CN110325212A - 用于治疗癌症的方法的法尼基转移酶抑制剂 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及分子生物学和癌症生物学的领域。具体地，本发明涉及用法尼基转移酶抑制剂(FTI)在治疗对象的EGFR抑制剂难治性或未曾采用EGFR抑制剂治疗的头颈部鳞状细胞癌(SCCHN)的方法中的用途，或是在治疗对象的EGFR抑制剂难治性或未曾采用EGFR抑制剂治疗的肺部鳞状细胞癌(肺SCC)的方法中的用途，所述方法包括根据所述对象中的HRAS突变状态确定所述对象是否可能响应FTI治疗。

Description

用于治疗癌症的方法的法尼基转移酶抑制剂
技术领域
本发明涉及分子生物学和癌症生物学领域。本文提供的是在患有鳞状细胞头颈癌或鳞状细胞肺癌、尚未使用EGFR抑制剂治疗或对于使用EGFR抑制剂治疗是难治性的对象中，利用HRAS突变体生物标志物预测对法尼基转移酶抑制剂治疗的临床敏感性和治疗响应的方法。本文进一步提供的是进行这些方法的试剂盒。
背景
患者群体分层以提高治疗响应率在癌症患者的临床管理中越来越有价值。法尼基转移酶抑制剂(FTI)是在治疗癌症如白血病、淋巴瘤和某些实体瘤方面有用的治疗试剂。然而，不同的患者对FTI治疗的响应可能不同。因而，预测癌症患者对FTI治疗的响应性的方法，或选择进行FTI治疗的患者的方法代表了未被满足的需求。本发明的方法和组合物满足了这些需求，并提供了其他相关的优点。
发明内容
本文提供的是用FTI治疗的头颈癌患者的群体选择的方法。本文提供的方法部分基于以下发现，HRAS的突变状态和/或所述癌症对EGFR抑制剂的抗性可以用于预测头颈癌患者对FTI治疗的响应。
本文提供的是治疗EGFR抑制剂难治性头颈部鳞状细胞癌(EGFRinhibitor-refractory squamous cell carcinoma of the head and neck，SCCHN)的方法，其中所述SCCHN具有HRAS突变，包括向所述对象施用法尼基转移酶抑制剂(FTI)。在某些实施方式中，所述HRAS突变包含在选自由G12、G13、Q61、Q22、K117、A146及其任何组合物构成的组的密码子处的氨基酸取代。在某些实施方式中，所述SCCHN不具有K-Ras突变或N-Ras突变。在某些实施方式中，所述SCCHN具有扩增的HRAS基因或过量表达HRASmRNA和/或蛋白质。在某些实施方式中，所述SCCHN具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述SCCHN处在晚期或是转移性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是复发的SCCHN。在具体的实施方式中，所述SCCHN是气管的SCCHN。在具体的实施方式中，所述SCCHN是上颌的SCCHN。在具体的实施方式中，所述SCCHN是口腔的SCCHN。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗(cetuximab)。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼(tipifarnib)。
本文提供的是治疗对象的头颈部鳞状细胞癌(SCCHN或HNSCC)的方法，其中所述SCCHN对于EGFR抑制剂是难治性的，包括(a)确定来自所述对象的样品中HRAS突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有HRAS突变，向所述对象施用治疗有效量的法尼基转移酶抑制剂(FTI)。本文还提供的是治疗对象的头颈部鳞状细胞癌(SCCHN)的方法，其中所述对象从未使用EGFR抑制剂治疗，包括(a)确定来自所述对象的样品中HRAS突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有HRAS突变，向所述对象施用治疗有效量的法尼基转移酶抑制剂(FTI)，并且不施用EGFR抑制剂。在某些实施方式中，所述HRAS突变包含在选自由G12、G13、Q61、Q22、K117、A146及其任何组合构成的组的密码子处的氨基酸取代。在某些实施方式中，所述FTI与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
在某些实施方式中，所述方法进一步包括确定K-Ras突变或N-Ras突变的存在或缺乏，其中所述样品不具有K-Ras突变或N-Ras突变。在某些实施方式中，所述样品具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。在具体的实施方式中，所述样品是组织活检物。在具体的实施方式中，所述样品是肿瘤活检物。在具体的实施方式中，其中确定Ras突变的存在或缺乏包括分析获自所述样品的核酸。
在某些实施方式中，Ras突变通过测序、聚合酶链式反应(PCR)、DNA微阵列、质谱(MS)、单核苷酸多态性(SNP)分析、变性高效液相色谱(DHPLC)或限制性片段长度多态性(RFLP)分析来确定。在具体的实施方式中，Ras突变通过PCR确定。在具体的实施方式中，Ras突变通过测序确定。在具体的实施方式中，确定Ras突变的存在或缺乏包括分析获自所述样品的蛋白质。
在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述SCCHN处在晚期或是转移性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是复发的SCCHN。在某些实施方式中，所述SCCHN是气管的SCCHN。在某些实施方式中，所述SCCHN是上颌的SCCHN。在某些实施方式中，所述SCCHN是口腔的SCCHN。
在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是埃罗替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是吉非替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述法尼基转移酶抑制剂(FTI)是替吡法尼。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在治疗对象的SCCHN的方法。在某些实施方式中，所述SCCHN可以是HPV阴性的SCCHN。在某些实施方式中，所述SCCHN可以是HPV阳性的SCCHN。在某些实施方式中，所述SCCHN可以是复发的/复现的SCCHN。在某些实施方式中，所述SCCHN可以是转移性SCCHN。本文提供的方法包括(a)确定来自患有SCCHN的所述对象的样品中HRAS突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有HRAS突变，向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，所述替吡法尼与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
本文提供的是治疗EGFR抑制剂难治性肺部鳞状细胞癌(肺部SCC))的方法，其中所述肺部SCC具有HRAS突变，包括向所述对象施用法尼基转移酶抑制剂(FTI)。在某些实施方式中，所述HRAS突变包含在选自由G12、G13、Q61、Q22、K117、A146及其任何组合构成的组的密码子处的氨基酸取代。在某些实施方式中，所述肺部SCC不具有K-Ras突变或N-Ras突变。在某些实施方式中，所述肺部SCC具有扩增的HRAS基因或过量表达HRASmRNA和/或蛋白质。在某些实施方式中，所述肺部SCC具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC处在晚期或是转移性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是复发的肺部SCC。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼(tipifarnib)。
本文提供的是治疗对象的肺部鳞状细胞癌(肺部SCC)的方法，其中所述肺部SCC对于EGFR抑制剂是难治性的，包括(a)确定来自所述对象的样品中HRAS突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有HRAS突变，向所述对象施用治疗有效量的法尼基转移酶抑制剂(FTI)。本文还提供的是治疗对象的肺部SCC的方法，其中所述对象从未使用EGFR抑制剂治疗，包括(a)确定来自所述对象的样品中HRAS突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有HRAS突变，向所述对象施用治疗有效量的法尼基转移酶抑制剂(FTI)，并且不施用EGFR抑制剂。在某些实施方式中，所述HRAS突变包含在选自由G12、G13、Q61、Q22、K117、A146及其任何组合构成的组的密码子处的氨基酸取代。在某些实施方式中，所述FTI与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
在某些实施方式中，所述方法进一步包括确定K-Ras突变或N-Ras突变的存在或缺乏，其中所述样品不具有K-Ras突变或N-Ras突变。在某些实施方式中，所述样品具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。在具体的实施方式中，所述样品是组织活检物。在具体的实施方式中，所述样品是肿瘤活检物。在具体的实施方式中，其中确定Ras突变的存在或缺乏包括分析获自所述样品的核酸。
在某些实施方式中，Ras突变通过测序、聚合酶链式反应(PCR)、DNA微阵列、质谱(MS)、单核苷酸多态性(SNP)分析、变性高效液相色谱(DHPLC)或限制性片段长度多态性(RFLP)分析来确定。在具体的实施方式中，Ras突变通过PCR确定。在具体的实施方式中，Ras突变通过测序确定。在具体的实施方式中，确定Ras突变的存在或缺乏包括分析获自所述样品的蛋白质。
在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC处在晚期或是转移性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是复发的肺部SCC。
在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是埃罗替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是吉非替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述法尼基转移酶抑制剂(FTI)是替吡法尼。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在治疗对象的肺部SCC的方法。在某些实施方式中，所述肺部SCC可以是HPV阴性的肺部SCC。在某些实施方式中，所述肺部SCC可以是HPV阳性的肺部SCC。在某些实施方式中，所述肺部SCC可以是复发的/复现的肺部SCC。在某些实施方式中，所述肺部SCC可以是转移性肺部SCC。本文提供的方法包括(a)确定来自患有肺部SCC的所述对象的样品中HRAS突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有HRAS突变，向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，所述替吡法尼与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、洛那法尼(lonafarnib，SCH-66336)、CP-609,754、BMS-214662、L778123、L744823、L739749、R208176、AZD3409和FTI-277构成的组。在某些实施方式中，所述FTI以1-1000mg/kg体重的剂量施用。在一个实施方式中，所述FTI是替吡法尼。在某些实施方式中，替吡法尼以200-1200mg每天两次(“b.i.d.”)的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼以600mg每天口服的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼以300mg b.i.d.口服的剂量在重复的4周周期中施用持续4周中的3周。在某些实施方式中，替吡法尼以600mg b.i.d.口服的剂量在重复的4周周期中施用持续4周中的3周。在某些实施方式中，替吡法尼以900mg b.i.d.口服的剂量在重复的4周周期中在交替的星期施用(一星期施用，一星期停用)(重复的28天周期的第1-7天和第15-21天)。在某些实施方式中，替吡法尼以1200mg b.i.d.口服的剂量在交替的星期施用(重复的28天周期的第1-7天和第15-21天)。在某些实施方式中，替吡法尼以600mg b.i.d.口服的剂量在交替的星期施用(重复的28天周期的第1-7天和第15-21天)。在某些实施方式中，替吡法尼以400mgb.i.d.口服的剂量在交替的星期施用(重复的28天周期的第1-7天和第15-21天)。在某些实施方式中，替吡法尼以300mg b.i.d.口服的剂量在交替的星期施用(重复的28天周期的第1-7天和第15-21天)。在某些实施方式中，替吡法尼以200mg b.i.d.口服的剂量在交替的星期施用(重复的28天周期的第1-7天和第15-21天)。在某些实施方式中，替吡法尼以1200mgb.i.d.口服的剂量在重复的28天周期的第1-5天和第15-19天施用。在某些实施方式中，患者接受至少三个周期的治疗。在某些实施方式中，患者接受至少六个周期的治疗。
附图简要说明
附图1A-B.对象1在(A)基线和(B)周期4第22天时肿瘤的CT扫描。肿瘤在圆圈中指示。
附图2.在头颈癌异种移植模型HN1420中在替吡法尼治疗期间不同组中小鼠的肿瘤体积，其中组01是溶媒组，组02是替吡法尼组。
附图3.在NSCLC异种移植模型LU1513中在替吡法尼治疗期间不同组中小鼠的肿瘤体积，其中组01是溶媒组，组02是替吡法尼组。
具体实施方式
1.定义
如本文使用的，词语“一”和“所述”是指一个或超过一个的所述词语的语法对象。举例来说，一生物标志物是指一个生物标志物或超过一个生物标志物。如本文使用的，术语“对象”是指哺乳动物。对象可以是人类或非人类哺乳动物，例如，狗、猫、牛、马、小鼠、大鼠、兔或其转基因物种。所述对象可以是患者，或癌症患者。
如本文使用的，术语“癌症”或“癌的”是指特征一般在于对象中不受调节的细胞生长的哺乳动物中的生理状况。癌症的实例包括但不限于血液学癌症(例如，多发性骨髓瘤、淋巴瘤和白血病)和实体肿瘤。如本文使用的，术语“前恶变状况”是指与提高的癌症风险相关的状况，如果不治疗其可能引起癌症。前恶变状况还可以指没有发展成侵袭性、侵入性阶段的非侵入性癌症。如本文使用的，术语“治疗”在体积癌症患者使用时，是指降低癌症的严重度、延迟或减缓癌症的发展的活动，包括(a)抑制癌症生长或延滞癌症的发展，和(b)引起癌症缓解、或延迟或最小化与癌症的存在相关的一种或更多种症状。
如本文使用的，术语“测定”是指使用任何形式的测量来评估物质的存在，定量地或定性地。测量可以是相对的或绝对的。测量物质的存在可以包括测定物质是存在还是缺乏，或物质的数量。
如本文使用的，术语“施用”是指通过本文描述的或本领域已知的方法向对象的身体递送化合物或药物组合物或引起递送。施用化合物或药物组合物包括开具要递送入患者身体的化合物或药物组合物的处方。施用的示范性的形式包括口服剂型，例如，片剂、胶囊剂、糖浆、悬浮液；可注射剂型，例如，静脉内的(IV)、肌肉内的(IM)、或腹膜内的(IP)；穿表皮的剂型，包括乳膏剂、胶冻、粉末或贴片；口腔的剂型；吸入粉末、喷雾剂、悬浮液和直肠栓剂。
如本文使用的，当与疾病或失调关联使用时，术语化合物的“治疗有效量”是指足以在疾病或失调的治疗或管理中提供治疗效益、或足以延迟或最小化与疾病或失调相关的一种或更多种症状的数量。治疗有效量的化合物是指化合物的数量，单独地或与其他治疗组合，其在疾病或失调的治疗或管理方面提供治疗效益。该术语涵盖了改善总体治疗、降低或避免症状、或增强其他治疗试剂的治疗效力的数量。该术语还包括足以引发生物分子(例如，蛋白质、酶、RNA或DNA)、细胞、组织、***、动物或人类的生物学或医学反应的化合物的数量，其是研究人员、兽医、医生或临床医师探求的。
如本文使用的，术语“样品”是指含有一种或更多种目标成分的材料或材料的混合物。来自对象的样品是指从所述对象获得的样品，包括体内或原位地来源、获得、达到或采集的生物组织或液体的样品。样品可以从含有前癌的或癌细胞或组织的对象的区域获得的。这样的样品可以是，但不限于，从哺乳动物分离的器官、组织、部分和细胞。示范性的样品包括骨髓、全血、部分地纯化的血液、外周血单核细胞(“PBMC”)和组织活检物。示范性的样品还包括细胞溶胞产物、细胞培养物、细胞系、组织、口腔组织、胃肠组织、器官、细胞器、生物液体、血液样品、尿液样品、皮肤样品，等。
如本文使用的，术语“生物标记物”是指可能在个体对象中存在或不存在的、或可能在个体对象中存在但差异表达的基因。来自对象的样品中生物标志物的存在，包括生物标志物的表达水平可以表明对象对特定治疗，例如，FTI治疗的响应性。
如本文使用的，当与基因关联使用时，术语“表达”是指基因携带的信息显现为表型的过程，包括基因转录为信使RNA(mRNA)、mRNA分子随后翻译成多肽链，以及它组装成最终的蛋白质。
如本文使用的，术语“生物标记物的RNA产物”是指从生物标志物转录的RNA转录产物，术语“生物标记物的蛋白质产物”是指从生物标记物的RNA产物翻译的蛋白质或多肽。
如本文使用的，术语生物标志物的“表达水平”是指生物标志物的表达产物的数量或积累，例如，生物标志物的RNA产物的数量(生物标志物的RNA水平)或生物标志物的蛋白质产物的数量(生物标志物的蛋白质水平)。如果生物标志物是具有超过一个等位基因的基因，生物标志物的表达水平是指这个基因的所有现存等位基因的表达产物的总数量或积累，除非另作说明。
如本文使用的，术语“参考表达水平”是指生物标志物的预定的表达水平，其可以用于确定来自对象的样品中该生物标志物的表达水平的显著性。生物标志物的参考表达水平可以是来自健康个体的样品中该生物标志物的表达水平。生物标志物的参考表达水平还可以是由本领域普通技术人员通过样本群体中该生物标志物的表达水平以及样本群体中对个体治疗的响应性的统计分析来确定的截断值。
如本文使用的，当与治疗关联使用时，术语“响应性”或“响应”是指治疗在减少或降低要治疗的疾病的症状方面的有效性。例如，如果FTI治疗有效地抑制癌症生长、或延缓癌症的发展、引起癌症的退化、或延迟或最小化与这个患者中癌症的存在相关的一种或更多种症状，癌症患者响应FTI治疗。癌症患者对特定治疗的响应性可以表征为完全响应或部分响应。“完全响应”或“CR”是指使用早先的异常射线照相研究、骨髓和脑脊液(CSF)或异常单克隆蛋白质测量的标准，没有临床上可检测的疾病。“部分响应”或“PR”是指在不存在新的病变的情况下在可测量的肿瘤负荷(即，对象中存在的恶性细胞的数量，或测量的肿瘤团块体积，或异常的单克隆蛋白质的数量)方面至少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、或90％的降低。
本领域的普通技术人员将理解，用于限定患者对治疗的响应性的CR、PR或其他水平的临床标准可以随不同类型的癌症而变化。例如，对于造血癌症，“响应”特定治疗的患者可以定义为具有完全响应(CR)、部分响应(PR)、或血液学改善(HI)的患者(Lancet et al.,Blood 2:2(2006))。对于实体肿瘤，“响应”特定治疗的患者可以由RECIST指标定义(参见Therasse et al.,"New guidelines to evaluate the response to treatment insolid tumors,"JNCI 92(3):205-216(2000))。HI可以定义为小于5％>的任何骨髓胚细胞(blast)计数，或骨髓胚细胞降低至少一半。另一方面，“不响应”特定治疗的患者可以定义为患有进行性疾病(PD)或稳定疾病(SD)的患者。进行性疾病(PD)可以定义为骨髓或循环胚细胞％距离基线的>50％提高，或新出现循环胚细胞(至少2个连续时刻)。稳定的疾病(SD)可以定义为不满足CR、PR、HI或PD指标的任何响应。
如本文使用的，术语“可能性”是指事件的概率。当条件满足时对象“可能”响应特定的治疗，意味着与不满足条件时相比，在满足条件时对象响应特定治疗的概率更高。与不满足条件的对象相比，在满足特定条件的对象中，响应特定治疗的概率更高例如5％、10％、25％、50％、100％、200％或更多。例如，当对象是HRAS突变的携带者时癌症患者“可能”响应FTI治疗，意味着与不是HRAS突变携带者的对象相比，在HRAS突变携带者的对象中对象响应FTI治疗的概率更高5％、10％、25％、50％、100％、200％或更多。
Ras蛋白是调节增殖以及将生物信息从细胞外信号转换到核中的GTP酶。哺乳动物细胞表达三种ras基因，其编码四种Ras蛋白，它们是H-Ras、N-Ras、KA-Ras和KB-Ras。KA-Ras和KB-Ras一般也称为K-Ras。Ras蛋白以活性的、GTP结合的状态、或无活性的、GDP结合的状态存在。由于缺陷的内在GTP酶活性和/或对GTP酶活化蛋白(GTPase activatingproteins，GAP)灭活的抗性，突变的RAS蛋白以GTP结合的构象累积。组成型RAS信号转导由阻止GTP水解的突变介导，其将RAS锁定在永久的活性状态。此外，RAS GTP酶需要以法呢基化(farnesylation)或香叶基香叶基化(geranylgeranylation)形式的脂质翻译后修饰来实现其恶性转化活性。在三个RAS种类中(HRAS、KRAS、NRAS)，HRAS的独特之处在于它可以被法呢基化而不是香叶基香叶基化。因此，法尼基转移酶抑制剂(FTI)已被证明可抑制HRAS的法尼基化，阻止其与质膜的结合，抑制下游信号转导途径并抑制肿瘤生长(Reviewed byBerndt et al.Nature Reviews Cancer 11:775-91)。已经在Costello综合征(Sheffieldet al.Ped Dev Pathology 18,237-244,2015)中观察到Q22K HRAS突变，这是由种系HRAS突变引起的发育和肿瘤易感性失调，并且同时其驱动肿瘤转化的能力尚未建立，该突变位于RAS蛋白质的高度保守区域，Q22K KRAS已被确定为驱动突变(Tsukuda et al.BiochemBiophys Res Commun 2000；278：653-58)。
人类HRAS的示范性的氨基酸序列和相应的编码核酸序列(GENBANK:CR536579.1GL49168641)在下文提供：
Ras同种型是法尼基化的。法尼基转移酶(FTase)在Ras蛋白的翻译后修饰中具有关键作用。干扰RNA功能的一种途径是通过法尼基转移酶抑制剂(“FTI”)抑制FTase，该酶将15-碳的异戊烯基基团偶联到Ras蛋白。FTI是一类生物学活性抗癌药物，其抑制大范围的目标蛋白包括Ras的法尼基化。FTI通过抑制FTase阻断Ras活化，最终引起细胞生长延滞。因而，预计FTI将是癌症治疗中有效的治疗试剂。
所有人类癌症的百分之三十表达致癌性活化的Ras。在所有人类癌症的30％中发现的突变Ras的高发生率使得这一途径成为抗癌药物开发的吸引人的目标。起初，预测的是，导致组成型活性RAS途径的Ras突变可以充当患者响应FTI的生物标志物，这是基于临床前的证据，FTI可以阻断RAS转化的细胞。(Raponi et al,Blood 111:2589-96(2008)).
