JP2016536002A - 抗ｔｌ１ａ療法のためのシステム、デバイス、及び方法 - Google Patents

抗ｔｌ１ａ療法のためのシステム、デバイス、及び方法 Download PDF

Info

Publication number
JP2016536002A
JP2016536002A JP2016540449A JP2016540449A JP2016536002A JP 2016536002 A JP2016536002 A JP 2016536002A JP 2016540449 A JP2016540449 A JP 2016540449A JP 2016540449 A JP2016540449 A JP 2016540449A JP 2016536002 A JP2016536002 A JP 2016536002A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
tl1a
subject
expression level
disease
sample
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Withdrawn
Application number
JP2016540449A
Other languages
English (en)
Other versions
JP2016536002A5 (ja
Inventor
ステファン アール． ターガン，
ステファン アール． ターガン，
レベッカ ゴンスキー，
レベッカ ゴンスキー，
リチャード ディーム，
リチャード ディーム，
Original Assignee
セダーズ−シナイ メディカル センター
セダーズ−シナイ メディカル センター
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by セダーズ−シナイ メディカル センター, セダーズ−シナイ メディカル センター filed Critical セダーズ−シナイ メディカル センター
Publication of JP2016536002A publication Critical patent/JP2016536002A/ja
Publication of JP2016536002A5 publication Critical patent/JP2016536002A5/ja
Withdrawn legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A61P1/04—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for ulcers, gastritis or reflux esophagitis, e.g. antacids, inhibitors of acid secretion, mucosal protectants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P11/00—Drugs for disorders of the respiratory system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P11/00—Drugs for disorders of the respiratory system
    • A61P11/06—Antiasthmatics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P17/00—Drugs for dermatological disorders
    • A61P17/02—Drugs for dermatological disorders for treating wounds, ulcers, burns, scars, keloids, or the like
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P17/00—Drugs for dermatological disorders
    • A61P17/06—Antipsoriatics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P19/00—Drugs for skeletal disorders
    • A61P19/02—Drugs for skeletal disorders for joint disorders, e.g. arthritis, arthrosis
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P29/00—Non-central analgesic, antipyretic or antiinflammatory agents, e.g. antirheumatic agents; Non-steroidal antiinflammatory drugs [NSAID]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
    • A61P3/08—Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis
    • A61P3/10—Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis for hyperglycaemia, e.g. antidiabetics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A61P35/02—Antineoplastic agents specific for leukemia
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A61P37/06—Immunosuppressants, e.g. drugs for graft rejection
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/08—Antiallergic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
    • A61P9/10—Drugs for disorders of the cardiovascular system for treating ischaemic or atherosclerotic diseases, e.g. antianginal drugs, coronary vasodilators, drugs for myocardial infarction, retinopathy, cerebrovascula insufficiency, renal arteriosclerosis
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6863—Cytokines, i.e. immune system proteins modifying a biological response such as cell growth proliferation or differentiation, e.g. TNF, CNF, GM-CSF, lymphotoxin, MIF or their receptors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
    • G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • G01N2333/715—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants for cytokines; for lymphokines; for interferons
    • G01N2333/7151—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants for cytokines; for lymphokines; for interferons for tumor necrosis factor [TNF]; for lymphotoxin [LT]
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Pulmonology (AREA)
  • Diabetes (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Dermatology (AREA)
  • Rheumatology (AREA)
  • Heart & Thoracic Surgery (AREA)

Abstract

本発明は、疾患を診断かつ治療するためのバイオマーカー遺伝子に関する。本明細書で提供されるのは、バイオマーカー遺伝子の患者の発現レベルに応じて患者の疾患を診断するシステム及び方法である。ＴＬ１Ａ関連疾患の例は、炎症性大腸疾患（ＩＢＤ）クローン病（ＣＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、及び線維症を含むがこれらに限定されない。また、本明細書で提供されるのは、抗ＴＬ１Ａ療法に反応性がありそうな患者を識別し、バイオマーカー遺伝子の患者の発現レベルに応じて患者に抗ＴＬ１Ａ療法を処方及び／または投与するためのシステム及び方法である。【選択図】図１

