JP2016516046A - がんの治療方法及びがん薬物耐性を阻止する方法 - Google Patents

がんの治療方法及びがん薬物耐性を阻止する方法 Download PDF

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Abstract

本明細書において、本明細書に記載されるクロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）を使用してがん薬物耐性を処置及び／又は阻止する方法が提供される。【選択図】図１７

Description

関連出願とのクロスリファレンス
本出願は、２０１３年３月１４日に出願の米国特許出願第６１／７８５６４５号への優先権を主張し、その内容は出典明示により本明細書に援用される。
本明細書において、本明細書に記載されるクロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）を使用してがん薬物耐性を処置及び／又は阻止する方法が提供される。
がん薬物への耐性の比較的急な獲得は、がん療法の成功への鍵となる障害であり続けている。そのような薬物耐性のための分子基礎を解明する相当な努力は、薬物流出、標的の薬物結合欠損突然変異体の獲得、代替生存経路の関わり及び後成的改変を含む様々な機構を明らかにした。そのような機構は、薬物治療の間に選択される、腫瘍細胞集団の中の稀で確率的な、耐性を付与する遺伝子改変の存在を反映すると一般に考えられている。Ｓｈａｒｍａ等、Ｃｅｌｌ １４１（１）：６９−８０（２０１０）を参照。がん療法でますます多く観察される現象は、いわゆる「再治療応答」である。例えば、ＥＧＦＲ（上皮増殖因子受容体）チロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）による治療によく応答し、療法の失敗をその後経験する一部の非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）患者は、「薬物休止日」の後にＥＧＦＲ ＴＫＩ再治療に第２の応答を示す。Ｋｕｒａｔａ等、Ａｎｎ．Ｏｎｃｏｌ．１５：１７３−１７４（２００４）；Ｙａｎｏ等、Ｏｎｃｏｌ．Ｒｅｓ．１５：１０７−１１１（２００５）を参照。いくつかの他の抗がん剤について、類似の再治療応答がよく確立されている。Ｃａｒａ及びＴａｎｎｏｃｋ、Ａｎｎ．Ｏｎｃｏｌ．１２：２３−２７（２００１）を参照。そのような知見は、がん薬物への獲得耐性が可逆的な「薬物耐性」状態を含む可能性を示唆するが、その基礎機構はまだ確立されていない。
様々なヒト腫瘍細胞株の中での可逆的「薬物耐性」細胞集団の存在は、ＩＧＦ−１受容体シグナル伝達の関わり、及びヒストンデメチラーゼＫＤＭ５Ａを必要とする改変されたクロマチン状態を通して維持されることが示されている。若干の特異的な耐性付与突然変異が獲得薬物耐性を示している多くのがん患者で実際に同定されているが、薬物耐性への突然変異及び突然変異以外の機構の相対寄与並びに腫瘍細胞部分母集団の役割は若干不明なままである。がん細胞集団の中の異質性及び薬物療法へのがん細胞耐性の出現にうまく対処するために、新しい治療方法が必要である。
本明細書において、例えば個体においてがんを治療するための及び／又は薬物耐性を阻止するための、クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）の使用方法が提供される。一部の実施態様では、個体は、がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）による治療のために選択される。一部の実施態様では、個体は、がん療法剤による治療の前にクロマチン修飾因子のモジュレーターの投与を含む治療を開始する。一部の実施態様では、個体は、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤を含む治療を同時に受ける。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子は、がん感受性の期間を増加させ、及び／又はがん耐性の発達を遅延させる。
別の態様では、本明細書において、クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）を使用する併用療法が提供される。
詳細には、本明細書において、個体においてがんを治療する方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター及び（ｂ）がん療法剤を投与することを含む方法が提供される。一部の実施態様では、クロマチンのモジュレーター及びがん療法剤のそれぞれの量は、がん感受性の期間を増加させ、及び／又はがん療法剤へのがん細胞の耐性の発達を遅延させるのに有効である。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤のそれぞれの量は、がん療法剤を含むがん治療の有効性を増加させるのに有効である。例えば、一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤のそれぞれの量は、クロマチン修飾因子のモジュレーターなしで（不在下で）がん療法剤の有効量を投与することを含む標準治療と比較して、有効性を増加させるのに有効である。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤のそれぞれの量は、クロマチン修飾因子のモジュレーターなしで（不在下で）がん療法の有効量を投与することを含む標準治療と比較して、応答を増加させる（完全寛解）のに有効である。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーターはクロマチン修飾因子のアンタゴニストである。
本明細書において、個体においてがん療法剤を含むがん治療の有効性を増加させる方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量及び（ｂ）がん療法剤の有効量を投与することを含む方法も提供される。
本明細書において、個体においてがんを治療する方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量、及び（ｂ）がん療法剤の有効量を投与することを含み、がん治療は、クロマチン修飾因子なしで（不在下で）がん療法剤の有効量を投与することを含む標準治療と比較して有効性が増加している方法が提供される。
更に、本明細書において、個体においてがん療法剤に耐性のがんの発達を遅延及び／又は阻止する方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量、及び（ｂ）がん療法剤の有効量を投与することを含む方法が提供される。
本明細書において、がん療法剤への耐性の発達の可能性が増加しているがんの個体を治療する方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量、及び（ｂ）がん療法剤の有効量を投与することを含む方法が提供される。
更に本明細書において、がんの個体においてがん療法剤への感受性を増加させる方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量、及び（ｂ）がん療法剤の有効量を投与することを含む方法が提供される。
本明細書において、がんの個体においてがん療法剤感受性の期間を延長する方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量、及び（ｂ）がん療法剤の有効量を投与することを含む方法も提供される。
本明細書において、がんの個体においてがん療法剤への奏効期間を延長する方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量、及び（ｂ）がん療法剤の有効量を投与することを含む方法が提供される。
方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーターはクロマチン修飾因子のアンタゴニストである。
方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子は、ポリコーム抑制複合体（ＰＲＣ）のメンバーである。一部の実施態様では、ＰＲＣのメンバーは、ポリコーム抑制複合体１（ＰＲＣ１）のメンバーである。一部の実施態様では、ＰＲＣ１のメンバーは、ＲＩＮＧ１Ｂ、ＣＢＸ３、ＣＢＸ６及びＣＢＸ８の１つ又は複数である。一部の実施態様では、ＰＲＣのメンバーは、ポリコーム抑制複合体２（ＰＲＣ２）のメンバーである。一部の実施態様では、ＰＲＣ２のメンバーは、ＥＺＨ２、ＳＵＺ１２及び／又はＥＥＤである。一部の実施態様では、ＰＲＣ２のメンバーは、ＥＺＨ２である。一部の実施態様では、ＰＲＣ２のメンバーは、ＳＵＺ１２である。一部の実施態様では、ＰＲＣ２のメンバーは、ＥＥＤである。
方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子は、ＥＺＨ２阻害剤である。一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、小分子ＥＺＨ２阻害剤である。一部の実施態様では、小分子ＥＺＨ２阻害剤は、Ｎ−（（４，６−ジメチル−２−オキソ−１，２−ジヒドロピリジン−３−イル）メチル）−５−（エチル（テトラヒドロ−２Ｈ−ピラン−４−イル）アミノ）−４−メチル−４’−（モルホリノメチル）−［１，１’−ビフェニル］−３−カルボキサミド又は薬学的に許容されるその塩である。一部の実施態様では、小分子ＥＺＨ２阻害剤は、（Ｓ）−１−（ｓｅｃ−ブチル）−Ｎ−（（４，６−ジメチル−２−オキソ−１，２−ジヒドロピリジン−３−イル）メチル）−３−メチル−６−（６−（ピペラジン−１−イル）ピリジン−３−イル）−１Ｈ−インドール−４−カルボキサミド又は薬学的に許容されるその塩である。
方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子は、ヌクレオソームリモデリング及び脱アセチル複合体（ＮｕＲＤ）のメンバーである。一部の実施態様では、ＮｕＲＤのメンバーは、ＣＨＤ４、ＲＢＢＰ４、ＨＤＡＣ１、ＨＤＡＣ２及びＨＤＡＣ３の１つ又は複数である。一部の実施態様では、ＮｕＲＤのメンバーは、ＨＤＡＣ２及び／又はＨＤＡＣ３である。
方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子は、ユビキチン結合酵素である。一部の実施態様では、ユビキチン結合酵素は、ＵＢＥ２Ａ及び／又はＵＢＥ２Ｂである。
方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子は、ＡＴＲＸ、ＭＹＳＴ４、ＣＤＹＬ、ＬＲＷＤ１、ＣＨＤ７、ＰＨＦ１０、ＰＨＦ１２、ＰＨＦ２３、ＣＨＤ１、ＭＧＥＡ５、ＭＬＬＴ１０、ＳＩＲＴ４、ＴＰ５３ＢＰ１、ＢＲＤＴ、ＣＢＸ６、ＥＶＩ１、ＧＴＦ３Ｃ４、ＨＩＲＡ、ＭＰＨＯＳＰＨ８、ＮＣＯＡ１、ＲＢＢＰ５、ＴＤＲＤ７、及びＺＣＷＰＷ１の１つ又は複数である。方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子は、ＡＴＲＸ、ＭＹＳＴ４、ＣＤＹＬ、ＬＲＷＤ１、ＣＨＤ７、ＰＨＦ１０、ＰＨＦ１２、ＰＨＦ２３及びＣＨＤ１の１つ又は複数である。方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子は、ＭＧＥＡ５、ＭＬＬＴ１０、ＳＩＲＴ４、ＴＰ５３ＢＰ１、ＡＴＲＸ、ＢＲＤＴ、ＣＢＸ６、ＣＨＤ１、ＥＶＩ１、ＧＴＦ３Ｃ４、ＨＩＲＡ、ＭＰＨＯＳＰＨ８、ＮＣＯＡ１、ＲＢＢＰ５、ＴＤＲＤ７、及びＺＣＷＰＷ１の１つ又は複数である。
方法の何れかの一部の実施態様では、がん療法剤は標的療法である。一部の実施態様では、標的療法はＥＧＦＲアンタゴニストである。方法の何れかの一部の実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、Ｎ−（３−エチニルフェニル）−６，７−ビス（２−メトキシエトキシ）−４−キナゾリンアミン及び／又は薬学的に許容されるその塩である。一部の実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、Ｎ−（３ーエチニルフェニル）−６，７−ビス（２−メトキシエトキシ）−４−キナゾリンアミンである。
方法の何れかの一部の実施態様では、がん療法剤は化学療法である。一部の実施態様では、化学療法はタキサンである。一部の実施態様では、タキサンはパクリタキセルである。
一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤は同時に投与される。
方法の何れかの一部の実施態様では、がんは肺がんである。一部の実施態様では、肺がんはＮＳＣＬＣである。
薬物耐性生残細胞（ＤＴＰ）に関するｓｉＲＮＡスクリーニングを、最初に開発し、リアルタイムコンフルエンス測定（ＥＳＳＥＮ Ｉｎｃｕｃｙｔｅ読み出し）及び細胞生存率エンドポイント読み出し（ＣｙＱｕａｎｔ Ｄｉｒｅｃｔ細胞増殖アッセイ）を使用して、ヒト非小細胞肺がん細胞株ＰＣ９を使用して実行した。スクリーニングを薬物処置後のＤＴＰの生存及び回復に基づいて開発した。スクリーニングは、３つのフェーズ：トランスフェクション、薬物又は培地処置及び回復フェーズからなった。最終細胞数を、ＣｙＱｕａｎｔ Ｄｉｒｅｃｔ細胞増殖アッセイシグナルに基づいて決定した。 ｓｉＲＮＡスクリーニングを、完全に独立した条件で２回行った。両方のｓｉＲＮＡスクリーニングランに関して、Ｚ因子を、非標的コントロール（ＮＴＣ）に関して、培地とエルロチニブ処置条件の間の、及びエルロチニブ処置条件において、非標的コントロールとポジティブコントロール（ＨＤＡＣ３ ｓｉＲＮＡ単一３）の間の差異に基づいて計算した。両方のスクリーニングに関して、これらの条件を比較するＺ因子値は、０．５から１の間であり、優れたアッセイを保証した。 ウェル当たりの細胞数を、培地及びエルロチニブ処置の両方における全ての条件に関するプレート当たりのウェル当たりの平均細胞数によって規準化した。２つの異なるプレートにわたる複製ウェルラン間の相関を計算した。 両方のｓｉＲＮＡスクリーニングに関して、Ｚ因子を、非標的コントロール（ＮＴＣ）に関して、培地とエルロチニブ処置条件間の、及びエルロチニブ処置条件において、非標的コントロールとポジティブコントロール（ＨＤＡＣ３ ｓｉＲＮＡ単一３）間の差異に基づいて計算した。両方のスクリーニングに関して、これらの条件を比較するＺ因子値は、０．５から１の間であり、優れたアッセイを保証した。 ヒットとして同定された様々なクロマチン修飾因子：Ａ：ＡＴＲＸ、Ｂ：ＵＢＥ２Ａ、Ｃ：ＵＢＥ２Ｂに関するｓｉＲＮＡスクリーニングラン＃１及び２におけるウェル当たりの細胞数。４つの異なる特異的なｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ｓｉＧｅｎｏｍｅ ｓｉＲＮＡ）を有する培地（親細胞：ひし形の棒）及びエルロチニブ（薬物耐性生残細胞（ＤＴＰ）：無地の灰色の棒）条件における細胞数を、非標的コントロール（ＮＴＣ）に関するデータとともに示す。 ヒットとして同定された様々なクロマチン修飾因子：Ｄ：ＭＹＳＴ４、Ｅ：ＥＺＨ２、Ｆ：ＨＤＡＣ２に関するｓｉＲＮＡスクリーニングラン＃１及び２におけるウェル当たりの細胞数。４つの異なる特異的なｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ｓｉＧｅｎｏｍｅ ｓｉＲＮＡ）を有する培地（親細胞：ひし形の棒）及びエルロチニブ（薬物耐性生残細胞（ＤＴＰ）：無地の灰色の棒）条件における細胞数を、非標的コントロール（ＮＴＣ）に関するデータとともに示す。 ヒットとして同定された様々なクロマチン修飾因子：Ｇ：ＨＤＡＣ３、Ｈ：ＣＤＹＬ、Ｉ：ＬＲＷＤ１に関するｓｉＲＮＡスクリーニングラン＃１及び２におけるウェル当たりの細胞数。４つの異なる特異的なｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ｓｉＧｅｎｏｍｅ ｓｉＲＮＡ）を有する培地（親細胞：ひし形の棒）及びエルロチニブ（薬物耐性生残細胞（ＤＴＰ）：無地の灰色の棒）条件における細胞数を、非標的コントロール（ＮＴＣ）に関するデータとともに示す。 ヒットとして同定された様々なクロマチン修飾因子：Ｊ：ＣＨＤ７、Ｋ：ＰＨＦ１０、Ｌ：ＰＨＦ１２に関するｓｉＲＮＡスクリーニングラン＃１及び２におけるウェル当たりの細胞数。４つの異なる特異的なｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ｓｉＧｅｎｏｍｅ ｓｉＲＮＡ）を有する培地（親細胞：ひし形の棒）及びエルロチニブ（薬物耐性生残細胞（ＤＴＰ）：無地の灰色の棒）条件における細胞数を、非標的コントロール（ＮＴＣ）に関するデータとともに示す。 ヒットとして同定された様々なクロマチン修飾因子：Ｍ：ＰＨＦ２３、Ｎ：ＣＨＤ１、Ｏ：ＲＩＮＧ１Ｂに関するｓｉＲＮＡスクリーニングラン＃１及び２におけるウェル当たりの細胞数。４つの異なる特異的なｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ｓｉＧｅｎｏｍｅ ｓｉＲＮＡ）を有する培地（親細胞：ひし形の棒）及びエルロチニブ（薬物耐性生残細胞（ＤＴＰ）：無地の灰色の棒）条件における細胞数を、非標的コントロール（ＮＴＣ）に関するデータとともに示す。 遺伝子当たり４つの異なる特異的なｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ｓｉＧｅｎｏｍｅ ｓｉＲＮＡ）を使用した、ＰＣ９親（無地の灰色の棒：培地条件）及びＤＴＰ（ひし形の棒：エルロチニブ条件）細胞数に及ぼす、ポリコーム群（ＰｃＧ）多タンパク質ＰＲＣ１様複合体（ＰＲＣ１）の様々な必須成分：ＲＩＮＧ１Ｂ、ＣＢＸ２、ＣＢＸ３、ＣＢＸ４、ＣＢＸ６、ＣＢＸ７、ＣＢＸ８のｓｉＲＮＡノックダウンの効果。データを、同様の条件における非標的（ＮＴＣ）及びｓｉＴＯＸコントロールに関するデータとともに示す。 遺伝子当たり４つの異なる特異的なｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ｓｉＧｅｎｏｍｅ ｓｉＲＮＡ）を使用した、ＰＣ９親（無地の灰色の棒：培地条件）又はＤＴＰ（ひし形の棒：エルロチニブ条件）細胞数に及ぼす、ＰＲＣ１及び２の様々な成分：ＥＺＨ１、ＥＺＨ２、ＳＵＺ１２、ＥＥＤ、ＲＢＢＰ４、ＨＤＡＣ１、ＨＤＡＣ２のｓｉＲＮＡノックダウンの効果。胚性外胚葉発達（ＥＥＤ）タンパク質及びＨＤＡＣ１に関して、８つの異なる特異的なｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ｓｉＧｅｎｏｍｅ（ｘ４）及びＯｎ−Ｔａｒｇｅｔ Ｐｌｕｓ（ＯＴＰ）（ｘ４）ｓｉＲＮＡ）を使用した。データを、同様の条件における非標的（ＮＴＣ）及びｓｉＴＯＸコントロールに関するデータとともに示す。 遺伝子当たり８つの異なる特異的なｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ｓｉＧｅｎｏｍｅ（ｘ４）及びＯｎ−Ｔａｒｇｅｔ Ｐｌｕｓ（ＯＴＰ）（ｘ４））を使用した、ＰＣ９親（黒い棒：培地条件）又はＤＴＰ（明るい灰色の棒：エルロチニブ条件）細胞数に及ぼす、ＰＲＣ２複合体の必須成分：ＥＺＨ２（Ａ）、ＳＵＺ１２（Ｂ）及びＥＥＤ（Ｃ）のｓｉＲＮＡノックダウンの効果。データを、同様の条件における非標的（ＮＴＣ）及びｓｉＴＯＸコントロールに関するデータとともに示す。 遺伝子当たり８つの異なる特異的なｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ｓｉＧｅｎｏｍｅ（ｘ４）及びＯｎ−Ｔａｒｇｅｔ Ｐｌｕｓ（ＯＴＰ）（ｘ４））を使用した、Ｈ１２９９親（黒い棒：培地条件）又はＤＴＰ（明るい灰色の棒：パクリタキセル条件）細胞数に及ぼす、ＰＲＣ２複合体の必須成分：ＥＺＨ２（Ａ）、ＳＵＺ１２（Ｂ）及びＥＥＤ（Ｃ）のｓｉＲＮＡノックダウンの効果。データを、同様の条件における非標的（ＮＴＣ）及びｓｉＴＯＸコントロールに関するデータとともに示す。 遺伝子当たり８つの異なる特異的なｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ｓｉＧｅｎｏｍｅ（ｘ４）及びＯｎ−Ｔａｒｇｅｔ Ｐｌｕｓ（ＯＴＰ）（ｘ４））を使用した、エルロチニブで処置した（明るい灰色の棒）又は処置していない（黒い棒）ＰＣ９薬物耐性樹立生残菌（ＤＴＥＰ）に及ぼす、ＰＲＣ２複合体の必須成分：ＥＺＨ２（Ａ）、ＳＵＺ１２（Ｂ）及びＥＥＤ（Ｃ）のｓｉＲＮＡノックダウンの効果。データを、同様の条件における非標的（ＮＴＣ）及びｓｉＴＯＸコントロールに関するデータとともに示す。 ＥＺＨ２レベルを枯渇させ、用量依存的（０．２−１μＭ）に培養されたヒト急性骨髄性白血病におけるヒストンＨ３上のリジン２７のトリメチル化を阻害するための、３−デアザネプラノシンＡ（ＤＺＮｅｐ）、前に記載された３−デアザアデノシンのシクロペンテニルアナログ（Fiskus, W.等 (2009) Blood 114(13)、2733-2743）の効果。ＤＺＮｅｐを、０．６２５から４０μＭに及ぶ範囲の濃度で試験した（Ａ）。７２時間の（ＤＴＰ）（ＤＭＳＯ／エルロチニブ又はＤＺＮｅｐ／エルロチニブ）での処置又はエルロチニブなし（親）（ＤＭＳＯ／培地又はＤＺＮｅｐ／培地）の処置の前に、ＰＣ９細胞を、４８時間、ＤＺＮｅｐ（ＤＺＮｅｐ／培地又はＤＺＮｅｐ／エルロチニブ）又はＤＭＳＯコントロール（ＤＭＳＯ／培地又はＤＭＳＯ／エルロチニブ）で処置した。細胞数を、培地単独での４８−７２時間の回復フェーズ後に、決定した。ＰＣ９親（無地の灰色の棒：培地条件）又はＤＴＰ（ひし形の棒：エルロチニブ条件）細胞数に及ぼす、５（Ｂ）及び０．６２５μＭ（Ｃ）でのＤＺＮｅｐの効果。 遺伝子当たり８つの異なる特異的なｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ｓｉＧｅｎｏｍｅ（ｘ４）及びＯｎ−Ｔａｒｇｅｔ Ｐｌｕｓ（ＯＴＰ）（ｘ４））を使用した、ＰＣ９親（無地の灰色の棒：培地条件）又はＤＴＰ（ひし形の棒：エルロチニブ条件）細胞数に及ぼす、ヒストンデアセチラーゼＮｕＲＤ複合体の必須成分（ＣＨＤ４、ＭＢＤ３、ＲＢＢＰ４、ＨＤＡＣ１、ＨＤＡＣ２）のｓｉＲＮＡノックダウンの効果。データを、同様の条件における非標的（ＮＴＣ）及びｓｉＴＯＸコントロールに関するデータとともに示す。 遺伝子当たり４つの異なる特異的なｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ｓｉＧｅｎｏｍｅ）を使用した、Ｈ１２９９親（Ｘ軸：培地条件）又はＤＴＰ（Ｙ軸：パクリタキセル条件）Ｚスコア（プレート当たりのＮＴＣコントロールへのデータに規準化後、全てのスクリーニングプレートにわたるＮＴＣコントロールに基づいて計算された）に及ぼす、他のクロマチン修飾因子（明るい灰色の点）と比較した、ＡＴＲＸ（単語と結合している濃い灰色の点）のｓｉＲＮＡノックダウンの効果。データを、同様の条件における非標的（ＮＴＣ）（右側の濃い灰色の点）及びｓｉＴＯＸコントロール（左側の濃い灰色の点）に関するデータとともに示す。 エルロチニブ処置を使用してＰＣ９細胞において同定された陽性ｓｉＲＮＡの表。 パクリタキセル処置を使用して、Ｈ１２９９細胞において同定された陽性ｓｉＲＮＡの表。 ＰＣ９ ＤＴＰにおいて、ヒストンＨ３Ｋ２７ｍｅ３は増加する一方、Ｈ３Ｋ２７Ａｃは低下する。（Ａ）翻訳後修飾のヒストンＨ３尾部及びアミノ酸位置の模式図。ＳＵＺ１２、ＥＺＨ２、及びＥＥＤを含み、Ｋ２７をメチル化するＰＲＣ２複合体。（Ｂ）ウェスタンブロットによって示されるように、親ＰＣ９細胞株と比較して、ＰＣ９ ＤＴＰにおいてヒストンＨ３Ｋ２７ｍｅ３は増加する一方、Ｈ３Ｋ２７Ａｃは低下する。（Ｃ）質量分析によって測定されるように、親ＰＣ９細胞株と比較して、ＰＣ９ ＤＴＰにおいてヒストンＨ３Ｋ２７ｍｅ３は増加する一方、Ｈ３Ｋ２７Ａｃは低下する。 いろいろなモデルにおけるＤＴＰは、ＨＤＡＣ阻害剤に対する増加した感受性を示す。（Ａ）培地単独において又は２５ｎＭのＨＤＡＣ阻害剤ＴＳＡの存在下で２．５Ｇｙで処置したＳＫＢＲ３。（Ｂ）培地単独において又は２５ｎＭのＨＤＡＣ阻害剤ＴＳＡの存在下で１０Ｇｙで処置したＳＫＢＲ３（Ｃ）培地単独において又は２５ｎＭのＨＤＡＣ阻害剤ＴＳＡの存在下で１μＭラパチニブで処置したＳＫＢＲ３。 ＨＤＡＣ（１）、２及び３は、薬物耐性の樹立に関与している。ＨＤＡＣ２及び３に対するｓｉＲＮＡ及びＨＤＡＣ１／２又は３に偏った阻害剤は、薬物耐性状況を撹乱する。（Ａ−Ｂ）遺伝子当たり４つの異なる特異的なｓｉＲＮＡを使用した、ＰＣ９親（明るい灰色の棒：培地条件）又はＤＴＰ（濃い灰色：エルロチニブ条件）細胞数に及ぼす、ＨＤＡＣ２及びＨＤＡＣ３の必須成分のｓｉＲＮＡノックダウンの効果。データを、同様の条件における非標的（ＮＴＣ）及びｓｉＴＯＸコントロールに関するデータとともに示す。（Ｃ）（Ｃ１）Ｇ９４６、ＨＤＡＣ１／２に偏った阻害剤、及び（Ｃ２）Ｇ８７７、ＨＤＡＣ３に偏った阻害剤の効果。Ｇ９４６及びＧ８７７を、それぞれ、５０ｎＭ及び５μＭの濃度で試験した。ＰＣ９細胞を、３０日間、（ＤＴＰ）（ＤＭＳＯ／エルロチニブ又はＨＤＡＣ阻害剤／エルロチニブ）（Ｃ１及びＣ２）で又はエルロチニブなし（親）（ＤＭＳＯ／培地又はＨＤＡＣ阻害剤／培地）（データは示さず）で処置した。エルロチニブ濃度１μＭ。 ＰＣ９異種移植片におけるエルロチニブ応答に及ぼす、ＴＳＡ（０．５ｍｇ／ｋｇ）を使用したＨＤＡＣ阻害の効果。 ＰＲＣ２のメンバーであるＥＺＨ２は、薬物耐性の樹立に関与している。ＥＺＨ２に対するｓｉＲＮＡ及びＥＺＨ２阻害剤の小分子阻害剤（ＧＳＫ１２６）の両方は、薬物耐性状況を撹乱する。（Ａ）遺伝子当たり８つの異なる特異的なｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ｓｉＧｅｎｏｍｅ（ｘ４）及びＯｎ−Ｔａｒｇｅｔ Ｐｌｕｓ（ＯＴＰ）（ｘ４））を使用した、ＰＣ９親（明るい灰色の棒：培地条件）又はＤＴＰ（濃い灰色：エルロチニブ条件）細胞数に及ぼす、ＥＺＨ２のｓｉＲＮＡノックダウンの効果。データを、同様の条件における非標的（ＮＴＣ）及びｓｉＴＯＸコントロールに関するデータとともに示す。（Ｂ）ＧＳＫ１２６の効果を、１μＭの濃度で試験した。ＰＣ９細胞を、３０日間の（ＤＴＰ）（ＤＭＳＯ／エルロチニブ又はＧＳＫ１２６／エルロチニブ）（Ｂ、それぞれ、下左及び右）での又はエルロチニブなし（親）（ＤＭＳＯ／培地又はＧＳＫ１２６／培地）（Ｂ、それぞれ、上左及び右）での処置前に、ＧＳＫ１２６（培地で又はエルロチニブで）又はＤＭＳＯコントロール（ＤＭＳＯ／培地又はＤＭＳＯ／エルロチニブ）で４日間処置した。 ＥＺＨ２阻害剤（ＧＳＫ１２６）は、薬物耐性状況を撹乱する。（Ａ）エルロチニブで処置したＰＣ９ ＤＴＰにおけるヒストンＨ３Ｋ２７ｍｅ３の増加は、ウェスタンブロットによって示されるように、０．１、０．５、及び２．５μＭでＥＺＨ２小分子阻害剤（ＧＳＫ１２６）によって阻害される。（Ｂ）ｎｕｃ−ｒｅｄ ＰＣ９細胞を、０．１、０．５、又は２．５μＭでのＤＭＳＯ／エルロチニブ又はＧＳＫ１２６／エルロチニブで（濃い灰色の棒）又はエルロチニブなし（ＤＭＳＯ／培地又はＧＳＫ１２６／培地）（明るい灰色の棒）で処置し、それぞれ、９日及び３日で、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（商標）で分析した。（Ｃ）ｎｕｃ−ｒｅｄ ＰＣ９細胞を、９日間、２．５μＭでＤＭＳＯ／エルロチニブ又はＧＳＫ１２６／エルロチニブで処置し、画像化した。（Ｄ）ｎｕｃ−ｒｅｄ ＰＣ９細胞を、３０日間、２．５μＭでＤＭＳＯ／エルロチニブ又はＧＳＫ１２６／エルロチニブで処置し、ギムザで染色した。図２０Ａ−Ｄに関するエルロチニブ濃度１μＭ。 ＥＺＨ２阻害剤（ＧＳＫ１２６及びＥＰＺ−６４３８）は、薬物耐性状況を撹乱する。（Ａ）ＰＩ３Ｋ阻害剤、ＧＤＣ−０９０８で処置したＥＶＳＡＴ ＤＴＰにおけるヒストンＨ３Ｋ２７ｍｅ３の増加は、ウェスタンブロットによって示されるように、ＥＺＨ２小分子阻害剤によって阻害される（０．１、０．５、及び２．５μＭでのＧＳＫ１２６及び０．０５、０．１、及び０．５μＭでのＥＰＺ−６４３８）。（Ｂ）ｎｕｃ−ｒｅｄ ＥＶＳＡＴ細胞を、０．１、０．５、若しくは２．５μＭでのＤＭＳＯ／ＧＤＣ−０９０８、ＧＳＫ１２６／ＧＤＣ−０９０８、又は０．０５、０．１、及び０．５μＭでのＥＰＺ−６４３８／ＧＤＣ−０９０８（濃い灰色の棒）で又はＧＤＣ−０９０８なし（ＤＭＳＯ／培地、ＧＳＫ１２６／培地、ＥＰＺ−６４３８／培地）（明るい灰色の棒）で処置し、それぞれ、９日及び３日で、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（商標）で分析した。図２１Ａ−Ｂに関するＧＤＣ−０９０８濃度２μＭ。 ＥＺＨ２阻害剤（ＥＰＺ−６４３８）は、薬物耐性状況を撹乱する。（Ａ）エルロチニブで処置したＰＣ９ ＤＴＰにおけるヒストンＨ３Ｋ２７ｍｅ３の増加は、ウェスタンブロットによって示されるように、０．０５、０．１、０．５、１、及び１．５μＭでＥＺＨ２小分子阻害剤（ＥＰＺ−６４３８）によって阻害される。（Ｂ）ｎｕｃ−ｒｅｄ ＰＣ９細胞を、０．０５、０．１、０．５、１、及び１．５μＭでのＤＭＳＯ／エルロチニブ又はＥＰＺ−６４３８／エルロチニブで（濃い灰色の棒）又はエルロチニブなし（ＤＭＳＯ／培地又はＥＰＺ−６４３８／培地）（明るい灰色の棒）で処置し、それぞれ、９日及び３日で、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（商標）で分析した。（Ｃ）ｎｕｃ−ｒｅｄ ＰＣ９細胞を、９日間、１μＭでＤＭＳＯ／エルロチニブ又はＥＰＺ−６４３８／エルロチニブで処置し、画像化した。（Ｄ）ｎｕｃ−ｒｅｄ ＰＣ９細胞を、３０日間、０．０５、０．１、又は１．０μＭでＤＭＳＯ／エルロチニブ又はＥＰＺ−６４３８６／エルロチニブで処置し、ギムザで染色した。図２２Ａ−Ｄに関するエルロチニブ濃度１μＭ。
