JP2019537438A - Ｔｉｍ−３（ｔ細胞イムノグロブリンおよびムチンタンパク質３）に対する抗体 - Google Patents

Abstract

本開示は、ＴＩＭ−３（Ｔ細胞イムノグロブリンおよびムチンタンパク質３）タンパク質に結合する抗体剤を提供する。特定のイムノグロブリン重鎖ポリペプチド配列およびイムノグロブリン軽鎖ポリペプチド配列が明示的に提供される。また、癌、感染症もしくは自己免疫疾患などのＴＩＭ−３阻害に応答する障害または疾患を治療する抗ＴＩＭ−３抗体剤を使用することによる、関連の核酸、ベクター、組成物、および方法も提供される。【選択図】なし

Description

関連出願への相互参照
本出願は、２０１６年１１月１日出願の米国仮出願第６２／４１６，１３１号、および２０１６年１１月２９日出願の米国仮出願第６２／４２７，７７５号の利益を主張し、その両方の内容はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。

癌は重大な公衆衛生問題であり、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｓｏｃｉｅｔｙ，Ｃａｎｃｅｒ Ｆａｃｔｓ＆Ｆｉｇｕｒｅｓ ２０１６（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃａｎｃｅｒ．ｏｒｇ／ａｃｓ／ｇｒｏｕｐｓ／ｃｏｎｔｅｎｔ／＠ｒｅｓｅａｒｃｈ／ｄｏｃｕｍｅｎｔｓ／ｄｏｃｕｍｅｎｔ／ａｃｓｐｃ−０４７０７９．ｐｄｆ）によれば、２０１６年だけでも米国の約５９５，６９０人が癌で死亡すると予測されている。

Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｓｏｃｉｅｔｙ，Ｃａｎｃｅｒ Ｆａｃｔｓ＆Ｆｉｇｕｒｅｓ ２０１６（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃａｎｃｅｒ．ｏｒｇ／ａｃｓ／ｇｒｏｕｐｓ／ｃｏｎｔｅｎｔ／＠ｒｅｓｅａｒｃｈ／ｄｏｃｕｍｅｎｔｓ／ｄｏｃｕｍｅｎｔ／ａｃｓｐｃ−０４７０７９．ｐｄｆ

タンパク質であるＴＩＭ−３（Ｔ細胞イムノグロブリンおよびムチンドメイン−３）は、Ａ型肝炎ウイルス細胞受容体２（ＨＡＶＣＲ２）としても知られており、マウスにおけるマクロファージ活性化を調節して実験的自己免疫性脳脊髄炎の重症度を高めるようなＴｈ１特異的細胞表面タンパク質である。ＴＩＭ−３は、例えば、Ｔｈ１ ＩＦＮ−γ＋細胞、Ｔｈ１７細胞、天然キラー（ＮＫ）細胞、単球、および腫瘍関連樹状細胞（ＤＣ）を含む、複数の免疫細胞型の表面で高度に発現する（例えば、Ｃｌａｙｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１９２（２）：７８２−７９１（２０１４）；Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，２０５：２７６３−２７７９（２００８）；Ｍｏｎｎｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，４１５：５３６−５４１（２００２）；Ｈａｓｔｉｎｇｓ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，３９：２４９２−２５０１（２００９）；Ｓｅｋｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１２７：７８−８８（２００８）；Ｊｕ ｅｔ ａｌ．，Ｂ．Ｊ．Ｈｅｐａｔｏｌ．，５２：３２２−３２９（２０１０）；Ａｎｄｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３１８：１１４１−１１４３（２００７）；Ｂａｉｔｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ ＯＮＥ，７：ｅ３０８５２（２０１２）；Ｎｄｈｌｏｖｕ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，１１９：３７３４−３７４３（２０１２）を参照）。ＴＩＭ−３はまた、さまざまな慢性ウイルス感染症（例えば、ＨＩＶ、ＨＣＶ、およびＨＢＶ）および特定の癌において、「疲弊した」または障害性のＣＤ８＋ Ｔ細胞において高度に発現する（例えば、ＭｃＭａｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，１２０（１２）：４５４６−４５５７（２０１０）；Ｊｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，１０７（３３）：１４７３３−１４７３８（２０１０）；Ｇｏｌｄｅｎ−Ｍａｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．，８３（１８）：９１２２−９１３０（２００９）；Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．、上記；Ｆｏｕｒｃａｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，２０７（１０）：２１７５−２１８６（２０１０）；Ｓａｋｕｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，２０７（１０）：２１８７−２１９４（２０１０）；Ｚｈｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，１１７（１７）：４５０１−４５１０（２０１１）；Ｎｇｉｏｗ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，７１（１０）：３５４０−３５５１（２０１１）を参照）。
ＴＩＭ−３の推定上のリガンドには、ホスファチジルセリン（Ｎａｋａｙａｍａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，１１３：３８２１−３８３０（２００９））、ガレクチン−９（Ｚｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，６：１２４５−１２５２（２００５））、高移動度群タンパク質１（ＨＭＧＢ１）（Ｃｈｉｂａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１３：８３２−８４２（２０１２））、および癌胎児抗原細胞接着分子１（ＣＥＡＣＡＭ１）（Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，５１７（７５３４）：３８６−９０（２０１５））が含まれる。

ＴＩＭ−３は、免疫応答の様々な態様を調節する機能を果たす。ＴＩＭ−３とガレクチン９（Ｇａｌ−９）との相互作用は、細胞死を誘発し、インビボにおけるこの相互作用の遮断は、実験モデルにおける自己免疫性を増悪させて強化耐性を抑制するものであって、ＴＩＭ−３が負の調節分子であることを強く示唆する。Ｔ細胞に対するその影響とは対照的に、ＴＩＭ−３−Ｇａｌ−９間の相互作用は、細胞内病原体のマクロファージクリアランスを促進することによって抗菌効果を呈する（例えば、Ｓａｋｕｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，３２（８）：３４５−３４９（２０１１）を参照）。インビボでは、ＴＩＭ−３の抑制は、実験的自己免疫性脳脊髄炎の病理学的重症度を高めることがわかっている（Ｍｏｎｎｅｙ ｅｔ ａｌ．、上記；および、Ａｎｄｅｒｓｏｎ，Ａ．Ｃ．ａｎｄ Ａｎｄｅｒｓｏｎ，Ｄ．Ｅ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１８：６６５−６６９（２００６））。また研究により、ＴＩＭ−３−ガレクチン−９間の経路の異常調節が、多発性硬化症等の慢性自己免疫疾患において役目を果たしているとされる（Ａｎｄｅｒｓｏｎ ａｎｄ Ａｎｄｅｒｓｏｎ、上記）。ＴＩＭ−３は、その固有の結合裂を通してホスファチジルセリンと結合することによってアポトーシス細胞のクリアランスを促進する（例えば、ＤｅＫｒｕｙｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１８４（４）：１９１８−１９３０（２０１０）を参照）。

モノクローナル抗体の使用を介するなどのＴＩＭ−３活性の阻害は、現在、前臨床試験に基づく腫瘍の免疫療法として調査されている（例えば、Ｎｇｉｏｗ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，７１（２１）：１−５（２０１１）；Ｇｕｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，１１：２１５（２０１３）；および、Ｎｇｉｏｗ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，７１（２１）：６５６７−６５７１（２０１１）を参照）。

高親和性でＴＩＭ−３と結合し、ＴＩＭ−３活性を効果的に中和する、ＴＩＭ−３の追加的なアンタゴニスト（例えば、抗体）に対するニーズがある。

本開示は、例えば、ポリペプチド、核酸、細胞、および様々な方法論などを含む、抗体剤及び様々な組成物及びそれに関する方法を提供する。

本発明は、ＴＩＭ−３に結合する新規抗体を提供する。一部の実施形態では、本発明の抗体は、高い親和性でＴＩＭ−３に結合し、ＴＩＭ−３活性を効果的に中和する。一部の実施形態では、抗体の重鎖ポリペプチド（配列番号１）配列および軽鎖ポリペプチド（配列番号２）配列が明示的に提供される。

本開示は、配列番号１で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチドまたは単離されたイムノグロブリン重鎖ポリペプチドを提供する。本開示は、配列番号１で表されるものと少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の全体の同一性を共有するアミノ酸配列を有するポリペプチドまたは単離されたイムノグロブリン重鎖ポリペプチドをさらに提供する。一部の実施形態では、配列番号１で表される配列に対する配列差が、ＣＤＲ内にない。一部の実施形態では、ポリペプチドまたは単離されたイムノグロブリン重鎖ポリペプチドは、配列番号１の三つのＣＤＲすべてを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドまたは単離されたイムノグロブリン重鎖ポリペプチドは、シグナルペプチドを含む。一部の実施形態では、シグナルペプチドを含むポリペプチドまたはイムノグロブリン重鎖ポリペプチドは、配列番号５で表されるアミノ酸配列を有する。

一部の実施形態では、提供されるポリペプチドまたはイムノグロブリン重鎖ポリペプチドは、ＩｇＧ４ポリペプチドであるか、またはＩｇＧ４ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、提供されるポリペプチドまたはイムノグロブリン重鎖ポリペプチドは、ヒトＩＧＨＧ４＊０１ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、提供されるポリペプチドまたはイムノグロブリン重鎖ポリペプチドは、ＩｇＧ重鎖領域内に一つ以上の変異を含む。一部の実施形態では、提供されるポリペプチドまたはイムノグロブリン重鎖ポリペプチドは、重鎖定常領域内に１以上の変異を有するＩｇＧ４重鎖定常領域を含む。一部の実施形態では、提供されるポリペプチドまたはイムノグロブリン重鎖ポリペプチドは、ヒンジ領域内に１以上の変異を有するＩｇＧ４重鎖定常領域を含む。一部の実施形態では、ＩｇＧ４ヒンジ領域内の変異は、他のＩｇＧ４分子との半分子交換を阻止しうることが想定される。一部の実施形態では、ＩｇＧ４のヒンジ領域内の一つ以上の変異は、その他のＩｇＧ４分子との半分子の交換を阻止するセリンからプロリンへの安定化変異を含みうる。一部の実施形態では、ＩｇＧ４のヒンジ領域の一つ以上の変異は、Ｓ２２８Ｐ変異を含みうる。例えば、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２０１５；２９０（９）：５４６２−５４６９を参照されたい。

本開示は、配列番号２で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチドまたは単離されたイムノグロブリン軽鎖ポリペプチドを提供する。本開示は、配列番号２で表されるものと少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の全体の同一性を共有するアミノ酸配列を有するポリペプチドまたは単離されたイムノグロブリン軽鎖ポリペプチドをさらに提供する。一部の実施形態では、配列番号２で表される配列に対する配列差が、ＣＤＲ内にない。一部の実施形態では、ポリペプチドまたは単離されたイムノグロブリン軽鎖ポリペプチドは、配列番号２の三つのＣＤＲすべてを含む。一部の実施形態では、提供されるポリペプチドまたはイムノグロブリン軽鎖ポリペプチドは、カッパ軽鎖である。一部の実施形態では、提供されるポリペプチドまたはイムノグロブリン軽鎖ポリペプチドは、ヒトＩＧＫＣ＊０１ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドまたはイムノグロブリン軽鎖ポリペプチドは、シグナルペプチドを含む。一部の実施形態では、シグナルペプチドを含むポリペプチドまたはイムノグロブリン軽鎖ポリペプチドは、配列番号６で表されるアミノ酸配列を有する。

一部の実施形態では、本開示は、配列番号１で表されるアミノ酸配列を有する少なくとも一つのイムノグロブリン重鎖と、配列番号２で表されるアミノ酸配列を有する少なくとも一つのイムノグロブリン軽鎖とを含む、抗ＴＩＭ−３抗体剤を提供する。いくつかの実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、配列番号１で表されるアミノ酸配列をそれぞれが有する二つのイムノグロブリン重鎖を含む。あるいは、または追加的に、いくつかの実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、配列番号２で表されるアミノ酸配列をそれぞれが有する二つのイムノグロブリン軽鎖を含む。一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、カノニカル抗体形式を有する。

一部の実施形態では、提供される重鎖、軽鎖および／または抗体剤は、グリコシル化され、一つ以上の部位である。一部の実施形態では、グリカンがＦｃ領域に対してＮ結合されている。一部の実施形態では、抗体剤は、Ａｓｎ２９７（Ｋａｂａｔ番号）においてグリコシル化される。

一部の実施形態では、本開示は、本明細書に記載される重鎖、軽鎖、および／または抗体剤の一つ以上のグリコフォームを含む組成物を提供する。一部の実施形態では、提供される組成物は、特定の絶対量および／または相対量で存在する複数のかかるグリコフォームを含む。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に記載される重鎖、軽鎖、および／または抗体剤の、一つ以上の特定のグリコフォームを実質的に含まないものでありうる組成物を提供する。

一部の実施形態では、提供される重鎖、軽鎖および／または抗体剤は、一つ以上のジスルフィド結合を含む構造を持つ。一部の実施形態では、一つ以上のジスルフィド結合は、ＩｇＧ４イムノグロブリンに対して予想される位置におけるジスルフィド結合であるか、または該位置においてジスルフィド結合を含む。

一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、リンパ球活性化遺伝子３（ＬＡＧ−３）またはプログラム死１（ＰＤ−１）に対して一特異性であるなどの別の抗体剤と同時投与される。

一部の実施形態では、抗体剤は、ＴＩＭ−３および別の抗原に結合し、結果として「二重反応性」抗体剤（例えば、二重特異性抗体）をもたらす。例えば抗体剤は、ＴＩＭ−３に結合し、かつ、例えばプログラム細胞死１（ＰＤ−１）またはリンパ球活性化遺伝子３タンパク質（ＬＡＧ−３）などの免疫系の別の負の調節因子に結合することができる。

さらに、本開示は、前述のイムノグロブリンポリペプチドをコードする単離または精製された核酸配列、かかる核酸配列を含むベクター、前述のイムノグロブリンポリペプチドを含む抗ＴＩＭ−３抗体剤、かかる抗ＴＩＭ−３抗体剤をコードする核酸配列、かかる核酸配列を含むベクター、かかるベクターを含む単離された細胞、かかる抗ＴＩＭ−３抗体剤またはかかるベクターを薬剤的に許容できる担体とともに含む組成物、および、かかる組成物を効果量で哺乳類に投与することによって哺乳類の癌、感染症または自己免疫疾患を治療する方法を提供する。

本明細書に含まれる図面は、以下の図で構成されており、また例示目的のみに限定されていない。

図１は、原寸に比例していない、Ｔ細胞活性化のＴＩＭ−３調節の概略図を示す。

図２は、例示的なインビトロＴ細胞の疲弊モデルの結果を示すものであり、図２（Ａ）は、応答（刺激前）細胞および疲弊（刺激後）細胞における、ＰＤ−１およびＴＩＭ−３の標的発現であり、図２（Ｂ）は、抗ＴＩＭ−３抗体剤（黒色の棒）およびアイソタイプ対照（無色の棒）で治療された疲弊細胞（刺激後）におけるＩＦＮ−γの産生の定量化である。

本開示は、例えばポリペプチド、核酸、細胞、および様々な方法論などを含む、抗体剤および様々な組成物およびそれに関連する方法を提供する。本発明の抗原結合タンパク質は、高い親和性でＴＩＭ−３に結合し、ＴＩＭ−３活性を効果的に中和する。イムノグロブリン重鎖ポリペプチド（配列番号１および５）配列およびイムノグロブリン軽鎖ポリペプチド（配列番号２および６）配列が明示的に提供される。一部の実施形態では、イムノグロブリン重鎖ポリペプチドおよび／またはイムノグロブリン軽鎖ポリペプチドが単離される。「イムノグロブリン」または「抗体」という語は本明細書で使用される場合、脊椎動物の血液またはその他の体液中に見られるタンパク質を指すものであり、これは免疫系によって使用されて細菌およびウイルスなどの異物を特定および中和する。全イムノグロブリンは、典型的に、重（Ｈ）鎖ポリペプチドの二つの同一のコピーおよび軽（Ｌ）鎖ポリペプチドの二つの同一のコピーを含む四つのポリペプチドからなる。重鎖のそれぞれは、一つのＮ末端可変（Ｖ_Ｈ）領域および三つのＣ末端定常（Ｃ_Ｈ１、Ｃ_Ｈ２、およびＣ_Ｈ３）領域を含有し、各軽鎖は、一つのＮ末端可変（Ｖ_Ｌ）領域および一つのＣ末端定常（Ｃ_Ｌ）領域を含有する。イムノグロブリン軽鎖は、それらの定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）またはラムダ（λ）のいずれかである、二つの別のタイプのうちの一方に割り当てることができる。典型的なイムノグロブリンでは、各軽鎖はジスルフィド結合によって重鎖に連結され、二つの重鎖はジスルフィド結合によって相互に連結されている。軽鎖可変領域は、重鎖の可変領域と並列され、軽鎖定常領域は重鎖の第一の定常領域と並列する。重鎖の残りの定常領域は、相互に並列する。

