JP4455306B2 - 生化学処理方法 - Google Patents

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Description

本発明は、検体中の細胞、微生物、あるいは染色体、核酸などを、抗原抗体反応や核酸ハイブリダイゼーション反応などの生化学反応を利用して分析する技術に関する。
血液等の検体を分析する分析装置の多くは、抗原坑体反応を利用した免疫学的な方法又は核酸ハイブリダイゼーションを利用した方法を用いている。例えば、被検出物質と特異的に結合する抗体又は抗原等のタンパク質或いは一本鎖の核酸をプローブに使い、微粒子、ビーズ、ガラス板等の固相表面に固定し、被検出物質と抗原抗体反応又は核酸ハイブリダイゼーションを行う。そして、酵素、蛍光性物質、発光性物質等の検知感度の高い標識物質を担持した特異的な相互作用を有する標識化物質、例えば標識化抗体や標識化抗原又は標識化核酸等を用いて、抗原抗体化合物や二本鎖の核酸を検出して、被検物質の有無の検出或いは被検物質の定量を行っている。
これらの技術を発展させたものとして、例えば米国特許5,445,934号公報には、互いに異なる塩基配列を有する多数のDNA(デオキシリボ核酸)プローブを、基板上にアレイ状に並べた所謂DNAアレイが開示されている。
また、Anal.Biochem.、270(1)、103−111、1999には、多種類のタンパク質をメンブレンフィルタ上に並べ、DNAアレイのような構成のタンパク質アレイを作製する方法が開示されている。このように、DNAアレイ、タンパク質アレイ等によって、極めて多数の項目の検査を一度に行うことが可能になってきている。
一方、様々な検体分析方法において、検体による汚染の軽減、反応の効率化、装置の小型化、作業の簡便化等の目的で、内部で必要な反応を行う使い捨て可能な生化学反応カートリッジも提案されている。また、微細加工技術を用いて流路、反応槽、検出器などを集積化し、導入した物質の分析、合成などを行うものは、μ−TAS(Micro Total Analysis System)と呼ばれ、盛んに研究が行われている。例えば、特表平11−509094号公報においては、DNAアレイを含むμ−TASである生化学反応カートリッジ内に複数のチャンバを配し、差圧によって溶液を移動させ、カートリッジ内部で検体中のDNAの抽出或いは増幅、又はハイブリダイゼーション等の反応を可能にした生化学反応カートリッジが開示されている。
そして、米国特許第6,100,541号公報には流路の一つに隣接して内蔵の検出用光学部材を設けたμ−TASが開示され、また、これらはμ−TASではないが特開平4−131763号公報には試料回収時に圧力が一定時間後に一定レベルまで上昇しないとき警報を出力する液体測定装置、特開平11−304817号公報には、プローブにより液面位置から試料の残量を判断し、試料残量に基づいて撹拌時の吸引量、吸引・吐出回数を算出する分注装置が開示されている。
米国特許第6,100,541号明細書(第3頁、図2) 特開平4−131763号公報(第6頁、図1) 特開平11−304817号公報(第5頁、図3) Lueking A, Horn M, Eickhoff H, Bussow K, Lehrach H, Walter G.、Anal.Biochem.、270(1)、p103−111、1999
以上のように、液体の移動の異常を調べる方法としては流路で流体を検知するのが一般的であるが、もれ、詰まりに対する検知としては十分ではなく、またμ−TASでは流路が狭いので構成が複雑・高価になってしまう。一方、チャンバなどの液体の残量を検知するものも種々の検知方法が提案されているが、いずれも各チャンバでの残量検知結果を独立して用いており、複数結果からプロセスの正常を判断するものはなかった。また、圧力異常から判断するものもあるが、これは直接流体を検出するものではないので、確実な検知はできなかった。
本発明の目的は、上述の問題点を解消し、内部で液体の移動を行う生化学カートリッジを用いた生化学処理装置において、詰まり、もれなどの異常がなく液体が正常に流れたことを、簡単な構成で確実に検知する生化学処理装置を用いた生化学処理方法を提供することにある。
上記目的を達成するための本発明にかかる生化学処理方法は、検体を生化学処理するための液体が内蔵されたチャンバと、生化学処理された検体中の標的物質の検出反応を行なうための反応チャンバとからなる複数のチャンバと、前記チャンバ間を連通する流路とを有する生化学反応カートリッジと、
前記生化学反応カートリッジを載置するステージと、
前記流路を介して前記液体を移動させるための移動手段と、
前記ステージの前記生化学反応カートリッジのチャンバに対応する位置に配された、前記チャンバ内の液体の有無あるいは液量を検出する検出手段と、
前記検出手段により検出されたチャンバ内の液体の情報により前記液体の移動の結果を判定する判定手段と、
を有する生化学処理システムにおける生化学反応カートリッジ内の液体の移動を制御しながら行う生化学処理方法であって、
前記液体によって前記反応チャンバ内の検体の生化学的処理を行う工程と、
前記液体の入った一方のチャンバから前記流路を介して他方のチャンバに前記液体を移動する前に、前記一方のチャンバの前記液体の有無または液量に関する第1の液体情報および前記他方のチャンバの前記液体の有無または液量に関する第2の液体情報を検出する第1の検出工程と、
前記一方のチャンバから前記他方のチャンバへ液体を移動後に、前記一方のチャンバの前記液体の有無または液量に関する第3の液体情報および前記他方のチャンバの前記液体の有無または液量に関する第4の液体情報を検出する第2の検出工程と、
を有することを特徴とする液体の移動を制御する生化学処理方法である。
