KR20180012344A - 루푸스의 치료, 진단 및 모니터링 방법 - Google Patents

루푸스의 치료, 진단 및 모니터링 방법 Download PDF

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Abstract

루푸스의 특정 하위표현형을 포함하는 루푸스를 확인, 진단 및 예후하는 방법, 뿐만 아니라 특정 하위집단의 환자를 포함하는 루푸스를 치료하는 방법이 제공된다. 제공된 방법은 SLE 위험에 기여하는 BLK, TNIP1, PRDM1, JAZF1, UHRF1BP1, IL1 O, IFIH1, CFB, CEC16A, IL12B 및 SH2B3을 비롯한 전신 홍반성 루푸스 (SLE) 위험 유전자좌와 연관된 대립유전자의 세트를 기초로 한다. 효과적인 루푸스 치료제를 확인하고 루푸스 치료제에 대한 반응성을 예측하는 방법이 또한 제공된다.

Description

루푸스의 치료, 진단 및 모니터링 방법 {METHODS FOR TREATING, DIAGNOSING, AND MONITORING LUPUS}
관련 출원에 대한 상호 참조
본원은 2009년 10월 7일 출원된 U.S. 가출원 번호 61/278,510 (그 전문이 본원에 참조로 포함됨)을 우선권 주장한다.
서열 목록
본원은 EFS-Web을 통하여 ASCII 포맷으로 제출된, 그 전체가 본원에 참조로 포함되는 서열 목록을 포함한다. 2010년 12월 27일에 생성된 상기 ASCII 복사본의 명칭은 P4325R1W.txt이고, 그 크기는 57,896 바이트이다.
기술분야
루푸스 발병 위험의 확인, 진단, 예후 및 평가 방법, 뿐만 아니라 루푸스의 치료 방법이 제공된다. 효과적인 루푸스 치료제를 확인하고 루푸스 치료제에 대한 반응성을 예측하는 방법이 또한 제공된다.
루푸스는 거의 1백만명의 미국인, 주로 20-40세의 여성에 걸리는 것으로 추정되는 자가면역 질환이다. 루푸스에는 결합 조직을 공격하는 항체가 관련된다. 루푸스의 주요 형태는 전신성인 것 (전신 홍반성 루푸스; SLE)이다. SLE는 강한 유전적 및 환경 성분을 갖는 만성 자가면역 질환이다 (예를 들어, 문헌 [Hochberg MC, Dubois' Lupus Erythematosus. 5th ed., Wallace DJ, Hahn BH, eds. Baltimore: Williams and Wilkins (1997)]; [Wakeland EK, et al., Immunity 2001;15(3):397-408]; [Nath SK, et al., Curr. Opin. Immunol. 2004;16(6):794-800]; [D'Cruz et al., Lancet (2007), 369:587-596] 참조). 피부 홍반성 루푸스 (CLE), 루푸스 신염 (LN), 및 신생아 루푸스를 비롯한 (이에 제한되지는 않음) 다양한 추가 형태의 루푸스가 공지되어 있다.
루푸스는 피부 및 관절로부터 폐, 심장 및 신장 (여기서 신 질환이 주요 문제임)을 포함한 내부 장기의 공격으로 진행되므로 치료하지 않은 루푸스는 치명적일 수 있고, 따라서 조기의 정확한 루푸스 진단 및/또는 루푸스 발병의 위험 평가가 특히 중요하다. 루푸스는 주로 질환 소견이 거의 또는 전혀 없는 개재 기간이 있는 일련의 급격한 재발로서 나타난다. 뇨 내의 단백뇨의 양에 의해 측정된 신장 손상은 SLE에서 병원성과 연관된 손상의 가장 급성인 영역 중 하나이고, 질병의 사망률 및 이환율의 적어도 50%를 차지한다.
임상적으로, SLE는 고친화도 자가항체 (자가Ab)를 특징으로 하는 이질성 장애이다. 자가Ab는 SLE의 발병기전에서 중요한 역할을 하고, 질환의 다양한 임상 소견은 신장, 뇌 및 피부에서 염증을 일으키는 혈관 내의 항체-함유 면역 복합체의 침착으로 인한 것이다. 자가Ab는 또한 용혈성 빈혈 및 혈소판감소증에 기여하는 직접적인 병원성 효과를 갖는다. SLE는 항핵 항체, 순환 면역 복합체, 및 보체계의 활성화의 생산과 연관된다. SLE는 20 내지 60세의 여성 700명 중 약 1명의 발병률을 갖는다. SLE는 임의의 장기 시스템에 영향을 미칠 수 있고, 심각한 조직 손상을 일으킬 수 있다. 다양한 특이성의 수많은 자가Ab가 SLE에 존재한다. SLE 환자는 종종 사구체신염, 관절염, 장막염, 신생아의 완전 심장 차단, 및 혈액 이상과 같은 질환의 임상 특징을 개시할 수 있는, 항-DNA, 항-Ro, 및 항-혈소판 특이성을 갖는 자가Ab를 생산한다. 이들 자가Ab는 또한 가능하게는 중추신경계 교란에 관련된다. 아르버클 등(Arbuckle et al.)은 SLE의 임상 발병 전에 자가Ab의 발생을 설명하였다 (문헌 Arbuckle et al. N. Engl. J. Med. 349(16): 1526-1533 (2003)). SLE를 비롯한 루푸스의 최종 진단은 쉽지 않아서, 임상의는 다인성 징후 및 증상에 기반한 분류 방법에 의지하고 있다 (문헌 Gill et al., American Family Physician 68(11): 2179-2186(2003)).
루푸스와 같은 복합 자가면역 질환의 임상 관리에서 가장 어려운 과제 중 하나는 환자에서의 질환의 정확한 조기 확인이다. 수 년에 걸쳐, SLE 감수성에 기여하는 유전 인자를 확인하기 위해 많은 연결 및 후보 유전자 연구가 수행되었다. HLA 클래스 II 대립유전자 DRB1*0301 및 DRB1*1501을 보유하는 반수체형은 질환 뿐만 아니라 핵 자가항원에 대한 항체의 존재와 명백하게 연관된다. 예를 들어, 문헌 [Goldberg MA, et al., Arthritis Rheum. 19(2):129-32 (1976)]; [Graham RR, et al., Am J Hum Genet. 71(3):543-53 (2002)]; 및 [Graham RR, et al., Eur J Hum Genet. 15(8):823-30 (2007)]을 참조한다. 보다 최근에, 인터페론 조절 인자 5 (IRF5) 및 전사의 신호 변환인자 및 활성인자 4 (STAT4)의 변이체가 SLE에 대한 유의한 위험 인자인 것으로 밝혀졌다. 예를 들어, 문헌 [Sigurdsson S, et al., Am J Hum Genet. 76(3):528-37 (2005)]; [Graham RR, et al., Nat Genet. 38(5):550-55 (2006)]; [Graham RR, et al., Proc Natl Acad Sci USA 104(16):6758-63 (2007)]; 및 [Remmers EF, et al., N Engl J Med. 357(10):977-86 (2007)]을 참조한다. IRF5 및 STAT4가 SLE 위험 유전자로서 확인된 것은, 특정 경우에 유형 I 인터페론 (IFN) 경로가 SLE 질환 발병기전에서 중요한 역할을 수행한다는 개념을 뒷받침한다. 유형 I IFN은 SLE 사례의 혈청 내에 존재하고, IFN의 생산은 Ab 및 핵산 함유 면역 복합체의 존재와 연관된다 (문헌 [Ronnblom et al., J Exp Med 194:F59 (2001)]에서 검토; 또한 문헌 [Baechler EC, et al., Curr Opin Immunol. 16(6):801-07 (2004)]; [Banchereau J, et al., Immunity 25(3):383-92 (2006)]; [Miyagi et al., J Exp Med 204(10):2383-96 (2007)] 참조). 대다수의 SLE 사례는 혈액 세포 내에서 두드러진 유형 I IFN 유전자 발현 '서명'을 나타내고 (문헌 [Baechler et al., Proc Natl Acad Sci USA 100:2610 (2003)]; [Bennett et al., J Exp Med 197:711 (2003)]), 혈청 내에 상승된 수준의 IFN-유도성 시토카인 및 케모카인을 갖는다 (문헌 [Bauer et al., PLoS Med 3:e491 (2006)]). 천연 DNA 및 RNA를 함유하는 면역 복합체는 면역 복합체 형성을 추가로 자극하는 유형 I 인터페론을 생산하도록 수지상 세포 및 B 세포에 의해 발현된 톨-유사 수용체 (TLR) 7 및 9를 자극한다 (문헌 [Marshak-Rothstein et al., Annu Rev Immunol 25, 419 (2007)]에서 검토).
또한, 진단 및 예후 목적용으로 신뢰할 수 있는 바이오마커를 확인하기 위해 수 많은 연구가 수행되었다. 임상의 등이 SLE의 병리생리학적 측면, 임상 활성, 요법에 대한 반응, 예후, 또는 질환 발병 위험을 정확하게 규정할 수 있도록 하는 임상적으로 유효한 진단 마커, 예를 들어, 바이오마커가 확인되지 않았지만, SLE 감수성에 기여하는 것으로 생각되는 많은 후보 유전자 및 대립유전자 (변이체)가 확인되었다. 예를 들어, 유럽 혈통의 개체에서 SLE에 대한 위험에 기여하는 적어도 13개의 공통 대립유전자가 보고되었다 (문헌 [Kyogoku et al., Am J Hum Genet 75(3):504-7 (2004)]; [Sigurdsson et al., Am J Hum Genet 76(3):528-37 (2005)]; [Graham et al., Nat Genet 38(5):550-55 (2006)]; [Graham et al., Proc Natl Acad Sci U S A 104(16):6758-63 (2007)]; [Remmers et al., N Engl J Med 357(10):977-86 (2007)]; [Cunninghame Graham et al., Nat Genet 40(1):83-89 (2008)]; [Harley et al., Nat Genet 40(2):204-10 (2008)]; [Hom et al., N Engl J Med 358(9):900-9 (2008)]; [Kozyrev et al., Nat Genet 40(2):211-6 (2008)]; [Nath et al., Nat Genet 40(2):152-4 (2008)]; [Sawalha et al., PLoS ONE 3(3):e1727 (2008)]). HLA-DR3, HLA-DR2, FCGR2A, PTPN22, ITGAM 및 BANK1에 대한 추정 원인 대립유전자가 공지되어 있지만 (문헌 [Kyogoku et al., Am J Hum Genet 75(3):504-7 (2004)]; [Kozyrev et al., Nat Genet 40(2):211-6 (2008)]; [Nath et al., Nat Genet 40(2):152-4 (2008)]), IRF5, TNFSF4 및 BLK에 대한 위험 반수체형은 아마도 mRNA 및 단백질 발현 수준에 영향을 줌으로써 SLE에 기여한다 (문헌 [Sigurdsson et al., Am J Hum Genet 76(3):528-37 (2005)]; [Graham et al., Nat Genet 38(5):550-55 (2006)]; [Graham et al., Proc Natl Acad Sci U S A 104(16):6758-63 (2007)]; [Cunninghame Graham et al., Nat Genet 40(1):83-89 (2008)]; [Hom et al., N Engl J Med 358(9):900-9 (2008)]). STAT4, KIAA1542, IRAK1, PXK 및 다른 유전자, 예컨대 BLK에 대한 원인 대립유전자는 결정되지 않았다 (문헌 [Remmers et al., N Engl J Med 357(10):977-86 (2007)]; [Harley et al., Nat Genet 40(2):204-10 (2008)]; [Hom et al., N Engl J Med 358(9):900-9 (2008)]; [Sawalha et al., PLoS ONE 3(3):e1727 (2008)]). 루푸스와 연관된 이러한 및 다른 유전자 변이가 또한 국제 특허 출원 번호 PCT/US2008/064430 (국제 공보 WO 2008/144761)에 기재되어 있다. 이러한 유전자 변이가 다양한 측면의 SLE 위험 및 현재까지 기재된 질환에 기여하는 바가 중요하지만, 상기 유전자 변이가, 예를 들어 SLE의 유의한 임상적 이질성에 기여하는 바에 대한 보다 많은 정보가 밝혀지지 않은 채 남아 있다.
따라서, 환자에서 질환의 존재를 객관적으로 확인하고/거나 질환을 분류하고, 루푸스의 병리생리학적 측면, 임상 활성, 요법에 대한 반응, 예후 및/또는 루푸스 발병 위험을 규정하는 데 이용될 수 있는 추가의 분자-기반 진단 방법을 갖는 것이 매우 유리할 것이다. 또한, 질환의 다양한 임상적 및/또는 병리생리학적 및/또는 기타의 생물학적 지표와 연관된 분자-기반 진단 마커를 갖는 것이 유리할 것이다. 따라서, 루푸스 뿐만 아니라 다른 자가면역 장애와 연관된 새로운 위험 유전자좌 및 다형성을 확인하는 것에 대한 계속적인 요구가 존재한다. 그러한 연관성은 환자에서 루푸스의 존재의 확인, 또는 질환 발병에 대한 감수성의 결정에 매우 유익할 것이다. 그러한 연관성은 또한 루푸스의 병리생리학적 측면, 임상 활성, 요법에 대한 반응, 또는 예후의 확인에 유익할 것이다. 또한, 그러한 연관성에 관한 통계상 및 생물학상 유의하고 재현가능한 정보는 특정 치료제를 사용하는 치료가 유의하게 유익한 것으로 예상될 환자의 특정 하위세트를 확인하기 위한 노력에서, 예를 들어 치료제가 그러한 특정 루푸스 환자 하위집단에서 치료상 유익하거나 임상 연구에서 치료상 유익한 것으로 나타나는 경우에 통합 성분으로서 사용될 수 있다.
본원에 기재된 본 발명은 상기한 필요를 충족시키고, 다른 이익을 제공한다.
특허 출원 및 공보를 비롯한 본원에 인용된 모든 참고문헌은 임의의 목적을 위해 그 전문이 참조로 포함된다.
제공된 방법은 적어도 부분적으로, SLE와 연관되고 질환 위험에 기여하는 신규 유전자좌 (SLE 위험 유전자좌)의 세트의 발견에 기초한 것이다. 또한, 이러한 SLE 위험 유전자좌와 연관된 대립유전자의 세트가 제공된다. 또한, SLE 위험을 증가시키는 생물학적 효과와 연관된 BLK 유전자좌 내에 원인 대립유전자가 포함된다. 또한 다른 자가면역 질환과 연관되고 SLE 위험을 증가시키는 위험 유전자좌가 제공된다.
한 측면에서, 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재를 검출하는 것을 포함하며, 여기서 SLE 위험 유전자좌는 BLK이고, BLK 유전자좌에서의 변이는 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP)의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민이고, 대상체는 루푸스를 앓고 있는 것으로 의심되는 것인, 대상체에서 루푸스를 확인하는 방법이 제공된다. 한 실시양태에서, 검출은 프라이머 연장 검정; 대립유전자-특이적 프라이머 연장 검정; 대립유전자-특이적 뉴클레오티드 혼입 검정; 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 검정; 5' 뉴클레아제 검정; 분자 비콘을 사용하는 검정; 및 올리고뉴클레오티드 라이게이션 검정으로부터 선택된 과정의 수행을 포함한다.
또 다른 측면에서, 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서 변이의 존재를 검출하는 것을 포함하며, 여기서 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에 대한 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 대상체는 루푸스를 앓는 것으로 의심되는 것인, 대상체에서 루푸스를 확인하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 변이는 적어도 2개의 유전자좌, 또는 적어도 3개의 유전자좌, 또는 적어도 4개의 유전자좌, 또는 적어도 5개의 유전자좌, 또는 적어도 10개의 유전자좌, 또는 적어도 13개의 유전자좌, 또는 적어도 26개의 유전자좌에서 검출된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 유전자좌는 TNIP1, PRDM1, JAZF1, UHRF1BP1 및 IL10으로부터 선택된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 4에 기재된 바와 같은 SNP를 포함한다. 특정 실시양태에서, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 (여기서, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에 대한 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생함)의 존재는, BLK SLE 위험 유전자좌에서의 변이 (여기서, BLK 유전자좌에서의 변이는 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민임)의 존재와 함께 검출된다. 한 실시양태에서, 검출은 프라이머 연장 검정; 대립유전자-특이적 프라이머 연장 검정; 대립유전자-특이적 뉴클레오티드 혼입 검정; 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 검정; 5' 뉴클레아제 검정; 분자 비콘을 사용하는 검정; 및 올리고뉴클레오티드 라이게이션 검정으로부터 선택된 과정의 수행을 포함한다.
또 다른 측면에서, 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서 변이의 존재를 검출하는 것을 포함하며, 여기서 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에 대한 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 대상체는 루푸스를 앓는 것으로 의심되는 것인, 대상체에서 루푸스를 확인하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 변이는 적어도 2개의 유전자좌, 또는 적어도 3개의 유전자좌, 또는 적어도 4개의 유전자좌, 또는 적어도 5개의 유전자좌에서 검출된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 유전자좌는 IFIH1, CFB, CLEC16A, IL12B 및 SH2B3으로부터 선택된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 6에 기재된 바와 같은 SNP를 포함한다. 특정 실시양태에서, 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 (여기서, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에 대한 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생함)의 존재는 BLK SLE 위험 유전자좌에서의 변이 (여기서, BLK 유전자좌에서의 변이는 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민임)의 존재와 함께 검출된다. 한 실시양태에서, 검출은 프라이머 연장 검정; 대립유전자-특이적 프라이머 연장 검정; 대립유전자-특이적 뉴클레오티드 혼입 검정; 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 검정; 5' 뉴클레아제 검정; 분자 비콘을 사용하는 검정; 및 올리고뉴클레오티드 라이게이션 검정으로부터 선택된 과정의 수행을 포함한다.
또 다른 실시양태에서, 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재를 검출하는 것을 포함하며, 여기서 각각의 유전자좌에서의 변이는 각각 표 4 및 표 6에 기재된 바와 같은 각각의 유전자좌에 대한 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 대상체는 루푸스를 앓고 있는 것으로 의심되는 것인, 대상체에서 루푸스를 확인하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 변이는 적어도 3개의 유전자좌, 또는 적어도 4개의 유전자좌, 또는 적어도 5개의 유전자좌, 또는 적어도 7개의 유전자좌, 또는 적어도 10개의 유전자좌에서 검출된다. 한 실시양태에서, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌는 TNIP1, PRDM1, JAZF1, UHRF1BP1 및 IL10으로부터 선택되고, 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌는 IFIH1, CFB, CLEC16A, IL12B 및 SH2B3으로부터 선택된다. 한 실시양태에서, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 각각 표 4 및 표6에 기재된 바와 같은 SNP를 포함한다. 특정 실시양태에서, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 (여기서, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에 대한 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생함)의 존재, 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 (여기서, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에 대한 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생함)의 존재는 BLK SLE 위험 유전자좌에서의 변이 (여기서, BLK 유전자좌에서의 변이는 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민임)의 존재와 함께 검출된다. 한 실시양태에서, 검출은 프라이머 연장 검정; 대립유전자-특이적 프라이머 연장 검정; 대립유전자-특이적 뉴클레오티드 혼입 검정; 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 검정; 5' 뉴클레아제 검정; 분자 비콘을 사용하는 검정; 및 올리고뉴클레오티드 라이게이션 검정으로부터 선택된 과정의 수행을 포함한다.
한 측면에서, 루푸스를 앓는 대상체가 SLE 위험 유전자좌에서의 변이를 포함하는지의 여부를 결정하는 것을 포함하며, 여기서 SLE 위험 유전자좌는 BLK이고, BLK 유전자좌에서의 변이는 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민이고, BLK SLE 유전자좌에서의 변이의 존재는 루푸스를 앓는 대상체가 루푸스 치료제에 대해 반응성임을 나타내는 것인, 루푸스를 앓는 대상체의 루푸스 치료제에 대한 반응성을 예측하는 방법이 제공된다.
또 다른 측면에서, 루푸스를 앓는 대상체가 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이를 포함하는지의 여부를 결정하는 것을 포함하며, 여기서 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이는 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에 대한 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재는 루푸스를 앓는 대상체가 루푸스 치료제에 대해 반응성임을 나타내는 것인, 루푸스를 앓는 대상체의 루푸스 치료제에 대한 반응성을 예측하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 대상체는 적어도 2개의 유전자좌, 또는 적어도 3개의 유전자좌, 또는 적어도 4개의 유전자좌, 또는 적어도 5개의 유전자좌, 또는 적어도 10개의 유전자좌, 또는 적어도 13개의 유전자좌, 또는 적어도 26개의 유전자좌에서 변이를 포함한다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 유전자좌는 TNIP1, PRDM1, JAZF1, UHRF1BP1 및 IL10으로부터 선택된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 4에 기재된 바와 같은 SNP를 포함한다. 특정 실시양태에서, 방법은, 대상체가 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 (여기서, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에 대한 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생함)를 BLK SLE 위험 유전자좌에서의 변이 (여기서, BLK 유전자좌에서의 변이는 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민임)와 함께 포함하는지의 여부를 결정하는 것 (여기서, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재 및 BLK 유전자좌에서의 변이의 존재는 대상체가 치료제에 대해 반응성임을 나타냄)을 포함한다.
또 다른 측면에서, 루푸스를 앓는 대상체가 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이를 포함하는지의 여부를 결정하는 것을 포함하며, 여기서 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에 대한 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재는 루푸스를 앓는 대상체가 루푸스 치료제에 대해 반응성임을 나타내는 것인, 루푸스를 앓는 대상체의 루푸스 치료제에 대한 반응성을 예측하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 대상체는 적어도 2개의 유전자좌, 또는 적어도 3개의 유전자좌, 또는 적어도 4개의 유전자좌, 또는 적어도 5개의 유전자좌에서 변이를 포함한다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 유전자좌는 IFIH1, CFB, CLEC16A, IL12B 및 SH2B3으로부터 선택된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 6에 기재된 바와 같은 SNP를 포함한다. 특정 실시양태에서, 방법은, 대상체가 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 (여기서, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에 대한 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생함)를 BLK SLE 위험 유전자좌에서의 변이 (여기서, BLK 유전자좌에서의 변이는 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민임)와 함께 포함하는지의 여부를 결정하는 것 (여기서, 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재 및 BLK 유전자좌에서의 변이의 존재는 대상체가 치료제에 대해 반응성임을 나타냄)을 포함한다.
