KR20180119632A - 암에 대한 치료 및 진단 방법 - Google Patents

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Abstract

본 발명은 암, 예를 들어, 방광암을 위한 치료 및 진단 방법, 그리고 조성물을 제공한다. 본 발명은 방광암을 치료하는 방법, 방광암을 앓는 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있는지 여부를 계측하는 방법, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대한 방광암을 앓는 환자의 반응성을 예측하는 방법, 및 본 발명의 유전자의 체세포 돌연변이 수준 (예컨대, 환자로부터 수득된 종양 샘플 내 체세포 돌연변이 수준)을 기준으로 하여 방광암을 앓는 환자에 대한 치료 요법을 선택하는 방법을 제공한다.

Description

암에 대한 치료 및 진단 방법
서열 목록
본원은 ASC II 포맷으로 전자 형식으로 제출되어, 그 전체가 참조로 본원에 편입된 서열 목록을 포함한다. 2017년 2월 23일 목요일에 작성된 상기의 ASC II 사본은, 파일명을 "50474-131WO3_Sequence_Listing_2_23_17_ST25"라고 하고, 크기는 23,628 바이트이다.
기술분야
병태, 예컨대 암 [예컨대, 방광암 (예컨대, 요로상피 방광암)]에 대한 치료 및 진단 방법과 조성물, 그리고 PD-L1 축 결합 길항제를 사용하는 방법이 본 명세서에서 제공된다. 특히, 본 발명은 환자 선택 및 진단을 위한 방법, 치료 방법, 제조 물품, 진단 키트, 및 탐지 방법을 제공한다.
암은 인간 건강에 가장 치명적인 위협들 중 하나로 남아있다. 암, 또는 악성 종양은 전이되고 통제불가하게 빠른 속도로 자라서, 시의적절한 탐지 및 치료를 상당히 어렵게 만들고 있다. 미국에서, 암은 매년 거의 130만 명의 새 환자에게 영향을 미치고 있고, 심장병 다음으로 두 번째로 주요한 사멸 원인으로, 사멸 4건 당 약 1건을 차지한다. 고형 종양은 대부분의 사멸에 대한 원인으로 작용한다. 방광암은, 매년 보고된 400,000건 가까이 새로 진단된 사례 및 대략 150,000건의 관련된 사멸으로, 전세계적으로 다섯번째로 흔한 악성종양이다. 특히, 전이성 요로상피 방광암은 좋지 못한 결과와 관련되고 현재까지 소수의 효과적인 치료 요법을 가진 주요 미충족 의료 필요성을 나타낸다.
프로그램된 사멸-리간드 1(PD-L1)은 만성 감염, 임신, 조직 동종이식, 자가면역 질환, 및 암 동안에 면역 시스템 반응의 억제에서 관련되는 단백질이다. PD-L1은, T-세포, B-세포, 및 단핵 세포의 표면상에서 발현되는, 프로그램된 사멸 1 (PD-1)로서 공지된, 억제성 수용체에 결합에 의해 면역 반응을 조절한다. PD-L1은 또 다른 수용체, B7-1과 또한 상호작용을 통해 T-세포 기능을 음성으로 조절한다. PD-L1/PD-1 및 PD-L1/B7-1 복합체의 형성은 T-세포 수용체 신호화를 음성으로 조절하여, T-세포 활성화의 후속 하향조절 및 항-종양 면역성 활성의 억제를 유발한다.
암 [예를 들면, 방광암 (예를 들면, 요로상피 방광암)]의 치료에서 상당한 진전에도 불구하고, 개선된 치료 요법 및 진단 방법은 여전히 탐구 대상이다.
본 발명은 암, 예를 들어, 방광암 (예를 들면, 요로상피 방광암, UBC)에 대하여 치료 및 진단 방법 및 조성물을 제공한다.
제1 양태에서, 본 발명은 방광암을 앓는 환자를 치료하는 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 치료적 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 상기 환자에게 투여하는 단계를 포함하고, 여기서 상기 환자로부터 수득된 종양 샘플은 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여, 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는다. 일부 구현예에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은 표 1에 제시된 유전자의 적어도 3분의 1에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여 표 1에 제시된 유전자의 적어도 3분의 1에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측되었다. 일부 구현예에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은 표 1에 제시된 유전자의 적어도 2분의 1에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여 표 1에 제시된 유전자의 적어도 2분의 1에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측되었다. 일부 구현예에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은 표 1에 제시된 유전자의 적어도 3분의 2에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여 표 1에 제시된 유전자의 적어도 3분의 2에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측되었다. 일부 구현예에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은 표 1에 제시된 유전자의 적어도 4분의 3에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여 표 1에 제시된 유전자의 적어도 4분의 3에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측되었다. 일부 구현예에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은 표 1에 제시된 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여 표 1에 제시된 유전자에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측되었다. 다른 구현예에서, 체세포 돌연변이는 치환, 결실 및/또는 삽입이다. 일부 구현예에서, 치환, 결실 및/또는 삽입은 암호화 영역에서 존재한다. 일부 구현예에서, 결실 및/또는 삽입은 염기 삽입결실(indel)이다. 또다른 구현예에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은 참조 수준 전체-게놈 돌연변이 부하보다 높은 전체-게놈 돌연변이 부하를 갖는다. 일부 구현예에서, 전체-게놈 돌연변이 부하 중앙값은 메가염기(megabase, Mb) 당 적어도 약 10개 돌연변이이다.
제2 양태에서, 본 발명은 방광암을 앓는 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있는지 여부를 계측하기 위한 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 하기를 포함한다: 환자로부터 수득된 종양 샘플 유래의 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 수준을 계측하는 단계, 및 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 수준을 비교하는 단계 (여기서 상기 참조 수준에 대하여 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지함).
제3 양태에서, 본 발명은 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대한 방광암을 앓는 환자의 반응성을 예측하기 위한 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 하기를 포함한다: 환자로부터 수득된 종양 샘플 유래의 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 수준을 계측하는 단계, 및 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 수준을 비교하는 단계 (여기서 상기 참조 수준에 대하여 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지함).
제4 양태에서, 본 발명은 방광암을 앓는 환자에 대한 치료 요법을 선택하기 위한 방법을 특징으로 하며, 상기 방법은 환자로부터 수득된 종양 샘플 유래의 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 수준을 계측하는 단계, 및 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준에 대하여 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 기준으로 하여, 상기 환자에 대한 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료 요법을 선택하는 단계.
제2, 제3, 및 제4 양태의 일부 구현예에서, 상기 방법은 하기를 추가로 포함한다: 종양 샘플 중 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준에 대하여 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 기준으로 하여 PD-L1 축 결합 길항제의 치료적 유효량을 상기 환자에게 투여하는 단계.
선행 양태 중 임의의 것의 일부 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대의 하나 이상으로의 PD-L1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1에 대한 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 B7-1에 대한 결합을 억제한다. 다른 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1 및 B7-1 둘 모두에 대한 결합을 억제한다. 추가의 또다른 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 항체이다. 일부 구현예에서, 예를 들어, 항체는 아테졸리주맙 (MPDL3280A), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (두르발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙)로 구성된 군으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 항체는 서열 번호 19의 HVR-H1 서열, 서열 번호 20의 HVR-H2 서열, 및 서열 번호 21의 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열 번호 22의 HVR-L1 서열, 서열 번호 23의 HVR-L2 서열, 및 서열 번호 24의 HVR-L3 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호 26의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열 번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역. 다른 구현예에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대의 하나 이상으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 추가의 다른 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L2으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및 PD-L2 둘 모두로의 PD-1의 결합을 억제한다. 다른 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 항체이다. 일부 구현예에서, 예를 들어, 항체는 하기로 구성된 군으로부터 선택된다: MDX-1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), CT-011 (피딜리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108. 추가의 또다른 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 Fc-융합 단백질이다. 일부 구현예에서, Fc-융합 단백질은 AMP-224이다. 다른 구현예에서, 상기 방법은 제2 치료제의 유효량을 환자에 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 치료제는 하기로 이루어진 군으로부터 선택된다: 세포독성제, 생장-억제제, 방사선 치료제, 항-혈관형성제, 및 이들의 조합. 추가의 다른 구현예에서, 방광암은 요로상피 방광암 (UBC)이다. 일부 구현예에서, UBC는 전이성 UBC이다. 다른 구현예에서, UBC는 국소 진행성 UBC이다. 일부 구현예에서, 환자는 백금계 화학치료제에 의해 치료한 다음 진행되었다 (즉, 환자의 질환 (예를 들어, UBC, 예를 들어, 국소 진행성 또는 전이성 UBC)은 UBC, 예를 들어 국소 진행성 또는 전이성 UBC에 대한 백금계 화학치료제에 의한 사전 처리 후 진행되었다). 일부 구현예에서, 환자는 백금계 화학치료제 (예를 들어, 시스플라틴계 화학 치료 요법)로 치료하기에 적합하지 않으며, 사전 처리, 예를 들어 국소 진행성 또는 전이성 UBC에 대한 사전 처리를 받지 않았다. 다른 구현예에서, 종양 샘플은 포르말린-고정 및 파라핀-포매(FFPE) 종양 샘플, 보관 종양 샘플, 신선한 종양 샘플, 또는 동결된 종양 샘플이다.
도 1a는 이봉형 반응 기준을 사용한, 코호트 2 비-반응군 (6.4/Mb) 과 비교하여 Mb 당 중앙 돌연변이 부하가 코호트 2 반응군 (12.4/Mb)에서 유의하게 증가한 것을 나타내는 그래프이다 (p <0.001). 그래프는 값과 비대칭의 입도로 인해 윌콕슨 순위합 시험(Wilcoxon rank sum test)을 사용하여 돌연변이 부하과 반응(안정적인 질환/진행성 질환 (SD/PD)과 비교되는 완전한 반응/부분적인 반응(CR/PR)) 사이의 비교를 보여준다.
도 1b는 코호트 2 비-반응군과 비교하여 Mb 당 중앙 돌연변이 부하가 코호트 2 반응군에서 유의하게 증가한 것을 나타내는 그래프이다 (p <0.01). 도 1b는 도 1a에 도시된 통계 분석보다 나중에 수행된, 코호트 2 환자 데이터의 통계 분석을 나타내며, 그리고 코호트 2 비-반응군 그룹에서의 "측정가능하지 않은"(NE) 환자 하위그룹을 포함한다. 그래프는 값과 비대칭의 입도(좌측 패널) 및 객관적인 반응 상태에 의해 Mb 당 중앙 돌연변이 부하(우측 패널)으로 인한 윌콕슨 순위합 시험을 사용하여 돌연변이 부하과 반응 간의 비교(SD/PD/NE와 비교된 CR/PR)를 도시한다.
도 1c는 사분위 1 (Q1) (≥0/Mb, ≤5.4/Mb), 사분위 2 (Q2) (> 5.4/Mb ≤8.1/Mb), 사분위 3 (Q3) (> 8.1/Mb, ≤13.5/Mb) 및 사분위 4 (Q4) (> 13.5/Mb, ≤46.8/Mb)에 돌연변이 부하 범위를 갖는 코호트 2 환자의 전체 생존율 (OS) 확률을 나타내는 카플란-마이어(Kaplan-Meier) 플롯이다. 가장 높은 돌연변이 부하를 갖는 환자는 OS가 유의하게 더 길었다. 돌연변이 부하 (사분위 컷, quartile cut)과 OS 사이의 연관성에 대한 p <0.01.
도 2a는 코호트 1 비-반응군과 비교하여 Mb 당 중앙 돌연변이 부하가 코호트 1 반응군에서 유의하게 증가한 것을 나타내는 그래프이다 (p = 0.02). 그래프는 값과 비대칭의 입도(좌측 패널) 및 객관적인 반응 상태에 의해 Mb 당 중앙 돌연변이 부하(우측 패널)으로 인한 윌콕슨 순위합 시험을 사용하여 돌연변이 부하과 반응 간의 비교(SD/PD/NE와 비교된 CR/PR)를 도시한다.
도 2b는 Q1 (≥0.9/Mb, ≤5.4/Mb), Q2 (> 5.4/Mb, ≤ 8.1/Mb), Q3 (> 8.1/Mb, ≤16/Mb) 및 Q4 (> 16/Mb, ≤62.2/Mb)에서 돌연변이 부하 범위를 갖는 코호트 1 환자의 OS 확률을 보여주는 카플란-마이어 플롯이다. 가장 높은 돌연변이 부하(Q4)을 갖는 환자는, Q1-Q3에서의 것과 비교하여, OS가 유의하게 더 길었다. Q1-Q3과 Q4 사이의 OS 차이에 대한 로그 순위 p <0.01.
도 3은 TCGA 방광 요로상피 암종의 엑솜-seq 데이터에서 표 1 및 표 2에 열거된 유전자의 전체의-엑솜 및 선별 돌연변이/재배열 간의 비교를 나타내는 그래프이다.
I. 도입
본 발명은 암, 예를 들어, 방광암 (예를 들면, 요로상피 방광암, UBC)에 대하여 치료 및 진단 방법 및 조성물을 제공한다. 본 발명은, 적어도 부분적으로 하기와 같은 발견에 기반한다: 환자로 수득된 샘플 (예컨대, 종양 샘플) 중 체세포 돌연변이 (예컨대, 표 1에서 열거된 유전자에서의 돌연변이)의 상승된 수준의 계측은, 암을 앓는 환자를 진단하기 위하여, 암을 갖는 환자가 PD-L1 축 결합 길항제 (예컨대, 항-PD-L1 항체, 예컨대, 아테졸리주맙(MPDL3280A))를 포함하는 항암 치료 요법으로의 치료에 반응할 가능성이 있는지 여부를 계측하기 위하여, PD-L1 축 결합 길항제 (예컨대, 항-PD-L1 항체, 예컨대, 아테졸리주맙)를 포함하는 항암 치료 요법의 치료 효능을 최적화하기 위하여, 그리고/또는 PD-L1 축 결합 길항제 (예컨대, 항-PD-L1 항체, 예컨대, 아테졸리주맙)를 포함하는 항암 치료 요법에 대한 환자 선택을 위하여, 암을 앓는 환자의 치료에 유용하다.
Ⅱ. 정의
본원에 기재된 발명의 측면 및 구현예는 "포함하는(comprising)", "구성되는(consisting) 및 "~로 본질적으로 구성되는"의 측면 및 구현예를 포함하는 것으로 이해된다. 본원에 사용된 것으로서, 단수 용어("a","an" 및 "the")는, 내용이 달리 명확하게 표지되지 않는 한 다수의 지시대상을 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이 용어 "약"은 본 기술 분야의 숙련가에게 용이하게 공지된 각각의 값에 대한 통상적인 오차 범위를 나타낸다. 본원에서 "약(about)" 값 또는 파라미터에 대한 지칭은 상기 값 또는 파라미터 그 자체에 관한 구현예를 포함한다 (그리고 기술한다). 예를 들면, "약 X"를 지칭하는 기술은 "X"의 지칭을 포함한다.
본 명세서에 사용된 바와 같이, 각각 상호교환적으로 사용될 수 있는 "돌연변이적 부하", "돌연변이 부하(mutation load)", "돌연변이적 부하" 또는 "종양 돌연변이적 하중"이라는 용어는 사전-결정된 유전자 세트 (예를 들어, 사전-결정된 유전자 세트의 암호화 영역)에서 사전-선택된 단위 (예를 들어, 메가염기 당) 당 변형 (예를 들어, 하나 이상의 변형, 예를 들어 하나 이상의 체세포 변형)의 수준(예를 들어, 수)를 지칭한다. 돌연변이 부하는 예를 들어, 전체의 게놈 또는 엑솜 기준, 또는 게놈 또는 엑솜의 서브셋을 기준으로 측정될 수 있다. 특정 구현예에서, 게놈 또는 엑솜의 서브세트를 기준으로 하여 측정된 돌연변이 부하는 전체 게놈 또는 엑솜 돌연변이 부하를 측정하기 위하여 외삽될 수 있다. 일부 구현예에서, 돌연변이 부하는 개체 (예컨대, 동물 (예컨대, 인간)) 내 누적된 체세포 돌연변이의 수준을 지칭한다. 돌연변이 부하는 암 [예를 들어, 방광암 (예를 들어, 요로상피 방광암(Urotrophial bladder cancer, UBC)] 환자의 누적된 체세포 돌연변이를 지칭할 수 있다. 일부 구현예에서, 돌연변이 부하는 개체의 전체의 게놈 내에서 누적된 돌연변이를 지칭한다. 일부 구현예에서, 돌연변이 부하는 개체로부터 수집된 특정 샘플 (예를 들어, 조직 샘플, 생검) 내의 축적된 돌연변이를 나타낸다. 일부 구현예에서, 돌연변이 부하는 환자 샘플 [예를 들어, 종양 샘플 (예를 들어, 방광암 종양 샘플)]에서 누적된 돌연변이를 지칭한다.
"체세포 돌연변이" 또는 "체세포 변형"이란 용어는 체세포 조직 (예를 들어, 생식계열 외부의 세포)에서 발생하는 유전적 변이를 지칭한다. 유전적 변이의 예로는 점 돌연변이 (예를 들어, 침묵 돌연변이, 미스센스 돌연변이 및 논센스 돌연변이와 같은 또다른 돌연변이에 대한 단일 뉴클레오티드의 교환), 삽입 및 결실 (예를 들어, 하나 이상의 뉴클레오티드(예를 들어, 염기 삽입결실)의 첨가 및/또는 제거), 증폭, 유전자 중복, 복제수 변형(CNA), 재배열 및 스플라이스 변이체를 비제한적으로 포함한다. 특정 돌연변이의 존재는 질병 상태 [예를 들어, 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, 요로상피 방광암, UBC))]과 관련될 수 있다.
특정 구현예에서, 체세포 변형은 침묵 돌연변이 (예를 들면, 동의어 변형)이다. 다른 구현예에서, 체세포 변형은 비-동의어 단일 뉴클레오티드 변이체 (SNV)이다. 다른 구현예에서, 체세포 변형은 패신저 돌연변이 (예를 들어, 클론의 적합성에 대한 탐지가능한 효과가 없는 변형)이다. 특정 구현예에서, 체세포 변형은 미공지된 유의성(VUS)의 변이체, 예를 들어, 병원성이 확인되거나 제외될 수 없는 변형이다. 특정 구현예에서, 체세포 변형은 암 표현형과 관련된 것으로 확인되지 않았다.
특정 구현예에서, 체세포 변형은 세포 분열, 생장 또는 생존에 대한 효과와 관련되지 않거나, 또는 관련된 것으로 공지되지 않았다. 다른 구현예에서, 체세포 변형은 세포 분열, 생장 또는 생존에 대한 효과와 관련된다.
특정 구현예에서, 체세포 변형의 수는 하위-게놈 간격에서의 작용성 변형을 제외한다.
일부 구현예에서, 작용적 변형은, 참조 서열 (예컨대, 야생형 또는 비돌연변이화 서열)과 비교하여, 세포 분할, 생장, 또는 생존에서의 효과를 갖는 (예컨대, 세포 분할, 생장, 또는 생존을 촉진하는), 변형이다. 특정 구현예에서, 작용성 변형은 작용성 변형의 데이터베이스, 예컨대 COSMIC 데이터베이스에서 봉입체에 의해 확인된다 (Forbes et al. Nucl . Acids Res .43 (D1): D805-D811, 2015 참조 (본원에서 전체적으로 참고로 편입됨)). 다른 구현예에서, 작용성 변형은 공지된 기능성 상태 (예를 들어, COSMIC 데이터베이스의 공지된 체세포 변형으로서 발생)를 갖는 변형이다. 특정 구현예에서, 작용성 변형은 가능한 기능성 상태 (예를 들어, 종양 억제인자 유전자에서 절단)를 갖는 변형이다. 특정 구현예에서, 작용성 변형은 드라이버 돌연변이 (예를 들어, 세포 생존 또는 생식을 증가시킴으로써 그것의 미세환경에서 클론에 선택적 장점을 부여하는 변형)이다. 다른 구현예에서, 작용성 변형은 클론 팽창을 일으킬 수 있는 변형이다. 특정 구현예에서, 작용성 변형은 하기 중 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개를 모두 일으킬 수 있는 변형이다: (a) 생장 신호의 자급-자족; (b) 반생장 신호에 대해, 감소된 예를 들어, 감수성; (c) 감소된 세포자멸사; (d) 증가된 복제 가능성; (e) 지속된 혈관신생; 또는 (f) 조직 침습 또는 전이.
특정 구현예에서, 작용적 변형은 패신저 돌연변이 (예를 들어, 세포의 클론의 적합성에 대한 탐지가능한 효과가 없는 변형)이 아니다. 특정 구현예에서, 작용적 변형은 미공지된 유의성 (VUS)의 변이체 (예를 들어, 병원성이 확인되거나 제외될 수 없는 변형)이 아니다.
특정 구현예에서, 소정의 세트의 유전자 내 사전-선택된 종양 유전자 중 복수 (예컨대, 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 이상)의 작용성 변형이 배제된다. 특정 구현예에서, 사전-결정된 유전자 세트 내의 사전-선택된 유전자 (예를 들어, 종양 유전자)에서의 모든 작용성 변형은 제외된다. 특정 구현예에서, 복수의 사전-결정된 유전자 세트 내의 사전-선택된 유전자 (예를 들어, 종양 유전자)에서의 복수의 작용성 변형은 제외된다. 특정 구현예에서, 사전-결정된 유전자 세트 내의 모든 유전자 (예를 들어, 종양 유전자)에서의 모든 작용성 변형은 제외된다.
특정 구현예에서, 체세포 변형의 수는 하위-게놈 간격에서의 생식계열 돌연변이를 제외한다.
특정 구현예에서, 생식계열 변형은 SNP, 염기 치환, 삽입, 결실, 염기 삽입결실(indel) 또는 침묵 돌연변이 (예컨대, 동등 돌연변이)이다.
특정 구현예에서, 생식계열 변형은 매칭된 정상 서열과의 비교를 사용하지 않는 방법의 사용에 의해 제외된다. 다른 구현예에서, 생식계열 변형은 알고리즘의 사용을 포함하는 방법에 의해 제외된다. 특정 구현예에서, 생식계열 변형은 생식계열 변형의 데이터베이스, 예컨대 dbSNP 데이터베이스에서 봉입체에 의해 확인된다 (참조: Sherry et al.Nucleic Acids Res.29(1):308-311, 2001 (이의 전체가 본원에 참고로 편입됨)). 다른 구현예에서, 생식계열 변형은 ExAC 데이터베이스의 2 이상의 계수에서의 포함에 의하여 이와 같이 식별된다 (참고: Exome Aggregation Consortium et al. bioRxiv preprint, October 30, 2015 (이의 전체가 본원에 참고로 편입됨)). 일부 구현예에서, 생식계열 변형은 1000 게놈 프로젝트 데이터베이스에서 봉입체에 의해 확인된다 (McVean et al.Nature 491, 56-65, 2012 (이의 전체가 본원에 참고로 편입됨)). 일부 구현예에서, 생식계열 변형은 ESP 데이터베이스에서의 포함에 의하여 이와 같이 식별된다 (Exome Variant Server, NHLBI GO Exome Sequencing Project (ESP), Seattle, WA).
용어 "PD-L1 축 결합 길항제(PD-L1 axis binding antagonist)"는, 복구되거나 증진된 T-세포 작용을 갖는, PD-L1 신호전달 축 상의 신호전달로부터 유발된, T-세포 기능이상을 제거하기 위하여, 이의 결합 상대 중 하나 이상과의 PD-1 축 결합 상대의 상호작용을 억제하는 분자를 지칭한다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제 및 PD-1 결합 길항제뿐만 아니라 PD-L1과 PD-1 사이의 상호작용 (예를 들면, PD-L2-Fc 융합)을 저해하는 분자를 포함한다.
면역 기능장애의 맥락에서 용어 "기능장애(dysfunction)"는 항원 자극에 대한 감소된 면역 반응성 상태를 지칭한다. 상기 용어는 항원 인식이 발생할 수 있으나, 차후의 면역 반응이 감염 또는 종양 생장을 조절하기에 비효과적인 고갈 및/또는 무감작(anergy) 둘 모두의 통상적 요소를 포함한다.
용어 "기능이상"(dysfunctional)은, 본원에 사용된 바와 같이, 또한 항원 인식에 대한 내화성 또는 비반응성, 특히 항원 인식을 다운-스트림 T-세포 효과기 작용, 예컨대 증식, 시토카인 생산 (예컨대, IL-2) 및/또는 표적 세포 사멸로 번역하는 능력의 손상을 포함한다.
용어 "무감작(anergy)"은, T-세포 수용체를 통하여 전달된 불완전하거나 불충분한 신호로 인하여 유발된 항원 자극에 대한 비반응성 상태 (예컨대, ras-활성화의 부재 하에서 세포내 Ca2+ 의 증가)를 지칭한다. T-세포 무감작은 또한, 공-자극의 부재하에서 항원에 의한 자극에서의 결과일 수 있으며, 이는 세포 내에서 공자극의 맥락 내에서도 항원에 의한 차후 활성화에 내화성이 되는 것을 유발한다. 비반응성 상태는 종종 인터류킨-2의 존재에 의하여 무시될 수 있다. 　무감작 T-세포는 클론성 증식을 경험하고/하거나 효과기 작용을 획득하지 않는다.
용어 "고갈(exhaustion)"은 다수의 만성 감염 및 암 동안 발생하는 지속된 TCR 신호로부터 야기된 T-세포 기능이상의 상태로서의 T-세포 고갈을 지칭한다. 이는, 이것이 불완전하거나 결핍된 신호전달을 통하여 야기되나, 지속된 신호전달로부터 야기된다는 점에서 무감작과 구별된다. 이는 하기에 의하여 정의된다: 불량한 효과기 작용, 억제성 수용체의 지속된 발현, 및 작용성 효과기 또는 기억 T-세포의 것과 구별되는 전사 상태. 고갈은 염증 및 종양의 최적 조절을 방해한다. 고갈은 하기 둘 모두에 의하여 유발될 수 있다: 음성 조절 경로 (예컨대, 면역조절 시토카인), 뿐만 아니라 세포 고유 음성 조절 (공자극) 경로 (PD-1, B7-H3, B7-H4 등).
"T-세포 작용 증진"은, 지속되거나 증폭된 생물학적 작용을 갖기 위하여, 또는 고갈되거나 비활성인 T-세포를 갱신하거나 재활성화하기 위하여, T-세포를 유도, 유발, 또는 자극하는 것을 의미한다. T-세포 작용 증진의 예시는 하기를 포함한다: CD8+ T-세포 유래의 γ-인터페론의 증가된 분비, 증가된 증식, 증가된 항원 반응성 (예컨대, 바이러스, 병원체, 또는 종양 청소율) (처치 전 수준과 비교하여). 일 구현예에서, 증진의 수준은 적어도 50%, 대안적으로 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 120%, 150% 또는 200%의 증진이다. 이러한 증진을 측정하는 방식은 본 분야의 숙련가에게 잘 알려져 있다.
"종양 면역성"은 종양이 면역 인식 및 청소율에 대해 회피되는 과정을 지칭한다. 따라서, 치료 개념으로서, 종양 면역성은, 상기 회피가 약화되고, 상기 종양이 면역계에 의하여 인식되고 공격될 경우 "치료된" 것이다. 종양 인식의 예시는 종양 결합, 종양 수축, 및 종양 청소를 포함한다.
"면역원성"은 면역 반응을 일으키는 특정 물질의 능력을 지칭한다. 종양은 면역원성이며, 면역 반응에 의한 종양 세포의 청소를 보조하는 종양 면역원성을 증진시킨다. 종양 면역원성을 증진시키는 예는 PD-L1 축 결합 길항제로의 치료를 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, "PD-L1 결합 길항제"는, PD-L1과, 이의 결합 상대 예컨대 PD-1 및/또는 B7-1 중 하나 이상과의 상호작용으로부터 유발된 신호 전달을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 저해하는 분자이다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 이의 결합상대로의 PD-L1 결합을 억제하는 분자이다. 특정 양태에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-1 및/또는 B7-1로의 PD-L1 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1와, 이의 결합 상대 예컨대 PD-1 및/또는 B7-1 중 하나 이상과의 상호작용으로부터 유발된 신호 전달을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 저해하는, 항PD-L1 항체 및 이의 항원-결합 단편, 면역접합체, 융합 단백질, 올리고펩티드, 소분자 길항제, 폴리뉴클레오티드 길항제, 및 기타 분자를 포함한다. 일 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 기능이상 T-세포에 더 낮은 기능이상을 부여하기 위하여, PD-L1 또는 PD-1을 통하여, 기타세포, 그리고 T 림프구 상에 발현된 세포 표면 단백질을 통하여, 또는 이에 의하여 매개된 음성 신호를 감소시킨다. 일부 구현예에서, PD-L1 결합 길항제는 항-PD-L1 항체이다. 특정 양태에서, 항-PD-L1 항체는 본원에 기술된 YW243.55.S70이다. 또 다른 특정 양태에서, 항-PD-L1 항체는 본원에 기술된 MDX-1105이다. 한편 또 다른 특정 양태에서, 항-PD-L1 항체는 본원에 기술된 아테졸리주맙(MPDL3280A)이다. 한편 또 다른 특정 양태에서, 항-PD-L1 항체는 본원에 기술된 MEDI4736 (드루발루맙)이다. 한편 또 다른 특정 양태에서, 항-PD-L1 항체는 본원에 기술된 MSB0010718C (아벨루맙)이다.
본원에 사용된 바와 같이, "PD-1 결합 길항제"는, PD-1과, 이의 결합 상대 예컨대 PD-L1 및/또는 PD-L2 중 하나 이상과의 상호작용으로부터 유발된 신호 전달을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 저해하는 분자이다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1의 이의 결합 상대에 대한 결합을 억제하는 분자이다. 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및/또는 PD-L2로의 PD-1 결합을 억제한다. 예를 들어, PD-1 결합 길항제는 PD-1와 PD-L1 및/또는 PD-L2와의 상호작용으로 유발된 신호 전달을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 저해하는, 항PD-1 항체 및 이의 항원-결합 단편, 면역접합체, 융합 단백질, 올리고펩티드, 소분자 길항제, 폴리뉴클레오티드 길항제, 및 기타 분자를 포함한다. 일 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 기능이상 T-세포에 보다 낮은 기능이상성을 부여하기 위하여, PD-1 또는 PD-L1을 통하여, 기타세포, 그리고 T 림프구 상에 발현된 세포 표면 단백질을 통하여, 또는 이에 의하여 매개된 음성 신호를 감소시킨다. 일부 구현예에서, PD-1 결합 길항제는 항-PD-1 항체이다. 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 본원에 기술된 MDX-1106 (니볼루맙)이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 본원에 기술된 MK-3475 (펨브롤리주맙)이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 본원에 기술된 CT-011 (피딜리주맙)이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 본원에 기술된 MEDI-0680 (AMP-514)이다. 또 다른 특정 측면에서, PD-1 결합 길항제는 본원에서 기재된 PDR001이다. 또 다른 특정 측면에서, PD-1 결합 길항제는 본원에서 기재된 REGN2810이다. 또 다른 특정 측면에서, PD-1 결합 길항제는 본원에서 기재된 BGB-108이다. 또 다른 특정 양태에서, PD-1 결합 길항제는 본원에 기술된 AMP-224이다.
용어들 "프로그래밍된 사멸 리간드 1(Programmed Death Ligand 1)" 및 "PD-L1"은 본 명세서에서 천연 서열 PD-L1 폴리펩티드, 폴리펩티드 변이체, 및 (본 명세서에서 추가로 정의된) 천연 서열 폴리펩티드와 폴리펩티드 변이체의 단편에 대하여 지칭한다. 본원에 기술된 PD-L1 폴리펩티드는 다양한 공급원으로부터, 예를 들면, 인간 조직 유형으로부터 또는 다른 공급원으로부터 단리되거나, 또는 재조합 또는 합성 방법에 의해 제조될 수 있다.
"천연 서열 PD-L1 폴리펩티드"는, 상응하는 천연 유래의 PD-L1 폴리펩티드와 상동한 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드를 포함한다.
"PD-L1 폴리펩티드 변이체" 또는 이들의 변형은 PD-L1 폴리펩티드, 일반적으로 본 명세서에서 개시된 바와 같은 임의의 천연 서열 PD-L1 폴리펩티드 서열과 적어도 약 80아미노산 서열 동일성(%)을 갖는 본 명세서에서 정의된 활성 PD-L1 폴리펩티드를 의미한다. 상기 PD-L1 폴리펩티드 변이체는, 예를 들면, 하나 이상의 아미노산 잔기가 천연 아미노산 서열의 N- 또는 C-말단에서 첨가되거나, 또는 결실된 PD-L1 폴리펩티드를 포함한다. 통상적으로, PD-L1 폴리펩티드 변이체는 본 명세서에서 개시된 바와 같은 천연 서열 PD-L1 폴리펩티드 서열에 적어도 약 80아미노산 서열 동일성(%), 대안적으로 적어도 약 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99아미노산 서열 동일성(%)을 가질 것이다. 보통, PD-L1 변이체 폴리펩티드는, 적어도 약 10개 아미노산 길이, 대안적으로 적어도 약 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 200, 210, 220, 230, 240, 250, 260, 270, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288 또는 289개 아미노산 길이 이상이다. 선택적으로, PD-L1 변이체 폴리펩티드는 PD-L1 천연 폴리펩티드 서열에 비교하여 1 이하의 보존적 아미노산 치환, 대안적으로 천연 PD-L1 폴리펩티드 서열에 비교하여 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10 이하의 보존적 아미노산 치환을 가질 것이다.
"폴리뉴클레오티드" 또는 "핵산"은, 본원에서 상호교환적으로 사용되는 바와 같이, 임의의 길이의 뉴클레오티드의 폴리머를 지칭하고, DNA 및 RNA를 포함한다. 뉴클레오티드는 데옥시리보뉴클레오티드, 리보뉴클레오티드, 변형된 뉴클레오티드 또는 염기, 및/또는 그의 유사체, 또는 DNA 또는 RNA 중합효소에 의해, 또는 합성 반응에 의해 폴리머에 편입될 수 있는 임의의 기질일 수 있다. 따라서, 예를 들어, 본원에 정의된 폴리뉴클레오티드에는, 비제한적으로, 단일- 및 이중-가닥 DNA, 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 DNA, 단일- 및 이중-가닥 RNA, 및 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 RNA, 단일-가닥, 또는 좀 더 전형적으로, 이중-가닥일 수 있는 DNA 및 RNA 또는 단일- 및 이중-가닥 영역을 포함하는 하이브리드 분자가 포함된다. 뿐만 아니라, 본원에 사용되는 용어 "폴리뉴클레오티드"는 RNA 또는 DNA를 포함하거나 또는 RNA 및 DNA를 모두 포함하는 삼중-가닥 영역를 포함한다. 이와 같은 영역에서의 가닥은 동일한 분자에서 유래되거나 또는 상이한 분자에서 유래된 것일 수 있다. 상기 영역에는 상기 분자들 중 하나 이상의 모두가 포함될 수 있으나, 좀 더 전형적으로 상기 분자들의 일부의 한 영역만이 수반된다. 삼중-나선 영역의 분자들 중 하나는 올리고뉴클레오티드이다. 용어 "폴리뉴클레오티드"에는 구체적으로 cDNA가 포함된다.
폴리뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드, 예컨대 메틸화된 뉴클레오티드 및 그의 유사체를 포함할 수 있다. 존재한다면, 뉴클레오티드 구조에 대한 변형은 중합체의 조합 이전 또는 이후에 부여될 수 있다. 뉴클레오티드의 서열은 비-뉴클레오티드 성분에 의해 방해될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 합성 이후, 예컨대 표지를 이용한 콘주게이션에 의해 추가로 변형될 수 있다. 변형의 다른 유형은, 예를 들어, "캡(caps)", 하나 이상의 자연 발생 뉴클레오티드의 유사체로의 치환, 뉴클레오티드간 변형, 예컨대, 예를 들어, 비하전된 연결 (예를 들면, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포아미데이트, 카바메이트, 등) 및 하전된 연결 (예를 들면, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 등)을 가진 것, 펜던트 모이어티, 예컨대, 예를 들어, 단백질 (예를 들면, 뉴클레아제, 독소, 항체, 신호 펩티드, 폴리-L-라이신, 등)을 함유한 것, 삽입제 (예를 들면, 아크리딘, 소랄렌, 등)을 가진 것, 킬레이터 (예를 들면, 금속, 방사성 금속, 붕소, 산화적 금속, 등)을 가진 것, 알킬화제를 함유한 것, 폴리뉴클레오티드(들)의 변형된 연결 (예를 들면, 알파 아노머성 핵산, 등), 뿐만 아니라 비변형된 형태를 가진 것을 포함한다. 추가로, 당류에 통상적으로 존재하는 임의의 하이드록실기는, 예를 들어, 포스포네이트 기, 포스페이트로 대체될 수 있거나, 표준 보호기에 의해 보호될 수 있거나, 또는 추가 뉴클레오티드에 대한 추가 연결을 생성하도록 활성화될 수 있거나, 또는 고형 또는 반-고형 지지체에 접합될 수 있다. 5' 및 3' 말단 OH는 1 내지 20개의 탄소 원자의 아민 또는 유기 캡핑 기 모이어티로 인산화 또는 치환될 수 있다. 다른 하이드록실은 또한 표준 보호기로 유도될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 또한, 예를 들면, 2'-O-메틸-, 2'-O-알릴, 2'-플루오로- 또는 2'-아지도-리보오스, 카보사이클릭 당 유사체, α-아노머성 당, 에피머 당류 예컨대 아라비노오스, 자일로스 또는 릭소스, 파이라노스 당, 푸라노스 당, 세도헵툴로스, 비환식 유사체 및 무염기성 뉴클레오사이드 유사체 예컨대 메틸 리보사이드를 포함하여, 당해기술에 일반적으로 공지되는 리보오스 또는 데옥시리보스 당류의 유사 형태를 함유할 수 있다. 하나 이상의 포스포디에스테르 연결기는 대안적인 연결기에 의해 대체될 수 있다. 이러한 대안적인 결합기는, 비제한적으로 구현예들을 포함하며, 여기서 포스페이트는 P(O)S ("티오에이트"), P(S)S ("디티오에이트"), (O)NR2 ("아미데이트"), P(O)R, P(O)OR', CO 또는 CH2 ("폼아세탈(formacetal)")로 교체될 수 있으며, 여기서 각 R 또는 R'은 독립적으로 H 또는 임의로 에터 (-O-) 결합, 아릴, 알케닐, 시클로알킬, 시클로알케닐, 또는 아랄딜을 함유하는 치환된 또는 비치환된 알킬 (1-20 C)이다. 폴리뉴클레오티드에서 모든 연결기가 동일할 필요는 없다. 폴리뉴클레오티드는 본원에서 기재된 바와 같이 변형의 하나 이상의 상이한 유형 및/또는 동일한 유형의 다중 변형을 함유할 수 있다. 이전의 설명은, RNA 및 DNA를 포함한, 본원에서 참조된 모든 폴리뉴클레오티드에 적용한다.
"올리고뉴클레오티드"는, 본원에서 사용된 바와 같이, 짧고, 일반적으로 단일 가닥이고, 필수적인 것은 아니나 길이가 250 뉴클레오티드 미만인, 뉴클레오티드를 지칭한다. 올리고뉴클레오티드는 합성일 수 있다. 용어 "올리고뉴클레오티드" 및 "폴리뉴클레오티드"는 상호 배타적이지 않다. 폴리뉴클레오티드에 대한 상기 기술은 올리고뉴클레오티드에 동등하게, 그리고 완전하게 적용가능하다.
용어 "프라이머"는 핵산에 하이브리드화할 수 있고, 일반적으로 유리 3'-OH 작용기를 제공함으로써, 상보적 핵산의 중합화를 허용할 수 있는 단일 가닥 폴리뉴클레오티드를 지칭한다.
용어 "소분자"는 2000 달톤 이하, 바람직하게는 약 500 달톤 이하의 분자량을 갖는 임의의 분자를 지칭한다.