如本文使用的，术语“HRAS突变”是指HRAS基因或HRAS蛋白中的活化突变。HRAS突变可以指引起相应HRAS蛋白的活化的HRAS基因之一的DNA序列中的遗传改变，或引起HRAS蛋白活化的HRAS蛋白的氨基酸序列中的改变。因而，本文使用的术语“HRAS突变”不包括不引起HRAS蛋白的活化的HRAS基因中的改变，或不引起HRAS蛋白的活化的HRAS蛋白质序列的改变。因而，不具有如本文使用的任何“HRAS突变”的样品或对象仍然可以具有不影响HRAS蛋白活性的HRAS基因中的突变，或削弱HRAS蛋白活性的突变，或具有HRAS蛋白质中不影响它的活性的突变或削弱它的活性的突变。样品或对象可以具有多个拷贝的HRAS基因。样品或对象还可以具有野生型和突变HRAS蛋白两者。如本文使用的，具有HRAS突变的样品或对象还可以具有野生型HRAS基因和/或野生型HRAS蛋白的拷贝。如本文使用的，被确定“具有野生型HRAS”的样品或对象是指该样品或对象仅具有野生型HRAS基因和野生型HRAS蛋白，没有HRAS突变。
在某些实施方式中，所述HRAS突变可以包括选自由G12、G13、Q61、Q22、K117和A146构成的组的密码子处的至少一个突变。
2.用于癌症治疗的法尼基转移酶抑制剂
2.1.法尼基转移酶抑制剂
本文提供的是在选定的癌症患者或选定的癌症患者群体中用FTI治疗头颈部鳞状细胞癌的方法。代表性的FTI大略地属于两种类型(Shen et al.,Drug Disc.Today 20:2(2015))。第一类的FTI具有法尼基二磷酸(FPP)的基础框架。例如，具有胡萝卜酸基团(Ta)的FPP类似物被报道是与FPP竞争的FTI(Duez,S.et al.Bioorg.Med.Chem.18:543-556(2010))。另外，由酸性取代基和肽基链连接的含咪唑衍生物也作为双底物FTI来合成，设计的双底物抑制剂具有比FPP更好的亲和力。第二类的FTI是肽模拟物分子，其可以分成两个组，即，硫醇和非硫醇FTI。对于硫醇FTI，例如L-739749，一种选择性的肽模拟物FTI，在裸鼠中显示了强力的抗肿瘤活性而没有***毒性(Kohl,N.E.et al.PNAS 91:9141-9145(1994))。另外，还开发了多种硫醇抑制剂，例如，三肽基FTI(Lee,H-Y.etal.Bioorg.Med.Chem.Lett.12:1599-1602(2002))。
对于非硫醇FTI，因而杂环被广泛地用于替代硫醇基团与结合位点中的锌离子接触。根据药效基团的结构，非硫醇FTI可以分成三类。第一类的特征是不同的单环，例如，L-778123，一种处于实体肿瘤和淋巴瘤的I期临床试验中的FTI。L-778123结合入CAAX肽位点，与法尼基转移酶的CAAX底物竞争。第二类的代表是处于III期试验中的替吡法尼，和处于III期试验中的BMS-214662，它们由各种的单环和双环的环组成(Harousseau et al.Blood114:1166-1173(2009))。第三类的代表性抑制剂是洛那法尼(lonafarnib)，它在Ras-依赖性和Ras-独立性恶性肿瘤中是有活性的，进入了III期临床试验，用于对抗恶性肿瘤、白细胞和骨髓增生异常综合症。洛那法尼是一种具有三环核心的FTI，其含有与两个六元芳香环稠合的中央七元环。
因而，本文描述的FTI可以采取许多形式，但是共有必需的抑制功能，干扰或减少癌症和增殖疾病中牵涉的蛋白质法尼基化。
许多FTI处于本发明的范围内，包括在美国专利No.5,976,851；5,972,984；5,972,966；5,968,965；5,968,952；6,187,786；6,169,096；6,037,350；6,177,432；5,965,578；5,965,539；5,958,939；5,939,557；5,936,097；5,891,889；5,889,053；5,880,140；5,872,135；5,869,682；5,861,529；5,859,015；5,856,439；5,856,326；5,852,010；5,843,941；5,807,852；5,780,492；5,773,455；5,767,274；5,756,528；5,750,567；5,721,236；5,700,806；5,661,161；5,602,098；5,585,359；5,578,629；5,534,537；5,532,359；5,523,430；5,504,212；5,491,164；5,420,245；和5,238,922中描述的那些，它们的公开内容通过引用以它们的整体合并在本文中。
本发明的范围内的FTI还包括Thomas et al.,Biologies 1:415-424(2007)；Shenet al.,Drug Disc.Today 20:2(2015)；Appels et al.,The Oncologist 10:565-578(2005)中描述的那些，通过引用以它们的整体合并在本文中。
在某些实施方式中，FTI包括阿加来必(Arglabin)(即WO 98/28303(NuOncologyLabs)中公开的l(R)-10-环氧-5(S),7(S)-guaia-3(4),ll(13)-二烯-6,12-内酯)；WO 99/45912(Wisconsin Genetics)中描述的紫苏醇；SCH-66336(洛那法尼)，即(+)-(R)-4-[2-[4-(3,10-二溴-8-氯-5,6-二氢-11H-苯并[5,6]环庚[1,2-b]吡啶-11-基)哌啶-1-基]-2-氧代乙基]哌啶-l-甲酰胺，在美国专利No.5874442(Schering)中描述；L778123，即1-(3-氯苯基)-4-[1-(4-氰基苄基)-5-咪唑基甲基]-2-哌嗪酮，描述于WO-00/01691(Merck)；L739749，即WO-94/10138(Merck)中描述的化合物2(S)-[2(S)-[2(R)-氨基-3-巯基]丙基氨基-3(S)-甲基]-戊氧基-3-苯基丙酰基-甲硫氨酸砜)；FTI-277，即甲基{N-[2-苯基-4-N[2(R)-氨基-3-巯基丙基氨基]苯甲酰基]}-甲硫氨酸(Calbiochem)；L744832，即2S)-2-[[(2S)-2-[(2S，3S)-2-[(2R)-2-氨基-3-巯基丙基]氨基]-3-甲基戊基]氧基]-1-氧代-3-苯基丙基]氨基]-4-(甲基磺酰基)-丁酸1-甲基乙基酯(Biomol International LP)；CP-609,754(Pfizer)，即(R)-6-[(4-氯苯基)-羟基-(1-甲基-1-H-咪唑-5-基)-甲基]-4-(3-乙炔基苯基)-1-甲基-2-(1H)-喹啉酮和(R)-6-[(4-氯苯基)-羟基-(3-甲基-3H-咪唑-4-基)-甲基]-4-(3-乙炔基苯基)-1-甲基-2-(1H)-喹啉酮；R208176(Johnson&Johnson)，即JNJ-17305457，或(R)-1-(4-氯苯基)-1-[5-(3-氯苯基)四唑并[1,5-a]喹唑啉-7-基]-1-(1-甲基-1H-咪唑-5-基)甲胺；AZD3409(AstraZeneca)，即(S)-异丙基2-(2-(4-氟苯乙基)-5-((((2S，4S)-4-(烟酰硫基)吡咯烷-2-基)甲基)氨基)苯甲酰胺基)-4-(甲硫基)丁酸乙酯；BMS 214662(Bristol-Myers Squibb)，即在WO 97/30992(Bristol Myers Squibb)中描述的(R)-2,3,4,5-四氢-1-(1H-咪唑-4-基甲基)-3-(苯基甲基)-4-(2-噻吩基磺酰基)-1H-1,4-苯并二氮杂-7-甲腈，和在WO-00/12498和WO-00/12499中描述的Pfizer化合物(A)和(B)。
在某些实施方式中，FTI是非肽的，所谓的“小分子”治疗剂，例如喹啉或喹啉衍生物，包括：
7-(3-氯苯基)-9-[(4-氯苯基)-1H-咪唑-1-基甲基]-2,3-二氢-O-1H,5H-苯并[ij]喹嗪-5-酮，
7-(3-氯苯基)-9-[(4-氯苯基)-1H-咪唑-1-基甲基]-1,2-二氢-O-4H-吡咯并[3,2,1-ij]喹啉-4-酮，
8-[氨基(4-氯苯基)(1-甲基-1H-咪唑-5-基),甲基]-6-(3-氯苯基)-1,2-二氢-4H-吡咯并[3,2,1-ij]喹啉-4-酮，和
8-[氨基(4-氯苯基)(1-甲基-1H-咪唑-5-基)甲基]-6-(3-氯苯基)-2,3-二氢-1H,5H-苯并[ij]喹嗪-5-酮。
替吡法尼是一种非肽模拟的FTI(Thomas et al.,Biologies 1:415-424(2007))。它是4,6-二基取代了的-1-甲基喹啉-2-酮衍生物((B)-6-[氨基(4-氯苯基)(1-甲基-1H-咪唑-5-基)甲基]-4-(3-氯苯基)-1-甲基-2(1H)-喹啉酮))，是通过优化化合物文库筛选获得的喹诺酮前导物获得的。替吡法尼竞争性抑制FTase的CAAX肽结合位点，是极其强力的和高选择性的法尼基化抑制剂。替比法尼作为单药治疗具有可控的安全性，并且在人体中具有相当好的耐受性。
替比法尼是通过1-甲基咪唑的阴离子与6-(4-氯苯甲酰基)喹诺酮衍生物的缩合然后脱水合成的。通过N-苯基-3-(3-氯苯基)-2-丙烯酰胺的环化、酰化、氧化和N-甲基化，分四步制备喹诺酮中间体。替吡法尼在体外是FTase的强力抑制剂，在许多动物模型中具有口服活性。
在某些实施方式中，本文提供的是用FTI或具有FTI的药物组合物治疗对象的癌症的方法，或选择FTI治疗的癌症患者的方法。本文提供的药物组合物含有治疗有效量的FTI，和药学上可接受的载体、稀释剂或赋形剂。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼；阿加来必；紫苏醇；洛那法尼(SCH-66336)；L778123；L739749；FTI-277；L744832；R208176；BMS214662；AZD3409；或CP-609,754。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
2.2.制剂
所述FTI可以配制成适合的药物制品，例如溶液、悬浮液、片剂、可分散片剂、丸剂、胶囊剂、粉剂、持续释放制剂或酏剂，用于口服施用，或在无菌溶液或悬浮液中用于眼或胃肠外施用，以及穿表皮贴片制品和干粉吸入剂。一般地，所述FTI使用本领域公知的的技术和过程配制成药物组合物(参见，例如，Ansel Introduction to Pharmaceutical DosageForms,Seventh Edition 1999)。
在所述组合物中，有效浓度的FTI和药学上可接受的盐与适合的药物载体或溶媒混合。在某些实施方式中，组合物中FTI的浓度在施用时对于递送一定数量是有效的，所述数量治疗、预防或改善癌症，包括血液学癌症和实体肿瘤的一种或更多种和/或进展。
所述组合物可以被配制用于单剂量施用。为了配制组合物，FTI的重量分数以使得被治疗的状况缓解或改善的有效浓度溶解、悬浮、分散或混合入选定的溶媒。适合于施用本文提供的FTI的药物载体或溶媒包括本领域技术人员已知适合于特定施用方式的任何这样的载体。
另外，FTI可以配制为组合物中单独的药学活性成分，或可以与其他活性成分组合。脂质体悬浮液，包括组织靶向的脂质体，例如，肿瘤靶向的脂质体，也可适合作为药学上可接受的载体。这些可以根据本领域技术人员已知的方法来制备。例如，脂质体制剂可以如本领域已知的来制备。简要地说，脂质体如多层泡囊(MVL)可以通过在***内侧干燥卵磷脂酰胆碱和脑磷脂酰丝氨酸(7:3摩尔比)来形成。添加处于缺乏二价阳离子的磷酸盐缓冲盐水(PBS)中的本文提供的FTI的溶液，摇动烧瓶直到脂质薄膜分散。洗涤产生的泡囊来除去未密封的化合物，通过离心进行团粒化，然后重悬浮在PBS中。
以足以对被治疗的患者发挥治疗效用而没有不希望的副作用的数量将所述FTI包括在药学上可接受的载体中。可以通过本文描述的体外和体内***测试所述化合物，然后由此推测用于人类的剂量，来经验性地确定治疗有效浓度。
药物组合物中FTI的浓度将取决于FTI的吸收、组织分布、失活和排出率，FTI的物理化学特性，给药日程，和施用的数量，以及本领域技术人员已知的其他因素。例如，递送的数量足以改善癌症，包括造血癌症和实体肿瘤的一种或更多种症状。
在某些实施方式中，治疗有效剂量应当产生约0.1ng/ml到约50-100μg/ml的活性成分血清浓度。在一个实施方式中，所述药物组合物提供了每公斤体重每天约0.001mg到约2000mg化合物的剂量。制备药物剂量单位形式来提供每剂量单位形式约1mg到约1000mg，在某些实施方式中，约10到约500mg的必需活性成分或必需成分的组合。
所述FTI可以一次施用，或可以分成多个更小的剂量来以间隔时间施用。要理解的是，治疗的精确剂量和持续时间是要治疗的疾病的函数，可以利用已知的测试方案，或根据体内或体外测试外推来经验性地确定。注意到，浓度和剂量值也可以随要减轻的状况的严重度而变化。要进一步理解的是，对于任何特定的对象，应当根据个人需要和施用或指导所述组合物施用的人的专业判断来随时间调整具体给药方案，在此阐述的浓度范围仅是示范性的，不意图限制要求权利的组合物的范围或实践。
因而，本文描述的一种或更多种化合物或其药学上可接受的盐的有效浓度或数量，与用于全身性、表面或局部施用的适合的药物载体或溶媒混合，来形成药物组合物。以有效数量包括化合物，以改善一种或更多种症状，或治疗、延迟进展或预防。组合物中活性化合物的浓度将取决于活性化合物的吸收、组织分布、失活和排出率，给药日程，施用的数量，具体制剂以及本领域技术人员已知的其他因素。
所述组合物预期通过适合的途径，包括但不限于口服、胃肠外、直肠、表面和局部地施用。对于口服施用，可以配制胶囊剂、片剂、悬浮液和溶液。所述组合物是液体、半液体或固体形式，以适合于每种施用途径的方式配制。
用于胃肠外的、皮内的、皮下的或表面应用的溶液或悬浮液可以包括任意以下的成分：无菌的稀释剂，例如，注射用水、盐水溶液、不挥发油类、聚乙二醇、甘油、丙二醇、二甲基乙酰胺或其他合成的溶液；抗微生物剂，例如，苯甲醇或对羟基苯甲酸甲酯；抗氧化剂，例如，抗坏血酸或亚硫酸氢钠；螯合剂，例如，乙二胺四乙酸(EDTA)；缓冲液，例如，醋酸盐、柠檬酸盐或磷酸盐；以及用于调整渗涨度的试剂例如氯化钠或葡萄糖。胃肠外的制品可以封装到由玻璃、塑料或其他适合的材料制成的安瓿剂、笔、一次性注射器或单剂量或多剂量小瓶中。
在所述FTI展现溶解度不足的情况下，可以使用增溶化合物的方法。这样的方法是本领域技术人员已知的，包括但不限于，使用共溶剂，例如，二甲亚砜(DMSO)，使用表面活性剂，例如，或在水性碳酸氢钠中溶解。
在混合或添加化合物时，产生的混合物可以是溶液、悬浮液、乳剂等。产生的混合物的形式取决于多种因素，包括预期的施用方式以及化合物在选定的载体或溶媒中的溶解度。所述有效浓度足以改善要治疗的疾病、失调或状况的症状，并可以经验性地确定。
还提供了药物组合物用于以单位剂型向人类和动物施用，例如，含有适合数量的化合物或其药学上可接受的盐的片剂、胶囊剂、丸剂、粉剂、颗粒剂、无菌胃肠外溶液或悬浮液，以及口服溶液或悬浮液，和油水乳剂。以单位剂量形式或多剂量形式配制和施用药学上的治疗活性化合物和其盐。如本文使用的单位剂量形式是指适合于人类和动物对象的物理上独立的单位，并独立地包装，是本领域已知的。每个单位剂量含有足以产生期望的治疗效果的预定数量的治疗活性化合物，与需要的药物载体、溶媒或稀释剂相关联。单位剂量形式的实例包括安瓿剂和注射器，以及独立包装的片剂或胶囊剂。单位剂量形式可以以其分数或倍数施用。多剂量形式是包装在单个容器中的多个相同的单位剂量形式，以按照分离的单位剂量形式施用。多剂量形式的实例包括小瓶、片剂或胶囊剂，或品脱或加仑的瓶子。因此，多剂量形式是在包装中不分开的多个单位剂量。
还可以制备持续释放制品。持续释放制品的适合的实例包括，包含本文提供的化合物的固体疏水聚合物的半透性基质，所述基质处于有形物的形式，例如薄膜，或微囊。持续释放基质的实例包括离子电渗贴片、聚酯、水凝胶(例如，聚(2-羟乙基-甲基丙烯酸酯)，或聚(乙烯基乙醇))、聚交酯、L-谷氨酸和乙基-L-谷氨酸的共聚物、不可降解的乙烯-醋酸乙烯酯、可降解的乳酸-羟基乙酸共聚物，例如LUPRON DEPOTTM(由乳酸-羟基乙酸共聚物和亮丙瑞林醋酸盐组成的可注射微球)、和聚－D-(-)-3-羟基丁酸。聚合物例如乙烯-醋酸乙烯酯和乳酸－羟基乙酸允许释放分子超过100天，某些水凝胶在较短的时期内释放蛋白。当封装的化合物在体内保持很长时间时，作为暴露在37℃的潮湿环境的结果，它们可能变性或聚集，导致生物学活性的丧失和可能在它们的结构方面产生变化。取决于涉及的作用机制，为了稳定性可以设计出合理的策略。例如，如果发现聚集机制是通过硫代-二硫化物互换的分子间S-S键形成，可以通过修改巯基残基、从酸性溶液冻干、控制含水量、利用适当的添加剂、和开发特别的聚合物基质组合物来实现稳定。
可以制备剂量形式或组合物，其含有范围在0.005％到100％的活性成分，余量由无毒的载体组成。对于口服施用，药学上可接受的无毒组合物可以通过掺入任何通常采用的赋形剂，例如，药物级别的甘露醇、乳糖、淀粉、硬脂酸镁、滑石粉、纤维素衍生物、交联羧甲基纤维素钠、葡萄糖、蔗糖、碳酸镁或糖精钠来形成。这样的组合物包括溶液、悬浮液、片剂、胶囊剂、粉末和持续释放制剂，例如但不限于，植入物和微密封的递送***，和生物可降解的、生物相容的聚合物，例如，胶原蛋白、乙烯-乙酸乙烯共聚物、聚酐、聚羟基乙酸、聚正酯、聚乳酸及其他。制备这些组合物的方法是本领域技术人员已知的。期待的组合物可以含有约0.001％100％的活性成分，在某些实施方式中，约0.1-85％或约75-95％。
可以使用保护所述化合物对抗身体的快速消除的载体，例如定时释放制剂或包衣来制备所述FTI或药学上可接受的盐。
所述组合物可以包括其他活性化合物来获得期望的性质组合。本文提供的化合物，或如本文描述的其药学上可接受的盐，还可以与其他药学试剂一起施用，在本领域已知所述药学试剂在治疗上文所指的一种或更多种疾病或医学状况如与氧化应激相关的疾病方面是有价值的。
本文提供的无乳糖组合物可以含有本领域公知的赋形剂，例如，在美国药典(USP)SP(XXI)/NF(XVI)中列出的。一般地，无乳糖组合物含有药学上相容的和药学上可接受数量的活性成分、粘合剂/填料、和润滑剂。示范性的无乳糖剂型含有活性成分、微晶纤维素、预糊化淀粉和硬脂酸镁。
进一步涵盖的是含有本文提供的化合物的无水药物组合物和剂型。例如，作为模拟长期保存的手段添加水(例如，5％)在药学文献中是广泛接受的，以确定制剂在时间上的特征，例如货架寿命或稳定性。参见，例如，Jens T.Carstensen,Drug Stability:Principles&Practice,2d.Ed.,Marcel Dekker,NY,NY,1995,pp.379-80。实际上，水和热量加速某些化合物的分解。因而，水对制剂的作用可能是非常重要的，因为水分和/或湿度是在制造、处理、包装、保存、运输和使用制剂中经常遭遇的。
本文提供的无水药物组合物和剂型可以使用无水的或含低水分的成分以及低水分或低湿度条件条件来制备。如果在制造、包装和/或保存期间与水分和/或湿度的实质接触是预期的，包含乳糖和至少一种包含伯胺或叔胺的活性成分的药物组合物和剂型是无水的。
无水的药物组合物应当被制备和保存以使它的无水特性被维持。因而，无水的组合物使用已知防止水暴露的材料来包装，使得它们可以被包括在适合形式的试剂盒中。适合的包装的实例包括但不限于，密封的箔、塑料、单位剂量容器(例如，小瓶)、泡罩包装和条包装。
口服药物剂型是固体、凝胶或液体。所述固体剂型是片剂、胶囊剂、颗粒剂和松散粉末。口服片剂的类型包括压缩的、可咀嚼的锭剂，和可以是肠溶包衣的、包糖衣的或薄膜包衣的片剂。胶囊剂可以是硬胶囊或软胶囊，而颗粒剂和粉剂可以以非泡腾的或泡腾的形式与本领域技术人员已知的其他成分组合提供。
在某些实施方式中，所述制剂是固体剂型，例如，胶囊剂或片剂。片剂、丸剂、胶囊剂、锭剂等可以含有任意以下成分，或类似性质的化合物：结合剂、稀释剂、崩解剂、润滑剂、助流剂、甜味剂和调味剂。
结合剂的实例包括微晶纤维素、黄蓍树胶、葡萄糖溶液、***胶浆、明胶溶液、蔗糖和淀粉糊。润滑剂包括滑石粉、淀粉、硬脂酸镁或硬脂酸钙、石松和硬脂酸。稀释剂包括，例如，乳糖、蔗糖、淀粉、高岭土、盐、甘露醇和磷酸二钙。助流剂包括但不限于胶体二氧化硅。崩解剂包括交联羧甲基纤维素钠、羟甲基淀粉钠、海藻酸、玉米淀粉、马铃薯淀粉、斑脱土、甲基纤维素、琼脂和羧甲基纤维素。着色剂包括，例如，批准认证的水溶性的FD和C染料、其混合物的任一种；以及悬浮在氧化铝水合物上的水不溶性的FD和C染料。甜味剂包括蔗糖、乳糖、甘露醇和人工甜味剂，例如糖精，以及许多喷雾干燥的调味剂。调味剂包括从植物例如果实提取的天然调味物，以及产生愉悦感的化合物的合成共混物，例如但不限于薄荷和水杨酸甲酯。润湿剂包括单硬脂酸丙二醇酯、单油酸山梨醇酐酯、单月桂酸二甘醇酯和聚氧乙烯月桂醚。催吐的包衣包括脂肪酸、脂肪、蜡、虫胶、氨合虫胶以及苯二甲酸醋酸纤维素。薄膜包衣包括羟乙基纤维素、羧甲基纤维素钠、聚乙二醇4000和苯二甲酸醋酸纤维素。
当剂量单位形式是胶囊剂时，除了上述类型的材料之外，它可以含有液体载体，例如脂肪油。另外，剂量单位形式可以含有各种其他材料，它们修饰剂量单位的外观，例如，糖和其他肠溶试剂的包衣。所述化合物还可以作为酏剂、悬浮液、糖浆、薄片、喷撒剂、咀嚼用胶等的成分施用。除了活性化合物之外，糖浆可以含有蔗糖作为甜味剂，以及某些防腐剂、染料和着色剂和调味剂。
片剂中包括的药学上可接受的载体是结合剂、润滑剂、稀释剂、崩解剂、着色剂、调味剂和润湿剂。由于肠溶包衣，肠溶包衣片剂抵抗胃酸的作用，在中性或碱性的肠内溶解或崩解。糖包衣片剂是压制的片剂，在其上可以涂敷不同层的药学上可接受的物质。薄膜包衣片剂是压制的片剂，其包被有聚合物或其他适合的包衣。多压制片剂是利用早先提及的药学上可接受的物质通过超过一个压制周期制备的压制片。着色剂也可以用于上述剂型中。调味剂和甜味剂被用于压制片剂、包糖衣的、多压制的和咀嚼片剂。调味剂和甜味剂在形成可咀嚼片剂和锭剂中是有用的。
液体口服剂型包括水性溶液、乳剂、悬浮液、从非泡腾颗粒剂重构的溶液和/或悬浮液、以及从泡腾颗粒剂重构的泡腾制品。水性溶液包括，例如，酏剂和糖浆。乳剂是水包油的或油包水的。
酏剂是澄清的、甜味的水醇制品。酏剂中使用的药学上可接受的载体包括溶剂。糖浆是糖类例如蔗糖的浓缩水性溶液，可以含有防腐剂。乳剂是两相***，其中一种液体以小球形式分散在另一种液体中。乳剂中使用的药学上可接受的载体是非水性液体、乳化试剂和防腐剂。悬浮液使用药学上可接受的悬浮剂和防腐剂。非泡腾颗粒剂中使用的药学上可接受的物质包括稀释剂、甜味剂和润湿剂，其被重构成液体口服剂型。泡腾颗粒剂中使用的药学上可接受的物质包括有机酸和二氧化碳源，其被重构成液体口服剂型。着色剂和调味剂用于上述所有剂型中。
溶剂包括甘油、山梨醇、乙醇和糖浆。防腐剂的实例包括甘油、甲基和对羟基苯甲酸丙酯、苯甲酸、苯甲酸钠和醇。乳剂中使用的非水性液体的实例包括矿物油和棉籽油.乳化试剂的实例包括明胶、***胶、黄芪胶、斑脱土和表面活性剂，例如聚氧乙烯单油酸山梨醇酐酯。悬浮剂包括羧甲基纤维素钠、果胶、黄芪胶、Veegum和***胶。稀释剂包括乳糖和蔗糖。甜味剂包括蔗糖、糖浆、甘油和人工甜味剂，例如糖精。润湿剂包括单硬脂酸丙二醇酯、单油酸山梨醇酐酯、单月桂酸二甘醇酯和聚氧乙烯月桂醚。有机酸包括柠檬酸和酒石酸。二氧化碳源包括碳酸氢钠和碳酸钠。着色剂包括批准认证的水溶性的FD和C染料以及其混合物的任一种。调味剂包括从植物例如果实提取的天然调味物，以及产生愉悦味觉的化合物的合成共混物。
对于固体剂型，处于例如丙烯碳酸酯、植物油或甘油三酯中的溶液或悬浮液被密封在胶囊中。在美国专利No.4,328,245；4,409,239和4,410,545中公开了这样的溶液以及其制品和封装。对于液体剂型，溶液，例如聚乙二醇中的溶液，可以用足够数量的药学上可接受的液体载体例如水来稀释，以易于施用。
做为选择，液体或半固体口服制剂可以通过将活性化合物或盐溶解或分散在植物油、甘醇、甘油三酯、丙二醇酯(例如，丙烯碳酸酯)和其他这类载体中，将这些溶液密封在硬胶囊或软胶囊壳中来制备。其他有用的制剂包括但不限于，含有本文提供的化合物的那些，二烃基化的单亚烷基二醇或聚亚烷基二醇，包括但不限于，1,2-二甲氧基甲烷、二甘醇二甲醚、三甘醇二甲醚、四甘醇二甲醚、聚乙二醇-350-二甲醚、聚乙二醇-550-二甲醚、聚乙二醇-750-二甲醚，其中350、550和750是指聚乙二醇的近似平均分子量，以及一种或更多种抗氧化剂，例如，丁基化羟基甲苯(BHT)、丁羟茴醚(BHA)、醅酸丙酯、维生素E、氢醌、伞花内酯、乙醇胺、卵磷脂、脑磷脂、抗坏血酸、苹果酸、山梨醇、磷酸、硫代二丙酸和它的酯，以及二硫代氨基甲酸盐。
其他制剂包括但不限于包括药学上可接受的缩醛的水醇溶液。这些制剂中使用的醇类可以是具有一个或更多个羟基基团的任何药学上可接受的水可混溶溶剂，包括但不限于丙烯甘醇和乙醇。缩醛包括但不限于低级烃基醛的二(低级烃基)缩醛，例如乙醛二乙基缩醛。
在所有实施方式中，片剂和胶囊制剂可以如本领域技术人员已知的进行包被，以修饰或维持活性成分的溶解。因而，例如，它们可以用常规的可肠内消化的包衣来包被，例如水杨酸苯酯、蜡和苯二甲酸醋酸纤维素。
一般特征在于皮下、肌肉内或静脉内注射的胃肠外施用也是本文提供的。注射剂可以按常规形式制备，作为液体溶液或悬浮液，适合于注射剂之前溶解或悬浮在液体中的固体形式，或作为乳剂。适合的赋形剂是，例如，水、盐水、葡萄糖、甘油或乙醇。此外，如果希望，要施用的药物组合物还可以含有微小数量的无毒辅助物质，例如，湿润剂或乳化剂、pH值缓冲剂、稳定剂、溶解度增强剂以及其他这类试剂，例如，乙酸钠、单月桂酸山梨醇酐酯、油酸三乙醇胺酯和环糊精。缓慢释放和持续释放***的植入，使得维持恒定的剂量水平也是本文期待的。简要地说，本文提供的化合物被分散在固体内基质中，例如，聚甲基丙烯酸甲酯、聚丁基丙烯酸甲酯、增塑的或不增塑的聚氯乙烯、增塑尼龙、增塑聚乙二醇对酞酸酯、天然橡胶、聚异戊二烯、聚异丁烯、聚丁二烯、聚乙烯、乙烯-醋酸乙烯酯共聚物、硅酮橡胶、聚二甲基硅氧烷、硅酮碳酸盐共聚物、亲水性聚合物，例如，丙烯酸和甲基丙烯酸的酯的水凝胶，胶原蛋白、交联的聚乙烯醇和交联的部分水解的聚乙酸乙烯酯，其由外部的聚合的膜围绕，例如，聚乙烯、聚丙烯、乙烯/丙烯共聚物、乙烯/丙烯酸乙酯共聚物、乙烯/乙烯基乙酯共聚物、硅酮橡胶、聚二甲基硅氧烷、氯丁橡胶、氯化聚乙烯、聚氯乙烯、与醋酸乙烯脂的氯乙烯共聚物、偏二氯乙烯、乙烯和丙烯、离子聚合物聚对苯二甲酸乙二醇酯、丁基橡胶氯醇橡胶、乙烯/乙烯醇共聚物、乙烯/醋酸乙烯脂/乙烯醇三聚物和乙烯/乙烯氧基乙醇共聚物，它们在体液中是不溶的。所述化合物在释放速率控制步骤中通过外部的聚合膜扩散。这样的胃肠外组合物中含有的活性化合物的百分比高度取决于它的具体性质，以及化合物的活性和对象的需求。
