JP2017537327A - Btk阻害剤のアッセイ - Google Patents
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Abstract
本発明は、BTK占有アッセイに関する。
Description
関連出願
本出願は、2014年12月11日に出願された米国仮特許出願第62/090,648号の利益を主張する。前記出願の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、2014年12月11日に出願された米国仮特許出願第62/090,648号の利益を主張する。前記出願の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
発明の技術分野
本発明は、ブルトン型チロシンキナーゼ(BTK)阻害剤と組み合わせて使用されるアッセイに関する。
本発明は、ブルトン型チロシンキナーゼ(BTK)阻害剤と組み合わせて使用されるアッセイに関する。
発明の背景
プロテインキナーゼは、ヒト酵素の最も大きなファミリーの1つを構成し、タンパク質にリン酸基を付加することによって多くの異なるシグナル伝達プロセスを調節する(T. Hunter, Cell 1987 50:823-829)。具体的にはチロシンキナーゼは、チロシン残基のフェノール部分上のタンパク質をリン酸化する。チロシンキナーゼファミリーには、細胞の成長、遊走、及び分化を制御するメンバーが含まれる。癌、自己免疫疾患、及び炎症性疾患を含む種々のヒトの疾患に、異常なキナーゼ活性が関与しているとされている。プロテインキナーゼは細胞のシグナル伝達の重要な調節因子の一つであるため、小分子キナーゼ阻害剤を用いて細胞機能を調節する標的となり、従って良好な薬物標的となる。キナーゼ活性の選択的かつ有効な阻害剤は、キナーゼ介在疾患プロセスの治療に加えて、細胞シグナル伝達プロセスの研究、及び治療目的の他の細胞標的の同定にも有用である。
プロテインキナーゼは、ヒト酵素の最も大きなファミリーの1つを構成し、タンパク質にリン酸基を付加することによって多くの異なるシグナル伝達プロセスを調節する(T. Hunter, Cell 1987 50:823-829)。具体的にはチロシンキナーゼは、チロシン残基のフェノール部分上のタンパク質をリン酸化する。チロシンキナーゼファミリーには、細胞の成長、遊走、及び分化を制御するメンバーが含まれる。癌、自己免疫疾患、及び炎症性疾患を含む種々のヒトの疾患に、異常なキナーゼ活性が関与しているとされている。プロテインキナーゼは細胞のシグナル伝達の重要な調節因子の一つであるため、小分子キナーゼ阻害剤を用いて細胞機能を調節する標的となり、従って良好な薬物標的となる。キナーゼ活性の選択的かつ有効な阻害剤は、キナーゼ介在疾患プロセスの治療に加えて、細胞シグナル伝達プロセスの研究、及び治療目的の他の細胞標的の同定にも有用である。
自己免疫疾患及び/又は炎症性疾患の発症において、B細胞が重要な役割を果たすという充分な証拠がある。リツキサンなどのB細胞を枯渇させるタンパク質ベースの治療薬は、関節リウマチなどの自己抗体駆動性の炎症性疾患に対して有効である(Rastetter et al. Annu Rev Med 2004 55:477)。すなわち、B細胞活性化において役割を果たすプロテインキナーゼの阻害剤は、自己抗体産生などのB細胞介在疾患病理の有用な治療薬であるはずである。
B細胞受容体(BCR)を介するシグナル伝達は、成熟した抗体産生細胞への増殖及び分化を含む広範囲のB細胞応答を制御する。BCRはB細胞活性の重要な調節点であり、異常なシグナル伝達は、複数の自己免疫及び/又は炎症性疾患につながる病原性自己抗体の脱制御されたB細胞増殖と生成を引き起こし得る。ブルトン型チロシンキナーゼ(BTK)は、膜に近接し、BCRのすぐ下流にある非BCR関連キナーゼである。BTKの欠如は、BCRシグナル伝達を低下させることが示されており、従ってBTKの阻害は、B細胞介在疾患プロセスを阻止するための有用な治療アプローチであり得る。またBTKはアポトーシスにおいて役割を果たすことが報告されており(Islam and Smith Immunol. Rev. 2000 178:49)、従ってBTK阻害剤は特定のB細胞リンパ腫及び白血病の治療に有用である(Feldhahn et al. J. Exp. Med. 2005 201:1837)。
BTKは、チロシンキナーゼのTecファミリーのメンバーであり、初期のB細胞発生及び成熟B細胞活性化と生存の重要な調節因子であることが示されている(Khan et al. Immunity 1995 3:283; Ellmeier et al. J. Exp. Med. 2000 192:1611)。ヒトにおけるBTKの突然変異は、X−連鎖無ガンマグロブリン血症(XLA)を引き起こす(Rosen et al. New Eng. J. Med. 1995 333:431 及び Lindvall et al. Immunol. Rev. 2005 203:200 の総説)。これらの患者は免疫無防備状態であり、B細胞の成熟の障害、免疫グロブリン及び末梢B細胞レベルの低下、T細胞非依存性免疫応答の低下、ならびにBCR刺激後のカルシウム動員の減弱を示す。
自己免疫及び炎症性疾患におけるBTKの役割の証拠は、BTK欠損マウスモデル及びBTK阻害剤による治療によっても提供されている。全身性エリテマトーデス(SLE)の前臨床マウスモデルにおいて、BTK欠損マウスは、疾患の進行の顕著な改善を示す。さらに、BTK欠損マウスは、コラーゲン誘導性関節炎に耐性である(Jansson and Holmdahl Clin. Exp. Immunol. 1993 94:459)。選択的BTK阻害剤は、マウス関節炎モデルにおいて用量依存的有効性を証明している(Z. Pan et al., Chem. Med Chem. 2007 2:58-61)。
BTKはまた、疾患プロセスに関与し得るB細胞以外の細胞によっても発現される。BTKは、骨髄細胞におけるFc受容体シグナル伝達の主要な成分である。例えば、BTKは好酸球及び肥満細胞によって発現され、BTK欠損骨髄由来肥満細胞は抗原誘発脱顆粒の欠陥を示す(Iwaki et al. J. Biol. Chem. 2005 280:40261)。これは、BTKが、アレルギー及び喘息などの病理的な肥満細胞応答を治療するために有用であり得ることを示す。また、BTK活性が存在しないXLA患者由来の単球は、刺激後のTNF−アルファ産生の低下を示す(Horwood et al. J Exp Med 197:1603, 2003)。従ってTNF−アルファ介在性炎症は、小分子BTK阻害剤によって調節され得るであろう。
任意の治療薬候補がどのように作用しているかを理解する重要な局面は、ヒト対象への投与後の、その分子による薬物標的の関与の程度を知ることである。この薬物動態(PD)活性の測定は、薬物標的の阻害を最適化するための適切な用量選択の、及び標的阻害と疾患治療効力との相関のための指針を提供する。この種の情報は、臨床試験での候補薬物の正しい評価と、その後の臨床の場での使用において重要である。BTKの阻害剤は、典型的には酵素の活性部位に結合し、その空間を「占有する」ため、触媒作用及び酵素活性を妨害する。提案された発明は、BTK阻害剤の投与後に試料中のBTKのどれだけが占有されているか又は占有されていないかを測定する。本発明は、占有率を測定することにより、阻害されるBTKのパーセント尺度、従って阻害剤化合物の投与によって達成される阻害レベルの薬物動態読み出し値の尺度を提供する。
1.化合物と定義
本発明の化合物は、上記に一般的に記載されたものを含み、本明細書に開示されるクラス、サブクラス、及び種によってさらに例示される。本明細書中で使用される場合、特に別の指定がなければ、以下の定義が適用される。本発明の目的のために、化学元素は、the Periodic Table of the Elements, CAS 版, Handbook of Chemistry and Physics, 第75版により特定される。更に有機化学の一般原則は、“Organic Chemistry”, Thomas Sorrell, University Science Books, Sausalito: 1999, 及び “March’s Advanced Organic Chemistry”, 第5版、Smith, M.B. and March, J.編, John Wiley & Sons, New York: 2001に記載されている(これらの全体は参照のために本明細書に組み込まれる)。
本発明の化合物は、上記に一般的に記載されたものを含み、本明細書に開示されるクラス、サブクラス、及び種によってさらに例示される。本明細書中で使用される場合、特に別の指定がなければ、以下の定義が適用される。本発明の目的のために、化学元素は、the Periodic Table of the Elements, CAS 版, Handbook of Chemistry and Physics, 第75版により特定される。更に有機化学の一般原則は、“Organic Chemistry”, Thomas Sorrell, University Science Books, Sausalito: 1999, 及び “March’s Advanced Organic Chemistry”, 第5版、Smith, M.B. and March, J.編, John Wiley & Sons, New York: 2001に記載されている(これらの全体は参照のために本明細書に組み込まれる)。
本明細書で使用される用語「脂肪族」又は「脂肪族基」は、完全に飽和しているか又は1個以上の不飽和単位を含む直鎖(すなわち非分枝鎖)又は分枝鎖の置換された又は置換されていない炭化水素鎖を、又は完全に飽和しているか又は1個以上の不飽和単位を含むが芳香族ではない(本明細書では「炭素環」、「脂環式」、又は「脂環式」とも呼ばれる)単環式炭化水素又は二環式炭化水素(これは、分子の残りの部分への1個の結合点を有する)を意味する。特に別の指定がなければ、脂肪族基は1〜6個の脂肪族炭素原子を含む。いくつかの実施態様において、脂肪族基は1〜5個の脂肪族炭素原子を含む。別の実施態様において、脂肪族基は1〜4個の脂肪族炭素原子を含む。さらに別の実施態様において、脂肪族基は1〜3個の脂肪族炭素原子を含み、さらに別の実施態様において、脂肪族基は1〜2個の脂肪族炭素原子を含む。いくつかの実施態様において、「脂環式」(又は「炭素環」又は「シクロアルキル」)は、完全に飽和しているか又は1個以上の不飽和単位を含むが芳香族ではなく、分子の残りの部分への1個の結合点を有する単環式C3~C6炭化水素を指す。脂肪族基の例は、直鎖若しくは分枝鎖の置換若しくは非置換のC1~C8アルキル、C2〜C8アルケニル、C2〜C8アルキニル基、及びそれらのハイブリッド、例えば(シクロアルキル)アルキル、(シクロアルケニル)アルキル、又は(シクロアルキル)アルケニルである。
用語「低級アルキル」は、C1-4直鎖若しくは分枝鎖アルキル基を指す。低級アルキル基の例は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、及びtert−ブチルである。
「低級ハロアルキル」という用語は、1個以上のハロゲン原子で置換されたC1-4直鎖若しくは分枝鎖アルキル基を指す。
「ヘテロ原子」という用語は、酸素、硫黄、窒素、又はリンの1個以上[窒素、硫黄、又はリンのいずれかの酸化形態;任意の塩基性窒素の四級化形態、又は;複素環の置換可能な窒素、例えばN(3,4−ジヒドロ−2H−ピロリルにおけるような)、NH(ピロリジニルにおけるような)、又はNR+(N−置換ピロリジニルにおけるような)を含む]を意味する。
本明細書で使用される用語「不飽和」は、その部分が1個以上の不飽和単位を有することを意味する。
本明細書で使用される用語「二価のC1-8(又はC1-6)飽和若しくは不飽和、直鎖の若しくは分枝した炭化水素鎖」は、本明細書で定義されるように直鎖若しくは分枝鎖である二価のアルキレン、アルケニレン、及びアルキニレン鎖を指す。
「アルキレン」という用語は、二価のアルキル基を指す。「アルキレン鎖」は、ポリメチレン基、すなわち−(CH2)n−であり、ここで、nは正の整数、好ましくは1〜6,1〜4,1〜3,1〜2、又は2〜3である。置換アルキレン鎖は、1個以上のメチレン水素原子が置換基で置換されたポリメチレン基である。適切な置換基には、置換脂肪族基について後述される置換基が含まれる。
用語「アルケニレン」は、2価のアルケニル基を指す。置換アルケニレン鎖は、1個以上の水素原子が置換基で置換された少なくとも1個の二重結合を含むポリメチレン基である。適切な置換基には、置換脂肪族基について後述される置換基が含まれる。
用語「ハロゲン」は、F、Cl、Br、又はIを意味する。
単独で又は「アラルキル」、「アラルコキシ」又は「アリールオキシアルキル」におけるように、より大きな部分の一部として使用される用語「アリール」は、全部で5〜14個の環員を有する単環式及び二環式環系を指し、ここで、系中の少なくとも1個の環は芳香族であり、系中の各環は3〜7個の環員を含む。用語「アリール」は、用語「アリール環」と同義に使用される。本発明の特定の実施態様において、「アリール」は、芳香環系を指す。アリール基の例は、フェニル、ビフェニル、ナフチル、アントラシルなどであり、これは場合により1個以上の置換基を含む。本明細書において使用される「アリール」という用語の範囲には、インダニル、フタルイミジル、ナフチミジル、フェナントリジニル、又はテトラヒドロナフチルなどの、芳香環が1個以上の非芳香環に縮合している基が含まれる。
単独又は例えば「ヘテロアラルキル」又は「ヘテロアラルコキシ」のより大きな部分の一部として使用される用語「ヘテロアリール」及び「ヘテロアリ−」は、5〜10個の環原子、好ましくは5、6、又は9個の環原子を有する基、環状配列中で共有される6,10、又は14個のパイ電子を有する基、及び炭素原子に加えて1〜5個のヘテロ原子を有する基を指す。「ヘテロ原子」という用語は、窒素、酸素、若しくは硫黄を指し、窒素又は硫黄の任意の酸化形態、及び塩基性窒素の任意の四級化形態を含む。ヘテロアリール基には、特に限定されないが、チエニル、フラニル、ピロリル、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサゾリル、イソキサゾリル、オキサジアゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、チアジアゾリル、ピリジル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、インドリジニル、プリニル、ナフチリジニル、及びプテリジニルが挙げられる。本明細書で使用される用語「ヘテロアリール」及び「ヘテロアル−」は、複素芳香環が1個以上のアリール環、脂環式環、又はヘテロシクリル環に縮合している基をも含み、ここで、基又は結合点は複素芳香環上にある。非限定的な例としては、インドリル、イソインドリル、ベンゾチエニル、ベンゾフラニル、ジベンゾフラニル、インダゾリル、ベンズイミダゾリル、ベンゾチアゾリル、キノリル、イソキノリル、シンノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、キノキサリニル、4H−キノリジニル、カルバゾリル、アクリジニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、ピリド[2,3−b]−1,4−オキサジン−3(4H)−オンが挙げられる。ヘテロアリール基は、場合により単環式又は二環式である。「ヘテロアリール」という用語は、「ヘテロアリール環」、「ヘテロアリール基」、又は「複素芳香族」という用語と同義に用いられ、その用語のいずれかには、場合により置換されている環が含まれる。「ヘテロアラルキル」という用語は、ヘテロアリールで置換されたアルキル基を指し、ここで、アルキル部分及びヘテロアリール部分は、独立して、場合により置換される。
本明細書で使用される用語「複素環」、「ヘテロシクリル」、「複素環式基」、及び「複素環」は同義に使用され、飽和若しくは部分不飽和のいずれかであり、炭素原子に加えて、1個以上好ましくは1〜4個の上記で定義したヘテロ原子を有する、安定な5員〜7員の単環式又は7〜10員の二環式複素環部分を指す。複素環の環原子に関して使用される用語「窒素」は、置換された窒素を含む。例として、酸素、硫黄、又は窒素から選択される0〜3個のヘテロ原子を有する飽和若しくは部分不飽和環において、窒素は、N(3,4−ジヒドロ−2H−ピロリルにおけるような)、NH(ピロリジニルにおけるような)、又は+NR(N−置換ピロリジニルにおけるような)である。
