JP4233569B2 - サツマイモ由来植物の貯蔵根用高効率発現MADS−boxプロモータ - Google Patents

サツマイモ由来植物の貯蔵根用高効率発現MADS−boxプロモータ Download PDF

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Description

発明の詳細な説明
〔技術分野〕
本発明は植物の貯蔵根で高効率で発現させるMADS−boxプロモータ、およびこれを含む発現ベクターと、前記発現ベクターを用いる一時的発現(transient assay)方法に関するものである。より詳しくは、サツマイモ由来MADS−box遺伝子プロモータ塩基配列のうち、植物の貯蔵根で発現を誘導する塩基配列、前記塩基配列を含むプラスミドベクター、および前記ベクターを用いて貯蔵根で一時的発現を誘導する方法に関するものである。
〔背景技術〕
作物の分子育種は、全ての種の遺伝子を材料として使用することができ、既存のゲノム単位のみで可能であった育種技術を遺伝子単位で無限大の育種効果を微細に調節することができるという側面で次世代農業を引いていく核心的な技術である。
このような作物分子育種は、技術の効果を極大化させるためには、
1)種々の植物の遺伝子を代表し得る多くの遺伝子データの蓄積が先行されていなければならなく、
2)多様な作物の形質転換システムが構築されていなければならなく、
3)外部から挿入された遺伝子の発現を調節し得る多様なプロモータの開発が先行されていなければならない。
国外では、1980年代初から植物遺伝子の発現を調節するプロモータに対する研究が進行されてきた。カリフラワーモザイクウイルス(cauliflower mosaic virus)のプロモータが植物の全組織で強い発現を誘導する可能性が提示された(Hohn et al., 1982, Curr. Topics Microbiol. Immunol. 96: 193-236)。
その後、前記プロモータの塩基配列が確認され(Odell et al., 1985, Nature 313:810-812)、植物体内で強い発現が証明された(Sanders et al., 1987, Nucleic Acids Res. 15: 1543-58)。その後、CaMV 35Sプロモータ(Patent NO.: JP1993192172-A1)は植物で最も多く使用される普遍的なプロモータとなった。
一方、CaMV 35Sの確認の後、植物の組織特異的に発現するプロモータに対する研究も活発に進んでいる。植物組織別に特異的に発現するプロモータに関連した研究についてより具体的に述べると次のようである。
<種子特異的に発現するプロモータに関する研究>
種子特異的プロモータは作物分子育種での活用度が非常に高いと期待して、組織特異的プロモータに関する研究のうち、最も活発に研究が進んでいる分野である。サヤインゲン(French bean)の種子貯蔵蛋白質であるベータ−ファセオリン(beta-phaseolin)遺伝子のプロモータがクローニングされ(Bustos et al., 1989, Plant Cell 1: 839-853)、UAS1(−295〜−109)部分が種子特異的な発現に必要なシス−要素(cis-element)であることが確認された(Bustos et al., 1991, EMBO J. 10: 1469-1479)。その後、UAS1のうち、68bp(−64〜+6)が種子特異的エンハンサー(enhancer)として作用することが報告された(van der Geest and Hall, 1996, Plant Mol. Biol. 32: 579-588)。
そのほかにも、ナピン(napin)遺伝子のプロモータnapAの種子特異的発現にはB−box ABA-complexとRY/G complexが必要であることが確認された(Ezcurra et al., 1999, Plant Mol. Biol. 40: 699-709)。稲の貯蔵蛋白質グルテリン(glutelin)遺伝子、GluB−1のプロモータ(Washida et al., 1999, Plant Mol. Biol.40: 1-12)、豌豆のトリプシン/キモトリプシン阻害(trypsin/chymotrypsin inhibitor)遺伝子(TI)のプロモータ(Welham and Domoney, 2000, Plant Sci. 159: 289-299)などが種子特異的プロモータとして開発された。