组合物的胃肠外施用包括静脉内的、皮下的和肌肉内的施用。用于胃肠外施用的制品包括预备用于注射的无菌溶液、无菌的干燥可溶产品，例如，冻干粉末，预备在使用前与溶剂组合，包括皮下的片剂、预备用于注射的无菌悬浮液，预备在使用前与溶媒组合的无菌干燥不溶产品，和无菌乳剂。溶液可以是水性或非水性的。
如果静脉内施用，适合的载体包括生理盐水或磷酸盐缓冲盐水(PBS)，以及含有增稠和增溶剂的溶液，例如，葡萄糖、聚乙二醇和聚丙烯乙二醇以及其混合物。
胃肠外制品中使用的药学上可接受的载体包括水性溶媒、非水性溶媒、抗微生物剂、等渗试剂、缓冲剂、抗氧化剂、局部麻醉剂、悬浮和分散剂、乳化剂、隔离或螯合剂，以及其他药学上可接受的物质。
水性溶媒的实例包括氯化钠注射液、Ringers注射液、等渗葡萄糖注射液、无菌水注射液、葡萄糖和乳酸Ringers注射液。非水性胃肠外溶媒包括植物来源的非挥发油、棉籽油、玉米油、芝麻油和花生油。抑菌或抑真菌浓度的抗微生物剂必需添加到被包装在多剂量容器中的胃肠外制品中，它们包括苯酚或甲酚、汞剂、苯甲醇、三氯叔丁醇、甲基和丙基p羟基苯甲酸酯、硫柳汞、苯扎氯铵和苄索氯铵。等渗试剂包括氯化钠和葡萄糖。缓冲液包括磷酸盐和柠檬酸盐。抗氧化剂包括硫酸氢钠。局部麻醉剂包括盐酸普鲁卡因。悬浮和分散剂包括羧甲基纤维素钠、羟丙基甲基纤维素和聚乙烯吡咯烷酮。乳化试剂包括聚山梨酯80金属离子的隔离或螯合剂包括EDTA。药物载体还包括用于水溶性溶媒的乙醇、聚乙二醇和丙烯甘醇；以及用于pH值调整的氢氧化钠、盐酸、柠檬酸或乳酸。
调整FTI的浓度使得注射液提供有效数量来产生期望的药理学效果。确切的剂量取决于患者或动物的年龄、体重和状况，这是本领域已知的。单位剂量胃肠外制品包装在安瓿剂、小瓶或带有针头的注射器中。用于胃肠外施用的所有制品必需是无菌的，这是本领域已知的和惯常的。
说明性地，含有FTI的无菌水性溶液的静脉内或动脉内输注是有效的施用方式。另一个实施方式是含有活性物质的无菌的水性或油性溶液或悬浮液，根据需要进行注射来产生期望的药理学效果。
注射剂被设计用于局部和全身施用。一般地，配制治疗有效剂量以含有至少约0.1％w/w直到约90％w/w或更多，例如，超过1％w/w的活性化合物给治疗的组织。活性成分可以一次施用，或可以分成多个更小的剂量来以间隔时间施用。要理解的是，治疗的精确剂量和持续时间是要治疗的组织的函数，可以利用已知的测试方案，或根据体内或体外测试外推来经验性地确定。要注意到，浓度和剂量值也可以随要治疗的个体年龄而变化。要进一步理解的是，对于任何特定的对象，应当根据个人需要和施用或指导所述制剂施用的人的专业判断来随时间调整具体给药方案，在此阐述的浓度范围仅是示范性的，不意图限制要求权利的制剂的范围或实践。
FTI可以以微粒化的或其他适合的形式悬浮，可以衍生化以产生更为可溶的活性产物或产生前体药物。产生的混合物的形式取决于多种因素，包括预期的施用方式以及化合物在选定的载体或溶媒中的溶解度。所述有效浓度足以改善病症的症状，并可以经验性地确定。
本文的目标还有冻干粉末，其可以被重构用于作为溶液、乳剂和其他混合物施用。它们还可以被重构和配制成固体或凝胶。
通过将本文提供的FTI或其药学上可接受的盐溶解在适合的溶剂中来制备无菌的冻干粉末。溶剂可以含有赋形剂，其改善所述粉末或由所述粉末制备的重构溶液的稳定性或其他药理学部分。可以使用的赋形剂包括但不限于葡萄糖、山梨糖醇、果糖、玉米糖浆、木糖醇、甘油、葡萄糖、蔗糖或其它合适的试剂。所述溶剂还可以含有缓冲剂，例如，柠檬酸盐、磷酸钠或钾或本领域技术人员已知的其他这类缓冲剂，在一个实施方式中，为约中性pH值。在本领域技术人员已知的标准条件下对溶液过滤除菌随后冻干，提供期望的制剂。一般地，产生的溶液分入小瓶中冻干。每个小瓶含有单个剂量(包括但不限于10-100mg或100-500mg)或多个剂量的化合物。冻干的粉末可以保存在适当的条件下，例如约4℃到室温。
用注射用水重构这种冻干粉提供了用于胃肠外施用的制剂。对于重构，约1-50mg、约5-35mg、或约9-30mg的冻干粉末中添加每ml的无菌水或其他适合的载体。精确的数量取决于选定的化合物。这样的数量可以经验性地确定。
如对局部和全身性施用描述的制备表面混合物。产生的混合物可以是溶液、悬浮液、乳剂等，被配制为乳膏剂、凝胶、软膏剂、乳剂、溶液、酏剂、洗液、悬浮液、酊剂、糊剂、泡沫、气雾剂、灌洗剂、喷雾剂、栓剂、绷带、皮肤贴片或适合于局部施用的任何其他制剂。
FTI或具有FTI的药物组合物可以被配制为气雾剂用于表面施用，例如，通过吸入(参见，例如，美国专利No.4,044,126、4,414,209和4,364,923，它们描述了用于递送对治疗炎症性疾病特别是哮喘有用的类固醇的气雾剂)。用于向呼吸道施用的这些制剂可以是气雾剂或用于喷雾器的溶液的形式，或作为用于吹入的微细粉末，单独地或与惰性载体如乳糖一起。在这样的情况下，制剂的颗粒将具有小于50微米或小于10微米的直径。
所述FTI或具有FTI的药物组合物可以配制用于局部或表面施用，例如，用于向皮肤和粘膜表面施用，如在眼睛中，以凝胶、乳膏和洗液的形式，用于向眼睛应用，或用于脑池内的或脊柱内的应用。对于穿表皮的递送以及对于向眼或粘膜施用，或对于吸入治疗，局部施用是期待的。也可以施用单独的、或与其他药学上可接受的赋形剂组合的活性化合物的鼻部溶液。这些溶液，特别是为眼科使用的那些，可以配制为具有适当的盐的、0.01％-10％等渗溶液，pH值约5-7。
其他施用途径，例如，穿表皮贴片和直肠施用也是本文期待的。例如，用于直肠施用的药物剂型有直肠栓剂、胶囊剂和片剂，用于全身的作用。本文使用直肠栓剂是指***直肠的固体实体，其在体温下熔化或软化释放一种或更多种药理学或治疗活性的成分。直肠栓剂中使用的药学上可接受的物质是基质或溶媒以及提高熔点的试剂。例如，基质的实例包括可可脂(可可豆油)、甘油明胶、聚乙二醇(聚氧乙二醇)，以及脂肪酸的甘油单酯、甘油二酯和甘油三酯的适当混合物。可以使用各种基质的组合。提高栓剂熔点的试剂包括鲸蜡和蜡。直肠栓剂可以通过压缩方法或通过模制来制备。直肠栓剂的示范性的重量是约2到3克。用于直肠施用的片剂和胶囊剂使用与口服施用相同的药学上可接受的物质和通过相同的制剂方法来制造。
本文提供的FTI或具有FTI的药物组合物通过本领域普通技术人员公知的控制释放手段或递送装置来施用。实例包括但不限于美国专利No.：3,845,770、3,916,899、3,536,809、3,598,123、和4,008,719、5,674,533、5,059,595、5,591,767、5,120,548、5,073,543、5,639,476、5,354,556、5,639,480、5,733,566、5,739,108、5,891,474、5,922,356、5,972,891、5,980,945、5,993,855、6,045,830、6,087,324、6,113,943、6,197,350、6,248,363、6,264,970、6,267,981、6,376,461,6,419,961、6,589,548、6,613,358、6,699,500和6,740,634中描述的那些，它们每一个通过引用合并在本文中。这样的剂型可以用于提供FTI的缓慢的或控制的释放，例如，羟丙基甲基纤维素、其他聚合基质、凝胶、渗透膜、渗透***、多层包衣、微粒、脂质体、微球体或其组合，来提供不同比例的期望的释放分布。本领域普通技术人员已知的适合的控制释放制剂，包括本文描述的那些，可以容易地选择，与本文提供的活性成分一起使用。
所有的控释药物产品的共同目标是相对它们的非控制对应物改善药物治疗。在一个实施方式中，在药物治疗中使用最优设计的控释制品的特征在于采用最少的药物物质来在最少时间内治愈或控制病症。在某些实施方式中，控释制剂的优点包括延长的药物活性、降低的给药频率以及提高的患者顺应性。另外，控释制剂可以用于影响作用力或其他特征的发起时间，例如，药物的血液水平，因而可以影响副作用(例如，有害的)的发生。
大多数控释制剂被设计以初步释放一定数量的药物(活性成分)，其立即产生期望的治疗效果，并逐渐和持续地释放其他数量的药物以在延长的时间段维持这种水平的治疗效果。为了维持体内这种恒定的药物水平，药物必需以一定速率从剂型释放，其将替换被身体代谢和排除的药物的数量。活性成分的控制释放可以通过各种条件刺激，包括但不限于pH值、温度、酶、水或其他生理条件或化合物。
在某些实施方式中，FTI可以使用静脉内输注、可植入的渗透泵、穿表皮贴片、脂质体或其他施用方式来施用。在一个实施方式中，可以使用泵(参见Sefton,CRC Crit.RefBiomed.Eng.14:201(1987)；Buchwald et al.,Surgery 88:507(1980)；Saudek et al.,N.Engl.J.Med.321:574(1989)。在另一个实施方式中，可以使用聚合材料在又一个实施方式中，控制释放***可以放置于接近治疗目标(例如，肺部)，即，因而仅需要全身剂量的一部分(参见，例如，Goodson,Medical Applications of Controlled Release,vol.2,pp.115-138(1984))。
在某些实施方式中，控制释放设备被引入对象中接近不适当的免疫活化或肿瘤的位置。在Langer的综述(Science 249:1527-1533(1990))中讨论了其他控释***。F可以分散在固体内基质中，例如，聚甲基丙烯酸甲酯、聚丁基丙烯酸甲酯、增塑的或不增塑的聚氯乙烯、增塑尼龙、增塑聚乙二醇对酞酸酯、天然橡胶、聚异戊二烯、聚异丁烯、聚丁二烯、聚乙烯、乙烯-醋酸乙烯酯共聚物、硅酮橡胶、聚二甲基硅氧烷、硅酮碳酸盐共聚物、亲水性聚合物，例如，丙烯酸和甲基丙烯酸的酯的水凝胶，胶原蛋白、交联的聚乙烯醇和交联的部分水解的聚乙酸乙烯酯，其由外部的聚合的膜围绕，例如，聚乙烯、聚丙烯、乙烯/丙烯共聚物、乙烯/丙烯酸乙酯共聚物、乙烯/乙烯基乙酯共聚物、硅酮橡胶、聚二甲基硅氧烷、氯丁橡胶、氯化聚乙烯、聚氯乙烯、与醋酸乙烯脂的氯乙烯共聚物、偏二氯乙烯、乙烯和丙烯、离子聚合物聚对苯二甲酸乙二醇酯、丁基橡胶氯醇橡胶、乙烯/乙烯醇共聚物、乙烯/醋酸乙烯脂/乙烯醇三聚物和乙烯/乙烯氧基乙醇共聚物，它们在体液中是不溶的。活性成分然后在释放速率控制步骤中通过外部的聚合膜扩散。这样的胃肠外组合物中含有的活性成分的百分比高度取决于它的具体性质，以及对象的需求。
FTI或FTI的药物组合物可以被包装为含有包装材料、本文提供的化合物或其药学上可接受的盐以及标签的制造物，其被用于治疗、预防或改善癌症的一种或更多种症状或进展，包括血液学癌症和实体肿瘤，所述标签表明所述化合物或其药学上可接受的盐被用于治疗、预防或改善癌症的一种或更多种症状或进展，包括血液学癌症和实体肿瘤。
本文提供的制造物含有包装材料。用于包装药物产品的包装材料是本领域技术人员公知的。参见，例如，美国专利No.5,323,907、5,052,558和5,033,252。药物包装材料的实例包括但不限于，泡罩包装、瓶子、试管、吸入器、泵、袋子、小瓶、容器、注射器、笔、瓶子，和适合于选定的制剂以及施用和治疗的预期方式的任何包装材料。本文提供的化合物和组合物的各种各样的制剂是期待的。
2.3.剂量
在某些实施方式中，治疗有效量的具有FTI的药物组合物被口服施用或胃肠外施用。在某些实施方式中，具有替吡法尼作为活性成分的药物组合物以1直到1500mg/kg每天的数量口服施用，作为单次剂量或分成超过一个剂量，或更特别地，以10到1200mg/kg每天的数量施用。在某些实施方式中，具有替吡法尼作为活性成分的药物组合物以100mg/kg每天、200mg/kg每天、300mg/kg每天、400mg/kg每天、500mg/kg每天、600mg/kg每天、700mg/kg每天、800mg/kg每天、900mg/kg每天、1000mg/kg每天、1100mg/kg每天或1200mg/kg每天的数量口服施用。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
在某些实施方式中，FTI以200-500mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，FTI以200-1200mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，FTI以200mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，FTI以300mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，FTI以400mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，FTI以500mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，FTI以600mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，FTI以700mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，FTI以800mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，FTI以900mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，FTI以1000mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，FTI以1100mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，FTI以1200mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，FTI以1300mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，FTI以1400mg每天的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
在某些实施方式中，所述FTI以200-1400mg b.i.d.(即，每天两次)的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以300-1200mg b.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以300-900mg b.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以600mg b.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以700mg b.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以800mgb.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以900mg b.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以1000mg b.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以1100mg b.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以1200mg b.i.d的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
本领域的普通技术人员将理解，剂量变化取决于采用的剂型、患者的状况和敏感性、施用途径以及其他因素。确切剂量将由医师根据与要治疗的对象相关的因素决定。调节剂量和施用来提供足够水平的活性成分或维持期望的效果。可以考虑的因素包括疾病状态的严重度，对象的一般健康，对象的年龄、体重和性别，饮食，施用的时间和频率，药物组合，反应敏感性以及对治疗的耐受/响应。在治疗周期内，日剂量可以变化。在某些实施方式中，起始剂量可以在治疗周期内滴定降低。在某些实施方式中，起始剂量可以在治疗周期内滴定提高。最终剂量可以取决于剂量限制性毒性的发生和其他因素。在某些实施方式中，所述FTI以300mg每天的起始剂量施用，逐步升高到400mg、500mg、600mg、700mg、800mg、900mg、1000mg、1100mg或1200mg每天的最大剂量。在某些实施方式中，所述FTI以400mg每天的起始剂量施用，逐步升高到500mg、600mg、700mg、800mg、900mg、1000mg、1100mg或1200mg每天的最大剂量。在某些实施方式中，所述FTI以500mg每天的起始剂量施用，逐步升高到600mg、700mg、800mg、900mg、1000mg、1100mg或1200mg每天的最大剂量。在某些实施方式中，所述FTI以600mg每天的起始剂量施用，逐步升高到700mg、800mg、900mg、1000mg、1100mg或1200mg每天的最大剂量。在某些实施方式中，所述FTI以700mg每天的起始剂量施用，逐步升高到800mg、900mg、1000mg、1100mg或1200mg每天的最大剂量。在某些实施方式中，所述FTI以800mg每天的起始剂量施用，逐步升高到900mg、1000mg、1100mg或1200mg每天的最大剂量。在某些实施方式中，所述FTI以900mg每天的起始剂量施用，逐步升高到1000mg、1100mg或1200mg每天的最大剂量。剂量递增可以一次进行或分步进行。例如，600mg每天的起始剂量可以逐步升高到1000mg每天的最终剂量，通过在4天过程中每天提高100mg，或通过在2天过程中每天提高200mg，或一次提高400mg。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。
在某些实施方式中，取决于患者响应和其他因素，所述FTI以相对高的起始剂量施用，并滴定降低到较低的剂量。在某些实施方式中，所述FTI以1200mg每天的起始剂量施用，降低到1100mg、1000mg、900mg、800mg、700mg、600mg、500mg、400mg或300mg每天的最终剂量。在某些实施方式中，所述FTI以1100mg每天的起始剂量施用，降低到1000mg、900mg、800mg、700mg、600mg、500mg、400mg或300mg每天的最终剂量。在某些实施方式中，所述FTI以1000mg每天的起始剂量施用，降低到900mg、800mg、700mg、600mg、500mg、400mg或300mg每天的最终剂量。在某些实施方式中，所述FTI以900mg每天的起始剂量施用，降低到800mg、700mg、600mg、500mg、400mg或300mg每天的最终剂量。在某些实施方式中，所述FTI以800mg每天的起始剂量施用，降低到700mg、600mg、500mg、400mg或300mg每天的最终剂量。在某些实施方式中，所述FTI以600mg每天的起始剂量施用，降低到500mg、400mg或300mg每天的最终剂量。所述剂量降低可以一次性进行或分步进行。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。例如，900mg每天的起始剂量可以降低到600mg每天的最终剂量，通过在3天过程中每天降低100mg，或通过一次性降低300mg。
治疗周期可以有不同的长度。在某些实施方式中，治疗周期可以是一周、2周、3周、4周、5周、6周、7周、8周、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月或12个月。在某些实施方式中，治疗周期是4周。治疗周期可以有间歇的日程。在某些实施方式中，2周的治疗周期可以有5天给药，随后是9天休息。在某些实施方式中，2周的治疗周期可以有6天给药，随后是8天休息。在某些实施方式中，2周的治疗周期可以有7天给药，随后是7天休息。在某些实施方式中，2周的治疗周期可以有8天给药，随后是6天休息。在某些实施方式中，2周的治疗周期可以有9天给药，随后是5天休息。
在某些实施方式中，在重复的4周周期中，所述FTI在4周中的3周每天施用。在某些实施方式中，在重复的4周中期中，所述FTI在交替的周施用(一周施用，一周停用)。在某些实施方式中，所述FTI以300mg b.i.d.口服的剂量在重复的4周周期中施用持续4周中的3周。在某些实施方式中，在重复的4周周期中，所述FTI以600mg b.i.d.口服的剂量施用持续4周中的3周。在某些实施方式中，在重复的4周周期中，所述FTI以900mg b.i.d.口服的剂量在交替的周施用(一周施用，一周停用)。在某些实施方式中，所述FTI以1200mg b.i.d.口服的剂量在交替的周施用(重复的28天周期的第1-7天和第15-21天)。在某些实施方式中，所述FTI以1200mg b.i.d.口服的剂量在重复的28天周期的第1-5天和第15-19天施用。
在某些实施方式中，可以采用900mg b.i.d.替吡法尼交替周服用法。根据该服用法，在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天，患者接受900mg po b.i.d.的起始剂量。在某些实施方式中，患者接受两个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受三个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受四个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受五个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受六个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受七个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受八个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受九个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受十个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受十一个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受十二个治疗周期。在某些实施方式中，患者接受超过十二个治疗周期。
在没有不可管理的毒性的情况下，对象可以继续接受替吡法尼治疗达12个月。如果对象良好耐受治疗，剂量还可以提高到1200mg b.i.d.。还可以包括逐步的300mg剂量降低来控制治疗相关的、治疗紧急的毒性。
在某些其他实施方式中，在28天治疗周期中，替吡法尼以300mg b.i.d.每天的剂量口服给予持续21天，随后1周休息(21-天日程；Cheng DT,et al,JMolDiagn.(2015)17(3):251-64)。在某些实施方式中，采用25到1300mg b.i.d.的5天给药，随后9天休息(5-天日程；Zujewski J.,J Clin Oncol,(2000)Feb；18(4):927-41)。在某些实施方式中，采用7天b.i.d.给药，随后7天休息(7-天日程；Lara PN Jr.,Anticancer Drugs.,(2005)16(3):317-21；Kirschbaum MH,Leukemia.,(2011)Oct；25(10):1543-7；Kurzrock,Clin CancerRes(2008),14(2):509)。在7天日程中，患者可以接受300mg b.i.d.的起始剂量，300mg剂量递增到1800mg b.i.d.的最大计划剂量。在7天日程研究中，患者还可以达到1600mg b.i.d.的剂量在28天周期的第1-7天和第15-21天接受替吡法尼b.i.d.。
当按照每天两次给药日程施用时，FTI可以抑制哺乳动物肿瘤的生长。每天单次剂量持续一到五天的FTI施用可以产生显著的肿瘤生长抑制持续到至少21天。在某些实施方式中，以50-400mg/kg的剂量范围施用FTI。在某些实施方式中，以200mg/kg施用FTI。具体FTI的给药方案也是本领域公知的(例如，美国专利No.6838467，通过引用以其整体合并在本文中)。例如，化合物阿加来必(WO98/28303)、紫苏醇(WO 99/45712)、SCH-66336(美国专利No.5,874,442)、L778123(WO 00/01691)、2(S)-[2(S)-[2(R)-氨基-3-巯基]丙基氨基-3(S)-甲基]-戊氧基-3-苯基丙酰基-蛋氨酸砜(WO94/10138)、BMS 214662(WO97/30992)、AZD3409；Pfizer化合物A和B(WO 00/12499和WO 00/12498)的适合剂量在上述专利说明书中给出，通过引用将它们合并在本文中，或是本领域技术人员已知的或可以容易确定的。
