JP4883277B2 - セルロファーガ属細菌により生産されるポルフィラン特異的分解酵素 - Google Patents
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Description
〔項1〕下記の特性を有するポルフィラン特異的分解酵素:
(a)ポルフィランに対して特異的な加水分解活性を有し、
(b)セルロファーガ(Cellulophaga)属細菌により生産され、
(c)SDS−PAGEで測定される分子量が約42kDaであり、
(d)至適pHが7.5であり、
(e)至適温度が30℃である。
〔項2〕(f)アガロースに対する加水分解活性を実質的に有さない、
項1に記載のポルフィラン特異的分解酵素。
〔項3〕(g)β−アガラーゼ処理されたポルフィランに対する加水分解活性を有する、項1又は2に記載のポルフィラン特異的分解酵素。
〔項4〕前記ポルフィランがアマノリ属海藻類において生産されるポルフィランである、項1〜3のいずれかに記載のポルフィラン特異的分解酵素。
〔項5〕前記セルロファーガ属細菌が、セルロファーガ・フシコラ(Cellulophaga fucicola)である、項1〜4のいずれかに記載のポルフィラン特異的分解酵素。
〔項6〕前記セルロファーガ・フシコラが、セルロファーガ・フシコラ PDM−1株(受託番号FERM P−20648として独立行政法人産業技術総合研究所特許生物寄託センターに受託済み)である、項5に記載のポルフィラン特異的分解酵素。
〔項7〕
(I)項1〜6のいずれかに記載のポルフィラン特異的分解酵素とポルフィランとを混合し、ポルフィランを分解する工程、
を包含する、ポルフィラン分解物の製造方法。
〔項8〕
(II)β−アガラーゼとポルフィランとを混合し、ポルフィランを分解する工程、
をさらに包含する、項7に記載のポルフィラン分解物の製造方法(ここで、工程(I)及び工程(II)は、いかなる順番で行われてもよい)。
〔項9〕
工程(I)の分解をpH6.0〜8.0の下で行う項7又は8に記載の方法。
〔項10〕
工程(I)の分解を4〜40℃の温度下で行う項7〜9のいずれかに記載の方法。
〔項11〕前記ポルフィランが、アマノリ属海藻類の水溶性画分に含まれるポルフィランである、項7〜10のいずれかに記載の方法。
〔項12〕項7〜11のいずれかに記載の方法により得られる、ポルフィラン分解物。
〔項13〕分子量が5,000以下である、項12に記載のポルフィラン分解物。
〔項14〕ポルフィラン特異的分解酵素の生産能を有するセルロファーガ属細菌。
〔項15〕セルロファーガ・フシコラである、項14に記載の細菌。
〔項16〕セルロファーガ・フシコラPDM−1株(受託番号FERM P−20648として独立行政法人産業技術総合研究所特許生物寄託センターに受託済み)である、項15に記載の細菌。
〔I〕ポルフィラン特異的分解酵素
本発明は、下記の特性を有するポルフィラン特異的分解酵素を提供する:
(a)ポルフィランに対して特異的な加水分解活性を有し、
(b)セルロファーガ属細菌により生産され、
(c)SDS−PAGEで測定される分子量が約42kDaであり、
(d)至適pHが7.5であり、
(e)至適温度が30℃である。
〔II〕ポルフィラン特異的分解酵素を生産する細菌
本発明は、さらに、本発明のポルフィラン特異的分解酵素を生産する細菌を提供する。本発明の細菌は、セルロファーガ(Cellulophaga)属細菌である限りにおいて特に限定されないが、好ましくは、セルロファーガ・フシコラ(Cellulophaga fucicola)である。本発明のポルフィラン特異的分解酵素を生産するセルロファーガ・フシコラとして、本発明は、具体的に、独立行政法人産業技術総合研究所特許生物寄託センター(茨城県つくば市東1−1−1 つくばセンター中央第6)に「セルロファーガ・フシコラ PDM−1」なる表示にて2005年8月30日付で寄託され、同年9月1日付で受託され、同年9月29日付で生存が確認された、受託番号FERM P−20648の菌株を提供する。
(1)細胞の形及び大きさ:桿状、0.6〜0.7×2.0〜5.0μm
(2)運動性の有無:無し