複素環は、安定な構造をもたらす任意のヘテロ原子又は炭素原子でそのペンダント基に結合することができ、環原子のいずれかは場合により置換されている。上記飽和若しくは部分不飽和複素環式基の例には、特に限定されるものではないが、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチオフェニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピロリニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、デカヒドロキノリニル、オキサゾリジニル、ピペラジニル、ジオキサニル、ジオキソラニル、ジアゼピニル、オキサゼピニル、チアゼピニル、モルホリニル、及びキヌクリジニルが挙げられる。用語「複素環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロシクリル環」、「複素環」、「複素環式部分」、及び「複素環式基」は、本明細書では同義に使用され、またヘテロシクリル環が、例えば1個以上のアリール、ヘテロアリール、又は脂環式環、例えばインドリニル、3H−インドリル、クロマニル、フェナントリジニル、又はテトラヒドロキノリニルに縮合している基を含み、ここで、基又は結合点はヘテロシクリル環上にある。ヘテロシクリル基は、場合により単環式又は二環式である。「ヘテロシクリルアルキル」という用語は、ヘテロシクリルで置換されたアルキル基を指し、ここでアルキル及びヘテロシクリル部分は、独立して、場合により置換されている。
本明細書で使用される「部分的に不飽和」という用語は、少なくとも1個の二重又は三重結合を含む環部分を指す。「部分的に不飽和」という用語は、複数の不飽和部位を有する環を包含することを意図しているが、本明細書で定義されるアリール又はヘテロアリール部分を含むことを意図するものではない。
本明細書に記載されるように、本発明の特定の化合物は、「場合により置換されている」部分を含有する。「置換された」という用語は一般に、用語「場合により」が先行するか否かにかかわらず、指定された部分の1個以上の水素が適切な置換基で置換されていることを意味する。「置換された」は、構造から明示的であるか又は暗示的である1個以上の水素に適用される(例えば、
は少なくとも、
を指し;及び、
は、少なくとも
を指す)。特に別の指定がなければ、「場合により置換されている」基は、その基のそれぞれの置換可能な位置で適切な置換基を有し、ある特定の構造中の2つ以上の位置が、特定の基から選択される2つ以上の置換基で置換されている場合、その置換基はあらゆる位置で同じか又は異なる。本発明により企図される置換基の組合せは、好ましくは安定な又は化学的に実現可能な化合物の形成をもたらすものである。本明細書中で使用される用語「安定な」は、それらの産生、検出、及びある実施態様においては、それらの回収、精製、及び本明細書に開示される1個以上の目的のための使用を可能にする条件に付された場合に、実質的に変化しない化合物を指す。
「場合により置換されている」基の置換可能な炭素原子上の好適な一価の置換基は、独立して、重水素;ハロゲン;−(CH2)0-4R○;−(CH2)0-4OR○;−O(CH2)0-4R○;−O−(CH2)0-4C(O)OR○;−(CH2)0-4CH(OR○)2;−(CH2)0-4SR○;R○で場合により置換されている−(CH2)0-4Ph;R○で場合により置換されている−(CH2)0-4O(CH2)0-1Ph;R○で場合により置換されている−CH=CHPh;R○で場合により置換されている−(CH2)0-4O(CH2)0-1−ピリジル;−NO2;−CN;−N3;−(CH2)0-4N(R○)2;−(CH2)0-4N(R○)C(O)R○;−N(R○)C(S)R○;−(CH2)0-4N(R○)C(O)NR○ 2;N(R○)C(S)NR○ 2;−(CH2)0-4N(R○)C(O)OR○;−N(R○)N(R○)C(O)R○;−N(R○)N(R○)C(O)NR○ 2;−N(R○)N(R○)C(O)OR○;−(CH2)0-4C(O)R○;−C(S)R○;−(CH2)0-4C(O)OR○;−(CH2)0-4C(O)SR○;−(CH2)0-4C(O)OSiR○ 3;−(CH2)0-4OC(O)R○;−OC(O)(CH2)0-4SR○,SC(S)SR○;−(CH2)0-4SC(O)R○;−(CH2)0-4C(O)NR○ 2;−C(S)NR○ 2;−C(S)SR○;−SC(S)SR○,−(CH2)0-4OC(O)NR○ 2;−C(O)N(OR○)R○;−C(O)C(O)R○;−C(O)CH2C(O)R○;−C(NOR○)R○;−(CH2)0-4SSR○;−(CH2)0-4S(O)2R○;−(CH2)0-4S(O)2OR○;−(CH2)0-4OS(O)2R○;−S(O)2NR○ 2;−(CH2)0-4S(O)R○;−N(R○)S(O)2NR○ 2;−N(R○)S(O)2R○;−N(OR○)R○;−C(NH)NR○ 2;−P(O)2R○;−P(O)R○ 2;−OP(O)R○ 2;−OP(O)(OR○)2;SiR○ 3;−(C1-4直鎖若しくは分枝鎖アルキレン)O−N(R○)2;又は−(C1-4直鎖若しくは分枝鎖アルキレン)C(O)O−N(R○)2[ここで、各R○は、以下に定義されるように場合により置換され、独立して、水素、C1-6脂肪族、−CH2Ph、−O(CH2)0-1Ph、−CH2−(5〜6員ヘテロアリール環)、又は窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の飽和、部分不飽和、又はアリール環、又は、上記の定義にかかわらず、R○の2つの独立した存在は、その介在する原子と一緒になって、窒素、酸素、若しくは硫黄(これは、以下に定義されるように場合により置換されている)から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する3〜12員の飽和、部分不飽和、又はアリール単環式環若しくは2環式環を形成する]である。
R○(又はR○の2つの独立した存在を、それらの介在する原子と一緒にとることによって形成される環)上の適切な一価置換基は、独立して重水素、ハロゲン、−(CH2)0-2R●、−(ハロR●)、−(CH2)0-2OH、−(CH2)0-2OR●、−(CH2)0-2CH(OR●)2;O(ハロR●)、−CN、−N3、−(CH2)0-2C(O)R●、−(CH2)0-2C(O)OH、−(CH2)0-2C(O)OR●、−(CH2)0-2SR●、−(CH2)0-2SH、−(CH2)0-2NH2、−(CH2)0-2NHR●、−(CH2)0-2NR● 2、−NO2、−SiR● 3、−OSiR● 3、−C(O)SR●、−(C1-4直鎖若しくは分枝鎖アルキレン)C(O)OR●、又は−SSR●(ここで、各R●は、非置換であるか、又は「ハロ」が先行する場合、1個以上のハロゲンによってのみ置換され、独立してC1〜4脂肪族、−CH2Ph、−O(CH2)0-1Ph、又は窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の飽和、部分不飽和、又はアリール環である)である。R○の飽和炭素原子上の適切な二価の置換基は、=O及び=Sを含む。
「場合により置換されている」基の飽和炭素原子上の好適な二価の置換基は、以下を含む:=O、=S、=NNR* 2、=NNHC(O)R*、=NNHC(O)OR*、=NNHS(O)2R*、=NR*、=NOR*、−O(C(R* 2))2-3O−、又は−S(C(R* 2))2-3S−であり、ここで、R*の各独立した存在は、水素、以下に定義されるように置換されたC1-6脂肪族、又は、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する非置換の5〜6員飽和、部分不飽和、又はアリール環から選択される。「場合により置換されている」基の隣接する置換可能な炭素に結合している適当な二価の置換基には、以下が含まれる:−O(CR* 2)2-3O−であり、ここで、R*の各独立した存在は、水素、以下に定義されるように場合により置換されているC1-6脂肪族、又は窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する非置換の5〜6員飽和、部分不飽和、又はアリール環である。
R*の脂肪族基上の好適な置換基は、ハロゲン、−R●、−(ハロR●)、−OH、−OR●、−O(ハロR●)、−CN、−C(O)OH、−C(O)OR●、−NH2、−NHR●、−NR●2、又は−NO2であり、ここで、各R●は、非置換であるか、又は「ハロ」が先行する場合、1個以上のハロゲンのみで置換され、独立してC1-4脂肪族、−CH2Ph、−O(CH2)0-1Ph、又は窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の飽和、部分不飽和、又はアリール環である。
「場合により置換されている」基の置換可能な窒素上の好適な置換基は、−R†、−NR†2、−C(O)R†、−C(O)OR†、−C(O)C(O)R†、−C(O)CH2C(O)R†、−S(O2)2R†、−(O)2NR†2、−C(S)NR†2、−C(NH)NR†2、又は−N(R†)S(O)2R†を含み、ここで各R†は独立して水素、以下に定義されるように場合により置換されているC1-6脂肪族、非置換−OPh、又は窒素、酸素、硫黄又は窒素から独立して選択される0-4個のヘテロ原子を有する非置換の5〜6員飽和、部分不飽和の、又はアリール基であるか、又は上記定義にかかわらず、R†の2つの独立した存在は、それらの介在原子と一緒になって、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される−4個のヘテロ原子を含む、非置換の3〜12員飽和、部分不飽和又はアリール単環又は二環を形成する。
R†の脂肪族基上の好適な置換基は、独立してハロゲン、−R●、−(ハロR●)、−OH、−OR●、−O(ハロR●)、−CN、−C(O)OH、−C(O)OR●、−NH2、−NHR●、−NR● 2、又は−NO2であり、ここで、各R●は、非置換であるか、又は「ハロ」が先行する場合、1個以上のハロゲンのみで置換され、独立してC1-4脂肪族、−CH2Ph、−O(CH2)0-1Ph、又は窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される0〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の飽和、部分不飽和、又はアリール環である。
特定の実施態様において用語「場合により置換されている」、「場合により置換されているアルキル」、「場合により置換されているアルケニル」、「場合により置換されているアルキニル」、「場合により置換されている炭素環」、「場合により置換されているアリール」、「場合により置換されているヘテロアリール」、「場合により置換されている複素環」、及び本明細書中で使用される任意の他の場合により置換されている基は、その上の1個、2個、又は3個以上の水素原子の独立した置換により、特に限定されないが、以下を含む典型的な置換基により置換されているか又は置換されていない基を指す:
−F、−Cl、−Br、−I、重水素、
−OH、保護されたヒドロキシ、アルコキシ、オキソ、チオオキソ、
−NO2、−CN、CF3、N3、
−NH2、保護されたアミノ、−NHアルキル、−NHアルケニル、−NHアルキニル、−NHシクロアルキル、−NH−アリール、−NH−ヘテロアリール、−NH−複素環、−ジアルキルアミノ、−ジアリールアミノ、−ジヘテロアリールアミノ、
−O−アルキル、−O−アルケニル、−O−アルキニル、−O−シクロアルキル、−O−アリール、−O−ヘテロアリール、−O−複素環、
−C(O)−アルキル、−C(O)−アルケニル、−C(O)−アルキニル、−C(O)−カルボシクリル、−C(O)−アリール、−C(O)−ヘテロアリール、−C(O)−ヘテロシクリル、
−CONH2、−CONH−アルキル、−CONH−アルケニル、−CONH−アルキニル、−CONH−カルボシクリル、−CONH−アリール、−CONH−ヘテロアリール、−CONH−ヘテロシクリル、
−OCO2−アルキル、−OCO2−アルケニル、−OCO2−アルキニル、−OCO2−カルボシクリル、−OCO2−アリール、−OCO2−ヘテロアリール、−OCO2−ヘテロシクリル、−OCONH2、−OCONH−アルキル、−OCONH−アルケニル、−OCONH−アルキニル、−OCONH−カルボシクリル、−OCONH−アリール、−OCONH−ヘテロアリール、−OCONH−ヘテロシクリル、
−NHC(O)−アルキル、−NHC(O)−アルケニル、−NHC(O)−アルキニル、−NHC(O)−カルボシクリル、−NHC(O)−アリール、−NHC(O)−ヘテロアリール、−NHC(O)−ヘテロシクリル、−NHCO2−アルキル、−NHCO2−アルケニル、−NHCO2−アルキニル、−NHCO2−カルボシクリル、−NHCO2−アリール、−NHCO2−ヘテロアリール、−NHCO2−ヘテロシクリル、−NHC(O)NH2、−NHC(O)NH−アルキル、−NHC(O)NH−アルケニル、−NHC(O)NH−アルキニル、−NHC(O)NH−カルボシクリル、−NHC(O)NH−アリール、−NHC(O)NH−ヘテロアリール、−NHC(O)NH−ヘテロシクリル、NHC(S)NH2、−NHC(S)NH−アルキル、−NHC(S)NH−アルケニル、−NHC(S)NH−アルキニル、−NHC(S)NH−カルボシクリル、−NHC(S)NH−アリール、−NHC(S)NH−ヘテロアリール、−NHC(S)NH−ヘテロシクリル、−NHC(NH)NH2、−NHC(NH)NH−アルキル、−NHC(NH)NH−アルケニル、−NHC(NH)NH−アルキニル、−NHC(NH)NH−カルボシクリル、−NHC(NH)NH−アリール、−NHC(NH)NH−ヘテロアリール、−NHC(NH)NH−ヘテロシクリル、−NHC(NH)−アルキル、−NHC(NH)−アルケニル、−NHC(NH)−アルキニル、−NHC(NH)−カルボシクリル、−NHC(NH)−アリール、−NHC(NH)−ヘテロアリール、−NHC(NH)−ヘテロシクリル、
−C(NH)NH−アルキル、−C(NH)NH−アルケニル、−C(NH)NH−アルキニル、−C(NH)NH−カルボシクリル、−C(NH)NH−アリール、−C(NH)NH−ヘテロアリール、−C(NH)NH−ヘテロシクリル、
−S(O)−アルキル、−S(O)−アルケニル、−S(O)−アルキニル、−S(O)−カルボシクリル、−S(O)−アリール、−S(O)−ヘテロアリール、−S(O)−ヘテロシクリル、−SO2NH2、−SO2NH−アルキル、−SO2NH−アルケニル、−SO2NH−アルキニル、−SO2NH−カルボシクリル、−SO2NH−アリール、−SO2NH−ヘテロアリール、−SO2NH−ヘテロシクリル、
−NHSO2−アルキル、−NHSO2−アルケニル、−NHSO2−アルキニル、−NHSO2−カルボシクリル、−NHSO2−アリール、−NHSO2−ヘテロアリール、−NHSO2−ヘテロシクリル、
−CH2NH2、−CH2SO2CH3、
− モノ−、ジ−又はトリ−アルキルシリル、
−アルキル、−アルケニル、−アルキニル、−アリール、−アリールアルキル、−ヘテロアリール、−ヘテロアリールアルキル、−ヘテロシクロアルキル、−シクロヘキシル、−炭素環、−複素環、ポリアルコキシアルキル、ポリアルコキシ、−メトキシメトキシ、−メトキシエトキシ、−SH、−S−アルキル、−S−アルケニル、−S−アルキニル、−S−カルボシクリル、−S−アリール、−S−ヘテロアリール、−S−ヘテロシクリル、又はメチルチオメチル。
−F、−Cl、−Br、−I、重水素、
−OH、保護されたヒドロキシ、アルコキシ、オキソ、チオオキソ、
−NO2、−CN、CF3、N3、
−NH2、保護されたアミノ、−NHアルキル、−NHアルケニル、−NHアルキニル、−NHシクロアルキル、−NH−アリール、−NH−ヘテロアリール、−NH−複素環、−ジアルキルアミノ、−ジアリールアミノ、−ジヘテロアリールアミノ、
−O−アルキル、−O−アルケニル、−O−アルキニル、−O−シクロアルキル、−O−アリール、−O−ヘテロアリール、−O−複素環、
−C(O)−アルキル、−C(O)−アルケニル、−C(O)−アルキニル、−C(O)−カルボシクリル、−C(O)−アリール、−C(O)−ヘテロアリール、−C(O)−ヘテロシクリル、
−CONH2、−CONH−アルキル、−CONH−アルケニル、−CONH−アルキニル、−CONH−カルボシクリル、−CONH−アリール、−CONH−ヘテロアリール、−CONH−ヘテロシクリル、
−OCO2−アルキル、−OCO2−アルケニル、−OCO2−アルキニル、−OCO2−カルボシクリル、−OCO2−アリール、−OCO2−ヘテロアリール、−OCO2−ヘテロシクリル、−OCONH2、−OCONH−アルキル、−OCONH−アルケニル、−OCONH−アルキニル、−OCONH−カルボシクリル、−OCONH−アリール、−OCONH−ヘテロアリール、−OCONH−ヘテロシクリル、
−NHC(O)−アルキル、−NHC(O)−アルケニル、−NHC(O)−アルキニル、−NHC(O)−カルボシクリル、−NHC(O)−アリール、−NHC(O)−ヘテロアリール、−NHC(O)−ヘテロシクリル、−NHCO2−アルキル、−NHCO2−アルケニル、−NHCO2−アルキニル、−NHCO2−カルボシクリル、−NHCO2−アリール、−NHCO2−ヘテロアリール、−NHCO2−ヘテロシクリル、−NHC(O)NH2、−NHC(O)NH−アルキル、−NHC(O)NH−アルケニル、−NHC(O)NH−アルキニル、−NHC(O)NH−カルボシクリル、−NHC(O)NH−アリール、−NHC(O)NH−ヘテロアリール、−NHC(O)NH−ヘテロシクリル、NHC(S)NH2、−NHC(S)NH−アルキル、−NHC(S)NH−アルケニル、−NHC(S)NH−アルキニル、−NHC(S)NH−カルボシクリル、−NHC(S)NH−アリール、−NHC(S)NH−ヘテロアリール、−NHC(S)NH−ヘテロシクリル、−NHC(NH)NH2、−NHC(NH)NH−アルキル、−NHC(NH)NH−アルケニル、−NHC(NH)NH−アルキニル、−NHC(NH)NH−カルボシクリル、−NHC(NH)NH−アリール、−NHC(NH)NH−ヘテロアリール、−NHC(NH)NH−ヘテロシクリル、−NHC(NH)−アルキル、−NHC(NH)−アルケニル、−NHC(NH)−アルキニル、−NHC(NH)−カルボシクリル、−NHC(NH)−アリール、−NHC(NH)−ヘテロアリール、−NHC(NH)−ヘテロシクリル、
