KR20190007026A - 면역요법에서의 진단 및 사용을 위한 기질 유전자 특질 - Google Patents

면역요법에서의 진단 및 사용을 위한 기질 유전자 특질 Download PDF

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KR20190007026A
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루시아나 몰리네로
산지브 마리아타산
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라파엘 쿠바스
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Abstract

본 발명은 면역요법 단독에 반응할 공산이 보다 낮은, 질환 또는 장애를 갖는 개체를 식별하기 위한 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB, 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가는 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료를 위한 개체를 식별하는, 단계를 포함한다. 일부 양태에서, 본 발명은 기질 유전자 특질을 나타내는 개체를 치료하는 방법을 제공한다. 기타 양태에서, 본 발명은 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하기 위한 키트를 제공한다.

Description

면역요법에서의 진단 및 사용을 위한 기질 유전자 특질
관련 출원에 대한 상호참조
본원은 2016년 5월 17일에 출원된 미국 가출원 제62/337,815호의 이점을 주장하며, 이의 내용은 그 전체가 본원에 참고로 인용된다.
본 발명의 기술분야
본 발명은 종양 기질 바이오마커, 및 억제성 기질 길항제와 조합한 면역요법에 의해 암 환자를 선택하고 치료하기 위한 방법을 제공한다.
종양은 조직에서 자라면서, 혈액 내피 세포 (BEC) 및 림프 내피 세포 (LEC), 간엽 줄기 세포 (MSC) 및 이들의 분화된 자손, 암-관련 섬유모세포 (CAF), 혈관주위세포 및 면역 세포, 그리고 이들이 분비하는 세포외 기질 (ECM) 및 염증성 매개체를 함께 포함하는 비-악성 세포들의 복합 혼합물을 포함하는 종양 미세환경 (TME)을 형성한다 (Turley, S.J. et al., Nature Reviews Immunology, 2015. 15:669-682). 건강한 조직과 고형 종양은 모두 2개의 구별되는 영역을 가지고 있다: 실질(parenchymal) 및 기질(stromal) 영역. 기저 박판(basal lumina)은 건강한 조직에서 이 두 영역을 정상적으로 분리하지만, 종양에서는 전형적으로 잘 정의되지 않는다. TME의 요소는 종양 세포와 밀접하게 상호작용할 수 있으며, 종양 세포 생존, 침입 및 전이성 전파에 영향을 미칠 뿐만 아니라 치료제에 대한 접근성 및 반응성에도 영향을 미칠 수 있다 (Joyce, J. A. & Pollard, J. W. Nat . Rev . Cancer 9:239-252, 2009; Polyak, K. et al., Trends Genet. 25:30-38, 2009; Nakasone, E. S. et al., Cancer Cell 21:488-503, 2012).
TME와 면역계 사이의 관계는 복잡하며, 종양 세포 및 미세환경의 다양한 성분이 다양한 방식으로 보호성 T 세포 면역력을 손상시킬 수 있다. 예를 들어, 종양 층으로의 T 세포 이동은 제대로 조직화되지 않은 맥관구조 및 화학주성 단서 (Pivarcsi, A. et al., Proc . Natl Acad . Sci . USA 104:19055-19060, 2007)에 의해 방해받을 수 있거나, 또는 그것의 활성을 손상시킬 수 있는 억제성 세포 및 분자와 접할 수 있다. 암-면역력 주기에서 억제 인자의 억제 역할에 대한 입증은, 중화 항체를 사용하여 억제성 분자 세포독성 T 림프구 항원 4 (CTLA4; CD152로도 공지됨), 프로그램된 세포사 단백질 1 (PD1; CD279로도 공지됨) 및 프로그램된 세포사 리간드 1 (PDL1; B7-H1 및 CD274로도 공지됨)을 차단하는 최근 임상 연구에 의해 제공되었다 (Turley, S.J. et al., Nature Reviews Immunology, 2015. 15:669-682). PDL1의 발현은 암세포, 골수 세포 및 내피 세포에서 종종 상향조절되며, 이 표면 단백질은 활성화된 T 세포에서 이의 수용체 PD1과 결합할 때 T 세포 활성화 및 생존을 억제한다. 항체를 사용하여 PDL1-PD1 상호 작용을 방해함으로써 CD8+ T 세포-매개된 종양 세포의 사멸을 일으키는 요법은, 여러 인간 암에서 유망한 반응속도를 보였다 (Powles, T. et al. Nature 515:558-562, 2014; Herbst, R. S. et al., Nature 515:563-567, 2014;Tumeh, P. C. et al., Nature 515:568-571, 2014). 그러나 많은 환자들은 아마도 TME에서 다른 면역억제성 기전의 존재로 인해 치료 이점을 경험하지 못한다.
따라서, 면역요법에 반응할 가능성이 낮은 환자를 선택하고, 이러한 환자의 치료를 위한 대안적인 전략을 개발하는 방법이 필요하다.
출원 및 문헌들을 비롯하여 본원에 언급된 모든 참조들은 그 전체가 본원에 참조로 편입되었다.
간단한 요약
본 발명은 하기의 단계들을 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체를 치료하기 위한 방법을 제공한다: a) 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준이 증가하는 것에 의해 치료를 위한 개체를 식별하는, 단계; 및 b) 상기 개체에게 유효량의 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 투여하는 단계. 일부 양태에서 본 발명은 하기의 단계들을 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체의 면역요법을 개선시키기 위한 방법을 제공한다: a) 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가에 의해 억제성 기질 길항제로의 치료를 위한 개체를 식별하는, 단계; 및 b) 단계 a)에서의 억제성 기질 길항제로의 치료에 대해 식별된 개체에게, 유효량의 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 투여하는 단계.
일부 양태에서, 본 발명은 하기의 단계를 포함하는, 면역요법 단독에 반응할 공산이 보다 낮은 질환 또는 장애를 갖는 개체를 선택하기 위한 방법을 제공한다: 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가에 의해 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료를 위한 개체를 식별하는, 단계. 일부 양태에서 본 발명은 하기의 단계를 포함하는, 면역요법 및 종양 기질 섬유증 길항제로의 치료로부터 이점을 나타낼 공산이 보다 높은 질환 또는 장애를 갖는 개체를 식별하기 위한 방법을 제공한다: 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가는 억제성 기질을 갖는 개체를 식별하며, 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재는 상기 개체가 면역요법 및 억제성 기질 길항제로부터 증가된 임상적 이점을 나타낼 공산이 보다 높음을 표지하는, 단계. 일부 양태에서, 본 발명은 하기의 단계를 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체의 치료를 선택하기 위한 방법을 제공한다: 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가에 의해 억제성 기질을 갖는 개체를 식별하며, 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재는 상기 개체가 면역요법 및 억제성 기질 길항제로부터 증가된 임상적 이점을 나타낼 공산이 보다 높음을 표지하는, 단계. 상기 양태의 일부 구현예에서, 증가된 임상적 이점은 전체 생존 (OS), 무진행 생존 (PFS), 완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR) 및 이들의 조합 중 하나 이상의 상대적인 증가를 추가로 포함한다.
일부 양태에서, 본 발명은 하기의 단계를 포함하는, 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함하는 조합 치료의 효능을 모니터링하기 위한 방법을 제공한다: 하나 이상의 시점에서 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료가 진행중인 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 기질 유전자 특질은 수준 중앙값과 비교하여 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가를 포함하며, 증가된 임상적 이점 및/또는 상기 기질 유전자 특질의 존재의 감소는 유효한 치료임을 표지하는, 단계. 일부 양태에서, 본 발명은 하기의 단계를 포함하는, 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함하는 조합 치료의 효능을 모니터링하기 위한 방법을 제공한다: a) 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가에 의해 치료를 위한 개체를 식별하는, 단계; 및 b) 상기 개체에게 유효량의 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 투여하는 단계; 및 c) 하나 이상의 시점에서 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 증가된 임상적 이점 및/또는 상기 기질 유전자 특질의 감소는 유효한 치료임을 표지하는, 단계. 상기 양태의 일부 구현예에서, 증가된 임상적 이점은 전체 생존 (OS), 무진행 생존 (PFS), 완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR) 및 이들의 조합 중 하나 이상의 상대적인 증가를 포함한다.
상기 양태 중 일부 구현예에서, 질환 또는 장애는 증식성 질환 또는 장애이다. 일부 구현예에서, 질환 또는 장애는 면역-관련된 질환 또는 장애이다. 일부 구현예에서, 질환 또는 장애는 암이다. 일부 구현예에서, 암은 비-소세포 폐암, 소세포 폐암, 신장 세포암, 결장직장암, 난소암, 유방암, 전이성 유방암, 삼중-음성 유방암, 흑색종, 췌장암, 위 암종, 방광암, 요로상피 방광암, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교아종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상식육종, 메르켈 세포암, 및 기타 혈액학적 악성종양으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
상기 양태 중 일부 구현예에서, 암은 요로상피 방광암 (UBC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 또는 PDGFRB 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, UBC에 대한 기질 유전자 특질은 DKK3 , PDGFB , NUAK1 , FGF1 , PDL1M4 또는 LRRC32 중 하나 이상을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 비-소세포 폐암 (NSCLC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB 또는 THY 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 신장세포암 (RCC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB 또는 THY 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, RCC에 대한 기질 유전자 특질은 LUM 및/또는 POSTN을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 흑색종이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2, PDGFRB , 또는 THY1 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 삼중-음성 유방암 (TNBC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB 또는 THY1 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, TNBC에 대한 기질 유전자 특질은 MMP11, BGN, 또는 COL5A1 중 하나 이상을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 난소암이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY1 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 난소암에 대한 기질 유전자 특질은 POSTN , LOX, 또는 TIMP3 중 하나 이상을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 TGFβ를 추가로 포함한다.
상기 양태 중 일부 구현예에서, 개체로부터 수득된 샘플은 조직, 전혈, 혈장, 혈청, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 종양 조직 샘플이다. 일부 구현예에서, 종양 조직 샘플은 종양 세포, 종양-침윤 면역 세포, 기질 세포, 및 이들의 임의의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 포르말린 고정 및 파라핀 포매되고, 보관, 신선 또는 냉동된다 일부 구현예에서, 샘플은 전혈이다. 일부 구현예에서, 전혈은 면역 세포, 순환 종양 세포 및 이들의 임의의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 면역요법으로 치료하기 전에 또는 면역요법으로 치료한 후에 수득된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 억제성 기질 길항제로의 치료 이전에 수득된다.
상기 양태 중 일부 구현예에서, 면역요법은 CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, CD40, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMGB1, 또는 TLR 효능제를 포함한다. 일부 구현예에서, 면역요법은 CTLA-4, PD-L1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제를 포함한다. 일부 구현예에서, 면역요법은 PD-L1 축 길항제이다. 일부 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 B7-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및 B7-1 둘 모두에 대한 PD-L1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 항체이다. 일부 구현예에서, 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 항체는 인간, 인간화, 또는 키메라 항체이다. 일부 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1에 대한 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L2에 대한 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및 PD-L2 둘 모두에 대한 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 항체이다. 일부 구현예에서, 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 항체는 인간, 인간화, 또는 키메라 항체이다.
상기 양태 중 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 TGFβ, PDPN, LAIR-1, SMAD, ALK, 결합 조직 성장 인자 (CTGF/CCN2), 내피-1(endothelial-1) (ET-1), AP-1, IL-13, PDGF, LOXL2, 엔도글린(endoglin) (CD105), FAP, 포도플라닌(podoplanin) (GP38), VCAM1 (CD106), THY1, β1 인테그린 (CD29), PDGFRα (CD140α), PDGFRβ (CD140β), 비멘틴(vimentin), αSMA (ACTA2), 데스민(desmin), 엔도시알린(endosialin) (CD248) 또는 FSP1 (S100A4) 길항제이다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 피르페니돈(pirfenidone), 갈루니세르팁(galunisertib) 또는 닌테다닙(nintedanib)이다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 TGFβ 길항제이다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 TGFβ 결합 길항제이다. 일부 구현예에서, TGFβ 결합 길항제는 TGFβ의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, TGFβ 결합 길항제는 TGFβ에 대한 세포 수용체로의 TGFβ의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, TGFβ 결합 길항제는 TGFβ의 활성화를 억제한다. 일부 구현예에서, TGFβ 결합 길항제는 항체이다. 일부 구현예에서, 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 항체는 인간, 인간화, 또는 키메라 항체이다. 일부 구현예에서, 상기 억제성 기질 길항제로의 치료는 종양에서 면역 세포 침윤을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 증가된 면역 세포 침윤은 T 세포, B 세포, 대식세포 또는 수지상 세포 중 하나 이상의 증가된 침윤이다. 일부 구현예에서, T 세포는 CD8+ T 세포 및/또는 Teff 세포이다. 일부 구현예에서, 개체는 억제성 기질 길항제로의 치료 이전에 면역요법에 저항성이다. 일부 구현예에서, 개체는 이미 단일요법 면역요법으로 투여되었다.
상기 양태의 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 FACS, 웨스턴 블롯, ELISA, 면역 침강, 면역조직화학, 면역형광법, 방사선면역검정, 닷 블롯팅, 면역검출 방법, HPLC, 표면 플라즈몬 공명, 광학 분광법, 개별적인 질량 분광분석법으로부터 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하기 위한 하나 이상의 시약, HPLC, qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술 및 FISH, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 방법을 사용하여 샘플 내에서 검출된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 샘플 내에서 단백질 발현에 의하여 검출된다. 일부 구현예에서, 단백질 발현은 면역조직화학 (IHC)에 의해 계측된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 항체를 사용하여 검출된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 IHC에 의해 약한 염색 세기로 검출된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 IHC에 의해 중간 정도 염색 세기로 검출된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 IHC에 의해 강한 염색 세기로 검출된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 종양 세포, 종양 침투하는 면역 세포, 기질 세포 및 그것의 임의의 조합에서 검출된다. 일부 구현예에서, 염색은 막 염색, 세포질 염색 및 이들의 조합이다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질의 부재는 샘플에서 염색이 부재하거나 없는 것으로 검출된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질의 존재는 샘플에서 임의의 염색으로 검출된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 샘플 내에서 핵산 발현에 의하여 검출된다. 일부 구현예에서, 핵산 발현은 qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술 또는 FISH를 사용하여 계측된다.
상기 양태의 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질의 수준 중앙값은 (1) 참조 집단으로부터의 기질 유전자 특질의 수준; (2) 면역요법에 대한 완전 반응자 및/또는 부분 반응자의 집단으로부터의 기질 유전자 특질의 수준; 및 (3) 제1 시점 이전의 제2 시점에서 개체로부터의 기질 유전자 특질의 수준으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 수준 중앙값과 비교하여 생물학적 샘플 내에서 기질 유전자 특질의 수준(들)의 변화는 수준 증가이다.
일부 양태에서, 본 발명은 면역요법 단독에 반응할 공산이 보다 낮은, 질환 또는 장애를 갖는 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하는 진단 키트를 제공하며, 기질 유전자 특질의 존재에 의해 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료로부터 이점을 나타낼 공산이 보다 높은 개체를 식별한다. 일부 양태에서, 본 발명은 면역요법 단독에 반응할 공산이 보다 낮은, 질환 또는 장애를 갖는 개체를 위한 치료를 선택하기 위한 진단 키트를 제공하며, 상기 키트는 면역요법을 필요로 하는 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하며, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며; 기질 유전자 특질의 존재에 의해 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료로부터 이점을 나타낼 공산이 보다 높은 개체를 식별한다. 일부 양태에서, 본 발명은 하기의 것을 포함하는, 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료를 포함하는 조합 치료의 효능을 모니터링하기 위한 키트를 제공한다: 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료가 진행중인 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하기 위한 하나 이상의 시약으로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며; 증가된 임상적 이점 및/또는 상기 기질 유전자 특질의 존재의 감소는 유효한 치료를 표지하는, 상기 하나 이상의 시약. 일부 구현예에서, 증가된 임상적 이점은 전체 생존 (OS), 무진행 생존 (PFS), 완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR) 및 이들의 조합 중 하나 이상의 상대적인 증가를 포함한다.
상기 키트 중 일부 구현예에서, 질환 또는 장애는 증식성 질환 또는 장애이다. 일부 구현예에서, 질환 또는 장애는 면역-관련된 질환 또는 장애이다. 일부 구현예에서, 질환 또는 장애는 암이다. 일부 구현예에서, 암은 비-소세포 폐암, 소세포 폐암, 신장 세포암, 결장직장암, 난소암, 유방암, 전이성 유방암, 삼중-음성 유방암, 흑색종, 췌장암, 위 암종, 방광암, 요로상피 방광암, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교아종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상식육종, 메르켈 세포암 및 기타 혈액학적 악성종양으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
상기 키트 중 일부 구현예에서, 암은 요로상피 방광암 (UBC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , 또는 PDGFRB 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, UBC에 대한 기질 유전자 특질은 DKK3 , PDGFB , NUAK1 , FGF1 , PDL1M4 또는 LRRC32 중 하나 이상을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 비-소세포 폐암 (NSCLC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 신장세포암 (RCC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, RCC에 대한 기질 유전자 특질은 LUM 및/또는 POSTN을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 흑색종이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2, PDGFRB , 또는 THY1 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 삼중-음성 유방암 (TNBC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB, 또는 THY1 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, TNBC에 대한 기질 유전자 특질은 MMP11, BGN, 또는 COL5A1 중 하나 이상을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 난소암이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY1 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 난소암에 대한 기질 유전자 특질은 POSTN , LOX , 또는 TIMP3 중 하나 이상을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 TGFβ를 추가로 포함한다.
상기 키트 중 일부 구현예에서, 개체로부터 수득된 샘플은 조직, 전혈, 혈장, 혈청, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 종양 조직 샘플이다. 일부 구현예에서, 종양 조직 샘플은 종양 세포, 종양-침윤 면역 세포, 기질 세포, 및 이들의 임의의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 포르말린 고정 및 파라핀 포매되고, 보관, 신선 또는 냉동된다 일부 구현예에서, 샘플은 전혈이다. 일부 구현예에서, 전혈은 면역 세포, 순환 종양 세포 및 이들의 임의의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, 샘플은 면역요법으로 치료하기 전에 또는 면역요법으로 치료한 후에 수득된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 억제성 기질 길항제로의 치료 이전에 수득된다. 일부 구현예에서, 면역요법은 CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, CD40, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMGB1, 또는 TLR 효능제를 포함한다. 일부 구현예에서, 면역요법은 CTLA-4, PD-L1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제를 포함한다. 일부 구현예에서, 면역요법은 PD-L1 축 길항제이다. 일부 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 B7-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및 B7-1 둘 모두에 대한 PD-L1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 항체이다. 일부 구현예에서, 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 항체는 인간, 인간화, 또는 키메라 항체이다. 일부 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1에 대한 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L2에 대한 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및 PD-L2 둘 모두에 대한 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 항체이다. 일부 구현예에서, 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 항체는 인간, 인간화, 또는 키메라 항체이다.
상기 키트 중 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 TGFβ, PDPN, LAIR-1, SMAD, ALK, 결합 조직 성장 인자 (CTGF/CCN2), 내피-1 (ET-1), AP-1, IL-13, PDGF, LOXL2, 엔도글린 (CD105), FAP, 포도플라닌 (GP38), VCAM1 (CD106), THY1, β1 인테그린 (CD29), PDGFRα (CD140α), PDGFRβ (CD140β), 비멘틴, αSMA (ACTA2), 데스민, 엔도시알린 (CD248) 또는 FSP1 (S100A4) 길항제이다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 피르페니돈, 갈루니세르팁(galunisertib) 또는 닌테다닙이다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 TGFβ 길항제이다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 TGFβ 결합 길항제이다. 일부 구현예에서, TGFβ 결합 길항제는 TGFβ의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, TGFβ 결합 길항제는 TGFβ에 대한 세포 수용체에 대한 TGFβ 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, TGFβ 결합 길항제는 TGFβ의 활성화를 억제한다. 일부 구현예에서, TGFβ 결합 길항제는 항체이다. 일부 구현예에서, 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 항체는 인간, 인간화, 또는 키메라 항체이다. 일부 구현예에서, 상기 억제성 기질 길항제로의 치료는 종양에서 면역 세포 침윤을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 증가된 면역 세포 침윤은 T 세포, B 세포, 대식세포 또는 수지상 세포 중 하나 이상의 증가된 침윤이다. 일부 구현예에서, T 세포는 CD8+ T 세포 및/또는 Teff 세포이다. 일부 구현예에서, 개체는 억제성 기질 길항제로의 치료 이전에 면역요법에 저항성이다. 일부 구현예에서, 개체는 이미 단일요법 면역요법으로 투여되었다.
상기 키트의 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 FACS, 웨스턴 블롯, ELISA, 면역 침강, 면역조직화학, 면역형광법, 방사선면역검정, 닷 블롯팅, 면역검출 방법, HPLC, 표면 플라즈몬 공명, 광학 분광법, 개별적인 질량 분광분석법으로부터 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하기 위한 하나 이상의 시약, HPLC, qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술 및 FISH, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 방법을 사용하여 샘플 내에서 검출된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 샘플 내에서 단백질 발현에 의하여 검출된다. 일부 구현예에서, 단백질 발현은 면역조직화학 (IHC)에 의해 계측된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 항체를 사용하여 검출된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 IHC에 의해 약한 염색 세기로 검출된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 IHC에 의해 중간 정도 염색 세기로 검출된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 IHC에 의해 강한 염색 세기로 검출된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 종양 세포, 종양 침투하는 면역 세포, 기질 세포 및 그것의 임의의 조합에서 검출된다. 일부 구현예에서, 염색은 막 염색, 세포질 염색 및 이들의 조합이다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질의 부재는 샘플에서 염색이 부재하거나 없는 것으로 검출된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질의 존재는 샘플에서 임의의 염색으로 검출된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 샘플 내에서 핵산 발현에 의하여 검출된다. 일부 구현예에서, 핵산 발현은 qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술 또는 FISH를 사용하여 계측된다.
상기 키트의 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질의 수준 중앙값은 (1) 참조 집단으로부터의 기질 유전자 특질의 수준; (2) 면역요법에 대한 완전 반응자 및/또는 부분 반응자의 집단으로부터의 기질 유전자 특질의 수준; 및 (3) 제1 시점 이전의 제2 시점에서 개체로부터의 기질 유전자 특질의 수준으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 수준 중앙값과 비교하여 생물학적 샘플 내에서 기질 유전자 특질의 수준(들)의 변화는 수준 증가이다.
도 1a&b는 요로상피 기질-관련 유전자 세트 A의 발현과, 요로상피 암종 환자 반응 (도 1a) 및 전체 생존 (도 1b)과의 연관관계를 도시한다.
도 2는 요로상피 기질-관련 유전자 세트 A의 발현과, 암 게놈 아틀라스(Atlas) (The Cancer Genome Atlas, TCGA) 요로상피 암종 분자 하위유형 (기저 대 내강)과의 연관관계를 도시한다.
도 3a-g는 개별 요로상피 기질-관련 유전자 TGFB1 (도 3a), DKK3 (도 3b), PDGFB (도 3c), NUAK1 (도 3d), FGF1 (도 3e), PDLIM4 (도 3f) 및 LRRC32 (도 3g)의 발현과, 요로상피 암종 환자 반응과의 연관관계를 도시한다.
도 4a&b는 요로상피 기질-관련 유전자 세트 B의 발현과, 요로상피 암종 환자 반응 (도 4a) 및 전체 생존 (도 4b)과의 연관관계를 도시한다.
도 5는 방광암, 유방암, 폐암, 흑색종 및 신장암 환자 샘플에 대한, 서로 간의 그리고 전체 사이의, 세트 A의 유전자의 스피어만(Spearman) 상관관계를 도시한다.
도 6은 방광암, 유방암, 폐암, 흑색종 및 신장암 환자 샘플 내 기질-관련 유전자 세트 A의 평균-Z RNA 발현을 나타낸다.
도 7a&b는 기질-관련 유전자 세트 A의 발현과, 방광암, 유방암, 폐암, 흑색종, 및 신장암 환자 반응 (도 7a) 및 전체 생존 (도 7b)과의 상관관계를 도시한다.
도 8a-e는 기질-관련 유전자 세트 A의 발현과, 유방암 (도 8a), 신장암 (도 8b), 피부암 (도 8c), 폐암 (도 8d), 및 방광암 (도 8e) 환자 반응의 연관관계를 도시한다.
도 9a-e는 기질-관련 유전자 세트 A의 발현과, 유방암 (도 9a), 방광암 (도 9b), 피부암 (도 9c), 폐암 (도 9d), 및 신장암 (도 9e) 환자의 전체 생존률과의 연관관계를 도시한다.
도 10은 마우스 EMT6 유방 종양 모델에서의 항-TGFb 및 항-PDL1과의 조합 요법의 실험적 다이어그램을 나타낸다.
도 11a-c는 이소형 항체 (도 11a), 항-PDL1 항체 (도 11b), 또는 항-PDL1 및 항-TGFb 1D11 항체 (도 11c)가 투여된 EMT6 유방 종양 모델 마우스 내 종양 용적 값을 도시한다.
도 12a-e는 이소형 항체 (도 12a), 항-PDL1 항체 (도 12b), 항-TGFb 2G7 항체 (도 12c), 항-TGFb 1D11 항체 (도 12d), 또는 항-PDL1 및 항-TGFb 2G7 항체 (도 12e)가 투여된 EMT6 유방 종양 모델 마우스에서의 종양 용적 값을 도시한다.
도 13a-e는 항-TGFb 1D11이 항-PDL1과 조합하여 투여된 EMT6 유방 종양 모델 마우스로부터 단리된 세포에서의 CD45+ 세포 (도 13a), 및 CD8 T 세포 (도 13b), 그란자임 B+ CD8 T 세포 (도 13c), Ki67+ CD8 T 세포 (도 13d), 및 PD1+ CD8 T 세포 (도 13e)의 존재비(abundance)를 도시한다.
도 14a&b는 항-PDL1 항체, 항-TGFb 1D11 항체, 또는 항-TGFb 2G7 항체가 투여된 EMT6 유방 종양 모델 마우스로부터 단리된 CD45- 세포에서의 pSMAD MFI (도 14a) 및 pSMAD+ 세포의 백분율 (도 14b)을 도시한다.
도 15a-f는 BIWx3 (도 15a), TIWx4 (도 15b), 또는 BIWx3 (도 15c)의 투여 요법을 통하여 항-PDL1 항체 단독이 투여되거나, 또는 BIWx3 (도 15d), TIWx4 (도 15e), 또는 TIWx3 (도 15f)의 투여 요법을 통하여 항-PDL1 항체가 항-TGFb 2G7과 조합하여 투여된 EMT6 유방 종양 모델 마우스에서의 종양 용적 값을 도시한다.
본 발명은 면역요법 단독에 반응할 공산이 보다 낮은, 질환 또는 장애를 갖는 개체를 식별하기 위한 방법을 제공하며, 상기 방법은 하기를 포함한다: 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP, FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가는 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료를 위한 개체를 식별하는, 상기 계측 단계. 일부 양태에서, 본 발명은 면역요법 단독에 반응할 공산이 보다 낮은, 질환 또는 장애를 갖는 개체를 치료하기 위한 방법을 제공하며, 상기 방법은 하기를 포함한다: a) 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가는 치료를 위한 개체를 식별하는, 상기 계측 단계; 및 b) 상기 개체에게 유효량의 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 투여하는 단계.
I. 정의
용어 "검출하는"은 표적 분자의 정성적 및 정량적 측정 둘 모두를 포함하는 가장 넓은 의미로 본 명세서에서 사용된다. 검출은 샘플 내에 표적 분자의 단순한 존재를 식별하는 것뿐만 아니라 표적 분자가 검출가능한 수준으로 샘플 내에 존재하는지 여부를 계측하는 것을 포함한다.
용어 "폴리펩티드" 및 "단백질"은 임의의 길이의 아미노산의 폴리머를 나타내는데 본원에서 상호교환적으로 사용된다. 상기 중합체는 선형 또는 분지형일 수 있고, 이는 변형된 아미노산을 포함할 수 있고, 그리고 이는 비-아미노산에 의하여 저해될 수 있다. 상기 용어는 또한 천연적으로 또는 중재술(intervention); 예를 들어, 이황화 결합 형성, 당화, 지질화, 아세틸화, 인산화, 또는 임의의 다른 조작 또는 변형, 예를 들어, 표지화 성분을 사용한 콘주게이트에 의해 변형된 아미노산 중합체를 포괄한다. 예를 들면, 아미노산 (예를 들면, 비천연 아미노산 등 포함)의 하나 이상의 유사체, 뿐만 아니라 당해기술에 공지된 다른 변형을 함유하는 폴리펩티드가 또한 상기 정의내에 포함된다. 본 명세서에서 사용된 바와 같은 용어들 "폴리펩티드" 및 "단백질"은 구체적으로 항체를 포괄한다.
용어 "바이오마커"는, 본원에 사용된 바와 같이, 예컨대, 예측성, 진단성, 및/또는 예후성인 표지자를 지칭하며, 이는 샘플 내에서 검출될 수 있다. 바이오마커는, 분자적, 병리학적, 조직학적 및/또는 임상적 특징에 의하여 특성화된, 질환 또는 장애 (예컨대, 암)의 특정 하위유형의 표지자로서 작용할 수 있다. 일부 구현예에서, 바이오마커는 유전자이다. 바이오마커는 비제한적으로 하기를 포함한다: 폴리뉴클레오티드 (예컨대, DNA 및/또는 RNA), 폴리뉴클레오티드 사본 수 변경 (예컨대, DNA 사본 수), 폴리펩티드, 폴리펩티드 및 폴리뉴클레오티드 변형 (예컨대, 번역 후 변형), 탄수화물, 및/또는 당지질-계 분자 마커.
용어들 "바이오마커 특질", "특질", "바이오마커 발현 특질", 또는 "발현 특질"는 본 명세서에서 상호교환적으로 사용되고 그리고 그 발현이 지표, 예컨대, 예측, 진단, 및/또는 예후인 바이오마커의 하나 또는 조합을 지칭한다. 바이오마커 표지는, 분자적, 병리학적, 조직학적 및/또는 임상적 특징에 의하여 특성화된, 질환 또는 장애 (예컨대, 암)의 특정 하위유형의 표지자로서 작용할 수 있다. 일부 구현예에서, 바이오마커 특질은 "유전자 특질"이다. 용어 "유전자 특질"은 "유전자 발현 특질"와 상호교환적으로 사용되고 그리고 그 발현이 지표, 예컨대, 예측, 진단, 및/또는 예후인 폴리뉴클레오티드의 하나 또는 조합을 지칭한다. 일부 구현예에서, 바이오마커 특질은 "단백질 특질"이다. 용어 "단백질 특질"은 "단백질 발현 특질"과 상호교환적으로 사용되고 그리고 그 발현이 지표, 예컨대, 예측, 진단, 및/또는 예후인 폴리펩티드의 하나 또는 조합을 지칭한다.
용어 "기질 유전자 특질"은 기질과 관련된 유전자; 예컨대, 종양 기질과 관련된 유전자의 임의의 하나 또는 조합 또는 하위-조합을 지칭한다. 환자의 기질 유전자 특질의 유전자 발현 패턴은 조직 (예컨대, 종양) 내 또는 주위의 기질 (예컨대, 섬유증)의 존재와 상호관련된다. 기질 유전자 특질의 각 개별 유전자 또는 구성원은 "기질 특질 유전자"이다. 기질 특질 유전자는 기질 세포, 종양 세포 또는, 다른 세포에 의해 발현될 수 있으며, 상기 기질 특질 유전자의 발현은 소정의조직내 높은 수준의 기질 (예를 들어, 높은 수준의 섬유증)과 관련되어 있다. 이러한 유전자는 비제한적으로 하기를 포함한다: FAP, FN1, MMP2, BGN, LOXL2, PDPN, PDGFRB, COL4A1, COL4A2, COL5A1, COL8A1, THY1, DKK3, PDGFB, NUAK1, FGF1, PDLIM4, LRRC32, POSTN, LOX, TIMP3, 및 TGFβ.
발현 수준 중앙값과 비교하여 증가된 발현 수준 (예컨대, 암 유형(또는 암 유형에서, 상기 "암 유형"은 암성 세포(예컨대, 종양 세포, 종양 조직) 뿐만 아니라 암성/종양 환경 주변의 비-암성 세포(예컨대, 기질 세포, 기질 조직)를 포함하는 것으로 의미됨)의 하나 이상의 기질 유전자 특질의 발현 수준 중앙값에서 하나의 또는 기질 유전자 특질을 "발현하는" 샘플, 세포, 종양 또는 암은 그 암 유형에 대하여 숙련된 사람에게는 "높은 기질 유전자 특질 발현 수준"으로 간주된다. 일반적으로, 그와 같은 수준은 동일한 암 유형의 샘플, 세포, 종양, 또는 암의 집단에서 기질 유전자 특질 수준에 대하여 약 50%부터 최대 약 100%까지 또는 그 이상 (예컨대, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 또는 그 이상)의 범위로 될 것이다. 예를 들어, 발현 수준 중앙값에 도달하는데 사용된 집단은 특정 암 샘플 (예컨대, 방광암, 유방암, 결장직장암, 위암, 간암, 흑색종, 폐암 (예컨대, 비-소세포 폐 암종), 난소암 또는 신장 세포 암종), 일반적으로, 또는 이의 하위그룹, 예컨대 화학요법-저항성 암, 백금-저항성 암, 뿐만 아니라 진행성, 난치성 또는 재발성 암 샘플일 수 있다. 이론에 의한 구속됨 없이, 일부 구현예에서 기질 유전자 특질은 면역요법을 방해하거나 저해하는 기질-관련 유전자의 발현을 포함한다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 면역요법에 대한 완전 또는 부분 반응을 나타내는 암 환자 유래의 종양 기질-관련 유전자의 발현과 비교하여 개체 내 종양 기질-관련 유전자의 증가된 발현이다.
특정 바이오마커 (예컨대, 하나 이상의 기질 유전자 특질)와 관련하여 사용된 "발현 수준 계측"은 본 명세서에 기재된 검출 방법 중 어느 하나인 진단 시험을 사용하여 계측 시, 암-관련된 생물학적 환경(예컨대, 종양 세포내 바이오마커(들)의 발현), 종양-관련된 세포 (예컨대, 종양-관련된 기질 세포) 또는 이와 유사한 것에서 바이오마커(들) (예컨대, 하나 이상의 기질 유전자 특질)의 발현을 의미한다.
개체에 증가된 임상적 이점과 관련된 바이오마커의 "양" 또는 "수준"은 생물학적 샘플에서 검출가능한 수준이다. 이들은 당해 기술의 숙련가에게 알려지고 본원에 의해 개시된 방법들에 의해 측정될 수 있다. 평가된 바이오마커의 발현 수치 또는 양은 상기 치료에 대한 반응을 계측하는 데 사용될 수 있다.
일반적으로 용어 "발현의 수준" 또는 "발현 수준"은 상호교환하여 사용가능하고, 일반적으로 생물학적 샘플 중의 바이오마커의 양을 가리킨다. "발현"은 일반적으로 정보(예컨대, 유전자-암호화 및/또는 후성적)가 상기 세포에 존재하고 작동하는 구조체로 전환되는 과정을 가리킨다. 따라서, 본 명세서에서 사용된 바와 같이, "발현"은 폴리뉴클레오티드로 전사, 폴리펩티드, 또는 더욱이 폴리뉴클레오티드 및/또는 폴리펩티드 변형으로 번역 (예컨대, 폴리펩티드의 번역후 변형)을 지칭할 수 있다. 전사된 폴리뉴클레오티드, 번역된 폴리펩티드, 또는 폴리뉴클레오티드 및/또는 폴리펩티드 변형 (예컨대, 폴리펩티드의 변역 후 변형)의 단편 또한 이들이 대안적 스플라이싱(alternative splicing)에 의해 생성된 전사물 또는 분해된 전사물에서 유래되든지, 또는 예컨대, 단백질 가수분해에 의한 상기 폴리펩티드의 번역후 과정에서 유래되든, 발현된 것으로 간주되어야 한다. "발현된 유전자"는 mRNA로 폴리뉴클레오티드로 전사되고 그리고 그 다음 폴리펩티드로 번역된 것 및 또한 RNA로 전사되었지만 폴리펩티드로 번역되지 않은 것 (예를 들면, 이동 및 리보솜 RNA)을 포함한다.
"상승된 발현," "상승된 발현 수준," 또는 "상승된 수준"은, 대조군, 예컨대 질환 또는 장애 (예컨대, 암)을 앓는 개체 또는 개체들, 면역 요법에 대한 완전 또는 부분적 반응자인 개체, 또는 내부 대조군 (예컨대, 하우스키핑 바이오마커)과 비교하여, 개체에서의 바이오마커의 증가된 발현 또는 증가된 수준을 지칭한다.
"감소된 발현," "감소된 발현 수준," 또는 "감소된 수준"은, 대조군, 예컨대 질환 또는 장애 (예컨대, 암)을 앓는 개체 또는 개체들, 면역 요법에 대한 완전 또는 부분적 반응자인 개체, 또는 내부 대조군 (예컨대, 하우스키핑 바이오마커)과 비교하여, 개체에서의 바이오마커의 감소된 발현 또는 감소된 수준을 지칭한다. 일부 구현예에서, 저하된 발현은 발현이 거의 없거나 아예 없는 것이다.
용어 "하우스키핑(housekeeping) 바이오마커"는 모든 세포 유형에 전형적으로 유사하게 존재하는 바이오마커 또는 일단의 바이오마커(예컨대, 폴리뉴클레오티드 및/또는 폴리펩티드)를 가리킨다. 일부 구현예에서, 하우스키핑 바이오마커는 "하우스키핑 유전자"이다. "하우스키핑 유전자"는 본원에서 세포 작용의 유지를 위해 필수적인 활성을 갖는 단백질을 암호화하고 전형적으로 모든 세포 유형에 유사하게 존재하는 유전자 또는 일단의 유전자를 가리킨다.
본원에 사용되는 "증폭"은 일반적으로 원하는 서열의 다수의 사본을 생성하는 과정을 가리킨다. "다수의 사본"은 적어도 2개의 사본을 의미한다. "사본"은 반드시 상기 주형 서열에 대한 완전한 서열 상보성 또는 동일성을 의미하지 않는다. 예를 들어, 사본에는 뉴클레오티드 유사체 예컨대 데옥시이노신, 의도적 서열 변경 (예컨대 혼성가능하나 상기 주형에 상보적이지 않은 서열을 포함하는 프라이머를 통해 유도되는 서열 변경), 및/또는 증폭 중에 발생하는 서열 오류가 포함된다.
"면역요법"이란 용어는 면역 반응을 조절하는 치료제를 사용하는 것을 의미한다. 면역요법은 활성화 면역요법 또는 억제 면역요법일 수 있다. 용어 "활성화 면역요법"은 예컨대, T 세포 반응을 포함하는 면역 반응을 유도하거나, 증진시키거나, 또는 촉진시키는 치료제의 용도를 지칭한다. 용어 "억제 면역요법"은 예컨대, T 세포 반응을 포함하는 면역 반응을 방해하거나, 억압하거나, 또는 억제시키는 치료제의 용도를 지칭한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 개체가 활성화 면역요법과 억제성 기질 길항제의 조합으로부터 이점을 얻을 수 있는지 여부를 계측하기 위한 기질 세포 특질을 계측하기 위한 수단을 제공한다.
용어 "PD-L1 축 결합 길항제"는, 복구되거나 증진될 T-세포 작용을 갖는, PD-L1 신호전달 축 상의 신호전달로부터 유발된, T-세포 기능이상을 제거하기 위하여, 이의 결합 상대 중 하나 이상과의 PD-1 축 결합 상대의 상호작용을 억제하는 분자이다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제 및 PD-1 결합 길항제뿐만 아니라 PD-L1과 PD-1 사이의 상호작용 (예컨대, PD-L2-Fc)을 저해하는 분자를 포함한다.
용어 "PD-L1 결합 길항제"는, PD-L1 의, 이의 결합 상대 예컨대 PD-1, B7-1 중 하나 이상과의 상호작용으로부터 유발된 신호 형질도입을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 저해하는 분자이다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 이의 결합 상대에 대한 결합을 억제하는 분자이다. 특정 양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및/또는 B7-1에 대한 PD-L1 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 하기를 포함한다: PD-L1의, 이의 결합 상대, 예컨대 PD-1 및/또는 B7-1 중 하나 또는 그 이상과의 상호작용으로부터 유발된 신호 형질도입을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 저해하는, 항-PD-L1 항체, 이의 항원-결합 단편, 면역접합체, 융합 단백질, 올리고펩티드, 및 기타 분자. 일 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 작용이상 T-세포에 보다 낮은 비-작용이상성을 부여하기 위하여, 하기를 감소시킨다: T 림프구 상에 발현된 세포 표면 단백질, 및 기타 세포를 통하여, 또는 이에 의하여 매개된 음성 신호, PD-L1 또는 PD-1을 통하여 매개된 신호전달.
용어 "PD-1 결합 길항제"는, PD-1의, 이의 결합 상대, 예컨대 PD-L1, PD-L2 중 하나 이상과의 상호작용으로부터 유발된 신호 형질도입을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 저해하는 분자이다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 이의 결합 상대로의 PD-1 결합을 억제하는 분자이다. 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및/또는 PD-L2로의 PD-1 결합을 억제한다. 예를 들어, PD-1 결합 길항제는 하기를 포함한다: PD-L1 및/또는 PD-L2 와의 PD-1의 상호작용으로 유발된 신호 형질도입을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 저해하는, 항-PD-1 항체, 이의 항원-결합 단편, 면역접합체, 융합 단백질, 올리고펩티드, 및 기타 분자. 일 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 작용이상 T-세포에 보다 낮은 비-작용이상성을 부여하기 위하여, 하기를 감소시킨다: T 림프구 상에 발현된 세포 표면 단백질, 및 기타 세포를 통하여, 또는 이에 의하여 매개된 음성 신호, PD-L1 또는 PD-1을 통하여 매개된 신호전달.