Description

本発明は、炎症性及び免疫性疾患の診断及び治療に関する。より具体的には、本発明は、抗ＴＬ１Ａ療法に感受性のある疾患を診断及び治療するためのシステム、デバイス、及び方法に関する。
各個々の刊行物または特許出願が参照により組み込まれるように具体的にかつ個々に示されるのと同じ程度に、本明細書に全ての刊行物が参照により組み込まれる。以下の記載は、本発明を理解することにおいて有用であり得る情報を含む。本明細書で提供されるあらゆる情報は、現在クレームされた発明に対して先行技術であるまたは関連することの承認ではなく、あるいは、あらゆる具体的にまたは暗に参照される刊行物が先行技術であることの承認ではない。
ＴＬ１Ａ活性化は、種々の炎症性及び免疫疾患の発病に関わっている。例えば、ゲノムワイド関連解析（ＧＷＡＳ）は、クローン病（ＣＤ）のような炎症性大腸疾患（ＩＢＤ）の発現においてＴＬ１Ａを関係づけた。また、前臨床のマウスモデルにおける証拠は、ＩＢＤの発病におけるＴＬ１Ａの役割を支持している。さらに、ＣＤ患者由来の腸組織は、活動的な疾患の部位で、ＴＬ１Ａの発現の増加を示している。しかしながら、ＩＢＤは、不均質な疾患であり、以前は、ＩＢＤ患者の治療は試行錯誤によるものであった。抗ＴＬ１Ａ療法（例えば、抗ＴＬ１Ａ抗体による治療）がＣＤ患者の助けになる場合もある一方で、全ての患者が抗ＴＬ１Ａ療法の恩恵を受けるわけではないであろう。
かくして、ＴＬ１Ａ活性化を付与されたと考えられ、かつ抗ＴＬ１Ａ療法が最適であろう患者を識別するために、ＴＬ１Ａ活性化についてのバイオマーカーのサインを定義するための、並びにこれらの患者の治療オプションを誘導するための、バイオマーカー、デバイス、システム、及び方法の必要性がある。
本発明の様々な実施形態が、対象の治療を選択する方法を提供する。本方法は、該対象から試料を得ることと、該試料においてＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの発現レベルをアッセイすることと、発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することと、前記対象が前記基準値に対して高い発現レベルを有する場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を処方し、前記対象が前記基準値に対して高い発現レベルを有しない場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を処方しないこととを含むこととしてもよく、または本質的に上記構成からなることとしてもよく、または上記構成からなることとしてもよい。
本発明の様々な実施形態が、抗ＴＬ１Ａ療法に対して反応性がありそうな対象を識別する方法を提供する。本方法は、該対象から試料を得ることと、該試料においてＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの発現レベルをアッセイすることと、発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することと、前記対象が前記基準値に対して高い発現レベルを有する場合には前記対象を抗ＴＬ１Ａ療法に対して反応性がありそうであると識別し、前記対象が前記基準値に対して高い発現レベルを有しない場合には前記対象を抗ＴＬ１Ａ療法に対して反応性がなさそうであると識別することとを含むこととしてもよく、または本質的に上記構成からなることとしてもよく、または上記構成からなることとしてもよい。
本発明の様々な実施形態が、抗ＴＬ１Ａ療法により対象を治療する方法を提供する。本方法は、該対象から試料を得ることと、該試料においてＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの発現レベルをアッセイすることと、発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することと、前記対象が前記基準値に対して高い発現レベルを有する場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を処方し、前記対象が前記基準値に対して高い発現レベルを有しない場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を処方しないこととを含むこととしてもよく、または本質的に上記構成からなることとしてもよく、または上記構成からなることとしてもよい。
本発明の様々な実施形態が、対象における疾患を診断する方法を提供する。本方法は、該対象から試料を得ることと、該試料においてＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの発現レベルをアッセイすることと、発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することと、前記対象が前記基準値に対して高い発現レベルを有する場合には前記対象においてＴＬ１Ａ関連疾患であると診断すること、または前記対象が前記基準値に対して高い発現レベルを有しない場合には前記対象においてＴＬ１Ａ関連疾患でないと診断することとを含むこととしてもよく、または本質的に上記構成からなることとしてもよく、または上記構成からなることとしてもよい。
本発明の様々な実施形態が、対象におけるＴＬ１Ａ関連疾患に対する感受性を診断する方法を提供する。本方法は、該対象から試料を得ることと、該試料においてＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの発現レベルをアッセイすることと、発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することと、前記対象が前記基準値に対して高い発現レベルを有する場合には前記対象においてＴＬ１Ａ関連疾患に対する感受性があると診断すること、または前記対象が前記基準値に対して高い発現レベルを有しない場合には前記対象においてＴＬ１Ａ関連疾患に対する感受性が無いと診断することとを含むこととしてもよく、または本質的に上記構成からなることとしてもよく、または上記構成からなることとしてもよい。
本発明の様々な実施形態が、対象における疾患を治療する方法を提供する。本方法は、該対象に抗ＴＬ１Ａ療法を投与することにより疾患を治療することを含み、前記対象はＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの基準値に対して高い発現レベルを有することとしてもよく、または本質的に上記構成からなることとしてもよく、または上記構成からなることとしてもよい。
本発明の様々な実施形態が、対象における疾患を診断する方法を提供する。本方法は、対象から試料を得ることと、該試料において１以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすることと、前記１以上の遺伝子の発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することと、前記発現レベルと前記基準値との間の相対的な相違に従って、前記対象における疾患を診断することとを含むこととしてもよく、または本質的に上記構成からなることとしてもよく、または上記構成からなることとしてもよい。いくつかの実施形態では、本方法は、前記対象が前記基準値よりも高い発現レベルを有する場合には前記対象において疾患があると診断すること、または前記対象が前記基準値よりも高い発現レベルを有しない場合には前記対象において疾患があると診断しないことをさらに含む。他の実施形態では、本方法は、前記対象が前記基準値よりも低い発現レベルを有する場合には前記対象において疾患があると診断すること、または前記対象が前記基準値よりも低い発現レベルを有しない場合には前記対象において疾患があると診断しないことをさらに含む。様々なさらなる実施形態では、本方法は、前記対象が疾患を有すると診断される場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を処方することをさらに含む。様々なさらなる実施形態では、本方法は、前記対象が疾患を有すると診断される場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を投与することをさらに含む。一実施形態では、前記疾患は、ＩＢＤサブタイプ、例えば、抗ＴＬ１Ａ療法に反応性のＩＢＤサブタイプである。
本発明の様々な実施形態は、対象におけるＩＢＤサブタイプに対する感受性を診断するための方法を提供する。本方法は、該対象から試料を得ることと、該試料において１以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすることと、前記１以上の遺伝子の発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することと、前記対象が前記基準値と異なる発現レベルを有する場合には前記対象においてＩＢＤサブタイプに対する感受性があると診断すること、または前記対象が前記基準値と異なる発現レベルを有しない場合には前記対象においてＩＢＤサブタイプに対する感受性があると診断しないこととを含むこととしてもよく、または本質的に上記構成からなることとしてもよく、または上記構成からなることとしてもよい。
本明細書に記載される様々な方法において、アッセイされる１以上のバイオマーカーまたは遺伝子は、本明細書で表１、表４、表５及び／または表６に記載されているものであることとしてもよい。本明細書に記載される様々な方法において、ＴＬ１Ａ関連疾患は、線維症、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、クローン病（ＣＤ）、炎症性大腸疾患（ＩＢＤ）、慢性閉塞性肺疾患、アレルギー性肺炎症、喘息、アテローム性動脈硬化症、狼瘡、リウマチ性関節炎（ＲＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、乾癬、１型糖尿病、肺癌、結腸癌、白血病、リンパ腫、移植拒絶反応、移植片対宿主病、または中枢神経系損傷を含むこととしてもよいが、これらに限定されるものではない。本明細書に記載される様々な方法では、ＩＢＤサブタイプは、抗ＴＬ１Ａ療法により治療可能であること、つまり、ＩＢＤサブタイプが抗ＴＬ１Ａ療法に対して反応性であることにより特徴づけられることとしてもよい。
代表的な実施形態は参照される図面に示される。本明細書に開示される実施形態及び図面は、限定的というよりもむしろ例示的に考慮されるべきであることが意図される。
本発明の様々な実施形態による、ＴＬ１Ａによる活性化についてのマーカーとしての遺伝子を示す。同じデータの定量ＰＣＲの結果が上のパネルと下のパネルにおいて、異なるＸ軸のスケールで示される。棒グラフは、治療されていない対照（ＵＴ群）に対し、細胞がＩＬ１２及びＩＬ１８により準備刺激された後（準備刺激群）または細胞がＩＬ１２及びＩＬ１８とともにＴＬ１Ａで刺激された後（刺激群）の、これらのバイオマーカーがそれらの発現レベルを何倍に増加させたかを表す。例えば、ＩＦＮＧ発現レベルは、ＩＬ１２及びＩＬ１８により準備刺激された後では、治療されていない対照に対して約２４倍に増加し、ＩＬ１２及びＩＬ１８により準備刺激され、さらにＴＬ１Ａで刺激された後では、治療されていない対照に対して約２８３倍に増加している。「％ＡＣＴＢ」は、バイオマーカーの発現レベルがβアクチン（ＡＣＴＢ）発現レベルに対して標準化された値であることを意味し、それは内部標準としての役割を果たす。準備刺激による値及び刺激による値をＵＴの値で割ることにより、各遺伝子が何倍に増加しているのかを得る。 本発明の様々な実施形態による、ＩＦＮＧのｍＲＮＡでのＴＬ１Ａの効果を示す。ＴＬ１Ａは、ＣＤ４＋Ｔ細胞におけるＩＦＮ−γの発現を高める。 本発明の様々な実施形態による、ＣＤ４＋ＰＢＬにおける細胞内ＩＦＮ−γを示す。ＣＤ４＋Ｔ細胞のほんの小さな個体群（１．５〜３％）が、ＴＬ１Ａに反応してＩＦＮ−γ産生を上方制御する。細胞の１．５％がＴＬ１Ａに反応してＩＦＮ−γを発現するのに対し、８．５％がＰＭＡ／イオノマイシンに反応する。 本発明の様々な実施形態による、実験的な設計を示す。左のパネルに示されるストラテジーは、ＩＬ１２＋１８＋ＴＬ１Ａと比較して、ＩＬ１２＋１８に反応して異なる制御がなされる遺伝子を探す。右のパネルに示されるストラテジーは、ＩＦＮ−γ陽性及びＩＦＮ−γ陰性細胞の個体群の間でＴＬ１Ａに反応して異なる制御がなされる遺伝子を探す。 本発明の様々な実施形態による、ＩＦＮ−γ分泌細胞個体群の捕捉を示す。二価の抗体は、Ｔ細胞でＣＤ４５受容体に結合し、その後、ＩＦＮ−γタンパク質を捕捉する。タンパク質は、その後、ＰＥ−抗ＩＦＮ−γ抗体により検出される。 本発明の様々な実施形態による、新たなＲＮＡシーケンスについてＣＤ４＋ＩＦＮでソートされた個体群を示す。 本発明の様々な実施形態による、ＩＢＤ試料がＴＬ１Ａにより活性化されないことを示す（％ＡＣＴＢ）。 本発明の様々な実施形態による、ＩＢＤ試料がＴＬ１Ａにより活性化されないことを示す（％ＡＣＴＢ）。 本発明の様々な実施形態による、ＩＬ１２＋１８により活性化された遺伝子を示す（％ＡＣＴＢ）。 本発明の様々な実施形態による、ＩＬ１２＋１８により活性化された遺伝子を示す（％ＡＣＴＢ）。 本発明の様々な実施形態による、ＵＴのＩＢＤ試料における異なる遺伝子発現を示す。 本発明の様々な実施形態による、ＮＬのＩＬ１２＋１８による治療に対する、ＩＢＤにおける、より高い発現レベルを示す。 本発明の様々な実施形態による、ＮＬのＴＬ１Ａによる治療に対する、ＩＢＤにおける、より低い発現レベルを示す。
