JP7086066B2 - Ｐｄ－１に対する抗体及びその使用 - Google Patents

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Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１６年１１月２日出願の米国仮出願第６２／４１６，６０２号の優先権の利益を請求するものであり、これは、あらゆる目的のためにその全体で参照によって本明細書に援用される。
技術分野
Ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ Ｄｅａｔｈ－１タンパク質（ＰＤ－１）に結合する抗体を提供する。抗ＰＤ－１抗体を投与することを含む処置方法も提供する。
Ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ Ｄｅａｔｈ １（ＰＤ－１）タンパク質は、ＣＤ２８受容体ファミリーの阻害メンバーであり、ＣＤ２８受容体ファミリーには、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ－４、ＩＣＯＳ及びＢＴＬＡも含まれる。ＰＤ－１は、活性化Ｂ細胞、Ｔ細胞、及び骨髄系細胞の表面上に発現される。ＰＤ－１は、膜近位免疫受容体チロシン阻害モチーフ（ＩＴＩＭ）及び膜遠位チロシンベーススイッチモチーフ（ＩＴＳＭ）を含む。ＰＤ－１は、ＣＴＬＡ－４に構造的に類似しているが、Ｂ７－１及びＢ７－２結合に重要なＭＹＰＰＰＹモチーフを欠損している。加えて、ＣＤ２８、ＩＣＯＳ及びＣＴＬＡ－４（ＣＤ２８ファミリーの他のメンバー）はすべて、ホモ二量化を可能にする非対合システイン残基を有するが、ＰＤ－１は、モノマーとして存在すると考えられ、他のＣＤ２８ファミリーメンバーに特徴的な非対合システイン残基を欠損している。ＰＤ－１受容体は、２つのリガンド、ＰＤ－リガンド－１（ＰＤ－Ｌ１）及びＰＤ－Ｌ２を有する。用語「ＰＤ－Ｌ１」は、ＰＤ－１受容体のリガンドを指し、ＣＤ２７４及びＢ７Ｈ１としても知られている。ＰＤ－Ｌ１は、２９０アミノ酸タンパク質であり、細胞外ＩｇＶ様ドメイン、細胞外ＩｇＣ様ドメイン、膜貫通ドメイン及びおよそ３０アミノ酸からなる高度保存細胞内ドメインを含む。ＰＤ－Ｌ１は、抗原提示細胞などの多くの細胞（例えば、樹状細胞、マクロファージ、及びＢ細胞）上に、かつ造血及び非造血細胞（例えば、血管内皮細胞、膵島、及び免疫特権の部位）上に構成的に発現される。用語「ＰＤ－Ｌ２」は、ＰＤ－１受容体のリガンドを指し、ＣＤ２７３及びＢ７－ＤＣとしても知られている。ＰＤ－Ｌ２は、ヒトでは、細胞外ＩｇＶ様ドメイン、細胞外ＩｇＣ様ドメイン、膜貫通ドメイン及びおよそ３０アミノ酸からなる細胞内ドメインを有する。ＰＤ－Ｌ２は、ＰＤ－Ｌ１よりも発現が限られており、その発現は大部分、マクロファージ、樹状細胞、一部のＢ細胞サブセット及び骨髄由来肥満細胞を含む造血細胞に限られる。
ＰＤ－１は、免疫チェックポイントとして機能し、Ｔ細胞の活性化を防ぐように作用する。ＰＤ－１アンタゴニストは、腫瘍を攻撃するように免疫系を活性化させて、がんの処置において成功を示しており、一部の事例では、他の化学療法薬処置よりも毒性が低い。ＰＤ－１アンタゴニストを、他の化学療法薬との併用レジメンにおいて使用することもできる。現在承認されているＰＤ－１アンタゴニストには、抗ＰＤ－１抗体、Ｏｐｄｉｖｏ（登録商標）及びＫｅｙｔｒｕｄａ（登録商標）、及び抗ＰＤ－Ｌ１抗体、Ｔｅｃｅｎｔｒｉｑ（商標）が含まれる。
がんならびに他の疾患及び障害を処置するためのＰＤ－１の追加のアンタゴニストがいまだ必要とされている。
Ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ Ｄｅａｔｈ １（ＰＤ－１）に結合する抗体であって、ヒトＰＤ－１及びマウスＰＤ－１に結合し、ＰＤ－Ｌ１及び／またはＰＤ－Ｌ２とＰＤ－１との結合を遮断する抗体を提供する。
一部の実施形態では、Ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ Ｄｅａｔｈ １（ＰＤ－１）に結合する単離抗体であって、ヒトＰＤ－１のアミノ酸１２６～１３６を含むエピトープに結合する単離抗体を提供する。一部の実施形態では、アミノ酸１２６～１３６は、配列番号１によって番号付けされる。一部の実施形態では、抗体は、Ｉ１２６Ａ、Ｌ１２８Ａ、Ａ１３２Ｌ、Ｉ１３４Ａ、及びＥ１３６Ａから選択される１種または複数のＰＤ－１バリアントに結合する場合よりも少なくとも１０倍高い親和性で、配列番号３８２のヒトＰＤ－１に結合する。
一部の実施形態では、抗体は：
ａ）ＰＤ－１バリアントＩ１２６Ａ ＥＣＤ－Ｆｃ（配列番号３８９）に結合する場合よりも少なくとも１０倍高い親和性で、配列番号４０１のヒトＰＤ－１ ＥＣＤ－Ｆｃに結合する；及び／または
ｂ）ＰＤ－１バリアントＬ１２８Ａ ＥＣＤ－Ｆｃ（配列番号３９０）に結合する場合よりも少なくとも１０倍高い親和性で、配列番号４０１のヒトＰＤ－１ ＥＣＤ－Ｆｃに結合する；及び／または
ｃ）ＰＤ－１バリアントＡ１３２Ｌ ＥＣＤ－Ｆｃ（配列番号３９１）に結合する場合よりも少なくとも１０倍高い親和性で、配列番号４０１のヒトＰＤ－１ ＥＣＤ－Ｆｃに結合する；及び／または
ｄ）ＰＤ－１バリアントＩ１３４Ａ ＥＣＤ－Ｆｃ（配列番号３９２）に結合する場合よりも少なくとも１０倍高い親和性で、配列番号４０１のヒトＰＤ－１ ＥＣＤ－Ｆｃに結合する；及び／または
ｅ）ＰＤ－１バリアントＥ１３６Ａ ＥＣＤ－Ｆｃ（配列番号３９３）に結合する場合よりも少なくとも１０倍高い親和性で、配列番号４０１のヒトＰＤ－１ ＥＣＤ－Ｆｃに結合する。
一部の実施形態では、抗体は、配列番号４０３のマウスＰＤ－１ ＥＣＤ－Ｆｃに結合する。一部の実施形態では、抗体は、マウスＰＤ－１バリアントＨ１２９Ｐ ＥＣＤ－Ｆｃ（配列番号３９４）に結合する場合よりも少なくとも１０倍高い親和性で、配列番号４０３のマウスＰＤ－１ ＥＣＤ－Ｆｃに結合する。一部の実施形態では、抗体は、ラットＰＤ－１ ＥＣＤ－Ｆｃ（配列番号４０５）に結合する場合よりも少なくとも１０倍高い親和性で、ラットＰＤ－１バリアントＰ１２９Ｈ ＥＣＤ－Ｆｃ（配列番号３９７）に結合する。
様々な実施形態で、親和性は、バイオレイヤー干渉法によって決定される。
一部の実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号２０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号２４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、抗体は、配列番号２０のアミノ酸配列を含むＶＨ及び配列番号２４のアミノ酸配列を含むＶＬを含む。
一部の実施形態では、Ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ Ｄｅａｔｈ １（ＰＤ－１）に結合する抗体であって：
ｉ）（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３；または
ｉｉ）（ａ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３；または
ｉｉｉ）（ａ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３；または
ｉｖ）（ａ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３；または
ｖ）（ａ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３；または
ｖｉ）（ａ）配列番号４５、５３、６１、６９、７７、８５、９３、１０１、１０９及び１１７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号４６、５４、６２、７０、７８、８６、９４、１０２、１１０及び１１８から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号４７、５５、６３、７１、７９、８７、９５、１０３、１１１、及び１１９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号４９、５７、６５、７３、８１、８９、９７、１０５、１１３、及び１２１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号５０、５８、６６、７４、８２、９０、９８、１０６、１１４、及び１２２から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号５１、５９、６７、７５、８３、９１、９９、１０７、１１５、及び１２３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３；または
ｖｉｉ）（ａ）配列番号１２５、１３３、１４１、１４９、１５７、１６５、１７３、１８１、１８９、１９７、２０５、２１３、２２１、２２９、２３７、２４５、２５３、２６１、２６９、２７７及び２８５から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１２６、１３４、１４２、１５０、１５８、１６６、１７４、１８２、１９０、１９８、２０６、２１４、２２２、２３０、２３８、２４６、２５４、２６２、２７０、２７８及び２８６から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１２７、１３５、１４３、１５１、１５９、１６７、１７５、１８３、１９１、１９９、２０７、２１５、２２３、２３１、２３９、２４７、２５５、２６３、２７１、２７９及び２８７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号１２９、１３７、１４５、１５３、１６１、１６９、１７７、１８５、１９３、２０１、２０９、２１７、２２５、２３３、２４１、２４９、２５７、２６５、２７３、２８１及び２８９から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１３０、１３８、１４６、１５４、１６２、１７０、１７８、１８６、１９４、２０２、２１０、２１８、２２６、２３４、２４２、２５０、２５８、２６６、２７４、２８２、及び２９０から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号１３１、１３９、１４７、１５５、１６３、１７１、１７９、１８７、１９５、２０３、２１１、２１９、２２７、２３５、２４３、２５１、２５９、２６７、２７５、２８３及び２９１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３；または
ｖｉｉｉ）（ａ）配列番号２９３、３０１、３０９及び３１７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２９４、３０２、３１０及び３１８から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２９５、３０３、３１１及び３１９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号２９７、３０５、３１３、及び３２１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２９８、３０６、３１４及び３２２から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号２９９、３０７、３１５、及び３２３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３
を含む抗体を提供する。
一部の実施形態では、ＰＤ－１に結合する抗体であって、重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み：
ｉ）ＶＨが配列番号４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であり、かつＶＬが配列番号８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である；または
ｉｉ）ＶＨが配列番号１２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であり、かつＶＬが配列番号１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である；または
ｉｉｉ）ＶＨが配列番号２０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であり、かつＶＬが配列番号２４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である；または
ｉｖ）ＶＨが配列番号２８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であり、かつＶＬが配列番号３２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である；または
ｖ）ＶＨが配列番号３６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であり、かつＶＬが配列番号４０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である；または
ｖｉ）ＶＨが配列番号４４、５２、６０、６８、７６、８４、９２、１００、１０８及び１１６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であり；かつＶＬが配列番号４８、５６、６４、７２、８０、８８、９６、１０４、１１２、及び１２０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である；または
ｖｉｉ）ＶＨが配列番号１２４、１３２、１４０、１４８、１５６、１６４、１７２、１８０、１８８、１９６、２０４、２１２、２２０、２２８、２３６、２４４、２５２、２６０、２６８、２７６、及び２８４から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であり；かつＶＬが配列番号１２８、１３６、１４４、１５２、１６０、１６８、１７６、１８４、１９２、２００、２０８、２１６、２２４、２３２、２４０、２４８、２５６、２６４、２７２、２８０及び２８８から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である；または
ｖｉｉｉ）ＶＨが配列番号２９２、３００、３０８及び３１６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であり；ＶＬが配列番号２９６、３０４、３１２、及び３２０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である、抗体を提供する。
一部の実施形態では、ＰＤ－１に結合する抗体であって、重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み：
ｉ）ＶＨが配列番号４のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号８のアミノ酸配列を含む；または
ｉｉ）ＶＨが配列番号１２のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号１６のアミノ酸配列を含む；または
ｉｉｉ）ＶＨが配列番号２０のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号２４のアミノ酸配列を含む；または
ｉｖ）ＶＨが配列番号２８のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号３２のアミノ酸配列を含む；または
ｖ）ＶＨが配列番号３６のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号４０のアミノ酸配列を含む；または
ｖｉ）ＶＨが配列番号４４のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号４８のアミノ酸配列を含む；または
ｖｉｉ）ＶＨが配列番号５２のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号５６のアミノ酸配列を含む；または
ｖｉｉｉ）ＶＨが配列番号６０のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号６４のアミノ酸配列を含む；または
ｉｘ）ＶＨが配列番号６８のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号７２のアミノ酸配列を含む；または
ｘ）ＶＨが配列番号７６のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号８０のアミノ酸配列を含む；または
ｘｉ）ＶＨが配列番号８４のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号８８のアミノ酸配列を含む；または
ｘｉｉ）ＶＨが配列番号９２のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号９６のアミノ酸配列を含む；または
ｘｉｉｉ）ＶＨが配列番号１００のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号１０４のアミノ酸配列を含む；または
ｘｉｖ）ＶＨが配列番号１０８のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号１１２のアミノ酸配列を含む；または
ｘｖ）ＶＨが配列番号１１６のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号１２０のアミノ酸配列を含む；または
ｘｖｉ）ＶＨが配列番号１２４のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号１２８のアミノ酸配列を含む；または
ｘｖｉｉ）ＶＨが配列番号１３２のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号１３６のアミノ酸配列を含む；または
ｘｖｉｉｉ）ＶＨが配列番号１４０のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号１４４のアミノ酸配列を含む；または
ｘｉｘ）ＶＨが配列番号１４８のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号１５２のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘ）ＶＨが配列番号１５６のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号１６０のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｉ）ＶＨが配列番号１６４のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号１６８のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｉｉ）ＶＨが配列番号１７２のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号１７６のアミノ酸配列を含む；または
ｘｉｉｉ）ＶＨが配列番号１８０のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号１８４のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｉｖ）ＶＨが配列番号１８８のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号１９２のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｖ）ＶＨが配列番号１９６のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号２００のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｖｉ）ＶＨが配列番号２０４のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号２０８のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｖｉｉ）ＶＨが配列番号２１２のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号２１６のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｖｉｉｉ）ＶＨが配列番号２２０のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号２２４のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｉｘ）ＶＨが配列番号２２８のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号２３２のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｘ）ＶＨが配列番号２３６のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号２４０のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｘｉ）ＶＨが配列番号２４４のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号２４８のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｘｉｉ）ＶＨが配列番号２５２のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号２５６のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｘｉｉｉ）ＶＨが配列番号２６０のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号２６４のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｘｉｖ）ＶＨが配列番号２６８のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号２７２のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｘｖ）ＶＨが配列番号２７６のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号２８０のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｘｖｉ）ＶＨが配列番号２８４のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号２８８のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｘｖｉｉ）ＶＨが配列番号２９２のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号２９６のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｘｖｉｉｉ）ＶＨが配列番号３００のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号３０４のアミノ酸配列を含む；または
ｘｘｘｉｘ）ＶＨが配列番号３０８のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号３１２のアミノ酸配列を含む；または
ｘｌ）ＶＨが配列番号３１６のアミノ酸配列を含み、かつＶＬが配列番号３２０のアミノ酸配列を含む、抗体を提供する。
一部の実施形態では、ヒトＰＤ－１への結合について本明細書で提供する抗体と競合する抗体であって、ヒトＰＤ－１及びマウスＰＤ－１に結合し、ヒトＰＤ－Ｌ１へのヒトＰＤ－１の結合を阻害する、ヒトＰＤ－Ｌ２へのヒトＰＤ－１の結合を阻害する、マウスＰＤ－Ｌ１へのマウスＰＤ－１の結合を阻害する、及びマウスＰＤ－Ｌ２へのマウスＰＤ－１の結合を阻害する抗体を提供する。
一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体は、ヒトＰＤ－１に５ｎＭ未満の親和性（ＫＤ）で結合する。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体は、マウスＰＤ－１に１０ｎＭ未満の親和性（ＫＤ）で結合する。一部の実施形態では、親和性は、バイオレイヤー干渉法を使用して決定される。
一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体は、モノクローナル抗体である。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体は、ヒト抗体、キメラ抗体、またはヒト化抗体である。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆｖ、ｓｃＦｖまたは（Ｆａｂ’）２断片から選択される抗体断片である。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体は、全長抗体である。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体は、ＩｇＧ１またはＩｇＧ４抗体である。
一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体は、ヒトＰＤ－１に結合する。一部の実施形態では、ヒトＰＤ－１は、配列番号３８２のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体は、マウスＰＤ－１に結合する。一部の実施形態では、マウスＰＤ－１は、配列番号３８３のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体は、カニクイザルＰＤ－１に結合する。一部の実施形態では、カニクイザルＰＤ－１は、配列番号３８４のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体は、ＰＤ－Ｌ１へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体は、ＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体は、ＰＤ－Ｌ１へのＰＤ－１の結合を阻害し、かつＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する。
一部の実施形態では、哺乳類への本明細書で提供する抗体の投与は、ＩＦＮγ及びＩＬ－２から選択される少なくとも１種のサイトカインのレベルを上昇させる。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体は、ＩＦＮγ及びＩＬ－２から選択される少なくとも１種のサイトカインのレベルを少なくとも２倍上昇させる。一部の実施形態では、サイトカインのレベルは、抗体の投与から１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、８時間、１０時間、１２時間、１４時間、１６時間、１８時間、２０時間、２２時間、２４時間、３６時間、または４８時間後に測定される。一部の実施形態では、少なくとも１種のサイトカインは、ＩＦＮγである。一部の実施形態では、少なくとも１種のサイトカインは、ＩＬ－２である。一部の実施形態では、ケモカインのレベルは、抗体の投与から２４時間後に測定される。
一部の実施形態では、哺乳類への本明細書で提供する抗体の投与は、哺乳類において免疫応答を増強する。一部の実施形態では、哺乳類への本明細書で提供する抗体の投与は、哺乳類においてＴ細胞の活性化をもたらす。一部の実施形態では、哺乳類への本明細書で提供する抗体の投与は、がんを有する哺乳類において腫瘍サイズを縮小する。一部の実施形態では、哺乳類は、ヒトである。一部の実施形態では、ヒトは、がんを有する。一部の実施形態では、がんは、黒色腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、胃癌、膀胱癌、びまん性大Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、中皮腫、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される。一部の実施形態では、がんは、黒色腫、胃癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される。
一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体をコードする単離核酸を提供する。一部の実施形態では、核酸を含むベクターを提供する。一部の実施形態では、ベクターを含む宿主細胞を提供する。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体を産生する宿主細胞を提供する。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を作製するための方法であって、宿主細胞を抗体の発現に好適な条件下で培養することを含む方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、宿主細胞によって産生された抗体を回収することをさらに含む。
一部の実施形態では、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物を提供する。
一部の実施形態では、哺乳類においてがんを処置する方法であって、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体、または本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。一部の実施形態では、がんは、黒色腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、胃癌、膀胱癌、びまん性大Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、中皮腫、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される。一部の実施形態では、がんは、黒色腫、胃癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される。
一部の実施形態では、哺乳類において免疫応答を増強する方法であって、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体、または本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。
一部の実施形態では、哺乳類においてＴ細胞の活性化を増進する方法であって、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体、または本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。
一部の実施形態では、がんを有する哺乳類において腫瘍サイズを縮小する方法であって、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体、または本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。
本明細書で提供する実施形態のいずれでも、哺乳類はヒトであってよい。
一部の実施形態では、哺乳類に、少なくとも１種の追加の治療薬を投与する。一部のそのような実施形態では、追加の治療薬を抗ＰＤ－１抗体と同時に、または連続的に投与する。一部の実施形態では、追加の治療薬は、抗ＩＣＯＳ抗体及び抗ＣＴＬＡ４抗体から選択される。一部の実施形態では、追加の治療薬は、抗ＩＣＯＳ抗体である。一部の実施形態では、追加の治療薬は、がんワクチンである。一部の実施形態では、がんワクチンは、ＤＮＡワクチン、操作ウイルスワクチン、操作腫瘍細胞ワクチン、及びネオアンチゲンを使用して開発されたがんワクチンから選択される。
一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体の使用を、がんを処置するための医薬品を製造するために提供する。一部の実施形態では、がんは、黒色腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、胃癌、膀胱癌、びまん性大Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、中皮腫、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される。一部の実施形態では、がんは、黒色腫、胃癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される。一部の実施形態では、医薬品は、少なくとも１種の追加の治療薬と共に投与するためのものである。一部の実施形態では、追加の治療薬は、抗ＩＣＯＳ抗体及び抗ＣＴＬＡ４抗体から選択される。一部の実施形態では、追加の治療薬は、抗ＩＣＯＳ抗体である。一部の実施形態では、追加の治療薬は、がんワクチンである。一部の実施形態では、がんワクチンは、ＤＮＡワクチン、操作ウイルスワクチン、操作腫瘍細胞ワクチン、及びネオアンチゲンを使用して開発されたがんワクチンから選択される。
一部の実施形態では、本開示は、がんを処置するための、本明細書で提供する抗体、または本明細書で提供する抗体及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物の使用を提供する。一部の実施形態では、がんは、黒色腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、胃癌、膀胱癌、びまん性大Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、中皮腫、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される。一部の実施形態では、がんは、黒色腫、胃癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される。
一部の実施形態では、本開示は、がんを処置するための、本明細書で提供する抗体、または本明細書で提供する抗体及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物、ならびに少なくとも１種の追加の治療薬の使用を提供する。一部の実施形態では、追加の治療薬は、抗ＩＣＯＳ抗体及び抗ＣＴＬＡ４抗体から選択される。一部の実施形態では、追加の治療薬は、抗ＩＣＯＳ抗体である。一部の実施形態では、追加の治療薬は、がんワクチンである。一部の実施形態では、がんワクチンは、ＤＮＡワクチン、操作ウイルスワクチン、操作腫瘍細胞ワクチン、及びネオアンチゲンを使用して開発されたがんワクチンから選択される。一部の実施形態では、がんは、黒色腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、胃癌、膀胱癌、びまん性大Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、中皮腫、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される。一部の実施形態では、がんは、黒色腫、胃癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される。
一部の実施形態では、がんの処置において使用するための本明細書で提供する抗体、または本明細書で提供する抗体及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物を提供する。一部の実施形態では、がんは、黒色腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、胃癌、膀胱癌、びまん性大Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、中皮腫、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される。一部の実施形態では、がんは、黒色腫、胃癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される。
一部の実施形態では、哺乳類においてＩＦＮγ及びＩＬ－２から選択される少なくとも１種のサイトカインのレベルを上昇させる方法であって、本明細書で提供する抗体を哺乳類に投与することを含む方法を提供する。一部の実施形態では、サイトカインのレベルは、抗体の投与から１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、８時間、１０時間、１２時間、１４時間、１６時間、１８時間、２０時間、２２時間、２４時間、３６時間、または４８時間後に測定される。一部の実施形態では、少なくとも１種のサイトカインは、ＩＦＮγである。一部の実施形態では、少なくとも１種のサイトカインは、ＩＬ－２である。一部の実施形態では、サイトカインのレベルは、抗体の投与から２４時間後に測定される。一部の実施形態では、哺乳類は、ヒトである。一部の実施形態では、ヒトはがんを有する。一部の実施形態では、がんは、黒色腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、胃癌、膀胱癌、びまん性大Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、中皮腫、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される。一部の実施形態では、がんは、黒色腫、胃癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される。
一部の実施形態では、免疫応答が、抗ＰＤ－１抗体の投与後に増強される。一部の実施形態では、Ｔ細胞の活性化が、抗ＰＤ－１抗体の投与後に増進される。一部の実施形態では、腫瘍サイズが、抗ＰＤ－１抗体の投与後に縮小される。
一部の実施形態では、哺乳類に、少なくとも１種の追加の治療薬を投与する。一部の実施形態では、追加の治療薬を抗ＰＤ－１抗体と同時に、または連続的に投与する。一部の実施形態では、追加の治療薬は、抗ＩＣＯＳ抗体及び抗ＣＴＬＡ４抗体から選択される。一部の実施形態では、追加の治療薬は抗ＩＣＯＳ抗体である。一部の実施形態では、追加の治療薬は、がんワクチンである。一部の実施形態では、がんワクチンは、ＤＮＡワクチン、操作ウイルスワクチン、操作腫瘍細胞ワクチン、及びネオアンチゲンを使用して開発されたがんワクチンから選択される。
一部の実施形態では、哺乳類からのがんのサンプルは、ＰＤ－１を発現すると決定されている。一部の実施形態では、サンプルは、免疫組織化学（ＩＨＣ）によってＰＤ－１の１＋、２＋、または３＋染色を示す。一部の実施形態では、サンプルは、ＰＤ－Ｌ１のレベルが上昇していると決定されている。一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１レベルは、ＩＨＣを使用して決定される。
抗ＣＤ３及び抗ＣＤ２８抗体で活性化させたマウス脾細胞Ｔ細胞を抗ＰＤ－１抗体と接触させた後のＩＦＮγ濃度が示されている。マウスＩｇＧ１及びラットＩｇＧ２ａが対照として使用された。ＲＭＰ１－１４が陽性対照の抗ＰＤ－１抗体として使用された。 抗ＰＤ－１抗体と共にンキュベートした後の、ブドウ球菌腸毒素Ｂ（ＳＥＢ）で活性化させた全血サンプルにおけるＩＬ－２の増加のＥＣ５０が示されている。ニボルマブ（Ｎｉｖｏ）及びペムブロリズマブ（Ｐｅｍｂｒｏ）が、対照抗ＰＤ１抗体として使用された。抗体１２２２８（２８）、１３４０６（６）、１３４０７（７）、１３４０８（８）、及び１３４０９（９）からの作用が示されている。 マウスＰＤ－１へのマウスリガンドの結合を遮断する本明細書に開示の抗ＰＤ－１抗体の能力が示されている。Ｆｏｒｔｅ－Ｂｉｏ機器でのＯｃｔｅｔ分析を使用して、マウスＰＤ－Ｌ１及びマウスＰＤ－Ｌ２とマウスＰＤ－１との間の相互作用に対する抗体の効果を評価した。 マウスＰＤ－１へのマウスリガンドの結合を遮断する本明細書に開示の抗ＰＤ－１抗体の能力が示されている。Ｆｏｒｔｅ－Ｂｉｏ機器でのＯｃｔｅｔ分析を使用して、マウスＰＤ－Ｌ１及びマウスＰＤ－Ｌ２とマウスＰＤ－１との間の相互作用に対する抗体の効果を評価した。 ヒトＰＤ－１へのヒトリガンドの結合を遮断する本明細書に開示の抗ＰＤ－１抗体の能力が示されている。Ｆｏｒｔｅ－Ｂｉｏ機器でのＯｃｔｅｔ分析を使用して、ヒトＰＤ－Ｌ１及びヒトＰＤ－Ｌ２とヒトＰＤ－１との間の相互作用に対する抗体の効果を評価した。 ヒトＰＤ－１へのヒトリガンドの結合を遮断する本明細書に開示の抗ＰＤ－１抗体の能力が示されている。Ｆｏｒｔｅ－Ｂｉｏ機器でのＯｃｔｅｔ分析を使用して、ヒトＰＤ－Ｌ１及びヒトＰＤ－Ｌ２とヒトＰＤ－１との間の相互作用に対する抗体の効果を評価した。 ヒトＰＤ－１へのヒトリガンドの結合を遮断する本明細書に開示の抗ＰＤ－１抗体の能力が示されている。Ｆｏｒｔｅ－Ｂｉｏ機器でのＯｃｔｅｔ分析を使用して、ヒトＰＤ－Ｌ１及びヒトＰＤ－Ｌ２とヒトＰＤ－１との間の相互作用に対する抗体の効果を評価した。 ヒトＰＤ－１へのヒトリガンドの結合を遮断する本明細書に開示の抗ＰＤ－１抗体の能力が示されている。Ｆｏｒｔｅ－Ｂｉｏ機器でのＯｃｔｅｔ分析を使用して、ヒトＰＤ－Ｌ１及びヒトＰＤ－Ｌ２とヒトＰＤ－１との間の相互作用に対する抗体の効果を評価した。 ヒトＰＤ－１へのヒトリガンドの結合を遮断する本明細書に開示の抗ＰＤ－１抗体の能力が示されている。Ｆｏｒｔｅ－Ｂｉｏ機器でのＯｃｔｅｔ分析を使用して、ヒトＰＤ－Ｌ１及びヒトＰＤ－Ｌ２とヒトＰＤ－１との間の相互作用に対する抗体の効果を評価した。 本明細書に開示の抗ＰＤ－１抗体を投与した場合の、マウス腫瘍モデルにおける腫瘍サイズの縮小が示されている。Ｃ５７ＢＬ６／Ｊマウスに、その側腹部でＭＣ３８細胞を皮下注射した。マウスＩｇＧ１（ＭＯＰＣ－２１）及びラットＩｇＧ２ａ（２Ａ３）を対照として使用した。ＲＭＰ１－１４を陽性対照の抗ＰＤ１抗体として使用した。