용어 "프로그램된 사멸 리간드 1" 및 "PD-L1"은 본 명세서에서 천연 서열 PDL1 폴리펩티드, 폴리펩티드 변이체, 및 (본 명세서에서 추가로 정의된) 천연 서열 폴리펩티드와 폴리펩티드 변이체의 단편에 대하여 지칭한다. 본원에 기술된 PD-L1 폴리펩티드는 다양한 공급원으로부터, 예를 들면, 인간 조직 유형으로부터 또는 다른 공급원으로부터 단리되거나, 또는 재조합 또는 합성 방법에 의해 제조될 수 있다.
"천연 서열 PD-L1 폴리펩티드"는, 상응하는 천연 유래의 PD-L1 폴리펩티드와 상동한 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드를 포함한다. "PD-L1 폴리펩티드 변이체", 또는 이들의 변형은 PD-L1 폴리펩티드, 일반적으로 본 명세서에서 개시된 바와 같은 임의의 천연 서열 PD-L1 폴리펩티드 서열과 적어도 약 80% 아미노산 서열 동일성을 갖는 본 명세서에서 정의된 바와 같은 활성 PD-L1 폴리펩티드를 의미한다. 상기 PD-L1 폴리펩티드 변이체는, 예를 들면, 하나 이상의 아미노산 잔기가 천연 아미노산 서열의 N 또는 C-말단에서 첨가되거나, 또는 결실된 PD-L1 폴리펩티드를 포함한다. 통상적으로, PD-L1 폴리펩티드 변이체는 본 명세서에서 개시된 바와 같은 천연 서열 PD-L1 폴리펩티드 서열에 적어도 약 80% 아미노산 서열 동일성, 대안적으로 적어도 약 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 아미노산 서열 동일성을 가질 것이다. 보통, PD-L1 변이체 폴리펩티드는, 길이가 적어도 약 10 아미노산, 대안적으로 길이가 적어도 약 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 200, 210, 220, 230, 240, 250, 260, 270, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289 아미노산 이상이다. 선택적으로, PD-L1 변이체 폴리펩티드는 PD-L1 천연 폴리펩티드 서열에 비교하여 1 이하 보존적 아미노산 치환, 대안적으로 천연 PD-L1 폴리펩티드 서열에 비교하여 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10 이하 보존적 아미노산 치환을 가질 것이다.
본 명세서에서 정의된 바와 같이, 용어 "PD-L1 길항제"는 천연 서열 PD-L1에 의해 매개되는 생물학적 활성 및/또는 기능을 부분적으로 또는 완전하게 차단, 저해 또는 중화시키는 임의의 분자이다. 특정 구현예에서, 상기 길항제는 PD-L1에 결합한다. 일 구현예에 따르면, 길항제는 폴리펩티드이다. 또 다른 구현예에 따르면, 길항제는 항-PD-L1 항체이다. 또 다른 구현예에 따르면, 길항제는 소분자 길항제이다. 또 다른 구현예에 따르면, 길항제는 폴리뉴클레오티드 길항제이다.
본 명세서에서 정의된 바와 같이 "억제성 기질 길항제"는 기질과 관련된 유전자 또는 유전자 생성물 (예를 들어, 종양 관련된 기질)의 생물학적 활성 및/또는 기능을 부분적으로 또는 완전하게 차단, 저해 또는 중화시키는 임의의 분자이다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 섬유증 종양과 관련된 유전자 또는 유전자 생성물의 생물학적 활성 및/또는 작용을 부분적으로 또는 완전히 차단하거나, 억제하거나, 또는 중화시킨다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제로 치료할 경우, 예를 들어, 면역 세포 (예를 들어, 전염증 세포)를 활성화시켜 섬유성 조직 (예를 들어, 섬유성 종양)에 침투시키는 능력을 증가시킴으로써 기질이 감소되어 면역요법의 활성이 증가한다.
용어 "TGFβ 길항제"는, TGFβ의, 이의 상호작용 상대, 예컨대 TGFβ 세포성 수용체와의 상호작용으로부터 유발된 신호 형질도입을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 저해하는 분자이다. 일부 구현예에서, TGFβ 결합 길항제는 TGFβ의 이의 결합 상대에 대한 결합을 억제하는 분자이다. 일부 구현예에서, TGFβ 길항제는 TGFβ의 활성화를 억제한다. 일부 구현예에서, TGFβ 길항제는 하기를 포함한다: TGFβ의, 이의 상호작용 상대 중 하나 이상의 상호작용으로부터 유발된 신호 형질도입을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 저해하는, 항-TGFβ 항체, 이의 항원-결합 단편, 면역접합체, 융합 단백질, 올리고펩티드, 및 기타 분자.
"폴리뉴클레오티드", 또는 "핵산"은, 본원에서 상호교환적으로 사용되는 바와 같이, 임의의 길이의 뉴클레오티드의 폴리머를 지칭하고, DNA 및 RNA를 포함한다. 뉴클레오티드는 데옥시리보뉴클레오티드, 리보뉴클레오티드, 변형된 뉴클레오티드 또는 염기, 및/또는 이의 유사체, 또는 DNA 또는 RNA 폴리머라제에 의해, 또는 합성 반응에 의해 폴리머에 편입될 수 있는 임의의 기질일 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드, 예컨대 메틸화된 뉴클레오티드 및 이의 유사체를 포함할 수 있다. 존재한다면, 뉴클레오티드 구조에 대한 변형은 폴리머의 어셈블리 이전 또는 이후 부여될 수 있다. 뉴클레오티드의 서열은 비-뉴클레오티드 성분에 의해 방해될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 합성 이후, 예컨대 표지를 이용한 콘주게이션에 의해 추가로 변형될 수 있다. 다른 유형의 변형은, 예를 들면, "캡(caps)", 천연 발생 뉴클레오티드 중 하나 이상의 유사체로의 치환, 뉴클레오티드간 변형 예컨대, 예를 들면, 미충전된 연결기 (예컨대, 메틸포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포아미데이트, 카바메이트 등) 및 충전된 연결기 (예컨대, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)를 갖는 것, 팬던트 모이어티, 예컨대, 예를 들면, 단백질 (예컨대, 뉴클레아제, 독소, 항체, 신호 펩티드, ply-L-라이신 등)을 함유하는 것, 삽입제 (예컨대, 아크리딘, 소랄렌, 등)를 갖는 것, 킬레이터 (예컨대, 금속, 방사성 금속, 붕소, 산화적 금속, 등)를 함유하는 것, 알킬화제를 함유하는 것, 변형된 연결기 (예컨대, 알파 아노머성 핵산, 등)를 갖는 것, 뿐만 아니라 비변형된 형태의 폴리뉴클레오티드(들)를 포함한다. 추가로, 당류에 통상적으로 존재하는 임의의 하이드록실기는, 예를 들어, 포스포네이트 기, 포스페이트에 의해 대체될 수 있거나, 표준 보호기에 의해 보호될 수 있거나, 또는 추가 뉴클레오티드에 추가 연결을 제조하기 위해 활성화될 수 있거나, 또는 고형 또는 반-고형 지지체에 콘주게이트될 수 있다. 5' 및 3' 말단 OH는 1 내지 20개의 탄소 원자의 아민 또는 유기 캡핑 기 모이어티로 인산화 또는 치환될 수 있다. 다른 하이드록실은 또한 표준 보호기로 유도될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 또한, 예를 들면, 2'-O-메틸-, 2'-O-알릴, 2'-플루오로- 또는 2'-아지도-리보오스, 카보사이클릭 당 유사체, α-아노머성 당, 에피머 당류 예컨대 아라비노오스, 자일로스 또는 릭소스, 파이라노스 당, 푸라노스 당, 세도헵툴로스, 비환식 유사체 및 무염기성 뉴클레오사이드 유사체 예컨대 메틸 리보사이드를 포함하여, 당해기술에 일반적으로 공지되는 리보오스 또는 데옥시리보스 당류의 유사 형태를 함유할 수 있다. 하나 이상의 포스포디에스테르 연결기는 대안적인 연결기에 의해 대체될 수 있다. 이러한 대안적인 결합기는, 비제한적으로 구현예들을 포함하며, 여기서 포스페이트는 P(O)S ("티오에이트"), P(S)S ("디티오에이트"), (O)NR2 ("아미데이트"), P(O)R, P(O)OR', CO 또는 CH2 ("폼아세탈(formacetal)")로 교체될 수 있으며, 여기서 각 R 또는 R'은 독립적으로 H 또는 선택적으로 에터 (-O-) 결합, 아릴, 알케닐, 시클로알킬, 시클로알케닐, 또는 아랄딜을 함유하는 치환된 또는 비치환된 알킬 (1-20 C)이다. 폴리뉴클레오티드에서 모든 연결기가 동일할 필요는 없다. 이전의 설명은 RNA 및 DNA를 포함하여 본원에서 언급되는 모든 폴리뉴클레오티드에 적용한다.
"올리고뉴클레오티드"는, 본원에서 사용된 바와 같이, 짧고, 일반적으로 단일 가닥이고, 필수적인 것은 아니나 길이가 250 뉴클레오티드 미만인, 뉴클레오티드를 지칭한다. 올리고뉴클레오티드는 합성일 수 있다. 용어 "올리고뉴클레오티드" 및 "폴리뉴클레오티드"는 상호 배타적이지 않다. 폴리뉴클레오티드에 대한 상기 기술은 올리고뉴클레오티드에 동등하게, 그리고 완전하게 적용가능하다.
용어 "프라이머"는 핵산에 혼성화할 수 있고, 일반적으로 유리 3'-OH 작용기를 제공함으로써, 상보적 핵산의 중합화를 따를 수 있는 단일 가닥 폴리뉴클레오티드를 지칭한다.
용어 "소분자"는 2000 달톤 이하, 바람직하게는 약 500 달톤 이하의 분자량을 갖는 임의의 분자를 지칭한다.
용어 "진단"은, 본원에서 분자적 또는 병리학적 상태, 질환 또는 병태 (예컨대, 암)의 식별 또는 분류를 지칭하는데 사용된다. 예를 들어, "진단"은 암의 특정 유형의 식별을 지칭할 수 있다. "진단"은, 또한, 예컨대 조직병리학적 기준에 의한, 또는 분자적 특징 (예컨대, 일 바이오마커 또는 이의 조합의 발현에 의해 특성화된 하위유형 (예컨대, 상기 유전자에 의하여 암호화된 특정 유전자 또는 단백질))에 의한 암의 특정 하위유형의 분류를 지칭할 수 있다.
용어 "진단 보조"는 질환 또는 장애 (예컨대, 암)의 증상 또는 병태의 특정한 유형의 존재, 또는 성질에 관하여 임상 계측에 보조하는 방법을 지칭하기 위해 본원에서 사용된다. 예를 들어, 질환 또는 병태 (예컨대, 암)의 진단 보조 방법은 개체로부터 생물학적 샘플에서 특정 바이오마커 평가를 포함할 수 있다.
본원에 사용된 바와 같은 용어 "샘플,"은 예를 들어, 물리적, 생화학적, 화학적 및/또는 생리학적 특성을 기준으로 특성 분석되고/되거나 식별되어야만 하는 세포 및/또는 다른 분자 실체를 함유하는 목적하는 피험체 및/또는 개체로부터 수득되거나 유래된 조성물을 지칭한다. 예를 들어, 어구 "질환 샘플" 및 이의 변화는 특성화되는 세포성 및/또는 분자 독립체를 함유하기 위해 공지된 또는 예상될 해당 피험체로부터 수득된 임의의 샘플을 지칭한다. 샘플은 하기를, 비제한적으로, 포함한다: 1차 또는 배양된 세포 또는 세포주, 세포 상청액, 세포 용해물, 혈소판, 혈청, 혈장, 유리체 유체, 림프액, 활막 유체, 여포성 유체, 정액, 양수, 밀크, 전체의 혈액, 혈액-유도된 세포, 소변, 뇌척수액, 타액, 가래, 눈물, 땀, 점액, 종양 용해물, 및 조직 배양 배지, 조직 추출물 예컨대 균질화된 조직, 종양 조직, 세포성 추출물, 및 이들의 조합.
"조직 샘플" 또는 "세포 샘플"은 피험체 또는 개체의 조직으로부터 수득된 유사한 세포의 수집을 의미한다. 조직 또는 세포 샘플의 공급원은 신선, 냉동 및/또는 보존 장기, 조직 샘플, 생검 또는 흡입액에서 유래된 것과 같은 고체 조직; 혈액 또는 모든 혈액 구성성분 예컨대 혈장; 체액, 예컨대 뇌척수액, 양수, 복막액 또는 세포기질액; 개체의 임신 또는 발달 중 어느 시점에서 유래된 세포일 수 있다. 조직 샘플은 또한 원발성 또는 배양된 세포 또는 세포주일 수 있다. 선택적으로, 조직 또는 세포 샘플은 질환 조직/장기로부터 수득된다. 상기 조직 샘플은 자연적으로 상기 조직과 혼합되지 않는 화합물, 예컨대 보존제, 항응고제, 완충용액, 고정액, 영양분, 항생제 등을 함유할 수 있다.
"참조 샘플," "참조 세포," "참조 조직," "대조군 샘플," "대조군 세포," 또는 "대조군 조직"은, 본원에 사용된 바와 같이, 비교 목적으로 사용되는 샘플, 세포, 조직, 표준, 또는 수준을 지칭한다. 일 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 동일한 피험체 또는 개체의 신체(예컨대, 조직 또는 세포)의 건강하고/하거나 비-질환 부분으로부터 수득될 수 있다. 예를 들어, 질환 세포 또는 조직에 인접한 건강한 및/또는 비-질환 세포 또는 조직 (예컨대, 종양에 인접한 세포 또는 조직). 또 다른 구현예에서, 참조 샘플은 동일한 피험체 또는 개체의 신체의 비처리된 조직 및/또는 세포로부터 수득된다. 또한 또 다른 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 상기 피험체 또는 개체가 아닌 개체의 신체(예컨대, 조직 또는 세포)의 건강하고/하거나 비-질환 부분으로부터 수득될 수 있다. 추가의 또 다른 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 상기 피험체 또는 개체가 아닌 개체의 신체의 비처리된 조직 및/또는 세포로부터 수득될 수 있다. 일부 구현예에서, 참조 샘플은 면역요법에 대한 완전 반응자 또는 부분 반응자인 개체이다. 일부 구현예에서, 참조 샘플은 면역 요법에 대한 완전 반응자 또는 부분적 반응자인 개체 유래의 샘플의 데이터베이스이다.
본원에서의 목적을 위해, 조직 샘플의 "분획"은 조직 샘플의 단일부 또는 조각, 예컨대, 조직 샘플로부터 절단된 조직 또는 세포의 얇은 슬라이스를 의미한다. 하기가 이해된다: 조직 샘플의 다중 절편이 수행 및 분석될 수 있으며, 단, 하기가 이해된다: 조직 샘플의 상동한 절편은 형태학적 수준 및 분자 수준 둘 모두에서 분석될 수 있거나, 또는 폴리펩티드 및 폴리뉴클레오티드 둘 모두에 대해 분석될 수 있다.
"상관관계가 있다" 또는 "상관관계가 있는"은 모든 방식으로 첫 번째 분석 또는 프로토콜의 성과 및/또는 결과를 두 번째 분석 또는 프로토콜의 성과 및/또는 결과와 비교하는 것을 의미한다. 예를 들어, 두 번째 프로토콜을 수행할 때 첫 번째 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용하거나 및/또는 두 번째 분석 또는 프로토콜이 수행되어야 하는지 여부를 계측하기 위해 첫 번째 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있다. 폴리펩티드 분석 또는 프로토콜의 구현예와 관련하여, 특정 치료 요법이 수행되어야 하는지 여부를 계측하기 위해 폴리펩티드 발현 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있다. 폴리뉴클레오티드 분석 또는 프로토콜의 구현예와 관련하여, 특정 치료 요법이 수행되어야 하는지 여부를 계측하기 위해 폴리뉴클레오티드 발현 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있다.
"개체 반응" 또는 "반응"은 상기 개체에 대한 이점을 표지하는 임의의 종료점을 사용하여 평가될 수 있으며, 이는 비제한적으로 하기를 포함한다: (1) 지연 및 완전한 정지를 포함하는, 장애 진행 (예컨대, 암 진행)의, 일정 정도까지의, 억제; (2) 종양 크기의 감소; (3) 인접 말초 기관 및/또는 조직으로 암 세포 침윤의 억제 (즉, 감소, 지연, 또는 완전한 정지); (4) 전이의 억제 (즉, 감소, 지연 또는 완전한 정지); (5) 질환 또는 장애 (예컨대, 암)과 연관된 하나 이상의 증상의, 일정 정도까지의, 완화; (6) 전체 생존 및 무진행 생존의 길이 증가 또는 연장; 및/또는 (9) 치료 후 소정의 시간에서 감소된 사망률.
약제로의 치료에 환자의 "효과적인 반응" 또는 환자의 "반응성" 및 유사한 문구는 질환 또는 장애 예컨대 암 발병 위험이 있거나 또는 암을 앓는 환자에게 소정의임상적 또는 치료적 이점을 지칭한다. 일 구현예에서, 상기 이점에는 하기 중 하나 이상이 포함된다: 연장된 생존 (전체 생존 및 무진행 생존 포함); 객관적 반응의 유발 (완전 반응 또는 부분적 반응 포함); 또는 암의 징후 또는 증상의 개선. 일 구현예에서, 기질 유전자 특질은 억제성 기질 길항제로의 치료가 부재한 경우 면역요법에 의한 치료와 비교하여, 면역요법 및 억제성 기질 길항제의 조합에 의한 치료에 반응할 가능성이 증가할 것으로 예상되는 환자를 식별하기 위해 사용된다.
"생존율"은 살아남은 상기 환자를 지칭하며, 전체 생존율뿐만 아니라 무진행 생존율을 포함한다.
"전체 생존"은 환자가 규정된 시기 동안, 진단 또는 치료 시부터 1 년, 5 년 등, 생존을 유지하는 것을 나타낸다.
"무진행 생존율"은 상기 암의 진행 또는 악화 없이 살아 남은 환자를 가리킨다.
"생존율 연장"이란 미치료 환자 대비(즉, 상기 약제로 치료받지 않은 환자 대비), 또는 지정된 수치로 또는 바이오마커를 발현하지 않는 환자 대비, 및/또는 승인된 항-종양 제제로 치료 받은 환자 대비, 치료 받은 환자에서 전체 또는 무진행 생존율 증가를 의미한다. "객관적 반응"은 측정가능한 반응, 예를 들면 완전 반응(CR) 또는 부분적 반응(PR)을 가리킨다.
완전 반응 또는 "CR"이란 치료 반응에서 암의 모든 조짐의 사라짐이 의도된다. 이것은 암이 치유되었다는 것을 항상 의미하는 것은 아니다.
부분적 반응 또는 "PR"는 치료에 대한 반응에서 하나 이상의 종양 또는 병변의 크기, 또는 체내에서 암의 길이의 감소를 가리킨다.
본원에 사용되는 용어 "실질적으로 동일한"은 두 개의 수치 값 사이에 충분히 높은 정도의 유사성이 있어서, 당해기술의 숙련가가 두 값 사이의 차이가 상기 값들에 의해 측정되는 생물학적 특징(예컨대, Kd 값 또는 발현)의 상황 내에서 생물학적 및/또는 통계학적 유의성이 거의 또는 전혀 없는 것으로 간주하는 것을 의미한다. 상기 두 값의 차이는, 예를 들어, 참조/비교 값의 함수로서 약 50% 미만, 약 40% 미만, 약 30% 미만, 약 20% 미만, 및/또는 약 10% 미만이다.
본원에 사용된 구문 "실질적으로 상이한"은 두 개의 수치 값 사이에 충분히 높은 정도의 상이성이 있어서, 당해기술의 숙련가가 두 값 사이의 차이를 상기 값들에 의해 측정되는 생물학적 특징(예컨대, Kd 값)들이 상황 내에서 통계학적 유의성이 있다고 간주하는 것을 의미힌다. 상기 두 값의 차이는, 예를 들어, 참조/비교 분자에 대한 값의 함수로서 약 10% 초과, 약 20% 초과, 약 30% 초과, 약 40% 초과, 및/또는 약 50% 초과이다.
제제의 "유효량"은, 요망된 치료 결과를 달성하기 위해, 필요한 기간 동안 및 복용량에서, 효과적인 양을 지칭한다.
"치료적 유효량"은 포유동물에서 질환 또는 장애를 치료하거나 예방하기 위한 치료제의 양을 나타낸다. 암의 경우, 치료제의 치료적 유효량은 암 세포의 수를 감소시키고; 원발성 종양 크기를 감소시키고; 말초 기관 내로의 암 세포 침윤을 억제하고(즉, 얼마간 지연하고 바람직하게는 중지시키고); 종양 전이를 억제하고(즉, 얼마간 지연하고 바람직하게는 중지시키고); 종양 성장을 얼마간 억제하고; 상기 장애와 관련된 하나 이상의 증상을 얼마간 경감시킬 수 있다. 상기 약물이 성장을 방지하거나 및/또는 기존 암 세포를 사멸시킬 정도이면, 상기 약물은 세포증식 억제제 및/또는 세포독성일 수 있다. 암 요법을 위해, 생체내 효능은, 예를 들면 생존 기간, 질환 진행까지의 시간 (TTP), 반응률(RR), 반응 기간, 및/또는 삶의 질 평가에 의해 측정될 수 있다.
용어 "암" 및 "암성"은 전형적으로 조절되지 않은 세포 성장을 특징으로 하는 포유동물에서의 생리적 조건을 지칭하거나 또는 이를 기술한다. 본 정의에는 양성 및 악성 암이 포함된다. "초기 단계 암" 또는 "초기 단계 종양"은 침습성 또는 전이성이 아닌 또는 0, I, 또는 II 기 암으로서 분류되지 않는 암을 의미한다. 암의 예는, 비제한적으로, 하기를 포함한다: 암종, 림프종, 아세포종 (수아세포종 및 망막아세포종 포함), 육종 (지방육종 및 활막 세포 육종 포함), 신경내분비 종양 (카르시노이드 종양, 가스트린종, 및 소도 세포 암 포함), 중피종, 신경집종 (청신경종 포함), 수막종, 선암종, 흑색종, 및 백혈병 또는 림프양 악성종양. 상기 암의 더욱 특정한 예시는 하기를 포함한다: 편평상피 세포 암 (예를 들면 상피성 편평상피 세포 암), 폐암 (소세포 폐암 (SCLC), 비-소세포 폐암 (NSCLC), 폐의 선암종 및 폐의 편평상피 암종 포함), 복막 암, 간세포 암, 위 또는 위암 (위장 암 포함), 췌장암, 교아세포종, 자궁경부암, 난소암, 간암, 방광암, 요로상피 방광암, 간종양, 유방암 (전이성 유방암 포함), 결장직장암, 직장암, 결장직장암, 자궁내막 또는 자궁 암종, 타액샘 암종, 신장 또는 신장암, 전립선암, 외음부 암, 갑상선암, 간 암종, 항문 암종, 음경 암종, 메르켈 세포 암, 진균성 진균증, 고환 암, 식도 암, 담도의 종양, 뿐만 아니라 두경부 암 및 혈액학적 악성종양. 일부 구현예에서, 상기 암은 (국소로 재발성 질환이 치유적 목적으로 절제가 불가능한 경우인) 국소로 재발성 또는 전이성 질환을 갖는 유방의 임의의 조직학적으로 확인된 삼중-음성 (ER-, PR-, HER2-) 선암종을 포함하는 삼중-음성 전이성 유방암이다.
용어 "약제학적 조성물"은 그안에 함유된 활성 성분의 생물학적 활성이 효과적이도록 하기 위한 형태인, 그리고 제제가 투여되는 피험체에 허용불가능하게 독성인 추가의 성분을 함유하지 않는 제제를 지칭한다.
"약제학적으로 허용가능한 담체"는 활성 성분을 제외한, 개체에 비독성인, 약제학적 제형 중 성분을 가리킨다. 약제학적으로 허용가능한 담체에는 비제한적으로, 완충제, 부형제, 안정제 또는 보존제가 포함된다.
본원에 사용된 바와 같은 "치료" (및 "치료하다" 또는 "치료하는"의 문법적 변형어구)는 치료받는 개체의 본래의 과정을 변화시키려는 시도에서의 임상적 중재술을 지칭하고 임상적 병리학 과정 동안에 수행될 수 있다. 바람직한 치료 효과는 질환의 발병 재발 방지, 증상의 완화, 질환의 임의의 직접적 또는 간접적인 병리학적 결과의 감소, 전이 방지, 질환 진행 속도의 감소, 질환 상태의 개선 또는 완화, 및 차도 또는 개선된 예후를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 일부 양태에서, 항체는 질환의 발병을 지연시키거나 질환의 진행을 서행시키기 위해 사용된다.
용어 "항암 요법"은 암 치료에 유용한 요법을 지칭한다. 항암 치료제의 예시에는 비제한적으로, 예컨대, 화학치료제, 성장 억제제, 세포독성제, 방사선 요법에서 사용되는 제제, 항-신생혈관제, 세포자멸제, 항-튜불린 제제, 및 암을 치료하기 위한 다른 제제, 항-CD20 항체, 혈소판 유도된 성장 인자 억제제(예컨대, GleevecTM (이마티닙 메실레이트)), COX-2 억제제(예컨대, 셀레콕시브), 인터페론, 사이토카인, 하나 이상의 하기 표적 중 하나 이상에 결합하는 길항제 (예컨대, 중화 항체): PDGFR-베타, BlyS, APRIL, BCMA 수용체(들), TRAIL/Apo2에 결합하는 길항제(예컨대, 중화 항체), 및 다른 생물활성 및 유기 화학 제제 등이 포함된다. 이의 조합이 또한 본 발명 내에 포함된다. 용어 "세포독성제"는 본원에서 사용된 바와 같이 세포의 기능을 억제 또는 예방 및/또는 세포의 파괴를 유발시키는 물질을 지칭한다. 상기 용어는 방사성 동위원소 (예컨대, At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, 및 Lu의 방사성 동위원소); 화학치료제 또는 예를 들면, 메토트렉세이트, 아드리아마이신, 빈카 알카로이드 (빈크리스틴, 빈블라스틴, 에토포시드), 독소루비신, 멜팔란, 미토마이신 C, 클로르암부실, 다우노루비신 또는 다른 개재 약물, 효소 및 그 단편 예컨대 핵산분해 효소; 항생제; 및 독소 예컨대 소분자 독소 또는 박테리아, 진균, 식물 또는 동물 기원의 효소적으로 활성 독소, 단편 및/또는 그 변이체 포함; 및 아래 개시된 다양한 항-종양 또는 항암제를 포함하는 것으로 의도된다. 다른 세포독성제는 하기에 기술된다. 종양파괴 제제는 종양 세포의 파괴를 유발시킨다.
"화학치료제"는 암의 치료에서 유용한 화학적 화합물을 지칭한다. 화학치료제의 예시는 하기를 포함한다: 알킬화제, 예컨대 티오테파 및 사이클로포스파마이드(CYTOXAN®); 알킬 설포네이트, 예컨대 부설판, 임프로설판 및 피포설판; 아지리딘, 예컨대 벤조도파, 카보쿠온, 메투레도파, 및 우레도파; 에틸렌이민 및 메틸아멜라민, 예컨대 알트레타민, 트리에틸렌멜라민, 트리에틸렌포스포르아미드, 트리에틸렌티오포스포르아미드 및 트리메틸롤로멜라민; 아세토게닌(특히 불라타신 및 불라타시논); 델타-9-테트라하이드로칸나비놀(드로나비놀, MARINOL®); 베타-라파콘; 라파콜; 콜히친; 베툴린산; 캄프토테신(합성 유사체 토포테칸(HYCAMTIN® 포함); CPT-11 (이리노테칸, CAMPTOSAR®), 아세틸캄프토테신, 스코폴렉틴, 및 9-아미노캄프토테신); 브리오스타틴; 칼리스타틴; CC-1065(이의 아도젤레신, 카르젤레신 및 바이젤레신 합성 유사체 포함); 포도필로톡신; 포도필린산; 테니포사이드; 크립토파이신(특히 크립토파이신 1 및 크립토파이신 8); 돌라스타틴; 듀오카르마이신(합성 유사체, KW-2189 및 CB1-TM1 포함); 엘류테로빈; 판크라티스타틴; 사르코딕티인; 스폰지스타틴; 질소 머스타드, 예컨대 클로르암부실, 클로르나파진, 콜로포스파마이드, 에스트라무스틴, 이포스파마이드, 메클로르에타민, 메클로르에타민 옥사이드 하이드로클로라이드, 멜팔란, 노벰비친, 펜에스테린, 프레드니무스틴, 트로포스파마이드, 우라신 머스타드; 나이트로스우레아, 예컨대 카르무스틴, 클로로조토신, 포테무스틴, 로무스틴, 니무스틴, 및 라님누스틴; 항생제, 예컨대 엔디인 항생제(예컨대, 칼리키아마이신, 특히 칼리키아마이신 감마1I 및 칼리키아마이신 오메가I1 (예컨대, 참고: Nicolaou et al., Angew . Chem Intl . Ed. Engl., 33: 33: 183-186 (1994)); CDP323, 경구 알파-4 인테그린 억제제; 다이네마이신, 다이네마이신 A 포함; 에스페라마이신; 뿐만 아니라 네오카르지노스타틴 발색단 및 관련된 색소단백질 엔디인 항생제 발색단), 아클라시노마이신, 악티노마이신, 오트라마이신, 아자세린, 블레오마이신, 칵티노마이신, 카라비신, 카르미노마이신, 카르지노필린, 크로모마이신, 닥티노마이신, 다우노루비신, 데토루비신, 6-디아조-5-옥소-L-노르류신, 독소루비신 (ADRIAMYCIN®, 모폴리노-독소루비신, 시아노모폴리노-독소루비신, 2-피롤리노독소루비신, 독소루비신 HCl 리포좀 주사 (DOXIL®), 리포좀 독소루비신 TLC D-99 (MYOCET®), 페길화된 리포좀 독소루비신 (CAELYX®), 및 데옥시독소루비신 포함), 에피루비신, 에소루비신, 이다루비신, 마르셀로마이신, 미토마이신 예컨대 미토마이신 C, 마이코페놀산, 노갈라마이신, 올리보마이신, 페플로마이신, 포르피로마이신, 퓨로마이신, 쿠엘라마이신, 로도루비신, 스트렙토니그린, 스트렙토조신, 투베르시딘, 우베니멕스, 지노스타틴, 조루비신; 항-대사물, 예컨대 메토트렉세이트, 젬시타빈 (GEMZAR®), 테가푸르 (UFTORAL®), 카페시타빈 (XELODA®), 에포틸론, 및 5-플루오로우라실 (5-FU); 엽산 유사체, 예컨대 데노프테린, 메토트렉세이트, 프테로프테린, 트리메트렉세이트; 퓨린 유사체, 예컨대 플루다라빈, 6-메르캅토퓨린, 티아미프린, 티오구아닌; 피리미딘 유사체, 예컨대 안시타빈, 아자시티딘, 6-아자우리딘, 카모푸르, 사이타라빈, 디데옥시우리딘, 독시플루리딘, 에노시타빈, 플록수리딘; 안드로겐 예컨대 칼루스테론, 드로모스타놀론 프로피오네이트, 에피티오스타놀, 메피티오스탄, 테스토락톤; 항-아드레날, 예컨대 아미노글루테티미드, 미토탄, 트릴로스탄; 엽산 보충물 예컨대 프롤린산; 아세글라톤; 알도포스파마이드 글리코사이드; 아미노레벌린산; 에닐루라실; 암사크린; 베스트라부실; 비스안트렌; 에다트락세이트; 데포파민; 데메콜신; 디아지쿠온; 엘포르니틴; 엘립티늄 아세테이트; 에포틸론; 에토글루시드; 갈륨 니트레이트; 하이드록시우레아; 렌티난; 로니다이닌; 메이탄시노이드, 예컨대 메이탄신 및 안사미토신; 미토구아존; 미톡산트론; 모피단몰; 니트라에린; 펜토스타틴; 페나메트; 피라루비신; 로소크산트론; 2-에틸하이드라자이드; 프로카바진; PSK® 다당류 복합체 (JHS Natural Products, Eugene, OR); 라족산; 라이족신; 시조피란; 스피로게르마늄; 테누아진산; 트리아지쿠온; 2,2',2'-트리클로로트리에틸아민; 트리코테센 (특히, T-2 독소, 베라쿠린 A, 로리딘 A 및 안구이딘); 우레탄; 빈데신 (ELDISINE®, FILDESIN®); 다카바진; 만노무스틴; 미토브로니톨; 미토락톨; 피포브로만; 가시토신; 아라비노시드 ("Ara-C"); 티오테파; 탁소이드, 예컨대, 파클리탁셀 (TAXOL®), 파클리탁셀 (ABRAXANETM), 및 도세탁셀 (TAXOTERE®)의 알부민-조작된 나노입자 제형; 클로란부실; 6-티오구아닌; 메르캅토퓨린; 메토트렉세이트; 백금 제제, 예컨대 시스플라틴, 옥살리플라틴 (예컨대, ELOXATIN®), 및 카보플라틴; 튜불린 중합이 미세소관 형성을 방해하는, 빈블라스틴 (VELBAN®), 빈크리스틴 (ONCOVIN®), 빈데신 (ELDISINE®, FILDESIN®), 및 비노렐빈 (NAVELBINE®)을 포함하는 빈카; 에토포시드 (VP-16); 이포스파마이드; 미톡산트론; 류코보린; 노반트론; 에다트렉세이트; 다우노마이신; 아미노프테린; 이반드로네이트; 토포이소머라제 억제제 RFS 2000; 디플루오로메틸오르니틴 (DMFO); 레티노이드, 예컨대 레틴산, 벡사로텐 (TARGRETIN®) 포함; 비스포스포네이트, 예컨대 클로드로네이트 (예를 들어, BONEFOS® 또는 OSTAC®), 에티드로네이트 (DIDROCAL®), NE-58095, 졸레드론산/졸레드로네이트 (ZOMETA®), 알렌드로네이트 (FOSAMAX®), 팔미드로네이트 (AREDIA®), 틸루드로네이트 (SKELID®), 또는 리센드로네이트 (ACTONEL®); 트록사시타빈 (1,3-디옥솔란 뉴클레오사이드 시토신 유사체); 안티센스 올리고뉴클레오티드, 특히 비정상적인 세포 증식에 연루된 신호전달 경로에서 유전자 발현을 억제하는 것들, 예컨대, 예를 들어, PKC-알파, Raf, H-Ras, 및 표피 성장 인자 수용체 (EGF-R); 백신, 예컨대 THERATOPE® 백신 및 유전자 요법 백신, 예를 들어, ALLOVECTIN® 백신, LEUVECTIN® 백신, 및 VAXID® 백신; 토포이소머라제 1 억제제 (예컨대, LURTOTECAN®); rmRH (예컨대, ABARELIX®); BAY439006 (소라페닙; Bayer); SU-11248 (수니티닙, SUTENT®, Pfizer); 페리포신, COX-2 억제제 (예컨대, 셀레콕시브 또는 에토리콕시브), 프로테아솜 억제제 (예컨대, PS341); 보르테조밉 (VELCADE®); CCI-779; 티피파르닙 (R11577); 오라페닙, ABT510; Bcl-2 억제제 예컨대 오블리메르센 나트륨 (GENASENSE®); 픽산트론; EGFR 억제제 (하기 정의 참조); 티로신 키나제 억제제 (하기 정의 참조); 세린-트레오닌 키나제 억제제, 예컨대 라파마이신 (시롤리무스, RAPAMUNE®); 파르네실전달효소 억제제, 예컨대 로나파르닙 (SCH 6636, SARASARTM); 및 상기의 임의의 약제학적으로 허용가능한 염, 산 또는 유도체; 뿐만 아니라 이들 중 2종 이상의 조합, 예컨대, 사이클로포스파마이드, 독소루비신, 빈크리스틴, 및 프레드니솔론의 조합 요법에 대한 약어인 CHOP; 및, 5-FU 및 류코보린과 조합된 옥살리플라틴 (ELOXATINTM)에 의한 치료 요법의 약어인 FOLFOX.
본 명세서에서 정의된 바와 같이 화학치료제는 암의 성장을 촉진할 수 있는 호르몬의 영향을 조절, 감소, 차단 또는 억제하는 작용을 하는 "항-호르몬제" 또는 "내분비 치료제"를 포함한다. 이들은, 비제한적으로: 타목시펜 (NOLVADEX®), 4-하이드록시타목시펜, 토레미펜 (FARESTON®), 이독시펜, 드롤록시펜, 랄록시펜 (EVISTA®), 트리옥시펜, 케녹시펜, 및 선택적 에스트로겐 수용체 조절물질 (SERM) 예컨대 SERM3을 포함하는, 혼합된 효능제/길항제 프로파일을 갖는 항-에스트로겐; 효능제 특성이 없는 순수한 항-에스트로겐, 예컨대 풀베스트란트 (FASLODEX®), 및 EM800 (이러한 제제는 에스트로겐 수용체 (ER) 이량체화를 차단할 수 있고, DNA 결합을 저해할 수 있고, ER 교체를 증가할 수 있고, 및/또는 ER 수준을 억제할 수 있음); 스테로이드 방향화효소 억제제 예컨대 포르메스탄 및 엑세메스탄 (AROMASIN®), 및 비스테로이드 방향화효소 억제제 예컨대 아나스트라졸 (ARIMIDEX®), 레트로졸 (FEMARA®) 및 아미노글루테티미드, 및 보로졸 (RIVISOR®), 메게스트롤 아세테이트 (MEGASE®), 파드로졸, 및 4(5)-이미다졸을 포함한 다른 방향화효소 억제제를 포함하는 방향화효소 억제제; 류프롤라이드 (LUPRON® 및 ELIGARD®), 고세렐린, 부세렐린, 및 트립테레린을 포함하는 황체형성 호르몬-방출 호르몬 효능제; 프로게스틴 예컨대 메게스트롤 아세테이트 및 메드록시프로게스테론 아세테이트, 에스트로겐 예컨대 디에틸스틸베스트롤 및 프레마린, 및 안드로겐/레티노이드 예컨대 플루옥시메스테론, 모든 트렌스레티노산 및 펜레티나이드를 포함하는 성 스테로이드; 오나프리스톤; 항-프로게스테론; 에스트로겐 수용체 다운-조절물질 (ERD); 항-안드로겐 예컨대 플루타미드, 닐루타마이드 및 바이칼루타마이드; 및 상기 임의의 약제학적으로 허용가능한 염, 산 또는 유도체; 뿐만 아니라 상기 중 2종 이상의 조합을 포함하는 호르몬 자체일 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "전구약물"은 모 약물과 비교하여 종양 세포에 덜 세포독성이고, 더욱 활성인 모 형태로 전환 또는 효소적으로 활성화될 수 있는 약제학적 활성 물질의 전구체 또는 유도체를 지칭한다. 하기를 참고한다: 예컨대, Wilman, "Prodrugs in Cancer Chemotherapy" Biochemical Society Transactions, 14, pp. 375-382, 615th Meeting Belfast (1986) 및 Stella et al., "Prodrugs: A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery," Directed Drug Delivery, Borchardt et al., (ed.), pp. 247-267, Humana Press (1985). 본 발명의 전구약물은 비제한적으로 하기를 포함한다: 포스페이트-함유 전구약물, 티오포스페이트-함유 전구약물, 설페이트-함유 전구약물, 펩티드-함유 전구약물, D-아미노산-변형된 전구약물, 글리코실화된 전구약물, β-락탐-함유 전구약물, 선택적으로 치환된 페녹시아세트아미드-함유 전구약물 또는 선택적으로 치환된 페닐아세트아미드-함유 전구약물, 5-플루오로시토신 및 다른 5-플루오로우리딘 전구약물 (보다 더 활성인 세포독성 없는(cytotoxic free) 약물로 전환될 수 있음). 본 발명에서의 사용을 위하여 전구약물 형태로 유도될 수 있는 세포독성 약물의 예시는 비제한적으로 상기 기재된 화학치료제를 포함한다.
본원에서 사용될 경우, "성장 억제제"는 세포 (예컨대, 성장이 시험관내 또는 생체내에서의 PD-L1 발현 상에 의존적인 세포)의 성장을 억제하는 화합물 또는 조성물을 지칭한다. 성장 억제성 제제의 예는 (S 상 이외의 위치에서) 세포 주기 진행을 차단하는 제제, 예컨대 G1 상 및 M-상 정지를 유도하는 제제를 포함한다. 고전적 M-상 차단제는 빈카 (빈크리스틴 및 빈블라스틴), 탁산 및 토포이소머라제 II 억제제 예컨대 독소루비신, 에피루비신, 다우노루비신, 에토포시드, 및 블레오마이신을 포함한다. G1을 정지시키고, 또한 S-상 정지로 확대되는 제제는 예를 들면, DNA 알킬화제, 예컨대 타목시펜, 프레드니손, 다카르바진, 메클로르에타민, 시스플라틴, 메토트렉세이트, 5-플루오로우라실, 및 아라-C이다. 추가 정보는 하기에서 발견될 수 있다: The Molecular Basis of Cancer (Mendelsohn and Israel, eds.)(WB Saunders 사: Philadelphia, 1995)의 챕터 1, "Cell cycle regulation, oncogenes, and antineoplastic drugs" (Murakami et al.), 특히 13 페이지. 탁산(파클리탁셀 및 도세탁셀)은 둘 다 주목(yew tree)에서 유도된 항암 약물이다. 유럽 주목에서 유도된 도세탁셀(TAXOTERE®, Rhone-Poulenc Rorer)은 파클리탁셀의 반합성 유사체(TAXOL®, Bristol-Myers Squibb)이다. 파클리탁셀 및 도세탁셀은 튜불린 이량체로부터 미세소관의 조립를 촉진하고, 탈중합 방지에 의해 미세소관을 안정화하여 세포에서 유사분열의 억제를 야기한다.