軽鎖および重鎖の各対の可変領域は、抗体の抗原結合部位を形成する。Ｖ_ＨおよびＶ_Ｌ領域は、同一の全体構造を有し、各領域は、三つの相補性決定領域（ＣＤＲ）によって接続された四つのフレームワーク（ＦＷまたはＦＲ）領域を含む。「フレームワーク領域」という語は本明細書で使用される場合、超可変領域または相補性決定領域（ＣＤＲ）の間に位置する可変領域内の相対的に保存されたアミノ酸配列を指す。典型的なイムノグロブリンでは、各可変ドメイン内に四つのフレームワーク領域があり、これはＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、およびＦＲ４で示される。フレームワーク領域は、可変領域の構造的フレームワークを提供するβシートを形成する（例えば、Ｃ．Ａ．Ｊａｎｅｗａｙ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ，５ｔｈ Ｅｄ．，Ｇａｒｌａｎｄ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ（２００１）を参照）。

典型的なイムノグロブリンでは、各可変ドメイン内に三つの相補性決定領域（ＣＤＲ）があり、これはＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３で示される。ＣＤＲは、抗体の「超可変領域」を形成し、これは抗原結合に関与する。ＣＤＲは、フレームワーク領域によって形成されるβシート構造に接続するものであって一部の場合には該βシート構造の一部を含むループを形成する。軽鎖および重鎖の定常領域は抗原への抗体の結合に直接関与しないが、定常領域は可変領域の配向に影響を与える可能性がある。定常領域は、エフェクター分子および細胞との相互作用を介して、抗体依存性補体媒介性溶解または抗体依存性細胞傷害への関与など、様々なエフェクター機能も示す。

本開示は、少なくとも部分的に、ＴＩＭ−３（Ｔ細胞イムノグロブリンおよびムチンドメイン−３）に結合する抗体剤を提供する。本明細書で使用される場合、「抗体剤（ａｎｔｉｂｏｄｙ ａｇｅｎｔ）」という語は、特定の抗原に特異的に結合する薬剤を指す。一部の実施形態では、この語は、特異的結合を与えるのに十分なイムノグロブリン構造要素を含む任意のポリペプチドまたはポリペプチド複合体を包含する。例示的な抗体剤としては、モノクローナル抗体又はポリクローナル抗体が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、抗体剤は、マウス、ウサギ、霊長類、またはヒトの抗体の特徴である一つ以上の定常領域配列を含み得る。一部の実施形態では、抗体剤は、当該技術分野で知られているように、ヒト化、霊長類化、キメラなど、一つ以上の配列要素を含み得る。多くの実施形態では、「抗体剤」という語は、代替的な提示において抗体の構造的特徴および機能的特徴を利用するための、当分野で公知のまたは開発された構築物またはフォーマットのうちの一つ以上を指すために使用される。例えば、実施形態で、本発明に従って利用される抗体剤は、インタクトなＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＥまたはＩｇＭ抗体；二重または多重特異的抗体（例えば、Ｚｙｂｏｄｙ（登録商標）など）；Ｆａｂ断片、Ｆａｂ’断片、Ｆ（ａｂ’）_２断片、Ｆｄ’断片、Ｆｄ断片、および単離されたＣＤＲまたはそのセットなどの抗体断片；単鎖Ｆｖ；ポリペプチド−Ｆｃ融合体；単一ドメイン抗体（例えば、ＩｇＮＡＲまたはその断片などのサメ単一ドメイン抗体）；ラクダ様（ｃａｍｅｌｏｉｄ）抗体；マスク化抗体（例えば、プロボディ（登録商標））；小モジュラー免疫薬剤（「ＳＭＩＰｓＴＭ」）；単鎖またはタンデムのダイアボディ（ＴａｎｄＡｂ（登録商標）；ＶＨＨ；アンチカリン（登録商標）；ナノボディ（登録商標）ミニボディ；ＢｉＴＥ（登録商標）；アンキリンリピートタンパク質すなわちＤＡＲＰＩＮ（登録商標）；アビマー（登録商標）；ＤＡＲＴ；ＴＣＲ様抗体；アドネクチン（登録商標）；アフリン（登録商標）；トランスボディ（登録商標）；アフィボディ（登録商標）；ＴｒｉｍｅｒＸ（登録商標）；微小タンパク質；フィノマー（登録商標）、センチリン（登録商標）；ならびにＫＡＬＢＩＴＯＲ（登録商標）から選択されるフォーマットであるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、抗体は、自然に生成された場合には有するはずである共有結合修飾（例えば、グリカンの付着）を欠いていてもよい。一部の実施形態では、抗体は、共有結合修飾（例えば、グリカンの付着、ペイロード［例えば、検出可能部分、治療部分、触媒部分など］、または他のペンダント基［例えば、ポリエチレングリコールなど］）を含み得る。多くの実施形態では、抗体剤は、それがもつアミノ酸配列が、相補性決定領域（ＣＤＲ）として当業者によって認識されるものである一つ以上の構造要素を含むポリペプチドであるか、または該ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、抗体剤は、それがもつアミノ酸配列が、参照抗体中に存在するものと実質的に同一である少なくとも一つのＣＤＲ（例えば、少なくとも一つの重鎖ＣＤＲおよび／または少なくとも一つの軽鎖ＣＤＲ）を含むものであるポリペプチドであるか、または該ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、含まれるＣＤＲは、それが配列的に同一であるかまたは参照ＣＤＲと比較して１〜５個の間のアミノ酸置換を含むかのいずれかであるという点では、参照ＣＤＲと実質的に同一である。一部の実施形態では、含まれるＣＤＲは、参照ＣＤＲと、少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を示すという点では、参照ＣＤＲと実質的に同一である。一部の実施形態では、含まれるＣＤＲは、参照ＣＤＲと、少なくとも９６％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を示すという点では、参照ＣＤＲと実質的に同一である。一部の実施形態では、含まれるＣＤＲは、参照ＣＤＲと比較して含まれるＣＤＲ内の少なくとも一つのアミノ酸が欠失、付加、または置換されているが、該含まれるＣＤＲは他の点では参照ＣＤＲと同一のアミノ酸配列を有するという点で、参照ＣＤＲと実質的に同一である。一部の実施形態では、含まれるＣＤＲは、参照ＣＤＲと比較して含まれるＣＤＲ内の１〜５個のアミノ酸が欠失、付加、または置換されているが、該含まれるＣＤＲは他の点では参照ＣＤＲと同一のアミノ酸配列を有するという点で、参照ＣＤＲと実質的に同一である。一部の実施形態では、含まれるＣＤＲは、参照ＣＤＲと比較して含まれるＣＤＲ内の少なくとも一つのアミノ酸が置換されているが、該含まれるＣＤＲは他の点では参照ＣＤＲのものと同一のアミノ酸配列を有するという点で、参照ＣＤＲと実質的に同一である。一部の実施形態では、含まれるＣＤＲは、参照ＣＤＲと比較して含まれるＣＤＲ内の１〜５個のアミノ酸が欠失、付加、または置換されているが、該含まれるＣＤＲは他の点では参照ＣＤＲと同一のアミノ酸配列を有するという点で、参照ＣＤＲと実質的に同一である。一部の実施形態では、抗体剤は、それがもつアミノ酸配列がイムノグロブリン可変ドメインとして当業者によって認識される構造要素を含むものであるポリペプチドであるか、または該ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、抗体剤は、イムノグロブリン結合ドメインに対し相同またはほとんど相同である結合ドメインを有するポリペプチドタンパク質である。

一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、イムノグロブリン重鎖ポリペプチドおよび／またはイムノグロブリン軽鎖ポリペプチドを含む。ＴＩＭ−３は、三つのドメイン、Ｎ末端Ｉｇ可変（ＩｇＶ）様ドメイン、中心のＳｅｒ／Ｔｈｒリッチなムチンドメイン、および短い細胞内尾部を有する膜貫通ドメインから構成される６０ｋＤａの１型膜貫通タンパク質である（例えば、Ｋａｎｅ，Ｌ．Ｐ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１８４（６）：２７４３−２７４９（２０１０）を参照）。ＴＩＭ−３は、最初に高分化型のＴｈ１細胞において特定され、Ｔ細胞アポトーシスを誘導することによってＴ細胞応答を負に調節した（例えば、Ｈａｓｔｉｎｇｓ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，３９（９）：２４９２−２５０１（２００９）参照）。ＴＩＭ−３はまた、活性化されたＴｈ１７およびＴｃ１細胞上でも発現され、ＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞上でのＴｉｍ−３発現の異常調節は、いくつかの自己免疫疾患、ウイルス感染症、および癌と関連がある（例えば、Ｌｉｂｅｒａｌ ｅｔ ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，５６（２）：６７７−６８６（２０１２）；Ｗｕ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，４２（５）：１１８０−１１９１（２０１２）；Ａｎｄｅｒｓｏｎ，Ａ．Ｃ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２４（２）：２１３−２１６（２０１２）；および、Ｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，４：４４９（２０１３）を参照）。

ＴＩＭ−３、およびその成分に結合する特定のその他の抗体は、当該技術分野で公知である（例えば、米国特許第８，１０１，１７６号；米国特許第８，５５２，１５６号；および、米国特許第８，８４１，４１８号を参照）。特定の抗ＴＩＭ−３抗体はまた、例えば、Ａｂｃａｍ社（マサチューセッツ州ケンブリッジ）およびＲ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ社（ミネソタ州ミネアポリス）などの供給元から市販されている。

一部の実施形態では、提供される重鎖、軽鎖および／または抗体剤は、グリコシル化され、一つ以上の部位である。本明細書で使用される場合、「グリカン」は、糖タンパク質の糖ポリマー（部分）成分である。「グリカン」という語は、糖タンパク質から切断またはその他の方法で放出されたグリカンを含む遊離型グリカンを包含する。一部の実施形態では、グリカンがＦｃ領域に対してＮ結合されている。一部の実施形態では、抗体剤は、Ａｓｎ２９７（Ｋａｂａｔ番号）においてグリコシル化される。

一部の実施形態では、本開示は、本明細書に記載される重鎖、軽鎖、および／または抗体剤の一つ以上のグリコフォームを含む組成物を提供する。「グリコフォーム」という語は、糖タンパク質の特定の形態を指すために本明細書で使用される。つまり、糖タンパク質が、異なるグリカンまたはグリカンのセットに連結される可能性がある特定のポリペプチドを含む場合、それぞれの異なるバージョンの糖タンパク質（すなわち、ポリペプチドが特定のグリカンまたはグリカンのセットに連結されているものである）を、「グリコフォーム」と呼ぶ。一部の実施形態では、提供される組成物は、本明細書に記載される重鎖、軽鎖、および／または抗体剤のうちの一つ以上の複数のグリコフォームを含む。一部の実施形態では、提供される組成物は、特定の絶対量および／または相対量で存在する複数のかかるグリコフォームを含む。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に記載される重鎖、軽鎖、および／または抗体剤の、一つ以上の特定のグリコフォームを実質的に含まないものでありうる組成物を提供する。

一部の実施形態では、グリコフォームの量は、「パーセント」として表現される。任意の所与のパラメータに対して、「パーセント」は、ある調製のうちのグリカンの総モルに対する特定のグリカン（グリカンＸ）のモル数を指す。一部の実施形態では、「パーセント」は、検出されたＰＮＧａｓｅ Ｆ放出Ｆｃグリカンの総モルに対する、ＰＮＧａｓｅ Ｆ放出ＦｃグリカンＸのモル数を指す。

一部の実施形態では、提供される重鎖、軽鎖および／または抗体剤は、一つ以上のジスルフィド結合を含む構造を持つ。一部の実施形態では、一つ以上のジスルフィド結合は、ＩｇＧ４イムノグロブリンに対して予想される位置におけるジスルフィド結合であるか、または該位置においてジスルフィド結合を含む。一部の実施形態では、あるジスルフィド結合が、配列番号１の残基２２、９６、１２７、１４０、１９６、２１９、２２２、２５４、３１４、３６０および４１８から選択される位置に対応する一つ以上の残基に存在する。一部の実施形態では、あるジスルフィド結合が、配列番号２の残基２３、８８、１３４、１９４および２１４から選択される位置に対応する一つ以上の残基に存在する。一部の実施形態では、提供されるＴＩＭ−３抗体剤は、一つ以上のジスルフィド結合を含むものであって、第一のシステインが、配列番号１の残基２２、９６、１２７、１４０、１９６、２１９、２２２、２５４、３１４、３６０および４１８から選択され、また第二のシステインが、配列番号２の残基２３、８８、１３４、１９４、および２１４から選択される。一部の実施形態では、提供されるＴＩＭ−３抗体剤は、一つ以上のジスルフィド結合を含むものであって、第一のシステインが、配列番号１の残基２２、９６、１２７、１４０、１９６、２１９、２２２、２５４、３１４、３６０および４１８から選択され、また第二のシステインが、配列番号１の残基２２、９６、１２７、１４０、１９６、２１９、２２２、２５４、３１４、３６０および４１８から選択される。一部の実施形態では、提供されるＴＩＭ−３抗体剤は、一つ以上のジスルフィド結合を含むものであって、第一のシステインが、配列番号２の残基２３、８８、１３４、１９４、および２１４から選択され、また第二のシステインが、配列番号２の残基２３、８８、１３４、１９４、および２１４から選択される。

一部の実施形態では、提供されるＴＩＭ−３抗体剤は、第一のシステインおよび第二のシステインによって形成された一つ以上のジスルフィド結合を含むものであって、一つ以上のジスルフィド結合は、（ａ）第一の残基が配列番号２の残基２３であり、また第二の残基が配列番号２の残基８８であること、（ｂ）第一の残基が配列番号２の残基１３４であり、また第二の残基が配列番号２の残基１９４であること、（ｃ）第一の残基が配列番号２の残基２１４であり、また第二の残基が配列番号１の残基１２７であること、（ｄ）第一の残基が配列番号１の残基２２であり、また第二の残基が配列番号１の残基９７であること、（ｅ）第一の残基が配列番号１の残基１４０であり、また第二の残基が配列番号１の残基１９６であること、（ｆ）第一の残基が配列番号１の残基２１９であり、また第二の残基が配列番号１の残基２２２であること、（ｇ）第一の残基が配列番号１の残基２５４であり、また第二の残基が配列番号１の残基３１４であること、ならびに、（ｈ）第一の残基が配列番号１の残基３６０であり、また第二の残基が配列番号１の残基４１８であること、から選択されるものである。一部の実施形態では、提供されるＴＩＭ−３抗体剤は、第一のシステインおよび第二のシステインによって形成されたジスルフィド結合を含むものであって、当該抗体剤は、（ａ）第一の残基が配列番号２の残基２３であり、また第二の残基が配列番号２の残基８８であるか、（ｂ）第一の残基が配列番号２の残基１３４であり、また第二の残基が配列番号２の残基１９４であるか、（ｃ）第一の残基が配列番号２の残基２１４であり、また第二の残基が配列番号１の残基１２７であるか、（ｄ）第一の残基が配列番号１の残基２２であり、また第二の残基が配列番号１の残基９７であるか、（ｅ）第一の残基が配列番号１の残基１４０であり、また第二の残基が配列番号１の残基１９６であるか、（ｆ）第一の残基が配列番号１の残基２１９であり、また第二の残基が配列番号１の残基２２２であるか、（ｇ）第一の残基が配列番号１の残基２５４であり、また第二の残基が配列番号１の残基３１４であるか、ならびに、（ｈ）第一の残基が配列番号１の残基３６０であり、また第二の残基が配列番号１の残基４１８であること、のそれぞれにおいてジスルフィド結合を含むものである。

一部の実施形態では、配列番号１または５に対し少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含む単離されたイムノグロブリン重鎖ポリペプチド。

一部の実施形態では、配列番号２または６に対し少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含む単離されたイムノグロブリン軽鎖ポリペプチド。