对于紫苏醇，药物可以每150磅人类患者每天施用1-4g。优选的，每150磅人类患者每天1-2g。根据特定的应用，SCH-66336一般可以以0.1mg到100mg的单位剂量施用，更优选的约1mg到300mg。化合物L778123和1-(3-氯苯基)-4-[1-(4-氰苄基)-5-咪唑基甲基]-2-哌嗪酮可以以约0.1mg/kg体重到约20mg/kg体重每天的数量向人类患者施用，优选的每天0.5mg/kg体重到约10mg/kg体重之间。
Pfizer化合物A和B可以在单独的剂量或分开的(即，多次)剂量中以约0.1mg直到约500mg每天的剂量施用，优选的约1到约100mg每天。治疗化合物通常在单独的或分开的剂量中以约0.01到约10mg每kg体重每天的剂量每天施用。BMS 214662可以在单次剂量或2到4个分开的剂量中以约0.05到200mg/kg/天，优选的小于100mg/kg/天的剂量施用。
2.4.组合治疗
在某些实施方式中，FTI治疗与放疗或放射治疗组合施用。放疗包括使用γ-射线、X-射线，和/或放射性同位素向肿瘤细胞的直接递送。其他形式的DNA破坏因素也是期待的，例如，微波、质子束辐射(美国专利No.5,760,395和4,870,287；它们所有通过引用以它们的整体合并在本文中)，和UV-照射。最可能的是所有这些因素对DNA、对DNA的前体、对DNA的复制和修复、以及对染色体的组装和维持起到广泛的破坏。
在某些实施方式中，施用治疗有效量的具有FTI的药物组合物，其有效地使宿主中的肿瘤对辐射敏感。(美国专利No.6545020，通过引用以其整体合并在本文中)。辐射可以是电离辐射，特别是gamma辐射。在某些实施方式中，gamma辐射通过线性加速器或通过放射性核素发出。放射性核素对肿瘤的辐射可以是外部的或内部的。
辐射还可以是X-射线辐射。X-射线的剂量范围从50到200伦琴的每日剂量持续延长的时间(3到4周)，到2000到6000伦琴的单次剂量。放射性同位素的剂量范围变化很大，取决于同位素的半衰期、发出的辐射的强度和类型，以及赘生性细胞的摄取。
在某些实施方式中，在辐射肿瘤之前，开始施用药物组合物达到一个月，特别地达到10天或一周。另外，辐射肿瘤被分开，施用药物组合物维持在第一次和最后一次辐射期间之间的间隔中。
FTI的数量、辐射的剂量以及辐射剂量的间歇将取决于一系列参数，例如，肿瘤的类型、它的位置、患者对化疗或放疗的反应，最终由医师或放射科医师就每个单独的病例来确定。
在某些实施方式中，本文提供的方法进一步包括向所述对象施用治疗有效量的第二活性试剂或支持护理治疗。所述第二活性试剂可以是化学治疗剂。化学治疗剂或药物可以通过它在细胞内的活性方式来分类，例如，是否和在什么阶段影响细胞周期。做为选择，试剂可以根据它直接交联DNA的能力、***DNA的能力、或通过影响核酸合成来诱导染色体和有丝***畸变来表征。
化学治疗剂的实例包括烷化剂，例如，塞替派和环磷酰胺；磺酸烷基酯(alkylsulfonate)，例如，白消安、英丙舒凡和哌泊舒凡；氮丙啶，例如，苯佐替哌(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、美妥替哌(meturedopa)、和乌瑞替哌(uredopa)；乙撑亚胺类(ethylenimine)和甲基蜜胺类(methylamelamine),包括六甲蜜胺(altretamine)、三乙撑蜜胺(triethylenemelamine)、三乙撑磷酰胺(trietylenephosphoramide)、三乙撑硫化磷酰胺(triethiylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylolomelamine)；番荔枝内酯类(acetogenin)(特别是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；喜树碱(camptothecin)(包括合成类似物拓扑替康(topotecan)；苔藓抑素(bryostatin)；callystatin；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin)、卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；隐藻素类(cryptophycin)(特别是隐藻素1和隐藻素8)；多拉司他丁(dolastatin)；倍癌霉素(duocarmycin)(包括合成类似物，KW-2189和CB1-TM1)；软珊瑚醇(eleutherobin)；水鬼蕉碱(pancratistatin)；匍枝珊瑚醇(sarcodictyin)；海绵抑制素(spongistatin)；氮芥类，例如，苯丁酸氮芥、萘氮芥、氯磷酰胺、雌氮芥、异环磷酰胺、甲二氯二乙胺、甲二氯二乙胺氧化物盐酸盐、美法仑、新氮芥(novembichin)、胆甾醇对苯乙酸氮芥(phenesterine)、泼尼氮芥(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)、尿嘧啶氮芥(uracilmustard)；亚硝基脲(nitrosurea)，例如，卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimustine)；抗生素，诸如烯二炔抗生素(例如卡奇霉素(calicheamicin)、特别是卡奇霉素γ1I和卡奇霉素ωI1)；达内霉素(dynemicin)，包括达内霉素A；双膦酸盐，，例如，氯屈膦酸盐(clodronate)；埃斯培拉霉素(esperamicin)；以及新制癌菌素发色团和相关色素蛋白烯二炔抗生素发色团)、阿克拉霉素(aclacinomysin)、放线菌素(actinomycin)、氨茴霉素(authramycin)、偶氮丝氨酸(azaserine)、争光霉素(bleomycin)、放线菌素C(cactinomycin)、卡柔比星(carabicin)、洋红霉素(caminomycin)、嗜癌素(carzinophilin)、色霉素(chromomycini)、更生霉素(dactinomycin)、道诺霉素、地托比星(detorubicin)、6-重氮基-5-侧氧基-L-正亮氨酸、多柔比星(包括吗啉代-多柔比星、氰基吗啉代-多柔比星、2-吡咯啉基-多柔比星和脱氧多柔比星)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素(诸如丝裂霉素C)、霉酚酸(mycophenolicacid)、诺加霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泼非霉素(potfiromycin)、嘌呤霉素(puromycin)、奎那霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑霉素(streptonigrin)、链佐星(streptozocin)、杀结核菌素(tubercidin)、乌苯美司(ubenimex)、净司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代谢药，诸如氨甲蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，诸如迪诺特宁(denopterin)、蝶罗呤(pteropterin)、曲美沙特(trimetrexate)；嘌呤类似物，例如，氟达拉滨(fludarabine)、6-巯基嘌呤、噻咪嘌呤、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，例如，环胞苷、阿扎胞苷、6-氮尿苷、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷、双脱氧尿苷、脱氧氟尿苷、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷；雄激素，诸如卡芦睾酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolonepropionate)、环硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睾内酯(testolactone)；抗肾上腺药，例如，米托坦、曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，例如，亚叶酸(frolinic acid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamide glycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；贝斯布西(bestrabucil)；比生群；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；秋水仙胺(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；依洛尼塞(elfomithine)；依利醋铵(elliptiniumacetate)；埃博霉素(epothilone)；乙环氧啶(etoglucid)；硝酸镓；羟基脲；蘑菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；类美登素(maytansinoid)，诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌；莫哌达醇(mopidanmol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他汀(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；2-乙酰肼；丙卡巴肼；PSK多糖复合物；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西佐喃(sizofuran)；锗螺胺(spirogermanium)；替奴佐酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2',2-三氯三乙胺；单端孢霉烯(trichothecene)(特别是T-2毒素、粘液霉素A(verracurin A)、杆孢菌素A(roridin A)和蛇形菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)；达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；加西托星(gacytosine)；阿糖胞苷("Ara-C")；环磷酰胺；类紫杉醇，例如紫杉醇和多西他赛吉西他滨(docetaxelgemcitabine)6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；铂配位络合物，例如，顺铂、奥沙利铂和卡铂；长春碱；铂；依托泊苷(VP-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌；长春新碱；长春瑞滨(vinorelbine)；诺消灵(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；依达曲沙；柔红霉素；氨基喋呤；希罗达(xeloda)；伊班膦酸盐(ibandronate)；伊立替康(例如，CPT-11)；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄素，例如，视黄酸；卡培他滨(capecitabine)卡铂、甲基苄肼(procarbazine)、林可霉素(Lincomycin)、吉西他滨、诺维本(navelbine)、反铂(transplatinum)；和以上任一项的药学上可接受的盐、酸或衍生物。
第二活性试剂可以是大分子(例如，蛋白质)或小分子(例如，合成的无机的、有机金属的或有机的分子)。在某些实施方式中，所述第二活性试剂是DNA-低甲基化试剂、特异性结合癌症抗原的治疗性抗体、造血生长因子、细胞因子、抗癌试剂、抗生素、Cox-2抑制剂、免疫调节试剂、抗胸腺细胞球蛋白、免疫抑制试剂、皮质类固醇或其药理学活性变体或衍生物。
在某些实施方式中，所述第二活性试剂是DNA低甲基化试剂，例如，胞苷类似物(例如，阿扎胞苷)或5-氮脱氧胞嘧啶(例如地西他滨)。在某些实施方式中，所述第二活性试剂是细胞减灭试剂，包括但不限于Induction、托泊替康(Topotecan)、羟基脲(Hydrea)、PO依托泊苷(PO Etoposide)、来那度胺(Lenalidomide)、LDAC和硫鸟嘌呤(Thioguanine)。在某些实施方式中，所述第二活性试剂是米托蒽醌、依托泊苷、阿糖胞苷或伐司朴达(Valspodar)。在某些实施方式中，所述第二活性试剂是米托蒽醌加伐司朴达、依托泊苷加伐司朴达、或阿糖胞苷加伐司朴达。在某些实施方式中，所述第二活性试剂是伊达比星、氟达拉滨、托泊替康或ara-C。在某些其他实施方式中，所述第二活性试剂是伊达比星加ara-C、氟达拉滨加ara-C、米托蒽醌加ara-C或拓普替康(topotecan)加ara-C。在某些实施方式中，所述第二活性试剂是奎宁。可以使用上文指出的试剂的其他组合，剂量可以由医师确定。
在某些实施方式中，所述第二活性试剂是免疫治疗试剂。在某些实施方式中，所述第二活性试剂是抗-PD1抗体或抗-PDL1抗体。
在某些实施方式中，期待的是与FTI组合使用的所述第二活性试剂或第二治疗可以在FTI治疗之前、同时或之后施用。在某些实施方式中，与FTI组合使用的所述第二活性试剂或第二治疗可以在FTI治疗之前施用。在某些实施方式中，与FTI组合使用的所述第二活性试剂或第二治疗可以与FTI治疗同时施用。后某些实施方式中，与FTI组合使用的所述第二活性试剂或第二治疗可以在FTI治疗之后施用。
FTI治疗还可以与骨髓移植组合施用。在某些实施方式中，FTI在骨髓移植之前施用。在其他实施方式中，FTI在骨髓移植之后施用。
3.FTI治疗的生物标志物
本文提供的是对于使用法尼基转移酶抑制剂(FTI)治疗选择头颈部鳞状细胞癌(SCCHN)和肺部鳞状细胞癌(肺部SCC)患者的方法。法尼基转移酶(FTase)在Ras蛋白的翻译后修饰中具有关键作用。FTI是一类生物学活性抗癌药物，其抑制大范围的目标蛋白包括Ras的法尼基化。Ras蛋白在细胞生长刺激信号的转导中起到关键作用，ras基因的突变导致蛋白质的永久活化，最终产生不受控的细胞增殖。在所有人类癌症的30％中发现的突变ras基因的高发生率使得这一途径成为抗癌药物开发的吸引人的目标。干扰Ras功能的一种途径是通过FTI抑制FTase，该酶将15-碳的异戊烯基基团偶联到Ras蛋白。FTI通过抑制FTase阻断Ras活化，最终引起细胞生长延滞。因而，预计FTI将是癌症治疗中有效的治疗试剂。
然而，在过去的临床研究中，在ras突变和对FTI的响应之间没有证明相关性(Karpet al.Blood 97:3361-3369(2001)和美国专利公开20070048782))。虽然几项早期的临床研究集中于展现了高频率ras突变的癌症，在这些试验中的响应率是令人失望的低的。(Mesa Lancet Oncol 6:279-286(2006)；Rao et al.J Clin Oncol 22:3950-3957(2004))
一种FTI——替吡法尼的早期研究在不良风险的和早期未治疗的AML患者中(CTEP-20 II期)、以及在患有复发性/难治性AML的AML患者中(INT-17II期)进行。对比最佳支持护理(BSC)的替吡法尼III期研究未能展现总体存活的改善多个基因/蛋白在文献中已经与FTI的活性相关联(AKAP13,mDIA,etc.)(Raponi et al.Clin Cancer Res.13:2254-60(2007)；Kamasani et al.Cancer Biology&Therapy,6:1418-1423(2007))，来自2项AML研究(CTEP-20，INT-17)的骨髓样品中基因表达分布的分析鉴定出2种基因RASGRP1(T细胞信号转导物)和APTX(DNA修复蛋白)的表达比例是替吡法尼在AML中的活性的潜在生物标志物(Raponi et al.Blood.111:2589-96(2008))。然而，随后利用骨髓胚细胞中的2基因比例作为包含指标的远景研究未能证明替吡法尼在AML中的显著临床效益(Lancet et al.Blood(ASH)120:Abstract 1508(2012))。
本发明鉴定出HRAS突变作为与FTI治疗的更好预后相关的生物标志物，本文提供了新的方法来选择FTI治疗的患者。本申请中鉴定出的HRAS突变与FTI治疗的临床效益特异性相关，但是不与其他标准化疗的试剂的临床效益特异性相关。
如本文公开的，所述方法还可以与其他患者分层方法联合使用，来进一步提高患者群体对FTI治疗的响应率。例如，在某些实施方式中，本文提供的方法进一步包括测定HRAS基因的突变状态，并选择FTI治疗的患者，如下文更详细地描述的。在某些实施方式中，本文提供的方法进一步包括测定ras基因的突变状态，当所述患者具有伴随野生型K-ras和野生型N-ras的HRAS突变时，选择患者进行FTI治疗。在其他实施方式中，本文提供的方法可以进一步包括使用RASGRP1和APTX之间的2基因比例作为FTI治疗的另外的患者选择指标(美国专利No.7,932,036，通过引用以其整体合并在本文中)。本文描述的或本领域已知的方法可以用于确定ras基因例如HRAS基因的突变状态。在某些实施方式中，ras基因例如HRAS的突变状态可以通过NGS来测定。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括测定生物标志物的表达水平。在某些实施方式中，生物标志物的表达水平可以是所述生物标志物的蛋白质水平。在某些实施方式中，生物标志物的表达水平可以是所述生物标志物的RNA水平。测定蛋白质水平或基因的RNA水平的本文描述的或本领域已知的任何方法可以用于测定本发明中的生物标志物的表达水平。
检测或定量mRNA水平的示范性的方法包括但不限于基于PCR的方法、Northern印迹、核糖核酸酶保护分析，等。mRNA序列(例如，生物标志物的mRNA，如CRBN或CAP、或其片段)可以用于制备至少部分互补的探针。然后，使用任何适合的分析，例如基于PCR的方法、Northern印迹、试纸片分析等，所述探针可以用于检测样品中的mRNA序列，
用于定量样品中mRNA表达的本领域已知的通用方法包括northern印迹和原位杂交(Parker&Barnes,Methods in Molecular Biology 106:247-283(1999))；RNAse保护分析(Hod,Biotechniques 13:852-854(1992))；和聚合酶链式反应(PCR)(Weis et ah,Trends in Genetics 8:263-264(1992))。做为选择，可以使用能识别特定双链体的抗体，所述双链体包括DNA双链体、RNA双链体，和DNA-RNA杂交双链体或DNA-蛋白质双链体。基于测序的基因表达分析的典型方法包括基因表达的连续分析(Serial Analysis of GeneExpression，SAGE)，和通过大规模平行标记测序(massively parallel signaturesequencing，MPSS)的基因表达分析。
敏感和灵活的定量方法是PCR。PCR方法的实例可以在文献中找到。PCR分析的实例可以在美国专利No.6,927,024中找到，通过引用以其整体合并在本文中。RT-PCR方法的实例可以在美国专利No.7,122,799中找到，通过引用以其整体合并在本文中。荧光原位PCR的方法在美国专利No.7,186,507中描述，通过引用以其整体合并在本文中。
然而要注意的是，其他核酸扩增方案(即，PCR之外的)也可以用于本文描述的核酸分析方法。例如，适合的扩增方法包括连接酶链式反应(参见，例如，Wu&Wallace,Genomics4:560-569,1988)；链转移分析(参见，例如，Walker et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:392-396,1992；美国专利No.5,455,166)；以及几种基于转录的扩增***，包括美国专利No.5,437,990；5,409,818；和5,399,491中描述的方法；转录扩增***(TAS)(Kwoh et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:1173-1177,1989)；和自持的序列复制(3SR)(Guatelli etal.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87:1874-1878,1990；WO 92/08800)。做为选择，可以使用将探针扩增到可检测水平的方法，例如，Q-复制酶扩增(Kramer&Lizardi,Nature 339:401-402,1989；Lomeli et al.,Clin.Chem.35:1826-1831,1989)。例如，Abramson and Myersin Current Opinion in Biotechnology 4:41-47(1993)提供了对已知扩增方法的综述。
mRNA可以从起始组织样品中分离。mRNA提取的一般方法是本领域公知的，在分子生物学的标准教科书中公开，包括Ausubel et al.,Current Protocols of MolecularBiology,John Wiley and Sons(1997)。特别地，RNA分离可以使用来自商业厂家例如Qiagen的纯化试剂盒、缓冲液组和蛋白酶，根据厂家的说明书来进行。例如，培养物中细胞的总RNA可以使用Qiagen RNeasy迷你柱进行分离。其他商业上可获得的RNA分离试剂盒包括全DNA和RNA纯化试剂盒(Madison,Wis.)，和Paraffin Block RNA分离试剂盒(Ambion,Inc.)。来自组织样品的总RNA可以使用RNAStat-60(Tel-Test)分离。从肿瘤制备的RNA可以通过例如氯化铯密度梯度离心来分离。
在某些实施方式中，通过PCR的基因表达轮廓化的第一个步骤是RNA模板向cDNA的逆转录，随后是在PCR反应中指数扩增。在其他实施方式中，可以使用组合的逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)反应，例如，美国专利No.5,310,652；5,322,770；5,561,058；5,641,864和5,693,517中描述的。两个常用的逆转录酶是禽成髓细胞瘤病毒逆转录酶(AMV-RT)和莫洛尼鼠类白血病病毒逆转录酶(MMLV-RT)。取决于环境和表达轮廓化的目标，逆转录步骤一般使用特异性引物、随机六聚体、或寡－dT引物来启动。例如，可以利用GENEAMPTMRNA PCR试剂盒(Perkin Elmer,Calif,USA)按照厂家的说明书的指导将提取的RNA逆转录。然后得来的cDNA可被用作随后的PCR反应中的模板。
在某些实施方式中，实时逆转录-PCR(qRT-PCR)可以用于RNA目标的检测和定量(Bustin,et al,2005,Clin.Sci.,109:365-379)。基于qRT-PCR的方法可以在例如美国专利No.7,101,663中找到，通过引用以其整体合并在本文中。实时PCR的仪器，例如，AppliedBiosystems 7500是商业上可获得的，试剂例如TaqMan Sequence Detection chemistry也是。
例如，可以根据厂家的说明书使用Gene Expression Assays。这些试剂盒是用于人类、小鼠和大鼠mRNA转录产物的快速可靠检测和定量的预先配制的基因表达分析。可以使用如美国专利No.5,210,015；5,487,972和5,804,375；以及Holland et al.,1988,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:7276-7280中描述的或5'-核酸酶分析。PCR一般利用Taq或Tth聚合酶的5'-核酸酶活性来水解与其目标扩增子结合的杂交探针，但是可以使用具有相当5'核酸酶活性的任何酶。两种寡核苷酸引物用于产生PCR反应典型的扩增子。设计第三寡核苷酸或探针以检测位于两个PCR引物之间的核苷酸序列。所述探针是不可通过Taq DNA聚合酶延伸的，用报告荧光染料和淬灭荧光染料标记。当两种染料处于探针上紧密靠近时，来自报告染料的任何激光诱导的发射被淬灭染料淬灭。在扩增反应期间，Taq DNA聚合酶以模板依赖性方式裂解探针。产生的探针片段在溶液中分离，来自释放的报告染料的信号远离了第二荧光团的淬灭效果。从每个合成的新分子释放一个分子的报告染料，检测未淬灭的报告染料提供了定量解释数据的基础。
任何适合于检测降解产物的方法可以用于5'核酸酶分析中。通常，检测探针用两种荧光染料标记，其中的一种能够淬灭另一种染料的荧光。染料附着到探针上，优选地一个附着于5'末端，另一个附着于内部位点，从而当探针处于非杂交状态时发生淬灭，并且DNA聚合酶的5'到3'核酸外切酶活性对探针的裂解发生于两个染料之间。
扩增引起探针在染料之间裂解，伴随着淬灭的消除，和来自起初被淬灭染料的可见荧光提高。通过测量反应荧光的提高来监视降解产物的积累。美国专利No.5,491,063和5,571,673描述了检测伴随扩增发生的探针降解的方法，通过引用都合并在本文中。5'-5'-核酸酶分析数据最初可以表示为Ct，或阈值循环。如上文讨论的，在每个周期期间记录荧光值，代表扩增反应中到达该点扩增的产物数量。在荧光信号被统计学上显著地首次记录时的点是阈值循环(Ct)。