一部の実施形態の詳細な説明
ＰＤ－１に結合する抗体を提供する。ＰＤ－１に結合する抗体を形成することができる抗体重鎖及び軽鎖も提供する。加えて、１つまたは複数の特定の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む抗体、重鎖、及び軽鎖を提供する。ＰＤ－１に対する抗体をコードするポリヌクレオチドを提供する。抗体重鎖または軽鎖をコードするポリヌクレオチドも提供する。ＰＤ－１に対する抗体を生成及び／または精製する方法を提供する。ＰＤ－１に対する抗体を使用する処置方法を提供する。そのような方法には、これに限定されないが、がんを処置する方法が含まれる。ＰＤ－１を検出する方法を提供する。そのような方法には、抗ＰＤ－１抗体での処置から利益を受け得る個体を特定する方法、抗ＰＤ－１抗体で個体の処置をモニターする方法及び個体における抗ＰＤ－１抗体の治療効力を改善する方法が含まれる。
本明細書において使用する見出しは、整理を目的としたものに過ぎず、記載の発明の主題を限定するものとして解釈されるべきではない。
特許出願、特許公報、及びＧｅｎｂａｎｋ受入番号を含む本明細書に引用する参照文献はすべて、それぞれ個別の参照文献が具体的及び個別的に、その全体で参照によって本明細書に援用されると示されている場合と同様に、参照によって本明細書に援用される。
本明細書に記載または言及されている技術及び手順は一般に、十分に理解されており、当業者によって従来の方法、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ３ｒｄ．ｅｄｉｔｉｏｎ（２００１）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．ＣＵＲＲＥＮＴ ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ ＩＮ ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＢＩＯＬＯＧＹ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ ａｌ．ｅｄｓ．，（２００３））；ｔｈｅ ｓｅｒｉｅｓ ＭＥＴＨＯＤＳ ＩＮ ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）：ＰＣＲ ２：Ａ ＰＲＡＣＴＩＣＡＬ ＡＰＰＲＯＡＣＨ（Ｍ．Ｊ．ＭａｃＰｈｅｒｓｏｎ，Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ ａｎｄ Ｇ．Ｒ．Ｔａｙｌｏｒ ｅｄｓ．（１９９５）），Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，ｅｄｓ．（１９８８）ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ，Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ ＭＡＮＵＡＬ，ａｎｄ ＡＮＩＭＡＬ ＣＥＬＬ ＣＵＬＴＵＲＥ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．（１９８７））；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．，１９８４）；Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ；Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｎｏｔｅｂｏｏｋ（Ｊ．Ｅ．Ｃｅｌｌｉｓ，ｅｄ．，１９９８）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ；Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ），ｅｄ．，１９８７）；Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｊ．Ｐ．Ｍａｔｈｅｒ ａｎｄ Ｐ．Ｅ．Ｒｏｂｅｒｔｓ，１９９８）Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ；Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ（Ａ．Ｄｏｙｌｅ，Ｊ．Ｂ．Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ，ａｎｄ Ｄ．Ｇ．Ｎｅｗｅｌｌ，ｅｄｓ．，１９９３－８）Ｊ．Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ；Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｄ．Ｍ．Ｗｅｉｒ ａｎｄ Ｃ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ，ｅｄｓ．）；Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ（Ｊ．Ｍ．Ｍｉｌｌｅｒ ａｎｄ Ｍ．Ｐ．Ｃａｌｏｓ，ｅｄｓ．，１９８７）；ＰＣＲ：Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ，（Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９４）；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｊ．Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９１）；Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，１９９９）；Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ（Ｃ．Ａ．Ｊａｎｅｗａｙ ａｎｄ Ｐ．Ｔｒａｖｅｒｓ，１９９７）；Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｐ．Ｆｉｎｃｈ，１９９７）；Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｄ．Ｃａｔｔｙ．，ｅｄ．，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，１９８８－１９８９）；Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｐ．Ｓｈｅｐｈｅｒｄ ａｎｄ Ｃ．Ｄｅａｎ，ｅｄｓ．，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，２０００）；Ｕｓｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｅ．Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｄ．Ｌａｎｅ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９９）；Ｔｈｅ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｍ．Ｚａｎｅｔｔｉ ａｎｄ Ｊ．Ｄ．Ｃａｐｒａ，ｅｄｓ．，Ｈａｒｗｏｏｄ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，１９９５）；及びＣａｎｃｅｒ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ（Ｖ．Ｔ．ＤｅＶｉｔａ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｊ．Ｂ．Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９３）；及びその最新バージョンに記載されている広く利用されている方法などを使用して通例用いられているものである。
Ｉ．定義
別段に定義されていない限り、本開示と関連して使用されている科学及び専門用語は、普通の技能の当業者が通常理解する意味を有することとする。さらに、文脈によって別段に求められたり、または明示されていない限り、単数形の用語は、複数形を含むこととし、複数形の用語は、単数形を含むこととする。様々な情報源または参照文献の間で定義に何らかの矛盾がある場合には、本明細書において提供されている定義が優先されることとする。
本明細書に記載の本発明の実施形態には、「からなる」及び／または「から本質的になる」実施形態が含まれることが理解される。本明細書で使用する場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、別段に示されていない限り、複数形の言及も含む。本明細書における用語「または」の使用は、選択肢が相互に排他的であることを意味することを意図したものではない。
本出願では、「または」の使用は、明確に述べられていない限り、「及び／または」を意味するか、または当業者によって理解される。複数の従属請求項の文脈において、「または」の使用は、２つ以上の先行する独立または従属請求項を参照する。
当業者には理解されるとおり、本明細書における「約」の値またはパラメーターについての言及は、その値またはパラメーター自体を対象とする実施形態を含む（及び記載している）。例えば、「約Ｘ」に関する記載は、「Ｘ」の記載を含む。
用語「核酸分子」、「核酸」及び「ポリヌクレオチド」は、互換的に使用されることがあり、ヌクレオチドのポリマーを指す。そのようなヌクレオチドのポリマーは、天然及び／または非天然ヌクレオチドを含有してよく、それには、これに限定されないが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、及びＰＮＡが含まれる。「核酸配列」は、核酸分子またはポリヌクレオチドを含むヌクレオチドの線状配列を指す。
用語「ポリペプチド」及び「タンパク質」は、アミノ酸残基のポリマーを指すために互換的に使用されており、最小長さに限定されない。そのようなアミノ酸残基のポリマーは、天然または非天然アミノ酸残基を含有してよく、それには、これに限定されないが、アミノ酸残基のペプチド、オリゴペプチド、二量体、三量体、及び多量体が含まれる。全長タンパク質及びその断片の両方が、この定義に包含される。この用語にはまた、ポリペプチドの発現後修飾、例えば、グリコシル化、シアリル化、アセチル化、リン酸化などが含まれる。さらに、本開示の目的では、「ポリペプチド」は、そのタンパク質が所望の活性を維持する限り、修飾、例えば欠失、付加、及び置換を含むタンパク質（一般に、天然では保存的）、天然配列を指す。これらの修飾は、特定部位の変異誘発を介するような計画的なものであってもよいし、またはタンパク質を生成する宿主の変異またはＰＣＲ増幅によるエラーを介するような偶発的なものであってもよい。
「ＰＤ－１」及び「ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ ｄｅａｔｈ １」は、本明細書で使用する場合、細胞においてＰＤ－１の発現及びプロセシングから生じる任意の天然ＰＤ－１を指す。この用語は、別段に示されていない限り、哺乳類、例えば霊長類（例えばヒト及びカニクイザル）及びげっ歯類（例えばマウス及びラット）を含む任意の脊椎動物供給源からのＰＤ－１を含む。この用語はまた、天然に存在するＰＤ－１のバリアント、例えば、スプライシングバリアントまたは対立遺伝子バリアントを含む。例示的なヒトＰＤ－１前駆体タンパク質のアミノ酸配列（シグナル配列、アミノ酸１～２０を含む）は、配列番号１に示されている。例示的な成熟ヒトＰＤ－１のアミノ酸配列は、配列番号３８２に示されている。例示的なマウスＰＤ－１前駆体タンパク質のアミノ酸配列（シグナル配列、アミノ酸１～２０を含む）は、配列番号２に示されている。例示的な成熟マウスＰＤ－１のアミノ酸配列は、配列番号３８３に示されている。例示的なカニクイザルＰＤ－１前駆体タンパク質のアミノ酸配列（シグナル配列、アミノ酸１～２０を含む）は、配列番号３に示されている。例示的な成熟カニクイザルサルＰＤ－１のアミノ酸配列は、配列番号３８４に示されている。
抗原またはエピトープに対する用語「特異的に結合する」は、当技術分野で十分に理解されている用語であり、そのような特異的結合を決定する方法も、当技術分野でよく知られている。別の細胞または物質と反応または会合するよりも、より頻繁に、より急速に、より長い持続期間で、及び／またはより高い親和性で、特定の細胞または物質と反応または会合する場合に、分子は、「特異的結合」または「優先的結合」を示すと述べられる。他の物質に結合するよりも、より高い親和性、結合活性で、より容易に、及び／またはより長い持続期間で結合する場合に、抗体は、標的に「特異的に結合する」または「優先的に結合する」。例えば、ＰＤ－１エピトープに特異的または優先的に結合する抗体は、他のＰＤ－１エピトープまたは非ＰＤ－１エピトープに結合するよりも、より高い親和性、結合活性で、より容易に、及び／またはより長い持続期間で、このエピトープに結合する抗体である。この定義を読むことによって、例えば、第１の標的に特異的または優先的に結合する抗体（または部分もしくはエピトープ）が、第２の標的に特異的または優先的に結合してもよいし、またはしなくてもよいことも理解される。したがって、「特異的結合」または「優先的結合」は、排他的結合を（含んでもよいが）必ずしも必要としない。一般に、結合についての言及は、優先的結合を意味するが、必ずしもそうとは限らない。「特異性」は、結合タンパク質が抗原に選択的に結合する能力を指す。
本明細書で使用する場合、「実質的に純粋な」は、少なくとも５０％純粋（すなわち、混入物を非含有）、より好ましくは、少なくとも９０％純粋、より好ましくは、少なくとも９５％純粋、まだより好ましくは、少なくとも９８％純粋、及び最も好ましくは、少なくとも９９％純粋な物質を指す。
本明細書で使用する場合、用語「エピトープ」は、抗原結合分子（例えば抗体、抗体断片、または抗体結合領域を含有する骨格タンパク質）が結合する標的分子（例えば抗原、例えばタンパク質、核酸、炭水化物または脂質）上の部位を指す。エピトープは多くの場合に、アミノ酸、ポリペプチドまたは糖側鎖などの分子の化学的に活性な表面集団を含み、特異的な三次元構造特徴、さらには特異的な電荷特性を有する。エピトープは、標的分子の連続及び／または並列の非連続残基の両方（例えば、アミノ酸、ヌクレオチド、糖、脂質部分）から形成され得る。連続残基（例えば、アミノ酸、ヌクレオチド、糖、脂質部分）から形成されるエピトープは典型的には、変性溶媒に暴露されても維持されるが、三次元フォールディングによって形成されたエピトープは典型的には、変性溶媒で処理すると失われる。エピトープは、これに限定されないが、少なくとも３、少なくとも５または８～１０残基（例えば、アミノ酸またはヌクレオチド）を含んでもよい。一部の例では、エピトープは、２０残基長（例えば、アミノ酸またはヌクレオチド）未満、１５残基長未満または１２残基長未満である。２つの抗体が、抗原について競合結合を示す場合、それらは１つの抗原内の同じエピトープに結合してもよい。一部の実施形態では、抗原結合分子上のＣＤＲ残基への一定の最小限の距離によって、エピトープは特定され得る。一部の実施形態では、エピトープは、上記の距離によって特定され、抗体残基と抗原残基との間の結合（例えば、水素結合）に関与する残基にさらに限定され得る。エピトープは、様々なスキャンによっても特定され得、例えばアラニンまたはアルギニンスキャンは、抗原結合分子が相互作用し得る１個または複数の残基を示し得る。明示されていない限り、エピトープとしての残基セットは、他の残基を、特定の抗体のためのエピトープの一部であることから排除するものではない。むしろ、そのようなセットの存在は、エピトープの最小限のシリーズ（または種のセット）を指定している。したがって、一部の実施形態では、エピトープとして特定された残基セットは、抗原上のエピトープのための残基の排他的なリストではなく、抗原に適切な最小限のエピトープを指定している。
「非線状エピトープ」または「立体構造エピトープ」は、そのエピトープに特異的な抗体が結合する抗原タンパク質内の非連続ポリペプチド、アミノ酸及び／または糖を含む。一部の実施形態では、残基のうちの少なくとも１個は、エピトープの他の特筆された残基と非連続であるが；しかしながら、残基のうちの１個または複数は、他の残基と連続していてもよい。
「線状エピトープ」は、そのエピトープに特異的な抗体が結合する、抗原タンパク質内の連続ポリペプチド、アミノ酸及び／または糖を含む。一部の実施形態では、線状エピトープ内の残基すべてが抗体と直接結合する（または結合に関与する）必要があるわけではないことが特筆される。一部の実施形態では、線状エピトープは、事実上、線状エピトープの配列からなるペプチドでの免疫化に由来し得るか、または残りのタンパク質から、（抗体が少なくとも主に、ちょうどその配列セクションと相互作用し得るように）相対的に単離されたタンパク質の構造セクションに由来し得る。
本明細書における用語「抗体」は、最も広範な意味で使用され、これに限定されないが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性（二重特異性Ｔ細胞エンゲージャーなど）及び三重特異性抗体）、及び所望の抗原結合活性を示す限り、抗体断片を含む様々な抗体構造を包含する。
抗体という用語には、これに限定されないが、抗原に結合し得る断片、例えば、Ｆｖ、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ジｓｃＦｖ、ｓｄＡｂ（単一ドメイン抗体）及び（Ｆａｂ’）２（化学的に連結させたＦ（ａｂ’）２を含む）が含まれる。抗体のパパイン消化によって、２つの同一の抗原結合断片（「Ｆａｂ」断片と呼ばれ、それぞれ単一の抗原結合部位を含む）と、残りの「Ｆｃ」断片（この名前は、容易に結晶化するその能力を反映している）とが生じる。ペプシン処理は、２つの抗原結合部位を有し、かつ抗原をまだ架橋することができるＦ（ａｂ’）２断片をもたらす。抗体という用語には、これに限定されないが、キメラ抗体、ヒト化抗体、及びマウス、ヒト、カニクイザルなどの様々な種の抗体も含まれる。さらに、本明細書で提供する抗体構築物のすべてについて、他の生体からの配列を有するバリアントも企図される。したがって、抗体のヒトバージョンが開示されている場合、当業者は、ヒト配列をベースとする抗体をマウス、ラット、ネコ、イヌ、ウマなどの配列に変換する方法が分かるであろう。抗体断片には、一本鎖ｓｃＦｖ、タンデム型ジｓｃＦｖ、二重特異性抗体、タンデム型トリｓｄｃＦｖ、ミニボディなどのいずれの配向も含まれる。抗体断片には、ナノボディ（ｓｄＡｂ、単一モノマードメインを有する抗体、例えば、軽鎖を含まない重鎖の可変ドメイン対）も含まれる。抗体断片は、一部の実施形態では特定の種であるとみなされ得る（例えば、ヒトｓｃＦｖまたはマウスｓｃＦｖ）。これは、構築物の源ではなく、非ＣＤＲ領域の少なくとも一部の配列を示している。
用語「モノクローナル抗体」は、実質的に均一な抗体集団からなる、すなわち、その集団を構成する個々の抗体が、少量で存在してもよい天然に存在し得る変異を除いて同一である抗体を指す。モノクローナル抗体は、非常に特異的であり、単一の抗原部位を指向する。さらに、典型的には種々の決定子（エピトープ）を指向する種々の抗体を含むポリクローナル抗体製剤とは対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定子を指向する。したがって、モノクローナル抗体のサンプルは、抗原上の同じエピトープに結合し得る。修飾語句「モノクローナル」は、実質的に均一な抗体集団から得られているという抗体の特徴を示しており、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とすると解釈されるべきではない。例えば、モノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，１９７５，Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５によって最初に記載されたハイブリドーマ法によって作製されてもよいし、または米国特許第４，８１６，５６７号に記載されているような組換えＤＮＡ法によって作製されてもよい。モノクローナル抗体は、例えばＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ ｅｔ ａｌ．，１９９０，Ｎａｔｕｒｅ ３４８：５５２－５５４に記載の技術を使用して生成されたファージライブラリーから単離されてもよい。
用語「ＣＤＲ」は、当業者に対して少なくとも１種の特定手法によって定義されるとおりの相補性決定領域を示す。一部の実施形態では、ＣＤＲは、Ｃｈｏｔｈｉａ番号付けスキーム、Ｋａｂａｔ番号付けスキーム、Ｋａｂａｔ及びＣｈｏｔｈｉａの組み合わせ、ＡｂＭ定義、接触定義、及び／またはＫａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＡｂＭ、及び／または接触定義の組み合わせのいずれかに従って定義され得る。例示的なＣＤＲ（ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、ＣＤＲ－Ｌ３、ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、及びＣＤＲ－Ｈ３）は、Ｌ１のアミノ酸残基２４～３４、Ｌ２の５０～５６、Ｌ３の８９～９７、Ｈ１の３１～３５Ｂ、Ｈ２の５０～６５、及びＨ３の９５～１０２で生じる（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ（１９９１））。ＡｂＭ定義は、例えば、ＣＤＲ（ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、ＣＤＲ－Ｌ３、ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、及びＣＤＲ－Ｈ３）をＬ１のアミノ酸残基２４～３４、Ｌ２の５０～５６、Ｌ３の８９～９７、Ｈ１のＨ２６～Ｈ３５Ｂ、Ｈ２の５０～５８、及びＨ３の９５～１０２に含み得る。接触定義は、例えば、ＣＤＲ（ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、ＣＤＲ－Ｌ３、ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、及びＣＤＲ－Ｈ３）をＬ１のアミノ酸残基３０～３６、Ｌ２の４６～５５、Ｌ３の８９～９６、Ｈ１の３０～３５、Ｈ２の４７～５８、及びＨ３の９３～１０１に含み得る。Ｃｈｏｔｈｉａ定義は、例えば、ＣＤＲ（ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、ＣＤＲ－Ｌ３、ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、及びＣＤＲ－Ｈ３）をＬ１のアミノ酸残基２４～３４、Ｌ２の５０～５６、Ｌ３の８９～９７、Ｈ１の２６～３２…３４、Ｈ２の５２～５６、及びＨ３の９５～１０２に含み得る。ＣＤＲはまた、添付の図面のうちのいずれか１つまたは複数に示されているとおりにも提示され得る。ＶＨにおけるＣＤＲ１を除いて、ＣＤＲは一般に、超可変ループを形成するアミノ酸残基を含む。抗体内の様々なＣＤＲを、それらの適切な数及び鎖の種類によって、限定ではないが次を含めて：ａ）ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、ＣＤＲ－Ｌ３、ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、及びＣＤＲ－Ｈ３；ｂ）ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、及びＣＤＲＨ３；ｃ）ＬＣＤＲ－１、ＬＣＤＲ－２、ＬＣＤＲ－３、ＨＣＤＲ－１、ＨＣＤＲ－２、及びＨＣＤＲ－３；またはｄ）ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、ＬＣＤＲ３、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３；などとして指定することができる。用語「ＣＤＲ」は、超可変ループを含むＨＶＲまたは「超可変領域」も包含するように本明細書では使用される。例示的な超可変ループは、アミノ酸残基２６～３２（Ｌ１）、５０～５２（Ｌ２）、９１～９６（Ｌ３）、２６～３２（Ｈ１）、５３～５５（Ｈ２）、及び９６～１０１（Ｈ３）に生じる（Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７（１９８７））。
用語「重鎖可変領域」は、本明細書で使用する場合、少なくとも３つの重鎖ＣＤＲを含む領域を指す。一部の実施形態では、重鎖可変領域は、３つのＣＤＲならびに少なくともＦＲ２及びＦＲ３を含む。一部の実施形態では、重鎖可変領域は、少なくとも重鎖ＨＣＤＲ１、フレームワーク（ＦＲ）２、ＨＣＤＲ２、ＦＲ３、及びＨＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、重鎖可変領域はまた、ＦＲ１の少なくとも一部及び／またはＦＲ４の少なくとも一部を含む。
用語「重鎖定常領域」は、本明細書で使用する場合、少なくとも３つの重鎖定常ドメイン、ＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３を含む領域を指す。もちろん、別段に指定されていない限り、ドメイン内での、機能を変更させない欠失及び改変は、用語「重鎖定常領域」の範囲内に包含される。非限定的な例示的な重鎖定常領域には、γ、δ、及びαが含まれる。非限定的な例示的な重鎖定常領域にはε及びμも含まれる。各重鎖定常領域は、抗体アイソタイプに対応する。例えば、γ定常領域を含む抗体は、ＩｇＧ抗体であり、δ定常領域を含む抗体は、ＩｇＤ抗体であり、α定常領域を含む抗体は、ＩｇＡ抗体である。さらに、μ定常領域を含む抗体は、ＩｇＭ抗体であり、ε定常領域を含む抗体は、ＩｇＥ抗体である。ある種のアイソタイプは、サブクラスにさらに細分化され得る。例えば、ＩｇＧ抗体には、これに限定されないが、ＩｇＧ１（γ１定常領域を含む）、ＩｇＧ２（γ２定常領域を含む）、ＩｇＧ３（γ３定常領域を含む）、及びＩｇＧ４（γ４定常領域を含む）抗体が含まれ；ＩｇＡ抗体には、これに限定されないが、ＩｇＡ１（α１定常領域を含む）及びＩｇＡ２（α２定常領域を含む）抗体が含まれ；ＩｇＭ抗体には、これに限定されないが、ＩｇＭ１及びＩｇＭ２が含まれる。
用語「重鎖」は、本明細書で使用する場合、リーダー配列を伴って、または伴わずに少なくとも１つの重鎖可変領域を含むポリペプチドを指す。一部の実施形態では、重鎖は、重鎖定常領域の少なくとも一部を含む。用語「全長重鎖」は、本明細書で使用する場合、リーダー配列を伴って、または伴わずに重鎖可変領域及び重鎖定常領域を含むポリペプチドを指す。
用語「軽鎖可変領域」は、本明細書で使用する場合、少なくとも３つの軽鎖ＣＤＲを含む領域を指す。一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、３つのＣＤＲならびに少なくともＦＲ２及びＦＲ３を含む。一部の実施形態では、軽鎖可変領域は、少なくとも軽鎖ＬＣＤＲ１、フレームワーク（ＦＲ）２、ＬＣＤＲ２、ＦＲ３、及びＬＣＤＲ３を含む。例えば、軽鎖可変領域は、軽鎖ＣＤＲ１、フレームワーク（ＦＲ）２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、及びＣＤＲ３を含んでよい。一部の実施形態では、軽鎖可変領域はまた、ＦＲ１の少なくとも一部及び／またはＦＲ４の少なくとも一部を含む。
用語「軽鎖定常領域」は、本明細書で使用する場合、軽鎖定常ドメイン、ＣＬを含む領域を指す。非限定的な例示的な軽鎖定常領域には、λ及びκが含まれる。もちろん、別段に指定されていない限り、ドメイン内での、機能を変更させない欠失及び改変は、用語「軽鎖定常領域」の範囲内に包含される。
用語「軽鎖」は、本明細書で使用する場合、リーダー配列を伴って、または伴わずに少なくとも１つの軽鎖可変領域を含むポリペプチドを指す。一部の実施形態では、軽鎖は、軽鎖定常領域の少なくとも一部を含む。用語「全長軽鎖」は、本明細書で使用する場合、リーダー配列を伴って、または伴わずに軽鎖可変領域及び軽鎖定常領域を含むポリペプチドを指す。
本明細書における目的での「アクセプターヒトフレームワーク」は、下に定義するとおり、ヒト免疫グロブリンフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワークに由来する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）フレームワークまたは重鎖可変ドメイン（ＶＨ）フレームワークのアミノ酸配列を含むフレームワークである。ヒト免疫グロブリンフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワークに由来するアクセプターヒトフレームワークは、その同じアミノ酸配列を含んでもよいし、またはアミノ酸配列の変化を含んでもよい。一部の実施形態では、アミノ酸変化の数は、１０以下、９以下、８以下、７以下、６以下、５以下、４以下、３以下、または２以下である。一部の実施形態では、ＶＬアクセプターヒトフレームワークは、配列において、ＶＬヒト免疫グロブリンフレームワーク配列またはヒトコンセンサスフレームワーク配列と同一である。
「親和性」は、分子（例えば、抗体）の単一結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）との間の非共有相互作用の総計の強度を指す。分子Ｘの、そのパートナーＹについての親和性は一般に、解離定数（ＫＤ）によって表され得る。親和性は、当技術分野で知られている通常の方法によって測定され得る（例えば、本明細書に記載のものを含む、ＥＬＩＳＡ ＫＤ、ＫｉｎＥｘＡ、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）、及び／または表面プラスモン共鳴デバイス（ＢＩＡｃｏｒｅ（登録商標）デバイスなど）など）。
用語「ＫＤ」は、本明細書で使用する場合、抗体－抗原相互作用の平衡解離定数を指す。
一部の実施形態では、抗体の「ＫＤ」、「Ｋｄ」、「Ｋｄ」または「Ｋｄ値」は、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）－２０００またはＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）－３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、Ｎ．Ｊ．）を２５℃で固定化抗原ＣＭ５チップと共に約１０応答単位（ＲＵ）で使用する表面プラスモン共鳴アッセイを用いることによって測定される。簡単に述べると、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（ＣＭ５、ＢＩＡＣＯＲＥ，Ｉｎｃ．）を、供給者の指示に従ってＮ－エチル－Ｎ’－（３－ジメチルアミノプロピル）－カルボジイミドヒドロクロリド（ＥＤＣ）及びＮ－ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）で活性化させる。抗原を１０ｍＭ酢酸ナトリウム、ｐＨ４．８で５μｇ／ｍｌ（約０．２μＭ）に希釈し、その後、５μＬ／分の流速で注入して、およそ１０応答単位（ＲＵ）の結合タンパク質を達成する。抗原の注入後に、１Ｍエタノールアミンを、未反応の基を遮断するために注入する。反応速度を測定するために、０．０５％ＴＷＥＥＮ－２０（商標）界面活性剤（ＰＢＳＴ）を含むＰＢＳ中にポリペプチド、例えば、全長抗体の系列希釈物を２５℃で、およそ２５μＬ／分の流速で注入する。会合速度（ｋｏｎ）及び解離速度（ｋｏｆｆ）を、単純な１対１Ｌａｎｇｍｕｉｒ結合モデル（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｓｏｆｔｗａｒｅ、バージョン３．２）を使用して会合及び解離センサーグラムを同時フィッティングさせることによって計算する。平衡解離定数（Ｋｄ）を比ｋｏｆｆ／ｋｏｎとして計算する。例えば、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９３：８６５－８８１（１９９９）を参照されたい。上の表面プラスモン共鳴アッセイによって、オン・レート（ｏｎ－ｒａｔｅ）が１０６Ｍ－１ｓ－１を超えた場合、分光計、例えば、ストップフローを備えた分光計（Ａｖｉｖ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）または撹拌キュベットを備えた８０００－ｓｅｒｉｅｓ ＳＬＭ－ＡＭＩＮＣＯ（商標）分光光度計（ＴｈｅｒｍｏＳｐｅｃｔｒｏｎｉｃ）で測定されるように、抗原の漸増濃度の存在下でＰＢＳ、ｐＨ７．２中２０ｎＭ抗抗原抗体の２５℃での蛍光発光強度（励起＝２９５ｎｍ；発光＝３４０ｎｍ、１６ｎｍバンドパス）の増減を測定する蛍光クエンチング技術を用いることによって、オン・レートを決定することができる。
一部の実施形態では、前記２つの値（例えば、Ｋｄ値）の間の差異は、実質的に同じ、例えば、基準／比較値を関数として約５０％未満、約４０％未満、約３０％未満、約２０％未満、及び／または約１０％未満である。
一部の実施形態では、前記２つの値（例えば、Ｋｄ値）の間の差異は、実質的に異なる、例えば、基準／比較分子の値を関数として約１０％超、約２０％超、約３０％超、約４０％超、及び／または約５０％超である。
「表面プラスモン共鳴」は、例えばＢＩＡｃｏｒｅ（商標）ｓｙｓｔｅｍ（ＢＩＡｃｏｒｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＡＢ、ａ ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ ｃｏｍｐａｎｙ，Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ及びＰｉｓｃａｔａｗａｙ，Ｎ．Ｊ．）を使用して、バイオセンサーマトリックス内のタンパク質濃度の変化を検出することによってリアルタイム生物特異的相互作用の分析を可能にする光学現象を示す。さらなる説明については、Ｊｏｎｓｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ａｎｎ．Ｂｉｏｌ．Ｃｌｉｎ．５１：１９－２６を参照されたい。
「バイオレイヤー干渉法」は、バイオセンサーチップ上の固定化タンパク質の層及び内部基準層から反射された光の干渉パターンを分析する光学分析技法を指す。バイオセンサーチップに結合した分子の数の変化が、干渉パターンのシフトをもたらし、それを、リアルタイムで測定することができる。バイオレイヤー干渉法のための非限定的な例示的なデバイスは、ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｏｃｔｅｔ（登録商標）ＲＥＤ９６ ｓｙｓｔｅｍ（Ｐａｌｌ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）である。例えば、Ａｂｄｉｃｈｅ ｅｔ ａｌ．，２００８，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．３７７：２０９－２７７を参照されたい。
用語「ｋｏｎ」は、本明細書で使用する場合、抗原への抗体の会合についての速度定数を指す。具体的には、速度定数（ｋｏｎ及びｋｏｆｆ）及び平衡解離定数は、ＩｇＧ（二価）を一価ＰＤ－１抗原と共に使用して測定される。「Ｋｏｎ」、「ｋｏｎ」、「会合速度定数」、または「ｋａ」は、本明細書では互換的に使用される。この値は、式：抗体（「Ａｂ」）＋抗原（「Ａｇ」）→Ａｂ－Ａｇによって示される、結合タンパク質の、その標的抗原への結合速度または抗体と抗原との間の複合体形成速度を示す。用語「ｋｏｆｆ」は、本明細書で使用する場合、抗体／抗原複合体からの抗体の解離についての速度定数を指す。ｋｏｆｆは、「Ｋｏｆｆ」または「解離速度定数」としても示される。この値は、式：Ａｂ＋Ａｇ←Ａｂ－Ａｇによって示される、抗体の、その標的抗原からの解離速度またはＡｂ－Ａｇ複合体の、遊離抗体及び抗原への経時的な分離を示す。
用語「生物学的活性」は、分子のいずれか１つまたは複数の生物学的特性を指す（ｉｎ ｖｉｖｏで見出されるとおり天然に存在するか、または組換え手段によって得られる、もしくは可能であるかに関わらない）。生物学的特性には、これに限定されないが、受容体との結合、細胞増殖の誘導、細胞成長の阻害、他のサイトカインの誘導、アポトーシスの誘導、及び酵素活性が含まれる。一部の実施形態では、ＰＤ－１タンパク質の生物学的活性には、例えば、抗原特異的Ｔ細胞におけるアポトーシスの促進、制御性Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞におけるアポトーシスの減少、Ｔ細胞の活性化の阻害、Ｔ細胞の増殖の阻害、及びＴ細胞アネルギーまたは病弊の助長が含まれる。
「親和性成熟」抗体は、改変を有さない親抗体と比較して、１つまたは複数のＣＤＲに１つまたは複数の改変を含み、そのような改変が、抗原についての抗体の親和性の改善をもたらしている抗体を指す。
「キメラ抗体」は、本明細書で使用する場合、重鎖及び／または軽鎖の一部が特定の供給源または種に由来する一方で、残りの重鎖及び／または軽鎖の少なくとも一部が、異なる供給源または種に由来する抗体を指す。一部の実施形態では、キメラ抗体は、第１の種（例えば、マウス、ラット、カニクイザルなど）からの少なくとも１つの可変領域及び第２の種（例えば、ヒト、カニクイザルなど）からの少なくとも１つの定常領域を含む抗体を指す。一部の実施形態では、キメラ抗体は、少なくとも１つのマウス可変領域及び少なくとも１つのヒト定常領域を含む。一部の実施形態では、キメラ抗体は、少なくとも１つのカニクイザル可変領域及び少なくとも１つのヒト定常領域を含む。一部の実施形態では、キメラ抗体の可変領域はすべて、第１の種に由来し、かつキメラ抗体の定常領域はすべて、第２の種に由来する。キメラ構築物は、上記のとおり機能性断片であってもよい。
「ヒト化抗体」は、本明細書で使用する場合、非ヒト可変領域のフレームワーク領域内の少なくとも１個のアミノ酸が、ヒト可変領域からの対応するアミノ酸で置き換えられている抗体を指す。一部の実施形態では、ヒト化抗体は、少なくとも１つのヒト定常領域またはその断片を含む。一部の実施形態では、ヒト化抗体は、抗体断片、例えばＦａｂ、ｓｃＦｖ、（Ｆａｂ’）２などである。ヒト化という用語も、非ヒト免疫グロブリンの最小限の配列を含有するキメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖、またはその断片（Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２または抗体の他の抗原結合配列など）である非ヒト（例えば、マウス）抗体の形態を示す。ヒト化抗体は、レシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ）からの残基が所望の特異性、親和性、及び能力を有する非ヒト種（ドナー抗体）、例えばマウス、ラット、またはウサギのＣＤＲからの残基に置き換えられているヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）を含み得る。一部の事例では、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク領域（ＦＲ）残基が、対応する非ヒト残基によって置き換えられている。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にも移入ＣＤＲもしくはフレームワーク配列にも見出されない残基を含んでもよいが、それらは、抗体性能をさらに精密化する、及び最適化するために含まれる。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１個、典型的には２個の可変ドメインの実質的にすべてを含んでよく、その際、ＣＤＲ領域のすべて、または実質的にすべてが、非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、かつＦＲ領域のすべて、または実質的にすべてが、ヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のものである。一部の実施形態では、ヒト化抗体はまた、免疫グロブリン定常領域またはドメイン（Ｆｃ）の少なくとも一部、典型的にはヒト免疫グロブリンのものを含んでよい。ヒト化抗体の他の形態は、元の抗体に関して改変されていて、元の抗体からの１つまたは複数のＣＤＲ「に由来する」１つまたは複数のＣＤＲとも称される、１つまたは複数のＣＤＲ（ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、及び／またはＣＤＲＨ３）を有する。認められるであろうとおり、ヒト化配列は、その一次配列によって特定することができ、抗体が作製されたプロセスを必ずしも示さない。