本明細書に引用される全ての参照文献はすべて、明記されているように、その全体において参照により援用される。他で定義されない限り、本明細書において用いられている技術用語および科学用語は、本発明が属する分野の当業者により普遍的に理解されるものと同じ意味を有する。Ａｌｌｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ： Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ ２２ｎｄ ｅｄ．， Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐｒｅｓｓ （Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ １５， ２０１２）； Ｈｏｒｎｙａｋ ｅｔ ａｌ．， Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｎａｎｏｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｎａｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ （２００８）； Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ ａｎｄ Ｓａｉｎｓｂｕｒｙ， Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ３ｒｄ ｅｄ．， ｒｅｖｉｓｅｄ ｅｄ．， Ｊ． Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ （Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， ＮＹ ２００６）； Ｓｍｉｔｈ， Ｍａｒｃｈ’ｓ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ， Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ７ｔｈ ｅｄ．， Ｊ． Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ （Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， ＮＹ ２０１３）； Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ， Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ ＤＮＡ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ３ｒｄ ｅｄ．， Ｗｉｌｅｙ−Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ （Ｎｏｖｅｍｂｅｒ ２８， ２０１２）； およびＧｒｅｅｎ ａｎｄ Ｓａｍｂｒｏｏｋ， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ４ｔｈ ｅｄ．， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ （Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， ＮＹ ２０１２）は、本出願で用いられる多くの用語に対する一般的な指針を当業者に提示するものである。抗体の作製方法に関する参照文献については、Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ， Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ２ｎｄ ｅｄ．， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ （Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ ＮＹ， ２０１３）；Ｋoｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ， Ｄｅｒｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｙ−ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｔｉｓｓｕｅ ｃｕｌｔｕｒｅ ａｎｄ ｔｕｍｏｒ ｌｉｎｅｓ ｂｙ ｃｅｌｌ ｆｕｓｉｏｎ， Ｅｕｒ． Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １９７６ Ｊｕｌ， ６（７）：５１１−９； Ｑｕｅｅｎ ａｎｄ Ｓｅｌｉｃｋ， Ｈｕｍａｎｉｚｅｄ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎｓ，米国特許第５，５８５，０８９号（１９９６ Ｄｅｃ）；およびＲｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．， Ｒｅｓｈａｐｉｎｇ ｈｕｍａｎ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅｒａｐｙ， Ｎａｔｕｒｅ １９８８ Ｍａｒ ２４， ３３２（６１６２）：３２３−７を参照のこと。
当業者であれば、本発明の実施に用いることができる、本明細書に記載されるものと類似、または均等の多くの方法および物質を認識するであろう。本発明の他の特性および利点は、例示を目的として本発明の実施形態の様々な特徴を解説している添付の図面と併せて、以下の詳細な説明から明らかとなるであろう。本発明は、記述される方法および物質に決して限定されるものではない。
「対象」または「個体」または「患者」または「動物」または「哺乳類」とは、診断、予後診断、処置または治療が所望される任意の対象、特に哺乳類の対象を指す。哺乳類対象としては、限定されないが、ヒト；飼育動物；家畜動物；動物園動物；スポーツ動物；ペット動物（たとえばイヌ、ネコ、モルモット、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、ウシ、乳牛等）；霊長類（たとえば類人猿、サル、オランウータンおよびチンパンジー等）；イヌ科（たとえばイヌおよびオオカミ等）；ネコ科（たとえばネコ、ライオンおよびトラ等）；ウマ科（たとえばウマ、ロバおよびシマウマ等）；食用動物（たとえば乳牛、ブタおよびヒツジ等）；有蹄動物（たとえばシカおよびキリン等）；げっ歯類（たとえばマウス、ラット、ハムスターおよびモルモット等）などが挙げられる。ある実施形態において、哺乳類はヒト対象である。当該用語は特定の年齢または性別を示すものではない。ゆえに、成人および新生児の対象ならびに胎児（男性または女性のいずれも）が、当該用語の範囲内に含まれることが意図される。
本明細書において用いられる「生物学的試料」または「試料」とは、核酸および／またはタンパク質を得ることができる任意の生物学的物質を意味する。非限定的な例として、当該用語は、全血、血漿、唾液、口腔粘膜、また核酸および／またはタンパク質を含有する他の身体の液体もしくは組織を包含する。
本明細書において用いられる「処置」および「処置する」とは、治療的処置および予防的手段または防止的手段の両方を指し、ここで、当該目的は、たとえ当該処置が最終的には不成功であったとしても、標的とする病的状態を予防もしくは遅延させる（低下させる）こと、病的状態を予防すること、有益な結果を追跡もしくは得ること、または当該状態の個々の発現の機会を減少させることである。処置の必要のあるものとしては、すでに当該状態を有するもの、ならびに、当該状態を有する傾向があるもの、または当該状態が予防されるもの、が挙げられる。
「有益な結果」には、決して限定されないが、疾患状態の重症度を低減または緩和すること、疾患状態の悪化を予防すること、疾患状態を治癒すること、疾患状態が発現しないよう予防すること、患者が疾患状態を発現する機会を減少させること、および、患者の生命または平均余命を延長させることが含まれ得る。一部の実施形態において、疾患状態は、ＴＬ１Ａ関連疾患である。
「患者の転帰」とは、治療の結果として患者の健康状態が改善されるか、または悪化するか、ならびに治療の結果として患者が生存するか死亡するか、を指す。本発明に提示されているように、個々の患者の具体的な状態に従い適切な治療（たとえば抗ＴＬ１Ａ療法またはそれ以外）を処方および投与することにより、健康状態の改善および／または生存の機会が増加する。
本明細書において用いられる「ＴＬ１Ａ」は、ＴＮＦＳＦ１５遺伝子によりコードされるＴＮＦ様サイトカイン因子である。ＴＬ１Ａの例としては、特に、マウスＴＬ１Ａ（たとえば、ＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿１７７３７１．３）、ラットＴＬ１Ａ（たとえばＮＣＢＩ参照配列ＡＦ５２０７８７．１）およびヒトＴＬ１Ａ（たとえばＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００５１１８、ＮＭ＿００１２０４３４４．１）が挙げられる。
本明細書において用いられる「抗ＴＬ１Ａ治療」とは、ＴＬ１Ａ遺伝子の発現、ＤＲ３遺伝子の発現を抑制する治療剤および方法、またはＴＬ１ＡおよびＤＲ３（ＴＬ１Ａの受容体）タンパク質のシグナル伝達を阻害する治療剤および方法を指す。抗ＴＬ１Ａ治療の例としては、限定されないが、ＴＬ１ＡまたはＤＲ３に特異的に結合し、ＴＬ１Ａ−ＤＲ３相互作用を特異的に阻害する剤、ＴＬ１Ａ−ＤＲ３シグナル伝達を阻害する抗ＴＬ１Ａ抗体、ＴＬ１Ａ−ＤＲ３シグナル伝達を阻害する抗ＤＲ３抗体、可溶性デコイＤＲ３ポリペプチド（たとえば、可溶性ＤＲ３−Ｆｃ融合タンパク質）、またはＴＬ１ＡもしくはＤＲ３の核酸アンタゴニスト（たとえば、ＴＬ１ＡもしくはＤＲ３を標的とするリボザイム、アプタマーまたはアンチセンス分子、またはそれらの組み合わせ）が挙げられる。
本明細書に開示されているように、本発明者らは、２２遺伝子のＴＬ１Ａ特異的バイオマーカーのサインを見出した。本明細書の様々な実施形態によると、本発明は、ＴＬ１Ａ活性化による炎症促進効果にｉｎ ｖｉｖｏで曝される恐れが最も高い個体を特定するための、このバイオマーカーのサインに基づいた患者群の階層化に対するデバイス、システム、および方法を含む。この特定の患者群は抗ＴＬ１Ａ治療から利益を得る可能性があるため、たとえば、抗ＴＬ１Ａ治療がこの特定の患者群に処方され、または投与されても良い。他の実施形態においては、当該バイオマーカーのサインにおける変化を評価することにより、患者における進行をモニターおよび／または抗ＴＬ１Ａ治療の有効性を評価しても良い。
診断方法および治療方法
１つの実施形態において、本発明により、対象に対する治療を選択する方法が提供される。１つの実施形態において、本発明により、対象から試料を得ること、当該試料中のＴＬ１Ａシグナル伝達に関連した１以上のバイオマーカーの発現レベルをアッセイすること、当該発現レベルを基準発現レベルの値と比較すること、および、もし当該対象が基準値と比較して高い発現レベルを有している場合、当該対象に抗ＴＬ１Ａ治療を処方すること、または、もし当該対象が基準値と比較して高い発現レベルを有していない場合、当該対象に抗ＴＬ１Ａ治療を処方しないこと、による診断方法および／または治療方法が提供される。一部の実施形態において、当該方法はさらに、当該試料中のＴＬ１Ａシグナル伝達と関連したバイオマーカーの１以上の発現レベルをアッセイする前に、当該試料をＩＬ１２、ＩＬ１８もしくはＴＬ１Ａ、またはそれらの組み合わせで刺激することを含む。別の実施形態において、ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連した１以上のバイオマーカーは、本明細書の表１、表４、表５および／または表６に列記されている。
１つの実施形態において本発明により、抗ＴＬ１Ａ治療に反応性である可能性がある対象を特定する方法が提供される。１つの実施形態において、本発明により、対象から試料を得ること、当該試料中のＴＬ１Ａシグナル伝達に関連したバイオマーカーの１以上の発現レベルをアッセイすること、当該発現レベルと基準発現レベルの値を比較すること、および、もし当該対象が基準値と比較し高い発現レベルを有している場合、抗ＴＬ１Ａ治療に反応性である可能性があると当該対象を特定すること、または、もし当該対象が基準値と比較し高い発現レベルを有していない場合、抗ＴＬ１Ａ治療に反応性である可能性は低いと当該対象を特定すること、による抗ＴＬ１Ａ治療に反応性である可能性がある対象を特定する方法が提供される。一部の実施形態において、当該方法はさらに、当該試料中のＴＬ１Ａシグナル伝達と関連したバイオマーカーの１以上の発現レベルをアッセイする前に、当該試料をＩＬ１２、ＩＬ１８もしくはＴＬ１Ａ、またはそれらの組み合わせで刺激することを含む。別の実施形態において、ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連した１以上のバイオマーカーは、本明細書の表１、表４、表５および／または表６に列記されている。
別の実施形態において、本発明により、抗ＴＬ１Ａ治療を用いて対象を治療する方法が提供される。１つの実施形態において、当該方法は、対象から試料を得ること、当該試料中のＴＬ１Ａシグナル伝達に関連したバイオマーカーの１以上の発現レベルをアッセイすること、当該発現レベルと基準発現レベルの値を比較すること、および、もし当該対象が基準値と比較し高い発現レベルを有している場合、当該対象に抗ＴＬ１Ａ治療を投与すること、または、もし当該対象が基準値と比較し高い発現レベルを有していない場合、当該対象に抗ＴＬ１Ａ治療を投与しないこと、を含む。一部の実施形態において、当該方法はさらに、当該試料中のＴＬ１Ａシグナル伝達と関連したバイオマーカーの１以上の発現レベルをアッセイする前に、当該試料をＩＬ１２、ＩＬ１８もしくはＴＬ１Ａ、またはそれらの組み合わせで刺激することを含む。別の実施形態において、当該１以上のバイオマーカーは、本明細書の表１、表４、表５および／または表６に記述されている。
別の実施形態において、本発明により、対象においてＴＬ１Ａ関連疾患を診断する方法が提供される。別の実施形態において、当該方法は、対象から試料を得ること、当該試料中のＴＬ１Ａシグナル伝達に関連したバイオマーカーの１以上の発現レベルをアッセイすること、当該発現レベルと基準発現レベルの値を比較すること、および、もし当該対象が基準値と比較し高い発現レベルを有している場合、当該対象においてＴＬ１Ａ関連疾患があると診断すること、またはもし当該対象が基準値と比較し高い発現レベルを有していない場合、当該対象においてＴＬ１Ａ関連疾患は無いと診断すること、を含む。別の実施形態において、当該１以上のバイオマーカーは、本明細書の表１、表４、表５および／または表６に記述されている。
様々な実施形態において、本発明により、対象におけるＴＬ１Ａ関連疾患に対する感受性を診断する方法が提供される。１つの実施形態において、当該方法は、対象から試料を得ること、当該試料中のＴＬ１Ａシグナル伝達に関連したバイオマーカーの１以上の発現レベルをアッセイすること、当該発現レベルと基準発現レベルの値を比較すること、および、もし当該対象が基準値と比較し高い発現レベルを有している場合、当該対象においてＴＬ１Ａ関連疾患に対する感受性があると診断すること、またはもし当該対象が基準値と比較し高い発現レベルを有していない場合、当該対象においてＴＬ１Ａ関連疾患に対する感受性が無いと診断すること、を含む。別の実施形態において、ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連した１以上のバイオマーカーは、本明細書の表１、表４、表５および／または表６に記述されている。別の実施形態において、ＴＬ１Ａ関連疾患は、線維症を含む。別の実施形態において、ＴＬ１Ａ関連疾患は、炎症性大腸疾患（ＩＢＤ）を含む。
様々な実施形態において、本発明により、対象における疾患を治療する方法が提供される。１つの実施形態において、当該方法は、対象に抗ＴＬ１Ａ治療を投与すること、それにより、当該疾患を治療することを含み、ここで、当該対象は、ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連した１以上のバイオマーカーの基準値と比較し、高い発現レベルを有している。別の実施形態において、当該１以上のバイオマーカーは、本明細書の表１、表４、表５および／または表６に記述されている。
様々な実施形態において、本発明により、対象におけるＩＢＤサブタイプを診断する方法が提供される。１つの実施形態において、当該方法は、対象から試料を得ること、当該試料中のＴＬ１Ａシグナル伝達に関連したバイオマーカーの１以上の発現レベルをアッセイすること、当該発現レベルと基準発現レベルの値を比較すること、および、もし当該対象が基準値と比較し高い発現レベルを有している場合、ＩＢＤサブタイプがあると診断すること、またはもし当該対象が基準値と比較し高い発現レベルを有していない場合、当該対象においてＩＢＤサブタイプがあると診断しないこと、を含む。一部の実施形態において、当該方法はさらに、当該試料中のＴＬ１Ａシグナル伝達と関連したバイオマーカーの１以上の発現レベルをアッセイする前に、当該試料をＩＬ１２、ＩＬ１８もしくはＴＬ１Ａ、またはそれらの組み合わせで刺激することを含む。別の実施形態において、当該１以上のバイオマーカーは、本明細書の表１、表４、表５および／または表６に記述されている。１つの実施形態において、ＩＢＤサブタイプは、抗ＴＬ１Ａ治療で治療可能であることにより特徴付けられる。