本明細書に記載される核酸配列またはアミノ酸配列の「同一性」は、関心の核酸またはアミノ酸配列を参照の核酸またはアミノ酸配列と比較することによって決定することができる。パーセント同一性は、関心の配列と参照配列との間で同一であるヌクレオチドまたはアミノ酸残基の数を、最長配列の長さ（すなわち、関心の配列または参照配列のいずれかの配列の長さのいずれか長い方）で割ったものである。二つ以上の配列の間の最適なアラインメントを得て同一性を計算するための数多くの数学的アルゴリズムが公知であり、多数の利用可能なソフトウェアプログラムに組み込まれている。このようなプログラムの例には、ＣＬＵＳＴＡＬ−Ｗ、Ｔ−Ｃｏｆｆｅｅ、およびＡＬＩＧＮ（核酸およびアミノ酸配列のアラインメント用）、ＢＬＡＳＴプログラム（例えば、ＢＬＡＳＴ ２．１、ＢＬ２ＳＥＱ、およびその後のバージョン）およびＦＡＳＴＡプログラム（たとえばＦＡＳＴＡ３ｘ、ＦＡＳＴＭ、およびＳＳＥＡＲＣＨ）（配列のアラインメントおよび配列の類似性検索用）が含まれる。配列アラインメントのアルゴリズムはまた、例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌ．，２１５（３）：４０３−４１０（１９９０）、Ｂｅｉｇｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１０６（１０）：３７７０−３７７５（２００９）、Ｄｕｒｂｉｎ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ：Ｐｒｏｂａｌｉｓｔｉｃ Ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ａｎｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＵＫ（２００９）、Ｓｏｄｉｎｇ，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２１（７）：９５１−９６０（２００５）、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，２５（１７）：３３８９−３４０２（１９９７）、およびＧｕｓｆｉｅｌｄ，Ａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ ｏｎ Ｓｔｒｉｎｇｓ，Ｔｒｅｅｓ ａｎｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ ＵＫ（１９９７））に開示されている。

前述のイムノグロブリン重鎖ポリペプチドおよび／または軽鎖ポリペプチドの一つ以上のアミノ酸を、異なるアミノ酸で置き換えまたは置換できる。アミノ酸の「置き換え（ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ）」または「置換（ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎ）」とは、所与の位置または残基にある一つのアミノ酸を、ポリペプチド配列内の同じ位置または残基にある別のアミノ酸で置き換えることを指す。

アミノ酸は、概して「芳香族」または「脂肪族」として分類される。芳香族アミノ酸は芳香環を含む。「芳香族」アミノ酸の例には、ヒスチジン（ＨまたはＨｉｓ）、フェニルアラニン（ＦまたはＰｈｅ）、チロシン（ＹまたはＴｙｒ）、およびトリプトファン（ＷまたはＴｒｐ）が含まれる。非芳香族アミノ酸は、概して「脂肪族」として分類される。「脂肪族」アミノ酸の例には、グリシン（ＧまたはＧｌｙ）、アラニン（ＡまたはＡｌａ）、バリン（ＶまたはＶａｌ）、ロイシン（ＬまたはＬｅｕ）、イソロイシン（ＩまたはＨｅ）、メチオニン（ＭまたはＭｅｔ）、セリン（ＳまたはＳｅｒ）、トレオニン（ＴまたはＴｈｒ）、システイン（ＣまたはＣｙｓ）、プロリン（ＰまたはＰｒｏ）、グルタミン酸（ＥまたはＧｌｕ）、アスパラギン酸（ＡまたはＡｓｐ）、アスパラギン（ＮまたはＡｓｎ）、グルタミン（ＱまたはＧｉｎ）、リジン（ＫまたはＬｙｓ）およびアルギニン（ＲまたはＡｒｇ）が含まれる。

脂肪族アミノ酸は、四つのサブグループに細分化されてもよい。「大きい脂肪族の非極性サブグループ」は、バリン、ロイシン、およびイソロイシンからなる。「脂肪族のわずかに極性のサブグループ」は、メチオニン、セリン、トレオニン、およびシステインからなる。「脂肪族の極性／電荷のサブグループ」は、グルタミン酸、アスパラギン酸、アスパラギン、グルタミン、リジン、およびアルギニンからなる。「小さい残基のサブグループ」はグリシンおよびアラニンからなる。電荷／極性アミノ酸のグループは、リジンおよびアルギニンからなる「正電荷のサブグループ」と、グルタミン酸およびアスパラギン酸からなる「負電荷のサブグループ」と、アスパラギンおよびグルタミンからなる「極性のサブグループ」とである三つのサブグループに細分化されてもよい。

芳香族アミノ酸は、ヒスチジンおよびトリプトファンからなる「窒素環サブグループ」と、フェニルアラニンおよびチロシンからなる「フェニルサブグループ」とである二つのサブグループに細分化されてもよい。

アミノ酸の置き換えまたは置換は、保存的、半保存的、または非保存的でありうる。「保存的アミノ酸置換」または「保存的な（突然）変異」という語句は、一つのアミノ酸が、共通の特性を有する別のアミノ酸と置き換わることを指す。個々のアミノ酸間の共通の特性を定義する機能的方法は、相同な生物の対応するタンパク質間のアミノ酸変化についての正規化された頻度を分析することである（Ｓｃｈｕｌｚ ａｎｄ Ｓｃｈｉｒｍｅｒ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９７９））。このような分析によると、あるグループ内のアミノ酸が相互に優先的に交換し、そのため全体的なタンパク質構造へのそれらの影響が最も相互に類似している、アミノ酸のグループを定義することができる（Ｓｃｈｕｌｚ ａｎｄ Ｓｃｈｉｒｍｅｒ、上記）。

保存的アミノ酸置換の例には、上述のサブグループ内のアミノ酸の置換、例えば、正電荷が維持され得るようなアルギニンに対するリジンの置換およびその逆、負電荷が維持され得るようなアスパラギン酸に対するグルタミン酸の置換およびその逆、遊離−ＯＨが維持できるようなトレオニンに対するセリンの置換、ならびに、遊離−ＮＨ_２が維持できるようなアスパラギンに対するグルタミンの置換が含まれる。

「半保存的な（突然）変異」には、上述の同一のグループ内であるが、同じサブグループ内ではないアミノ酸のアミノ酸置換が含まれる。例えば、アスパラギンに対するアスパラギン酸の置換、またはリジンに対するアスパラギンの置換は、同じグループ内であるが、異なるサブグループであるアミノ酸に関与する。「非保存的な（突然）変異」には、例えば、トリプトファンに対するリジンの置換、またはセリンに対するフェニルアラニンの置換など、異なるグループ間におけるアミノ酸置換に関与する。

本開示は、少なくとも部分的に、本明細書に記載される発明の単離されたアミノ酸配列を含む、実質的に該アミノ酸配列からなる、または、該アミノ酸配列からなる、単離された抗ＴＩＭ−３抗体剤を提供する。本明細書で使用される場合、「単離された」（または「精製された」）という語は、その天然環境中に存在する他の成分から回収されるかまたは分離される、核酸配列（例えば、ポリヌクレオチド）またはアミノ酸配列（例えば、ポリペプチド）を意味する。例えば、単離されたポリペプチドは、それを産生した細胞の他の成分（例えば、小胞体または細胞質タンパク質およびＲＮＡ）から分離されるものである。単離されたポリヌクレオチドは、他の核成分（例えば、ヒストン）および／または上流もしくは下流の核酸配列から分離されるものである。単離された核酸配列またはアミノ酸配列は、示された核酸配列またはアミノ酸配列の天然環境中に存在する他の成分を、少なくとも６０％含まない、または少なくとも７５％含まない、または少なくとも９０％含まない、または少なくとも９５％含まない、または少なくとも９８％含まない、または少なくとも９９％含まないものとすることができる。

「抗ＴＩＭ−３抗体剤」とは、ＴＩＭ−３タンパク質に特異的に結合する分子、好ましくはタンパク質分子を意味する。一部の実施形態では、ＴＩＭ−３結合剤が、抗ＴＩＭ−３抗体剤である。一部の実施形態では、単離された抗ＴＩＭ−３抗体剤は、イムノグロブリン重鎖ポリペプチド（例えば、配列番号１）および／もしくはイムノグロブリン軽鎖ポリペプチド（例えば、配列番号２）を含む、本質的にイムノグロブリン重鎖ポリペプチド（例えば、配列番号１）および／もしくはイムノグロブリン軽鎖ポリペプチド（例えば、配列番号２）からなる、またはイムノグロブリン重鎖ポリペプチド（例えば、配列番号１）および／もしくはイムノグロブリン軽鎖ポリペプチド（例えば、配列番号２）からなる。一部の実施形態では、単離された抗ＴＩＭ−３抗体剤は、それがもつ配列が配列番号１を含むものであるイムノグロブリン重鎖ポリペプチドおよび／もしくはそれがもつ配列が配列番号２を含むものであるイムノグロブリン軽鎖ポリペプチドを含むか、本質的にそれがもつ配列が配列番号１を含むものであるイムノグロブリン重鎖ポリペプチドおよび／もしくはそれがもつ配列が配列番号２を含むものであるイムノグロブリン軽鎖ポリペプチドからなるか、またはそれがもつ配列が配列番号１を含むものであるイムノグロブリン重鎖ポリペプチドおよび／もしくはそれがもつ配列が配列番号２を含むものであるイムノグロブリン軽鎖ポリペプチドからなる。

一部の実施形態では、提供されるポリペプチドまたは重鎖ポリペプチドは、本質的に配列番号１または配列番号５のアミノ酸配列からなり、例えば、発明の重鎖ポリペプチドのＴＩＭ−３に対する親和性に影響を与えることによるなどしてポリペプチドに著しく影響を与えることのないような追加的成分をさらに含みうる。このような成分の例としては、例えば、精製または単離を容易にするビオチンなどのタンパク質部分や、パッセンジャー変異や、遊離システイン、追加的なグリコシル化部位ならびに脱アミド化または異性化の可能性が高い部位を含めた問題のある部位を含まない配列などが挙げられる。

一部の実施形態では、提供されるポリペプチドまたはイムノグロブリン重鎖ポリペプチドは、配列番号１または配列番号５のアミノ酸配列からなり、追加的な成分（すなわち、発明のイムノグロブリン重鎖ポリペプチドに内在しない成分）を何も含まない。

一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は変異体を含むものであって、それはアミノ酸の置換、挿入、および／または欠失の結果として抗ＴＩＭ−３抗体の生物学的活性が実質的に減少されない限り（例えば、増強または改善される）、イムノグロブリン重鎖ポリペプチドおよび／またはイムノグロブリン軽鎖ポリペプチド内の一つ以上のアミノ酸が、任意の組み合わせで別のアミノ酸残基で置換されているか、または、欠失もしくは挿入されていることが可能である。ＴＩＭ−３結合剤の「生物学的活性」は、例えば、特定のＴＩＭ−３エピトープに対する結合親和性、その受容体に結合するＴＩＭ−３の中和または阻害、インビボのＴＩＭ−３活性の中和または阻害（例えば、ＩＣ_５０）、薬物動態、および交差反応（例えば、ＴＩＭ−３タンパク質の非ヒトホモログもしくはオルソログ、または他のタンパク質もしくは組織との）を指す。当該技術分野で認識される抗原結合剤のその他の生物学的特性または特徴には、例えば、アビディティ、選択性、溶解性、フォールディング、免疫毒性、発現、及び製剤が含まれる。前述の特性または特徴は、ＥＬＩＳＡ、競合ＥＬＩＳＡ、表面プラズモン共鳴解析（ＢＩＡＣＯＲＥ（商標））、または結合平衡除外法（Ｋｉｎｅｔｉｃ Ｅｘｃｌｕｓｉｏｎ Ａｓｓａｙ）（ＫＩＮＥＸＡ（商標））、インビトロもしくはインビボ中和アッセイ、受容体リガンド結合アッセイ、サイトカインもしくは成長因子の産生および／または分泌アッセイ、ならびにシグナル伝達および免疫組織化学アッセイを含むがこれに限定されない、標準技術を使用して観察、測定、および／または評価することができる。

抗ＴＩＭ−３抗体剤の活性に関連して本明細書において使用される「阻害される」または「中和される」という語は、例えば、ＴＩＭ−３の生物学的活性もしくはＴＩＭ−３に関連する疾患もしくは症状の進行または重症度を、実質的に拮抗、阻害、予防、抑制、遅延、中断、変化、排除、停止、または逆行させる能力を指す。一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤が、少なくとも約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９８％、約９９％、約１００％、または前述の値のうちのいずれか二つにより規定される範囲（例えば、２０％から１００％、４０％から１００％または６０％から９５％等）で、ＴＩＭ−３の活性を阻害または中和する。

一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、全抗体またはその断片（例えば、抗体断片）である。一部の実施形態では、抗体または抗体断片は、野生型ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、またはＩｇＧ４抗体、またはその変異体に基づく重鎖定常領域を含む。当然のことながら、各抗体クラス、すなわちアイソタイプは、認識すると、その抗原の処理または中和に関する個別のエフェクター機能のセットに関与する。したがって、一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤が抗体である場合、エフェクター分子および細胞との相互作用を介した抗体依存性補体媒介性溶解または抗体依存性細胞傷害への関与など、一つ以上のエフェクター機能を呈することができる（例えば、補体系の活性化）。

一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、ＩｇＧ４重鎖定常領域を含む。一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、ＩｇＧ重鎖領域内に一つ以上の変異を含む。一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、重鎖定常領域内に一つ以上の変異を有するＩｇＧ４重鎖定常領域を含む。一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、ヒンジ領域内に一つ以上の変異を有するＩｇＧ４重鎖定常領域を含む。一部の実施形態では、ＩｇＧ４ヒンジ領域内の変異は、他のＩｇＧ４分子との半分子交換を阻止しうることが想定される。一部の実施形態では、ＩｇＧ４のヒンジ領域内の一つ以上の変異は、その他のＩｇＧ４分子との半分子交換を阻止する、Ｓ２２８Ｐ変異またはセリンからプロリンへの安定化変異を含みうる。例えば、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２０１５；２９０（９）：５４６２−５４６９を参照されたい。

抗ＴＩＭ−３抗体剤はまた、抗体結合体とすることも可能である。これに関して、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、（１）抗ＴＩＭ−３抗体と（２）タンパク質または非タンパク質部分との結合体とすることが可能である。例えば、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、ペプチド、蛍光分子、または化学療法薬と結合した抗体とすることが可能である。

抗ＴＩＭ−３抗体剤は、ヒト抗体、非ヒト抗体、もしくはキメラ抗体とすることができ、またはヒト抗体、非ヒト抗体、もしくはキメラ抗体から取得することができる。「キメラ」とは、ヒトおよび非ヒトの領域の両方を含有する抗体又はその断片を意味する。一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、ヒト化抗体である。「ヒト化」抗体は、ヒト抗体足場と、非ヒト抗体から取得または非ヒト抗体から誘導された少なくとも一つのＣＤＲとを含むモノクローナル抗体である。非ヒト抗体としては、例えば、齧歯類（例えば、マウスまたはラット）などの任意の非ヒト動物から単離された抗体が挙げられる。ヒト化抗体は、非ヒト抗体から取得もしくは誘導された一つ、二つ、または三つのＣＤＲを含むことができる。一部の実施形態では、発明のＴＩＭ−３結合材のＣＤＲＨ３は、マウスモノクローナル抗体から取得または誘導され、一方で抗ＴＩＭ−３抗体剤の残りの可変領域および定常領域は、ヒトモノクローナル抗体から取得または誘導される。

ヒト抗体、非ヒト抗体、キメラ抗体、またはヒト化抗体は、インビトロの源（例えば、抗体を遺伝子組み換えにより生成するハイブリドーマまたは細胞株）およびインビボの源（例えば、齧歯類）を介することを含む、任意の手段によって取得することが可能である。抗体の生成方法は当該技術分野で公知であり、例えば、Ｋｏｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，５：５１１−５１９（１９７６）；Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ（ｅｄｓ．），Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，ＣＳＨ Ｐｒｅｓｓ（１９８８）；および、Ｊａｎｅｗａｙ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ，５ｔｈ Ｅｄ．，Ｇａｒｌａｎｄ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ（２００１））に記載されている。特定の実施形態では、ヒト抗体またはキメラ抗体を、一つ以上の内在性イムノグロブリン遺伝子が一つ以上のヒトイムノグロブリン遺伝子で置換されているトランスジェニック動物（例えば、マウス）を使用して生成することができる。内在性抗体遺伝子がヒト抗体遺伝子で効果的に置換されているトランスジェニックマウスの例には、限定されないが、Ｍｅｄａｒｅｘ ＨＵＭＡＢ−ＭＯＵＳＥ（商標）、Ｋｉｒｉｎ ＴＣ ＭＯＵＳＥ（商標）、およびＫｙｏｗａ Ｋｉｒｉｎ ＫＭ−ＭＯＵＳＥ（商標）（例えば、Ｌｏｎｂｅｒｇ，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２３（９）：１１１７−２５（２００５）、およびＬｏｎｂｅｒｇ，Ｈａｎｄｂ．Ｅｘｐ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．，１８１：６９−９７（２００８）を参照）が挙げられる。当該技術分野で公知の任意の適切な方法を使用してヒト化抗体を生成することができ（例えば、Ａｎ，Ｚ．（ｅｄ．），Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｆｒｏｍ Ｂｅｎｃｈ ｔｏ Ｃｌｉｎｉｃ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，Ｈｏｂｏｋｅｎ，Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ（２００９）を参照）、例えば、ヒト抗体足場への非ヒトＣＤＲの移植が含まれる（例えば、Ｋａｓｈｍｉｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ，３６（１）：２５−３４（２００５）；ａｎｄ Ｈｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１４４（１）：１１５−１２０（２００８）を参照）。一部の実施形態では、ヒト化抗体は、例えば米国特許出願公開第２０１１／０２８７４８５Ａ１号に記載される方法を使用して生成することができる。