−C(NH)NH−アルキル、−C(NH)NH−アルケニル、−C(NH)NH−アルキニル、−C(NH)NH−カルボシクリル、−C(NH)NH−アリール、−C(NH)NH−ヘテロアリール、−C(NH)NH−ヘテロシクリル、
−S(O)−アルキル、−S(O)−アルケニル、−S(O)−アルキニル、−S(O)−カルボシクリル、−S(O)−アリール、−S(O)−ヘテロアリール、−S(O)−ヘテロシクリル、−SO2NH2、−SO2NH−アルキル、−SO2NH−アルケニル、−SO2NH−アルキニル、−SO2NH−カルボシクリル、−SO2NH−アリール、−SO2NH−ヘテロアリール、−SO2NH−ヘテロシクリル、
−NHSO2−アルキル、−NHSO2−アルケニル、−NHSO2−アルキニル、−NHSO2−カルボシクリル、−NHSO2−アリール、−NHSO2−ヘテロアリール、−NHSO2−ヘテロシクリル、
−CH2NH2、−CH2SO2CH3、
− モノ−、ジ−又はトリ−アルキルシリル、
−アルキル、−アルケニル、−アルキニル、−アリール、−アリールアルキル、−ヘテロアリール、−ヘテロアリールアルキル、−ヘテロシクロアルキル、−シクロヘキシル、−炭素環、−複素環、ポリアルコキシアルキル、ポリアルコキシ、−メトキシメトキシ、−メトキシエトキシ、−SH、−S−アルキル、−S−アルケニル、−S−アルキニル、−S−カルボシクリル、−S−アリール、−S−ヘテロアリール、−S−ヘテロシクリル、又はメチルチオメチル。
本明細書で使用される「医薬的に許容し得る塩」という用語は、健全な医学的判断の範囲内で、過度の毒性、刺激、アレルギー反応などが無しで、合理的な利益/リスク比に見合って、ヒト及び下等動物の組織と接触させて使用するのに適した塩を指す。医薬的に許容し得る塩は、当技術分野で周知である。例えば、S. M. Berge et al. は、 J. Pharmaceutical Sciences, 1977, 66, 1-19(参照のため本明細書に組み込まれる)において医薬的に許容し得る塩について詳細に記載している。本発明の化合物の医薬的に許容し得る塩は、適切な無機及び有機の酸及び塩基に由来するものを含む。医薬的に許容し得る非毒性の酸付加塩の例は、アミノ酸と、無機酸、例えば塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、及び過塩素酸と、又は有機酸、例えば酢酸、シュウ酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸、又はマロン酸とを用いて、又はイオン交換などの当技術分野で使用される他の方法を用いて、形成される塩である。他の医薬的に許容し得る塩としては、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、樟脳スルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、2−ヒドロキシ−エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、2−ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、3−フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピバリン酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、p−トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられる。
適切な塩基から誘導される塩には、アルカリ金属塩、アルカリ土類金属塩、アンモニウム塩、及びN+(C1-4アルキル)4塩が含まれる。代表的なアルカリ金属塩又はアルカリ土類金属塩は、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどを含む。更に医薬的に許容し得る塩には、適宜、ハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、低級アルキルスルホン酸塩、及びアリールスルホン酸塩などの対イオンを用いて形成される、非毒性のアンモニウム、4級アンモニウム、及びアミンカチオンが含まれる。
特に別の指定がなければ、本明細書に示される構造はまた、その構造のすべての異性体(例えば、鏡像異性体、ジアステレオ異性体、及び幾何異性体(又はコンフォメーション異性体))形態を含むことを意味する;例えば、各不斉中心、Z及びE二重結合異性体、ならびにZ及びEコンフォメーション異性体についてのR及びS配置。従って、本発明の化合物の単一の立体化学異性体ならびに鏡像異性体、ジアステレオ異性体、及び幾何異性体(又はコンフォメーション異性体)混合物は、本発明の範囲内である。特に別の指定がなければ、本発明の化合物の全ての互変異性体は、本発明の範囲内である。
さらに、特に別の指定がなければ、本明細書に示される構造はまた、1個以上の同位体濃縮原子の存在下でのみ異なる化合物も含むことを意味する。例えば、重水素又はトリチウムによる水素の置換、又は13C−若しくは14C−濃縮炭素による炭素の置換を含む本発明の構造を有する化合物は、本発明の範囲内である。いくつかの実施態様において、この基は1個以上の重水素原子を含む。
さらに、式Iの化合物は、その同位体標識形態を含むことが意図される。式Iの化合物の同位体標識形態は、化合物の1個以上の原子が、通常天然に存在する原子の原子質量又は質量数とは異なる原子質量又は質量数を有する原子によって置換されていることを除いて、この化合物と同一である。容易に商業的に入手可能で、周知の方法によって式Iの化合物に組み込むことができる同位体の例には、水素、炭素、窒素、酸素、リン、フッ素、及び塩素の同位体、例えば2H、3H、13C、14C、15N、18O、17O、31P、32P、35S、18F、及び36CIが含まれる。1個以上の上記同位体及び/又は他の原子の他の同位体を含む式Iの化合物、そのプロドラッグ、又はその医薬的に許容し得る塩は、本発明の一部であることが意図される。同位体標識された式Iの化合物は、多くの有益な方法で使用することができる。例えば、3H又は14Cなどの放射性同位元素が組み込まれた式Iの同位体標識化合物は、医薬に及び/又は基質組織分布アッセイに適している。これらの放射性同位体、すなわちトリチウム(3H)及び炭素14(14C)は、調製の容易さ及び優れた検出能力のために特に好ましい。より重い同位体、例えば重水素(2H)を式Iの化合物に組み込むことは、この同位体標識化合物のより高い代謝安定性のために治療上の利点を有する。より高い代謝安定性はインビボ半減期の延長又は投与量の減少に直接つながり、これはほとんどの状況下で本発明の好ましい実施態様である。式Iの同位体標識化合物は、通常、本明細書の実施例部分及び調製部分中の合成スキーム及び関連する説明に開示された手順を実施し、容易に入手可能な同位体により非同位体標識反応物を置換することにより調製することができる。
重水素(2H)はまた、一次動力学的同位体作用によって化合物の酸化的代謝を操作する目的で、式Iの化合物に組み込むこともできる。一次動力学的同位体作用は、同位体核の交換から生じる化学反応の速度の変化であり、この交換は、同位体交換後の共有結合形成に必要な基底状態エネルギーの変化によって引き起こされる。より重い同位体の交換は、通常、化学結合の基底状態エネルギーの低下をもたらし、従って律速結合破壊の低下を引き起こす。結合破壊が多生成物反応の座標に沿って鞍点領域内又はその近傍で生じる場合、生成物分配比を実質的に変更することができる。説明のために、重水素が非交換可能位置で炭素原子に結合している場合、kM/kD=2〜7の速度差が典型的である。この速度差が、酸化に敏感な式Iの化合物にうまく適用される場合、この化合物のインビボでのプロファイルは劇的に改変され、改善された薬物動態学的特性をもたらすことができる。
治療薬を発見し開発する場合、当業者は、所望のインビトロ特性を保持しながら薬物動態パラメータを最適化することができる。薬物動態プロファイルが乏しい多くの化合物が酸化的代謝を受けやすいと仮定することは合理的である。現在利用可能なインビトロ肝ミクロソームアッセイは、このタイプの酸化的代謝の経過に関する貴重な情報を提供し、これは、そのような酸化的代謝に対する耐性を介して改善された安定性を有する式Iの重水素化化合物の合理的設計を可能にする。これにより、式Iの化合物の薬物動態学的プロファイルにおける大きな改善が得られ、インビボ半減期(t/2)、最大治療効果(Cmax)での濃度、用量反応曲線下の面積(AUC)、及びFの上昇の点で;及びクリアランス、線量、材料費の低下の点で、定量的に表すことができる。
以下は上記を例示することを意図している:酸化的代謝のための複数の攻撃部位候補、例えばベンジル水素原子及び窒素原子に結合した水素原子、を有する式Iの化合物は、水素原子の種々の組合せが重水素原子で置き換えられているため、これらの水素原子のいくつか、大部分、又は全てが重水素原子で置換された一連の類似体として調製される。半減期の決定は、酸化的代謝に対する耐性が改善される程度の、良好で正確な決定を可能にする。このようにして、この種の重水素−水素交換の結果として、親化合物の半減期を最大100%延長することができる。
式Iの化合物における重水素−水素交換を用いて、望ましくない有害な代謝産物を低減又は排除するために、出発化合物の代謝産物スペクトルの好ましい改変を達成することもできる。例えば、酸化的炭素−水素(C−H)結合開裂を介して毒性の代謝産物が生じる場合、重水素化類似体が、特定の酸化が律速段階ではないとしても、望ましくない代謝産物の生成を大幅に低減又は排除するであろう。重水素−水素交換の最新技術に関するさらなる情報は、例えば、Hanzlik et al., J. Org. Chem. 55, 3992-3997, 1990, Reider et al., J. Org. Chem. 52, 3326-3334, 1987, Foster, Adv. Drug Res. 14, 1-40, 1985, Gillette et al, Biochemistry 33(10) 2927-2937, 1994, 及び Jarman et al. Carcinogenesis 16(4), 683-688, 1993 に記載されている。
本明細書で使用される用語「モジュレーター」は、測定可能な親和性で標的に結合及び/又は標的を阻害する化合物として定義される。特定の実施態様においてモジュレーターは、約50μM未満、約1μM未満、約500nM未満、約100nM未満、又は約10nM未満のIC50及び/又は結合定数を有する。
本明細書で使用される「測定可能な親和性」及び「測定可能に阻害する」という用語は、本発明の化合物又はその組成物を含む試料と、BTK及びBTKを含む同等の試料との間の、前記化合物又はその組成物の非存在下での、BTK活性の測定可能な変化を意味する。
本発明によって企図される置換基及び変動要素の組み合わせは、安定な化合物の形成をもたらすもののみである。本明細書で使用される「安定な」という用語は、製造を可能にするのに十分な安定性を有し、化合物の完全性を、本明細書に詳述される目的に有用であるのに十分な期間維持する化合物を指す。
本明細書中の変動要素の任意の定義における化学基の列記は、列記された基の任意の単一の基又は組合せとしてのその変動要素の定義を含む。本明細書における変動要素の実施態様の列記は、その実施態様を任意の単一の実施態様として、又は任意の別の実施態様又はその一部との組み合わせとして含む。
2.例示的な化合物の説明
1つの態様において本発明は、プローブを含む薬物標的占有率を測定するためのアッセイを提供する。
1つの態様において本発明は、プローブを含む薬物標的占有率を測定するためのアッセイを提供する。
1つの態様において本発明は、プローブを含むBTKキナーゼ阻害剤療法を受けている患者の、薬物標的占有率を測定するためのアッセイを提供する。
1つの態様において本発明は、プローブを含むBTKキナーゼ阻害剤療法を受けている患者の、薬物標的占有率を測定するためのキットを提供する。
別の態様において本発明は、BTK阻害剤化合物の薬物標的占有率を決定する方法であって、
(a)BTKキナーゼとBTK阻害剤化合物との混合物を含む試料にプローブを接触させて、プローブ結合キナーゼを形成する工程と;
(b)試料中のプローブ結合キナーゼの量を検出する工程と;そして
(c)試料中に検出されたプローブ結合キナーゼの量に基づいてBTK阻害剤化合物の占有率を決定する工程と、
を含む方法を提供する。
(a)BTKキナーゼとBTK阻害剤化合物との混合物を含む試料にプローブを接触させて、プローブ結合キナーゼを形成する工程と;
(b)試料中のプローブ結合キナーゼの量を検出する工程と;そして
(c)試料中に検出されたプローブ結合キナーゼの量に基づいてBTK阻害剤化合物の占有率を決定する工程と、
を含む方法を提供する。
別の態様において本発明は、BTKキナーゼ阻害剤療法を受けている被験体における薬物標的占有率を決定する方法であって、
(a)被験体にBTK阻害剤化合物を投与する工程と;
(b)被験体から生体試料(例えば、血液又は脾臓)を採取する工程と;
(c)前記試料にプローブを接触させて、プローブ結合BTKキナーゼを形成する工程と;
(d)試料中のプローブ結合BTKキナーゼの量を検出する工程と;そして
(e)試料中で検出されたプローブ結合キナーゼの量に基づいてBTKキナーゼの標的占有率を決定する工程と、
を含む方法を提供する。
(a)被験体にBTK阻害剤化合物を投与する工程と;
(b)被験体から生体試料(例えば、血液又は脾臓)を採取する工程と;
(c)前記試料にプローブを接触させて、プローブ結合BTKキナーゼを形成する工程と;
(d)試料中のプローブ結合BTKキナーゼの量を検出する工程と;そして
(e)試料中で検出されたプローブ結合キナーゼの量に基づいてBTKキナーゼの標的占有率を決定する工程と、
を含む方法を提供する。
別の態様において本発明は、BTKキナーゼ阻害剤療法を受けている患者における薬物標的占有率を決定する方法であって、
(a)BTKキナーゼを含む試料をプローブと接触させてプローブ結合キナーゼを形成する工程であって、少なくとも1用量の不可逆的BTKキナーゼ阻害剤の投与後に患者から試料を得る工程と;
(b)試料中のプローブ結合キナーゼの量を検出する工程と;そして
(c)試料中に検出されたプローブ結合キナーゼの量に基づいてBTKキナーゼの標的占有率を決定する工程と、
を含む方法を提供する。
(a)BTKキナーゼを含む試料をプローブと接触させてプローブ結合キナーゼを形成する工程であって、少なくとも1用量の不可逆的BTKキナーゼ阻害剤の投与後に患者から試料を得る工程と;
(b)試料中のプローブ結合キナーゼの量を検出する工程と;そして
(c)試料中に検出されたプローブ結合キナーゼの量に基づいてBTKキナーゼの標的占有率を決定する工程と、
を含む方法を提供する。
別の態様において本発明は、BTKキナーゼ阻害剤療法を受けている患者における薬物標的占有率を追跡する方法を提供する。
特定の実施態様において、プローブは式Iの化合物である:
[式中、
環Aは、ピリジン、ピラジン、ピリダジン、及びピリミジンから選択される1又は2個の窒素を有する6員ヘテロアリール環であり;
R2は、−R、ハロゲン、−ハロアルキル、−OR、−SR、−CN、−NO2、−SO2R、−SOR、−C(O)R、−CO2R、−C(O)N(R)2、−NRC(O)R、−NRC(O)N(R)2、−NRSO2R、又は−N(R)2から選択され;
R3は、−R、ハロゲン、−ハロアルキル、−OR、−SR、−CN、−NO2、−SO2R、−SOR、−C(O)R、−CO2R、−C(O)N(R)2、−NRC(O))R、NRC(O)N(R)2、−NRSO2R、又は−N(R)2から選択され;
ここで、R2又はR3の少なくとも1つは、−C(O)N(R)2又はCNであり;
各Rは、独立して、水素、C1-6脂肪族、C3-10アリール、3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する3〜7員の複素環、又は窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の単環式ヘテロアリール環であり;その各々は場合により置換され;又は
同じ原子上の2つのR基は、それらが結合している原子と一緒になって、C3-10アリール、3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する3〜7員の複素環、又は窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の単環式ヘテロアリール環を形成し;その各々は場合により置換され;