Ｉ．定義
対象のポリペプチドの「アンタゴニスト」（互換的に「阻害剤」と呼ばれる）は、対象のポリペプチドの活性化又は機能を妨害する、例えば、対象のポリペプチドによって媒介される生物活性を部分的若しくは完全にブロックするか、阻害するか又は中和する薬剤である。例えば、ポリペプチドＸのアンタゴニストは、ポリペプチドＸによって媒介される生物活性を部分的若しくは完全にブロックするか、阻害するか又は中和する任意の分子を指すことができる。阻害剤の例には、抗体；リガンド抗体；小分子アンタゴニスト；アンチセンス及び抑制性ＲＮＡ（例えば、ｓｈＲＮＡ）分子が含まれる。好ましくは、阻害剤は、対象のポリペプチドに結合する抗体又は小分子である。特定の実施態様では、阻害剤は対象のポリペプチドに約１，０００ｎＭ以下の結合親和性（解離定数）を有する。別の実施態様では、阻害剤は対象のポリペプチドに約１００ｎＭ以下の結合親和性を有する。別の実施態様では、阻害剤は対象のポリペプチドに約５０ｎＭ以下の結合親和性を有する。特定の実施態様では、阻害剤は対象のポリペプチドに共有結合する。特定の実施態様では、阻害剤は、１，０００ｎＭ以下のＩＣ５０で対象のポリペプチドのシグナル伝達を阻害する。別の実施態様では、阻害剤は、５００ｎＭ以下のＩＣ５０で対象のポリペプチドのシグナル伝達を阻害する。別の実施態様では、阻害剤は、５０ｎＭ以下のＩＣ５０で対象のポリペプチドのシグナル伝達を阻害する。ある特定の実施態様では、アンタゴニストは、対象のポリペプチドの発現レベル又は生物活性を少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％又はそれ以上低減又は阻害する。一部の実施態様では、対象のポリペプチドは、クロマチン修飾因子である。一部の実施態様では、対象のポリペプチドは、ＥＧＦＲである。
特に明記しない限り、本明細書で用いられる用語「ポリペプチド」は、霊長類などの哺乳動物（例えばヒト）及び齧歯動物（例えば、マウス及びラット）を含む任意の脊椎動物源からの、任意の天然の対象のポリペプチドを指す。本用語は、「完全長」の未処理のポリペプチドに加えて、細胞でのプロセシングからもたらされる任意の形のポリペプチドを包含する。本用語は、ポリペプチドの天然に存在する変異体、例えばスプライス変異体又は対立遺伝子変異体も包含する。
本明細書で互換的に使用されるように、「ポリヌクレオチド」又は「核酸」は、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを指し、ＤＮＡ及びＲＮＡが含まれる。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾されたヌクレオチド又は塩基、及び／又はそれらのアナログ、又は、ＤＮＡ若しくはＲＮＡポリメラーゼによって、又は合成反応によってポリマーに組み込むことができる任意の基質であってもよい。ポリヌクレオチドは、修飾されたヌクレオチド、例えばメチル化ヌクレオチド及びそれらのアナログを含むことができる。存在するならば、ヌクレオチド構造の修飾はポリマーのアセンブリーの前後に付与することができる。ヌクレオチド配列には、非ヌクレオチド成分が割り込んでもよい。ポリヌクレオチドは、合成の後に、例えば標識とのコンジュゲーションによって更に修飾されてもよい。他のタイプの修飾には、例えば、天然に存在するヌクレオチドの１つ又は複数のアナログによる「キャップ」置換、インターヌクレオチド修飾、例えば非荷電結合によるもの（例えば、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホロアミデート、カルバメートなど）、及び荷電結合によるもの（例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエートなど）、ペンダント部分、例えばタンパク質（例えばヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ｐｌｙ−Ｌ−リジンなど）を含有するもの、インターカレーター（例えば、アクリジン、ソラレンなど）を有するもの、キレーター（例えば、金属、放射性金属、ホウ素、酸化的金属など）を含有するもの、アルキル剤を含有するもの、修飾結合を有するもの（例えば、アルファアノマー核酸など）、並びにポリヌクレオチド（一又は複数）の非修飾型が含まれる。更に、糖に通常存在するヒドロキシル基の何れも、例えばホスホネート基、リン酸基と置き換えられるか、標準の保護基によって保護されるか、追加のヌクレオチドへの追加の結合を調製するために活性化されてもよく、又は、固体若しくは半固体の支持体にコンジュゲートされてもよい。５’及び３’末端のＯＨは、リン酸化されるか、炭素原子数１から２０のアミン又は有機キャップ形成基部分で置換されてもよい。他のヒドロキシルが、標準の保護基に誘導体化されてもよい。ポリヌクレオチドは、当技術分野で一般に公知であるリボース又はデオキシリボース糖の類似形、例えば、２’−Ｏ−メチル−、２’−Ｏ−アリル、２’−フルオロ−又は２’−アジド−リボース、炭素環式糖アナログ、α−アノマー糖、エピマー糖、例えばアラビノース、キシロース又はリキソース、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環式アナログ及び無塩基ヌクレオシドアナログ、例えばメチルリボシドを含有することもできる。１つ又は複数のホスホジエステル結合が、代替の連結基と置き換えられてもよい。これらの代替の連結基には、限定されずに、リン酸がＰ（Ｏ）Ｓ（「チオエート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオエート」）、（Ｏ）ＮＲ２（「アミデート」）、Ｐ（Ｏ）Ｒ、Ｐ（Ｏ）ＯＲ’、ＣＯ又はＣＨ２（「ホルムアセタール」）で置き換えられ、そこで、各Ｒ又はＲ’は独立してＨであるか、又はエーテル（−Ｏ−）結合、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル若しくはアラルジルを任意選択的に含有する置換型若しくは非置換型のアルキル（１−２０Ｃ）である実施態様が含まれる。ポリヌクレオチドの全ての結合が同一である必要があるとは限らない。上の記載は、本明細書において言及されるＲＮＡ及びＤＮＡを含む全てのポリヌクレオチドに適用される。
用語「小分子」は、約２０００ダルトン以下、好ましくは約５００ダルトン以下の分子量の任意の分子を指す。
「単離された」抗体は、その天然の環境の成分から分離されたものである。一部の実施態様では、抗体は、例えば電気泳動（例えば、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、等電点電気泳動（ＩＥＦ）、毛細管電気泳動）又はクロマトグラフィー（例えば、イオン交換又は逆相ＨＰＬＣ）によって判定したときに、９５％を超える又は９９％を超える純度まで精製される。抗体純度の評価方法のレビューについては、例えば、Ｆｌａｔｍａｎ等、Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．Ｂ８４８：７９−８７（２００７）を参照。
本明細書において、用語「抗体」は最も広い意味で用いられ、様々な抗体構造物、例えば限定されずにモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異的抗体（例えば二重特異的抗体）、及び、それらが所望の抗原結合活性を示す限り抗体断片を包含する。
用語抗対象ポリペプチド抗体及び対象のポリペプチド「に結合する抗体」は、抗体が対象のポリペプチドを標的にすることにおいて診断用及び／又は治療用の薬剤として有益であるように、十分な親和性で対象のポリペプチドに結合することが可能な抗体を指す。一実施態様では、例えば放射線免疫検定法（ＲＩＡ）で測定したときの、無関係な対象のポリペプチド以外のタンパク質への抗対象ポリペプチド抗体の結合の程度は、対象のポリペプチドへの抗体の結合の約１０％未満である。ある特定の実施態様では、対象のポリペプチドに結合する抗体は、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ又は≦０．００１ｎＭ（例えば、１０−８Ｍ以下、例えば１０−８Ｍから１０−１３Ｍ、例えば１０−９Ｍから１０−１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を有する。ある特定の実施態様では、抗対象ポリペプチド抗体は、異なる種からの対象のポリペプチドの間で保存されている、対象のポリペプチドのエピトープに結合する。一部の実施態様では、対象のポリペプチドは、クロマチン修飾因子である。一部の実施態様では、対象のポリペプチドは、ＥＧＦＲである。
「ブロッキング抗体」又は「アンタゴニスト抗体」は、それが結合する抗原の生物活性を阻害又は低減するものである。好ましいブロッキング抗体又はアンタゴニスト抗体は、抗原の生物活性を実質的又は完全に阻害する。
「親和性」は、分子（例えば、抗体）の単一の結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）の間の非共有相互作用の合計の強度を指す。特に明記しない限り、本明細書で用いるように、「結合親和性」は、結合対のメンバー（例えば、抗体及び抗原）の間の１：１の相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。そのパートナーＹへの分子Ｘの親和性は、解離定数（Ｋｄ）によって一般的に表すことができる。親和性は、本明細書に記載されるものを含む当技術分野で公知の一般方法を用いて測定することができる。結合親和性の測定のための具体的な例証的及び例示的な実施態様は、以下に記載される。
「抗体断片」は、インタクトな抗体が結合する抗原に結合するインタクトな抗体の一部を含む、インタクトな抗体以外の分子を指す。抗体断片の例には、限定されずにＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２；ダイアボディ；線状抗体；単鎖抗体分子（例えば、ｓｃＦｖ）；及び抗体断片から形成される多重特異的抗体が含まれる。
参照抗体と「同じエピトープに結合する抗体」は、競合アッセイにおいてその抗原への参照抗体の結合を５０％以上ブロックする抗体を指し、反対に、参照抗体は競合アッセイにおいてその抗原へのその抗体の結合を５０％以上ブロックする。
用語「キメラ」抗体は、重鎖及び／又は軽鎖の一部は特定の供給源又は種に由来するが、重鎖及び／又は軽鎖の残部は異なる供給源又は種に由来する抗体を指す。
本明細書において、用語「完全長抗体」、「インタクトな抗体」及び「完全な抗体」は互換的に使用され、天然の抗体構造に実質的に類似した構造を有するか、Ｆｃ領域を含有する重鎖を有する抗体を指す。
本明細書で用いられる用語「モノクローナル抗体」は、可能な変異体抗体、例えば天然に存在する突然変異を含有するか、モノクローナル抗体調製物の生成の間に生じる、一般に少量存在する変異体を除いて、実質的に均一な抗体の集団、すなわち集団を構成する個々の抗体が同一であり及び／又は同じエピトープに結合する集団から得られる抗体を指す。異なる決定因子（エピトープ）に向けられる異なる抗体を一般的に含むポリクローナル抗体調製物と対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定因子に向けられる。したがって、修飾子「モノクローナル」は、実質的に均一な抗体集団から得られるという抗体の性格を示し、いかなる特定の方法による抗体の生成を必要とするものと解釈するべきでない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、様々な技術、例えば限定されずにハイブリドーマ方法、組換えＤＮＡ方法、ファージディスプレイ方法及びヒト免疫グロブリン遺伝子座の全部又は一部を含有するトランスジェニック動物を利用する方法、そのような方法及びモノクローナル抗体を作製するための他の例示的な方法によって作製することができる。
「ヒト抗体」は、ヒト若しくはヒト細胞によって生成されるか、又はヒト抗体レパートリー若しくは他のヒト抗体をコードする配列を利用するヒト以外の供給源に由来する抗体のそれに対応するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体のこの定義は、ヒト以外の抗原に結合する残基を含むヒト化抗体を特異的に排除する。
「ヒト化」抗体は、ヒト以外のＨＶＲからのアミノ酸残基及びヒトＦＲからのアミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。ある特定の実施態様では、ヒト化抗体は、少なくとも１つの、及び一般的に２つの可変ドメインの実質的に全てを含み、そこにおいて、ＨＶＲ（例えばＣＤＲ）の全て又は実質的に全てはヒト以外の抗体のそれらに対応し、ＦＲの全て又は実質的に全てはヒト抗体のそれらに対応する。ヒト化抗体は、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部を任意選択的に含むことができる。抗体、例えばヒト以外の抗体の「ヒト化形」は、ヒト化を経た抗体を指す。
「免疫複合体」は、限定されずに細胞傷害剤を含む１つ又は複数の異種分子にコンジュゲートされている抗体である。
本明細書で用いるように、用語「標的治療薬」は、対象のポリペプチド（複数可）に結合して、対象の特異的ポリペプチド（複数可）の活性及び／又は活性化を阻害する治療剤を指す。そのような薬剤の例には、対象のポリペプチドに結合する抗体及び小分子が含まれる。
「化学療法」は、がんの治療で有益な化合物を指す。化学療法の例には、チオテパ及びシクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標））などのアルキル化剤；ブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファンなどのスルホン酸アルキル；ベンゾドパ、カルボコン、メツレドパ及びウレドパなどのアジリジン；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド及びトリメチロメラミンを含むエチレンイミン及びメチラメラミン；アセトゲニン（特にブラタシン及びブラタシノン）；デルタ−９−テトラヒドロカンナビノール（ドロナビノール、ＭＡＲＩＮＯＬ（登録商標））；ベータ−ラパコン；ラパコール；コルヒチン；ベツリン酸；カンプトセシン（合成アナログトポテカン（ＨＹＣＡＭＴＩＮ（登録商標））、ＣＰＴ−１１（イリノテカン、ＣＡＭＰＴＯＳＡＲ（登録商標））、アセチルカンプトセシン、スコポレクチン及び９−アミノカンプトセシンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン及びビゼレシン合成アナログを含む）；ポドフィロトキシン；ポドフィリン酸；テニポシド；クリプトフィシン（特にクリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成アナログ、ＫＷ−２１８９及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エレウテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチイン；スポンジスタチン；クロラムブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロルエタミン、酸化メクロルエタミン塩酸塩、メルファラン、ノベンビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタードなどのナイトロジェンマスタード；カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン及びラニムスチンなどのニトロソウレア；エンジイン抗生物質などの抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシンガンマ１１及びカリケアマイシンオメガ１１（例えば、Nicolaou等、Angew.Chem Intl.Ed.Engl.、33:183-186(1994)を参照）；ＣＤＰ３２３、経口アルファ−４インテグリン阻害剤；ジネミシンＡを含むジネミシン；エスペラマイシン；並びにネオカルジノスタチン発色団及び関連する色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）、モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、ドキソルビシンＨＣｌリポソーム注入（ＤＯＸＩＬ（登録商標）を含む）、リポソームドキソルビシンＴＬＣ Ｄ−９９（ＭＹＯＣＥＴ（登録商標））、ペグ化リポソームドキソルビシン（ＣＡＥＬＹＸ（登録商標））及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンＣなどのマイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；メトトレキサート、ゲムシタビン（ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））、テガフール（ＵＦＴＯＲＡＬ（登録商標））、カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））、エポチロン及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）などの代謝拮抗薬；デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサートなどの葉酸アナログ；フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなどのプリンアナログ；アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクシウリジンなどのピリミジンアナログ；カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトンなどのアンドロゲン；アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンなどの抗副腎；フロリン酸などの葉酸補充液；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキセート；デフォファミン；デメコルチン；ジアジクオン；エルフォルニチン；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシウレア；レンチナン；ロニダイニン；マイタンシン及びアンサマイトシンなどのマイタンシノイド；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモル；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメト；ピラルビシン；ロソキサントロン；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）多糖複合体（ＪＨＳ Ｎａｔｕｒａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ、Ｅｕｇｅｎｅ、ＯＲ）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２’−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特にＴ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ及びアングイジン）；ウレタン；ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；チオテパ；タキソイド、例えばパクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標））、パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子製剤（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（商標））及びドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標））；クロランブシル；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；シスプラチン、オキサリプラチン（例えば、ＥＬＯＸＡＴＩＮ（登録商標））及びカルボプラチンなどの白金剤；ビンブラスチン（ＶＥＬＢＡＮ（登録商標））、ビンクリスチン（ＯＮＣＯＶＩＮ（登録商標））、ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））及びビノレルビン（ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標））を含む、チューブリン重合が微小管を形成することを阻止するビンカ；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ロイコボリン；ノバントロン；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロネート；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；ベキサロテン（ＴＡＲＧＲＥＴＩＮ（登録商標））を含む、レチノイン酸などのレチノイド；クロドロネート（例えば、ＢＯＮＥＦＯＳ（登録商標）又はＯＳＴＡＣ（登録商標））、エチドロネート（ＤＩＤＲＯＣＡＬ（登録商標））、ＮＥ−５８０９５、ゾレドロン酸／ゾレドロネート（ＺＯＭＥＴＡ（登録商標））、アレンドロネート（ＦＯＳＡＭＡＸ（登録商標））、パミドロネート（ＡＲＥＤＩＡ（登録商標））、チルドロネート（ＳＫＥＬＩＤ（登録商標））又はリセドロネート（ＡＣＴＯＮＥＬ（登録商標））などのビスホスホネート；トロキサシタビン（１，３−ジオキソランヌクレオシドシトシンアナログ）などのファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤；並びに上記の何れかの薬学的に許容される塩、酸又は誘導体；並びに上記の２つ以上の組合せ、例えばＣＨＯＰ、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン及びプレドニゾロンの併用療法の略記号；及びＦＯＬＦＯＸ、オキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮ（商標）と５−ＦＵ及びロイコボリンとを組み合わせた治療レジメンの略記号が含まれる。
本明細書で用いられる用語「細胞傷害剤」は、細胞機能を阻害若しくは阻止し、及び／又は細胞死若しくは破壊を引き起こす物質を指す。本用語には、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体）、化学療法剤又は薬物（例えばメトトレキサート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシン又は他の挿入剤）、増殖阻害剤、酵素及びその断片、例えば核酸分解酵素、抗生物質、並びに毒素、例えばその断片及び／又はその変異体を含む細菌、真菌、植物又は動物起源の小分子毒素又は酵素活性毒素、並びに下に開示される様々な抗腫瘍剤又は抗がん剤が含まれるものとする。他の細胞傷害剤は、下に記載される。殺腫瘍剤は、腫瘍細胞の破壊を引き起こす。
「個体の応答」又は「応答」は、個体への有益性を示す任意のエンドポイント、例えば限定されずに、（１）減速及び完全な停止を含む疾患進行（例えば、がん進行）のある程度の阻害；（２）腫瘍サイズの低減；（３）隣接した末梢器官及び／又は組織へのがん細胞浸潤の阻害（すなわち、低減、減速又は完全な阻止）；（４）転移の阻害（すなわち、低減、減速又は完全な阻止）；（５）疾患又は障害（例えば、がん）に伴う１つ又は複数の症状のある程度の軽減；（６）無進行生存の長さの増加；及び／又は（７）治療後の所与の時点での死亡率の低下を使用して評価することができる。
本明細書で用いられる用語「実質的に同じ」は、２つの値の間の差が、前記値（例えば、Ｋｄ値又は発現）で測定される生物学的特性の面で生物学的及び／又は統計的にほとんど又は全く有意でないと当業者がみなすような、２つの数値の間の十分に高い程度の類似性を表す。前記２つの値の間の差は、例えば、参照／コンパレーター値の関数として、約５０％未満、約４０％未満、約３０％未満、約２０％未満及び／又は約１０％未満である。
本明細書で用いられる語句「実質的に異なる」は、２つの値の間の差が、前記値（例えば、Ｋｄ値）で測定される生物学的特性の面で統計的に有意であると当業者がみなすような、２つの数値の間の十分に高い程度の差を表す。前記２つの値の間の差は、例えば、参照／コンパレーター分子の値の関数として、約１０％を超え、約２０％を超え、約３０％を超え、約４０％を超え、及び／又は約５０％を超える。
物質／分子、例えば薬学的組成物の「有効量」は、必要な投薬量及び期間で、所望の治療的又は予防的結果を達成するのに有効な量を指す。
物質／分子の「治療的有効量」は、個体の疾患状態、年齢、性別及び体重などの因子、並びに個体で所望の応答を導き出す物質／分子の能力によって異なってもよい。治療的有効量は、物質／分子のいかなる毒性又は有害作用よりも、治療的に有益な作用が上回るものでもある。「予防的有効量」は、必要な投薬量及び期間で、所望の予防結果を達成するのに有効な量を指す。一般的に、しかし必ずしもそうとは限らないが、予防的用量は疾患の前か又はより初期の段階で対象で用いられるので、予防的有効量は治療的有効量より少ない。
用語「薬学的製剤」は、そこに含まれる有効成分の生物活性を有効にするような形であり、製剤が投与される対象に容認できないほど毒性である追加の成分を含有しない調製物を指す。
「薬学的に許容される担体」は、薬学的製剤中の、有効成分以外の対象に無毒である成分を指す。薬学的に許容される担体には、バッファー、賦形剤、安定剤又は保存剤が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で用いられる語句「薬学的に許容される塩」は、化合物の薬学的に許容される有機又は無機の塩を指す。
本明細書で用いるように、「治療」（及び「治療する」又は「治療すること」などの文法上のその変形）は、治療する個体の自然経過を変化させる企てにおける臨床介入を指し、予防のために、又は臨床病理の過程で実施することができる。治療の望ましい効果には、疾患の発生又は再発を予防すること、症状の緩和、疾患の任意の直接的又は間接的な病理学的帰結の減少、転移を予防すること、疾患進行の速度を低下させること、病態の改善又は緩和、及び寛解又は予後の改善が含まれるがこれらに限定されない。一部の実施態様では、疾患の発達を遅らせるか疾患の進行を減速するために、本発明の抗体が使用される。
「個体」又は「対象」は、哺乳動物である。哺乳動物には、限定されずに、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ネコ、イヌ及びウマ）、霊長類（例えば、ヒト及びサルなどのヒト以外の霊長類）、ウサギ及び齧歯動物（例えば、マウス及びラット）が含まれる。ある特定の実施態様では、個体又は対象はヒトである。