루푸스를 앓는 대상체가 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 (여기서, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에 대한 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생함) 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 (여기서, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에 대한 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생함)를 포함하는지의 여부를 결정하는 것을 포함하며, 여기서 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재는 루푸스를 앓는 대상체가 루푸스 치료제에 대해 반응성임을 나타내는 것인, 루푸스를 앓는 대상체의 루푸스 치료제에 대한 반응성을 예측하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 대상체는 적어도 3개의 유전자좌, 또는 적어도 4개의 유전자좌, 또는 적어도 5개의 유전자좌, 또는 적어도 7개의 유전자좌, 또는 적어도 10개의 유전자좌에서의 변이를 포함한다. 한 실시양태에서, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌는 TNIP1, PRDM1, JAZF1, UHRF1BP1 및 IL10으로부터 선택되고, 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌는 IFIH1, CFB, CLEC16A, IL12B 및 SH2B3으로부터 선택된다. 한 실시양태에서, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 각각 표 4 및 표6에 기재된 바와 같은 SNP를 포함한다. 특정 실시양태에서, 방법은, 대상체가 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 (여기서, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에 대한 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생함) 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 (여기서, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에 대한 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생함)를 BLK SLE 위험 유전자좌에서의 변이 (여기서, BLK 유전자좌에서의 변이는 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민임)와 함께 포함하는지의 여부를 결정하는 것 (여기서, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재 및 BLK 유전자좌에서의 변이의 존재는 대상체가 치료제에 대해 반응성임을 나타냄)을 포함한다.
또 다른 측면에서, 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재를 검출하는 것을 포함하며, 여기서 SLE 위험 유전자좌는 BLK이고, BLK 유전자좌에서의 변이는 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민이고, BLK 유전자좌에서의 변이의 존재는 대상체에서의 루푸스의 진단 또는 예후인, 대상체에서 루푸스를 진단 또는 예후하는 방법이 제공된다.
추가 측면에서, 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재를 검출하는 것을 포함하며, 여기서 생물학적 샘플은 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이를 포함하는 핵산을 포함하는 것으로 알려져 있거나, 또는 그를 포함하는 것으로 의심되고; 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 4에 기재된 바와 같은 SNP를 포함하거나, 또는 그에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 위치하고; 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재는 대상체에서의 루푸스의 진단 또는 예후인, 대상체에서 루푸스를 진단 또는 예후하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 변이는 적어도 2개의 유전자좌, 또는 적어도 3개의 유전자좌, 또는 적어도 4개의 유전자좌, 또는 적어도 5개의 유전자좌, 또는 적어도 10개의 유전자좌, 또는 적어도 13개의 유전자좌, 또는 적어도 26개의 유전자좌에서 검출된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌는 TNIP1, PRDM1, JAZF1, UHRF1BP1 및 IL10으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 방법은, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재를 BLK SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재와 함께 검출하는 것 [여기서, 생물학적 샘플은 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 및 BLK 유전자좌에서의 변이를 포함하는 핵산을 포함하는 것으로 알려져 있거나, 또는 그를 포함하는 것으로 의심되고, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 4에 기재된 바와 같은 SNP를 포함하거나, 또는 그에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 위치하고, BLK 유전자좌에서의 변이는 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민이고, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재 및 BLK 유전자좌에서의 변이의 존재는 대상체에서의 루푸스의 진단 또는 예후임]을 포함한다.
추가 실시양태에서, 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재를 검출하는 것을 포함하며, 여기서 생물학적 샘플은 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이를 포함하는 핵산을 포함하는 것으로 알려져 있거나, 또는 그를 포함하는 것으로 의심되고; 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 6에 기재된 바와 같은 SNP를 포함하거나, 또는 그에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 위치하고; 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재는 대상체에서의 루푸스의 진단 또는 예후인, 대상체에서 루푸스를 진단 또는 예후하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 변이는 적어도 2개의 유전자좌, 또는 적어도 3개의 유전자좌, 또는 적어도 4개의 유전자좌, 또는 적어도 5개의 유전자좌에서 검출된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌는 IFIH1, CFB, CLEC16A, IL12B 및 SH2B3으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 방법은, 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재를 BLK SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재와 함께 검출하는 것 [여기서, 생물학적 샘플은 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 및 BLK 유전자좌에서의 변이를 포함하는 핵산을 포함하는 것으로 알려져 있거나, 또는 그를 포함하는 것으로 의심되고, 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 6에 기재된 바와 같은 SNP를 포함하거나, 또는 그에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 위치하고, BLK 유전자좌에서의 변이는 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민이고, 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재 및 BLK 유전자좌에서의 변이의 존재는 대상체에서의 루푸스의 진단 또는 예후임]을 포함한다 .
또 다른 측면에서, 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재를 검출하는 것을 포함하고, 여기서 생물학적 샘플은 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이를 포함하는 핵산을 포함하는 것으로 알려져 있거나, 또는 그를 포함하는 것으로 의심되고; 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 각각 표 4 및 표6에 기재된 바와 같은 SNP를 포함하거나, 또는 그에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 위치하고; 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재는 대상체에서의 루푸스의 진단 또는 예후인, 대상체에서 루푸스를 진단 또는 예후하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 변이는 적어도 3개의 유전자좌, 또는 적어도 4개의 유전자좌, 또는 적어도 5개의 유전자좌, 또는 적어도 7개의 유전자좌, 또는 적어도 10개의 유전자좌에서 검출된다. 한 실시양태에서, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌는 TNIP1, PRDM1, JAZF1, UHRF1BP1 및 IL10으로부터 선택되고, 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌는 IFIH1, CFB, CLEC16A, IL12B 및 SH2B3으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 방법은, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재를 BLK SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재와 함께 검출하는 것 [여기서, 생물학적 샘플은 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 및 BLK 유전자좌에서의 변이를 포함하는 핵산을 포함하는 것으로 알려져 있거나, 또는 그를 포함하는 것으로 의심되고, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 4에 기재된 바와 같은 SNP를 포함하거나, 또는 그에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 위치하고, 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 6에 기재된 바와 같은 SNP를 포함하거나, 또는 그에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 위치하고, BLK 유전자좌에서의 변이는 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민이고, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재 및 BLK 유전자좌에서의 변이의 존재는 대상체에서의 루푸스의 진단 또는 예후임]을 포함한다.
또 다른 측면에서, 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재를 검출하는 것을 포함하며, 여기서 SLE 위험 유전자좌는 BLK이고, BLK 유전자좌에서의 변이는 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민이고, BLK 유전자좌에서의 변이의 존재는 대상체에서의 루푸스의 진단 또는 예후인, 대상체에서 루푸스를 진단 또는 예후하는 것을 보조하는 방법이 제공된다.
또 다른 측면에서, 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재를 검출하는 것을 포함하며, 여기서 생물학적 샘플은 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이를 포함하는 핵산을 포함하는 것으로 알려져 있거나, 또는 그를 포함하는 것으로 의심되고; 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 4에 기재된 바와 같은 SNP를 포함하거나, 또는 그에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 위치하고; 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재는 대상체에서의 루푸스의 진단 또는 예후인, 대상체에서 루푸스를 진단 또는 예후하는 것을 보조하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 변이는 적어도 2개의 유전자좌, 또는 적어도 3개의 유전자좌, 또는 적어도 4개의 유전자좌, 또는 적어도 5개의 유전자좌, 또는 적어도 10개의 유전자좌, 또는 적어도 13개의 유전자좌, 또는 적어도 26개의 유전자좌에서 검출된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌는 TNIP1, PRDM1, JAZF1, UHRF1BP1 및 IL10으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 방법은 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재를 BLK SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재와 함께 검출하는 것 [여기서, 생물학적 샘플은 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 및 BLK 유전자좌에서의 변이를 포함하는 핵산을 포함하는 것으로 알려져 있거나, 또는 그를 포함하는 것으로 의심되고, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 4에 기재된 바와 같은 SNP를 포함하거나, 또는 그에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 위치하고, BLK 유전자좌에서의 변이는 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민이고, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재 및 BLK 유전자좌에서의 변이의 존재는 대상체에서의 루푸스의 진단 또는 예후임]을 포함한다.
추가 실시양태에서, 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재를 검출하는 것을 포함하며, 여기서 생물학적 샘플은 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이를 포함하는 핵산을 포함하는 것으로 알려져 있거나, 또는 그를 포함하는 것으로 의심되고; 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 6에 기재된 바와 같은 SNP를 포함하거나, 또는 그에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 위치하고; 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재는 대상체에서의 루푸스의 진단 또는 예후인, 대상체에서 루푸스를 진단 또는 예후하는 것을 보조하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 변이는 적어도 2개의 유전자좌, 또는 적어도 3개의 유전자좌, 또는 적어도 4개의 유전자좌, 또는 적어도 5개의 유전자좌에서 검출된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌는 IFIH1, CFB, CLEC16A, IL12B 및 SH2B3으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 방법은 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재를 BLK SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재와 함꼐 검출하는 것 [여기서, 생물학적 샘플은 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 및 BLK 유전자좌에서의 변이를 포함하는 핵산을 포함하는 것으로 알려져 있거나, 또는 그를 포함하는 것으로 의심되고, 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 6에 기재된 바와 같은 SNP를 포함하거나, 또는 그에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 위치하고, BLK 유전자좌에서의 변이는 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민이고, 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재 및 BLK 유전자좌에서의 변이의 존재는 대상체에서의 루푸스의 진단 또는 예후임]을 포함한다.
추가 측면에서, 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재를 검출하는 것을 포함하며, 여기서 생물학적 샘플은 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이를 포함하는 핵산을 포함하는 것으로 알려져 있거나, 또는 그를 포함하는 것으로 의심되고; 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 각각 표 4 및 표6에 기재된 바와 같은 SNP를 포함하거나, 또는 그에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 위치하고; 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재는 대상체에서의 루푸스의 진단 또는 예후인, 대상체에서 루푸스를 진단 또는 예후하는 것을 보조하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 변이는 적어도 3개의 유전자좌, 또는 적어도 4개의 유전자좌, 또는 적어도 5개의 유전자좌, 또는 적어도 7개의 유전자좌, 또는 적어도 10개의 유전자좌에서 검출된다. 한 실시양태에서, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌는 TNIP1, PRDM1, JAZF1, UHRF1BP1 및 IL10으로부터 선택되고, 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌는 IFIH1, CFB, CLEC16A, IL12B 및 SH2B3으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 방법은, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재를 BLK SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재와 함께 검출하는 것 [여기서, 생물학적 샘플은 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서의 변이 및 BLK 유전자좌에서의 변이를 포함하는 핵산을 포함하는 것으로 알려져 있거나, 또는 그를 포함하는 것으로 의심되고, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 4에 기재된 바와 같은 SNP를 포함하거나, 또는 그에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 위치하고, 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 6에 기재된 바와 같은 SNP를 포함하거나, 또는 그에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 위치하고, BLK 유전자좌에서의 변이는 SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민이고, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재 및 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이의 존재 및 BLK 유전자좌에서의 변이의 존재는 대상체에서의 루푸스의 진단 또는 예후임]을 포함한다.
한 측면에서, SLE 위험 유전자좌에서 SNP에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 존재하는 것으로 알려져 있는 유전자 변이를 갖는 대상체에게 대상체에게 루푸스 상태를 치료하는 데 효과적인 치료제를 투여하는 것을 포함하며, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, SLE 위험 유전자좌는 BLK이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민인, 상기 대상체에서 루푸스 상태를 치료하는 방법이 제공된다.
또 다른 측면에서, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서 표 4에 기재된 바와 같은 SNP에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 존재하는 것으로 알려져 있는 유전자 변이를 갖는 대상체에게 루푸스 상태를 치료하는데 효과적인 치료제를 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체에서 루푸스 상태를 치료하는 방법이 제공된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌는 TNIP1, PRDM1, JAZF1, UHRF1BP1 및 IL10으로부터 선택된다.
또 다른 측면에서, 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서 표 6에 기재된 바와 같은 SNP에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 존재하는 것으로 알려져 있는 유전자 변이를 갖는 대상체에게 루푸스 상태를 치료하는데 효과적인 치료제를 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체에서 루푸스 상태를 치료하는 방법이 제공된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌는 IFIH1, CFB, CLEC16A, IL12B 및 SH2B30으로부터 선택된다.
또 다른 측면에서, 루푸스 상태를 앓는 대상체에게, SLE 위험 유전자좌에서 SNP에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 유전자 변이를 갖는 대상체에서 루푸스 상태를 치료하는 데 효과적인 치료제를 투여하는 것을 포함하며, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, SLE 위험 유전자좌는 BLK이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민인, 루푸스 상태를 앓는 대상체를 치료하는 방법이 제공된다.
또 다른 측면에서, 루푸스 상태를 앓는 대상체에게, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서 표 4에 기재된 바와 같은 SNP에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 유전자 변이를 갖는 대상체에서 루푸스 상태를 치료하는 데 효과적인 치료제를 투여하는 것을 포함하는, 루푸스 상태를 앓는 대상체를 치료하는 방법이 제공된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌는 TNIP1, PRDM1, JAZF1, UHRF1BP1 및 IL10으로부터 선택된다.
또 다른 측면에서, 루푸스 상태를 앓는 대상체에게, 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서 표 6에 기재된 바와 같은 SNP에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 유전자 변이를 갖는 대상체에서 루푸스 상태를 치료하는 데 효과적인 치료제를 투여하는 것을 포함하는, 루푸스 상태를 앓는 대상체를 치료하는 방법이 제공된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌는 IFIH1, CFB, CLEC16A, IL12B 및 SH2B3으로부터 선택된다.
또 다른 측면에서, 루푸스 상태를 앓는 대상체에게 적어도 하나의 임상 연구에서 루푸스 상태를 치료하는 데 효과적인 것으로 나타난 치료제를 투여하는 것을 포함하며, 여기서 치료제는 각각 SLE 위험 유전자좌에서 SNP에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 유전자 변이를 갖는 적어도 5명의 사람 대상체에게 투여되고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, SLE 위험 유전자좌는 BLK이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민인, 루푸스 상태를 앓는 대상체를 치료하는 방법이 제공된다.
또 다른 측면에서, 루푸스 상태를 앓는 대상체에게 적어도 하나의 임상 연구에서 루푸스 상태를 치료하는 데 효과적인 것으로 나타난 치료제를 투여하는 것을 포함하며, 여기서 치료제는 각각 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서 표 4에 기재된 바와 같은 SNP에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 유전자 변이를 갖는 적어도 5명의 사람 대상체에게 투여되는 것인, 루푸스 상태를 앓는 대상체를 치료하는 방법이 제공된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌는 TNIP1, PRDM1, JAZF1, UHRF1BP1 및 IL10으로부터 선택된다.
또 다른 측면에서, 루푸스 상태를 앓는 대상체에게 적어도 하나의 임상 연구에서 루푸스 상태를 치료하는 데 효과적인 것으로 나타난 치료제를 투여하는 것을 포함하며, 여기서 치료제는 각각 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서 표 6에 기재된 바와 같은 SNP에 상응하는 뉴클레오티드 위치에 유전자 변이를 갖는 적어도 5명의 사람 대상체에게 투여되는 것인, 루푸스 상태를 앓는 대상체를 치료하는 방법이 제공된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌는 IFIH1, CFB, CLEC16A, IL12B 및 SH2B3으로부터 선택된다.
또 다른 측면에서, 루푸스를 앓고 있거나 또는 앓고 있을 것으로 여겨지며 SLE 위험 유전자좌에서 SNP에 상응하는 위치에 유전자 변이를 갖는 대상체에게 치료제를 투여하기 위한 지침서와 함께 치료제를 포장하는 것을 포함하며, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, SLE 위험 유전자좌는 BLK이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민인, 루푸스 치료제를 제조하는 방법이 제공된다.
또 다른 측면에서, 루푸스를 앓고 있거나 또는 앓고 있을 것으로 여겨지며 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서 표 4에 기재된 바와 같은 SNP에 상응하는 위치에 유전자 변이를 갖는 대상체에게 치료제를 투여하기 위한 지침서와 함께 치료제를 포장하는 것을 포함하는, 루푸스 치료제를 제조하는 방법이 제공된다.
추가 측면에서, 루푸스를 앓고 있거나 또는 앓고 있을 것으로 여겨지며 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서 표 6에 기재된 바와 같은 SNP에 상응하는 위치에 유전자 변이를 갖는 대상체에게 치료제를 투여하기 위한 지침서와 함께 치료제를 포장하는 것을 포함하는, 루푸스 치료제를 제조하는 방법이 제공된다.
한 측면에서, SLE 위험 유전자좌에서 SNP에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서의 유전자 변이의 존재를 검출하는 것을 포함하며, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, SLE 위험 유전자좌는 BLK이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민인, 루푸스 치료제에 의한 치료를 위해 루푸스를 앓는 환자를 선택하는 방법이 제공된다. 한 실시양태에서, 검출은 프라이머 연장 검정; 대립유전자-특이적 프라이머 연장 검정; 대립유전자-특이적 뉴클레오티드 혼입 검정; 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 검정; 5' 뉴클레아제 검정; 분자 비콘을 사용하는 검정; 및 올리고뉴클레오티드 라이게이션 검정으로부터 선택된 과정의 수행을 포함한다.
추가 측면에서, 표 4에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서 표 4에 기재된 바와 같은 SNP에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서의 유전자 변이의 존재를 검출하는 것을 포함하는, 루푸스 치료제에 의한 치료를 위해 루푸스를 앓는 환자를 선택하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 변이는 적어도 2개의 유전자좌, 또는 적어도 3개의 유전자좌, 또는 적어도 4개의 유전자좌, 또는 적어도 5개의 유전자좌, 또는 적어도 10개의 유전자좌, 또는 적어도 13개의 유전자좌, 또는 적어도 26개의 유전자좌에서 검출된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌는 TNIP1, PRDM1, JAZF1, UHRF1BP1 및 IL10으로부터 선택된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 4에 기재된 바와 같은 SNP를 포함한다. 한 실시양태에서, 검출은 프라이머 연장 검정; 대립유전자-특이적 프라이머 연장 검정; 대립유전자-특이적 뉴클레오티드 혼입 검정; 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 검정; 5' 뉴클레아제 검정; 분자 비콘을 사용하는 검정; 및 올리고뉴클레오티드 라이게이션 검정으로부터 선택된 과정의 수행을 포함한다.
추가 측면에서, 표 6에 기재된 바와 같은 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌에서 표 6에 기재된 바와 같은 SNP에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서의 유전자 변이의 존재를 검출하는 것을 포함하는, 루푸스 치료제에 의한 치료를 위해 루푸스를 앓는 환자를 선택하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 변이는 적어도 2개의 유전자좌, 또는 적어도 3개의 유전자좌, 또는 적어도 4개의 유전자좌, 또는 적어도 5개의 유전자좌에서 검출된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 SLE 위험 유전자좌는 IFIH1, CFB, CLEC16A, IL12B 및 SH2B3으로부터 선택된다. 한 실시양태에서, 적어도 1개의 유전자좌에서의 변이는 표 6에 기재된 바와 같은 SNP를 포함한다. 한 실시양태에서, 검출은 프라이머 연장 검정; 대립유전자-특이적 프라이머 연장 검정; 대립유전자-특이적 뉴클레오티드 혼입 검정; 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 검정; 5' 뉴클레아제 검정; 분자 비콘을 사용하는 검정; 및 올리고뉴클레오티드 라이게이션 검정으로부터 선택된 과정의 수행을 포함한다.
또 다른 측면에서, 대상체로부터 얻은 생물학적 샘플에서 루푸스 발병 위험을 나타내는 유전자 서명의 존재를 검출하는 것을 포함하며, 여기서 상기 유전자 서명은 적어도 3개의 SNP의 세트를 포함하고, 각각의 SNP는 표 4 및/또는 표 6에 기재된 바와 같은 SLE 위험 유전자좌에서 발생하는 것인, 대상체가 루푸스 발병 위험에 있는지의 여부를 평가하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 유전자 서명은 적어도 4개의 SNP, 또는 적어도 5개의 SNP, 또는 적어도 7개의 SNP, 또는 적어도 10개의 SNP의 세트를 포함한다. 한 실시양태에서, SLE 위험 유전자좌는 TNIP1, PRDM1, JAZF1, UHRF1BP1, IL10, IFIH1, CFB, CLEC16A, IL12B 및 SH2B3으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 유전자 서명은 SLE 위험 유전자좌에 SNP를 추가로 포함하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, SLE 위험 유전자좌는 BLK이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민이다.
추가 측면에서, 대상체로부터 얻은 생물학적 샘플에서 루푸스를 나타내는 유전자 서명의 존재를 검출하는 것을 포함하며, 여기서 상기 유전자 서명은 적어도 3개의 SNP의 세트를 포함하고, 각각의 SNP는 표 4 및/또는 표 6에 기재된 바와 같은 SLE 위험 유전자좌에서 발생하는 것인, 대상체에서 루푸스를 진단하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 유전자 서명은 적어도 4개의 SNP, 또는 적어도 5개의 SNP, 또는 적어도 7개의 SNP, 또는 적어도 10개의 SNP, 또는 적어도 15개의 SNP, 또는 적어도 20개의 SNP, 또는 적어도 30개의 SNP의 세트를 포함한다. 한 실시양태에서, SLE 위험 유전자좌는 TNIP1, PRDM1, JAZF1, UHRF1BP1, IL10, IFIH1, CFB, CLEC16A, IL12B 및 SH2B3으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 유전자 서명은 SLE 위험 유전자좌에 SNP를 추가로 포함하며, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, SLE 위험 유전자좌는 BLK이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민이다.
도 1은 실시예 1에 기재된 바와 같이 추가의 SLE 위험 유전자좌를 확인하기 위한, 특정 SNP의 표적화된 복제 연구를 위한 실험 설계의 개관을 보여준다.
도 2는 실시예 1에 기재된 바와 같은 TNIP1 (a), PRDM1 (b), JAZF1 (c), UHRF1BP1 (d) 및 IL10 (e)에서의 SLE의 신규 게놈-전반 유의 연관성 및 신규 위험 유전자좌의 확인을 보여준다. (f)는 실시예 1에 기재된 바와 같은 사례군 및 대조군 복제 샘플에서의 독립적 SNP의 P 값의 히스토그램으로; 귀무 분포 하의 결과의 예상 밀도는 점선으로 나타내었다.