Lは、C1-6脂肪族、C3-10アリール、3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する3〜7員の複素環、及び窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の単環式ヘテロアリール環から選択される二価の基であり;その各々は場合により置換され;又はLは、C1-6脂肪族−C3-10アリール、C1-6脂肪族−3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有するC1-6脂肪族−3〜7員の複素環、及び窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有するC1〜6脂肪族−5〜6員の単環式ヘテロアリール環から選択される二価の基であり;その各々は場合により置換され:
Yは、O、S、SO2、SO、C(O)、CO2、C(O)N(R)、−NRC(O)、−NRC(O)N(R)、−NRSO2、又はN(R)であり;又はYは存在せず;
R1は、C1-6脂肪族、C3-10アリール、3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する3〜7員の複素環、及び窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の単環式ヘテロアリール環から選択されるマイケル(Michael)アクセプターであり;その各々は場合により置換され;
Xは、O、S、SO2、SO、C(O)、CO2、C(O)N(R)、−NRC(O)、−NRC(O)N(R)、−NRSO2、又はN(R)であり;又はXは存在せず;そして
R4’は、C1-6脂肪族、C3-10アリール、3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素又は窒素から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する3〜7員の複素環硫黄、及び窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の単環式ヘテロアリール環から選択される二価の基であり;その各々は場合により置換され;
T1は、二価のテザリング部分 (tethering moiety)であり;そして
Rtは、検出可能な部分である]。
環Aは、ピリジン、ピラジン、ピリダジン、及びピリミジンから選択される1又は2個の窒素を有する6員ヘテロアリール環であり;
R2は、−R、ハロゲン、−ハロアルキル、−OR、−SR、−CN、−NO2、−SO2R、−SOR、−C(O)R、−CO2R、−C(O)N(R)2、−NRC(O)R、−NRC(O)N(R)2、−NRSO2R、又は−N(R)2から選択され;
R3は、−R、ハロゲン、−ハロアルキル、−OR、−SR、−CN、−NO2、−SO2R、−SOR、−C(O)R、−CO2R、−C(O)N(R)2、−NRC(O))R、NRC(O)N(R)2、−NRSO2R、又は−N(R)2から選択され;
ここで、R2又はR3の少なくとも1つは、−C(O)N(R)2又はCNであり;
各Rは、独立して、水素、C1-6脂肪族、C3-10アリール、3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する3〜7員の複素環、又は窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の単環式ヘテロアリール環であり;その各々は場合により置換され;又は
同じ原子上の2つのR基は、それらが結合している原子と一緒になって、C3-10アリール、3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する3〜7員の複素環、又は窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の単環式ヘテロアリール環を形成し;その各々は場合により置換され;
Lは、C1-6脂肪族、C3-10アリール、3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する3〜7員の複素環、及び窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の単環式ヘテロアリール環から選択される二価の基であり;その各々は場合により置換され;又はLは、C1-6脂肪族−C3-10アリール、C1-6脂肪族−3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有するC1-6脂肪族−3〜7員の複素環、及び窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有するC1〜6脂肪族−5〜6員の単環式ヘテロアリール環から選択される二価の基であり;その各々は場合により置換され:
Yは、O、S、SO2、SO、C(O)、CO2、C(O)N(R)、−NRC(O)、−NRC(O)N(R)、−NRSO2、又はN(R)であり;又はYは存在せず;
R1は、C1-6脂肪族、C3-10アリール、3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する3〜7員の複素環、及び窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の単環式ヘテロアリール環から選択されるマイケル(Michael)アクセプターであり;その各々は場合により置換され;
Xは、O、S、SO2、SO、C(O)、CO2、C(O)N(R)、−NRC(O)、−NRC(O)N(R)、−NRSO2、又はN(R)であり;又はXは存在せず;そして
R4’は、C1-6脂肪族、C3-10アリール、3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素又は窒素から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する3〜7員の複素環硫黄、及び窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の単環式ヘテロアリール環から選択される二価の基であり;その各々は場合により置換され;
T1は、二価のテザリング部分 (tethering moiety)であり;そして
Rtは、検出可能な部分である]。
特定の実施態様において、プローブは、式I−a、I−b、I−c、又はI−dの化合物である:
[式中、
R1、R2、R3、R4、X、L、及びYの各々は、上記で定義され、上記及び本明細書の実施態様、クラス及びサブクラスで、単独又は組み合わせて記載した通りである]。
R1、R2、R3、R4、X、L、及びYの各々は、上記で定義され、上記及び本明細書の実施態様、クラス及びサブクラスで、単独又は組み合わせて記載した通りである]。
本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、R2は、水素、ハロゲン、−OR、−SR、−CN、−NO2、−SO2R、−SOR、−C(O)R、−CO2R、−C(O)N(R)2、−NRC(O)R、−NRC(O)N(R)2、−NRSO2R、又は−N(R)2である。特定の実施態様において、R2は、ハロゲン、−OR、−SR、−SO2R、−SOR、−C(O)R、−CO2R、−C(O)N(R)2、−NRC(O)R、−NRC(O)N(R)2、−NRSO2R、又は−N(R)2である。特定の実施態様において、R2は、ハロゲン、−C(O)R、−CO2R、−C(O)N(R)2、−NRC(O)R、−NRC(O)N(R)2、又は−NRSO2Rである。特定の実施態様において、R2は、ハロゲン又は−C(O)N(R)2である。
本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、R2は、F又は−C(O)NH2である。特定の実施態様において、R2はFである。特定の実施態様において、R2は−C(O)NH2である。特定の実施態様において、R2は−CNである。
本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、R2は水素である。
本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、R3は、水素、ハロゲン、−OR、−SR、−CN、−NO2、−SO2R、−SOR、−C(O)R、−CO2R、−C(O)N(R)2、−NRC(O)R、−NRC(O)N(R)2、−NRSO2R、又は−N(R)2である。特定の実施態様において、R3は、ハロゲン、−OR、−SR、−SO2R、−SOR、−C(O)R、−CO2R、−C(O)N(R)2、−NRC(O)R、−NRC(O)N(R)2、−NRSO2R、又は−N(R)2である。特定の実施態様において、R3は、ハロゲン、−C(O)R、−CO2R、−C(O)N(R)2、−NRC(O)R、−NRC(O)N(R)2、又は−NRSO2Rである。特定の実施態様において、R3は、ハロゲン又は−C(O)N(R)2である。
本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、R3は、NH2、Cl、F、又は−C(O)NH2である。特定の実施態様において、R3はFである。特定の実施態様において、R3は−C(O)NH2である。特定の実施態様において、R3は−CNである。
本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、R3は水素である。
本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、Lは、場合により置換されている二価のC1-6脂肪族である。本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、Lは、場合により置換されている二価のC3-10アリールである。本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、Lは、場合により置換されている二価の3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環である。本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、Lは、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する二価の3〜7員の複素環であり、これは場合により置換されている。本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、Lは、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する二価の5〜6員の単環式ヘテロアリール環であり、これは場合により置換されている。
本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、Lは二価のC1-6脂肪族−C3-10アリールであり、これは場合により置換されている。本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、Lは、二価のC1-6脂肪族−3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環であり、これは場合により置換されている。本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、Lは、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する二価のC1-6脂肪族−3〜7員の複素環であり、これは場合により置換されている。本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、Lは、窒素、酸素、又は場合により置換されている硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する二価のC1-6脂肪族−5〜6員の単環式ヘテロアリール環であり、これは場合により置換されている。
特定の実施態様において、Lは、メチレン、エチレン、プロピレン、i−プロピレン、ブチレン、s−ブチレン、t−ブチレン、直鎖若しくは分枝鎖のペンチレン、又は直鎖若しくは分枝鎖のヘキシレンから選択される二価のC1-6脂肪族であり;その各々は場合により置換されている。
特定の実施態様において、Lは、二価のフェニル、ナフチル、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、アダマンチル、シクロオクチル、[3.3.0]ビシクロオクタニル、[4.3.0]ビシクロノナニル、[4.4.0]ビシクロデカニル、[2.2.2]ビシクロオクタニル、フルオレニル、インダニル、テトラヒドロナフチル、アクリジニル、アゾシニル、ベンズイミダゾリル、ベンゾフラニル、ベンゾチオフラニル、ベンゾチオフェニル、ベンゾオキサゾリル、ベンズチアゾリル、ベンズトリアゾリル、ベンズテトラゾリル、ベンズイソオキサゾリル、ベンズイソチアゾリル、ベンズイミダゾリニル、カルバゾリル、NH−カルバゾリル、カルボリニル、クロマニル、クロメニル、シンノリニル、デカヒドロキノリニル、2H,6H−1,5,2−ジチアジニル、ジヒドロフロ[2,3−b]テトラヒドロフラン、フラニル、フラザニル、イミダゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリル、1H−インダゾリル、インドレニル、インドリニル、インドリジニル、インドリル、3H−インドリル、イソインドリニル、イソインドレニル、イソベンゾフラニル、イソクロマニル、イソインダゾリル、イソインドリニル、イソインドリル、イソキノリニル、イソチアゾリル、イソオキサゾリル、モルホリニル、ナフチリジニル、オクタヒドロイソキノリニル、オキサジアゾリル、1,2,3−オキサジアゾリル、1,2,4−オキサジアゾリル、1,2,5−オキサジアゾリル、1,3,4−オキサジアゾリル、オキサゾリジニル、オキサゾリル、オキサゾリジニル、ピリミジニル、フェナントリジニル、フェナントロリニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサチイニル、フェノキサジニル、フタラジニル、ピペラジニル、ピペリジニル、プテリジニル、プリニル、ピラニル、ピラジニル、ピラゾリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリル、ピリダジニル、ピリドオキサゾール、ピリドイミダゾール、ピリドチアゾール、ピリジニル、ピリジル、ピリミジニル、ピロリジニル、ピロリニル、2H−ピロリル、ピロリル、キナゾリニル、キノリニル、4H−キノリジニル、キノキサリニル、キヌクリジニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロイソキノリニル、テトラヒドロキノリニル、6H−1,2,5−チアジアジニル、1,2,3−チアジアゾリル、1,2,4−チアジアゾリル、1,2,5−チアジアゾリル、1,3,4−チアジアゾリル、チアントレニル、チアゾリル、チエニル、チエノチアゾリル、チエノオキサゾリル、チエノイミダゾリル、チオフェニル、トリアジニル、1,2,3−トリアゾリル、1,2,4−トリアゾリル、1,2,5−トリアゾリル、1,3,4−トリアゾリル、オキセタニル、アゼチジニル、又はキサンテニルであり;その各々は場合により置換されている。
本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、Yは、−NRC(O)、−NRC(O)N(R)、−NRSO2、又はN(R)である。
本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、Yは、O、S、SO2、SO、C(O)、CO2、又はC(O)N(R)である。
本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、Yは存在しない。
本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、R1は、場合により置換されているC1-6脂肪族である。特定の実施態様において、R1は場合により置換されているC3-10アリールである。特定の実施態様において、R1は、場合により置換されている3〜8員の飽和又は部分的不飽和の炭素環である。特定の実施態様において、R1は、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、場合により置換されている3〜7員の複素環である。特定の実施態様において、R1は、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、場合により置換されている5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。
本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、R1は、C1-6脂肪族である。特定の実施態様において、R1は、メチル、エチル、プロピル、i−プロピル、ブチル、s−ブチル、t−ブチル、直鎖若しくは分枝鎖ペンチル、又は直鎖若しくは分枝鎖ヘキシルであり;その各々は場合により置換されている。