"방사선 요법"이란, 세포를 정상적으로 기능하게 하거나 전적으로 파괴하기 위한 그것의 능력을 제한하기 위해 충분한 손상을 세포에 도입하기 위한 지향된 감마선 또는 베타선의 사용을 의미한다. 치료의 투여량 또는 기간을 결정하기 위하여 본 분야에서 많은 방법이 있을 것이라는 것이 고려된다. 전형적인 치료를 1회성 투여로 실시하였으며, 전형적인 투여량은 1일 당 10 내지 200 단위 (Grays)의 범위이다.
"개체" 또는 "피험체"는 포유동물이다. 포유동물은, 비제한적으로, 사육된 동물 (예컨대, 소, 양, 고양이, 개, 및 말), 영장류 (예컨대, 인간 및 비인간 영장류 예컨대 원숭이), 토끼, 및 설치류 (예컨대, 마우스 및 랫트)를 포함한다. 특정 구현예에서, 개체 또는 피험체는 인간이다.
용어 "동시에"는 2 이상의 치료 제제의 투여를 가리키기 위해 사용되는데, 적어도 투여의 일부가 시간적으로 겹치는 것을 가리킨다. 따라서, 동시 투여에는 하나 이상의 다른 제제(들)의 투여를 중단한 후 하나 이상의 제제(들)의 투여가 이어질 때의 투여 요법이 포함된다.
"감소 또는 억제"는 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 그 이상의 전체적 감소를 유발하는 능력을 의미한다. 감소 또는 억제는 원발 종양의 크기, 전이의 크기 또는 존재, 또는 치료될 장애의 증상을 감소 또는 억제시키는 것을 지칭한다.
용어 "패키지 삽입물"은 치료학적 제품의 상업 패키지에 통상적으로 포함되는 지침을 지칭하기 위해 사용되고 이는 상기 치료학적 제품의 사용에 관한 적응증, 용도, 투여량, 투여, 조합 요법, 사용금지 사항 및/또는 경고에 관한 정보를 함유한다.
"제조 물품"은 적어도 하나의 시약, 예컨대 본 발명의 바이오마커 유전자 또는 단백질을 특이적으로 검출하기 위한 프로브 또는 질환 또는 장애 (예컨대, 암)의 치료를 위한 약제를 포함하는 임의의 제조물 또는 키트 (예컨대, 패키지 또는 용기)이다. 특정 구현예에서, 상기 제조물 또는 키트는 바람직하게는 본 발명의 방법들을 수행하기 위한 단위로서 선전, 유통 또는 판매된다.
"표적 독자(target audience)"는 특히, 특정 용도, 치료 또는 징후에 대하여 특정 약제를 마케팅 또는 광고 목적으로 홍보하거나 홍보할 의도가 있는 인간 또는 기관의 그룹을 지칭하며, 특히 개인, 집단, 신문 구독자, 의료 문헌, 및 잡지, 텔레비전 또는 인터넷 시청자, 라디오 또는 인터넷 청취자, 의사, 제약 회사 등이 포함된다. 여기서 사용된 "기반"은 하나 이상의 바이오마커에 관한 정보가 치료 결정, 패키지 삽입물에 제공된 정보, 또는 마케팅/판촉 지침 등을 알리기 위해 사용된다.
본 분야의 숙련가에 의하여 이해되는 바와 같이, 본원에서 "약" 값 또는 파라미터에 대한 언급은 상기 값 또는 파라미터 그 자체에 관한 구현예를 포함한다 (그리고 기재한다). 예를 들면, "약 X"를 언급하는 기술은 "X"의 언급을 포함한다.
"포획 항체"는 샘플 내 표적 분자에 특이적으로 결합하는 항체를 지칭한다. 특정 조건 하에서, 포획 항체는 표적 분자와 복합체를 형성하며, 이로써 상기 항체-표적 분자 복합체는 상기 샘플의 나머지로부터 분리될 수 있다. 특정 구현예에서, 이러한 분리는 포획 항체에 결합하지 않는 샘플 내 물질 또는 재료를 세정하는 것을 포함할 수 있다. 특정 구현예에서, 포획 항체는 고형 지지체 표면, 예컨대, 예를 들면 비제한적으로, 플레이트 또는 비드에 부착될 수 있다.
"검출 항체"는 샘플 내, 또는 샘플-포획 항체 조합 물질 내 표적 분자에 특이적으로 결합하는 항체를 지칭한다. 특정 조건 하에서, 검출 항체는 표적 분자 또는 표적 분자-포획 항체 복합체와 복합체를 형성한다. 검출 항체는 증폭될 수 있는 표지를 통해 직접적으로 또는 예컨대, 표지되고 검출 항체에 결합하는 또 다른 항체의 사용을 통해 간접적으로 검출될 수 있다. 직접 표지에 대해, 검출 항체는 전형적으로 예를 들면, 비제한적으로, 바이오틴 또는 루테늄을 포함하는 일부 수단에 의해 검출 가능한 모이어티에 콘주게이트된다.
용어들 "표지" 또는 "검출가능한 표지"는 검출되거나 정량화될 물질, 예컨대 항체에 연결될 수 있는 임의의 화학적 기 또는 모이어티를 지칭한다. 전형적으로, 표지는 물질의 민감성 검출 또는 정량화에 적합한 검출가능한 표지이다. 검출가능한 표지의 예는, 비제한적으로, 발광성 표지, 예컨대, 형광, 인광, 화학발광, 생물발광 및 전기화학발광 표지, 방사성 표지, 효소, 입자, 자기 물질, 전기활성 종 등을 포함한다. 대안적으로, 검출가능한 표지는 특이적 결합 반응에 참여함으로써 그 존재를 나타낼 수 있다. 이러한 표지의 예는 합텐, 항체, 바이오틴, 스트렙타비딘, His-태그, 니트릴로트리아세트산, 글루타티온 S-전달효소, 글루타티온 등을 포함한다.
용어 "검출 수단"은 검정에서 그런 다음 판독된 신호보고를 통해 검출가능한 항체의 존재를 검출하는데 사용되는 모이어티 또는 기술을 지칭한다. 전형적으로, 검출 수단은 미세적정 플레이트, 예컨대, 아비딘 또는 스트렙타비딘-HRP 상에 포획된 표지와 같은 고정화된 표지를 증폭하는 시약을 사용한다.
"광발광"은 물질이 빛의 물질에 의한 흡수에 이어서 발광하는 과정을 지칭한다 (대안적으로 일명 전자기 방사선). 형광 및 인광은 2개의 상이한 유형의 광발광이다. "화학발광" 과정은 화학 반응에 의한 발광성 종의 창출을 포함한다. "전기-화학발광" 또는 "ECL"은 종, 예컨대, 항체가 적절한 주변 화학 환경에서 전기화학적 에너지에 그 종의 노출에 의해 발광하는 과정이다.
관심 항원, 예컨대 숙주세포 단백질에 "결합하는" 항체는 항체가 검정 시약으로, 예컨대, 포획 항체 또는 검출 항체로 유용하도록 충분한 친화도로 항원에 결합하는 것이다. 전형적으로, 그와 같은 항체는 다른 폴리펩티드와 유의미하게 교차-반응하지 않는다.
표적 분자에 폴리펩티드의 결합에 관하여, 특정한 폴리펩티드 또는 특정한 폴리펩티드 표적 상의 에피토프에 "특이적 결합" 또는 "특이적으로 결합한다" 또는 "특이적인"이라는 용어는 비-특이적 상호작용과는 다른 측정가능한 결합을 의미한다. 특이적 결합은 예를 들면, 일반적으로 결합 활성을 갖지 않는 유사한 구조의 분자인 대조군 분자의 결합에 비교된 표적 분자의 결합을 계측함에 의해 측정될 수 있다.
"친화성"은 분자 (예컨대, 항체)의 단일 결합 부위와 그 결합 파트너 (예컨대, 항원) 사이의 비공유 상호작용의 총계의 강도를 지칭한다. 다르게 명시되지 않으면, 본원에서 사용된 바와 같이, "결합 친화도"은 결합 쌍 (예컨대, 항체 및 항원)의 구성원 사이의 1:1 상호작용을 반영하는 고유 결합 친화도를 지칭한다. 그 상대 Y에 대한 분자 X의 친화도는 일반적으로 해리 상수 (Kd)로 나타낼 수 있다. 친화성은 본원에서 설명된 것들을 비롯한 당해 분야에서 공지된 통상적인 방법에 의해 계측될 수 있다.
본 명세서의 목적상 "활성인" 또는 "활성"은 천연 또는 천연 발생 폴리펩티드의 생물학적 및/또는 면역학적 활성을 보유하는 폴리펩티드의 형태(들)을 지칭하고, 여기서 "생물학적" 활성은 천연 또는 천연 발생 폴리펩티드에 의해 보유된 항원성 에피토프에 대한 항체의 생산을 유도하는 능력 이외의 천연 또는 천연 발생 폴리펩티드에 의해 야기된 생물학적 작용 (저해 또는 자극 중 어느 하나)을 지칭하고 "면역학적" 활성은 천연 또는 천연 발생 폴리펩티드에 의해 보유된 항원성 에피토프에 대한 항체의 생산을 유도하는 능력을 지칭한다.
용어 "길항제"는 가장 광범위한 의미로 사용되고, 천연 폴리펩티드의 생물학적 활성을 부분적으로 또는 완전하게 차단, 억제, 또는 중화하는 임의의 분자를 포함한다. 유사한 방식으로, 용어 "작용제"는 가장 광범위한 의미로 사용되고, 천연 폴리펩티드의 생물학적 활성을 모방하는 임의의 분자를 포함한다. 적합한 작용제 또는 길항제 분자는 특히 하기를 포함한다: 천연 폴리펩티드 등의 작용제 또는 길항제 항체 또는 항체 단편, 단편 또는 아미노 산 서열 변이체 등. 작용제 또는 길항제를 식별하는 방법은 하기를 포함할 수 있다: 폴리펩티드를 후보 작용제 또는 길항제 분자와 접촉시키는 단계 및 상기 폴리펩티드와 정상적으로 연관된 하나 이상의 생물학적 활성의 검출가능한 변화를 측정하는 단계.
본 명세서에서 용어 "항체"는 가장 넓은 의미로 사용되고 구체적으로 단클론성 항체, 다클론성 항체, 절반-항체, 적어도 2종의 온전한 항체로부터 형성된 다중특이적 항체 (예컨대, 이중특이적 항체), 및 이들이 원하는 생물학적 활성을 나타내는 한 항체 단편을 포함한다. 용어 "면역글로불린" (Ig)는 본원에서 "항체"와 상호교환적으로 사용된다.
항체는 전부 면역글로불린 접힘을 기반으로 가변 구조를 갖는 천연 발생 면역글로불린 분자이다. 예를 들면, IgG 항체는 작용성 항체를 형성하도록 디설파이드-결합된 2개의 "중" 쇄 및 2개의 "경" 쇄를 갖는다. 또 다른 예로서, 하나 이상의 디설파이드 결합에 의해 연결된 하나의 중쇄 및 하나의 경쇄는 기능성 절반-항체를 형성한다. 각 중쇄 및 경쇄 자체는 "상수"(C) 및 "가변"(V) 영역을 포함한다. V 영역은 항체의 항원 결합 특이성을 결정하는 반면, C 영역은 면역 효과기와 비-항원-특이적 상호작용에서 구조적 지지 및 작용을 제공한다. 항체의 항원 결합 특이성 또는 항체의 항원-결합 단편은 특정한 항원에 특이적으로 결합하는 항체의 능력이다.
항체의 항원 결합 특이성은 V 영역의 구조적 특징에 의해 계측된다. 가변성은 가변 도메인의 110-아미노산 범위에 걸쳐 고르게 분포되지 않는다. 대신에, V 영역은 각각 9-12 아미노산 길이인 "초가변성 영역"이라 불리는 극단적인 가변성의 짧은 영역에 의해 분리된 15-30 아미노산의 프레임워크 영역 (FR)으로 불리는 상대적으로 불변의 연신부로 구성된다. 천연 중쇄 및 경쇄의 가변 도메인 각각은 3개의 초가변 영역에 의해 연결된, 크게는 β-시트 입체배치를 채택한 4개의 FR을 포함하며, 이는 β-시트 구조를 연결하고, 그리고 일부 경우에는 이의 일부를 형성하는 루프를 형성한다. 각 사슬의 초가변성 영역은 FR에 의해 근접하여 함께 유지되고, 그리고 다른 사슬로부터의 초가변성 영역과 함께 항체의 항원-결합 부위의 형성에 기여한다 (참고: Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)). 불변 도메인은 항원에 항체를 결합하는 것에 직접적으로 관여하지는 않지만, 항체 의존성 세포 독성 (ADCC)에서의 항체의 참여와 같은 다양한 효과기 작용을 나타낸다.
각 V 영역은 전형적으로 3개의 상보성 결정 영역 ("CDR", 각각은 "초가변성 루프"를 포함함) 및 4개의 프레임워크 영역을 포함한다. 특정한 목적 항원에 실질적인 친화도로 결합하는데 요구되는 최소 구조 단위인 항체 결합 부위는 따라서 전형적으로 적절한 형태로 CDR을 보유하고 존재하도록 그 사이에 산재된 3개의 CDR, 및 적어도 3개, 바람직하게는 4개의 프레임워크 영역을 포함할 것이다. 고전적 4개의 사슬 항체는 협력하여 VH 및 VL 도메인에 의해 정의되는 항원 결합 부위를 갖는다. 낙타 및 상어 항체와 같은 특정 항체는 경쇄를 결핍하고 중쇄에 의해서만 형성된 결합 부위에 의존한다. 단일 도메인으로 가공된 면역글로불린은 VH 와 VL 사이의 협력의 부재로 중쇄 또는 경쇄 단독으로 결합 부위가 형성되어 제조될 수 있다.
용어 "가변"은 가변 도메인의 특정 부분이 항체 중에 서열에서 광범위하게 상이하고 그리고 그것의 특정한 항원에 대한 각각의 특정한 항체의 결합 및 특이성에서 사용된다는 사실을 지칭한다. 그러나, 가변성은 항체의 가변 도메인 전체를 통해 고르게 분포되어 있지 않다. 그것은 경쇄 및 중쇄 가변 도메인에서 모두 초가변 영역으로 불리는 3개의 분절에 집중되어 있다. 가변 도메인의 더 고도로 보존 된 부분은 프레임워크 영역 (FR)이라고 불린다. 천연 중쇄 및 경쇄의 가변 도메인 각각은 3개의 초가변 영역에 의해 연결된, 크게는 β-시트 입체배치를 채택한 4개의 FR을 포함하며, 이는 β-시트 구조를 연결하고, 그리고 일부 경우에는 이의 일부를 형성하는 루프를 형성한다. 각 사슬의 초가변성 영역은 FR에 의해 근접하여 함께 유지되고, 그리고 다른 사슬로부터의 초가변성 영역과 함께 항체의 항원-결합 부위의 형성에 기여한다 (참고: Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991)). 불변 도메인은 항원에 항체를 결합하는 것에 직접적으로 관여하지는 않지만, 항체 의존성 세포 독성 (ADCC)에서의 항체의 참여와 같은 다양한 효과기 작용을 나타낸다.
본 명세서에서 사용될 때 용어 "초가변성 영역"은 항원-결합을 담당하는 항체의 아미노산 잔기를 언급한다. 초가변성 영역은 하기를 포함할 수 있다: "상보성 결정 영역" 또는 "CDR" 유래의 아미노산 잔기 (예를 들면, VL 내에 대략 약 잔기 24-34 (L1), 50-56 (L2) 및 89-97 (L3), 및 VH 내에 대략 약 31-35B (H1), 50-65 (H2) 및 95-102 (H3) (Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)) 및/또는 "초가변성 루프" 유래의 이들 잔기 (예를 들면 VL 내 잔기 26-32 (L1), 50-52 (L2) 및 91-96 (L3), 및 VH 내 26-32 (H1), 52A-55 (H2) 및 96-101 (H3) (Chothia and Lesk J. Mol . Biol . 196:901-917 (1987)).
"프레임워크" 또는 "FR" 잔기들은 본원에 정의된 바와 같이 초가변 영역 잔기들 이외의 다른 가변 도메인 잔기들이다.
항체 또는 절반-항체의 맥락에서, "힌지 영역"은 일반적으로 인간 IgG1의 Glu216로부터 Pro230까지 연신되는 것으로 정의된다 (Burton, Molec . Immunol .22:161-206 (1985)). 다른 IgG 이소형의 힌지 영역이 중쇄간 S-S 결합을 형성하는 첫 번째와 마지막 시스테인 잔기를 동일한 위치 내에 배치함으로써 IgG1 서열과 함께 정렬될 수 있다.
Fc 영역의 "보다 낮은 힌지 영역"은 잔기가 C-말단으로부터 힌지 영역으로 바로 연신되는, 즉 Fc 영역의 잔기 233으로부터 239까지 연신되는 것으로 일반적으로 정의된다. 본 발명에 앞서, FcγR 결합은 일반적으로 IgG Fc 영역의 보다 낮은 힌지 영역 내의 아미노산 잔기로 인하여 발생한다.
인간 IgG Fc 영역의 "CH2 도메인"은 보통, IgG의 잔기 약 231로부터 약 340까지 연신된다. CH2 도메인은 다른 도메인과 밀접하게 쌍을 이루지 않는 독특한 것이다. 오히려, 2개의 N-연결된 분지형 탄수화물 쇄가 손상되지 않은 천연 IgG 분자의 2개의 CH2 도메인 사이에 개재되어 있다. 탄수화물은 도메인-도메인 쌍형성을 위한 치환체를 제공하고, CH2 도메인을 안정화하는데 도움을 줄 수 있는 것으로 고려된다. (Burton, Molec . Immunol.22:161-206 (1985)).
"CH3 도메인"은, Fc 영역 내 잔기 C-말단으로부터 CH2 도메인으로의 연신 (즉, IgG의 아미노산 잔기 약 341로부터 아미노산 잔기 약 447까지)을 포함한다.
"항체 단편"은 바람직하게는 이들의 항원-결합 영역을 포함하는 온전한 항체의 일부를 포함한다. 항체 단편의 예는 Fab, Fab', F(ab')2, 및 Fv 단편; 디아바디; 탠덤 디아바디 (taDb), 선형 항체(예를 들면, 미국 특허 번호 5,641,870, 실시예 2; Zapata et al., Protein Eng 8(10):1057-1062 (1995)); 단일-아암 항체, 단일 가변 도메인 항체, 미니바디, 단일-사슬 항체 분자; 항체 단편으로부터 형성된 다중특이적 항체 (예를 들면, 비제한적으로, Db-Fc, taDb-Fc, taDb-CH3, (scFV)4-Fc, 디(di)-scFv, 바이(bi)-scFv, 또는 탠덤 (디(di), 트라이(tri))-scFv를 포함함); 및 이중특이적 T-세포 연관체 (BiTE)를 포함한다.
항체의 파파인 소화는 "Fab" 단편으로 불리는 2개의 동일한 항원 결합 단편을 생산하고, 그리고 쉽게 결정화하는 능력을 반영하는 명칭인 잔여 "Fc" 단편을 생산한다. Fab 단편은 H 쇄(VH)의 가변 영역 도메인, 및 하나의 중쇄 (CH1)의 제1 불변 도메인과 함께 전체 L 쇄로 이루어진다. 항체의 펩신 처리는 단일의 큰 F(ab')2 단편을 산출하고, 이는 일상적으로 2가 항원-결합 활성을 갖는 2개의 이황화 연결된 Fab 단편에 상응하고, 여전히 항원과 가교결합할 수 있다. Fab' 단편은 항체-힌지 영역으로부터의 하나 이상의 시스테인을 포함하는 중쇄 CH1 도메인의 카르복시 말단에서 추가의 소수 잔기를 가짐에 의하여 Fab 단편과 상이하다. Fab'-SH는 불변 도메인의 시스테인 잔기(들)가 유리 티올 그룹을 갖는 Fab'에 대한 본원에서의 명칭이다. F(ab')2 항체 단편은 본래 이들 사이에 힌지 시스테인을 갖는 Fab' 단편의 쌍으로서 생산되었다. 항체 단편의 다른 화학적 커플링이 또한 공지되어있다.
"Fv"는 완벽한 항원-인식 및 항원-결합 부위를 함유하는 최소 항체 단편이다. 이 영역은 단단하고 비-공유 회합으로 하나의 중쇄 및 하나의 경쇄 가변 도메인의 이량체로 구성된다. VH-VL 이량체의 표면에 항원-결합 부위를 정의하기 위해 각 가변 도메인의 3개의 초가변성 영역이 상호 작용하는 것이 이 입체배치에 있다. 종합적으로, 6개의 초가변 영역은 항체에 항원-결합 특이성을 부여한다. 그러나 단일 가변 도메인 (또는 항원에 특이적인 단지 3개의 초가변 영역만을 포함하는 Fv의 절반)조차도, 비록 전체 결합 부위보다 낮은 친화도로 이지만, 항원을 인식하고 결합하는 능력을 갖는다.
Fab 단편은 또한 경쇄의 불변 도메인 및 중쇄의 제1 불변 도메인 (CH1)을 함유한다. Fab' 단편은 항체 힌지 영역으로부터 하나 또는 그 초과의 시스테인을 포함하는 중쇄 CH1 도메인의 카복시 말단에서 몇 개의 잔기를 첨가함으로써 Fab 단편과 상이하다. Fab'-SH는 불변 도메인의 시스테인 잔기(들)가 적어도 1종의 유리 티올 기를 갖는 Fab'에 대한 본 명세서에서의 지정이다. F(ab')2 항체 단편은 본래 이들 사이에 힌지 시스테인을 갖는 Fab' 단편의 쌍으로서 생산되었다. 항체 단편의 다른 화학적 커플링이 또한 공지되어있다.
임의의 척추동물 종으로부터의 항체(면역글로불린) "경쇄"는 이의 불변 도메인의 아미노산 서열에 기반하여, 카파(κ) 및 람다(λ)로 불리는 2개의 명확히 구별되는 유형 중 하나에 배정될 수 있다.
이의 중쇄의 불변 도메인의 아미노산 서열에 따라, 항체가 상이한 "부류"에 배정될 수 있다. 하기 5개 주요 부류의 항체가 있다: IgA, IgD, IgE, IgG, 및 IgM (이들 중 몇몇은 하위부류(이소형), 예를 들면 IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1, 및 IgA2 로 추가 구분될 수 있음). 항체의 상이한 부류에 상응하는 중쇄 불변 도메인은 각각 α, δ, ε, γ, 및 μ로 지칭된다. 면역글로불린의 상이한 부류의 하부단위 구조 및 3차원 입체배치가 잘 알려져 있다.
"단일-쇄 Fv" 또는 "scFv" 항체 단편은 항체의 VH 및 VL 도메인을 포함하고, 여기서 이들 도메인은 단일 폴리펩티드 쇄에 존재한다. 일부 구체예에서, Fv 폴리펩티드는 VH 와 VL 도메인 사이에 폴리펩티드 링커를 더욱 포함하는데, 이것은 scFv가 항원 결합을 위한 원하는 구조를 형성할 수 있게 한다. scFv의 재고를 위해, 하기를 참고한다:
Figure pct00001
in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., Springer-Verlag, New York, pp. 269-315 (1994).
용어 "디아바디"는 2 개의 항원-결합 부위를 갖는 작은 항체 단편을 나타내며, 이 단편은 동일한 폴리펩티드 쇄(VH-VL)에서 경쇄 가변 도메인(VL)에 연결된 중쇄 가변 도메인(VH)을 포함한다. 동일한 쇄 상에서 2 개의 도메인 간 쌍형성을 허용하기에는 너무 짧은 링커를 이용함으로써, 도메인은 또 하나의 쇄의 상보적 도메인과 쌍을 이루고 2 개의 항원-결합 부위를 생성하도록 유도된다. 디아바디는 하기에 더욱 충분히 기술된다: 예를 들면, EP 404,097; WO 93/11161; 및 Hollinger et al., Proc . Natl . Acad . Sci . USA, 90:6444-6448 (1993).
"이중특이적 항체"는 하나의 생물학적 분자 상의 2개의 상이한 에피토프에 특이적으로 결합하거나 또는 2개의 상이한 생물학적 분자 상의 에피토프에 특이적으로 결합하는 항원-결합 도메인을 포함하는 다중특이적 항체이다. 이중특이적 항체는 또한 본 명세서에서 "이중 특이성"을 가지는 것으로 또는 "이중 특이적"인 것으로 지칭될 수 있다. 일부 구현예에서, 이중특이적 항체는 2개의 절반 항체를 포함하며, 각각의 절반 항체는 단일 중쇄 가변 영역 및 선택적으로 중쇄 불변 영역의 적어도 일부, 및 단일 경쇄 가변 영역 및 선택적으로 경쇄 불변 영역의 적어도 일부를 포함한다. 특정 구현예에서, 이중특이적 항체는 2개의 절반 항체를 포함하며, 각각의 절반 항체는 단일 중쇄 가변 영역 및 단일 경쇄 가변 영역을 포함하고 하나를 초과하는 단일 중쇄 가변 영역을 포함하지 않으며 하나를 초과하는 단일 경쇄 가변 영역을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 이중특이적 항체는 2개의 절반 항체를 포함하며, 각각의 절반 항체는 단일 중쇄 가변 영역 및 단일 경쇄 가변 영역을 포함하고, 제1 절반 항체는 제1 항원에 결합하고 제2 항원에는 결합하지 않으며 제2 절반 항체는 제2 항원에 결합하고 제1 항원에는 결합하지 않는다.
표현 "단일 도메인 항체" (sdAbs) 또는 "단일 가변 도메인 (SVD) 항체"는 일반적으로 단일 가변 도메인 (VH 또는 VL)이 항원 결합을 부여할 수 있는 항체를 지칭한다. 환언하면, 단일 가변 도메인은 표적 항원을 인식하기 위해 또 다른 가변 도메인과 상호작용할 필요가 없다. 단일 도메인 항체의 예는 낙타과 (라마 및 낙타) 및 연골 어류 (예를 들면, 수염 상어) 및 인간과 마우스 항체로부터 재조합 방법으로 유도된 것들을 포함한다 (Nature (1989) 341:544-546; Dev Comp Immunol (2006) 30:43-56; Trend Biochem Sci (2001) 26:230-235; Trends Biotechnol (2003):21:484-490; WO 2005/035572; WO 03/035694; FEBS Lett (1994) 339:285-290; WO00/29004; WO 02/051870).
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "단클론성 항체"는 실질적으로 균질 항체의 집단으로부터 수득된 항체를 지칭하며, 즉, 상기 집단을 포함하는 개별 항체는, 단클론성 항체의 생산 동안 발생할 수 있는 가능한 변이체 항체 (상기 변이체는 일반적으로 소량으로 존재한다)를 제외하고, 동일하고/하거나 동일한 에피토프에 결합한다. 전형적으로 상이한 결정인자 (에피토프)에 관련된 상이한 항체를 포함하는 다클론성 항체 제조와 대조되게, 각각의 단클론성 항체는 항원에서 단일 결정인자에 관련된다. 이들의 특이성에 부가하여, 단클론성 항체는 이들이 다른 면역글로불린에 의해 오염되지 않는다는 점에서 유리하다. 수식어 "단클론성"은 실질적으로 균질 한 항체 집단으로부터 수득된 것으로서의 항체의 특성을 나타내며, 임의의 특정 방법에 의한 항체의 생산을 요하는 것으로서 해석되지 않아야 한다. 예를 들어, 본원에 제공된 방법에 따라 사용되는 단일클론 항체는 우선 문헌[Kohler et al., Nature 256:495 (1975)]에 의해 기재된 혼성세포 방법에 의해 제조될 수 있거나, 재조합 DNA 방법(예를 들어, 미국 특허 제4,816,567호 참조)에 의해 제조될 수 있다. 단클론성 항체는 또한 예를 들어, 문헌[Clackson et al., Nature 352:624-628 (1991) 및 Marks et al., J. Mol . Biol . 222:581-597 (1991)]에 기재된 기술을 사용하여 파아지 항체 라이브러리로부터 단리될 수 있다.
본원의 단클론성 항체는 구체적으로 "키메라" 항체(면역글로불린)을 포함하고, 여기서, 중쇄 및/또는 경쇄 부분은 특정 종으로부터 유래된 항체에서 상응하는 서열과 동일하거나 이에 상동성이거나 특정 항체 부류 또는 아부류에 속하고, 쇄(들)의 나머지는 또 다른 종으로부터 유래된 항체에서 상응하는 서열과 동일하거나 상동성이거나 이들이 목적하는 생물학적 활성을 나타내는 한 상기 항체의 단편 뿐만 아니라 또 다른 항체 부류 또는 아부류에 속한다(미국 특허 번호 4,816,567; Morrison et al., Proc . Natl . Acad . Sci . USA 81:6851-6855 (1984)). 본 명세서에서 관심 키메라성 항체는 비-인간 영장류 (예를 들면 구대륙 원숭이, 예컨대 개코원숭이, 레수스 또는 사이노몰구스 원숭이)로부터 유도된 가변 도메인 항원-결합 서열 및 인간 불변 영역 서열을 포함하는 "영장류화된" 항체를 포함한다 (미국 특허번호 5,693,780).
비인간 (예를 들어, 뮤린) 항체의 "인간화된" 형태는 비인간 면역글로불린으로부터 유래하는 최소 서열을 함유하는 키메라 항체이다. 대개, 인간화된 항체는 수령체의 초가변성 영역으로부터의 잔기가 원하는 특이성, 친화도, 및 수용력을 가지는 비-인간 종 (공여체 항체) 예컨대 마우스, 랫트, 토끼 또는 비인간 영장류의 초가변성 영역으로부터의 잔기로 대체된 인간 면역글로불린 (수령체 항체)이다. 일부 예에서, 인간 면역글로불린의 프레임워크 영역 (FR) 잔기는 상응하는 비-인간 잔기로 대체된다. 더욱이, 인간화된 항체는 수령체 항체에서 또는 공여체 항체에서 발견되지 않는 잔기를 포함할 수 있다. 이들 변형은 항체 성능을 더욱 개선하기 위해 만들어졌다. 일반적으로, 인간화된 항체는 실질적으로 적어도 하나, 그리고 전형적으로는 2개의 모든 가변 도메인을 포함할 것이며, 모든 또는 실질적으로 모든 초가변성 루프는 비-인간 면역글로불린의 것과 상응하고 모든 또는 실질적으로 모든 FR은 인간 면역글로불린 서열의 것들이다 (상기 주지된 FR 치환(들) 제외). 인간화된 항체는 선택적으로 또한 면역글로불린 불변 영역의 적어도 일부, 전형적으로 인간 면역글로불린의 부분을 포함할 것이다. 추가 세부사항에 대해서는, 하기를 참고한다: Jones et al., Nature 321:522-525 (1986); Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); 및 Presta, Curr . Op. Struct . Biol . 2:593-596 (1992).
본 명세서에서의 목적상, "무손상 항체"는 중쇄 및 경쇄 가변 도메인 뿐만 아니라 Fc 영역을 포함하는 것이다. 불변 도메인은 천연 서열 불변 도메인 (예를 들면, 인간 천연 서열 불변 도메인) 또는 그것의 아미노산 서열 변이체일 수 있다. 바람직하게는, 무손상 항체는 하나 이상의 효과기 작용을 가진다.
"천연 항체"는 보통 2개의 동일한 경(L) 쇄 및 2개의 동일한 중(H) 쇄로 구성된 약 150,000 달톤의 이형사량체 당단백질이다. 각 경쇄는 하나의 공유 이황화 결합에 의해 중쇄에 연결되고, 반면 디설파이드 연결기의 수는 상이한 면역글로불린 이소형의 중쇄 중에서 가변한다. 각 중쇄 및 경쇄는 또한 규칙적으로 이격된 사슬내 디설파이드 가교를 가진다. 각 중쇄는 하나의 말단에 가변 도메인 (VH)과 그 다음 수많은 불변 도메인을 가진다. 각각의 경쇄는 하나의 말단에 가변 도메인(VL)을 그리고 그 다른 말단에 불변 도메인을 갖는다; 경쇄의 불변 도메인은 중쇄의 제1 불변 도메인과 정렬되며, 경쇄 가변 도메인은 중쇄의 가변 도메인과 정렬된다. 특정한 아미노산 잔기가 경쇄 및 중쇄 가변 도메인 간 계면을 형성하는 것으로 여겨진다.
"네이키드(naked) 항체" (본원에 정의됨)는 이형 분자, 예컨대 세포독성 모이어티 또는 방사성 표지에 콘주게이트되지 않은 항체이다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "면역접합체(immunoadhesin)"는 이형 단백질 ("접합체")의 결합 특이성을 면역글로불린 불변 도메인의 효과기 기능과 조합하는 분자를 가리킨다. 구조적으로, 면역접합체는 원하는 결합 특이성을 갖는 아미노산 서열의 융합을 포함하고, 이의 아미노산은 항체의 항원 인식 및 결합 부위 (즉, 항체의 불변 영역과 비교하여 "이형"임) 및 면역글로불린 불변 도메인 서열 (예를 들어, IgG의 CH2 및/또는 CH3 서열) 이외의 것이다. 예시적인 접합체 서열은 관심 단백질에 결합하는 수용체 또는 리간드의 부분을 포함하는 인접 아미노산 서열을 포함한다. 접합체 서열은 또한 관심 단백질에 결합하는 서열일 수 있으나, 수용체 또는 리간드 서열 (예를 들어, 펩티바디 내 접합체 서열)이 아니다. 그러한 폴리펩티드 서열은 파지 디스플레이 기술 및 높은 처리율 분류 방법을 포함한 다양한 방법에 의하여 선택 및 식별될 수 있다. 면역접합체 내의 면역글로불린 불변 도메인 서열은 임의의 면역글로불린, 예컨대 IgG-1, IgG-2, IgG-3, 또는 IgG-4 하위유형, IgA (IgA-1 및 IgA-2 포함), IgE, IgD, 또는 IgM으로부터 수득될 수 있다.
일부 구현예에서, 항체 "효과기 작용"은 항체의 Fc 영역 (천연 서열 Fc 영역 또는 아미노산 서열 변이체 Fc 영역)에 기인하는 이들 생물학적 활성을 지칭하고, 항체 이소형에 따라 가변한다. 항체 효과기 기능의 실례에는 하기가 포함된다: C1q 결합 및 보체 의존적 세포독성; Fc 수용체 결합; 항체-의존적 세포-매개된 세포독성 (ADCC); 식균작용; 세포 표면 수용체의 하향 조절.
"보체 의존적 세포독성" 또는 "CDC"는 보체의 존재하에 표적을 용해시키는 분자의 능력을 지칭한다. 보체 활성화 경로는 동족 항원으로 복합된 분자 (예컨대 폴리펩티드 (예컨대, 항체))에 대한 보체계 (C1q)의 제1 성분의 결합에 의해 개시된다. 보체 활성화를 평가하기 위해, 예컨대 문헌[Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202:163 (1996)]에 기술된 CDC 검정이 수행될 수 있다.
"항체-의존적 세포-매개된 세포독성" 및 "ADCC"는 Fc 수용체 (FcR) (예컨대 자연 살해 (NK) 세포, 중성구, 및 대식세포)를 발현하는 비특이적 세포독성 세포가 표적 세포에서 결합된 항체를 인식하고 그리고 차후에 표적 세포의 용해를 유발하는 세포-매개된 반응을 언급한다. ADCC, NK 세포 매개용 1차 세포는 FcγRIII 만을 발현하고, 반면에 단핵구는 FcγRI, FcγRII 및 FcγRIII을 발현한다. 조혈 세포상의 FcR 발현은 문헌[Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991)]의 464 페이지 상의 표 3에 요약되어 있다. 해당 분자의 ADCC 활성을 평가하기 위해, 예컨대 미국 특허 번호 5,500,362 또는 5,821,337에 기재된, 시험관내 ADCC 검정이 수행될 수 있다. 이러한 검정을 위한 유용한 효과기 세포는 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC) 및 자연 살해 (NK) 세포를 포함한다. 대안적으로, 또는 부가적으로, 해당 분자의 ADCC 활성은 예를 들면, 문헌[Clynes et al., Proc . Natl . Acad . Sci . (USA) 95:652-656 (1998)]에 기술된 바와 같은 동물 모델과 같이 생체내 평가된다.
"인간 효과기 세포"는 하나 이상의 FcR을 발현하고 효과기 기능을 수행하는 백혈구이다. 일부 구현예에서, 세포는 적어도 FcγRIII을 발현시키고 ADCC 효과기 기능(들)을 수행한다. ADCC를 매개하는 인간 백혈구의 예에는 말초 혈액 단핵구(PBMC), 자연 살해(NK) 세포, 단핵구, 세포독성 T 세포 및 중성구가 포함되며; PBMCs 및 NK 세포가 바람직하다.
용어 "Fc 수용체" 또는 "FcR"은 항체의 Fc 영역에 결합하는 수용체를 설명하기 위해 사용된다. 일부 구현예에서, FcR은 천연 서열 인간 FcR이다. 게다가, 바람직한 FcR은 IgG 항체 (감마 수용체)를 결합하는 것이고 그리고, 대립유전자 변이체 및 대안적으로 이들 수용체의 스플라이스된 형태를 포함하여, FcγRI, FcγRII, 및 FcγRIII 하위부류의 수용체를 포함한다. FcγRII 수용체는 FcγRIIA ("활성화 수용체") 및 FcγRIIB ("억제 수용체")를 포함하고, 이는 이의 세포질 도메인 내에서 주로 상이한 유사한 아미노산 서열을 갖는다. 활성화 수용체 FcγRIIA는 그 세포질 도메인에 면역수용체 티로신-기반 활성화 모티프(ITAM)를 함유한다. 억제 수용체 FcγRlIB는 그 세포질 도메인에 면역수용체 티로신계 억제 모티프(ITIM)를 함유한다. (참고:
Figure pct00002
, Annu . Rev. Immunol . 15:203-234 (1997)). FcR은 하기에 검토된다: Ravetch and Kinet, Annu . Rev. Immunol 9:457-92 (1991); Capel et al., Immunomethods 4:25-34 (1994); 및 de Haas et al., J. Lab. Clin . Med. 126:330-41 (1995). 향후 확인될 것들을 포함하는 다른 FcR이 본원에서 용어 "FcR"에 포괄된다. 상기 용어에는 또한 신생아 수용체, FcRn이 포함되며, 이는 모계 IgG의 태아로의 전달에 관여한다 (Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976) 및 Kim et al., J. Immunol. 24:249 (1994)).
용어 "숙주 세포", "숙주 세포주" 및 "숙주 세포 배양물"은 상호교환적으로 사용되고 상기 세포의 후손을 포함하는, 외인성 핵산이 도입된 세포를 지칭한다. 숙주 세포는 1차 형질전환된 세포 및 계대 횟수와 상관없이 이로부터 유래된 후손을 포함하는 "변형체" 및 "변형된 세포"를 포함한다. 자손은 핵산 함량에서 부모 세포와 완전히 동일하지 않고, 돌연변이를 내포할 수도 있다. 원래 변형된 세포에 대해 스크리닝되거나 선택된 바와 동일한 기능 또는 생물학적 활성을 갖는 돌연변이 자손이 본원에 포함된다.
"단리된" 핵산은 그 자연 환경의 성분으로부터 분리되는 핵산 분자를 지칭한다. 단리된 핵산은 핵산 분자를 원래 함유하는 세포에 함유된 핵산 분자를 포함하지만, 핵산 분자는 염색체외에 또는 이의 자연 염색체 위치와는 다른 염색체 위치에 존재한다.
표준 폴리펩티드 서열과 관련하여 "퍼센트 (%) 아미노산 서열 동일성"은 서열을 정렬하고 필요한 경우 최대 퍼센트 서열 동일성을 성취하기 위해 갭을 도입한 후 표준 폴리펩티드 서열내 아미노산 잔기와 동일한 후보 서열에서의 아미노산 잔기의 %로서 정의되고 서열 동일성의 일부로서 임의의 보존성 치환을 고려하지 않는다. 아미노산 서열 동일성 퍼센트를 결정하기 위한 목적으로의 정렬은, 예를 들면, BLAST, BLAST-2, ALIGN 또는 Megalign (DNASTAR) 소프트웨어와 같은 공개적으로 이용 가능한 컴퓨터 소프트웨어를 사용하여 당업계의 재량 내에 있는 다양한 방식으로 달성될 수 있다. 당업계의 숙련가들은 비교되는 서열의 전체 길이에 걸쳐 최대의 정렬을 달성하는데 필요한 알고리즘을 포함하여, 서열을 정렬하기 위한 적합한 파라미터를 결정할 수 있다. 특정 구현예에서, 본원의 목적을 위해, % 아미노산 서열 상동성 값은 서열 비교 컴퓨터 프로그램 ALIGN-2를 사용하여 생성된다. ALIGN-2 서열 비교 컴퓨터 프로그램은 제조사 (Genentech, Inc.)에 의해 개발되었고, 소스 코드는 사용자 기록문서와 함께 미국 저작권 청, 워싱턴 D.C., 20559 (미국 저작권 등록 번호 TXU510087 하에서 등록됨)와 같이 제출되었다. ALIGN-2 프로그램은 캘리포니아주 사우스 샌프란시스코에 소재하는 Genentech, Inc.로부터 공개적으로 이용 가능하거나, 또는 소스 코드로부터 편집될 수 있다. ALIGN-2 프로그램은 UNIX 운영 체제, 예컨대 디지털 UNIX V4.0D 상에서 사용하기 위해 컴파일링되어야 한다. 모든 서열 비교 매개변수는 ALIGN-2 프로그램에 의해 설정되어 바뀌지 않는다.