为了最小化误差和样品与样品间变异的效应，通常使用内标准物进行PCR。理想的内标准物在不同的组织间以恒定水平表达，并且不受实验处理的影响。正常化基因表达模式的最常用的RNA是持家基因甘油醛-3-磷酸-脱氢酶(GAPDH)和β-肌动蛋白的mRNA。
基于要扩增的基因中存在的内含子序列设计PCR引物和探针。在这个实施方式中，引物/探针设计的第一个步骤是勾划基因内的内含子序列。这可以通过公众可获得的软件如Kent,W.,Genome Res.12(4):656-64(2002)开发的DNA BLAT软件，或通过包括其变体的BLAST软件来进行。随后的步骤遵循PCR引物和探针设计的充分确立的方法。
为了避免非特异性信号，在设计引物和探针时重要的是屏蔽内含子之内的重复序列。通过使用可由Baylor College of Medicine在线获得的RepeatMasker程序可以容易地实现这一点，该软件针对重复元件的库筛选DNA序列，并返回屏蔽了重复元件的查询序列。掩蔽的内含子序列然后可以用于设计引物和探针序列，使用任何商业上或公众可获得的引物/探针设计程序包，例如，Primer Express(Applied Biosystems)；MGB assay-by-design(Applied Biosystems)；Primer3((Rozen and Skaletsky(2000)针对普通用户和生物学程序员的WWW上的Primer3，In:Krawetz S,Misener S(eds)Bioinformatics Methods andProtocols:Methods in Molecular Biology.Humana Press,Totowa,N.J.,pp 365-386)。
PCR引物设计中考虑的因素包括引物长度、熔解温度(Tm)和G/C含量，特异性，互补引物序列以及3'-末端序列。一般地，最佳的PCR引物长度一般是17-30个碱基，含有约20-80％，例如约50-60％的G+C碱基。50到80℃之间，例如，约50到70℃的Tm一般是优选的。PCR引物和探针设计的进一步的指导参见，例如，Dieffenbach et ah,"General Concepts forPCR Primer Design"in:PCR Primer,A Laboratory Manual,Cold Spring HarborLaboratory Press,New York,1995,pp.133-155；Innis and Gelfand,"Optimization ofPCRs"in:PCR Protocols,A Guide to Methods and Applications,CRC Press,London,1994,pp.5-11；and Plasterer,T.N.Primerselect:Primer and probe design.MethodsMol.Biol.70:520-527(1997)它们的全部内容通过引用明确地合并在本文中。
例如，示范性的PCR程序是50℃2分钟、95℃10分钟，40个循环的95℃15秒然后60℃1分钟。为了确定与超过阈值的特定扩增子积累相关的荧光信号时的循环数(CT)，可以分析数据，例如，利用比较CT相对数量计算方法，使用7500实时PCR***序列检测(7500Real-Time PCR System Sequence Detection)软件vl.3。使用这种方法，输出被表示为表达水平的倍数变化。在某些实施方式中，可以选择软件自动地确定的阈值水平。在某些实施方式中，阈值水平被设置为高于基线，但足够低以处于扩增曲线的指数生长区之内。
RNA-Seq也称为全转录组鸟枪测序(Whole Transcriptome Shotgun Sequencing，WTSS)，是指使用高通量测序技术对cDNA进行测序，以获得有关样品RNA含量的信息描述RNA-Seq的公开文献包括：Wang et al.,Nature Reviews Genetics 10(1):57-63(January2009)；Ryan et al.BioTechniques 45(1):81-94(2008)；和Maher et al.,Nature 458(7234):97-101(January 2009)；通过引用以它们的整体合并在本文中。
使用微阵列技术也可以鉴定或确认差异基因表达。在这种方法中，将感兴趣的多核苷酸序列(包括cDNA和寡核苷酸)在微芯片衬底上成板或阵列。然后将阵列序列与来自感兴趣的细胞或组织的特异性DNA探针杂交。
在微阵列技术的实施方式中，cDNA克隆的PCR扩增出的***物以紧密的阵列施加到基底上。优选的至少10,000个核苷酸序列施加到基底上。以各自10,000个元件固定在微芯片上的微阵列基因适合于在严格条件下杂交。荧光标记的DNA探针可以通过提取自感兴趣组织的RNA的逆转录掺入荧光核苷酸来产生。施用到芯片上的标记的cDNA探针特异性地与阵列上的每个DNA斑点杂交。在严紧洗涤以除去非特异性结合的探针之后，通过共聚焦激光镜检术或通过另外的检测方法例如CCD照相机来扫描芯片。每个阵列单元的杂交的定量可供评定相应的mRNA丰度。利用双色荧光，产生自两个RNA来源的被分别标记的cDNA探针成对地与阵列杂交。因而同时地测定来自相应于每个指定基因的两个来源的转录产物的相对丰度。杂交的小型化规模提供了对大量基因的表达模式的方便和快速的评估。已经显示了这样的方法具有检测稀有的转录产物所需的敏感性，所述稀有的转录产物以每个细胞几个拷贝来表达，以及可再现地检测表达水平方面至少约两倍差异所需的敏感性(Schena etal.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93(2):106-149(1996))。可以通过商售的设备、按照厂家的说明书，例如通过利用Affymetrix GENCHIPTM技术或Incyte的微阵列技术来进行微阵列分析。
基因表达系列分析(SAGE)是一种容许同时和定量分析大量基因转录产物的方法，不需要为每个转录产物提供单独的杂交探针。首先，生成一个短序列标签(约10-14bp)，其含有足够的信息来唯一地识别转录产物，只要标签是从每个转录产物内的独特位置获得的。然后，将许多转录产物连接在一起形成长的连续分子，可以对其进行测序，同时揭示多个标签的身份。可通过确定单个标签的丰度并鉴定与每个标签相应的基因来定量评估任何转录产物群体的表达模式。更多的细节参见，例如，Velculescu et al,Science 270:484-487(1995)；和Velculescu et al,Cell 88:243-51(1997)。
MassARRAY(Sequenom，San Diego，Calif.)技术是一种利用质谱(MS)进行检测的自动化、高通量的基因表达分析方法。根据这种方法，在分离RNA、逆转录和PCR扩增之后，cDNA进行引物延伸。纯化cDNA衍生的引物延伸产物，并将其分配在预装有MALTI-TOF MS样品制备所需组分的芯片阵列上。通过分析所获质谱中的峰区域来定量反应中存在的各种cDNA。
mRNA水平还可以通过基于杂交的分析来测量。典型的mRNA分析方法可以包括步骤1)获得表面结合的目标探针；2)在足以提供特异性结合的条件下使mRNA的群体与表面结合的探针杂交，(3)杂交后洗涤来除去杂交中未结合的核酸；和(4)检测杂交的mRNA。取决于特定的应用，在这些步骤中的每一步中使用的试剂和使用的条件可以不同。
可以使用任何适合的分析平台来测定样品中的mRNA水平。例如，分析可以是测试片、膜、芯片、盘、测试条、过滤器、微球体、玻片、多孔板或光纤的形式。分析***可以具有固相支持物，与mRNA相应的核酸附着在其上。固相支持物可以是例如，塑料、硅、金属、树脂、玻璃、膜、颗粒、沉淀物、凝胶、聚合物、片层、球体、多糖、毛细管、薄膜、平板或玻片。可以制备分析成分，并包装在一起作为用于检测mRNA的试剂盒。
如果希望，所述核酸可以是标记的，以构建标记的mRNA的群体。一般地，可以使用本领域公知的方法来标记样品(例如，使用DNA连接酶，末端转移酶，或通过标记RNA主干，等；参见，例如Ausubel,et al,Short Protocols in Molecular Biology,3rd ed.,Wiley&Sons 1995 and Sambrook et al,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,ThirdEdition,2001 Cold Spring Harbor,N.Y.)。在某些实施方式中，所述样品用荧光标签来标记。示范性的荧光染料包括但不限于占吨染料、荧光素染料、罗丹明染料、异硫氰酸荧光素(FITC)、6羰基荧光素(FAM)、6羧基-2',4',7',4,7-六氯荧光素(HEX)、6羧基4',5'二氯2',7'二甲氧基荧光素(JOE或J)、N,N,N',N'四甲基6羧基罗丹明(TAMRA或T)、6羧基X罗丹明(ROX或R)、5羧基罗丹明6G(R6G5或G5)、6羧基罗丹明6G(R6G6或G6)和罗丹明110；花青染料，例如，Cy3、Cy5和Cy7染料；Alexa染料，例如，Alexa-氟-555；香豆素、二乙基氨基香豆素、伞形酮；苯酰亚胺染料，例如Hoechst 33258；菲啶染料，例如Texas Red；乙锭染料；吖啶染料；咔唑染料；吩恶嗪染料；卟啉染料；聚甲炔染料、BODIPY染料、氮萘染料、Pyrene、氯三嗪基荧光素、R110、曙红、JOE、R6G、四甲基罗丹明、Lissamine、ROX、萘酚荧光素，等等。
杂交可以在杂交条件下进行，其可以按需要变化严格度。典型的条件足以在互补的结合元件之间，即，在表面结合的目标探针和样品中的互补mRNA之间，在固体表面上产生探针/目标复合物。在某些实施方式中，可以采用严格杂交条件。
杂交一般在严格杂交条件下进行。在Kallioniemi et al,Science 258:818-821(1992)和WO 93/18186中描述了标准杂交技术(例如，在足以提供样品中的目标mRNA与探针的特异性结合的条件下)。一般技术的几个指南是可获得的，例如Tijssen,Hybridizationwith Nucleic Acid Probes,Parts I and II(Elsevier,Amsterdam 1993)。适合于原位杂交的技术的说明，参见Gall et al.Meth.Enzymol,21:470-480(1981)；and Angerer etal.in Genetic Engineering:Principles and Methods(Setlow and Hollaender,Eds.)Vol 7,pgs 43-65(Plenum Press,New York 1985)。适当的条件，包括温度、盐浓度、多核苷酸浓度、杂交时间、洗涤条件的严格度等的选择将取决于实验设计，包括样品来源、捕获试剂的同一性、预期的互补程度等，可以作为本领域普通技术人员的常规实验问题来确定。普通技术人员将容易地认识到，可以利用可选择但可比较的的杂交和洗涤条件来提供相似严格度的条件。
在mRNA杂交过程之后，一般对表面结合的多核苷酸进行洗涤来除去未结合的核酸。洗涤可以使用任何方便的洗涤方案来进行，其中洗涤条件一般是严格的，如上所述。然后使用标准技术检测目标mRNA与探针的杂交。
组织切片的IHC染色已经被证明是评估或检测样品中蛋白存在的可靠方法。免疫组织化学技术利用抗体来在原位探测和显现细胞的抗原，一般通过生色的或荧光的方法。因而，特异于每种标志物的抗体或抗血清，优选的多克隆抗血清，最优选的单克隆抗体被用于检测表达。如下文更详细讨论的，通过直接标记抗体自身，例如，使用放射性标签、荧光标签、半抗原标签如生物素、或酶例如辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶，可以检测抗体。做为选择，使用未标记初级抗体连接标记的二级抗体，包括特异于所述初级抗体的抗血清、多克隆抗血清或单克隆抗体。免疫组织化学方案和试剂盒是本领域公知的，并且是商业上可获得的。玻片制备和IHC处理的自动化***是商业上可获得的。BenchMark XT***是这种自动化***的一个实例。
标准的免疫学和免疫分析过程可以在Basic and Clinical Immunology(Stites&Terr eds.,7th ed.1991)中找到。此外，，免疫分析可以以几种构型的任一种来进行，它们在Enzyme Immunoassay(Maggio,ed.,1980)；和上文的Harlow&Lane中广泛地综述。对于一般性免疫测定的论述，还参见Methods in Cell Biology:Antibodies in Cell Biology,volume 37(Asai,ed.1993)；Basic and Clinical Immunology(Stites&Ten,eds.,7thed.1991)。
检测生物标志物的蛋白质水平的常用分析包括非竞争性分析，例如，夹心分析，和竞争性分析。一般地，可以使用例如ELISA分析的分析。ELISA分析是本领域已知的，例如，用于分析各种组织和样品，包括血液、血浆、血清或骨髓。
利用这种分析形式的大量免疫分析技术是可获得的，参见例如，美国专利No.4,016,043、4,424,279和4,018,653，通过引用以它们的整体合并在本文中。这些包括非竞争型的、以及传统的竞争性结合分析中的单位点和双位点或“夹心”分析。这些分析还包括标记的抗体与目标生物标志物的直接结合。夹心分析是常用的分析。夹心分析技术有许多变体。例如，在典型的正向分析中，未标记的抗体被固定在固体基底上，使要测试的样品与该结合的分子接触。在适合的孵育期，持续足以容许抗体-抗原复合物形成的时间之后，用能产生可检测信号的报告分子标记的、特异于抗原的第二抗体被添加并孵育，时间足够容许形成抗体-抗原-标记抗体的另一种复合物。洗去任何未反应的材料，通过观察报告分子产生的信号确认抗原的存在。通过简单观察可见信号，结果可以是定性的，或通过与含有已知数量的生物标志物的对照样品比较，结果可以被定量。
正向分析的变体包括平行分析(simultaneous assay)，其中样品和标记抗体同时地添加到所述结合的抗体中。这些技术是本领域技术人员公知的，包括任何微小的变化，这些将是显而易见的。在典型的正向夹心分析中，具有对生物标志物的特异性的第一抗体与固体表面共价地或被动地结合。所述固体表面可以是玻璃或聚合物，最常用的聚合物是纤维素、聚丙烯酰胺、尼龙、聚苯乙烯、聚氯乙烯或聚丙烯。固相支持物的形式可以是试管、珠子、微量培养板的圆盘、或适合于进行免疫分析的任何其他表面。结合过程是本领域公知的，一般由共价交联结合或物理吸附组成，在制备测试样品时洗涤聚合物-抗体复合物。然后将要测试的样品的等分量加入固相复合物中，在适合的条件(例如，室温到40℃，例如25℃到32℃之间，包含端值)下孵育一定时间(例如，2-40分钟，或如果更方便，过夜)足以容许抗体中存在的任何亚基的结合。在孵育期之后，抗体亚基固相进行洗涤并干燥，与特异于生物标志物的一部分的第二抗体孵育。第二抗体连接到报告分子，报告分子用于指示第二抗体与分子标志物的结合。
在某些实施方式中，流式细胞计(FACS)可以用于检测生物标志物的蛋白质水平。表面蛋白(例如KIR)可以使用针对具体生物标志物的抗体来检测。流式细胞计检测并报告荧光标记的抗体的强度，其指明了生物标志物的表达水平。通过将通透化的细胞染色，也可以观察非荧光的细胞质蛋白。染色剂可以是能够与某些分子结合的荧光化合物，或是结合所选分子的荧光团标记的抗体。
可选择的方法涉及固定样品中的目标生物标志物，然后使固定的目标暴露于特异性抗体，特异性抗体可以或可以不用报告分子标记。取决于目标的数量和报告分子信号的强度，通过用抗体直接标记，可以检测被结合的目标。做为选择，使特异于第一抗体的第二标记抗体暴露于目标-第一抗体复合物，来形成目标-第一抗体-第二抗体的三级复合物。该复合物通过标记的报告分子发射的信号来检测。
对于酶免疫分析来说，将酶结合到第二抗体，一般通过戊二醛或高碘酸的方式。然而容易认识到的是，存在各种不同的结合技术，它们是熟练的技术人员容易获得的。常用的酶包括辣根过氧化酶、葡萄糖氧化酶、beta-半乳糖苷酶和碱性磷酸酶，以及本文讨论的其他酶。与这些具体的酶一同使用的底物一般根据在被相应的酶水解时产生可检测的颜色改变来选择。适合的酶的实例包括碱性磷酸酶和过氧化物酶。还可能的是采用荧光底物，其产生荧光产物而不是上文提及的生色底物。在所有情况中，将酶标记的抗体添加到第一抗体-分子标志物复合物，容许结合，然后洗去过量的试剂。然后将含有合适底物的溶液添加到抗体-抗原-抗体的复合物中。所述底物将与连接到第二抗体的酶反应，产生定性的可见信号，其可以被进一步定量，通常是光谱光度地定量，来得到样品中存在的生物标记物数量的指示。作为选择，荧光化合物例如荧光素和罗丹明，可以化学偶联到抗体而不改变它们的结合能力。在通过特定波长的光线照射被活化时，荧光团标记的抗体吸收光能，诱导分子中的可激发状态，随后在可被光学显微镜可视检测的特征颜色上发射光线。在EIA中，容许荧光标记的抗体与第一抗体-分子标志物复合物结合。在洗去未结合的试剂之后，剩余的三级复合物然后暴露于合适波长的光下，观察到的荧光表明存在目标分子标志物。免疫荧光和EIA技术都是本领域中充分确立的，并在本文中论述。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括测定两种或更多种这些生物标志物的蛋白质水平。在某些实施方式中，所述方法包括测定三种或更多种这些生物标志物的蛋白质水平。在某些实施方式中，所述方法包括测定四种或更多种这些生物标志物的蛋白质水平。在某些实施方式中，所述方法包括测定五种这些生物标志物的蛋白质水平。
3.4.参考水平和参考比例
在某些实施方式中，生物标志物的参考表达水平或两种生物标志物的表达水平之间的参考比例可以基于来自早先临床试验的数据的统计分析来确定，包括一组患者的结果，即，患者对FTI治疗的响应性，以及患者组的生物标志物的表达水平或生物标志物之间表达水平的比例。当用于预测患者对特定治疗的响应性，或针对特定治疗将患者分层时，许多统计方法是本领域公知的，以测定一种或更多种生物标志物的参考水平(或称为"截断值")。
本发明的一种方法包括分析本文鉴定的生物标志物的基因表达轮廓，其区分应答者和非应答者，以确定一种或更多种生物标志物的参考表达水平。应答者和非应答者之间的比较可以使用Mann-Whitney U检验、卡方检验、或Fisher's Exact检验来进行。描述性统计学的分析和比较可以使用SigmaStat软件(Systat Software,Inc.,San Jose,CA,USA)进行。
在某些实施方式中，可以采用分类和回归树(CART)分析来确定参考水平。CART分析基于二元递归分区算法，并且允许发现复杂的预测变量相互作用，这对于更传统的方法例如多重线性回归可能是不明显的。二元递归分区指的是以下分析：1)二元，意味着有两个可能的结果变量，即“响应者”和“非响应者”，具有将患者分成两组的效果；2)递归，意味着可以多次执行分析；3)分区，意味着整个数据集可以分成几个部分。这种分析还具有消除性能不佳的预测变量的能力。可以使用Salford Predictive Modeler v6.6(SalfordSystems,San Diego,CA,USA)构建分类树。
本发明的物品是对于预测癌症患者对FTI治疗的响应性有用的基因表达轮廓的呈现，其被化为可被自动读取的介质，例如计算机可读介质(磁性的、光学的，等)。所述物品还可以包括在这种介质中用于评定基因表达轮廓的说明。例如，所述物品可以包括具有计算机指令的CD-ROM，所述计算机指令用于比较如上所述的基因表达轮廓。所述物品还可以具有数字性记录在其中的基因表达轮廓，从而它们可以与来自患者样品的基因表达数据相比较。做为选择，所述轮廓可以以不同的表现形式记录。聚类算法例如，在上述“OMNIVIZ”和“TREE VIEW”计算机程序中合并的那些，可以最好地辅助这样的数据的可视化。
接受者操作子特征(ROC)分析可以被用来确定参考表达水平或参考表达比例，或者测试各个基因和/或多基因分类器的总体预测价值。ROC分析的综述可以在中找到，通过引用以其整体合并在本文中。
从训练集的ROC曲线可以确定参考水平以确保高敏感性和高特异性两者。为了确定需要多少生物标志物包括在预测子中，可以使用留一交叉验证(LOOCV)。记录基于不同数量的基因的“留一”样本的响应值。可以根据错分类差错率、敏感性、特异性、度量两个预测组的Kaplan-Meier曲线的分离的p值来评估具有不同数量基因的预测子的性能。
可以使用Geman et al.(2004)首先引入的Top Scoring Pair(TSP)算法。实质上，该算法根据类别C1到C2之中的样品中事件频率方面的绝对差(Dij)排列所有基因对(基因i和j)，其中基因i具有比基因j更高的表达值。在存在多个最高评分配对(top scoringpairs)(都有相同的Dij)的情况下，选择根据二级排名评分的最高配对，所述二级排名评分衡量在一对基因之内从一个类到另一个类发生基因表达水平反转的量级。所有样品中绝对Dij>2倍的具有最高频率的最高配对(top pair)将被选为候选配对。留一交叉验证(LOOCV)可以在训练数据集中进行，来评估算法运行得如何。可以根据最大错分类差错率评估预测子的性能。所有统计分析可以使用R(RDevelopment Core Team,2006)进行。
对于确定参考水平有用的方法和统计工具的综述可以在中找到，通过引用以其整体合并在本文中。具体参考第9章("How is reportable range of a methoddetermined")和第15章("How is a reference interval verified")。
临床可报告范围(CRR)是一种方法可以测量的被分析物值的范围，容许用于扩展直接分析测量范围的样品稀释、浓缩或其他预处理。按照Dr.Westgard的Basic MethodsValidation中提供的，要进行的实验通常称为“线性实验”，虽然技术上不要求方法提供线性响应，除非使用两点刻度法。这种范围也可以称为一种方法的“线性范围”、“分析范围”或“工作范围”。
通过检查线性图形来评估可报告范围。所述检查可以涉及在线性范围内人工画出经过点的直线部分的最佳直线，画出经过所有点的点到点的线然后与最佳直线比较，或拟合经过点的回归线。在某些指南中建议了更复杂的统计计算，例如用于评估分析方法的线性性的Clinical Laboratory Standards Institute(CLSI)'s EP-6方案。但是公认的是，可报告范围可以从“可视”评估中充分地确定，即，通过人工画出拟合系列中的最低点的最佳直线。临床实验室标准协会(Clinical Laboratory Standards Institute，CLSI)建议最少至少4个、优选的5个不同水平的浓度。可以使用超过5个，特别是如果可报告范围的上限需要最大化时，但是5个的水平是方便的，并且通常总是足够的。
一般通过分析从满足仔细定义的指标的个体获得的样本(参考样品组)来建立参考区间。例如临床化学国际联合会(International Federation of Clinical Chemistry，IFCC)的参考值和CLSI理论专家团(Expert Panel on Theory of Reference Values andthe CLSI)的方案描述了全面***的过程，其使用仔细选择的参考样品组来建立参考区间。这些方案一般需要每组(或子群体)最小120个参考个体，所述每个组需要被表征。
CLSI Approved Guideline C28-A2描述了实验室验证所建立的参考区间向单个实验室转移的不同方式，包括1.预言判断，其中实验室简单回顾提交的信息，主观验证参考区间适用于采用实验室的患者人群和检测方法；2.用20个样品验证，其中通过采集和分析来自20个个体的样本进行实验验证，所述20个个体代表参考样品群体；3.用60个样品估计，其中通过从60个个体采集和分析样本来进行实验验证，所述60个个体代表参考样品群体，估计试剂的参考区间，利用统计学公式比较两个群体的平均值和标准偏差，与声明的或报告的区间相比较；和4.根据比较方法进行计算，其中在观察到的方法偏差和所用分析方法之间展现的数学关系的基础上，人们可以调整或校正声明的或报告的参考区间。
本领域的普通技术人员将理解，本文公开的生物标志物的参考表达水平以及两种生物标志物之间的参考比例可以通过本文提供的或本领域已知的其他方法来确定。
5.突变HRAS作为FTI治疗的生物标志物
5.1.HRAS突变状态
HRAS蛋白质涉及响应于生长因子刺激调节细胞***。生长因子通过结合跨越细胞质膜的细胞表面受体起作用。一旦被活化，受体刺激细胞质中的信号转导事件，蛋白质和第二信使依赖该过程从细胞外部发送信号至细胞核，并指示细胞生长和***。HRAS定位在质膜中，是许多信号转导途径的早期参与者。HRAS作为分子开/闭开关，一旦它被打开，它征募并活化受体信号增殖所必需的蛋白质。在某些肿瘤中，HRAS或它的上游效应物的突变导致它永久打开，引起下游的生长和增殖信号持续活化，驱动肿瘤细胞生长。通过抑制HRAS的蛋白质法尼基化和随后的膜定位，从而将HRAS关闭，FTI起作用防止依赖于这些信号转导途径的细胞的异常生长和增殖。
FTI如替吡法尼防止蛋白质法尼基化，法尼基化是一种称为异戊二烯化的蛋白质修饰，与其他的蛋白质修饰一起，容许HRAS的膜定位，在此HRAS可以接受并传送涉及癌症起始和发展的细胞外信号。在体内和体外，FTI如替吡法尼可以阻断HRAS法尼基化和随后的膜定位，并抑制致癌的、HRAS驱动的细胞转化。K-Ras和N-Ras类似地利用蛋白质法尼基化，它们也可以利用同样引起膜定位的相关异戊二烯化途径。同时，HRAS膜定位完全取决于蛋白质法尼基化。
本文提供的方法治疗的头颈癌和肺癌具有HRAS突变。本文提供的或本领域已知的方法可以用于确定HRAS基因的突变状态。在某些实施方式中，HRAS基因的突变状态可以用基于NGS的分析来测定。在某些实施方式中，HRAS基因的突变状态可以通过基于定性PCR的分析来测定。基于定性PCR的分析在技术上可以类似于已经开发和由FDA批准用于K-Ras的基于PCR的分析。在某些实施方式中，HRAS基因的突变状态可以以FTI治疗例如替吡法尼治疗的伴随诊断的形式来确定。所述伴随诊断可以在患者接受替吡法尼治疗的临床位置，或在远离的位置进行。