「ＣＤＲグラフト抗体」は、本明細書で使用する場合、第１の（非ヒト）種の１つまたは複数の相補性決定領域（ＣＤＲ）が第２の（ヒト）種のフレームワーク領域（ＦＲ）上にグラフトされているヒト化抗体を指す。
「ヒト抗体」には、本明細書で使用する場合、ヒトで産生された抗体、ヒト免疫グロブリン遺伝子を含む非ヒト動物、例えばＸｅｎｏＭｏｕｓｅ（登録商標）マウスで産生された抗体、及びｉｎ ｖｉｔｒｏ法、例えばファージディスプレイ（Ｖａｕｇｈａｎ ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１４：３０９－３１４；Ｓｈｅｅｔｓ ｅｔ ａｌ．，１９９８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）９５：６１５７－６１６２；Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ，１９９１，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１；Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，１９９１，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１）を使用して選択された抗体（この場合、抗体のレパートリーはヒト免疫グロブリン配列に基づく）が包含される。用語「ヒト抗体」は、ヒト配列である配列種を示す。したがって、この用語は、抗体が作製されたプロセスではなく、関連する配列種を指定するものである。
「機能性Ｆｃ領域」は、天然配列Ｆｃ領域の「エフェクター機能」を有する。例示的な「エフェクター機能」には、Ｆｃ受容体結合；Ｃ１ｑ結合；ＣＤＣ；ＡＤＣＣ；食作用；細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体；ＢＣＲ）の下方調節などが含まれる。そのようなエフェクター機能は一般に、結合ドメイン（例えば、抗体可変ドメイン）と結合するためにＦｃ領域を必要とし、様々なアッセイを使用して評価することができる。
「天然配列Ｆｃ領域」は、天然において見出されるＦｃ領域のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を含む。天然配列ヒトＦｃ領域には、天然配列ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ領域（非Ａ及びＡアロタイプ）；天然配列ヒトＩｇＧ２ Ｆｃ領域；天然配列ヒトＩｇＧ３ Ｆｃ領域；及び天然配列ヒトＩｇＧ４ Ｆｃ領域、さらには天然に存在するそのバリアントが含まれる。
「バリアントＦｃ領域」は、少なくとも１つのアミノ酸修飾によって天然配列Ｆｃ領域のアミノ酸配列とは異なるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、「バリアントＦｃ領域」は、少なくとも１つのアミノ酸修飾によって天然配列Ｆｃ領域のアミノ酸配列とは異なるが、天然配列Ｆｃ領域の少なくとも１つのエフェクター機能をまだ維持しているアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、バリアントＦｃ領域は、天然配列Ｆｃ領域または親ポリペプチドのＦｃ領域と比較して少なくとも１つのアミノ酸置換、例えば、約１～約１０のアミノ酸置換、好ましくは、約１～約５のアミノ酸置換を天然配列Ｆｃ領域に、または親ポリペプチドのＦｃ領域に有する。一部の実施形態では、本明細書におけるバリアントＦｃ領域は、天然配列Ｆｃ領域及び／または親ポリペプチドのＦｃ領域に対して少なくとも約８０％配列同一性、それに対して少なくとも約９０％配列同一性、それに対して少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％配列同一性を有する。
「Ｆｃ受容体」または「ＦｃＲ」は、抗体のＦｃ領域に結合する受容体を表す。一部の実施形態では、ＦｃγＲは、天然ヒトＦｃＲである。一部の実施形態では、ＦｃＲは、ＩｇＧ抗体（ガンマ受容体）に結合するものであり、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、及びＦｃγＲＩＩＩサブクラスの受容体を含み、これらの受容体の対立遺伝子バリアント及びオルタナティブスプライシング型が含まれる。ＦｃγＲＩＩ受容体は、ＦｃγＲＩＩＡ（「活性化受容体」）及びＦｃγＲＩＩＢ（「阻害受容体」）を含み、これらは、主にその細胞質ドメインにおいて異なる同様のアミノ酸配列を有する。活性化受容体ＦｃγＲＩＩＡは、免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）をその細胞質ドメインに含有する。阻害受容体ＦｃγＲＩＩＢは、免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ（ＩＴＩＭ）をその細胞質ドメインに含有する。（例えば、Ｄａｅｒｏｎ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５：２０３－２３４（１９９７）を参照されたい）。ＦｃＲは、例えば、Ｒａｖｅｔｃｈ ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ ９：４５７－９２（１９９１）；Ｃａｐｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ ４：２５－３４（１９９４）；及びｄｅ Ｈａａｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｌａｂ．Ｃｌｉｎ．Ｍｅｄ．１２６：３３０－４１（１９９５）において概説されている。将来特定されるものを含む他のＦｃＲも、本明細書における用語「ＦｃＲ」に包含される。
用語「Ｆｃ受容体」または「ＦｃＲ」は、胎児への母性ＩｇＧの輸送（Ｇｕｙｅｒ ｅｔ ａｌ．、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７（１９７６）及びＫｉｍ ｅｔ ａｌ．、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９（１９９４））及び免疫グロブリンのホメオスターシスの調節を担う新生児型受容体、ＦｃＲｎも含む。ＦｃＲｎへの結合を測定する方法は知られている（例えば、Ｇｈｅｔｉｅ ａｎｄ Ｗａｒｄ．，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ １８（１２）：５９２－５９８（１９９７）；Ｇｈｅｔｉｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１５（７）：６３７－６４０（１９９７）；Ｈｉｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７９（８）：６２１３－６２１６（２００４）；ＷＯ ２００４／９２２１９（Ｈｉｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．）を参照されたい）。
「エフェクター機能」は、抗体のＦｃ領域に帰せられる生物学的活性を指し、これは、抗体アイソタイプによって変動する。抗体エフェクター機能の例には、Ｃｌｑ結合及び補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）；Ｆｃ受容体結合；抗体依存性細胞媒介細胞傷害性（ＡＤＣＣ）；食作用；細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）の下方調節；ならびにＢ細胞活性化が含まれる。
「ヒトエフェクター細胞」は、１つまたは複数のＦｃＲを発現し、エフェクター機能を行う白血球である。一部の実施形態では、この細胞は、少なくともＦｃγＲＩＩＩを発現し、ＡＤＣＣエフェクター機能（複数可）を行う。ＡＤＣＣを媒介するヒト白血球の例には、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、単球、細胞傷害性Ｔ細胞、及び好中球が含まれる。エフェクター細胞は、天然源から、例えば、血液から単離され得る。
「抗体依存性細胞媒介細胞傷害性」または「ＡＤＣＣ」は、ある種の細胞傷害性細胞（例えば、ＮＫ細胞、好中球、及びマクロファージ）上に存在するＦｃ受容体（ＦｃＲ）に結合した分泌Ｉｇが、これらの細胞傷害性エフェクター細胞の抗原保有標的細胞への特異的結合、続く、細胞毒素での標的細胞の死滅を可能にする細胞傷害性の一形態を指す。ＡＤＣＣを媒介するための一次細胞、ＮＫ細胞はＦｃγＲＩＩＩのみを発現するが、単球は、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞上でのＦｃＲ発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ ９：４５７－９２（１９９１）の４６４ページにある表３にまとめられている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するために、ｉｎ ｖｉｔｒｏ ＡＤＣＣアッセイ、例えば、米国特許第５，５００，３６２号または同第５，８２１，３３７号または米国特許第６，７３７，０５６（Ｐｒｅｓｔａ）号に記載されているものを行うことができる。そのようなアッセイのための有用なエフェクター細胞には、ＰＢＭＣ及びＮＫ細胞が含まれる。別法では、または加えて、目的の分子のＡＤＣＣ活性を、ｉｎ ｖｉｖｏで、例えば、動物モデル、例えば、Ｃｌｙｎｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）９５：６５２－６５６（１９９８）に開示されているもので評価してもよい。Ｆｃ領域アミノ酸配列が変更されている追加のポリペプチドバリアント（バリアントＦｃ領域を含むポリペプチド）及びＡＤＣＣ活性の上昇または低下が、例えば、米国特許第７，９２３，５３８号、及び米国特許第７，９９４，２９０号に記載されている。
「補体依存性細胞傷害性」または「ＣＤＣ」は、補体の存在下での標的細胞の溶解を指す。古典的補体経路の活性化は、コグネイト抗原に結合する（適切なサブクラスの）抗体への補体系の第１の成分（Ｃ１ｑ）の結合によって開始される。補体活性化を評価するために、例えばＧａｚｚａｎｏ－Ｓａｎｔｏｒｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２０２：１６３（１９９６）に記載されているようなＣＤＣアッセイを行ってもよい。Ｆｃ領域アミノ酸配列が変更されているポリペプチドバリアント（バリアントＦｃ領域を含むポリペプチド）及びＣ１ｑ結合能の上昇または低下が、例えば、米国特許第６，１９４，５５１Ｂ１号、米国特許第７，９２３，５３８号、米国特許第７，９９４，２９０号及びＷＯ１９９９／５１６４２に記載されている。例えば、Ｉｄｕｓｏｇｉｅ ｅｔ ａｌ．、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８－４１８４（２０００）も参照されたい。
ＦｃＲ結合親和性またはＡＤＣＣ活性が「改変されている」ポリペプチドバリアントは、親ポリペプチドと、または天然配列Ｆｃ領域を含むポリペプチドと比較してＦｃＲ結合活性及び／またはＡＤＣＣ活性が増強または減弱されているものである。ＦｃＲへの「結合の増大を示す」ポリペプチドバリアントは、少なくとも１つのＦｃＲに、親ポリペプチドよりも良好な親和性で結合する。ＦｃＲへの「結合の減少を示す」ポリペプチドバリアントは、少なくとも１つのＦｃＲに、親ポリペプチドよりも低い親和性で結合する。ＦｃＲへの結合の減少を示すそのようなバリアントは、天然配列ＩｇＧ Ｆｃ領域と比較して、ＦｃＲへの認識可能な結合をほとんど有し得ないか、または有し得ない、例えば、ＦｃＲに対して０～２０％の結合を有し得る。
親抗体よりも「より効果的に、ヒトエフェクター細胞の存在下で抗体依存性細胞媒介細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を媒介する」ポリペプチドバリアントは、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで、アッセイで使用されるポリペプチドバリアント及び親抗体の量が本質的に同じである場合に、ＡＤＣＣの媒介においてより有効であるものである。一般に、そのようなバリアントは、本明細書に開示のとおり、ｉｎ ｖｉｔｒｏ ＡＤＣＣアッセイを使用して特定されるが、例えば動物モデルなどにおいてＡＤＣＣ活性を決定するための他のアッセイまたは方法も企図される。
用語「本質的に同様な」または「本質的に同じ」は、本明細書で使用する場合、当業者が、２つ以上の値の間の差異は、前記値によって測定された生物学的特徴の文脈内で、生物学的及び／または統計学的有意性がほとんどない、またはないと判断するような２つ以上の数値間の十分に高程度の類似性を示す。一部の実施形態では、２つ以上の実質的に同様の値は、およそ５％、１０％、１５％、２０％、２５％、または５０％のいずれか１つ以下で異なる。
語句「実質的に異なる」は、本明細書で使用する場合、当業者が、２つの値の間の差異は、前記値によって測定された生物学的特徴の文脈内で、統計学的に有意であると判断するような２つの数値間の十分に高程度の差異を示す。一部の実施形態では、２つの実質的に異なる数値は、およそ１０％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％のいずれか１つよりも大きく異なる。
語句「実質的に減少（低下）した」は、本明細書で使用する場合、当業者が、２つの値の間の差異は、前記値によって測定された生物学的特徴の文脈内で、統計学的に有意であると判断するような数値と基準数値との間の十分に高程度の減少（低下）を示す。一部の実施形態では、実質的に減少（低下）した数値は、基準値と比較して、およそ１０％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％のいずれか１つよりも大きく減少（低下）している。
用語「リーダー配列」は、ポリペプチドのＮ末端に位置し、哺乳類細胞からのポリペプチドの分泌を促進するアミノ酸残基の配列を指す。リーダー配列は、哺乳類細胞からポリペプチドが輸送されると切断されて、成熟タンパク質を形成し得る。リーダー配列は、天然または合成であってよく、それらが結合しているタンパク質に対して異種または同種であってよい。
「天然配列」ポリペプチドは、天然に見出されるポリペプチドと同じアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。したがって、天然配列ポリペプチドは、任意の哺乳類からの天然に存在するポリペプチドのアミノ酸配列を有し得る。そのような天然配列ポリペプチドは、天然から単離されていてもよいし、または組換えもしくは合成手段によって生産されていてもよい。用語「天然配列」ポリペプチドは具体的には、ポリペプチドの天然に存在する短縮化または分泌形態（例えば、細胞外ドメイン配列）、ポリペプチドの天然に存在するバリアント形態（例えば、オルタナティブスプライシング型）及び天然に存在する対立遺伝子バリアントを包含する。
ポリペプチド「バリアント」は、配列をアラインさせ、必要な場合には任意の保存的置換を配列同一性の一部とみなさずに最大パーセントの配列同一性を達成するためにギャップを導入した後に、天然配列ポリペプチドと少なくとも約８０％アミノ酸配列同一性を有する生物学的に活性なポリペプチドを意味する。そのようなバリアントには、例えば、ポリペプチドのＮまたはＣ末端で１個または複数のアミノ酸残基が付加、または欠失しているポリペプチドが含まれる。一部の実施形態では、バリアントは、少なくとも約８０％アミノ酸配列同一性を有する。一部の実施形態では、バリアントは、少なくとも約９０％アミノ酸配列同一性を有する。一部の実施形態では、バリアントは、天然配列ポリペプチドと少なくとも約９５％アミノ酸配列同一性を有する。
本明細書で使用する場合、ペプチド、ポリペプチドまたは抗体配列に関する「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」及び「相同性」は、配列をアラインさせ、必要な場合には任意の保存的置換を配列同一性の一部とみなさずに最大パーセント配列同一性を達成するためにギャップを導入した後に、特定のペプチドまたはポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセンテージと定義される。アミノ酸配列同一性パーセントを決定する目的でのアラインメントは、当技術分野の技能の範囲内の様々な方法で、例えば、公共利用可能なコンピューターソフトウェア、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ－２、ＡＬＩＧＮまたはＭＥＧＡＬＩＧＮ（商標）（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアを使用して達成することができる。当業者であれば、比較する配列の全長にわたって最大アラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、アラインメントを測定するための適切なパラメーターを決定することができる。
アミノ酸置換には、これに限定されないが、ポリペプチド中の１個のアミノ酸を別のアミノ酸で置き換えることが含まれ得る。例示的な置換を表１に示す。アミノ酸置換が目的の抗体に導入され、産物が所望の活性、例えば、抗原結合の維持／改善、免疫原性の低下、またはＡＤＣＣもしくはＣＤＣの改善についてスクリーニングされ得る。
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アミノ酸は、共通の側鎖特性によってグループ分けされ得る：
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
（２）中性親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
（５）鎖配向に影響を及ぼす残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
非保存的置換は、これらのクラスのうちの１つのメンバーを、別のクラスに交換することを伴う。
用語「ベクター」は、宿主細胞において増殖させることができる１つまたは複数のクローン化ポリヌクレオチドを含有するように操作することができるポリヌクレオチドを表すために使用される。ベクターは、次の要素のうちの１個または複数を含み得る：複製開始点、目的のポリペプチドの発現を調節する１つまたは複数の調節配列（例えば、プロモーター及び／またはエンハンサーなど）、及び／または１種または複数の選択マーカー遺伝子（例えば、抗生物質抵抗性遺伝子及び比色アッセイで使用することができる遺伝子、例えば、β－ガラクトシダーゼなど）。用語「発現ベクター」は、宿主細胞において目的のポリペプチドを発現させるために使用されるベクターを指す。
「宿主細胞」は、ベクターまたは単離ポリヌクレオチドのレシピエントであり得るか、またはレシピエントとなっている細胞を指す。宿主細胞は、原核細胞または真核細胞であってよい。例示的な真核細胞には、哺乳類細胞、例えば霊長類または非霊長類動物細胞；真菌細胞、例えば酵母；植物細胞；及び昆虫細胞が含まれる。非限定的な例示的な哺乳類細胞には、これに限定されないが、ＮＳＯ細胞、ＰＥＲ．Ｃ６（登録商標）細胞（Ｃｒｕｃｅｌｌ）、ならびに２９３及びＣＨＯ細胞、及びそれらの誘導体、例えば、それぞれ２９３－６Ｅ及びＤＧ４４細胞が含まれる。宿主細胞には、単一宿主細胞の後代が含まれ、その後代は必ずしも、天然、偶発的、または意図的変異によって、元の親細胞と完全に同一（形態学的に、またはゲノムＤＮＡ補体において）でなくてもよい。宿主細胞には、ｉｎ ｖｉｖｏで、本明細書において提供するポリヌクレオチド（複数可）でトランスフェクションされた細胞が含まれる。
用語「単離（されている）」は、本明細書で使用する場合、典型的には天然において共に見出されるか、または産生される成分の少なくとも一部から分離されている分子を指す。例えば、ポリペプチドは、それが産生された細胞の成分の少なくとも一部から分離されている場合に、「単離されている」と称される。ポリペプチドが発現後に細胞によって分泌される場合、ポリペプチドを産生した細胞から、そのポリペプチドを含有する上清を物理的に分離することは、ポリペプチドを「単離すること」とみなされる。同様に、ポリヌクレオチドは、典型的に天然に見出されるより大きなポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡポリヌクレオチドの場合には、ゲノムＤＮＡまたはミトコンドリアＤＮＡなど）の一部ではないか、または例えば、ＲＮＡポリヌクレオチドの場合には、それが産生された細胞の成分の少なくとも一部から分離されている場合に、「単離されている」と称される。したがって、宿主細胞内部のベクターに含有されるＤＮＡポリヌクレオチドは、「単離されている」と称され得る。
用語「個体」または「対象」は、本明細書では、動物；例えば、哺乳類を指すために互換的に使用される。一部の実施形態では、これに限定されないが、ヒト、げっ歯類、サル、ネコ、イヌ、ウマ、ウシ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、哺乳類の実験動物、哺乳類の家畜、哺乳類のスポーツ用動物、及び哺乳類のペットを含む哺乳類を処置する方法を提供する。一部の例では、「個体」または「対象」は、疾患または障害について処置を必要とする個体または対象を指す。一部の実施形態では、処置を受ける対象は、患者であり得、その対象が処置に関連する障害を有するか、または障害に罹患する十分なリスクを有すると特定されているという事実を示している。
「疾患」または「障害」は、本明細書で使用する場合、処置が必要である、及び／または望ましい状態を指す。
「がん」及び「腫瘍」は、本明細書で使用する場合、動物におけるいずれかの異常な細胞または組織の成長または増殖を指す互換的な用語である。本明細書で使用する場合、用語「がん」及び「腫瘍」は、固体及び血液／リンパがんを包含し、悪性、前悪性、及び良性成長、例えば、異形成も包含する。がんの例には、これに限定されないが、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、及び白血病が含まれる。そのようながんのより特定の非限定的例には、扁平上皮細胞癌、小細胞肺癌、下垂体癌、食道癌、神経膠星状細胞腫、軟部組織肉腫、非小細胞肺癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、腹膜癌、肝細胞癌、胃腸癌、膵臓癌、神経膠芽細胞腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝細胞癌、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜または子宮癌、唾液腺癌、腎臓（ｋｉｄｎｅｙ）癌、腎臓（ｒｅｎａｌ）癌、肝臓癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝癌、脳癌、子宮内膜癌、精巣癌、胆管癌、胆嚢癌、胃癌、黒色腫、中皮腫、及び様々な種類の頭頚部癌が含まれる。
本明細書で使用する場合、「処置」は、有利な、または所望の臨床結果を得るためのアプローチである。「処置」は、本明細書で使用する場合、ヒトを含む哺乳類における疾患のための治療のいずれの投与または施与にも及ぶ。本開示の目的では、有利な、または所望の臨床結果には、これに限定されないが、下記のうちのいずれか１つまたは複数が含まれる：１つまたは複数の症状の緩和、疾患範囲の減少、疾患の展開（例えば、転移、例えば、肺またはリンパ節への転移）の予防または遅延、疾患の再発の予防または遅延、疾患進行の遅延または減速、病態の寛解、疾患または疾患の進行の阻害、疾患またはその進行の阻害または減速、その展開の停止、及び軽減（部分的か全体的かに関わらず）。増殖性疾患の病的結果の縮小も、「処置」に包含される。本明細書で提供する方法は、処置のこれらの態様のうちのいずれか１つまたは複数を企図している。上記と一致して、処置という用語は、障害のすべての態様の１００パーセントの除去を必要とするものではない。
「寛解すること」は、抗ＰＤ－１抗体の不投与と比較して、１つまたは複数の症状の緩和または改善を意味する。「寛解すること」はまた、症状の持続期間の短縮または減少も含む。
がんの文脈において、用語「処置すること」は、がん細胞の成長を阻害すること、がん細胞の複製を阻害すること、総腫瘍量を減少させること、及び疾患と関連する１つまたは複数の症状を寛解させることのうちのいずれか、またはすべてを含む。
用語「生体試料」は、生物または死んだ生物からの物質量を意味する。そのような物質には、これに限定されないが、血液、（例えば、全血）、血漿、血清、尿、羊水、滑液、内皮細胞、白血球、単球、他の細胞、器官、組織、骨髄、リンパ節及び脾臓が包含される。
「ＰＤ－１レベルの上昇」を有するか、または「ＰＤ－１を高レベルで発現する」か、または「ＰＤ－１ＨＩＧＨ」であるサンプルは、ＰＤ－１のレベルが、そのがんを本明細書で提供する抗体などの抗ＰＤ－１治療で処置することができると当業者が結論付けるようなレベルであることを意味する。一部の実施形態では、「ＰＤ－１レベルの上昇」は、腫瘍サンプル内の細胞のうちの１％がＰＤ－１についての染色を示すものである。一部の実施形態では、ＰＤ－１に関する「高レベル」は、１％以上の染色であり、例えば、腫瘍サンプル内の細胞のうちの１、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００％が染色を示す。一部の実施形態では、ＰＤ－１レベルは、発色ＩＨＣまたは免疫蛍光ＩＨＣ（Ａｑｕａスコアリング）によって測定され得る。
「ＰＤ－１を発現する」、または「ＰＤ－１について陽性染色」を有する、または「ＰＤ－１陽性」であるサンプルは、サンプル中の細胞の１％以上がＰＤ－１についての染色を示すことを意味する。一部の実施形態では、ＰＤ－１陽性であるサンプルは、少なくとも弱い、中程度の、及び／または強い細胞染色を示す（ＰＤ－１の膜発現に基づく）。ＰＤ－１について中程度か、または強い細胞染色を示すサンプルはまた、「ＰＤ－１ＨＩＧＨ」であると判断される。
「低レベルのＰＤ－Ｌ１」を有する、または「ＰＤ－Ｌ１を低レベルで」発現する、または「ＰＤ－Ｌ１ＬＯＷ」であるサンプルは、ＰＤ－Ｌ１のレベルが、ＰＤ－１治療での処置に通常適応とされるがんでの発現の閾値を下回っていることを意味する。一部の実施形態では、「低レベルのＰＤ－Ｌ１」は、腫瘍内の細胞のうちの５％未満がＰＤ－Ｌ１についての膜染色を示すものである。一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１に関する「低レベル」は、５％未満の染色であり、例えば、腫瘍の細胞のうちの４％、３％、２％、１％、または０％が染色を示す。一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１レベルは、発色ＩＨＣまたは免疫蛍光ＩＨＣ（Ａｑｕａスコアリング）によって測定され得る。検出可能なＰＤ－Ｌ１を発現しないサンプルも、「低レベルのＰＤ－Ｌ１を発現する」と述べられ得る。したがって、検出され得ないＰＤ－Ｌ１は、用語「低」の範囲内に包含される。
「ＰＤ－Ｌ１レベルの上昇」を有するか、または「ＰＤ－Ｌ１を高レベルで発現する」か、または「ＰＤ－Ｌ１ＨＩＧＨ」であるサンプルは、ＰＤ－Ｌ１のレベルが、そのがんをＰＤ－１治療で処置することができると当業者が結論付けるようなレベルであることを意味する。一部の実施形態では、「ＰＤ－Ｌ１レベルの上昇」は、腫瘍内の細胞の５０％以上がＰＤ－Ｌ１の膜染色を有するものであり、例えば、腫瘍の細胞のうちの５０、６０、７０、８０、９０、または１００％が膜染色を示す。一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１レベルは、発色ＩＨＣまたは免疫蛍光ＩＨＣ（Ａｑｕａスコアリング）によって測定され得る。
「ＰＤ－Ｌ１を発現する」、または「ＰＤ－Ｌ１について陽性染色」を有する、または「ＰＤ－Ｌ１陽性」であるサンプルは、細胞のうちの１％以上がＰＤ－Ｌ１について膜染色を有することを意味する。一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１陽性であるサンプルは、少なくとも弱い、中程度の、及び／または強い細胞染色を示す（ＰＤ－Ｌ１の膜発現に基づく）。
「ＰＤ－Ｌ１発現が欠損している」または「ＰＤ－Ｌ１について陰性染色」を有する、または「ＰＤ－Ｌ１陰性」であるサンプルは、サンプルの細胞の表面上でのＰＤ－Ｌ１発現がＩＨＣ、例えば発色ＩＨＣまたは免疫蛍光ＩＨＣ（Ａｑｕａスコアリング）によって検出され得ないことを意味する。ＰＤ－Ｌ１陰性サンプルはまた、「ＰＤ－Ｌ１ＬＯＷ」であると判断される。
一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１のレベルを測定する任意の方法が用いられ得る。一部の実施形態では、これは、ＮＳＣＬＣにおいてＰＤ－Ｌ１発現を評価するための、臨床で実証されていて、かつＦＤＡに承認されている試験であるＰＤ－Ｌ１ ＩＨＣ ２２Ｃ３ ｐｈａｒｍＤｘ ｔｅｓｔ（Ｄａｋｏ，Ｉｎｃ．，Ｃａｒｐｉｎｔｅｒｉａ，ＣＡ）の使用を含み得る。ＰＤ－Ｌ１ ＩＨＣ ２２Ｃ３ ｐｈａｒｍＤｘは、モノクローナルマウス抗ＰＤ－Ｌ１抗体（クローン２２Ｃ３）を使用する定性免疫組織化学的アッセイであり、これは、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）組織におけるＰＤ－Ｌ１タンパク質の検出において使用することができる。このアッセイは、Ａｕｔｏｓｔａｉｎｅｒ Ｌｉｎｋ ４８システムで行われ、かつＥｎＶｉｓｉｏｎ ＦＬＥＸシステムを使用して可視化され得る。ＰＤ－Ｌ１タンパク質発現は、部分的または完全膜染色を示す生腫瘍細胞のパーセンテージであるＴｕｍｏｒ Ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ Ｓｃｏｒｅ（ＴＰＳ）を使用して認定される。一部の実施形態では、試験体は、生腫瘍細胞のＴＰＳ≧１％が任意の強度で膜染色を示した場合に、ＰＤ－Ｌ１陽性と判断される。一部の実施形態では、試験体は、生腫瘍細胞のＴＰＳ≧５０％が任意の強度で膜染色を示した場合に、ＰＤ－Ｌ１ＨＩＧＨと判断される。ＰＤ－Ｌ１ ＩＨＣ ２２Ｃ３ ｐｈａｒｍＤｘは、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペムブロリズマブ）で処置するためのＮＳＣＬＣ患者を特定する際の補助として示されている。スコアリングシステム及びペムブロリズマブに対する応答についての追加の詳細は、Ｇａｒｏｎ ｅｔ ａｌ．（Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２０１５；３７２：２０１８－２８）による論文に記載されている。
用語「対照」は、分析物を含有しない（「陰性対照」）か、または分析物を含有する（「陽性対照」）ことが既知の組成物を指す。陽性対照は、既知の濃度の分析物を含み得る。「対照」、「陽性対照」、及び「標準物質」は、本明細書において、既知の濃度の分析物を含む組成物を指すために互換的に使用され得る。「陽性対照」は、アッセイの動作特性を確立するために使用することができ、試薬（例えば、分析物）の完全性の有用な指標である。
「所定のカットオフ」及び「所定のレベル」は一般に、所定のカットオフ／レベルに対してアッセイ結果を比較することによって診断／予後／治療効力の結果を評価するために使用されるアッセイカットオフ値を指し、その際、所定のカットオフ／レベルはすでに、様々な臨床パラメーター（例えば、疾患の重症度、進行／非進行／改善など）と連結または関連づけられている。本開示は、例示的な所定のレベルを提供し得るが、カットオフ値が、イムノアッセイの性質（例えば、使用される抗体など）に応じて変動し得ることはよく知られている。さらに、本明細書の開示を他のイムノアッセイに適合させて、それらの他のイムノアッセイでのイムノアッセイ特異的カットオフ値を本開示に基づき得ることは十分に、当業者の技能の範囲内である。所定のカットオフ／レベルの正確な値はアッセイによって変動し得るが、本明細書に記載のとおりの相関（もしあるならば）が一般に当てはまり得る。
用語「阻害」または「阻害する」は、任意の表現型特性の低下もしくは中断を、またはその特性の発生率、程度、もしくは可能性の低下もしくは中断を指す。「減少させる」または「阻害する」ことは、基準と比較して、活性、機能、及び／または量を低下させる、減少させる、または停止させることである。一部の実施形態では、「減少させる」または「阻害する」とは、２０％以上の全体減少をもたらす能力を意味する。一部の実施形態では、「減少させる」または「阻害する」とは、５０％以上の全体減少をもたらす能力を意味する。一部の実施形態では、「減少させる」または「阻害する」とは、７５％、８５％、９０％、９５％以上の全体減少をもたらす能力を意味する。一部の実施形態では、上述の量が、ある期間にわたって、同じ期間にわたる対照用量（プラセボなど）と比較して阻害される、または減少する。「基準」は、本明細書で使用する場合、比較を目的として使用される任意のサンプル、標準、またはレベルを指す。基準は、健康な、及び／または罹患していないサンプルから得ることができる。一部の例では、基準は、非処置サンプルから得ることができる。一部の例では、基準は、対象個体の罹患していない、または非処置サンプルから得られる。一部の例では、基準は、対象または患者ではない１つまたは複数の健康な個体から得られる。
本明細書で使用する場合、「疾患の発生を遅延させること」は、疾患（がんなど）の発生を延期する、妨害する、減速させる、阻止する、安定化させる、抑制する、及び／または先延ばしすることを意味する。この遅延は、処置を受けている疾患及び／または個体の履歴に応じて、様々な時間長さであってよい。当業者には明らかであるとおり、十分な、または有意な遅延は、実際に、個体が疾患を発生しない予防を包含し得る。例えば、転移の発生などの末期がんが遅延され得る。
「予防すること」は、本明細書で使用する場合、疾患に罹患しやすいが、疾患を有するとまだ診断されていない対象において、疾患の発生または再発に関して予防を提供することを含む。別段に指定しない限り、用語「減少させる」、「阻害する」、または「予防する」は、全期間にわたる完全な予防を示す、または必要とするものではない。
本明細書で使用する場合、機能または活性を「抑制する」ことは、目的の条件またはパラメーターを除いて他は同じ条件と比較した場合に、または別法では、別の条件と比較した場合に、機能または活性を低下させることである。例えば、腫瘍成長を抑制する抗体は、抗体の非存在下での腫瘍の成長速度と比較して、腫瘍の成長速度を低下させる。
物質／分子、アゴニストまたはアンタゴニストの「治療有効量」は、個体の病態、年齢、性別、及び体重、ならびに個体において所望の応答を誘発する物質／分子、アゴニストまたはアンタゴニストの能力などの因子によって変動し得る。治療有効量はまた、物質／分子、アゴニストまたはアンタゴニストのいずれかの毒性または有害作用よりも治療上の有益効果が上回るものである。治療有効量を、１回または複数の投与で送達してよい。治療有効量は、所望の治療及び／または予防結果を達成するために必要な投薬量で、かつ期間にわたって有効である量を指す。
「予防有効量」は、所望の予防結果を達成するために必要な投薬量で、かつ期間にわたって有効である量を指す。必ずではないが、典型的には、予防用量は疾患の前に、またはその初期に対象において使用されるので、予防有効量は、治療有効量よりも少なくなる。
用語「医薬製剤」及び「医薬組成物」は活性成分（複数可）の生物学的活性が有効であることを可能にするような形態であり、製剤を投与される対象にとって許容不可能に毒性である追加の成分を含有しない製剤を指す。そのような製剤は、無菌であり得る。
「薬学的に許容される担体」は、対象に投与するための「医薬組成物」を一緒に構成する治療薬と共に使用するために当技術分野で慣用の非毒性固体、半固体、または液体の増量剤、希釈剤、カプセル化物質、製剤補助剤、または担体を指す。薬学的に許容される担体は、用いられる投薬量及び濃度でレシピエントに対して非毒性であり、製剤の他の成分と適合性である。薬学的に許容される担体は、用いられる製剤に適している。
「滅菌」製剤は、無菌であるか、または生微生物及びそれらの胞子を本質的に含有しない。
用語「ＩＤＯ阻害薬」は、インドールアミン２，３－ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）の活性を阻害し、それによってＩＤＯ媒介性免疫抑制を逆転させることができる薬剤を指す。ＩＤＯ阻害薬は、ＩＤＯ１及び／またはＩＤＯ２（インドール１）を阻害し得る。ＩＤＯ阻害薬は、可逆的または不可逆的ＩＤＯ阻害薬であってよい。「可逆的ＩＤＯ阻害薬」は、触媒部位または非触媒部位のいずれかでＩＤＯ酵素活性を可逆的に阻害する化合物であり、「不可逆的ＩＤＯ阻害薬」は、酵素と共有結合を形成することによってＩＤＯ酵素活性を不可逆的に阻害する化合物である。非限定的な例示的なＩＤＯ阻害薬には、インドキシモド（Ｎｅｗ Ｌｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＩＮＣＢ０２４３６０（Ｉｎｃｙｔｅ Ｃｏｒｐ．）、１－メチル－Ｄ－トリプトファン（Ｎｅｗ Ｌｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、及びＧＤＣ－０９１９（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．）が含まれる。
「キメラ抗原受容体Ｔ細胞治療薬」または「ＣＡＲ－Ｔ治療薬」は、腫瘍細胞によって発現される抗原を認識する受容体を発現するように遺伝的に改変されたＴ細胞を含む治療薬を指す。抗原は、腫瘍によって特異的に発現される抗原またはがん細胞及び健康な組織の両方によって発現される抗原であってよい。一部の実施形態では、ＣＡＲ－Ｔ治療薬は、患者Ｔ細胞が取り出され、キメラ抗原受容体を発現するように修飾され、次いで、患者に戻される養子ＣＡＲ－Ｔ治療薬である。例えば、Ｄａｉ ｅｔ ａｌ．，２０１６，Ｊ Ｎａｔｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ，１０８（７）：ｄｊｖ４３９，ｄｏｉ：１０．１０９３／ｊｎｃｉ／ｄｊｖ４３９；Ｇｉｌｌ ｅｔ ａｌ．，２０１５，Ｂｌｏｏｄ Ｒｅｖ，ｐｉｉ：Ｓ０２６８－９６０Ｘ（１５）０００８０－６，ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｂｌｒｅ．２０１５．１０．００３；Ｇｉｌｌ ｅｔ ａｌ．，２０１５，Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｖ，２６３（１）：６８－８９．ｄｏｉ：１０．１１１１／ｉｍｒ．１２２４３を参照されたい。
１種または複数のさらなる治療薬「と組み合わせた」投与には、同期（同時）及び任意の順序での連続または逐次投与が含まれる。
用語「同時に」は、本明細書において２種以上の治療薬の投与を指すために使用され、その際、投与の少なくとも一部が時間的に重複するか、または１種の治療薬の投与が、他の治療薬の投与に対して、短い時間内にある。例えば、２種以上の治療薬が、およそ規定の分数以内の時間を空けて投与される。
用語「逐次的に」は、本明細書において２種以上の治療薬の投与を指すために使用され、その際、１種または複数の薬剤（複数可）の投与が、１種または複数の他の薬剤（複数可）の投与を中止した後に続くか、または１種または複数の薬剤（複数可）の投与が、１種または複数の他の薬剤（複数可）の投与の前に開始される。例えば、２種以上の治療薬の投与が、およそ既定の分数よりも長い時間を空けて投与される。
本明細書で使用する場合、「と併せて」は、ある処置モダリティを別の処置モダリティに加えて投与することを指す。したがって、「と併せて」は、個体に、ある処置モダリティを、他の処置モダリティの投与の前に、その間に、またはその後に投与することを指す。
用語「添付文書」は、治療用製品の商業包装に通例含まれる指示書を指すために使用され、これは、そのような治療用製品の使用に関する適応症、使用法、投薬量、投与、併用療法、禁忌及び／または警告についての情報を含む。
「製品」は、少なくとも１種の試薬、例えば、疾患または障害（例えば、がん）を処置するための医薬品、または本明細書に記載のバイオマーカーを特異的に検出するためのプローブを含む任意の製造品（例えば、パッケージまたは容器）またはキットである。一部の実施形態では、製造品またはキットは、本明細書に記載の方法を行うためのユニットとして販売促進される、配布される、または販売される。
