患者とでは、Ｔｒｅｇ損失に対する細胞傷害性ＣＤ４＋Ｔ細胞の増加に明らかな傾向がある（図１１）。
この知見は、ＰＤ－１遮断の根底にある機序に光を当てるだけでなく、少量の末梢血を単に採取することによって抗ＰＤ－１療法に対する患者の応答を長期的にモニターする有用なバイオマーカーを提供する。このツールは、最終的に医師が、患者が抗ＰＤ－１治療に応答しているかどうかを適時に追跡しかつ推定し、有効な腫瘍特異的免疫応答を開始する患者の可能性を高めるための特別な組み合わせ戦略を選ぶことを可能にする。
［他の実施態様］
前述の発明は、理解を明確にする目的で例示及び実施例によってある程度詳細に説明されてきたが、説明及び実施例は、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。ここに引用された全ての特許及び科学文献の開示は、その全体が出典明示により明示的に援用される。

Claims (38)

  1. 個体におけるメラノーマを治療するか又はメラノーマの進行を遅らせるための医薬であって、治療有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含み、個体から得られた血液試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が４５以上であると決定されており、個体が、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む治療を受けているか又は受けたことがあり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが抗ＰＤ－１抗体である、医薬。
  2. メラノーマに罹患している個体がＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む治療に応答しているかどうかを決定するための方法であって、
    個体から得られた試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比を決定することを含み、試料中の４５以上のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が、個体がＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む治療に応答していることを示し、個体が、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む治療を受けているか又は受けたことがあり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが抗ＰＤ－１抗体である、方法。
  3. 試料が血液試料である、請求項１に記載の医薬。
  4. 試料が全血試料又は末梢血単核細胞試料である、請求項３に記載の医薬。
  5. 個体におけるメラノーマ細胞がＰＤ－Ｌ１を発現する、請求項１、３、又は４の何れか一項に記載の医薬。
  6. ＰＤ－Ｌ１発現が免疫組織化学（ＩＨＣ）アッセイによって決定される、請求項５に記載の医薬。
  7. 個体が、局所進行性又は転移性がんに対して以前に２回以下の細胞傷害性治療レジメンを受けたことがある、請求項１又は請求項３から６の何れか一項に記載の医薬。
  8. 個体が、局所進行性又は転移性がんに対して以前に標的全身治療を受けたことがない、請求項１又は請求項３から７の何れか一項に記載の医薬。
  9. 治療に対する個体の応答が完全寛解である、請求項２に記載の方法。
  10. 治療に対する個体の応答が部分応答である、請求項２に記載の方法。
  11. 治療に対する個体の応答が、治療中止後の持続応答である、請求項２に記載の方法。
  12. グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が４５である、請求項１、３から８の何れか一項に記載の医薬。
  13. 抗ＰＤ－１抗体が、ＰＤ－１のそのリガンド結合パートナーの一又は複数への結合を阻害する、請求項１、３から８、１２の何れか一項に記載の医薬。
  14. 抗ＰＤ－１抗体が、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ１への結合を阻害する、請求項１、３から８、１２、１３の何れか一項に記載の医薬。
  15. 抗ＰＤ－１抗体が、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ２への結合を阻害する、請求項１、３から８、１２から１４の何れか一項に記載の医薬。
  16. 抗ＰＤ－１抗体が、ＰＤ－１のＰＤ－Ｌ１とＰＤ－Ｌ２の両方への結合を阻害する、請求項１、３から８、１２から１５の何れか一項に記載の医薬。
  17. 抗ＰＤ－１抗体が、ＭＤＸ－１１０６（ニボルマブ）、ＭＫ－３４７５（ペンブロリズマブ）、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、及びＢＧＢ－１０８からなる群から選択される、請求項１、３から８、１２から１６の何れか一項に記載の医薬。
  18. 抗ＰＤ－１抗体がＦｃ融合タンパク質である、請求項１、３から８、１２から１６の何れか一項に記載の医薬。
  19. Ｆｃ融合タンパク質がＡＭＰ－２２４である、請求項１８に記載の医薬。
  20. 有効量の第二の治療剤が更に投与される、請求項１、３から８、１２から１９の何れか一項に記載の医薬。
  21. 第二の治療剤が、細胞傷害剤、増殖阻害剤、放射線療法剤、抗血管新生剤、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項２０に記載の医薬。
  22. 細胞傷害剤が化学療法剤である、請求項２１に記載の医薬。
  23. 化学療法剤がタキサンである、請求項２２に記載の医薬。
  24. タキサンが、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストの前、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストと同時、又はＰＤ－１軸結合アンタゴニストの後に投与される、請求項２３に記載の医薬。
  25. タキサンが、ｎａｂ－パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標））、パクリタキセル、又はドセタキセルである、請求項２３又は２４に記載の医薬。