本発明に係る生化学処理装置を用いた生化学処理方法によれば、簡便な構成でありながら、液体の正常な流れを確実に検知でき、確実にプロセスの正常・異常の判断ができる。また、詰まり、もれ、ポンプの異常など種々の異常を原因とする流れの異常を検出でき、さらに、プロセスの異常が早い段階で検出できるので反応・検査のやり直しによる時間の無駄を軽減できるという効果もある。また、μ−TASに応用した場合は、流路での検出に比べ位置決めが楽という効果もある。
本発明において用い得る生化学反応カートリッジは、検体を生化学処理するための溶液が内蔵されたチャンバと、生化学処理された検体中の標的物質の検出反応を行なうための反応チャンバと、チャンバと反応チャンバとを連通する流路とを有する生化学反応カートリッジの、チャンバ中の液体を、光を利用したセンサを用いて検出できるようにチャンバのセンサに対向する面を光に対して透明な材料で形成したものである。
チャンバは、単に透明な材料で形成しても良いが、チャンバ中の液量を検出するためには、チャンバの底部が液面方向に、プリズム状に突出させることでチャンバ中の液量を検出することが可能となる。
上記の生化学反応カートリッジは、流路を介して液体を移動させるための移動手段と、チャンバ内の液体の有無あるいは液量を検出する検出手段と、検出手段により検出されたチャンバ内の液体の情報により液体の移動の結果を判定する判定手段とを有する生化学処理装置上のステージに載置され、チャンバ中の液体と検体とを移動させながら生化学反応を起こさせることで例えば、DNAの抽出、増幅が行なわれる。
生化学処理装置に形成されたチャンバ中の液体情報の検出手段は、チャンバ内の液体の有無あるいは液量を示す液体情報を、液体の移動もとのチャンバと液体の移動先のチャンバとについて検出することができる。各チャンバの液体情報は、少なくとも液体の移動前と移動後とに検出することが好ましい。
ここで液体の移動後とは、液体の移動もとのチャンバ内の液体が液体の移動先のチャンバへの移動が完了する(液体の移動もとのチャンバが空になる)予め設けられた時間後を示し、液体の移動もとのチャンバが空になると予想される所定時間経過後にチャンバ内の液体の有無を検出し、チャンバ内に液体が有る場合は異常と判定することができる。
異常の判定は、液体の移動もとのチャンバ内の液体の有無を一定の間隔で検出し、チャンバ内の液体が空になった時間が予め設けられた所定の時間を超えた場合に異常と判定しても良い。
更に、生化学処理装置は、液体の移動もとのチャンバと液体の移動先のチャンバの液体の情報に基づいて液体の移動状態の判定を行なう判定手段を有することが好ましい。
生化学処理システムは、上述の生化学反応カートリッジを、生化学処理装置上の生化学反応カートリッジを載置するステージに載置した後、例えば、気体(通常は空気)を流路の一方を加圧し流路の他方を減圧させることで液体(例えば、検体・溶血剤等)を一方のチャンバから他方のチャンバに移動させながら、DNAの抽出・増幅等の生化学反応起こさせることで生化学反応カートリッジ中のDNAアレイ等から検体の情報が得られるように処理した後、光学的な検査等を行なって検体の情報を得るものである。
後述の実施形態あるいは実施例では生化学処理装置と検体の情報を得る検出装置は別の装置であるように記載されているが、生化学処理装置中に検体の情報を得る検出部を設けることができることはいうまでもない。
本発明に係る生化学処理システムは、上述の生化学反応カートリッジを載置するステージと、流路を介して液体を移動させるための移動手段と、ステージに載置された生化学反応カートリッジのチャンバに対応する位置に、チャンバ内の液体の有無あるいは液量を検出する検出手段と、検出手段により検出されたチャンバ内の液体の情報により液体の移動の結果を判定する判定手段とを有する生化学処理システムである。チャンバ内の液体の情報は、液体の移動もとのチャンバと液体の移動先のチャンバの液体の情報であることが好ましく、更に、液体の移動もとのチャンバと液体の移動先のチャンバの液体の情報に基づいて液体の移動状態の判定を行なう判定手段を有することが好ましい。
本発明における液体の移動の制御は、液体の入った一方のチャンバから流路を介して他方のチャンバに液体を移動する前に、一方のチャンバの液体の有無または液量に関する第1の液体情報および他方のチャンバの液体の有無または液量に関する第2の液体情報を検出する第1の検出工程と、一方のチャンバから他方のチャンバへ液体を移動後に、一方のチャンバの液体の有無または液量に関する第3の液体情報および他方のチャンバの液体の有無または液量に関する第4の液体情報を検出する第2の検出工程を有する液体の移動を制御する制御方法である。
この際、第1、第2、第3および第4の液体情報が、チャンバ中の液体の有無を示す情報である場合、第1の液体情報が、液体が一方のチャンバ中に有ることを示し、第2の液体情報が、液体が他方のチャンバには無いことを示したときは一方のチャンバ中の液体を他方のチャンバに移動させ、第1の液体情報が、液体が一方のチャンバ中に無いことを示す場合は異常であることを示す信号を出力する工程を有している。
更に、一方のチャンバ中の液体を他方のチャンバに移動させた後検出した、第3の液体情報が、液体が一方のチャンバ中に無いことを示し、第4の液体情報が、液体が他方のチャンバには有ることを示したときは液体の移動が正常に終了したと判定し、第3の液体情報が、液体が一方のチャンバ中に有ることを示す場合は異常であると判定する判定工程を有している。
液体を一方のチャンバ中の液体を他方のチャンバに移動させた後検出した液体情報から、液体が正常に移動していないと判定された場合は、一方のチャンバ中の液体を他方のチャンバに再度移動させる工程と、一方のチャンバ中の液体有無を示す第5の液体情報を検出する工程と、第5の液体情報が一方のチャンバ中に液体が無いことを示す場合は正常と判定し、第5の液体情報が一方のチャンバ中に液体が有ることを示す場合は異常と判定することができる。