本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、R1はC2-6アルケニルであり、これは場合により置換されている。特定の実施態様において、R1はC2-6アルキニルであり、これは場合により置換されている。
本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、Xは、O、C(O)、CO2、C(O)N(R)、−NRC(O)、−NRC(O)N(R)、−NRSO2、又はN(R)である。特定の実施態様において、Xは、O、C(O)N(R)、−NRC(O)、又はN(R)である。特定の実施態様において、Xは、O、C(O)NH、−NHC(O)、NH、又はN(Me)である。特定の実施態様において、Xは存在しない。
本明細書中の式のいずれかの特定の実施態様において、R4’は、二価C1-6脂肪族、C3-10アリール、3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される4個のヘテロ原子を有する3〜7員の複素環、又は窒素、酸素若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の単環式ヘテロアリール環であり;その各々は場合により置換されている。
特定の実施態様においてR4’は、場合により置換されているC1-6脂肪族である。特定の実施態様においてR4’は、場合により置換されているC3-10アリールである。特定の実施態様においてR4’は、場合により置換されている3〜8員の飽和又は部分的不飽和炭素環である。特定の実施態様においてR4は、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、場合により置換されている3〜7員の複素環である。特定の実施態様においてR4’は、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する、場合により置換されている5〜6員の単環式ヘテロアリール環である。
特定の実施態様においてR4’は、二価のメチル、エチル、プロピル、i−プロピル、ブチル、s−ブチル、t−ブチル、直鎖若しくは分枝鎖ペンチル、直鎖若しくは分枝鎖ヘキシル、又は直鎖若しくは分枝鎖ヘプチルである。特定の実施態様において、R4’はメチルである。
特定の実施態様においてR4’は、二価のフェニル、ナフチル、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、アダマンチル、シクロオクチル、[3.3.0]ビシクロオクタニル、[4.3.0]ビシクロノナニル、[4.4.0]ビシクロデカニル、[2.2.2]ビシクロオクタニル、フルオレニル、インダニル、テトラヒドロナフチル、アクリジニル、アゾシニル、ベンズイミダゾリル、ベンゾフラニル、ベンゾチオフラニル、ベンゾチオフェニル、ベンゾオキサゾリル、ベンズチアゾリル、ベンズトリアゾリル、ベンズテトラゾリル、ベンズイソオキサゾリル、ベンズイソチアゾリル、ベンズイミダゾリニル、カルバゾリル、NH−カルバゾリル、カルボリニル、クロマニル、クロメニル、シンノリニル、デカヒドロキノリニル、2H,6H−1,5,2−ジチアジニル、ジヒドロフロ[2,3−b]テトラヒドロフラン、フラニル、フラザニル、イミダゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリル、1H−インダゾリル、インドレニル、インドリニル、インドリジニル、インドリル、3H−インドリル、イソインドリニル、イソインドレニル、イソベンゾフラニル、イソクロマニル、イソインダゾリル、イソインドリニル、イソインドリル、イソキノリニル、イソチアゾリル、イソオキサゾリル、モルホリニル、ナフチリジニル、オクタヒドロイソキノリニル、オキサジアゾリル、1,2,3−オキサジアゾリル、1,2,4−オキサジアゾリル、1,2,5−オキサジアゾリル、1,3,4−オキサジアゾリル、オキサゾリジニル、オキサゾリル、オキサゾリジニル、ピリミジニル、フェナントリジニル、フェナントロリニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサチイニル、フェノキサジニル、フタラジニル、ピペラジニル、ピペリジニル、プテリジニル、プリニル、ピラニル、ピラジニル、ピラゾリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリル、ピリダジニル、ピリドオキサゾール、ピリドイミダゾール、ピリドチアゾール、ピリジニル、ピリジル、ピリミジニル、ピロリジニル、ピロリニル、2H−ピロリル、ピロリル、キナゾリニル、キノリニル、4H−キノリジニル、キノキサリニル、キヌクリジニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロイソキノリニル、テトラヒドロキノリニル、6H−1,2,5−チアジアジニル、1,2,3−チアジアゾリル、1,2,4−チアジアゾリル、1,2,5−チアジアゾリル、1,3,4−チアジアゾリル、チアントレニル、チアゾリル、チエニル、チエノチアゾリル、チエノオキサゾリル、チエノイミダゾリル、チオフェニル、トリアジニル、1,2,3−トリアゾリル、1,2,4−トリアゾリル、1,2,5−トリアゾリル、1,3,4−トリアゾリル、オキセタニル、アゼチジニル、又はキサンテニルであり;その各々は場合により置換されている。
特定の実施態様において、R4’は、二価のフェニル、フラニル、フラザニル、イミダゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリル、1H−インダゾリル、インドレニル、イソオキサゾリル、オキサジアゾリル、1,2,3−オキサジアゾリル、1,2,4−オキサジアゾリル、1,2,5−オキサジアゾリル、1,3,4−オキサジアゾリル、オキサゾリジニル、オキサゾリル、オキサゾリジニル、ピリミジニル、ピペラジニル、ピペリジニル、プリニル、ピラニル、ピラジニル、ピラゾリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリル、ピリダジニル、ピリジニル、ピリジル、ピリミジニル、ピロリジニル、ピロリニル、2H−ピロリル、ピロリル、テトラヒドロフラニル、チアゾリル、チエニル、チオフェニル、オキセタニル、又はアゼチジニルであり、その各々は場合により置換されている。
特定の実施態様において、R4’は、二価のフェニル、ピリジニル、ピペリジニル、又はピラゾリルであり、その各々は場合により置換されている。
いくつかの実施態様において、本発明のプローブ化合物は、二価のテザリング部分である−T1−によって、検出可能な部分Rtに繋がれた、本明細書に記載の任意の式の提供された化合物を含む。テザリング部分は、R4’を介して本発明の化合物に結合される。
いくつかの実施態様においてRtは、一次標識物又は二次標識物から選択される検出可能部分である。特定の実施態様においてRtは、蛍光標識物(例えば、蛍光色素又は蛍光発色団)、質量タグ、化学発光基、発色団、高電子密度基、又はエネルギー移動物質から選択される検出可能部分である。いくつかの実施態様においてRtはビオチン、ビオチンスルホキシド、放射性同位元素、又は蛍光標識物である。
本明細書中で使用される用語「検出可能な部分」は、用語「標識物」及び「レポーター」と同義に用いられ、検出され得る任意の部分、例えば一次標識物及び二次標識物に関する。検出可能部分の存在は、研究中の系において検出可能部分を(絶対的、近似的、又は相対的に)定量する方法を用いて測定することができる。いくつかの実施態様において、そのような方法は当業者に周知であり、レポーター部分[例えば、標識物、色素、光架橋剤、細胞傷害性化合物、薬物、親和性標識物、光親和性標識物、反応性化合物、抗体若しくは抗体フラグメント、生体物質、ナノ粒子、スピン標識物、蛍光発色団、金属含有部分、放射性部分、量子ドット、新規な官能基、他の分子と共有結合的又は非共有結合的に相互作用する基、光活性化部分、化学線励起部分、リガンド、光異性化可能な部分、ビオチン、ビオチン類似体(例えば、ビオチンスルホキシド)、重原子を取り込んだ部分、化学的開裂可能基、光開裂可能基、酸化還元活性物質、同位体標識部分、生物物理学的プローブ、リン光基、化学発光基、電子密度基、磁性基、インターカレート基、発色団、エネルギー移動物質、生物活性物質、検出可能標識物、及び上記の任意の組み合わせ]を定量する任意の方法を含む。
一次標識物は、例えば放射性同位体(例えば、トリチウム、32P、33P、35S、14C、123I、124I、125I、又は131I)、質量タグは、安定同位体(例えば、13C、2H、17O、18O、15N、19F、及び127I)、陽電子放出同位体(例えば、11C、18F、13N、124I、及び15O)、及び蛍光標識物であり、これらは、さらなる修飾なしに検出することができるシグナル生成レポーター基である。検出可能部分は、方法によって分析される。例示的な方法は、蛍光法、陽電子放出断層撮影法、SPECT医用イメージング、化学発光、電子スピン共鳴、紫外/可視吸光分光法、質量分析、核磁気共鳴、磁気共鳴、フローサイトメトリー、オートラジオグラフィー、シンチレーション計測、ホスホイメージング、及び電気化学法である。
本明細書で使用される「二次標識物」という用語は、検出可能なシグナルの産生のために第二の中間体の存在を必要とする、ビオチン及び種々のタンパク質抗原などの部分を指す。ビオチンについて二次中間体は、ストレプトアビジン−酵素又はストレプトアビジン−抗体結合体を含む。抗原標識物について二次中間体は、抗体−酵素結合体が含まれる。いくつかの蛍光基は、非放射性蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)の過程で別の基にエネルギーを伝達するため二次標識物として作用し、第二の基は検出シグナルを生成する。
本明細書で使用される「蛍光標識物」、「蛍光色素」、及び「蛍光発色団」という用語は、規定された励起波長で光エネルギーを吸収し、異なる波長で光エネルギーを放出する部分を指す。蛍光標識物の例には、特に限定されないが、アレクサフルオール(Alexa Fluor)色素(アレクサフルオール350、アレクサフルオール488、アレクサフルオール532、アレクサフルオール546、アレクサフルオール568、アレクサフルオール594、アレクサフルオール633、アレクサフルオール660、及びアレクサフルオール680)、AMCA、AMCA−S、BODIPY色素(BODIPY FL、BODIPY R6G、BODIPY TMR、BODIPY TR、BODIPY 493/503、BODIPY 530/550、BODIPY 558/568、BODIPY 564/570、BODIPY 576/589、BODIPY 581/591、BODIPY 630/650、BODIPY 650/665)、カルボキシローダミン6G、カルボキシ−X−ローダミン(ROX)、カスケードブルー、カスケードイエロー、クマリン343、シアニン色素(Cy3、Cy5、Cy3.5、Cy5.5)、ダンシル、ダポキシル、ジアルキルアミノクマリン、4’,5’−ジクロロ−2’,7’−ジメトキシ−フルオレセイン、DM−NERF、エオシン、エリスロシン、フルオレセイン、FAM、ヒドロキシクマリン、IR色素(IRD40、IRD700、IRD800)、JOE、リスアミンローダミンB、マリナブルー、メトキシクマリン、ナフトフルオレセイン、オレゴングリーン488、オレゴングリーン500、オレゴングリーン514、バシフックブルー、PyMPO、ピレン、ローダミンB、ローダミン6G、ローダミングリーン、ローダミンレッド、ロドールグリーン、2’,4’,5’,7’−テトラ−ブルモスルフォン−フルオレセイン、テトラメチル−ローダミン(TMR)、カルボキシテトラメチルローダミン(TAMRA)、テキサスレッド、テキサスレッド−X、5(6)−カルボキシフルオレセイン、2,7−ジクロロフルオレセイン、N,N−ビス(2,4,6−トリメチルフェニル)−3,4:9,10−ペリレンビス(ジカルボキシミド)、HPTS、エチルエオシン、DY−490XLメガストークス、DY−485XLメガストークス、アジロンダックグリーン520、ATTO465、ATTO488、ATTO495、YOYO−1,5−FAM、BCECF、ジクロロフルオレセイン、ローダミン110、ローダミン123、YO−PRO−1、SYTOXグリーン、ナトリウムグリーン、SYBRグリーンI、アレクサフルオール500、FITC、フルオ−3、フルオ−4、フルオロ−エメラルド、YoYo−1 ssDNA、YoYo−1 dsDNA、YoYo−1、SYTO RNASelect、ジベルサグリーン−FP、ドラゴングリーン、エバグリーン、サーフグリーンEX、スペクトラムグリーン、ニューロトレース500525、NBD−X、ミトトラッカーグリーンFM、リソトラッカーグリーンDND−26、CBQCA、PA−GFP(活性化後)、WEGFP(活性化後)、FlASH−CCXXCC、アザミグリーンモノメリック、アザミグリーン、グリーンフルオレセインタンパク質(GFP)、EGFP(Campbell Tsien 2003)、EGFP(Patterson 2001)、カエデグリーン、7−ベンジルアミノ−4−ニトロベンズ−2−オキサ−1,3−ジアゾール、Bexl、ドキソルビシン、ルミオグリーン、及びSuperGlo GFPが挙げられる。
本明細書で使用される「質量タグ (mass-tag)」という用語は、質量分析(MS)検出技術を使用して、その質量によって独自に検出することができる任意の部分を指す。質量タグの例には、エレクトロフォア放出タグ(electrophore release tag)、例えばN−[3−[4’−[(p−メトキシテトラフルオロベンジル)オキシ]フェニル]−3−メチルグリセロニル]イソニペコチン酸、4’−[2,3,5,6−テトラフルオロ−4−(ペンタフルオロフェノキシル)]メチルアセトフェノン、及びそれらの誘導体が挙げられる。これらの質量タグの合成及び有用性は、米国特許第4,650,750号、第4,709,016号、第5,360,8191号、第5,516,931号、第5,602,273号、第5,604,104号、第5,610,020号、及び第5,650,270号に記載されている。質量タグの他の例には、特に限定されないが、ヌクレオチド、ジデオキシヌクレオチド、種々の長さ及び塩基組成のオリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、及び種々の長さ及びモノマー組成の他の合成ポリマーが含まれる。適切な質量範囲(100〜2000ダルトン)の中性及び荷電したの多種多様な有機分子(生体分子又は合成化合物)も、質量タグとして使用される。安定同位体(例えば、13C、2H、17O、18O及び15N)も質量タグとして使用される。
本明細書で使用される「化学発光基」という用語は、熱を加えることなく化学反応の結果として光を放出する基を指す。例として、ルミノール(5−アミノ−2,3−ジヒドロ−1,4−フタラジンジオン)は、塩基及び金属触媒の存在下で、過酸化水素(H2O2)のような酸化剤と反応して、励起状態生成物(3−アミノフタレート、3−APA)を生成する。
本明細書で使用される用語「発色団」は、可視波長、UV波長、又はIR波長の光を吸収する分子を指す。
本明細書で使用される用語「染料」は、発色団を含有する可溶性の着色物質を指す。
本明細書で使用される「高電子密度基」という用語は、電子ビームを照射したときに電子を散乱させる基を意味する。そのような基には、特に限定されないが、モリブデン酸アンモニウム、亜硝酸ビスマス、ヨウ化カドミウム、カルボヒドラジド、塩化第二鉄六水和物、ヘキサメチレンテトラミン、無水三塩化インジウム、硝酸ランタン、酢酸鉛三水和物、クエン酸鉛三水和物、硝酸鉛、過ヨウ素酸、リンモリブデン酸、リンタングステン酸、フェリシアン化カリウム、フェロシアン化カリウム、ルテニウムレッド、硝酸銀、タンパク銀(Agアッセイ:8.0〜8.5%)「ストロング」、テトラフェニルポルフィン銀(S−TPPS)、塩化金酸ナトリウム、タングステン酸ナトリウム、硝酸タリウム、チオセミカルバジド(TSC)、酢酸ウラニル、硝酸ウラニル、及び硫酸バナジルが挙げられる。
本明細書で使用される「エネルギー移動物質」という用語は、エネルギーを供与するか又は別の分子からエネルギーを受け入れる分子を指す。ほんの一例として、蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)は双極子−双極子相互作用であり、ここで、蛍光供与体分子の励起状態エネルギーが非放射能的に未励起アクセプター分子に伝達され、これは次に、供与されたエネルギーをより長い波長で蛍光として放出する。
本明細書で使用される「重原子を取り込む部分」という用語は、通常は炭素よりも重いイオン又は原子を取り込む基を指す。いくつかの実施態様において、このようなイオン又は原子には、特に限定されないが、シリコン、タングステン、金、鉛、及びウランが含まれる。
本明細書で使用される「光親和性標識物」という用語は、光に曝されると、標識物が親和性を有する分子と共有結合を形成する基を有する標識物を指す。
