CN107667119A - 用于癌症的治疗和诊断方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供用于癌症,例如非小细胞肺癌(NSCLC)的治疗和诊断方法和组合物。本发明提供基于本发明的生物标志物的表达水平(例如肿瘤细胞和/或肿瘤浸润性免疫细胞中的PD‑L1表达水平),治疗NSCLC的方法,确定罹患NSCLC的患者是否有可能响应包含PD‑L1轴结合拮抗剂的治疗的方法,预测罹患NSCLC的患者对包含PD‑L1轴结合拮抗剂的治疗的响应性的方法,和为罹患NSCLC的患者选择疗法的方法。

Description

用于癌症的治疗和诊断方法
序列表
本申请含有序列表，已经以ASCII格式电子提交且据此通过援引完整收录。2016年5月11日创建的所述ASCII拷贝命名为50474-111WO3_Sequence_Listing_5_11_16_ST25，而且大小为23,626个字节。
发明领域
本文中提供的是用于病理状况,诸如癌症(例如非小细胞肺癌)的治疗和诊断方法和组合物,和使用PD-L1轴结合拮抗剂的方法。特别地,本发明提供用于患者选择和预后的生物标志物,治疗方法,制品,诊断试剂盒,和检测方法。
发明背景
癌症仍然是人类健康的最致命威胁之一。在美国，癌症每年侵袭几乎130万新患者，而且是位居心脏病之后的第二位死亡原因，大约占4例死亡中的1例。例如，肺癌是美国女性中最常见形式的癌症和首要癌症杀手。还预测癌症可能在五年内超越心血管疾病成为第一名死亡原因。实体瘤对大多数那些死亡负有责任。虽然某些癌症的医学治疗有显著进步，但是所有癌症的总体5年存活率在过去20年中仅仅改善了约10％。癌症或恶性肿瘤以不受控制的方式快速生长和转移，使得及时检测和治疗极其困难。
程序性死亡配体1(PD-L1)是一种已经与慢性感染，妊娠，组织同种异体移植物，自身免疫病，和癌症期间免疫***应答的遏制联系起来的蛋白质。PD-L1通过结合在T细胞，B细胞，和单核细胞的表面上表达的称作程序性死亡1(PD-1)的抑制性受体来调节免疫应答。PD-L1还经由与另一种受体，B7-1的相互作用负调节T细胞功能。PD-L1/PD-1和PD-L1/B7-1复合物的形成负调节T细胞受体信号传导，导致随后T细胞活化下调和抗肿瘤免疫活性遏制。
尽管癌症的治疗取得显著的进步，仍然在寻求改良的疗法和诊断方法。
发明概述
本发明提供用于癌症,例如非小细胞肺癌(NSCLC)的治疗和诊断方法和组合物。
在一个方面,本发明特征在于一种治疗罹患非小细胞肺癌的患者的方法,该方法包含对该患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中5％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。在一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中10％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。在一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中20％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。在一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中50％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。在一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品具有构成少于10％的该样品中肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
在另一个方面,本发明特征在于一种治疗罹患非小细胞肺癌的患者的方法,该方法包含对该患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有构成5％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。在一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有构成该肿瘤样品10％或更多的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于确定罹患非小细胞肺癌的患者是否有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的方法,该方法包含:测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,其中该肿瘤样品中5％或更多的肿瘤细胞在可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于确定罹患非小细胞肺癌的患者是否有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的方法,该方法包含:测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤浸润性免疫细胞和肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,其中构成5％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于预测罹患非小细胞肺癌的患者对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的响应性的方法,该方法包含:测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,其中该肿瘤样品中5％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于预测罹患非小细胞肺癌的患者对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的响应性的方法,该方法包含:测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤浸润性免疫细胞和肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,其中构成5％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。
在任何前述方面的一些实施方案中,该肿瘤样品中10％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。在一些实施方案中,该肿瘤样品中20％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。在一些实施方案中,该肿瘤样品中50％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。在一些实施方案中,该方法进一步包含测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤浸润性免疫细胞中PD-L1的表达水平。在一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品具有构成少于10％的该样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
在任何前述方面的一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有构成10％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于为罹患非小细胞肺癌的患者选择疗法的方法,该方法包含:测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,和基于该肿瘤样品中5％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平为该患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。在一些实施方案中,该方法包含基于该肿瘤样品中10％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平为该患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。在一些实施方案中,该方法包含基于该肿瘤样品中20％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平为该患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。在一些实施方案中,该方法包含基于该肿瘤样品中50％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平为该患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。
在一些实施方案中,该方法进一步包含测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤浸润性免疫细胞中PD-L1的表达水平。在一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品具有构成少于10％的该样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
在另一个方面,本发明特征在于一种用于为罹患非小细胞肺癌的患者选择疗法的方法,该方法包含:测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤浸润性免疫细胞和肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,和基于构成5％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平为该患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。在一些实施方案中,肿瘤浸润性免疫细胞中PD-L1的表达水平确定为在构成至少10％的该肿瘤样品的肿瘤浸润性细胞中是可检测的。
在任何前述方面的一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品包含相对于参照肿瘤样品数目增多的上皮内和/或基质免疫细胞。在一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品包含相对于参照肿瘤样品数目增多的CD8+ T细胞。在一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品具有相对于参照肿瘤样品表达水平升高的一种或多种B细胞相关基因或天然杀伤(NK)细胞相关基因。在一些实施方案中,该一种或多种B细胞相关基因选自由CD19,MS4A1,和CD79A组成的组。在一些实施方案中,该一种或多种NK细胞相关基因选自由KLRB1,KLRC1,KLRC2,KLRC3,KLRD1,KLRF1,KLRG1,KLRK1,NCAM1,PRF1,NCR1,KIR2DL2,KIR2DL3,KIR2DL4,KIR2DS2,KIR3DL1,FCGR3A,MICA,和MICB组成的组。
在任何前述方面的一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品包含成纤维细胞和/或肌成纤维细胞的群体。在一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品包含细胞贫乏的和/或胶原化的基质。在一些实施方案中,该肿瘤样品具有相对于参照肿瘤样品表达水平升高的胶原,STAT1,或MEK。
在任何前述方面的一些实施方案中,该方法进一步包含基于该肿瘤样品中的肿瘤细胞或肿瘤浸润性免疫细胞中PD-L1的表达水平对该患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
在任何前述方面的一些实施方案中,该PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂,PD-1结合拮抗剂,和PD-L2结合拮抗剂组成的组。在一些实施方案中,该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对它的配体结合配偶中一种或多种的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对B7-1的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1和B7-1二者的结合。在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂是抗体。在一些实施方案中,该抗体选自由YW243.55.S70,MPDL3280A(阿特珠单抗(atezolizumab)),MDX-1105,MEDI4736(度伐单抗(durvalumab)),和MSB0010718C(阿维单抗(avelumab))组成的组。在一些实施方案中,该抗体包含包含SEQ ID NO:19的HVR-H1序列,SEQ ID NO:20的HVR-H2序列,和SEQ ID NO:21的HVR-H3序列的重链；和包含SEQ ID NO:22的HVR-L1序列,SEQ ID NO:23的HVR-L2序列,和SEQ ID NO:24的HVR-L3序列的轻链。在一些实施方案中,该抗体包含包含SEQ ID NO:26的氨基酸序列的重链可变区和包含SEQ IDNO:4的氨基酸序列的轻链可变区。在一些实施方案中,该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对它的配体结合配偶中一种或多种的结合。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1的结合。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L2的结合。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1和PD-L2二者的结合。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂是抗体。在一些实施方案中,该抗体选自由MDX 1106(尼鲁单抗(nivolumab)),MK-3475(派姆单抗(pembrolizumab)),CT-011(匹迪珠单抗(pidilizumab)),MEDI-0680(AMP-514),PDR001,REGN2810,和BGB-108组成的组。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂是Fc-融合蛋白。在一些实施方案中,该Fc-融合蛋白是AMP-224。
在任何前述方面的一些实施方案中,该方法进一步包含对该患者施用有效量的第二治疗剂。在一些实施方案中,该第二治疗剂选自由细胞毒剂,生长抑制剂,放射疗法剂,抗血管发生剂,和其组合组成的组。在一些实施方案中,该非小细胞肺癌是局部晚期或转移性非小细胞肺癌。
在任何前述方面的一些实施方案中,该肿瘤样品是***固定和石蜡包埋(FFPE)肿瘤样品,存档肿瘤样品,新鲜肿瘤样品,或冷冻肿瘤样品。在一些实施方案中,该PD-L1的表达水平是蛋白质表达水平。在一些实施方案中,该PD-L1的蛋白质表达水平是使用选自由免疫组织化学(IHC),免疫荧光,流式细胞术,和Western印迹组成的组的方法测定的。在一些实施方案中,该PD-L1的蛋白质表达水平是使用IHC测定的。在一些实施方案中,该PD-L1的蛋白质表达水平是使用抗PD-L1抗体检测的。
在任何前述方面的一些实施方案中,该PD-L1的表达水平是mRNA表达水平。在一些实施方案中,该PD-L1的mRNA表达水平是使用选自由定量聚合酶链式反应(qPCR),逆转录qPCR(RT-qPCR),RNA测序,微阵列分析,原位杂交,和基因表达连续分析(SAGE)组成的组的方法测定的。
在另一个方面,本发明特征在于供治疗罹患非小细胞肺癌的患者使用的PD-L1轴结合拮抗剂,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定该肿瘤样品中5％或更多的的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1的表达水平。
在另一个方面,本发明特征在于有效量的PD-L1轴结合拮抗剂在制造供治疗罹患非小细胞肺癌的患者使用的药物中的用途,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定该肿瘤样品在5％或更多的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1的表达水平。
在另一个方面,本发明特征在于一种供治疗罹患非小细胞肺癌的患者的方法使用的包含有效量的PD-L1轴结合拮抗剂的组合物,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定该肿瘤样品中5％或更多的肿瘤细胞中具有可检测的PD-L1的表达水平。
在另一个方面,本发明特征在于供治疗罹患非小细胞肺癌的患者使用的PD-L1轴结合拮抗剂,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有构成5％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
在另一个方面,本发明特征在于有效量的PD-L1轴结合拮抗剂在制造供治疗罹患非小细胞肺癌的患者使用的药物中的用途,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有构成5％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
在另一个方面,本发明特征在于一种供治疗罹患非小细胞肺癌的患者的方法使用的包含有效量的PD-L1轴结合拮抗剂的组合物,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有构成5％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
附图简述
图1A是一张表，显示了PD-L1在多种人癌症中广泛表达。通过免疫组织化学(IHC)评估肿瘤浸润性免疫细胞(“IC”)和肿瘤细胞(“TC”)中的PD-L1表达。IC2/3指示IC IHC得分2或3(见表2)。TC2/3指示TC IHC得分2或3(见表3)。
图1B-1D是多幅图像，显示通过IHC对代表性非小细胞肺癌(NSCLC)肿瘤样品切面分析PD-L1表达。图1B显示肿瘤细胞中为PD-L1阳性的一份样品，图1C显示肿瘤细胞和肿瘤浸润性免疫细胞中为PD-L1阳性的一份样品，而图1D显示肿瘤浸润性免疫细胞中为PD-L1阳性的一份样品。
图2A是一张表，显示了在NSCLC肿瘤样品中IC3和TC3 IHC诊断标准(分别见表2和表3)有最低限度的交叠，如在一项正在进行的II期临床试验中确定的。N＝287。
图2B是一系列Venn图，显示对于一项正在进行的II期试验(II-2期)中的NSCLC肿瘤样品在不同截留时IC和TC IHC诊断标准的流行度和交叠。IC2/3指示IC IHC得分2或3(见表2)。TC2/3指示TC IHC得分2或3(见表3)。IC1/2/3指示IC IHC得分1，2，或3(见表2)。TC1/2/3指示TC IHC得分1，2，或3(见表3)。
图3A是一张表，显示了在正在进行的Ia期临床试验中的非小细胞肺癌中免疫浸润性肿瘤细胞或肿瘤细胞中的PD-L1表达(如使用阻断性抗PD-L1抗体通过IHC评估的)独立预测对抗PD-L1抗体MPDL3280A治疗的结局。显示了具有标示PD-L1 IHC得分的患者的总体响应率(ORR)。“IC3”指示其肿瘤打分为IC3且可包括任何TC值(即TC0/1/2/3)的患者。“TC3”指示其肿瘤打分为TC3且可包括任何IC值(即IC0/1/2/3)的患者。“TC3或IC3”指示其肿瘤打分为TC3或IC3任一的患者。一名患者的肿瘤样品具有TC3和IC3打分二者。
图3B是一张表，显示来自一项正在进行的II期临床试验(II-1期)的功效结果，如通过mRECIST确定的。显示了标示队列的经过确认的ORR，响应持续时间(DOR)，和6个月无进展存活(PFS)。a两名患者具有未知的IC/TC状态。b除非标示，尚未达到中值。
图3C是一张表，显示来自一项正在进行的II期临床试验(II-1期)的功效结果，如通过RECIST v1.1确定的。显示了标示队列的经过确认的ORR，响应持续时间(DOR)，和6个月无进展存活(PFS)。a两名患者具有未知的IC/TC状态。b尚未达到中值。Mets，转移。
图3D是一张表，显示了在一项正在进行的II期临床试验(II-2期)中用阿特珠单抗(MDPL3280A)治疗的NSCLC患者中免疫浸润性肿瘤细胞或肿瘤细胞中的PD-L1表达(如使用诊断性抗PD-L1抗体通过IHC评估的)预测改善的总体存活。ITT，意图治疗。
图3E是一张表，显示了在用阿特珠单抗(MPDL3280A)治疗的NSCLC患者中免疫浸润性肿瘤细胞或肿瘤细胞中的PD-L1表达(如使用诊断性抗PD-L1抗体通过IHC评估的)预测改善的无进展存活。显示了与该试验中用多西他赛治疗的NSCLC患者的比较。
图3F是一张表，显示了正在进行的II期临床试验(II-2期)中NSCLC患者肿瘤样品中的免疫浸润性肿瘤细胞或肿瘤细胞中的PD-L1表达预测NSCLC患者对抗PD-L1抗体MPDL3280A治疗的响应(如通过ORR评估的)。
图4是一幅图，显示了在IC IHC诊断标准中肿瘤浸润性免疫细胞的存在对于反映PD-L1阳性是必要但非充分的。
图5A是一幅图，显示了根据IHC，免疫浸润物在TC3患者中存在但很大程度上是PD-L1阴性的。该图显示每个肿瘤块中总免疫细胞浸润物的百分比。左边的图像是打分为TC3的一个代表性切面，而该图右边的图像是打分为IC3的一个代表性切面。
图5B-5C是多幅图，显示在一项正在进行的Ia期临床试验和一项正在进行的II期临床试验中登记的NSCLC患者中CD68(图5B)和CD8(图5C)的mRNA表达水平。阴性，PD-L1阴性。
图6A-6B是多幅图，显示了具有独特组织病理学的TC3和IC3 NSCLC肿瘤，如通过苏木精和曙红(H&E)染色评估的。图6A显示TC3肿瘤的组织病理学打分，而图6B显示IC3肿瘤的组织病理学打分。TC3肿瘤展现促***增生性肿瘤微环境及低上皮内和基质肿瘤浸润性免疫细胞，而IC3肿瘤展现上皮内或基质肿瘤浸润性免疫细胞的存在。“IC界面活性”指示肿瘤/基质界面处的免疫细胞浸润物。“IC上皮内”指示上皮内免疫细胞浸润物的存在。“ICTLS”指示三级淋巴样滤泡的存在。“其它基质IC”指示基质中免疫细胞的存在。“促***增生”指示细胞和“活化的”成纤维细胞群体(肌成纤维细胞)的存在。“硬化反应”指示细胞贫乏的/胶原化的基质的存在。“升高的血管/定性”指示定性打分的血管的存在。样品来自一项正在进行的II期临床试验。
图7是一幅图，显示了TC3 NSCLC肿瘤具有与PD-L1阴性(“阴性”)肿瘤，IC3肿瘤，或TC3和IC3肿瘤相比更高的胶原(COL6A1)表达。该图下面的图像是PD-L1 TC3肿瘤样品的代表性切面。
图8是一幅热图，显示免疫基因集合表达在PD-L1 TC/IC亚型间的分级聚簇。
图9A-9B是一系列图，显示IC3 NSCLC肿瘤中与TC3肿瘤和PD-L1阴性(TC0和IC0)肿瘤相比升高的CD8(图9A)和CXCL9(图9B)mRNA表达水平。
图10A-10B是一系列图，显示TC3肿瘤中与PD-L1阴性肿瘤，IC3肿瘤，和TC3和IC3肿瘤相比升高的STAT1和MEK表达水平。数据来自在一项正在进行的Ia期临床试验和一项正在进行的II期临床试验中登记的患者。
图10C是一幅图，显示PD-L1阳性肿瘤中的JAK1表达水平与PD-L1阴性肿瘤相比更高。
图10D是Western印迹的一幅图像，显示了尽管有活跃的STAT信号传导，一些肿瘤细胞系没有响应干扰素伽马(IFNγ)而上调PD-L1。
图11是一张表，显示标示PD-L1 IHC诊断标准(见表2和表3)在辅助、1L、和2L+NSCLC中的流行度。该图下面的Venn图显示了TC3和IC3肿瘤代表NSCLC中的独特亚群，交叠少于1％。
图12A-12B是多幅图，显示了IC3 NSCLC肿瘤特征在于更高的B细胞签名(图12A)和天然杀伤(NK)细胞签名(图12B)表达。这些数据来自一项正在进行的Ia期临床试验和一项正在进行的II期临床试验中的患者。
图13A-13C是多幅图，显示了PD-L1阳性NSCLC肿瘤显示与PD-L1阴性肿瘤相比升高的效应T细胞(Teff)基因签名表达。
图13D是一幅图，显示了IC3 NSCLC肿瘤特征在于升高的Teff基因签名表达，如通过RNA测序确定的。在这项分析中，TC3亚组排除IC2/3肿瘤，而IC3亚组排除TC2/3肿瘤。
图13E-13G是一系列图，显示了IC3 NSCLC肿瘤特征在于升高的IFNG(图13E)，GZMB(图13F)，和CXCL9(图13G)表达，如通过RNA测序确定的。在这项分析中，TC3亚组排除IC2/3肿瘤，而IC3亚组排除TC2/3肿瘤。
图14A-14B是多幅图，显示了用抗PD-L1抗体MPDL3280A治疗NSCLC患者导致IFNγ相关标志物白介素-18(IL-18)(图14A)和ITAC(图14B)的血浆水平升高。该图显示相对于给药前C1D1的log2倍数变化。C指示周期，而D指示天。
图15A-15C是多幅图，显示外周血单个核细胞(PMBC)中升高的基线PD-L1(图15A)，PD-L2(图15B)，和PD-1(图15C)mRNA表达水平(如使用NanoString测定法测定的)与NSCLC患者对抗PD-L1抗体MPDL3280A治疗的响应之间的比较。
图16A-16B是多幅图，显示了PBMC中NK细胞(图16A)和髓样细胞(图16B)签名基因的基线mRNA表达水平与NSCLC患者对抗PD-L1抗体MPDL3280A治疗的响应有关。升高的免疫遏制性髓样细胞基因签名的表达水平与进展有关，而升高的细胞毒性NK细胞的表达水平与对MPDL3280A的响应有关。
图17A-17B是多幅图，显示具有TC0和IC0肿瘤，IC3肿瘤，和TC3肿瘤的患者中NSCLC肿瘤样品中PD-L1(图17A)和PD-L2(图17B)的表达，如通过RNA测序测定的。患者来自II-2期试验和一个非试验队列(N＝162)。RPKM，读出每千碱基每百万定位读出。
图18A-18B是多幅图，显示了TC3肿瘤表达高水平的促***增生性/硬化基质的分子标志物，如通过RNA测序测定的。图18A显示TC3肿瘤中与IC3肿瘤和TC0和IC0肿瘤相比升高的胶原基因COL6A1的表达。图18B显示TC3肿瘤中与IC3肿瘤和TC0和IC0肿瘤相比升高的胶原基因COL6A2的表达。在这项分析中，TC3亚组排除IC2/3肿瘤，而IC3亚组排除TC2/3肿瘤。
发明详述
I.前言
本发明提供用于癌症,例如非小细胞肺癌的治疗和诊断方法和组合物。本发明至少部分基于如下发现,即测定/确定自患者获得的样品中(例如自患者获得的肿瘤样品中的肿瘤细胞中和肿瘤浸润性免疫细胞中)本发明的生物标志物,例如PD-L1的表达水平在治疗罹患癌症的患者中,用于诊断罹患癌症的患者,用于确定具有癌症的患者是否有可能响应包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如MPDL3280A)的抗癌疗法的治疗,用于优化包括PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如MPDL3280A)的抗癌疗法的治疗功效,和/或用于包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体,例如MPDL3280A)的抗癌症疗法的患者选择是有用的。
II.定义
理解的是，本文所述发明的各个方面和实施方案包括“包含”，“由……组成”，和“基本上由……组成”方面和实施方案。如本文中使用的，单数形式“一个”，“一种”，和“所述/该”包括复数提及物，除非另有指示。
如本文中使用的，术语“约”指此技术领域中的技术人员容易知道的相应数值的常规误差范围。本文中提到“约”数值或参数包括(且描述)涉及该数值或参数本身的实施方案。例如，提到“约X”的描述包括对“X”的描述。
术语“PD-L1轴结合拮抗剂”是指如下的分子，其抑制PD-L1轴结合配偶与一种或多种它的结合配偶相互作用，从而去除源自PD-1信号传导轴上的信号传导的T细胞功能障碍–一项结果是恢复或增强T细胞功能。如本文中使用的，PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-L1结合拮抗剂和PD-1结合拮抗剂以及干预PD-L1和PD-1之间的相互作用的分子(例如PD-L2-Fc融合物)。
术语“功能障碍”在免疫功能障碍的背景中指降低的对抗原性刺激的免疫响应性的状态。该术语包括可以发生抗原识别，但是随后的免疫应答对于控制感染或肿瘤生长无效的“耗竭”和/或“无反应性”二者的共同要素。
如本文中使用的，术语“功能障碍性的”还包括对抗原识别的不感受或不响应，特别地，将抗原识别转化成下游T细胞效应器功能，诸如增殖，细胞因子生成(例如IL-2)和/或靶细胞杀伤的能力受损。
术语“无反应性”指源自经由T细胞受体投递的不完全或不充分信号(例如在缺乏Ras活化的情况中胞内Ca+2增加)的对抗原刺激的无响应性状态。T细胞无反应性也可以在缺乏共刺激的情况中在用抗原刺激后发生，生成即使在共刺激的背景中对抗原的随后活化变得不感受的细胞。无响应性状态经常可以被白介素-2的存在超越。无反应性T细胞不经历克隆扩充和/或获得效应器功能。
术语“耗竭”指作为源自在许多慢性感染和癌症期间发生的持续TCR信号传导的T细胞功能障碍状态的T细胞耗竭。它与无反应性的区别在于它不经由不完全或缺乏的信号传导，而是由于持续信号传导而发生。它以较差的效应器功能，持续的抑制性受体表达和与功能性效应或记忆T细胞的转录状态不同的转录状态限定。耗竭阻止感染和肿瘤的最佳控制。耗竭可以源自外在负调节途径(例如免疫调节细胞因子)及细胞固有负调节(共刺激)途径(PD-1，B7-H3，B7-H4，等)二者。
“增强T细胞功能”意指诱导，引起或刺激T细胞具有持续或放大的生物学功能，或者恢复或再活化耗竭的或无活性的T细胞。增强T细胞功能的例子包括：相对于干预前的此类水平，CD8+ T细胞的升高的γ-干扰素分泌，升高的增殖，升高的抗原响应性(例如病毒，病原体，或肿瘤清除)。在一个实施方案中，增强的水平是至少50％，或者60％，70％，80％，90％，100％，120％，150％，或200％增强。测量此增强的方式是本领域普通技术人员已知的。
“肿瘤免疫”指肿瘤逃避免疫识别和清除的过程。如此，作为治疗概念，肿瘤免疫在此类逃避减弱时得到“治疗”，并且肿瘤被免疫***识别并攻击。肿瘤识别的例子包括肿瘤结合，肿瘤收缩和肿瘤清除。
“免疫原性”指特定物质引发免疫应答的能力。肿瘤是免疫原性的，并且增强肿瘤免疫原性有助于通过免疫应答清除肿瘤细胞。增强肿瘤免疫原性的例子包括用PD-L1轴结合拮抗剂治疗。
如本文中使用的，“PD-L1结合拮抗剂”指如下的分子，其降低，阻断，抑制，消除或干扰源自PD-L1与一种或多种它的结合配偶(诸如PD-1和/或B7-1)相互作用的信号转导。在一些实施方案中，PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1结合它的结合配偶的分子。在一个特定方面，PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1结合PD-1和/或B7-1。在一些实施方案中，PD-L1结合拮抗剂包括降低，阻断，抑制，消除或干扰源自PD-L1与一种或多种它的结合配偶(诸如PD-1和/或B7-1)相互作用的信号转导的抗PD-L1抗体及其抗原结合片段，免疫粘附素，融合蛋白，寡肽，小分子拮抗剂，多核苷酸拮抗剂，和其它分子。在一个实施方案中，PD-L1结合拮抗剂经由PD-L1或PD-1降低由或经由T淋巴细胞和其它细胞上表达的细胞表面蛋白质介导的负面信号，从而使得功能障碍性T细胞不太功能障碍性。在一些实施方案中，PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。在一个具体方面，抗PD-L1抗体是本文所述YW243.55.S70。在另一个具体方面，抗PD-L1抗体是本文所述MDX-1105。在仍有另一个具体方面，抗PD-L1抗体是本文所述MPDL3280A(阿特珠单抗)。在仍有另一个具体方面，抗PD-L1抗体是本文所述MEDI4736(度伐单抗)。在仍有另一个具体方面，抗PD-L1抗体是本文所述MSB0010718C(阿维单抗)。
如本文中使用的，“PD-1结合拮抗剂”指如下的分子，其降低，阻断，抑制，消除或干扰源自PD-1与一种或多种它的结合配偶(诸如PD-L1和/或PD-L2)相互作用的信号转导。在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1结合它的结合配偶的分子。在一个特定方面，PD-1结合拮抗剂抑制PD-1结合PD-L1和/或PD-L2。例如，PD-1结合拮抗剂包括降低，阻断，抑制，消除或干扰源自PD-1与PD-L1和/或PD-L2相互作用的信号转导的抗PD-1抗体及其抗原结合片段，免疫粘附素，融合蛋白，寡肽，小分子拮抗剂，多核苷酸拮抗剂，和其它分子。在一个实施方案中，PD-1结合拮抗剂经由PD-1或PD-L1降低由或经由T淋巴细胞和其它细胞上表达的细胞表面蛋白质介导的负面信号，从而使得功能障碍性T细胞不太功能障碍性。在一些实施方案中，PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体。在一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述MDX-1106(尼鲁单抗)。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述MK-3475(派姆单抗)。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述CT-011(匹迪珠单抗)。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述MEDI-0680(AMP-514)。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述PDR001。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述REGN2810。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述BGB-108。在另一个具体方面，PD-1结合拮抗剂是本文所述AMP-224。
术语“程序性死亡配体1”和“PD-L1”在本文中指天然序列PD-L1多肽，多肽变体及天然序列多肽和多肽变体的片段(其在本文中进一步定义)。本文中描述的PD-L1多肽可以是自多种来源，诸如自人组织类型或自另一种来源分离，或者通过重组或合成方法制备的PD-L1多肽。
“天然序列PD-L1多肽”包括与从自然界衍生的相应PD-L1多肽具有相同氨基酸序列的多肽。
“PD-L1多肽变体”或其变型意指与如本文中公开的任何天然序列PD-L1多肽序列具有至少约80％氨基酸序列同一性的PD-L1多肽，一般为活性PD-L1多肽，如本文中定义的。例如，此类PD-L1多肽变体包括如下的PD-L1多肽，其中在天然氨基酸序列的N或C端添加或删除一个或多个氨基酸残基。通常，PD-L1多肽变体与如本文中公开的天然序列PD-L1多肽序列会具有至少约80％氨基酸序列同一性，或者至少约81％，82％，83％，84％，85％，86％，87％，88％，89％，90％，91％，92％，93％，94％，95％，96％，97％，98％，或99％氨基酸序列同一性。通常，PD-L1变体多肽的长度是至少约10个氨基酸，或者长度为至少约20，30，40，50，60，70，80，90，100，110，120，130，140，150，160，170，180，190，200，210，220，230，240，250，260，270，280，281，282，283，284，285，286，287，288，或289个氨基酸，或更多个。任选地，与天然PD-L1多肽序列相比，PD-L1变体多肽会具有不超过1处保守氨基酸替代，或者与天然PD-L1多肽序列相比不超过2，3，4，5，6，7，8，9，或10处保守氨基酸替代。
“多核苷酸”或“核酸”在本文中可互换使用，指任何长度的核苷酸聚合物，包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸，核糖核苷酸，经过修饰的核苷酸或碱基，和/或其类似物，或者是可通过DNA或RNA聚合酶，或者通过合成反应掺入聚合物中的任何底物。如此，例如，本文中所定义的多核苷酸包括但不限于单链和双链DNA，包含单链区和双链区的DNA，单链和双链RNA，及包含单链区和双链区的RNA，包含DNA和RNA的杂合分子，它可以是单链的，或者更典型的是双链的，或者包含单链区和双链区。另外，术语“多核苷酸”在用于本文时指包含RNA或DNA或RNA和DNA二者的三链区。此类区中的链可来自相同分子或来自不同分子。所述区可包含一种或多种分子的整个，但是更典型的是只包含有些分子的一个区。三股螺旋区的分子之一常常是寡核苷酸。术语“多核苷酸”明确包括cDNA。
多核苷酸可包含经过修饰的核苷酸，诸如甲基化核苷酸及其类似物。若存在的话，对核苷酸结构的修饰可以在装配聚合物之前或之后进行。核苷酸序列可以由非核苷酸组分中断。多核苷酸可以在合成后进一步修饰，诸如通过与标记物缀合。其它类型的修饰包括例如“帽”，将一个或多个天然存在的核苷酸用类似物替代，核苷酸间修饰诸如例如具有不带电荷连接(例如甲基膦酸酯，磷酸三酯，磷酰胺酯(phosphoamidate)，氨基甲酸酯等)和具有带电荷连接(例如硫代磷酸酯，二硫代磷酸酯等)的修饰，含有悬垂模块(pendant moiety)诸如例如蛋白质(例如核酸酶，毒素，抗体，信号肽，聚L-赖氨酸等)的修饰，具有嵌入剂(例如吖啶，补骨脂素等)的修饰，含有螯合剂(例如金属，放射性金属，硼，氧化性金属等)的修饰，含有烷化剂的修饰，具有经修饰连接(例如α端基异构核酸(anomeric nucleic acid))的修饰，以及未修饰形式的多核苷酸。另外，通常存在于糖类中的任何羟基基团可以用例如膦酸(phosphonate)基团，磷酸(phosphate)基团替换，用标准保护基团保护，或活化以制备与别的核苷酸的别的连接，或者可缀合至固体或半固体支持物。可磷酸化或者用胺或1-20个碳原子的有机加帽基团模块取代5’和3’末端OH。其它羟基也可衍生成标准保护基团。多核苷酸也可含有本领域普遍知道的核糖或脱氧核糖糖类的类似物形式，包括例如2’-氧-甲基-，2’-氧-烯丙基-，2’-氟-或2’-叠氮-核糖，碳环糖类似物，α-端基异构糖，差向异构糖诸如***糖，木糖或来苏糖，吡喃糖，呋喃糖，景天庚酮糖，无环类似物及脱碱基核苷类似物诸如甲基核糖核苷。可用备选连接基团替换一个或多个磷酸二酯连接。这些备选连接基团包括但不限于以下实施方案，其中磷酸酯用P(O)S(“硫代酸酯”(thioate))，P(S)S(“二硫代酸酯”(dithioate))，(O)NR2(“酰胺酯”(amidate))，P(O)R，P(O)OR’，CO或CH2(“甲缩醛”(formacetal))替代，其中R或R’各自独立为H或者取代或未取代的烃基(1-20个C)，任选含有醚(-O-)连接，芳基，烯基，环烃基，环烯基或芳烃基(araldyl)。并非多核苷酸中的所有连接都必需是相同的。前述描述适用于本文中提及的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。
如本文中所使用的，“寡核苷酸”一般指短的，单链的多核苷酸，其在长度上小于约250个核苷酸，但这不是必须的。寡核苷酸可以是合成的。术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”并不互相排斥。上文关于多核苷酸的描述同样且完全可适用于寡核苷酸。
术语“引物”指能够与核酸杂交并允许互补核酸的聚合作用(一般通过提供游离的3’-OH基团)的单链多核苷酸。