様々な実施形態において、本発明により、対象における疾患を診断する方法が提供される。１つの実施形態において、当該方法は、対象から試料を得ること、当該試料中の、本明細書の表１、表４、表５および／または表６に列記される１以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすること、当該発現レベルと、当該１以上の遺伝子の基準発現レベルの値を比較すること、および当該発現レベルと基準値の間の相対的差異に従い、当該対象における疾患を診断すること、を含む。一部の実施形態において、当該方法はさらに、当該試料中の１以上の遺伝子の発現レベルをアッセイする前に、当該試料をＩＬ１２、ＩＬ１８もしくはＴＬ１Ａ、またはそれらの組み合わせで刺激することを含む。一部の実施形態において、当該方法はさらに、もし対象が基準値よりも高い発現レベルを有している場合、当該対象における疾患があると診断すること、またはもし当該対象が基準値よりも高い発現レベルを有していない場合、当該対象における疾患があると診断しないこと、を含む。他の実施形態において、当該方法はさらに、もし対象が基準値よりも低い発現レベルを有している場合に、対象において疾患があると診断すること、またはもし対象が基準値よりも低い発現レベルを有していない場合、対象において疾患があると診断しないこと、を含む。様々なさらなる実施形態において、当該方法はさらに、もし対象が当該疾患を有すると診断された場合に、当該対象に抗ＴＬ１Ａ治療を処方することを含む。様々なさらなる実施形態において、当該方法はさらに、もし対象が疾患を有すると診断された場合に、当該対象に抗ＴＬ１Ａ治療を投与することを含む。
様々な実施形態において、当該疾患は、ＴＬ１Ａ関連疾患である。様々な実施形態において、当該疾患は、線維症、クローン病（ＣＤ）、炎症性大腸疾患（ＩＢＤ）、慢性閉塞性肺疾患、アレルギー性肺炎症、喘息、アテローム性動脈硬化症、狼瘡、リウマチ性関節炎（ＲＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、乾癬、１型糖尿病、肺癌、結腸癌、白血病、リンパ腫、移植拒絶反応、移植片対宿主病、または中枢神経系損傷である。様々な実施形態において、当該疾患は、たとえば抗ＴＬ１Ａ治療に反応性のＩＢＤサブタイプ等の疾患のサブタイプである。
様々な実施形態において、当該方法は、もし対象が基準プロファイルと異なる発現プロファイルを有している場合、当該対象において疾患があると診断すること、またはもし対象が基準プロファイルとは異なる発現プロファイルを有していない場合、当該対象において疾患があると診断しないこと、を含む。本発明によると、発現プロファイルは、複数の遺伝子発現レベルを含有していても良く、その一部の遺伝子発現レベルは基準プロファイルよりも高く、および他の遺伝子発現レベルは基準プロファイルよりも低くても良い。
様々な実施形態において、本発明により、対象におけるＩＢＤサブタイプに対する感受性の診断方法が提供される。１つの実施形態において、当該方法は、対象から試料を得ること、当該試料中のＴＬ１Ａシグナル伝達に関連した１以上のバイオマーカーの発現レベルをアッセイすること、当該発現レベルと基準発現レベルの値を比較すること、およびもし当該対象が基準値と比較し高い発現レベルを有している場合、当該対象におけるＩＢＤサブタイプに対し感受性があると診断すること、またはもし当該対象が基準値と比較し高い発現レベルを有していない場合、当該対象におけるＩＢＤサブタイプに対し感受性が無いと診断すること、を含む。別の実施形態において、当該１以上のバイオマーカーは、本明細書の表１、表４、表５および／または表６に記述されている。１つの実施形態において、ＩＢＤサブタイプは、抗ＴＬ１Ａ治療で治療可能であることにより特徴付けられる。
様々な実施形態において、本発明により、対象におけるＩＢＤサブタイプに対する感受性を診断するための方法が提供される。１つの実施形態において、当該方法は、対象から試料を得ること、当該試料中の１以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすること、当該発現レベルと当該１以上の遺伝子の基準発現レベルの値を比較すること、およびもし当該対象が基準値とは異なる発現レベルを有している場合、当該対象におけるＩＢＤサブタイプに対し感受性があると診断すること、またはもし当該対象が基準値とは異なる発現レベルを有していない場合、当該対象におけるＩＢＤサブタイプに対し感受性があると診断しないこと、を含む。様々な実施形態において、当該１以上のバイオマーカーは、本明細書の表１、表４、表５および／または表６に列記されている。様々な実施形態において、ＩＢＤサブタイプは、抗ＴＬ１Ａ治療に対し反応性のサブタイプである。
一部の実施形態において、試料中における、本明細書の表１、表４、表５および／または表６に列記されている１以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすることは、本明細書の表１、表４、表５および／または表６に列記される遺伝子を少なくとも２、３、４または５つアッセイすることを含む。他の実施形態において、試料中における、本明細書の表１、表４、表５および／または表６に列記される１以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすることは、本明細書の表１、表４、表５および／または表６に列記される遺伝子のすべてをアッセイすることを含む。別の実施形態において、試料中における、本明細書の表１、表４、表５および／または表６に列記される遺伝子の１つ以上の発現レベルをアッセイすることは、本明細書の表１、表４、表５および／または表６に列記される遺伝子のうちの任意の数（たとえば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５）をアッセイすることを含む。様々な実施形態において、本明細書に記述される方法は、表６に列記される遺伝子の１つ以上の発現レベルをアッセイすることを含む。
様々な実施形態において、本明細書に記述される方法は、ＢＩＲＣ３、Ｃ１７ｏｒｆ４９、ＣＣＬ２０、ＣＳＦ２、ＣＤ２７４、ＣＤ７４、ＥＰＳＴＩ１、ＦＡＳ、ＧＢＰ１、ＧＢＰ４、ＧＢＰ５、ＨＡＰＬＮ３、ＩＦＮＧ、ＩＲＦ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＮＦＫＢ２、ＲＥＬＢ、ＲＧＳ１、ＳＧＫ１、ＳＴＡＴ１、ＴＡＰ１、およびＴＲＡＦＤ１からなる群から選択される遺伝子の１つ以上の発現レベルをアッセイすることを含む。様々な実施形態において、本明細書に記述される方法は、ＢＡＴＦ、ＣＣＬ２０、ＣＤ２７４、ＣＤ８３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＣＨＡＣ１、ＣＳＦ２、ＤＵＳＰ５、ＦＥＺ１、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＨＭＳＤ、ＩＦＮＧ、ＩＬ２２、ＩＬ２６、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ８、ＬＴＡ、ＭＦＳＤ２Ａ、ＭＹＯ１Ｂ、ＮＦＫＢＩＡ、ＲＰＬ２１、ＳＧＫ１、ＴＮＦＲＳＦ１８、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＲＡＦ４、及びＸＩＳＴからなる群から選択される遺伝子の１つ以上の発現レベルをアッセイすることを含む。
対象
本明細書の様々な実施形態に従い、対象は、ヒト、サル、類人猿、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ヤギ、ブタ、ウサギ、マウス、またはラットであっても良い。１つの実施形態において、対象は、ＴＬ１Ａ関連疾患の症状を有している、ＴＬ１Ａ関連疾患を有していると疑われる、またはＴＬ１Ａ関連疾患と診断されている。別の実施形態において、対象は、抗ＴＬ１Ａ治療を受けていた、受けている、または受ける予定である。別の実施形態において、対象は、ＴＬ１Ａ関連疾患の治療を受けた、治療を受けている、または治療を受ける予定である。別の実施形態において、対象は、ＴＬ１Ａ関連疾患が完全寛解、部分寛解、または再発している。１つの実施形態において、対象は、ＩＢＤサブタイプの症状を有している。別の実施形態において、対象は、ＩＢＤサブタイプを有していると疑われる。一部の実施形態において、ＩＢＤサブタイプは、抗ＴＬ１Ａ治療に対し反応性のサブタイプである。
試料
１つの実施形態において、試料は、Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ５６＋Ｔ細胞、ＣＤ４５Ｒ０＋Ｔ細胞、ＣＤ４５ＲＡ＋Ｔ細胞、ＮＫ細胞、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、もしくは末梢血リンパ球（ＰＢＬ）、またはそれらの組み合わせを含有する。様々な実施形態において、試料は、細胞、組織または体液である。様々な実施形態において、試料は、血清、尿、血液、血漿、唾液、***、リンパ液、またはそれらの組み合わせであり得る。様々な実施形態において、試料は、ＴＬ１Ａ関連疾患の治療の前、治療の間、または治療の後に得られても良い。様々な実施形態において、試料は、抗ＴＬ１Ａ治療の前、間、後に得られても良い。
ＴＬ１Ａ関連疾患
本明細書の様々な実施形態に従い、ＴＬ１Ａ関連疾患は、線維症、クローン病（ＣＤ）、炎症性大腸疾患（ＩＢＤ）、慢性閉塞性肺疾患、アレルギー性肺炎症、喘息、アテローム性動脈硬化症、狼瘡、リウマチ性関節炎（ＲＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、乾癬、１型糖尿病、肺癌、結腸癌、白血病、リンパ腫、移植拒絶反応、移植片対宿主病、または中枢神経系損傷である。
「ＴＬ１Ａ関連疾患」の例としては、限定されないが、線維症、クローン病（ＣＤ）、炎症性大腸疾患（ＩＢＤ）、慢性閉塞性肺疾患、アレルギー性肺炎症、喘息、アテローム性動脈硬化症、狼瘡、リウマチ性関節炎（ＲＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、乾癬、１型糖尿病、肺癌、結腸癌、白血病、リンパ腫、移植拒絶反応、移植片対宿主病、または中枢神経系損傷である。
ＩＢＤとしては、炎症性疾患のいくつかの形態、および、たとえば結腸および小腸等の消化管（ＧＩ）の様々な部分に影響を与える状態を含む。ＩＢＤの例としては、限定されないが、特にクローン病（ＣＤ）、潰瘍性結腸炎（ＵＣ）、他の形態の大腸炎（たとえばコラーゲン蓄積大腸炎、リンパ球性大腸炎、虚血性大腸炎、便流変更性大腸炎、ベーチェット病、および不確定大腸炎等）が挙げられる。クローン病（ＣＤ）および潰瘍性結腸炎（ＵＣ）は、ＩＢＤの主要な２つの形態である。ＩＢＤの特徴としては、上皮粘膜部分における消化管の炎症または腸壁の貫壁性病変が挙げられる。
発現レベルアッセイ−ＲＮＡ
様々な実施形態において、試料中のＴＬ１Ａシグナル伝達に関連した１以上のバイオマーカーの発現レベルのアッセイは、ｍＲＮＡレベルのアッセイを含む。様々な実施形態において、ｍＲＮＡレベルのアッセイは、ＲＮＡ配列解析、ノーザンブロット、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、ハイブリダイゼーションアレイ、遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）、逆転写ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、リアルタイム逆転写ＰＣＲ、もしくは定量ＰＣＲ、またはそれらの組み合わせを含む。
様々な実施形態において、ｍＲＮＡレベルのアッセイは、試料と、ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連した１以上のバイオマーカーのｍＲＮＡと特異的にハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドプローブを接触させること、およびそれによりプローブ標的ハイブリダイゼーション複合体を形成させること、を含む。
ハイブリダイゼーションを基にしたＲＮＡアッセイとしては、限定されないが、伝統的な「直接プローブ」法（たとえば、ノーザンブロットまたはｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（たとえば、Ａｎｇｅｒｅｒ （１９８７） Ｍｅｔｈ． Ｅｎｚｙｍｏｌ １５２： ６４９）等）が挙げられる。当該方法は、限定されないが、基質（たとえば膜またはガラス）結合法、またはアレイを基にした方法を含む、様々な構成において用いることができる。典型的なｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションアッセイにおいて、細胞は、固形支持体（通常、ガラススライド）に固定される。もし核酸がプローブ化される場合、細胞は通常、熱またはアルカリにより変性される。次いで、細胞を、中程度の温度でハイブリダイゼーション溶液と接触させ、タンパク質をコードする核酸配列に特異的な標識プローブをアニーリングさせる。次いで、標的（たとえば細胞）は、通常、適切なシグナルとノイズの比率が得られるまで、既定のストリンジェンシーで、またはさらに高いストリンジェンシーで、洗浄される。通常、プローブは、たとえば放射性同位体または蛍光レポーター等で標識されている。好ましいプローブは、ストリンジェントな条件下で標的核酸（複数含む）と特異的にハイブリダイズすることができるような十分な長さである。好ましいサイズ範囲は、約２００塩基〜約１０００塩基である。本発明方法での使用に適したハイブリダイゼーションプロトコールは、たとえば、Ａｌｂｅｒｔｓｏｎ （１９８４） ＥＭＢＯ Ｊ． ３： １２２７−１２３４； Ｐｉｎｋｅｌ （１９８８） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８５： ９１３８−９１４２； ＥＰＯ Ｐｕｂ． Ｎｏ． ４３０，４０２； Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｖｏｌ． ３３： Ｉｎ ｓｉｔｕ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ， Ｃｈｏｏ， ｅｄ．， Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ， Ｔｏｔｏｗａ， Ｎ．Ｊ． （１９９４）， Ｐｉｎｋｅｌ， ｅｔ ａｌ． （１９９８） Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ２０： ２０７−２１１、および／または、Ｋａｌｌｉｏｎｉｅｍｉ （１９９２） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ８９：５３２１−５３２５ （１９９２）に記述されている。一部の応用において、反復配列のハイブリダイゼーション能力をブロックする必要がある。ゆえに、一部の実施形態においては、ｔＲＮＡ、ヒトゲノムＤＮＡ、またはＣｏｔ−Ｉ ＤＮＡを用いて、非特異ハイブリダイゼーションをブロックする。
