JP2018534927A - Ｉｃｏｓ発現を決定する遺伝子シグネチャー - Google Patents

Ｉｃｏｓ発現を決定する遺伝子シグネチャー Download PDF

Info

Publication number
JP2018534927A
JP2018534927A JP2018520607A JP2018520607A JP2018534927A JP 2018534927 A JP2018534927 A JP 2018534927A JP 2018520607 A JP2018520607 A JP 2018520607A JP 2018520607 A JP2018520607 A JP 2018520607A JP 2018534927 A JP2018534927 A JP 2018534927A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
seq
amino acid
acid sequence
antibody
icos
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2018520607A
Other languages
English (en)
Inventor
ジェイソン ウィンダム リーヴズ，
ジェイソン ウィンダム リーヴズ，
イゴル フェルドマン，
イゴル フェルドマン，
クリストファー ハーヴィー，
クリストファー ハーヴィー，
スリイラム サティヤナラヤナン，
スリイラム サティヤナラヤナン，
ヘザー ヒルシュ，
ヘザー ヒルシュ，
ローレン ペッパー マッケンジー，
ローレン ペッパー マッケンジー，
アミット デシュパンデ，
アミット デシュパンデ，
スティーヴン サジンスキー，
スティーヴン サジンスキー，
ジェニファー エス． マイケルソン，
ジェニファー エス． マイケルソン，
クトゥル ゴスク エルペク，
クトゥル ゴスク エルペク，
Original Assignee
ジョンス セラピューティクス， インコーポレイテッド
ジョンス セラピューティクス， インコーポレイテッド
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by ジョンス セラピューティクス， インコーポレイテッド, ジョンス セラピューティクス， インコーポレイテッド filed Critical ジョンス セラピューティクス， インコーポレイテッド
Publication of JP2018534927A publication Critical patent/JP2018534927A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2803—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
    • C07K16/2818—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily against CD28 or CD152
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
    • A61K2039/507—Comprising a combination of two or more separate antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0011—Cancer antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
    • A61K39/39533—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals
    • A61K39/39558—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals against tumor tissues, cells, antigens
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/20—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/20—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin
    • C07K2317/24—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin containing regions, domains or residues from different species, e.g. chimeric, humanized or veneered
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/30—Immunoglobulins specific features characterized by aspects of specificity or valency
    • C07K2317/33—Crossreactivity, e.g. for species or epitope, or lack of said crossreactivity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
    • C07K2317/73—Inducing cell death, e.g. apoptosis, necrosis or inhibition of cell proliferation
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
    • C07K2317/75—Agonist effect on antigen
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
    • C07K2317/76—Antagonist effect on antigen, e.g. neutralization or inhibition of binding
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/90—Immunoglobulins specific features characterized by (pharmaco)kinetic aspects or by stability of the immunoglobulin
    • C07K2317/92—Affinity (KD), association rate (Ka), dissociation rate (Kd) or EC50 value
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Abstract

ＩＣＯＳ発現レベルと相関する遺伝子発現シグネチャーが提供される。患者において遺伝子シグネチャーの使用によりＩＣＯＳ発現レベルを決定すること及び抗ＩＣＯＳ抗体を投与することを含む治療方法も、提供される。【選択図】なし