도 3은 실시예 1에 기재된 바와 같은 최초 GWAS에서 P 값에 의해 계층화된 메타-분석에서의 변이체 도달 후보자 (P < 1 x 10-5) 및 확인된 (P < 5 x 10-8) 상태의 백분율을 보여준다.
도 4는 실시예 2에 기재된 바와 같은 BLK 프로모터 영역 내의 연관 불균형 블록 (r2로 나타냄)을 보여준다. 도 4는 서열 13으로서의 'C>T-rs922483'을 개시한다.
도 5는 실시예 2에 기재된 바와 같은 다양한 반수체형을 갖는 BLK 프로모터 영역의 루시페라제 리포터 유전자 발현 검정의 결과를 보여준다. (a) BJAB 세포의 SNP rs922483 C>T (서열 13); (b) Daudi 세포의 SNP rs922483 C>T (서열 13); (c) BJAB 세포의 SNP rs1382568 A>C/G>C; (d) Daudi 세포의 SNP rs1382568 A>C/G>C; (e) BJAB 세포의 SNP rs4840568 G>A; (f) Daudi 세포의 SNP rs4840568 G>A; 나타낸 데이터는 삼중 검정에서의 평균 +/- 평균의 표준 오차를 나타내며; 얼룩무늬 막대는 그래프 좌측에 나타낸 반수체형에 대한 결과를 보여주고; 빗금무늬 막대: 위험 반수체형 22-ACT; 백색 막대: 비-위험 반수체형 22-GAC; *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001, ns=유의하지 않음 (t-검정). 도 5a-f는 서열 15로서의 '22개의 (GT) 반복부'를 개시한다. 도 5c-f는 또한 서열 13으로서의 'rs922483 C>T'을 개시한다.
도 6은 또한 18개의 (GT) 반복부 (서열 14) 또는 22개의 (GT) 반복부 (서열 15)를 갖는 BLK 프로모터 영역, 및 실시예 2에 기재된 바와 같은 Daudi 세포의 SNP rs1382568 A>C/G>C의 루시페라제 리포터 유전자 발현 검정의 결과를 보여준다. 나타낸 데이터는 이중 검정에서의 평균 +/- 평균의 표준 오차를 나타내며; ns=유의하지 않음 (t-테스트). 도 6은 서열 14로서의 '18개의 (GT) 반복부', 서열 15로서의 '22개의 (GT) 반복부', 및 서열 13으로서의 'rs922483 C>T'를 개시한다.
도 7은 실시예 2에 기재된 바와 같은 SNP의 서열, rs922483 (서열 13), 및 BLK 유전자좌에 대한 원인 대립유전자의 SNP 내 위치를 보여준다. 원인 대립유전자의 위치는 볼드체 꺾쇠 괄호로 표시하였고; C/T 변이는 볼드체로 나타내었다.
상세한 설명
달리 나타내지 않는 한, 본 발명의 실시는 분자 생물학 (재조합 기술 포함), 미생물학, 세포 생물학, 생화학 및 면역학의 통상적인 기술을 이용할 것이고, 이들은 당업계의 기술 범위 내에 속한다. 이러한 기술은 문헌, 예를 들어 ["Molecular Cloning: A Laboratory Manual", second edition (Sambrook et al., 1989)]; ["Oligonucleotide Synthesis" (M.J. Gait, ed., 1984)]; ["Animal Cell Culture" (R.I. Freshney, ed., 1987)]; ["Methods in Enzymology" (Academic Press, Inc.)]; ["Current Protocols in Molecular Biology" (F.M. Ausubel et al., eds., 1987)] 및 주기적인 증보판; ["PCR: The Polymerase Chain Reaction", (Mullis et al., eds., 1994)]에 충분히 설명되어 있다. 또한, 본 발명에서 사용되는 프라이머, 올리고뉴클레오티드 및 폴리뉴클레오티드는 당업계에 공지된 표준 기술을 이용하여 생성될 수 있다.
달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 기술 및 과학 용어는 본 발명이 속하는 분야의 당업자가 통상적으로 이해하는 바와 동일한 의미를 갖는다. 예를 들어, 문헌 [Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 2nd ed., J. Wiley & Sons (New York, NY 1994)] 및 [March, Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanisms and Structure 4th ed., John Wiley & Sons (New York, N.Y. 1992)]은 당업자에게 본 출원에서 사용된 많은 용어에 관한 일반적인 지침을 제공한다.
정의
본 명세서를 이해하기 위한 목적으로, 하기 정의가 적용될 것이고 적절할 경우에는 언제라도 단수형으로 사용된 용어는 또한 복수형도 포함할 것이고, 그 반대의 경우도 마찬가지이다. 본 명세서 및 첨부된 특허청구범위에서 사용된 단수형은, 문맥이 달리 명백하게 지시하지 않는 한, 복수의 대상물을 포함한다. 따라서, 예를 들어 "단백질"에 대한 언급은 복수형의 단백질을 포함하고; "세포"에 대한 언급은 세포의 혼합물을 포함하는 등이다. 하기 기재된 임의의 정의가 본원에 참고문헌으로 포함된 임의의 문헌과 모순되는 경우에는 하기 정의가 우선한다.
본원에 사용된 "루푸스" 또는 "루푸스 상태"는 일반적으로 결합 조직을 공격하는 항체가 관여하는 자가면역 질환 또는 장애이다. 루푸스의 주요 형태는 피부 전신 홍반성 루푸스 (SLE) 및 아급성 피부 SLE, 뿐만 아니라 다른 종류의 루푸스 (신염, 신장외, 뇌염, 소아, 비-신장, 원판상 및 탈모 포함)를 비롯한 전신성의 것, 즉 전신 홍반성 루푸스 (SLE)이다.
본원에서 상호교환적으로 사용되는 용어 "폴리뉴클레오티드" 또는 "핵산"은 임의의 길이의 뉴클레오티드의 중합체를 지칭하고, DNA 및 RNA를 포함한다. 뉴클레오티드는 데옥시리보뉴클레오티드, 리보뉴클레오티드, 변형된 뉴클레오티드 또는 염기 및/또는 이들의 유사체, 또는 DNA 또는 RNA 폴리머라제에 의해 중합체로 혼입될 수 있는 임의의 기질일 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드, 예를 들어 메틸화 뉴클레오티드 및 그의 유사체를 포함할 수 있다. 뉴클레오티드 구조에 대한 변형이 존재하는 경우, 이러한 변형은 중합체의 조립 이전 또는 이후에 부여될 수 있다. 뉴클레오티드의 서열에 비뉴클레오티드 성분이 개재될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는, 예컨대 표지 성분과의 접합에 의해, 중합 후에 추가로 변형될 수 있다. 다른 유형의 변형은, 예를 들어 "캡(cap)", 1개 이상의 자연 발생 뉴클레오티드의 유사체로의 치환, 뉴클레오티드간 변형, 예컨대 비하전된 연결을 갖는 것 (예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포아미데이트, 카르바메이트 등) 및 하전된 연결을 갖는 것 (예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등), 펜던트 모이어티, 예를 들어 단백질 (예를 들어, 뉴클레아제, 독소, 항체, 신호 펩티드, 폴리-L-리신 등)을 함유하는 것, 인터칼레이터(intercalator) (예를 들어, 아크리딘, 프소랄렌 등)가 있는 것, 킬레이터 (예를 들어, 금속, 방사성 금속, 붕소, 산화성 금속 등)를 함유하는 것, 알킬레이터를 함유하는 것, 변형된 연결이 있는 것 (예를 들어, 알파 아노머 핵산 등), 뿐만 아니라 변형되지 않은 형태의 폴리뉴클레오티드(들)을 포함한다. 또한 당에 본래 존재하는 임의의 히드록실 기는 예를 들어 포스포네이트 기, 포스페이트 기에 의해 대체되거나, 표준 보호기에 의해 보호되거나, 또는 추가의 뉴클레오티드에 대한 추가의 연결을 형성하기 위해 활성화될 수 있거나, 또는 고체 지지체에 접합될 수 있다. 5' 및 3' 말단 OH는 인산화되거나 또는 아민 또는 1 내지 20개의 탄소 원자를 갖는 유기 캡핑 기 모이어티로 치환될 수 있다. 다른 히드록실이 표준 보호기로 유도체화될 수도 있다. 폴리뉴클레오티드는 또한 예를 들어 2'-O-메틸-2'-O-알릴, 2'-플루오로- 또는 2'-아지도-리보스, 카르보시클릭 당 유사체, α-아노머 당, 에피머 당, 예를 들어 아라비노스, 크실로스 또는 릭소스, 피라노스 당, 푸라노스 당, 세도헵툴로스, 비환식 유사체 및 무염기성 뉴클레오시드 유사체, 예를 들어 메틸 리보시드를 포함하여, 일반적으로 당업계에 공지되어 있는 유사한 형태의 리보스 또는 데옥시리보스 당을 함유할 수 있다. 하나 이상의 포스포디에스테르 연결이 대안적 연결기로 대체될 수 있다. 이들 대안적 연결기는 포스페이트가 P(O)S ("티오에이트"), P(S)S ("디티오에이트"), (O)NR2 ("아미데이트"), P(O)R, P(O)OR', CO 또는 CH2 ("포름아세탈")로 대체된 실시양태를 포함하나, 이에 제한되지 않으며, 여기서 각각의 R 또는 R'는 독립적으로 H 또는 에테르 (-O-) 연결을 임의로 함유하는 치환 또는 비치환된 알킬 (1-20 C), 아릴, 알케닐, 시클로알킬, 시클로알케닐 또는 아르알킬이다. 폴리뉴클레오티드 내의 모든 연결이 동일할 필요는 없다. 전술한 설명은 RNA 및 DNA를 비롯하여 본원에서 언급되는 모든 폴리뉴클레오티드에 적용된다.
본원에 사용된 "올리고뉴클레오티드"는 길이가 적어도 약 7개의 뉴클레오티드 및 약 250개 미만의 뉴클레오티드인 짧은 단일가닥 폴리뉴클레오티드를 지칭한다. 올리고뉴클레오티드는 합성된 것일 수 있다. 용어 "올리고뉴클레오티드" 및 "폴리뉴클레오티드"는 서로 배타적이지 않다. 폴리뉴클레오티드에 대한 상기 기재는 올리고뉴클레오티드에 동일하고 완전하게 적용가능하다.
용어 "프라이머"는 핵산에 혼성화될 수 있고 일반적으로 유리 3'-OH기를 제공함으로써 상보성 핵산의 중합을 허용할 수 있는 단일가닥 폴리뉴클레오티드를 지칭한다.
용어 "유전자 변이" 또는 "뉴클레오티드 변이"는 참조 서열 (예를 들어, 일반적으로 발견되는 서열 및/또는 야생형 서열, 및/또는 주요 대립유전자의 서열)과 비교시, 뉴클레오티드 서열의 변화 (예를 들어, 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP)과 같은 하나 이상의 뉴클레오티드의 삽입, 결실, 역위 또는 치환)를 지칭한다. 이 용어는 또한 달리 나타내지 않는 한, 뉴클레오티드 서열의 보체에서의 상응하는 변화도 포함한다. 한 실시양태에서, 유전자 변이는 체세포 다형성이다. 한 실시양태에서, 유전자 변이는 배선 다형성이다.
"단일 뉴클레오티드 다형성", 또는 "SNP"는, 상이한 대립유전자 또는 대안적 뉴클레오티드가 집단에 존재하는 DNA 내의 단일 염기 위치를 지칭한다. 통상적으로, SNP 위치의 앞뒤에는 대립유전자의 고도로 보존된 서열 (예를 들어, 집단의 1/100 또는 1/1000 미만의 구성원에서 상이한 서열)이 존재한다. 개체는 각각의 SNP 위치에서 대립유전자에 대해 동종접합성 또는 이종접합성일 수 있다.
용어 "아미노산 변이"는 참조 서열과 비교시 아미노산 서열의 변화 (예를 들어, 하나 이상의 아미노산의 삽입, 치환, 또는 결실, 예를 들어 내부 결실 또는 N- 또는 C-말단 절단)를 지칭한다.
용어 "변이"는 뉴클레오티드 변이 또는 아미노산 변이를 지칭한다.
용어 "SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서의 유전자 변이", "SNP의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서의 뉴클레오티드 변이", 및 그의 문법적 변형은 게놈 내의 상기 SNP에 의해 점유된 상대적인 상응하는 DNA 위치에서의 폴리뉴클레오티드 서열 내의 뉴클레오티드 변이를 지칭한다. 또한, 이 용어는 달리 나타내지 않는 한, 뉴클레오티드 서열의 보체에서의 상응하는 변이도 포함한다.
용어 "어레이" 또는 "마이크로어레이"는 기판 상의 혼성화 가능 어레이 요소, 바람직하게는 폴리뉴클레오티드 프로브 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드)의 정렬된 배열을 지칭한다. 상기 기판은 고체 기판, 예를 들어 유리 슬라이드, 또는 반-고체 기판, 예를 들어 니트로셀룰로스 막일 수 있다.
용어 "증폭"은 하나 이상의 카피(copy)의 참조 핵산 서열 또는 그의 보체의 생산 과정을 지칭한다. 증폭은 선형 증폭 또는 지수 증폭 (예를 들어, PCR)일 수 있다. "카피"가 반드시 주형 서열에 대해 완전한 서열 상보성 또는 동일성을 의미하는 것인 아니다. 예를 들어, 카피는 뉴클레오티드 유사체, 예를 들어 데옥시이노신, 인위적인 서열 변경 (예를 들어, 주형에 혼성화 가능하지만 완전히 상보성이지는 않은 서열을 포함하는 프라이머를 통해 도입된 서열 변경), 및/또는 증폭 동안 발생하는 서열 오류를 포함할 수 있다.
용어 "대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드"는 뉴클레오티드 변이 (일반적으로 치환)를 포함하는 표적 핵산의 영역에 혼성화되는 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. "대립유전자-특이적 혼성화"는 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드가 그의 표적 핵산에 혼성화될 때, 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 내의 뉴클레오티드가 뉴클레오티드 변이와 특이적으로 염기쌍을 형성함을 의미한다. 특정 뉴클레오티드 변이에 대해 대립유전자-특이적 혼성화가 가능한 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드는 그 변이에 대해 "특이적"인 것으로 언급된다.
용어 "대립유전자-특이적 프라이머"는 프라이머인 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드를 지칭한다.
용어 "프라이머 연장 검정"은 뉴클레오티드가 핵산에 부가되어, 직접 또는 간접적으로 검출되는 보다 긴 핵산, 또는 "연장 산물"을 생성시키는 검정을 지칭한다. 뉴클레오티드는 부가되어 핵산의 5' 또는 3' 말단부를 연장시킬 수 있다.
용어 "대립유전자-특이적 뉴클레오티드 혼입 검정"은 프라이머가 (a) 뉴클레오티드 변이의 3' 또는 5'인 영역에서 표적 핵산에 혼성화되고 (b) 폴리머라제에 의해 연장되어, 뉴클레오티드 변이에 상보성인 연장 산물 뉴클레오티드 내로 혼입되는 프라이머 연장 검정을 지칭한다.
용어 "대립유전자-특이적 프라이머 연장 검정"은 대립유전자-특이적 프라이머가 표적 핵산에 혼성화되어 연장되는 프라이머 연장 검정을 지칭한다.
용어 "대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 검정"은 (a) 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드가 표적 핵산에 혼성화되고 (b) 혼성화가 직접 또는 간접적으로 검출되는 검정을 지칭한다.
용어 "5' 뉴클레아제 검정"은 표적 핵산에 대한 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드의 혼성화가 혼성화된 프로브의 뉴클레오티드분해 절단을 허용하여 검출가능한 신호를 생성시키는 검정을 지칭한다.
용어 "분자 비콘을 사용하는 검정"은 표적 핵산에 대한 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드의 혼성화가 유리 올리고뉴클레오티드에 의해 방출되는 검출가능한 신호 수준보다 더 높은 검출가능한 신호 수준을 생성시키는 검정을 지칭한다.
용어 "올리고뉴클레오티드 라이게이션 검정"은 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 및 제2 올리고뉴클레오티드가 표적 핵산에 대해 서로 인접하여 혼성화되고 함께 라이게이션되며 (직접 또는 개재하는 뉴클레오티드를 통해 간접적으로), 라이게이션 생성물이 직접 또는 간접적으로 검출되는 검정을 지칭한다.
용어 "표적 서열", "표적 핵산", 또는 "표적 핵산 서열"은 일반적으로 증폭에 의해 생성된 상기 표적 핵산의 카피를 포함하여, 뉴클레오티드 변이가 존재하는 것으로 의심되거나 또는 존재하는 것으로 알려져 있는 관심 대상 폴리뉴클레오티드 서열을 지칭한다.
용어 "검출"은 직접 및 간접 검출을 비롯한 임의의 검출 수단을 포함한다.
용어 "SLE 위험 유전자좌" 및 "확인된 SLE 위험 유전자좌"는 표 4 및 표 6에 나타낸 유전자좌 및 BLK 유전자좌 중 임의의 것을 지칭한다.
용어 "SLE 위험 대립유전자" 및 "확인된 SLE 위험 대립유전자"는 SLE 위험 유전자좌에서 발생하는 변이를 지칭한다. 상기 변이는 단일 뉴클레오티드 다형성, 삽입 및 결실을 포함하지만, 이에 제한되지는 않는다. 예시적인 특정 SLE 위험 대립유전자를 표 4 및 표 6에 나타내었다.
본원에 사용된 바와 같이, 루푸스 발병 "위험에 있는" 대상체는 검출가능한 질환 또는 질환의 증상을 갖거나 갖지 않을 수 있고, 본원에 기재된 치료 방법 이전에 검출가능한 질환 또는 질환의 증상을 보였거나 보이지 않았을 수 있다. "위험에 있는"은 대상체가 본원에 기재되고 당업계에 공지되어 있는 바와 같은, 루푸스 발병과 상호 관련되는 측정가능한 파라미터인 하나 이상의 위험 인자를 갖는다는 것을 나타낸다. 하나 이상의 상기 위험 인자를 갖는 대상체의 루푸스 발병 확률은 하나 이상의 상기 위험 인자(들)이 존재하지 않는 대상체보다 더 높다.
용어 "진단"은 분자 또는 병리학적 상태, 질환 또는 상태의 확인 또는 분류를 지칭하기 위해 본원에서 사용된다. 예를 들어, "진단"은 특정 유형의 루푸스 상태, 예를 들어, SLE의 확인을 지칭할 수 있다. 또한, "진단"은 예를 들어 조직/장기 침범 (예를 들어, 루푸스 신염), 분자 양상 (예를 들어, 특정 유전자 또는 핵산 영역 내의 유전자 변이(들)를 특징으로 하는 환자 하위 집단)에 의한 루푸스의 특정 하위유형의 분류를 지칭할 수 있다.
용어 "진단을 보조하는"은 루푸스의 특정 유형의 증상 또는 상태의 존재 또는 특성에 대한 임상 결정을 돕는 방법을 지칭하기 위해 본원에서 사용된다. 예를 들어, 루푸스의 진단을 보조하는 방법은 개체로부터의 생물학적 샘플에서 1개 이상의 SLE 위험 유전자좌 또는 SLE 위험 대립유전자의 존재 또는 부재를 측정하는 것을 포함할 수 있다.
용어 "예후"는 본원에서 예를 들어 루푸스와 같은 자가면역 질환의 재발, 급성 악화, 및 약물 내성을 포함하여 자가면역 장애에 기인하는 질환 증상이 발생할 가능성의 예측을 지칭하기 위해 사용된다. 용어 "예측"은 본원에서 환자가 약물 또는 약물 세트에 대해 유리하게 또는 불리하게 반응할 가능성을 지칭하기 위해 사용된다.
본원에 사용된 "치료"는 치료되는 개체 또는 세포의 자연적인 과정을 변경시키기 위한 시도의 임상 개입을 나타내고, 임상 병리상태의 진행 전에 또는 진행 동안 수행될 수 있다. 바람직한 치료 효과는 질환 또는 그의 상태 또는 증상의 발생 또는 재발의 방지, 질환의 상태 또는 증상의 경감, 질환의 임의의 직접적인 또는 간접적인 병리학적 결과의 감소, 질환 진행 속도의 감소, 질환 상태의 개선 또는 완화, 및 차도 또는 개선된 예후의 달성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 방법 및 조성물은 질환 또는 장애의 발병을 지연시키기 위한 시도에서 유용하다.
"유효량"은 원하는 치료 또는 예방 결과 달성에 필요한 투여량에서 이러한 기간 동안 효과적인 양을 지칭한다. 치료제의 "치료 유효량"은 개체의 질환 상태, 연령, 성별 및 체중, 개체에서 원하는 반응을 유도하기 위한 항체의 능력과 같은 요인에 따라 달라질 수 있다. 치료 유효량은 또한 치료제의 임의의 독성 또는 유해 효과보다 치료상 유익한 효과가 더 큰 양이다. "예방 유효량"은 원하는 예방 결과 달성에 필요한 투여량에서 이러한 기간 동안 효과적인 양을 지칭한다. 반드시는 아니지만, 일반적으로 예방 용량은 질환 발생 전에 또는 질환의 초기 단계에 대상체에 사용되기 때문에, 예방 유효량은 치료 유효량 미만일 것이다.
"개체", "대상체" 또는 "환자"는 척추동물이다. 특정 실시양태에서, 척추동물은 포유동물이다. 포유동물은 영장류 (인간 및 비인간 영장류 포함) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 래트)를 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. 특정 실시양태에서, 포유동물은 인간이다.
본원에 사용된 "환자 하위 집단", 및 그의 문법적 변형은 환자 하위세트를 그 하위세트가 속하는 보다 넓은 질환 카테고리에서 다른 하위세트와 구별시키는 하나 이상의 특유한 측정가능한 및/또는 확인가능한 특성을 갖는 것을 특징으로 하는 환자 하위세트를 지칭한다. 그러한 특성은 질환 하위 카테고리 (예를 들어, SLE, 루푸스 신염), 성별, 생활방식, 건강력, 침범된 장기/조직, 치료력 등을 포함한다.
