JP2018505680A - 生物学的分析のためのシステムおよび方法 - Google Patents
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Abstract
Description
一連の生体サンプルを調製し、観察し、試験し、および/または分析するために、種々の実施形態に従って利用可能な装置の一例は、サーマルサイクラーデバイス、例えば、エンドポイントポリメラーゼ連鎖反応(PCR)装置、または定量PCR装置またはリアルタイムPCR装置である。図1は、本教示の実施形態が実装されてもよい、サーマルサイクラーシステム100を示すブロック図である。サーマルサイクラーシステム100は、被加熱カバー110を備えていてもよく、被加熱カバー110は、以下に詳細に記載され、サンプルブロック114の上に配置され、サンプルブロック114は、複数の反応領域またはサンプルブロックウェルを有し、サンプルホルダ(図示せず)に複数のサンプル112が入れられる構成になっており、これも以下に詳細に記載される。
本明細書に記載される実施形態に係る方法は、コンピューターシステムに実装されてもよい。
典型的なインターネットネットワーク構造2500の要素のいくつかを図5に示し、ここで、多くのクライエント機2502は、おそらく遠隔のローカルオフィスにあり、ゲートウェイ/ハブ/トンネル−サーバーなど2510に接続していることが示されており、ゲートウェイ/ハブ/トンネル−サーバーなど2510自体が、ある種のインターネットサービスプロバイダ(ISP)接続2510を介してインターネット2508に接続している。また、ISP接続2514を介して同様にインターネット2508に接続した他の可能なクライエント2512も示されており、これらのユニットは、可能ならば、中央研究所またはオフィスに通信しており、例えば、ISP接続2516を介し、ゲートウェイ/トンネル−サーバー2518に通信しており、ゲートウェイ/トンネル−サーバー2518は、種々のエンタープライズアプリケーションサーバー2522に接続し(2520)、種々のエンタープライズアプリケーションサーバー2522は、別のハブ/ルーター2526を通り、種々のローカルクライエント2530に接続していてもよい。これら任意のサーバー2522は、以下にさらに完全に記載するように、本発明に記載されるような潜在的なコンテンツ管理の分析および設計ソリューションの配送のための開発サーバーとして機能してもよい。
図4は、筐体140が閉じている状態のサーマルサイクラーシステム100の一実施形態を示し、システム100の多くの要素は、既に記載されている。この実施形態において、システム100の前側にユーザーインターフェース122が提供され、インターフェース122の下にトレイ面150が提供されている。筐体140は、単一の材料片から作られていてもよく、または好みによって複数の材料片から作られていてもよい。
上にまとめられ、図1に示されるように、サーマルサイクラーシステム100は、光学システム124を備えていてもよい。
生物学的分析装置を較正する利点によって、有利には、オペレーターのエラーが減り、オペレーターの入力が減り、生物学的分析装置を較正するのに必要な時間が減り、適切で効果的な導入のための種々の構成要素が減る。
生物学的装置は、多くは、実験のための正確かつ信頼性の高いデータを作成することに依存する。生物学的装置の規則的な較正およびメンテナンスによって、装置の適切で最適な操作を確保し、結果の品質を明らかにし、高める前に潜在的な問題に対処することによって、ユーザーの生産性を最大限にし、高価な修理を最低限にすることができる。
上に示したように、本教示は、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)装置を参照しつつ記載される。特に、本教示の一実施形態は、ウェルプレートの光学画像化を使用するRT−PCR装置のために実装される。このような装置は、分析目的のために複数のサンプルまたはスポットからシグナルを同時に測定することができ、多くは、較正を必要とする。較正を必要とし得るプロセスの一例は、ROI、すなわち、関心領域の特定である。
in silico法2600は、バイオテクノロジープロセスのためのサブルーチンを含んでいてもよい、コンピューター可読フォーマットでの複数セットのワークフローサブルーチンを含む。図22は、単に例示的な方法であり、当業者は、本開示の観点で、サブルーチンの実際の数は、少なくとも2のサブルーチンから多く(例えば、2〜10、2〜20、2〜30、2〜n(ここで、nは、3〜100、3〜1000などのサブルーチンの任意の数であってもよい))のサブルーチンまでさまざまであってもよい。それぞれのセットのサブルーチン310−370は、1つの工程またはタスクを含んでいてもよく、または場合により、1つより多い工程またはタスクを、これもコンピューター可読フォーマットで含んでいてもよく、各工程は、さらに、さらなる任意のカスタマイズ可能な工程またはタスクを含んでいてもよい。