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１５年１０月２２日出願の米国特許仮出願第６２／２４５，１８０号、２０１６年３月２２日出願の同第６２／３１１，４８６号、２０１６年７月６日出願の同第６２／３５９，０６９号及び２０１６年９月１６日出願の同第６２／３９５，９７０号の優先権の利益を主張し、これらは、それぞれあらゆる目的においてその全体が参照として組み込まれる。
ＩＣＯＳ発現レベルと相関する遺伝子発現シグネチャーが提供される。患者において遺伝子シグネチャーの使用によりＩＣＯＳ発現レベルを決定すること及び抗ＩＣＯＳ抗体を投与することを含む治療方法も、提供される。
ＩＣＯＳは、Ｂ７／ＣＤ２８／ＣＴＬＡ−４免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーであり、Ｔ細胞に特異的に発現する。Ｔ細胞に構成的に発現し、かつ静止Ｔ細胞の完全な活性化に必要な共刺激シグナルをもたらすＣＤ２８と異なり、ＩＣＯＳは、初期Ｔ細胞活性化の後にのみ発現する。
ＩＣＯＳは、Ｔ細胞応答の多様な局面に関与している（Ｓｉｍｐｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１０，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２２：３２６−３３２に総説されている）。胚中心の形成、Ｔ／Ｂ細胞の協力及び免疫グロブリンのクラス転換において役割を果たしている。ＩＣＯＳ欠乏マウスは、損なわれた胚中心の形成を示し、インターロイキンＩＬ−１０の産生が減少している。これらの欠損は、濾胞性ヘルパーＴ細胞の欠乏に特異的に関連している。
ＩＣＯＳは、Ｔｈ１、Ｔｈ２及びＴｈ１７を含む他のＴ細胞サブセットの発生及び機能においても役割を果たしている。注目すべきことに、ＩＣＯＳは、Ｔｈ１及びＴｈ２細胞の両方と関連してＴ細胞繁殖及びサイトカイン分泌を共刺激する。したがって、ＩＣＯＳ ＫＯマウスは、糖尿病（Ｔｈ１）、気道炎症（Ｔｈ２）及びＥＡＥ神経炎症モデル（Ｔｈ１７）を含む、様々な疾患モデルの自己免疫性表現型の発生障害を示している。
エフェクターＴ（Ｔｅｆｆ）細胞機能の調節における役割に加えて、ＩＣＯＳは、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）も調節する。ＩＣＯＳは、Ｔｒｅｇに高レベルで発現し、Ｔｒｅｇの恒常性及び機能性に関与している。
活性化されると、ジスルフィド連結ホモ二量体であるＩＣＯＳは、ＰＩ３Ｋ及びＡＫＴ経路を介してシグナルを誘導する。後に続くシグナル伝達事象は、系列特異的転写因子（例えば、Ｔ−ｂｅｔ、ＧＡＴＡ−３）の発現をもたらし、次にＴ細胞繁殖及び生存に影響を及ぼす。
ＩＣＯＳリガンド（ＩＣＯＳＬ、Ｂ７−Ｈ２、Ｂ７ＲＰ１、ＣＤ２７５、ＧＬ５０）もＢ７スーパーファミリーのメンバーであり、ＩＣＯＳの唯一のリガンドであり、Ｂ細胞、マクロファージ及び樹状細胞の細胞表面に発現する。ＩＣＯＳＬは、ＩＣＯＳとの相互作用において、細胞表面で非共有結合連結ホモ二量体として機能する。ヒトＩＣＯＳＬは、ヒトＣＤ２８及びＣＴＬＡ−４に結合するが、マウスＩＣＯＳＬは結合しないことが報告されている（Ｙａｏ ｅｔ ａｌ．，２０１１，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ，３４：７２９−７４０）。
いくつかの実施形態では、試料においてＩＣＯＳ発現レベルを決定する方法であって、表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡのレベルを検出することを含む方法が提供される。いくつか実施形態において、表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡのレベルを検出することは、ＩＣＯＳのみを検出することより堅牢なＩＣＯＳ発現決定アッセイを提供する。
いくつかの実施形態では、試料においてＩＣＯＳ発現レベルを決定する方法であって、癌がマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）陽性であるかを決定することを含む方法が提供される。いくつかの実施形態において、癌がＭＳＩ陽性の場合、ＩＣＯＳ発現は高まっていると決定される。いくつかの実施形態において、癌が高ＭＳＩの場合、ＩＣＯＳ発現は高まっていると決定される。
いくつかの実施形態では、癌が抗ＩＣＯＳ抗体療法に応答しているかを予測する方法であって、癌を有する対象の試料において表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡのレベルを検出することを含む方法が提供される。いくつか実施形態において、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡのレベルが閾値レベルを超える場合、癌は、抗ＩＣＯＳ抗体療法に応答していると予測される。
いくつかの実施形態では、癌が抗ＩＣＯＳ抗体療法に応答するかを予測する方法であって、癌がマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）陽性であるかを決定することを含む方法が提供される。いくつかの実施形態において、癌がＭＳＩ陽性である場合、癌は、抗ＩＣＯＳ抗体療法に応答すると予測される。いくつかの実施形態において、癌が高ＭＳＩである場合、癌は、抗ＩＣＯＳ抗体療法に応答すると予測される。図３６に示されているように、高ＭＳＩ（ＭＳＩ−Ｈ）癌は、より高いレベルのＩＣＯＳを発現する。したがって、いくつかの実施形態では、ＭＳＩ−Ｈ癌を治療する方法であって、抗ＩＣＯＳ抗体療法を投与することを含む方法が提供される。いくつかの実施形態において、ＭＳＩ−Ｈ癌は、結腸腺癌（ＣＯＡＤ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ、胃癌としても知られている）及び子宮体内膜癌（ｕｔｅｒｉｎｅ ｃｏｒｐｕｓ ｅｎｄｏｍｅｔｒｉａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ（ＵＣＥＣ）から選択される。
いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体による治療から利益を受ける可能性がある、癌を有する対象を特定する方法であって、対象の試料において表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡのレベルを検出することを含む方法が提供される。いくつか実施形態において、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡのレベルが閾値レベルを超える場合、対象は、抗ＩＣＯＳ抗体による治療から利益を受ける可能性があると特定される。
いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体による治療から利益を受ける可能性がある、癌を有する対象を特定する方法であって、癌がマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）陽性であるかを決定することを含む方法が提供される。いくつかの実施形態において、癌がＭＳＩ陽性である場合、対象は、抗ＩＣＯＳ抗体療法による治療から利益を受ける可能性がある。いくつかの実施形態において、癌が高ＭＳＩである場合、対象は、抗ＩＣＯＳ抗体療法による治療から利益を受ける可能性がある。
いくつかの実施形態では、癌を有する対象に癌療法を選択する方法であって、対象の試料において表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡのレベルを検出すること、及び少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡのレベルが閾値レベルを超える場合、療法に抗ＩＣＯＳ抗体を選択することを含む方法が、提供される。
いくつかの実施形態では、癌を有する対象に癌療法を選択する方法であって、癌がマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）陽性であるかを決定することを含む方法が提供される。いくつかの実施形態において、癌がＭＳＩ陽性の場合、抗ＩＣＯＳ抗体療法が選択される。いくつかの実施形態において、癌が高ＭＳＩの場合、抗ＩＣＯＳ抗体療法が選択される。
いくつかの実施形態において、本開示の方法は、有効量の抗ＩＣＯＳ抗体を対象に投与することを更に含む。
いくつかの実施形態では、対象の癌を治療する方法であって、対象の試料において表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡのレベルを検出すること、及び少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡのレベルが閾値レベルを超える場合、対象を有効量の抗ＩＣＯＳ抗体で治療することを含む方法が、提供される。
本開示による方法のいくつかの実施形態において、閾値レベルは、基準ｍＲＮＡと比べて決定される。いくつかの実施形態において、基準ｍＲＮＡはハウスキーピングｍＲＮＡである。
本開示による方法のいくつかの実施形態において、方法は、ＣＣＲ５、ＣＤ２、ＣＤ９６、ＣＴＬＡ４、ＣＸＣＲ６、ＦＯＸＰ３、ＩＣＯＳ、ＩＴＫ、Ｐ２ＲＹ１０、ＳＩＲＰＧ及びＴＩＧＩＴから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡのレベルを検出することを含む。
本開示による方法のいくつかの実施形態において、検出は、増幅及びハイブリッド形成から選択される少なくとも１つの方法を含む。いくつかの実施形態において、方法は定量的ＰＣＲを含む。いくつかの実施形態において、方法はアレイによるハイブリッド形成を含む。
本開示による方法のいくつかの実施形態において、癌がＭＳＩ陽性であるかを決定することは、マイクロサテライト不安定性のマーカーをＰＣＲにより検出することを含む。いくつかのそのような実施形態において、方法は、マーカー（座）のＢＡＴ２５、ＢＡＴ２６、Ｄ５Ｓ３４６、Ｄ２Ｓ１２３及びＤ１７Ｓ２５０における遺伝子不安定性をＰＣＲにより検出することを含む。いくつかの実施形態において、遺伝子不安定性が２つ以上のマーカーで検出される場合、癌は高ＭＳＩである。いくつかの実施形態において、遺伝子不安定性が１つのマーカーで検出される場合、癌は低ＭＳＩである。いくつかの実施形態において、遺伝子不安定性が検出されるマーカーがゼロ（０）の場合、癌はＭＳＳである。いくつかの実施形態において、遺伝子不安定性が、ＰＣＲにより試験したマーカー（座）のうち少なくとも３０％で検出される場合、癌は高ＭＳＩである。いくつかの実施形態において、遺伝子不安定性が、ＰＣＲにより試験したマーカー（座）のうち０％を超えるが３０％未満で検出される場合、癌は低ＭＳＩである。いくつかの実施形態において、遺伝子不安定性が、ＰＣＲにより試験したマーカー（座）の０％で検出される場合、癌はＭＳＳである。本開示による方法のいくつかの実施形態において、癌がＭＳＩ陽性であるかを決定することは、１個以上のミスマッチ修復タンパク質をＩＨＣにより検出することを含む。いくつかの実施形態において、方法は、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＰＭＳ２及びＭＳＨ６から選択される１、２、３、または４個のミスマッチ修復タンパク質を検出することを含む。いくつかの実施形態において、１個以上のミスマッチ修復タンパク質がＩＨＣにより検出されない場合、癌はＭＳＩ陽性である。
本開示による方法のいくつかの実施形態において、試料は癌試料である。
本開示による方法のいくつかの実施形態において、対象は、黒色腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、胃癌、膀胱癌、子宮内膜癌（子宮体内膜癌（ＵＣＥＣ）を含む）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）及び三種陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される癌を有する。いくつかの実施形態において、対象は、黒色腫、胃癌、子宮内膜癌（子宮体内膜癌（ＵＣＥＣ）を含む）、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）及び三種陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される癌を有する。いくつかの実施形態において、対象は、終末呼吸単位（ｔｅｒｍｉｎａｌ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｕｎｉｔ）（ＴＲＵ）及び近位炎症性（ｐｒｏｘ−ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ）から選択される肺腺癌サブタイプを有する。いくつかの実施形態において、対象は、肺扁平上皮癌の分泌性サブタイプを有する。いくつかの実施形態において、対象は、ＨＰＶ＋、ＨＰＶ−、基底、異型及び間葉から選択される頭頸部扁平上皮癌サブタイプを有する。いくつかの実施形態において、対象は、ＨＥＲ２＋及び三種陰性から選択される浸潤性乳癌サブタイプを有する。いくつかの実施形態において、対象は、子宮体内膜癌のＰＯＬＥ突然変異サブタイプを有する。いくつかの実施形態において、対象は、ＭＳＩ−Ｈの子宮体内膜癌（ＵＣＥＣ）を有する。いくつかの実施形態において、対象は、ＨＰＶ＋の頸部扁平上皮癌及び子宮頸部腺癌を有する。いくつかの実施形態において、対象は、ＭＳＩ−Ｈ、ＣＮ安定型及びＥＶ＋から選択される胃腺癌サブタイプを有する。いくつかの実施形態において、対象は、膀胱尿路上皮癌の基底ＩＩＩ（扁平）または基底ＩＶ（間葉）サブタイプを有する。いくつかの実施形態において、対象は、膵臓腺癌の免疫原性サブタイプを有する。いくつかの実施形態において、対象は、肝細胞癌のＳ１サブタイプを有する。
いくつかの実施形態において、治療作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体による治療を患者に選択する方法であって、患者のＴ細胞を、試験作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体と接触させ、ＮＫｐ４６リガンド（ＮＫｐ４６−Ｌ）がＴ細胞に誘導されるかを決定することを含む方法が、提供される。いくつかの実施形態において、患者が治療作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体による治療に応答するかを決定する方法であって、患者のＴ細胞を、試験作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体と接触させ、ＮＫｐ４６リガンド（ＮＫｐ４６−Ｌ）がＴ細胞に誘導されるかを決定することを含む方法が、提供される。いくつかの実施形態において、ＮＫｐ４６−ＬがＴ細胞に誘導される場合、患者には、治療作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体による治療が選択される。いくつかの実施形態において、Ｔ細胞はＴｒｅｇ細胞である。いくつかの実施形態において、ＮＫｐ４６−Ｌが、Ｔｅｆｆ細胞より大きな程度でＴｒｅｇ細胞に誘導される場合、患者には、治療作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体による治療が選択される。いくつかの実施形態において、Ｔ細胞によるＮＫｐ４６−Ｌの誘導は、フローサイトメトリーアッセイにおいて可溶性ＮＫｐ４６細胞外ドメインを使用して決定される。いくつかの実施形態において、Ｔ細胞は、患者の血液試料に含まれる。いくつかの実施形態において、Ｔ細胞は、患者の末梢血単核球（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｍｏｎｏｎｕｃｌｅｏｃｙｔｅ）（ＰＢＭＣ）試料に含まれる。いくつかの実施形態において、治療作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体及び試験作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体は同じである。いくつかの実施形態において、治療作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体及び試験作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体は異なっている。
本開示による方法のいくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、ヒトＩＣＯＳに結合し、この抗体は、マウスＩＣＯＳ及び／またはラットＩＣＯＳにも結合する。いくつかの実施形態において、抗体は、５ｎＭ未満の親和性（ＫＤ）でヒトＩＣＯＳに結合する。いくつかの実施形態において、抗体は、１０ｎＭ未満の親和性（ＫＤ）でラットＩＣＯＳに結合する。いくつかの実施形態において、親和性はバイオレイヤー干渉法を使用して決定される。いくつかの実施形態において、抗体は、ヒトＩＣＯＳ、マウスＩＣＯＳ及びラットＩＣＯＳに結合する。いくつかの実施形態において、抗体は、カニクイザルＩＣＯＳに結合する。
本開示による方法のいくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は以下を含む。
ｉ）（ａ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｉｉ）（ａ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｉｉｉ）（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号６６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｉｖ）（ａ）配列番号２２、６２、７２、８２、９２、１０２及び１１２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２３、６３、７３、８３、９３、１０３及び１１３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２４、６４、７４、８４、９４、１０４及び１１４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２５、６５、７５、８５、９５、１０５及び１１５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２６、６６、７６、８６、９６、１０６及び１１６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、ならびに（ｆ）配列番号２７、６７、７７、８７、９７、１０７及び１１７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｖ）（ａ）配列番号３２、１６２、１７２及び１８２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３３、１６３、１７３及び１８３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号、３４、１６４、１７４及び１８４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号３５、１６５、１７５及び１８５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３６、１６６、１７６及び１８６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、ならびに（ｆ）配列番号３７、１６７、１７７及び１８７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｖｉ）（ａ）配列番号５２、１２２、１３２、１４２及び１５２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５３、１２３、１３３、１４３及び１５３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号、５４、１２４、１３４、１４４及び１５４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号５５、１２５、１３５、１４５及び１５５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５６、１２６、１３６、１４６及び１５６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、ならびに（ｆ）配列番号５７、１２７、１３７、１４７及び１５７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｖｉｉ）（ａ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｖｉｉｉ）（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｉｘ）（ａ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｘ）（ａ）配列番号７２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号７３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号７４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号７５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号７６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号７７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｘｉ）（ａ）配列番号８２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号８３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号８４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号８５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号８６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号８７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｘｉｉ）（ａ）配列番号９２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号９３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号９４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号９５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号９７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｘｉｉｉ）（ａ）配列番号１０２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１０３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１０４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｘｉｖ）（ａ）配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｘｖ）（ａ）配列番号１２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１２４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｘｖｉ）（ａ）配列番号１３２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１３４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１３６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１３７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、または（ａ）配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｘｖｉｉ）（ａ）配列番号１５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１５３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１５５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｘｖｉｉｉ）（ａ）配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１６３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１６４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｘｉｘ）（ａ）配列番号１７２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１７３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１７４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１７５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１７６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１７７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
ｘｘ）（ａ）配列番号１８２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１８３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１８４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１８５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１８６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１８７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３。
本開示による方法のいくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は以下を含む。
ｉ）（ａ）配列番号１９４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１９５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１９６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１９７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１９８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１９９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、または
ｉｉ）（ａ）配列番号２０２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２０３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２０４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２０５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２０６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２０７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、または
ｉｉｉ）（ａ）配列番号２１０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２１１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２１３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２１４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３。
本開示による方法のいくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、
ｉ）ＶＨは、配列番号１９２のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号１９３のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｉｉ）ＶＨは、配列番号２００のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号２０１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｉｉｉ）ＶＨは、配列番号２０８のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号２０９のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある。
本開示による方法のいくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、
ｉ）ＶＨは配列番号１９２のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号１９３のアミノ酸配列を含む、または
ｉｉ）ＶＨは配列番号２００のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号２０１のアミノ酸配列を含む、または
ｉｉｉ）ＶＨは配列番号２０８のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号２０９のアミノ酸配列を含む。
本開示による方法のいくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、
ｉ）ＶＨは、配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号１１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｉｉ）ＶＨは、配列番号２０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号２１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｉｉｉ）ＶＨは、配列番号３０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号３１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｉｖ）ＶＨは、配列番号４０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号４１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｖ）ＶＨは、配列番号５０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号５１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｖｉ）ＶＨは、配列番号６０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号６１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｖｉｉ）ＶＨは、配列番号７０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号７１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｖｉｉｉ）ＶＨは、配列番号８０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号８１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｉｘ）ＶＨは、配列番号９０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号９１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｘ）ＶＨは、配列番号１００のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号１０１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｘｉ）ＶＨは、配列番号１１０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号１１１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｘｉｉ）ＶＨは、配列番号１２０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号１２１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｘｉｉｉ）ＶＨは、配列番号１３０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号１３１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｘｉｖ）ＶＨは、配列番号１４０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号１４１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｘｖ）ＶＨは、配列番号１５０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号１５１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｘｖｉ）ＶＨは、配列番号１６０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号１６１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｘｖｉｉ）ＶＨは、配列番号１７０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号１７１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ｘｖｉｉｉ）ＶＨは、配列番号１８０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号１８１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある。
本開示による方法のいくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、
ｉ）ＶＨは配列番号１０のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号１１のアミノ酸配列を含む、または
ｉｉ）ＶＨは配列番号２０のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号２１のアミノ酸配列を含む、または
ｉｉｉ）ＶＨは配列番号３０のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号３１のアミノ酸配列を含む、または
ｉｖ）ＶＨは配列番号４０のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号４１のアミノ酸配列を含む、または
ｖ）ＶＨは配列番号５０のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号５１のアミノ酸配列を含む、または
ｖｉ）ＶＨは配列番号６０のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号６１のアミノ酸配列を含む、または
ｖｉｉ）ＶＨは配列番号７０のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号７１のアミノ酸配列を含む、または
ｖｉｉｉ）ＶＨは配列番号８０のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号８１のアミノ酸配列を含む、または
ｉｘ）ＶＨは配列番号９０のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号９１のアミノ酸配列を含む、または
ｘ）ＶＨは配列番号１００のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号１０１のアミノ酸配列を含む、または
ｘｉ）ＶＨは配列番号１１０のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号１１１のアミノ酸配列を含む、または
ｘｉｉ）ＶＨは配列番号１２０のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号１２１のアミノ酸配列を含む、または
ｘｉｉｉ）ＶＨは配列番号１３０のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号１３１のアミノ酸配列を含む、または
ｘｉｖ）ＶＨは配列番号１４０のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号１４１のアミノ酸配列を含む、または
ｘｖ）ＶＨは配列番号１５０のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号１５１のアミノ酸配列を含む、または
ｘｖｉ）ＶＨは配列番号１６０のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号１６１のアミノ酸配列を含む、または
ｘｖｉｉ）ＶＨは配列番号１７０のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号１７１のアミノ酸配列を含む、または
ＶＨは配列番号１８０のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号１８１のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、キメラ抗体またはヒト化抗体である。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、または（Ｆａｂ’）２フラグメントから選択される抗体フラグメントである。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、完全長抗体である。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１８８のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号１８９のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む.
本開示による方法のいくつかの実施形態において、哺乳動物への抗ＩＣＯＳ抗体の投与は、哺乳動物においてエフェクターＴ（Ｔｅｆｆ）細胞の増加をもたらす。いくつかの実施形態において、哺乳動物への抗体の投与は、哺乳動物においてエフェクターＴ（Ｔｅｆｆ）細胞の活性化をもたらす。いくつかの実施形態において、哺乳動物への抗体の投与は、Ｔｅｆｆ細胞とＴｒｅｇ細胞の比を増加させる。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ４＋ＦｏｘＰ３− Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ４＋ＦｏｘＰ３−Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞である。
本開示による方法のいくつかの実施形態において、哺乳動物への抗体の投与は、哺乳動物において制御性Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞の増加をもたらす。いくつかの実施形態において、Ｔｒｅｇ細胞は、ＣＤ４＋ＦｏｘＰ３＋Ｔ細胞である。
本開示による方法のいくつかの実施形態において、哺乳動物への抗体の投与は、Ｔ細胞のＮＫｐ４６へのリガンド（ＮＫｐ４６−Ｌ）のレベルを増加させる。いくつかの実施形態において、Ｔ細胞へのＮＫｐ４６−Ｌのレベルの増加は、フローサイトメトリーアッセイにおいて可溶性ＮＫｐ４６細胞外ドメインを使用して決定される。いくつかの実施形態において、抗体は、Ｔｒｅｇ細胞へのＮＫｐ４６−Ｌのレベルを、抗体がＴｅｆｆ細胞へのＮＫｐ４６−Ｌのレベルを増加するよりも大きく増加する。いくつかの実施形態において、抗体は、ＮＫ細胞によるＣＤ１６のシェディング（ｓｈｅｄｄｉｎｇ）を増加する。
本開示による方法のいくつかの実施形態において、対象はヒトである。
本開示による方法のいくつかの実施形態において、本方法は、抗ＩＣＯＳ抗体及び少なくとも１つの追加の治療剤の投与を含む。いくつかの実施形態において、追加の治療剤は、抗ＩＣＯＳ抗体と同時または順次に投与される。いくつかの実施形態において、追加の治療剤はＰＤ−１療法である。いくつかの実施形態において、追加の治療剤は、抗ＰＤ−１抗体及び抗ＰＤ−Ｌ１抗体から選択される。いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体は、ニボルマブと共に投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体は、ペムブロリズマブと共に投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体は、アテゾリズマブと共に投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体は、アベルマブと共に投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体は、デュルバルマブと共に投与される。
いくつかの実施形態において、追加の治療剤は癌ワクチンである。いくつかの実施形態において、癌ワクチンは、ＤＮＡワクチン、改変ウイルスワクチン、改変腫瘍細胞ワクチン及び新生抗原の使用により開発された癌ワクチンから選択される。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体は、作動薬抗ＯＸ４０抗体と共に投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体は、抗ＣＴＬＡ４抗体と共に投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体は、イピリムマブと共に投与される。
いくつかの実施形態において、追加の治療薬は化学療法剤である。非限定的な例示の化学療法剤には、カペシタビン、シクロホスファミド、ダカルバジン、テモゾロミド、シクロホスファミド、ドセタキセル、ドキソルビシン、ダウノルビシン、シスプラチン、カルボプラチン、エピルビシン、エリブリン、５−ＦＵ、ゲムシタビン、イリノテカン、イクサベピロン、メトトレキセート、ミトキサントロン、オキサリプラチン、パクリタキセル、ｎａｂ−パクリタキセル、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標）（タンパク質結合パクリタキセル）、ペメトレキセド、ビノレルビン及びビンクリスチンが含まれる。いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体は、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標）（Ｃｅｌｇｅｎｅ）と共に投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体は、少なくとも１つのキナーゼ阻害剤と共に投与される。非限定的な例示のキナーゼ阻害剤には、エルロチニブ、アファチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、ダブラフェニブ、トラメチニブ、ベムラフェニブ及びコビメチニブが含まれる。
いくつかの実施形態において、追加の治療剤はＩＤＯ阻害剤である。非限定的な例示のＩＤＯ阻害剤には、Ｉｎｄｏｘｉｍｏｄ（Ｎｅｗ Ｌｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＩＮＣＢ０２４３６０（Ｉｎｃｙｔｅ Ｃｏｒｐ）、１−メチル−Ｄ−トリプトファン（Ｎｅｗ Ｌｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）及びＧＤＣ−０９１９（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）が含まれる。いくつかの実施形態において、追加の治療剤は免疫修飾薬（ＩＭｉＤ）である。非限定的な例示のＩＭｉＤには、サリドマイド、レナリドミド及びポマリドミドが含まれる。
いくつかの実施形態において、哺乳動物は、本明細書に記載されている抗ＩＣＯＳ抗体の投与に加えて、ＣＡＲ−Ｔ療法を受ける。
いくつかの実施形態において、哺乳動物は、追加の治療剤を伴って、または伴うことなく、本明細書に記載されている抗ＩＣＯＳ抗体の投与に加えて、外科手術及び／または放射線療法を受ける。いくつかの実施形態において、哺乳動物は、追加の治療剤を伴って、または伴うことなく、本明細書に記載されている抗ＩＣＯＳ抗体の投与に加えて、放射線療法を受ける。
いくつか実施形態では、試料においてＩＣＯＳ発現のレベルを決定するための、表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡの使用が、提供される。いくつかの実施形態において、試料は癌試料である。
いくつか実施形態では、癌が抗ＩＣＯＳ抗体療法に応答するかを予測するための、表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡの使用が、提供される。
いくつか実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体による治療から利益を受ける可能性がある、癌を有する対象を特定するための、表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡの使用が、提供される。
いくつか実施形態では、癌療法が抗ＩＣＯＳ抗体を含み、癌を有する対象にこの癌療法を選択するための、表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡの使用が、提供される。
本開示による使用のいくつかの実施形態において、癌は、黒色腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、胃癌、膀胱癌、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）及び三種陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される。いくつかの実施形態において、癌は、黒色腫、胃癌、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）及び三種陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される。
いくつかの実施形態において、本開示は、以下を含む単離抗体を提供する。
（ａ）配列番号１９４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１９５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１９６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１９７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１９８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１９９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、または
（ａ）配列番号２０２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２０３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２０４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２０５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２０６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２０７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、または
（ａ）配列番号２１０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２１１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２１３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２１４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３。
いくつかの実施形態において、抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、
ＶＨは、配列番号１９２のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号１９３のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ＶＨは、配列番号２００のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号２０１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
ＶＨは、配列番号２０８のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、ＶＬは、配列番号２０９のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある。
いくつかの実施形態において、抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、
ＶＨは配列番号１９２のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号１９３のアミノ酸配列を含む、または
ＶＨは配列番号２００のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号２０１のアミノ酸配列を含む、または
ＶＨは配列番号２０８のアミノ酸配列を含み、ＶＬは配列番号２０９のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの実施形態において、抗体は、キメラ抗体またはヒト化抗体である。いくつかの実施形態において、抗体は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、または（Ｆａｂ’）２フラグメントから選択される抗体フラグメントである。いくつかの実施形態において、抗体は、完全長抗体である。
いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示されている抗体と薬学的に許容される担体とを含む組成物を提供する。
いくつかの実施形態において、本開示は、ＩＣＯＳを検出するため、ＩＣＯＳを阻害するため、ＩＣＯＳの発現レベルを決定するため、癌が抗ＩＣＯＳ療法に応答するかを予測するため、抗ＩＣＯＳ抗体による治療から利益を受ける可能性がある、癌を有する対象を特定するため、癌を有する対象に癌療法を選択するため、または癌を治療するための、本明細書に開示されている抗体の使用を提供する。
いくつかの実施形態において、本開示は、ＩＣＯＳを阻害する、または癌を治療する医薬の調製における、本明細書に開示されている抗体の使用を提供する。
いくつかの実施形態において、本開示は、ＩＣＯＳを検出するため、ＩＣＯＳの発現レベルを決定するため、癌が抗ＩＣＯＳ療法に応答するかを予測するため、抗ＩＣＯＳ抗体による治療から利益を受ける可能性がある、癌を有する対象を特定するため、または癌を有する対象に癌療法を選択するための組成物の調製における、本明細書に開示されている抗体の使用を提供する。
いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示されている抗体をコードする核酸を提供する。
いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示されている抗体をコードする核酸を含む宿主細胞を提供する。
いくつかの実施形態において、本開示は、本明細書に開示されている抗体を産生する方法であって、本明細書に開示されている抗体をコードする核酸を含む宿主細胞を培養することを含み、宿主細胞が、抗体が発現する条件下で培養される方法を提供するいくつかの実施形態において、本方法は、抗体を精製することを更に含む。
複数のヒト腫瘍にわたるＩＣＯＳ ｍＲＮＡのレベルである。Ａ）様々な適応症にわたる正規化ＩＣＯＳ ｍＲＮＡレベルの平均強度及び７５％信頼区間がプロットされている。７５％信頼範囲外の強度を有する試料が示されている（点）。Ｂ）免疫組織化学（ＩＨＣ）により０、１＋、２＋、または３＋のＩＣＯＳ染色を示す、示された各種類の腫瘍の率である。 複数のヒト腫瘍にわたるＩＣＯＳ ｍＲＮＡのレベルである。Ａ）様々な適応症にわたる正規化ＩＣＯＳ ｍＲＮＡレベルの平均強度及び７５％信頼区間がプロットされている。７５％信頼範囲外の強度を有する試料が示されている（点）。Ｂ）免疫組織化学（ＩＨＣ）により０、１＋、２＋、または３＋のＩＣＯＳ染色を示す、示された各種類の腫瘍の率である。 ＩＣＯＳ発現とＴ細胞浸潤との相関関係である。約４５０個のＨＮＳＣＣ腫瘍のＩＣＯＳ ｍＲＮＡのレベルを、１２遺伝子Ｔ細胞関連ケモカインシグネチャースコア又はＦｏｘＰ３ ｍＲＮＡのレベルと比較した。それぞれの腫瘍の正規化ケモカインシグネチャーまたはＦｏｘＰ３ ｍＲＮＡのレベルが、Ｙ軸にプロットされており、ＩＣＯＳのｍＲＮＡのレベルが、Ｘ軸にプロットされている。スピアマン相関（Ｒ）の関連性が、グラフに示されている［Ｃｏｒｒ（Ｓ）］。＞０．７５の相関関係（スピアマンＲ）が、強力な相関関係のカットオフと見なされる。 ＩＣＯＳ ｍＲＮＡ発現を、ＴＣＧＡ ＲＮＡ配列決定データ（ＮＣＩ）を使用して約４５０個のＨＮＳＣＣ腫瘍において比較した。それぞれの腫瘍の正規化ＣＴＬＡ−４、またはＰＤ−１、またはＰＤ−Ｌ１のｍＲＮＡのレベルが、Ｙ軸にプロットされており、ＩＣＯＳのｍＲＮＡのレベルが、Ｘ軸にプロットされている。スピアマンの相関関連性（Ｒ）が、グラフに示されている［Ｃｏｒｒ（Ｓ）］。ＩＣＯＳ発現レベルは、チェックポイント分子ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１の発現と有意に相関した。ＩＣＯＳとＰＤ−Ｌ１の弱い相関関係が観察された。＞０．７５の相関関係（スピアマンＲ）が、強力な相関関係のカットオフと見なされる。 ヒトＮＳＣＬＣ腫瘍における様々な強度のＩＣＯＳ染色の代表的画像である。 ヒト腫瘍におけるＩＣＯＳ細胞密度の分布である。ＩＣＯＳ細胞密度がそれぞれのヒト腫瘍において決定され、各種類の腫瘍の平均ＩＣＯＳ密度がＹ軸にプロットされている［ＮＳＣＬＣ（Ｎ＝１００）；ＨＮＳＣＣ（Ｎ＝１０２）；乳癌、主要なサブタイプ全て（Ｎ＝９４）；三種陰性乳癌、ＴＮＢＣ（Ｎ＝９５）；卵巣癌（Ｎ＝９４）］。統計分析は、ＡＮＯＶＡを使用して実施した。 ＮＳＣＬＣ試料におけるＩＣＯＳ細胞密度の多様性である。Ａ）ＩＣＯＳ発現の密度を肺腫瘍試料（Ｎ＝９８）のパネルにおいて評価し、腫瘍を陽性細胞／ｍｍ２のＩＣＯＳ＋密度に基づいてランク付けした。Ｂ）ＮＳＣＬＣ臨床試料（Ｎ＝２０４）の第２の独立群におけるＩＣＯＳ発現の多様性である。 ＮＳＣＬＣ試料におけるＩＣＯＳ細胞密度の多様性である。Ａ）ＩＣＯＳ発現の密度を肺腫瘍試料（Ｎ＝９８）のパネルにおいて評価し、腫瘍を陽性細胞／ｍｍ２のＩＣＯＳ＋密度に基づいてランク付けした。Ｂ）ＮＳＣＬＣ臨床試料（Ｎ＝２０４）の第２の独立群におけるＩＣＯＳ発現の多様性である。 ヒト癌の異なるＴ細胞サブセットにおけるＩＣＯＳ細胞密度の分布である。Ａ）識別されるＴ細胞区画におけるＩＣＯＳ染色を描写している代表的な画像である。矢印は、ＩＣＯＳ＋ ＦｏｘＰ３＋ Ｔｒｅｇ細胞、またはＩＣＯＳ＋ ＣＤ８− ＣＤ４エフェクターを指している。Ｂ）個別の腫瘍におけるＩＣＯＳ細胞密度を、ＦＯｘＰ３陽性ＣＤ４ Ｔｒｅｇ、またはＣＤ８陽性Ｔ細胞、ならびにＣＤ８陰性及びＦｏｘＰ３陰性ＣＤ４エフェクターにおいて分析した。平均ＩＣＯＳ密度及び各種類の腫瘍の標準偏差がプロットされている。［肺癌（Ｎ＝１００）；ＨＮＳＣＣ（Ｎ＝１０２）；三種陰性乳癌、ＴＮＢＣ（Ｎ＝９５）；卵巣癌（Ｎ＝９４）］。 ヒト癌の異なるＴ細胞サブセットにおけるＩＣＯＳ細胞密度の分布である。Ａ）識別されるＴ細胞区画におけるＩＣＯＳ染色を描写している代表的な画像である。矢印は、ＩＣＯＳ＋ ＦｏｘＰ３＋ Ｔｒｅｇ細胞、またはＩＣＯＳ＋ ＣＤ８− ＣＤ４エフェクターを指している。Ｂ）個別の腫瘍におけるＩＣＯＳ細胞密度を、ＦＯｘＰ３陽性ＣＤ４ Ｔｒｅｇ、またはＣＤ８陽性Ｔ細胞、ならびにＣＤ８陰性及びＦｏｘＰ３陰性ＣＤ４エフェクターにおいて分析した。平均ＩＣＯＳ密度及び各種類の腫瘍の標準偏差がプロットされている。［肺癌（Ｎ＝１００）；ＨＮＳＣＣ（Ｎ＝１０２）；三種陰性乳癌、ＴＮＢＣ（Ｎ＝９５）；卵巣癌（Ｎ＝９４）］。 高ＩＣＯＳ発現が、ＰＤ−Ｌ１高ＮＳＣＬＣ腫瘍において観察される。ＰＤ−Ｌ１／ＩＣＯＳ／ＰＤ−１多重ＩＨＣを利用して、ＩＣＯＳ及びＰＤ−Ｌ１のレベルを、一連のＮＳＣＬＣ腺癌（ｎ＝１５０）において評価した。Ａ）ＩＣＯＳ、ＰＤ−１及びＰＤ−Ｌ１で染色されたＰＤ−Ｌ１高（左側パネル）またはＰＤ−Ｌ１低（右側パネル）腫瘍の代表的な画像である。Ｂ）ＰＤ−Ｌ１高（＞５％の細胞がＰＤ−Ｌ１陽性）またはＰＤ−Ｌ１低（＜５％の細胞がＰＤ−Ｌ１陽性）の扁平上皮癌（左側パネル）及び腺癌（右側パネル）における、ＩＣＯＳ細胞密度の定量化である。 ヒト腫瘍ＴＩＬ分析が、Ｔｒｅｇ細胞及びＣＤ４エフェクターにおけるＩＣＯＳ発現を示している。Ａ）ＨＮＳＣＣ患者の異なるＴ細胞サブセット（Ｎ＝４）におけるＰＤ−１及びＩＣＯＳ発現の代表的な等高線プロットである。Ｂ）Ｔ細胞区画におけるＩＣＯＳ単独陽性細胞またはＩＣＯＳ ＰＤ−１二重陽性細胞の頻度が、示されている（ＨＮＳＣＣ Ｎ＝４、ＮＳＣＬＣ Ｎ＝３、卵巣 Ｎ＝４）。Ｃ）ＣＤ４ Ｔｒｅｇ細胞及びＣＤ４ Ｔｅｆｆ細胞におけるＩＣＯＳレベルの比較である。患者腫瘍試料のＣＤ４ Ｔ細胞サブセットにおける平均蛍光強度（ＭＦＩ、またはＩＣＯＳの幾何平均）により測定されたＩＣＯＳの染色強度が、プロットされている。 ヒト腫瘍ＴＩＬ分析が、Ｔｒｅｇ細胞及びＣＤ４エフェクターにおけるＩＣＯＳ発現を示している。Ａ）ＨＮＳＣＣ患者の異なるＴ細胞サブセット（Ｎ＝４）におけるＰＤ−１及びＩＣＯＳ発現の代表的な等高線プロットである。Ｂ）Ｔ細胞区画におけるＩＣＯＳ単独陽性細胞またはＩＣＯＳ ＰＤ−１二重陽性細胞の頻度が、示されている（ＨＮＳＣＣ Ｎ＝４、ＮＳＣＬＣ Ｎ＝３、卵巣 Ｎ＝４）。Ｃ）ＣＤ４ Ｔｒｅｇ細胞及びＣＤ４ Ｔｅｆｆ細胞におけるＩＣＯＳレベルの比較である。患者腫瘍試料のＣＤ４ Ｔ細胞サブセットにおける平均蛍光強度（ＭＦＩ、またはＩＣＯＳの幾何平均）により測定されたＩＣＯＳの染色強度が、プロットされている。 ヒト腫瘍ＴＩＬ分析が、Ｔｒｅｇ細胞及びＣＤ４エフェクターにおけるＩＣＯＳ発現を示している。Ａ）ＨＮＳＣＣ患者の異なるＴ細胞サブセット（Ｎ＝４）におけるＰＤ−１及びＩＣＯＳ発現の代表的な等高線プロットである。Ｂ）Ｔ細胞区画におけるＩＣＯＳ単独陽性細胞またはＩＣＯＳ ＰＤ−１二重陽性細胞の頻度が、示されている（ＨＮＳＣＣ Ｎ＝４、ＮＳＣＬＣ Ｎ＝３、卵巣 Ｎ＝４）。Ｃ）ＣＤ４ Ｔｒｅｇ細胞及びＣＤ４ Ｔｅｆｆ細胞におけるＩＣＯＳレベルの比較である。患者腫瘍試料のＣＤ４ Ｔ細胞サブセットにおける平均蛍光強度（ＭＦＩ、またはＩＣＯＳの幾何平均）により測定されたＩＣＯＳの染色強度が、プロットされている。 Ａ）最適以下の抗ＣＤ３の存在下での血小板結合フォーマットにおける一次ヒトＣＤ４＋ Ｔ細胞の繁殖に対する抗ＩＣＯＳ抗体の効果が、示されている。***した細胞の率がグラフで表されている。Ｂ）最適以下のＰＭＡの存在下での可溶性フォーマットにおけるヒトＣＤ４＋ Ｔ細胞の繁殖に対する抗ＩＣＯＳ抗体の効果が、示されている。***した細胞の率がグラフで表されている。Ｃ）最適以下の抗ＣＤ３の存在下での血小板結合フォーマットにおける一次ヒトＣＤ４＋ Ｔ細胞の繁殖に対する抗ＩＣＯＳ抗体３７Ａ１０Ｓ７１３−ｈＩｇＧ１の効果である。 Ａ）最適以下の抗ＣＤ３の存在下での血小板結合フォーマットにおける一次ヒトＣＤ４＋ Ｔ細胞の繁殖に対する抗ＩＣＯＳ抗体の効果が、示されている。***した細胞の率がグラフで表されている。Ｂ）最適以下のＰＭＡの存在下での可溶性フォーマットにおけるヒトＣＤ４＋ Ｔ細胞の繁殖に対する抗ＩＣＯＳ抗体の効果が、示されている。***した細胞の率がグラフで表されている。Ｃ）最適以下の抗ＣＤ３の存在下での血小板結合フォーマットにおける一次ヒトＣＤ４＋ Ｔ細胞の繁殖に対する抗ＩＣＯＳ抗体３７Ａ１０Ｓ７１３−ｈＩｇＧ１の効果である。 ＮＦ−ｋＢレポーターアッセイにおける抗ＩＣＯＳ抗体の評価が示されている。グラフは、ＧＦＰ＋細胞の率を示している。 ＮＦ−ｋＢレポーターアッセイにおける抗ＩＣＯＳ抗体の評価が示されている。グラフは、ＧＦＰ＋細胞の率を示している。 超抗原（ＳＥＢ）刺激を伴うＰＢＭＣアッセイにおける可溶性抗ＩＣＯＳ抗体の評価が、示されている。読み取りは、ＩＦＮｇ産生である。 抗ＩＣＯＳ抗体を、抗ＣＤ３の不在下でヒトＴ細胞繁殖アッセイにおいて潜在的な超作動性（ｓｕｐｅｒａｇｏｎｉｓｍ）について評価した。このアッセイの読み取りは、繁殖率である。 二次架橋剤の存在下または不在下における、ホスホノ−ＡＫＴ（ｐＡＫＴ）アッセイによる抗ＩＣＯＳ抗体の評価である。読み取りは、ｐＡＫＴ陽性であるＣＤ４ Ｔ細胞の率である。Ａ）二次架橋剤の不在下での結果である。Ｂ）二次架橋剤の存在下での結果である。 抗ＩＣＯＳ抗体を、Ｓａ１／Ｎ線維肉腫同系腫瘍モデルによって評価した。腫瘍増殖がｙ軸にプロットされている。Ａ）破線は個別のマウスの腫瘍増殖を示し、実線は群の平均増殖曲線を示す。群毎の無腫瘍マウスの数が示されている。Ｂ）各治療群における平均腫瘍体積である。 抗ＩＣＯＳ抗体を、Ｓａ１／Ｎ線維肉腫同系腫瘍モデルによって評価した。腫瘍増殖がｙ軸にプロットされている。Ａ）破線は個別のマウスの腫瘍増殖を示し、実線は群の平均増殖曲線を示す。群毎の無腫瘍マウスの数が示されている。Ｂ）各治療群における平均腫瘍体積である。 抗ＩＣＯＳ ７Ｆ１２により以前に治療された無腫瘍マウスに、Ｓａ１／Ｎ腫瘍を再負荷した。腫瘍増殖がｙ軸にプロットされている。 Ｓａ１／Ｎ腫瘍増殖に対する、ｍＧ１及びｍＧ２ａ Ｆｃを伴うハムスター抗ＩＣＯＳ抗体３７Ａ１０の効果である。破線は個別のマウスの個別の腫瘍増殖を示し、実線は群の平均腫瘍増殖曲線を示す。群毎の無腫瘍マウスの数が示されている。 ＣＴ２６同系腫瘍モデルにおける、単一作用物質としての、または抗ＰＤ１との組み合わせとしての抗ＩＣＯＳ抗体の評価である。破線は個別のマウスを示し、実線は群の平均増殖曲線を示す。群毎の無腫瘍マウスの数が示されている。 抗ＩＣＯＳ抗体治療による、Ｓａ１／Ｎ腫瘍におけるＦｏｘＰ３＋ Ｔｒｅｇの枯渇である。脾臓及び腫瘍おけるＣＤ８とＣＤ４のＴｅｆｆ及びＴｒｅｇ細胞の頻度、ならびに腫瘍１ｍｇあたりのＴｒｅｇの数が示されている。それぞれの形状が個別のマウスを示している。 抗ＩＣＯＳ抗体治療による、Ｓａ１／Ｎ腫瘍におけるＴｒｅｇの枯渇及びＴｅｆｆ細胞の活性化である。上側：腫瘍における、ＣＤ８とＣＤ４のＴｅｆｆ及びＴｒｅｇ細胞の頻度、ＣＤ８とＴｒｅｇとの比、ならびにＰＤ−１＋ ＣＤ８ Ｔ細胞の頻度である。下側：腫瘍における、***Ｋｉ−６７＋ ＣＤ８及びＣＤ４のＴｅｆｆ細胞、ならびにＣＤ３＋細胞中のＴｂｅｔ＋ ＣＤ４ Ｔｅｆｆ細胞の頻度である。それぞれの形状が個別のマウスを示している。 Ｔ細胞枯渇後のＳａ１／Ｎ腫瘍モデルにおける抗ＩＣＯＳ抗体の評価である。経時的な腫瘍増殖がプロットされている。無腫瘍マウスの数が示されている。 Ａ）ヒト化抗ＩＣＯＳ抗体を用いた治療の際の、ＰＢＭＣアッセイにおけるＴｒｅｇ細胞の低減である。Ｂ）Ｔｒｅｇ及びＴｅｆｆ細胞は、ＩＬ−２治療の５日後に類似したレベルのＩＣＯＳを発現する。 抗ＩＣＯＳ抗体による治療後の腫瘍再負荷である。左側パネルは、１または２用量の抗ＩＣＯＳ抗体の投与後のマウスにおける腫瘍体積を示す。右側パネルは、腫瘍再負荷後の、対照マウスにおける、または抗ＩＣＯＳ抗体の投与後に無腫瘍になったマウスにおける腫瘍体積を示す。 抗ＩＣＯＳ抗体を投与した、Ｓａ１／Ｎ腫瘍担持マウス（Ａ）及びカニクイザル（Ｂ）におけるＩＣＯＳＬ発現の増加である。 ＴＣＧＡヒト腫瘍適応症にわたるＩＣＯＳ発現分析のボックスプロットである。ボックスは発現の上位及び下位四分位数を示し、正中線が示されている。ＩＣＯＳ発現が上位または下位四分位数外の四分位数間範囲を超えたレベルで発現したあらゆる腫瘍に、外れ値がプロットされている。太字で示されている適応症は、ＩＣＯＳ発現に関連する遺伝子を特定する追跡分析のために選択された。発現はｌｏｇ２（ＦＰＫＭ）で示されている。 ＩＣＯＳ発現と相関する遺伝子についての、所定の遺伝子とＩＣＯＳ発現の相関（ρ）値のヒストグラムである。 抗ＩＣＯＳ抗体（右側パネル）または抗ＰＤ−１抗体（左側パネル）による６時間（上側パネル）または２４時間（下側パネル）の肺腫瘍組織の治療後の、Ｔｈ−１ケモカイン及びサイトカイン発現の変化である。 作動薬及び拮抗薬の抗ＩＣＯＳ抗体による治療の後の３匹の異なる供給者における、Ｔｅｆｆ細胞（Ａ、Ｃ、Ｅ）及びＴｒｅｇ細胞（Ｂ、Ｄ、Ｆ）のＮＫｐ４６リガンドレベルである。 作動薬及び拮抗薬の抗ＩＣＯＳ抗体による治療の後の３匹の異なる供給者における、Ｔｅｆｆ細胞（Ａ、Ｃ、Ｅ）及びＴｒｅｇ細胞（Ｂ、Ｄ、Ｆ）のＮＫｐ４６リガンドレベルである。 作動薬及び拮抗薬の抗ＩＣＯＳ抗体による治療の後の３匹の異なる供給者における、Ｔｅｆｆ細胞（Ａ、Ｃ、Ｅ）及びＴｒｅｇ細胞（Ｂ、Ｄ、Ｆ）のＮＫｐ４６リガンドレベルである。 作動薬抗ＩＣＯＳ抗体により処理されたＮＫ細胞からのＣＤ１６の損失（ＣＤ１６シェディング）である。 細胞に基づいたＥＬＩＳＡにおける抗体の結合を示した代表的なデータである。ＩＣＯＳ発現ＣＨＯ−Ｋ１細胞に結合するモノクローナル抗体２Ｍ１３及び２Ｍ１９の検出よる相対発光量（ｒｅｌａｔｉｖｅ ｌｉｇｈｔ ｕｎｉｔ）（ＲＬＵ）が反映された結合の増加である。この結合は、ＩｇＧアイソタイプ対照抗体により観察されたものより有意に高かった。類似のデータが、対照抗ＩＣＯＳ抗体のＳＰ９８及び２Ｍ２４において見られた（データ示されず）。 抗ＩＣＯＳｍＡｂにより染色された扁桃腺切片の代表的な画像である。ヒト扁桃腺試料の切片を、抗ＩＣＯＳ抗体の２Ｍ１３、２Ｍ１９、２Ｍ２４及びＳＰ９８により染色した。２Ｍ１３、２Ｍ１９及び２Ｍ２４抗体を０．５μｇ／ｍＬで使用し、ＳＰ９８を０．６６μｇ／ｍＬで使用した。細胞の特異的で強力な染色は、Ｔ細胞が集合していることが知られているリンパ系域において観察された。組織の非Ｔ細胞領域では、染色は観察されなかった。対照抗体は、組織切片に何も染色を示さなかった（データ示されず）。 競合研究は、２Ｍ１３がＩＣＯＳ発現を特異的に検出することを示す。扁桃腺組織試料の染色は、抗体の生成に使用される抗原エピトープを包含する（Ｃ末端）ペプチドによって遮断されている（上側パネル）。隣接Ｎ末端ペプチドは、２Ｍ１３によるＩＣＯＳ陽性細胞の染色を遮断することができなかった（下側パネル）。左側の２つパネルは、２Ｍ１３単独による扁桃腺組織の染色を示す。 ２Ｍ１３は、ＩＣＯＳを発現するＣＨＯ細胞を特異的に染色したが、空ベクターにより形質移入された細胞は染色しなかった。類似の染色が、抗ＩＣＯＳ抗体の２Ｍ１９及び２Ｍ２４において観察された（データ示されず）。 複数回（ｉｎｔｅｒ−ｒｕｎ）アッセイにおいて一貫して示されている代表的な画像である。開発されたＩＨＣプロトコールを使用して２つの異なる日にちに染色された、複製スライドの代表的な顕微鏡写真である。抗体を０．５μｇ／ｍＬで使用した。病理学的スコアが括弧内に示されている。 一連のＩＣＯＳ発現レベルを示す試料の代表的な顕微鏡写真である。ＩＣＯＳ発現を検出するＩＨＣアッセイは、検出範囲が広い。パネルＤは、多数のＩＣＯＳ発現細胞（３＋）を有する腫瘍試料を示す。パネルＢ及びＣは、それぞれ、低ＩＣＯＳ陽性細胞（１＋）または中（２＋）ＩＣＯＳ発現を有する代表的な試料を示す。パネルＡは、ＩＣＯＳ発現細胞のない（スコア０）腫瘍試料を示す。 高いＩＣＯＳレベルが、低ＭＳＩまたはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）腫瘍より高マイクロサテライト不安定性（高ＭＳＩ）腫瘍において観察された。ＩＣＯＳ発現は、ＭＳＩ／ＭＳＳ状態によって細分化された結腸腺癌（ＣＯＡＤ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ、胃癌としても知られている）及び子宮体内膜癌（ＵＣＥＣ）にわたって示されている。
例えば、腫瘍環境下においてＩＣＯＳ発現を予測または検出するための遺伝子発現シグネチャーが、提供される。いくつかの実施形態において、遺伝子発現シグネチャーは、抗ＩＣＯＳ抗体療法に応答する可能性がある患者を特定するために使用することができる。いくつかの実施形態において、ＩＣＯＳの代わりに、またはＩＣＯＳに加えて、２個以上の遺伝子を含む遺伝子発現シグネチャーは、ＩＣＯＳのみを検出するより堅牢なＩＣＯＳ発現アッセイを提供することができる。いくつかの実施形態において、治療方法であって、本明細書に記載されている遺伝子発現シグネチャーを使用して、抗ＩＣＯＳ抗体療法に応答する可能性がある患者を特定すること及び抗ＩＣＯＳ抗体を投与することを含む方法が、提供される。
本明細書に使用される章の見出しは、構成の目的のためだけのものであり、記載される主題を制限するものと解釈されるべきではない。
特許出願、特許公開及びＧｅｎｂａｎｋ受入番号を含む、本明細書に引用される全ての参考文献は、まるでそれぞれ個別の参考文献が、その全体が特定的及び個別に参照として組み込まれるように指示されているかのように、参照として本明細書に組み込まれる。
本明細書に記載または参照されている技術及び手順は、当業者によって一般に十分に理解され、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ３ｒｄ．ｅｄｉｔｉｏｎ（２００１）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．ＣＵＲＲＥＮＴ ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ ＩＮ ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＢＩＯＬＯＧＹ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ ａｌ．ｅｄｓ．，（２００３））、ｔｈｅ ｓｅｒｉｅｓ ＭＥＴＨＯＤＳ ＩＮ ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）：ＰＣＲ ２：Ａ ＰＲＡＣＴＩＣＡＬ ＡＰＰＲＯＡＣＨ（Ｍ．Ｊ．ＭａｃＰｈｅｒｓｏｎ，Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ ａｎｄ Ｇ．Ｒ．Ｔａｙｌｏｒ ｅｄｓ．（１９９５）），Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，ｅｄｓ．（１９８８）ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ，Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ ＭＡＮＵＡＬ，ａｎｄ ＡＮＩＭＡＬ ＣＥＬＬ ＣＵＬＴＵＲＥ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．（１９８７））、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．，１９８４）、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ、Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｎｏｔｅｂｏｏｋ（Ｊ．Ｅ．Ｃｅｌｌｉｓ，ｅｄ．，１９９８）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ），ｅｄ．，１９８７）、Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｊ．Ｐ．Ｍａｔｈｅｒ ａｎｄ Ｐ．Ｅ．Ｒｏｂｅｒｔｓ，１９９８）Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ、Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ（Ａ．Ｄｏｙｌｅ，Ｊ．Ｂ．Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ，ａｎｄ Ｄ．Ｇ．Ｎｅｗｅｌｌ，ｅｄｓ．，１９９３−８）Ｊ．Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ、Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｄ．Ｍ．Ｗｅｉｒ ａｎｄ Ｃ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ，ｅｄｓ．）、Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ（Ｊ．Ｍ．Ｍｉｌｌｅｒ ａｎｄ Ｍ．Ｐ．Ｃａｌｏｓ，ｅｄｓ．，１９８７）、ＰＣＲ：Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ，（Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９４）、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｊ．Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９１）、Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，１９９９）、Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ（Ｃ．Ａ．Ｊａｎｅｗａｙ ａｎｄ Ｐ．Ｔｒａｖｅｒｓ，１９９７）、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｐ．Ｆｉｎｃｈ，１９９７）、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｄ．Ｃａｔｔｙ．，ｅｄ．，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，１９８８−１９８９）、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｐ．Ｓｈｅｐｈｅｒｄ ａｎｄ Ｃ．Ｄｅａｎ，ｅｄｓ．，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，２０００）、Ｕｓｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｅ．Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｄ．Ｌａｎｅ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９９）、Ｔｈｅ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｍ．Ｚａｎｅｔｔｉ ａｎｄ Ｊ．Ｄ．Ｃａｐｒａ，ｅｄｓ．，Ｈａｒｗｏｏｄ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，１９９５）、及びＣａｎｃｅｒ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ（Ｖ．Ｔ． ＤｅＶｉｔａ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｊ．Ｂ．Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９３）、ならびにこれらの改訂版に記載されている、広範囲に利用されている方法論などの従来の方法論を使用して、一般的に用いられる。
Ｉ．定義
特に定義されない限り、本開示に関連して使用される化学及び技術用語は、当業者により一般的に理解される意味を有する。更に、文脈から要求されない限り、または明確に指示されない限り、単数の用語は複数を含み、複数の用語は単数を含む。様々な出典または参考文献の間の定義におけるあらゆる競合では、本明細書に提示されている定義が支配する。
本明細書に記載されている実施形態は、実施形態「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」及び／または「から実質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」ことを含む、ということが理解される。本明細書に使用されるとき、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、特に指示されない限り、複数対象を含む。本明細書における用語「または」の使用は、代替案が相互排他的であることを示唆することが意図されない。
本出願において、「または」の使用は、明確に記述されない限り、または当業者によって明確に理解されない限り、「及び／または」意味する。複数の従属クレームの文脈において、「または」使用は、１つを超える先行の独立または従属クレームを指す。
当業者に理解されるように、本明細書における「約」値またはパラメーターへの参照は、値またはパラメーターそれ自体を対象とする実施形態を含む（記載する）。例えば、「約Ｘ」を指す記載は、「Ｘ」の記載を含む。
用語「核酸分子」、「核酸」及び「ポリヌクレオチド」は、交換可能に使用することができ、ヌクレオチドのポリマーを指す。そのようなヌクレオチドのポリマーは、天然及び／または非天然のヌクレオチドを含有することができ、ＤＮＡ、ＲＮＡ及びＰＮＡが含まれるが、これらに限定されない。「核酸配列」は、核酸分子またはポリヌクレオチドを含むヌクレオチドの直鎖状配列を指す。
用語「ポリペプチド」及び「タンパク質」は、アミノ酸残基のポリマーを指すために交換可能に使用され、最小長さに限定されない。そのようなアミノ酸残基のポリマーは、天然または非天然アミノ酸残基を含有することができ、アミノ酸残基のペプチド、オリゴペプチド、二量体、三量体及び多量体が含まれるが、これらに限定されない。完全長タンパク質及びそのフラグメントの両方が、この定義に包含される。この用語は、ポリペプチドの発現後修飾、例えば、グリコシル化、シアリル化、アセチル化、リン酸化なども含む。更に、本開示の目的において、「ポリペプチド」は、タンパク質が望ましい活性を維持する限り、未変性配列に欠失、付加及び置換などの（一般に保存的である）修飾を含むタンパク質を指す。これらの修飾は、部位指定突然変異誘発を介するように意図的なものでありうる、またはＰＣＲ増幅に起因してタンパク質もしくは誤りを産生する宿主の突然変異を介するものなど、偶発的なものでありうる。
「ＩＣＯＳ」及び「誘導性Ｔ細胞共刺激因子」は、本明細書に使用されるとき、細胞中におけるＩＣＯＳの発現及びプロセシングによってもたらされる任意の未変性ＩＣＯＳを指す。この用語には、特に指示されない限り、霊長類（例えば、ヒト及びカニクイザル）、ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源からのＩＣＯＳが含まれる。この用語は、ＩＣＯＳの天然に生じる変種、例えばスプライス変種または対立遺伝子変種も含む。シグナル配列を有する例示的なヒトＩＣＯＳ前駆体タンパク質のアミノ酸配列（シグナル配列は、アミノ酸１〜２０である）が、配列番号１に示されている。例示的な成熟ヒトＩＣＯＳのアミノ酸配列が、配列番号２に示されている。シグナル配列を有する例示的なマウスＩＣＯＳ前駆体タンパク質のアミノ酸配列（シグナル配列は、アミノ酸１〜２０である）が、配列番号３に示されている。例示的な成熟マウスＩＣＯＳのアミノ酸配列が、配列番号４に示されている。シグナル配列を有する例示的なラットＩＣＯＳ前駆体タンパク質のアミノ酸配列（シグナル配列は、アミノ酸１〜２０である）が、配列番号１９０に示されている。例示的な成熟ラットＩＣＯＳのアミノ酸配列が、配列番号１９１に示されている。シグナル配列を有する例示的なカニクイザルＩＣＯＳ前駆体タンパク質のアミノ酸配列（シグナル配列は、アミノ酸１〜２０である）が、配列番号５に示されている。例示的な成熟カニクイザルＩＣＯＳのアミノ酸配列が、配列番号６に示されている。
抗原またはエピトープに「特異的に結合する」という用語は、当該技術において十分に理解されている用語であり、そのような特異的結合を決定する方法も、当該技術において良く知られている。分子は、代替の細胞または物質よりも頻繁に、急速に、長い持続期間にわたって及び／または大きな親和性をもって、特定の細胞または物質と反応または会合する場合に、「特異的結合」または「優先的結合」を示すと言われる。抗体は、他の物質に結合する場合より大きな親和性、結合活性、容易性をもって及び／または長い持続期間にわたって結合する場合に、標的に「特異的に結合する」または「優先的に結合する」。例えば、ＩＣＯＳエピトープに特異的または優先的に結合する抗体は、このエピトープに、他のＩＣＯＳエピトープまたは非ＩＣＯＳエピトープに結合するより大きな親和性、結合活性、容易性をもって及び／又は長い時速期間にわたって結合する抗体である。例えば、第１の標的に特異的または優先的に結合する抗体（または部分もしくはエピトープ）が、第２の標的に特異的または優先的に結合しても、しなくてもよいことも、この定義を読むことによって理解される。このように、「特異的結合」または「優先的結合」は、必ずしも排他的結合を必要としない（しかし、含むことができる）。一般に、結合への参照は、優先的結合を意味するが、これに限られたものではない。「特異的」は、結合タンパク質が抗原に選択的に結合する能力を指す。
本明細書に使用されるとき、「実質的に純粋」は、少なくとも５０％純粋（すなわち、汚染物質を含まない）、より好ましくは少なくとも９０％純粋、より好ましくは少なくとも９５％純粋、なおより好ましくは少なくとも９８％純粋、最も好ましくは少なくとも９９％純粋である材料を指す。