(3)胞子の有無:無し
(B)培養的性質
(1)コロニー性状(MB2216寒天培地にて48時間培養):
直径:1.0 mm
色調:黄色
形:円形
***状態:レンズ状
周縁:根足状
表面の形状など:スムーズ
透明度:不透明
粘稠度:バター状
(2)生育温度試験:
20℃:生育可能
30℃:生育可能
35℃:生育不可
(3)海水を利用した生育:良好
(C)生理学的性質
(1)グラム染色性:陰性
(2)カタラーゼ反応:陽性
(3)オキシダーゼ反応:陽性
(4)グルコースからの酸及びガス産生:陰性
(5)硝酸塩還元:陰性
(6)インドール生成:陰性
(7)ブドウ糖酸性化:陰性
(8)アルギニンジヒドロラーゼ:陰性
(9)ウレアーゼ:陰性
(10)エスクリン分解:陽性
(11)ゼラチン分解:陽性
(12)β−ガラクトシダーゼ活性:陽性
(13)チトクロームオキシダーゼ:陽性
(14)デンプン加水分解:陰性
(15)寒天加水分解:陽性
(16)ブドウ糖資化:陰性
(17)L-アラビノース資化:陰性
(18)D-マンノース資化:陰性
(19)D-マンニトール資化:陰性
(20)N-アセチル-D-グルコサミン資化:陰性
(21)マルトース資化:陰性
(22)グルコン酸カリウム資化:陰性
(23)n-カプリン酸資化:陰性
(24)アジピン酸資化:陰性
(25)dl-リンゴ酸資化:陰性
(26)クエン酸ナトリウム資化:陰性
(27)酢酸フェニル資化:陰性
(28)酸素に対する態度:好気性
(D)化学分類学的性質
(1)DNA GC含量(高速液体クロマトグラフ法):32.4mol%
また、セルロファーガ・フシコラPDM−1菌株は、配列番号1に記載の16S rDNA塩基配列を有している。
〔III〕ポルフィラン分解物の製造方法
本発明は、(I)本発明のポルフィラン特異的分解酵素とポルフィランとを混合し、ポルフィランを分解する工程、を包含するポルフィラン分解物の製造方法を提供する。
即ち、本発明のポルフィラン分解物の製造方法は、基本的に、以下の(1)〜(4)のいずれかの工程を包含する:
(1)ポルフィラン特異的分解酵素によりポルフィランを分解する工程、
(2)ポルフィラン特異的分解酵素によりポルフィランを分解した後、得られた産物をβ−アガラーゼによりさらに分解する工程、
(3)β−アガラーゼによりポルフィランを分解した後、得られた産物をポルフィラン特異的分解酵素によりさらに分解する工程、或いは、
(4)ポルフィラン特異的分解酵素及びβ−アガラーゼによりポルフィランを同時に分解する工程。
〔IV〕ポルフィラン分解物
本発明は、上記製造方法により得られたポルフィラン分解物を提供する。
適当量のノリ原藻を、滅菌海水(佐賀県玄海で採水)で2回洗浄し、寒天を主成分とする液体培地(海水1Lに寒天1g及び硝酸カリウム1gを溶解した培地)に入れ、22℃、7日間前培養した。培養液を、寒天を主成分とする平面培地(海水1Lに寒天25g及び硝酸カリウム1gを溶解した培地)及びZobell平面培地(海水1Lに寒天25g,ポリペプトン5g,酵母エキス1g及びリン酸鉄(III)0.1gを溶解した培地)に塗布し、22℃,7日間本培養を行った。それぞれの培地表面を軟化もしくは液化した微生物群を粗分離した。
<加水分解活性を有する微生物のスクリーニング>
次いで、粗分離した微生物群を、ポルフィラン(POR)が主成分である液体培地(海水1LにPOR1g及び硝酸カリウム1gを溶解した培地)に接種し、22℃、7日間培養した。培養液を遠心分離により、菌体と培養上清に分けた。培養上清に含まれる糖組成を薄層クロマトグラフィーにより分析し、分解活性のある微生物群を選択した。これらの微生物群の中で強いPOR分解反応を示した6種類の群を、さらにZobell平面培地を用いて純粋培養することにより、25種類の純化された微生物を得た。これらの微生物を既述のPORを主成分とした液体培地に接種し、24℃、7日間培養した後、遠心分離により、菌体と培養液上清を分離した。培養液上清を遠心式による限外ろ過(排除分子量:5,000もしくは30,000)により、培養液上清中に存在する糖の分子量分布を測定し、約65%を分子量5,000以下、約10%を分子量5,000〜30,000以下に分解した菌株を選択し、更なる実験に用いた。