それぞれの任意の/カスタマイズ可能な工程またはタスクは、ユーザーが見ることができ、見直すことができ、設定することができ、またはカスタマイズすることができる1つ以上の任意のパラメーター(選択肢)を有していてもよい。ある実施形態において、本発明のin silico方法は、それぞれの任意の/カスタマイズ可能な工程のための少なくとも1つのパラメーターを選択するためのグラフィカルユーザーインターフェース(GUI)を用い、バイオテクノロジープロセスのそれぞれの任意の/カスタマイズ可能な工程について、それぞれ少なくとも1つのパラメーターのユーザーによる選択を含む。特定の実施形態において、ワークフローのサブルーチンのそれぞれの工程およびそれぞれのパラメーターは、ユーザーが観察し、場合により編集するために利用可能である。バイオインフォマティクスプログラムは、典型的には、ユーザーからこれらのパラメーターおよび/または工程の一部を隠し、特に、in silicoで設計した実験の結果がユーザーの予測した結果ではない場合に、ユーザーをいらいらさせ、非効率にする。
Sdye plate=染料画像からのROI中の全てのピクセル強度の合計
SBG=バックグラウンド画像からのROI中の全てのピクセル強度の合計
Sdye=染料画像からのROI中の全てのピクセル強度の合計
N=ROI中のピクセルの数
offset=カメラのオフセット
G=カメラのゲイン
δ2R,y=読みのノイズ
上述のように、意図した目的のためにオペレーターがさらに迅速かつ効果的に生物学的分析システムを使用することができるように、生物学的分析システムの導入および設定を単純化することがますます必要とされている。この必要性は、例えば、生物学的分析装置および関連する構成要素を較正するという点で明らかである。ある例示的な較正は、生物学的分析システム(例えば、qPCRシステム)において蛍光検出のために使用される蛍光染料を較正することである。
現在、ゲノム分析は、概算される30,000のヒト遺伝子のゲノム分析を含め、生化学および医薬学の基礎研究および応用研究の主要な注目点である。このような分析は、広範囲の障害のための診断、医薬および治療を開発するのに役立つだろう。しかし、ヒトゲノムおよび関連付けられる遺伝子の機能の複雑さは、この作業を困難にすることが多い。一般的に直面する困難の1つは、複数の装置で行った実験結果を研究者が簡単に比較することができないことである。構成要素(例えば、光源、光学要素および蛍光検出部)のパラメーターにおける物理的な変動によって、例えば、同一の生体サンプルであってもよい分析物の結果が変動し得る。すなわち、従って、構成要素における変動を最低限にするのに役立つ方法および装置が依然として必要である。
上述のように、特に、新しく導入した後、または数回使用した後に、確実に適切に動くように、装置をバリデーションすることが重要である。この様式で、ユーザーは、実験結果および分析が正確で信頼性が高いことを確保するだろう。従来、バリデーションアッセイは、ユーザーによって装置で行われ、ユーザーは、検証アッセイからの増幅データについて手動でデータ分析を行い、装置をバリデーションしていた。データ分析がユーザーによって手動で行われていたため、バリデーションプロセスは、エラーが多く、時間がかかる傾向があった。
((μCtquant1−3σCtquant1)−(μCtquant2−3σCtquant2))(1)
((μCtquant1−3σCtquant1)−(μCtquant2−3σCtquant2))(1)
本教示の種々の実施形態によれば、自動染料補正方法を使用し、複数構成要素のデータのリアルタイムスペクトル較正を行ってもよい。自動染料補正をリアルタイムで、または増幅データを集め、第2の分析を行った後に行ってもよい。自動染料補正アルゴリズムにおいて、複数構成要素の相関マトリックスを作成する。種々の実施形態によれば、自動染料補正アルゴリズムは、複数構成要素の相関マトリックス中の非対角項が最小になるように、染料マトリックスの要素を調節する。この様式で、Ct決定のエラーを最小にする。
本教示の種々の実施形態によれば、自動バックグラウンド較正を行い、バックグラウンド較正プレートの必要性を減らし、バックグラウンド相関関係の全体的な効率を高めてもよい。
本明細書に記載される種々の実施形態によれば、プレート検出方法を行い、装置中のプレートの位置の誤差を特定してもよい。
本教示の種々の実施形態によれば、反射材料(例えば、フォトダイオード)を使用する装置正規化を使用し、製造または導入の後に初期の較正を行った後に、装置を自動較正してもよい。
上にまとめられ、図1に示されるように、サーマルサイクラーシステム100は、サンプルカバー114と、加熱/冷却要素116と、熱交換器118とを備えていてもよい。
