CN105339001A - 治疗癌症和预防癌症耐药性的方法 - Google Patents

治疗癌症和预防癌症耐药性的方法 Download PDF

Info

Publication number
CN105339001A
CN105339001A CN201480025293.7A CN201480025293A CN105339001A CN 105339001 A CN105339001 A CN 105339001A CN 201480025293 A CN201480025293 A CN 201480025293A CN 105339001 A CN105339001 A CN 105339001A
Authority
CN
China
Prior art keywords
kdm5
antagonist
cancer
antibody
therapeutic agent
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201480025293.7A
Other languages
English (en)
Inventor
S·阿罗拉
M·R·科斯塔
T·劳
P·特罗耶尔
B·K·阿尔布雷克特
S·布克
M·克拉森
V·S·格林
J-C·阿尔芒热
E·L·杰克逊
J·梁
H·菲利普斯
P·桑迪
J·赛特尔曼
J-P·斯蒂芬
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Genentech Inc
Constellation Pharmaceuticals Inc
Original Assignee
Genentech Inc
Constellation Pharmaceuticals Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Genentech Inc, Constellation Pharmaceuticals Inc filed Critical Genentech Inc
Publication of CN105339001A publication Critical patent/CN105339001A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/495—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with two or more nitrogen atoms as the only ring heteroatoms, e.g. piperazine or tetrazines
    • A61K31/505—Pyrimidines; Hydrogenated pyrimidines, e.g. trimethoprim
    • A61K31/519—Pyrimidines; Hydrogenated pyrimidines, e.g. trimethoprim ortho- or peri-condensed with heterocyclic rings
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/335—Heterocyclic compounds having oxygen as the only ring hetero atom, e.g. fungichromin
    • A61K31/337—Heterocyclic compounds having oxygen as the only ring hetero atom, e.g. fungichromin having four-membered rings, e.g. taxol
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/435—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with one nitrogen as the only ring hetero atom
    • A61K31/4353—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with one nitrogen as the only ring hetero atom ortho- or peri-condensed with heterocyclic ring systems
    • A61K31/437—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with one nitrogen as the only ring hetero atom ortho- or peri-condensed with heterocyclic ring systems the heterocyclic ring system containing a five-membered ring having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. indolizine, beta-carboline
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/495—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with two or more nitrogen atoms as the only ring heteroatoms, e.g. piperazine or tetrazines
    • A61K31/505—Pyrimidines; Hydrogenated pyrimidines, e.g. trimethoprim
    • A61K31/517—Pyrimidines; Hydrogenated pyrimidines, e.g. trimethoprim ortho- or peri-condensed with carbocyclic ring systems, e.g. quinazoline, perimidine
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/555—Heterocyclic compounds containing heavy metals, e.g. hemin, hematin, melarsoprol
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/713—Double-stranded nucleic acids or oligonucleotides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K33/00—Medicinal preparations containing inorganic active ingredients
    • A61K33/24—Heavy metals; Compounds thereof
    • A61K33/243—Platinum; Compounds thereof
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering N.A.
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/50—Physical structure
    • C12N2310/53—Physical structure partially self-complementary or closed
    • C12N2310/531—Stem-loop; Hairpin