一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、ＴＩＭ−３のエピトープに結合して、その推定上のリガンド（例えば、ホスファチジルセリン、ガレクチン−９、高移動度群タンパク質１（ＨＭＧＢ１）、および癌胎児抗原細胞接着分子１（ＣＥＡＣＡＭ１））のうちのいずれかに対するＴＩＭ−３の結合を阻害し、ＴＩＭ−３媒介性のシグナル伝達を阻害する。本開示はまた、間接的またはアロステリックにその推定上のリガンドのいずれかに対するＴＩＭ−３の結合を阻止する、ＴＩＭ−３の単離または精製されたエピトープも提供する。一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、ＴＩＭ−３のエピトープに結合し、その推定上のリガンドのうちの一つ、二つまたはそれ以上に対するＴＩＭ−３の結合を阻害する。

本開示は、発明のイムノグロブリン重鎖ポリペプチド、発明のイムノグロブリン軽鎖ポリペプチド、および／または発明の抗ＴＩＭ−３抗体剤をコードする、一つ以上の単離または精製された核酸配列も提供する。

「核酸配列」という語は、ＤＮＡまたはＲＮＡのポリマーであって、すなわち、一本鎖または二本鎖であり得かつ非天然のまたは変化したヌクレオチドを含むことができるポリヌクレオチドを包含することを意図する。本明細書で使用される場合、「核酸」及び「ポリヌクレオチド」という語は、任意の長さのリボヌクレオチド（ＲＮＡ）又はデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）のいずれかのヌクレオチドのポリマー形態を指す。これらの語は、分子の一次構造を意味し、従って二本鎖ＤＮＡおよび一本鎖ＤＮＡを含み、また二本鎖ＲＮＡおよび一本鎖ＲＮＡを含む。当該語としては、均等物として、ヌクレオチド類似体から作製されたＲＮＡまたはＤＮＡいずれかの類似体、ならびにメチル化ポリヌクレオチドおよび／またはキャップされたポリヌクレオチドなどであるがこれらに限定されない改変ポリヌクレオチドが挙げられる。核酸は典型的にはリン酸結合を介して連結し、核酸配列またはポリヌクレオチドを形成するが、多くの他の結合が当技術分野で公知である（例えば、ホスホロチオエート、ボラノリン酸塩など）。発明のイムノグロブリン重鎖ポリペプチドをコードする核酸配列には、例えば、配列番号３が含まれる。発明のイムノグロブリン軽鎖ポリペプチドをコードする核酸配列には、例えば、配列番号４が含まれる。

本開示は、発明のイムノグロブリン重鎖ポリペプチド、発明のイムノグロブリン軽鎖ポリペプチド、および／または発明の抗ＴＩＭ−３抗体剤をコードする、一つ以上の核酸配列を含むベクターをさらに提供する。このベクターは、例えば、プラスミド、エピソーム、コスミド、ウイルスベクター（例えば、レトロウイルスまたはアデノウイルス）、またはファージとすることができる。適切なベクターおよびベクターの調製方法は当技術分野で周知である（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｒｄ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（２００１）および、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ ａｎｄ Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．（１９９４）を参照）。

発明のポリペプチド、発明のイムノグロブリン重鎖ポリペプチド、発明のイムノグロブリン軽鎖ポリペプチド、および／または発明の抗ＴＩＭ−３抗体剤をコードする核酸配列に加えて、ベクターは、宿主細胞内のコード配列の発現を提供する、プロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化シグナル、転写ターミネーター、シグナルペプチド（例えば、オステオネクチンシグナルペプチド）、配列内リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）などの発現制御配列を含むことができる。例示的な発現制御配列は、当該技術分野で公知であり、例えばＧｏｅｄｄｅｌ，Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．１８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．（１９９０）に記載されている。

様々な異なる源からの、構成的、誘導性、及び抑制可能なプロモーターを含む多数のプロモーターが当技術分野で周知である。プロモーターの代表的な源には、例えば、ウイルス、哺乳類、昆虫、植物、酵母、および細菌が含まれ、これらの源からの適切なプロモーターは、容易に利用可能であるか、または例えばＡＴＣＣなどの保存機関およびその他の商業的または個人の供給元から公的に入手可能な配列に基づいて、合成的に作製することができる。プロモーターは、一方向性（すなわち、一方向に転写を開始する）または双方向性（すなわち、３’または５’方向のいずれかで転写を開始する）でありうる。プロモーターの非限定的な例としては、例えば、Ｔ７細菌発現系、ｐＢＡＤ（ａｒａＡ）細菌発現系、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＲＳＶプロモーターが挙げられる。誘導性プロモーターには、例えば、Ｔｅｔ系（米国特許第５，４６４，７５８号および第５，８１４，６１８号）、エクジソン誘導系（Ｎｏ ｅｔ ａｌ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，９３：３３４６−３３５１（１９９６））、Ｔ−ＲＥＸ（商標）系（カリフォルニア州カールスバッド、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）、ＬＡＣＳＷＩＴＣＨ（商標）系（カリフォルニア州サンディエゴ、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社）、およびＣｒｅ−ＥＲＴタモキシフェン誘導リコンビナーゼ系（Ｉｎｄｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．，２７：４３２４−４３２７（１９９９）；Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．，２８：ｅ９９（２０００）；米国特許第７，１１２，７１５号；および、Ｋｒａｍｅｒ＆Ｆｕｓｓｅｎｅｇｇｅｒ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，３０８：１２３−１４４（２００５））が含まれる。

「エンハンサー」という語は、本明細書で使用される場合、例えばそれが操作可能に連結されている核酸配列の転写を増加させるＤＮＡ配列を指す。

エンハンサーは、核酸配列のコード領域から多数のキロベース離れて位置することができ、また調節因子の結合、ＤＮＡメチル化のパターン、またはＤＮＡ構造の変化を媒介することができる。様々な異なる源からの多数のエンハンサーが当該技術分野で周知であり、クローン化ポリヌクレオチド（例えば、ＡＴＣＣなどの保存機関のみならず他の商業的または個人の供給元からの）としてまたは該クローン化ポリヌクレオチドの範囲内で利用可能である。プロモーター（一般的に使用されるＣＭＶプロモーターなど）を含む多数のポリヌクレオチドもまた、エンハンサー配列を含む。エンハンサーは、コード配列の上流、その範囲内、または下流に位置することができる。

ベクターはまた、「選択可能なマーカー遺伝子」も含むことができる。「選択可能なマーカー遺伝子（ｓｅｌｅｃｔａｂｌｅ ｍａｒｋｅｒ ｇｅｎｅ）」という語は本明細書において使用される場合、対応する選択剤の存在下で、それに関してまたはそれに対して特異的に選択される核酸配列の発現を細胞に許容する核酸配列を指す。適切な選択マーカー遺伝子は、当該技術分野において公知であり、例えば、国際特許出願公開第ＷＯ１９９２／００８７９６号及びＷＯ１９９４／０２８１４３号；Ｗｉｇｌｅｒ ｅｔ ａｌ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，７７：３５６７−３５７０（１９８０）；Ｏ’Ｈａｒｅ ｅｔ ａｌ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，７８：１５２７−１５３１（１９８１）；Ｍｕｌｌｉｇａｎ＆Ｂｅｒｇ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，７８：２０７２−２０７６（１９８１）；Ｃｏｌｂｅｒｒｅ−Ｇａｒａｐｉｎ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１５０：１−１４（１９８１）；Ｓａｎｔｅｒｒｅ ｅｔ ａｌ，Ｇｅｎｅ，３０：１４７−１５６（１９８４）；Ｋｅｎｔ ｅｔ ａｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３７：９０１−９０３（１９８７）；Ｗｉｇｌｅｒ ｅｔ ａｌ，Ｃｅｌｌ，１１：２２３−２３２（１９７７）；Ｓｚｙｂａｌｓｋａ＆Ｓｚｙｂａｌｓｋｉ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，４８：２０２６−２０３４（１９６２）；Ｌｏｗｙ ｅｔ ａｌ，Ｃｅｌｌ，２２：８１７−８２３（１９８０）；ならびに、米国特許第５，１２２，４６４号および第５，７７０，３５９号に記載されている。

一部の実施形態では、ベクターは、「エピソーム発現ベクター」または「エピソーム」であり、これは宿主細胞で複製することができ、適切な選択圧の存在下で、宿主細胞内のＤＮＡの染色体外セグメントとして持続する（例えば、Ｃｏｎｅｓｅ ｅｔ ａｌ，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ，１１：１７３５−１７４２（２００４）を参照）。代表的な市販のエピソーム発現ベクターには、Ｅｐｓｔｅｉｎ Ｂａｒｒ Ｎｕｃｌｅａｒ Ａｎｔｉｇｅｎ １（ＥＢＮＡ１）およびＥｐｓｔｅｉｎ Ｂａｒｒ Ｖｉｒｕｓ（ＥＢＶ）の複製起点（ｏｒｉＰ）を利用するエピソームプラスミドが含まれるが、これらに限定されない。Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社（カリフォルニア州カールスバッド）からのベクターｐＲＥＰ４、ｐＣＥＰ４、ｐＲＥＰ７およびｐｃＤＮＡ３．１と、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社（カリフォルニア州ラホヤ）からのｐＢＫ−ＣＭＶとが、Ｔ抗原とＥＢＮＡ１およびｏｒｉＰの代わりのＳＶ４０複製起点とを使用するエピソームベクターの非限定的な例の代表である。

その他の適切なベクターには組み込み発現ベクターが含まれるものであって、それは宿主細胞のＤＮＡに無作為に組み込むことができるか、または、発現ベクターと宿主細胞の染色体との間に特定の組み換えを可能にするための組み換え部位を含みうる。こうした組み込み発現ベクターは、宿主細胞の染色体の内因性発現制御配列を利用して、所望のタンパク質の発現をもたらすことができる。部位特異的な様式で組み込まれるベクターの例には、例えば、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社（カリフォルニア州カールスバッド）からのＦｌｐ−Ｉｎシステム（例えば、ｐｃＤＮＡ（商標）５／ＦＲＴ）、または例えばＳｔｒａｔａｇｅｎｅ社（カリフォルニア州ラホヤ）からのｐＥｘｃｈａｎｇｅ−６コアベクターに見ることができるようなＣｒｅ／ｌｏｘシステムが含まれる。宿主細胞染色体に無作為に組み込まれるベクターの例には、例えば、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社（カリフォルニア州カールスバッド）からのｐｃＤＮＡ３．１（Ｔ抗原の不在下で導入される場合）、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ社（マサチューセッツ州ビレリカ）からのＵＣＯＥ、およびＰｒｏｍｅｇａ社（ウィスコンシン州マディソン）からのｐＣＩまたはｐＦＮ１０Ａ（ＡＣＴ）ＦＬＥＸＩ（商標）が含まれる。

ウイルスベクターも使用できる。代表的な市販のウイルス発現ベクターには、Ｃｒｕｃｅｌｌ社（オランダ王国ライデン）から市販されているアデノウイルス系Ｐｅｒ．Ｃ６システム、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社（カリフォルニア州カールスバッド）からのレンチウイルス系ｐＬＰ１、およびＳｔｒａｔａｇｅｎｅ社（カリフォルニア州ラホヤ）からのレトロウイルスベクターｐＦＢ−ＥＲＶ＋ｐＣＦＢ−ＥＧＳＨが含まれるが、これらに限定されない。

発明のアミノ酸配列をコードする核酸配列を、同じベクターで細胞に与えることができる（すなわち、シスで）。一方向性プロモーターを使用して、各核酸配列の発現を制御することができる。一部の実施形態では、二方向性プロモーターと一方向性プロモーターとの組み合わせを使用して、複数の核酸配列の発現を制御することができる。あるいは、発明のアミノ酸配列をコードする核酸配列を、別々のベクターで細胞の集団に与えることができる（すなわち、トランスで）。別々のベクターの各々における核酸配列の各々は、同一または異なる発現制御配列を含むことができる。別々のベクターを同時または逐次的に細胞に与えることができる。

発明のアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクターは、任意の好適な原核細胞または真核細胞を含む、それによってコードされるポリペプチドを発現することができる宿主細胞に導入することができる。このように、本開示は、発明のベクターを含む単離された細胞を提供する。宿主細胞は、簡単かつ確実に成長することができ、合理的に速い成長速度を持ち、十分特徴的な発現系があり、かつ簡単かつ効率的に形質転換またはトランスフェクションすることができる細胞を含む。

好適な原核細胞の例としては、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）（枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）およびブレビス菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒｅｖｉｓ）など）、エシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）（大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）など）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、ストレプトミセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、およびエルウィニア属（Ｅｒｗｉｎｉａ）の細胞を含むがこれに限定されない。有用な原核細胞には、例えば、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）（例えば、Ｋ１２、ＨＢ１０１（ＡＴＣＣ番号３３６９４）、ＤＨ５α、ＤＨ１０、ＭＣ１０６１（ＡＴＣＣ番号５３３３８）、およびＣＣ１０２）が含まれる。

一部の実施形態では、発明のベクターは、真核細胞に導入される。適切な真核細胞は当該技術分野で公知であり、例えば、酵母細胞、昆虫細胞、及び哺乳類細胞を含む。好適な酵母細胞の例としては、クリベロマイセス属（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ）、ピキア属（Ｐｉｃｈｉａ）、リノスポリジウム属（Ｒｈｉｎｏ−ｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、サッカロマイセス属（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）、および***酵母属（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）からの酵母細胞を含む。酵母細胞には、例えば、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｉｖｉｓａｅおよびピキア・パストリス（Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ）が含まれる。

適切な昆虫細胞については、例えば、Ｋｉｔｔｓ ｅｔ ａｌ，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，１４：８１０−８１７（１９９３）；Ｌｕｃｋｌｏｗ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，４：５６４−５７２（１９９３）；およびＬｕｃｋｌｏｗ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．，６７：４５６６−４５７９（１９９３）に記載されている。昆虫細胞には、例えば、Ｓｆ−９およびＨＩ５（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社、カリフォルニア州カールスバッド）が含まれる。

一部の実施形態では、哺乳類細胞が利用される。多くの適切な哺乳類宿主細胞が当該技術分野で公知であり、多くはアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（ＡＴＣＣ、バージニア州マナッサス）から入手可能である。適切な哺乳類細胞の例には、チャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ）（ＡＴＣＣ番号ＣＣＬ６１）、ＣＨＯ ＤＨＦＲ−細胞（Ｕｒｌａｕｂ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９７：４２１６−４２２０（１９８０））、ヒト胚腎臓（ＨＥＫ）２９３または２９３Ｔ細胞（ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ１５７３）、および３Ｔ３細胞（ＡＴＣＣ番号ＣＣＬ９２）が含まれるが、これらに限定されない。その他の適切な哺乳類細胞株は、サルＣＯＳ−１（ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ１６５０）およびＣＯＳ−７細胞株（ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ１６５１）およびＣＶ−１細胞株（ＡＴＣＣ番号ＣＣＬ７０）である。さらなる例示的な哺乳類宿主細胞には、形質転換細胞株を含む、霊長類細胞株および齧歯類細胞株が含まれる。正常な二倍体細胞、初代組織のインビトロの培養から誘導される細胞株、および初代外植片も好適である。その他の適切な哺乳類細胞株には、マウス神経芽細胞腫Ｎ２Ａ細胞、ＨｅＬａ、マウスＬ−９２９細胞、およびＢＨＫまたはＨａＫハムスター細胞株が含まれ、そのすべてがＡＴＣＣから入手可能であるが、これらに限定されない。適切な哺乳類宿主細胞を選択する方法、ならびに細胞の形質転換、培養、増幅、スクリーニング、および精製のための方法は、当該技術分野で公知である。

一部の実施形態では、哺乳類細胞はヒト細胞である。例えば、哺乳類細胞は、ヒトリンパ球またはリンパ系由来細胞株であって、例えばプレＢリンパ球由来の細胞株などであり得る。ヒトリンパ細胞株の例としては、限定されないが、ＲＡＭＯＳ（ＣＲＬ−１５９６）、Ｄａｕｄｉ（ＣＣＬ−２１３）、ＥＢ−３（ＣＣＬ−８５）、ＤＴ４０（ＣＲＬ−２１１１）、１８−８１（Ｊａｃｋ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８５：１５８１−１５８５（１９８８））、Ｒａｊｉ細胞（ＣＣＬ−８６）、ＰＥＲ．Ｃ６細胞（オランダ王国ライデン、Ｃｒｕｃｅｌｌ社（Ｃｒｕｃｅｌｌ Ｈｏｌｌａｎｄ Ｂ．Ｖ．））およびその誘導体が挙げられる。