単離された加水分解活性を示す菌株について、16S rDNA分子系統解析、生理・生化学性状試験、菌体脂肪酸組成(CFA)分析、キノン分析、DNA塩基組成測定(GC含量測定)及びDNA−DNAハイブリッド形成試験により分類学上の位置を特定した。これらの試験は、微生物試験受託サービスを提供するNCIMB JapanにID番号:SIID3681で委託しておこなった。
<POR特異的分解酵素の分離・精製>
セルロファーガ・フシコラ PDM−1を、PORを主成分とする液体培地(海水1LにPOR 1g及び硝酸カリウム1gを溶解した培地)に接種し、24℃,14日間前培養を行った。培養液を、Zobell培地の組成において、寒天の代わりにPORを溶解した液体培地(海水1LにPOR 1g,ポリペプトン5g,酵母エキス1g及びリン酸鉄(III)0.1gを溶解した培地)約10Lに懸濁し、24℃,21日間本培養を行った。培養後、遠心分離にて菌体と培養液を分離した。得られた培養液を、氷水浴中にて限外ろ過を行い、脱塩及び濃縮した。得られた濃縮液中に含まれるタンパク質を塩析するために、硫酸アンモニウム90%飽和になるように徐々に加え、十分に溶解後、4℃にて一晩放置した。塩析による沈殿物を、遠心分離にて回収し、0.2M塩化ナトリウムを含む50mMリン酸緩衝液に再溶解し、粗タンパク質溶液とした。粗タンパク質溶液を、ゲルろ過クロマトグラフィー(GEヘルスケアバイオサイエンス株式会社製Sephacryl S−200 High Resolution,75cmx2.5cm i.d.,樹脂ベッド容積340mL)に供し、0.2M塩化ナトリウムを含む50mMリン酸緩衝液にてタンパク質の粗分離を行った。各々の溶出画分は、フラクションコレクターにて溶出タンパク質の分画を行った。任意の画分に対して、PORを基質とした酵素反応により分解性の評価を行い、分解性の認められた画分を回収した。回収した画分を遠心式による限外ろ過により、脱塩及び濃縮を行い、濃縮液を得た。この濃縮液をイオン交換クロマトグラフィー(東ソー株式会社製TOYOPEARL DEAE−650S,10cmx1.5cm i.d.,樹脂ベッド容量10mL)に供し、0、100、150、200、250mMとなるように塩化ナトリウムを溶解した50mMリン酸緩衝液にて、ステップワイズグラジエントにより、タンパク質の分離を行った。ゲルろ過クロマトグラフィー同様、溶出画分はフラクションコレクターにて分画を行った。任意の画分に対して、PORを基質とした酵素反応により分解性の評価を行ったところ、0mM溶出画分において、PORに対する強い活性が確認された。活性の認められた画分を回収し、遠心式による限外ろ過により脱塩並びに濃縮を行った。この濃縮液を、さらにイオン交換カラム(昭和電工株式会社製SHODEX QA−825,75mmx8mm i.d.)を用いたHPLCに供し、塩化ナトリウム濃度を直線的に変化(0〜200mM,リニアグラジエント)させた20mMトリス/塩酸緩衝液でタンパク質を溶出させた。溶出画分をフラクションコレクターにより分画した。
<分子量測定>
POR加水分解能を示す対象酵素を含む画分を、Bio−Rad Laboratories社製のPro260 kitを用い、添付の指示書に従って、前処理した。次いで、前処理を行ったサンプルについて、Bio−Rad Laboratories社製の全自動電気泳動システムExperionを用い、添付の指示書に従って、SDS−PAGEを行った。
<基質特異性>
基質としてアガロース、寒天、アルギン酸ナトリウム、コンドロイチン硫酸、硫酸化デキストラン(500kDa)、ι−カラギーナン、κ−カラギーナン、λ−カラギーナンを用い、本発明の酵素の各基質に対する加水分解活性を測定した。活性測定は、PORと同様の方法によって行った。末端還元糖の含量測定については、前述の通りである。PORと同様の方法によりユニット(U)を算出し、Uが0以下の場合(即ち、加水分解活性を示さなかった場合)を「−」、Uが0より大きい場合(即ち、加水分解活性を示した場合)を「+」と評価した。