本文提供的是治疗EGFR抑制剂难治性头颈部鳞状细胞癌(EGFR inhibitor-refractory squamous cell carcinoma of the head and neck，SCCHN)的方法，其中所述SCCHN具有HRAS突变，包括向所述对象施用法尼基转移酶抑制剂(FTI)。在某些实施方式中，所述HRAS突变包含在选自由G12、G13、Q61、Q22、K117、A146及其任何组合构成的组的密码子处的氨基酸取代。在某些实施方式中，所述SCCHN不具有K-Ras突变或N-Ras突变。在某些实施方式中，所述SCCHN具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述SCCHN处在晚期或是转移性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是复发的SCCHN。在具体的实施方式中，所述SCCHN是气管的SCCHN。在具体的实施方式中，所述SCCHN是上颌的SCCHN。在具体的实施方式中，所述SCCHN是口腔的SCCHN。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是埃罗替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是吉非替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼(tipifarnib)。在某些实施方式中，所述FTI与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
本文提供的是根据HRAS突变的存在用FTI治疗对象的SCCHN的方法或选择FTI治疗的SCCHN患者的方法，其中所述SCCHN对于用EGFR抑制剂治疗是难治性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定所述SCCHN对于用EGFR抑制剂治疗是难治性的，(b)确定所述SCCHN患者具有HRAS突变，和随后(c)向所述患者施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，本文提供的是用FTI治疗对象的EGFR抑制剂抗性头颈部鳞状细胞癌的方法。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是埃罗替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是吉非替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述替吡法尼与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在用FTI治疗对象的SCCHN的方法或选择FTI治疗的SCCHN患者的方法，其中所述患者从未使用EGFR抑制剂治疗。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定所述患者从未使用EGFR抑制剂治疗，(b)确定所述SCCHN患者具有HRAS突变，和随后(c)向所述患者施用治疗有效量的替吡法尼并且不施用EGFR抑制剂。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是埃罗替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是吉非替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述替吡法尼与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
本文提供的是治疗EGFR抑制剂难治性肺部鳞状细胞癌(肺部SCC))的方法，其中所述肺部SCC具有HRAS突变，包括向所述对象施用法尼基转移酶抑制剂(FTI)。在某些实施方式中，所述HRAS突变包含在选自由G12、G13、Q61、Q22、K117、A146及其任何组合构成的组的密码子处的氨基酸取代。在某些实施方式中，所述肺部SCC不具有K-Ras突变或N-Ras突变。在某些实施方式中，所述肺部SCC具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC处在晚期或是转移性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是复发的肺部SCC。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是埃罗替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是吉非替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼(tipifarnib)。在某些实施方式中，所述FTI与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
本文提供的是根据HRAS突变的存在用FTI治疗对象的肺部SCC的方法或选择FTI治疗的肺部SCC患者的方法，其中所述肺部SCC对于用EGFR抑制剂治疗是难治性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定所述肺部SCC对于用EGFR抑制剂治疗是难治性的，(b)确定所述肺部SCC患者具有HRAS突变，和随后(c)向所述患者施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，本文提供的是用FTI治疗对象的EGFR抑制剂抗性肺部鳞状细胞癌的方法。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是埃罗替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是吉非替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述替吡法尼与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在用FTI治疗对象的肺部SCC的方法或选择FTI治疗的肺部SCC患者的方法，其中所述患者从未使用EGFR抑制剂治疗。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定所述患者从未使用EGFR抑制剂治疗，(b)确定所述肺部SCC患者具有HRAS突变，和随后(c)向所述患者施用治疗有效量的替吡法尼并且不施用EGFR抑制剂。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是埃罗替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是吉非替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述替吡法尼与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
在某些实施方式中，所述HRAS突变是选自由G12、G13、Q61、Q22、K117和A146构成的组的密码子处的突变。在某些实施方式中，所述HRAS突变可以是选自由G12R、G12V、G13C、G13R、Q61L、Q61R、Q22K、K117N和A146P的氨基酸取代构成的组的突变。在某些实施方式中，所述突变可以是引起HRAS蛋白的活化的其他密码子处的突变。
在某些实施方式中，本文提供的方法进一步包括(a)确定来自所述对象的样品中K-Ras突变和N-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品不具有K-Ras突变或N-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述方法包括如果所述样品具有野生型K-Ras和野生型N-Ras，向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述FTI与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
在某些实施方式中，所述K-Ras突变是KA-Ras突变。在某些实施方式中，所述K-Ras突变是KB-Ras突变。在某些实施方式中，所述K-Ras突变是KA-Ras突变和KB-Ras突变的组合。所述K-Ras突变可以包括在选自KA-Ras、KB-Ras或两者的G12、G13和Q61构成的组的密码子处的突变。在某些实施方式中，所述KA-Ras突变可以包括选自由氨基酸取代G12C、G12D、G12A、G12V、G12S、G12F、G12R、G12N、G13C、G13D、G13R、G13S、G13N、Q61K、Q61H、Q61L、Q61P、Q61R和A146V构成的组的突变。在某些实施方式中，所述KB-Ras突变可以包括选自由氨基酸取代G12C、G12D、G12A、G12V、G12S、G12F、G12R、G12N、G13C、G13D、G13R、G13S、G13N、Q61K、Q61H、Q61L、Q61P、Q61R和A146V构成的组的突变。
在某些实施方式中，所述N-Ras突变可以包括在选自由G12、G13、G15、G60和Q61构成的组的密码子处的至少一个突变。在某些实施方式中，所述N-Ras突变可以包括在选自由G12、G13和Q61构成的组的密码子处的至少一个突变。在某些实施方式中，所述N-Ras突变可以包括选自由氨基酸取代G12C、G12D、G12F、G12S、G12A、G12V、G12R、G13C、G13R、G13A、G13D、G13V、G15W、G60E、Q61P、Q61L、Q61R、Q61K、Q61H和Q61E构成的组的至少一个突变。
在某些实施方式中，所述样品被确定不具有K-Ras的G12、G13和Q61处的氨基酸取代，并且也不具有N-Ras的G12、G13和Q61处的氨基酸取代。在某些实施方式中，所述样品被确定不具有任何K-Ras突变或任何N-Ras突变。在某些实施方式中，所述样品被确定具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。
在某些实施方式中，本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中HRAS突变、K-Ras突变和N-Ras突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有HRAS突变，但是没有K-Ras突变或N-Ras突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。所述样品可以是肿瘤样品。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定SCCHN患者具有HRAS突变和野生型K-Ras和野生型N-Ras，和随后(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。在某些实施方式中，所述FTI与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
本文提供的是根据HRAS突变的存在使用FTI治疗对象的SCCHN的方法，以及选择FTI治疗的癌症患者的方法。本文还提供的是根据HRAS突变状态用FTI治疗对象的癌前头颈部病症的方法，以及选择FTI治疗的患有癌前头颈部病症的患者的方法。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在使用FTI治疗对象的SCCHN的方法，或选择FTI治疗的SCCHN患者的方法。所述癌症可以与人***状瘤病毒相关(HPV+或HPV阳性)或不与HPV相关(HPV-或HPV阴性)。
本文提供的是根据来自患者的样品中HRAS突变的存在，预测SCCHN患者对FTI治疗的响应性的方法，FTI治疗的SCCHN患者群体选择的方法，以及用治疗有效量的FTI治疗对象的SCCHN的方法。HRAS的突变可以在核酸或蛋白质水平检测。在某些实施方式中，所述HRAS突变状态通过分析获自所述样品的核酸来确定。在某些实施方式中，所述HRAS突变状态通过分析获自所述样品的蛋白质来确定。
在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定肺部SCC患者具有HRAS突变和野生型K-Ras和野生型N-Ras，和随后(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。在某些实施方式中，所述FTI与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
本文提供的是根据HRAS突变的存在使用FTI治疗对象的肺部SCC的方法，以及选择FTI治疗的癌症患者的方法。本文还提供的是根据HRAS突变状态用FTI治疗对象的癌前肺部病症的方法，以及选择FTI治疗的患有癌前肺部病症的患者的方法。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在使用FTI治疗对象的肺部SCC的方法，或选择FTI治疗的肺部SCC患者的方法。所述癌症可以与人***状瘤病毒相关(HPV+或HPV阳性)或不与HPV相关(HPV-或HPV阴性)。本文提供的是根据来自患者的样品中HRAS突变的存在，预测肺部SCC患者对FTI治疗的响应性的方法，FTI治疗的肺部SCC患者群体选择的方法，以及用治疗有效量的FTI治疗对象的肺部SCC的方法。HRAS的突变可以在核酸或蛋白质水平检测。在某些实施方式中，所述HRAS突变状态通过分析获自所述样品的核酸来确定。在某些实施方式中，所述HRAS突变状态通过分析获自所述样品的蛋白质来确定。
在某些实施方式中，所述HRAS突变状态通过分析获自所述样品的核酸来确定。所述核酸可以是来自测试对象的mRNA或基因组DNA分子。通过分析核酸来确定Ras突变状态的方法是本领域公知的。在某些实施方式中，所述方法包括测序、聚合酶链式反应(PCR)、DNA微阵列、质谱(MS)、单核苷酸多态性(SNP)分析、变性高效液相色谱(DHPLC)或限制性片断长度多态性(RFLP)分析。在某些实施方式中，所述Ras突变状态通过标准测序方法来确定，包括，例如，Sanger测序、下一代测序(NGS)。在某些实施方式中，所述Ras突变状态使用MS确定。
在某些实施方式中，所述HRAS突变状态通过分析获自所述样品的蛋白质来确定。突变的Ras H-蛋白可以通过多种免疫组织化学(IHC)方法，免疫印迹分析、酶联免疫吸附分析(ELISA)或本领域已知的其他免疫分析方法来检测。
本领域的普通技术人员将理解，用于分析Ras突变的本文描述的或本领域已知的任何方法可以用于确定HRAS突变的存在或缺乏。
5.2.样品
在某些实施方式中，本文提供的方法包括从所述对象获得样品。在某些实施方式中，所述样品是肿瘤样品。在某些实施方式中，当前的方法中使用的样品包括活检物(例如，肿瘤活检物)。所述活检物可以来自任何器官或组织，例如，皮肤、肝脏、肺、心脏、结肠、肾脏、骨髓、牙齿、***、毛发、脾脏、脑、***或其他器官。本领域技术人员已知的任何活检技术可以用于从对象分离样品，例如，开***检、闭合活检、核心活检、切取活检、切除活检、或细针头穿刺活检。
本文提供的方法中使用的样品包括来自对象的体液。体液的非限制性实例包括血液(例如，外周全血、外周血)、血浆、骨髓、羊水、房水、胆汁、淋巴、月经、血清、尿液、围绕脑部和脊髓的脑脊液、围绕骨关节的滑液。
在一个实施方式中，所述样品是骨髓样品。获得骨髓样品的过程是本领域公知的，包括但不限于骨髓穿刺活组织检查和骨髓抽吸。骨髓具有液体部分和更为固体的部分。在骨髓穿刺活组织检查中，采集固体部分的样品。在骨髓抽吸术中，采集液体部分的样品。骨髓穿刺活组织检查和骨髓抽吸术可以同时进行，称为骨髓检查。
在某些实施方式中，所述样品是血液样品。血液样品可以使用如Innis et al,editors,PCR Protocols(Academic Press,1990)中描述的常规技术获得。白细胞可以使用常规技术或商业上可获得的试剂盒，例如RosetteSep试剂盒(Stein Cell Technologies,Vancouver,Canada)从血液样品中分离。白细胞的亚群，例如，单核细胞、NK细胞、B细胞、T细胞、单核细胞、粒细胞或淋巴细胞，可以使用常规技术进一步分离，例如磁活化的细胞分选(MACS)(Miltenyi Biotec,Auburn,California)或荧光活化的细胞分选(FACS)(BectonDickinson,San Jose,California)。
在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的样品包括多个细胞。这样的细胞可以包括任何类型的细胞，例如，干细胞、血细胞(例如，PBMC)、淋巴细胞、NK细胞、B细胞、T细胞、单核细胞、粒细胞、免疫细胞、或肿瘤或癌细胞。具体的细胞群体可以使用商业上可获得的抗体的组合来获得(例如，Quest Diagnostic(San Juan Capistrano,Calif.)；Dako(Denmark))。
在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的样品来自患病组织，例如，来自患有SCCHN的个体。在某些实施方式中，所述细胞可以获自肿瘤或癌细胞或肿瘤组织，例如，肿瘤活检物或肿瘤外植体。在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的细胞的数量可以从单个细胞到约109个细胞。在某些实施方式中，本文提供的方法中使用的细胞的数量是约1×104、5×104、1×105、5×105、1×106、5×106、1×107、5×107、1×108、或5×108个。
可以监视从对象采集的细胞的数量和类型，例如，通过使用标准的细胞检测技术测量形态学和细胞表面标志物方面的改变，例如，流式细胞计、细胞分选、免疫细胞化学(例如，用组织特异性或细胞标志物特异性的抗体染色)、荧光活化的细胞分选(FACS)、磁活化的细胞分选(MACS)，通过使用光学或共焦显微镜来检查细胞的形态，和/或通过使用本领域公知的技术如PCR和基因表达轮廓化来测量基因表达的改变。也可以使用这些技术来鉴定对于一种或更多种特定标志物为阳性的细胞。荧光活化的细胞分选(FACS)是基于颗粒的荧光性质用于分离颗粒包括细胞的公知的方法(Kamarch,1987,Methods Enzymol,151:150-165)。单独的颗粒中荧光部分的激光激发产生小的电荷，容许正电和负电颗粒从混合物中电磁分离。在一个实施方式中，细胞表面标志物特异性抗体或配体用不同的荧光标签来标记。细胞通过细胞分选仪处理，容许根据它们结合所用抗体的能力来分离细胞。FACS分选的颗粒可以直接沉积到96孔或384孔平板的单个孔中以便于分离和克隆。
在某些实施方式中，细胞的子集可以用于本文提供的方法中。分选和分离特定细胞群体的方法是本领域公知的，可以基于细胞大小、形态、或细胞内或细胞外的标志物。这样的方法包括，但不限于，流式细胞计、流式分选、FACS、基于珠子的分离，例如磁性细胞分选、基于大小的分离(例如，筛分、障碍物阵列、或过滤)、在微流设备中分选、基于抗体的分离、沉降、亲和吸附、亲和提取、密度梯度离心、激光捕获显微解离，等。
5.3.癌症
本文提供的是治疗EGFR抑制剂难治性头颈部鳞状细胞癌(EGFR inhibitor-refractory squamous cell carcinoma of the head and neck，SCCHN)的方法，其中所述SCCHN具有HRAS突变，包括向所述对象施用法尼基转移酶抑制剂(FTI)。在某些实施方式中，所述HRAS突变包含在选自由G12、G13、Q61、Q22、K117、A146及其任何组合构成的组的密码子处的氨基酸取代。在某些实施方式中，所述SCCHN不具有K-Ras突变或N-Ras突变。在某些实施方式中，所述SCCHN具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述SCCHN处在晚期或是转移性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是复发的SCCHN。在具体的实施方式中，所述SCCHN是气管的SCCHN。在具体的实施方式中，所述SCCHN是上颌的SCCHN。在具体的实施方式中，所述SCCHN是口腔的SCCHN。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是埃罗替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是吉非替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼(tipifarnib)。在某些实施方式中，所述FTI与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
在某些实施方式中，本文提供的是治疗具有HRAS突变的对象中EGFR抑制剂难治性SCCHN的方法，包括向所述患者施用FTI。在某些实施方式中，所述HRAS突变包含在选自由G12、G13、Q61、Q22、K117、A146及其任何组合构成的组的密码子处的氨基酸取代。在某些实施方式中，所述SCCHN不具有K-Ras突变或N-Ras突变。在某些实施方式中，所述SCCHN具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述SCCHN处在晚期或是转移性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是复发的SCCHN。在具体的实施方式中，所述SCCHN是气管的SCCHN。在具体的实施方式中，所述SCCHN是上颌的SCCHN。在具体的实施方式中，所述SCCHN是口腔的SCCHN。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是埃罗替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是吉非替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼(tipifarnib)。在某些实施方式中，所述FTI与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在使用FTI治疗对象的SCCHN的方法，或选择FTI治疗的SCCHN患者的方法。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定HPV阴性的SCCHN患者具有HRAS突变，和随后(b)向所述患者施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，所述替吡法尼与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在和对EGFR抑制剂的抗性用FTI治疗对象的SCCHN的方法或选择FTI治疗的SCCHN患者的方法。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定HPV阴性的SCCHN患者具有HRAS突变并且对EGFR抑制剂有抗性，和随后(b)向所述患者施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，所述替吡法尼与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
头颈部鳞状细胞癌(SCCHN)是在世界范围内第六常见的癌症，在世界范围内每年约650,000个病例和200,000例死亡，在美国每年约54,000例新病例。它在中亚也是最常见的癌症。
SCCHN具有两种不同的病因和相应的肿瘤类型。第一种亚型与吸烟和饮酒相关，与人***状瘤病毒无关(HPV-或HPV阴性)。第二种亚型与高风险HPV感染相关(HPV+或HPV阳性)。第二种亚型很大程度上限于口咽癌症。HPV+肿瘤是不同的实体，具有较好的预后，可能需要不同的治疗。
主要比例的SCCHN，特别是口咽癌，是由HPV感染引起的。高风险HPV亚型16占据SCCHN的所有HPV+肿瘤中的85％。P16可以用作SCCHN中HPV感染的替代标志物，特别是在口咽中。更为精确的HPV测试是可获得的，基于E6/E7检测(Liang C,et al.Cancer Res.2012；72:5004-5013)。
HPV+SCCHN显示了比HPV-SCCHN显著更低的EGFR表达水平。EGFR扩增仅在HPV-SCCHN中发生。高EGFR基因拷贝数和蛋白质表达与晚期SCCHN中的不良临床结局相关。
当前，复发性/转移性SCCHN的第一线治疗包括任选地与抗EGFR抗体治疗(例如，西妥昔单抗，帕尼单抗，阿法替尼)组合的基于铂的双联体(例如，顺铂/5-FU或卡铂/紫杉醇)。第二线的治疗包括紫杉烷、甲氨蝶呤和/或西妥昔单抗。抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗(嵌合的IgG1)或帕尼单抗(Panitumumab)可以作为单一试剂使用，与化学治疗(例如，铂/5-FU、顺铂)，或与放射治疗一起使用。尽管SCCHN中EGFR表达水平高，西妥昔单抗的单试剂响应率仅为13％，SD率为33％，目前尚无预测性生物标志物可用。