Abstract

本文提供使用KDM5拮抗剂来治疗和/或预防癌症耐药性的方法。

Description

治疗癌症和预防癌症耐药性的方法
相关申请的交叉引用
本专利申请要求在2013年3月15日提交的美国申请序列NO.61/801,414和在2013年3月21日提交的美国申请序列NO.61/804,083的优先权，这些申请以引用的方式并入本文中。
领域
本文提供使用本文所描述的KDM5拮抗剂治疗和/或预防癌症耐药性的方法。
背景
对癌症药物的耐受性的相对快速获得仍然是成功的癌症治疗的一个主要障碍。大量用来阐明此类耐药性的分子基础的努力已经揭示了多种机制，包括药物外排、目标的药物结合缺陷型突变体的获得、占用备选的存活途径和外遗传改变。此类机制一般被认为反映了在药物治疗期间选择的肿瘤细胞群体内存在罕见、随机的赋予耐受性的遗传改变。参见Sharma等,Cell141(l):69-80(2010)。在癌症治疗中观察到的日益增多的现象是所谓的“再治疗响应”。例如，对用EGFR(表皮生长因子受体)酪氨酸激酶抑制剂(TKI)治疗响应良好且后来经历治疗失败的一些非小细胞肺癌(NSCLC)患者在“药品假期”后表现出对EGFRTKI再治疗的二次响应。参见Kurata等,Ann.Oncol.15:173-174(2004)；Yano等,OncolRes.15:107-111(2005)。对几种其它癌症治疗剂良好地建立了类似的再治疗响应。参见Cara和Tannock,Ann.Oncol.12:23-27(2001)。此类发现表明，对癌症药物的获得性抗性可能涉及可逆的“药物耐受”状态，其机理基础仍有待确定。
虽然在表现出获得性耐药性的许多癌症患者中确实已经鉴别出一些赋予抗性的特异性突变，但是突变和非突变机制对耐药性的相对贡献以及肿瘤细胞亚群的作用仍有些不清楚。需要新型治疗方法来成功地解决癌细胞群体内的异质性和耐药物治疗的癌细胞的出现。
概要
本文提供使用KDM5拮抗剂例如来治疗个体中的癌症和/或预防耐药性的方法。例如，一种治疗个体中的癌症的方法包括向该个体单独施用KDM5拮抗剂或联合癌症治疗剂施用KDM5拮抗剂。在一些实施方案中，个体被选择来使用癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)进行治疗。在一些实施方案中，个体在用癌症治疗剂治疗前开始包括施用KDM5拮抗剂的治疗。在一些实施方案中，个体同时接受包括KDM5拮抗剂和癌症治疗剂的治疗。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂增加癌症敏感性的时间和/或延迟癌症耐受性的发展。
在另一方面，本文提供使用KDM5拮抗剂和癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的联合治疗。
具体来说，本文提供治疗个体中的癌症的方法，其包括向该个体施用(a)KDM5拮抗剂和(b)癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂的各自的量有效增加癌症敏感性的时间和/或延迟癌细胞对癌症治疗剂的耐受性的发展。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂的各自的量有效增加包括癌症治疗剂的癌症治疗的功效。例如，在一些实施方案中，与包括施用有效量的癌症治疗剂而不施用(缺少)KDM5拮抗剂的治疗(例如，护理治疗标准)相比，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂的各自的量有效增加功效。在一些实施方案中，与包括施用有效量的癌症治疗剂而不施用(缺少)KDM5拮抗剂的治疗(例如，护理治疗标准)相比，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂的各自的量有效增加响应(例如，完全响应)。
本文还提供了增加包括癌症治疗剂的癌症治疗在个体中的功效的方法，其包括向该个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂和(b)有效量的癌症治疗剂。
本文提供治疗个体中的癌症的方法，其中癌症治疗包括向该个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂和(b)有效量的癌症治疗剂，其中与包括施用有效量的癌症治疗剂而不施用(缺少)KDM5拮抗剂的治疗(例如，护理治疗标准)相比，所述癌症治疗具有增加的功效。
另外，本文提供在个体中延迟和/或预防对癌症治疗剂具有耐受性的癌症的发展的方法，其包括向该个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂和(b)有效量的癌症治疗剂。
本文提供治疗发展癌症治疗剂耐受性的可能性有所增加的癌症个体的方法，其包括向该个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂和(b)有效量的癌症治疗剂。
本文另外提供在癌症个体中增加对癌症治疗剂的敏感性的方法，其包括向该个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂和(b)有效量的癌症治疗剂。
本文还提供了在癌症个体中延长癌症治疗剂敏感性的时间的方法，其包括向该个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂和(b)有效量的癌症治疗剂。
本文提供延长癌症个体对癌症治疗剂的响应的持续时间的方法，包括向该个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂和(b)有效量的癌症治疗剂。
在任一所述方法的一些实施方案中，癌症治疗剂是靶向治疗。在一些实施方案中，靶向治疗是EGFR拮抗剂、RAF抑制剂和/或PI3K抑制剂中的一个或多个。
在任一所述方法的一些实施方案中，靶向治疗是EGFR拮抗剂。在任一所述方法的一些实施方案中，EGFR拮抗剂是N-(3-乙炔基苯基)-6,7-双(2-甲氧基乙氧基)-4-喹唑啉胺和/或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，EGFR拮抗剂是N-(3-乙炔基苯基)-6,7-双(2-甲氧基乙氧基)-4-喹唑啉胺。在一些实施方案中，EGFR拮抗剂是N-(4-(3-氟苄氧基)-3-氯苯基)-6-(5-((2-(甲基磺酰基)乙氨基)甲基)呋喃-2-基)喹唑啉-4-胺二4-甲基苯磺酸盐或其药学上可接受的盐(例如，拉帕替尼(lapatinib))。
在任一所述方法的一些实施方案中，靶向治疗是RAF抑制剂。在一些实施方案中，RAF抑制剂是BRAF抑制剂。在一些实施方案中，RAF抑制剂是CRAF抑制剂。在一些实施方案中，BRAF抑制剂是维罗非尼(vemurafenib)。在一些实施方案中，RAF抑制剂是3-(2-氰基丙-2-基)-N-(4-甲基-3-(3-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-6-基氨基)苯基)苯甲酰胺或其药学上可接受的盐(例如，AZ628(CAS号878739-06-1))。
在任一所述方法的一些实施方案中，靶向治疗是PI3K抑制剂。
在任一所述方法的一些实施方案中，癌症治疗剂是化疗。
在任一所述方法的一些实施方案中，化疗是紫杉烷。在一些实施方案中，紫杉烷为紫杉醇(paclitaxel)。在一些实施方案中，紫杉烷为多西他赛。
在任一所述方法的一些实施方案中，化疗是铂剂。在一些实施方案中，铂剂是卡铂。在一些实施方案中，铂剂是顺铂。在任一所述方法的一些实施方案中，化疗是紫杉烷和铂剂。在一些实施方案中，紫杉烷为紫杉醇。在一些实施方案中，紫杉烷为多西他赛。在一些实施方案中，铂剂是卡铂。在一些实施方案中，铂剂是顺铂。
在任一所述方法的一些实施方案中，化疗是长春花生物碱。在一些实施方案中，长春花生物碱是长春瑞滨(vinorelbine)。在任一所述方法的一些实施方案中，化疗是核苷类似物。在一些实施方案中，核苷类似物是吉西他滨(gemcitabine)。
在任一所述方法的一些实施方案中，癌症治疗剂是放疗。
在任一所述方法的一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5小分子拮抗剂。
可以用于实践某些实施方案的KDM5小分子拮抗剂的实例包括式I或II的化合物、其异构体或异构体混合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物或前药。此类化合物以及用于制备此类化合物的方法和中间体在WO2012/007007和WO2012/007008中描述。
其中X1表示-A-B，其中
A表示键、O、S或NH，且
B表示
·C1-6-烷基、C2-4-烯基或C2-4-炔基，
所述C1-6-烷基、C2-4-烯基或C2-4-炔基可以任选地被一个或多个选自由以下所组成的组的取代基取代：羟基、C3-6-环烷基、C1-4-烷氧基、羟基-C1-4-烷氧基、卤代基、三氟甲基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、氨磺酰基、二甲基氨磺酰基、甲磺酰基、甲基磺酰氧基、甲基亚磺酰基、甲基硫基、氰基、-(C＝O)R′、苯基和单环或双环杂环基团，
其中
R′表示羟基、C1-4-烷基、卤代-C1-4-烷基、C1-4-烷氧基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、苯基或单环或双环杂环基团；
且其中
苯基可以被选自由以下所组成的组的取代基中的一个或多个取代：甲基、三氟甲基、卤代基、氰基、乙酰氨基、甲基磺酰氨基和单环或双环杂环基团；
·-OH或-(C＝O)R"，
其中R"表示氢、羟基、C1-4-烷基、环丙基、卤代-C1-4-烷基、C1-4-烷氧基、-COOH、-NH2、甲氨基、二甲氨基、甲磺酰基或单环或双环杂环基团；或
其中R"表示C1-4-烷基、C1-4-烷氧基、氧基、氨甲酰基、胺或单环或双环杂环基团，其被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：羟基、甲基、乙基、-O-C1-6-烷基、羟甲基、羟甲基、甲氧基乙基、乙酰基、氰基、乙氧基羰基、二甲氨基、N-[3(二甲氨基)丙基]N′乙基甲脒基、甲基亚磺酰基、甲基硫基、甲磺酰基、甲氧基乙氧基乙基、(二甲氨基)乙基和甲基硫基乙基，所述-O-C1-6-烷基可以任选地被羟基、甲氧基或二甲氨基取代；
-(C＝S)R″′，
其中R″′表示-NH2、甲氨基或二甲氨基；
-C(CH3)＝N-R""，
其中R""表示羟基或甲氧基；
氨磺酰基、二甲基氨磺酰基、亚磺酰基或磺酰基，
所述氨磺酰基、磺酰基或磺酰基可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：C1-4-烷基、卤代-C1-4-烷基、甲氧基-C1-4-烷基、二甲氨基、(二甲氨基)甲基、(二甲氨基)乙基、C3-6-环烷基、C2-4-烯基和单环或双环杂环基团；
氟、氯、溴或氰基；或
单环或双环杂环基团，
其中所述单环或双环杂环基团可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：C1-2-烷基、卤代基、卤代-C1-2-烷基、C1-4-烷氧基、C1-4-烷氧基羰基、COOH、氰基、-NH2、甲氨基和二甲氨基；
且
X2表示
C1-18-烷基、C2-18-烯基或C2-18-炔基，
所述C1-18-烷基、C2-18-烯基、C2-18-炔基可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：C3-6-环烷基、羟基、卤代基、三氟甲基、C1-6-烷氧基、羟基-C1-6-烷氧基、C1-6-烷基-C1-6-烷氧基、三氟甲基-C1-6-烷氧基、氧代-C1-6-烷基、-NH2、二甲氨基、氰基、苯基、5元单环杂环基团或6元单环杂环基团，所述苯基、5元单环杂环基团或6元单环杂环基团可以任选地被选自由C1-6-烷基或卤代基组成的组的一个或多个取代基取代；或
-O-Xa、-(C＝O)-O-Xb、-(C＝O)-Xc、-NXdlXd2、-(CO)-NXElXE2或-(C＝O)-NH-SO2-Xf，其中Xa、Xb、Xc、Xdl、Xd2、Xel、Xe2或Xf彼此独立地表示氢、C1-18-烷基、C2-18-烯基、C2-18-炔基、C3-6-环烷基、苯基、5元单环杂环基团或6元单环杂环基团；
所述C1-18-烷基、C2-18-烯基、C2-18-炔基、C3-6-环烷基、苯基、5元单环杂环基团或6元单环杂环基团可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：C3-6-环烷基、羟基、卤代基、三氟甲基、C1-4-烷基、C1-6-烷氧基、C1-6-烷氧基羰基、C1-4-烷基氨基、羟基-C1-6-烷氧基、C1-6-烷基-C1-6-烷氧基、三氟-C1-6-烷氧基、三氟甲基-O-C1-6-烷基、氧代-C1-6-烷基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、(甲氧基乙基)(甲基)氨基、[(二甲氨基)乙基](甲基)氨基、氰基、-O-C1-6-烷基-苯基、苯基、5元单环杂环基团或6元单环杂环基团，所述苯基、5元单环杂环基团或6元单环杂环基团可以任选地被选自由C1-6-烷基、-(C＝O)-O-C1-6-烷基或卤代基组成的组的一个或多个取代基取代；或
其中Xe1和Xe2彼此独立地表示氢、羟基、C1-18-烷基、C2-18-烯基、C2-18-炔基、C3-6-环烷基、-O-C1-6-烷基、苯基、5元单环杂环基团或6元单环杂环基团，
所述-O-Cl-6-烷基可以任选地被羟基、甲氧基或二甲氨基取代；
在某些实施方案中条件为Xe1和Xe2不能同时表示氢；且在某些实施方案中条件为Xb不能表示氢；或
·-(C＝O)-O-CH2-CH2-NXj1Xj2、-S-Xk、-(C＝S)-N(CH3)-Xm或-(C＝S)-N-Xn，
其中Xj1、Xj2、Xk、Xm、Xn彼此独立地表示甲基、乙基、丙基、氨基、甲氨基或二甲氨基，
所述甲基、乙基或丙基可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：甲氧基羰基、二甲氨基、氨甲酰基、苯基、氰基苯基和5或6元单环杂环基团；且
X3表示氢、C1-4-烷基、C2-4-烯基、C2-4-炔基或
·-O-Xg-S-Xh或-NXi1Xi2，其中X9g、Xh、Xi1和Xi2彼此独立地表示氢、-(CH2)n-CH3或-(CH2)n-COOH，其中n是0、1、2、3或4
且
X4和X5彼此独立地表示
·氢、C1-4-烷基、卤代-C1-4-烷基、C3-6-环烷基、卤代基、硝基、-NH2或氰基。
其中
X1表示-A-B，其中
A表示键、O、S或NH，且
B表示
·C1-6-烷基、C2-4-烯基或C2-4-炔基或C3-5-环烷基，所述C1-6-烷基、C2-4-烯基或C2-4-炔基或C3-5-环烷基可以任选地被一个或多个选自由以下所组成的组的取代基取代：羟基、C3-6-环烷基、C1-4-烷氧基、羟基-C1-4-烷氧基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、氨磺酰基、二甲基氨磺酰基、甲磺酰基、甲基磺酰氧基、氰基、-(C＝O)R′、苯基和单环或双环杂环基团，
其中
R′表示羟基、C1-4-烷基、卤素-C1-4-烷基、C1-4-烷氧基、-NH2、甲氨基、环丙基、二甲氨基、苯基或单环或双环杂环基团；
且其中
苯基可以被选自由以下所组成的组的取代基中的一个或多个取代：甲基、三氟甲基、卤素、氰基、乙酰氨基、甲基磺酰氨基和单环或双环杂环基团；或
·-OH，在某些实施方案中条件为：当A是键时，B只表示-OH；或
或·-(C＝O)R"，
其中R"表示羟基、卤素-C1-4-烷基、C1-4-烷氧基、羟基-C1-4-烷氧基、-NH2、C1-3-烷基-氨基、二-C1-3-烷基-氨基、甲磺酰基、单环或双环杂环基团、C3-4-环烷基或C1-4-烷基，其中所述C3-4-环烷基或C1-4烷基可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：羟基、C3-6-环烷基、C1-3-烷氧基、羟基-C1-3-烷氧基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、6元杂环、氨磺酰基,二甲基氨磺酰基、甲磺酰基、甲基磺酰氧基、氰基、-(C＝O)R′、卤代苯基和单环或双环杂环基团，其中R′是如上所定义；
·-(C＝O)NH-R″′，
其中R″′表示羟乙基、甲氧基乙基、二甲氨基乙基、甲磺酰基或任选地被二甲氨基取代的-O-C1-6-烷基；
·氨磺酰基、亚磺酰基、硫基或磺酰基，
所述氨磺酰基可以任选地被一个或两个C1-3-烷基取代，且所述亚磺酰基、硫基或磺酰基可以任选地被选自由以下所组成的组的一个取代基取代：C1-4-烷基、卤素-C1-4-烷基、羰基-C1-3-烷基、甲基氨磺酰基、C3-6-环烷基、C1-3-烷基-氨基、二-C1-3-烷基-氨基、二甲氨基乙基、6元杂环和单环或双环杂环基团；
·苯基、单环或双环杂环基团，
其中所述苯基、单环或双环杂环基团可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：卤代基、卤素-C1-3-烷基、C1-3-烷氧基、C1-3-烷氧基烷氧基、C1-3-烷氧基羰基、COOH、氰基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、环丙基和C1-3-烷基，其中所述环丙基或C1-3烷基可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：羟基、环丙基、C1-3-烷氧基、羟基-C1-3-烷氧基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、6元杂环、氨磺酰基、二甲基氨磺酰基、甲磺酰基、甲基磺酰氧基、氰基、-(C＝O)R′、卤苯基和单环或双环杂环基团，其中R′是如上所定义；
且
X2表示
·-COOH、(C＝O)NH2或-CN
且
X3表示
·氢或-OH；或
·-Y-Xa-Xb
其中
Y是O、C＝O或键；且
Xa是键、C1-18-烷基、C2-18-烯基、C2-18-炔基、C3-10-环烷基、-C1-18-烷基O-、-O-或-NXb-，在某些实施方案中条件为：当Y是O时，则Xa不是0；且每个Xb独立地为-H、C3-6-环烷基、C1-6烷氧基、苯基、苯氧基、5元单环杂环基团、6元单环杂环基团或双环杂芳香族基团，所述C3-10-环烷基、C1-6烷氧基、苯基、苯氧基、5元单环杂环基团、6元单环杂环基团或双环杂芳香族基团可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：卤素、卤素-C1-4-烷基、羟基直链或支链C1-4-烷氧基、C1-6-烷氧基烷氧基、C1-4-烷氧基羰基、C1-4-烷基羰基、COOH、氰基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、羟基和直链或支链C1-5-烷基，其中所述C1-5烷基可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：羟基、C3-6-环烷基、C1-4-烷氧基、羟基-C1-4-烷氧基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、6元杂环、氨磺酰基、二甲基氨磺酰基、甲磺酰基、甲基磺酰氧基、氰基、-(C＝O)R′、卤苯基和单环或双环杂环基团，其中R′是如上所定义；
且
X4和X5彼此独立地表示
·氢、C1-4-烷基、卤素-C1-4-烷基、C3-6-环烷基、卤素、硝基、-NH2、甲氧基羰基、乙酰基、甲氧基氨甲酰基或氰基。
在任一所述方法的一些实施方案中，KDM5拮抗剂与癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)伴随施用。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是在癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)之前和/或与该癌症治疗剂同时施用。
在任一所述方法的一些实施方案中，癌症是肺癌、乳腺癌、胰腺癌、结直肠癌和/或黑素瘤。在一些实施方案中，癌症是肺癌。在一些实施方案中，肺癌是NSCLC。在一些实施方案中，癌症是乳腺癌。在一些实施方案中，癌症是黑素瘤。
附图简述
图1|(A)组蛋白3(H3)尾部和转译后修饰的氨基酸位置的示意图。KDM5是能够从H3的赖氨酸4去除三甲基和二甲基标记的脱甲基酶。(B)KDM5又称作JARID1。人类中脱甲基酶的KDM5/JARID1家族包含四个成员：KDM5A、KDM5B、KDM5C和KDM5D。如示意图所示，KDM5家族成员含有五个保守域：JmjN、ARID、JmjC、PHD和C5HC2锌指。
图2|(A)与亲本PC9细胞相比，KDM5A和KDM5B在人类非小细胞肺癌细胞系PC9耐药性持留细胞(DTP)中均上调。(B)相比于初次肺腺癌患者，KDM5AmRNA的相对表达水平在新辅助疗法肺腺癌患者样品中富集。(C)如通过蛋白质印迹(Westernblot)所示出，PC9DTP中的H3K4me3和H3K4me2相比于PC9亲本细胞有所减少。(D)如通过MSDELISA所示出，PC9DTP中的H3K4me3相比于PC9亲本细胞有所减少。
图3|(A)KDM5A脱甲基酶催化死亡突变体的示意图。(基于SEQIDNO:1的编号方式的H483A。)(B)具有3′-UTR-GFP敲低的KDM5A短发夹的表达消除PC9耐药性细胞(数据未示出)。PC9耐药性细胞被具有3′-UTR-GFP敲低的KDM5A短发夹消除可以通过KDM5A野生型-FLAG标记型的共表达来拯救。(C)然而，KDM5A脱甲基酶催化无活性突变体不能拯救PC9耐药性细胞被具有3′-UTR-GFP敲低的KDM5A短发夹清除。这表明建立耐药性需要KDM5A脱甲基酶活性。在实验中，除非存在野生型KDM5a，否则耐药性细胞会失去内源基因的敲低。
图4|(A)KDM5工具化合物和相对KDM5AIC50、KDM2/3IC50、H3K4me3EC50、在MDCK细胞中测量的化合物的细胞渗透性(A:B，顶部至基底外侧)以及化合物的人血浆蛋白结合测量值的表格。(B)用CPI-550或CPI-766孵育的PC9细胞的西方墨点。CPI-766抑制H3K4的脱甲基化并且观察到H3K4me3的累积。(C)如MSDELISA测量的在各种浓度的CPI-550和CPI-766下的H3K4me3/H3。
图5|通过质谱法比较用KDM5A抑制剂CPI-766或无活性对照物CPI-550(无活性)处理的PC9细胞上的H3K4标记。(A)用CPI-550和CPI-766处理的细胞中H3K4未修饰、单甲基化、二甲基化、三甲基化和乙酰化的摩尔分数(相对丰度)。(B)CPI-766处理与CPI-550处理中的H3K4未修饰、单甲基化、二甲基化、三甲基化和乙酰化的峰面积的Log2比(0意指无变化、+1是两倍增加等)。
图6|通过MSDELISA，KDM5拮抗剂CPI-455和PCI-766增加多个测试模型(A)PC9、(B)SKBR3、(C)H441和(D)H596中的H3K4me3。
图7|如在PC9细胞中使用浓度低于50uM的药物(A)和在SKBR3中使用浓度低于25uM的药物(B)96小时后所测量，活性KDM5i单独基本上不影响细胞数量。然而，甚至在用药30天后，在这些浓度下仍然看不见实质差别(数据未示出)。
图8|结合小分子KDM5抑制剂破坏耐药性。(A1-2)用25uM的活性KDM5化合物或无活性对照物孵育PC9细胞5天，然后将细胞涂铺在luMTarceva中。在Tarceva处理后30天将板染色。还在几种其它模型中进行了类似实验。例如，SKBR3(Bl-3和Cl-2)、HCC1954、H441，使用各种药物。在所有情况下，KDM5抑制剂对亲本群体的增殖或存活没有影响。
图9|使用不同的特异性siRNA(DharmaconsiGenome(x4))，KDM5A的siRNA敲除在用紫杉烷、紫杉醇处理的H1299中的作用。培养基和紫杉醇环境中的Z得分分别呈现在X和Y轴上。KDM5A敲除数据连同其它染色质修饰基因(Epi300文库siRNA)、非靶向(NTC)和siTOX对照物在类似处理条件中的数据一起显示。
图10|H441DTP中的KDM5和H3K4Me3水平的调节。(A-B)西方墨点显示，在化疗治疗的H441细胞中，H3K4me3的水平降低(A)且KDM5A和KDM5B的水平增加(B)。(C-D)将H441细胞与25uM的活性或无活性KDM5化合物一起涂铺3天，然后用卡铂(5.38μM)+紫杉醇(1.25μM)治疗5个周期。用活性KDM5化合物治疗破坏DTP。
图11|(A-B)用CPI-766KDM5抑制剂预处理5天减少耐辐射性PC9细胞的数量。(C)与无活性对照相比，用活性KDM5抑制剂CPI-445和CPI-766PC9预处理细胞5天减少接受γ辐射后的细胞数量。
图12|鉴别用于DTP开发的黑素瘤癌细胞模型。(A)测定维罗非尼在所选的Colo-829细胞中的GI50的药物剂量响应实验。在用8种不同剂量的维罗非尼孵育4天后，使用celltiterGlo读取装置进行细胞活力分析。(B)显微照片示出了Colo-829对照细胞(i)和用维罗非尼处理11天后的DTP(ii)的对比结果。
图13|在colo-829黑素瘤细胞系中以半高通量方式进行DTP分析的分析开发。(A)在incucytezoom上采集来自在核中组成性表达红色荧光标记物的细胞(Nuc-Red)的显微照片。由于存在核标记物，在整个实验过程中实时采集数据。分别示出了在6、12和24孔格式中的阳性对照细胞(i、iii和v)和DTP(ii、iv和vi)。(B)线形图示出了用20μM维罗非尼处理的Colo-829细胞分别在6、12和24孔格式中的DTP建立。(C)条形图示出了在实验完成后，用DMSO和抑制剂处理的孔中的Nuc-Red阳性细胞的数量。(D)比较在6、12和24孔分析板中获得的DTP数量的条形图。6和12孔格式看起来极为可比，所以选择12孔板。
图14|KDM5抑制剂抑制DTP形成。(A)图表显示整个实验过程中的原始数据，看到当在加入维罗非尼之前用25μM的KDM5活性(CPI-766)或无活性(CPI-550)抑制剂预处理Colo-829细胞5天时，DTP形成的差异。在整个实验过程中实时采集数据。(B)上述数据的直方图描绘了当用CPI-766预处理细胞时，相比于CPI-550或DMSO对照物，DTP的数量稳定减少。(C)直方图显示相对于用CPI-550和DMSO对照物，用CPI-766处理后形成的DTP数量的减少。
图15|在不同剂量的CPI-766和CPI-550的存在下的DTP分析，用于确定DTP是否有剂量依赖性减少。(A)直方图显示在用不同剂量的CPI-766和CPI-550预处理后形成的DTP的数量有剂量依赖性减少。
图16|结合小分子KDM5抑制剂破坏耐药性。用各种浓度的活性KDM5化合物CPI-382(B)或无活性对照物CPI-383(A)孵育nuc-REDPC9细胞5天，然后将细胞涂铺在1uMTarceva中。在Tarceva处理后30天将板染色。
图17|图17(A和B)提供的结果说明KDM5抑制剂阻断结直肠癌细胞系的耐药性。
具体实施方式
I.定义
受关注多肽的“拮抗剂”(可互换地称为“抑制剂”)是一种干扰受关注多肽的活化或功能例如部分或完全阻断、抑制或中和由受关注多肽介导的生物活性的试剂。例如，多肽X的拮抗剂可以指部分或完全阻断、抑制或中和由多肽X介导的生物活性的任何分子。抑制剂的实例包括抗体；配体抗体；小分子拮抗剂；反义和抑制RNA(例如shRNA)分子。优选地，所述抑制剂是结合受关注多肽的抗体或小分子。在特定实施方案中，抑制剂对受关注多肽具有约1,000nM或更小的结合亲和力(解离常数)。在另一个实施方案中，抑制剂对受关注多肽具有约100nM或更小的结合亲和力。在另一个实施方案中，抑制剂对受关注多肽具有约50nM或更小的结合亲和力。在特定实施方案中，抑制剂与受关注多肽共价结合。在特定实施方案中，抑制剂以1,000nM或更小的IC50抑制受关注多肽的信号传导。在另一个实施方案中，抑制剂以500nM或更小的IC50抑制受关注多肽的信号传导。在另一个实施方案中，抑制剂以50nM或更小的IC50抑制受关注多肽的信号传导。在某些实施方案中，所述拮抗剂降低或抑制受关注多肽的表达水平或生物活性达至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多。在一些实施方案中，受关注多肽是KDM5。
除非另外说明，否则本文所使用的术语“多肽”是指来自任何脊椎动物来源的任何受关注天然多肽，所述脊椎动物来源包括哺乳动物，诸如灵长类动物(例如，人类)和啮齿动物(例如，小鼠和大鼠)。该术语包括“全长”未加工的多肽以及通过在细胞中处理所得到的任何形式的多肽。该术语还包括多肽的天然生成的变体，例如剪接变体或等位基因变体。
如本文中可互换使用的"多核苷酸"或"核酸"是指任意长度的核苷酸聚合物，且包含DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修饰的核苷酸或碱基和/或其类似物，或可以通过DNA或RNA聚合酶或通过合成反应掺入聚合物中的任何底物。多核苷酸可以包括修饰的核苷酸，诸如甲基化核苷酸和其类似物。如果存在，可以在组装聚合物之前或之后赋予对核苷酸结构的修饰。核苷酸的序列可以被非核苷酸组分中断。多核苷酸可以在合成后被进一步修饰，诸如通过与标记物缀合。其它类型的修饰包括例如“帽子”、用类似物替代一个或多个天然存在的核苷酸、核苷酸间修饰诸如例如具有不带电荷键接(例如膦酸甲酯、磷酸三酯、磷酰胺酯、氨基甲酸酯等)和具有带电荷键接(例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的修饰、含有悬垂部分诸如例如蛋白质(例如核酸酶、毒素、抗体、信号肽、聚L-赖氨酸等)的修饰、具有嵌入剂(例如吖啶、补骨脂素等)的修饰、含有螯合剂(例如金属、放射性金属、硼、氧化性金属等)的修饰、含有烷化剂的修饰、具有修饰键接(例如α异头核酸等)的修饰以及未修饰形式的多核苷酸。此外，一般存在于糖类中的任何羟基可以被例如膦酸酯基团、磷酸酯基团置换，被标准保护基团保护，或被活化以制备与其它核苷酸的额外连接，或可以与固体或半固体支持物缀合。5′和3′末端OH可以被磷酸化或被胺或具有1至20个碳原子的有机加帽基团部分取代。其它羟基也可以被衍生为标准保护基团。多核苷酸还可以包含本领域通常已知的核糖或脱氧核糖的类似形式，包括例如2′-O-甲基-、2′-O-烯丙基、2′-氟-或2′-叠氮-核糖、碳环糖类似物、α-异头糖、差向异构体糖诸如***糖、木糖或来苏糖、吡喃糖、呋喃糖、景天庚糖、无环类似物和无碱基核苷类似物诸如甲基核糖苷。一个或多个磷酸二酯键可以被备选连接基团替换。这些备选连接基团包括但不限于其中磷酸酯被P(O)S("硫代酸酯")、P(S)S("二硫代酸酯")、"(O)NR2("酰胺酯"),P(O)R、P(O)OR′、CO或CH2("甲缩醛")替换的实施方案，其中每个R或R′独立地为H或被取代或未被取代的烷基(1-20个C)，其任选包含醚(-O-)键、芳基、烯基、环烷基、环烯基或芳烃基(araldyl)。并非多核苷酸中的所有键都必需是相同的。以上描述适用于本文中涉及的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。
术语"小分子"是指分子量为约2000道尔顿或更小，优选约500道尔顿或更小的任何分子。
可以用于实践某些实施方案的小分子KDM5拮抗剂的实例包括式I或II的化合物、其异构体或异构体混合物或其药学上可接受的盐、溶剂化物或前药。此类化合物以及用于制备此类化合物的方法和中间体在WO2012/007007和WO2012/007008中描述。
其中X1表示-A-B，其中
A表示键、O、S或NH，且
B表示
·C1-6-烷基、C2-4-烯基或C2-4-炔基，
所述C1-6-烷基、C2-4-烯基或C2-4-炔基可以任选地被一个或多个选自由以下所组成的组的取代基取代：羟基、C3-6-环烷基、C1-4-烷氧基、羟基-C1-4-烷氧基、卤代基、三氟甲基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、氨磺酰基、二甲基氨磺酰基、甲磺酰基、甲基磺酰氧基、甲基亚磺酰基、甲基硫基、氰基、-(C＝O)R′、苯基和单环或双环杂环基团，
其中
R′表示羟基、C1-4-烷基、卤代-C1-4-烷基、C1-4-烷氧基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、苯基或单环或双环杂环基团；
且其中
苯基可以被选自由以下所组成的组的取代基中的一个或多个取代：甲基、三氟甲基、卤代基、氰基、乙酰氨基、甲基磺酰氨基和单环或双环杂环基团；
·-OH或-(C＝O)R"，
其中R"表示氢、羟基、C1-4-烷基、环丙基、卤代-C1-4-烷基、C1-4-烷氧基、-COOH、-NH2、甲氨基、二甲氨基、甲磺酰基或单环或双环杂环基团；或
其中R"表示C1-4-烷基、C1-4-烷氧基、氧基、氨甲酰基、胺或单环或双环杂环基团，其被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：羟基、甲基、乙基、-O-C1-6-烷基、羟甲基、羟甲基、甲氧基乙基、乙酰基、氰基、乙氧基羰基、二甲氨基、N-[3(二甲氨基)丙基]N′乙基甲脒基、甲基亚磺酰基、甲基硫基、甲磺酰基、甲氧基乙氧基乙基、(二甲氨基)乙基和甲基硫基乙基，所述-O-C1-6-烷基可以任选地被羟基、甲氧基或二甲氨基取代；
·-(C＝S)R″′，
其中R″′表示-NH2、甲氨基或二甲氨基；
·-C(CH3)＝N-R""，
其中R""表示羟基或甲氧基；
·氨磺酰基、二甲基氨磺酰基、亚磺酰基或磺酰基，
所述氨磺酰基、磺酰基或磺酰基可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：C1-4-烷基、卤代-C1-4-烷基、甲氧基-C1-4-烷基、二甲氨基、(二甲氨基)甲基、(二甲氨基)乙基、C3-6-环烷基、C2-4-烯基和单环或双环杂环基团；
·氟、氯、溴或氰基；或
·单环或双环杂环基团，
其中所述单环或双环杂环基团可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：C1-2-烷基、卤代基、卤代-C1-2-烷基、C1-4-烷氧基、C1-4-烷氧基羰基、COOH、氰基、-NH2、甲氨基和二甲氨基；
且
X2表示
·C1-18-烷基、C2-18-烯基或C2-18-炔基，
所述C1-18-烷基、C2-18-烯基、C2-18-炔基可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：C3-6-环烷基、羟基、卤代基、三氟甲基、C1-6-烷氧基、羟基-C1-6-烷氧基、C1-6-烷基-C1-6-烷氧基、三氟甲基-C1-6-烷氧基、氧代-C1-6-烷基、-NH2、二甲氨基、氰基、苯基、5元单环杂环基团或6元单环杂环基团，所述苯基、5元单环杂环基团或6元单环杂环基团可以任选地被选自由C1-6-烷基或卤代基组成的组的一个或多个取代基取代；或
·-O-Xa、-(C＝O)-O-Xb、-(C＝O)-Xc、-NXd1Xd2、-(CO)-NXElXE2或-(C＝O)-NH-SO2-Xf，其中Xa、Xb、Xc、Xdl、Xd2、Xel、Xe2或Xf彼此独立地表示氢、C1-18-烷基、C2-18-烯基、C2-18-炔基、C3-6-环烷基、苯基、5元单环杂环基团或6元单环杂环基团；
所述C1-18-烷基、C2-18-烯基、C2-18-炔基、C3-6-环烷基、苯基、5元单环杂环基团或6元单环杂环基团可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：C3-6-环烷基、羟基、卤代基、三氟甲基、C1-4-烷基、C1-6-烷氧基、C1-6-烷氧基羰基、C1-4-烷基氨基、羟基-C1-6-烷氧基、C1-6-烷基-C1-6-烷氧基、三氟-C1-6-烷氧基、三氟甲基-O-C1-6-烷基、氧代-C1-6-烷基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、(甲氧基乙基)(甲基)氨基、[(二甲氨基)乙基](甲基)氨基、氰基、-O-C1-6-烷基-苯基、苯基、5元单环杂环基团或6元单环杂环基团，所述苯基、5元单环杂环基团或6元单环杂环基团可以任选地被选自由C1-6-烷基、-(C＝O)-O-C1-6-烷基或卤代基组成的组的一个或多个取代基取代；或
其中Xe1和Xe2彼此独立地表示氢、羟基、C1-18-烷基、C2-18-烯基、C2-18-炔基、C3-6-环烷基、-O-C1-6-烷基、苯基、5元单环杂环基团或6元单环杂环基团，
所述-O-Cl-6-烷基可以任选地被羟基、甲氧基或二甲氨基取代；
在某些实施方案中条件为Xe1和Xe2不能同时表示氢；且在某些实施方案中条件为Xb不能表示氢；或
·-(C＝O)-O-CH2-CH2-NXj1Xj2、-S-Xk、-(C＝S)-N(CH3)-Xm或-(C＝S)-N-Xn，
其中Xj1、Xj2、Xk、Xm、Xn彼此独立地表示甲基、乙基、丙基、氨基、甲氨基或二甲氨基，
所述甲基、乙基或丙基可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：甲氧基羰基、二甲氨基、氨甲酰基、苯基、氰基苯基和5或6元单环杂环基团；且
X3表示氢、C1-4-烷基、C2-4-烯基、C2-4-炔基或
·-O-Xg-S-Xh或-NXi1Xi2，其中X9g、Xh、Xi1和Xi2彼此独立地表示氢、-(CH2)n-CH3或-(CH2)n-COOH，其中n是0、1、2、3或4
且
X4和X5彼此独立地表示
·氢、C1-4-烷基、卤代-C1-4-烷基、C3-6-环烷基、卤代基、硝基、-NH2或氰基。
其中
X1表示-A-B，其中
A表示键、O、S或NH，且
B表示
·C1-6-烷基、C2-4-烯基或C2-4-炔基或C3-5-环烷基，所述C1-6-烷基、C2-4-烯基或C2-4-炔基或C3-5-环烷基可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：羟基、C3-6-环烷基、C1-4-烷氧基、羟基-C1-4-烷氧基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、氨磺酰基、二甲基氨磺酰基、甲磺酰基、甲基磺酰氧基、氰基、-(C＝O)R′、苯基和单环或双环杂环基团，
其中
R′表示羟基、C1-4-烷基、卤素-C1-4-烷基、C1-4-烷氧基、-NH2、甲氨基、环丙基、二甲氨基、苯基或单环或双环杂环基团；
且其中
苯基可以被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：甲基、三氟甲基、卤素、氰基、乙酰氨基、甲基磺酰氨基和单环或双环杂环基团；或
·-OH，在某些实施方案中条件为：当A是键时，B只表示-OH；或
或·-(C＝O)R"，
其中R"表示羟基、卤素-C1-4-烷基、C1-4-烷氧基、羟基-C1-4-烷氧基、-NH2、C1-3-烷基-氨基、二-C1-3-烷基-氨基、甲磺酰基、单环或双环杂环基团、C3-4-环烷基或C1-4-烷基，其中所述C3-4-环烷基或C1-4烷基可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：羟基、C3-6-环烷基、C1-3-烷氧基、羟基-C1-3-烷氧基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、6元杂环、氨磺酰基、二甲基氨磺酰基、甲磺酰基、甲基磺酰氧基、氰基、-(C＝O)R′、卤代苯基和单环或双环杂环基团，其中R′是如上所定义；
·-(C＝O)NH-R″′，
其中R″′表示羟乙基、甲氧基乙基、二甲氨基乙基、甲磺酰基或任选地被二甲氨基取代的-O-C1-6-烷基；
·氨磺酰基、亚磺酰基、硫基或磺酰基，
所述氨磺酰基可以任选地被一个或两个C1-3-烷基取代，且所述亚磺酰基、硫基或磺酰基可以任选地被选自由以下所组成的组的一个取代基取代：C1-4-烷基、卤素-C1-4-烷基、羰基-C1-3-烷基、甲基氨磺酰基、C3-6-环烷基、C1-3-烷基-氨基、二-C1-3-烷基-氨基、二甲氨基乙基、6元杂环和单环或双环杂环基团；
·苯基、单环或双环杂环基团，
其中所述苯基、单环或双环杂环基团可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：卤代基、卤素-C1-3-烷基、C1-3-烷氧基、C1-3-烷氧基烷氧基、C1-3-烷氧基羰基、COOH、氰基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、环丙基和C1-3-烷基，其中所述环丙基或C1-3烷基可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：羟基、环丙基、C1-3-烷氧基、羟基-C1-3-烷氧基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、6元杂环、氨磺酰基、二甲基氨磺酰基、甲磺酰基、甲基磺酰氧基、氰基、-(C＝O)R′、卤苯基和单环或双环杂环基团，其中R′是如上所定义；
且
X2表示
·-COOH、(C＝O)NH2或-CN
且
X3表示
·氢或-OH；或
·-Y-Xa-Xb
其中
Y是O、C＝O或键；且
Xa是-a键、C1-18-烷基、C2-18-烯基、C2-18-炔基、C3-10-环烷基、-C1-18-烷基O-、-O-或-NXb-，在某些实施方案中条件为：当Y是O时，则Xa不是0；且每个Xb独立地为-H、C3-6-环烷基、C1-6烷氧基、苯基、苯氧基、5元单环杂环基团、6元单环杂环基团或双环杂芳香族基团，所述C3-10-环烷基、C1-6烷氧基、苯基、苯氧基、5元单环杂环基团、6元单环杂环基团或双环杂芳香族基团可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：卤素、卤素-C1-4-烷基、羟基直链或支链C1-4-烷氧基、C1-6-烷氧基烷氧基、C1-4-烷氧基羰基、C1-4-烷基羰基、COOH、氰基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、羟基和直链或支链C1-5-烷基，其中所述C1-5烷基可以任选地被选自由以下所组成的组的一个或多个取代基取代：羟基、C3-6-环烷基、C1-4-烷氧基、羟基-C1-4-烷氧基、-NH2、甲氨基、二甲氨基、6元杂环、氨磺酰基、二甲基氨磺酰基、甲磺酰基、甲基磺酰氧基、氰基、-(C＝O)R′、卤苯基和单环或双环杂环基团，其中R′是如上所定义；
且
X4和X5彼此独立地表示
·氢、C1-4-烷基、卤素-C1-4-烷基、C3-6-环烷基、卤素、硝基、-NH2、甲氧基羰基、乙酰基、甲氧基氨甲酰基或氰基。
“分离”抗体是一种从天然环境中的组分分离出的抗体。在一些实施方案中，将抗体纯化至大于95％或99％的纯度，如通过例如电泳法(例如，SDS-PAGE、等电聚焦(IEF)、毛细管电泳)或色谱法(例如，离子交换或逆相HPLC)所测定。关于评估抗体纯度的方法的综述，参见例如Flatman等，J.Chromatogr.B848:79-87(2007)。
术语“抗体”在本文中以最广泛的意义来使用，且包括各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如，双特异性抗体)和抗体片段，只要它们展现出期望的抗原结合活性即可。
术语抗受关注多肽的抗体和结合受关注多肽的抗体是指可以足够亲和力结合受关注多肽，使得所述抗体可用作靶向受关注多肽的诊断剂和/或治疗剂的抗体。在一个实施方案中，抗受关注多肽的抗体与无关的非受关注多肽蛋白的结合程度是该抗体结合至受关注多肽的约10％，例如通过放射免疫分析(RIA)而测定。在某些实施方案中，结合至受关注多肽的抗体的解离常数(Kd)为≤1μM、≤100nM、≤10nM、≤1nM、≤0.1nM、≤0.01nM或≤0.001nM(例如，10-8M或更小，例如10-8M至10-13M，例如10-9M至10-13M)。在某些实施方案中，抗受关注多肽的抗体结合至受关注多肽的表位，所述表位在来自不同物种的受关注多肽间具有保守性。在一些实施方案中，受关注多肽是KDM5。
“阻断性抗体”或“拮抗性抗体”是一种抑制或降低其所结合抗原的生物活性的抗体。优选阻断性抗体或拮抗性抗体基本上或完全抑制抗原的生物活性。
“亲和力”是指分子(例如，抗体)的单一结合位点与它的结合伴侣(例如，抗原)间的非共价相互作用的总强度。如本文所使用，除非另有指示，否则“结合亲和力”是指反映结合对成员(例如，抗体和抗原)间的1:1相互作用的内在结合亲和力。分子X对其伴侣Y的亲和力一般可以通过解离常数(Kd)表示。可以通过本领域已知的常用方法测量亲和力，包括那些本文中所述的方法。下文描述了用于测量结合亲和力的具体说明性和示例性实施方案。
“抗体片段”是指不同于完整抗体，包含完整抗体中结合该完整抗体所结合的抗原的一部分的分子。抗体片段的实例包括但不限于Fv、Fab、Fab′、Fab’-SH、F(ab′)2；双功能抗体；线性抗体；单链抗体分子(例如，scFv)；和由抗体片段形成的多特异性抗体。
作为参考抗体的“结合至相同表位的抗体”是指在竞争分析中阻止50％或更多参考抗体结合其抗原的抗体，且反过来，在竞争分析中，参考抗体阻止50％或更多所述抗体结合其抗原。
术语“嵌合”抗体是指重链和/或轻链的一部分是源自特定来源或物种，而所述重链和/或轻链的剩余部分是源自不同来源或物种的抗体。
术语“全长抗体”、“完整抗体”和“完全抗体”在本文中可互换使用，是指具有基本上类似于天然抗体结构的结构或具有含Fc区的重链的抗体。
如本文所使用的术语“单克隆抗体”是指得自基本上同源性抗体群体的抗体，即，构成该群体的个别抗体是相同的和/或结合相同表位，可能(例如)含天然存在突变或在单克隆抗体制剂生产期间产生的变异抗体例外，此类变体通常是少量存在。与通常包含针对不同抗原决定基(表位)的不同抗体的多克隆抗体制剂相比，单克隆抗体制剂的各单克隆抗体针对抗原上的单一抗原决定基。因此，修饰语“单克隆”指示得自基本上同源性抗体群体的抗体的特性，且不应视为要求通过任何特定方法生产所述抗体。例如，按照本发明待使用的单克隆抗体可以通过各种技术而制备，所述技术包括但不限于杂交瘤细胞法、重组DNA法、噬菌体展示法和利用含所有或部分人免疫球蛋白基因座的转基因动物的方法，此类方法和用于制备单克隆抗体的其它示例性方法。
“人抗体”是一种具有对应于由人类或人类细胞生产或者源自利用人抗体谱或其它人抗体编码序列的非人类来源的抗体的氨基酸序列的抗体。该个人抗体的定义特别排除包含非人类抗原结合残基的人源化抗体。
“人源化”抗体是指包含来自非人类HVR的氨基酸残基和来自人FR的氨基酸残基的嵌合抗体。在某些实施方案中，人源化抗体将包含基本上所有至少一个及通常两个可变域，其中所有或基本上所有HVR(例如，CDR)对应于非人抗体的HVR，且所有或基本上所有FR对应于人抗体的FR。人源化抗体可以任选地包含衍生自人抗体的抗体恒定区的至少一部分。抗体例如非人抗体的“人源化”形式是指已经经历人源化的抗体。
如本文所使用，术语“靶向治疗”是指结合至受关注多肽并抑制特定受关注多肽的活性和/或活化的治疗剂。此类药剂的实例包括结合至受关注多肽的抗体和小分子。