"대조군 대상체"는 루푸스 또는 루푸스 상태를 앓는 것으로 진단되지 않고 루푸스 또는 루푸스 상태와 연관된 임의의 징후 또는 증상으로 고통받지 않는 건강한 대상체를 지칭한다.
본원에 사용된 용어 "샘플"은 예를 들어 물리적, 생화학적, 화학적 및/또는 생리학적 특징을 기초로 하여 특성화 및/또는 확인되는 세포 개체 및/또는 다른 분자 개체를 함유하는 관심 대상의 대상체로부터 얻거나 또는 상기 대상체로부터 유래된 조성물을 지칭한다. 예를 들어, 어구 "생물학적 샘플" 또는 "질환 샘플" 및 그의 변형은 특성화되는 세포 개체 및/또는 분자 개체를 함유하는 것으로 예상되거나 또는 이를 함유하는 것으로 알려져 있는 관심 대상의 대상체로부터 수득한 임의의 샘플을 지칭한다.
"조직 또는 세포 샘플"은 대상체 또는 환자의 조직으로부터 얻은 유사한 세포의 집합을 의미한다. 조직 또는 세포 샘플의 공급원은 신선한, 동결 및/또는 보존된 장기 또는 조직 샘플 또는 생검 또는 흡인물로부터의 고형 조직; 혈액 또는 임의의 혈액 구성분; 체액, 예를 들어 뇌척수액, 양수, 복수, 또는 간질액; 대상체의 임신 또는 발생 중의 임의의 시점으로부터의 세포일 수 있다. 또한, 조직 샘플은 1차 또는 배양된 세포 또는 세포주일 수 있다. 임의로, 조직 또는 세포 샘플은 질환 조직/장기로부터 수득하였다. 조직 샘플은 자연에서 조직과 자연적으로 서로 혼합되지 않는 화합물, 예를 들어 보존제, 항응고제, 완충제, 고정제, 영양분, 항생제 등을 함유할 수 있다. 본원에 사용된 "참조 샘플", "참조 세포", "참조 조직", "대조 샘플", "대조 세포", 또는 "대조 조직"은, 확인을 위해 본 발명의 방법 또는 조성물이 사용되는 질환 또는 상태를 앓지 않는 것으로 알려져 있거나 또는 이를 앓지 않는 것으로 여겨지는 공급원으로부터 얻은 샘플, 세포 또는 조직을 지칭한다. 한 실시양태에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직은 질환 또는 상태가 본 발명의 조성물 또는 방법을 사용하여 확인되는 동일한 대상체 또는 환자의 신체의 건강한 부분으로부터 수득하였다. 한 실시양태에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포, 또는 대조 조직은 질환 또는 상태가 본 발명의 조성물 또는 방법을 사용하여 확인되는 대상체 또는 환자가 아닌 개체의 신체의 건강한 부분으로부터 수득하였다.
본원의 목적상, 조직 샘플의 "절편"은 조직 샘플의 단일 부분 또는 조각, 예를 들어 조직 샘플로부터 절단된 조직 또는 세포의 박편을 의미한다. 조직 샘플의 동일한 절편이 형태 및 분자 수준 모두에서 분석되거나, 또는 단백질과 핵산 모두에 대해 분석되는 방법을 본 발명이 포함함을 이해한다면, 조직 샘플의 다수의 절편을 채취하여 본 발명에 따른 분석에 적용할 수 있음이 이해된다.
"상관관계가 있다" 또는 "상관관계가 있는"은, 제1 분석 또는 프로토콜의 성능 및/또는 결과를 제2 분석 또는 프로토콜의 성능 및/또는 결과와 임의의 방식으로 비교하는 것을 의미한다. 예를 들어, 제2 프로토콜의 수행시에 제1 분석 또는 프로토콜의 결과를 이용할 수 있고/있거나 제1 분석 또는 프로토콜의 결과를 이용하여 제2 분석 또는 프로토콜을 수행해야 하는지의 여부를 결정할 수 있다. 유전자 발현 분석 또는 프로토콜의 실시양태와 관련하여, 유전자 발현 분석 또는 프로토콜의 결과를 이용하여 특정 치료 요법을 수행해야 하는지의 여부를 결정할 수 있다.
본원에 사용된 단어 "표지"는 시약, 예를 들어 핵산 프로브 또는 항체에 직접 또는 간접적으로 접합되거나 융합되어, 접합되거나 또는 융합된 시약의 검출을 용이하게 하는 화합물 또는 조성물을 지칭한다. 표지는 그 자체가 검출가능할 수도 있거나 (예를 들어, 방사성 동위원소 표지 또는 형광 표지), 또는 효소 표지의 경우에는 기질 화합물 또는 조성물의 검출가능한 화학적 변경을 촉매할 수도 있다.
"의약"은 질환, 장애 및/또는 상태의 치료를 위한 활성 약물이다. 한 실시양태에서, 질환, 장애 및/또는 상태는 루푸스 또는 그의 증상 또는 부작용이다.
특정 치료제 또는 치료 옵션에 대한 용어 "증가된 내성"이 본 발명에 따라 사용되는 경우, 이는 표준 용량의 약물 또는 표준 치료 프로토콜에 대한 감소된 반응을 의미한다.
특정 치료제 또는 치료 옵션에 대한 용어 "감소된 감수성"이 본 발명에 따라 사용되는 경우, 이는 표준 용량의 작용제 또는 표준 치료 프로토콜에 대한 감소된 반응을 의미하고, 여기서 감소된 반응은 작용제의 용량을 증가시키거나 치료 강도를 증가시켜서 (적어도 부분적으로) 보상될 수 있다.
대상체의 "반응을 예측하는 것" 및 그의 변형은 (1) 질환 진행의 어느 정도까지의 억제, 예를 들어 지연 및 완전한 정지, (2) 질환 에피소드 및/또는 증상의 수의 감소, (3) 병변 크기의 감소, (4) 인접한 말초 기관 및/또는 조직으로의 질환 세포 침윤의 억제 (즉, 감소, 지연 또는 완전한 정지), (5) 질환 확산의 억제 (즉, 감소, 지연 또는 완전한 정지), (6) 질환 병변의 퇴행 또는 제거를 초래할 수 있으나 그래야 하는 것은 아닌, 자가면역 반응의 감소, (7) 장애와 연관된 하나 이상의 증상의 어느 정도까지의 경감, (8) 치료 후 질환이 없는 표출 기간의 증가, 및/또는 (9) 치료 후 주어진 시점에서의 사망률 감소를 포함하지만 이에 제한되지는 않는, 환자에 대한 이로움을 나타내는 임의의 종결점을 이용하여 평가할 수 있다.
본원에 사용된 "루푸스 치료제", "루푸스를 치료하는데 효과적인 치료제", 및 그의 문법적 변형은, 유효량이 제공될 경우, 루푸스에 걸린 대상체에서 치료상 이익을 제공하는 것으로 알려져 있거나, 임상적으로 밝혀졌거나, 임상의에 의해 예상되는 작용제를 지칭한다. 한 실시양태에서, 상기 어구는 제조업체에 의해 판매되거나, 또는 다르게는 유효량이 제공될 경우 루푸스에 걸린 대상체에서 치료 효과를 제공하는 것으로 예상되는, 임상적으로 승인된 물질로서 임상의에 의해 사용되는 작용제를 포함한다. 한 실시양태에서, 루푸스 치료제는 아세틸살리실산 (예를 들어, 아스피린), 이부프로펜 (모트린 (Motrin)), 나프록센 (나프로신 (Naprosyn)), 인도메타신 (인도신 (Indocin)), 나부메톤 (렐라펜 (Relafen)), 톨메틴 (톨렉틴 (Tolectin)), 및 치료상 동등한 활성 성분(들)을 포함하는 임의의 다른 실시양태를 포함하는 비-스테로이드성 항-염증 약물 (NSAID) 및 그의 제제를 포함한다. 한 실시양태에서, 루푸스 치료제는 아세트아미노펜 (예를 들어, 타이레놀), 코르티코스테로이드, 또는 항-말라리아제 (예를 들어, 클로로퀸, 히드록시클로로퀸)를 포함한다. 한 실시양태에서, 루푸스 치료제는 면역조절 약물 (예를 들어, 아자티오프린, 시클로포스파미드, 메토트렉세이트, 시클로스포린)을 포함한다. 한 실시양태에서, 루푸스 치료제는 항-B 세포제 (예를 들어, 항-CD20 (예를 들어, 리툭시맙), 항-CD22), 항-시토카인제 (예를 들어, 항-종양 괴사 인자 α, 항-인터류킨-1-수용체 (예를 들어, 아나킨라), 항-인터류킨 10, 항-인터류킨 6 수용체, 항-인터페론 알파, 항-B-림프구 자극제), 동시자극 억제제 (예를 들어, 항-CD154, CTLA4-Ig (예를 들어, 아바타셉트)), B-세포 무반응 조절제 (예를 들어, LJP 394 (예를 들어, 아베티무스))이다. 한 실시양태에서, 루푸스 치료제는 호르몬 치료제 (예를 들어, DHEA), 및 항-호르몬 요법제 (예를 들어, 항-프로락틴제 브로모크립틴)를 포함한다. 한 실시양태에서, 루푸스 치료제는 면역흡착을 제공하는 작용제로서, 항-보체 인자 (예를 들어, 항-C5a), T 세포 백신, T-세포 수용체 제타 사슬을 사용한 세포 형질감염, 또는 펩티드 요법제 (예를 들어 항-DNA 개별특이형을 표적으로 하는 에드라티드)이다.
본원에 사용된 "판매 승인된", 또는 "치료제로서 승인된" 치료제, 또는 이들 어구의 문법적 변형은 특정 장애 (예를 들어, 루푸스)의 치료를 위한 상업 기관 (예를 들어, 영리 조직) 또는 환자 하위 집단 (예를 들어, 루푸스 신염 환자, 특정 민족성, 성별, 생활방식, 질환 위험 프로파일의 환자 등)에 의해 및/또는 이를 통해 및/또는 이를 위해, 관련 정부 기구 (예를 들어, 연방, 주 또는 지역 규제청, 부, 국)에 의해 판매가 승인, 인가, 등록 또는 허가된 작용제 (예를 들어, 약물 제제, 의약의 형태로)를 지칭한다. 관련 정부 기구는 예를 들어 식품의약국 (FDA), 유럽 의약 평가국 (EMEA), 및 그의 동등한 기구를 포함한다.
"항체" (Ab) 및 "이뮤노글로불린" (Ig)은 유사한 구조적 특징을 갖는 당단백질을 지칭한다. 항체는 특정 항원에 대해 결합 특이성을 나타내지만, 이뮤노글로불린은 항체, 및 일반적으로 항원 특이성이 결여된 다른 항체 유사 분자 둘다를 포함한다. 상기 항체 유사 분자의 폴리펩티드는 예를 들어 림프계에 의해 낮은 수준으로, 골수종에 의해 증가된 수준으로 생성된다.
용어 "항체" 및 "이뮤노글로불린"은 가장 넓은 의미로 상호교환적으로 사용되고, 모노클로날 항체 (예를 들어, 전장 또는 무손상 모노클로날 항체), 폴리클로날 항체, 1가 항체, 다가 항체, 다중특이적 항체 (예를 들어, 원하는 생물학적 활성을 나타내는 한은 이중특이적 항체)를 포함하고, 또한 특정 항체 단편 (본원에 보다 상세히 기재된 바와 같음)도 포함할 수 있다. 항체는 키메라, 인간, 인간화 및/또는 친화도 성숙 항체일 수 있다.
용어 "전장 항체", "무손상 항체" 및 "온전한 항체"는 본원에서 상호교환적으로 사용되며, 하기 정의된 바와 같은 항체 단편이 아니라 실질적으로 무손상인 형태의 항체를 지칭한다. 상기 용어는 특히 Fc 영역을 함유하는 중쇄를 갖는 항체를 지칭한다.
"항체 단편"은 바람직하게는 항원 결합 영역을 포함하는 무손상 항체의 일부를 포함한다. 항체 단편의 예는 Fab, Fab', F(ab')2 및 Fv 단편, 디아바디, 선형 항체, 단일-쇄 항체 분자, 및 항체 단편들로부터 형성된 다중특이적 항체를 포함한다.
항체를 파파인으로 소화시키면 "Fab" 단편이라 불리는 2개의 동일한 항원 결합 단편 (각각 단일 항원-결합 부위를 가짐) 및 나머지 "Fc" 단편 (이러한 명칭은 쉽게 결정화되는 능력을 반영함)이 생성된다. 펩신 처리하면, 2개의 항원-결합 부위를 갖고 항원과 여전히 가교 결합할 수 있는 F(ab')2 단편이 생성된다.
"Fv"는 완전한 항원-결합 부위를 함유하는 최소 항체 단편이다. 한 실시양태에서, 2-쇄 Fv 종은 1개의 중쇄 및 1개의 경쇄 가변 도메인이 단단하게 비공유적으로 회합된 이량체로 이루어진다. 종합적으로, Fv의 6개의 CDR은 항체에 항원 결합 특이성을 부여한다. 그러나, 단일 가변 도메인 (또는 항원에 특이적인 3개의 CDR만을 포함하는 Fv의 절반)일지라도 전체 결합 부위보다 친화도가 낮긴 하지만 항원을 인식하고 결합하는 능력을 갖는다.
Fab 단편은 중쇄 및 경쇄 가변 도메인을 함유하고, 또한 경쇄의 불변 도메인과 중쇄의 제1 불변 도메인 (CH1)을 함유한다. Fab' 단편은 항체 힌지 영역으로부터의 하나 이상의 시스테인을 포함하는 중쇄 CH1 도메인의 카르복시 말단에 수개의 잔기가 부가되었다는 점에서 Fab 단편과 상이하다. 본원에서, Fab'-SH는 불변 도메인의 시스테인 잔기(들)에 유리 티올 기를 보유하는 Fab'에 대한 명칭이다. F(ab')2 항체 단편은 원래 Fab' 단편들 사이에 힌지 시스테인을 갖는, Fab' 단편들의 쌍으로서 생성되었다. 항체 단편의 다른 화학적 커플링이 또한 공지되어 있다.
본원에 사용된 용어 "모노클로날 항체"는 실질적으로 동종인 항체 집단으로부터 수득된 항체를 지칭하며, 즉, 이 집단을 구성하는 개개의 항체는 소량으로 존재할 수 있는 가능한 돌연변이, 예를 들어 자연 발생 돌연변이를 제외하고는 동일하다. 따라서, 수식어구 "모노클로날"은 항체의 특징을 별개의 항체의 혼합물이 아니라는 것으로 나타낸다. 특정 실시양태에서, 이러한 모노클로날 항체는 전형적으로 표적에 결합하는 폴리펩티드 서열을 포함하는 항체를 포함하고, 여기서 표적-결합 폴리펩티드 서열은 복수개의 폴리펩티드 서열로부터 단일 표적 결합 폴리펩티드 서열의 선택을 포함하는 과정에 의해 수득하였다. 예를 들어, 선택 과정은 복수개의 클론, 예컨대 하이브리도마 클론, 파지 클론 또는 재조합 DNA 클론의 풀로부터 독특한 클론을 선택하는 것일 수 있다. 선택된 표적 결합 서열은 예를 들어 표적에 대한 친화도 개선, 표적 결합 서열의 인간화, 세포 배양물 중 그의 생성 개선, 생체내에서의 그의 면역원성 감소, 다중특이적 항체의 생성 등을 위해 추가로 변경될 수 있고, 변경된 표적 결합 서열을 포함하는 항체도 본 발명의 모노클로날 항체임을 이해해야 한다. 상이한 결정자 (에피토프)에 대해 지정된 상이한 항체를 전형적으로 포함하는 폴리클로날 항체 제제와는 달리, 모노클로날 항체 제제의 각 모노클로날 항체는 항원상의 단결정자에 대해 지정된다. 모노클로날 항체 제제는 그의 특이성 이외에도 전형적으로 다른 이뮤노글로불린에 의해 오염되지 않았다는 점에서 유리하다.
수식어구 "모노클로날"은 항체의 특징을 실질적으로 동종인 항체 집단으로부터 수득된 것으로 나타내며, 임의의 특정한 방법을 통한 항체 생성이 필요하다는 것으로 해석되어서는 안된다. 예를 들어, 본 발명에 따라 사용될 모노클로날 항체는 다양한 기술, 예를 들어 하이브리도마 방법 (예를 들어, 문헌 [Kohler et al., Nature, 256: 495 (1975)], [Harlow et al., Antibodies: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd ed. 1988)], [Hammerling et al., in: Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563-681 (Elsevier, N.Y., 1981)]), 재조합 DNA 방법 (예를 들어, 미국 특허 번호 4,816,567 참조), 파지 디스플레이 기술 (예를 들어, 문헌 [Clackson et al., Nature, 352: 624-628 (1991)], [Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992)], [Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004)], [Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004)], [Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004)] 및 [Lee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)] 참조), 및 인간 이뮤노글로불린 서열을 코딩하는 인간 이뮤노글로불린 유전자좌 또는 유전자의 일부 또는 전부를 갖는 동물에서 인간 또는 인간-유사 항체를 생성하기 위한 기술 (예를 들어, WO98/24893, WO96/34096, WO96/33735, WO91/10741, 문헌 [Jakobovits et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 2551 (1993)], [Jakobovits et al., Nature 362: 255-258 (1993)], [Bruggemann et al., Year in Immunol. 7:33 (1993)], 미국 특허 번호 5,545,807, 5,545,806, 5,569,825, 5,625,126, 5,633,425, 5,661,016, 문헌 [Marks et al., Bio.Technology 10: 779-783 (1992)], [Lonberg et al., Nature 368: 856-859 (1994)], [Morrison, Nature 368: 812-813 (1994)], [Fishwild et al., Nature Biotechnol. 14: 845-851 (1996)], [Neuberger, Nature Biotechnol. 14: 826 (1996)] 및 [Lonberg and Huszar, Intern. Rev. Immunol. 13: 65-93 (1995)] 참조)로 제조될 수 있다.
구체적으로, 본원에서의 모노클로날 항체는 중쇄 및/또는 경쇄의 일부가 특정 종으로부터 유래되거나 특정 항체 클래스 또는 하위클래스에 속하는 항체의 상응하는 서열과 동일하거나 상동성이고, 쇄(들)의 나머지 부분은 또 다른 종으로부터 유래되거나 또 다른 항체 클래스 또는 하위클래스에 속하는 항체의 상응하는 서열과 동일하거나 상동성인 "키메라" 항체, 뿐만 아니라 원하는 생물학적 활성을 나타내는 한은 이러한 항체의 단편을 포함한다 (미국 특허 번호 4,816,567; 문헌 [Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855 (1984)]).
비-인간 (예를 들어, 뮤린) 항체의 "인간화" 형태는 비-인간 이뮤노글로불린에서 유래된 최소 서열을 함유하는 키메라 항체이다. 한 실시양태에서, 인간화 항체는 수용자의 초가변 영역으로부터의 잔기가 원하는 특이성, 친화도 및/또는 능력을 갖는 비-인간 종 (공여자 항체), 예컨대 마우스, 래트, 토끼 또는 비-인간 영장류의 초가변 영역으로부터의 잔기로 대체된 인간 이뮤노글로불린 (수용자 항체)이다. 일부 예에서, 인간 이뮤노글로불린의 프레임워크 영역 (FR) 잔기를 상응하는 비인간 잔기로 대체한다. 추가로, 인간화 항체는 수용자 항체 또는 공여자 항체에서는 발견되지 않는 잔기를 포함할 수도 있다. 이러한 변형은 항체 성능이 추가로 개선되도록 이루어질 수 있다. 일반적으로, 인간화 항체는 적어도 1개, 전형적으로는 2개의 가변 도메인을 실질적으로 모두 포함할 것이고, 여기서 모든 또는 실질적으로 모든 초가변 루프는 비-인간 이뮤노글로불린의 그것에 상응하고 모든 또는 실질적으로 모든 FR은 인간 이뮤노글로불린 서열의 그것이다. 또한, 인간화 항체는 임의로 이뮤노글로불린 불변 영역 (Fc) 중 적어도 일부, 전형적으로는 인간 이뮤노글로불린의 적어도 일부를 포함할 것이다. 보다 상세한 내용은 문헌 [Jones et al., Nature 321:522-525 (1986)]; [Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988)] 및 [Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596 (1992)])을 참조한다. 또한, 하기 연구 논문 및 그에 인용된 참고문헌도 참조한다: [Vaswani and Hamilton, Ann. Allergy, Asthma & Immunol. 1:105-115 (1998)]; [Harris, Biochem. Soc. Transactions 23:1035-1038 (1995)]; [Hurle and Gross, Curr. Op. Biotech. 5:428-433 (1994)].
"인간 항체"는 인간에 의해 생성된 항체의 것에 상응하는 아미노산 서열을 포함하고/하거나 본원에 개시된 바와 같은 인간 항체 제조 기술 중 임의의 것을 이용하여 제조된 것이다. 상기 기술은 인간-유래된 조합 라이브러리, 예를 들어 파지 디스플레이 라이브러리의 스크리닝 (예를 들어, 문헌 [Marks et al., J. Mol. Biol., 222: 581-597 (1991)] 및 [Hoogenboom et al., Nucl. Acids Res., 19: 4133-4137 (1991)] 참조); 인간 모노클로날 항체의 생산을 위한 인간 골수종 및 마우스-인간 이종골수종 세포주의 사용 (예를 들어, 문헌 [Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984)]; [Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 55-93 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)]; 및 [Boerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)] 참조); 및 내인성 이뮤노글로불린 생산의 부재 하에 인간 항체의 전체 레퍼토리를 생산할 수 있는 트랜스제닉 동물 (예를 들어, 마우스)에서의 모노클로날 항체의 생산 (예를 들어, [Jakobovits et al., Proc. Natl. Acad. Sci USA, 90: 2551 (1993)]; [Jakobovits et al., Nature, 362: 255 (1993)]; [Bruggermann et al., Year in Immunol., 7: 33 (1993)] 참조)을 포함한다. 인간 항체의 이러한 정의는 비-인간 동물로부터의 항원 결합 잔기를 포함하는 인간화 항체는 명확하게 제외한다.