<花組織特異的に発現するプロモータに関する研究>
ペチュニアのchsA(chalcone synthase)遺伝子のプロモータが花組織特異的な発現をするためにはプロモータ部位の67bpが必要であることが確認され(van der Meer et al., 1990, Plant Mol. Biol. 15: 95-109)、トマトのLAP(leucine aminopeptidase)遺伝子のプロモータも花組織特異的なプロモータであって、−317ないし−3部位が花組織特異的な発現に決定的な因子であることが確認された(Ruiz-Rivero and Prat, 1998, Plant Mol. Biol.36: 639-648)。
<根組織特異的に発現するプロモータに関する研究>
シロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)のペロキシダーゼプロモータ(prxEa)は根組織特異的なプロモータであって、−172ないし−1の間で組織特異的な発現のための調節因子が存在する(Wanapu and Shinmyo, 1996, Ann N. Y. Acad. Sci.782: 107-114)。最近、シロイヌナズナのほかの根組織特異的なプロモータ(Pyk10)が報告され、その調節因子も究明された(Nitz et al., 2001, Plant Sci. 161: 337-346)。
<ジャガイモの塊茎特異的に発現するプロモータに関する研究>
パタチン(patatin)遺伝子はジャガイモの塊茎で多く発現される糖蛋白質であって、リピドアシルハイドロラーゼ(lipid acyl hydrolase)の活性を有する。このパタチン遺伝子のプロモータはジャガイモの塊茎特異的な発現を表し(特許番号:EP0375092,B1;Jefferson et al., 1990, Plant Mol. Biol. 14: 995-1006)このプロモータの塊茎特異的な糖誘導的発現には−183ないし−143に位置する調節因子が決定的な役割をする(Liu et al., 1990, Mol. Genl Genet.223: 401-406)。一方、パタチンプロモータの塊茎特異的発現を調節するトランス作用因子(trans-acting factor)である核蛋白質も報告された(Kim et al., 1994, Plant Mol. Biol.26: 603-615)。
一方、サツマイモのスポラミン(sporamin)が貯蔵根である塊根の全体可溶性蛋白質の60〜80%を占めるため、この遺伝子のプロモータをサツマイモ塊根用プロモータとして用いようとする研究が行われてきた。
しかし、未だ貯蔵根での発現誘導程度を確認することができなく、同一プロモータによる形質転換タバコ植物の葉柄、葉および篩管組織で高い発現を確認した(Hattori et al., Plant Mol. Biol 14: 595-604. 1990, Ohta et al., Mol. Gen. Genet. 1991, 225:369-378)。
したがって、このようなプロモータに関する広範囲な研究にかかわらず、いまだ貯蔵根特異的に使用可能なプロモータに関する研究は報告されたことがない。
〔発明の開示〕
〔技術的問題点〕
前記従来技術の問題点および要求を解決するため、本発明の目的は、植物の貯蔵根用プロモータ塩基配列を提供することにある。
本発明のほかの目的は、前記植物の貯蔵根用プロモータを含む植物貯蔵根用発現ベクターを提供することにある。
本発明のさらにほかの目的は、前記発現ベクターを用いて、外来遺伝子を貯蔵根で一時的に発現させる方法を提供することにある。
〔技術的解決方法〕
前記目的を達成するため、本発明者らは、サツマイモから根および貯蔵根特異的に発現するサツマイモMADS−box遺伝子のプロモータ部位をクローニングして、同一遺伝子の5’−非翻訳部位を含ませて貯蔵根で強力な発現を誘導するプロモータを製作し、同一プロモータの強い発現をニンジンと大根の貯蔵根で一時的に発現させてその活性を確認することにより、本発明を完成した。
したがって、本発明は、配列番号1の塩基配列を含む、分離された植物貯蔵根用プロモータ部位およびサツマイモMADS−box遺伝子の5’−非翻訳部位のDNA塩基配列を提供する。