용어 "숙주 세포", "숙주 세포주" 및 "숙주 세포 배양물"은 상호교환적으로 사용되고 상기 세포의 후손을 포함하는, 외인성 핵산이 도입된 세포를 지칭한다. 숙주 세포는 1차 형질전환된 세포 및 계대 횟수와 상관없이 이로부터 유래된 후손을 포함하는 "형질전환체" 및 "형질전환된 세포"를 포함한다. 자손은 핵산 함량에 있어서 친계 세포와 완전히 동일하지 않을 수 있지만, 돌연변이를 함유할 수 있다. 원래 형질전환된 세포에 대해 선별되거나 선택된 바와 동일한 기능 또는 생물학적 활성을 갖는 돌연변이 자손이 본원에 포함된다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "벡터"는 연결되는 또 다른 핵산을 전파시킬 수 있는 핵산 분자를 지칭한다. 용어는 자가-복제 핵산 구조로서의 벡터 뿐만 아니라 이것이 도입되는 숙주 세포의 게놈에 삽입되는 벡터를 포함한다. 특정 벡터는 이들이 작동적으로 연결되는 핵산의 발현을 지시할 수 있다. 상기 벡터는 본원에서 "발현 벡터"로서 지칭된다.
"단리된" 핵산은 이의 천연 환경의 성분으로부터 분리된 핵산 분자를 지칭한다. 단리된 핵산은 핵산 분자를 원래 함유하는 세포에 함유된 핵산 분자를 포함하지만, 핵산 분자는 염색체외에 또는 이의 자연 염색체 위치와는 다른 염색체 위치에 존재한다.
본원에서 용어 "항체"는 가장 넓은 의미로 사용되고 이들이 원하는 항원-결합 활성을 나타내는 동안, 비제한적으로 단클론성 항체, 다클론성 항체, 다중특이적 항체 (예를 들면, 이중특이적 항체)를 포함하여, 다양한 항체 구조, 및 항체 단편을 포함한다.
"단리된" 항체는 그것의 천연 환경의 성분으로부터 식별되고 분리되고 및/또는 회수된 항체이다. 그 천연 환경의 오염물질 성분은 항체에 대한 연구, 진단적 및/또는 치료적 사용을 방해할 물질이며, 효소, 호르몬, 및 다른 단백질성 또는 비단백질성 용질이 포함될 수 있다. 일부 구현예에서, 항체는 (1) 예를 들면, Lowry 방법에 의해 측정된 항체의 95 중량% 초과로, 일부 구현예에서 99 중량% 초과로; (2) 예를 들면, 회전 컵 시쿼네이터(spinning cup sequenator)를 이용해서 N-말단 또는 내부 아미노산 서열의 적어도 15개 잔기를 수득하기 충분한 정도로, 또는 (3) 예를 들면, 쿠마씨 블루 또는 은 염색을 이용해서 환원 또는 비환원 조건 하에 SDS-PAGE에 의해 균질성으로까지, 정제된다. 단리된 항체는 항체의 천연 환경의 적어도 하나의 성분이 존재하지 않기 때문에 재조합 세포 내에서 동일계내에 항체를 포함한다. 그러나, 통상적으로, 단리된 항체는 적어도 1종의 정제 단계에 의해 제조될 것이다.
"천연 항체"는 보통 2개의 동일한 경(L) 쇄 및 2개의 동일한 중(H) 쇄로 구성된, 약 150,000 달톤의 이종사량체 당단백질이다. 각 경쇄는 하나의 공유 디설파이드 결합에 의해 중쇄에 연결되고, 반면 디설파이드 연결기의 수는 상이한 면역글로불린 이소형의 중쇄 중에서 다변한다. 각 중쇄 및 경쇄는 또한 규칙적으로 이격된 사슬내 디설파이드 가교를 가진다. 각각의 중쇄는 일 말단에서 가변 도메인(VH), 이어서 다수의 불변 도메인을 가진다. 각각의 경쇄는 하나의 말단에 가변 도메인(VL)을, 그리고 그 다른 말단에 불변 도메인을 갖는다; 경쇄의 불변 도메인은 중쇄의 제1 불변 도메인과 정렬되며, 경쇄 가변 도메인은 중쇄의 가변 도메인과 정렬된다. 특정한 아미노산 잔기가 경쇄 및 중쇄 가변 도메인 간 계면을 형성하는 것으로 여겨진다.
임의의 포유동물 종으로부터의 항체(면역글로불린) "경쇄"는 그것의 불변 도메인의 아미노산 서열에 기반하여, 카파(κ) 및 람다(λ)로 불리는 2개의 명확히 구별되는 유형 중 하나에 배정될 수 있다.
용어 "불변 도메인"은, 항원 결합 부위를 함유하는, 면역글로불린의 다른 부분, 즉 가변 도메인에 비하여 더욱 보존된 아미노산 서열을 갖는 면역글로불린 분자의 부분을 지칭한다. 불변 도메인은 중쇄의 CH1, CH2 및 CH3 도메인 (집합적으로, CH) 및 경쇄의 CHL (또는 CL) 도메인을 함유한다.
항체의 "가변 영역" 또는 "가변 도메인"은 항체의 중쇄 또는 경쇄의 아미노-말단 도메인을 지칭한다. 중쇄의 가변 도메인은 "VH"로 지칭될 수 있다. 경쇄의 가변 도메인은 "VL"로 지칭될 수 있다. 이들 도메인은 일반적으로 항체의 가장 가변성 부분이고 항원-결합 부위를 함유한다.
용어 "가변"은 가변 도메인의 특정 부분이 항체 중에 서열에서 광범위하게 상이하고 그리고 이의 특정한 항원에 대한 각각의 특정한 항체의 결합 및 특이성에서 사용된다는 사실을 지칭한다. 그러나, 가변성은 항체의 가변 도메인 전체를 통해 고르게 분포되어 있지 않다. 이는 경쇄 및 중쇄 가변 도메인 모두에서 초가변 영역(HVR)으로 불리는 3개 절편에 집중된다. 가변 도메인의 보다 고도로 보존된 부분은 프레임워크 영역(FR)으로 불린다. 원상태 중쇄 및 경쇄 각각의 가변 도메인은 대부분 베타-시트 배치를 채용하며, 베타-시트 구조를 연결하고 일부 경우에서 그 일부를 형성하는 루프를 형성하는 3 개의 HVR에 의해 연결된 4 개의 FR 영역을 포함한다. 각 사슬에서 HVR은 FR 영역에 의해 가까운 부근에서 함께 유지되며, 다른 사슬로부터의 HVR과 함께 항체의 항원-결합 부위 형성에 기여한다(참고: Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, National Institute of Health, Bethesda, Md. (1991)). 불변 도메인은 항원에 대한 항체 결합에 직접적으로 관여되지는 않지만, 다양한 효과기 기능, 예컨대 항체-의존적 세포성 독성에서의 항체 참여를 나타낸다.
본원에서 사용될 경우, 용어 "초가변 영역", "HVR" 또는 "HV"는 서열이 초가변성이고/이거나 구조적으로 정의된 루프를 형성하는 항체-가변 도메인 영역을 나타낸다. 일반적으로, 항체는 6개의 HVR; VH에 3 개(H1, H2, H3), 및 VL에 3 개(L1, L2, L3)를 포함한다. 천연 항체에서, H3 및 L3은 6개 HVR의 가장 큰 다양성을 나타내며, H3은 특히 항체에 대해 미세한 특이성을 부여하는데 있어서 독특한 역할을 담당하는 것으로 여겨진다. 참고: 예를 들어, Xu et al., Immunity13:37-45 (2000); Johnson and Wu, in Methods in Molecular Biology 248:1-25 (Lo, ed., Human Press, Totowa, N.J., 2003). 사실상, 중쇄만으로 구성된 천연 발생 낙타과(camelid) 항체는 경쇄의 부재 하에서 작용적이고 안정하다. 참고: 예를 들어, Hamers-Casterman et al., Nature 363:446-448 (1993); Sheriff et al., Nature Struct. Biol. 3:733-736 (1996).
수많은 HVR 묘사가 사용되며, 본원에서 포괄된다. 카밧(Kabat) 상보성-결정 영역(CDR)은 서열 가변성에 기반하며, 가장 일반적으로 사용된다(Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)). 초티아(Chothia)는 대신에, 구조적 루프의 위치를 지칭한다 (Chothia and Lesk J. Mol . Biol. 196:901-917 (1987)). AbM HVR은 카밧 CDR 및 초티아 구조적 루프 간 절충을 나타내며, Oxford Molecular의 AbM 항체-모델링 소프트웨어에 의해 이용된다. "접촉" HVR은 이용 가능한 복합체 결정 구조의 분석에 기반한다. 이들 HVR 각각으로부터의 잔기가 아래에 주지된다.
Figure pct00001
HVR은 하기와 같이 "연장된 HVR"을 포함할 수 있다:24-36 또는 24-34 (L1), 46-56 또는 50-56 (L2) 및 89-97 또는 89-96 (L3) (VL 중) 및 26-35 (H1), 50-65 또는 49-65 (H2) 및 93-102, 94-102, 또는 95-102 (H3) (VH 중). 초가변 도메인 잔기들은 이들 정의의 각각에 대해 상기한 문헌(Kabat et al.)에 따라 넘버링한다.
"프레임워크" 또는 "FR" 잔기는 본원에서 정의된 바와 같이 HVR 잔기 이외의 가변-도메인 잔기이다.
용어 "카밧에서의 가변-도메인 잔기-넘버링(variable domain residue numbering as in Kabat)" 또는 "카밧에서의 아미노산-위치 넘버링(amino acid position numbering as in Kabat)" 및 이들의 변동은 [상기 Kabat et al.]에서 항체 편집의 중쇄 가변 도메인 또는 경쇄 가변 도메인에 대하여 사용된 넘버링 시스템을 지칭한다. 상기 넘버링 시스템을 이용하여, 실제 선형 아미노산 서열은 가변 도메인의 FR 또는 HVR의 단축 또는 이것으로의 삽입에 대응하는 더 적거나 더 많은 아미노산을 포함할 수 있다. 예를 들면, 중쇄 가변 도메인에는 H2의 잔기 52 뒤에 단일 아미노산 삽입(카밧에 따른 잔기 52a) 및 중쇄 FR 잔기 82 뒤에 삽입된 잔기(예를 들면, 카밧에 따른 잔기 82a, 82b 및 82c 등)가 포함될 수 있다. 잔기의 카밧 넘버링은 항체 서열의 상동성 영역에서 "표준" 카밧 넘버링된 서열과의 정렬에 의해 주어진 항체에 대해 계측될 수 있다.
카밧 넘버링 시스템은 가변 도메인 내 잔기(대략 경쇄의 잔기 1-107 및 중쇄의 잔기 1-113)에 대해 지칭할 때 일반적으로 사용된다(예를 들면, Kabat et al., Sequences of Immunological Interest. 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)). "EU 넘버링 시스템" 또는 "EU 지수" 는 일반적으로, 면역글로불린 중쇄 불변 영역 내의 잔기를 지칭할 경우 사용된다 (예컨대, 상기 Kabat et al. 에 보고된 EU 지수). "카밧으로의 EU 지수"는 인간 IgG1 EU 항체의 잔기 넘버링을 지칭한다.
본원에서 사용된 용어들 "전장 항체", "무손상 항체" 및 "전체 항체"는 상호교환적으로 아래에서 정의된 바와 같이 항체 단편이 아닌 그 실질적으로 무손상 형태의 항체를 나타낸다. 상기 용어는 특히 Fc 영역을 함유하는 중쇄를 갖는 항체를 나타낸다.
"항체 단편"은 바람직하게는 이들의 항원-결합 영역을 포함하는 무손상 항체의 일부를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 항체 단편은 항원-결합 단편이다. 항체 단편의 예는 Fab, Fab', F(ab')2, 및 Fv 단편; 디아바디; 선형 항체; 단일-쇄 항체 분자; 및 항체 단편으로부터 형성된 다중특이적 항체를 포함한다.
항체의 파파인(papain) 소화는 각각 단일 항원-결합 부위를 갖는 "Fab" 단편으로 불리는 2개의 동일한 항원-결합 단편, 및 그 명칭이 쉽게 결정화하는 그 능력을 반영하는 잔여 "Fc" 단편을 생성한다. 펩신 처리는 F(ab')2 단편을 산출하는데, 이것은 2개의 항원 결합 부위를 갖고 항원을 여전히 가교결합할 수 있다. "Fv"는 완전한 항원-결합 부위를 함유하는 최소 항체 단편이다. 일 구현예에서, 2개의 사슬 Fv 종은 단단하게 비공유 결합된 하나의 중쇄 가변 도메인 및 하나의 경쇄 가변 도메인의 이합체로 구성된다. 단일-쇄 Fv(scFv) 종에서, 1 개의 중쇄 및 1 개의 경쇄 가변 도메인은 경쇄 및 중쇄가 2-쇄 Fv 종에서와 비슷한 "이량체" 구조로 결합할 수 있도록 가요성 펩티드 링커에 의해 공유 결합될 수 있다. 이는 상기 입체배치에서 각각의 가변 도메인의 3개의 HVR은 VH-VL 이량체의 표면 상에서 항원-결합 부위를 정의하도록 상호작용한다. 총괄적으로, 6개의 HVR은 항체에 대한 항원-결합 특이성을 부여한다. 그러나, 전체 결합 부위에 비해 더 낮은 친화도에서지만, 단일 가변 도메인(또는 항원에 대해 특이적인 3개의 HVR만을 포함하는 Fv의 절반)도 항원을 인식하고 결합하는 능력을 갖는다.
Fab 단편은 중쇄 및 경쇄 가변 도메인을 함유하고, 또한 경쇄의 불변 도메인 및 중쇄의 제1 불변 도메인 (CH1)을 함유한다. Fab' 단편은 항체 힌지 영역으로부터 하나 이상의 시스테인을 포함하는 중쇄 CH1 도메인의 카복시 말단에서 몇 개의 잔기를 첨가함으로써 Fab 단편과 상이하다. Fab’-SH는 불변 도메인의 시스테인 잔기(들)가 자유 티올기를 갖는 Fab’에 대한 본원에서의 명칭이다. F(ab')2 항체 단편은 본래 이들 사이에 힌지 시스테인을 갖는 Fab' 단편의 쌍으로서 생산되었다. 항체 단편의 다른 화학적 커플링이 또한 공지되어 있다.
"단일-쇄 Fv" 또는 "scFv" 항체 단편은 항체의 VH 및 VL 도메인을 포함하며, 여기서 이들 도메인은 단일 폴리펩티드 쇄에 존재한다. 일반적으로, scFv 폴리펩티드는 VH와 VL 도메인 사이에 폴리펩티드 링커를 추가로 포함하며, 그것은 scFv가 항원 결합을 위한 원하는 구조를 형성할 수 있게 한다. sFv의 재고를 위해, 예를 들어,
Figure pct00002
, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York, 1994), pp. 269-315를 참고한다.
용어 "디아바디(diabody)"는 2개의 항원-결합 부위를 갖는 항체 단편을 나타내며, 이 단편은 동일한 폴리펩티드 쇄(VH-VL)에서 경쇄 가변 도메인(VL)에 연결된 중쇄 가변 도메인(VH)을 포함한다. 동일한 쇄 상에서 2개의 도메인 간 쌍형성을 허용하기에는 너무 짧은 링커를 이용함으로써, 도메인은 또 하나의 쇄의 상보적 도메인과 쌍을 이루고 2개의 항원-결합 부위를 생성하도록 유도된다. 디아바디는 2가 또는 이중특이적일 수 있다. 디아바디는 예를 들면, EP 404,097; WO 1993/01161; Hudson et al., Nat . Med . 9:129-134 (2003); 및 Hollinger et al., Proc. Natl . Acad . Sci . USA 90: 6444-6448 (1993)에 더욱 충분히 기술된다. 트리아바디 및 테트라바디가 또한 Hudson et al., Nat . Med . 9:129-134 (2003)에도 기술된다.
항체의 "부류"는 이의 중쇄가 소유하는 불변 도메인 또는 불변 영역의 유형을 지칭한다. 이하와 같은 5개 주요 부류의 항체가 있다: IgA, IgD, IgE, IgG, 및 IgM (이들 중 몇몇은 하위부류(이소형), 예를 들면 IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1, 및 IgA2 로 추가 구분될 수 있음). 항체의 상이한 부류에 상응하는 중쇄 불변 도메인은 각각 α, δ, ε, γ 및 μ로 지칭된다.
용어 "단클론성 항체"는 본원에서 사용된 바와 같이 실질적으로 균질한 항체 집단에서 수득된 항체를 지칭하며, 예컨대 상기 집단을 포함하는 개별 항체는 가능한 돌연변이, 예를 들면 소량으로 존재할 수 있는 천연 발생 돌연변이를 제외하고 동일하다. 따라서, 수식어 "단클론성"은 구별되는 항체의 혼합물이 아닌 항체의 특징을 나타낸다. 특정 구현예에서, 그와 같은 단클론성 항체에는 전형적으로 표적에 결합하는 폴리펩티드 서열을 포함하는 항체가 포함되며, 여기서 상기 표적 결합 폴리펩티드 서열은 복수의 폴리펩티드 서열로부터의 단일 표적 결합 폴리펩티드 서열의 선택이 포함되는 방법에 의해 수득되었다. 예를 들면, 선택 방법은 복수의 클론, 예컨대 하이브리도마 클론, 파아지 클론, 또는 재조합 DNA 클론의 풀로부터의 독특한 클론의 선택일 수 있다. 선택된 표적 결합 서열이, 예를 들면 표적에 대한 친화도를 향상하기 위해, 표적 결합 서열을 인간화하기 위해, 세포 배양에서 그 생성을 향상하기 위해, 생체내 그 면역원성을 감소시키기 위해, 다중특이적 항체를 생성하기 위해 등등 추가 변형될 수 있으며, 변형된 표적 결합 서열을 포함하는 항체가 또한 본 발명의 단클론성 항체라는 것이 이해되어야 한다. 전형적으로 상이한 결정인자(에피토프)에 대해 유도된 상이한 항체가 포함되는 다클론성 항체 제조물과는 대조적으로, 단클론성-항체 제조물의 각각의 단클론성 항체는 항원 상의 단일 결정인자에 대해 유도된다. 이들의 특이성에 부가하여, 단클론성-항체 제조물은 이들이 전형적으로 다른 면역글로불린에 의해 오염되지 않는다는 점에서 유리하다.
수식어 "단클론성"은 항체의 실질적으로 균질한 집단으로부터 수득되는 항체의 특징을 시사하며, 임의의 특정한 방법에 의한 항체의 생산을 필요로 하는 것으로 해석되어서는 안 된다. 예를 들어, 본 발명에 따라 사용될 단클론성 항체는, 예를 들면 혼성세포 방법을 포함하는 다양한 기술 (예컨대, Kohler and Milstein, Nature 256:495-97 (1975); Hongo et al., Hybridoma 14 (3): 253-260 (1995), Harlow et al., Antibodies: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd ed. 1988); Hammerling et al., in: Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563-681 (Elsevier, N.Y., 1981)), 재조합 DNA 방법 (참고: 예컨대, 미국 특허번호 4,816,567), 파지-디스플레이 기술 (참고: 예컨대, Clackson et al.,Nature, 352: 624-628 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992); Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004); Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004); Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004); 및 Lee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132 (2004)), 및 인간 면역글로불린 유전자좌(locus) 또는 인간 면역글로불린 서열을 암호화하는 유전자의 일부 또는 모두를 갖는 동물에서 인간 또는 인간-유사 항체를 생산하기 위한 기술 (참고: 예를 들면, WO 1998/24893; WO 1996/34096; WO 1996/33735; WO 1991/10741; Jakobovits et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 2551 (1993); Jakobovits et al., Nature 362: 255-258 (1993); Bruggemann et al., Year in Immunol. 7:33 (1993); 미국 특허번호 5,545,807; 5,545,806; 5,569,825; 5,625,126; 5,633,425; 및 5,661,016; Marks et al., Bio/Technology 10: 779-783 (1992); Lonberg et al., Nature 368: 856-859 (1994); Morrison, Nature 368: 812-813 (1994); Fishwild et al., Nature Biotechnol. 14: 845-851 (1996); Neuberger, Nature Biotechnol. 14: 826 (1996); 및 Lonberg et al.,Intern. Rev. Immunol. 13: 65-93 (1995))에 의하여 작제될 수 있다.
본원의 단클론성 항체는 구체적으로 중쇄 및/또는 경쇄 부분이 특정 종으로부터 유래되거나 특정 항체 부류 또는 서브부류에 속하는 항체에서 상응하는 서열과 동일하거나 상동성이고 나머지 쇄(들)은 또 다른 종으로부터 유래되거나 또 다른 항체 부류 또는 서브부류에 속하는 항체에서 상응하는 서열과 동일하거나 상동성인 "키메라" 항체, 및 이들이 목적하는 생물학적 활성을 나타내는 한 상기 항체의 단편들을 포함한다 (참고: 예를 들어, 미국 특허번호 4,816,567; 및 Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855 (1984). 키메라성 항체에는 PRIMATIZED® 항체가 포함되며, 여기서 항체의 상기 항원-결합 영역은, 예를 들면 관심 항원으로 마카크 원숭이를 면역화하여 생성된 항체로부터 유도된다.
"인간 항체"는 인간 또는 인간 세포에 의해 생산되거나 인간 항체 레퍼토리 또는 기타의 인간 항체-암호화 서열을 사용하는 비-인간 공급원으로부터 유도되는 항체의 아미노산 서열에 상응하는 아미노산 서열을 보유하는 것이다. 인간 항체의 이러한 정의는 특이적으로 비인간 항원-결합 잔기를 포함하는 인간화 항체를 배제한다.
"인간화" 항체는 비인간 HVR로부터 아미노산 잔기 및 인간 프레임워크 영역 (FR)로부터 아미노산 잔기를 포함하는 키메라성 항체를 지칭한다. 특정 구현예에서, 인간화 항체는 적어도 1개, 및 전형적으로 2개의 가변 도메인의 실질적으로 모두를 포함할 것이고, 여기서 HVR (예를 들면, CDR)의 실질적으로 모두는 비인간 항체의 것에 일치하고, 그리고 FR의 모두 또는 실질적으로 모두는 인간 항체의 것에 일치한다. 인간화 항체는 임의로 인간 항체로부터 유도된 항체 불변 영역의 적어도 일부를 포함할 수 있다. 항체, 예를 들면, 비인간 항체의 "인간화 형태"는 인간화처리되는 항체를 지칭한다.
용어들 "항-PD-L1 항체" 및 "PD-L1에 결합하는 항체"는 항체가 PD-L1를 표적화하는데 있어서 진단 및/또는 치료제로서 유용하도록 충분한 친화도를 가지고 PD-L1에 결합할 수 있는 항체를 지칭한다. 일 구현예에서, 비관련, 비-PD-L1 단백질에 대한 항-PD-L1 항체의 결합 정도는, 예를 들면, 방사면역검정법(RIA)으로 측정 시, 약 10% 미만의 PD-L1에 대한 항체의 결합이다. 특정 구현예에서, 항-PD-L1 항체는 상이한 종 유래의 PD-L1 중 보존되어 있는 PD-L1의 에피토프에 결합한다.
용어 "항-PD-1 항체" 및 "PD-1에 결합하는 항체"는 항체가 PD-1을 표적화하는데 있어서 진단제 및/또는 치료제로서 유용하도록 하기에 충분한 친화도로 PD-1에 결합할 수 있는 항체를 나타낸다. 일 구현예에서, 비관련, 비-PD-1 단백질에 대한 항-PD-1 항체의 결합 정도는, 예를 들면, 방사면역검정법(RIA)으로 측정 시, 약 10% 미만의 PD-1에 대한 항체의 결합이다. 특정 구현예에서, 항-PD-1 항체는 상이한 종 유래의 PD-1 중 보존되어 있는 PD-1의 에피토프에 결합한다.
"차단 항체" 또는 "길항제" 항체는 이 항체가 결합하는 항원의 생물학적 활성을 억제하거나 감소시키는 것이다. 바람직한 차단 항체 또는 길항제 항체는 항원의 생물학적 활성을 실질적으로 또는 완전히 억제한다.
"친화도"는 분자 (예를 들면, 항체)의 단일 결합 부위와 그 결합 상대 (예를 들면, 항원) 사이의 비공유 상호작용의 총계의 강도를 지칭한다. 다르게 명시되지 않으면, 본원에서 사용된 바와 같이, "결합 친화성"은 결합 쌍 (예를 들면, 항체 및 항원)의 구성원 사이의 1:1 상호작용을 반영하는 고유 결합 친화성을 지칭한다. 그 결합 상대 Y에 대한 분자 X의 친화성은 일반적으로 해리 상수 (Kd)로 나타낼 수 있다. 친화성은 본원에서 기재된 것을 포함하여 당해분야에서 공지된 공통의 방법으로 측정될 수 있다. 결합 친화도를 측정하기 위한 특정의 구체적이고 예시적인 구현예들이 아래에 기재되어 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "결합하는", "이에 특이적으로 결합하는" 또는 "이에 특이적인"은, 표적 및 항체 간의 결합과 같은 측정가능하고 재생가능한 상호작용을 지칭하며, 이는 생물학적 분자를 포함하는 분자의 이종성 집단의 존재 하에서의 표적의 존재에 대한 결정요인이다. 예를 들면, 표적 (에피토프일 수 있음)에 결합하거나, 또는 특이적으로 결합하는 항체는 다른 표적에 결합하는 것보다 더 큰 친화도, 결합능으로, 더욱 쉽게, 그리고/또는 더 긴 지속시간으로 상기 표적에 결합하는 항체이다. 일 구현예에서, 비관련 단백질에 대한 항체의 결합 정도는, 예를 들면, 방사면역검정법(RIA)으로 측정 시, 약 10% 미만의 항체의 결합이다. 특정 구현예에서, 표적에 특이적으로 결합하는 항체는 ≤1μM, ≤100 nM, ≤10 nM, ≤1 nM, 또는 ≤0.1 nM의 해리 상수 (Kd)를 갖는다. 특정 구현예에서, 항체는 상이한 종으로부터의 단백질 중에서 보존된 단백질의 에피토프에 특이적으로 결합한다. 또다른 구현예에서, 특이적 결합은 필연적으로 (비록 포함할 수 있어도) 배타적인 결합을 요구하지 않는다.
"친화도 성숙(affinity matured)" 항체는 항원에 대한 항체의 친화도에 있어서의 개선을 야기하는 변형을 갖지 않는 친계 항체와 비교하여, 하나 이상의 초가변 영역(HVR)에 하나 이상의 변형을 갖는 항체를 나타내며, 상기 변형은 항원에 대한 항체의 친화도에 있어서의 개선을 야기한다.
표준 항체와 "상동 에피토프에 결합하는 항체"는 경쟁 검정에서 표준 항체의 이의 항원으로의 결합을 50% 이상 차단하는 항체를 지칭하고, 역으로, 표준 항체는 경쟁 검정에서 50% 이상으로 항체의 이의 항원으로의 결합을 차단한다.
"면역접합체(immunoconjugate)"는 세포독성제를 포함하지만 이에 제한되지 않는 하나 이상의 이종성 분자(들)에 접합된 항체이다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "면역접합체(immunoadhesin)"는 이종성 단백질 ("접합체")의 결합 특이성을 면역글로불린 불변 도메인의 효과기 작용과 조합하는 항체-유사 분자를 가리킨다. 구조적으로, 면역접합체는 원하는 결합 특이성을 갖는 아미노산 서열의 융합을 포함하고, 이는 항체의 항원 인식 및 결합 부위 (즉, "이형"임) 및 면역글로불린 불변 도메인 서열 이외의 것이다. 면역접합체 분자의 접합체 부분은 전형적으로 적어도 수용체 또는 리간드의 결합 부위를 포함하는 인접 아미노산 서열이다. 면역접합체 내의 면역글로불린 불변 도메인 서열은 임의의 면역글로불린, 예컨대 IgG1, IgG2 (IgG2A 및 IgG2B 포함), IgG3 또는 IgG4 하위유형, IgA (IgA1 및 IgA2 포함), IgE, IgD 또는 IgM으로부터 수득될 수 있다. Ig 융합은 바람직하게는 하기를 포함한다: 본원에 기술된 폴리펩티드 또는 항체의 도메인의, Ig 분자 내의 적어도 1종의 가변 영역을 대신한 치환. 특히 바람직한 구현예에서, 면역글로불린 융합은 IgG1 분자의 힌지, CH2 및 CH3, 또는 힌지, CH1, CH2 및 CH3 영역을 포함한다. 면역글로불린 융합의 생산에 관하여는, 또한 하기를 참고한다: 미국 특허 제5,428,130호. 예를 들어, 본원의 치료 요법에 대해 유용한 약제로서의 유용한 면역접합체는 면역글로불린 서열의 불변 도메인, 예컨대 PD-L1 ECD-Fc, PD-L2 ECD-Fc, 및 PD-1 ECD-Fc, 각각에 융합된, PD-L1 또는 PD-L2의 세포외 도메인 (ECD) 또는 PD-1-결합 부분, 또는 PD-1 의 세포외 또는 PD-L1- 또는 PD-L2-결합 부분을 포함하는 폴리펩티드를 포함한다. Ig Fc 및 세포 표면 수용체의 ECD의 면역부착소 조합은 종종 가용성 수용체로 불린다.
"융합 단백질" 및 "융합 폴리펩티드"는 함께 공유 결합된 2개 부분을 갖는 폴리펩티드를 지칭하며, 상기 부분의 각각은 상이한 특성을 갖는 폴리펩티드이다. 상기 특성은 생물학적 특성, 예컨대 시험관내 또는 생체내에서의 활성일 수 있다. 상기 특성은 또한 단순한 화학적 또는 물리적 특성, 예컨대 표적 분자로의 결합, 반응의 촉매작용 등일 수 있다. 상기 2개의 부분은 단일 펩티드 결합에 의해 또는 펩티드 링커를 통해 직접 연결될 수 있지만, 서로 판독 프레임 내에 있다.
본원에 식별된 폴리펩티드 서열과 관련하여 "아미노산 서열 동일성 퍼센트(%)"은 서열을 정렬하고 필요한 경우 최대 퍼센트 서열 동일성을 성취하기 위해 갭을 도입한 후 비교되는 폴리펩티드 내 아미노산 잔기와 동일한 후보 서열에서의 아미노산 잔기의 %로서 정의되고 서열 동일성의 일부로서 임의의 보존성 치환을 고려하지 않는다. 아미노산 서열 동일성 퍼센트를 계측하기 위한 목적으로의 정렬은, 예를 들면, BLAST, BLAST-2, ALIGN 또는 Megalign (DNASTAR) 소프트웨어와 같은 공개적으로 이용 가능한 컴퓨터 소프트웨어를 사용하여 당업계의 재량 내에 있는 다양한 방식으로 달성될 수 있다. 당업자는 정렬을 측정하기 위하여, 비교되는 서열의 전장에 걸쳐서 최대 정렬을 달성하는 데 필요한 임의의 알고리즘을 포함하여, 적절한 매개변수를 결정할 수 있다. 그러나, 본원에서의 목적을 위해, 아미노산 서열 동일성 값(%)은 서열 비교 컴퓨터 프로그램 ALIGN-2를 사용하여 생성된다. ALIGN-2 서열 비교 컴퓨터 프로그램은 제조사 (Genentech, Inc.)에 의해 개발되었고, 소스 코드는 사용자 기록문서와 함께 하기와 같이 제출되었다: 미국 저작권 청, 워싱턴 D.C., 20559, 미국 저작권 등록 번호 TXU510087 하에서 등록됨. ALIGN-2 프로그램은 캘리포니아 주 사우스샌프란시스코 소재의 Genentech, Inc.을 통해 공공연하게 이용가능하다. ALIGN-2 프로그램은 UNIX 운영 체제, 바람직하게는 디지털 UNIX V4.0D 상에서 사용하기 위해 컴파일링되어야 한다. 모든 서열 비교 매개변수는 ALIGN-2 프로그램에 의해 설정되며 변하지 않는다.
ALIGN-2가 아미노산 서열 비교에 사용되는 상황에서, 소정의 아미노산 서열 A 내지, 및, 또는 소정의 아미노산 서열 B(이것은 소정의 아미노산 서열 B에 대해 특정의 아미노산 서열 동일성 %를 갖거나 포함하는 소정의 아미노산 서열 A로서 표현될 수 있음)의 아미노산 서열 동일성 %는 다음과 같이 산출된다:
분수 X/Y의 100배
여기서, X는 A 및 B의 프로그램 정렬에서 서열 정렬 프로그램 ALIGN-2에 의한 동일한 매치로서 스코어링되는 아미노산 잔기의 수이고 Y는 B에서 아미노산 잔기의 총 수이다. 아미노산 서열 A의 길이가 아미노산 서열 B의 길이와 동일하지 않은 경우, A 대 B의 아미노산 서열 동일성(%)은 B 대 A의 아미노산 서열 동일성(%)은 동일하지 않음을 인식할 것이다. 달리 구체적으로 기재하지 않은 경우, 본원에 사용된 모든 아미노산 서열 동일성(%) 값은 ALIGN-2 컴퓨터 프로그램을 사용하여 바로 직전의 문단에 기재된 바와 같이 수득한다.
용어 "탐지(detection)"는 직접 및 간접 탐지를 포함하는, 탐지의 임의의 수단을 포함한다.
본원에서 사용된 "바이오마커"라는 용어는 샘플, 예를 들어 상기 유전자에 의해 암호화된 특정 유전자 또는 단백질, 또는 상기 특정 유전자의 하나 이상의 체세포 돌연변이에서 탐지될 수 있는 지표, 예를 들어 예측, 진단 및/또는 예후를 지칭한다. 바이오마커는, 분자적, 병리학적, 조직학적 및/또는 임상적 특징 (예컨대, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료 요법에 대한 반응성)에 의하여 특성화된, 질환 또는 장애 (예컨대, 암)의 특정 하위유형의 표지자로서 작용할 수 있다. 일부 구현예에서, 바이오마커는 유전자의 집합체, 또는 유전자의 집합체에서 집합적인 수의 돌연변이/변형 (예를 들어, 체세포 돌연변이)이다. 바이오마커는 비제한적으로 하기를 포함한다: 폴리뉴클레오티드 (예컨대, DNA 및/또는 RNA), 폴리뉴클레오티드 변형 (예컨대, 폴리뉴클레오티드 사본 수 변형, 예컨대, DNA 사본 수 변형), 폴리펩티드, 폴리펩티드 및 폴리뉴클레오티드 변형 (예컨대, 번역 후 변형), 탄수화물, 및/또는 당지질-계 분자 마커.
개체로의 증가된 임상 이점과 관련된 체세포 돌연변이의 "양" 또는 "수준"은 생물학적 샘플에서 탐지가능한 수준이다. 이들은 당해 기술의 숙련가에게 알려지고 본원에 의해 개시된 방법들에 의해 측정될 수 있다. 평가된 체세포 돌연변이의 발현 수치 또는 양은 상기 치료에 대한 반응을 계측하는 데 사용될 수 있다.
"수준"이란 용어는 생물학적 샘플에서 체세포 돌연변이의 양을 지칭한다
체세포 돌연변이의 "증가된 수준", "증가된 수준" 또는 "상승된 수준"은, 대조군, 예컨대 질환 또는 장애 (예컨대, 암)을 앓지 않는 개체 또는 개체들, 또는 내부 대조군 (예컨대, 참조 유전자)과 비교하여, 개체에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 지칭한다. 일부 구현예에서, 체세포 돌연변이의 증가된 수준은 개체의 전체 게놈을 통해 존재한다. 다른 구현예에서, 체세포 돌연변이의 증가된 수준은 개체로부터 수집된 샘플 (예를 들어, 조직 샘플) 내에 존재한다. 일부 구현예에서, 개체는 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, UBC))을 갖는다.
체세포 돌연변이의 "감소된 수준", "감소된 수준", "감소된 수준", 또는 "감소된 수준"은, 대조군, 예컨대 질환 또는 장애 (예컨대, 암)를 앓지 않는 개체 또는 개체들, 또는 내부 대조군 (예컨대, 참조 수준)과 비교하여, 개체에서의 체세포 돌연변이의 감소된 수준을 지칭한다. 일부 구현예에서, 체세포 돌연변이의 감소된 수준은 개체의 전체 게놈을 통해 존재한다. 다른 구현예에서, 체세포 돌연변이의 감소된 수준은 개체로부터 수집된 샘플 (예를 들어, 조직 샘플) 내에 존재한다. 일부 구현예에서, 개체는 암 (예를 들어, 방광암 (예를 들어, 요로상피 방광암, UBC))을 갖는다.
일반적으로 용어 "발현의 수준" 또는 "발현 수준"은 상호교환하여 사용가능하고, 일반적으로 생물학적 샘플 중의 바이오마커의 양을 가리킨다. "발현"은 일반적으로 정보(예컨대, 유전자-암호화 및/또는 후성적 정보)가 상기 세포에 존재하고 작동하는 구조체로 전환되는 과정을 가리킨다. 따라서, 본 명세서에서 사용된 바와 같이, "발현"은 폴리뉴클레오티드로 전사, 폴리펩티드, 또는 추가로 폴리뉴클레오티드 및/또는 폴리펩티드 변형으로 번역 (예를 들면, 폴리펩티드의 후번역 변형)을 지칭한다. 전사된 폴리뉴클레오티드, 번역된 폴리펩티드, 또는 폴리뉴클레오티드 및/또는 폴리펩티드 변형 (예컨대, 폴리펩티드의 변역 후 변형)의 단편 또한 이들이 대안적 스플라이싱(alternative splicing)에 의해 생성된 전사물 또는 분해된 전사물에서 유래되든지, 또는 예컨대, 단백질 가수분해에 의한 상기 폴리펩티드의 번역후 과정에서 유래되든, 발현된 것으로 간주되어야 한다. "발현된 유전자"는 mRNA로 폴리뉴클레오티드로 전사되고 그리고 그 다음 폴리펩티드로 번역된 것 및 또한 RNA로 전사되었지만 폴리펩티드로 번역되지 않은 것 (예를 들면, 이동 및 리보솜 RNA들)을 포함한다.
"증가된 발현", "증가된 발현 수준", "증가된 수준", "상승 발현", "상승 발현 수준" 또는 "상승 수준"은, 질환 또는 장애 (예컨대, 암) 또는 내부 대조군 (예컨대, 하우스키핑 바이오마커)을 앓는 개체 또는 개체군과 같은 대조군과 비교하여, 개체에서의 바이오마커의 증가된 발현 또는 증가된 수준을 지칭한다.
"감소된 발현", "감소된 발현 수준", "감소된 수준", "저하된 발현", "저하된 발현 수준" 또는 "저하된 수준"은, 질환 또는 장애 (예컨대, 암) 또는 내부 대조군 (예컨대, 하우스키핑 바이오마커)을 앓는 개체 또는 개체군과 같은 대조군과 비교하여, 개체에서의 바이오마커의 감소된 발현 또는 감소된 수준을 지칭한다.
본원에 사용되는 "증폭"은 일반적으로 원하는 서열의 다수의 사본을 생성하는 과정을 가리킨다. "다수의 사본"은 적어도 2개의 사본을 의미한다. "사본"은 반드시 상기 주형 서열에 대한 완전한 서열 상보성 또는 동일성을 의미하지 않는다. 예를 들어, 사본에는 뉴클레오티드 유사체 예컨대 데옥시이노신, 의도적 서열 변형 (예컨대 혼성가능하나 상기 주형에 상보적이지 않은 서열을 포함하는 프라이머를 통해 유도되는 서열 변형), 및/또는 증폭 중에 발생하는 서열 오류가 포함된다.
용어 "다중-PCR"은 단일 반응에서 2 이상의 DNA 서열을 증폭할 목적으로 설정된 2 이상의 프라이머를 사용하여 단일 공급원(예컨대, 개체)에서 수득된 핵산에서 수행된 단일 PCR를 가리킨다.