"친화도 성숙" 항체는 변경(들)을 갖지 않는 모 항체에 비해 항원에 대한 항체의 친화도를 개선시키는, 하나 이상의 CDR에 하나 이상의 변경을 갖는 항체이다. 한 실시양태에서, 친화도 성숙 항체는 표적 항원에 대한 나노몰 또는 심지어 피코몰의 친화도를 갖는다. 친화도 성숙 항체는 당업계에 공지된 절차에 의해 제조된다. 문헌 [Marks et al. Bio/Technology 10:779-783 (1992)]에서는 VH 및 VL 도메인 셔플링에 의한 친화도 성숙을 설명하고 있다. HVR 및/또는 프레임워크 잔기의 무작위 돌연변이 유발은 문헌 [Barbas et al. Proc Nat. Acad. Sci. USA 91:3809-3813 (1994)]; [Schier et al. Gene 169:147-155 (1995)]; [Yelton et al. J. Immunol. 155:1994-2004 (1995)]; [Jackson et al., J. Immunol. 154(7):3310-9 (1995)]; 및 [Hawkins et al., J. Mol. Biol., 226:889-896 (1992)]에 기재되어 있다.
"차단 항체" 또는 "길항제 항체"는 이것이 결합하는 항원의 생물학적 활성을 억제하거나 감소시키는 항체이다. 특정 차단 항체 또는 길항제 항체는 항원의 생물학적 활성을 부분적으로 또는 완전히 억제한다.
"소분자" 또는 "유기 소분자"는 본원에서 분자량이 약 500 달톤 미만인 유기 분자로 정의된다.
단어 "표지"가 본원에서 사용되는 경우, 이것은 검출가능한 화합물 또는 조성물을 지칭한다. 표지는 그 자체로 검출가능할 수도 있고 (예를 들어, 방사선동위원소 표지 또는 형광 표지), 또는 효소 표지의 경우에는 검출가능한 생성물을 생성하는 기질 화합물 또는 조성물의 화학적 변경을 촉매할 수도 있다. 검출가능한 표지로 기능할 수 있는 방사선핵종은 예를 들어 I-131, I-123, I-125, Y-90, Re-188, Re-186, At-211, Cu-67, Bi-212 및 Pd-109를 포함한다.
"단리된" 생물학적 분자, 예컨대 핵산, 폴리펩티드 또는 항체는 그의 천연 환경의 적어도 1종의 성분으로부터 확인 및 분리 및/또는 회수된 것이다.
본원에서 값 또는 파라미터를 "약"으로 언급하는 것은 그 값 또는 파라미터 자체에 관한 실시양태를 포함 (및 기재)한다. 예를 들어, "약 X"를 언급하는 설명은 "X"의 설명을 포함한다.
일반적 기술
루푸스와 연관된 뉴클레오티드 변이가 본원에서 제공된다. 이들 변이는 루푸스에 대한 생물마커를 제공하고/거나, 루푸스의 발병, 지속 및/또는 진행이 쉽도록 하거나 이에에 기여한다. 따라서, 본원에 개시된 본 발명은 다양한 상황에서, 예를 들어 루푸스 진단 및 요법에 관련된 방법 및 조성물에서 유용하다.
특정 실시양태에서, 방법은 예후, 즉, 예를 들어 루푸스와 같은 자가면역 질환의 재발, 급성 악화, 및 약물 내성을 포함하여 자가면역 장애에 기인하는 질환 증상이 발생할 가능성의 예측에 관한 것이다. 한 실시양태에서, 예측은 이러한 반응의 정도에 관한 것이다. 한 실시양태에서, 예측은 환자가 치료, 예를 들어 특정 치료제를 사용한 치료 이후에 질환의 재발 없이 특정 기간 동안 생존하거나 개선되는지의 여부 및/또는 그러할 확률에 관한 것이다. 본 발명의 예측 방법은 임의의 특정 환자에 대한 가장 적절한 치료 방식을 선택하여 치료를 결정하는데 임상적으로 사용될 수 있다. 본 발명의 예측 방법은 환자가 치료 요법, 예를 들어 주어진 치료 요법, 예를 들어 주어진 치료제 또는 조합물의 투여, 수술적 개입, 스테로이드 치료 등에 유리하게 반응할 것인지의 여부 또는 치료 요법 후에 환자의 장기간 생존이 가능한지의 여부를 예측할 때 유용한 도구이다. SLE의 진단은 현재의 미국 류마티스 학회 (ACR) 기준에 따를 수 있다. 활성 질환은 하나의 영국 제도 루푸스 활성 단체 (BILAG)의 "A" 기준 또는 2개의 BILAG "B" 기준에 의해 규정될 수 있다. 문헌 [Tan et al. "The Revised Criteria for the Classification of SLE" Arth Rheum 25 (1982)]으로부터 변경 적용된 SLE 진단에 사용되는 몇몇 징후, 증상, 또는 다른 지표는 협부 발진, 예를 들어 뺨 상의 발진, 원판상 발진, 또는 융기한 적색 반점, 광과민증, 예를 들어 피부 발진의 발생 또는 증가를 야기하는 일광에 대한 반응, 경구 궤양, 예를 들어 코 또는 입 안의 궤양, 대체로 무통의, 관절염, 예를 들어 2개 이상의 말초 관절을 포함하는 비-미란 관절염 (관절 주위의 뼈가 파괴되지 않은 관절염), 장막염, 흉막염 또는 심장막염, 신장 장애, 예를 들어 소변 내의 과도한 단백질 (0.5 g/일 또는 시험 막대에서 3+ 초과) 및/또는 세포 원주 (소변 및/또는 백혈구 및/또는 신장 세뇨관 세포로부터 유도된 비정상 성분), 신경학적 징후, 증상, 또는 다른 지표, 발작 (경련), 및/또는 그러한 효과를 야기하는 것으로 공지된 약물 또는 대사성 교란의 부재 하의 정신병, 및 혈액학적 징후, 증상, 또는 다른 지표, 예를 들어 용혈성 빈혈 또는 백혈구감소증 (4,000 세포/세제곱밀리미터 미만의 백혈구 수) 또는 림프구감소증 (1,500 림프구/세제곱밀리미터 미만) 또는 저혈소판증 (100,000 혈소판/세제곱밀리미터 미만)일 수 있다. 백혈구감소증 및 림프구감소증은 일반적으로 2회 이상 검출되어야 한다. 저혈소판증은 일반적으로 그를 유발하는 것으로 공지된 약물의 부재 하에 검출되어야 한다. 본 발명은 루푸스의 상기 징후, 증상, 또는 다른 지표로 제한되지 않는다.
유전자 변이의 검출
임의의 상기 방법에 따라, 핵산은 게놈 DNA; 게놈 DNA로부터 전사된 RNA; 또는 RNA로부터 생성된 cDNA일 수 있다. 핵산은 척추동물, 예를 들어, 포유동물로부터 유도될 수 있다. 핵산은 특정 공급원으로부터 직접 얻거나 특정 공급원에서 발견되는 핵산의 카피일 경우 상기 공급원으로부터 "유도된" 것으로 언급된다.
핵산은 핵산의 카피, 예를 들어 증폭에 의해 생성된 카피를 포함한다. 증폭은 특정 경우에, 예를 들어 변이를 검출하기 위한 물질의 요구되는 양을 얻기 위해 바람직할 수 있다. 이어서, 앰플리콘은 변이가 앰플리콘에 존재하는지를 결정하기 위해서 하기 기재된 바와 같은 변이 검출 방법에 적용될 수 있다.
변이는 당업자에게 공지된 특정 방법에 의해 검출될 수 있다. 그러한 방법은 DNA 서열 분석; 대립유전자-특이적 뉴클레오티드 혼입 검정 및 대립유전자-특이적 프라이머 연장 검정 (예를 들어, 대립유전자-특이적 PCR, 대립유전자-특이적 라이게이션 연쇄 반응 (LCR), 및 갭(gap)-LCR)을 비롯한 프라이머 연장 검정; 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 혼성화 검정 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드 라이게이션 검정); 핵산 듀플렉스 내의 미스매치된 염기를 검출하기 위해 절단제로부터의 보호가 사용되는 절단 보호 검정; MutS 단백질 결합의 분석; 변이체 및 야생형 핵산 분자의 이동성을 비교하는 전기영동 분석; 변성-구배 겔 전기영동 (DGGE, 예를 들어 문헌 [Myers et al. (1985) Nature 313:495]에서와 같음); 미스매치된 염기쌍에서의 RNase 절단의 분석; 헤테로듀플렉스 DNA의 화학적 또는 효소적 절단의 분석; 질량 분광측정법 (예를 들어, MALDI-TOF); 유전자 비트 분석 (GBA); 5' 뉴클레아제 검정 (예를 들어, 택맨(TaqMan)®); 및 분자 비콘을 사용하는 검정을 포함하지만, 이에 제한되지는 않는다. 이들 방법 중 특정한 것은 하기에 추가로 상세히 논의된다.
표적 핵산에서 변이의 검출은 당업계에 널리 공지되어 있는 기술을 사용하여 표적 핵산의 분자 클로닝 및 서열 분석에 의해 수행할 수 있다. 대안적으로, 증폭 기술, 예를 들어 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR)을 사용하여 종양 조직의 게놈 DNA 제제로부터 직접 표적 핵산 서열을 증폭할 수 있다. 이어서, 증폭된 서열의 핵산 서열이 결정되고, 변이가 그로부터 확인될 수 있다. 증폭 기술은 당업계에 널리 공지되어 있으며, 예를 들어 문헌 [Saiki et al., Science 239:487, 1988]; 미국 특허 번호 4,683,203 및 4,683,195에는 폴리머라제 연쇄 반응이 기재되어 있다.
표적 핵산 서열을 증폭하기 위해서 당업계에 공지되어 있는 리가제 연쇄 반응도 사용될 수 있다. 예를 들어, 문헌 [Wu et al., Genomics 4:560-569 (1989)]를 참조한다. 또한, 대립유전자-특이적 PCR로서 공지된 기술도 변이 (예를 들어, 치환)를 검출하기 위해 사용될 수 있다. 예를 들어, 문헌 [Ruano and Kidd (1989) Nucleic Acids Research 17:8392]; [McClay et al. (2002) Analytical Biochem. 301:200-206]을 참조한다. 상기 기술의 특정 실시양태에서, 프라이머의 3' 말단 뉴클레오티드가 표적 핵산 내의 특정 변이에 상보성인 (즉, 특이적으로 염기쌍을 형성할 수 있는) 대립유전자-특이적 프라이머가 사용된다. 특정 변이가 존재하지 않으면, 증폭 산물은 관찰되지 않는다. 또한, 변이 (예를 들어, 치환)를 검출하기 위해 증폭 불응성 돌연변이 시스템 (ARMS)도 사용될 수 있다. ARMS는 예를 들어 유럽 특허 출원 공보 번호 0332435 및 문헌 [Newton et al., Nucleic Acids Research, 17:7, 1989]에 기재되어 있다.
변이 (예를 들어, 치환) 검출에 유용한 다른 방법은 (1) 대립유전자-특이적 뉴클레오티드 혼입 검정, 예를 들어 단일 염기 연장 검정 (예를 들어, 문헌 [Chen et al. (2000) Genome Res. 10:549-557]; [Fan et al. (2000) Genome Res. 10:853-860]; [Pastinen et al. (1997) Genome Res. 7:606-614]; 및 [Ye et al. (2001) Hum. Mut. 17:305-316] 참조); (2) 대립유전자-특이적 PCR을 포함하는 대립유전자-특이적 프라이머 연장 검정 (예를 들어, 문헌 [Ye et al. (2001) Hum. Mut. 17:305-316]; 및 [Shen et al. Genetic Engineering News, vol. 23, Mar. 15, 2003] 참조); (3) 5' 뉴클레아제 검정 (예를 들어, 문헌 [De La Vega et al. (2002) BioTechniques 32:S48-S54] (택맨® 검정을 설명하고 있음); [Ranade et al. (2001) Genome Res. 11:1262-1268]; 및 [Shi (2001) Clin. Chem. 47:164-172] 참조); (4) 분자 비콘을 사용하는 검정 (예를 들어, 문헌 [Tyagi et al. (1998) Nature Biotech. 16:49-53]; 및 [Mhlanga et al. (2001) Methods 25:463-71)] 참조); 및 (5) 올리고뉴클레오티드 라이게이션 검정 (예를 들어, 문헌 [Grossman et al. (1994) Nuc. Acids Res. 22:4527-4534]; 특허 출원 공보 번호 US 2003/0119004 A1; PCT 국제 특허 공보 번호 WO 01/92579 A2; 및 미국 특허 번호 6,027,889 참조)을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
또한, 변이는 미스매치 검출 방법에 의해 검출될 수 있다. 미스매치는 100％ 상보성이 아닌, 혼성화된 핵산 듀플렉스이다. 전체 상보성의 결여는 결실, 삽입, 역위, 또는 치환 때문일 수 있다. 미스매치 검출 방법의 한가지 예는, 예를 들어 문헌 [Faham et al., Proc. Natl Acad. Sci. USA 102:14717-14722 (2005)] 및 [Faham et al., Hum. Mol. Genet. 10:1657-1664 (2001)]에 기재된 미스매치 복구 검출 (MRD) 검정이다. 미스매치 절단 기술의 다른 예는 RNase 보호 방법이고, 이는 문헌 [Winter et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82:7575, 1985], 및 [Myers et al., Science 230:1242, 1985]에 상세히 설명되어 있다. 예를 들어, 본 발명의 방법은 인간 야생형 표적 핵산에 상보성인 표지된 리보프로브의 사용을 수반할 수 있다. 리보프로브 및 조직 샘플로부터 유래된 표적 핵산은 함께 어닐링 (혼성화)된 후, 듀플렉스 RNA 구조에서 일부 미스매치를 검출할 수 있는 효소 RNase A로 소화된다. 미스매치가 RNase A에 의해 검출되면, 이 효소는 미스매치 부위에서 구조를 절단한다. 따라서, 어닐링된 RNA 표본을 전기영동 겔 매트릭스 상에서 분리시킬 때, 미스매치가 RNase A에 의해 검출되어 절단되면, 리보프로브 및 mRNA 또는 DNA에 대해 전장 듀플렉스 RNA보다 작은 RNA 생성물이 관찰될 것이다. 리보프로브는 전장 표적 핵산일 필요는 없고, 변이가 존재하는 것으로 의심되는 위치를 포함한다면 표적 핵산의 일부일 수 있다.
유사한 방식으로, 예를 들어 효소적 또는 화학적 절단을 통해 미스매치를 검출하기 위해 DNA 프로브가 사용될 수 있다. 예를 들어, 문헌 [Cotton et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85:4397, 1988]; 및 [Shenk et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 72:989, 1975]을 참조한다. 대안적으로, 미스매치는 매치된 듀플렉스와 비교할 때 미스매치된 듀플렉스의 전기영동 이동성의 변화에 의해 검출될 수 있다. 예를 들어, 문헌 [Cariello, Human Genetics, 42:726, 1988]을 참조한다. 리보프로브 또는 DNA 프로브를 사용할 때, 변이를 포함하는 것으로 의심되는 표적 핵산은 혼성화 전에 증폭될 수 있다. 또한, 표적 핵산 내의 변화는, 특히 변화가 전반적인 재배열, 예를 들어 결실 및 삽입일 경우에 서던 혼성화를 이용하여 검출될 수 있다.
표적 핵산에 대한 제한 단편 길이 다형성 (RFLP) 프로브 또는 주위 마커 유전자를 사용하여 변이, 예를 들어, 삽입 또는 결실을 검출할 수 있다. 또한, 삽입 및 결실은 표적 핵산의 클로닝, 서열 분석 및 증폭에 의해 검출할 수 있다. 대립유전자의 염기 변화 변이체를 검출하기 위해 단일 가닥 형태 다형성 (SSCP) 분석이 또한 이용될 수 있다. 예를 들어, 문헌 [Orita et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:2766-2770, 1989] 및 [Genomics, 5:874-879, 1989]을 참조한다.
마이크로어레이는 전형적으로 고-엄격도 조건 하에, 예를 들어 cDNA 또는 cRNA 샘플과 혼성화하기 위해 수천 개의 핵산 프로브의 어레이 시리즈를 사용하는 멀티플렉스 기술이다. 전형적으로 형광단-, 은- 또는 화학발광-표지된 표적을 검출함으로써 프로브-표적 혼성화를 검출하고 정량화하여, 표적에서 핵산 서열의 상대 존재비를 결정한다. 전형적인 마이크로어레이에서, 프로브는 (에폭시-실란, 아미노-실란, 리신, 폴리아크릴아미드 또는 기타를 통해) 화학적 매트릭스에 대한 공유 결합에 의해 고체 표면에 부착된다. 고체 표면은, 예를 들어 유리, 규소 칩 또는 미세 비드이다. 예를 들어 아피메트릭스, 인크.(Affymetrix, Inc.) 및 일루미나, 인크.(Illumina, Inc.)에 의해 제조된 것을 비롯하여, 다양한 마이크로어레이가 상업적으로 입수가능하다.
생물학적 샘플은 당업자에게 공지된 특정 방법을 이용하여 얻을 수 있다. 생물학적 샘플은 척추동물, 특히 포유동물로부터 얻을 수 있다. 조직 생검은 종양 조직의 대표적인 조각을 얻기 위해 종종 사용된다. 대안적으로, 종양 세포는 관심 대상의 종양 세포를 함유하는 것으로 공지되어 있거나 그렇게 여겨지는 조직 또는 유체의 형태로 간접적으로 수득될 수 있다. 예를 들어, 폐암 병변의 샘플은 절제, 기관지경검사, 미세 바늘 흡인, 기관지 찰과술에 의해, 또는 가래, 흉수 또는 혈액으로부터 얻을 수 있다. 표적 핵산 (또는 코딩된 폴리펩티드)에서의 변이는 종양 샘플로부터, 또는 소변, 침 또는 혈청과 같은 다른 신체 샘플로부터 검출될 수 있다. (암 세포가 종양으로부터 떨어져 나와 이러한 신체 샘플 내에서 나타남). 상기 신체 샘플을 스크리닝함으로써, 암과 같은 질환에 대해 간단한 조기 진단이 수행될 수 있다. 또한, 치료의 진행은 표적 핵산 (또는 코딩된 폴리펩티드)에서의 변이에 대해 상기 신체 샘플을 시험함으로써 보다 용이하게 모니터링할 수 있다. 추가로, 종양 세포에 대해 조직 표본을 풍부화시키는 방법이 당업계에 공지되어 있다. 예를 들어, 조직을 파라핀 또는 동결 절편으로부터 단리할 수 있다. 또한, 암 세포는 유동 세포측정법 또는 레이저 포획 미세절제에 의해 정상 세포로부터 분리될 수도 있다.
대상체, 또는 조직 또는 세포 샘플이 본원에 개시된 유전자 변이를 갖는지를 결정한 후에, 적절한 루푸스 치료제의 유효량이 대상체에서 루푸스 상태를 치료하기 위해 대상체에게 투여될 수 있음이 고려된다. 포유동물에서 본원에 기재된 다양한 병리 상태는 당업자에 의해 진단될 수 있다. 예를 들어, 포유동물에서 루푸스의 진단 또는 검출을 허용하는 진단 기술이 당업계에서 이용가능하다.
루푸스 치료제는 공지된 방법에 따라, 예를 들어 볼루스로서 또는 시간의 기간에 걸친 연속 주입에 의한 정맥내 투여, 근육내, 복강내, 뇌척수내, 피하, 관절내, 활액막내, 경막내, 경구, 국소, 또는 흡입 경로에 의해 투여될 수 있다. 임의로, 투여는 각종 상업적으로 이용가능한 장치를 사용하여 미니-펌프 주입을 통해 수행될 수 있다.
루푸스 치료제를 투여하기 위한 유효 투여량 및 스케줄은 경험적으로 결정될 수 있고, 그러한 결정을 하는 것은 당업계의 기술의 범위 내에 있다. 단일 또는 다중 투여량이 사용될 수 있다. 예를 들어, 단독으로 사용되는 인터페론 억제제의 유효 투여량 또는 양은 1일당 약 1 mg/kg 내지 약 100 mg/kg (체중) 이상의 범위일 수 있다. 용량의 종간 스케일링(scaling)은 당업계에 공지된 방식으로, 예를 들어, 문헌 [Mordenti et al., Pharmaceut. Res., 8:1351 (1991)]에 개시된 바와 같이 수행할 수 있다.
루푸스 치료제의 생체내 투여가 이용될 때, 보통의 투여량은 투여 경로에 따라 1일당 약 10 ng/kg 내지 100 mg/kg (포유동물 체중) 이하, 바람직하게는 약 1 ㎍/kg/일 내지 10 mg/kg/일로 변화할 수 있다. 특정 투여량 및 전달 방법에 관한 지침은 문헌에 제공되어 있고; 예를 들어, 미국 특허 번호 4,657,760; 5,206,344; 또는 5,225,212를 참조한다. 상이한 치료 화합물 및 상이한 장애에 대해 상이한 제제가 효과적일 것으로 예상되고, 예를 들어, 하나의 장기 또는 조직을 표적으로 하는 투여는 다른 장기 또는 조직에 대한 것과 상이한 방식의 전달을 필요로 할 수 있다.
추가의 요법이 방법에서 사용될 수 있음이 고려된다. 하나 이상의 다른 요법은 스테로이드의 투여 및 해당 질환에 대한 다른 진료 표준 요법을 포함할 수 있으나 이에 제한되지는 않는다. 그러한 다른 요법은 예를 들어, 표적화된 루푸스 치료제와 별개의 작용제로서 사용될 수 있음이 고려된다.
키트
상기 기재되거나 제안된 용도에서 사용하기 위한 키트 또는 제조품이 또한 제공된다. 상기 키트는 긴밀하게 닫힌 하나 이상의 용기 수단, 예컨대 바이알, 튜브 등을 수용하도록 구획화되는 운반체 수단을 포함할 수 있고, 여기서 각각의 용기 수단은 방법에서 사용될 별개의 요소 중 하나를 포함한다. 예를 들어, 용기 수단 중 하나는 검출가능하게 표지된 것이거나 검출가능하게 표지될 수 있는 프로브를 포함할 수 있다. 이러한 프로브는 SLE 위험 유전자좌를 포함하는 폴리뉴클레오티드에 특이적인 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 키트가 표적 핵산을 검출하기 위해 핵산 혼성화를 이용하는 경우에, 키트는 또한 표적 핵산 서열의 증폭을 위한 뉴클레오티드(들)을 함유하는 용기, 및/또는 리포터 분자, 예를 들어 효소, 형광, 또는 방사성 동위원소 표지에 결합된 리포터-수단, 예를 들어 비오틴-결합 단백질, 예를 들어 아비딘 또는 스트렙타비딘을 포함하는 용기를 가질 수 있다.