第1および第3の液体情報がチャンバ内の液体の有無を示す情報で、第2および第4の液体情報が、チャンバ中の液体の量を示す情報である場合の液体の移動を制御する制御方法の場合、第1の液体情報が、液体が一方のチャンバ中に有ることを示したときは一方のチャンバ中の液体を他方のチャンバに移動させ、第1の液体情報が、液体が一方のチャンバ中に無いことを示す場合は異常であることを示す信号を出力する工程を有することができる。
一方のチャンバ中の液体を他方のチャンバに移動させた後検出した第3の液体情報が、液体が一方のチャンバ中に有ることを示す場合は異常であると判定し、第3の液体情報が、液体が一方のチャンバ中に無いことを示す場合は、液体の移動が正常に終了したと判定することができる。
この際異常と判定した場合は、ここで処理を終了するのではなく、一方のチャンバ中の液体を他方のチャンバに再度移動させる工程と、一方のチャンバ中の液体有無を示す第5の液体情報を検出する工程と、第5の液体情報が一方のチャンバ中に液体が無いことを示す場合は、他方のチャンバ中の液体の量を示す第6の液体情報を検出する工程と、第6の液体情報と第4の液体情報とを比較する工程を有し、第6の液体情報から得られた液体の量が、第4の液体情報の示す液体の量よりも多い場合は液体の移動が正常に終了したと判定し、第6の液体情報から得られた液体の量が、第4の液体情報の示す液体の量と同一あるいは少ない場合は異常と判定することができる。尚、この工程は1回で終わるのではなく複数回行っても良いことはいうまでもない。
最初の液体の移動が正常と判定した場合は、第4の液体情報と第2の液体情報とを比較する工程を有し、第4の液体情報から得られた液体の量が、第2の液体情報の示す液体の量よりも多い場合は液体の移動が正常に終了したと判定し、第4の液体情報から得られた液体の量が、第2の液体情報の示す液体の量と同一あるいは少ない場合は異常と判定することができる。
更に、一方のチャンバ中の液体を他方のチャンバに移動させ、液体の移動中に少なくとも1回以上他方のチャンバ中の液体情報を検出し、液体情報の検出の直前の液体情報と比較して液体情報が直前の液体情報よりも液量が増加している場合を正常と判定し、液体情報が直前の液体情報よりも液量が増加していない場合は異常と判定することもできる。この場合、連続して液体情報を検出し、液量が増加していることを確認しながら液体を移動することもできることは言うまでもない。上述で説明した方法では、液体の移動の終了は、液体を移動後に所定時間経過後に液体の移動が終了したものとして液体の情報の検出を行なっているが、液量を連続して測定している場合は、液量の増加がなくなった時点で液体の移動が終了したと判定することができる。
更に、液体を移動後、所定の時間経過しても液量が増加しない場合は、液体の移動状態が異常で有ると判定することもできる。
上述の液体の移動後の判定は、移動後先のチャンバの液体情報に基づいて行なったが、液体の移動もとのチャンバの液体情報から判定することも可能である。
液体の移動後に、液体の移動もとのチャンバの液体の有無を検出し、移動もとのチャンバ中に液体が有る場合は液体の移動が正常に終了していないと判定することもできるが、いずれか一方のチャンバの液体情報だけから液体の移動の判定を行なうよりも本発明のように、液体の移動前後に液体の移動もとのチャンバと移動先のチャンバの液体情報を検出して移動の状況を判定しながら処理を進める方が確実に処理を行なうことができる。
本発明の実施例を、図面を用いて詳細に説明する。図1は本実施例の生化学反応カートリッジ1の外観図を示している。カートリッジ1の上部には、注射器等を用いて血液等の検体を注入する際の検体入口2が設けられ、ゴムキャップにより封止されている。また、カートリッジ1の側面には内部の溶液を移動するためにノズルを挿入して加圧或いは減圧を行う複数のノズル入口3が設けられ、各ノズル入口3はゴムキャップが固定されている。該ノズルの形成された面と対向する面も同様の構成になっている。
生化学反応カートリッジ1の本体はここでは透明のポリメタクリル酸メチル(PMMA)により構成されている。なお、カートリッジ1内の反応物について光学的な測定を必要とする場合、あるいは液体の有無または量を、光学的に検出を行う場合に、それらの測定や検出の際に光を通す部分のみ透明または半透明にしてそれ以外を不透明にしてもよい。
図2は生化学反応カートリッジ1の平面断面図を示しており、片側の側面には10個のノズル入口3a〜3jが設けられ、反対側の側面にも10個のノズル入口3k〜3tが設けられている。
各ノズル入口3a〜3tは、それぞれの空気が流れる空気流路4a〜4tを介して、溶液を貯蔵する場所又は反応を起こす場所又は溶液を混合する場所であるチャンバ5に連通されている。ただし、本実施の形態の工程では、ノズル入口3n、3p、3q、3sは使用しないため、チャンバ5に連通されておらず予備になっている。つまりは、ノズル入口3a〜3jは流路4a〜4jを介してチャンバ5a〜5jに連通され、反対側のノズル入口3k、3l、3m、3o、3r、3tは、それぞれ流路4k、4l、4m、4o、4r、4tを介してチャンバ5k、5l、5m、5o、5r、5tに連通されている。そして、検体入口2はチャンバ7に連通され、チャンバ5a、5b、5c、5kはチャンバ7に、チャンバ5g、5oはチャンバ8に、チャンバ5h、5i、5j、5r、5tはチャンバ9に連通されている。更に、チャンバ7は流路10を介してチャンバ8に、チャンバ8は流路11を介してチャンバ9に連通されている。流路10には、チャンバ5d、5e、5f、5l、5mが、それぞれ流路6d、6e、6f、6l、6mを介して連通されている。
また、チャンバ9の底面には角孔が開けられ、この角孔に、平方インチ程度の大きさを持つガラス板等の固相表面に異なる種類のDNAプローブを数10から数10万種高密度に並べたDNAマイクロアレイ12が、プローブ面を上にして貼り付けられている。