用語「標識」及び「検出可能な標識」は、特異的な結合対のメンバー間の反応（例えば、結合）を検出可能にするために、抗体またはその分析物に結合している部分を意味する。特異的結合対のうちの標識されたメンバーは、「検出可能に標識されている」と称される。したがって、用語「標識された結合タンパク質」は、結合タンパク質の特定をもたらすように組み込まれた標識を含むタンパク質を指す。一部の実施形態では、標識は、目視または機器による手段、例えば、放射標識されたアミノ酸の組み込み、またはマークを付されたアビジン（例えば、蛍光マーカーまたは光学的方法もしくは比色方法によって検出することができる酵素活性を含有するストレプトアビジン）によって検出され得るビオチニル部分のポリペプチドへの結合によって、検出可能なシグナルを生成し得る検出可能なマーカーである。ポリペプチドのための標識の例には、これに限定されないが、次のものが含まれる：放射性同位体または放射性核種（例えば、３Ｈ、１４Ｃ、３５Ｓ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１１１Ｉｎ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１７７Ｌｕ、１６６Ｈｏ、または１５３Ｓｍ）；色素原、蛍光標識（例えば、ＦＩＴＣ、ローダミン、ランタニドリン（ｌａｎｔｈａｎｉｄｅ ｐｈｏｓｐｈｏｒｓ））、酵素標識（例えば、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ）；化学発光マーカー；ビオチニル基；二次レポーターによって認識される所定のポリペプチドエピトープ（例えば、ロイシンジッパー対配列、二次抗体のための結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ）；及び磁気剤、例えば、ガドリニウムキレート。イムノアッセイのために通常用いられる標識の代表的な例には、発光部分、例えば、アクリジニウム化合物、及び蛍光を発生する部分、例えば、フルオレセインが含まれる。これに関して、その部分自体は、検出可能に標識されていなくてもよいが、また別の部分と反応すると検出可能になり得る。
用語「コンジュゲート」は、治療用または細胞傷害性薬剤などの第２の化学部分に化学的に連結している抗体を指す。用語「薬剤」には、化学化合物、化学化合物の混合物、生物高分子、または生物物質から作製された抽出物が含まれる。一部の実施形態では、治療用または細胞傷害性薬剤には、これに限定されないが、百日咳毒素、タキソール、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド（ｔｅｎｏｐｏｓｉｄｅ）、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、１－デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、及びピューロマイシン及びその類似体または同族体が含まれる。イムノアッセイの文脈で用いられる場合、コンジュゲート抗体は、検出抗体として使用される検出可能に標識された抗体であってよい。
ＩＩ．抗ＰＤ－１抗体
ＰＤ－１を指向する新規の抗体を提供する。抗ＰＤ－１抗体には、これに限定されないが、ヒト化抗体、キメラ抗体、マウス抗体、ヒト抗体、及び本明細書に論述の重鎖及び／または軽鎖ＣＤＲを含む抗体が含まれる。一部の実施形態では、ＰＤ－１に結合する単離抗体を提供する。一部の実施形態では、ＰＤ－１に結合するモノクローナル抗体を提供する。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、アンタゴニスト抗ＰＤ－１抗体である。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－Ｌ１及び／またはＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－Ｌ１へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、本明細書に記載の抗ＰＤ－１抗体の投与は、対象において免疫応答を増強する、及び／または対象においてＴ細胞の活性化を増進する。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号４５、５３、６１、６９、７７、８５、９３、１０１、１０９及び１１７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号４６、５４、６２、７０、７８、８６、９４、１０２、１１０及び１１８から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号４７、５５、６３、７１、７９、８７、９５、１０３、１１１、及び１１９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号４９、５７、６５、７３、８１、８９、９７、１０５、１１３、及び１２１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号５０、５８、６６、７４、８２、９０、９８、１０６、１１４、及び１２２から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号５１、５９、６７、７５、８３、９１、９９、１０７、１１５、及び１２３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号１２５、１３３、１４１、１４９、１５７、１６５、１７３、１８１、１８９、１９７、２０５、２１３、２２１、２２９、２３７、２４５、２５３、２６１、２６９、２７７及び２８５から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１２６、１３４、１４２、１５０、１５８、１６６、１７４、１８２、１９０、１９８、２０６、２１４、２２２、２３０、２３８、２４６、２５４、２６２、２７０、２７８及び２８６から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１２７、１３５、１４３、１５１、１５９、１６７、１７５、１８３、１９１、１９９、２０７、２１５、２２３、２３１、２３９、２４７、２５５、２６３、２７１、２７９及び２８７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号１２９、１３７、１４５、１５３、１６１、１６９、１７７、１８５、１９３、２０１、２０９、２１７、２２５、２３３、２４１、２４９、２５７、２６５、２７３、２８１及び２８９から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１３０、１３８、１４６、１５４、１６２、１７０、１７８、１８６、１９４、２０２、２１０、２１８、２２６、２３４、２４２、２５０、２５８、２６６、２７４、２８２、及び２９０から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号１３１、１３９、１４７、１５５、１６３、１７１、１７９、１８７、１９５、２０３、２１１、２１９、２２７、２３５、２４３、２５１、２５９、２６７、２７５、２８３及び２９１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２８５、２３７、２４５、２５３、２６１及び２６９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２８６、２３８、２４６、２５４、２６２、及び２７０から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２８７、２３９、２４７、２５５、２６３、及び２７１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号２８９、２４１、２４９、２５７、２６５、及び２７３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２９０、２４２、２５０、２５８、２６６、及び２７４から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号２９１、２４３、２５１、２５９、２６７、及び２７５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号１８９、１９７、２０５、２１３、２２１、及び２２９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１９０、１９８、２０６、２１４、２２２、及び２３０から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１９１、１９９、２０７、２１５、２２３、及び２３１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号１９３、２０１、２０９、２１７、２２５、及び２３３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１９４、２０２、２１０、２１８、２２６、及び２３４から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号１９５、２０３、２１１、２１９、２２７、及び２３５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２７７、１２５、１３３、１４１、１４９、１５７、１６５、１７３、及び１８１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＲ１；（ｂ）配列番号２７８、１２６、１３４、１４２、１５０、１５８、１６６、１７４、及び１８２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２７９、１２７、１３５、１４３、１５１、１５９、１６７、１７５、及び１８３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号２８１、１２９、１３７、１４５、１５３、１６１、１６９、１７７、及び１８５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２８２、１３０、１３８、１４６、１５４、１６２、１７０、１７８、及び２８６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号２８３、１３１、１３９、１４７、１５５、１６３、１７１、１７９、及び１８７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２９３、３０１、３０９及び３１７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２９４、３０２、３１０及び３１８から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２９５、３０３、３１１及び３１９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号２９７、３０５、３１３、及び３２１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２９８、３０６、３１４及び３２２から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号２９９、３０７、３１５、及び３２３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含む。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、重鎖可変領域及び重鎖定常領域の少なくとも一部を含む少なくとも１つの重鎖、ならびに軽鎖可変領域及び軽鎖定常領域の少なくとも一部を含む少なくとも１つの軽鎖を含む。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、各重鎖が重鎖可変領域及び重鎖定常領域の少なくとも一部を含む２つの重鎖、ならびに各軽鎖が軽鎖可変領域及び軽鎖定常領域の少なくとも一部を含む２つの軽鎖を含む。本明細書で使用する場合、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、または例えば、６つすべてのＣＤＲ（３つの重鎖ＣＤＲ及び３つの軽鎖ＣＤＲ）を含む単一のポリペプチド鎖を含む任意の他の抗体は、重鎖及び軽鎖を有するとみなされる。一部の実施形態では、重鎖は、３つの重鎖ＣＤＲを含む抗ＰＤ－１抗体の領域である。一部の実施形態では、軽鎖は、３つの軽鎖ＣＤＲを含む抗ＰＤ－１抗体の領域である。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号４５、５３、６１、６９、７７、８５、９３、１０１、１０９及び１１７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号４６、５４、６２、７０、７８、８６、９４、１０２、１１０及び１１８から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号４７、５５、６３、７１、７９、８７、９５、１０３、１１１、及び１１９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号４９、５７、６５、７３、８１、８９、９７、１０５、１１３、及び１２１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号５０、５８、６６、７４、８２、９０、９８、１０６、１１４、及び１２２から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号５１、５９、６７、７５、８３、９１、９９、１０７、１１５、及び１２３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号１２５、１３３、１４１、１４９、１５７、１６５、１７３、１８１、１８９、１９７、２０５、２１３、２２１、２２９、２３７、２４５、２５３、２６１、２６９、２７７及び２８５から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１２６、１３４、１４２、１５０、１５８、１６６、１７４、１８２、１９０、１９８、２０６、２１４、２２２、２３０、２３８、２４６、２５４、２６２、２７０、２７８及び２８６から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１２７、１３５、１４３、１５１、１５９、１６７、１７５、１８３、１９１、１９９、２０７、２１５、２２３、２３１、２３９、２４７、２５５、２６３、２７１、２７９及び２８７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号１２９、１３７、１４５、１５３、１６１、１６９、１７７、１８５、１９３、２０１、２０９、２１７、２２５、２３３、２４１、２４９、２５７、２６５、２７３、２８１及び２８９から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１３０、１３８、１４６、１５４、１６２、１７０、１７８、１８６、１９４、２０２、２１０、２１８、２２６、２３４、２４２、２５０、２５８、２６６、２７４、２８２、及び２９０から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号１３１、１３９、１４７、１５５、１６３、１７１、１７９、１８７、１９５、２０３、２１１、２１９、２２７、２３５、２４３、２５１、２５９、２６７、２７５、２８３及び２９１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２８５、２３７、２４５、２５３、２６１及び２６９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２８６、２３８、２４６、２５４、２６２、及び２７０から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２８７、２３９、２４７、２５５、２６３、及び２７１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号２８９、２４１、２４９、２５７、２６５、及び２７３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２９０、２４２、２５０、２５８、２６６、及び２７４から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号２９１、２４３、２５１、２５９、２６７、及び２７５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号１８９、１９７、２０５、２１３、２２１、及び２２９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１９０、１９８、２０６、２１４、２２２、及び２３０から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１９１、１９９、２０７、２１５、２２３、及び２３１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号１９３、２０１、２０９、２１７、２２５、及び２３３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１９４、２０２、２１０、２１８、２２６、及び２３４から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号１９５、２０３、２１１、２１９、２２７、及び２３５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２７７、１２５、１３３、１４１、１４９、１５７、１６５、１７３、及び１８１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＲ１；（ｂ）配列番号２７８、１２６、１３４、１４２、１５０、１５８、１６６、１７４、及び１８２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２７９、１２７、１３５、１４３、１５１、１５９、１６７、１７５、及び１８３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号２８１、１２９、１３７、１４５、１５３、１６１、１６９、１７７、及び１８５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２８２、１３０、１３８、１４６、１５４、１６２、１７０、１７８、及び２８６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号２８３、１３１、１３９、１４７、１５５、１６３、１７１、１７９、及び１８７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２９３、３０１、３０９及び３１７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２９４、３０２、３１０及び３１８から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２９５、３０３、３１１及び３１９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号２９７、３０５、３１３、及び３２１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２９８、３０６、３１４及び３２２から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号２９９、３０７、３１５、及び３２３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、６つのＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、上記のとおり６つのＣＤＲを含み、かつＰＤ－１に結合する。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、上記のとおりの６つのＣＤＲを含み、ＰＤ－１に結合し、かつＰＤ－Ｌ１及び／またはＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、上記のとおりの６つのＣＤＲを含み、ＰＤ－１に結合し、かつＰＤ－Ｌ１へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、上記のとおりの６つのＣＤＲを含み、ＰＤ－１に結合し、かつＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、上記のとおりの６つのＣＤＲを含み、ＰＤ－１に結合し、かつ対象への抗体の投与後に、対象において免疫応答を増強する、及び／または対象においてＴ細胞の活性化を増進する。
一部の実施形態では、ＰＤ－１への結合について本明細書に記載の抗ＰＤ－１抗体と競合する抗ＰＤ－１抗体を提供する。一部の実施形態では、結合について本明細書で提供する抗体のいずれかと競合する抗体を作製及び／または使用してもよい。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；及び（ｃ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号４５、５３、６１、６９、７７、８５、９３、１０１、１０９及び１１７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号４６、５４、６２、７０、７８、８６、９４、１０２、１１０及び１１８から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号４７、５５、６３、７１、７９、８７、９５、１０３、１１１、及び１１９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号１２５、１３３、１４１、１４９、１５７、１６５、１７３、１８１、１８９、１９７、２０５、２１３、２２１、２２９、２３７、２４５、２５３、２６１、２６９、２７７及び２８５から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１２６、１３４、１４２、１５０、１５８、１６６、１７４、１８２、１９０、１９８、２０６、２１４、２２２、２３０、２３８、２４６、２５４、２６２、２７０、２７８及び２８６から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１２７、１３５、１４３、１５１、１５９、１６７、１７５、１８３、１９１、１９９、２０７、２１５、２２３、２３１、２３９、２４７、２５５、２６３、２７１、２７９及び２８７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２８５、２３７、２４５、２５３、２６１及び２６９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２８６、２３８、２４６、２５４、２６２、及び２７０から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２８７、２３９、２４７、２５５、２６３、及び２７１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号１８９、１９７、２０５、２１３、２２１、及び２２９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１９０、１９８、２０６、２１４、２２２、及び２３０から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１９１、１９９、２０７、２１５、２２３、及び２３１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２７７、１２５、１３３、１４１、１４９、１５７、１６５、１７３、及び１８１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＲ１；（ｂ）配列番号２７８、１２６、１３４、１４２、１５０、１５８、１６６、１７４、及び１８２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２７９、１２７、１３５、１４３、１５１、１５９、１６７、１７５、及び１８３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２９３、３０１、３０９及び３１７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２９４、３０２、３１０及び３１８から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２９５、３０３、３１１及び３１９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｃ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｃ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｃ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｃ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｃ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号４９、５７、６５、７３、８１、８９、９７、１０５、１１３、及び１２１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号５０、５８、６６、７４、８２、９０、９８、１０６、１１４、及び１２２から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｃ）配列番号５１、５９、６７、７５、８３、９１、９９、１０７、１１５、及び１２３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号１２９、１３７、１４５、１５３、１６１、１６９、１７７、１８５、１９３、２０１、２０９、２１７、２２５、２３３、２４１、２４９、２５７、２６５、２７３、２８１及び２８９から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１３０、１３８、１４６、１５４、１６２、１７０、１７８、１８６、１９４、２０２、２１０、２１８、２２６、２３４、２４２、２５０、２５８、２６６、２７４、２８２、及び２９０から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｃ）配列番号１３１、１３９、１４７、１５５、１６３、１７１、１７９、１８７、１９５、２０３、２１１、２１９、２２７、２３５、２４３、２５１、２５９、２６７、２７５、２８３及び２９１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号２８９、２４１、２４９、２５７、２６５、及び２７３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２９０、２４２、２５０、２５８、２６６、及び２７４から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｃ）配列番号２９１、２４３、２５１、２５９、２６７、及び２７５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号１９３、２０１、２０９、２１７、２２５、及び２３３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１９４、２０２、２１０、２１８、２２６、及び２３４から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｃ）配列番号１９５、２０３、２１１、２１９、２２７、及び２３５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号２８１、１２９、１３７、１４５、１５３、１６１、１６９、１７７、及び１８５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２８２、１３０、１３８、１４６、１５４、１６２、１７０、１７８、及び２８６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｃ）配列番号２８３、１３１、１３９、１４７、１５５、１６３、１７１、１７９、及び１８７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、抗体は、（ａ）配列番号２９７、３０５、３１３、及び３２１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２９８、３０６、３１４及び３２２から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｃ）配列番号２９９、３０７、３１５、及び３２３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
一部の実施形態では、本明細書において提供する６つのＣＤＲのいずれかをサブパートとして、本明細書において提供する他のＣＤＲのいずれかと組み合わせて、構築物において合計６つのＣＤＲにすることができる。したがって、一部の実施形態では、第１の抗体からの２つのＣＤＲ（例えば、ＨＣＤＲ１及びＨＣＤＲ２）を、第２の抗体からの４つのＣＤＲ（ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３）と組み合わせることができる。一部の実施形態では、ＣＤＲの１つまたは複数における２個以下の残基を置き換えて、そのバリアントを得ることができる。一部の実施形態では、２個以下の残基を、ＣＤＲの１、２、３、４、５、または６つにおいて置き換えることができる。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン；ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメインを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン；ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメインを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン；ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメインを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン；ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメインを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン；ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメインを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号４５、５３、６１、６９、７７、８５、９３、１０１、１０９及び１１７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号４６、５４、６２、７０、７８、８６、９４、１０２、１１０及び１１８から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号４７、５５、６３、７１、７９、８７、９５、１０３、１１１、及び１１９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン；ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号４９、５７、６５、７３、８１、８９、９７、１０５、１１３、及び１２１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号５０、５８、６６、７４、８２、９０、９８、１０６、１１４、及び１２２から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号５１、５９、６７、７５、８３、９１、９９、１０７、１１５、及び１２３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメインを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１２５、１３３、１４１、１４９、１５７、１６５、１７３、１８１、１８９、１９７、２０５、２１３、２２１、２２９、２３７、２４５、２５３、２６１、２６９、２７７及び２８５から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１２６、１３４、１４２、１５０、１５８、１６６、１７４、１８２、１９０、１９８、２０６、２１４、２２２、２３０、２３８、２４６、２５４、２６２、２７０、２７８及び２８６から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１２７、１３５、１４３、１５１、１５９、１６７、１７５、１８３、１９１、１９９、２０７、２１５、２２３、２３１、２３９、２４７、２５５、２６３、２７１、２７９及び２８７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン；ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１２９、１３７、１４５、１５３、１６１、１６９、１７７、１８５、１９３、２０１、２０９、２１７、２２５、２３３、２４１、２４９、２５７、２６５、２７３、２８１及び２８９から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１３０、１３８、１４６、１５４、１６２、１７０、１７８、１８６、１９４、２０２、２１０、２１８、２２６、２３４、２４２、２５０、２５８、２６６、２７４、２８２、及び２９０から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号１３１、１３９、１４７、１５５、１６３、１７１、１７９、１８７、１９５、２０３、２１１、２１９、２２７、２３５、２４３、２５１、２５９、２６７、２７５、２８３及び２９１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメインを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号２８５、２３７、２４５、２５３、２６１及び２６９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２８６、２３８、２４６、２５４、２６２、及び２７０から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２８７、２３９、２４７、２５５、２６３、及び２７１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン；ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号２８９、２４１、２４９、２５７、２６５、及び２７３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２９０、２４２、２５０、２５８、２６６、及び２７４から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号２９１、２４３、２５１、２５９、２６７、及び２７５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメインを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１８９、１９７、２０５、２１３、２２１、及び２２９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１９０、１９８、２０６、２１４、２２２、及び２３０から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１９１、１９９、２０７、２１５、２２３、及び２３１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン；ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１９３、２０１、２０９、２１７、２２５、及び２３３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１９４、２０２、２１０、２１８、２２６、及び２３４から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号１９５、２０３、２１１、２１９、２２７、及び２３５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメインを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号２７７、１２５、１３３、１４１、１４９、１５７、１６５、１７３、及び１８１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＲ１；（ｂ）配列番号２７８、１２６、１３４、１４２、１５０、１５８、１６６、１７４、及び１８２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２７９、１２７、１３５、１４３、１５１、１５９、１６７、１７５、及び１８３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン；ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号２８１、１２９、１３７、１４５、１５３、１６１、１６９、１７７、及び１８５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２８２、１３０、１３８、１４６、１５４、１６２、１７０、１７８、及び２８６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号２８３、１３１、１３９、１４７、１５５、１６３、１７１、１７９、及び１８７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメインを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号２９３、３０１、３０９及び３１７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２９４、３０２、３１０及び３１８から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２９５、３０３、３１１及び３１９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン；ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号２９７、３０５、３１３、及び３２１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２９８、３０６、３１４及び３２２から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号２９９、３０７、３１５、及び３２３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメインを含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、配列番号４、１２、２０、２８、３６、４４、５２、６０、６８、７６、８４、９２、１００、１０８、１１６、１２４、１３２、１４０、１４８、１５６、１６４、１７２、１８０、１８８、１９６、２０４、２１２、２２０、２２８、２３６、２４４、２５２、２６０、２６８、２７６、２８４、２９２、３００、３０８、または３１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有するＶＨ配列は、基準配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１に結合する能力を維持している。一部の実施形態では、合計１～１０個のアミノ酸が、配列番号４、１２、２０、２８、３６、４４、５２、６０、６８、７６、８４、９２、１００、１０８、１１６、１２４、１３２、１４０、１４８、１５６、１６４、１７２、１８０、１８８、１９６、２０４、２１２、２２０、２２８、２３６、２４４、２５２、２６０、２６８、２７６、２８４、２９２、３００、３０８、または３１６において置換、挿入及び／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲ外の領域で（すなわち、ＦＲで）生じている。任意選択で、抗ＰＤ－１抗体は、ＶＨ配列を、その配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号４、１２、２０、２８、３６、４４、５２、６０、６８、７６、８４、９２、１００、１０８、１１６、１２４、１３２、１４０、１４８、１５６、１６４、１７２、１８０、１８８、１９６、２０４、２１２、２２０、２２８、２３６、２４４、２５２、２６０、２６８、２７６、２８４、２９２、３００、３０８、または３１６で含む。