키트는 전형적으로 상기 기재된 용기, 및 완충제, 희석제, 필터, 바늘, 시린지 및 사용 지침서를 갖는 포장 삽입물을 포함하는, 상업적 및 사용자 관점에서 바람직한 물질을 포함하는 1개 이상의 다른 용기를 포함할 것이다. 조성물이 특정 요법을 위해 또는 비-치료 용도로 사용되는지 나타내도록 라벨이 용기 상에 존재할 수 있고, 또한 상기 기재된 것과 같은 생체내 또는 시험관내 용도를 위한 지시를 나타낼 것이다.
키트 중의 다른 임의의 성분은 하나 이상의 완충제 (예를 들어, 차단 완충제, 세척 완충제, 기질 완충제 등), 다른 시약, 예를 들어 효소 표지에 의해 화학적으로 변경되는 기질 (예를 들어, 발색원), 에피토프 복구 용액, 대조군 샘플 (양성 및/또는 음성 대조군), 대조군 슬라이드(들) 등을 포함한다. 추가의 성분은, 예를 들어 뉴클레아제, 리가제 또는 폴리머라제를 비롯한 (이에 제한되지는 않음) 효소이다.
마케팅 방법
또한, 본원에 개시된 유전자 변이의 존재를 보이는 샘플이 얻어진 루푸스에 걸린 환자 또는 환자 집단을 치료하기 위한 루푸스 치료제 또는 그의 제약 조성물의 사용을 표적 대상에게 판촉하고/거나 지시하고/거나 명시하는 것을 포함하는, 루푸스 치료제 또는 그의 제약상 허용되는 조성물을 마케팅하기 위한 방법이 제공한다.
마케팅은 일반적으로 후원자가 확인되고 메시지가 제어되는 비-인적 매체를 통한 유료 커뮤니케이션 (paid communication)이다. 본원의 목적에서 마케팅은 선전, 홍보, 작품 속 광고, 후원, 보증 및 판촉을 포함한다. 이러한 용어는 또한 본 발명을 구입하거나 지지하거나 승인하는 유리한 패턴으로 설득하거나 정보를 제공하거나 판촉하거나 자극하거나 또는 다른 방식으로 행동을 변형시키기 위해 대중에게 호소하도록 디자인된 인쇄 커뮤니케이션 매체들 중 임의의 것에서 나타나는, 후원받은 정보성 공시 또한 포함한다.
진단 방법의 마케팅은 임의의 수단에 의해 달성할 수 있다. 이들 메시지를 전달하기 위해 사용되는 마케팅 매체의 예는 텔레비젼, 라디오, 영화, 잡지, 신문, 인터넷, 및 전파 매체에서 나타나는 메시지인 광고방송을 포함한 광고게시판을 포함한다.
사용된 마케팅의 유형은 많은 인자, 예를 들어, 도달할 표적 대상의 특성, 예를 들어, 병원, 보험 회사, 클리닉, 의사, 간호사 및 환자, 뿐만 아니라 비용 고려사항 및 의약 및 진단의 마케팅을 규제하는 관련 관할 법률 및 규정에 따라 달라질 수 있다. 마케팅은 서비스 상호작용 및/또는 다른 데이터, 예를 들어 사용자 인구학 및 지리학상 위치에 의해 규정되는 사용자 특징에 기초하여 개별화되거나 주문제작될 수 있다.
다음은 본 발명의 방법 및 조성물의 예이다. 상기 제공된 일반적인 설명을 기초로 하여 다양한 다른 실시양태를 실시할 수 있음을 이해한다.
실시예
실시예 전반에 걸쳐, 특정 문헌에 대한 참조는 실시예 섹션의 끝에 완전한 문헌 정보를 제공하며 숫자로 나타낸다.
실시예 1
SLE에 대한 신규 위험 유전자좌의 확인
방법 및 대상체
대상체
SLE 사례군, 게놈-전반 연관성 스캔 (GWAS)에서 사용된 샘플, 뿐만 아니라 뉴욕 헬쓰 프로젝트 (New York Health Project; NYHP) 컬렉션으로부터의 대조군 (문헌 [Mitchell et al., J Urban Health 81(2):301-10 (2004)])의 선택 및 유전자형 분석은 앞서 설명되었다 (문헌 [Hom et al., N Engl J Med 358(9):900-9 (2008)]). 하기 상술한 바와 같이, SLE 사례군은 다음의 3가지 사례군 시리즈로 구성되었다: a) 오토이뮨 바이오마커스 콜래보래티브 네트워크 (Autoimmune Biomarkers Collaborative Network; ABCoN) (문헌 [Bauer et al., PLoS medicine 3(12):e491 (2006)]), NIH/NIAMS-지원 기탁기관으로부터 338 사례 및 멀티플 오토이뮨 디지즈 제네틱스 컨소시움 (Multiple Autoimmune Disease Genetics Consortium; MADGC)으로부터 141 사례 (문헌 [Criswell et al., Am J Hum Genet 76(4):561-71 (2005)]); b) 캘리포니아 샌 프란시스코 대학 (University of California San Francisco; UCSF) 루푸스 제네틱스 프로젝트 (Lupus Genetics Project)로부터 613 사례 (문헌 [Seligman et al., Arthritis Rheum 44(3):618-25 (2001)]; [Remmers et al., N Engl J Med 357(10):977-86 (2007)]); 및 c) 피츠버그 대학 메디칼 센터 (University of Pittsburgh Medical Center; UPMC)로부터 335 사례 (문헌 [Demirci et al., Ann Hum Genet 71(Pt 3):308-11 (2007)]) 및 더 파인스타인 인스티튜트 포 메디컬 리서치 (The Feinstein Institute for Medical Research)로부터 8 사례. 대조군은 NYHP 컬렉션으로부터의 1861개의 샘플, 공개적으로 이용가능한 iControlDB 데이타베이스 (일루미나 인크. (Illumina Inc.)에서 이용가능함)로부터의 1722개의 샘플, 및 공개적으로 이용가능한 내셔널 캔서 인스티튜트 캔서 제네틱 마커스 오브 서셉티빌리티 (National Cancer Institute Cancer Genetic Markers of Susceptibility; CGEMS) 프로젝트 (URL: cgems.cancer.gov에서 이용가능함)로부터의 4564개의 샘플.
1310개의 SLE 사례군 및 7859개의 대조군의 게놈전반 데이터 세트
본 발명자들은 앞서 SLE 사례군 샘플의 선택 및 유전자형 분석을 설명하였다 (문헌 [Hom et al., N Engl J Med 358(9):900-9 (2008)]). 모든 SLE 사례군은 자가-보고에 의해 결정하고 유전자형 분석에 의해 확인한 유럽계 (European descent) 북미인이었다. SLE의 진단 (미국 류마티스 학회 [ACR] 규정 기준 중 4개 이상의 달성, 문헌 [Hochberg et al., Arthritis Rheum 40(9):1725[1997])을 모든 사례에서 의료 기록 검토에 의해 (94%) 또는 치료하는 류마티즘 학자에 의한 기준의 기록 문서를 통해 (6%) 확인하였다. 이들 사례군 시리즈에 대한 임상 데이터는 다른 곳에 제시되어 있다 (문헌 [Seligman et al., Arthritis Rheum 44(3):618-25 (2001)]; [Criswell et al., Am J Hum Genet 76(4):561-71 (2005)]; [Bauer et al., PLoS medicine 3(12):e491 (2006)]; [Demirci et al., Ann Hum Genet 71(Pt 3):308-11 (2007)]; [Remmers et al., N Engl J Med 357(10):977-86 (2007)]). NYHP 샘플의 유전자형 분석 및 선택은 앞서 설명되었다 (문헌 [Hom et al., N Engl J Med 358(9):900-9 (2008)]). 표 1에 부위에 의해 조직화된 기여 샘플의 수를 기재하였다.
샘플 및 SNP 필터링은 하기 기재된 바와 같이 소프트웨어 프로그램 PLINK 및 EIGENSTRAT 내의 분석 모듈을 이용하여 수행하였다 (또한 문헌 [Purcell et al., Am J Hum Genet 81(3):559-75 (2007)]; [Price et al., Nat Genet 38(8):904-09 (2006)] 참조). 사례군 및 대조군의 밀접한 매칭을 용이하게 하기 위해, 그리고 확인된 및 의심되는 SLE 유전자좌에서 유전자형을 제공하기 위해 본 연구에서 게놈전반 SNP 데이터를 이용하였다.
Figure pat00001
주문형 SNP 어레이
주문형 어레이는 하기 기재된 품질 관리 측정을 통과한 10,848개의 SNP로 설계되었다. 완전한 어레이는 12,864개의 SNP를 가졌으나, 2016개의 SNP는 품질 관리 측정에서 실패하였고, 나머지 10,848개의 SNP로 분석을 진행하였다. 주문형 어레이는 SLE 게놈-전반 연관성 스캔에서 공칭 P < 0.05를 기준으로 선택된 3,188개의 SNP, 25개의 앞서 보고된 SLE 위험 유전자좌로부터의 505개의 SNP, 다른 자가면역 질환으로부터의 확인된 위험 대립유전자에 대한 문헌 검색 후에 선택된 42개의 SNP, 및 집단 하위구조에 대한 확인 및 제어에 사용된 7,113개의 SNP로 구성되었다. 후자의 군은 유럽대륙형 집단 차이를 규정하는데 사용된 SNP (문헌 [Kosoy, R. et al., Hum. Mutat. 30:69-78 (2009)]) 및 유럽 집단 하위구조에 풍부화된 SNP (문헌 [Tian, C. et al., PLoS Genet 4, e4 (2008)])를 포함하였다. 주문형 어레이를 일루미나, 인크.에 의해 그의 아이셀렉트 커스텀 비드칩(iSelect Custom BeadChip) 및 rs 식별 번호 (하기 기재된 품질 관리 필터를 통과한 SNP에 대해 본 발명자들이 규정함)를 이용하여 제조하였다.
품질 관리 및 대치
미국 데이터에 대해, 총 1,464개의 미국 사례군 및 3,078개의 미국 대조군을 상기 기재된 주문형 일루미나 칩 (또한 본원에서 주문형 12K 칩으로 지칭됨) 상에서 유전자형 분석하였다. 본 발명자들은 고품질 데이터가 최종 분석에 포함되었음을 확인하기 위해 엄격한 품질 관리 (QC) 기준을 이용하였다. 구체적으로, 본 발명자들은 a) > 5%의 분실 데이터를 갖는 116개 개체를 제외하였고, b) 잠재 관계성 (cryptic relatedness)을 근거로 한 279개 개체 및 상태에 의한 동일성 (identity-by-state; IBS) (PI Hat > 0.15)을 근거로 한 이중 샘플을 제외하였다. 본 발명자들은 다음 값을 갖는 SNP: a) < 5 %의 분실 데이터, b) 하디-바인베르크(Hardy-Weinberg) 평형 (HWE) p-값 > 1x10-6, c) 부 대립유전자 빈도 (MAF) > 0.01 %, 및 d) 사례군 및 대조군 사이의 분실 차이에 대한 시험에서의 p-값 > 1 x 10-5를 갖는 SNP 만을 포함시켰다. SNP를 또한 배치 효과에 대해 검사하였다. 상기 필터를 적용한 후, 1,144개의 사례군 및 3,003개의 대조군 및 11,024개의 SNP의 최종 세트가 분석에 이용 가능하였다. 모든 QC 시험은 PLINK를 이용하여 수행하였다 (문헌 [Purcell et al., Am J Hum Genet 81(3):559-75 (2007)]).
스웨덴 데이터에 대해, 주문형 12K 칩 상에서 유전자형 분석된 888개의 사례군 및 527개의 대조군의 세트가 분석에 이용 가능하였다. 일루미나, 인크. 317K 휴먼 햅맵(HapMap) SNP 비드 어레이 (또한 본원에서 317K 어레이로 지칭됨) 상에서 유전자형 분석된 1,115개의 스웨덴 대조군의 별도의 세트를 또한 분석에 포함시켰다. 본 발명자들은 하기 단계에 따라 2개 데이터 세트를 합하였다. 먼저, 12K 및 317K 데이터 사이에 6,789개의 SNP의 중첩 데이터 세트를 생성하였다. 본 발명자들은 상기 데이터 세트를 이용하여 잠재 관계성 및 이중 샘플에 대해 스웨덴 복제 코호트를 검사하였다. 그 결과, 313개의 샘플이 제외되었다 (PI Hat > 0.15). 품질 관리 체크 후, 본 발명자들은 주문형 12K 칩 상에서 유전자형 분석된 863개의 사례군 및 523개의 대조군, 및 317K 일루미나 칩 상에서 유전자형 분석된 831개의 대조군에 대해 분석을 진행하였다. 다음으로, 본 발명자들은 317K 어레이로 유전자형 분석된 831개의 스웨덴 대조군을 대치시켜 (하기 참조), 중첩된 SNP의 보다 큰 세트를 생성하였다. 남아있는 SNP 중에서, 본 발명자들은 대치에 의해 4,605개의 SNP를 포획하였다. 11,394개의 중첩 SNP의 최종 세트로 분석을 진행하였다. 본 발명자들은 상기 기재된 바와 동일한 임계치를 사용하여 상기 데이터 세트에서 SNP를 필터링하였다. 대치에 의해 포획되지 않은 남아있는 1,250개의 SNP 만을 12K 칩 상에서 유전자형 분석된 스웨덴 샘플의 최초 세트에서 분석하였다.
317K 어레이로 유전자형 분석된 831개의 스웨덴 대조군을, 기준 물질로서 II 단계 햅맵 CEU 샘플을 사용하여 MACH (URL sph.umich.edu/csg/abecasis/MACH에서 이용가능한 반수체형 분석 소프트웨어 프로그램을 바탕으로 한 마르코프 연쇄)를 이용함으로써 대치시켰다. II 단계 햅맵 CEU는 "II 단계" 공개 데이터에서 북유럽 및 서유럽 (CEU) 혈통의 유타주 거주자로 공지되어 있는 인간 반수체형 프로젝트로부터의 샘플을 지칭한다 (또한 문헌 [Li et al. Am J Hum Genet S79 at 2290 (2006)] 참조). 대치 전에, 본 발명자들은 317K SNP에 대해 엄격한 품질 관리 체크를 적용하였다. 하기 기준 (1) MAF > 1%, (2) 분실률 < 5% 및 (3) HWE p-값 >1x10-6을 통과한 293,242개 마커의 하위세트를 대치에 포함시켰다. 대치 후, 낮은 대치 품질을 갖는 SNP (즉, MACH에 의한 기록에서 결정계수_Hat (RSQR_HAT) < 0.40)는 제거하였다. 11,394개 마커의 중첩 세트가 분석에 이용 가능하였다. 대치의 불확실성을 고려하기 위해, 유전자형 콜(genotype call) 보다는 확률적 스코어를 분석에 이용하였다.
게놈-전반 연관성 연구 샘플의 대치를 위해, 메타-분석에 사용된 유전자형 데이터는 일루미나 550K 게놈-전반 SNP 플랫폼으로 유전자형 분석된 1310개의 SLE 사례군으로부터의 것이었다 (문헌 [Hom, G. et al., N Engl J Med 358:900-9 (2008)] 참조). SLE 사례군 샘플의 선택 및 유전자형 분석은 상기 기재되어 있다 (문헌 [Hom, G. et al., N Engl J Med 358:900-9 (2008)]). 앞서 기재된 3,583개의 대조군 (문헌 [Hom, G. et al., N Engl J Med 358:900-9 (2008)]) 이외에도, 공개적으로 이용 가능한 캔서 제네틱스 마커스 오브 서셉티빌리티(CGEMS) 프로젝트로부터의 4,564개 대조군 샘플을 승인 취득 후에 포함시켰다 (URL: cgems.cancer.gov에서 이용 가능함). 7,859개 대조군의 전체 샘플을 상기 기재된 바와 같이 데이터 품질 관리 필터를 이용하여 검사하였다 (문헌 [Hom, G. et al., N Engl J Med 358:900-9 (2008)]). 이어서, 본 발명자들은 임퓨트(IMPUTE) 버전 1 (URL www.stats.ox.ac..uk/~marchini/software/gwas/impute.html에서 이용 가능함)을 이용하여, 기준 물질로서 햅맵 II 단계 CEU 샘플을 사용하여 유전자형을 추정하였다 (문헌 [Marchini, J. et al., Nat. Genet. 39:906-913 (2007)]). 본 발명자들은 SNPTEST (URL www.stats.ox.ac.uk/~marchini/software/gwas/snptest_v1.1.4.html에서 이용 가능함)를 이용하여, 연관성 통계치를 생성하였다 (문헌 [Marchini, J. et al., Nat. Genet. 39:906-913 (2007)]). 구체적으로, 추가의 모델 (- SNPTEST의 프레퀀티스트(Frequentist) 1 옵션)을 이용하여 연관성 통계치를 생성하고, 대치 유전자형의 불확실성에 대해 조정하였다 (- SNPTEST의 적절한 옵션). 연관성 통계치의 순위 순서 목록을 이용하여 기재된 바와 같은 복제에 대한 영역을 선택하였다.
복제 샘플의 집단 계층화
각각의 복제 코호트에 대해, 본 발명자들은 가능한 집단 계층화를 위해 보정하기 위한 혈통 정보 마커를 이용하였다. 엄격한 품질 관리 기준을 통과한 5,486개의 비상관 혈통 정보 마커의 하위세트를 사용하여, 소프트웨어 EIGENSTRAT를 이용하여 유전자 변이의 상위 10개의 주요 성분을 추론하였다 (문헌 [Price et al., Nat Genet 38(8):904-09 (2006)]). 이상치(outlier)를 각각의 샘플 세트에서 제거하였다 (σ > 6으로 규정). 구체적으로, 본 발명자들은 각각 미국 코호트로부터의 27개의 유전자 이상치, 및 스웨덴 코호트로부터의 45개의 이상치를 제거하였다. 미국 및 스웨덴 복제 집합 둘 다에서 처음 2개의 고유벡터를 따라 어느 정도의 집단 계층화가 관찰되었다. 사례군-대조군 계층화를 보정하기 위해, 본 발명자들은 하기 전략 중 하나를 이용하였다: (1) 본 발명자들은 유전자형 데이터가 이용 가능한 경우에 US 복제 데이터 세트 및 스웨덴 데이터 세트에 대해 EIGENSTRAT에 통합된 코크란-아미티지(Cochran-Armitage) 시험 통계 보정을 적용하였다; (2) 본 발명자들은 대치 스웨덴 데이터의 분석에서의 로지스틱 회귀 모델에서 주요 성분을 공변량으로 사용하였다.
연관성 분석
미국 데이터에 대하여, 연관성에 대해 비보정 1-자유도 대립유전자 시험 (PLINK, 문헌 [Purcell, S. et al. Am J Hum Genet 81:559-75 (2007)])을 수행한 후에 시험 통계에 약간의 확장이 관찰되었다. 미국 샘플의 집단 계층화를 보정하기 위해, 5,486개의 비상관 혈통 정보 마커를 이용한 주요 성분 분석 (EIGENSTRAT)을 수행하였다. 먼저, 본 발명자들은 유전자 이상치를 제거하였다 (σ > 6으로 규정). 다음으로, 1,129개의 사례군 및 2,991개의 대조군에서 각각 유전자형 분석된 SNP에 대해 코크란-아미티지 추세 카이제곱 검정 통계치를 계산하고, 이어서 처음 4개의 고유벡터를 이용하여 EIGENSTRAT에서 각각의 SNP의 시험 통계 값을 조정하였다. 각각 SNP에 대한 시험-통계치를 바탕으로 하는 양방향 p-값을 계산하였다. 집단 계층화에 대한 보정 후, 미국 샘플의 λgc는 1.05였다.
스웨덴 데이터에 대해, 본 발명자들은 12K 샘플에서 유전자형 분석된 5,486개의 혈통 정보 마커, 뿐만 아니라 추가의 일루미나 317K 대조군을 사용하여 숨은 집단 계층화에 대해 스웨덴 코호트를 검사하였다. 유전자 이상치의 제거 후, 본 발명자들은 주문형 12K 칩 상에서 유전자형 분석된 834개의 사례군 및 515개의 대조군, 및 일루미나 317K 칩 상에서 유전자형 분석된 823개의 대조군을 보유하였다. 본 발명자들은 두 일루미나 어레이 사이의 6789개의 SNP의 중첩 세트에 대해 EIGENSTRAT에서 시행된 시험 통계치 보정을 이용하였다. 12K 샘플에서 유전자형 분석되고 일루미나 317K 샘플에서 대치된 4605개의 SNP의 세트에서 계층화를 보정하기 위해, 본 발명자들은 SNPTEST에서 시행된 로지스틱 회귀 모델에서 공변량으로서 상기 결정된 처음 4개의 고유벡터를 이용하였다 (EIGENSTRAT이 대치된 유전자형 데이터와 함께 사용되도록 의도되지 않았기 때문). 일루미나 317K SNP에서 대치에 의해 포획되지 않은 1250개 마커의 작은 세트만을 주문형 12K 칩 상에서 유전자형 분석된 834개의 사례군 및 515개의 대조군에서 분석하였다. 집단 계층화에 대한 보정 후, 스웨덴 샘플 샘플의 λgc는 1.10이었다.