本明細書で使用される「光活性化(photocaged)標識物」という用語は、特定の波長の光を照射すると、共有結合的又は非共有結合的に、他のイオン又は分子に結合する基を指す。
本明細書で使用される用語「光異性化可能部分」は、光を照射すると、ある異性体の形態から別の異性体に変化する基を指す。
本明細書で使用される用語「放射性部分」は、その核が自然に、アルファ、ベータ、又はガンマ粒子などの核放射線を放出する基を指し、ここで、アルファ粒子はヘリウム核であり、ベータ粒子は電子であり、ガンマ粒子は高エネルギー光子である。
本明細書で使用される用語「スピン標識物」は、いくつかの実施態様において電子スピン共鳴分光法によって検出され、別の実施態様において別の分子に結合している不対電子スピン(すなわち、安定な常磁性基)を示す原子又は原子群を含む分子を指す。そのようなスピン標識分子には、特に限定されないが、ニトリルラジカル及びニトロキシドが含まれ、いくつかの実施態様において、単一スピン標識物又は二重スピン標識物である。
本明細書で使用される「量子ドット」という用語は、いくつかの実施態様において近赤外領域で検出され、極めて高い量子収率(すなわち、少量の照明でも非常に明るい)を有するコロイド状半導体ナノ結晶を指す。
当業者は、検出可能な部分が、提供される化合物に適切な置換基を介して結合することを認識するであろう。本明細書で使用される用語「適切な置換基」は、検出可能部分に共有結合することができる部分を指す。そのような部分は、当業者に周知であり、例えばいくつか例を挙げると、カルボキシレート部分、アミノ部分、チオール部分、又はヒドロキシル部分を含む基がある。このような部分は、二価の飽和若しくは不飽和の炭化水素鎖などのテザリング部分を介して、提供された化合物に直接結合されることが理解されるであろう。
いくつかの実施態様において、検出可能な部分は、提供される化合物にクリック化学によって結合される。いくつかの実施態様において、このような部分は、場合により銅触媒の存在下で、アジドの1,3−環付加を介してアルキンと結合する。クリック化学を使用する方法は当技術分野で公知であり、Rostovtsev et al., Angew. Chem. Int. Ed. 2002, 41, 2596-99 及び Sun et al., Bioconjugate Chem., 2006, 17, 52-57 に記載されているものがある。いくつかの実施態様において、クリック可能阻害剤部分が提供され、クリック可能−T−Rt部分と反応する。本明細書で使用される「クリック可能 (click ready)」とは、クリック化学反応において使用するためのアジド又はアルキンを含む部分をいう。いくつかの実施態様において、クリック可能阻害剤部分は、アジドを含む。特定の実施態様において、クリック可能−T−Rt部分は、無銅クリック化学反応で使用するための緊張したシクロオクチンを含む(例えば、Baskin et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104, 16793-16797 に記載されている方法を使用して)。
いくつかの実施態様において、検出可能部分Rtは、標識物、色素、光架橋剤、細胞傷害性化合物、薬物、親和性標識物、光親和性標識物、反応性化合物、抗体又は抗体フラグメント、生体物質、ナノ粒子、スピン標識物、蛍光発色団、金属含有部分、放射性部分、量子ドット、新規官能基、他の分子と共有結合的に又は非共有結合的に相互作用する基、光活性化部分、化学線励起可能部分、リガンド、光異性化可能部分、ビオチン、ビオチン類似体(例えば、ビオチンスルホキシド)、重原子を取り込んだ部分、化学的に開裂可能な基、光開裂可能な基、酸化還元活性剤、同位体標識された部分、生物物理的プローブ、リン光基、化学発光基、高電子密度基、磁性基、インターカレーター基、発色団、エネルギー移動物質、生物活性物質、検出可能標識物、又はこれらの組み合わせから選択される。
いくつかの実施態様において、Rtはビオチン又はその類似体である。特定の実施態様において、Rtはビオチンである。特定の別の実施態様において、Rtはビオチンスルホキシドである。
別の実施態様において、Rtは蛍光発色団である。さらなる実施態様において、蛍光発色団は、アレクサフルオール(Alexa Fluor)色素(アレクサフルオール350、アレクサフルオール488、アレクサフルオール532、アレクサフルオール546、アレクサフルオール568、アレクサフルオール594、アレクサフルオール633、アレクサフルオール660、及びアレクサフルオール680)、AMCA、AMCA−S、BODIPY色素(BODIPY FL、BODIPY R6G、BODIPY TMR、BODIPY TR、BODIPY 493/503、BODIPY 530/550、BODIPY 558/568、BODIPY 564/570、BODIPY 576/589、BODIPY 581/591、BODIPY 630/650、BODIPY 650/665)、カルボキシローダミン6G、カルボキシ−X−ローダミン(ROX)、カスケードブルー、カスケードイエロー、クマリン343、シアニン色素(Cy3、Cy5、Cy3.5、Cy5.5)、ダンシル、ダポキシル、ジアルキルアミノクマリン、4’,5’−ジクロロ−2’,7’−ジメトキシ−フルオレセイン、DM−NERF、エオシン、エリスロシン、フルオレセイン、FAM、ヒドロキシクマリン、IR色素(IRD40、IRD700、IRD800)、JOE、リスアミンローダミンB、マリナブルー、メトキシクマリン、ナフトフルオレセイン、オレゴングリーン488、オレゴングリーン500、オレゴングリーン514、バシフックブルー、PyMPO、ピレン、ローダミンB、ローダミン6G、ローダミングリーン、ローダミンレッド、ロドールグリーン、2’,4’,5’,7’−テトラ−ブルモスルフォン−フルオレセイン、テトラメチル−ローダミン(TMR)、カルボキシテトラメチルローダミン(TAMRA)、テキサスレッド、テキサスレッド−X、5(6)−カルボキシフルオレセイン、2,7−ジクロロフルオレセイン、N,N−ビス(2,4,6−トリメチルフェニル)−3,4:9,10−ペリレンビス(ジカルボキシミド)、HPTS、エチルエオシン、DY−490XLメガストークス、DY−485XLメガストークス、アジロンダックグリーン520、ATTO465、ATTO488、ATTO495、YOYO−1,5−FAM、BCECF、ジクロロフルオレセイン、ローダミン110、ローダミン123、YO−PRO−1、SYTOXグリーン、ナトリウムグリーン、SYBRグリーンI、アレクサフルオール500、FITC、フルオ−3、フルオ−4、フルオロ−エメラルド、YoYo−1 ssDNA、YoYo−1 dsDNA、YoYo−1、SYTO RNASelect、ジベルサグリーン−FP、ドラゴングリーン、エバグリーン、サーフグリーンEX、スペクトラムグリーン、ニューロトレース500525、NBD−X、ミトトラッカーグリーンFM、リソトラッカーグリーンDND−26、CBQCA、PA−GFP(活性化後)、WEGFP(活性化後)、FlASH−CCXXCC、アザミグリーンモノメリック、アザミグリーン、グリーンフルオレセインタンパク質(GFP)、EGFP(Campbell Tsien 2003)、EGFP(Patterson 2001)、カエデグリーン、7−ベンジルアミノ−4−ニトロベンズ−2−オキサ−1,3−ジアゾール、Bexl、ドキソルビシン、ルミオグリーン、及びSuperGlo GFPから選択される。
上記に一般的に記載されるように、提供されるプローブ化合物は、不可逆的阻害剤を検出可能部分に結合させるテザリング部分−T1−を含む。本明細書で使用される用語「テザー(tether)」又は「テザリング部分(tethering moiety)」は、任意の二価化学スペーサーを指す。テザーの例は、共有結合、ポリマー、水溶性ポリマー、場合により置換されているアルキル、場合により置換されているヘテロアルキル、場合により置換されているヘテロシクロアルキル、場合により置換されているシクロアルキル、場合により置換されているヘテロシクリル、場合により置換されているヘテロシクロアルキルアルキル、場合により置換されているヘテロシクロアルキルアルキルアルケニル、場合により置換されているアリール、場合により置換されているヘテロアリール、場合により置換されているヘテロシクロアルキルアルケニルアルキル、場合により置換されているアミド部分、エーテル部分、ケトン部分、エステル部分、場合により置換されているカルバメート部分、場合により置換されているヒドラゾン部分、場合により置換されているヒドラジン部分、場合により置換されているオキシム部分、ジスルフィド部分、場合により置換されているイミン部分、場合により置換されているスルホンアミド部分、スルホン部分、スルホキシド部分、チオエーテル部分、又はそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態において、テザリング部分−T1−は、共有結合、ポリマー、水溶性ポリマー、場合により置換されているアルキル、場合により置換されているヘテロアルキル、場合により置換されているヘテロシクロアルキル、場合により置換されているシクロアルキル、場合により置換されているヘテロシクロアルキルアルキル、場合により置換されているヘテロシクロアルキルアルケニル、場合により置換されているアリール、場合により置換されているヘテロアリール、及び場合により置換されているヘテロシクロアルキルアルケニルアルキルから選択される。いくつかの実施態様において、テザリング部分は、場合により置換されている複素環である。別の実施態様において、複素環は、アジリジン、オキシラン、エピスルフィド、アゼチジン、オキセタン、ピロリン、テトラヒドロフラン、テトラヒドロチオフェン、ピロリジン、ピラゾール、ピロール、イミダゾール、トリアゾール、テトラゾール、オキサゾール、イソキサゾール、オキシレン、チアゾール、イソチアゾール、ジチオラン、フラン、チオフェン、ピペリジン、テトラヒドロピラン、チアン、ピリジン、ピラン、チアピラン、ピリダジン、ピリミジン、ピラジン、ピペラジン、オキサジン、チアジン、ジチアン、及びジオキサンから選択される。いくつかの実施態様において、複素環はピペラジンである。さらなる実施態様において、テザリング部分は、ハロゲン、−CN、−OH、−NO2、アルキル、S(O)、及びS(O)2で場合により置換されている。別の実施態様において、水溶性ポリマーはPEG基である。
別の実施態様において、テザリング部分は、検出可能部分とプロテインキナーゼ阻害剤部分との間の十分な空間的分離を提供する。さらなる実施態様において、テザリング部分は安定である。なおさらなる実施態様において、テザリング部分は、検出可能部分の応答に実質的に影響しない。別の実施態様において、テザリング部分は、プローブ化合物に化学的安定性を提供する。さらなる実施態様において、テザリング部分は、プローブ化合物に十分な溶解性を提供する。
いくつかの実施態様において、水溶性ポリマーのようなテザリング部分−T1−は、一方の末端で、提供された不可逆的阻害剤に、他方の末端で検出可能部分Rtに結合される。別の実施態様において、水溶性ポリマーは、提供される不可逆的阻害剤の官能基又は置換基を介して結合される。さらなる実施態様において、水溶性ポリマーは、レポーター部分の官能基又は置換基を介して結合される。
いくつかの実施態様において、テザリング部分−T1−に使用するための親水性ポリマーの例には、特に限定されないが、ポリアルキルエーテル及びそのアルコキシキャップ化類似体(例えば、ポリオキシエチレングリコール、ポリオキシエチレン/プロピレングリコール、及びそのメトキシ又はエトキシキャップ化類似体、ポリオキシエチレングリコール、後者はポリエチレングリコールすなわちPEGとしても知られている);ポリビニルピロリドン;ポリビニルアルキルエーテル;ポリオキサゾリン、ポリアルキルオキサゾリン、及びポリヒドロキシアルキルオキサゾリン;ポリアクリルアミド、ポリアルキルアクリルアミド、及びポリヒドロキシアルキルアクリルアミド(例えば、ポリヒドロキシプロピルメタクリルアミド及びその誘導体);ポリヒドロキシアルキルアクリレート;ポリシアル酸及びその類似体、親水性ペプチド配列;デキストラン及びデキストラン誘導体を含む多糖及びそれらの誘導体、例えばカルボキシメチルデキストラン、硫酸デキストラン、アミノデキストラン;セルロース及びその誘導体、例えばカルボキシメチルセルロース、ヒドロキシアルキルセルロース;キチン及びその誘導体、例えば、キトサン、スクシニルキトサン、カルボキシメチルキチン、カルボキシメチルキトサン;ヒアルロン酸及びその誘導体;澱粉;アルギン酸塩;コンドロイチン硫酸;アルブミン;プルラン及びカルボキシメチルプルラン;ポリアミノ酸及びその誘導体、例えばポリグルタミン酸、ポリリジン、ポリアスパラギン酸、ポリアスパルトアミド;無水マレイン酸共重合体、例えばスチレン無水マレイン酸共重合体、ジビニルエチル無水マレイン酸共重合体;ポリビニルアルコール;それらの共重合体、それらのターポリマー、それらの混合物、及び上記の誘導体が挙げられる。別の実施態様において、水溶性ポリマーは任意の構造形態である。形態の例は、直鎖、二叉鎖、又は分岐鎖である。さらなる実施態様において、多官能性ポリマー誘導体には、特に限定されないが、各末端が同じであるか又は異なる官能基に結合している2つの末端を有する線状ポリマーが含まれる。
いくつかの実施態様において、水溶性ポリマーはポリ(エチレングリコール)部分を含む。さらなる実施態様において、このポリマーの分子量は広範囲である。典型的な範囲は、約100Da〜約100,000Da以上である。さらに別の実施態様において、ポリマーの分子量は、約100Da〜約100,000Da、約100,000Da、約95,000Da、約90,000Da、約85,000Da、約80,000Da、約75,000Da、約70,000Da、約65,000Da、約60,000Da、約55,000Da、約約50,000Da、約45,000Da、約40,000Da、約35,000Da、約30,000Da、約25,000Da、約20,000Da、約15,000Da、約10,000Da、約9,000Da、約8,000Da、約7,000Da、約6,000Da、約5,000Da、約4,000Da、約3,000Da、約2,000Da、約1,000Da、約900Da、約800Da、約700Da、約600Da、約500Da、約400Da、約300Da、約200Da、及び約100Daである。いくつかの実施態様において、ポリマーの分子量は、約100Da〜50,000Daである。いくつかの実施態様において、ポリマーの分子量は、約100Da〜40,000Daである。いくつかの実施態様において、ポリマーの分子量は、約1,000Da〜40,000Daである。いくつかの実施態様において、ポリマーの分子量は、約5,000Da〜40,000Daである。いくつかの実施態様において、ポリマーの分子量は、約10,000Da〜40,000Daである。いくつかの実施態様において、ポリ(エチレングリコール)分子は分岐ポリマーである。さらなる実施態様において、分枝鎖PEGの分子量は、約1,000Da〜約100,000Daである。例示的な範囲は、約100,000Da、約95,000Da、約90,000Da、約85,000Da、約80,000Da、約75,000Da、約70,000Da、約65,000Da、約60,000Da、約55,000Da、約50,000Da、約45,000Da約40,000Da、約35,000Da、約30,000Da、約25,000Da、約20,000Da、約15,000Da、約10,000Da、約9,000Da、約8,000Da、約7,000Da、約6,000Da、約5,000Da、約4,000Da、約3,000Da、約2,000Da、及び約1,000Daである。いくつかの実施態様において、分枝鎖PEGの分子量は、約1,000Da〜約50,000Daである。いくつかの実施態様において、分枝鎖PEGの分子量は、約1,000Da〜約40,000Daである。いくつかの実施態様において、分枝鎖PEGの分子量は、約5,000Da〜約40,000Daである。いくつかの実施態様において、分枝鎖PEGの分子量は、約5,000Da〜約20,000Daである。実質的に水溶性の骨格に関する前記リストは決して網羅的ではなく、単なる例示であり、いくつかの実施態様において、上記の性質を有するポリマー物質は、本明細書に記載の方法及び組成物における使用に適している。
特定の実施態様において、−Rtは、キニン、フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン、NADH、FMN、EDANS、ルシファーイエロー、ピレン、4−MU、AMC、DAPI、Hoechst33342、NBD、ビマイン、カスケードイエロー、フルオレセイン、RH110、TMR、SRh101、ナフトフルオレセイン、SNARF−1、プロピジウム、BODIPY−FL、BODIPY−TR、Cy3、Cy5、Cy7、IR色素700DX、又はレゾルフィンである。
多くの−T1−Rt試薬が市販されていることは理解されるであろう。