様々な実施形態において、ｍＲＮＡレベルのアッセイは、試料と、表１、表４、表５および／または表６に列記される遺伝子のｍＲＮＡと特異的にハイブリダイズすることができる１以上のポリヌクレオチドプライマーとを接触させ、プライマー鋳型ハイブリダイゼーション複合体を形成させ、および、ＰＣＲ反応を行うことを含む。一部の実施形態において、１以上のポリヌクレオチドプライマーは、表２に列記されているプライマーである。他の実施形態において、１以上のポリヌクレオチドプライマーは、表１、表４、表５および／または表６に列記される遺伝子の配列に対し、同一（フォワードプライマー）または相補的（リバースプライマー）である約１５〜４５、２０〜４０、または２５〜３５ｂｐの配列を含有する。非限定的な例として、ＩＮＦＧに対する１以上のポリヌクレオチドプライマー（たとえば、１２４０ｂｐを伴うＮＭ＿０００６１９．２）は、ＩＮＦＧの１〜２０、５〜２５、１０〜３０、１５〜３５、２０〜４０、２５〜４５、３０〜５０ｂｐ等々、ＩＮＧＦの末端１２０１〜１２２０、１２０５〜２５、１２１０〜１２３０、１２１５〜１２３５、１２２０〜１２４０までに対し、同一（フォワードプライマー）または相補的（リバースプライマー）である配列を含有しても良い。スペースの関係で完全には列記しないが、ＩＮＦＧおよび表１、表４、表５および／または表６に列記される他の遺伝子に対する、これらポリヌクレオチドプライマーのすべてを、本発明に用いることができる。様々な実施形態において、１以上のポリヌクレオチドプライマーは、放射性同位体または蛍光分子で標識されている。標識されたプライマーは放射線または蛍光シグナルを放出するため、標識プライマーを含有するＰＣＲ産物は、検出され、様々な画像解析装置を用いて分析されることができる。
「定量的」増幅法は当分野に公知である。たとえば、定量ＰＣＲは、同じプライマーを用いて、既知の量の対照配列を同時に共に増幅させることを含む。これにより、ＰＣＲ反応を較正するために用いられうる内部標準が得られる。定量ＰＣＲの詳細なプロトコールは、Ｉｎｎｉｓ， ｅｔ ａｌ． （１９９０） ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ， Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｉｎｃ． Ｎ．Ｙ．）に提供されている。定量ＰＣＲ分析を用いた、マイクロサテライト領域でのＤＮＡコピー数の測定は、Ｇｉｎｚｏｎｇｅｒ， ｅｔ ａｌ． （２０００） Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ６０：５４０５−５４０９に記述されている。公知の遺伝子核酸配列で、当業者は、当該遺伝子の任意の部分を増幅させるためのプライマーを日常的に十分選択することができる。蛍光発生定量ＰＣＲもまた、本発明の方法に用いることができる。蛍光発生定量ＰＣＲにおいて、定量は、蛍光シグナル（たとえば、ＴａｑＭａｎおよびｓｙｂｒグリーン）の量に基づいている。他の適切な増幅法としては、限定されないが、リガーゼ鎖反応（ＬＣＲ）（Ｗｕ ａｎｄ Ｗａｌｌａｃｅ （１９８９） Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４： ５６０， Ｌａｎｄｅｇｒｅｎ， ｅｔ ａｌ． （１９８８） Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１：１０７７、および Ｂａｒｒｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ． （１９９０） Ｇｅｎｅ ８９： １１７を参照のこと）、転写増幅（Ｋｗｏｈ， ｅｔ ａｌ． （１９８９） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８６： １１７３）、自家持続配列複製法（Ｇｕａｔｅｌｌｉ， ｅｔ ａｌ． （１９９０） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８７： １８７４）、ドットＰＣＲ、およびリンカーアダプターＰＣＲ等が挙げられる。
発現レベルアッセイ−タンパク質
様々な実施形態において、試料中の、ＴＬ１Ａシグナル伝達に関する１以上のバイオマーカーの発現レベルのアッセイは、タンパク質レベルをアッセイすることを含む。様々な実施形態において、タンパク質レベルのアッセイは、ウェスタンブロット、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫測定法、もしくは質量分析法、またはそれらの組み合わせを含有する。
様々な実施形態において、タンパク質レベルのアッセイは、試料と、表１、表４、表５および／または表６に列記される遺伝子のタンパク質と特異的に結合することができる抗体とを接触させ、それにより抗原抗体複合体を形成させることを含む。本発明の方法およびアッセイにおいて、表１、表４、表５および／もしくは表６に列記されるバイオマーカー遺伝子によりコードされるタンパク質、またはそれらの断片またはそれらの変異体の発現レベルは、それら個々のタンパク質またはそれらの断片またはそれらの変異体に対し特異的な抗体を用いて、各抗体の、各同系のバイオマーカータンパク質への免疫特異的結合を検出して、測定されても良い。
ポリクローナルおよびモノクローナルの両抗体は、公知の方法を用いて、当業者により作製されても良く、または、公知のタンパク質配列に基づき抗体を作製することに特化したサービスの提供者により作製されても良い。本発明において、バイオマーカー遺伝子のタンパク質配列は公知であり、ゆえに、それらに対する抗体の作製は、日常的に行われている。
たとえば、モノクローナル抗体の製造は、選択された単離タンパク質またはその断片（たとえば、表１、表４、表５および／もしくは表６に列記されるバイオマーカー遺伝子によりコードされるタンパク質、またはそれらの断片またはそれらの変異体）である抗原を用いて最初にマウスを免疫化し、特異的モノクローナル抗体を各々産生するハイブリドーマ細胞株を作製することによる、伝統的なハイブリドーマ法を用いて行うことができる。異なるクローンから分泌された抗体は、次いで、たとえばＥＬＩＳＡまたは抗原マイクロアレイアッセイまたは免疫ドットブロット法等を用いて、抗原に対する結合能力に対しアッセイされる。対象タンパク質の検出に最も特異的な抗体が、日常的な方法を用いて、および免疫化に用いられた抗原および対照として他の抗原を用いて、選択される。所望の抗原およびタンパク質を最も特異的に検出し、他の抗原を検出しない抗体が、本明細書に記載されるプロセス、アッセイ、および方法に選択される。次いで、最も良いクローンを、適切な細胞培養培地中で無期限に増殖させても良い。また、それらをマウスへと注入し（消化管周囲の腹腔）、抗体に富む腹水を産生させ、それらから抗体を単離および精製することもできる。抗体は、当業者に公知の方法を用いて精製することができる。
本発明に従いアッセイされる、バイオマーカータンパク質またはその変異体の発現レベルを測定するために、市販品を含む、任意の適切な免疫アッセイ法を用いても良い。本明細書において、公知の免疫アッセイ法について、それらは当業者に公知であるため、過度に検討を行う必要はない。典型的な、適切な免疫アッセイ法としては、サンドイッチ酵素結合免疫アッセイ法（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫測定法（ＲＩＡ）、競合結合アッセイ、均一系アッセイ、不均一系アッセイ等が挙げられる。
たとえば、本発明のアッセイにおいて、「サンドイッチ型」アッセイの形式を用いても良い。別の技術としては、「競合型」アッセイがある。競合アッセイにおいては、多くの場合、標識プローブは、分析物と同一の分子、または分析物のアナログと結合される。それにより、標識プローブは、利用可能な受容物質に対し、対象の分析物と競合する。競合アッセイは通常、たとえばハプテン等の分析物の検出に用いられ、各ハプテンは、一価であり、１つの抗体分子にのみ結合することができる。
抗体は標識されていても良い。一部の実施形態において、検出抗体は、酵素、蛍光化合物または金属を伴う標識、化学発光化合物を伴う標識、に共有結合されることにより標識される。たとえば、検出抗体は、カタラーゼで標識されても良く、その変換には、発色基質組成物（ヨウ化カリウム、過酸化水素およびチオ硫酸ナトリウムを含む）を使用する；当該酵素は、アルコール脱水素酵素であっても良く、その変換は、発色基質組成物（アルコール、ｐＨ指示薬、およびｐＨ緩衝液（ここで、当該ｐＨ指示薬はニュートラルレッドであり、当該ｐＨ緩衝液は、グリシン−水酸化ナトリウムである）を含有する）を使用する；当該酵素は、ヒポキサンチンオキシダーゼであってもよく、その変換は、発色基質組成物（キサンチン、テトラゾリウム塩および４，５−ジヒドロキシ−１，３−ベンゼンジスルホン酸を含有する）を使用する。１つの実施形態において、検出抗体は、酵素、蛍光化合物もしくは金属を伴う標識、または化学発光化合物を伴う標識、に共有結合されることにより標識される。
間接標識および直接標識を免疫アッセイ法に用いてもよい。直接標識とは、その自然な状態において、実体が、裸眼で見ることができるか、または、光学的フィルターを用いて、および／もしくは蛍光発光を促進するために、たとえば紫外線光等の刺激を与えることにより見ることができるものとして定義されうる。用いることができる有色標識の例としては、金属製のゾル粒子、金ゾル粒子、色素ゾル粒子、染色ラテックス粒子、またはリポソームに包埋された色素が挙げられる。他の直接標識としては、放射性核種および蛍光性または発光性部分が挙げられる。たとえば酵素等の間接標識もまた、本発明に従い用いることができる。様々な酵素が標識としての使用が公知であり、たとえば、アルカリホスファターゼ、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、リゾチーム、グルコース−６−リン酸脱水素酵素、乳酸脱水素酵素およびウレアーゼがある。
抗体を表面に付着させることができる。所望の抗原を検出する目的に対し、抗体が付着可能な有用な表面の例としては、ニトロセルロール、ＰＶＤＦ、ポリスチレンおよびナイロンが挙げられる。
本明細書に記述されるプロセス、アッセイおよび方法の一部の実施形態において、バイオマーカータンパク質またはその変異体に対し反応性の抗体のレベルを検出することは、癌患者由来の試料と、バイオマーカータンパク質またはその断片に特異的に結合する抗体またはその断片を接触させること、当該試料中に存在する当該抗体およびバイオマーカータンパク質またはその変異体の間で抗体−タンパク質複合体を形成させること、当該試料を洗浄し、未結合抗体を除去すること、標識されており、試料中のバイオマーカータンパク質またはその変異体に結合した抗体に対し反応性の検出抗体を添加すること、洗浄し、未結合の標識検出抗体を除去すること、ならびに、当該標識を検出可能なシグナルに変換させること、を含み、ここで、当該検出可能なシグナルは、患者由来の試料中のバイオマーカータンパク質またはその変異体のレベルの指標である。一部の実施形態において、エフェクター成分は、蛍光標識、放射性化合物、酵素、基質、エピトープタグ、高電子密度試薬、ビオチン、ジゴニゲニン（ｄｉｇｏｎｉｇｅｎｉｎ）、ハプテンおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される検出可能部分である。一部の実施形態において、検出抗体は、酵素に共有結合することにより標識され、蛍光化合物または金属で標識され、化学発光化合物で標識される。バイオマーカータンパク質のレベルは、試料中のバイオマーカータンパク質と抗体の反応により形成された抗体−タンパク質複合物の形成から生じる光散乱強度をアッセイすることにより得られても良く、ここで、対照の光散乱強度を少なくとも１０％上回る光散乱強度は、化学療法抵抗性の可能性を示唆する。
発現レベルの基準値
様々な実施形態において、発現レベルの基準値は、ＴＬ１Ａ関連疾患を有していない対象群からの中央値または平均発現レベルである。１つの実施形態において、発現レベルの基準値は、ＩＢＤを有していない対象の群からの中央値または平均発現レベルである。様々な実施形態において、発現レベルの基準値は、抗ＴＬ１Ａ治療に反応性である可能性が低い対象群からの中央値または平均発現レベルである。様々な実施形態において、発現レベルの基準値は、抗ＴＬ１Ａ治療に反応しない対象群からの中央値または平均発現レベルである。さらなる実施形態において、基準値は、たとえば診断の間、治療の前、治療の間、治療の後、またはそれらの組み合わせの間に、異なる時点（たとえばより早い時点）で対象から得られた試料中のバイオマーカー遺伝子またはその変異体の発現レベルである。
たとえば、不等分散を伴う両側スチューデントｔ検定等の様々な統計的手法を用いて、本明細書に記載されるように、対象の試料と、対照の試料（正常／健常な個体由来）または多くの対照試料をプールするコンピューターアルゴリズムにより作製された発現レベルの基準値の間のバイオマーカー遺伝子の発現レベルにおける差異を測定しても良い。有意差は、ｐ値が０．０５以下である場合に得られうる。
様々な実施形態において、基準値と比較した、対象におけるバイオマーカー遺伝子またはその変異体の発現レベルは、少なくとも、または約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または１００％、高い。様々な実施形態において、基準値と比較した、対象におけるバイオマーカー遺伝子またはその変異体の発現レベルは、少なくとも、または約１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、１．６倍、１．７倍、１．８倍、１．９倍、２倍、２．１倍、２．２倍、２．３倍、２．４倍、２．５倍、２．６倍、２．７倍、２．８倍、２．９倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍または１０倍、１５倍、２０倍、２５倍、３０倍、３５倍、４０倍、４５倍、５０倍、５５倍、６０倍、６５倍、７０倍、７５倍、８０倍、８５倍、９０倍、９５倍、または１００倍、増加している。
抗ＴＬ１Ａ治療
様々な実施形態において、抗ＴＬ１Ａ治療は、ＴＬ１ＡまたはＤＲ３に特異的に結合し、ＴＬ１Ａ−ＤＲ３相互作用を阻害する剤を含有する。１つの実施形態において、抗ＴＬ１Ａ治療は、抗ＴＬ１Ａ抗体もしくはその断片、アンタゴニスト性抗ＴＬ１Ａ抗体、または、ＴＬ１Ａに特異的に結合する単離抗原結合ポリペプチド、またはそれらの組み合わせを含有する。１つの実施形態において、抗ＴＬ１Ａ治療は、ＤＲ３に特異的に結合するＴＬ１Ａの可溶性形態を含有する。１つの実施形態において、抗ＴＬ１Ａ治療は、抗ＤＲ３抗体もしくはその断片、アンタゴニスト性抗ＤＲ３抗体、ＤＲ３に特異的に結合する単離抗原結合ポリペプチド、またはそれらの組み合わせを含有する。１つの実施形態において、抗ＴＬ１Ａ治療は、ＴＬ１Ａに特異的に結合するＤＲ３の可溶性形態を含有する。１つの実施形態において、抗ＴＬ１Ａ治療は、可溶性デコイＤＲ３ポリペプチド、ＤＲ３細胞外ドメインを含むポリペプチド、ＤＲ３−Ｆｃタンパク質、もしくは、ＤＲ３プレリガンドアセンブリドメインを含有するポリペプチド（ＤＲ３−ＰＬＡＤペプチド）、またはそれらの組み合わせを含有する。１つの実施形態において、抗ＴＬ１Ａ治療は、ドミナントネガティブＤＲ３を含有する。１つの実施形態において、抗ＴＬ１Ａ治療は、ＴＬ１ＡまたはＤＲ３発現を標的とする剤（たとえば、リボザイム、アプタマーおよびアンチセンス核酸）、ＴＬ１Ａの核酸アンタゴニスト、もしくはＤＲ３の核酸アンタゴニスト、またはそれらの組み合わせを含有する。１つの実施形態において、抗ＴＬ１Ａ治療は、ＧＥＰ、およびアトストリン（Ａｔｓｔｔｒｉｎ）という名称のペプチド（複数含む）、アトストリン−α（Ａｔｓｔｔｒｉｎ−α）変異体またはそれらの組み合わせを含有するＧＥＰペプチドを含有する。