术语“小分子”指具有约2000道尔顿或更小，优选约500道尔顿或更小的分子量的任何分子。
术语“宿主细胞”，“宿主细胞系”，和“宿主细胞培养物”可互换使用，并且指已经导入有外源核酸的细胞，包括此类细胞的后代。宿主细胞包括“转化体”和“经转化的细胞”，其包括原代的经转化的细胞及自其衍生的后代而不考虑传代的次数。后代在核酸内容物上可以与亲本细胞不完全相同，而是可以含有突变。本文中包括具有与在初始转化细胞中筛选或选择的相同功能或生物学活性的突变体后代。
如本文中使用的，术语“载体”指能够扩增与其连接的另一种核酸的核酸分子。该术语包括作为自身复制型核酸结构的载体及掺入接受其导入的宿主细胞的基因组中的载体。某些载体能够指导与其可操作连接的核酸的表达。此类载体在本文中称为“表达载体”。
“分离的”核酸指已经与其天然环境的组分分开的核酸分子。分离的核酸包括通常含有核酸分子的细胞中含有的核酸分子，但是核酸分子在染色体外或在与其天然染色***置不同的染色***置处存在。
本文中的术语“抗体”以最广义使用，并且涵盖各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体，多克隆抗体，多特异性抗体(例如双特异性抗体)，和抗体片段，只要它们展现出期望的抗原结合活性。
“分离的”抗体指已经鉴定且自其天然环境的成分分开和/或回收的抗体。其天然环境的污染性成分指将会干扰该抗体的研究，诊断，和/或治疗用途的物质，可包括酶，激素，和其它蛋白质性质或非蛋白质性质的溶质。在有些实施方案中，将抗体纯化至(1)根据例如Lowry法的测定，抗体重量超过95％，而在有些实施方案中，重量超过99％，(2)足以通过使用例如转杯式测序仪获得至少15个残基的N-末端或内部氨基酸序列的程度，或(3)根据还原性或非还原性条件下的SDS-PAGE及使用例如考马斯蓝或银染色，达到同质。既然抗体天然环境的至少一种成分不会存在，那么分离的抗体包括重组细胞内的原位抗体。然而，分离的抗体通常将通过至少一个纯化步骤来制备。
“天然抗体”指通常由两条相同的轻(L)链和两条相同的重(H)链构成的约150,000道尔顿的异四聚体糖蛋白。每条轻链通过一个共价二硫键与重链连接，而二硫键的数目在不同免疫球蛋白同种型的重链间有变化。每条重链和轻链还具有间隔规律的链内二硫桥。每条重链在一端具有一个可变域(VH)，接着是多个恒定域。每条轻链在一端具有一个可变域(VL)，而另一端是一个恒定域；轻链的恒定域与重链的第一恒定域排列在一起，而轻链的可变域与重链的可变域排列在一起。认为特定的氨基酸残基在轻链与重链可变域之间形成界面。
根据其恒定域的氨基酸序列，来自任何哺乳动物物种的抗体(免疫球蛋白)的“轻链”可归入两种截然不同的型中的一种，称作卡帕(“κ”)和拉姆达(“λ”)。
术语“恒定域”指免疫球蛋白分子中的如下部分，其相对于免疫球蛋白的其它部分，即含有抗原结合位点的可变域，具有更加保守的氨基酸序列。恒定域含有重链的CH1，CH2和CH3域(合称CH)及轻链的CHL(或CL)域。
抗体的“可变区”或“可变域”指抗体重链或轻链的氨基末端结构域。重链的可变域可以称为“VH”。轻链的可变域可以称为“VL”。这些结构域一般是抗体的最易变部分且包含抗原结合位点。
术语“可变的”指可变域中的某些部分在抗体间序列差异广泛且用于每种特定抗体对其特定抗原的结合和特异性的实情。然而，变异性并非均匀分布于抗体的整个可变域。它集中于轻链和重链可变域中称作高变区(HVR)的三个区段。可变域中更加高度保守的部分称作框架区(FR)。天然重链和轻链的可变域各自包含四个FR区，它们大多采取β-折叠片构象，通过形成环状连接且在有些情况中形成β-折叠片结构一部分的三个HVR连接。每条链中的HVR通过FR区非常接近的保持在一起，并与另一条链的HVR一起促成抗体的抗原结合位点的形成(参见Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,第5版,National Institute of Health,Bethesda,Md.(1991))。恒定域不直接参与抗体与抗原的结合，但展现出多种效应器功能，诸如抗体在抗体依赖性细胞毒性中的参与。
如本文中使用的，术语“高变区”，“HVR”或“HV”指抗体可变域中序列上高度可变和/或形成结构上定义的环的区域。通常，抗体包含六个HVR：三个在VH中(H1，H2，H3)，三个在VL中(L1，L2，L3)。在天然抗体中，H3和L3展示这六个HVR的最大多样性，而且认为特别是H3在赋予抗体以精密特异性中发挥独特作用。参见例如Xu et al.,Immunity 13:37-45(2000)；Johnson and Wu,In:Methods in Molecular Biology 248:1-25(Lo,ed.,HumanPress,Totowa,NJ,2003)。事实上，仅由重链组成的天然存在camelid抗体在缺乏轻链时是有功能的且稳定的。参见例如Hamers-Casterman et al.Nature 363:446-448,(1993)；Sheriff et al.Nature Struct.Biol.3:733-736,(1996)。
本文中使用且涵盖许多HVR的叙述。Kabat互补决定区(CDR)是以序列变异性为基础的，而且是最常用的(Kabat et al.,Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD.(1991))。Chothia改为指结构环的位置(Chothia and Lesk J.Mol.Biol.196:901-917(1987))。AbM HVR代表Kabat HVR与Chothia结构环之间的折衷，而且得到OxfordMolecular的AbM抗体建模软件的使用。“接触”HVR是以对可获得的复合物晶体结构的分析为基础的。下文记录了这些HVR中每一个的残基。
HVR可包括如下“延伸的HVR”：VL中的24-36或24-34(L1)，46-56或50-56(L2)和89-97或89-96(L3)及VH中的26-35(H1)，50-65或49-65(H2)和93-102，94-102或95-102(H3)。对于这些定义中的每一个，可变域残基是依照Kabat等，见上文编号的。
“框架”或“FR”残基指可变域中除本文中所定义的HVR残基外的那些残基。
术语“依照Kabat的可变域残基编号方式”或“依照Kabat的氨基酸位置编号方式”及其变化形式指Kabat et al.,见上文中的用于抗体重链可变域或轻链可变域编辑的编号***。使用此编号***，实际的线性氨基酸序列可包含较少或另外的氨基酸，对应于可变域FR或HVR的缩短或***。例如，重链可变域可包含H2残基52后的单一氨基酸***(依照Kabat为残基52a)及重链FR残基82后的***残基(例如依照Kabat为残基82a，82b和82c等)。给定抗体的Kabat残基编号方式可通过将抗体序列与“标准”Kabat编号序列对比同源区来确定。
Kabat编号***一般在提及可变域中的残基(大约是轻链残基1-107和重链残基1-113)时使用(例如Kabat et al.,Sequences of Immunological Interest.5th Ed.PublicHealth Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))。“EU编号***”或“EU索引”一般在提及免疫球蛋白重链恒定区中的残基时使用(例如Kabat et al.，见上文中报道的EU索引)。“如Kabat中的EU索引”指人IgG1 EU抗体的残基编号方式。
术语“全长抗体”和“完整抗体”在本文中可互换使用，指基本上完整形式的抗体，而非下文定义的抗体片段。该术语具体指重链包含Fc区的抗体。
“抗体片段”包含完整抗体的一部分，优选包含其抗原结合区。在一些实施方案中，本文所述抗体片段是抗原结合片段。抗体片段的例子包括Fab，Fab'，F(ab')2和Fv片段；双抗体；线性抗体；单链抗体分子；及由抗体片段形成的多特异性抗体。
用木瓜蛋白酶消化抗体产生两个相同的抗原结合片段，称为“Fab”片段，各自具有一个抗原结合位点，及一个剩余的“Fc”片段，其名称反映了它易于结晶的能力。胃蛋白酶处理产生一个F(ab')2片段，它具有两个抗原结合位点且仍能够交联抗原。
“Fv”是包含完整抗原结合位点的最小抗体片段。在一个实施方案中，双链Fv种类由紧密，非共价结合的一个重链可变域和一个轻链可变域的二聚体组成。在单链Fv(scFv)种类中，一个重链可变域和一个轻链可变域可以通过柔性肽接头共价相连接，使得轻链和重链可以在与双链Fv种类类似的“二聚体”结构中相结合。正是在这种构造中，每个可变域的三个HVR相互作用而在VH-VL二聚体表面上限定了一个抗原结合位点。六个HVR一起赋予抗体以抗原结合特异性。然而，即使是单个可变域(或是只包含对抗原特异性的三个HVR的半个Fv)也具有识别和结合抗原的能力，只是亲和力低于完整结合位点。
Fab片段包含重链和轻链可变域，而且还包含轻链的恒定域和重链的第一恒定域(CH1)。Fab'片段与Fab片段的不同之处在于重链CH1结构域的羧基末端增加了少数残基，包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。Fab'-SH是本文中对其中恒定域半胱氨酸残基携带游离硫醇基的Fab'的称谓。F(ab')2抗体片段最初是作为在Fab'片段之间有铰链半胱氨酸的成对Fab'片段生成的。还知道抗体片段的其它化学偶联。
“单链Fv”或“scFv”抗体片段包含抗体的VH和VL结构域，其中这些结构域存在于一条多肽链上。一般而言，scFv多肽在VH与VL结构域之间进一步包含多肽接头，其使得scFv能够形成结合抗原的期望结构。关于scFv的综述参见例如Plückthun，于《The Pharmacologyof Monoclonal Antibodies》，第113卷，Rosenburg和Moore编，Springer-Verlag，NewYork，1994，第269-315页。
术语“双抗体”指具有两个抗原结合位点的抗体片段，该片段在同一条多肽链(VH-VL)中包含相连的重链可变域(VH)和轻链可变域(VL)。通过使用过短的接头使得同一条链上的两个结构域之间不能配对，迫使这些结构域与另一条链的互补结构域配对，从而产生两个抗原结合位点。双抗体可以是二价的或双特异性的。双抗体更完整的记载于例如EP404,097；WO 1993/01161；Hudson et al.,Nat.Med.9:129-134(2003)；及Hollinger etal.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993)。三抗体(Triabody)和四抗体(tetrabody)也记载于Hudson et al.,Nat.Med.9:129-134(2003)。
抗体的“类”指其重链拥有的恒定域或恒定区的类型。抗体有5大类：IgA，IgD，IgE，IgG，和IgM，并且这些中的几种可以进一步分成亚类(同种型)，例如，IgG1，IgG2，IgG3，IgG4，IgA1，和IgA2。与不同类抗体对应的重链恒定域分别称作α，δ，ε，γ，和μ。
术语“单克隆抗体”在用于本文时指从一群基本上同质的抗体获得的抗体，例如构成群体的各个抗体相同，除了可能以极小量存在的可能的突变，例如天然存在的突变。如此，修饰语“单克隆”表明抗体不是分立的抗体的混合物的特征。在某些实施方案中，此类单克隆抗体典型的包括包含结合靶物的多肽序列的抗体，其中靶物结合多肽序列是通过包括从众多多肽序列中选择单一靶物结合多肽序列在内的过程得到的。例如，选择过程可以是从众多克隆诸如杂交瘤克隆，噬菌体克隆或重组DNA克隆的集合中选择独特克隆。应当理解，所选择的靶物结合序列可进一步改变，例如为了提高对靶物的亲和力，将靶物结合序列人源化，提高其在细胞培养物中的产量，降低其在体内的免疫原性，创建多特异性抗体等，而且包含改变后的靶物结合序列的抗体也是本发明的单克隆抗体。与典型的包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物不同，单克隆抗体制备物的每个单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。在它们的特异性外，单克隆抗体制备物的优势在于它们通常未受到其它免疫球蛋白的污染。
修饰语“单克隆”表明抗体从基本上同质的抗体群获得的特征，不应解释为要求通过任何特定方法来生成抗体。例如，依照本发明使用的单克隆抗体可通过多种技术来生成，包括例如杂交瘤法(例如Kohler and Milstein,Nature,256:495-97(1975)；Hongo etal.,Hybridoma,14(3):253-260(1995),Harlow et al.,Antibodies:A LaboratoryManual,(Cold Spring Harbor Laboratory Press,第2版,1988)；Hammerling et al.,In:Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563-681(Elsevier,N.Y.,1981))，重组DNA法(参见例如美国专利No.4,816,567)，噬菌体展示技术(参见例如Clackson et al.,Nature 352:624-628(1991)；Marks et al.,J.Mol.Biol.222:581-597(1992)；Sidhu etal.,J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004)；Lee et al.,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472(2004)；和Lee etal.,J.Immunol.Methods 284(1-2):119-132(2004))，及用于在具有部分或整个人免疫球蛋白基因座或编码人免疫球蛋白序列的基因的动物中生成人或人样抗体的技术(参见例如WO 1998/24893；WO 1996/34096；WO 1996/33735；WO 1991/10741；Jakobovits et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:2551(1993)；Jakobovits et al.,Nature 362:255-258(1993)；Bruggemann et al.,Year in Immuno.7:33(1993)；美国专利No.5,545,807；5,545,806；5,569,825；5,625,126；5,633,425；和5,661,016；Marks et al.,Bio/Technology10:779-783(1992)；Lonberg et al.,Nature 368:856-859(1994)；Morrison,Nature 368:812-813(1994)；Fishwild et al.,Nature Biotechnol.14:845-851(1996)；Neuberger,Nature Biotechnol.14:826(1996)；及Lonberg et al.,Intern.Rev.Immunol.13:65-93(1995))。
单克隆抗体在本文中明确包括“嵌合”抗体，其中重链和/或轻链的一部分与衍生自特定物种或属于特定抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，而链的剩余部分与衍生自另一物种或属于另一抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，以及此类抗体的片段，只要它们展现出期望的生物学活性(参见例如美国专利No.4,816,567；Morrison et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81:6851-6855(1984))。嵌合抗体包括抗体，其中抗体的抗原结合区衍生自通过例如用感兴趣抗原免疫猕猴而生成的抗体。
“人抗体”指拥有与由人或人细胞生成的或利用人抗体全集或其它人抗体编码序列自非人来源衍生的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列的抗体。人抗体的此定义明确排除包含非人抗原结合残基的人源化抗体。
“人源化”抗体指包含来自非人HVR的氨基酸残基和来自人框架区(FR)的氨基酸残基的嵌合抗体。在某些实施方案中，人源化抗体会包含至少一个，通常两个基本上整个可变域，其中所有或基本上所有HVR(例如CDR)对应于非人抗体的那些，且所有或基本上所有FR对应于人抗体的那些。任选地，人源化抗体可以至少包含自人抗体衍生的抗体恒定区的一部分。抗体，例如非人抗体的“人源化形式”指已经经历人源化的抗体。
术语“抗PD-L1抗体”和“结合PD-L1的抗体”指能够以足够亲和力结合PD-L1，使得该抗体可作为诊断剂和/或治疗剂用于靶向PD-L1的抗体。在一个实施方案中，根据例如通过放射免疫测定法(RIA)的测量，抗PD-L1抗体结合无关的，非PD-L1的蛋白质的程度小于该抗体对PD-L1的结合的约10％。在某些实施方案中，抗PD-L1抗体结合在来自不同物种的PD-L1中保守的PD-L1表位。
术语“抗PD-1抗体”和“结合PD-1的抗体”指能够以足够亲和力结合PD-1，使得该抗体可作为诊断剂和/或治疗剂用于靶向PD-1的抗体。在一个实施方案中，根据例如通过放射免疫测定法(RIA)的测量，抗PD-1抗体结合无关的，非PD-1的蛋白质的程度小于该抗体对PD-1的结合的约10％。在某些实施方案中，抗PD-1抗体结合在来自不同物种的PD-1中保守的PD-1表位。
“阻断性”抗体或“拮抗性”抗体是抑制或降低其结合的抗原的生物学活性的抗体。优选的阻断性抗体或拮抗性抗体实质性或完全抑制抗原的生物学活性。
“亲和力”指分子(例如抗体)的单一结合位点与其结合配偶(例如抗原)之间全部非共价相互作用总和的强度。除非另有指示，如本文中使用的，“结合亲和力”指反映结合对的成员(例如抗体和抗原)之间1:1相互作用的内在结合亲和力。分子X对其配偶Y的亲和力通常可以用解离常数(Kd)来表述。亲和力可以通过本领域知道的常用方法来测量，包括本文中所描述的方法。下文描述了用于测量结合亲和力的具体的说明性和例示性的实施方案。
如本文中使用的，术语“结合”，“特异性结合”或“对…特异性的”指可测量且可再现的相互作用，诸如靶物和抗体之间的结合，其确定在存在分子(包括生物学分子)的异质群体的情况中靶物的存在。例如，结合或特异性结合靶物(其可以是表位)的抗体是以比其结合其它靶物更大的亲和力，亲合力，更容易，和/或以更大的持续时间结合此靶物的抗体。在一个实施方案中，抗体结合无关靶物的程度小于抗体结合靶物的约10％，如例如通过放射性免疫测定法(RIA)测量的。在某些实施方案中，特异性结合靶物的抗体具有≤1μM，≤100nM，≤10nM，≤1nM，或≤0.1nM的解离常数(Kd)。在某些实施方案中，抗体特异性结合蛋白质上在来自不同物种的蛋白质间保守的表位。在另一个实施方案中，特异性结合可以包括但不需要排他结合。
“亲和力成熟的”抗体指在一个或多个高变区(HVR)中具有一处或多处改变的抗体，与不拥有此类改变的亲本抗体相比，此类改变导致该抗体对抗原的亲和力改善。
与参照抗体“结合相同表位的抗体”指在竞争测定法中将参照抗体对其抗原的结合阻断50％或更多的抗体，且相反，参照抗体在竞争测定法中将该抗体对其抗原的结合阻断50％或更多。本文中提供了一种例示性竞争测定法。
“免疫缀合物”指与一种或多种异源分子，包括但不限于细胞毒剂缀合的抗体。
如本文中使用的，术语“免疫粘附素”指组合异源蛋白质(“粘附素”)的结合特异性与免疫球蛋白恒定域的效应器功能的抗体样分子。在结构上，免疫粘附素包含具有与抗体的抗原识别和结合位点不同的期望结合特异性的氨基酸序列(即，是“异源的”)和免疫球蛋白恒定域序列的融合物。免疫粘附素分子的粘附素部分通常是至少包含受体或配体的结合位点的连续氨基酸序列。免疫粘附素中的免疫球蛋白恒定域序列可以获自任何免疫球蛋白，诸如IgG-1，IgG-2(包括IgG2A和IgG2B)，IgG-3，或IgG-4亚型，IgA(包括IgA-1和IgA-2)，IgE，IgD或IgM。Ig融合物优选包含用本文中描述的多肽或抗体的域替换Ig分子内的至少一个可变区的取代。在一个特别优选的实施方案中，免疫球蛋白融合物包括IgG1分子的铰链，CH2和CH3，或铰链，CH1，CH2和CH3区。为了生成免疫球蛋白融合物，还可见美国专利No.5,428,130。例如，作为可用于本文中的疗法的药物的有用的免疫粘附素包括包含与免疫球蛋白序列的恒定域融合的PD-L1或PD-L2的胞外域(ECD)或PD-1结合部分或PD-1的胞外或PD-L1或PD-L2结合部分的多肽，诸如分别为PD-L1 ECD–Fc，PD-L2 ECD–Fc，和PD-1 ECD-Fc。IgFc和细胞表面受体ECD的免疫粘附素组合有时称作可溶性受体。
“融合蛋白”和“融合多肽”指具有两个共价连接在一起的部分的多肽，其中每个部分是具有不同特性的多肽。特性可以是生物学特性，诸如体外或体内活性。特性也可以是简单的化学或物理特性，诸如对靶分子的结合，反应的催化，等等。两个部分可以通过单一肽键直接连接，或者经由肽接头连接，但是为彼此以符合读码框的方式。
关于本文中鉴定的多肽序列的“百分比(％)氨基酸序列同一性”定义为比对序列并在必要时引入缺口以实现最大百分比序列同一性后，且不将任何保守替代视为序列同一性的一部分时，候选序列中与所比较多肽中的氨基酸残基相同的氨基酸残基的百分率。为测定百分比氨基酸序列同一性目的的比对可以本领域技术范围内的多种方式进行，例如使用公众可得到的计算机软件，诸如BLAST，BLAST-2，ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员可决定用于测量比对的适宜参数，包括对所比较序列全长实现最大比对所需的任何算法。然而，为了本文中的目的，％氨基酸序列同一性值是使用序列比较计算机程序ALIGN-2生成的。ALIGN-2序列比较计算机程序由Genentech公司编写，源代码已经连同用户文档一起提交给美国版权局(US Copyright Office，Washington D.C.，20559)，并以美国版权注册号TXU510087注册。公众可自Genentech公司(South San Francisco，California)得到ALIGN-2程序。ALIGN-2程序应当编译成在UNIX操作***，优选数码UNIX V4.0D上使用。所有序列比较参数由ALIGN-2程序设定且不变。
在采用ALIGN-2来比较氨基酸序列的情况中，给定氨基酸序列A相对于(to)，与(with)，或针对(against)给定氨基酸序列B的％氨基酸序列同一性(或者可表述为具有或包含相对于，与，或针对给定氨基酸序列B的某一％氨基酸序列同一性的给定氨基酸序列A)如下计算：
分数X/Y 乘 100
其中X是由序列比对程序ALIGN-2在该程序的A和B比对中评分为相同匹配的氨基酸残基数，且其中Y是B中的氨基酸残基总数。可以领会，若氨基酸序列A的长度与氨基酸序列B的长度不相等，则A相对于B的％氨基酸序列同一性将不等于B相对于A的％氨基酸序列同一性。除非另有具体说明，本文中所使用的所有％氨基酸序列同一性值都是依照上一段所述，使用ALIGN-2计算机程序获得的。
术语“检测”包括任何检测手段，包括直接和间接检测。
如本文中使用的，术语“生物标志物”指可在样品中检测的指示物，例如预测性，诊断性和/或预后性的指示物。生物标志物可以充当由特定的分子，病理学，组织学和/或临床特征表征的特定疾病或病症(例如癌症)亚型的指示物。在一些实施方案中，生物标志物是一种基因。生物标志物包括但不限于，多核苷酸(例如DNA和/或RNA)，多核苷酸拷贝数目改变(例如DNA拷贝数)，多肽，多肽和多核苷酸修饰(例如翻译后修饰)，碳水化合物和/或基于糖脂的分子标志物。
术语“生物标志物签名”，“签名”，“生物标志物表达签名”或“表达签名”在本文中可互换使用，指其表达为指示物，例如预测性，诊断性和/或预后性指示物的一种或一组生物标志物。生物标志物签名可以充当由某些分子，病理学，组织学和/或临床特征表征的特定疾病或病症(例如癌症)亚型的指示物。在一些实施方案中，生物标志物签名是“基因签名”。术语“基因签名”与“基因表达签名”可互换使用，指其表达为指示物，例如预测性，诊断性和/或预后性指示物的一种或一组多核苷酸。在一些实施方案中，生物标志物签名是“蛋白质签名”。术语“蛋白质签名”与“蛋白质表达签名”可互换使用，指其表达为指示物，例如预测性，诊断性和/或预后性指示物的一种或一组多肽。
生物标志物与个体增加的临床益处有关的“量”或“水平”是生物学样品中的可检测水平。这些可通过本领域技术人员已知的及本文中公开的方法来测量。所评估的生物标志物的表达水平或量可用于确定对治疗的响应。
术语“表达的水平”或“表达水平”一般可互换使用，一般指生物学样品中生物标志物的量。“表达”一般指信息(例如基因编码和/或表观遗传信息)转化成细胞中存在并运行的结构的过程。因此，如本文中使用的，“表达”可以指转录成多核苷酸，翻译成多肽，或甚至多核苷酸和/或多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)。转录的多核苷酸的，翻译的多肽的，或多核苷酸和/或多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)的片段也应视为表达的，无论它们是源自通过可变剪接生成的转录物或经过降解的转录物，或者是源自多肽的翻译后加工(例如通过蛋白水解)。“表达的基因”包括转录成多核苷酸(如mRNA)，然后翻译成多肽的基因，还有转录成RNA但不翻译成多肽的基因(例如转运和核糖体RNA)。
“升高的表达”，“升高的表达水平”或“升高的水平”指相对于对照如不具有疾病或病症(例如癌症)的个体或内部对照(例如持家型生物标志物)，个体中生物标志物的增加的表达或增加的水平。
“降低的表达”，“降低的表达水平”或“降低的水平”指相对于对照诸如没有罹患疾病或病症(例如癌症)的个体或内部对照(例如持家型生物标志物)，个体中生物标志物的降低的表达或降低的水平。
术语“持家型生物标志物”指通常相似地存在于所有细胞类型中的一种生物标志物或一组生物标志物(例如多核苷酸和/或多肽)。在一些实施方案中，持家型生物标志物是“持家基因”。“持家基因”在本文中指一种基因或一组基因，其编码活性对于细胞功能维持而言必要的蛋白质，且通常相似地存在于所有细胞类型中。
如本文中使用的，“扩增”一般指生成多拷贝的期望序列的过程。“多拷贝”指至少2个拷贝。“拷贝”不必然意味着与模板序列有完全的序列互补性或同一性。例如，拷贝可以包含核苷酸类似物诸如脱氧肌苷，有意的序列变化(诸如经由包含与模板可杂交但不互补的序列的引物引入的序列变化)和/或扩增期间发生的序列错误。
术语“多重PCR”指出于在单个反应中扩增两种或更多种DNA序列的目的，使用超过一套引物在自单一来源(例如个体)获得的核酸上进行的单个PCR反应。
“聚合酶链式反应”或“PCR”技术在用于本文时一般指其中如例如美国专利第4,683,195号中所记载的，扩增微量的核酸，RNA和/或DNA特定片段的流程。通常，需要获知目的区域末端或以外的序列信息，从而可设计寡核苷酸引物；这些引物在序列上将与待扩增模板的相对链相同或相似。两条引物的5’末端核苷酸可与所扩增物质的末端一致。PCR可用于从总基因组DNA和由总细胞RNA转录的cDNA，噬菌体或质粒序列等扩增特定RNA序列，特定DNA序列。一般参见Mullis等,Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.51:263(1987)及Erlich ed.,PCR Technology,Stockton Press,NY,1989。在用于本文时，PCR视为用于扩增核酸测试样品的核酸聚合酶反应方法的一个但非唯一的例子，包括使用已知核酸(DNA或RNA)作为引物并利用核酸聚合酶来扩增或生成特定核酸片段，或者扩增或生成与特定核酸互补的特定核酸片段。
“定量实时聚合酶链式反应”或“qRT-PCR”指PCR的一种形式，其中在PCR反应的每个步骤测量PCR产物的量。这种技术已经记载于多份出版物，包括例如Cronin等,Am.J.Pathol.164(1):35-42(2004)；Ma等,Cancer Cell.5:607-616(2004)。
术语“微阵列”指可杂交阵列元素，优选多核苷酸探针在基片上的有序排列。
术语“诊断”在本文中用于指对分子或病理学状态，疾病或疾患(例如癌症)的鉴定或分类。例如，“诊断”可以指特定癌症类型的鉴定。“诊断”还可以指特定癌症亚型的分类，例如通过组织病理学标准或分子特征(例如由一种或一组生物标志物(例如特定基因或由所述基因编码的蛋白质)的表达表征的亚型)。
术语“帮助做出诊断”在本文中用于指帮助进行关于特定类型的疾病或病症(例如癌症)的症状或状况的存在或性质的临床确定的方法。例如，帮助做出疾病或状况(例如癌症)诊断的方法可以包括在来自个体的生物学样品中测量特定的生物标志物(例如PD-L1)。
术语“样品”在用于本文时指获得自或衍生自感兴趣的受试者和/或个体的组合物，其包含有待根据例如物理，生化，化学和/或生理特点来表征和/或鉴定的细胞和/或其它分子实体。例如，短语“疾病样品”或其变体指得自感兴趣的受试者的任何样品，预计或已知其包含待表征的细胞和/或分子实体。样品包括但不限于，组织样品，原代或培养的细胞或细胞系，细胞上清，细胞裂解物，血小板，血清，血浆，玻璃体液，淋巴液，滑液，滤泡液(follicular fluid)，***，羊水，乳，全血，血液衍生的细胞，尿液，脑脊髓液，唾液，痰，泪，汗液，粘液，肿瘤裂解物，和组织培养液(tissue culture medium)，组织提取物如匀浆化的组织，肿瘤组织，细胞提取物，及其组合。
“组织样品”或“细胞样品”意指从受试者或个体的组织获得的相似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可以是实体组织如来自新鲜，冷冻和/或保存的器官，组织样品，活组织检查和/或抽吸物；血液或任何血液成分如血浆；体液如脑脊髓液，羊水，腹膜液或间隙液(interstitial fluid)；来自受试者的妊娠或发育中任意时间的细胞。组织样品还可以是原代或培养的细胞或细胞系。任选地，组织或细胞样品自患病的组织/器官获得。例如，“肿瘤样品”是自肿瘤或其它癌性组织获得的组织样品。组织样品可以含有在自然界中不天然与组织混杂的化合物，如防腐剂，抗凝血剂，缓冲剂，固定剂，营养物，抗生素等。
如本文中使用的，“肿瘤浸润性免疫细胞”指肿瘤或其样品中存在的任何免疫细胞。肿瘤浸润性免疫细胞包括但不限于肿瘤内免疫细胞，肿瘤周围免疫细胞，其它肿瘤基质细胞(例如成纤维细胞)，或其任意组合。此类肿瘤浸润性免疫细胞可以是例如T淋巴细胞(诸如CD8+ T淋巴细胞和/或CD4+ T淋巴细胞)，B淋巴细胞，或其它骨髓谱系细胞，包括粒细胞(例如嗜中性细胞，嗜曙红细胞，和嗜碱性细胞)，单核细胞，巨噬细胞，树突细胞(例如指状树突细胞)，组织细胞，和天然杀伤细胞。
如本文中使用的，“肿瘤细胞”指肿瘤或其样品中存在的任何肿瘤细胞。可以使用本领域已知的和/或本文中描述的方法来区分肿瘤细胞与肿瘤样品中可存在的其它细胞(例如基质细胞和肿瘤浸润性免疫细胞)。
如本文中使用的，“参照样品”，“参照细胞”，“参照组织”，“对照样品”，“对照细胞”或“对照组织”指用于比较目的的样品，细胞，组织，标准，或水平。在一个实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞或对照组织自同一受试者或个体的健康和/或无疾病身体部位(例如组织或细胞)获得。例如，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞或对照组织可以是临近于患病细胞或组织的健康和/或无疾病细胞或组织(例如临近肿瘤的细胞或组织)。在另一个实施方案中，参照样品自同一受试者或个体的身体的未治疗组织和/或细胞获得。在又一个实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞或对照组织自不是该受试者或个体的个体的健康和/或无疾病身体部位(例如组织或细胞)获得。在再一个实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞或对照组织自不是该受试者或个体的个体身体的未治疗组织和/或细胞获得。
为本发明目的，组织样品的“切片”意指一块或一片组织样品，例如从组织样品(例如肿瘤样品)上切下来的一薄片组织或细胞。要理解，可以制作多片组织样品切片并进行分析，只要理解可以将组织样品的同一切片用于形态学和分子两个水平的分析或者针对多肽(例如通过免疫组织化学)和/或多核苷酸(例如通过原位杂交)进行分析。
“关联”或“联系”意指以任何方式将第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果进行比较。例如，可以将第一分析或方案的结果用于实施第二方案，和/或，可以使用第一分析或方案的结果来决定是否应当实施第二分析或方案。就多肽分析或方案的实施方案而言，可以使用多肽表达分析或方案的结果来决定是否应当实施特定治疗方案。就多核苷酸分析或方案的实施方案而言，可以使用多核苷酸表达分析或方案的结果来决定是否应当实施特定治疗方案。
“个体响应”或“响应”可使用指示对个体益处的任何终点评估，包括但不限于：(1)一定程度地抑制疾病进展(例如癌症进展)，包括减缓和完全阻滞；(2)缩小肿瘤尺寸；(3)抑制(即减轻，减缓或完全终止)癌细胞浸润入临近周围器官和/或组织；(4)抑制(即减轻，减缓或完全终止)转移；(5)一定程度地减轻与疾病或病症(例如癌症)有关的一种或多种症状；(6)存活(包括总体存活和无进展存活)的长度延长或扩展；和/或(9)治疗后给定时间点的死亡率降低。
患者对药物治疗的“有效响应”或“响应性”及类似用语指对处于疾病或病症(诸如癌症)风险或患有疾病或病症(诸如癌症)的患者给予的临床或治疗好处。在一个实施方案中，此类好处包括如下任何一项或多项：延长存活(包括总体存活和无进展存活)；导致客观响应(包括完全响应或部分响应)；或改善癌症体征或症状。在一个实施方案中，使用生物标志物(例如PD-L1表达，例如使用IHC测定的)来鉴定预测具有相对于不表达该生物标志物的患者升高的可能性响应药物(例如包含PD-L1轴结合拮抗剂，例如抗PD-L1抗体的治疗)治疗的患者。在一个实施方案中，使用生物标志物(例如PD-L1表达，例如使用IHC测定的)来鉴定预测具有相对于不以相同水平表达该生物标志物的患者升高的可能性响应药物(例如抗PD-L1抗体)治疗的患者。在一个实施方案中，使用生物标志物的存在来鉴定相对于不存在该生物标志物的患者更有可能响应药物治疗的患者。在另一个实施方案中，使用生物标志物的存在来确定患者会具有相对于不存在该生物标志物的患者升高的可能性受益于药物治疗。
“客观响应”(objective response)指可测量的响应，包括完全响应(CR)或部分响应(PR)。在一些实施方案中，“客观响应率(ORR)”指完全响应(CR)率和部分响应(PR)率的总和。
“完全响应”(complete response)或“CR”指癌症的所有体征响应治疗而消失(例如所有靶损害消失)。这并不总是意味着癌症已经治愈。
“持续应答”指在停止处理后对降低肿瘤生长的持续影响。例如，与施用阶段开始时的大小相比，肿瘤大小可以保持为相同或更小。在一些实施方案中，持续应答具有与处理持续时间至少相同的持续时间，处理持续时间的至少1.5倍，2.0倍，2.5倍，或3.0倍长度，或更长。
如本文中使用的，“降低或抑制癌症复发”意指降低或抑制肿瘤或癌症复发或肿瘤或癌症进展。如本文中公开的，癌症复发和/或癌症进展包括但不限于癌症转移。
如本文中使用的，“部分响应”(partial response)或“PR”指一处或多处肿瘤或损害的大小或体内癌症的程度响应治疗而减小。例如，在一些实施方案中，PR指将基线SLD视为参照，靶损伤的最长直径和(SLD)的至少30％降低。
如本文中使用的，“稳定疾病”或“SD”指将治疗开始起的最小SLD视为参照，既没有足够的靶损伤收缩以符合PR，也没有足够的增加以符合PD。
如本文中使用的，“进行性疾病”或“PD”指将从治疗开始起记录的最小SLD视为参照，靶损伤的SLD的至少20％增加或一种或多种新损伤的存在。
术语“存活”指患者仍然活着，而且包括总体存活以及无进展存活。
如本文中使用的，“无进展存活”(PFS)指治疗期间和治疗后，所治疗疾病(例如癌症)不变坏的时间长度。无进展存活可以包括患者已经经历完全响应或部分响应的时间量，及患者已经经历稳定疾病的时间量。
如本文中使用的，“总体存活”(OS)指组中在特定持续时间后有可能活着的个体的百分比。
“延长存活”意指相对于未治疗的患者(即相对于未用药物治疗的患者)，或相对于不以指定水平表达生物标志物的患者，和/或相对于用得到批准的抗肿瘤剂治疗的患者，延长所治疗的患者中的总体或无进展存活。
术语“基本上相同”在用于本文时表示两个数值之间足够高的相似程度，以致本领域技术人员将认为在用所述数值(例如Kd值或表达水平)所测量的生物学特性背景内两个数值之间的差异具有很小的或没有生物学和/或统计学显著性。作为参照/比较值的函数，所述两个数值之间的差异例如小于约50％，小于约40％，小于约30％，小于约20％，和/或小于约10％。
短语“实质性不同”在用于本文时表示两个数值之间足够高的差异程度，以致本领域技术人员将认为在用所述数值(例如Kd值或表达水平)所测量的生物学特性背景内两个数值之间的差异具有统计学显著性。作为参照/比较分子值的函数，所述两个数值之间的差异例如大于约10％，大于约20％，大于约30％，大于约40％，和/或大于约50％。
词语“标记物”在本文中使用时指直接地或间接地缀合或融合至诸如多核苷酸探针或抗体等试剂且便于检测与其缀合或融合的试剂的化合物或组合物。标记物可以是自身就可检测的(例如放射性同位素标记物或荧光标记物)，或者在酶标记物的情况中，可催化可检测的底物化合物或组合物的化学改变。该术语意图涵盖通过将可检测物质偶联(即物理连接)至探针或抗体进行的对探针或抗体的直接标记，以及通过与直接标记的另一试剂的反应性而进行的对探针或抗体的间接标记。间接标记的例子包括用荧光标记的二抗检测一抗，和用生物素末端标记DNA探针使得它能用荧光标记的链霉亲合素来检测。
“治疗有效量”指治疗剂在哺乳动物中治疗或预防疾病或病症的量。在癌症的情况中，治疗有效量的治疗剂可减少癌细胞的数目；缩小原发性肿瘤的尺寸；抑制(即一定程度的减缓，优选阻止)癌细胞浸润入周围器官；抑制(即一定程度的减缓，优选阻止)肿瘤转移；一定程度的抑制肿瘤生长；和/或一定程度的减轻一种或多种与病症有关的症状。根据药物可阻止现有癌细胞生长和/或杀死现有癌细胞的程度，它可以是细胞抑制性的和/或细胞毒性的。对于癌症疗法，体内功效可以通过例如评估存活持续时间，距疾病进展的时间(TTP)，响应率(例如CR和PR)，响应持续时间，和/或生活质量来测量。
“病症”为会受益于治疗/处理的任何状况，包括但不限于慢性和急性病症或疾病，包括那些使哺乳动物易患所讨论病症的病理状况。
术语“癌(症)”和“癌(性)的”指向或描述哺乳动物中典型的以不受调节的细胞生长为特征的生理疾患。此定义中包括良性和恶性癌症。“早期癌症”或“早期肿瘤”指非侵入性的或转移性的，或者归为0期，I期，或II期癌症的癌症。癌症的例子包括但不限于癌，淋巴瘤，母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤)，肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤)，神经内分泌肿瘤(包括类癌瘤，胃泌素瘤和胰岛细胞癌)，间皮瘤，施旺氏细胞瘤(包括听神经瘤)，脑膜瘤，腺癌，黑素瘤，和白血病或淋巴样恶性肿瘤。此类癌症的更具体例子包括鳞状细胞癌(例如上皮鳞状细胞癌)，肺癌包括小细胞肺癌(SCLC)，非小细胞肺癌(NSCLC)，肺的腺癌和肺的鳞癌，腹膜癌，肝细胞癌，胃癌(gastric或stomach cancer)包括胃肠癌，胰腺癌，成胶质细胞瘤，***，卵巢癌，肝癌(liver cancer或hepatic carcinoma)，膀胱癌，肝瘤(hepatoma)，乳腺癌(包括转移性乳腺癌)，结肠癌，直肠癌，结肠直肠癌，子宫内膜癌或子宫癌，唾液腺癌，肾癌(kidney或renal cancer)，***癌，外阴癌，甲状腺癌，***癌，***癌，梅克尔细胞癌，蕈样肉芽肿，睾丸癌，食管癌，胆管肿瘤，及头和颈癌和造血恶性肿瘤。在一些实施方案中，癌症是三重阴性转移性乳腺癌，包括任何经组织学确认的具有局部复发性或转移性疾病的三重阴性(ER-，PR-，HER2-)乳腺癌(其中局部复发性疾病不适合具有治愈目的的切除术)。在具体实施方案中，癌症是NSCLC，包括鳞状NSCLC和非鳞状NSCLC。