このDNAマイクロアレイ12を用いて検体DNAとハイブリダイゼーション反応を行うことによって、一度に数多くの遺伝子を検査することができる。また、これらのDNAプローブはマトリックス状に規則正しく並べられており、それぞれのDNAプローブのアドレス(何行・何列という位置)を、情報として容易に取り出すことができる。検査の対象となる遺伝子としては、感染症ウィルス、細菌、疾患関連遺伝子のほかに、各個人の遺伝子多型等がある。
チャンバ5a、5bには、それぞれ細胞壁を破壊するEDTAを含む第1の溶血剤、界面活性剤等のタンパク質変性剤を含む第2の溶血剤が蓄積されている。チャンバ5cにはDNAが吸着するシリカコーティングされた磁性体粒子が蓄積され、チャンバ5l、チャンバ5mには、DNAの抽出の際にDNAの精製を行うために用いる第1、第2の抽出洗浄剤が蓄積されている。
チャンバ5dには、DNAを磁性体粒子から溶出する低濃度塩のバッファから成る溶出液、チャンバ5gには、PCRで必要なプライマ、ポリメラーゼ、dNTP溶液、バッファ、蛍光剤を含むCy−3dUTP等の混合液が充填されている。チャンバ5h、5jには、ハイブリダイゼーションしなかった蛍光標識付きの検体DNAと蛍光標識とを洗浄するための界面活性剤を含む洗浄剤、チャンバ5iには、DNAマイクロアレイ12を含むチャンバ9内を乾燥させるためのアルコールが蓄積されている。
なお、チャンバ5eは血液のDNA以外の塵埃が溜まるチャンバ、チャンバ5fはチャンバ5l、5mの第1、第2の抽出洗浄剤の廃液が溜まるチャンバ、チャンバ5rは第1、第2の洗浄剤の廃液が溜まるチャンバである。
また、チャンバ5k、5o、5tは溶液がノズル入口に流れ込まないために設けたブランクのチャンバで、飛び跳ねて液滴状になった溶液が発生してもノズル入口には入り込まない。
この生化学反応カートリッジ1に血液等の液体状の検体を注入して後述する処理装置にセットすると、カートリッジ1の内部でDNA等の抽出、増幅が行われ、更に、増幅した検体DNAとカートリッジ1の内部にあるDNAマイクロアレイ上のDNAプローブとの間でハイブリダイゼーションと、ハイブリダイゼーションしなかった蛍光標識付きの検体DNAと蛍光標識の洗浄とが行われる。
図3は生化学反応カートリッジ1内での溶液の移動や種々の反応を制御する処理装置の概略図を示している。テーブル13はカートリッジ1をセットする位置を示しており、このテーブル13上には、カートリッジ1内で検体からのDNA等を抽出する際に作動させる電磁石14、検体からのDNAをPCR(Polymerase Chain Reaction)などの方法で増幅させる際に温度制御するためのペルチェ素子15、増幅した検体DNAとカートリッジ1の内部にあるDNAマイクロアレイ上のDNAプローブとのハイブリダイゼーションを行う際と、ハイブリダイゼーションしなかった検体DNAの洗浄を行う際に温度制御するためのペルチェ素子16と、図4に示す液体センサユニット26a〜26m、29k、29rが配置され、これらは処理装置全体を制御する制御部17に接続されている。
テーブル13の両側には、電動シリンジポンプ18、19と、これらのポンプ18、19により空気を吐出或いは吸引するための出入口で、複数のポンプノズル20、21を片側に10個ずつ設けたポンプブロック22、23が配置されている。電動シリンジポンプ18、19とポンプノズル20、21の間には、図示しない複数の電動切換バルブが配置され、ポンプ18、19と共に制御部17に接続されている。また、制御部17は検査者が入力を行う入力部24と情報を表示する表示部25に接続されている。制御部17は片側10個のうち、1個ずつのポンプノズル20、21を電動シリンジポンプ18、19に対して選択的に開にしたり、全てのポンプノズルを閉にしたりする制御を行うようになっている。
本実施例では、血液を検体とし検査者が注射器により検体入口2のゴムキャップを貫通し血液を注入すると、血液はチャンバ7に流れ込む。その後に、検査者は生化学反応カートリッジ1をテーブル13上に置き、図示しないレバーを操作することにより、ポンプブロック22、23を図3の矢印の方向に移動させると、ポンプノズル20、21がカートリッジ1の両側のノズル入口3にゴムキャップを貫通して挿入される。
また、ノズル入口3a〜3tは生化学反応カートリッジ1の対向する2つの面、つまり両側に集中しているため、電動シリンジポンプ18、19、電動切換バルブ、ポンプノズルを内蔵したポンプブロック22、23等の形状、配置を単純化することができる。更に、必要なチャンバ5や流路を確保しながら、ポンプブロック22、23によりカートリッジ1を同時に挟み込むという単純な動作だけで、ポンプノズル20、21を挿入することができ、ポンプブロック22、23の構成も簡単なものにすることができる。そして、ノズル入口3a〜3tを全て同じ高さ、即ち直線状に配置することにより、ノズル入口3a〜3tに接続する流路4a〜4tの高さは全て同じになり、流路の4a〜4tの作製が容易になる。
また、図3の処理装置において、n個の生化学反応カートリッジ1用にポンプブロック22、23をn倍に長くした構成にすれば、n個のカートリッジ1を直列に並べることによって、n個のカートリッジ1に対して必要な工程を同時に行うことができ、構成は極めて簡単でありながら多数のカートリッジに対して生化学反応を行わせることが可能になる。
図4はテーブル13の詳細図で、上述した液体センサユニット26a〜26m、29k、29rが図示されている。各液体センサユニットは27a、27d、27f、27g、27h、27l、27m、30k、30rで示すLEDなどの照射光源と、28a、28d、28f、28g、28h、28l、28m、31k、31rで示すフォトディテクタなどの受光素子から成る。
次に、図5、図6に示す本発明の処理手順を示すフローチャート、処理を実行するための生化学反応カートリッジ1の構成を、図面を用いて説明する。
処理手順を示すフローチャートのスタート(START)は、検査者が入力部24で処理開始の命令の入力で、処理開始の命令が処理装置に入力されると処理装置は処理を開始する。