本明細書に使用されるとき、用語「エピトープ」は、抗原結合分子（例えば、抗体、抗体フラグメント、または抗体結合領域を含有する足場タンパク質）が結合する標的分子（例えば、タンパク質、核酸、炭水化物または脂質などの抗原）の部位を指す。エピトープは、多くの場合、アミノ酸、ポリペプチド、または糖側鎖などの化学的に活性な表面をもつ分子群を含み、特定の三次元構造の特徴、また、特定の電荷特徴を有する。エピトープは、標的分子の近接及び／または並列された非近接残基（例えば、アミノ酸、ヌクレオチド、糖、脂質部分）の両方から形成されうる。近接残基（例えば、アミノ酸、ヌクレオチド、糖、脂質部分）から形成されるエピトープは、典型的には変性溶媒への曝露時に保持され、一方、三次折り畳みにより形成されるエピトープは、典型的には変性溶媒による処理によって失われる。エピトープには、少なくとも３個、少なくとも５個、または８〜１０個の残基（例えば、アミノ酸またはヌクレオチド）が含まれうるが、これらに限定されない。いくつかの例において、エピトープは、長さが２０個未満の残基（例えば、アミノ酸またはヌクレオチド）、１５個未満の残基、または１２個未満の残基である。２つの抗体は、これらが抗原に対して競合結合を示す場合、抗原内の同じエピトープに結合することができる。いくつかの実施形態では、エピトープを、抗原結合分子のＣＤＲ残基へのある特定の最小距離によって特定することができる。いくつかの実施形態では、エピトープを上記の距離によって特定することができ、抗体残基と抗原残基の結合（例えば、水素結合）に関与する残基に更に限定することができる。エピトープを様々な走査によっても特定することができ、例えば、アラニンまたはアルギニン走査は、抗原結合分子が相互作用することができる１個以上の残基を示すことができる。明確に示されない限り、エピトープとしての残基セットは、特定の抗体のエピトープの一部から他の残基を除外しない。むしろ、そのようなセットの存在は、エピトープの最小シリーズ（または、種のセット）を示す。このように、いくつかの実施形態において、エピトープと特定された残基のセットは、抗原へのエピトープの排他的残基リストではなく、抗原に関連する最小エピトープを示す。
「非直線状エピトープ」または「立体構造エピトープ」は、エピトープに特的な抗体が結合する、抗原タンパク質内の非近接ポリペプチド、アミノ酸及び／または糖を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１個の残基は、エピトープの他の顕著な残基に対して非近接的であるが、１個以上の残基は、他の残基と近接的でもありうる。
「直線状エピトープ」は、エピトープに特的な抗体が結合する、抗原タンパク質内の近接ポリペプチド、アミノ酸及び／または糖を含む。いくつかの実施形態において、直線状エピトープ内の全ての残基が抗体と直接結合する（または、結合に関与する）必要はないことが、留意される。いくつかの実施形態において、直線状エピトープは、直線状エピトープの配列から事実上なるペプチドによる免疫化からのもの、またはタンパク質の残部から（抗体が少なくとも主にその配列セクションのみと相互作用できるように）相対的に単離されているタンパク質の構造部分からのものでありうる。
用語「抗体」は、本明細書において最も広義の意味で使用され、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多特異性抗体（例えば、二重特異性抗体（二重特異性Ｔ細胞エンゲイジャー（ｅｎｇａｇｅｒ））及び三重特異性（ｔｒｉｓｐｅｃｉｆｉｃ）抗体）、ならびに抗体フラグメントが、望ましい抗原結合活性を示す限り含まれるが、これらに限定されない様々な抗体構造を包含する。
抗体という用語には、Ｆｖ、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｄｉ−ｓｃＦｖ、ｓｄＡｂ（単一ドメイン抗体）及び（Ｆａｂ’）２（化学的に連結されたＦ（ａｂ’）２を含む）などの抗原に結合することができるフラグメントが含まれるが、これらに限定されない。抗体のパパイン消化は、「Ｆａｂ」フラグメントと呼ばれ、それぞれ単一の抗原結合部位を有する、２つの同一の抗原結合フラグメント、及びその名称が容易に結晶化する能力を反映する、残留「Ｆｃ」フラグメントを産生する。ペプシン処理は、２つの抗原組み合わせ部位を有し、かつ依然として抗原を架橋することができる、Ｆ（ａｂ’）２フラグメントを生じる。抗体という用語には、キメラ抗体、ヒト化抗体、及びマウス、ヒト、カニクイザルなどの様々な種の抗体も含まれるが、これらに限定されない。更に、本明細書に提供されている全ての抗体構築物では、他の生物体の配列を有する変種も考慮される。したがって、ヒト型抗体が開示される場合、当業者は、ヒト配列に基づいた抗体を、どのようにマウス、ラット、ネコ、イヌ、ウマなどの配列に形質転換するかを理解する。抗体フラグメントには、いずれかの配向の単鎖ｓｃＦｖｓ、タンデムｄｉ−ｓｃＦｖ、二特異性抗体（ｄｉａｂｏｄｙ）、タンデムｔｒｉ−ｓｄｃＦｖ、ミニボディ（ｍｉｎｉｂｏｄｙ）なども含まれる。抗体フラグメントには、ナノボディ（ｎａｎｏｂｏｄｙ）（軽鎖を有さない、一対の重鎖可変ドメインなどの単一のモノマードメインを有する抗体である、ｓｄＡｂ）も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体フラグメントを特異的な種（例えば、ヒトｓｃＦｖまたはマウスｓｃＦｖ）と呼ぶことができる。これは、構築物の源ではなく、非ＣＤＲ領域の少なくとも一部の配列を示している。
用語「モノクローナル抗体」は、実質的に同種の抗体個体群の抗体を指し、すなわち、個体群を構成する個別の抗体が、恐らく天然に生じる、少量で存在しうる突然変異を除いて、同一であることを指す。モノクローナル抗体は、高度に特異的であり、単一抗原部位に向けられている。更に、異なる決定因子（エピトープ）に向けられている異なる抗体を典型的に含むポリクローナル抗体調合剤と対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原の単一の決定因子に向けられている。したがって、モノクローナル抗体の試料は、抗原の同じエピトープに結合することができる。修飾語「モノクローナル」は、抗体の性質が抗体の実質的に同種の個体群から得たものであることを示しており、任意の特定の方法により抗体を産生することを必要とすると解釈されるべきではない。例えば、モノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，１９７５，Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５に最初に記載されたハイブリドーマ法により作製されうる、または米国特許第４，８１６，５６７号に記載のものなどの組み換えＤＮＡ法により作製されうる。モノクローナル抗体は、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ ｅｔ ａｌ．，１９９０，Ｎａｔｕｒｅ ３４８：５５２−５５４に記載されている技術を使用して生成されたファージライブラリーから単離することもできる。
用語「ＣＤＲ」は、当業者により少なくとも１つの特定方法によって特定される相補性決定領域を示す。いくつかの実施形態において、ＣＤＲは、Ｃｈｏｔｈｉａ番号付けスキーム、Ｋａｂａｔ番号付けスキーム、ＫａｂａｔとＣｈｏｔｈｉａの組み合わせ、ＡｂＭ定義、接触定義、ならびに／またはＫａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＡｂＭ、及び／もしくは接触定義の組み合わせのいずれかに従って定義することができる。例示的なＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２及びＣＤＲ−Ｈ３）は、Ｌ１ではアミノ酸残基２４〜３４、Ｌ２ではアミノ酸残基５０〜５６、Ｌ３ではアミノ酸残基８９〜９７、Ｈ１ではアミノ酸残基３１〜３５Ｂ、Ｈ２ではアミノ酸残基５０〜６５及びＨ３ではアミノ酸残基９５〜１０２において生じる。（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ（１９９１））。ＡｂＭ定義は、例えば、ＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２及びＣＤＲ−Ｈ３）を、Ｌ１ではアミノ酸残基２４〜３４、Ｌ２ではアミノ酸残基５０〜５６、Ｌ３ではアミノ酸残基８９〜９７、Ｈ１ではアミノ酸残基Ｈ２６〜Ｈ３５Ｂ、Ｈ２ではアミノ酸残基５０〜５８及びＨ３ではアミノ酸残基９５〜１０２において含む。接触定義は、例えば、ＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２及びＣＤＲ−Ｈ３）を、Ｌ１ではアミノ酸残基３０〜３６、Ｌ２ではアミノ酸残基４６〜５５、Ｌ３ではアミノ酸残基８９〜９６、Ｈ１ではアミノ酸残基３０〜３５、Ｈ２ではアミノ酸残基４７〜５８及びＨ３ではアミノ酸残基９３〜１０１において含む。Ｃｈｏｔｈｉａ定義は、例えば、ＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２及びＣＤＲ−Ｈ３）を、Ｌ１ではアミノ酸残基２４〜３４、Ｌ２ではアミノ酸残基５０〜５６、Ｌ３ではアミノ酸残基８９〜９７、Ｈ１ではアミノ酸残基２６〜３２．．．３４、Ｈ２ではアミノ酸残基５２〜５６及びＨ３ではアミノ酸残基９５〜１０２において含む。ＣＤＲを、１つ以上の添付図面のいずれかにおいて示されているように提供することもできる。ＶＨのＣＤＲ１を除いて、ＣＤＲは、一般に、超可変ループを形成するアミノ酸残基を含む。抗体内の様々なＣＤＲを適切な数字及び鎖の種類によって指定することができ、限定されることなく、ａ）ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２及びＣＤＲ−Ｈ３、ｂ）ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２及びＣＤＲＨ３、ｃ）ＬＣＤＲ−１、ＬＣＤＲ−２、ＬＣＤＲ−３、ＨＣＤＲ−１、ＨＣＤＲ−２及びＨＣＤＲ−３、またはｄ）ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、ＬＣＤＲ３、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３などが含まれる。用語「ＣＤＲ」は、超可変ループを含むＨＶＲまたは「超可変領域」も包含するように本明細書において使用される。例示的な超可変ループは、アミノ酸残基２６〜３２（Ｌ１）、５０〜５２（Ｌ２）、９１〜９６（Ｌ３）、２６〜３２（Ｈ１）、５３〜５５（Ｈ２）及び９６〜１０１（Ｈ３）において生じる。（Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１−９１７（１９８７）。
用語「重鎖可変領域」は、本明細書に使用されるとき、少なくとも３つの重鎖ＣＤＲを含む領域を指す。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、３つのＣＤＲ、ならびに少なくともＦＲ２及びＦＲ３を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、少なくとも重鎖ＨＣＤＲ１、フレームワーク（ＦＲ）２、ＨＣＤＲ２、ＦＲ３及びＨＣＤＲ３を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＦＲ１の少なくとも一部及び／またはＦＲ４の少なくとも一部も含む。
用語「重鎖定常領域」は、本明細書に使用されるとき、少なくとも３つの重鎖定常ドメインのＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３を含む領域を指す。当然のことながら、ドメイン内の非機能変更的欠失及び変更は、特に指定されない限り、用語「重鎖定常領域」の範囲内に包含される。非限定的な例示の重鎖定常領域には、γ、δ及びαが含まれる。非限定的な例示の重鎖定常領域にはε及びμも含まれる。各重鎖定常領域は、抗体のアイソタイプに対応する。例えば、γ定常領域を含む抗体は、ＩｇＧ抗体であり、δ定常領域を含む抗体は、ＩｇＤ抗体であり、α定常領域を含む抗体は、ＩｇＡ抗体である。更に、μ定常領域を含む抗体は、ＩｇＭ抗体であり、ε定常領域を含む抗体は、ＩｇＥ抗体である。特定のアイソタイプをサブクラスに更に細分化することができる。例えば、ＩｇＧ抗体には、ＩｇＧ１（γ１定常領域を含む）、ＩｇＧ２（γ２定常領域を含む）抗体、ＩｇＧ３（γ３定常領域を含む）抗体及びＩｇＧ４（γ４定常領域を含む）抗体が含まれるが、これらに限定されず、ＩｇＡ抗体には、ＩｇＡ１（α１定常領域を含む）抗体及びＩｇＡ２（α２定常領域を含む）抗体が含まれるが、これらに限定されず、ＩｇＭ抗体には、ＩｇＭ１及びＩｇＭ２が含まれるが、これらに限定されない。
用語「重鎖」は、本明細書に使用されるとき、リーダー配列を伴って、または伴うことなく、少なくとも重鎖可変領域を含むポリペプチドを指す。いくつかの実施形態において、重鎖は、重鎖定常領域の少なくとも一部を含む。用語「完全長重鎖」は、本明細書に使用されるとき、リーダー配列を伴って、または伴うことなく、重鎖可変領域及び重鎖定常領域を含むポリペプチドを指す。
用語「軽鎖可変領域」は、本明細書に使用されるとき、少なくとも３個の軽鎖ＣＤＲを含む領域を指す。いくつかの実施形態において、軽鎖可変領域は、３つのＣＤＲ、ならびに少なくともＦＲ２及びＦＲ３を含む。いくつかの実施形態において、軽鎖可変領域は、少なくとも軽鎖ＬＣＲ１、フレームワーク（ＦＲ）２、ＬＣＤ２、ＦＲ３及びＬＣＤ３を含む。例えば、軽鎖可変領域は、軽鎖ＣＤＲ１、フレームワーク（ＦＲ）２、ＣＤＲ２、ＦＲ３及びＣＤＲ３を含むことができる。いくつかの実施形態において、軽鎖可変領域は、ＦＲ１の少なくとも一部及び／またはＦＲ４の少なくとも一部も含む。
用語「軽鎖定常領域」は、本明細書に使用されるとき、軽鎖定常ドメインＣＬを含む領域を指す。非限定的な例示の軽鎖定常領域には、λ及びκが含まれる。当然のことながら、ドメイン内の非機能変更的欠失及び変更は、特に指定されない限り、用語「軽鎖定常領域」の範囲内に包含される。
用語「軽鎖」は、本明細書に使用されるとき、リーダー配列を伴って、または伴うことなく、少なくとも軽鎖可変領域を含むポリペプチドを指す。いくつかの実施形態において、軽鎖は、軽鎖定常領域の少なくとも一部を含む。用語「完全長軽鎖」は、本明細書に使用されるとき、リーダー配列を伴って、または伴うことなく、軽鎖可変領域及び軽鎖定常領域を含むポリペプチドを指す。
本明細書の目的において「ヒト受容体フレームワーク」は、下記に定義されているヒト免疫グロブリンフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワークから誘導される軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）フレームワークまたは重鎖可変ドメイン（ＶＨ）フレームワークのアミノ酸配列を含むフレームワークである。ヒト免疫グロブリンフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワークから誘導されるヒト受容体フレームワークは、同じアミノ酸配列を含むことができる、またはアミノ酸配列の変化を含有することができる。いくつかの実施形態において、アミノ酸変化の数は、１０個以下、９個以下、８個以下、７個以下、６個以下、５個以下、４個以下、３個以下、または２個以下である。いくつかの実施形態において、ＶＬヒト受容体フレームワークは、ＶＬヒト免疫グロブリンフレームワーク配列またはヒトコンセンサスフレームワーク配列と配列が同一である。
「親和性」は、分子（例えば、抗体）の単一結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）との非共有結合性相互作用の合計の強度を指す。分子ＸとそのパートナーＹとの親和性は、一般に、解離定数（ＫＤ）により表すことができる。親和性は、当該技術に既知の一般的な方法によって測定することができる（例えば、ＥＬＩＳＡ ＫＤ、ＫｉｎＥｘＡ、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）、及び／または、本明細書に記載されているものを含む表面プラスモン共鳴装置（例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ（登録商標）装置））。
用語「ＫＤ」は、本明細書に使用されるとき、抗体抗原相互作用の平衡解離定数を指す。
いくつかの実施形態において、抗体の「ＫＤ」、「Ｋｄ」、「Ｋｄ」、または「Ｋｄ値」は、約１０応答単位（ＲＵ）の固定化抗原ＣＭ５チップを有するＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−２０００またはＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，Ｎ．Ｊ．）を２５℃で使用する表面プラスモン共鳴アッセイの使用によって、測定される。簡潔には、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（ＣＭ５、ＢＩＡＣＯＲＥ，Ｉｎｃ．）は、Ｎ−エチル−Ｎ’−（３−ジメチルアミノプロピル）−カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）及びＮ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）により、供給会社の使用説明書に従って活性化される。抗原は、５μＬ／分の流速で注入される前に、共役タンパク質のおよそ１０応答単位（ＲＵ）を達成するため、１０ｍＭの酢酸エチル、ｐＨ４．８により５μｇ／ｍｌ（約０．２μＭ）に希釈される。抗原を注入した後、１Ｍのエタノールアミンを注入して、未反応基を遮断する。動力学的測定のため、ポリペプチド、例えば、完全長抗体の段階希釈液を、０．０５％ＴＷＥＥＮ−２０（商標）界面活性剤（ＰＢＳＴ）を有するＰＢＳに、およそ２５μＬ／分の流速により２５℃で注入する。会合速度（ｋｏｎ）及び解離速度（ｋｏｆｆ）は、簡単な１対１ラングミュア結合モデル（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）、Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｓｏｆｔｗａｒｅバージョン３．２）を使用して、会合及び解離センサーグラムを同時に当てはめることのより計算される。平衡解離定数（Ｋｄ）は、ｋｏｆｆ／ｋｏｎの比として計算される。例えば、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９３：８６５−８８１（１９９９）を参照すること。上記の表面プラスモン共鳴アッセイにより、ｏｎの速度が１０６Ｍ−１ｓ−１を超える場合、ｏｎの速度は、ストップフローを備えた分光光度計（Ａｖｉｖ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）または撹拌キュベットを有する８０００シリーズのＳＬＭ−ＡＭＩＮＣＯ（商標）分光光度計（ＴｈｅｒｍｏＳｐｅｃｔｒｏｎｉｃ）などの分光計により測定して、増加濃度の抗原の存在下でＰＢＳ、ｐＨ７．２中における２０ｎＭの抗抗原抗体の２５℃での蛍光発光強度（励起＝２９５ｎｍ、発光＝３４０ｎｍ、帯域１６ｎＭ）の増加または減少を測定する、蛍光消光技術を使用して決定することができる。
いくつかの実施形態において、前記の２つの値（例えば、Ｃｔ値）の差は、基準／比較値の関数と実質的に同じであり、例えば、約５０％未満、約４０％未満、約３０％未満、約２０％未満、及び／または約１０％未満である。
いくつかの実施形態において、前記の２つの値（例えば、Ｃｔ値）の差は、基準／比較分子の値の関数と実質的に異なっており、例えば、約１０％を超える、約２０％を超える、約３０％を超える、約４０％を超える、及び／または約５０％を超える。
「表面プラスモン共鳴」は、例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ（商標）システム（ＢＩＡｃｏｒｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＡＢ、ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ ｃｏｍｐａｎｙ，Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ ａｎｄ Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，Ｎ．Ｊ．）を使用して、バイオセンサーマトリックス内のタンパク質濃度の変化を検出するリアルタイム生体特異的相互作用の分析を可能にする、光学的現象を示す。更なる記載は、Ｊｏｎｓｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ａｎｎ．Ｂｉｏｌ．Ｃｌｉｎ．５１：１９−２６を参照すること。
「バイオレイヤー干渉法」は、バイオセンサーチップに固定化されたタンパク質の層及び内部基準層から反射した光の干渉パターンを分析する光学的分析技術を指す。バイオセンサーチップに結合された分子の数の変化が、リアルタイムで測定することができる干渉パターンにシフトを引き起こす。非限定的な例示のバイオレイヤー干渉法用装置は、ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｏｃｔｅｔ（登録商標）ＲＥＤ９６システム（Ｐａｌｌ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）である。例えば、Ａｂｄｉｃｈｅ ｅｔ ａｌ．，２００８，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．３７７：２０９−２７７を参照すること。
用語「ｋｏｎ」は、本明細書に使用されるとき、抗体と抗原の会合の速度定数を指す。特に、速度定数（ｋｏｎ及びｋｏｆｆ）、ならびに平衡解離定数は、一価ＩＣＯＳ抗原を有するＩｇＧ（二価）を使用して測定される。「Ｋｏｎ」、「ｋｏｎ」、「会合速度定数」、または「ｋａ」は、本明細書において交換可能に使用される。この値は、標的抗原への結合タンパク質の結合速度、または抗体と抗原の複合体形成速度を示し、方程式：
抗体（「Ａｂ」）＋抗原（「Ａｇ」）→Ａｂ−Ａｇ
により示される。
用語「ｋｏｆｆ」は、本明細書に使用されるとき、抗体／抗原複合体からの抗体の解離の速度定数を指す。ｋｏｆｆは、「Ｋｏｆｆ」または「解離速度定数」とも示される。この値は、標的抗原からの抗体の解離速度、またはＡｂ−Ａｇ複合体の、遊離抗体及び抗原への経時的な分離を示し、方程式：
Ａｂ＋Ａｇ←Ａｂ−Ａｇ
により示される。
用語「生物学的活性」は、分子の任意の１つ以上の（インビボに見出されるように天然に存在する、または組み換え手段により提供される、もしくは可能になる）生物学的特性を指す。生物学的特性には、受容体への結合、細胞繁殖の誘導、細胞増殖の阻害、他のサイトカインの誘導、アポトーシスの誘導及び酵素活性が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、ＩＣＯＳタンパク質の生物学的活性には、例えば、Ｔｈ１及びＴｈ２細胞と会合した、Ｔ細胞繁殖及びサイトカイン分泌の共刺激；Ｔｒｅｇ細胞の調節；転写因子遺伝子発現の調節を含む、Ｔ細胞分化に及ぼす影響；ＰＩ３Ｋ及びＡＫＴ経路を介するシグナル伝達の誘導；ならびにＡＤＣＣの媒介が含まれるが、これらに限定されない。
「親和性成熟」抗体は、変更を有さない親抗体と比較して、１つ以上のＣＤＲに１つ以上の変更を有する抗体を指し、そのような変更は、抗原への抗体の親和性の改善によってもたらされる。
「キメラ」抗体は、本明細書に使用されるとき、重及び／または軽鎖の一部が特定の源または種から誘導され、重及び／または軽鎖の残りの少なくとも一部が異なる源または種から誘導される抗体を指す。いくつかの実施形態において、キメラ抗体は、第１の種（例えば、マウス、ラット、カニクイザルなど）から少なくとも１つの可変領域及び第２の種（例えば、ヒト、カニクイザルなど）から少なくとも１つの定常領域を含む抗体を指す。いくつかの実施形態において、キメラ抗体は、少なくとも１つのマウス可変領域及び少なくとも１つのヒト定常領域を含む。いくつかの実施形態において、キメラ抗体は、少なくとも１つのカニクイザル可変領域及び少なくとも１つのヒト定常領域を含む。いくつかの実施形態において、キメラ抗体の全ての可変領域は第１の種からのものであり、キメラ抗体の全ての定常領域は第２の種からのものである。キメラ構築物も、上記に示されているように、機能性フラグメントでありうる。
「ヒト化抗体」は、本明細書に使用されるとき、非ヒト可変領域のフレームワーク領域における少なくとも１個のアミノ酸がヒト可変領域の対応するアミノ酸に置き換えられている抗体を指す。いくつかの実施形態において、ヒト化抗体は、少なくとも１つのヒト定常領域またはそのフラグメントを含む。いくつかの実施形態において、ヒト化抗体は、Ｆａｂ、ｓｃＦｖ、（Ｆａｂ’）２などの抗体フラグメントである。ヒト化という用語は、非ヒト免疫グロブリンの最小配列を含有するキメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖、またはそのフラグメント（例えば、抗体のＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、もしくは他の抗原結合部分配列）である、非ヒト（例えば、ネズミ）抗体の形態も示す。ヒト化抗体は、受容者の相補性決定領域（ＣＤＲ）の残基が、望ましい特異性、親和性及び能力を有するマウス、ラット、またはウサギなどの非ヒト種（供与者抗体）のＣＤＲの残基に置換されているヒト免疫グロブリン（受容者抗体）を含むことができる。いくつかの実施形態において、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク領域（ＦＲ）の残基は、対応する非ヒト残基に置き換えられている。更に、ヒト化抗体は、受容者抗体にも、移入ＣＤＲまたはフレームワーク配列にも見出されないが、抗体性能を更に洗練及び最適化するために含まれる残基を含むことができる。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインを実質的に全て含むことができ、全て、または実質的に全てのＣＤＲ領域は、非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、全て、または実質的に全てのＦＲ領域は、ヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のものに対応する。いくつかの実施形態において、ヒト化抗体は、免疫グロブリンの定常領域またはドメイン（Ｆｃ）、典型的にはヒト免疫グロブリンのものの、少なくとも一部を含むこともできる。他のヒト化抗体の形態は、１つ以上のＣＤＲ（ＣＤＲ Ｌ１、ＣＤＲ Ｌ２、ＣＤＲ Ｌ３、ＣＤＲ Ｈ１、ＣＤＲ Ｈ２、及び／またはＣＤＲ Ｈ３）を有し、これらは、元の抗体に対して変更されており、元の抗体の１つ以上のＣＤＲ「から誘導された」１つ以上のＣＤＲとも呼ばれる。理解されるように、ヒト化配列は、一次配列により特定することができ、抗体を作り出した方法を示しているわけではない。
「ＣＤＲグラフト抗体」は、本明細書に使用されるとき、第１の（非ヒト）種の１つ以上の相補性決定領域（ＣＤＲ）が、第２の（ヒト）種のフレームワーク領域（ＦＲ）にグラフトされているヒト化抗体を指す。
「ヒト抗体」は、本明細書に使用されるとき、ヒトにおいて産生された抗体、ＸｅｎｏＭｏｕｓｅ（登録商標）マウスなど、ヒト免疫グロブリン遺伝子を含む非ヒト動物において産生された抗体、及びファージディスプレイなどのインビトロ法を使用して選択された抗体（Ｖａｕｇｈａｎ ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１４：３０９−３１４；Ｓｈｅｅｔｓ ｅｔ ａｌ．，１９９８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）９５：６１５７−６１６２；Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ，１９９１，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１、Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，１９９１，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１）を包含し、ここで抗体のレパートリーは、ヒト免疫グロブリン配列に基づいている。用語「ヒト抗体」は、ヒト配列の配列属を示す。したがって、この用語は、抗体を作り出す方法を示しているのではなく、重要である配列の属を示している。
「機能性Ｆｃ領域」は、未変性配列Ｆｃ領域の「エフェクター機能」を有する。例示的な「エフェクター機能」には、Ｆｃ受容体結合、Ｃ１ｑ結合、ＣＤＣ、ＡＤＣＣ、食作用、細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体、ＢＣＲ）の下方制御などが含まれる。そのようなエフェクター機能は、一般に、Ｆｃ領域を結合ドメイン（例えば、抗体可変ドメイン）と組み合わせることを必要とし、様々なアッセイを使用して評価することができる。
「未変性配列Ｆｃ領域」は、天然に見出されるＦｃ領域のアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列を含む。未変性配列ヒトＦｃ領域には、未変性配列ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ領域（非Ａ及びＡアロタイプ）、未変性配列ヒトＩｇＧ２ Ｆｃ領域、未変性配列ヒトＩｇＧ３ Ｆｃ領域、及び未変性配列ヒトＩｇＧ４ Ｆｃ領域、ならびに天然に生じるこれらの変種が含まれる。
「変種Ｆｃ領域」は、少なくとも１個のアミノ酸修飾によって、未変性配列Ｆｃ領域のものと異なるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、「変種Ｆｃ領域」は、少なくとも１個のアミノ酸修飾によって未変性配列Ｆｃ領域のものと異なるが、未変性配列Ｆｃ領域の少なくとも１つのエフェクター機能を保持している、アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、変種Ｆｃ領域は、未変性配列Ｆｃ領域または親ポリペプチドのＦｃ領域と比較して少なくとも１個のアミノ酸置換、例えば、約１〜約１０個のアミノ酸置換、好ましくは約１〜約５個のアミノ酸置換を、未変性配列Ｆｃ領域または親ポリペプチドのＦｃ領域に有する。いくつかの実施形態において、本明細書の変種Ｆｃ領域は、未変性配列Ｆｃ領域及び／または親ポリペプチドのＦｃ領域と少なくとも約８０％の配列同一性、少なくとも約９０％の配列同一性、少なくとも９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有する。
「Ｆｃ受容体」または「ＦｃＲ」は、抗体のＦｃ領域に結合する受容体を記載する。いくつかの実施形態において、ＦｃγＲは、未変性ヒトＦｃＲである。いくつかの実施形態において、ＦｃＲは、ＩｇＧ抗体（ガンマ受容体）に結合するものであり、これらの受容体の対立遺伝子変種及び代替的スプライス形態を含む、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩサブクラスの受容体が含まれる。ＦｃγＲＩＩ受容体は、ＦｃγＲＩＩＡ（「活性化受容体」）及びＦｃγＲＩＩＢ（「阻害受容体」）を含み、主に細胞質ドメインが異なる類似したアミノ酸配列を有する。活性化受容体ＦｃγＲＩＩＡは、細胞質ドメインに免疫受容体チロシンに基づいた活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）を含有する。阻害受容体ＦｃγＲＩＩＢは、細胞質ドメインに免疫受容体チロシンに基づいた阻害モチーフ（ＩＴＩＭ）を含有する。（例えば、Ｄａｅｒｏｎ，Ａｎｎｕ． Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５：２０３−２３４（１９９７）を参照すること）。ＦｃＲは、例えば、Ｒａｖｅｔｃｈ ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ ９：４５７−９２（１９９１）、Ｃａｐｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ ４：２５−３４（１９９４）及びｄｅ Ｈａａｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｌａｂ．Ｃｌｉｎ．Ｍｅｄ．１２６：３３０−４１（１９９５）に総説されている。今後特定されうるものを含む他のＦｃＲは、本明細書における用語「ＦｃＲ」に包含される。
用語「Ｆｃ受容体」または「ＦｃＲ」には、新生児受容体ＦｃＲｎも含まれ、これは、母系ＩｇＧの胎児への移行（Ｇｕｙｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７（１９７６）及びＫｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９（１９９４））、ならびに免疫グロブリンの恒常性の制御に関与している。ＦｃＲｎへの結合を測定する方法は知られている（例えば、Ｇｈｅｔｉｅ ａｎｄ Ｗａｒｄ．，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ １８（１２）：５９２−５９８（１９９７）、Ｇｈｅｔｉｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１５（７）：６３７−６４０（１９９７）、Ｈｉｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７９（８）：６２１３−６２１６（２００４）、ＷＯ２００４／９２２１９（Ｈｉｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．）を参照すること）。
「エフェクター機能」は、抗体のＦｃ領域に起因する生物学的活性を指し、抗体のアイソタイプによって異なる。抗体エフェクター機能の例には、Ｃ１ｑ結合及び補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）、Ｆｃ受容体結合、抗体依存性細胞媒介細胞傷害（ＡＤＣＣ）、食作用、細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）の下方制御、ならびにＢ細胞活性化が含まれる。
「ヒトエフェクター細胞」は、１つ以上のＦｃＲを発現し、かつエフェクター機能を発揮する白血球である。いくつかの実施形態において、この細胞は、少なくともＦｃγＲＩＩＩを発現し、ＡＤＣＣエフェクター機能（複数可）を発揮する。ＡＤＣＣを媒介するヒト白血球の例には、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、単球、細胞傷害性Ｔ細胞及び好中球が含まれる。エフェクター細胞を、未変性源、例えば血液から単離することができる。
「抗体依存性細胞媒介細胞障害」または「ＡＤＣＣ」は、特定の細胞傷害性細胞（例えば、ＮＫ細胞、好中球及びマクロファージ）に存在するＦｃ受容体（ＦｃＲ）に結合した分泌Ｉｇが、これらの細胞傷害性エフェクター細胞が抗原担持標的細胞に特異的に結合し、続いて標的細胞を細胞毒素により死滅させることを可能にする形態の細胞傷害を指す。ＡＤＣＣを媒介する一次細胞であるＮＫ細胞は、ＦｃγＲＩＩＩのみを発現し、一方、単球は、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞におけるＦｃＲ発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７−４９２（１９９１）の４６４頁の表３にまとめられている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するため、米国特許第５，５００，３６２号もしくは同第５，８２１，３３７号、または米国特許第６，７３７，０５６号（Ｐｒｅｓｔａ）に記載されているものなどの、インビトロＡＤＣＣアッセイを実施することができる。そのようなアッセイに有用なエフェクター細胞には、ＰＢＭＣ及びＮＫ細胞が含まれる。代替的または追加的に、目的の分子のＡＤＣＣ活性をインビボにおいて、例えば、Ｃｌｙｎｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）９５：６５２−６５６（１９９８）に開示されているものなどの動物モデルにおいて評価してもよい。変更Ｆｃ領域アミノ酸配列を有する追加的なポリペプチド変種（変種Ｆｃ領域を有するポリペプチド）及び増加または減少したＡＤＣＣ活性が、例えば、米国特許第７，９２３，５３８号及び米国特許第７，９９４，２９０号に記載されている。
「補体依存性細胞傷害」または「ＣＤＣ」は、補体の存在下での標的細胞の溶解を指す。伝統的な補体経路の活性化は、補体系の第１の構成要素（Ｃ１ｑ）が、同族抗原に結合した抗体（適切なサブクラスのもの）に結合することによって開始される。補正活性化を評価するため、例えば、Ｇａｚｚａｎｏ−Ｓａｎｔｏｒｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２０２：１６３（１９９６）に記載されている、ＣＤＣアッセイを実施することができる。変更Ｆｃ領域アミノ酸配列を有するポリペプチド変種（変種Ｆｃ領域を有するポリペプチド）及び増加または減少したＣ１ｑ結合能が、例えば、米国特許第６，１９４，５５１Ｂ１号、米国特許第７，９２３，５３８号、米国特許第７，９９４，２９０号及びＷＯ１９９９／５１６４２に記載されている。例えば、Ｉｄｕｓｏｇｉｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８−４１８４（２０００）も参照すること。
「変更」ＦｃＲ結合親和性またはＡＤＣＣ活性を有するポリペプチド変種は、親ポリペプチドまたは未変性配列Ｆｃ領域を含むポリペプチドと比較して、増強または縮小されたＦｃＲ結合活性及び／またはＡＤＣＣ活性のいずれかを有する。ＦｃＲに対して「増加した結合を示す」ポリペプチド変種は、親ポリペプチドより良好な親和性をもって少なくとも１つのＦｃＲと結合する。ＦｃＲに対して「減少した結合を示す」ポリペプチド変種は、親ポリペプチドより低い親和性をもって少なくとも１つのＦｃＲと結合する。そのような、ＦｃＲに対して減少した結合を示す変種は、ＦｃＲに評価可能な結合をほとんど、または全く有さないことがあり、例えば、未変性配列ＩｇＧ Ｆｃ領域と比較してＦｃＲに対して０〜２０％の結合を有する。
親抗体より「有効に抗体依存性細胞媒介細胞傷害（ＡＤＣＣ）をヒトエフェクター細胞の存在下で媒介する」ポリペプチド変種は、アッセイに使用されるポリペプチド変種及び親抗体の量が本質的に同じである場合、インビトロまたはインビボにおいてＡＤＣＣの媒介がより有効なものである。一般に、そのような変種は、本明細書に開示されているインビトロＡＤＣＣアッセイを使用して特定することができるが、ＡＤＣＣ活性を、例えば動物モデルなどにおいて決定する他のアッセイまたは方法が考慮される。
用語「実質的に類似している」または「実質的に同じである」は、本明細書に使用されるとき、当業者が、２つ以上の値の差に、その値により測定される生物学的特性の文脈の範囲内でほとんど、または全く生物学的及び／または統計的有意性がないと考慮するほど十分に高い程度の類似性が２つ以上の数値の間にあることを示す。いくつかの実施形態において、２つ以上の実質的に類似した値は、約５％以下、約１０％以下、約１５％以下、約２０％以下、約２５％以下、または約５０％以下のいずれか１つによる差がある。
語句「実質的に異なっている」は、本明細書に使用されるとき、当業者が、２つ以上の値の差に、その値により測定される生物学的特性の文脈の範囲内で統計的有意性があると考慮するほど十分に高い程度の差が２つの数値の間にあることを示す。いくつかの実施形態において、２つの実質的に異なる数値は、約１０％超、約２０％超、約２５％超、約３０％超、約３５％超、約４０％超、約４５％超、約５０％超、約６０％超、約７０％超、約８０％超、約９０％超、または約１００％超のいずれか１つによる差がある。
語句「実質的に低減された」は、本明細書に使用されるとき、当業者が、２つ値の差に、その値により測定される生物学的特性の文脈の範囲内で統計的有意性があると考慮するほど十分に高い程度の低減が数値と基準数値の間にあることを示す。いくつかの実施形態において、実質的に低減された数値は、基準値と比較して、約１０％超、約２０％超、約２５％超、約３０％超、約３５％超、約４０％超、約４５％超、約５０％超、約６０％超、約７０％超、約８０％超、約９０％超、または約１００％超のいずれか１つによる低減がある。
用語「リーダー配列」は、哺乳類細胞からポリペプチドの分泌を促進する、ポリペプチドのＮ末端に位置するアミノ酸残基の配列を指す。リーダー配列は、哺乳類細胞からのポリペプチドの搬出の際に切断されて、成熟タンパク質が形成されうる。リーダー配列は、天然または合成であり、それらが結合するタンパク質と異質または同質でありうる。
「未変性配列」ポリペプチドは、天然に見出されるポリペプチドと同じアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。したがって、未変性配列ポリペプチドは、任意の哺乳動物の天然に生じるポリペプチドのアミノ酸配列を有することができる。そのような未変性配列ポリペプチドを天然のものから単離することができる、または組み換え、もしくは合成手段により産生することができる。用語「未変性配列」ポリペプチドは、天然に生じる切断または分泌形態のポリペプチド（例えば、細胞外ドメイン配列）、ポリペプチドの天然に生じる変種形態（例えば、代替的スプライス形態）及び天然に生じる対立遺伝子変種を特異的に包含する。
ポリペプチド「変種」は、必要であれば配列同一性の最大率を達成するため、配列を整列させ、ギャップを導入した後に、あらゆる保存的置換を配列同一性の一部と考慮しないで、未変性配列ポリペプチドと少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有する生物学的に活性なポリペプチドを意味する。そのような変種には、例えば、１個以上のアミノ酸残基がポリペプチドのＮまたはＣ末端に付加または欠失されているポリペプチドが含まれる。いくつかの実施形態において、変種は、少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、変種は、少なくとも約９０％のアミノ酸配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、変種は、未変性配列ポリペプチドと少なくとも約９５％のアミノ酸配列同一性を有する。
本明細書に使用されるとき、ペプチド、ポリペプチド、または抗体配列に対する「アミノ酸配列同一性の率（％）」または「相同性」は、必要であれば配列同一性の最大率を達成するため、配列を整列し、ギャップを導入した後の、特定のペプチドまたはポリペプチド配列のアミノ酸残基と同一である候補配列のアミノ酸残基の百分率と定義され、あらゆる保存的置換を配列同一性の一部として考慮していない。アミノ酸配列同一性の率を決定する目的の整列は、当該技術の技能の範囲内の様々な方法により、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ、またはＭＥＧＡＬＩＧＮ（商標）（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウエアなどの公開されているコンピューターソフトウエアを使用して達成することができる。当業者は、比較される配列の完全長に対して最大限の整列を達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、整列を測定するのに適切なパラメーターを決定することができる。
アミノ酸置換には、ポリペプチドの１個のアミノ酸が別のアミノ酸に置き換えられていることが含まれうるが、これに限定されない。例示的な置換を表１に示す。アミノ酸置換を目的の抗体に導し、産物を、所望の活性、例えば、抗原結合の保持／改善、免疫原性の減少、またはＡＤＣＣもしくはＣＤＣの改善について選別することができる。
表１
アミノ酸を共通の側鎖特性によって分類することができる。
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
（２）中立的親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
（５）鎖配向に影響を及ぼす残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
非保存的置換は、これらのクラスのうちの１つのメンバーを別のクラスのものと交換することを必然的に伴う。
用語「ベクター」は、宿主細胞において増やすことができるクローン化された１つのポリヌクレオチドまたは複数のポリヌクレオチドを含有するように改変されうる、ポリヌクレオチドを記載するために使用される。ベクターは、以下の要素の１つ以上を含むことができる。複製起点、目的のポリペプチドの発現を制御する１つ以上の制御配列（例えば、プロモーター及び／もしくはエンハンサーなど）、ならびに／または１つ以上の選択的マーカー遺伝子（例えば、抗生物質抵抗性遺伝子、及び比色アッセイに使用されうる遺伝子、例えばβ−ガラクトシダーゼなど）。用語「発現ベクター」は、宿主細胞において目的のポリペプチドを発現させるために使用されるベクターを指す。
「宿主細胞」は、ベクターまたは単離ポリヌクレオチドの受容者でありうる、または受容者となっている細胞を指す。宿主細胞は、原核細胞または真核細胞でありうる。例示的な真核細胞には、霊長類または非霊長類の動物細胞などの哺乳類細胞、酵母などの真菌細胞、植物細胞及び昆虫細胞が含まれる。非限定的な例示の哺乳類細胞には、ＮＳＯ細胞、ＰＥＲ．Ｃ６（登録商標）細胞（Ｃｒｕｃｅｌｌ）、ならびに２９３及びＣＨＯ細胞、及びそれぞれ２９３−６Ｅ及びＤＧ４４細胞などのこれらの誘導体が含まれるが、これらに限定されない。宿主細胞には、単一宿主細胞の継代が含まれ、継代は、天然の、偶発的な、または意図的な突然変異に起因して、必ずしも元の親細胞と（形態的に、または遺伝子ＤＮＡ補正的に）完全に同一であるとは限らないことがある。宿主細胞には、本明細書に提供されているポリヌクレオチド（複数可）によりインビボで形質移入された細胞が含まれる。
用語「単離された」は、本明細書に使用されるとき、天然に典型的に見出される、または産生される構成要素の少なくとも一部から分離されている分子を指す。例えば、ポリペプチドは、それが産生された細胞の構成要素の少なくとも一部から分離されている場合に、「単離された」と呼ばれる。ポリペプチドが発現後に細胞によって分泌され、ポリペプチドが含有されている上澄みを、それが産生された細胞から物理的に分離する場合、ポリペプチドを「単離する」と考慮される。同様に、ポリヌクレオチドは、典型的には天然に見出される大型のポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡポリヌクレオチドの場合、ゲノムＤＮＡもしくはミトコンドリアＤＮＡなど）の一部ではないとき、または例えばＲＮＡポリヌクレオチド場合、産生された細胞の構成要素の少なくとも一部から分離されているとき、「単離された」と呼ばれる。したがって、宿主細胞内のベクターに含有されているＤＮＡポリヌクレオチドを、「単離された」と呼ぶことができる。
用語「個体」または「対象」は、動物、例えば哺乳動物を指すために、本明細書において交換可能に使用される。いくつかの実施形態では、ヒト、齧歯類、サル、ネコ、イヌ、ウマ、ウシ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、哺乳類実験動物、哺乳類家畜、哺乳類競技用動物（ｓｐｏｒｔ ａｎｉｍａｌｓ）及び哺乳類愛玩動物が含まれるが、これらに限定されない哺乳動物の治療方法が提供される。いくつかの例において、「個体」または「対象」は、疾患または障害の治療が必要な個体または対象を指す。いくつかの実施形態において、治療を受ける対象は患者であり、対象が治療に関連する障害を有する、または障害に罹患する妥当な危険性があると特定されるという事実を示している。
用語「試料」または「患者の試料」は、本明細書に使用されるとき、例えば、物理的、生化学的、化学的及び／または生理学的特徴に基づいて特徴決定及び／または特定される細胞及び／または分子の実体を含有する目的の対象から得られる、または誘導される組成物を指す。例えば、語句「疾患試料」及びその変形は、特徴決定される細胞及び／または分子の実体を含有すると予測される、または含有することが知られている目的の対象から得た任意の試料を指す。「組織または細胞試料」とは、対象または患者の組織から得た類似した細胞の集まりを意味する。組織または細胞試料の源は、新たな、凍結された及び／または保存されている臓器もしくは組織試料、または生検材料、または吸引液などの固体組織；血液または任意の血液構成成分；脳脊髄液、羊水、腹水または間質液などの体液；対象の妊娠または発育期間中の任意の時点での細胞でありうる。組織試料は、また、初代または培養された細胞または細胞系であってもよい。場合により、組織または細胞試料は、疾患組織／臓器から得られる。組織試料は、例えば防腐剤、抗凝固薬、緩衝液、固定液、栄養剤、抗生物質などの、天然の組織に本来は混ざっていない化合物を含有することがある。
「基準試料」、「基準細胞」、または「基準組織」は、本明細書に使用されるとき、本発明の方法または組成物が特定することに使用される疾患または状態に罹患していないことが知られている、または罹患していないと考えられる源から得られる試料、細胞、または組織を指す。いくつかの実施形態において、基準試料、基準細胞、または基準組織は、疾患または状態が本発明の組成物または方法を使用して特定される同じ対象または患者の身体における健康な部分から得られる。いくつかの実施形態において、基準試料、基準細胞、または基準組織は、疾患または状態が本発明の組成物または方法を使用して特定される対象または患者ではない、１体以上の個体の身体の健康な部分から得られる。
「疾患」または「障害」は、本明細書に使用されるとき、治療が必要である、及び／または望ましい状態を指す。
「癌」及び「腫瘍」は、本明細書に使用されるとき、動物における任意の異常な細胞または組織の増殖または繁殖を指す、交換可能な用語である。本明細書に使用されるとき、用語「癌」及び「腫瘍」は、固形及び血液／リンパ性癌を包含し、悪性、前癌性及び異形成などの良性の増殖も包含する。癌の例には、癌腫、リンパ腫、芽細胞、肉腫及び白血病が含まれるが、これらに限定されない。そのような癌のより詳細な非限定例には、扁平上皮癌、小細胞肺癌、下垂体癌、食道癌、星状細胞腫、軟部組織肉腫、非小細胞肺癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、腹膜癌、肝細胞癌、胃腸癌、膵癌、神経膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌（ｌｉｖｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱癌、肝細胞腫、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜または子宮癌（子宮体内膜癌を含む）、唾液腺癌、腎臓癌（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、腎癌（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、肝臓癌（ｌｉｖｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、前立腺癌、外陰部癌、甲状腺癌、肝癌（ｈｅｐａｔｉｃ ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、脳癌、精巣癌、胆管細胞癌、胆嚢癌、胃癌、黒色腫及び様々な種類の頭頸部癌が含まれる。
本明細書に使用されるとき、「治療」は、有益な、または望ましい臨床結果を得る手法である。「治療」は、本明細書に使用されるとき、ヒトを含む哺乳動物の疾患への治療薬の任意の投与または適用を網羅する。本開示の目的において、有益な、または望ましい臨床結果には、１つ以上の症状の寛解、疾患の程度の縮小、疾患の拡散（例えば、転位、例えば肺またはリンパ節への転移）の予防または遅延、疾患の再発の予防または遅延、疾患の進行の遅延または緩徐、疾患状態の寛解、疾患または疾患の進行の抑制、疾患またはその進行の抑制または緩徐、その発生の阻止、及び軽快（部分的または完全な）のいずれか１つ以上が含まれるが、これらに限定されない。繁殖性疾患の病理的帰結の低減も、「治療」に包含される。本明細書に提供されている方法は、これらの治療の態様のいずれか１つ以上を考慮する。上記を踏まえて、治療という用語は、障害の全ての態様の百パーセントの取り除きを必要としない。
「寛解」は、抗ＩＣＯＳ抗体の投与なしと比較した、１つ以上の症状における軽減または改善を意味する。「寛解」には、症状の持続期間の短縮または低減も含まれる。
癌の文脈において、用語「治療する」には、癌細胞の増殖を抑制すること、癌細胞の複製を抑制すること、全体的な腫瘍量を軽減すること及び疾患に関連する１つ以上の症状を寛解することのいずれか、または全てが含まれる。
用語「生物学的試料」は、生物から、または以前は生きていたものからの物質のある特定の量を意味する。そのような物質には、血液（例えば、全血）、血漿、血清、尿、羊水、髄液、内皮細胞、白血球、単球、他の細胞、臓器、組織、骨髄、リンパ節及び脾臓が含まれるが、これらに限定されない。
「高レベルのＩＣＯＳ」を有する、または「高レベルでＩＣＯＳを発現する」、または「ＩＣＯＳ高」である試料は、いくつかの実施形態において、当業者が、癌が本明細書に提供されている抗体などの抗ＩＣＯＳ療法によって治療可能でありうると結論づけるようなレベルのＩＣＯＳを意味する。いくつかの実施形態において、「高レベルのＩＣＯＳ」は、腫瘍試料内の細胞の１％がＩＣＯＳの染色を示すものである。いくつかの実施形態において、ＩＣＯＳに関して「高レベル」とは、１％以上の染色、例えば、腫瘍試料内の細胞の１、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００％が染色を示すことである。いくつかの実施形態において、ＩＣＯＳレベルは、発色性ＩＨＣまたは免疫蛍光ＩＨＣ（Ａｑｕａスコア付け）によって測定することができる。
「ＩＣＯＳを発現する」、または「ＩＣＯＳの陽性染色」を有する、または「ＩＣＯＳ陽性」である試料は、いくつかの実施形態において、試料の中の１％以上の細胞が、ＩＣＯＳの染色を示すことを意味する。いくつかの実施形態において、ＩＣＯＳ陽性である試料は、少なくとも弱い、中程度の、及び／または強い細胞染色（ＩＣＯＳの膜発現に基づく）を示す。ＩＣＯＳの中程度または強い細胞染色を有する試料も、「ＩＣＯＳ高」と考慮される。
「低レベルのＰＤ−Ｌ１」を有する、または「低レベルでＰＤ−Ｌ１」を発現する、または「ＰＤ−Ｌ１低」である試料は、ＰＤ−Ｌ１のレベルが、通常はＰＤ−１療法による治療が指示される癌における発現の閾値レベルを下回ることを意味する。いくつかの実施形態において、「低レベルのＰＤ−Ｌ１」は、腫瘍試料内の細胞の５％未満がＰＤ−Ｌ１の膜染色を示すものである。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１に関して「低レベル」とは、５％未満の染色、例えば、腫瘍の細胞の４％、３％、２％、１％、または０％が染色を示すことである。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１レベルは、発色性ＩＨＣまたは免疫蛍光ＩＨＣ（Ａｑｕａスコア付け）によって測定することができる。検出可能ではないＰＤ−Ｌ１を発現する試料も、「低レベルのＰＤ−Ｌ１を発現する」と言うことができる。したがって、検出可能ではないＰＤ−Ｌ１が、用語「低」の範囲内に包含される。
「高レベルのＰＤ−Ｌ１」を有する、または「高レベルでＰＤ−Ｌ１を発現する」、または「ＰＤ−Ｌ１高」である試料は、当業者が、癌が抗ＰＤ−１療法によって治療可能でありうると結論づけるようなレベルのＰＤ−Ｌ１を意味する。いくつかの実施形態において、「高レベルのＰＤ−Ｌ１」は、腫瘍の細胞の５％以上がＰＤ−Ｌ１の膜染色を示すものである。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１に関して「高レベル」とは、５％以上の染色、例えば、腫瘍細胞の５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００％が染色を示すことである。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１レベルは、発色性ＩＨＣまたは免疫蛍光ＩＨＣ（Ａｑｕａスコア付け）によって測定することができる。
「ＰＤ−Ｌ１を発現する」、または「ＰＤ−Ｌ１の陽性染色」を有する、またはＰＤ−Ｌ１陽性」である試料は、１％以上の細胞が、ＰＤ−Ｌ１の膜染色を有することを意味する。いくつかの実施形態において、ＰＤ−Ｌ１陽性である試料は、少なくとも弱い、中程度の、及び／または強い細胞染色（ＰＤ−Ｌ１の膜発現に基づく）を示す。ＰＤ−Ｌ１の中程度または強い細胞染色を有する試料も、「ＰＤ−Ｌ１高」と考慮される。
「ＰＤ−Ｌ１発現を欠いている」、または「ＰＤ−Ｌ１の陰性染色」を有する、または「ＰＤ−Ｌ１陰性」である試料は、試料の細胞表面のＰＤ−Ｌ１発現が、発色性ＩＨＣまたは免疫蛍光ＩＨＣ（Ａｑｕａスコア付け）などのＩＨＣにより検出不能であることを意味する。ＰＤ−Ｌ１陰性試料も、「ＰＤ−Ｌ１低」と考慮される。
いくつかの実施形態では、ＰＤ−Ｌ１のレベルを測定する任意の方法を用いることができる。いくつかの実施形態において、これには、ＰＤ−Ｌ１ ＩＨＣ ２２Ｃ３ ｐｈａｒｍＤｘ試験（Ｄａｋｏ Ｉｎｃ．，Ｃａｒｐｉｎｔｅｒｉａ，ＣＡ）の使用が含まれ、これは、ＮＳＣＬＣにおけるＰＤ−Ｌ１の発現を評価する、臨床的に検証され、ＦＤＡにより承認された試験である。ＰＤ−Ｌ１ ＩＨＣ ２２Ｃ３ ｐｈａｒｍＤｘは、モノクローナルマウス抗ＰＤ−Ｌ１抗体（クローン２２Ｃ３）を使用する定性的免疫組織化学アッセイであり、これを、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）組織におけるＰＤ−Ｌ１タンパク質の検出に使用することができる。このアッセイをＡｕｔｏｓｔａｉｎｅｒ Ｌｉｎｋ ４８システムにより実施することができ、ＥｎＶｉｓｉｏｎ ＦＬＥＸシステムを使用して可視化することができる。ＰＤ−Ｌ１タンパク質発現は、Ｔｕｍｏｒ Ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ Ｓｃｏｒｅ（ＴＰＳ）を使用して定量化し、これは、部分的または完全な膜染色を示す生存腫瘍細胞の百分率である。いくつかの実施形態において、試験片は、ＴＰＳ≧５０％の生存腫瘍細胞が任意の強度で膜染色を示す場合に、ＰＤ−Ｌ１陽性である考慮される。ＰＤ−Ｌ１ ＩＨＣ ２２Ｃ３ ｐｈａｒｍＤｘは、ＮＳＣＬＣ患者をＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペムブロリズマブ）による治療のために特定する助けとして示されている。スコア付けシステム及びペムブロリズマブへの応答についての追加的な詳細は、Ｇａｒｏｎ ｅｔ ａｌ．（Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２０１５；３７２：２０１８−２８）による論文に記載されている。 いくつかの実施形態において、ＮＳＣＬＣ患者の試験片は、Ｔｕｍｏｒ Ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ Ｓｃｏｒｅが≧５０％の生存腫瘍細胞が、任意の強度（すなわち、≧１＋）で膜染色（部分的または全体的）を示す場合に、ＰＤ−Ｌ１発現が陽性であると考慮することができる。いくつかの実施形態において、このれは、抗体クローン２２Ｃ３に関して特異的でありうる。いくつかの実施形態において、ＴＰＳ＝５％〜５０％の生存腫瘍細胞が任意の強度で膜染色を示す場合、試料及び／または患者は、ＰＤ−Ｌ１陽性であると考慮される。いくつかの実施形態において、ＴＰＳ≧５０％の生存腫瘍細胞が任意の強度で膜染色を示す場合、試料及び／または患者は、ＰＤ−Ｌ１高であると考慮される。
用語「高マイクロサテライト不安定性」及び「高ＭＳＩ」は、ＰＣＲ分析により決定して、ＢＡＴ２５、ＢＡＴ２６、Ｄ５Ｓ３４６、Ｄ２Ｓ１２３及びＤ１７Ｓ２５０の５つのマーカー（座）のうちの２つ以上に遺伝子不安定性（例えば、マイクロサテライトの長さの増大または低減）を含む癌を指す。例えば、Ｂｏｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．，１９９８，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，５８：５２４８−５２５７を参照すること。
用語「低マイクロサテライト不安定性」及び「低ＭＳＩ」は、ＰＣＲ分析により決定して、ＢＡＴ２５、ＢＡＴ２６、Ｄ５Ｓ３４６、Ｄ２Ｓ１２３及びＤ１７Ｓ２５０の５つのマーカー（座）のうちの１つに遺伝子不安定性（例えば、マイクロサテライトの長さの増大または低減）を含む癌を指す。例えば、Ｂｏｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．，１９９８，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，５８：５２４８−５２５７を参照すること。
用語「マイクロサテライト不安定性陽性」及び「ＭＳＩ陽性」は、高ＭＳＩまたは低ＭＳＩの腫瘍を指す。癌は、また、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＰＭＳ２及びＭＳＨ６から選択される１個以上のミスマッチ修復タンパク質が免疫組織化学（ＩＨＣ）によると不在の場合、ＭＳＩ陽性と考慮される。
用語「マイクロサテライト安定性」及び「ＭＳＳ」は、ＰＣＲ分析により決定して、ＢＡＴ２５、ＢＡＴ２６、Ｄ５Ｓ３４６、Ｄ２Ｓ１２３及びＤ１７Ｓ２５０の５つのマーカー（座）のどれにも遺伝子不安定性（例えば、マイクロサテライトの長さの増大または低減）を含まない癌を指す。例えば、Ｂｏｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．，１９９８，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，５８：５２４８−５２５７を参照すること。
用語「対照」は、分析物を含有しない（「陰性対照」）または分析物を含有する（「陽性対照」）ことが知られている組成物を指す。陽性対照は、既知の濃度の分析物を含むことができる。「対照」、「陽性対照」及び「標準物質（ｃａｌｉｂｒａｔｏｒ）」は、既知の濃度の分析物を含む組成物を参照するために本明細書において交換可能に使用されうる。「陽性対照」を使用して、アッセイの性能特性を確立することができ、試薬（例えば、分析物）の整合性の指標として有用である。
「所定のカットオフ」及び「所定レベル」は、所定のカットオフ／レベルが既に様々な臨床パラメーター（例えば、疾患の重篤度、進行／非進行／改善など）と関連または関係づけられている所定のカットオフ／レベルに対するアッセイ結果と比較することによって、診断／予後／治療効力の結果を評価するために使用されるアッセイカットオフ値を一般に指す。本開示は例示的な所定レベルを提供するが、カットオフ値は、免疫アッセイの性質（例えば、用いられる抗体など）に応じて変わりうることが良く知られている。更に、本明細書の開示を他の免疫アッセイに適合させて、本開示に基づいて他の免疫アッセイのために免疫アッセイ特異的カットオフ値を得ることは、十分に当業者の範囲内である。所定のカットオフ／レベルの正確な値は、アッセイの間で変わりうるが、本明細書に記載されている相関関係（存在する場合）が一般に適用可能でありうる。
用語「抑制」または「抑制する」は、任意の表現型特性の減少もしくは休止、またはその特性の発生、程度、もしくは可能性の減少もしくは休止を指す。「低減する」または「抑制する」ことは、基準と比較して、活性、機能及び／または量を減少する、低減する、または阻止することである。いくつかの実施形態において、「低減する」または「抑制する」とは、２０％以上の全体的な減少を引き起こす能力を意味する。いくつかの実施形態において、「低減する」または「抑制する」とは、５０％以上の全体的な減少を引き起こす能力を意味する。いくつかの実施形態において、「低減する」または「抑制する」とは、７５％、８５％、９０％、９５％、またはそれ以上の全体的な減少を引き起こす能力を意味する。 いくつかの実施形態において、上記に示された量は、同じ期間にわたって、対照用量（例えば、プラセボ）と比べて経時的に抑制されている、または減少している。「基準」は、本明細書に使用されるとき、比較の目的に使用される任意の試料、標準、またはレベルを指す。基準は、健康な及び／または非疾患の試料から得ることができる。いくつかの例において、基準は、未処理試料から得ることができる。いくつかの例において、基準は、対象個体の未処理試料の非疾患のものから得られる。いくつかの例において、基準は、対象または患者ではない１体以上の健康な個体から得られる。
本明細書に使用されるとき、「疾患の発生を遅延する」は、疾患（例えば、癌）の発生の延期、妨害、緩徐、延滞、安定化、抑圧、及び／または順延を意味する。この遅延は、治療される疾患及び／または個体の病歴に応じて異なる時間の長さでありうる。当業者には明らかなように、十分または有意な遅延は、個体が疾患を発生しないという点において事実上予防を包含する。例えば、転位の発生などの後期癌を遅延させることができる。
「予防」は、本明細書に使用されるとき、疾患に罹患しやすくなっているが、疾患が診断されていない対象において、疾患の出現または再発に関して予防を提供することを含む。特定されない限り、用語「低減する」、「抑制する」、または「予防する」は、常時の完全な予防を示すもの、または必要とするものではない。
本明細書に使用されるとき、機能または活性を「抑圧する」とは、目的の条件またはパラメーターを除く以外は同じ条件下で比較した場合、あるいは別の条件下で比較して、機能または活性を低減することである。例えば、腫瘍増殖を抑圧する抗体は、抗体の不在下での腫瘍の増殖速度と比較して、腫瘍の増殖速度を低減する。
物質／分子、作動薬、または拮抗薬の「治療有効量」は、疾患状態、個体の年齢、性別及び体重、ならびに個体において望ましい応答を発揮する物質／分子、作動薬、または拮抗薬の能力などの要因によって変わりうる。また治療有効量は、物質／分子、作動薬、または拮抗薬の任意の毒性または有害作用を、治療有益効果が上回るものである。治療有効量は、１回以上の投与によって送達されうる。治療有効量は、望ましい治療及び／または予防の結果を、必要な投与量及び期間で達成するのに有効な量を指す。
「予防有効量」は、望ましい予防の結果を、必要な投与量及び期間で達成するのに有効な量を指す。典型的には、予防用量が対象において疾患の前または初期段階に使用されるので、予防有効量は、治療有効量よりも少ないが、これに限られたものではない。
用語「薬学的製剤」及び「薬学的組成物」は、活性成分（複数可）の生物学的活性が有効であることを許容するような形態である及び製剤が投与される対象に許容されない毒性がある追加の構成成分を含有しない、調合剤を指す。そのような製剤は、滅菌でありうる。
「薬学的に許容される担体」は、対象に投与される「薬学的組成物」を一緒になって構成する、治療剤と共に当該技術において慣用的に使用される非毒性で固体、半固体、または液体の充填剤、希釈剤、カプセル化材料、製剤補助剤、または担体を指す。薬学的に許容される担体は、用いられる投与量及び濃度で受容者に対して非毒性であり、製剤の他の成分と適合している。薬学的に許容される担体は、用いられる製剤に適したものである。
「滅菌」製剤は、無菌である、または生存微生物及びそれらの胞子を実質的に含まない。
「ＰＤ−１療法」は、ＰＤ−Ｌ１及び／またはＰＤ−Ｌ２へのＰＤ−１の結合を調節する任意の療法を包含する。ＰＤ−１療法は、例えば、ＰＤ−１及び／またはＰＤ−Ｌ１と直接相互作用することができる。いくつかの実施形態において、ＰＤ−１療法は、ＰＤ−１に直接結合する及び／またはＰＤ−１の活性に影響を及ぼす、分子を含む。いくつかの実施形態において、ＰＤ−１療法は、ＰＤ−Ｌ１に直接結合する及び／またはＰＤ−Ｌ１の活性に影響を及ぼす、分子を含む。したがって、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１に結合する及びＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１の相互作用を遮断する抗体は、ＰＤ−１治療薬である。ＰＤ−１療法の望ましいサブタイプが意図される場合、ＰＤ−１と直接相互作用する分子を伴う療法に「ＰＤ−１特異的」、またはＰＤ−Ｌ１と直接相互作用する分子に「ＰＤ−Ｌ１特異的」という語句が、適宜に指定される。特定されない限り、ＰＤ−１療法に関して本明細書に含有されている全ての開示は、ＰＤ−１の一般的療法に、ならびにＰＤ−１特異的及び／またはＰＤ−Ｌ１特異的療法に当てはまる。非限定的な例示のＰＤ−１療法には、ニボルマブ（抗ＰＤ−１抗体、ＢＭＳ−９３６５５８、ＭＤＸ−１１０６、ＯＮＯ−４５３８；ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ピディリズマブ（抗ＰＤ−１抗体、ＣｕｒｅＴｅｃｈ）、ペムブロリズマブ（抗ＰＤ−１抗体、ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）、ＭＫ−３４７５、ランブロリズマブ）、デュルバルマブ（抗ＰＤ−Ｌ１抗体、ＭＥＤＩ−４７３６、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＲＧ−７４４６、ＭＳＢ−００１０７１８Ｃ、ＡＭＰ−２２４、ＢＭＳ−９３６５５９（抗ＰＤ−Ｌ１抗体、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ＡＭＰ−５１４、ＭＤＸ−１１０５、ＡＮＢ−０１１、抗ＬＡＧ−３／ＰＤ−１、抗ＰＤ−１Ａｂ（ＣｏＳｔｉｍ）、抗ＰＤ−１Ａｂ（Ｋａｄｍｏｎ Ｐｈａｒｍ．）、抗ＰＤ−１Ａｂ（Ｉｍｍｕｎｏｖｏ）、抗ＴＩＭ−３／ＰＤ−１Ａｂ（ＡｎａｐｔｙｓＢｉｏ）、抗ＰＤ−Ｌ１Ａｂ（ＣｏＳｔｉｍ／Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、アテゾリズマブ（抗ＰＤ−Ｌ１抗体、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）、アベルマブ（抗ＰＤ−Ｌ１抗体、ＭＳＢ００１０７１８Ｃ、Ｐｆｉｚｅｒ）、ＫＤ−０３３、ＰＤ−１作動薬（Ａｇｅｎｕｓ）、ＳＴＩ−Ａ１０１０、ＳＴＩ−Ａ１１１０、ＴＳＲ−０４２、及びプログラム死−１（ＤＰ−１）またはプログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）に向けられている他の抗体が含まれる。
用語「ＩＤＯ阻害剤」は、インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）の活性を抑制することができる、それによって、ＩＤＯ媒介免疫抑制を逆転することができる作用物質を指す。ＩＤＯ阻害剤は、ＩＤＯ１及び／またはＩＤＯ２（ＩＮＤＯＬ１）を抑制することができる。ＩＤＯ阻害剤は、可逆的または非可逆的ＩＤＯ阻害剤でありうる。「可逆的ＩＤＯ阻害剤」は、ＩＤＯ酵素活性を、触媒部位または非触媒部位のいずれかにおいて可逆的に抑制する化合物であり、「非可逆的ＩＤＯ阻害剤」は、ＩＤＯ酵素活性を、酵素と共有結合を形成することによって非可逆的に抑制する化合物である。非限定的な例示のＩＤＯ阻害剤には、Ｉｎｄｏｘｉｍｏｄ（Ｎｅｗ Ｌｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＩＮＣＢ０２４３６０（Ｉｎｃｙｔｅ Ｃｏｒｐ）、１−メチル−Ｄ−トリプトファン（Ｎｅｗ Ｌｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）及びＧＤＣ−０９１９（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）が含まれる。
「キメラ抗原受容体Ｔ細胞療法」または「ＣＡＲ−Ｔ療法」は、腫瘍細胞により発現された抗原を認識する受容体を発現するように遺伝子修飾されたＴ細胞を含む、治療剤を指す。抗原は、腫瘍により特異的に発現された抗原、または癌性細胞と健康な組織の両方によって発現された抗原でありうる。いくつかの実施形態において、ＣＡＲ−Ｔ療法は、養子ＣＡＲ−Ｔ療法であり、ここでは、患者のＴ細胞が取り出され、キメラ抗原受容体を発現するように修飾され、患者に戻される。例えば、Ｄａｉ ｅｔ ａｌ．，２０１６，Ｊ Ｎａｔｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ，１０８（７）：ｄｊｖ４３９，ｄｏｉ：１０．１０９３／ｊｎｃｉ／ｄｊｖ４３９、Ｇｉｌｌ ｅｔ ａｌ．，２０１５，Ｂｌｏｏｄ Ｒｅｖ，ｐｉｉ：Ｓ０２６８−９６０Ｘ（１５）０００８０−６，ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｂｌｒｅ．２０１５．１０．００３、Ｇｉｌｌ ｅｔ ａｌ．，２０１５，Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｖ，２６３（１）：６８−８９．ｄｏｉ：１０．１１１１／ｉｍｒ．１２２４３を参照すること。
１つ以上の更なる治療剤「と組み合わせた」投与には、同時（同時発生的）及び任意の順番による連続または順次投与が含まれる。
用語「同時発生的」は、投与の少なくとも一部分が時間的に重複している、または一方の治療剤の投与が他方の治療の投与よりも短い時間の範囲内である、２つ以上の治療剤の投与を指すために本明細書において使用される。例えば、２つ以上の治療剤は、ほぼ特定の分数を超えない時間間隔で投与される。
用語「順次」は、１つ以上の作用物質（複数可）の投与が１つ以上の他の作用物質（複数可）の投与の中断後に続けられる、または１つ以上の作用物質（複数可）の投与が１つ以上の他の作用物質（複数可）の投与の前に開始される、２つ以上の治療剤の投与を指すために本明細書において使用される。例えば、２つ以上の治療剤の投与は、ほぼ特定の分数を超える時間間隔で投与される。
本明細書に使用されるとき、「と共に」は、１つの治療様式を別の治療様式に加えて投与することを指す。このように、「と共に」は、１つの治療様式を別の治療様式の投与の前、間、または後に個体に投与することを指す。
用語「添付文書」は、市販の治療製品の包装に慣用的に含まれる使用説明書を指すために使用され、適応症、用法、投与量、投与、併用療法、そのような治療製品の使用に関する禁忌及び／または警告を含む。
「製造品」は、少なくとも１つの試薬、例えば、疾患もしくは障害（例えば、癌）の治療用医薬、または本明細書に記載されているバイオマーカーを特異的に検出するプローブを含む、任意の製造物（例えば、包装もしくは容器）、またはキットである。いくつかの実施形態において、製造物またはキットは、本明細書に記載されている方法を実施する単位として奨励、分布、または販売される。
用語「標識」及び「検出可能標識」は、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドに結合して、反応（例えば、ポリヌクレオチド増幅または抗体結合）を検出可能にする部分を意味する。標識を含むポリヌクレオチドまたはポリペプチドを、「検出可能に標識された」と呼ぶことができる。このように、用語「標識結合タンパク質」は、結合タンパク質の特定をもたらす標識が組み込まれたタンパク質を指す。用語「標識オリゴヌクレオチド」、「標識プライマー」、「標識プローブ」などは、標識オリゴヌクレオチド、プライマー、またはプローブを含む、またはそれらとハイブリッド形成する核酸の特定をもたらすように組み込まれた標識を有するポリヌクレオチドを指す。いくつかの実施形態において、標識は、視覚的に、または器具を用いて検出可能なシグナルを生成することができる検出可能マーカーであり、例えば、放射標識アミノ酸の組み込み、またはマーク付きアビジン（例えば、光学的もしくは比色的な方法により検出できる蛍光マーカーもしくは酵素活性を含有するストレプトアビジン）により検出されうるビオチニル部分のポリペプチドへの結合である。標識の例には、以下が含まれるが、これらに限定されない。放射性同位体または放射性核種（例えば、３Ｈ、１４Ｃ、３５Ｓ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１１１Ｉｎ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１７７Ｌｕ、１６６Ｈｏ、または１５３Ｓｍ）、色原体、蛍光標識（例えば、ＦＩＴＣ、ローダミン、ランタニドリン光体）、酵素標識（例えば、ホースラデッシュペルオキシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ）、化学発光マーカー、ビオチニル基、二次レポーターにより認識された所定のポリペプチドエピトープ（例えば、ロイシンジッパー対配列、二次抗体の結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ）及びガドリニウムキレートなどの磁性作用物質。免疫アッセイに一般的に用いられる標識の代表例には、光を生成する部分、例えばアクリジニウム化合物、及び蛍光を生成する部分、例えばフルオレセインが含まれる。いくつかの実施形態において、この部分は、それ自体検出可能に標識されていなくてもよく、別の部分との反応によって検出可能になりうる。
用語「抱合体」は、治療剤または細胞傷害剤などの第２の化学部分に化学的に連結している抗体を指す。用語「作用物質」には、化合物、化合物の混合物、生物学的巨大分子、または生物学的材料から作製された抽出物が含まれる。いくつかの実施形態において、治療剤または細胞傷害剤には、百日咳毒素、タキソール、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テニポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラセンジオン、ミトキサントロン、ミスラマイシン、アクチノマイシンＤ、１−ジヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、ならびにピューロマイシン及びその類縁体または相同体が含まれるが、これらに限定されない。免疫アッセイの文脈において用いられるとき、抱合抗体は、検出抗体として使用される検出可能標識抗体でありうる。
用語「増幅」は、核酸配列またはその補体の１つ以上のコピーを産生する過程を指す。増幅は直線的または指数関数的（例えば、ＰＣＲ）でありうる。
「ポリメラーゼ連鎖反応」または「ＰＣＲ」の技術は、本明細書に使用されるとき、一般に、ＲＮＡ及び／またはＤＮＡなどの核酸の特定の領域が、米国特許第４，６８３，１９５号に記載されているように増幅される手順を指す。一般に、オリゴヌクレオチドプライマーは、望ましい距離を離して、増幅されるテンプレートの反対側の鎖とハイブリッド形成するように設計される。ＰＣＲを使用して、特定のＲＮＡ配列、全ゲノムＤＮＡの特定のＤＮＡ配列、及び細胞内全ＲＮＡ、バクテリオファージ、またはプラスミド配列から転写されたｃＤＮＡなどを増幅することができる。
「定量的リアルタイムＰＣＲ」または「ｑＲＴ−ＰＣＲ」は、増幅産物の量または相対量が増幅されうるようにＰＣＲが実施される、ＰＣＲの一形態を指す。この技術は、Ｃｒｏｎｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．１６４（１）：３５−４２（２００４）及びＭａ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ５：６０７−６１６（２００４）を含む様々な出版物に記載されている。
用語「標的配列」、「標的核酸」、または「標的核酸配列」は、一般に、目的のポリヌクレオチド配列、例えば、ｑＲＴ−ＰＣＲの使用によって増幅の標的にされるポリヌクレオチド配列を指す。
用語「検出」には、直接的及び間接的な検出を含む任意の検出方法が含まれる。
用語「予測」は、対象が治療剤または治療剤の組み合わせに好ましく、または好ましくなく応答する可能性を指すために、本明細書において使用される。いくつかの実施形態において、予測は、これらの応答の程度に関する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている予測方法を使用して、特定の対象に最も適した治療様式を選択する治療決定を行うことができる。
ＩＩ．抗ＩＣＯＳ抗体