上にまとめられ、図1に示されるように、サーマルサイクラーシステム100は、サンプルブロック114と、加熱/冷却要素116と、熱交換器118とを備えていてもよい。これらの要素を合わせてサンプルブロックアセンブリと呼んでもよい。図43は、本明細書に記載される種々の実施形態に係るサンプルブロックアセンブリ600の一実施形態を示す。アセンブリ600は、サンプルブロック(または複数のブロック)605、熱電冷却部(TEC)(または複数のTEC)610、関連するフレーム630およびヒートシンク615を備えていてもよい。フレーム630は、TEC610と、ブロック605およびヒートシンク615を受け入れ、整列させるように設計されている。
上にまとめられ、図1に示されるように、サーマルサイクラーシステム100は、被加熱カバー110を備えていてもよい。
Claims (20)
- 生物学的分析システムであって、
複数のサンプルを受け入れるような構成のサンプルホルダを収容するような構成のサンプルブロックを含むサンプルブロックアセンブリと;
前記複数のサンプルを一連の温度で循環させるような構成の制御システムと;
スライドアセンブリを有し、前記サンプルブロックアセンブリを閉位置から開放位置まで可逆的にスライドさせ、ユーザーが前記複数のサンプルホルダを利用することができるような構成の自動化されたトレイとを備える、生物学的分析システム。 - 前記自動化トレイは、さらに、前記自動化トレイが、既定の閉位置と既定の開放位置を達成したときを決定するような構成の位置センサを備えている、請求項1に記載の生物学的分析システム。
- 前記位置センサが光学センサである、請求項2に記載の生物学的分析システム。
- 前記位置センサが光学スイッチである、請求項3に記載の生物学的分析システム。
- さらに、被加熱カバーを備えており、前記サンプルブロックが前記被加熱カバーと連携するように、前記位置センサが、前記自動化トレイが既定の閉位置を達成したときを決定するような構成である、請求項2のいずれか一項に記載の生物学的分析システム。
- 前記トレイまたは前記サンプルブロックアセンブリが、さらに、前記位置センサから発せられた光を遮断するような構成のタブを備えている、請求項6および7に記載の生物学的分析デバイス。
- 生物学的分析システムであって、
サンプルホルダを収容するような構成の、複数のブロックウェルを有するサンプルブロックを含むブロックアゼンブリと;
前記ブロックウェルに励起光を伝えるような構成の光学システムと;
被加熱カバーとを備え、該被加熱カバーが、
前記サンプルホルダの上方表面と噛合するための噛合表面を有する下方プレートであって、該噛合表面が、複数の下方プレートの開口部を有し、この開口部が、それぞれ、関連する前記複数のブロックウェルの1つと連携して、励起光が前記ブロックウェルに向かって通過する、下方プレートと;
ヒーターと;
複数の上方プレート開口部を有する上方プレートとを有する、
生物学的分析システム。 - 前記被加熱カバーは、さらに、前記被加熱カバーが、前記サンプルホルダの前記上方表面に既定の圧力を与えたときを検出するような構成の位置センサを備えている、請求項7に記載の生物学的分析デバイス。
- 前記位置センサが光学センサである、請求項8に記載の生物学的分析デバイス。
- 前記ヒーター(heater)カバーは、さらに、バネアセンブリを備えており、該バネアセンブリは、タブを備えており、該バネアセンブリは、前記被加熱カバーが前記サンプルホルダに対して下側に移動したときに、前記サンプルホルダの前記上方表面に係合するような構成であり、前記タブは、前記位置センサから発せられた光を遮断し、前記被加熱カバーの下側への移動を止めるような構成である、請求項7に記載の生物学的分析デバイス。
- 生物学的分析システムであって、
複数のシステムモジュールを備えており、該モジュールは、
検出部モジュールと;
発光モジュールと;
励起モジュールと;
ベースモジュールとを備えており;
前記複数のシステムモジュールは、可逆的に接続されて第1の種類の生物学的分析デバイスを形成するような構成である、生物学的分析システム。 - 前記モジュールの少なくとも1つが、第2の種類の生物学的分析デバイスのためのモジュールである、請求項11に記載の生物学的分析システム。
- 前記検出部モジュールが、発光センサを備えている、請求項11に記載の生物学的分析システム。
- 前記検出部モジュールが発光検出部を備えている、請求項11に記載の生物学的分析システム。
- 前記励起モジュールが励起源を備えている、請求項11に記載の生物学的分析システム。
- 前記励起モジュールが折り畳み鏡を備えている、請求項11に記載の生物学的分析システム。
- 前記ベースモジュールがサンプルブロックを備えている、請求項11に記載の生物学的分析システム。
- 前記ベースモジュールが折り畳み鏡を備えている、請求項11に記載の生物学的分析システム。
- 前記ベースモジュールが、被加熱カバーを備えている、請求項11に記載の生物学的分析システム。
- 前記ベースモジュールが、制御システムを備えている、請求項11に記載の生物学的分析システム。
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