一部の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号４５、５３、６１、６９、７７、８５、９３、１０１、１０９及び１１７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号４６、５４、６２、７０、７８、８６、９４、１０２、１１０及び１１８から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号４７、５５、６３、７１、７９、８７、９５、１０３、１１１、及び１１９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号１２５、１３３、１４１、１４９、１５７、１６５、１７３、１８１、１８９、１９７、２０５、２１３、２２１、２２９、２３７、２４５、２５３、２６１、２６９、２７７及び２８５から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１２６、１３４、１４２、１５０、１５８、１６６、１７４、１８２、１９０、１９８、２０６、２１４、２２２、２３０、２３８、２４６、２５４、２６２、２７０、２７８及び２８６から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１２７、１３５、１４３、１５１、１５９、１６７、１７５、１８３、１９１、１９９、２０７、２１５、２２３、２３１、２３９、２４７、２５５、２６３、２７１、２７９及び２８７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号２８５、２３７、２４５、２５３、２６１及び２６９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２８６、２３８、２４６、２５４、２６２、及び２７０から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２８７、２３９、２４７、２５５、２６３、及び２７１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号１８９、１９７、２０５、２１３、２２１、及び２２９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１９０、１９８、２０６、２１４、２２２、及び２３０から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１９１、１９９、２０７、２１５、２２３、及び２３１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号２７７、１２５、１３３、１４１、１４９、１５７、１６５、１７３、及び１８１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＲ１；（ｂ）配列番号２７８、１２６、１３４、１４２、１５０、１５８、１６６、１７４、及び１８２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２７９、１２７、１３５、１４３、１５１、１５９、１６７、１７５、及び１８３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＨは、（ａ）配列番号２９３、３０１、３０９及び３１７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２９４、３０２、３１０及び３１８から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２９５、３０３、３１１及び３１９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、配列番号８、１６、２４、３２、４０、４８、５６、６４、７２、８０、８８、９６、１０４、１１２、１２０、１２８、１３６、１４４、１５２、１６０、１６８、１７６、１８４、１９２、２００、２０８、２１６、２２４、２３２、２４０、２４８、２５６、２６４、２７２、２８０、２８８、２９６、３０４、３１２または３２０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む抗ＰＤ－１抗体を提供する。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有するＶＬ配列は、基準配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１に結合する能力を維持している。一部の実施形態では、合計１～１０個のアミノ酸が、配列番号８、１６、２４、３２、４０、４８、５６、６４、７２、８０、８８、９６、１０４、１１２、１２０、１２８、１３６、１４４、１５２、１６０、１６８、１７６、１８４、１９２、２００、２０８、２１６、２２４、２３２、２４０、２４８、２５６、２６４、２７２、２８０、２８８、２９６、３０４、３１２または３２０において置換、挿入及び／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲ外の領域で（すなわち、ＦＲで）生じている。任意選択で、抗ＰＤ－１抗体は、ＶＬ配列を、その配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号８、１６、２４、３２、４０、４８、５６、６４、７２、８０、８８、９６、１０４、１１２、１２０、１２８、１３６、１４４、１５２、１６０、１６８、１７６、１８４、１９２、２００、２０８、２１６、２２４、２３２、２４０、２４８、２５６、２６４、２７２、２８０、２８８、２９６、３０４、３１２または３２０で含む。
一部の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｃ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｃ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｃ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｃ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｃ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号４９、５７、６５、７３、８１、８９、９７、１０５、１１３、及び１２１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号５０、５８、６６、７４、８２、９０、９８、１０６、１１４、及び１２２から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｃ）配列番号５１、５９、６７、７５、８３、９１、９９、１０７、１１５、及び１２３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号１２９、１３７、１４５、１５３、１６１、１６９、１７７、１８５、１９３、２０１、２０９、２１７、２２５、２３３、２４１、２４９、２５７、２６５、２７３、２８１及び２８９から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１３０、１３８、１４６、１５４、１６２、１７０、１７８、１８６、１９４、２０２、２１０、２１８、２２６、２３４、２４２、２５０、２５８、２６６、２７４、２８２、及び２９０から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｃ）配列番号１３１、１３９、１４７、１５５、１６３、１７１、１７９、１８７、１９５、２０３、２１１、２１９、２２７、２３５、２４３、２５１、２５９、２６７、２７５、２８３及び２９１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号２８９、２４１、２４９、２５７、２６５、及び２７３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２９０、２４２、２５０、２５８、２６６、及び２７４から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｃ）配列番号２９１、２４３、２５１、２５９、２６７、及び２７５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号１９３、２０１、２０９、２１７、２２５、及び２３３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１９４、２０２、２１０、２１８、２２６、及び２３４から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｃ）配列番号１９５、２０３、２１１、２１９、２２７、及び２３５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号２８１、１２９、１３７、１４５、１５３、１６１、１６９、１７７、及び１８５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２８２、１３０、１３８、１４６、１５４、１６２、１７０、１７８、及び２８６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｃ）配列番号２８３、１３１、１３９、１４７、１５５、１６３、１７１、１７９、及び１８７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、ＶＬは、（ａ）配列番号２９７、３０５、３１３、及び３２１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２９８、３０６、３１４及び３２２から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｃ）配列番号２９９、３０７、３１５、及び３２３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、配列番号４、１２、２０、２８、３６、４４、５２、６０、６８、７６、８４、９２、１００、１０８、１１６、１２４、１３２、１４０、１４８、１５６、１６４、１７２、１８０、１８８、１９６、２０４、２１２、２２０、２２８、２３６、２４４、２５２、２６０、２６８、２７６、２８４、２９２、３００、３０８、または３１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列、及び配列番号８、１６、２４、３２、４０、４８、５６、６４、７２、８０、８８、９６、１０４、１１２、１２０、１２８、１３６、１４４、１５２、１６０、１６８、１７６、１８４、１９２、２００、２０８、２１６、２２４、２３２、２４０、２４８、２５６、２６４、２７２、２８０、２８８、２９６、３０４、３１２または３２０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有するＶＨ配列は、基準配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有し、かつ少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性を有するＶＬ配列は、基準配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１に結合する能力を維持している。一部の実施形態では、合計１～１０個のアミノ酸が、配列番号４、１２、２０、２８、３６、４４、５２、６０、６８、７６、８４、９２、１００、１０８、１１６、１２４、１３２、１４０、１４８、１５６、１６４、１７２、１８０、１８８、１９６、２０４、２１２、２２０、２２８、２３６、２４４、２５２、２６０、２６８、２７６、２８４、２９２、３００、３０８、または３１６において置換、挿入及び／または欠失されている。一部の実施形態では、合計１～１０個のアミノ酸が、配列番号８、１６、２４、３２、４０、４８、５６、６４、７２、８０、８８、９６、１０４、１１２、１２０、１２８、１３６、１４４、１５２、１６０、１６８、１７６、１８４、１９２、２００、２０８、２１６、２２４、２３２、２４０、２４８、２５６、２６４、２７２、２８０、２８８、２９６、３０４、３１２または３２０において置換、挿入及び／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲ外の領域で（すなわち、ＦＲで）生じている。任意選択で、抗ＰＤ－１抗体は、一方または両方の配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号４、１２、２０、２８、３６、４４、５２、６０、６８、７６、８４、９２、１００、１０８、１１６、１２４、１３２、１４０、１４８、１５６、１６４、１７２、１８０、１８８、１９６、２０４、２１２、２２０、２２８、２３６、２４４、２５２、２６０、２６８、２７６、２８４、２９２、３００、３０８、または３１６のＶＨ配列、及び配列番号８、１６、２４、３２、４０、４８、５６、６４、７２、８０、８８、９６、１０４、１１２、１２０、１２８、１３６、１４４、１５２、１６０、１６８、１７６、１８４、１９２、２００、２０８、２１６、２２４、２３２、２４０、２４８、２５６、２６４、２７２、２８０、２８８、２９６、３０４、３１２または３２０のＶＬ配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号４５、５３、６１、６９、７７、８５、９３、１０１、１０９及び１１７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号４６、５４、６２、７０、７８、８６、９４、１０２、１１０及び１１８から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号４７、５５、６３、７１、７９、８７、９５、１０３、１１１、及び１１９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号４９、５７、６５、７３、８１、８９、９７、１０５、１１３、及び１２１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号５０、５８、６６、７４、８２、９０、９８、１０６、１１４、及び１２２から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号５１、５９、６７、７５、８３、９１、９９、１０７、１１５、及び１２３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号１２５、１３３、１４１、１４９、１５７、１６５、１７３、１８１、１８９、１９７、２０５、２１３、２２１、２２９、２３７、２４５、２５３、２６１、２６９、２７７及び２８５から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１２６、１３４、１４２、１５０、１５８、１６６、１７４、１８２、１９０、１９８、２０６、２１４、２２２、２３０、２３８、２４６、２５４、２６２、２７０、２７８及び２８６から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１２７、１３５、１４３、１５１、１５９、１６７、１７５、１８３、１９１、１９９、２０７、２１５、２２３、２３１、２３９、２４７、２５５、２６３、２７１、２７９及び２８７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号１２９、１３７、１４５、１５３、１６１、１６９、１７７、１８５、１９３、２０１、２０９、２１７、２２５、２３３、２４１、２４９、２５７、２６５、２７３、２８１及び２８９から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１３０、１３８、１４６、１５４、１６２、１７０、１７８、１８６、１９４、２０２、２１０、２１８、２２６、２３４、２４２、２５０、２５８、２６６、２７４、２８２、及び２９０から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号１３１、１３９、１４７、１５５、１６３、１７１、１７９、１８７、１９５、２０３、２１１、２１９、２２７、２３５、２４３、２５１、２５９、２６７、２７５、２８３及び２９１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２８５、２３７、２４５、２５３、２６１及び２６９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２８６、２３８、２４６、２５４、２６２、及び２７０から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２８７、２３９、２４７、２５５、２６３、及び２７１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号２８９、２４１、２４９、２５７、２６５、及び２７３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２９０、２４２、２５０、２５８、２６６、及び２７４から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号２９１、２４３、２５１、２５９、２６７、及び２７５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号１８９、１９７、２０５、２１３、２２１、及び２２９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号１９０、１９８、２０６、２１４、２２２、及び２３０から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号１９１、１９９、２０７、２１５、２２３、及び２３１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号１９３、２０１、２０９、２１７、２２５、及び２３３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号１９４、２０２、２１０、２１８、２２６、及び２３４から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号１９５、２０３、２１１、２１９、２２７、及び２３５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２７７、１２５、１３３、１４１、１４９、１５７、１６５、１７３、及び１８１から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＲ１；（ｂ）配列番号２７８、１２６、１３４、１４２、１５０、１５８、１６６、１７４、及び１８２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２７９、１２７、１３５、１４３、１５１、１５９、１６７、１７５、及び１８３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号２８１、１２９、１３７、１４５、１５３、１６１、１６９、１７７、及び１８５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２８２、１３０、１３８、１４６、１５４、１６２、１７０、１７８、及び２８６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号２８３、１３１、１３９、１４７、１５５、１６３、１７１、１７９、及び１８７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、（ａ）配列番号２９３、３０１、３０９及び３１７から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２９４、３０２、３１０及び３１８から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２９５、３０３、３１１及び３１９から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号２９７、３０５、３１３、及び３２１から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２９８、３０６、３１４及び３２２から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；ならびに（ｆ）配列番号２９９、３０７、３１５、及び３２３から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、本明細書で提供している実施形態のいずれかにおいてと同様のＶＨ、及び本明細書で提供している実施形態のいずれかにおいてと同様のＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号４及び配列番８のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号１２及び配列番１６のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号２０及び配列番２４のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号２８及び配列番３２のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号３６及び配列番４０のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号４４及び配列番４８のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号５２及び配列番５６のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号６０及び配列番６４のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号６８及び配列番７２のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号７６及び配列番８０のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号８４及び配列番８８のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号９２及び配列番９６のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号１００及び配列番１０４のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号１０８及び配列番１１２のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号１１６及び配列番１２０のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号１２４及び配列番１２８のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号１３２及び配列番１３６のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号１４０及び配列番号１４４のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号１４８及び配列番号１５２のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号１５６及び配列番１６０のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号１６４及び配列番１６８のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号１７２及び配列番１７６のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号１８０及び配列番１８４のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号１８８及び配列番１９２のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号１９６及び配列番２００のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号２０４及び配列番２０８のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号２１２及び配列番２１６のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号２２０及び配列番２２４のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号２２８及び配列番２３２のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号２３６及び配列番２４０のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号２４４及び配列番２４８のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号２５２及び配列番２５６のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号２６０及び配列番２６４のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号２６８及び配列番２７２のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号２７６及び配列番２８０のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号２８４及び配列番２８８のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号２９２及び配列番２９６のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号３００及び配列番３０４のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号３０８及び配列番３１２のＶＨ及びＶＬ配列を含む。一部の実施形態では、抗体は、それぞれそれらの配列の翻訳後修飾を含めて、配列番号３１６及び配列番３２０のＶＨ及びＶＬ配列を含む。
一部の実施形態では、ＰＤ－１への結合について本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体と競合する抗体を提供する。一部の実施形態では、抗体は、ＰＤ－１上のエピトープへの結合について本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体と競合する。
一部の実施形態では、競合アッセイを使用して、ＰＤ－１への結合について本明細書に記載の抗ＰＤ－１抗体（１２２２８、１３４０６、１３４０７、１３４０８、及び１３４０９など）と競合するモノクローナル抗体を特定してよい。競合アッセイを使用して、２種の抗体が同一または立体的に重複するエピトープを認識することによって同じエピトープに結合するかどうか、または一方の抗体が、抗原への他方の抗体の結合を競合的に阻害するかどうかを決定することができる。一部の実施形態では、そのような競合抗体は、本明細書に記載の抗体が結合する同じエピトープに結合する。例示的な競合アッセイには、これに限定されないが、ルーチン的なアッセイ、例えば、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ（１９８８）Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ｃｈ．１４（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．）に提示されているものが含まれる。抗体が結合するエピトープをマッピングするための詳細な例示的な方法は、Ｍｏｒｒｉｓ（１９９６）“Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｍａｐｐｉｎｇ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ”、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｖｏｌ．６６（Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．）に提示されている。一部の実施形態では、それぞれが、他方の結合を５０％以上遮断する場合に、２種の抗体は、同じエピトープに結合すると述べられる。一部の実施形態では、本明細書に記載の抗ＰＤ－１抗体と競合する抗体は、キメラ、ヒト化またはヒト抗体である。一部の実施形態では、本明細書に記載のキメラ、ヒト化、またはヒト抗ＰＤ－１抗体と競合する抗体を提供する。
一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体が結合するエピトープのいずれか１つまたは複数に結合する抗体を提供する。一部の実施形態では、本抗体が結合するエピトープに結合する、及びそれと重複する抗体を提供する。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体のうちの少なくとも１種と競合する抗体を提供する。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体のうちの少なくとも２種と競合する抗体を提供する。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体の少なくとも３種と競合する抗体を提供する。一部の実施形態では、抗体は、本明細書の実施例に記載の抗体と重複するエピトープに結合する。一部の実施形態では、全エピトープが、競合抗体によって結合される、及び／または遮断される。一部の実施形態では、エピトープの一部が、競合抗体によって結合される、及び／または遮断される。一部の実施形態では、競合抗体のパラトープは、本明細書で提供する抗体のエピトープの少なくとも一部に結合する。一部の実施形態では、競合抗体のパラトープは、標的に結合し、かつ競合抗体の構造の異なるセクションは、本明細書で提供する抗体のエピトープの少なくとも一部を遮断する。
例示的なキメラ抗体
一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体は、キメラ抗体である。ある種のキメラ抗体が、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号；及びＭｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，（１９８４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８１：６８５１－６８５５（１９８４））に記載されている。一例では、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、または非ヒト霊長類、例えばサルに由来する可変領域）及びヒト定常領域を含む。さらなる一例では、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のものから変化している「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体には、その抗原結合断片も含まれる。
非限定的な例示的なキメラ抗体には、例えば、本明細書に開示のとおりの抗体１１６０６；抗体１１６１３；抗体１１６４５；抗体１２１９１；抗体１２１９５；抗体１２２２０；抗体１２２２８；抗体１２５３５；抗体１２５３６；抗体１２５４１；抗体１２５４３；抗体１２５４４；抗体１２５４５；抗体１２５４９；抗体１２５５０；抗体１２５５３；抗体１２５５４；抗体１２５６２；抗体１２５６３；抗体１２５６４；抗体１２５６５；抗体１２５７１；抗体１２５７２；抗体１２５７６；抗体１２５８３；抗体１２５８４；抗体１３３９６；抗体１３３９８；抗体１３３９９；抗体１３４０１；抗体１３４０２；抗体１３４０３；抗体１３４０４；抗体１３４０５；抗体１３４０６；抗体１３４０７；抗体１３４０８；抗体１３４０９；抗体１１６２４；及び抗体１２１９０から選択される抗体の重鎖及び／または軽鎖可変領域を含むキメラ抗体が含まれる。追加の非限定的な例示的なキメラ抗体には、本明細書に開示のとおりの抗体１１６０６；抗体１１６１３；抗体１１６４５；抗体１２１９１；抗体１２１９５；抗体１２２２０；抗体１２２２８；抗体１２５３５；抗体１２５３６；抗体１２５４１；抗体１２５４３；抗体１２５４４；抗体１２５４５；抗体１２５４９；抗体１２５５０；抗体１２５５３；抗体１２５５４；抗体１２５６２；抗体１２５６３；抗体１２５６４；抗体１２５６５；抗体１２５７１；抗体１２５７２；抗体１２５７６；抗体１２５８３；抗体１２５８４；抗体１３３９６；抗体１３３９８；抗体１３３９９；抗体１３４０１；抗体１３４０２；抗体１３４０３；抗体１３４０４；抗体１３４０５；抗体１３４０６；抗体１３４０７；抗体１３４０８；抗体１３４０９；抗体１１６２４；及び抗体１２１９０から選択される抗体の重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３、及び／または軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３を含むキメラ抗体が含まれる。一部の実施形態では、キメラ抗ＰＤ－１抗体は、上記の可変領域を含み、かつＰＤ－１に結合する。一部の実施形態では、キメラ抗ＰＤ－１抗体は、上記の可変領域を含み、ＰＤ－１に結合し、かつＰＤ－Ｌ１及び／またはＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、上記の可変領域を含み、ＰＤ－１に結合し、かつＰＤ－Ｌ１へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、上記の可変領域を含み、ＰＤ－１に結合し、かつＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、上記の可変領域を含み、ＰＤ－１に結合し、かつ対象への抗体の投与後に、対象において免疫応答を増強する、及び／または対象においてＴ細胞の活性化を増進する。一部の実施形態では、本明細書に記載の抗ＰＤ－１抗体の投与は、対象において、免疫細胞の活性を刺激する、免疫細胞の下方調節を減少させる、またはＴ細胞応答を増加させる。
一部の実施形態では、キメラ抗ＰＤ－１抗体は、配列番号４、１２、２０、２８、３６、４４、５２、６０、６８、７６、８４、９２、１００、１０８、１１６、１２４、１３２、１４０、１４８、１５６、１６４、１７２、１８０、１８８、１９６、２０４、２１２、２２０、２２８、２３６、２４４、２５２、２６０、２６８、２７６、２８４、２９２、３００、３０８、または３１６から選択される配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一である可変領域配列を含む重鎖を含み、この抗体は、ＰＤ－１に結合する。一部の実施形態では、キメラ抗ＰＤ－１抗体は、配列番号８、１６、２４、３２、４０、４８、５６、６４、７２、８０、８８、９６、１０４、１１２、１２０、１２８、１３６、１４４、１５２、１６０、１６８、１７６、１８４、１９２、２００、２０８、２１６、２２４、２３２、２４０、２４８、２５６、２６４、２７２、２８０、２８８、２９６、３０４、３１２または３２０から選択される配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一である可変領域配列を含む軽鎖を含み、この抗体は、ＰＤ－１に結合する。一部の実施形態では、キメラ抗ＰＤ－１抗体は、配列番号４、１２、２０、２８、３６、４４、５２、６０、６８、７６、８４、９２、１００、１０８、１１６、１２４、１３２、１４０、１４８、１５６、１６４、１７２、１８０、１８８、１９６、２０４、２１２、２２０、２２８、２３６、２４４、２５２、２６０、２６８、２７６、２８４、２９２、３００、３０８、または３１６から選択される配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一である可変領域配列を含む重鎖；及び配列番号８、１６、２４、３２、４０、４８、５６、６４、７２、８０、８８、９６、１０４、１１２、１２０、１２８、１３６、１４４、１５２、１６０、１６８、１７６、１８４、１９２、２００、２０８、２１６、２２４、２３２、２４０、２４８、２５６、２６４、２７２、２８０、２８８、２９６、３０４、３１２または３２０から選択される配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一である可変領域配列を含む軽鎖を含み、この抗体はＰＤ－１に結合する。
例示的なキメラ抗ＰＤ－１抗体はまた、ＰＤ－１への結合について本明細書に記載の抗体またはその断片と競合するキメラ抗体を含む。したがって、一部の実施形態では、ＰＤ－１への結合について、抗体１１６０６；抗体１１６１３；抗体１１６４５；抗体１２１９１；抗体１２１９５；抗体１２２２０；抗体１２２２８；抗体１２５３５；抗体１２５３６；抗体１２５４１；抗体１２５４３；抗体１２５４４；抗体１２５４５；抗体１２５４９；抗体１２５５０；抗体１２５５３；抗体１２５５４；抗体１２５６２；抗体１２５６３；抗体１２５６４；抗体１２５６５；抗体１２５７１；抗体１２５７２；抗体１２５７６；抗体１２５８３；抗体１２５８４；抗体１３３９６；抗体１３３９８；抗体１３３９９；抗体１３４０１；抗体１３４０２；抗体１３４０３；抗体１３４０４；抗体１３４０５；抗体１３４０６；抗体１３４０７；抗体１３４０８；抗体１３４０９；抗体１１６２４；及び抗体１２１９０から選択される抗体、またはその断片と競合するキメラ抗ＰＤ－１抗体を提供する。一部の実施形態では、キメラ抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１への結合について本明細書に記載の抗体と競合し、かつＰＤ－Ｌ１及び／またはＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、キメラ抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１への結合について本明細書に記載の抗体と競合し、かつＰＤ－Ｌ１へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、キメラ抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１への結合について本明細書に記載の抗体と競合し、かつＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、キメラ抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１への結合について本明細書に記載の抗体と競合し、かつ対象への抗体の投与後に、対象において免疫応答を増強する、及び／または対象においてＴ細胞の活性化を増進する。
一部の実施形態では、本明細書に記載のキメラ抗体は、１つまたは複数のヒト定常領域を含む。一部の実施形態では、ヒト重鎖定常領域は、ＩｇＡ、ＩｇＧ、及びＩｇＤから選択されるアイソタイプのものである。一部の実施形態では、ヒト軽鎖定常領域は、κ及びλから選択されるアイソタイプのものである。一部の実施形態では、本明細書に記載のキメラ抗体は、ヒトＩｇＧ定常領域を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載のキメラ抗体は、ヒトＩｇＧ４重鎖定常領域を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載のキメラ抗体は、ヒトＩｇＧ４定常領域及びヒトκ軽鎖を含む。
上述のとおり、エフェクター機能が望ましいか望ましくないかは、抗体で意図されている特定の処置方法に依存し得る。したがって、一部の実施形態では、エフェクター機能が望ましい場合には、ヒトＩｇＧ１重鎖定常領域またはヒトＩｇＧ３重鎖定常領域を含むキメラ抗ＰＤ－１抗体が選択される。一部の実施形態では、エフェクター機能が望ましくない場合には、ヒトＩｇＧ４またはＩｇＧ２重鎖定常領域を含むキメラ抗ＰＤ－１抗体が選択される。
例示的なヒト化抗体
一部の実施形態では、ＰＤ－１に結合するヒト化抗体を提供する。ヒト化抗体は、非ヒト抗体と比較した場合に、抗体治療薬に対する免疫応答（ヒト抗マウス抗体（ＨＡＭＡ）応答など）、及び治療薬の有効性の低下をもたらし得るヒト免疫応答を減少させる、または除去するので、ヒト化抗体は、治療用分子として有用である。
一部の実施形態では、キメラ抗体は、ヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、ヒトに対する免疫原性を低下させるようにヒト化されているが、親非ヒト抗体の特異性及び親和性を維持している。一般に、ヒト化抗体は、ＣＤＲ（またはその一部）が非ヒト抗体に由来し、かつＦＲ（またはその一部）がヒト抗体配列に由来する１つまたは複数の可変ドメインを含む。ヒト化抗体は任意選択で、ヒト定常領域の少なくとも一部も含む。一部の実施形態では、例えば、抗体特異性または親和性を回復または改善するために、ヒト化抗体中の一部のＦＲ残基は、非ヒト抗体（例えば、ＣＤＲ残基が由来する抗体）からの対応する残基と置き換えられている。