抗ＴＬ１Ａ治療を用いた治療の期間および／または投与量は、特定の抗癌剤またはそれらの組み合わせに従い変化しうる。特定の抗ＴＬ１Ａ治療剤に適切な治療時間は、当業者により認識されうるであろう。本発明は、各抗ＴＬ１Ａ治療剤に対する最適な治療スケジュールの継続的な評価を企図するものであり、本発明方法により測定される対象のＴＬ１Ａ特異的バイオマーカーのサインは、最適な治療用量およびスケジュールの決定における因子である。
クレームされた発明をよりよく示すために以下の実施例が提供されるのであり、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。特定の材料が言及される範囲で、単に例示の目的であり、本発明を限定することを意図しない。当業者は、独創的な能力を働かせることなく、また、本発明の範囲から逸脱することなく、同等の手段または反応物質を開発するであろう。
実施例１
ＴＬ１Ａシグナル伝達についてのバイオマーカーのサイン
正常な個体由来のＣＤ４＋Ｔ細胞は、ＩＬ１２及びＩＬ１８により準備刺激した後に組み換えＴＬ１Ａで処理された。ＲＮＡシーケンシングは、ＴＬ１Ａ媒介遺伝子の活性化を測定するため、及びＴＬ１Ａシグナル伝達に対して反応性のバイオマーカーを識別するために利用された。
一実施例では、ＣＤ４＋細胞は、正常なドナーから分離され、一晩静置され、その後、３つの群：処理されていない群（ＵＴ）、準備刺激群（ＩＬ１２＋ＩＬ１８）、及び刺激群（ＩＬ１２＋ＩＬ１８＋ＴＬ１Ａ））で８時間処理された。ＲＮＡは細胞から分離され、２４の遺伝子についてのＦｌｕｉｄｉｇｍ ｑＰＣＲのために使用された（２２のバイオマーカー遺伝子及び２のハウスキーピングＡｃｔＢ及びＥＥＦ１Ａ１）。２２の遺伝子についてのリアルタイムＰＣＲは、ＴＬ１Ａ（図１）による活性化についてのマーカーとして、これらの遺伝子を確認した。確認に使用された遺伝子を表１に挙げる。
実施例２
全てのプライマーは、サイバーグリーン（ｃｙｂｅｒ−ｇｒｅｅｎ）ｑＰＣＲを用いてオフターゲット増幅の欠乏及び効率について最適化された。
実施例３
方法及び材料
Ａ．ＲＮＡシーケンシング及び分析
試料は、ＩｌｌｕｍｉｎａのＴｒｕＳｅｑＲＮＡライブラリー調製キットにより調製され、ＩｌｌｕｍｉｎａのＧＡ ＩＩｘでシーケンスされた。
ＲＮＡシーケンシングデータは、プレスクリーニングされた：すべての不成功のプローブデータは取り除かれ、ＦＰＫＭ＞５で、３試料（１２のうち）よりも少ない遺伝子はすべて取り除かれた。合計で８６９５（２４７８９のうち）の遺伝子がプレスクリーニングを通過した。
ＲＮＡシーケンシングデータは、リチャード・サイモン＆ＢＲＢアレイツール開発チーム（Ｒｉｃｈａｒｄ Ｓｉｍｏｎ ＆ ＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ Ｔｅａｍ）により開発されたＢＲＢアレイツールを用いて分析された。それは、米国国立がん研究所（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）の癌治療・診断部門（Ｄｉｖｉｓｉｏｎ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ａｎｄ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ）のバイオメトリックリサーチブランチ（Ｂｉｏｍｅｔｒｉｃ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｂｒａｎｃｈ）のウェブサイトで利用可能である。ＢＲＢアレイツールは、ＤＮＡマイクロアレイ遺伝子発現データの可視化及び統計学上の分析のための統合されたパッケージである。それは、マイクロアレイデータの分析において経験を積み、マイクロアレイに基づいた実験の設計及び分析のための向上された方法の開発に関わるプロの統計学者により開発された。アレイツールパッケージは、エクセルのフロントエンドを利用する。科学者達はエクセルに精通しており、フロントエンドとしてのエクセルにより、システムがポータブルでいかなるデータベースにも縛られないものになる。インプットデータは、発現値を記載するエクセルのスプレッドシートの形態であり、スプレッドシートは、アレイされた試料についてのユーザーが指定した表現型を提供するものと考えられる。分析的可視化ツールは、アドインとしてエクセルに統合される。分析的可視化ツール自体は、強力なＲ統計学上システムにおいて、Ｃ及びＦｏｒｔｒａｎのプログラムにおいて、並びにＪａｖａ（登録商標）アプリケーションにおいて開発される。アプリケーションのビジュアルベーシックは、コンポーネントを統合する接着剤であり、ユーザーから分析的な方法の複雑さを隠す。そのシステムは、特にマイクロアレイデータ分析のために開発された種々の強力な分析的可視化ツールを組み込む。一実施例では、最も高いところから２０％の分散で遺伝子が選択され、５０％を超える値を欠いている遺伝子は排除された。
Ｂ．リアルタイムＰＣＲ
Ｆｌｕｉｄｉｇｍ ｑＰＣＲ技術が使用された。一実施例では、表３で記載されるように、最適な濃度に調節されたプライマー濃度の変更によるプロトコールに従って４８×４８のフォーマットでＰＣＲが行われた。
Ｃ．細胞分離及び培養
ＰＢＭＣ（末梢血単核球）が、フィコール・ハイパック勾配での分離により、健康なボランティアから分離された。ＣＤ４＋Ｔ細胞は、磁気ビーズ（Ｓｔｅｍｃｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， Ｖａｎｃｏｕｖｅｒ， ＢＣ， Ｃａｎａｄａ）での枯渇によるネガティブセレクションを用いて、製造元の推奨に従って分離され、少なくとも９５％の純度であった。
ＣＤ４＋Ｔ細胞は、１０％ウシ胎児血清入りのＲＰＭＩ１６４０で一晩培養された（５％ＣＯ２で３７℃）。準備刺激群については（ＩＬ１２+ＩＬ１８）、細胞は、ＲＮＡ分離前に３７℃で８時間、ＩＬ１２（０．５ｎｇ／ｍｌ）及びＩＬ１８（５０ｎｇ／ｍｌ）で処理された。ＴＬ１Ａ刺激群については（ＩＬ１２＋ＩＬ１８＋ＴＬ１Ａ）、細胞は、ＲＮＡ分離前に３７℃で８時間、ＩＬ１２（０．５ｎｇ／ｍｌ）、ＩＬ１８（５０ｎｇ／ｍｌ）、及び組み換えＴＬ１Ａ（１００ｎｇ／ｍｌ）（Ｆｉｔｚｇｅｒａｌｄ， Ｎｏｒｔｈ Ａｃｔｏｎ， ＭＡ）で処理された。ＲＮＡは、ＲＮｅａｓｙ Ｐｌｕｓ Ｍｉｎｉキット（Ｑｉａｇｅｎ， Ｇｅｒｍａｎｔｏｗｎ， ＭＤ）を用いて分離された。他の実施例は、Ｐａｐａｄａｋｉｓ ｅｔ ａｌ．（ＴＬ１Ａ ｓｙｎｅｒｇｉｚｅｓ ｗｉｔｈ ＩＬ−１２ ａｎｄ ＩＬ−１８ ｔｏ ｅｎｈａｎｃｅ ＩＦＮ−ｇａｍｍａ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｉｎ ｈｕｍａｎ Ｔ ｃｅｌｌｓ ａｎｄ ＮＫ ｃｅｌｌｓ； Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２００４ Ｊｕｎ １；１７２（１１）：７００２−７）に記載されており、それはまるで全てが述べられているように、参照により本明細書に組み込まれる。
他の実施例は、Ｐａｐａｄａｋｉｓ ｅｔ ａｌ．（ＴＬ１Ａ ｓｙｎｅｒｇｉｚｅｓ ｗｉｔｈ ＩＬ−１２ ａｎｄ ＩＬ−１８ ｔｏ ｅｎｈａｎｃｅ ＩＦＮ−ｇａｍｍａ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｉｎ ｈｕｍａｎ Ｔ ｃｅｌｌｓ ａｎｄ ＮＫ ｃｅｌｌｓ； Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２００４ Ｊｕｎ １；１７２（１１）：７００２−７）に記載されており、それはまるで全てが述べられているように、参照により本明細書に組み込まれる。
実施例４
実施例５
一実施では、２０の正常な対照（ＮＬ）、２０のＣＤ、及び１８のＵＣ試料が一晩静置され、（ＩＬ１２＋ＩＬ１８）または（ＩＬ１２＋ＩＬ１８／ＴＬ１Ａ）により８時間活性化され、４８の遺伝子の発現レベルについて分析された。別の実施例では、２１のＮＬ、１５のＮＬ−Ｈ、２０のＣＤ、及び１８のＵＣ試料が一晩静置され、（ＩＬ１２＋ＩＬ１８）または（ＩＬ１２＋ＩＬ１８＋ＴＬ１Ａ）により８時間活性化され、２０の遺伝子の発現レベルについて分析された。結果を図７〜１３及び表５に示す。
実施例６
上記のような様々な方法及び技術が、本出願を実施するための多くの方法を提供する。もちろん、記載された全ての目的及び利点が、本明細書に記載されるあらゆる具体的な実施形態に従って達成される必要はないことは理解されるべきである。よって、例えば、当業者が、本明細書で教示または示唆される他の目的または利益を必然的に達成することなく、本明細書で教示される１つの利益またはいくつかの利益を達成または最適化する態様で、本方法を行えることを認識するであろう。種々の代替が本明細書で言及される。いくつかの好ましい実施形態は、１つ、もう１つ、またはいくつかの特徴を具体的に含み、他方では、１つ、もう１つ、またはいくつかの特徴を具体的に除き、さらに他方では、１つ、もう１つ、またはいくつかの有利な特徴の包含により、特定の特徴を軽減することが理解されるべきである。
さらに、当業者は、異なる実施形態由来の様々な特徴の応用性を認識するであろう。同様に、上記の様々な要素、特徴、及びステップ、並びにこのような要素、特徴、またはステップのそれぞれについての他の既知の同等物が、本明細書に記載される原理に従って方法を行う当業者により様々な組み合わせで採用され得る。多様な実施形態では、様々な要素、特徴、またはステップのうち、いくつかは具体的に含まれ、他は具体的に除かれる。
本出願は、所定の実施形態及び実施例の文脈において開示されるが、本出願の実施形態が、具体的に開示される実施形態を超えて他の代替的な実施形態、並びに／または使用及び変更及びその同等物へと広がることが当業者により理解されるであろう。
いくつかの実施形態では、本出願の具体的な実施形態を記載する文脈で（特に、以下のクレームの所定の文脈で）使用される、用語「１つの（ａ）」及び「１つの（ａｎ）」及び「その」並びに同様の参照は、単数及び複数の両方をカバーすると解釈され得る。本明細書で値の範囲の列挙は、単に、範囲に入る各個別の値に対して個々に参照することの簡略的な方法としての役割を果たすことを意図する。本明細書に別途示されない限り、各個々の値は、本明細書にまるで個々に列挙されるように、本明細書に組み込まれる。本明細書に記載される全ての方法は、本明細書に別途示されない限り、または文脈により明らかに否定されない限り、あらゆる適切な順序で行うことができる。あらゆるまたは全ての実施例の使用、または本明細書で所定の実施形態に対して提供される例示的な言語（例えば、「〜のような」）は、本出願をよりよく説明することだけを意図し、別途クレームされた出願の範囲への限定を主張するものではない。本明細書におけるどの言語も、本出願の実施に対して必須であるあらゆるクレームされていない要素を示すと解釈されるべきではない。
本出願の好ましい実施形態は、本出願を行うための本発明者に知られるベストモードを含み、本明細書に記載される。これらの好ましい実施形態のバリエーションは、前述の記載を読んだ場合に、当業者にとって明らかとなるであろう。当業者は、適切にこのようなバリエーションを採用できること、及び本出願は本明細書に具体的に記載される以外のようにも実施可能であることが企図される。よって、本出願の多くの実施形態が、適用可能な法により許容されるような、本明細書に添付されるクレームに挙げられる主題の全ての変形例及び同等物を含む。さらに、その全ての可能なバリエーションにおける上記の要素のあらゆる組み合わせが、本明細書に別途示されていない限り、または文脈により別途明らかに否定されていない限り、本出願により包含される。
本明細書で参照される、全ての特許、特許出願、特許出願の公開公報、及び記事、本、明細書、公報、文書、物等の他の資料が、ここに、これらに関連するあらゆる出願手続きファイルの履歴、本文書と矛盾またはコンフリクトのあるこれらのいくつか、または本文書と今もしくは後に関連するクレームの最も広い範囲に関して限定する影響を及ぼすかもしれないこれらのいくつかを除く全ての目的について、それらの全体において参照により本明細書に組み込まれる。例として、組み込まれた材料のいずれかに関連し、本文書に関連する用語の記載、定義、及び／または使用間のいずれかの矛盾またはコンフリクトがある場合、本文書における用語の記載、定義、及び／または使用を優先させる。
本明細書に開示される出願の実施形態は、本出願の実施形態の原理の例示であることが理解されるべきである。採用し得る他の変形例は、本発明の範囲内である。よって、限定ではなく例として、本出願の実施形態の代替的な構成が本明細書の教示に従って利用され得る。従って、本出願の実施形態は、記載されかつ示されるようなものに厳密に限定されるものではない。
本発明の様々な実施形態が上記発明を実施するための形態に記載される。これらの記載は上記実施形態を直接的に記載している一方で、当業者は、本明細書に記載されかつ示される具体的な実施形態に対する変更及び／またはバリエーションを思いつくことが理解される。本明細書の範囲内である、あらゆるこのような変形またはバリエーションは、同様にその中に含まれることが意図される。具体的に示されない限り、本明細書及びクレームにおける用語及びフレーズは、適用可能な分野（複数を含む）での当業者にとって通常かつ一般的に使用される意味を付与されることが発明者の意図である。
本出願の出願時に本出願人により知られる発明の様々な実施形態の上述した記載が示され、例示及び記述の目的を意図する。本記載は、開示される厳密な形態に本発明を限定しまたは余すところないものにすることを意図するものではなく、上記教示に照らして、多くの変形やバリエーションが可能である。記載される実施形態は、本発明の原理及びその実際的な適用を説明する役割を果たし、他の当業者が、様々な実施形態で、かつ考えつく特定の使用に適用されるような様々な変形を伴い本発明を利用することができる。よって、本発明は、本発明を実施するために開示される特定の実施形態に限定されないことが意図される。
本発明の特定の実施形態が示されかつ記載され、一方、本明細書の教示に基づいて、変更及び変形が本発明及びそのより広い態様から逸脱することなくなされることは、当業者にとって自明であり、よって、添付のクレームは、本発明の範囲及び真実の精神の範囲内であるとして、このような変更及び変形の全てをそれらの範囲内に包含するべきである。本明細書で使用される用語は、一般的に「オープンな」用語（例えば、用語「含んでいる」は、「含んでいるが限定されない」と解釈されるべきであり、用語「有している」は、「少なくとも有している」と解釈されるべきであり、用語「含む」は、「含むが限定されない」と解釈されるべき、等）であることが意図されることが、当業者により理解されるであろう。