“化疗”是指可用于治疗癌症的化学化合物。化疗的实例包括烷基化剂，诸如塞替派(thiotepa)和环磷酰胺()；烷基磺酸酯类，诸如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶类，诸如苯佐替派(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、美妥替派(meturedopa)和乌瑞替派(uredopa)；乙烯亚胺类和甲基蜜胺类(methylamelamine)，包括六甲蜜胺(altretamine)、曲他胺(triethylenemelamine)、三亚乙基磷酰胺(trietylenephosphoramide)、三亚乙基硫化磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羟甲基蜜胺(trimethylomelamine)；多聚乙酰类(acetogenins)(尤其是布拉他辛(bullatacin)及布拉它辛酮(bullatacinone))；δ-9-四氢***酚(屈***酚(dronabinol)，)；β-拉帕醌；拉帕醇(lapachol)；秋水仙碱；白桦脂酸；喜树碱(包括合成类似物拓扑替康(topotecan)()、CPT-11(依立替康(irinotecan)、)、乙酰喜树碱、东莨菪亭(scopolectin)及9-氨基喜树碱)；苔藓虫素(bryostatin)；凯利斯他汀(callystatin)；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin)、卡折来新(carzelesin)及比折来新(bizelesin)合成类似物)；鬼臼毒素(podophyllotoxin)；足叶草酸(podophyllinicacid)；替尼泊甙(teniposide)；念珠藻素(cryptophycin)(特别是念珠藻素1及念珠藻素8)；尾海兔素(dolastatin)；多卡米星(duocarmycin)(包括合成类似物，KW-2189及CB1-TM1)；五加素(eleutherobin)；水鬼蕉碱(pancratistatin)；肉质网囊素(sarcodictyin)；软海绵素(spongistatin)；氮芥(nitrogenmustards)，诸如苯丁酸氮芥、萘氮芥(chlomaphazine)、环磷酰胺(cholophosphamide)、雌氮芥(estramustine)、异环磷酰胺(ifosfamide)、氮芥(mechlorethamine)、盐酸氧氮芥、左旋苯丙氨酸氮芥(melphalan)、新氮芥(novembichin)、苯芥胆甾醇(phenesterine)、松龙苯芥(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)、尿嘧啶氮芥；亚硝基脲(nitrosureas)，诸如亚硝基脲氮芥(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimustine)；抗生素、烯二炔类抗生素(例如，加利车霉素(calicheamicin)，尤其是加利车霉素γ1I和加利车霉素ωI1(参见例如Nicolaou等，Angew.ChemIntl.Ed.Engl.,33:183-186(1994))；CDP323，一种α-4整合素抑制剂；达内霉素(dynemicin)，包括达内霉素A；埃斯培拉霉素(esperamicin)；以及新制癌菌素生色团和相关色素蛋白烯二炔抗生素生色团)、阿克拉霉素(aclacinomysin)、放线菌素、安曲霉素(authramycin)、重氮丝氨酸、博来霉素(bleomycin)、放线菌素C(cactinomycin)、卡拉比星(carabicin)、洋红霉素(carminomycin)、嗜癌素(carzinophilin)、色霉素(chromomycin)、放线菌素D(dactinomycin)、柔红菌素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-重氮-5-氧-L-正亮氨酸、阿霉素(doxorubicin)(包括吗啉代阿霉素、氰基吗啉代阿霉素、2-吡咯啉基-阿霉素、盐酸阿霉素脂质体注射剂()、脂质体阿霉素TLCD-99()、聚乙二醇化脂质体阿霉素()和去氧阿霉素)、表阿霉素(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、发波霉素(marcellomycin)、丝裂霉素(诸如丝裂霉素C)、霉酚酸、诺加霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(potfiromycin)、嘌呤霉素、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑菌素(streptonigrin)、链脲霉素(streptozocin)、杀结核菌素、乌苯美司(ubenimex)、净司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代谢药，诸如氨甲蝶呤、吉西他滨(gemcitabine)()、替加氟(tegafur)()、卡培他滨(capecitabine)()、埃博霉素(epothilone)和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸(denopterin)、氨甲蝶呤、蝶罗呤、三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨(fludarabine)、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，诸如安西他滨(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、6-氮尿苷、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷、双脱氧尿苷、去氟氧尿苷(doxifluridine)、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷；雄激素类，诸如二***(calusterone)、丙酸甲雄烷酮(dromostanolongpropionate)、环硫雄醇(epitiostanol)、美雄氨(mepitiostane)、睾内酯(testolactone)；抗肾上腺类、诸如氨鲁米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，诸如亚叶酸(frolinicacid)；醋葡醛内酯；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinicacid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；阿莫司汀(bestrabucil)；比生群(biasntrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；秋水仙胺；地吖醌(diaziquone)；艾佛米星(elfomithine)；依利醋铵(elliptiniumacetate)；埃博霉素；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟基脲；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidamine)；类美坦素(maytansinoid)，诸如美登素(maytansine)及安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidamol)；硝呋旦(nitracrine)；喷司他丁(pintostatin)；苯来美特(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；2-乙基酰肼；丙卡巴肼(procarbazine)；多糖複合物(JHSNaturalProducts,Eugene,OR)；雷佐生(razoxane)；利索新(rhizoxin)；西索菲兰(sizofiran)；锗螺胺(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸；三亚胺醌；2,2’,2’-三氯三乙胺(trichlorrotriethylamine)；单端孢霉烯(trichothecene)(尤其是T-2毒素、弗纳库林A(verracurinA)、杆抱菌素A(roridinA)和蛇形菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)(())；达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇；哌泊溴烷(pipobroman)；加西托星(gacytosine)；***糖苷(“Ara-C”)；塞替派(thiotepa)；紫杉烷类、例如紫杉醇()、紫杉醇的白蛋白工程化纳米颗粒制剂(ABRAXANETM)和多西他赛()；苯丁酸氮芥(chloranbucil)；6-硫鸟嘌呤；巯嘌呤；氨甲蝶呤；铂剂，诸如顺铂、奥沙利铂(例如，)和卡铂；长春碱(vincas)，其防止微管蛋白聚合形成微管，包括长春碱(vinblastine)()、长春新碱(vincristine)()、长春地辛()和长春瑞滨(vinorelbine)()；依托泊苷(VP-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌；甲酰四氢叶酸(leucovorin)；诺消灵(novantrone)；依达曲沙(edatrexate)；柔红霉素(daunomycin)；氨喋呤(aminopterin)；伊拜膦酸盐(ibandronate)；拓扑异构酶抑制剂RFS2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；视黄醇类，诸如视黄酸，包括蓓萨罗丁(bexarotene)()；雙膦酸盐，诸如氯膦酸盐(例如，或)、依替膦酸盐(etidronate)()、NE-58095、唑来膦酸(zoledronicacid)/唑来膦酸盐(zoledronate)()、阿仑膦酸盐(alendronate)()、帕米膦酸盐(pamidronate)()、替鲁膦酸盐(tiludronate)()或利塞膦酸盐(risedronate)()；曲沙他滨(troxacitabine)(一种1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；和上述任一个的药学上可接受的盐、酸或衍生物；和上述两个或更多个的组合，诸如CHOP、环磷酰胺、阿霉素、长春新碱和***龙的联合治疗的缩写；和FOLFOX(使用奥沙利铂(ELOXATINTM)与5-FU和甲酰四氢叶酸的治疗方案的缩写)。
如本文所使用，术语“细胞毒性剂”是指抑制或妨碍细胞功能和/或导致细胞死亡或破坏的物质。该术语意在包括放射性同位素(例如，At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和Lu的放射性同位素)、化学治疗剂或药物(例如，甲氨蝶呤、亚德里亚霉素(adriamicin)、长春花生物碱(长春新碱、长春碱、依托泊苷)、阿霉素、左旋苯丙氨酸氮芥、丝裂霉素C、苯丁酸氮芥、柔红菌素或其它嵌合剂)、生长抑制剂、酶和其片段(诸如溶核酶)、抗生素和毒素(诸如小分子毒素或者细菌、真菌、植物或动物源性酶促活性毒素，包括其片段和/或变异体)和下文公开的各种抗肿瘤剂或抗癌剂。下文描述其它细胞毒性剂。杀肿瘤剂导致肿瘤细胞受到破坏。
“免疫缀合物”是与一个或多个异源分子缀合的抗体，所述异源分子包括但不限于细胞毒性剂。
“个体响应”或“响应”可利用任何指示对个体的益处的终点进行评估，包括但不限于：(1)在一定程度上抑制疾病进展(例如癌症进展)，包括减慢及完全阻止；(2)减小肿瘤大小；(3)抑制(即减少、减慢或完全阻止)癌细胞浸润至邻近外周器官和/或组织中；(4)抑制(即减少、减慢或完全阻止)转移；(5)一定程度上减轻一种或多种与疾病或病症(例如，癌症)相关的症状；(6)增加无进展生存期长度；和/或(7)降低治疗后给定时间点的死亡率。
如本文所使用，术语“基本上相同”表示两个数值间的相似程度足够高，使得本领域技术人员将认为所述两个值间的差异在由所述值衡量的生物特性(例如，Kd值或表达)范畴内具有极小或不具有生物和/或统计显著性。作为参考/比较值的函数，所述两个值间的差异为例如小于约50％、小于约40％、小于约30％、小于约20％及/或小于约10％。
如本文所使用，短语“基本上不同”表示两个数值间的差异程度足够高，使得本领域技术人员将认为所述两个值间的差异在由所述值衡量的生物特性(例如，Kd值)范畴内具有统计显著性。作为参考/比较分子的值的函数，所述两个值间的差异为例如大于约10％、大于约20％、大于约30％、大于约40％及/或大于约50％。
物质/分子(例如，药物组合物)的“有效量”是指在必要剂量及时间段下有效达到期望治疗或预防结果的量。
物质/分子的“治疗有效量”可以根据以下因素而变化，诸如个体的疾病状态、年龄、性别和重量、以及所述物质/分子在个体内引起期望响应的能力。治疗有效量还是物质/分子的治疗有益效果超过其任何毒性或有害效果的量。“预防有效量”是指在必要剂量及时间段下有效达到期望预防结果的量。通常但不一定地，因为预防剂量是在疾病之前或疾病早期用于受试者中，所以预防有效量将小于治疗有效量。
术语“药物制剂””是指以允许其中所含活性成分的生物活性有效的形式，且不含对将施用所述制剂的受试者具有不可接受的毒性的其它组分的制剂。
“药学上可接受的载体”是指药物制剂中不同于活性成分，对受试者无毒性的成分。药学上可接受的载体包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂或防腐剂。
如本文所使用，短语“药学上可接受的盐”是指化合物的药学上可接受的有机盐或无机盐。
如本文所使用，“治疗(treatment)”(及其语法变体，诸如治疗(treat)或治疗(treating))是指试图改变接受治疗的个体的自然病程的临床干预，且可在进行预防或临床病理过程中执行。治疗的期望效果包括但不限于预防疾病出现或复发、缓和症状、减少疾病的任何直接或间接病理后果、阻止转移、降低疾病进展速率、改善或缓和疾病状态和缓解或改善预后。在一些实施方案中，使用本发明抗体来延迟疾病发展或减缓疾病进展。
“个体”或“受试者”是哺乳动物。哺乳动物包括但不限于家养动物(例如，奶牛、绵羊、猫、狗和马)、灵长类动物(例如，人类和非人类灵长类动物，诸如猴)、兔和啮齿类动物(例如，小鼠和大鼠)。在某些实施方案中，所述个体或受试者是人类。
本文中使用的术语“伴随地”是指施用两种或更多种治疗剂，所述治疗剂是在时间上足够接近地给予，它们各自的治疗效果在时间上重叠。因此，同时施用包括中止施用一种或多种其它药剂后继续施用一种或多种药剂的给药方案。在一些实施方案中，伴随施用是并行、依序和/或同时施用。
所谓“减少或抑制”意指导致总体下降20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的能力。减少或抑制可以指所治疗的病症的症状、转移的存在或大小、或原发性肿瘤的大小。
术语“包装说明书”是用于指通常包括在治疗产品商业包装内的使用说明，所述使用说明包含关于适应症、用法、剂量、施用、联合治疗、禁忌症和/或关于此类治疗产品的用途的警告的信息。
“制品”是包含至少一种药剂例如用于治疗疾病或病症(例如癌症)的药物或用于具体检测本文所描述的生物标记物的探针的任何制造物(manufacture)(例如，包装或容器)或试剂盒。在某些实施方案中，所述制造物或试剂盒作为执行本文所述方法的单元推广、分配或销售。
如本领域技术人员所理解的，本文中提到“约”某一值或参数包括(并描述)针对所述值或参数本身的实施方案。例如，关于“约X”的描述包括描述“X”。
应该理解，本文所描述的本发明的方面和实施方案包括“由方面和实施方案组成”和/或“基本上由方面和实施方案组成”。如本文所使用，除非另有指示，否则单数形式“一(a)”、“一个(an)”和“该(the)”包括复数形式。
II.方法和用途
本文提供使用KDM5拮抗剂例如来治疗癌症和/或预防耐药性的方法(例如,以单一试剂和/或联合治疗方式)。例如，一种治疗个体中的癌症的方法包括向该个体单独或联合癌症治疗剂施用KDM5拮抗剂。在一些实施方案中，个体被选择来使用癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)进行治疗。在一些实施方案中，个体在用癌症治疗剂治疗前开始包括施用KDM5拮抗剂的治疗。在一些实施方案中，个体同时接受包括KDM5拮抗剂和癌症治疗剂的治疗。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂增加癌症敏感性的时间和/或延迟癌症耐受性的发展。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A、KMD5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种的拮抗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A和/或KDM5B的拮抗剂。
本文还提供了利用KDM5拮抗剂和癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的方法。
具体来说，本文提供治疗个体中的癌症的方法，包括向该个体施用(a)KDM5拮抗剂和(b)癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂的各自的量有效增加癌症敏感性的时间和/或延迟细胞对癌症治疗剂的耐受性的发展。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂的各自的量有效增加包括癌症治疗剂的癌症治疗的功效。例如，在一些实施方案中，与包括施用有效量的癌症治疗剂而不施用(缺少)KDM5拮抗剂的治疗(例如，护理治疗标准)相比，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂的各自的量有效增加功效。在一些实施方案中，与包括施用有效量的癌症治疗剂而不施用(缺少)KDM5拮抗剂的治疗(例如，护理治疗标准)相比，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂的各自的量有效增加反应(例如，完全反应)。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂伴随施用。在一些实施方案中，癌症治疗剂是靶向治疗、化疗和/或放疗。在一些实施方案中，靶向治疗和/或化疗是EGFR拮抗剂、RAF抑制剂、PI3K抑制剂、紫杉烷和铂剂中的一种或多种。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)RAF抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)PI3K抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂、(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)和(c)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，紫杉烷为紫杉醇。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A、KMD5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种的拮抗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A和/或KDM5B的拮抗剂。
本文另外提供增加包括癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的癌症治疗在个体中的功效的方法，包括向该个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂和(b)有效量的癌症治疗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂伴随施用。在一些实施方案中，癌症治疗剂是靶向治疗、化疗和/或放疗。在一些实施方案中，靶向治疗和/或化疗是EGFR拮抗剂、RAF抑制剂、PI3K抑制剂、紫杉烷和铂剂中的一种或多种。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)RAF抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)PI3K抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂、(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)和(c)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，紫杉烷为紫杉醇。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A、KMD5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种的拮抗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A和/或KDM5B的拮抗剂。
本文提供治疗个体中的癌症的方法，其中癌症治疗包括向该个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂和(b)有效量的癌症治疗剂(例如,靶向治疗、化疗和/或放疗)，其中与包括施用有效量的癌症治疗剂而不施用(缺少)KDM5拮抗剂的治疗(例如，护理治疗标准)相比，所述癌症治疗具有增加的功效。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂伴随施用。在一些实施方案中，癌症治疗剂是靶向治疗、化疗和/或放疗。在一些实施方案中，靶向治疗和/或化疗是EGFR拮抗剂、RAF抑制剂、PI3K抑制剂、紫杉烷和铂剂中的一种或多种。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)RAF抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)PI3K抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂、(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)和(c)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，紫杉烷为紫杉醇。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A、KMD5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种的拮抗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A和/或KDM5B的拮抗剂。
另外，本文提供在个体中延迟和/或预防对癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)具有耐受性的癌症的发展的方法，包括向该个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂和(b)有效量的癌症治疗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂伴随施用。在一些实施方案中，癌症治疗剂是靶向治疗、化疗和/或放疗。在一些实施方案中，靶向治疗和/或化疗是EGFR拮抗剂、RAF抑制剂、PI3K抑制剂、紫杉烷和铂剂中的一种或多种。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)RAF抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)PI3K抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂、(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)和(c)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，紫杉烷为紫杉醇。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A、KMD5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种的拮抗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A和/或KDM5B的拮抗剂。
本文提供治疗发展癌症治疗剂(例如,靶向治疗、化疗和/或放疗)耐受性的可能性有所增加的癌症个体的方法，包括向该个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂和(b)有效量的癌症治疗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂伴随施用。在一些实施方案中，癌症治疗剂是靶向治疗、化疗和/或放疗。在一些实施方案中，靶向治疗和/或化疗是EGFR拮抗剂、RAF抑制剂、PI3K抑制剂、紫杉烷和铂剂中的一种或多种。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)RAF抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)PI3K抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂、(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)和(c)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，紫杉烷为紫杉醇。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A、KMD5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种的拮抗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A和/或KDM5B的拮抗剂。
本文另外提供在癌症个体中增加对癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的敏感性的方法，包括向该个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂和(b)有效量的癌症治疗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂伴随施用。在一些实施方案中，癌症治疗剂是靶向治疗、化疗和/或放疗。在一些实施方案中，靶向治疗和/或化疗是EGFR拮抗剂、RAF抑制剂、PI3K抑制剂、紫杉烷和铂剂中的一种或多种。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)RAF抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)PI3K抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂、(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)和(c)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，紫杉烷为紫杉醇。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A、KMD5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种的拮抗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A和/或KDM5B的拮抗剂。
另外，本文另外提供在癌症个体中延长癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)敏感性的时间的方法，包括向该个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂和(b)有效量的癌症治疗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂伴随施用。在一些实施方案中，癌症治疗剂是靶向治疗、化疗和/或放疗。在一些实施方案中，靶向治疗和/或化疗是EGFR拮抗剂、RAF抑制剂、PI3K抑制剂、紫杉烷和铂剂中的一种或多种。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)RAF抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)PI3K抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂、(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)和(c)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，紫杉烷为紫杉醇。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A、KMD5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种的拮抗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A和/或KDM5B的拮抗剂。
本文还提供延长癌症个体对癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的反应的持续时间的方法，包括向该个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂和(b)有效量的癌症治疗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂伴随施用。在一些实施方案中，癌症治疗剂是靶向治疗、化疗和/或放疗。在一些实施方案中，靶向治疗和/或化疗是EGFR拮抗剂、RAF抑制剂、PI3K抑制剂、紫杉烷和铂剂中的一种或多种。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)RAF抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)PI3K抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂、(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)和(c)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，紫杉烷为紫杉醇。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A、KMD5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种的拮抗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A和/或KDM5B的拮抗剂。
除了提供改善的癌症治疗外，施用本文所描述的某些组合相比于接受不同治疗的相同患者所经历的生存质量可以改善该患者的生存质量。例如，与相同患者如果仅接受癌症治疗剂作为治疗将经历的生存质量相比，向个体施用如本文所描述的KDM5拮抗剂和癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的组合可以提供改善的生存质量。例如，具有本文所描述的组合的联合治疗可以降低所需的癌症治疗剂剂量，从而减少与治疗剂有关的副作用(例如恶心、呕吐、脱发、皮疹、食欲减退、体重减轻等)。该组合还可以降低肿瘤负荷和减少相关不良事件诸如疼痛、器官功能障碍、体重减轻等。因此，一个方面提供用于治疗用途的KDM5拮抗剂，用于改善用癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)治疗癌症的患者的生存质量。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂伴随施用。在一些实施方案中，癌症治疗剂是靶向治疗、化疗和/或放疗。在一些实施方案中，靶向治疗和/或化疗是EGFR拮抗剂、RAF抑制剂、PI3K抑制剂、紫杉烷和铂剂中的一种或多种。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)RAF抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)PI3K抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂、(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)和(c)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，紫杉烷为紫杉醇。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A、KMD5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种的拮抗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A和/或KDM5B的拮抗剂。
在任一所述方法的一些实施方案中，KDM5拮抗剂的来源是天然或合成。在任一所述方法的一些实施方案中，KDM5拮抗剂是抗体、结合多肽、结合小分子或多核苷酸。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂结合至KDM5A、KDM5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂结合至和/或抑制KDM5A、KDM5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种的脱甲基酶活性。在一些实施方案中，KDM5是KDM5A和/或KDM5B。
在任一所述方法的一些实施方案中，癌症治疗剂是靶向治疗。在任一所述方法的一些实施方案中，癌症治疗剂是化疗。在任一所述方法的一些实施方案中，癌症治疗剂是放疗。
对本文所使用的治疗具有耐受性的癌症包括对治疗无响应和/或对治疗产生明显响应(例如，部分响应和/或完全响应)的能力降低的癌症。耐受性可以是出现在治疗方法的过程中的获得性耐受性。在一些实施方案中，获得性耐药性是短暂和/或可逆的耐药性。对治疗的短暂和/或可逆的耐药性包括其中耐药性可以在治疗方法中断后恢复对治疗的敏感性。在一些实施方案中，获得性耐受性是永久耐受性。永久耐治疗性包括赋予耐药性的遗传变化。
对本文所使用的治疗具有敏感性的癌症包括有响应和/或能够产生明显响应(例如，部分响应和/或完全响应)的癌症。
测定或评估对治疗的耐受性获得和/或敏感性维持的方法是本领域中已知的且描述在实施例中。可以通过(a)将参照癌细胞或细胞群体在存在和/或缺少KDM5拮抗剂下暴露于癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)和/或(b)分析例如癌细胞生长、细胞活力、细胞凋亡水平和/或百分比、组蛋白3赖氨酸4(H3K4)甲基化状态(例如，单甲基化、二甲基化和/或三甲基化)和/或响应中的一种或多种来测定耐药性和/或敏感性。
可以随时间和/或在各种浓度的癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)和/或KDM5拮抗剂量下测量耐药性和/或敏感性。另外，可以测量耐药性和/或敏感性和/或与参照细胞系(例如，PC9和/或H1299)包括该细胞系的亲本细胞、耐药性持留细胞和/或耐药性扩增持留细胞进行比较。在一些实施方案中，可以通过CyQuant直接细胞增殖分析来分析细胞活力。可以通过如实施例和Sharma等所述分析耐药性持留细胞的生长来评估耐受性获得和/或敏感性维持的变化诸如耐药性。可以通过如实施例和Sharma等所描述分析耐药性扩增持留细胞的生长来评估耐受性获得和/或敏感性维持的变化诸如永久耐受性和/或扩增的抵抗细胞。在一些实施方案中，耐受性可以由IC50、EC50或耐药性持留细胞和/或耐药性扩增持留细胞的肿瘤生长减少的变化来指示。在一些实施方案中，所述变化大于约50％、100％和/或200％中的任一者。另外，可以在体内例如通过评估对治疗的响应、响应持续时间和/或疾病进展时间(例如，部分响应和完全响应)评估耐受性获得和/或敏感性维持的变化。耐受性获得和/或敏感性维持的变化可以基于在个体的群体中对治疗的反应、反应持续时间和/或疾病进展时间(例如，部分反应和完全反应的数量)的变化。
在任一所述方法的一些实施方案中，癌症是实体瘤癌。在一些实施方案中，癌症是肺癌、乳腺癌、结直肠癌、结肠癌、黑素瘤和/或胰腺癌。在一些实施方案中，癌症是肺癌(例如，非小细胞肺癌-(NSCLC))。在一些实施方案中，癌症是乳腺癌。在一些实施方案中，癌症是CD133阳性。在一些实施方案中，癌症是CD24阳性。在一些实施方案中，癌症具有低H3K4三甲基化水平。在一些实施方案中，癌症具有低H3K4二甲基化水平。在一些实施方案中，癌症有发展为降低H3K4三甲基化水平的风险。在一些实施方案中，癌症有发展为降低H3K4二甲基化水平的风险。
本文所描述的任何联合治疗方法中的癌症当开始包括KDM5拮抗剂和癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的治疗方法时可以对仅包括癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的治疗方法敏感(敏感的实例包括但不限于响应和/或能够产生显著反应(例如，部分反应和/或完全反应))。本文所描述的任何联合治疗方法中的癌症当开始包括KDM5拮抗剂和癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的治疗方法时可以对仅包括癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的治疗方法无耐受性(耐受性的实例包括但不限于不响应和/或产生显著反应(例如，部分反应和/或完全反应)的能力降低和/或无法产生显著反应)。
在任一所述方法的一些实施方案中，根据任何以上实施方案的个体可以是人类。
在任一所述方法的一些实施方案中，可以伴随施用联合治疗。在任一所述方法的一些实施方案中，联合治疗可以包括组合施用(其中两种或更多种治疗剂被包含在相同或不同制剂中)和分开施用，在分开施用的情况下，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的施用可以在施用额外的治疗剂和/或辅助剂之前、同时、依序、共同和/或之后进行。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是在癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)之前和/或与该癌症治疗剂同时施用。在一些实施方案中，联合治疗进一步包括放疗和/或额外的治疗剂。
在任一所述方法的一些实施方案中，KDM5拮抗剂和癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)可以通过任何合适的方式来施用，包括口服、肠胃外、肺内和鼻内施用以及如果期望用于局部治疗，病灶内施用。肠胃外输注包括肌肉内、静脉内、动脉内、腹膜内或皮下施用。给药可以通过任何合适的途径，例如，通过注射如静脉内或皮下注射，这部分取决于施用是短暂还是长期的。本文预期了各种给药时间表，包括但不限于在不同时间点的单次或多次施用、推注施用和脉冲输注。
在任一所述方法的一些实施方案中，本文所描述的KDM5拮抗剂(例如，抗体、结合多肽和/或结合小分子)和癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)可以按照与良好医疗实践一致的方式来配制、给药和施用。在此情况下的考虑因素包括所治疗的特定病症、所治疗的特定哺乳动物、个体患者的临床状况、病症的起因、药剂的递送部位、施用方法、施药时间表和医疗从业人员已知的其它因素。KDM5拮抗剂和癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)不一定，但任选地与目前用于预防或治疗所讨论的病症的一种或多种药剂一起配制。此类其它药剂的有效量取决于KDM5拮抗剂和癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)在制剂中的存在量、病症或治疗的类型和上述其它因素。这些药剂通常以相同的剂量和如本文所描述的施用途径，或本文所描述的剂量的约1至99％，或者以任何剂量和通过在经验/临床上被确定为适当的任何途径来使用。
对于疾病的预防或治疗而言，本文所描述的KDM5拮抗剂和癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)(当单独或与一种或多种其它额外的治疗剂联合使用时)的适当剂量将取决于待治疗的疾病类型、疾病的严重度和病程、是否施用了KDM5拮抗剂和癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)用于预防或治疗目的、先前疗法、患者的临床病史和对KDM5拮抗剂和癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的反应以及主治医师的判断。将KDM5拮抗剂和癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)适当地一次或历经一系列治疗施用给患者。对于持续数天或更长的重复施用，根据状况，治疗一般会持续至出现对疾病症状的所需抑制。此类剂量可以间歇施用，例如每周或每三周一次(例如，以使得患者接受约2至约20个例如约6个剂量的KDM5拮抗剂和癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗))。可以首先施用较高的负荷剂量，然后施用一个或多个较低剂量。示例性给药方案包括施用。然而，可以使用其它给药方案。这种疗法的进展容易通过常规技术和分析来监测。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)RAF抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)PI3K抑制剂。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂和(b)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。在一些实施方案中，联合治疗包括(a)KDM5拮抗剂、(b)紫杉烷(例如，紫杉醇)和(c)铂剂(例如，卡铂或顺铂)。
应当理解，任何以上制剂或治疗方法可以使用免疫缀合物作为KDM5和/或癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)来实施。
III.治疗组合物
本文提供用于本文所描述的方法的组合，其包括KDM5拮抗剂和癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)。在某些实施方案中，所述组合增加单独施用的癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的功效。在某些实施方案中，所述组合延迟和/或预防对癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的癌症耐受性的发展。在某些实施方案中，所述组合延长癌症个体中的癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)敏感性的时间。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂和/或癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)(例如，EGFR拮抗剂、PI3K拮抗剂和/或RAF抑制剂)是抗体、结合多肽、结合小分子和/或多核苷酸。
人类中脱甲基酶的KDM5/JARID1家族含有四个成员：KDM5A、KDM5B、KDM5C和KDM5D。如图1中的示意图所示，KDM5家族成员含有五个保守域：JmjN、ARID、JmjC、PHD和C5HC2锌指。KDM5A、KDM5B、KDM5C和KDM5D的氨基酸序列是本领域中已知的且可以公开获得，例如参见UniProtKB/Swiss-Prot(参见例如，KDM5A(例如P29375-1和/或P29375-2)、KDM5B(例如Q9UGL1-1和/或Q9UGL1-2)、KDM5C(例如P41229-1、P41229-2、P41229-3和/或P41229-4)和/或KDM5D(例如Q9BY66-1、Q9BY66-2和/或Q9BY66-3)。在任一所述方法的一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A、KDM5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种的拮抗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是泛KDM5抑制剂(例如，抑制KDM5A、KDM5B、KDM5C和KDM5D)。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM抑制剂(例如，抑制KDM5(例如KDM5A、KDM5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种)和另一种KDM(例如，KDM1、KDM2、KDM3、KDM4、KDM6、KDM7和/或KDM8中的一种或多种)。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A和/或KDM5B的拮抗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A和KDM5B的双重拮抗剂。在任何KDM5拮抗剂的一些实施方案中，KDM5拮抗剂是特异性KDM5拮抗剂，例如，KDM5A的特异性拮抗剂、KDM5B的特异性拮抗剂和/或KDM5A和KDM5B的特异性双重拮抗剂。
在任何KDM5拮抗剂的一些实施方案中，KDM5拮抗剂具有优于(例如，小于)约4μM、2μM、1μM、500nM、250nM、200nM、150nM、100nM、75nM、50nM和/或30nM中的任一者的KDM5AIC50。测定化合物的KDM5AIC50的方法是本领域中已知的，在此通过引用整体并入且描述在本文中。
在任何KDM5拮抗剂的一些实施方案中，KDM5拮抗剂具有大于约5μM、7.5μM、10μM、15μM和/或20μM中的任一者的KDM2和/或KDM3IC50。测定化合物的KDM2和/或KDM3IC50的方法是本领域中已知的且描述在本文中。在一些实施方案中，KDM2是KDM2B。在一些实施方案中，KDM3是KDM3B。
在任何KDM5拮抗剂的一些实施方案中，KDM5拮抗剂具有优于(例如小于)约25μM、15μM、10μM、7.5μM、5μM、4μM、3.5μM、3μM、2.5μM、2μM和/或1μM中的任一者的H3K4me3EC50。测定化合物的H3K4me3EC50的方法是本领域中已知的(参见Sayegh等JBCManuscriptM112.419861(2013)(可在world-wide-webjbc.org/cgi/doi/10.1074/jbc.M112.419861处获得)和Kristensen等FEBSJ.279:1905-1914(2012)，在此通过引用整体并入)且在本文中描述。
在任何KDM5拮抗剂的一些实施方案中，KDM5拮抗剂抑制KDM5(例如，KDM5A、KDM5B、KDM5C和/或KDM5D)结合至α-酮戊二酸盐。在任何KDM5拮抗剂的一些实施方案中，KDM5拮抗剂与α-酮戊二酸盐竞争KDM5(例如，KDM5A、KDM5B、KDM5C和/或KDM5D)的结合。在任何拮抗剂的一些实施方案中，KDM5抑制KDM5(例如，KDM5A、KDM5B、KDM5C和/或KDM5D)与α-酮戊二酸盐的结合达约20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％中的任一者和/或大于约20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％中的任一者。
测定KDM5拮抗剂与α-酮戊二酸盐的结合和/或竞争的抑制作用的方法是本领域中已知的且在例如Kruidenier等Nature488:404-408(16Aug.2012)、Kristensen等FEBSJ.279:1905-1914(2012)和Sayegh等JBCManuscriptM112.419861(2013)(可在world-wide-webjbc.org/cgi/doi/10.1074/jbc.M112.419861处获得)中描述，在此通过引用整体并入。例如，酮戊二酸-α-[l-14C]-钠盐、α-酮戊二酸钠盐和HPLC纯化肽可以从商业来源例如Perkin-Elmer(WellesleyMA)和Sigma-Aldrich获得。用于分析的肽可以是KDM5的片段。例如，用于分析的KDM5肽可以在例如昆虫细胞中表达并纯化。通过使用Kivirikko和Myllyla(1982,MethodsEnzymol.82:245-304)所描述的分析捕获14CO2来测定酶活性。分析反应可以包含50mMHEPES(pH7.4)、100μMα-酮戊二酸钠盐、0.30酮戊二酸-α-[l-14C]-钠盐、40μMFeSO4、1mM抗坏血酸盐、1541.8单位/mL过氧化氢酶，且含或不含50μM肽底物和各种浓度的KDM5拮抗剂。通过加入KDM5酶来引发反应。
通过从在底物肽存在下的转化百分比减去在缺少肽下的转化百分比来计算肽依赖性转化百分比。使用给定抑制剂浓度下的肽依赖性转化百分比来计算抑制百分比和IC50。使用GraFit软件(ErithacusSoftwareLtd.,SurreyUK)进行每种抑制剂的IC50值计算。
在任何KDM5拮抗剂的一些实施方案中，KDM5拮抗剂抑制KDM5(例如，KDM5A、KDM5B、KDM5C和/或KDM5D)结合至H3。在任何KDM5拮抗剂的一些实施方案中，KDM5拮抗剂与H3竞争对KDM5(例如，KDM5A、KDM5B、KDM5C和/或KDM5D)的结合。在任何拮抗剂的一些实施方案中，KDM5抑制KDM5(例如，KDM5A、KDM5B、KDM5C和/或KDM5D)与H3的结合达约20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％中的任一者和/或大于约20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％中的任一者。在一些实施方案中，H3包括H3的多肽片段，其包括H3K4。在一些实施方案中，H3包括H3K4me3。在一些实施方案中，H3包括H3K4me2。在一些实施方案中，H3包括H3的21个氨基酸的多肽，包括H3K4(例如H2N-ART(KMe3)QTARKSTGGKAPRKQLA)。在一些实施方案中，H3包括H3K4me3[ART-K(Me3)-GTARKSTGGKAPRKQLA-GGK(Biotin)]、H3K4me2[ART-K(Me2)-GTARKSTGGKAPRKQLA-GGK(Biotin)]、H3K4me1[ART-K(Me1)-QTARKSTGGKAPRKQLA-GGK(Biotin)]。