前記プロモータのDNA塩基配列は、配列番号1のサツマイモMADS−box遺伝子の転写開始部位に対する−1ないし−2801から由来することを特徴とする(図5参照)。本発明による前記プロモータは、植物の貯蔵根で目的遺伝子の強い発現を誘導することができる。
また、前記非翻訳部位は、配列番号1のサツマイモMADS−box遺伝子の転写開始部位に対する+1ないし+209部位のMADS−box遺伝子の非翻訳部位を含み(図5参照)、前記非翻訳部位は、報告された植物のほかの遺伝子の5’−非翻訳部位のように、植物体に導入された遺伝子の翻訳効率を高めることにより、目的遺伝子の発現を著しく増加させることができる。
本発明の目的を達成するため、本発明は、植物貯蔵根の発現プロモータおよびMADS−box遺伝子の5’−非翻訳部位を含む植物の貯蔵根での発現のための高効率発現ベクターを提供する。
前記貯蔵根用高効率発現ベクターは、外来遺伝子を導入された植物体内で一時的に発現させ得る一時的発現ベクターであり得るが、好ましくは外来遺伝子を導入された植物体内で永久的に発現させ得るバイナリベクターであることがよい。本発明においては、その例として、一時的発現ベクターを用いる形質転換を実施した。
バイナリベクターはAgrobacterium tumefaciens のTiプラスミドとともに存在するとき、植物体を形質転換させ得るT−DNAのRBとLBを含有するどんなバイナリベクターともなり得るが、好ましくは当業界で多く使用されるpBI101(cat#: 6018-1, Clonetech, 米国)、pBIN(Genbank 受託番号 U09365)、pBI121、pBIN20、BIBACベクターなどを使用することがよい。
前記貯蔵根用高効率発現ベクターがバイナリベクターである場合は、たとえばAgrobacterium tumefaciens 法(An, G. 1987, Plant Physiology)、粒子銃法(particle bombardment, Lacorte et al., 1997, Plant Cell Reports)などにより形質転換させることができる。
本発明で使用した植物貯蔵根用高効率発現ベクターは、外来遺伝子を導入された植物体内で一時的に発現させ得る一時的発現用ベクターである。
本発明の植物体貯蔵根用発現ベクターにおいて、本発明によるプロモータおよびMADS−box遺伝子の5’−非翻訳部位はpBI221ベクターに含まれた外来遺伝子の前に位置する。本発明においては、GUSレポーター遺伝子が含まれたベクター(pBI221)に本発明のプロモータおよび5’−非翻訳部位を挿入したpSPmads−3.0およびpSPmads−1.5(図6参照)を製造したが、前記GUSレポーター遺伝子は外来遺伝子の一例であって、ほかの有用な目的の外来遺伝子で置換できる。
また、本発明は、前記本発明による植物の貯蔵根用高効率発現ベクターを用いて一時的に形質転換された貯蔵根を提供する。
前記植物体高効率発現ベクターを用い、粒子銃法(Lacorte et al., 1997, Plant Cell Reports)により、植物体貯蔵根を一時的に形質転換させることができる。本発明による植物貯蔵根用発現ベクターは、貯蔵根作物の種類にかかわらず、形質転換させることができ、作物の例としてはニンジン、大根などが挙げられる。
本発明のほかの目的を達成するため、本発明は、前記本発明の植物貯蔵根用高効率発現ベクターを用いて、外来遺伝子を一時的に植物貯蔵根で高効率で発現させる方法を提供する。
前記外来遺伝子は植物貯蔵根で大量に発現可能などんな遺伝子でもあり得、本発明の植物貯蔵根用高効率発現ベクターの前記プロモータおよびサツマイモMADS−box遺伝子の5’−非翻訳部位の後に位置し、必要によってはレポーター遺伝子と融合して発現されることもできる。
本発明は、サツマイモMADS−box遺伝子プロモータをクローニングするための配列番号2および配列番号4で表示されるPCR用プライマーを提供する。
本発明は、配列番号1の塩基配列を含むプロモータのDNA断片を増幅するための配列番号6〜配列番号9で表示されるPCR用プライマーを提供する。
〔有利な効果〕
本発明はサツマイモ(Ipomoea batatas)由来MADS−box遺伝子のプロモータおよびその遺伝子の5’−非翻訳部位に関するもので、これは植物の根および貯蔵根特異的発現を誘導し、特に貯蔵根では高程度の発現を誘導する。したがって、本発明は、植物の貯蔵根で有用物質を大量に生産するための形質転換植物体の開発に効果的に用いられる。
〔図面の簡単な説明〕