基質溶液(0.1%POR溶液)100μLに酵素溶液を1μL(添加時の酵素濃度9.64μg/mL)加え、30℃で24時間反応させた。基質溶液のpHは以下に示した緩衝液を、使用直前に0.5%POR水溶液に加え、基質終濃度が0.1%となるように調整した。なお、pH3.0〜6.0の範囲ではクエン酸緩衝液、pH6.0〜8.0の範囲ではリン酸緩衝液、pH8.0〜10.0の範囲ではホウ酸/塩化カリウム/水酸化ナトリウム緩衝液を用いた。
<pH安定性の測定法>
酵素溶液を1μL(添加時の酵素濃度9.64μg/mL)に、既述の緩衝液を80 μL添加し、30℃で6時間又は24時間保持した。
<至適温度の測定法>
基質溶液(0.1%POR溶液(pH7.5のリン酸緩衝液を使用))100μLに酵素溶液を1μL(添加時の酵素濃度9.64μg/mL)加え、所定温度で21時間反応させた。反応温度は、20,25,30,35,40,45,50及び60℃に設定した。
<温度安定性の測定法>
酵素溶液を1μL(添加時の酵素濃度9.64μg/mL)に、pH7.5のリン酸緩衝液を80μL加え,所定温度にて18時間保持した。保持温度は、20、25、30、35、40、45、50及び60℃に設定した。
<β−アガラーゼ処理したポルフィランに対する加水分解活性測定>
50mM酢酸緩衝液(pH6.0)に3gのPORを溶解し、1000Uの市販β−アガラーゼ(Pseudomonas atlantika由来)を加え、40℃、72時間分解させた。熱水中で15分間加熱し、酵素反応を停止した後、不溶物を除去した。得られた溶液を排除限界30kDaの限外ろ過膜を有した装置にて限外ろ過を行い、保持された画分を凍結乾燥により、粉末化した。その際の30kDa保持物の重量は1.2gであった。このβ−アガラーゼ処理した産物を超純粋に再溶解し基質溶液とした。基質溶液(0.1%水溶液)100μlに、酵素溶液を1μl加え(添加時の酵素濃度38.6μg/ml)、30℃で15時間反応させた。反応溶液を2−Cyanoacetamideを使った還元糖定量法により測定した。その結果、反応溶液中において、9.19μg/ml(ガラクトース換算値)の還元糖の増加が認められた。
Claims (10)
- 下記の特性を有するポルフィラン特異的分解酵素:
(a)ポルフィランに対して特異的な加水分解活性を有し、
(b)セルロファーガ・フシコラ(Cellulophaga fucicola) PDM−1株(受託番号FERM P−20648、独立行政法人産業技術総合研究所特許生物寄託センター)により生産され、
(c)SDS−PAGEで測定される分子量が約42kDaであり、
(d)至適pHが7.5であり、
(e)至適温度が30℃である。 - (f)アガロースに対する加水分解活性を実質的に有さない、
請求項1に記載のポルフィラン特異的分解酵素。 - (g)β−アガラーゼ処理されたポルフィランに対する加水分解活性を有する、請求項1又は2に記載のポルフィラン特異的分解酵素。
- 前記ポルフィランがアマノリ属海藻類において生産されるポルフィランである、請求項1〜3のいずれかに記載のポルフィラン特異的分解酵素。
- (I)請求項1〜4のいずれかに記載のポルフィラン特異的分解酵素とポルフィランとを混合し、ポルフィランを分解する工程、
を包含する、ポルフィラン分解物の製造方法。 - (II)β−アガラーゼとポルフィランとを混合し、ポルフィランを分解する工程、
をさらに包含する、請求項5に記載のポルフィラン分解物の製造方法(ここで、工程(I)及び工程(II)は、いかなる順番で行われてもよい)。 - 工程(I)の分解をpH6.0〜8.0の下で行う請求項5又は6に記載の方法。
- 工程(I)の分解を4〜40℃の温度下で行う請求項5〜7のいずれかに記載の方法。
- 前記ポルフィランが、アマノリ属海藻類の水溶性画分に含まれるポルフィランである、請求項5〜8のいずれかに記載の方法。
- ポルフィラン特異的分解酵素の生産能を有する、セルロファーガ・フシコラPDM−1株(受託番号FERM P−20648、独立行政法人産業技術総合研究所特許生物寄託センター)。
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