ALIGN-2가 아미노산 서열 비교에 사용되는 상황에서, 소정의 아미노산 서열 A 내지, 및, 또는 소정의 아미노산 서열 B(이것은 소정의 아미노산 서열 B에 대해 특정의 아미노산 서열 동일성 %를 갖거나 포함하는 소정의 아미노산 서열 A로서 표현될 수 있음)의 아미노산 서열 동일성 %는 다음과 같이 계산된다:
분수 X/Y의 100배
상기 식 중, X는 A 및 B의 프로그램 정렬에서 서열 정렬 프로그램 ALIGN-2에 의한 동일한 매치로서 스코어되는 아미노산 잔기의 수이고 Y는 B에서 아미노산 잔기의 총 수이다. 아미노산 서열 A의 길이가 아미노산 서열 B의 길이와 동일하지 않은 경우, A 대 B의 % 아미노산서열 동일성은 B 대 A의 % 아미노산 서열 동일성은 동일하지 않음을 인식할 것이다. 달리 구체적으로 기재하지 않은 경우, 본원에 사용된 모든 % 아미노산 서열 동일성 값은 ALIGN-2 컴퓨터 프로그램을 사용하여 바로 직전의 문단에 기재된 바와 같이 수득한다.
용어 "가변 영역" 또는 "가변 도메인"은 항체를 항원에 결합시키는데 관여하는 항체 중쇄 또는 경쇄의 도메인을 나타낸다. 천연 항체의 중쇄 및 경쇄(각각, VH 및 VL)의 가변 도메인은 일반적으로 유사한 구조를 갖고, 각각의 도메인은 4개의 보존된 프레임워크 영역(FR) 및 3개의 초가변 영역(HVR)을 포함한다. (예를 들면, 참고: Kindt et al., Kuby Immunology, 6th ed., W.H. Freeman and Co., page 91 (2007)). 단일 VH 또는 VL 도메인은 항원 결합 특이성을 부여하기에 충분할 수 있다. 추가로, 특정 항원에 결합하는 항체는 각각 상보적 VL 또는 VH 도메인 라이브러리를 스크리닝하기 위해 항원에 결합하는 항체 기원의 VH 또는 VL 도메인을 사용하여 단리될 수 있다. 하기를 참고한다: 예를 들면, Portolano et al., J. Immunol. 150:880-887 (1993); Clarkson et al., Nature 352:624-628 (1991).
본원에 사용된 바와 같은 용어 "벡터"는 이것이 연결된 또 다른 핵산을 증가시킬 수 있는 핵산 분자를 언급한다. 용어는 자가-복제 핵산 구조로서의 벡터 뿐만 아니라 이것이 도입되는 숙주 세포의 게놈에 삽입되는 벡터를 포함한다. 특정 벡터는 이들이 작동적으로 연결되는 핵산의 발현을 지시할 수 있다. 상기 벡터는 본원에서 "발현 벡터"로서 지칭된다.
본원에서 "약" 값 또는 파라미터에 대한 지칭은 상기 값 또는 파라미터 그 자체에 관한 변이를 포함한다 (그리고 기재한다). 예를 들면, "약 X"를 언급하는 기술은 "X"의 언급을 포함한다.
본 명세서 및 첨부된 특허청구범위에서 이용된 바와 같이, 단수 형태 ("a", "an" 및 "the")는 문맥에서 달리 지시되지 않으면, 복수 지시대상을 포함한다. 본원에 기재된 발명의 양태 및 구현예는 "구성되는(consisting)" 및/또는 "~로 본질적으로 구성되는"의 양태 및 구현예를 포함하는 것으로 이해된다.
Ⅱ. 진단 및 치료 방법
본원에서는 개체가 면역요법 및 억제성 기질 길항제의 조합으로 치료받는 것이 유익한지를 결정하는 방법이 제공된다. 일부 구현예에서, 개체는 면역요법 단독에 반응할 가능성이 적다. 일부 양태에서, 본 발명은 하기의 단계들을 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체를 치료하기 위한 방법을 제공한다: a) 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가에 의해 치료를 위한 개체를 식별하는, 단계; 및 b) 상기 개체에게 유효량의 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 투여하는 단계.
일부 양태에서 본 발명은 하기의 단계를 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체의 면역요법을 개선시키기 위한 방법을 제공한다: a) 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB, 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가에 의해 억제성 기질 길항제로의 치료를 위한 개체를 식별하는, 단계; 및 b) 단계 a)에서의 억제성 기질 길항제로의 치료에 대해 식별된 개체에게, 유효량의 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 투여하는 단계.
일부 양태에서, 본 발명은 하기의 단계를 포함하는, 면역요법 단독에 반응할 공산이 보다 낮은, 질환 또는 장애를 갖는 개체를 선택하기 위한 방법을 제공한다: 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가에 의해 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료를 위한 개체를 식별하는, 단계.
일부 양태에서, 본 발명은 하기의 단계를 포함하는, 면역요법 및 종양 기질 섬유증 길항제로의 치료로부터 이점을 나타낼 공산이 보다 높은, 질환 또는 장애를 갖는 개체를 식별하기 위한 방법을 제공한다: 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가에 의해 억제성 기질을 갖는 개체를 식별하며, 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재는 상기 개체가 면역요법 및 억제성 기질 길항제로부터 증가된 임상적 이점을 나타낼 공산이 보다 높음을 표지하는, 단계. 일부 양태에서, 본 발명은 하기의 단계를 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체의 치료를 선택하기 위한 방법을 제공한다: 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB, 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가에 의해 억제성 기질을 갖는 개체를 식별하며, 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재는 상기 개체가 면역요법 및 억제성 기질 길항제로부터 증가된 임상적 이점을 나타낼 공산이 보다 높음을 표지하는, 단계. 일부 구현예에서, 증가된 임상적 이점은 전체 생존 (OS), 무진행 생존 (PFS), 완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR) 및 이들의 조합 중 하나 이상의 상대적인 증가를 추가로 포함한다.
일부 양태에서, 본 발명은 하기의 단계를 포함하는, 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함하는 조합 치료의 효능을 모니터링하기 위한 방법을 제공한다: 하나 이상의 시점에서 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료가 진행중인 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 기질 유전자 특질은 수준 중앙값과 비교하여 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가를 포함하며, 증가된 임상적 이점 및/또는 상기 기질 유전자 특질의 존재의 감소는 유효한 치료임을 표지하는, 단계. 일부 양태에서, 본 발명은 하기의 단계들을 포함하는, 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함하는 조합 치료의 효능을 모니터링하기 위한 방법을 제공한다: a) 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB, 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가에 의해 치료를 위한 개체를 식별하는, 단계; 및 b) 상기 개체에게 유효량의 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 투여하는 단계; 및 c) 하나 이상의 시점에서 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 증가된 임상적 이점 및/또는 상기 기질 유전자 특질의 감소는 유효한 치료임을 표지하는, 단계. 일부 구현예에서, 증가된 임상적 이점은 전체 생존 (OS), 무진행 생존 (PFS), 완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR) 및 이들의 조합 중 하나 이상의 상대적인 증가를 포함한다.
본 발명의 양태 중 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB, 또는 THY 중 2개 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 3개 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 4개 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 5개 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , THY1 및 TGFβ를 포함한다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 PDPN , FAP , TGFB1, NNMT , TNFAIP6 , DKK3 , MMP2 , MMP8 , MMP9 , BGN , COL4A1 , COL4A2 , COL5A1 , PDGFRB, NUAK1 , FN1, FGF1 , PDLIM4 또는 LRR32C 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , BGN , LOXL2 , PDPN , PDGFRB , COL12α1 , COL5A1 , COL8A2 , THY1 , 또는 PALLD 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 TGFβ를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 본 발명은, 질환 또는 장애를 갖는 개체가 면역요법 및 억제성 기질 길항제 및 치료 방법의 조합으로의 치료로부터 이점을 얻을 수 있는지 여부를 계측하기 위한 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 발명은 본 발명의 방법에 의해 확인된 개체의 치료 방법을 추가로 제공한다. 일부 구현예에서, 질환 또는 장애는 증식성 질환 또는 장애이다. 일부 구현예에서, 질환 또는 장애는 면역-관련된 질환 또는 장애이다. [(Genentech- 언급해야 할 특정 면역-관련된 질환이 있는지 여부.
일부 구현예에서, 질환 또는 장애는 암이다. 일부 구현예에서, 암은 비-소세포 폐암, 소세포 폐암, 신장 세포암, 결장직장암, 난소암, 유방암, 전이성 유방암, 삼중-음성 유방암, 흑색종, 췌장암, 위 암종, 방광암, 요로상피 방광암, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교아종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상식육종, 메르켈 세포암, 및 기타 혈액학적 악성종양으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 암은 요로상피 방광암 (UBC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY1 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 UBC이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , 및 PDGFRB를 포함한다. 일부 구현예에서, UBC에 대한 기질 유전자 특질은 DKK3 , PDGFB , NUAK1 , FGF1, PDL1M4 또는 LRRC32 중 하나 이상을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, UBC에 대한 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , DKK3 , PDGFB , NUAK1 , FGF1, PDL1M4 또는 LRRC32 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, UBC에 대한 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , DKK3 , PDGFB , NUAK1 , FGF1 , PDL1M4 또는 LRRC32 중 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상, 9개 이상 또는 10개 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, UBC에 대한 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , DKK3 , PDGFB , NUAK1, FGF1 , PDL1M4 및 LRRC32를 포함한다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 TGFβ를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 암은 비-소세포 폐암 (NSCLC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 NSCLC이며, 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 또는 5개 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 NSCLC이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 및 THY1 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 TGFβ를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 암은 신장세포암 (RCC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 RCC이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 및 THY1을 포함한다. 일부 구현예에서, RCC에 대한 기질 유전자 특질은 LUM 및/또는 POSTN을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 RCC이며, 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2, PDGFRB , THY1, TGFβ , LUM 또는 POSTN 중 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 또는 7개 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 RCC이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , THY1, LUM, 및 POSTN을 포함한다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 TGFβ를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 암은 흑색종이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2, PDGFRB , 또는 THY1 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 흑색종이며, 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB, 또는 THY1 중 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 또는 4개 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 흑색종이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2, PDGFRB, 및 THY1을 포함한다.
일부 구현예에서, 암은 삼중-음성 유방암 (TNBC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB, 또는 THY1 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 TNBC이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 및 THY1을 포함한다. 일부 구현예에서, TNBC에 대한 기질 유전자 특질은 MMP11, BGN, 또는 COL5A1 중 하나 이상을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 TNBC이며, 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB, THY1, MMP11, BGN, 또는 COL5A1 중 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 TNBC이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB, THY1, MMP11, BGN, 및 COL5A1을 포함한다.
일부 구현예에서, 암은 난소암이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2, PDGFRB , 또는 THY1 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 난소암이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 및 THY1을 포함한다. 일부 구현예에서, 난소암에 대한 기질 유전자 특질은 POSTN , LOX, 또는 TIMP3 중 하나 이상을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 난소암이며, 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , THY1 , POSTN , LOX, 또는 TIMP3 중 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상, 6개 이상, 7개 이상, 8개 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 난소암이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB, THY1 , POSTN , LOX, 및 TIMP3을 포함한다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 TGFβ를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 개체로부터 수득된 샘플은 조직, 전혈, 혈장, 혈청, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 샘플은 조직 샘플이다. 일부 구현예에서, 샘플은 종양 조직 샘플이다. 일부 구현예에서, 종양 조직 샘플은 종양 세포, 종양-침윤 면역 세포, 기질 세포, 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다.
일부 구현예에서, 조직 샘플은 포르말린 고정 및 파라핀 포매되고, 보관, 신선 또는 동결된다. 일부 구현예에서, 샘플은 전혈이다. 일부 구현예에서, 전혈은 면역 세포, 순환 종양 세포 및 이들의 임의의 조합을 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 샘플은 면역요법으로의 치료 이전에 수득된다. 일부 구현예에서, 샘플은 면역요법으로 치료하기 전에 또는 면역요법으로 치료한 후에 수득된다. 일부 구현예에서, 상기 샘플은 억제성 기질 길항제로의 치료 이전에 수득된다.
일부 구현예에서, 질환 또는 장애를 갖는 개체가 면역요법 및 억제성 기질 길항제의 조합으로의 치료로부터 이점을 얻을 수 있다. 일부 구현예에서, 개체는 면역요법 단독에 반응할 가능성이 적다. 면역요법은 당해 기술 분야에 기재되어 있다 (Chen, DS and Mellman, 2013, Immunity 39:1-10). 일부 양태에서, 면역요법 표적은 자극인자 또는 억제제로 고려될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역요법은 CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, CD40, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMGB1, 또는 TLR 효능제를 포함한다. 다른 구현예에서, 면역요법은 CTLA-4, PD-L1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제를 포함한다.
본원에 기술된 방법 및 키트 중 일부 구현예에서, 면역요법은 PD-L1 축 길항제이다. 일부 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 B7-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및 B7-1 둘 모두에 대한 PD-L1의 결합을 억제한다.
본 발명의 임의의 방법 및 키트의 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 항체이다. 일부 구현예에서, 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 항체는 인간, 인간화, 또는 키메라 항체이다.
기타 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L1에 대한 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L2에 대한 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L1 및 PD-L2 둘 다에 대한 결합을 억제한다.
본 발명의 방법에 유용한 항-PD-L1 항체의 예, 및 이의 제조 방법은 PCT 특허 출원 WO 2010/077634 A1에 기재되고, 본 명세서에서 참고로 편입된다. PD-1 및 PD-L1 관련된 질환의 치료에 사용된 진단 방법은 본 명세서에 참고로 편입된 PCT 특허 출원 WO 2014/151006 A2에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 PD-L1 및 PD-1 사이의 결합 및/또는 PD-L1 및 B7-1 사이의 결합을 억제할 수 있다. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 Fab, Fab'-SH, Fv, scFv, 및 (Fab')2 단편으로 이루어진 군으로부터 선택된 항체 단편이다. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 인간화 항체이다. 일부 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 인간 항체이다.
본 발명은 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질의 존재는 억제성 기질 길항제로의 치료와 조합한 면역요법의 임상적 이점을 표지한다. 억제성 기질 길항제와 면역요법의 조합은 면역요법을 단독으로 사용한 치료와 비교하여 임상적 이점을 제공할 수 있다. 예를 들어, 기질 유전자 특질을 나타내는 섬유성 종양의 치료는 면역요법과 억제성 기질 길항제의 조합으로부터 이점을 얻을 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, "억제성 기질 길항제"는 기질과 관련된 유전자 또는 유전자 생성물 (예를 들어, 종양 관련된 기질)의 생물학적 활성 및/또는 기능을 부분적으로 또는 완전하게 차단, 저해 또는 중화시키는 임의의 분자이다. 기질 유전자 길항제에 대한 표적은 본 분야에 공지되어 있으며; 예를 들어, 하기를 참고한다: Turley, S.J. et al., Nature Reviews Immunology, 2015. 15:669-682 and Rosenbloom, J. et al., Biochimica et Biophysica Acta 2013, 1832:1088-1103. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 TGFβ (예를 들어, TGFβ1 및 TGFβ2)를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 엔도글린 (CD105), 3G5 항원, FAP, CSPG4 (NG2), 및/또는 포도폴린 (GP38)을 비제한적으로 포함하는 표면 당단백질을 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 PECAM (CD31), VCAM (CD106), ICAM1 (CD54), THY1 (CD90) 및/또는 β1 인테그린 (CD29)을 포함하지만 이에 한정되지 않는 접착 분자를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 VEGFR1 (FLT1), VE GFR2 (KDR), VEGFR3 (FLT4), PDGFRα (CD140α), 및/또는 PDGFRβ (CD140β)를 포함하지만 이에 한정되지 않는 성장 인자 수용체를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 비멘틴, αSMA (ACTA2) 및/또는 데스민을 비제한적으로 포함하는 세포내 구조 단백질을 표적으로 한다. 억제성 기질 길항제에 대한 다른 표적은 5NT (CD73 또는 NT5E) RGS3, 엔도시알린 (CD248) 및 FSP1 (S100A4)을 비제한적으로 포함한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 암 관련 섬유아세포 관련 폴리펩티드를 표적화한다. 암 관련된 섬유모세포 관련된 폴리펩티드의 예는 엔도글린 (CD105), FAP, 포도팔린, VCAM1, THY1, β1 인테그린, PDGFRα, PDGFRβ, 비멘틴, αSMA, 데스민, 엔도시알린, 및/또는 FSP1을 비제한적으로 포함한다.
일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 TGF-β 발현 및 활성화를 표적으로 한다. 예로는 피르페니돈, αvβ6 항체, ATI 및 ATII 수용체 차단제, ACE 억제제, CAT-192 (항-TGF-β1 단클론성 AB), 및 카베올린 스캐폴딩 도메인 (CSD)이 비제한적으로 포함된다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 정규 신호전달 경로 TBR1 (예시적 억제제는 SM305임) 및 SMAD3 (예시적 억제제는 SIS3임)을 포함하는 TGF-β 신호전달 경로를 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 c-Abl [예시적 억제제는 이마티닙 메실레이트(imatinib mesylate)임], PDGFR [예시적 억제제는 다사티닙(dasatinib)임], c-키트 [예시적 억제제는 닐로티닙(nilotinib)임], 및 PKC-δ (예시적 억제제는 소형 특이적 폴리펩티드 및 로틀레린(rottlerin) 유도체를 포함함]하는 비정규 신호전달 경로를 포함하는 TGF-β 신호전달 경로를 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 CTGF를 표적으로 한다 (예시적인 억제제는 단클론성 CTGF 항체를 포함함). 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 CXCL12 (예시적 억제제는 CXCL12 항체를 포함함), CXCR4 (예시적 억제제는 AMD3100을 포함함), 및 CCR2 (예시적 억제제는 PF-04136309를 포함함)를 포함하는 섬유세포 호밍(fibrocyte homing)의 억제를 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 Src를 표적으로 한다 (예시적인 억제제는 다사티닙 및 SU6656을 포함함). 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 VEGFR을 표적으로 한다 (예시적인 억제제는 닌테다닙 및 BIBF1120을 포함함). 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 FGFR을 표적으로 한다 [예시적인 억제제는 소라페닙(sorafenib)을 포함함]. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 IL-13 (예시적 억제제는 IL-13에 대한 인간화 단클론성 항체를 포함함)을 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 IL-6 수용체 [예시적 억제제는 토실리주맙(tocilizumab)을 포함함]를 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 TLR을 표적으로 한다 (예시적인 억제제는 TLR 억제제 E5564, TAK-242를 포함함). 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 Nox4 (ROS) (예시적 억제제는 GKT136901을 포함함)를 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 ET-1 [예시적 억제제는 보센탄(bosentan) 및 기타 ET 수용체 차단제를 포함함]을 표적화한다. 일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 TGFβ, PDPN, LAIR-1, SMAD, ALK, 결합 조직 성장 인자 (CTGF/CCN2), 내피-1 (ET-1), AP-1, IL-13, PDGF, LOXL2, 엔도글린 (CD105), FAP, 포도플라닌 (GP38), VCAM1 (CD106), THY1, β1 인테그린 (CD29), PDGFRα (CD140α), PDGFRβ (CD140β), 비멘틴, αSMA (ACTA2), 데스민, 엔도시알린 (CD248) 또는 FSP1 (S100A4) 길항제이다.
일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 피르페니돈, 갈루니세르팁, 다세티닙, 닌테다닙, 닐로티닙, 로틀레린 및 유도체, 또는 소라페닙이다.
일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제는 TGFβ 길항제이다. 일부 구현예에서, TGFβ 길항제는 TGFβ의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, TGFβ 길항제는 TGFβ의 세포 수용체에 대한 TGFβ 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, TGFβ 길항제는 TGFβ의 활성화를 억제한다. 일부 구현예에서, TGFβ 길항제는 TGFβ1을 표적화한다. 일부 구현예에서, TGFβ 길항제는 TGFβ2를 표적화한다. 일부 구현예에서, TGFβ 길항제는 TGFβ3을 표적화한다. 일부 구현예에서, TGFβ 길항제는 TGFβ 수용체 1를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, TGFβ 길항제는 TGFβ1, TGFβ2 또는 TGFβ1 중 하나 이상을 표적화한다. 일부 구현예에서, TGFβ 길항제는 TGFβ 수용체 2를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, TGFβ 길항제는 TGFβ 수용체 3를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, TGFβ 길항제는 TGFβ 수용체 1, TGFβ 수용체 2 또는 TGFβ 수용체 3 중 하나 이상을 표적화한다.
일부 구현예에서, TGFβ 길항제는 항-TGFβ 항체이다. 일부 구현예에서, 항-TGFβ 항체는 항-TGFβ 및 이의 리간드 중 하나 이상 사이의 결합을 억제할 수 있다. 일부 구현예에서, 항-TGFβ 항체는 TGFβ의 활성화를 억제할 수 있다. 일부 구현예에서, 항-TGFβ 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 항-TGFβ 항체는 Fab, Fab'-SH, Fv, scFv, 및 (Fab')2 단편으로 이루어진 군으로부터 선택된 항체 단편이다. 일부 구현예에서, 항-TGFβ 항체는 인간화 항체이다. 일부 구현예에서, 항-TGFβ 항체는 인간 항체이다.
본 발명의 방법에 유용한 항-TGFβ 항체의 예 및 이의 제조 방법은 미국 특허 제5,571,714호, WO 92/08480, WO 92/00330, WO 95/26203, WO97/13844, WO 00/066631, WO 05/097832, WO 06/086469, WO 06/116002, WO 07/076391, WO 12/167143, WO 13/134365, 및 WO 14/164709에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 억제성 기질 길항제로의 치료는 조직에서 면역 세포 침윤을 증가시킨다. 이론에 의한 구속됨 없이, 억제성 기질 길항제는 상기 표적 조직에서 기질을 조절하여 상기 표적 조직으로의 면역 세포의 침투를 용이하게 한다. 예를 들어, 기질 유전자 특질을 발현하는 섬유성 종양을 억제성 기질 길항제로 처리하면, 종양 내외의 기질을 조절하여 면역 세포가 종양에 침윤하도록 한다 (예를 들어, 면역요법에 의해 조절됨). 일부 구현예에서, 증가된 면역 세포 침윤은 T 세포, B 세포, 대식세포 또는 수지상 세포 중 하나 이상의 증가된 침윤이다. 일부 구현예에서, T 세포는 CD8+ T 세포 및/또는 Teff 세포이다. 일부 구현예에서, 개체는 억제성 기질 길항제로의 치료 이전에 면역요법에 저항성이다. 일부 구현예에서, 개체는 이미 단일요법 면역요법으로 투여되었다.
기질 유전자 특질 중 하나 이상의 유전자의 존재 및/또는 발현 수준/양은, 비제한적으로 DNA, mRNA, cDNA, 단백질, 단백질 단편 및/또는 유전자 복제수를 포함하는, 당해 기술에서 공지된 임의의 적합한 기준을 기준으로 하여 정성적으로 및/또는 정량적으로 계측될 수 있다. 특정 구현예에서, 제1 샘플에서 바이오마커의 존재 및/또는 발현 수준/양은 제2 샘플에서 존재/부재 및/또는 발현 수준/양에 비교될 때 증가되거나 또는 상승되었다. 특정 구현예에서, 제1 샘플에서 바이오마커의 존재/부재 및/또는 발현 수준/양은 제2 샘플에서 존재 및/또는 발현 수준/양에 비교될 때 감소되거나 또는 줄었다. 특정 구현예에서, 제2 샘플은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직이다. 유전자의 존재/부재 및/또는 발현 수준/양을 계측하기 위한 추가의 개시내용이 본 명세서에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함한다.
임의의 방법의 일부 구현예에서, 상승된 발현은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때 본 명세서에서 기재된 것과 같은 공지된 방법의 표준 기술에 의해 검출된, 기질 유전자 특질의 하나 이상의 유전자 [예를 들면, 단백질 또는 핵산 (예를 들면, 유전자 또는 mRNA)]의 수준에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상 중 임의의 전체 증가를 지칭한다. 특정 구현예에서, 상승된 발현은 샘플에서 바이오마커의 발현 수준/양에서의 증가를 지칭하고 여기서 상기 증가는 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 바이오마커의 적어도 약 1.5X, 1.75X, 2X, 3X, 4X, 5X, 6X, 7X, 8X, 9X, 10X, 25X, 50X, 75X, 또는 100X 중 임의의 발현 수준/양이다. 일부 구현예에서, 상승된 발현은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 대조군 조직, 또는 내부 대조군 (예를 들면, 하우스키핑 유전자)에 비교될 때 약 1.5 배, 약 1.75 배, 약 2 배, 약 2.25 배, 약 2.5 배, 약 2.75 배, 약 3.0 배, 또는 약 3.25 배보다 더 큰 전체 증가를 지칭한다. 일부 구현예에서, 유전자 특질의 발현은 발현 수준 중앙값에 관련된다. 일부 구현예에서, 발현 수준 중앙값은 섬유성으로 간주되지 않는 조직으로부터의 발현 수준이다. 일부 구현예에서, 발현 수준 중앙값은 면역요법에 반응하는, 또는 부분적으로 반응하는 조직에서의 발현 수준을 반영한다. 일부 구현예에서, 발현의 수준 중앙값은, 면역요법에 대한 완전 반응자 또는 부분적 반응자인 개체 유래의 종양 내 기질-관련 유전자의 발현 수준을 반영한다. 일부 구현예에서, 발현의 수준 중앙값은 면역요법에 반응한 환자의 데이터베이스로부터 유래된 것이다. 일부 구현예에서, 발현의 수준 중앙값은 면역요법에 반응한 특정 암을 갖는 환자의 데이터베이스로부터 유래된 것이다. 예를 들어, 요로상피 방광암 환자의 기질 유전자 특질은 면역요법에 대한 완전 반응자 또는 부분 반응자인 요로상피 방광암 환자의 데이터베이스와 비교된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB, 또는 THY 중 하나 이상을 포함한다.
임의의 방법의 일부 구현예에서, 감소된 발현은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때 본 명세서에서 기재된 것과 같은 공지된 방법의 표준 기술에 의해 검출된, 기질 유전자 특질 (예를 들면, 단백질 또는 핵산 (예를 들면, 유전자 또는 mRNA))의 수준에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상 중 임의의 전체 감소를 지칭한다. 특정 구현예에서, 감소된 발현은 바이오마커의 발현 수준/양에서의 감소를 지칭하고 여기서 상기 감소는 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 바이오마커의 적어도 약 0.9X, 0.8X, 0.7X, 0.6X, 0.5X, 0.4X, 0.3X, 0.2X, 0.1X, 0.05X, 또는 0.01X 발현 수준/양 중 어느 것이다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2, PDGFRB, 또는 THY 중 하나 이상을 포함한다.
샘플 내 다양한 기질 유전자 특질의 존재 및/또는 발현 수준/양은 비제한적으로 하기를 포함하는, 이의 다수가 본 분야에 알려져 있고, 숙련가에게 이해되는, 다양한 방법에 의하여 분석될 수 있다: 면역조직화학 ("IHC"), 웨스턴 블롯 분석, 면역침전, 분자 결합 검정, ELISA, ELIFA, 형광 활성 세포 분류 ("FACS"), MassARRAY, 프로테오믹스, 정량적 혈액 기반 검정 (예를 들어 혈청 ELISA로서), 생화학 효소적 활성 검정, 원위치 혼성화, 서던 분석, 노던 분석, 전체 게놈 서열분석, 폴리머라아제 쇄 반응 ("PCR") (정량적 실시간 PCR ("qRT-PCR") 및 기타 증폭 유형 검출 방법, 예컨대, 예를 들어 분지된 DNA, SISBA, TMA 등, RNA-서열(RNA-Seq), FISH, 마이크로어레이 분석, 유전 발현 프로파일링, 및/또는 유전자 발현의 일련 분석 ("SAGE"), 뿐만 아니라 단백질, 유전자, 및/또는 조직 어레이 분석에 의하여 수행될 수 있는 다양한 범위의 검정 중 어느 것. 유전자 및 유전자 산물의 위치를 평가하기 위한 전형적인 프로토콜은, 예를 들어 하기에서 발견될 수 있다: Ausubel et al., eds., 1995, Current Protocols In Molecular Biology, 유닛 2 (노던 블롯), 유닛 4 (서던 블롯), 유닛 15 (면역 블롯) 및 유닛 18 (PCR 분석). 멀티플렉스 면역검정, 예컨대 Rules Based Medicine 또는 Meso Scale Discovery ("MSD")에서 이용가능한 것들도 또한 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 기질 유전자 특질에서 하나 이상의 유전자의 존재 및/또는 발현 수준/양은 하기를 포함하는 방법을 사용하여 계측된다: (a) 샘플 (예컨대 피험체 암 샘플)에서 유전자 발현 프로파일링, PCR (예컨대 rtPCR 또는 qRT-PCR), RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술, 또는 FISH를 수행하는 단계; 및 b) 샘플에서 기질 유전자 특질 생성물의 존재 및/또는 발현 수준/양을 계측하는 단계. 일부 구현예에서, 마이크로어레이 방법은 엄격한 조건 하에서 상기 언급된 유전자를 암호화하는 핵산 분자에 혼성화 가능한 하나 이상의 핵산 분자를 갖거나 또는 상기 언급된 유전자에 의해 암호화된 하나 이상의 단백질에 결합할 수 있는 하나 이상의 폴리펩티드 (예컨대 펩티드 또는 항체)를 갖는 마이크로어레이 칩의 사용을 포함한다. 일 구현예에서, PCR 방법은 qRT-PCR이다. 일 구현예에서, PCR 방법은 멀티플렉스-PCR이다. 일부 구현예에서, 유전자 발현은 마이크로어레이에 의해 측정된다. 일부 구현예에서, 유전자 발현은 qRT-PCR에 의해 측정된다. 일부 구현예에서, 발현은 멀티플렉스-PCR에 의해 측정된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB 또는 THY 중 하나 이상을 포함한다.
세포에서 mRNA의 평가를 위한 방법은 잘 알려져 있는데, 예를 들면, 상보적 DNA 프로브를 사용한 혼성화 검정 [예컨대 하나 이상의 유전자에 특이적인 표지된 리보프로브(riboprobe)를 사용한 동일계내 혼성화(in situ hybridization), 노던 블롯 및 관련된 기술] 및 다양한 핵산 증폭 검정 (예컨대, 유전자 중 하나 이상에 특이적인 상보적 프라이머를 사용한 RT-PCR, 및 다른 증폭 유형 검출 방법, 예컨대, 예를 들면, 분지형 DNA, SISBA, TMA 등)을 포함한다.
포유동물로부터의 샘플은 노던 블롯, 닷 블롯 또는 PCR 분석을 사용하여 mRNA에 대해 편리하게 분석될 수 있다. 게다가, 이와 같은 방법에는 (예를 들면, 하우스키핑 유전자, 예컨대 액틴 패밀리 구성원의 비교 대조군 mRNA 서열 수준을 동시에 조사함으로써) 생물학적 샘플 내 표적 mRNA의 수준을 확인할 수 있게 해주는 하나 이상의 단계들이 포함될 수 있다. 선택적으로, 증폭된 표적 cDNA의 서열이 계측될 수 있다.
선택적인 방법은 마이크로어레이 기술에 의해 조직 또는 세포 샘플 내에서 mRNA를 조사하거나 또는 검출하는, 예컨대 mRNA를 표적화하는 프로토콜을 포함한다. 핵산 마이크로어레이를 사용하여, 시험 및 대조군 조직 샘플로부터의 시험 및 대조군 mRNA 샘플이 역전사되고 표지되어, cDNA 프로브를 생성한다. 프로브는 그런 다음 고형 지지체 상에 고정된 핵산의 배열과 혼성화한다. 상기 배열은 배열의 각 구성원의 서열 및 위치를 알 수 있도록 구성된다. 예를 들어, 이의 발현이 항-혈관형성 요법의 증가된 또는 감소된 임상적 이점과 상관되는 선택된 유전자는, 고형 지지체 상에 배열되어 질 수 있다. 특정 배열 구성원과 표지된 프로브의 혼성화는, 프로브가 유도된 샘플이 그 유전자를 발현한다는 것을 나타낸다.
특정 구현예에서, 샘플 내 기질 유전자 특질 단백질의 존재 및/또는 발현 수준은 IHC 및 염색 프로토콜을 사용하여 측정될 수 있다. 조직 절편의 IHC 염색은, 샘플에서 단백질의 존재를 측정하거나 검출하는 신뢰할 만한 방법으로 밝혀진 바 있다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 면역조직화학에 의해 검출된다. 일부 구현예에서, 개체로부터 샘플에서 기질 유전자 특질의 상승된 발현은 상승된 단백질 발현이고 그리고, 추가 구현예에서, IHC를 사용하여 계측된다. 일 구현예에서, 기질 유전자 특질의 발현 수준은 하기의 단계들을 포함하는 방법을 사용하여 계측된다: (a) 항체를 갖는 샘플 (예컨대, 피험체 암 샘플)의 IHC 분석을 수행하는 단계; 및 b) 샘플에서 기질 유전자 특질의 발현 수준을 계측하는 단계. 일부 구현예에서, IHC 염색 강도는 참조와 비교하여 계측된다. 일부 구현예에서, 기준은 (예를 들면, 면역요법에 대한 완전 반응자 및 부분 반응자의 데이터베이스로부터의) 기준값이다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB, 또는 THY 중 하나 이상을 포함한다.
IHC는 추가의 기술, 예컨대 형태학적 염색 및/또는 형광 동일계내 혼성화와 조합하여 수행될 수 있다. IHC의 2개의 일반적인 방법이 이용가능하며; 이는 직접 검정 및 간접 검정이다. 제1 검정에 따라서, 항체의 표적 항원에 대한 결합이 직접적으로 측정된다. 이와 같은 직접적인 검정은 표지된 시약, 예컨대 형광 태그 또는 효소로 표지된 1차 항체(추가적인 항체 작용 없이 가시화될 수 있음)를 사용한다. 전형적인 간접적 검정에서, 비-콘주게이트된 1차 항체는 상기 항원에 결합하고, 이어서 표지된 2차 항체가 상기 1차 항체에 결합한다. 상기 2차 항체가 효소 표지에 콘주게이트된 경우, 발색성 또는 형광성 기질이 첨가되어 항원의 가시화를 제공한다. 신호 증폭은 여러 2차 항체가 상기 1차 항체 상의 상이한 에피토프와 반응할 수 있기 때문에 발생한다.
IHC을 위해 사용되는 상기 1차 및/또는 2차 항체는 전형적으로 검출가능한 모이어티로 표지될 것이다. 일반적으로 다음의 범주로 나뉠 수 있는 수많은 표지가 이용가능하다: (a) 방사선 동위원소, 예컨대 35S, 14C, 125I, 3H, 및 131I; (b) 콜로이드성 금 입자; (c) 형광 표지, 예컨대 비제한적으로, 희토류 킬레이트(유로퓸 킬레이트), 텍사스 레드, 로다민, 플루오레세인, 단실, 리스사민, 엄벨리페론, 파이코크리테린, 파이코시아닌 또는 상업적으로 사용가능한 형광단, 예컨대 SPECTRUM ORANGE7 및 SPECTRUM GREEN7 및/또는 상기의 것들 중 하나 이상의 유도체; (d) 다양한 효소-기질 표지가 이용가능하며, 미국 특허 제4,275,149호는 이들 중 일부의 고찰을 제공한다. 효소 표지의 예에는 루시퍼라아제(예를 들면, 반딧불이 루시퍼라아제 및 세균성 루시퍼라아제; 미국 특허 제4,737,456호), 루시페린, 2,3-디히드로프탈라진디온, 말레이트 데히드로게나아제, 우레아제, 과산화효소, 예컨대 호스래디쉬 과산화효소(HRPO), 알칼리성 인산가수 분해효소, β-갈락토시다아제, 글루코아밀라아제, 라이소자임, 사카라이드 옥시다아제(예를 들면, 글루코오스 옥시다아제, 갈락토오스 옥시다아제 및 글루코오스-6-포스페이트 데히드로게나아제), 헤테로시클 옥시다아제(예컨대 유리카아제 및 잔틴 옥시다아제), 락토퍼록시다아제, 마이크로퍼록시다아제 등이 포함된다.
효소-기질 조합의 예시는 하기를 포함한다: 예를 들어, 수소 퍼옥시다제를 기질로서 갖는 호스래디쉬 퍼옥시다제 (HRPO); 발색성 기질로서 니트로페닐 포스페이트를 갖는 알칼리성 인산가수분해효소 (AP); 및 발색성 기질 (예를 들면, p-니트로페닐-D-갈락토시다아제) 또는 형광원성 기질 (예를 들면, 4-메틸엄벨리페릴-D-갈락토시다아제)를 갖는 β-D-갈락토시다아제 (β-D-Gal). 이것에 대한 일반적인 내용은 미국 특허 제4,275,149호 및 제4,318,980호를 참조한다.
상기 방법들의 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질의 하나 이상의 유전자는 기질 유전자 진단성 항체 (즉, 1차 항체)를 사용하여 면역조직화학에 의하여 검출된다. 일부 구현예에서, 기질 진단 항체는 인간 기질-관련 유전자와 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 기질 진단성 항체는 비인간 항체이다. 일부 구현예에서, 기질 진단성 항체는 랫트, 마우스, 또는 토끼 항체이다. 일부 구현예에서, 기질 진단성 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 기질 진단성 항체는 직접적으로 표지된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함한다.
이렇게 제조된 시료는 장착되어 유리덮개로 덮일 수 있다. 슬라이드 평가가 이후 측정되며, 예를 들어, 본 분야에서 일상적으로 사용되는, 현미경 및 염색 강도 기준을 사용하는 것이 이용될 수 있다. 일 구현예에서, 종양 유래의 세포 및/또는 조직이 IHC 염색을 사용하여 측정될 경우, 염색은 (샘플 내 존재할 수 있는 간질성 또는 주변 조직과 비교하여) 일반적으로 종양 세포 및/또는 조직에서 측정 또는 평가되는 것으로 이해된다. 일부 구현예에서, 종양 유래의 세포 및/또는 조직이 IHC 염색을 사용하여 측정될 경우, 염색은 종양내 또는 종양주변 면역 세포를 포함하는, 종양-침윤 면역 세포 내에서 측정 또는 평가하는 것을 포함하는 것으로 이해될 것이다. 일부 구현예에서, PD-L1 바이오마커의 존재는, 샘플의 > 0%, 샘플의 적어도 1%, 샘플의 적어도 5%, 샘플의 적어도 10%에서 IHC에 의하여 검출된다.
대안적인 방법에서, 샘플은 항체-바이오마커 복합체가 형성되기에 충분한 조건하에 상기 바이오마커에 특이적인 항체와 접촉된 후, 상기 복합체를 검출할 수 있다. 바이오마커의 존재는 혈장 또는 혈청을 포함하는 다양한 조직 및 샘플을 분석하기 위한 수많은 방식, 예컨대 웨스턴 블롯팅 및 ELISA 절차에 의해 검출될 수 있다. 광범위한 상기 검정 형식을 사용한 면역검정 기술이 이용가능하며, 예를 들어, 미국 특허 제4,016,043호, 제4,424,279호 및 제4,018,653호를 참고한다. 이들은 전통적인 경쟁적 결합 검정, 뿐만 아니라 비-경쟁적 유형의 단일-부위 및 2-부위 또는 "샌드위치" 검정 둘 모두를 포함한다. 이들 검정은 또한 표적 바이오마커에 표지된 항체의 직접적인 결합을 포함한다.
조직 또는 세포 샘플에서 선택됨 기질 유전자 특질의 존재 및/또는 발현 수준/양은, 작용성 또는 활성-기반 검정의 방법에 의해 조사될 수 있다. 예를 들면, 만일 바이오마커가 효소인 경우, 조직 또는 세포 샘플에서 소정의 효소 활성의 존재를 계측 또는 검출하기 위해 당해 기술 분야에서 공지된 검정을 수행할 수 있다.
특정 구현예에서, 샘플은 검정된 기질 유전자들의 양의 차이 및 사용된 샘플의 품질의 가변성 및 검정 실행 사이의 가변성 모두에 대해 정규화된다. 이러한 정규화는 잘 알려진 하우스키핑 유전자를 포함하는 특정 정규화 바이오마커의 발현을 검출하고 통합함에 의해 달성될 수 있다. 대안적으로, 정규화는 모든 분석된 유전자 또는 이들의 큰 서브셋의 평균 또는 중간 신호에 기초될 수 있다 (전면적인 정규화 접근법). 유전자-별-유전자 기준(gene-by-gene basis)으로, 피험체 종양 mRNA 또는 단백질의 측정된 정규화된 양은 참조 세트에서 발견된 양에 비교된다. 피험체 당 시험된 종양 당 각 mRNA 또는 단백질에 대한 정규화된 발현 수준은 참조 세트에서 측정된 발현 수준의 백분율로 표현될 수 있다. 분석된 특정한 피험체 샘플에서 측정된 존재 및/또는 발현 수준/양은, 이 범위 내의 일부 백분위로 될 수 있고, 이는 당해 기술에서 잘 알려진 방법에 의해 결정될 수 있다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB, 또는 THY 중 하나 이상을 포함한다.