(ステップS1)
処理装置は、ステップS1で、チャンバ5aの第1の溶血剤の有無と、チャンバ7の検体の液量とを検出する。制御部17は液体センサユニット26aを用いてチャンバ5aの第1の溶血剤の有無と、液体センサユニット29kを用いてチャンバ7の検体の液量を検出する。
図7は、図2に示すチャンバ5a、7、5kを通る縦断面図であり、チャンバ5aに第1の溶血剤、チャンバ7に血液検体が入っている様子を示している。チャンバ5aの下部に液体センサユニット26aがあり、照射光源であるLED27aからチャンバ5aの底へ斜めに光が照射され、液体から散乱光が発生してその一部がフォトディテクタ28aに入光し、電気信号に変換され、電気信号が制御部17に送られる。
カートリッジ1と第1の溶血剤の境界面でのLED27aによる直接反射光がフォトディテクタ28aに入ることを避けるために、LED27aは斜めに取り付けられている。この角度は、例えばLED27aの出力の指向特性とフォトディテクタ28aの感度の指向特性から、LED27aの直接反射光でフォトディテクタ28aの感度以下になるように決定すれば良い。チャンバ5aに液体が入っていない場合は、液体からの散乱光の発生がなく、フォトディテクタ28aからの発生信号がない。このようにして、液体の有無を判断することができる。また、液体の量と散乱光量は対応するので、事前にその液体の種類ごとにその対応を調べておき、感度の良い受光素子を用いれば液量の検出を行うこともできる。
一方、チャンバ7の下部には液体センサユニット29kがあり、チャンバ7の底面はカートリッジ1の材料がプリズム状に出っ張っている。照射光源であるLED30kからチャンバ7の底に光が照射し、液体があるとカートリッジ1の材料であるポリメタクリル酸メチルの屈折率(1.49)が血液の屈折率(成分により異なるが1.34程度)と近いため照射光は多くが上に通り抜け、液体がないとポリメタクリル酸メチルの屈折率と空気の屈折率(1.0)が大きく異なるために照射光の多くはその境界面で反射しさらにもう一つの境界面で反射してフォトディテクタ31kで受光され、信号が制御部17に送られる。このように、液面の高さと反射光量が対応することから液量を検出することができる。なお、ポリメタクリル酸メチル以外の代表的な透明合成樹脂であるポリカーボネート、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリ塩化ビニル、シリコン樹脂は屈折率が1.43〜1.59であり、本実施例で用いる他の磁性体粒子溶液、溶出液、PCR用混合液、洗浄剤、アルコールは屈折率が1.33〜1.5程度であるのでいずれも空気に対するよりも屈折率が近く、反射光を利用する方法が採用できる。もちろん、屈折率の差が少ない組み合わせのものがより好ましい。また、散乱光による方法は、磁性体粒子溶液や血液など粒子が多く含まれている液体の方が、散乱光量が多く、より有利である
上記のいずれの方法も生化学反応カートリッジの外部から光学的に液体の有無あるいは液量を検出するもので、生化学反応カートリッジ内部に特別な部材を必要としない。
(ステップS2)
ステップS2で、ステップS1の検出結果から液がない、液量が足りないという異常があるかどうかを判断し、異常がなければステップS3に進み、異常があればステップS23で表示部25に異常であることを表示してプロセスを終了する。
(ステップS3)
第1の溶血剤の流し込み・攪拌を行う。ノズル入口3a、3kのみを開にし、電動シリンジポンプ18から空気を吐出し、ポンプ19から空気を吸引して、チャンバ5aの第1の溶血剤を血液の入ったチャンバ7に流し込む。この際に、溶血剤の粘性や流路の抵抗にもよるが、ポンプ19からの空気の吸引をポンプ18からの空気の吐出を開始してから10〜200m秒後に開始するように制御すると、流れる溶液の先頭で溶液が飛び出すことがなく、溶液が円滑に流れる。
このように、空気の供給、吸引のタイミングをずらすことによって、加圧、減圧を制御すれば溶液を円滑に流すことができるが、電動シリンジポンプ19による空気の吸引を、ポンプ18からの空気の開始時からリニアに増加させるなどの細かな制御を行えば、溶液を更に円滑に流すことが可能になる。以下の溶液の移動についても同様である。
空気の供給の制御は、電動シリンジポンプ18、19を用いることで容易に実現でき、ノズル入口3a、3oのみを開にし、ポンプ18、19によって空気の吐出、吸引を交互に繰り返し、チャンバ7の溶液を流路10に流し、その後に戻す動作を繰り返して攪拌を行う。或いは、ポンプ19から空気を連続して吐出し、気泡を発生させながら攪拌してもよい。
(ステップS4)
次に、ステップS4で、チャンバ5aの第1の溶血剤の有無と、チャンバ7の検体の液量とを検出する。第1の溶血剤のすべてがチャンバ5aからチャンバ7に移動する時間を待って、S1と同様に液体センサユニット26aを用いてチャンバ5aの第1の溶血剤の有無、液体センサユニット29kを用いてチャンバ7の液量を確認する。
(ステップS5)
ステップS3で、チャンバ5a中の第1の溶血剤をチャンバ2に流し込み・攪拌を行っているので、図8に示すようにチャンバ5aが空で、チャンバ7に所定の液量があるかどうかを判断する。
例えば、流路の詰まり、あるいは電動シリンジポンプ、電動切換バルブ、流路などに異常があって空気が漏れて液体の移動が理想どおりに進まない場合は、図9のようにチャンバ5aに液体が残ってフォトディテクタ28aの受光量が多くなり、チャンバ7の液体は足りないのでフォトディテクタ31kでの受光量が多くなる。この場合は、所定時間待って依然として否の場合は異常と判断してステップS23に進み、表示部25に異常であることを表示してプロセスを終了する。
このように、チャンバ5a内の第1の溶血剤の有無とチャンバ7の液量の検出を、第1の溶血剤の移動の前後(複数の時間)で検出することにより、正しく移動できたかどうかを判断することができる。