いくつかの実施態様において本発明は、患者中の提供された不可逆的阻害剤によるプロテインキナーゼの占有率を決定するための方法を提供し、この方法は、前記不可逆的阻害剤の化合物の投与前の患者から得られた1つ以上の組織、細胞型、又はその溶解物を提供する工程と;前記不可逆的阻害剤の化合物の少なくとも1つの用量を投与された患者から得られた1つ以上の組織、細胞型、その溶解物を提供する工程と;前記組織、細胞型、又はその溶解物を、プローブ化合物(すなわち、式Iの化合物)に接触させて、前記溶解物中に存在する少なくとも1つのプロテインキナーゼを共有結合的に修飾する工程と;及び、プローブ化合物により共有結合的に修飾された前記プロテインキナーゼの量を測定して、前記阻害剤による前記プロテインキナーゼの占有率を、前記プローブ化合物による前記プロテインキナーゼの占有率と比較して決定する工程と、を含む。特定の実施態様において、本方法は、プロテインキナーゼの占有率を上昇させるために、本明細書中に提示された式の化合物の用量を調整する工程をさらに含む。特定の別の実施態様において、本方法は、プロテインキナーゼの占有率を低下させるために、本明細書中に提示された式の化合物の用量を調整する工程をさらに含む。
いくつかの実施態様において本発明は、患者中の提供された不可逆的阻害剤によるプロテインキナーゼの占有率を決定するための方法を提供し、この方法は、前記不可逆的阻害剤の化合物の少なくとも1つの用量を投与された患者から得られた1つ以上の組織、細胞型、又はその溶解物を提供する工程と;前記組織、細胞型、又はその溶解物を、プローブ化合物(すなわち、式Iの化合物)に接触させて、前記溶解物中に存在する少なくとも1つのプロテインキナーゼを共有結合的に修飾する工程と;プローブ化合物により共有結合的に修飾された前記プロテインキナーゼの量を測定して、前記阻害剤による前記プロテインキナーゼの占有率を、前記プローブ化合物による前記プロテインキナーゼの占有率と比較して決定する工程と、を含む。特定の実施態様において、本方法は、プロテインキナーゼの占有率を上昇させるために、本明細書中に提示された式の化合物の用量を調整する工程をさらに含む。特定の別の実施態様において、本方法は、プロテインキナーゼの占有率を低下させるために、本明細書中に提示された式の化合物の用量を調整する工程をさらに含む。
本明細書で使用される用語「占有」又は「占有する」は、提供された共有結合阻害剤化合物によってプロテインキナーゼが修飾される程度をいう。当業者は、プロテインキナーゼの所望の効果的な占有率を達成するために可能な最低用量を投与することが望ましいことを理解するであろう。
いくつかの実施態様において、修飾されるプロテインキナーゼはBTKである。
いくつかの実施態様において、プローブ化合物は、占有率が決定される不可逆的阻害剤を含む。
特定の実施態様において、BTK阻害化合物は不可逆的阻害剤である。特定の実施態様において、BTK阻害化合物はマイケルアクセプター部分を含む。
いくつかの実施態様において本発明は、哺乳動物中の提供された不可逆的阻害剤の有効性を評価する方法であって、提供された不可逆的阻害剤を哺乳動物に投与する工程と、提示されたプローブ化合物を哺乳動物から単離された組織又は細胞に投与する工程と、プローブ化合物の検出可能部分の活性を測定する工程と、及び検出可能部分の活性を標準物質と比較する工程とを含む、上記方法を提供する。
別の実施態様において本発明は、哺乳動物中の提供された不可逆的阻害剤の薬物動態を評価する方法であって、提供された不可逆的阻害剤を哺乳動物に投与する工程と、本明細書に提示されたプローブ化合物を哺乳動物から単離された1つ以上の細胞型又はその溶解物に投与する工程と、阻害剤の投与後の異なる時点で、プローブ化合物の検出可能部分の活性を測定する工程とを含む、上記方法を提供する。
さらに別の実施態様において本発明は、前記プロテインキナーゼを本明細書に記載のプローブ化合物と接触させることを含む、プロテインキナーゼのインビトロ標識方法を提供する。ある実施態様において、接触工程は、プロテインキナーゼを本明細書に提示されるプローブ化合物と共にインキュベートすることを含む。
特定の実施態様において本発明は、プロテインキナーゼを発現する1つ以上の細胞又は組織又はその溶解物を、本明細書に記載のプローブ化合物と接触させる工程を含む、プロテインキナーゼのインビトロ標識方法を提供する。
特定の別の実施態様において本発明は、本明細書に記載のプローブ化合物によって標識されたプロテインキナーゼを含むタンパク質を電気泳動により分離する工程と、前記プローブ化合物を蛍光により検出する工程とを含む、標識プロテインキナーゼを検出する方法を提供する。
いくつかの実施態様において本発明は、提供された不可逆的阻害剤の薬物動態をインビトロで評価する方法であって、提供された不可逆的阻害剤を標的プロテインキナーゼと共にインキュベートする工程と、本明細書に提示されたプローブ化合物を標的プロテインキナーゼに添加する工程と、及びプローブ化合物によって修飾された標的の量を決定する工程とを含む、上記方法を提供する。
いくつかの実施態様において、プローブは、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS−PAGE)によって検出される。別の実施態様において、プローブはELISAによって検出される。特定の実施態様において、プローブはフローサイトメトリーによって検出される。
別の実施態様において本発明は、キノーム(kinome)に不可逆的阻害剤をプローブ結合させる方法を提供する方法であって、1つ以上の細胞型又はその溶解物をビオチン化プローブ化合物と共にインキュベートして、ビオチン部分で修飾されたタンパク質を生成させる工程と、このタンパク質を消化する工程と、アビジン又はその類似体で捕捉する工程と、及び多次元LC−MS−MSを実施して、プローブ化合物により修飾されたプロテインキナーゼと前記キナーゼの付加部位を同定する工程とを含む、上記方法を提供する。
特定の実施態様において本発明は、細胞中タンパク質合成を測定する方法であって、細胞を標的タンパク質の不可逆的阻害剤と共にインキュベートする工程と、特定の時点で細胞の溶解物を形成する工程と、前記細胞溶解物を本発明のプローブと共にインキュベートして、長期間にわたって遊離タンパク質の出現を測定する工程とを含む、上記方法を提供する。
別の実施態様において本発明は、本明細書に提示された式のいずれかの提供された不可逆的阻害剤を投与された哺乳動物から単離された、1つ以上の細胞型又はその溶解物(例えば、脾細胞、末梢B細胞、全血、リンパ節、腸組織、又は他の組織から得られる)をアッセイすることを含む、標的プロテインキナーゼの占有率を最大にするための哺乳動物の投薬スケジュールを決定する方法であって、前記アッセイ工程は、1つ以上の組織、細胞型、又はその溶解物に、提供されたプローブ化合物を接触させる工程と、前記プローブ化合物により共有結合的に修飾されたプロテインキナーゼの量を測定する工程とを含む、上記方法を提供する。
いくつかの実施態様において本発明は、被験体のBTK介在疾患又は障害を治療するための有効用量を決定する方法であって、ある量のBTK阻害剤を被験体に投与する工程と、前記被験体から生体試料を採取する工程と、前記試料にプローブを接触させてプローブ結合BTKキナーゼを形成する工程と、前記試料中のプローブ結合BTKキナーゼの量を検出する工程と、前記試料中で検出されたプローブ結合キナーゼの量に基づいてBTKキナーゼの標的占有率を決定する工程と、そして有効性の上昇を引き起こすBTK阻害剤の用量を決定する工程とを含む、上記方法を提供する。
いくつかの実施態様において本発明は、異なる量のBTK阻害剤を用いて前記工程を繰り返して、投与プロファイルを決定する工程をさらに含む方法を提供する。
特定の実施態様において、BTK阻害剤の投与後の測定は、投与後1時間〜8週間に行われる。特定の実施態様において、BTK阻害剤の投与後の測定は、投与後1時間〜4週間に行われる。特定の実施態様において、BTK阻害剤の投与後の測定は、投与後0〜10時間に行われる。特定の実施態様において、BTK阻害剤の投与後の測定は、投与後5分〜8時間に行われる。
特定の実施態様において、BTK占有のレベルは、本明細書中の式のいずれかの化合物を用いてインビトロで検出される。
特定の実施態様において、BTKのレベルは、患者/被験者由来の血液又は生体組織試料を用いて測定される。
特定の実施態様において、BTK占有のレベルは免疫蛍光法を用いて測定される。特定の実施態様において、BTK占有のレベルはイムノブロット法を用いて測定される。特定の実施態様において、BTK占有のレベルはELISAアッセイを用いて測定される。特定の実施態様において、BTK占有のレベルはSDS−PAGEを用いて測定される。
特定の実施態様において本発明は、BTK阻害剤を用いて、BTK関連疾患/障害の治療のための患者を選択する方法であって、患者試料中のBTKレベル又はBTK転写標的レベルをBTK占有アッセイを用いて測定する工程と、高レベルのBTK又はBTK転写標的レベルを治療に対する陽性応答と相関させる工程と、BTKレベル又はBTK転写標的レベルに基づいて、治療のための患者を選択又は排除する工程とを含む、上記方法を提供する。
特定の実施態様において本発明は、治療に対する患者の応答を測定する方法であって、前記患者にBTK阻害剤を投与する工程と、患者試料中のBTKレベル又はBTK転写標的レベルをBTK占有アッセイを使用して測定する工程と、BTK又はBTK転写標的の低下したレベルを、BTK阻害剤の投与に対する陽性応答と相関させる工程と、BTKレベル又はBTK転写標的レベルに基づいて、化合物による患者の治療を継続又は停止する工程とを含む、上記方法を提供する。
特定の実施態様において本発明は、被験体の投与スケジュールを決定する方法であって、i)標的占有率が約50%未満である場合は、BTKキナーゼ阻害剤の投与量を増加させる工程と、ii)標的占有率が少なくとも約70%を超える場合は、BTKキナーゼ阻害剤の投与量を減少させる工程と、iii)BTKキナーゼ阻害剤の同じ治療処方を維持する工程と、又はiv)治療処方を中止する工程とを含む、上記方法を提供する。
特定の実施態様において本発明は、標的占有率に基づいてBTKキナーゼ阻害剤療法の有効性を決定する方法であって、BTKキナーゼ阻害剤は、i)BTKキナーゼの占有率が少なくとも約70%である場合は、効果的であり、又はii)BTKキナーゼの占有率が約50%未満である場合は、効果が無いる、上記方法を提供する。
特定の実施態様において本発明は、捕捉剤を用いてプローブ結合キナーゼを捕捉する工程をさらに含む上記方法を提供する。特定の実施態様において、捕捉標的はストレプトアビジン又は抗体である。種々の実施態様において、捕捉標的は固体支持体に結合されている。種々の実施態様において、固体支持体は、プレート、マイクロプレート、1つのビーズ、又は複数のビーズである。
特定の実施態様において本発明は、プローブ結合キナーゼを一次検出物質に接触させる工程、及び場合により一次検出物質に結合する二次検出物質と接触させる工程をさらに含む、上記方法を提供する。特定の実施態様において、一次検出物質又は二次検出物質は、抗体、ビーズ、色素、標識物、タグ、蛍光発色団、又はそれらの任意の組み合わせを含む。特定の実施態様において、一次検出物質は、抗BTK抗体、抗ITK抗体、抗TXK抗体、抗TEC抗体、抗BMX抗体、又は抗BLK抗体である。さらなる実施態様において、一次又は二次検出物質は、化学発光タグに結合している。
特定の実施態様において、R1、R2、R3、R4’、T1、Rt、X、Y、及びLの各々は、上記で定義され、実施態様に記載された通りであり、単独又は組合せた上記及び本明細書のクラス及びサブクラスである。
特定の実施態様において、プローブは式I−a1:
の化合物、又はその医薬的に許容し得る塩であり、ここで、R1、R2、R3、R4’、T1、Rt、X、L、及びYの各々は上で定義され実施態様に記載された通りであり、単独又は組合せた上記及び本明細書のクラス及びサブクラスである。
特定の実施態様において本発明は、式I−a2:
の化合物、又はその医薬的に許容し得る塩であり、ここで、R1、R2、R3、R4’、T1、Rt、X、L、及びYの各々は上で定義され実施態様に記載された通りであり、単独又は組合せた上記及び本明細書のクラス及びサブクラスである。
特定の実施態様において本発明は、式I−a3:
の化合物、又はその医薬的に許容し得る塩であり、ここで、R1、R2、R3、R4’、T1、Rt、X、L、及びYの各々は上で定義され実施態様に記載された通りであり、単独又は組合せた上記及び本明細書のクラス及びサブクラスである。
特定の実施態様において本発明は、式I−a4:
の化合物、又はその医薬的に許容し得る塩であり、ここで、R1、R2、R3、R4’、T1、Rt、X、L、及びYの各々は上で定義され実施態様に記載された通りであり、単独又は組合せた上記及び本明細書のクラス及びサブクラスである。
特定の実施態様において本発明は、式I−a5:
の化合物、又はその医薬的に許容し得る塩であり、ここで、R1、R2、R3、R4’、T1、Rt、X、L、及びYの各々は上で定義され実施態様に記載された通りであり、単独又は組合せた上記及び本明細書のクラス及びサブクラスである。
特定の実施態様において、アッセイは、プローブ化合物(プローブ化合物はBODIPY標識プローブ又はビオチン標識プローブである)と、Btk占有率を測定するために異なるプローブを用いるアッセイ方法とを含む。特定の実施態様において、Btkの活性部位へのBODIPYタグ付きプローブの結合は、SDS−PAGEに基づく方法を用いて測定される。特定の実施態様において、Btkへのビオチン化プローブの結合は、ストレプトアビジンで被覆された96ウェルプレートを使用する改変ELISAを用いて検出される。特定の実施態様において、ビオチン−ストレプトアビジンアッセイは、HRP標識二次抗体を使用して検出が達成される、伝統的なELISAフォーマットとして実施される。別の実施態様において、アッセイは、メソスケールディスカバリー(MSD)プラットフォーム上で実行され、検出にはSULFOタグで標識された抗体が使用される。
上記で一般的に定義したように、基「L−Y−R1」は弾頭基である。いかなる特定の理論にも束縛されることを望むものではないが、そのような弾頭基は、特定のプロテインキナーゼの結合ドメイン中の重要なシステイン残基に共有結合するのに特に適していると考えられる。結合ドメイン中にシステイン残基を有するプロテインキナーゼは、当業者に公知であり、BTK又はその変異体を含む。従って、いくつかの実施態様において、L−R1は、L−R1部分がシステイン残基に共有結合することができ、それによって酵素を不可逆的に阻害することを特徴とする。特定の実施態様において、キナーゼドメイン中のシステイン残基は、ATP結合部位中にある。特定の実施態様において、システイン残基はシステイン−481である。
種々の構造の描写は、結合した基、ラジカル、電荷、又は対イオンの無いヘテロ原子を示すことができる。当業者であれば、そのような描写が、ヘテロ原子が水素に結合している(例えば、
は、
と理解される)ことを示すことを意味すると認識している。
特定の実施態様において、本発明の化合物は、以下の実施例に提供されるスキームに従って合成された。
以下の実施例に示すように、特定の例示的実施態様において、化合物は、以下の一般的な手順に従って調製される。この一般的な方法は本発明の特定の化合物の合成を示しているが、以下の一般的な方法及び当業者に公知の他の方法が、本明細書に記載のように、すべての化合物及びこれらの化合物の各々のサブクラス及び分子種に適用できることは理解されるであろう。
プロセス、スキーム、及び実施例の以下の説明で使用される記号及び慣習は、現代の科学文献、例えば Journal of the American Chemical Society 又は Journal of Biological Chemistry で使用されているものと一致する。
特に別の指定がなければ、全ての温度は℃(摂氏度)で表される。すべての反応は、特に別の指定がなければ、室温で行われた。本発明の全ての化合物は、本発明者らによって開発された方法によって合成された。
1H−NMRスペクトルは、Bruker Avance III 400MHz を用いて記録した。化学シフトは百万分率(ppm、δ単位)で表される。結合定数はヘルツ(Hz)単位である。分割パターンは見かけの多重度を表し、s(一重項)、d(二重項)、t(三重項)、q(四重項)、m(多重項)、又はbr(ブロード)で示される。
質量スペクトルは、Agilent technologies のAgilent 1200 シリーズの質量分析計で、大気化学イオン化(APCI)又は電子噴霧イオン化(ESI)のいずれかを用いて得られた。カラム:XBridge C8,3.5μm、4.6×50mm;溶媒A:水+0.1%TFA;溶媒B:CAN;流速:2ml/分;勾配:0分:5%B、8分:100%B、8.1分:100%B、8.5分:5%B、10分5%B。
HPLCデータは、Agilent technologies の Agilent 1100 シリーズHPLCを用いて、XBridge カラム(C8,3.5μm、4.6×50mm)を用いて得た。溶媒A:水+0.1%TFA;溶媒B:ACN;流量:2ml/分;勾配:0分:5%B、8分:100%B、8.1分:100%B、8.5分:5%B、10分5%B。
マイクロ波反応は、Biotage Initiator Microwave Synthesizer を用いて、当技術分野で公知の標準的なプロトコルを使用して行った。
実施例1