测定KDM5拮抗剂与组蛋白诸如H3的结合和/或竞争的抑制作用的方法是本领域中已知的且在例如Kristensen等FEBSJ.279:1905-1914(2012)、Kruidenier等Nature488:404-408(16Aug.2012)和Sayegh等JBCManuscriptM112.419861(2013)(可在world-wide-webjbc.org/cgi/doi/10.1074/jbc.M112.419861处获得)中描述，在此通过引用整体并入。
在任何KDM5拮抗剂的一些实施方案中，KDM5拮抗剂抑制KDM5与组蛋白3(H3)直接或间接结合(例如，相互作用和/或缔合)。在任何KDM5拮抗剂的一些实施方案中，KDM5拮抗剂抑制KDM5与H3赖氨酸4(H3K4)直接或间接结合(例如，相互作用和/或缔合)。在任何KDM5拮抗剂的一些实施方案中，KDM5拮抗剂抑制KDM5与H3K4三甲基化和/或二甲基化(H3K4me3和/或H3K4me2)直接或间接结合(例如，相互作用和/或缔合)。
在任何KDM5拮抗剂的一些实施方案中，KDM5拮抗剂与KDM5(例如KDM5A、KDM5B、KDM5C和/或KDM5D)的脱甲基酶催化域结合(例如，相互作用和/或缔合)。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂与KDM5的JmjC域和/或JmjN域结合(例如，相互作用和/或缔合)。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5A的拮抗剂，且KDM5A的拮抗剂与SEQIDNO:l的氨基酸残基437-603(JmjC)和/或氨基酸残基19-60(JmjN)结合(例如，相互作用和/或缔合)。在一些实施方案中，KDM5A的拮抗剂与SEQIDNO:1的氨基酸残基437-603(JmjC)结合(例如，相互作用和/或缔合)。在一些实施方案中，KDM5B的拮抗剂与SEQIDNO:1的氨基酸残基483、486和/或571结合(例如，相互作用和/或缔合)。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5B的拮抗剂，且KDM5B的拮抗剂与SEQIDNO:2的氨基酸残基453-619(JmjC)和/或氨基酸残基32-73(JmjN)结合(例如，相互作用和/或缔合)。在一些实施方案中，KDM5B的拮抗剂与SEQIDNO:2的氨基酸残基453-619(JmjC)结合(例如，相互作用和/或缔合)。在一些实施方案中，KDM5B的拮抗剂与SEQIDNO:2的氨基酸残基499、502和/或587结合(例如，相互作用和/或缔合)。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5C的拮抗剂，且KDM5C的拮抗剂与SEQIDNO:3的氨基酸残基468-634(JmjC)和/或氨基酸残基14-55(JmjN)结合(例如，相互作用和/或缔合)。在一些实施方案中，KDM5C的拮抗剂与SEQIDNO:3的氨基酸残基468-634(JmjC)结合(例如，相互作用和/或缔合)。在一些实施方案中，KDM5C的拮抗剂与SEQIDNO:3的氨基酸残基514、517和/或602结合(例如，相互作用和/或缔合)。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是KDM5D的拮抗剂，且KDM5D的拮抗剂与SEQIDNO:4的氨基酸残基458-624(JmjC)和/或氨基酸残基14-55(JmjN)结合(例如，相互作用和/或缔合)。在一些实施方案中，KDM5D的拮抗剂与SEQIDNO:4的氨基酸残基458-624(JmjC)结合(例如，相互作用和/或缔合)。在一些实施方案中，KDM5C的拮抗剂与SEQIDNO:4的氨基酸残基504、507和/或592结合(例如，相互作用和/或缔合)。在任何KDM5拮抗剂的一些实施方案中，KDM5拮抗剂抑制脱甲基酶催化活性。
KDM5拮抗剂的实例在本领域中是已知的，包括但不限于在Sayegh等JBCManuscriptM112.419861(2013)(可在world-wide-webjbc.org/cgi/doi/10.1074/jbc.M112.419861处获得)、Lohse等,Bioorg.Med.Chem.19(12):3625-36(2012)和Kristensen等FEBSJ.279:1905-1914(2012)中描述的那些，这些参考文献在此通过引用整体并入)。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是JmjC组蛋白脱甲基酶抑制剂，包括但不限于2,4-吡啶二羧酸(2,4-PDCA)、2,4-吡啶-二羧酸、儿茶酚、N-苯基-苯并异噻唑啉酮和/或2-(4-甲基苯基)-l,2-苯并异噻唑-3(2H)-酮(PBIT)。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是下式的分子或其药学上可接受的盐。
本文还提供了可用于本文所描述的方法的EGFR拮抗剂。EGFR意指描述在Ullrich等，Nature(1984)309:418425中的受体酪氨酸激酶多肽表皮生长因子受体，或者被称为Her-1和c-erbB基因产物；以及其变体例如EGFRvIII。EGFR的变体还包括缺失、替代和***变体，例如在Lynch等(NEJM2004,350:2129)、Paez等(Science2004,304:1497)、Pao等(PNAS2004,101:13306)中描述的那些。在一些实施方案中，EGFR是野生型EGFR，其通常指包含天然存在的EGFR蛋白质的氨基酸序列的多肽。在一些实施方案中，EGFR拮抗剂是抗体、结合多肽、结合小分子和/或多核苷酸。
示例性EGFR拮抗剂(抗EGFR抗体)包括抗体诸如称为尼妥珠单抗(nimotuzumab，YMBiosciences)的人源化单克隆抗体、完整人ABX-EGF(帕尼单抗(panitumumab),AbgenixInc.)以及称为E1.1、E2.4、E2.5、E6.2、E6.4、E2.11、E6.3和E7.6.3并描述在US6,235,883中的完整人抗体；MDX-447(MedarexInc)。帕妥珠单抗(2C4)是人源化抗体，其直接结合至HER2，但是干扰HER2-EGFR二聚化，从而抑制EGFR信号传导。结合至EGFR的抗体的其它实例包括GA201(RG7160；RocheGlycartAG)、MAb579(ATCCCRLHB8506)、MAb455(ATCCCRLHB8507)、MAb225(ATCCCRL8508)、MAb528(ATCCCRL8509)(参见美国专利NO.4,943,533，Mendelsohn等)和其变体诸如嵌合225(C225或西妥昔单抗(Cetuximab)； )和重塑人225(H225)(参见WO96/40210,ImcloneSystemsInc.)；IMC-11F8，一种完整人EGFR靶向抗体(Imclone)；结合II型突变EGFR的抗体(美国专利NO.5,212,290)；如美国专利NO.5,891,996中所描述的结合EGFR的人源化和嵌合抗体；和结合EGFR的人抗体诸如ABX-EGF(参见WO98/50433，Abgenix)；EMD55900(Stragliotto等Eur.J.Cancer32A:636-640(1996))；EMD7200(马妥珠单抗)，一种针对EGFR的人源化EGFR抗体，其与EGF和TGF-α竞争EGFR结合；和mAb806或人源化mAb806(Johns等,J.Biol.Chem.279(29):30375-30384(2004))。抗EGFR抗体可以与细胞毒性剂缀合，从而生成免疫缀合物(参见例如EP659,439A2，MerckPatentGmbH)。在一些实施方案中，抗EGFR抗体是西妥昔单抗。在一些实施方案中，抗EGFR抗体是帕尼单抗。在一些实施方案中，抗EGFR抗体是扎妥木单抗(zalutumumab)、尼妥珠单抗和/或马妥珠单抗。
可用于所述方法的抗EGFR抗体包括以足够的亲和力和特异性结合至EGFR且可以降低或抑制EGFR活性的任何抗体。所选抗体对EGFR通常将具有足够强的结合亲和力，例如，所述抗体可以以100nM-1pM之间的Kd值结合人c-met。抗体亲和力可以通过例如表面等离振子共振分析(诸如PCT申请公开NO.WO2005/012359中所描述的BIAcore分析)、酶联免疫吸附分析(ELISA)和竞争分析(例如，RIA)来测定。优选地，本发明的抗EGFR抗体可以用作靶向和干扰其中涉及EGFR/EGFR配体活性的疾病或病症的治疗剂。另外，可以对该抗体进行其它生物活性分析，例如以评价其作为治疗剂的效力。此类分析是本领域中已知的且取决于抗体的目标抗原和预期用途。在一些实施方案中，EGFR臂可以与结合至白细胞上的触发分子诸如T-细胞受体分子(例如CD2或CD3)或IgG的Fc受体(FcγR)(诸如FcγRI(CD64)、FcγRII(CD32)和FcγRIII(CD16))的臂组合，以便将细胞防御机制集中于EGFR表达细胞上。双特异性抗体还可以用于将细胞毒性剂定位于表达EGFR的细胞。这些抗体具有EGFR结合臂和结合细胞毒性剂(例如皂草素、抗干扰素-α、长春花生物碱、蓖麻毒素A链、甲氨蝶呤或放射性同位素半抗原)的臂。双特异性抗体可以制备成全长抗体抗体或抗体片段(例如F(ab′)2双特异性抗体)。
示例性EGFR拮抗剂还包括结合小分子，诸如在US5616582、US5457105、US5475001、US5654307、US5679683、US6084095、US6265410、US6455534、US6521620、US6596726、US6713484、US5770599、US6140332、US5866572、US6399602、US6344459、US6602863、US6391874、WO9814451、WO9850038、WO9909016、WO9924037、WO9935146、WO0132651、US6344455、US5760041、US6002008和/或US5747498中描述的化合物。特定结合小分子EGFR拮抗剂包括OSI-774(CP-358774，埃罗替尼(erlotinib)，OSIPharmaceuticals)；PD183805(CI1033，2-丙烯酰胺、N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-7-[3-(4-吗啉基)丙氧基]-6-喹唑啉基]-，二盐酸盐，PfizerInc.)；(ZD1839，吉非替尼(gefitinib)，AstraZeneca)；ZM105180((6-氨基-4-(3-甲基苯基-氨基)-喹唑啉，Zeneca)；BIBX-1382(N8-(3-氯-4-氟-苯基)-N2-(l-甲基-哌啶-4-基)-嘧啶并[5,4-d]嘧啶-2,8-二胺，BoehringerIngelheim)；PKI-166((R)-4-[4-[(l-苯乙基)氨基]-1H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基]-苯酚)；(R)-6-(4-羟基苯基)-4-[(l-苯乙基)氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶)；CL-387785(N-[4-[(3-溴苯基)氨基]-6-喹唑啉基]-2-丁炔酰胺)；EKB-569(N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-3-氰基-7-乙氧基-6-喹啉基]-4-(二甲氨基)-2-丁烯酰胺)；拉帕替尼(lapatinib)(Tykerb，GlaxoSmithKline)；ZD6474(Zactima，AstraZeneca)；CUDC-101(Curis)；卡奈替尼(canertinib)(CI-1033)；AEE788(6-[4-[(4-乙基-1-哌嗪基)甲基]苯基]-N-[(1R)-1-苯乙基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-胺，WO2003013541，Novartis)和PKI166(4-[4-[[(1R)-1-苯乙基]氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基]-苯酚，WO9702266，Novartis)。在一些实施方案中，EGFR拮抗剂是N-(3-乙炔基苯基)-6,7-双(2-甲氧基乙氧基)-4-喹唑啉胺和/或其药物可接受盐(例如，N-(3-乙炔基苯基)-6,7-双(2-甲氧基乙氧基)-4-喹唑啉胺-HCl)。在一些实施方案中，EGFR拮抗剂是吉非替尼和/或其药物上可接受的盐。在一些实施方案中，EGFR拮抗剂是拉帕替尼和/或其药物上可接受的盐。在一些实施方案中，EGFR拮抗剂是吉非替尼和/或埃罗替尼。
在一些实施方案中，EGFR拮抗剂可以是EGFR的特异性抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂可以是双重抑制剂或泛抑制剂，其中EGFR拮抗剂抑制EGFR和一种或多种目标多肽。
磷酸肌醇3-激酶(PI3K)属于脂质激酶家族，其主要生化功能是使磷酸肌醇的3-羟基磷酸化。PI3K抑制剂的实例在本领域中是已知的且包括但不限于渥曼青霉素(Wortmannin)、LY294002、SF1126(一种小分子前药，LY294002连接至整合素结合组分的缀合物)、NVP-BEZ235(咪唑并喹啉衍生物)、NVP-BGT226、XL765、GDC-0980、PF-04691502、PF-05212384、PKI-587、NVP-BKM120、XL147、PX-866、GDC-0941、GSK615和/或CAL-101。在一些实施方案中，PI3K抑制剂是在WO2009/114874、WO2009/088990、US7511041、US7666901、US7662977、WO2010/046639、US20100105711、WO2010/037765、US20100087440、WO2010034414、US20100075965、US20100075951、US20100075947、WO2010/038165、WO2010/036380、WO2010/059788、WO2010/049481、WO2009/134825、WO2009/123971、WO2009/099163和/或WO2009/042607中描述的化合物，这些参考文献在此通过引用整体并入。
本文还提供了在本文所描述的方法中用作癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的RAF抑制剂。在一些实施方案中，RAF抑制剂是BRAF抑制剂。在一些实施方案中，RAF抑制剂是CRAF抑制剂。示例性BRAF抑制剂在本领域中是已知的且包括例如索拉非尼(sorafenib)、PLX4720、PLX-3603、达拉菲尼(dabrafenib)(GSK2118436)、GDC-0879、RAF265(Novartis)、XL281、AZ628、ARQ736、BAY73-4506、维罗非尼和在WO2007/002325、WO2007/002433、WO2009111278、WO2009111279、WO2009111277、WO2009111280和美国专利NO.7,491,829中描述的那些抑制剂。在一些实施方案中，BRAF抑制剂是选择性BRAF抑制剂。在一些实施方案中，BRAF抑制剂是BRAFV600的选择性抑制剂。在一些实施方案中，BRAFV600是BRAFV600E、BRAFV600K和/或V600D。在一些实施方案中，BRAFV600是BRAFV600R。在一些实施方案中，BRAF抑制剂是维罗非尼。在一些实施方案中，BRAF抑制剂是维罗非尼。
维罗非尼(RG7204、PLX-4032，CAS登记号1029872-55-5)已经被证明导致各种癌症细胞系例如黑素瘤细胞系的程序性细胞死亡。维罗非尼干扰BRAF/MEK/ERK路径上的BRAF/MEK步骤-如果BRAF具有常见V600E突变。如FDA所批准，维罗非尼在患者中例如黑素瘤患者中起作用，所述患者的癌症具有V600EBRAF突变(即，在BRAF蛋白质上的氨基酸位置编号600处，正常缬氨酸被谷氨酸替换)。约60％的黑素瘤具有V600EBRAF突变。V600E突变存在于多种其它癌症包括淋巴瘤、结肠癌、黑素瘤、甲状腺癌和肺癌中。维罗非尼具有以下结构：
(维罗非尼)(Genentech,Inc.)是在美国获得批准且适用于治疗具有通过FDA批准试验所检测的BRAFV600E突变的不可切除性或转移性黑素瘤患者的药品。不推荐在缺少BRAFV600E突变的黑素瘤患者(野生型BRAF黑素瘤)中使用(维罗非尼)。
本文还提供了在本文所描述的方法中用作癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的铂类药剂。铂类药剂的实例包括但不限于顺铂、卡铂、奥沙利铂(oxaliplatin)、沙铂(satraplatin)、吡铂(picoplatin)、奈达铂(nedaplatin)和/或三铂(triplatin)。在一些实施方案中，铂类药剂是顺铂。在一些实施方案中，铂类药剂是卡铂。
本文还提供了在本文所描述的方法中用作癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的紫杉烷。紫杉烷是可以结合至微管蛋白的双萜，其促进微管聚合和稳定和/或防止微管解聚。紫杉烷在本文中包括紫杉烷类10-脱乙酰基巴卡丁III和/或其衍生物。紫杉烷的实例包括但不限于紫杉醇(即，紫杉酚，CAS号33069-62-4)、多西他赛(即，taxotere，CAS号114977-28-5)、拉洛他赛(larotaxel)、卡巴他赛(cabazitaxel)、米拉他赛(milataxel)、泰西他赛(tesetaxel)和/或奥拉他赛(orataxel)。在一些实施方案中，紫杉烷为紫杉醇。在一些实施方案中，紫杉烷为多西他赛。在一些实施方案中，将紫杉烷配制在Cremophor中(例如，)或Tween例如聚山梨醇酯80中(例如，)。在一些实施方案中，紫杉烷是脂质体封装紫杉烷。在一些实施方案中，紫杉烷是紫杉烷的前药形式和/或缀合形式(例如，共价缀合至紫杉醇的DHA、聚谷氨酸紫杉醇和/或碳酸亚油酸酯-紫杉醇)。在一些实施方案中，配制大体上不含表面活性剂的紫杉醇(例如，不含Cremophor和/或Tween-诸如Tocosol紫杉醇)。在一些实施方案中，紫杉烷是涂覆有白蛋白的纳米颗粒(例如，Abraxane和/或ABI-008)。在一些实施方案中，紫杉烷是
本文提供了在本文所描述的方法中用作癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的长春花生物碱。长春花生物碱是最初衍生自长春花(Periwinkle)植物长春花(Catharanthusroseus)的一组抗有丝***和抗微管剂。长春花生物碱的实例包括但不限于长春花碱、长春新碱、长春地辛和长春瑞滨。在一些实施方案中，长春花生物碱是长春瑞滨。
本文提供了在本文所描述的方法中用作癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的核苷类似物。核苷类似物的实例包括但不限于吉西他滨、氟达拉滨、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鸟嘌呤、安西他滨、阿扎胞苷、6-氮尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、二脱氧尿苷、去氧氟尿苷、依诺他滨和/或氟尿苷；在一些实施方案中，核苷类似物是吉西他滨。
A.抗体
本文提供用于本文所描述的方法的分离抗体，其结合至受关注多肽诸如KDM5和/或EGFR。在任何以上实施方案中，抗体为人源化。此外，根据任何以上实施方案的抗体是单克隆抗体，包括嵌合、人源化或人抗体。在一个实施方案中，抗体是抗体片段，例如，Fv、Fab、Fab’、scFv、双抗体或F(ab’)2片段。在另一个实施方案中，抗体是全长抗体，例如，本文所定义的“完整IgG1”抗体或其它抗体类别或同种型。
在另一方面，根据任何以上实施方案的抗体可以并入如以下部分中所描述的任何特征中的一个或组合。
1.抗体亲和力
在某些实施方案中，本文提供的抗体具有≤lμM、≤100nM、≤10nM、≤1nM、≤0.1nM、≤0.01nM或≤0.001nM(例如10-8M或更少，例如10-8M至10-13M，例如10-9M至10-13M)的解离常数(Kd)。在一个实施方案中，通过放射性标记抗原结合分析(RIA)测量Kd。在一个实施方案中，使用Fab型式的受关注抗体和其抗原进行RIA。例如，通过在未标记抗原的滴定系列的存在下用最小浓度的(125I)标记抗原平衡Fab，然后用抗Fab抗体涂层板捕获结合抗原来测量Fab对抗原的溶液结合亲和力(参见例如，Chen等,J.Mol.Biol.293:865-881(1999))。为了建立分析条件，用含在50mM碳酸钠(pH9.6)中的5μg/ml捕获用抗Fab抗体(CappelLabs)涂覆多孔板(ThermoScientific)过夜，且随后在室温(约23℃)下用含在PBS中的2％(w/v)胎牛血清封闭2-5小时。在非吸附板(Nunc号269620)中，将100pM或26pM[125I]-抗原与受关注Fab的连续稀释液混合(例如，与Presta等,CancerRes.57:4593-4599(1997)中的抗VEGF抗体Fab-12的评估一致)。然后整夜孵育受关注Fab；然而，孵育可以持续更长时间(例如，约65小时)以确保达到平衡。之后，将混合物转移到捕获板用于在室温下孵育(例如，持续1小时)。然后移除溶液并用含在PBS中的0.1％聚山梨醇酯20()洗涤板8次。当板已经干燥时，添加150μl/孔闪烁剂(MICROSCINT-20TM；Packard)，并在TOPCOUNTTMγ计数器(Packard)上对板计数10分钟。选择产生小于或等于最大结合的20％的每个Fab的浓度用于竞争结合分析。
根据另一个实施方案，使用表面等离振子共振分析测量Kd。例如，在25℃下，使用固定抗原CM5芯片以约10响应单位(RU)进行使用-2000或-3000(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)的分析。在一个实施方案中，根据供应商的说明书用N-乙基-N′(3-二甲氨基丙基)-碳化二亚胺盐酸盐(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)激活羧甲基化葡聚糖生物传感器芯片(CM5,BIACORE,Inc.)。将抗原用10mM乙酸钠(pH4.8)稀释到5μg/ml(～0.2μM)，然后以5μl/分钟的流速注射，以获得约10个响应单位(RU)的偶联蛋白。在注射抗原后，注射1M乙醇胺以封闭未反应的基团。对于动力学测量来说，在25℃下将Fab的两倍连续稀释液(0.78nM至500nM)以约25μl/min的流速注射到含0.05％聚山梨醇酯20(TWEEN-20TM)表面活性剂(PBST)的PBS中。使用简单的一对一结合模型(EvaluationSoftware版本3.2)，通过同时拟合结合和解离传感图来计算结合速率(kon)和解离速率(k0ff)。平衡解离常数(Kd)被计算为k0ff/kon比率。参见例如，Chen等,J.Mol.Biol.293:865-881(1999)。如果通过以上的表面等离振子共振分析测得结合速率超过106M-1s-1，那么可以使用荧光淬灭技术来测定结合速率，即如在分光计诸如配备了断流装置的分光光度计(AvivInstruments)或8000系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic)中用搅拌比色杯所测量，在浓度渐增的抗原的存在下，测量PBSpH7.2中的20nM抗抗原抗体(Fab形式)于25℃下的荧光发射强度(激发＝295nm；发射＝340nm，16nm带通)的升高或降低。
2.抗体片段
在某些实施方案中，本文提供的抗体是抗体片段。抗体片段包括但不限于Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2、Fv和scFv片段以及下文描述的其它片段。关于某些抗体片段的综述，参见Hudson等Nat.Med.9:129-134(2003)。关于scFv片段的综述，参见例如Pluckthün,inThePharmacologyofMonoclonalAntibodies,第113卷,Rosenburg和Moore编辑,(Springer-Verlag,NewYork),第269-315页(1994)；另外参见WO93/16185；和美国专利NO.5,571,894和5,587,458。关于包含补救受体结合表位残基且具有增加的体内半衰期的Fab和F(ab’)2片段的讨论，参见美国专利NO.5,869,046。
双抗体是具有两个抗原结合位点的抗体片段，可以是二价或双特异性。参见例如EP404,097；WO1993/01161；Hudson等，Nat.Med.9:129-134(2003)；和Hollinger等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:6444-6448(1993)。在Hudson等，Nat.Med.9:129-134(2003)中还描述了三抗体和四抗体。
单域抗体是包含抗体的整个或部分重链可变域或整个或部分轻链可变域的抗体片段。在某些实施方案中，单域抗体是人单域抗体(Domantis,Inc.,Waltham,MA；参见例如美国专利NO.6,248,516)。
可以通过各种技术来生成抗体片段，这些技术包括但不限于如本文所描述的完整抗体的蛋白水解消化以及通过重组宿主细胞生成(例如，大肠杆菌(E.coli)或噬菌体)。
3.嵌合和人源化抗体
在某些实施方案中，本文提供的抗体是嵌合抗体。某些嵌合抗体在例如美国专利NO.4,816,567和Morrison等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855(1984))中描述。在一个实例中，嵌合抗体包括非人类可变区(例如，衍生自小鼠、大鼠、仓鼠、兔子或非人类灵长类动物诸如猴的可变区)和人类恒定区。在另一个实例中，嵌合抗体是其中类或亚类已从亲本抗体发生改变的一个“类别切换”抗体。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
在某些实施方案中，嵌合抗体是人源化抗体。通常，非人类抗体被人源化以降低对人类的免疫原性，同时保留亲本非人类抗体的特异性和亲和力。通常，人源化抗体包含一个或多个可变域，其中HVR例如CDR(或其部分)衍生自非人类抗体且FR(或其部分)衍生自人抗体序列。人源化抗体任选还将包含人类恒定区的至少一部分。在一些实施方案中，人源化抗体中的一些FR残基被来自非人类抗体(例如，衍生HVR残基的抗体)的相应残基取代，例如用于恢复或提高抗体特异性或亲和力。
人源化抗体和其形成方法在例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008)中综述，并且进一步在例如Riechmann等,Nature332:323-329(1988)；Queen等,Proc.Nat’lAcad.Sci.USA86:10029-10033(1989)；美国专利NO.5,821,337、7,527,791、6,982,321和7,087,409；Kashmiri等,Methods36:25-34(2005)(描述特异性决定区(SDR)嫁接)；Padlan,Mol.Immunol.28:489-498(1991)(描述“表面重塑”)；Dall’Acqua等,Methods36:43-60(2005)(描述“FR重排”)；以及Osbourn等,Methods36:61-68(2005)和Klimka等,Br.J.Cancer,83:252-260(2000)(描述用于FR重排的“导向选择”方法)中描述。
可以用于人源化的人类框架区包括但不限于：使用"最佳拟合"(best-fit)方法选择的框架区(参见例如Sims等J.Immunol.151:2296(1993))；衍生自轻或重链可变区的特定亚组的人抗体的共有序列的框架区(参见例如Carter等Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285(1992)；和Presta等J.Immunol.,151:2623(1993))；人成熟(体细胞突变型)框架区或人生殖系框架区(参见例如，Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008))；和衍生自筛选FR文库的框架区(参见例如Baca等,J.Biol.Chem.272:10678-10684(1997)和Rosok等,J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996))。
4.人抗体
在某些实施方案中，本文提供的抗体是人抗体。可以使用本领域中已知的各种技术来产生人抗体。人抗体一般在vanDijk和vandeWinkel,Curr.Opin.Pharmacol.5:368-74(2001)和Lonberg,Curr.Opin.Immunol.20:450-459(2008)中描述。
可以通过向转基因动物施用免疫原来制备人抗体，所述转基因动物已经被修饰成响应抗原攻击而生成完整人抗体或具有人可变区的完整抗体。此类动物通常含有所有或部分人免疫球蛋白基因座，其置换内源性免疫球蛋白基因座，或者其在染色体外存在或随机整合入动物的染色体中。在此类转基因小鼠中，一般已经将内源性免疫球蛋白基因座灭活。关于从转基因动物获得人抗体的方法的综述，参见Lonberg,Nat.Biotech.23:1117-1125(2005)。还参见例如美国专利NO.6,075,181和6,150,584，其描述XENOMOUSETM技术；美国专利NO.5,770,429，其描述技术；美国专利NO.7,041,870，其描述K-M技术；以及美国专利申请公开NO.US2007/0061900，其描述技术)。可以例如通过与不同人恒定区组合来进一步修饰来自由此类动物生成的完整抗体的人可变区。
还可以通过基于杂交瘤的方法来生成人抗体。已经描述了用于生成人单克隆抗体的人骨髓瘤和小鼠-人杂交骨髓瘤细胞系。(参见例如，KozborJ.Immunol.,133:3001(1984)；Brodeur等,MonoclonalAntibodyProductionTechniquesandApplications，第51-63页(MarcelDekker,Inc.,NewYork,1987)；和Boemer等,J.Immunol.,147:86(1991)。)经由人B细胞杂交瘤技术生成的人抗体也在Li等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562(2006)中描述。额外的方法包括在例如美国专利No.7,189,826(描述了从杂交瘤细胞系生成单克隆人IgM抗体)和Ni,XiandaiMianyixue,26(4):265-268(2006)(描述了人-人杂交瘤)中描述的那些方法。人杂交瘤技术(Trioma技术)还在Vollmers和Brandlein,Hist.&Histopath.,20(3):927-937(2005)以及Vollmers和Brandlein,MethodsFindExp.Clin.Pharmacol.,27(3):185-91(2005)中描述。
还可以通过分离选自人衍生型噬菌体展示文库的Fv克隆可变域序列来生成人抗体。然后，可以将此类可变域序列与所需的人恒定域组合。下文描述了自抗体文库选择人抗体的技术。
5.文库衍生的抗体
可以通过对组合文库筛选具有所需的一种或多种活性的抗体来分离抗体。例如，用于生成噬菌体展示文库并对此类文库筛选拥有所需结合特征的抗体的多种方法是本领域中已知的。此类方法综述于例如Hoogenboom等MethodsMol.Biol.178:1-37(O’Brien等,编辑,HumanPress,Totowa,NJ,2001)中并且进一步在例如McCafferty等,Nature348:552-554；Clackson等,Nature352:624-628(1991)；Marks等,J.Mol.Biol.222:581-597(1992)；Marks和Bradbury,MethodsMol.Biol.248:161-175(Lo编辑,HumanPress,Totowa,NJ,2003)；Sidhu等,J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004)；Lee等,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA101(34):12467-12472(2004)；以及Lee等,J.Immunol.Methods284(1-2):119-132(2004)中描述。
在某些噬菌体展示方法中，将VH和VL基因的全集分别通过聚合酶链式反应(PCR)克隆，并在噬菌体文库中随机重组，然后可以对噬菌体文库筛选抗原结合噬菌体，如Winter等,Ann.Rev.Immunol.,12:433-455(1994)中所描述。噬菌体通常以单链Fv(scFv)片段或以Fab片段展示抗体片段。来自免疫来源的文库提供针对免疫原的高亲和力抗体，而不需要构建杂交瘤。或者，可以(例如自人)克隆天然全集以在没有任何免疫的情况下提供针对一系列非自身和还有自身抗原的单一来源抗体，如由Griffiths等,EMBOJ,12:725-734(1993)所描述。最后，还可以通过自干细胞克隆未重排V基因区段并使用含有随机序列的PCR引物编码高度可变的CDR3区并在体外实现重排来合成生成天然文库，如由Hoogenboom和Winter,J.Mol.Biol.,227:381-388(1992)所描述。描述人抗体噬菌体文库的专利公开包括例如：美国专利NO.5,750,373和美国专利公开NO.2005/0079574、2005/0119455、2005/0266000、2007/0117126、2007/0160598、2007/0237764、2007/0292936和2009/0002360。
从人抗体文库分离的抗体或抗体片段被视为本文中的人抗体或人抗体片段。
6.多特异性抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是多特异性抗体，例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些实施方案中，结合特异性之一是受关注多肽例如KDM5和/或EGFR，而另一种是针对任何其它抗原。在某些实施方案中，双特异性抗体可以结合受关注多肽诸如KDM5和/或EGFR的两个不同表位。双特异性抗体还可以用于将细胞毒剂定位于表达受关注多肽例如KDM5和/或EGFR的细胞。双特异性抗体可以制备成全长抗体或抗体片段。
用于生成多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两个免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达(参见Milstein和Cuello,Nature305:537(1983))、WO93/08829和Traunecker等,EMBOJ.10:3655(1991))和“结进孔”(knob-in-hole)工程化(参见例如美国专利NO.5,731,168)。还可以通过用于生成抗体Fc-异二聚体分子的工程化静电操纵效应(WO2009/089004A1)；交联两个或更多个抗体或片段(参见例如美国专利NO.4,676,980和Brennan等,Science,229:81(1985))；使用亮氨酸拉链生成双特异性抗体(参见例如Kostelny等,J.Immunol.,148(5):1547-1553(1992))；使用用于生成双特异性抗体片段的"双抗体"技术(参见例如Hollinger等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:6444-6448(1993))；和使用单链Fv(sFv)二聚体(参见例如Gruber等,J.Immunol.,152:5368(1994))；以及如例如Tutt等J.Immunol.147:60(1991)中所描述制备三特异性抗体来生成多特异性抗体。
本文中还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化抗体，包括“章鱼抗体”(参见例如US2006/0025576A1)。
本文中的抗体或片段还包括“双重作用FAb”或“DAF”，其包含结合受关注多肽例如KDM5和/或EGFR及另一种不同抗原的抗原结合位点(参见例如US2008/0069820)。
7.抗体变体
a)糖基化变体
在某些实施方案中，改变本文所提供的抗体以提高或降低抗体糖基化的程度。可以通过改变氨基酸序列以创建或消除一个或多个糖基化位点来方便地实现对抗体的糖基化位点的添加或删除。
在抗体包含Fc区的情况下，可以改变其附接的碳水化合物。由哺乳动物细胞生成的天然抗体通常包含分支的双触角寡糖，其一般通过N-键接附接至Fc区的CH2域的Asn297。参见例如Wright等TIBTECH15:26-32(1997)。寡糖可以包括各种碳水化合物，例如，甘露糖、N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖和唾液酸，以及附接至双触角寡糖结构的“主干”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些实施方案中，可以对本发明抗体中的寡糖进行修饰以创建具有某些改善的特性的抗体变体。
在一个实施方案中，提供了抗体变体，其具有缺少附接(直接或间接)至Fc区的岩藻糖的碳水化合物结构。例如，此类抗体中的岩藻糖量可以是1％至80％、1％至65％、5％至65％或20％至40％。通过相对于附接至Asn297的所有糖结构(例如，复合、杂合和高甘露糖结构)的总和，计算Asn297处的糖链内岩藻糖的平均量来测定岩藻糖量，如通过MALDI-TOF质谱法所测量(如例如WO2008/077546中所描述)。Asn297是指位于Fc区中的约第297位的天冬酰胺残基(Fc区残基的Eu编号方式)；然而，Asn297还可以由于抗体中的微小序列变异而位于第297位的约±3个氨基酸的上游或下游处，即在第294位和第300位之间。此类岩藻糖基化变体可以具有改善的ADCC功能。参见例如美国专利公开NO.US2003/0157108(Presta,L.)；US2004/0093621(KyowaHakkoKogyoCo.,Ltd)。涉及“脱岩藻糖基化”或“岩藻糖缺乏”抗体变体的出版物的实例包括：US2003/0157108；WO2000/61739；WO2001/29246；US2003/0115614；US2002/0164328；US2004/0093621；US2004/0132140；US2004/0110704；US2004/0110282；US2004/0109865；WO2003/085119；WO2003/084570；WO2005/035586；WO2005/035778；W02005/053742；WO2002/031140；Okazaki等J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki等，Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够生成脱岩藻糖基化抗体的细胞系的实例包括缺乏蛋白质岩藻糖基化的Lec13CHO细胞(Ripka等Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；US专利申请NO.US2003/0157108A1,Presta,L；和WO2004/056312A1,Adams等,尤其是实施例11)，以及敲除细胞系诸如α-1,6-岩藻糖基转移酶基因FUT8敲除的CHO细胞(参见例如，Yamane-Ohnuki等Biotech.Bioeng.87:614(2004)；Kanda,Y.等,Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；和WO2003/085107)。
进一步提供了具有两分型寡糖的抗体变体，例如其中附接至抗体Fc区的双触角寡糖通过GlcNAc二等分。此类抗体变体可以具有降低的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的实例在例如WO2003/011878(Jean-Mairet等)；美国专利NO.6,602,684(Umana等)和US2005/0123546(Umana等)中描述。还提供了在附接至Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。此类抗体变体可以具有改善的CDC功能。此类抗体变体在例如WO1997/30087(Patel等)；WO1998/58964(Raju,S.)和WO1999/22764(Raju,S.)中描述。
b)Fc区变体
在某些实施方案中，可以将一处或多处氨基酸修饰引入本文所提供的抗体的Fc区中，由此生成Fc区变体。Fc区变体可以包含在一个或多个氨基酸位置包含氨基酸修饰(例如替代)的人Fc区序列(例如人IgG1、IgG2、IgG3或IgG4Fc区)。
在某些实施方案中，本发明预期拥有一些但不是所有效应子功能的抗体变体，所述效应子功能使其成为如下应用的期望候选物：其中抗体的体内半衰期是重要的，而某些效应子功能(诸如补体和ADCC)是不必要或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性分析以确认CDC和/或ADCC活性的降低/消减。例如，可以进行Fc受体(FcR)结合分析以确保抗体缺乏FcγR结合(因此可能缺乏ADCC活性)，但是保留FcRn结合能力。用于介导ADCC的主要细胞NK细胞仅表达Fc(RIII)，而单核细胞表达Fc(RI)、Fc(RII)和Fc(RIII)。造血细胞上的FcR表达汇总于Ravetch和Kinet,Annu.Rev.Immunol.9:457-492(1991)的第464页上的表3中。评估感受关注分子的ADCC活性的体外分析的非限制性实例在美国专利NO.5,500,362(参见例如Hellstrom,I.等Proc.Nat’lAcad.Sci.USA83:7059-7063(1986))和Hellstrom,I等，Proc.Nat’lAcad.Sci.USA82:1499-1502(1985)；5,821,337(参见Bruggemann,M.等,J.Exp.Med.166:1351-1361(1987))中描述。或者，可以采用非放射性分析方法(参见例如用于流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性分析(CellTechnology,Inc.MountainView,CA)；和CytoTox非放射性细胞毒性分析(Promega,Madison,WI)。用于此类分析的效应细胞包括外周血单核细胞(PBMC)和天然杀伤(NK)细胞。或者/另外，可以在体内评估感受关注分子的ADCC活性，例如在动物模型诸如Clynes等Proc.Nat’lAcad.Sci.USA95:652-656(1998)中公开的动物模型中。还可以进行Clq结合分析以确认抗体不能结合Clq并且因此缺乏CDC活性。参见例如WO2006/029879和WO2005/100402中的Clq和C3c结合ELISA。为了评估补体激活，可以进行CDC分析(参见例如Gazzano-Santoro等,J.Immunol.Methods202:163(1996)；Cragg,M.S.等,Blood101:1045-1052(2003)；以及Cragg,M.S.和M.J.Glennie,Blood103:2738-2743(2004))。还可以使用本领域中已知的方法来进行FcRn结合和体内清除/半衰期测定(参见例如Petkova,S.B.等,Int’l.Immunol.18(12):1759-1769(2006))。
效应子功能降低的抗体包括具有Fc区残基238、265、269、270、297、327和329中的一个或多个的替代的那些抗体(美国专利NO.6,737,056)。此类Fc突变体包括在氨基酸位置265、269、270、297和327中的两处或更多处具有替代的Fc突变体，包括残基265和297被替代为丙氨酸的所谓“DANA”Fc突变体(美国专利NO.7,332,581)。
描述了对FcR的结合有所改善或减弱的某些抗体变体。(参见例如美国专利NO.6,737,056；WO2004/056312和Shields等,J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001)。)在某些实施方案中，抗体变体包含具有改善ADCC的一处或多处氨基酸替代例如在Fc区的位置298、333和/或334(残基的EU编号方式)处的替代的Fc区。在一些实施方案中，对Fc区做出改变，其导致改变(即，改善或减弱)的Clq结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)，例如，如美国专利NO.6,194,551、WO99/51642和Idusogie等J.Immunol.164:4178-4184(2000)所描述。
具有增加的半衰期和改善的对新生儿Fc受体(FcRn)的结合的抗体在US2005/0014934A1(Hinton等)中描述，新生儿Fc受体负责将母体IgG转移至胎儿(Guyer等,J.Immunol.117:587(1976)和Kim等,J.Immunol.24:249(1994))。那些抗体包括其中具有改善Fc区对FcRn的结合的一处或多处替代的Fc区。此类Fc变体包括在Fc区残基238、256、265、272、286、303、305、307、311、312、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424或434中的一个或多个处具有替代，例如Fc区残基434的替代的那些变体(美国专利NO.7,371,826)。关于Fc区变体的其它实例，还参见Duncan&Winter,Nature322:738-40(1988)；美国专利NO.5,648,260；美国专利NO.5,624,821；和WO94/29351。
c)半胱氨酸工程化抗体变体
在某些实施方案中，可以期望创建半胱氨酸工程化抗体，例如“thioMAb”，其中抗体的一个或多个残基被半胱氨酸残基替代。在特定实施方案中，被替代的残基存在于抗体的可接近位点处。通过用半胱氨酸替代那些残基，反应性硫醇基团由此定位于抗体的可接近位点并且可以用于使抗体与其它部分诸如药物部分或连接子-药物部分缀合，以创建如本文中进一步描述的免疫缀合物。在某些实施方案中，可以用半胱氨酸替代下列残基中的任一个或多个：轻链的V205(Kabat编号方式)；重链的A118(EU编号方式)；和重链Fc区的S400(EU编号方式)。可以如例如美国专利NO.7,521,541所描述来生成半胱氨酸工程化抗体。
B.免疫缀合物
本文进一步提供用于本文所描述的方法中的免疫缀合物，其包含结合受关注多肽例如KDM5或EGFR的抗体，所述抗体与一种或多种细胞毒性剂例如化疗剂或化疗药、生长抑制剂、毒素(例如，蛋白毒素，细菌、真菌、植物或动物来源的酶活性毒素或其片段)或放射性同位素缀合。
在一个实施方案中，免疫缀合物是抗体-药物缀合物(ADC)，其中抗体与一种或多种药物缀合，所述药物包括但不限于类美登素(maytansinoid)(参见美国专利NO.5,208,020,5,416,064和欧洲专利EP0425235)；澳瑞他汀(auristatin)例如单甲基澳瑞他汀药物部分DE和DF(MMAE和MMAF)(参见美国专利NO.5,635,483、5,780,588和7,498,298)；多拉司他汀；加利车霉素或其衍生物(参见美国专利NO.5,712,374、5,714,586、5,739,116、5,767,285、5,770,701、5,770,710、5,773,001和5,877,296；Hinman等,CancerRes.53:3336-3342(1993)；和Lode等,CancerRes.58:2925-2928(1998))；蒽环类例如柔红霉素或多柔比星(参见Kratz等,CurrentMed.Chem.13:477-523(2006)；Jeffrey等,Bioorganic&Med.Chem.Letters16:358-362(2006)；Torgov等,Bioconj.Chem.16:717-721(2005)；Nagy等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA97:829-834(2000)；Dubowchik等,Bioorg.&Med.Chem.Letters12:1529-1532(2002)；King等,J.Med.Chem.45:4336-4343(2002)；和美国专利NO.6,630,579)；甲氨蝶呤；长春地辛；紫杉烷如多西他赛、紫杉醇、拉洛他赛、泰西他赛和奥他赛(ortataxel)；单端孢霉烯；和CC1065。
在另一个实施方案中，免疫缀合物包含与酶活性毒素或其片段缀合的如本文所描述的抗体，所述酶活性毒素或其片段包括但不限于白喉毒素A链、白喉毒素的非结合活性片段、外毒素A链(来自铜绿假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa))、蓖麻毒素A链、相思豆毒素A链、蒴莲根毒素A链、α-帚曲菌素、油桐蛋白、石竹素蛋白、美洲商陆(Phytolacaamericana)蛋白(PAPI、PAPII和PAP-S)、苦瓜抑制剂、麻疯树毒蛋白、巴豆毒素、肥阜草(sapaonariaofficinalis)抑制剂、白树毒素(gelonin)、丝林霉素(mitogellin)、局限曲菌素(restrictocin)、酚霉素(phenomycin)、伊诺霉素(enomycin)和单端孢菌素(tricothecene)。