如本文中使用的，术语“肿瘤”指所有赘生性(neoplastic)细胞生长和增殖，无论是恶性的还是良性的，及所有癌前(pre-cancerous)和癌性细胞和组织。术语“癌症”，“癌性”，和“肿瘤”在本文中提到时并不互相排斥。
术语“药物配制剂”指其形式容许其中含有的活性成分的生物学活性是有效的，且不含对会施用该配制剂的受试者产生不可接受的毒性的别的成分的制剂。
“药学可接受载体”指药物配制剂中除了活性成分外对受试者无毒的成分。药学可接受载体包括但不限于缓冲剂，赋形剂，稳定剂，或防腐剂。
如本文中使用的，“治疗/处理”(及其语法变型)指试图改变所治疗个体的自然进程的临床干预，可以是为了预防或在临床病理学的进程中进行。治疗的期望效果包括但不限于预防疾病的发生或复发，缓解症状，削弱疾病的任何直接或间接病理学后果，预防转移，减缓疾病进展的速率，改善或减轻疾病状态，及免除或改善预后。在一些实施方案中，使用抗体(例如抗PD-L1抗体和/或抗PD-1抗体)来延迟疾病的形成或减缓疾病的进展。
术语“抗癌疗法”指在治疗癌症中有用的疗法。抗癌治疗剂的例子包括但不限于细胞毒剂，化疗剂，生长抑制剂，放射疗法中所使用的药剂，抗血管发生剂，凋亡剂，抗微管蛋白剂，和其它治疗癌症的药剂，例如抗CD20抗体，血小板衍生生长因子抑制剂(例如GLEEVECTM(imatinib mesylate))，COX-2抑制剂(例如celecoxib)，干扰素，细胞因子，结合一种或多种以下靶物(PDGFR-β，BlyS，APRIL，BCMA受体，TRAIL/Apo2)的拮抗剂(例如中和性抗体)，其它生物活性和有机化学剂，等等。本发明还包括它们的组合。
术语“细胞毒剂”在用于本文时指抑制或防止细胞的功能和/或引起细胞破坏的物质。该术语意图包括放射性同位素(例如At211，I131，I125，Y90，Re186，Re188，Sm153，Bi212，P32和Lu的放射性同位素)，化疗剂，例如甲氨蝶呤(methotrexate)，阿霉素(adriamicin)，长春花生物碱类(vinca alkaloids)(长春新碱(vincristine)，长春碱(vinblastine)，依托泊苷(etoposide))，多柔比星(doxorubicin)，美法仑(melphalan)，丝裂霉素(mitomycin)C，苯丁酸氮芥(chlorambucil)，柔红霉素(daunorubicin)或其它嵌入剂，酶及其片段，诸如溶核酶，抗生素，和毒素，诸如小分子毒素或者细菌，真菌，植物或动物起源的酶活毒素，包括其片段和/或变体；及下文披露的各种抗肿瘤药或抗癌药。下文记载了其它细胞毒剂。杀肿瘤药引起肿瘤细胞的破坏。
“化疗剂”指可用于治疗癌症的化学化合物。化疗剂的例子包括烷化剂类(alkylating agents)，诸如塞替派(thiotepa)和环磷酰胺(cyclophosphamide)；磺酸烷基酯类(alkyl sulfonates)，诸如白消安(busulfan)，英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶类(aziridines)，诸如苯佐替派(benzodopa)，卡波醌(carboquone)，美妥替派(meturedopa)和乌瑞替派(uredopa)；乙撑亚胺类(ethylenimines)和甲基蜜胺类(methylamelamines)，包括六甲蜜胺(altretamine)，三乙撑蜜胺(triethylenemelamine)，三乙撑磷酰胺(triethylenephosphoramide)，三乙撑硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylolomelamine)；番荔枝内酯类(acetogenins)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；δ-9-四氢***酚(tetrahydrocannabinol)(屈***酚(dronabinol),)；β-拉帕醌(lapachone)；拉帕醇(lapachol)；秋水仙素类(colchicines)；白桦脂酸(betulinic acid)；喜树碱(camptothecin)(包括合成类似物托泊替康(topotecan)CPT-11(伊立替康(irinotecan)，)，乙酰喜树碱，东莨菪亭(scopoletin)和9-氨基喜树碱)；苔藓抑素(bryostatin)；callystatin；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin)，卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；鬼臼毒素(podophyllotoxin)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；替尼泊苷(teniposide)；隐藻素类(cryptophycins)(特别是隐藻素1和隐藻素8)；多拉司他汀(dolastatin)；duocarmycin(包括合成类似物，KW-2189和CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；pancratistatin；sarcodictyin；海绵抑素(spongistatin)；氮芥类(nitrogen mustards)，诸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)，萘氮芥(chlornaphazine)，胆磷酰胺(cholophosphamide)，雌莫司汀(estramustine)，异环磷酰胺(ifosfamide)，双氯乙基甲胺(mechlorethamine)，盐酸氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride)，美法仑(melphalan)，新氮芥(novembichin)，苯芥胆甾醇(phenesterine)，泼尼莫司汀(prednimustine)，曲磷胺(trofosfamide)，尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亚硝脲类(nitrosureas)，诸如卡莫司汀(carmustine)，氯脲菌素(chlorozotocin)，福莫司汀(fotemustine)，洛莫司汀(lomustine)，尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素类，诸如烯二炔类抗生素(enediyne)(例如加利车霉素(calicheamicin)，尤其是加利车霉素γ1I和加利车霉素ω1I(参见例如Nicolaou et al.,Angew.Chem.Intl.Ed.Engl.33:183-186(1994))；蒽环类抗生素(dynemicin)，包括dynemicin A；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌素(neocarzinostatin)发色团和相关色蛋白烯二炔类抗生素发色团，阿克拉霉素(aclacinomysin)，放线菌素(actinomycin)，氨茴霉素(authramycin)，偶氮丝氨酸(azaserine)，博来霉素(bleomycin)，放线菌素C(cactinomycin)，carabicin，洋红霉素(carminomycin)，嗜癌霉素(carzinophilin)，色霉素(chromomycinis)，放线菌素D(dactinomycin)，柔红霉素(daunorubicin)，地托比星(detorubicin)，6-二氮-5-氧-L-正亮氨酸，多柔比星(doxorubicin)(包括吗啉代多柔比星，氰基吗啉代多柔比星，2-吡咯代多柔比星和脱氧多柔比星)，表柔比星(epirubicin)，依索比星(esorubicin)，伊达比星(idarubicin)，麻西罗霉素(marcellomycin)，丝裂霉素类(mitomycins)诸如丝裂霉素C，霉酚酸(mycophenolicacid)，诺拉霉素(nogalamycin)，橄榄霉素(olivomycin)，培洛霉素(peplomycin)，potfiromycin，嘌呤霉素(puromycin)，三铁阿霉素(quelamycin)，罗多比星(rodorubicin)，链黑菌素(streptonigrin)，链佐星(streptozocin)，杀结核菌素(tubercidin)，乌苯美司(ubenimex)，净司他丁(zinostatin)，佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物类，诸如甲氨蝶呤(methotrexate)和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸(denopterin)，甲氨蝶呤(methotrexate)，蝶罗呤(pteropterin)，三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨(fludarabine)，6-巯基嘌呤(mercaptopurine)，硫咪嘌呤(thiamiprine)，硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物，诸如安西他滨(ancitabine)，阿扎胞苷(azacitidine)，6-氮尿苷(azauridine)，卡莫氟(carmofur)，阿糖胞苷(cytarabine)，双脱氧尿苷(dideoxyuridine)，去氧氟尿苷(doxifluridine)，依诺他滨(enocitabine)，氟尿苷(floxuridine)；雄激素类，诸如卡鲁睾酮(calusterone)，丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)，表硫雄醇(epitiostanol)，美雄烷(mepitiostane)，睾内酯(testolactone)；抗肾上腺类，诸如氨鲁米特(aminoglutethimide)，米托坦(mitotane)，曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，诸如亚叶酸(frolinic acid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；elfornithine；依利醋铵(elliptinium acetate)；埃坡霉素(epothilone)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；美登木素生物碱类(maytansinoids)，诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidanmol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他丁(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；2-乙基酰肼(ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；多糖复合物(JHS Natural Products,Eugene,OR)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西佐喃(sizofiran)；螺旋锗(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonicacid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2',2”-三氯三乙胺；单端孢菌素类(trichothecenes)(尤其是T-2毒素，疣孢菌素(verracurin)A，杆孢菌素(roridin)A和蛇行菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露莫司汀(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(arabinoside)(“Ara-C”)；塞替派(thiotepa)；类紫杉醇类(taxoids)，例如紫杉烷，包括帕利他塞(paclitaxel)(Bristol-Myers Squibb Oncology,Princeton,N.J.)，ABRAXANETM不含克列莫佛(Cremophor)，清蛋白改造纳米颗粒剂型帕利他塞(American PharmaceuticalPartners,Schaumberg,Illinois)和多西他塞(docetaxel)(-Poulenc Rorer,Antony,France)；苯丁酸氮芥(chloranbucil)；吉西他滨(gemcitabine)6-硫鸟嘌呤(thioguanine)；巯基嘌呤(mercaptopurine)；甲氨蝶呤(methotrexate)；铂类似物，诸如顺铂(cisplatin)和卡铂(carboplatin)；长春碱(vinblastine)铂；依托泊苷(etoposide)(VP-16)；异环磷酰胺(ifosfamide)；米托蒽醌(mitoxantrone)；长春新碱(vincristine)奥沙利铂(oxaliplatin)；亚叶酸(leucovovin)；长春瑞滨(vinorelbine)能灭瘤(novantrone)；依达曲沙(edatrexate)；道诺霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；伊本膦酸盐(ibandronate)；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄酸类(retinoids)，诸如视黄酸(retinoic acid)；卡培他滨(capecitabine)任何上述物质的药剂学可接受的盐，酸或衍生物；以及两种或多种上述物质的组合，诸如CHOP(环磷酰胺，多柔比星，长春新碱和***龙联合疗法的缩写)和FOLFOX(奥沙利铂(ELOXATINTM)联合5-FU和亚叶酸的治疗方案的缩写)。别的化疗剂包括可用作抗体药物缀合物的细胞毒剂，诸如美登木生物碱(例如DM1)和auristatin(例如MMAE和MMAF)。
“化疗剂”还包括起调节，降低，阻断或抑制可促进癌生长的激素效果作用的“抗激素剂”或“内分泌治疗剂”，且常常是***或全身治疗的形式。它们自身可以是激素。例子包括抗***类和选择性***受体调节剂类(SERM)，包括例如他莫昔芬(tamoxifen)(包括他莫昔芬)，雷洛昔芬(raloxifene)，屈洛昔芬(droloxifene)，4-羟基他莫昔芬，曲沃昔芬(trioxifene)，那洛昔芬(keoxifene)，LY117018，奥那司酮(onapristone)和托瑞米芬(toremifene)；抗孕酮类；***受体下调剂类(ERD)；起抑制或关闭卵巢作用的药剂，例如促黄体生成激素释放激素(LHRH)激动剂，诸如和醋酸亮丙瑞林(leuprolide acetate)，醋酸戈舍瑞林(goserelin acetate)，醋酸布舍瑞林(buserelin acetate)和曲普瑞林(tripterelin)；其它抗雄激素类，诸如氟他米特(flutamide)，尼鲁米特(nilutamide)和比卡米特(bicalutamide)；及抑制在肾上腺中调节***生成的芳香酶的芳香酶抑制剂，诸如例如4(5)-咪唑，氨鲁米特(aminoglutethimide)，醋酸甲地孕酮(megestrol acetate)，依西美坦(exemestane)，福美坦(formestanie)，法倔唑(fadrozole)，伏氯唑(vorozole)，来曲唑(letrozole)和阿那曲唑(anastrozole)。另外，化疗剂的这种定义包括二膦酸盐类(bisphosphonates)，诸如氯膦酸盐(clodronate)(例如或)，依替膦酸盐(etidronate)，NE-58095，唑来膦酸/唑来膦酸盐(zoledronic acid/zoledronate)，阿伦膦酸盐(alendronate)，帕米膦酸盐(pamidronate)，替鲁膦酸盐(tiludronate)或利塞膦酸盐(risedronate)；以及曲沙他滨(troxacitabine)(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；反义寡核苷酸，特别是那些抑制涉及异常细胞增殖的信号传导途经中的基因表达的反义寡核苷酸，诸如例如PKC-α，Raf，H-Ras和表皮生长因子受体(EGFR)；疫苗，诸如疫苗和基因疗法疫苗，例如疫苗，疫苗和疫苗；拓扑异构酶1抑制剂；rmRH；lapatinib ditosylate(ErbB-2和EGFR双重酪氨酸激酶小分子抑制剂，也称为GW572016)；及任何上述物质的药剂学可接受的盐，酸或衍生物。
化疗剂还包括抗体，诸如阿仑珠单抗(alemtuzumab)(Campath)，贝伐珠单抗(bevacizumab)(Genentech)；西妥昔单抗(cetuximab)(Imclone)；帕尼单抗(panitumumab)(Amgen)，利妥昔单抗(rituximab)(Genentech/Biogen Idec)，帕妥珠单抗(pertuzumab)(2C4，Genentech)，曲妥珠单抗(trastuzumab)(Genentech)，托西莫单抗(tositumomab)(Bexxar，Corixia)，和抗体药物缀合物，吉妥珠单抗奥佐米星(gemtuzumabozogamicin)(Wyeth)。具有作为与本发明化合物组合的药剂的治疗潜力的别的人源化单克隆抗体包括：阿泊珠单抗(apolizumab)，阿塞珠单抗(aselizumab)，atlizumab，巴匹珠单抗(bapineuzumab)，bivatuzumab mertansine，莫坎妥珠单抗(cantuzumab mertansine)，西利珠单抗(cedelizumab)，培舍珠单抗(certolizumabpegol)，cidfusituzumab，cidtuzumab，达克珠单抗(daclizumab)，依库珠单抗(eculizumab)，依法珠单抗(efalizumab)，依帕珠单抗(epratuzumab)，厄利珠单抗(erlizumab)，非维珠单抗(felvizumab)，芳妥珠单抗(fontolizumab)，吉妥珠单抗奥佐米星(gemtuzumab ozogamicin)，英妥珠单抗奥佐米星(inotuzumab ozogamicin)，伊匹木单抗(ipilimumab)，拉贝珠单抗(labetuzumab)，林妥珠单抗(lintuzumab)，马妥珠单抗(matuzumab)，美泊利单抗(mepolizumab)，莫维珠单抗(motavizumab)，motovizumab，那他珠单抗(natalizumab)，尼妥珠单抗(nimotuzumab)，nolovizumab，numavizumab，ocrelizumab，奥马珠单抗(omalizumab)，帕利珠单抗(palivizumab)，帕考珠单抗(pascolizumab)，pecfusituzumab，pectuzumab，培克珠单抗(pexelizumab)，ralivizumab，雷珠单抗(ranibizumab)，reslivizumab，瑞利珠单抗(reslizumab)，resyvizumab，罗维珠单抗(rovelizumab)，卢利珠单抗(ruplizumab)，西罗珠单抗(sibrotuzumab)，西利珠单抗(siplizumab)，索土珠单抗(sontuzumab)，tacatuzumab tetraxetan，tadocizumab，他利珠单抗(talizumab)，特非珠单抗(tefibazumab)，托珠单抗(tocilizumab)，托利珠单抗(toralizumab)，tucotuzumab西莫白介素(celmoleukin)，tucusituzumab，umavizumab，乌珠单抗(urtoxazumab)，优特克单抗(ustekinumab)，维西珠单抗(visilizumab)，和抗白介素-12(ABT-874/J695，Wyeth Research and Abbott Laboratories)，其为经遗传修饰以识别白介素-12p40蛋白的重组专有人序列全长IgG1λ抗体。
化疗剂还包括“EGFR抑制剂”，其指结合EGFR或以其它方式直接与EGFR相互作用并阻止或降低其信号传导活性的化合物，其另外还称作“EGFR拮抗剂”。此类药剂的例子包括结合EGFR的抗体和小分子。结合EGFR的抗体的例子包括MAb 579(ATCC CRL HB8506)，MAb455(ATCC CRL HB8507)，MAb 225(ATCC CRL 8508)，MAb 528(ATCC CRL 8509)(参见美国专利No.4,943,533，Mendelsohn等人)及其变体，诸如嵌合化的225(C225或西妥昔单抗；)和重构的人225(H225)(参见WO96/40210，Imclone Systerms Inc.)；IMC-11F8，一种完全人的EGFR靶向抗体(Imclone)；结合II型突变体EGFR的抗体(美国专利No.5,212,290)；结合EGFR的人源化和嵌合抗体，如美国专利No.5,891,996中所述；和结合EGFR的人抗体，诸如ABX-EGF或帕尼单抗(Panitumumab)(参见WO98/50433，Abgenix/Amgen)；EMD55900(Stragliotto et al.,Eur.J.Cancer 32A:636-640(1996))；EMD7200(matuzumab)，一种针对EGFR且与EGF和TGF-α二者竞争EGFR结合的人源化EGFR抗体(EMD/Merck)；人EGFR抗体，HuMax-EGFR(GenMab)；称作E1.1，E2.4，E2.5，E6.2，E6.4，E2.11，E6.3和E7.6.3且描述在US 6,235,883中的完全人抗体；MDX-447(Medarex Inc)；和mAb 806或人源化mAb 806(Johns et al.,J.Biol.Chem.279(29):30375-30384(2004))。抗EGFR抗体可与细胞毒剂缀合，由此产生免疫缀合物(参见例如EP 659,439A2，Merck Patent GmbH)。EGFR拮抗剂包括小分子，诸如美国专利No.5,616,582，5,457,105，5,475,001，5,654,307，5,679,683，6,084,095，6,265,410，6,455,534，6,521,620，6,596,726，6,713,484，5,770,599，6,140,332，5,866,572，6,399,602，6,344,459，6,602,863，6,391,874，6,344,455，5,760,041，6,002,008，和5,747,498，以及PCT公开文本WO98/14451，WO98/50038，WO99/09016，和WO99/24037中描述的化合物。具体的小分子EGFR拮抗剂包括OSI-774(CP-358774，厄洛替尼(erlotinib)，Genentech/OSI Pharmaceuticals)；PD 183805(CI 1033，2-丙烯酰胺，N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-7-[3-(4-吗啉基)丙氧基]-6-喹唑啉基]-，二氢氯化物，Pfizer Inc.)；ZD1839，吉非替尼(gefitinib)4-(3’-氯-4’-氟苯胺基)-7-甲氧基-6-(3-吗啉代丙氧基)喹唑啉，AstraZeneca)；ZM 105180((6-氨基-4-(3-甲基苯基-氨基)-喹唑啉，Zeneca)；BIBX-1382(N8-(3-氯-4-氟-苯基)-N2-(1-甲基-哌啶-4-基)-嘧啶并[5,4-d]嘧啶-2,8-二胺，Boehringer Ingelheim)；PKI-166((R)-4-[4-[(1-苯基乙基)氨基]-1H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基]-苯酚)；(R)-6-(4-羟基苯基)-4-[(1-苯基乙基)氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶)；CL-387785(N-[4-[(3-溴苯基)氨基]-6-喹唑啉基]-2-丁炔酰胺)；EKB-569(N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-3-氰基-7-乙氧基-6-喹啉基]-4-(二甲基氨基)-2-丁烯酰胺)(Wyeth)；AG1478(Pfizer)；AG1571(SU 5271；Pfizer)；双重EGFR/HER2酪氨酸激酶抑制剂，诸如拉帕替尼(lapatinib)(GSK572016或N-[3-氯4-[(3氟苯基)甲氧基]苯基]-6[5[[[2甲基磺酰基)乙基]氨基]甲基]-2-呋喃基]-4-喹唑啉胺)。
化疗剂还包括“酪氨酸激酶抑制剂”，包括前一段中提到的EGFR靶向药物；小分子HER2酪氨酸激酶抑制剂，诸如可从Takeda获得的TAK165；CP-724,714，一种口服ErbB2受体酪氨酸激酶选择性抑制剂(Pfizer和OSI)；优先结合EGFR但抑制HER2和EGFR过表达细胞二者的双重HER抑制剂，诸如EKB-569(可从Wyeth获得)；拉帕替尼(lapatinib)(GSK572016；可从Glaxo-SmithKline获得)，一种口服HER2和EGFR酪氨酸激酶抑制剂；PKI-166(可从Novartis获得)；泛HER抑制剂，诸如卡奈替尼(canertinib)(CI-1033；Pharmacia)；Raf-1抑制剂，诸如可从ISIS Pharmaceutica1s获得的，抑制Raf-1信号传导的反义药剂ISIS-5132；非HER靶向TK抑制剂，诸如甲磺酸伊马替尼(可从Glaxo SmithKline获得)；多靶向酪氨酸激酶抑制剂，诸如舒尼替尼(sunitinib)(可从Pfizer获得)；VEGF受体酪氨酸激酶抑制剂，诸如瓦他拉尼(vatalanib)(PTK787/ZK222584，可从Novartis/Schering AG获得)；MAPK胞外调控激酶I抑制剂CI-1040(可从Pharmacia获得)；喹唑啉类，诸如PD 153035，4-(3-氯苯胺基)喹唑啉；吡啶并嘧啶类；嘧啶并嘧啶类；吡咯并嘧啶类，诸如CGP 59326，CGP 60261和CGP 62706；吡唑并嘧啶类，4-(苯基氨基)-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶类；姜黄素(二阿魏酰甲烷，4,5-双(4-氟苯胺基)-酞酰亚胺)；含有硝基噻吩模块的tyrphostine；PD-0183805(Warner-Lamber)；反义分子(例如那些与编码HER的核酸结合的反义分子)；喹喔啉类(美国专利No.5,804,396)；tryphostins(美国专利No.5,804,396)；ZD6474(AstraZeneca)；PTK-787(Novartis/Schering AG)；泛HER抑制剂，诸如CI-1033(Pfizer)；Affinitac(ISIS 3521；Isis/Lilly)；甲磺酸伊马替尼PKI166(Novartis)；GW2016(Glaxo SmithKline)；CI-1033(Pfizer)；EKB-569(Wyeth)；Semaxinib(Pfizer)；ZD6474(AstraZeneca)；PTK-787(Novartis/Schering AG)；INC-1C11(Imclone)，雷帕霉素(西罗莫司，)；或任何下列专利公开文本中描述的：美国专利No.5,804,396；WO1999/09016(American Cyanamid)；WO1998/43960(AmericanCyanamid)；WO1997/38983(Warner Lambert)；WO1999/06378(Warner Lambert)；WO1999/06396(WarnerLambert)；WO1996/30347(Pfizer,Inc)；WO1996/33978(Zeneca)；WO1996/3397(Zeneca)和WO1996/33980(Zeneca)。
化疗剂还包括***(dexamethasone)，干扰素，秋水仙素(colchicine)，氯苯氨啶(metoprine)，环孢霉素(cyclosporine)，两性霉素(amphotericin)，甲硝唑(metronidazole)，阿仑单抗(alemtuzumab)，阿利维A酸(alitretinoin)，别嘌醇(allopurinol)，氨磷汀(amifostine)，三氧化二砷(arsenic trioxide)，天冬酰胺酶(asparaginase)，活的BCG，贝伐珠单抗(bevacuzimab)，贝沙罗汀(bexarotene)，克拉屈滨(cladribine)，里本灵(clofarabine)，darbepoetin alfa，地尼白介素(denileukin)，右雷佐生(dexrazoxane)，阿法依伯汀(epoetin alfa)，厄洛替尼(elotinib)，非格司亭(filgrastim)，醋酸组氨瑞林(histrelin acetate)，ibritumomab，干扰素α-2a，干扰素α-2b，lenalidomide，左旋咪唑(levamisole)，美司钠(mesna)，甲氧沙林(methoxsalen)，诺龙(nandrolone)，奈拉滨(nelarabine)，诺非单抗(nofetumomab)，奥普瑞白介素(oprelvekin)，palifermin，帕米膦酸盐(pamidronate)，培加酶(pegademase)，培门冬酶(pegaspargase)，PEG非格司亭(pegfilgrastim)，培美曲塞二钠(pemetrexed disodium)，普卡霉素(plicamycin)，卟吩姆钠(porfimer sodium)，喹纳克林(quinacrine)，拉布立酶(rasburicase)，沙格司亭(sargramostim)，替莫唑胺(temozolomide)，VM-26，6-TG，托瑞米芬(toremifene)，tretinoin，ATRA，戊柔比星(valrubicin)，唑来膦酸盐(zoledronate)，和唑来膦酸(zoledronic acid)，及其药学可接受盐。
化疗剂还包括氢化可的松(hydrocortisone)，醋酸氢化可的松(hydrocortisoneacetate)，醋酸可的松(cortisone acetate)，替可的松匹伐酯(tixocortol pivalate)，曲安奈德(triamcinolone acetonide)，曲安西龙醇(triamcinolone alcohol)，莫米松(mometasone)，安西奈德(amcinonide)，布***(budesonide)，***(desonide)，fluocinonide，fluocinolone acetonide，倍他米松(betamethasone)，倍他米松磷酸钠(betamethasone sodium phosphate)，***(dexamethasone)，***磷酸钠(dexamethasone sodium phosphate)，氟可龙(fluocortolone)，氢化可的松-17-丁酸盐(hydrocortisone-17-butyrate)，氢化可的松-17-戊酸盐(hydrocortisone-17-valerate)，aclometasone dipropionate，戊酸倍他米松(betamethasone valerate)，二丙酸倍他米松(betamethasone dipropionate)，泼尼卡酯(prednicarbate)，氯倍他松-17-丁酸盐(clobetasone-17-butyrate)，氯倍他松-17-丙酸盐(clobetasol-17-propionate)，己酸氟考龙(fluocortolone caproate)，特戊酸氟考龙(fluocortolone pivalate)和醋酸氟甲叉龙(fluprednidene acetate)；免疫选择性抗炎肽(ImSAID)，诸如苯丙氨酸-谷氨酰胺-甘氨酸(FEG)及其D-异构体形式(feG)(IMULAN BioTherapeutics,LLC)；抗风湿药物，诸如硫唑嘌呤(azathioprine)，环孢素(ciclosporin)(环孢霉素(cyclosporine)A)，D-青霉胺，金盐，羟氯喹，来氟米特(leflunomide)米诺环素(minocycline)，柳氮磺吡啶(sulfasalazine)，肿瘤坏死因子α(TNFα)阻断剂，诸如依那西普(etanercept)英夫利昔单抗(infliximab)阿达木单抗(adalimumab)certolizumab pegolgolimumab白介素-1(IL-1)阻断剂，诸如阿那白滞素(anakinra)T细胞共刺激阻断剂，诸如abatacept白介素-6(IL-6)阻断剂，诸如tocilizumab白介素-13(IL-13)阻断剂，诸如lebrikizumab；干扰素α(IFN)阻断剂，诸如rontalizumab；β7-整联蛋白阻断剂，诸如rhuMAb Beta7；IgE途径阻断剂，诸如抗M1prime；分泌型同三聚LTa3和膜结合型异三聚LTa1/β2阻断剂，诸如抗淋巴毒素α(LTa)；混杂调查性药剂，诸如thioplatin，PS-341，丁酸苯酯，ET-18-OCH3，或法尼基转移酶抑制剂(L-739749，L-744832；多酚，诸如槲皮素(quercetin)，白藜芦醇(resveratrol)，piceatannol，没食子酸表没食子儿茶精(epigallocatechine gallate)，茶黄素(theaflavin)，黄烷醇(flavanol)，原花青素(procyanidins)，白桦脂酸(betulinic acid)及其衍生物；自噬抑制剂，诸如氯喹；δ-9-四氢***酚(tetrahydrocannabinol)(屈***酚(dronabinol)，)；β-拉帕醌(lapachone)；拉帕醇(lapachol)；秋水仙素类(colchicines)；白桦脂酸(betulinicacid)；乙酰喜树碱，东莨菪亭(scopolectin)，和9-氨基喜树碱)；鬼臼毒素(podophyllotoxin)；替加氟(tegafur)贝沙罗汀(bexarotene)二膦酸盐类(bisphosphonates)，诸如氯膦酸盐(clodronate)(例如或)，依替膦酸钠(etidronate)NE-58095，唑来膦酸/唑来膦酸盐(zoledronic acid/zoledronate)阿伦膦酸盐(alendronate)帕米膦酸盐(pamidronate)替鲁膦酸盐(tiludronate)或利塞膦酸盐(risedronate)和表皮生长因子受体(EGF-R)；疫苗，诸如疫苗；哌立福辛(perifosine)，COX-2抑制剂(例如塞来考昔(celecoxib)或艾托考昔(etoricoxib))，蛋白体抑制剂(例如PS341)；CCI-779；tipifarnib(R11577)；orafenib，ABT510；Bcl-2抑制剂，诸如oblimersen sodiumpixantrone；法尼基转移酶抑制剂，诸如lonafarnib(SCH 6636,SARASARTM)；及任何上述各项的药学可接受盐，酸或衍生物；以及两种或更多种上述各项的组合。
如本文中使用的，术语“前药”指与母药相比对肿瘤细胞的细胞毒性较小并能够酶促活化或转变为更具活性母药形式的药用活性物质的前体或衍生物形式。参见例如Wilman,“Prodrugs in Cancer Chemotherapy”Biochemical Society Transactions,14,pp.375-382,615th Meeting Belfast(1986)和Stella et al.,“Prodrugs:A ChemicalApproach to Targeted Drug Delivery,”Directed Drug Delivery,Borchardt et al.,(ed.),pp.247-267,Humana Press(1985)。本发明的前药包括但不限于含磷酸盐/酯前药，含硫代磷酸盐/酯前药，含硫酸盐/酯前药，含肽前药，D-氨基酸修饰前药，糖基化前药，含β-内酰胺前药，含任选取代苯氧基乙酰胺的前药或含任选取代苯乙酰胺的前药，可转化为更具活性而无细胞毒性的药物的5-氟胞嘧啶和其它5-氟尿苷前药。可衍生为本发明使用的前药形式的细胞毒性药物的例子包括但不限于上文描述的那些化疗剂。
“生长抑制剂”在用于本文时指在体外或在体内抑制细胞(例如其生长依赖于PD-L1表达的细胞)生长和/或增殖的化合物或组合物。如此，生长抑制剂可以是显著降低处于S期的细胞百分比的药剂。生长抑制剂的例子包括阻断细胞周期行进(处于S期以外的位置)的药剂，诸如诱导G1停滞和M期停滞的药剂。经典的M期阻断剂包括长***类(vincas)(长春新碱(vincristine)和长春碱(vinblastine))，紫杉烷类(taxanes)，和拓扑异构酶II抑制剂诸如蒽环类抗生素多柔比星(doxorubicin)((8S-顺式)-10-[(3-氨基-2,3,6-三脱氧-α-L-来苏-吡喃己糖基)氧基]-7,8,9,10-四氢-6,8,11-三羟基-8-(羟基乙酰基)-1-甲氧基-5,12-萘二酮，即(8S-cis)-10-[(3-amino-2,3,6-trideoxy-α-L-lyxo-hexapyranosyl)oxy]-7,8,9,10-tetrahydro-6,8,11-trihydroxy-8-(hydroxyacetyl)-1-methoxy-5,12-naphthacenedione)，表柔比星(epirubicin)，柔红霉素(daunorubicin)，依托泊苷(etoposide)和博来霉素(bleomycin)。那些阻滞G1的药剂也溢出进入S期停滞，例如DNA烷化剂类诸如他莫昔芬(tamoxifen)，***(prednisone)，达卡巴嗪(dacarbazine)，双氯乙基甲胺(mechlorethamine)，顺铂(cisplatin)，甲氨蝶呤(methotrexate)，5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil)和ara-C。更多信息可参见The Molecular Basis of Cancer,Mendelsohnand Israel编,Chapter 1,题为"Cell cycle regulation,oncogenes,and anti-neoplastic drugs",Murakami et al.(WB Saunders:Philadelphia,1995)，尤其是第13页。紫杉烷类(帕利他赛(paclitaxel)和多西他赛(docetaxel))是衍生自紫杉树的抗癌药。衍生自欧洲紫杉的多西他赛(Rhone-Poulenc Rorer)是帕利他赛(Bristol-Myers Squibb)的半合成类似物。帕利他赛和多西他赛促进由微管蛋白二聚体装配成微管并通过防止解聚使微管稳定，导致对细胞中有丝***的抑制。
“放射疗法”或“放疗”指使用定向伽马射线或贝塔射线来诱发对细胞的足够损伤，以限制细胞正常发挥功能的能力或全然破坏细胞。应当领会，本领域知道许多方式来确定治疗的剂量和持续时间。典型的治疗作为一次施用来给予，而典型的剂量范围为每天10-200个单位(戈瑞(Gray))。
如本文中所使用的，术语“患者”或“受试者”可互换使用，而且指想要治疗的任何单一动物，更优选哺乳动物(包括非人动物，诸如例如犬，猫，马，家兔，动物园动物，牛，猪，绵羊，和非人灵长类)。在具体的实施方案中，本文中的患者是人。
如本文中使用的，“施用”指将一定剂量的化合物(例如拮抗剂)或药物组合物(例如包含拮抗剂的药物组合物)给予受试者(例如患者)的方法。施用可以是通过任何合适的手段，包括胃肠外，肺内，和鼻内，及若期望用于局部治疗的话，损伤内施用。胃肠外输注包括例如肌肉内，静脉内，动脉内，腹膜内，或皮下施用。部分根据施用是短暂的还是长期的，给药可以通过任何合适的路径，例如通过注射，诸如静脉内或皮下注射进行。本文中涵盖各种给药日程表，包括但不限于单次施用或在多个时间点里的多次施用，推注施用，和脉冲输注。
术语“并行”在本文中用于指施用两种或更多种治疗剂，其中至少部分施用在时间上交叠。因而，并行施用包括如下的剂量给药方案，一种或多种药剂的施用中断后继续施用一种或多种其它药剂。