본원에 사용되는 "중합효소 연쇄반응" 또는 "PCR" 기법은 일반적으로 핵산, RNA 및/또는 DNA의 특정 조각의 소량이 예를 들어, 미국 특허번호 4,683,195에 기술된 바와 같이 증폭되는 절차를 지칭한다. 일반적으로, 관심대상의 영역의 말단 또는 그것을 초과하는 것에서 유래된 서열 정보가 확보가능하여, 올리고뉴클레오티드 프라이머가 설계될 수 있어야 하며; 이와 같은 프라이머는 증폭될 주형의 반대 가닥에 대하여 서열에서 동일하거나 또는 유사하다. 상기 두개 프라이머의 5' 말단 뉴클레오티드는 증폭된 재료의 말단과 동일할 수 있다. PCR이 특정 RNA 서열, 총 게놈 DNA 유래 특정 DNA 서열, 및 총 세포 RNA에서 전사된 cDNA, 박테리오파지 또는 플라스미드 서열 등을 증폭하기 위해 사용될 수 있다. 일반적으로 Mullis et al., Cold Spring Harbor Symp . Quant . Biol . 51:263 (1987) 및 Erlich, ed., PCR Technology, (Stockton Press, NY, 1989)를 참고하라. 본원에 사용되는 PCR는 핵산 검사 샘플을 증폭하기 위한 핵산 중합효소 반응 방법의 하나의 예(그러나 유일하지 않음)로 간주되고, (여기에는 알려진 핵산(DNA 또는 RNA)을 프라이머로 사용하는 것이 포함됨), 핵산 중합효소를 활용하여 핵산의 특정 조각을 증폭 또는 생성하거나 또는 특정 핵산에 상보적인 핵산의 특정 조각을 증폭 또는 생성한다.
"정량적 실시간 중합효소 연쇄 반응" 또는 "qRT-PCR"은 PCR 생성물의 양이 PCR 반응에서 각 단계에서 측정되는 PCR의 형태를 지칭한다. 이 기술은 하기 문헌을 포함하는 다양한 공보에 기재되었다: 예를 들어, Cronin et al., Am. J. Pathol. 164(1):35-42 (2004) 및 Ma et al., Cancer Cell 5:607-616 (2004).
용어 "마이크로어레이(microarray)"는 기질 상에서의 혼성화 가능한 배열 요소들, 바람직하게는 폴리뉴클레오티드 프로브를 순서상 배열한 것을 가리킨다.
용어 "진단"은, 본원에서 분자적 또는 병리학적 상태, 질환 또는 병태 (예컨대, 암)의 식별 또는 분류를 지칭하는데 사용된다. 예를 들어, "진단"은 암의 특정 유형의 식별을 지칭할 수 있다. "진단"은, 또한, 예를 들어 조직병리학적 기준에 의한, 또는 분자적 특징 (예컨대, 일 바이오마커 또는 이의 조합의 발현에 의해 특성화된 하위유형 (예컨대, 상기 유전자에 의하여 암호화된 특정 유전자 또는 단백질))에 의한 암의 특정 하위유형의 분류를 지칭할 수 있다.
용어 "진단 보조"는 질환 또는 장애 (예를 들면, 암)의 증상 또는 병태의 특정한 유형의 존재, 또는 성질에 관하여 임상 계측에 보조하는 방법을 지칭하기 위해 본원에서 사용된다. 예를 들어, 질환 또는 병태 (예를 들면, 암)의 진단 보조 방법은 개체로부터 생물학적 샘플에서 특정 체세포 돌연변이를 측정하는 단계를 포함할 수 있다.
본원에 사용된 바와 같은 용어 "샘플",은 예를 들어, 물리적, 생화학적, 화학적 및/또는 생리학적 특성을 기준으로 특성 분석되고/되거나 식별되어야만 하는 세포 및/또는 다른 분자 실체를 함유하는 목적하는 피험체 및/또는 개체로부터 수득되거나 유래된 조성물을 지칭한다. 예를 들어, 어구 "질환 샘플" 및 이의 변화는 특성화되는 세포성 및/또는 분자 독립체를 함유하기 위해 공지된 또는 예상될 해당 피험체로부터 수득된 임의의 샘플을 지칭한다. 샘플은 하기를, 비제한적으로, 포함한다: 조직 샘플, 원발성 또는 배양된 세포 또는 세포주, 세포 상청액, 세포 용해물, 혈소판, 혈청, 혈장, 유리체 유체, 림프액, 활막 유체, 여포성 유체, 정액, 양수, 밀크, 전체의 혈액, 혈액-유도된 세포, 소변, 뇌척수액, 타액, 가래, 눈물, 땀, 점액, 종양 용해물, 및 조직 배양 배지, 조직 추출물 예컨대 균질화된 조직, 종양 조직, 세포성 추출물 및 이들의 조합.
"조직 샘플" 또는 "세포 샘플"은 피험체 또는 개체의 조직으로부터 수득된 유사한 세포의 수집을 의미한다. 조직 또는 세포 샘플의 공급원은 신선, 냉동 및/또는 보존 장기, 조직 샘플, 생검 또는 흡입액에서 유래된 것과 같은 고체 조직; 혈액 또는 모든 혈액 구성성분 예컨대 혈장; 체액, 예컨대 뇌척수액, 양수, 복막액 또는 세포기질액; 개체의 임신 또는 발달 중 어느 시점에서 유래된 세포일 수 있다. 조직 샘플은 또한 원발성 또는 배양된 세포 또는 세포주일 수 있다. 선택적으로, 조직 또는 세포 샘플은 질환 조직/장기로부터 수득된다. 예를 들면, "종양 샘플"은 종양 또는 다른 암성 조직으로부터 수득된 조직 샘플이다. 조직 샘플은 세포 유형 (예를 들면, 종양 세포 및 비-종양 세포, 암성 세포 및 비-암성 세포)의 혼합된 집단을 함유할 수 있다. 상기 조직 샘플은 자연적으로 상기 조직과 혼합되지 않는 화합물, 예컨대 보존제, 항응고제, 완충용액, 고정액, 영양분, 항생제 등을 함유할 수 있다.
"종양 세포"는, 본원에 사용된 바와 같이, 이의 종양 또는 샘플 내에 존재하는 임의의 종양 세포를 지칭한다. 종양 세포는, 본원에 기술되거나 본 분야에 공지된 방법을 사용하여, 종양 샘플, 예를 들어, 기질 세포 및 종양-침윤 면역 세포에 존재할 수 있는 기타 세포와 구별될 수 있다.
"참조 샘플", "참조 세포", "참조 조직, "대조군 샘플, "대조군 세포" 또는 "대조군 조직"은, 본원에 사용된 바와 같이, 비교 목적으로 사용되는 샘플, 세포, 조직, 표준, 또는 수준을 지칭한다. 일 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 동일한 피험체 또는 개체의 신체(예를 들어, 조직 또는 세포)의 건강하고/하거나 비-이환 부분으로부터 수득될 수 있다. 예를 들어, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 이환 세포에 근접한 건강하고/하거나 비-이환 세포 또는 조직 (예컨대, 종양에 근접한 세포 또는 조직)일 수 있다. 또 다른 양태에서, 참조 샘플은 동일한 피험체 또는 개체의 신체의 비처리된 조직 및/또는 세포로부터 수득된다. 또 다른 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 상기 피험체 또는 개체가 아닌 개체의 신체(예를 들어, 조직 또는 세포)의 건강하고/하거나 비-질환 부분으로부터 수득될 수 있다. 추가의 또다른 구현예에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은, 상기 피험체 또는 개체가 아닌 개체의 신체의 비처리된 조직 및/또는 세포로부터 수득될 수 있다.
본원에서의 목적을 위해, 조직 샘플의 "절편(section)"은 조직 샘플의 단일부 또는 조각, 예를 들어, 조직 샘플 (예컨대, 종양 샘플)로부터 절단된 조직 또는 세포의 얇은 슬라이스를 의미한다. 조직 샘플의 다중 절편이 수행 및 분석될 수 있으며, 단, 하기가 이해된다: 조직 샘플의 상동한 절편은 형태학적 수준 및 분자 수준 둘 모두에서 분석될 수 있거나, 또는 폴리펩티드 (예컨대, 면역조직화학에 의하여) 및/또는 폴리뉴클레오티드 (예컨대, 동일계내 혼성에 의하여)에 대해 분석될 수 있다는 것이 이해될 것이다.
"상관관계가 있다" 또는 "상관관계가 있는"은 모든 방식으로 제1 분석 또는 프로토콜의 성과 및/또는 결과를 제2 분석 또는 프로토콜의 성과 및/또는 결과와 비교하는 것을 의미한다. 예를 들어, 두 번째 프로토콜을 수행할 때 첫 번째 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용하거나 및/또는 두 번째 분석 또는 프로토콜이 수행되어야 하는지 여부를 측정하기 위해 첫 번째 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있다. 폴리펩티드 분석 또는 프로토콜의 구현예와 관련하여, 특정 치료 치료 요법이 수행되어야 하는지 여부를 결정하기 위해 폴리펩티드 발현 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있다. 폴리뉴클레오티드 분석 또는 프로토콜의 구현예와 관련하여, 특정 치료 치료 요법이 수행되어야 하는지 여부를 측정하기 위해 폴리뉴클레오티드 발현 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있다.
"개체 반응(indivisual response)" 또는 "반응"은 상기 개체에 대한 이점을 표지하는 임의의 종료점을 사용하여 평가될 수 있으며, 이는 비제한적으로 하기를 포함한다: (1) 지연 또는 완전한 정지를 포함하는 장애 진행 (예컨대, 암 진행)의 일정 정도까지의 억제; (2) 종양 크기의 감소; (3) 인접 말초 기관 및/또는 조직으로 암세포 침윤의 억제 (즉, 감소, 지연 또는 완전한 정지); (4) 전이의 억제 (즉, 감소, 지연 또는 완전한 정지); (5) 질환 또는 장애 (예컨대, 암)과 연관된 하나 이상의 증상의 일정 정도까지의 완화; (6) 전체 생존 및 무진행 생존의 길이 증가 또는 연장; 및/또는 (7) 치료 후 소정의 시간에서 감소된 사멸률.
약제로의 치료에 환자의 "효과적인 반응" 또는 환자의 "반응성" 및 유사한 문구는 질환 또는 장애 예컨대 암 발병 위험이 있거나 또는 암을 앓는 환자에게 주어진 임상적 또는 치료적 이점을 지칭한다. 일 구현예에서, 상기 이점에는 하기 중 하나 이상이 포함된다: 연장된 생존 (전체 생존 및 무진행 생존 포함); 객관적 반응의 유발 (완전한 반응 또는 부분적 반응 포함); 또는 암의 징후 또는 증상의 개선. 일 구현예에서, 예를 들어, 본원에 개시된 방법을 사용하여 계측된 바와 같이, 종양 세포에서의 체세포 돌연변이의 수준은 체세포 돌연변이의 동일한 수준을 갖지 않는 환자와 비교하여, 약제 (예컨대, PD-L1 축 결합 길항제, 예컨대, 항-PD-L1 항체를 포함하는 치료)에 의한 치료에 대한 반응성의 증가된 가능성을 가질 것으로 예상된 환자를 식별하기 위해 사용된다. 일 구현예에서, 예를 들어, 본원에 개시된 방법을 사용하여 계측된 바와 같이, 종양 세포에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준은 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖지 않는 환자와 비교하여, 약제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체)에 의한 치료에 대한 반응성의 증가된 가능성을 가질 것으로 예상된 환자를 확인하기 위해 사용된다.
"객관적 반응(objective response)"은 측정가능한 반응, 예를 들면 완전한 반응(CR) 또는 부분적 반응(PR)을 가리킨다. 일부 구현예에서, "객관적 반응 속도" (ORR)는 완전 반응(CR) 속도 및 부분 반응(PR) 속도의 총합을 지칭한다.
"완전한 반응" 또는 "CR"이란 치료 반응에서 암의 모든 조짐의 사라짐 (예컨대, 모든 표적 병변의 사라짐)이 의도된다. 이것은 암이 치유되었다는 것을 항상 의미하는 것은 아니다.
"지속된 반응"은, 치료 중지 후 종양 생장 감소에 대한 지속된 효과를 지칭한다. 예를 들어, 종양 크기는 약제 투여 단계의 시작시 크기와 비교하여 동일하거나 더 작은 상태일 수 있다. 일부 구현예에서, 지속된 반응은, 적어도 치료 기간의 적어도 1.5×, 2.0×, 2.5×, 또는 3.0× 길이의 치료 기간 또는 그 이상의 기간과 상동한 기간을 갖는다.
본원에 사용된 "암 재발의 감소 또는 억제"는 종양 또는 암 재발 또는 종양 또는 암 진행을 감소시키거나 억제하는 것을 의미한다. 본원에 개시된 바와 같이, 암 재발 및/또는 암 진행은 비제한적으로 암 전이를 포함한다.
본원에 사용된 "부분적 반응" 또는 "PR"는 치료에 대한 반응에서 하나 이상의 종양 또는 병변의 크기, 또는 체내에서 암의 길이의 감소를 가리킨다. 예를 들어, 일부 구현예에서, PR은, 기준선 SLD를 참조로, 표적 병변의 가장 긴 직경 (SLD)의 총합의 적어도 30%의 감소를 지칭한다.
본원에 사용된 "무변성 질환(stable disease)" 또는 "SD"는 치료 개시 이래 가장 작은 SLD를 참조로 고려하여, PD에 대한 자격이 되도록 충분히 증가하지 않거나, 또는 PR에 대한 자격이 되도록 표적 병변의 충분한 위축이 발생하지 않은 상태를 지칭한다.
본원에 사용된 바와 같이, "진행성 질환(progressive disease)" 또는 "PD"는 (치료 개시 또는 하나 이상의 신규 병변의 존재 이후 보고된 최소 SLD를 참고로 하여) 표적 병변의 SLD의 적어도 20% 증가를 지칭한다 .
용어 "생존"은 살아남은 상기 환자를 가리키며, 전체 생존 뿐만 아니라 무진행 생존을 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, "무진행 생존"(progressive-free survival, PFS)은, 질환이 더 나빠지지는 않는, 치료된 질환 (예컨대 암)의 치료 동안 및 치료 후의 시간 길이를 지칭한다. 무진행 생존은, 환자가 완전 반응 또는 부분 반응을 경험한 시간의 양, 뿐만 아니라 환자가 무변성 질환을 경험한 시간의 양을 포함할 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, "전체 생존(OS)"은 특정 기간 후 생존할 가능성이 큰 군 중 개체의 백분율을 지칭한다.
"생존율 연장"이란 미치료 환자 대비(즉, 상기 약제로 치료받지 않은 환자 대비), 또는 지정된 수치로 또는 체세포 돌연변이를 갖지 않는 환자 대비, 그리고/또는 항-종양 제제로 치료 받은 환자 대비, 치료 받은 환자에서 전체 또는 무진행 생존율 증가를 의미한다.
본원에 사용되는 용어 "실질적으로 동일한"은 두 개의 수치 값 사이에 충분히 높은 정도의 유사성이 있어서, 당해기술의 숙련가가 두 값 사이의 차이가 상기 값들에 의해 측정되는 생물학적 특징(예컨대, Kd 값 또는 돌연변이 수준)의 문맥 내에서 생물학적 및/또는 통계학적 유의성이 거의 또는 전혀 없는 것으로 간주하는 것을 의미한다. 상기 두 값의 차이는, 예를 들어, 기준/비교 값의 함수로서 약 50% 미만, 약 40% 미만, 약 30% 미만, 약 20% 미만, 및/또는 약 10% 미만이다.
본원에 사용된 어구 "실질적으로 상이한"은 두 개의 수치 값 사이에 충분히 높은 정도의 상이성이 있어서, 당해기술의 숙련가가 두 값 사이의 차이를 상기 값들에 의해 측정되는 생물학적 특징(예컨대, Kd 값 또는 돌연변이 수준)들이 문맥 내에서 통계학적 유의성이 있다고 간주하는 것을 의미힌다. 상기 두 값의 차이는, 예를 들어, 기준/비교 분자에 대한 값의 함수로서 약 10% 초과, 약 20% 초과, 약 30% 초과, 약 40% 초과, 및/또는 약 50% 초과이다.
단어 "표지(label)"는, 본원에 사용될 경우, 시약, 예컨대 폴리뉴클레오티드 프로브 또는 항체에 직접 또는 간접적으로 접합되거나 또는 융합되고, 이것이 접합되거나 또는 융합되는 상기 시약의 탐지를 용이하게 하는 화합물 또는 조성물을 지칭한다. 상기 표지는 그 자체로 탐지가능하거나(예컨대 , 방사선 동위원소 표지 또는 형광 표지), 또는 효소 표지의 경우, 탐지가능한 기질 화합물 또는 조성물의 화학적 변형을 촉매할 수 있다. 상기 용어는 하기를 포괄하는 것으로 의도된다: 탐지가능한 물질을 프로브 또는 항체에 커플링 (즉, 물리적으로 연결)함에 의한 프로브 또는 항체의 직접 표지, 뿐만 아니라 직접적으로 표지된 또 다른 시약과의 반응성에 의한 프로브 또는 항체의 간접 표지. 간접 표지의 예시는 형광-표지를 사용한 1차 항체의 탐지, 및 비오틴에 의한 DNA 프로브의 말단-표지를 포함하며, 이로써 이는 형광-표지 스트렙타비딘에 의하여 탐지될 수 있다.
"치료적 유효량"은 포유동물에서 질환 또는 장애를 치료하거나 예방하기 위한 치료제의 양을 나타낸다. 암의 경우, 치료제의 치료적 유효량은 암 세포의 수를 감소시키고; 원발성 종양 크기를 감소시키고; 말초 기관 내로의 암 세포 침윤을 억제하고(즉, 얼마간 지연하고 바람직하게는 중지시키고); 종양 전이를 억제하고(즉, 얼마간 지연하고 바람직하게는 중지시키고); 종양 생장을 얼마간 억제하고; 상기 장애와 관련된 하나 이상의 증상을 얼마간 경감시킬 수 있다. 상기 약물이 생장을 방지하거나 및/또는 기존 암 세포를 사멸시킬 정도이면, 상기 약물은 세포증식 억제제 및/또는 세포독성일 수 있다. 암 치료 요법을 위해, 생체내 효능은, 예를 들면 생존 기간, 질환 진행까지의 시간 (TTR), 반응 속도 (예컨대, CR 및 PR), 반응 기간, 및/또는 삶의 질 평가에 의해 측정될 수 있다.
"장애"는 하기를 비제한적으로 포함하는 치료로부터 이점을 얻을 임의의 병태이다: 포유동물이 문제 장애를 갖기 용이하게 만드는 병리적 상태를 포함하는 만성 및 급성 장애 또는 질환.
용어 "암" 및 "암성"은 전형적으로 조절되지 않은 세포 생장에 의해 특징되는 포유동물의 생리 조건을 지칭하거나 설명한다. 본 정의에는 양성 및 악성 암이 포함된다. "초기 단계 암" 또는 "초기 단계 종양"은 침습성 또는 전이성이 아닌 또는 0, 1, 또는 2 기 암으로서 분류되지 않는 암을 의미한다. 암의 예는, 비제한적으로, 하기를 포함한다: 암종, 림프종, 모세포종 (수모세포종 및 망막모세포종 포함), 육종 (지방육종 및 활막 세포 육종 포함), 신경내분비 종양 (카르시노이드 종양, 가스트린종, 및 소도 세포 암 포함), 중피종, 신경집종 (청신경종 포함), 수막종, 선암종, 흑색종, 및 백혈병 또는 림프양 악성종양. 상기 암의 더욱 특정한 예는 하기를 포함한다: 방광암 (예컨대, 요로상피 방광암 (예컨대, 이행 세포 또는 요로상피 암종, 비-근육 침습성 방광암, 근육-침습성 방광암, 및 전이성 방광암) 및 비-요로상피 방광암), 편평상피 세포 암 (예컨대, 상피 편평상피 세포 암), 폐암 포함 소세포 폐암 (SCLC), 비-소세포 폐암 (NSCLC), 폐의 선암종 및 폐의 편평상피 암종, 복막의 암, 간세포 암, 위 또는 위암 포함 위장관 암, 췌장암, 교모세포종, 자궁경부 암, 난소암, 간암, 간세포암, 유방암 (포함 전이성 유방암), 결장암, 직장 암, 결장직장 암, 자궁내막 또는 자궁 암종, 타액선 암종, 신장 또는 신장 암, 전립선암, 외음부 암, 갑상선 암, 간 암종, 항문 암종, 음경 암종, 메르켈 세포 암, 진균성 진균증(mycoses fungoids), 고환 암, 식도 암, 담도의 종양, 뿐만 아니라 두경부 암 및 혈액학적 악성종양. 일부 구현예에서, 상기 암은 (국소로 재발성 질환이 치유적 목적으로 절제가 불가능한 경우인) 국소로 재발성 또는 전이성 질환을 갖는 유방의 임의의 조직학적으로 확인된 삼중-음성 (ER-, PR-, HER2-) 선암종을 포함하는 삼중-음성 전이성 유방암이다. 일부 구현예에서, 암은 방광암이다. 특정 구현예에서, 방광암은 요로상피 방광암이다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "종양"은 악성이든 양성이든, 모든 신생물성 세포 생장 및 증식, 그리고 모든 전-암성 및 암성 세포 및 조직을 지칭한다. 용어 "암", "암성", 및 "종양"은 본원에서 지칭될 경우 상호 배타적인 것이 아니다.
용어 "약제학적 조성물"은 그안에 함유된 활성 성분의 생물학적 활성이 효과적이도록 하기 위한 형태인, 그리고 제제가 투여되는 피험체에 허용불가능하게 독성인 추가의 성분을 함유하지 않는 제제를 지칭한다.
"약제학적으로 허용가능한 담체"는 활성 성분을 제외한, 개체에 비독성인, 약제학적 제형 중 성분을 가리킨다. 약제학적으로 허용가능한 담체에는 비제한적으로, 완충제, 부형제, 안정제 또는 보존제가 포함된다.
본원에서 사용되는 "치료"(및 "치료하다" 또는 "치료하는"과 같은 이의 문법적 변형)는 치료되는 개체의 자연적인 과정을 변형하려는 임상적 중재술을 나타내며, 예방을 위해 또는 임상 병리학의 과정 동안 수행될 수 있다. 바람직한 치료 효과는 질환의 발병 또는 재발 방지, 증상의 완화, 질환의 임의의 직접적 또는 간접적인 병리학적 결과의 감소, 전이 방지, 질환 진행 속도의 감소, 질환 상태의 개선 또는 완화, 및 차도 또는 개선된 예후를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 일부 구현예에서, 항체 (예컨대 항-PD-L1 항체 및/또는 항-PD-1 항체)는 질환의 발병을 지연시키거나 질환의 진행을 서행시키기 위해 사용된다.
용어 "항-암 치료 요법"은 암 치료에 유용한 치료 요법을 지칭한다. 항암 치료제의 예시에는 비제한적으로 세포독성제, 화학치료 제제, 생장 억제제, 방사선 치료 요법에서 사용되는 제제, 항-신생혈관제, 세포자멸제, 항-튜불린 제제, 및 암을 치료하기 위한 다른 제제, 예를 들어, 항-CD20 항체, 혈소판 유도된 생장 인자 억제제(예를 들면, Gleevec™ (이마티닙 메실레이트)), COX-2 억제제(예를 들면, 셀레콕시브), 인터페론, 사이토카인, 하나 이상의 하기 표적 중 하나 이상에 결합하는 길항제 (예컨대, 중화 항체): PDGFR-β, BlyS, APRIL, BCMA 수용체(들), TRAIL/Apo2에 결합하는 길항제(예를 들면, 중화 항체), 다른 생물활성 및 유기 화학 제제 등이 포함된다. 이들의 조합은 본 발명에서 또한 포함된다.
용어 "세포독성제"는 본원에서 사용된 바와 같이 세포의 기능을 저해 또는 예방 및/또는 세포의 파괴를 유발시키는 물질을 지칭한다. 상기 용어는 방사성 동위원소 (예를 들면, At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, 및 Lu의 방사성 동위원소); 화학치료제 또는 예를 들면, 메토트렉세이트, 아드리아마이신, 빈카 알카로이드 (빈크리스틴, 빈블라스틴, 에시드), 독소루비신, 멜팔란, 미토마이신 C, 클로르암부실, 다우노루비신 또는 다른 개재 약물, 효소 및 그 단편 예컨대 핵산분해 효소; 항생제; 및 독소 예컨대 소분자 독소 또는 박테리아, 진균, 식물 또는 동물 기원의 효소적으로 활성 독소 (단편 및/또는 이의 변이체 포함); 및 아래 개시된 다양한 항종양 또는 항암제를 포함하는 것으로 의도된다. 다른 세포독성제는 하기에 기술된다. 종양파괴 제제는 종양 세포의 파괴를 유발시킨다.
"화학치료제"는 암의 치료에 유용한 화합물이다. 화학치료제의 예시는 하기를 포함한다: 알킬화제 예컨대 티오테파 및 CYTOXAN® 사이클로포스파마이드; 알킬 설포네이트 예컨대 부설판, 임프로설판 및 피포설판; 아지리딘 예컨대 벤조도파, 카르보쿠온, 메투레도파, 및 우레도파; 에틸렌이민 및 메틸라멜라민 (하기를 포함: 알트레타민, 트리에틸렌멜라민, 트리에틸렌포스포르아미드, 트리에틸렌티오포스포르아미드 및 트리메틸롤로멜라민); 아세토게닌 (특히 불라타신 및 불라타시논); 델타-9-테트라하이드로칸나비놀 (드로나비놀, MARINOL®); 베타-라파콘; 라파콜; 콜히친; 베툴린 산; 캄프토테신 (하기를 포함: 합성 유사체 테칸 (HYCAMTIN®), CPT-11 (이리노테칸, CAMPTOSAR®), 아세틸캄프토테신, 스코폴렉틴, 및 9-아미노캄프토테신); 브리오스타틴; 칼리스타틴; CC-1065 (하기를 포함: 이의 아도젤레신, 카르젤레신 및 바이젤레신 합성 유사체); 포도필로톡신; 포도필린산; 테니포사이드; 크립토파이신 (특히 크립토파이신 1 및 크립토파이신 8); 돌라스타틴; 듀오카르마이신 (하기를 포함: 합성 유사체, KW-2189 및 CB1-TM1); 엘류테로빈; 판크라티스타틴; 사르코딕티인; 스폰지스타틴; 질소 머스타드 예컨대 클로르암부실, 클로르나파진, 콜로포스파미드, 에스트라무스틴, 이포스파마이드, 메클로레타민, 메클로레타민 옥사이드 하이드로클로라이드, 멜팔란, 노벰비친, 펜에스테린, 프레드니무스틴, 트로포스파마이드, 우라실 머스타드; 니트로소우레아 예컨대 카르무스틴, 클로로조토신, 포테무스틴, 로무스틴, 니무스틴, 및 라님무스틴; 항생제 예컨대 엔디인 항생제 (예컨대, 칼리키아마이신, 특히 칼리키아마이신 γ1I 및 칼리키아마이신 ω1I (참고, 예컨대, Nicolaou et al., Angew. Chem Intl. Ed. Engl., 33: 183-186 (1994)); 다이네마이신 (하기를 포함: 다이네마이신 A); 에스페라마이신; 뿐만 아니라 네오카르지노스타틴 발색단 및 관련 색소단백질 엔디인 항생제 발색단, 아클라시노마이신, 악티노마이신, 오트라마이신, 아자세린, 블레오마이신, 칵티노마이신, 카라비신, 카르미노마이신, 카르지노필린, 크로모마이신, 닥티노마이신, 다우노루비신, 데토루비신, 6-디아조-5-옥소-L-노르류신, ADRIAMYCIN® 독소루비신 (하기를 포함: 모폴리노-독소루비신, 시아노모폴리노-독소루비신, 2-피롤리노-독소루비신 및 데옥시독소루비신), 에피루비신, 에소루비신, 아이다루비신, 마르셀로마이신, 미토마이신 예컨대 미토마이신 C, 마이코페놀산, 노갈라마이신, 올리보마이신, 페플로마이신, 포트피로마이신, 퓨로마이신, 쿠엘라마이신, 로도루비신, 스트렙토니그린, 스트렙토조신, 투베르시딘, 우베니멕스, 지노스타틴, 조루비신; 항-대사물질 예컨대 메토트렉세이트 및 5-플루오로우라실 (5-FU); 엽산 유사체 예컨대 데노프테린, 메토트렉세이트, 프테로프테린, 트리메트렉세이트; 퓨린 유사체 예컨대 플루다라빈, 6-메르캅토퓨린, 티아미프린, 티오구아닌; 피리미딘 유사체 예컨대 안시타빈, 아자시티딘, 6-아자우리딘, 카모푸르, 사이타라빈, 디데옥시우리딘, 독시플루리딘, 에노시타빈, 플록수리딘; 안드로겐 예컨대 칼루스테론, 드로모스타놀론 프로피오네이트, 에피티오스탄올, 메피티오스탄, 테스토락톤; 항-부신제 예컨대 아미노글루테트이미드, 미토탄, 트릴로스탄; 엽산 보충물 예컨대 프롤린산; 아세글라톤; 알도포스파마이드 글리코사이드; 아미노레벌린산; 에닐우라실; 암사크린; 베스트라부실; 비스안트렌; 에다트락세이트; 데포파민; 데메콜신; 디아지쿠온; 엘포르니틴; 엘립티늄 아세테이트; 에포틸론; 에토글루시드; 갈륨 니트레이트; 하이드록시우레아; 렌티난; 로니다이닌; 메이탄시노이드 예컨대 메이탄신 및 안사미토신; 미토구아존; 미토산트론; 모피단몰; 니트라에린; 펜토스타틴; 페나메트; 피라루비신; 로속산트론; 2-에틸하이드라자이드; 프로카바진; PSK® 다당류 복합체 (JHS Natural Products, Eugene, OR); 라족산; 라이족신; 시조피란; 스피로게르마늄; 테누아존산; 트리아지쿠온; 2,2’,2"-트리클로로트리에틸아민; 트리코테센 (특히 T-2 독소, 베라쿠린 A, 로리딘 A 및 안구이딘); 우레탄; 빈데신 (ELDISINE®, FILDESIN®); 다카바진; 만노무스틴; 미토브로니톨; 미토락톨; 피포브로만; 가시토신; 아라바이노사이드 ("Ara-C"); 티오테파; 탁소이드, 예를 들어 탁산 (하기를 포함: TAXOL® 파클리탁셀 (Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, N.J.), ABRAXANETM 크레모포어-없음, 파클리탁셀의 알부민-가공된 나노입자 제형 (American Pharmaceutical Partners, Schaumberg, Illinois), 및 TAXOTERE® 도세탁셀 (
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-Poulenc Rorer, Antony, France); 클로란부실; 젬시타빈 (GEMZAR®); 6-티오구아닌; 메르캅토퓨린; 메토트렉세이트; 백금 또는 백금계 화학요법 제제 및 백금 유사체, 예컨대 시스플라틴, 카르보플라틴, 옥살리플라틴 (ELOXATINTM), 사트라플라틴, 피코플라틴, 네다플라틴, 트리플라틴, 및 리포플라틴; 빈블라스틴 (VELBAN®); 백금; 에시드 (VP-16); 이포스파마이드; 미토산트론; 빈크리스틴 (ONCOVIN®); 옥살리플라틴; 류코보빈; 비노렐빈 (NAVELBINE®); 노반트론; 에다트렉세이트; 다우노마이신; 아미노프테린; 이반드로네이트; 이소머라제 억제제 RFS 2000; 디플루오로메틸하이로르니틴 (DMFO); 레티노이드 예컨대 레티노산; 카페시타빈 (XELODA®); 약제학적으로 허용가능한 염, 상기 중 임의의 것의 산 또는 유도체; 뿐만 아니라 상기 중 2 이상의 조합, 예컨대 CHOP (사이클로포스파미드, 독소루비신, 빈크리스틴, 및 프레드니솔론의 약자), 및 FOLFOX, (5-FU 및 류코보린과 조합된 옥살리플라틴 (ELOXATINTM)으로의 치료 레지멘의 약자).추가 화학치료제는 항체 약물 접합체로서 유용한 세포독성제, 예컨대 메이탄시노이드 (DM1, 예를 들어) 및 아우리스타틴 MMAE 및 MMAF를, 예를 들어 포함한다.
"화학치료제"는 또한, 암의 생장을 촉진할 수 있는 호르몬 효과를 조절, 감소, 차단 또는 억제하는데 작용하고, 종종 전신성, 또는 전신 치료의 형태인 "항-호르몬 제제" 또는 "내분비 치료제"를 포함한다. 이들은 자체가 호르몬일 수 있다. 예시는 하기를 포함하는 항-에스트로겐 및 선택적 에스트로겐 수용체 조절물질 (SERM)을 포함한다: 예를 들면, 타목시펜 (NOLVADEX® 타목시펜 포함), EVISTA® 랄록시펜, 드롤록시펜, 4-하이드록시타목시펜, 트리옥시펜, 케녹시펜, LY117018, 오나프리스톤, 및 FARESTON®, 토레미펜; 항-프로게스테론; 에스트로겐 수용체 하향-조절물질 (ERD); 난소를 억제 또는 폐쇄하는 작용을 하는 제제, 루틴화 호르몬-방출 호르몬 (LHRH) 작용제 예컨대 LUPRON® 및 ELIGARD® 류프롤라이드 아세테이트, 고세렐린 아세테이트, 부세렐린 아세테이트 및 트립테레린; 기타 항-안드로겐 예컨대 플루타미드, 닐루타마이드 및 바이칼루타마이드; 및 부신 내 에스트로겐 생산을 조절하는 아로마타제 효소를 억제하는 아로마타제 억제제, 예컨대, 예를 들면, 4(5)-이미다졸, 아미노글루테티미드, MEGASE® 메게스트롤 아세테이트, AROMASIN® 엑세메스탄, 포르메스타니, 파드로졸, RIVISOR® 보로졸, FEMARA® 레트로졸, 및 ARIMIDEX® 아나스트로졸. 또한, 화학치료제의 정의는 하기를 포함한다: 비스포스포네이트 예컨대 클로드로네이트 (예를 들면, BONEFOS® 또는 OSTAC®), DIDROCAL® 에티드로네이트, NE-58095, 졸레드론산/ZOMETA® 졸레드로네이트, FOSAMAX® 알렌드로네이트, AREDIA® 팔미드로네이트, SKELID® 틸루드로네이트, 또는 ACTONEL® 리센드로네이트; 뿐만 아니라 트록사시타빈 (1,3-디옥솔란 뉴클레오시드 시토신 유사체); 안티센스 올리고뉴클레오티드, 특히 비정상 세포 증식과 관련된 신호전달 경로 내의 유전자의 발현을 억제하는 것들, 예컨대, 예를 들면, PKC-알파, Raf 및 H-Ras, 및 표피 생장 인자 수용체 (EGFR); 백신 예컨대 THERATOPE® 백신 및 유전자 치료 요법 백신, 예를 들면, ALLOVECTIN® 백신, LEUVECTIN® 백신, 및 VAXID® 백신; LURTOTECAN®; 토포이소머라제 Ⅰ 억제제; ABARELIX® rmRH; 라파티닙 및 라파티닙 디토실레이트 (ErbB-2 및 EGFR 이중 티로신 키나제 소분자 억제제 (GW572016로도 공지됨)); 및 상기 중 임의의 것의 약제학적으로 허용가능한 염, 산 또는 유도체.
화학치료제는 또한 하기를 포함한다: 알렘투주맙(캄파스(Campath)), 베바시주맙(AVASTIN®, Genentech); 세툭시맙(ERBITUX®, Imclone); 파니투무맙(VECTIBIX®, Amgen), 리툭시맙(RITUXAN®, Genentech/Biogen Idec), 퍼투주맙(OMNITARG®, 2C4, Genentech), 트라스투주맙(HERCEPTIN®, Genentech), 토시투모맙(Bexxar, Corixia) 및 항체 약물 접합체, 젬투주맙 오조가미신(MYLOTARG®, Wyeth). 본 발명의 화합물과 조합된 제제로서 치료적 잠재력을 갖는 추가의 인간화된 단클론성 항체는 하기를 포함한다: 아폴리주맙, 아셀리주맙, 아틀리주맙, 바피뉴주맙, 비바투주맙 메르탄신, 칸투주맙 메르탄신, 세델리주맙, 세르톨리주맙 페골, 시드푸시투주맙, 시드투주맙, 다클리주맙, 에쿨리주맙, 에팔리주맙, 에프라투주맙, 에를리주맙, 펠비주맙, 폰톨리주맙, 젬투주맙 오조가미신, 이노투주맙 오조가미신, 이필리무맙, 라베투주맙, 린투주맙, 마투주맙, 메폴리주맙, 모타비주맙, 모토비주맙, 나탈리주맙, 니모투주맙, 놀로비주맙, 누마비주맙, 오크렐리주맙, 오말리주맙, 팔리비주맙, 파스콜리주맙, 펙푸시투주맙, 펙투주맙, 펙셀리주맙, 랄리비주맙, 라니비주맙, 레슬리비주맙, 레슬리주맙, 레시비주맙, 로벨리주맙, 루플리주맙, 시브로투주맙, 시플리주맙, 손투주맙, 타카투주맙 테트락세탄, 타도시주맙, 탈리주맙, 테피바주맙, 토실리주맙, 토랄리주맙, 트라스투주맙, 투코투주맙 셀모류킨, 투쿠시투주맙, 우마비주맙, 유르톡사주맙, 우스테키누맙, 비실리주맙, 항-인터류킨-12 (ABT-874/J695, Wyeth Research and Abbott Laboratories (인터류킨-12 p40 단백질을 인식하기 위하여 유전적으로 변형된 재조합 배타적 인간-서열, 전장 IgG1 λ 항체)).
화학치료제는 또한 하기를 포함한다: "EGFR 억제제", (EGFR에 결합하거나, 달리는 이에 직접 상호작용하고, 이의 신호전달 활성을 예방 또는 감소시키는 화합물로 지칭되고, 대안적으로 "EGFR 길항제"로 지칭됨). 상기 제제의 예시는 EGFR에 결합하는 항체 및 소분자를 포함한다. EGFR에 결합하는 항체의 예시는 하기를 포함한다: MAb 579 (ATCC CRL HB 8506), MAb 455 (ATCC CRL HB8507), MAb 225 (ATCC CRL 8508), MAb 528 (ATCC CRL 8509) (참고: 미국 특허 제4,943,533호, Mendelsohn et al.) 및 이의 변이체, 예컨대 키메라화된 225 (C225 또는 세툭시맙; ERBUTIX®) 및 재형상화된 인간 225 (H225) (참고: WO 96/40210, Imclone Systems Inc.); IMC-11F8, 완전 인간, EGFR-표적 항체 (Imclone); 유형 II 돌연변이체 EGFR에 결합하는 항체 (미국 특허 제5,212,290호); 미국 특허 제5,891,996호에 기재된, EGFR에 결합하는 인간화되고 키메라성인 항체; 및 EGFR에 결합하는 인간 항체, 예컨대 파니투무맙의 ABX-EGF (참고: WO98/50433, Abgenix/Amgen); EMD 55900 (Stragliotto et al. Eur. J. Cancer 32A:636-640 (1996)); EMD7200 (마투주맙) EGFR 결합 (EMD/Merck)을 위하여 EGF 및 TGF-알파 둘 모두와 경쟁하는 EGFR에 대하여 지향된, 인간화된 EGFR 항체; 및 인간 EGFR 항체, HuMax-EGFR (GenMab); 완전 인간 항체 (하기로 알려짐: E1.1, E2.4, E2.5, E6.2, E6.4, E2.11, E6.3, 및 E7.6.3 그리고 하기에 기술됨: US 6,235,883); MDX-447 (Medarex Inc); 및 mAb 806 또는 인간화된 mAb 806 (Johns et al., J. Biol . Chem . 279(29):30375-30384 (2004)). 항-EGFR 항체는 세포독성 제제와 접합되어 이로써 면역접합체를 생성할 수 있다 (참고: 예를 들어 EP 659 439A2, Merck Patent GmbH). EGFR 길항제는 미국 특허 제5,616,582호, 제5,457,105호, 제5,475,001호, 제5,654,307호, 제5,679,683호, 제6,084,095호, 제6,265,410호, 제6,455,534호, 제6,521,620호, 제6,596,726호, 제6,713,484호, 제5,770,599호, 제6,140,332호, 제5,866,572호, 제6,399,602호, 제6,344,459호, 제6,602,863호, 제6,391,874호, 제6,344,455호, 제5,760,041호, 제6,002,008호 및 제5,747,498호, 뿐만 아니라 하기의 PCT 공보: WO 98/14451, WO 98/50038, WO 99/09016, 및 WO 99/24037에 기술된 화합물과 같은 소분자를 포함한다. 특정한 소분자 EGFR 길항제는 하기를 포함한다: OSI-774 (CP-358774, 에를로티닙, TARCEVA® Genentech/OSI 의약품); PD 183805 (CI 1033, 2-프로펜아미드, N-[4-[(3-클로로-4-플루오로페닐)아미노]-7-[3-(4-모폴리닐)프로폭시]-6-퀴나졸리닐]-, 디하이드로클로라이드, Pfizer Inc.); ZD1839, 게피티닙 (IRESSA®) 4-(3’-클로로-4’-플루오로아닐리노)-7-메톡시-6-(3-모폴리노프로폭시)퀴나졸린, AstraZeneca); ZM 105180 ((6-아미노-4-(3-메틸페닐-아미노)-퀴나졸린, Zeneca); BIBX-1382 (N8-(3-클로로-4-플루오로-페닐)-N2-(1-메틸-피페리딘-4-일)-피리미도[5,4-d]피리미딘-2,8-디아민, Boehringer Ingelheim); PKI-166 ((R)-4-[4-[(1-페닐에틸)아미노]-1H-피롤로[2,3-d]피리미딘-6-일]-페놀); (R)-6-(4-하이드록시페닐)-4-[(1-페닐에틸)아미노]-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘); CL-387785 (N-[4-[(3-브로모페닐)아미노]-6-퀴나졸리닐]-2-부틴아미드(butynamide); EKB-569 (N-[4-[(3-클로로-4-플루오로페닐)아미노]-3-시아노-7-에톡시-6-퀴놀리닐]-4-(디메틸아미노)-2-부텐아미드) (Wyeth); AG1478 (Pfizer); AG1571 (SU 5271; Pfizer); 및 이중 EGFR/HER2 티로신 키나제 억제제 예컨대 라파티닙 (TYKERB®, GSK572016 또는 N-[3-클로로-4-[(3 플루오로페닐)메톡시]페닐]-6[5[[[2메틸설포닐)에틸]아미노]메틸]-2-푸라닐]-4-퀴나졸린아민).