在另一个实施方案中，免疫缀合物包含与放射性原子缀合以形成放射缀合物的如本文所描述的抗体。多种放射性同位素可用于生成放射缀合物。实例包括At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和Lu的放射性同位素。当使用放射缀合物进行检测时，其可以包含供闪烁法研究用的放射性原子例如Tc99m或I123，或供核磁共振(NMR)成像(又称为磁共振成像，mri)用的自旋标记物诸如碘-123、碘-131、铟-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、钆、锰或铁。
可以使用多种双功能蛋白偶联剂诸如N-琥珀酰亚胺基-3-(2-吡啶基二硫)丙酸酯(SPDP)、琥珀酰亚胺基-4-(N-马来酰亚胺甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC)、亚氨基硫杂环戊烷(IT)、亚氨酸酯的双官能衍生物(诸如己二亚氨酸二甲酯HCl)、活性酯(诸如二琥珀酰亚胺基辛二酸酯)、醛类(诸如戊二醛)、双叠氮化合物(例如双(对-叠氮苯甲酰基)己二胺)、双-重氮衍生物(诸如双(对-重氮苯甲酰基)-乙二胺)、二异氰酸酯(诸如甲苯2,6-二异氰酸酯)和双活性氟化合物(诸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)来生成抗体和细胞毒性剂的缀合物。例如，可以如Vitetta等,Science238:1098(1987)中所描述来制备蓖麻毒素免疫毒素。碳-14标记的1-异硫氰酰苄基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于使放射性核苷酸与抗体缀合的示例性螯合剂。参见W094/11026。连接子可以是有利于细胞毒性药物在细胞内释放的“可裂解连接子”。例如，可以使用酸不稳定性连接子、肽酶敏感性连接子、光不稳定性连接子、二甲基连接子或含有二硫醚的连接子(Chari等,CancerRes.52:127-131(1992)；美国专利No.5,208,020)。
本文的免疫缀合物或ADC明确预期但不限于此类缀合物，其利用包括但不限于以下的交联剂药剂而制备：BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、磺基-EMCS、磺基-GMBS、磺基-KMUS、磺基-MBS、磺基-SIAB、磺基-SMCC和磺基-SMPB以及SVSB(琥珀酰亚胺基-(4-乙烯砜)苯甲酸酯)，这些可以从市场上购得(例如，来自PierceBiotechnology,Inc.,Rockford,IL.,U.S.A)。
C.结合多肽
本文还提供了用于本文所描述的方法的结合多肽，它是结合受关注多肽包括KDM5和/或EGFR的多肽。在一些实施方案中，结合多肽是KDM5拮抗剂和/或EGFR拮抗剂。结合多肽可以使用已知的多肽合成方法化学合成或可以使用重组技术来制备和纯化。结合多肽的长度通常为至少约5个氨基酸，或者长度为至少约6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100个氨基酸或更多，其中此类结合多肽能够优选特异性结合至目标例如本文所描述的KDM5或EGFR。在一些实施方案中，结合多肽抑制KDM5脱甲基酶活性。在一些实施方案中，KDM5是KDM5A、KDM5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种。在一些实施方案中，KDM5是KDM5A和/或KDM5B。
结合多肽可以使用熟知技术无需过度实验来鉴别。就这点而言，应该注意，用于筛选多肽文库中能够特异性结合多肽目标的结合多肽的技术是本领域中所熟知的(参见例如美国专利No.5,556,762、5,750,373、4,708,871、4,833,092、5,223,409、5,403,484、5,571,689、5,663,143；PCT公开No.WO84/03506和WO84/03564；Geysen等,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,81:3998-4002(1984)；Geysen等,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,82:178-182(1985)；Geysen等,inSyntheticPeptidesasAntigens,130-149(1986)；Geysen等,J.Immunol.Meth.,102:259-274(1987)；Schoofs等,J.Immunol.,140:611-616(1988)，Cwirla,S.E.等(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA,87:6378；Lowman,H.B.等(1991)Biochemistry,30:10832；Clackson,T.等(1991)Nature,352:624；Marks,J.D.等(1991),J.Mol.Biol.,222:581；Kang,A.S.等(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA,88:8363和Smith,G.P.(1991)CurrentOpin.Biotechnol.,2:668)。
美国专利No.5,723,286、5,432,018、5,580,717、5,427,908、5,498,530、5,770,434、5,734,018、5,698,426、5,763,192和5,723,323中也公开了生成肽文库和筛选这些文库的方法。
D.结合小分子
本文提供了用于上述方法中的结合小分子，其用作受关注多肽诸如KDM5和/或EGFR的结合小分子拮抗剂。在一些实施方案中，结合小分子拮抗剂抑制KDM5脱甲基酶活性。在一些实施方案中，KDM5是KDM5A、KDM5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种。在一些实施方案中，KDM5是KDM5A和/或KDM5B。
结合小分子优选是除本文所定义的结合多肽或抗体之外的有机分子，其优选特异性结合至本文所描述的KDM5和/或EGFR。
可以使用已知方法来确定和化学合成结合小分子(参见例如PCT公开No.WO00/00823和WO00/39585)。结合小分子还可以被鉴别为那些结合至KDM5的JmjC域和/或JmjN域的小分子。结合小分子的大小通常小于约2000道尔顿，或者大小小于约1500、750、500、250或200道尔顿，其中能够优选特异性结合至本文所描述的多肽的此类小分子可以使用熟知技术无需过度实验而确定。就这点而言，应该注意，用于筛选有机小分子文库中能够结合受关注多肽的分子的技术是本领域中所熟知的(参见例如PCT公开No.WO00/00823和WO00/39585)。结合有机小分子可以是例如醛、酮、肟、腙、缩氨基脲、卡巴肼、伯胺、仲胺、叔胺、N-取代肼、酰肼、醇、醚、硫醇、硫醚、二硫化物、羧酸、酯、酰胺、脲、氨基甲酸酯、碳酸酯、缩酮、硫缩酮、缩醛、硫缩醛、芳基卤、芳基磺酸酯、烷基卤、烷基磺酸酯、芳族化合物、杂环化合物、苯胺、烯烃、炔烃、二醇、氨基醇、恶唑烷、恶唑啉、噻唑烷、噻唑啉、烯胺、磺酰胺、环氧化物、氮丙啶、异氰酸酯、磺酰氯、重氮化合物、酰基氯等。
E.拮抗剂多核苷酸
本文还提供了用于本文所描述的方法的多核苷酸拮抗剂。该多核苷酸可以是反义核酸和/或核酶。反义核酸包括与受关注基因(诸如本文所描述的KDM5基因和/或EGFR基因)的RNA转录物的至少一部分互补的序列。在一些实施方案中，KDM5是KDM5A、KDM5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种。在一些实施方案中，KDM5是KDM5A和/或KDM5B。然而，绝对互补虽然是优选的，但不是必需的。
本文中提到的“与RNA的至少一部分互补”序列意指具有足够的互补性从而能够与RNA杂交形成稳定双螺旋的序列；在双链反义核酸的情况下，可以由此测试双螺旋DNA的单链，或者可以分析三螺旋形成。杂交能力将取决于互补程度和反义核酸的长度。通常，杂交核酸越大，其可以包含的与RNA的碱基失配越多且仍可以形成稳定双螺旋(或视情况而定，三螺旋)。本领域技术人员可以通过使用标准程序测定杂交复合物的熔点来确定可容忍的失配度。
与信使的5′末端例如至且包括AUG起始密码子的5′未转译序列互补的多核苷酸应该最有效地抑制转译。然而，已经证明与mRNA的3′未转译序列互补的序列也能有效抑制mRNA的转译。一般参见Wagner,R.,1994,Nature372:333-335。因此，可以在反义方法中使用与基因的5′-或3′-非转译非编码区互补的寡核苷酸来抑制内源性mRNA的转译。与mRNA的5′未转译区互补的多核苷酸应该包括AUG起始密码子的补体。与mRNA编码区互补的反义多核苷酸是不太有效的转译抑制剂，但是可以根据本发明来使用。无论被设计成与mRNA的5′-、3′-还是编码区域杂交，反义核酸的长度都应该为至少六个核苷酸，且优选是长度在6至约50核苷酸的范围内的寡核苷酸。在具体方面，寡核苷酸为至少10个核苷酸、至少17个核苷酸、至少25个核苷酸或至少50个核苷酸。
可以有效的短发夹RNA(shRNA)的实例包括针对KDM5A(成熟反义)基于TGCCGTTTCCATTATTCAA(SEQIDNO:5)、TCAGTCATGAGAGTCAATT(SEQIDNO:6)和TACTAGAGGACTTCACACT(SEQIDNO:7)以及针对KDM5B(成熟反义)基于TCGAAGCTTCAATGCATTC(SEQIDNO:8)、TATCGAAGTGCATCTCCCT(SEQIDNO:9)和TTCGGAATAGGATGTGTCT(SEQIDNO:10)的shRNA。
F.抗体和结合多肽变体
在某些实施方案中，预期本文所提供的抗体和/或结合多肽的氨基酸序列变体。例如，可以期望改善抗体和/或结合多肽的结合亲和力和/或其它生物特性。可以通过将合适的修饰引入编码抗体和/或结合多肽的核苷酸序列中或者通过肽合成，制备抗体和/或结合多肽的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如对抗体和/或结合多肽的氨基酸序列内的残基进行删除和/或***和/或替代。可以进行删除、***和替代的任何组合以得到最终的构建体，只要最终的构建体拥有所需的特征例如抗原结合。
在某些实施方案中，提供了具有一处或多处氨基酸替代的抗体变体和/或结合多肽变体。替代诱变的受关注位点包括HVR和FR。保守替代在表1中的“优选替代”标题下示出。更实质的变化在表1中的“示例性替代”标题下提供，并且如下文参照氨基酸侧链类别所进一步描述。可以将氨基酸替代引入感兴趣的抗体和/或结合多肽中，并且对产物筛选所需的活性，例如保留/改善的抗原结合、降低的免疫原性或改善的ADCC或CDC。
表1
根据共同的侧链特性，氨基酸可以分组如下：
(1)疏水性：正亮氨酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile；
(2)中性亲水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gin；
(3)酸性：Asp、Glu；
(4)碱性：His、Lys、Arg；
(5)影响链取向的残基：Gly、Pro；
(6)芳香族：Trp、Tyr、Phe。
非保守替代将需要用这些类别之一的成员替换另一个类别。
G.抗体和结合多肽衍生物
在某些实施方案中，可以进一步修饰本文中提供的抗体和/或结合多肽以含有本领域已知的且易于获得的额外非蛋白质部分。适于抗体和/或结合多肽的衍生化的部分包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性实例包括但不限于聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇共聚物、羧甲基纤维素、葡聚糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧戊环、聚-1,3,6-三恶烷、乙烯/马来酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或随机共聚物)、和葡聚糖或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇、丙二醇均聚物、环氧丙烷/环氧乙烷共聚物、聚氧乙烯化多元醇(例如甘油)、聚乙烯醇和其混合物。聚乙二醇丙醛由于其在水中的稳定性而可以在生产中具有优势。聚合物可以具有任何分子量，且可以是支链或无支链型。附接至抗体和/或结合多肽上的聚合物数量可以变化，而且如果附接了超过一个聚合物，那么它们可以是相同或不同的分子。一般而言，可以基于多种考虑来确定用于衍生化的聚合物的数量和/或类型，这些考虑包括但不限于抗体和/或结合多肽要改进的具体特性或功能、抗体衍生物和/或结合多肽衍生物是否将用于限定条件下的治疗等。
在另一个实施方案中，提供了抗体和/或结合多肽与可以通过暴露于辐射而选择性加热的非蛋白质部分的缀合物。在一个实施方案中，非蛋白质部分是碳纳米管(Kam等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA102:11600-11605(2005))。辐射可以具有任何波长，且包括但不限于这样的波长，其对普通细胞没有损害，但是将非蛋白质部分加热至抗体和/或结合多肽-非蛋白质部分附近的细胞被杀死的温度。
IV.筛选和/或鉴别具有所需功能的KDM5拮抗剂的方法
已经在上文描述了用于本文所描述的方法的受关注多肽KDM5和/或EGFR的额外拮抗剂，包括抗体、结合多肽和/或小分子。本文中提供的额外拮抗剂诸如抗KDM5抗体、结合多肽和/或结合小分子可以通过本领域中已知的各种分析针对其物理/化学特性和/或生物活性来鉴别、筛选或表征。
在某些实施方案中，包括含有KDM5多肽的原子坐标的存储器的计算机***可用作用于合理鉴别具有KDM5的配体结合位点的化合物的模型。可以例如重新或通过修饰已知化合物来设计此类化合物。在其它情况下，可以通过测试已知化合物以确定是否与KDM5的分子模型“对接”来鉴别结合化合物。此类对接方法一般在本领域中是熟知的。
KDM5晶体结构数据可以与计算机建模技术结合使用，以通过分析晶体结构数据来开发多种KDM5结合化合物的结合模型。位点模型描绘了位点表面的三维形貌以及包括范德华接触(vanderWaalscontact)、静电相互作用和氢键机会的因素。然后使用计算机模拟技术来映射被设计成与模型位点相互作用的官能团的相互作用位置，所述官能团包括但不限于质子、羟基、胺基、二价阳离子、芳香族和脂肪族官能团、酰胺基、醇基等。可以将这些基团设计进药效团或候选化合物中，期望该候选化合物将特异性结合至位点。药效团设计因此涉及考虑候选化合物落在药效团内以通过任何或所有可用类型的化学相互作用包括氢键结合、范德华力(vanderWaals)、静电和共价相互作用与位点相互作用的能力，然而一般而言，药效团通过非共价机制与位点相互作用。
除了实际合成以外，可以使用计算机建模技术来分析药效团或候选化合物结合KDM5多肽的能力。只有通过计算机建模被指出以足够的结合能(在一个实例中，结合能对应于与标靶的解离常数，约为10-2M或更紧)结合标靶(例如，KDM5多肽结合位点)的那些候选物才可能被合成，并使用本领域技术人员已知的和/或本文所描述的酶分析测试其结合KDM5多肽和抑制KDM5(如果适用的话，酶功能)的能力。因此，计算评价步骤避免了不太可能以适当亲和力结合KDM5多肽的化合物的不必要合成。
可以通过其中筛选化学实体或片段并选择它们与KDM5多肽上的个别结合靶位点相结合的能力的一系列步骤来计算地评估和设计KDM5药效团或候选化合物。本领域技术人员可以使用若干方法之一针对化学实体或片段与KDM5多肽且更具体与KDM5多肽上的靶位点结合的能力对它们进行筛选。该过程可以首先是基于KDM5多肽坐标或本领域中已知的那些坐标的子集肉眼检查例如计算机屏幕上的靶位点。
为了选择诱导癌细胞死亡的拮抗剂，可以相对于参照物评估由例如碘化丙啶(PI)、台盼蓝或7AAD摄入所指示的膜完整性的丧失。可以在缺乏补体和免疫效应细胞下进行PI摄入分析。仅用培养基或用包含适当联合治疗的培养基孵育肿瘤细胞。将细胞孵育3天的时间。在每个处理后，洗涤细胞并等分至35mm滤网覆盖的12×75试管(每个试管1ml，每个处理组3个试管)中用于去除细胞团块。试管然后接收PI(10μg/ml)。可以使用流式细胞仪和CellQuest软件(BectonDickinson)分析样品。如通过PI摄入所测定的相比于仅含培养基和/或单一疗法诱导统计显著水平的细胞死亡的那些拮抗剂可以被选为诱导细胞死亡的抗体、结合多肽或结合小分子。
在任何筛选和/或鉴别方法的一些实施方案中，KDM5的候选拮抗剂是抗体、结合多肽、结合小分子或多核苷酸。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是抗体。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂是结合小分子。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂抑制KDM5脱甲基酶活性。在一些实施方案中，KDM5是KDM5A、KDM5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种。在一些实施方案中，KDM5是KDM5A和/或KDM5B。
V.药物制剂
本文所描述的KDM5拮抗剂和/或癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的药物制剂是通过将具有所需纯度的此类抗体与一种或多种可选的药学上可接受的载体(Remington′sPharmaceuticalSciences第16版，Osol,A.编辑(1980))混合成冻干制剂或水溶液形式而制备。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂和/或靶向治疗是结合小分子、抗体、结合多肽和/或多核苷酸。在一些实施方案中，癌症治疗剂是EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，癌症治疗剂为紫杉烷。在一些实施方案中，紫杉烷为紫杉醇。在一些实施方案中，紫杉烷为多西他赛。
药学上可接受的载体通常在所用的剂量和浓度下对接受者无毒，且包括但不限于：缓冲液，诸如磷酸盐、柠檬酸盐和其它有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和蛋氨酸；防腐剂(诸如十八烷基二甲基苄基氯化铵、氯化六烃季铵、苯扎氯铵、苄索氯铵、苯酚、丁醇或苄醇；对羟基苯甲酸烷基酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或丙酯；邻苯二酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其它碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂诸如EDTA；糖类诸如蔗糖、甘露糖、海藻糖或山梨醇；成盐抗衡离子诸如钠；金属复合物(例如Zn-蛋白质复合物)和/或非离子表面活性剂诸如聚乙二醇(PEG)。本文中的示例性药学上可接受的载体进一步包括间质性药物分散剂诸如可溶性中性-活性透明质酸酶糖蛋白(sHASEGP)，例如人可溶性PH-20透明质酸酶糖蛋白，诸如rHuPH20(BaxterInternational,Inc.)。某些示例性sHASEGP和包括rHuPH20的使用方法在美国专利公开No.2005/0260186和2006/0104968中描述。在一个方面，将sHASEGP与一种或多种额外的糖胺聚糖诸如软骨素酶组合。
示例性冻干制剂在美国专利No.6,267,958中描述。水性抗体制剂包括在美国专利No.6,171,586和WO2006/044908中描述的那些，后者的制剂包括组氨酸-乙酸盐缓冲液。
本文中的制剂还可以包含多于一种治疗特定适应症所需要的活性成分，优选那些具有不互相产生不利影响的互补活性的活性成分。此类活性成分适合以对于预期目的有效的量组合存在。
可以将活性成分包埋在制备的微胶囊中，例如通过凝聚技术或通过界面聚合，例如分别在胶体药物递送***(例如，脂质体、白蛋白微球、微乳液、纳米颗粒和纳米胶囊)或在粗乳液中的羟甲基纤维素或明胶-微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊。此类技术在Remington′sPharmaceuticalSciences第16版,Osol,A.编(1980)中公开。
可以制备持续释放制剂。持续释放制剂的合适实例包括包含KDM5拮抗剂和/或癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)的固体疏水聚合物的半渗透基质，所述基质呈成形物品形式，例如薄膜或微胶囊。
用于体内施用的制剂一般是无菌的。可以例如通过经无菌滤膜过滤容易地实现无菌性。
VI.制品
在本发明的另一个方面，提供了包含可用于治疗、预防和/或诊断上述病症的材料的制品。所述制品包括容器和位于容器上或与容器相连的标签或包装说明书。合适的容器包括例如瓶子、小瓶、注射器、静脉输液袋等。容器可以由多种材料诸如玻璃或塑料形成。容器内含有单独的组合物或与另一种有效治疗、预防和/或诊断病状的组合物组合的组合物，并且可以具有无菌进入口(例如容器可以为具有塞子的静脉输液袋或小瓶，塞子可被皮下注射针刺穿)。组合物中的至少一种活性剂为本文所描述的KDM5拮抗剂。标签或包装说明书指示组合物用于治疗特别的病状。另外，所述制品可以包含(a)其中含有组合物的第一容器，其中所述组合物包含KDM5拮抗剂；和(b)其中含有组合物的第二容器，其中所述组合物包含癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)。
在一些实施方案中，所述制品包括容器、所述容器上的标签和所述容器内含有的组合物，其中所述组合物包含一种或多种药剂(例如，与一种或多种生物标记物结合的一级抗体或本文所描述的一种或多种生物标记物的探针和/或引物)，容器上的标签指示该组合物可以用于评估样品中一种或多种生物标记物的存在，以及使用药剂来评估样品中一种或多种生物标记物的存在的说明书。所述制品可以进一步包括用于制备样品和使用药剂的一套说明书和材料。在一些实施方案中，所述制品可以包含药剂诸如初级和二级抗体，其中二级抗体与标记物例如酶标记物缀合。在一些实施方案中，所述制品包含本文所描述的一种或多种生物标记物的一种或多种探针和/或引物。
在任何制品的一些实施方案中，KDM5拮抗剂和/或癌症治疗剂是抗体、结合多肽、结合小分子或多核苷酸。在一些实施方案中，癌症治疗剂为紫杉烷。在一些实施方案中，紫杉烷为紫杉醇。在一些实施方案中，癌症治疗剂是EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂和/或EGFR拮抗剂是结合小分子。在一些实施方案中，EGFR结合小分子拮抗剂是埃罗替尼。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂和/或EGFR拮抗剂是抗体。在一些实施方案中，抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中，抗体是人、人源化或嵌合抗体。在一些实施方案中，抗体是抗体片段且该抗体片段结合KDM5和/或抑制剂。在一些实施方案中，KDM5拮抗剂抑制KDM5脱甲基酶活性。在一些实施方案中，KDM5是KDM5A、KDM5B、KDM5C和/或KDM5D中的一种或多种。在一些实施方案中，KDM5是KDM5A和/或KDM5B。
在本发明的这个实施方案中的制品可以进一步包括指示组合物可以用于治疗特定病状的包装说明书。在一些实施方案中，包装说明书包含用于在癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)之前和/或与癌症治疗剂同时施用KDM5拮抗剂的说明。或者或另外，所述制品可以进一步包含第二(或第三)容器，其包含药学上可接受的缓冲液，诸如注射用抑菌水(BWFI)、磷酸缓冲盐水、林格氏溶液(Ringer′ssolution)和葡萄糖溶液。其可以进一步包括就商业和用户立场而言可期望的其它材料，包括其它缓冲液、稀释剂、过滤器、针和注射器。
制品中的其它任选组分包括一种或多种缓冲液(例如封闭缓冲液、清洗缓冲液、底物缓冲液等)、其它药剂诸如被酶标记物化学改变的底物(例如色原)、表位修复液、对照样品(阳性和/或阴性对照物)、对照载玻片等。
应该理解，任何上述制品可以包括本文所描述的免疫缀合物来代替或补充KDM5拮抗剂和癌症治疗剂(例如，靶向治疗、化疗和/或放疗)。
实施例
以下是本发明的方法和组合物的实施例。应该理解，考虑到以上提供的一般描述，可以实践多个其它实施方案。结果也呈现和描述在图和图例中。
实施例1
材料和方法
细胞培养
在5％CO2在37℃下，将所有细胞维持在补充有5％胎牛血清(FBS)和L-谷氨酰胺的RPMI培养基(高葡萄糖)中。
细胞存活分析
将3xl04个细胞涂铺在12孔cluster培养皿的每个孔中。在涂铺后24小时，移除培养基并替换成含有药物的培养基。每2天替换新鲜培养基一次，直到未处理的细胞达到汇合。然后移除培养基，用磷酸盐缓冲盐水(PBS)洗涤细胞，接着用在PBS中的4％甲醛固定15分钟。然后用PBS洗涤细胞并用荧光核酸染色试剂Syto60(1nM于PBS；MolecularProbe)染色15分钟。移除染料，用PBS洗涤细胞单层，并使用Odyssey红外成像仪(Li-CorBiosciences)在700nm下进行荧光定量。
耐药性持留细胞(DTP)的产生
用如本文所描述的相关药物在超过100倍确定IC50值的浓度下处理药敏性细胞三回，每次处理持续72小时。在第三回相关药物处理结束时仍贴附在培养皿上的活细胞被视为DTP，并将其收集供分析使用。
特别对卡铂和紫杉醇DTP来说，将细胞涂铺并生长至60-70％汇合，然后用卡铂(5.38uM)和紫杉醇(1.25uM)处理5个周期，每个周期用药24小时，停药48小时。在最终剂量的化疗后1周收集并进行分析DTP。
γ辐射
对于γ辐射，用抑制剂处理细胞5天，重新涂铺500,000个含抑制剂的细胞。在细胞附着(约8小时)后，辐射细胞，并在辐射后5天对细胞计数。
siRNA和shRNA敲低
对于siRNA敲低，在黑色96孔透明底平板(Corning,目录号3603)中以1000个细胞/孔使用0.0625ulDharmaFECT1转染脂质(Dharmacon，目录号T-2001)和12.5nM最终浓度的单链siRNA(DharmaconsiGENOME)将细胞反向转染。随后转染细胞48-72小时，然后用含在培养基中的1uM相关药物处理或仅用培养基替换转染培养基。孵育72小时后，然后用新鲜培养基替换培养基+/-药物，以允许在相关药物处理后存活的耐药性持留细胞(DTP)恢复(恢复期)。在3天恢复期后，根据制造商方案使用CyQUANT直接细胞增殖测定(MolecularProbe)测量最终的细胞活力。使用GEIN细胞分析仪2000(4X物镜)检测CyQUANT荧光信号，并使用利用GEDeveloperTollbox1.9.1开发的图像分析算法量化为每孔的细胞数量。随后在MicrosoftExcel中处理数据，且每个细胞系在完全独立的条件下操作两次。
对于KDM5短发夹RNA(shRNA)实验，从Dharmacon(ThermoScientific)获得具有以下序列的KDM5shRNA：KDM5AshRNAl-TGCCGTTTCCATTATTCAA(SEQIDNO:5)(成熟反义)、KDM5AshRNA2-TCAGTCATGAGAGTCAATT(SEQIDNO:6)(成熟反义)、KDM5AshRNA3-TACTAGAGGACTTCACACT(SEQIDNO:7)(成熟反义)、KDM5BshRNAl-TCGAAGCTTCAATGCATTC(SEQIDNO:8)(成熟反义)、KDM5BshRNA2-TATCGAAGTGCATCTCCCT(SEQIDNO:9)(成熟反义)和KDM5BshRNA3-TTCGGAATAGGATGTGTCT(SEQIDNO:10)(成熟反义)。对于KDM5AsiRNA实验，从Dharmacon(ThermoScientific)获得具有以下序列的KDM5AsiRNA：KDM5AsiRNA1-GCAAAUGAGACAACGGAAA(SEQIDNO:11)、KDM5AsiRNA2-UGACAAUGGUGGACCGCAU(SEQIDNO:12)、KDM5AsiRNA3-CAACACAUAUGGCGGAUUU(SEQIDNO:13)和KDM5AsiRNA4-GGAUGAACAUUCUGCCGAA(SEQIDNO:14)。
结合小分子抑制剂实验
通常，对于KDM5抑制剂实验，在化疗治疗前用活性或无活性化合物处理细胞3-5天，并且在研究期间维持用药。CPI-382和CPI-383的结构提供如下。
细胞收集和蛋白质分析
在Laemmli样品缓冲液中制备细胞裂解物并通过如前所述的免疫印迹法进行分析。使用抗H3上的修饰的商业抗体(Abcam、ActiveMotif和CellSignalingTechnologies)分析细胞裂解物。
质谱法样品制备
使具有1千万个细胞的样品裂解并使用ActiveMotif组蛋白纯化试剂盒(worldwidewebactivemotif.com/catalog/171.html)从细胞裂解物分离出组蛋白。使用Qubit荧光平台(Invitrogen)进行分离后的蛋白定量。目标产量是至少20μg或更多的纯化组蛋白/5百万个细胞。然后使样品衍生化并使用d0/d10丙酸酐和胰蛋白酶消化进行双重比较。具体来说，使用d0丙酸酐使每种样品的5μg等分试样衍生化，以阻断赖氨酸和单甲基化赖氨酸残基。对照样品使用15μg。使用胰蛋白酶消化样品。使用d0丙酸酐使对照样品再衍生化(在暴露的肽N末端上)。使用d10丙酸酐使测试样品再衍生化(在暴露的N末端上)。每个测试样品独立地与对照样品以1:1汇集。然后，对样品进行多酶消化。每种样品使用一组三种酶以在待表征的PTM位点周围生成大肽，并在所有位点周围产生相伴的重叠序列覆盖。
质谱法
在LTQOrbitrapVelos串联质谱仪上，通过纳米LC/MS/MS以数据依赖模式分析肽消化物。使用CID、HCD和ETD碎裂方案采集数据。在数据采集后，使用Mascot(MatrixScience)进行数据库搜索，以用于测定乙酰化、甲基化、二甲基化、三甲基化、磷酸化和泛素化。包括从头测序的手工数据分析用于确定推定性计算机模拟分配并询问原始数据在Mascot中不匹配的修饰肽。对精确治疗全扫描LC/MS数据进行积分以测定样品之间的修饰肽的相对丰度。在每次LC/MS运行内通过比较d0/d5对来定量被胰蛋白酶消化的丙酰化样品(根据Garcia等,JPR,8,5367-5374(2009)的操作)。在LC/MS运行之间对备选酶样品进行无标记定量。
KDM2B脱甲基酶测定(质谱测定)
从Sf9昆虫细胞纯化全长重组KDM2B蛋白至接近同源性。脱甲基化反应缓冲液含有50mMTrisClpH7.5、0.02％TritonX-100、0.001％BSA、1mM抗坏血酸盐(目录号A4034,SigmaAldrich)、1mMTCEP和50μMFe2(NH4)2(SO4)2(目录号F1543,SigmaAldrich)。在25μL脱甲基反应***中，将100nM重组KDM2B和2μM生物素化H3K36me2肽(26-46aa)与化合物一起孵育10分钟，然后加入2.0μMα-酮戊二酸盐(#K2010,SigmaAldrich)以引发反应。(所有试剂浓度均为最终试剂浓度)。在室温下孵育反应物40分钟，然后加入25μL的1％甲酸以淬灭反应物。终止后，密封板并冷冻在-80℃下供分析使用。
KDM3B脱甲基酶测定(质谱测定)
从Sf9昆虫细胞纯化全长重组Flag标记KDM3B蛋白。脱甲基反应缓冲液含有50mMTrisClpH7.4、0.01％TritonX-100、0.05mg/mLBSA、0.4mM抗坏血酸盐(目录号A4034,SigmaAldrich)、1mMTCEP(目录号D9779,SigmaAldrich)、1.4μMα-酮戊二酸盐(#K2010,SigmaAldrich)和40μMFe2(NH4)2(SO4)2(目录号F1543,SigmaAldrich)。在25μL脱甲基反应***中，将15nM重组KDM3B与化合物在上述缓冲液中孵育10分钟，然后加入1.4μMα-酮戊二酸盐(#K2010,SigmaAldrich)和2.5μM生物素化H3K9mel肽(1-21aa)以引发反应。(所有试剂浓度均为最终试剂浓度)。在室温下孵育反应物15分钟，然后通过添加等体积的1％甲酸来淬灭。终止后，密封板并冷冻在-80℃下供分析使用。
KDM3B脱甲基酶测定(TR-FRET测定)
从Sf9昆虫细胞纯化全长重组Flag标记KDM3B蛋白。脱甲基反应缓冲液含有50mMTrisClpH7.3、0.02％TritonX-100、0.05mg/mLBSA、0.4mM抗坏血酸盐(目录号A4034,SigmaAldrich)、1mMTCEP(目录号D9779,SigmaAldrich)和40μMFe2(NH4)2(SO4)2(目录号F1543,SigmaAldrich)。在10μL脱甲基反应***中，将0.5nM重组KDM3B和0.1μM生物素化H3K9me1肽(1-21aa)与化合物在上述缓冲液中一起孵育10分钟，然后加入1.4μMα-酮戊二酸盐(#K2010,SigmaAldrich)以引发反应。(所有试剂浓度均为最终试剂浓度)。在室温下孵育反应物15分钟，然后通过添加等体积的检测溶液(50mMTrisClpH7.3、0.02％TritonX-100、0.05mg/mLBSA、0.05mMEDTA、0.2mMNOG、0.05uMUlight-SA(Perkin-ElmerCorp.)和0.2nMPEEu-抗H3K9me0抗体(Perkin-ElmerCorp.))来淬灭。将板孵育30分钟并在Perkin-ElmerEnvision仪器上读数。
KDM5A脱甲基酶测定(质谱测定)
从Sf9昆虫细胞纯化全长重组Flag标记KDM5A蛋白。脱甲基反应缓冲液含有50mMTrisClpH7.4、0.01％TritonX-100、0.025mg/mLBSA、1mM抗坏血酸盐(目录号A4034,SigmaAldrich)、2mMTCEP(目录号D9779,SigmaAldrich)、2.0μMα-酮戊二酸盐(号K2010,SigmaAldrich)和50μMFe2(NH4)2(SO4)2(目录号F1543,SigmaAldrich)。在25μL脱甲基反应***中，将20nM重组KDM5A与化合物在上述缓冲液中孵育10分钟，然后加入2.0α-酮戊二酸盐(#K2010,SigmaAldrich)、4.0μM生物素化H3K9mel肽(1-21aa)和Fe2(NH4)2(SO4)2以引发反应。(所有试剂浓度均为最终试剂浓度)。在室温下孵育反应物30分钟，然后通过添加等体积的1％甲酸来淬灭。终止后，密封板并冷冻在-80℃下供分析使用。
用于脱甲基酶测定的高通量质谱(HT-MS)分析
通过在Agilent(之前的BioCiusInc)上开发并详细描述的RapidFireTMHT-MS平台(AssayandDrugDevelopmentTechnologies,2004；2(4):373-381)读取所有反应。简言之，使板解冻并立即使用耦合至SciexAPI4000三重四极质谱仪的RapidFireTM***进行分析。将样品从该板直接递送至清除筒(Agilent柱A)，使用0.1％甲酸以3秒的洗涤周期去除非挥发性测定组分。使用80％乙腈、0.1％甲酸将肽底物和脱甲基化产物共洗脱至质谱仪中。底物和产物信号均在其+5电荷种类下读取，并评估从底物到产物的转化。
JARID细胞测定(测量总体H3K4me3变化)
将细胞涂铺在96孔成像板(BDFalcon#353219)中的10％DMEM中。约24小时后，将培养基改变为0％DMEM并将化合物视情况加入0％DMEM中。在添加化合物后二十四小时，于RT下将细胞固定在4％PFA中10分钟，用PBS洗涤一次，并添加-20℃下的冰冷甲醇10分钟。然后洗涤细胞并添加PBS。将板储存在4℃下，直到被染色。
通过在RT下用封闭溶液(于PBS中的1％BSA、5％正常山羊血清、0.3％TritonX-100，过滤消毒)封闭30分钟使细胞染色以用于H3K4me3染色，然后在RT下添加一级抗体混合物(封闭溶液与兔抗H3K4me3(CellSignaling#9751)1:200和/或小鼠抗总组蛋白(Millipore#MAB3422)1:300)45分钟。在PBS中洗涤细胞，然后在RT下于黑暗中添加二级抗体混合物(具有山羊抗兔IgGAlexaFluor488(Invitrogen#A11034)1:500、山羊抗小鼠IgGAlexaFluor594(Invitrogen#A11032)1:500和/或Hoechst33342(Invitrogen#H3570)1:4000的封闭溶液)持续45分钟。随后用PBS洗涤细胞并在4℃下储存于PBS(D100)中，直到成像。在ImageXpress上采集细胞图像。
H3K4me3MSD
用PBS冲洗细胞并添加MSD缓冲液AT(10mMHEPES(pH7.9)、5mMMgC12、0.25M蔗糖、Benzonase(1:10000)、补充有新鲜lx蛋白酶抑制剂混合物的1％TritonX-100以及1mMPMSF/AEBSF)。裂解细胞30分钟，然后添加10uL5MNaCl，并允许在冰上再裂解15分钟。用150uL冰冷无盐无去污剂缓冲液(20mMTrispH7.5、1mMEDTA、1mMEGTA，补充有新制lx蛋白酶抑制剂混合物和1mMPMSF)冲洗裂解物。
然后用捕获抗体抗组蛋白(Millipore目录号MAB3422)涂覆MSD板(目录号L15XA-3)，针对H3K4me3：2ug/mL最终浓度和/或针对H3的平板测试：1ug/mL最终浓度。然后用5％封闭剂A(MSD目录号R93AA-2)封闭MSD板。随后将裂解物转移至MSD板，密封并在RT下振荡孵育2:30小时，且然后用在TBST中的1％封闭剂A中的检测抗体孵育30分钟(0.125ug/mL的抗组蛋白H3(来自CellSignaling的#4499)和/或1ug/mL的抗K4Me3(来自CellSignaling#9751))。添加在TBST中的1％封闭剂A中的磺基-标签兔抗体(MSD目录号R32AB-1)并在RT下孵育lh。使用1ug/mL的抗K4Me3(#9751)和0.5ug/mL的抗组蛋白H3(#4499)。添加lxRead缓冲液(MSD目录号R92TD-3)并在MSD成像仪2400上读数。使用MACRO模板分析数据，MACRO模板是使用经DMSO处理的样品作为0％或Min而提供。还通过计算各孔中的甲基标记水平与相应组蛋白H3水平的比率并对其进行归一化和取平均值，将数据归一化至总组蛋白H3。
结果
KDM5是能够从H3的赖氨酸4去除三甲基和二甲基标记的脱甲基酶。KDM5又称作JARID1，且人类中脱甲基酶的KDM5/JARID1家族含有四个成员：KDM5A、KDM5B、KDM5C和KDM5D。如图1中所示，KDM5家族成员含有五个保守域：JmjN、ARID、JmjC、PHD和C5HC2锌指。
如图2A中所示，与亲本PC9细胞相比，KDM5A和KDM5B在人非小细胞肺癌细胞系PC9耐药性持留细胞(DTP)中均上调。另外，如图2B中所示，相比于初次肺腺癌患者，KDM5AmRNA的相对表达水平在新辅助疗法肺腺癌患者样品中富集。与KDM5A和KDM5B的表达水平的变化一致，通过蛋白质印迹和MSDELISA，如图2C-D中所示，PC9DTP中的H3K4me3和H3K4me2相比于PC9亲本细胞有所减少。
为了确认需要KDM5A脱甲基酶活性来建立耐药性，具有3’-UTR-GFP敲低的KDM5A短发夹的表达显示清除了PC9耐药性细胞。通过KDM5A野生型-FLAG标记型的共表达拯救了PC9耐药性细胞被具有3’-UTR-GFP敲低的KDM5A短发夹消除；然而，KDM5A脱甲基酶催化无活性突变体不能拯救PC9耐药性细胞被具有3’-UTR-GFP敲低的KDM5A短发夹清除。参见图3B-C。这些实验显示，除非存在野生型KDM5a，否则耐药性细胞会失去内源基因的敲低。
如图4中所示和上述的小分子KDM5拮抗剂能够抑制H3K4的脱甲基化，且通过蛋白质印迹、MSDELISA和质谱法观察到H3K4me3的累积。参见图4B-C、图5A-B、图10和未示出的数据。如图6A-D中所示，通过MSDELISA，这些小分子KDM5拮抗剂(包括CPI-455和PCI-766)在多个测试模型PC9(NSCLC)、SKBR3(乳腺癌)、H441(NSCLC)和H596(肺上皮腺鳞癌)中增加H3K4me3。
如图7A-B中所示，通过在PC9细胞中使用浓度低于50uM的药物和在SKBR3中使用浓度低于25uM的药物96小时后的测量，活性小分子KDM5拮抗剂CPI-455和CPI-766单独基本上不影响细胞数量。然而，这些浓度下的小分子KDM5拮抗剂当与癌症治疗剂联合时能够破坏耐药性。如图8和未示出的数据所示，活性小分子KDM5拮抗剂(包括CPI-455和CPI-766)与所列举的癌症治疗剂联合能够在PC9、SKBR3、HCC1954(乳腺癌)和H441细胞系中抑制耐药性持留细胞的发展。在所有情况下，KDM5抑制剂对亲本群体的增殖或存活没有影响。
类似地，使用活性小分子KDM5拮抗剂CPI-382与埃罗替尼的组合能够减少耐药性持留细胞在PC9细胞中的发展，而无活性对照分子CPI-383不具有显著影响。(参见图16)
另外，在放射疗法的情况下，如图11和未示出的数据所示，活性小分子KDM5拮抗剂(包括CPI-455和CPI-766)与放射疗法联合能够抑制耐药性持留细胞的发展。
这些实验显示：如通过蛋白质印迹、MSD测定以及质谱法所测量，活性KDM5抑制剂显示H3K4me3的剂量依赖性增加。
实施例2
siRNA筛选方法
在黑色96孔透明底平板(Corning，目录号3603)中以1000个细胞/孔使用0.0625ulDharmaFECT1转染脂质(Dharmacon，目录号T-2001)和12.5nM最终浓度的单链siRNA(DharmaconsiGENOME)将细胞反向转染。随后转染细胞48-72小时，然后用含在培养基中的1uM相关药物处理或仅用培养基替换转染培养基。孵育72小时后，然后用新鲜培养基替换培养基+/-药物，以允许在相关药物处理后存活的耐药性持留细胞(DTP)恢复(恢复期)。在3天恢复期后，根据制造商方案使用CyQUANT直接细胞增殖测定(MolecularProbe)测量最终的细胞活力。使用GEIN细胞分析仪2000(4X物镜)检测CyQUANT荧光信号，并使用利用GEDeveloperTollbox1.9.1开发的图像分析算法量化为每孔的细胞数量。随后在MicrosoftExcel中处理筛选数据。对每个细胞系在完全独立的条件下进行整个Epi300siRNA筛选两次。
使用以下siRNA序列。
结果：
制备H1299DTP细胞并如上所述使用紫杉烷，紫杉醇，作为药物进行筛选。如图6所示，KDM5AsiRNA在紫杉醇的存在下相比于仅有培养基基本上降低H1299DTP活力。
实施例3
使用黑素瘤DTP模型研究KDM5抑制剂在DTP形成中的作用
黑素瘤是较不常见但最危险的皮肤癌形式，其导致大多数与皮肤癌相关的死亡。在美国，每年诊断出约160,000例新增的黑素瘤，其中超过一半是侵袭性黑素瘤(AmericanCancerSociety.CancerFacts&Figures2014.Atlanta,Ga:AmericanCancerSociety；2014)。在治疗黑素瘤方面的最近开发之一来自使用靶向化疗维罗非尼(Chapman等NEnglJMed2011；364:2507-2516)。该药物仅在癌症具有V600EBRAF突变的黑素瘤患者中起作用。该突变发生在约半数的黑素瘤患者中且对药物的最初反应良好，但是与许多其它试剂一样，随着时间的推移，细胞发展出对这种疗法的耐受性且不再响应于治疗。
为了理解耐药性的机制，利用黑素瘤细胞系。筛选18个黑素瘤细胞系(野生型和V600E突变体)以鉴别维罗非尼敏感性细胞系。结果显示突变细胞系对维罗非尼敏感。选择3种不同的突变细胞系(A375、HT144和Colo-829)以建立耐药性持留细胞(DTP)。在三种测试细胞系中，Colo-829显示一致的DTP阶段，且该细胞系易于操作。因此，选择该细胞系作为用于DTP形成的选定模型。接着，进行广泛测定开发以按照半高通量方式进行DTP测定。所述步骤包括生成在核(Nuc-Red)细胞中组成性表达红色荧光标记物的colo-829细胞，其有助于使用incucyteZoom(EssenBio)和测试不同的板格式从每个细胞获取图像以选择具有最大孔数量而不损害数据一致性的平板。一旦开发出测定，就使用KDM5抑制剂进行实验以测定对这些细胞中的DTP形成是否存在任何KDM5抑制作用。结果清楚地显示，用活性KDM5抑制剂预处理显著减少在维罗非尼治疗后形成的DTP数量。
综上所述，Colo-829是用于研究黑素瘤细胞系中的DTP形成的代表性模型***并具有类似于其它DTP模型的发现，且KDM5抑制剂在这种黑素瘤模型中起到消除DTP群体的显著作用。
材料和方法
1.选择用于DTP建立的黑素瘤细胞系
一个目标是鉴别将对维罗非尼敏感并适于DTP形成的细胞系。为此，在用8种不同剂量的维罗非尼孵育4天后，通过标准细胞活力测定，使用celltiterGlo读取装置测试一组18个黑素瘤细胞系。结果鉴别出3个GI50低于600nM的黑素瘤细胞系(A375、Colo829和HT144)。所有这3个细胞系都是braf突变体。在用所有这些细胞系进行实验后，Colo-829被选为用于DTP建立的优选细胞系。
方法
化合物：使用维罗非尼(Plx-4032,SelleckChemicals)
1.1鉴别对维罗非尼敏感的黑素瘤细胞系
第0天：将总体积为100μl的1000个细胞/孔涂铺在96孔平底板中。
第1天：用维罗非尼处理细胞。测定中的最高浓度为20μM并稀释3倍至最低浓度9nM。
第5天：将100μl的celltiterglo添加到每个孔中并在Envision上读板。使用graphpadprism绘制数据。
1.2黑素瘤细胞系中的DTP建立
第0天：涂铺细胞(4.5×106个细胞/P150皿)，4个板/细胞系。
第2天：所有细胞系为60-80％汇合。对于每个细胞系用20μM维罗非尼处理2个板并用DMSO(对照)处理剩余2个板。
第5天：改变培养基。细胞在DMSO处理板中汇合。对这些板中的细胞计数，并将l/8的数量再涂铺于2个新的P150皿中。用维罗非尼处理所有其它板。
第8天：改变培养基：分别用维罗非尼或DMSO处理所述板。
第11天：用PBS和胰蛋白酶洗涤细胞。对细胞计数并鉴别仍留在维罗非尼处理皿上相对于对照皿上的细胞百分比。仍留在维罗非尼处理皿上的细胞被称为耐药性持留细胞(DTP)。
2.以半高通量方式进行DTP测定的测定开发
2.1制备NucLightRed阳性Colo-829细胞
材料：来自EssenBio的CellPlayerTMNucLightRed(Lenti、EF-1α、bleo)。
将100K个细胞涂铺于6孔板中，第二天添加MOI为1的NucLightRed病毒。随后在zeocin中选择细胞并将Nuc-red细胞按常规方式维持在zeocin中。
2.2以6、12和24孔格式测试DTP形成
将1×105个细胞/mlNuc-redcolo-829细胞分别涂铺在6-(3ml)、12-(2ml)和24-(1ml)孔板中。2天后，将维罗非尼(20μM)或DMSO(对照)添加到复制孔中并如早先所述进行DTP形成测定。
3.在DTP测定中测试KDM5抑制剂
所用化合物：CPI-766(活性)和CPI-550(无活性)
第0天：将2×106个Colo-829细胞涂铺在10cm皿中。
第1天：用25μMCPI-766或CPI-550或DMSO处理细胞。
第3天：将用KDM5抑制剂预处理的这些细胞一式四份地涂铺在12孔板上(2×105个细胞/孔，2ml体积)并加入各自的KDM5抑制剂。将板置于incucyte中以开始收集数据。
第5天：用新的KDM5抑制剂处理细胞。用20μM维罗非尼处理一半数量的孔并向剩余的孔添加DMSO。
第8天和第11天：如在第5天那样，用所述化合物重复进行处理。
第14天：实验完成。
实施例4
KDM5抑制剂阻断结直肠癌细胞系的耐药性
通过用5-氟尿嘧啶和伊立替康(irinotecan)活性代谢物SN-38的组合(以其相对IC50值(33μM5-FU和6ηMSN-38)的比率)连续处理CRC细胞系SW48016天来开发结直肠癌(CRC)对标准护理化疗的耐性模型，然后戒断药物。在此治疗期内，细胞逐渐死亡。剩余的DTP细胞占初始细胞群体的约8％并且显得较大和未***。在药物戒断后，细胞又继续死亡达几天，但然后在约2周时在缺少药物下重新开始增殖并扩增形成DTEP集落。
如图17中所示，在化疗治疗之前用20μM的KDM5抑制剂CPI-766预处理SW480细胞7天使得在第16天测定的DTP细胞存活率降低2.9倍。此外，KDM5抑制剂完全抑制DTP细胞扩增，因为第16天存活的细胞在这天戒断药物后最终全部死亡且从未形成集落。该浓度的CPI-766在缺少化疗剂下处理至少27天期间没有可检测地影响亲本SW480细胞系的细胞存活或增殖。20μM的无活性类似物CPI-550不影响DTP存活，其它受测试的染色质调节剂的抑制剂(例如，0.2μM5-氮杂胞苷和20ηM曲古抑菌素A)也不影响。这些结果表明KDM5活性对于SW480细胞的DTP群体在用化疗剂治疗期间的存活和这些细胞在药物戒断后的扩增是特别需要的。
尽管已经通过说明和实施例详述了上述发明以用于清楚说明，但所述描述和实施例不应该被视为限制本发明的范围。本文所引用的所有专利和科学文献的公开内容明确地通过引用整体并入。