用于SCCHN的开发中的药物包括靶向PI3K途径的那些：BKM120(buparlisib)+西妥昔单抗、BYL719+西妥昔单抗、替西罗莫司(Temsirolimus)+西妥昔单抗、Rigosertib+西妥昔单抗；靶向MET途径的那些：Tivantinib+西妥昔单抗、Ficlatuzumab+西妥昔单抗；靶向EGFR/HER3途径的那些：Afatinib+西妥昔单抗+紫杉醇、Patritumab；靶向FGFR途径的那些：BGJ398；靶向CDK4/6–细胞6-细胞周期途径的那些：Palbociclib、LEE011；RTK抑制剂：安罗替尼(Anlotinib)以及化疗：口服阿扎胞苷。SCCHN的更新的治疗选择包括免疫治疗，例如抗PD1或抗PDL1抗体。
虽然利用手术、放射、化学放射和诱导化疗对局部和局部区域疾病实现了高治愈率，复发性/转移性疾病的存活率仍然非常低，需要更好的治疗选择。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在用FTI治疗对象的SCCHN的方法或选择FTI治疗的SCCHN患者的方法，其中所述SCCHN对于用EGFR抑制剂治疗是难治性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定所述SCCHN对于用EGFR抑制剂治疗是难治性的，(b)确定所述SCCHN患者具有HRAS突变，和随后(c)向所述患者施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，本文提供的是用FTI治疗对象的EGFR抑制剂抗性鳞状细胞癌的方法。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是埃罗替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是吉非替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述患者已经用EGFR抑制剂治疗，其导致进行性疾病。在某些实施方式中，所述替吡法尼与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在用FTI治疗对象的SCCHN的方法或选择FTI治疗的SCCHN患者的方法，其中所述患者从未用EGFR抑制剂治疗。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述SCCHN是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定所述患者从未使用EGFR抑制剂治疗，(b)确定所述SCCHN患者具有HRAS突变，和随后(c)向所述患者施用治疗有效量的替吡法尼并且不施用EGFR抑制剂。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是埃罗替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是吉非替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述替吡法尼与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
对SCCHN为难治性的EGFR抑制剂可以是本领域已知的任何EGFR抑制剂。所述EGFR抑制剂可以是抗EGFR抗体或其抗原结合片段，例如，西妥昔单抗(Bristol-Myers Squibb/Lilly)、帕尼单抗(Amgen)、或扎鲁木单抗(Zalutumumab)(Genmab)。所述EGFR抑制剂还可以是小分子抑制剂。EGFR抑制剂的实例包括但不限于，可逆的和不可逆的抑制剂，例如，埃罗替尼(Genentech/Astellas Oncology)、AZD9291(AstraZeneca)、吉非替尼(AstraZeneca)、埃克替尼(BPI-2009H；BetaPharma)、rociletinib(CO-1686,AVL-301；Clovis Oncology)、波齐替尼(NOV120101,HM781-36B；Hanmi Pharmaceuticals/Spectrum Pharmaceuticals)、阿法替尼(BIBW2292；Boehringer Ingelheim)、pelitinib(EKB-569；Wyeth Pharmaceuticals)、ASP8273(Astellas)、Luminespib(AUY922；Vernalis/Novartis)和XL647(Exelixis)。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在和对EGFR抑制剂的抗性治疗对象的SCCHN的方法。在某些实施方式中，所述SCCHN可以是HPV阴性的SCCHN。在某些实施方式中，所述SCCHN可以是HPV阳性的SCCHN。在某些实施方式中，所述SCCHN可以是复发的/复现的SCCHN。在某些实施方式中，所述SCCHN可以是转移性SCCHN。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中HRAS突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有HRAS突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中HRAS突变的存在或缺乏，(b)确定对EGFR抑制剂的抗性，和随后(c)如果所述样品被确定具有HRAS突变并且对EGFR抑制剂有抗性，向所述对象施用治疗有效量的FTI。所述样品可以是肿瘤样品。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定SCCHN患者具有HRAS突变，和随后(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定SCCHN患者具有HRAS突变，和(b)确定对EGFR抑制剂的抗性，和随后(c)向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。在某些实施方式中，所述FTI与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
本文提供的是治疗EGFR抑制剂难治性肺部鳞状细胞癌(肺部SCC))的方法，其中所述肺部SCC具有HRAS突变，包括向所述对象施用法尼基转移酶抑制剂(FTI)。在某些实施方式中，所述HRAS突变包含在选自由G12、G13、Q61、Q22、K117、A146及其任何组合构成的组的密码子处的氨基酸取代。在某些实施方式中，所述肺部SCC不具有K-Ras突变或N-Ras突变。在某些实施方式中，所述肺部SCC具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阳性。在某些实施方式中，所述肺部SCC处在晚期或是转移性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是复发的肺部SCC。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是埃罗替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是吉非替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼(tipifarnib)。在某些实施方式中，所述FTI与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
在某些实施方式中，本文提供的是治疗具有HRAS突变的对象中EGFR抑制剂难治性肺部SCC的方法，包括向所述患者施用FTI。在某些实施方式中，所述HRAS突变包含在选自由G12、G13、Q61、Q22、K117、A146及其任何组合构成的组的密码子处的氨基酸取代。在某些实施方式中，所述肺部SCC不具有K-Ras突变或N-Ras突变。在某些实施方式中，所述肺部SCC具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阳性。在某些实施方式中，所述肺部SCC处在晚期或是转移性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是复发的肺部SCC。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是埃罗替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是吉非替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼(tipifarnib)。在某些实施方式中，所述FTI与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在使用FTI治疗对象的肺部SCC的方法，或选择FTI治疗的肺部SCC患者的方法。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定HPV阴性的肺部SCC患者具有HRAS突变，和随后(b)向所述患者施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，所述替吡法尼与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在和对EGFR抑制剂的抗性用FTI治疗对象的肺部SCC的方法或选择FTI治疗的肺部SCC患者的方法。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定HPV阴性的肺部SCC患者具有HRAS突变并且对EGFR抑制剂有抗性，和随后(b)向所述患者施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，所述替吡法尼与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在用FTI治疗对象的肺部SCC的方法或选择FTI治疗的肺部SCC患者的方法，其中所述肺部SCC对于用EGFR抑制剂治疗是难治性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定所述肺部SCC对于用EGFR抑制剂治疗是难治性的，(b)确定所述肺部SCC患者具有HRAS突变，和随后(c)向所述患者施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，本文提供的是用FTI治疗对象的EGFR抑制剂抗性鳞状细胞癌的方法。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是埃罗替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是吉非替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述患者已经用EGFR抑制剂治疗，其导致进行性疾病。在某些实施方式中，所述替吡法尼与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在用FTI治疗对象的肺部SCC的方法或选择FTI治疗的肺部SCC患者的方法，其中所述患者从未使用EGFR抑制剂治疗。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阴性的。在某些实施方式中，所述肺部SCC是HPV阳性的。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定所述患者从未使用EGFR抑制剂治疗，(b)确定所述肺部SCC患者具有HRAS突变，和随后(c)向所述患者施用治疗有效量的替吡法尼并且不施用EGFR抑制剂。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是埃罗替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是吉非替尼。在某些实施方式中，所述EGFR抑制剂是帕尼单抗。在某些实施方式中，所述替吡法尼与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
对肺部SCC为难治性的EGFR抑制剂可以是本领域已知的任何EGFR抑制剂。所述EGFR抑制剂可以是抗EGFR抗体或其抗原结合片段，例如，西妥昔单抗(Bristol-Myers Squibb/Lilly)、帕尼单抗(Amgen)、或扎鲁木单抗(Zalutumumab)(Genmab)。所述EGFR抑制剂还可以是小分子抑制剂。EGFR抑制剂的实例包括但不限于，可逆的和不可逆的抑制剂，例如，埃罗替尼(Genentech/Astellas Oncology)、AZD9291(AstraZeneca)、吉非替尼(AstraZeneca)、埃克替尼(BPI-2009H；BetaPharma)、rociletinib(CO-1686,AVL-301；Clovis Oncology)、波齐替尼(NOV120101,HM781-36B；Hanmi Pharmaceuticals/Spectrum Pharmaceuticals)、阿法替尼(BIBW2292；Boehringer Ingelheim)、pelitinib(EKB-569；Wyeth Pharmaceuticals)、ASP8273(Astellas)、Luminespib(AUY922；Vernalis/Novartis)和XL647(Exelixis)。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在和对EGFR抑制剂的抗性治疗对象的肺部SCC的方法。在某些实施方式中，所述肺部SCC可以是HPV阴性的肺部SCC。在某些实施方式中，所述肺部SCC可以是HPV阳性的肺部SCC。在某些实施方式中，所述肺部SCC可以是复发的/复现的肺部SCC。在某些实施方式中，所述肺部SCC可以是转移性肺部SCC。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中HRAS突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有HRAS突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中HRAS突变的存在或缺乏，(b)确定对EGFR抑制剂的抗性，和随后(c)如果所述样品被确定具有HRAS突变并且对EGFR抑制剂有抗性，向所述对象施用治疗有效量的FTI。所述样品可以是肿瘤样品。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定肺部SCC患者具有HRAS突变，和随后(b)向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定肺部SCC患者具有HRAS突变，和(b)确定对EGFR抑制剂的抗性，和随后(c)向所述对象施用治疗有效量的FTI。在某些实施方式中，所述FTI是替吡法尼。在某些实施方式中，所述FTI与化疗组合施用。在某些实施方式中，所述化疗包括基于铂的治疗、紫杉烷、或其组合。
5.4.示范性的FTI和剂量
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在用替吡法尼治疗对象的SCCHN的方法，或选择替吡法尼治疗的SCCHN患者的方法。在某些实施方式中，所述方法包括用本文描述的或本领域已知的另一种FTI治疗所述对象。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
在某些实施方式中，所述FTI口服、胃肠外、直肠或表面地施用。在某些实施方式中，所述FTI口服施用。在某些实施方式中，替吡法尼口服、胃肠外、直肠或表面地施用。在某些实施方式中，替吡法尼口服施用。
在某些实施方式中，所述FTI以1-1000mg/kg体重的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI每天两次施用。在某些实施方式中，FTI以200-1200mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以600mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，所述FTI以900mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼FTI以1-1000mg/kg体重的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼每天两次施用。在某些实施方式中，替吡法尼以200-1200mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼以600mg每天两次的剂量施用。在某些实施方式中，替吡法尼以900mg每天两次的剂量施用。
在某些实施方式中，所述FTI在治疗周期中施用。在某些实施方式中，所述FTI在交替的周中施用。在某些实施方式中，所述FTI在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天施用。在某些实施方式中，所述FTI在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用。在某些实施方式中，替吡法尼在治疗周期中施用。在某些实施方式中，替吡法尼在交替的周中施用。在某些实施方式中，替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天施用。在某些实施方式中，替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用。
在某些实施方式中，所述FTI施用至少3个周期。在某些实施方式中，所述FTI施用至少6个周期。在某些实施方式中，所述FTI施用达到12个周期。在某些实施方式中，所述FTI在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用持续至少三个周期。在某些实施方式中，替吡法尼施用至少3个周期。在某些实施方式中，替吡法尼施用至少6个周期。在某些实施方式中，替吡法尼施用达到12个周期。在某些实施方式中，替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用持续至少三个周期。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在用替吡法尼治疗对象的SCCHN的方法。在某些实施方式中，所述SCCHN可以是HPV阴性的SCCHN。在某些实施方式中，所述SCCHN可以是HPV阳性的SCCHN。在某些实施方式中，所述SCCHN可以是复发的/复现的SCCHN。在某些实施方式中，所述SCCHN可以是转移性SCCHN。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中HRAS突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有HRAS突变，向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。所述样品可以是肿瘤样品。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定SCCHN患者具有HRAS突变，和随后(b)向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，所述方法包括向所述对象施用本文描述的或本领域已知的另一种FTI。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定SCCHN患者对EGFR抑制剂有抗性并且具有HRAS突变，和随后(b)向所述对象施用替吡法尼，其中所述替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用。在某些实施方式中，所述SCCHN患者具有复发的/难治的SCCHN。在某些实施方式中，所述SCCHN患者患有HPV阴性的SCCHN。在某些实施方式中，所述SCCHN患者患有HPV阳性SCCHN。
在某些实施方式中，所述方法进一步包括向具有HRAS突变、患有SCCHN的患者施用第二治疗。在某些实施方式中，所述第二治疗是化疗，例如，顺铂、5-FU、卡铂、紫杉醇、或基于铂的双联体(例如，顺铂/5-FU或卡铂/紫杉醇)。在某些实施方式中，所述第二治疗是紫杉烷和/或甲氨蝶呤。在某些实施方式中，所述第二治疗是放射治疗。在某些实施方式中，所述第二治疗包括靶向PI3K途径的那些：BKM120(buparlisib、BYL719、替西罗莫司(Temsirolimus)、Rigosertib；靶向MET途径的那些：Tivantinib、Ficlatuzumab；靶向HER3途径的那些：Patritumab；靶向FGFR途径的那些：BGJ398；靶向CDK4/6–细胞周期途径的那些：Palbociclib、LEE011；RTK抑制剂：安罗替尼(Anlotinib)以及化疗：口服阿扎胞苷。在某些实施方式中，所述第二治疗是免疫治疗，例如抗-PD1抗体或抗-PDL1抗体。在某些实施方式中，所述第二治疗是紫杉烷。
在某些实施方式中，本文提供的是根据HRAS突变的存在用替吡法尼治疗对象的肺部SCC的方法。在某些实施方式中，所述肺部SCC可以是HPV阴性的肺部SCC。在某些实施方式中，所述肺部SCC可以是HPV阳性的肺部SCC。在某些实施方式中，所述肺部SCC可以是复发的/复现的肺部SCC。在某些实施方式中，所述肺部SCC可以是转移性肺部SCC。本文提供的方法包括(a)确定来自所述对象的样品中HRAS突变的存在或缺乏，和随后(b)如果所述样品被确定具有HRAS突变，向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。所述样品可以是肿瘤样品。在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定肺部SCC患者具有HRAS突变，和随后(b)向所述对象施用治疗有效量的替吡法尼。在某些实施方式中，所述方法包括向所述对象施用本文描述的或本领域已知的另一种FTI。在某些实施方式中，所述FTI选自由替吡法尼、阿加来必、紫苏醇、洛那法尼(SCH-66336)、L778123、L739749、FTI-277、L744832、CP-609,754、R208176、AZD3409和BMS-214662构成的组。
在某些实施方式中，所述方法包括(a)确定肺部SCC患者对EGFR抑制剂有抗性并且具有HRAS突变，和随后(b)向所述对象施用替吡法尼，其中所述替吡法尼在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天以900mg每天两次的剂量口服施用。在某些实施方式中，所述肺部SCC患者具有复发的/难治性肺部SCC。在某些实施方式中，所述肺部SCC患者患有HPV阴性的肺部SCC。在某些实施方式中，所述肺部SCC患者患有HPV阳性的肺部SCC。
在某些实施方式中，所述方法进一步包括向具有HRAS突变、患有肺部SCC的患者施用第二治疗。在某些实施方式中，所述第二治疗是化疗，例如，顺铂、5-FU、卡铂、紫杉醇、或基于铂的双联体(例如，顺铂/5-FU或卡铂/紫杉醇)。在某些实施方式中，所述第二治疗是紫杉烷和/或甲氨蝶呤。在某些实施方式中，所述第二治疗是放射治疗。在某些实施方式中，所述第二治疗包括靶向PI3K途径的那些：BKM120(buparlisib、BYL719、替西罗莫司(Temsirolimus)、Rigosertib；靶向MET途径的那些：Tivantinib、Ficlatuzumab；靶向HER3途径的那些：Patritumab；靶向FGFR途径的那些：BGJ398；靶向CDK4/6–细胞周期途径的那些：Palbociclib、LEE011；RTK抑制剂：安罗替尼(Anlotinib)以及化疗：口服阿扎胞苷。在某些实施方式中，所述第二治疗是免疫治疗，例如抗-PD1抗体或抗-PDL1抗体。在某些实施方式中，所述第二治疗是紫杉烷。
6.实施例
要理解的是，还可以在本文提供的本发明的定义内提供实质上不影响本发明的各种实施方式的活性的修改。因而，以下实施例意图说明而不是限制本发明。本文提及的所有参考文献通过引用完全合并在本文中。
实施例I
根据HRAS突变分层的实体肿瘤患者中的替吡法尼临床试验
启动了2期临床试验，以使用替比法尼治疗具有已知的HRAS突变的、局部晚期不可切除的或转移性、复发性和/或难治性非血液***恶性肿瘤。第二个目标包括所述恶性肿瘤的安全性和耐受性。第一个探索性目标是探讨所述恶性肿瘤中替吡法尼的无进展存活(PFS)和反应持续时间(DOR)方面的抗肿瘤活性。第二个探索性目标是探索收集档案活检物和分析这些活检物以检测与替比法尼活性潜在相关的组织生物标志物的可行性。
临床试验设计包括纳入2组各18名患者。组1纳入独立于甲状腺组织学、具有HRAS突变的恶性甲状腺瘤的对象。在第1阶段，组2纳入满足资格标准的、患有甲状腺癌以外的非血液学HRAS突变肿瘤的任何对象，在第2阶段，为头颈部鳞状细胞癌(SCCHN/HNSCC)。基于在组2的第1阶段期间观察到的抗肿瘤活性，修改方案以将组2的第2阶段中的纳入仅限于患有具有HRAS突变的SCCHN的对象。