화학치료제는 또한 하기를 포함할 수 있다: 티로신 키나제 억제제 (선행 단락에 주지된 EGFR-표적화된 약물 포함); 소분자 HER2 티로신 키나제 억제제 예컨대 TAK165 (Takeda로부터 이용가능함); CP-724,714, ErbB2 수용체 티로신 키나제의 경구 선택적 억제제 (Pfizer 및 OSI); 이중-HER 저해제 예컨대 EKB-569 (Wyeth로부터 이용가능함) (EGFR에 우선적으로 결합하지만 HER2 및 EGFR-과발현 세포 둘 모두를 억제함); 라파티닙 (GSK572016; Glaxo-SmithKline로부터 이용가능함), 경구 HER2 및 EGFR 티로신 키나제 억제제; PKI-166 (Novartis로부터 이용가능함); 팬(pan)-HER 억제제 예컨대 카네르티닙 (CI-1033; Pharmacia); Raf-1 억제제 예컨대 안티센스 제제 ISIS-5132 (Raf-1 신호전달을 억제하는 ISIS 의약품으로부터 이용가능함); 비-HER 표적화된 TK 억제제 예컨대 이마티닙 메실레이트 (GLEEVEC®, Glaxo SmithKline로부터 이용가능함); 다중-표적화된 티로신 키나제 저해제 예컨대 수니티닙 (SUTENT®, Pfizer로부터 이용가능함); VEGF 수용체 티로신 키나제 저해제 예컨대 바탈라닙 (PTK787/ZK222584, Novartis/Schering AG로부터 이용가능함); MAPK 세포외 조절된 키나제 I 저해제 CI-1040 (Pharmacia로부터 이용가능함); 퀴나졸린, 예컨대 PD 153035,4-(3-클로로아닐리노) 퀴나졸린; 피리도피리미딘; 피리미도피리미딘; 피롤로피리미딘, 예컨대 CGP 59326, CGP 60261 및 CGP 62706; 피라졸로피리미딘, 4-(페닐아미노)-7H-피롤로[2,3-d] 피리미딘; 쿠르쿠민 (디페룰로일 메탄, 4,5-비스 (4-플루오로아닐리노)프탈이미드); 타이르포스틴 (니트로티오펜 모이어티 함유); PD-0183805 (Warner-Lamber); 안티센스 분자 (예를 들면, HER-암호화 핵산에 결합하는 것들); 퀴녹살린 (미국 특허 제5,804,396호); 트리포스틴 (미국 특허 제5,804,396); ZD6474 (Astra Zeneca); PTK-787 (Novartis/Schering AG); 팬(pan)-HER 억제제 예컨대 CI-1033 (Pfizer); 아피니탁 (ISIS 3521; Isis/Lilly); 이마티닙 메실레이트 (GLEEVEC®); PKI 166 (Novartis); GW2016 (Glaxo SmithKline); CI-1033 (Pfizer); EKB-569 (Wyeth); 세막시닙 (Pfizer); ZD6474 (AstraZeneca); PTK-787 (Novartis/Schering AG); INC-1C11 (Imclone), 라파마이신 (시롤리무스, RAPAMUNE®); 또는 하기 특허 공보 중 임의의 것에 기재된 것들: 미국 특허 제5,804,396호; WO 1999/09016 (American Cyanamid); WO 1998/43960 (American Cyanamid); WO 1997/38983 (Warner Lambert); WO 1999/06378 (Warner Lambert); WO 1999/06396 (Warner Lambert); WO 1996/30347 (Pfizer, Inc); WO 1996/33978 (Zeneca); WO 1996/3397 (Zeneca) 및 WO 1996/33980 (Zeneca).
화학치료제는 덱사메타손, 인터페론, 콜히친, 메토프린, 사이클로스포린, 암포테리신, 메트로니다졸, 알렘투주맙, 알리트레티노인, 알로푸리놀, 아미포스틴, 삼산화비소, 아스파라기나제, BCG 생균, 베바쿠지맙, 베사로틴, 클라드리빈, 클로파라빈, 다베포에틴 알파, 데니류킨, 덱스라족산, 에포에틴 알파, 엘로티닙, 필그라스팀, 히스트렐린 아세테이트, 이브리투모맙, 인터페론 알파-2a, 인터페론 알파-2b, 레날리도미드, 레바미졸, 메스나, 메톡살렌, 난드롤론, 넬라라빈, 노페투모맙, 오프렐베킨, 팔리페르민, 파미드로네이트, 페가데마제, 페가스파가제, 페그필그라스팀, 페메트렉세드 2나트륨, 플리카마이신, 포르피머 나트륨, 퀴나크린, 라스부리카제, 사르그라모스팀, 테모졸로미드, VM-26, 6-TG, 토레미펜, 트레티노인, ATRA, 발루비신, 졸레드로네이트 및 졸레드론산 및 이들의 약제학적으로 허용가능한 염을 포함한다.
화학치료제는 또한 하기를 포함한다: 하이드로코르티손, 하이드로코르티손 아세테이트, 코르티손 아세테이트, 틱소코르톨 피발레이트, 트리암시놀론 아세토나이드, 트리암시놀론 알코올, 모메타손, 암시노나이드, 부데소니드, 데소나이드, 플루오시노나이드, 플루오시놀론 아세토나이드, 베타메타손, 베타메타손 나트륨 포스페이트, 덱사메타손, 덱사메타손 나트륨 포스페이트, 플루오코르톨론, 하이드로코르티손-17-부티레이트, 하이드로코르티손-17-발레레이트, 아클로메타손 디프로피오네이트, 베타메타손 발레레이트, 베타메타손 디프로피오네이트, 프레드니카르베이트, 클로베타손-17-부티레이트, 클로베타솔-17-프로피오네이트, 플루오코르톨론 카프로에이트, 플루오코르톨론 피발레이트 및 플루프레드니덴 아세테이트; 면역 선택적 항-염증성 펩티드 (ImSAIDs) 예컨대 페닐알라닌-글루타민-글리신 (FEG) 및 이의 D-이성질체 형태 (feG) (IMULAN BioTherapeutics, LLC); 항-류마티스성 약물 예컨대 아자티오프린, 사이클로스포린 (사이클로스포린 A), D-페니실아민, 금 염, 하이드록시클로로퀸, 레플루노마이드미노사이클린, 설파살라진, 종양 괴사 인자 알파 (TNFα) 차단제 예컨대 에타네르셉트 (ENBREL®), 인플릭시맙 (REMICADE®), 아달리무맙 (HUMIRA®), 세르톨리주맙 페골 (CIMZIA®), 골리무맙 (SIMPONI®), 인터류킨 1 (IL-1) 차단제 예컨대 아나킨라 (KINERET®), T-세포 상호자극 차단제 예컨대 아바타셉트 (ORENCIA®), 인터류킨 6 (IL-6) 차단제 예컨대 토실리주맙 (ACTEMERA®); 인터류킨 13 (IL-13) 차단제 예컨대 레브리키주맙; 인터페론 알파 (IFN) 차단제 예컨대 론탈리주맙; 베타 7 인테그린 차단제 예컨대 rhuMAb 베타7; IgE 경로 차단제 예컨대 항-M1 프라임(prime); 분비된 동형삼량체 LTa3 및 막 결합된 헤테로트리머 LTa1/β2 차단제 예컨대 항-림프독소 알파 (LTa); 여러 종류의 조사 제제 예컨대 티오플라틴, PS-341, 페닐부티레이트, ET-18-OCH3, 및 파르네실 전달효소 억제제 (L-739749, L-744832); 폴리페놀 예컨대 쿠에르세틴, 레스베라트롤, 피세아탄놀, 에피갈로카테카인(epigallocatechine) 갈레이트, 테아플라빈, 플라바놀, 프로시아니딘, 베툴린산 및 이의 유도체; 자가포식 억제제 예컨대 클로로퀸; 델타-9-테트라하이드로칸나비놀 (드로나비놀, MARINOL®); 베타-라파콘; 라파콘; 콜히친; 베툴린산; 아세틸캄프토테신, 스코폴렉틴, 및 9-아미노캄프토테신); 포도필로톡신; 테가푸르 (UFTORAL®); 벡사로텐 (TARGRETIN®); 비스포스포네이트 예컨대 클로드로네이트 (예를 들면, BONEFOS® 또는 OSTAC®), 에티드로네이트 (DIDROCAL®), NE-58095, 졸레드론산/졸레드로네이트 (ZOMETA®), 알렌드로네이트 (FOSAMAX®), 팔미드로네이트 (AREDIA®), 틸루드로네이트 (SKELID®), 또는 리센드로네이트 (ACTONEL®); 및 표피 생장 인자 수용체 (EGF-R); 백신 예컨대 THERATOPE® 백신; 페리포신, COX-2 억제제 (예를 들면 셀레콕십 또는 에토리콕십), 프로테오좀 억제제 (예를 들면 PS341); CCI-779; 티피파르닙 (R11577); 오라페닙, ABT510; Bcl-2 억제제 예컨대 오블리메르센 나트륨 (GENASENSE®); 픽산트론; 파르네실전달효소 억제제 예컨대 로나파르닙 (SCH 6636, SARASARTM); 및 상기 중 임의의 약제학적으로 허용가능한 염, 산 또는 유도체; 뿐만 아니라 상기 중 2종 이상의 조합.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "전구약물"은 친계 약물과 비교하여 종양 세포에 덜 세포독성이고, 더욱 활성인 친계 형태로 전환 또는 효소적으로 활성화될 수 있는 약제학적 활성 물질의 전구체 또는 유도체를 지칭한다. 하기를 참고한다: 예를 들어, Wilman, "Prodrugs in Cancer Chemotherapy"Biochemical Society Transactions, 14, pp. 375-382, 615th Meeting Belfast (1986) 및 Stella et al., "Prodrugs: A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery",Directed Drug Delivery, Borchardt et al., (ed.), pp. 247-267, Humana Press (1985). 본 발명의 전구약물은 비제한적으로 하기를 포함한다: 포스페이트-함유 전구약물, 티오포스페이트-함유 전구약물, 설페이트-함유 전구약물, 펩티드-함유 전구약물, D-아미노산-변형된 전구약물, 글리코실화된 전구약물, β-락탐-함유 전구약물, 임의로 치환된 페녹시아세트아미드-함유 전구약물 또는 임의로 치환된 페닐아세트아미드-함유 전구약물, 5-플루오로시토신 및 다른 5-플루오로우리딘 전구약물 (보다 더 활성인 세포독성 없는(cytotoxic free) 약물로 전환될 수 있음). 본 발명에서의 사용을 위하여 전구약물 형태로 유도될 수 있는 세포독성 약물의 예시는 비제한적으로 상기 기재된 화학치료제를 포함한다.
본원에서 사용될 경우, "생장 억제제"는 시험관내 또는 생체내에서 세포(예를 들면, 생장이 PD-L1 발현에 의존적인 세포)의 생장 및/또는 증식을 억제하는 화합물 또는 조성물을 지칭한다. 따라서, 생장 억제제는 S 상에서 세포의 백분율을 유의미하게 감소시키는 것일 수 있다. 생장 억제성 제제의 예는 (S 상 이외의 위치에서) 세포 주기 진행을 차단하는 제제, 예컨대 G1 상 및 M-상 정지를 유도하는 제제를 포함한다. 고전적 M-상 차단제는 하기를 포함한다: 빈카 (빈크리스틴 및 빈블라스틴), 탁산, 및 토포이소머라제 II 저해제 예컨대 안트라사이클린 항생제 독소루비신 ((8S-시스)-10-[(3-아미노-2,3,6-트리데옥시-α-L-릭소-헥사피라노실)옥시]-7,8,9,10-테트라하이드로-6,8,11-트리하이드록시-8-(하이드록시아세틸)-1-메톡시-5,12-나프타센디온), 에피루비신, 다우노루비신, 에토포시드, 및 블레오마이신. G1을 정지시키고, 또한 S-상 정지로 확대되는 제제는 예를 들면, DNA 알킬화제, 예컨대 타목시펜, 프레드니손, 다카르바진, 메클로르에타민, 시스플라틴, 메토트렉세이트, 5-플루오로우라실, 및 아라-C이다. 추가 정보는 하기에서 발견될 수 있다: "The Molecular Basis of Cancer", Mendelsohn and Israel, eds., Chapter 1, entitled "Cell cycle regulation, oncogenes, and antineoplastic drugs" by Murakami et al. (WB Saunders: Philadelphia, 1995), 특히 p. 13. 탁산(파클리탁셀 및 도세탁셀)은 둘 다 주목(yew tree)에서 유도된 항암 약물이다. 유럽 주목에서 유도된 도세탁셀(TAXOTERE®, Rhone-Poulenc Rorer)은 파클리탁셀의 반합성 유사체(TAXOL®, Bristol-Myers Squibb)이다. 파클리탁셀 및 도세탁셀은 튜불린 이량체로부터 미세소관의 어셈블리를 촉진하고, 탈중합 방지에 의해 미세소관을 안정화하여 세포에서 유사분열의 억제를 야기한다.
"방사선 치료 요법"은 세포를 정상적으로 작용하도록 하거나 세포를 파괴하는 것을 함께 제한하기 위하여 세포에 충분한 손상을 유도하기 위하여 지시된 감마선 또는 베타선의 사용을 의미한다. 치료의 투여량 또는 기간을 결정하기 위하여 본 분야에서 많은 방법이 있을 것이라는 것이 고려된다. 전형적인 치료를 1회성 투여로 실시하였으며, 전형적인 투여량은 1일 당 10 내지 200 단위 (Grays)의 범위이다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "환자" 또는 "피험체"는 상호교환가능하게 사용되며, 예를 들면, 치료가 요구되는 임의의 단일 동물, 더 바람직하게는 포유동물(비-인간 동물, 예를 들면, 개, 고양이, 말, 토끼, 동물원 동물, 소, 돼지, 양, 및 비-인간 영장류 포함)을 지칭한다. 특정 구현예에서, 본원에서 환자는 인간이다.
본원에서 사용된 바와 같이, "투여"는 피험체 (예를 들면, 환자)에 화합물 (예를 들면, 길항제) 또는 약제학적 조성물 (예를 들면, 길항제를 포함한 약제학적 조성물)의 복용량 제공 방법을 의미한다. 투여는, 비경구, 폐내, 및 비강내를 포함한, 임의의 적합한 수단에 의해, 및, 원한다면 국부 치료, 병소내 투여로 될 수 있다. 비경구 주입은, 예를 들어, 근육내, 정맥내, 동맥내, 복강내, 또는 피하 투여를 포함한다. 투여는 모든 적합한 경로, 예컨대 부분적으로 상기 투여가 간단한 것이냐 또는 만성적인 것이냐에 따라, 주사, 예컨대 정맥내 또는 피하 주사에 의해 수행될 수 있다. 비제한적으로 다양한 시점에 걸친 단일 또는 다중 투여, 볼루스 투여 및 펄스 주입을 비롯한 다양한 복용 스케줄이 본원에 고안되었다.
용어 "동시에"는 2 이상의 치료 제제의 투여를 가리키기 위해 사용되는데, 적어도 투여의 일부가 시간적으로 겹치는 것을 가리킨다. 따라서, 동시 투여에는 하나 이상의 다른 제제(들)의 투여를 중단한 후 하나 이상의 제제(들)의 투여가 이어질 때의 투여 레지멘이 포함된다.
"감소 또는 억제"는 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 그 이상의 전체적 감소를 유발하는 능력을 의미한다. 감소 또는 억제는 예를 들어 원발성 종양의 크기, 전이의 크기 또는 존재, 또는 치료될 장애의 증상을 감소 또는 억제시키는 것을 지칭한다.
용어 "패키지 내용물"은 치료학적 제품의 상업 패키지에 통상적으로 포함되는 설명서를 지칭하기 위해 사용되고 이는 상기 치료학적 제품의 사용에 관한 지적사항, 용도, 투여량, 투여, 조합 치료요법, 사용금지 사항 및/또는 경고에 관한 정보를 함유한다.
"멸균된" 제형은 무균성이거나 또는 모든 살아있는 미생물 및 그의 포자가 없다.
"제조 물품"은 적어도 하나의 시약, 예를 들면 본 발명의 바이오마커 (예컨대, PD-L1)를 특이적으로 탐지하기 위한 프로브 또는 질환 또는 장애 (예를 들면, 암)의 치료를 위한 약제를 포함하는 임의의 제조물 또는 키트 (예를 들면, 패키지 또는 용기)이다. 특정 구현예에서, 상기 제조물 또는 키트는 바람직하게는 본 발명의 방법들을 수행하기 위한 단위로서 선전, 유통 또는 판매된다.
본원에 사용된, 어구 "을 기준으로 하여"는, 상기 정보가 하나 이상의 바이오마커가 치료 결정, 패키지 내용물 상에 제공된 정보, 또는 마케팅/홍보 안내사항 등을 알리는데 사용된다는 것을 의미한다.
Ⅲ. 방법
A. 암-관련 유전자의 수준을 기준으로 하는 진단 방법
암 (예를 들면, 방광암, 예를 들면, 요로상피 방광암 (UBC))을 앓는 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함한 치료에 반응할 가능성이 있는지 여부의 계측 방법이 본원에서 제공된다. 또한, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 암 (예컨대, 방광암 (예컨대, UBC))을 앓는 환자의 반응성을 예측하기 위한 방법이 제공된다. 암 (예컨대, 방광암 (예컨대, 요로상피 방광암))을 앓는 환자에 대한 치료 요법을 선택하는 방법이 본 명세서에서 추가로 제공된다. 임의의 이전의 방법은 종양 샘플에서 본원에 기술된 임의의 유전자의 체세포 돌연변이의 수준에 기반을 둘 수 있다. 임의의 방법은 추가로 환자에 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들면, 아래, 섹션 D에서 기재된 바와 같이) 투여하는 단계를 포함할 수 있다. 상기 방법 중 임의의 것은 유효량의 제2 치료제를 환자에 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
본 발명은 방광암을 앓는 환자를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 치료적 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 상기 환자에게 투여하는 단계를 포함하고, 여기서 상기 환자로부터 수득된 종양 샘플은 표 1에 명시된 적어도 하나 이상 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300개 또는 그 이상)에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여, 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는다. 기타 경우에서, 표 1에서 명시된 유전자의 약 1% 이상 (예컨대, 약 2% 이상, 약 3% 이상, 약 4% 이상, 약 5% 이상, 약 6% 이상, 약 7% 이상, 약 8% 이상, 약 9% 이상, 약 10% 이상, 약 11% 이상, 약 12% 이상, 약 13% 이상, 약 14% 이상, 약 15% 이상, 약 20% 이상, 약 25% 이상, 약 30% 이상, 약 35% 이상, 약 40% 이상, 약 45% 이상, 약 50% 이상, 약 55% 이상, 약 60% 이상, 약 65% 이상, 약 70% 이상, 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85% 이상, 약 90% 이상, 약 95% 이상, 또는 약 99% 또는 그 이상)이 증가된 체세포 돌연변이를 갖는 것으로 계측된다. 예를 들어, 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1에 명시된 유전자의 적어도 1/2 또는 약 50%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1에 명시된 유전자의 적어도 2/3 또는 약 67%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1에 명시된 유전자의 적어도 3/4 또는 약 75%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다.
Figure pct00004
체세포 돌연변이의 존재 및/또는 수준 (양)은, 비제한적으로 개체에서의 DNA, mRNA, cDNA, 단백질, 단백질 단편 및/또는 유전자 복제수 수준의 측정치를 포함하는, 당해 분야에 공지된 임의의 적합한 기준을 기반으로 정성적으로 및/또는 정량적으로 측정될 수 있다. 일부 경우에서, 개체의 포괄적인 게놈 프로파일이 계측된다. 일부 경우에서, 개체로부터 수집된 샘플 (예컨대, 조직 샘플, 포르말린-고정된, 파라핀-포매된 (FFPE) 조직 샘플, 코어 또는 미세 니들 생검)의 포괄적 게놈 프로파일이 계측된다. 일부 경우에서, 게놈 프로파일의 계측은 암의 명확한 드라이버 (예를 들어, 고형 종양)로 알려져 있는 게놈 변형 (예를 들어, 체세포 돌연변이 (예를 들어, 염기 치환, 염기 삽입결실, 복제 수 변형 (CNA) 및 재배열))을 동정하기 위해 당해 분야에 공지되거나 본원에 기재된 차세대 서열분석 방법을 적용하는 것을 포함한다. 일부 경우에서, 이 시험은 동시에, 암에서 재배열되거나 변형된 28개의 유전자의 인트론과 315개의 암-관련된 유전자의 암호화 영역을 500 배 초과의 적용범위의 전형적인 중앙 깊이로 서열분석한다. 일부 경우에서 각각의 적용된 서열분석 판독은 종양 불균질성, 낮은 종양 순도 및 작은 조직 샘플로 인해 낮은 빈도로 발생하는 게놈 변형의 고도로 민감하고 특정의 탐지를 가능하게 하는 특유의 DNA 단편을 나타낸다.
본 발명은 방광암을 앓는 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있는지 여부를 계측하기 위한 방법이 제공되며, 상기 방법은 환자로부터 수득된 종양 샘플에서 체세포 돌연변이의 수준을 계측하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 종양 샘플의 표 1에 명시된 적어도 하나 이상의 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300개 또는 그 이상) 유전자에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 예를 들어, 일부 경우에서, 종양 샘플 중 표 1에 명시된 유전자 중 적어도 약 1/3에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 기타 경우에서, 종양 샘플 중 표 1에 명시된 유전자 중 적어도 약 2/3에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 기타 경우에서, 종양 샘플 중 표 1에 명시된 유전자 중 적어도 약 3/4에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 기타 경우에서, 표 1에서 명시된 유전자의 약 1% 이상 (예컨대, 약 2% 이상, 약 3% 이상, 약 4% 이상, 약 5% 이상, 약 6% 이상, 약 7% 이상, 약 8% 이상, 약 9% 이상, 약 10% 이상, 약 11% 이상, 약 12% 이상, 약 13% 이상, 약 14% 이상, 약 15% 이상, 약 20% 이상, 약 25% 이상, 약 30% 이상, 약 35% 이상, 약 40% 이상, 약 45% 이상, 약 50% 이상, 약 55% 이상, 약 60% 이상, 약 65% 이상, 약 70% 이상, 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85% 이상, 약 90% 이상, 약 95% 이상, 또는 약 99% 또는 그 이상)이 증가된 체세포 돌연변이를 갖는 것으로 계측된다. 예를 들어, 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1에 명시된 유전자의 적어도 1/2 또는 약 50%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1에 명시된 유전자의 적어도 2/3 또는 약 67%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1에 명시된 유전자의 적어도 3/4 또는 약 75%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다.
본 발명은 추가로, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대한 방광암을 앓는 환자의 반응성을 예측하기 위한 방법이 제공되며, 상기 방법은 환자로부터 수득된 종양 샘플에서 체세포 돌연변이의 수준을 계측하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 종양 샘플의 표 1에 명시된 적어도 하나 이상의 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300개 또는 그 이상) 유전자에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 예를 들어, 일부 경우에서, 종양 샘플 중 표 1에 명시된 유전자 중 적어도 약 1/3에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 기타 경우에서, 종양 샘플 중 표 1에 명시된 유전자 중 적어도 약 2/3에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 기타 경우에서, 종양 샘플 중 표 1에 명시된 유전자 중 적어도 약 3/4에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 기타 경우에서, 표 1에서 명시된 유전자의 약 1% 이상 (예컨대, 약 2% 이상, 약 3% 이상, 약 4% 이상, 약 5% 이상, 약 6% 이상, 약 7% 이상, 약 8% 이상, 약 9% 이상, 약 10% 이상, 약 11% 이상, 약 12% 이상, 약 13% 이상, 약 14% 이상, 약 15% 이상, 약 20% 이상, 약 25% 이상, 약 30% 이상, 약 35% 이상, 약 40% 이상, 약 45% 이상, 약 50% 이상, 약 55% 이상, 약 60% 이상, 약 65% 이상, 약 70% 이상, 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85% 이상, 약 90% 이상, 약 95% 이상, 또는 약 99% 또는 그 이상)이 증가된 체세포 돌연변이를 갖는 것으로 계측된다. 예를 들어, 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1에 명시된 유전자의 적어도 1/2 또는 약 50%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1에 명시된 유전자의 적어도 2/3 또는 약 67%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1에 명시된 유전자의 적어도 3/4 또는 약 75%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다.
본 발명은 또한 추가로, 방광암을 앓는 환자에 대한 치료 요법을 선택하기 위한 방법이 제공되며, 상기 방법은 환자로부터 수득된 종양 샘플에서 체세포 돌연변이의 수준을 계측하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 종양 샘플의 표 1에 명시된 적어도 하나 이상의 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300개 또는 그 이상) 유전자에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 예를 들어, 일부 경우에서, 종양 샘플 중 표 1에 명시된 유전자 중 적어도 약 1/3에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 기타 경우에서, 종양 샘플 중 표 1에 명시된 유전자 중 적어도 약 2/3에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 기타 경우에서, 종양 샘플 중 표 1에 명시된 유전자 중 적어도 약 3/4에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 기타 경우에서, 표 1에서 명시된 유전자의 약 1% 이상 (예컨대, 약 2% 이상, 약 3% 이상, 약 4% 이상, 약 5% 이상, 약 6% 이상, 약 7% 이상, 약 8% 이상, 약 9% 이상, 약 10% 이상, 약 11% 이상, 약 12% 이상, 약 13% 이상, 약 14% 이상, 약 15% 이상, 약 20% 이상, 약 25% 이상, 약 30% 이상, 약 35% 이상, 약 40% 이상, 약 45% 이상, 약 50% 이상, 약 55% 이상, 약 60% 이상, 약 65% 이상, 약 70% 이상, 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85% 이상, 약 90% 이상, 약 95% 이상, 또는 약 99% 또는 그 이상)이 증가된 체세포 돌연변이를 갖는 것으로 계측된다. 예를 들어, 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1에 명시된 유전자의 적어도 1/2 또는 약 50%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1에 명시된 유전자의 적어도 2/3 또는 약 67%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1에 명시된 유전자의 적어도 3/4 또는 약 75%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다.
선행 방법 중 임의의 것에서, 표 1에 명시된 유전자에서의 체세포 돌연변이는, 표 1에 명시된 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준에 대하여, 약 1% 이상 (예컨대, 약 2% 이상, 약 3% 이상, 약 4% 이상, 약 5% 이상, 약 6% 이상, 약 7% 이상, 약 8% 이상, 약 9% 이상, 약 10% 이상, 약 11% 이상, 약 12% 이상, 약 13% 이상, 약 14% 이상, 약 15% 이상, 약 20% 이상, 약 25% 이상, 약 30% 이상, 약 35% 이상, 약 40% 이상, 약 45% 이상, 약 50% 이상, 약 60% 이상, 약 65% 이상, 약 70% 이상, 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85% 이상, 또는 약 90% 이상) 만큼 증가된 것으로 계측되었다. 예를 들어, 일부 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 1% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 5% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 기타 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 10% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 15% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 또 다른 기타 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 20% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 추가 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 25% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 30% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 35% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 40% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 50% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 기타 경우에서, 표 1에서 명시된 유전자의 약 1% 이상 (예컨대, 약 2% 이상, 약 3% 이상, 약 4% 이상, 약 5% 이상, 약 6% 이상, 약 7% 이상, 약 8% 이상, 약 9% 이상, 약 10% 이상, 약 11% 이상, 약 12% 이상, 약 13% 이상, 약 14% 이상, 약 15% 이상, 약 20% 이상, 약 25% 이상, 약 30% 이상, 약 35% 이상, 약 40% 이상, 약 45% 이상, 약 50% 이상, 약 55% 이상, 약 60% 이상, 약 65% 이상, 약 70% 이상, 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85% 이상, 약 90% 이상, 약 95% 이상, 또는 약 99% 또는 그 이상)이 증가된 체세포 돌연변이를 갖는 것으로 계측된다. 예를 들어, 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1에 명시된 유전자의 적어도 1/2 또는 약 50%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1에 명시된 유전자의 적어도 2/3 또는 약 67%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1에 명시된 유전자의 적어도 3/4 또는 약 75%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다.
선행 방법 중 임의의 것에서, 상기 방법은 종양 샘플 중 체세포 돌연변이의 수준을 기준으로 하여, PD-L1 축 결합 길항제의 치료적 유효량을 상기 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. PD-L1 축 결합 길항제는 본원에 기술되거나 본 분야에 공지된, 예를 들어 하기 섹션 D에서의, 임의의 PD-L1 축 결합 길항제일 수 있다.
예를 들어, 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. 일부 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대의 하나 이상으로의 PD-L1의 결합을 억제한다. 기타 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1에 대한 결합을 억제한다. 추가 기타 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 B7-1에 대한 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1 및 B7-1 둘 모두에 대한 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 항체이다. 일부 경우에서, 항체는 하기로 구성된 군으로부터 선택된다: YW243.55.S70, MPDL3280A (아테졸리주맙), MDX-1105, MEDI4736 (두르발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙). 일부 경우에서, 상기 항체는 서열 번호 19의 HVR-H1 서열, 서열 번호 20의 HVR-H2 서열, 및 서열 번호 21의 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열 번호 22의 HVR-L1 서열, 서열 번호 23의 HVR-L2 서열, 및 서열 번호 24의 HVR-L3 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 경우에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호 26의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열 번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역.
일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. 예를 들어, 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대의 하나 이상으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 기타 경우에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L2으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 추가 기타 경우에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및 PD-L2 둘 모두로의 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 항체이다. 일부 경우에서, 항체는 하기로 구성된 군으로부터 선택된다: MDX-1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), CT-011 (피딜리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108. 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 Fc-융합 단백질이다. 예를 들어, 일부 경우에서, Fc-융합 단백질은 AMP-224이다.
일부 경우에서, 상기 방법은 제2 치료제의 유효량을 환자에 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 경우에서, 제2 치료제는 하기로 이루어진 군으로부터 선택된다: 세포독성제, 생장-억제제, 방사선 치료제, 항-혈관형성제, 및 이들의 조합.
선행 경우 중 임의의 것에서, 방광암은 비제한적으로 비-근육 침습성 요로상피 방광암, 근육-침습성 요로상피 방광암, 또는 전이성 요로상피 방광암을 포함하는 요로상피 방광암일 수 있다.
체세포 돌연변이의 존재 및/또는 수준 (양)은, 비제한적으로 DNA, mRNA, cDNA, 단백질, 단백질 단편 및/또는 유전자 복제수를 포함하는, 당해 분야에 공지된 임의의 적합한 기준을 기반으로 정성적으로 및/또는 정량적으로 측정될 수 있다.
이전의 사례들 중 임의의 사례에서, 체세포 돌연변이는 치환, 결실 및/또는 삽입 일 수 있다.
임의의 이전의 방법에서, 환자로부터 수득된 샘플은 조직, 전혈, 혈장, 혈청, 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다. 일부 경우에서, 샘플은 보존된 조직 샘플이다. 일부 경우에서, 조직 샘플은 종양 샘플이다. 일부 경우에서, 종양 샘플은 종양-침윤 면역 세포, 종양 세포, 기질 세포, 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다. 선행 경우 중 임의의 것에서, 종양 샘플은 포르말린-고정 및 파라핀-포매(FFPE) 종양 샘플, 보관 종양 샘플, 신선한 종양 샘플, 또는 동결된 종양 샘플일 수 있다.
특정 경우에서, 제1 샘플에서 체세포 돌연변이의 존재 및/또는 수준(양)은 제2 샘플에서 상기 체세포 돌연변이의 존재/부재 및/또는 수준(양)에 비교될 때 증가되거나 또는 상승된다. 특정 경우에서, 제1 샘플에서 체세포 돌연변이의 존재/부재 및/또는 수준(양)은 제2 샘플에서 상기 체세포 돌연변이의 존재 및/또는 수준(양)에 비교될 때 감소되거나 또는 하락된다. 특정 경우에서, 제2 샘플은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직이다. 체세포 돌연변이의 존재/부재 및/또는 수준(양)을 계측하기 위한 추가의 개시내용이 본 명세서에 기술되어 있다.
특정 경우에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 시험 샘플이 수득될 때보다 하나 이상의 상이한 시점에서 수득된 동일한 피험체 또는 개체로부터 단일 샘플 또는 다중 샘플의 조합이다. 예를 들어, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 시험 샘플이 수득될 때보다 동일한 피험체 또는 개체로부터 조기 시점에서 수득된다. 이러한 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 만일 참조 샘플이 암의 초기 진단 동안 수득되고 그리고 시험 샘플은 암이 전이성이 된 때 나중에 수득되면 유용할 수 있다.
특정 경우에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 하나 이상의 건강한 개인으로부터 다중 샘플의 조합이다. 특정 경우에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 상기 피험체 또는 개체가 아닌 질환 또는 장애 (예를 들면, 암)를 갖는 하나 이상의 개인으로부터 다중 샘플의 조합이다. 특정 경우에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 하나 이상의 개인으로부터 정상 조직 또는 풀링된 혈장 또는 혈청 샘플로부터 풀링된 RNA 샘플이다. 특정 경우에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 질환 또는 장애 (예를 들면, 암)를 갖는 하나 이상의 개인으로부터 종양 조직 또는 풀링된 혈장 또는 혈청 샘플로부터 풀링된 RNA 샘플이다.
본원에 기술된 임의의 방법의 일부 경우에서, 상승된 또는 증가된 수준은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때 본 명세서에서 기재된 것과 같은 공지된 방법의 표준 기술에 의해 탐지된, 체세포 돌연변이의 수준에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 전체 증가를 지칭한다. 특정 경우에서, 상승된 수준은 샘플에서 체세포 돌연변이의 수준/양에서의 증가를 지칭하고 여기서 상기 증가는 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 체세포 돌연변이의 적어도 약 1.5×, 1.75×, 2×, 3×, 4×, 5×, 6×, 7×, 8×, 9×, 10×, 25×, 50×, 75× 또는 100× 수준/양이다. 일부 경우에서, 상승된 수준은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때 약 1.5-배, 약 1.75-배, 약 2-배, 약 2.25-배, 약 2.5-배, 약 2.75-배, 약 3.0-배, 또는 약 3.25-배 초과의 전체 증가를 지칭한다. 일부 경우에서, 체세포 돌연변이의 상승된 또는 증가된 수준은 체세포 돌연변이 (예를 들어, 점 돌연변이, 삽입 및 결실 (예를 들어, 염기 삽입결실), 증폭, 유전자 복제, 복제수 변형(CNA) 및 재배열)의 하나 이상의 부류의 수준에 있어서 전체 증가 및/또는 참조 수준과 비교된 샘플의 특정 체세포 돌연변이 수준의 전체 증가를 지칭한다.
본원에 기술된 임의의 방법의 일부 경우에서, 감소된 수준은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때 본 명세서에서 기재된 것과 같은 공지된 방법의 표준 기술에 의해 탐지된, 체세포 돌연변이의 수준에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 전체 감소를 지칭한다. 특정 경우에서, 감소된 수준은 샘플에서 체세포 돌연변이의 수준/양에서의 감소를 지칭하고 여기서 상기 감소는 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 체세포 돌연변이의 적어도 약 0.9×, 0.8×, 0.7×, 0.6×, 0.5×, 0.4×, 0.3×, 0.2×, 0.1×, 0.05×, 또는 0.01×수준/양이다. 일부 경우에서, 체세포 돌연변이의 하락된 또는 감소된 수준은 체세포 돌연변이 (예를 들어, 점 돌연변이, 삽입 및 결실 (예를 들어, 염기 삽입결실), 증폭, 유전자 복제, 복제수 변형(CNA) 및 재배열)의 하나 이상의 부류의 수준에 있어서 전체 감소 및/또는 참조 수준과 비교된 샘플의 특정 체세포 돌연변이 수준의 전체 감소를 지칭한다.
B. 암에서 재배열된 유전자의 수준을 기반으로 한 진단 방법
표 2에 열거된 유전자 중 임의의 하나의 재배열 수준을 기반으로 하여 암 [예컨대, 방광암 (예컨대, UBC)]을 앓고 있는 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있는지 여부를 계측하기 위해 개별적으로 또는 상기 섹션 A에 제시된 임의의 선행 방법과 조합하여 사용될 수 있는 방법이 본원에 제공된다. 예를 들어, 표 2에서 열거된 유전자 중 하나 이상 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20개 또는 그 이상)의 재배열은, 암을 앓는 환자 [예컨대, 방광암 (예컨대, UBC)]가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있는지 여부를 계측할 수 있다. 기타 경우에서, 예를 들어, 표 1에 열거된 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300개 또는 그 이상의) 체세포 돌연변이 증가와 조합하여, 표 2에 열거된 것들 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20개 또는 그 이상의) 유전자의 재배열 수준의 증가는 암 [예를 들어, 방광암 (예를 들어, UBC)]을 앓고 있는 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있는지 여부를 계측할 수 있다.