Claims (32)

1.一种治疗个体中的癌症的方法，其包括向所述个体施用(a)KDM5拮抗剂和(b)癌症治疗剂。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述KDM5拮抗剂和所述癌症治疗剂各自的量有效增加癌症敏感性的时间和/或延迟对所述癌症治疗剂的细胞耐受性的发展。
3.一种增加包括癌症治疗剂的癌症治疗在个体中的功效的方法，其包括向所述个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂。
4.一种治疗个体中的癌症的方法，其中癌症治疗包括向所述个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂和(b)癌症治疗，其中与包括施用有效量的所述癌症治疗剂而不施用(缺少)所述KDM5拮抗剂的治疗(例如，护理治疗标准)相比，所述癌症治疗具有增加的功效。
5.一种在个体中延迟和/或预防对癌症治疗剂具有耐受性的癌症的发展的方法，其包括向所述个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂。
6.一种治疗发展癌症治疗剂耐受性的可能性有所增加的癌症个体的方法，其包括向所述个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂和(b)有效量的所述癌症治疗剂。
7.一种在癌症个体中增加对癌症治疗剂的敏感性的方法，其包括向所述个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂。
8.一种在癌症个体中延长癌症治疗剂敏感性的时间的方法，其包括向所述个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂。
9.一种延长癌症个体对癌症治疗的响应的持续时间的方法，其包括向所述个体施用(a)有效量的KDM5拮抗剂。
10.根据权利要求3、5、7、8或9中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括(b)向所述个体施用有效量的所述癌症治疗剂。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述KDM5拮抗剂是抗体抑制剂、结合小分子抑制剂、结合多肽抑制剂和/或多核苷酸拮抗剂。
12.根据权利要求11所述的方法，其中所述KDM5拮抗剂结合KDM5并抑制KDM5脱甲基酶活性。
13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述KDM5是KDM5A、KDM5B、KDM5C和KDM5D中的一个或多个。
14.根据权利要求13所述的方法，其中所述KDM5是KDM5A和/或KDM5B中的一个或多个。
15.根据权利要求13所述的方法，其中所述KDM5是KDM5A和KDM5B。
16.根据权利要求13所述的方法，其中所述KDM5是KDM5B。
17.根据权利要求13所述的方法，其中所述KDM5是KDM5A、KDM5B、KDM5C和KDM5D。
18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述癌症治疗剂是化疗。
19.根据权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述癌症治疗剂是化疗且所述化疗包括紫杉烷。
20.根据权利要求19所述的方法，其中所述紫杉烷是紫杉醇或多西他赛。
21.根据权利要求1-20中任一项所述的方法，其中所述癌症治疗剂是化疗且所述化疗包括铂剂。
22.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述癌症治疗剂是靶向治疗。
23.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述癌症治疗剂是靶向治疗且所述靶向治疗包括EGFR拮抗剂。
24.根据权利要求23所述的方法，其中所述EGFR拮抗剂是N-(3-乙炔基苯基)-6,7-双(2-甲氧基乙氧基)喹唑啉-4-胺或其药学上可接受的盐(例如，埃罗替尼)。
25.根据权利要求22所述的方法，其中所述癌症治疗剂是靶向治疗且所述靶向治疗是RAF抑制剂。
26.根据权利要求25所述的方法，其中所述RAF抑制剂是BRAF和/或CRAF抑制剂。
27.根据权利要求25所述的方法，其中所述RAF抑制剂是维罗非尼。
28.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述癌症治疗剂是靶向治疗且所述靶向治疗是PI3K抑制剂。
29.根据权利要求1-28中任一项所述的方法，其中所述KDM5拮抗剂是小分子KDM5拮抗剂。
30.根据权利要求1-29中任一项所述的方法，其中所述KDM5拮抗剂与所述癌症治疗剂是伴随施用的。
31.根据权利要求1-30中任一项所述的方法，其中所述KDM5拮抗剂是在所述癌症治疗剂之前和/或与所述癌症治疗剂同时施用。
32.根据权利要求1-30中任一项所述的方法，其中所述癌症是肺癌(例如，非小细胞肺癌(NSCLC)、黑素瘤、结直肠癌、胰腺癌和/或乳腺癌)。
CN201480025293.7A 2013-03-15 2014-03-14 治疗癌症和预防癌症耐药性的方法 Pending CN105339001A (zh)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201361801414P 2013-03-15 2013-03-15
US61/801,414 2013-03-15
US201361804083P 2013-03-21 2013-03-21
US61/804,083 2013-03-21
PCT/US2014/029432 WO2014144850A1 (en) 2013-03-15 2014-03-14 Methods of treating cancer and preventing cancer drug resistance