本明細書において、用語「同時に」は、それらの個々の治療効果が時間的に重複するように、時間的に十分近接して与えられる２個以上の治療剤の投与を指すために使用される。したがって、同時投与は、１つ又は複数の薬剤（複数可）の投与が１つ又は複数の他の薬剤（複数可）の投与を中止した後にも継続する投与レジメンを含む。一部の実施態様では、同時投与は、同時並行的、逐次的及び／又は一斉的である。
「低減又は阻害する」は、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又はそれ以上の全体の減少を引き起こす能力を意味する。低減又は阻害するは、治療されている障害の症状、転移の存在若しくはサイズ、又は原発腫瘍のサイズを指すことができる。
用語「添付文書」は、適応症、使用法、投薬量、投与、併用療法、禁忌症及び／又はそのような治療製品の使用に関する警告に関する情報を含む、治療製品の市販パッケージに慣習的に含まれる説明書を指すために使用される。
「製造品」は、少なくとも１つの試薬、例えば、疾患若しくは障害（例えば、がん）の治療のための医薬又は本明細書に記載されるバイオマーカーを特異的に検出するためのプローブを含む任意の製造品（例えば、パッケージ又は容器）又はキットである。ある特定の実施態様では、製造品又はキットは、本明細書に記載される方法を実施するための単位として促進、配送又は販売される。
当業者が理解するように、本明細書で「約」のついた値又はパラメータへの言及は、その値又はパラメータ自体を対象とする実施態様を含む（及び記載する）。例えば、「約Ｘ」に言及する記載は、「Ｘ」の記載を含む。
本明細書に記載される本発明の態様及び実施態様は、態様及び実施態様「からなる」及び／又は「から事実上なる」ことを含むものと理解される。本明細書で用いるように、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、特に明記しない限り複数形を含む。
ＩＩ．方法及び用途
本明細書において、例えばがんを治療し、薬物耐性を阻止するために、クロマチン修飾因子のモジュレーターを使用する方法が提供される。一部の実施態様では、個体は、がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）による治療のために選択される。一部の実施態様では、個体は、がん療法剤による治療の前にクロマチン修飾因子のモジュレーターの投与を含む治療を開始する。一部の実施態様では、個体は、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤を含む治療を同時に受ける。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーターは、がん感受性の期間を増加させ、及び／又はがん耐性の発達を遅延させる。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーターはクロマチン修飾因子のアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＥＺＨ２、ＳＵＺ１２及び／又はＥＥＤのアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＨＤＡＣ２及び／又はＨＤＡＣ３のアンタゴニストである。
本明細書において、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）を利用する方法も提供される。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーターはクロマチン修飾因子のアンタゴニストである。一部の実施態様では、がん療法剤は、ＥＧＦＲアンタゴニスト又はタキサン（例えば、パクリタキセル）である。
詳細には、個体においてがんを治療する方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター及び（ｂ）がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）を投与することを含む方法が本明細書で提供される。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）のそれぞれの量は、がん感受性の期間を増加させ、及び／又はがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）への細胞耐性の発達を遅延させるのに有効である。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）のそれぞれの量は、がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）を含むがん治療の有効性を増加させるのに有効である。例えば、一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）のそれぞれの量は、クロマチン修飾因子のモジュレーターなしで（不在下で）がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）の有効量を投与することを含む標準治療と比較して、有効性を増加させるのに有効である。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）のそれぞれの量は、クロマチン修飾因子のモジュレーターなしで（不在下で）がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）の有効量を投与することを含む標準治療と比較して、応答（例えば、完全寛解）を増加させるのに有効である。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤は同時に投与される。一部の実施態様では、がん療法剤は、ＥＧＦＲアンタゴニストである。一部の実施態様では、併用療法は、（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）ＥＧＦＲアンタゴニストを含む。一部の実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、エルロチニブ及び／又はゲフィチニブである。一部の実施態様では、がん療法剤はタキサンである。一部の実施態様では、併用療法は、（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）タキサン（例えば、パクリタキセル）を含む。一部の実施態様では、タキサンはパクリタキセルである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーターはクロマチン修飾因子のアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＥＺＨ２、ＳＵＺ１２及び／又はＥＥＤのアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＨＤＡＣ２及び／又はＨＤＡＣ３のアンタゴニストである。
個体においてがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）を含むがん治療の有効性を増加させる方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量及び（ｂ）がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）の有効量を投与することを含む方法も本明細書で更に提供される。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤は同時に投与される。一部の実施態様では、がん療法剤は、ＥＧＦＲアンタゴニストである。一部の実施態様では、併用療法は（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）ＥＧＦＲアンタゴニストを含む。一部の実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、エルロチニブ及び／又はゲフィチニブである。一部の実施態様では、がん療法剤は、タキサンである。一部の実施態様では、併用療法は、（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）タキサン（例えば、パクリタキセル）を含む。一部の実施態様では、タキサンはパクリタキセルである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーターはクロマチン修飾因子のアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＥＺＨ２、ＳＵＺ１２及び／又はＥＥＤのアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＨＤＡＣ２及び／又はＨＤＡＣ３のアンタゴニストである。
個体においてがんを治療する方法であって、がん治療は個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量及び（ｂ）がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）の有効量を投与することを含み、がん治療は、クロマチン修飾因子のモジュレーターなしで（不在下で）がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）の有効量を投与することを含む標準治療と比較して有効性が増加する方法が本明細書で提供される。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤は同時に投与される。一部の実施態様では、がん療法剤は、ＥＧＦＲアンタゴニストである。一部の実施態様では、併用療法は（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）ＥＧＦＲアンタゴニストを含む。一部の実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、エルロチニブ及び／又はゲフィチニブである。一部の実施態様では、がん療法剤はタキサンである。一部の実施態様では、併用療法は、（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）タキサン（例えば、パクリタキセル）を含む。一部の実施態様では、タキサンはパクリタキセルである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーターはクロマチン修飾因子のアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＥＺＨ２、ＳＵＺ１２及び／又はＥＥＤのアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＨＤＡＣ２及び／又はＨＤＡＣ３のアンタゴニストである。
更に、個体においてがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）に耐性のがんの発達を遅延させる及び／又は阻止する方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量及び（ｂ）がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）の有効量を投与することを含む方法が本明細書で提供される。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤は同時に投与される。一部の実施態様では、がん療法剤は、ＥＧＦＲアンタゴニストである。一部の実施態様では、併用療法は（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）ＥＧＦＲアンタゴニストを含む。一部の実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、エルロチニブ及び／又はゲフィチニブである。一部の実施態様では、がん療法剤はタキサンである。一部の実施態様では、併用療法は、（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）タキサン（例えば、パクリタキセル）を含む。一部の実施態様では、タキサンはパクリタキセルである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーターはクロマチン修飾因子のアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＥＺＨ２、ＳＵＺ１２及び／又はＥＥＤのアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＨＤＡＣ２及び／又はＨＤＡＣ３のアンタゴニストである。
本明細書において、がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）への耐性の発達の可能性が増加しているがんの個体を治療する方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量及び（ｂ）がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）の有効量を投与することを含む方法が提供される。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤は同時に投与される。一部の実施態様では、がん療法剤は、ＥＧＦＲアンタゴニストである。一部の実施態様では、併用療法は（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）ＥＧＦＲアンタゴニストを含む。一部の実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、エルロチニブ及び／又はゲフィチニブである。一部の実施態様では、がん療法剤はタキサンである。一部の実施態様では、併用療法は、（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）タキサン（例えば、パクリタキセル）を含む。一部の実施態様では、タキサンはパクリタキセルである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーターはクロマチン修飾因子のアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＥＺＨ２、ＳＵＺ１２及び／又はＥＥＤのアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＨＤＡＣ２及び／又はＨＤＡＣ３のアンタゴニストである。
がんを有する個体においてがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）への感受性を増加させる方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量及び（ｂ）がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）の有効量を投与することを含む方法が本明細書で更に提供される。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤は同時に投与される。一部の実施態様では、がん療法剤はＥＧＦＲアンタゴニストである。一部の実施態様では、併用療法は（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）ＥＧＦＲアンタゴニストを含む。一部の実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、エルロチニブ及び／又はゲフィチニブである。一部の実施態様では、がん療法剤はタキサンである。一部の実施態様では、併用療法は、（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）タキサン（例えば、パクリタキセル）を含む。一部の実施態様では、タキサンはパクリタキセルである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーターはクロマチン修飾因子のアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＥＺＨ２、ＳＵＺ１２及び／又はＥＥＤのアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＨＤＡＣ２及び／又はＨＤＡＣ３のアンタゴニストである。
更に、がんを有する個体においてがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）感受性の期間を延長する方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量及び（ｂ）がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）の有効量を投与することを含む方法が本明細書で提供される。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤は同時に投与される。一部の実施態様では、がん療法剤は、ＥＧＦＲアンタゴニストである。一部の実施態様では、併用療法は（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）ＥＧＦＲアンタゴニストを含む。一部の実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、エルロチニブ及び／又はゲフィチニブである。一部の実施態様では、がん療法剤は、タキサンである。一部の実施態様では、併用療法は、（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）タキサン（例えば、パクリタキセル）を含む。一部の実施態様では、タキサンはパクリタキセルである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーターはクロマチン修飾因子のアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＥＺＨ２、ＳＵＺ１２及び／又はＥＥＤのアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＨＤＡＣ２及び／又はＨＤＡＣ３のアンタゴニストである。
がんを有する個体においてがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）への奏効期間を延長する方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量及び（ｂ）がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）の有効量を投与することを含む方法も本明細書で提供される。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーター及びがん療法剤は同時に投与される。一部の実施態様では、がん療法剤は、ＥＧＦＲアンタゴニストである。一部の実施態様では、併用療法は（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）ＥＧＦＲアンタゴニストを含む。一部の実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、エルロチニブ及び／又はゲフィチニブである。一部の実施態様では、がん療法剤は、タキサンである。一部の実施態様では、併用療法は、（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）タキサン（例えば、パクリタキセル）を含む。一部の実施態様では、タキサンはパクリタキセルである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーターはクロマチン修飾因子のアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＥＺＨ２、ＳＵＺ１２及び／又はＥＥＤのアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＨＤＡＣ２及び／又はＨＤＡＣ３のアンタゴニストである。
がんのために向上した治療を提供することに加えて、本明細書に記載されるある特定の組合せの投与は、異なる治療を受ける同じ患者が経験する生活の質と比較して、患者のために生活の質を向上させることができる。例えば、本明細書に記載されるクロマチン修飾因子のアンタゴニスト及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）の組合せの個体への投与は、療法としてがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法や放射線療法）だけを受けた場合に同じ患者が経験するであろう生活の質と比較して、向上した生活の質を提供することができる。例えば、本明細書に記載される組合せによる併用療法は、必要ながん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び放射線療法）の用量を下げることができ、それによって治療薬に付随する副作用（例えば、吐き気、嘔吐、脱毛、発疹、食欲減退、体重減少など）を少なくする。この組合せは、腫瘍負荷の低減及び付随する有害事象、例えば疼痛、器官機能不全、体重減少などの低減をもたらすこともできる。したがって、一態様は、がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）によってがんの治療を受ける患者の生活の質を向上させるための治療的使用のための、クロマチン修飾因子のアンタゴニストを提供する。一部の実施態様では、標的療法はＥＧＦＲアンタゴニストである。一部の実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、エルロチニブ及び／又はゲフィチニブである。一部の実施態様では、化学療法はタキサンを含む。一部の実施態様では、タキサンはパクリタキセルである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＥＺＨ２、ＳＵＺ１２及び／又はＥＥＤのアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＨＤＡＣ２及び／又はＨＤＡＣ３のアンタゴニストである。
方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーターは、抗体、結合ポリペプチド、結合小分子又はポリヌクレオチドである。方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、抗体、結合ポリペプチド、結合小分子又はポリヌクレオチドである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＥＺＨ２、ＳＵＺ１２及び／又はＥＥＤのアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、ＨＤＡＣ２及び／又はＨＤＡＣ３のアンタゴニストである。
方法の何れかの一部の実施態様では、がん療法剤は標的療法である。方法の何れかの一部の実施態様では、がん療法剤は化学療法である。方法の何れかの一部の実施態様では、がん療法剤は放射線療法である。
本明細書で用いられる療法への耐性を有するがんには、療法に応答性でなく及び／又は療法への有意な応答（例えば、部分寛解及び／又は完全寛解）を生成する能力が低減したがんが含まれる。耐性は、治療方法の間に起こる獲得耐性であってもよい。一部の実施態様では、獲得薬物耐性は、一過性及び／又は可逆的な薬物耐性である。療法への一過性及び／又は可逆的な薬物耐性には、治療方法の中断の後に薬物耐性が療法への感受性を回復することが可能であるものが含まれる。一部の実施態様では、獲得耐性は、恒久的耐性である。療法への恒久的耐性には、薬物耐性を付与する遺伝子変化が含まれる。
本明細書で用いられる療法への感受性を有するがんには、応答性である及び／又は有意な応答（例えば、部分寛解及び／又は完全寛解）を生成することが可能であるがんが含まれる。
療法への耐性獲得及び／又は感受性の維持を判定又は評価する方法は当技術分野で公知であり、実施例に記載される。薬物耐性及び／又は感受性は、（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）の存在下及び／又は不在下でがん療法剤に参照のがん細胞又は細胞集団を曝露させること、並びに／又は（ｂ）例えばがん細胞増殖、細胞生存率、アポトーシスのレベル及び／若しくは百分率及び／又は応答の１つ又は複数について試験することによって判定することができる。薬物耐性及び／又は感受性は、経時的に並びに／又は様々な濃度のがん療法剤で及び／若しくはクロマチン修飾因子のアンタゴニストの量で測定することができる。薬物耐性及び／又は感受性は、更に測定すること、並びに／又は親細胞、薬物耐性生残細胞及び／若しくは細胞株の薬物耐性増殖生残細胞を含む参照細胞株（例えば、ＰＣ９及び／又はＨ１２９９）と比較することができる。一部の実施態様では、細胞生存率は、ＣｙＱｕａｎｔ Ｄｉｒｅｃｔ細胞増殖アッセイによって分析することができる。実施例及びＳｈａｒｍａ等に記載される通り、耐性獲得及び／又は感受性の維持の変化、例えば薬物耐性は、薬物耐性生残細胞の増殖を試験することによって評価することができる。実施例及びＳｈａｒｍａ等に記載される通り、耐性獲得及び／又は感受性の維持の変化、例えば恒久的な耐性及び／又は耐性細胞の増殖は、薬物耐性増殖生残細胞の増殖を試験することによって評価することができる。一部の実施態様では、耐性は、薬物耐性生残細胞及び／又は薬物耐性増殖生残細胞におけるＩＣ５０、ＥＣ５０、又は腫瘍増殖の減少の変化によって示すことができる。一部の実施態様では、変化は約５０％、１００％及び／又は２００％の何れかより大きい。更に、耐性獲得及び／又は感受性の維持の変化は、例えば療法に対する応答、奏効期間及び／又は進行までの時間、例えば部分寛解及び完全寛解を評価することによって、インビボで評価することができる。耐性獲得及び／又は感受性の維持の変化は、個体集団における療法に対する応答、奏効期間及び／又は進行までの時間の変化、例えば部分寛解及び完全寛解の数に基づいてもよい。
方法の何れかの一部の実施態様では、がんは固形腫瘍がんである。一部の実施態様では、がんは、肺がん、乳がん、結腸直腸がん、結腸がん、メラノーマ及び／又は膵がんである。一部の実施態様では、がんは結腸直腸がんである。一部の実施態様では、がんは肺がん（例えば、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ））である。一部の実施態様では、がんは膵がんである。一部の実施態様では、がんは乳がんである。一部の実施態様では、がんはメラノーマである。一部の実施態様では、がんはＣＤ１３３陽性である。一部の実施態様では、がんはＣＤ２４陽性である。一部の実施態様では、がんは、高レベルのＨ３Ｋ２７トリメチル化を有する。一部の実施態様では、がんは、Ｈ３Ｋ２７トリメチル化のレベルの増加を起こす危険がある。一部の実施態様では、がんは、低レベルのＨ３Ｋ２７アセチル化を有する。一部の実施態様では、がんは、Ｈ３Ｋ２７アセチル化のレベルの減少を起こす危険がある。
クロマチン修飾因子のアンタゴニスト及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）を含む治療方法を開始するときの、本明細書に記載される併用療法の何れかにおけるがんは、がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）を単独で含む治療方法に感受性であってもよい（感受性であるの例には、限定されずに、応答性である及び／又は有意な応答（例えば、部分寛解及び／又は完全寛解）をもたらすことが可能であるが含まれる）。クロマチン修飾因子のアンタゴニスト及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）を含む治療方法を開始するときの、本明細書に記載される併用療法の何れかにおけるがんは、がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）を単独で含む治療方法に耐性でなくてもよい（耐性の例には、限定されずに、応答性でないこと並びに／又は有意な応答（例えば、部分寛解及び／又は完全寛解）をもたらす能力が低下すること及び／若しくはないことが含まれる）。一部の実施態様では、がん療法剤は標的療法であり、標的療法はＥＧＦＲのアンタゴニストである。一部の実施態様では、がん療法剤は化学療法であり、化学療法はタキサンである。