  26. 個体が、白金系化学療法剤による治療後に進行している、請求項１、３から８、１２から２５の何れか一項に記載の医薬。
  27. グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が、グランザイムＢタンパク質を発現するＣＤ４＋Ｔ細胞の数とＦＯＸＰ３タンパク質を発現するＣＤ４＋Ｔ細胞の数を決定することによって決定される、請求項１、３から８、１２から２６の何れか一項に記載の医薬。
  28. グランザイムＢとＦＯＸＰ３の少なくとも一つのタンパク質発現レベルが、免疫組織化学（ＩＨＣ）、免疫蛍光法、フローサイトメトリー、及びウエスタンブロットからなる群から選択される方法を使用して決定される、請求項２７に記載の医薬。
  29. グランザイムＢとＦＯＸＰ３の少なくとも一つのタンパク質発現レベルが、フローサイトメトリーを使用して決定される、請求項２８に記載の医薬。
  30. グランザイムＢとＦＯＸＰ３の少なくとも一つの発現レベルがｍＲＮＡ発現レベルである、請求項１、３から８、１２から２９の何れか一項に記載の医薬。
  31. グランザイムＢとＦＯＸＰ３の少なくとも一つのｍＲＮＡ発現レベルが、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）、逆転写ｑＰＣＲ（ＲＴ－ｑＰＣＲ）、ＲＮＡシークエンシング、マイクロアレイ解析、インサイツハイブリダイゼーション、及び遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）からなる群から選択される方法を使用して決定される、請求項３０に記載の医薬。
  32. メラノーマに罹患している個体の治療における使用のための医薬の製造における有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストの使用であって、個体から得られた血液試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が４５以上であると決定されており、個体が、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む治療を受けているか又は受けたことがあり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが抗ＰＤ－１抗体である、使用。
  33. メラノーマに罹患している個体を治療することにおける使用のための、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む組成物であって、個体から得られた血液試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が４５以上であると決定されており、個体が、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む治療を受けているか又は受けたことがあり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが抗ＰＤ－１抗体である、組成物。
  34. ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを用いてメラノーマを有する個体において免疫機能を増強するための、有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む医薬であって、
    個体から得られた血液試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が４５以上であると決定されており、個体が、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む治療を受けているか又は受けたことがあり、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが抗ＰＤ－１抗体である、医薬。
  35. 個体から得られた血液試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の数が、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストの投与前と比較して増加している、請求項３４に記載の医薬。
  36. 個体から得られた血液試料中のＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞の数が、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストの投与前と比較して減少している、請求項３４又は３５に記載の医薬。
  37. Ｔ細胞消耗が、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストの投与前と比較して減少している、請求項３４から３６の何れか一項に記載の医薬。
  38. 治療有効量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む、個体におけるメラノーマを治療するか又はメラノーマの進行を遅らせるための医薬であって、
    個体が、
    ａ．少なくとも１用量のＰＤ－１軸結合アンタゴニストが投与されている個体から血液試料を得るステップ；
    ｂ．個体から得られた血液試料中のグランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比を決定するステップ；及び
    ｃ．グランザイムＢ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞とＦＯＸＰ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞との比が４５以上である場合、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストを含む治療のために個体を選択するステップ
    を含む方法により選択され、
    ＰＤ－１軸結合アンタゴニストが抗ＰＤ－１抗体である、
    医薬。
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