チャンバ7だけの検出ではどの液が入ってきたかがわからず、正確性に欠ける。また、本実施例では第1の溶血剤の移動の前後(複数の時間)でのみ検出しているが、さらに頻繁にあるいは連続して検出しても良い。また、このステップS5ではチャンバ5aに着目すると、空でなかった場合所定時間待って依然として空でないと異常と判断しているが、空になるまで第1の溶血剤を送り続けて、その時間が空になるべき時間と比較して所定時間よりも長い場合に異常と判断しても良い。
(ステップS6)
次に、チャンバ5b中の第2の溶血剤をチャンバ7に流し込み、攪拌を行う。ノズル入口3b、3kのみを開にし、同様にしてチャンバ5bの第2の溶血剤をチャンバ7に流し込み・攪拌を行う。
(ステップS7)
引き続き、ステップS7では、同様にチャンバ5cの磁性体粒子溶液をチャンバ7に流し込む。ノズル入口3c、3kのみを開にし、チャンバ5cの磁性体粒子溶液をチャンバ7に流し込む。
ステップS6、S7においては共に、ステップS3と同様にして攪拌を行う。ステップS7では、ステップS3、S6で細胞が溶解して得られたDNAが磁性体粒子に付着する。
(ステップS8)
ステップS8では、電磁石オン、磁性体粒子にDNAを捕捉する。電磁石14をオンにし、ノズル入口3e、3kのみを開にし、電動シリンジポンプ19から空気を吐出し、ポンプ18から空気を吸引してチャンバ7の溶液をチャンバ5eに移動する。この移動の際に、磁性体粒子とDNAを流路10の電磁石14の上で捕捉する。ポンプ18、19の吸引、吐出を交互に繰り返し、溶液をチャンバ7、5e間を2回往復させることにより、DNAの捕捉効率を向上させる。更に、回数を増やせば捕捉効率を一層高めることができるが、処理時間も余分に掛かることになる。
このように、磁性体粒子を利用してDNAを、幅1〜2mm程度、高さ0.2〜1mm程度の小さい流路上で、しかも流れている状態で捕捉するので、極めて効率良く捕捉することができる。また、捕捉ターゲット物質がRNA或いはタンパク質の場合も同様である。
(ステップS9)
次にステップS9で、制御部17は液体センサユニット26lを用いてチャンバ5lの第1の抽出洗浄液の有無と、液体センサユニット26fを用いてチャンバ5fの液体の有無とを検出する。
図10は図2に示すチャンバ5l、5fを通る縦断面図であり、チャンバ5lに第1の抽出洗浄液が入っている様子を示している。液体センサユニット26aと同様に、チャンバ5lの下部に液体センサユニット26lがあり、照射光源であるLED27lからチャンバ5lの底から斜めに光が照射し、液体から散乱光が発生してその一部がフォトディテクタ28lで受光され、信号が制御部17に送られる。チャンバ5fの下部には、やはり液体センサユニット26aと同様の液体センサユニット26fがあり、照射光源であるLED27fからチャンバ5fの底から斜めに光が照射し、液体から散乱光が発生してその一部がフォトディテクタ28fで受光され、信号が制御部17に送られる。
(ステップS10)
ステップS10で、ステップS9の検出結果からチャンバ5lに第1の抽出洗浄液があり、チャンバ5fが空かどうかを判断し、そうではなく異常があればステップS23に進み、表示部25に異常であることを表示してプロセスを終了する。
異常がなければステップS11に進む。
(ステップS11)
ステップS11では、第1の抽出洗浄液での洗浄、捕捉を行う。電磁石14をオフにし、ノズル入口3f、3lのみを開とし、電動シリンジポンプ19から空気を吐出し、ポンプ18から空気を吸引して、チャンバ5lの第1の抽出洗浄液をチャンバ5fに移動する。この際に、ステップS4で捕捉された磁性体粒子とDNAが抽出洗浄液と共に移動して洗浄が行われる。
(ステップS12)
次に、ステップS12でチャンバ5lの第1の抽出洗浄液の有無とチャンバ5fの液体の有無とを検出する。
第1の抽出洗浄液のすべてがチャンバ5lからチャンバ5fに移動する時間を待って、ステップS9と同様に液体センサユニット26lを用いてチャンバ5lの第1の抽出洗浄液の有無を、液体センサユニット26fを用いてチャンバ5fの液体の有無を検出する。
(ステップS13)
次に、ステップ13で、チャンバ5lが空で、チャンバ5fに第1の抽出洗浄液があるかどうかを判断し、否の場合は所定時間待ち依然として否の場合は異常と判断してステップS23に進み、表示部25に異常であることを表示してプロセスを終了する。
図11のようにチャンバ5lが空で、チャンバ5fに第1の抽出洗浄液があれば、ステップS8と同様にして2回往復した後に、電磁石14をオンにし、同様にして2回往復させて磁性体粒子とDNAを流路10の電磁石14の上に回収し、溶液をチャンバ5lに戻す。この際にステップS9、S10、S12、S13の検出、判断を繰り返しても良い。
(ステップS14)
次に、第2の抽出洗浄液での洗浄、捕捉を行う。ノズル入口3f、3mを用いて、チャンバ5mの第2の抽出洗浄液に対して、ステップS11と同じ工程を行って更に洗浄する。このとき液体センサユニット26mを用いてチャンバ5mの第2の抽出洗浄液の有無、液体センサユニット26fを用いてチャンバ5fの液体の有無の検出を行うがステップS9〜S13と全く同様なのでフローチャートの記載、説明は省略する。
(ステップS15)
溶出液を流し、磁性体粒子とDNAを分離する。
電磁石14をオンにしたまま、ノズル入口3d、3oのみを開にし、電動シリンジポンプ18から空気を吐出し、ポンプ19から空気を吸引することにより、チャンバ5dの溶出液をチャンバ8に移動する。
このとき、溶出液の作用によって磁性体粒子とDNAが分離し、DNAのみが溶出液と共にチャンバ8に移動し、磁性体粒子は流路10に残る。このようにして、DNAの抽出、精製が行われる。
(ステップS16)
次に、ステップS16で、PCR用薬剤を流し込んで攪拌し、液の有無を検出する。