일 구현예에서, 샘플은 임상 샘플이다. 또 다른 양태에서, 상기 샘플은 진단학적 검정에 사용된다. 일부 구현예에서, 샘플은 1차 또는 전이성 종양으로부터 수득된다. 조직 생검은 때로는 종양 조직의 대표적인 조각을 얻기 위해 사용된다. 대안적으로, 종양 세포는 관심 있는 종양 세포를 함유하는 것으로 알려졌거나 또는 생각되는 조직 또는 체액의 형태로 간접적으로 수득될 수 있다. 예를 들면, 폐암 병변의 샘플은 절제, 기관지내시경, 미세 침상 흡인, 기관지 브러싱에 의해, 또는 객담, 늑막 유체 또는 혈액으로부터 수득될 수 있다. 유전자 또는 유전자 생성물은 암 또는 종양 조직으로부터 또는 다른 신체 샘플, 예컨대 소변, 가래, 혈청 또는 혈장로부터 검출될 수 있다. 암성 샘플에서 표적 유전자 또는 유전자 생성물의 검출을 위해 상기 논의된 동일한 기술이 다른 신체 샘플에도 적용될 수 있다. 암 세포는 암 병변으로부터 떨어져 나올 수 있으며, 그러한 신체 샘플에 나타날 수 있다. 그러한 신체 샘플을 스크리닝함으로써, 이들 암에 대한 간단한 조기 진단이 달성될 수 있다. 또한, 요법의 진행은 표적 유전자 또는 유전자 생성물에 대한 상기 신체 샘플을 시험함으로써 더욱 용이하게 모니터링될 수 있다.
특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 시험 샘플이 수득될 때와는 상이한 하나 이상의 시점에서 수득된 동일한 피험체 또는 개체로부터 단일 샘플 또는 합치된 다중 샘플이다. 예를 들어, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 시험 샘플이 수득될 때보다 동일한 피험체 또는 개체로부터 조기 시점에서 수득된다. 이러한 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 참조 샘플이 암의 초기 진단 동안 수득되고 시험 샘플은 나중에 암이 전이성이 된 때 수득되는 경우, 유용할 수 있다.
특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 상기 피험체 또는 개체가 아닌 하나 이상의 건강한 개인으로부터 조합된 다중 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 상기 피험체 또는 개체가 아닌 질환 또는 장애 (예를 들면, 암)를 갖는 하나 이상의 개인으로부터 조합된 다중 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 상기 피험체 또는 개체가 아닌 하나 이상의 개인 유래의 정상 조직 또는 풀링된 혈장 또는 혈청 샘플로부터 풀링된 RNA 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 상기 피험체 또는 개체가 아닌 질환 또는 장애 (예를 들 면, 암)를 갖는 하나 이상의 개인유래의 종양 조직 또는 풀링된 혈장 또는 혈청 샘플로부터 풀링된 RNA 샘플이다.
특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 상기 피험체 또는 개체가 아니지만, 면역요법에 대한 완전 반응자 또는 부분적 반응자였던 하나 이상의 개체 유래의 조합된 다중 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 상기 피험체 또는 개체가 아닌 질환 또는 장애 (예를 들면, 암)를 갖는 하나 이상의 개인으로부터의 조합된 다중 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 상기 피험체 또는 개체가 아니지만, 면역요법에 대한 완전 반응자 또는 부분적 반응자였던 하나 이상의 개체 유래의 혈청 샘플 또는 조직 또는 풀링된 혈장 유래의 풀링된 RNA 샘플이다. 특정 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 상기 피험체 또는 개체가 아니지만, 면역요법에 대한 완전 반응자 또는 부분적 반응자였던 질환 또는 장애 (예를 들면, 암)을 갖는 하나 이상의 개체 유래의 혈청 샘플 또는 종양 조직 또는 풀링된 혈장 유래의 풀링된 RNA 샘플이다.
일부 구현예에서, 샘플은 개체 유래의 조직 샘플이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 종양 조직 샘플 (예를 들면, 생검 조직)이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 폐 조직이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 신장 조직이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 피부 조직이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 췌장 조직이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 위 조직이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 방광 조직이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 식도 조직이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 중피 조직이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 유방 조직이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 갑상선 조직이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 결장직장 조직이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 두경부 조직이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 골육종 조직이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 전립선 조직이다. 일부 구현예에서, 조직 샘플은 난소 조직, HCC (간), 혈구, 림프절, 골/골수이다.
상기 방법들의 일부 구현예에서, 질환 또는 장애는 종양이다. 일부 구현예에서, 종양은 악성 암성 종양 (즉, 암)이다. 일부 구현예에서, 종양 및/또는 암은 고형 종양 또는 비-고형 또는 연조직 종양이다. 연조직 종양의 예는 백혈병 (예를 들면, 만성적 골수성 백혈병, 급성 골수성 백혈병, 성인 급성 림프아구성 백혈병, 급성 골수성 백혈병, 성숙한 B-세포 급성 림프아구성 백혈병, 만성적 림프구성 백혈병, 다림프구 백혈병, 또는 모발 세포 백혈병) 또는 림프종 (예를 들면, 비-호지킨 림프종, 피부 T-세포 림프종, 또는 호지킨 질환)을 포함한다. 고형 종양은 혈액, 골수, 또는 림프계 이외의 신체 조직의 임의의 암을 포함한다. 고형 종양은 상피 세포 기원의 것 및 비-상피 세포 기원의 것으로 추가로 분화될 수 있다. 상피성 세포 고형물 종양의 예는 위장관, 결장, 결장직장 (예를 들면, 기저양 결장직장 암종), 유방 (예를 들면, 삼중 음성 유방암), 전립선, 폐, 신장, 간, 췌장, 난소 (예를 들면, 자궁내막모양 난소 암종), 두경부, 구강, 위, 십이지장, 작은 창자, 큰 창자, 항문, 담낭, 음순, 비인두, 피부, 자궁, 남성 생식기 장기, 비뇨기 [예를 들면, 요로상피 방광암, 요로상피 암종, 형성이상 요로상피 암종, 이행성 세포 (transitional cell) 암종], 방광, 및 피부의 종양을 포함한다. 비-상피성 기원의 고형 종양은 육종, 뇌종양, 및 골 종양을 포함한다. 일부 구현예에서, 암은 비-소세포 폐암(NSCLC)이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 2차 또는 3차 국소로 진전된 또는 전이성 비-소세포 폐암이다. 일부 구현예에서, 암은 선암종이다. 일부 구현예에서, 상기 암은 편평상피 세포 암종이다.
일부 구현예에서, 기질 유전자 특질의 하나 이상의 유전자는 FACS, 웨스턴 블롯, ELISA, 면역침강, 면역조직화학, 면역형광, 방사선면역검정, 닷 블롯팅, 면역검출 방법, HPLC, 표면 플라즈몬 공명, 광학적 분광법, 질량 분광분석기, HPLC, qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술, 및 FISH, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택됨 방법을 사용하여 샘플에서 검출된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 FACS 분석을 사용하여 검출된다. 일부 구현예에서, 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB, 또는 THY 중 하나 이상을 포함한다.
바람직하게는, 기질 유전자 특질의 발현 수준은 암 세포를 함유하거나 또는 함유하는 것으로 의심되는 생물학적 샘플에서 평가된다. 샘플은 암 [예를 들면, 방광암 (예를 들면, 요로상피 방광암), 유방암 (예를 들면, 삼중 음성 유방암), 신장 세포 암종, 결장직장암, 위암, 간암, 흑색종, 폐암 (예를 들면, 비-소세포 폐 암종), 난소암 또는 췌장암]을 앓고 있거나 암이 의심되는, 또는 암으로 진단된 환자로부터 수득된, 예를 들어 조직 절제, 조직 생검, 또는 전이성 병변이다. 바람직하게는, 샘플은 순환 암 세포를 포함하는 것으로 공지되거나 의심되는, 조직, 종양의 절개 또는 생검, 공지되거나 의심되는 전이성 암 병변 또는 절편, 또는 혈액 샘플, 예를 들면, 말초 혈액 샘플이다. 샘플은 암세포, (즉, 종양 세포) 및 비-암성 세포 (예를 들면, 기질 세포) 둘 모두를 포함할 수 있으며, 특정 구현예에서는 암세포 및 비-암성 세포 모두를 포함한다. 기질 구성요소 내 유전자 발현의 측정을 포함하는 본 발명의 양태에서, 상기 샘플은 암/종양 세포 및, 예를 들면, 암/종양 세포와 관련된 비-암성 세포 (예를 들면, 종양 관련된 섬유아세포, 내피 세포, 혈관주위세포, 여분-세포성 기질, 및/또는 백혈구의 다양한 부류) 둘 모두를 포함한다. 다른 양태에서, 숙련가, 예를 들면 병리학자는 비-암성 세포(예를 들면, 기질 세포, 내피 세포, 등)로부터 암 세포를 쉽게 구별할 것이다. 조직 절제, 생검, 및 체액, 예를 들면, 암/종양 세포를 포함하는 혈액 샘플을 포함하는 생물학적 샘플을 수득하는 방법은 당해 기술에 공지되어 있다. 일부 구현예에서, 환자로부터 수득된 샘플은 임의의 면역요법 또는 다른 치료 요법 또는 요법, 예를 들면, 암의 치료 또는 이들의 증상의 관리 또는 완화를 위한 화학요법 또는 방사선 요법을 시작하기 전에 수집된다. 일부 구현예에서, 환자로부터 수득된 샘플은, 면역요법 시작 후, 그러나 억제성 기질 길항제로의 치료 이전에 수집된다. 일부 구현예에서, 개체는 억제성 기질 길항제로의 치료 이전에는 면역요법으로의 치료에 실패하였다. 따라서, 일부 구현예에서, 샘플은 면역요법 제제 또는 기타 제제의 투여 이전에, 또는 억제성 기질 길항제로의 면역요법 또는 치료의 개시 이전에 수집된다. 일부 구현예에서, 샘플은 면역요법 제제 또는 기타 제제의 투여 이후에, 그러나 억제성 기질 길항제로의 치료의 개시 이전에 수집된다.
상기 기재된 방법에 부가하여, 본 발명은 또한 웨스턴 블롯팅 및 ELISA-기반 검출에 의해서와 같은, 하나 이상의 기질 유전자 특질의 발현 수준을 평가하는 면역조직화학 방법을 추가로 포함한다. 당해 기술에서 이해되는 바와 같이, 본 발명의 마커/인디케이터 단백질의 발현 수준은 또한 당해 기술에서 공지된 임의의 적합한 방법, 예컨대 노던 블롯팅, 실시간 PCR, 및 RT PCR에 의해 mRNA 수준에서 평가될 수 있다. 면역조직화학 및 mRNA-기반 검출 방법 및 시스템은 당업계에 잘 공지되어 있으며, 문헌[Lottspeich (Bioanalytik, Spektrum Akademisher Verlag, 1998)] 또는 [Sambrook and Russell (Molecular Cloning: A Laboratory Manual, CSH Press, Cold Spring Harbor, NY, USA, 2001)] 등의 표준 교과서로부터 유추할 수 있다. 기재된 방법은 암 [예를 들면, 방광암, 유방암, 결장직장암, 위암, 간암, 흑색종, 폐암 (예를 들면, 비-소세포 폐 암종), 난소암, 또는 신장 세포 암종]의 진전된 단계로 진단된 집단에서 확립된 대조군 수준에 비해, 환자 또는 환자 그룹에서 기질 유전자 특질의 발현 수준을 계측하는데 특정 용도를 갖는다.
본 명세서에서 기재된 검출 방법에 사용에 대해, 숙련가는 본 발명에 의해 포함된 폴리펩티드 또는 올리고뉴클레오티드를 표지(label)하는 능력을 가진다. 당업계에서 일상적으로 실시되는 바와 같이, IHC 방법에 사용하기 위해 mRNA 수준 및/또는 항체 또는 THY1 을 검출하는 데 사용하는 혼성화 프로브는 당업계에 공지된 표준 방법에 따라 표지되고 시각화될 수 있다. 통상적으로 사용되는 시스템의 비-제한적인 예는 방사성 표지, 효소 표지, 형광 태그, 비오틴-아비딘 복합체, 화학 발광 등의 사용을 포함한다.
기질 유전자 특질 중 하나 이상의 발현 수준이 또한 면역응집, 면역침강 (예를 들면, 면역확산, 면역전기영동, 면역 고착), 웨스턴 블롯팅 기술 (예를 들면, 동일계내 면역조직화학, 동일계내 면역세포화학, 친화도 크로마토그래피, 효소 면역검정) 등의 이점을 이용함에 의해 단백질 수준에서 계측될 수 있다. 정제된 폴리펩티드의 양이 또한 물리적 방법, 예를 들면, 광도 측정에 의해 측정될 수 있다. 혼합물에서 특정한 폴리펩티드를 정량하는 방법은 보통, 예를 들면, 항체의 특이적 결합에 의존한다.
상기에서 언급된 바와 같이, 본 발명에 따른 마커/인디케이터 단백질의 발현 수준은, 기질 유전자 특질을 암호화하는 상응하는 유전자(들)의 증가된 또는 감소된 발현에도 또한 반영될 수 있다. 따라서, 상응하는 유전자(들)의 발현을 평가하기 위해, 번역 전의 유전자 생성물 (예를 들면 스플라이싱된, 언스플라이싱된 또는 부분적으로 스플라이싱된 mRNA)의 정량적 평가가 수행될 수 있다. 당해 기술의 숙련가는 이 맥락에서 사용되는 표준 방법을 알고 있고, 표준 교과서 (예를 들면 Sambrook, 2001)로부터 이들 방법을 추론할 수 있다. 예를 들면, 본원에서 기재된 면역 세포 유전자 특질 중 하나 이상을 암호화하는 mRNA의 각각의 농도/양에 대한 정량적 데이터는, 노던 블롯, 실시간 PCR, 등에 의해 수득될 수 있다.
본 발명은 또한, 환자가 임의의 유전자 세트내에서 하나 이상의 면역 세포 유전자 특질의 발현 수준 변화를 갖는 것으로 계측되는 경우, 암 (예를 들면, 화학요법-저항성, 화학요법-감수성, 난치성, 1차, 진전된, 또는 재발성인, 방광암 (예를 들면, 요로상피 방광암, 유방암 (예를 들면, 삼중 음성 유방암), 결장직장암, 위암, 간암, 흑색종, 폐암 (예를 들면, 비-소세포 폐 암종), 난소암, 또는 신장 세포 암종)을 갖는 환자에게 면역요법을 투여하는 방법을 제공한다. 일 구현예에서, 하나 이상의 기질 유전자 특질 (즉, FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB, 또는 THY 중 하나 이상)의 발현 수준의 증가가 있는 경우, 환자에게 면역요법과 병행하여 억제성 기질 길항제를 투여한다.
일부 구현예에서, 활성화 면역요법은 CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제를 포함한다. 특정 구현예에서, 효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제)는 암을 갖는 환자에서의 면역 반응을 증가시키거나, 증진시키거나, 또는 자극시킨다. 일부 구현예에서, 효능제는 리간드 (예를 들면, T 세포 수용체 리간드)의 발현 및/또는 활성을 조절하고, 및/또는 리간드와 이의 면역 수용체와의 상호작용을 증가시키거나 자극하고, 및/또는 면역 수용체에 결합하는 리간드에 의해 매개된 세포내 신호전달을 증가시키거나 자극한다. 기타 구현예에서, 억제 면역요법은 CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제를 포함한다. 특정 구현예에서, 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제)는 이의 면역 수용체와 리간드 (예를 들면, T 세포 수용체 리간드)의 상호작용을 억제하고/하거나 차단하는 제제이거나, 또는 리간드 및/또는 수용체 발현 및/또는 활성의 길항제이거나, 또는 이의 면역 수용체로 리간드 (예를 들면, T 세포 수용체 리간드)에 의하여 매개된 세포내 신호전달을 차단하는 제제이다. 일부 구현예에서, 면역요법은 억제성 기질 길항제와 조합하여 투여된다. 일부 구현예에서, 면역요법은 억제성 기질 길항제와 조합하여 투여되며, 여기서 개체 유래의 샘플은 본원에 기술된 기질 유전자 특질의 존재를 표지하였다.
일부 구현예에서, 본 발명의 방법은 활성화 면역요법 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제 효능제) 및 억제성 기질 길항제를 추가 요법과 함께 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 본 추가의 요법은 방사선 요법, 수술, 화학요법, 유전자 요법, DNA 요법, 바이러스 요법, RNA 요법, 골수 이식, 나노요법, 단클론성 항체 요법, 또는 전술한 것의 조합일 수 있다. 부가적인 요법은 아주번트 또는 네오아주번트 치료의 형태일 수 있다. 일부 구현예에서, 추가의 요법은 부작용 제한 제제 (예를 들면, 치료 부작용의 발생 및/또는 중증도를 경감하도록 의도된 제제, 예컨대 항-어지럼증 제제 등)의 투여이다. 일부 구현예에서, 추가의 요법은 방사선 요법이다. 일부 구현예에서, 추가의 요법은 수술이다. 일부 구현예에서, 부가적인 요법은 전술한 화학치료제 중 하나 이상일 수 있다. 예를 들어, 이들 방법은, 추가로 하기에 기술된, 활성화 면역요법 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 억제 면역요법 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제)과 하나 이상의 추가 화학치료제 (예를 들면, 카르보플라틴 및/또는 파클리탁셀)의 공동-투여를 포함한다. 선택적으로 하나 이상의 화학치료제 (예를 들어, 카보플라틴 및/또는 파클리탁셀)와 조합된 면역요법은 바람직하게는 무진행 생존 (PFS) 및/또는 전체 생존 (OS)을 포함하는 생존을 연장 및/또는 개선시킨다. 일 구현예에서, 면역요법은 치료되는 암에 대하여 승인된 항-종양 제제 또는 치료 표준을 투여함으로써 달성된 생존률보다, 적어도 약 20% 이상 생존률을 연장시킨다.
일 구현예에서, 고정 용량의 면역요법이 투여된다. 고정 투여는 한 번에 또는 일련의 치료에 걸쳐 환자에 적절히 투여될 수 있다. 고정 용량이 투여될 경우, 이는 바람직하게는 약 20mg 내지 약 2000mg 범위이다. 예를 들어, 고정 용량은 대략 420mg, 대략 525mg, 대략 840mg, 또는 대략 1050mg의 효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제)일 수 있다. 일련의 투여가 투여될 경우, 이들은 예를 들어, 대략 1주 마다, 대략 2주 마다, 대략 3주 마다, 또는 대략 4주 마다, 그러나 바람직하게는 대략 3주 마다 투여될 수 있다. 상기 고정 용량은, 예를 들면, 질환 진행, 유해 사례, 또는 의사에 의해 결정된 바와 같은 다른 시간까지 투여되도록 지속될 수 있다. 예를 들면, 약 2, 3, 또는 4회부터, 최대 약 17회 또는 그 이상까지의 고정 용량이 투여될 수 있다.
일 구현예에서, 효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제)의 하나 이상의 부하 용량(들)이, 이후 하나 이상의 유지 용량(들)이 투여된다. 또 다른 구현예에서, 다수의 동일한 용량이 환자에게 투여된다.
일 구현예에서, 억제성 기질 길항제 (예를 들면, TGFβ 길항제)의 하나 이상의 부하 용량(들)이, 이후 하나 이상의 유지 용량(들)이 투여된다. 또 다른 구현예에서, 상동한 용량의 다수가 환자에게 투여된다.
효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제)는 단일 항-종양 제제로서 투여될 수 있으나, 환자는 기질 유전자 특질의 존재에 따라 선택적으로 효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제) 및 억제성 기질 길항제의 조합에 의해 치료된다.
기타 구현예에서, 면역요법 및 억제성 기질 길항제는 화학치료제와 조합하여 투여된다. 본 명세서에서 예시적인 화학치료제는 하기를 포함한다: 젬시타빈, 카보플라틴, 옥살리플라틴, 이리노테칸, 플루오로피리미딘 (예를 들면, 5-FU), 파클리탁셀 (예를 들면, nab-파클리탁셀), 도세탁셀, 토포테칸, 카페시타빈, 테모졸로마이드, 인터페론-알파, 및/또는 리포좀 독소루비신 (예를 들면, 페길화된 리포좀 독소루비신). 조합된 투여에는 별개의 제형 또는 단일 약제학적 제형을 이용한 공-투여 또는 동시-투여, 및 어느 순서로든 연속적인 투여가 포함되며, 여기서 바람직하게는 양쪽 (또는 모든) 활성제가 이들의 생물학적 활성을 동시에 발휘하는 시기가 있다. 따라서, 화학치료제는, 효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제)의 투여 이전, 또는 이후에, 및/또는 억제성 기질 길항제의 투여 이전, 또는 이후에 투여될 수 있다. 이러한 구현예에서, 화학치료제의 적어도 1회 투여와, 효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제), 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제) 및/또는 억제성 기질 길항제의 적어도 1회 투여 사이의 기간(timing)은, 바람직하게는 대략 1개월 이하 (3주, 2주, 1주, 6일, 5일, 4일, 3일, 2일, 1일)이다. 대안적으로, 화학치료제 및 효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제), 및 억제성 기질 길항제는, 단일 제형 또는 개별 제형으로 환자에게 동시에 투여된다. 화학치료제 (예를 들면, 카르보플라틴 및/또는 파클리탁셀) 및 효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제) 및/또는 억제성 기질 길항제의 조합에 의한 치료는, 환자에 대한 상승 작용적이거나, 또는 부가적인 치료 이점 이상의 것일 수 있다.
특히, 예를 들면, 난소암의 요법을 위한, 효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제) 및 억제성 기질 길항제와의 조합을 위한 목적 화학치료제는 하기를 포함한다: 화학치료제 예컨대 백금 화합물 [예를 들면, 카르보플라틴(carboplatin)], 탁솔(taxol), 예컨대 파클리탁셀(paclitaxel) 또는 도세탁셀(docetaxel), 토포테칸(topotecan), 또는 리포좀 독소루비신 (liposomal doxorubicin).
특히, 예를 들면, 유방암의 요법을 위한, 효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제) 및 억제성 기질 길항제와의 조합을 위한 목적 화학치료제는 하기를 포함한다: 화학치료제 예컨대 카페시타빈(capecitabine), 및 탁솔, 예컨대 파클리탁셀 (예를 들면, nab-파클리탁셀) 또는 도세탁셀.
특히, 예를 들면, 결장직장암의 요법을 위한, 효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제) 및 억제성 기질 길항제와의 조합을 위한 목적 화학치료제는 하기를 포함한다: 화학치료제, 예컨대 플루오로피리미딘 (예를 들면, 5-FU), 파클리탁셀, 시스플라틴, 토포테칸, 이리노테칸, 플루오로피리미딘-옥살리플라틴, 플루오로피리미딘-이리노테칸, FOLFOX4 [5-FU, 레코보린(lecovorin), 옥살리플라틴(oxalipl)], 및 IFL (이로노테칸(ironotecan), 5-FU, 류코보린(leucovorin)].
특히, 예를 들면, 신장 세포 암종의 요법을 위한, 효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제) 및 억제성 기질 길항제와의 조합을 위한 목적 화학치료제는 화학치료제, 예컨대 인터페론-알파2a를 포함한다.
만일 투여된다면, 화학치료제는 보통 따라서 공지된 용량으로 투여되거나, 또는 선택적으로 화학치료제의 투여에 기인하는 음성적 부작용 또는 약물의 조합된 작용에 기인하여 낮아진다. 그와 같은 화학치료제에 대한 제조 및 투여 일정은 제조자의 지침에 따라 또는 당업자에 의해 실험적으로 결정된 바에 따라 사용될 수 있다. 화학요법제가 파클리탁셀인 경우, 바람직하게는 이는 약 130 mg/㎡ 내지 200 mg/㎡ (예를 들어, 약 175 mg/㎡)의 투여량으로 예를 들어 3시간에 걸쳐 3주에 1회 투여된다. 화학치료제가 카보플라틴인 경우, 바람직하게는 이것은 환자의 기존의 신장 기능 또는 신장 기능 및 원하는 혈소판 최하점에 기반한 캘버트 식(Calvert formula)을 사용하여 카보플라틴의 용량을 계산함에 의해 투여된다. 신장 배출은 카보플라틴에 대한 제거의 주요 경로이다. 체표면적에 기초한 경험적 용량 계산에 비교할 때, 이 투약 식의 사용은 그렇지 않으면 과소투약 (평균 신장 기능 이상인 환자) 또는 과다투약 (손상된 신장 기능이 있는 환자)을 초래할 수 있는 전처리 신장 기능에서 환자 편차를 보상할 수 있다. 단일 제제 카보플라틴을 사용한 4-6 mg/㎖/분의 표적 AUC는 이전에 치료된 환자에서 가장 적절한 용량 범위를 제공하는 것으로 보인다.
효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제) 외에, 억제성 기질 길항제 및 화학치료제, 기타 치료 요법도 이와 함께 조합될 수 있다. 예를 들면, 제2 (제3, 제4 등)의 화학치료제(들)이 투여될 수 있고, 여기서 상기 제2 화학치료제는 항대사물질 화학치료제, 또는 항대사물질이 아닌 화학치료제이다. 예를 들면, 상기 제2 화학치료제는 탁산 (예컨대 파클리탁셀 또는 도세탁셀), 카페시타빈, 또는 백금-기반 화학치료제 (예컨대 카보플라틴, 시스플라틴, 또는 옥살리플라틴), 안트라사이클린 (예컨대 리포좀 독소루비신을 포함하는 독소루비신), 토포테칸, 페메트렉세드, 빈카 알카로이드 [예컨대 비노렐빈(vinorelbine)], 및 TLK 286일 수 있다. 상이한 화학치료제들의 "칵테일"이 투여될 수 있다.
효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제)와 함께 조합될 수 있는 기타 치료제 및/또는 화학치료제는, 하기 중 임의의 하나 이상을 포함한다: HER 억제제, HER 다이머화 억제제[예를 들어, 트라스투주맙(trastuzumab)과 같은 성장 억제 HER2 항체 또는 HER2 과발현 세포의 세포사멸을 유도하는 HER2 항체, 예컨대 7C2,7F3 또는 이의 인간화된 변형체]; EGFR, HER3, HE R4와 같은 상이한 종양 관련 항원에 대해 유도된 항체; 항-호르몬 화합물, 예를 들면 타목시펜(tamoxifen)과 같은 항-에스트로겐 화합물 또는 아로마타제 억제제; 심장보호제(치료와 관련된 임의의 심근 기능 장애를 예방 또는 감소시키기 위해); 사이토카인; EGFR-표적 약물[예컨대, TARCEVA® IRESSA® 또는 세툭시맙(cetuximab)]; 티로신 키나아제 억제제; COX 억제제(예를 들어, COX-1 또는 COX-2 억제제); 비-스테로이드성 항-염증성 약물인 셀레콕시브(셀레브렉스(CELEBREX®); 파네실 트랜스퍼라제 억제제 [예컨대, 존슨 앤드 존슨(Johnson and Johnson) 사로부터 입수할 수 있는 티피파르닙 (trastuzumab) /ZARNESTRA® R115777 또는 쉐링-플라우(Schering-Plough) 사로부터 입수할 수 있는 로나파르닙[(Lonafarnib) SCH66336]; 오레고보맙 (Oregovomab)(MoAb B43.13)과 같은 태아종양 단백질 CA125에 결합하는 항체; HER2 백신(파멕시아(Pharmexia) 사의 HER2AutoVac 백신 또는 덴드레온(Dendreon) 사의 APC8024 단백질 백신, 또는 GSK/코릭사의 HER2 펩티드 백신); 또 다른 HER 표적 치료(예를 들면, 트라스투주맙, 세툭시맙, ABX-EGF, EMD7200, 게피티닙(gefitinib), 에를로티닙(erlotinib), CP724714, CI1033, GW572016, IMC-11F8, TAK165 등); Raf 및/또는 ras 억제제(예를 들어, WO 2003/86467 참조); 독소루비신 HCl 리포좀 주입(DOXIL®); 토포테칸과 같은 토포아이소머라제 1 억제제; 탁산; 라파티닙/GW572016과 같은 HER2 및 EGFR 이중 티로신 키나아제 억제제; TLK286(TELCYTA®); EMD-7200; 세로토닌 길항제, 스테로이드 또는 벤조디아제핀과 같은 메스꺼움을 치료하는 약제; 국소용 또는 경구용 항생제를 포함한 피부 발진이나 표준 여드름 치료를 예방 또는 치료하는 약제; 설사를 치료 또는 예방하는 약제; 아세트아미노펜, 디펜하이드라민(diphenhydramine) 또는 메페리딘(erlotinib)과 같은 체온-저하 약제; 조혈 성장 인자 등.
상기-주지된 공-투여된 제제 중 어느 것에 대한 적합한 투여량은 현재 사용되는 것들이며, 제제 및 효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제) 및 억제성 기질 길항제의 조합된 작용 (상승작용)으로 인하여 저하될 수 있다. 상기 치료적 요법에 부가하여, 환자는 종양 및/또는 암세포의 외과적인 제거, 및/또는 방사선 요법을 받을 수 있다.
효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제)가 항체일 경우, 투여된 항체는 바람직하게는 네이키드 항체이다. 투여된 효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제)는 세포독성제와 함께 콘주게이트될 수 있다. 바람직하게는, 콘주게이트 및/또는 항원은 세포에 의해 내재화되어, 이것이 결합하는 암세포의 사멸에서 콘주게이트의 치료적 효능을 증가를 야기한다. 바람직한 구현예에서, 세포독성제는 암 세포에서 핵산을 표적으로 하거나 이를 방해할 수 있다. 그와 같은 세포독성제의 예에는 메이탄시노이드(maytansinoids), 칼리키아마이신(calicheamicins), 리보뉴클레아제 및 DNA 엔도뉴클레아제가 포함된다.
효능제 (예를 들면, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMBG1, 또는 TLR 효능제) 또는 길항제 (예를 들면, CTLA-4, PD-1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제)는 유전자 요법에 의하여 투여될 수 있다. 예를 들면, 세포내 항체를 형성하기 위한 유전자 요법의 사용에 관한 1996년 3월 14일 공개된 WO 96/07321을 참고한다. 생체내 및 생체외로 환자의 세포 내로 핵산(선택적으로 벡터에 함유됨)을 얻기 위한 2개의 주요 접근법이 존재한다. 생체내 전달을 위해, 핵산은 보통 항체가 필요한 부위에서 환자 내로 직접적으로 주사된다. 생체외 치료를 위해, 환자의 세포가 제거되고, 핵산이 이들 단리된 세포 내로 도입되고, 개질된 세포가 직접적으로 환자에게 투여되거나, 예를 들면, 환자 내로 이식되는 다공성 막 내로 캡슐화된다(예를 들면, 미국 특허 번호 4,892,538 및 5,283,187 참고). 생활성 세포 내로 핵산을 도입하기 위해 이용 가능한 다양한 기술이 존재한다. 기술은 핵산이 의도된 숙주의 세포에서 시험관내 또는 생체내 배양 세포 내로 전달되는지 여부에 따라 변한다. 시험관내 포유동물 세포 내로의 핵산 전달에 적당한 기술에는 리포좀, 전기천공, 미세주입, 세포 융합, DEAE-덱스트란, 칼슘 포스페이트 침전 방법 등의 이용이 포함된다. 유전자의 생체외 전달을 위해 통상적으로 사용되는 벡터는 레트로바이러스이다. 현재 바람직한 생체내 핵산 전달 기술에는 바이러스 벡터 (예컨대 아데노바이러스, 단순 포진 I 바이러스, 또는 아데노-관련된 바이러스) 및 지질-기반 시스템 (유전자의 지질-매개된 전달에 유용한 지질은, 예를 들면 DOTMA, DOPE 및 DC-Chol)을 이용한 형질감염이 포함된다. 일부 상황에서, 핵산 공급원에 표적 세포, 예컨대 세포 표면 막 단백질 또는 표적 세포에 특이적인 항체, 표적 세포 상의 수용체에 대한 리간드 등을 표적화 하는 약제를 제공하는 것이 바람직하다. 리포좀이 사용되는 경우, 엔도시토시스와 관련된 세포 표면 막 단백질에 결합하는 단백질은, 예를 들면 특정 세포 유형에 대한 캡시드 단백질 또는 이의 단편, 사이클링에서 내재화를 겪는 단백질에 대한 항체, 및 세포내 국지화를 표적으로 하고 세포내 반감기를 증진시키는 단백질을 표적화 및/또는 용이하게 섭취하는데 사용될 수 있다. 수용체-매개 엔도시토시스의 기술은 예를 들어 하기에 기재되어 있다: Wu et al., J. Biol . Chem . 262:44294432 (1987); 및 Wagner et al., Proc . Natl . Acad . Sci . USA 87:3410-3414 (1990). 현재까지 공지된 유전자 마킹 및 유전자 치료 프로토콜의 검토를 위해서는 문헌[Anderson et al., Science 256:808-813 (1992)]을 참고한다. 또한, WO 93/25673 및 여기에 인용된 문헌을 참고한다.
Ⅲ. 본 발명의 방법에 사용하기 위한 항체
본 발명의 일부 구현예에서, 면역요법 및/또는 억제성 기질 길항제는 항체이다. 본 발명은 면역요법 및 억제성 기질 길항제의 조합 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 개체의 진단 및/또는 치료에 사용하기 위한 다양한 항체를 제공한다.
단클론성 항체
일부 구현예에서, 항체는 단클론성 항체이다. 단클론성 항체는 실질적으로 균질한 항체의 집단으로부터 얻어지며, 즉 집단을 포함하는 개별적인 항체는 동일하고, 및/또는 단클론성 항체의 생산 동안 발생하는 가능한 변이체를 제외하고 동일한 에피토프에 결합한다. 이러한 변이체는 일반적으로 소량으로 존재한다. 따라서, 수식어 "단클론성"은 개별적 또는 다클론성 항체들의 혼합물이 아닌 항체의 특징을 나타낸다.
예를 들어, 상기에 기재된 바와 같이, 단클론성 항체는 먼저 문헌 [Kohler et al., Nature 256:495 (1975)]에 의해 기재된 하이브리도마 방법을 사용하여 제작될 수 있거나, 재조합 DNA 방법(미국 특허 제4,816,567호)에 의해 제작될 수 있다.
하이브리도마 방법에서, 마우스 또는 다른 적절한 숙주 동물이 본원에 기술된 바와 같이 면역화되어, 면역화에 사용된 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 항체를 생산하거나 또는 생산할 수 있는 림프구를 유도한다. 대안으로, 림프구는 시험관내에서 면역화될 수 있다. 이어서, 림프구는 하이브리도마 세포를 형성하기 위해 적합한 융합제, 예컨대 폴리에틸렌 글리콜을 이용하여 골수종 세포와 융합된다 (Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, pp. 59-103 (Academic Press, 1986)).
이렇게 제조된 하이브리도마 세포를, 바람직하게는 비융합된 모(parental) 골수종 세포의 성장 또는 생존을 억제하는 1종 이상의 물질을 함유하는 적합한 배양 배지에 씨딩하고 성장시킨다. 예를 들어, 만약 모 세포에 효소 하이포잔틴 구아닌 포스포리보실전달효소 (HGPRT 또는 HPRT)가 없는 경우, 하이브리도마를 위한 배양 배지(HAT 배지)는 전형적으로 HGPRT-결핍 세포의 성장을 방지하는 물질인, 하이포잔틴, 아미노프테린, 및 티미딘을 포함할 것이다.
일부 구현예에서, 골수종 세포는 효율적으로 융합되어, 선택된 항체-생산 세포에 의한 안정된 고 수준의 항체 생산을 뒷받침하는 것들이고, 이는 예컨대 HAT 배지와 같은 배지에 민감성이다. 무엇보다도, 일부 구현예에서, 골수종 세포주는, 비제한적으로, 뮤린 골수종 세포주, 예컨대 미국 캘리포니아주 샌디에이고 소재의 솔크 연구소 세포 분배 센터로부터 이용가능한 MOPC-21 및 MPC-11 마우스 종양, 및 메릴랜드주 록빌 소재의 미국 종균 협회로부터 이용가능한 SP-2 또는 X63-Ag8-653 세포로부터 유도된 것들을 포함한다. 인간 골수종 및 마우스-인간 이종성골수종 세포주가 또한, 인간 단클론성 항체의 생산에 대해 하기와 같이 기술되었다: Kozbor, J. Immunol. 133:3001 (1984); Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)).
하이브리도마 세포가 성장하는 배양 배지는 항원에 대해 지향된 단클론성 항체의 생성에 대해 검정된다. 일부 구현예에서, 하이브리도마 세포에 의하여 생산된 단클론성 항체의 결합 특이성은 면역침전 또는 시험관내 결합 검정, 예컨대 방사면역검정 (RIA) 또는 효소-연결 면역흡착 검정 (ELISA)에 의하여 계측된다.
단클론성 항체의 결합 친화도는, 예를 들어 스케쳐드(Scatchard) 분석 (Munson et al., Anal. Biochem. 107:220 (1980))에 의하여 측정될 수 있다.
원하는 특이성, 친화도, 및/또는 활성의 항체를 생산하는 하이브리도마 세포가 식별된 후, 클론은 희석 절차를 제한함에 의해 서브클로닝되고, 표준 방법에 의해 성장될 수 있다 [Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice pp. 59-103 (Academic Press, 1986)]. 본 목적을 위한 적합한 배양 배지는, 예를 들어, D-MEM 또는 RPMI-1640 배지를 포함한다. 또한, 하이브리도마 세포는 동물에서 복수 종양(ascotes tumor)으로 생체내에서 성장될 수 있다.
서브클론에 의하여 분비된 단클론성 항체는, 기존의 면역글로불린 정제 절차, 예컨대 폴리펩티드 A-세파로오스(Sepharose)®, 하이드록실아퍼타이트 크로마토그래피, 겔 전기영동, 투석, 또는 친화성 크로마토그래피에 의해, 배양 배지 또는 복수 유체 또는 혈청으로부터 적절하게 분리된다.
단클론성 항체를 암호화하는 DNA는 통상적인 방법을 사용하여 (예를 들면, 특히 뮤린 항체의 중쇄 및 경쇄를 암호화하는 유전자에 결합될 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브를 사용함으로써) 용이하게 분리시키고, 서열 분석한다. 일부 구현예에서, 하이브리도마 세포는 이러한 DNA의 공급원으로서 사용된다. 일단 분리되면, DNA는 발현 벡터 내에 배치될 수 있으며, 그 다음 발현 벡터는 숙주 세포, 예컨대 대장균(E. Coli ) 세포, 원숭이 COS 세포, 인간 배아 신장 (HEK) 293 세포, 차이니즈 햄스터 난소 (CHO) 세포, 또는 달리는 면역글로불린 폴리펩티드를 생성하지 않는 골수종 세포 내로 형질감염되어, 재조합 숙주 세포에서 단일클론 항체의 합성물을 얻는다. 항체를 암호화하는 DNA의 세균내 재조합 발현에 대한 검토 기사는 [Skerra et al., Curr . Opinion in Immunol. 5:256-262 (1993) 및 Pl
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ckthun, Immunol. Revs., 130:151-188 (1992)]를 포함한다.
추가 구현예에서, 항체 또는 THY1 은, 예를 들면 하기에 기재된 기술을 사용하여 항체 파아지 라이브러리로부터 단리될 수 있다: McCafferty et al., Nature 348:552-554 (1990). 문헌[Clackson et al., Nature 352:624-628 (1991) and Marks et al., J. Mol . Biol . 222:581-597 (1991)]은 각각 파아지 라이브러리를 사용한 뮤린 및 인간 항체의 단리에 대해 기술한다. 후속의 공보는 매우 큰 파아지 라이브러리[Waterhouse et al., Nuc . Acids . Res. 21:2265-2266 (1993)]에 대한 전략으로서 사슬 셔플링[Marks et al., BiolTechnology 10:779-783 (1992)]에 의한 고친화도(nM 범위) 인간 항체의 생산뿐만 아니라 조합 감염 및 생체내 재조합을 기술한다. 따라서, 이들 기술은 단클론성 항체의 단리를 위한 전통적인 단클론성 항체 하이브리도마 기술에 대한 실행 가능한 대안이다.
DNA는 또한, 예를 들면, 상동성 뮤린 서열 [미국 특허 제4,816,567호; Morrison et al., Proc . Natl Acad . Sci . USA 81:6851 (1984)] 대신 인간 중쇄 및 경쇄 불변 도메인을 위한 암호화 서열로 치환됨으로써, 또는 비-면역글로불린 폴리펩티드를 위한 면역글로불린 암호화 서열의 모두 또는 일부에 공유적으로 연결함으로써 변형될 수 있다.
전형적으로 이러한 비-면역글로불린 폴리펩티드는 항체의 불변 도메인에 대해 치환되거나, 또는 이들은 항체의 일 항원-결합 부위의 가변 도메인에 대해 치환되어 항원에 대한 특이성을 갖는 일 항원-결합 부위 및 상이한 항원에 대한 특이성을 갖는 또 다른 항원-결합 부위를 포함하는 키메라성 2가 항체를 만든다.
본 명세서에서 기재된 임의의 방법의 일부 구현예에서, 항체는 IgA, IgD, IgE, IgG, 또는 IgM이다. 일부 구현예에서, 항체는 IgG 단클론성 항체이다.