ＩＣＯＳに対して向けられた抗体が提供される。抗ＩＣＯＳ抗体には、ヒト化抗体、キメラ抗体、マウス抗体、ヒト抗体、ならびに本明細書に考察された重鎖及び／または軽鎖ＣＤＲを含む抗体が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、ＩＣＯＳに結合する単離抗体が提供される。いくつかの実施形態において、ＩＣＯＳに結合するモノクローナル抗体が提供される。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、作動薬抗ＩＣＯＳ抗体である。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されている抗ＩＣＯＳ抗体の投与は、Ｔｅｆｆ細胞の数を増加させる、Ｔｅｆｆ細胞を活性化する、対象においてＴｒｅｇ細胞を枯渇させる、及び／またはＴｅｆｆ細胞とＴｒｅｇ細胞の比を増加させる。いくつかの実施形態において、Ｔｒｅｇ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３− Ｔ細胞及びＣＤ８＋ Ｔ細胞である。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号６６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号２２、６２、７２、８２、９２、１０２及び１１２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２３、６３、７３、８３、９３、１０３及び１１３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２４、６４、７４、８４、９４、１０４及び１１４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２５、６５、７５、８５、９５、１０５及び１１５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２６、６６、７６、８６、９６、１０６及び１１６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、ならびに（ｆ）配列番号２７、６７、７７、８７、９７、１０７及び１１７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号３２、１６２、１７２及び１８２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３３、１６３、１７３及び１８３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３４、１６４、１７４及び１８４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号３５、１６５、１７５及び１８５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３６、１６６、１７６及び１８６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、ならびに（ｆ）配列番号３７、１６７、１７７及び１８７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号５２、１２２、１３２、１４２及び１５２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５３、５３、１２３、１３３、１４３及び１５３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号５４、１２４、１３４、１４４及び１５４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号５５、１２５、１３５、１４５及び１５５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５６、１２６、１３６、１４６及び１５６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、ならびに（ｆ）配列番号５７、１２７、１３７、１４７及び１５７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、重鎖可変領域及び少なくとも一部分の重鎖定常領域を含む少なくとも１つの重鎖と、軽鎖可変領域及び少なくとも一部分の軽鎖定常領域を含む少なくとも１つの軽鎖とを含む。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、それぞれの重鎖が、重鎖可変領域及び少なくとも一部分の重鎖定常領域を含む２つの重鎖と、それぞれの軽鎖が、軽鎖可変領域及び少なくとも一部分の軽鎖定常領域を含む２つの軽鎖とを含む。本明細書に使用されるとき、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、または例えば６つのＣＤＲ（３つの重鎖ＣＤＲ及び３つの軽鎖ＣＤＲ）を全て含む単一ポリペプチド鎖を含む任意の他の抗体は、重鎖及び軽鎖を有すると考慮される。いくつかの実施形態において、重鎖は、３つの重鎖ＣＤＲを含む抗ＩＣＯＳ抗体の領域である。いくつかの実施形態において、軽鎖は、３つの軽鎖ＣＤＲを含む抗ＩＣＯＳ抗体の領域である。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号７２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号７３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号７４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号７５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号７６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号７７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号８２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号８３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号８４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号８５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号８６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号８７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号９２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号９３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号９４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号９５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号９７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１０２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１０３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１０４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１２４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１３２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１３４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１３６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１３７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１５３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１５５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１６３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１６４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１７２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１７３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１７４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１７５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１７６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１７７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１８２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１８３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１８４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１８５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１８６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１８７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む６つのＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、上記に記載された６つのＣＤＲを含み、ＩＣＯＳに結合する。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、上記に記載された６つのＣＤＲを含み、ＩＣＯＳに結合し、ヒトなどの哺乳動物において、Ｔｅｆｆ細胞の数を増加させる、及び／またはＴｅｆｆ細胞を活性化する、及び／またはＴｒｅｇ細胞の数を減少させる、及び／またはＴｅｆｆ細胞とＴｒｅｇ細胞の比を増加させる。いくつかの実施形態において、Ｔｒｅｇ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３− Ｔ細胞及び／またはＣＤ８＋ Ｔ細胞である。
いくつかの実施形態では、ＩＣＯＳへの結合を本明細書に記載されている抗ＩＣＯＳ抗体と競合する抗ＩＣＯＳ抗体が、提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体のいずれかと結合を競合する抗体を、作製及び／または使用することができる。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号７２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号７３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号７４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号８２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号８３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号８４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号９２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号９３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号９４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１０２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１０３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１０４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１２４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１３２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１３４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１５３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１６３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１６４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１７２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１７３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１７４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（ａ）配列番号１８２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１８３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１８４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号７５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号７６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号７７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号８５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号８６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号８７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号９５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号９６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号９７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号１１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号１２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号１３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１３７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号１４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号１５５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号１７５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１７６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１７７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む。
いくつかの実施形態において、抗体は、（ａ）配列番号１８５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１８６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１８７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含む.
いくつかの実施形態では、本明細書に提供されている６つのＣＤＲのいずれかを、副部分として、本明細書に提供されている他のＣＤＲのいずれかと、合計６つのＣＤＲとなるように構築物中に組み合わせることができる。このように、いくつかの実施形態において、第１の抗体の２つのＣＤＲ（例えば、ＨＣＤＲ１及びＨＣＤＲ２）を、第２の抗体の４つのＣＤＲ（ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３）と組み合わせることができる。いくつかの実施形態では、２個以下の残基を、１つ以上のＣＤＲにおいて置き換えて、その変種を得ることができる。いくつかの実施形態では、２個以下の残基を、１、２、３、４、５、または６つのＣＤＲにおいて置き換えることができる。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号６６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号７２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号７３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号７４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号７５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号７６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号７７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号８２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号８３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号８４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号８５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号８６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号８７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号９２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号９３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号９４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号９５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号９７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１０２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１０３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１０４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１２４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１３２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１３４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１３６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１３７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１５３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１５５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１６３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１６４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１７２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１７３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１７４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１７５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１７６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１７７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１８２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１８３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１８４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１８５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１８６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１８７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１９４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１９５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１９６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１９７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１９８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１９９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号２０２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２０３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号２０４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号２０５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２０６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２０７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号２１０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２１１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号２１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号２１３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２１４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つ全てのＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬドメイン、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、または１８０のアミノ酸配列に少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１９２、２００、または２０８のアミノ酸配列に少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は、基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＩＣＯＳ抗体は、ＩＣＯＳに結合する能力を保持する。いくつかの実施形態では、合計で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、または１８０において置換、挿入及び／または欠失されている。いくつかの実施形態では、合計で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１９２、２００、または２０８において置換、挿入及び／または欠失されている。いくつかの実施形態において、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側（すなわち、ＦＲ内）の領域で生じる。場合により、抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、または１８０にＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾も含まれる。場合により、抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１９２、２００、または２０８にＶＨ配列を含み、その配列の翻訳後修飾も含まれる。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号７２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号７３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号７４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号８２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号８３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号８４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号９２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号９３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号９４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号１０２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１０３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１０４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号１２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１２４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号１３２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１３４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号１５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１５３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１６３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１６４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号１７２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１７３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１７４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号１８２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１８３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１８４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号１９４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１９５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１９６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号２０２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２０３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号２０４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＨは、（ａ）配列番号２１０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２１１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号２１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体が提供され、ここで抗体は、配列番号１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３１、１４１、１５１、１６１、１７１、または１８１のアミノ酸配列に少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体が提供され、ここで抗体は、配列番号１９３、２０１、または２０９のアミノ酸配列に少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列は、基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＩＣＯＳ抗体は、ＩＣＯＳに結合する能力を保持する。いくつかの実施形態では、合計で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３１、１４１、１５１、１６１、１７１、または１８１において置換、挿入及び／または欠失されている。いくつかの実施形態では、合計で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１９３、２０１、または２０９において置換、挿入及び／または欠失されている。いくつかの実施形態において、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側（すなわち、ＦＲ内）の領域で生じる。場合により、抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３１、１４１、１５１、１６１、１７１、または１８１にＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾も含まれる。場合により、抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１９３、２０１、または２０９にＶＬ配列を含み、その配列の翻訳後修飾も含まれる。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号７５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号７６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号７７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号８５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号８６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号８７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号９５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号９６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号９７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号１１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号１２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号１３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１３７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号１４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号１５５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号１７５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１７６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１７７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号１８５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１８６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１８７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号１９７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１９８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１９９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号２０５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２０６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号２０７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、ＶＬは、（ａ）配列番号２１３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２１４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号２１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、または１８０のアミノ酸配列に少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列、及び配列番号１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３１、１４１、１５１、１６１、１７１、または１８１のアミノ酸配列に少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１９２、２００、または２０８のアミノ酸配列に少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列、及び配列番号１９３、２０１、または２０９のアミノ酸配列に少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０，１９２、２００、または２０８のアミノ酸配列に少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列、及び配列番号１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３１、１４１、１５１、１６１、１７１、１８１、１９３、２０１、または２０９のアミノ酸配列に少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は、基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有し、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列は、基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＩＣＯＳ抗体は、ＩＣＯＳに結合する能力を保持する。いくつかの実施形態では、合計で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、または１８０において置換、挿入及び／または欠失されている。いくつかの実施形態では、合計で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３１、１４１、１５１、１６１、１７１、または１８１において置換、挿入及び／または欠失されている。いくつかの実施形態では、合計で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１９２、２００、または２０８において置換、挿入及び／または欠失されている。いくつかの実施形態では、合計で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１９３、２０１、または２０９において置換、挿入及び／または欠失されている。いくつかの実施形態では、合計で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９２、２００、または２０８において置換、挿入及び／または欠失されている。いくつかの実施形態では、合計で１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３１、１４１、１５１、１６１、１７１、１８１、１９３、２０１、または２０９において置換、挿入及び／または欠失されている。いくつかの実施形態において、置換、挿入、または欠失は、ＣＤＲの外側（すなわち、ＦＲ内）の領域で生じる。場合により、抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、または１８０にＶＨ配列、及び配列番号１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３１、１４１、１５１、１６１、１７１、または１８１にＶＬ配列を含み、一方または両方の配列の翻訳後修飾も含まれる。場合により、抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１９２、２００、または２００にＶＨ配列、及び配列番号１９３、２０１、または２０９にＶＬ配列を含み、一方または両方の配列の翻訳後修飾も含まれる。場合により、抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９２、２００、または２０８にＶＨ配列、及び配列番号１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３１、１４１、１５１、１６１、１７１、１８１、１９３、２０１、または２０９にＶＬ配列を含み、一方または両方の配列の翻訳後修飾も含まれる。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号６６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号７２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号７３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号７４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号７５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号７６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号７７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号８２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号８３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号８４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号８５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号８６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号８７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号９２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号９３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号９４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号９５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号９７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１０２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１０３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１０４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１２４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１３２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１３４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１３６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１３７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１５３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１５５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１６３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１６４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１７２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１７３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１７４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１７５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１７６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１７７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１８２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１８３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１８４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１８５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１８６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１８７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号１９４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１９５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号１９６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号１９７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１９８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１９９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号２０２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２０３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号２０４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号２０５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２０６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２０７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、（Ｉ）（ａ）配列番号２１０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２１１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２及び（ｃ）配列番号２１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、を含むＶＨドメイン、ならびに（ＩＩ）（ｄ）配列番号２１３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２１４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、を含むＶＬドメインを含む。
いくつかの態様において、抗ＩＣＯＳ抗体は、本明細書に提供されている実施形態のいずれかのようなＶＨ及び本明細書に提供されている実施形態のいずれかのようなＶＬを含む。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号１０及び配列番号１１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号２０及び配列番号２１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号３０及び配列番号３１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号４０及び配列番号４１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号５０及び配列番号５１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号６０及び配列番号６１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号７０及び配列番号７１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号８０及び配列番号８１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号９０及び配列番号９１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号１００及び配列番号１０１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号１１０及び配列番号１１１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号１２０及び配列番号１２１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号１３０及び配列番号１３１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号１４０及び配列番号１４１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号１５０及び配列番号１５１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号１６０及び配列番号１６１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号１７０及び配列番号１７１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号１８０及び配列番号１８１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号１９２及び配列番号１９３にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号２００及び配列番号２０１にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号２０８及び配列番号２０９にそれぞれＶＨ及びＶＬ配列を含み、これらの配列の翻訳後修飾も含まれる。
いくつかの実施形態では、ＩＣＯＳへの結合を本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体と競合する抗体が、提供される。いくつかの実施形態では、ＩＣＯＳのエピトープへの結合を本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体と競合する抗体が、提供される。
いくつかの実施形態において、競合アッセイを使用して、ＩＣＯＳへの結合を本明細書に記載されている抗ＩＣＯＳ抗体と競合するモノクローナル抗体（例えば、７Ｆ１２、３７Ａ１０、３５Ａ９、３６Ｅ１０、１６Ｇ１０、３７Ａ１０Ｓ７１３、３７Ａ１０Ｓ７１４、３７Ａ１０Ｓ７１５、３７Ａ１０Ｓ７１６、３７Ａ１０Ｓ７１７、３７Ａ１０Ｓ７１８、１６Ｇ１０Ｓ７１、１６Ｇ１０Ｓ７２、１６Ｇ１０Ｓ７３、１６Ｇ１０Ｓ８３、３５Ａ９Ｓ７９、３５Ａ９Ｓ７１０、もしくは３５Ａ９Ｓ８９、及び／または２Ｍ１３、２Ｍ１９、もしくは２Ｍ２４）を特定することができる。競合アッセイを使用して、２つの抗体が同一もしくは立体的に重複するエピトープを認識することによって、同じエピトープに結合するか、または一方の抗体が他方の抗体の抗原への結合を競合的に阻害するかを決定することができる。いくつかの実施形態において、そのような競合抗体は、本明細書に記載されている抗体が結合している同じエピトープに結合する。例示的な競合アッセイには、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ（１９８８）Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ｃｈ．１４（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．）に提供されているものなどの日常的なアッセイが含まれるが、これに限定されない。抗体が結合しているエピトープをマッピングする例示的な詳細な方法は、Ｍｏｒｒｉｓ（１９９６）“Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｍａｐｐｉｎｇ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，”Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｖｏｌ．６６（Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ）に提供されている。いくつかの実施形態において、２つの抗体は、それぞれが他方の結合を５０％以上遮断する場合に、同じエピトープに結合すると言われる。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されている抗ＩＣＯＳ抗体と競合する抗体は、キメラ、ヒト化、またはヒト抗体である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているキメラ、ヒト化、またはヒト抗ＩＣＯＳ抗体と競合する抗体が、提供される。
いくつかの実施形態では、本明細書の抗体により提供されるエピトープのいずれか１つ以上に結合する抗体が、提供される。いくつかの実施形態では、本発明の抗体が結合するエピトープに結合及び重複する抗体が、提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されている抗体の少なくとも１つと競合する抗体が、提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されている抗体の少なくとも２つと競合する抗体が、提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されている抗体の少なくとも３つと競合する抗体が、提供される。いくつかの実施形態において、抗体は、本明細書の例に記載されている抗体として、重複エピトープに結合する。いくつかの実施形態では、全てのエピトープが、競合抗体に結合している及び／または競合抗体によって妨げられている。いくつかの実施形態では、一部のエピトープが、競合抗体に結合している及び／または競合抗体によって妨げられている。いくつかの実施形態では、競合抗体のパラトープが、本明細書に提供されている抗体のエピトープの少なくとも一部と結合する。いくつかの実施形態では、競合抗体のパラトープが標的に結合し、競合抗体の構造の異なる部分が、本明細書に提供されている抗体のエピトープの少なくとも一部を妨げている。
例示的なキメラ抗体
いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗体は、キメラ抗体である。特定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号及びＭｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，（１９８４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：６８５１−６８５５（１９８４）に記載されている。１つの例において、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、またはサルなどの非ヒト霊長類から誘導される可変領域）及びヒト定常領域を含む。更なる例において、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体と変わっている「クラス切換」抗体である。キメラ抗体には、その抗原結合フラグメントが含まれる。
非限定的な例示のキメラ抗体には、７Ｆ１２、３７Ａ１０、３５Ａ９、３６Ｅ１０、１６Ｇ１０、３７Ａ１０Ｓ７１３、３７Ａ１０Ｓ７１４、３７Ａ１０Ｓ７１５、３７Ａ１０Ｓ７１６、３７Ａ１０Ｓ７１７、３７Ａ１０Ｓ７１８、１６Ｇ１０Ｓ７１、１６Ｇ１０Ｓ７２、１６Ｇ１０Ｓ７３、１６Ｇ１０Ｓ８３、３５Ａ９Ｓ７９、３５Ａ９Ｓ７１０、３５Ａ９Ｓ８９、２Ｍ１３、２Ｍ１９、または２Ｍ２４から選択される抗体の重鎖及び／または軽鎖可変領域を含むキメラ抗体が含まれる。追加的な非限定的例示のキメラ抗体には、７Ｆ１２、３７Ａ１０、３５Ａ９、３６Ｅ１０、１６Ｇ１０、３７Ａ１０Ｓ７１３、３７Ａ１０Ｓ７１４、３７Ａ１０Ｓ７１５、３７Ａ１０Ｓ７１６、３７Ａ１０Ｓ７１７、３７Ａ１０Ｓ７１８、１６Ｇ１０Ｓ７１、１６Ｇ１０Ｓ７２、１６Ｇ１０Ｓ７３、１６Ｇ１０Ｓ８３、３５Ａ９Ｓ７９、３５Ａ９Ｓ７１０、３５Ａ９Ｓ８９、２Ｍ１３、２Ｍ１９、または２Ｍ２４から選択される抗体の重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３、ならびに／または軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３を含むキメラ抗体が含まれる。更なる非限定的な例示のキメラ抗体には、７Ｆ１２、３７Ａ１０、３５Ａ９、３６Ｅ１０、１６Ｇ１０、３７Ａ１０Ｓ７１３、３７Ａ１０Ｓ７１４、３７Ａ１０Ｓ７１５、３７Ａ１０Ｓ７１６、３７Ａ１０Ｓ７１７、３７Ａ１０Ｓ７１８、１６Ｇ１０Ｓ７１、１６Ｇ１０Ｓ７２、１６Ｇ１０Ｓ７３、１６Ｇ１０Ｓ８３、３５Ａ９Ｓ７９、３５Ａ９Ｓ７１０、３５Ａ９Ｓ８９、２Ｍ１３、２Ｍ１９、または２Ｍ２４から選択される抗体の重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３、ならびに／または軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３を含むキメラ抗体が含まれる。いくつかの実施形態において、キメラ抗ＩＣＯＳ抗体は、上記に記載された可変領域を含み、ＩＣＯＳに結合する。いくつかの実施形態において、キメラ抗ＩＣＯＳ抗体は、上記に記載された可変領域を含み、ＩＣＯＳに結合し、Ｔｅｆｆ細胞の数を増加させる、及び／またはＴｅｆｆ細胞を活性化する、及び／またはＴｒｅｇ細胞の数を減少させる、及び／またはＴｅｆｆ細胞とＴｒｅｇ細胞の比を増加させる。いくつかの実施形態において、Ｔｒｅｇ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３− Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３− Ｔ細胞及びＣＤ８＋ Ｔ細胞である。
いくつかの実施形態において、キメラ抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９２、２００、または２０８から選択される配列に、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の同一性がある可変領域配列を含む重鎖を含み、ここで抗体は、ＩＣＯＳに結合する。いくつかの実施形態において、キメラ抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３１、１４１、１５１、１６１、１７１、１８１、１９３、２０１、または２０９から選択される配列に、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の同一性がある可変領域配列を含む軽鎖を含み、ここで抗体は、ＩＣＯＳに結合する。いくつかの実施形態において、キメラ抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０及び１８０から選択される配列に、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の同一性がある可変領域配列を含む重鎖、ならびに、配列番号１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３１、１４１、１５１、１６１、１７１及び１８１から選択される配列に、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の同一性がある可変領域配列を含む軽鎖を含み、ここで抗体は、ＩＣＯＳに結合する。いくつかの実施形態において、キメラ抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１９２、２００、または２０８から選択される配列に、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の同一性がある可変領域配列を含む重鎖、ならびに配列番号１９３、２０１、または２０９から選択される配列に、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の同一性がある可変領域配列を含む軽鎖を含み、ここで抗体は、ＩＣＯＳに結合する。いくつかの実施形態において、キメラ抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９２、２００、または２０８から選択される配列に、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の同一性がある可変領域配列を含む重鎖、ならびに、配列番号１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３１、１４１、１５１、１６１、１７１、１８１、１９３、２０１及び２０９から選択される配列に、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の同一性がある可変領域配列を含む軽鎖を含み、ここで抗体は、ＩＣＯＳに結合する。
例示的なキメラ抗ＩＣＯＳ抗体には、ＩＣＯＳへの結合を本明細書に記載されている抗体またはそのフラグメントと競合するキメラ抗体も含まれる。したがって、いくつかの実施形態では、７Ｆ１２、３７Ａ１０、３５Ａ９、３６Ｅ１０、１６Ｇ１０、３７Ａ１０Ｓ７１３、３７Ａ１０Ｓ７１４、３７Ａ１０Ｓ７１５、３７Ａ１０Ｓ７１６、３７Ａ１０Ｓ７１７、３７Ａ１０Ｓ７１８、１６Ｇ１０Ｓ７１、１６Ｇ１０Ｓ７２、１６Ｇ１０Ｓ７３、１６Ｇ１０Ｓ８３、３５Ａ９Ｓ７９、３５Ａ９Ｓ７１０、３５Ａ９Ｓ８９、２Ｍ１３、２Ｍ１９及び２Ｍ２４、またはそのフラグメントから選択される抗体とＩＣＯＳへの結合を競合するキメラ抗ＩＣＯＳ抗体が、提供される。いくつかの実施形態において、抗体は、ＩＣＯＳへの結合を競合し、Ｔｅｆｆ細胞の数を増加させる、及び／またはＴｅｆｆ細胞を活性化する、及び／またはＴｒｅｇ細胞の数を減少させる、及び／またはＴｅｆｆ細胞とＴｒｅｇ細胞の比を増加させる。いくつかの実施形態において、Ｔｒｅｇ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３− Ｔ細胞及びＣＤ８＋ Ｔ細胞である。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されているキメラ抗体は、１つ以上のヒト定常領域を含む。いくつかの実施形態において、ヒト重鎖定常領域は、ＩｇＡ、ＩｇＧ及びＩｇＤから選択されるアイソタイプのものである。いくつかの実施形態において、ヒト軽鎖定常領域は、κ及びλから選択されるアイソタイプのものである。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されているキメラ抗体は、ヒトＩｇＧ定常領域を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されているキメラ抗体は、ヒトＩｇＧ４重鎖定常領域を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されているキメラ抗体は、ヒトＩｇＧ４定常領域及びヒトκ軽鎖を含む。
上記に示されたように、エフェクター機能が望ましいかは、抗体に対して意図される特定の処理方法によって左右されうる。したがって、いくつかの実施形態では、エフェクター機能が望ましい場合、ヒトＩｇＧ１重鎖定常領域またはヒトＩｇＧ３重鎖定常領域を含むキメラ抗ＩＣＯＳ抗体が選択される。いくつかの実施形態では、エフェクター機能が望ましくない場合、ヒトＩｇＧ４またはＩｇＧ２重鎖定常領域を含むキメラ抗ＩＣＯＳ抗体が選択される。
例示的なヒト化抗体
いくつかの実施形態において、ＩＣＯＳに結合するヒト化が提供される。ヒト化抗体は治療分子として有用であり、それはヒト化抗体が、抗体治療薬に対する免疫応答（例えば、ヒト抗マウス抗体（ＨＡＭＡ）応答）及び減少した治療薬有効性をもたらしうる非ヒト抗体と比較して、ヒト免疫応答を低減または排除するからである。
いくつかの実施形態において、キメラ抗体はヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体はヒト化されて、ヒトに対する免疫原性が低下するが、非ヒト親抗体の特異性及び親和性を保持している。一般に、ヒト化抗体は、ＣＤＲ（または、その一部分）が、非ヒト抗体から誘導され、ＦＲ（または、その一部分）がヒト抗体配列から誘導される、１つ以上の可変ドメインを含む。ヒト化抗体は、場合により、ヒト定常領域の少なくとも一部分も含む。いくつかの実施形態において、ヒト化抗体のいくつかのＦＲ残基は、例えば、抗体特異性または親和性を回復または改善するため、非ヒト抗体（例えば、ＣＤＲ残基が誘導される抗体）の対応する残基で置換される。
ヒト化抗体及びそれらの作製方法は、例えば、Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ，（２００８）Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９−１６３３に総説されており、例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３−３２９、Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．，（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ ＵＳＡ ８６：１００２９−１００３３、米国特許第５，８２１，３３７号、同第７，５２７，７９１号、同第６，９８２，３２１号及び同第７，０８７，４０９号、Ｋａｓｈｍｉｒｉ ｅｔ ａｌ．，（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：２５−３４、Ｐａｄｌａｎ，（１９９１）Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：４８９−４９８（「表面再建（ｒｅｓｕｒｆａｃｉｎｇ）」）について記載している）、Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ ｅｔ ａｌ．，（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：４３−６０（「ＦＲシャフリング（ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ）」について記載している）、ならびにＯｓｂｏｕｒｎ ｅｔ ａｌ．，（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：６１−６８及びＫｌｉｍｋａ ｅｔ ａｌ．，（２０００）Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ，８３：２５２−２６０（ＦＲシャフリングの「誘導選択（ｇｕｉｄｅｄ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ）手法」について記載している）に更に記載されている。
ヒト化に使用されうるヒトフレームワーク領域には、「最良適合（ｂｅｓｔ−ｆｉｔ）」法を使用して選択されるフレームワーク（例えば、Ｓｉｍｓ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：２２９６を参照すること）、ヒト抗体の特定の部分群の軽または重鎖可変領域のコンセンサス配列から誘導されるフレームワーク領域（例えば、Ｃａｒｔｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：４２８５及びＰｒｅｓｔａ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ，１５１：２６２３を参照すること）、ヒト成熟（体細胞性突然変異）フレームワーク領域またはヒト生殖系フレームワーク領域（例えば、Ａｌｍａｇｒｏ ａｎｄ Ｆｒａｎｓｓｏｎ，（２００８）Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９−１６３３を参照すること）、ならびにＦＲライブラリーを選別することにより誘導されるフレームワーク領域（例えば、Ｂａｃａ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：１０６７８−１０６８４及びＲｏｓｏｋ ｅｔ ａｌ．，（１９９６）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：２２６１１−２２６１８を参照すること）が含まれるが、これらに限定されない。
非限定的な例示のヒト化抗体には、本明細書に記載されている３７Ａ１０Ｓ７１３、３７Ａ１０Ｓ７１４、３７Ａ１０Ｓ７１５、３７Ａ１０Ｓ７１６、３７Ａ１０Ｓ７１７、３７Ａ１０Ｓ７１８、１６Ｇ１０Ｓ７１、１６Ｇ１０Ｓ７２、１６Ｇ１０Ｓ７３、１６Ｇ１０Ｓ８３、３５Ａ９Ｓ７９、３５Ａ９Ｓ７１０及び３５Ａ９Ｓ８９が含まれる。非限定的な例示のヒト化抗体には、３７Ａ１０Ｓ７１３、３７Ａ１０Ｓ７１４、３７Ａ１０Ｓ７１５、３７Ａ１０Ｓ７１６、３７Ａ１０Ｓ７１７、３７Ａ１０Ｓ７１８、１６Ｇ１０Ｓ７１、１６Ｇ１０Ｓ７２、１６Ｇ１０Ｓ７３、１６Ｇ１０Ｓ８３、３５Ａ９Ｓ７９、３５Ａ９Ｓ７１０及び３５Ａ９Ｓ８９から選択される抗体の重鎖可変領域、ならびに／または３７Ａ１０Ｓ７１３、３７Ａ１０Ｓ７１４、３７Ａ１０Ｓ７１５、３７Ａ１０Ｓ７１６、３７Ａ１０Ｓ７１７、３７Ａ１０Ｓ７１８、１６Ｇ１０Ｓ７１、１６Ｇ１０Ｓ７２、１６Ｇ１０Ｓ７３、１６Ｇ１０Ｓ８３、３５Ａ９Ｓ７９、３５Ａ９Ｓ７１０及び３５Ａ９Ｓ８９から選択される抗体の軽鎖可変領域を含む抗体も含まれる。非限定的な例示のヒト化抗体には、配列番号６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０及び１８０から選択される重鎖可変領域、ならびに／または配列番号６１、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３１、１４１、１５１、１６１、１７１及び１８１から選択される軽鎖可変領域を含む抗体が含まれる。例示的なヒト化抗体には、７Ｆ１２、３７Ａ１０、３５Ａ９、３６Ｅ１０、１６Ｇ１０、３７Ａ１０Ｓ７１３、３７Ａ１０Ｓ７１４、３７Ａ１０Ｓ７１５、３７Ａ１０Ｓ７１６、３７Ａ１０Ｓ７１７、３７Ａ１０Ｓ７１８、１６Ｇ１０Ｓ７１、１６Ｇ１０Ｓ７２、１６Ｇ１０Ｓ７３、１６Ｇ１０Ｓ８３、３５Ａ９Ｓ７９、３５Ａ９Ｓ７１０、３５Ａ９Ｓ８９、２Ｍ１３、２Ｍ１９及び２Ｍ２４から選択される抗体の重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３、ならびに／または軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３を含むヒト化抗体も含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、ヒト化抗ＩＣＯＳ抗体は、上記に記載されたＣＤＲを含み、ＩＣＯＳに結合する。いくつかの実施形態において、ヒト化抗ＩＣＯＳ抗体は、上記に記載されたＣＤＲを含み、ＩＣＯＳに結合し、Ｔｅｆｆ細胞の数を増加させる、及び／またはＴｅｆｆ細胞を活性化する、及び／またはＴｒｅｇ細胞の数を減少させる、及び／またはＴｅｆｆ細胞とＴｒｅｇ細胞の比を増加させる。いくつかの実施形態において、Ｔｒｅｇ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３− Ｔ細胞及びＣＤ８＋ Ｔ細胞である。
いくつかの実施形態において、ヒト化抗ＩＣＯＳ抗体は、７Ｆ１２、３７Ａ１０、３５Ａ９、３６Ｅ１０、１６Ｇ１０、３７Ａ１０Ｓ７１３、３７Ａ１０Ｓ７１４、３７Ａ１０Ｓ７１５、３７Ａ１０Ｓ７１６、３７Ａ１０Ｓ７１７、３７Ａ１０Ｓ７１８、１６Ｇ１０Ｓ７１、１６Ｇ１０Ｓ７２、１６Ｇ１０Ｓ７３、１６Ｇ１０Ｓ８３、３５Ａ９Ｓ７９、３５Ａ９Ｓ７１０、３５Ａ９Ｓ８９、２Ｍ１３、２Ｍ１９及び２Ｍ２４から選択される抗体の重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３、ならびに／または軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３を含む。
いくつかの実施形態において、ヒト化抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０及び１８０から選択される配列に、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の同一性がある可変領域配列を含む重鎖を含み、ここで抗体は、ＩＣＯＳに結合する。いくつかの実施形態において、ヒト化抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号６１、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３１、１４１、１５１、１６１、１７１及び１８１から選択される配列に、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の同一性がある可変領域配列を含む軽鎖を含み、ここで抗体は、ＩＣＯＳに結合する。いくつかの実施形態において、ヒト化抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０及び１８０から選択される配列に、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の同一性がある可変領域配列を含む重鎖、ならびに配列番号６１、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３１、１４１、１５１、１６１、１７１及び１８１から選択される配列に、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の同一性がある可変領域配列を含む軽鎖を含み、ここで抗体は、ＩＣＯＳに結合する。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供されているＣＤＲ配列のいずれか１つ以上が維持され、残りの重、軽、または重及び軽鎖領域（すなわち、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３及びＦＲ４）は、配列番号１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３１、１４１、１５１、１６１、１７１及び１８１から選択される配列に、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の同一性がある。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されているＣＤＲ配列のいずれか１つ以上が維持され、残りの重、軽、または重及び軽鎖領域（すなわち、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３及びＦＲ４）は、配列番号１９２、１９３、２００、２０１、２０８及び２０９から選択される配列に、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の同一性がある。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されているＣＤＲ配列のいずれか１つ以上が維持され、残りの重、軽、または重及び軽鎖領域（すなわち、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３及びＦＲ４）は、配列番号１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１１、２１、３１、４１、５１、６１、７１、８１、９１、１０１、１１１、１２１、１３１、１４１、１５１、１６１、１７１、１８１、１９２、１９３、２００、２０１、２０８及び２０９から選択される配列に、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の同一性がある。
いくつかの実施形態において、ヒト化抗ＩＣＯＳ抗体は、本明細書に考察されている少なくとも１つのＣＤＲを含む。すなわち、いくつかの実施形態において、ヒト化抗ＩＣＯＳ抗体は、本明細書に考察されている重鎖ＣＤＲ１、本明細書に考察されている重鎖ＣＤＲ２、本明細書に考察されている重鎖ＣＤＲ３、本明細書に考察されている軽鎖ＣＤＲ１、本明細書に考察されている軽鎖ＣＤＲ２及び本明細書に考察されている軽鎖ＣＤＲ３から選択される少なくとも１つのＣＤＲを含む。更に、いくつかの実施形態において、ヒト化抗ＩＣＯＳ抗体は、本明細書に考察されているＣＤＲに基づいた少なくとも１つの突然変異ＣＤＲを含み、突然変異ＣＤＲは、本明細書に考察されているＣＤＲと比べて１、２、３、または４個のアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態において、１個以上のアミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換である。当業者は、特定のＣＤＲ配列に適した１個以上の保存的アミノ酸置換を選択することができ、適した保存的アミノ酸置換は、突然変異ＣＤＲを含む抗体の結合特性を有意に変更すると予測されない。
例示的なヒト化抗ＩＣＯＳ抗体には、ＩＣＯＳへの結合を本明細書に記載されている抗体またはそのフラグメントと競合する抗体も含まれる。したがって、いくつかの実施形態では、７Ｆ１２、３７Ａ１０、３５Ａ９、３６Ｅ１０、１６Ｇ１０、３７Ａ１０Ｓ７１３、３７Ａ１０Ｓ７１４、３７Ａ１０Ｓ７１５、３７Ａ１０Ｓ７１６、３７Ａ１０Ｓ７１７、３７Ａ１０Ｓ７１８、１６Ｇ１０Ｓ７１、１６Ｇ１０Ｓ７２、１６Ｇ１０Ｓ７３、１６Ｇ１０Ｓ８３、３５Ａ９Ｓ７９、３５Ａ９Ｓ７１０、３５Ａ９Ｓ８９、２Ｍ１３、２Ｍ１９及び２Ｍ２４から選択される抗体またはそのフラグメントとＩＣＯＳへの結合を競合するヒト化抗ＩＣＯＳ抗体が、提供される。いくつかの実施形態では、７Ｆ１２、３７Ａ１０、３５Ａ９、３６Ｅ１０、１６Ｇ１０、３７Ａ１０Ｓ７１３、３７Ａ１０Ｓ７１４、３７Ａ１０Ｓ７１５、３７Ａ１０Ｓ７１６、３７Ａ１０Ｓ７１７、３７Ａ１０Ｓ７１８、１６Ｇ１０Ｓ７１、１６Ｇ１０Ｓ７２、１６Ｇ１０Ｓ７３、１６Ｇ１０Ｓ８３、３５Ａ９Ｓ７９、３５Ａ９Ｓ７１０、３５Ａ９Ｓ８９、２Ｍ１３、２Ｍ１９及び２Ｍ２４から選択される抗体またはそのフラグメントとＩＣＯＳへの結合を競合するヒト化抗ＩＣＯＳ抗体が提供され、Ｔｅｆｆ細胞の数を増加させる、及び／またはＴｅｆｆ細胞を活性化する、及び／またはＴｒｅｇ細胞の数を減少させる、及び／またはＴｅｆｆ細胞とＴｒｅｇ細胞の比を増加させる。いくつかの実施形態において、Ｔｒｅｇ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３− Ｔ細胞及びＣＤ８＋ Ｔ細胞である。
いくつかの実施形態において、ヒト化抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１８８のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号１８９のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
例示的なヒト抗体
いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当該技術に既知の様々な技術を使用して産生することができる。ヒト化抗体は、一般に、ｖａｎ Ｄｉｊｋ ａｎｄ ｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ，（２００１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５：３６８−３７４及びＬｏｎｂｅｒｇ，（２００８）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０：４５０−４５９に記載されている。いくつかの実施形態において、ヒト抗体は、天然に生じる抗体ではない。いくつかの実施形態において、ヒト抗体はモノクローナル抗体であり、したがって、いくつかの実施形態では、１つのセット中のそれぞれのヒト抗体が、抗原の同じエピトープに結合することができる。
ヒト抗体は、免疫原を、抗原投与に応答して無傷のヒト抗体またはヒト可変領域を有する無傷の抗体を産生するように修飾された遺伝子導入動物に投与することによって、調製することができる。そのような動物は、典型的にはヒト免疫グロブリン座の全て、または一部分を含有し、ヒト免疫グロブリン座は内在性免疫グロブリン座を交換する、または染色体外に存在する、もしくは動物の染色体に無作為に組み込まれている。そのような遺伝子導入マウスにおいて、内在性免疫グロブリン座は、一般に不活性化されている。遺伝子導入動物からヒト抗体を得る方法についての総説は、Ｌｏｎｂｅｒｇ，（２００５）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３：１１１７−１１２５を参照すること。例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術を記載する米国特許第６，０７５，１８１号及び同第６，１５０，５８４号、ＨＵＭＡＢ（登録商標）技術を記載する米国特許第５，７７０，４２９号、Ｋ−Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載する米国特許第７，０４１，８７０号、ならびにＶＥＬＯＣＩＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載する米国特許出願公開第２００７／００６１９００号も参照すること。そのような動物により生成された無傷の抗体のヒト可変領域を、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることによって、更に修飾することができる。
ヒト抗体は、ハイブリドーマに基づいた方法によっても作製することができる。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫及びマウス−ヒト異種骨髄腫（ｈｅｔｅｒｏｍｙｅｌｏｍａ）細胞系が記載されている。（例えば、Ｋｏｚｂｏｒ（１９８４）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ，１３３：３００１、Ｂｒｏｄｅｕｒ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ．５１−６３（Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８７）及びＢｏｅｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ，（１９９１）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７：８６を参照すること。）ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術により生成されたヒト抗体も、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，（２００６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１０３：３５５７−３５６２に記載されている。追加的な方法には、例えば、米国特許第７，１８９，８２６号（ハイブリドーマ細胞系からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生について記載している）及びＮｉ，（２００６）Ｘｉａｎｄａｉ Ｍｉａｎｙｉｘｕｅ，２６（４）：２６５−２６８（ヒト−ヒトハイブリドーマについて記載している）に記載されているものが含まれる。ヒトハイブリドーマ技術（Ｔｒｉｏｍａ技術）も、Ｖｏｌｌｍｅｒｓ ａｎｄ Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，（２００５）Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ，２０（３）：９２７−９３７（２００５）及びＶｏｌｌｍｅｒｓ ａｎｄ Ｂｒａｎｄｌｅｉｎ，（２００５）Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｆｉｎｄｉｎｇｓ ｉｎ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ，２７（３）：１８５−１９１に記載されている。
ヒト抗体は、ヒト誘導ファージ提示ライブラリーから選択されるＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによっても生成することができる。次にそのような可変ドメイン配列を、望ましいヒト定常ドメインと組み合わせてもよい。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択する技術は、下記に記載されている。