発明のアミノ酸配列をコードする核酸配列を、「トランスフェクション」、「形質転換」、または「形質導入」によって細胞に導入してもよい。「トランスフェクション」、「形質転換」、または「形質導入」は、本明細書で使用される場合、物理的または化学的方法を使用して、宿主細胞への一つ以上の外因性ポリヌクレオチドの導入を指す。多くのトランスフェクション技術は当該技術分野で公知であり、例えば、リン酸カルシウムＤＮＡ共沈法（例えば、Ｍｕｒｒａｙ Ｅ．Ｊ．（ｅｄ．），Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．７，Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ ａｎｄ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ（１９９１）を参照）；ＤＥＡＥ−デキストラン法；電気穿孔法；カチオン性リポソーム介在トランスフェクション（ｃａｔｉｏｎｉｃ ｌｉｐｏｓｏｍｅ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ）；タングステン粒子により促進されるＭｉｃｒｏｐａｒｔｉｃｌｅ Ｂｏｍｂａｒｄｍｅｎｔ法（Ｊｏｈｎｓｔｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ，３４６：７７６−７７７（１９９０））；および、リン酸ストロンチウムＤＮＡ共沈法（Ｂｒａｓｈ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．，７：２０３１−２０３４（１９８７））が挙げられる。ファージまたはウイルスベクターは、適切なパッケージング細胞における感染性粒子の増殖後に、宿主細胞に導入できるものであって、その多くが市販されている。

本開示は、発明のイムノグロブリン重鎖ポリペプチド、発明のイムノグロブリン軽鎖ポリペプチド、抗ＴＩＭ−３結合剤、前述のいずれかをコードする発明の核酸配列、または発明の核酸配列を含む発明のベクターを効果量で含む組成物を提供する。一部の実施形態では、組成物は、薬剤的に許容可能な（例えば、生理学的に許容可能な）組成物であって、それは担体、好ましくは薬剤的に許容可能な（例えば、生理学的に許容可能な）担体、および発明のアミノ酸配列、抗原結合剤、またはベクターを含む。任意の適切な担体を本発明の文脈内で使用することができ、かかる担体は当技術分野で周知である。担体の選択は、組成物が投与されうる特定の部位によって、また組成物を投与するために使用される特定の方法によって、一部決定されることとなる。組成物は随意に滅菌することができる。組成物は、使用前に適切な滅菌担体中に保存および再構成するために凍結または凍結乾燥することができる。組成物は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，２１ｓｔ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ＆Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ（２００１）に記載の従来技術に従って生成できる。

本開示は、ＴＩＭ−３タンパク質の発現、不適切な発現（例えば、過剰発現）もしくは増加された活性が、疾患の病理学的効果を引き起こすもしくは疾患の病理学的効果に寄与しているか、またはＴＩＭ−３タンパク質のレベルもしくは活性の減少が、ヒトなどの哺乳類において治療的な利益を有するような、任意の疾患または障害の治療方法をさらに提供するものである。哺乳類としては、例えば、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、非ヒト霊長類、およびヒトが挙げられる。

ＴＩＭ−３は、免疫応答の負の調節因子であり、従って治療用の標的である（図１）。したがって、本開示は、ＴＩＭ−３阻害または中和に応答する、哺乳類の障害を治療する方法をさらに提供する。この方法は、ＴＩＭ−３阻害または中和に応答する障害を有する哺乳類に前述の組成物を投与することを含むものであって、それによって哺乳類において障害が治療される。「ＴＩＭ−３阻害に応答」または「ＴＩＭ−３の中和に応答」する障害は、ＴＩＭ−３レベルもしくは活性の減少が、例えばヒトである哺乳類において治療的利益を有するか、またはＴＩＭ−３の不適切な発現（例えば、過剰発現）もしくは増加された活性が、疾患もしくは障害の病理学的効果を引き起こしているか、もしくは該病理学的効果に寄与しているような任意の疾患または障害を指す。ＴＩＭ−３阻害に応答する障害には、例えば、癌、感染症、および自己免疫疾患が含まれる。

本開示は、ＴＩＭ−３阻害に応答する障害を有する哺乳類において、免疫応答を増強または免疫細胞の活性を増加する方法をさらに提供する。一部の実施形態では、こうした方法は、本明細書に記載される任意のＴＩＭ−３結合剤または抗体剤を効果量で投与することを含む。一部の実施形態では、ＴＩＭ−３結合剤の投与は、哺乳類またはその組織における免疫応答または免疫細胞活性を増強または増加させる。一部の実施形態では、免疫応答は体液媒介性または細胞媒介性の免疫応答である。一部の実施形態では、免疫応答はＣＤ４ Ｔ細胞応答またはＣＤ８ Ｔ細胞応答である。一部の実施形態では、免疫応答はＢ細胞応答である。

本発明の方法は、例えば、黒色腫、腎細胞癌、肺癌、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、大腸癌、胆嚢癌、喉頭癌、肝癌、甲状腺癌、胃癌、唾液腺癌、前立腺癌、膵癌、腺癌（例えば、肺の腺癌）またはメルケル細胞癌（例えば、Ｂｈａｔｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｎｃｏｌ．Ｒｅｐ．，１３（６）：４８８−４９７（２０１１）を参照）等である当技術分野で公知の任意の種類の癌を治療するために用いることが可能である。一部の実施形態では、癌は、子宮内膜癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、卵管癌、精巣癌、原発性腹膜癌、大腸癌、結腸直腸癌、胃癌、小腸癌、肛門性器部の扁平上皮細胞癌、黒色腫、腎細胞癌、肺癌、非小細胞肺癌、肺の扁平上皮細胞癌、胃癌、膀胱癌、胆嚢癌、肝癌、甲状腺癌、喉頭癌、唾液腺癌、食道癌、頭頚部癌、頭頚部の扁平上皮細胞癌、腺癌、肺の腺癌、前立腺癌、膵癌、中皮腫、メルケル細胞癌、肉腫、神経膠芽腫、または、血液癌（例えば多発性骨髄腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫／原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫または慢性骨髄性白血病）である。一部の実施形態では、本明細書に記載される発明の方法および／または組成物による治療の対象となる癌は、マイクロサテライト不安定性またはその欠如を特徴とする。マイクロサテライト不安定性（「ＭＳＩ」）は、マイクロサテライト（ＤＮＡの短い反復配列）の反復回数がそれが受け継がれたＤＮＡに含まれる反復回数とは異なるものである、特定の細胞（腫瘍細胞など）のＤＮＡにおける変化であるか、またはその変化を含む。マイクロサテライト不安定性は、欠陥のあるＤＮＡミスマッチ修復（ＭＭＲ）システムに起因する複製関連のエラーの修復の失敗から生じる。この失敗により、ゲノム全体のミスマッチ変異の持続が許容されるが、特にマイクロサテライトとして知られる反復ＤＮＡの領域で、突然変異荷重の増加につながる。ＭＳＩ−Ｈによって特徴付けられる少なくとも一部の腫瘍は、特定の抗ＰＤ−１薬剤に対する応答を改善することが実証されている（Ｌｅ ｅｔ ａｌ．，（２０１５）Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３７２（２６）：２５０９−２５２０；Ｗｅｓｔｄｏｒｐ ｅｔ ａｌ．，（２０１６）Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．６５（１０）：１２４９−１２５９）。

一部の実施形態では、癌は、高いマイクロサテライト不安定性のマイクロサテライト不安定性ステータス（例えば、ＭＳＩ−Ｈステータス）を有する。一部の実施形態では、癌は、低いマイクロサテライト不安定性のマイクロサテライト不安定性ステータス（例えば、ＭＳＩ−Ｌステータス）を有する。一部の実施形態では、癌は、マイクロサテライト安定性のマイクロサテライト不安定性ステータス（例えば、ＭＳＳステータス）を有する。一部の実施形態では、マイクロサテライト不安定性ステータスは、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）に基づくアッセイ、免疫組織化学（ＩＨＣ）に基づくアッセイ、および／またはＰＣＲに基づくアッセイによって評価される。一部の実施形態では、マイクロサテライト不安定性はＮＧＳによって検出される。一部の実施形態では、マイクロサテライト不安定性はＩＨＣによって検出される。一部の実施形態では、マイクロサテライト不安定性はＰＣＲによって検出される。

実施形態では、癌が、高い腫瘍遺伝子変異量（ＴＭＢ）と関連する。一部の実施形態では、癌が、高いＴＭＢおよびＭＳＩ−Ｈと関連する。一部の実施形態では、癌が、高いＴＭＢおよびＭＳＩ−ＬまたはＭＳＳと関連する。一部の実施形態では、癌が、高いＴＭＢと関連する子宮内膜癌である。一部の関連する実施形態では、子宮内膜癌が、高いＴＭＢおよびＭＳＩ−Ｈと関連する。一部の関連する実施形態では、子宮内膜癌が、高いＴＭＢおよびＭＳＩ−ＬまたはＭＳＳと関連する。

一部の実施形態では、癌が、ミスマッチ修復欠損癌である。マイクロサテライト不安定性は、欠陥のあるＤＮＡミスマッチ修復（ＭＭＲ）システムに起因する複製関連のエラーの修復の失敗から生じ得る。この失敗により、ゲノム全体のミスマッチ変異の持続が許容されるが、特にマイクロサテライトとして知られる反復ＤＮＡの領域で、特定の抗ＰＤ−１薬剤に対する応答を向上させることができる突然変異荷重の増加につながる。Ｉｄ．一部の実施形態では、癌が、超突然変異の癌である。一部の実施形態では、癌が、ポリメラーゼエプシロン（ＰＯＬＥ）内に変異を保持する。

本発明の方法は、任意の種類の感染症（すなわち、細菌、ウイルス、真菌または寄生生物によって生じる疾患、または障害）を治療するために使用することができる。本発明の方法によって治療することができる感染症の例には、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、インフルエンザウイルス、デングウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ、またはＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ））によって生じる疾患が含まれるが、これらに限定されない。

本発明の方法は、任意の種類の自己免疫疾患（すなわち、身体が自身の組織を傷害および損傷させる免疫系の過敏性によって生じる疾患または障害）を治療するために使用でき、例えば、ＭａｃＫａｙ Ｉ．Ｒ．ａｎｄ Ｒｏｓｅ Ｎ．Ｒ．，ｅｄｓ．，Ｔｈｅ Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ（２０１４）に記載されているような疾患等である。本発明の方法により治療できる自己免疫疾患の例には、多発性硬化症、１型糖尿病、関節リウマチ、強皮症、クローン病、乾癬、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、および潰瘍性大腸炎が含まれるがこれらに限定されない。

発明のイムノグロブリン重鎖ポリペプチド、発明のイムノグロブリン軽鎖ポリペプチド、発明のＴＩＭ−３結合剤、前述のいずれかをコードする発明の核酸配列、または発明の核酸配列を含む発明のベクターを含む組成物の投与が、哺乳類における癌または感染症に対する免疫応答を誘導する。哺乳類としては、例えば、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、非ヒト霊長類、およびヒトが挙げられる。「免疫応答」は、例えば、抗体産生および／または免疫エフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞）の活性化を引き起こすことができる。

本明細書で使用される場合、「治療」、「治療する」およびこれに類する語は、所望の薬理学的および／または生理学的な効果を得ることを指す。一部の実施形態では、この効果は治療的であり、すなわち、この効果は、疾患および／または該疾患に起因する有害症状を部分的にまたは完全に治癒する。この目的で、本発明の方法は、「治療効果量」のＴＩＭ−３抗体剤を投与することを含む。「治療効果量」は、望ましい治療結果を達成するために、必要な用量および期間の効果量を指す。治療効果量は、個体の病状、年齢、性別、および体重などの因子と、個体において望ましい応答を誘発するＴＩＭ−３抗体剤の能力とに応じて変化しうる。例えば、抗ＴＩＭ−３抗体剤の治療効果量は、ヒトにおけるＴＩＭ−３の生物活性を減少させる量である。

追加的または代替的に、薬理学的効果および／または生理学的効果は予防的であってもよく、すなわち、この効果が、疾患またはその症状を完全にまたは部分的に予防する。これに関して、本発明の方法は、抗ＴＩＭ−３抗体剤の「予防効果量」の投与を含む。「予防効果量」は、望ましい予防的結果（例えば、疾患発症の防止）を達成するために、必要な用量および期間に有効な量を指す。

典型的な用量は、例えば、動物またはヒトの体重に対して１ｐｇ／ｋｇ〜２０ｍｇ／ｋｇの範囲内とすることができるが、しかしながら、この例示的範囲以下または該範囲を超える用量は、本発明の範囲内である。毎日の非経口投与量は、全体重に対して約０．００００１μｇ／ｋｇから約２０ｍｇ／ｋｇ（例えば、約０．００１μｇ／ｋｇ、約０．１μｇ／ｋｇ、約１μｇ／ｋｇ、約５μｇ／ｋｇ、約１０μｇ／ｋｇ、約１００μｇ／ｋｇ、約５００μｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ、約５ｍｇ／ｋｇ、約１０ｍｇ／ｋｇ、または前述の値のうちいずれか二つにより規定された範囲）とすることができる。一部の実施形態では、全体重に対して約０．１μｇ／ｋｇから約１０ｍｇ／ｋｇ（例えば、約０．５μｇ／ｋｇ、約１μｇ／ｋｇ、約５０μｇ／ｋｇ、約１５０μｇ／ｋｇ、約３００μｇ／ｋｇ、約７５０μｇ／ｋｇ、約１．５ｍｇ／ｋｇ、約５ｍｇ／ｋｇ、または前述の値のうちいずれか二つにより規定された範囲）である。一部の実施形態では、全体重に対して約１μｇ／ｋｇから約５ｍｇ／ｋｇ（例えば、約３μｇ／ｋｇ、約１５μｇ／ｋｇ、約７５μｇ／ｋｇ、約３００μｇ／ｋｇ、約９００μｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ、約４ｍｇ／ｋｇ、または前述の値のうちいずれか二つにより規定された範囲）である。一部の実施形態では、１日当たり体重に対して約０．５から１５ｍｇ／ｋｇ（例えば、約１ｍｇ／ｋｇ、約２．５ｍｇ／ｋｇ、約３ｍｇ／ｋｇ、約６ｍｇ／ｋｇ、約９ｍｇ／ｋｇ、約１１ｍｇ／ｋｇ、約１３ｍｇ／ｋｇ、または前述の値のうちいずれか二つにより規定された範囲）である。治療的または予防的な効能は、治療された患者の定期的な評価によって監視できる。数日以上にわたり繰り返し投与する場合、症状に応じて、疾患症状の望ましい抑制が発生するまで治療を繰り返すことができ、あるいは、患者の生涯にわたって治療を継続することができる。しかしながら、他の投与レジメンは有用であり得、本発明の範囲内であり得る。望ましい用量は、組成物の単回のボーラス投与によって、組成物の複数回のボーラス投与によって、または組成物の持続注入投与によって、送達することができる。

発明のイムノグロブリン重鎖ポリペプチド、発明のイムノグロブリン軽鎖ポリペプチド、発明のＴＩＭ−３結合剤、前述のいずれかをコードする発明の核酸配列、または、発明の核酸配列を含む発明のベクターを効果量で含む組成物は、経口、眼内、非経口、静脈内、腹腔内、皮下、肺、気管支、頬側、皮内、皮間、経皮、局所、筋肉内、鼻腔内、頬側、舌下、経腸、動脈内、胃内、特定の臓器内（例えば、肝臓内）、直腸、皮下、舌下、気管、腟、硝子体、髄内、くも膜下腔内、脳室内、粘膜、または坐剤による投与を含む、標準的な投与技術を用いて哺乳類に投与することができる。一部の実施形態では、組成物は非経口投与に適している。「非経口」という語は、本明細書で使用される場合、静脈内、筋肉内、皮下、直腸、膣および腹腔内への投与を含む。一部の実施形態では、組成物は、静脈内、腹腔内、または皮下への注射による末梢への全身送達（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｓｙｓｔｅｍｉｃ ｄｅｌｉｖｅｒｙ）を使用して哺乳類に投与される。哺乳類としては、例えば、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、非ヒト霊長類、およびヒトが挙げられる。

哺乳類（例えば、ヒト）に投与されると、抗ＴＩＭ−３抗体剤の生物学的活性を、当該技術分野で公知の任意の適切な方法によって測定することができる。例えば、生物学的活性は、特定のＴＩＭ−３結合剤の安定性を決定することによって評価できる。一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤（例えば、抗体）は、約３０分〜４５日（例えば、約３０分、約４５分、約１時間、約２時間、約４時間、約６時間、約１０時間、約１２時間、約１日、約５日、約１０日、約１５日、約２５日、約３５日、約４０日、約４５日、または前述の値のいずれか二つによって規定された範囲）の生体内半減期を有する。一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、約２時間〜２０日（例えば、約５時間、約１０時間、約１５時間、約２０時間、約２日、約３日、約７日、約１２日、約１４日、約１７日、約１９日、または前述の値のいずれか二つによって規定された範囲）の生体内半減期を有する。一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、約１０日〜約４０日（例えば、約１０日、約１３日、約１６日、約１８日、約２０日、約２３日、約２６日、約２９日、約３０日、約３３日、約３７日、約３８日、約３９日、約４０日、または前述の値のいずれか二つによって規定された範囲）の生体内半減期を有する。