方法の何れかの一部の実施態様では、上記の実施態様の何れかによる個体は、ヒトであってもよい。
方法の何れかの一部の実施態様では、併用療法は同時投与されてもよい。方法の何れかの一部の実施態様では、併用療法は、併用投与（２つ以上の治療剤が同じであるか又は別々の製剤に含まれる）、並びにクロマチン修飾因子のアンタゴニスト及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）の投与が、追加の治療剤及び／又はアジュバントの投与の前に、同時に、逐次的に、同時並行的に及び／又はその後に起こることができる個別投与を包含することができる。方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子は、がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）の前及び／又は同時並行的に投与される。一部の実施態様では、併用療法は放射線療法及び／又は追加の治療剤を更に含む。
方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及びがん療法剤（例えば、標的療法及び／又は化学療法及び／又は放射線療法）は、経口、非経口、肺内及び鼻腔内、及び局所治療のために所望により、病巣内投与を含む任意の適する手段によって投与することができる。非経口注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内又は皮下の投与が含まれる。投与は、一部投与が短期であるか又は長期であるかによって、任意の適する経路、例えば注射、例えば静脈内又は皮下注射によることができる。限定されずに様々な時点での単一又は複数の投与、ボーラス投与及びパルス注入を含む、様々な投与スケジュールが本明細書で企図される。
方法の何れかの一部の実施態様では、本明細書に記載されるクロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）は、医学行動規範と一致した様式で製剤化、調薬及び投与することができる。この関係において考慮すべき要素には、治療される特定の障害、治療される特定の哺乳動物、個々の患者の臨床状態、障害の原因、薬剤の送達部位、投与方法、投与計画及び医療施術者に公知である他の要素が含まれる。クロマチン修飾因子のアンタゴニスト及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）は、その必要がないが、問題の障害を予防又は治療するために現在使用されている１つ又は複数の薬剤と一緒に任意選択的に製剤化される。このような他の薬剤の有効量は、製剤中に存在するクロマチン修飾因子のアンタゴニスト及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）の量、障害又は治療の種類及び上述の他の要素に依存する。これらは、本明細書に記載されるのと同じ投薬量、及び投与経路で、又は本明細書に記載される投薬量の約１から９９％で、又は適当であると経験的／臨床的に判定される任意の投薬量及び任意の経路によって一般に使用される。
疾患の予防又は治療のために、本明細書に記載されるクロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）の適当な投薬量は（単独で、又は１つ又は複数の他の追加の治療剤と一緒に使用される場合）、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）が予防又は治療目的のために投与されるかどうかにかかわらず、治療する疾患の種類、疾患の重症度及び経過、前の療法、患者の病歴、並びにクロマチン修飾因子のアンタゴニスト及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）への応答、並びに主治医の裁量に依存する。クロマチン修飾因子のアンタゴニスト及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）は、好適には患者に対して単回で、又は一連の治療にわたって投与される。数日以上にわたる反復投与のために、状態に従い、治療は疾患症状の所望の抑制が起こるまで一般に持続する。そのような用量は、断続的に、例えば毎週又は３週毎に投与することができる（例えば、患者が約２から約２０用量、又は例えば約６用量のクロマチン修飾因子のアンタゴニスト及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）を受けるように）。最初のより高い負荷投与量と、続く１回又は複数回のより低い用量を投与することができる。例示的な投与レジメンは、投与することを含む。しかし、他の投薬レジメンが有益である可能性がある。この療法の進行は、従来の技術及びアッセイにより容易に監視される。一部の実施態様では、併用療法は、（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）タキサン（例えば、パクリタキセル）を含む。一部の実施態様では、併用療法は（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び（ｂ）ＥＧＦＲアンタゴニストを含む。
クロマチン修飾因子及び／又はＥＧＦＲアンタゴニストのような免疫複合体を使用して、上記の製剤又は治療方法の何れかを実行することができることが理解される。
ＩＩＩ．治療組成物
本明細書において、本明細書に記載される方法で使用するためのクロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及びがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）が提供される。ある特定の実施態様では、この組合せは、単独で投与されるがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）の有効性を増加させる。ある特定の実施態様では、この組合せは、がん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）に耐性のがんの発達を遅延させ、及び／又は阻止する。ある特定の実施態様では、この組合せは、がんの個体においてがん療法剤（例えば、標的療法、化学療法及び／又は放射線療法）感受性の期間を延長する。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト及び／又はがん療法剤（例えば、標的療法）は、抗体、結合ポリペプチド、結合小分子及び／又はポリヌクレオチドである。
方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のモジュレーターはクロマチン修飾因子のアンタゴニストである。
方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子は、ポリコーム抑制複合体（ＰＲＣ）のメンバーである。一部の実施態様では、ＰＲＣのメンバーは、ポリコーム抑制複合体１（ＰＲＣ１）のメンバーである。一部の実施態様では、ＰＲＣ１のメンバーは、ＲＩＮＧ１Ｂ、ＣＢＸ３、ＣＢＸ６及びＣＢＸ８の１つ又は複数である。一部の実施態様では、ＰＲＣのメンバーは、ポリコーム抑制複合体２（ＰＲＣ２）のメンバーである。一部の実施態様では、ＰＲＣ２のメンバーは、ＥＺＨ２及び／又はＥＥＤである。一部の実施態様では、ＰＲＣ２のメンバーは、ＥＺＨ２である。
方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子は、ヌクレオソームリモデリング及び脱アセチル複合体（ＮｕＲＤ）のメンバーである。一部の実施態様では、ＮｕＲＤのメンバーは、ＣＨＤ４、ＲＢＢＰ４、ＨＤＡＣ１、ＨＤＡＣ２及びＨＤＡＣ３の１つ又は複数である。一部の実施態様では、ＮｕＲＤのメンバーは、ＨＤＡＣ２及び／又はＨＤＡＣ３である。
方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子は、ユビキチン結合酵素である。一部の実施態様では、ユビキチン結合酵素は、ＵＢＥ２Ａ及び／又はＵＢＥ２Ｂである。
方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子は、ＡＴＲＸ、ＭＹＳＴ４、ＣＤＹＬ、ＬＲＷＤ１、ＣＨＤ７、ＰＨＦ１０、ＰＨＦ１２、ＰＨＦ２３、ＣＨＤ１、ＭＧＥＡ５、ＭＬＬＴ１０、ＳＩＲＴ４、ＴＰ５３ＢＰ１、ＢＲＤＴ、ＣＢＸ６、ＥＶＩ１、ＧＴＦ３Ｃ４、ＨＩＲＡ、ＭＰＨＯＳＰＨ８、ＮＣＯＡ１、ＲＢＢＰ５、ＴＤＲＤ７、及びＺＣＷＰＷ１の１つ又は複数である。方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子は、ＡＴＲＸ、ＭＹＳＴ４、ＣＤＹＬ、ＬＲＷＤ１、ＣＨＤ７、ＰＨＦ１０、ＰＨＦ１２、ＰＨＦ２３及びＣＨＤ１の１つ又は複数である。方法の何れかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子は、ＭＧＥＡ５、ＭＬＬＴ１０、ＳＩＲＴ４、ＴＰ５３ＢＰ１、ＡＴＲＸ、ＢＲＤＴ、ＣＢＸ６、ＣＨＤ１、ＥＶＩ１、ＧＴＦ３Ｃ４、ＨＩＲＡ、ＭＰＨＯＳＰＨ８、ＮＣＯＡ１、ＲＢＢＰ５、ＴＤＲＤ７、及びＺＣＷＰＷ１の１つ又は複数である。
様々なヒトクロマチン修飾因子のアミノ酸配列が当技術分野で公知であり、公開されている。例えば、ＡＴＲＸ（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ５４６；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｐ４６１００−１、Ｐ４６１００−２、Ｐ４６１００−３、Ｐ４６１００−４、Ｐ４６１００−５、及び／又はＰ４６１００−６）、ＵＢＥ２Ａ（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ７３１９；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ ４９４５９−１、Ｐ４９４５９−２、及び／又はＰ４９４５９−３）、ＵＢＥ２Ｂ（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ７３２０；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｐ６３１４６）、ＭＹＳＴ４（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ２３５２２；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ８ＷＹＢ５−１、Ｑ８ＷＹＢ５−２、及び／又はＱ８ＷＹＢ５−３）、ＥＺＨ２（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ２１４６；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ１５９１０−１、Ｑ１５９１０−２、Ｑ１５９１０−３、Ｑ１５９１０−４、及び／又はＱ１５９１０−５）、ＨＤＡＣ２（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ３０６６；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ９２７６９）、ＨＤＡＣ３（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ８８４１；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｏ１５３７９−１及び／又はＯ１５３７９−２）、ＣＤＹＬ（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ９４２５；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ９Ｙ２３２−１、Ｑ９Ｙ２３２−２、Ｑ９Ｙ２３２−３、及び／又はＱ９Ｙ２３２−４）、ＬＲＷＤ１（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ２２２２２９；ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ９ＵＦＣ０）、ＣＨＤ７（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ５５６３６；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ９Ｐ２Ｄ１−１及び／又はＱ９Ｐ２Ｄ１−２）、ＰＨＦ１０（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ５５２７４；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ８ＷＵＢ８−１、Ｑ８ＷＵＢ８−２、及び／又はＱ８ＷＵＢ８−３）、ＰＨＦ１２（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ５７６４９；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ９６ＱＴ６−１、Ｑ９６ＱＴ６−２、Ｑ９６ＱＴ６−３、及び／又はＱ９６ＱＴ６−４）、ＰＨＦ２３（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ７９１４２；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ９ＢＵＬ５−１、及び／又はＱ９ＢＵＬ５−２）、ＣＨＤ１（Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ １１０５；ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｏ１４６４６−１及び／又はＯ１４６４６−２）、ＲＩＮＧ１Ｂ（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ６０４５；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ９９４９６）、ＥＥＤ（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ８７２６；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｏ７５５３０−１、Ｏ７５５３０−２、及び／又はＯ７５５３０−３）、ＣＢＸ３（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ １１３３５；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ１３１８５）、ＣＢＸ６（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ２３４６６；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｏ９５５０３）、ＣＢＸ８（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ５７３３２；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ９ＨＣ５２）、ＣＨＤ４（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ １１０８；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ１４８３９−１及び／又はＱ１４８３９−２）、ＲＢＢＰ４（例えば、Ｅｎｔｒｅｚ ＩＤ ５９２８；ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ０９０２８−１、Ｑ０９０２８−２、Ｑ０９０２８−３、及び／又はＱ０９０２８−４）、ＭＧＥＡ５（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｂ４ＤＹＶ７）、ＭＬＬＴ１０（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｐ５５１９７−１、Ｐ５５１９７−２、及び／又はＰ５５１９７−３）、ＳＩＲＴ４（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ９Ｙ６Ｅ７）、ＴＰ５３ＢＰ１（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ１２８８８−１及び／又はＱ１２８８８−２）、ＢＲＤＴ（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ５８Ｆ２１−１、Ｑ５８Ｆ２１−２、Ｑ５８Ｆ２１−３、Ｑ５８Ｆ２１−４、及び／又はＱ５８Ｆ２１−５）、ＧＴＦ３Ｃ４（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ０５ＣＮ７）、ＥＶＩ（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ９ＵＢＫ３）、ＨＩＲＡ（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｐ５４１９８−１及び／又はＰ５４１９８−２）、ＭＰＨＯＳＰＨ８（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ９９５４９−１及び／又はＱ９９５４９−２）、ＮＣＯＡ１（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ１５７８８−１、Ｑ１５７８８−２、及び／又はＱ１５７８８−３）、ＲＢＢＰ５（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ１５２９１−１及び／又はＱ１５２９１−２）、ＴＤＲＤ７（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ８ＮＨＵ６−１、Ｑ８ＮＨＵ６−２、及び／又はＱ８ＮＨＵ６−３）、及び／又はＺＣＷＰＷ１（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＢＤ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｑ９Ｈ０Ｍ４−１、Ｑ９Ｈ０Ｍ４−２、Ｑ９Ｈ０Ｍ４−３、Ｑ９Ｈ０Ｍ４−４、及び／又はＱ９Ｈ０Ｍ４−５）を参照。
ＥＺＨ２阻害剤の例には、国際公開第１９９６／０３５７８４号に記載の抗体、国際公開第２００４／０５２３９２号に記載の結合ポリペプチド、国際公開第２０１１／１４０３２５号、国際公開第２０１１／１４０３２４号、国際公開第２０１２／０３４１３２号、国際公開第２０１２／００５８０５号、国際公開第２０１３０４９７７０号、米国特許第８４１００８８号、米国特許出願公開第２０１２００７１４１８号、国際公開第２０１２０５０５３２号、国際公開第２００７１４９７８２号、Ｖｅｒｍａ等、ＡＣＳ Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．３（１２）：１０９１−１０９６（２０１２）に記載の結合小分子、国際公開第２０１１／１１１０７２号、国際公開第２０１２／０５０５３２号、国際公開第２００３／０７０８８７号に記載の、及び／又は国際公開第２００９／００６５７７号、国際公開第２０１１／１０３０１６号、国際公開第２００５／０３４８４５号に一般に記載のポリヌクレオチドが含まれ、これらは全て出典明示により完全に本明細書に援用される。一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、ヒストンＨ３ Ｋ２７トリメチル化を阻害する。一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、ヒストンＨ３ Ｋ２７トリメチル化を低減する。一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、ヒストンＨ３ Ｋ２７ジ−、モノ−及び／又は非メチル化の１つ又は複数を増加させる。一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、ヒストンＨ３ Ｋ２７アセチル化の増加をもたらす。一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、イソリキリチゲニンである。一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、ＤＺＮｅＰ並びに／又は薬学的に許容されるその塩及び／若しくは誘導体である。一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、ＧＳＫ３４３並びに／又は薬学的に許容されるその塩及び／若しくは誘導体である。
一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、ＧＳＫ１２６並びに／又は薬学的に許容されるその塩及び／若しくは誘導体である（ＭｃＣａｂｅ等、Ｎａｔｕｒｅ ４９２：１０８−１１２（２０１２）に記載されるＧＳＫ１２６）。一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、ＣＡＳ＃１３４６５７４−５７−９又は薬学的に許容されるその塩である。一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、（Ｓ）−１−（ｓｅｃ−ブチル）−Ｎ−（（４，６−ジメチル−２−オキソ−１，２−ジヒドロピリジン−３−イル）メチル）−３−メチル−６−（６−（ピペラジン−１−イル）ピリジン−３−イル）−１Ｈ−インドール−４−カルボキサミド又は薬学的に許容されるその塩である。一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は
又は薬学的に許容されるその塩である。
一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、ＧＳＫ９２６並びに／又は薬学的に許容されるその塩及び／若しくは誘導体である。
一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、式（Ｉ）の化合物：
（上式で、
Ｘ及びＺは、水素、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ６−Ｃ１０）ビシクロアルキル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換されたアリール、非置換の又は置換されたアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換されたヘテロアリール、非置換の又は置換されたヘテロアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、ハロ、シアノ、−ＣＯＲａ、−ＣＯ２Ｒａ、−ＣＯＮＲａＲｂ、−ＣＯＮＲａＮＲａＲｂ、−ＳＲａ、−ＳＯＲａ、−ＳＯ２Ｒａ、−ＳＯ２ＮＲａＲｂ、ニトロ、−ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＮＲａＳＯ２Ｒｂ、−ＮＲａＳＯ２ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＯＲａ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒａ、及び−ＯＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂからなる群から独立して選択され；
Ｙは、Ｈ又はハロであり；
Ｒ１は、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ６−Ｃ１０）ビシクロアルキル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、非置換の又は置換されたアリール、非置換の又は置換されたアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換されたヘテロアリール、非置換の又は置換されたヘテロアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、−ＣＯＲａ、−ＣＯ２Ｒａ、−ＣＯＮＲａＲｂ、−ＣＯＮＲａＮＲａＲｂであり；
Ｒ３は、水素、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、シアノ、トリフルオロメチル、−ＮＲａＲｂ又はハロであり；
Ｒ６は、水素、ハロ、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、−Ｂ（ＯＨ）２、置換された又は非置換の（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ６−Ｃ１０）ビシクロアルキル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、非置換の又は置換されたアリール、非置換の又は置換されたアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、非置換の又は置換されたヘテロアリール、非置換の又は置換されたヘテロアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、シアノ、−ＣＯＲａ、−ＣＯ２Ｒａ、−ＣＯＮＲａＲｂ、−ＣＯＮＲａＮＲａＲｂ、−ＳＲａ、−ＳＯＲａ、−ＳＯ２Ｒａ、−ＳＯ２ＮＲａＲｂ、ニトロ、−ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＮＲａＳＯ２Ｒｂ、−ＮＲａＳＯ２ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＯＲａ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒａ、−ＯＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂからなる群から選択され；
上式で、任意の（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、ビシクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール又はヘテロアリール基は、−Ｏ（Ｃ１−Ｃ６）アルキル（Ｒｃ）１−２、−Ｓ（Ｃ１−Ｃ６）アルキル（Ｒｃ）１−２、−（Ｃ１−Ｃ６）アルキル（Ｒｃ）１−２、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル−ヘテロシクロアルキル、（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル−ヘテロシクロアルキル、ハロ、（Ｃ１−Ｃ６）アルキル、（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、（Ｃ１−Ｃ６）ハロアルキル、シアノ、−ＣＯＲａ、−ＣＯ２Ｒａ、−ＣＯＮＲａＲｂ、−ＳＲａ、−ＳＯＲａ、−ＳＯ２Ｒａ、−ＳＯ２ＮＲａＲｂ、ニトロ、−ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＮＲａＳＯ２Ｒｂ、−ＮＲａＳＯ２ＮＲａＲｂ、−ＯＲａ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒａ、−ＯＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アリール（Ｃ１−Ｃ４）アルキル及びヘテロアリール（Ｃ１−Ｃ４）アルキルからなる群から独立して選択される１つ、２つ又は３つの基によって置換されていてもよく；