“降低或抑制”指引起20％，30％，40％，50％，60％，70％，75％，80％，85％，90％，95％，或更大的总体降低的能力。例如，降低或抑制可以指所治疗的病症的症状，转移的存在或大小，或原发性肿瘤的大小。
术语“包装插页”用于指通常包括在治疗用产品的商业包装中的说明书，它们包含有关涉及此类治疗用产品应用的适应征，用法，剂量，施用，组合疗法，禁忌症和/或警告的信息。
“无菌”配制剂是无菌的或不含所有活的微生物及其孢子。
“制品”是包含至少一种试剂，例如用于治疗疾病或病症(例如癌症)的药物或用于特异性检测本文所述生物标志物(例如PD-L1)的探针的任何制造物(例如包装或容器)或试剂盒。在某些实施方案中，制造物或试剂盒以用于实施本文所述方法的单位推销，分销或销售。
在本文中使用时，短语“基于”意味着关于一种或多种生物标志物的信息用于告知治疗决定，包装插页上提供的信息，或营销/促销指导，等。
III.方法
A.诊断方法
本文中提供的是用于确定罹患癌症(例如非小细胞肺癌)的患者是否有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的方法。本文中还提供的是用于预测罹患癌症(例如非小细胞肺癌)的患者对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的响应性的方法。本文中又提供的是用于为罹患癌症(例如非小细胞肺癌)的患者选择疗法的方法。任何前述方法可以基于肿瘤样品中,例如肿瘤浸润性免疫细胞中和/或肿瘤细胞中本文中提供的生物标志物,例如PD-L1表达的表达水平。任何方法可以进一步包括将PD-L1轴结合拮抗剂(例如下文C节“PD-L1轴结合拮抗剂”中描述的)施用于该患者。任何方法可以进一步包括将有效量的第二治疗剂施用于该患者。
本发明提供一种用于确定罹患非小细胞肺癌的患者是否有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的方法,该方法包含:测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,其中该肿瘤样品中约1％或更多(例如约1％,约2％,约3％,约4％,约5％或更多,约10％或更多,约15％或更多,约20％或更多,约25％或更多,约30％或更多,约35％或更多,约40％或更多,约50％或更多,约55％或更多,约60％或更多,约65％或更多,约70％或更多,约80％或更多,约85％或更多,约90％或更多,约95％或更多,或约99％或更多)的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。例如,在一些情况中,该肿瘤样品中5％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。在其它情况中,该肿瘤样品中10％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。在其它情况中,该肿瘤样品中20％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。在其它情况中,该肿瘤样品中30％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。在还有其它情况中,该肿瘤样品中50％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。
本发明还提供一种用于预测罹患非小细胞肺癌的患者对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的响应性的方法,该方法包含:测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,其中该肿瘤样品中约1％或更多(例如约1％,约2％,约3％,约4％,约5％或更多,约10％或更多,约15％或更多,约20％或更多,约25％或更多,约30％或更多,约35％或更多,约40％或更多,约50％或更多,约55％或更多,约60％或更多,约65％或更多,约70％或更多,约80％或更多,约85％或更多,约90％或更多,约95％或更多,或约99％或更多)的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。例如,在一些情况中,该肿瘤样品中5％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。在其它情况中,该肿瘤样品中10％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。在其它情况中,该肿瘤样品中20％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。在其它情况中,该肿瘤样品中30％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。在还有其它情况中,该肿瘤样品中50％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。
在任何前述方法的一些实施方案中,该肿瘤样品中约5％至约99％(例如约5％至约99％,约5％至约90％,约5％至约85％,约5％至约80％,约5％至约75％,约5％至约70％,约5％至约65％,约5％至约60％,约5％至约55％,约5％至约50％,约5％至约45％,约5％至约40％,约5％至约35％,约5％至约30％,约5％至约25％,约5％至约20％,约5％至约15％,约50％至99％,约50％至95％,约50％至约90％,约50％至约85％,约50％至约80％,约50％至约75％,约50％至约70％,约50％至约65％,约50％至约60％,或约50％至约55％)的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应PD-L1结合拮抗剂的治疗。
本发明又提供一种用于为罹患非小细胞肺癌的患者选择疗法的方法,该方法包含:测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,和基于该肿瘤样品中约1％或更多(例如约1％,约2％,约3％,约4％,约5％或更多,约10％或更多,约15％或更多,约20％或更多,约25％或更多,约30％或更多,约35％或更多,约40％或更多,约50％或更多,约55％或更多,约60％或更多,约65％或更多,约70％或更多,约80％或更多,约85％或更多,约90％或更多,约95％或更多,或约99％或更多)的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平为该患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。例如,在一些情况中,该方法包括基于该肿瘤样品中5％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平为该患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。在一些情况中,该方法包括基于该肿瘤样品中10％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平为该患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。在一些情况中,该方法包括基于该肿瘤样品中20％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平为该患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。在一些情况中,该方法包括基于该肿瘤样品中30％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平为该患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。在一些情况中,该方法包括基于该肿瘤样品中50％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平为该患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。
在任何前述方法中,该方法可以进一步包括测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤浸润性免疫细胞中PD-L1的表达水平。在一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品具有构成少于10％(例如少于10％,少于9％,少于8％,少于7％,少于6％,少于5％,少于4％,少于3％,少于2％,或少于1％)的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平。例如,在一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品具有覆盖该肿瘤样品的切片中少于10％的肿瘤面积(例如少于10％的肿瘤面积,少于9％的肿瘤面积,少于8％的肿瘤面积,少于7％的肿瘤面积,少于6％的肿瘤面积,少于5％的肿瘤面积,少于4％的肿瘤面积,少于3％的肿瘤面积,少于2％的肿瘤面积,或少于1％的肿瘤面积)的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,例如如使用抗PD-L1抗体通过免疫组织化学测定的。
在任何前述方法中,自该患者获得的肿瘤样品可以具有促***增生。例如,在一些情况中,自该患者获得的肿瘤样品可以包括成纤维细胞和/或肌成纤维细胞的群体。在任何方法实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品可以具有硬化反应。在一些情况中,自该患者获得的肿瘤样品可以包含细胞贫乏的和/或胶原化的基质。在任何前述方法中,该肿瘤样品可以包含相对于参照肿瘤样品表达水平升高的胶原,STAT1,和/或MEK。
本发明还提供一种用于确定罹患非小细胞肺癌的患者是否有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的方法,该方法包含:测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤浸润性免疫细胞和肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,其中构成约1％或更多(例如约1％或更多,约2％或更多,约3％或更多,约4％或更多,约5％或更多,约6％或更多,约7％或更多,约8％或更多,约10％或更多,约11％或更多,约12％或更多,约13％或更多,约14％或更多,约15％或更多,约20％或更多,约25％或更多,约30％或更多,约35％或更多,约40％或更多,约50％或更多,约45％或更多,或约50％或更多)的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％(例如少于50％,少于45％,少于40％,少于35％,少于30％,少于25％,少于20％,少于15％,少于10％,或少于5％)的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。例如,在一些实施方案中,构成约5％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。在其它实施方案中,构成约10％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。
本发明又提供一种用于预测罹患非小细胞肺癌的患者对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的响应性的方法,该方法包含:测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤浸润性免疫细胞和肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,其中构成1％或更多(例如约1％或更多,约2％或更多,约3％或更多,约4％或更多,约5％或更多,约6％或更多,约7％或更多,约8％或更多,约10％或更多,约11％或更多,约12％或更多,约13％或更多,约14％或更多,约15％或更多,约20％或更多,约25％或更多,约30％或更多,约35％或更多,约40％或更多,约50％或更多,约45％或更多,或约50％或更多)的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％(例如少于50％,少于45％,少于40％,少于35％,少于30％,少于25％,少于20％,少于15％,少于10％,或少于5％)的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。例如,在一些实施方案中,构成约5％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。在其它实施方案中,构成约10％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。
本发明还有还提供一种用于为罹患非小细胞肺癌的患者选择疗法的方法,该方法包含:测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤浸润性免疫细胞和肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,和基于构成1％或更多(例如约1％或更多,约2％或更多,约3％或更多,约4％或更多,约5％或更多,约6％或更多,约7％或更多,约8％或更多,约10％或更多,约11％或更多,约12％或更多,约13％或更多,约14％或更多,约15％或更多,约20％或更多,约25％或更多,约30％或更多,约35％或更多,约40％或更多,约50％或更多,约45％或更多,或约50％或更多)的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％(例如少于50％,少于45％,少于40％,少于35％,少于30％,少于25％,少于20％,少于15％,少于10％,或少于5％)的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平为该患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。例如,在一些实施方案中,该方法包括基于构成约5％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。在其它实施方案中,该方法包括基于构成约10％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。
在任何前述方法中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖自该患者获得的肿瘤样品的切片中约1％或更多(例如约1％或更多,约2％或更多,约3％或更多,约4％或更多,约5％或更多,约6％或更多,约7％或更多,约8％或更多,约10％或更多,约11％或更多,约12％或更多,约13％或更多,约14％或更多,约15％或更多,约20％或更多,约25％或更多,约30％或更多,约35％或更多,约40％或更多,约50％或更多,约45％或更多,或约50％或更多)的肿瘤面积。例如,在一些情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约1％或更多的肿瘤面积。在一些情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约5％或更多的肿瘤面积。在其它情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约10％或更多的肿瘤面积。在一些情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约15％或更多的肿瘤面积。在还有其它情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约20％或更多的肿瘤面积。在又一些情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约25％或更多的肿瘤面积。在一些情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约30％或更多的肿瘤面积。在一些情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约35％或更多的肿瘤面积。在一些情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约40％或更多的肿瘤面积。在一些情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约50％或更多的肿瘤面积。
在任何前述方法中,自该患者获得的肿瘤样品可以包括相对于参照肿瘤样品数目增多的上皮内和/或基质免疫细胞。在任何前述方法中,自该患者获得的肿瘤样品可以包括相对于参照肿瘤样品数目增多的CD8+ T细胞。在一些情况中,自该患者获得的肿瘤样品具有相对于参照(肿瘤样品)表达水平升高的一种或多种B细胞相关基因或天然杀伤(NK)细胞相关基因。在一些实施方案中,该一种或多种B细胞相关基因选自由CD19,MS4A1,和CD79A组成的组。在一些实施方案中,该一种或多种NK细胞相关基因选自由KLRB1,KLRC1,KLRC2,KLRC3,KLRD1,KLRF1,KLRG1,KLRK1,NCAM1,PRF1,NCR1,KIR2DL2,KIR2DL3,KIR2DL4,KIR2DS2,KIR3DL1,FCGR3A,MICA,和MICB组成的组。
在一些实施方案中,该方法包括测定一种或多种另外的生物标志物的表达水平。在一些实施方案中,该另外的生物标志物是免疫相关标志物。免疫相关标志物指由免疫细胞,或由其它细胞(例如肿瘤细胞,内皮细胞,成纤维细胞,或其它基质细胞)表达的标志物。如果由除了免疫细胞以外的细胞表达的话,该标志物可以涉及调节免疫细胞生物学和功能,包括例如激活,引发,抗原识别和呈递,细胞因子和趋化因子生成,增殖,迁移,存活,或抗体生成。在一些实施方案中,该免疫相关标志物是T细胞相关标志物。在一些实施方案中,该T细胞相关标志物选自由CD8A,IFN-γ,EOMES,粒酶-A,CXCL9,和其任何组合组成的组。在一些实施方案中,该免疫相关标志物选自由CX3CL1,CD45RO,IDO1,半乳凝素9,MIC-A,MIC-B,CTLA-4,和其任何组合组成的组。在一些实施方案中,该另外的生物标志物是NK细胞相关基因。在一些实施方案中,NK细胞相关基因包括但不限于KLRB1,KLRC1,KLRC2,KLRC3,KLRD1,KLRF1,KLRG1,KLRK1,NCAM1,PRF1,NCR1,KIR2DL2,KIR2DL3,KIR2DL4,KIR2DS2,KIR3DL1,FCGR3A,MICA,MICB,和其任何组合。在一些实施方案中,该另外的生物标志物是髓样细胞相关基因。在一些实施方案中,该髓样细胞相关基因包括但不限于IL1B,IL8,CCL2,和其任何组合。在一些实施方案中,该另外的生物标志物是B细胞相关基因。在一些实施方案中,该B细胞相关基因包括但不限于CD19,MS4A1,CD79A,和其任何组合。在一些实施方案中,该另外的生物标志物是效应T细胞(Teff)相关基因。在一些实施方案中,Teff相关基因包括但不限于CD8A,GZMA,GZMB,IFNG,EOMES,PRF1,CXCL9,CXCL10,TBX21,和其任何组合。在一些实施方案中,该Teff相关基因是IFNG,GZMB,或CXCL9。在一些实施方案中,该另外的生物标志物是胶原基因。在一些实施方案中,该胶原基因是COL6A1或COL6A2。
在任何前述方法中,该方法可以进一步包括基于该肿瘤样品中的肿瘤细胞或肿瘤浸润性免疫细胞中PD-L1的表达水平对该患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。该PD-L1轴结合拮抗剂可以是本领域已知的或本文中(例如下文C节“PD-L1轴结合拮抗剂”中)描述的任何PD-L1轴结合拮抗剂。
例如,在一些情况中,该PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂,PD-1结合拮抗剂,和PD-L2结合拮抗剂组成的组。在一些情况中,该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些情况中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对它的配体结合配偶中一种或多种的结合。在其它情况中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1的结合。在还有其它情况中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对B7-1的结合。在一些情况中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1和B7-1二者的结合。在一些情况中,该PD-L1结合拮抗剂是抗体。在一些实施方案中,该抗体选自由YW243.55.S70,MPDL3280A(阿特珠单抗),MDX-1105,MEDI4736(度伐单抗),和MSB0010718C(阿维单抗)组成的组。在一些实施方案中,该抗体包含包含SEQ ID NO:19的HVR-H1序列,SEQ ID NO:20的HVR-H2序列,和SEQ ID NO:21的HVR-H3序列的重链；和包含SEQ ID NO:22的HVR-L1序列,SEQ ID NO:23的HVR-L2序列,和SEQ ID NO:24的HVR-L3序列的轻链。在一些实施方案中,该抗体包含包含SEQ ID NO:26的氨基酸序列的重链可变区和包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列的轻链可变区。
在一些情况中,该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。例如,在一些情况中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对它的配体结合配偶中一种或多种的结合。在一些情况中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1的结合。在其它情况中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L2的结合。在还有其它情况中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1和PD-L2二者的结合。在一些情况中,该PD-1结合拮抗剂是抗体。在一些情况中,该抗体选自由MDX 1106(尼鲁单抗),MK-3475(派姆单抗),CT-011(匹迪珠单抗),MEDI-0680(AMP-514),PDR001,REGN2810,和BGB-108组成的组。在一些情况中,该PD-1结合拮抗剂是Fc-融合蛋白。例如,在一些情况中,该Fc-融合蛋白是AMP-224。
在一些情况中,该方法进一步包括对该患者施用有效量的第二治疗剂。在一些情况中,该第二治疗剂选自由细胞毒剂,生长抑制剂,放射疗法剂,抗血管发生剂,和其组合组成的组。
在任何前述情况中,该非小细胞肺癌可以是局部晚期或转移性非小细胞肺癌。在任何前述情况中,该非小细胞肺癌可以是鳞状NSCLC或非鳞状NSCLC。
可以基于本领域中已知的任何合适标准定性和/或定量地测定生物标志物(例如PD-L1)的存在和/或表达水平/量，所述标准包括但不限于DNA，mRNA，cDNA，蛋白质，蛋白质片段，和/或基因拷贝数。
在任何前述方法中，自患者获得的样品选自下组：组织，全血，血浆，血清，和其组合。在一些实施方案中，样品是组织样品。在一些实施方案中，组织样品是肿瘤样品。在一些实施方案中，肿瘤样品包含肿瘤细胞，肿瘤浸润性免疫细胞，基质细胞，或其任意组合。在任何前述实施方案中，肿瘤样品可以是***固定和石蜡包埋(FFPE)的肿瘤样品，存档的肿瘤样品，新鲜的肿瘤样品，或冷冻的肿瘤样品。
可通过许多方法学来分析样品中本文中描述的各种生物标志物的存在和/或表达水平/量，其中许多是本领域中已知且熟练技术人员理解的，包括但不限于免疫组织化学(“IHC”)，Western印迹分析，免疫沉淀，分子结合测定法，ELISA，ELIFA，荧光激活细胞分选(“FACS”)，MassARRAY，蛋白组学，基于血液的定量测定法(例如血清ELISA)，生化酶活性测定法，原位杂交，荧光原位杂交(FISH)，Southern分析，Northern分析，全基因组测序，聚合酶链式反应(PCR)(包括定量实时PCR(qRT-PCR)和其他扩增类型检测方法，如例如分支的DNA，SISBA，TMA等)，RNA-Seq，微阵列分析，基因表达概况分析，和/或基因表达系列分析(“SAGE”)，以及可通过蛋白质，基因和/或组织阵列分析实施的许多种测定法中的任一种。用于评估基因和基因产物状态的典型方案见于例如Ausubel et al.,eds.,1995,CurrentProtocols In Molecular Biology，Units 2(Northern Blotting),4(SouthernBlotting),15(Immunoblotting)和18(PCR Analysis)。还可使用多重免疫测定法如那些可从Rules Based Medicine或Meso Scale Discovery(“MSD”)获得的。
在任何前述方法中，通过测定生物标志物(例如PD-L1)的蛋白质表达水平来测量生物标志物的存在和/或表达水平/量。在某些实施方案中，所述方法包括使生物学样品与特异性结合本文中描述的生物标志物的抗体(例如抗PD-L1抗体)在允许生物标志物结合的条件下接触，并检测抗体与生物标志物之间是否形成复合物。此类方法可以是体外或体内方法。在一些情况中，使用抗体来选择符合使用PD-L1轴结合拮抗剂疗法的资格的受试者，例如用于选择个体的生物标志物。可以使用本领域已知的或本文中提供的任何测量蛋白质表达水平的方法。例如，在一些实施方案中，使用选自下组的方法测定生物标志物(例如PD-L1)的蛋白质表达水平：流式细胞术(例如荧光激活细胞分选(FACSTM))，Western印迹，酶联免疫吸附测定法(ELISA)，免疫沉淀，免疫组织化学(IHC)，免疫荧光，放射免疫测定法，点印迹，免疫检测方法，HPLC，表面等离振子共振，光谱术，质谱术，和HPLC。在一些实施方案中，测定肿瘤浸润性免疫细胞中的生物标志物(例如PD-L1)的蛋白质表达水平。在一些实施方案中，测定肿瘤细胞中的生物标志物(例如PD-L1)的蛋白质表达水平。在一些实施方案中，测定肿瘤浸润性免疫细胞中的和肿瘤细胞中的生物标志物(例如PD-L1)的蛋白质表达水平。
在某些实施方案中，使用IHC和染色方案来检查样品中生物标志物蛋白质(例如PD-L1)的存在和/或表达水平/量。已显示对组织切片的IHC染色是一种测定或检测样品中蛋白质的存在的可靠方法。在任何方法，测定法和/或试剂盒的一些实施方案中，生物标志物为PD-L1。在一个实施方案中，使用包括下述的方法来测定生物标志物的表达水平：(a)用抗体对样品(诸如自患者获得的肿瘤样品)实施IHC分析；和(b)测定样品中生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，IHC染色强度是相对于参照确定的。在一些实施方案中，参照为参照值。在一些实施方案中，参照为参照样品(例如对照细胞系染色样品，来自非癌症患者的组织样品，或PD-L1阴性肿瘤样品)。
IHC可与另外的技术如形态学染色和/或原位杂交(例如FISH)组合实施。IHC有两种一般性方法；直接和间接测定法。依照第一种测定法，直接测定抗体对靶抗原的结合。该直接测定法使用经标记的试剂，如荧光标签或酶标记的一抗，其可以在没有别的抗体相互作用的情况下可视化。在典型的间接测定法中，未缀合的一抗结合抗原，然后经标记的二抗结合该一抗。在二抗缀合于酶标记物的情况下，添加生色或产荧光底物以提供抗原的可视化。发生信号扩增，因为几个二抗可以与一抗上的不同表位反应。
用于IHC的一抗和/或二抗通常用可检测模块标记。存在大量标记物，其一般可分组成以下类别：(a)放射性同位素，如35S，14C，125I，3H和131I；(b)胶体金颗粒；(c)荧光标记物，包括但不限于稀土螯合物(铕螯合物)，Texas Red，罗丹明，荧光素，丹酰，丽丝胺(lissamine)，伞形酮(umbelliferone)，藻红蛋白(phycocrytherin)，藻蓝蛋白，或商品化的荧光团诸如SPECTRUM ORANGE7和SPECTRUM GREEN7和/或上述任意一种或多种的衍生物；(d)存在各种酶-底物标记物，且美国专利No.4,275,149提供了对其中一些的综述。酶标记物的例子包括萤光素酶(例如萤火虫萤光素酶和细菌萤光素酶；参见例如美国专利No.4,737,456)，萤光素，2,3-二氢酞嗪二酮(dihydrophthalazinedione)，苹果酸脱氢酶，脲酶，过氧化物酶如辣根过氧化物酶(HRPO)，碱性磷酸酶，β-半乳糖苷酶，葡糖淀粉酶，溶菌酶，糖氧化酶(例如葡萄糖氧化酶，半乳糖氧化酶，和葡萄糖-6-磷酸脱氢酶)，杂环氧化酶(如尿酸酶和黄嘌呤氧化酶)，乳过氧化物酶(lactoperoxidase)，微过氧化物酶(microperoxidase)等。
酶-底物组合的例子包括，例如辣根过氧化物酶(HRPO)和作为底物的过氧化氢酶；碱性磷酸酶(AP)和作为生色底物的对硝基苯基磷酸；和β-D-半乳糖苷酶(β-D-Gal)与生色底物(例如对硝基苯基-β-D-半乳糖苷酶)或产荧光底物(例如4-甲基伞形基(methylumbelliferyl)-β-D-半乳糖苷酶)。对于这些的一般性综述，参见例如美国专利No.4,275,149和4,318,980。
可以例如手工或使用自动化染色仪(例如Ventana BenchMark XT或BenchmarkULTRA仪器；见例如下文实施例1)制备标本。可将如此制备的标本封固并盖上盖玻片。然后确定载玻片评估，例如使用显微镜，并可采用本领域中常规使用的染色强度标准。在一个实施方案中，要理解当使用IHC检查来自肿瘤的细胞和/或组织时，通常在肿瘤细胞和/或组织中测定或评估染色(相对于可能存在于样品中的基质或周围组织)。在一些实施方案中，理解的是，当使用IHC检查来自肿瘤的细胞和/或组织时，染色包括肿瘤浸润性免疫细胞，包括肿瘤内或肿瘤周围的免疫细胞中的测定或评估。在一些实施方案中，在>0％的样品中，在至少1％的样品中，在至少5％的样品中，在至少10％的样品中，在至少15％的样品中，在至少15％的样品中，在至少20％的样品中，在至少25％的样品中，在至少30％的样品中，在至少35％的样品中，在至少40％的样品中，在至少45％的样品中，在至少50％的样品中，在至少55％的样品中，在至少60％的样品中，在至少65％的样品中，在至少70％的样品中，在至少75％的样品中，在至少80％的样品中，在至少85％的样品中，在至少90％的样品中，在至少95％的样品中，或更多通过IHC检测生物标志物(例如PD-L1)的存在。可以使用本文中描述的任何标准(见例如表2和3)对样品打分，例如由病理学家或通过自动化图像分析进行。
在任何方法的一些实施方案中，使用抗PD-L1诊断性抗体(即一抗)通过免疫组织化学来检测PD-L1。在一些实施方案中，PD-L1诊断性抗体特异性结合人PD-L1。在一些实施方案中，PD-L1诊断性抗体为非人抗体。在一些实施方案中，PD-L1诊断性抗体为大鼠，小鼠，或家兔抗体。在一些实施方案中，PD-L1诊断性抗体为家兔抗体。在一些实施方案中，PD-L1诊断性抗体为单克隆抗体。在一些实施方案中，PD-L1诊断性抗体是直接标记的。在其它实施方案中，PD-L1诊断性抗体是间接标记的。
在任何前述方法的一些实施方案中，使用IHC检测肿瘤细胞，肿瘤浸润性免疫细胞，或其组合中的PD-L1的表达水平。肿瘤浸润性免疫细胞包括但不限于肿瘤内免疫细胞，肿瘤周围免疫细胞或其任意组合，和其它肿瘤基质细胞(例如成纤维细胞)。此类肿瘤浸润性免疫细胞可以是T淋巴细胞(诸如CD8+ T淋巴细胞和/或CD4+ T淋巴细胞)，B淋巴细胞，或其它骨髓谱系细胞，包括粒细胞(嗜中性细胞，嗜曙红细胞，嗜碱性细胞)，单核细胞，巨噬细胞，树突细胞(即指状树突细胞)，组织细胞，和天然杀伤细胞。在一些实施方案中，以膜染色，胞质染色及其组合检测PD-L1的染色。在其它实施方案中，以样品中缺失或无染色检测PD-L1的缺失。
在任何前述方法中，生物标志物(例如PD-L1)的表达水平可以是核酸表达水平。在一些实施方案中，使用qPCR，rtPCR，RNA-seq，多重qPCR或RT-qPCR，微阵列分析，SAGE，MassARRAY技术，或原位杂交(例如FISH)测定核酸表达水平。在一些实施方案中，测定肿瘤细胞，肿瘤浸润性免疫细胞，基质细胞，或其组合中的生物标志物(例如PD-L1)的表达水平。在一些实施方案中，测定肿瘤细胞中的生物标志物(例如PD-L1)的表达水平。在一些实施方案中，测定肿瘤浸润性免疫细胞中的生物标志物(例如PD-L1)的表达水平。
用于评估细胞中mRNA的方法是众所周知的，包括例如使用互补DNA探针的杂交测定法(诸如使用经标记的特异于一种或多种基因的核糖核酸探针的原位杂交，Northern印迹和相关技术)和各种核酸扩增测定法(诸如使用特异于一种或多种基因的互补引物的RT-PCR，及其它扩增型检测方法，诸如例如分支DNA，SISBA，TMA等)。另外，此类方法可以包括一个或多个如下步骤，其容许测定生物学样品中靶mRNA的水平(例如通过同时检查“持家”基因诸如肌动蛋白家族成员的比较性对照mRNA序列的水平)。任选的是，可以测定所扩增靶cDNA的序列。任选方法包括通过微阵列技术在组织或细胞样品中检查或检测mRNA诸如靶mRNA的方案。使用核酸微阵列，将来自测试和对照组织样品的测试和对照mRNA样品逆转录并标记以生成cDNA探针。然后，将探针与固定化于固体支持物上的核酸阵列杂交。阵列配置为使得阵列每个成员的序列和位置是已知的。例如，可将其表达与包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的增加或降低的临床益处相关的基因选集在固体支持物上呈阵列。经标记探针与特定阵列成员的杂交指示衍生该探针的样品表达该基因。
在某些实施方案中，第一样品中生物标志物的存在和/或表达水平/量相比于第二样品中的存在/缺失和/或表达水平/量增多或升高。在某些实施方案中，第一样品中生物标志物的存在/缺失和/或表达水平/量相比于第二样品中的存在和/或表达水平/量减少或降低。在某些实施方案中，第二样品是参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织。本文中描述了用于测定基因的存在/缺失和/或表达水平/量的其他公开内容。
在某些实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织是来自同一受试者或个体的一份样品或组合的多份样品，其在不同于获得测试样品时的一个或多个时间点获得。例如，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织在早于获得测试样品时的时间点从同一受试者或个体获得。如果参照样品在癌症的初始诊断期间获得而测试样品在癌症变成转移性时的更晚时候获得，那么此类参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织可以是有用的。
在某些实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织是来自一个或多个并非患者的健康个体的组合的多份样品。在某些实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织是来自患有疾病或病症(例如癌症)的，并非受试者或个体的一个或多个个体的组合的多份样品。在某些实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织是来自并非患者的一个或多个个体的正常组织的合并RNA样品或合并血浆或血清样品。在某些实施方案中，参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织是来自患有疾病或病症(例如癌症)的，并非患者的一个或多个个体的肿瘤组织的合并RNA样品或合并血浆或血清样品。
在任何方法的一些实施方案中，升高或增多的表达指生物标志物(例如蛋白质或核酸(例如基因或mRNA))水平中相比于参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织的任意的约10％，20％，30％，40％，50％，60％，70％，80％，90％，95％，96％，97％，98％，99％或更高的总体增加，其通过标准的本领域已知方法诸如本文中描述的那些检测。在某些实施方案中，升高的表达指样品中生物标志物的表达水平/量的增加，其中所述增加是参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织中相应生物标志物表达水平/量的任意的至少约1.5倍，1.75倍，2倍，3倍，4倍，5倍，6倍，7倍，8倍，9倍，10倍，25倍，50倍，75倍，或100倍。在一些实施方案中，升高的表达指相比参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，对照组织，或内部对照(例如持家基因)高约1.5倍，约1.75倍，约2倍，约2.25倍，约2.5倍，约2.75倍，约3.0倍或约3.25倍的总体增加。
在任何方法的一些实施方案中，降低的表达指生物标志物(例如蛋白质或核酸(例如基因或mRNA))水平中相比于参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织的任意的约10％，20％，30％，40％，50％，60％，70％，80％，90％，95％，96％，97％，98％，99％或更高的总体降低，其通过标准的本领域已知方法诸如本文中描述的那些检测。在某些实施方案中，降低的表达指样品中生物标志物的表达水平/量的降低，其中所述降低是参照样品，参照细胞，参照组织，对照样品，对照细胞，或对照组织中相应生物标志物表达水平/量的任意的至少约0.9倍，0.8倍，0.7倍，0.6倍，0.5倍，0.4倍，0.3倍，0.2倍，0.1倍，0.05倍或0.01倍。
B.治疗方法
本发明提供用于治疗罹患癌症(例如非小细胞肺癌)的患者的方法。在一些情况中,本发明的方法包括对该患者施用包括PD-L1轴结合拮抗剂的抗癌症疗法。在该方法中可以使用本文中(见例如下文C节“PD-L1轴结合拮抗剂”)描述的或本领域已知的任何PD-L1轴结合拮抗剂。在一些情况中,该方法涉及测定自患者获得的样品中本文所述生物标志物的存在和/或表达水平和基于该样品中该生物标志物的存在和/或表达水平将抗癌症疗法施用于该患者,例如使用本文中描述的(例如A节“诊断方法”或下文实施例中描述的那些)或本领域已知的任何方法。在一些实施方案中,该生物标志物是PD-L1。
本发明提供一种治疗罹患非小细胞肺癌的患者的方法,该方法包含对该患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中1％或更多(例如约1％,约2％,约3％,约4％,约5％或更多,约10％或更多,约15％或更多,约20％或更多,约25％或更多,约30％或更多,约35％或更多,约40％或更多,约50％或更多,约55％或更多,约60％或更多,约65％或更多,约70％或更多,约80％或更多,约85％或更多,约90％或更多,约95％或更多,或约99％或更多)的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