ヒト化抗体及びそれらを作製する方法は、例えば、Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ，（２００８）Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９－１６３３に概説されており、さらに例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３－３２９；Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．，（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１００２９－１００３３；米国特許第５，８２１，３３７号、同第７，５２７，７９１号、同第６，９８２，３２１号、及び同第７，０８７，４０９号；Ｋａｓｈｍｉｒｉ ｅｔ ａｌ．，（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：２５－３４；Ｐａｄｌａｎ，（１９９１）Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：４８９－４９８（ｄｅｓｃｒｉｂｉｎｇ “ｒｅｓｕｒｆａｃｉｎｇ”）；Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ ｅｔ ａｌ．，（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：４３－６０（ｄｅｓｃｒｉｂｉｎｇ “ＦＲ ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ”）；ならびにＯｓｂｏｕｒｎ ｅｔ ａｌ．，（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：６１－６８及びＫｌｉｍｋａ ｅｔ ａｌ．，（２０００）Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ，８３：２５２－２６０（ＦＲシャッフリングに対する「ガイド付き選択」手法を記載）に記載されている。
ヒト化のために使用することができるヒトフレームワーク領域には、これに限定されないが、「最良適合」方法を使用して選択されるフレームワーク領域（例えば、Ｓｉｍｓ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：２２９６を参照されたい）；軽鎖または重鎖可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域（例えば、Ｃａｒｔｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：４２８５；及びＰｒｅｓｔａ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ，１５１：２６２３を参照されたい）；ヒト成熟（体細胞変異）フレームワーク領域またはヒト生殖細胞系フレームワーク領域（例えば、Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ，（２００８）Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９－１６３３を参照されたい）；ならびにスクリーニングＦＲライブラリーに由来するフレームワーク領域（例えば、Ｂａｃａ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：１０６７８－１０６８４及びＲｏｓｏｋ ｅｔ ａｌ．，（１９９６）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：２２６１１－２２６１８を参照されたい）が含まれる。
例示的なヒト化抗ＰＤ－１抗体には、ＰＤ－１への結合について本明細書に記載の抗体またはその断片と競合する抗体が含まれる。したがって、一部の実施形態では、ＰＤ－１への結合について、抗体１１６０６；抗体１１６１３；抗体１１６４５；抗体１２１９１；抗体１２１９５；抗体１２２２０；抗体１２２２８；抗体１２５３５；抗体１２５３６；抗体１２５４１；抗体１２５４３；抗体１２５４４；抗体１２５４５；抗体１２５４９；抗体１２５５０；抗体１２５５３；抗体１２５５４；抗体１２５６２；抗体１２５６３；抗体１２５６４；抗体１２５６５；抗体１２５７１；抗体１２５７２；抗体１２５７６；抗体１２５８３；抗体１２５８４；抗体１３３９６；抗体１３３９８；抗体１３３９９；抗体１３４０１；抗体１３４０２；抗体１３４０３；抗体１３４０４；抗体１３４０５；抗体１３４０６；抗体１３４０７；抗体１３４０８；抗体１３４０９；抗体１１６２４；及び抗体１２１９０から選択される抗体またはその断片と競合するヒト化抗ＰＤ－１抗体を提供する。一部の実施形態では、ヒト化抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１への結合について本明細書に記載の抗体と競合し、かつＰＤ－Ｌ１及び／またはＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、ヒト化抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１への結合について本明細書に記載の抗体と競合し、かつＰＤ－Ｌ１へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、ヒト化抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１への結合について本明細書に記載の抗体と競合し、かつＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、ヒト化抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１への結合について本明細書に記載の抗体と競合し、かつ対象への抗体の投与後に、対象において免疫応答を増強する、及び／または対象においてＴ細胞の活性化を増進する。
例示的なヒト抗体
一部の実施形態では、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当技術分野で知られている様々な技術を使用して生成され得る。ヒト抗体は概して、ｖａｎ Ｄｉｊｋ ａｎｄ ｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ，（２００１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５：３６８－３７４及びＬｏｎｂｅｒｇ，（２００８）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０：４５０－４５９に記載されている。一部の実施形態では、ヒト抗体は、天然に存在する抗体ではない。一部の実施形態では、ヒト抗体は、モノクローナル抗体であり；したがって、一部の実施形態では、セット内のヒト抗体のそれぞれは、抗原上の同じエピトープに結合し得る。
ヒト抗体は、免疫原を、抗原攻撃に応じてインタクトなヒト抗体またはヒト可変領域を備えたインタクトな抗体を産生するように修飾されているトランスジェニック動物に投与することによって調製され得る。そのような動物は典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座に置き換わっている、または染色体外に存在するか、もしくは動物の染色体に無作為に統合されているヒト免疫グロブリン遺伝子座の全部または一部を含有する。そのようなトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座は一般に、不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得る方法の概説については、Ｌｏｎｂｅｒｇ、（２００５）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３：１１１７－１１２５を参照されたい。例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術を記載している米国特許第６，０７５，１８１号及び同第６，１５０，５８４号；ＨＵＭＡＢ（登録商標）技術を記載している米国特許第５，７７０，４２９号；Ｋ－Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載している米国特許第７，０４１，８７０号、ならびにＶＥＬＯＣＩＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載している米国特許出願公開第２００７／００６１９００号も参照されたい）。そのような動物によって生成されたインタクトな抗体からのヒト可変領域を、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることによって、さらに修飾してもよい。
ヒト抗体を、ハイブリドーマベースの方法によって作製することもできる。ヒトモノクローナル抗体を生成するためのヒト骨髄腫及びマウス－ヒトヘテロ骨髄腫細胞系が記載されている（例えば、Ｋｏｚｂｏｒ（１９８４）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ，１３３：３００１；Ｂｒｏｄｅｕｒ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ．５１－６３（Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８７）；及びＢｏｅｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ，（１９９１）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７：８６を参照されたい）。ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を介して生成されるヒト抗体も、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，（２００６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１０３：３５５７－３５６２に記載されている。追加の方法には、例えば、米国特許第７，１８９，８２６号（ハイブリドーマ細胞系からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の生成を記載）及びＮｉ，（２００６）Ｘｉａｎｄａｉ Ｍｉａｎｙｉｘｕｅ，２６（４）：２６５－２６８（ヒト－ヒトハイブリドーマを記載）に記載されている方法も含まれる。ヒトハイブリドーマ技術（Ｔｒｉｏｍａ技術）も、Ｖｏｌｌｍｅｒｓ ａｎｄ Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，（２００５）Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ，２０（３）：９２７－９３７（２００５）及びＶｏｌｌｍｅｒｓ ａｎｄ Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｆｉｎｄｉｎｇｓ ｉｎ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ，２７（３）：１８５－１９１に記載されている。
ヒト抗体を、ヒト由来ファージディスプレイライブラリーから選択されるＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成することもできる。次いで、そのような可変ドメイン配列を、所望のヒト定常ドメインと組み合わせてよい。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択するための技術は下に記載する。
抗体は、１つまたは複数の所望の活性を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって単離され得る。例えば、ファージディスプレイライブラリーを生成し、かつ所望の結合特性を有する抗体についてそのようなライブラリーをスクリーニングするための様々な方法が当技術分野で知られている。そのような方法は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ｅｔ ａｌ．においてＭｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １７８：１－３７（Ｏ’Ｂｒｉｅｎ ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００１）で概説されており、さらに例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ ｅｔ ａｌ，（１９９０）Ｎａｔｕｒｅ ３４８：５５２－５５４；Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ，（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ ３５２：６２４－６２８；Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ，（１９９２）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ ２２２：５８１－５９７；Ｍａｒｋｓ ａｎｄ Ｂｒａｄｂｕｒｙ，ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２４８：１６１－１７５（Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００３）；Ｓｉｄｈｕ ｅｔ ａｌ，（２００４）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９－３１０；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，（２００４）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３－１０９３；Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，（２００４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０１（３４）：１２４６７－１２４７２；及びＬｅｅ ｅｔ ａｌ，（２００４）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２８４（１－２）：１１９－１３２及びＰＣＴ公開ＷＯ９９／１０４９４に記載されている。
ある種のファージディスプレイ法では、Ｗｉｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，（１９９４）Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１２：４３３－４５５において記載されているように、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって別々にクローニングされ、ファージライブラリーにおいて無作為に再び組み合わされ、次いで、そのファージライブラリーが、抗原結合ファージについてスクリーニングされ得る。ファージは典型的には、抗体断片を、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片またはＦａｂ断片のいずれかとしてディスプレイする。免疫化源からのライブラリーは、ハイブリドーマの構築を必要とせずに、免疫原に対する高親和性抗体を供給する。別法では、Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ ｅｔ ａｌ．、（１９９３）ＥＭＢＯ Ｊ １２：７２５－７３４によって記載されているように、ナイーブなレパートリーをクローニング（例えば、ヒトから）して、いかなる免疫化もなく、広範な非自己及び自己抗原に対する抗体の単一の供給源を得ることができる。最終的に、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ（１９９２），Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ，２２７：３８１－３８８に記載されているように、幹細胞から非再編成Ｖ遺伝子セグメントをクローニングし、かつランダム配列を含むＰＣＲプライマーを使用して高可変ＣＤＲ３領域をコードし、かつｉｎ ｖｉｔｒｏでの再編成を達成することによって、ナイーブライブラリーを合成で作製することもできる。ヒト抗体ファージライブラリを記載している特許公報には、例えば：米国特許第５，７５０，３７３号、及び米国特許出願公開第２００５／００７９５７４号、同第２００５／０１１９４５５号、同第２００５／０２６６０００号、同第２００７／０１１７１２６号、同第２００７／０１６０５９８号、同第２００７／０２３７７６４号、同第２００７／０２９２９３６号、及び同第２００９／０００２３６０号が含まれる。
一部の実施形態では、ヒト抗ＰＤ－１抗体は、配列番号１、２、３、３８２、３８３、または３８４の配列を有するポリペプチドに結合する。一部の実施形態では、ヒト抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１に結合し、かつＰＤ－Ｌ１及び／またはＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、ヒト抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１に結合し、かつＰＤ－Ｌ１へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、ヒト抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１に結合し、かつＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、ヒト抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１に結合し、かつ対象への抗体の投与後に、対象において免疫応答を増強する、及び／または対象においてＴ細胞の活性化を増進する。
例示的なヒト抗ＰＤ－１抗体にはまた、ＰＤ－１への結合について本明細書に記載のヒト抗体またはその断片と競合する抗体も含まれる。したがって、一部の実施形態では、ＰＤ－１への結合について、抗体１１６０６；抗体１１６１３；抗体１１６４５；抗体１２１９１；抗体１２１９５；抗体１２２２０；抗体１２２２８；抗体１２５３５；抗体１２５３６；抗体１２５４１；抗体１２５４３；抗体１２５４４；抗体１２５４５；抗体１２５４９；抗体１２５５０；抗体１２５５３；抗体１２５５４；抗体１２５６２；抗体１２５６３；抗体１２５６４；抗体１２５６５；抗体１２５７１；抗体１２５７２；抗体１２５７６；抗体１２５８３；抗体１２５８４；抗体１３３９６；抗体１３３９８；抗体１３３９９；抗体１３４０１；抗体１３４０２；抗体１３４０３；抗体１３４０４；抗体１３４０５；抗体１３４０６；抗体１３４０７；抗体１３４０８；抗体１３４０９；抗体１１６２４；及び抗体１２１９０から選択される抗体またはその断片と競合するヒト抗ＰＤ－１抗体を提供する。一部の実施形態では、ヒト抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１への結合について本明細書に記載の抗体と競合し、かつＰＤ－Ｌ１及び／またはＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、ヒト抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１への結合について本明細書に記載の抗体と競合し、かつＰＤ－Ｌ１へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、ヒト抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１への結合について本明細書に記載の抗体と競合し、かつＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する。一部の実施形態では、ヒト抗ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１への結合について本明細書に記載の抗体と競合し、かつ対象への抗体の投与後に、対象において免疫応答を増強する、及び／または対象においてＴ細胞の活性化を増進する。
一部の実施形態では、ＰＤ－１に結合するヒト抗体からの可変領域及び異なるヒト抗体からの定常領域を含むキメラヒト抗ＰＤ－１抗体を提供する。一部の実施形態では、ＰＤ－１に結合するヒト抗体からのＣＤＲ及び異なるヒト抗体からのフレームワークを含むキメラヒト抗ＰＤ－１抗体を提供する。一部の実施形態では、抗体は、天然に存在するヒト抗体ではない。
一部の実施形態では、ヒト抗ＰＤ－１抗体は、１つまたは複数のヒト定常領域を含む。一部の実施形態では、ヒト重鎖定常領域は、ＩｇＡ、ＩｇＧ、及びＩｇＤから選択されるアイソタイプのものである。一部の実施形態では、ヒト軽鎖定常領域は、κ及びλから選択されるアイソタイプのものである。一部の実施形態では、本明細書に記載のヒト抗体は、ヒトＩｇＧ定常領域を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載のヒト抗体は、ヒトＩｇＧ４重鎖定常領域を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載のヒト抗体は、ヒトＩｇＧ４定常領域及びヒトκ軽鎖を含む。
一部の実施形態では、エフェクター機能が望ましい場合、ヒトＩｇＧ１重鎖定常領域またはヒトＩｇＧ３重鎖定常領域を含むヒト抗ＰＤ－１抗体が選択される。一部の実施形態では、エフェクター機能が望ましくない場合、ヒトＩｇＧ４またはＩｇＧ２重鎖定常領域を含むヒト抗ＰＤ－１抗体が選択される。
本明細書に述べるとおり、用語「ヒト抗体」は、抗体の供給源ではなく、抗体コンストラクトのための可能な配列の種類を示している。
例示的な抗体定常領域
一部の実施形態では、本明細書に記載の抗体は、１つまたは複数のヒト定常領域を含む。一部の実施形態では、ヒト重鎖定常領域は、ＩｇＡ、ＩｇＧ、及びＩｇＤから選択されるアイソタイプのものである。一部の実施形態では、本明細書に記載の抗体は、ヒトＩｇＧ定常領域を含む。一部の実施形態では、エフェクター機能が望ましい場合、ヒトＩｇＧ１重鎖定常領域またはヒトＩｇＧ３重鎖定常領域を含む抗ＰＤ－１抗体が選択される。一部の実施形態では、エフェクター機能が望ましくない場合、ヒトＩｇＧ４またはＩｇＧ２重鎖定常領域を含む抗ＰＤ－１抗体が選択される。一部の実施形態では、ヒト軽鎖定常領域は、κ及びλから選択されるアイソタイプのものである。一部の実施形態では、本明細書に記載の抗体は、ヒトＩｇＧ４重鎖定常領域を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の抗体は、ヒトＩｇＧ４定常領域及びヒトκ軽鎖を含む。
本明細書及び請求項を通じて、明示されていない限り、または当業者に既知でない限り、免疫グロブリン重鎖における残基の番号付けは、参照によって本明細書に明らかに援用されるＫａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１）におけるとおりのＥＵ ｉｎｄｅｘのものである。「ＫａｂａｔにおけるとおりのＥＵ ｉｎｄｅｘ」は、ヒトＩｇＧ１ ＥＵ抗体の残基番号付けを指す。
上述のように、エフェクター機能が望ましいか望ましくないかは、抗体で意図されている特定の処置方法に依存し得る。したがって、一部の実施形態では、エフェクター機能が望ましい場合には、ヒトＩｇＧ１重鎖定常領域またはヒトＩｇＧ３重鎖定常領域を含む抗ＰＤ－１抗体が選択される。一部の実施形態では、エフェクター機能が望ましくない場合には、ヒトＩｇＧ４またはＩｇＧ２重鎖定常領域を含む抗ＰＤ－１抗体が選択される。
一部の実施形態では、バリアントＦｃ領域を含む抗体は、野生型ＩｇＧまたは野生型抗体のＦｃ領域と比較して、少なくとも１つのアミノ酸置換を有する。一部の実施形態では、バリアントＦｃ領域は、野生型抗体のＦｃ領域に２つ以上のアミノ酸置換を有する。一部の実施形態では、バリアントＦｃ領域は、野生型抗体のＦｃ領域に３つ以上のアミノ酸置換を有する。一部の実施形態では、バリアントＦｃ領域は、本明細書に記載の少なくとも１つ、２つまたは３つ以上のＦｃ領域アミノ酸置換を有する。一部の実施形態では、本明細書におけるバリアントＦｃ領域は、天然配列Ｆｃ領域及び／または親ポリペプチドのＦｃ領域と少なくとも約８０％相同性を有する。一部の実施形態では、本明細書におけるバリアントＦｃ領域は、天然配列Ｆｃ領域及び／または親ポリペプチドのＦｃ領域と少なくとも約９０％相同性を有する。一部の実施形態では、本明細書におけるバリアントＦｃ領域は、天然配列Ｆｃ領域及び／または親ポリペプチドのＦｃ領域と少なくとも約９５％相同性を有する。一部の実施形態では、重鎖定常領域は、Ｃ末端リシン（Ｋ）残基を欠損している。一部のそのような実施形態では、重鎖または重鎖定常領域は、「ｄｅｓＫ」と称されることがある。一部の実施形態では、Ｃ末端リシンを欠損している重鎖定常領域は、ＩｇＧ、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４である。
一部の実施形態では、本明細書で提供する抗体を、抗体がグリコシル化される程度が上昇または低下するように改変させる。抗体に対するグリコシル化部位の付加または欠失は、１つまたは複数のグリコシル化部位が作製または除去されるようにアミノ酸配列を改変させることによって好都合に達成され得る。
抗体がＦｃ領域を含む場合、それに結合している炭水化物を改変させてもよい。哺乳類細胞によって産生される天然の抗体は典型的には、一般にＮ連結によってＦｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７に結合している分枝した二分枝オリゴ糖を含む。例えば、Ｗｒｉｇｈｔ ｅｔ ａｌ．ＴＩＢＴＥＣＨ １５：２６－３２（１９９７）を参照されたい。オリゴ糖には、様々な炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ－アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、及びシアル酸、さらには二分枝オリゴ糖構造の「幹」内のＧｌｃＮＡｃに結合しているフコースが含まれ得る。一部の実施形態では、抗体中のオリゴ糖の修飾を、ある種の特性が改善されている抗体バリアントを作製するために作製してもよい。
一部の実施形態では、Ｆｃ領域に（直接的または間接的に）結合しているフコースを欠損している炭水化物構造を有する抗体バリアントを提供する。例えば、そのような抗体におけるフコースの量は、１％～８０％、１％～６５％、５％～６５％または２０％～４０％であってよい。フコースの量は、例えばＷＯ２００８／０７７５４６に記載されているように、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ質量分析法によって測定されるようなＡｓｎ２９７に結合しているすべての糖構造（例えば、複合体、ハイブリッド及び高マンノース構造）の合計に対して、Ａｓｎ２９７の糖鎖内のフコースの平均量を計算することによって決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域のおよそ２９７位（Ｆｃ領域残基のＥＵ番号付け）に位置するアスパラギン残基を指すが；しかしながら抗体におけるわずかな配列の変化によって、Ａｓｎ２９７は、２９７位から約±３アミノ酸上流または下流に、すなわち、２９４位と３００位との間に位置してもよい。そのようなフコシル化バリアントは、ＡＤＣＣ機能の改善を有し得る。例えば、米国特許出願公開第ＵＳ２００３／０１５７１０８（Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ．）；ＵＳ２００４／００９３６２１号（Ｋｙｏｗａ Ｈａｋｋｏ Ｋｏｇｙｏ Ｃｏ．，Ｌｔｄ）を参照されたい。「脱フコシル化」または「フコース欠失」抗体バリアントに関する刊行物の例には、ＵＳ２００３／０１５７１０８号；ＷＯ２０００／６１７３９；ＷＯ２００１／２９２４６；ＵＳ２００３／０１１５６１４号；ＵＳ２００２／０１６４３２８号；ＵＳ２００４／００９３６２１号；ＵＳ２００４／０１３２１４０号；ＵＳ２００４／０１１０７０４号；ＵＳ２００４／０１１０２８２号；ＵＳ２００４／０１０９８６５号；ＷＯ２００３／０８５１１９；ＷＯ２００３／０８４５７０；ＷＯ２００５／０３５５８６；ＷＯ２００５／０３５７７８；ＷＯ２００５／０５３７４２；ＷＯ２００２／０３１１４０；Ｏｋａｚａｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３６：１２３９－１２４９（２００４）；Ｙａｍａｎｅ－Ｏｈｎｕｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）が含まれる。脱フコシル化抗体を産生し得る細胞系の例には、タンパク質フコシル化を欠失しているＬｅｃ１３ ＣＨＯ細胞（Ｒｉｐｋａ ｅｔ ａｌ．Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．２４９：５３３－５４５（１９８６）；米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８Ａ１号、Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ；及びＷＯ２００４／０５６３１２Ａ１、Ａｄａｍｓ ｅｔ ａｌ．、特に実施例１１において）、及びノックアウト細胞系、例えばアルファ－１，６－フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞（例えば、Ｙａｍａｎｅ－Ｏｈｎｕｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）；Ｋａｎｄａ，Ｙ．ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．，９４（４）：６８０－６８８（２００６）；及びＷＯ２００３／０８５１０７を参照されたい）が含まれる。
例えば、抗体のＦｃ領域に結合している二分岐オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分されている、二分オリゴ糖を備えた抗体バリアントをさらに提供する。そのような抗体バリアントは、フコシル化の減少及び／またはＡＤＣＣ機能の改善を有し得る。そのような抗体バリアントの例は、例えば、ＷＯ２００３／０１１８７８（Ｊｅａｎ－Ｍａｉｒｅｔ ｅｔ ａｌ．）；米国特許第６，６０２，６８４号（Ｕｍａｎａ ｅｔ ａｌ．）；及びＵＳ２００５／０１２３５４６号（Ｕｍａｎａ ｅｔ ａｌ．）に記載されている。Ｆｃ領域に結合しているオリゴ糖に少なくとも１個のガラクトース残基を有する抗体バリアントも提供する。そのような抗体バリアントは、ＣＤＣ機能の改善を有し得る。そのような抗体バリアントは、例えば、ＷＯ１９９７／３００８７（Ｐａｔｅｌ ｅｔ ａｌ．）；ＷＯ１９９８／５８９６４（Ｒａｊｕ，Ｓ．）；及びＷＯ１９９９／２２７６４（Ｒａｊｕ，Ｓ．）に記載されている。
アミノ末端リーダー伸長を有する抗体バリアントも提供する。例えば、アミノ末端リーダー配列の１個または複数のアミノ酸残基は、抗体のいずれか１つまたは複数の重鎖または軽鎖のアミノ末端に存在する。例示的なアミノ末端リーダー伸長は、３つのアミノ酸残基、ＶＨＳを含むか、またはそれからなり、抗体バリアントの一方または両方の軽鎖上に存在する。
ヒトＦｃＲｎ高親和性結合ポリペプチドのｉｎ ｖｉｖｏまたは血清半減期を、例えば、トランスジェニックマウス、ヒト、または非ヒト霊長類においてアッセイすることができ、それに、バリアントＦｃ領域を有するポリペプチドを投与する。例えば、Ｐｅｔｋｏｖａ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １８（１２）：１７５９－１７６９（２００６）も参照されたい。
一部の実施形態では、抗体バリアントは、親抗体よりも効果的に、ヒトエフェクター細胞の存在下でＡＤＣＣを媒介する。一部の実施形態では、アッセイで使用されるポリペプチドバリアント及び親抗体の量が本質的に同じ場合に、抗体バリアントは、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおけるＡＤＣＣの媒介について、かなりより効果的である。一部の実施形態では、アッセイで使用されるポリペプチドバリアント及び親抗体の量が本質的に同じ場合に、抗体バリアントは、ｉｎ ｖｉｖｏにおけるＡＤＣＣの媒介について、かなりより効果的である。一般に、そのようなバリアントは、本明細書に開示しているとおりのｉｎ ｖｉｔｒｏ ＡＤＣＣアッセイを使用して特定されるが、例えば、動物モデルでＡＤＣＣ活性を決定するための他のアッセイまたは方法なども企図される。
例示的な抗体コンジュゲート
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、別の分子にコンジュゲートしている。一部の実施形態では、追加の分子は、標識などの検出可能なマーカーであってよい。一部の実施形態では、追加の分子は、細胞傷害性薬物などの治療用分子であってよい。一部の実施形態では、標識及び／または細胞傷害性薬物は、抗体にコンジュゲートしていてよい。本明細書で使用する場合、標識は、抗体の検出を容易にする、及び／または抗体が結合する分子の検出を容易にする部分である。非限定的な例示的な標識には、これに限定されないが、放射性同位体、蛍光基、酵素基、化学発光基、ビオチン、エピトープタグ、金属結合タグなどが含まれる。当業者であれば、具体的な用途に従って、好適な標識を選択することができる。
本明細書で使用する場合、細胞傷害性薬物は、１種または複数の細胞の増殖能を減少させる部分である。例えば、細胞がアポトーシス受けるか、または別段に死滅する、細胞が細胞周期を進むことができない、及び／または***することができない、細胞が分化することができない、などによって、細胞が増殖することができなくなると、細胞は、増殖能が減少する。非限定的な例示的な細胞傷害性薬物には、これに限定されないが、放射性同位体、毒素、及び化学療法薬が含まれる。当業者であれば、意図されている用途に従って、好適な細胞傷害性薬物を選択することができる。一部の実施形態では、細胞傷害性薬物は、代謝拮抗薬、アルキル化薬、抗生物質、成長因子、サイトカイン、抗血管新生薬、抗有糸***薬、アンスラサイクリン、毒素、またはアポトーシス薬のうちの少なくとも１種である。
一部の実施形態では、標識及び／または細胞傷害性薬物は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで化学的方法を使用して抗体にコンジュゲートされている。非限定的な例示的なコンジュゲーションの化学的方法は、当技術分野で知られており、それらには、例えば、Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐｒｏｄｕｃｅｓ（旧Ｐｉｅｒｃｅ；Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、Ｉｌｌ．）、Ｐｒｏｚｙｍｅ（Ｈａｙｗａｒｄ、Ｃａｌｉｆ．）、ＳＡＣＲＩ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ（Ｃａｌｇａｒｙ、Ｃａｎａｄａ）、ＡｂＤ Ｓｅｒｏｔｅｃ（Ｒａｌｅｉｇｈ、Ｎ．Ｃ．）などから市販されているサービス、方法及び／または試薬が含まれる。一部の実施形態では、標識及び／または細胞傷害性薬物がポリペプチドである場合、その標識及び／または細胞傷害性薬物を、同じ発現ベクターから、少なくとも１つの抗体鎖と共に発現させて、抗体鎖に融合している標識及び／または細胞傷害性薬物を含むポリペプチドを生成することができる。当業者であれば、意図されている用途に従って、標識及び／または細胞傷害性薬物を抗体にコンジュゲートするための好適な方法を選択することができる。
一部の実施形態では、コンジュゲーションは、共有結合であってよい。一部の実施形態では、コンジュゲーションは、非共有結合であってよい。一部の実施形態では、コンジュゲーションは、特異的な結合相互作用を介する、例えば、二次抗体の結合を通じてであってよい。
例示的なリーダー配列
一部の分泌タンパク質を大量に発現及び分泌させるために、異種タンパク質からのリーダー配列が望ましいことがある。一部の実施形態では、リーダー配列は分泌プロセスの間にＥＲで除去されるので、得られる成熟ポリペプチドは変わらないままであり得るということにおいて、異種リーダー配列を用いることは有利であり得る。異種リーダー配列の付加は、一部のタンパク質を発現及び分泌させるために有用であり得る。
ある種の例示的なリーダー配列が、例えば、Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｓｉｎｇａｐｏｒｅによって維持されているオンラインのリーダー配列データベースに記載されている。Ｃｈｏｏ ｅｔ ａｌ．、ＢＭＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，６：２４９（２００５）；及びＰＣＴ公報ＷＯ２００６／０８１４３０を参照されたい。
ＩＩＩ．抗体発現及び生成
抗ＰＤ－１抗体をコードする核酸分子
抗ＰＤ－１抗体の１つまたは複数の鎖をコードするポリヌクレオチドを含む核酸分子を本明細書において提供する。一部の実施形態では、核酸分子は、抗ＰＤ－１抗体の重鎖または軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、核酸分子は、抗ＰＤ－１抗体の重鎖をコードするポリヌクレオチド及び軽鎖をコードするポリヌクレオチドの両方を含む。一部の実施形態では、第１の核酸分子は、重鎖をコードする第１のポリヌクレオチドを含み、第２の核酸分子は、軽鎖をコードする第２のポリヌクレオチドを含む。
一部の実施形態では、重鎖及び軽鎖は、１つの核酸分子から、または２つの別々の核酸分子から２つの別々のポリペプチドとして発現される。一部の実施形態では、抗体がｓｃＦｖである場合など、単一のポリヌクレオチドが、一緒に連結した重鎖及び軽鎖の両方を含む単一のポリペプチドをコードする。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体の重鎖または軽鎖をコードするポリヌクレオチドは、本明細書において提供しているＣＤＲの少なくとも１つをコードするヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体の重鎖または軽鎖をコードするポリヌクレオチドは、本明細書において提供しているＣＤＲのうちの少なくとも３つをコードするヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体の重鎖または軽鎖をコードするポリヌクレオチドは、本明細書において提供しているＣＤＲのうちの少なくとも６つをコードするヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体の重鎖または軽鎖をコードするポリヌクレオチドは、翻訳された場合に重鎖または軽鎖のＮ末端に位置するリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を含む。上で論述したとおり、リーダー配列は、天然重鎖または軽鎖リーダー配列であってもよいし、または別の異種リーダー配列であってもよい。
一部の実施形態では、核酸は、本明細書における配列表中の抗体のアミノ酸配列のいずれかをコードするものである。一部の実施形態では、核酸は、本明細書における配列表中の抗体のアミノ酸配列のいずれかをコードする核酸に対して少なくとも８０％同一である、例えば、少なくとも８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるものである。一部の実施形態では、核酸は、本明細書において提供している核酸配列のいずれか１つまたは複数にハイブリダイズするものである。実施形態の一部では、ハイブリダイゼーションは、穏やかな条件下においてである。一部の実施形態では、ハイブリダイゼーションは、高度にストリンジェントな条件下、例えば、６５℃で少なくとも約６倍ＳＳＣ及び１％ＳＤＳで、１０分間にわたって約４２℃で０．１倍ＳＳＣ中約２０％（ｖ／ｖ）ホルムアミドを用いる第１の洗浄、及び６５℃で０．２倍ＳＳＣ及び０．１％ＳＤＳを用いる後続の洗浄を伴う条件下においてである。
核酸分子は、当技術分野で慣用の組換えＤＮＡ技術を使用して構築することができる。一部の実施形態では、核酸分子は、選択された宿主細胞において発現させるために好適な発現ベクターである。
抗ＰＤ－１重鎖及び／または抗ＰＤ－１軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。抗ＰＤ－１重鎖及び／または抗ＰＤ－１軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含むベクターも提供する。そのようなベクターには、これに限定されないが、ＤＮＡベクター、ファージベクター、ウイルスベクター、レトロウイルスベクターなどが含まれる。一部の実施形態では、ベクターは、重鎖をコードする第１のポリヌクレオチド配列及び軽鎖をコードする第２のポリヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、重鎖及び軽鎖は、ベクターから、２つの別々のポリペプチドとして発現される。一部の実施形態では、例えば、抗体がｓｃＦｖである場合など、重鎖及び軽鎖は、単一のポリペプチドの一部として発現される。