上式で、前記のアリール、ヘテロアリール、アリール（Ｃ１−Ｃ４）アルキル又はヘテロアリール（Ｃ１−Ｃ４）アルキルの任意のアリール又はヘテロアリール部分は、ハロ、（Ｃ１−Ｃ６）アルキル、（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、（Ｃ１−Ｃ６）ハロアルキル、シアノ、−ＣＯＲａ、−ＣＯ２Ｒａ、−ＣＯＮＲａＲｂ、−ＳＲａ、−ＳＯＲａ、−ＳＯ２Ｒａ、−ＳＯ２ＮＲａＲｂ、ニトロ、−ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＮＲａＳＯ２Ｒｂ、−ＮＲａＳＯ２ＮＲａＲｂ、−ＯＲａ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒａ、及び−ＯＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂからなる群から独立して選択される１つ、２つ又は３つの基によって置換されていてもよく；
Ｒａ及びＲｂは、各々独立して水素、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、（Ｃ６−Ｃ１０）ビシクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリールであり、前記（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、ビシクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール又はヘテロアリール基は、ハロ、ヒドロキシル、（Ｃ１−Ｃ４）アルコキシ、アミノ、（Ｃ１−Ｃ４）アルキルアミノ、（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）アミノ、−ＣＯ２Ｈ、−ＣＯ２（Ｃ１−Ｃ４）アルキル、−ＣＯＮＨ２、−ＣＯＮＨ（Ｃ１−Ｃ４）アルキル、−ＣＯＮ（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）、−ＳＯ２（Ｃ１−Ｃ４）アルキル、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＳＯ２ＮＨ（Ｃ１−Ｃ４）アルキル又は−ＳＯ２Ｎ（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）から独立して選択される１つ、２つ又は３つの基によって置換されていてもよく；
あるいは、Ｒａ及びＲｂはそれらが結合する窒素と一緒に、酸素、窒素及び硫黄から選択される追加のヘテロ原子を任意選択的に含有する５−８員環の飽和又は不飽和の環を表し、前記環は、（Ｃ１−Ｃ４）アルキル、（Ｃ１−Ｃ４）ハロアルキル、アミノ、（Ｃ１−Ｃ４）アルキルアミノ、（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）アミノ、ヒドロキシル、オキソ、（Ｃ１−Ｃ４）アルコキシ及び（Ｃ１−Ｃ４）アルコキシ（Ｃ１−Ｃ４）アルキルから独立して選択される１つ、２つ又は３つの基によって置換されていてもよく、前記環は、（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール又はヘテロアリール環と任意選択的に縮合され；
あるいは、Ｒａ及びＲｂはそれらが結合する窒素と一緒に、（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール又はヘテロアリール環と任意選択的に縮合される６から１０員環の架橋二環式環系を表し；
各Ｒｃは、独立して（Ｃ１−Ｃ４）アルキルアミノ、−ＮＲａＳＯ２Ｒｂ、−ＳＯＲａ、−ＳＯ２Ｒａ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＮＲａＲｂ又は−ＣＯ２Ｒａである）
又はその塩である。
一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、式（ＩＩ）の化合物：
（上式で、
Ｘ及びＺは、水素、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ６−Ｃ１０）ビシクロアルキル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換されたアリール、非置換の又は置換されたアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換されたヘテロアリール、非置換の又は置換されたヘテロアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、ハロ、シアノ、−ＣＯＲａ、−ＣＯ２Ｒａ、−ＣＯＮＲａＲｂ、−ＣＯＮＲａＮＲａＲｂ、−ＳＲａ、−ＳＯＲａ、−ＳＯ２Ｒａ、−ＳＯ２ＮＲａＲｂ、ニトロ、−ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＮＲａＳＯ２Ｒｂ、−ＮＲａＳＯ２ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＯＲａ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒａ、及び−ＯＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂからなる群から独立して選択され；
Ｙは、Ｈ又はハロであり；
Ｒ１は、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ６−Ｃ１０）ビシクロアルキル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、非置換の又は置換されたアリール、非置換の又は置換されたアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換されたヘテロアリール、非置換の又は置換されたヘテロアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、−ＣＯＲａ、−ＣＯ２Ｒａ、−ＣＯＮＲａＲｂ、−ＣＯＮＲａＮＲａＲｂであり；
Ｒ２は、水素、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、トリフルオロメチル、アルコキシ又はハロであり、前記（Ｃ１−Ｃ８）アルキルは、アミノ及び（Ｃ１−Ｃ３）アルキルアミノから選択される１から２つの基で置換されてもよく；
Ｒ７は、水素、（Ｃ１−Ｃ３）アルキル又はアルコキシであり；Ｒ３は、水素、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、シアノ、トリフルオロメチル、−ＮＲａＲｂ又はハロであり；
Ｒ６は、水素、ハロ、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、−Ｂ（ＯＨ）２、置換された又は非置換の（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ６−Ｃ１０）ビシクロアルキル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、非置換の又は置換されたアリール、非置換の又は置換されたアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、非置換の又は置換されたヘテロアリール、非置換の又は置換されたヘテロアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、シアノ、−ＣＯＲａ、−ＣＯ２Ｒａ、−ＣＯＮＲａＲｂ、−ＣＯＮＲａＮＲａＲｂ、−ＳＲａ、−ＳＯＲａ、−ＳＯ２Ｒａ、−ＳＯ２ＮＲａＲｂ、ニトロ、−ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＮＲａＳＯ２Ｒｂ、−ＮＲａＳＯ２ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＯＲａ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒａ、−ＯＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂからなる群から選択され；
上式で、任意の（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、ビシクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール又はヘテロアリール基は、−Ｏ（Ｃ１−Ｃ６）アルキル（Ｒｃ）１−２、−Ｓ（Ｃ１−Ｃ６）アルキル（Ｒｃ）１−２、−（Ｃ１−Ｃ６）アルキル（Ｒｃ）１−２、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル−ヘテロシクロアルキル、（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル−ヘテロシクロアルキル、ハロ、（Ｃ１−Ｃ６）アルキル、（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、（Ｃ１−Ｃ６）ハロアルキル、シアノ、−ＣＯＲａ、−ＣＯ２Ｒａ、−ＣＯＮＲａＲｂ、−ＳＲａ、−ＳＯＲａ、−ＳＯ２Ｒａ、−ＳＯ２ＮＲａＲｂ、ニトロ、−ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＮＲａＳＯ２Ｒｂ、−ＮＲａＳＯ２ＮＲａＲｂ、−ＯＲａ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒａ、−ＯＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アリール（Ｃ１−Ｃ４）アルキル及びヘテロアリール（Ｃ１−Ｃ４）アルキルからなる群から独立して選択される１つ、２つ又は３つの基によって置換されていてもよく；
上式で、前記のアリール、ヘテロアリール、アリール（Ｃ１−Ｃ４）アルキル又はヘテロアリール（Ｃ１−Ｃ４）アルキルの任意のアリール又はヘテロアリール部分は、ハロ、（Ｃ１−Ｃ６）アルキル、（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、（Ｃ１−Ｃ６）ハロアルキル、シアノ、−ＣＯＲａ、−ＣＯ２Ｒａ、−ＣＯＮＲａＲｂ、−ＳＲａ、−ＳＯＲａ、−ＳＯ２Ｒａ、−ＳＯ２ＮＲａＲｂ、ニトロ、−ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＮＲａＳＯ２Ｒｂ、−ＮＲａＳＯ２ＮＲａＲｂ、−ＯＲａ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒａ、及び−ＯＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂからなる群から独立して選択される１つ、２つ又は３つの基によって置換されていてもよく；
各Ｒｃは、独立して（Ｃ１−Ｃ４）アルキルアミノ、−ＮＲａＳＯ２Ｒｂ、−ＳＯＲａ、−ＳＯ２Ｒａ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＮＲａＲｂ又は−ＣＯ２Ｒａであり；
Ｒａ及びＲｂは、各々独立して水素、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、（Ｃ６−Ｃ１０）ビシクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリールであり、前記（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、ビシクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール又はヘテロアリール基は、ハロ、ヒドロキシル、（Ｃ１−Ｃ４）アルコキシ、アミノ、（Ｃ１−Ｃ４）アルキルアミノ、（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）アミノ、−ＣＯ２Ｈ、−ＣＯ２（Ｃ１−Ｃ４）アルキル、−ＣＯＮＨ２、−ＣＯＮＨ（Ｃ１−Ｃ４）アルキル、−ＣＯＮ（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）、−ＳＯ２（Ｃ１−Ｃ４）アルキル、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＳＯ２ＮＨ（Ｃ１−Ｃ４）アルキル又は−ＳＯ２Ｎ（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）から独立して選択される１つ、２つ又は３つの基によって置換されていてもよく；
あるいは、Ｒａ及びＲｂはそれらが結合する窒素と一緒に、酸素、窒素及び硫黄から選択される追加のヘテロ原子を任意選択的に含有する５−８員環の飽和又は不飽和の環を表し、前記環は、（Ｃ１−Ｃ４）アルキル、（Ｃ１−Ｃ４）ハロアルキル、アミノ、（Ｃ１−Ｃ４）アルキルアミノ、（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）アミノ、ヒドロキシル、オキソ、（Ｃ１−Ｃ４）アルコキシ及び（Ｃ１−Ｃ４）アルコキシ（Ｃ１−Ｃ４）アルキルから独立して選択される１つ、２つ又は３つの基によって置換されていてもよく、前記環は、（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール又はヘテロアリール環と任意選択的に縮合され；
あるいは、Ｒａ及びＲｂはそれらが結合する窒素と一緒に、（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール又はヘテロアリール環と任意選択的に縮合される６から１０員環の架橋二環式環系を表す）
又はその塩である。
一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、Ｓ−アデノシル−Ｌ−ホモシステイン若しくは薬学的に許容されるその塩、及び／又は
若しくは薬学的に許容されるその塩である。
一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、式（ＩＩＩ）の化合物、
（上式で、
Ｘ及びＺは、水素、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ６−Ｃ１０）ビシクロアルキル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換されたアリール、非置換の又は置換されたアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換されたヘテロアリール、非置換の又は置換されたヘテロアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、ハロ、シアノ、−ＣＯＲａ、−ＣＯ２Ｒａ、−ＣＯＮＲａＲｂ、−ＣＯＮＲａＮＲａＲｂ、−ＳＲａ、−ＳＯＲａ、−ＳＯ２Ｒａ、−ＳＯ２ＮＲａＲｂ、ニトロ、−ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＮＲａＳＯ２Ｒｂ、−ＮＲａＳＯ２ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＯＲａ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒａ、及び−ＯＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂからなる群から独立して選択され；
Ｙは、Ｈ又はハロであり；
Ｒ１は、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ６−Ｃ１０）ビシクロアルキル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、非置換の又は置換されたアリール、非置換の又は置換されたアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、非置換の又は置換されたヘテロアリール、非置換の又は置換されたヘテロアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル又は−（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、−ＣＯＲａ、−ＣＯ２Ｒａ、−ＣＯＮＲａＲｂ、−ＣＯＮＲａＮＲａＲｂであり；
Ｒ３は、水素、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、シアノ、トリフルオロメチル、−ＮＲａＲｂ又はハロであり；
Ｒ６は、水素、ハロ、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、非置換の又は置換された（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、非置換の又は置換された（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ６−Ｃ１０）ビシクロアルキル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル、非置換の又は置換されたヘテロシクロアルキル−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、非置換の又は置換されたアリール、非置換の又は置換されたアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、非置換の又は置換されたヘテロアリール、非置換の又は置換されたヘテロアリール−（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、シアノ、−ＣＯＲａ、−ＣＯ２Ｒａ、−ＣＯＮＲａＲｂ、−ＣＯＮＲａＮＲａＲｂ、−ＳＲａ、−ＳＯＲａ、−ＳＯ２Ｒａ、−ＳＯ２ＮＲａＲｂ、ニトロ、−ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＮＲａＳＯ２Ｒｂ、−ＮＲａＳＯ２ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＯＲａ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒａ、−ＯＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂからなる群から選択され；
上式で、任意の（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、ビシクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール又はヘテロアリール基は、ハロ、（Ｃ１−Ｃ６）アルキル、（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、（Ｃ１−Ｃ６）ハロアルキル、シアノ、−ＣＯＲａ、−ＣＯ２Ｒａ、−ＣＯＮＲａＲｂ、−ＳＲａ、−ＳＯＲａ、−ＳＯ２Ｒａ、−ＳＯ２ＮＲａＲｂ、ニトロ、−ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＮＲａＳＯ２Ｒｂ、−ＮＲａＳＯ２ＮＲａＲｂ、−ＯＲａ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒａ、−ＯＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アリール（Ｃ１−Ｃ４）アルキル及びヘテロアリール（Ｃ１−Ｃ４）アルキルからなる群から独立して選択される１つ、２つ又は３つの基によって置換されていてもよく；
上式で、前記のアリール、ヘテロアリール、アリール（Ｃ１−Ｃ４）アルキル又はヘテロアリール（Ｃ１−Ｃ４）アルキルの任意のアリール又はヘテロアリール部分は、ハロ、（Ｃ１−Ｃ６）アルキル、（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、（Ｃ１−Ｃ６）ハロアルキル、シアノ、−ＣＯＲａ、−ＣＯ２Ｒａ、−ＣＯＮＲａＲｂ、−ＳＲａ、−ＳＯＲａ、−ＳＯ２Ｒａ、−ＳＯ２ＮＲａＲｂ、ニトロ、−ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲａＣ（Ｏ）ＯＲａ、−ＮＲａＳＯ２Ｒｂ、−ＮＲａＳＯ２ＮＲａＲｂ、−ＯＲａ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒａ、及び−ＯＣ（Ｏ）ＮＲａＲｂからなる群から独立して選択される１つ、２つ又は３つの基によって置換されていてもよく；
Ｒａ及びＲｂは、各々独立して水素、（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、（Ｃ５−Ｃ８）シクロアルケニル、（Ｃ６−Ｃ１０）ビシクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリールであり、前記（Ｃ１−Ｃ８）アルキル、（Ｃ２−Ｃ８）アルケニル、（Ｃ２−Ｃ８）アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、ビシクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール又はヘテロアリール基は、ハロ、ヒドロキシル、（Ｃ１−Ｃ４）アルコキシ、アミノ、（Ｃ１−Ｃ４）アルキルアミノ、（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）アミノ、−ＣＯ２Ｈ、−ＣＯ２（Ｃ１−Ｃ４）アルキル、−ＣＯＮＨ２、−ＣＯＮＨ（Ｃ１−Ｃ４）アルキル、−ＣＯＮ（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）、−ＳＯ２（Ｃ１−Ｃ４）アルキル、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＳＯ２ＮＨ（Ｃ１−Ｃ４）アルキル又は−ＳＯ２Ｎ（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）から独立して選択される１つ、２つ又は３つの基によって置換されていてもよく；
あるいは、Ｒａ及びＲｂはそれらが結合する窒素と一緒に、酸素、窒素及び硫黄から選択される追加のヘテロ原子を任意選択的に含有する５−８員環の飽和又は不飽和の環を表し、前記環は、（Ｃ１−Ｃ４）アルキル、（Ｃ１−Ｃ４）ハロアルキル、アミノ、（Ｃ１−Ｃ４）アルキルアミノ、（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）（（Ｃ１−Ｃ４）アルキル）アミノ、ヒドロキシル、オキソ、（Ｃ１−Ｃ４）アルコキシ及び（Ｃ１−Ｃ４）アルコキシ（Ｃ１−Ｃ４）アルキルから独立して選択される１つ、２つ又は３つの基によって置換されていてもよく、前記環は、（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール又はヘテロアリール環と任意選択的に縮合され；
あるいは、Ｒａ及びＲｂはそれらが結合する窒素と一緒に、（Ｃ３−Ｃ８）シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール又はヘテロアリール環と任意選択的に縮合される６から１０員環の架橋二環式環系を表す）
又はその塩である。
一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、Ｖｅｒｍａ等、ＡＣＳ Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔｅｒｓ ３：１０９１−１０９６（２０１２）に記載されるＥＺＨ２阻害剤である。一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、式（ＩＶ）の化合物である：
一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、式（Ｉｇ）の化合物又は薬学的に許容されるその塩である：
（上式で、Ｒ２、Ｒ４及びＲ１２は、各々独立してＣ１−６アルキルであり；
Ｒ６は、Ｃ６−Ｃ１０アリール又は５若しくは６員環のヘテロアリールであり、それぞれは１つ又は複数の−Ｑ２−Ｔ２で置換されていてもよく、式中、Ｑ２は結合であるか、又はハロ、シアノ、ヒドロキシル若しくはＣ１−Ｃ６アルコキシで置換されていてもよいＣ１−Ｃ３アルキルリンカーであり、Ｔ２は、Ｈ、ハロ、シアノ、−ＯＲａ、−ＮＲａＲｂ、−（ＮＲａＲｂＲｃ）＋Ａ−、−Ｃ（Ｏ）Ｒａ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲａ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲａＲｂ、−ＮＲｂＣ（Ｏ）Ｒａ、−ＮＲｂＣ（Ｏ）ＯＲａ、−Ｓ（Ｏ）２Ｒａ、−Ｓ（Ｏ）２ＮＲａＲｂ又はＲＳ２であり、式中、Ｒａ、Ｒｂ及びＲｃは各々独立してＨ又はＲＳ３であり、Ａ−は薬学的に許容されるアニオンであり、ＲＳ２及びＲＳ３の各々は独立してＣ１−Ｃ６アルキル、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から１２員環のヘテロシクロアルキル又は５若しくは６員環のヘテロアリールであるか、あるいは、Ｒａ及びＲｂは、それらが結合するＮ原子と一緒に、０又は１つの追加のヘテロ原子を有する４から１２員環のヘテロシクロアルキル環を形成し、ＲＳ２、ＲＳ３並びにＲａ及びＲｂによって形成される４から１２員環のヘテロシクロアルキル環の各々は、１つ又は複数の−Ｑ３−Ｔ３で置換されていてもよく、式中、Ｑ３は結合であるか、又はＣ１−Ｃ３アルキルリンカーであり、各々はハロ、シアノ、ヒドロキシル若しくはＣ１−Ｃ６アルコキシで置換されていてもよく、Ｔ３は、ハロ、シアノ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から１２員環のヘテロシクロアルキル、５又は６員環のヘテロアリール、ＯＲｄ、ＣＯＯＲｄ、−Ｓ（Ｏ）２Ｒｄ、−ＮＲｄＲｅ及び−Ｃ（Ｏ）ＮＲｄＲｅからなる群から選択され、Ｒｄ及びＲｅの各々は独立してＨ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり、あるいは−Ｑ３−Ｔ３はオキソであり；あるいは、任意の２つの隣接する−Ｑ２−Ｔ２は、それらが結合する原子と一緒に、Ｎ、Ｏ及びＳから選択される１−４個のヘテロ原子を任意選択的に含有し、ハロ、ヒドロキシル、ＣＯＯＨ、Ｃ（Ｏ）Ｏ−Ｃ１−Ｃ６アルキル、シアノ、Ｃ１−Ｃ６アルコキシル、アミノ、モノＣ１−Ｃ６アルキルアミノ、ジ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノ、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から１２員環のヘテロシクロアルキル及び５又は６員環のヘテロアリールからなる群から選択される１つ又は複数の置換基で置換されていてもよい５又は６員環を形成し；