例如,在一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中5％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。在其它实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中10％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。在其它实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中15％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。在其它实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中20％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。在其它实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中30％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。在还有其它实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中50％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。在一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品具有构成少于10％(例如少于10％,少于9％,少于8％,少于7％,少于6％,少于5％,少于4％,少于3％,少于2％,或少于1％)的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平。例如,在一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品具有覆盖自该患者获得的肿瘤样品的切片中少于10％的肿瘤面积(例如少于10％的肿瘤面积,少于9％的肿瘤面积,少于8％的肿瘤面积,少于7％的肿瘤面积,少于6％的肿瘤面积,少于5％的肿瘤面积,少于4％的肿瘤面积,少于3％的肿瘤面积,少于2％的肿瘤面积,或少于1％的肿瘤面积)的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,例如如使用抗PD-L1抗体通过免疫组织化学测定的。在一些实施方案中,自该患者获得的肿瘤样品不具有肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
本发明还提供一种治疗罹患非小细胞肺癌的患者的方法,该方法包含对该患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有构成1％或更多(例如约1％或更多,约2％或更多,约3％或更多,约4％或更多,约5％或更多,约6％或更多,约7％或更多,约8％或更多,约10％或更多,约11％或更多,约12％或更多,约13％或更多,约14％或更多,约15％或更多,约20％或更多,约25％或更多,约30％或更多,约35％或更多,约40％或更多,约50％或更多,约45％或更多,或约50％或更多)的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％(例如少于50％,少于45％,少于40％,少于35％,少于30％,少于25％,少于20％,少于15％,少于10％,或少于5％)的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
在任何前述方法中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖自该患者获得的肿瘤样品的切片中约1％或更多(例如约1％或更多,约2％或更多,约3％或更多,约4％或更多,约5％或更多,约6％或更多,约7％或更多,约8％或更多,约10％或更多,约11％或更多,约12％或更多,约13％或更多,约14％或更多,约15％或更多,约20％或更多,约25％或更多,约30％或更多,约35％或更多,约40％或更多,约50％或更多,约45％或更多,或约50％或更多)的肿瘤面积。例如,在一些情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约1％或更多的肿瘤面积。在一些情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约5％或更多的肿瘤面积。在其它情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约10％或更多的肿瘤面积。在一些情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约15％或更多的肿瘤面积。在还有其它情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约20％或更多的肿瘤面积。在又一些情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约25％或更多的肿瘤面积。在一些情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约30％或更多的肿瘤面积。在一些情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约35％或更多的肿瘤面积。在一些情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约40％或更多的肿瘤面积。在一些情况中,该肿瘤浸润性免疫细胞可以覆盖该肿瘤样品的切片中约50％或更多的肿瘤面积。
在任何前述方法中,该PD-L1轴结合拮抗剂可以是本领域已知的或本文中(例如下文C节“PD-L1轴结合拮抗剂”中)描述的任何PD-L1轴结合拮抗剂。
例如,在一些情况中,该PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂,PD-1结合拮抗剂,和PD-L2结合拮抗剂组成的组。在一些情况中,该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。在一些情况中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对它的配体结合配偶中一种或多种的结合。在其它情况中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1的结合。在还有其它情况中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对B7-1的结合。在一些情况中,该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1和B7-1二者的结合。在一些情况中,该PD-L1结合拮抗剂是抗体。在一些实施方案中,该抗体选自由YW243.55.S70,MPDL3280A(阿特珠单抗),MDX-1105,MEDI4736(度伐单抗),和MSB0010718C(阿维单抗)组成的组。在一些实施方案中,该抗体包含包含SEQ ID NO:19的HVR-H1序列,SEQ ID NO:20的HVR-H2序列,和SEQ ID NO:21的HVR-H3序列的重链；和包含SEQ ID NO:22的HVR-L1序列,SEQ ID NO:23的HVR-L2序列,和SEQ ID NO:24的HVR-L3序列的轻链。在一些实施方案中,该抗体包含包含SEQ ID NO:26的氨基酸序列的重链可变区和包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列的轻链可变区。
在一些情况中,该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。例如,在一些情况中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对它的配体结合配偶中一种或多种的结合。在一些情况中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1的结合。在其它情况中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L2的结合。在还有其它情况中,该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1和PD-L2二者的结合。在一些情况中,该PD-1结合拮抗剂是抗体。在一些情况中,该抗体选自由MDX 1106(尼鲁单抗),MK-3475(派姆单抗),CT-011(匹迪珠单抗),MEDI-0680(AMP-514),PDR001,REGN2810,和BGB-108组成的组。在一些情况中,该PD-1结合拮抗剂是Fc-融合蛋白。例如,在一些情况中,该Fc-融合蛋白是AMP-224。
在一些情况中,该方法进一步包括对该患者施用有效量的第二治疗剂。在一些情况中,该第二治疗剂选自由细胞毒剂,生长抑制剂,放射疗法剂,抗血管发生剂,和其组合组成的组。
在任何前述情况中,该非小细胞肺癌可以是局部晚期或转移性非小细胞肺癌。在任何前述情况中,该非小细胞肺癌可以是鳞状NSCLC或非鳞状NSCLC。
在又一个方面,本发明提供PD-L1轴结合拮抗剂在制造或制备药物中的用途。在一个实施方案中,该药物是用于癌症的治疗。在又一个实施方案中,该药物用于治疗癌症的方法,其包含对罹患癌症(例如NSCLC)的患者施用有效量的该药物。在一个此类实施方案中,该方法进一步包含对该个体施用有效量的至少一种另外的治疗剂,例如下文描述的。
本文中描述的方法中利用的组合物(例如PD-L1轴结合拮抗剂)可以通过任何合适方法来施用,包括例如静脉内,肌肉内,皮下,皮内,经皮,动脉内,腹膜内,损伤内,颅内,关节内,***内,胸膜内,气管内,鞘内,鼻内,***内,直肠内,表面,肿瘤内,腹膜,结膜下,囊内,粘膜,心包内,脐内,眼内,眶内,口服,表面,透皮,玻璃体内(例如通过玻璃体内注射),通过滴眼剂,通过吸入,通过注射,通过植入,通过输注,通过连续输注,通过直接沐浴靶细胞的局部灌注,通过导管,通过灌洗,在乳剂中,或在脂质组合物中。本文中描述的方法中利用的组合物还可以***或局部施用。施用方法可以随多种因素(例如所施用的化合物或组合物和所治疗的疾患,疾病,或病症的严重程度)而变化。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂是静脉内,肌肉内,皮下,表面,口服,透皮,腹膜内,眶内,通过植入,通过吸入,鞘内,心室内,或鼻内施用的。剂量给药可以通过任何合适路径,例如通过注射,诸如静脉内或皮下注射,部分取决于施用是短期的还是长期的。本文中涵盖各种剂量给药进度表,包括但不限于单次施用或多个时间点上的多次施用,推注施用,和脉冲输注。
本文中描述的PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗体,结合多肽,和/或小分子)(任何另外的治疗剂)可以以与优良医学实践一致的方式配制,定剂量,和施用。在此背景中考虑的因素包括所治疗的特定病症,所治疗的特定哺乳动物,患者个体的临床状况,病症的原因,药剂的投递部位,施用的方法,施用的进度安排,和医学从业人员知道的其它因素。PD-L1轴结合拮抗剂无需但任选与一种或多种当前用于预防或治疗所讨论病症的药剂并行配制和/或施用。此类其它药剂的有效量取决于配制剂中存在的PD-L1轴结合拮抗剂的量,病症或治疗的类型,和上文讨论的其它因素。这些一般以与本文所述相同的剂量和施用路径使用,或以本文中描述的剂量的约1至99％使用,或以凭经验/临床上确定为适宜的任何剂量和任何路径使用。
对于癌症(例如非小细胞肺癌)的预防或治疗,本文中描述的PD-L1轴结合拮抗剂(当单独或与一种或多种其它另外的治疗剂组合使用时)的适宜剂量会取决于要治疗的疾病的类型,疾病的严重程度和过程,施用PD-L1轴结合拮抗剂是为了预防还是治疗目的,先前的疗法,患者的临床史和对PD-L1轴结合拮抗剂的响应,和主治医生的斟酌。一次性或在一系列治疗里将PD-L1轴结合拮抗剂恰当地施用于患者。一种典型日剂量的范围可以是约1μg/kg至100mg/kg或更多,取决于上文所述因素。对于几天或更长时间里的重复施用,取决于状况,治疗一般会持续直至出现期望的疾病症状遏制。此类剂量可以间歇施用,例如每周或每三周(例如使得患者接受例如约2至约20,或例如约6剂PD-L1轴结合拮抗剂)。可以施用较高的一剂初始加载剂,接着是较低的一剂或多剂。然而,其它剂量方案可能是有用的。此疗法的进展易于通过常规技术和测定法来监测。
例如,作为一般建议,PD-L1轴结合拮抗剂抗体施用于人的治疗有效量会在约0.01至约50mg/kg患者体重的范围中,无论是通过一次还是多次施用。在一些实施方案中,所使用的抗体是例如每天,每周,每两周,每三周,或每个月施用约0.01mg/kg至约45mg/kg,约0.01mg/kg至约40mg/kg,约0.01mg/kg至约35mg/kg,约0.01mg/kg至约30mg/kg,约0.01mg/kg至约25mg/kg,约0.01mg/kg至约20mg/kg,约0.01mg/kg至约15mg/kg,约0.01mg/kg至约10mg/kg,约0.01mg/kg至约5mg/kg,或约0.01mg/kg至约1mg/kg。在一些实施方案中,该抗体是以15mg/kg施用的。然而,其它剂量方案可能是有用的。在一个实施方案中,在21天周期的第1天(每三周,q3w)以约100mg,约200mg,约300mg,约400mg,约500mg,约600mg,约700mg,约800mg,约900mg,约1000mg,约1100mg,约1200mg,约1300mg,约1400mg,约1500mg,约1600mg,约1700mg,或约1800mg的剂量将本文中描述的抗PD-L1抗体施用于人。在一些实施方案中,每三周(q3w)静脉内以1200mg施用抗PD-L1抗体MPDL3280A。该剂量可以作为单剂或多剂(例如2或3剂)施用,诸如输注。组合治疗中施用的抗体的剂量可以与单一治疗相比降低。此疗法的进展易于通过常规技术来监测。
在一些实施方案中,该方法进一步涉及对该患者施用有效量的第二治疗剂。在一些实施方案中,该第二治疗剂选自由细胞毒剂,化疗剂,生长抑制剂,放射疗法剂,抗血管发生剂,和其组合组成的组。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与化学疗法或化疗剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与放射疗法剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向疗法或靶向治疗剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与免疫疗法或免疫治疗剂,例如单克隆抗体联合施用。在一些实施方案中,该第二治疗剂是针对活化性共刺激分子的激动剂。在一些实施方案中,该第二治疗剂是针对抑制性共刺激分子的拮抗剂。
上文所述此类组合疗法涵盖组合施用(其中两种或更多种治疗剂包括在相同或分开的配制剂中),和分开施用,在该情况中,PD-L1轴结合拮抗剂的施用可发生在一种或多种另外的治疗剂的施用之前,同时,和/或之后。在一个实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂的施用和另外的治疗剂的施用彼此在约1个月内,或在约1,2或3周内,或在约1,2,3,4,5,或6天内发生。
不希望受理论束缚,认为通过促进活化性共刺激分子或通过抑制负面共刺激分子来增强T-细胞刺激可促进肿瘤细胞死亡,由此治疗癌症或延迟癌症进展。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对活化性共刺激分子的激动剂联合施用。在一些实施方案中,活化性共刺激分子可包括CD40,CD226,CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,HVEM,或CD127。在一些实施方案中,该针对活化性共刺激分子的激动剂是结合至CD40,CD226,CD28,OX40,GITR,CD137,CD27,HVEM,或CD127的激动剂抗体。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对抑制性共刺激分子的拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,抑制性共刺激分子可包括CTLA-4(也称作CD152),TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7-H3,B7-H4,IDO,TIGIT,MICA/B,或精氨酸酶。在一些实施方案中,该针对抑制性共刺激分子的拮抗剂是结合CTLA-4,TIM-3,BTLA,VISTA,LAG-3,B7-H3,B7-H4,IDO,TIGIT,MICA/B,或精氨酸酶的拮抗剂抗体。
在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对CTLA-4(也称作CD152)的拮抗剂,例如阻断性抗体联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与ipilimumab(也称作MDX-010,MDX-101,或)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与tremelimumab(也称作ticilimumab或CP-675,206)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对B7-H3(也称作CD276)的拮抗剂,例如阻断性抗体联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与MGA271联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对TGF-β的拮抗剂,例如metelimumab(也称作CAT-192),fresolimumab(也称作GC1008),或LY2157299联合施用。
在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与包含表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞(例如细胞毒性T细胞或CTL)的过继转移的治疗联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与包含包含显性-阴性TGFβ受体,例如显性-阴性TGFβII型受体的T细胞的过继转移的治疗联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与包含HERCREEM方案(参见例如ClinicalTrials.gov Identifier NCT00889954)的治疗联合施用。
在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对CD137(也称作TNFRSF9,4-1BB,或ILA)的激动剂,例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与urelumab(也称作BMS-663513)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对CD40的激动剂,例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与CP-870893联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对OX40(也称作CD134)的激动剂,例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗OX40抗体(例如AgonOX)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对CD27的激动剂,例如活化性抗体联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与CDX-1127联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对吲哚胺-2,3-双加氧酶(IDO)的拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,该IDO拮抗剂是1-甲基-D-色氨酸(也称作1-D-MT)。
在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗体-药物缀合物联合施用。在一些实施方案中,该抗体-药物缀合物包含mertansine或单甲基奥瑞斯他汀(auristatin)E(MMAE)。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗NaPi2b抗体-MMAE缀合物(也称作DNIB0600A或RG7599)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与trastuzumab emtansine(也称作T-DM1,ado-trastuzumab emtansine,或Genentech)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与DMUC5754A联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向内皮素B受体(EDNBR)的抗体-药物缀合物,例如与MMAE缀合的针对EDNBR的抗体联合施用。
在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗血管发生剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对VEGF,例如VEGF-A的抗体联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与贝伐珠单抗(也称作Genentech)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与针对血管生成素2(也称作Ang2)的抗体联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与MEDI3617联合施用。
在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗肿瘤剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CSF-1R(也称作M-CSFR或CD115)的药剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与抗CSF-1R(也称作IMC-CS4)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与干扰素,例如干扰素α或干扰素γ联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与Roferon-A(也称作重组干扰素α-2a)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与GM-CSF(也称作重组人粒细胞巨噬细胞集落刺激因子,rhu GM-CSF,沙格司亭(sargramostim),或)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-2(也称作阿地白介素(aldesleukin)或)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-12联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CD20的抗体联合施用。在一些实施方案中,该靶向CD20的抗体是obinutuzumab(也称作GA101或)或利妥昔单抗(rituximab)。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向GITR的抗体联合施用。在一些实施方案中,该靶向GITR的抗体是TRX518。
在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与癌症疫苗联合施用。在一些实施方案中,该癌症疫苗是肽癌症疫苗,其在一些实施方案中是个性化肽疫苗。在一些实施方案中,该肽癌症疫苗是多价长肽,多重肽,肽混合物,杂合肽,或经肽脉冲的树突细胞疫苗(参见例如Yamada et al.,Cancer Sci.104:14-21,2013)。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与佐剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与包含TLR激动剂,例如Poly-ICLC(也称作),LPS,MPL,或CpG ODN的治疗联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与肿瘤坏死因子(TNF)α联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-1联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与HMGB1联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-10拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-4拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与IL-13拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与HVEM拮抗剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与ICOS激动剂,例如通过施用ICOS-L,或针对ICOS的激动性抗体联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CX3CL1的治疗联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CXCL9的治疗联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CXCL10的治疗联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向CCL5的治疗联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与LFA-1或ICAM1激动剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与选择蛋白激动剂联合施用。
在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与靶向疗法联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与B-Raf的抑制剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与vemurafenib(也称作)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与dabrafenib(也称作)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与厄洛替尼(erlotinib)(也称作)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与MEK,诸如MEK1(也称作MAP2K1)或MEK2(也称作MAP2K2)的抑制剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与cobimetinib(也称作GDC-0973或XL-518)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与trametinib(也称作)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与K-Ras的抑制剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与c-Met的抑制剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与onartuzumab(也称作MetMAb)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与Alk的抑制剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与AF802(也称作CH5424802或alectinib)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)的抑制剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与BKM120联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与idelalisib(也称作GS-1101或CAL-101)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与哌立福辛(perifosine)(也称作KRX-0401)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与Akt的抑制剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与MK2206联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与GSK690693联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与GDC-0941联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与mTOR的抑制剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与西罗莫司(sirolimus)(也称作雷帕霉素(rapamycin))联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与坦西莫司(temsirolimus)(也称作CCI-779或)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与依维莫司(everolimus)(也称作RAD001)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与ridaforolimus(也称作AP-23573,MK-8669,或deforolimus)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与OSI-027联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与AZD8055联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与INK128联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与双重PI3K/mTOR抑制剂联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与XL765联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与GDC-0980联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与BEZ235(也称作NVP-BEZ235)联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与BGT226联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与GSK2126458联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与PF-04691502联合施用。在一些实施方案中,PD-L1轴结合拮抗剂可以与PF-05212384(也称作PKI-587)联合施用。
C.供本发明的方法中使用的PD-L1轴结合拮抗剂
本文中提供的是用于在患者中治疗癌症(例如非小细胞肺癌)或延迟癌症进展的方法,其包含对该患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。本文中提供的是用于确定罹患癌症(例如非小细胞肺癌)的患者是否有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的方法。本文中提供的是用于预测罹患癌症(例如非小细胞肺癌)的患者对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的响应性的方法。本文中提供的是用于为罹患癌症(例如非小细胞肺癌)的患者选择疗法的方法。任何前述方法可以基于肿瘤样品中,例如肿瘤浸润性免疫细胞和/或肿瘤细胞中本文中提供的生物标志物,例如PD-L1表达的表达水平。
例如,PD-L1轴结合拮抗剂包括PD-1结合拮抗剂,PD-L1结合拮抗剂,和PD-L2结合拮抗剂。PD-1(程序性死亡1)在本领域中也称作“程序性细胞死亡1,”“PDCD1,”“CD279”,和“SLEB2”。一种例示性人PD-1显示于UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q15116。PD-L1(程序性死亡配体1)在本领域中也称作“程序性细胞死亡1配体1”,“PDCD1LG1”,“CD274”,“B7-H”,和“PDL1”。一种例示性人PD-L1显示于UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1。PD-L2(程序性死亡配体2)在本领域中也称作“程序性细胞死亡1配体2”,“PDCD1LG2”,“CD273”,“B7-DC”,“Btdc”,和“PDL2”。一种例示性人PD-L2显示于UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9BQ51。在一些实施方案中,PD-1,PD-L1,和PD-L2是人PD-1,PD-L1和PD-L2。
在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1对它的配体结合配偶的结合的分子。在一个具体方面,该PD-1配体结合配偶是PD-L1和/或PD-L2。在另一个实施方案中,PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1对它的结合配体的结合的分子。在一个具体方面,PD-L1结合配偶是PD-1和/或B7-1。在另一个实施方案中,该PD-L2结合拮抗剂是抑制PD-L2对它的配体结合配偶的结合的分子。在一个具体方面,该PD-L2结合配体配偶是PD-1。该拮抗剂可以是抗体,其抗原结合片段,免疫粘附素,融合蛋白,或寡肽。
在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体(例如人抗体,人源化抗体,或嵌合抗体),例如下文描述的。在一些实施方案中,该抗PD-1抗体选自由MDX-1106(尼鲁单抗),MK-3475(派姆单抗),CT-011(匹迪珠单抗),MEDI-0680(AMP-514),PDR001,REGN2810,和BGB-108组成的组。MDX-1106,也称作MDX-1106-04,ONO-4538,BMS-936558,或尼鲁单抗,是WO2006/121168中记载的抗PD-1抗体。MK-3475,也称作派姆单抗或lambrolizumab,是WO2009/114335中记载的抗PD-1抗体。CT-011,也称作hBAT,hBAT-1或匹迪珠单抗,是WO 2009/101611中记载的抗PD-1抗体。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂是免疫粘附素(例如包含与恒定区(例如免疫球蛋白序列的Fc区)融合的PD-L1或PD-L2的细胞外或PD-1结合部分的免疫粘附素)。在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂是AMP-224。AMP-224,也称作B7-DCIg,是WO 2010/027827和WO 2011/066342中记载的PD-L2-Fc融合可溶性受体。
在一些实施方案中,该抗PD-1抗体是MDX-1106。“MDX-1106”的备选名称包括MDX-1106-04,ONO-4538,BMS-936558,和尼鲁单抗。在一些实施方案中,该抗PD-1抗体是尼鲁单抗(CAS注册号:946414-94-4)。在仍有又一个实施方案中,提供的是一种分离的抗PD-1抗体,其包含包含来自SEQ ID NO:1的重链可变区氨基酸序列的重链可变区和/或包含来自SEQ ID NO:2的轻链可变区氨基酸序列的轻链可变区。在仍有又一个实施方案中,提供的是一种分离的抗PD-1抗体,其包含重链和/或轻链序列,其中:
(a)该重链序列与重链序列:
QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK(SEQ ID NO:1)
具有至少85％,至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,至少99％或100％序列同一性,和
(b)该轻链序列与轻链序列:
EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ ID NO:2)
具有至少85％,至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,至少99％或100％序列同一性。
在一些实施方案中,该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L2结合拮抗剂。在一些实施方案中,该PD-L2结合拮抗剂是抗PD-L2抗体(例如人抗体,人源化抗体,或嵌合抗体)。在一些实施方案中,该PD-L2结合拮抗剂是免疫粘附素。
在一些实施方案中,该PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体,例如下文描述的。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体能够抑制PD-L1和PD-1之间和/或PD-L1和B7-1之间的结合。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体是选自由Fab,Fab’-SH,Fv,scFv,和(Fab’)2片段组成的组的抗体片段。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体是人源化抗体。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体是人抗体。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体选自由YW243.55.S70,MPDL3280A(阿特珠单抗),MDX-1105,MEDI4736(度伐单抗),和MSB0010718C(阿维单抗)组成的组。抗体YW243.55.S70是WO 2010/077634中记载的抗PD-L1。MDX-1105,也称作BMS-936559,是WO2007/005874中记载的抗PD-L1抗体。MEDI4736(度伐单抗)是WO2011/066389和US2013/034559中记载的抗PD-L1单克隆抗体。对本发明的方法有用的抗PD-L1抗体的例子,及其生成方法记载于PCT专利申请WO 2010/077634,WO 2007/005874,WO 2011/066389,美国专利No.8,217,149,和US 2013/034559,通过援引将其收入本文。