本発明の前記およびほかの目的、特徴および利点は添付図面を参照する以降の詳細な説明から明らかに理解可能である。
図1は、本発明において、遺伝子の発現様相の分析のために使用されたサツマイモ組織を示す写真である。
図2は図1に示す組織のノーザンブロット分析結果を示す図である。
図3は本発明によるプロモータクローニングのためのPCR過程を示す図である。
図4はクローニングされた本発明によるプロモータを制限酵素処理により確認することを示す図である。
図5は本発明によるサツマイモ由来MADS−box遺伝子のプロモータおよび前記遺伝子の5’−非翻訳部位の塩基配列を示す図である。
図6は本発明によるサツマイモ由来MADS−box遺伝子のプロモータおよび前記遺伝子の5’−非翻訳部位を含む一時的発現ベクター(以下、“pSPmads−1.5またはpSPmads−3.0”という)を示す図である。
図7は本発明によるpSPmads−1.5またはpSPmads−3.0により一時的発現を分析した結果を示す図である。
〔発明を実施するための最良の形態〕
以下、実施例に基づいて本発明をより詳細に説明する。下記実施例はただ本発明を例示するためのもので、本発明の権利範囲が下記実施例に限定されるものではない。
〔実施例1:根および貯蔵根で特異的に発現する遺伝子の確認〕
根および貯蔵根で特異的に発現する遺伝子を確保するため、本発明者らは多様なサツマイモ組織でノーザンブロット分析を行った。より詳しく、ジンホンミサツマイモ(Ipomoea batatas cv. Jinghongmi)塊根の発達初期の発現ESTを分析した(You et al., 2003, FEBS Letters, 536; 101-105)。
サツマイモの塊根が発達する前の個体から、葉(Leaf-FRN)、茎(stem-FRN)、葉柄(Petiole-FRN)および根(FRN)、塊根の発達初期の個体から、葉(Leaf-SR)、茎(stem-SR)、葉柄(Petiole-SR)、根(FREN)および幼い貯蔵根(SR)、そして塊根が全く成長した後の根組織(FRLS)(図1参照)から総RNAを抽出した。
サツマイモESTを探針として、前記抽出されたRNAをノーザンブロット分析した結果、サツマイモMADS−box遺伝子が塊根の発達前後の根組織で発現していて、塊根が発達した後、塊根組織での発現が著しく高くなることを確認した(図2参照)。しかし、そのほかのサツマイモ組織では発現しないことから、このMADS−box遺伝子が根および貯蔵根組織特異的に発現することを確認した。
〔実施例2:サツマイモMADS−box遺伝子のプロモータクローニング〕
サツマイモMADS−box遺伝子のプロモータをクローニングするため、サツマイモ(Ipomoea batatas cv. White Star)ゲノムウォーカー(GenomeWalker)ライブラリをPCR法でクローニングした。
第1PCRのため、ジンホンミサツマイモ(Ipomoea batatas cv. Jinghongmi)ESTの塩基配列に基づくMads(124)Rプライマー(表1の配列番号2)とアダプタプライマー1(表1の配列番号3)を使用した。
そして、第2PCRのため、ジンホンミサツマイモ(Ipomoea batatas cv. Jinghongmi)ESTの塩基配列に基づくMads(94)Rプライマー(表1の配列番号4)とネスティドアダプタ(nested adapter)プライマー2(表1の配列番号5)を使用し、ユニバーサルゲノムウォーカーキット(Universial Genome Walker kit, Clonetech)指針書にしたがって行った。
Figure 0004233569
その結果を図3および図4に示すが、各図は第1PCRおよび第2PCRの産物をアガロースゲルで電気泳動した写真である。第2PCR産物のうち、2番産物(3−6kb)をアガロースゲルから抽出し、TOPO XL PCRクローニングキット(Invitrogen)によりpCR−XR−TOPOベクターに挿入した後、20個の大腸菌(E.coli)コロニーからプラスミドを抽出して制限酵素で確認し(図4)、塩基配列を決定した後、このうち、ジンホンミサツマイモ(Ipomoea batatas cv. Jinghongmi)ESTの5’塩基配列と一致する一つのプラスミドを確認し(図4の10番)、クローニングされた部位全体(およそ3kb)の塩基配列をNCBI GenBankに登録した(Accession no. AY655162)。