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN105339001A true CN105339001A (zh) 2016-02-17

Family

ID=50629001

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201480025293.7A Pending CN105339001A (zh) 2013-03-15 2014-03-14 治疗癌症和预防癌症耐药性的方法

Country Status (11)

Country Link
US (1) US20160143910A1 (zh)
EP (1) EP2968537A1 (zh)
JP (1) JP2016520528A (zh)
KR (1) KR20150130451A (zh)
CN (1) CN105339001A (zh)
BR (1) BR112015023203A8 (zh)
CA (1) CA2905123A1 (zh)
HK (1) HK1214533A1 (zh)
MX (1) MX2015011899A (zh)
RU (1) RU2015143437A (zh)
WO (1) WO2014144850A1 (zh)

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106834317A (zh) * 2016-12-28 2017-06-13 新乡医学院 突变的泛素化特异性蛋白酶33基因及其应用
CN111303246A (zh) * 2020-03-26 2020-06-19 重庆医科大学附属儿童医院 与cN-Ⅱ结合的模拟肽及其制药用途
CN111393506A (zh) * 2020-03-26 2020-07-10 重庆医科大学附属儿童医院 与cN-Ⅱ结合的线性模拟肽及其应用
CN111733235A (zh) * 2019-03-25 2020-10-02 深圳微芯生物科技股份有限公司 Kdm5a基因和atrx基因的应用
WO2021109796A1 (zh) * 2019-12-05 2021-06-10 浙江大学 一种基于5-羧基-8-羟基喹啉的抗肿瘤药物增敏剂及其应用

Families Citing this family (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
MX2015011898A (es) * 2013-03-13 2016-05-05 Genentech Inc Compuestos de pirazolo y usos de los mismos.
US10030017B2 (en) 2014-09-17 2018-07-24 Celgene Quanticel Research, Inc. Histone demethylase inhibitors
JP6552608B2 (ja) 2014-09-17 2019-07-31 セルジーン クオンティセル リサーチ，インク． ヒストンデメチラーゼ阻害剤
WO2016186949A1 (en) * 2015-05-15 2016-11-24 Whetstine Johnathan R Methods relating to the prevention and treatment of drug resistance
CA3010815A1 (en) 2015-12-31 2017-07-06 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Compositions and methods for screening and diagnosis of prostate cancer
KR101921676B1 (ko) * 2016-03-22 2018-11-26 한국과학기술원 Tesk1 억제제를 포함하는 항암제 내성 억제용 조성물 및 tesk1 억제제의 스크리닝 방법
WO2017190009A1 (en) * 2016-04-29 2017-11-02 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Use of jumonji c demethylase inhibitors for the treatment and prevention of chemotherapy resistance and radioresistance in cancer
WO2018013942A1 (en) * 2016-07-15 2018-01-18 Northwestern University Chromatin protective therapeutics and chromatin heterogeneity
WO2018071282A1 (en) * 2016-10-12 2018-04-19 Merck Sharp & Dohme Corp. Kdm5 inhibitors
US10975084B2 (en) 2016-10-12 2021-04-13 Merck Sharp & Dohme Corp. KDM5 inhibitors
BR112019014593A2 (pt) 2017-01-17 2020-02-18 Heparegenix Gmbh Inibidor de mkk4 e os sais, solvatos e isômeros ópticos farmaceuticamente aceitáveis do mesmo, composto e os sais, solvatos e isômeros ópticos farmaceuticamente aceitáveis do mesmo e método de inibição seletiva da proteína quinase mkk4 em relação às proteínas quinases jnk1 e mkk7
US20200155526A1 (en) * 2017-05-31 2020-05-21 The Children's Medical Center Corporation Targeting lysine demethylases (kdms) as a therapeutic strategy for diffuse large b-cell lymphoma
JP7237311B2 (ja) 2019-06-06 2023-03-13 京都府公立大学法人 化合物、医薬組成物、ｋｄｍ５ｃ阻害剤及び抗うつ剤
WO2022217136A1 (en) * 2021-04-10 2022-10-13 H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. A multiomic approach to modeling of gene regulatory networks in multiple myeloma

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101160121A (zh) * 2005-03-08 2008-04-09 桑得医药品公司 治疗癌症的方法和组合物
US20090131367A1 (en) * 2007-11-19 2009-05-21 The Regents Of The University Of Colorado Combinations of HDAC Inhibitors and Proteasome Inhibitors
WO2010141485A1 (en) * 2009-06-01 2010-12-09 Samuel Waxman Cancer Research Foundation Compositions and methods to induce differentiation and growth inhibition in breast cancer
WO2011017583A1 (en) * 2009-08-07 2011-02-10 The Wistar Institute Compositions containing jarid1b inhibitors and methods for treating cancer