WO 2010/077634A1和US 8,217,149中记载的抗PD-L1抗体可以在本文中描述的方法中使用。在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体包含SEQ ID NO:3的重链可变区序列和/或SEQ ID NO:4的轻链可变区序列。在仍有又一个实施方案中,提供的是一种分离的抗PD-L1抗体,其包含重链可变区和/或轻链可变区序列,其中:
(a)该重链序列与重链序列:
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSA(SEQ ID NO:3)
具有至少85％,至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,至少99％或100％序列同一性,和
(b)该轻链序列与轻链序列:
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:4)
具有至少85％,至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,至少99％或100％序列同一性。
在一个实施方案中,该抗PD-L1抗体包含包含HVR-H1,HVR-H2和HVR-H3序列的重链可变区,其中:
(a)该HVR-H1序列是GFTFSX1SWIH (SEQ ID NO:5)；
(b)该HVR-H2序列是AWIX2PYGGSX3YYADSVKG (SEQ ID NO:6)；
(c)该HVR-H3序列是RHWPGGFDY (SEQ ID NO:7)；
进一步其中:X1是D或G；X2是S或L；X3是T或S。在一个具体的方面,X1是D；X2是S和X3是T。在另一个方面,该多肽进一步包含依照式:(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)在HVR间并置的可变区重链框架序列。在还有另一个方面,该框架序列衍生自人共有框架序列。在又一个方面,该框架序列是VH亚组III共有框架。在仍有又一个方面,该框架序列中至少一项如下:
在仍有又一个方面,该重链多肽与包含HVR-L1,HVR-L2和HVR-L3的可变区轻链进一步组合,其中:
(a)该HVR-L1序列是RASQX4X5X6TX7X8A (SEQ ID NO:12)；
(b)该HVR-L2序列是SASX9LX10S (SEQ ID NO:13)；
(c)该HVR-L3序列是QQX11X12X13X14PX15T (SEQ ID NO:14)；
其中:X4是D或V；X5是V或I；X6是S或N；X7是A或F；X8是V或L；X9是F或T；X10是Y或A；X11是Y,G,F,或S；X12是L,Y,F或W；X13是Y,N,A,T,G,F或I；X14是H,V,P,T或I；X15是A,W,R,P或T。在仍有又一个方面,X4是D；X5是V；X6是S；X7是A；X8是V；X9是F；X10是Y；X11是Y；X12是L；X13是Y；X14是H；X15是A。
在仍有又一个方面,该轻链进一步包含依照式:(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)在HVR间并置的可变区轻链框架序列。在仍有又一个方面,该框架序列衍生自人共有框架序列。在仍有又一个方面,该框架序列是VL卡帕I共有框架。在仍有又一个方面,该框架序列中至少一项如下:
在另一个实施方案中,提供的是一种分离的抗PD-L1抗体或抗原结合片段,其包含重链和轻链可变区序列,其中:
(a)该重链包含HVR-H1,HVR-H2和HVR-H3,其中进一步:
(i)该HVR-H1序列是GFTFSX1SWIH (SEQ ID NO:5)
(ii)该HVR-H2序列是AWIX2PYGGSX3YYADSVKG (SEQ ID NO:6)
(iii)该HVR-H3序列是RHWPGGFDY,和 (SEQ ID NO:7)
(b)该轻链包含HVR-L1,HVR-L2和HVR-L3,其中进一步:
(i)该HVR-L1序列是RASQX4X5X6TX7X8A (SEQ ID NO:12)
(ii)该HVR-L2序列是SASX9LX10S；和 (SEQ ID NO:13)
(iii)该HVR-L3序列是QQX11X12X13X14PX15T； (SEQ ID NO:14)
其中:X1是D或G；X2是S或L；X3是T或S；X4是D或V；X5是V或I；X6是S或N；X7是A或F；X8是V或L；X9是F或T；X10是Y或A；X11是Y,G,F,或S；X12是L,Y,F或W；X13是Y,N,A,T,G,F或I；X14是H,V,P,T或I；X15是A,W,R,P或T。在一个具体方面,X1是D；X2是S和X3是T。在另一个方面,X4是D；X5是V；X6是S；X7是A；X8是V；X9是F；X10是Y；X11是Y；X12是L；X13是Y；X14是H；X15是A。在还有另一个方面,X1是D；X2是S和X3是T,X4是D；X5是V；X6是S；X7是A；X8是V；X9是F；X10是Y；X11是Y；X12是L；X13是Y；X14是H和X15是A。
在又一个方面,该重链可变区包含如:(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)在HVR间并置的一种或多种框架序列,和该轻链可变区包含如:(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)在HVR间并置的一种或多种框架序列。在仍有又一个方面,该框架序列衍生自人共有框架序列。在仍有又一个方面,该重链框架序列衍生自Kabat亚组I,II,或III序列。在仍有又一个方面,该重链框架序列是VH亚组III共有框架。在仍有又一个方面,该重链框架序列中一项或多项如SEQ ID NO:8,9,10和11所列。在仍有又一个方面,该轻链框架序列衍生自Kabat卡帕I,II,II或IV亚组序列。在仍有又一个方面,该轻链框架序列是VL卡帕I共有框架。在仍有又一个方面,该轻链框架序列中一项或多项如SEQ ID NO:15,16,17和18中所列。
在仍有又一个具体的方面,该抗体进一步包含人或鼠恒定区。在仍有又一个方面,该人恒定区选自由IgG1,IgG2,IgG2,IgG3,IgG4组成的组。在仍有又一个具体的方面,该人恒定区是IgG1。在仍有又一个方面,该鼠恒定区选自由IgG1,IgG2A,IgG2B,IgG3组成的组。在仍有又一个方面,该鼠恒定区是IgG2A。在仍有又一个具体的方面,该抗体具有降低的或最小限度的效应器功能。在仍有又一个具体的方面,该最小限度的效应器功能源自“效应器较小性(effector-less)Fc突变”或无糖基化(aglycosylation)。在仍有又一个实施方案中,该效应器较小性Fc突变是恒定区中的N297A或D265A/N297A替代。
在还有另一个实施方案中,提供的是一种抗PD-L1抗体,其包含重链和轻链可变区序列,其中:
(a)该重链进一步包含分别与GFTFSDSWIH(SEQ ID NO:19),AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:20)和RHWPGGFDY(SEQ ID NO:21)具有至少85％序列同一性的HVR-H1,HVR-H2和HVR-H3序列,或
(b)该轻链进一步包含分别与RASQDVSTAVA(SEQ ID NO:22),SASFLYS(SEQ ID NO:23)和QQYLYHPAT(SEQ ID NO:24)具有至少85％序列同一性的HVR-L1,HVR-L2和HVR-L3序列。
在一个具体方面,该序列同一性是86％,87％,88％,89％,90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％或100％。
在另一个方面,该重链可变区包含如:(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)在HVR间并置的一种或多种框架序列,和该轻链可变区包含如:(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)在HVR间并置的一种或多种框架序列。在还有另一个方面,该框架序列衍生自人共有框架序列。在仍有又一个方面,该重链框架序列衍生自Kabat亚组I,II,或III序列。在仍有又一个方面,该重链框架序列是VH亚组III共有框架。在仍有又一个方面,一种或多种该重链框架序列如SEQ ID NO:8,9,10和11中所列。在仍有又一个方面,该轻链框架序列衍生自Kabat卡帕I,II,II或IV亚组序列。在仍有又一个方面,该轻链框架序列是VL卡帕I共有框架。在仍有又一个方面,该轻链框架序列中一项或多项如SEQ ID NO:15,16,17和18中所列。
在仍有又一个具体的方面,该抗体进一步包含人或鼠恒定区。在仍有又一个方面,该人恒定区选自由IgG1,IgG2,IgG2,IgG3,IgG4组成的组。在仍有又一个具体的方面,该人恒定区是IgG1。在仍有又一个方面,该鼠恒定区选自由IgG1,IgG2A,IgG2B,IgG3组成的组。在仍有又一个方面,该鼠恒定区是IgG2A。在仍有又一个具体的方面,该抗体具有降低的或最小限度的效应器功能。在仍有又一个具体的方面,该最小限度的效应器功能源自“效应器较小性Fc突变”或无糖基化。在仍有又一个实施方案中,该效应器较小性Fc突变是恒定区中的N297A或D265A/N297A替代。
在另一个又一个实施方案中,提供的是一种分离的抗PD-L1抗体,其包含重链和轻链可变区序列,其中:
(a)该重链序列与重链序列:
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:25)
具有至少85％序列同一性,和/或
(b)该轻链序列与轻链序列:
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:4)
具有至少85％序列同一性。
在一个具体方面,该序列同一性是86％,87％,88％,89％,90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％或100％。在另一个方面,该重链可变区包含如:(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)在HVR间并置的一种或多种框架序列,和该轻链可变区包含如:(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)在HVR间并置的一种或多种框架序列。在还有另一个方面,该框架序列衍生自人共有框架序列。在又一个方面,该重链框架序列衍生自Kabat亚组I,II,或III序列。在仍有又一个方面,该重链框架序列是VH亚组III共有框架。在仍有又一个方面,一种或多种该重链框架序列如SEQ ID NO:8,9,10和WGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:27)中所列。
在仍有又一个方面,该轻链框架序列衍生自Kabat卡帕I,II,II或IV亚组序列。在仍有又一个方面,该轻链框架序列是VL卡帕I共有框架。在仍有又一个方面,该轻链框架序列中一项或多项如SEQ ID NO:15,16,17和18中所列。
在仍有又一个具体的方面,该抗体进一步包含人或鼠恒定区。在仍有又一个方面,该人恒定区选自由IgG1,IgG2,IgG2,IgG3,IgG4组成的组。在仍有又一个具体的方面,该人恒定区是IgG1。在仍有又一个方面,该鼠恒定区选自由IgG1,IgG2A,IgG2B,IgG3组成的组。在仍有又一个方面,该鼠恒定区是IgG2A。在仍有又一个具体的方面,该抗体具有降低的或最小限度的效应器功能。在仍有又一个具体的方面,该最小限度的效应器功能源自原核细胞中的生成。在仍有又一个具体的方面,该最小限度的效应器功能源自“效应器较小性Fc突变”或无糖基化。在仍有又一个实施方案中,该效应器较小性Fc突变是恒定区中的N297A或D265A/N297A替代。
在又一个方面,该重链可变区包含如:(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)在HVR间并置的一种或多种框架序列,和该轻链可变区包含如:(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)在HVR间并置的一种或多种框架序列。在仍有又一个方面,该框架序列衍生自人共有框架序列。在仍有又一个方面,该重链框架序列衍生自Kabat亚组I,II,或III序列。在仍有又一个方面,该重链框架序列是VH亚组III共有框架。在仍有又一个方面,该重链框架序列中一项或多项如下:
在仍有又一个方面,该轻链框架序列衍生自Kabat卡帕I,II,II或IV亚组序列。在仍有又一个方面,该轻链框架序列是VL卡帕I共有框架。在仍有又一个方面,该轻链框架序列中一项或多项如下:
在仍有又一个具体的方面,该抗体进一步包含人或鼠恒定区。在仍有又一个方面,该人恒定区选自由IgG1,IgG2,IgG2,IgG3,IgG4组成的组。在仍有又一个具体的方面,该人恒定区是IgG1。在仍有又一个方面,该鼠恒定区选自由IgG1,IgG2A,IgG2B,IgG3组成的组。在仍有又一个方面,该鼠恒定区是IgG2A。在仍有又一个具体的方面,该抗体具有降低的或最小限度的效应器功能。在仍有又一个具体的方面,该最小限度的效应器功能源自“效应器较小性Fc突变”或无糖基化。在仍有又一个实施方案中,该效应器较小性Fc突变是恒定区中的N297A或D265A/N297A替代。
在还有另一个实施方案中,提供的是一种抗PD-L1抗体,其包含重链和轻链可变区序列,其中:
(c)该重链进一步包含分别与GFTFSDSWIH(SEQ ID NO:19),AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:20)和RHWPGGFDY(SEQ ID NO:21)具有至少85％序列同一性的HVR-H1,HVR-H2和HVR-H3序列,和/或(d)该轻链进一步包含分别与RASQDVSTAVA(SEQ ID NO:22),SASFLYS(SEQ ID NO:23)和QQYLYHPAT(SEQ ID NO:24)具有至少85％序列同一性的HVR-L1,HVR-L2和HVR-L3序列。
在一个具体方面,该序列同一性是86％,87％,88％,89％,90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％或100％。
在另一个方面,该重链可变区包含如:(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)在HVR间并置的一种或多种框架序列,和该轻链可变区包含如:(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)在HVR间并置的一种或多种框架序列。在还有另一个方面,该框架序列衍生自人共有框架序列。在仍有又一个方面,该重链框架序列衍生自Kabat亚组I,II,或III序列。在仍有又一个方面,该重链框架序列是VH亚组III共有框架。在仍有又一个方面,该重链框架序列中一项或多项如SEQ ID NO:8,9,10和WGQGTLVTVSSASTK(SEQ ID NO:31)中所列。
在仍有又一个方面,该轻链框架序列衍生自Kabat卡帕I,II,II或IV亚组序列。在仍有又一个方面,该轻链框架序列是VL卡帕I共有框架。在仍有又一个方面,一种或多种该轻链框架序列如SEQ ID NO:15,16,17和18中所列。在仍有又一个具体的方面,该抗体进一步包含人或鼠恒定区。在仍有又一个方面,该人恒定区选自由IgG1,IgG2,IgG2,IgG3,IgG4组成的组。在仍有又一个具体的方面,该人恒定区是IgG1。在仍有又一个方面,该鼠恒定区选自由IgG1,IgG2A,IgG2B,IgG3组成的组。在仍有又一个方面,该鼠恒定区是IgG2A。在仍有又一个具体的方面,该抗体具有降低的或最小限度的效应器功能。在仍有又一个具体的方面,该最小限度的效应器功能源自“效应器较小性Fc突变”或无糖基化。在仍有又一个实施方案中,该效应器较小性Fc突变是恒定区中的N297A或D265A/N297A替代。
在仍有又一个实施方案中,提供的是一种分离的抗PD-L1抗体,其包含重链和轻链可变区序列,其中:
(a)该重链序列与重链序列:
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTK(SEQ ID NO:26)
具有至少85％序列同一性,或
(b)该轻链序列与轻链序列:
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:4)
具有至少85％序列同一性。
在一些实施方案中,提供的是一种分离的抗PD-L1抗体,其包含重链和轻链可变区序列,其中该轻链可变区序列与SEQ ID NO:4的氨基酸序列具有至少85％,至少86％,至少87％,至少88％,至少89％,至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,至少99％或100％序列同一性。在一些实施方案中,提供的是一种分离的抗PD-L1抗体,其包含重链和轻链可变区序列,其中该重链可变区序列与SEQID NO:26的氨基酸序列具有至少85％,至少86％,至少87％,至少88％,至少89％,至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,至少99％或100％序列同一性。在一些实施方案中,提供的是一种分离的抗PD-L1抗体,其包含重链和轻链可变区序列,其中该轻链可变区序列与SEQ ID NO:4的氨基酸序列具有至少85％,至少86％,至少87％,至少88％,至少89％,至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,至少99％,或100％序列同一性和该重链可变区序列与SEQ ID NO:26的氨基酸序列具有至少85％,至少86％,至少87％,至少88％,至少89％,至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,至少99％,或100％序列同一性。在一些实施方案中,该重和/或轻链的N端处的1,2,3,4或5个氨基酸残基可以删除,替代或修饰。
在仍有又一个实施方案中,提供的是一种分离的抗PD-L1抗体,其包含重链和轻链序列,其中:
(a)该重链序列与重链序列:
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(SEQ ID NO:32)
具有至少85％序列同一性,和/或
(b)该轻链序列与轻链序列:
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ ID NO:33)
具有至少85％序列同一性。
在一些实施方案中,提供的是一种分离的抗PD-L1抗体,其包含重链和轻链序列,其中该轻链序列与SEQ ID NO:33的氨基酸序列具有至少85％,至少86％,至少87％,至少88％,至少89％,至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,或至少99％序列同一性。在一些实施方案中,提供的是一种分离的抗PD-L1抗体,其包含重链和轻链序列,其中该重链序列与SEQ ID NO:32的氨基酸序列具有至少85％,至少86％,至少87％,至少88％,至少89％,至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,或至少99％序列同一性。在一些实施方案中,提供的是一种分离的抗PD-L1抗体,其包含重链和轻链序列,其中该轻链序列与SEQ ID NO:33的氨基酸序列具有至少85％,至少86％,至少87％,至少88％,至少89％,至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,或至少99％序列同一性和该重链序列与SEQ ID NO:32的氨基酸序列具有至少85％,至少86％,至少87％,至少88％,至少89％,至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,或至少99％序列同一性。
在一些实施方案中,该分离的抗PD-L1抗体是无糖基化的。抗体的糖基化典型地或是N连接的或是O连接的。N连接的指碳水化合物模块附着至天冬酰胺残基的侧链。三肽序列天冬酰胺-X-丝氨酸和天冬酰胺-X-苏氨酸(其中X是脯氨酸除外的任何氨基酸)是碳水化合物模块酶促附着至天冬酰胺侧链的识别序列。如此,多肽中这些三肽序列任一的存在创建潜在的糖基化位点。O连接的糖基化指糖N-乙酰基半乳糖胺,半乳糖,或木糖之一附着至羟基氨基酸,最常见的是丝氨酸或苏氨酸,尽管也可以使用5-羟基脯氨酸或5-羟基赖氨酸。通过改变氨基酸序列使得上述三肽序列(对于N连接的糖基化位点)之一去除,方便地实现自抗体去除糖基化位点。该改变可以通过用另一种氨基酸残基(例如甘氨酸,丙氨酸或保守替代)替代糖基化位点内的天冬酰胺,丝氨酸或苏氨酸残基来进行。
在本文中的任何实施方案中,该分离的抗PD-L1抗体能结合人PD-L1,例如UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1中所示人PD-L1,或其变体。
在仍有又一个实施方案中,提供的是一种分离的核酸,其编码本文中描述的任何抗体。在一些实施方案中,该核酸进一步包含适合于表达编码任何先前描述的抗PD-L1抗体的核酸的载体。在仍有又一个具体的方面,该载体在适合于表达该核酸的宿主细胞中。在仍有又一个具体的方面,该宿主细胞是真核细胞或原核细胞。在仍有又一个具体的方面,该真核细胞是哺乳动物细胞,诸如中国仓鼠卵巢(CHO)细胞。
该抗体或其抗原结合片段可以使用本领域已知的方法来生成,例如通过如下工艺,其包含在适合于生成此类抗体或片段的条件下培养以适合于表达的形式含有编码任何先前描述的抗PD-L1抗体或抗原结合片段的核酸的宿主细胞,和回收该抗体或片段。
明确涵盖的是,供上文列举的任何实施方案中使用的此类PD-L1轴结合拮抗剂抗体(例如抗PD-L1抗体,抗PD-1抗体,和抗PD-L2抗体),或本文中描述的其它抗体(例如用于检测PD-L1表达水平的抗PD-L1抗体)可以单一地或组合地具有下文1-7节中描述的任何特征。
1.抗体亲和力
在某些实施方案中，本文中提供的抗体(例如抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)具有≤1μM，≤100nM，≤10nM，≤1nM，≤0.1nM，≤0.01nM，或≤0.001nM的解离常数(Kd)(例如10-8M或更少，例如10-8M至10-13M，例如，10-9M至10-13M)。
在一个实施方案中，Kd是通过放射性标记抗原结合测定法(RIA)来测量的。在一个实施方案中，用Fab型式的感兴趣抗体及其抗原实施RIA。例如，通过在存在未标记抗原的滴定系列的情况中用最小浓度的(125I)标记抗原平衡Fab，然后用抗Fab抗体包被板捕捉结合的抗原来测量Fab对抗原的溶液结合亲和力(见例如Chen等,J.Mol.Biol.293:865-881(1999))。为了建立测定法的条件，将多孔板(Thermo Scientific)用50mM碳酸钠(pH 9.6)中的5μg/ml捕捉用抗Fab抗体(Cappel Labs)包被过夜，随后用PBS中的2％(w/v)牛血清清蛋白于室温(约23℃)封闭2-5小时。在非吸附板(Nunc#269620)中，将100pM或26pM[125I]-抗原与连续稀释的感兴趣Fab(例如与Presta等,Cancer Res.57:4593-4599(1997)中抗VEGF抗体，Fab-12的评估一致)混合。然后将感兴趣的Fab温育过夜；然而，温育可持续更长时间(例如约65小时)以确保达到平衡。此后，将混合物转移至捕捉板，于室温温育(例如1小时)。然后除去溶液，并用PBS中的0.1％聚山梨酯20洗板8次。平板干燥后，加入150μl/孔闪烁液(MICROSCINT-20TM；Packard)，然后在TOPCOUNTTM伽马计数器(Packard)上对平板计数10分钟。选择各Fab给出小于或等于最大结合之20％的浓度用于竞争性结合测定法。
依照另一个实施方案，Kd是使用表面等离振子共振测定法测量的。例如，于25℃使用固定化抗原CM5芯片在约10个响应单位(RU)使用-2000或-3000(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)实施测定法。在一个实施方案中，依照供应商的用法说明书用盐酸N-乙基-N’-(3-二甲氨基丙基)-碳二亚胺(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化右旋糖苷生物传感器芯片(CM5,BIACORE,Inc.)。将抗原用10mM乙酸钠pH 4.8稀释至5μg/ml(约0.2μM)，然后以5μl/分钟的流速注射以获得约10个响应单位(RU)的偶联蛋白质。注入抗原后，注入1M乙醇胺以封闭未反应基团。为了进行动力学测量，于25℃以约25μl/分钟的流速注入在含0.05％聚山梨酯20(TWEEN-20TM)表面活性剂的PBS(PBST)中两倍连续稀释的Fab(0.78nM至500nM)。使用简单一对一朗格缪尔(Langmuir)结合模型(Evaluation Software version 3.2)通过同时拟合结合和解离传感图计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)以比率koff/kon计算。见例如Chen等,J.Mol.Biol.293:865-881(1999)。如果根据上文表面等离振子共振测定法，结合速率超过106M-1S-1，那么结合速率可使用荧光淬灭技术来测定，即根据分光计诸如配备了断流装置的分光光度计(Aviv Instruments)或8000系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic)中用搅拌比色杯的测量，在存在浓度渐增的抗原的情况中，测量PBSpH 7.2中20nM抗抗原抗体(Fab形式)于25℃的荧光发射强度(激发＝295nm；发射＝340nm，16nm带通)的升高或降低。
2.抗体片段
在某些实施方案中，本文中提供的抗体(例如抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)是抗体片段。抗体片段包括但不限于Fab，Fab’，Fab’-SH，F(ab’)2，Fv，和scFv片段，及下文所描述的其它片段。关于某些抗体片段的综述，见Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)。关于scFv片段的综述，见例如Pluckthün,于The Pharmacology of Monoclonal Antibodies,第113卷,Rosenburg和Moore编,(Springer-Verlag,New York),第269-315页(1994)；还可见WO93/16185；及美国专利No.5,571,894和5,587,458。关于包含补救受体结合表位残基，并且具有延长的体内半衰期的Fab和F(ab’)2片段的讨论，见美国专利No.5,869,046。
双抗体是具有两个抗原结合位点的抗体片段，其可以是二价的或双特异性的。见例如EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)；及Hollinger等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993)。三抗体和四抗体也记载于Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)。
单域抗体是包含抗体的整个或部分重链可变域或整个或部分轻链可变域的抗体片段。在某些实施方案中，单域抗体是人单域抗体(Domantis,Inc.,Waltham,MA；见例如美国专利No.6,248,516B1)。
可以通过多种技术，包括但不限于对完整抗体的蛋白水解消化及重组宿主细胞(例如大肠杆菌或噬菌体)的生成来生成抗体片段，如本文中所描述的。
3.嵌合抗体和人源化抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体(例如抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)是嵌合抗体。某些嵌合抗体记载于例如美国专利No.4,816,567；及Morrison等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855(1984))。在一个例子中，嵌合抗体包含非人可变区(例如，自小鼠，大鼠，仓鼠，家兔，或非人灵长类，诸如猴衍生的可变区)和人恒定区。在又一个例子中，嵌合抗体是“类转换的”抗体，其中类或亚类已经自亲本抗体的类或亚类改变。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
在某些实施方案中，嵌合抗体是人源化抗体。通常，将非人抗体人源化以降低对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。一般地，人源化抗体包含一个或多个可变域，其中HVR，例如CDR(或其部分)自非人抗体衍生，而FR(或其部分)自人抗体序列衍生。任选地，人源化抗体还会至少包含人恒定区的一部分。在一些实施方案中，将人源化抗体中的一些FR残基用来自非人抗体(例如衍生HVR残基的抗体)的相应残基替代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
人源化抗体及其生成方法综述于例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008)，并且进一步记载于例如Riechmann等,Nature 332:323-329(1988)；Queen等,Proc.Natl Acad.Sci.USA 86:10029-10033(1989)；美国专利No.5,821,337,7,527,791,6,982,321和7,087,409；Kashmiri等,Methods 36:25-34(2005)(描述了特异性决定区(SDR)嫁接)；Padlan,Mol.Immunol.28:489-498(1991)(描述了“重修表面”)；Dall’Acqua等,Methods 36:43-60(2005)(描述了“FR改组”)；及Osbourn等,Methods 36:61-68(2005)和Klimka等,Br.J.Cancer,83:252-260(2000)(描述了FR改组的“引导选择”方法)。
可以用于人源化的人框架区包括但不限于：使用“最佳拟合(best-fit)”方法选择的框架区(见例如Sims等,J.Immunol.151:2296(1993))；自轻或重链可变区的特定亚组的人抗体的共有序列衍生的框架区(见例如Carter等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285(1992)；及Presta等,J.Immunol.,151:2623(1993))；人成熟的(体细胞突变的)框架区或人种系框架区(见例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008))；和通过筛选FR文库衍生的框架区(见例如Baca等,J.Biol.Chem.272:10678-10684(1997)及Rosok等,J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996))。
4.人抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体(例如抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)是人抗体。可以使用本领域中已知的多种技术来生成人抗体。一般地，人抗体记载于van Dijk和van de Winkel,Curr.Opin.Pharmacol.5:368-74(2001)及Lonberg,Curr.Opin.Immunol.20:450-459(2008)。
可以通过对转基因动物施用免疫原来制备人抗体，所述转基因动物已经修饰为响应抗原性攻击而生成完整人抗体或具有人可变区的完整抗体。此类动物通常含有所有或部分人免疫球蛋白基因座，其替换内源免疫球蛋白基因座，或者其在染色体外存在或随机整合入动物的染色体中。在此类转基因小鼠中，一般已经将内源免疫球蛋白基因座灭活。关于自转基因动物获得人抗体的方法的综述，见Lonberg,Nat.Biotech.23:1117-1125(2005)。还可见例如美国专利No.6,075,181和6,150,584，其描述了XENOMOUSETM技术；美国专利No.5,770,429，其描述了技术；美国专利No.7,041,870，其描述了K-M技术，和美国专利申请公开文本No.US 2007/0061900，其描述了技术)。可以例如通过与不同人恒定区组合进一步修饰来自由此类动物生成的完整抗体的人可变区。
也可以通过基于杂交瘤的方法生成人抗体。已经描述了用于生成人单克隆抗体的人骨髓瘤和小鼠-人异骨髓瘤细胞系(见例如Kozbor J.Immunol.,133:3001(1984)；Brodeur等,Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications,第51-63页(Marcel Dekker,Inc.,New York,1987)；及Boerner等,J.Immunol.,147:86(1991))。经由人B细胞杂交瘤技术生成的人抗体也记载于Li等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562(2006)。其它方法包括那些例如记载于美国专利No.7,189,826(其描述了自杂交瘤细胞系生成单克隆人IgM抗体)和Ni,Xiandai Mianyixue,26(4):265-268(2006)(其描述了人-人杂交瘤)的。人杂交瘤技术(Trioma技术)也记载于Vollmers和Brandlein,Histologyand Histopathology,20(3):927-937(2005)及Vollmers和Brandlein,Methods andFindings in Experimental and Clinical Pharmacology,27(3):185-91(2005)。
也可以通过分离自人衍生的噬菌体展示文库选择的Fv克隆可变域序列生成人抗体。然后，可以将此类可变域序列与期望的人恒定域组合。下文描述了自抗体文库选择人抗体的技术。
5.文库衍生的抗体
可以通过对组合文库筛选具有期望的一种或多种活性的抗体来分离本发明的抗体(例如抗PD-L1抗体和抗PD-1抗体)。例如，用于生成噬菌体展示文库并对此类文库筛选拥有期望结合特征的抗体的多种方法是本领域中已知的。此类方法综述于例如Hoogenboom等,于Methods in Molecular Biology 178:1-37(O’Brien等编,Human Press,Totowa,NJ,2001)，并且进一步记载于例如McCafferty等,Nature 348:552-554；Clackson等,Nature352:624-628(1991)；Marks等,J.Mol.Biol.222:581-597(1992)；Marks和Bradbury,于Methods in Molecular Biology 248:161-175(Lo编,Human Press,Totowa,NJ,2003)；Sidhu等,J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004)；Lee等,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472(2004)；及Lee等,J.Immunol.Methods 284(1-2):119-132(2004)。
在某些噬菌体展示方法中，将VH和VL基因的全集分别通过聚合酶链式反应(PCR)克隆，并在噬菌体文库中随机重组，然后可以对所述噬菌体文库筛选抗原结合噬菌体，如记载于Winter等,Ann.Rev.Immunol.,12:433-455(1994)的。噬菌体通常以单链Fv(scFv)片段或以Fab片段展示抗体片段。来自经免疫的来源的文库提供针对免疫原的高亲和力抗体，而不需要构建杂交瘤。或者，可以(例如自人)克隆天然全集以在没有任何免疫的情况中提供针对一大批非自身和还有自身抗原的抗体的单一来源，如由Griffiths等,EMBO J,12:725-734(1993)描述的。最后，也可以通过自干细胞克隆未重排的V基因区段，并使用含有随机序列的PCR引物编码高度可变的CDR3区并在体外实现重排来合成生成未免疫文库，如由Hoogenboom和Winter,J.Mol.Biol.,227:381-388(1992)所描述的。描述人抗体噬菌体文库的专利公开文本包括例如：美国专利No.5,750,373，和美国专利公开文本No.2005/0079574,2005/0119455,2005/0266000,2007/0117126,2007/0160598,2007/0237764,2007/0292936和2009/0002360。
认为自人抗体文库分离的抗体或抗体片段是本文中的人抗体或人抗体片段。
6.多特异性抗体
在任一上述方面，本文中提供的抗体(例如抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)可以是多特异性抗体，例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些实施方案中，本文中提供的抗体是多特异性抗体，例如双特异性抗体。在某些实施方案中，结合特异性之一针对PD-L1，而另一种针对任何其它抗原。在某些实施方案中，双特异性抗体可以结合PD-L1的两个不同表位。也可以使用双特异性抗体来将细胞毒剂定位于表达PD-L1的细胞。双特异性抗体可以以全长抗体或抗体片段制备。
用于生成多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两对免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达(见Milstein和Cuello,Nature 305:537(1983))，WO 93/08829，和Traunecker等,EMBO J.10:3655(1991))，和“节-入-穴”工程化(见例如美国专利No.5,731,168)。也可以通过用于生成抗体Fc-异二聚体分子的工程化静电操纵效应(参见WO2009/089004A1)；交联两个或更多个抗体或片段(见例如美国专利No.4,676,980,及Brennan等,Science,229:81(1985))；使用亮氨酸拉链来生成双特异性抗体(见例如Kostelny等,J.Immunol.,148(5):1547-1553(1992))；使用用于生成双特异性抗体片段的“双抗体”技术(见例如Hollinger等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:6444-6448(1993))；和使用单链Fv(sFv)二聚体(见例如Gruber等,J.Immunol.,152:5368(1994))；及如例如Tutt等,J.Immunol.147:60(1991)中所描述的，制备三特异性抗体来生成多特异性抗体。
本文中还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化改造抗体，包括“章鱼抗体”(见例如US 2006/0025576A1)。
本文中的抗体或片段还包括包含结合PD-L1及另一种不同抗原的抗原结合位点的“双重作用FAb”或“DAF”。
7.抗体变体
在某些实施方案中，涵盖本发明的抗体(例如抗PD-L1抗体和抗PD-1抗体)的氨基酸序列变体。例如，可以期望改善抗体的结合亲和力和/或其它生物学特性。可以通过将合适的修饰引入编码抗体的核苷酸序列中，或者通过肽合成来制备抗体的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如对抗体的氨基酸序列内的残基的删除，和/或***和/或替代。可以进行删除，***，和替代的任何组合以得到最终的构建体，只要最终的构建体拥有期望的特征，例如，抗原结合。
I.替代，***，和删除变体