Claims (50)

  1. 対象の治療を選択する方法であって、
    前記対象から試料を得ることと、
    前記試料においてＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの発現レベルをアッセイすることと、
    前記ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することと、
    前記対象がＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの前記基準値に対して高い発現レベルを有する場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を処方し、前記対象がＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの前記基準値に対して高い発現レベルを有しない場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を処方しないこととを含む、方法。
  2. 前記試料において、ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの前記発現レベルをアッセイする前に、ＩＬ１２、ＩＬ１８、もしくはＴＬ１Ａ、またはそれらの組み合わせにより前記試料を刺激することをさらに含む、請求項１の方法。
  3. 前記ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーは、本明細書で表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている、請求項１の方法。
  4. 前記ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーは、ＢＩＲＣ３、Ｃ１７ｏｒｆ４９、ＣＣＬ２０、ＣＳＦ２、ＣＤ２７４、ＣＤ７４、ＥＰＳＴＩ１、ＦＡＳ、ＧＢＰ１、ＧＢＰ４、ＧＢＰ５、ＨＡＰＬＮ３、ＩＦＮＧ、ＩＲＦ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＮＦＫＢ２、ＲＥＬＢ、ＲＧＳ１、ＳＧＫ１、ＳＴＡＴ１、ＴＡＰ１、及びＴＲＡＦＤ１からなる群から選択される、請求項１の方法。
  5. 前記ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーは、ＢＡＴＦ、ＣＣＬ２０、ＣＤ２７４、ＣＤ８３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＣＨＡＣ１、ＣＳＦ２、ＤＵＳＰ５、ＦＥＺ１、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＨＭＳＤ、ＩＦＮＧ、ＩＬ２２、ＩＬ２６、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ８、ＬＴＡ、ＭＦＳＤ２Ａ、ＭＹＯ１Ｂ、ＮＦＫＢＩＡ、ＲＰＬ２１、ＳＧＫ１、ＴＮＦＲＳＦ１８、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＲＡＦ４、及びＸＩＳＴからなる群から選択される、請求項１の方法。
  6. 前記対象がヒトである、請求項１の方法。
  7. 前記対象がＴＬ１Ａ関連疾患の兆候を有する、請求項１の方法。
  8. 前記対象がＴＬ１Ａ関連疾患を有する疑いがある、請求項１の方法。
  9. 前記対象がＴＬ１Ａ関連疾患を有すると診断されている、請求項１の方法。
  10. 前記試料が、Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ５６＋Ｔ細胞、ＣＤ４５Ｒ０＋Ｔ細胞、ＣＤ４５ＲＡ＋Ｔ細胞、ＮＫ細胞、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）、または末梢血リンパ球（ＰＢＬ）、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１の方法。
  11. 前記ＴＬ１Ａ関連疾患は、線維症、クローン病（ＣＤ）、炎症性大腸疾患（ＩＢＤ）、慢性閉塞性肺疾患、アレルギー性肺炎症、喘息、アテローム性動脈硬化症、狼瘡、リウマチ性関節炎（ＲＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、乾癬、１型糖尿病、肺癌、結腸癌、白血病、リンパ腫、移植拒絶反応、移植片対宿主病、または中枢神経系損傷である、請求項７の方法。
  12. 前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、ｍＲＮＡレベルをアッセイすることを含む、請求項２の方法。
  13. ｍＲＮＡレベルをアッセイすることは、ＲＮＡシーケンシング、ノーザンブロット、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、ハイブリダイゼーションアレイ、遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）、逆転写ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、リアルタイム逆転写ＰＣＲ、もしくは定量ＰＣＲ、またはそれらの組み合わせを使用することを含む、請求項１２の方法。
  14. ｍＲＮＡレベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子のｍＲＮＡと特異的にハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドプローブと前記試料を接触し、これによりプローブ標的ハイブリダイゼーション複合体を形成することを含む、請求項１２のプロセス。
  15. ｍＲＮＡレベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のｍＲＮＡと特異的にハイブリダイズすることが可能な１以上のポリヌクレオチドプライマーと前記試料を接触し、プライマー鋳型ハイブリダイゼーション複合体を形成し、ＰＣＲ反応を行うことを含む、請求項１２のプロセス。
  16. 前記１以上のポリヌクレオチドプライマーは、表２に挙げられたプライマーである、請求項１５のプロセス。
  17. 前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、タンパク質レベルをアッセイすることを含む、請求項１の方法。
  18. タンパク質レベルをアッセイすることは、ウェスタンブロット、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫測定法、もしくは質量分析法またはそれらの組み合わせを使用することを含む、請求項１７の方法。
  19. タンパク質レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のタンパク質と特異的に結合することができる抗体と前記試料を接触し、これにより抗原抗体複合体を形成することを含む、請求項１７の方法。
  20. 発現レベルの前記基準値は、ＴＬ１Ａ関連疾患を有しない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、請求項１の方法。
  21. 発現レベルの前記基準値は、抗ＴＬ１Ａ療法に対する反応性の見込みがない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、請求項１の方法。
  22. 発現レベルの前記基準値は、抗ＴＬ１Ａ療法に対する反応性がない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、請求項１の方法。
  23. 前記抗ＴＬ１Ａ療法は、抗ＴＬ１Ａ抗体またはそのフラグメントを含む、請求項１の方法。
  24. 前記抗ＴＬ１Ａ療法は、抗ＤＲ３抗体またはそのフラグメントを含む、請求項１の方法。
  25. 前記抗ＴＬ１Ａ療法は、可溶性デコイＤＲ３ポリペプチド、ＤＲ３細胞外ドメインを含むポリペプチド、もしくはＤＲ３プレリガンドアセンブリドメインを含むポリペプチド、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１の方法。
  26. 前記抗ＴＬ１Ａ療法は、ＴＬ１Ａの核酸アンタゴニスト、もしくはＤＲ３の核酸アンタゴニスト、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１の方法。
  27. 前記抗ＴＬ１Ａ療法は、ＧＥＰペプチド、アトストリン（Ａｔｓｔｔｒｉｎ）、もしくはその変異体、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１の方法。
  28. 前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のうち少なくとも２つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、請求項２の方法。
  29. 前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のうち少なくとも３つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、請求項２の方法。
  30. 前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のうち少なくとも４つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、請求項２の方法。
  31. 前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のうち少なくとも５つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、請求項２の方法。
  32. 前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子の全ての前記発現レベルをアッセイすることを含む、請求項２の方法。
  33. 対象を治療する方法であって、
    前記対象から試料を得ることと、
    前記試料において表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすることと、
    前記表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することと、
    前記対象が表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記基準値に対して高い発現レベルを有する場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を処方し、前記対象が表１、表４、表５及び／または表６に挙げられているいずれの遺伝子の前記基準値に対しても高い発現レベルを有しない場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を処方しないこととを含む、方法。
  34. 前記１以上の遺伝子は、ＢＩＲＣ３、Ｃ１７ｏｒｆ４９、ＣＣＬ２０、ＣＳＦ２、ＣＤ２７４、ＣＤ７４、ＥＰＳＴＩ１、ＦＡＳ、ＧＢＰ１、ＧＢＰ４、ＧＢＰ５、ＨＡＰＬＮ３、ＩＦＮＧ、ＩＲＦ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＮＦＫＢ２、ＲＥＬＢ、ＲＧＳ１、ＳＧＫ１、ＳＴＡＴ１、ＴＡＰ１、及びＴＲＡＦＤ１からなる群から選択される、請求項３３の方法。
  35. 前記１以上の遺伝子は、ＢＡＴＦ、ＣＣＬ２０、ＣＤ２７４、ＣＤ８３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＣＨＡＣ１、ＣＳＦ２、ＤＵＳＰ５、ＦＥＺ１、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＨＭＳＤ、ＩＦＮＧ、ＩＬ２２、ＩＬ２６、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ８、ＬＴＡ、ＭＦＳＤ２Ａ、ＭＹＯ１Ｂ、ＮＦＫＢＩＡ、ＲＰＬ２１、ＳＧＫ１、ＴＮＦＲＳＦ１８、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＲＡＦ４、及びＸＩＳＴからなる群から選択される、請求項３３の方法。
  36. 対象から試料を得ることと、
    前記試料において本明細書で表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすることと、
    前記１以上の遺伝子の発現レベルの基準値と前記発現レベルを比較することと、
    前記発現レベルと前記基準値との間の相対的な相違に従って、前記対象における疾患を診断することとを含む、方法。
  37. 前記試料において、１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイする前に、ＩＬ１２、ＩＬ１８、もしくはＴＬ１Ａ、またはそれらの組み合わせにより前記試料を刺激することをさらに含む、請求項３６の方法。
  38. 前記対象が前記基準値よりも高い発現レベルを有する場合には前記対象において前記疾患があると診断すること、または前記対象が前記基準値よりも高い発現レベルを有しない場合には前記対象において前記疾患があると診断しないことをさらに含む、請求項３６の方法。
  39. 前記対象が前記基準値よりも低い発現レベルを有する場合には前記対象において前記疾患があると診断すること、または前記対象が前記基準値よりも低い発現レベルを有しない場合には前記対象において前記疾患のサブタイプがあると診断しないことをさらに含む、請求項３６の方法。
  40. 前記疾患はＴＬ１Ａ関連疾患である、請求項３６の方法。
  41. 前記疾患は、線維症、クローン病（ＣＤ）、炎症性大腸疾患（ＩＢＤ）、慢性閉塞性肺疾患、アレルギー性肺炎症、喘息、アテローム性動脈硬化症、狼瘡、リウマチ性関節炎（ＲＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、乾癬、１型糖尿病、肺癌、結腸癌、白血病、リンパ腫、移植拒絶反応、移植片対宿主病、または中枢神経系損傷である、請求項３６の方法。
  42. 前記疾患は、抗ＴＬ１Ａ療法に反応性のＩＢＤサブタイプである、請求項３６の方法。
  43. 前記対象はヒトである、請求項３６の方法。
  44. 前記対象は、ＩＢＤサブタイプの兆候を有する、請求項３６の方法。
  45. 前記対象は、ＩＢＤサブタイプを有する疑いがある、請求項３６の方法。
  46. 前記１以上の遺伝子は、ＢＩＲＣ３、Ｃ１７ｏｒｆ４９、ＣＣＬ２０、ＣＳＦ２、ＣＤ２７４、ＣＤ７４、ＥＰＳＴＩ１、ＦＡＳ、ＧＢＰ１、ＧＢＰ４、ＧＢＰ５、ＨＡＰＬＮ３、ＩＦＮＧ、ＩＲＦ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＮＦＫＢ２、ＲＥＬＢ、ＲＧＳ１、ＳＧＫ１、ＳＴＡＴ１、ＴＡＰ１、及びＴＲＡＦＤ１からなる群から選択される、請求項３６の方法。
  47. 前記１以上の遺伝子は、ＢＡＴＦ、ＣＣＬ２０、ＣＤ２７４、ＣＤ８３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＣＨＡＣ１、ＣＳＦ２、ＤＵＳＰ５、ＦＥＺ１、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＨＭＳＤ、ＩＦＮＧ、ＩＬ２２、ＩＬ２６、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ８、ＬＴＡ、ＭＦＳＤ２Ａ、ＭＹＯ１Ｂ、ＮＦＫＢＩＡ、ＲＰＬ２１、ＳＧＫ１、ＴＮＦＲＳＦ１８、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＲＡＦ４、及びＸＩＳＴからなる群から選択される、請求項３６の方法。
  48. 前記試料は、Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ５６＋Ｔ細胞、ＣＤ４５Ｒ０＋Ｔ細胞、ＣＤ４５ＲＡ＋Ｔ細胞、ＮＫ細胞、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）、もしくは末梢血リンパ球（ＰＢＬ）、またはそれらの組み合わせを含む、請求項３６の方法。
  49. 前記対象が前記疾患を有すると診断される場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を処方することをさらに含む、請求項３６の方法。
  50. 前記対象が前記疾患を有すると診断される場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を投与することをさらに含む、請求項３６の方法。
JP2016540449A 2013-09-06 2014-09-05 抗ｔｌ１ａ療法のためのシステム、デバイス、及び方法 Withdrawn JP2016536002A (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201361874487P 2013-09-06 2013-09-06
US61/874,487 2013-09-06
PCT/US2014/054425 WO2015035261A1 (en) 2013-09-06 2014-09-05 Systems, devices and methods for anti-tl1a therapy