抗ＴＩＭ−３抗体剤の安定性は、例えば、血中半減期、示差走査熱量測定（ＤＳＣ）、サーマルシフトアッセイ（Ｔｈｅｒｍａｌ ｓｈｉｆｔ ａｓｓａｙ）、およびパルスチェイスアッセイなど、当技術分野で公知の任意の他の適切なアッセイを使用して測定することができる。本発明の文脈で使用することができるインビボおよびインビトロでタンパク質安定性を測定するその他の方法が、例えばＰｒｏｔｅｉｎ Ｓｔａｂｉｌｉｔｙ ａｎｄ Ｆｏｌｄｉｎｇ，Ｂ．Ａ．Ｓｈｉｒｌｅｙ（ｅｄ．），Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ（１９９５）；Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｓｔａｂｉｌｉｔｙ，ａｎｄ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ（Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ），Ｓｈｉｖｅｒ Ｊ．Ｗ．（ｅｄ．），Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ（２０１０）；および、Ｉｇｎａｔｏｖａ，Ｍｉｃｒｏｂ．Ｃｅｌｌ Ｆａｃｔ．，４：２３（２００５）に記載されている。

抗ＴＩＭ−３抗体剤の安定性は、遷移の中間値（ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ ｍｉｄ−ｐｏｉｎｔ ｖａｌｕｅ）（Ｔ_ｍ）によって測定することができ、該値はアミノ酸配列の５０％がそのネイティブのコンファメーションであり、その他の５０％は変性している温度である。全般的に、Ｔ_ｍが高いほど、タンパク質はより安定である。一部の実施形態では、発明のＴＩＭ−３結合剤は、インビトロでの遷移の中間値（Ｔ_ｍ）が約６０〜１００℃である。例えば、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、インビトロでのＴ_ｍが約６５〜８０℃（例えば、６６℃、６８℃、７０℃、７１℃、７５℃、または７９℃）、約８０〜９０℃（例えば、約８１℃、８５℃、または８９℃）、または約９０〜１００℃（例えば、約９１℃、約９５℃、または約９９℃）であることが可能である。

特定のＴＩＭ−３結合抗体剤の生物学的活性はまた、ＴＩＭ−３またはそのエピトープに対するその結合親和性を決定することによって評価することができる。「親和性」という語は、二つの薬剤の可逆的結合に関する平衡定数を意味し、解離定数（Ｋ_Ｄ）として表される。エピトープに対する抗体の親和性などの、リガンドに対する結合剤の親和性は、例えば、約１ピコモル（ｐＭ）から約１００マイクロモル（μＭ）（例えば、約１ピコモル（ｐＭ）から約１ナノモル（ｎＭ）、約１ｎＭから約１マイクロモル（μＭ）、または約１μＭから約１００μＭ）とすることができる。一部の実施形態では、ＴＩＭ−３抗体剤は、１ナノモル以下（例えば、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０２５ｎＭ、０．０１ｎＭ、０．００１ｎＭ、または前述の値のうちのいずれか二つによって規定された範囲）のＫ_ＤでＴＩＭ−３タンパク質と結合することができる。いくつかの実施形態では、ＴＩＭ−３抗体剤は、２００ｐＭ以下（例えば、１９０ｐＭ、１７５ｐＭ、１５０ｐＭ、１２５ｐＭ、１１０ｐＭ、１００ｐＭ、９０ｐＭ、８０ｐＭ、７５ｐＭ、６０ｐＭ、５０ｐＭ、４０ｐＭ、３０ｐＭ、２５ｐＭ、２０ｐＭ、１５ｐＭ、１０ｐＭ、５ｐＭ、１ｐＭ、または前述の値のうちのいずれか二つによって規定される範囲）のＫ_ＤでＴＩＭ−３と結合することができる。関心の抗原またはエピトープに対するイムノグロブリンの親和性は、任意の当技術分野において認識されるアッセイを使用して測定することができる。このような方法には、例えば、蛍光標識細胞分取法（ＦＡＣＳ）、分離可能ビーズ（例えば、磁気ビーズ）、表面プラズモン共鳴法（ＳＰＲ）、溶相競合法（ＫＩＮＥＸＡ（商標））、抗原パニング、競合結合アッセイ、および／またはＥＬＩＳＡを含む（例えば、Ｊａｎｅｗａｙ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ，５ｔｈ ｅｄ．，Ｇａｒｌａｎｄ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ，２００１を参照）。
［１］ 抗ＴＩＭ−３抗体剤は、単独で投与してもよく、他の薬剤と組み合わせて投与してもよい。例えば、ＴＩＭ−３抗体剤は、癌細胞に対して細胞傷害性である薬剤、癌細胞の免疫原性を調節する薬剤、または癌細胞に対する免疫応答を促進する薬剤など、本明細書に開示される疾患の治療または予防のための他の薬剤と組み合わせて投与することができる。これに関して、例えば、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、例えば、当技術分野で公知の任意の化学療法剤、電離放射線、小分子の抗癌剤、癌ワクチン、生物学的治療（例えば、他のモノクローナル抗体、腫瘍殺傷ウイルス、遺伝子治療、およびＴ細胞の養子移入）、および／または外科手術等を含む、少なくとも一つの他の抗癌剤と組み合わせて使用できる。一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤で治療する対象（例えば、哺乳類、例えば、ヒト）は、化学療法（例えば、白金による化学療法）で治療している、または治療することになっている。一部の実施形態では、化学療法剤は、アクチノマイシン、オールトランスレチノイン酸、アザシチジン、アザチオプリン、ブレオマイシン、ボルテゾミブ、カルボプラチン、カペシタビン、シスプラチン、クロラムブシル、シクロホスファミド、シタラビン、ダウノルビシン、ドセタキセル、ドキシフルリジン、ドキソルビシン、エピルビシン、エポシロン、エトポシド、フルオロウラシル、ゲムシタビン、ヒドロキシ尿素、イダルビシン、イマチニブ、イリノテカン、メクロレタミン、メルカプトプリン、メトトレキサート、ミトキサントロン、オキサリプラチン、パクリタキセル、ペメトレキセド、テニポシド、チオグアニン、トポテカン、バルルビシン、ベムラフェニブ、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシンまたはビノレルビンである。一部のかかる実施形態において、化学療法剤は、白金による化学療法剤であり、例えばシスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、ネダプラチン、四硝酸トリプラチン、フェナントリプラチン、ピコプラチン、またはサトラプラチンである。一部のこうした実施形態では、化学療法剤は、ペメトレキセドなどの葉酸代謝拮抗薬である。一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤で治療する対象（例えば、哺乳類、例えば、ヒト）は、例えばベバシズマブ、イトラコナゾール、カルボキシアミドトリアゾール、ＴＮＰ−４７０、フマギリン、ＣＭ１０１、ＩＬ−１２、血小板第４因子、スラミン、ＳＵ５４１６、トロンボスポンジン、血管新生抑制ステロイド（ａｎｇｉｏｓｔａｔｉｃ ｓｔｅｒｏｉｄ）、ヘパリン、軟骨由来の血管新生阻害因子（例えば、ペプチドトロポニンＩおよびコンドロモジュリンＩ）、細胞外基質分解酵素阻害剤、アンジオスタチン、エンドスタチン、２−メトキシエストラジオール、Ｔｅｃｏｇａｌａｎ、テトラチオモリブデート、トロンボスポンジン、サリドマイド、プロラクチン、αＶβ３阻害剤、レナリドマイド、リノミド、ラムシルマブ、Ｔａｓｑｕｉｎｉｍｏｄ、ラニビズマブ、ソラフェニブ、スニチニブ、パゾパニブ、エベロリムス、メタロプロテアーゼの組織阻害剤（ＴＩＭＰ１およびＴＩＭＰ２）、ｂＦＧＦ可溶型受容体、形質転換増殖因子ベータ、インターフェロンアルファ、インターフェロンベータ、可溶型ＫＤＲおよびＦＬＴ−１受容体、胎盤のプロリフェリン関連タンパク質（ｐｌａｃｅｎｔａｌ ｐｒｏｌｉｆｅｒｉｎ−ｒｅｌａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ）、パゾパニブ、スニチニブ、ソラフェニブ、アキシチニブ、ポナチニブ、カボザンチニブ、レゴラフェニブ、バンデタニブ、レンバチニブ、セマキサニブ、ＳＵ６６６８、バタラニブ、チボザニブ、セジラニブ、プロタミン、ヘパリン、ステロイド、アスコルビン酸エーテル（ａｓｃｏｒｂｉｃ ａｃｉｄ ｅｔｈｅｒ）、硫酸化ポリサッカリド（ｓｕｌｆａｔｅｄ ｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅ）ＤＳ ４１５２、フマギリン、ＡＧＭ １２４７０、ネオバスタット、ＲＯ４９２９０９７、ＭＲＫ−００３、ＭＫ−０７５２、ＰＦ０３０８４０１４、ＭＥＤＩ０６３９、クルクミン、３，３′−ジインドリルメタン（ＤＩＭ）、リスベラトロール、３，５−ビス（２，４−ジフルオロベンジリデン）−４−ピペリドン（３，５−ｂｉｓ（２，４−ｄｉｆｌｕｏｒｏｂｅｎｚｙｌｉｄｅｎｅ）−４−ｐｉｐｅｒｉｄｏｎｅ）（ＤｉＦｉＤ）およびエピガロカテキン−３−ガレート（ＥＧＣＧ）、ホノキオール、Ｆｌｔ２−１１、ＣＢＯ−Ｐ１１、Ｊｅ−１１、Ｖ１ならびにそれらの任意の組合せ等である、抗血管新生薬で治療している、または治療することになっている。一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、例えば、副腎皮質ステロイド（例えば、プレドニゾンおよびフルチカゾン）および非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）（例えば、アスピリン、イブプロフェン、およびナプロキセン）を含む抗炎症剤と組み合わせて使用することができる。

一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、感染症を治療するために使用される。本発明の方法で感染症を治療する場合、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、少なくとも一つの抗菌剤または少なくとも一つの抗ウイルス剤と組み合わせて投与することができる。これに関して、抗菌剤は、当該技術分野で公知の任意の適切な抗生剤とすることができる。抗ウイルス剤は、特定のウイルスを特異的に標的とする任意の好適なタイプのあらゆるワクチンとすることができる（例えば、弱毒生ワクチン、サブユニットワクチン、組換えベクターワクチン、および小分子抗ウイルス療法（例えば、ウイルス複製阻害剤およびヌクレオシド類似体）。

一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、自己免疫疾患を治療するために使用される。本発明の方法で自己免疫疾患を治療する場合、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、例えば、副腎皮質ステロイド（例えば、プレドニゾンおよびフルチカゾン）および非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）（例えば、アスピリン、イブプロフェン、およびナプロキセン）を含む抗炎症剤と組み合わせて使用することができる。

一部の実施形態では、抗ＴＩＭ−３抗体剤が癌または感染症を治療するために使用される場合、ＴＩＭ−３結合剤は、免疫チェックポイント経路を阻害する他の薬剤と組み合わせて投与することができる。例えば、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、プログラム死１タンパク質（ＰＤ−１）、リンパ球活性化遺伝子３タンパク質（ＬＡＧ−３）、および／もしくは細胞毒性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ−４）の経路を阻害または拮抗する薬剤と組み合わせて投与することができる。これらの免疫チェックポイント経路の二つ以上を同時に標的とする併用処置が、改善された、潜在的に相乗的な抗腫瘍活性を実証している（例えば、Ｓａｋｕｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，２０７：２１８７−２１９４（２０１０）；Ｎｇｉｏｗ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，７１：３５４０−３５５１（２０１１）；および、Ｗｏｏ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，７２：９１７−９２７（２０１２）を参照）。一部の実施形態では、発明のＴＩＭ−３結合剤は、ＬＡＧ−３シグナル伝達を阻害する薬剤および／またはＰＤ−１シグナル伝達を阻害する薬剤と組み合わせて投与される。一部の実施形態では、発明のＴＩＭ−３結合剤は、ＬＡＧ−３シグナル伝達を阻害する薬剤を投与しているかまたは投与することになっている対象に対して投与されるものであって、該対象が両方での治療を受けるようにする。一部の実施形態では、発明のＴＩＭ−３結合剤は、ＰＤ−１シグナル伝達を阻害する薬剤を投与しているかまたは投与することになっている対象に対して投与されるものであって、該対象が両方での治療を受けるようにする。一部の実施形態では、発明のＴＩＭ−３薬剤の治療を受ける哺乳類は、ＰＤ−１を阻害する薬剤とＬＡＧ−３を阻害する薬剤とを用いた治療を受けているか、または受けることになっているものであって、該哺乳類が三つすべてを受けるようにする。

一部の実施形態では、発明のＴＩＭ−３結合剤は、ＬＡＧ−３に結合する抗体および／またはＰＤ−１に結合する抗体と組み合わせて投与される。一部の実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、以下からなる群から選択される抗体である：ＢＧＢ−Ａ３１７、ＢＩ ７５４０９１、ＩＢＩ３０８、ＩＮＣＳＨＲ−１２１０、ＪＮＪ−６３７２３２８３、ＪＳ−００１、ＭＥＤＩ−０６８０、ＭＧＡ−０１２、ニボルマブ、ＰＤＲ００１、ペムブロリズマブ、ＰＦ−０６８０１５９１、ＲＥＧＮ−２８１０、ＴＳＲ−０４２、およびそれらの誘導体。一部の実施形態では、ＰＤ−１を阻害する薬剤が、抗ＰＤ−Ｌ１／Ｌ２薬剤である。一部の実施形態では、抗ＰＤ−Ｌ１／Ｌ２薬剤が、抗ＰＤ−Ｌ１抗体である。一部の実施形態では、抗ＰＤ−Ｌ１抗体剤は、アテゾリズマブ、アベルマブ、ＣＸ−０７２、デュルバルマブ、ＦＡＺ０５３、ＬＹ３３０００５４、ＰＤ−Ｌ１ Ｍｉｌｌａｍｏｌｅｃｕｌｅ、またはその誘導体である。

一部の実施形態では、対象は、抗ＴＩＭ−３結合剤と組み合わせて一つ以上の追加療法を受けているか、または受けることになっている。一部の実施形態では、追加療法はＰＡＲＰ阻害剤である。一部の実施形態では、ＰＡＲＰ阻害剤は、ＡＢＴ−７６７、ＡＺＤ ２４６１、ＢＧＢ−２９０、ＢＧＰ １５、ＣＥＰ ８９８３、ＣＥＰ ９７２２、ＤＲ ２３１３、Ｅ７０１６、Ｅ７４４９、Ｆｌｕｚｏｐａｒｉｂ（ＳＨＲ ３１６２）、ＩＭＰ ４２９７、ＩＮＯ１００１、ＪＰＩ ２８９、ＪＰＩ ５４７、モノクローナル抗体Ｂ３−ＬｙｓＰＥ４０結合体、ＭＰ １２４、ニラパリブ（ＺＥＪＵＬＡ）（ＭＫ−４８２７）、ＮＵ １０２５、ＮＵ １０６４、ＮＵ １０７６、ＮＵ１０８５、オラパリブ（ＡＺＤ２２８１）、ＯＮＯ２２３１、ＰＤ １２８７６３、Ｒ ５０３、Ｒ５５４、ルカパリブ（ＲＵＢＲＡＣＡ）（ＡＧ−０１４６９９、ＰＦ−０１３６７３３８）、ＳＢＰ １０１、ＳＣ １０１９１４、Ｓｉｍｍｉｐａｒｉｂ、タラゾパリブ（ＢＭＮ−６７３）、ベリパリブ（ＡＢＴ−８８８）、ＷＷ ４６、２−（４−（トリフルオロメチル）フェニル）−７，８−ジヒドロ−５Ｈ−チオピラノ［４，３−ｄ］ピリミジン−４−オール、およびその塩又は誘導体である。一部の実施形態では、ＰＡＲＰ阻害剤は、ニラパリブ、オラパリブ、ルカパリブ、タラゾパリブ、およびベリパリブである。一部の実施形態では、追加療法には、対象が三つすべてでの治療を受けるように、ＰＤ−１を阻害する薬剤を送達する組成物による治療と、ＰＡＲＰ阻害剤での治療とが含まれる。一部の実施形態では、追加療法には、対象が四つすべてでの治療を受けるように、ＰＤ−１を阻害する薬剤を送達する組成物による治療と、ＬＡＧ−３を阻害する薬剤を送達する組成物による治療と、ＰＡＲＰ阻害剤での治療とが含まれる。