抗体は、望ましい活性により抗体のコンビナトリアルライブラリーを選別することによって単離してもよい。例えば、ファージ提示ライブラリーを生成する及びそのようなライブラリーを、望ましい結合性を有する抗体について選別する様々な方法が、当該技術において知られている。そのような方法は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ｅｔ ａｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １７８：１−３７（Ｏ’Ｂｒｉｅｎ ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００１）に総説されており、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ ｅｔ ａｌ，（１９９０）Ｎａｔｕｒｅ ３４８：５５２−５５４、Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ，（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ ３５２：６２４−６２８、Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ，（１９９２）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ ２２２：５８１−５９７、Ｍａｒｋｓ ａｎｄ Ｂｒａｄｂｕｒｙ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２４８：１６１−１７５（Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００３）、Ｓｉｄｈｕ ｅｔ ａｌ，（２００４）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９−３１０、Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，（２００４）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３−１０９３、Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，（２００４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ１０１（３４）：１２４６７−１２４７２及びＬｅｅ ｅｔ ａｌ，（２００４）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２８４（１−２）：１１９−１３２、ならびにＰＣＴ公報第ＷＯ９９／１０４９４号に更に記載されている。
ある特定のファージ提示方法において、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーを、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により別々にクローンし、ファージライブラリーにおいて無作為に組み換え、次にこれらを、Ｗｉｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，（１９９４）Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１２：４３３−４５５に記載されているように、抗原結合ファージについて選別することができる。ファージは、典型的には抗体フラグメントを、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）フラグメントまたはＦａｂフラグメントのいずれかとして提示する。免疫化された供給源からのライブラリーは、ハイブリドーマを構築する必要なく、免疫原に対して高親和性抗体を提供する。あるいは、Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ ｅｔ ａｌ．，（１９９３）ＥＭＢＯ Ｊ １２：７２５−７３４に記載されているように、未変性のレパートリーをクローンして（例えば、ヒトから）、任意の免疫化を行うことなく、広範囲の非自己、また自己抗原に対して抗体の単一供給源を提供することができる。最後に、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ（１９９２），Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ，２２７：３８１−３８８に記載されているように、幹細胞の非再編成Ｖ遺伝子セグメントをクローンし、ランダム配列を含有するＰＣＲプライマーを使用して、高度に可変性のＣＤＲ３領域をコードし、インビトロで再編成を達成することによって、未変性ライブラリーを合成的に作製することもできる。ヒト抗体ファージライブラリーを記載する特許公報には、例えば、米国特許第５，７５０，３７３号、ならびに米国特許公開第２００５／００７９５７４号、同第２００５／０１１９４５５号、同第２００５／０２６６０００号、同第２００７／０１１７１２６号、同第２００７／０１６０５９８号、同第２００７／０２３７７６４号、同第２００７／０２９２９３６号及び同第２００９／０００２３６０号が含まれる。
いくつかの実施形態において、ヒト抗ＩＣＯＳ抗体は、配列番号１または２の配列を有するポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態において、ヒト抗ＩＣＯＳ抗体はＩＣＯＳに結合し、Ｔｅｆｆ細胞の数を増加させる、及び／またはＴｅｆｆ細胞を活性化する、及び／またはＴｒｅｇ細胞の数を減少させる、及び／またはＴｅｆｆ細胞とＴｒｅｇ細胞の比を増加させる。いくつかの実施形態において、Ｔｒｅｇ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３− Ｔ細胞及びＣＤ８＋ Ｔ細胞である。
例示的なヒト抗ＩＣＯＳ抗体には、ＩＣＯＳへの結合を本明細書に記載されているヒト抗体またはそのフラグメントと競合する抗体も含まれる。したがって、いくつかの実施形態では、７Ｆ１２、３７Ａ１０、３５Ａ９、３６Ｅ１０、１６Ｇ１０、３７Ａ１０Ｓ７１３、３７Ａ１０Ｓ７１４、３７Ａ１０Ｓ７１５、３７Ａ１０Ｓ７１６、３７Ａ１０Ｓ７１７、３７Ａ１０Ｓ７１８、１６Ｇ１０Ｓ７１、１６Ｇ１０Ｓ７２、１６Ｇ１０Ｓ７３、１６Ｇ１０Ｓ８３、３５Ａ９Ｓ７９、３５Ａ９Ｓ７１０、３５Ａ９Ｓ８９、２Ｍ１３、２Ｍ１９及び２Ｍ２４から選択される抗体またはそのフラグメントとＩＣＯＳへの結合を競合するヒト抗ＩＣＯＳ抗体が、提供される。いくつかの実施形態では、７Ｆ１２、３７Ａ１０、３５Ａ９、３６Ｅ１０、１６Ｇ１０、３７Ａ１０Ｓ７１３、３７Ａ１０Ｓ７１４、３７Ａ１０Ｓ７１５、３７Ａ１０Ｓ７１６、３７Ａ１０Ｓ７１７、３７Ａ１０Ｓ７１８、１６Ｇ１０Ｓ７１、１６Ｇ１０Ｓ７２、１６Ｇ１０Ｓ７３、１６Ｇ１０Ｓ８３、３５Ａ９Ｓ７９、３５Ａ９Ｓ７１０、３５Ａ９Ｓ８９、２Ｍ１３、２Ｍ１９及び２Ｍ２４から選択される抗体またはそのフラグメントとＩＣＯＳへの結合を競合するヒト抗ＩＣＯＳ抗体が提供され、Ｔｅｆｆ細胞の数を増加させる、及び／またはＴｅｆｆ細胞を活性化する、及び／またはＴｒｅｇ細胞の数を減少させる、及び／またはＴｅｆｆ細胞とＴｒｅｇ細胞の比を増加させる。いくつかの実施形態において、Ｔｒｅｇ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３− Ｔ細胞及びＣＤ８＋ Ｔ細胞である。
いくつかの実施形態では、キメラヒト抗ＩＣＯＳ抗体が提供され、ここで抗体は、ＩＣＯＳに結合するヒト抗体の可変領域及び異なるヒト抗体の定常領域を含む。いくつかの実施形態において、キメラヒト抗ＩＣＯＳ抗体が提供され、ここで抗体は、ＩＣＯＳに結合するヒト抗体のＣＤＲ及び異なるヒト抗体のフレームワークを含む。いくつかの実施形態において、この抗体は、天然に生じるヒト抗体ではない。
いくつかの実施形態において、ヒト抗ＩＣＯＳ抗体は、１つ以上のヒト定常領域を含む。いくつかの実施形態において、ヒト重鎖定常領域は、ＩｇＡ、ＩｇＧ及びＩｇＤから選択されるアイソタイプのものである。いくつかの実施形態において、ヒト軽鎖定常領域は、κ及びλから選択されるアイソタイプのものである。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されているヒト抗体は、ヒトＩｇＧ定常領域を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されているヒト抗体は、ヒトＩｇＧ４重鎖定常領域を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されているヒト抗体は、ヒトＩｇＧ４定常領域及びヒトκ軽鎖を含む。
いくつかの実施形態では、エフェクター機能が望ましい場合、ヒトＩｇＧ１重鎖定常領域またはヒトＩｇＧ３重鎖定常領域を含むヒト抗ＩＣＯＳ抗体が選択される。いくつかの実施形態では、エフェクター機能が望ましくない場合、ヒトＩｇＧ４またはＩｇＧ２重鎖定常領域を含むヒト抗ＩＣＯＳ抗体が選択される。
本明細書に示されているように、用語「ヒト抗体」は、抗体の供給源ではなく、抗体構築物に可能な配列の属を示している。
例示的な抗体定常領域
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されている抗体は、１つ以上のヒト定常領域を含む。いくつかの実施形態において、ヒト重鎖定常領域は、ＩｇＡ、ＩｇＧ及びＩｇＤから選択されるアイソタイプのものである。いくつかの実施形態において、ヒト軽鎖定常領域は、κ及びλから選択されるアイソタイプのものである。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されている抗体は、ヒトＩｇＧ定常領域を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されている抗体は、ヒトＩｇＧ４重鎖定常領域を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されている抗体は、ヒトＩｇＧ４定常領域及びヒトκ軽鎖を含む。
特に明確に記述されない限り、または当業者に既知でない限り、本明細書及び特許請求の範囲の全体を通して、免疫グロブリン重鎖の残基の番号付けは、参照として本明細書に明確に組み込まれる、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１）のようなＥＵ指標のものである。「ＫａｂａｔのようなＥＵ指標」は、ヒトＩｇＧ１ ＥＵ抗体の残基番号付けを指す。
上記に示されたように、エフェクター機能が望ましいかは、抗体に対して意図される特定の処理方法によって左右されうる。したがって、いくつかの実施形態では、エフェクター機能が望ましい場合、ヒトＩｇＧ１重鎖定常領域またはヒトＩｇＧ３重鎖定常領域を含む抗ＩＣＯＳ抗体が選択される。いくつかの実施形態では、エフェクター機能が望ましくない場合、ヒトＩｇＧ４またはＩｇＧ２重鎖定常領域を含む抗ＩＣＯＳ抗体が選択される。
いくつかの実施形態において、抗体は、野生型ＩｇＧまたは野生型抗体のＦｃ領域と比較して、少なくとも１個のアミノ酸置換を有する変種Ｆｃ領域を含む。いくつかの実施形態において、変種Ｆｃ領域は、野生型抗体のＦｃ領域に２個以上のアミノ酸置換を有する。いくつかの実施形態において、変種Ｆｃ領域は、野生型抗体のＦｃ領域に３個以上のアミノ酸置換を有する。いくつかの実施形態において、変種Ｆｃ領域は、本明細書に記載されている少なくとも１個、２個、もしくは３個、またはそれ以上のＦｃ領域アミノ酸置換を有する。いくつかの実施形態において、本明細書の変種Ｆｃ領域は、未変性配列Ｆｃ領域及び／または親ポリペプチドのＦｃ領域と少なくとも約８０％の相同性を有する。いくつかの実施形態において、本明細書の変種Ｆｃ領域は、未変性配列Ｆｃ領域及び／または親ポリペプチドのＦｃ領域と少なくとも約９０％の相同性を有する。いくつかの実施形態において、本明細書の変種Ｆｃ領域は、未変性配列Ｆｃ領域及び／または親ポリペプチドのＦｃ領域と少なくとも約９５％の相同性を有する。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗体は、抗体がグリコシル化される程度を増加または減少するように変更される。抗体のグリコシル化部位の付加または欠失は、１個以上のグルコシル化部位が作り出される、または除去されるようにアミノ酸配列を変更することによって、都合良く達成されうる。
抗体がＦｃ領域を含む場合、結合している炭水化物が変更されうる。哺乳類細胞により産生される未変性抗体は、一般にはＦｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７にＮ連結により結合している分枝二本側鎖（ｂｉａｎｔｅｎｎａｒｙ）オリゴ糖を、典型的に含む。例えば、Ｗｒｉｇｈｔ ｅｔ ａｌ．ＴＩＢＴＥＣＨ １５：２６−３２（１９９７）を参照すること。オリゴ糖には、様々な炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース及びシアル酸、ならびに二本側鎖オリゴ糖構造の「幹」のＧｌｃＮＡｃに結合しているフコースが含まれうる。いくつかの実施形態において、抗体のオリゴ糖の修飾は、特定の改善された特性を有する抗体変種を作り出すために行う場合がある。
いくつかの実施形態では、Ｆｃ領域に（直接的または間接的に）結合したフコースを欠いている炭水化物構造を有する抗体変種が、提供される。例えば、そのような抗体におけるフコースの量は、１％〜８０％、１％〜６５％、５％〜６５％、または２０％〜４０％でありうる。フコースの量は、例えばＷＯ２００８／０７７５４６に記載されているように、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析により測定して、Ａｓｎ２９７に結合した全ての糖構造（ｇｌｙｃｏｓｔｒｕｃｔｕｒｅ）（例えば、複合体、ハイブリッド及び高マンノース構造）の合計に対する、Ａｓｎ２９７の糖鎖内のフコースの平均量を計算することによって決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域のおよそ２９７位（Ｆｃ領域残基のＥＵ番号付け）に位置するアスパラギン残基を指すが、Ａｓｎ２９７は、２９７位から上流または下流に約±３個のアミノ酸、すなわち抗体における僅かな配列差異に起因して２９４〜３００位の間に位置する場合もある。そのようなフコシル化変種は、改善されたＡＤＣＣ機能を有する場合がある。例えば、米国特許公開第２００３／０１５７１０８号（Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ．）、同第２００４／００９３６２１号（Ｋｙｏｗａ−Ｈａｋｋｏ Ｋｏｇｙｏ Ｃｏ．，Ｌｔｄ．）を参照すること。「脱フコシル化」または「フコシル欠乏」抗体変種に関する出版物の例には、ＵＳ２００３／０１５７１０８、ＷＯ２０００／６１７３９、ＷＯ２００１／２９２４６、ＵＳ２００３／０１１５６１４、ＵＳ２００２／０１６４３２８、ＵＳ２００４／００９３６２１、ＵＳ２００４／０１３２１４０、ＵＳ２００４／０１１０７０４、ＵＳ２００４／０１１０２８２、ＵＳ２００４／０１０９８６５、ＷＯ２００３／０８５１１９、ＷＯ２００３／０８４５７０、ＷＯ２００５／０３５５８６、ＷＯ２００５／０３５７７８、ＷＯ２００５／０５３７４２、ＷＯ２００２／０３１１４０、Ｏｋａｚａｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３６：１２３９−１２４９（２００４）、Ｙａｍａｎｅ−Ｏｈｎｕｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）が含まれる。脱フコシル化抗体を産生することができる細胞系の例には、タンパク質フコシル化において欠乏しているＬｅｃ１３ ＣＨＯ細胞（Ｒｉｐｋａ ｅｔ ａｌ．Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．２４９：５３３−５４５（１９８６）、米国特許出願第２００３／０１５７１０８Ａ１号、Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ及びＷＯ２００４／０５６３１２Ａ１、Ａｄａｍｓ ｅｔ ａｌ．、とりわけ実施例１１）、ならびにアルファ−１，６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子ＦＵＴ８ノックアウトＣＨＯ細胞などのノックアウト細胞系（例えば、Ｙａｍａｎｅ−Ｏｈｎｕｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）、Ｋａｎｄａ，Ｙ．ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．，９４（４）：６８０−６８８（２００６）及びＷＯ２００３／０８５１０７を参照すること）が含まれる。
例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二本側鎖オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃにより二分されている、二分されたオリゴ糖を有する抗体変種が更に提供される。そのような抗体変種は、低減したフコシル化及び／または改善されたＡＤＣＣ機能を有しうる。そのような抗体変種の例は、例えば、ＷＯ２００３／０１１８７８（Ｊｅａｎ−Ｍａｒｉｅｔ ｅｔ ａｌ．）、米国特許第６，６０２，６８４号（Ｕｍａｎａ ｅｔ ａｌ．）及びＵＳ２００５／０１２３５４６（Ｕｍａｎａ ｅｔ ａｌ．）に記載されている。Ｆｃ領域に結合したオリゴ糖に少なくとも１個のガラクトース残基を有する抗体変種も、提供される。そのような抗体変種は、改善されたＣＤＣ機能を有する場合がある。そのような抗体変種は、例えば、ＷＯ１９９７／３００８７（Ｐａｔｅｌ ｅｔ ａｌ．）、ＷＯ１９９８／５８９６４（Ｒａｊｕ，Ｓ．）及びＷＯ１９９９／２２７６４（Ｒａｊｕ，Ｓ．）に記載されている。
アミノ末端リーダー伸長を有する抗体変種も、提供される。例えば、アミノ末端リーダー配列の１個以上のアミノ酸残基が、抗体のいずれか１つ以上の重または軽鎖におけるアミノ末端に存在する。例示的なアミノ末端リーダー伸長は、抗体変種の一方または両方の軽鎖に存在する３個のアミノ酸残基、ＶＨＳを含む、または、からなる。
ヒトＦｃＲｎ高親和性結合ポリペプチドのインビボまたは血清半減期を、例えば、遺伝子導入マウスにおいて、ヒトにおいて、または変種Ｆｃ領域を有するポリペプチドが投与された非ヒト霊長類においてアッセイすることができる。例えば、Ｐｅｔｋｏｖａ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １８（１２）：１７５９−１７６９（２００６）も参照すること。
いくつかの実施形態において、抗体変種は、ヒトエフェクター細胞の存在下でＡＤＣＣを親抗体より有効に媒介する。いくつかの実施形態において、抗体変種は、アッセイに使用されるポリペプチド変種及び親抗体の量が本質的に同じであるとき、インビトロにおいてＡＤＣＣを実質的により有効に媒介する。いくつかの実施形態において、抗体変種は、アッセイに使用されるポリペプチド変種及び親抗体の量が本質的に同じであるとき、インビボにおいてＡＤＣＣを実質的により有効に媒介する。一般に、そのような変種は、本明細書に開示されているインビトロＡＤＣＣアッセイを使用して特定することができるが、ＡＤＣＣ活性を、例えば動物モデルなどにおいて決定する他のアッセイまたは方法が考慮される。
例示的な抗体抱合体
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、別の分子と抱合する。いくつかの実施形態において、追加の分子は、標識などの検出可能マーカーでありうる。いくつかの実施形態において、追加の分子は、細胞傷害剤などの治療分子でありうる。いくつかの実施形態では、標識及び／または細胞傷害剤を抗体と抱合させることができる。本明細書に使用されるとき、標識とは、抗体の検出を促進する及び／または抗体が結合する分子の検出を促進する部分である。非限定的な例示の標識には、放射性同位体、蛍光基、酵素基、化学発光基、ビオチン、エピトープタグ、金属結合タグなどが含まれるが、これらに限定されない。当業者は、特定の用途に従って適切な標識を選択することができる。
本明細書に使用されるとき、細胞傷害剤とは、１つ以上の細胞の繁殖能力を低減する部分である。例えば、細胞がアポトーシスを経ている、そうでなければ死を迎えている、細胞が細胞周期を介して進むことに失敗している及び／または***に失敗している、細胞が分化している、などの理由で、細胞が繁殖することができなくなっている場合、細胞は、低減された繁殖能力を有する。非限定的な例示の細胞傷害剤には、放射性同位体、毒素及び化学療法剤が含まれるが、これらに限定されない。当業者は、意図される用途に従って適切な細胞傷害剤を選択することができる。いくつかの実施形態において、細胞傷害剤は、代謝拮抗薬、アルキル化剤、抗生物質、増殖因子、サイトカイン、抗血管新生剤、抗有糸***剤、アントラサイクリン、毒素、またはアポトーシス剤の少なくとも１つである。
いくつかの実施形態において、標識及び／または細胞傷害剤は、化学的な方法を使用してインビトロにおいて抗体に抱合される。抱合体についての非限定的な例示の化学的な方法は、当該技術において知られており、例えば、Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐｒｏｄｕｃｅｓ（旧Ｐｉｅｒｃｅ；Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，Ｉｌｌ．）、Ｐｒｏｚｙｍｅ（Ｈａｙｗａｒｄ，Ｃａｌｉｆ．）、ＳＡＣＲＩ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ（Ｃａｌｇａｒｙ，Ｃａｎａｄａ）、ＡｂＤ Ｓｅｒｏｔｅｃ（Ｒａｌｅｉｇｈ，Ｎ．Ｃ．）などから販売されている、サービス、方法及び／または試薬が含まれる。いくつかの実施形態において、標識及び／または細胞傷害剤がポリペプチドである場合、標識及び／または細胞傷害剤を、少なくとも１つの抗体鎖を有する同じ発現ベクターにより発現させて、抗体鎖に融合させた標識及び／または細胞傷害剤を含むポリペプチドを産生することができる。当業者は、意図される用途に従って標識及び／または細胞傷害剤を抗体に抱合させるのに適した方法を選択することができる。
いくつかの実施形態において、抱合は共有結合的でありうる。いくつかの実施形態において、抱合は非共有結合的でありうる。いくつかの実施形態において、抱合は、特定の結合相互作用を介するもの、例えば、二次抗体の結合を介するものでありうる。
例示的なリーダー配列
一部の分泌タンパク質を大量に発現及び分泌させるためには、異種タンパク質からのリーダー配列が望ましいことがある。いくつかの実施形態において、異種リーダー配列を用いることは、リーダー配列が分泌過程においてＥＲから除去されるので、得られた成熟ポリペプチドが変更されない状態で維持されうるという点において、有利でありうる。異種リーダー配列の付加は、一部のタンパク質を発現及び分泌するために有用でありうる。
特定の例示的なリーダー配列が、例えば、シンガポール国立大学、生化学科（Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｓｉｎｇａｐｏｒｅ）により維持管理されているオンラインのリーダー配列データベースに記載されている。Ｃｈｏｏ ｅｔ ａｌ．，ＢＭＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，６：２４９（２００５）及びＰＣＴ公報第ＷＯ２００６／０８１４３０号を参照すること。
ＩＩＩ．抗体の発現及び産生
抗ＩＣＯＳ抗体をコードする核酸分子
抗ＩＣＯＳ抗体の１つ以上の鎖をコードするポリヌクレオチドを含む核酸分子が、本明細書に提供されている。いくつかの実施形態において、核酸分子は、抗ＩＣＯＳ抗体の重鎖または軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、核酸分子は、抗ＩＣＯＳ抗体の重鎖をコードするポリヌクレオチド及び軽鎖をコードするポリヌクレオチドを両方とも含む。いくつかの実施形態において、第１の核酸分子は、重鎖をコードする第１のポリヌクレオチドを含み、第２の核酸分子は、軽鎖をコードする第２のポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、重鎖及び軽鎖は、１つの核酸分子から発現する、または２つの別個の核酸分子から２つの別個のポリペプチドとして発現する。いくつかの実施形態において、例えば、抗体がｓｃＦｖである場合、単一のポリヌクレオチドは、一緒に連結している重鎖及び軽鎖の両方を含む単一のポリペプチドをコードする。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体の重鎖または軽鎖をコードするポリヌクレオチドは、本明細書に提供されているＣＤＲの少なくとも１つをコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体の重鎖または軽鎖をコードするポリヌクレオチドは、本明細書に提供されているＣＤＲの少なくとも３つをコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体の重鎖または軽鎖をコードするポリヌクレオチドは、本明細書に提供されているＣＤＲの少なくとも６つをコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体の重鎖または軽鎖をコードするポリヌクレオチドは、翻訳されたときに重鎖または軽鎖のＮ末端に位置するリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を含む。上記に考察されたように、リーダー配列は、未変性の重もしくは軽鎖リーダー配列でありうる、または別の異種リーダー配列でありうる。
いくつかの実施形態において、核酸は、本明細書における配列表の抗体のアミノ酸配列のいずれかをコードするものである。いくつかの実施形態において、核酸は、本明細書における配列表の抗体のアミノ酸配列のいずれかをコードする核酸に、少なくとも８０％の同一性、例えば、少なくとも８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％の同一性があるものである。いくつかの実施形態において、核酸は、本明細書に提供されている核酸配列のいずれか１つ以上とハイブリッド形成するものである。いくつかの実施形態において、ハイブリッド形成は、穏やかな条件下のものである。いくつかの実施形態において、ハイブリッド形成は、０．１×のＳＳＣ中の約２０％（ｖ／ｖ）のホルマリンによる約４２℃で１０分間の最初の洗浄、０．２×のＳＳＣ及び０．１％のＳＤＳによる６５℃での続く洗浄を用いる、６５℃での少なくとも約６×のＳＳＣ及び１％のＳＤＳなどの極めて厳密な条件下のものである。
核酸分子は、当該技術に慣用的な組み換えＤＮＡ技術を使用して構築することができる。いくつかの実施形態において、核酸分子は、選択された宿主細胞における発現に適した発現ベクターである。
ベクター
抗ＩＣＯＳ重鎖及び／または抗ＩＣＯＳ軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含むベクターが、提供される。抗ＩＣＯＳ重鎖及び／または抗ＩＣＯＳ軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含むベクターも、提供される。そのようなベクターには、ＤＮＡベクター、ファージベクター、ウイルスベクター、レトロウイルスベクターなどが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、ベクターは、重鎖をコードする第１のポリヌクレオチド配列及び軽鎖をコードする第２のポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、重鎖及び軽鎖は、２つの別個のポリペプチドとしてベクターにより発現される。いくつかの実施形態において、重鎖及び軽鎖は、例えば抗体がｓｃＦｖである場合など、単一のポリペプチドの一部として発現する。
いくつかの実施形態において、第１のベクターは、重鎖をコードするポリヌクレオチドを含み、第２のベクターは、軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、第１のベクター及び第２のベクターは、類似した量（例えば、類似したモル量または類似した質量）で宿主細胞に形質移入される。いくつかの実施形態では、モル比または質量比が５：１〜１：５の第１のベクターと第２のベクターが、宿主細胞に形質移入される。いくつかの実施形態では、重鎖をコードするベクターと軽鎖をコードするベクターとの１：１〜１：５の質量比が、使用される。いくつかの実施形態では、重鎖をコードするベクターと軽鎖をコードするベクターとの１：２の質量比が、使用される。
いくつかの実施形態では、ＣＨＯもしくはＣＨＯ誘導細胞における、またはＮＳＯ細胞におけるポリペプチドの発現を最適化するベクターが、選択される。例示的なそのようなベクターは、例えば、Ｒｕｎｎｉｎｇ Ｄｅｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｐｒｏｇ．２０：８８０−８８９（２００４）に記載されている。
宿主細胞
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体重鎖及び／または抗ＩＣＯＳ抗体軽鎖は、細菌細胞などの原核細胞、または真菌細胞（例えば、酵母）、植物細胞、昆虫細胞及び哺乳類細胞などの真核細胞に発現することができる。そのような発現は、例えば、当該技術に既知の手順に従って実施することができる。ポリペプチドの発現に使用することができる例示的な真核細胞には、ＣＯＳ７細胞を含むＣＯＳ細胞、２９３−６Ｅ細胞を含む２９３細胞、ＣＨＯ−Ｓ、ＤＧ４４．Ｌｅｃ１３ ＣＨＯ細胞及びＦＵＴ８ ＣＨＯ細胞を含むＣＨＯ細胞、ＰＥＲ．Ｃ６（登録商標）細胞（Ｃｒｕｃｅｌｌ）、ならびにＮＳＯ細胞が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体重鎖及び／または抗ＩＣＯＳ抗体軽鎖は、酵母に発現することができる。例えば、米国特許公開第２００６／０２７００４５Ａ１号を参照すること。いくつかの実施形態において、特定の真核生物宿主細胞は、抗ＩＣＯＳ抗体の重鎖及び／または抗ＩＣＯＳ抗体の軽鎖に望ましい翻訳後修飾を行う能力に基づいて選択される。例えば、いくつかの実施形態において、ＣＨＯ細胞は、２９３細胞に産生された同じポリペプチドより高いレベルのシアリル化を有するポリペプチドを産生する。
１つ以上の核酸を望ましい宿主細胞に導入することは、リン酸カルシウム形質移入、ＤＥＡＥ−デキストラン媒介形質移入、カチオン性脂質媒介形質移入、電気穿孔、形質導入、感染などが含まれるが、これらに限定されない任意の方法によって達成することができる。非限定的な例示の方法は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｒｄ ｅｄ．Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ（２００１）に記載されている。核酸を、任意の適切な方法によって望ましい宿主細胞に一時的または安定して形質移入することができる。
本明細書に記載されている任意のポリヌクレオチドまたはベクターを含む宿主細胞も、提供される。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を含む宿主細胞が提供される。異種ＤＮＡを過剰発現することができる任意の宿主細胞を、目的の抗体、ポリペプチド、またはタンパク質をコードする遺伝子を単離する目的に使用することができる。哺乳類宿主細胞の非限定例には、ＣＯＳ、ＨｅＬａ及びＣＨＯ細胞が含まれるが、これらに限定されない。ＰＣＴ公報第ＷＯ８７／０４４６２号も参照すること。適切な非哺乳類宿主細胞には、原核細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたはＢ．ｓｕｂｔｉｌｌｉｓ）及び酵母（例えば、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓａｅ、Ｓ．ｐｏｍｂｅ、またはＫ．ｌａｃｔｉｓ）が含まれる。
抗体の精製
抗ＩＣＯＳ抗体を任意の適切な方法により精製することができる。そのような方法には、親和性マトリックスまたは疎水性相互作用クロマトグラフィーの使用が含まれるが、これらに限定されない。適切な親和性リガンドには、ＲＯＲ１ ＥＣＤ、及び抗体定常領域に結合するリガンドが含まれる。例えば、プロテインＡ、プロテインＧ、プロテインＡ／Ｇ、または抗体親和性カラムを使用して、定常領域に結合させ、抗ＩＣＯＳ抗体を精製することができる。疎水性相互作用クロマトグラフィー、例えば、ブチルまたはフェニルカラムが、抗体などの一部のポリペプチドの精製に適していることもある。イオン交換クロマトグラフィー（例えば、アニオン交換クロマトグラフィー及び／またはカチオン交換クロマトグラフィー）が、抗体などの一部のポリペプチドの精製に適していることもある。混合モードクロマトグラフィー（例えば、逆相／アニオン交換、逆相／カチオン交換、親水性相互作用／アニオン交換、親水性相互作用／カチオン交換など）が、抗体などの一部のポリペプチドの精製に適していることもある。ポリペプチドを精製する多くの方法が、当該技術において知られている。
抗体の無細胞産生
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、無細胞系において産生される。非限定的な例示の無細胞系は、例えば、Ｓｉｔａｒａｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４９８：２２９−４４（２００９）、Ｓｐｉｒｉｎ，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２２：５３８−４５（２００４）、Ｅｎｄｏ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ａｄｖ．２１：６９５−７１３（２００３）に記載されている。
抗体組成物
いくつかの実施形態において、上記に記載された方法により産生された抗体が、提供される。いくつかの実施形態において、抗体は、宿主細胞において調製される。いくつかの実施形態において、抗体は、無細胞系において調製される。いくつかの実施形態において、抗体は、精製される。いくつかの実施形態において、宿主細胞または無細胞系において調製された抗体は、キメラ抗体である。いくつかの実施形態において、宿主細胞または無細胞系において調製された抗体は、ヒト化抗体である。いくつかの実施形態において、宿主細胞または無細胞系において調製された抗体は、ヒト抗体である。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体を含む細胞培養培地が提供される。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体を含む宿主細胞培養液が提供される。
いくつかの実施形態において、上記に記載された方法により調製された抗体を含む組成物が、提供される。いくつかの実施形態において、組成物は、宿主細胞において調製された抗体を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、無細胞系において調製された抗体を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、精製された抗体を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、宿主細胞または無細胞系において調製されたキメラ抗体を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、宿主細胞または無細胞系において調製されたヒト化抗体を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、宿主細胞または無細胞系において調製されたヒト抗体を含む。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体を、約１０ｍｇ／ｍＬ超、約２０ｍｇ／ｍＬ超、約３０ｍｇ／ｍＬ超、約４０ｍｇ／ｍＬ超、約５０ｍｇ／ｍＬ超、約６０ｍｇ／ｍＬ超、約７０ｍｇ／ｍＬ超、約８０ｍｇ／ｍＬ超、約９０ｍｇ／ｍＬ超、約１００ｍｇ／ｍＬ超、約１２５ｍｇ／ｍＬ超、約１５０ｍｇ／ｍＬ超、約１７５ｍｇ／ｍＬ超、約２００ｍｇ／ｍＬ超、約２２５ｍｇ／ｍＬ超、または約２５０ｍｇ／ｍＬ超のいずれかの濃度で含む組成物が、提供される。いくつかの実施形態において、組成物は、宿主細胞または無細胞系において調製されたキメラ抗体を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、宿主細胞または無細胞系において調製されたヒト化抗体を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、宿主細胞または無細胞系において調製されたヒト抗体を含む。
ＩＶ．組成物及び方法
方法、ポリヌクレオチド、組成物、遺伝子発現に関連するキット、ＲＮＡシグネチャー、対象の特定、及び／または応答の予測
抗ＩＣＯＳ抗体エピトープ発現（正常な試料に対して増加した、もしくは減少した、ならびに／または通常はエピトープ発現を欠いている組織（複数可）及び／もしくは細胞（複数可）における発現の存在などの不適切な発現）に関連する疾患、障害、または状態の検出、診断及びモニタリングに抗ＩＣＯＳ抗体、ポリペプチド及びポリヌクレオチドを使用する方法が、本明細書に提供される。患者が抗ＩＣＯＳ抗体療法に応答するかを決定する方法が、本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体による治療から利益を受けうる対象を特定する方法が提供される。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体に対する、癌を有する対象の応答を予測する方法が提供される。
いくつかの実施形態において、この方法は、抗ＩＣＯＳ抗体を使用して、ＩＣＯＳを発現する細胞を患者が有するかを検出することを含む。いくつかの実施形態において、検出方法は、試料を抗体、ペプチド、またはポリヌクレオチドと接触させること及び結合のレベルが基準または比較試料（例えば、対照）と異なるかを決定することを含む。いくつかの実施形態において、この方法は、本明細書に記載されている抗体またはポリペプチドが対象にとって適切な治療であるかを決定するのに有用でありうる。
いくつかの実施形態では、細胞または細胞／組織溶解産物を抗ＩＣＯＳ抗体と接触させて、抗体と細胞との結合が決定される。試験細胞が同じ種類の組織の基準細胞と比較して結合活性を示す場合、対象には抗ＩＣＯＳ抗体による治療が有益であることを示すことができる。いくつかの実施形態において、試験細胞はヒト組織の細胞である。
特異的な抗体抗原結合を検出する当該技術に既知の様々な方法を、使用することができる。実施することができる例示的な免疫アッセイには、蛍光偏光免疫アッセイ（ＦＰＩＡ）、蛍光免疫アッセイ（ＦＩＡ）、酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）、比濁阻害免疫アッセイ（ｎｅｐｈｅｌｏｍｅｔｒｉｃ ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ）（ＮＩＡ）、酵素結合免疫アッセイ（ＥＬＩＳＡ）及び放射線免疫アッセイ（ＲＩＡ）が含まれる。指標部分または標識基を対象の抗体に結合することができ、これらは、多くの場合にアッセイ機器及び適合する免疫アッセイの手順の利用可能性によって決まる様々な使用方法の要求を満たすように選択される。適切な標識には、限定されることなく、放射性核種（例えば、１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓ、３Ｈ、もしくは３２Ｐ）、酵素（例えば、アルカリホスファターゼ、ホースラデッシュペルオキシダーゼ、ルシフェラーゼ、もしくはβ−ガラクトシダーゼ）、蛍光部分もしくはタンパク質（例えば、フルオレセイン、ローダミン、フィコエリトリン、ＧＦＰ、もしくはＢＦＰ）、または化学発光部分（例えば、Ｑｕａｎｔｕｍ Ｄｏｔ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，Ｃａｌｉｆ．から供給されるＱｄｏｔ（商標）ナノ粒子）が含まれる。上記に示された様々な免疫アッセイを実施するために使用される一般的な技術は、当業者に知られている。
いくつかの実施形態では、自動免疫組織化学アッセイなどの免疫組織化学アッセイが、例えば、ヒト正常組織試料またはヒト腫瘍組織試料でありうるヒト組織試料（例えば、扁桃腺組織）などの組織試料におけるＩＣＯＳ発現細胞の検出に使用される。いくつかの実施形態において、組織試料は、臨床ＦＦＰＥ試料などのＦＦＰＥ試料である。
診断の目的において、ポリペプチドを含む抗体を、放射性同位体、蛍光標識及び当該技術に既知の様々な酵素基質標識が含まれるが、これらに限定されない検出可能部分で標識することができる。標識を抗体に抱合させる方法は、当該技術において知られている。
いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を標識する必要がなく、その存在は、第１の抗ＩＣＯＳ抗体に結合する第２の標識抗体を使用して検出することができる。
いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、競合結合アッセイ、直接及び間接的サンドウィッチアッセイ及び免疫沈降アッセイなどの任意の既知のアッセイ方法に用いることができる。Ｚｏｌａ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，ｐｐ．１４７−１５８（ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．１９８７）。
抗ＩＣＯＳ抗体及びポリペプチドを、インビボ画像化などのインビボ診断アッセイに使用することもできる。一般に、目的の細胞または組織が免疫シンチグラフィー（ｉｍｍｕｎｏｓｃｉｎｔｉｏｇｒａｐｈｙ）の使用により局在化されうるように、抗体またはポリペプチドは、放射性核種（例えば、１１１Ｉｎ、９９Ｔｃ、１４Ｃ、１３１Ｉ、１２５Ｉ、３Ｈ、または本明細書に概説されているものが含まれる任意の他の放射性核種標識）により標識される。
当該技術に周知の技術を使用する病理学において、抗体を染色試薬として使用することもできる。
いくつかの実施形態において、第１の抗体は診断薬として使用され、第２の抗体は治療薬として使用される。いくつかの実施形態において、第１及び第２の抗体は異なっている。いくつかの実施形態において、第１の抗体は、非ヒトからのものであり、一方、治療薬はヒトからのものである。いくつかの実施形態において、第１及び第２の抗体は、両方とも抗原に同時に結合することができ、結合することによってエピトープを分けることができる。
いくつかの実施形態では、ＰＣＲによりマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）を決定することを含む方法が本明細書に提供される。いくつかの実施形態において、マイクロサテライト不安定性の決定は、マーカー（座）のＢＡＴ２５、ＢＡＴ２６、Ｄ５Ｓ３４６、Ｄ２Ｓ１２３及びＤ１７Ｓ２５０のうちの少なくとも１つにおいて遺伝子不安定性を検出することを含む。例えば、Ｂｏｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．，１９９８，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，５８：５２４８−５２５７を参照すること。いくつかの実施形態において、遺伝子不安定性が５つの座のうちの２つ以上で検出される場合、癌は高ＭＳＩである。いくつかの実施形態において、遺伝子不安定性が５つの座のうちの１つで検出される場合、癌は低ＭＳＩである。いくつかの実施形態において、遺伝子不安定性が検出されるマーカーが５つの座のどれにも検出されない場合、癌はＭＳＳである。
いくつかの実施形態では、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）をＩＨＣにより決定することを含む方法が、本明細書に提供される。例えば、ＡＭＡ ａｎｄ ＮＣＨＰＥＧ Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｆａｃｔ Ｓｈｅｅｔｓ：１１−０４５６：２／１２：ｊｔ：Ｕｐｄａｔｅｄ Ｆｅｂ ２０１２を参照すること。いくつかの実施形態において、マイクロサテライト不安定性の決定は、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＰＭＳ２及びＭＳＨ６から選択される１個以上のミスマッチ修復タンパク質をＩＨＣにより検出することを含む。いくつかの実施形態において、１個以上のミスマッチ修復タンパク質がＩＨＣにより検出されない場合、癌はＭＳＩ陽性である。
いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡレベルを測定する方法が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、ＩＣＯＳ ＲＮＡシグネチャー、例えば、ＩＣＯＳ発現を予測する、またはＩＣＯＳ発現に相関する複数のｍＲＮＡレベルの測定を含む方法が、本明細書に提供される。いくつか実施形態において、ＩＣＯＳ ＲＮＡシグネチャーは、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡレベルを含み、ｍＲＮＡレベルは、表６から選択されるｍＲＮＡのレベルである。
ｍＲＮＡレベルの決定に適した任意の方法を使用することができる。ｍＲＮＡの評価方法には、例えば、相補的ＤＮＡプローブを使用したハイブリッド形成アッセイ（例えば、標的配列に特異的な標識リボプローブを使用するインサイツハイブリッド形成法、ノーザンブロット及び関連技術）、ならびに様々な核酸増幅アッセイ（例えば、標的配列に特異的な相補的プライマーを使用するＲＴ−ＰＣＲ及び例えば、分枝ＤＮＡ、ＳＩＳＢＡ、ＴＭＡなどの他の増幅型検出方法）が含まれる。
いくつかの実施形態において、ｍＲＮＡレベルは、定量的ＲＴ−ＰＣＲにより決定される。いくつかの実施形態において、ｍＲＮＡレベルは、デジタルＰＣＲにより決定される。いくつかの実施形態において、ｍＲＮＡレベルは、ＲＮＡ−Ｓｅｑより決定される。いくつかの実施形態において、ｍＲＮＡレベルは、ＲＮアーゼプロテクションアッセイ（ＲＰＡ）により決定される。いくつかの実施形態において、ｍＲＮＡレベルは、ノーザンブロットにより決定される。いくつかの実施形態において、ｍＲＮＡレベルは、インサイツハイブリッド形成法（ＩＳＨ）により決定される。いくつかの実施形態において、ｍＲＮＡレベルは、定量的ＲＴ−ＰＣＲ、マイクロアレイ、デジタルＰＣＲ、ＲＮＡ−Ｓｅｑ、ＲＮアーゼプロテクションアッセイ（ＲＰＡ）、ノーザンブロット及びインサイツハイブリッド形成法（ＩＳＨ）から選択される方法により決定される。
ＲＮＡ−Ｓｅｑは、次世代の配列決定方法論を使用する、ＲＮＡ転写物の列挙に基づいた技術である。ｍＲＮＡレベルは、その配列フラグメントの観察頻度を使用して決定される。ＲＮＡ−Ｓｅｑについての総説は、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．（２００９）１０：５７−６３を参照すること。
ノーザンブロットは、ＲＮＡ試料をサイズで分けるための電気泳動及び標的配列の一部または全てに相補的なハイブリッド形成プローブによる検出の使用を伴う。ノーザンブロッティングについての考察は、例えば、Ｔｒａｙｈｕｒｎ，Ｐ．（１９９６）Ｎｏｒｔｈｅｒｎ Ｂｌｏｔｔｉｎｇ．Ｐｒｏ．Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ Ｓｏｃ．５５：５８３−５８９を参照すること。
定量的ＲＴ−ＰＣＲは、ｍＲＮＡを逆転写すること、次に、例えば色素シグナルが産物量の読み取りである蛍光の測定によってリアルタイムでモニターされているポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により、ｃＤＮＡを増幅することを伴う。色素は、例えば、挿入色素、または消光剤も含むプローブに結合された色素であり、プローブの分解が色素を放出させ、蛍光をもたらし、分解は、ＴａｑＭａｎ（登録商標）アッセイによると、産物形成により導かれたエキソヌクレアーゼ活性により触媒されている。本発明のいくつかの実施形態において、生物学的試料において標的ｍＲＮＡを検出する方法は、少なくとも１つのプライマーを使用する逆転写により試料からｃＤＮＡを産生すること、そのようにして産生されたｃＤＮＡを、標的ポリヌクレオチドをセンス及びアンチセンスプライマーとして使用して増幅し、その中の標的ｃＤＮＡを増幅すること、ならびに増幅された標的ｃＤＮＡの存在を検出することを含む。加えて、そのような方法は、生物学的試料における標的ｍＲＮＡのレベルを（例えば、基準ｍＲＮＡ配列、例えば、下記に考察されるアクチンファミリーメンバーまたは基準ＲＮＡなどの「ハウスキーピング」遺伝子のレベルを同時に検査することにより）決定することを可能にする１つ以上のステップを含むことができる。場合により、増幅された標的ｃＤＮＡの配列を決定することができる。
デジタルＰＣＲにおいて、試料は、複数の反応域に分割され、ＰＣＲがその区域において実施される。陽性である、すなわち、検出可能な産物形成が生じる区域の数を使用して、元の試料における標的配列のレベルを決定することができる。
ＲＰＡでは、試料をハイブリッド形成条件下でプローブと接触させ、次に一本鎖ＲＮＡヌクレアーゼと接触させる。プローブと標的との二本鎖複合体の形成は、残った量のプローブを標的レベルの決定に使用できるように、プローブを分解から保護する。
ＩＳＨでは、細胞または組織試料を、標的ＲＮＡとハイブリッド形成するプローブに接触させ、ハイブリッド形成が検出されて、標的のレベルを決定する。
いくつかの実施形態において、方法は、マイクロアレイ技術により組織または細胞試料において標的ｍＲＮＡなどのｍＲＮＡを検査または検出するプロトコールを含む。核酸マイクロアレイを使用して、試験及び対照組織試料からの試験及び対照ｍＲＮＡを逆転写及び標識して、ｃＤＮＡプローブを生成する。次にプローブを、固体支持体に固定化された核酸のアレイとハイブリッド形成する。アレイは、アレイの各メンバーの配列及び位置が分かるように形成される。標識プローブと特定のアレイメンバーとのハイブリッド形成は、プローブが誘導された試料が、その遺伝子を発現することを示している。疾患組織の差次的遺伝子発現分析は、貴重な情報を提供することができる。マイクロアレイ技術は、核酸ハイブリッド形成技術及びコンピューター技術を利用して、１回の実験の中で数千の遺伝子のｍＲＮＡ発現プロファイルを評価する（例えば、アレイ作製についての考察は、２００１年１０月１１日公開のＷＯ０１／７５１６６、米国特許第５，７００，６３７号、米国特許第５，４４５，９３４号及び米国特許第５，８０７，５２２号、Ｌｏｃｋａｒｔ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１４：１６７５−１６８０（１９９６）、Ｃｈｅｕｎｇ，Ｖ．Ｇ．ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ２１（Ｓｕｐｐｌ）：１５−１９（１９９９）を参照すること）。ＤＮＡマイクロアレイは、ガラスもしくは他の基材上に直接合成された、またはスポットされた遺伝子フラグメントを含有する小型アレイである。通常は数千の遺伝子が単一のアレイによって表されている。典型的なマイクロアレイの実験は、以下のステップを伴う。１）試料から単離されたＲＮＡから蛍光標識標的を調製するステップ、２）標識標的とマイクロアレイとをハイブリッド形成するステップ、３）アレイを洗浄、染色及び走査するステップ、４）走査した画像を分析するステップ、ならびに５）遺伝子発現プロファイルを生成するステップ。２種類のＤＮＡマイクロアレイは、オリゴヌクレオチド（通常、２５〜７０ｍｅｒ）アレイ及びｃＤＮＡから調製されたＰＣＲ産物を含有する遺伝子発現アレイである。アレイを形成するには、オリゴヌクレオチドを、予め作製して表面にスポットすること、または表面に直接合成すること（インサイツ）ができる。いくつかの実施形態において、ＤＮＡマイクロアレイは、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）マイクロアレイ、例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＳＮＰ Ａｒｒａｙ ６．０である。
Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）システムは、市販のマイクロアレイシステムであり、ガラス表面へのオリゴヌクレオチドの直接的な合成によって作製されたアレイを含む。プローブ／遺伝子アレイ：オリゴヌクレオチドは、通常は２５ｍｅｒｓであり、半導体に基づいた写真平版及び固相化学合成技術の組み合わせによって、ガラスウエハ上に直接合成される。各アレイは、４００，０００個までの異なるオリゴヌクレオチドを含有し、各オリゴヌクレオチドは、数百万個のコピーで存在する。オリゴヌクレオチドプローブがアレイの既知の位置に合成されるので、ハイブリッド形成パターン及びシグナル強度は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ Ｓｕｉｔｅソフトウエアにより遺伝子の素生及び相対レベルについて解明されうる。それぞれの遺伝子は、一連の異なるオリゴヌクレオチドプローブによりアレイ上に表されている。それぞれのプローブ対は、完全マッチオリゴヌクレオチド及びミスマッチオリゴヌクレオチドからなる。完全マッチプローブは、特定の遺伝子と完全に相補的な配列を有し、したがって、遺伝子発現の測定単位である。ミスマッチプローブは、中央位置の塩基での単一塩基置換により標的遺伝子転写物との結合を妨げていることが、完全マッチプローブと異なっている。このことは、完全マッチオリゴヌクレオチドを測定するシグナルに寄与するバックグラウンド及び非特異的ハイブリッド形成を決定するのを助ける。Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ Ｓｕｉｔｅソフトウエアは、完全マッチプローブからミスマッチプローブのハイブリッド形成強度を差し引いて、それぞれのプローブセットの絶対または特異的強度を決定する。プローブは、Ｇｅｎｂａｎｋ及び他のヌクレオチド貯蔵所からの最新情報に基づいて選択される。配列は、遺伝子の３’末端の特有領域を認識すると考えられる。ＧｅｎｅＣｈｉｐ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ Ｏｖｅｎ（「ローテッセリ（ｒｏｔｉｓｓｅｒｉｅ）」オーブン）が、一度に６４個までのアレイのハイブリッド形成を実施するために使用される。フルイディックスステーション（ｆｌｕｉｄｉｃｓ ｓｔａｔｉｏｎ）が、プローブアレイの洗浄及び染色を実施する。完全に自動化されており、４つのモジュールから構成され、各モジュールは１個のプローブアレイを保持する。各モジュールは、前もってプログラムされたフルイディックスプロトコールを使用するＭｉｃｒｏａｒｒａｙ Ｓｕｉｔｅソフトウエアにより個別に制御される。スキャナーは、共焦点レーザー蛍光スキャナーであり、プローブアレイに結合した標識ｃＲＮＡが発光した蛍光強度を測定する。Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ Ｓｕｉｔｅソフトウエアを備えたコンピューターワークステーションは、フルイディックスステーション及びスキャナーを制御する。Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ Ｓｕｉｔｅソフトウエアは、プローブアレイのために前もってプログラムされたハイブリッド形成、洗浄及び染色プロトコールを使用して、８台までのフルイディックスステーションを制御することができる。このソフトウエアは、また、ハイブリッド形成強度データを取得し、適切なアルゴリズムを使用して各遺伝子の存在／不在コールに変換する。最後に、このソフトウエアは、比較分析により実験間の遺伝子発現の変化を検出し、出力をテキストファイルにフォーマット形成し、これを更なるデータ分析のために他のソフトウエアプログラムで使用することができる。
いくつかの実施形態において、例えば、定量的ＲＴ−ＰＣＲが使用されるとき、閾値サイクル数が２個のｍＲＮＡで比較され、低い閾値は、対応するｍＲＮＡが高いレベルであることを示す。非限定例として、いくつかの実施形態において、ＩＣＯＳ ｍＲＮＡ及び少なくとも１個の基準ｍＲＮＡのレベルが分析され、ＩＣＯＳの閾値サイクル数（Ｃｔ）が２８であり、基準ｍＲＮＡのＣｔが３０である場合、ＩＣＯＳは基準と比較して高いレベルである。様々な実施形態において、同様の比較を任意の種類の定量的または半定量的分析方法において実施することができる。
いくつかの実施形態では、少なくとも１個のｍＲＮＡのレベルが正規化される。いくつかの実施形態では、少なくとも２個のｍＲＮＡのレベルが正規化されて、互いに比較される。いくつかの実施形態において、そのような正規化は、レベルが同時に及び／または同じアッセイ反応において決定されないとき、ｍＲＮＡレベルの比較を可能にしうる。当業者は、少なくとも１個の基準ｍＲＮＡまたはアッセイに応じて他の要素などの正常化に適した基礎を選択することができる。
いくつかの実施形態において、少なくとも１個の基準ｍＲＮＡはハウスキーピング遺伝子を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１個の基準ｍＲＮＡは、ＲＰＬＰ０、ＰＰＩＡ、ＴＵＢＢ、ＡＣＴＢ、ＹＭＨＡＺ、Ｂ２Ｍ、ＵＢＣ、ＴＢＰ、ＧＵＳＢ、ＨＰＲＴ１、またはＧＡＰＤＨの１個以上を含む。
本明細書に記載されているいずれかの方法における使用に適したポリヌクレオチド、キット、医薬品、組成物及び単位剤形も、本明細書に提供される。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、単離されている。いくつかの実施形態において、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、例えば、放射性同位体、蛍光剤、または発色剤により検出可能に標識される。別の実施形態において、ポリヌクレオチドはプライマーである。別の実施形態において、ポリヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド、例えばｍＲＮＡ特異的オリゴヌクレオチドである。別の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、例えば、７〜６０個のヌクレオチド長さ、９〜４５個のヌクレオチド長さ、１５〜３０個のヌクレオチド長さ、または１８〜２５個のヌクレオチド長さであってもよい。別の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、例えば、ＰＮＡ、モルホリノ−ホスホルアミデート、ＬＮＡ、または２’−アルコキシアルコキシでありうる。本明細書に提供されているポルヌクレオチドは、例えば、表６のｍＲＮＡ内に含有されている配列などの標的配列、または上記に考察された基準ｍＲＮＡなどの基準ｍＲＮＡの検出に有用である。検出は、上記に考察されたハイブリッド形成、増幅及び／または配列決定を伴う可能性がある。
いくつかの実施形態では、複数のポリヌクレオチドを含む組成物が提供され、複数性は、少なくとも、第１のｍＲＮＡに特異的な第１のポリヌクレオチド及び第２のｍＲＮＡに特異的な第２のポリヌクレオチドから構成され、第１及び第２のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。いくつかの実施形態において、複数性は、第３のｍＲＮＡに特異的な第３のポリヌクレオチドを更に含み、第３のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。いくつかの実施形態において、複数性は、第４のｍＲＮＡに特異的な第４のポリヌクレオチドを更に含み、第４のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。いくつかの実施形態において、複数性は、第５のｍＲＮＡに特異的な第５のポリヌクレオチドを更に含み、第５のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。いくつかの実施形態において、複数性は、第６のｍＲＮＡに特異的な第６のポリヌクレオチドを更に含み、第６のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。いくつかの実施形態において、複数性は、第７のｍＲＮＡに特異的な第７のポリヌクレオチドを更に含み、第７のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。いくつかの実施形態において、複数性は、第８のｍＲＮＡに特異的な第８のポリヌクレオチドを更に含み、第８のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。いくつかの実施形態において、複数性は、第９のｍＲＮＡに特異的な第９のポリヌクレオチドを更に含み、第９のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。いくつかの実施形態において、複数性は、第１０のｍＲＮＡに特異的な第１０のポリヌクレオチドを更に含み、第１０のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。ポリヌクレオチドまたはｍＲＮＡを指定するための序数（「第１」、「第２」など）の使用は、この場合ではポリヌクレオチドまたはｍＲＮＡが、互いに同一ではないことを示していることが理解される。
いくつかの実施形態において、組成物は、対象から得られた細胞または組織を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、対象から単離されたｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態において、組成物は、対象から単離されたｍＲＮＡから合成されるｃＤＮＡを含む。
いくつかの実施形態において、組成物は、少なくとも１個の基準ｍＲＮＡの検出における使用に適した、少なくとも１つのポリヌクレオチドまたは複数のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、組成物は、定量的ＲＴ−ＰＣＲ、マイクロアレイ、デジタルＰＣＲ、ＲＮＡ−Ｓｅｑ、ＲＰＡ、ノーザンブロット、またはインサイツハイブリッド形成（ＩＳＨ）などのハイブリッド形成／増幅を実施するための試薬を含む。そのような試薬には、逆転写酵素活性を有する酵素、ＤＮＡポリメラーゼ（好熱性でありうる）、挿入色素、ｄＮＴＰ、緩衝液、一本鎖ＲＮＡヌクレアーゼ、洗剤、固定剤（例えば、ホルムアルデヒド）、共溶媒（例えば、ホルムアミド）などのうちの１つ以上が含まれうる。
いくつかの実施形態では、表６のｍＲＮＡから選択されるｍＲＮＡに特異的な少なくとも１つのポリヌクレオチドまたは複数のポリヌクレオチドを含む１つ以上の容器を含むキットが提供され、複数性は、少なくとも、第１のｍＲＮＡに特異的な第１のポリヌクレオチド及び第２のｍＲＮＡに特異的な第２のポリヌクレオチドから構成され、第１及び第２のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。いくつかの実施形態において、複数性は、第３のｍＲＮＡに特異的な第３のポリヌクレオチドを更に含み、第３のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。いくつかの実施形態において、複数性は、第４のｍＲＮＡに特異的な第４のポリヌクレオチドを更に含み、第４のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。いくつかの実施形態において、複数性は、第５のｍＲＮＡに特異的な第５のポリヌクレオチドを更に含み、第５のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。いくつかの実施形態において、複数性は、第６のｍＲＮＡに特異的な第６のポリヌクレオチドを更に含み、第６のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。いくつかの実施形態において、複数性は、第７のｍＲＮＡに特異的な第７のポリヌクレオチドを更に含み、第７のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。いくつかの実施形態において、複数性は、第８のｍＲＮＡに特異的な第８のポリヌクレオチドを更に含み、第８のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。いくつかの実施形態において、複数性は、第９のｍＲＮＡに特異的な第９のポリヌクレオチドを更に含み、第９のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。いくつかの実施形態において、複数性は、第１０のｍＲＮＡに特異的な第１０のポリヌクレオチドを更に含み、第１０のｍＲＮＡは表６のｍＲＮＡから選択される。ポリヌクレオチドまたはｍＲＮＡを指定するための序数（「第１」、「第２」など）の使用は、この場合ではポリヌクレオチドまたはｍＲＮＡが、互いに同一ではないことを示していることが理解される。いくつかの実施形態において、キットは、少なくとも１個の基準ｍＲＮＡの検出における使用に適した、少なくとも１つのポリヌクレオチドまたは複数のポリヌクレオチドを含む１つ以上の容器を含む。いくつかの実施形態において、キットは、定量的ＲＴ−ＰＣＲ、マイクロアレイ、デジタルＰＣＲ、ＲＮＡ−Ｓｅｑ、ＲＮアーゼプロテクションアッセイ（ＲＰＡ）、ノーザンブロット及びインサイツハイブリッド形成（ＩＳＨ）などのハイブリッド形成／増幅を実施するための試薬を含む。そのような試薬には、逆転写酵素活性を有する酵素、ＤＮＡポリメラーゼ（好熱性でありうる）、挿入色素、ｄＮＴＰ、緩衝液、一本鎖ＲＮＡヌクレアーゼ、洗剤、固定剤（例えば、ホルムアルデヒド）、共溶媒（例えば、ホルムアミド）などのうちの１つ以上が含まれうる。
キットは、抗ＩＣＯＳ抗体（または、単位剤形及び／もしくは製造品）を含む１つ以上の容器を含むことができる。いくつかの実施形態では、単位投与量が提供され、単位投与量は、１つ以上の追加の作用物質を伴って、または伴うことなく、抗ＩＣＯＳ抗体を含む組成物の所定量を含有する。いくつかの実施形態において、そのような単位投与量は、注射用の使い捨てプレフィルドシリンジ（ｓｉｎｇｌｅ−ｕｓｅ ｐｒｅｆｉｌｌｅｄ ｓｙｒｉｎｇｅ）に供給される。いくつかの実施形態において、単位投与量に含有されている組成物は、食塩水、スクロースなど、リン酸塩などの緩衝液を含むことができる、及び／または安定した有効なｐＨ範囲内で処方されうる。いくつかの実施形態において、組成物は、適切な液体、例えば滅菌水の添加により再構成されうる凍結乾燥粉末剤として提供することができる。いくつかの実施形態において、組成物は、スクロース及びアルギニンが含まれるが、これらに限定されない、タンパク質凝集を阻害する１つ以上の物質を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、ヘパリン及び／またはプロテオグリカンを含む。
いくつかの実施形態において、単位用量に使用される抗ＩＣＯＳ抗体の量は、記載されている様々な方法及び／または組成物のために本明細書に提供されている量のいずれかでありうる。
いくつかの実施形態において、キットは、本明細書に記載されているいずれかの方法による癌の治療に使用される、または少なくとも１個のｍＲＮＡレベルもしくはＲＮＡシグネチャーの検出のための使用説明書を更に含む。キットは、治療に適した個体の選択についての記載を更に含むことができる。キットに供給される使用説明書は、典型的には、ラベルまたは添付文書（例えば、キットに含まれる紙シート）による書面の指示であるが、機械読み取り式の使用説明書（例えば、磁気または光学ディスに収容されている使用説明書）も許容される。いくつかの実施形態において、キットは、２つ以上の治療剤を更に含む。
キットは、適切な包装の中にある。適切な包装には、バイアル、ボトル、ジャー、柔軟な包装（例えば、密閉式Ｍｙｌａｒまたはプラスチックバッグ）などが含まれるが、これらに限定されない。キットは、場合により、緩衝液及び説明的な情報などの追加の構成要素を提供してもよい。このように、本出願は製造品も提供し、これにはバイアル（例えば、密閉式バイアル）、ボトル、ジャー、柔軟な包装などが含まれる。
抗ＩＣＯＳ抗体を使用する疾患の治療方法
抗体及び抗体を含む組成物が、ヒトまたは動物の治療方法における使用のために提供される。抗ＩＣＯＳ抗体を投与することを含む疾患の治療方法も提供される。抗ＩＣＯＳ抗体により治療することができる非限定的な例示の疾患には、癌が含まれるが、これに限定されない。
いくつかの実施形態では、腫瘍を治療する方法が提供され、腫瘍試料内の細胞は、ＩＣＯＳを発現する。いくつかの実施形態において、腫瘍は、ＩＣＯＳ陽性である、またはＩＣＯＳを発現すると考慮することができる。ＩＣＯＳの発現は、例えば本明細書に考察されているＩＨＣによって決定することができる。いくつかの実施形態において、腫瘍の試料がＩＨＣにより１＋、２＋、または３＋のＩＣＯＳ染色を示す場合、腫瘍はＩＣＯＳを発現すると考慮される。いくつかの実施形態において、腫瘍の試料はＩＨＣにより２＋、または３＋のＩＣＯＳ染色を示す。いくつかの実施形態において、対象の腫瘍試料は、ＩＣＯＳ発現について分析され、対象は、腫瘍試料がＩＣＯＳ発現を示す場合、本明細書に記載されている抗体による治療に選択される。いくつかの実施形態において、対象は、腫瘍試料がＩＣＯＳの高い発現を示す場合に選択される。
いくつかの実施形態において、対象は、対象の腫瘍がＰＤ−Ｌ１低である場合、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体による治療に選択される。いくつかの実施形態において、対象は、対象の腫瘍がＩＣＯＳ高／ＰＤ−Ｌ１低である場合、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体による治療に選択される。いくつかの実施形態において、対象は、対象の腫瘍がＩＣＯＳ高／ＰＤ−Ｌ１高である場合、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体による治療に選択される。
抗ＩＣＯＳ抗体を、必要に応じて対象に投与することができる。投与の頻度の決定は、治療される状態、治療される対象の年齢、治療される状態の重篤度、治療される対象の一般的な健康状態などに基づいて、担当医などの当業者によって行うことができる。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体の有効用量は、対象に１回以上投与される。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体の有効用量は、対象に、１か月に１回、１か月に１回未満、例えば２か月に１回または３か月に１回などで投与される。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体の有効用量は、１か月に１回未満、例えば、３週間に１回、２週間に１回、または毎週１回などで投与される。抗ＩＣＯＳ抗体の有効用量は、対象に少なくとも１回投与される。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体の有効用量を、少なくとも１か月間、少なくとも６か月間、または少なくとも１年間にわたって複数回投与することができる。
いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、癌の（予防を含む）治療のための有効量で投与される。治療有効量は、典型的には、治療される対象の体重、健康状態、治療される状態の広がり、または治療される対象の年齢によって決まる。一般に、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約１０μｇ／ｋｇ体重〜約１００ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約５０μｇ／ｋｇ体重〜約５ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約１００μｇ／ｋｇ体重〜約１０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約１００μｇ／ｋｇ体重〜約２０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約０．５ｍｇ／ｋｇ体重〜約２０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。
薬学的組成物は、Ｔｅｆｆ細胞の数を増加させる、Ｔｅｆｆ細胞を活性化する、Ｔｒｅｇ細胞を枯渇させる、及び／またはＴｅｆｆ細胞とＴｒｅｇ細胞の比を増加させるのに有効な量で投与される。いくつかの実施形態において、Ｔｒｅｇ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態において、Ｔｅｆｆ細胞は、ＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３− Ｔ細胞及びＣＤ８＋ Ｔ細胞である。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体を用いる治療は、ＩＣＯＳリガンド（ＩＣＯＳＬ）の上方制御などの薬物動態読み取りをもたらす。いくつかの実施形態において、ＩＣＯＳＬの上方制御は、Ｂ細胞の表面において観察される。いくつかの実施形態において、ＩＣＯＳＬの上方制御は、顆粒球の表面において観察される。いくつかの実施形態において、ＩＣＯＳＬの上方制御は、好中球の表面において観察される。ＩＣＯＳＬの上方制御は、腫瘍の細胞、脾臓の細胞、末梢血の細胞において観察することができる。細胞表面におけるＩＣＯＳＬの上方制御は、例えばフローサイトメトリーにより検出することができる。いくつかの実施形態において、可溶性ＩＣＯＳＬは、抗ＩＣＯＳ抗体による治療の後、血清中に増加される。可溶性ＩＣＯＳＬは、ＥＬＩＳＡ、ＭＳＤ及び質量分析が含まれるが、これらに限定されない方法によって検出することができる。いくつかの実施形態において、遊離受容体の利用可能性により測定した、抗ＩＣＯＳ抗体によるＩＣＯＳ標的会合を、薬物動態読み取りとして使用することもできる。いくつかのそのような実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体により治療したときの、追加の抗体に自由に結合するＴリンパ球の表面のＩＣＯＳ受容体の数を定量化することができる。観察された利用可能な受容体の減少は、抗ＩＣＯＳ抗体が標的分子に結合している指標として機能しうる。
治療有効量は、典型的には、治療される対象の体重、健康状態、治療される状態の広がり、または治療される対象の年齢によって決まる。一般に、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約１０μｇ／ｋｇ体重〜約１００ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約５０μｇ／ｋｇ体重〜約５ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約１００μｇ／ｋｇ体重〜約１０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約１００μｇ／ｋｇ体重〜約２０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約０．５ｍｇ／ｋｇ体重〜約２０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。
薬学的組成物
いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を含む組成物が、多種多様な薬学的に許容される担体と共に製剤に提供される（例えば、Ｇｅｎｎａｒｏ，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ ｗｉｔｈ Ｆａｃｔｓ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎｓ：Ｄｒｕｇｆａｃｔｓ Ｐｌｕｓ，２０ｔｈ ｅｄ．（２００３）、Ａｎｓｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ，７ｔｈ ｅｄ．，Ｌｉｐｐｅｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓ（２００４）、Ｋｉｂｂｅ ｅｔ ａｌ．，Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ，３ｒｄ ｅｄ．，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐｒｅｓｓ（２０００）を参照すること）。ビヒクル、佐剤及び希釈剤を含む様々な薬学的に許容される担体が、利用可能である。更に、ｐＨ調整及び緩衝剤、等張化剤、安定剤、湿潤剤などの様々な薬学的に許容される補助物質も、利用可能である。非限定的な例示の担体には、食塩水、緩衝食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノール及びこれらの組み合わせが含まれる。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体を含む薬学的組成物が提供される。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、キメラ抗体を含む。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、ヒト化抗体を含む。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、本明細書に記載されている宿主細胞または無細胞系において調製された抗体を含む。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、薬学的に許容される担体を含む。
いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、癌の（予防を含む）治療のための有効量で投与される。治療有効量は、典型的には、治療される対象の体重、健康状態、治療される状態の広がり、または治療される対象の年齢によって決まる。一般に、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約０．０５ｍｇ／ｋｇ体重〜約１００ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約１０μｇ／ｋｇ体重〜約１００ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約５０μｇ／ｋｇ体重〜約５ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約１００μｇ／ｋｇ体重〜約１０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約１００μｇ／ｋｇ体重〜約２０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約０．５ｍｇ／ｋｇ体重〜約２０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約０．５ｍｇ／ｋｇ体重〜約１０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約０．０５ｍｇ／ｋｇ体重〜約２０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、１用量あたり約０．０５ｍｇ／ｋｇ体重〜約１０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、約５ｍｇ／ｋｇ体重以下、例えば、４ｍｇ／ｋｇ未満、３ｍｇ／ｋｇ未満、２ｍｇ／ｋｇ未満、または１ｍｇ／ｋｇ未満の抗体の範囲の量で投与することができる。
いくつかの実施形態おいて、抗ＩＣＯＳ抗体は、１用量あたり約５０μｇ／ｋｇ体重〜約５ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で存在することができる。例えば、いくつかの実施形態において、２０ｋｇの人間への用量は、約１ｍｇ〜約１００ｍｇの範囲内でありうる。いくつかの実施形態において、用量は、２ｍｇ〜２００ｍｇの抗ＩＣＯＳ抗体の範囲内でありうる。いくつかの実施形態において、用量は、１０ｍｇ〜４００ｍｇの抗ＩＣＯＳ抗体の範囲内でありうる。
投与経路
いくつかの実施形態では、抗ＩＣＯＳ抗体を、静脈内、動脈内、非経口、腫瘍内、腹腔内、または皮下が含まれるが、これらに限定されない様々な経路を介してインビボで投与することができる。適切な処方及び投与経路は、意図される用途に従って選択することができる。
併用療法
抗ＩＣＯＳ抗体を、単独で、または他の治療様式と共に投与することができる。これらを、他の治療様式、例えば、外科手術、化学療法、放射線療法、または別の治療抗体などの生物製剤の投与の前に、それと実質的に同時に、及び／または後に提供することができる。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、別の抗癌剤と共に投与される。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、第２の治療剤と同時発生的に与えられる。例えば、２つ以上の治療剤は、約６０分以下、例えば、約３０分以下、約１５分以下、約１０分以下、約５分以下、または約１分以下のいずれかの時間間隔で投与される。いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、第２の治療剤と順次に投与される。 例えば、２つ以上の治療剤の投与は、約１５分を超える、例えば、約２０分、約３０分、約４０分、約５０分、もしくは約６０分、約１日、約２日、約３日、約１週間、約２週間、もしくは約１か月間、またはそれ以上の時間間隔で投与される。
いくつかの実施形態において、抗ＩＣＯＳ抗体は、第２の治療方法と共に投与される。このように、本明細書に提供されている抗体の投与を、別の治療系と組み合わせることができる。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体は、ＰＤ−１療法と共に投与される。例示的なＰＤ−１療法には、ニボルマブ（ＯＰＤＩＶＯ（登録商標）、ＢＭＳ−９３６５５８、ＭＤＸ−１１０６、ＯＮＯ−４５３８）、ピディリズマブ、ランブロリズマブ／ペムブロリズマブ（ＫＥＹＴＲＵＤＡ、ＭＫ−３４７５）、デュルバルマブ（抗ＰＤ−Ｌ１抗体、ＭＥＤＩ−４７３６、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）、ＲＧ−７４４６、アベルマブ（抗ＰＤ−Ｌ１抗体、ＭＳＢ−００１０７１８Ｃ、Ｐｆｉｚｅｒ）、ＡＭＰ−２２４、ＢＭＳ−９３６５５９（抗ＰＤ−Ｌ１抗体）、ＡＭＰ−５１４、ＭＤＸ−１１０５、ＡＮＢ−０１１、抗ＬＡＧ−３／ＰＤ−１、抗ＰＤ−１抗体（ＣｏＳｔｉｍ）、抗ＰＤ−１抗体（Ｋａｄｍｏｎ Ｐｈａｒｍ．）、抗ＰＤ−１抗体（Ｉｍｍｕｎｏｖｏ）、抗ＴＩＭ−３／ＰＤ−１抗体（ＡｎａｐｔｙｓＢｉｏ）、抗ＰＤ−Ｌ１抗体（ＣｏＳｔｉｍ／Ｎｏｖａｒｔｉｓ）ＲＧ７４４６／ＭＰＤＬ３２８０Ａ（抗ＰＤ−Ｌ１抗体、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）、ＫＤ−０３３、ＰＤ−１作動薬（Ａｇｅｎｕｓ）、ＳＴＩ−Ａ１０１０、ＳＴＩ−Ａ１１１０、ＴＳＲ−０４２、及びプログラム死−１（ＰＤ−１）またはプログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）に向けられている他の抗体が含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態において、対象は、対象の腫瘍がＰＤ−Ｌ１を発現する場合、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体及びＰＤ−１療法による治療に選択される。いくつかの実施形態において、対象は、対象の腫瘍がＰＤ−Ｌ１高である場合、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体及びＰＤ−１療法による治療に選択される。いくつかの実施形態において、対象は、対象の腫瘍がＩＣＯＳ及びＰＤ−Ｌ１を発現する場合、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体及びＰＤ−１療法による治療に選択される。いくつかの実施形態において、対象は、対象の腫瘍がＩＣＯＳ高／ＰＤ−Ｌ１高である場合、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体及びＰＤ−１療法による治療に選択される。ＰＤ−Ｌ１及び／またはＩＣＯＳのレベルの決定は、例えば、ＩＨＣを使用して決定することができる。いくつかの実施形態において、試料中の腫瘍細胞の１％以上または５％以上がＩＨＣによってＰＤ−Ｌ１膜染色を示している場合、患者の腫瘍はＰＤ−Ｌ１を発現していると考慮される。いくつかの実施形態では、試料中の腫瘍細胞の５０％超がＩＨＣによってＰＤ−Ｌ１膜染色を示している。いくつかのそのような実施形態において、対象の腫瘍は、ＰＤ−Ｌ１高であると考慮される。いくつかの実施形態において、腫瘍試料中の細胞の１％以上がＩＨＣによってＩＣＯＳ染色を示している場合、患者の腫瘍はＩＣＯＳを発現していると考慮される。いくつかの実施形態において、対象は、最初にＰＤ−１療法によって治療され、後に、ＰＤ−１療法を続けながら、または続けることなく、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体により治療される。このように、本明細書に提供されている方法には、抗ＩＣＯＳ抗体による対象の治療が含まれ、対象は、ＰＤ−１療法によって予め治療されている。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体は、作動薬抗ＯＸ４０抗体（例えば、Ｍｅｄｉ６４６９、ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ；ＭＯＸＲ０９１６／ＲＧ７８８８、Ｒｏｃｈｅ）と共に投与される。いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体は、抗ＣＴＬＡ４抗体（例えば、イピリムマブ、ＹＥＲＶＯＹ（登録商標）、ＢＭＳ）と共に投与される。