ノズル入口3g、3oのみを開にし、電動シリンジポンプ18から空気を吐出し、ポンプ19から空気を吸引してチャンバ5gのPCR用薬剤をチャンバ8に流し込む。更に、ノズル入口3g、3tのみを開にし、ポンプ18、19で空気の吐出、吸引を交互に繰り返し、チャンバ8の溶液を流路11に流して、その後に戻す動作を繰り返して攪拌を行う。このとき、制御部17は液体センサユニット26gを用いてチャンバ5gの液体の有無を検出する。
(ステップS17)
ステップS16での、チャンバ5gの液体の有無の検出の結果、ステップ17で異常を判断し、チャンバ5gに液体がなければステップS18に、チャンバ5gに液体があれば異常と判定し、ステップS23に進み、表示部25に異常であることを表示してプロセスを終了する。
(ステップS18)
そして、ステップS18で、ペルチェ素子15を制御して、チャンバ8内の溶液を96℃の温度に10分保持した後に、96℃・10秒、55℃・10秒、72℃・1分の工程を30回繰り返し、溶出されたDNAにPCRを行って増幅する。
(ステップS19)
ステップS19では、ペルチェ素子16を制御してハイブリダイゼーション、攪拌を行う。
ノズル入口3g、3tのみを開にし、電動シリンジポンプ18から空気を吐出し、ポンプ19から空気を吸引してチャンバ8の溶液をチャンバ9に移動する。更に、ペルチェ素子16を制御して、チャンバ9内の溶液を45℃で2時間保持しハイブリダイゼーションを行う。この際に、ポンプ18、19で空気の吐出、吸引を交互に繰り返し、チャンバ9の溶液を流路6tに移動し、その後に戻す動作を繰り返して攪拌を行いながら、ハイブリダイゼーションを進める。
(ステップS20)
次にステップS20で、第1の洗浄液を用いて洗浄を行う。
同じ45℃を保持したまま、今度はノズル入口3h、3rのみを開にし、電動シリンジポンプ18から空気を吐出し、ポンプ19から空気を吸引して、チャンバ9内の溶液をチャンバ5rに移動しながら、チャンバ5hの第1の洗浄液を、チャンバ9を通してチャンバ5rに流し込む。このとき 液体センサユニット26hを用いてチャンバ5hの第1の洗浄液の有無、液体センサユニット29rを用いてチャンバ5rの液量の検出を行うがステップS1〜S5と同様なのでフローチャートの記載、説明は省略する。ポンプ18、19の吸引、吐出を交互に繰り返して溶液をチャンバ5h、9、5r間を2回往復させ、最後にチャンバ5hに戻す。このようにして、ハイブリダイゼーションしなかった蛍光標識付きの検体DNAと蛍光標識とが洗浄される。
(ステップS21)
次にステップS21で、第2の洗浄液を用いて洗浄を行う。
ステップS20と同じ45℃を保持したまま、ノズル入口3j、3rを用いてチャンバ5jの第2の洗浄液に対して、ステップS20と同じ工程を経て更に洗浄し、最後にチャンバ5jに戻す。
(ステップS22)
ステップS22では、ノズル入口3i、3rのみを開にし、電動シリンジポンプ18から空気を吐出し、ポンプ19から空気を吸引してチャンバ5iのアルコールを、チャンバ9を通してチャンバ5rに移動する。その後に、ノズル入口3i、3tのみを開にし、ポンプ18から空気を吐出し、ポンプ19から空気を吸引してチャンバ9内を乾燥させる。
検査者が図示しないレバーを操作すると、ポンプブロック22、23は生化学反応カートリッジ1から離れる方向に移動し、ポンプノズル20、21がカートリッジ1のノズル入口3から外れる。そして、検査者はこのカートリッジ1を良く知られたスキャナ等のDNAマイクロアレイ用読取装置に挿入して測定、解析を行う。
なお、本実施例では、LEDなどの照射光源とフォトディテクタなどの受光素子から成る液体センサユニットが、テーブル上の検出するチャンバの下の位置に必要数だけ置かれているが、液体センサユニットあるいは生化学反応カートリッジのいずれかを移動するなど両者を相対的に移動して1個の液体センサユニットを複数のチャンバの検出に用いても良い。この場合は、検出するべき複数のチャンバにおける検出の時間が、テーブルと生化学反応カートリッジとの相対的な移動にかかる時間分のずれが生じることになるが、液体の移動の前後で検出する方法であれば全く問題ない。
さらに、本実施例ではLEDなどの照射光源とフォトディテクタなどの受光素子から成る液体センサユニットを用いているが、生化学反応カートリッジ全体あるいは一部をCCDなどの二次元センサで撮像し、良く知られた画像処理によって検出すべきチャンバの液体の有無あるいは液量を検出しても良い。
また、本実施例では光学的な検出でチャンバの液体の有無あるいは液量を検出しているが、超音波を利用した液面センサを用いても良いし、2個の電極をチャンバ内に設けて電圧をかけ、電極間の抵抗あるいは電流を測定するような電気的な検出を行っても良い。
また、本実施例では表示部に異常を表示して警告するようになっているが、音声やランプの点滅によって異常を知らせても良い。
実施の形態の生化学反応カートリッジの斜視図である。 生化学反応カートリッジの平面断面図である。 生化学反応カートリッジ内での溶液の移動や種々の反応を制御する処理装置のブロック構成図である。 テーブルの詳細図である。 処理手順のフローチャート図である。 処理手順のフローチャート図である。 一部のチャンバと液体検出ユニットの縦断面図である。 一部のチャンバと液体検出ユニットの縦断面図である。 一部のチャンバと液体検出ユニットの縦断面図である。 他の一部のチャンバと液体検出ユニットの縦断面図である。 他の一部のチャンバと液体検出ユニットの縦断面図である。
符号の説明
1 生化学反応カートリッジ
2 検体入口
3 ノズル入口
4 空気流路
5、7〜9 チャンバ
6、10、11 流路
12 DNAマイクロアレイ
13 テーブル
17 制御部
18、19 電動シリンジポンプ
20、21 ポンプノズル
22、23 ポンプブロック
24 入力部
25 表示部
26、29 液体検出ユニット
27、30 LED
28、31 フォトディテクタ


Claims (11)