메타-분석
본 발명자들은 가중 z-스코어 방법을 이용하여 메타-분석을 수행하였다. 다양한 코호트에 걸친 결과를 합하기 위해, 대립유전자를 인간 게놈의 생명공학 정보 센터 (National Center for Biotechnology Information; NCBI) 36 참조 서열의 전향 가닥으로 배향시켜 C/G 및 A/T SNP와 연관된 모호성을 회피하였다. 인간 게놈의 NCBI 참조 서열은 URL www.ncbi.nlm.nih.gov에서 이용 가능하다. 또한 문헌 [Pruitt et al., Nucl. Acids Res. 35 (database issue):D61-D65 (2007)]을 참조한다. 임의의 참조 대립유전자와 관련된 효과의 경향을 고려하여 각각의 코호트에 대한 P 값을 z-스코어로 전환시켰다. 각각의 코호트에 대한 샘플 크기의 제곱근에 의해 각각의 z-스코어를 재고, 합을 총 샘플 크기의 제곱근으로 나눔으로써 z-스코어의 가중합을 계산하였다. 스웨덴 및 미국 복제 코호트에 대한 조합 z-스코어를 단방향 p 값으로 전환시켰다. 메타-분석 z-스코어를 양방향 p 값으로 전환시키고, 연관성에 대한 증거를 평가하였다. 본 발명자들은 SLP와 압도적으로 연관된 5 x 10-8의 임계치를 통과한 SNE를 고려에 넣었다. 게놈-전반 유의성을 통과하지 못한 1 x 10-5 미만의 조합 p-값을 갖는 유전자좌는 강력한 후보로 고려되었다. 메타-분석 방법은 자유롭게 이용 가능한 메탈(METAL) 소프트웨어 패키지 (URL www.sph.umich.edu/csg/abecasis/Metal에서 이용 가능함)를 이용하여 수행하였다. 모은 교차비를 계산하기 위해, 본 발명자들은 메탈 소프트웨어에 의해 시행된 코크란-맨틀-핸젤(Cochran-Mantel-Haenszel; CMH) 방법을 이용하였다. 각각의 SNP에 대한 위험 대립유전자와 관련하여 교차비를 계산하였다. 또한, 각각의 SNP의 위험 대립유전자와 관련하여 대조군의 가중 평균 대립유전자 빈도를 계산하였다.
설명된 분산 백분율
앞서 SLE와 연관된 SNP 및 본 발명자들의 복제 연구에서 1 x 10-5 미만의 메타 p-값을 갖는 SNP에 대해, 본 발명자들은 설명된 분산의 백분율을 계산하였다. 본 발명자들은 SLE가 평균 0 및 분산 1로 정상적으로 분포된 기본적인 부담(liability) 스코어를 갖는다고 가정한 부담 임계치 모델을 이용하였다. 본 발명자들은 일반 집단에서 0.1%의 SLE의 유병률을 가정하였다. 각각의 유전자형에 대한 임계치를 계산하기 위해, 대조군에서의 대립유전자의 빈도, 및 본 발명자들의 분석으로부터의 교차비 (OR)에 상응하는 효과 크기를 이용하였다.
상호작용 분석
상부 신호 사이에서 상위성 효과를 살펴보기 위해, 본 발명자들은 표 2, 4 및 6의 모든 SNP의 목록을 모으고, PLINK에서 시행된 상위성 옵션을 이용하여 각각의 복제 코호트에서 상호작용 분석을 수행하였다. 보다 큰 통계적 검증력을 달성하기 위해, 본 발명자들은 사례군-단독 분석을 수행하였다. 시험의 수를 보정한 후, SNP-SNP 상호작용이 p < 0.05 수준으로 유의하게 없는 것을 확인하였다.
조건 분석
SLE와 강한 연관성을 보이는 각각의 게놈 영역에서, 본 발명자들은 가장 강한 신호를 나타내는 SNP를 선택하였다. 본 발명자들은 상기 SNP에 대한 조건에 PLINK를 이용하였고, SLE와 강한 연관성을 보이는 다른 SNP에 대해 살펴보았다.
대규모 복제 연구에서 전신 홍반성 루푸스에 대한 신규 위험 유전자좌로서 TNIP1, PRDM1, JAZF1, UHRF1BP1 및 IL10을 확인하였다
최근의 게놈-전반 연관성 (GWA) 및 후보 유전자 연구에서 게놈-전반 유의성을 달성한 15개 이상의 공통 위험 대립유전자가 확인되었다 (P < 5 x 10-8). 이들은 적응 면역 및 자가항체의 생산에 있어서 중요한 유전자 (HLA 클래스 II 대립유전자, BLK, PTPN22 및 BANK1), 및 선천성 면역 및 인터페론 신호전달에 있어서 역할을 갖는 유전자 (ITGAM, TNFAIP3, STAT4 및 IRF5)를 포함하였다 (문헌 [Cunninghame Graham, D.S. et al., Nat. Genet. 40:83-89 (2008)]; [Graham, R.R. et al., Nat. Genet. 40(9):1059-61 (2008)]; [Graham, R.R., et al., J Intern Med 265:680-88 (2009)]; [Harley, J.B. et al., Nat. Genet. 40:204-10 (2008)]; [Hom, G. et al., N Engl J Med 358:900-9 (2008)]; [Kozyrev, S.V. et al., Nat. Genet. 40:211-6 (2008)]; [Sawalha, A.H. et al., PLoS ONE 3:e1727 (2008)]; [Sigurdsson, S. et al., Am J Hum Genet 76:528-37 (2005)]). 추가의 위험 유전자좌를 확인하기 위해, 본 발명자들은 1310개 사례군 및 7859개 대조군의 최근 GWAS7 스캔에서 공칭 P 값 < 0.05를 보여주는 2,466개의 유전자좌로부터의 SNP의 표적화된 복제 연구를 수행하였다. 본 발명자들은 또한 25개의 앞서 보고된 SLE 위험 유전자좌로부터의 SNP, 다른 자가면역 질환에 관련된 35개의 유전자좌로부터의 42개의 SNP 및 7,000개가 넘는 혈통 정보 마커에 대해 유전자형 분석하였다. 실험 설계의 개관은 도 1에 나타내었다. 상기 기재된 SNP를 일루미나 주문형 SNP 어레이에 혼입시켰다. 어레이는 미국 및 스웨덴으로부터의 독립적인 사례군 및 대조군의 유전자형을 분석하였다. 823개의 스웨덴 대조군을 일루미나 310K SNP 어레이를 이용하여 유전자형 분석하고, 변이체를 상기 방법에 기재된 바와 같이 분석하였다.
구체적으로, 상기 기재된 바와 같이, 본 발명자들은 > 12,000개의 변이체로 구성되는 주문형 SNP 어레이를 설계하였고, 미국 (1,129개의 SLE 사례군 및 2,991개의 대조군) 및 스웨덴 (834개의 SLE 사례군 및 1,338개의 대조군)으로부터의 두가지 독립적 SLE 사례군 및 대조군 집단을 유전자형 분석하였다. SLE 및 알츠하이머의 유전적 기초가 독립적일 것으로 예상하기 때문에 대조군으로서 허용가능하다고 여겨지는 2,215개의 알츠하이머병 사례군/대조군 샘플을 미국 대조군 중에 포함시켰다. 이어서, 본 발명자들은 데이터 품질 필터링을 적용하여 불량한 수행 샘플 및 SNP, 집단 이상치 및 이중/관련 개체를 제거하였다 (상기 방법 참조). 이러한 품질 관리 측정 후, 10,848개의 SNP의 최종 세트를 도 1에 나타낸 바와 같이 검사하였다. 3,735개의 변이체에 대한 연관성 통계치를 계산하고, 7,113개의 혈통 정보 마커를 이용하여 집단 계층화에 대해 보정하였다 (상기 방법 참조).
먼저, 본 발명자들은 앞서 SLE와 연관된 것으로 보고된 (23개의 유전자좌로부터의) 25개의 변이체 (표 2 참조)를 검사하였다. 본 발명자들은 현 조합 데이터 세트에서 게놈-전반 유의성 (P < 5 x 10-8)에 도달한 9개의 유전자좌를 포함하는 21개의 변이체 (P < 0.05)에 대해 연관성의 추가 증거를 확인하였다. 게놈-전반 유의성 결과 중에는 HLA 클래스 II DR3 (DRB1*0301), IRF5, TNFAIP3, BLK, STAT4, ITGAM, PTPN22, PHRF1 (KIAA1542) 및 TNFSF4 (OX40L)가 있었다. 분석은 상기 단일 연구에서 게놈-전반 유의성 수준이 보고된 9개의 유전자좌로부터의 변이체에 대한 추가의 증거를 제공하였다: HLA*DR2, TNFAIP3 (rs6920220), BANK1, ATG5, PTTG1, PXK, FCGR2A, UBE2L3 및 IRAK1/MECP2.
이전의 후보 유전자 연구에서 MECP2가 SLE에 대한 잠재적 위험 대립유전자로 확인되었다 (문헌 [Sawalha, A.H. et al., PLoS ONE 3:e1727 (2008)]). 그러나, 현 데이터세트에서, MECP2를 둘러싼 연관 불균형의 확인된 영역 내에 존재하며 톨-유사 수용체 7 및 9 신호전달에 있어서 결정적인 유전자인 IRAK1 부근의 SNP가 연관성의 가장 강력한 증거를 보여주었다. 유사한 발견이 최근에 보고된 바 있으며 (문헌 [Jacob, C.O. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA (2009)]), IRAK1/MECP2 유전자좌에서의 원인 대립유전자를 결정하기 위해 추가적인 작업이 필요할 것이다. 본 발명자들은 앞서 유의성을 나타냈으나 연관성에 대한 게놈-전반 수준 증거가 없었던 3개의 유전자좌 - TYK2, ICA1 및 NMNAT2 - 에 대한 연관성의 추가의 증거를 발견하였다. (문헌 [Harley, J.B. et al., Nat. Genet. 40:204-10 (2008)]; [Sigurdsson, S. et al., Am J Hum Genet 76:528-37 (2005)]). 4개의 상기에 관련된 변이체 - LYN, SCUBE1, TLR5 및 LY9 - 에 대해서는 조합 데이터세트에서 연관성의 증거가 관찰되지 않았다.
신규 SLE 위험 유전자좌를 확인하기 위해, 본 발명자들은 1,310개의 SLE 사례군, 및 7,859개의 대조군의 확장된 세트에서 유전자형 분석된 502,033개의 SNP를 포함하는 본 발명자들의 게놈-전반 데이터세트에서 SLE에 대한 연관성의 증거를 보여주는 2,446개의 특징적 유전자좌로부터의 총 3,188개의 SNP를 검사하였다 (문헌 [Hom, G. et al., N Engl J Med 358, 900-9 (2008)]). 상기 데이터세트를 이용하여, 본 발명자들은 II 단계 햅맵 CEU 샘플을 참조 물질로 사용하여 > 2.1 M 변이체를 대치시키고 (상기 방법 참조), 연관성 통계치의 순위-순서 목록을 생성하였다. P < 0.05를 갖는 변이체를 주문형 복제 어레이에 가능한 포함물로 선택하였다. 효율적 유전자형 분석을 위해, 본 발명자들은 상호관련된 변이체의 군 (r2 > 0.2)을 확인하고, 이어서 최저 P 값이 < 0.001인 각각의 군으로부터 2개 이상의 SNP를 선택하였다. 나머지 군에 있어서, 군에서 최저 P 값을 갖는 SNP를 포함시켰다. 복제 샘플에서, 본 발명자들은 연관성 통계치를 계산하였고 (방법 참조), 예측 귀무 분포와 관련된 복제 결과의 유의한 풍부화가 관찰되었다. 앞서 보고된 SLE 위험 대립유전자를 제외하고, P < 0.05를 갖는 134개의 유전자좌 (예상치 64, P = 2 x 10-15) 및 P < 0.001을 갖는 12개의 유전자좌 (예상치 1, P = 1 x 10-9)가 존재하였으며, 이는 순수 양성의 존재를 암시한다.
도 2a-2e는 각각 TNIP1 (도 2a), PRDM1 (도 2b), JAZF1 (도 2c), UHRF1BP1 (도 2d) 및 IL-10 (도 2e)로 규정된 유전자좌를 둘러싼 500 kb 영역 내의, x축의 게놈 위치에 대해 y축에 플로팅된 게놈-전반 연관성 스캔으로부터의 연관성 결과를 보여준다. 최고 연관성을 갖는 마커의 메타-분석 P 값을 각각의 도 2a-2e에서 흑색 사각형으로 나타내었다. 각각의 도 2a-2e에 대해, 게놈 스캔으로부터의 P 값을 표시하여 게놈-전반 연관성을 갖는 변이체에 대한 LD를 나타내었다: 점무늬 원은 r2 > 0.8을 나타내고; 점선무늬 원은 r2 > 0.5를 나타내고; 줄무늬 원은 r2 > 0.2를 나타내고; 백색 원은, r2 < 0.2를 나타낸다. 각각의 도 2a-2e의 하단을 따라, CEU 햅맵으로부터의 재결합률 (흑색 실선)을 나타내었고, 각각의 플롯 아래에 공지된 인간 유전자를 표시하였다. 도 2b (PRDM1)에서, 앞서 보고된, 인접한 ATG5 유전자에서의 독립적 SLE 위험 유전자좌를 단일 흑색 원으로 나타내었다 (rs2245214). 도 2f는 1,963개의 사례군 및 4,329개의 대조군 복제 샘플에서의 1256개의 독립적 SNP의 P 값의 히스토그램 (어레이에서 임의의 다른 SNP에 대하여 r2 < 0.1)을 보여준다. 귀무 분포 하에, 결과의 예측 밀도를 도 2f에서 점선으로 나타내었다. 도 2f에 나타낸 바와 같이, P < 0.05 미만의 결과의 유의한 풍부화가 관찰되었다.
따라서, 복제 연구는 유의성에 대한 게놈-전반 임계치를 초과하는 조합 P 값을 갖는 5개의 신규 SLE 위험 유전자좌를 확인하였다 (P < 5 x 10-8): TNIP1, PRDM1, JAZF1, UHRF1BP1 및 IL10. 이들 및 다른 유전자좌에 대한 상세한 통계적 연관성을 표 4에 나타내었다.
TNF-알파 유도된 단백질 3 (TNFAIP3)-상호작용 단백질 1 (TNIP1)의 인트론 내에 존재하는 5q33.1 상의 변이체 rs7708392는 3가지의 모든 코호트에서 SLE와 유의하게 연관되었고, 조합 P = 3.8 x 10-13을 가졌다 (도 2a). 최근에 TNIP1 인접 변이체가 건선의 위험에 기여하는 것이 밝혀졌으나 (문헌 [Nair, R.P. et al., Nat Genet 41:199-204 (2009)]), SLE 및 건선 변이체는 21 Kb로 분리되며, 이들은 별개의 유전자 신호 (r2 = 0.001)인 것으로 보여진다. TNIP1 및 TNFAIP3은 상호 작용하는 단백질이나 (문헌 [Heyninck, K., et al., FEBS Lett 536:135-40 (2003)]), TNFAIP3을 조절하는 데 있어서 TNIP1의 정확한 역할은 공지되어 있지 않다. TNFAIP3에 인접한 다수의 특징적 변이체의 SLE (문헌 [Graham, R.R. et al., Nat. Genet. 40(9):1059-61 (2008)], [Musone, S.L. et al., Nat. Genet. 40(9):1062-64 (2008)]), 류마티스 관절염 (문헌 [Plenge, R.M. et al., Nat Genet 39:1477-82 (2007)]), 건선 ([Nair, R.P. et al., Nat Genet 41:199-204 (2009)]) 및 제I형 당뇨병 (문헌 [Fung, E.Y. et al., Genes Immun 10:188-91 (2009)])과의 연관성은 상기 경로가 자가면역의 조절에서 중요한 역할을 가짐을 시사한다.
두번째로 확인된 위험 변이체 (rs6568431, P = 7.12 x 10-10)는 PR 도메인 함유 1, ZNF 도메인 (PRDM1, 또한 BLIMP1로도 공지되어 있음) 및 APG5 자가포식 5-유사 (ATG5) 사이의 유전자간 영역에서 확인되었다. rs6568431에서의 신호는 앞서 보고된 ATG5 내의 SLE 위험 대립유전자 rs2245214와 구분되는 것으로 보여지며 (문헌 [Harley, J.B. et al., Nat Genet 40:204-10 (2008)]) (표 4 참조), 이는 rs6568431이 rs2245214에 비해 r2 < 0.1을 가지며 rs2245214가 rs6568431을 혼입시킨 조건적 로지스틱 회귀 후에 SLE와 유의하게 연관된 것으로 (P < 1 x 10-5) 유지되기 때문이다 (도 2b).
또 다른 아연 손가락 유전자 1과의 병치 (JAZF1)의 프로모터 영역은 새롭게 확인된 세번째 SLE 유전자좌이다 (rs849142, P=1.54 x 10-9) (도 2c). 관심 대상의 것들 중, 상기 동일한 변이체는 앞서 제2형 당뇨병의 위험 (문헌 [Zeggini, E. et al., Nat Genet 40:638-45 (2008)]) 및 신장 차이 (문헌 [Johansson, A. et al., Hum Mol Genet 18:373-80 (2009)])에 관련되었다. JAZF1 인접 별개의 전립선암 대립유전자, rs10486567 (문헌 [Thomas, G. et al., Nat Genet 40:310-5 (2008)])은 현 연구에서 연관성에 대한 어떠한 증거도 나타내지 않았다.
SLE의 네번째 신규 위험 유전자좌는 ICBP90 결합 단백질 1의 비-동의성 대립유전자 (R454Q) (UHRFBP1, rs11755393, P = 2.22 x 10-8)로 규정되었다 (도 2d). 상기 대립유전자는 다양한 경로에 관련된 전사 및 메틸화 인자인 UHRF1의 추정 결합 파트너에서의 비-보존적 아미노산 변화이다 (문헌 [Arita, K., et al., Nature 455:818-21 (2008)]). UHRFBP1 위험 대립유전자는, 종종 SLE 자가항체에 의해 표적화된 RNA 프로세싱 복합체의 일부인 소 핵 리보핵산단백질 폴리펩티드 C (SNPRC)를 비롯하여 다양한 유전자를 포함하는 확장된 연관 불균형의 영역 내에 존재한다.
확인된 다섯번째 신규 SLE 유전자좌는 인터류킨-10 (IL10; rs3024505, P = 3.95 x 10-8)이다 (도 2e). IL10은 면역 반응을 하향조절하는 기능을 하는 중요한 면역조절 시토카인이며 (문헌 [Diveu, C., et al., Curr Opin Immunol 20:663-8 (2008)]), IL10에서의 변이체는 모순되게 SLE과 연관되는 것으로 보고된 바 있다 (문헌 [Nath, S.K., et al., Hum Genet 118:225-34 (2005)]). SLE과 연관된 변이체는 최근에 궤양성 결장염 (문헌 [Franke, A. et al., Nat Genet 40:1319-23 (2008)]) 및 제1형 당뇨병 (문헌 [Barrett, J.C. et al., Nature Genetics 41:703 - 707 (2009)])에 대한 기여 위험으로 확인된 SNP로 확인되었으며, 이는 이들 장애에 걸쳐 IL10 경로에서의 공유된 병리생리학의 가능성을 시사한다.
조합 복제 샘플에서 P < 1 x10-5의 유의성 임계치를 사용하여, 본 발명자들은 21개의 추가적 SLE 후보 위험 유전자좌를 확인하였다 (표 4). 메타-분석에 대한 귀무 분포 하에 (P = 8 x 10-77) P < 1 x 10-5를 갖는 하나 미만의 유전자좌 (0.01)가 예측되었으며, 이는 몇몇 이러한 유전자좌가 순수 양성 유전자좌일 수 있음을 시사한다. 이 목록의 관심 대상 후보 유전자는 다음을 포함한다: a) 상기 GWAS에 관련된 인터페론 조절 인자 8 (IRF8) (문헌 [Graham, R.R. et al., Nat. Genet. 40(9):1059-61 (2008)]) (또한 그의 패밀리 구성원 IRF5 및 IRF7이 확인된 SLE 위험 유전자좌에 속함); b) TAO 키나제 3 (TAOK3), 림프구에서 발현되는 키나제의 미스센스 대립유전자 (rs428073, N47S); c) 리소솜 트래픽킹 조절제 (LYST) (그의 돌연변이는 인간의 체디악-히가시 증후군, 림프구증식성 장애를 특징으로 하는 복합적 장애의 원인이 됨); 및 d) IL23R 및 SERPBP1을 포함하지만 자가면역 질환 염증성 장 질환, 건선 및 강직성 척추염에서 보고된 IL23R 변이체와는 구분되는 것으로 보이는 유전자좌인 인터류킨 12 수용체, 베타 2 (IL12RB2) (문헌 [Duerr, R.H. et al., Science 314:1461-3 (2006)]).
최근 GWA 연구의 주목할 만한 특징은 다양한 복합적 질환 사이에서 공유되는 다수의 중첩 유전자좌이다 (문헌 [Zhernakova, A., et al., Nat Rev Genet 10:43-55 (2009)]). 본 발명자들은 앞서 SLE와의 연관성에 있어서 자가면역 질환 위험 대립유전자로 보고된 35개의 유전자좌로부터의 42개의 변이체를 시험하였다 (표 6 및 7). 어떠한 단일 유전자좌도 비조정된 P 값 < 5 x 10-8을 갖지 않았으나, 본 발명자들은 연관된 대립유전자의 풍부화를 발견하였다. 시험된 35개의 유전자좌 (42개의 전체 변이체)로부터, 비조정된 P < 0.0004 (뜻밖에 1 미만의 결과가 예상됨, P = 4.4 x 10-12) 및 35개의 미리-지정된 유전자좌에 대한 본페로니 보정 후에 P < 0.05를 갖는 5개의 대립유전자가 존재하였다. 각각의 5개의 변이체에 대해, SLE 연관 대립유전자는 앞서 보고된 대립유전자와 매칭되었고, 동일한 경향의 효과를 가졌다 (표 6). 본 발명자들은 앞서 제I형 당뇨병 및 그레이브스병과 관련되었던 IFIH1의 미스센스 대립유전자 (rs1990760, P = 3.3 x 10-7)의 고도의 유의 연관성을 관찰하였다 (문헌 [Smyth, D.J. et al., Nat Genet 38:617-9 (2006)]; [Sutherland, A. et al., J Clin Endocrinol Metab 92:3338-41 (2007)]). 본 발명자들은 또한 HLA 클래스 III 영역에 존재하며 연령-관련 황반 변성에 대한 유효 위험 대립유전자인 보체 인자 B의 미스센스 대립유전자 (R32Q) (CFB, rs641153)와의 연관성을 관찰하였다 (문헌 [Gold, B. et al., Nat Genet 38:458-62 (2006)]). 상기 SLE 위험 대립유전자는, DR2 및 DR3이 혼입된 조건적 로지스틱 회귀 분석 후에 유의한 것으로 유지된 SLE에 관련된 다른 HLA 영역 변이체 (DR2/DR3)와 유의한 연관 불균형 (LD)이 없었다. HLA는 복합적 유전 영역이지만, SNP rs641153의 대립유전자가 보고된 AMD 위험 대립유전자와 거의 동일한 보호 효과를 갖는다는 것을 보여주고 있다 (문헌 [Gold, B. et al., Nat Genet 38:458-62 (2006)]). 5개의 후보 질환 대립유전자의 추가 연구를 나타내었다.