いくつかの実施形態において、追加の治療剤は化学療法剤である。本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体と組み合わせてもよい例示的な化学療法剤には、カペシタビン、シクロホスファミド、ダカルバジン、テモゾロミド、シクロホスファミド、ドセタキセル、ドキソルビシン、ダウノルビシン、シスプラチン、カルボプラチン、エピルビシン、エリブリン、５−ＦＵ、ゲムシタビン、イリノテカン、イクサベピロン、メトトレキセート、ミトキサントロン、オキサリプラチン、パクリタキセル、ｎａｂ−パクリタキセル、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標）（タンパク質結合パクリタキセル）、ペメトレキセド、ビノレルビン及びビンクリスチンが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体は、少なくとも１つのキナーゼ阻害剤と共に投与される。非限定的な例示のキナーゼ阻害剤には、エルロチニブ、アファチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、ダブラフェニブ、トラメチニブ、ベムラフェニブ及びコビメチニブが含まれる。
いくつかの実施形態において、追加の治療剤はＩＤＯ阻害剤である。非限定的な例示のＩＤＯ阻害剤は、例えば、ＵＳ２０１６／００６０２３７及びＵＳ２０１５／０３５２２０６に記載されている。非限定的な例示のＩＤＯ阻害剤には、Ｉｎｄｏｘｉｍｏｄ（Ｎｅｗ Ｌｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＩＮＣＢ０２４３６０（Ｉｎｃｙｔｅ Ｃｏｒｐ）、１−メチル−Ｄ−トリプトファン（Ｎｅｗ Ｌｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）及びＧＤＣ−０９１９（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）が含まれる。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体は、免疫修飾薬（ＩＭｉＤ）と組み合わせて投与される。非限定的な例示のＩＭｉＤには、サリドマイド、レナリドミド及びポマリドミドが含まれる。
いくつかの実施形態において、追加の治療剤は癌ワクチンである。癌ワクチンは、抗原輸送及び樹状細胞活性化の潜在的な手法として調査されてきた。特に、共刺激経路における免疫チェックポイントまたは作動薬と組み合わせたワクチン接種は、耐性を克服する及び増加した抗腫瘍応答を生成する証拠を示している。腫瘍に対して免疫応答を促進する異なる手法を用いる一連の癌ワクチンが、試験されている（例えば、Ｅｍｅｎｓ ＬＡ，Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｅｍｅｒｇ Ｄｒｕｇｓ １３（２）：２９５−３０８（２００８）を参照すること）。手法は、腫瘍に対するＢ細胞、Ｔ細胞、またはプロフェッショナル（ｐｒｏｆｅｓｓｉｏｎａｌ）抗原提示細胞の応答を増強するように設計されている。癌ワクチンの例示的な種類には、ペプチド／タンパク質として、または遺伝子改変ＤＮＡベクター、ウイルス、細菌などとして送達されうる、異なる腫瘍抗原の標的化を用いるペプチド系ワクチンが含まれるが、これに限定されず、例えば、不十分に画定されている標的に対する癌ワクチン開発のための細胞生物学的手法には、患者由来の樹状細胞、自己腫瘍細胞または腫瘍細胞溶解産物、同種異系腫瘍細胞などから開発されたワクチンが含まれるが、これに限定されない。
このように、特定の実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体を、癌ワクチンと組み合わせて使用することができる。例示的な癌ワクチンには、樹状細胞ワクチン、腫瘍崩壊ウイルス、腫瘍細胞ワクチンなどが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、そのようなワクチンは、抗腫瘍応答を増大する。本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体と組み合わせて使用することができる癌ワクチンの例には、ＭＡＧＥ３ワクチン（例えば、黒色腫及び膀胱癌用）、ＭＵＣ１ワクチン（例えば、乳癌用）、ＥＧＦＲｖ３（例えば、Ｒｉｎｄｏｐｅｐｉｍｕｔ、例えば多形神経膠芽腫を含む脳癌用）、またはＡＬＶＡＣ−ＣＥＡ（例えば、ＣＥＡ＋癌用）が含まれるが、これらに限定されない。
非限定的な例示の癌ワクチンには、Ｓｉｐｕｌｅｕｃｅｌ−Ｔも含まれ、これは抗原提示細胞を含む自己末梢血単核球（ＰＢＭＣ）から誘導される（例えば、Ｋａｎｔｏｆｆ ＰＷ ｅｔ ａｌ．，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３６３：４１１−２２（２０１０）を参照すること）。Ｓｉｐｕｌｅｕｃｅｌ−Ｔの生成において、患者のＰＢＭＣは、前立腺酸性ホスファターゼ（前立腺抗原）と顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（免疫細胞活性化剤）との組み換え融合タンパク質であるＰＡ２０２４によって、エキソビボで活性化される。候補癌ワクチンのための別の手法は、黒色腫などの腫瘍組織において突然変異した特定のペプチドに対する免疫応答を生成することである（例えば、Ｃａｒｒｅｎｏ ＢＭ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ３４８：６２３６（２０１５）を参照すること）。そのような突然変異ペプチドを、いくつかの実施形態において、新生抗原と呼ぶことができる。腫瘍ワクチンにおける新生抗原の使用についての非限定例としては、主な組織適合性複合体タンパク質のＨＬＡ−Ａ＊０２：０１に結合すると予測される腫瘍中の新生抗原が、黒色腫などの癌を有する個体患者において特定されている。患者の樹状細胞は、エキソビボにおいて成熟され、次に新生抗原と共にインキュベートされる。次に、活性化された樹状細胞が患者に投与される。いくつかの実施形態では、癌ワクチンの投与後に、新生抗原に対する頑強なＴ細胞免疫性が検出される。
いくつかのそのような実施形態において、癌ワクチンは、新生抗原を使用して開発される。いくつかの実施形態において、癌ワクチンはＤＮＡワクチンである。いくつかの実施形態において、癌ワクチンは、ＰＲＯＳＴＶＡＣ（ｒｉｌｉｍｏｇｅｎｅ ｇａｌｖａｃｉｒｅｐｖｅｃ／ｒｉｌｉｍｏｇｅｎｅ ｇｌａｆｏｌｉｖｅｃ）などの癌抗原を含む改変ウイルスである。いくつかの実施形態において、癌ワクチンは、ＧＶＡＸなどの改変腫瘍細胞を含み、これは、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）遺伝子形質移入腫瘍細胞ワクチンである（例えば、Ｎｅｍｕｎａｉｔｉｓ，２００５，Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ Ｖａｃｃｉｎｅｓ，４：２５９−７４を参照すること）。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載されている抗ＩＣＯＳ抗体は、癌ワクチンの前に、それと同時発生的に、及び／または後に投与される。いくつかの実施形態において、新生抗原を使用して開発された癌ワクチンは、本明細書に記載されている抗ＩＣＯＳ抗体と組み合わせて使用される。いくつかのそのような実施形態において、組み合わせは、黒色腫、肺、膀胱、または結腸直腸の癌などの高い突然変異量を有する癌の治療に使用される。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供されている抗ＩＣＯＳ抗体は、キメラ抗原受容体Ｔ細胞療法（ＣＡＲ−Ｔ療法）と組み合わせて投与される。
下記に考察される実施例は、本発明の完全な例示を意図するものであり、本発明をいかようにも制限するものとして考慮されるべきではない。この実施例は、下記の実験が実施した全て、または唯一の実験であることを表すことを意図しない。使用される数値（例えば、量、温度など）に関する正確さを確実にするために努力がなされているが、いくらかの実験誤差及び偏差は含まれているはずである。特に示されない限り、部は重量部であり、分子量は重量平均分子量であり、温度は摂氏であり、圧力は大気圧または近大気圧である。
実施例１：ヒト腫瘍におけるＩＣＯＳ ｍＲＮＡ発現の生物情報学的分析
ＴＣＧＡの一部として収集されたＲＮＡ配列決定データを利用して、約７，５００個の腫瘍におけるＩＣＯＳ発現を、２４の異なる適応症において比較した。高いＩＣＯＳ ｍＲＮＡのレベルが、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）及び三種陰性乳癌（ＴＮＢＣ）のサブセットに見出された。図１Ａを参照すること。
Ｔ細胞浸潤とＩＣＯＳ発現レベルとの関係を調査した。１２個のケモカイン遺伝子のセットの発現が、高レベルのＴ細胞浸潤及びリンパ節様構造の形成と関連づけられている（Ｍｅｓｓｉｎａ ｅｔ ａｌ．，２０１２，Ｓｃｉ Ｒｅｐｏｒｔｓ．２：７６５−７７１）。ケモカインシグネチャースコアを、これらの１２個のケモカイン遺伝子発現の平均に基づいてそれぞれの試料において計算した。このシグネチャースコアを、全ての頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）試料において計算した。ケモカインシグネチャーまたはＴｒｅｇ細胞マーカー（ＦｏｘＰ３）のレベルとＩＣＯＳレベルは、ＨＮＳＣＣ腫瘍において相関した。図２を参照すること。ケモカインシグネチャーとＩＣＯＳレベルとの間（Ｒ＝０．８３、スピアマンの相関）、またはＩＣＯＳと、Ｔｒｅｇ細胞マーカーであるＦｏｘＰ３との間（Ｒ＝０．８８、スピアマンの相関）に強い相関関係があった。これらのデータは、ＩＣＯＳ発現が、Ｔ細胞浸潤及びＴｒｅｇ細胞と密接に関連することを実証している。同様のデータがＮＳＣＬＣ及びＴＮＢＣにおいて観察された。
ＨＮＳＣＣ腫瘍では、ＩＣＯＳ発現は、ＣＴＬＡ−４及びＰＤ−１などの他のチェックポイント分子の発現レベルと有意に相関した（それぞれ、Ｒ＝０．９３及び０．７８）。図３を参照すること。ＩＣＯＳとＰＤ−Ｌ１との相関関係は、弱かった（Ｒ＝０．６２）。同様のデータが、ＮＳＣＬＣなどの他の適応症において観察された。これらのデータは、ＩＣＯＳが、ＣＴＬＡ−４及びＰＤ−１などの他のチェックポイント分子を発現している同じＴ細胞に発現しうることを示唆している。ＰＤ−Ｌ１とＩＣＯＳとの弱い相関関係は、ＰＤ−Ｌ１が低い、または陰性でありうる、高ＩＣＯＳ患者のサブセットが存在しうることを示唆している。これらのデータは、ＰＤ−Ｌ１陰性患者への単一作用物質として、またＰＤ−１もしくは抗ＣＴＬＡ−４療法との組み合わせ戦略としてのＩＣＯＳを支持している。
実施例２：ヒト腫瘍のＩＨＣ分析
ＩＣＯＳタンパク質発現レベルを、免疫組織化学（ＩＨＣ）アッセイの使用により決定した。ウサギ抗ＩＣＯＳモノクローナル抗体（ＳＰ９８、Ｓｐｒｉｎｇ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｐｌｅａｓａｎｔｏｎ，ＣＡ）を使用するこのアッセイを、アッセイの特異性、アッセイの精度（一回（ｉｎｔｒａ−ｒｕｎ）、複数回（ｉｎｔｅｒ−ｒｕｎ）及びロット間再現性）、ならびに感度について検証した。検証研究は、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織片及び対照細胞系（ヒトＩＣＯＳを発現するように改変されたＣＨＯ（陽性対照）またはＣＨＯベクター対照細胞系を発現する非ＩＣＯＳ（陰性対照））を使用して実施した。このアッセイをＬｅｉｃａ−Ｂｏｎｄ Ｒｘ自動染色プラットフォームにより実施し、ＩＣＯＳの特異的染色を、陽性対照ＣＨＯ細胞において及び正常なヒト扁桃腺のＴ細胞サブセットにおいて検出した。
スライドを、熟練の病理学者が以下の発色性染色基準の使用によってスコア付けした。
１１個の異なる種類の腫瘍の組織マイクロアレイを染色し、このスコア付け系を使用して分類した。図１Ｂを参照すること。ＩＨＣデータは、ＨＮＳＣＣ、ＮＳＣＬＣ及びＴＮＢＣが高いＩＣＯＳ＋免疫細胞浸潤の最大率（すなわち、３＋）を含むという点において、ｍＲＮＡに基づいたデータを確認した。図１Ｂを参照すること。これらの腫瘍に加えて、黒色腫、結腸直腸癌及び胃腺癌の患者のサブセットは、中程度のレベルのＩＣＯＳ陽性細胞浸潤を有した。図１Ｂを参照すること。
ＩＣＯＳを発現するＴ細胞の蔓延及び性質を評価するため、ＩＣＯＳ、ＦｏｘＰ３及びＣＤ８を検出する多重免疫蛍光ＩＨＣアッセイを開発した。ヒト腫瘍片における核の総数をカウントするために、ＤＮＡマーカー（ＤＡＰＩ）を利用した。
ＩＣＯＳ発現は、ヒトＩＣＯＳを認識するウサギモノクローナル抗体クローンを用いる免疫組織化学分析の使用によって決定した（Ｓｐｒｉｎｇ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｉｎｃ．Ｐｌｅａｓａｎｔｏｎ，ＣＡ）。ＩＣＯＳ ＩＨＣアッセイの特異性及び感度は、ＩＣＯＳを構成的に過剰発現しているヒト扁桃腺及び細胞系を使用して確認した。染色強度は、熟練の病理学者が以下の基準を使用してスコア付けした。全ての陽性染色は、少なくとも三分の二の細胞の膜発現に基づいてスコア付けした。
スコア付けスキームの代表的な画像を図４に示す。スコア付けは、以下の免疫蛍光基準に基づいて実施した。
０（陰性）＝膜染色を有する細胞がない、または０．１％未満の細胞が膜染色を有する。
１＋（弱）＝０．１〜５％の細胞が陽性である。
２＋（中）＝５〜１０％の細胞が陽性である。
３＋（強）＝＞１０〜５０％の細胞が陽性である。
ＮＳＣＬＣの様々なサブセットまたは隣接する正常な肺試料におけるＩＣＯＳ発現の蔓延について、表２にまとめる。強ＩＣＯＳ発現は、癌患者の隣接正常肺組織において観察されなかった。強ＩＣＯＳ発現は、肺癌の主要なサブタイプにおいて全て観察された。大部分の一般的なＮＳＣＬＣサブタイプ（腺癌または扁平上皮癌）の約２９〜３１％が、強いＩＣＯＳ染色を有した。
表２．病理学的スコア付けに基づいたＮＳＣＬＣ試料の様々なサブセットにおけるＩＣＯＳ染色の分布
画像分析ソフトウエア（Ｔｉｓｓｕｅｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｉｎｃ．，Ｔａｒｚａｎａ，ＣＡのＳｔｒａｔａｑｕｅｓｔ）を使用してＩＣＯＳ陽性細胞を測定する、自動化の方法も用いた。腫瘍組織の固定域におけるＩＣＯＳ陽性細胞の密度は、ＤＡＰＩ染色領域により画定されたヒト腫瘍組織の生細胞領域おいてＩＣＯＳ陽性細胞の数を決定することにより決定した。ＩＣＯＳ細胞密度は、およそ５００人の患者の別々のセットから、４つの主な種類の腫瘍において決定された［ＮＳＣＬＣ（Ｎ＝１００）；ＨＮＳＣＣ（Ｎ＝１０２）；乳癌、主要なサブタイプ全て（Ｎ＝９４）；三種陰性乳癌、ＴＮＢＣ（Ｎ＝９５）；卵巣癌（Ｎ＝９４）］。この分析結果の要約を図５に示す。ＩＣＯＳ ｍＲＮＡ分析と一致して、ＨＮＳＣＣ及びＮＳＣＬＣ腫瘍は、卵巣癌または乳癌と比較して有意に高い密度のＩＣＯＳ陽性腫瘍を有した。ＩＣＯＳ発現は乳癌において低いが、高レベルのＩＣＯＳ発現が、ＴＮＢＣサブタイプにおいて観察され、乳癌の約１０％を構成している。図５を参照すること。この乳癌のＴＮＢＣサブタイプは、最も侵襲性があるサブタイプであり、治療選択肢が限定されており、医療ニーズが最も満たされていないものである。
高ＩＣＯＳ発現腫瘍型（ＮＳＣＬＣ）の２つの異なる群におけるＩＣＯＳ発現の患者間の変動を、図６Ａ及び６Ｂに示す。一連のＩＣＯＳ細胞密度が、市販の供給者から入手可能な９８個の肺癌試料（図６Ａ）のＮＳＣＬＣにおいて観察された。ＩＣＯＳ発現の類似した多様性が、ＮＳＣＬＣの個別の臨床群（Ｎ＝２０４）を使用して観察された（図６Ｂ）。
上記に記載されたヒト腫瘍試料からのＩＣＯＳ，ＦｏｘＰ３（Ｔｒｅｇ細胞マーカー）及びＣＤ８を用いる多重ＩＨＣを分析し、画像分析ソフトウエア（Ｔｉｓｓｕｅｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｉｎｃ．，Ｔａｒｚａｎａ，ＣＡのＳｔｒａｔａｑｕｅｓｔ）を使用して定量化した。これらのＴ細胞マーカーを用いる多重ＩＣＯＳ染色の代表的な画像を、図７Ａに示す。ＩＣＯＳ陽性細胞は、ＦｏｘＰ３陽性でもあり、ＩＣＯＳ＋ ＣＤ４ Ｔｒｅｇ細胞と呼ばれる。ＩＣＯＳ陽性及びＣＤ８陽性細胞は、ＩＣＯＳ＋ ＣＤ８細胞と呼ばれる。ＩＣＯＳ陽性であるが、ＣＤ８及びＦｏｘＰ３陰性であるものは、ＩＣＯＳ＋ ＣＤ４ Ｔｅｆｆと呼ばれる。ＩＣＯＳ陽性Ｔ細胞の異なるサブセットの密度を、上記に記載された画像分析ソフトウエアの使用により定量化した。肺（Ｎ＝１００）及びＴＮＢＣ（Ｎ＝９５）試料では、ＩＣＯＳ陽性であるＣＤ４エフェクター及びＣＤ４ Ｔｒｅｇ細胞の両方とも数が多かった（図７Ｂ）。対照的に、卵巣癌に観察されたＩＣＯＳ陽性細胞は多くなかった（Ｎ＝９４）。ＨＮＳＣＣ腫瘍（Ｎ＝１０２）は、ＩＣＯＳ陽性ＣＤ４ Ｔｒｅｇ細胞の大きな個体群を有した。試験した全ての種類の腫瘍において、ＩＣＯＳ陽性ＣＤ８ Ｔ細胞の小さな個体群しか観察されなかった。これらのデータは、ＩＣＯＳがＣＤ８ Ｔ細胞と比較して、主にＣＤ４区画に発現すること及びＴｒｅｇ対Ｔｅｆｆの相対的割合における変動が適応症にわたって見られることを示唆している。
ＩＣＯＳ発現がＰＤ−Ｌ１状態と直接関連するかを理解するため、ＰＤ−Ｌ１レベルとＩＣＯＳ発現との相関関係を評価した。生命情報学的分析は、ＰＤ−Ｌ１発現及びＩＣＯＳレベルが弱く相関していた（Ｒ＝０．６２）ことを示唆した。ＰＤ−Ｌ１、ＩＣＯＳ及びＰＤ−１レベルを多重ＩＨＣにより評価した。ＰＤ−Ｌ１高及び低肺腫瘍の多重ＩＨＣの代表的な画像を示す。図８を参照すること。ＮＳＣＬＣ腫瘍の１５４個の腺癌サブタイプにおけるＰＤ−Ｌ１及びＩＣＯＳを評価した。腫瘍を、ＰＤ−Ｌ１陽性である５％の細胞に基づいて、ＰＤ−Ｌ１高または低腫瘍に細分化した。結果は、ＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍が高密度のＩＣＯＳ発現を有したことを示している。
実施例３：フローサイトメトリー分析
ＩＨＣにより得られたＩＣＯＳ発現データを確認し、異なるＴ細胞個体群に発現したＩＣＯＳの相対的強度を比較するため、腫瘍浸潤性リンパ球におけるＩＣＯＳ発現を多色フローサイトメトリーの使用により評価した。４人のＨＮＳＣＣ患者、３人の肺癌患者及び４人の卵巣癌患者からの試料を分析した。ＩＨＣデータと一致して、ＩＣＯＳ発現が主にＣＤ４ Ｔ細胞において観察された。図９（ＨＮＳＣＣ）を参照すること。ＣＤ８個体群におけるＩＣＯＳ陽性細胞の頻度は、これらの腫瘍の大部分において非常に低い。大部分のＣＤ４エフェクター細胞がＩＣＯＳとＰＤ−１を同時発現することも観察された。これらのデータは、臨床における単独の、または抗ＰＤ−１療法と組み合わせたＩＣＯＳ治療薬の開発を支持する。ＩＣＯＳ染色の平均蛍光強度（ＭＦＩ）は、異なるＴ細胞個体群におけるＩＣＯＳ発現の測度を提供する。Ｔｒｅｇ細胞におけるＩＣＯＳ陽性細胞のＭＦＩは、ＣＤ４エフェクターより２〜３倍高かった。図９Ｃを参照すること。高いＩＣＯＳ ＭＦＩを有するＣＤ４エフェクターの小さな個体群に注目するべきである。枯渇に対するＴｅｆｆとＴｒｅｇの異なる感受性を評価する進行中のＡＤＣＣアッセイのデータと組み合わせて、ＴｅｆｆとＴｒｅｇのＩＣＯＳ受容体密度の差を確認すると、Ｔｒｅｇ細胞を潜在的に枯渇させうる活性Ｆｃを有する作動薬抗体の開発が支持される。
解釈研究は、ヒト腫瘍のサブセット（例えば、ＨＮＳＣＣ、ＮＳＣＬＣなど）における高レベルの腫瘍浸潤ＩＣＯＳ陽性Ｔ細胞を示している。ＩＣＯＳ発現は、ＣＴＬＡ−４及びＰＤ−Ｌ１などの他のチェックポイント制御因子の発現と相関している。Ｔ細胞サブセットの分析は、ＩＣＯＳ発現が、主にＣＤ４ Ｔ細胞区画に限定されていることを示した。ＩＣＯＳは、ＦｏｘＰ３陽性Ｔｒｅｇ細胞とＣＤ４ Ｔｅｆｆ細胞の両方に発現している。研究は、ＩＣＯＳ発現レベルがＣＤ４ Ｔｅｆｆ細胞と比較してＴｒｅｇ細胞において高いことを示し、文献と一致している。
実施例４：抗体の生成
試薬
ヒト、マウス、ラット及びカニクイザルの種を提示するＩＣＯＳタンパク質を、ホモ二量体Ｆｃ融合物（ＩｇＧ１主鎖）として産生し、ヒト及びマウスＩＣＯＳ−ｈＦｃを、齧歯類免疫化の抗原として使用した。ヒトＩＣＯＳ−ｈＦｃは、ヒトＩＣＯＳアミノ酸の１〜１４１（成熟構築物では２１〜１４１）を含み、マウスＩＣＯＳ−ｈＦｃは、マウスＩＣＯＳアミノ酸の１〜１４２（成熟構築物では２１〜１４２）を含んだ。
ＩＣＯＳ−Ｆｃを二価と一価の両方のＦｃ融合分子として生成して、ＩＣＯＳへの抗体の高い一価結合をそれぞれ評価した。
選別の目的において、完全長ヒトまたはマウスＩＣＯＳを過剰発現するＣＨＯ安定細胞系（ＩＣＯＳ＋ ＣＨＯ細胞または「ＣＨＯ−ＩＣＯＳ細胞」）は、完全長カニクイザルまたはラットＩＣＯＳをコードして一時的形質移入後の選別を可能にする構築物として、生成した。
齧歯類抗体キャンペーン
齧歯類キャンペーンを、Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ Ａｎｔｉｂｏｄｙによって実施した。マウス（１０匹）、ラット（６匹）、シリアンハムスター（６匹）及びアメリカンハムスター（６匹）を、ｈＩＣＯＳ−ｈＦｃまたはｍＩＣＯＳ−ｈＦｃにより免疫化した。ハイブリドーマを生成し、上澄みをｈＩＣＯＳ及びｍＩＣＯＳへの結合についてＥＬＩＳＡにより選別し、同様に、ＣＨＯ−ｈＩＣＯＳ及びＣＨＯ−ｍＩＣＯＳ細胞への結合についてＦＡＣＳにより多重選別した。ハイブリドーマを、ＣＨＯ−ＩＣＯＳ細胞へのＩＣＯＳＬ結合を遮断する能力について追加的に評価した。マウス及びヒトＩＣＯＳへの結合が陽性とスコア付けされたクローンを、タンパク質精製に選択した。続いて、精製された抗体を結合及び遮断アッセイにおいて再選別し、陽性とスコア付けされた抗体を、下記に概説されているインビトロ評価に進めた。免疫化手法による更なる調査のために選択された抗体は、全てアメリカンハムスター融合物由来であった。
抗体の生化学的特徴決定
親和性測定を、Ｂｉｏ−Ｌａｙｅｒ Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｍｅｔｒｙ（ＢＬＩ）技術（ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｏｃｔｅｔ（登録商標）ＲＥＤ９６）の使用によって実施した。一価親和性を、一価ヘテロ二量体形態のＩＣＯＳ受容体を有するＩｇＧ型の抗体によって生成した。高い親和性が、完全長ＩｇＧの使用によって、ホモ二量体形態のＩＣＯＳ受容体に対して生成された。選択されたハムスター抗体のモノマー及び二価ｈＩＣＯＳ親和性を表３に示す。
表３．ハムスター誘導抗体親和性
カニクイザル、マウス及びラットのＩＣＯＳへの抗体の結合親和性も決定され、抗体は、同等の親和性で全ての種に結合することが見出された。交差反応測定を、ＢＬＩ技術の使用により実施して、抗体パネルは、ヒト、マウス及びカニクイザルＩＣＯＳ−Ｆｃ融合物（ホモ二量体二価形態）への結合について選別された。表４は、ヒト及びカニクイザルＩＣＯＳへのいくつかのハムスター抗体の代表的な結合データを示す。
表４．ヒト及びカニクイザルＩＣＯＳ−Ｆｃへのいくつかのハムスター抗体の二価結合親和性
特異性を評価するため、ヒトＩＣＯＳ＋ ＣＨＯ細胞及びマウスＩＣＯＳ＋ ＣＨＯ細胞への結合をフローサイトメトリーによって個別に分析した。汎反応性（ｐａｎ−ｒｅａｃｔｉｖｅ）抗体を選別するための対照として、ＩＣＯＳ受容体発現を欠いているＣＨＯ細胞の染色も検査した。選択された抗体は、全て、ヒト及びマウスＩＣＯＳ＋ ＣＨＯ細胞に結合したが、ＩＣＯＳ発現を欠いているＣＨＯ細胞には結合しなかった。
抗ＩＣＯＳ抗体の特異性を更に評価するため、抗体を、ＣＤ２８タンパク質ファミリーの追加のメンバー（ＣＤ２８、ＢＴＬＡ、ＰＤ−１及びＣＴＬＡ−４）への結合について選別した。ヒトまたはマウスＣＤ２８、ＢＴＬＡ、ＰＤ−１、またはＣＴＬＡ−４に対する、選択された抗体の交差反応性は観察されなかった。特に、二量体形態の（ＣＤ２８、ＢＴＬＡ、ＰＤ−１及びＣＴＬＡ−４）Ｆｃ融合物への結合を評価し、結合は観察されなかった。ＣＤ２８ファミリーメンバーのサブセットでは、マウスまたはヒトタンパク質がＨＥＫ２９３及びＣＨＯＫ１細胞の表面に過剰発現した。非形質導入親細胞に対して上記の背景を持つ抗体の結合は、観察されなかった。
抗体は、豊富な血清タンパク質にも、血小板にも、または赤血球にも結合しないことも見出された。
エピトープビニング（ｂｉｎｎｉｎｇ）を、ＢＬＩの使用によって実施した。抗体も、ＩＣＯＳＬ−Ｆｃ融合物（ホモ二量体二価形態）に対してまとめた（ｂｉｎｎｅｄ）。選択された抗体は、全て、同じエピトープビン（ｂｉｎ）において見出され、全て、ＩＣＯＳリガンドへのＩＣＯＳの結合を遮断した。
ヒト化
選択された抗体は、ヒト及びハムスター由来の抗体可変フレームワーク領域間の相同性研究を実施することによって、ヒト化した。分析の一次設計パネルを準備し、次に抗体を、野生型抗体（ハムスターまたはキメラ形態）との比較のために産生した。ヒト化パネルが産生されると、リードを特徴決定し、親和性及びインビトロ活性に基づいてランク付けした。追加のヒト化設計を実施して、配列の傾向及び低スコア免疫原部位を低減し、その結果、配列変動性が少なくなった。考慮される配列の傾向には、遊離システインの存在、ならびに化学分解（アスパラギン脱アミド化、アスパラギン酸異性化、メチオニン／トリプトファン及び非酵素リシン糖化）の潜在的部位の存在が含まれる。
ヒト、カニクイザル及びラットのＩＣＯＳのモノマー形態に対する、可変領域３７Ａ１０Ｓ７１３を有するヒト化抗体の親和性を、Ｂｉｏ−Ｌａｙｅｒ Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｍｅｔｒｙ（ＢＬＩ）技術（ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｏｃｔｅｔ（登録商標）ＲＥＤ９６）により測定し、ＫＤを表５に示す。ＫＤは、２〜５倍以内であったので、全ての種にわたって同等であると見なされた。結合機能性は、それぞれの種から単離された一次ＣＤ４＋ Ｔ細胞の繁殖を誘導する効力を評価することによって確認した。
表５．ヒト、カニクイザル及びラットのＩＣＯＳへの３７Ａ１０Ｓ７１３の一価結合親和性
Ａ親和性は、６回の実験の平均±ＳＥＭとして示されている。Ｂ４匹の供与者の範囲が示されている。
実施例５：抗ＩＣＯＳ抗体のインビトロ機能性特徴決定
細胞に基づいた多数のインビトロアッセイを使用して、抗ＩＣＯＳ ｍＡｂの活性を評価した。主な目的は、作動薬／共刺激特性を有する抗体を選別することであった。細胞系（形質移入細胞系に対する一次細胞）及び抗体提示の方法（プレート結合または架橋に対する可溶性）が作動薬活性に影響を及ぼすので、多数の異なるアッセイフォーマットを用いた。加えて、望ましくない超作動薬活性を検出するアッセイ（Ｓｕｎｔｈａｒａｌｉｎｇａｍ ｅｔ ａｌ．，２００６，Ｎ．Ｅｎｇ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３５５：１０１８−２８を参照すること）も使用した。
抗ＩＣＯＳ ｍＡｂの作動薬／共刺激活性を探究するように設計されたアッセイを、下記に概説されている細胞型によって実施し、Ｔ細胞への最初のシグナル（シグナル１）は、最適以下の濃度の抗ＣＤ３もしくはＰＭＡのいずれかを使用して提供された、または超抗原（ＳＥＢ）よる刺激を用いるＰＢＭＣアッセイによって提供された。
１．一次ヒトＣＤ４＋ Ｔ細胞アッセイ
ａ．抗ＣＤ３で共刺激したプレート結合／架橋抗体フォーマット
ｂ．ＰＭＡで共刺激した可溶性抗体フォーマット
２．ジャーカットアッセイ（形質移入ヒトまたはマウスＩＣＯＳ構築物を有するレポーター細胞系）
ａ．抗ＣＤ３またはＰＭＡのいずれかを用いるプレート結合／架橋フォーマット
ｂ．ＰＭＡで共刺激した可溶性抗体フォーマット
３．ヒトＰＢＭＣアッセイ
ａ。超抗原（ＳＥＢ）を用いる可溶性抗体フォーマット
ハムスター抗ＩＣＯＳ ｍＡｂのパネルを上記のアッセイによって選別して、作動薬特性を有する抗体を特定した。プレート結合抗ＩＣＯＳ抗体の添加を伴う最適以下の抗ＣＤ３により共刺激された一次ヒトＣＤ４＋ Ｔ細胞を使用するアッセイにおいて観察された作動薬活性の例を、選択されたハムスター抗ＩＣＯＳ抗体によって図１０Ａに示す。このアッセイにおいて、ＰＢＭＣから単離されたヒトＣＤ４＋ Ｔ細胞は、プレート結合ハムスター抗ＩＣＯＳ抗体（７Ｆ１２、３７Ａ１０及び１６Ｇ１０）の存在下で最適以下のプレート結合抗ＣＤ３により、４つの濃度（μｇ／ｍｌ）で活性化される。抗ＣＤ３の存在下でのプレート結合ｈＩＣＯＳＬ及び可溶性抗ＣＤ２８は、陽性対照として使用される。細胞の***％がグラフで表される。多数の抗ＩＣＯＳ抗体は、このアッセイにおいて活性を示している。図１０Ｂは、可溶性抗体を使用し、最適以下のＰＭＡによる共刺激を使用するアッセイの結果を示す。ヒトＣＤ４＋ Ｔ細胞を、負の選択及びＣＦＳＥによる標識化によって、ＰＢＭＣから単離した。細胞を、最適以下のＰＭＡ（０．２５ｎｇ／ｍｌ）単独により、または抗ＩＣＯＳ抗体３７Ａ１０の異なるＦｃ型（ハムスター、ｍＧ１、ｍＧ２ａ、ｍＧ１Ａｇｌｙ、もしくはｈＧ１）の存在下で示された濃度（μｇ／ｍｌ）により、９６ウエルプレートにおいて活性化した。可溶性抗ＣＤ２８抗体を対照として使用した。繁殖を、フローサイトメトリーにより３日目に分析した。マウスＩｇＧ１及びマウスＩｇＧ１−Ａｇｌｙ型は、親完全ハムスター抗体と共に、このアッセイにおいて活性を示した。少なくとも抗体３７Ａ１０は、可溶性とプレート結合の両方のフォーマットにおいて作動薬活性を示した。図１０Ａ及び１０Ｂを参照すること。
図１０Ｃは、一次ヒトＣＤ４＋ Ｔ細胞アッセイにおいて、ヒトＩｇＧ１を有する３７Ａ１０Ｓ７１３抗体の作動薬活性の結果を示す。ＣＤ４＋ Ｔ細胞を、４人の健康な供与者のＰＢＭＣから単離し、ＣＦＳＥ色素で標識し、次に最適以下濃度の抗ＣＤ３及び様々な濃度の３７Ａ１０Ｓ７１３−ｈＩｇＧ１または陰性対照ヒトＩｇＧ１抗体（抗呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ））が被覆されているプレートにおいてインキュベートした。３日後、***細胞の百分率をフローサイトメトリーの使用により決定した。ＥＣ５０値は、試験した４人の供与者では４．２７〜４９．７５ｎＭの範囲であった。繁殖は、***細胞の百分率（フローサイトメトリーを使用してＣＦＳＥ希釈により測定）としてプロットされ、繰り返したものの平均である。図１０Ｃは、代表的な供与者からのデータを示す。
ハムスター抗体が作動薬活性を実証したアッセイの別の例は、ジャーカットレポーターアッセイである。ジャーカットレポーターアッセイは、ｈＩＣＯＳ−ｈＣＤ２８キメラ発現構築物をジャーカットＮＦｋＢレポーター細胞系に形質導入することによって、所内で開発した。ジャーカットｈＩＣＯＳ−ｈＣＤ２８レポーター細胞を、ＰＭＡ及び異なるＦｃ末端を有する可溶性ハムスター抗ＩＣＯＳ ３７Ａ１０抗体により１１の濃度（μｇ／ｍｌ）で５時間活性化した。可溶性抗ＣＤ２８及びｈＩＣＯＳＬ−Ｆｃが、対照として使用されている。ＧＦＰ＋細胞の％がグラフで表されている。ハムスター抗ＩＣＯＳ抗体を使用するジャーカットレポーターアッセイの代表的なデータが、図１１に示されている。図１１Ａは、示された濃度（μｇ／ｍｌ）による抗ＩＣＯＳ抗体３７Ａ１０（ｈＧ１、ｍＧ１、ｍＧ２ａ、ｍＧ１Ａｇｌｙ）の異なるＦｃ型の結果を示す。ｍＧ１−ａｇｌｙ型（即ち、最小Ｆｃエフェクター機能）を含む抗ＩＣＯＳ抗体の全てのＦｃ型が、このアッセイにおいて活性を示している。図１１Ｂは、示された濃度（μｇ／ｍｌ）によるヒト化抗体３７Ａ１０Ｓ７１３、３７Ａ１０Ｓ７１５、３７Ａ１０Ｓ７１６及び３７Ａ１０Ｓ７１８の結果を示す。試験された４つ全てのヒト化抗体が、このアッセイにおいて作動薬活性を示した。
作動薬活性を示す別のアッセイフォーマットは、サイトカイン産生（例えば、ＩＦＮｇ）を読み取りとして使用する超抗原ブドウ球菌エンテロトキシンＢ（ＳＥＢ）によるＰＢＭＣアッセイである。このアッセイは、典型的には、サイトカイン放出に対して小さな範囲の１．５〜３倍の効果を有する。公表された抗ＰＤ−１データと一致して、抗ＩＣＯＳ抗体によるサイトカイン誘導は約２倍であるが、多数の供与者にわたるこのアッセイでは再現性良く観察されている。例えば、Ｋｏｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１４，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，２：８４６−８５６を参照すること。代表的なアッセイを図１２に示す。健康な供与者からの凍結ＰＢＭＣを、ＳＥＢ及び可溶性抗ＩＣＯＳ ３７Ａ１０抗体（ｍＧ１、ｍＧ１−Ａｇｌｙ、またはｈＧ１のＦｃを有する）により、示された濃度（μｇ／ｍｌ）で３日間刺激した。上澄みを収集し、ＩＦＮｇレベルをフローサイトメトリーの使用によりサイトカインビーズアレイで測定した。抗ＣＤ２８及びマウスＩｇＧ１アイソタイプ抗体を対照として使用した。ＩＦＮｇは、可溶性抗ＩＣＯＳ抗体の存在下でのＳＥＢによる刺激の後、ＰＢＭＣによって誘導される。このアッセイフォーマットにおいて、ｍＧ１−Ａｇｌｙ型の３７Ａ１０は、低減された活性を示した。
あらゆる潜在的な超作動薬を選別するため、一次ヒトＣＤ４＋ Ｔ細胞をシグナル１の不在下で可溶性またはプレート結合抗ＩＣＯＳ抗体と共にインキュベートしたアッセイを、陽性対照として既知の抗ＣＤ２８超作動薬抗体を使用して、用いた。抗ＣＤ３の不在下で活性化されたヒトＣＤ４ Ｔ細胞は、可溶性形態の抗ＣＤ２８超作動薬抗体（クローンＣＤ２８．２／５Ｄ１０）により処理したときだけ繁殖するが、ＩＣＯＳＬ−Ｆｃもしくは抗ＩＣＯＳ抗体３７Ａ１０（ハムスター及びｈＧ１ Ｆｃ型）により、または非超作動薬抗ＣＤ２８（ＣＤ２８．２）抗体により処理したときは、繁殖しない。試験した抗ＩＣＯＳ ｍＡｂのうち、このアッセイにおいて超作動薬活性を示したものはなかった。代表的なデータを図１３に描く。
ＩＣＯＳはＡＫＴシグナル伝達経路を介してシグナル伝達できることが、十分に確立されている（Ｓｉｍｐｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１０，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２２：３２６−３３２に総説されている）。抗ＩＣＯＳ抗体がＡＫＴを介してシグナル伝達を誘導する能力を、抗体の作動薬活性を実証する追加的な手段として評価した。
ヒトＰＢＭＣから単離されたＣＤ４ Ｔ細胞を、抗ＣＤ３／抗ＣＤ２８により２４時間刺激し、次に培養培地において２４時間静止させた。次に細胞を、抗マウスＩｇＧ架橋抗体を伴って、または伴うことなく、抗ＩＣＯＳ ３７Ａ１０−ｍＧ２ａ、ｈＩＣＯＳＬ−ｍＧ２ａ Ｆｃ、またはＰＢＳと共に、２、５、１５、または３０分間インキュベートした。インキュベートした後、細胞を固定し、透過化処理し、次に抗ホスホノＡＫＴ抗体で染色した。ｐＡＫＴ陽性細胞の百分率を、フローサイトメトリーにより分析した。
図１４Ａ〜Ｂに示されているように、ｐＡＫＴは、３７Ａ１０−ｍＧ２ａによる処理の後、ｈＩＣＯＳＬ−ｍＧ２ａによる処理と比較して類似した動力学でＣＤ４ Ｔ細胞を誘導した。ｐＡＫＴシグナル伝達の誘導は、二次架橋剤の存在下においてのみ観察された。
実施例６：抗ＩＣＯＳ抗体のインビボ機能性特徴決定
上記に記載された選別アッセイにおいて選択された抗体を、同系腫瘍モデルの使用によってインビボで評価した。
Ｓａ１Ｎ線維肉腫モデル（Ｏｓｔｒａｎｄ−Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ，２００１，Ｃｕｒｒ．Ｐｒｏｔｏｃ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，Ｃｈａｐｔｅｒ ２０）を、インビボにおける抗ＩＣＯＳ抗体の評価に使用することができる。Ｓａ１／Ｎマウスモデルの免疫プロファイリングは、ＣＤ４ Ｔ細胞が高度に浸潤すること及びＣＤ４ Ｔ細胞が高レベルのＩＣＯＳを発現することを示している。この免疫プロファイルは、高レベルのＣＤ４浸潤が観察され、ＩＣＯＳ発現が主にＣＤ４区画に限定されている、ＮＳＣＬＣ患者試料の免疫プロファイルと類似している。
抗ＩＣＯＳ抗体の有効性の評価に使用される第２のモデルは、ＣＴ２６結腸癌モデルである（Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，１９９５，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，９：４６８５−４６９２）。ＣＴ２６マウスモデルの免疫プロファイリングは、高レベルのＣＤ８浸潤を示した。ＩＣＯＳ発現は、このモデルではＣＤ８ Ｔ細胞サブセットに観察された。小さな割合のヒトＮＳＣＬＣ試料も同様に、ＣＤ８ Ｔ細胞にＩＣＯＳ発現を示している。
インビボ評価のための抗体フォーマット
ヒトＩｇＧ１（ｈＩｇＧ１）は、多数のＦｃ受容体にわたって結合することができ、受容体を架橋すること、ならびにＡＤＣＣ及びＣＤＣを媒介することができる活性化Ｆｃ受容体への強力な結合が含まれる。活性化Ｆｃ受容体に結合する能力を考慮すると、ｈＩｇＧ１は、典型的には、高レベルの標的を発現する細胞を枯渇させる能力がある。ｈＩｇＧ１に最も近いマウス同等物は、マウスＩｇＧ２ａ（ｍＩｇＧ２ａ）である。したがって、例として、枯渇能力を有するＩＣＯＳ作動薬抗体を評価するインビボ実験は、ｍＩｇＧ２ａを利用して、ｈＩｇＧ１の特性を模倣させる。
ヒトＩｇＧ４（ｈＩｇＧ４）は、ｈＩｇＧ４があるレベルの枯渇を行う能力はあるが、枯渇が望ましくない治療状況に利用される。これを、ほぼ例外なく阻害性ＦｃγＲＩＩ受容体に結合し、それによって架橋することができるが、枯渇に関して特に能力があるわけではないマウスＩｇＧ１（ｍＩｇＧ１）に、完全ではなく大まかに整列させる。
抗ＩＣＯＳ抗体を考慮すると、最初にハムスター抗体を完全ハムスターＡｂとしてインビボで評価した。ハムスターＡｂはハムスターＩｇＧ１を有し、これは、ｍＩｇＧ１に類似したＦｃＲ結合特徴を有する。目的のハムスター抗体を、ｍＩｇＧ２ａまたはｍＩｇＧ１のいずれかのマウスＦｃ領域を有するキメラとしてクローンした。
Ｓａ１Ｎ線維肉腫モデル
有効性について抗ＩＣＯＳ抗体候補を選別するのに使用される一次インビボモデルは、Ｓａ１Ｎ線維肉腫モデルである。このように、上記に記載された選別アッセイにより選択された抗体を、Ｓａ１Ｎモデルにおいて評価した。初期の研究では、いくつかのハムスター抗体（クローン７Ｆ１２、３６Ｅ１０、３７Ａ１０、１６Ｇ１０及び３５Ａ９）は、Ｓａ１Ｎモデルにおいて８ｍｇ／ｋｇ用量の単一作用物質として投与されたとき、堅牢な抗腫瘍活性を実証した。図１５を参照すること。Ｓａ１Ｎ線維肉腫細胞（１×１０６）を、未処置Ａ／Ｊマウス（６〜８週齢、雌）の右側腹部に皮下注射した。腫瘍体積が７日目に５０〜１００ｍｍ３に達すると、マウスを無作為化した。マウスは、ハムスター抗ＩＣＯＳ（７Ｆ１２、３６Ｅ１０、３７Ａ１０、１６Ｇ１０及び３５Ａ９）、またはハムスターＩｇＧアイソタイプ抗体の用量を、７、１０、１４及び１７日目に腹腔内に受けた。腫瘍増殖を毎週２回モニターした。Ｎ＝１０。
癌免疫療法薬の潜在的に有益な特徴は、腫瘍に対して持続的で永続的な免疫応答を開始する能力である。抗ＩＣＯＳ抗体で予め治療されたマウスの、腫瘍を後から拒絶する能力を決定した。マウスを８ｍｇ／ｋｇの抗体により７、１０、１４及び１７日目に治療した。続いて無腫瘍のマウスに、６０日目に腫瘍を再移植した。抗ＩＣＯＳ抗体７Ｆ１２（Ｎ＝７）で前治療したマウスは、全て、新たに移植された腫瘍を拒絶し、腫瘍が全てのマウスにおいて増殖した未処置マウス（Ｎ＝１０）と対照的であった。図１６を参照すること。
ハムスター抗体を、マウスＦｃ領域（ｍＧ１またはｍＧ２ａ）を有するキメラ抗体としてクローンして、インビボ活性化へのＦｃエフェクター機能の寄与の評価を可能にした。マウスは、１１日目から開始して、４ｍｇ／ｋｇの抗体を２週間に１回、合計４用量で受けた。抗ＣＴＬＡ−４抗体を陽性対照として含めた。初期選別実験を４ｍｇ／ｋｇの用量で実施し、有効性が、ｍＧ１とｍＧ２ａの両方のフォーマットにおいて観察された。ハムスター抗体のうちの１つ、３７Ａ１０の代表的なデータを図１７に示す。
結腸ＣＴ２６同系腫瘍モデル
結腸ＣＴ２６同系腫瘍モデルを使用して、単一作用物質活性、ならびに抗ＰＤ−１抗体との併用療法の両方を評価した。
ＣＴ２６モデルにおいて、抗ＩＣＯＳハムスター抗体のうちのいくつか（例えば、７Ｆ１２、３５Ａ９、３６Ｅ１０、３７Ａ１０）は、単一作用物質活性を示した。図１８を参照すること。ＣＴ２６モデルを使用して、抗ＰＤ−１との潜在的な組み合わせ活性も評価した。抗ＩＣＯＳ抗体を抗ＰＤ−１抗体と組み合わせたとき、抗腫瘍有効性が著しく増強された。ＣＴ２６腫瘍担持マウスを、ハムスター抗ＩＣＯＳ抗体（８ｍｇ／ｋｇ）単独により、または抗ＰＤ−１抗体（８ｍｇ／ｋｇ）と組み合わせて、２週間に１回治療した（３日目に４用量を開始した）。注目すべきことに、抗ＰＤ−１と抗ＩＣＯＳ抗体３７Ａ１０との組み合わせは、１０匹中９匹のマウスに無腫瘍をもたらした。図１８を参照すること。
実施例７：選択的Ｔｒｅｇ枯渇が、抗ＩＣＯＳ抗体の有効性に寄与する
エキソビボ研究を実施して、抗ＩＣＯＳ抗体の投与後の免疫細胞浸潤の状態を特徴決定した。Ｓａ１Ｎモデルによる研究は、７Ｆ１２による治療後にＴｒｅｇ個体群が減少したことを示した。マウスは、８ｍｇ／ｋｇの抗ＩＣＯＳハムスター７Ｆ１２、７Ｆ１２−ｍＧ１、または７Ｆ１２−ｍＧ２ａの２用量を７及び１０日目に受けた。腫瘍及び脾臓を１２日目に採取及び分析した。Ｔｒｅｇに著しい低減があったが、Ｔｅｆｆ細胞にはなく、脾臓またはリンパ節などのリンパ器官におけるＴ細胞個体群には影響がほとんどなかった。図１９を参照すること。
同様の結果が、３７Ａ１０などの他の抗ＩＣＯＳ抗体によっても観察された。図２０を参照すること。マウスは、８ｍｇ／ｋｇの抗ＩＣＯＳ抗体の２用量を７及び１０日目に受けた。腫瘍を１２日目に採取及び分析した。抗ＩＣＯＳ抗体の投与後のＣＴ２６モデルでは、Ｔｒｅｇ個体群にも同様の低減が観察された。
まとめると、ＴＩＬ（腫瘍浸潤性リンパ球）研究は、Ｔｒｅｇ細胞が本明細書に記載されている抗ＩＣＯＳ抗体により選択的に枯渇され、対応する枯渇をＴｅｆｆ細胞個体群に起こさず、腫瘍に特異的に起こすが、他の臓器または周辺部に起こさないという仮説を支持している。
抗ＩＣＯＳ抗体の有効性への免疫系の寄与を正式に実証するため、細胞枯渇実験を腫瘍モデルＳａ１Ｎの文脈で実施した。具体的には、マウスから、ＣＤ８ Ｔ細胞、ＣＤ４ Ｔ細胞、またはＣＤ４＋ＣＤ８ Ｔ細胞の組み合わせを枯渇させた。腫瘍移植の６日及び１３日後に、マウスを抗ＣＤ８、抗ＣＤ４、抗ＣＤ４＋抗ＣＤ８、または対照Ｉｇ抗体（ｎ＝１群あたり１０匹）で治療した。抗ＩＣＯＳ抗体７Ｆ１２を、７、１０、１４及び１７日目に８ｍｇ／ｋｇ抗体で投与した。腫瘍増殖を毎週２回モニターした。
マウスからＣＤ４、ＣＤ８、またはＣＤ４＋ＣＤ８ Ｔ細胞が枯渇されたとき、７Ｆ１２の抗腫瘍有効性における著しい低減が観察された。図２１を参照すること。
実施例８：ヒト化抗ＩＣＯＳ抗体による選択的Ｔｒｅｇ低減
ヒトＰＢＭＣを、５％ＣＯ２の加湿インキュベーターにより１００ｎｇ／ｍｌの組み換えヒトＩＬ−２と共に３７℃で４８時間インキュベートした。４８時間後、抗体３７Ａ１０Ｓ７１３を示された濃度で加えた。抗体は、ＩＬ−２を含有する培養培地により１０倍の段階希釈で調製した。抗体／細胞混合物を更に７２時間インキュベートした。インキュベートした後、細胞を、標準的な方法によりＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５及びＦｏｘＰ３で染色し、フローサイトメトリーにより分析した。Ｔｒｅｇ（ＣＤ４＋ ＣＤ２５＋ ＦｏｘＰ３＋）及びＴｅｆｆ（ＣＤ４＋ ＣＤ２５− ＦｏｘＰ３−）細胞の定量化を、それぞれの濃度及び処理によって実施した。データを、それぞれの濃度のトラスツズマブ治療群の各サブセットの率に正規化した。
この実験の結果を図２２Ａに示す。抗体３７Ａ１０Ｓ７１３は、Ｔｒｅｇ細胞の用量依存性低減を引き起こした。図２２Ｂに示されているように、Ｔｅｆｆ及びＴｒｅｇ細胞は、５日間のＩＬ−２治療後に類似したレベルのＩＣＯＳを発現した。
実施例９：抗ＩＣＯＳ抗体による治療後の腫瘍再負荷
６〜８週齢の雌Ａ／Ｊマウスに、１００μｌのＰＢＳ中の１×１０６のＳａ１／Ｎ細胞を、２７ゲージ針を持つツベルクリンシリンジの使用により右側腹部に皮下接種した。腫瘍増殖をモニターし、７日目に、平均腫瘍体積を各治療群において１００〜１５０ｍｍ３に正規化した後、動物を新たなケージに再分配した。各治療群には１０匹のマウスが含まれた。動物を、０．２５ｍｇ／ｋｇの抗ＩＣＯＳ抗体（マウスＩｇＧ２ａを有する３７Ａ１０Ｓ７１３ ＶＨ及びＶＬ（配列番号６０及び６１））またはアイソタイプ対照の腹腔内注射により、抗体で治療した。投与を、７日目に単回用量により、または７及び１４日目の２回用量により実施した。腫瘍増殖及び動物の体重を、毎週２回モニターした。腫瘍体積が約２０００ｍｍ３に達したとき、またはＩＡＣＵＣプロトコールに準じた重篤潰瘍などの臨床的に困難な徴候があったときには、マウスを殺処分した
図２３の左側パネルは、単回用量の抗ＩＣＯＳ抗体（ｎ＝１０匹）または２回用量の抗ＩＣＯＳ抗体（ｎ＝１０匹）が投与されたマウスにおける腫瘍体積を示す。
腫瘍再負荷実験を実施して、応答の永続性を評価した。予めＳａ１／Ｎ細胞が負荷され、その腫瘍を単回用量または２回用量の０．２５ｍｇ／ｋｇの３７１１０Ｓ７１３−ｍＩｇＧ２ａ抗体により根絶されている７匹のマウスに、初期腫瘍負荷の１０週間後に、Ｓａ１／Ｎ細胞を反対側の腹部に再負荷した。対照として、未処置マウスにもＳａ１／Ｎ細胞を負荷した（ｎ＝１０匹）。動物を腫瘍増殖について２週間毎に評価した。
図２３の右側パネルに示されているように、腫瘍が予め抗ＩＣＯＳ抗体治療により根絶されたマウスのうち、再負荷試験によって腫瘍増殖を示したものはいなかった。
実施例１０：抗ＩＣＯＳ抗体を投与した、Ｓａ１／Ｎ腫瘍担持マウス及びカニクイザルにおけるＩＣＯＳリガンド（ＩＣＯＳＬ）の発現
８週齢の雌Ａ／Ｊマウスに、Ｓａ１／Ｎ腫瘍細胞を０日目に接種した。７日目に、腫瘍が約１００ｍｍ３に達したとき、マウスに、マウスＩｇＧ１もしくはＩｇＧ２ａを有する抗体３７Ａ１０、またはアイソタイプ対照抗体の単回の５または１００μｇの腹腔内用量を投与した。マウスに、続く用量の抗体を１０日目に投与し、組織（血液、脾臓及び腫瘍）を１２日目に採取した。組織処理の後、細胞を５％Ｆｃ遮断（５％の再構成正常ラット、マウス及びヒト血清、５％のウシ胎児血清、０．１ｍｇ／ｍＬのＦｃ遮断Ａｂ ２．４Ｇ２、０．０１％のアジ化ナトリウム）と共に、フロー染色緩衝液（ｆｌｏｗ ｓｔａｉｎｉｎｇ ｂｕｆｆｅｒ）（ＦＳＢ：５％のＦＢＳ、１×ＰＢＳ中の０．０１％のアジ化ナトリウム）において氷上で１５分間インキュベートした。Ｆｃ遮断の後、細胞を、ＦＳＢ中の細胞外染色カクテル（抗ＣＤ４５−ＢＶ５１０、抗ＣＤ１９−ＢＶ６０５、抗ＩＣＯＳＬ−ＰＥ、Ｆｉｘａｂｌｅ Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ Ｄｙｅ ｅＦｌｕｏｒ ７８０）により氷上で１時間染色した。細胞をＦＳＢで２回洗浄した。細胞をＦｉｘａｔｉｏｎ／Ｐｅｒｍｅａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ溶液により氷上で３０分間固定した。細胞を１×Ｐｅｒｍｅａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ Ｂｕｆｆｅｒで２回洗浄し、次にＰｅｒｍｅａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ Ｂｕｆｆｅｒ中の細胞内染色カクテル（抗ＣＤ３−ＢＵＶ４９６）により氷上で１時間染色した。細胞をＰｅｒｍｅａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ Ｂｕｆｆｅｒで２回洗浄し、次に１．５％のＰＦＡ ＦＳＢ溶液に再懸濁した。細胞をＢＤ Ｆｏｒｔｅｓｓａにかけて、データをＦｌｏｗＪｏソフトウエアの使用により分析した。
試料をＢＤ Ｆｏｒｔｅｓｓａフローサイトメーターにより分析した。ＩＣＯＳＬ発現の分析のために、ＩＣＯＳＬの染色を生存ＣＤ４５＋ ＣＤ３− ＣＤ１９＋ Ｂ細胞で分析した。ＩＣＯＳＬ平均蛍光強度（ＭＦＩ）が報告される。
ヒトＩｇＧ１を有する抗体３７Ａ１０Ｓ７１３を、１時間の静脈内注入により、１用量群あたり３匹のカニクイザルに投与した（０．５ｍｇ／ｋｇ、５ｍｇ／ｋｇ、７５ｍｇ／ｋｇ及びビヒクルのみ）。血液を、第１の用量の前（１日目）、第１の用量の４８時間後（３日目）、第１の用量の７日目（第２の用量の前、８日目）及び第２の用量の４８時間後（１０日目）に採取した。９５μＬの全血試料を、最初に５μＬのＨｕｍａｎ ＴｒｕＳｔａｉｎにより氷上で１５分間Ｆｃ遮断した。Ｆｃ遮断の後、抗ＣＤ３ ＦＩＴＣ、抗ＣＤ２０ ＰＥ、抗ＣＤ１４ ＰＥ／Ｃｙ７、生存色素ｅ７８０及びｃｙｎｏＩＣＯＳ−Ｆｃ ＤｙＬｉｇｈｔ ６５０を含有する、１００μＬの抗体ミックスを加えた。血液及び抗体ミックスを氷上で６０分間インキュベートした。インキュベートした後、試料を５００×ｇで５分間遠心分離した。上澄みを廃棄し、試料を２００μＬのＦＡＣＳ染色緩衝液に再懸濁した。洗浄ステップを３回繰り返し、最終的に２００μＬの染色緩衝液＋０．１％のパラホルムアルデヒドに再懸濁した。
試料をＢＤ Ｆｏｒｔｅｓｓａフローサイトメーターにより分析した。ＩＣＯＳＬ発現の分析のため、ＤｙＬｉｇｈｔ ６５０標識ｃｙｎｏＩＣＯＳ−ＦｃによるＩＣＯＳＬの染色を、生存ＣＤ３− ＣＤ２０＋ Ｂ細胞において分析した。ＩＣＯＳＬ ＭＦＩを、それぞれの時点でビヒクルに正規化した。
これらの実験の結果を図２４Ａ及び２４Ｂに示す。アイソタイプ対照治療マウスと比べて、ＩＣＯＳ−Ｌ発現の用量依存性増加が、全ての抗体治療及び用量において、ならびに組織において観察された。図２４Ａを参照すること。同様に、ビヒクル及び試験前試料と比べて、ＩＣＯＳ−Ｌ発現の用量依存性増加が、カニクイザルの０．５及び５ｍｇ／ｋｇ用量群の全ての時点において観察された。図２４Ｂを参照すること。ＩＣＯＳＬの誘導は７５ｍｇ／ｋｇ群においても観察されたが、観察された発現は、抗ＩＣＯＳ抗体が染色試薬（ｃｙｎｏＩＣＯＳ−Ｆｃ）と結合することができるので、潜在的な薬物相互干渉に起因して提示不足でありうる。
ＩＣＯＳ標的会合も、受容体利用可能能アッセイにより測定して評価することができ、例えば以下である。未処置マウスに、アイソタイプ対照ｍｌｇＧ２ａを２．５ｍｇ／ｋｇ、またはマウスＩｇＧ２ａを有する３７Ａ１０Ｓ７１３を２．５ｍｇ／ｋｇで腹腔内注射した。注射後の様々な時点において、血液を顎下から引き出してＥＤＴＡ被覆マイクロチューブに収集した。
全血を、マウスＴｒｕＳｔａｉｎ（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）の使用により氷上で５分間Ｆｃ遮断した。インキュベートした後、１００μｌの２×濃縮細胞外染色抗体混合物を各試料に４℃で３０分間加えた。試料を遠心沈殿させ、固定し、Ｆｏｘｐ３染色緩衝液（ｅＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ）により４℃で３０分間透過化処理した。次に試料を遠心沈降させ、細胞内抗体染色に４℃で３０分間再懸濁した。試料を遠心沈降させ、０．１％のＰＦＡに再懸濁した。試料をＢＤ ＬＳＲＩＩ Ｆｏｒｔｅｓｓａにより分析した。Ｔｒｅｇを生存ＣＤ４５＋ＣＤ３＋ＣＤ４＋Ｆｏｘｐ３＋として特定した。Ｔｅｆｆ細胞を生存ＣＤ４５＋ＣＤ３＋ＣＤ４＋Ｆｏｘｐ３−として特定した。ＣＤ８＋細胞を生存ＣＤ４５＋ＣＤ３＋ＣＤ８＋として特定した。蛍光標識３７Ａ１０Ｓ７１３−ｍＧ２ａ（ＤｙＬｉｇｈｔ ６５０抱合体）をＩＣＯＳの染色試薬として使用した。各時点での受容体利用可能能は、以下の式を使用して決定した。
時点ｔで利用可能な受容体の％＝（（時点ｔの３７Ａ１０Ｓ７１３−ｍＧ２ａＤｙ６５０のＭＦＩ−時点ｔのアイソタイプＤｙ６５０のＭＦＩ））／（（試験前の３７Ａ１０Ｓ７１３−ｍＧ２ａＤｙ６５０のＭＦＩ−試験前のアイソタイプＤｙ６５０のＭＦＩ））×１００
結果は、抗ＩＣＯＳ抗体の投与後に、遊離受容体のレベルが検出不能になったことを示し、抗体が全ての利用可能な標的ＩＣＯＳ分子を飽和したことを示唆している。
実施例１１：ＩＣＯＳ発現と相関する遺伝子の特定
様々な種類の腫瘍にわたるＩＣＯＳのレベルを、ｍＲＮＡ及びタンパク質レベルの両方で評価した。患者の腫瘍試料にわたってＩＣＯＳレベルを特異的に定量化するため、新規のＲＮＡシグネチャーに基づいた手法を使用した。高次元の遺伝子発現の分析は、２４の異なる適応症を表している約７，５００個のヒト腫瘍からのＤＮＡ突然変異データ、遺伝子発現データ及び遺伝子増幅データ含むＴｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）の高次元データセットを使用して実施され、腫瘍の免疫構成要素を不偏的に定義した。生配列データを調製し、マップされたフラグメント百万個あたりのエクソンの１キロベース毎のフラグメント（ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｐｅｒ ｋｉｌｏｂａｓｅ ｏｆ ｅｘｏｎ ｐｅｒ ｍｉｌｌｉｏｎ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｍａｐｐｅｄ）（ＦＰＫＭ）を利用した遺伝子発現を、独自のデータ正規化及び発現分析パイプラインを利用するＯｍｉｃＳｏｆｔ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎにより計算した。全てのＦＰＫＭ値を、２進法の対数関数の使用により変換し、分析した。免疫関連シグネチャーの発見のためにデータを使用する前に、データの品質を既知の生物学的パターンの使用によって評価した。例えば、エストロゲン受容体発現は、***データの第１主成分と関連し、一方、マイクロサテライト不安定性関連シグネチャーは、結腸データの第３主成分と関連した。
多重遺伝子シグネチャーを特定して、腫瘍におけるＩＣＯＳ発現の程度を定量化するため、ＩＣＯＳが高い変動係数で過剰発現する適応症を最初に特定した。図２５は、ＴＣＧＡヒト腫瘍適応症にわたるＩＣＯＳ発現分析の結果を示す。ボックスは発現の上位及び下位四分位数を示し、正中線が示されている。ＩＣＯＳ発現が上位または下位四分位数外の四分位数間範囲を超えたレベルで発現したあらゆる腫瘍に、外れ値がプロットされている。太字で示されている適応症は、ＩＣＯＳ発現に関連する遺伝子を特定する追跡分析のために選択された。発現はｌｏｇ２（ＦＰＫＭ）で示されている。
ＩＣＯＳ発現の新規遺伝子シグネチャーを特定するため、高及び変動性ＩＣＯＳ発現を有した癌の１３個の主要なサブタイプにわたってＩＣＯＳと緊密に相関した、他の遺伝子を検査した。所定の遺伝子とＩＣＯＳ発現のスピアマンの順位相関（ρ）を、それぞれの適応症内で計算した。ＩＣＯＳ発現と最も有意に関連した３００個の遺伝子を、それぞれの適応症から得て、相関ρ及び正常ｐ値を二次検査のために得た。ＩＣＯＳとの関連性は、全て、ｐ＜０．００５で有意であることが見出された。図２６を参照すること。次に平均相関順位を、第１相分析の際に脱落した値を除いて、それぞれの遺伝子について全ての適応症にわたって計算した。
シグネチャーの範囲内に留まると選択された遺伝子は、ａ）試験された１３の適応症の少なくとも１０においてＩＣＯＳと関連した上位３００個の遺伝子の一部及びｂ）平均して、上位３００個の相関遺伝子の一部であり、適応症にわたってＩＣＯＳと関連した上位７５個の遺伝子の範囲内のものであった。ＩＣＯＳとのスピアマン相関及び平均相関順位を含む選択基準と共に、これらの測定基準を使用して特定された遺伝子を表６に示す。この分析は３９個の遺伝子を特定し、これらを個別に、または組み合わせて使用して、ＲＮＡ発現プロファイリングにより１３の適応症にわたってＩＣＯＳ発現を予測することができる。表６は、ＩＣＯＳ発現と相関すると特定された３９個の遺伝子のスピアマン相関係数（ρ）を示す。遺伝子が、ＩＣＯＳ発現と相関する上位３００個の遺伝子の一部ではない場合、相関係数の値は示されない。ＩＣＯＳとの平均相関順位は、遺伝子が、ＩＣＯＳと相関する上位３００個の遺伝子の一部である全ての適応症を横切って、最も左側カラムに示されている。上記に示された少なくとも１０の適応症においてＩＣＯＳ発現と相関した上位３００個の遺伝子内に見出された遺伝子が、選択された。ＩＣＯＳシグネチャー遺伝子も、上位３００個の遺伝子がある任意の適応症の上位７５個の遺伝子内において平均順位を有することが必要であった。適応症の略語は以下である。膀胱癌（ＢＬＣＡ）、三種陰性乳癌（ＢＲＣＡ ＴＮ）、子宮頸癌（ＣＥＳＣ）、マイクロサテライト安定性結腸直腸癌（ＣＯ ＭＳＳ）、頭頸部癌（ＨＮＳＣ）、腎明細胞癌（ＫＩＲＣ）、肺腺癌（ＬＵＡＤ、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）のサブタイプ）、肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）のサブタイプ）、卵巣癌（ＯＶ）、膵癌（ＰＡＡＤ）、黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃癌（ＳＴＡＤ）。
表６．ＩＣＯＳ発現と相関するｍＲＮＡ
＊ＴＣＲ遺伝子によりもたらされたゲノム座の受入番号。
表６のｍＲＮＡの列挙を使用して、ＩＣＯＳの発現レベルを決定するｍＲＮＡのパネルを形成すること、例えばＩＣＯＳのみを検出するアッセイより堅牢なアッセイを作り出すことができる。いくつかの実施形態において、パネルは、ｍＲＮＡのＣＣＲ５、ＣＤ２、ＣＤ９６、ＣＴＬＡ４、ＣＸＣＲ６、ＦＯＸＰ３、ＩＣＯＳ、ＩＴＫ、Ｐ２ＲＹ１０、ＳＩＲＰＧ及びＴＩＧＩＴの一組から形成される。
実施例１２：抗ＩＣＯＳ抗体治療後のＴｈ−１ケモカイン及びサイトカインの誘導
新たな患者の肺腫瘍を、手術の２４時間後に得た。軟部組織を腫瘍から手作業で除去し、残った固形腫瘍を、鋳物容器中の４％の低溶融寒天に包埋し、氷上で凝固させた。ゲル包埋腫瘍をｖｉｂｒａｔｏｍｅ（Ｌｅｉｃａ）（速度：２、振動数：９）により切断して、厚さが３００μｍの切片を生じた。腫瘍が柔らかすぎて、ｖｉｂｒａｔｏｍｅにより薄片にできない場合、組織をブレードにより手作業で切断した。
腫瘍切片を４０μｍのｔｒａｎｓｗｅｌｌフィルター（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）に入れ（約１個の切片／ウエル）、ユニットを、１．５ｍＬの組織培養（ｈｉｓｔｏｃｕｌｔｕｒｅ）培地（完全ＲＰＭＩ １６４０／ＡＩＭ−Ｖ）を含有している６ウエルプレートのウエルに移動した。次に適切な処理を、対応するウエルの培地に加えた。処理には、アイソタイプ対照としての１０μｇ／ｍＬの抗ＲＳＶ ｈＩｇＧ１（Ｌａｋｅ Ｐｈａｒｍａ、ロット番号３０８６−８４９５９８）、ヒトＩｇＧ１（配列番号１８８及び１８９）を有する１０μｇ／ｍＬの抗体３７Ａ１０Ｓ７１３、または１０μｇ／ｍｌの抗ＰＤ−１（ＩｇＧ４）抗体が含まれた。複製プレートを、６〜７２時間の範囲の様々な時点で調製した。このプレートを、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーターに入れた。
望ましい時点で腫瘍切片を収集し、ＲＮＡＬａｔｅｒ（Ａｍｂｉｏｎ）に浸漬した。ＲＮＡを、製造会社の使用説明書に従ってＲＮｅａｓｙ Ｍｉｎｉキット（Ｑｉａｇｅｎ、カタログ番号７４１０６）を使用して抽出した。ＲＮＡ抽出の後、１μｇのＲＮＡを、Ｂｉｏ−Ｒａｄ ｉＳｃｒｉｐｔ ｃＤＮＡ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ Ｋｉｔ（カタログ番号１７０−８８９１）の使用により逆転写に使用した。ＲＴ産物を７倍に希釈し、３μｌをそれぞれのｑＰＣＲ反応に使用した。ｑＰＣＲは、Ｂｉｏ−Ｒａｄ Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ Ｓｙｓｔｅｍを使用して、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ ＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃのＴａｑＭａｎ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（カタログ番号４３６９０１６）の使用によって実施した。使用されるＴａｑＭａｎアッセイを表７に提示する。
発現を、下記のように計算される倍率変化によりＣＤ４５に正規化した。
表７．ＴａｑＭａｎケモカイン及びサイトカインアッセイ
この実験の結果を図２７に示す。肺腫瘍１の６時間の時点で、抗ＩＣＯＳ抗体は、ＧＺＭａ、ＧＺＭｂ、ＣＳＦ２、ＩＬ２、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１及びＣＸＣＬ１３での発現に増加をもたらした。抗ＰＤ−１抗体も、ＧＺＭａ、ＧＺＭｂ、ＣＳＦ２、ＣＸＣＬ９及びＣＸＣＬ１０での発現を増加したが、程度は少なく、ＣＸＣＬ１１において同様の増加を示した。肺腫瘍２の２４時間の時点では、抗ＩＣＯＳ抗体処理は、ＣＸＣＬ１１において持続的な増加を示し、ＩＬ２、ＣＸＣＬ９及びＣＸＣＬ１０ではいくらかの連続した上昇を示した。抗ＰＤ−１抗体は、ＣＸＣＬ１１において２４時間で僅かな上昇しか示さなかった。
実施例１３：作動薬抗ＩＣＯＳ抗体治療後のＴｒｅｇ細胞へのＮＫｐ４６リガンドの誘導
末梢血単核細胞を、Ｆｉｃｏｌｌ（ＧＥ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）遠心分離の使用により健康なヒト供与者から単離し（Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｂｌｏｏｄ Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓ）、ＢａｍＢａｎｋｅｒ（Ｗａｋｏ−Ｃｈｅｍ）に凍結し、使用するまで−１５０℃で保存した。ＰＢＭＣを、可溶性抗ＩＣＯＳ抗体及びプレート結合抗ヒトＣＤ３（１μｇ／ｍｌの被覆、Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ，ＯＫＴ３）と共に、１０％のウシ胎児血清（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）及び１％のペニシリン／ストレプトマイシン（Ｇｉｂｃｏ）を補充したＲＰＭＩ（Ｇｉｂｃｏ）中において３７℃でインキュベートした。３個の抗体をこのアッセイで試験し、強力な作動薬抗体３７Ａ１０Ｓ７１３、弱い作動薬抗体及び弱い拮抗薬抗体であった。４日後、ＰＢＭＣをプレートから穏やかに削り落とし、１％のウシ胎児血清、０．０５％のアジ化ナトリウム（Ｒｉｃｃｏ）及び２ｍＭのＥＤＴＡ（Ａｍｂｉｏｎ）を含有するＤＰＢＳ（Ｇｉｂｃｏ）で洗浄した。次に細胞をＨｕｍａｎ ＴｒｕＳｔａｉｎ ＦｃＸ（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）で遮断した。ＮＫｐ４６リガンドを検出するため、細胞を、２μｇ／ｍＬのＮＫｐ４６−ｈＩｇＧ１ Ｆｃ（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、１８５０−ＮＫ）と共にインキュベートした。細胞に結合したＮＫｐ４６−ｈＩｇＧ１ Ｆｃを、ＰＥ抱合抗ヒトＩｇＧ（Ｂｉｏｌｅｇｎｅｄ、ポリクローナル）の使用により検出した。細胞を再びＨｕｍａｎ ＴｒｕＳｔａｉｎ ＦｃＸで遮断し、次に、抗ヒトＣＤ５６（Ｂｉｏｌｇｅｎｄ、Ｂｒｉｌｌｉａｎｔ Ｖｉｏｌｅｔ ７１１、ＨＣＤ５６）、抗ヒトＣＤ１６（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ、Ｂｒｉｌｌｉａｎｔ Ｖｉｏｌｅｔ ７８５、３Ｇ８）、抗ヒトＣＤ４（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ、Ｂｒｉｌｌｉａｎｔ Ｖｉｏｌｅｔ ５１０、ＯＫＴ４）、抗ヒトＣＤ８（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、ＢＵＶ３９５、ＲＰＡ−Ｔ８）、抗ヒトＣＤ２５（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ、Ｂｒｉｌｌｉａｎｔ Ｖｉｏｌｅｔ ６０５、ＢＣ９６）及びｆｉｘａｂｌｅ ｖｉａｂｉｌｉｔｙ ｄｙｅ（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、ｅＦｌｕｏｒ ７８０）で染色した。染色した後、細胞を固定し、Ｆｏｘｐ３／Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｆａｃｔｏｒ Ｓｔａｉｎｉｎｇ Ｂｕｆｆｅｒ Ｓｅｔ（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）により透過化処理した。透過化処理した後、細胞を、抗ヒトＣＤ３（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｅｉｎｃｅｓ、ＰＥ−ＣＦ５９４、ＵＣＨＴ１）及び抗ヒトＦｏｘｐ３（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、ＡＰＣ、ＰＣＨ１０１）で細胞内染色した。次に細胞をパラホルムアルデヒド（Ａｌｆａ Ａｅｓａｒ）に固定した。データをＢＤ ＬＳＲＩＩ Ｆｏｒｔｅｓｓａにより取得し、ＦｌｏｗＪｏ ｖ１０．１ソフトウエアで分析した。
この実験の結果を図２８及び図２９に示す。作動薬抗ＩＣＯＳ抗体３７Ａ１０Ｓ７１３による治療は、これらの３人の異なる供与者からのＴｒｅｇ細胞へのＮＫｐ４６リガンドの強力な誘導をもたらした。図２８Ａ〜Ｆを参照すること（図２８Ａ〜Ｂは供与者１からのデータを示し、図２８Ｃ〜Ｄは供与者２からのデータを示し、図２８Ｅ〜Ｆは供与者３からのデータを示す）。Ｔｅｆｆ細胞へのＮＫｐ４６リガンドの誘導は、Ｔｒｅｇ細胞と同じ強さではなかった。図２８Ａ〜Ｆを参照すること。加えて、作動薬抗ＩＣＯＳ抗体３７Ａ１０Ｓ７１３による治療は、ＮＫ細胞によるＣＤ１６の損失（ＣＤ１６シェディング）をもたらし、ＮＫ細胞の活性化を示唆している。図２９を参照すること。
特定の理論に束縛されることを意図せず、作動薬抗ＩＣＯＳ抗体３７Ａ１０Ｓ７１３はＴｒｅｇ細胞に対するＮＫｐ４６リガンドのレベルを有意に増加し、ＮＫ細胞も活性化し、選択的Ｔｒｅｇ枯渇をもたらすことが、想定される。
実施例１４：ＩＣＯＳの腫瘍内発現は、抗ＩＣＯＳ抗体への応答を予測することができる。
ベースラインでの高ＩＣＯＳ＋腫瘍浸潤Ｔ細胞が、単剤療法として抗ＩＣＯＳ抗体に良好に応答するかを試験するため、マウス同系腫瘍モデルを使用して、免疫組織化学（ＩＨＣ）染色を使用したｍＩＣＯＳの発現を、抗ＩＣＯＳ抗体のインビボ効力と相関させた。
ｍＧ２ａ Ｆｃを有する３７Ａ１０Ｓ７１３の０．２５ｍｇ／ｋｇの２用量を１週間に１回投与して、腫瘍担持動物を治療することによって、インビボ効力研究を、いくつかのマウス同系腫瘍モデルにおいて実施した。腫瘍体積が約２０００ｍｍ３に達したとき、またはＩＡＣＵＣプロトコールに準じた重篤潰瘍などの臨床的に困難な徴候があったときには、マウスを殺処分した。
ＩＨＣ分析用の腫瘍試料。腫瘍組織は、細胞系を同系腫瘍モデル（ｎ≧４匹）に接種することによって生じた。腫瘍を平均体積の１５０（±５０）ｍｍ３で採取し、４％パラホルムアルデヒドで固定し、続いてＯｐｔｉｍａｌ Ｃｕｔｔｉｎｇ Ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ（ＯＣＴ）媒体に包埋した。
ｍＩＣＯＳの免疫組織化学。ＩＨＣ分析を８μｍの切片で実施した。抗ｍＩＣＯＳ抗体を使用して、腫瘍浸潤Ｔ細胞のｍＩＣＯＳ発現を検出した。発色性検出を、製造会社の推奨するプロトコールに従ってＩｍｍＰＲＥＳＳ（商標）ＨＲＰ（Ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ）システム（Ｖｅｃｔｏｒ Ｌａｂｓ，Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ，ＣＡ）を使用して実施した。ＩＣＯＳ染色は、熟練の病理学者が０〜３＋スケールを使用してスコア付けし、３＋が＞４％、２＋が＞２％〜＜４％、１＋が＞０．５％〜＜２％、０が＜０．５％のｍＩＣＯＳ陽性細胞であった。
結果を以下の表に示す。
表８．インビボ効力の結果
++++：≧７０％の動物が、ｍＧ２ａ Ｆｃを有する３７Ａ１０Ｓ７１３の治療に応答した。
表８に示されているように、単剤効力が、高頻度の腫瘍内ｍＩＣＯＳ＋Ｔ細胞を有するマウスモデルにおいて観察された。４Ｔ１モデルにおける応答の欠如は、腫瘍周辺部へのｍＩＣＯＳ＋細胞の限定された局在化が原因であった。
実施例１５：抗ＩＣＯＳ抗体の生成、ならびに免疫組織化学を使用した正常及び腫瘍ヒト組織試料における誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）の検出
免疫化及び初期選別。６匹のマウス（３匹のＢＡＬＢ／ｃ及び３匹のＳＪＬ）を、ＣＲＯ Ａｎｔｉｂｏｄｙ ＳｏｌｕｔｉｏｎｓにおいてＩＣＯＳの細胞質ドメインのペプチドで免疫化した。各動物の血清を、ペプチドＥＬＩＳＡの使用によって選別し、マウス（ＢＡＬＢ／ｃ）のサブセットを融合させてハイブリドーマライブラリーを作り出した。ハイブリドーマライブラリーの上澄み、続いて単一クローンを、ペプチドＥＬＩＳＡアッセイの使用によって選別した。陽性抗体クローン（ｍＡＢ）を、細胞に基づいたＥＬＩＳＡアッセイの使用によって更に選別した。
ＩＨＣ抗体の特定のための、細胞に基づいたＥＬＩＳＡ。プラスミド（ＣＨＯ−ＩＣＯＳ）または対照プラスミド（ＣＨＯ−ベクター）を過剰発現する、ＩＣＯＳが安定して形質移入されたチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞を使用して、確立したプロトコールを使用するペプチドＥＬＩＳＡアッセイにおいて陽性クローンを選別した。簡潔には、９６ウエルプレートに増殖させた細胞を、０．１％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００を有する１０％ホルマリンの使用によって固定及び透過化処理した。遮断した後、細胞を一次抗体と共にインキュベートし、続いてＨＲＰ抱合抗マウス抗体と共にインキュベートした。検出は、化学発光基質を使用して実施した。このアッセイでは、市販の抗ＩＣＯＳ抗体であるＳＰ９８（Ｓｐｒｉｎｇ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を陽性対照として使用し、マウスＩｇＧ１を陰性対照として使用した。
抗体配列の配列決定。全ＲＮＡを３つのハイブリドーマクローンから抽出した。抗体をクローンし、可変重（ＶＨ）鎖に縮重プライマーを使用し、可変軽（ＶＬ）鎖に非縮重プライマーを使用したｃＤＮＡ配列のＲＴ−ＰＣＲ増幅の後に、配列決定した。
試験及び対照物品。精製マウスモノクローナル抗体（ｍＡＢ）の２Ｍ１３、２Ｍ１９及び２Ｍ２４を、クローンハイブリドーマ細胞系から産生し、ヒト組織におけるＩＣＯＳ陽性細胞の検出に使用するために試験した。ＩＣＯＳ過剰発現プラスミド（ＣＨＯ−ＩＣＯＳ）または対照プラスミド（ＣＨＯ−ベクター）が安定して形質移入されたＣＨＯ細胞ペレットのＦＦＰＥブロックを、標準的なプロトコールの使用によって生成した。簡潔には、細胞を削り落として収集し、１０％緩衝ホルマリンで固定し、Ｈｉｓｔｏｇｅｌに包埋した。Ｈｉｓｔｏｇｅｌペレットが凝固した後、慣用的な組織学包埋技術を使用するＦＦＰＥ遮断により処理した。５μｍ切片を抗体染色に使用した。
ＩＨＣ分析用の組織試料。正常ヒト扁桃腺（陽性対照）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）及び頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）組織のホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）ブロックを、商業的供給源から購入した。ＦＦＰＥ組織の５μｍ切片を、抗体染色の検証に使用した。
ＩＣＯＳの免疫組織化学。ＩＨＣ分析を５μｍのＦＦＰＥ切片で実施した。抗原発現は、緩衝液ＥＲ２（ｐＨ１０）を使用した切片の熱処理によって増強させた。ＩＨＣは、Lｅｉｃａ Ｂｏｎｄ Ｒｘ自動システムＬｅｉｃａ Ｍｉｃｒｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．，Ｃｈｉｃａｇｏ，ＩＬ）の標準プロトコールを用いて、ＤＡＢ色原体を使用する間接的な方法を使用して実施した。
ＩＣＯＳ染色は、熟練の病理学者が表９に示されている０〜３＋スケールを使用してスコア付けた。
表９：ＩＣＯＳスコア付け指針
ＩＣＯＳ特異的ＩＨＣ抗体の特定。抗体の２Ｍ１３、２Ｍ１９及び２Ｍ２４は、ヒトＩＣＯＳタンパク質の細胞内ドメインにマッピングしたペプチドの免疫化によって生成された、ハイブリドーマライブラリーを選別することすることによって特定した。陽性抗体は、ＦＦＰＥ組織切片において、ペプチドＥＬＩＳＡ、細胞に基づいたＥＬＩＳＡ及びＩＨＣを使用して、ハイブリドーマクローンを進行的に選別することによって特定した。細胞に基づいたＥＬＩＳＡの代表的なデータを図３０に示す。
ＦＦＰＥ組織のＩＨＣ分析によるｍＡｂの検証。２Ｍ１３、２Ｍ１９及び２Ｍ２４をヒト扁桃腺組織切片によって更に試験した。図３１から分かるように、３つの抗体は、全て、正常なヒト扁桃腺組織に特異的な膜又は細胞質染色を示した。この染色パターンは、主に正常な扁桃腺の胚中心を取り囲むリンパ節に集合し、低い頻度で扁桃腺の胚中心内及び濾胞領域に分布しており、既知のＴ細胞局在化と一致していた。組織の他の種類の細胞において、バックグラウンドはほとんど、または全く観察されなかった。これらのデータは、共に、２Ｍ１３抗体の特異性を確認している。更に、抗体２Ｍ１３は、２Ｍ１９及び２Ｍ２４の両方と比較して、最も強力な染色を生じた。これらのデータに基づいて、２Ｍ１３を更なる研究に使用した。
特異性。図３１及び３２から分かるように、抗ＩＣＯＳ抗体（２Ｍ１３）は、扁桃腺組織において、最小限の非特異的バックグラウンド染色を伴ってＴ細胞のＩＣＯＳ発現を特異的に検出した。特異性を更に確認するため、ＩＣＯＳ発現の染色を、抗体の生成に使用した抗体に対応するペプチドを使用して遮断した。図３２から分かるように、２Ｍ１３抗体による扁桃腺試料のＩＣＯＳ染色は、モル過剰量のＩＣＯＳ（Ｃ末端）ペプチドの使用によって完全に競合された（上側パネル）。ＩＣＯＳ特異的染色は、２Ｍ１３が隣接（Ｎ末端）ペプチドの使用によって競合されたときに保持され、ＩＣＯＳの検出における、この抗体の特異性を更に支持している。重要なことに、バックグラウンド染色は全ての実験において低かった。同様の特異性が２Ｍ１９において観察された（データ示されず）。
抗体特異性を、ＩＣＯＳまたは空ベクターを安定して発現しているＦＦＰＥ処理ＣＨＯ細胞の使用によって更に試験した。図３３から分かるように、２Ｍ１３のみが、ＩＣＯＳ発現ＣＨＯ細胞を染色した。空ベクターを発現するＣＨＯ細胞には染色が観察されなかった。
アッセイ精度。抗ＩＣＯＳ（２Ｍ１３）抗体反応性についての病理学的総説は、一回及び複数回アッセイの両方において一貫した染色強度を示した。これらの結果は、扁桃腺の顕微鏡写真において容易に観察される（図３４）。陰性対照の染色は、これらのアッセイにおいて最小限であった（データ示されず）。
範囲。複数のＮＳＣＬＳ及びＨＮＳＣＣ腫瘍試料を、開発されたプロトコールの使用によって抗ＩＣＯＳ抗体で染色した。これらの試料は、広範囲のＩＣＯＳ発現レベル及び膜強度を示した。図３５に示されているように、このアッセイは、広範囲の生理学的に重量な発現レベルを検出することができる。
実施例１６：腫瘍におけるマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）及びＩＣＯＳレベルとの相関関係の決定
ミスマッチ修復の欠乏は、ヒト腫瘍の特定の画分におけるＤＮＡ修復経路の欠乏に関連する。これらのミスマッチ修復の欠乏したマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）腫瘍は、マイクロサテライト安定性の対応物と比較して、腫瘍において１０〜１００倍多くの突然変異を蓄積する（Ｎａｔｕｒｅ ５１３：２０２−２０９（２０１４））。高ＭＳＩ腫瘍は、周囲の腫瘍微小環境により多くの非自己またはネオ抗原を提示することがあり、したがって外来性であることが免疫的に認識されうる。これらの非自己抗原は、免疫系細胞を腫瘍に浸潤するように誘引しうる。このように、多数の突然変異という結果によって、高ＭＳＩ腫瘍はＭＳＳより高いレベルの浸潤を有する傾向がある（Ｊａｓｓ ｅｔ ａｌ．，１９９８，Ｇｕｔ ４２：６７３−６７９）。ＩＣＯＳが浸潤免疫細胞に発現するので、ＭＳＩ腫瘍のＩＣＯＳ ＲＮＡレベルを、ＭＳＳ腫瘍のＩＣＯＳ ＲＮＡレベルと比較した。
３０の異なる癌を表す約１０，０００個のヒト腫瘍のＤＮＡ突然変異データ、遺伝子発現データ及び遺伝子増幅データを含むＴｈｅ ｈｉｇｈ−ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）データセットを、この分析に使用した。生配列データを調製し、マップされたフラグメント百万個あたりのエクソンの１キロベース毎のフラグメント（ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｐｅｒ ｋｉｌｏｂａｓｅ ｏｆ ｅｘｏｎ ｐｅｒ ｍｉｌｌｉｏｎ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｍａｐｐｅｄ）（ＦＰＫＭ）を利用した遺伝子発現を、独自のデータ正規化及び発現分析パイプラインを利用するＯｍｉｃＳｏｆｔ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎにより計算した。全てのＦＰＫＭ値を、２進法の対数関数の使用により変換し、分析した。
この分析では、データセットは、表１０に示されているものと類似したＭＳＩ状態を指定するＮＣＩ指針を使用し、製造会社の仕様書に従ってＰＣＲにより測定した、既知のＭＳＩ状態を有する適応症及び腫瘍に限定された（Ｎａｔｕｒｅ ２８７：３３０−３３７（２０１２）、Ｎａｔｕｒｅ ４９７：６７−７３（２０１３）、Ｎａｔｕｒｅ ５１３：２０２−２０９（２０１４）を参照すること）。
表１０：ＰＣＲ分析による結腸直腸癌のＭＳＩの評価指針
ＩＣＯＳレベル（ｌｏｇ２ ＦＰＫＭ）は、結腸腺癌（ＣＯＡＤ）、胃癌としても知られている胃腺癌（ＳＴＡＤ）及び子宮体内膜癌（ＵＣＥＣ）の７３１個の腫瘍試料から得た。ＩＣＯＳレベルは図３６にボックスプロットとしてプロットされており、最初に適応症によって集められ、次にＭＳＩ状態（高ＭＳＩ、低ＭＳＩ及びＭＳＳ）によって集められている。ボックスは発現の上位及び下位四分位数を示し、正中線が破線により示されている。ＩＣＯＳが上位または下位四分位数外の四分位数間範囲を超えたレベルで発現したあらゆる腫瘍に、外れ値がプロットされている。個別の腫瘍の分布が、それぞれ個別のボックスを縦に横断して示されている濃い灰色のヒストグラムによって示されている。発現はｌｏｇ２（ＦＰＫＭ）で示されている。Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ検定を、それぞれの適応症の範囲内のＭＳＩ／ＭＳＳ状態群にわたって適用して、ＭＳＩ／ＭＳＳ群におけるＩＣＯＳの差次的発現の有意性についてのｐ値を得た。
図３６に示されているように、ＩＣＯＳレベルは、各群の中央値（破線）を比較すると、全ての適応症において一般に低ＭＳＩまたはＭＳＳ群より高ＭＳＩ群において高い。Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ分析は、＜０．００１のｐ値を提供し、差次的発現が有意であることを示唆している。
これらの結果は、ＭＳＩ陽性患者が作動薬抗ＩＣＯＳ抗体療法から利益を受けうることを示している。
ＭＳＩは、例えば、上記に考察されたＮＣＩ指針に従って、ＰＣＲによりアッセイすることができる（Ｂｏｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．，１９９８，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５８：５２４８−５２５７、また表１０も参照すること）。ＩＨＣ分析を実施して、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６及び／またはＰＭＳ２を検出することもでき、それは、これらの遺伝子発現の損失がＭＳＩ表現型に寄与しうるからである（例えば、Ｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，２００４，Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．９６：２６１−２６８、ＡＭＡ ａｎｄ ＮＣＨＰＥＧ Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｆａｃｔ Ｓｈｅｅｔｓ：１１−０４５６：２／１２：ｊｔ：Ｕｐｄａｔｅｄ Ｆｅｂ ２０１２、Ｍａｙｏ ｃｌｉｎｉｃ ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ：ｍａｙｏｍｅｄｉｃａｌｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ．ｃｏｍ／ｔｅｓｔ−ｃａｔａｌｏｇ／Ｃｌｉｎｉｃａｌ＋ａｎｄ＋Ｉｎｔｅｒｐｒｅｔｉｖｅ／３５４５８を参照すること）。
実施例１７：ＩＣＯＳ発現による癌サブタイプの層別化
様々な腫瘍サブタイプにおけるＩＣＯＳ発現のレベルを、Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）の高次元データセットを使用して評価することができる。生配列データが調製され、マップされたフラグメント百万個あたりのエクソンの１キロベース毎のフラグメント（ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｐｅｒ ｋｉｌｏｂａｓｅ ｏｆ ｅｘｏｎ ｐｅｒ ｍｉｌｌｉｏｎ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｍａｐｐｅｄ）（ＦＰＫＭ）を利用した遺伝子発現が、独自のデータ正規化及び発現分析パイプラインを利用するＯｍｉｃＳｏｆｔ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎにより計算される。ＦＰＫＭ値が２進法の対数関数の使用により変換され、分析される。
様々なヒト腫瘍サブタイプにおけるＩＣＯＳ発現が表１１に示されている。この表に示されているように、腫瘍の特定のサブタイプは、同じ腫瘍の他のサブタイプより高いＩＣＯＳ発現レベルを有する。例えば、肺腺癌の終末呼吸単位（ＴＲＵ）及び近位炎症性サブタイプは、肺腺癌の近位繁殖サブタイプより高いＩＣＯＳ発現を有する。同様に、分泌性肺扁平上皮癌（肺ＳＣＣ）は、肺ＳＣＣの始原的、古典的、または基底サブタイプより高いＩＣＯＳ発現を有する。頭頸部サブタイプでは、古典的なものだけが低いＩＣＯＳ発現レベルを有する。試験された浸潤性乳癌サブタイプでは、ＨＥＲ２＋及び三種陰性が最も高いＩＣＯＳ発現を有した。試験された子宮体内膜癌サブタイプでは、ＰＯＬＥ突然変異サブタイプが、最も高いＩＣＯＳ発現を有する。ＨＰＶ＋頸部扁平上皮癌及び子宮頸部腺癌は、ＨＰＶ−のものより高いＩＣＯＳ発現を有した。試験された胃腺癌のサブタイプは、全て高いＩＣＯＳ発現を有した。試験された膀胱尿路上皮癌サブタイプでは、基底ＩＶ（間葉）サブタイプが最も高いＩＣＯＳ発現を有した。試験された膵腺癌サブタイプでは、免疫原性のものだけが高いＩＣＯＳ発現レベルを示した。試験された肝細胞癌サブタイプでは、Ｓ１サブタイプが最も高いＩＣＯＳ発現を有した。
表１１：癌サブタイプのＩＣＯＳ発現
本開示は、その精神または本質的特徴から逸脱することなく、他の特定の形態を組み込むことができる。したがって前述の実施形態は、全ての態様において、本開示を制限するものではなく、例示的なものであると考慮されるべきである。このように本開示の範囲は、前述の記載ではなく、添付の特許請求の範囲により示されており、したがって、特許請求の範囲の同等物の意味及び範囲に入る全ての変化は、包含されることが意図される。
配列表