Ｒ７は−Ｑ４−Ｔ４であり、式中、Ｑ４は、結合、Ｃ１−Ｃ４アルキルリンカー又はＣ２−Ｃ４アルケニルリンカーであり、各リンカーは、ハロ、シアノ、ヒドロキシル又はＣ１−Ｃ６アルコキシで置換されていてもよく、Ｔ４は、Ｈ、ハロ、シアノ、ＮＲｆＲｇ、−ＯＲｆ、−Ｃ（Ｏ）Ｒｆ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲｆ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲｆＲｇ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲｆＯＲｇ、−ＮＲｆＣ（Ｏ）Ｒｇ、−Ｓ（Ｏ）２Ｒｆ又はＲＳ４であり、式中、Ｒｆ及びＲｇの各々は独立してＨ又はＲＳ５であり、ＲＳ４及びＲＳ５の各々は独立してＣ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から１２員環のヘテロシクロアルキル、又は５若しくは６員環のヘテロアリールであり、ＲＳ４及びＲＳ５の各々は、１つ又は複数の−Ｑ５−Ｔ５で置換されていてもよく、式中、Ｑ５は結合、Ｃ（Ｏ）、Ｃ（Ｏ）ＮＲｋ、ＮＲｋＣ（Ｏ）、Ｓ（Ｏ）２又はＣ１−Ｃ３アルキルリンカーであり、ＲｋはＨ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり、Ｔ５は、Ｈ、ハロ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、ヒドロキシル、シアノ、Ｃ１−Ｃ６アルコキシル、アミノ、モノＣ１−Ｃ６アルキルアミノ、ジ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノ、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から１２員環のヘテロシクロアルキル、５若しくは６員環のヘテロアリール又はＳ（Ｏ）ｑＲｑであり、式中ｑは０、１又は２であり、Ｒｑは、Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から１２員環のヘテロシクロアルキル、又は５若しくは６員環のヘテロアリールであり、Ｔ５は、Ｔ５がＨ、ハロ、ヒドロキシル又はシアノであるとき以外は、ハロ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、ヒドロキシル、シアノ、Ｃ１−Ｃ６アルコキシル、アミノ、モノＣ１−Ｃ６アルキルアミノ、ジ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノ、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から１２員環のヘテロシクロアルキル及び５又は６員環のヘテロアリールからなる群から選択される１つ又は複数の置換基で置換されていてもよく；あるいは、−Ｑ５−Ｔ５はオキソであり；
Ｒ８は、Ｈ、ハロ、ヒドロキシル、ＣＯＯＨ、シアノ、ＲＳ６、ＯＲＳ６又はＣＯＯＲＳ６であり、式中、ＲＳ６はＣ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、４から１２員環のヘテロシクロアルキル、アミノ、モノ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノ又はジ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノであり、ＲＳ６は、ハロ、ヒドロキシル、ＣＯＯＨ、Ｃ（Ｏ）Ｏ−Ｃ１−Ｃ６アルキル、シアノ、Ｃ１−Ｃ６アルコキシル、アミノ、モノＣ１−Ｃ６アルキルアミノ及びジ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノからなる群から選択される１つ又は複数の置換基で置換されていてもよく；あるいは、Ｒ７及びＲ８はそれらが結合するＮ原子と一緒に、０から２つの追加のヘテロ原子を有する４から１１員環のヘテロシクロアルキル環を形成し、Ｒ７及びＲ８によって形成される４から１１員環のヘテロシクロアルキル環は１つ又は複数の−Ｑ６−Ｔ６で置換されていてもよく、式中、Ｑ６は結合、Ｃ（Ｏ）、Ｃ（Ｏ）ＮＲｍ、ＮＲｍＣ（Ｏ）、Ｓ（Ｏ）２又はＣ１−Ｃ３アルキルリンカーであり、ＲｍはＨ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり、Ｔ６は、Ｈ、ハロ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、ヒドロキシル、シアノ、Ｃ１−Ｃ６アルコキシル、アミノ、モノ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノ、ジ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノ、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から１２員環のヘテロシクロアルキル、５若しくは６員環のヘテロアリール又はＳ（Ｏ）ｐＲｐであり、式中、ｐは０、１又は２であり、Ｒｐは、Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から１２員環のヘテロシクロアルキル、又は５若しくは６員環のヘテロアリールであり、Ｔ６は、Ｔ６がＨ、ハロ、ヒドロキシル又はシアノであるとき以外は、ハロ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、ヒドロキシル、シアノ、Ｃ１−Ｃ６アルコキシル、アミノ、モノＣ１−Ｃ６アルキルアミノ、ジ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノ、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から１２員環のヘテロシクロアルキル及び５又は６員環のヘテロアリールからなる群から選択される１つ又は複数の置換基で置換されていてもよく；あるいは、−Ｑ６−Ｔ６はオキソである）。
一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、式（ＩＩ）の化合物又は薬学的に許容されるその塩である：
（上式で、Ｑ２は結合又はメチルリンカーであり、Ｔ２はＨ、ハロ、−ＯＲａ、−ＮＲａＲｂ、−（ＮＲａＲｂＲｃ）＋Ａ−又は−Ｓ（Ｏ）２ＮＲａＲｂであり、Ｒ７はピペリジニル、テトラヒドロピラン、シクロペンチル又はシクロヘキシルであり、各々は１つの−Ｑ５−Ｔ５で置換されていてもよく、Ｒ８はエチルである）。
一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、式（ＩＩａ）の化合物又は薬学的に許容されるその塩である：
（上式で、Ｒａ及びＲｂの各々は独立してＨ又はＲＳ３であり、ＲＳ３は、Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から１２員環のヘテロシクロアルキル、又は５若しくは６員環のヘテロアリールであり、あるいは、Ｒａ及びＲｂはそれらが結合するＮ原子と一緒に、０又は１つの追加のヘテロ原子を有する４から１２員環のヘテロシクロアルキル環を形成し、ＲＳ３並びにＲａ及びＲｂによって形成される４から１２員環のヘテロシクロアルキル環の各々は１つ又は複数の−Ｑ３−Ｔ３で置換されていてもよく、式中、Ｑ３は結合、又はハロ、シアノ、ヒドロキシル若しくはＣ１−Ｃ６アルコキシで各々置換されていてもよいＣ１−Ｃ３アルキルリンカーであり、Ｔ３は、ハロ、シアノ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から１２員環のヘテロシクロアルキル、５又は６員環のヘテロアリール、ＯＲｄ、ＣＯＯＲｄ、−Ｓ（Ｏ）２Ｒｄ、−ＮＲｄＲｅ及び−Ｃ（Ｏ）ＮＲｄＲｅからなる群から選択され、Ｒｄ及びＲｅの各々は独立してＨ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり、あるいは−Ｑ３−Ｔ３はオキソであり；
Ｒ７は−Ｑ４−Ｔ４であり、式中、Ｑ４は、結合、Ｃ１−Ｃ４アルキルリンカー又はＣ２−Ｃ４アルケニルリンカーであり、各リンカーは、ハロ、シアノ、ヒドロキシル又はＣ１−Ｃ６アルコキシで置換されていてもよく、Ｔ４は、Ｈ、ハロ、シアノ、ＮＲｆＲｇ、−ＯＲｆ、−Ｃ（Ｏ）Ｒｆ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲｆ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲｆＲｇ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲｆＯＲｇ、−ＮＲｆＣ（Ｏ）Ｒｇ、−Ｓ（Ｏ）２Ｒｆ又はＲＳ４であり、式中、Ｒｆ及びＲｇの各々は独立してＨ又はＲＳ５であり、ＲＳ４及びＲＳ５の各々は独立してＣ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から７員環のヘテロシクロアルキル、又は５若しくは６員環のヘテロアリールであり、ＲＳ４及びＲＳ５の各々は、１つ又は複数の−Ｑ５−Ｔ５で置換されていてもよく、式中、Ｑ５は結合、Ｃ（Ｏ）、Ｃ（Ｏ）ＮＲｋ、ＮＲｋＣ（Ｏ）、Ｓ（Ｏ）２又はＣ１−Ｃ３アルキルリンカーであり、ＲｋはＨ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり、Ｔ５は、Ｈ、ハロ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、ヒドロキシル、シアノ、Ｃ１−Ｃ６アルコキシル、アミノ、モノ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノ、ジ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノ、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から７員環のヘテロシクロアルキル、５若しくは６員環のヘテロアリール又はＳ（Ｏ）ｑＲｑであり、式中ｑは０、１又は２であり、Ｒｑは、Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から７員環のヘテロシクロアルキル、又は５若しくは６員環のヘテロアリールであり、Ｔ５は、Ｔ５がＨ、ハロ、ヒドロキシル又はシアノであるとき以外は、ハロ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、ヒドロキシル、シアノ、Ｃ１−Ｃ６アルコキシル、アミノ、モノ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノ、ジ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノ、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から７員環のヘテロシクロアルキル及び５又は６員環のヘテロアリールからなる群から選択される１つ又は複数の置換基で置換されていてもよく；あるいは、−Ｑ５−Ｔ５はオキソであり；但し、Ｒ７はＨでなく；
Ｒ８は、Ｈ、ハロ、ヒドロキシル、ＣＯＯＨ、シアノ、ＲＳ６、ＯＲＳ６又はＣＯＯＲＳ６であり、式中、ＲＳ６はＣ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、アミノ、モノ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノ又はジ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノであり、ＲＳ６は、ハロ、ヒドロキシル、ＣＯＯＨ、Ｃ（Ｏ）Ｏ−Ｃ１−Ｃ６アルキル、シアノ、Ｃ１−Ｃ６アルコキシル、アミノ、モノ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノ及びジ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノからなる群から選択される１つ又は複数の置換基で置換されていてもよく；あるいは、Ｒ７及びＲ８はそれらが結合するＮ原子と一緒に、０から２つの追加のヘテロ原子を有し、１つ又は複数の−Ｑ６−Ｔ６で置換されていてもよい４から１１員環のヘテロシクロアルキル環を形成し、式中、Ｑ６は結合、Ｃ（Ｏ）、Ｃ（Ｏ）ＮＲｍ、ＮＲｍＣ（Ｏ）、Ｓ（Ｏ）２又はＣ１−Ｃ３アルキルリンカーであり、ＲｍはＨ又はＣ１−Ｃ６アルキルであり、Ｔ６は、Ｈ、ハロ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、ヒドロキシル、シアノ、Ｃ１−Ｃ６アルコキシル、アミノ、モノ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノ、ジ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノ、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から７員環のヘテロシクロアルキル、５若しくは６員環のヘテロアリール又はＳ（Ｏ）ｐＲｐであり、式中ｐは０、１又は２であり、Ｒｐは、Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から７員環のヘテロシクロアルキル、又は５若しくは６員環のヘテロアリールであり、Ｔ６は、Ｔ６がＨ、ハロ、ヒドロキシル又はシアノであるとき以外は、ハロ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、ヒドロキシル、シアノ、Ｃ１−Ｃ６アルコキシル、アミノ、モノ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノ、ジ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノ、Ｃ３−Ｃ８シクロアルキル、Ｃ６−Ｃ１０アリール、４から７員環のヘテロシクロアルキル及び５又は６員環のヘテロアリールからなる群から選択される１つ又は複数の置換基で置換されていてもよく；あるいは、−Ｑ６−Ｔ６はオキソである）。
一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、化合物Ｂ：
又は薬学的に許容されるその塩である。
一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、ＥＰＺ−６４３８である。一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、出典明示により本明細書に完全に援用される、Ｋｎｕｔｓｏｎ等、ＰＮＡＳ １１０（９）：７９２２−７９２７（２０１３）に記載されるＥＰＺ−６４３８である。一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、ＣＡＳ＃：１４０３２５４−９９−８又は薬学的に許容されるその塩である。一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、Ｎ−（（４，６−ジメチル−２−オキソ−１，２−ジヒドロピリジン−３−イル）メチル）−５−（エチル（テトラヒドロ−２Ｈ−ピラン−４−イル）アミノ）−４−メチル−４’−（モルホリノメチル）−［１，１’−ビフェニル］−３−カルボキサミド又は薬学的に許容されるその塩である。一部の実施態様では、ＥＺＨ２阻害剤は、化合物Ｚ：
又は薬学的に許容されるその塩である。
本明細書に記載される方法において有益であるＨＤＡＣ阻害剤も、本明細書で提供される。ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）は、ヒストンの上のε−Ｎ−アセチルリジンアミノ酸からアセチル基（Ｏ＝Ｃ−ＣＨ３）を除去する酵素のクラスである。ＨＤＡＣは、配列同一性及びドメイン組織に従って４つのクラスに分類される。クラス１のＨＤＡＣには、ＨＤＡＣ１、ＨＤＡＣ２、ＨＤＡＣ３及びＨＤＡＣ８が含まれる。クラスＩＩＡのＨＤＡＣには、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＨＤＡＣ７及びＨＤＡＣ９が含まれる。クラスＩＩＢのＨＤＡＣには、ＨＤＡＣ６及びＨＤＡＣ７が含まれる。クラスＩＩＩのＨＤＡＣには、サーチュイン（ＳＩＲＴ１−７）が含まれる。クラスＩＶのＨＤＡＣには、ＨＤＡＣ１１が含まれる。一部の実施態様では、ＨＤＡＣ阻害剤は、クラスＩ及びクラスＩＩのＨＤＡＣを阻害するトリコスタチンＡ（ＴＳＡ）及び／又はスベロイルアニリドヒドロキサム酸（ＳＡＨＡ）である。一部の実施態様では、ＨＤＡＣ阻害剤は、ＨＤＡＣ１、２、３及び８を阻害するＭＳ−２７５である。一部の実施態様では、ＨＤＡＣ阻害剤は、スクリプタイドである。一部の実施態様では、ＨＤＡＣ阻害剤は、ＨＤＡＣクラス１阻害剤である。一部の実施態様では、ＨＤＡＣ阻害剤は、クラスＩの１、２、３又は４つのＨＤＡＣの脱アセチル化酵素活性を阻害する。一部の実施態様では、ＨＤＡＣ阻害剤は、ＨＤＡＣ１、２及び３の脱アセチル化酵素活性を阻害するが、ＨＤＡＣ８のそれは阻害しない。一部の実施態様では、ＨＤＡＣ阻害剤は、ＨＤＡＣ３の脱アセチル化酵素活性を阻害するが、ＨＤＡＣ１、２及び／又は８のそれは阻害しない。一部の実施態様では、ＨＤＡＣ阻害剤は、ＨＤＡＣ２の脱アセチル化酵素活性を阻害するが、ＨＤＡＣ１、３及び／又は８のそれは阻害しない。一部の実施態様では、ＨＤＡＣ阻害剤は、ＨＤＡＣ１及び２の脱アセチル化酵素活性を阻害するが、ＨＤＡＣ３及び／又は８のそれは阻害しない。一部の実施態様では、ＨＤＡＣ阻害剤は、ヒストンＨ３ Ｋ２７脱アセチルを阻害する（Ｈ３ Ｋ２７アセチル化を増加させる）。一部の実施態様では、ＨＤＡＣ阻害剤は、ヒストンＨ３ Ｋ２７トリメチル化の増加をもたらす。
一部の実施態様では、ＨＤＡＣ阻害剤は、Ｇ９４６又は薬学的に許容されるその塩であり、Ｇ９４６は
である。
一部の実施態様では、ＨＤＡＣ阻害剤は、Ｇ８７７又は薬学的に許容されるその塩であり、Ｇ８７７は
である。
一部の実施態様では、ＨＤＡＣ阻害剤は、（Ｉ）ヒドロキサム酸（例えばトリコスタチンＡ（ＴＳＡ）、オキサムフラチン、及びヒドロキサム酸をベースとしたハイブリッド極性化合物、例えばスベロイルアニリドヒドロキサム酸（ＳＡＨＡ）及びピロキサミド；（ＩＩ）エポキシケトン含有アミノ酸（２Ｓ，９Ｓ）−２−アミノ−８−オキソ−９，１０−エポキシデカノイル（Ａｏｅ）による環式テトラペプチド（例えば、トラポキシンＡ及びＢ、Ｃｙｌ−１及びＣｙｌ−２、ＨＣ−毒素、ＷＦ−３１６１、クラミドシン）；（ＩＩＩ）Ａｏｅなしの環式テトラペプチド（例えば、アピシジン及びデプシペプチドＦＲ−９０１２２８）；並びに／又は（ＩＶ）短鎖及び芳香族脂肪酸（例えば、ブチレート、４−フェニルブチレート及びバルプロ酸）；（Ｖ）ベンズアミド（例えばＭＳ−２７５）の１つ又は複数である。一部の実施態様では、ＨＤＡＣ阻害剤は、ギビノスタット（ＩＴＦ２３５７）、ＬＡＱ ８２４、ベリノスタット（ＰＸＤ １０１）、ＰＣＩ ２４７８１、ロミデプシン（ＦＫ ２２８）、エンチノスタット（ＭＳ２７５−ＳＮＤＸ２７５）、モセチノスタット（ＭＧＣＤ０１０３）、ＹＭ７５３、バルプロ酸（ＶＰＡ）、ビロノスタット（vironostat）（ＳＡＨＡ）、タセジナリエン（Tacedinalien）（ＣＩ ９９４）の１つ又は複数である。ＨＤＡＣ阻害剤の例には、限定されずに、米国特許第７３９９７８７号、米国特許出願公開第２００９０２３７８６号、米国特許出願公開第２００９／２７０３５１号、米国特許出願公開第２００９／０７６１０１号、米国特許出願公開第２００９／２３９８４９号、米国特許出願公開第２００９／０６９３９１号、米国特許出願公開第２００９／２１５８１３号、国際公開第２００９／０４５３８５号、国際公開第２００９／０２０５８９号、国際公開第２００９／００５６３８号、国際公開第２００９／００２４９５号、米国特許出願公開第２００９／０１２０７５号、米国特許出願公開第２００９／１１８２９１号、欧州特許第２０９１５２５号、国際公開第２００９／０１４９４１号、ＵＳ２００９／２０９５９６号、国際公開第２００９／００３６２５号、国際公開第２００９／１１７８３１号、及び／又は国際公開第２００９／１２６８７７号が含まれ、これらは出典明示により完全に援用される。
本明細書に記載される方法において有益であるＥＧＦＲアンタゴニストも、本明細書で提供される。ＥＧＦＲは、Ｕｌｌｒｉｃｈ等、Ｎａｔｕｒｅ（１９８４）３０９：４１８４２５に記載される、Ｈｅｒ−１及びｃ−ｅｒｂＢ遺伝子産物とも呼ばれる、受容体チロシンキナーゼポリペプチド上皮増殖因子受容体、並びにその変異体、例えばＥＧＦＲｖＩＩＩを意味する。ＥＧＦＲの変異体には、欠失型、置換型及び挿入型の変異体、例えばＬｙｎｃｈ等（ＮＥＪＭ ２００４、３５０：２１２９）、Ｐａｅｚ等（Ｓｃｉｅｎｃｅ ２００４、３０４：１４９７）、Ｐａｏ等（ＰＮＡＳ ２００４、１０１：１３３０６）に記載されるものも含まれる。一部の実施態様では、ＥＧＦＲは野生型のＥＧＦＲであり、それは、天然に存在するＥＧＦＲタンパク質のアミノ酸配列を含むポリペプチドを一般に指す。一部の実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、抗体、結合ポリペプチド、結合小分子及び／又はポリヌクレオチドである。
例示的なＥＧＦＲアンタゴニスト（抗ＥＧＦＲ抗体）には、抗体、例えばニモツズマブ（ＹＭ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）として知られるヒト化モノクローナル抗体、完全ヒトＡＢＸ−ＥＧＦ（パニツムマブ、Ａｂｇｅｎｉｘ Ｉｎｃ．）、並びにＥ１．１、Ｅ２．４、Ｅ２．５、Ｅ６．２、Ｅ６．４、Ｅ２．１１、Ｅ６．３及びＥ７．６．３として知られ、米国特許第６２３５８８３号に記載される完全ヒト抗体；ＭＤＸ−４４７（Ｍｅｄａｒｅｘ Ｉｎｃ）が含まれる。ペルツズマブ（２Ｃ４）は、ＨＥＲ２に直接的に結合するが、ＨＥＲ２−ＥＧＦＲ二量体化を妨害し、それによってＥＧＦＲシグナル伝達を阻害するヒト化抗体である。ＥＧＦＲに結合する抗体の他の例には、ＧＡ２０１（ＲＧ７１６０；Ｒｏｃｈｅ Ｇｌｙｃａｒｔ ＡＧ）、ＭＡｂ ５７９（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ＨＢ８５０６）、ＭＡｂ ４５５（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ＨＢ８５０７）、ＭＡｂ ２２５（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ８５０８）、ＭＡｂ ５２８（ＡＴＣＣ ＣＲＬ ８５０９）（米国特許第４９４３５３３号、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ等を参照）、並びにその変異体、例えばキメラ化２２５（Ｃ２２５又はセツキシマブ；ＥＲＢＵＴＩＸ（登録商標））及び再構築ヒト２２５（Ｈ２２５）（国際公開第９６／４０２１０号、Ｉｍｃｌｏｎｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｉｎｃ．を参照）；ＩＭＣ−１１Ｆ８、完全ヒトＥＧＦＲ標的抗体（Ｉｍｃｌｏｎｅ）；ＩＩ型突然変異体ＥＧＦＲに結合する抗体（米国特許第５２１２２９０号）；米国特許第５８９１９９６号に記載されるＥＧＦＲに結合するヒト化抗体及びキメラ抗体；及びＥＧＦＲに結合するヒト抗体、例えばＡＢＸ−ＥＧＦ（国際公開第９８／５０４３３号、Ａｂｇｅｎｉｘを参照）；ＥＭＤ ５５９００（Ｓｔｒａｇｌｉｏｔｔｏ等、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ ３２Ａ：６３６−６４０（１９９６））；ＥＭＤ７２００（マツズマブ）、ＥＧＦＲ結合に関してＥＧＦ及びＴＧＦ−アルファの両方と競合する、ＥＧＦＲに対するヒト化ＥＧＦＲ抗体；並びにｍＡｂ ８０６又はヒト化ｍＡｂ ８０６（Ｊｏｈｎｓ等、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７９（２９）：３０３７５−３０３８４（２００４））が含まれる。抗ＥＧＦＲ抗体は、細胞傷害剤とコンジュゲートし、このように免疫複合体を生成することができる（例えば、欧州特許６５９４３９Ａ２号、Ｍｅｒｃｋ特許ＧｍｂＨを参照）。一部の実施態様では、抗ＥＧＦＲ抗体は、セツキシマブである。一部の実施態様では、抗ＥＧＦＲ抗体は、パニツムマブである。一部の実施態様では、抗ＥＧＦＲ抗体は、ザルツムマブ、ニモツズマブ及び／又はマツズマブである。
方法で有益である抗ＥＧＦＲ抗体には、ＥＧＦＲに十分な親和性及び特異性で結合し、ＥＧＦＲ活性を低減又は阻害することができる任意の抗体が含まれる。選択される抗体はＥＧＦＲに十分に強力な結合親和性を通常有し、例えば、抗体は１００ｎＭ−１ｐＭのＫｄ値でヒトｃ−ｍｅｔに結合することができる。抗体親和性は、例えば、表面プラズモン共鳴をベースとしたアッセイ（例えば、ＰＣＴ出願公開番号ＷＯ２００５／０１２３５９に記載されるＢＩＡｃｏｒｅアッセイ）；酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）；及び競合アッセイ（例えば、ＲＩＡ）によって判定することができる。好ましくは、本発明の抗ＥＧＦＲ抗体は、ＥＧＦＲ／ＥＧＦＲリガンド活性が関与する疾患又は状態に標的を定めること及び干渉することにおいて、治療剤として使用することができる。更に、例えば治療薬としてのその有効性を評価するために、抗体を他の生物活性アッセイにかけることができる。そのようなアッセイは当技術分野で公知であり、抗体に関する標的抗原及び使用目的によって決まる。一部の実施態様では、ＥＧＦＲアームは、ＥＧＦＲ発現細胞に細胞性防御機構を集中させるように、Ｔ細胞受容体分子（例えば、ＣＤ２又はＣＤ３）、又はＩｇＧのためのＦｃ受容体（ＦｃγＲ）、例えばＦｃγＲ１（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）及びＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６）などの、白血球上のトリガー分子に結合するアームと組み合わせることができる。ＥＧＦＲを発現する細胞に細胞傷害剤を局在化するために、二重特異性抗体を用いることもできる。このような抗体は、ＥＧＦＲ結合アーム、及び細胞傷害剤（例えば、サポニン、抗インターフェロン−α、ビンカアルカロイド、リシンＡ鎖、メトトレキセート又は放射性同位体ハプテン）に結合するアームを有する。二重特異性抗体は、完全長抗体又は抗体断片（例えば、Ｆ（ａｂ’）２二重特異性抗体）として調製することができる。
例示的なＥＧＦＲアンタゴニストには、米国特許第５６１６５８２号、米国特許第５４５７１０５号、米国特許第５４７５００１号、米国特許第５６５４３０７号、米国特許第５６７９６８３号、米国特許第６０８４０９５号、米国特許第６２６５４１０号、米国特許第６４５５５３４号、米国特許第６５２１６２０号、米国特許第６５９６７２６号、米国特許第６７１３４８４号、米国特許第５７７０５９９号、米国特許第６１４０３３２号、米国特許第５８６６５７２号、米国特許第６３９９６０２号、米国特許第６３４４４５９号、米国特許第６６０２８６３号、米国特許第６３９１８７４号、国際公開第９８１４４５１号、国際公開第９８５００３８号、国際公開第９９０９０１６号、国際公開第９９２４０３７号、国際公開第９９３５１４６号、国際公開第０１３２６５１号、米国特許第６３４４４５５号、米国特許第５７６００４１号、米国特許第６００２００８号、及び／又は米国特許５７４７４９８号に記載される化合物などの小分子も含まれる。特定の小分子ＥＧＦＲアンタゴニストには、ＯＳＩ−７７４（ＣＰ−３５８７７４、エルロチニブ、ＯＳＩ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＰＤ １８３８０５（ＣＩ １０３３、２−プロペンアミド、Ｎ−［４−［（３−クロロ−４−フルオロフェニル）アミノ］−７−［３−（４−モルホリニル）プロポキシ］−６−キナゾリニル］−二塩化水素化物、Ｐｆｉｚｅｒ Ｉｎｃ．）；Ｉｒｅｓｓａ（登録商標）（ＺＤ１８３９、ゲフィチニブ、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＺＭ １０５１８０（（６−アミノ−４−（３−メチルフェニル−アミノ）−キナゾリン、Ｚｅｎｅｃａ）；ＢＩＢＸ−１３８２（Ｎ８−（３−クロロ−４−フルオロ−フェニル）−Ｎ２−（１−メチル−ピペリジン−４−イル）−ピリミド［５，４−ｄ］ピリミジン−２，８−ジアミン、Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）；ＰＫＩ−１６６（（Ｒ）−４−［４−［（１−フェニルエチル）アミノ］−１Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル］−フェノール）；（Ｒ）−６−（４−ヒドロキシフェニル）−４−［（１−フェニルエチル）アミノ］−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン）；ＣＬ−３８７７８５（Ｎ−［４−［（３−ブロモフェニル）アミノ］−６−キナゾリニル］−２−ブチナミド）；ＥＫＢ−５６９（Ｎ−［４−［（３−クロロ−４−フルオロフェニル）アミノ］−３−シアノ−７−エトキシ−６−キノリニル］−４−（ジメチルアミノ）−２−ブテナミド）；ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ、ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）；ＺＤ６４７４（Ｚａｃｔｉｍａ、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＣＵＤＣ−１０１（Ｃｕｒｉｓ）；カネルチニブ（ＣＩ−１０３３）；ＡＥＥ７８８（６−［４−［（４−エチル−１−ピペラジニル）メチル］フェニル］−Ｎ−［（１Ｒ）−１−フェニルエチル］−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−４−アミン、国際公開第２００３０１３５４１号、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）及びＰＫＩ１６６４−［４−［［（１Ｒ）−１−フェニルエチル］アミノ］−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル］−フェノール、国際公開第９７０２２６６号、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）が含まれる。一部の実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、Ｎ−（３−エチニルフェニル）−６，７−ビス（２−メトキシエトキシ）−４−キナゾリンアミン及び／又は薬学的に許容されるその塩（例えば、Ｎ−（３ーエチニルフェニル）−６，７−ビス（２−メトキシエトキシ）−４−キナゾリンアミンＨＣｌ塩）である。一部の実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、ゲフィチニブ及び／又は薬学的に許容されるその塩である。一部の実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、ラパチニブ及び／又は薬学的に許容されるその塩である。一部の実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、ゲフィチニブ及び／又はエルロチニブである。