또한, 표 2에 열거된 유전자 중 임의의 하나의 재배열 수준을 기준으로 하여 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대한 암 [예를 들어, 방광암 (예를 들어, 요로상피 방광암)]을 앓고 있는 환자의 반응성을 예측하기 위해 개별적으로 또는 상기 섹션 A에 제시된 임의의 선행 방법과 조합하여 사용될 수 있는 방법이 본원에 제공된다. 예를 들어, 표 2에서 열거된 유전자 중 하나 이상 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20개 또는 그 이상)의 재배열은, 암을 앓는 환자 [예컨대, 방광암 (예컨대, UBC)]가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있는지 여부를 예측할 수 있다. 기타 경우에서, 예를 들어, 표 1에 열거된 유전자 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300개 또는 그 이상의) 체세포 돌연변이 증가와 조합하여, 표 2에 열거된 것들 중 하나 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20개 또는 그 이상의) 유전자의 재배열 수준의 증가는 암 [예를 들어, 방광암 (예를 들어, UBC)]을 앓고 있는 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있는지 여부를 예측할 수 있다. 임의의 방법은 추가로 (예를 들면, 아래, 섹션 D에서 기재된 바와 같은) 환자에 PD-L1 축 결합 길항제 투여하는 단계를 포함할 수 있다. 상기 방법 중 임의의 것은 유효량의 제2 치료제를 환자에 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
본 발명은 방광암을 앓는 환자를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 치료적 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 상기 환자에게 투여하는 단계를 포함하고, 여기서 상기 환자로부터 수득된 종양 샘플은 표 2에 명시된 적어도 하나 이상 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20개 또는 그 이상)의 유전자에서의 재배열의 참조 수준과 비교하여, 표 2에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 재배열의 증가된 수준을 갖는다. 기타 경우에서, 표 2에서 명시된 유전자의 약 1% 이상 (예컨대, 약 2% 이상, 약 3% 이상, 약 4% 이상, 약 5% 이상, 약 6% 이상, 약 7% 이상, 약 8% 이상, 약 9% 이상, 약 10% 이상, 약 11% 이상, 약 12% 이상, 약 13% 이상, 약 14% 이상, 약 15% 이상, 약 20% 이상, 약 25% 이상, 약 30% 이상, 약 35% 이상, 약 40% 이상, 약 45% 이상, 약 50% 이상, 약 55% 이상, 약 60% 이상, 약 65% 이상, 약 70% 이상, 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85% 이상, 약 90% 이상, 약 95% 이상, 또는 약 99% 또는 그 이상)이 증가된 수준의 재배열을 갖는 것으로 계측된다. 예를 들어, 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 2에 명시된 유전자의 적어도 1/2 또는 약 50%에서 재배열의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 2에 명시된 유전자의 적어도 2/3 또는 약 67%에서 재배열의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 2에 명시된 유전자의 적어도 3/4 또는 약 75%에서 재배열의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 표 2에 열거된 임의의 유전자에서의 재배열의 상승된 수준과 병용하여, 표 1에 명시된 유전자 중 하나 이상 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300개 또는 그 이상)은, 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여, 증가된 수준의 체세포 돌연변이를 갖는 것으로 계측되었다.
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체세포 돌연변이의 존재 및/또는 수준(양)은, 비제한적으로 개체에서의 DNA, mRNA, cDNA, 단백질, 단백질 단편 및/또는 유전자 복제수 수준의 측정치를 포함하는 당해 분야에 공지된 임의의 적합한 기준을 기반으로, 정성적 및/또는 정량적으로 측정될 수 있다. 일부 경우에서, 개체의 포괄적인 게놈 프로파일이 계측된다. 일부 경우에서, 개체로부터 수집된 샘플 [예컨대, 조직 샘플, 포르말린-고정된, 파라핀-포매된(FFPE) 조직 샘플, 코어 또는 미세 니들 생검]의 포괄적인 게놈 프로파일이 계측된다. 일부 경우에서, 게놈 프로파일의 계측은 암(예를 들어, 고형 종양)의 명확한 유발자로 알려져있는 게놈 변형 [예를 들어, 체세포 돌연변이 (예를 들어, 염기 치환, 염기 삽입결실, 복제 수 변형 (CNA) 및 재배열)]을 동정하기 위해 당해 분야에 공지되거나 본원에 기재된 차세대 서열분석 방법을 적용하는 것을 포함한다. 일부 경우에서, 이 시험은 동시에, 암에서 재배열된 28개의 유전자의 인트론과 315개의 암-관련된 유전자의 암호화 영역을 500배 초과의 적용범위의 통상적인 중앙 깊이로 서열분석한다. 일부 경우에서, 각각의 적용된 서열분석 판독은 종양 불균질성, 낮은 종양 순도 및 작은 조직 샘플로 인해 낮은 빈도로 발생하는 게놈 변형의 고도로 민감하고 특정의 탐지를 가능하게 하는 특유의 DNA 단편을 나타낸다.
본 발명은 방광암을 앓는 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있는지 여부를 계측하기 위한 방법이 제공되며, 상기 방법은 환자로부터 수득된 종양 샘플에서 재배열의 수준을 계측하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 종양 샘플의 표 1에 명시된 적어도 하나 이상 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20개 또는 그 이상)의 유전자에서 재배열의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 예를 들어, 일부 경우에서, 종양 샘플 중 표 2에 명시된 유전자 중 적어도 약 1/3에서의 재배열의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 기타 경우에서, 종양 샘플 중 표 2에 명시된 유전자 중 적어도 약 2/3에서의 재배열의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 기타 경우에서, 종양 샘플 중 표 2에 명시된 유전자 중 적어도 약 3/4에서의 재배열의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 기타 경우에서, 표 2에서 명시된 유전자의 약 1% 이상 (예컨대, 약 2% 이상, 약 3% 이상, 약 4% 이상, 약 5% 이상, 약 6% 이상, 약 7% 이상, 약 8% 이상, 약 9% 이상, 약 10% 이상, 약 11% 이상, 약 12% 이상, 약 13% 이상, 약 14% 이상, 약 15% 이상, 약 20% 이상, 약 25% 이상, 약 30% 이상, 약 35% 이상, 약 40% 이상, 약 45% 이상, 약 50% 이상, 약 55% 이상, 약 60% 이상, 약 65% 이상, 약 70% 이상, 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85% 이상, 약 90% 이상, 약 95% 이상, 또는 약 99% 또는 그 이상)이 증가된 재배열을 갖는 것으로 계측된다. 예를 들어, 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 2에 명시된 유전자의 적어도 1/2 또는 약 50%에서 재배열의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 2에 명시된 유전자의 적어도 2/3 또는 약 67%에서 재배열의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 2에 명시된 유전자의 적어도 3/4 또는 약 75%에서 재배열의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 표 2에 열거된 임의의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 상승된 수준과 병용하여, 표 1에 명시된 하나 이상 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300개 또는 그 이상)의 유전자는, 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여, 증가된 수준의 체세포 돌연변이를 갖는 것으로 계측되었다.
본 발명은 추가로, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대한 방광암을 앓는 환자의 반응성을 예측하기 위한 방법이 제공되며, 상기 방법은 환자로부터 수득된 종양 샘플에서 재배열의 수준을 계측하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 종양 샘플의 표 1에 명시된 적어도 하나 이상 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20개 또는 그 이상)의 유전자에서 재배열의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 예를 들어, 일부 경우에서, 종양 샘플 중 표 2에 명시된 유전자 중 1/3에서의 재배열의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 기타 경우에서, 종양 샘플에서 표 2에 제시된 유전자의 3분의 2에서 재배열의 증가된 수준은 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다는 것을 나타낸다. 기타 경우에서, 종양 샘플에서 표 2에 제시된 유전자의 4분의 3에서 재배열의 증가된 수준은 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다는 것을 나타낸다. 기타 경우에서, 표 2에서 명시된 유전자의 약 1% 이상 (예컨대, 약 2% 이상, 약 3% 이상, 약 4% 이상, 약 5% 이상, 약 6% 이상, 약 7% 이상, 약 8% 이상, 약 9% 이상, 약 10% 이상, 약 11% 이상, 약 12% 이상, 약 13% 이상, 약 14% 이상, 약 15% 이상, 약 20% 이상, 약 25% 이상, 약 30% 이상, 약 35% 이상, 약 40% 이상, 약 45% 이상, 약 50% 이상, 약 55% 이상, 약 60% 이상, 약 65% 이상, 약 70% 이상, 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85% 이상, 약 90% 이상, 약 95% 이상, 또는 약 99% 또는 그 이상)이 증가된 재배열을 갖는 것으로 계측된다. 예를 들어, 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 2에 명시된 유전자의 적어도 1/2 또는 약 50%에서 재배열의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 2에 명시된 유전자의 적어도 2/3 또는 약 67%에서 재배열의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 2에 명시된 유전자의 적어도 3/4 또는 약 75%에서 재배열의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 표 2에 열거된 임의의 유전자에서의 재배열의 상승된 수준과 병용하여, 표 1에 명시된 하나 이상 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300개 또는 그 이상)의 유전자는, 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여, 증가된 수준의 체세포 돌연변이를 갖는 것으로 계측되었다.
본 발명은 또한 추가로, 방광암을 앓는 환자에 대한 치료 요법을 선택하기 위한 방법이 제공되며, 상기 방법은 환자로부터 수득된 종양 샘플에서 재배열의 수준을 계측하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 종양 샘플의 표 1에 명시된 적어도 하나 이상 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20개 또는 그 이상)의 유전자에서의 재배열의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 예를 들어, 일부 경우에서, 종양 샘플 중 표 2에 명시된 유전자 중 1/3에서의 재배열의 증가된 수준은, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있다는 것을 표지한다. 기타 경우에서, 종양 샘플에서 표 2에 제시된 유전자의 3분의 2에서 재배열의 증가된 수준은 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다는 것을 나타낸다. 기타 경우에서, 종양 샘플에서 표 2에 제시된 유전자의 4분의 3에서 재배열의 증가된 수준은 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다는 것을 나타낸다. 기타 경우에서, 표 2에서 명시된 유전자의 약 1% 이상 (예컨대, 약 2% 이상, 약 3% 이상, 약 4% 이상, 약 5% 이상, 약 6% 이상, 약 7% 이상, 약 8% 이상, 약 9% 이상, 약 10% 이상, 약 11% 이상, 약 12% 이상, 약 13% 이상, 약 14% 이상, 약 15% 이상, 약 20% 이상, 약 25% 이상, 약 30% 이상, 약 35% 이상, 약 40% 이상, 약 45% 이상, 약 50% 이상, 약 55% 이상, 약 60% 이상, 약 65% 이상, 약 70% 이상, 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85% 이상, 약 90% 이상, 약 95% 이상, 또는 약 99% 또는 그 이상)이 증가된 재배열을 갖는 것으로 계측된다. 예를 들어, 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 2에 명시된 유전자의 적어도 1/2 또는 약 50%에서 재배열의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 2에 명시된 유전자의 적어도 2/3 또는 약 67%에서 재배열의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 2에 명시된 유전자의 적어도 3/4 또는 약 75%에서 재배열의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 표 2에 열거된 임의의 유전자에서의 재배열의 상승된 수준과 병용하여, 표 1에 명시된 하나 이상 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300개 또는 그 이상)의 유전자는, 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여, 증가된 수준의 체세포 돌연변이를 갖는 것으로 계측되었다.
선행 방법 중 임의의 것에서, 표 2에 명시된 유전자에서의 재배열은, 표 2에 명시된 유전자에서의 재배열의 참조 수준에 대하여, 약 1% 이상 (예컨대, 약 2% 이상, 약 3% 이상, 약 4% 이상, 약 5% 이상, 약 6% 이상, 약 7% 이상, 약 8% 이상, 약 9% 이상, 약 10% 이상, 약 11% 이상, 약 12% 이상, 약 13% 이상, 약 14% 이상, 약 15% 이상, 약 20% 이상, 약 25% 이상, 약 30% 이상, 약 35% 이상, 약 40% 이상, 약 45% 이상, 약 50% 이상, 약 60% 이상, 약 65% 이상, 약 70% 이상, 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85% 이상, 또는 약 90% 이상) 만큼 증가된 것으로 계측되었다. 예를 들어, 일부 경우에서, 하나 이상의 재배열의 수준은 약 1% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 재배열의 수준은 약 5% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 기타 경우에서, 하나 이상의 재배열의 수준은 약 10% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 재배열의 수준은 약 15% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 또 다른 기타 경우에서, 하나 이상의 재배열의 수준은 약 20% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 추가 경우에서, 하나 이상의 재배열의 수준은 약 25% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 재배열의 수준은 약 30% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 재배열의 수준은 약 35% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 재배열의 수준은 약 40% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 재배열의 수준은 약 50% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 기타 경우에서, 표 2에서 명시된 유전자의 약 1% 이상 (예컨대, 약 2% 이상, 약 3% 이상, 약 4% 이상, 약 5% 이상, 약 6% 이상, 약 7% 이상, 약 8% 이상, 약 9% 이상, 약 10% 이상, 약 11% 이상, 약 12% 이상, 약 13% 이상, 약 14% 이상, 약 15% 이상, 약 20% 이상, 약 25% 이상, 약 30% 이상, 약 35% 이상, 약 40% 이상, 약 45% 이상, 약 50% 이상, 약 55% 이상, 약 60% 이상, 약 65% 이상, 약 70% 이상, 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85% 이상, 약 90% 이상, 약 95% 이상, 또는 약 99% 또는 그 이상)이 증가된 재배열을 갖는 것으로 계측된다. 예를 들어, 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 2에 명시된 유전자의 적어도 1/2 또는 약 50%에서 재배열의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 2에 명시된 유전자의 적어도 2/3 또는 약 67%에서 재배열의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 2에 명시된 유전자의 적어도 3/4 또는 약 75%에서 재배열의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 표 2에 열거된 임의의 유전자에서의 재배열의 상승된 수준과 병용하여, 표 1에 명시된 하나 이상 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300개 또는 그 이상)의 유전자는, 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여, 증가된 수준의 체세포 돌연변이를 갖는 것으로 계측되었다.
선행 방법 중 임의의 것에서, 상기 방법은 하기를 추가로 포함할 수 있다: 종양 샘플 중 체세포 돌연변이의 수준을 기준으로 하여, PD-L1 축 결합 길항제의 치료적 유효량을 상기 환자에게 투여하는 단계. PD-L1 축 결합 길항제는 본원에 기술되거나 본 분야에 공지된, 예를 들어 하기 섹션 D에서의 임의의 PD-L1 축 결합 길항제일 수 있다.
예를 들어, 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. 일부 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대의 하나 이상으로의 PD-L1의 결합을 억제한다. 기타 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1에 대한 결합을 억제한다. 추가 기타 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 B7-1에 대한 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1 및 B7-1 둘 모두에 대한 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 항체이다. 일부 경우에서, 항체는 하기로 구성된 군으로부터 선택된다: YW243.55.S70, MPDL3280A (아테졸리주맙), MDX-1105, MEDI4736 (두르발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙). 일부 경우에서, 상기 항체는 서열 번호 19의 HVR-H1 서열, 서열 번호 20의 HVR-H2 서열 , 및 서열 번호 21의 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열 번호 22의 HVR-L1 서열, 서열 번호 23의 HVR-L2 서열, 및 서열 번호 24의 HVR-L3 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 경우에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호 26의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열 번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역.
일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. 예를 들어, 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대의 하나 이상으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 기타 경우에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L2으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 추가 기타 경우에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및 PD-L2 둘 모두로의 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 항체이다. 일부 경우에서, 항체는 하기로 구성된 군으로부터 선택된다: MDX-1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), CT-011 (피딜리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108. 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 Fc-융합 단백질이다. 예를 들어, 일부 경우에서, Fc-융합 단백질은 AMP-224이다.
일부 경우에서, 상기 방법은 제2 치료제의 유효량을 환자에 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 경우에서, 제2 치료제는 하기로 이루어진 군으로부터 선택된다: 세포독성제, 생장-억제제, 방사선 치료제, 항-혈관형성제, 및 이들의 조합.
선행 경우 중 임의의 것에서, 방광암은 비제한적으로 비-근육 침습성 요로상피 방광암, 근육-침습성 요로상피 방광암, 또는 전이성 요로상피 방광암을 포함하는 요로상피 방광암일 수 있다.
이전의 사례들 중 임의의 사례에서, 체세포 돌연변이의 존재 및/또는 수준 (양)은 DNA, mRNA, cDNA, 단백질, 단백질 단편 및/또는 유전자 복제수를 포함하는, 당해 분야에 공지된 임의의 적합한 기준을 기반으로 정성적으로 및/또는 정량적으로 측정될 수 있다.
이전의 사례들 중 임의의 사례에서, 체세포 돌연변이는 치환, 결실 및/또는 삽입 일 수 있다. 예를 들어, 일부 경우에서, 체세포 돌연변이는 복제수 변형 및/또는 재배열일 수 있다.
임의의 이전의 방법에서, 환자로부터 수득된 샘플은 조직, 전혈, 혈장, 혈청, 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다. 일부 경우에서, 샘플은 보존된 조직 샘플이다. 일부 경우에서, 조직 샘플은 종양 샘플이다. 일부 경우에서, 종양 샘플은 종양-침윤 면역 세포, 종양 세포, 기질 세포, 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다. 선행 경우 중 임의의 것에서, 종양 샘플은 포르말린-고정 및 파라핀-포매(FFPE) 종양 샘플, 보관 종양 샘플, 신선한 종양 샘플, 또는 동결된 종양 샘플일 수 있다.
특정 경우에서, 제1 샘플에서 체세포 돌연변이의 존재 및/또는 수준(양)은 제2 샘플에서 상기 체세포 돌연변이의 존재/부재 및/또는 수준(양)에 비교될 때 증가되거나 또는 상승된다. 특정 경우에서, 제1 샘플에서 체세포 돌연변이의 존재/부재 및/또는 수준(양)은 제2 샘플에서 존재 및/또는 수준(양)에 비교될 때 감소되거나 또는 하락된다. 특정 경우에서, 제2 샘플은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직이다. 체세포 돌연변이의 존재/부재 및/또는 수준(양)을 계측하기 위한 추가의 개시내용이 본 명세서에 기술되어 있다.
특정 경우에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 시험 샘플이 수득될 때보다 하나 이상의 상이한 시점에서 수득된 동일한 피험체 또는 개체로부터 단일 샘플 또는 다중 샘플의 조합이다. 예를 들어, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 시험 샘플이 수득될 때보다 동일한 피험체 또는 개체로부터 조기 시점에서 수득된다. 이러한 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 만일 참조 샘플이 암의 초기 진단 동안 수득되고, 그리고 시험 샘플은 암이 전이성이 되었을 때 나중에 수득되면 유용할 수 있다.
특정 경우에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 하나 이상의 건강한 개인으로부터 다중 샘플의 조합이다. 특정 경우에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 상기 피험체 또는 개체가 아닌 질환 또는 장애 (예를 들면, 암)를 갖는 하나 이상의 개인으로부터 다중 샘플의 조합이다. 특정 경우에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 하나 이상의 개인으로부터 정상 조직 또는 풀링된 혈장 또는 혈청 샘플로부터 풀링된 RNA 샘플이다. 특정 경우에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직은 환자가 아닌 질환 또는 장애 (예를 들면, 암)를 갖는 하나 이상의 개인으로부터 종양 조직 또는 풀링된 혈장 또는 혈청 샘플로부터 풀링된 RNA 샘플이다.
본원에 기술된 임의의 방법의 일부 경우에서, 상승된 또는 증가된 수준은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때 본 명세서에서 기재된 것과 같은 공지된 방법의 표준 기술에 의해 탐지된, 체세포 돌연변이의 수준에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 전체 증가를 지칭한다. 특정 경우에서, 상승된 수준은 샘플에서 체세포 돌연변이의 수준/양에서의 증가를 지칭하고 여기서 상기 증가는 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 체세포 돌연변이의 적어도 약 1.5×, 1.75×, 2×, 3×, 4×, 5×, 6×, 7×, 8×, 9×, 10×, 25×, 50×, 75×, 또는 100× 수준/양이다. 일부 경우에서, 상승된 수준은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때 약 1.5 배, 약 1.75 배, 약 2 배, 약 2.25 배, 약 2.5 배, 약 2.75 배, 약 3.0 배, 또는 약 3.25 배 초과의 전체 증가를 지칭한다. 일부 경우에서, 체세포 돌연변이의 상승된 또는 증가된 수준은 체세포 돌연변이 (예를 들어, 점 돌연변이, 삽입 및 결실 (예를 들어, 염기 삽입결실), 증폭, 유전자 복제, 복제수 변형(CNA) 및 재배열)의 하나 이상의 부류의 수준에 있어서 전체 증가 및/또는 참조 수준과 비교된 샘플의 특정 체세포 돌연변이 수준의 전체 증가를 지칭한다.
본원에 기술된 임의의 방법의 일부 경우에서, 감소된 수준은 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에 비교될 때 본 명세서에서 기재된 것과 같은 공지된 방법의 표준 기술에 의해 탐지된, 체세포 돌연변이의 수준에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 전체 감소를 지칭한다. 특정 경우에서, 감소된 수준은 샘플에서 체세포 돌연변이의 수준/양에서의 감소를 지칭하고 여기서 상기 감소는 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조군 샘플, 대조군 세포, 또는 대조군 조직에서 각각의 체세포 돌연변이의 적어도 약 0.9×, 0.8×, 0.7×, 0.6×, 0.5×, 0.4×, 0.3×, 0.2×, 0.1×, 0.05×, 또는 0.01× 수준/양이다. 일부 경우에서, 체세포 돌연변이의 하락된 또는 감소된 수준은 체세포 돌연변이 (예를 들어, 점 돌연변이, 삽입 및 결실 (예를 들어, 염기 삽입결실), 증폭, 유전자 복제, 복제수 변형(CNA) 및 재배열)의 하나 이상의 부류의 수준에 있어서 전체 감소 및/또는 참조 수준과 비교된 샘플의 특정 체세포 돌연변이 수준의 전체 감소를 지칭한다.
C. 치료 방법
본 발명은 암 (예컨대, 방광암 (예컨대, UBC))을 앓는 환자를 치료하는 방법을 제공한다. 일부 경우에서, UBC는 1L UBC이다. 다른 구현예에서, UBC는 근육 침습성 UBC이다. 기타 경우에서, UBC는 비-근육 침습성 UBC이다. 일부 경우에서, 환자는 백금-함유 치료 요법 (예를 들어, 백금계 화학치료제, 예를 들어, 시스플라틴-계 화학요법)으로 치료한 후에 진행되었다. 기타 경우에서, 환자는 백금-함유 치료 요법 (예컨대, 백금-계 화학치료제, 예컨대, 시스플라틴-계 화학요법)으로 치료하기에 적합하지 않으며, 사전 처리, 예를 들어 국소 진행성 또는 전이성 요로상피 방광암에 대한 사전 처리를 받지 못할 수 있다. 기타 경우에서, 환자는 아쥬반트 세팅 (즉, 수술 후 세팅)에서 UBC에 대한 치료를 받고 있다. 일부 경우에서, 본 발명의 방법은 환자에 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 항암 치료제를 투여하는 단계를 포함한다. 본원에 기술되거나 (참고: 예를 들어, 하기 섹션 D) 본 분야에 공지된 임의의 PD-L1 축 결합 길항제가 본 방법에 사용될 수 있다. 일부 경우에서, 본 방법은 환자로부터 수득된 샘플 (예를 들어, 종양 샘플 내) 내 체세포 돌연변이의 존재 및/또는 수준을 계측하는 단계, 및 상기 샘플 내 체세포 돌연변이의 존재 및/또는 발현을 기준으로 하여 상기 환자에게 항암 치료제를, 예를 들어, 본원에 기술되거나 본 분야에 공지된 방법 (예를 들어, 하기 실시예 내 섹션 A에, 그리고 섹션 B에 기술된 것들)을 사용하여 투여하는 단계를 포함한다.
본 발명은 방광암을 앓는 환자를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 치료적 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 상기 환자에게 투여하는 단계를 포함하고, 여기서 상기 환자로부터 수득된 종양 샘플은 표 1 및/또는 표 2에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여, 표 1 및/또는 표 2에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다.
선행 방법 중 임의의 것에서, 표 1 및/또는 표 2에 명시된 유전자에서의 체세포 돌연변이는, 표 1 및/또는 표 2에 명시된 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준에 대하여, 약 1% 이상 (예컨대, 약 2% 이상, 약 3% 이상, 약 4% 이상, 약 5% 이상, 약 6% 이상, 약 7% 이상, 약 8% 이상, 약 9% 이상, 약 10% 이상, 약 11% 이상, 약 12% 이상, 약 13% 이상, 약 14% 이상, 약 15% 이상, 약 20% 이상, 약 25% 이상, 약 30% 이상, 약 35% 이상, 약 40% 이상, 약 45% 이상, 약 50% 이상, 약 60% 이상, 약 65% 이상, 약 70% 이상, 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85% 이상, 또는 약 90% 이상) 만큼 증가된 것으로 계측되었다. 예를 들어, 일부 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준 (상이한 부류의 하나 이상의 체세포 돌연변이 (예를 들어, 삽입, 결실 및/또는 재배열)의 수준, 체세포 돌연변이의 특정 부류의 수준, 및/또는 특정 체세포 돌연변이의 수준)이 약 1% 이상 증가한 것으로 측정되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 5% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 기타 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 10% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 15% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 또 다른 기타 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 20% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 추가 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 25% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 30% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 35% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 40% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다. 일부 경우에서, 하나 이상의 체세포 돌연변이의 수준은 약 50% 이상만큼 증가된 것으로 계측되었다.
선행 방법 중 임의의 것에서, 표 1 및/또는 표 2에서 명시된 유전자의 약 1% 이상 (예컨대, 약 2% 이상, 약 3% 이상, 약 4% 이상, 약 5% 이상, 약 6% 이상, 약 7% 이상, 약 8% 이상, 약 9% 이상, 약 10% 이상, 약 11% 이상, 약 12% 이상, 약 13% 이상, 약 14% 이상, 약 15% 이상, 약 20% 이상, 약 25% 이상, 약 30% 이상, 약 35% 이상, 약 40% 이상, 약 45% 이상, 약 50% 이상, 약 55% 이상, 약 60% 이상, 약 65% 이상, 약 70% 이상, 약 75% 이상, 약 80% 이상, 약 85% 이상, 약 90% 이상, 약 95% 이상, 또는 약 99% 이상)이 증가된 체세포 돌연변이를 갖는 것으로 계측된다. 예를 들어, 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1 및/또는 표 2에 명시된 유전자의 적어도 1/2 또는 약 50%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1 및/또는 표 2에 명시된 유전자의 적어도 2/3 또는 약 67%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다. 일부 경우에서, 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1 및/또는 표 2에 명시된 유전자의 적어도 3/4 또는 약 75%에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된다.
이전의 방법들 중 임의의 방법에서, 표 1 및/또는 표 2에 열거된 유전자에서 탐지된 체세포 돌연변이 및/또는 재배열의 수준을 반영하는 돌연변이 부하의 추정치는 적어도 7개 돌연변이/메가염기 (Mb) 이상 (예를 들어, 약 8개 돌연변이/Mb 이상, 약 9개 돌연변이/Mb 이상, 약 10개 돌연변이/Mb 이상, 약 11개 돌연변이/Mb 이상, 약 12개 돌연변이/Mb 이상, 약 13개 돌연변이/Mb 이상, 약 14개 돌연변이/Mb 이상, 약 15개 돌연변이/Mb 이상, 약 16개 돌연변이/Mb 이상, 약 17개 돌연변이/Mb 이상, 약 18개 돌연변이/Mb 이상, 약 19개 돌연변이/Mb 이상, 약 20개 돌연변이/Mb 이상, 약 25개 돌연변이/Mb 이상, 약 30개 돌연변이/Mb 이상, 약 35개 돌연변이/Mb 이상, 약 40개 돌연변이/Mb 이상, 및 약 50개 돌연변이/Mb 이상)으로 측정되었으며(측정되며), 치료 (예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료)에 대한 반응성의 예측이다. 일부 경우에서, 치료 (예컨대, PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료)에 대한 반응성의 예측인 돌연변이 부하는 약 7개 돌연변이/Mb 내지 약 20 돌연변이/Mb일 수 있다. 일부 경우에서, 치료에 대한 반응성의 예측인 돌연변이 부하는 약 10개 돌연변이/Mb 내지 약 15개 돌연변이/Mb일 수 있다. 일부 경우에서, 치료에 대한 반응성의 예측인 돌연변이 부하는 약 11개 돌연변이/Mb 내지 약 13개 돌연변이/Mb일 수 있다. 일부 경우에서, 치료에 대한 반응성의 예측인 돌연변이 부하는 약 12.5개 돌연변이/Mb일 수 있다.
선행 방법 중 임의의 것에서, PD-L1 축 결합 길항제는, 본 분야에 공지되거나 본원에 기술된, 예를 들어, 하기 섹션 D 내에서의, 임의의 PD-L1 축 결합 길항제일 수 있다.
예를 들어, 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L1 결합 길항제이다. 일부 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대의 하나 이상으로의 PD-L1의 결합을 억제한다. 기타 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1에 대한 결합을 억제한다. 추가 기타 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 B7-1에 대한 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1 및 B7-1 둘 모두에 대한 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 항체이다. 일부 경우에서, 항체는 하기로 구성된 군으로부터 선택된다: YW243.55.S70, MPDL3280A (아테졸리주맙), MD×-1105, MEDI4736 (두르발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙). 일부 경우에서, 상기 항체는 서열 번호 19의 HVR-H1 서열, 서열 번호 20의 HVR-H2 서열 , 및 서열 번호 21의 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열 번호 22의 HVR-L1 서열, 서열 번호 23의 HVR-L2 서열, 및 서열 번호 24의 HVR-L3 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 경우에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호 26의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및 서열 번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역.
일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제이다. 예를 들어, 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대의 하나 이상으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 기타 경우에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L2으로의 PD-1의 결합을 억제한다. 추가 기타 경우에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및 PD-L2 둘 모두로의 PD-1의 결합을 억제한다. 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 항체이다. 일부 경우에서, 항체는 하기로 구성된 군으로부터 선택된다: MDX-1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), CT-011 (피딜리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108. 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 Fc-융합 단백질이다. 예를 들어, 일부 경우에서, Fc-융합 단백질은 AMP-224이다.
일부 경우에서, 상기 방법은 제2 치료제의 유효량을 환자에 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 경우에서, 제2 치료제는 하기로 이루어진 군으로부터 선택된다: 세포독성제, 생장-억제제, 방사선 치료제, 항-혈관형성제, 및 이들의 조합.일부 경우에서, 제2 치료제는 활성화 공-자극성 분자에 대해 지향된 효능제이다. 일부 경우에서, 제2 치료제는 억제성 공-자극성 분자에 대해 지향된 길항제이다.
선행 경우 중 임의의 것에서, 요로상피 방광암은 예를 들어, 비-근육 침습성 요로상피 방광암, 근육-침습성 요로상피 방광암, 또는 전이성 요로상피 방광암일 수 있다.
추가 양태에서, 본 발명은 약제의 제작 또는 제조에서 PD-L1 축 결합 길항제의 사용를 위해 제공된다. 일 경우에서, 약제는 암의 치료용이다. 추가 경우에서, 약제는 암 (예컨대, 방광암 (예컨대, 요로상피 방광암))을 앓는 환자에게 유효량의 약제를 투여하는 단계를 포함하는, 암을 치료하는 방법에서 사용하기 위한 것이다. 하나의 상기 경우에서, 상기 방법은 예를 들어, 하기 기재된 바와 같이 적어도 하나의 치료제의 유효량을 개체에게 투여함을 추가로 포함한다.
본 명세서에서 기재된 방법 (예를 들면, PD-L1 축 결합 길항제)에서 이용된 조성물은 하기를 포함하는 임의의 적합한 방법에 의하여 투여될 수 있다: 예를 들면, 정맥내로, 근육내로, 피하로, 진피내로, 피부를 통하게, 동맥내로, 복강내로, 병소내로, 두개내로, 관절내로, 전립선내로, 늑막내로, 기관내로, 척추강내로, 비강내로, 질내로, 직장내로, 국소로, 종양내로, 복막으로, 결막하로, 방광내로, 점막으로, 심막내로, 탯줄내로, 안구내로, 안와내로, 경구로, 국소로, 경피로, 초자체내로 (예를 들면, 초자체내 주사에 의하여), 점안액에 의하여, 흡입으로, 주사로, 이식에 의하여, 주입에 의하여, 연속 주입에 의하여, 표적 세포를 직접적으로 국지화 관류 욕 (localized perfusion bathing)함으로써, 카테터에 의하여, 세척에 의하여, 크림 제형으로, 또는 지질 조성물로. 본 명세서에서 기재된 방법에서 이용된 조성물은 또한 전신으로 또는 국소로 투여될 수 있다. 투여 방법은 다양한 인자 (예를 들면, 투여될 화합물 또는 조성물 및 치료될 병태, 질환, 또는 장애의 중증도)에 따라 가변될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 정맥내로, 근육내로, 피하로, 국소로, 경구로, 경피로, 복강내로, 안와내로, 이식에 의하여, 흡입으로, 척추강내로, 심실내로, 또는 비강내로 투여된다. 투여는 모든 적합한 경로, 예컨대 부분적으로 상기 투여가 간단한 것이냐 또는 만성적인 것이냐에 따라, 주사, 예컨대 정맥내 또는 피하 주사에 의해 수행될 수 있다. 비제한적으로 다양한 시점에 걸친 단일 또는 다중 투여, 볼루스 투여 및 펄스 주입을 비롯한 다양한 복용 스케줄이 본원에 고안되었다.
본원에 기술된 PD-L1 축 결합 길항제 (예컨대, 항체, 결합 폴리펩티드, 및/또는 소분자) (임의의 추가 치료제)는 양호한 의학적 실시와 일치하는 방식으로 제형화, 복용, 및 투여될 수 있다. 이와 관련하여 고려되는 요인은 치료할 특별한 장애, 치료할 특별한 포유동물, 개개 환자의 임상적 상태, 장애 원인, 제제의 전달 부위, 투여 방법, 투여 스케쥴, 및의료 행위자에게 공지된 다른 요인을 포함한다. 꼭 그런 것은 아니지만, PD-L1 축 결합 길항제는 문제의 장애를 예방 또는 치료하기 위해 현재 사용되는 하나 이상의 제제와 임의로 제형화 및/또는 투여된다. 유효량의 상기 기타 제제는 제형에 존재하는 PD-L1 축 결합 길항제의 양, 장애 또는 치료의 유형, 및 위에서 논의된 다른 요인에 의존한다. 이들은 일반적으로 본원에 기재된 바와 동일한 용량으로 및 투여 경로로, 또는 본원에 기재된 용량의 약 1 내지 99%, 또는 적절하다고 경험적/임상적으로 측정된 임의 용량으로 및 임의 경로에 의해 사용된다.
암 [예컨대, 방광암 (예컨대, 요로상피 방광암)]의 예방 또는 치료를 위해, (단독으로 또는 하나 이상의 다른 추가 치료제와 병용하여 사용될 때), PD-L1 축 결합 길항제의 적절한 투여량은 치료받는 질환의 유형, PD-L1 축 결합 길항제의 유형, 중증도 및 질환의 추이, 항체 또는 면역접합체가 예방적 또는 치료적 목적으로 투여되는지 여부, 이전의 치료 요법, PD-L1 축 결합 길항제에 대한 환자의 임상 이력 및 반응, 및 주치의의 재량에 의존할 것이다. PD-L1 축 결합 길항제는 환자에게 1회에 또는 일련의 치료에 걸쳐 적합하게 투여된다. 한 가지 전형적인 일일 용량은 전술한 인자에 따라, 약 1㎍/kg 내지 100mg/kg 또는 그 이상의 범위에서 변할 수 있다. 상태에 따라 며칠 또는 그 이상에 걸친 반복 투여를 위해, 치료는 일반적으로 원하는 질환 증상의 억제가 일어날 때까지 유지한다. 상기 투여는 간헐적으로, 예를 들면, (예를 들면, 환자가 약 2 내지 약 20회, 또는 예를 들면, 약 6회 용량의 PD-L1 축 결합 길항제를 제공받도록) 매주 또는 3주마다 투여될 수 있다. 초기 고 부하 용량, 그 다음 하나 이상의 소 용량이 투여될 수 있다. 그러나, 다른 투여 레지멘이 유용할 수 있다. 이러한 치료 요법의 진행은 전통적인 기술과 검정에 의해 쉽게 모니터링된다.
예를 들어, 일반적인 경우에서, 인간에게 투여된 PD-L1 축 결합 길항제 항체의 치료적 유효량은, 1회 이상의 투여에 의해 환자 체중당 약 0.01 내지 약 50 mg/kg의 범위일 것이다. 일부 경우에서, 사용된 항체는, 예를 들어, 하기로 매일, 매주, 매 2주마다, 매 3주마다, 또는 매월 투여된다: 약 0.01 mg/kg 내지 약 45 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 40 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 35 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 30 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 25 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 20 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 15 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 10 mg/kg, 약 0.01 mg/kg 내지 약 5 mg/kg, 또는 약 0.01 mg/kg 내지 약 1 mg/kg. 일부 경우에서, 항체는 15 mg/kg 로 투여된다. 그러나, 다른 투여 레지멘이 유용할 수 있다. 일 경우에서, 본원에 기술된 PD-L1 축 결합 길항제 항체는 하기의 용량으로 21-일 주기 중 제1일차 (매 3주마다, q3w)에 인간에게 투여된다: 약 100mg, 약 200mg, 약 300mg, 약 400mg, 약 500mg, 약 600mg, 약 700mg, 약 800mg, 약 900mg, 약 1000mg, 약 1100mg, 약 1200mg, 약 1300mg, 약 1400mg, 약 1500mg, 약 1600mg, 약 1700mg, 또는 약 1800mg. 일부 경우에서, 항-PD-L1 항체 MPDL3280A는 1200mg으로 정맥내로 매 3주 (q3w) 투여된다. 투여는 단회 용량 또는 다중 용량(예를 들면, 2 또는 3회 용량)으로, 예컨대 주입(infusion)으로 투여될 수 있다. 병용 치료 중 투여된 항체의 투여는, 단일 치료와 비교하여, 감소될 수 있다. 이 치료법의 과정은 통상적인 기술에 의해 용이하게 관찰된다.
일부 경우에서, 상기 방법은 제2 치료제의 유효량을 환자에 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 경우에서, 제2 치료제는 하기로 이루어진 군으로부터 선택된다: 세포독성제, 화학치료제, 생장-억제제, 방사선 치료제, 항-혈관형성제, 및 이들의 조합. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 화학요법 또는 화학치료제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 방사선 치료제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 표적화 치료 요법 또는 표적화 치료제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 면역요법 또는 면역치료제, 예를 들어 단클론성 항체와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, 제2 치료제는 활성화 공-자극성 분자에 대해 지향된 효능제이다. 일부 경우에서, 제2 치료제는 억제성 공-자극성 분자에 대해 지향된 길항제이다.
상기 주지된 이러한 병용 치료 요법은 병용 투여(둘 이상의 치료제가 동일한 또는 별도의 제형에 포함되어 있는 경우), 및 별도의 투여를 포함하며, 이 경우, PD-L1 축 결합 길항제의 투여는 추가의 치료제 또는 치료제들의 투여 전, 투여와 동시에 및/또는 투여 후에 일어날 수 있다. 일 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제의 투여 및 추가 치료제의 투여는 약 1달 내, 또는 약 1주, 2주 또는 3주 내, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6일 내에 발생한다.
이론에 구속됨이 없이, 활성화 공-자극성 분자를 촉진시킴에 의하여, 또는 음성 공-자극성 분자를 억제함에 의하여 T-세포 자극을 증진시키는 것은, 종양 세포사를 촉진하여 이로써 암을 치료하거나 이의 진행을 지연시킬 수 있다는 것이 고려된다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 활성화 공-자극 분자에 대하여 지향된 효능제와 조합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, 활성화 공통자극 분자는 CD40, CD226, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, HVEM, 또는 CD127을 포함할 수 있다. 일부 경우에서, 활성화 공통자극 분자에 대해 지향된 효능제는 CD40, CD226, CD28, OX40, GITR, CD137, CD27, HVEM, 또는 CD127에 결합하는 효능제 항체이다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 억제성 공-자극 분자에 대하여 지향된 길항제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, 억제성 공-자극 분자는 CTLA-4 (CD152로도 공지됨), TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7-H3, B7-H4, IDO, TIGIT, MICA/B, 또는 아르기나제를 포함할 수 있다. 일부 경우에서, 억제성 공-자극 분자에 대하여 지향된 길항제는 CTLA-4, TIM-3, BTLA, VISTA, LAG-3, B7-H3, B7-H4, IDO, TIGIT, MICA/B, 또는 아르기나제에 결합하는 길항제 항체이다.
일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 (또한 CD152로서 공지된) CTLA-4에 대하여 지향된 길항제, 예를 들면, 차단 항체와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 이필리무맙 (또한 MDX-010, MDX-101, 또는 YERVOY®로 알려짐)과 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 트레멜리무맙 (또한 티실리무맙 또는 CP-675,206으로 알려짐)과 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 (또한 CD276로서 공지된) B7-H3에 대해 지향된 길항제, 예를 들면, 차단 항체와 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 MGA271와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 TGF 베타에 대해 지시된 길항제, 예컨대, 메텔리무맙 (또한 CAT-192로 알려짐), 프레솔리무맙 (또한 GC1008로도 공지됨), 또는 LY2157299과 결합하여 투여될 수 있다.