这些临床试验被设计以包括两个阶段，第一阶段包括11名可评估的患者，第二阶段包括另外7名可评估的患者，如果在第一阶段在组中观察到一个或没有客观响应，该组不会进行到第二阶段。如果在18名对象的组中观察到至少4例响应，临床试验被认为是阳性的。主要终点是客观响应率，根据实体肿瘤1.1版标准的响应评估标准(需要确认响应)进行肿瘤响应评估。
根据该方案，在28天周期的交替的周(第1-7天和第15-21天)中以每天两次(b.i.d.)随食物口服900mg的起始剂量，将替吡法尼施用给纳入的患者持续7天。在没有不可管理的毒性的情况下，在不存在疾病进展和不可管理的毒性的情况下，对象可以继续接受替吡法尼治疗达12个月。基于研究人员和发起人同意，治疗可以持续超过12个月。根据研究人员的判断，如果对象在900mg剂量水平没有经历剂量限制性毒性，替吡法尼的剂量可以增加到1200mg b.i.d.。
肿瘤评估在筛选时进行，前6个月大约每8周进行一次(周期2、4、6)，然后每12周进行一次(周期9、12、15等)直至疾病进展，从周期2结束开始。
发生与被认为替吡法尼有关且持续>14天的严重有害事件(SAE)或>2级的处置紧急有害事件(TEAE)的对象将不会经历剂量递增。还容许逐步的300mg剂量降低来控制治疗相关的、治疗紧急的毒性。
发生与被认为替吡法尼有关且持续>14天的严重有害事件(SAE)或>2级的处置紧急有害事件(TEAE)的对象将不会经历剂量递增。还可以容许逐步的300mg剂量降低来控制治疗相关的、治疗紧急的毒性。
研究评估：
筛选。作为筛选程序的一部分，所有研究对象经历以下的：知情同意书(ICF)完成，纳入/排除标准的评估，肿瘤HRAS状态信息的收集，病史，包括对上次抗癌治疗的反应的结果和持续时间，完整的身体检查，包括体重和生命体征，使用伴随药物，不良事件评估，12导联ECG，ECOG表现状态，标准实验室面板，包括血液学、化学、凝血和尿液分析，有生育潜力的妇女的妊娠试验和基线肿瘤成像。如果研究人员认为感兴趣，也可以在此时采集血清肿瘤负荷标记物。建议采集用于分化甲状腺癌的甲状腺球蛋白和抗甲状腺球蛋白抗体以及用于甲状腺髓样癌的降钙素和CEA。
治疗阶段。在每个治疗周期的第1天(+/-2天)进行的评估包括：基于症状的身体检查，12导联ECG(仅限第1周期)，ECOG表现状态，标准实验室面板，有潜在生育能力的妇女的妊娠试验，并评估伴随的药物和不良事件。在第2周期结束时(第22+/-5天)开始，或如果研究人员认为必要更频繁地，在前6个月的大约每8周(周期2、4和6)，然后每12周(周期9、12、15等)重复进行肿瘤成像直到有疾病进展的证据。如果先前在筛选程序期间采集了样品，还将在与肿瘤成像评估相同的时间点采集用于评估血清肿瘤负荷标记物的血液样品。
治疗结束访问。治疗结束访问在最后一次试验治疗剂量约30天内进行，或在任何其他抗癌治疗开始之前立即进行，以先发生者为准。对象具有完整的身体检查，ECOG表现状态，12导联ECG，标准实验室面板，有生育潜力的妇女的妊娠试验，以及伴随药物和不良事件的评估。在没有治疗相关不良事件恢复的情况下，安排进一步的安全性随访。
其他的随访。肿瘤成像和血清肿瘤负荷标志物评估样本在前6个月(周期2、4、6)间隔约8周，然后每12周(周期9、12、15等)继续重复进行，直到有疾病进展的证据。在疾病进展时，每12周接触对象关注存活和使用其他抗癌治疗，直至对象死亡或达到对象加入对象的研究组之后12个月。
实施例II
在西妥昔单抗治疗失败之后，具有HRAS突变的鳞状头颈癌中替吡法尼的客观响应
具有鳞状细胞头颈癌(SCCHN)诊断的三名对象被纳入实施例I的探索性开放标记2期研究。对象1是77岁的白人男性，其诊断为鼻腔圆柱细胞癌/移行细胞癌，并且气管的SCCHN作为第二原发性，在先前的紫杉醇、卡铂和西妥昔单抗治疗后的局部复发时加入替比法尼研究。对该对象进行伴随化疗的西妥昔单抗治疗的最佳响应是疾病稳定。对象2是21岁的白人男性，具有上颌SCC诊断和作为第二原发的口腔SCCHN以及肺部转移。对象3是59岁的白人男性，患有口腔SCCHN。对象2和3分布接受单独的西妥昔单抗治疗或与化疗组合的西妥昔单抗治疗，对象2具有短期进展(2个周期)，随后是进行性疾病，对象3具有进行性疾病的最佳响应。下一代肿瘤测序显示在对象1的肿瘤中存在Q22K HRAS突变，在对象2和3中存在Q61K HRAS突变。未找到CASP8、TP53或PIK3CA突变。对象2的肿瘤还带有MAPK1 E322K突变以及在ABL1、NOTCH3、RET和ROS1中的点突变。这些对象的HPV状态待定。
作为2期替吡法尼试验的一部分，对象在28天治疗周期的第1-7天和第15-21天接受每天900mg po(口服).bid(每日两次)替吡法尼的起始剂量。对象1接受900mg bid的治疗持续11个周期，在此时由于NCI CTCAE 4.03 2级周围神经病的发作，他的替吡法尼剂量降低到600mg bid。他继续进行治疗，当前已经在研究中超过一年。对象2由于2级周围神经病在周期1期间剂量降低至600mg bid，然后是300mg bid，并继续治疗额外6个周期直到周期7时症状恶化/对象退出。对象3接受了900mg bid剂量的8个周期治疗并继续处于研究中。这些对象中观察到的其他毒性与早先对替吡法尼报道的总体安全性轮廓一致(Mesa.ExpertRev Anticancer Ther.2006；6:313-90)。
肿瘤评估在对象筛选时进行，前6个月大约每8周进行一次(周期2、4、6)，然后每12周进行一次(周期9、12、15等)直至疾病进展，从周期2结束开始。如果研究人员认为必要或用于确认客观响应，可能进行其他肿瘤评估。对象1和3都经历了根据RECIST 1.1指标的确认的客观部分响应。响应分别在6个和2个治疗周期后满足指标。对象2经历了具有微小的8％缓解的疾病稳定。他在研究中的最后的肿瘤扫描不满足疾病进展的成像指标，但是由于症状恶化他在疾病稳定七个月后离开研究。患者1在基线时、在周期4的第22天的肿瘤响应的CT扫描在附图1A-B中显示。
总之，本文报道的是患有晚期HRAS突变SCCHN的三名对象的结果，他们收受了来自替吡法尼治疗的有意义的临床效益。已知的是HRAS在SCCHN中比其他RAS种类起到更显著的作用，特别是在口腔肿瘤和HPV阴性的肿瘤中(Saranath et al.Br J Cancer.1991；63:573-578；Anderson et al.J Otolaryngol.1992；21:321-326；Anderson et al.ArchOtolaryngol Head Neck Surg.1994；120:755-760)。总体而言，在HPV阴性口腔癌中报道了大约5％的SCCHN癌肿，但高达16％(Nat Commun.2013；4：2873)。癌症基因组图谱网络(Cancer Genome Atlas Network)最近对SCCHN的全面基因组表征(Nature 517,576-582,2015)发现存在一个口腔肿瘤亚组，具有罕见的拷贝数改变以及HRAS或PIK3CA的活化性突变，伴随CASP8、NOTCH1和TP53的失活性突变。根据这个小组，野生型TP53与突变体HRAS和/或CASP8的三基因星座可能构成肿瘤发生的可选途径。
西妥昔单抗当前被批准用作与化疗或放疗组合的SCCHN的前线治疗，或在第二线场景下作为基于铂的治疗失败后的单一药物治疗。对于在SCCHN中使用尚无根据RAS基因状态的限制或推荐。在我们的研究中，对象1具有对于他最后的抗癌方案(化疗与西妥昔单抗的组合)的稳定疾病的最佳响应，而对象2和3分别对于在先的西妥昔单抗单一治疗或与化疗组合的西妥昔单抗治疗是难治性的。感兴趣的是，对象2和3具有携带Q61K热点突变的口腔肿瘤，而对象1具有罕见的Q22K突变。不清楚的是，对西妥昔单抗治疗的差异化结果是否可能与组织学或HRAS突变类型部分相关。
替吡法尼是强力的和选择性的FTI。这一药剂作为单一治疗用于实体肿瘤的II期和III期试验已是令人失望的，而在患有骨髓增生异常综合症和急性骨髓性白血病的患者中观察到了某些有前景的活性(Mesa.Expert Rev Anticancer Ther.2006；6:313-90)。同样地，另一种FTI—洛那法尼在基于铂的治疗之后复现SCCHN的患者中的在先研究由于缺乏客观响应在中期分析时关闭(Hanrahan et al.Am J Clin Oncol.2009；32:274-9)。我们的结果强烈地支持了以下假说，肿瘤HRAS突变可能有助于鉴定可能受益于替吡法尼治疗的SCCHN患者。HRAS突变还可能驱动了对于采用基于西妥昔单抗治疗的标准护理处置的原发性或获得性的抗性。有必要进一步调查这些假设。
实施例III
在HRAS突变体人头颈部鳞状细胞癌患者衍生的异种移植模型中使用替吡法尼进 行的效力实验
实验方法和过程。从用选定的原发性人头颈癌组织接种的储备小鼠获取肿瘤碎片，用于接种至BALB/c裸鼠中。每只小鼠使用原发性人头颈癌模型HN1420碎片(R4P5，直径2-4mm)在右肋进行皮下接种，肿瘤发育到第26天。HN1420具有A146P HRAS突变和野生型TP53，并且对西妥昔单抗有抗性。当平均肿瘤大小达到约224mm3时在第0天将小鼠分组。根据它们的肿瘤大小将小鼠随机分配到2个实验组中。每个组由3只小鼠构成，每个笼子3只小鼠。当日被指定为第0天。根据表1中显示的预定方案，按照每天两次(BID)×21天的日程，从第1天到第21天向荷瘤小鼠施用测试物。
表1.研究设计
注：N：每组的动物数。BID给药间隔时间为间隔6-8h。
使用卡尺每周两次测量二维的肿瘤大小，体积使用以下公式按mm3表示：TV＝0.5a×b2，其中a和b分别是肿瘤的长径和短径。肿瘤大小然后用于计算肿瘤生长抑制(TGI)和T/C，如下所述：
肿瘤生长抑制，％TGI＝(I-(Ti-T0)/(Vi-V0))*100；Ti为在测量日治疗组的平均肿瘤体积；T0为在第1天治疗组的平均肿瘤体积；Vi为在测量日对照组的平均肿瘤体积；V0为在第1天对照组的肿瘤体积。
T/C值(％)是对治疗的肿瘤响应的指示，是通常使用的抗肿瘤活性终点之一；T和C分别是在给定日治疗组合对照组的平均肿瘤体积。
在每个时点，对每个组的肿瘤体积提供概括统计量，包括平均值和平均标准误(SEM)。在研究终止时各组之间在肿瘤体积方面的差异的统计分析使用独立样本t-检验进行。所有的数据使用SPSS 16.0进行分析。P<0.05被认为是统计学上显著的。
结果概述和讨论。在雌性BALB/c裸鼠中评估了替吡法尼(R115777)在治疗头颈癌异种移植模型HN1420方面的效力。
在组1(溶媒，p.o.，BID×21)和组2(替吡法尼，80mg/kg，p.o.，BID×21)中，在最后给药之后1周研究终止时的体重改变分别是6.95％和1.12％(未显示)。在研究期间没有动物死亡、显著的体重损失、或给药空白。因而，测试化合物替吡法尼在HN1420荷瘤小鼠中耐受良好。
如表2中所示，在溶媒处理的动物中，肿瘤大小快速地提高，在一周后达到平均约650mm3，两周内超过1000mm3，研究结束时超过1700mm3。相反，接受替吡法尼的动物中肿瘤在前两周保持基本不变，在四周的研究过程期间大小仅提高平均150mm3。
表2不同治疗组中的HN1420肿瘤大小
如附图2显示，溶媒治疗小鼠的平均肿瘤大小在第21天达到1494.1mm3。在替吡法尼治疗的小鼠中实现了肿瘤体积稳定，TGI为99％，T/C为16％(P<0.001)。在治疗后不同时间点不同的组中的肿瘤大小结果在表3中显示。
表3.替吡法尼在治疗头颈癌异种移植模型HN1420中的抗肿瘤活性
注：a.平均值±SEM；b.通过独立样本t-检验与溶媒比较的
总之，在这项研究中替吡法尼(R115777)针对原发性头颈癌异种移植模型HN1420产生了显著的抗肿瘤活性。
实施例IV
在HRAS突变体肺部鳞状细胞癌的患者衍生的异种移植模型中使用替吡法尼进行的效力实验
实验方法和过程。从用选定的原发性人NSCLC组织接种的储备小鼠获取肿瘤碎片，用于接种至BALB/c裸鼠中。每只小鼠使用原发性人NSCLC模型LU1513碎片(R4P6，直径2-4mm)在右肋进行皮下接种进行肿瘤发育。LU1513具有Q61K HRAS突变和V216M TP53突变，并且对西妥昔单抗有抗性。当55天后平均肿瘤大小达到约212mm3时将小鼠分组。根据它们的肿瘤大小将小鼠随机分配到2个实验组中。每个组由3只小鼠构成，每个笼子3只小鼠。当日被标记为第0天。根据也被用于HN1420模型的且在上文表1中显示的预定方案，按照每天两次(BID)×21天的日程，从第1天到第21天向荷瘤小鼠施用测试物。使用卡尺每周两次测量二维的肿瘤大小，体积使用以下公式按mm3表示：TV＝0.5a×b2，其中a和b分别是肿瘤的长径和短径。肿瘤大小然后用于计算TGI、T/C，如上文实施例III中所描述的。如对HN1420模型一样进行统计分析并解释。
结果概述和讨论。在雌性BALB/c裸鼠中评估了替吡法尼(R115777)在治疗NSCLC异种移植模型LU1513方面的效力。
在组1(溶媒，p.o.，BID×21)和组2(替吡法尼，80mg/kg，p.o.，BID×21)中，在研究终止时的体重改变分别是-5.13％和-0.54％(附图3)。在研究期间没有动物死亡、显著的体重损失、或给药空白。因而，测试化合物替吡法尼在LU1513荷瘤小鼠中耐受良好。
如表4中所示，在溶媒处理的动物中，肿瘤大小相当快速地提高，在一周后达到平均约375mm3，两周内超过500mm3，研究结束时超过1000mm3。相反，在接受替吡法尼的动物中的肿瘤在实验过程期间的任何时候很少生长；实际上，在28天后，平均肿瘤大小稍微小于第1天。在单个的荷瘤动物之中，一个肿瘤的大小稍微提高，一个保持静态，第三个退化大约75％。表4.不同治疗组中的LU1513肿瘤大小
注：数据表示为平均值±SEM。
如附图2显示，溶媒治疗小鼠的平均肿瘤大小在研究终止时达到1058.26mm3。在替吡法尼治疗的小鼠中实现了肿瘤体积稳定，TGI为101％，T/C为18％(P＝0.007)。在治疗后不同时间点不同组中的肿瘤大小结果在表5中显示。
表5.替吡法尼在治疗NSCLC异种移植模型LU1513中的抗肿瘤活性
注：a.平均值±SEM；b.通过独立样本t-检验与溶媒比较的。
总之，在这项研究中测试化合物替吡法尼(R115777)针对原发性NSCLC异种移植模型LU1513产生了显著的抗肿瘤活性。

Claims (91)

1.一种治疗对象的EGFR抑制剂难治性头颈部鳞状细胞癌(SCCHN)的方法，其中所述SCCHN具有HRAS突变，包括向所述对象施用法尼基转移酶抑制剂(FTI)。
2.权利要求1的方法，其中所述HRAS突变包含在选自由G12、G13、Q61、Q22、K117、A146及其任何组合构成的组的密码子处的氨基酸取代。
3.权利要求1或2的方法，其中所述SCCHN不具有K-Ras突变或N-Ras突变。
4.权利要求3的方法，其中所述SCCHN具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。
5.权利要求1到4的任一项的方法，其中所述SCCHN是HPV阴性的。
6.权利要求1到5的任一项的方法，其中所述SCCHN处在晚期或是转移性的。
7.权利要求1到6的任一项的方法，其中所述SCCHN是复发的SCCHN。
8.权利要求1到7的任一项的方法，其中所述SCCHN是气管的SCCHN。
9.权利要求1到7的任一项的方法，其中所述SCCHN是上颌的SCCHN。
10.权利要求1到7的任一项的方法，其中所述SCCHN是口腔的SCCHN。
11.权利要求1到10的任一项的方法，其中所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。
12.权利要求1到11的任一项的方法，其中所述FTI是替吡法尼。
13.一种治疗对象的SCCHN的方法，其中所述SCCHN对于EGFR抑制剂是难治性的，包括
(a)确定来自所述对象的样品中HRAS突变的存在或缺乏，和随后
(b)如果所述样品被确定具有HRAS突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。
14.权利要求13的方法，其中所述HRAS突变包含在选自由G12、G13、Q61、Q22、K117、A146及其任何组合构成的组的密码子处的氨基酸取代。
15.权利要求13或14的方法，进一步包括确定K-Ras突变或N-Ras突变的存在或缺乏，其中所述样品不具有K-Ras突变或N-Ras突变。
16.权利要求15的方法，其中所述样品具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。
17.权利要求13到16的任一项的方法，其中所述样品是组织活检物。
18.权利要求13到16的任一项的方法，其中所述样品是肿瘤活检物。
19.权利要求13到18的任一项的方法，其中确定Ras突变的存在或缺乏包括分析获自所述样品的核酸。
20.权利要求19的方法，其中所述Ras突变通过测序、聚合酶链式反应(PCR)、DNA微阵列、质谱(MS)、单核苷酸多态性(SNP)分析、变性高效液相色谱(DHPLC)或限制性片断长度多态性(RFLP)分析来确定。
21.权利要求20的方法，其中Ras突变通过PCR来确定。
22.权利要求20的方法，其中Ras突变通过测序来确定。
23.权利要求13到18的任一项的方法，其中确定Ras突变的存在或缺乏包括分析获自所述样品的蛋白质。
24.权利要求13到23的任一项的方法，其中所述SCCHN是HPV阴性的。
25.权利要求13到24的任一项的方法，其中所述SCCHN处在晚期或是转移性的。
26.权利要求13到25的任一项的方法，其中所述SCCHN是复发的SCCHN。
27.权利要求13到26的任一项的方法，其中所述SCCHN是气管的SCCHN。
28.权利要求13到26的任一项的方法，其中所述SCCHN是上颌的SCCHN。
29.权利要求13到26的任一项的方法，其中所述SCCHN是口腔的SCCHN。
30.权利要求13到29的任一项的方法，其中所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。
31.权利要求13到30的任一项的方法，其中所述法尼基转移酶抑制剂(FTI)是替吡法尼。
32.一种治疗对象的SCCHN的方法，其中所述对象从未使用EGFR抑制剂治疗，包括
(a)确定来自所述对象的样品中HRAS突变的存在或缺乏，和随后
(b)如果所述样品被确定具有HRAS突变并且没有施用EGFR抑制剂，向所述对象施用治疗有效量的FTI。
33.权利要求32的方法，其中所述HRAS突变包含在选自由G12、G32、Q61、Q22、K117、A146及其任何组合构成的组的密码子处的氨基酸取代。
34.权利要求32或33的方法，进一步包括确定K-Ras突变或N-Ras突变的存在或缺乏，其中所述样品不具有K-Ras突变或N-Ras突变。
35.权利要求34的方法，其中所述样品具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。
36.权利要求32到35的任一项的方法，其中所述样品是组织活检物。
37.权利要求32到35的任一项的方法，其中所述样品是肿瘤活检物。
38.权利要求32到37的任一项的方法，其中确定Ras突变的存在或缺乏包括分析获自所述样品的核酸。
39.权利要求38的方法，其中所述Ras突变通过测序、聚合酶链式反应(PCR)、DNA微阵列、质谱(MS)、单核苷酸多态性(SNP)分析、变性高效液相色谱(DHPLC)或限制性片断长度多态性(RFLP)分析来确定。
40.权利要求39的方法，其中Ras突变通过PCR来确定。
41.权利要求39的方法，其中Ras突变通过测序来确定。
42.权利要求32到37的任一项的方法，其中确定Ras突变的存在或缺乏包括分析获自所述样品的蛋白质。
43.权利要求32到42的任一项的方法，其中所述SCCHN是HPV阴性的。
44.权利要求32到43的任一项的方法，其中所述SCCHN处在晚期或是转移性的。
45.权利要求32到44的任一项的方法，其中所述SCCHN是复发的SCCHN。
46.权利要求32到45的任一项的方法，其中所述SCCHN是气管的SCCHN。
47.权利要求32到46的任一项的方法，其中所述SCCHN是上颌的SCCHN。
48.权利要求32到47的任一项的方法，其中所述SCCHN是口腔的SCCHN。
49.权利要求32到48的任一项的方法，其中所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。
50.权利要求32到49的任一项的方法，其中所述FTI是替吡法尼。
51.一种治疗对象的EGFR抑制剂难治性肺部鳞状细胞癌(肺部SCC)的方法，其中所述肺部SCC具有HRAS突变，包括向所述对象施用法尼基转移酶抑制剂(FTI)。
52.权利要求51的方法，其中所述HRAS突变包含在选自由G12、G13、Q61、Q22、K117、A146及其任何组合构成的组的密码子处的氨基酸取代。
53.权利要求51或52的方法，其中所述肺部SCC不具有K-Ras突变或N-Ras突变。
54.权利要求53的方法，其中所述肺部SCC具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。
55.权利要求51到54的任一项的方法，其中所述肺部SCC是HPV阴性的。
56.权利要求51到55的任一项的方法，其中所述肺部SCC处在晚期或是转移性的。
57.权利要求51到56的任一项的方法，其中所述肺部SCC是复发的肺部SCC。
58.权利要求51到57的任一项的方法，其中所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。
59.权利要求51到58的任一项的方法，其中所述FTI是替吡法尼。
60.一种治疗对象的肺部SCC的方法，其中所述肺部SCC对于EGFR抑制剂是难治性的，包括
(a)确定来自所述对象的样品中HRAS突变的存在或缺乏，和随后
(b)如果所述样品被确定具有HRAS突变，向所述对象施用治疗有效量的FTI。
61.权利要求60的方法，其中所述HRAS突变包含在选自由G12、G13、Q61、Q22、K117、A146及其任何组合构成的组的密码子处的氨基酸取代。
62.权利要求60或61的方法，进一步包括确定K-Ras突变或N-Ras突变的存在或缺乏，其中所述样品不具有K-Ras突变或N-Ras突变。
63.权利要求62的方法，其中所述样品具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。
64.权利要求60到63的任一项的方法，其中所述样品是组织活检物。
65.权利要求60到63的任一项的方法，其中所述样品是肿瘤活检物。
66.权利要求60到65的任一项的方法，其中确定Ras突变的存在或缺乏包括分析获自所述样品的核酸。
67.权利要求66的方法，其中所述Ras突变通过测序、聚合酶链式反应(PCR)、DNA微阵列、质谱(MS)、单核苷酸多态性(SNP)分析、变性高效液相色谱(DHPLC)或限制性片断长度多态性(RFLP)分析来确定。
68.权利要求67的方法，其中Ras突变通过PCR来确定。
69.权利要求67的方法，其中Ras突变通过测序来确定。
70.权利要求60到65的任一项的方法，其中确定Ras突变的存在或缺乏包括分析获自所述样品的蛋白质。
71.权利要求60到70的任一项的方法，其中所述肺部SCC是HPV阴性的。
72.权利要求60到71的任一项的方法，其中所述肺部SCC处在晚期或是转移性的。
73.权利要求60到72的任一项的方法，其中所述肺部SCC是复发的肺部SCC。
74.权利要求60到73的任一项的方法，其中所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。
75.权利要求60到74的任一项的方法，其中所述法尼基转移酶抑制剂(FTI)是替吡法尼。
76.一种治疗对象的肺部SCC的方法，其中所述对象从未用EGFR抑制剂治疗，包括
(a)确定来自所述对象的样品中HRAS突变的存在或缺乏，和随后
(b)如果所述样品被确定具有HRAS突变并且没有施用EGFR抑制剂，向所述对象施用治疗有效量的FTI。
77.权利要求76的方法，其中所述HRAS突变包含在选自由G12、G13、Q61、Q22、K117、A146及其任何组合构成的组的密码子处的氨基酸取代。
78.权利要求76或77的方法，进一步包括确定K-Ras突变或N-Ras突变的存在或缺乏，其中所述样品不具有K-Ras突变或N-Ras突变。
79.权利要求78的方法，其中所述样品具有野生型K-Ras和野生型N-Ras。
80.权利要求76到79的任一项的方法，其中所述样品是组织活检物。
81.权利要求76到79的任一项的方法，其中所述样品是肿瘤活检物。
82.权利要求76到81的任一项的方法，其中确定Ras突变的存在或缺乏包括分析获自所述样品的核酸。
83.权利要求82的方法，其中所述Ras突变通过测序、聚合酶链式反应(PCR)、DNA微阵列、质谱(MS)、单核苷酸多态性(SNP)分析、变性高效液相色谱(DHPLC)或限制性片断长度多态性(RFLP)分析来确定。
84.权利要求83的方法，其中Ras突变通过PCR来确定。
85.权利要求83的方法，其中Ras突变通过测序来确定。
86.权利要求76到81的任一项的方法，其中确定Ras突变的存在或缺乏包括分析获自所述样品的蛋白质。
87.权利要求76到86的任一项的方法，其中所述肺部SCC是HPV阴性的。
88.权利要求76到87的任一项的方法，其中所述肺部SCC处在晚期或是转移性的。
89.权利要求76到88的任一项的方法，其中所述肺部SCC是复发的肺部SCC。
90.权利要求76到89的任一项的方法，其中所述EGFR抑制剂是西妥昔单抗。
91.权利要求76到90的任一项的方法，其中所述FTI是替吡法尼。
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