これに関して、哺乳類におけるＴＩＭ−３阻害に応答する障害（例えば、癌または感染症）を治療する方法は、（ｉ）ＴＩＭ−３タンパク質に結合する抗体と（ｉｉ）薬剤的に許容可能な担体とを含む組成物、または、（ｉ）ＰＤ−１タンパク質に結合する抗体と（ｉｉ）薬剤的に許容可能な担体とを含む組成物を哺乳類に投与することをさらに含むことができる。哺乳類としては、例えば、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、非ヒト霊長類、およびヒトが挙げられる。

治療用途に加えて、本明細書に記載の抗ＴＩＭ−３抗体剤は、診断用途または研究用途で使用できる。これに関して、抗ＴＩＭ−３抗体剤は、ＴＩＭ−３の不適切な発現（例えば、過剰発現）または増加された活性が、疾患もしくは障害の病理学的効果を引き起こしているかまたは該病理学的効果に寄与しているような障害または疾患を診断するための方法で使用できる。同様の様式では、ＴＩＭ−３阻害に応答する疾患または障害に対して試験される対象におけるＴＩＭ−３タンパク質レベルを監視するためのアッセイにおいて、抗ＴＩＭ−３抗体剤を使用することができる。研究用途には、例えば、抗ＴＩＭ−３抗体剤と、例えばヒト体液内または細胞もしくは組織の抽出液内にある、試料中のＴＩＭ−３タンパク質を検出するための標識とを利用する方法が含まれる。抗ＴＩＭ−３抗体剤を、検出可能部分を用いた共有結合または非共有結合による標識などの修飾を伴って、または該修飾を伴わずに使用することができる。例えば、検出可能部分は、放射性同位体（例えば、^３Ｈ、^１４Ｃ、^３２Ｐ、^３５Ｓ、または^１２５Ｉ）、蛍光もしくは化学発光化合物（例えば、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、またはルシフェリン）、酵素（例えば、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、またはホースラディッシュペルオキシダーゼ）、または補欠分子団とすることができる。検出可能部分への抗原結合剤（例えば、抗体）を別々に結合するための当技術分野で公知の任意の方法を、本発明の文脈において用いてもよい（例えば、Ｈｕｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９４：４９５−４９６（１９６２）；Ｄａｖｉｄ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，１３：１０１４−１０２１（１９７４）；Ｐａｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．，４０：２１９−２３０（１９８１）；および、Ｎｙｇｒｅｎ，Ｊ．Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ．ａｎｄ Ｃｙｔｏｃｈｅｍ．，３０：４０７−４１２（１９８２）を参照）。

ＴＩＭ−３タンパク質レベルは、当技術分野で公知の任意の適切な方法によって、発明のＴＩＭ−３結合剤を使用して測定することができる。このような方法には、例えば、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、およびＦＡＣＳが含まれる。ＴＩＭ−３の正常または標準的な発現値は、例えば、抗原−抗体複合体を形成するのに適切な条件下でＴＩＭ−３特異的抗体を、ＴＩＭ−３を含むサンプルまたはＴＩＭ−３を含むことが疑われるサンプルに組み合わせることによる等の、任意の好適な技術を用いて確立することができる。抗体は、結合した抗体または結合していない抗体の検出を促進するために、検出可能な物質で直接的または間接的に標識される。適切な検出可能な物質には、様々な酵素、補欠分子団、蛍光材料、発光材料、および放射性物質が含まれる（例えば、Ｚｏｌａ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．（１９８７）を参照）。その後、サンプル中で発現されたＴＩＭ−３ポリペプチドの量が、標準値と比較される。

抗ＴＩＭ−３抗体剤は、キット、すなわち、診断アッセイを実施するための指示とともに所定量の試薬を組み合わせたパッケージで提供することができる。抗ＴＩＭ−３抗体剤が酵素で標識される場合には、キットは、酵素に要求される基質および補因子（例えば、検出可能な発色団またはフルオロフォアを提供する基質前駆体）を含むことが望ましい。さらに、安定剤、緩衝液（例えば、ブロッキングバッファーまたは溶解バッファー）などのその他の添加剤を、キットに含めてもよい。様々な試薬の相対量を変化させて、アッセイの感度を実質的に最適化するような試薬の溶液の濃度を提供することができる。試薬は、乾燥粉末（典型的には凍結乾燥）として提供されてもよく、それは溶解において適切な濃度を有する試薬溶液を提供することとなる賦形剤を含む。

本発明のその他の特徴は、本発明の説明のために与えられる例示的な実施形態についての以下の説明に沿って明らかになることとなるが、これはそれを限定することを意図するものではない。

例示
実施例１−特定の例示的な抗ＴＩＭ−３抗体の説明
本実施例は、特定の抗ＴＩＭ−３抗体重鎖ポリペプチドおよび軽鎖ポリペプチド配列、およびそれをコードする核酸について説明する。

上記の配列は、足場として、ヒトＩＧＨＧ４＊０１重鎖遺伝子およびヒトＩＧＫＣ＊０１カッパ軽鎖遺伝子を利用する例示的なヒト化モノクローナル抗ＴＩＭ−３抗体を記述するものである。ＩｇＧ４重鎖のヒンジ領域においてＳｅｒからＰｒｏへの単一の点変異がある。この変異は、配列番号５の残基２４０に対応するカノニカルＳ２２８位置であり、これはシグナル配列を含む。理論に束縛されるものではないが、この点変異は、抗体重鎖のヒンジを安定化するように機能することが想定される。

本実施例は、この例示的なヒト化モノクローナル抗ＴＩＭ−３抗体の生物物理学的および生化学的な特徴決定をさらに説明する。Ｌｙｓ−Ｃおよびトリプシン消化ペプチドを良好に分離し、オンラインＬＣ−ＭＳ分析によって検出した。ジスルフィド結合の結合は、非還元（ＮＲ）条件下での全イオンクロマトグラムを還元条件でのものと比較することによって確認した。ジスルフィド結合は、ＩｇＧ４分子の予想されるジスルフィド結合パターンと一致する。予想される鎖間ジスルフィド結合及び鎖内ジスルフィド結合に関与する残基を以下で表にしている（表１、２および３）。

この例示的な抗ＴＩＭ−３抗体は、成熟タンパク質配列（配列番号１）の各重鎖のＣＨ２ドメイン内のアスパラギン残基２９０に、占有されるＮ−グリコシル化部位を示す。本部位で発現されたＮ−グリコシル化は、哺乳類細胞培養で発現されるＩｇＧにおいて典型的に観察されるオリゴ糖種の混合物であり、例えば、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞中で培養されたこの例示的な抗ＴＩＭ−３抗体の調製物からのグリカン種の相対的存在量が以下に示されている（表４）。
実施例２−組換えＴＩＭ−３に対する例示的な抗ＴＩＭ−３抗体の結合

本実施例は、例示的な抗ＴＩＭ−３抗体（配列番号１及び配列番号２にそれぞれ記載される重鎖及び軽鎖を有する）の組換えＴＩＭ−３ポリペプチドとの結合について説明する。具体的には、本実施例は、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）およびフローサイトメトリーによってそれぞれ決定されるような、可溶性ＴＩＭ−３融合および細胞で発現する組換えＴＩＭ−３との例示的な抗体の高親和性結合を示す。

Ｂｉａｃｏｒｅ Ｔ２００システムを使用してＳＰＲ解析を実施し、Ｂｉａｃｏｒｅ Ｔ２００評価ソフトウェアを使用して運動定数を決定した。実験パラメータは、飽和度が最も高い抗原濃度に到達し、Ｒｍａｘ値が５０反応単位（ＲＵ）より下に保持されるように選択した。ＧＥ抗マウスＩｇＧ（Ｆｃ特異的）を、ＥＤＣ活性化アミンカップリング化学を使用してＢｉａｃｏｒｅ ＣＭ５チップ上に固定した。次いで、二量体の可溶性ヒトＴＩＭ−３ ｍＩｇＧ２ａ Ｆｃを、この表面上におよそ７０ＲＵ以下の標的捕捉レベルまで捕捉した。次に、例示的な抗ＴＩＭ−３抗体（配列番号１および２にそれぞれ記載される重鎖および軽鎖を有する）を、捕捉した抗原を含む面の上に流した（ＴＩＭ−３融合）。捕捉および分析物の結合は、ＨＢＳ−ＥＰ＋緩衝液中で行った。捕捉された抗原および抗体を各サイクルの間に回収して、抗原の濃度ごとに新鮮な結合表面を確保した。得られたセンサーグラムを、１：１結合モデルを使用して全体的に当てはめを行い、オン速度およびオフ速度（それぞれｋ会合およびｋ解離）と、全体的な親和性の測定値としての解離定数（ＫＤ）とを計算した。ＳＰＲ測定は、例示的な抗ＴＩＭ−３抗体が、ヒトおよびカニクイザル両方のＴＩＭ−３に、高い親和性とそれぞれ７および１７ｐＭのＫ_Ｄ推定値とで結合していることを実証した（表４）。さらなる結合解析により、例示的な抗ＴＩＭ−３抗体が、ヒトＴＩＭ−１ポリペプチドまたはヒトＰＤ−１ポリペプチドに実質的に結合しなかったと判定された（データは示さず）。

完全長のネイティブのヒトまたはカニクイザルＴＩＭ−３のいずれかが安定的にトランスフェクションされているＣＨＯ−Ｋ１細胞株クローンで、フローサイトメトリー試験を実施した。例示的な抗ＴＩＭ−３抗体（配列番号１および配列番号２にそれぞれ記載される重鎖および軽鎖を有する）を、３倍希釈で希釈した。例示的な抗体の希釈をヒトまたはカニクイザルのＴＩＭ−３を発現するＣＨＯ−Ｋ１（１Ｅ５細胞）に加え、氷上でインキュベートした。細胞を二回洗浄し、氷上でＰＥ結合ヤギ抗ヒトＩｇＧ４と共にインキュベートして、抗体結合を検出した。細胞を洗浄し、ヨウ化プロピシジウムの存在下で再懸濁して死細胞を除外し、固定した後で、ＢＤ ＦＡＣＳＡｒｒａｙ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ社）において蛍光を解析した。データは、中央値の蛍光強度を解析し、グラフ化し、そして非線形（シグモイド）回帰分析を使用してＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ社）において、ＥＣ５０値計算に関して曲線当てはめを行った。この例示的な抗ＴＩＭ−３抗体は、それぞれ０．１７ｎＭおよび０．２７ｎＭのＥＣ_５０で、細胞表面のヒトおよびカニクイザルのＴＩＭ−３に結合することがわかった（表５）。

本実施例は、本発明の範囲内の抗ＴＩＭ−３抗体が、高親和性でＴＩＭ−３ポリペプチドに特異的に結合することができることを実証している。

実施例３−疲弊免疫細胞におけるＴ細胞の活性化を増強するＴＩＭ−３遮断

本実施例は、ＰＤ−１およびＴＩＭ−３の発現増加によって特徴付けられるインビトロのＴ細胞の疲弊モデルにおける、例示的な抗ＴＩＭ−３抗体剤の特徴決定を説明する（図２Ａ）。具体的には、ＭＢＰ−Ｔｒａｃｋｅｒマウスから脾臓を取り出し、脾細胞の単一細胞懸濁液を生成するよう処理した。細胞を３ｘ１０^６／ｍＬで再懸濁し、ＷＴ−ＭＢＰまたはＡＰＬ−ＭＢＰで７２時間刺激した。刺激後、Ｔ細胞をＦｉｃｏｌｌで密度勾配により精製し、その後に２０Ｕ／ｍＬのＩＬ−２中で２ｘ１０^６／ｍＬで４日間、再び平板培養した。４日後、細胞を収集し、再懸濁し（４ｘ１０^５／ｍＬ、ウェル当たり２ｘ１０^４の最終濃度）、そして照射されたＡＰＣ（Ｂ１０ＰＬＸｃ５７ＢＬ／６マウスから、４ｘ１０^６／ｍＬ、ウェル当たり２ｘ１０^５の最終濃度）を用いて、単回用量のＡＰＬ−ＭＢＰペプチドを、試験物質または参照物質または適切な対照と一緒に、７２時間再刺激した。培養上清を収集し、その後行う評価のために凍結保存した。

ＥＬＩＳＡによるサイトカイン産生についての評価により、ＴＩＭ−３遮断がこの系においてＩＦＮ−γ産生を著しく増強したことが示された（図２Ｂ）。したがって、この実施例は、抗ＴＩＭ−３抗体が疲弊した免疫細胞を活性化することができることを実証している。

このように本発明の少なくともいくつかの態様および実施形態を記載したが、様々な変更、変形および改善が当業者には容易に明白であることを認識されたい。かかる変更、変形及び改善は、本開示の一部であることが意図され、そして本発明の趣旨及び範囲内にあることが意図される。したがって、上記の記載は、単に例示によるものであり、本発明は以下の請求項により詳細に記載される。

本明細書に引用された、公開公報、特許出願、および特許を含むすべての参考文献は、それぞれの参考文献があたかも個別に具体的に参照により組み込まれて、その全体が本明細書に記載されているかのようであるのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
本発明を説明する文脈において（特に、以下の請求項の文脈において）、「ａ」および「ａｎ」および「ｔｈｅ」および「少なくとも一つ」の語ならびに類似の言及の使用は、本明細書に別段の指示がない限り、または文脈によって明らかに矛盾しない限り、単数および複数の両方を網羅するように解釈されるべきである。「少なくとも一つ」という語が一つ以上の項目の列記に続く場合（例えば、「ＡおよびＢのうちの少なくとも一つ」など）は、本明細書に別段の指示がない限り、または文脈によって明らかに矛盾しない限り、列記された項目から選択された一つ（ＡまたはＢ）または列記された項目の二つ以上の任意の組み合わせ（ＡおよびＢ）を意味するように解釈されるべきである。「含む」、「有する」、「含む」および「含むこと」という語は、別段の記載がない限り、オープンエンドの語（すなわち、「〜を含むがこれに限定されない」を意味する）として解釈されるべきである。本明細書での値の範囲の列挙は、本明細書に別段の指示がない限り、その範囲に含まれるそれぞれの別個の値を個別に言及する簡単な方法としての役目をすることを意図しているだけであり、それぞれの別個の値があたかも本明細書において個別に列挙されているかのように本明細書に組み込まれる。本明細書に別段の指示がない限り、またはそうでなければ文脈によって明らかに矛盾しない限り、本明細書に記載されるすべての方法は、任意の適切な順序で実施することができる。本明細書に提供される任意の実施例およびすべての実施例、または例示的な文言（例えば、「など」）の使用は、単に本発明をより良く明らかにすることが意図されており、別段に請求されていない限り、本発明の範囲において限定を与えるものではない。本明細書の文言は、本発明の実施に必須とされる任意の請求されていない要素を示すものとして解釈されるべきではない。

Claims (65)