Claims (84)

  1. 試料においてＩＣＯＳ発現レベルを決定する方法であって、表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡのレベルを検出することを含む、前記方法。
  2. 癌が抗ＩＣＯＳ抗体療法に応答しているかを予測する方法であって、癌を有する対象の試料において表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡのレベルを検出することを含む、前記方法。
  3. 少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個の前記ｍＲＮＡのレベルが閾値レベルを超える場合、前記癌が、抗ＩＣＯＳ抗体療法に応答していると予測される、請求項２に記載の方法。
  4. 抗ＩＣＯＳ抗体による治療から利益を受ける可能性がある、癌を有する対象を特定する方法であって、前記対象の試料において表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡのレベルを検出することを含む、前記方法。
  5. 少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個の前記ｍＲＮＡのレベルが閾値レベルを超える場合、前記対象が、抗ＩＣＯＳ抗体による治療から利益を受ける可能性があると特定される、請求項４に記載の方法。
  6. 癌を有する対象に癌療法を選択する方法であって、前記対象の試料において表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡのレベルを検出すること、及び少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個の前記ｍＲＮＡのレベルが閾値レベルを超える場合、前記療法に抗ＩＣＯＳ抗体を選択することを含む、前記方法。
  7. 有効量の抗ＩＣＯＳ抗体を前記対象に投与することを更に含む、請求項２〜６のいずれか一項に記載の方法。
  8. 対象において癌を治療する方法であって、
    ａ）対象の試料において表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡのレベルを検出することと、
    ｂ）少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個の前記ｍＲＮＡのレベルが閾値レベルを超える場合、前記対象を有効量抗ＩＣＯＳ抗体で治療することと、
    を含む、前記方法。
  9. 前記閾値レベルが基準ｍＲＮＡと比べて決定される、請求項３、５、６及び８のいずれか一項に記載の方法。
  10. 前記基準ｍＲＮＡがハウスキーピングｍＲＮＡである、請求項９に記載の方法。
  11. 前記方法が、ＣＣＲ５、ＣＤ２、ＣＤ９６、ＣＴＬＡ４、ＣＸＣＲ６、ＦＯＸＰ３、ＩＣＯＳ、ＩＴＫ、Ｐ２ＲＹ１０、ＳＩＲＰＧ及びＴＩＧＩＴから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡのレベルを検出することを含む、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。
  12. 前記検出が、増幅及びハイブリッド形成から選択される少なくとも１つの方法を含む、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。
  13. 前記方法が定量的ＰＣＲを含む、請求項１２に記載の方法。
  14. 前記方法がアレイによるハイブリッド形成を含む、請求項１２に記載の方法。
  15. 前記試料が癌試料である、先行請求項のいずれか一項に記載の抗体。
  16. 前記対象が、黒色腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、胃癌、膀胱癌、子宮内膜癌、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）及び三種陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される癌を有する、請求項２〜１５のいずれか一項に記載の方法。
  17. 前記対象が、黒色腫、胃癌、子宮内膜癌、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）及び三種陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される癌を有する、請求項１６に記載の方法。
  18. 前記抗ＩＣＯＳ抗体が、ヒトＩＣＯＳに結合し、前記抗体が、マウスＩＣＯＳ及び／またはラットＩＣＯＳにも結合する、請求項２〜１７のいずれか一項に記載の方法。
  19. 前記抗体が、５ｎＭ未満の親和性（ＫＤ）でヒトＩＣＯＳに結合する、請求項１８に記載の方法。
  20. 前記抗体が、１０ｎＭ未満の親和性（ＫＤ）でラットＩＣＯＳに結合する、請求項１８または請求項１９に記載の方法。
  21. 親和性が、バイオレイヤー干渉法を使用して決定される、請求項１９または請求項２０に記載の方法。
  22. 前記抗体が、ヒトＩＣＯＳ、マウスＩＣＯＳ及びラットＩＣＯＳに結合する、請求項１８〜２１のいずれか一項に記載の方法。
  23. 前記抗体がカニクイザルＩＣＯＳに結合する、請求項１８〜２２のいずれか一項に記載の方法。
  24. 前記抗ＩＣＯＳ抗体が、
    ｉ）（ａ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｉｉ）（ａ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｉｉｉ）（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号６６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｉｖ）（ａ）配列番号２２、６２、７２、８２、９２、１０２及び１１２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２３、６３、７３、８３、９３、１０３及び１１３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２４、６４、７４、８４、９４、１０４及び１１４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２５、６５、７５、８５、９５、１０５及び１１５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２６、６６、７６、８６、９６、１０６及び１１６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、ならびに（ｆ）配列番号２７、６７、７７、８７、９７、１０７及び１１７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｖ）（ａ）配列番号３２、１６２、１７２及び１８２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３３、１６３、１７３及び１８３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号、３４、１６４、１７４及び１８４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号３５、１６５、１７５及び１８５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３６、１６６、１７６及び１８６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、ならびに（ｆ）配列番号３７、１６７、１７７及び１８７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｖｉ）（ａ）配列番号５２、１２２、１３２、１４２及び１５２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５３、１２３、１３３、１４３及び１５３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号５４、１２４、１３４、１４４及び１５４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号５５、１２５、１３５、１４５及び１５５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５６、１２６、１３６、１４６及び１５６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、ならびに（ｆ）配列番号５７、１２７、１３７、１４７及び１５７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｖｉｉ）（ａ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｖｉｉｉ）（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｉｘ）（ａ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘ）（ａ）配列番号７２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号７３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号７４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号７５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号７６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号７７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｉ）（ａ）配列番号８２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号８３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号８４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号８５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号８６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号８７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｉｉ）（ａ）配列番号９２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号９３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号９４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号９５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号９７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｉｉｉ）（ａ）配列番号１０２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１０３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１０４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｉｖ）（ａ）配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｖ）（ａ）配列番号１２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１２４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｖｉ）（ａ）配列番号１３２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１３４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１３６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１３７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、または（ａ）配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｖｉｉ）（ａ）配列番号１５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１５３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１５５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｖｉｉｉ）（ａ）配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１６３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１６４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｉｘ）（ａ）配列番号１７２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１７３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１７４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１７５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１７６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１７７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｘ）（ａ）配列番号１８２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１８３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１８４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１８５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１８６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１８７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、
    を含む、請求項２〜１７のいずれか一項に記載の方法。
  25. 前記抗ＩＣＯＳ抗体が、重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、
    ｉ）前記ＶＨが、配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号１１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｉｉ）前記ＶＨが、配列番号２０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号２１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｉｉｉ）前記ＶＨが、配列番号３０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号３１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｉｖ）前記ＶＨが、配列番号４０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号４１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｖ）前記ＶＨが、配列番号５０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号５１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｖｉ）前記ＶＨが、配列番号６０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号６１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｖｉｉ）前記ＶＨが、配列番号７０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号７１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｖｉｉｉ）前記ＶＨが、配列番号８０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号８１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｉｘ）前記ＶＨが、配列番号９０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号９１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｘ）前記ＶＨが、配列番号１００のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号１０１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｘｉ）前記ＶＨが、配列番号１１０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号１１１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｘｉｉ）前記ＶＨが、配列番号１２０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号１２１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｘｉｉｉ）前記ＶＨが、配列番号１３０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号１３１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｘｉｖ）前記ＶＨが、配列番号１４０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号１４１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｘｖ）前記ＶＨが、配列番号１５０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号１５１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｘｖｉ）前記ＶＨが、配列番号１６０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号１６１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｘｖｉｉ）前記ＶＨが、配列番号１７０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号１７１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｘｖｉｉｉ）前記ＶＨが、配列番号１８０のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号１８１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある
    請求項２４記載の方法。
  26. 前記抗ＩＣＯＳ抗体が、重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、
    ｉ）前記ＶＨが配列番号１０のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号１１のアミノ酸配列を含む、または
    ｉｉ）前記ＶＨが配列番号２０のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号２１のアミノ酸配列を含む、または
    ｉｉｉ）前記ＶＨが配列番号３０のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号３１のアミノ酸配列を含む、または
    ｉｖ）前記ＶＨが配列番号４０のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号４１のアミノ酸配列を含む、または
    ｖ）前記ＶＨが配列番号５０のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号５１のアミノ酸配列を含む、または
    ｖｉ）前記ＶＨが配列番号６０のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号６１のアミノ酸配列を含む、または
    ｖｉｉ）前記ＶＨが配列番号７０のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号７１のアミノ酸配列を含む、または
    ｖｉｉｉ）前記ＶＨが配列番号８０のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号８１のアミノ酸配列を含む、または
    ｉｘ）前記ＶＨが配列番号９０のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号９１のアミノ酸配列を含む、または
    ｘ）前記ＶＨが配列番号１００のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号１０１のアミノ酸配列を含む、または
    ｘｉ）前記ＶＨが配列番号１１０のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号１１１のアミノ酸配列を含む、または
    ｘｉｉ）前記ＶＨが配列番号１２０のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号１２１のアミノ酸配列を含む、または
    ｘｉｉｉ）前記ＶＨが配列番号１３０のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号１３１のアミノ酸配列を含む、または
    ｘｉｖ）前記ＶＨが配列番号１４０のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号１４１のアミノ酸配列を含む、または
    ｘｖ）前記ＶＨが配列番号１５０のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号１５１のアミノ酸配列を含む、または
    ｘｖｉ）前記ＶＨが配列番号１６０のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号１６１のアミノ酸配列を含む、または
    ｘｖｉｉ）前記ＶＨが配列番号１７０のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号１７１のアミノ酸配列を含む、または
    ｘｖｉｉｉ）前記ＶＨが配列番号１８０のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号１８１のアミノ酸配列を含む
    請求項２４または請求項２５に記載の方法。
  27. 前記抗ＩＣＯＳ抗体が、
    ｉ）（ａ）配列番号１９４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１９５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１９６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１９７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１９８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１９９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、または
    ｉｉ）（ａ）配列番号２０２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２０３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２０４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２０５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２０６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２０７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、または
    ｉｉｉ）（ａ）配列番号２１０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２１１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２１３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２１４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、
    を含む、請求項２〜１７のいずれか一項に記載の方法。
  28. 前記抗ＩＣＯＳ抗体が、重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、
    ｉ）前記ＶＨが、配列番号１９２のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号１９３のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｉｉ）前記ＶＨが、配列番号２００のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号２０１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｉｉｉ）前記ＶＨが、配列番号２０８のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号２０９のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある
    請求項２７に記載の方法。
  29. 前記抗ＩＣＯＳ抗体が、重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、
    ｉ）前記ＶＨが配列番号１９２のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号１９３のアミノ酸配列を含む、または
    ｉｉ）前記ＶＨが配列番号２００のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号２０１のアミノ酸配列を含む、または
    ｉｉｉ）前記ＶＨが配列番号２０８のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号２０９のアミノ酸配列を含む
    請求項２７または請求項２８に記載の方法。
  30. 前記抗ＩＣＯＳ抗体がモノクローナル抗体である、請求項２〜２９のいずれか一項に記載の方法。
  31. 前記抗ＩＣＯＳ抗体が、キメラ抗体またはヒト化抗体である、請求項２〜３０のいずれか一項に記載の方法。
  32. 前記抗ＩＣＯＳ抗体が、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、または（Ｆａｂ’）２フラグメントから選択される抗体フラグメントである、請求項２〜３１のいずれか一項に記載の方法。
  33. 前記抗ＩＣＯＳ抗体が完全長抗体である、請求項２〜３１のいずれか一項に記載の方法。
  34. 前記抗ＩＣＯＳ抗体が、配列番号１８８のアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号１８９のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項２〜３１のいずれか一項に記載の方法。
  35. 哺乳動物への抗ＩＣＯＳ抗体の投与が、前記哺乳動物においてエフェクターＴ（Ｔｅｆｆ）細胞の増加をもたらす、請求項２〜３４のいずれか一項に記載の方法。
  36. 哺乳動物への前記抗体の投与が、前記哺乳動物においてエフェクターＴ（Ｔｅｆｆ）細胞の活性化をもたらす、請求項２〜３５のいずれか一項に記載の方法。
  37. 前記Ｔｅｆｆ細胞がＣＤ４＋ ＦｏｘＰ３− Ｔ細胞である、請求項３５または請求項３６に記載の方法。
  38. 前記Ｔｅｆｆ細胞が、ＣＤ４＋ＦｏｘＰ３−Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞である、請求項３５または請求項３６に記載の方法
  39. 前記Ｔｅｆｆ細胞がＣＤ８＋Ｔ細胞である、請求項３５または請求項３６に記載の方法。
  40. 哺乳動物への前記抗体の投与が、前記哺乳動物において制御性Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞の減少をもたらす、請求項２〜３９のいずれか一項に記載の方法。
  41. 前記Ｔｒｅｇ細胞がＣＤ４＋ＦｏｘＰ３＋Ｔ細胞である、請求４０に記載の方法。
  42. 前記対象がヒトである、先行請求項のいずれか一項に記載の抗体。
  43. 前記方法が、抗ＩＣＯＳ抗体及び少なくとも１つの追加の治療剤の投与を含む、請求項２〜４２のいずれか一項に記載の方法。
  44. 前記追加の治療剤が、前記抗ＩＣＯＳ抗体と同時または順次に投与される、請求項４３に記載の方法。
  45. 前記追加の治療剤が、抗ＰＤ−１抗体及び抗ＰＤ−Ｌ１抗体から選択される、請求項４３または請求項４４に記載の方法。
  46. 前記追加の治療剤が癌ワクチンである、請求項４３または請求項４４に記載の方法。
  47. 前記癌ワクチンが、ＤＮＡワクチン、改変ウイルスワクチン、改変腫瘍細胞ワクチン及び新生抗原の使用により開発された癌ワクチンから選択される、請求項４６に記載の方法。
  48. 試料においてＩＣＯＳ発現のレベルを決定するための、表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡの使用。
  49. 前記試料が癌試料である、請求項４８に記載の使用。
  50. 癌が抗ＩＣＯＳ抗体療法に応答するかを予測するための、表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡの使用。
  51. 抗ＩＣＯＳ抗体による治療から利益を受ける可能性がある、癌を有する対象を特定するための、表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡの使用。
  52. 癌療法が抗ＩＣＯＳ抗体を含み、癌を有する対象に前記癌療法を選択するための、表６のｍＲＮＡから選択される少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個のｍＲＮＡの使用。
  53. 前記癌が、黒色腫、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、胃癌、膀胱癌、子宮内膜癌、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、ホジキンリンパ腫、卵巣癌、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）及び三種陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される、請求項４９〜５２のいずれか一項に記載の使用。
  54. 前記癌が、黒色腫、胃癌、子宮内膜癌、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）及び三種陰性乳癌（ＴＮＢＣ）から選択される、請求項５０に記載の使用。
  55. 前記抗ＩＣＯＳ抗体が、Ｔ細胞のＮＫｐ４６へのリガンド（ＮＫｐ４６−Ｌ）のレベルを増加させる、請求項２〜４７のいずれか一項に記載の方法、または請求項５０〜５４のいずれか一項に記載の使用。
  56. Ｔ細胞へのＮＫｐ４６−Ｌのレベルの前記増加が、フローサイトメトリーアッセイにおいて可溶性ＮＫｐ４６細胞外ドメインを使用して決定される、請求項５５に記載の方法または使用。
  57. 前記抗体が、Ｔｒｅｇ細胞へのＮＫｐ４６−Ｌのレベルを、前記抗体がＴｅｆｆ細胞へのＮＫｐ４６−Ｌのレベルを増加するよりも大きく増加する、請求項５５または請求項５６に記載の方法または使用
  58. 前記抗体が、ＮＫ細胞によるＣＤ１６のシェディングを増加する、請求項５５〜５７のいずれか一項に記載の方法または使用。
  59. 治療作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体による治療を患者に選択する方法であって、前記患者のＴ細胞を、試験作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体と接触させ、ＮＫｐ４６リガンド（ＮＫｐ４６−Ｌ）が前記Ｔ細胞に誘導されるかを決定することを含む、前記方法。
  60. 患者が治療作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体による治療に応答するかを決定する方法であって、前記患者のＴ細胞を、試験作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体と接触させ、ＮＫｐ４６リガンド（ＮＫｐ４６−Ｌ）が前記Ｔ細胞に誘導されるかを決定することを含む、前記方法。
  61. ＮＫｐ４６−Ｌが前記Ｔ細胞に誘導される場合、前記患者には、前記治療作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体による治療が選択される、請求項５９または請求項６０に記載の方法。
  62. 前記Ｔ細胞がＴｒｅｇ細胞である、請求項５９〜６１のいずれか一項に記載の方法。
  63. Ｔ細胞へのＮＫｐ４６−Ｌの前記誘導が、フローサイトメトリーアッセイにおいて可溶性ＮＫｐ４６細胞外ドメインを使用して決定される、請求項５９〜６２のいずれか一項に記載の方法。
  64. 前記Ｔ細胞が前記患者の血液試料に含まれる、請求項５９〜６３のいずれか一項に記載の方法。
  65. 前記Ｔ細胞が前記患者の末梢血単核球試料に含まれる、請求項６４に記載の方法。
  66. 前記治療作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体及び前記試験作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体が同じである、請求項５９〜６５のいずれか一項に記載の方法。
  67. 前記治療作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体及び前記試験作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体が異なっている、請求項５９〜６５のいずれか一項に記載の方法。
  68. 前記治療作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体及び／または前記試験作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体が、
    ｉ）（ａ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｉｉ）（ａ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｉｉｉ）（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号６６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｉｖ）（ａ）配列番号２２、６２、７２、８２、９２、１０２及び１１２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２３、６３、７３、８３、９３、１０３及び１１３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２４、６４、７４、８４、９４、１０４及び１１４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２５、６５、７５、８５、９５、１０５及び１１５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２６、６６、７６、８６、９６、１０６及び１１６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、ならびに（ｆ）配列番号２７、６７、７７、８７、９７、１０７及び１１７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｖ）（ａ）配列番号３２、１６２、１７２及び１８２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３３、１６３、１７３及び１８３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号、３４、１６４、１７４及び１８４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号３５、１６５、１７５及び１８５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３６、１６６、１７６及び１８６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、ならびに（ｆ）配列番号３７、１６７、１７７及び１８７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｖｉ）（ａ）配列番号５２、１２２、１３２、１４２及び１５２から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５３、１２３、１３３、１４３及び１５３から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号、５４、１２４、１３４、１４４及び１５４から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号５５、１２５、１３５、１４５及び１５５から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５６、１２６、１３６、１４６及び１５６から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２、ならびに（ｆ）配列番号５７、１２７、１３７、１４７及び１５７から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｖｉｉ）（ａ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｖｉｉｉ）（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｉｘ）（ａ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘ）（ａ）配列番号７２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号７３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号７４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号７５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号７６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号７７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｉ）（ａ）配列番号８２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号８３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号８４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号８５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号８６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号８７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｉｉ）（ａ）配列番号９２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号９３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号９４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号９５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号９７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｉｉｉ）（ａ）配列番号１０２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１０３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１０４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１０５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１０７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｉｖ）（ａ）配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１１３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１１４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１１７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｖ）（ａ）配列番号１２２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１２３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１２４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１２５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１２６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１２７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｖｉ）（ａ）配列番号１３２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１３４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１３５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１３６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１３７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、または（ａ）配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１４３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１４４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１４５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１４７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｖｉｉ）（ａ）配列番号１５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１５３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１５５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｖｉｉｉ）（ａ）配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１６３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１６４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｉｘ）（ａ）配列番号１７２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１７３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１７４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１７５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１７６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１７７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、あるいは
    ｘｘ）（ａ）配列番号１８２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１８３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１８４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１８５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１８６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１８７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、
    を含む抗ＩＣＯＳ抗体から独立して選択される、請求項５９〜６７のいずれか一項に記載の方法
  69. 前記治療作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体及び／または前記試験作動薬の抗ＩＣＯＳ抗体が、
    ｉ）（ａ）配列番号１９４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１９５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１９６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１９７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１９８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１９９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、または
    ｉｉ）（ａ）配列番号２０２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２０３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２０４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２０５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２０６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２０７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、または
    ｉｉｉ）（ａ）配列番号２１０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２１１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２１３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２１４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、
    を含む抗ＩＣＯＳ抗体から独立して選択される、請求項５９〜６８のいずれか一項に記載の方法。
  70. ｉ）（ａ）配列番号１９４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１９５のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１９６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号１９７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１９８のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号１９９のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、または
    ｉｉ）（ａ）配列番号２０２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２０３のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２０４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２０５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２０６のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２０７のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、または
    ｉｉｉ）（ａ）配列番号２１０のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２１１のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２１２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３、（ｄ）配列番号２１３のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２１４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２及び（ｆ）配列番号２１５のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３、
    を含む、単離抗体。
  71. 前記抗体が、重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、
    ｉ）前記ＶＨが、配列番号１９２のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号１９３のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｉｉ）前記ＶＨが、配列番号２００のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号２０１のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある、あるいは
    ｉｉｉ）前記ＶＨが、配列番号２０８のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性があり、前記ＶＬが、配列番号２０９のアミノ酸配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性がある
    請求項７０に記載の単離抗体。
  72. 前記抗体が、重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、
    ｉ）前記ＶＨが配列番号１９２のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号１９３のアミノ酸配列を含む、または
    ｉｉ）前記ＶＨが配列番号２００のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号２０１のアミノ酸配列を含む、または
    ｉｉｉ）前記ＶＨが配列番号２０８のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬが配列番号２０９のアミノ酸配列を含む
    請求項７０または請求項７１に記載の単離抗体。
  73. 前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項７０〜７２のいずれか一項に記載の方法。
  74. 前記抗体が、キメラ抗体またはヒト化抗体である、請求項７０〜７３のいずれか一項に記載の方法。
  75. 前記抗体が、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、または（Ｆａｂ’）２フラグメントから選択される抗体フラグメントである、請求項７０〜７４のいずれか一項に記載の方法。
  76. 前記抗体が完全長抗体である、請求項７０〜７５のいずれか一項に記載の方法。
  77. 請求項７０〜７６のいずれか一項に記載の抗体と、薬学的に許容される担体とを含む、組成物。
  78. ＩＣＯＳを検出するため、ＩＣＯＳを阻害するため、ＩＣＯＳの発現レベルを決定するため、癌が抗ＩＣＯＳ療法に応答するかを予測するため、抗ＩＣＯＳ抗体による治療から利益を受ける可能性がある、癌を有する対象を特定するため、癌を有する対象に癌療法を選択するため、または癌を治療するための、請求項７０〜７６のいずれか一項に記載の抗体の使用。
  79. ＩＣＯＳを阻害する、または癌を治療する医薬の調製における、請求項７０〜７６のいずれか一項に記載の抗体の使用。
  80. ＩＣＯＳを検出するため、ＩＣＯＳの発現レベルを決定するため、癌が抗ＩＣＯＳ療法に応答するかを予測するため、抗ＩＣＯＳ抗体による治療から利益を受ける可能性がある、癌を有する対象を特定するため、または癌を有する対象に癌療法を選択するための組成物の調製における、請求項７０〜７６のいずれか一項に記載の抗体の使用。
  81. 請求項７０〜７６のいずれか一項に記載の抗体をコードする、核酸。
  82. 請求項８１に記載の核酸を含む、宿主細胞。
  83. 前記抗体が発現される条件下で、請求項８２に記載の宿主細胞を培養することを含む、請求項７０〜７６のいずれか一項に記載の抗体の産生方法。
  84. 前記抗体を精製することを更に含む、請求項８３に記載の方法。
JP2018520607A 2015-10-22 2016-10-21 Ｉｃｏｓ発現を決定する遺伝子シグネチャー Pending JP2018534927A (ja)