在某些实施方案中，提供了具有一处或多处氨基酸替代的抗体变体。替代诱变感兴趣的位点包括HVR和FR。保守替代在表1中在“优选的替代”的标题下显示。更实质的变化在表1中在“例示性替代”的标题下提供，并且如下文参照氨基酸侧链类别进一步描述的。可以将氨基酸替代引入感兴趣的抗体中，并且对产物筛选期望的活性，例如保留/改善的抗原结合，降低的免疫原性，或改善的ADCC或CDC。
表1：例示性和优选的氨基酸替代
依照共同的侧链特性，氨基酸可以如下分组：
(1)疏水性的：正亮氨酸,Met,Ala,Val,Leu,Ile；
(2)中性，亲水性的：Cys,Ser,Thr,Asn,Gln；
(3)酸性的：Asp,Glu；
(4)碱性的：His,Lys,Arg；
(5)影响链取向的残基：Gly,Pro；
(6)芳香族的：Trp,Tyr,Phe。
非保守替代会需要用这些类别之一的成员替换另一个类别的。
一类替代变体牵涉替代亲本抗体(例如人源化或人抗体)的一个或多个高变区残基。一般地，为进一步研究选择的所得变体相对于亲本抗体会具有某些生物学特性的改变(例如改善)(例如升高的亲和力和/或降低的免疫原性)和/或会基本上保留亲本抗体的某些生物学特性。例示性的替代变体是亲和力成熟的抗体，其可以例如使用基于噬菌体展示的亲和力成熟技术诸如本文中所描述的那些技术来方便地生成。简言之，将一个或多个HVR残基突变，并将变体抗体在噬菌体上展示，并对其筛选特定的生物学活性(例如结合亲和力)。
可以对HVR做出变化(例如，替代)，例如以改善抗体亲和力。可以对HVR“热点”，即由在体细胞成熟过程期间以高频率经历突变的密码子编码的残基(见例如Chowdhury,Methods Mol.Biol.207:179-196(2008))，和/或接触抗原的残基做出此类变化，其中对所得的变体VH或VL测试结合亲和力。通过次级文库的构建和再选择进行的亲和力成熟已经记载于例如Hoogenboom等,于Methods in Molecular Biology 178:1-37(O’Brien等编,Human Press,Totowa,NJ,(2001))。在亲和力成熟的一些实施方案中，通过多种方法(例如，易错PCR，链改组，或寡核苷酸指导的诱变)将多样性引入为成熟选择的可变基因。然后，创建次级文库。然后，筛选文库以鉴定具有期望的亲和力的任何抗体变体。另一种引入多样性的方法牵涉HVR指导的方法，其中将几个HVR残基(例如，一次4-6个残基)随机化。可以例如使用丙氨酸扫描诱变或建模来特异性鉴定牵涉抗原结合的HVR残基。特别地，经常靶向CDR-H3和CDR-L3。
在某些实施方案中，可以在一个或多个HVR内发生替代，***，或删除，只要此类变化不实质性降低抗体结合抗原的能力。例如，可以对HVR做出保守变化(例如，保守替代，如本文中提供的)，其不实质性降低结合亲和力。例如，此类变化可以在HVR中的抗原接触残基以外。在上文提供的变体VH和VL序列的某些实施方案中，每个HVR是未改变的，或者含有不超过1，2或3处氨基酸替代。
一种可用于鉴定抗体中可以作为诱变靶位的残基或区域的方法称作“丙氨酸扫描诱变”，如由Cunningham和Wells(1989)Science,244:1081-1085所描述的。在此方法中，将残基或靶残基的组(例如，带电荷的残基诸如Arg，Asp，His，Lys，和Glu)鉴定，并用中性或带负电荷的氨基酸(例如，丙氨酸或多丙氨酸)替换以测定抗体与抗原的相互作用是否受到影响。可以在对初始替代表明功能敏感性的氨基酸位置引入进一步的替代。或者/另外，利用抗原-抗体复合物的晶体结构来鉴定抗体与抗原间的接触点。作为替代的候选，可以靶向或消除此类接触残基和邻近残基。可以筛选变体以确定它们是否含有期望的特性。
氨基酸序列***包括长度范围为1个残基至含有100或更多个残基的多肽的氨基和/或羧基端融合，及单个或多个氨基酸残基的序列内***。末端***的例子包括具有N端甲硫氨酰基残基的抗体。抗体分子的其它***变体包括抗体的N或C端与酶(例如对于ADEPT)或延长抗体的血清半衰期的多肽的融合物。
II.糖基化变体
在某些实施方案中，可以改变本发明的抗体以提高或降低抗体糖基化的程度。可以通过改变氨基酸序列，使得创建或消除一个或多个糖基化位点来方便地实现对本发明的抗体的糖基化位点的添加或删除。
在抗体包含Fc区的情况中，可以改变其附着的碳水化合物。由哺乳动物细胞生成的天然抗体通常包含分支的，双触角寡糖，其一般通过N连接附着于Fc区的CH2域的Asn297。见例如Wright等,TIBTECH 15:26-32(1997)。寡糖可以包括各种碳水化合物，例如，甘露糖，N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)，半乳糖，和唾液酸，以及附着于双触角寡糖结构“主干”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些实施方案中，可以对本发明抗体中的寡糖进行修饰以创建具有某些改善的特性的抗体变体。
在一个实施方案中，提供了抗体变体，其具有缺乏附着(直接或间接)于Fc区的岩藻糖的碳水化合物结构。例如，此类抗体中的岩藻糖量可以是1％至80％，1％至65％，5％至65％或20％至40％。通过相对于附着于Asn297的所有糖结构(例如，复合的，杂合的和高甘露糖的结构)的总和，计算Asn297处糖链内岩藻糖的平均量来测定岩藻糖量，如通过MALDI-TOF质谱术测量的，例如如记载于WO 2008/077546的。Asn297指位于Fc区中的约第297位(Fc区残基的EU编号方式)的天冬酰胺残基；然而，Asn297也可以由于抗体中的微小序列变异而位于第297位上游或下游约±3个氨基酸，即在第294位和第300位之间。此类岩藻糖基化变体可以具有改善的ADCC功能。见例如美国专利公开文本No.US 2003/0157108；US 2004/0093621。涉及“脱岩藻糖基化的”或“岩藻糖缺乏的”抗体变体的出版物的例子包括：US2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US 2003/0115614；US 2002/0164328；US2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/0109865；WO 2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki等,J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki等,Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够生成脱岩藻糖基化抗体的细胞系的例子包括蛋白质岩藻糖基化缺陷的Lec13CHO细胞(Ripka等,Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；美国专利申请No US 2003/0157108A1；及WO 2004/056312A1,Adams等，尤其在实施例11)，和敲除细胞系，诸如α-1,6-岩藻糖基转移酶基因FUT8敲除CHO细胞(见例如Yamane-Ohnuki等,Biotech.Bioeng.87:614(2004)；Kanda,Y.等,Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；及WO2003/085107)。
进一步提供了具有两分型寡糖的抗体变体，例如其中附着于抗体Fc区的双触角寡糖是通过GlcNAc两分的。此类抗体变体可以具有降低的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的例子记载于例如WO 2003/011878；美国专利No.6,602,684；及US 2005/0123546。还提供了在附着于Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。此类抗体变体可以具有改善的CDC功能。此类抗体变体记载于例如WO 1997/30087；WO 1998/58964；及WO 1999/22764。
III.Fc区变体
在某些实施方案中，可以将一处或多处氨基酸修饰引入本发明的抗体的Fc区中，由此生成Fc区变体。Fc区变体可以包含在一个或多个氨基酸位置包含氨基酸修饰(例如替代)的人Fc区序列(例如，人IgG1，IgG2，IgG3或IgG4Fc区)。
在某些实施方案中，本发明涵盖拥有一些但不是所有效应器功能的抗体变体，所述效应器功能使其成为如下应用的期望候选物，其中抗体的体内半衰期是重要的，而某些效应器功能(诸如补体和ADCC)是不必要的或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定法以确认CDC和/或ADCC活性的降低/消减。例如，可以进行Fc受体(FcR)结合测定法以确保抗体缺乏FcγR结合(因此有可能缺乏ADCC活性)，但是保留FcRn结合能力。介导ADCC的主要细胞NK细胞仅表达FcγRIII，而单核细胞表达FcγRI，FcγRII和FcγRIII。在Ravetch和Kinet,Annu.Rev.Immunol.9:457-492(1991)的第464页上的表3中汇总了造血细胞上的FcR表达。评估感兴趣分子的ADCC活性的体外测定法的非限制性例子记载于美国专利No.5,500,362(见例如Hellstrom,I.等,Proc.Natl Acad.Sci.USA 83:7059-7063(1986))和Hellstrom,I等,Proc.Natl Acad.Sci.USA 82:1499-1502(1985)；5,821,337(见Bruggemann,M.等,J.Exp.Med.166:1351-1361(1987))。或者，可以采用非放射性测定方法(见例如用于流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性测定法(CellTechnology,Inc.Mountain View,CA；和CYTOTOX非放射性细胞毒性测定法(Promega,Madison,WI))。对于此类测定法有用的效应细胞包括外周血单个核细胞(PBMC)和天然杀伤(NK)细胞。或者/另外，可以在体内评估感兴趣分子的ADCC活性，例如在动物模型中，诸如披露于Clynes等,Proc.Natl Acad.Sci.USA 95:652-656(1998)的。也可以实施C1q结合测定法以确认抗体不能结合C1q，并且因此缺乏CDC活性。见例如WO 2006/029879和WO 2005/100402中的C1q和C3c结合ELISA。为了评估补体激活，可以实施CDC测定法(见例如Gazzano-Santoro等,J.Immunol.Methods 202:163(1996)；Cragg等,Blood 101:1045-1052(2003)；及Cragg等,Blood 103:2738-2743(2004))。也可以使用本领域中已知的方法来实施FcRn结合和体内清除/半衰期测定(见例如Petkova等,Int’l.Immunol.18(12):1759-1769(2006))。
具有降低的效应器功能的抗体包括那些具有Fc区残基238,265,269,270,297,327和329中的一个或多个的替代的(美国专利No.6,737,056和8,219,149)。此类Fc突变体包括在氨基酸位置265，269，270，297和327中的两处或更多处具有替代的Fc突变体，包括残基265和297替代成丙氨酸的所谓的“DANA”Fc突变体(美国专利No.7,332,581和8,219,149)。
描述了具有改善的或降低的对FcR的结合的某些抗体变体(见例如美国专利No.6,737,056；WO 2004/056312，及Shields等,J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001))。
在某些实施方案中，抗体变体包含具有改善ADCC的一处或多处氨基酸替代，例如Fc区的位置298，333，和/或334(残基的EU编号方式)的替代的Fc区。
在一些实施方案中，对Fc区做出改变，其导致改变的(即，改善的或降低的)C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)，例如，如记载于美国专利No.6,194,551，WO 99/51642，及Idusogie等,J.Immunol.164:4178-4184(2000)的。
具有延长的半衰期和改善的对新生儿Fc受体(FcRn)的结合的抗体记载于US2005/0014934A1(Hinton等)，新生儿Fc受体(FcRn)负责将母体IgG转移至胎儿(Guyer等,J.Immunol.117:587(1976)及Kim等,J.Immunol.24:249(1994))。那些抗体包含其中具有改善Fc区对FcRn结合的一处或多处替代的Fc区。此类Fc变体包括那些在Fc区残基238,256,265,272,286,303,305,307,311,312,317,340,356,360,362,376,378,380,382,413,424或434中的一处或多处具有替代，例如，Fc区残基434的替代的(美国专利No.7,371,826)。
还可见Duncan和Winter,Nature 322:738-40(1988)；美国专利No.5,648,260；美国专利No.5,624,821；及WO 94/29351，其关注Fc区变体的其它例子。
IV.经半胱氨酸工程化改造的抗体变体
在某些实施方案中，可以期望创建经半胱氨酸工程化改造的抗体，例如，“thioMAb”，其中抗体的一个或多个残基用半胱氨酸残基替代。在具体的实施方案中，替代的残基存在于抗体的可接近位点。通过用半胱氨酸替代那些残基，反应性硫醇基团由此定位于抗体的可接近位点，并且可以用于将抗体与其它模块，诸如药物模块或接头-药物模块缀合，以创建免疫缀合物，如本文中进一步描述的。在某些实施方案中，可以用半胱氨酸替代下列残基之任一个或多个：轻链的V205(Kabat编号方式)；重链的A118(EU编号方式)；和重链Fc区的S400(EU编号方式)。可以如例如美国专利No.7,521,541所述生成经半胱氨酸工程化改造的抗体。
V.抗体衍生物
在某些实施方案中，可以进一步修饰本文中提供的抗体以含有本领域知道的且易于获得的额外非蛋白质性质模块。适合于抗体衍生化的模块包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性例子包括但不限于聚乙二醇(PEG)，乙二醇/丙二醇共聚物，羧甲基纤维素，右旋糖苷，聚乙烯醇，聚乙烯吡咯烷酮，聚-1,3-二氧戊环，聚-1,3,6-三口恶烷，乙烯/马来酸酐共聚物，聚氨基酸(均聚物或随机共聚物)，和右旋糖苷或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇，丙二醇均聚物，环氧丙烷/环氧乙烷共聚物，聚氧乙烯化多元醇(例如甘油)，聚乙烯醇及其混合物。由于其在水中的稳定性，聚乙二醇丙醛在生产中可能具有优势。聚合物可以是任何分子量，而且可以是分支的或不分支的。附着到抗体上的聚合物数目可以变化，而且如果附着了超过一个聚合物，那么它们可以是相同或不同的分子。一般而言，可根据下列考虑来确定用于衍生化的聚合物的数目和/或类型，包括但不限于抗体要改进的具体特性或功能，抗体衍生物是否将用于指定条件下的治疗等。
在另一个实施方案中，提供了抗体和可以通过暴露于辐射选择性加热的非蛋白质性质模块的缀合物。在一个实施方案中，非蛋白质性质模块是碳纳米管(Kam等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102:11600-11605(2005))。辐射可以是任何波长的，并且包括但不限于对普通细胞没有损害，但是将非蛋白质性质模块加热至抗体-非蛋白质性质模块附近的细胞被杀死的温度的波长。
VI.免疫缀合物
本发明还提供了包含与一种或多种细胞毒剂，诸如化疗剂或药物，生长抑制剂，毒素(例如蛋白质毒素，细菌，真菌，植物或动物起源的酶活性毒素，或其片段)，或放射性同位素缀合的本文中的抗体(例如抗PD-L1抗体或抗PD-1抗体)的免疫缀合物。
在一个实施方案中，免疫缀合物是抗体-药物缀合物(ADC)，其中抗体与一种或多种药物缀合，包括但不限于美登木素生物碱(见美国专利No.5,208,020，5,416,064和欧洲专利EP 0 425 235 B1)；auristatin诸如单甲基auristatin药物模块DE和DF(MMAE和MMAF)(见美国专利No.5,635,483和5,780,588及7,498,298)；多拉司他汀(dolastatin)；加利车霉素(calicheamicin)或其衍生物(见美国专利No.5,712,374,5,714,586,5,739,116,5,767,285,5,770,701,5,770,710,5,773,001和5,877,296；Hinman等,Cancer Res.53:3336-3342(1993)；及Lode等,Cancer Res.58:2925-2928(1998))；蒽环类抗生素诸如道诺霉素(daunomycin)或多柔比星(doxorubicin)(见Kratz等,Current Med.Chem.13:477-523(2006)；Jeffrey等,Bioorganic&Med.Chem.Letters 16:358-362(2006)；Torgov等,Bioconj.Chem.16:717-721(2005)；Nagy等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:829-834(2000)；Dubowchik等,Bioorg.&Med.Chem.Letters 12:1529-1532(2002)；King等,J.Med.Chem.45:4336-4343(2002)；及美国专利No.6,630,579)；甲氨蝶呤；长春地辛(vindesine)；紫杉烷(taxane)诸如多西他赛(docetaxel)，帕利他赛，larotaxel，tesetaxel，和ortataxel；单端孢霉素(trichothecene)；和CC1065。
在另一个实施方案中，免疫缀合物包含与酶活性毒素或其片段缀合的如本文中所描述的抗体，所述酶活性毒素包括但不限于白喉A链，白喉毒素的非结合活性片段，外毒素A链(来自铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa))，蓖麻毒蛋白(ricin)A链，相思豆毒蛋白(abrin)A链，蒴莲根毒蛋白(modeccin)A链，α-帚曲霉素(sarcin)，油桐(Aleuritesfordii)毒蛋白，香石竹(dianthin)毒蛋白，美洲商陆(Phytolaca americana)蛋白(PAPI，PAPII和PAP-S)，苦瓜(Momordica charantia)抑制物，麻疯树毒蛋白(curcin)，巴豆毒蛋白(crotin)，肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制剂，白树毒蛋白(gelonin)，丝林霉素(mitogellin)，局限曲菌素(restrictocin)，酚霉素(phenomycin)，依诺霉素(enomycin)和单端孢菌素(tricothecenes)。
在另一个实施方案中，免疫缀合物包含与放射性原子缀合以形成放射性缀合物的如本文中所描述的抗体。多种放射性同位素可用于生成放射性缀合物。例子包括At211，I131，I125，Y90，Re186，Re188，Sm153，Bi212，P32，Pb212和Lu的放射性同位素。在使用放射性缀合物进行检测时，它可以包含供闪烁法研究用的放射性原子，例如tc99m或I123，或供核磁共振(NMR)成像(又称为磁共振成像，mri)用的自旋标记物，诸如再一次的碘-123，碘-131，铟-111，氟-19，碳-13，氮-15，氧-17，钆，锰或铁。
可以使用多种双功能蛋白质偶联剂来生成抗体和细胞毒剂的缀合物，诸如N-琥珀酰亚氨基3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(SPDP)，琥珀酰亚氨基-4-(N-马来酰亚氨基甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC)，亚氨基硫烷(IT)，亚氨酸酯(诸如盐酸己二酰亚氨酸二甲酯)，活性酯类(诸如辛二酸二琥珀酰亚氨基酯)，醛类(诸如戊二醛)，双叠氮化合物(诸如双(对-叠氮苯甲酰基)己二胺)，双重氮衍生物(诸如双(对-重氮苯甲酰基)-乙二胺)，二异硫氰酸酯(诸如甲苯2,6-二异氰酸酯)，和双活性氟化合物(诸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)的双功能衍生物。例如，可以如Vitetta等,Science 238:1098(1987)中所述制备蓖麻毒蛋白免疫毒素。碳-14标记的1-异硫氰酸苄基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于将放射性核苷酸与抗体缀合的例示性螯合剂。参见WO94/11026。接头可以是便于在细胞中释放细胞毒性药物的“可切割接头”。例如，可使用酸不稳定接头，肽酶敏感性接头，光不稳定接头，二甲基接头或含二硫化物接头(Chari等,Cancer Res 52:127-131(1992)；美国专利No.5,208,020)。
本文中的免疫缀合物或ADC明确涵盖，但不限于用交联试剂制备的此类缀合物，所述交联试剂包括但不限于BMPS，EMCS，GMBS，HBVS，LC-SMCC，MBS，MPBH，SBAP，SIA，SIAB，SMCC，SMPB，SMPH，sulfo-EMCS，sulfo-GMBS，sulfo-KMUS，sulfo-MBS，sulfo-SIAB，sulfo-SMCC，和sulfo-SMPB，和SVSB(琥珀酰亚氨基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯)，它们是商品化的(例如，来自Pierce Biotechnology,Inc.,Rockford,IL.,U.S.A)。
V.药物配制剂
以冻干配制剂或水溶液的形式通过混合具有期望程度的拮抗剂与任选的药学可接受载剂，赋形剂，或稳定剂来制备依照本发明使用的PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体(例如MPDL3280A))的治疗配制剂供贮存。关于配制剂的一般信息参见例如Gilman etal.(eds.)The Pharmacological Bases of Therapeutics,8th Ed.,Pergamon Press,1990；A.Gennaro(ed.),Remington’s Pharmaceutical Sciences,18th Edition,MackPublishing Co.,Pennsylvania,1990；Avis et al.(eds.)Pharmaceutical DosageForms:Parenteral Medications Dekker,New York,1993；Lieberman et al.(eds.)Pharmaceutical Dosage Forms:Tablets Dekker,New York,1990；Lieberman et al.(eds.),Pharmaceutical Dosage Forms:Disperse Systems Dekker,New York,1990；及Walters(ed.)Dermatological and Transdermal Formulations(Drugs and thePharmaceutical Sciences),Vol 119,Marcel Dekker,2002。
可接受载剂，赋形剂，或稳定剂在所采用的剂量和浓度对接受者是无毒的,而且包括缓冲剂，诸如磷酸盐，柠檬酸盐，和其它有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(诸如氯化十八烷基二甲基苄基铵；氯化己烷双胺；苯扎氯铵；苄索氯铵；酚，丁醇或苯甲醇；对羟基苯甲酸烃基酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或丙酯；邻苯二酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清清蛋白，明胶，或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸，谷氨酰胺，天冬酰胺，组氨酸，精氨酸，或赖氨酸；单糖，二糖，和其它碳水化合物，包括葡萄糖，甘露糖，或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖，诸如蔗糖，甘露醇，海藻糖或山梨醇；成盐反荷离子，诸如钠；金属复合物(例如Zn-蛋白质复合物)；和/或非离子表面活性剂，诸如TWEENTM，PLURONICSTM，或聚乙二醇(PEG)。
本文中的配制剂还可含有多于一种活性化合物，优选活性互补且彼此没有不利影响的那些。此类药物的类型和有效量取决于例如配制剂中存在的拮抗剂的量和类型，和受试者的临床参数。
活性组分还可包载于例如通过凝聚技术或通过界面聚合制备的微胶囊中(例如分别是羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊)，在胶状药物投递***中(例如脂质体，清蛋白微球体，微乳剂，纳米颗粒和纳米胶囊)或在粗滴乳状液中。此类技术披露于Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition,Osol,A.Ed.(1980)。
可制备持续释放制剂。持续释放制剂的合适例子包括含有拮抗剂的固体疏水性聚合物的半透性基质，该基质为成形制品形式，例如膜或微胶囊。持续释放基质的例子包括聚酯，水凝胶(例如聚(2-羟乙基-甲基丙烯酸酯)，或聚(乙烯醇))，聚交酯(美国专利No.3,773,919)，L-谷氨酸和L-谷氨酸γ-乙酯的共聚物，不可降解的乙烯-乙酸乙烯，可降解的乳酸-乙醇酸共聚物诸如LUPRON DEPOTTM(由乳酸-乙醇酸共聚物和醋酸亮丙瑞林构成的可注射微球体)，和聚-D-(-)-3-羟基丁酸。
用于体内施用的配制剂必须是无菌的。这容易通过穿过无菌滤膜过滤来实现。
要理解的是，任何上述制品可包括本文中描述的免疫缀合物，作为PD-L1轴结合拮抗剂的替代或补充。
VI.诊断试剂盒和制品
本文中提供的是诊断试剂盒，其包含一种或多种用于测定来自具有疾病或病症(例如癌症，包括非小细胞肺癌)的患者或个体的样品中生物标志物(例如PD-L1表达水平，例如肿瘤细胞和/或肿瘤浸润性免疫细胞中的)的存在的试剂。在一些情况中，样品中存在生物标志物指示当用PD-L1轴结合拮抗剂治疗个体时更高可能性的功效。在一些情况中，样品中缺失生物标志物指示当用PD-L1轴结合拮抗剂治疗具有疾病的个体时更低可能性的功效。任选的是，试剂盒可进一步包括如果该个体在样品中表达该生物标志物的话使用该试剂盒选择药物(例如PD-L1轴结合拮抗剂，诸如抗PD-L1抗体，诸如MPDL3280A)来治疗该疾病或病症的用法说明书。在另一种情况中，该用法说明书关于如果该个体在该样品中不表达该生物标志物的话使用该试剂盒选择除PD-L1轴结合拮抗剂以外的药物。
本文中还提供的是制品，其包括包装在一起的药学可接受载剂中的PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体)和指出该PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体)用于基于生物标志物的表达来治疗具有疾病或病症(例如癌症)的患者的包装插页。治疗方法包括本文中公开的任何治疗方法。又提供的是涉及一种用于制造制品的方法的发明，其包括在包装中组合包含PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体)的药物组合物和指出该药物组合物用于基于生物标志物(例如PD-L1表达水平，例如肿瘤细胞和/或肿瘤浸润性免疫细胞中的)的表达来治疗具有疾病或病症的患者的包装插页。
制品可包括例如容器和容器上或与容器联合的标签或包装插页。合适的容器包括例如瓶，管形瓶，注射器，等等。容器可以自多种材料诸如玻璃或塑料形成。容器装有或含有包含癌症药物作为活性剂的组合物，而且可具有无菌存取口(例如，容器可以是具有由皮下注射针可刺穿的塞子的管形瓶或静脉内溶液袋)。
制品可进一步包括第二容器，其装有药学可接受稀释缓冲液，诸如抑菌性注射用水(BWFI)，磷酸盐缓冲盐水，林格(Ringer)氏溶液，和/或右旋糖溶液。制品可进一步包括从商业和用户立场看期望的其它材料，包括其它缓冲液，稀释剂，滤器，针，和注射器。
本发明的制品还包括信息，例如以包装插页的形式，其指出该组合物用于基于本文中的生物标志物的表达水平来治疗癌症。插页或标签可采取任何形式，诸如纸或在电子介质上，诸如磁记录介质(例如软盘)，CD-ROM，通用串行总线(USB)闪存驱动器，等等。标签或插页还可包括关于试剂盒或制品中的药物组合物和剂量形式的其它信息。
实施例
提供下述实施例来例示而非限制当前请求保护的发明。
实施例1：肿瘤样品中PD-L1表达的免疫组织化学(IHC)分析
免疫组织化学(IHC)：在抗原修复之前，将***固定，石蜡包埋的组织切片脱石蜡，封闭，并与抗PD-L1一抗一起温育。与二抗一起温育和酶促显色之后，将切片复染色并在系列醇和二甲苯中脱水，之后盖上盖玻片。使用下述方案进行IHC。使用下述试剂和材料，使用Ventana Benchmark XT或Benchmark Ultra***实施PD-L1 IHC染色：
一抗：抗PD-L1家兔单克隆一抗
标本类型：肿瘤样品的***固定，石蜡包埋(FFPE)切片
表位恢复条件：细胞条件化，标准1(CC1，Ventana，产品目录#950-124)
一抗条件：1/100，6.5μg/ml/于36℃16分钟
稀释剂：抗体稀释缓冲液(含有载体蛋白和BRIJTM-35的Tris缓冲盐水)
阴性对照：未免疫家兔IgG，6.5μg/ml(Cell Signaling)或单独的稀释剂
检测：依照制造商的说明书(Ventana)使用Optiview或ultraView通用DAB检测试剂盒(Ventana)和扩增试剂盒(如果适用的话)。
复染色：Ventana苏木精II(产品目录#790-2208)/带发蓝试剂(产品目录#760-2037)(分别为4分钟和4分钟)
Ventana Benchmark方案如下：
1.石蜡(选择)
2.脱石蜡(选择)
3.细胞条件化(选择)
4.调节器#1(选择)
5.标准CC1(选择)
6.抗体温育温度(选择)
7.36℃抗体温育(选择)
8.滴定(选择)
9.自动分发(一抗)，并温育(16分钟)
10.复染色(选择)
11.应用一滴(苏木精II)(复染色)，应用盖玻片，并温育(4分钟)
12.后复染色(选择)
13.应用一滴(发蓝试剂)(后复染色)，应用盖玻片，并温育(4分钟)
14.在肥皂水中清洗载玻片以去除油
15.用水漂洗载玻片
16.经由95％乙醇，100％乙醇至二甲苯使载玻片脱水(Leica自动染色机程序#9)
17.盖上盖玻片。
实施例2：在非小细胞肺癌中肿瘤浸润性免疫细胞中的和肿瘤细胞中的PD-L1表达是对抗PD-L1抗体治疗的响应的独立预报器
评估肿瘤内存在的各种细胞类型中的PD-L1表达与对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的响应之间的关联。
在数项正在进行的包括NSCLC患者队列的用MPDL3280A治疗癌症患者的临床试验(包括一项Ia期临床试验和两项II期临床试验)中如实施例1中所述使用免疫组织化学(IHC)评估治疗前肿瘤样品中PD-L1表达。依照表2和表3中分别所示诊断性评估的标准二者对肿瘤样品针对肿瘤浸润性免疫细胞中的和肿瘤细胞中的PD-L1阳性打分。正在进行的Ia期试验是在具有晚期实体瘤和血液学恶性的患者中评估每3周通过静脉内输注以1200mg的剂量施用的抗PD-L1抗体(MPDL3280A)的安全性和耐受性。该研究含有一个较大的NSCLC患者队列(n＝88)。两项正在进行的II期研究(在本文中称作“II-1期”和“II-2期”)均包括已经以与Ia期临床试验相同的给药方案(每3周IV 1200mg)施用MPDL3280A的局部晚期和转移性NSCLC患者。
表2：肿瘤浸润性免疫细胞(IC)IHC诊断标准
表3：肿瘤细胞(TC)IHC诊断标准
PD-L1在许多人癌症中广泛表达，包括NSCLC，膀胱癌，肾细胞癌，黑素瘤，头和颈鳞状细胞癌(HNSCC)，胃癌，胰腺癌，三重阴性乳腺癌，和***癌，如使用抗PD-L1诊断性抗体通过IHC如实施例1中所述测定的(图1A)。如实施例1中所述使用抗PD-L1 IHC测定法对来自MPDL3280A试验间的治疗前肿瘤试验(n＝498)和非试验队列(n＝706)二者的NSCLC标本评估肿瘤细胞中的和肿瘤浸润性免疫细胞中的PD-L1表达。分别基于肿瘤细胞中和肿瘤浸润性免疫细胞中渐增的PD-L1表达将标本打分为TC0-3和IC0-3。TC3或IC3，TC2/3或IC2/3，和TC1/2/3或IC1/2/3肿瘤分别代表大约20％，40％，和65％的NSCLC标本。
基于患者肿瘤样品中的肿瘤浸润性免疫细胞和肿瘤细胞中的PD-L1表达鉴定NSCLC患者的独特亚群(图1B-1D；图2A-2B)。TC3肿瘤和IC3肿瘤代表两个独特亚群；使用表2和3中描述的标准打分为TC3的肿瘤样品和打分为IC3的肿瘤样品有少于1％的交叠。TC3或IC3肿瘤样品代表显著分数的NSCLC肿瘤(见例如图2A-2B和图11)。
自在上文所述临床试验中登记的NSCLC患者获得的肿瘤样品中的肿瘤浸润性免疫细胞和肿瘤细胞中PD-L1的表达样式与患者对治疗的响应有关。在每一项临床试验间，在NSCLC患者中肿瘤浸润性免疫细胞和肿瘤细胞中的PD-L1表达独立预测对MPDL3280治疗的结局(图3A-3B)。例如，其肿瘤样品具有IC3PD-L1 IHC得分的患者在Ia期临床试验中具有44％的总体响应率(ORR)，而其肿瘤样品具有TC3 PD-L1 IHC得分的患者具有50％的ORR(图3A)。与之对比，其肿瘤样品没有得分为TC3或IC3的NSCLC患者具有14％的ORR。
在两项II期临床试验中均观察到相似的结果。在II-1期临床试验中，使用mRECIST(图3B)和RECIST v1.1(图3C)来确定功效结果。该研究包括3个队列的患者：队列1包括具有1L NSCLC的患者；队列2包括具有≥2L NSCLC，没有脑转移的患者；而队列3包括具有≥2LNSCLC，具有经过治疗的脑转移的患者。特别地，其肿瘤样品打分为TC3或IC3的队列2和3中的患者在用阿特珠单抗(MPDL3280A)治疗后显示与整个患者群体相比升高的ORR和6个月无进展存活(PFS)(率)(图3B-3C)。
在II-2期临床试验中，IC和TC IHC评分对于用阿特珠单抗(MPDL3280A)治疗的NSCLC患者改善的总体存活，无进展存活，和总体响应率是预测性的(图3D-3F)。肿瘤细胞和肿瘤浸润性免疫细胞中的PD-L1表达与用MPDL3280A治疗后与其肿瘤样品为TC0和IC0的患者相比改善的总体存活有关(图3D)。其肿瘤样品打分为TC3或IC3的患者在MPDL3280A治疗后显示与其肿瘤样品打分为TC0和IC0的患者相比升高的总体存活(图3D)。更低的截留TC2/3或IC2/3对于总体存活也是预测性的(图3D)。
肿瘤细胞和肿瘤浸润性免疫细胞中的PD-L1表达与用MPDL3280A治疗后与其肿瘤样品为TC0和IC0的患者相比改善的无进展存活有关(图3E)。其肿瘤样品打分为TC3或IC3的患者在MPDL3280A治疗后显示与其肿瘤样品打分为TC0和IC0的患者相比改善的无进展存活(图3E)。
肿瘤细胞和肿瘤浸润性免疫细胞中的PD-L1表达还与II-2期研究中升高的ORR有关(图3F)。其肿瘤样品具有TC3或IC3 PD-L1 IHC得分的患者在用阿特珠单抗(MPDL3280A)治疗后具有38％的ORR，与用多西他赛治疗后13％的ORR相比(图3F)。用MPDL3280A治疗的具有IC3或TC3肿瘤的患者的ORR还比其肿瘤样品打分为TC0和IC0的患者要高(图3F)。
因此，肿瘤浸润性免疫细胞中的PD-L1表达和肿瘤细胞中的PD-L1表达代表独立的对PD-L1轴结合拮抗剂(包括抗PD-L1抗体，诸如MPDL3280A)治疗的响应的预测性生物标志物。肿瘤浸润性免疫细胞和肿瘤细胞中的PD-L1表达与用MPDL3280A治疗的NSCLC患者中的OS，PFS，和ORR有关。例如，基于这些结果，可以基于肿瘤浸润性免疫细胞和/或肿瘤细胞中的PD-L1表达为PD-L1轴结合拮抗剂治疗选择患者。特别地，具有TC3或IC3 IHC归类的患者预测响应PD-L1轴结合拮抗剂治疗。
实施例3：特征在于PD-L1阳性肿瘤浸润性免疫细胞的肿瘤和特征在于PD-L1阳性肿瘤细胞的肿瘤代表生物学独特的NSCLC亚群
为了了解肿瘤浸润性免疫细胞和肿瘤细胞二者中的PD-L1表达如何预示对PD-L1轴结合拮抗剂(诸如抗PD-L1抗体MPDL3280A)治疗的响应，通过组织病理学和基因表达分析研究IC3和TC3亚群。
对于反映IC IHC诊断标准中的PD-L1阳性，肿瘤浸润性免疫细胞的存在是必要但非充分的(图4)。在其肿瘤基于PD-L1 IHC归类为TC3的患者中观察到免疫细胞浸润物，尽管与基于PD-L1 IHC归类为IC3的肿瘤相比程度更低(图5A)。TC3患者中存在的免疫细胞浸润物，虽然存在，但是很大程度上是PD-L1阴性的(图5A)。TC3亚群能进一步分成显示高水平的CD68 mRNA表达水平或低水平的CD68 mRNA表达水平的群体(图5B)。CD8 mRNA的表达在TC3和IC3肿瘤样品二者中与PD-L1阴性肿瘤样品相比升高(图5C)。
具有TC3 IHC归类的NSCLC肿瘤样品显示与具有IC3 IHC归类的肿瘤样品相比独特的组织病理学特征(图6A-6B)。使用苏木精和曙红(H&E)染色分析肿瘤样品。TC3肿瘤展现促***增生性和硬化肿瘤微环境，以及低上皮内和基质肿瘤浸润性免疫细胞，而IC3肿瘤展现肿瘤，基质，和肿瘤/基质界面内高频率的免疫细胞浸润物，以及最低限度至没有硬化反应(图6A-6B)。当存在时，免疫细胞浸润物主要位于周围基质中。与组织病理学一致，TC3肿瘤显示与PD-L1阴性肿瘤和IC3肿瘤相比表达水平升高的胶原基因(COL6A1和COL6A2)(图7，18A，和18B)。TC0和IC0(大约35％的NSCLC样品)的肿瘤显示少至无免疫细胞浸润或激活的证据，与免疫学无知一致。
使用包含798种定制注释免疫相关基因的定制NanoString免疫小组实施基因表达分析以测定免疫签名在IC和TC亚型间在NSCLC肿瘤样品中的表达样式(图8)。具有IC3 IHC归类的NSCLC肿瘤样品具有mRNA表达水平升高的CD8和CXCL9(图9A-9B)。具有IC3 IHC归类的NSCLC肿瘤样品还具有表达升高的B细胞基因签名(图12A)以及天然杀伤(NK)细胞基因签名(图12B)。B细胞基因签名包括基因CD19，MS4A1，和CD79A。NK细胞基因签名包括KLRB1，KLRC1，KLRC2，KLRC3，KLRD1，KLRF1，KLRG1，KLRK1，NCAM1，PRF1，NCR1，KIR2DL2，KIR2DL3，KIR2DL4，KIR2DS2，KIR3DL1，FCGR3A，MICA，和MICB。因此，IC3肿瘤样品特征在于表达水平升高的包括CD8，CXCL9，B细胞基因，和NK细胞基因的生物标志物集合。
具有TC3 IHC归类的NSCLC肿瘤样品具有与PD-L1阴性肿瘤和IC3肿瘤相比表达水平升高的STAT1和MEK(图10A-10B)。JAK1表达水平测定为在PD-L1阳性肿瘤中与PD-L1阴性肿瘤相比更高(图10C)。然而，不管活跃的STAT信号传导，一些肿瘤细胞系并不响应干扰素伽马(IFNγ)而上调PD-L1(图10D)。因此，TC3 NSCLC肿瘤样品特征在于表达水平升高的STAT，MEK，和JAK1。
具有TC3 IHC得分的NSCLC肿瘤样品具有与IC3肿瘤样品和TC0和IC0肿瘤样品相比表达水平显著升高的PD-L1，如通过RNA测序评估的(图17A)。PD-L2的表达在TC3和IC3肿瘤样品群体之间是一致的，如通过RNA测序评估的(图17B)。
NanoString分析还显示PD-L1阳性肿瘤样品(包括TC3和IC3)具有与PD-L1阴性肿瘤样品相比表达水平升高的Teff基因签名中的基因，其包括CD8A，GZMA，GZMB，IFNG，EOMES，PRF1，CXCL9，CXCL10，和TBX21(图13A)。RNA测序显示特别是IC3肿瘤特征在于高表达的Teff签名标志物(图13D)。RNA测序确认IC3肿瘤具有表达升高的IFNG，GZMB，和CXCL9(图13E-13F)。不受理论束缚，这些结果提示IC中的PD-L1表达通过反映预先存在的免疫的适应性干扰素γ(IFNG)介导的机制来调节。还测定MDSC基因签名(其包括ITGAM，CD33，ARG1，NOS1，CD68，CD163，LAIR1，和IL34)的表达水平(图13B)。还测定Th2基因签名(其包括IL13，IL4，GATA3，IL5，CXCR4，CCR3，和CCR4)的表达水平(图13C)。