항체 단편
일부 구현예에서, 항체는 항체 단편이다. 항체 단편의 생산을 위하여 다양한 기술이 개발되었다. 전통적으로, 이들 단편은 온전한 항체의 단백분해 소화를 통해 유도되었다 (참고: 예를 들면, Morimoto et al., Journal of Biochemical and Biophysical Methods 24:107-117 (1992) 및 Brennan et al., Science 229:81 (1985)). 그러나, 이러한 단편은 현재 재조합 숙주 세포에 의해 직접 생산될 수 있다. 예를 들어, 항체 단편은 상기 고찰된 항체 파아지 라이브러리로부터 단리될 수 있다. 항체 단편은 항체 파지 라이브러리에서 단리될 수 있다. 대안적으로, Fab'-SH 단편은 대장균에서 직접 회수되고 화학적으로 커플링되어 F(ab')2 단편을 형성할 수 있다(Carter et al., Bio/Technology 10:163-167 (1992)). 또 다른 접근에 따르면, F(ab')2 단편은 재조합 숙주 세포 배양으로부터 직접 단리될 수 있다. 항체 단편을 생산하기 위한 다른 기술은 당업자에게 명백할 것이다. 기타 구현예에서, 선택된 항체는 단일쇄 Fv 단편 (scFv)이다. 하기를 참고한다: WO 93/16185; 미국 특허 제5,571,894호; 및 미국 특허 제5,587,458호. 항체 단편은 또한, 예를 들면, 미국 특허 제5,641,870호에 기재된 바와 같이 "선형 항체"일 수 있다. 선형 항체 단편은 단일특이적 또는 이중특이적일 수 있다.
일부 구현예에서, 본원에 기술된 항체 단편이 제공된다. 일부 구현예에서, 항체 단편은 항원-결합 단편이다. 일부 구현예에서, 항원 결합 단편은 Fab 단편, Fab' 단편, F(ab')2 단편, scFv, Fv, 및 디아바디로 이루어진 군으로부터 선택된다.
폴리펩티드 변이체 및 변형
특정 구현예에서, 본원에서 단백질의 아미노산 서열 변이체가 고려된다. 예를 들어, 상기 단백질의 결합 친화도 및/또는 기타 생물학적 특성들을 증진시키는 것이 바람직한 일일 수 있다. 단백질의 아미노산 서열 변이체는 단백질을 암호화하는 뉴클레오티드 서열에 적당한 변형을 도입하거나, 또는 펩티드 합성에 의해 제조될 수 있다. 이러한 변형은, 예를 들면, 단백질의 아미노산 서열 내의 잔기의 결실, 및/또는 삽입 및/또는 치환을 포함한다. 최종 작제물에 도달하도록 결실, 삽입, 및 치환의 임의의 조합이 이루어질 수 있으며, 단 최종 작제물은 목적하는 특징, 예컨대, 항원-결합을 가져야 한다.
변이체 폴리펩티드
"폴리펩티드 변이체"는, 본 명세서에서 정의된 폴리펩티드의 전장 천연 서열과 적어도 약 80% 아미노산 서열 동일성을 갖는 폴리펩티드, 예를 들면, 활성 폴리펩티드, 신호 펩티드가 없는 폴리펩티드 서열, 신호 펩티드의 유무에 관계없이 폴리펩티드의 세포외 도메인을 의미한다. 이러한 폴리펩티드 변이체는, 예를 들면, 하나 이상의 아미노산 잔기가 전장 천연 아미노산 서열의 N 또는 C-말단에서 첨가되거나, 또는 결실된 폴리펩티드를 포함한다. 통상적으로, 폴리펩티드 변이체는 전장 천연 서열 폴리펩티드, 신호 펩티드를 결하는 폴리펩티드 서열, 신호 펩티드의 유무에 관계없이 폴리펩티드의 세포외 도메인에 적어도 약 80% 아미노산 서열 동일성, 대안적으로 적어도 약 임의의 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 아미노산 서열 동일성을 가질 것이다. 선택적으로, 변이체 폴리펩티드는 천연 폴리펩티드 서열에 비교하여 1개 이하의 보존적 아미노산 치환, 대안적으로 천연 폴리펩티드 서열에 비교하여 약 임의의 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10 개 이하의 보존적 아미노산 치환을 가질 것이다.
변이체 폴리펩티드는 N-말단 또는 C-말단에서 절단될 수 있고, 또는 예를 들면, 전장 천연 폴리펩티드와 비교될 때, 내부 잔기를 갖지 않을 수 있다. 특정 변이체 폴리펩티드는 목적 생물학적 활성을 위해 필수적이지 않은 아미노산 잔기를 갖지 않을 수 있다. 절단, 결실 및 삽입을 갖는 이들 변이체 폴리펩티드는 임의의 수의 종래의 기술에 의해 제조될 수 있다. 목적 변이체 폴리펩티드는 화학적으로 합성될 수 있다. 또 다른 적합한 기술은 중합효소 연쇄 반응(PCR)에 의해 목적 변이체 폴리펩티드를 암호화하는 핵산 단편을 단리하고 증폭하는 것을 포함한다. 핵산 단편의 목적 말단을 한정하는 올리고뉴클레오티드는 PCR에서 5' 및 3' 프라이머에서 이용된다. 바람직하게는, 변이체 폴리펩티드는 본 명세서에 개시된 천연 폴리펩티드와 적어도 하나의 생물학적 및/또는 면역학적 활성을 공유한다.
아미노산 서열 삽입은 하나의 잔기 내지는 백 개 이상의 잔기를 함유하는 함유하는 폴리펩티드의 길이 범위의 아미노- 및/또는 카복실-말단 융합, 뿐만 아니라 서열내 단일 또는 다중 아미노산 잔기의 삽입을 포함한다. 말단 삽입의 예는 N-말단 메티오닐 잔기를 갖는 항체, 또는 세포독성 폴리펩티드에 융합된 항체를 포함한다. 항체 분자의 다른 삽입 변이체는 항체의 혈청 반감기를 증가시키는 효소 또는 폴리펩티드에 대한 항체의 N- 또는 C-말단에 대한 융합을 포함한다.
예를 들어, 상기 폴리펩티드의 결합 친화도 및/또는 기타 생물학적 특성들을 증진시키는 것이 바람직한 일일 수 있다. 폴리펩티드의 아미노산 서열 변이체는 적절한 뉴클레오티드 변화를 항체 핵산에 도입하거나, 또는 펩티드 합성에 의해 제조된다. 이러한 변형은, 예를 들면, 폴리펩티드의 아미노산 서열 내의 잔기의 결실, 및/또는 삽입 및/또는 치환을 포함한다. 최종 작제물에 도달하도록 결실, 삽입, 및 치환의 임의의 조합이 이루어지며, 단 최종 작제물은 목적하는 특징, 예컨대, 항원-결합을 가져야 한다. 아미노산 변화는 또한 폴리펩티드(예를 들면, 항체)의 번역 후 과정, 예컨대 당화 부위의 수 또는 위치를 변화시킬 수 있다.
원하는 활성에 부정적인 영향을 미치지 않고도 아미노산 잔기가 삽입, 치환 또는 결실될 수 있는가를 계측하기 위한 지침은, 폴리펩티드의 서열을 동종의 공지된 폴리펩티드 분자의 서열과 비교하고, 높은 상동성의 영역에서 만들어진 아미노산 서열 변화의 수를 최소화함에 의해 알려질 수 있다.
돌연변이유발을 위한 바람직한 위치인 폴리펩티드 (예를 들면, 항체)의 특정 잔기들 또는 영역들을 식별하눈대 유용한 방법은, 다음 문헌에 기재된 바와 같이 "알라닌 스캐닝 돌연변이유발 (alanine scanning mutagenesis)"로 불리운다: Cunningham and Wells, Science 244:1081-1085 (1989). 여기서, 잔기 또는 표적 잔기의 그룹이 식별되고 (예를 들면, 하전된 잔기 예컨대 Arg, Asp, His, Lys, 및 Glu), 중성 또는 음으로 하전된 아미노산(가장 바람직하게는 알라닌 또는 폴리알라닌)으로 대체되어, 항원과 아미노산의 상호작용에 영향을 미친다. 이어서, 치환에 대한 작용 민감성을 보여주는 해당 아미노산 위치는, 치환 부위에 또는 치환 부위에 대해 추가적인 또는 다른 변이체를 도입함으로써 개선된다. 따라서, 아미노산 서열 변화를 도입하기 위한 부위가 사전결정되지만, 특히 돌연변이 특성은 사전결정될 필요가 없다. 예를 들면, 소정의부위에서 돌연변이의 수행을 분석하기 위해서는, 표적 코돈 또는 영역에서 ala 스캐닝 또는 무작위 돌연변이유발이 수행되고, 그리고 과발현된 항체 변이체가 원하는 활성에 대해 스크리닝된다.
다른 유형의 변이체는 아미노산 치환 변이체이다. 이들 변이체는 상이한 잔기로 대체되는 항체 분자에서 적어도 하나의 아미노산 잔기를 가진다. 치환 돌연변이유발을 위한 가장 큰 관심 대상의 부위는 초가변 영역을 포함하지만, FR 변경이 또한 상정된다. 만일 상기 치환이 생물학적 활성에서 변화를 초래한다면, 표 1에서 "예시적인 치환"으로 명명되었거나, 또는 아미노산 부류를 참조하여 아래 추가로 기재된 바와 같은 더욱 실질적인 변화가 도입될 수 있고, 생성물이 스크리닝될 수 있다.
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항체의 생물학적 특성의 실질적인 변형은, (a) 예를 들어, 시트 또는 나선 구조로서의, 치환 영역에서 폴리펩티드 골격의 구조, (b) 표적 부위에서 분자의 전하 또는 소수성, 또는 (c) 측쇄의 벌크를 유지함에 있어서 그들의 효과가 상당히 다른 치환을 선택함으로써 달성된다. 아미노산은 이들의 측쇄의 특성의 유사성에 따라 그룹화될 수 있다 (참고: A. L. Lehninger, Biochemistry second ed., pp. 73-75, Worth Publishers, New York (1975)):
(1) 비극성: Ala (A), Val (V), Leu (L), Ile (I), Pro (P), Phe (F), Trp (W), Met (M)
(2) 비하전 극성: Gly (G), Ser (S), Thr (T), Cys (C), Tyr (Y), Asn (N), Gln (Q)
(3) 산성: Asp (D), Glu (E)
(4) 염기성: Lys (K), Arg (R), His(H)
대안적으로, 천연 발생 잔기는 하기 공통의 측쇄 특성에 기반하여 그룹으로 분할될 수 있다:
(1) 소수성: 노르류신, Met, Ala, Val, Leu, Ile;
(2) 중성 친수성: Cys, Ser, Thr, Asn, Gln;
(3) 산성: Asp, Glu;
(4) 염기성: His, Lys, Arg;
(5) 쇄 배향에 영향을 주는 잔기: Gly, Pro;
(6) 방향족: Trp, Tyr, Phe.
비보존적 치환은 이들 부류 중 하나의 구성원을 다른 부류로 교환하는 것을 수반할 것이다.
항체의 적절한 형태 유지에 관여되지 않은 임의의 시스테인 잔기는 또한, 일반적으로 세린과 함께, 치환되어, 분자의 산화적 안정성을 개선할 수 있고 그리고 비정상적인 가교결합을 예방할 수 있다. 반대로, 시스테인 결합(들)은, 특히 폴리펩티드가 항체 단편 예컨대 Fv 단편인 경우, 항체에 부가되어 그 안정성을 개선할 수 있다.
치환형 변이체의 한 예시는 모 항체 (예를 들면, 인간화 항체)의 하나 또는 그 이상의 초가변 영역 잔기의 치환을 포함한다. 일반적으로, 추가적인 연구를 위해 선택된 얻어진 변이체(들)는 그들이 생성된 모 항체에 비해 개선된 생물학적 특성을 가질 것이다. 이러한 치환 변이체를 생성하기 위한 편리한 방법은 파지 디스플레이를 이용하는 친화도 성숙을 수반한다. 간단하게는, 몇 개의 초가변성 영역 부위(예를 들면, 6-7개 부위)가 돌연변이되어 각 부위에서 모든 가능한 아미노 치환을 생성한다. 이렇게 생성된 항체 변이체는 각각의 입자 내에서 패키징된 M13의 유전자 Ⅲ 산물에 대한 융합체로서 섬유상 파지 입자로부터 1가 방식으로 나타난다. 파아지-디스플레이된 변이체는 그런 다음 본 명세서에서 개시된 이의 생물학적 활성(예를 들면, 결합 친화도)에 대해 스크리닝된다. 변형을 위한 후보 초가변 영역 부위를 식별하기 위해, 알라닌 스캐닝 돌연변이 유발이 수행되어 항원 결합에 상당히 기여하는 초가변 영역 잔기를 식별할 수 있다. 대안적으로, 또는 추가로, 항체와 표적 간의 접촉 지점을 식별하기 위해 항원-항체 착물의 결정 구조를 분석하는 것이 유리할 수 있다. 이러한 접촉 잔기 및 이웃하는 잔기는 본 명세서에 상세히 기재된 기법에 따르는 치환에 대한 후보이다. 일단 이러한 변이체가 생성되면, 변이체의 패널은 본 명세서에서 기재된 바와 같이 스크리닝 대상이 되고, 그리고 하나 이상의 관련된 검정에서 우수한 특성을 갖는 항체를 추가의 개발을 위해 선택될 수 있다.
폴리펩티드의 또 다른 유형의 아미노산 변이체는, 항체의 최초 글리코실화 패턴을 변경한다. 폴리펩티드는 비-아미노산 모이어티를 포함할 수 있다. 예를 들면, 폴리펩티드는 글리코실화될 수 있다. 이러한 글리코실화는 숙주세포 또는 숙주 유기체에서 폴리펩티드의 발현 중에 자연적으로 발생하거나 또는 인간의 개입으로 발생한 의도적인 변형일 수 있다. 변경하는 것은, 폴리펩티드에서 발견되는 하나 이상의 탄수화물 모이어티의 결실 및/또는 폴리펩티드에 존재하지 않는 하나 이상의 글리코실화 부위의 첨가를 의미한다.
폴리펩티드의 글리코실화는 전형적으로 N-연결 또는 O-연결된다. "N-연결됨"은 탄수화물 잔기가 아스파라긴 잔기의 측쇄에 결합하는 것을 말한다. 트리펩티드 서열 아스파라긴-X-세린, 및 아스파라긴-X-트레오닌 (여기에서 X는 프롤린을 제외한 임의의 아미노산이다)은, 아스파라긴 측쇄에 탄수화물 모이어티의 효소 부착을 위한 인식 서열이다. 따라서, 폴리펩티드내 상기 트리펩티드 서열의 존재는, 잠재적인 당화 부위를 생성한다. O-연결된 당화는 하이드록시아미노산, 가장 일반적으로는 세린 또는 트레오닌에 대한 당 N-아세틸갈락토사민, 갈락토오스 또는 자일로스의 부착을 의미하지만, 5-하이드록시프롤린 또는 5-하이드록시라이신이 또한 사용될 수 있다.
폴리펩티드에 당화 부위의 부가는 아미노산 서열을 변경함으로써 편리하게 달성되고, 이로써 (N-연결 당화 부위에 대한) 상기-기재된 트리펩티드 서열 중 하나 이상을 함유한다. 변경은 또한 (O-연결 글리코실화 부위에 대해) 본래의 항체의 서열에 대해 하나 이상의 세린 또는 트레오닌 잔기의 첨가 또는 치환에 의해 이루어질 수 있다.
폴리펩티드 상에 존재하는 탄수화물 모이어티의 제거는, 화학적으로 또는 효소적으로 또는 글리코실화의 표적으로 작용하는 아미노산 잔기에 대해 암호화하는 코돈의 돌연변이 치환에 의해 달성될 수 있다. 폴리펩티드 상의 탄수화물 모이어티의 효소적 절단은, 다양한 엔도- 및 엑소-글리코시다아제의 사용에 의하여 달성될 수 있다.
다른 변형은 각각 상응하는 글루타밀 및 아스파르틸 잔기로 글루타미닐 및 아스파르기닐 잔기의 탈아미드화, 프롤린 및 라이신의 하이드록실화, 세릴 또는 트레오닐 잔기의 하이드록실 기의 인산화, 라이신, 아르기닌, 및 히스티딘 측쇄의 γ-아미노 기의 메틸화, N-말단 아민의 아세틸화, 및 임의의 C-말단 카르복실 기의 아미드화를 포함한다.
키메라성 폴리펩티드
본 명세서에 기재된 폴리펩티드는 또 다른 이종성 폴리펩티드 또는 아미노산 서열에 융합된 폴리펩티드를 포함하는 키메라성 분자를 형성하는 방법으로 변형될 수 있다. 일부 구현예에서, 키메라성 분자는 항-태그 항체가 선택적으로 결합될 수 있는 에피토프를 제공하는, 태그 폴리펩티드를 갖는 폴리펩티드의 융합을 포함한다. 에피토프 태그는 일반적으로 폴리펩티드의 아미노- 또는 카르복실-말단에 위치된다. 폴리펩티드의 이러한 에피토프-태그된 형태의 존재는 태그 폴리펩티드에 대한 항체를 사용하여 검출될 수 있다. 또한, 에피토프 태그의 제공하게 되면, 에피토프 태그에 결합하는 항-태그 항체 또는 또 다른 유형의 친화도 매트릭스를 사용하는 친화도 정제에 의해 폴리펩티드가 쉽게 정제될 수 있다.
다중특이적 항체
특정 구현예에서, 본 명세서에서 제공된 항체는 다중특이적 항체, 예를 들면 이중특이적 항체이다. 특정 구현예에서, 다중특이적 항체는 적어도 두 가지 상이한 부위에 대한 결합 특이성을 갖는 단클론성 항체이다. 특정 구현예에서, 결합 특이성 중 하나는 일 항원에 대한 것이고, 다른 하나는 임의의 다른 항원에 대한 것이다. 특정 구현예에서, 이중특이적 항체는 동일한 항원의 두 개의 상이한 에피토프에 결합할 수 있다. 이중특이적 항체는 또한 특정 항원을 발현하는 세포에 세포독성제를 국소화하는데 사용될 수 있다. 이중특이적 항체는 전장 항체 또는 항체 단편으로 제조될 수 있다.
다중특이적 항체를 제조하기 위한 기술은 비제한적으로 하기를 포함한다: 상이한 특이성을 갖는 2개의 면역글로불린 중쇄-경쇄 쌍의 재조합 공-발현 (참고: Milstein and Cuello, Nature 305: 537 (1983), WO 93/08829, and Traunecker et al., EMBO J. 10: 3655 (1991) 참조) 및 "놉-인-홀(knob-in-hole)" 공학기술 (예 를 들어, 미국 특허 제5,731,168호 참조), 및 게다가 이중특이적 항체의 절반의 항원-결합 단편 (Fab)내에서 하나 이상의 중쇄 및 경쇄 도메인을 교환하는 기술 (CrossMab, WO2009/080251, WO2009/080252, WO2009/080253 및 WO2009/080254 참조). 다중 특이적 항체는 또한 항체 Fc-이종이량체 분자를 제조하기 위한 정전기 스티어링 효과를 꾀하고 (WO 2009/089004A1); 2개 이상의 항체 또는 단편을 가교 결합시키고 (참고: 예를 들어, 미국 특허 제4,676,980호, 및 Brennan et al., Science, 229: 81 (1985)); 이중특이적 항체를 생산하기 위하여 류신 지퍼(leucine zipper)를 사용하고 (참고: 예를 들어, Kostelny et al., J. Immunol ., 148(5):1547-1553 (1992)); 이중특이적 항체 단편을 제조하기 위한 "디아바디" 기술을 사용하고 (참고: 예를 들어, Hollinger et al., Proc . Natl. Acad . Sci . USA, 90:6444-6448 (1993)); 그리고 단일쇄 Fv(sFv) 이량체를 사용하고 (참고: 예를 들어, Gruber et al., J. Immunol ., 152:5368 (1994)); 그리고 다음 문헌에 기재된 바와 같이 3특이적 항체를 제조함에 의해, 예를 들어, Tutt et al. J. Immunol. 147: 60 (1991) 제조될 수 있다.
"옥토퍼스 항체"를 포함하는, 3개 이상의 기능성 항원 결합 부위를 갖는 가공된 항체도 또한 본원에 포함된다(문헌참조: 예를 들어 US 2006/0025576A1).
본원에서 항체 또는 단편은, 또한 일 항원 및 또 다른 상이한 항원에 결합하는 항원 결합 부위를 포함하는 "이원 작용(dual acting) Fab" 또는 "DAF"를 포함한다 (참고: 예를 들어 US 2008/0069820).
Ⅳ. 벡터, 숙주 세포 및 재조합 방법
이형 폴리펩티드 (예를 들어, 항체)의 재조합 생산을 위하여, 이를 암호화하는 핵산은 추가의 클로닝 (DNA의 증폭) 또는 발현을 위한 복제가능 벡터로 단리 및 삽입된다. 폴리펩티드 (예를 들어, 항체)를 암호화하는 DNA는, 통상적인 절차를 사용하여 용이하게 단리되고, (예를 들어, 항원 결합 작제물의 중쇄 및 경쇄를 암호화하는 유전자에 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오티드 프로브를 사용함으로써) 서열분석될 수 있다. 많은 벡터가 이용가능하다. 벡터의 선택은 이용되는 숙주 세포에 부분적으로 의존한다. 일반적으로, 바람직한 숙주 세포는 원핵생물 기원의 것이다. IgG, IgM, IgA, IgD 및 IgE를 포함하는, 임의의 이소형의 불변 영역이, 이러한 목적을 이용하여 사용될 수 있고, 그러한 불변 영역이 임의의 인간 또는 동물 종으로부터 수득될 수 있다는 것이 이해될 것이다.
A. 원핵생물 숙주 세포를 사용한 항체 생성
i. 벡터 작제
본 발명의 폴리펩티드 (예를 들어, 항체)의 폴리펩티드 구성 요소를 암호화하는 폴리펩티드 서열이 표준 재조합 기술을 사용하여 수득될 수 있다. 목적 폴리뉴클레오티드 서열은 항체 생성 세포, 예컨대 하이브리도마 세포로부터 단리 및 서열분석될 수 있다. 대안적으로, 폴리뉴클레오티드는 뉴클레오티드 합성기 또는 PCR 기술을 사용하여 합성될 수 있다. 일단 수득되면, 폴리펩티드를 암호화하는 서열은, 원핵생물 숙주 내 이종성 폴리뉴클레오티드를 복제 및 발현할 수 있는 재조합 벡터에 삽입된다. 이용가능하고 본 분야에 알려진 많은 벡터가 본 발명의 목적을 위하여 사용될 수 있다. 적절한 벡터의 선택은 벡터에 삽입될 핵산의 크기 및 벡터로 변형될 특정 숙주세포에 따라 달라질 것이다. 각 벡터는 기능 (이종성 폴리뉴클레오티드의 증폭 또는 발현, 또는 둘 모두) 및 이것이 체류하는 특정 숙주 세포와의 양립성에 따라 다양한 구성 요소를 내포한다. 벡터 구성 요소는 일반적으로, 복제 기점, 선택 마커 유전자, 프로모터, 리보솜 결합 부위 (RBS), 신호 서열, 이종성 핵산 삽입체 및 전사 종결 서열를 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
일반적으로, 숙주 세포와 혼화성인 종으로부터 유래된 복제단위 및 조절 서열을 함유하는 플라스미드 벡터는 이러한 숙주와 연결되어 사용된다. 이러한 벡터는 본래, 복제 부위, 뿐만 아니라 변형된 세포 내 표현형 선택이 가능한 마킹(marking) 서열을 수반한다. 예를 들면, 대장균은 이.콜라이(E.Coli) 종으로부터 유도된 플라스미드인 pBR322를 사용하여 전형적으로 형질전환된다. pBR322는 암피실린 (Amp) 및 테트라사이클린 (Tet)을 내성을 암호화하는 유전자를 함유하며, 따라서 형질전환된 세포를 식별하기 위한 용이한 수단을 제공한다. pBR322, 이의 유도체, 또는 다른 미생물 플라스미드 또는 박테리오파지는, 또한, 내인성 단백질의 발현을 위해 미생물 유기체가 사용할 수 있는 프로모터를 함유하거나, 함유하도록 변형될 수 있다. 특정 항체의 발현을 위하여 사용된 pBR322 유도체의 예시는 문헌[Carter et al., 미국 특허 제5,648,237호]에 자세히 기술된다.
또한, 숙주 미생물과 혼화성인 복제단위 및 조절 서열을 함유하는 파지 벡터는 이러한 숙주와 연결되어 변형 벡터로서 사용될 수 있다. 예를 들어, 박테리오파지, 예컨대 GEM™-11은 재조합 벡터의 제조에서 사용될 수 있으며, 이는 민감한 숙주 세포, 예컨대 이.콜라이 LE392를 변형시키기 위하여 사용될 수 있다.
본 발명의 발현 벡터는 폴리펩티드 구성 요소 각각을 암호화하는 2개 이상의 프로모터-시스트론 쌍을 포함할 수 있다. 프로모터는 이의 발현을 조절하는 시스트론의 상류 (5')에 위치한 비번역된 조절 서열이다. 원핵생물 프로모터는 전형적으로 2개 부류, 유도성 부류 및 구성적 부류로 분류된다. 유도성 프로모터는 배양 조건, 예를 들어, 영양소의 존재 또는 부재, 또는 온도의 변화에 반응하여, 이들의 조절 하에 시스트론의 증가된 전사 수준을 개시하는 프로모터이다.
다양한 잠재적 숙주 세포에 의해 인지되는 복수의 프로모터가 잘 공지되어 있다. 선택된 프로모터는, 제한 효소 소화를 통한 공급원 DNA로부터의 프로모터를 제거하고, 본 발명의 벡터에 단리된 프로모터 서열을 삽입함으로써, 경쇄 또는 중쇄를 암호화하는 시스트론 DNA에 작동가능하게 연결될 수 있다. 천연 프로모터 서열 및 많은 이종성 프로모터 둘 모두가, 표적 유전자의 증폭 및/또는 발현을 유도하기 위하여 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 이종성 프로모터가 이용되며, 이는 그들이 일반적으로, 천연 표적 폴리펩티드 프로모터와 비교하여, 발현된 표적 유전자의 전사 수준을 높이고, 더 높은 수율을 허용하기 때문이다.
원핵생물 숙주와 함께 사용되기에 적절한 프로모터는, PhoA 프로모터, -락타마제 및 락토오스 프로모터 시스템, 트립토판 (trp) 프로모터, 및 혼성체 프로모터 예컨대 tac 또는 trc 프로모터를 포함한다. 그러나, 박테리아 (예컨대, 다른 알려진 박테리아 또는 파지 프로모터) 내에서 기능하는 다른 프로모터도 또한 적절하다. 이의 뉴클레오티드 서열은 공개되었고, 이로 인해 숙련된 작업자는 필요한 임의의 제한 부위를 공급하기 위한 링커 또는 어댑터를 사용하여 이들이 표적 경쇄 및 중쇄를 암호화하는 시스트론에 라이게이션되도록 할 수 있다 (Siebenlist et al., (1980) Cell 20: 269)
번역 개시 영역(TIR)은 단백질의 전체 번역 수준의 주요 결정 인자이다. TIR은 신호 서열을 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 샤인-델가노(Shine-Delgarno) 서열의 바로 상류로부터 개시 코돈의 약 20개 뉴클레오티드 하류까지 연장된다. 일반적으로, 벡터는 TIR을 포함할 것이고, TIR 및 변이체 TIR은 당업계에 알려져 있고, TIR을 생성하기 위한 방법은 당업계에 알려져 있다. 일련의 핵산 서열 변이체는 일정 범위의 번역 강도로 생성되며, 이로써 많은 상이한 폴리펩티드들의 최적 분비를 위하여 이러한 인자를 조정하는 용이한 수단을 제공할 수 있다. 이러한 변이체, 예컨대 PhoA에 융합된 리포터 유전자의 사용은, 상이한 번역 개시 영역의 상대적 번역 강도를 정량화하는 방법을 제공한다. 변이체 또는 돌연변이체 TIR은 플라스미드 벡터의 배경에서 제공됨으로써, 관심 유전자가 삽입되고 이의 발현이 측정되는 플라스미드 세트를 제공할 수 있어, 성숙 폴리펩티드의 최대 발현을 위하여 최적 범위의 번역 강도를 수립하였다. 변이체 TIR은 USP 8,241,901에 개시된다.
본 발명의 일 양태에서, 재조합 벡터 내의 각 시스트론은 발현 폴리펩티드의 막을 가로지르는 전좌를 유도하는 분비 신호 서열 구성 요소를 포함한다. 일반적으로, 신호 서열은 벡터의 구성 요소일 수 있거나, 이는 벡터 내로 삽입되는 표적 폴리펩티드 DNA의 부분일 수 있다. 본 발명의 목적을 위하여 선택된 신호 서열은 숙주 세포에 의하여 인식 및 가공될 (즉, 신호 펩티다제에 의하여 절단된) 것이다. 이종성 폴리펩티드에는 없는(naive to) 신호 서열을 인식 및 가공하지 못하는 원핵생물 숙주 세포을 위하여, 신호 서열은 예를 들어, 본 발명의 폴리펩티드로부터 선택된 원핵생물 신호 서열로 치환된다. 또한, 벡터는 알칼라인 알칼리포스파타제, 페니실린, Lpp, 또는 열-안정 엔테로톡신 Ⅱ (STII) 리더, LamB, PhoE, PelB, OmpA, 및 MBP로 이루어진 군으로부터 선택된 신호 서열을 포함할 수 있다.
일 양태에서, 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 (예를 들어, 발현 벡터)는 종합적으로 항체를 암호화한다. 일 구현예에서, 하나의 폴리뉴클레오티드는 항체의 경쇄를 암호화하고, 별개의 폴리뉴클레오티드는 항체의 중쇄를 암호화한다. 일 구현예에서, 단일 폴리뉴클레오티드는 항체의 경쇄 및 중쇄를 암호화한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 (예를 들어, 발현 벡터)는 종합적으로 단일-아암 항체(one-armed)를 암호화한다. 일 구현예에서, 단일 폴리뉴클레오티드는 (a) 단일-아암 항체의 경쇄 및 중쇄, 및 (b) Fc 폴리펩티드를 암호화한다. 일 구현예에서, 하나의 폴리뉴클레오티드는 단일-아암 항체의 경쇄 및 중쇄를 암호화하고, 별개의 폴리뉴클레오티드는 Fc 폴리펩티드를 암호화한다. 일 구현예에서, 개별 폴리뉴클레오티드는 단일-아암 항체의 경쇄 구성 요소, 단일-아암 항체의 중쇄 구성 요소 및 Fc 폴리펩티드를 각각 암호화한다. 단일-아암 항체의 생산은 예를 들어, WO2005063816에 기술된다.
본 발명의 항체를 발현하기에 적절한 원핵생물 숙주세포는 고세균(Archaebacteria) 및 진정세균(Eubacteria), 예컨대 그람-음성 또는 그람-양성 유기체를 포함한다. 유용한 박테리아의 예시는 하기를 포함한다: 에세리키아(Escherichia) (예를 들어, 대장균), 바실루스(Bacilli) (예를 들어 B. 서브틸리스), 엔테로박테리아( Enterobacteria ), 슈도모나스( Pseudomonas ) 종 (예를 들어 P. 에어루기노사), 살모넬라 티피무리움(Salmonella typhimurium ), 세라티아 마르세스캔스(Serratia marcescans ), 클렙시엘라(Klebsiella), 프로테우스(Proteus), 쉬겔라(Shigella), 라이조비아(Rhizobia), 비트레오실라(Vitreoscilla), 또는 파라코커스(Paracoccus). 일 구현예에서, 그람-음성 세포가 사용된다. 일 구현예에서, 대장균 세포는 본 발명을 위한 숙주로서 사용된다. 대장균 균주의 예시는 하기를 포함한다: 균주 W3110 (Bachmann, Cellular and Molecular Biology, vol. 2 (Washington, D.C.: American Society for Microbiology, 1987), pp. 1190-1219; ATCC 수탁 번호 27,325) 및 이의 파생물 (유전자형 W3110 △fhuA (△tonA) ptr3 lac Iq lacL8 △ompT△ (nmpc-fepE) degP41 kanR을 갖는 균주 33D3 (미국 특허 제5,639,635호) 및 균주 63C1 및 64B4를 포함). 일부 구현예에서, 대장균 균주는 62A7 (△fhuA (△tonA) ptr3, lacIq, lacL8, ompT△(nmpc-fepE) △degP ilvG 보수됨)로 명명된 W3110 파생물이다. 기타 균주 및 이의 파생물, 예컨대 대장균 294 (ATCC 31,446), 대장균 B, 대장균 λ 1776 (ATCC 31,537) 및 대장균 RV308(ATCC 31,608)가 또한 적합하다. 이러한 실시예는 제한적이기보다 예시적이다. 정의된 유전자형을 갖는 상기-언급된 박테리아 중 어느 것의 파생물을 제조하는 방법은 본 분야에 알려져 있으며, 예를 들어, 문헌[Bass et al., Proteins, 8:309-314 (1990)]에 기술된다. 일반적으로, 박테리아의 세포 내 복제 단위의 복제를 고려한 적절한 박테리아를 선택하는 것이 필요하다. 예를 들어, 대장균 세라티아(Serratia) 또는 살모넬라(Salmonella) 종은, 잘 알려진 플라스미드, 예컨대 pBR322, pBR325, pACYC177, 또는 pKN410이 복제원(replicon)를 공급하는데 사용될 경우, 숙주 세포로 적절하게 사용될 수 있다. 전형적으로, 숙주 세포는 최소량의 단백질분해 효소를 분비할 것이며, 추가의 프로테아제 억제제는 세포 배양물로 바람직하게 혼합될 수 있다.
박테리아 배양에서 폴리펩티드의 생산 수율 및 품질을 개선하기 위해, 박테리아 세포가 형질전환될 수 있다. 예를 들면, 분비된 항체 폴리펩티드의 적절한 조립 및 접힘을 개선하기 위해, 박테리아 숙주세포는 추가의 벡터 발현 샤페론 단백질을 포함할 수 있고, 예컨대 FkpA 및 Dsb 단백질 (DsbB, DsbC, DsbD, 및/또는 DsbG)은 숙주 원핵 세포를 공동 형질전환하기 위해 사용될 수 있다. 샤페론 단백질은, 박테리아 숙주 세포 내 생성된 이종성 단백질의 적절한 접힘 및 용해성을 촉진하기 위한 것으로 예증되었다.
ⅱ. 항체 생산
숙주 세포는 상기 기술된 발현 벡터로 형질전환되고, 프로모터를 유도하거나, 형질전환체를 선택하거나, 또는 목적 서열을 암호화하는 유전자를 증폭하는데 적절한 것으로서 변형된 기존 영양 배지 내에서 배양된다.
형질전환은 DNA를 원핵생물 숙주에 도입함으로써, DNA가 염색체외 요소로서, 또는 염색체 구성 요소에 의하여 복제가능하도록 하는 것을 의미한다. 사용된 숙주 세포에 따라서, 형질전환은 숙주 세포에 적절한 표준 기술을 사용하여 완료된다. 염화칼슘을 이용한 칼슘 처리는 일반적으로 실질적인 세포-벽 장벽을 함유한 박테리아 세포에 사용된다. 변형을 위한 또 다른 방법은 폴리에틸렌 글리콜/DMSO를 이용한다. 사용된 또 다른 기술은 전기천공이다.
본 발명의 폴리펩티드를 생성하는데 사용되는 원핵생물 세포는 본 분야에 알려지고 선택된 숙주 세포의 배양에 적절한 배지에서 성장한다. 적합한 배지의 실례는 루리아 액체배지 (LB) + 필요한 영양소 보충물을 포함한다. 일부 구현예에서, 배지는, 발현 벡터를 함유하는 원핵생물 세포의 성장을 선택적으로 허용하는, 발현 벡터의 구조를 기반으로 선택된 선택 제제를 또한 함유한다. 예를 들어, 암피실린은 암피실린 내성 유전자를 발현하는 세포의 성장을 위한 배지에 첨가된다.
탄소, 질소, 및 무기 포스페이트 공급원을 제외한 임의의 필수 보충물도, 또한 단독으로, 또는 다른 보충물 또는 배지, 예컨대 복합 질소 공급원과의 혼합물로서 도입되어 적절한 농도로 포함될 수 있다. 선택적으로, 배양 배지는 글루타티온, 시스테인, 시스타민, 티오글리콜레이트, 디티오에리트리톨 및 디티오트레이톨로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 이상의 환원제를 함유한다.
원핵생물 숙주 세포는 적절한 온도에서 배양된다. 대장균 성장을 위하여, 예를 들면, 바람직한 온도는 약 20℃ 내지 약 39℃, 더욱 바람직하게는 약 25℃ 내지 약 37℃, 더욱더 바람직하게는 약 30℃ 범위이다. 배지의 pH는, 주로 숙주 유기체에 따라서, 약 5 내지 약 9의 범위의 pH일 수 있다. 대장균에 대하여, pH는 바람직하게는 약 6.8 내지 약 7.4이고, 더욱 바람직하게는 약 7.0이다.
유도가능한 프로모터가 본 발명의 발현 벡터로 사용될 경우, 단백질 발현은 프로모터의 활성화에 적절한 조건 하에서 유도된다. 본 발명의 일 양태에서, PhoA 프로모터는 폴리펩티드의 전사를 조절하기 위해 사용된다. 따라서, 변형된 숙주 세포는 유도를 위하여 포스페이트-제한 배지에서 배양된다. 바람직하게는, 포스페이트-제한 배지는 C.R.A.P 배지 (예컨대, 참고: Simmons et al., J. Immunol . Methods (2002), 263:133-147) 또는 WO2002/061090에 기술된 배지이다. 본 분야에 알려진 바와 같이, 이용된 벡터 작제물에 따라, 다양한 유도제가 사용될 수 있다.
일 구현예에서, 본 발명의 발현된 폴리펩티드는 숙주 세포의 주변세포질로 분비되고 회수된다. 단백질 회수는 전형적으로, 삼투압충격법, 음파처리 또는 용해와 같은 수단에 의하여 미생물을 붕괴하는 것을 포함한다. 일단 세포가 붕괴되면, 세포 파편 또는 전체 세포는 원심분리 또는 여과에 의하여 제거될 수 있다. 단백질은 예를 들어, 친화도 수지 크로마토그래피에 의하여 추가로 정제될 수 있다. 대안적으로, 단백질은 세포 배지에 이동되고, 단리될 수 있다. 세포는 생성된 단백질의 추가의 정제를 위하여 여과 및 농축된 배양물 및 배양 상청액으로부터 제거될 수 있다. 발현된 폴리펩티드는, 폴리아크릴아미드 겔 전기영동 (PAGE) 및 웨스턴 블롯 검정과 같은 통상적으로 알려진 방법을 사용하여 추가로 단리 및 식별될 수 있다.
본 발명의 일 양태에서, 항체 생산은 발효 과정에 의하여 다량으로 수행된다. 다양한 대규모 공급-배치(fed-batch) 발효 절차는, 재조합 폴리펩티드의 생산을 위하여 이용가능하다. 대규모 발효는 적어도 1000 리터의 용량, 바람직하게는 약 1,000 내지 100,000 리터의 용량을 갖는다. 이러한 발효기는 산소 및 영양분, 특히 글루코스 (바람직한 탄소/에너지 공급원)를 분배하기 위하여 교반기 임펠러를 사용한다. 소규모 발효는 일반적으로, 용적 용량이 대략 100 리터 이하이고, 약 1 리터 내지 약 100 리터 범위일 수 있는 발효기 내에서의 발효를 지칭한다.
발효 과정에서, 단백질 발현의 유도는 전형적으로, 세포가 초기 고정 상 단계에 있는, 목적 밀도, 예컨대 약 180-220의 OD550에 적절한 조건 하에서 성장한 후 개시된다. 본 분야에 알려지고 상기 기술된 바와 같이, 이용된 벡터 작제물에 따라, 다양한 유도제가 사용될 수 있다. 세포는 유도 전에 더 짧은 기간 동안 생장할 수 있다. 세포는 일반적으로 약 12-50 시간 동안 유도되나, 더욱 길거나 짧은 유도 시간이 사용될 수 있다.
발현된 이종 단백질 (특히 단백질분해에 민감한 것들)의 단백질분해를 최소화하기 위하여, 단백질분해 효소가 결핍된 특정 숙주 균주를 본 발명에 사용될 수 있다. 예를 들어, 숙주세포 균주는 알려진 박테리아 프로테아제, 예컨대 프로테아제 Ⅲ, OmpT, DegP, Tsp, 프로테아제 I, 프로테아제 Mi, 프로테아제 V, 프로테아제 Ⅵ 및 이들의 조합을 암호화하는 유전자 내에 유전자 돌연변이(들)을 초래하도록 변형될 수 있다. 일부 대장균 프로테아제-결핍 균주는 예를 들어, 하기에서 기술되며 이용가능하다: Joly et al., (1998), 상기; Georgiou et al., 미국 특허 제5,264,365호; Georgiou et al., 미국 특허 제5,508,192호; Hara et al., Microbial Drug Resistance, 2:63-72 (1996).
일 구현예에서, 단백질가수분해 효소가 결핍되고, 하나 이상의 샤페론 단백질을 발현하는 플라스미드로 형질전환된 대장균 균주가, 본 발명의 발현 시스템에서 숙주 세포로서 사용된다.
ⅲ. 항체 정제
본 분야에서의 표준 단백질 정제 방법이 이용될 수 있다. 다음의 절차는 적합한 정제 절차의 예시이다: 면역친화성 또는 이온-교환 칼럼에서 분별, 에탄올 침전, 역상 HPLC, 실리카 또는 양이온-교환 수지, 예컨대 SP 또는 음이온 교환 수지, 예컨대 DEAE에서 크로마토그래피, 크로마토포커싱, SDS-PAGE, 황산암모늄 침전, 그리고 예로서, 세파덱스 G-75를 이용한 겔 여과.