図5は本発明によるサツマイモMADS−boxのプロモータと5’−非翻訳部位の塩基配列を示す。蛋白質合成の開始コドン‘ATG’は下線表示し、転写開始部位の塩基‘A’は+1で表示した。5’−非翻訳部位には推定のイントロン(イタリック体で表示)が存在するが、このイントロン部位の塩基がジンホンミサツマイモ(Ipomoea batatas cv. Jinghongmi)のcDNA上の塩基配列と相違する。
〔実施例3:植物貯蔵根用プロモータの一時的発現用ベクター構築〕
実施例2でクローニングされたサツマイモMADS−box遺伝子プロモータと5’−非翻訳部位をpBI221ベクター(Clonetech)に挿入した。この際、プロモータ部位は二つの大きさ、つまり3,010bp(−1ないし−2801)プロモータと1,437bp(−1ないし−1228)プロモータを使用したが、両プロモータ共に5’−非翻訳部位の209bpを含んだ。
前記3,010bpプロモータと1,437bpプロモータはPCRで増幅させ、SphIとBamHIで切断した後、pBI221のSphI、BamHI位置に挿入してpSPmads−3.0、pSPmads−1.5と命名した(図6参照)。前記PCRに使用されたプライマーは表2に具体的に示した。
この際、PCRは、まず94℃で4分間処理した後、94℃で1分、60℃で1分、72℃で2分30秒のサイクルを5回行った後、94℃で1分、63℃で1分、72℃で2分30秒のサイクルを5回行った後、94℃で1分、66℃で1分、72℃で2分30秒のサイクルを20回行った後、72℃で5分間処理した。
Figure 0004233569
〔実施例4:一時的発現分析による貯蔵根用プロモータの活性確認〕
pSPmads−3.0とpSPmads−1.5ベクターの活性を植物の貯蔵根組織で確認するため、一時的発現分析を実施した。このため、肥大成長中の直径2cm以下のニンジンと大根(Raphanus Sativus L.)の貯蔵根を採取し洗浄した後、貯蔵根を横方向におよそ5mmの厚さに切断し、十分な湿度を維持する状態でペトリ皿に入れ、4℃で4〜5時間放置した。
Sanfordなどの方法(1993, Meth Enzymol 217:485-509)にしたがい、直径1.0μmのゴールド粒子にDNAを混合してコートし、DNA濃度1.0μg、ヘリウムガス圧力1,350psi、ニンジンまたは大根(Raphanus Sativus L.)との距離6cmの条件でボンバーディング(bombarding)を行った。
ボンバーディングの後、25℃の暗所で24時間放置した後、GUS活性を組織化学的染色方法で確認した。ニンジンと大根(Raphanus Sativus L.)の切断された貯蔵根組織を染色するため、DMSO(dimethyl sulfoxide)に溶解した1mMのX−glu(5-bromo-4-chloro-3-indolyl-β-glucuronide)、100mMのリン酸ナトリウム(sodium phosphate、pH 7.0)、10mMのEDTA、0.5mMのフェリシアン化カリウム(potassium ferricyanide)、0.5mMのフェロシアン化カリウム(potassium ferrocyanide)、および0.1%のトリトンX−100を含有する溶液に漬けて37℃で24時間反応させた。
溶液を除去した後、切断された貯蔵根組織を70%のエタノールで24時間リンスし、毎日交替する100%のエタノールに数日間入れることで、組織に存在する色素を除去した。
その結果、図7に示すように、pSmads−3.0は、ニンジン貯蔵根から二次水管を除いた全組織で活性を表し、pSmads−1.5は、ニンジン貯蔵根の全組織で強活性を表した。また、両プロモータは共にニンジンの形成層で強活性を表した。
一方、pSPmads−3.0とpSPmads−1.5共に大根(Raphanus Sativus L.)の貯蔵根の全組織で強活性を表した。反面、同一プロモータでニンジンと大根(Raphanus Sativus L.)の葉を形質転換させた結果、前記プロモータは活性を表さなかった(図7)。
以上の結果とノーザンブロット分析を総合した結果、本発明によるプロモータの活性は貯蔵根および根特異的であると言える。
〔産業上の利用可能性〕
前述したように、本発明においては、サツマイモMADS−box遺伝子のプロモータと同一遺伝子の5’−非翻訳部位を含む貯蔵根用プロモータをpBI221に挿入させて、一時的発現による分析用ベクターを製造し、一時的発現分析により同一プロモータがニンジンと大根(Raphanus Sativus L.)の貯蔵根で強活性を表すことを確認した。この活性は根および貯蔵根特異的活性であると言える。