基于这些数据，NSCLC能分类成独特的定义对PD-L1靶向疗法治疗的敏感性的分子和组织病理学子集。虽然肿瘤浸润性免疫细胞和/或免疫细胞中的PD-L1表达可以赋予对MPDL3280A的敏感性，但是免疫学背景和对治疗的响应可能不同。
实施例4：用于预测NSCLC患者对PD-L1轴结合拮抗剂的响应的替代生物标志物
评估PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，诸如MPDL3280A)治疗的循环药效学和预测性生物标志物。
干扰素γ(IFNγ)相关标志物白介素-18和ITAC在用MPDL3280A治疗NSCLC患者后显示升高的表达水平(图14A-14B)。因此，这些蛋白质代表对PD-L1轴结合拮抗剂的响应的药效学生物标志物。
使用包含798种定制注释免疫相关基因的NanoString免疫小组来评估生物标志物在外周血单个核细胞(PBMC)中的表达水平是否与PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体，诸如MPDL3280A)治疗有关。这项研究的患者群体包括NSCLC患者，以及正在用MPDL3280A治疗的尿路上皮膀胱癌(UBC)，黑素瘤，乳腺癌，和肾细胞癌(RCC)患者。评估在NSCLC患者中基线PD-L1，和PBMC中的PD-1mRNA表达与对MDP3280A治疗的响应之间的关联(图15A-15C)。PBMC中的NK细胞(图16A)和髓样细胞(图16B)基因签名的基线mRNA表达水平与NSCLC患者对MPDL3280A治疗的响应有关。NK细胞基因签名包括基因KLRB1，KLRC1，KLRC2，KLRC3，KLRD1，KLRF1，KLRG1，KLRK1，NCAM1，PRF1，NCR1，KIR2DL2，KIR2DL3，KIR2DL4，KIR2DS2，KIR3DL1，FCGR3A，MICA，和MICB。髓样细胞基因签名包括基因IL1B，IL8，和CCL2。升高的免疫遏制性髓样细胞基因签名的表达水平与进展有关，而升高的细胞毒性NK细胞的表达水平与对MPDL3280A的响应有关。
因此，NK细胞基因签名中的基因代表预示NSCLC患者对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的响应的生物标志物，升高的表达水平指示升高的响应治疗的可能性。髓样细胞基因签名中的基因代表预示NSCLC患者对PD-L1轴结合拮抗剂治疗的响应的生物标志物，升高的表达水平指示降低的响应治疗的可能性。
其它实施方案
虽然为了清楚理解的目的已经通过举例说明较为详细地描述了前述发明，但是描述和例子不应解释为限制本发明的范围。通过援引明确完整收录本文中引用的所有专利和科学文献的公开内容。
序列表
<110> 基因泰克公司（Genentech, Inc.）
豪夫迈·罗氏有限公司（F. Hoffmann-La Roche AG）
<120> 用于癌症的治疗和诊断方法
<130> 50474-111WO3
<150> US 62/168,700
<151> 2015-05-29
<150> US 62/160,561
<151> 2015-05-12
<160> 33
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 440
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 1
Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Asp Cys Lys Ala Ser Gly Ile Thr Phe Ser Asn Ser
20 25 30
Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Ile Trp Tyr Asp Gly Ser Lys Arg Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Phe
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Thr Asn Asp Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser
100 105 110
Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Cys Ser
115 120 125
Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp
130 135 140
Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr
145 150 155 160
Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr
165 170 175
Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys
180 185 190
Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp
195 200 205
Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala
210 215 220
Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro
225 230 235 240
Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val
245 250 255
Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val
260 265 270
Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln
275 280 285
Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln
290 295 300
Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly
305 310 315 320
Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro
325 330 335
Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr
340 345 350
Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser
355 360 365
Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr
370 375 380
Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr
385 390 395 400
Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe
405 410 415
Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys
420 425 430
Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys
435 440
<210> 2
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 2
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Tyr
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Ser Asn Trp Pro Arg
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 3
<211> 118
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 3
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ala
115
<210> 4
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 4
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg
100 105
<210> 5
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<220>
<221> 修饰的残基
<222> (6)..(6)
<223> Xaa 是 Asp 或 Gly
<400> 5
Gly Phe Thr Phe Ser Xaa Ser Trp Ile His
1 5 10
<210> 6
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<220>
<221> 修饰的残基
<222> (4)..(4)
<223> Xaa 是 Ser 或 Leu
<220>
<221> 修饰的残基
<222> (10)..(10)
<223> Xaa 是 Thr 或 Ser
<400> 6
Ala Trp Ile Xaa Pro Tyr Gly Gly Ser Xaa Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
1 5 10 15
Lys Gly
<210> 7
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 7
Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr
1 5
<210> 8
<211> 25
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 8
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser
20 25
<210> 9
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 9
Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
1 5 10
<210> 10
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 10
Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr Leu Gln
1 5 10 15
Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg
20 25 30
<210> 11
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 11
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ala
1 5 10
<210> 12
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<220>
<221> 修饰的残基
<222> (5)..(5)
<223> Xaa 是 Asp 或 Val
<220>
<221> 修饰的残基
<222> (6)..(6)
<223> Xaa 是 Val 或 Ile
<220>
<221> 修饰的残基
<222> (7)..(7)
<223> Xaa 是 Ser 或 Asn
<220>
<221> 修饰的残基
<222> (9)..(9)
<223> Xaa 是 Ala 或 Phe
<220>
<221> 修饰的残基
<222> (10)..(10)
<223> Xaa 是 Val 或 Leu
<400> 12
Arg Ala Ser Gln Xaa Xaa Xaa Thr Xaa Xaa Ala
1 5 10
<210> 13
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<220>
<221> 修饰的残基
<222> (4)..(4)
<223> Xaa 是 Phe 或 Thr
<220>
<221> 修饰的残基
<222> (6)..(6)
<223> Xaa 是 Tyr 或 Ala
<400> 13
Ser Ala Ser Xaa Leu Xaa Ser
1 5
<210> 14
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<220>
<221> 修饰的残基
<222> (3)..(3)
<223> Xaa 是 Tyr, Gly, Phe, 或 Ser
<220>
<221> 修饰的残基
<222> (4)..(4)
<223> Xaa 是 Leu, Tyr, Phe, 或 Trp
<220>
<221> 修饰的残基
<222> (5)..(5)
<223> Xaa 是 Tyr, Asn, Ala, Thr, Gly, Phe, 或 Ile
<220>
<221> 修饰的残基
<222> (6)..(6)
<223> Xaa 是 His, Val, Pro, Thr, 或 Ile
<220>
<221> 修饰的残基
<222> (8)..(8)
<223> Xaa 是 Ala, Trp, Arg, Pro, 或 Thr
<400> 14
Gln Gln Xaa Xaa Xaa Xaa Pro Xaa Thr
1 5
<210> 15
<211> 23
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 15
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys
20
<210> 16
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 16
Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile Tyr
1 5 10 15
<210> 17
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 17
Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr
1 5 10 15
Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys
20 25 30
<210> 18
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 18
Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg
1 5 10
<210> 19
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 19
Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser Trp Ile His
1 5 10
<210> 20
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 20
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
1 5 10 15
Lys Gly
<210> 21
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 21
Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr
1 5
<210> 22
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 22
Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala Val Ala
1 5 10
<210> 23
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 23
Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser
1 5
<210> 24
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 24
Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala Thr
1 5
<210> 25
<211> 118
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 25
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser
115
<210> 26
<211> 122
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 26
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys
115 120
<210> 27
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 27
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
1 5 10
<210> 28
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 28
Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
1 5 10
<210> 29
<211> 30
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 29
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser
20 25 30
<210> 30
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 30
Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Ala
1 5 10
<210> 31
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 31
Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys
1 5 10 15
<210> 32
<211> 447
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 32
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
20 25 30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
100 105 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro
115 120 125
Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly
130 135 140
Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn
145 150 155 160
Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln
165 170 175
Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser
180 185 190
Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser
195 200 205
Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr
210 215 220
His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser
225 230 235 240
Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg
245 250 255
Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro
260 265 270
Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala
275 280 285
Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Ala Ser Thr Tyr Arg Val Val
290 295 300
Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr
305 310 315 320
Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr
325 330 335
Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu
340 345 350
Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys
355 360 365
Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser
370 375 380
Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp
385 390 395 400
Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser
405 410 415
Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala
420 425 430
Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly
435 440 445
<210> 33
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多肽
<400> 33
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210

Claims (69)

1.一种治疗罹患非小细胞肺癌的患者的方法,该方法包含对该患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中5％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
2.权利要求1的方法,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中10％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
3.权利要求2的方法,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中20％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
4.权利要求3的方法,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中50％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
5.权利要求1-4任一项的方法,其中自该患者获得的肿瘤样品具有构成少于10％的该样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
6.一种治疗罹患非小细胞肺癌的患者的方法,该方法包含对该患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有构成5％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
7.权利要求6的方法,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有构成10％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
8.一种用于确定罹患非小细胞肺癌的患者是否有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的方法,该方法包含:
测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,
其中该肿瘤样品中5％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。
9.一种用于确定罹患非小细胞肺癌的患者是否有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的方法,该方法包含:
测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤浸润性免疫细胞和肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,
其中构成5％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平，和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。
10.一种用于预测罹患非小细胞肺癌的患者对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的响应性的方法,该方法包含:
测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,
其中该肿瘤样品中5％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。
11.一种用于预测罹患非小细胞肺癌的患者对包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗的响应性的方法,该方法包含:
测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤浸润性免疫细胞和肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,
其中构成5％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平，和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。
12.权利要求8或10的方法,其中该肿瘤样品中10％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。
13.权利要求12的方法,其中该肿瘤样品中20％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。
14.权利要求13的方法,其中该肿瘤样品中50％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平指示该患者有可能响应包含PD-L1轴结合拮抗剂的治疗。
15.权利要求8或10的方法,其中该方法进一步包含测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤浸润性免疫细胞中PD-L1的表达水平。
16.权利要求15的方法,其中自该患者获得的肿瘤样品具有构成少于10％的该样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
17.权利要求9或11的方法,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有构成10％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
18.一种用于为罹患非小细胞肺癌的患者选择疗法的方法,该方法包含:
测定自该患者获得的肿瘤样品的肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,和
基于该肿瘤样品中5％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平为该患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。
19.权利要求18的方法,其中该方法包含基于该肿瘤样品中10％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平为该患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。
20.权利要求19的方法,其中该方法包含基于该肿瘤样品中20％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平为该患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。
21.权利要求20的方法,其中该方法包含基于该肿瘤样品中50％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平为该患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。
22.权利要求18-21任一项的方法,其中该方法进一步包含测定自该患者获得的肿瘤样品中的肿瘤浸润性免疫细胞中PD-L1的表达水平。
23.权利要求22的方法,其中自该患者获得的肿瘤样品具有构成少于10％的该样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
24.一种用于为罹患非小细胞肺癌的患者选择疗法的方法,该方法包含:
测定自该患者获得的肿瘤样品中肿瘤浸润性免疫细胞和肿瘤细胞中PD-L1的表达水平,和
基于构成5％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平为该患者选择包含PD-L1轴结合拮抗剂的疗法。
25.权利要求24的方法,其中肿瘤浸润性免疫细胞中PD-L1的表达水平确定为在构成至少10％的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中是可检测的。
26.权利要求6,7,9,11,17,24,和25任一项的方法,其中自该患者获得的肿瘤样品包含相对于参照肿瘤样品数目增多的上皮内和/或基质免疫细胞。
27.权利要求6,7,9,11,17,和24-26任一项的方法,其中自该患者获得的肿瘤样品包含相对于参照肿瘤样品数目增多的CD8+T细胞。
28.权利要求6,7,9,11,17,和24-27任一项的方法,其中自该患者获得的肿瘤样品具有相对于参照肿瘤样品表达水平升高的一种或多种B细胞相关基因或天然杀伤(NK)细胞相关基因。
29.权利要求28的方法,其中该一种或多种B细胞相关基因选自由CD19,MS4A1,和CD79A组成的组。
30.权利要求28的方法,其中该一种或多种NK细胞相关基因选自由KLRB1,KLRC1,KLRC2,KLRC3,KLRD1,KLRF1,KLRG1,KLRK1,NCAM1,PRF1,NCR1,KIR2DL2,KIR2DL3,KIR2DL4,KIR2DS2,KIR3DL1,FCGR3A,MICA,和MICB组成的组。
31.权利要求1-5,8,10,12-16,和18-23任一项的方法,其中自该患者获得的肿瘤样品包含成纤维细胞和/或肌成纤维细胞的群体。
32.权利要求1-5,8,10,12-16,18-23,和31任一项的方法,其中自该患者获得的肿瘤样品包含细胞贫乏的和/或胶原化的基质。
33.权利要求1-5,8,10,12-16,18-23,31,和32任一项的方法,其中该肿瘤样品具有相对于参照肿瘤样品表达水平升高的胶原,STAT1,或MEK。
34.权利要求8-33任一项的方法,其进一步包含基于该肿瘤样品中的肿瘤细胞中或肿瘤浸润性免疫细胞中PD-L1的表达水平对该患者施用治疗有效量的PD-L1轴结合拮抗剂。
35.权利要求1-34任一项的方法,其中该PD-L1轴结合拮抗剂选自由PD-L1结合拮抗剂,PD-1结合拮抗剂,和PD-L2结合拮抗剂组成的组。
36.权利要求35的方法,其中该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-L1结合拮抗剂。
37.权利要求36的方法,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对它的配体结合配偶中一种或多种的结合。
38.权利要求37的方法,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1的结合。
39.权利要求37的方法,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对B7-1的结合。
40.权利要求37-39任一项的方法,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1和B7-1二者的结合。
41.权利要求36-40任一项的方法,其中该PD-L1结合拮抗剂是抗体。
42.权利要求41的方法,其中该抗体选自由YW243.55.S70,MPDL3280A(阿特珠单抗(atezolizumab)),MDX-1105,MEDI4736(度伐单抗(durvalumab)),和MSB0010718C(阿维单抗(avelumab))组成的组。
43.权利要求41的方法,其中该抗体包含包含SEQ ID NO:19的HVR-H1序列,SEQ ID NO:20的HVR-H2序列,和SEQ ID NO:21的HVR-H3序列的重链；和包含SEQ ID NO:22的HVR-L1序列,SEQ ID NO:23的HVR-L2序列,和SEQ ID NO:24的HVR-L3序列的轻链。
44.权利要求41的方法,其中该抗体包含包含SEQ ID NO:26的氨基酸序列的重链可变区和包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列的轻链可变区。
45.权利要求35的方法,其中该PD-L1轴结合拮抗剂是PD-1结合拮抗剂。
46.权利要求45的方法,其中该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对它的配体结合配偶中一种或多种的结合。
47.权利要求46的方法,其中该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1的结合。
48.权利要求46的方法,其中该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L2的结合。
49.权利要求46-48任一项的方法,其中该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1和PD-L2二者的结合。
50.权利要求45-49任一项的方法,其中该PD-1结合拮抗剂是抗体。
51.权利要求50的方法,其中该抗体选自由MDX 1106(尼鲁单抗(nivolumab)),MK-3475(派姆单抗(pembrolizumab)),CT-011(匹迪珠单抗(pidilizumab)),MEDI-0680(AMP-514),PDR001,REGN2810,和BGB-108组成的组。
52.权利要求45-49任一项的方法,其中该PD-1结合拮抗剂是Fc-融合蛋白。
53.权利要求52的方法,其中该Fc-融合蛋白是AMP-224。
54.权利要求1-7或34-53任一项的方法,其进一步包含对该患者施用有效量的第二治疗剂。
55.权利要求54的方法,其中该第二治疗剂选自由细胞毒剂,生长抑制剂,放射疗法剂,抗血管发生剂,和其组合组成的组。
56.权利要求1-55任一项的方法,其中该非小细胞肺癌是局部晚期或转移性非小细胞肺癌。
57.权利要求1-56任一项的方法,其中该肿瘤样品是***固定和石蜡包埋(FFPE)肿瘤样品,存档肿瘤样品,新鲜肿瘤样品,或冷冻肿瘤样品。
58.权利要求1-57任一项的方法,其中该PD-L1的表达水平是蛋白质表达水平。
59.权利要求58的方法,其中PD-L1的蛋白质表达水平是使用选自由免疫组织化学(IHC),免疫荧光,流式细胞术,和Western印迹组成的组的方法测定的。
60.权利要求59的方法,其中PD-L1的蛋白质表达水平是使用IHC测定的。
61.权利要求59或60的方法,其中PD-L1的蛋白质表达水平是使用抗PD-L1抗体检测的。
62.权利要求1-57任一项的方法,其中该PD-L1的表达水平是mRNA表达水平。
63.权利要求62的方法,其中PD-L1的mRNA表达水平是使用选自由定量聚合酶链式反应(qPCR),逆转录qPCR(RT-qPCR),RNA测序,微阵列分析,原位杂交,和基因表达连续分析(SAGE)组成的组的方法测定的。
64.供治疗罹患非小细胞肺癌的患者使用的PD-L1轴结合拮抗剂,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中5％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
65.有效量的PD-L1轴结合拮抗剂在制造供治疗罹患非小细胞肺癌的患者使用的药物中的用途,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中5％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
66.一种供治疗罹患非小细胞肺癌的患者的方法使用的包含有效量的PD-L1轴结合拮抗剂的组合物,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有该肿瘤样品中5％或更多的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
67.供治疗罹患非小细胞肺癌的患者使用的PD-L1轴结合拮抗剂,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有构成5％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
68.有效量的PD-L1轴结合拮抗剂在制造供治疗罹患非小细胞肺癌的患者使用的药物中的用途,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有构成5％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
69.一种供治疗罹患非小细胞肺癌的患者的方法使用的包含有效量的PD-L1轴结合拮抗剂的组合物,其中自该患者获得的肿瘤样品已经确定具有构成5％或更多的该肿瘤样品的肿瘤浸润性免疫细胞中可检测的PD-L1的表达水平,和该肿瘤样品中少于50％的肿瘤细胞中可检测的PD-L1的表达水平。
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