일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하는 T-세포 (예컨대, 세포독성 T-세포 또는 CTL)의 입양성 전이를 포함하는 치료와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 우성-음성 TGF 베타 수용체, 예컨대, 우성-음성 TGF 베타 유형 Ⅱ 수용체를 포함하는 T-세포 (예컨대, 세포독성 T-세포 또는 CTL)의 입양성 전이를 포함하는 치료와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 HERCREEM 프로토콜 (참고: 예컨대, ClinicalTrials.gov 식별자 NCT00889954)를 포함하는 치료와 결합하여 투여될 수 있다.
일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 (또한 TNFRSF9, 4-1BB, 또는 ILA로서 공지된) CD137, 예를 들면, 활성화 항체로 지향된 효능제와 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 우렐리맙 (또한 BMS-663513로 알려짐)과 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 CD40로 지향된 효능제, 예를 들면, 활성화 항체와 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 CP-870893와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 (또한 CD134로서 공지된) OX40로 지향된 효능제, 예를 들면, 활성화 항체와 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 항-OX40 항체 (예를 들면, AgonOX)와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 CD27로 지향된 효능제, 예를 들면, 활성화 항체와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 CDX-1127와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 인돌아민-2,3-산소화효소 (IDO)에 대해 지향된 길항제와 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, IDO 길항제는 1-메틸-D-트립토판 (또한 1-D-MT로 알려짐)이다.
일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 항체-약물 접합체와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, 항체-약물 접합체는 메르탄신 또는 모노메틸 아우리스타틴 E (MMAE)을 포함한다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 항-NaPi2b 항체-MMAE 접합체 (또한 DNIB0600A 또는 RG7599로 알려짐)와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 트라스투주맙 엠탄신 (또한 T-DM1로 알려짐, 아도-트라스투주맙 엠탄신, 또는 KADCYLA®, Genentech)와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 DMUC5754A와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 엔도텔린 B 수용체 (EDNBR), 예컨대 MMAE와 접합된 EDNBR에 대해 지향된 항체를 표적화하는 항체-약물 접합체와 함께 투여될 수 있다.
일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 항-혈관형성 제제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 VEGF, 예컨대, VEGF-A에 대해 지향된 항체와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 베바시주맙 (또한 AVASTIN®로 알려짐, Genentech)과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 안지오포이에틴 2 (또한 Ang2로서 공지됨)로 지향된 항체와 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 MEDI3617와 결합하여 투여될 수 있다.
일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 항신생물성 제제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 CSF-1R (또한 M-CSFR 또는 CD115로 알려짐)을 표적화하는 제제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 항-CSF-1R (또한 IMC-CS4로서 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 인터페론, 예를 들어 인터페론 알파 또는 인터페론 감마와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 로페론-A (또한 재조합 인터페론 알파-2a로서 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 GM-CSF (또한 재조합 인간 과립구 대식세포 콜로니 자극 인자, rhu GM-CSF, 사르그모스팀, 또는 LEUKINE®로 알려짐)와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 IL-2 (또한 알데스류킨 또는 PROLEUKIN®로서 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 IL-12와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 표적화 CD20과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, CD20을 표적화하는 항체는 오비누투주맙 (또한 GA101 또는 GAZYVA®로 알려짐) 또는 리툭시맙이다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 GITR을 표적화하는 항체와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, GITR을 표적화하는 항체는 TRX518이다.
일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 암 백신과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, 암 백신은, 일부 경우에서 개인화된 펩티드 백신인, 펩티드 암 백신을 포함할 수 있다. 일부 경우에서 펩티드 암 백신은, 다가의 긴 펩티드, 다중-펩티드, 펩티드 칵테일, 혼성 펩티드, 또는 펩티드-펄스(peptide-pulsed) 수지상 세포 백신 (참고: 예컨대, Yamada et al., Cancer Sci.104:14-21, 2013).일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 아쥬반트와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 TLR 효능제, 예컨대, Poly-ICLC (또한 HILTONOL®로 알려짐), LPS, MPL, 또는 CpG ODN을 포함한 치료와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 종양 괴사 인자 (TNF) 알파와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 IL-1과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 HMGB1과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 IL-10 길항제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 IL-4 길항제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 IL-13 길항제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 HVEM 길항제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 ICOS 효능제와 결합하여, 예컨대, ICOS-L, 또는 ICOS에 대해 지향된 길항제성 항체의 투여에 의하여, 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 CX3CL1 표적화 치료와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 CXCL9 표적화 치료와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 CXCL10 표적화 치료와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 CCL5 표적화 치료와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 LFA-1 또는 ICAM1 효능제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 셀렉틴 효능제와 결합하여 투여될 수 있다.
일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 표적화 치료 요법과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 B-Raf의 억제제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 베무라페닙 (ZELBORAF®로도 공지됨)과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 다브라페닙 (또한 TAFINLAR®로 알려짐)과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 에를로티닙 (또한 TARCEVA®로 알려짐)과 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 MEK 억제제, 예컨대 MEK1 (또한 MAP2K1로 알려짐) 또는 MEK2 (또한 MAP2K2로 알려짐)과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 코비메티닙 (또한 GDC-0973 또는 XL-518로서 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 트라메티닙 (또한 MEKINIST®로 알려짐)과 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 K-Ras의 억제제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 c-Met의 억제제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 오나투주맙 (또한 MetMAb로 알려짐)과 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 Alk의 억제제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 AF802 (또한 CH5424802 또는 알렉티닙으로서 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 포스파티딜이노시톨 3-키나제 (PI3K)의 억제제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 BKM120과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 이델라리십 (또한 GS-1101 또는 CAL-101로서 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 페리포신 (또한 KRX-0401로 알려짐)과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 Akt의 억제제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 MK2206과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 GSK690693과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 GDC-0941과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 mTOR의 억제제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 시롤리무스 (또한 라파마이신으로서 공지됨)과 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 템시롤리무스 (또한 CCI-779 또는 Torisel®로서 공지됨)와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 에베롤리무스 (또한 RAD001로 알려짐)과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 리다포롤리무스 (또한 AP-23573, MK-8669, 또는 데포롤리무스로 알려짐)과 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 OSI-027과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 AZD8055와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 INK128과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 이중 PI3K/mTOR 억제제와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 XL765와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 GDC-0980과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 BEZ235 (또한 NVP-BEZ235로 알려짐)과 함께 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 BGT226과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 GSK2126458과 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PF-04691502와 결합하여 투여될 수 있다. 일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PF-05212384 (또한 PKI-587로 알려짐)과 함께 투여될 수 있다.
D. 본 발명의 방법에 사용하기 위한 PD-L1 축 결합 길항제
환자에게 치료적 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 투여하는 것을 포함하는 환자에서 암 (예컨대, 방광암 (예컨대, 요로상피 방광암))을 치료하거나 그 진행을 지연하기 위한 방법이 본 명세서에서 제공된다. 암 (예를 들면, 방광암, 예를 들면, 요로상피 방광암)으로 고통받고 있는 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함한 치료에 반응할 가능성이 있는지 여부의 계측 방법이 본원에서 제공된다. 암 (예를 들면, 방광암, 예를 들면, 요로상피 방광암)으로 고통받고 있는 환자의 PD-L1 축 결합 길항제를 포함한 치료에 대한 반응성 예측 방법이 본원에서 제공된다. 암 (예컨대, 방광암 (예컨대, 요로상피 방광암))으로부터 고통받고 있는 환자에 대한 치료 요법을 선정하는 방법이 본 명세서에서 제공된다. 선행 방법 중 임의의 것은, 본원에 제공된 체세포 돌연변이, 예를 들어, 종양 샘플 중 표 1 또는 표 2에 열거된 유전자의 돌연변이의 수준을 기준으로 할 수 있다.
예를 들어, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-1 결합 길항제, PD-L1 결합 길항제, 및 PD-L2 결합 길항제를 포함한다. PD-1 (프로그램된 사멸 1) 은 또한 본 분야에서 "프로그램된 세포 사멸 1", "PDCD1", "CD279" 및 "SLEB2"로 지칭된다. 예시적 인간 PD-1는 UniProtKB/Swiss-Prot 수탁번호 Q15116로 나타난다. PD-L1 (프로그램된 사멸 리간드 1)는 또한 본 분야에서 "프로그램된 세포 사멸 1 리간드 1", "PDCD1LG1", "CD274", "B7-H" 및 "PDL1"로도 지칭된다. 예시적 인간 PD-L1는 UniProtKB/Swiss-Prot 수탁번호 Q9NZQ7.1로 나타난다. PD-L2 (프로그램된 사멸 리간드 2)는, 또한 본 분야에서 "프로그램된 세포 사멸 1 리간드 2", "PDCD1LG2", "CD273" "B7-DC", "Btdc" 및 "PDL2"로 지칭된다. 예시적 인간 PD-L2 UniProtKB/Swiss-Prot 수탁번호 Q9BQ51로 나타난다. 일부 경우에서, PD-1, PD-L1 및 PD-L2는 인간 PD-1, PD-L1 및 PD-L2이다.
일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대에 대한 PD-1 결합을 억제하는 분자이다. 특정 양태에서, PD-1 리간드 결합 상대는 PD-L1 및/또는 PD-L2이다. 또 다른 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 이의 결합 리간드에 대한 PD-L1 결합을 억제하는 분자이다. 특정 양태에서, PD-L1 결합 상대는 PD-1 및/또는 B7-1이다. 또 다른 경우에서, PD-L2 결합 길항제는 이의 리간드 결합 상대에 대한 PD-L2 결합을 억제하는 분자이다. 특정 양태에서, PD-L2 결합 리간드 상대는 PD-1 이다. 길항제는 하기일 수 있다: 항체, 이의 항원 결합 단편, 면역접합체, 융합 단백질 또는 올리고펩티드.
일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 예를 들어, 하기에 기술된, 항-PD-1 항체 (예컨대, 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체)이다. 일부 경우에서, 항-PD-1 항체는 MDX-1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), CT-011 (피딜리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810, 및 BGB-108로 구성된 군으로부터 선택된다. MDX-1106 (또한, MDX- 1106-04, ONO-4538, BMS-936558, 또는 니볼루맙으로 알려짐)은 WO2006/121168에 기술된 항-PD-1 항체이다. MK-3475 (또한 펨브롤리주맙 또는 람브롤리주맙으로 알려짐)은 WO 2009/114335에 기술된 항-PD-1 항체이다. CT-011 (또한 hBAT, hBAT-1 또는 피딜리주맙으로 알려짐)은 WO 2009/101611 에 기술된 항-PD-1 항체이다. 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는, 면역접합체 (예컨대, 불변 영역 (예컨대, 면역글로불린 서열의 Fc 영역)에 융합된 PD-L1 또는 PD-L2의 세포외 또는 PD-1 결합부를 포함하는 면역접합체)이다. 일부 경우에서, PD-1 결합 길항제는 AMP-224이다. AMP-224 (또한, B7-DCIg로도 알려짐)은 WO 2010/027827 및 WO 2011/066342에 기술된 PD-L2 Fc 융합 가용성 수용체이다.
일부 경우에서, 항-PD-1 항체는 MDX-1106이다. "MDX-1106"에 대한 대안적 명칭은 MDX-1106-04, ONO-4538, BMS-936558, 및 니볼루맙을 포함한다. 일부 경우에서, 항-PD-1 항체는 니볼루맙 (CAS 등록 번호:946414-94-4)이다. 또 다른 추가의 경우에서, 서열 번호 1 유래의 중쇄 가변 영역 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 및/또는 서열 번호 2 유래의 경쇄 가변 영역 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함하는 단리된 항-PD-1 항체가 제공된다. 또한 추가의 경우에서, 중쇄 및/또는 경쇄 서열을 포함하는 단리된 항-PD-1 항체가 본원에서 제공되고, 여기서:
(a) 중쇄 서열은, 상기 중쇄 서열에 대한 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖고:
Figure pct00006
(b) 경쇄 서열은, 상기 경쇄 서열에 대한 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다:
Figure pct00007
.
일부 경우에서, PD-L1 축 결합 길항제는 PD-L2 결합 길항제이다. 일부 경우에서, PD-L2 결합 길항제는 항-PD-L2 항체 (예컨대, 인간 항체, 인간화 항체, 또는 키메라 항체)이다. 일부 경우에서, PD-L2 결합 길항제는 면역접합체이다.
일부 경우에서, PD-L1 결합 길항제는 예를 들어 하기에 기술된 바와 같은 항-PD-L1 항체이다. 일부 경우에서, 항-PD-L1 항체는 PD-L1 및 PD-1 사이의 및/또는 PD-L1 및 B7-1 사이의 결합을 억제할 수 있다. 일부 경우에서, 항-PD-L1 항체는 단클론성 항체이다. 일부 경우에서, 항-PD-L1 항체는 Fab, Fab’-SH, Fv, scFv, 및 (Fab’)2 단편으로 구성된 군으로부터 선택된 항체 단편이다. 일부 경우에서, 항-PD-L1 항체는 인간화 항체이다. 일부 경우에서, 항-PD-L1 항체는 인간 항체이다. 일부 경우에서, 항-PD-L1 항체는 YW243.55.S70, MPDL3280A (아테졸리주맙), MDX-1105, 및 MEDI4736 (두르발루맙), 및 MSB0010718C (아벨루맙)로 구성된 군으로부터 선택된다. 항체 YW243.55.S70는 WO 2010/077634에 기술된 항-PD-L1이다. MDX-1105 (또한 BMS-936559로도 알려짐)은 WO2007/005874에 기술된 항-PD-L1 항체이다. MEDI4736(두르발루맙)은 WO2011/066389 및 US2013/034559에 기술된 항-PD-L1 단클론성 항체이다. 본 발명의 방법에 유용한 항-PD-L1 항체 및 이를 제조하기 위한 방법의 예시는 PCT 특허 출원 WO 2010/077634, WO 2007/005874, WO 2011/066389, 미국 특허 제8,217,149호 및 US2013/034559에 기술된다 (이의 내용이 본원에 참조로서 편입됨).
WO 2010/077634 A1 및 US 8,217,149에 기재된 항-PD-L1 항체가 본 명세서에서 기재된 방법에서 사용될 수 있다. 일부 경우에서, 상기 항- PD-L1 항체는 서열 번호 3의 중쇄 가변 영역 서열 및/또는 서열 번호 4의 경쇄 가변 가변 영역을 포함한다. 또한 추가의 경우에서, 중쇄 가변 영역 및/또는 경쇄 가변 영역 서열을 포함하는 단리된 항-PD-L1 항체가 본원에서 제공되고, 여기서:
(a) 중쇄 서열은, 상기 중쇄 서열에 대한 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖고:
Figure pct00008
(b) 경쇄 서열은, 상기 경쇄 서열에 대한 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다:
Figure pct00009
일 경우에서, 상기 항-PD-L1 항체는 HVR-H1, HVR-H2 및 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역을 포함하고, 여기서:
(a) HVR-H1 서열은 GFTFSX1SWIH (서열 번호 5)이고;
(b) HVR-H2 서열은 AWIX2PYGGSX3YYADSVKG (서열 번호 6)이고;
(c) HVR-H3 서열은 RHWPGGFDY (서열 번호 7)이다.
추가로, 상기 식 중에서, X1은 D 또는 G이며; X2 는 S 또는 L이며; X3은 T 또는 S이다. X1는 D이며; X2는 S이며, 그리고 X3는 T이다. 또 다른 양태에서, 상기 폴리펩티드는 다음 구조식에 따른 HVR들 사이에 나란히 놓인 가변 영역 중쇄 프레임워크 서열을 더 포함한다: (FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4). 추가의 또 다른 양태에서, 상기 프레임워크 서열은 인간 공통 프레임워크 서열로부터 유도된다. 추가 양태에서, 상기 프레임워크 서열은 VH 하위그룹 Ⅲ 공통 프레임워크이다. 또 다른 추가의 양태에서, 상기 프레임워크 서열 중 적어도 하나는 하기와 같다:
FR-H1은 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAAS (서열 번호 8)이고;
FR-H2은 WVRQAPGKGLEWV (서열 번호 9)이고;
FR-H3은 RFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAR (서열 번호 10)이고;
FR-H4은 WGQGTLVTVSA(서열 번호 11)이다.
또 다른 추가의 양태에서, 중쇄 폴리펩티드는 HVR-L1, HVR-L2 및 HVR-L3를 포함하는 가변 영역 경쇄와 추가로 조합되고, 여기서:
(a) HVR-L1 서열은 RASQX4X5X6TX7X8A (서열 번호 12)이고;
(b) HVR-L2 서열은 SASX9LX10S, (서열 번호 13)이고;
(c) HVR-L3 서열은 QQX11X12X13X14PX15T (서열 번호 14)이고;
여기서: X4는 D 또는 V이며; X5는 V 또는 I이며; X6는 S 또는 N이며; X7는 A 또는 F이며; X8는 V 또는 L이며; X9는 F 또는 T이며; X10는 Y 또는 A이며; X11는 Y, G, F, 또는 S이며; X12는 L, Y, F 또는 W이며; X13는 Y, N, A, T, G, F 또는 I이며; X14 는 H, V, P, T 또는 I이며; X15는 A, W, R, P 또는 T이다. 또 다른 추가의 양태에서, X4는 D이며; X5는 V이며; X6는 S이며; X7는 A이며; X8는 V이며; X9는 F이며; X10 는 Y이며; X11는 Y이며; X12는 L이며; X13는 Y이며; X14는 H이며; X15는 A이다.
또 다른 추가 양태에서, 경쇄는 하기 화학식에 따라 HVR들 사이에 병치된 가변 영역 중쇄 프레임워크 서열을 포함한다: (FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4). 또 다른 추가의 양태에서, 상기 프레임워크 서열은 인간 공통 프레임워크 서열로부터 유도된다. 또 다른 추가의 양태에서, 상기 프레임워크 서열은 VL 카파 I 공통 프레임워크이다. 또 다른 추가의 양태에서, 상기 프레임워크 서열 중 적어도 하나는 하기와 같다:
FR-L1은 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITC(서열 번호 15)이고;
FR-L2은 WYQQKPGKAPKLLIY (서열 번호 16)이고;
FR-L3은 GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC (서열 번호 17)이고;
FR-L4은 FGQGTKVEIKR (서열 번호 18)이다.
또 다른 경우에서, 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열을 포함하는 단리된 항-PD-L1 항체 또는 항원 결합 단편이 제공되고, 여기서:
(a) 상기 중쇄는 그리고 HVR-H1, HVR-H2 및 HVR-H3를 포함하고, 여기서 추가로:
(i) HVR-H1 서열은 GFTFSX1SWIH (서열 번호 5)이고;;
(ⅱ) HVR-H2 서열은 AWIX2PYGGSX3YYADSVKG (서열 번호 6)이고;;
(ⅲ) HVR-H3 서열은 RHWPGGFDY (서열 번호 7)이고; 그리고
(b) 상기 경쇄는 그리고 HVR-L1, HVR-L2 및 HVR-L3를 포함하고, 여기서 추가로:
(i) HVR-L1 서열은 RASQX4X5X6TX7X8A (서열 번호 12)이고;;
(ⅱ) HVR-L2 서열은 SASX9LX10S (서열 번호 13)이고;; 그리고
(ⅲ) HVR-L3 서열은 QQX11X12X13X14PX15T (서열 번호 14)이고;;
여기서: X1는 D 또는 G이며; X2는 S 또는 L이며; X3는 T 또는 S이며; X4는 D 또는 V이며; X5는 V 또는 I이며; X6는 S 또는 N이며; X7는 A 또는 F이며; X8는 V 또는 L이며; X9는 F 또는 T이며; X10는 Y 또는 A이며; X11는 Y, G, F, 또는 S이며; X12는 L, Y, F 또는 W이며; X13는 Y, N, A, T, G, F 또는 I이며; X14는 H, V, P, T 또는 I이며; X15는 A, W, R, P 또는 T이다. 특정 양태에서, X1는 D이며; X2는 S이고, 그리고 X3는 T이다. 또 다른 양태에서, X4는 D이며; X5는 V이며; X6는 S이며; X7는 A이며; X8는 V이며; X9는 F이며; X10는 Y이며; X11는 Y이며; X12는 L이며; X13는 Y이며; X14 는 H이며; X15는 A이다. 추가의 또 다른 양태에서, X1는 D이며; X2는 S이고, 그리고 X3는 T이며, X4는 D이며; X5는 V이며; X6는 S이며; X7는 A이며; X8는 V이며; X9는 F이며; X10는 Y이며; X11는 Y이며; X12는 L이며; X13는 Y이며; X14는 H이고, 그리고 X15는 A이다.
추가 양태에서, 중쇄 가변 영역은 다음과 같이 HVR들 사이에 병치된 하나 이상의 프레임워크 서열을 포함한다: (FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4), 그리고 경쇄 가변 영역은 다음과 같이 HVR들 사이에 나란히 놓인 하나 이상의 프레임워크 서열을 포함한다: (FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4). 또 다른 추가의 양태에서, 상기 프레임워크 서열은 인간 공통 프레임워크 서열로부터 유도된다. 또 다른 추가의 양태에서, 중쇄 프레임워크 서열은 카밧 하위그룹 I, Ⅱ, 또는 Ⅲ 서열로부터 유도된다. 또 다른 추가의 양태에서, 중쇄 프레임워크 서열은 VH 하위그룹 Ⅲ 공통 프레임워크이다. 또 다른 추가의 양태에서, 중쇄 프레임워크 서열 중 하나 이상은 서열 번호 8, 9, 10 및 11로 제시된다. 또 다른 추가 양태에서, 경쇄 프레임워크 서열은 카밧 카파 I, Ⅱ, Ⅲ, 또는 IV 하위그룹 서열로부터 유도된다. 또 다른 추가 양태에서, 경쇄 프레임워크 서열은 VL 카파 I 공통 프레임워크이다. 또 다른 추가의 양태에서, 경쇄 프레임워크 서열 중 하나 이상은 서열 번호 15, 16, 17 및 18로 제시된다.
추가의 특정 양태에서, 항체는 인간 또는 뮤린 불변 영역을 추가로 포함한다. 또 다른 추가 양태에서, 인간 불변 영역은 IgG1, IgG2, IgG2, IgG3, 및 IgG4로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 추가의 특정 양태에서, 인간 불변 영역은 IgG1이다. 또 다른 추가 양태에서, 뮤린 불변 영역은 IgG1, IgG2A, IgG2B, 및 IgG3로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 추가 양태에서, 뮤린 불변 영역은 IgG2A이다. 또 다른 추가의 특정 양태에서, 항체는 감소되거나 최소의 효과기 작용을 갖는다. 또 다른 추가의 특정 양태에서, 최소의 효과기 작용은 "효과기-미만(effector-less) Fc 변형" 또는 탈글리코실화로부터 유발된다. 또 다른 추가 경우에서, 효과기-없는 Fc 돌연변이는 불변 영역에서 N297A 또는 D265A/N297A 치환이다.
추가의 또 다른 경우에서, 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열을 포함하는 항-PD-L1 항체가 제공되고, 여기서:
(a) 중쇄는 GFTFSDSWIH (서열 번호 19), AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 번호 20) 및 RHWPGGFDY (서열 번호 21), 각각에 적어도 85% 서열 상동성을 갖는 HVR-H1, HVR-H2 및 HVR-H3 서열을 추가로 포함하거나, 또는
(b) 경쇄는 RASQDVSTAVA (서열 번호 22), SASFLYS (서열 번호 23) 및 QQYLYHPAT (서열 번호 24), 각각에 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 HVR-L1, HVR-L2 및 HVR-L3 서열을 추가로 포함한다.
특정 양태에서, 서열 동일성은 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%이다.
또 다른 양태에서, 중쇄 가변 영역은 다음과 같이 HVR들 사이에 나란히 놓인 1종 이상의 프레임워크 서열을 포함한다: (FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4), 그리고 경쇄 가변 영역은 다음과 같이 HVR들 사이에 나란히 놓인 하나 이상의 프레임워크 서열을 포함한다: (FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4). 추가의 또 다른 양태에서, 상기 프레임워크 서열은 인간 공통 프레임워크 서열로부터 유도된다. 또 다른 추가의 양태에서, 중쇄 프레임워크 서열은 카밧 하위그룹 I, Ⅱ, 또는 Ⅲ 서열로부터 유도된다. 또 다른 추가의 양태에서, 중쇄 프레임워크 서열은 VH 하위그룹 Ⅲ 공통 프레임워크이다. 또 다른 추가의 양태에서, 중쇄 프레임워크 서열 중 하나 이상은 서열 번호 8, 9, 10 및 11로 제시된다. 또 다른 추가 양태에서, 경쇄 프레임워크 서열은 카밧 카파 I, Ⅱ, Ⅲ, 또는 IV 하위그룹 서열로부터 유도된다. 또 다른 추가 양태에서, 경쇄 프레임워크 서열은 VL 카파 I 공통 프레임워크이다. 또 다른 추가의 양태에서, 경쇄 프레임워크 서열 중 하나 이상은 서열 번호 15, 16, 17 및 18로 제시된다.
추가의 특정 양태에서, 항체는 인간 또는 뮤린 불변 영역을 추가로 포함한다. 또 다른 추가 양태에서, 인간 불변 영역은 IgG1, IgG2, IgG2, IgG3, 및 IgG4로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 추가의 특정 양태에서, 인간 불변 영역은 IgG1이다. 또 다른 추가 양태에서, 뮤린 불변 영역은 IgG1, IgG2A, IgG2B, 및 IgG3로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 추가 양태에서, 뮤린 불변 영역은 IgG2A이다. 또 다른 추가의 특정 양태에서, 항체는 감소되거나 최소의 효과기 작용을 갖는다. 또 다른 추가의 특정 양태에서, 최소의 효과기 작용은 "효과기-미만(effector-less) Fc 변형" 또는 탈글리코실화로부터 유발된다. 또 다른 추가 경우에서, 효과기-없는 Fc 돌연변이는 불변 영역에서 N297A 또는 D265A/N297A 치환이다.
또 다른 추가의 경우에서, 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열을 포함하는 단리된 항-PD-L1 항체가 본원에서 제공되고, 여기서:
(a) 중쇄 서열은 하기 중쇄에 적어도 85% 서열 동일성을 가지며:
Figure pct00010
(b) 경쇄 서열은 하기 경쇄에 적어도 85% 서열 동일성을 갖는다:
Figure pct00011
.
특정 양태에서, 서열 동일성은 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%이다. 또 다른 양태에서, 중쇄 가변 영역은 다음과 같이 HVR들 사이에 나란히 놓인 1종 이상의 프레임워크 서열을 포함한다: (FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4), 그리고 경쇄 가변 영역은 다음과 같이 HVR들 사이에 나란히 놓인 하나 이상의 프레임워크 서열을 포함한다: (FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4). 추가의 또 다른 양태에서, 상기 프레임워크 서열은 인간 공통 프레임워크 서열로부터 유도된다. 추가 양태에서, 중쇄 프레임워크 서열은 카밧 하위그룹 I, Ⅱ, 또는 Ⅲ 서열로부터 유도된다. 또 다른 추가의 양태에서, 중쇄 프레임워크 서열은 VH 하위그룹 Ⅲ 공통 프레임워크이다. 또 추가의 양태에서, 중쇄 프레임워크 서열 중 하나 이상은 서열 번호 8, 9, 10 및 WGQGTLVTVSS (서열 번호 27)로 제시된다.
또 다른 추가 양태에서, 경쇄 프레임워크 서열은 카밧 카파 I, Ⅱ, Ⅲ, 또는 IV 하위그룹 서열로부터 유도된다. 또 다른 추가 양태에서, 경쇄 프레임워크 서열은 VL 카파 I 공통 프레임워크이다. 또 다른 추가의 양태에서, 경쇄 프레임워크 서열 중 하나 이상은 서열 번호 15, 16, 17 및 18로 제시된다.
추가의 특정 양태에서, 항체는 인간 또는 뮤린 불변 영역을 추가로 포함한다. 또 다른 추가 양태에서, 인간 불변 영역은 IgG1, IgG2, IgG2, IgG3, 및 IgG4로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 추가의 특정 양태에서, 인간 불변 영역은 IgG1이다. 또 다른 추가 양태에서, 뮤린 불변 영역은 IgG1, IgG2A, IgG2B, 및 IgG3로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 추가 양태에서, 뮤린 불변 영역은 IgG2A이다. 또 다른 추가의 특정 양태에서, 항체는 감소되거나 최소의 효과기 작용을 갖는다. 또 다른 추가의 특정 양태에서, 최소의 효과기 작용은 진핵세포 생산으로부터 유발된다. 또 다른 추가의 특정 양태에서, 최소의 효과기 작용은 "효과기-미만(effector-less) Fc 변형" 또는 탈글리코실화로부터 유발된다. 또 다른 추가 경우에서, 효과기-없는 Fc 돌연변이는 불변 영역에서 N297A 또는 D265A/N297A 치환이다.
추가 양태에서, 중쇄 가변 영역은 다음과 같이 HVR들 사이에 병치된 하나 이상의 프레임워크 서열을 포함한다: (FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4), 그리고 경쇄 가변 영역은 다음과 같이 HVR들 사이에 나란히 놓인 하나 이상의 프레임워크 서열을 포함한다: (FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4). 또 다른 추가의 양태에서, 상기 프레임워크 서열은 인간 공통 프레임워크 서열로부터 유도된다. 또 다른 추가의 양태에서, 중쇄 프레임워크 서열은 카밧 하위그룹 I, Ⅱ, 또는 Ⅲ 서열로부터 유도된다. 또 다른 추가의 양태에서, 중쇄 프레임워크 서열은 VH 하위그룹 Ⅲ 공통 프레임워크이다. 또 다른 추가 양태에서, 하나 이상의 중쇄 프레임워크 서열은 하기이다:
Figure pct00012
또 다른 추가 양태에서, 경쇄 프레임워크 서열은 카밧 카파 I, Ⅱ, Ⅲ, 또는 IV 하위그룹 서열로부터 유도된다. 또 다른 추가 양태에서, 경쇄 프레임워크 서열은 VL 카파 I 공통 프레임워크이다. 또 다른 추가 양태에서, 하나 이상의 경쇄 프레임워크 서열은 하기이다:
Figure pct00013
추가의 특정 양태에서, 항체는 인간 또는 뮤린 불변 영역을 추가로 포함한다. 또 다른 추가 양태에서, 인간 불변 영역은 IgG1, IgG2, IgG2, IgG3, 및 IgG4로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 추가의 특정 양태에서, 인간 불변 영역은 IgG1이다. 또 다른 추가 양태에서, 뮤린 불변 영역은 IgG1, IgG2A, IgG2B, 및 IgG3로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 추가 양태에서, 뮤린 불변 영역은 IgG2A이다. 또 다른 추가의 특정 양태에서, 항체는 감소되거나 최소의 효과기 작용을 갖는다. 또 다른 추가의 특정 양태에서, 최소의 효과기 작용은 "효과기-미만 Fc 변형" 또는 탈글리코실화로부터 유발된다. 또 다른 추가 경우에서, 효과기-미만 Fc 돌연변이는 불변 영역에서 N297A 또는 D265A/N297A 치환이다.
추가의 또 다른 경우에서, 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열을 포함하는 항-PD-L1 항체가 제공되고, 여기서:
(c) 중쇄는 GFTFSDSWIH (서열 번호 19), AWISPYGGSTYYADSVKG (서열 번호 20) 및 RHWPGGFDY (서열 번호 21), 각각에 적어도 85% 서열 상동성을 갖는 HVR-H1, HVR-H2 및 HVR-H3 서열을 추가로 포함하고/하거나,
(d) 경쇄는 RASQDVSTAVA (서열 번호 22), SASFLYS (서열 번호 23) 및 QQYLYHPAT (서열 번호 24), 각각에 적어도 85% 서열 상동성을 갖는 HVR-L1, HVR-L2 및 HVR-L3 서열을 추가로 포함한다.
특정 양태에서, 서열 동일성은 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%이다.
또 다른 양태에서, 중쇄 가변 영역은 다음과 같이 HVR들 사이에 나란히 놓인 1종 이상의 프레임워크 서열을 포함한다: (FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4), 그리고 경쇄 가변 영역은 다음과 같이 HVR들 사이에 나란히 놓인 하나 이상의 프레임워크 서열을 포함한다: (FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4). 추가의 또 다른 양태에서, 상기 프레임워크 서열은 인간 공통 프레임워크 서열로부터 유도된다. 또 다른 추가의 양태에서, 중쇄 프레임워크 서열은 카밧 하위그룹 I, Ⅱ 또는 Ⅲ 서열로부터 유도된다. 또 다른 추가의 양태에서, 중쇄 프레임워크 서열은 VH 하위그룹 Ⅲ 공통 프레임워크이다. 또 추가의 양태에서, 중쇄 프레임워크 서열 중 하나 이상은 서열 번호8, 9, 10 및 WGQGTLVTVSSASTK (서열 번호 31)로 제시된다.
또 다른 추가 양태에서, 경쇄 프레임워크 서열은 카밧 카파 I, Ⅱ, Ⅲ, 또는 IV 하위그룹 서열로부터 유도된다. 또 다른 추가 양태에서, 경쇄 프레임워크 서열은 VL 카파 I 공통 프레임워크이다. 또 다른 추가의 양태에서, 경쇄 프레임워크 서열 중 하나 이상은 서열 번호 15, 16, 17 및 18로 제시된다. 추가의 특정 양태에서, 항체는 인간 또는 뮤린 불변 영역을 추가로 포함한다. 또 다른 추가 양태에서, 인간 불변 영역은 IgG1, IgG2, IgG2, IgG3 및 IgG4로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 추가의 특정 양태에서, 인간 불변 영역은 IgG1이다. 또 다른 추가 양태에서, 뮤린 불변 영역은 IgG1, IgG2A, IgG2B 및 IgG3로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 추가 양태에서, 뮤린 불변 영역은 IgG2A이다. 또 다른 추가의 특정 양태에서, 항체는 감소되거나 최소의 효과기 작용을 갖는다. 또 다른 추가의 특정 양태에서, 최소의 효과기 작용은 "효과기-미만 Fc 변형" 또는 탈글리코실화로부터 유발된다. 또 다른 추가 경우에서, 효과기-없는 Fc 돌연변이는 불변 영역에서 N297A 또는 D265A/N297A 치환이다.
또한 추가의 경우에서, 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열을 포함하는 단리된 항-PD-L1 항체가 본원에서 제공되고, 여기서:
(a) 중쇄 서열은 하기 중쇄에 적어도 85% 서열 동일성을 가지며:
Figure pct00014
(b) 경쇄 서열은 하기 경쇄에 적어도 85% 서열 동일성을 갖는다:
Figure pct00015
일부 경우에서, 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열을 포함하는 단리된 항-PD-L1 항체가 제공되며, 여기서 상기 경쇄 가변 영역 서열은 서열 번호 4의 아미노산 서열에 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다. 일부 경우에서, 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열을 포함하는 단리된 항-PD-L1 항체가 제공되며, 여기서 상기 중쇄 가변 영역 서열은 서열 번호 26의 아미노산 서열에 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다. 일부 경우에서, 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열을 포함하는 단리된 항-PD-L1 항체가 제공되고, 여기서 상기 경쇄 가변 영역 서열은 서열 번호 4의 아미노산 서열에 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 서열 동일성을 가지고, 그리고 상기 중쇄 가변 영역 서열은 서열 번호26의 아미노산 서열에 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성을 가진다. 일부 경우에서, 중쇄 및/또는 경쇄의 N-말단에서 1, 2, 3, 4 또는 5 아미노산 잔기가 결실, 치환 또는 변형될 수 있다.
또한 추가의 경우에서, 중쇄 및 경쇄 서열을 포함하는 단리된 항-PD-L1 항체가 본원에서 제공되고, 여기서:
(a)중쇄 서열은 하기 중쇄에 적어도 85% 서열 동일성을 가지며:
Figure pct00016
(b)경쇄 서열은 하기 경쇄에 적어도 85% 서열 동일성을 갖는다:
Figure pct00017
일부 경우에서, 중쇄 및 경쇄 서열을 포함하는 단리된 항-PD-L1 항체가 제공되며, 여기서 상기 경쇄 서열은 서열 번호 33의 아미노산 서열에 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98% 또는 적어도 99% 서열 동일성을 갖는다. 일부 경우에서, 중쇄 및 경쇄 서열을 포함하는 단리된 항-PD-L1 항체가 제공되며, 여기서 상기 중쇄 서열은 서열 번호 32의 아미노산 서열에 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98% 또는 적어도 99% 서열 동일성을 갖는다. 일부 경우에서, 중쇄 및 경쇄 서열을 포함하는 단리된 항-PD-L1 항체가 제공되고, 여기서 상기 경쇄 서열은 서열 번호33의 아미노산 서열에 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98% 또는 적어도 99% 서열 동일성을 가지고, 그리고 상기 중쇄 서열은 서열 번호32의 아미노산 서열에 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98% 또는 적어도 99% 서열 동일성을 가진다.
일부 경우에서, 단리된 항-PD-L1 항체는 탈글리코실화된다. 항체의 글리코실화는 전형적으로 N-연결 또는 O-연결이다. "N-연결됨"은 탄수화물 잔기가 아스파라긴 잔기의 측쇄에 결합하는 것을 말한다. 트리펩티드 서열 아스파라긴-X-세린, 및 아스파라긴-X-트레오닌 (여기에서 X는 프롤린을 제외한 임의의 아미노산이다)은 아스파라긴 측쇄에 탄수화물 모이어티의 효소 부착을 위한 인식 서열이다. 따라서, 폴리펩티드내 상기 트리펩티드 서열의 존재는 잠재적인 글리코실화 부위를 생성한다. O-연결된 당화는 하이드록시아미노산, 가장 일반적으로는 세린 또는 트레오닌으로의 당 N-아세틸갈락토사민, 갈락토오스 또는 자일로스의 부착을 의미하지만, 5-하이드록시프롤린 또는 5-하이드록시라이신이 또한 사용될 수 있다. 항체에 당화 부위 형태의 제거는, 아미노산 서열을 변형함으로써 편리하게 달성되고 이로써 (N-연결 당화 부위에 대한) 상기-기재된 트리펩티드 서열 중 하나가 제거된다. 글리코실화 부위 내에 아스파라긴, 세린 또는 트레오닌 잔기 또 다른 아미노산 잔기 (예를 들면, 글리신, 알라닌 또는 보존적 치환)의 치환에 의한 변형이 있을 수 있다.
본원에서의 경우 중 임의의 것에서, 상기 단리된 항-PD-L1 항체는 인간 PD-L1, 예를 들어, UniProtKB/Swiss-Prot 수탁 번호 Q9NZQ7.1에 나타난 바와 같은 인간 PD-L1 또는 이의 변이체에 결합할 수 있다.
또한 추가의 경우에서, 본원에 기술된 항체 중 임의의 것을 암호화하는 단리된 핵산이 제공된다. 일부 경우에서, 핵산은 추가로 하기를 포함한다: 이전에 기술된 항-PD-L1 항체 중 임의의 것을 암호화하는 핵산의 발현에 적절한 벡터.또 다른 추가 특정 양태에서, 벡터는 핵산의 발현에 적절한 숙주 세포 내에 존재한다. 또 다른 추가 특정 양태에서, 숙주 세포는 진핵생물 세포 또는 원핵생물 세포이다. 또 다른 추가 특정 양태에서, 진핵생물 세포는 포유동물 세포, 예컨대 차이니즈 햄스터 난소 (CHO) 세포이다.
항체 또는 이의 항원 결합 단편은 예를 들면, 하기 단계를 포함하는 공정에 의하여 본 분야에 공지된 방법을 사용하여 제조될 수 있다: 상기 항체 또는 단편을 생산하기에 적절한 조건 하에서 발현에 적절한 형태의, 이전에 기술된 항-PD-L1 항체 또는 항원 결합 단편 중 임의의 것을 암호화하는 핵산을 함유하는 숙주 세포를 배양하는 단계, 및 항체 또는 단편을 회수하는 단계.