1’−アクリロイル−6−{4−[4−(5−{3−[4−(4,4−ジフルオロ−1,3,5,7−テトラメチル−3a,4aラムダ4−ジアザ−4ラムダ4−ボラ−s−インダセン−8−イル)−フェニル]−チオウレイド}−ペンタノイル)−ピペラジン−1−カルボニル]−フェニルアミノ}−1’,2’,3’,4’,5’,6’−ヘキサヒドロ−[2,4’]ビピリジニル−5−カルボン酸アミド(1)
1’−アクリロイル−6−{4−[4−(5−アミノ−ペンタノイル)−ピペラジン−1−カルボニル]−フェニルアミノ}−1’,2’,3’,4’,5’,6’−ヘキサヒドロ−[2,4’]ビピリジニル−5−カルボン酸アミド塩酸塩(0.14mmol;1.00当量;83.00mg)を、4,4−ジフルオロ−8−(4−イソチオシアナト−フェニル)−1,3,5,7−テトラメチル−3a,4aラムダ4−ジアザ−4ラムダ4−ボラ−s−インダセン(0.15mmol;1.10当量;58.19mg)及びヒューニッヒ塩基(0.42mmol;3.00当量;53.77mg;0.07ml)を、MeCN(38.29mmol;275.95当量;1572.00mg;2.00ml)とMeOH(12.34mmol;88.95当量;395.50mg;0.50ml)の混合物中に会わせた。混合物を室温Tで1.5時間撹拌した。次にすべての溶媒を除去し、DCM中の0〜20%MeOHの勾配を用いてシリカ(15ミクロン)で物質を精製して、1’−アクリロイル−6−{4−[4−(5−{3−[4−(4,4−ジフルオロ−1,3,5,7−テトラメチル−3a,4aラムダ4−ジアザ−4ラムダ4−ボラ−s−インダセン−8−イル)−フェニル]−チオウレイド}−ペンタノイル)−ピペラジン−1−カルボニル]−フェニルアミノ}−1’,2’,3’,4’,5’,6’−ヘキサヒドロ−[2,4’]ビピリジニル−5−カルボン酸アミド(56.00mg、42%)を得た。HPLC: 99 %, RT= 6.46 分. MS: m/z = 943 [M+H]+. 1H NMR (400 MHz, Chloroform-d) δ 10.91 (s, 1H), 7.98 (bs, 1H), 7.87 - 7.77 (m, 2H), 7.73 (d, J = 7.9 Hz, 1H), 7.51 - 7.36 (m, 4H), 7.36-7.25 (m, 4H), 6.85 (s, 1H), 6.73 - 6.58 (m, 2H), 6.31 (dd, J = 16.8, 2.0 Hz, 1H), 5.99 (s, 2H), 5.73 (dd, J = 10.6, 2.0 Hz, 1H) 4.81-4.65 (m, 2H), 4.23-4.08 (m, 2H), 3.83-3.47 (m, 12H), 3.31-3.15 (m, 1H), 3.00-2.72 (m, 2H), 2.56 (s, 3H), 2.50-2.37 (m, 2H) 2.11-1.97 (m, 2H), 1.89-1.67 (m, 4H), 1.42 (s, 3H), 1.61 (s, 6H)。
実施例2
6−(1−アクリロイルピペリジン−4−イル)−2−((4−(4−(5,21−ジオキソ−1−(2−オキソヘキサヒドロ−1H−チエノ[3,4−d]イミダゾール−4−イル)−9,12,15,18−テトラオキサ−6,22−ジアザヘプタコサン−27−オイル)ピペラジン−1−カルボニル)フェニル)アミノ)ニコチンアミド(2)
上記した1’−アクリロイル−6−{4−[4−(5−アミノ−ペンタノイル)−ピペラジン−1−カルボニル]−フェニルアミノ}−1’,2’,3’,4’,5’,6’−ヘキサヒドロ−[2,4’]ビピリジニル−5−カルボン酸アミド塩酸塩(0.13mmol;1.00当量;80.00mg)を、3−{2−[2−(2−{2−[5−(2−オキソ−ヘキサヒドロ−チエノ[3,4−d]イミダゾール−4−イル)−ペンタノイルアミノ]−エトキシ}−エトキシ)−エトキシ]−エトキシ}−プロピオン酸2,5−ジオキソ−ピロリジン−1−イルエステル(0.14mmol;1.01当量;79.52mg;0.07ml)及びヒューニッヒ塩基(0.40mmol;3.00当量;51.82mg;0.07ml)を、MeCN中に会わせた。次に、混合物を60℃で1時間加熱した。次に、反応物を0〜15%MeOH/DCMの勾配を使用するカラムクロマトグラフィーにより精製して、6−(1−アクリロイルピペリジン−4−イル)−2−((4−(4−(5,21−ジオキソ−1−(2−オキソヘキサヒドロ−1H−チエノ[3,4−d]イミダゾール−4−イル)−9,12,15,18−テトラオキサ−6,22−ジアザヘプタコサン−27−オイル)ピペラジン−1−カルボニル)フェニル)アミノ)ニコチンアミド(44.00mg、32%)を得た。HPLC: 99 %, RT= 6.46 分. MS: m/z = 1035 [M+H]+. 1H NMR (400 MHz, MeOD) δ 8.06 (d, J = 7.9 Hz, 1H), 7.88 (d, J = 8.7 Hz, 2H), 7.44 (d, J = 8.7 Hz, 2H), 6.94 - 6.71 (m, 2H), 6.24 (dd, J = 16.8, 2.0 Hz, 2H), 5.78 (dd, J = 10.6, 2.0 Hz, 1H), 5.48 (dt, J = 34.5, 22.2 Hz, 2H), 4.50 (dd, J = 12.9, 5.2 Hz, 1H), 4.43 - 4.25 (m, 2H), 3.80 - 3.51 (m, 15H), 3.39 - 3.34 (m, 4H), 3.22 (dd, J = 23.8, 17.0 Hz, 3H), 3.06 - 2.84 (m, 3H), 2.47 (dt, J = 12.3, 5.7 Hz, 3H), 2.37 - 2.01 (m, 4H), 1.86 - 1.53 (m, 7H), 1.54 - 1.27 (m, 4H)。
実施例3
ビオチン化プローブ及びMSDプラットフォームを用いたBtk占有実験で使用されたヒト血液
一人のヒトドナーから血液をCPT(登録商標)チューブに採取し、PBMCを単離し、凍結させた。解凍後、細胞を3本のチューブに分けた。1本のチューブは処理無し(プローブ無し)、1本のチューブは1μMの2で処理し(+プローブ)、1本のチューブは1μMの代表的な不可逆性Btk阻害剤で10分間処理した後、1μMの2で処理した(+プローブ+BTK阻害剤)。プローブとのインキュベーションを37℃で1時間行った。次に細胞を溶解し、MSDアッセイによってBTK−ビオチンについて分析した。結果を図1に示す。
ビオチン化プローブ及びMSDプラットフォームを用いたBtk占有実験で使用されたヒト血液
一人のヒトドナーから血液をCPT(登録商標)チューブに採取し、PBMCを単離し、凍結させた。解凍後、細胞を3本のチューブに分けた。1本のチューブは処理無し(プローブ無し)、1本のチューブは1μMの2で処理し(+プローブ)、1本のチューブは1μMの代表的な不可逆性Btk阻害剤で10分間処理した後、1μMの2で処理した(+プローブ+BTK阻害剤)。プローブとのインキュベーションを37℃で1時間行った。次に細胞を溶解し、MSDアッセイによってBTK−ビオチンについて分析した。結果を図1に示す。
Claims (13)
- BTK阻害剤化合物の薬物標的占有率を決定する方法であって、
(a)BTKキナーゼとBTK阻害剤化合物との混合物を含む試料にプローブを接触させて、プローブ結合キナーゼを形成する工程と;
(b)試料中のプローブ結合キナーゼの量を検出する工程と;そして
(c)試料中に検出されたプローブ結合キナーゼの量に基づいてBTK阻害剤化合物の占有率を決定する工程と、
を含む方法。 - BTKキナーゼ阻害剤療法を受けている被験体における薬物標的占有率を決定する方法であって、
(a)被験体にBTK阻害剤化合物を投与する工程と;
(b)被験体から生体試料を採取する工程と;
(c)前記試料にプローブを接触させて、プローブ結合BTKキナーゼを形成する工程と;
(d)前記試料中のプローブ結合BTKキナーゼの量を検出する工程と;そして
(e)前記試料中で検出されたプローブ結合キナーゼの量に基づいてBTKキナーゼの標的占有率を決定する工程と、
を含む方法。 - 前記プローブが式Iの化合物である、請求項1又は請求項2に記載の方法:
環Aは、ピリジン、ピラジン、ピリダジン、及びピリミジンから選択される1又は2個の窒素を有する6員ヘテロアリール環であり;
R2は、−R、ハロゲン、−ハロアルキル、−OR、−SR、−CN、−NO2、−SO2R、−SOR、−C(O)R、−CO2R、−C(O)N(R)2、−NRC(O)R、−NRC(O)N(R)2、−NRSO2R、又は−N(R)2から選択され;
R3は、−R、ハロゲン、−ハロアルキル、−OR、−SR、−CN、−NO2、−SO2R、−SOR、−C(O)R、−CO2R、−C(O)N(R)2、−NRC(O))R、NRC(O)N(R)2、−NRSO2R、又は−N(R)2から選択され;
ここで、R2又はR3の少なくとも1つは、−C(O)N(R)2又はCNであり;
各Rは、独立して、水素、C1-6脂肪族、C3-10アリール、3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する3〜7員の複素環、又は窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の単環式ヘテロアリール環であり;その各々は場合により置換され;又は
同じ原子上の2つのR基は、それらが結合している原子と一緒になって、C3-10アリール、3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する3〜7員の複素環、又は窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の単環式ヘテロアリール環を形成し;その各々は場合により置換され;
Lは、C1-6脂肪族、C3-10アリール、3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する3〜7員の複素環、及び窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の単環式ヘテロアリール環から選択される二価の基であり;その各々は場合により置換され;又はLは、C1-6脂肪族−C3-10アリール、C1-6脂肪族−3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有するC1-6脂肪族−3〜7員の複素環、及び窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有するC1〜6脂肪族−5〜6員の単環式ヘテロアリール環から選択される二価の基であり;その各々は場合により置換され:
Yは、O、S、SO2、SO、C(O)、CO2、C(O)N(R)、−NRC(O)、−NRC(O)N(R)、−NRSO2、又はN(R)であり;又はYは存在せず;
R1は、C1-6脂肪族、C3-10アリール、3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する3〜7員の複素環、及び窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の単環式ヘテロアリール環から選択されるマイケル(Michael)アクセプターであり;その各々は場合により置換され;
Xは、O、S、SO2、SO、C(O)、CO2、C(O)N(R)、−NRC(O)、−NRC(O)N(R)、−NRSO2、又はN(R)であり;又はXは存在せず;そして
R4’は、C1-6脂肪族、C3-10アリール、3〜8員の飽和若しくは部分不飽和炭素環、窒素、酸素又は窒素から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する3〜7員の複素環硫黄、及び窒素、酸素、若しくは硫黄から独立して選択される1〜4個のヘテロ原子を有する5〜6員の単環式ヘテロアリール環から選択される二価の基であり;その各々は場合により置換され;
T1は、二価のテザリング部分であり;そして
Rtは、検出可能な部分である]。 - 前記検出可能部分Rtは、標識物、色素、光架橋剤、細胞傷害性化合物、薬物、親和性標識物、光親和性標識物、反応性化合物、抗体又は抗体フラグメント、生体物質、ナノ粒子、スピン標識物、蛍光発色団、金属含有部分、放射性部分、量子ドット、新規官能基、他の分子と共有結合的に又は非共有結合的に相互作用する基、光活性化部分、化学線励起可能部分、リガンド、光異性化可能部分、ビオチン、ビオチン類似体(例えば、ビオチンスルホキシド)、重原子を取り込んだ部分、化学的に開裂可能な基、光開裂可能な基、酸化還元活性剤、同位体標識された部分、生物物理的プローブ、リン光基、化学発光基、高電子密度基、磁性基、インターカレーター基、発色団、エネルギー移動物質、生物活性物質、検出可能標識物、又はこれらの組み合わせから選択される、請求項3に記載の方法。
- 前記検出可能部分はビオチン又はビオチン類似体である、請求項4に記載の方法。
- 前記検出可能部分は蛍光発色団である、請求項4に記載の方法。
- 前記蛍光発色団は、アレクサフルオール(Alexa Fluor)色素(アレクサフルオール350、アレクサフルオール488、アレクサフルオール532、アレクサフルオール546、アレクサフルオール568、アレクサフルオール594、アレクサフルオール633、アレクサフルオール660、及びアレクサフルオール680)、AMCA、AMCA−S、BODIPY色素(BODIPY FL、BODIPY R6G、BODIPY TMR、BODIPY TR、BODIPY 493/503、BODIPY 530/550、BODIPY 558/568、BODIPY 564/570、BODIPY 576/589、BODIPY 581/591、BODIPY 630/650、BODIPY 650/665)、カルボキシローダミン6G、カルボキシ−X−ローダミン(ROX)、カスケードブルー、カスケードイエロー、クマリン343、シアニン色素(Cy3、Cy5、Cy3.5、Cy5.5)、ダンシル、ダポキシル、ジアルキルアミノクマリン、4’,5’−ジクロロ−2’,7’−ジメトキシ−フルオレセイン、DM−NERF、エオシン、エリスロシン、フルオレセイン、FAM、ヒドロキシクマリン、IR色素(IRD40、IRD700、IRD800)、JOE、リスアミンローダミンB、マリナブルー、メトキシクマリン、ナフトフルオレセイン、オレゴングリーン488、オレゴングリーン500、オレゴングリーン514、バシフックブルー、PyMPO、ピレン、ローダミンB、ローダミン6G、ローダミングリーン、ローダミンレッド、ロドールグリーン、2’,4’,5’,7’−テトラ−ブルモスルフォン−フルオレセイン、テトラメチル−ローダミン(TMR)、カルボキシテトラメチルローダミン(TAMRA)、テキサスレッド、テキサスレッド−X、5(6)−カルボキシフルオレセイン、2,7−ジクロロフルオレセイン、N,N−ビス(2,4,6−トリメチルフェニル)−3,4:9,10−ペリレンビス(ジカルボキシミド)、HPTS、エチルエオシン、DY−490XLメガストークス、DY−485XLメガストークス、アジロンダックグリーン520、ATTO465、ATTO488、ATTO495、YOYO−1,5−FAM、BCECF、ジクロロフルオレセイン、ローダミン110、ローダミン123、YO−PRO−1、SYTOXグリーン、ナトリウムグリーン、SYBRグリーンI、アレクサフルオール500、FITC、フルオ−3、フルオ−4、フルオロ−エメラルド、YoYo−1 ssDNA、YoYo−1 dsDNA、YoYo−1、SYTO RNASelect、ジベルサグリーン−FP、ドラゴングリーン、エバグリーン、サーフグリーンEX、スペクトラムグリーン、ニューロトレース500525、NBD−X、ミトトラッカーグリーンFM、リソトラッカーグリーンDND−26、CBQCA、PA−GFP(活性化後)、WEGFP(活性化後)、FlASH−CCXXCC、アザミグリーンモノメリック、アザミグリーン、グリーンフルオレセインタンパク質(GFP)、EGFP(Campbell Tsien 2003)、EGFP(Patterson 2001)、カエデグリーン、7−ベンジルアミノ−4−ニトロベンズ−2−オキサ−1,3−ジアゾール、Bexl、ドキソルビシン、ルミオグリーン、及びSuperGlo GFPから選択される、請求項6に記載の方法。
- 前記蛍光発色団は、BODIPY FL、BODIPY R6G、BODIPY TMR、BODIPY TR、BODIPY 493/503、BODIPY 530/550、BODIPY 558/568、BODIPY 564/570、BODIPY 576/589、BODIPY 581/591、BODIPY 630/650、及びBODIPY 650/665から選択される、請求項6に記載の方法。
- 薬物標的占有率を決定する前記工程は、試料中で検出されるプローブ結合キナーゼの量に基づいて、BTKキナーゼ阻害剤により占有されない結合部位の数を決定することを含む、請求項1又は請求項2に記載の方法。
- BTKキナーゼの標的占有率に基づいて、治療処方を決定又は改変する工程を更に含む、請求項1又は請求項2に記載の方法。
- 治療の経過にわたる2回以上の時点で、前記方法を実施する工程を更に含む、請求項1又は請求項2に記載の方法。
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