本発明によるプロモータは、形質転換貯蔵根組織で有用な蛋白質を大量で生産しようとするとき、あるいは形質転換体による貯蔵根組織の代謝調節および機能性物質生産などに効果的に用いられる。
本発明において、遺伝子の発現様相の分析のために使用されたサツマイモ組織を示す写真である。 図1に示す組織のノーザンブロット分析結果を示す図である。 本発明によるプロモータクローニングのためのPCR過程を示す図である。 クローニングされた本発明によるプロモータを制限酵素処理により確認することを示す図である。 本発明によるサツマイモ由来MADS−box遺伝子のプロモータおよび前記遺伝子の5’−非翻訳部位の塩基配列を示す図である。 本発明によるサツマイモ由来MADS−box遺伝子のプロモータおよび前記遺伝子の5’−非翻訳部位を含む一時的発現ベクター(以下、“pSPmads−1.5またはpSPmads−3.0”という)を示す図である。 本発明によるpSPmads−1.5またはpSPmads−3.0により一時的発現を分析した結果を示す図である。

Claims (16)

  1. FIG.5の−2801と示される部位から、+1と示される部位より1つ上位の部位までの領域である、配列番号1の1位から2800位の塩基配列を含む、植物貯蔵根用発現プロモータ。
  2. 請求項1の植物貯蔵根用発現プロモータと、FIG.5の+1と示される部位から、+1と示される部位より下位に向かって209番目の部位までの領域である、配列番号1の2801位から3009位の塩基配列を含む、植物貯蔵根で遺伝子の発現に有用なサツマイモMADS−box遺伝子の5’−非翻訳部位を含む、植物貯蔵根用一時的発現ベクター
  3. 前記プロモータは、FIG.5の−1228と示される部位から、+1と示される部位より1つ上位の部位までの領域である、配列番号1の1574位から2800位の塩基配列を含むことを特徴とする、請求項2に記載の植物貯蔵根用一時的発現ベクター
  4. 請求項2の一時的発現ベクターを含む大腸菌。
  5. 請求項3の一時的発現ベクターを含む大腸菌。
  6. 請求項2の植物貯蔵根用一時的発現ベクターを用いて、外来遺伝子を貯蔵根で発現させる一時的発現方法。
  7. 請求項3の植物貯蔵根用一時的発現ベクターを用いて、外来遺伝子を貯蔵根で発現させる一時的発現方法。
  8. 外来遺伝子を含む前記発現ベクターは、粒子銃法により貯蔵根組織に導入されることを特徴とする、請求項6に記載の一時的発現方法。
  9. 請求項1の植物貯蔵根用発現プロモータと、FIG.5の+1と示される部位から、+1と示される部位より下位に向かって209番目の部位までの領域である、配列番号1の2801位から3009位の塩基配列を含む、植物貯蔵根で遺伝子の発現に有用なサツマイモMADS−box遺伝子の5’−非翻訳部位を含む、植物体形質転換用バイナリベクター。
  10. 前記プロモータは、FIG.5の−1228と示される部位から、+1と示される部位より1つ上位の部位までの領域である、配列番号1の1574位から2800位の塩基配列を含むことを特徴とする、請求項9に記載の植物体形質転換用バイナリベクター。
  11. 請求項9の植物体形質転換用バイナリベクターを含む大腸菌。
  12. 請求項10の植物体形質転換用バイナリベクターを含む大腸菌。
  13. 請求項9の植物体形質転換用バイナリベクターを用いて形質転換された形質転換植物体。
  14. 請求項10の植物体形質転換用バイナリベクターを用いて形質転換された形質転換植物体。
  15. 配列番号1で表示される配列を含むプロモータDNA断片を増幅させるための、配列番号6および配列番号7で表示されるPCR用プライマー。
  16. FIG.5の−1228と示される部位から、+1と示される部位より1つ上位の部位までの領域である、配列番号1の1574位から2800位の塩基配列、およびFIG.5の+1と示される部位から、+1と示される部位より下位に向かって209番目の部位までの領域である、配列番号1の2801位から3009位の塩基配列を含むプロモータDNA断片を増幅させるための、配列番号8および配列番号9で表示されるPCR用プライマー。
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