하기가 명백하게 고려된다: 상기 경우 중 임의의 것에서 사용하기 위한, 본원에 기술된 PD-L1 축 결합 길항제 항체 (예컨대, 항-PD-L1 항체, 항-PD-1 항체, 및 항-PD-L2 항체), 또는 기타 항체는 하기 섹션 1-7에 기술된 특징 중 임의의 것을 단독으로, 또는 조합하여 가질 수 있다.
1. 항체 친화도
특정 경우에서, 본원에 제공된 항체 (예컨대, 항-PD-L1 항체 또는 항-PD-1 항체)는 ≤1 μM, ≤100 nM, ≤10 nM, ≤1 nM, ≤0.1 nM, ≤0.01 nM, 또는 ≤0.001 nM (예컨대, 10-8 M 이하, 예를 들면 10-8 M 내지 10-13 M, 예를 들면 10-9 M 내지 10-13 M)의 해리 상수 (Kd)를 갖는다.
일 경우에서, Kd는 방사표지된 항원 결합 검정(RIA)에 의해 측정된다. 일 경우에서, RIA는 관심 항체의 Fab 버젼 및 이의 항원으로 수행된다. 예를 들어, 항원에 대한 Fab의 용액 결합 친화성은 일련의 적정된 비표지된 항원의 존재하에 최소 농도의 (125I)-표지된 항원으로 Fab를 평형화시키고 이어서 결합된 항원을 항-Fab 항체 코팅된 플레이트로 포획함에 의해 측정된다 (예를 들어, 참고: Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881(1999)). 검정용 조건을 수립하기 위해, MICROTITER® 다중-웰 플레이트 (Thermo Scientific)는 50 mM 탄산나트륨 (pH 9.6)에서 포착 항-Fab 항체 (Cappel Labs)의 5 ㎍/ml로 밤새 코팅되고, 그리고 그 뒤에 2 내지 5 시간동안 실온 (대략 23℃)에서 PBS내 2% (w/v) 소 혈청 알부민으로 차단된다. 비-흡착제 플레이트 (Nunc #269620)에서, 100 pM 또는 26 pM [125I]-항원은 해당 Fab의 연속 희석으로 혼합된다 (예를 들면, 항-VEGF 항체, Fab-12의 평가와 일치, Presta et al., Cancer Res. 57:4593-4599 (1997)). 그 다음 해당 Fab는 밤새 항온처리되지만; 그러나, 항온처리는 평형이 달성됨을 확인하기 위해 더 오랜 기간 (예를 들면, 약 65 시간)동안 계속할 수 있다. 그 후에, 혼합물은 실온에서 (예를 들면, 1 시간 동안) 항온처리를 위해 포획 플레이트로 이동된다. 이어서, 상기 용액을 제거하고 플레이트는 PBS 중에서 0.1% 폴리소르베이트 20 (TWEEN-20®)으로 8회 세척하였다. 플레이트가 건조되어 있을 경우, 150㎕/웰의 발광제(scintillant; MICROSCINT-20™; Packard)를 첨가하고, 플레이트를 10분간 탑계수 감마(TOPCOUNT™ gamma) 카운터 (Packard) 상에서 카운팅하였다. 최대 결합의 20% 이하를 제공하는 각 Fab의 농도가 경쟁 결합 검정에서 사용하기 위해 선택된다.
또 다른 경우에 따르면, Kd는 BIACORE® 표면 플라스몬 공명 검정을 사용하여 측정된다. 예를 들면, BIACORE®-2000 또는 BIACORE®-3000(BIAcore, Inc., Piscataway, NJ)을 사용한 검정은 25℃에서 고정화된 항원 CM5 칩으로 ~10 응답 단위(RU)로 수행한다. 일 경우에서, 카복시메틸화된 덱스트란 바이오센서 칩 (CM5, BIACORE, Inc.)은 공급자의 설명서에 따라 N-에틸-N'-(3-디메틸아미노프로파일)-카보디이미드 하이드로클로라이드 (EDC) 및 N-하이드록시석신이미드 (NHS)로 활성화된다. 항원은 pH 4.8, 10 mM 아세트산나트륨으로 5㎍/ml (~0.2 μM)까지 희석되고, 그 다음 5 ㎕/분의 유속으로 주입되어 커플링된 단백질의 대략 10 반응 유니트 (RU)를 달성한다. 항원 주사 후, 1 M 에탄올아민을 주사하여 미반응된 그룹을 차단시킨다. 역학적 측정을 위해, 2배 연속 희석된 Fab (0.78 nM 내지 500 nM)를 대략 25㎕/분의 유속으로 25℃ 에서 PBS 중에서 0.05% 폴리소르베이트 20 (TWEEN-20TM) 계면활성제 (PBST)와 함께 사용한다. 결합 속도 (kon) 및 해리 속도 (koff)의 결합, 및 해리 센서그램의 동시 피팅(simultaneously fitting)에 의하여 단순한 일 대 일 랭뮤어(Langmuir) 결합 모델 (BIACORE® 평가 소프트웨어 버젼 3.2)을 사용하여 산출하였다. 평형 해리 상수(Kd)는 koff/kon 비율로서 산출된다. 예를 들어, 하기를 참고한다: Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881 (1999). 만일 가역속도(on-rate)가 상기 표면 플라즈몬 공명 검정에 의해 106 M-1 s-1 를 초과하면, 분광기, 예컨대 정지-유동 구비된 분광광도계 (Aviv Instruments) 또는 교반된 큐벳을 갖춘 8000-시리즈 SLM-AMINCOTM 분광광도계 (ThermoSpectronic)에서 측정된 바와 같이 항원의 증가 농도의 존재하에 25℃에서 pH 7.2, PBS내 20 nM 항-항원 항체 (Fab 형태)의 형광 방출 세기 (여기 = 295nm; 방출 = 340nm, 16nm 대역통과)에서의 증가 또는 감소를 측정하는 형광성 켄칭 기술을 이용함으로써 가역 속도는 측정될 수 있다.
2. 항체 단편
특정 경우에서, 본 명세서에서 제공된 항체 (예를 들면, 항-PD-L1 항체 또는 항-PD-1 항체)는 항체 단편이다. 항체 단편은 Fab, Fab’, Fab’-SH, F(ab’)2, Fv, 및 scFv 단편, 및 하기된 다른 단편을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 특정 항체 단편의 검토를 위해, Hudson et al. Nat . Med . 9:129-134 (2003)를 참고한다. scFv 단편의 검토를 위하여, 예를 들면,
Figure pct00018
, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York), pp. 269-315 (1994)를 참고하며; 또한, WO 93/16185; 및 미국 특허 제5,571,894호 및 제5,587,458호을 참고한다. 에피토프 잔기를 결합하는 회수 수용체를 포함하고 증가된 생체내 반감기를 갖는 Fab 및 F(ab')2 단편의 논의를 위해, 미국 특허 제5,869,046호를 참고한다.
디아바디는 2가 또는 이특이적일 수 있는 2개의 항원 결합 부위를 갖는 항체 단편이다. 예를 들면, 하기를 참조한다: EP 404,097; WO 1993/01161; Hudson et al. Nat. Med. 9:129-134 (2003); 및 Hollinger et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993). 트리아바디 및 테트라바디는 또한 하기에 기술된다: Hudson et al. Nat. Med. 9:129-134 (2003).
단일-도메인 항체는 항체의 중쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부 또는 경쇄 가변 도메인의 전부 또는 일부를 포함하는 항체 단편이다. 특정 경우에서, 단일-도메인 항체는 인간 단일-도메인 항체 (Domantis, Inc., Waltham, MA; 참고, 예를 들면, 미국 특허 제6,248,516호 B1)이다.
항체 단편은 본원에 기재된 바와 같이 무손상 항체의 단백질 가수분해 소화 뿐만 아니라 재조합 숙주 세포(예컨대, 이. 콜라이 또는 파지)에 의한 생산을 포함하지만 이에 제한되지 않는 다양한 기술들로 제조될 수 있다.
3. 키메라 및 인간화된 항체
특정 경우에서, 본 명세서에서 제공된 항체 (예를 들면, 항-PD-L1 항체 또는 항-PD-1 항체)는 키메라 항체이다. 특정 키메라성 항체는, 예를 들면 하기에 기재되어 있다: 미국 특허 제4,816,567호 및 Morrison et al. Proc . Natl . Acad . Sci . USA, 81:6851-6855 (1984)). 일 예에서, 키메라 항체는 비-인간 가변 영역(예컨대, 마우스, 랫트, 햄스터, 토끼 또는 비-인간 영장류, 예컨대 원숭이에서 유도된 가변 영역)과 인간 불변 영역을 포함한다. 추가의 예에서, 키메라 항체는 부류 또는 서브부류가 친계 항체의 부류로부터 변화된 "부류 변경된(class-switched)" 항체이다. 키메라 항체는 이의 항원 결합 단편을 포함한다.
특정 경우에서, 키메라 항체는 인간화된 항체이다. 전형적으로, 비-인간 항체는 인간화되어 인간에 대한 면역원성이 감소되어 있고 친계 비-인간 항체의 특이성 및 친화도를 보유한다. 일반적으로, 인간화 항체는, HVR, 예를 들면, CDR, (또는 그 일부)가 비인간 항체로부터 유도되고, FR (또는 그 일부)가 인간 항체 서열로부터 유도되는 하나 이상의 가변 도메인을 포함한다. 인간화된 항체는 임의로 또한 인간 불변 영역의 적어도 일부를 포함한다. 일부 구현예에서, 인간화 항체에서 일부 FR 잔기들은 예를 들어, 항체 특이성 또는 친화도를 복구하거나 개선시키기 위해 비-인간 항체 (예를 들어, HVR 잔기가 유래된 항체) 기원의 상응하는 잔기들로 치환된다.
인간화 항체 및 이의 제조 방법은, 예를 들면, Almagro and Fransson, Front. Biosci . 13:1619-1633 (2008)에 고찰되고, 그리고 추가로 예를 들면, Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); Queen et al., Proc . Natl . Acad . Sci. USA 86:10029-10033 (1989); 미국 특허 제5,821,337호, 제7,527,791호, 제6,982,321호, 및 제7,087,409호; Kashmiri et al., Methods 36:25-34 (2005) (특이성 결정 영역 (SDR) 그라프팅 기재); Padlan, Mol . Immunol . 28:489-498 (1991) ("재표면화" 기재); Dall'Acqua et al., Methods 36:43-60 (2005) ("FR 셔플링" 기재); 및 Osbourn et al., Methods 36:61-68 (2005) 및 Klimka et al., Br. J. Cancer, 83:252-260(2000) (FR 셔플링에 대한 "유도된 선택" 접근법을 기재함)에 기재된다.
인간화를 위해 사용될 수 있는 인간 프레임워크 영역은 다음을 포함하지만 이에 제한되지 않는다: "베스트-피트" 방법을 사용하여 선택된 프레임워크 영역 (참고: 예를 들어, Sims et al.J. Immunol. 151:2296 (1993)); 특정 서브그룹의 경쇄 또는 중쇄 가변 영역의 인간 항체의 컨센서스 서열로부터 유래된 프레임워크 영역 (참고: 예를 들어, Carter et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992); 및 Presta et al. J. Immunol., 151:2623 (1993)); 인간 성숙(체세포적으로 돌연변이된) 프레임워크 영역 또는 인간 생식계열 프레임워크 영역 (예를 들면, 참고: Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)); 및 스크리닝 FR 라이브러리로부터 유래된 프레임워크 영역 (참고: 예를 들어, Baca et al., J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997) 및 Rosok et al., J. Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996)).
4. 인간 항체
특정 경우에서, 본 명세서에서 제공된 항체 (예를 들면, 항-PD-L1 항체 또는 항-PD-1 항체)는 인간 항체이다. 인간 항체는 당업계에 공지된 다양한 기술을 사용하여 제조될 수 있다. 인간 항체는 일반적으로 다음 문헌에 기재되어 있다: van Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001) 및 Lonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008).
인간 항체는 항원 유발(antigenic challenge)에 응답하여 무손상 인간 항체 또는 인간 가변 영역을 갖는 무손상 항체를 제조하도록 변형된 유전자도입 동물에 면역원을 투여함으로써 제조될 수 있다. 상기 동물은 전형적으로 내인성 면역글로불린 유전자좌를 대체하거나 염색체외적으로 존재하거나 동물의 염색체에 무작위로 통합된 인간 면역글로불린 유전자좌 모두 또는 일부를 함유한다. 상기 유전자전이 마우스에서, 내인성 면역글로불린 유전자좌는 일반적으로 불활성화되어 있다. 형질전환 동물로부터 인간 항체를 수득하는 방법의 검토를 위해, 하기를 참조한다: Lonberg, Nat . Biotech . 23:1117-1125 (2005). 또한, 예를 들어, 미국 특허 제6,075,181호 및 제6,150,584호 (XENOMOUSETM 기술을 설명함); 미국 특허 제 5,770,429호 (HUMAB® 기술을 설명함); 미국 특허 제7,041,870호 (K-M MOUSE® 기술을 설명함), 및 미국 특허 출원 공보 번호 US 2007/0061900 (VELOCIMOUSE® 기술을 설명함)를 참고한다. 이와 같은 동물에 의해 생성된 무손상 항체의 인간 가변 영역은, 예컨대 상이한 인간 불변영역과 조합함으로써, 추가로 변형될 수 있다. 인간 항체는 또한 혼성세포 기반 방법에 의해 제조될 수 있다.
인간 항체는 또한 하이브리도마 기반 방법에 의해 제조될 수 있다. 인간 단클론성 항체의 제조를 위한 인간 골수종 및 마우스-인간 이종골수종 세포주가 기재되었다. (참고: 예를 들어, Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984); Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987); 및 Boerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)). 인간 B 세포 하이브리도마 기술을 통해 제조된 인간 항체가 또한 다음 문헌에 기재되어 있다: Li et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006). 추가의 방법은, 예를 들면, 미국 특허 제7,189,826호 (하이브리도마 세포주로부터 단클론성 인간 IgM 항체의 생산 기재) 및 Ni, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006) (인간-인간 하이브리도마 기재)에 기재된 것을 포함한다. 인간 하이브리도마 기술(Trioma technology)은 다음 문헌에 기재되어 있다: Vollmers and Brandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005) 및 Vollmers and Brandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91 (2005).
인간 항체는 또한 인간 유래된 파아지 디스플레이 라이브러리로부터 선택된 Fv 클론 가변 도메인 서열을 단리시킴에 의해 제조될 수 있다. 상기 가변 도메인 서열은 이어서 목적하는 인간 불변 도메인과 조합될 수 있다. 항체 라이브러리로부터 인간 항체를 선택하기 위한 기술은 하기에 기재되어 있다.
5. 라이브러리-유래 항체
본 발명의 항체(예컨대, 항-PD-L1 항체 및 항-PD-1 항체)는 목적하는 활성 또는 활성들을 갖는 항체에 대해 조합 라이브러리를 스크리닝함으로써 단리될 수 있다. 예를 들면, 파아지 디스플레이 라이브러리를 생산하고 목적하는 결합 특징을 갖는 항체에 대해 이러한 라이브러리를 스크리닝하기 위한 각종 방법들이 당업계에 공지되어 있다. 그러한 방법은 Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001), 그리고 추가로 하기에 검토된다: 예를 들어, the McCafferty et al., Nature 348:552-554; Clackson et al., Nature 352: 624-628 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992); Marks and Bradbury, in Methods in Molecular Biology 248:161-175 (Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003); Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004); Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004); Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004); 및 Lee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)에 검토된다.
일부 파아지 디스플레이 방법에서, VH 및 VL 유전자 레퍼토리는 중합효소 연쇄 반응(PCR)에 의해 별도로 클로닝되고 파아지 라이브러리에서 무작위로 재조합되며, 이후 하기에 기술된 바와 같이 항원-결합 파아지에 대해 스크리닝될 수 있다: Winter et al., Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994). 파아지는 전형적으로 단일쇄 Fv (scFv) 단편 또는 Fab 단편으로서 항체 단편을 디스플레이한다. 면역화된 공급원으로부터의 라이브러리는 하이브리도마를 작제할 필요 없이 면역원에 대한 고친화성 항체를 제공한다. 대안적으로, 단순 레퍼토리는 (예를 들면, 인간으로부터) 클로닝되어 하기에 기재된 바와 같이 임의의 면역화 없이 광범위한 비자가 및 또한 자가 항원에 항체의 단일 공급원을 제공할 수 있다: Griffiths et al., EMBO J,12: 725-734 (1993). 최종적으로, 순수 라이브러리는 또한 줄기 세포로부터 비재배열된 V-유전자 분절을 클로닝하고 고도의 가변성 CDR3 영역을 암호하고 시험관내 재배열을 성취하기 위해 무작위 서열을 함유하는 PCR 프라이머를 사용함에 의해 합성적으로 제조될 수 있고, 이는 다음 문헌에 기재된 바와 같다: Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992). 인간 항체 파아지 라이브러리를 기재하는 특허 공보는 예를 들어, 다음의 문헌을 포함한다: 미국 특허 제5,750,373호, 및 미국 특허 공개 제2005/0079574호, 제2005/0119455호, 제2005/0266000호, 제2007/0117126호, 제2007/0160598호, 제2007/0237764호, 제2007/0292936호 및 제2009/0002360호.
인간 항체 라이브러리에서 단리된 항체 또는 항체 단편은 본원의 인간 항체 또는 인간 항체 단편으로 간주된다.
6. 다중특이적 항체
임의의 하나의 상기 양태에서, 본원에 제공된 항체 (예컨대, 항-PD-L1 항체 또는 항-PD-1 항체)는 다중특이적 항체, 예를 들어, 이중특이적 항체일 수 있다. 다중특이적 항체는 최소한 두 개의 상이한 자리에 대해 결합 특이성을 갖는 단클론성 항체이다. 특정 경우에서, 본 명세서에서 제공된 항체는 다중특이적 항체, 예를 들면 이중특이적 항체이다. 특정 경우에서, 결합 특이성들 중 하나는 PD-L1에 대한 것이고 다른 하나는 임의의 다른 항원에 대한 것이다. 특정 경우에서, 이중특이적 항체는 PD-L1 의 2개의 상이한 에피토프에 결합할 수 있다. 이중특이적 항체는 또한 PD-L1 를 발현하는 세포에 세포독성제를 국소화하는데 사용될 수 있다. 이중특이적 항체는 전장 항체 또는 항체 단편으로 제조될 수 있다.
다중특이적 항체를 제조하기 위한 기술은 상이한 특이성을 갖는 2개의 면역글로불린 중쇄-경쇄 쌍의 재조합 공-발현 (참고: Milstein and Cuello, Nature 305: 537 (1983)), WO 93/08829, 및 Traunecker et al., EMBO J. 10: 3655 (1991)), 및 "놉-인-홀(knob-in-hole)" 가공 (참고: 예를 들면, 미국 특허 제5,731,168호)를 포함한다. 다중 특이적 항체는 또한 항체 Fc-이종이량체 분자를 제조하기 위한 정전기 스티어링 효과를 가공함에 의해 (WO 2009/089004A1); 2개 이상의 항체 또는 단편을 가교 결합시킴에 의해 (참고: 예를 들면, 미국 특허 제4,676,980호, 및 Brennan et al., Science 229: 81 (1985)); 이중특이적 항체를 제조하기 위해 류신 지퍼를 사용함에 의해(참고: 예를 들어, Kostelny et al., J. Immunol . 148(5): 1547-1553 (1992)); 이중특이적 항체 단편을 제조하기 위해 "디아바디" 기술을 사용함에 의해 (참고: 예를 들어, Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448 (1993)); 및 단일쇄 Fv(sFv) 이량체를 사용함에 의해 (참고: 예를 들어, Gruber et al., J. Immunol. 152:5368 (1994)); 및 예를 들어, Tutt et al. J. Immunol. 147: 60 (1991)에 기재된 바와 같이 3특이적 항체를 제조함에 의해 제조될 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
"옥토퍼스 항체(octopus antibody)"를 포함하는, 3개 이상의 기능성 항원 결합 부위를 갖는 가공된 항체는 또한 본원에 포함된다(문헌참조: 예를 들어 US 2006/0025576A1).
본원에서 항체 또는 단편은 또한 PD-L1 및 또 다른 상이한 항원에 결합하는 항원 결합 부위를 포함하는 "이원 작용(dual) Fab" 또는 "DAF"를 포함한다.
7. 항체 변이체
특정 경우에서, 본 발명의 항체 (예를 들면, 항-PD-L1 항체 및 항-PD-1 항체)의 아미노산 서열 변이체가 고려된다. 예를 들어, 항체의 결합 친화도 및/또는 다른 생물학적 특성을 개선하는 것이 바람직할 수 있다. 항체의 아미노산 서열 변이체는 항체를 암호화하는 뉴클레오티드 서열로 적당한 변형을 도입하거나 펩티드 합성에 의해 제조될 수 있다. 상기 변형은 예를 들어, 항체의 아미노산 서열내 잔기들로부터의 결실 및/또는 이들로의 삽입 및/또는 치환을 포함한다. 결실, 삽입, 및 치환의 임의의 조합은 최종 작제물이 원하는 특징, 예를 들어, 항원-결합을 보유하는 경우, 최종 작제물에 도달하도록 이뤄질 수 있다.
I. 치환, 삽입 및 결실 변이체
특정 경우에서, 하나 이상의 아미노산 치환을 갖는 항체 변이체가 제공된다. 치환적 돌연변이생성을 위한 목적하는 부위는 HVR 및 FR을 포함한다. 보존적 치환은 "바람직한 치환"의 제목하에 표 3에서 보여준다. 보다 실질적 변화는 "예시적 치환"의 표제하에 표 3에 제공되고, 추가로 아미노산 측쇄 부류를 참조로 하기에 기재된 바와 같다. 아미노산 치환이 관심있는 항체 내로 도입될 수 있고, 원하는 활성, 예를 들어, 유지된/개선된 항원 결합, 감소된 면역원성, 또는 개선된 항체-의존적 세포-매개 세포독성(ADCC) 또는 보체의존적 독성(CDC)에 대해 스크리닝될 수 있다.
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아미노산은 통상의 측쇄 성질에 따라 분류될 수 있다:
(1) 소수성: 노르류신, Met, Ala, Val, Leu, Ile;
(2) 중성 친수성: Cys, Ser, Thr, Asn, Gln;
(3) 산성: Asp, Glu;
(4) 염기성: His, Lys, Arg;
(5) 쇄 배향에 영향을 주는 잔기: Gly, Pro;
(6) 방향족: Trp, Tyr, Phe.
비보존적 치환은 다른 부류에 대한 이들 부류 중 하나의 구성원을 교환하는 것을 수반할 것이다.
치환형 변이체의 한 유형은 친계 항체 (예를 들면 인간화 또는 인간 항체)의 하나 이상의 초가변 영역 잔기의 치환을 포함한다. 일반적으로 추가의 연구를 위해 선택된 수득한 변이체(들)은 친계 항체와 비교하여 특정 생물학적 성질 (예를 들어, 증가된 친화도, 및/또는 감소된 면역원성)에서 변형(예를 들어, 개선)을 갖고/갖거나 상기 친계 항체의 특정 생물학적 성질을 실질적으로 보유한다. 예시적인 치환 변이체는, 예컨대, 본원에 기재된 것과 같은 파아지 디스플레이-기반의 친화도 성숙 기술을 사용하여, 간편하게 생성될 수 있는 친화도 성숙된 항체이다. 간단히, 하나 이상의 HVR 잔기는 돌연변이화되고 파아지에서 변이체 항체 표시되고 특정한 생물학적 활성 (예를 들면, 결합 친화도)에 대하여 스크리닝된다.
변형(예컨대, 치환)은 HVR에서, 예컨대, 항체 친화도를 개선시키기 위해 이루어질 수 있다. 상기 변형은 HVR "핫스팟(hotspot)", 즉, 체세포 성숙 공정 동안 높은 빈도로 돌연변이하는 코돈에 의해 암호화된 잔기 (참고: 예를 들면, Chowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008)), 및/또는 항원과 접촉하는 잔기에서 이루어질 수 있으며, 이때 생성된 변이체 VH 또는 VL가 결합 친화도에 대하여 시험된다. 2차 라이브러리로부터 작제하고 재선택함에 의한 친화성 성숙화가 예를 들어, 다음 문헌에 기재되어 있다: Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, (2001)). 친화성 성숙화의 일부 경우에서, 다양성이 임의의 다양한 방법 (예를 들어, 오류 발생 경향 PCR, 쇄 셔플링 또는 올리고뉴클레오티드 지시된 돌연변이유발)에 의한 성숙화를 위해 선택되는 가변 유전자에 도입된다. 이후 2차 라이브러리가 형성된다. 이후 라이브러리를 스크리닝하여 목적하는 친화도를 갖는 임의의 항체 변이체를 식별한다. 다양성을 도입하는 또 다른 방법은 HVR-지시된 접근법을 포함하며, 여기서 몇몇 HVR 잔기(예컨대, 한번에 4-6개 잔기)가 무작위화된다. 항원 결합에 관련된 HVR 잔기는 특히, 예컨대, 알라닌 주사 돌연변이유발(alanine scanning mutagenesis) 또는 모델링을 사용하여 식별할 수 있다. 특히, CDR-H3 및 CDR-L3이 흔히 표적화된다.
특정 경우에서, 치환, 삽입, 또는 결실은 이러한 변형이 항체가 항원에 결합하는 능력을 실질적으로 감소시키지 않는 한 하나 이상의 HVR 내에서 일어날 수 있다. 예를 들어, 결합 친화도를 실질적으로 감소시키지 않는 보존적 변형 (예를 들어, 본원에 제공된 바와 같은 보존적 치환)이 HVR에 수행될 수 있다. 상기 변형은, 예를 들면, HVR에서 항원 접촉 잔기의 외부일 수 있다. 상기 제공된 변이체 VH 및 VL 서열의 특정 경우에서, 각각의 HVR는 변형되지 않거나, 또는 하나 이상, 두개 또는 세 개의 아미노산 치환을 함유하지 않는다.
돌연변이유발을 위해 표적화될 수 있는 항체의 잔기들 또는 영역들의 동정을 위해 유용한 방법은 다음 문헌에 기재된 바와 같이 "알라닌 스캐닝 돌연변이유발"로 불리운다: Cunningham and Wells (1989) Science, 244:1081-1085. 상기 방법에서, 잔기 또는 표적 잔기들 그룹 (예를 들어, Arg, Asp, His, Lys, 및 Glu와 같은 하전된 잔기들)은 중성 또는 음으로 하전된 아미노산(예를 들어, 알라닌 또는 폴리알라닌)에 의해 식별되고 대체되어 항체와 항원의 상호작용이 영향받는지를 계측한다. 추가의 치환은 초기 치환에 대한 기능적 감도를 입증하는 아미노산 위치에서 도입될 수 있다. 대안적으로, 또는 추가로, 항체와 항원 간의 접촉 지점을 식별하기 위한 항원-항체 복합체의 결정 구조. 상기 접촉 잔기 및 인접 잔기가 치환을 위한 후보물질로서 표적화되거나 제거될 수 있다. 변이체는 이들이 목적하는 특성을 함유하는지 계측하기 위해 스크리닝될 수 있다.
아미노산 서열 삽입은 1 잔기 내지 100 이상 잔기를 함유하는 폴리펩티드 길이 범위의 아미노- 및/또는 카복실-말단 융합, 뿐만 아니라 단일 또는 다중 아미노산 잔기의 서열간 삽입을 포함한다. 말단 삽입의 예는 N-말단 메티오닐 잔기를 갖는 항체를 포함한다. 항체 분자의 또 다른 삽입 변이체는 항체의 혈청 반감기를 증가시키는 폴리펩티드 또는 효소(예컨대, ADEPT에 대한)에 대한 항체의 N- 또는 C-말단에 융합을 포함한다.
Ⅱ. 글리코실화 변이체
특정 경우에서, 본 발명의 항체는 항체가 당화된 정도를 증가시키거나 감소시키기 위해 변형될 수 있다. 본 발명의 항체에 대한 당화 부위의 부가 또는 결실은 하나 이상의 당화 부위가 생성되거나 제거되도록 아미노산 서열을 변형시킴으로써 간편하게 달성될 수 있다.
항체가 Fc 영역을 포함하는 경우, 이에 부착된 탄수화물이 변형될 수 있다. 포유동물 세포에 의해 생산된 원상태 항체는 전형적으로 Fc 영역의 CH2 도메인의 Asn297에 대한 N-연결부에 의해 일반적으로 부착되는 분지형, 2분지형 올리고당을 포함한다. 예를 들면, Wright et al. TIBTECH 15:26-32 (1997) 참고. 올리고당은 다양한 탄수화물, 예를 들면, 만노스, N-아세틸 글루코사민 (GlcNAc), 갈락토오스, 및 시알산, 뿐만 아니라 2분지형 올리고당 구조의 "줄기"에서 GlcNAc에 부착된 푸코스를 포함할 수 있다. 일부 경우에서, 특정한 개선된 특성을 갖는 항체 변이체를 생성하기 위해 본 발명의 항체에서 올리고당의 변형이 이루어질 수 있다.
일 경우에서, Fc 영역에 (직접적으로 또는 간접적으로) 부착되는 푸코오스가 부족한 탄수화물 구조를 갖는 항체 변이체가 제공된다. 예를 들면, 이러한 항체 중의 푸코오스의 양은 1% 내지 80%, 1% 내지 65%, 5% 내지 65% 또는 20% 내지 40%일 수 있다. 푸코오스의 양은, 예를 들어, WO 2008/077546에 기술된 바와 같이, MALDI-TOF 질량 분광계에 의하여 측정시, Asn297에 부착된 모든 당구조 (glycostructure) (예를 들어, 복합체, 혼성체 및 고 만노스 구조)의 총합과 비교하여, Asn297에서의 당 쇄 내의 푸코오스의 평균량을 산출함으로써 측정될 수 있다. Asn297은 Fc 영역에서의 대략 위치 297 (Fc 영역 잔기의 Eu 넘버링)에 배치된 아스파라긴 잔기를 지칭하지만; 그러나, Asn297은, 항체내 작은 서열 변이로 인해, 위치 297의 약 ±3개 아미노산 상류 또는 하류, 즉, 위치 294 와 300 사이에도 또한 배치될 수 있다. 상기 푸코실화 변이체는 개선된 ADCC 작용을 가질 수 있다. 예를 들어, 하기를 참조한다: 미국 특허 공보 번호 US 2003/0157108, 및 US 2004/0093621. "탈푸코실화된" 또는 "푸코스-결핍" 항체 변이체와 관련된 공보의 예는 다음을 포함한다: US 2003/0157108; WO 2000/61739; WO 2001/29246; US 2003/0115614; US 2002/0164328; US 2004/0093621; US 2004/0132140; US 2004/0110704; US 2004/0110282; US 2004/0109865; WO 2003/085119; WO 2003/084570; WO 2005/035586; WO 2005/035778; WO2005/053742; WO2002/031140; Okazaki et al. J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004); Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004). 탈푸코실화 항체를 생산할 수 있는 세포주의 예는 하기를 포함한다: 단백질 푸코실화가 결핍된 Lec13 CHO 세포(Ripka et al. Arch. Biochem . Biophys . 249:533-545 (1986); 미국 특허출원 번호 US 2003/0157108 A1; 및 WO 2004/056312 A1, Adams et al., 특히 실시예 11), 및 녹아웃 세포주, 예컨대 알파-1,6-푸코실전달효소 유전자, FUT8, 녹아웃 CHO 세포 (참고: 예를 들면, Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004); Kanda, Y. et al., Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006); 및 WO2003/085107).
항체 변이체는, 예를 들어 항체의 Fc 영역에 부착된 2분지 올리고당이 GlcNAc에 의해 이등분된, 이등분된 올리고당으로 추가적으로 제공된다. 이러한 항체 변이체는 감소된 푸코실화 및/또는 개선된 ADCC 작용을 가질 수 있다. 이러한 항체 변이체의 예는, 예를 들면, 하기에 기술된다: WO 2003/011878; 미국 특허 제6,602,684호; 및 US 2005/0123546. Fc 영역에 부착된 올리고당에 적어도 하나의 갈락토스 잔기를 갖는 항체 변이체가 또한 제공된다. 상기 항체 변이체는 CDC 기능을 개선시킬 수 있다. 상기 항체 변이체는, 예를 들면, 하기에 기술된다: WO 1997/30087; WO 1998/58964; 및 WO 1999/22764.
Ⅲ. FC 영역 변이체
특정 경우에서, 하나 이상의 아미노산 변형이 본 발명의 항체의 Fc 영역에 도입되어, Fc 영역 변이체를 생성할 수 있다. Fc 영역 변이체는 1종 이상의 아미노산 위치에 아미노산 변형 (예를 들면 치환)을 포함하는 인간 Fc 영역 서열 (예를 들면, 인간 IgG1, IgG2, IgG3 또는 IgG4 Fc 영역)을 포함할 수 있다.
특정 경우에서, 본 발명은 생체내 항체의 반감기가 여전히 어떤 효과기 기능 (예컨대 보체 및 ADCC)이 중요한 적용에 대해 바람직한 후보자에 불필요한 또는 유해하게 하는, 모든 효과기 기능은 아니지만 일부를 보유하는 항체 변이체를 고려한다. 시험관내 및/또는 생체내 세포독성 검정은 CDC 및/또는 ADCC 활성의 경감/고갈을 식별하기 위해 수행될 수 있다. 예를 들면, Fc 수용체(FcR) 결합 검정은 항체가 FcyR 결합은 결핍되지만(따라서 ADCC 활성이 결핍될 것 같음), FcRn 결합 능력을 보유하도록 보장하기 위해 수행될 수 있다. ADCC, NK 세포 매개용 1차 세포는 FcγRⅢ 만을 발현하고, 반면에 단핵구는 FcγRI, FcγRⅡ 및 FcγRⅢ을 발현한다. 조혈 세포상의 FcR 발현은 다음 문헌의 464 페이지 상의 표 3에 요약되어 있다: Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol. 9:457-492 (1991). 해당 분자의 ADCC 활성을 평가하기 위한 시험관내 검정의 비-제한적인 예는 하기에 기재된다: 미국 특허 제5,500,362호 (참고: 예를 들면 Hellstrom, I. et al. Proc . Natl . Acad . Sci . USA 83:7059-7063 (1986)) 및 Hellstrom, I et al., Proc . Natl . Acad . Sci . USA 82:1499-1502 (1985); 미국 특허 제5,821,337호 (참고: Bruggemann, M. et al., J. Exp . Med . 166:1351-1361 (1987)). 대안적으로, 하기와 같은 비-방사능활성 검정 방법이 사용될 수 있다: 예를 들어, 유동 세포측정을 위한 ACTI™ 비-방사능활성 세포독성 검정 (CellTechnology, Inc. Mountain View, CA; 및 CYTOTOX 96® 비 방사성 세포독성 검정 (Promega, Madison, WI)). 이러한 검정을 위한 유용한 효과기 세포는 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC) 및 자연 살해 (NK) 세포를 포함한다. 대안적으로, 또는 부가적으로, 관심 분자의 ADCC 활성은 하기와 같이 생체내 평가된다: 예를 들면, Clynes et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95:652-656 (1998)에 기술된 바와 같은 동물 모델. C1q 결합 검정은 또한 항체가 C1q를 결합할 수 없음에 따라서 CDC 활성이 부재임을 확인하기 위해 수행될 수 있다. 참고, 예를 들면, WO 2006/029879 및 WO 2005/100402에서 C1q 및 C3c 결합 ELISA. 보체 활성화를 평가하기 위해, CDC 검정이 수행될 수 있다 (참고: 예를 들어, Gazzano-Santoro et al.,J. Immunol. Methods 202:163 (1996); Cragget al.,Blood. 101:1045-1052 (2003); 및 Cragg et al.,Blood. 103:2738-2743 (2004)). FcRn 결합 및 생체내 청소율/반감기 측정은 또한 당업계에 공지된 방법을 사용하여 수행될 수 있다 [참고: 예를 들어, Petkovaet al. Int'l . Immunol . 18(12):1759-1769 (2006)].
감소된 효과기 기능을 가진 항체는 하나 이상의 Fc 영역 잔기 238, 265, 269, 270, 297, 327 및 329의 치환을 갖는 것들을 포함한다 (미국 특허 제 6,737,056호 및 제8,219,149호). 상기 Fc 돌연변이체는, 알라닌에 대하여 잔기 265 및 297의 치환을 갖는 소위 "DANA" Fc 돌연변이체를 포함하여, 2개 또는 그 아상의 아미노산 위치 265, 269, 270, 297 및 327에서 치환을 갖는 Fc 돌연변이체를 포함한다 (미국 특허 제7,332,581호 및 제8,219,149호).
FcR로의 개선되거나 감쇠된 결합을 갖는 특정 항체 변이체가 기재되어 있다. (예를 들어, 미국 특허 제6,737,056호; WO 2004/056312, 및 Shields et al., J. Biol. Chem . 9(2): 6591-6604 (2001) 참고).
특정 경우에서, 항체 변이체는 ADCC를 개선시키는 하나 이상의 아미노산 치환, 예를 들어, Fc 영역의 위치 298, 333, 및/또는 334에서의 치환(잔기들의 EU 넘버링)을 갖는 Fc 영역을 포함한다.
일부 경우에서, 변형은 예를 들어 하기에 기술된 바와 같이, 변형된 (즉, 개선되거나 감소된) C1q 결합 및/또는 보체의존적 세포독성 (CDC)을 유발하는 Fc 영역 내에서 제조된다: 미국 특허 제6,194,551호, WO 99/51642, 및 Idusogie et al. J. Immunol . 164: 4178-4184 (2000).
증가된 반감기 및 태아로의 모체 IgG의 이동에 원인으로 작용하는, 신생아 Fc 수용체 (FcRn)로의 개선된 결합을 갖는 항체 (Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976) 및 Kim et al., J. Immunol. 24:249 (1994))가 US2005/0014934A1 (Hinton et al.)에 기재된다. 상기 항체는 FcRn에 대한 Fc 영역의 결합을 개선하는 그안에 하나 이상의 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다. 상기 Fc 변이체는 Fc 영역 잔기 238, 256, 265, 272, 286, 303, 305, 307, 311, 312, 317, 340, 356, 360, 362, 376, 378, 380, 382, 413, 424 또는 434 중 하나 이상에서 치환, 예를 들면, Fc 영역 잔기 434의 치환을 갖는 것을 포함한다 (미국 특허 제7,371,826호).
Fc 영역 변이체의 다른 예에 관하여 또한 Duncan & Winter, Nature 322:738-40 (1988); 미국 특허 제5,648,260호; 미국 특허 제5,624,821호; 및 WO 94/29351를 참고한다.
IV. 시스테인 가공된 항체 변이체
특정 경우에서, 시스테인이 가공된 항체, 예컨대, "티오MAb(thioMAb)"(항체의 하나 이상의 잔기가 시스테인 잔기로 치환된 것임)를 형성하는 것이 바람직할 수 있다. 특정 경우에서, 치환된 잔기는 항체의 접근 가능한 부위에서 발생한다. 상기 잔기를 시스테인으로 치환시킴으로써, 반응성 티올기는 그렇게 함으로써 항체의 접근가능한 부위에 배치되고, 다른 모이어티, 예컨대 약물 모이어티 또는 링커-약물 중간체에 항체를 접합하는데 사용되어, 본원에서 추가로 기재된 바와 같이, 면역접합체를 제조할 수 있다. 특정 경우에서, 하기의 잔기들 중 임의의 하나 이상은 시스테인으로 치환될 수 있다: 경쇄의 V205 (카밧 넘버링); 중쇄의 A118 (EU 넘버링); 및 중쇄 Fc 영역의 S400 (EU 넘버링). 시스테인 가공된 항체는, 예를 들면, 미국 특허 제7,521,541호에 기재된 바와 같이 생성될 수 있다.