一部の実施形態では、第１のベクターは、重鎖をコードするポリヌクレオチドを含み、第２のベクターは、軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、第１のベクター及び第２のベクターを、同様の量（同様のモル量または同様の質量など）で宿主細胞にトランスフェクションする。一部の実施形態では、第１のベクター及び第２のベクターを５：１から１：５の間のモルまたは質量比で、宿主細胞にトランスフェクションする。一部の実施形態では、重鎖をコードするベクター及び軽鎖をコードするベクターで１：１から１：５の間の質量比を使用する。一部の実施形態では、重鎖をコードするベクター及び軽鎖をコードするベクターで１：２の質量比を使用する。
一部の実施形態では、ＣＨＯもしくはＣＨＯ由来細胞において、またはＮＳＯ細胞においてポリペプチドを発現させるために最適化されたベクターを選択する。例示的なそのようなベクターは、例えば、Ｒｕｎｎｉｎｇ Ｄｅｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｐｒｏｇ．２０：８８０－８８９（２００４）に記載されている。
宿主細胞
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体重鎖及び／または抗ＰＤ－１抗体軽鎖を、原核細胞、例えば細菌細胞；または真核細胞、例えば真菌細胞（酵母など）、植物細胞、昆虫細胞、及び哺乳類細胞で発現させてよい。そのような発現を、例えば、当技術分野で知られている手順に従って実施してよい。ポリペプチドを発現させるために使用してよい例示的な真核細胞には、これに限定されないが、ＣＯＳ７細胞を含むＣＯＳ細胞；２９３－６Ｅ細胞を含む２９３細胞；ＣＨＯ－Ｓ、ＤＧ４４．Ｌｅｃ１３ ＣＨＯ細胞、及びＦＵＴ８ ＣＨＯ細胞を含むＣＨＯ細胞；ＰＥＲ．Ｃ６（登録商標）細胞（Ｃｒｕｃｅｌｌ）；ならびにＮＳＯ細胞が含まれる。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体重鎖及び／または抗ＰＤ－１抗体軽鎖を、酵母で発現させてもよい。例えば、米国特許出願公開第２００６／０２７００４５Ａ１号を参照されたい。一部の実施形態では、特定の真核宿主細胞を、抗ＰＤ－１抗体重鎖及び／または抗ＰＤ－１抗体軽鎖に対して所望の翻訳後修飾を行うその能力に基づき選択する。例えば、一部の実施形態では、ＣＨＯ細胞は、２９３細胞において産生された同じポリペプチドよりも高いレベルのシアリル化を有するポリペプチドを産生する。
所望の宿主細胞への１つまたは複数の核酸の導入は、これに限定されないが、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ－デキストラン媒介トランスフェクション、陽イオン性脂質－媒介トランスフェクション、電気穿孔法、トランスダクション、感染などを含む任意の方法によって達成され得る。非限定的な例示的な方法は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ、Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、３ｒｄ ｅｄ．Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ（２００１）に記載されている。核酸は、任意の好適な方法に従って、所望の宿主細胞に一過性に、または安定的にトランスフェクションされてよい。
本明細書に記載のポリヌクレオチドまたはベクターのいずれかを含む宿主細胞も提供する。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を含む宿主細胞を提供する。異種ＤＮＡを過剰発現し得る任意の宿主細胞を、目的の抗体、ポリペプチドまたはタンパク質をコードする遺伝子を単離する目的で使用することができる。哺乳類宿主細胞の非限定的例には、これに限定されないが、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、及びＣＨＯ細胞が含まれる。ＰＣＴ公報ＷＯ８７／０４４６２も参照されたい。好適な非哺乳類宿主細胞には、原核生物（Ｅ．ｃｏｌｉまたはＢ．ｓｕｂｔｉｌｌｉｓなど）及び酵母（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓａｅ、Ｓ．ｐｏｍｂｅ；またはＫ．ｌａｃｔｉｓなど）が含まれる。
抗体の精製
抗ＰＤ－１抗体を、任意の好適な方法によって精製することができる。そのような方法には、これに限定されないが、親和性マトリックスまたは疎水性相互作用クロマトグラフィーの使用が含まれる。好適なアフィニティーリガンドには、ＲＯＲ１ ＥＣＤ及び抗体定常領域に結合するリガンドが含まれる。定常領域に結合し、かつ抗ＰＤ－１抗体を精製するために、例えば、プロテインＡ、プロテインＧ、プロテインＡ／Ｇ、または抗体アフィニティーカラムを使用してよい。疎水性相互作用クロマトグラフィー、例えば、ブチルまたはフェニルカラムも、抗体などの一部のポリペプチドを精製するために好適であり得る。イオン交換クロマトグラフィー（例えば、アニオン交換クロマトグラフィー及び／またはカチオン交換クロマトグラフィー）も、抗体などの一部のポリペプチドを精製するために好適であり得る。混合モードクロマトグラフィー（例えば、逆相／アニオン交換、逆相／カチオン交換、親水性相互作用／アニオン交換、親水性相互作用／カチオン交換など）も、抗体などの一部のポリペプチドを精製するために好適であり得る。ポリペプチドを精製する多くの方法が当技術分野で知られている。
抗体の無細胞生成
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、無細胞系で生成する。非限定的な例示的な無細胞系は、例えば、Ｓｉｔａｒａｍａｎ ｅｔ ａｌ．．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４９８：２２９－４４（２００９）；Ｓｐｉｒｉｎ，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２２：５３８－４５（２００４）；Ｅｎｄｏ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ａｄｖ．２１：６９５－７１３（２００３）に記載されている。
組成物
一部の実施形態では、上に記載の方法によって調製された抗体を提供する。一部の実施形態では、抗体を、宿主細胞で調製する。一部の実施形態では、抗体を、無細胞系で調製する。一部の実施形態では、抗体を精製する。一部の実施形態では、宿主細胞または無細胞系で調製される抗体は、キメラ抗体である。一部の実施形態では、宿主細胞または無細胞系で調製される抗体は、ヒト化抗体である。一部の実施形態では、宿主細胞または無細胞系で調製される抗体は、ヒト抗体である。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を含む細胞培養培地を提供する。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を含む宿主細胞培養液を提供する。
一部の実施形態では、上記の方法によって調製された抗体を含む組成物を提供する。一部の実施形態では、組成物は、宿主細胞で調製された抗体を含む。一部の実施形態では、組成物は、無細胞系で調製された抗体を含む。一部の実施形態では、組成物は、精製抗体を含む。一部の実施形態では、組成物は、宿主細胞または無細胞系で調製されたキメラ抗体を含む。一部の実施形態では、組成物は、宿主細胞または無細胞系で調製されたヒト化抗体を含む。一部の実施形態では、組成物は、宿主細胞または無細胞系で調製されたヒト抗体を含む。
一部の実施形態では、およそ１０ｍｇ／ｍＬ、２０ｍｇ／ｍＬ、３０ｍｇ／ｍＬ、４０ｍｇ／ｍＬ、５０ｍｇ／ｍＬ、６０ｍｇ／ｍＬ、７０ｍｇ／ｍＬ、８０ｍｇ／ｍＬ、９０ｍｇ／ｍＬ、１００ｍｇ／ｍＬ、１２５ｍｇ／ｍＬ、１５０ｍｇ／ｍＬ、１７５ｍｇ／ｍＬ、２００ｍｇ／ｍＬ、２２５ｍｇ／ｍＬ、または２５０ｍｇ／ｍＬのいずれか１つを上回る濃度で抗ＰＤ－１抗体を含む組成物を提供する。一部の実施形態では、組成物は、宿主細胞または無細胞系で調製されたキメラ抗体を含む。一部の実施形態では、組成物は、宿主細胞または無細胞系で調製されたヒト化抗体を含む。一部の実施形態では、組成物は、宿主細胞または無細胞系で調製されたヒト抗体を含む。
ＩＶ．治療用組成物及び方法
抗ＰＤ－１抗体を使用して疾患を処置する方法
ヒトまたは動物のための処置方法で使用するための、抗体及び抗体を含む組成物を提供する。抗ＰＤ－１抗体を投与することを含む疾患を処置する方法も提供する。抗ＰＤ－１抗体で処置することができる非限定的な例示的な疾患には、これに限定されないが、がんが含まれる。
一部の実施形態では、がんを処置する方法であって、腫瘍のサンプル内の細胞がＰＤ－Ｌ１を発現する方法を提供する。一部のそのような実施形態では、腫瘍は、ＰＤ－Ｌ１陽性である、またはＰＤ－Ｌ１を発現すると判断され得る。ＰＤ－Ｌ１の発現は、例えば、本明細書において論述するように、ＩＨＣによって決定され得る。一部の実施形態では、腫瘍は、腫瘍からのサンプルがＩＨＣによってＰＤ－Ｌ１の１＋、２＋、または３＋染色を示す場合に、ＰＤ－Ｌ１を発現すると判断される。一部の実施形態では、腫瘍からのサンプルは、ＩＨＣによってＰＤ－Ｌ１の２＋、または３＋染色を示す。一部の実施形態では、対象からの腫瘍サンプルを、ＰＤ－Ｌ１発現について分析し、腫瘍サンプルがＰＤ－Ｌ１発現を示す場合に、対象を、本明細書に記載の抗体で処置するために選択する。一部の実施形態では、腫瘍サンプルがＰＤ－Ｌ１の発現の上昇を示す場合に、対象は選択される。
一部の実施形態では、対象の腫瘍がＰＤ－Ｌ１ＨＩＧＨである場合に、対象を、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体での処置のために選択する。一部の実施形態では、対象の腫瘍がＰＤ－Ｌ１ＬＯＷである場合に、対象を、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体での処置のために選択する。一部の実施形態では、対象の腫瘍がＰＤ－１ＨＩＧＨ／ＰＤ－Ｌ１ＬＯＷである場合に、対象を、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体での処置のために選択する。一部の実施形態では、対象の腫瘍がＰＤ－１ＨＩＧＨ／ＰＤ－Ｌ１ＨＩＧＨである場合に、対象を、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体での処置のために選択する。
抗ＰＤ－１抗体を、必要に応じて、対象に投与することができる。投与頻度の決定は、当業者、例えば、主治医によって、処置を受ける状態、処置を受ける対象の年齢、処置を受ける状態の重症度、処置を受ける対象の全身健康状態などの検討に基づき成され得る。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体の有効用量を、１回または複数回で対象に投与する。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体の有効用量を、１か月に１回、１か月に１回未満、例えば、２か月ごとまたは３か月ごとなどで、対象に投与する。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体の有効用量を、１か月未満に１回、例えば、３週ごとに１回、２週ごとに１回、または毎週１回などで投与する。抗ＰＤ－１抗体の有効用量を、少なくとも１回、対象に投与する。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体の有効用量を、複数回、多例えば、少なくとも１か月、少なくとも６か月、または少なくとも１年の期間にわたって、投与してもよい。
一部の実施形態では、医薬組成物を、がんを処置（予防を含む）するために有効な量で投与する。治療有効量は典型的には、処置を受ける対象の体重、対象の身体的もしくは健康状態、処置を受ける状態の範囲、または処置を受ける対象の年齢に依存する。一般に、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約１０μｇ／体重ｋｇ～約１００ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約５０μｇ／体重ｋｇ～約５ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約１００μｇ／体重ｋｇ～約１０ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約１００μｇ／体重ｋｇ～約２０ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約０．５ｍｇ／体重ｋｇ～約２０ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。
医薬組成物を、対象において免疫応答を増強する、及び／またはＴ細胞活性化を増進するために有効な量で投与する。
治療有効量は典型的には、処置を受ける対象の体重、対象の身体的もしくは健康状態、処置を受ける状態の範囲、または処置を受ける対象の年齢に依存する。一般に、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約１０μｇ／体重ｋｇ～約１００ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約５０μｇ／体重ｋｇ～約５ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を１回の投与当たり約１００μｇ／体重ｋｇ～約１０ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約１００μｇ／体重ｋｇ～約２０ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約０．５ｍｇ／体重ｋｇ～約２０ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。
医薬組成物
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を含む組成物を、広範囲の様々な薬学的に許容される担体を含む製剤で提供する（例えば、Ｇｅｎｎａｒｏ，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ ｗｉｔｈ Ｆａｃｔｓ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎｓ：Ｄｒｕｇｆａｃｔｓ Ｐｌｕｓ，２０ｔｈ ｅｄ．（２００３）；Ａｎｓｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ，７ｔｈ ｅｄ．，Ｌｉｐｐｅｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓ（２００４）；Ｋｉｂｂｅ ｅｔ ａｌ．，Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ，３ｒｄ ｅｄ．，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐｒｅｓｓ（２０００）を参照されたい）。ビヒクル、アジュバント、及び希釈剤を含む様々な薬学的に許容される担体が利用可能である。さらに、様々な薬学的に許容される補助物質、例えば、ｐＨ調節剤及び緩衝剤、等張化剤、安定剤、湿潤剤なども利用可能である。非限定的な例示的な担体には、生理食塩水、緩衝生理食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノール、及びそれらの組み合わせが含まれる。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を含む医薬組成物を提供する。一部の実施形態では、医薬組成物は、キメラ抗体を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、ヒト化抗体を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、本明細書に記載のとおりの宿主細胞または無細胞系で調製された抗体を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、薬学的に許容される担体を含む。
一部の実施形態では、医薬組成物を、がんを処置（予防を含む）するために有効な量で投与する。治療有効量は典型的には、処置を受ける対象の体重、対象の身体的もしくは健康状態、処置を受ける状態の範囲、または処置を受ける対象の年齢に依存する。一般に、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約０．０５ｍｇ／体重ｋｇ～約１００ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約１０μｇ／体重ｋｇ～約１００ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約５０μｇ／体重ｋｇ～約５ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約１００μｇ／体重ｋｇ～約１０ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約１００μｇ／体重ｋｇ～約２０ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約０．５ｍｇ／体重ｋｇ～約２０ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約０．５ｍｇ／体重ｋｇ～約１０ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約０．０５ｍｇ／体重ｋｇ～約２０ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、１回の投与当たり約０．０５ｍｇ／体重ｋｇ～約１０ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、抗体約５ｍｇ／体重ｋｇ以下、例えば、４ｍｇ未満、３ｍｇ未満、２ｍｇ未満、または１ｍｇ未満／ｋｇの範囲の量で投与してよい。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体は、１回の投与当たり約５０μｇ／体重ｋｇ～約５ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で存在してよい。例えば、一部の実施形態では、２０ｋｇのヒトでの用量は、約１ｍｇ～約１００ｍｇの範囲内であってよい。一部の実施形態では、用量は、抗ＰＤ－１抗体２ｍｇ～２００ｍｇの範囲内であってよい。一部の実施形態では、用量は、抗ＰＤ－１抗体１０ｍｇ～４００ｍｇの範囲内であってよい。
投与経路
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、ｉｎ ｖｉｖｏで、これに限定されないが、静脈内、動脈内、非経口、腫瘍内、腹腔内または皮下を含む様々な経路によって投与することができる。適切な製剤及び投与経路を、意図している用途に従って選択してよい。
併用療法
抗ＰＤ－１抗体を、単独で、または他の処置様式と共に投与することができる。それらを、他の処置様式、例えば、外科手術、化学療法、放射線療法、または生物学的製剤、例えば、別の治療用抗体の投与の前に、それと実質的に同時に、及び／またはその後に提供することができる。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、別の抗がん薬と併せて投与する。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、第２の治療薬と同時に与える。例えば、２種以上の治療薬を、約６０分以下、例えば、およそ３０、１５、１０、５、または１分のいずれか以下の時間を空けて投与する。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、第２の治療薬に連続して投与する。例えば、２種以上の治療薬の投与を、約１５分超、例えば、およそ２０、３０、４０、５０、もしくは６０分、１日、２日、３日、１週、２週、または１か月以上のいずれかなどの時間を空けて投与する。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、処置のための第２の治療法と共に投与する。したがって、本明細書で提供する抗体の投与は、処置の別の系との組み合わせであってよい。
一部の実施形態では、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体を、抗ＩＣＯＳ治療と共に投与する。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体を、誘導性Ｔ細胞共刺激分子（ＩＣＯＳ）に結合する抗体と共に投与する。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体を、ＩＣＯＳに結合する単離抗体と共に投与し、その際、抗ＩＣＯＳ抗体は、ＣＤ４＋Ｔ細胞（ＣＤ４＋Ｔエフェクター（Ｔｅｆｆ）細胞など）のアゴニストである。一部の実施形態では、ＩＣＯＳに結合する抗体は、ＣＤ４＋Ｔ細胞（ＣＤ４＋Ｔｅｆｆ細胞など）のアゴニストであり、Ｔ調節（Ｔｒｅｇ）細胞を消耗させる。一部の実施形態では、ＩＣＯＳに結合する抗体は、Ｔｒｅｇ細胞を消耗させるが、Ｔｅｆｆ細胞は消耗させない。一部の実施形態では、ＩＣＯＳに結合する抗体は、ＣＤ４＋Ｔ細胞上でｐＡＫＴシグナル伝達を誘導する。一部の実施形態では、ＩＣＯＳに結合する単離抗体は、ＣＤ４＋Ｔ細胞上でｐＡＫＴシグナル伝達を誘導し、Ｔｒｅｇ細胞を消耗させる。一部の実施形態では、ＩＣＯＳに結合する単離抗体は、
ｉ）（ａ）配列番号３２６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３２７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３２８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号３２９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号３３０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号３３１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３；または
ｉｉ）（ａ）配列番号３３４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３３５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３３６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号３３７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号３３８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号３３９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３；または
ｉｉｉ）（ａ）配列番号３４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号３４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号３４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号３４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３；または
ｉｖ）（ａ）配列番号３５０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３５１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号３５３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号３５４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号３５５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３；または
ｖ）（ａ）配列番号３５８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３５９のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３６０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号３６１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号３６２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号３６３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３；または
ｖｉ）（ａ）配列番号３６６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３６７のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３６８のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号３６９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号３７０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号３７１のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３；または
ｖｉｉ）（ａ）配列番号３７４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号３７５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号３７６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号３７７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号３７８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号３７９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３
を含む。
一部の実施形態では、重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、
ｉ）ＶＨが、配列番号３２４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であり、かつＶＬが、配列番号３２５のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である；または
ｉｉ）ＶＨが、配列番号３３２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であり、かつＶＬが、配列番号３３３のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である；または
ｉｉｉ）ＶＨが、配列番号３４０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であり、かつＶＬが、配列番号３４１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である；または
ｉｖ）ＶＨが、配列番号３４８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であり、かつＶＬが、配列番号３４９のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である；または
ｖ）ＶＨが、配列番号３５６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であり、かつＶＬが、配列番号３５７のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である；または
ｖｉ）ＶＨが、配列番号３６４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であり、かつＶＬが、配列番号３６５のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である；または
ｖｉｉ）ＶＨが、配列番号３７２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であり、かつＶＬが、配列番号３７３のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である、ＩＣＯＳに結合する抗体を提供する。
一般に、抗ＩＣＯＳ抗体を、１回の投与当たり約１０μｇ／体重ｋｇ～約１００ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１回の投与当たり約５０μｇ／体重ｋｇ～約５ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１回の投与当たり約１００μｇ／体重ｋｇ～約１０ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１回の投与当たり約１００μｇ／体重ｋｇ～約２０ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。一部の実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１回の投与当たり約０．５ｍｇ／体重ｋｇ～約２０ｍｇ／体重ｋｇの範囲の量で投与してよい。
一部の実施形態では、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体を、アゴニスト抗ＯＸ４０抗体（Ｍｅｄｉ６４６９、ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ；ＭＯＸＲ０９１６／ＲＧ７８８８、Ｒｏｃｈｅなど）と共に投与する。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体を、抗ＣＴＬＡ４抗体（イピリムマブ、ＹＥＲＶＯＹ（登録商標）、ＢＭＳなど）と共に投与する。
一部の実施形態では、追加の治療薬は、化学療法薬である。本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体と共に組み合わせてもよい例示的な化学療法薬には、これに限定されないが、カペシタビン（ｃａｐｅｃｔｉａｂｉｎｅ）、シクロフォスファミド、ダカルバジン、テモゾロミド、シクロフォスファミド、ドセタキセル、ドキソルビシン、ダウノルビシン、シスプラチン、カルボプラチン、エピルビシン、エリブリン、５－ＦＵ、ゲムシタビン、イリノテカン、イキサベピロン、メトトレキサート、ミトキサントロン、オキサリプラチン、パクリタキセル、ナブ－パクリタキセル、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標）（タンパク質結合パクリタキセル）、ペメトレキセド、ビノレルビン、及びビンクリスチンが含まれる。一部の実施形態では、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体を、少なくとも１種のキナーゼ阻害薬と共に投与する。非限定的な例示的なキナーゼ阻害薬には、エルロチニブ、アファチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、ダブラフェニブ、トラメチニブ、ベムラフェニブ、及びコビメタニブ（ｃｏｂｉｍｅｔａｎｉｂ）が含まれる。
一部の実施形態では、追加の治療薬は、ＩＤＯ阻害薬である。非限定的な例示的なＩＤＯ阻害薬は、例えば、ＵＳ２０１６／００６０２３７号；及びＵＳ２０１５／０３５２２０６号に記載されている。非限定的な例示的なＩＤＯ阻害薬には、インドキシモド（Ｎｅｗ Ｌｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＩＮＣＢ０２４３６０（Ｉｎｃｙｔｅ Ｃｏｒｐ）、１－メチル－Ｄ－トリプトファン（Ｎｅｗ Ｌｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、及びＧＤＣ－０９１９（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）が含まれる。
一部の実施形態では、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体を、免疫修飾薬（ＩＭｉＤ）と組み合わせて投与する。非限定的な例示的なＩＭｉＤには、サリドマイド、レナリドマイド、及びポマリドミドが含まれる。
一部の実施形態では、追加の治療薬は、がんワクチンである。がんワクチンは、抗原輸送及び樹状細胞の活性化のための潜在的な手法として調査されている。殊に、同時刺激経路のために免疫チェックポイントまたはアゴニストと組み合わせたワクチン接種は、忍容性を克服し、かつ抗腫瘍応答の増加を生じるという証拠を示している。腫瘍に対する免疫応答を促進する種々のアプローチ手法を用いる広範ながんワクチンが試験されている（例えば、Ｅｍｅｎｓ ＬＡ、Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｅｍｅｒｇ Ｄｒｕｇｓ １３（２）：２９５－３０８（２００８）を参照されたい）。アプローチは、腫瘍に対するＢ細胞、Ｔ細胞、またはプロフェッショナル抗原提示細胞の応答を増強するように設計されている。がんワクチンの例示的な種類には、これに限定されないが、ペプチド／タンパク質として、または遺伝子操作ＤＮＡベクター、ウイルス、細菌などとして送達され得る別個の標的化腫瘍抗原を用いるペプチドベースのワクチン；及び例えば、これに限定されないが、患者由来樹状細胞、自己由来腫瘍細胞または腫瘍細胞溶解産物、同種腫瘍細胞などから開発されたワクチンを含む、十分には定義されていない標的に対してがんワクチンを開発するための細胞生物学アプローチが含まれる。
したがって、特定の実施形態では、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体を、がんワクチンと組み合わせて使用してよい。例示的ながんワクチンには、これに限定されないが、樹状細胞ワクチン、腫瘍溶解性ウイルス、腫瘍細胞ワクチンなどが含まれる。一部の実施形態では、そのようなワクチンは、抗腫瘍応答を増強する。本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体と組み合わせて使用することができるがんワクチンの例には、これに限定されないが、ＭＡＧＥ３ワクチン（例えば、黒色腫及び膀胱癌で）、ＭＵＣ１ワクチン（例えば、乳癌で）、ＥＧＦＲｖ３（リンドペピミュート（Ｒｉｎｄｏｐｅｐｉｍｕｔ）など、例えば、多形神経膠芽細胞腫を含む脳癌で）、またはＡＬＶＡＣ－ＣＥＡ（例えば、ＣＥＡ＋がんで）が含まれる。
非限定的な例示的ながんワクチンには、抗原提示細胞を含む自己由来末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）に由来するシプロイセル－Ｔも含まれる（例えば、Ｋａｎｔｏｆｆ ＰＷ ｅｔ ａｌ．，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３６３：４１１－２２（２０１０）を参照されたい）。シプロイセル－Ｔの生成では、患者のＰＢＭＣをｅｘ ｖｉｖｏで、ＰＡ２０２４、前立腺酸性ホスファターゼの組換え融合タンパク質（前立腺抗原）及び顆粒球－マクロファージコロニー刺激因子（免疫細胞活性化因子）で活性化させる。がんワクチン候補に対する別のアプローチは、腫瘍組織、例えば黒色腫における変異した特異的ペプチドに対して免疫応答を生成させることである（例えば、Ｃａｒｒｅｎｏ ＢＭ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ３４８：６２３６（２０１５）を参照されたい）。そのような変異ペプチドは、一部の実施形態では、ネオアンチゲンと称されることもある。腫瘍ワクチンにおけるネオアンチゲンの使用の非限定的な例として、主要組織適合性複合体タンパク質ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１に結合することが予期されている腫瘍中のネオアンチゲンが、がん、例えば黒色腫を有する個体患者で特定されている。患者からの樹状細胞をｅｘ ｖｉｖｏで成熟させ、次いで、ネオアンチゲンと共にインキュベートする。次いで、活性化樹状細胞を患者に投与する。一部の実施形態では、がんワクチンの投与後に、ネオアンチゲンに対する強固なＴ細胞免疫が検出され得る。
一部のそのような実施形態では、がんワクチンを、ネオアンチゲンを使用して開発する。一部の実施形態では、がんワクチンは、ＤＮＡワクチンである。一部の実施形態では、がんワクチンは、がん抗原、例えばＰＲＯＳＴＶＡＣを含む操作ウイルス（ｒｉｌｉｍｏｇｅｎｅ ｇａｌｖａｃｉｒｅｐｖｅｃ／ｒｉｌｉｍｏｇｅｎｅ ｇｌａｆｏｌｉｖｅｃ）である。一部の実施形態では、がんワクチンは、操作腫瘍細胞、例えばＧＶＡＸを含み、これは、顆粒球－マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）遺伝子をトランスフェクションされた腫瘍細胞ワクチンである（例えば、Ｎｅｍｕｎａｉｔｉｓ，２００５，Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ Ｖａｃｃｉｎｅｓ、４：２５９－７４を参照されたい）。
一部の実施形態では、本明細書に記載の抗ＰＤ－１抗体を、がんワクチンの前に、それと同時に、及び／またはその後に投与する。一部の実施形態では、ネオアンチゲンを使用して開発されたがんワクチンを、本明細書に記載の抗ＰＤ－１抗体と組み合わせて使用する。一部のそのような実施形態では、この組み合わせを、高い変異負荷を有するがん、例えば、黒色腫、肺、膀胱、または結腸直腸癌を処置するために使用する。
一部の実施形態では、本明細書で提供する抗ＰＤ－１抗体を、キメラ抗原受容体Ｔ細胞治療（ＣＡＲ－Ｔ治療）と組み合わせて投与する。
診断用使用
抗ＰＤ－１抗体エピトープ発現（正常サンプルに対して増加もしくは減少している、及び／または不適切な発現、例えば、エピトープ発現が通常は欠損している組織（複数可）及び／または細胞（複数可）において発現が存在すること）と関連する疾患、障害または状態を検出、診断及びモニタリングするための抗ＰＤ－１抗体、ポリペプチド及びポリヌクレオチドを使用する方法を本明細書において提供する。患者が抗ＰＤ－１抗体治療に応答するかどうかを決定する方法を本明細書において提供する。
一部の実施形態では、方法は、抗ＰＤ－１抗体を使用して、患者がＰＤ－１を発現する細胞を有するかどうかを検出することを含む。一部の実施形態では、検出方法は、サンプルを抗体、ポリペプチド、またはポリヌクレオチドと接触させること、及び結合のレベルが、基準または比較サンプル（対照など）の結合レベルと異なるかどうかを決定することを含む。一部の実施形態では、方法は、本明細書に記載の抗体またはポリペプチドが、対象のために適切な処置であるかどうかを決定するために有用であり得る。
一部の実施形態では、細胞または細胞／組織溶解産物を抗ＰＤ－１抗体と接触させ、かつ抗体と細胞との間の結合を決定する。試験細胞が同じ組織種の基準細胞と比較して結合活性を示す場合、それは、対象が抗ＰＤ－１抗体での処置から利益を受けるであろうことを示し得る。一部の実施形態では、試験細胞は、ヒト組織からのものである。一部の実施形態では、試験細胞は、ヒト血液からのものである。
特異的な抗体－抗原結合を検出するために当技術分野で知られている様々な方法を使用することができる。行うことができる例示的なイムノアッセイには、蛍光偏光イムノアッセイ（ＦＰＩＡ）、蛍光イムノアッセイ（ＦＩＡ）、酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）、比濁阻害イムノアッセイ（ＮＩＡ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、及びラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）が含まれる。インジケーター部分、または標識基を対象抗体に結合させることができ、それを、多くの場合にアッセイ装置及び適合可能なイムノアッセイ手順の利用可能性によって規定される方法の様々な使用の必要性を満たすように選択する。適切な標識には、限定ではないが、放射性核種（例えば、１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓ、３Ｈ、または３２Ｐ）、酵素（例えば、アルカリホスファターゼ、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、ルシフェラーゼ、またはβ－ガラクトシダーゼ）、蛍光部分もしくはタンパク質（例えば、フルオレセイン、ローダミン、フィコエリトリン、ＧＦＰ、またはＢＦＰ）、または発光部分（例えば、Ｑｕａｎｔｕｍ Ｄｏｔ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，Ｃａｌｉｆ．によって供給されるＱｄｏｔ（商標）ナノ粒子）が含まれる。上述の様々なイムノアッセイを行う際に使用される一般技術は、当業者に知られている。