Applications Claiming Priority (9)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562245180P 2015-10-22 2015-10-22
US62/245,180 2015-10-22
US201662311486P 2016-03-22 2016-03-22
US62/311,486 2016-03-22
US201662359069P 2016-07-06 2016-07-06
US62/359,069 2016-07-06
US201662395970P 2016-09-16 2016-09-16
US62/395,970 2016-09-16
PCT/US2016/058032 WO2017070423A1 (en) 2015-10-22 2016-10-21 Gene signatures for determining icos expression

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2018534927A true JP2018534927A (ja) 2018-11-29

Family

ID=57249880

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2018520607A Pending JP2018534927A (ja) 2015-10-22 2016-10-21 Ｉｃｏｓ発現を決定する遺伝子シグネチャー

Country Status (11)

Country Link
US (2) US10968277B2 (ja)
EP (1) EP3365372A1 (ja)
JP (1) JP2018534927A (ja)
KR (1) KR20180066236A (ja)
CN (1) CN108350505A (ja)
AU (1) AU2016342269A1 (ja)
CA (1) CA2998208A1 (ja)
HK (1) HK1258249A1 (ja)
IL (1) IL258155A (ja)
TW (1) TW201723190A (ja)
WO (1) WO2017070423A1 (ja)

Families Citing this family (22)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB201403775D0 (en) 2014-03-04 2014-04-16 Kymab Ltd Antibodies, uses & methods
CN114907481A (zh) * 2015-03-23 2022-08-16 震动疗法股份有限公司 Icos的抗体
EP3365372A1 (en) 2015-10-22 2018-08-29 Jounce Therapeutics, Inc. Gene signatures for determining icos expression
US9567399B1 (en) 2016-06-20 2017-02-14 Kymab Limited Antibodies and immunocytokines
CN109689688B (zh) 2016-08-09 2023-06-13 科马布有限公司 抗icos抗体
WO2018083248A1 (en) 2016-11-03 2018-05-11 Kymab Limited Antibodies, combinations comprising antibodies, biomarkers, uses & methods
WO2018187191A1 (en) * 2017-04-03 2018-10-11 Jounce Therapeutics, Inc Compositions and methods for the treatment of cancer
TWI788340B (zh) 2017-04-07 2023-01-01 美商必治妥美雅史谷比公司 抗icos促效劑抗體及其用途
GB201709808D0 (en) 2017-06-20 2017-08-02 Kymab Ltd Antibodies
WO2019122882A1 (en) 2017-12-19 2019-06-27 Kymab Limited Bispecific antibody for icos and pd-l1
IT201800001315A1 (it) * 2018-01-18 2019-07-18 Univ Degli Studi Del Piemonte Orientale Amedeo Avogadro Nuovi agenti terapeutici antitumorali
WO2019222188A1 (en) 2018-05-14 2019-11-21 Jounce Therapeutics, Inc. Methods of treating cancer
WO2020081905A1 (en) 2018-10-18 2020-04-23 Jounce Therapeutics, Inc Methods for treating cancer
WO2020086802A1 (en) 2018-10-24 2020-04-30 Jounce Therapeutics, Inc. Methods and compositions for the treatment of cancer and infectious diseases
US20210355222A1 (en) 2018-10-26 2021-11-18 Jounce Therapeutics, Inc. Methods of Treating Cancer
WO2020185739A1 (en) 2019-03-11 2020-09-17 Jounce Therapeutics, Inc. Anti-icos antibodies for the treatment of cancer
US20220378909A1 (en) 2019-11-05 2022-12-01 Jounce Therapeutics, Inc. Methods of Treating Cancer with Anti-PD-1 Antibodies
WO2021146303A1 (en) 2020-01-13 2021-07-22 Jounce Therapeutics, Inc. Methods for the treatment of cancer
IL297313A (en) 2020-04-20 2022-12-01 Jounce Therapeutics Inc Compositions and methods for vaccination and treatment of infectious diseases
GB202007099D0 (en) 2020-05-14 2020-07-01 Kymab Ltd Tumour biomarkers for immunotherapy
US20220396623A1 (en) 2021-05-18 2022-12-15 Kymab Limited Uses of anti-icos antibodies
WO2023222854A1 (en) 2022-05-18 2023-11-23 Kymab Limited Uses of anti-icos antibodies

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2010527585A (ja) * 2007-05-07 2010-08-19 メディミューン，エルエルシー 抗ｉｃｏｓ抗体ならびに、腫瘍、移植および自己免疫疾患の治療におけるその使用
JP2014506117A (ja) * 2010-11-24 2014-03-13 エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲー 軽度の炎症を検出するための方法
JP2014511843A (ja) * 2011-03-31 2014-05-19 アンスティチュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル Ｉｃｏｓに対する抗体及びその使用
JP2014158500A (ja) * 2005-10-19 2014-09-04 Anselm (Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale) 患者の癌の進行およびその転帰の生体外予後診断方法、および該方法を実施するための手段
JP2015528698A (ja) * 2012-07-12 2015-10-01 アンスティチュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル 少なくとも７個の遺伝子のサインを用いて、固形癌を患う患者の生存期間および処置に対する応答性を予測するための方法

Family Cites Families (92)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
GB8601597D0 (en) 1986-01-23 1986-02-26 Wilson R H Nucleotide sequences
US6548640B1 (en) 1986-03-27 2003-04-15 Btg International Limited Altered antibodies
IL85035A0 (en) 1987-01-08 1988-06-30 Int Genetic Eng Polynucleotide molecule,a chimeric antibody with specificity for human b cell surface antigen,a process for the preparation and methods utilizing the same
US5700637A (en) 1988-05-03 1997-12-23 Isis Innovation Limited Apparatus and method for analyzing polynucleotide sequences and method of generating oligonucleotide arrays
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
WO1991010737A1 (en) 1990-01-11 1991-07-25 Molecular Affinities Corporation Production of antibodies using gene libraries
US6150584A (en) 1990-01-12 2000-11-21 Abgenix, Inc. Human antibodies derived from immunized xenomice
US6075181A (en) 1990-01-12 2000-06-13 Abgenix, Inc. Human antibodies derived from immunized xenomice
US5770429A (en) 1990-08-29 1998-06-23 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies
EP0564531B1 (en) 1990-12-03 1998-03-25 Genentech, Inc. Enrichment method for variant proteins with altered binding properties
JP4124480B2 (ja) 1991-06-14 2008-07-23 ジェネンテック・インコーポレーテッド 免疫グロブリン変異体
US5807522A (en) 1994-06-17 1998-09-15 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods for fabricating microarrays of biological samples
US6051227A (en) 1995-07-25 2000-04-18 The Regents Of The University Of California, Office Of Technology Transfer Blockade of T lymphocyte down-regulation associated with CTLA-4 signaling
GB9603256D0 (en) 1996-02-16 1996-04-17 Wellcome Found Antibodies
CA2293829C (en) 1997-06-24 2011-06-14 Genentech, Inc. Methods and compositions for galactosylated glycoproteins
US6342220B1 (en) 1997-08-25 2002-01-29 Genentech, Inc. Agonist antibodies
CA2305350C (en) 1997-09-23 2015-04-07 Bundesrepublik Deutschland Letztvertreten Durch Den Direktor Des Robert-Koch-Instituts Costimulating polypeptide of t cells, monoclonal antibodies, and the preparation and use thereof
DE19821060A1 (de) 1997-09-23 1999-04-15 Bundesrepublik Deutschland Let Ko-stimulierendes Polypeptid von T-Zellen, monoklonale Antikörper sowie die Herstellung und deren Verwendung
AU759779B2 (en) 1997-10-31 2003-05-01 Genentech Inc. Methods and compositions comprising glycoprotein glycoforms
US6610833B1 (en) 1997-11-24 2003-08-26 The Institute For Human Genetics And Biochemistry Monoclonal human natural antibodies
BR9813365A (pt) 1997-12-05 2004-06-15 Scripps Research Inst Método para produção e humanização de um anticorpo monoclonal de rato
DK1068241T3 (da) 1998-04-02 2008-02-04 Genentech Inc Antistofvarianter og fragmenter deraf
US6194551B1 (en) 1998-04-02 2001-02-27 Genentech, Inc. Polypeptide variants
PT1071700E (pt) 1998-04-20 2010-04-23 Glycart Biotechnology Ag Modificação por glicosilação de anticorpos para melhorar a citotoxicidade celular dependente de anticorpos
EP1137436B1 (en) 1998-12-03 2008-06-04 The Regents Of The University Of California Stimulation of T-cells against self antigens using CTLA-4 blocking agents
US6737056B1 (en) 1999-01-15 2004-05-18 Genentech, Inc. Polypeptide variants with altered effector function
NZ551331A (en) 1999-02-03 2008-08-29 Amgen Inc Methods using polypeptides involved in immune response
PT1914244E (pt) 1999-04-09 2013-07-26 Kyowa Hakko Kirin Co Ltd Processo para regular a actividade de moléculas funcionais sob o ponto de vista imunológico
PT1210428E (pt) 1999-08-23 2015-07-21 Genetics Inst Llc Pd-1, um recetor para b7-4 e suas utilizações
EP1212422B1 (en) 1999-08-24 2007-02-21 Medarex, Inc. Human ctla-4 antibodies and their uses
US7605238B2 (en) 1999-08-24 2009-10-20 Medarex, Inc. Human CTLA-4 antibodies and their uses
ATE366814T1 (de) 1999-09-21 2007-08-15 Genetics Inst Llc Gl50 moleküle, sowie verwendungen derselben
JP4668498B2 (ja) 1999-10-19 2011-04-13 協和発酵キリン株式会社 ポリペプチドの製造方法
CA2393869A1 (en) 1999-12-15 2001-06-21 Genetech,Inc. Shotgun scanning, a combinatorial method for mapping functional protein epitopes
WO2001075166A2 (en) 2000-03-31 2001-10-11 Genentech, Inc. Compositions and methods for detecting and quantifying gene expression
CA2414331C (en) 2000-06-28 2011-11-29 Genetics Institute, Llc. Pd-l2 molecules: novel pd-1 ligands and uses therefor
US7064191B2 (en) 2000-10-06 2006-06-20 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Process for purifying antibody
CA2785941C (en) 2000-10-06 2017-01-10 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. Antibody composition-producing cell
US6946292B2 (en) 2000-10-06 2005-09-20 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Cells producing antibody compositions with increased antibody dependent cytotoxic activity
US6596541B2 (en) 2000-10-31 2003-07-22 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods of modifying eukaryotic cells
ATE378403T1 (de) 2000-11-30 2007-11-15 Medarex Inc Transchromosomale transgen-nagetiere zur herstellung von humänen antikörpern
US20030124149A1 (en) 2001-07-06 2003-07-03 Shalaby Shalaby W. Bioactive absorbable microparticles as therapeutic vaccines
CN1555411A (zh) 2001-08-03 2004-12-15 ���迨�����＼���ɷݹ�˾ 抗体-依赖性细胞毒性增大的抗体糖基化变体
EP1443961B1 (en) 2001-10-25 2009-05-06 Genentech, Inc. Glycoprotein compositions
EP1441758A2 (de) 2001-11-09 2004-08-04 MediGene Aktiengesellschaft Allogene vakzine enthaltend eine ein costimulatorisches polypeptid exprimierende tumorzelle
US20040093621A1 (en) 2001-12-25 2004-05-13 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd Antibody composition which specifically binds to CD20
EP1498490A4 (en) 2002-04-09 2006-11-29 Kyowa Hakko Kogyo Kk PROCESS FOR PREPARING ANTIBODY COMPOSITION
JP4628679B2 (ja) 2002-04-09 2011-02-09 協和発酵キリン株式会社 Ｇｄｐ−フコースの輸送に関与する蛋白質の活性が低下または欠失した細胞
JPWO2003085107A1 (ja) 2002-04-09 2005-08-11 協和醗酵工業株式会社 ゲノムが改変された細胞
CA2481925A1 (en) 2002-04-09 2003-10-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Therapeutic agent for patients having human fc.gamma.riiia
US7691568B2 (en) 2002-04-09 2010-04-06 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd Antibody composition-containing medicament
AU2003236018A1 (en) 2002-04-09 2003-10-20 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. METHOD OF ENHANCING ACTIVITY OF ANTIBODY COMPOSITION OF BINDING TO FcGamma RECEPTOR IIIa
JP4753578B2 (ja) 2002-06-03 2011-08-24 ジェネンテック， インコーポレイテッド 合成抗体ファージライブラリー
EP3287144A1 (en) 2002-07-03 2018-02-28 ONO Pharmaceutical Co., Ltd. Immunopotentiating compositions
US7217797B2 (en) 2002-10-15 2007-05-15 Pdl Biopharma, Inc. Alteration of FcRn binding affinities or serum half-lives of antibodies by mutagenesis
EP1572744B1 (en) 2002-12-16 2010-06-09 Genentech, Inc. Immunoglobulin variants and uses thereof
CN101899114A (zh) 2002-12-23 2010-12-01 惠氏公司 抗pd-1抗体及其用途
WO2004065416A2 (en) 2003-01-16 2004-08-05 Genentech, Inc. Synthetic antibody phage libraries
WO2005035586A1 (ja) 2003-10-08 2005-04-21 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. 融合蛋白質組成物
EP1705251A4 (en) 2003-10-09 2009-10-28 Kyowa Hakko Kirin Co Ltd PROCESS FOR PRODUCING ANTIBODY COMPOSITION BY RNA INHIBITION OF FUNCTION OF $ G (A) 1,6-FUCOSYLTRANSFERASE
WO2005040395A1 (en) 2003-10-22 2005-05-06 Keck Graduate Institute Methods of synthesizing heteromultimeric polypeptides in yeast using a haploid mating strategy
RS55723B1 (sr) 2003-11-05 2017-07-31 Roche Glycart Ag Molekuli koji se vezuju za antigen sa povećanim afinitetom vezivanja za fc receptor i efektornom funkcijom
WO2005053742A1 (ja) 2003-12-04 2005-06-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. 抗体組成物を含有する医薬
RU2386638C2 (ru) 2004-03-31 2010-04-20 Дженентек, Инк. Гуманизированные анти-тфр-бета-антитела
US7785903B2 (en) 2004-04-09 2010-08-31 Genentech, Inc. Variable domain library and uses
US8318905B2 (en) 2004-04-23 2012-11-27 Richard Kroczek Antibodies for depletion of ICOS-positive cells in vivo
WO2006004716A2 (en) 2004-06-29 2006-01-12 The Johns Hopkins University Amelioration of drug-induced toxicity
AU2006207999A1 (en) 2005-01-27 2006-08-03 Five Prime Therapeutics, Inc. Leader sequences for directing secretion of polypeptides and methods for production thereof
JP2006265155A (ja) 2005-03-23 2006-10-05 Link Genomics Kk 癌の免疫療法
SI1907000T2 (sl) 2005-06-08 2020-07-31 Dana-Farber Cancer Institute Postopki in sestavki za zdravljenje persistentne HIV infekcije z inhibicijo programiranih celični smrtnih 1 (PD-1) poti
US7923538B2 (en) 2005-07-22 2011-04-12 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd Recombinant antibody composition
WO2007056441A2 (en) 2005-11-07 2007-05-18 Genentech, Inc. Binding polypeptides with diversified and consensus vh/vl hypervariable sequences
WO2007064919A2 (en) 2005-12-02 2007-06-07 Genentech, Inc. Binding polypeptides with restricted diversity sequences
CA2647282A1 (en) 2006-04-05 2007-10-11 Pfizer Products Inc. Ctla4 antibody combination therapy
AU2007249408A1 (en) 2006-05-09 2007-11-22 Genentech, Inc. Binding polypeptides with optimized scaffolds
US20080226635A1 (en) 2006-12-22 2008-09-18 Hans Koll Antibodies against insulin-like growth factor I receptor and uses thereof
CN101679966B (zh) 2007-01-24 2014-03-12 协和发酵麒麟株式会社 具有增强的效应子活性的遗传重组抗体组合物
CN100592373C (zh) 2007-05-25 2010-02-24 群康科技(深圳)有限公司 液晶显示面板驱动装置及其驱动方法
WO2011020024A2 (en) 2009-08-13 2011-02-17 The Johns Hopkins University Methods of modulating immune function
ES2681214T3 (es) 2009-09-30 2018-09-12 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Inmunoterapia de combinación para el tratamiento del cáncer
JP5950824B2 (ja) 2009-12-07 2016-07-13 ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ レランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティー 抗腫瘍抗体療法を増強するための方法
JP5894538B2 (ja) 2010-02-04 2016-03-30 ザ トラスティーズ オブ ザ ユニバーシティ オブ ペンシルバニア 炎症性ヒトＴｈ１７細胞の増殖および機能を決定的に調節するＩＣＯＳ
US9410205B2 (en) * 2010-02-18 2016-08-09 New York University Methods for predicting survival in metastatic melanoma patients
EP2911669B1 (en) 2012-10-26 2024-04-10 The University of Chicago Synergistic combination of immunologic inhibitors for the treatment of cancer
RU2701378C2 (ru) 2013-03-15 2019-09-26 Дженентек, Инк. Биомаркеры и способы лечения связанных с pd-1 и pd-l1 состояний
ES2733546T3 (es) 2013-03-15 2019-11-29 Bristol Myers Squibb Co Inhibidores de IDO
MA41414A (fr) 2015-01-28 2017-12-05 Centre Nat Rech Scient Protéines de liaison agonistes d' icos
CN114907481A (zh) 2015-03-23 2022-08-16 震动疗法股份有限公司 Icos的抗体
EP3365372A1 (en) 2015-10-22 2018-08-29 Jounce Therapeutics, Inc. Gene signatures for determining icos expression
WO2018187191A1 (en) 2017-04-03 2018-10-11 Jounce Therapeutics, Inc Compositions and methods for the treatment of cancer

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2014158500A (ja) * 2005-10-19 2014-09-04 Anselm (Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale) 患者の癌の進行およびその転帰の生体外予後診断方法、および該方法を実施するための手段
JP2010527585A (ja) * 2007-05-07 2010-08-19 メディミューン，エルエルシー 抗ｉｃｏｓ抗体ならびに、腫瘍、移植および自己免疫疾患の治療におけるその使用
JP2014506117A (ja) * 2010-11-24 2014-03-13 エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲー 軽度の炎症を検出するための方法
JP2014511843A (ja) * 2011-03-31 2014-05-19 アンスティチュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル Ｉｃｏｓに対する抗体及びその使用
JP2015528698A (ja) * 2012-07-12 2015-10-01 アンスティチュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル 少なくとも７個の遺伝子のサインを用いて、固形癌を患う患者の生存期間および処置に対する応答性を予測するための方法

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
DENG, ZHONG-BIN: "An Agonist Human ICOS Monoclonal Antibody that Induces T Cell Activation and Inhibits Proliferation", HYBRIDOMA AND HYBRIDOMICS, vol. 23 (3), JPN6020044604, 2004, pages 176 - 182, ISSN: 0004395715 *
JULIEN FAGET: "ICOS-Ligand Expression on Plasmacytoid Dendritic Cells Supports Breast Cancer Progression by Promoti", CANCER RES., vol. 72(23), JPN6020044602, 2012, pages 6130 - 6141, ISSN: 0004395714 *

Also Published As

Publication number Publication date
TW201723190A (zh) 2017-07-01
HK1258249A1 (zh) 2019-11-08
KR20180066236A (ko) 2018-06-18
US20210340256A1 (en) 2021-11-04
CA2998208A1 (en) 2017-04-27
WO2017070423A1 (en) 2017-04-27
US20180371091A1 (en) 2018-12-27
US10968277B2 (en) 2021-04-06
EP3365372A1 (en) 2018-08-29
CN108350505A (zh) 2018-07-31
IL258155A (en) 2018-05-31
AU2016342269A1 (en) 2018-03-29

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20210340256A1 (en) Gene Signatures for Determining ICOS Expression
JP6944924B2 (ja) Ｉｃｏｓに対する抗体
US20220281978A1 (en) Compositions and Methods for the Treatment of Cancer (Anti-ICOS Antibody Dosing)
US10626176B2 (en) Methods of treating conditions with antibodies that bind B7-H4
JP2021061838A (ja) Ｏｘ４０アゴニスト治療薬の有効性及び評価を予測するための方法及びバイオマーカー
US20160200815A1 (en) Antibodies that inhibit tim-3:lilrb2 interactions and uses thereof
JP2021506344A (ja) Ｌｉｌｒｂ２に対する抗体
JP2017537090A (ja) Ｏｘ４０結合アゴニスト及びｐｄ−１軸結合アンタゴニストを含む併用療法
WO2016179194A1 (en) Lilra3 and method of using the same
TWI833724B (zh) 抗ｌｉｌｒｂ２抗體

Legal Events

Date Code Title Description
A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20190226

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20191015

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20201201

A02 Decision of refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02

Effective date: 20210720