V. 항체 유도체
특정 경우에서, 본원에 제공된 항체는 당업계에 공지되어 있고 쉽게 이용 가능한 추가의 비단백질성 모이어티를 함유하도록 추가로 변형될 수 있다. 항체의 유도체화를 위해 적합한 모이어티는 수용성 폴리머를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 수용성 폴리머의 비제한적 예에는, 비제한적으로, 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 에틸렌 글리콜/프로파일렌 글리콜의 코폴리머, 카복시메틸셀룰로스, 덱스트란, 폴리비닐 알코올, 폴리비닐 피롤리돈, 폴리-1,3-디옥솔란, 폴리-1,3,6-트리옥산, 에틸렌/말레산 무수물 코폴리머, 폴리아미노산(호모폴리머 또는 랜덤 코폴리머), 및 덱스트란 또는 폴리(n-비닐피롤리돈)폴리에틸렌 글리콜, 프로프로파일렌 글리콜 호모폴리머, 프롤리프로파일렌 옥사이드/에틸렌 옥사이드 코폴리머, 폴리옥시에틸화된 폴리올(예컨대, 글리세롤), 폴리비닐 알코올 및 이들의 혼합물이 포함된다. 폴리에틸렌 글리콜 프로피온알데하이드는 물에서 그 안정성 때문에 제조시 이점을 가질 수 있다. 폴리머는 임의의 분자량일 수 있고, 그리고 분지형 또는 비분지형일 수 있다. 상기 항체에 부착된 폴리머 개수는 다양할 수 있는데, 둘 이상의 폴리머가 부착되는 경우, 이들은 동일하거나 또는 상이한 분자일 수 있다. 일반적으로, 유도체화에 사용되는 중합체의 수 및/또는 유형은 개선시키고자 하는 항체의 특별한 특성이나 기능, 항체 유도체가 정의된 조건하에서 치료법에서 사용될 것인지 등을 포함하지만 이에 제한되지 않는 고려사항들을 기준으로 하여 결정될 수 있다.
또 다른 경우에서, 방사선에 노출에 의해 임의로 가열될 수 있는 비단백질성 모이어티 및 항체의 접합체가 제공된다. 일 경우에서, 비단백질성 모이어티는 탄소 나노튜브이다 (참고: Kam et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605 (2005)). 방사선은 임의의 파장일 수 있으며, 보통의 세포에는 유해하지 않지만 비단백질성 모이어티를 항체-비단백질성 모이어티에 근접한 세포가 사멸하는 온도로 가열시키는 파장을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
VI. 면역접합체
본 발명은 또한 하나 이상의 세포독성제, 예컨대 화학치료제 또는 약물, 생장 억제성 제제, 독소 (예를 들면, 단백질 독소, 박테리아, 진균, 식물, 또는 동물 기원의 효소적 활성 독소, 또는 그 단편), 또는 방사성 동위원소에 접합되는 본원의 항체 (예컨대, 항-PD-L1 항체 또는 항-PD-1 항체)를 포함하는 면역접합체를 제공한다.
일 경우에서, 면역접합체는 항체가 비제한적으로 하기를 포함하는 하나 이상의 약물에 접합되는 항체-약물 접합체 (ADC)이다: 메이탄시노이드(미국 특허 제5,208,020호, 제5,416,064호 및 유럽 특허 EP 0 425 235 B1); 아우리스타틴, 예컨대 모노메틸아우리스타틴 약물 모이어티 DE 및 DF(MMAE 및 MMAF)(미국 특허 제5,635,483호 및 제5,780,588호, 및 제7,498,298호 참조); 돌라스타틴; 칼리케아미신 또는 이의 유도체 (참고: 미국 특허 제5,712,374호, 제5,714,586호, 제5,739,116호, 제5,767,285호, 제5,770,701호, 제5,770,710호, 제5,773,001호 및 제제5,877,296호; Hinman et al., Cancer Res . 53:3336-3342 (1993); 및 Lode et al., Cancer Res . 58:2925-2928 (1998)); 안트라사이클린, 예컨대 다우노마이신 또는 독소루비신(참고: Kratz et al., Current Med. Chem. 13:477-523 (2006); Jeffrey et al., Bioorganic & Med. Chem. Letters 16:358-362 (2006); Torgov et al., Bioconj. Chem. 16:717-721 (2005); Nagy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:829-834 (2000); Dubowchik et al., Bioorg. & Med. Chem. Letters 12:1529-1532 (2002); King et al., J. Med . Chem . 45:4336-4343 (2002); 및 미국 특허 제6,630,579호); 메토트렉세이트; 빈데신; 탁산 예컨대 도세탁셀, 파클리탁셀, 라로탁셀, 테세탁셀, 및 오르타탁셀; 트리코테센; 및 CC1065.
또 다른 경우에서, 면역접합체는 디프테리아 A 쇄, 디프테리아 독소의 비결합 활성 단편, (슈도모나스 에루기노사(Pseudomonas aeruginosa) 유래) 외독소 A 쇄, 리신 A 쇄, 아브린 A 쇄, 모덱신 A 쇄, 알파-사르신, 유동(Aleurites fordⅡ) 단백질, 디안틴 단백질, 미국 자리공(Phytolaca americana) 단백질(PAPI, PAPⅡ, 및 PAP-S), 모모르디카 카란티아(momordica charantia) 억제제, 쿠르신, 크로틴, 사파오나리아 오피시날리스(sapaonaria officinalis) 억제제, 젤로닌, 미토젤린, 레스트릭토신, 페노마이신, 에노마이신, 및 트리코테센을 포함하지만 이에 제한되지 않는 효소 활성 독소 또는 이의 단편에 접합된 본원에 기재된 바와 같은 항체를 포함한다.
또 다른 경우에서, 면역접합체는 본원에 기술된 바와 같이, 방사성 원자에 접합되어 방사선 접합체를 형성하는 항체를 포함한다. 다양한 방사성 동위원소가 방사선 접합체의 생산을 위해 사용가능하다. 예시는 하기를 포함한다: At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, Pb212 및 Lu의 방사성 동위원소. 방사능 접합체가 탐지용으로 사용되는 경우, 이것은 신티그래프(scintigraphic) 연구를 위한 방사성 원자, 예를 들면 tc99m 또는 I123, 또는 핵자기 공명(NMR) 영상화 (자기 공명 영상화, MRI 로도 공지됨)를 위한 스핀 표지, 예를 들면, 요오드-123, 요오드-131, 인듐-111, 불소-19, 탄소-13, 질소-15, 산소-17, 가돌리늄, 망간 또는 철을 포함할 수 있다.
항체 및 세포독성제의 접합체는 다양한 이작용성 단백질 커플링제, 예를 들면, N-석신이미딜-3-(2-피리딜디티오) 프로피오네이트(SPDP), 석신이미딜-4-(N-말레이미도메틸) 사이클로헥산-1-카복실레이트(SMCC), 이미노티올란(IT), 이미도에스테르의 이작용성 유도체(예를 들면, 디메틸 아디프이미데이트 HCl), 활성 에스테르(예를 들면, 디석신이미딜 수베레이트), 알데히드(예를 들면, 글루타르알데히드), 비스-아지도 화합물(예를 들면, 비스(p-아지도벤조일) 헥산디아민), 비스-디아조늄 유도체(예를 들면, 비스-(p-디아조늄벤조일)-에틸렌디아민), 디이소시아네이트(예를 들면, 톨루엔 2,6-디이소시아네이트), 및 비스-활성 불소 화합물(예를 들면, 1,5-디플루오로-2,4-디니트로벤젠)을 사용하여 제조될 수 있다. 예를 들어, 리신 면역독소는 Vitetta et al., Science 238:1098 (1987)에 기술된 바와 같이 제조될 수 있다. 탄소-14-표지된 1-이소티오시아네이토벤질-3-메틸디에틸렌 트리아민펜타아세트산(MX-DTPA)이 항체에의 방사성 뉴클레오티드의 콘주게이션을 위한 예시적인 킬레이트제이다. 참고: WO94/11026. 상기 링커는 상기 세포에서 세포독성 약물의 방출을 용이하게 하는 "분할될 수 있는 링커(cleavable linker)"일 수 있다. 예를 들어, 산-불안정 링커, 펩티다아제-민감성 링커, 광불안정성 링커, 디메틸 링커 또는 이황화물-함유 링커 (Chari et al., Cancer Res . 52: 127-131 (1992); 미국 특허 제5,208,020호)가 사용될 수 있다.
본원의 면역접합체 또는 ADC는 본원에서 명백히 고안되는데, 비제한적으로 이와 같은 접합체는 가교결합 시약, 비제한적으로, BMPS, EMCS, GMBS, HBVS, LC-SMCC, MBS, MPBH, SBAP, SIA, SIAB, SMCC, SMPB, SMPH, 술포-EMCS, 술포-GMBS, 술포-KMUS, 술포-MBS, 술포-SIAB, 술포-SMCC 및 술포-SMPB 및 SVSB(숙신이미딜-(4-비닐술폰)벤조에이트)(예컨대, Pierce Biotechnology, Inc., Rockford, IL., U.S.A에서 상업적으로 확보 가능함)으로 제조된다.
V. 약제학적 제형
본 발명에 따라 사용된, PD-L1 축 결합 길항제의 치료적 제형 (예컨대, 항-PD-L1 항체 (예컨대, MPDL3280A))은 동결건조된 제형 또는 수용액 형태로 원하는 정도의 순도를 갖는 길항제를 선택적인 약제학적으로 허용 가능한 담체, 부형제, 또는 안정제와 혼합하여 보관을 위해 제조된다. 제형에 관한 일반적인 정보에 대해서는, 예를 들어, 하기를 참고한다: Gilman et al. (eds.) The Pharmacological Bases of Therapeutics, 8th Ed., Pergamon Press, 1990; A. Gennaro (ed.), Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th Edition, Mack Publishing Co., Pennsylvania, 1990; Aviset al. (eds.) Pharmaceutical Dosage Forms: Parenteral Medications Dekker, New York, 1993; Lieberman et al. (eds.) Pharmaceutical Dosage Forms: Tablets Dekker, New York, 1990; Liebermanet al. (eds.), Pharmaceutical Dosage Forms: Disperse Systems Dekker, New York, 1990; 및 Walters (ed.) Dermatological and Transdermal Formulations (Drugs and the Pharmaceutical Sciences), Vol 119, Marcel Dekker, 2002.
허용 가능한 담체, 부형제, 또는 안정제는 이용된 투여량 및 농도에서 수령체에 비독성이며, 버퍼, 예컨대 포스페이트, 시트레이트, 및 다른 유기산; 아스코르브산 및 메티오닌을 포함하는 항산화제; 보존제(예컨대 옥타데실디메틸벤질 암모늄 클로라이드; 헥사메토늄 클로라이드; 벤즈알코늄 클로라이드, 벤즈에토늄 클로라이드; 페놀, 부틸 또는 벤질 알코올; 알킬 파라벤, 예컨대 메틸 또는 프로파일 파라벤; 카테콜; 레조르시놀; 주기로헥산올; 3-펜탄올; 및 m-크레졸); 저분자량(약 10 잔기 미만) 폴리펩티드; 단백질, 예컨대 혈청 알부민, 젤라틴, 또는 면역글로불린; 친수성 폴리머, 예컨대 폴리비닐피롤리돈; 아미노산, 예컨대 글리신, 글루타민, 아스파라긴, 히스티딘, 아르기닌, 또는 라이신; 모노사카라이드, 디사카라이드, 및 글루코스, 만노스, 또는 덱스트린을 포함하는 다른 탄수화물; 킬레이트제, 예컨대 EDTA; 당류, 예컨대 수크로스, 만니톨, 트레할로스 또는 소르비톨; 염 형성 짝이온, 예컨대 나트륨; 금속 착물(예를 들면, Zn-단백질 복합체); 및/또는 비-이온성 계면활성제, 예컨대 TWEEN™, PLURONICS™ 또는 폴리에틸렌 글리콜(PEG)이 포함된다.
본원에서 제형은 또한 하나 이상의 활성 화합물, 바람직하게는 서로 부정적으로 영향을 미치지 않는 상보적 활성을 갖는 것들을 포함할 수 있다. 그와 같은 약제의 유형 및 유효량은, 예를 들면 제형에 존재하는 길항제의 양 및 유형, 그리고 피험체의 임상 파라미터에 의존한다.
또한, 활성 성분을 예를 들면, 코아세르베이션 기술 또는 계면 중합에 의해 제조된 마이크로캡슐, 예를 들면 콜로이드성 약물 전달 시스템 (예를 들면, 리포좀, 알부민 마이크로구형체, 마이크로에멀젼, 나노- 입자 및 나노캡슐) 또는 매크로에멀젼 내의 각각 하이드록시메틸셀룰로오스 또는 젤라틴-마이크로캡슐 및 폴리-(메틸메타실레이트) 마이크로캡슐 내에 포집할 수 있다. 상기 기술은 하기에서 개시되어 있다: Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980).
지속-방출 제제는 제조될 수 있다. 지속-방출 제제의 적당한 예에는 길항제를 함유하는 고체 소수성 중합체의 반-투과성 매트릭스가 포함되며, 이 매트릭스는 형상화된 물품, 예를 들면, 필름, 또는 마이크로캡슐의 형태이다. 지속-방출 매트릭스의 예는 폴리에스테르, 하이드로겔 (예를 들면, 폴리(2-하이드록시에틸-메타크릴레이트), 또는 폴리(비닐알코올)), 폴리락타이드 (미국 특허번호 3,773,919), L-글루탐산과 γ 에틸-L-글루타메이트의 공중합체, 비-분해성 에틸렌-비닐 아세테이트, 분해성 락트산-글리콜산 공중합체, 예를 들어, LUPRON DEPOT™ (락트산-글리콜산 공중합체 및 류프롤리드 아세테이트로 구성된 주사가능한 미소구), 및 폴리-D-(-)-3-하이드록시부티르산을 포함한다.
생체내 투여를 위해 사용될 제형은 멸균되어야 한다. 이는 멸균된 여과 막을 통한 여과에 의해 용이하게 달성된다.
상기 제조 물품 중 임의의 것은 PD-L1 축 결합 길항제 대신에 또는 이에 추가로 본원에 기술된 면역접합체를 포함할 수 있다는 것이 이해된다.
VI. 진단성 키트 및 제조 물품
질환 또는 장애 (예를 들면, 방광암을 포함한, 암)를 가진 개체 또는 환자로부터 샘플에서 체세포 돌연변이의 존재 계측용 하나 이상의 시약을 포함한 진단 키트가 본원에서 제공된다. 일부 경우에서, 샘플 내 체세포 돌연변이의 존재는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제로 처리될 때 효능의 보다 높은 가능성을 표지한다. 일부 경우에서, 샘플 내 체세포 돌연변이의 부재는 상기 질환을 갖는 개체가 PD-L1 축 결합 길항제로 처리될 때 효능의 보다 낮은 가능성을 표지한다. 선택적으로, 본 키트는 추가로 만일 개체가 샘플 내에 체세포 돌연변이를 가질 경우 질환 또는 장애를 치료하기 위해 약제 (예를 들면, PD-L1 축 결합 길항제, 예컨대 항-PD-L1 항체 예컨대 MPDL3280A)를 선택하기 위해 키트를 사용하는 설명서를 포함할 수 있다. 또 다른 경우에서, 설명서는 개체가 샘플 내에 바이오마커를 발현하지 않을 경우 PD-L1 축 결합 길항제 이외의 약제를 선택하기 위해 키트를 사용하는 것이다.
약제학적으로 허용가능한 담체 내에 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들면, 항-PD-L1 항체) 및 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들면, 항-PD-L1 항체)가 체세포 돌연변이의 존재를 기준으로 하여 질환 또는 장애 (예를 들면, 암)가 있는 환자를 치료하는 것인 것을 나타내는 패키지 내용물을, 함께 포장되어, 포함하는 제조 물품이 또한 본 명세서에서 제공된다. 치료 방법은 본 명세서에서 개시된 임의의 치료 방법을 포함한다. 본 발명은 또한 PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들면, 항-PD-L1 항체)를 포함하는 약제학적 조성물 및 약제학적 조성물이 체세포 돌연변이 (예컨대, 표 1 및/또는 표 2에서 열거된 유전자에서, 예컨대, 종양 세포에서의 체세포 돌연변이)의 존재를 기준으로 하여 질환 또는 장애가 있는 환자를 치료하는 것인 것을 나타내는 패키지 내용물을 패키지 내에 배합시키는 것을 포함하는 제조 물품을 제조하는 방법에 관한 것이다.
제조물품은 예를 들어 용기 및 용기상에 또는 이와 관련하여 표지 또는 패키지 내용물을 포함할 수 있다. 적절한 용기는, 예를 들어, 병, 바이알, 시린지, 등을 포함한다. 용기는 유리 또는 플라스틱과 같은 다양한 재료로부터 형성될 수 있다. 상기 용기는 활성 제제로서 암 약제를 포함하는 조성물을 함유하고, 멸균 접근 포트를 가질 수도 있다(예를 들어, 상기 용기는 정맥내 용액 백 또는 피하 주사바늘로 뚫을 수 있는 마개가 있는 바이알일 수 있다).
제조물품은 약제학적으로 허용가능한 희석 완충용액, 예컨대 정균처리한 주사용수(BWFI), 인산-완충용액 식염수, 링거액 및 덱스트로스 용액을 포함하는 2차 용기를 추가로 포함할 수 있다. 상기 제조물품은 상업적으로 그리고 사용자 입장에서 목적 기타 재료들, 예를 들면 기타 완충제, 희석제, 여과제, 니들 및 주사기를 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 제조 물품은 또한, 예를 들어 포장 삽입물의 형태로 정보를 포함하는데, 이는 상기 조성물이 본원에 개시된 바와 같이 체세포 돌연변이의 존재를 기반으로 암을 치료하기 위해 사용됨을 명시한다. 삽입물 또는 표지는 어떤 형태든 취할 수 있는데, 예컨대 종이 또는 전자매체, 예컨대 자석으로 기록된 매체(예컨대, 플로피 디스크) CD-ROM, 유니버설 시리얼 버스 (USB), 플래시 드라이브, 등이 포함된다. 표지 또는 삽입물은 키트 또는 제조물품에 또한 상기 약제학적 조성물 및 투여 형태와 관련된 기타 정보를 포함할 수 있다.
실시예
하기 실시예는 비제한적으로 현재 청구된 발명을 실증하기 위해 제공된다.
실시예 1:국소 진행성 및 전이성 암종 환자에서 아테졸리주맙(atezolizumab) 치료와 돌연변이 부하의 연관성 검사
PD-L1 축 결합 길항제에 의한 치료에 대한 반응을 갖는 요로상피 방광암 (UBC) 종양에서 돌연변이 부하 사이의 연관성을 평가하였다. PD-L1 축 결합 길항제 (예를 들어, 항-PD-L1 항체)인 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 치료에 대한 반응이 모든 환자에서 관측되었다.
연구 감독 및 수행
연구는 각각의 참여 현장에서 독립 심사회에 의해 승인되었고 헬싱키 선언의 조항 및 양호한 임상 실시 설명서(Good Clinical Practice Guidelines)의 전체 준수사항으로 수행되었다. 독립적인 데이터 모니터링 위원회는 제1 환자가 등록된 이후 매 6 개월 이용가능한 안전성 데이터를 검토하였다. 데이터 분석과 원고 작성은 후원자와 저자들에 의해 수행되었다.
연구 설계 및 치료
이러한 진행중인 2차 단일-아암(arm) 연구 (임상 시험 번호:NCT02108652 (IMvigor210))는 국소 진행성 또는 전이성 요로상피 방광암 환자에서 아테졸리주맙 (MPDL3280A) 치료의 효과를 평가하기 위해 설계되었다. 환자는 2개의 코호트 중 하나에 등록되었다. 코호트 1은 백금-함유 치료 요법으로 치료할 수 없었고 부적격의 환자들로 구성되었다. 코호트 2는 이전의 백금-함유 치료 요법, 예를 들어 국소 진행성 또는 전이성 요로상피 방광암에 대한 이전의 백금-함유 치료 요법 동안, 또는 그 후에 진행한 환자를 포함하였다.
두 코호트의 환자는 각 21-일 주기의 1일에 정맥내 아테졸리주맙 1200 mg을 고정 용량으로 투여 받았다. 용량 중단은 허용되었지만, 용량 감소는 허용되지 않았다. 환자는 동의 과정의 일부로서 가성-진행에 대한 잠재력을 통지받았고 그들의 연구 의사와 진행 이상의 치료를 논의하도록 조언받았다. 환자는 이들이 비-종래의 반응의 확인을 허용하기 위해 임상 이득용 사전-지정된 기준을 충족하였으면 진행성 질환에 대하여 RECIST v1.1 기준 이후 아테졸리주맙 치료를 계속하도록 허용되었다. 상기 연구의 1차 효능 종점은 하기 2개의 상이한 방법에 기반된 객관적 반응 속도였다: 면역요법으로 관측된 비정형 반응 동력학을 더욱 양호하게 평가하기 위한 RECIST 버전 1.1에 따른 독립적인 검토 시설 (IRF)-평가, 및 변형된 RECIST 기준에 따른 조사자-평가 (참고: Eisehauer et al. (2009) Eur J Cancer 45:228-47, Nishino et al (2015) Eur J Radiol. 84:1259-68). 이중 종점은 RECIST v1.1이 면역치료적 제제로부터 반응의 특유의 패턴의 이점을 완전히 포획하는데 부적절할 수 있다는 부상하는 인식으로 인해 선택되었다 (참고: Chiou et al. (2015) J Clin Oncol. 33:3541-3). 2차 효능 종점은 하기를 포함하였다: RECIST v1.1에 따른 독립적인 검토 및 변형된 RECIST에 따라 평가된 조사자 둘 모두에 의한 반응 및 무진행 생존의 지속기간, 전체 생존, 12-개월 전체 생존, 및 안전성.탐구적 분석에는 임상 결과와 함께 아테졸리주맙 반응과 총 돌연변이 부하 사이의 연관성이 있었다.
환자
환자는 이들이 조직학적으로 또는 세포학적으로 문서로 기록된 국소적으로 진행성인 (T4b, 임의의 N; 또는 임의의 T, N 2-3) 또는 전이성 (M1, IV 기) 요로상피 암종 (신우, 요관, 비뇨기 방광, 요도 포함)을 갖는다면 본 연구에서 등록 자격이 있었다. 자격있는 환자는 RECIST v1.1에 의해 정의된 측정가능한 질환; 적절한 혈액성 및 단부-장기 기능; 및 자가면역 질환 또는 활성 감염을 가지고 있었다. 충분한 실행가능한 종양 함량을 가진 포르말린-고정 파라핀-포매된 (FFPE) 종양 시료는 연구 등록에 앞서 요구되었다. 코호트 1-특정 포함 기준은 환자가 손상된 신장 기능, 60 미만(<) 및 30 mL/분 초과(>)의 사구체 여과율 (GFR), 2개의 인접한 주파수에서 25 dB의 청력 상실, 2 등급 이상의 말초 신경병증 및/또는 2의 Eastern 협력 종양학 그룹(ECOG) 성능 상태를 기반으로 한 백금-함유 레지멘 (예를 들어, 시스플라틴계 화학요법 레지멘, 예를 들어, 국소 진행성 또는 전이성 요로상피 방광암에 대한 시스플라틴계 화학요법 레지멘)으로 치료하는데 부적격이 되도록 요구했다. 코호트 2-특정 포함 기준은 수술불가능한 국소 진행성 또는 전이성 요로상피 암종 또는 질환 재발, 30 mL/분 이상(≥)의 크레아틴 청소능 및 0 또는 1의 ECOG 성능 상태의 경우, 환자가 적어도 하나의 백금-함유 레지멘 (젬시타빈 및 시스플라틴 (GC); 메토트렉세이트, 빈블라스틴, 독소루비신, 및 시스플라틴 (MVAC); GemCarbo (젬시타빈 및 카보플라틴))에 의한 치료 동안 또는 치료 후 질환 진행을 가지는 것을 요구했다. 임상 프로토콜에 대한 세부사항은 NEJM.org에서 이용가능하다.
연구 평가
측정가능한 및 평가가능한 병변은 평가되었고 치료에 앞서 문서로 기록되었다. 환자는 사이클 1, 일 9에 따라 첫 12 개월 동안 매 9주 종양 평가를 경험하였다. 12 개월 후, 종양 평가는 매 12 주 수행되었다. 국립 암 연구소 이상 반응에 대한 공통 용어 기준(National Cancer Institute Common Terminology Criteria for Adverse Events: NCI CTCAE) 버전 4.0에 따라 안전 평가를 수행하였다. 달성된 종양 조직의 샘플, 뿐만 아니라 혈청 및 혈장 샘플은 탐구의 바이오마커 평가를 위하여 수집되었다.
체세포 돌연변이 및 돌연변이 부하
체세포 돌연변이를 확인하기 위해 종양 샘플을 하기에 기재된 바와 같이 처리하였다: Frampton et al. Nat. Biotechnol. 31:1023-31, 2013. 서열분석 라이브러리는 샘플을 서열분석하고 분석하기 위해 구성되었다. 종양 DNA 추출 및 준비는 하기에 의해 외부에서 수행되었다: HistoGeneX N.V. (Antwerp Belgium). 표준 돌연변이 처리 외에도, 표 1 또는 표 2에서 탐지된 체세포 돌연변이 및/또는 재배열의 수를 기준으로 하여, 각각 엑솜 또는 게놈 전체적으로 외삽하는 돌연변이 부하 추정 알고리즘이 적용되었다. 돌연변이 부하 추정을 위해, 표 1 및 표 2에 열거된 유전자에서 탐지된 모든 암호화 짧은 변이체 변형, 염기 치환 및 염기 삽입결실을 계수하였다. 또한, 표 1 및 표 2에 열거된 유전자에서, 동의어(synonomous) 변형을 포함한 모든 암호화 변형 (염기 치환 및 염기 삽입결실(indel))을 계수하였다. 그러나 탐지된 변형의 이하와 같은 수많은 부류는 계수되지 않았다: 비-암호화 변형; 공지된 (COSMIC 데이터베이스에서 공지된 체세포 변형 (Forbes et al. (2014) Nucl. Acids Res. 43:D805-11) 및 비슷한 (종양 억제 유전자의 절단) 기능성 상태에 의한 변형; dbSNP 데이터베이스의 공지된 생식계열 변형 (Sherry et al. (2001) Nucleic Acids Res. 29(1):308-11); ExAC 데이터베이스에서 2종 이상의 계수로 발생하는 생식계열 변형 (엑솜 응집 컨소시엄 (ExAC), Cambridge, MA); 및 평가되는 표본에서 생식계열이 될 것으로 예측된 변형; 및 60,000개 이상의 임상 샘플에서 생식계열이 될 것으로 예측되는 변형. 마지막으로, 메가염기 당 돌연변이 부하를 산출하기 위해 계수된 돌연변이의 총 수는 시험의 암호화 영역 타겟 영역으로 분할되었으며, 현재 테스트 버전에서는 1.110 메가염기였다.
돌연변이 부하 분석
돌연변이 부하는 코호트 1 및 코호트 2 환자에서 엑솜(예를 들어, 암호화 서열)의 3%를 대표하는 암-관련된 유전자 패널 (표 1 및 표 2 참조)에서 발생하는 체세포 돌연변이 및 재배열을 검사하여 추정되었다. 코호트 2 (310명 환자)에 대한 중앙 돌연변이 부하는 무-반응군 (6.4/Mb)과 비교하여 반응군 (12.4/Mb)에서 상당히 증가하였고 (P<0.001, 도 1a-1b), 높은 돌연변이 부하가 전체 생존 (OS)과 관련되었다 (도 1c). 도 1b는 도 1a에 도시된 통계적인 분석보다 나중에 수행된 코호트 2 환자 데이터의 통계적인 분석을 나타낸다. 도 1b는 코호트 2 비-반응군에서 "예측할 수 없는" (NE) 환자군 하위그룹을 포함 시켰으며, 코호트 2 반응군에 대한 중앙 돌연변이 부하가 무-반응군과 비교하여 증가함을 유사하게 보여준다. 게다가, 코호트 2 환자에서 흡연 상태는 돌연변이 부하 (P=0.245) 또는 아테졸리주맙에 대한 반응 (P=0.537)과 상관 관계가 없었다. 코호트 2 결과와 유사하게, 돌연변이 부하는 코호트 1 환자 (119명 환자)가 무-반응군보다 유의하게 높았다 (도 2a). 돌연변이 부하는 OS와 연관관계가 있으며, 그리고 사분위수 4에서 가장 높은 돌연변이 부하를 갖는 환자는 사분위수 1-3에서의 것들과 비교하여 유의미하게 긴 OS를 갖는다 (도 2b).
이 표적화된 접근법이 돌연변이 부하 추정에 전형적으로 사용되는 것보다 훨씬 작은 분획의 엑솜을 조사했지만, 암 게놈 아틀라스 연구 네트워크(Cancer Genome Atlas Research Network) (TCGA 연구 네트워크) 방광 요로상피 암종 (BLCA) 돌연변이 데이터를 재분석하면 전체의-엑솜 결과가 표 1과 2에 열거된 암-관련된 유전자만 사용하여 수득된 결과와 관련이 있었음을 나타냈다 (도 3). 도 3은 TCGA에 의해 생산된 모든 서열로부터 생성된 단일-뉴클레오티드 돌연변이 계수를 TCGA 전체의-엑솜 데이터를 표 1 및 2에 열거된 유전자와 일치하는 리드(read) 단독으로 최초로 서브셋팅한 후에 생성된 계수와 비교한다. 표 1과 2에 열거된 유전자 또는 전체의 엑솜에서 모든 돌연변이 (도 3, 우측 패널) 또는 단백질-변형 돌연변이 (도 3, 좌측 패널)의 계수를 비교했다. 표 1과 표 2에 열거된 유전자들만을 조사할 때 상당히 더 적은 체세포 돌연변이가 탐지되었지만, 표 1과 표 2의 전체의-엑솜 계수는 높은 정도로 상관관계가 있었다. 그 결과, 표 1 및 2에 열거된 유전자를 조사하여 생성된 돌연변이 부하 추정치는 전체의-엑솜 검정으로 수득된 것과 크게 동일했다.
다른 구현예
비록 전술한 발명이 이해의 명확함을 위해 설명 및 실시예로서 일부 상세히 기재되었지만, 설명 및 실시예는 본 발명의 범위를 제한하는 것으로 해석되어서는 안된다. 본원에서 인용된 모든 특허 및 과학적 문헌의 개시내용은 명확히 그 전체가 참고로 편입된다.
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Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys 1 5 10 15 <210> 32 <211> 447 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Polypeptide <400> 32 Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser 20 25 30 Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val 50 55 60 Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr 100 105 110 Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro 115 120 125 Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly 130 135 140 Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn 145 150 155 160 Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln 165 170 175 Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser 180 185 190 Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser 195 200 205 Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr 210 215 220 His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser 225 230 235 240 Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg 245 250 255 Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro 260 265 270 Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala 275 280 285 Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Ala Ser Thr Tyr Arg Val Val 290 295 300 Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr 305 310 315 320 Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr 325 330 335 Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu 340 345 350 Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys 355 360 365 Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser 370 375 380 Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp 385 390 395 400 Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser 405 410 415 Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala 420 425 430 Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly 435 440 445 <210> 33 <211> 214 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic Polypeptide <400> 33 Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala 20 25 30 Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala 85 90 95 Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala 100 105 110 Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly 115 120 125 Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala 130 135 140 Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln 145 150 155 160 Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser 165 170 175 Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr 180 185 190 Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser 195 200 205 Phe Asn Arg Gly Glu Cys 210

Claims (43)

  1. 방광암을 앓는 환자를 치료하는 방법으로서,
    치료적 유효량의 PD-L1 축 결합 길항제를 상기 환자에게 투여하는 단계를 포함하되,
    상기 환자로부터 수득된 종양 샘플은, 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여, 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된, 방법.
  2. 청구항 1에 있어서,
    상기 환자로부터 수득된 상기 종양 샘플은, 표 1에 제시된 유전자의 적어도 3분의 1에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여, 표 1에 제시된 유전자의 적어도 3분의 1에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된, 방법.
  3. 청구항 2에 있어서,
    상기 환자로부터 수득된 상기 종양 샘플은, 표 1에 제시된 유전자의 적어도 2분의 1에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여, 표 1에 제시된 유전자의 적어도 2분의 1에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된, 방법.
  4. 청구항 3에 있어서,
    상기 환자로부터 수득된 상기 종양 샘플은, 표 1에 제시된 유전자의 적어도 3분의 2에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여, 표 1에 제시된 유전자의 적어도 3분의 2에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된, 방법.
  5. 청구항 4에 있어서,
    상기 환자로부터 수득된 상기 종양 샘플은, 표 1에 제시된 유전자의 적어도 4분의 3에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여, 표 1에 제시된 유전자의 적어도 4분의 3에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된, 방법.
  6. 청구항 5에 있어서,
    상기 환자로부터 수득된 상기 종양 샘플은, 표 1에 제시된 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여, 표 1에 제시된 유전자에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 갖는 것으로 계측된, 방법.
  7. 청구항 1 내지 6 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 체세포 돌연변이는 치환, 결실 및/또는 삽입인, 방법.
  8. 청구항 1 내지 6 중 어느 한 항에 있어서,
    표 1에 제시된 적어도 하나의 유전자의 체세포 돌연변이가 단백질-변형 체세포 돌연변이인, 방법.
  9. 청구항 7 또는 8에 있어서,
    상기 치환, 결실 및/또는 삽입이 암호화 영역에 존재하는, 방법.
  10. 청구항 7 내지 9 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 결실 및/또는 삽입이 염기 삽입결실(indel)인, 방법.
  11. 청구항 1 내지 10 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 환자로부터 수득된 상기 종양 샘플은, 참조 수준 전체-게놈 돌연변이 부하보다 더 높은 전체-게놈 돌연변이 부하를 갖는, 방법.
  12. 청구항 11에 있어서,
    상기 전체-게놈 돌연변이 부하 중앙값은 메가염기(Mb) 당 적어도 약 10개 돌연변이인, 방법.
  13. 방광암을 앓는 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 대해 반응할 가능성이 있는지 여부를 계측하기 위한 방법으로서,
    상기 환자로부터 수득된 종양 샘플로부터 표 1에 제시된 적어도 하나의 유전자 내 체세포 돌연변이의 수준을 계측하는 단계; 및
    표 1에 제시된 적어도 하나의 유전자 내 체세포 돌연변이의 수준을, 표 1에 제시된 상기 적어도 하나의 유전자 내 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하는 단계로서, 상기 참조 수준과 비교하여 표 1에 제시된 상기 적어도 하나의 유전자 내 체세포 돌연변이의 증가된 수준이, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다는 것을 표지하는 단계;를 포함하는, 방법.
  14. 방광암을 앓는 환자의, PD-L1 축 결합 길항제를 포함한 치료에 대한 반응성을 예측하는 방법으로서,
    상기 환자로부터 수득된 종양 샘플로부터 표 1에 제시된 적어도 하나의 유전자 내 체세포 돌연변이의 수준을 계측하는 단계; 및
    표 1에 제시된 상기 적어도 하나의 유전자 내 체세포 돌연변이의 수준을, 표 1에 제시된 상기 적어도 하나의 유전자 내 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하는 단계로서, 상기 참조 수준과 비교하여 표 1에 제시된 상기 적어도 하나의 유전자 내 체세포 돌연변이의 증가된 수준이, 상기 환자가 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료에 반응할 가능성이 있다는 것을 표지하는 단계;를 포함하는, 방법.
  15. 방광암을 앓는 환자에 대한 치료 요법을 선택하는 방법으로서,
    환자로부터 수득된 종양 샘플로부터 표 1에 제시된 적어도 하나의 유전자 내 체세포 돌연변이의 수준을 계측하는 단계; 및
    표 1에 명시된 상기 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여 표 1에 명시된 상기 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 기준으로 하여, 상기 환자에 대해 PD-L1 축 결합 길항제를 포함하는 치료 요법을 선택하는 단계;를 포함하는, 방법.
  16. 청구항 13 내지 15 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 종양 샘플 중의, 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 참조 수준과 비교하여 표 1에 명시된 적어도 하나의 유전자에서의 체세포 돌연변이의 증가된 수준을 기준으로 하여, PD-L1 축 결합 길항제의 치료적 유효량을 상기 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  17. 청구항 1 내지 16 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 PD-L1 축 결합 길항제가 PD-L1 결합 길항제, PD-1 결합 길항제 및 PD-L2 결합 길항제로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
  18. 청구항 17에 있어서,
    상기 PD-L1 축 결합 길항제가 PD-L1 결합 길항제인, 방법.
  19. 청구항 18에 있어서,
    상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 이의 리간드 결합 상대 중 하나 이상에 대한 결합을 억제하는, 방법.
  20. 청구항 19에 있어서,
    상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1에 대한 결합을 억제하는, 방법.
  21. 청구항 19에 있어서,
    상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 B7-1에 대한 결합을 억제하는, 방법.
  22. 청구항 19 내지 21 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 PD-L1 결합 길항제는 PD-L1의 PD-1 및 B7-1 둘 모두에 대한 결합을 억제하는, 방법.
  23. 청구항 18 내지 22 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 PD-L1 결합 길항제가 항체인, 방법.
  24. 청구항 23에 있어서,
    상기 항체는 아테졸리주맙 (MPDL3280A), YW243.55.S70, MDX-1105, MEDI4736 (두르발루맙) 및 MSB0010718C (아벨루맙)로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
  25. 청구항 23에 있어서,
    상기 항체는 서열 번호 19의 HVR-H1 서열, 서열 번호 20의 HVR-H2 서열, 및 서열 번호 21의 HVR-H3 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열 번호 22의 HVR-L1 서열, 서열 번호 23의 HVR-L2 서열, 및 서열 번호 24의 HVR-L3 서열을 포함하는 경쇄를 포함하는, 방법.
  26. 청구항 23에 있어서,
    상기 항체는 서열 번호 26의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역, 및 서열 번호 4의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역을 포함하는, 방법.
  27. 청구항 17에 있어서,
    상기 PD-L1 축 결합 길항제가 PD-1 결합 길항제인, 방법.
  28. 청구항 27에 있어서,
    상기 PD-1 결합 길항제는 PD-1의 이의 리간드 결합 상대의 하나 이상에 대한 결합을 억제하는, 방법.
  29. 청구항 28에 있어서,
    상기 PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L1에 대한 결합을 억제하는, 방법.
  30. 청구항 28에 있어서,
    상기 PD-1 결합 길항제는 PD-1의 PD-L2에 대한 결합을 억제하는, 방법.
  31. 청구항 28 내지 30 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 PD-1 결합 길항제가 PD-1의 PD-L1 및 PD-L2 둘 모두에 대한 결합을 억제하는, 방법.
  32. 청구항 27 내지 31 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 PD-1 결합 길항제가 항체인, 방법.
  33. 청구항 32에 있어서,
    상기 항체는 MDX-1106 (니볼루맙), MK-3475 (펨브롤리주맙), CT-011 (피딜리주맙), MEDI-0680 (AMP-514), PDR001, REGN2810 및 BGB-108로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
  34. 청구항 17 내지 31 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 PD-1 결합 길항제가 Fc-융합 단백질인, 방법.
  35. 청구항 34에 있어서,
    상기 Fc-융합 단백질이 AMP-224인, 방법.
  36. 청구항 1 내지 12 및 16 내지 35 중 어느 한 항에 있어서,
    유효량의 제2 치료제를 상기 환자에 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  37. 청구항 36에 있어서,
    상기 제2 치료제는 세포독성제, 생장-억제제, 방사선 치료제, 항-혈관형성제, 및 이들의 조합물로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
  38. 청구항 1 내지 37 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 방광암은 요로상피 방광암인, 방법.
  39. 청구항 38에 있어서,
    상기 요로상피 방광암은 전이성 요로상피 방광암인, 방법.
  40. 청구항 38에 있어서,
    상기 요로상피 방광암은 국소 진행성 요로상피 방광암인, 방법.
  41. 청구항 1 내지 40 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 환자는 백금계 화학치료제에 의한 후속 치료를 진행했었던, 방법.
  42. 청구항 1 내지 40 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 환자가 백금계 화학치료제로 치료받기에 부적격이고, 그리고 국소 진행성 또는 전이성 요로상피 방광암에 대한 사전치료를 받지 않은, 방법.
  43. 청구항 1 내지 42 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 종양 샘플은 포르말린-고정 및 파라핀-포매(FFPE) 종양 샘플, 보관(archival) 종양 샘플, 신선한 종양 샘플 또는 동결된 종양 샘플인, 방법.
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