일 양태에서, 고체 상에 고정화된 단백질 A는 본 발명의 항체 생성물의 면역친화성 정제를 위하여 사용된다. 단백질 A는 항체의 Fc 영역에 고친화성 결합을 하는, 스타필로코커스 아우레아스( Staphylococcus aureas ) 유래의 41kD 세포벽 단백질이다. Lindmark et al., (1983) J. Immunol . Meth. 62:1-13. 단백질 A가 고정화되는 고체 상은, 바람직하게는 유리 또는 실리카 표면을 포함하는 칼럼이고, 더욱 바람직하게는 조절된 공극 유리 칼럼 또는 규산 칼럼이다. 일부 적용예에서, 불순물의 비특이적 부착을 예방하기 위한 시도로서, 칼럼을 글리세롤과 같은 시약으로 코팅하였다.
정제의 제1 단계로서, 상기 기술된 세포 배양물로부터 유래된 제조물을 단백질 A 고정화된 고체 상에 적용하여, 관심 항체의 단백질 A에 대한 특이적 결합이 가능하도록 하였다. 이러한 고체 상을 이후 세정하여, 고체 상과 비-특이적으로 결합된 불순물을 제거하였다. 최종적으로, 관심 항체는 용출에 의하여 고체 상으로부터 회수된다.
본 발명은 또한, 예를 들어, 세포독성제, 예컨대 화학치료제, 약물, 성장 억제제, 독소 (예를 들어, 박테리아, 진균, 식물 또는 동물 기원의 효소 활성 독소 또는 이의 단편), 또는 방사성 동위원소 (즉, 방사콘주게이트)에 콘주게이트된 본원에 기술된 임의의 항체를 포함하는, "면역콘주게이트" ("항체-약물 콘주게이트" 또는 "ADC"와 상호교환가능하게 지칭됨)를 제공한다.
V. 진단성 키트 , 검정 및 제조 물품
질환 또는 장애를 갖는 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하는 진단 키트가 본원에서 제공되며, 여기서 기질 유전자 특질의 존재는, 개체가 면역요법 및 억제성 기질 길항제의 조합으로 치료될 경우, 보다 가능성이 높은 효능을 의미한다. 일부 구현예에서, 제조 물품은 면역요법을 추가로 포함한다. 선택적으로, 키트는 개체가 기질 유전자 특질을 발현하는 경우 질환 또는 장애를 치료하기 위한 약제 (예를 들어, 억제성 기질 길항제, 예컨대 항-TGFβ 항체)를 선택하기 위한 키트 사용 지침을 추가로 포함한다.
질환 또는 장애를 가진 개체의 식별하여, 면역요법과 조합하여 억제성 기질 길항제를 투여하기 위한 검정이 본 명세서에 제공되며, 상기 방법은: 개별로부터의 샘플 내 억제성 기질 길항제의 존재를 계측하는 단계; 및 기질 유전자 특질의 존재에 기반하여, 억제성 기질 길항제를 권고하는 단계를 포함한다.
기질 유전자 특질의 발현에 기반하여 억제성 기질 길항제 (예를 들어, 항-TGFβ 항체)가 질병 또는 장애를 가진 환자를 치료하기 위한 것임을 표지하는 패키지 삽입물, 및 약제학적으로 허용가능한 담체 내 억제성 기질 길항체를 함께 패키지하여 포함하는 제조 물품이 또한 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, 제조 물품은 면역요법을 추가로 포함한다. 치료 방법은 본 명세서에서 개시된 임의의 치료 방법을 포함한다. 본 발명에서 추가로 제공된 것은, 억제성 기질 길항제 (예를 들어, 항-TGFβ 항체), 선택적으로 면역요법을 포함하는 약제학적 조성물, 및 상기 약제학적 조성물은 기질 유전자 특질의 발현을 기준으로 하여 질환 또는 장애를 갖는 환자를 치료하기 위한 것임을 표지하는 패키지 삽입물을 패키지 내에 조합하는 단계를 포함하는, 제조물품의 제조 방법에 관한 것이다.
제조물품은 용기 및 그 용기에 또는 관련된 표지 또는 패키지 삽입물을 포함한다. 적절한 용기에는 예로서, 병, 바이알, 주사기 등이 포함된다. 상기 용기는 다양한 재료, 예컨대 유리 또는 플라스틱으로 형성될 수 있다. 상기 용기는 활성 제제로서 암 약제를 포함하는 조성물을 함유하고, 멸균 접근 포트를 가질 수도 있다 (예를 들어, 상기 용기는 정맥내 용액 백 또는 피하 주사바늘로 뚫을 수 있는 마개가 있는 바이알일 수 있다).
제조물품은 약제학적으로 허용가능한 희석 완충용액, 예컨대 정균처리한 주사용수(BWFI), 인산-완충용액 식염수, 링거액 및 덱스트로스 용액을 포함하는 2차 용기를 추가로 포함할 수 있다. 상기 제조물품은 상업적으로 그리고 사용자 입장에서 목적 기타 재료들, 예를 들면 기타 완충제, 희석제, 여과제, 니들 및 주사기를 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 제조 물품은 또한, 예를 들어 패키지 삽입물의 형태로 정보를 포함하는데, 이는 상기 조성물이 본원에 개시된 바와 같이 기질 유전자 특질의 발현 수준을 기반으로 암을 치료하기 위해 사용됨을 명시한다. 삽입물 또는 표지는 어떤 형태든 취할 수 있는데, 예컨대 종이 또는 전자매체, 예컨대 자석으로 기록된 매체(예를 들어, 플로피 디스크) 또는 CD-ROM이 포함된다. 표지 또는 삽입물은 키트 또는 제조물품에 또한 상기 약제학적 조성물 및 투여 형태와 관련된 기타 정보를 포함할 수 있다.
본 발명은 또한, 억제성 기질 길항제 (예를 들어, 항-TGFβ 항체), 선택적으로 면역요법을 포함하는 약제학적 조성물, 및 상기 약제학적 조성물은 기질 유전자 특질의 발현을 기준으로 하여 암 (예컨대 NSCLC)을 갖는 환자를 치료하기 위한 것임을 표지하는 패키지 삽입물을 패키지 내 조합하는 단계를 포함하는, 제조물품의 제조 방법에 관한 것이다.
상기 제조물품은 약제학적으로 허용가능한 희석 완충용액, 예컨대 정균처리한 주사용수(BWFI), 인산-완충용액 식염수, 링거액 및 덱스트로스 용액을 포함하는 추가적인 용기를 추가로 포함할 수 있다. 상기 제조물품은 상업적으로 그리고 사용자 입장에서 목적 기타 재료들, 예를 들면 기타 완충제, 희석제, 여과제, 니들 및 주사기를 추가로 포함할 수 있다.
Ⅵ. 예시적인 구현예
본 발명은 하기 구현예를 제공한다:
1. 하기의 단계들을 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체를 치료하기 위한 방법:
a) 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준이 증가한 것에 의해 치료를 위한 개체를 식별하는, 단계; 및
b) 유효량의 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 상기 개체에게 투여하는 단계.
2. 하기의 단계들을 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체의 면역요법을 개선시키기 위한 방법:
a) 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준이 증가하는 것에 의해 억제성 기질 길항제로의 치료를 위한 개체를 식별하는, 단계; 및
b) 단계 a)에서 억제성 기질 길항제로의 치료를 위하여 식별된 개체에게, 유효량의 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 투여하는 단계.
3. 하기의 단계를 포함하는, 면역요법 단독에 반응할 공산이 보다 낮은 질환 또는 장애를 갖는 개체를 선택하기 위한 방법: 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준이 증가한 것에 의해 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료를 위한 개체를 식별하는, 단계.
4. 하기의 단계를 포함하는, 면역요법 및 종양 기질 섬유증 길항제로의 치료로부터 이점을 나타낼 공산이 보다 높은, 질환 또는 장애를 갖는 개체를 식별하기 위한 방법: 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준이 증가하는 것에 의해 억제성 기질을 갖는 개체를 식별하며, 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재는 상기 개체가 면역요법 및 억제성 기질 길항제로부터 증가된 임상적 이점을 나타낼 공산이 보다 높음을 표지하는, 단계.
5. 하기의 단계를 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체의 치료를 선택하기 위한 방법: 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준이 증가하는 것에 의해 억제성 기질을 갖는 개체를 식별하며, 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재는 상기 개체가 면역요법 및 억제성 기질 길항제로부터 증가된 임상적 이점을 나타낼 공산이 보다 높음을 표지하는, 단계.
6. 구현예 4 또는 5에 있어서, 증가된 임상적 이점은 전체 생존 (OS), 무진행 생존 (PFS), 완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR) 및 이들의 조합 중 하나 이상의 상대적인 증가를 추가로 포함하는, 방법.
7. 하기의 단계를 포함하는, 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함하는 조합 치료의 효능을 모니터링하기 위한 방법: 하나 이상의 시점에서 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료가 진행중인 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 기질 유전자 특질은 수준 중앙값과 비교하여 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가를 포함하며, 증가된 임상적 이점 및/또는 상기 기질 유전자 특질의 존재의 감소는 유효한 치료임을 표지하는, 단계.
8. 하기의 단계들을 포함하는, 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함하는 조합 치료의 효능을 모니터링하는 방법:
a) 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 기질 유전자 특질 내 하나 이상의 유전자의 발현 수준이 증가하는 것에 의해 치료를 위한 개체를 식별하는, 단계; 및
b) 유효량의 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 상기 개체에게 투여하는 단계; 및
c) 하나 이상의 시점에서 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 증가된 임상적 이점 및/또는 기질 유전자 특질의 존재의 감소가 유효한 치료임을 표지하는, 단계.
9. 구현예 7 또는 8에 있어서, 증가된 임상적 이점은 전체 생존 (OS), 무진행 생존 (PFS), 완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR) 및 이들의 조합 중 하나 이상의 상대적인 증가를 포함하는, 방법.
10. 구현예 1 내지 9 중 어느 하나에 있어서, 상기 질환 또는 장애는 증식성 질환 또는 장애인, 방법.
11. 구현예 10에 있어서, 상기 질환 또는 장애가 면역-관련된 질환 또는 장애인, 방법. 12. 구현예 1 내지 10 중 어느 하나에 있어서, 상기 질환 또는 장애가 암인, 방법.
13. 구현예 12에 있어서, 암은 비-소세포 폐암, 소세포 폐암, 신장 세포암, 결장직장암, 난소암, 유방암, 전이성 유방암, 삼중-음성 유방암, 흑색종, 췌장암, 위 암종, 방광암, 요로상피 방광암, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교아종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상식육종, 메르켈 세포암, 및 기타 혈액학적 악성종양으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
14. 구현예 13에 있어서, 암은 요로상피 방광암 (UBC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2 또는 PDGFRB 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
15. 구현예 14에 있어서, UBC에 대한 기질 유전자 특질은 DKK3 , PDGFB , NUAK1, FGF1 , PDL1M4 또는 LRRC32 중 하나 이상을 추가로 포함하는, 방법.
16. 구현예 13에 있어서, 암은 비-소세포 폐암 (NSCLC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB 또는 THY 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
17. 구현예 13에 있어서, 암은 신장세포암 (RCC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB 또는 THY 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
18. 구현예 17에 있어서, 상기 RCC에 대한 기질 유전자 특질이 LUM 및/또는 POSTN을 추가로 포함하는, 방법.
19. 구현예 13에 있어서, 암은 흑색종이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2, PDGFRB, 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
20. 구현예 13에 있어서, 상기 암이 삼중-음성 유방암 (TNBC)이고, 상기 기질 유전자 특질이 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB, 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
21. 구현예 20에 있어서, TNBC에 대한 기질 유전자 특질은 MMP11, BGN 또는 COL5A1 중 하나 이상을 추가로 포함하는, 방법.
22. 구현예 13에 있어서, 암은 난소암이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2, PDGFRB 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
23. 구현예 22에 있어서, 난소암에 대한 기질 유전자 특질은 POSTN , LOX 또는 TIMP3 중 하나 이상을 추가로 포함하는, 방법.
24. 구현예 14 내지 18 또는 구현예 22 내지 23 중 어느 하나에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 TGFβ를 추가로 포함하는, 방법.
25. 구현예 1 내지 24 중 어느 하나에 있어서, 개체로부터 수득된 샘플은 조직, 전혈, 혈장, 혈청 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
26. 구현예 25에 있어서, 상기 조직 샘플이 종양 조직 샘플인, 방법.
27. 구현예 25 또는 26에 있어서, 상기 종양 조직 샘플이 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포 및 이들의 임의의 조합을 포함하는, 방법.
28. 구현예 25 내지 27 중 어느 하나에 있어서, 상기 조직 샘플이 포르말린 고정 및 파라핀 포매되거나, 보관되거나, 신선하거나 또는 동결된 것인, 방법.
29. 구현예 1 내지 25 중 어느 하나에 있어서, 상기 샘플은 전혈인, 방법.
30. 구현예 29에 있어서, 상기 전혈이 면역 세포, 순환 종양 세포 및 이들의 임의의 조합을 포함하는, 방법.
31. 구현예 1 내지 30 중 어느 하나에 있어서, 샘플은 상기 면역요법으로의 치료 이전, 또는 상기 면역요법으로의 치료 이후에 수득되는, 방법.
32. 구현예 1 내지 31 중 어느 하나에 있어서, 샘플이 억제성 기질 길항제로의 치료 전에 수득되는, 방법.
33. 구현예 1 내지 32 중 어느 하나에 있어서, 면역요법은 CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, CD40, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMGB1, 또는 TLR 효능제를 포함하는, 방법.
34. 구현예 1 내지 32 중 어느 하나에 있어서, 면역요법은 CTLA-4, PD-L1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제를 포함하는, 방법.
35. 구현예 33에 있어서, 상기 면역요법이 PD-L1 축 길항제인, 방법.
36. 구현예 35에 있어서, 상기 PD-L1 축 결합 길항제가 PD-L1 결합 길항제인, 방법.
37. 구현예 36에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제하는, 방법.
38. 구현예 36 또는 37에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제하는, 방법.
39. 구현예 36 내지 38 중 어느 하나에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 B7-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제하는, 방법.
40. 구현예 36 내지 39 중 어느 하나에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및 B7-1 둘 모두에 대한 PD-L1의 결합을 억제하는, 방법.
41. 구현예 36 내지 40 중 어느 하나에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제가 항체인, 방법.
42. 구현예 41에 있어서, 상기 항체가 단클론성 항체인, 방법.
43. 구현예 41 또는 42에 있어서, 상기 항체가 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체인, 방법.
44. 구현예 34에 있어서, 상기 PD-L1 축 결합 길항제가 PD-1 결합 길항제인, 방법.
45. 구현예 44에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-1의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제하는, 방법.
46. 구현예 44 또는 45에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-L1에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 방법.
47. 구현예 44 내지 46 중 어느 하나에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-L2에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 방법.
48. 구현예 44 내지 47 중 어느 하나에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및 PD-L2 둘 모두에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 방법.
49. 구현예 44 내지 48 중 어느 하나에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제가 항체인, 방법.
50. 구현예 44 내지 49 중 어느 하나에 있어서, 상기 항체가 단클론성 항체인, 방법.
51. 구현예 49 또는 50에 있어서, 상기 항체가 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체인, 방법.
52. 구현예 1 내지 50 중 어느 하나에 있어서, 억제성 기질 길항제는 TGFβ, PDPN, LAIR-1, SMAD, ALK, 결합 조직 성장 인자 (CTGF/CCN2), 내피-1 (ET-1), AP-1, IL-13, PDGF, LOXL2, 엔도글린 (CD105), FAP, 포도플라닌 (GP38), VCAM1 (CD106), THY1, β1 인테그린 (CD29), PDGFRα (CD140α), PDGFRβ (CD140β), 비멘틴, αSMA (ACTA2), 데스민, 엔도시알린 (CD248) 또는 FSP1 (S100A4) 길항제인, 방법.
53. 구현예 1 내지 51 중 어느 하나에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제가 피르페니돈, 갈루니세르팁 또는 닌테다닙인, 방법.
54. 구현예 52에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제가 TGFβ 길항제인, 방법.
55. 구현예 54에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제가 TGFβ 결합 길항제인, 방법.
56. 구현예 54 또는 55에 있어서, 상기 TGFβ 결합 길항제는 TGFβ의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제하는, 방법.
57. 구현예 54 내지 56 중 어느 하나에 있어서, 상기 TGFβ 결합 길항제가 TGFβ에 대한 세포 수용체로의 TGFβ의 결합을 억제하는, 방법.
58. 구현예 54 또는 56에 있어서, 상기 TGFβ 결합 길항제가 TGFβ의 활성화를 억제하는, 방법.
59. 구현예 54 내지 58 중 어느 하나에 있어서, 상기 TGFβ 결합 길항제가 항체인, 방법.
60. 구현예 59에 있어서, 상기 항체가 단클론성 항체인, 방법.
61. 구현예 59 또는 60에 있어서, 상기 항체가 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체인, 방법.
62. 구현예 1 내지 61 중 어느 하나에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제로의 치료는 종양에서 면역 세포 침윤이 증가하도록 하는, 방법.
63. 구현예 62에 있어서, 증가된 면역 세포 침윤은 T 세포, B 세포, 대식세포 또는 수지상 세포 중 하나 이상의 증가된 침윤인, 방법.
64. 구현예 63에 있어서, 상기 T 세포는 CD8+ T 세포 및/또는 Teff 세포인, 방법.
65. 구현예 1 내지 64 중 어느 하나에 있어서, 상기 개체가 억제성 기질 길항제로의 치료 이전에는 면역요법에 대하여 저항성인, 방법.
66. 구현예 1 내지 65 중 어느 하나에 있어서, 상기 개체에는 이미 단일요법 면역요법이 투여된, 방법.
67. 구현예 1 내지 66 중 어느 하나에 있어서, 기질 유전자 특질은 FACS, 웨스턴 블롯, ELISA, 면역 침강, 면역조직화학, 면역형광법, 방사선면역검정, 닷 블롯팅, 면역검출 방법, HPLC, 표면 플라즈몬 공명, 광학 분광법, 개별적인 질량 분광분석법으로부터 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하기 위한 하나 이상의 시약, HPLC, qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술 및 FISH, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 방법을 사용하여 샘플 내에서 검출되는, 방법.
68. 구현예 1 내지 67 중 어느 하나에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 단백질 발현에 의해 샘플 내에서 검출되는, 방법.
69. 구현예 68에 있어서, 단백질 발현은 면역조직화학 (IHC)에 의해 계측되는, 방법.
70. 구현예 69에 있어서, 상기 기질 유전자 특질은 항체를 사용하여 검출되는, 방법.
71. 구현예 69 또는 70에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 IHC에 의하여 약한 염색 강도로서 검출되는, 방법.
72. 구현예 69 내지 71 중 어느 하나에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 IHC에 의하여 중간 정도 염색 강도로서 검출되는, 방법.
73. 구현예 69 내지 72 중 어느 하나에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 IHC에 의하여 강한 염색 강도로서 검출되는, 방법.
74. 구현예 65 내지 73 중 어느 하나에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포 및 이들의 임의의 조합에서 검출되는, 방법.
75. 구현예 65 내지 74 중 어느 하나에 있어서, 염색이 막 염색, 세포질 염색 및 이들의 조합인, 방법.
76. 구현예 65 내지 75 중 어느 하나에 있어서, 기질 유전자 특질의 부재는 샘플에서 부재하거나 염색이 되지 않은 것으로 검출되는, 방법.
77. 구현예 65 내지 76 중 어느 하나에 있어서, 기질 유전자 특질의 존재는 샘플에서 임의의 염색으로 검출되는, 방법.
78. 구현예 1 내지 77 중 어느 하나에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 핵산 발현에 의해 샘플 내에서 검출되는, 방법.
79. 구현예 78에 있어서, 핵산 발현은 qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술 또는 FISH를 사용하여 계측되는, 방법.
80. 구현예 1 내지 79 중 어느 하나에 있어서, 기질 유전자 특질의 수준 중앙값은 (1) 참조 집단으로부터의 기질 유전자 특질의 수준; (2) 면역요법에 대한 완전 반응자 및/또는 부분 반응자의 집단으로부터의 기질 유전자 특질의 수준; 및 (3) 제1 시점 이전의 제2 시점에서 개체로부터의 기질 유전자 특질의 수준으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
81. 구현예 1 내지 80 중 어느 하나에 있어서, 수준 중앙값과 비교하여 생물학적 샘플 내에서 기질 유전자 특질의 수준(들)의 변화는 수준 증가인, 방법.
82. 구현예 1 내지 81 중 어느 하나의 방법에 사용하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하는 진단 키트.
83. 면역요법 단독에 반응할 공산이 보다 낮은, 질환 또는 장애를 갖는 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하는 진단 키트로서, 상기 기질 유전자 특질의 존재에 의해 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료로부터 이점을 나타낼 공산이 보다 높은 개체를 식별하는, 키트.
84. 면역요법 단독에 반응할 공산이 보다 낮은, 질환 또는 장애를 갖는 개체를 위한 치료를 선택하기 위한 진단 키트로서, 상기 키트는 면역요법을 필요로 하는 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하며, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며; 상기 기질 유전자 특질의 존재에 의해 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료로부터 이점을 나타낼 공산이 보다 높은 개체를 식별하는, 키트.
85. 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료를 포함하는 조합 치료의 효능을 모니터링하기 위한 키트로서, 상기 키트는 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료가 진행중인 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하며, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며; 증가된 임상적 이점 및/또는 상기 기질 유전자 특질의 존재의 감소는 유효한 치료임을 표지하는, 키트.
86. 구현예 83 내지 85 중 어느 하나에 있어서, 상기 증가된 임상적 이점은 전체 생존 (OS), 무진행 생존 (PFS), 완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR) 및 이들의 조합 중 하나 이상의 상대적인 증가를 포함하는, 키트.
87. 구현예 83 내지 86 중 어느 하나에 있어서, 상기 질환 또는 장애는 증식성 질환 또는 장애인, 키트.
88. 구현예 87에 있어서, 상기 질환 또는 장애가 면역-관련된 질환 또는 장애인, 키트.
89. 구현예 83 내지 86 중 어느 하나에 있어서, 상기 질환 또는 장애가 암인, 키트.
90. 구현예 89에 있어서, 암은 비-소세포 폐암, 소세포 폐암, 신장 세포암, 결장직장암, 난소암, 유방암, 전이성 유방암, 삼중-음성 유방암, 흑색종, 췌장암, 위 암종, 방광암, 요로상피 방광암, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교아종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상식육종, 메르켈 세포암, 및 기타 혈액학적 악성종양으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 키트.
91. 구현예 90에 있어서, 암은 요로상피 방광암 (UBC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2 또는 PDGFRB 중 하나 이상을 포함하는, 키트.
92. 구현예 91에 있어서, UBC에 대한 기질 유전자 특질은 DKK3 , PDGFB , NUAK1 , FGF1, PDL1M4 또는 LRRC32 중 하나 이상을 추가로 포함하는, 키트.
93. 구현예 90에 있어서, 암은 비-소세포 폐암 (NSCLC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB 또는 THY 중 하나 이상을 포함하는, 키트.
94. 구현예 90에 있어서, 암은 신장세포암 (RCC)이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB 또는 THY 중 하나 이상을 포함하는, 키트.
95. 구현예 94에 있어서, 상기 RCC에 대한 기질 유전자 특질이 LUM 및/또는 POSTN을 추가로 포함하는, 키트.
96. 구현예 90에 있어서, 암은 흑색종이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2, PDGFRB 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하는, 키트.
97. 구현예 90에 있어서, 상기 암이 삼중-음성 유방암 (TNBC)이고, 상기 기질 유전자 특질이 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하는, 키트.
98. 구현예 97에 있어서, TNBC에 대한 기질 유전자 특질은 MMP11, BGN 또는 COL5A1 중 하나 이상을 추가로 포함하는, 키트.
99. 구현예 90에 있어서, 암은 난소암이며, 그리고 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2, PDGFRB 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하는, 키트.
100. 구현예 99에 있어서, 난소암에 대한 기질 유전자 특질은 POSTN , LOX 또는 TIMP3 중 하나 이상을 추가로 포함하는, 키트.
101. 구현예 91 내지 95 또는 구현예 99 내지 100 중 어느 하나에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 TGFβ를 추가로 포함하는, 키트.
102. 구현예 83 내지 101 중 어느 하나에 있어서, 개체로부터 수득된 샘플은 조직, 전혈, 혈장, 혈청 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 키트.
103. 구현예 102에 있어서, 상기 조직 샘플이 종양 조직 샘플인, 키트.
104. 구현예 102 또는 103에 있어서, 상기 종양 조직 샘플이 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포 및 이들의 임의의 조합을 포함하는, 키트.
105. 구현예 102 내지 104 중 어느 하나에 있어서, 상기 조직 샘플이 포르말린 고정 및 파라핀 포매되거나, 보관되거나, 신선하거나 또는 냉동된 것인, 키트.
106. 구현예 83 내지 102 중 어느 하나에 있어서, 상기 샘플은 전혈인, 키트.
107. 구현예 106에 있어서, 상기 전혈이 면역 세포, 순환 종양 세포 및 이들의 임의의 조합을 포함하는, 키트.
108. 구현예 83 내지 107 중 어느 하나에 있어서, 샘플은 상기 면역요법으로의 치료 이전, 또는 상기 면역요법으로의 치료 이후에 수득되는, 키트.
109. 구현예 83 내지 108 중 어느 하나에 있어서, 샘플이 억제성 기질 길항제로의 치료 전에 수득되는, 키트.
110. 구현예 83 내지 109 중 어느 하나에 있어서, 면역요법은 CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, CD40, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMGB1, 또는 TLR 효능제를 포함하는, 키트.
111. 구현예 83 내지 110 중 어느 하나에 있어서, 면역요법은 CTLA-4, PD-L1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제를 포함하는, 키트.
112. 구현예 111에 있어서, 상기 면역요법이 PD-L1 축 길항제인, 키트.
113. 구현예 112에 있어서, 상기 PD-L1 축 결합 길항제가 PD-L1 결합 길항제인, 키트.
114. 구현예 113에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제하는, 키트.
115. 구현예 113 또는 114에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제하는, 키트.
116. 구현예 113 내지 115 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 B7-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제하는, 키트.
117. 구현예 113 내지 116 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및 B7-1 둘 모두에 대한 PD-L1의 결합을 억제하는, 키트.
118. 구현예 113 내지 117 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제가 항체인, 키트.
119. 구현예 118에 있어서, 상기 항체가 단클론성 항체인, 키트.
120. 구현예 118 또는 119에 있어서, 상기 항체가 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체인, 키트.
121. 구현예 120에 있어서, 상기 PD-L1 축 결합 길항제가 PD-1 결합 길항제인, 키트.
122. 구현예 121에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-1의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제하는, 키트.
123. 구현예 121 또는 122에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-L1에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 키트.
124. 구현예 121 내지 123 중 어느 하나에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-L2에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 키트.
125. 구현예 121 내지 124 중 어느 하나에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및 PD-L2 둘 모두에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 키트.
126. 구현예 121 내지 125 중 어느 하나에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제가 항체인, 키트.
127. 구현예 121 내지 126 중 어느 하나에 있어서, 상기 항체가 단클론성 항체인, 키트.
128. 구현예 126 또는 127에 있어서, 상기 항체가 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체인, 키트.
129. 구현예 83 내지 128 중 어느 하나에 있어서, 억제성 기질 길항제는 TGFβ, PDPN, LAIR-1, SMAD, ALK, 결합 조직 성장 인자 (CTGF/CCN2), 내피-1 (ET-1), AP-1, IL-13, PDGF, LOXL2, 엔도글린 (CD105), FAP, 포도플라닌 (GP38), VCAM1 (CD106), THY1, β1 인테그린 (CD29), PDGFRα (CD140α), PDGFRβ (CD140β), 비멘틴, αSMA (ACTA2), 데스민, 엔도시알린 (CD248) 또는 FSP1 (S100A4) 길항제인, 키트.
130. 구현예 83 내지 129 중 어느 하나에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제가 피르페니돈, 갈루니세르팁 또는 닌테다닙인, 키트.
131. 구현예 83 내지 129 중 어느 하나에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제가 TGFβ 길항제인, 키트.
132. 구현예 131에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제가 TGFβ 결합 길항제인, 키트.
133. 구현예 131 또는 132에 있어서, 상기 TGFβ 결합 길항제는 TGFβ의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제하는, 키트.
134. 구현예 131 내지 133 중 어느 하나에 있어서, 상기 TGFβ 결합 길항제가 TGFβ에 대한 세포 수용체로의 TGFβ의 결합을 억제하는, 키트.
135. 구현예 133 또는 134에 있어서, 상기 TGFβ 결합 길항제가 TGFβ의 활성화를 억제하는, 키트.
136. 구현예 131 내지 135 중 어느 하나에 있어서, 상기 TGFβ 결합 길항제가 항체인, 키트.
137. 구현예 136에 있어서, 상기 항체가 단클론성 항체인, 키트.
138. 구현예 136 또는 137에 있어서, 상기 항체가 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체인, 키트.
139. 구현예 83 내지 138 중 어느 하나에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제로의 치료는 종양에서 면역 세포 침윤이 증가하도록 하는, 키트.
140. 구현예 139에 있어서, 상기 증가된 면역 세포 침윤은 T 세포, B 세포, 대식세포 또는 수지상 세포 중 하나 이상의 증가된 침윤인, 키트.
141. 구현예 140에 있어서, 상기 T 세포는 CD8+ T 세포 및/또는 Teff 세포인, 키트.
142. 구현예 83 내지 141 중 어느 하나에 있어서, 상기 개체는 억제성 기질 길항제로 치료하기 전에는 면역요법에 대하여 저항성인, 키트.
143. 구현예 83 내지 142 중 어느 한 항에 있어서, 상기 개체가 이미 단일요법 면역요법으로 투여된, 키트.
144. 구현예 83 내지 143 중 어느 하나에 있어서, 기질 유전자 특질은 FACS, 웨스턴 블롯, ELISA, 면역 침강, 면역조직화학, 면역형광법, 방사선면역검정, 닷 블롯팅, 면역검출 방법, HPLC, 표면 플라즈몬 공명, 광학 분광법, 개별적인 질량 분광분석법으로부터 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하기 위한 하나 이상의 시약, HPLC, qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술 및 FISH, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 방법을 사용하여 샘플 내에서 검출되는, 키트.
145. 구현예 83 내지 144 중 어느 하나에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 단백질 발현에 의해 샘플 내에서 검출되는, 키트.
146. 구현예 145에 있어서, 단백질 발현은 면역조직화학 (IHC)에 의해 계측되는, 키트.
147. 구현예 146에 있어서, 상기 기질 유전자 특질은 항체를 사용하여 검출되는, 키트.
148. 구현예 146 또는 147에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 IHC에 의하여 약한 염색 강도로서 검출되는, 키트.
149. 구현예 146 또는 148 중 어느 하나에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 IHC에 의하여 중간 정도 염색 강도로서 검출되는, 키트.
150. 구현예 146 내지 149 중 어느 하나에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 IHC에 의하여 강한 염색 강도로서 검출되는, 키트.
151. 구현예 146 내지 150 중 어느 하나에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포 및 이들의 임의의 조합에서 검출되는, 키트.
152. 구현예 146 내지 151 중 어느 하나에 있어서, 염색이 막 염색, 세포질 염색 및 이들의 조합인, 키트.
153. 구현예 146 내지 152 중 어느 하나에 있어서, 기질 유전자 특질의 부재는 샘플에서 부재하거나 염색이 되지 않은 것으로 검출되는, 키트.
154. 구현예 146 내지 152 중 어느 하나에 있어서, 기질 유전자 특질의 존재는 샘플에서 임의의 염색으로 검출되는, 키트.
155. 구현예 83 내지 144 중 어느 하나에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 핵산 발현에 의해 샘플 내에서 검출되는, 키트.
156. 구현예 155에 있어서, 핵산 발현은 qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술 또는 FISH를 사용하여 계측되는, 키트.
157. 구현예 83 내지 156 중 어느 하나에 있어서, 기질 유전자 특질의 수준 중앙값은 (1) 참조 집단으로부터의 기질 유전자 특질의 수준; (2) 면역요법에 대한 완전 반응자 및/또는 부분 반응자의 집단으로부터의 기질 유전자 특질의 수준; 및 (3) 제1 시점 이전의 제2 시점에서 개체로부터의 기질 유전자 특질의 수준으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 키트.
158. 구현예 83 내지 157 중 어느 하나에 있어서, 수준 중앙값과 비교하여 생물학적 샘플 내에서 기질 유전자 특질의 수준(들)의 변화는 수준 증가인, 키트.
본 명세서에 개시된 모든 특징은 임의의 조합으로 조합될 수 있다. 본 명세서에서 개시된 각 특징은 동일한, 동등한 또는 유사한 목적을 위한 대안적인 특징으로 대체될 수 있다. 따라서, 달리 명확히 언급되지 않는 한, 개시된 각 특징은 단지 동등하거나 유사한 특징의 일반적인 시리즈의 예이다.
본 발명의 추가의 세부사항은 하기 비-제한적인 예에 의해 예시된다. 본 명세서의 모든 참조의 개시내용은 본 명세서에 참고로 명확히 편입된다.
실시예
하기의 실시예는 본 발명의 순전히 예시적인 것으로 의도되며, 따라서 본 발명을 어떤 식으로든 제한하는 것으로 간주되어서는 안된다. 다음 실시예 및 상세한 설명은 제한이 아닌 예시의 방식에 의하여 제공된다.
실시예 1: 요로상피 암종 ( UC )에서 종양 침윤 기질 유전자 특질 및 이의 항-PD-L1 항체 치료에 대한 저항성과의 연관성
서문
항-종양 면역력을 조절하거나 억제하여 면역 조절 요법에 대한 저항성에 기여할 수 있는 인자의 복잡성을 평가하고 이해하기 위해, 매우 민감한 면역 유전자 발현 검정을 수행하여, 요로상피 암종 환자로부터 전처리 종양 조직의 종양 미세환경 (TME)을 조사하였다.
물질 및 방법
Illumina TruSeq RNA Access RNA-seq 키트를 수행하여 요로상피 암종 환자(n=217)로부터의 전처리 종양 조직의 종양 미세환경 (TME)을 조사하였다. Illumina TruSeq RNA Access RNA-seq는 전체 인간 게놈 (> 20,000개 유전자)에 걸쳐 유전자를 포착하고 조사하였다.
RNA는 포르말린-고정 파라핀 포매된 보관 조직으로부터 추출하였다. 종양 조직은 아테조리주맙(MPDL3280A; 항-PD-L1 항체)의 II상 IMvigor210 연구 (ClinicalTrials.gov number, NCT02108652)로부터의 임상 수집물이었다. 환자에 적절히 고지하여 얻은 동의는 바이오마커의 탐구 평가를 위한 기관 검토위원회로부터 수득되었다.
종양내 기질 요소와 관련된 유전자는, RECIST v1.1에 대한 전반적인 반응 속도와의 연관성에 대하여 구체적으로 조사되었다. 요로상피 기질-관련 유전자에 대한 연장된 유전자-세트 (세트 A)는 하기를 포함했다: PDPN, FAP, TGFB1, NNMT, TNFAIP6, DKK3, MMP2, MMP8, MMP9, BGN, COL4A1, COL4A2, COL5A1, PDGFRB, NUAK1, FN1, FGF1, PDLIM4 및 LRR32C. 요로상피 기질-관련 유전자에 대한 유전자 세트 B는 하기를 포함했다: TGFB1, DKK3, PDGFRB, NUAK1, FGF1, PDLIM4 및 LRRC32.
반응 카테고리는 완전 반응 (CR); 부분 반응 (PR); 무변성 질환 (SD) 및 질환 진행 (PD)을 포함하였다. CR 및 PR 환자는 "반응자"로 분류되었다. 통계 테스트는 세 가지 이상의 독립적인 데이터 그룹을 비교하는데 사용된 비-모수적 시험인, 크루스칼-왈리스(Kruskal-Wallis, KW) 시험을 사용하여 수행되었다.
결과
요로상피 기질-관련 유전자 세트 A의 평균 발현 (평균-Z)은 반응자 (CR/PR)에 비해 PD 집단에서 더 높았다 (도 1a). 또한, 요로상피 기질-관련 유전자 발현 수준에 기초하여 전체 생존율 (OS)을 계산하였을 때, 50% 초과의 평균-Z 발현율을 갖는 환자는, HR이 0.68 (95% CI 0.49-0.93)인 50% 미만의 평균-Z 발현을 갖는 환자들에 비해, 위험 비율 (HR)이 1.47 (95% CI 1.07-2.02)로 저조하였다 (도 1b).
암 게놈 Atlas (TCGA)에서 제안한 기질내 요로상피 기질-관련 유전자 세트 대 기저 요로상피 암종 분자 서브타이핑(subtyping)의 발현을 평가하였다. 환자 종양 샘플은 FGFR3, CDKN2A, KRT5, KRT14, EGFR, GATA3, FOXA1 및 ERBB2의 차등 발현에 기초한 기질(luminal) 또는 기저(basal)로서 특성규명되었다. 요로상피 기질-관련 유전자 세트 A 발현은 기질과 비교하여 기저 분자 하위유형에서 더 높았다 (도 2).
요로상피 기질-관련 유전자 세트 A 내의 개별 유전자들과 항-PD-L1 요법에 대한 반응 사이의 연관성을 평가하였다. 이들 유전자 중, TGFB1 (p=0.027), DKK3 (p=0.049), PDGFRB (p=0.028), NUAK1 (p=0.027), FGF1 (p=0.04), PDLIM4 (p=0.027) 및 LRRC32 (0.009)는, 진행형 질환 (PD) 환자와 비교하여, 반응자 (CR/PR)에서 상당히 낮은 발현을 보였다 (각각, 도 3a 내지 도 3g).
이들 고도로 유의한 개별적인 유전자들은 조합되어, 보다 간소한 요로상피 기질-관련 유전자 세트(세트 B: TGFB1, DKK3, PDGFRB, NUAK1, FGF1, PDLIM4 및 LRRC32)를 형성하였다. 이 세트는 반응자 (CR/PR)을 무변성 질환 (SD) 또는 진행성 질환 (PD)이 있는 환자와 더 잘 구별할 수 있었다 (p = 0.0064) (도 4a). 또한, 요로상피 기질-관련 유전자 발현 수준에 기초하여 전체 생존율 (OS)을 계산하였을 때, 50% 초과의 평균-Z 발현율을 갖는 환자는 0.67 (95% CI 0.49-0.92)의 HR을 갖는 50% 미만의 평균-Z 발현을 가진 환자들에 비해, 위험 비율 (HR)이 1.49 (95% CI 1.09-2.05)로 저조했다 (도 4b).
실시예 2: 5가지 암 유형에 걸친 종양 기질 특질과 질병 예후 인자와의 연관성
서문
항-종양 면역력을 조절하거나 억제하여 면역 조절 요법에 대한 반응 또는 저항성에 기여할 수 있는 인자의 복잡성을 추가로 평가하고 이해하기 위해, 매우 민감한 면역 유전자 발현 검정을 수행하여, 유방암 (BC), 폐암, 흑색종, RCC 및 방광암 유래의 전처리 종양 조직의 종양 미세환경 (TME)을 조사하였다.
물질 및 방법
Illumina TruSeq RNA Access RNA-seq 키트를 수행하여 BC (n=73), 폐 (n=59), 흑색종 (n=34), RCC (n=55), 및 방광암 (n=44) 환자 유래의 전처리 종양 조직의 종양 미세환경 (TME)을 조사하였다. Illumina TruSeq RNA Access RNA-seq는 전체 인간 게놈 (> 20,000개 유전자)에 걸쳐 유전자를 포착하고 조사하였다.
RNA를 MPDL3280A (항-PD-L1 항체)의 진행중인 I 상 연구로부터 유도된 포르말린-고정 및 파라핀 포매된 보관 조직으로부터 추출하였다. 환자에 적절히 고지하여 얻은 동의는 바이오마커의 탐구 평가를 위한 기관 검토위원회로부터 수득되었다.
종양내 기질 요소와 관련된 유전자는 RECIST v1.1에 대한 전반적인 반응 속도와의 연관성에 대하여 구체적으로 조사되었다. 요로상피 기질-관련 유전자에 대한 연장된 유전자-세트 (세트 A)는 하기를 포함했다: FAP, FN1, MMP2, BGN, LOXL2, PDPN, PDGFRB, COL12a1, COL5A1, COL8A2, THY1 및 PALLD.
반응 카테고리는 완전 반응 (CR); 부분 반응 (PR); 무변성 질환 (SD) 및 질환 진행 (PD)을 포함하였다. CR 및 PR 환자는 "반응자"로 분류되었다. 통계 테스트는 3개 이상의 독립적인 데이터 그룹을 비교하는데 사용된 비-모수적 시험인 크루스칼-왈리스(KW) 시험을 사용하여 수행되었다.
결과
내부-징후들 뿐만 아니라 종양 징후들 사이의 특질의 발현의 가변성이 관찰되었으며, 이는 세트 A 기질 특질의 동적 발현 범위를 나타낸다 (도 5 및 도 6). 기질-관련 유전자 세트 A의 평균 발현 (평균-Z)은, 반응자(CR/PR)에 비해 PD 집단에서 더 높았다 (도 7a). 더욱이, 요로상피 기질-관련 유전자 발현 수준에 따라 전체 생존율 (OS)을 계산하였을 때, 0.36 초과의 평균-Z 발현을 갖는 환자는, 0.36 미만의 평균-Z 발현 컷오프를 갖는 환자들과 비교하여, 1.66 (95%CI 1.18 - 2.33)의 위험율(HR)로 불량하게 수행되었다 (도 7b).
특정 종양 유형에서의 기질 특질의 분석은 유방암 (도 8a), 및 방광암 (도 8e)에 대한 경향을 보였으나, 그러나 흑색종 피부암 (도 8c), 폐암 (도 9d), 또는 신장암 (도 8b)에서는 그렇지 않았다.