  1. 検体を生化学処理するための液体が内蔵されたチャンバと、生化学処理された検体中の標的物質の検出反応を行なうための反応チャンバとからなる複数のチャンバと、前記チャンバ間を連通する流路とを有する生化学反応カートリッジと、
    前記生化学反応カートリッジを載置するステージと、
    前記流路を介して前記液体を移動させるための移動手段と、
    前記ステージの前記生化学反応カートリッジのチャンバに対応する位置に配された、前記チャンバ内の液体の有無あるいは液量を検出する検出手段と、
    前記検出手段により検出されたチャンバ内の液体の情報により前記液体の移動の結果を判定する判定手段と、
    を有する生化学処理システムにおける生化学反応カートリッジ内の液体の移動を制御しながら行う生化学処理方法であって、
    前記液体によって前記反応チャンバ内の検体の生化学的処理を行う工程と、
    前記液体の入った一方のチャンバから前記流路を介して他方のチャンバに前記液体を移動する前に、前記一方のチャンバの前記液体の有無または液量に関する第1の液体情報および前記他方のチャンバの前記液体の有無または液量に関する第2の液体情報を検出する第1の検出工程と、
    前記一方のチャンバから前記他方のチャンバへ液体を移動後に、前記一方のチャンバの前記液体の有無または液量に関する第3の液体情報および前記他方のチャンバの前記液体の有無または液量に関する第4の液体情報を検出する第2の検出工程と、
    を有することを特徴とする液体の移動を制御する生化学処理方法。
  2. 前記第1、第2、第3および第4の液体情報が、チャンバ中の液体の有無を示す情報である請求項に記載の液体の移動を制御する生化学処理方法。
  3. 前記第1の液体情報が、前記液体が前記一方のチャンバ中に有ることを示し、前記第2の液体情報が、液体が前記他方のチャンバには無いことを示したときは前記一方のチャンバ中の前記液体を前記他方のチャンバに移動させ、
    前記第1の液体情報が、前記液体が前記一方のチャンバ中に無いことを示す場合は異常であることを示す信号を出力する工程を有する請求項に記載の液体の移動を制御する生化学処理方法。
  4. 前記第3の液体情報が、前記液体が前記一方のチャンバ中に無いことを示し、前記第4の液体情報が、液体が前記他方のチャンバには有ることを示したときは液体の移動が正常に終了したと判定し、
    前記第3の液体情報が、前記液体が前記一方のチャンバ中に有ることを示す場合は異常であると判定する判定工程を有する請求項2に記載の液体の移動を制御する生化学処理方法。
  5. 前記異常と判定した場合は、前記一方のチャンバ中の前記液体を前記他方のチャンバに再度移動させる工程と、
    前記一方のチャンバ中の液体有無を示す第5の液体情報を検出する工程と、
    前記第5の液体情報が前記一方のチャンバ中に液体が無いことを示す場合は正常と判定し、
    前記第5の液体情報が前記一方のチャンバ中に液体が有ることを示す場合は異常と判定する請求項に記載の液体の移動を制御する生化学処理方法。
  6. 前記第1および第3の液体情報がチャンバ内の液体の有無を示す情報で、前記第2および第4の液体情報が、チャンバ中の液体の量を示す情報である請求項に記載の液体の移動を制御する生化学処理方法。
  7. 前記第1の液体情報が、前記液体が前記一方のチャンバ中に有ることを示したときは前記一方のチャンバ中の前記液体を前記他方のチャンバに移動させ、
    前記第1の液体情報が、前記液体が前記一方のチャンバ中に無いことを示す場合は異常であることを示す信号を出力する工程を有する請求項に記載の液体の移動を制御する生化学処理方法。
  8. 前記第3の液体情報が、前記液体が前記一方のチャンバ中に有ることを示す場合は異常であると判定し、
    前記第3の液体情報が、前記液体が前記一方のチャンバ中に無いことを示す場合は、液体の移動が正常に終了したと判定する請求項に記載の液体の移動を制御する生化学処理方法。
  9. 前記異常と判定した場合は、前記一方のチャンバ中の前記液体を前記他方のチャンバに再度移動させる工程と、
    前記一方のチャンバ中の液体有無を示す第5の液体情報を検出する工程と、
    前記第5の液体情報が前記一方のチャンバ中に液体が無いことを示す場合は、前記他方のチャンバ中の液体の量を示す第6の液体情報を検出する工程と、
    前記第6の液体情報と前記第4の液体情報とを比較する工程を有し、
    前記第6の液体情報から得られた液体の量が、前記第4の液体情報の示す液体の量よりも多い場合は液体の移動が正常に終了したと判定し、
    前記第6の液体情報から得られた液体の量が、前記第4の液体情報の示す液体の量と同一あるいは少ない場合は異常と判定する請求項に記載の液体の移動を制御する生化学処理方法。
  10. 前記液体の移動が正常と判定した場合は、前記第4の液体情報と前記第2の液体情報とを比較する工程を有し、
    前記第4の液体情報から得られた液体の量が、前記第2の液体情報の示す液体の量よりも多い場合は液体の移動が正常に終了したと判定し、
    前記第4の液体情報から得られた液体の量が、前記第2の液体情報の示す液体の量と同一あるいは少ない場合は異常と判定する請求項に記載の液体の移動を制御する生化学処理方法。
  11. 前記一方のチャンバ中の前記液体を前記他方のチャンバに移動させ、
    前記液体の移動中に少なくとも1回以上前記他方のチャンバ中の液体情報を検出し、前記液体情報の検出の直前の液体情報と比較して前記液体情報が前記直前の液体情報よりも液量が増加している場合を正常と判定し、
    前記液体情報が前記直前の液体情報よりも液量が増加していない場合は異常と判定する請求項に記載の液体の移動を制御する生化学処理方法。
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