一部の実施態様では、ＥＧＦＲアンタゴニストは、ＥＧＦＲの特異的阻害剤であってもよい。一部の実施態様では、阻害剤は、ＥＧＦＲアンタゴニストがＥＧＦＲ及び１つ又は複数の他の標的ポリペプチドを阻害する、二重阻害剤又は汎阻害剤であってもよい。
本明細書に記載される方法において有益であるタキサンも、本明細書で提供される。タキサンは、チューブリンに結合して微小管の構築及び安定化を促進すること、並びに／又は微小管の脱重合を阻止することができるジテルペンである。本明細書において、タキサンには、タキソイド１０−デアセチルバッカチンＩＩＩ及び／又はその誘導体が含まれた。タキサンの例には、限定されずに、パクリタキセル（すなわち、タキソール、ＣＡＳ＃３３０６９−６２−４）、ドセタキセル（すなわち、タキソテール、ＣＡＳ＃１１４９７７−２８−５）、ラロタキセル、カバジタキセル、ミラタキセル、テセタキセル及び／又はオラタキセルが含まれる。一部の実施態様では、タキサンはパクリタキセルである。一部の実施態様では、タキサンはドセタキセルである。一部の実施態様では、タキサンは、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ（例えば、Ｔａｘｏｌ（登録商標））からポリソルベート８０などのＴｗｅｅｎ（例えば、タキソテール（登録商標））に製剤化される。一部の実施態様では、タキサンはリポソーム封入タキサンである。一部の実施態様では、タキサンはタキサンのプロドラッグ形及び／又はコンジュゲート形である（例えば、パクリタキセルに共有結合したＤＨＡ、パクリタキセルポリグルメックス及び／又は炭酸リノレイル−パクリタキセル）。一部の実施態様では、パクリタキセルは実質的に界面活性剤なしで製剤化される（例えば、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ及び／又はＴｗｅｅｎの不在下で、例えばＴｏｃｏｓｏｌパクリタキセル）。一部の実施態様では、タキサンはアルブミンでコーティングされたナノ粒子である（例えば、Ａｂｒａｘａｎｅ及び／又はＡＢＩ−００８）。一部の実施態様では、タキサンはＴａｘｏｌ（登録商標）である。
Ａ．抗体
本明細書で記載した方法における使用のためのクロマチン修飾因子及び／又はＥＧＦＲ等の対象のポリペプチドに結合する単離された抗体が本明細書で提供される。上記の実施態様のいずれかでは、抗体は、ヒト化されている。さらに、上記の実施態様のいずれかによる抗体は、キメラ、ヒト化又はヒト抗体を含めた、モノクローナル抗体である。一実施態様では、抗体は、抗体断片、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、二重特異性抗体、又はＦ（ａｂ’）２断片である。別の実施態様では、抗体は、完全長抗体、例えば、「インタクトなＩｇＧ１」抗体又は本明細書で定義される他の抗体クラス又はアイソタイプである。
別の態様では、上記の実施態様のいずれかによる抗体は、以下のセクションにおいて記載した特徴のいずれかを、単独で又は組合せで組み込むことができる：
１．抗体親和性
ある特定の実施態様では、本明細書で提供した抗体は、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ、又は≦０．００１ｎＭ（例えば、１０−８Ｍ以下、例えば、１０−８Ｍから１０−１３Ｍ、例えば、１０−９Ｍから１０−１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を有する。一実施態様では、Ｋｄは、放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）によって測定される。一実施態様では、ＲＩＡは、対象の抗体のＦａｂバージョン及びその抗原で実施される。例えば、抗原へのＦａｂの溶液結合親和性は、非標識抗原の滴定シリーズの存在下で最小限の濃度の（１２５Ｉ）標識抗原でＦａｂを平衡させ、結合した抗原を次に抗Ｆａｂ抗体でコーティングしたプレートで捕捉することによって測定される（例えば、Chenら、J.Mol.Biol.293:865-881(1999)を参照）。アッセイの条件を確立するために、ＭＩＣＲＯＴＩＴＥＲ（登録商標）マルチウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を５０ｍＭ炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）中の５μｇ／ｍｌの捕捉抗Ｆａｂ抗体（Ｃａｐｐｅｌ Ｌａｂｓ）で一晩コーティングし、その後室温（およそ２３℃）で２−５時間、ＰＢＳ中の２（ｗ／ｖ）％ウシ血清アルブミンでブロックする。非吸着プレート（Ｎｕｎｃ＃２６９６２０）において、１００ｐＭ又は２６ｐＭの［１２５Ｉ］抗原を対象のＦａｂの連続希釈と混合する（例えば、Ｐｒｅｓｔａら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５７：４５９３−４５９９（１９９７）の、抗ＶＥＧＦ抗体、Ｆａｂ−１２の評価と一貫する）。対象のＦａｂを次に一晩インキュベートする；しかし、平衡に確実に到達するように、インキュベーションはより長い期間（例えば、約６５時間）続けることができる。その後、室温でのインキュベーション（例えば、１時間）のために、混合液を捕捉プレートに移す。溶液を次に除去し、ＰＢＳ中の０．１％ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ２０（登録商標））でプレートを８回洗浄する。プレートが乾燥したとき、１５０μｌ／ウェルのシンチラント（ＭＩＣＲＯＳＣＩＮＴ−２０（商標）；Ｐａｃｋａｒｄ）を加え、１０分間、プレートをＴＯＰＣＯＵＮＴ（商標）ガンマ計数器（Ｐａｃｋａｒｄ）で計数する。最大結合の２０％以下を与える各Ｆａｂの濃度が、競合結合アッセイで使用するために選択される。
別の実施態様により、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）表面プラズモン共鳴アッセイを用いてＫｄを測定する。例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）２０００又はＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ）を、〜１０反応単位（ＲＵ）の固定化抗原ＣＭ５チップと２５℃で使用してアッセイが実施される。一実施態様では、供給業者の指示に従って、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（ＣＭ５、ＢＩＡＣＯＲＥ，Ｉｎｃ．）を、Ｎ−エチル−Ｎ’−（３−ジメチルアミノプロピル）−カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）及びＮ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）で活性化する。結合タンパク質のおよそ１０反応単位（ＲＵ）を達成するために、抗原を１０ｍＭ酢酸ナトリウムｐＨ４．８で５μｇ／ｍｌ（〜０．２μＭ）に希釈してから、５μｌ／分の流量で注入する。抗原の注射の後、１Ｍのエタノールアミンを注入して未反応基をブロックする。反応速度論的測定のために、Ｆａｂの二倍連続希釈（０．７８ｎＭ−５００ｎＭ）を、２５℃の０．０５％ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ−２０（商標））界面活性剤を有するＰＢＳ（ＰＢＳＴ）でおよそ２５μｌ／分の流速により注入する。会合及び解離センサーグラムを同時に取り付け、簡単な１対１のＬａｎｇｍｕｉｒ結合モデル（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアバージョン３．２）を用いることによって、会合速度（ｋｏｎ）及び解離速度（ｋｏｆｆ）を計算する。平衡解離定数（Ｋｄ）は、比ｋｏｆｆ／ｋｏｎで計算する。例えば、Ｃｈｅｎら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９３：８６５−８８１（１９９９）を参照。上記の表面プラズモン共鳴アッセイにより会合速度が１０６Ｍ−１ｓ−１を超える場合は、会合速度は、ＰＢＳ、ｐＨ７．２中の２０ｎＭ抗抗原抗体（Ｆａｂ形）の蛍光放出強度（励起＝２９５ｎｍ、放出＝３４０ｎｍ、１６ｎｍ帯域通過）の増加又は低下を、流動停止を備えた分光光度計（Ａｖｉｖ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）又は撹拌キュベットを備えた８０００シリーズＳＬＭ−ＡＭＩＮＣＯ（商標）分光光度計（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｐｅｃｔｒｏｎｉｃ）などの分光計で測定される漸増濃度の抗原の存在下で、２５℃で測定する蛍光消光技術を用いて判定することができる。
２．抗体断片
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、抗体断片である。抗体断片には、限定されずに、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ及びｓｃＦｖ断片、並びに下記の他の断片が含まれる。特定の抗体断片のレビューのために、Ｈｕｄｓｏｎ等Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４（２００３）を参照。ｓｃＦｖ断片のレビューについては、例えばＴｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ、第１１３巻、Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ及びＭｏｏｒｅ編、（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）、ｐ２６９−３１５（１９９４）のＰｌｕｃｋｔｈｕｎを参照；国際公開第９３／１６１８５号；及び米国特許第５５７１８９４号及び５５８７４５８号も参照。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、増加したインビボ半減期を有するＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２断片の議論については、米国特許第５８６９０４６号を参照する。
ダイアボディは、二価又は二重特異性であってよい、２つの抗原結合部位を有する抗体断片である。例えば、欧州特許４０４０９７号；国際公開第１９９３／０１１６１号；Ｈｕｄｓｏｎ等、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４（２００３）；及びＨｏｌｌｉｎｇｅｒ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：６４４４−６４４８（１９９３）を参照。トリアボディ及びテトラボディも、Ｈｕｄｓｏｎ等、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４（２００３）に記載されている。
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全体若しくは一部又は軽鎖可変ドメインの全体若しくは一部を含む抗体断片である。ある特定の実施態様では、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である（Ｄｏｍａｎｔｉｓ，Ｉｎｃ．、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ；例えば、米国特許第６２４８５１６号を参照）。
本明細書に記載されるように、抗体断片は、限定されずに、インタクトな抗体のタンパク分解並びに組換え宿主細胞（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）又はファージ）による生成を含む、様々な技術によって作製することができる。
３．キメラ及びヒト化抗体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、キメラ抗体である。ある特定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４８１６５６７号；及びＭｏｒｒｉｓｏｎ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８１：６８５１−６８５５（１９８４）に記載されている。一例では、キメラ抗体は、ヒト以外の可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサルなどのヒト以外の霊長類に由来する可変領域）及びヒト定常領域を含む。更なる例では、キメラ抗体は、クラス又はサブクラスが親抗体のものから変化している「クラススイッチ」された抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合性断片を含む。
ある特定の実施態様では、キメラ抗体はヒト化抗体である。一般的に、ヒト以外の抗体はヒトへの免疫原性を低減するためにヒト化されるが、その一方で親のヒト以外の抗体の特異性及び親和性を保持する。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えばＣＤＲ（又はその一部）がヒト以外の抗体に由来し、ＦＲ（又はその一部）がヒト抗体配列に由来する１つ又は複数の可変ドメインを含む。ヒト化抗体は、ヒト定常領域の少なくとも一部も任意選択的に含む。一部の実施態様では、例えば抗体の特異性又は親和性を回復又は改善するために、ヒト化抗体の一部のＦＲ残基は、ヒト以外の抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）からの対応する残基で置換される。
ヒト化抗体及びそれらの作製方法は、例えば、Ａｌｍａｇｒｏ及びＦｒａｎｓｓｏｎ、Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．１３：１６１９−１６３３（２００８）でレビューされ、例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ等、Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３−３２９（１９８８）；Ｑｕｅｅｎ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１００２９−１００３３（１９８９）；米国特許第５８２１３３７号、７５２７７９１号、６９８２３２１号及び７０８７４０９号；Ｋａｓｈｍｉｒｉ等ら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：２５−３４（２００５）（特異性決定領域（ＳＤＲ）移植を記載する）；Ｐａｄｌａｎ、Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：４８９−４９８（１９９１）（「リサーフェシング」を記載する）；Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａ等、Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：４３−６０（２００５）（「ＦＲシャフリング」を記載する）；並びにＯｓｂｏｕｒｎ等、Ｍｅｔｈｏｄｓ ３６：６１−６８（２００５）及びＫｌｉｍｋａ等、Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ、８３：２５２−２６０（２０００）（ＦＲシャフリングの「誘導選択」手法を記載する）で更に記載される。
ヒト化のために使用することができるヒトフレームワーク領域には、限定されずに以下のものが含まれる：「最良適合」方法を用いて選択されるフレームワーク領域（例えば、Sims等、J.Immunol.151:2296(1993)を参照）；軽鎖又は重鎖の可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域（例えば、Carter等、Proc.Natl.Acad.Sci.USA、89:4285(1992);及びPresta等、J.Immunol.、151:2623(1993)を参照）；ヒト成熟（体細胞突然変異した）フレームワーク領域又はヒト生殖細胞系フレームワーク領域（例えば、Almagro及びFransson、Front.Biosci.13:1619-1633(2008)を参照；及びＦＲライブラリーのスクリーニングに由来するフレームワーク領域（例えば、Baca等、J.Biol.Chem.272:10678-10684(1997)及びRosok等、J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996)を参照）。
４．ヒト抗体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当技術分野で公知である様々な技術を用いて生成することができる。ヒト抗体は、ｖａｎ Ｄｉｊｋ及びｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５：３６８−７４（２００１）及びＬｏｎｂｅｒｇ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０：４５０−４５９（２００８）に一般に記載される。
ヒト抗体は、抗原投与に応答してヒト可変領域を有するインタクトなヒト抗体又はインタクトな抗体を生成するように修飾されているトランスジェニック動物に、免疫原を投与することによって調製することができる。そのような動物はヒト免疫グロブリン遺伝子座の全体又は一部を一般に含有し、それらは内因性免疫グロブリン遺伝子座を置き換えるか、又はそれらは染色体外に存在するか若しくは動物の染色体にランダムに組み込まれる。そのようなトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座は、一般に不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法のレビューについては、Ｌｏｎｂｅｒｇ、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３：１１１７−１１２５（２００５）を参照する。例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術を記載する米国特許第６０７５１８１号及び６１５０５８４号；ＨｕＭａｂ（登録商標）技術を記載する米国特許第５７７０４２９号；Ｋ−Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載する米国特許第７０４１８７０号及びＶｅｌｏｃｉＭｏｕｓｅ（登録商標）技術を記載する米国特許出願公開第２００７／００６１９００号も参照されたい。そのような動物によって生成されるインタクトな抗体からのヒト可変領域は、例えば異なるヒト定常領域と組み合わせることによって更に修飾することができる。
ヒト抗体は、ハイブリドーマをベースとした方法によって作製することもできる。ヒトモノクローナル抗体の生成のための、ヒト骨髄腫及びマウス−ヒトヘテロ骨髄腫細胞系が記載されている（例えば、Kozbor J.Immunol.、133:3001(1984);Brodeur等、Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications、p51-63(Marcel Dekker,Inc.、New York、1987);及びBoerner等、J.Immunol.、147:86(1991)を参照。）ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を通して生成されるヒト抗体も、Ｌｉ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、１０３：３５５７−３５６２（２００６）に記載されている。追加の方法には、例えば、米国特許第７１８９８２６号（ハイブリドーマ細胞系からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の生成を記載する）及びＮｉ、Ｘｉａｎｄａｉ Ｍｉａｎｙｉｘｕｅ、２６（４）：２６５−２６８（２００６）（ヒト−ヒトハイブリドーマを記載する）に記載されるものが含まれる。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）も、Ｖｏｌｌｍｅｒｓ及びＢｒａｎｄｌｅｉｎ、Ｈｉｓｔ．＆Ｈｉｓｔｏｐａｔｈ．、２０（３）：９２７−９３７（２００５）及びＶｏｌｌｍｅｒｓ及びＢｒａｎｄｌｅｉｎ、Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｆｉｎｄ Ｅｘｐ． Ｃｌｉｎ． Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．、２７（３）：１８５−９１（２００５）に記載されている。
ヒト抗体は、ヒト由来のファージディスプレイライブラリーから選択されるＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成することもできる。そのような可変ドメイン配列は、所望のヒト定常ドメインと次に組み合わせることができる。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択する技術は、下に記載される。
５．ライブラリー由来の抗体
抗体は、所望の活性又は活性を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって単離することができる。例えば、ファージディスプレイライブラリーを生成し、所望の結合特性を有する抗体についてそのようなライブラリーをスクリーニングするために、様々な方法が当技術分野で公知である。そのような方法は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ等、Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． １７８：１−３７（O'Brien等編、Human Press、Totowa、NJ、2001）でレビューされ、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ等、Ｎａｔｕｒｅ ３４８：５５２−５５４；Ｃｌａｃｋｓｏｎ等、Ｎａｔｕｒｅ ３５２：６２４−６２８（１９９１）；Ｍａｒｋｓ等、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７（１９９２）；Ｍａｒｋｓ及びＢｒａｄｂｕｒｙ、Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２４８：１６１−１７５（Lo編、Human Press、Totowa、NJ、2003）；Ｓｉｄｈｕ等、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９−３１０（２００４）；Ｌｅｅ等、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３−１０９３（２００４）；Ｆｅｌｌｏｕｓｅ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、１０１（３４）：１２４６７−１２４７２（２００４）；及びＬｅｅ等、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２８４（１−２）：１１９−１３２（２００４）に更に記載されている。
ある特定のファージディスプレイ方法では、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーがポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって別々にクローニングされ、ファージライブラリーでランダムに再結合され、それらは、Ｗｉｎｔｅｒ等、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．、（１２）：４３３−４５５（１９９４）に記載される通り抗原結合性ファージについて次にスクリーニングすることができる。ファージは、抗体断片を一般的に単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片として又はＦａｂ断片として提示する。免疫化された供給源からのライブラリーは、ハイブリドーマを構築する必要なしに、免疫原への高親和性抗体を提供する。あるいは、Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ等、ＥＭＢＯＪ、１２：７２５−７３４（１９９３）に記載される通り、いかなる免疫化なしに広範囲の非自己及び自己抗原への抗体の単一供給源を提供するために、ナイーブレパートリーをクローニングすることができる（例えば、ヒトから）。最後に、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ及びＷｉｎｔｅｒ、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、２２７：３８１−３８８（１９９２）に記載される通り、幹細胞から再構成されていないＶ遺伝子セグメントをクローニングし、高度可変ＣＤＲ３領域をコードし、インビトロで再構成を達成するためにランダム配列を含有するＰＣＲプライマーを使用することによって、ナイーブライブラリーを合成することもできる。ヒト抗体ファージライブラリーを記載する特許公報には、例えば、米国特許第５７５０３７３号並びに米国特許出願公開第２００５／００７９５７４号、第２００５／０１１９４５５号、第２００５／０２６６０００号、第２００７／０１１７１２６号、第２００７／０１６０５９８号、第２００７／０２３７７６４号、第２００７／０２９２９３６号及び第２００９／０００２３６０号が含まれる。
ヒト抗体ライブラリーから単離される抗体又は抗体断片は、本明細書においてヒト抗体又はヒト抗体断片とみなされる。
６．多重特異性抗体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、多重特異性抗体、例えば二重特異性抗体である。多重特異性抗体は、少なくとも２つの異なる部位に結合特異性を有するモノクローナル抗体である。ある特定の実施態様では、結合特異性の一方は、クロマチン修飾因子及び／又はＥＧＦＲ等の対象のポリペプチドであり、他方は、任意の他の抗原に関するものである。ある特定の実施態様では、二重特異性抗体は、クロマチン修飾因子及び／又はＥＧＦＲ等の対象のポリペプチドの２つの異なるエピトープに結合することができる。二重特異性抗体は、クロマチン修飾因子及び／又はＥＧＦＲ等の対象のポリペプチドを発現する細胞に細胞傷害剤を局在化するために用いることもできる。二重特異性抗体は、完全長抗体又は抗体断片として調製することができる。