항-PD-L1으로 치료된 환자의 개별 징후에 대한 전체 생존률 (OS)에서의 유전자 발현 특질의 영향을 평가하였다. K-평균에 대한 0.36의 컷오프를 사용하여, 유방암 (도 9a), 방광암 (도 9b) 및 피부암 (도 9c) 환자는 이러한 특질과 관련된 OS를 갖고, 한편 폐암 (도 9d), 및 신장암 (도 9e) 환자에서는, 유의미한 경향이 존재하였다. 항-PD-L1로 치료한 환자의 위험 비율 값을 표 2에 나타내었다.
Figure pct00005
실시예 3: TGFb 봉쇄는 EMT6 유방 종양 모델에서 항- PDL1 효능을 향상시킨다.
서문
항-PDL1 치료의 효능에 대한 TGFb 차단의 영향이, 마우스 유방 종양 모델에서 평가되었다.
물질 및 방법
효능 마우스 연구 1
Charles River Laboratories의 Balb/c 마우스 70마리의 제5 유선 지방체 (mammary fat pad)에 100 마이크로리터의 HBSS + 매트리겔 (1:1) 중의 10만개의 EMT6 세포를 접종하였다. (종양 세포 접종 후 대략 7 내지 8일 후) 종양이 약 150 내지 200mm3 의 평균 종양 부피를 달성할 때, 동물을 하기에 설명된 치료 그룹으로 이용하였다 (제0일차). 상이한 종양 부피로 인해 치료 그룹으로 이용되지 않은 마우스는 안락사시켰다. 처리는 마우스를 그룹화한 다음날 시작되었다 (제1일차). 'Tiw'는 주당 3회 투약량을 나타내며, 'biw'는 주당 2회 투약량을 나타낸다. 예시적인 실험 다이어그램이 도 10에 도시된다.
그룹 1: Mu IgG1 항-gp120 (9338), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 5 mg/kg IP biwx3 + Mu IgG2a 항-gp120 (9239), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 IP tiwx3, n=10.
그룹 2: Mu IgG1 항-PD-L1 (6E11), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 5 mg/kg IP biwx3, n=10.
그룹 3: Mu IgG1 항-PD-L1 (6E11), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 5 mg/kg IP biwx3 + Mu IgG2b 항-TGFβ (2G7.5A9), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 IP tiwx3, n=10.
그룹 4: Mu IgG1 항-PD-L1 (6E11), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 5 mg/kg IP biwx3 + Mu IgG1 항-TGFβ (1D11), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 IP tiwx3, n=10.
Mu IgG1 항-PD-L1 및 Mu IgG1 항-gp120 항체를 1, 4, 8, 11, 15, 18 일에 투여하고; Mu IgG2b 및 Mu IgG1 항-TGFβ 항체를 1, 3, 5, 8, 10, 12, 15, 17, 19 일에 투약하였다.
모든 항체를 20 mM 히스티딘 아세테이트, 240 mM 수크로스, 0.02% 폴리소르베이트 20 (Tween-20), pH 5.5 중에 희석하였다. 1일 투여된 총 용적은 350㎕ 이하였다. 종양 측정 및 체중을 2X/주로 수집하였다. >15%의 체중 감소를 나타내는 동물은 매일 계량되었고 이들이 >20% 체중을 감소하면 안락사되었다. 동물은 2x/주로 임상 문제에 대해 관찰되었다. 부정적인 임상 사안을 보이는 동물은 중증도에 따라 더 자주, 최대 매일 관찰되었고, 빈사되면 안락사되었다. 마우스는 종양 부피가 2,000 mm3를 초과하였다면, 또는 종양이 형성되지 않았다면 3개월 후 안락사되었다.
효능 마우스 연구 2
Charles River Laboratories의 Balb/c 마우스 70 마리의 제5 유선 지방체에, HBSS + 매트리겔 (1:1) 100 마이크로리터 중의 10만개의 EMT6 세포를 접종하였다. (접종 후 대략 7 내지 8일 후) 종양이 약 150 내지 200 mm3의 평균 종양 부피를 달성할 때, 동물을 하기에 설명된 치료 그룹으로 이용하였다 (제0일차). 상이한 종양 부피로 인해 치료 그룹으로 이용되지 않은 마우스는 안락사시켰다. 치료는 제1일차에 시작하였다. 'Tiw'는 주당 3회 투약량을 나타내며, 'biw'는 주당 2회 투약량을 나타낸다.
그룹 1: Mu IgG1 항-gp120 (9338), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 5 mg/kg IP biwx3 + Mu IgG2a 항-gp120 (9239), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 IP biwx3, n=10.
그룹 2: Mu IgG1 항-PD-L1 (6E11), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 5 mg/kg IP biwx3, n=10.
그룹 3: Mu IgG2b 항-TGFβ (2G7.5A9), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 IP biwx3, n=10.
그룹 4: 먼저 Mu IgG1 항-TGFβ (1D11) 10 mg/kg IV, 이후 IP, biwx3, n=10.
그룹 5: Mu IgG1 항-PD-L1 (6E11), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 5 mg/kg IP biwx3 + Mu IgG2b 항-TGFβ (2G7.5A9), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 IP biwx3, n=10.
Mu IgG1 항-PD-L1 및 Mu IgG1 항-gp120 항체를 제1, 4, 8, 11, 15, 18 일차에 투여하고; Mu IgG2b 및 Mu IgG1 항-TGFβ 항체를 제1, 3, 5, 8, 10, 12, 15, 17, 19 일차에 투약하였다.
모든 항체를 20 mM 히스티딘 아세테이트, 240 mM 수크로스, 0.02% 폴리소르베이트 20 (Tween-20), pH 5.5로 희석하였다. 1일 투여된 총 용적은 350㎕ 이하였다. 종양 측정 및 체중을 2X/주로 수집하였다. >15%의 체중 감소를 나타내는 동물은 매일 계량되었고 이들이 >20% 체중을 감소하면 안락사되었다. 동물은 2x/주로 임상 문제에 대해 관찰되었다. 부정적인 임상 사안을 보이는 동물은 중증도에 따라 더 자주, 최대 매일 관찰되었고 빈사되면 안락사되었다. 마우스는 종양 부피가 2,000mm3를 초과하였다면, 또는 종양이 형성되지 않았다면 3개월 후 안락사되었다.
종양 처리
종양을 수집하고, 작은 절편으로 절단하고, RPMI + 2% FBS 중 디스파제(dispase) (0.8 mg/㎖), 콜라겐분해효소 P (0.2 mg/㎖) 및 DNaseI (0.1 mg/㎖)로 소화시켰다. 소화는 이전에 기재된 바와 같이 수행되었다 (Fletcher, et al. 2011). 간단히 말해서, 종양 조각을 효소에서 37℃에서 배양하고, 매 5분마다 혼합하였다. 15분마다, 넓은 내경 피펫 팁을 통해 위아래로 샘플을 피펫팅하였다. 절편을 바닥에 침강시키고, 현탁액 중의 임의의 세포를 수집하였다. 그런 다음 새 소화 배지를 샘플에 첨가했다. 종양이 완전히 소화될 때까지 이 과정을 반복하여, 일반적으로 총 ~75분이 소요되었다. 이어서, 단일 세포 현탁액을 여과하고, 세포를 계수하였다.
유동 세포측정
FACS 염색을 위해, 2 백만개의 세포를 T 세포 마커에 대한 항체로 얼음 위에서 15 분 동안 염색하였다. 세포내 염색을 위해, 그란자임 B 또는 Ki67에 특이적인 항체를 첨가하기 전에 세포를 고정 및 침투시키는데 eBioscience FoxP3 키트를 사용하였다. pSMAD phosflow 염색을 위해, 세포를 37℃에서 10분간 BD phosflow Lyse/Fix 완충액 중에서 즉시 고정시켰다. 그런 다음 이들을 빙냉된 BD Phosflow Perm/세정 완충액 Ⅲ으로 30분간 침투시켰다. 마지막으로, 세포를 세정하고, 얼음 위에서 45분 동안 CD45 및 pSMAD2/3에 대한 항체로 염색하였다. 모든 샘플을 BD Fortessa에서 획득하고, FlowJo X 소프트웨어로 분석했다.
결과
1D11 항체에 의한 TGFb 차단은, 항-TGFb 1D11 및 항-PDL1 둘 모두로 치료된 동물에서의 감소된 종양 용적에 의하여 나타낼 때, 항-PDL1 단독 (도 11b) 또는 이소형 대조군 (도 11a)으로 치료된 동물과 비교하여, EMT6 유방 종양 모델 (효능 마우스 연구 1) 내 항-PDL1 효능을 개선시켰다 (도 11c). 유사하게, 2G7 항-TGFb 항체는, 항-TGFb 2G7 및 항-PDL1 둘 모두로 치료된 동물에서의 감소된 종양 용적으로 나타낼 때, 항-PDL1 단독 (도 12b), 항-TGFb 2G7 단독 (도 12c), 항-TGFb 1D11 단독 (도 12d) 또는 이소형 대조군 (도 12a)으로 치료된 동물과 비교하여, 항-PDL1 효능 (효능 마우스 연구 2)을 개선시켰다 (도 12e).
항-PDL1와 조합한 1D11 항체에 의한 TGFb 차단은, 항-PDL1 단독에 비해, CD8 T 세포 존재비 (도 13b) 및 활성화 (CD45+ 세포의 증가된 존재비에 의하여 나타낼 때) (도 13a), 그란자임 B+ 세포 (도 13c), Ki67+ 세포 (도 13d), 및 PD1+ 세포 (도 13e)를 증진시켰다. 또한, TGFb 차단은 감소된 pSMAD MFI (도 14a) 및 pSMAD+ 세포의 감소된 백분율 (도 14b)에 의하여 나타낼 때, EMT6 종양 내 CD45- 세포에서의 SMAD2/3 인산화를 감소시켰다.
실시예 4: TGFb 봉쇄 및 항- PDL1 항체의 상승작용 효과
서문
항-PDL1 치료의 효능에 대한 TGFb 차단의 영향이, 마우스 유방 종양 모델에서 평가되었다.
물질 및 방법
효능 마우스 연구 3
Charles River Laboratories의 Balb/c 마우스 70 마리의 제5 유선 지방체에, HBSS + 매트리겔 (1:1) 100 마이크로리터 중의 10만개의 EMT6 세포를 접종하였다. (종양 세포 접종 후 대략 7 내지 8일 후) 종양이 약 150 내지 200 mm3의 평균 종양 부피를 달성할 때, 동물을 하기에 설명된 치료 그룹으로 이용하였다 (제0일차). 상이한 종양 부피로 인해 치료 그룹에 이용되지 않은 마우스를 안락사시켰다. 처리는 마우스를 그룹화한 다음날 시작되었다 (제1일차). 'BIWx3'은 3주 동안 격주 투약을 나타낸다. 'TIWx3'은 3주 동안 주 3회 투약을 나타낸다. 'TIWx4'은 3주 동안 주 4회 투약을 나타낸다.
그룹 1: Mu IgG1 항-PD-L1 (6E11), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 5 mg/kg IP biwx3, n=10.
그룹 2: Mu IgG1 항-PD-L1 (6E11), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 5 mg/kg IP tiwx4, n=10.
그룹 3: Mu IgG1 항-PD-L1 (6E11), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 5 mg/kg IP biwx3, n=10.
그룹 4: Mu IgG1 항-PD-L1 (6E11), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 5 mg/kg IP biwx3 + Mu IgG2b 항-TGFβ (2G7.5A9), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 10 mg/kg IP biwx3, n=10.
그룹 5: Mu IgG1 항-PD-L1 (6E11), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 5 mg/kg IP tiwx4 + Mu IgG2b 항-TGFβ (2G7.5A9), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 10 mg/kg IP tiwx4, n=10.
그룹 6: Mu IgG1 항-PD-L1 (6E11), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 5 mg/kg IP biwx3 + Mu IgG2b 항-TGFβ (2G7.5A9), 10 mg/kg IV 제1 용량, 이후 10 mg/kg IP tiwx3, n=10.
Mu IgG1 항-PD-L1 및 Mu IgG1 항-gp120 항체를 1, 4, 8, 11, 15, 18 일에 투여하고; Mu IgG2b 및 Mu IgG1 항-TGFβ 항체를 1, 3, 5, 8, 10, 12, 15, 17, 19 일에 투약하였다.
모든 항체를 20 mM 히스티딘 아세테이트, 240 mM 수크로스, 0.02% 폴리소르베이트 20 (Tween-20), pH 5.5 중에 희석하였다. 총 1일 투여된 용적은 350㎕ 이하였다. 사용된 항-TGFb 항체는 IgG2b 포맷의 클론 2G7이었다. 종양 측정 및 체중을 2X/주로 수집하였다. >15%의 체중 감소를 나타내는 동물은 매일 계량되었고, 이들이 >20% 체중을 감소하면 안락사되었다. 동물은 2x/주로 임상 문제에 대해 관찰되었다. 부정적인 임상 사안을 보이는 동물은 중증도에 따라 더 자주, 최대 매일 관찰되었고, 빈사되면 안락사되었다. 마우스는 종양 부피가 2,000mm3를 초과하였다면, 또는 종양이 형성되지 않았다면 3개월 후 안락사되었다.
결과
2G7 항체에 의한 TGFb 차단은, 항-TGFb 2G7 및 항-PDL1 둘 모두로 치료된 동물에서의 감소된 종양 용적에 의하여 표지될 시, 항-PDL1 단독으로 치료된 동물과 비교하여 (도 15a, 도 15b, 및 도 15c), EMT6 유방 종양 모델 내 항-PDL1 효능을 개선시켰다 (도 15d, 도 15e, 및 도 15f).

Claims (158)

  1. 하기의 단계들을 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체를 치료하기 위한 방법:
    a) 상기 개체 유래의 샘플 내 기질(stroma) 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 상기 하나 이상의 유전자의 발현 수준이 증가한 것에 의해, 치료를 위한 개체를 식별하는, 단계; 및
    b) 유효량의 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 상기 개체에게 투여하는 단계.
  2. 하기의 단계들을 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체의 면역요법을 개선시키기 위한 방법:
    a) 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 상기 하나 이상의 유전자의 발현 수준이 증가한 것에 의해, 억제성 기질 길항제로의 치료를 위한 개체를 식별하는, 단계; 및
    b) 단계 a)에서의 억제성 기질 길항제로의 치료를 위하여 식별된 상기 개체에게, 유효량의 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 투여하는 단계.
  3. 하기의 단계를 포함하는, 면역요법 단독에 반응할 공산이 보다 낮은, 질환 또는 장애를 갖는 개체를 선택하기 위한 방법:
    상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 상기 하나 이상의 유전자의 발현 수준이 증가한 것에 의해, 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료를 위한 개체를 식별하는, 방법.
  4. 하기의 단계를 포함하는, 면역요법 및 종양 기질 섬유증 길항제로의 치료로부터 이점을 나타낼 공산이 보다 높은, 질환 또는 장애를 갖는 개체를 식별하기 위한 방법:
    상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 상기 하나 이상의 유전자의 발현 수준이 증가한 것에 의해 억제성 기질을 갖는 개체를 식별하며, 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재는 상기 개체가 면역요법 및 억제성 기질 길항제로부터 증가된 임상적 이점을 나타낼 공산이 보다 높음을 표지하는, 단계.
  5. 하기의 단계를 포함하는, 질환 또는 장애를 갖는 개체의 치료를 선택하기 위한 방법:
    상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 상기 하나 이상의 유전자의 발현 수준이 증가한 것에 의해 억제성 기질을 갖는 개체를 식별하며, 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재는 상기 개체가 면역요법 및 억제성 기질 길항제로부터 증가된 임상적 이점을 나타낼 공산이 보다 높음을 표지하는, 단계.
  6. 청구항 4 또는 5에 있어서, 상기 증가된 임상적 이점은 전체 생존 (OS), 무진행 생존 (PFS), 완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR) 및 이들의 조합 중 하나 이상의 상대적인 증가를 추가로 포함하는, 방법.
  7. 하기의 단계를 포함하는, 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함하는 조합 치료의 효능을 모니터링하기 위한 방법:
    하나 이상의 시점에서 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료가 진행중인 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 기질 유전자 특질은 수준 중앙값과 비교하여 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상의 유전자의 발현 수준의 증가를 포함하며, 임상적 이점 증가 및/또는 상기 기질 유전자 특질의 존재에서의 감소는 유효한 치료임을 표지하는, 단계.
  8. 하기의 단계들을 포함하는, 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 포함하는 조합 치료의 효능을 모니터링하는 방법:
    a) 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며, 수준 중앙값과 비교하여 상기 기질 유전자 특질 내 상기 하나 이상의 유전자의 발현 수준이 증가한 것에 의해 치료를 위한 개체를 식별하는, 단계; 및
    b) 유효량의 면역요법 및 억제성 기질 길항제를 상기 개체에게 투여하는 단계; 및
    c) 하나 이상의 시점에서 상기 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하는 단계로서, 임상적 이점 증가 및/또는 상기 기질 유전자 특질의 존재에서의 감소는 유효한 치료임을 표지하는, 단계.
  9. 청구항 7 또는 8에 있어서, 상기 증가된 임상적 이점은 전체 생존 (OS), 무진행 생존 (PFS), 완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR) 및 이들의 조합 중 하나 이상의 상대적인 증가를 포함하는, 방법.
  10. 청구항 1 내지 9 중 어느 한 항에 있어서, 상기 질환 또는 장애는 증식성 질환 또는 장애인, 방법.
  11. 청구항 10에 있어서, 상기 질환 또는 장애가 면역-관련된 질환 또는 장애인, 방법.
  12. 청구항 1 내지 10 중 어느 한 항에 있어서, 상기 질환 또는 장애가 암인, 방법.
  13. 청구항 12에 있어서, 상기 암은 비-소세포 폐암, 소세포 폐암, 신장 세포암, 결장직장암, 난소암, 유방암, 전이성 유방암, 삼중-음성 유방암, 흑색종, 췌장암, 위 암종, 방광암, 요로상피 방광암, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교아종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상식육종, 메르켈 세포암, 및 기타 혈액학적 악성종양으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
  14. 청구항 13에 있어서, 상기 암은 요로상피 방광암 (UBC)이며, 그리고 상기 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , 또는 PDGFRB 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
  15. 청구항 14에 있어서, UBC에 대한 상기 기질 유전자 특질은 DKK3 , PDGFB , NUAK1, FGF1 , PDL1M4 또는 LRRC32 중 하나 이상을 추가로 포함하는, 방법.
  16. 청구항 13에 있어서, 상기 암은 비-소세포 폐암 (NSCLC)이며, 그리고 상기 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
  17. 청구항 13에 있어서, 상기 암은 신장세포암 (RCC)이며, 그리고 상기 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB, 또는 THY 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
  18. 청구항 17에 있어서, RCC에 대한 상기 기질 유전자 특질은 LUM 및/또는 POSTN을 추가로 포함하는, 방법.
  19. 청구항 13에 있어서, 상기 암은 흑색종이며, 그리고 상기 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB, 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
  20. 청구항 13에 있어서, 상기 암이 삼중-음성 유방암 (TNBC)이고, 그리고 상기 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB, 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
  21. 청구항 20에 있어서, TNBC에 대한 상기 기질 유전자 특질은 MMP11, BGN, 또는 COL5A1 중 하나 이상을 추가로 포함하는, 방법.
  22. 청구항 13에 있어서, 상기 암은 난소암이며, 그리고 상기 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB, 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하는, 방법.
  23. 청구항 22에 있어서, 난소암에 대한 상기 기질 유전자 특질은 POSTN , LOX, 또는 TIMP3 중 하나 이상을 추가로 포함하는, 방법.
  24. 청구항 14 내지 18 또는 청구항 22 내지 23 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 TGFβ를 추가로 포함하는, 방법.
  25. 청구항 1 내지 24 중 어느 한 항에 있어서, 상기 개체로부터 수득된 상기 샘플은 조직, 전혈, 혈장, 혈청, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
  26. 청구항 25에 있어서, 상기 조직 샘플이 종양 조직 샘플인, 방법.
  27. 청구항 25 또는 26에 있어서, 상기 종양 조직 샘플이 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포 및 이들의 임의의 조합을 포함하는, 방법.
  28. 청구항 25 내지 27 중 어느 한 항에 있어서, 상기 조직 샘플이 포르말린 고정 및 파라핀 포매되거나, 보관(archival)되거나, 신선하거나, 또는 동결된 것인, 방법.
  29. 청구항 1 내지 25 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플은 전혈인, 방법.
  30. 청구항 29에 있어서, 상기 전혈이 면역 세포, 순환 종양 세포 및 이들의 임의의 조합을 포함하는, 방법.
  31. 청구항 1 내지 30 중 어느 한 항에 있어서, 샘플은 상기 면역요법으로의 치료 이전, 또는 상기 면역요법으로의 치료 이후에 수득되는, 방법.
  32. 청구항 1 내지 31 중 어느 한 항에 있어서, 샘플은 상기 억제성 기질 길항제로의 치료 이전에 수득되는, 방법.
  33. 청구항 1 내지 32 중 어느 한 항에 있어서, 상기 면역요법은 CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, CD40, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMGB1, 또는 TLR 효능제를 포함하는, 방법.
  34. 청구항 1 내지 32 중 어느 한 항에 있어서, 상기 면역요법은 CTLA-4, PD-L1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제를 포함하는, 방법.
  35. 청구항 33에 있어서, 상기 면역요법이 PD-L1 축 길항제인, 방법.
  36. 청구항 35에 있어서, 상기 PD-L1 축 결합 길항제가 PD-L1 결합 길항제인, 방법.
  37. 청구항 36에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제하는, 방법.
  38. 청구항 36 또는 37에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제하는, 방법.
  39. 청구항 36 내지 38 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 B7-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제하는, 방법.
  40. 청구항 36 내지 39 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및 B7-1 둘 모두에 대한 PD-L1의 결합을 억제하는, 방법.
  41. 청구항 36 내지 40 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제가 항체인, 방법.
  42. 청구항 41에 있어서, 상기 항체가 단클론성 항체인, 방법.
  43. 청구항 41 또는 42에 있어서, 상기 항체가 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체인, 방법.
  44. 청구항 34에 있어서, 상기 PD-L1 축 결합 길항제가 PD-1 결합 길항제인, 방법.
  45. 청구항 44에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-1의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제하는, 방법.
  46. 청구항 44 또는 45에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-L1으로의 PD-1의 결합을 억제하는, 방법.
  47. 청구항 44 내지 46 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-L2에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 방법.
  48. 청구항 44 내지 47 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제가 PD-L1 및 PD-L2 둘 모두에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 방법.
  49. 청구항 44 내지 48 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제가 항체인, 방법.
  50. 청구항 44 내지 49 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체가 단클론성 항체인, 방법.
  51. 청구항 49 또는 50에 있어서, 상기 항체가 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체인, 방법.
  52. 청구항 1 내지 50 중 어느 한 항에 있어서, 억제성 기질 길항제는 TGFβ, PDPN, LAIR-1, SMAD, ALK, 결합 조직 성장 인자 (CTGF/CCN2), 내피-1 (ET-1), AP-1, IL-13, PDGF, LOXL2, 엔도글린 (CD105), FAP, 포도플라닌 (GP38), VCAM1 (CD106), THY1, β1 인테그린 (CD29), PDGFRα (CD140α), PDGFRβ (CD140β), 비멘틴, αSMA (ACTA2), 데스민, 엔도시알린 (CD248) 또는 FSP1 (S100A4) 길항제인, 방법.
  53. 청구항 1 내지 51 중 어느 한 항에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제가 피르페니돈, 갈루니세르팁 또는 닌테다닙인, 방법.
  54. 청구항 52에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제가 TGFβ 길항제인, 방법.
  55. 청구항 54에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제가 TGFβ 결합 길항제인, 방법.
  56. 청구항 54 또는 55에 있어서, 상기 TGFβ 결합 길항제는 TGFβ의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제하는, 방법.
  57. 청구항 54 내지 56 중 어느 한 항에 있어서, 상기 TGFβ 결합 길항제는 TGFβ에 대한 세포 수용체로의 TGFβ의 결합을 억제하는, 방법.
  58. 청구항 54 또는 56에 있어서, 상기 TGFβ 결합 길항제는 TGFβ의 활성화를 억제하는, 방법.
  59. 청구항 54 내지 58 중 중 어느 한 항에 있어서, 상기 TGFβ 결합 길항제가 항체인, 방법.
  60. 청구항 59에 있어서, 상기 항체가 단클론성 항체인, 방법.
  61. 청구항 59 또는 60에 있어서, 상기 항체가 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체인, 방법.
  62. 청구항 1 내지 61 중 어느 한 항에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제로의 치료는 종양에서 면역 세포 침윤이 증가하도록 하는, 방법.
  63. 청구항 62에 있어서, 상기 증가된 면역 세포 침윤은 T 세포, B 세포, 대식세포 또는 수지상 세포 중 하나 이상의 증가된 침윤인, 방법.
  64. 청구항 63에 있어서, 상기 T 세포는 CD8+ T 세포 및/또는 Teff 세포인, 방법.
  65. 청구항 1 내지 64 중 어느 한 항에 있어서, 상기 개체가 상기 억제성 기질 길항제로의 치료 이전에는 면역요법에 대하여 저항성인, 방법.
  66. 청구항 1 내지 65 중 어느 한 항에 있어서, 상기 개체에게 이미 단일요법 면역요법이 투여된, 방법.
  67. 청구항 1 내지 66 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질은 FACS, 웨스턴 블롯, ELISA, 면역 침강, 면역조직화학, 면역형광법, 방사선면역검정, 닷 블롯팅, 면역검출 방법, HPLC, 표면 플라즈몬 공명, 광학 분광법, 개별적인 질량 분광분석법으로부터 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하기 위한 하나 이상의 시약, HPLC, qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술 및 FISH, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 방법을 사용하여 상기 샘플 내에서 검출되는, 방법.
  68. 청구항 1 내지 67 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 단백질 발현에 의해 상기 샘플 내에서 검출되는, 방법.
  69. 청구항 68에 있어서, 단백질 발현은 면역조직화학 (IHC)에 의해 계측되는, 방법.
  70. 청구항 69에 있어서, 상기 기질 유전자 특질은 항체를 사용하여 검출되는, 방법.
  71. 청구항 69 또는 70에 있어서, 상기 기질 유전자 특질은 IHC에 의하여 약한 염색 강도로서 검출되는, 방법.
  72. 청구항 69 내지 71 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 IHC에 의하여 중간 정도 염색 강도로서 검출되는, 방법.
  73. 청구항 69 내지 72 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 IHC에 의하여 강한 염색 강도로서 검출되는, 방법.
  74. 청구항 65 내지 73 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포 및 이들의 임의의 조합에서 검출되는, 방법.
  75. 청구항 65 내지 74 중 어느 한 항에 있어서, 염색이 막 염색, 세포질 염색 및 이들의 조합인, 방법.
  76. 청구항 65 내지 75 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질의 부재는 상기 샘플에서 부재하거나 염색되지 않은 것으로 검출되는, 방법.
  77. 청구항 65 내지 76 중 어느 한 항에 있어서, 기질 유전자 특질의 존재는 샘플에서 임의의 염색으로서 검출되는, 방법.
  78. 청구항 1 내지 77 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 핵산 발현에 의해 상기 샘플 내에서 검출되는, 방법.
  79. 청구항 78에 있어서, 상기 핵산 발현은 qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술 또는 FISH를 사용하여 계측되는, 방법.
  80. 청구항 1 내지 79 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질의 수준 중앙값은 (1) 참조 집단으로부터의 상기 기질 유전자 특질의 수준; (2) 상기 면역요법에 대한 완전 반응자 및/또는 부분 반응자의 집단으로부터의 상기 기질 유전자 특질의 수준; 및 (3) 제1 시점 이전의 제2 시점에서 상기 개체로부터의 상기 기질 유전자 특질의 수준으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
  81. 청구항 1 내지 80 중 어느 한 항에 있어서, 상기 수준 중앙값과 비교하여 상기 생물학적 샘플 내 상기 기질 유전자 특질의 수준(들)의 변화는 상기 수준의 증가인 것인, 방법.
  82. 청구항 1 내지 81 중 어느 한 항의 방법에 사용하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하는, 진단 키트.
  83. 면역요법 단독에 반응할 공산이 보다 낮은, 질환 또는 장애를 갖는 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하는 진단 키트로서, 상기 기질 유전자 특질의 존재에 의해 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료로부터 이점을 나타낼 공산이 보다 높은 개체를 식별하는, 진단 키트.
  84. 면역요법 단독에 반응할 공산이 보다 낮은, 질환 또는 장애를 갖는 개체를 위한 치료를 선택하기 위한 진단 키트로서, 상기 키트는 면역요법을 필요로 하는 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하며, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며; 기질 유전자 특질의 존재에 의해 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료로부터 이점을 나타낼 공산이 보다 높은 개체를 식별하는, 진단 키트.
  85. 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료를 포함하는 조합 치료의 효능을 모니터링하기 위한 키트로서, 상기 키트는 면역요법 및 억제성 기질 길항제로의 치료가 진행중인 개체 유래의 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하기 위한 하나 이상의 시약을 포함하고, 상기 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB 또는 THY 중 하나 이상을 포함하며; 증가된 임상적 이점 및/또는 상기 기질 유전자 특질의 존재의 감소는 유효한 치료임을 표지하는, 키트.
  86. 청구항 83 내지 85 중 어느 한 항에 있어서, 상기 증가된 임상적 이점은 전체 생존 (OS), 무진행 생존 (PFS), 완전 반응 (CR), 부분 반응 (PR) 및 이들의 조합 중 하나 이상의 상대적인 증가를 포함하는, 키트.
  87. 청구항 83 내지 86 중 어느 한 항에 있어서, 상기 질환 또는 장애는 증식성 질환 또는 장애인, 키트.
  88. 청구항 87에 있어서, 상기 질환 또는 장애가 면역-관련된 질환 또는 장애인, 키트.
  89. 청구항 83 내지 86 중 어느 한 항에 있어서, 상기 질환 또는 장애가 암인, 키트.
  90. 청구항 89에 있어서, 상기 암은 비-소세포 폐암, 소세포 폐암, 신장 세포암, 결장직장암, 난소암, 유방암, 전이성 유방암, 삼중-음성 유방암, 흑색종, 췌장암, 위 암종, 방광암, 요로상피 방광암, 식도암, 중피종, 흑색종, 두경부암, 갑상선암, 육종, 전립선암, 교아종, 자궁경부암, 흉선 암종, 백혈병, 림프종, 골수종, 균상식육종, 메르켈 세포암, 및 기타 혈액학적 악성종양으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 키트.
  91. 청구항 90에 있어서, 상기 암은 요로상피 방광암 (UBC)이며, 그리고 상기 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , 또는 PDGFRB 중 하나 이상을 포함하는, 키트.
  92. 청구항 91에 있어서, UBC에 대한 상기 기질 유전자 특질은 DKK3 , PDGFB , NUAK1, FGF1 , PDL1M4 또는 LRRC32 중 하나 이상을 추가로 포함하는, 키트.
  93. 청구항 90에 있어서, 상기 암은 비-소세포 폐암 (NSCLC)이며, 그리고 상기 기질 유전자 특질은 FAP , FN1, MMP2 , PDGFRB , 또는 THY 중 하나 이상을 포함하는, 키트.
  94. 청구항 90에 있어서, 상기 암은 신장세포암 (RCC)이며, 그리고 상기 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB, 또는 THY 중 하나 이상을 포함하는, 키트.
  95. 청구항 94에 있어서, RCC에 대한 상기 기질 유전자 특질이 LUM 및/또는 POSTN을 추가로 포함하는, 키트.
  96. 청구항 90에 있어서, 상기 암은 흑색종이며, 그리고 상기 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB, 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하는, 키트.
  97. 청구항 90에 있어서, 상기 암이 삼중-음성 유방암 (TNBC)이고, 그리고 상기 기질 유전자 특질이 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB, 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하는, 키트.
  98. 청구항 97에 있어서, TNBC에 대한 상기 기질 유전자 특질은 MMP11, BGN, 또는 COL5A1 중 하나 이상을 추가로 포함하는, 키트.
  99. 청구항 90에 있어서, 상기 암은 난소암이며, 그리고 상기 기질 유전자 특질은 FAP, FN1, MMP2, PDGFRB, 또는 THY1 중 하나 이상을 포함하는, 키트.
  100. 청구항 99에 있어서, 난소암에 대한 상기 기질 유전자 특질은 POSTN , LOX, 또는 TIMP3 중 하나 이상을 추가로 포함하는, 키트.
  101. 청구항 91 내지 95 또는 청구항 99 내지 100 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 TGFβ를 추가로 포함하는, 키트.
  102. 청구항 83 내지 101 중 어느 한 항에 있어서, 상기 개체로부터 수득된 상기 샘플은 조직, 전혈, 혈장, 혈청, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 키트.
  103. 청구항 102에 있어서, 상기 조직 샘플이 종양 조직 샘플인, 키트.
  104. 청구항 102 또는 103에 있어서, 상기 종양 조직 샘플이 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포 및 이들의 임의의 조합을 포함하는, 키트.
  105. 청구항 102 내지 104 중 어느 한 항에 있어서, 상기 조직 샘플이 포르말린 고정 및 파라핀 포매되거나, 보관되거나, 신선하거나, 또는 동결된 것인, 키트.
  106. 청구항 83 내지 102 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플은 전혈인, 키트.
  107. 청구항 106에 있어서, 상기 전혈이 면역 세포, 순환 종양 세포 및 이들의 임의의 조합을 포함하는, 키트.
  108. 청구항 83 내지 107 중 어느 한 항에 있어서, 샘플은 상기 면역요법으로의 치료 이전, 또는 상기 면역요법으로의 치료 이후에 수득되는, 키트.
  109. 청구항 83 내지 108 중 어느 한 항에 있어서, 샘플이 상기 억제성 기질 길항제로의 치료 이전에 수득되는, 키트.
  110. 청구항 83 내지 109 중 어느 한 항에 있어서, 상기 면역요법은 CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, CD40, ICOS, HVEM, NKG2D, MICA, 2B4, IL-2, IL-12, IFNγ, IFNα, TNFα, IL-1, CDN, HMGB1, 또는 TLR 효능제를 포함하는, 키트.
  111. 청구항 83 내지 110 중 어느 한 항에 있어서, 상기 면역요법은 CTLA-4, PD-L1 축, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7H4, CD96, TIGIT, CD226, 프로스타글란딘, VEGF, 엔도텔린 B, IDO, 아르기나제, MICA/MICB, TIM-3, IL-10, IL-4, 또는 IL-13 길항제를 포함하는, 키트.
  112. 청구항 111에 있어서, 상기 면역요법이 PD-L1 축 길항제인, 키트.
  113. 청구항 112에 있어서, 상기 PD-L1 축 결합 길항제가 PD-L1 결합 길항제인, 키트.
  114. 청구항 113에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제하는, 키트.
  115. 청구항 113 또는 114에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제하는, 키트.
  116. 청구항 113 내지 115 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 B7-1에 대한 PD-L1의 결합을 억제하는, 키트.
  117. 청구항 113 내지 116 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및 B7-1 둘 모두에 대한 PD-L1의 결합을 억제하는, 키트.
  118. 청구항 113 내지 117 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-L1 결합 길항제가 항체인, 키트.
  119. 청구항 118에 있어서, 상기 항체가 단클론성 항체인, 키트.
  120. 청구항 118 또는 119에 있어서, 상기 항체가 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체인, 키트.
  121. 청구항 120에 있어서, 상기 PD-L1 축 결합 길항제가 PD-1 결합 길항제인, 키트.
  122. 청구항 121에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-1의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제하는, 키트.
  123. 청구항 121 또는 122에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-L1에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 키트.
  124. 청구항 121 내지 123 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-L2에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 키트.
  125. 청구항 121 내지 124 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및 PD-L2 둘 모두에 대한 PD-1의 결합을 억제하는, 키트.
  126. 청구항 121 내지 125 중 어느 한 항에 있어서, 상기 PD-1 결합 길항제가 항체인, 키트.
  127. 청구항 121 내지 126 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체가 단클론성 항체인, 키트.
  128. 청구항 126 또는 127에 있어서, 상기 항체가 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체인, 키트.
  129. 청구항 83 내지 128 중 어느 한 항에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제는 TGFβ, PDPN, LAIR-1, SMAD, ALK, 결합 조직 성장 인자 (CTGF/CCN2), 내피-1 (ET-1), AP-1, IL-13, PDGF, LOXL2, 엔도글린 (CD105), FAP, 포도플라닌 (GP38), VCAM1 (CD106), THY1, β1 인테그린 (CD29), PDGFRα (CD140α), PDGFRβ (CD140β), 비멘틴, αSMA (ACTA2), 데스민, 엔도시알린 (CD248) 또는 FSP1 (S100A4) 길항제인, 키트.
  130. 청구항 83 내지 129 중 어느 한 항에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제는 피르페니돈, 갈루니세르팁 또는 닌테다닙인, 키트.
  131. 청구항 83 내지 129 중 어느 한 항에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제는 TGFβ 길항제인, 키트.
  132. 청구항 131에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제가 TGFβ 결합 길항제인, 키트.
  133. 청구항 131 또는 132에 있어서, 상기 TGFβ 결합 길항제는 TGFβ의 이의 리간드 결합 상대에 대한 결합을 억제하는, 키트.
  134. 청구항 131 내지 133 중 어느 한 항에 있어서, 상기 TGFβ 결합 길항제가 TGFβ에 대한 세포 수용체로의 TGFβ의 결합을 억제하는, 키트.
  135. 청구항 133 또는 134에 있어서, 상기 TGFβ 결합 길항제가 TGFβ의 활성화를 억제하는, 키트.
  136. 청구항 131 내지 135 중 어느 한 항에 있어서, 상기 TGFβ 결합 길항제가 항체인, 키트.
  137. 청구항 136에 있어서, 상기 항체가 단클론성 항체인, 키트.
  138. 청구항 136 또는 137에 있어서, 상기 항체가 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체인, 키트.
  139. 청구항 83 내지 138 중 어느 한 항에 있어서, 상기 억제성 기질 길항제로의 치료는 종양에서 면역 세포 침윤이 증가하도록 하는, 키트.
  140. 청구항 139에 있어서, 상기 증가된 면역 세포 침윤은 T 세포, B 세포, 대식세포 또는 수지상 세포 중 하나 이상의 증가된 침윤인, 키트.
  141. 청구항 140에 있어서, 상기 T 세포는 CD8+ T 세포 및/또는 Teff 세포인, 키트.
  142. 청구항 83 내지 141 중 어느 한 항에 있어서, 상기 개체가 상기 억제성 기질 길항제로의 치료 이전에는 면역요법에 대하여 저항성인, 키트.
  143. 청구항 83 내지 142 중 어느 한 항에 있어서, 상기 개체는 이미 단일요법 면역요법을 투여받은, 키트.
  144. 청구항 83 내지 143 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질은 FACS, 웨스턴 블롯, ELISA, 면역 침강, 면역조직화학, 면역형광법, 방사선면역검정, 닷 블롯팅, 면역검출 방법, HPLC, 표면 플라즈몬 공명, 광학 분광법, 개별적인 질량 분광분석법으로부터 샘플 내 기질 유전자 특질의 존재를 계측하기 위한 하나 이상의 시약, HPLC, qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술 및 FISH, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된 방법을 사용하여 상기 샘플 내에서 검출되는, 키트.
  145. 청구항 83 내지 144 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 단백질 발현에 의해 상기 샘플 내에서 검출되는, 키트.
  146. 청구항 145에 있어서, 단백질 발현은 면역조직화학 (IHC)에 의해 계측되는, 키트.
  147. 청구항 146에 있어서, 상기 기질 유전자 특질은 항체를 사용하여 검출되는, 키트.
  148. 청구항 146 또는 147에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 IHC에 의하여 약한 염색 강도로서 검출되는, 키트.
  149. 청구항 146 내지 148 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 IHC에 의하여 중간 정도 염색 강도로서 검출되는, 키트.
  150. 청구항 146 내지 149 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 IHC에 의하여 강한 염색 강도로서 검출되는, 키트.
  151. 청구항 146 내지 150 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 종양 세포, 종양 침윤 면역 세포, 기질 세포 및 이들의 임의의 조합에서 검출되는, 키트.
  152. 청구항 146 내지 151 중 어느 한 항에 있어서, 염색이 막 염색, 세포질 염색 및 이들의 조합인, 키트.
  153. 청구항 146 내지 152 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질의 부재는 상기 샘플에서 부재하거나 염색이 되지 않은 것으로 검출되는, 키트.
  154. 청구항 146 내지 152 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질의 존재는 상기 샘플에서 임의의 염색으로서 검출되는, 키트.
  155. 청구항 83 내지 144 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질이 핵산 발현에 의해 상기 샘플 내에서 검출되는, 키트.
  156. 청구항 155에 있어서, 상기 핵산 발현은 qPCR, RT-qPCR, 멀티플렉스 qPCR 또는 RT-qPCR, RNA-seq, 마이크로어레이 분석, SAGE, MassARRAY 기술 또는 FISH를 사용하여 계측되는, 키트.
  157. 청구항 83 내지 156 중 어느 한 항에 있어서, 상기 기질 유전자 특질의 수준 중앙값은 (1) 참조 집단으로부터의 상기 기질 유전자 특질의 수준; (2) 상기 면역요법에 대한 완전 반응자 및/또는 부분 반응자의 집단으로부터의 상기 기질 유전자 특질의 수준; 및 (3) 상기 제1 시점 이전의 제2 시점에서 상기 개체로부터의 상기 기질 유전자 특질의 수준으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 키트.
  158. 청구항 83 내지 157 중 어느 한 항에 있어서, 상기 수준 중앙값과 비교하여 상기 생물학적 샘플 내에서 상기 기질 유전자 특질의 수준(들)의 변화는 수준의 증가인, 키트.
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