또한, 표 7은 다른 자가면역 질환에서 확인된 42개의 변이체에 대한 상세 요약 통계를 제공한다. 관심 대상의 것들 중, 다른 자가면역 질환의 유의한 위험 인자인 CTLA4, IL23R, NOD2 및 CD40으로부터의 변이체는 SLE에 대한 연관성의 어떠한 증거도 나타내지 않는 것으로 보인다.
26개의 SLE 위험 대립유전자를 사용하여 (앞서 표 2에 보고된 21개의 유전자좌 + 앞서 기재된 5개의 신규 SLE 유전자좌), 몇몇 추가 분석을 수행하였다. 확인된 유전자좌를 갖는 쌍별 상호작용 분석을 수행하였고, SLE (문헌 [Harley, J.B. et al., Nat Genet 40:204-10 (2008)]) 및 다른 복합적 질환 (문헌 [Barrett, J.C. et al., Nat Genet 40:955-62 (2008)])에 대한 이전의 문헌과 마찬가지로, 비- 상가작용에 대한 어떠한 증거도 관찰되지 않았다. 조건적 로지스틱 회귀 분석 이용시, 본 발명자들은 임의의 개별 위험 유전자좌에서 위험에 기여하는 다양한 독립적 대립유전자에 대하여 어떠한 증거도 발견하지 못했다. 이어서, 본 발명자들은 바렛 등 (Barrett et al.)에 의해 기재된 방법 (문헌 [Barrett, J.C. et al., Nat Genet 40:955-62 (2008)])을 이용하여 각각의 확인된 SLE 위험 대립유전자에 의해 설명된 분산의 백분율을 추정하였다. HLA-DR3, IRF5 및 STAT4는 각각 유전자 분산의 >1%를 차지하는 것으로 추정되는 반면, 나머지 유전자좌는 각각 분산의 1% 미만을 차지하였다. 이와 함께, 26개의 SLE 위험 유전자좌는 예상 8%의 SLE에 대한 총 유전적 감수성을 설명한다.
GWAS 결과의 표적화된 복제는 추가적 위험 유전자좌를 확인하기 위한 효율적 연구 설계이다 (문헌 [Hirschhorn, J.N. et al., Nat Rev Genet 6:95-108 (2005)]). 그러나, 게놈-전반 유의성에 대한 허용되는 P 값 기준에 미치지 못한 복제 결과의 확률에 관해 이용 가능한 데이터가 거의 없었다. 현 연구에서, 최초 GWAS 연구로부터의 P < 0.05를 갖는 모든 변이체를 복제에 대해 포함시켰다. 도 3에 나타낸 바와 같이, GWAS 연구의 P 값이 더 낮을수록, 복제 메타-분석에서 후보 또는 확인된 상태에 도달하는 확률이 더 높았다. 관심 대상의 것들 중, 복제에서 시험된 모든 변이체의 약 50%를 차지함에도 불구하고, 0.05 내지 0.01의 GWAS P를 갖는 변이체의 군으로부터 어떠한 후보 또는 확인된 결과도 현 연구에서 얻지 못했다. 이러한 결과는 향후 표적화된 연구 설계를 인도하는 데 유용할 수 있으나, 확실히 최초 GWAS 집단의 크기, 복제 샘플 크기, 질환 구조 및 후보 변이체의 효과 크기가 또한 복제 작업을 계획하는 데 있어서 주의깊게 고려될 필요가 있다.
이들 데이터는 면역계의 적합한 선천적인 아암(arm)의 기능에 있어서 중요한 유전자에서의 공통 변이체가 SLE 발병에 대한 위험을 확립하는 데 중요하다는 추가적 증거를 제공한다. 각각의 확인된 대립유전자가 전체적 유전적 위험의 일부에 대해서만 역할을 할지라도, 이들 및 다른 진행 중인 연구는 루푸스의 발병기전에 대한 새로운 통찰을 제공하고 있으며, 약물 발견 및 개발을 위한 새로운 표적 및 경로를 제안하고 있다.
Figure pat00002
Figure pat00003
Figure pat00004
Figure pat00005
Figure pat00006
<표 7-1>
Figure pat00007
<표 7-2>
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실시예 2
BLK에 대한 원인 대립유전자의 재-서열 분석 및 확인
상기에 논의된 바와 같이, BLK는 게놈-전반 유의성 (P < 5 x 10-8)이 달성된 SLE와 연관된 위험 유전자좌로 확인되었다. 이러한 연관성의 유전적 기초를 추가로 특징화하고 원인 대립유전자(들)를 확인하기 위해, 본 발명자들은 하기 기재된 바와 같은 BLK 유전자좌의 재-서열 분석 연구 및 리포터 유전자 발현 검정를 수행하였다.
재-서열 분석 연구를 위해, 오토이뮨 바이오마커스 콜래보래티브 네트워크 (ABCoN) (문헌 [Bauer et al., PLoS medicine 3(12):e491 (2006)]), NIH/NIAMS-지원 기탁기관의 192명의 환자 및 뉴욕 캔서 프로젝트 (NYCP) (문헌 [Mitchell et al., J. Urban Health 81:301-10 (2004)])의 96개의 대조군 개체로부터 단리한 DNA에서 BLK 유전자좌의 모든 13개의 엑손 및 2.5 kb의 상류 프로모터 서열을 재-서열 분석하였다. 게놈 DNA를 서열 분석전에 제조업체의 프로토콜 (퀴아젠(Qiagen), 캘리포니아주 발렌시아, 카탈로그 번호 150045)에 따라 전체-게놈 증폭시켰다.
재-서열 분석 결과는 17개의 돌연변이 (10개의 비-동의성, 7개의 동의성)가 BLK 유전자의 코딩 영역에서 발견되었음을 보여주었다 (표 8). 이들 돌연변이 중 어느 것도 대조군에서보다 사례군에서 유의하게 더 높은 빈도를 보여주지 않았다. 비-동의성 돌연변이의 전체 빈도는 대조군 (7/96)에서보다 사례군 (14/191)에서 유의하게 더 높지 않았다.
또한, 다수의 공통 변이체가 BLK의 비-코딩에서 확인되었다 (표 9에 나타냄). 3개의 SNP (rs4840568, rs1382568 [삼-대립유전자 SNP (A/C/G); C 대립유전자는 앞서 위험 대립유전자로 확인됨] 및 rs922483 (서열 13))는 r2 > 0.5로 앞서 GWAS (문헌 [Hom et al., N Engl J Med 358:900-09 (2008)])로부터 확인된 유전자좌 (rs13277113, 교차비, 1.39, P=1x10-10)와 연관성을 보여주었다. 도 4는 하플로뷰(Haploview) (URL www.broadinstitute.org/haploview/haploview에서 자유롭게 이용 가능한 소프트웨어; 문헌 [Barrett J.C., et al., Bioinformatics 21:263-65 (2005)] 참조)를 이용하여 생성된 BLK의 프로모터 영역 내에서의 연관 불균형 (LD) 블록 (r2로 나타냄)을 보여준다. 도면의 상단 부분은 표시한 확인된 SNP의 상대적 위치와 BLK의 프로모터 영역의 개략 다이아그램을 보여준다. 기록된 SNP 사이의 r2 값을 박스에 나타내었다. 2개의 SNP 사이의 LD의 강도를 각각의 박스에 제공된 r2 값으로 나타내었다. GWAS로부터 확인된 유전자좌 (rs13277113) 및 재-서열 분석으로부터 확인된 3개의 SNP (rs4840568, rs1382568 및 rs922483 (서열 13))를 도면의 상단에 흑색 경계로 표시하였다.
상기 재-서열 분석 연구는 BLK의 코딩 영역에서 임의의 공통 변이체를 나타내지 않았다. 그러나, 프로모터 영역에서의 3개의 공통 변이체 (rs4840568, rs1382568 및 rs922483 (서열 13))는 SLE의 위험 증가와 연관된 BLK의 생물학적 효과의 잠재적 원인 대립유전자(들)로 확인되었다. 연관성을 추가로 특징화하기 위해 각각의 이러한 변이체를 하기 상세히 기재된 루시페라제 리포터 검정에 사용하였다.
Figure pat00010
루시페라제 리포터 유전자 검정을 수행하여, BLK-매개 유전자 발현에 대한 3개의 SNP, rs4840568, rs1382568 및 rs922483 (서열 13)의 효과를 조사하였다. BLK의 상류 서열 (-2256에서 +55 bp)을 위험 또는 비-위험 반수체형을 보유하는 개체로부터의 게놈 DNA를 사용하여 증폭시켰다. 각각의 PCR 생성물을 pCR2.1-TOPO 벡터 (인비트로젠, 캘리포니아주 칼스배드; 카탈로그 번호 K4500-01)로 클로닝하고, 이어서 pGL4 루시페라제 리포터 벡터 (프로메가, 위스콘신주 매디슨; 카탈로그 번호 E6651)로 서브클로닝하였다. 비-위험 반수체형을 보유하는 구축물 (스트라타진, 캘리포니아주 라 졸라; 카탈로그 번호 10519-5)을 돌연변이유발을 위한 주형으로서 사용하여 다양한 반수체형을 생성하였다.
PCR 증폭에 사용된 프라이머는 다음과 같았다: 정방향:
Figure pat00011
; 역방향:
Figure pat00012
. 돌연변이유발에 사용된 프라이머를 하기 표 10에 수록하였다.
Figure pat00013
레닐라 루시페라제 리포터 벡터 pRL-TK 대조군 (프로메가, 위스콘신주 매디슨; 카탈로그 번호 E2241)을 정규화에 사용하였다. 세포주 BJAB (엡스타인-바르 바이러스 게놈이 결핍되고 3개의 인간 림프종으로부터 유도된, B 세포 (골수 유래)의 특성을 갖는 연속 림프성 세포주; 문헌 [Klein et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 71:3283-86 (1974)]) 또는 Daudi 세포주 (아메리칸 타입 컬쳐 콜렉션 (ATCC) 카탈로그 번호 CCL-213)를 형질감염에 사용하였다. 각각의 형질감염을 위해, 아막사(Amaxa)® 뉴클레오펙터(Nucleofector)® 장치 (론자, 워커스빌 인크., 메릴랜드주 워커스빌 (론자 그룹 리미티드, 스위스); 카탈로그 번호 AAD-1001)를 이용하여 5x106개의 세포를 각각의 벡터의 DNA 5 ㎍으로 형질감염시켰다. 세포주 뉴클레오펙터® 키트 L (론자, 카탈로그 번호 VCA-1005)를 뉴클레오펙터® 장치 프로그램 A-030에서 Daudi 세포에 대해 사용하였다. 세포주 뉴클레오펙터® 키트 V (론자, 카탈로그 번호 VCA-1005)를 뉴클레오펙터® 장치 프로그램 T-020에서 BJAB 세포에 대해 사용하였다. 모든 형질감염은 이중 또는 삼중으로 수행하였다. 형질감염 후, 세포를 37℃에서 16시간 동안 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후, 세포를 수확하고, 루시페라제 활성을 제조업체의 지침에 따라 이중-루시페라제® 리포터 검정 시스템 (프로메가, 위스콘신주 매디슨; 카탈로그 번호 E1960)를 이용하여 측정하였다.
상기 기재된 루시페라제 리포터 검정 시스템에서 측정된 BLK-매개 유전자 발현에 대한 각각의 SNP rs4840568, rs1382568 및 rs922483 (서열 13)의 효과를 도 5에 나타내었다. 돌연변이유발에 의해 생성된 다양한 반수체형을 비-위험 (야생형) 반수체형 22-GAC (각각의 도 5a-f의 백색 막대) 및 위험 반수체형 22-ACT (각각의 도 5a-f의 빗금무늬 막대)와 비교하였다.
도 5a 및 5b는 SNP rs922483 (C>T) (서열 13)이 두 BJAB (도 5a) 및 Daudi 세포 (도 5b)에서 모두 BLK-매개 유전자 발현에 대해 유의한 효과를 유발한다는 것을 보여준다. 비-위험 반수체형 22-GAC (백색 막대)와 비교하여, 반수체형 22-GAT는 두 세포주 모두에서 거의 50% 만큼 감소된 전사 활성을 나타냈다. T 대립유전자를 갖는 반수체형은 C 대립유전자를 갖는 것보다 항상 낮은 활성을 나타냈다. BJAB 세포에서 5회의 독립적 실험을 수행하였고, Daudi 세포에서 6회의 독립적 실험은 수행하였다. 나타낸 데이터는 삼중 검정에서의 평균 +/- 평균의 표준 오차 (s.e.m.)를 표시한다; *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001 (t-검정).
도 5c 및 5d는 SNP rs1382568 (A>C/G>C)이 각 세포주에서 BLK-매개 발현에 대해 어떠한 유의한 효과도 유발하지 않는다는 것을 보여준다. 두 반수체형 22-GCC 및 22-GGC (얼룩무늬 막대)는 모두 비-위험 반수체형 22-GAC (백색 막대)와 비교시 유사한 루시페라제 활성 수준을 나타내었다. BJAB 세포에서 5회의 독립적 실험울 수행하였고, Daudi 세포에서 6회의 독립적 실험은 수행하였다. 나타낸 데이터는 삼중 검정에서의 평균 +/- s.e.m.을 표시한다; *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001, ns=유의하지 않음 (t-검정).
도 5e 및 5f는 SNP rs4840568 (G>A)이 BJAB 세포 또는 Daudi 세포에서 BLK-매개 발현에 대해 유의한 효과를 유발하지 않는다는 것을 보여준다. 반수체형 22-AAC (얼룩무늬 막대) 및 비-위험 반수체형 22-GAC (백색 막대) 사이의 차이는 BJAB 세포에서 통계적으로 유의하지 않았으나 (도 5e), Daudi 세포에서는 통계적으로 유의하였다 (도 5f). 반수체형 22-ACC (얼룩무늬 막대)가 비-위험 반수체형-GAC (백색 막대)와 비교하여 루시페라제 활성에서 어떠한 결함도 나타내지 않았다는 점을 감안할 때, 원인 대립유전자인 A 대립유전자의 우도(likelihood)는 현저하게 감소된다 (도 5f). 나타낸 데이터는 삼중 검정에서의 평균 +/- s.e.m.을 표시한다; *p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001, ns=유의하지 않음 (t-검정).
BLK 프로모터의 영역 상류의 (GT) 반복부가 BLK 유전자 발현의 인핸서로서 기능한다는 것이 앞서 밝혀졌다 (문헌 [Lin et al., J Biol Chem 270: 25968 (1995)]). 따라서, 본 발명자들은 또한 (GT) 반복부의 길이가 BLK 프로모터의 전사 활성에 영향을 미칠 수 있는지의 여부를 시험하였다. 이러한 실험을 수행하기 위해, 18개의 (GT) 반복부 (서열 14) 또는 22개의 (GT) 반복부 (서열 15)를 둘 다 보유하는 개체로부터의 게놈 DNA 샘플을 상기 기재된 전략을 이용하여 클로닝에 대해 선택하였다. 최종 벡터를 서열 분석하여, 이들이 (GT) 반복부의 정확한 길이를 함유한다는 것을 확인하였다. 도 6에 나타낸 바와 같이, 18개의 (GT) 반복부 (서열 14)를 갖는 반수체형은 루시페라제 리포터 검정에서 22개의 (GT) 반복부 (서열 15)를 갖는 반수체형과 비교하여 유사한 수준의 전사 활성을 나타내었다. 나타낸 데이터는 이중 검정에서의 평균 +/- s.e.m을 표시한다; ns=유의하지 않음 (t-검정).
요약하면, BLK 재-서열 분석 작업의 이러한 결과 및 루시페라제 리포터 유전자 검정의 결과는 SNP rs922483 (C>T) (도 7, 서열 13)이 SLE의 위험 증가와 연관된 생물학적 효과인 BLK의 전사 감소를 초래하는 원인 대립유전자임을 나타낸다. 또한 결과는 rs922483 (서열 13)의 T 대립유전자가 BLK-매개 유전자 발현의 수준을 50%만큼 감소시켰다는 것을 보여준다.
rs922483 (서열 13)이 BLK의 제1 엑손에서 진화론적 보존 영역 내에, 그리고 가능한 인간 전사 개시 부위 내에 존재한다는 것은 주목할만 한다. 인간 Inr 모티프에 대한 컨센서스 서열은 YYANWYY (IUPAC 뉴클레오티드 코드)로 확인되었다. 문헌 [Juven-Gershon et al. Dev. Biol. 339:225-229 (2010)]. SNP rs922483 (서열 13)에서, Inr 영역의 제2 염기는 컨센서스 모티프와 관련하여 변경되었다. 따라서, SLE 위험 반수체형 Inr 서열은 CTACCTC인 반면, "야생형" 반수체형 Inr 서열은 CCACCTC이다. 본 발명자들은 보존 Inr 모티프의 제2 염기의 변형이 TFIID 전사 복합체의 친화력을 변경시켜 상기 기재된 전사에서 관찰된 차이를 유발할 수 있다는 것을 제안한다.
SEQUENCE LISTING <110> GENENTECH, INC. <120> METHODS FOR TREATING, DIAGNOSING, AND MONITORING LUPUS <130> P4325R1-WO <140> PCT/US2010/051589 <141> 2010-10-06 <150> 61/278,510 <151> 2009-10-07 <160> 77 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 1 ccacctctct tccgcctttc tcat 24 <210> 2 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 2 tttcatggct tgtggctttc tgcc 24 <210> 3 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 3 gatccaagac tatgaagaga gaagagagag cccac 35 <210> 4 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 4 gtgggctctc tcttctctct tcatagtctt ggatc 35 <210> 5 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 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gtgtgggact ctggtcccaa gtgttgtatg tgagtagctg ggaccacagg 120 tgtgcgccac cacacccagc tcatttttgt attttttgta gagaaagggt ttcatcttgt 180 tgcccaggct agtctcaaac ccctgggctt aagtgaccct cccacctcag ccttccagag 240 agctgggatt acaggcgtga gccactgtgc ctggccggga atcccatttc aacctgagat 300 tgggcgggga caaacatcca aaccatatca gtacctgtgg gaagtgactt ggaggcctct 360 cgggtcttca gctagtcctc tgggcagtag ggagaatcct ragtaatagc cgcttcacag 420 ggagtcagtg aggatgaagt gtgtggagcg cagagccact gtttgttgaa agtgcattgt 480 tactgttatt gcctttgttt tggtagttag gcttgtttcc agggaacttt ggcttccttg 540 gcttctgggg tgtgcacaca agcactggac caaggatgag gctcaaggag ggccctgggc 600 tcatgccctg ggctgacagt ggaggccatg gggctggtgg ggaggagcac aggcctgagg 660 ccaccccacc tggctcaaga tccccactcg ctacctctgt gacctggaca aattcctcca 720 cctcatctgt aaagtggggc taggaactgt ttccccctta ctgtgggatt attatgagga 780 ttcagtgatg cgatccatgt t 801 <210> 74 <211> 52 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 74 tgagagaagc agtgtagtgt agtggtsaat agtctggatt tacatctttg at 52 <210> 75 <211> 1255 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 75 gagcattttc ctttcagcgt gagaccattc atgatgtatg ccctgggctt caggcttcac 60 cagtctggag gtacctctgt gttcacactg atatcaatac ctgacttgct tcatacttct 120 tcctgcctcc gctagcctcc acccagggaa ggtgtgcttc tcggtaagtc agtttgagag 180 aagcagtgta gtgtagtggt saatagtctg gatttacatc tttgatcttc catttactac 240 gcttgtgacc tagggggtgt tgcttcccct ctctgttcca attatttatc cataaaatag 300 aaataataat ttgacctcgc ttcaggggtg gctgcaagaa ttataaaaga taataaacat 360 tgaggacttg gaaaaaatct ctgcatgtaa taaatgttct ataaatgtca gctgtcatca 420 ttcacacttc tttctttctt cctgatgcat tgatttgaag catctgtctg ctgcctctga 480 tgcatcaact tctgggaaaa ttcacttggt attgcccaga gccctcagga tgccaaggct 540 gcataataca tattcataat ttcataatat taataatatt cattcagaaa atatttatca 600 agggccagct gtgtgccagg ttttgttcta ggcattgggg aatcatcagc tgcaaacaac 660 atagagaaag agtttatatt agaatgtcca agactgacaa tgataatgaa gccacataaa 720 tgaacaaaat cattcctgag tgcttaacgc tctgaagaaa aagaaaatgg cggtgtgatc 780 acaaatgaat agacagtgac tttaggtgct caagaaaggc ctctgtgaag 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ctattctgag gacaaagact tcaagaacca 300 agtttcttgt ccatctacat tacgtaagac ctctgctgga aatttcctta aacaagtatg 360 tgaagggaac attcaccaca tgtgctttaa ttgtagctta atacatatac agagatcaaa 420 cattacagaa cagaggcaag ataaagaatt ctaagcagaa attctggcac aatagaagaa 480 aatctcaggg aagaacattt c 501

Claims (1)

  1. 대상체로부터 유래된 생물학적 샘플에서 SLE 위험 유전자좌에서의 변이의 존재를 검출하는 것을 포함하며, 여기서 SLE 위험 유전자좌는 BLK이고, BLK 유전자좌에서의 변이는 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP)의 위치에 상응하는 뉴클레오티드 위치에서 발생하고, 여기서 SNP는 rs922483 (서열 13)이고, 변이는 인간 염색체 8 상의 염색체 위치 11389322에서의 티민이고, 대상체는 루푸스를 앓고 있는 것으로 의심되는 것인, 대상체에서 루푸스를 치료하는 방법.
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