診断の目的では、当該ポリペプチドを含む抗体を、これに限定されないが、当技術分野で知られている放射性同位体、蛍光標識、及び様々な酵素基質標識を含む検出可能な部分で標識することができる。抗体に標識をコンジュゲートする方法は、当技術分野で知られている。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を標識する必要はなく、その存在を、第１の抗ＰＤ－１抗体に結合する第２の標識抗体を使用して検出することができる。
一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体を、任意の知られているアッセイ方法、例えば、競合結合アッセイ、直接的及び間接的サンドイッチアッセイ、ならびに免疫沈降アッセイで用いることができる。Ｚｏｌａ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，ｐｐ．１４７－１５８（ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．１９８７）。
抗ＰＤ－１抗体及びポリペプチドを、ｉｎ ｖｉｖｏ診断アッセイ、例えば、ｉｎ ｖｉｖｏイメージングのために使用することもできる。一般に、抗体またはポリペプチドを放射性核種（１１１Ｉｎ、９９Ｔｃ、１４Ｃ、１３１Ｉ、１２５Ｉ、３Ｈ、または本明細書において概説するものを含む任意の他の放射性核種標識など）で標識して、目的の細胞または組織を、イムノシンチグラフィーを使用して限局することができるようにする。
抗体を、当技術分野でよく知られている技術を使用して、病理で染色試薬として使用してもよい。
一部の実施形態では、第１の抗体を診断のために使用し、第２の抗体を治療薬として使用する。一部の実施形態では、第１及び第２の抗体は異なる。一部の実施形態では、第１の抗体は、非ヒトからのものである一方で、治療薬は、ヒトからのものである。一部の実施形態では、第１及び第２の抗体は両方とも、別々のエピトープへの結合によって、同時に抗原に結合し得る。
キット／製品
本明細書に記載の方法のいずれかにおいて使用するためのキット、医薬品、組成物、及び単位剤形も、本明細書において提供する。
キットは、抗ＰＤ－１抗体（または単位剤形及び／または製品）を含む１つまたは複数の容器を含み得る。一部の実施形態では、１種または複数の追加の薬剤を伴って、または伴わずに抗ＰＤ－１抗体を含む組成物の所定の量を含有する単位投薬量を提供する。一部の実施形態では、そのような単位投薬量を、注射用の単回使用用プレフィルドシリンジで供給する。一部の実施形態では、単位投薬量に含まれる組成物は、生理食塩水、スクロースなど；緩衝剤、例えば、リン酸塩などを含み；及び／または安定していて有効なｐＨ範囲内で製剤化されていてよい。一部の実施形態では、組成物を、適切な液体、例えば、滅菌水の添加で再構成され得る凍結乾燥粉末として提供することができる。一部の実施形態では、組成物は、これに限定されないが、スクロース及びアルギニンを含む、タンパク質凝集を阻害する１種または複数の物質を含む。一部の実施形態では、組成物は、ヘパリン及び／またはプロテオグリカンを含む。
一部の実施形態では、単位用量で使用される抗ＰＤ－１抗体の量は、記載の様々な方法及び／または組成物のために本明細書において提示した量のいずれかであってよい。
一部の実施形態では、キットはさらに、本明細書に記載の方法のいずれかに従ってがんを処置する際の取扱説明書を含む。キットはさらに、処置に好適な個体を選択するための説明書を含んでもよい。キット内に供給される説明書は典型的には、ラベルまたは添付文書（例えば、キット内に含まれる紙シート）上の文書による説明書であるが、機械可読な説明書（例えば、磁気または光学記憶ディスクに保存された説明書）も許容される。一部の実施形態では、キットはさらに、別の治療薬を含む。一部の実施形態では、追加の治療薬は、例えば、本明細書に記載のとおりの抗ＩＣＯＳ抗体、または抗ＣＴＬＡ４抗体である。
キットは、好適な包装材料内にある。好適な包装材料には、これに限定されないが、バイアル、ボトル、ジャー、柔軟な包装材料（例えば、密閉マイラーまたはプラスチック製バッグ）などが含まれる。キットは任意選択で、追加の成分、例えば、緩衝剤及び解釈情報を提供してもよい。したがって、本出願は、バイアル（密閉バイアルなど）、ボトル、ジャー、柔軟な包装材料などを含む製品も提供する。
下に論述する実施例は純粋に、本発明の例示であることを意図したものであり、決して、本発明を限定するものと考えられるべきではない。実施例は、下の実験が行われた実験のすべてである、または行われた実験がそれらのみであることを表すことを意図したものではない。使用された数値（例えば、量、温度など）に関して確度を保証する努力が成されているが、多少の実験誤差及び偏差は考慮されるべきである。別段に示されていない限り、部は重量部であり、分子量は重量平均分子量であり、温度は摂氏であり、圧力は大気圧またはその付近である。
実施例１：抗ＰＤ－１抗体の生成
以前に記載されたように、それぞれ約１０９の多様性の８つのナイーブヒト合成酵母ライブラリーを設計し、生成し、増殖させた（例えば、ＷＯ２００９０３６３７９；ＷＯ２０１０１０５２５６；ＷＯ２０１２００９５６８；Ｘｕ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ Ｄｅｓ Ｓｅｌ．２０１３ Ｏｃｔ；２６（１０）：６６３－７０を参照されたい）。選択の最初の２ラウンドでは、本質的には記載されているように（Ｓｉｅｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ．２００４ Ｍａｒ；２８６（１－２）：１４１－５３）、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ ＭＡＣｓシステムを利用する磁気ビーズソーティング技術を行った。簡単に述べると、酵母細胞（約１０１０細胞／ライブラリー）を１０ｎＭビオチン化ヒトＰＤ－１－Ｆｃ融合抗原３ｍｌと共に１５分間にわたって室温で、０．１％ＢＳＡを含むＦＡＣＳ洗浄バッファーＰＢＳ中でインキュベートした（ビオチン化を、ＥＺ－Ｌｉｎｋ Ｓｕｌｆｏ－ＮＨＳ－Ｂｉｏｔｉｎｙｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ、Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｃａｔ．＃２１４２５を使用して行った）。氷冷洗浄バッファー５０ｍｌで１回洗浄した後に、細胞ペレットを洗浄バッファー４０ｍＬ中に再懸濁させ、Ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ ＭｉｃｒｏＢｅａｄ５００μｌ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ、Ｂｅｒｇｉｓｃｈ Ｇｌａｄｂａｃｈ、Ｇｅｒｍａｎｙ、Ｃａｔ．＃１３０－０４８－１０１）を酵母に添加し、１５分間にわたって４℃でインキュベートした。次に、酵母をペレット化し、洗浄バッファー５ｍＬ中に再懸濁させ、ＭＡＣＳ ＬＳカラム（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ、Ｂｅｒｇｉｓｃｈ Ｇｌａｄｂａｃｈ、Ｇｅｒｍａｎｙ、Ｃａｔ．＃１３０－０４２－４０１）に負荷した。５ｍＬを負荷した後に、カラムをＦＡＣＳ洗浄バッファー３ｍｌで３回洗浄した。次いで、カラムを磁場から取り外し、酵母を成長培地５ｍＬで溶離し、次いで、終夜成長させた。続く３ラウンドのソーティングを、フローサイトメトリーを使用して行った。およそ１×１０８の酵母をペレット化し、洗浄バッファーで３回洗浄し、２００、１００もしくは１０ｎＭビオチン化ヒトＰＤ－１または１０ｎＭもしくは１ｎＭビオチン化ヒトＰＤ－１－Ｆｃ融合抗原と共に１０分から２時間まで、室温でインキュベートした。インキュベーション時間は、抗原濃度に伴って変動する。次いで、酵母を２回洗浄し、１：１００希釈されたヤギ抗ヒトＦ（ａｂ’）２カッパ－ＦＩＴＣ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ、Ｂｉｒｍｉｎｇｈａｍ、Ａｌａｂａｍａ、Ｃａｔ．＃２０６２－０２）及び１：５００希釈されたストレプトアビジン－Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ６３３（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｇｒａｎｄ Ｉｓｌａｎｄ、ＮＹ、Ｃａｔ．＃Ｓ２１３７５）、または１：５０希釈されたＥｘｔｒａｖｉｄｉｎ－ｐｈｙｃｏｅｒｔｈｙｒｉｎ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ Ｌｏｕｉｓ、Ｃａｔ．＃Ｅ４０１１）のいずれかの二次試薬で、１５分間にわたって４℃で染色した。氷冷洗浄バッファーで２回洗浄した後に、細胞ペレットを洗浄バッファー０．４ｍＬ中に再懸濁させ、ストレーナーキャップ付きのソーティング管に移した。ソーティングを、ＦＡＣＳ ＡＲＩＡソーター（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用して行い、ソートゲートを、２つのラウンドでＰＤ－１結合クローンのみを選択するように決定した。集団に応じて、第３のラウンドは、試薬結合物またはさらなる陽性富化を減少させるための陰性ソーティングであった。ソーティングの最終ラウンドの後に、酵母をプレーティングし、個々のコロニーを特徴づけのためにピッキングした。
ラウンド５またはラウンド６結合集団を、軽鎖多様化のために使用した。重鎖プラスミドを抽出し、１×１０６の多様性を有する軽鎖ライブラリーに転換した。選択を、１ラウンドのＭＡＣＳソーティング及び３ラウンドのＦＡＣＳソーティングで、様々な濃度のビオチン化抗原を使用して上記のとおり行った。
親和性成熟
ナイーブ及び軽鎖バッチシャッフルクローンの結合最適化を、ＣＤＲＨ１及びＣＤＲＨ２の多様化を利用して実施した。
ＣＤＲＨ１及びＣＤＲＨ２選択：軽鎖多様化手順から選択されたクローン（軽鎖バッチシャッフルクローン）からのＣＤＲＨ３を、Ｃ１×１０８の多様性のＤＲＨ１及びＣＤＲＨ２バリアントと再び組み合わせてプレメイドライブラリーにし、選択を、上記のようにＰＤ－１抗原を使用して行った。ビオチン化抗原をサブナノモル濃度までタイトレートし、かつ抗体提示酵母と共にインキュベートすることによって、親和性圧力を適用した。
抗体生成及び精製
酵母クローンを飽和まで成長させ、次いで、振盪しながら４８時間にわたって３０℃で誘導した。誘導の後に、酵母細胞をペレット化し、上清を精製のために収集した。ＩｇＧを、プロテインＡカラムを使用して精製し、酢酸、ｐＨ２．０で溶離した。Ｆａｂ断片をパパイン消化によって生成し、ＫａｐｐａＳｅｌｅｃｔ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ ＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅｓ、Ｃａｔ．＃１７－５４５８－０１）で精製した。
ＰＤ－１抗体の親和性測定
ＰＤ－１抗体の親和性を、ＦｏｒｔｅＢｉｏまたはＭＳＤ－ＳＥＴによってそれらのＫＤを測定することによって決定した。ＦｏｒｔｅＢｉｏ親和性測定を全般的には以前に記載されたように行った（Ｅｓｔｅｐ ｅｔ ａｌ．，ＭＡｂｓ．２０１３ Ｍａｒ－Ａｐｒ；５（２）：２７０－８）。簡単に述べると、ＦｏｒｔｅＢｉｏ親和性測定を、ＩｇＧをオンラインでＡＨＱセンサーに負荷することによって行った。センサーを、オフラインでアッセイバッファー中で３０分間にわたって平衡化させ、次いで、オンラインで６０秒間にわたってモニターして、基線を確立した。ＩｇＧを負荷したセンサーを１００ｎＭ抗原に５分間にわたって暴露し、その後、それらを、オフ・レート測定のためにアッセイバッファーに５分間にわたって移した。反応速度を、１：１結合モデルを使用して分析した。
平衡親和性測定を、以前に記載されたように行った（Ｅｓｔｅｐ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。溶解平衡タイトレーション（ＳＥＴ）を、ＰＢＳ＋０．１％ＩｇＧ非含有ＢＳＡ（ＰＢＳＦ）中で行い、その際、抗原を５０ｐＭで一定に保持し、１０ｎＭから始まる３～５倍系列希釈の抗体と共にインキュベートした。抗体（ＰＢＳ中２０ｎＭ）を標準結合ＭＳＤ－ＥＣＬプレート上に、終夜、４℃で、または室温で３０分間にわたってコーティングした。次いで、プレートを３０分間にわたって７００ｒｐｍで振盪しながら遮断し、続いて、洗浄バッファー（ＰＢＳＦ＋０．０５％Ｔｗｅｅｎ ２０）で３回洗浄した。ＳＥＴサンプルを施与し、プレート上で１５０秒間にわたって、７００ｒｐｍで振盪しながらインキュベートし、続いて、１回洗浄した。プレート上に捕捉された抗原を、ＰＢＳＦ中の２５０ｎｇ／ｍＬスルホタグ標識ストレプトアビジンで、プレート上で３分間にわたってインキュベートすることによって検出した。プレートを洗浄バッファーで３回洗浄し、次いで、ＭＳＤ Ｓｅｃｔｏｒ Ｉｍａｇｅｒ ２４００計器で、界面活性剤を含む１倍Ｒｅａｄ Ｂｕｆｆｅｒ Ｔを使用して読み取った。遊離抗原パーセントをＰｒｉｓｍで、タイトレートされた抗体の関数としてプロットし、二次方程式にフィットさせて、ＫＤを得た。処理量を改善するために、液体ハンドリングロボットを、ＳＥＴサンプル調製を含めてＭＳＤ－ＳＥＴ実験を通じて使用した。表１は、ＦｏｒｔｅＢｉｏ親和性測定での結果を示している。
Figure 0007086066000002
実施例２：マウス活性化脾細胞は、抗ＰＤ－１抗体に応答する
脾細胞に由来するマウスＴ細胞を抗ＣＤ３及び抗ＣＤ２８抗体で活性化させると、それらは、細胞表面分子を発現し、可溶性分子インターフェロン－ガンマ（ＩＦＮγ）を分泌する。ＰＤ－１に対する阻止抗体は、ＩＦＮγの産生を増加させる。マウス脾細胞を得、可溶性抗ＣＤ３及び抗ＣＤ２８抗体と共にインキュベートした。５日後に、それらを、新たに調製された脾細胞から精製した等数のＴ細胞及び種々の濃度の抗ＰＤ－１抗体と混合した。陽性及び陰性対照抗体ＲＭＰ１－１４、２Ａ３、及びＣ１．１８．４をＢｉｏＸＣｅｌｌから購入した。２４時間後に、上清を収集し、ＩＦＮγ濃度をサイトカインビーズアレイによって測定した。本明細書に開示の抗ＰＤ－１抗体は、基準抗体と同様に、ＩＦＮγの産生を増加させることができた。図１を参照されたい。少なくとも抗体１２１９１、１３３９６、１３３９８、１３３９９、１２１９５、１３４０６、１３４０７、１３４０８、及び１３４０９は、ＩＦＮγ発現を有意に増加させた。抗体１３３９６、１３３９９、１２１９５、１３４０６、１３４０７、及び１３４０８は、ＩＦＮγ発現の最大の増加をもたらした。
実施例３：ヒト活性化末梢単核血液細胞は、抗ＰＤ－１抗体に応答する
ブドウ球菌腸毒素Ｂ（ＳＥＢ）で活性化させた全血サンプルは、ＩＬ－２分泌の増加によって測定すると、抗ＰＤ－１抗体を使用する免疫チェックポイント封鎖に応答することが示されている（例えば、ＥＰ２１７０９５９Ｂ１号を参照されたい）。抗ＰＤ－１抗体を幅広い濃度で調製し、９６ウェルプレートのウェルに添加した。４人のドナーからの全血を完全ＲＰＭＩ中で１：１０希釈し、同じウェルに添加した。プレートを室温で３０分間にわたってインキュベートし、その後、１ウェル当たりＳＥＢ５０μｌを、１０μｇ／ｍｌの最終濃度のために４０μｇ／ｍｌの濃度で添加した。プレートを３７℃で４日間にわたってインキュベートし、上清を収集して、サイトカインビーズアレイ（ＣＢＡ）アッセイによって分泌されたＩＬ－２を測定した。本明細書に開示の抗ＰＤ－１抗体は、基準抗ＰＤ－１抗体と同じレベルまで、これらの培養物からのＩＬ－２の産生を増加させることができた。図２は、４人の健康なヒトドナーサンプルにおいて試験された各抗体でのこの増加のＥＣ５０を示している。
実施例４：マウスＰＤ－１へのマウスＰＤ－Ｌ１及びマウスＰＤ－Ｌ２の結合の抗体遮断
ＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２は、ＰＤ－１のための２種の天然リガンドであり、いずれかのリガンドとＰＤ－１との相互作用は、Ｔ細胞の活性化応答を下方制御し得る。承認されている治療用抗体、例えば、ニボルマブ及びペムブロリズマブは、この相互作用を遮断し、ヒトＴ細胞応答を下方制御することが示されているが、いずれの抗体も、マウスＰＤ－１には結合せず、マウスＰＤ－１とマウスＰＤ－Ｌ１またはマウスＰＤ－Ｌ２との相互作用を遮断することもない。Ｆｏｒｔｅ－Ｂｉｏ機器でのＯｃｔｅｔ分析を使用して、マウスＰＤ－Ｌ１とマウスＰＤ－１との間の、及びマウスＰＤ－Ｌ２とマウスＰＤ－１との間の相互作用に対する本明細書に開示の抗ＰＤ－１抗体の効果を評価した。バックグラウンドを差し引く際に使用するためのアイソタイプ対照抗体を含めて、抗体を１０μｇ／ｍＬに希釈した。マウスＰＤ－１－Ｆｃ融合体を所望の濃度（例えば、１００ｎＭ）に希釈した。遮断試薬として使用するための可溶性マウスアイソタイプ抗体を２５０μｇ／ｍＬに希釈した。マウス－ＰＤ－１を、続いて、ヒトＦｃをセンサーにコーティングした。抗ＰＤ－１抗体を添加し、最後に、マウスＰＤ－Ｌ１またはマウスＰＤ－Ｌ２のいずれかの結合を測定した。図３は、試験した抗ＰＤ－１抗体がマウスＰＤ－１への両方のマウスリガンドの結合を遮断することができることを示している。対照的に、ペムブロリズマブまたはニボルマブのいずれも、マウスＰＤ－１に結合しなかったか、またはマウスＰＤ－１へのマウスリガンド結合を遮断しなかった。
実施例５：ヒトＰＤ－１へのヒトＰＤ－Ｌ１及びヒトＰＤ－Ｌ２の結合の抗体遮断
ＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２は、ＰＤ－１のための２種の天然リガンドであり、いずれかのリガンドとＰＤ－１との相互作用は、Ｔ細胞の活性化応答を下方制御し得る。承認されている治療用抗体、例えば、ニボルマブ及びペムブロリズマブは、この相互作用を遮断し、ヒトＴ細胞応答を下方制御することが示されている。Ｆｏｒｔｅ－Ｂｉｏ機器でのＯｃｔｅｔ分析を使用して、ヒトＰＤ－Ｌ１とヒトＰＤ－１との間の、及びヒトＰＤ－Ｌ２とヒトＰＤ－１との間の相互作用に対する本明細書に開示の抗ＰＤ－１抗体の効果を評価した。バックグラウンドを差し引く際に使用するためのアイソタイプ対照抗体を含めて、抗体を１０μｇ／ｍＬに希釈した。ヒトＰＤ－１－Ｆｃ融合体を所望の濃度（例えば、１００ｎＭ）に希釈した。遮断試薬として使用するための可溶性ヒトＦｃを２５０μｇ／ｍＬに希釈した。ヒトＰＤ－１を、続いて、ヒトＦｃをセンサーにコーティングした。抗ＰＤ－１抗体を添加し、最後に、ヒトＰＤ－Ｌ１またはヒトＰＤ－Ｌ２のいずれかの結合を測定した。図４は、ペムブロリズマブ及びニボルマブと同様に、試験した抗ＰＤ－１抗体がヒトＰＤ－１への両方のヒトリガンドの結合を遮断することができることを示している。
実施例６：ｉｎ ｖｉｖｏ腫瘍攻撃
マウスモデルにおいて腫瘍成長を減少させる抗ＰＤ－１抗体の能力を、ＭＣ３８細胞をＣ５７ＢＬ６／Ｊマウスの側腹部に皮下注射することによって検査した。マウスを１１日目に、およそ１００ｍｍ３の平均腫瘍サイズを有する群に無作為化し、２００μｇの抗ＰＤ－１抗体１３４０７を腹腔内注射した。反復用量を１４、１８及び２１日目に投与した。対照抗体、マウスＩｇＧ１（ＭＯＰＣ－２１）、ラットＩｇＧ２ａ（２Ａ３）、及び陽性対照ラット抗マウスＰＤ－１（ＲＭＰ１－１４）をＢｉｏＸｃｅｌｌから購入した。腫瘍サイズを週２回測定し、実験を２４日後に停止した。実験終了時の腫瘍重量は、図５に示されており、これは、抗ＰＤ－１抗体１３４０７が、基準抗ＰＤ－１抗体と同程度まで、マウスにおいて腫瘍成長を減少させたことを示している。
実施例７：抗体エピトープマッピング
Ａｔｕｍ ｉｎｃによって、様々なＰＤ－１バリアント、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２及び抗体Ｆａｂ断片をコードする遺伝子が合成され、コドン最適化された。ヒトカッパ軽鎖シグナル配列（ＭＧＴＰＡＱＬＬＦＬＬＬＬＷＬＰＤＴＴＧ；配列番号４００）がすべての遺伝子の５’末端に含まれた。遺伝子を哺乳類発現ベクターにクローニングし、配列を、タンパク質の発現前に検証した。
組換えタンパク質を、Ｅｘｐｉ２９３（商標）Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で、培地、トランスフェクション試薬、供給物及び細胞のための製造者キットを利用して発現させた。Ｅｘｐｉｆｅｃｔａｍｉｎｅ（商標）を製造者プロトコルに従って使用して、細胞を１μｇ／ｍＬのプラスミドＤＮＡと培地との比でトランスフェクションした。細胞を振盪フラスコ中で、３７℃及び５％ＣＯ２に維持されたインキュベーター内で培養した。５日後に、培養物を３０００ｒｃｆで１５分間にわたる遠心によって採取し、続いて、０．２μｍフィルターを使用してろ過した。
採取された上清をアフィニティー精製に掛けた。タンパク質は、Ｎｉアフィニティー精製またはプロテインＡアフィニティー精製のいずれかを可能にするヘキサ－ヒスチジンタグまたはＦｃタグのいずれかを含有した。
Ｎｉアフィニティー精製を、ＨｉｓＴｒａｐ（商標）Ｅｘｃｅｌ ＩＭＡＣカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）で、４３ｍＭリン酸ナトリウム、０．５Ｍ塩化ナトリウム、ｐＨ７．４を結合バッファーとして使用して実施した。結合したタンパク質を結合バッファーで、続いて、２０ｍＭイミダゾールを含有する結合バッファーで洗浄した。ステップ溶離を、９０ｍＭ、１５０ｍＭ、及び２５０ｍＭイミダゾールを含有する結合バッファーで行った。プロテインＡアフィニティー精製を、ＨｉＴｒａｐ ＭａｂＳｅｌｅｃｔ Ｓｕｒｅカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）で、ＰＢＳ、ｐＨ７．４を結合バッファーとして使用して実施した。ステップ溶離を、結合タンパク質を溶離するために、０．１Ｍクエン酸バッファーをｐＨ４．０、ｐＨ３．５及びｐＨ２．０で使用して行った。すべての酸性溶離画分を、１Ｍトリス、ｐＨ９．０で、２０％ｖ／ｖ比を使用して中和した。すべての溶離画分をＳＥＣ－ＨＰＬＣによって分析して、標的純度（＞９０％モノマー）を超える画分を決定した。標的純度を超える画分をもたらさなかった精製では、分取サイズ排除クロマトグラフィーを、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ２００クロマトグラフィーカラムを使用して行って、標的純度を達成した。凍結の前に、精製タンパク質を最終バッファー（２０ｍＭヒスチジン、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、ｐＨ６．０、または２０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、ｐＨ７．５のいずれか）にバッファー交換して、標的タンパク質の予測ｐＩから少なくとも１単位離れたｐＨで維持した。
すべてのタンパク質相互作用を、ＦｏｒｔｅＢｉｏ ＯｃｔｅｔＲＥＤ９６機器で評価した。タンパク質をキネティックバッファー配合物（ＰＢＳ＋０．１％ＢＳＡ、０．０２％Ｔｗｅｅｎ２０、０．０５％アジ化ナトリウム）中で希釈し、その際、サンプル容積は２２０μｌ／ウェルであった。リガンド濃度を１０μｇ／ｍｌに、かつ分析物濃度を１００ｎＭに規格化した。遮断試薬を、２５０μｇ／ｍｌの濃度で用いた。センサー平衡化時間を６０秒間にわたって設け、サンプル負荷時間を３００秒目に設定した。ヒトＦｃ遮断時間を３００秒間にわたって設けた。会合時間の分析を３００秒間にわたって、解離時間を６００秒間にわたって設けた。
この方法では、目的の抗体を配向し、抗ヒト（または抗マウス）Ｆｃ抗体で誘導体化されたバイオセンサー上に捕捉する。次いで、抗体負荷センサーへの、溶液での目的の標的タンパク質の結合をアッセイする。
タンパク質が類似種のＦｃドメインを含有する相互作用では、捕捉抗体とは独立した、バイオセンサーへの標的タンパク質の直接的な結合を最小化するために、追加の遮断ステップが含まれる。
ＰＤ－１バリアントまたは別の種のＰＤ－１についての親和性が野生型ヒトＰＤ－１についての親和性と比較しておよそ５倍以内であれば、結合事象をＹ（あり（ｙｅｓ））と認めた。＞１０倍及び＜１００倍減少した親和性は、Ｒｅｄｕｃｅｄ（減少）と示されている。＞１００倍減少した親和性は、Ｎ（なし（ｎｏ））と示されている。評価されなかった相互作用は、ＮＤ（未決定）と記録されている。
ヒトＰＤ－１のバリアントを、Ｃ末端Ｈｉｓ６タグを有する細胞外ドメイン（ＥＣＤ）－Ｆｃ融合体として生成し、ＰＤ－１リガンド、さらには、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、及び１３４０７のＦａｂ断片の結合分析のために使用した。結果を表２に示す。
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ペムブロリズマブの結合に影響を及ぼすと報告されているアミノ酸置換を、一群の分子への結合について評価した（Ｎａ ｅｔ ａｌ．，２０１７，Ｃｅｌｌ Ｒｅｓ．、２７：１４７－１５０）。ＰＤ－１へのペムブロリズマブ結合は、Ｄ８５Ｇ置換で除去される一方で、ニボルマブ及び１３４０７の結合は、影響を受けなかった。ＰＤ－１へのニボルマブの結合はまた、Ｎ末端短縮化バリアントＮ３３－Ｑ１６７に対して評価した場合、減少する。これらの結果は、１３４０７が、ペムブロリズマブ及びニボルマブが接触するものとはかなり異なるアミノ酸に接触することを示している。
ＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２リガンドについて以前に評価された追加のバリアントを生成した（Ｌａｚａｒ－Ｍｏｌｎａｒ ｅｔ ａｌ．，２００８，ＰＮＡＳ，１０５：１０４８３－１０４８８）。ニボルマブ及びペムブロリズマブの結合は、これらのアミノ酸置換によって大きな影響は受けなかった一方で、１３４０７の結合親和性は、Ｉ１２６Ａ、Ｌ１２８Ａ、及びＥ１３６Ａ置換で著しく低下し、Ａ１３２Ｌ及びＩ１３４Ａ置換で除去された。データは、１３４０７について、ＰＤ－Ｌ１の結合プロファイルと同様の結合プロファイルを明らかにしている。
一群のＦａｂ断片も、ＰＤ－１の追加の種への結合について評価した。ペムブロリズマブ及びニボルマブは、マウス、ラット、またはイヌＰＤ－１に結合することができない。対照的に、１３４０７は、マウスＰＤ－１に結合する。意外にも、１３４０７は、ラットＰＤ－１とマウスＰＤ－１との間の高い相同性にも関わらず、ラットＰＤ－１に結合することができない。残基１２９がラット配列からの対応する残基に置き換えられているマウスＰＤ－１のバリアント（Ｈ１２９Ｐ）を生成すると、１３４０７の結合を除去することが見出された。相互変異、Ｐ１２９Ｈがラット配列に導入されると、１３４０７はバリアントに結合した。注目すべきことに、１３４０７が結合しないイヌＰＤ－１配列は、この位置でプロリンを欠損している。
まとめると、１３４０７は、ニボルマブ及びペムブロリズマブが結合するエピトープとは別のＰＤ－１のエピトープに結合する。
本開示は、本開示の意図または本質的な特徴から逸脱することなく、他の特定の形態で実施することができる。したがって、上述の実施形態は、本開示を限定するものではなく、あらゆる点で、例示とみなされるべきである。そのため、本開示の範囲は、上述の記載ではなく、添付の請求項によって示され、したがって、請求項の等価物の意味及び範囲内に該当するあらゆる変化は、本明細書に包含されることが意図されている。
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Claims (82)

  1. （ａ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１；（ｂ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２；（ｃ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３；（ｄ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１；（ｅ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２；及び（ｆ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３を含む、Ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ Ｄｅａｔｈ １（ＰＤ－１）に結合する抗体。
  2. 重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号２０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であり、かつ前記ＶＬが、配列番号２４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である、請求項１に記載の抗体。
  3. 重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号２０のアミノ酸配列を含み、かつ前記ＶＬが、配列番号２４のアミノ酸配列を含む、請求項１または請求項２に記載の抗体。
  4. ヒトＰＤ－１に、５ｎＭ未満の親和性（ＫＤ）で結合する、請求項１～３のいずれか１項に記載の抗体。
  5. マウスＰＤ－１に、１０ｎＭ未満の親和性（ＫＤ）で結合する、請求項１～４のいずれか１項に記載の抗体。
  6. 親和性が、バイオレイヤー干渉法を使用して決定されている、請求項４または請求項５に記載の抗体。
  7. モノクローナル抗体である、請求項１～６のいずれか１項に記載の抗体。
  8. ヒト抗体、キメラ抗体、またはヒト化抗体である、請求項１～７のいずれか１項に記載の抗体。
  9. Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆｖ、ｓｃＦｖまたは（Ｆａｂ’）２断片から選択される抗体断片である、請求項１～８のいずれか１項に記載の抗体。
  10. 全長抗体である、請求項１～９のいずれか１項に記載の抗体。
  11. ヒトＰＤ－１に結合する、請求項１～１０のいずれか１項に記載の抗体。
  12. ヒトＰＤ－１が配列番号３８２のアミノ酸配列を含む、請求項１１に記載の抗体。
  13. マウスＰＤ－１に結合する、請求項１～１２のいずれか１項に記載の抗体。
  14. マウスＰＤ－１が配列番号３８３のアミノ酸配列を含む、請求項１３に記載の抗体。
  15. カニクイザルＰＤ－１に結合する、請求項１～１４のいずれか１項に記載の抗体。
  16. カニクイザルＰＤ－１が配列番号３８４のアミノ酸配列を含む、請求項１５に記載の抗体。
  17. ＰＤ－Ｌ１へのＰＤ－１の結合を阻害する、請求項１～１６のいずれか１項に記載の抗体。
  18. ＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する、請求項１～１７のいずれか１項に記載の抗体。
  19. ＰＤ－Ｌ１へのＰＤ－１の結合を阻害し、かつＰＤ－Ｌ２へのＰＤ－１の結合を阻害する、請求項１～１８のいずれか１項に記載の抗体。
  20. 哺乳類への前記抗体の投与が、ＩＦＮγ及びＩＬ－２から選択される少なくとも１種のサイトカインのレベルを上昇させる、請求項１～１９のいずれか１項に記載の抗体。
  21. ＩＦＮγ及びＩＬ－２から選択される少なくとも１種のサイトカインのレベルを少なくとも２倍上昇させる、請求項２０に記載の抗体。
  22. 前記サイトカインのレベルが、前記抗体の投与から１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、８時間、１０時間、１２時間、１４時間、１６時間、１８時間、２０時間、２２時間、２４時間、３６時間、または４８時間後に測定される、請求項２１に記載の抗体。
  23. 少なくとも１種のサイトカインがＩＦＮγである、請求項２０～２２のいずれか１項に記載の抗体。
  24. 少なくとも１種のサイトカインがＩＬ－２である、請求項２０～２３のいずれか１項に記載の抗体。
  25. ケモカインのレベルが、前記抗体の投与から２４時間後に測定される、請求項２０～２４のいずれか１項に記載の抗体。
  26. 哺乳類への前記抗体の投与が、前記哺乳類において免疫応答を増強する、請求項１～２５のいずれか１項に記載の抗体。
  27. 哺乳類への前記抗体の投与が、前記哺乳類においてＴ細胞の活性化をもたらす、請求項１～２６のいずれか１項に記載の抗体。
  28. 哺乳類への前記抗体の投与が、がんを有する哺乳類において、腫瘍サイズを縮小する、請求項１～２７のいずれか１項に記載の抗体。
  29. 前記哺乳類がヒトである、請求項２０～２８のいずれか１項に記載の抗体。
  30. 前記ヒトががんを有する、請求項２９に記載の抗体。
  31. 前記がんが、黒色腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、胃癌、膀胱癌、びまん性大Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、中皮腫、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される、請求項３０に記載の抗体。
  32. 前記がんが、黒色腫、胃癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される、請求項３１に記載の抗体。
  33. 請求項１～３２のいずれか１項に記載の抗体をコードする単離核酸。
  34. 請求項３３に記載の核酸を含むベクター。
  35. 請求項３４に記載のベクターを含む宿主細胞。
  36. 請求項１～３２のいずれか１項に記載の抗体を産生する宿主細胞。
  37. 抗ＰＤ－１抗体を作製するための方法であって、請求項３６に記載の宿主細胞を、前記抗体の発現に好適な条件下で培養することを含む、前記方法。
  38. 前記宿主細胞によって産生された抗体を回収することをさらに含む、請求項３７に記載の方法。
  39. 請求項１～３２のいずれか１項に記載の抗ＰＤ－１抗体及び薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
  40. 請求項１～３２のいずれか１項に記載の抗ＰＤ－１抗体または請求項３９に記載の医薬組成物を含む、哺乳類においてがんを処置するための医薬。
  41. 前記がんが、黒色腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、胃癌、膀胱癌、びまん性大Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、中皮腫、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される、請求項４０に記載の医薬。
  42. 前記がんが、黒色腫、胃癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される、請求項４１に記載の医薬。
  43. 請求項１～３２のいずれか１項に記載の抗ＰＤ－１抗体または請求項３９に記載の医薬組成物を含む、哺乳類において免疫応答を増強するための医薬。
  44. 請求項１～３２のいずれか１項に記載の抗ＰＤ－１抗体または請求項３９に記載の医薬組成物を含む、哺乳類においてＴ細胞の活性化を増進するための医薬。
  45. 請求項１～３２のいずれか１項に記載の抗ＰＤ－１抗体または請求項３９に記載の医薬組成物を含む、がんを有する哺乳類において腫瘍サイズを縮小するための医薬。
  46. 前記哺乳類がヒトである、請求項４０～４５のいずれか１項に記載の医薬。
  47. 前記哺乳類に、少なくとも１種の追加の治療薬を投与する、請求項４０～４６のいずれか１項に記載の医薬。
  48. 前記追加の治療薬を前記抗ＰＤ－１抗体と同時に、またはそれと連続的に投与する、請求項４７に記載の医薬。
  49. 前記追加の治療薬が、抗ＩＣＯＳ抗体及び抗ＣＴＬＡ４抗体から選択される、請求項４７または４８に記載の医薬。
  50. 前記追加の治療薬が抗ＩＣＯＳ抗体である、請求項４９に記載の医薬。
  51. 前記追加の治療薬ががんワクチンである、請求項４７または請求項４８に記載の医薬。
  52. 前記がんワクチンが、ＤＮＡワクチン、操作ウイルスワクチン、操作腫瘍細胞ワクチン、及びネオアンチゲンを使用して開発されたがんワクチンから選択される、請求項５１に記載の医薬。
  53. がんを処置するための医薬を製造するための、請求項１～３２のいずれか１項に記載の抗体の使用。
  54. 前記がんが、黒色腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、胃癌、膀胱癌、びまん性大Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、中皮腫、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される、請求項５３に記載の使用。
  55. 前記がんが、黒色腫、胃癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される、請求項５４に記載の使用。
  56. 前記医薬が少なくとも１種の追加の治療薬と共に投与するためのものである、請求項５３～５５のいずれか１項に記載の使用。
  57. 前記追加の治療薬が抗ＩＣＯＳ抗体及び抗ＣＴＬＡ４抗体から選択される、請求項５６に記載の使用。
  58. 前記追加の治療薬が抗ＩＣＯＳ抗体である、請求項５７に記載の使用。
  59. 前記追加の治療薬ががんワクチンである、請求項５６に記載の使用。
  60. 前記がんワクチンが、ＤＮＡワクチン、操作ウイルスワクチン、操作腫瘍細胞ワクチン、及びネオアンチゲンを使用して開発されたがんワクチンから選択される、請求項５９に記載の使用。
  61. 哺乳類において、ＩＦＮγ及びＩＬ－２から選択される少なくとも１種のサイトカインのレベルを上昇させるための医薬であって、請求項１～３２のいずれか１項に記載の抗体を含む、医薬。
  62. 前記サイトカインのレベルが、前記抗体の投与から１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、８時間、１０時間、１２時間、１４時間、１６時間、１８時間、２０時間、２２時間、２４時間、３６時間、または４８時間後に測定される、請求項６１に記載の医薬。
  63. 少なくとも１種のサイトカインがＩＦＮγである、請求項６１または６２に記載の医薬。
  64. 少なくとも１種のサイトカインがＩＬ－２である、請求項６１～６３のいずれか１項に記載の医薬。
  65. 前記サイトカインのレベルが、前記抗体の投与から２４時間後に測定される、請求項６１～６４のいずれか１項に記載の医薬。
  66. 前記哺乳類がヒトである、請求項６１～６５のいずれか１項に記載の医薬。
  67. 前記ヒトががんを有する、請求項６６に記載の医薬。
  68. 前記がんが、黒色腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、胃癌、膀胱癌、びまん性大Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、中皮腫、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される、請求項６７に記載の医薬。
  69. 前記がんが、黒色腫、胃癌、頭頚部扁平上皮細胞癌（ＨＮＳＣＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、及び三重陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される、請求項６８に記載の医薬。
  70. 免疫応答が前記抗ＰＤ－１抗体の投与後に増強される、請求項６１～６９のいずれか１項に記載の医薬。
  71. Ｔ細胞の活性化が前記抗ＰＤ－１抗体の投与後に増進される、請求項６１～７０のいずれか１項に記載の医薬。
  72. 腫瘍サイズが前記抗ＰＤ－１抗体の投与後に縮小される、請求項６１～７１のいずれか１項に記載の医薬。
  73. 前記哺乳類に、少なくとも１種の追加の治療薬を投与する、請求項６１～７２のいずれか１項に記載の医薬。
  74. 前記追加の治療薬を、前記抗ＰＤ－１抗体と同時に、または連続的に投与する、請求項７３に記載の医薬。
  75. 前記追加の治療薬が、抗ＩＣＯＳ抗体及び抗ＣＴＬＡ４抗体から選択される、請求項７３または７４のいずれか１項に記載の医薬。
  76. 前記追加の治療薬が抗ＩＣＯＳ抗体である、請求項７５に記載の医薬。
  77. 前記追加の治療薬ががんワクチンである、請求項７３または７４に記載の医薬。
  78. 前記がんワクチンが、ＤＮＡワクチン、操作ウイルスワクチン、操作腫瘍細胞ワクチン、及びネオアンチゲンを使用して開発されたがんワクチンから選択される、請求項７７に記載の医薬。
  79. 前記がんのサンプルがＰＤ－１を発現すると決定されている、請求項４０～５２のいずれか１項に記載の医薬。
  80. 前記サンプルが、免疫組織化学（ＩＨＣ）によってＰＤ－１の１＋、２＋、または３＋染色を示す、請求項７９に記載の医薬。
  81. 前記サンプルがＰＤ－Ｌ１のレベルの上昇を有すると決定されている、請求項４０～５２、７９、または８０のいずれか１項に記載の医薬。
  82. ＰＤ－Ｌ１レベルが、ＩＨＣを使用して決定されている、請求項８１に記載の医薬。
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