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JP2016536002A true JP2016536002A (ja) 2016-11-24
JP2016536002A5 JP2016536002A5 (ja) 2017-09-21

Family

ID=52628988

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2016540449A Withdrawn JP2016536002A (ja) 2013-09-06 2014-09-05 抗ｔｌ１ａ療法のためのシステム、デバイス、及び方法

Country Status (10)

Country Link
US (1) US20160208329A1 (ja)
EP (1) EP3041580A4 (ja)
JP (1) JP2016536002A (ja)
KR (1) KR20160052585A (ja)
CN (1) CN105636648A (ja)
AU (1) AU2014317991A1 (ja)
CA (1) CA2922381A1 (ja)
IL (1) IL244427A0 (ja)
MX (1) MX2016002879A (ja)
WO (1) WO2015035261A1 (ja)

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10316083B2 (en) 2013-07-19 2019-06-11 Cedars-Sinai Medical Center Signature of TL1A (TNFSF15) signaling pathway
US10633449B2 (en) 2013-03-27 2020-04-28 Cedars-Sinai Medical Center Treatment and reversal of fibrosis and inflammation by inhibition of the TL1A-DR3 signaling pathway
US11186872B2 (en) 2016-03-17 2021-11-30 Cedars-Sinai Medical Center Methods of diagnosing inflammatory bowel disease through RNASET2
US11236393B2 (en) 2008-11-26 2022-02-01 Cedars-Sinai Medical Center Methods of determining responsiveness to anti-TNFα therapy in inflammatory bowel disease

Families Citing this family (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104114577A (zh) 2011-09-30 2014-10-22 特瓦制药澳大利亚私人有限公司 针对TL1a的抗体及其用途
EP3049429B1 (en) * 2013-09-26 2020-05-06 National University of Singapore Compositions and methods utilizing lysophosphatidylcholine scaffolds
US20170246259A1 (en) * 2014-09-10 2017-08-31 Georgetown University Compositions and Methods of Using Interleukin-4 Induced Gene 1 (IL-4I1)
JP2018522533A (ja) * 2015-05-15 2018-08-16 シーダーズ—シナイ メディカル センター 炎症性腸疾患を処置するためのモデル、方法および組成物
TWI703158B (zh) 2015-09-18 2020-09-01 美商希佛隆公司 特異性結合tl1a之抗體
US10345302B2 (en) * 2017-02-19 2019-07-09 Sheng-He Huang Circulating astrocytes and MFSD2A as biomarkers
CN106885902B (zh) * 2017-03-03 2018-02-27 四川大学华西第二医院 以ncam‑1为检测指标的金标试剂盒及其制备方法和应用
CN109954000B (zh) * 2017-12-22 2021-02-23 中国农业大学 驴乳在制备食品或者药物中的用途、治疗溃疡性结肠炎的食品和药物
US20220049309A1 (en) * 2018-12-12 2022-02-17 Hadasit Medical Research Srvices And Development Ltd. Markers of disease prognosis in multiple sclerosis
EP4171632A2 (en) * 2020-06-26 2023-05-03 Pfizer Inc. Methods of treating inflammatory bowel disease with tl1a antibodies
CN111979311A (zh) * 2020-08-31 2020-11-24 西北大学 肌球蛋白1b作为动脉粥样硬化诊断和治疗靶标的应用
CN112730850B (zh) * 2021-01-22 2022-11-01 广州医科大学附属肿瘤医院 一种肾纤维化生物标志物及其应用
CN115785277B (zh) * 2022-09-09 2023-06-20 上海百英生物科技股份有限公司 一种抗IL4i1纳米抗体的制备及其应用

Family Cites Families (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6607879B1 (en) * 1998-02-09 2003-08-19 Incyte Corporation Compositions for the detection of blood cell and immunological response gene expression
EP2353615B1 (en) * 2003-08-20 2014-11-19 University of Miami Compositions and methods for treating inflammatory lung disease
WO2007027751A2 (en) * 2005-08-30 2007-03-08 University Of Miami Immunomodulating tumor necrosis factor receptor 25 (tnfr25) agonists, antagonists and immunotoxins
US20090186034A1 (en) * 2006-12-19 2009-07-23 Genetech, Inc. Gene expression markers for inflammatory bowel disease
US20110217310A1 (en) * 2007-01-10 2011-09-08 Siegel Richard M Blockade of tl1a-dr3 interactions to ameliorate t cell mediated disease pathology
US9896511B2 (en) * 2007-01-10 2018-02-20 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Dept. Of Health And Human Services Antibodies that bind to TL1A and methods of treating inflammatory or autoimmune disease comprising administering such antibodies
WO2008106451A2 (en) * 2007-02-26 2008-09-04 Cedars-Sinai Medical Center Methods of using single nucleotide polymorphisms in the tl1a gene to predict or diagnose inflammatory bowel disease
CA2758542A1 (en) * 2009-04-17 2010-10-21 New York University Peptides targeting tnf family receptors and antagonizing tnf action, compositions, methods and uses thereof
WO2010144358A1 (en) * 2009-06-08 2010-12-16 Singulex, Inc. Highly sensitive biomarker panels
CA2836898A1 (en) * 2011-05-20 2012-11-29 Government Of The United States, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Blockade of tl1a-dr3 interactions to ameliorate t cell mediated disease pathology and antibodies thereof

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US11236393B2 (en) 2008-11-26 2022-02-01 Cedars-Sinai Medical Center Methods of determining responsiveness to anti-TNFα therapy in inflammatory bowel disease
US10633449B2 (en) 2013-03-27 2020-04-28 Cedars-Sinai Medical Center Treatment and reversal of fibrosis and inflammation by inhibition of the TL1A-DR3 signaling pathway
US10316083B2 (en) 2013-07-19 2019-06-11 Cedars-Sinai Medical Center Signature of TL1A (TNFSF15) signaling pathway
US11312768B2 (en) 2013-07-19 2022-04-26 Cedars-Sinai Medical Center Signature of TL1A (TNFSF15) signaling pathway
US11186872B2 (en) 2016-03-17 2021-11-30 Cedars-Sinai Medical Center Methods of diagnosing inflammatory bowel disease through RNASET2

Also Published As

Publication number Publication date
MX2016002879A (es) 2016-08-17
EP3041580A4 (en) 2017-05-03
AU2014317991A1 (en) 2016-03-10
CA2922381A1 (en) 2015-03-12
KR20160052585A (ko) 2016-05-12
WO2015035261A1 (en) 2015-03-12
CN105636648A (zh) 2016-06-01
IL244427A0 (en) 2016-04-21
EP3041580A1 (en) 2016-07-13
US20160208329A1 (en) 2016-07-21

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2016536002A (ja) 抗ｔｌ１ａ療法のためのシステム、デバイス、及び方法
CN109661578B (zh) 用于区分细菌和病毒感染的蛋白质特征
US11091809B2 (en) Molecular diagnostic test for cancer
US20160024205A1 (en) Type I Interferon Diagnostic
CA2889087C (en) Diagnostic method for predicting response to tnf.alpha. inhibitor
JP5706817B2 (ja) ループスのためのバイオマーカー
CN101970689A (zh) 炎性肠病的基因表达标志物
TW201514310A (zh) 發炎性疾病之抗－ｔｎｆ與抗－ｉｌ１７組合療法生物標記
WO2012006056A2 (en) Ccr6 as a biomarker of alzheimer's disease
US10793911B2 (en) Host DNA as a biomarker of Crohn's disease
US20220298574A1 (en) Blood biomarkers for appendicitis and diagnostics methods using biomarkers
US20140308241A1 (en) Biomarkers for t cell malignancies and uses thereof
US20210246506A1 (en) Method of identifying a subject having kawasaki disease
JP2020531439A (ja) アトピー性皮膚炎の治療及び治療選択のための組成物及び方法
US20220236276A1 (en) Methods for modulating a treatment regimen
US20150376723A1 (en) Prognostic biomarkers for influenza
RU2815973C2 (ru) Нарушения, опосредованные интерфероном i типа
EP4269620A1 (en) Methods, devices and systems for determining a presence or absence of genetic markers of rheumatoid arthritis and determining a risk of developing rheumatoid arthritis in an individual
WO2017146011A1 (ja) アレルギー性鼻炎の診断用バイオマーカー
WO2024025923A1 (en) Methods for selection of cancer patients for anti-angiogenic and immune checkpoint blockade therapies and combinations thereof
CN113957139A (zh) 人源性基因在制备预测患者对戈利木单抗的敏感性的产品中的应用

Legal Events

Date Code Title Description
A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20170809

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20170809

A761 Written withdrawal of application

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A761

Effective date: 20180508

A977 Report on retrieval

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007

Effective date: 20180517