Family Cites Families (161)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CU22545A1 (es) 1994-11-18 1999-03-31 Centro Inmunologia Molecular Obtención de un anticuerpo quimérico y humanizado contra el receptor del factor de crecimiento epidérmico para uso diagnóstico y terapéutico
WO1984003506A1 (en) 1983-03-08 1984-09-13 Commw Serum Lab Commission Antigenically active amino acid sequences
NZ207394A (en) 1983-03-08 1987-03-06 Commw Serum Lab Commission Detecting or determining sequence of amino acids
JPS60500673A (ja) 1983-03-08 1985-05-09 コモンウエルス　セラム　ラボラトリ−ズ　コミツシヨン 抗原活性を有するアミノ酸配列
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
US4943533A (en) 1984-03-01 1990-07-24 The Regents Of The University Of California Hybrid cell lines that produce monoclonal antibodies to epidermal growth factor receptor
AU4434585A (en) 1985-03-30 1986-10-23 Marc Ballivet Method for obtaining dna, rna, peptides, polypeptides or proteins by means of a dna recombinant technique
NZ215865A (en) 1985-04-22 1988-10-28 Commw Serum Lab Commission Method of determining the active site of a receptor-binding analogue
US4676980A (en) 1985-09-23 1987-06-30 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Target specific cross-linked heteroantibodies
US6548640B1 (en) 1986-03-27 2003-04-15 Btg International Limited Altered antibodies
US5763192A (en) 1986-11-20 1998-06-09 Ixsys, Incorporated Process for obtaining DNA, RNA, peptides, polypeptides, or protein, by recombinant DNA technique
IL85035A0 (en) 1987-01-08 1988-06-30 Int Genetic Eng Polynucleotide molecule,a chimeric antibody with specificity for human b cell surface antigen,a process for the preparation and methods utilizing the same
DE3883899T3 (de) 1987-03-18 1999-04-22 Sb2 Inc Geänderte antikörper.
US5606040A (en) 1987-10-30 1997-02-25 American Cyanamid Company Antitumor and antibacterial substituted disulfide derivatives prepared from compounds possessing a methyl-trithio group
US5770701A (en) 1987-10-30 1998-06-23 American Cyanamid Company Process for preparing targeted forms of methyltrithio antitumor agents
US5266684A (en) 1988-05-02 1993-11-30 The Reagents Of The University Of California Peptide mixtures
US5571689A (en) 1988-06-16 1996-11-05 Washington University Method of N-acylating peptide and proteins with diheteroatom substituted analogs of myristic acid
US5663143A (en) 1988-09-02 1997-09-02 Dyax Corp. Engineered human-derived kunitz domains that inhibit human neutrophil elastase
US5223409A (en) 1988-09-02 1993-06-29 Protein Engineering Corp. Directed evolution of novel binding proteins
JP2919890B2 (ja) 1988-11-11 1999-07-19 メディカル リサーチ カウンスル 単一ドメインリガンド、そのリガンドからなる受容体、その製造方法、ならびにそのリガンドおよび受容体の使用
DE3920358A1 (de) 1989-06-22 1991-01-17 Behringwerke Ag Bispezifische und oligospezifische, mono- und oligovalente antikoerperkonstrukte, ihre herstellung und verwendung
ATE135373T1 (de) 1989-09-08 1996-03-15 Univ Johns Hopkins Modifikationen der struktur des egf-rezeptor-gens in menschlichen glioma
US5208020A (en) 1989-10-25 1993-05-04 Immunogen Inc. Cytotoxic agents comprising maytansinoids and their therapeutic use
CA2026147C (en) 1989-10-25 2006-02-07 Ravi J. Chari Cytotoxic agents comprising maytansinoids and their therapeutic use
US6075181A (en) 1990-01-12 2000-06-13 Abgenix, Inc. Human antibodies derived from immunized xenomice
US6150584A (en) 1990-01-12 2000-11-21 Abgenix, Inc. Human antibodies derived from immunized xenomice
US5427908A (en) 1990-05-01 1995-06-27 Affymax Technologies N.V. Recombinant library screening methods
US5723286A (en) 1990-06-20 1998-03-03 Affymax Technologies N.V. Peptide library and screening systems
US5770429A (en) 1990-08-29 1998-06-23 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies
US5770434A (en) 1990-09-28 1998-06-23 Ixsys Incorporated Soluble peptides having constrained, secondary conformation in solution and method of making same
US5698426A (en) 1990-09-28 1997-12-16 Ixsys, Incorporated Surface expression libraries of heteromeric receptors
AU668347B2 (en) 1990-11-21 1996-05-02 Torrey Pines Institute For Molecular Studies Synthesis of equimolar multiple oligomer mixtures, especially of oligopeptide mixtures
ATE164395T1 (de) 1990-12-03 1998-04-15 Genentech Inc Verfahren zur anreicherung von proteinvarianten mit geänderten bindungseigenschaften
US5571894A (en) 1991-02-05 1996-11-05 Ciba-Geigy Corporation Recombinant antibodies specific for a growth factor receptor
DK0590058T3 (da) 1991-06-14 2004-03-29 Genentech Inc Humaniseret heregulin-antistof
GB9114948D0 (en) 1991-07-11 1991-08-28 Pfizer Ltd Process for preparing sertraline intermediates
US5587458A (en) 1991-10-07 1996-12-24 Aronex Pharmaceuticals, Inc. Anti-erbB-2 antibodies, combinations thereof, and therapeutic and diagnostic uses thereof
US5270170A (en) 1991-10-16 1993-12-14 Affymax Technologies N.V. Peptide library and screening method
WO1993008829A1 (en) 1991-11-04 1993-05-13 The Regents Of The University Of California Compositions that mediate killing of hiv-infected cells
AU661533B2 (en) 1992-01-20 1995-07-27 Astrazeneca Ab Quinazoline derivatives
EP1997894B1 (en) 1992-02-06 2011-03-30 Novartis Vaccines and Diagnostics, Inc. Biosynthetic binding protein for cancer marker
WO1994011026A2 (en) 1992-11-13 1994-05-26 Idec Pharmaceuticals Corporation Therapeutic application of chimeric and radiolabeled antibodies to human b lymphocyte restricted differentiation antigen for treatment of b cell lymphoma
US5635483A (en) 1992-12-03 1997-06-03 Arizona Board Of Regents Acting On Behalf Of Arizona State University Tumor inhibiting tetrapeptide bearing modified phenethyl amides
US5780588A (en) 1993-01-26 1998-07-14 Arizona Board Of Regents Elucidation and synthesis of selected pentapeptides
CA2163345A1 (en) 1993-06-16 1994-12-22 Susan Adrienne Morgan Antibodies
GB9314893D0 (en) 1993-07-19 1993-09-01 Zeneca Ltd Quinazoline derivatives
ATE207366T1 (de) 1993-12-24 2001-11-15 Merck Patent Gmbh Immunokonjugate
IL112249A (en) 1994-01-25 2001-11-25 Warner Lambert Co Pharmaceutical compositions containing di and tricyclic pyrimidine derivatives for inhibiting tyrosine kinases of the epidermal growth factor receptor family and some new such compounds
US5679683A (en) 1994-01-25 1997-10-21 Warner-Lambert Company Tricyclic compounds capable of inhibiting tyrosine kinases of the epidermal growth factor receptor family
IL112248A0 (en) 1994-01-25 1995-03-30 Warner Lambert Co Tricyclic heteroaromatic compounds and pharmaceutical compositions containing them
US5773001A (en) 1994-06-03 1998-06-30 American Cyanamid Company Conjugates of methyltrithio antitumor agents and intermediates for their synthesis
US5731168A (en) 1995-03-01 1998-03-24 Genentech, Inc. Method for making heteromultimeric polypeptides
US5869046A (en) 1995-04-14 1999-02-09 Genentech, Inc. Altered polypeptides with increased half-life
GB9508538D0 (en) 1995-04-27 1995-06-14 Zeneca Ltd Quinazoline derivatives
US5747498A (en) 1996-05-28 1998-05-05 Pfizer Inc. Alkynyl and azido-substituted 4-anilinoquinazolines
US5712374A (en) 1995-06-07 1998-01-27 American Cyanamid Company Method for the preparation of substantiallly monomeric calicheamicin derivative/carrier conjugates
US5714586A (en) 1995-06-07 1998-02-03 American Cyanamid Company Methods for the preparation of monomeric calicheamicin derivative/carrier conjugates
CA2222231A1 (en) 1995-06-07 1996-12-19 Imclone Systems Incorporated Antibody and antibody fragments for inhibiting the growth of tumors
IL122855A (en) 1995-07-06 2004-08-31 Novartis Ag History of N-Phenyl (Alkyl) - 7H-Pyrolo [-3,2d] Pyrimidine - 4 Amine, their preparation and pharmaceutical preparations containing them
US6267958B1 (en) 1995-07-27 2001-07-31 Genentech, Inc. Protein formulation
US5760041A (en) 1996-02-05 1998-06-02 American Cyanamid Company 4-aminoquinazoline EGFR Inhibitors
GB9603095D0 (en) 1996-02-14 1996-04-10 Zeneca Ltd Quinazoline derivatives
GB9603256D0 (en) 1996-02-16 1996-04-17 Wellcome Found Antibodies
PT892789E (pt) 1996-04-12 2002-07-31 Warner Lambert Co Inibidores irreversiveis de quinases de tirosina
US6391874B1 (en) 1996-07-13 2002-05-21 Smithkline Beecham Corporation Fused heterocyclic compounds as protein tyrosine kinase inhibitors
ID18494A (id) 1996-10-02 1998-04-16 Novartis Ag Turunan pirazola leburan dan proses pembuatannya
US6002008A (en) 1997-04-03 1999-12-14 American Cyanamid Company Substituted 3-cyano quinolines
US6235883B1 (en) 1997-05-05 2001-05-22 Abgenix, Inc. Human monoclonal antibodies to epidermal growth factor receptor
DK0980244T3 (da) 1997-05-06 2003-09-29 Wyeth Corp Anvendelse af quinazoline forbindelser til behandling af polycystisk nyresygdom
US6171586B1 (en) 1997-06-13 2001-01-09 Genentech, Inc. Antibody formulation
WO1998058964A1 (en) 1997-06-24 1998-12-30 Genentech, Inc. Methods and compositions for galactosylated glycoproteins
TW436485B (en) 1997-08-01 2001-05-28 American Cyanamid Co Substituted quinazoline derivatives
WO1999022764A1 (en) 1997-10-31 1999-05-14 Genentech, Inc. Methods and compositions comprising glycoprotein glycoforms
AU1308799A (en) 1997-11-06 1999-05-31 American Cyanamid Company Use of quinazoline derivatives as tyrosine kinase inhibitors for treating colonic polyps
US6610833B1 (en) 1997-11-24 2003-08-26 The Institute For Human Genetics And Biochemistry Monoclonal human natural antibodies
ES2375931T3 (es) 1997-12-05 2012-03-07 The Scripps Research Institute Humanización de anticuerpo murino.
RS49779B (sr) 1998-01-12 2008-06-05 Glaxo Group Limited, Biciklična heteroaromatična jedinjenja kao inhibitori protein tirozin kinaze
US6194551B1 (en) 1998-04-02 2001-02-27 Genentech, Inc. Polypeptide variants
JP2002510481A (ja) 1998-04-02 2002-04-09 ジェネンテック・インコーポレーテッド 抗体変異体及びその断片
EP2261229A3 (en) 1998-04-20 2011-03-23 GlycArt Biotechnology AG Glycosylation engineering of antibodies for improving antibody-dependent cellular cytotoxicity
US6335155B1 (en) 1998-06-26 2002-01-01 Sunesis Pharmaceuticals, Inc. Methods for rapidly identifying small organic molecule ligands for binding to biological target molecules
IL143089A0 (en) 1998-11-19 2002-04-21 Warner Lambert Co N-[4-(3-chloro-4-fluoro-phenylamino)-7-(3-morpholin-4-yl-propoxy)-quinazolin-6-yl]-acrylamide, an irreversible inhibitor of tyrosine kinases
CA2355215A1 (en) 1998-12-28 2000-07-06 Jim Wells Identifying small organic molecule ligands for binding
US6737056B1 (en) 1999-01-15 2004-05-18 Genentech, Inc. Polypeptide variants with altered effector function
JP2003512019A (ja) 1999-01-15 2003-04-02 ジェネンテック・インコーポレーテッド 変化したエフェクター機能を有するポリペプチド変異体
ES2420835T3 (es) 1999-04-09 2013-08-27 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. Procedimiento para controlar la actividad de las moléculas inmunofuncionales
JP4668498B2 (ja) 1999-10-19 2011-04-13 協和発酵キリン株式会社 ポリペプチドの製造方法
BR0015203A (pt) 1999-11-05 2002-07-16 Astrazeneca Ab Derivado de quinazolina, processo para a preparação de um derivado de quinazolina, composição farmacêutica, uso de um composto, e, processo para a produção de um efeito antiangiogênico e/ou redutor de permeabilidade vascular em um animal de sangue quente
WO2001044463A1 (en) 1999-12-15 2001-06-21 Genentech, Inc. Shotgun scanning, a combinatorial method for mapping functional protein epitopes
AU767394C (en) 1999-12-29 2005-04-21 Immunogen, Inc. Cytotoxic agents comprising modified doxorubicins and daunorubicins and their therapeutic use
JP2003531588A (ja) 2000-04-11 2003-10-28 ジェネンテック・インコーポレーテッド 多価抗体とその用途
US6946292B2 (en) 2000-10-06 2005-09-20 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Cells producing antibody compositions with increased antibody dependent cytotoxic activity
US7064191B2 (en) 2000-10-06 2006-06-20 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Process for purifying antibody
CA2953239A1 (en) 2000-10-06 2002-04-18 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. Antibody composition-producing cell
US6596541B2 (en) 2000-10-31 2003-07-22 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods of modifying eukaryotic cells
CN101940189A (zh) 2000-11-30 2011-01-12 米德列斯公司 用于生产人类抗体的转基因转染色体啮齿动物
EP1423510A4 (en) 2001-08-03 2005-06-01 Glycart Biotechnology Ag ANTIBODY GLYCOSYLATION VARIANTS WITH INCREASED CELL CYTOTOXICITY DEPENDENT OF ANTIBODIES
GB0119249D0 (en) 2001-08-07 2001-10-03 Novartis Ag Organic compounds
ES2326964T3 (es) 2001-10-25 2009-10-22 Genentech, Inc. Composiciones de glicoproteina.
US20040093621A1 (en) 2001-12-25 2004-05-13 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd Antibody composition which specifically binds to CD20
CA2481920A1 (en) 2002-04-09 2003-10-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Antibody composition-containing medicament
BR0309145A (pt) 2002-04-09 2005-02-01 Kyowa Hakko Kogyo Kk Células das quais o genoma é modificado
CA2481837A1 (en) 2002-04-09 2003-10-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Production process for antibody composition
WO2003085119A1 (fr) 2002-04-09 2003-10-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Procede d'amelioration de l'activite d'une composition d'anticorps de liaison avec le recepteur fc$g(g) iiia
ATE503829T1 (de) 2002-04-09 2011-04-15 Kyowa Hakko Kirin Co Ltd Zelle mit erniedrigter oder deletierter aktivität eines am gdp-fucosetransport beteiligten proteins
AU2003236019A1 (en) 2002-04-09 2003-10-20 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. Drug containing antibody composition appropriate for patient suffering from Fc Gamma RIIIa polymorphism
AU2003239966B9 (en) 2002-06-03 2010-08-26 Genentech, Inc. Synthetic antibody phage libraries
PL226562B1 (pl) 2002-09-30 2017-08-31 Bayer Pharmaceuticals Corp Skondensowane pochodne azolopirymidyn, leki zawierające takie pochodne oraz ich zastosowanie
US7361740B2 (en) 2002-10-15 2008-04-22 Pdl Biopharma, Inc. Alteration of FcRn binding affinities or serum half-lives of antibodies by mutagenesis
PL212899B1 (pl) 2002-12-16 2012-12-31 Genentech Inc Humanizowane przeciwcialo, kompozycja zawierajaca to przeciwcialo, wyrób fabryczny, przeciwcialo lub jego fragment do zastosowania w sposobie indukowania apoptozy, izolowany kwas nukleinowy, wektor ekspresji, komórka gospodarza, sposób wytwarzania przeciwciala lub jego fragmentu, plynny preparat i zastosowanie przeciwciala do wytwarzania leku
EP1585767A2 (en) 2003-01-16 2005-10-19 Genentech, Inc. Synthetic antibody phage libraries
US7871607B2 (en) 2003-03-05 2011-01-18 Halozyme, Inc. Soluble glycosaminoglycanases and methods of preparing and using soluble glycosaminoglycanases
US20060104968A1 (en) 2003-03-05 2006-05-18 Halozyme, Inc. Soluble glycosaminoglycanases and methods of preparing and using soluble glycosaminogly ycanases
WO2004089925A1 (en) 2003-04-03 2004-10-21 Semafore Pharmaceuticals, Inc. Pi-3 kinase inhibitor prodrugs
US20050106667A1 (en) 2003-08-01 2005-05-19 Genentech, Inc Binding polypeptides with restricted diversity sequences
CA2542046A1 (en) 2003-10-08 2005-04-21 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Fused protein composition
CA2542125A1 (en) 2003-10-09 2005-04-21 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Process for producing antibody composition by using rna inhibiting the function of .alpha.1,6-fucosyltransferase
HUE031632T2 (en) 2003-11-05 2017-07-28 Roche Glycart Ag Antigen binding molecules with enhanced Fc receptor binding affinity and effector function
BR122018071808B8 (pt) 2003-11-06 2020-06-30 Seattle Genetics Inc conjugado
JPWO2005053742A1 (ja) 2003-12-04 2007-06-28 協和醗酵工業株式会社 抗体組成物を含有する医薬
JP5128935B2 (ja) 2004-03-31 2013-01-23 ジェネンテック， インコーポレイテッド ヒト化抗ＴＧＦ−β抗体
US7785903B2 (en) 2004-04-09 2010-08-31 Genentech, Inc. Variable domain library and uses
EP2360186B1 (en) 2004-04-13 2017-08-30 F. Hoffmann-La Roche AG Anti-P-selectin antibodies
TWI309240B (en) 2004-09-17 2009-05-01 Hoffmann La Roche Anti-ox40l antibodies
NZ580115A (en) 2004-09-23 2010-10-29 Genentech Inc Cysteine engineered antibody light chains and conjugates
BRPI0516592A (pt) 2004-10-13 2008-09-23 Wyeth Corp composto de fórmula
JO3000B1 (ar) 2004-10-20 2016-09-05 Genentech Inc مركبات أجسام مضادة .
TW200639163A (en) 2005-02-04 2006-11-16 Genentech Inc RAF inhibitor compounds and methods
SI2395004T1 (sl) 2005-06-22 2016-05-31 Plexxikon Inc. Derivati piro (2,3-b) piridina kot inhibitorji proteinske kinaze
JP5270353B2 (ja) 2005-10-07 2013-08-21 エクセリクシス， インク． ホスファチジルイノシトール３−キナーゼインヒビターとその使用方法
EP1957531B1 (en) 2005-11-07 2016-04-13 Genentech, Inc. Binding polypeptides with diversified and consensus vh/vl hypervariable sequences
EP1973951A2 (en) 2005-12-02 2008-10-01 Genentech, Inc. Binding polypeptides with restricted diversity sequences
PE20070978A1 (es) 2006-02-14 2007-11-15 Novartis Ag COMPUESTOS HETEROCICLICOS COMO INHIBIDORES DE FOSFATIDILINOSITOL 3-QUINASAS (PI3Ks)
TW200812616A (en) 2006-05-09 2008-03-16 Genentech Inc Binding polypeptides with optimized scaffolds
EP2056829B9 (en) 2006-08-16 2012-09-26 Exelixis, Inc. Using pi3k and mek modulators in treatments of cancer
PL2059533T3 (pl) 2006-08-30 2013-04-30 Genentech Inc Przeciwciała wieloswoiste
US20080226635A1 (en) 2006-12-22 2008-09-18 Hans Koll Antibodies against insulin-like growth factor I receptor and uses thereof
CN100592373C (zh) 2007-05-25 2010-02-24 群康科技(深圳)有限公司 液晶显示面板驱动装置及其驱动方法
EP2207781B1 (en) 2007-09-24 2012-11-28 Genentech, Inc. Thiazolopyrimidine p13k inhibitor compounds and methods of use
DK2240451T3 (da) 2008-01-04 2017-11-20 Intellikine Llc Isoquinolinonderivater substitueret med en purin, der er anvendelig som pi3k-inhibitorer
US8592562B2 (en) 2008-01-07 2013-11-26 Amgen Inc. Method for making antibody Fc-heterodimeric molecules using electrostatic steering effects
TW200938201A (en) 2008-02-07 2009-09-16 Chugai Pharmaceutical Co Ltd Pyrrolopyrimidine derivative as PI3K inhibitor and use thereof
WO2009111280A1 (en) 2008-02-29 2009-09-11 Array Biopharma Inc. N- (6-aminopyridin-3-yl) -3- (sulfonamido) benzamide derivatives as b-raf inhibitors for the treatment of cancer
AR070535A1 (es) 2008-02-29 2010-04-14 Array Biopharma Inc Compuestos inhibidores de raf y metodos para usarlos
CA2716947A1 (en) 2008-02-29 2009-09-11 Array Biopharma Inc. Imidazo [4,5-b] pyridine derivatives used as raf inhibitors
PE20091623A1 (es) 2008-02-29 2009-11-19 Array Biopharma Inc DERIVADOS DE 1H-PIRAZOLO[3,4-b]PIRIDINA COMO INHIBIDORES DE RAF QUINASA
US8993580B2 (en) 2008-03-14 2015-03-31 Intellikine Llc Benzothiazole kinase inhibitors and methods of use
MX2010010659A (es) 2008-03-31 2010-10-26 Genentech Inc Compuestos de benzopirano y benzoxepina, inhibidores de fosfoinoinositida 3-cinasas y metodos para utilizarlos.
US8106039B2 (en) 2008-04-30 2012-01-31 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Metal complex phosphatidyl-inositol-3-kinase inhibitors
CN102066365A (zh) 2008-06-19 2011-05-18 米伦纽姆医药公司 噻吩或噻唑衍生物和其作为pi3k抑制剂的用途
UA104147C2 (uk) 2008-09-10 2014-01-10 Новартис Аг Похідна піролідиндикарбонової кислоти та її застосування у лікуванні проліферативних захворювань
EP2168583A1 (en) 2008-09-24 2010-03-31 Bayer Schering Pharma Aktiengesellschaft Use of substituted 2,3-dihydroimidazo[1,2-c]quinazolines for the treatment of myeloma
CA2738429C (en) 2008-09-26 2016-10-25 Intellikine, Inc. Heterocyclic kinase inhibitors
JP5591809B2 (ja) 2008-09-30 2014-09-17 ファイザー・インク イミダゾ［１，５］ナフチリジン化合物、その医薬への使用、および組成物
EP2344490A2 (en) 2008-10-03 2011-07-20 Merck Serono S.A. 4-morpholino-pyrido[3,2-d]pyrimidines active on pi3k
GB0819593D0 (en) 2008-10-24 2008-12-03 Ucb Pharma Sa Therapeutic agents
EP2349275B1 (en) 2008-10-31 2017-03-08 Novartis AG Combination of a phosphatidylinositol-3-kinase (pi3k) inhibitor and a mtor inhibitor.
ES2392488T3 (es) 2008-11-20 2012-12-11 Genentech, Inc. Compuestos inhibidores de PI3K de tipo pirazolopiridina y sus procedimientos de uso
JP2012518387A (ja) * 2009-02-23 2012-08-16 オンコセラピー・サイエンス株式会社 がんの治療および診断の標的遺伝子としてのｊａｒｉｄ１ｂ
WO2012007007A1 (en) 2010-07-15 2012-01-19 Epitherapeutics Aps Inhibitors of hdme
US9289415B2 (en) * 2011-09-01 2016-03-22 The Brigham And Women's Hospital, Inc. Treatment of cancer

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101160121A (zh) * 2005-03-08 2008-04-09 桑得医药品公司 治疗癌症的方法和组合物
US20090131367A1 (en) * 2007-11-19 2009-05-21 The Regents Of The University Of Colorado Combinations of HDAC Inhibitors and Proteasome Inhibitors
WO2010141485A1 (en) * 2009-06-01 2010-12-09 Samuel Waxman Cancer Research Foundation Compositions and methods to induce differentiation and growth inhibition in breast cancer
WO2011017583A1 (en) * 2009-08-07 2011-02-10 The Wistar Institute Compositions containing jarid1b inhibitors and methods for treating cancer

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
CYRILLE C. THINNES,ET AL: "Targeting histone lysine demethylases-Progress,challenges,and the future", 《BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA》 *

Cited By (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106834317A (zh) * 2016-12-28 2017-06-13 新乡医学院 突变的泛素化特异性蛋白酶33基因及其应用
CN106834317B (zh) * 2016-12-28 2019-05-17 新乡医学院 突变的泛素化特异性蛋白酶33基因及其应用
CN111733235A (zh) * 2019-03-25 2020-10-02 深圳微芯生物科技股份有限公司 Kdm5a基因和atrx基因的应用
WO2021109796A1 (zh) * 2019-12-05 2021-06-10 浙江大学 一种基于5-羧基-8-羟基喹啉的抗肿瘤药物增敏剂及其应用
CN111303246A (zh) * 2020-03-26 2020-06-19 重庆医科大学附属儿童医院 与cN-Ⅱ结合的模拟肽及其制药用途
CN111393506A (zh) * 2020-03-26 2020-07-10 重庆医科大学附属儿童医院 与cN-Ⅱ结合的线性模拟肽及其应用
CN111303246B (zh) * 2020-03-26 2021-08-27 重庆医科大学附属儿童医院 与cN-Ⅱ结合的模拟肽及其制药用途
CN111393506B (zh) * 2020-03-26 2021-08-27 重庆医科大学附属儿童医院 与cN-Ⅱ结合的线性模拟肽及其应用

Also Published As

Publication number Publication date
EP2968537A1 (en) 2016-01-20
BR112015023203A8 (pt) 2018-01-23
US20160143910A1 (en) 2016-05-26
RU2015143437A (ru) 2017-04-27
CA2905123A1 (en) 2014-09-18
JP2016520528A (ja) 2016-07-14
KR20150130451A (ko) 2015-11-23
WO2014144850A1 (en) 2014-09-18
HK1214533A1 (zh) 2016-07-29
BR112015023203A2 (pt) 2017-11-21
MX2015011899A (es) 2016-05-05

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN105339001A (zh) 治疗癌症和预防癌症耐药性的方法
CN105307683A (zh) 治疗癌症和预防癌症药物抗性的方法
CN110418851A (zh) 癌症的治疗和诊断方法
CN105246511A (zh) 治疗和预防癌症药物抗性的方法
CN104994879A (zh) 治疗癌症和预防药物抗性的方法
CN102892779B (zh) 神经调节蛋白拮抗剂及其在治疗癌症中的用途
CN109196121A (zh) 用于癌症的治疗和诊断方法
CN103596983A (zh) 抗fgfr4抗体及使用方法
TW201032796A (en) Treatment of lung cancer with a PARP inhibitor in combination with a growth factor inhibitor
US11154554B2 (en) Therapeutic combinations of a MEK inhibitor and a BTK inhibitor
CN104487087A (zh) 治疗fgfr3相关疾患的方法
CN106456627A (zh) 治疗癌症和预防癌症耐药性的方法
CA3116234A1 (en) Combination therapy utilizing dna alkylating agents and atr inhibitors
JP2017517552A (ja) 抗癌剤耐性の治療及び防止方法

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
REG Reference to a national code

Ref country code: HK

Ref legal event code: DE

Ref document number: 1214533

Country of ref document: HK

WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication

Application publication date: 20160217

REG Reference to a national code

Ref country code: HK

Ref legal event code: WD

Ref document number: 1214533

Country of ref document: HK