1. ＴＩＭ−３（Ｔ細胞イムノグロブリンおよびムチンタンパク質３）を結合することができるポリペプチドであって、前記ポリペプチドが、配列番号１に対し、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％ ９７％、９８％、または９９％の配列同一性を持つアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
2. 配列番号１に対し、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、重鎖のポリペプチド。
3. 前記ポリペプチドがＴＩＭ−３（Ｔ細胞イムノグロブリンおよびムチンタンパク質３）に結合する、請求項２に記載の重鎖のポリペプチド。
4. ＴＩＭ−３（Ｔ細胞イムノグロブリンおよびムチンタンパク質３）を結合することができるポリペプチドであって、前記ポリペプチドが、配列番号２に対し、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、または９９％の配列同一性を持つアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
5. 配列番号２に対し、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、軽鎖のポリペプチド。
6. ポリペプチドがＴＩＭ−３（Ｔ細胞イムノグロブリンおよびムチンタンパク質３）に結合する、請求項５に記載の重鎖のポリペプチド。
7. 請求項１〜３のいずれか一項に記載のポリペプチドおよび／または請求項４〜６のいずれか一項に記載のポリペプチドを含むポリペプチドであって、該ポリペプチドが、第一のシステインおよび第二のシステインによって形成される少なくとも一つのジスルフィド結合を含み、
   ｉ） 前記第一のシステインが、配列番号１の残基２２、９６、１２７、１４０、１９６、２１９、２２２、２５４、３１４、３６０および４１８から選択され、また前記第二のシステインが、配列番号２の残基２３、８８、１３４、１９４、および２１４から選択されるか、
   ｉｉ） 前記第一のシステインが、配列番号１の残基２２、９６、１２７、１４０、１９６、２１９、２２２、２５４、３１４、３６０および４１８から選択され、また前記第二のシステインが、配列番号１の残基２２、９６、１２７、１４０、１９６、２１９、２２２、２５４、３１４、３６０および４１８から選択されるか、
   ｉｉｉ） 前記第一のシステインが、配列番号２の残基２３、８８、１３４、１９４、および２１４から選択され、また前記第二のシステインが、配列番号２の残基２３、８８、１３４、１９４、および２１４から選択されるか、
   ｉｖ） 第一の残基が、配列番号２の残基２３であり、また第二の残基が配列番号２の残基８８であるか、
   ｖ） 第一の残基が、配列番号２の残基１３４であり、また第二の残基が配列番号２の残基１９４であるか、
   ｖｉ） 第一の残基が、配列番号２の残基２１４であり、また第二の残基が配列番号１の残基１２７であるか、
   ｖｉｉ） 第一の残基が、配列番号１の残基２２であり、また第二の残基が配列番号１の残基９７であるか、
   ｖｉｉｉ） 第一の残基が、配列番号１の残基１４０であり、また第二の残基が配列番号１の残基１９６であるか、
   ｉｘ） 第一の残基が、配列番号１の残基２１９であり、また第二の残基が配列番号１の残基２２２であるか、
   ｘ） 第一の残基が、配列番号１の残基２５４であり、また第二の残基が配列番号１の残基３１４であるか、または
   ｘｉ） 第一の残基が、配列番号１の残基３６０であり、また第二の残基が配列番号１の残基４１８である、ポリペプチド。
8. ポリペプチドが、グリコシル化された少なくとも一つのアスパラギンを含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のポリペプチド。
9. 配列番号１のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、単離された核酸配列。
10. 配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、単離された核酸配列。
11. 単離された核酸であって、それがもつ配列が配列番号３を含む、単離された核酸。
12. 単離された核酸であって、それがもつ配列が配列番号４を含む、単離された核酸。
13. 請求項９〜１２のいずれか一項に記載の単離された核酸の配列を含む、ベクター。
14. 請求項１３に記載のベクターを含む、単離された細胞。
15. 請求項１〜８のいずれか一項に記載のポリペプチドを含む、抗体剤。
16. 前記抗体剤が、それがもつアミノ酸配列が配列番号１を含むものであるポリペプチドと、それがもつアミノ酸配列が配列番号２を含むものであるポリペプチドとを含む、請求項１５記載の抗体剤。
17. 前記抗体剤がＴＩＭ−３に結合する、請求項１５または１６に記載の抗体剤。
18. 前記抗体剤が、約１ピコモル（ｐＭ）から約１００マイクロモル（μＭ）のＫ_ＤでＴＩＭ−３に結合する、請求項１５〜１７のいずれか一項に記載の抗体剤。
19. （ａ）請求項１〜８のいずれか一項に記載のポリペプチド、（ｂ）請求項９〜１２のいずれか一項に記載の前記単離された核酸、（ｃ）請求項１３に記載の前記ベクター、（ｄ）請求項１４に記載の前記単離された細胞、または（ｅ）請求項１５〜１８のいずれか一項に記載の前記抗体剤を含む、組成物。
20. 前記組成物が薬剤的に許容可能な担体をさらに含む、請求項１９記載の組成物。
21. ＴＩＭ−３阻害に応答する、哺乳類における障害の治療方法であって、該方法は、請求項１〜８のいずれか一項に記載のポリペプチド、請求項９〜１２のいずれか一項に記載の前記単離された核酸、請求項１３に記載の前記ベクター、請求項１４に記載の前記単離された細胞、請求項１５〜１８のいずれか一項に記載の前記抗体剤、または、請求項１９もしくは２０に記載の前記組成物を効果量で、ＴＩＭ−３阻害に応答する障害を有する哺乳類に投与することを含むものであって、それによって前記哺乳類において前記障害が治療される、方法。
22. ＴＩＭ−３阻害に応答する障害を有する哺乳類における免疫応答を誘導する方法であって、該方法は、請求項１〜８のいずれか一項に記載のポリペプチド、請求項９〜１２のいずれか一項に記載の前記単離された核酸、請求項１３に記載の前記ベクター、請求項１４に記載の前記単離された細胞、請求項１５〜１８のいずれか一項に記載の前記抗体剤、または、請求項１９もしくは２０に記載の前記組成物からなる群から選択されるＴＩＭ−３薬剤を効果量で前記哺乳類に投与することを含むものであって、それによって前記哺乳類において免疫応答が誘導される、方法。
23. ＴＩＭ−３阻害に応答する障害を有する哺乳類における免疫応答を増強または免疫細胞の活性を増加する方法であって、該方法は、請求項１〜８のいずれか一項に記載のポリペプチド、請求項９〜１２のいずれか一項に記載の前記単離された核酸、請求項１３に記載の前記ベクター、請求項１４に記載の前記単離された細胞、請求項１５〜１８のいずれか一項に記載の前記抗体剤、または、請求項１９もしくは２０に記載の前記組成物からなる群から選択されるＴＩＭ−３薬剤を効果量で前記哺乳類に投与することを含むものであって、それによって前記哺乳類において免疫応答または免疫細胞の活性が増強または増加される、方法。
24. 前記免疫応答が体液媒介性または細胞媒介性の免疫応答である、請求項２２または２３に記載の方法。
25. 前記免疫応答がＣＤ４ Ｔ細胞応答またはＣＤ８ Ｔ細胞応答である、請求項２４記載の方法。
26. 前記免疫応答がＢ細胞応答である、請求項２４記載の方法。
27. 前記障害は、癌である、請求項２１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
28. 前記癌が、
    ｉ） 高い腫瘍遺伝子変異量（ＴＭＢ）に関連する癌、
    ｉｉ） マイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）である癌、
    ｉｉｉ） マイクロサテライト不安定性を特徴とする癌、
    ｉｖ） 高いマイクロサテライト不安定性ステータス（ＭＳＩ−Ｈ）を持つ癌、
    ｖ） 低いマイクロサテライト不安定性ステータス（ＭＳＩ−Ｌ）を持つ癌、
    ｖｉ） 高いＴＭＢおよびＭＳＩ−Ｈに関連する癌、
    ｖｉｉ） 高いＴＭＢおよびＭＳＩ−ＬもしくはＭＳＳに関連する癌、
    ｖｉｉｉ） 欠陥のあるＤＮＡミスマッチ修復システムを有する癌、
    ｉｘ） ＤＮＡミスマッチ修復遺伝子に欠陥を有する癌、
    ｘ） 超突然変異の癌、
    ｘｉ） ポリメラーゼエプシロン（ＰＯＬＥ）において突然変異を含む癌、
    ｘｉｉ） 腺癌、子宮内膜癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、卵管癌、精巣癌、原発性腹膜癌、大腸癌、結腸直腸癌、胃癌、小腸癌、肛門性器部の扁平上皮細胞癌、黒色腫、腎細胞癌、肺癌、非小細胞肺癌、肺の腺癌、肺の扁平上皮細胞癌、胃癌、膀胱癌、胆嚢癌、肝癌、甲状腺癌、喉頭癌、唾液腺癌、食道癌、頭頚部癌、頭頚部の扁平上皮細胞癌、前立腺癌、膵癌、中皮腫、メルケル細胞癌、肉腫、神経膠芽腫、血液癌、多発性骨髄腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫／原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫もしくは慢性骨髄性白血病、または、
    ｘｉｉｉ） ｘｉｉ）の癌であって、ＭＳＳもしくはＭＳＩ−Ｌであるか、マイクロサテライト不安定性を特徴とするか、ＭＳＩ−Ｈであるか、高いＴＭＢを有するか、高いＴＭＢを有してＭＳＳもしくはＭＳＩ−Ｌであるか、高いＴＭＢを有してＭＳＩ−Ｈであるか、欠陥のあるＤＮＡミスマッチ修復システムを有するか、ＤＮＡミスマッチ修復遺伝子に欠陥を有するか、超突然変異の癌であるか、もしくは、ポリメラーゼエプシロン（ＰＯＬＥ）において突然変異を含む癌である、請求項２７記載の方法。
29. 前記障害が、感染症である、請求項２１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
30. 前記感染症がウイルスまたは細菌によって引き起こされる、請求項２９記載の方法。
31. 前記ウイルスが、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）、インフルエンザウイルス、デングウイルス、またはＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）である、請求項３０記載の方法。
32. 前記障害が、自己免疫疾患である、請求項２１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
33. 前記自己免疫疾患が、多発性硬化症、１型糖尿病、関節リウマチ、強皮症、クローン病、乾癬、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、または潰瘍性大腸炎である、請求項３２記載の方法。
34. 前記哺乳類は、ＰＤ−１を阻害する薬剤が投与されているか、または投与されることになっているものであって、前記哺乳類が両方を受ける、請求項２１〜３３のいずれか一項に記載の方法。
35. ＰＤ−１を阻害する前記薬剤が、ＰＤ−１結合剤である、請求項３４記載の方法。
36. 前記ＰＤ−１結合剤が、抗体、抗体結合体、またはその抗原結合断片である、請求項３５記載の方法。
37. 前記抗ＰＤ−１抗体が、ＢＧＢ−Ａ３１７、ＢＩ ７５４０９１、ＩＢＩ３０８、ＩＮＣＳＨＲ−１２１０、ＪＮＪ−６３７２３２８３、ＪＳ−００１、ＭＥＤＩ−０６８０、ＭＧＡ−０１２、ニボルマブ、ＰＤＲ００１、ペムブロリズマブ、ＰＦ−０６８０１５９１、ＲＥＧＮ−２８１０、ＴＳＲ−０４２、およびそれらの誘導体からなる群から選択される抗体である、請求項３６記載の方法。
38. ＰＤ−１を阻害する前記薬剤が、抗ＰＤ−Ｌ１／Ｌ２薬剤である、請求項３４記載の方法。
39. 前記抗ＰＤ−Ｌ１／Ｌ２薬剤が抗ＰＤ−Ｌ１抗体である、請求項３８に記載の方法。
40. 前記抗ＰＤ−Ｌ１抗体剤は、アテゾリズマブ、アベルマブ、ＣＸ−０７２、デュルバルマブ、ＦＡＺ０５３、ＬＹ３３０００５４、ＰＤ−Ｌ１ Ｍｉｌｌａｍｏｌｅｃｕｌｅ、またはその誘導体である、請求項３９に記載の方法。
41. 前記哺乳類は、ＬＡＧ−３を阻害する薬剤が投与されているか、または投与されることになっているものであって、前記哺乳類が両方を受ける、請求項２１〜４０のいずれか一項に記載の方法。
42. ＬＡＧ−３を阻害する薬剤が、ＬＡＧ−３結合剤である、請求項４１記載の方法。
43. 前記ＬＡＧ−３結合剤が、抗体、抗体結合体、またはその抗原結合断片である、請求項４２記載の方法。
44. 前記哺乳類は、ＴＩＭ−３を阻害する薬剤と、ＰＤ−１を阻害する薬剤と、ＬＡＧ−３を阻害する薬剤とのそれぞれでの治療を受けているか、または受けることになっているものであって、前記哺乳類が三つすべてを受ける、請求項４１〜４３のいずれか一項に記載の方法。
45. 前記哺乳類は、ＰＡＲＰを阻害する薬剤が投与されているか、または投与されることになっているものであって、前記哺乳類が両方を受ける、請求項２１〜４４のいずれか一項に記載の方法。
46. 前記ＰＡＲＰを阻害する薬剤が、小分子、核酸、ポリペプチド（例えば抗体）、炭水化物、脂質、金属または毒素である、請求項４５記載の方法。
47. 前記ＰＡＲＰを阻害する薬剤が、ＡＢＴ−７６７、ＡＺＤ ２４６１、ＢＧＢ−２９０、ＢＧＰ １５、ＣＥＰ ８９８３、ＣＥＰ ９７２２、ＤＲ ２３１３、Ｅ７０１６、Ｅ７４４９、Ｆｌｕｚｏｐａｒｉｂ（ＳＨＲ ３１６２）、ＩＭＰ ４２９７、ＩＮＯ１００１、ＪＰＩ ２８９、ＪＰＩ ５４７、モノクローナル抗体Ｂ３−ＬｙｓＰＥ４０結合体、ＭＰ １２４、ニラパリブ（ＺＥＪＵＬＡ）（ＭＫ−４８２７）、ＮＵ １０２５、ＮＵ １０６４、ＮＵ １０７６、ＮＵ１０８５、オラパリブ（ＡＺＤ２２８１）、ＯＮＯ２２３１、ＰＤ １２８７６３、Ｒ ５０３、Ｒ５５４、ルカパリブ（ＲＵＢＲＡＣＡ）（ＡＧ−０１４６９９、ＰＦ−０１３６７３３８）、ＳＢＰ １０１、ＳＣ １０１９１４、Ｓｉｍｍｉｐａｒｉｂ、タラゾパリブ（ＢＭＮ−６７３）、ベリパリブ（ＡＢＴ−８８８）、ＷＷ ４６、２−（４−（トリフルオロメチル）フェニル）−７，８−ジヒドロ−５Ｈ−チオピラノ［４，３−ｄ］ピリミジン−４−オール（２−（４−（Ｔｒｉｆｌｕｏｒｏｍｅｔｈｙｌ）ｐｈｅｎｙｌ）−７，８−ｄｉｈｙｄｒｏ−５Ｈ−ｔｈｉｏｐｙｒａｎｏ［４，３−ｄ］ｐｙｒｉｍｉｄｉｎ−４−ｏｌ）、およびその塩または誘導体からなる群から選択される、請求項４５または４６に記載の方法。
48. 前記哺乳類は、ＴＩＭ−３薬剤と、ＰＤ−１薬剤を阻害する薬剤と、ＰＡＲＰを阻害する薬剤とのそれぞれでの治療を受けるものであって、前記哺乳類が三つすべてを受ける、請求項４５〜４７のいずれか一項に記載の方法。
49. 前記方法は、前記哺乳類がＬＡＧ−３を阻害する薬剤での治療を受けることをさらに含むものであって、前記哺乳類が四つすべてを受ける、請求項４８記載の方法。
50. 前記哺乳類が、ＰＤ−１を阻害する薬剤での治療に対し耐性がある、請求項２１〜４９のいずれか一項に記載の方法。
51. 前記哺乳類が、ＰＤ−１を阻害する薬剤での治療に対し抵抗性がある、請求項２１〜５０のいずれか一項に記載の方法。
52. 前記方法が、ＰＤ−１を阻害する薬剤で治療する前記哺乳類に感作する、請求項２１〜５１のいずれか一項に記載の方法。
53. 前記哺乳類が疲弊した免疫細胞を含む、請求項５０〜５２のいずれか一項に記載の方法。
54. 前記疲弊した免疫細胞は疲弊したＴ細胞である、請求項５３記載の方法。
55. 前記哺乳類がヒトである、請求項２１〜５４のいずれか一項に記載の方法。
56. 前記哺乳類が、一つ以上の異なる癌治療様式で予め治療された、請求項２１〜５５のいずれか一項に記載の方法。
57. 前記哺乳類が、手術、放射線療法、化学療法、または免疫療法のうちの一つ以上で予め治療された、請求項５６記載の方法。
58. 前記哺乳類が細胞傷害性療法で予め治療された、請求項５６または５７に記載の方法。
59. 前記方法が、別の治療剤を投与することまたは別の治療を施すことをさらに含む、請求項２１〜５８のいずれか一項に記載の方法。
60. 前記方法が、手術、放射線療法、化学療法、免疫療法、抗血管新生薬、または抗炎症薬のうちの一つ以上を施すことをさらに含む、請求項５９に記載の方法。
61. 宿主細胞培養においてポリペプチドをコードする核酸を発現することによって、請求項１〜８のいずれか一項に記載のポリペプチドを製造する方法。
62. 宿主細胞培養において抗体剤をコードする核酸を発現することによって、請求項１５〜１８のいずれか一項に記載の抗体剤を製造する方法。
63. 請求項１〜８のいずれか一項に記載のポリペプチド、請求項９〜１２のいずれか一項に記載の前記単離された核酸、請求項１３に記載の前記ベクター、請求項１４に記載の前記単離された細胞、または、請求項１５〜１８のいずれか一項に記載の前記抗体剤を、薬剤的に許容可能な担体と組み合わせることと、対象に投与するために調製することとによって、請求項１９または２０の前記組成物を製造する方法。
64. 投与するために調製する工程が、非経口送達のための調製を含む、請求項６３に記載の方法。
65. 請求項２１〜６０のいずれか一項に記載の方法のうちの一つにおいて用いるための、請求項１〜８のいずれか一項に記載のポリペプチド、請求項９〜１２のいずれか一項に記載の前記単離された核酸、請求項１３に記載の前記ベクター、請求項１４に記載の前記単離された細胞、請求項１５〜１８のいずれか一項に記載の前記抗体剤、または、請求項１９もしくは２０に記載の前記組成物を製造する方法。