多重特異性抗体の作製技術には、限定されずに、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の組換え同時発現（Milstein及びCuello、Nature 305:537(1983)）、国際公開第９３／０８８２９号、及びTraunecker等、EMBO J.10:3655(1991)を参照）、及び「ノブ−イン−ホール」操作（例えば、米国特許第５７３１１６８を参照）が含まれる。多重特異性抗体は、抗体Ｆｃヘテロ二量体分子を作製するために静電ステアリング効果を操作すること（国際公開第２００９／０８９００４Ａ１号）；２つ以上の抗体又は断片を架橋させること（例えば、米国特許第４６７６９８０号及びBrennan等、Science、229:81(1985)を参照）；二重特異性抗体を生成するためにロイシンジッパーを使用すること（例えば、Kostelny等、J.Immunol.、148(5):1547-1553(1992)を参照）；二重特異性抗体断片を作製するための「ダイアボディ」技術を使用すること（例えば、Hollinger等、Proc.Natl.Acad.Sci.USA、90:6444-6448(1993)を参照）；及び単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）二量体を使用すること（例えば、Gruber等、J.Immunol.、152:5368(1994)を参照）；及び、例えばＴｕｔｔ等、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０（１９９１）に記載される三重特異性抗体を調製することによって作製することもできる。
「タコ抗体」を含む３つ以上の機能的抗原結合部位を有する操作された抗体も、本明細書に含まれる（例えば、米国特許出願公開第２００６／００２５５７６Ａ１号を参照）。
本明細書において、抗体又は断片は、クロマチン修飾因子及び／又はＥＧＦＲ等の対象のポリペプチド並びに別の異なる抗原に結合する抗原結合部位を含む「二重作用Ｆａｂ」又は「ＤＡＦ」も含む（例えば、米国特許出願公開第２００８／００６９８２０号を参照）。
７．抗体変異体
ａ）グリコシル化変異体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体は、抗体がグリコシル化される程度を増加又は減少させるように改変される。抗体に対するグリコシル化部位の付加又は欠失は、１つ又は複数のグリコシル化部位が形成又は除去されるように、アミノ酸配列を改変することによって都合よく達成することができる。
抗体がＦｃ領域を含む場合、それに結合する炭水化物を改変することができる。哺乳動物細胞によって生成される天然抗体は、Ｎ結合によってＦｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７に一般に結合する、分枝状の二触覚オリゴ糖を一般に含む。例えば、Ｗｒｉｇｈｔ等、ＴＩＢＴＥＣＨ １５：２６−３２（１９９７）を参照。オリゴ糖は、様々な炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧＩｃＮＡｃ）、ガラクトース及びシアル酸、並びに二触覚オリゴ糖構造の「ステム」のＧＩｃＮＡｃに結合したフコースを含むことができる。一部の実施態様では、ある特定の向上した性質を有する抗体変異体を作製するために、本発明の抗体のオリゴ糖を修飾することができる。
一実施態様では、Ｆｃ領域に結合する（直接的又は間接的に）フコースを欠く炭水化物構造を有する抗体変異体が提供される。例えば、そのような抗体中のフコースの量は、１％から８０％、１％から６５％、５％から６５％又は２０％から４０％であってもよい。例えば国際公開第２００８／０７７５４６号に記載される通り、フコースの量は、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析によって測定される、Ａｓｎ２９７に結合する全ての糖構造（例えば複合体、ハイブリッド及び高マンノース構造）の合計と比較した、Ａｓｎ２９７の糖鎖中のフコースの平均量を計算することによって判定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域の２９７位（Ｆｃ領域残基のＥｕ番号付け）あたりに位置するアスパラギン残基を指す。しかし、抗体中の軽微な配列変動のために、Ａｓｎ２９７は、２９７位から約±３アミノ酸上流又は下流に、すなわち２９４位から３００位の間に位置することもできる。そのようなフコシル化変異体は、向上したＡＤＣＣ機能を有することができる。例えば、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号（Ｐｒｅｓｔａ、Ｌ．）；米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号（Ｋｙｏｗａ Ｈａｋｋｏ Ｋｏｇｙｏ Ｃｏ．，Ｌｔｄ）を参照。「脱フコシル化」又は「フコース欠損」抗体変異体に関する刊行物の例には、以下のものが含まれる：米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号；国際公開第２０００／６１７３９号；国際公開第２００１／２９２４６号；米国特許出願公開第２００３／０１１５６１４号；米国特許出願公開第２００２／０１６４３２８号；米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号；米国特許出願公開第２００４／０１３２１４０号；米国特許出願公開第２００４／０１１０７０４号；米国特許出願公開第２００４／０１１０２８２号；米国特許出願公開第２００４／０１０９８６５号；国際公開第２００３／０８５１１９号；国際公開第２００３／０８４５７０号；国際公開第２００５／０３５５８６号；国際公開第２００５／０３５７７８号；国際公開第２００５／０５３７４２号；国際公開第２００２／０３１１４０号；Ｏｋａｚａｋｉ等、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３６：１２３９−１２４９（２００４）；Ｙａｍａｎｅ−Ｏｈｎｕｋｉ等、Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ｂｉｏｅｎｇ．８７：６１４（２００４）。脱フコシル化抗体の生成が可能な細胞系の例には、タンパク質フコシル化が欠損しているＬｅｃ１３ ＣＨＯ細胞（Ripka等、Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８Ａ１号、Ｐｒｅｓｔａ、Ｌ；及び国際公開第２００４／０５６３１２Ａ１号、Adams等、特に実施例１１）、並びにノックアウト細胞系、例えばアルファ−１，６−フコシル基転移酵素遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞（例えば、Yamane-Ohnuki等、Biotech.Bioeng.87:614(2004);Kanda、Y.等、Biotechnol.Bioeng.、94(4):680-688(2006)；及び国際公開第２００３／０８５１０７号を参照）が含まれる。
二分されたオリゴ糖を有する、例えば抗体のＦｃ領域に結合する二触覚オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分される抗体変異体が更に提供される。そのような抗体変異体は、低下したフコシル化及び／又は向上したＡＤＣＣ機能を有することができる。そのような抗体変異体の例は、例えば、国際公開第２００３／０１１８７８号（Ｊｅａｎ−Ｍａｉｒｅｔ等）；米国特許第６６０２６８４号（Ｕｍａｎａ等）；及び米国特許出願公開第２００５／０１２３５４６号（Ｕｍａｎａ等）に記載されている。Ｆｃ領域に結合するオリゴ糖に少なくとも１つのガラクトース残基を有する抗体変異体も、提供される。そのような抗体変異体は、向上したＣＤＣ機能を有することができる。そのような抗体変異体は、例えば、国際公開第１９９７／３００８７号（Ｐａｔｅｌ等）；国際公開第１９９８／５８９６４号（Ｒａｊｕ、Ｓ．）；及び国際公開第１９９９／２２７６４号（Ｒａｊｕ、Ｓ．）に記載されている。
ｂ）Ｆｃ領域変異体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体のＦｃ領域に１つ又は複数のアミノ酸修飾を導入し、それによってＦｃ領域変異体を生成することができる。Ｆｃ領域変異体は、１つ又は複数のアミノ酸位置にアミノ酸修飾（例えば、置換）を含むヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４ Ｆｃ領域）を含むことができる。
ある特定の実施態様では、本発明は、それを抗体のインビボ半減期が重要であるが、ある特定のエフェクター機能（例えば補体及びＡＤＣＣ）が不要又は有害である適用のための望ましい候補にする、エフェクター機能の全てではなく一部を有する抗体変異体を企図する。ＣＤＣ及び／又はＡＤＣＣ活性の低減／消失を確認するために、インビトロ及び／又はインビボ細胞傷害性アッセイを実行することができる。例えば、抗体がＦｃγＲ結合を欠いている（したがってＡＤＣＣ活性を欠いている可能性がある）がＦｃＲｎ結合能力を保持することを確認するために、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイを実行することができる。ＡＤＣＣを媒介する一次細胞、ＮＫ細胞は、Ｆｃ（ＲＩＩＩ）だけを発現するが、単球はＦｃ（ＲＩ）、Ｆｃ（ＲＩＩ）及びＦｃ（ＲＩＩＩ）を発現する。造血細胞でのＦｃＲ発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ及びＫｉｎｅｔ、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７−４９２（１９９１）の４６４ページの表３で要約されている。対象の分子のＡＤＣＣ活性を評価するインビトロアッセイの非限定例は、米国特許第５５００３６２号（例えば、Hellstrom、I.等、Proc.Natl'Acad.Sci.USA 83:7059-7063(1986)を参照）及びＨｅｌｌｓｔｒｏｍ、Ｉ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ’Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８２：１４９９−１５０２（１９８５）；５８２１３３７号（Bruggemann、M.等、J.Exp.Med.166:1351-1361(1987)を参照）に記載されている。あるいは、非放射性アッセイ方法を用いることができる（例えば、フローサイトメトリーのためのＡＣＴＩ（商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（ＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ、ＣＡ；及びＣｙｔｏＴｏｘ ９６（登録商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）を参照）。そのようなアッセイのための有益なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が含まれる。あるいは、又は更に、対象の分子のＡＤＣＣ活性は、例えばＣｌｙｎｅｓ等、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９５：６５２−６５６（１９９８）に開示されているものなどの動物モデルにおいてインビボで評価されてもよい。抗体はＣ１ｑに結合することができなく、したがってＣＤＣ活性を欠くことを確認するために、Ｃ１ｑ結合アッセイを実行することもできる。例えば、国際公開第２００６／０２９８７９号及び国際公開第２００５／１００４０２号のＣ１ｑ及びＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照。補体活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイを実施することができる（例えば、Gazzano-Santoro等、J.Immunol.Methods 202:163(1996);Cragg, M.S.等、Blood 101:1045-1052(2003);及びCragg、M.S.及びM.J.Glennie、Blood 103:2738-2743(2004)を参照）。当技術分野で公知の方法を使用して、ＦｃＲｎ結合及びインビボでのクリアランス／半減期判定を実施することもできる（例えば、Petkova, S.B.等、Int'l.Immunol.18(12):1759-1769(2006)を参照）。
エフェクター機能の低減した抗体には、Ｆｃ領域残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７及び３２９の１つ又は複数が置換されたものが含まれる（米国特許第６７３７０５６号）。そのようなＦｃ突然変異体には、残基２６５及び２９７がアラニンに置換されたいわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ突然変異体を含む、アミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７及び３２７の２つ以上で置換されたＦｃ突然変異体が含まれる（米国特許第７３３２５８１号）。
ＦｃＲへの結合が向上又は減少したある特定の抗体変異体が記載される。（例えば、米国特許第６７３７０５６号；国際公開第２００４／０５６３１２号及びShields等、J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001)を参照。）ある特定の実施態様では、抗体変異体は、ＡＤＣＣを向上させる１つ又は複数のアミノ酸置換、例えばＦｃ領域の２９８位、３３３位及び／又は３３４位（ＥＵの残基番号付け）の置換を有するＦｃ領域を含む。一部の実施態様では、例えば米国特許第６１９４５５１号、国際公開第９９／５１６４２号及びＩｄｕｓｏｇｉｅ等、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８−４１８４（２０００）に記載されているように、改変された（すなわち、向上又は減少した）Ｃ１ｑ結合及び／又は補体依存細胞傷害性（ＣＤＣ）をもたらす改変がＦｃ領域に加えられる。
増加した半減期、及び胎児への母体ＩｇＧの移動の原因となる（Guyer等、J.Immunol.117:587(1976)及びKim等、J.Immunol.24:249(1994)）新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合の向上を有する抗体が、米国特許出願公開第２００５／００１４９３４Ａ１号（Ｈｉｎｔｏｎ等）に記載される。それらの抗体は、ＦｃＲｎへのＦｃ領域の結合を向上させる１つ又は複数の置換をその中に有するＦｃ領域を含む。そのようなＦｃ変異体には、Ｆｃ領域残基２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４又は４３４の１つ又は複数の置換、例えばＦｃ領域残基４３４の置換を有するものが含まれる（米国特許第７３７１８２６号）。Ｆｃ領域変異体の他の例に関する、Ｄｕｎｃａｎ及びＷｉｎｔｅｒ、Ｎａｔｕｒｅ ３２２：７３８−４０（１９８８）；米国特許第５６４８２６０号；米国特許第５６２４８２１号；及び国際公開第９４／２９３５１号も参照。
ｃ）システイン組入れ抗体変異体
ある特定の実施態様では、抗体の１つ又は複数の残基がシステイン残基で置換されるシステイン組入れ抗体、例えば「ｔｈｉｏＭＡｂ」を作製することが望ましい。特定の実施態様では、置換される残基は、抗体のアクセス可能な部位に存在する。本明細書に更に記載されるように、それらの残基をシステインで置換することによって、反応性チオール基は抗体のアクセス可能な部位に置かれ、抗体を他の部分、例えば薬物部分又はリンカー−薬物部分にコンジュゲートさせて免疫複合体を作製するために使用することができる。ある特定の実施態様では、以下の残基の任意の１つ又は複数をシステインで置換することができる：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔ番号付け）；重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）；及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）。例えば米国特許第７５２１５４１に記載されるように、システイン組入れ抗体を生成することができる。
Ｂ．免疫複合体
本明細書で記載した方法における使用のための化学療法剤又は薬物、増殖阻害剤、毒素（例えば、タンパク質毒素、細菌、真菌、植物、若しくは動物起源の酵素的に活性な毒素、又はその断片）、又は放射性同位体等の、１つ又は複数の細胞傷害性薬剤にコンジュゲートした、クロマチン修飾因子抗体又はＥＧＦＲ等の対象のポリペプチドに結合する抗体を含むイムノコンジュゲートが、本明細書でさらに提供される。
一実施態様では、免疫複合体は、抗体が１つ又は複数の薬物、例えば、限定されずに、マイタンシノイド（米国特許第５２０８０２０号、５４１６０６４号及び欧州特許０４２５２３５号を参照）；モノメチルオーリスタチン薬物部分ＤＥ及びＤＦ（ＭＭＡＥ及びＭＭＡＦ）などのオーリスタチン（米国特許第５６３５４８３号及び５７８０５８８号及び７４９８２９８号を参照）；ドラスタチン；カリケアマイシン又はその誘導体（米国特許第５７１２３７４号、５７１４５８６号、５７３９１１６号、５７６７２８５号、５７７０７０１号、５７７０７１０号、５７７３００１号及び５８７７２９６号を参照；Hinman等、Cancer Res.53:3336-3342(1993);及びLode等、Cancer Res.58:2925-2928(1998)を参照）；ダウノマイシン又はドキソルビシンなどのアントラサイクリン（Kratz等、Current Med.Chem.13:477-523(2006);Jeffrey等、Bioorganic & Med.Chem.Letters 16:358-362(2006);Torgov等、Bioconj.Chem.16:717-721(2005);Nagy等、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:829-834(2000);Dubowchik等、Bioorg.& Med.Chem.Letters 12:1529-1532(2002);King等、J.Med.Chem.45:4336-4343(2002);及び米国特許第６６３０５７９号を参照）；メトトレキセート；ビンデシン；タキサン、例えばドセタキセル、パクリタキセル、ラロタキセル、テセタキセル及びオルタタキセル；トリコテセン；並びにＣＣ１０６５にコンジュゲートされる抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である。
別の実施態様では、免疫複合体は、限定されずに、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合性活性断片、外毒素Ａ鎖（緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）から）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデッシンＡ鎖、アルファ−サルシン、アブラギリ（Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ ｆｏｒｄｉｉ）タンパク質、ダイアンシンタンパク質、フィトラカ・アメリカーナ（Ｐｈｙｔｏｌａｃａ ａｍｅｒｉｃａｎａ）タンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ及びＰＡＰ−Ｓ）、ツルレイシ（ｍｏｍｏｒｄｉｃａ ｃｈａｒａｎｔｉａ）阻害剤、クルシン、クロチン、サパオナリア・オフィシナリス（ｓａｐａｏｎａｒｉａ ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓ）阻害剤、ゲロニン、マイトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン及びトリコテセンを含む、酵素活性毒素又はその断片にコンジュゲートされる本明細書に記載の抗体を含む。
別の実施態様では、免疫複合体は、放射性原子にコンジュゲートされて放射性コンジュゲートを形成する、本明細書に記載の抗体を含む。放射性コンジュゲートの生成のために、様々な放射性同位体が利用できる。例には、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体が含まれる。放射性コンジュゲートが検出のために使用される場合は、それは、シンチグラフィー研究のための放射性原子、例えばＴｃ９９ｍ若しくはＩ１２３、又は核磁気共鳴（ＮＭＲ）画像化（磁気共鳴画像化、ｍｒｉとしても知られる）のためのスピン標識、例えば、再度ヨウ素−１２３、ヨウ素−１３１、インジウム−１１１、フッ素−１９、炭素−１３、窒素−１５、酸素−１７、ガドリニウム、マンガン若しくは鉄を含むことができる。
抗体及び細胞毒性剤のコンジュゲートは、様々な二官能基タンパク質カップリング剤、例えば、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能基誘導体（ジメチルアジピミデートＨＣｌなど）、活性エステル（スベリン酸ジスクシンイミジルなど）、アルデヒド（グルタルアルデヒドなど）、ビス−アジド化合物（ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミンなど）、ビス−ジアゾニウム誘導体（ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミンなど）、ジイソシアネート（トルエン２，６−ジイソシアネートなど）及びビス活性フッ素化合物（１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼンなど）を用いて作製することができる。例えば、リシン免疫毒素は、Ｖｉｔｅｔｔａ等、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３８：１０９８（１９８７）に記載のように調製することができる。炭素１４標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミンペンタ酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、抗体への放射性ヌクレオチドのコンジュゲーションのための例示的なキレート剤である。国際公開第９４／１１０２６号を参照する。リンカーは、細胞内で細胞傷害薬の放出を促進する「開裂可能なリンカー」であってもよい。例えば、酸に対して不安定なリンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、感光性リンカー、ジメチルリンカー又はジスルフィド含有リンカー（Chari等、Cancer Res.52:127-131(1992);米国特許第５２０８０２０号）を使用することができる。
本明細書の免疫複合体又はＡＤＣは、限定されずに、市販されている（例えば、Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ．、Ｕ．Ｓ．Ａから）架橋試薬、例えば、限定されずに、ＢＭＰＳ、ＥＭＣＳ、ＧＭＢＳ、ＨＢＶＳ、ＬＣ−ＳＭＣＣ、ＭＢＳ、ＭＰＢＨ、ＳＢＡＰ、ＳＩＡ、ＳＩＡＢ、ＳＭＣＣ、ＳＭＰＢ、ＳＭＰＨ、スルホ−ＥＭＣＳ、スルホ−ＧＭＢＳ、スルホ−ＫＭＵＳ、スルホ−ＭＢＳ、スルホ−ＳＩＡＢ、スルホ−ＳＭＣＣ及びスルホ−ＳＭＰＢ、及びＳＶＳＢ（スクシンイミジル−（４−ビニルスルホン）ベンゾエート）によって調製されるコンジュゲートを明示的に企図する。
Ｃ．結合性ポリペプチド
結合性ポリペプチドは、クロマチン修飾因子及び／又はＥＧＦＲ等の対象のポリペプチドに好ましくは特異的に結合するポリペプチドであり、これらも、本明細書で記載した方法における使用のために提供される。一部の実施態様では、結合性ポリペプチドは、クロマチン修飾因子アンタゴニスト及び／又は標的治療薬（例えば、ＥＧＦＲアンタゴニスト）である。結合性ポリペプチドは、既知のポリペプチド合成手法を使用して化学的に合成することができるか又は組換えテクノロジーを使用して調製し、精製することができる。結合性ポリペプチドは、通常長さが少なくとも約５アミノ酸、代わりに長さが少なくとも約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、又は１００アミノ酸以上であり、ここで、かかる結合性ポリペプチドは、本明細書に記載の標的、例えば、クロマチン修飾因子又はＥＧＦＲに、好ましくは特異的に結合する能力がある。結合性ポリペプチドは、既知の技法を使用した過度の実験なしに同定することができる。この点で、ポリペプチド標的に特異的に結合する能力がある結合性ポリペプチドに関するポリペプチドライブラリーをスクリーニングするための技法が、当該技術分野で既知である（例えば、米国特許第５５５６７６２号、５７５０３７３号、４７０８８７１号、４８３３０９２号、５２２３４０９号、５４０３４８４号、５５７１６８９号、５６６３１４３号；ＰＣＴ公開国際公開第８４／０３５０６号及び国際公開第８４／０３５６４号；Geysen等, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 81:3998-4002 (1984)；Geysen等, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 82:178-182 (1985)；Geysen等, in Synthetic Peptides as Antigens, 130-149 (1986)；Geysen等, J. Immunol. Meth., 102:259-274 (1987)；Schoofs等, J. Immunol., 140:611-616 (1988),Cwirla, S. E.等 (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:6378；Lowman, H.B.等 (1991) Biochemistry, 30:10832；Clackson, T.等 (1991) Nature, 352: 624； Marks, J. D.等 (1991), J. Mol. Biol., 222:581；Kang, A.S.等 (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:8363及びSmith, G. P. (1991) Current Opin. Biotechnol., 2:668を参照されたい）ことは、注目される。
ペプチドライブラリーを産出し、これらのライブラリーをスクリーニングする方法は、米国特許第５７２３２８６号、第５４３２０１８号、第５５８０７１７号、第５４２７９０８号、第５４９８５３０号、第５７７０４３４号、第５７３４０１８号、第５６９８４２６号、第５７６３１９２号、及び第５７２３３２３号にも開示されている。
Ｄ．結合性小分子
上記に記載した方法における使用のための、クロマチン修飾因子の小分子アンタゴニスト、標的治療薬（例えば、小分子ＥＧＦＲアンタゴニスト）、及び／又は化学療法薬（例えば、タキサン）としての使用のための結合性小分子が本明細書で提供される。
結合性小分子は、好ましくは、本明細書に記載のクロマチン修飾因子及び／又はＥＧＦＲに、好ましくは特異的に結合する本明細書で定義した結合性ポリペプチド又は抗体以外の有機分子である。結合性有機小分子は、既知の手法（例えば、ＰＣＴ公開国際公開第００／００８２３号及び国際公開第００／３９５８５号を参照されたい）を使用して、同定し、化学的に合成することができる。結合性有機小分子は、通常、サイズが約２０００ダルトン未満、代わりにサイズが約１５００、７５０、５００、２５０又は２００ダルトン未満であり、ここで、本明細書に記載のポリペプチドに、好ましくは特異的に結合する能力があるかかる有機小分子は、既知の技法を使用した過度の実験なしに同定することができる。この点で、対象のポリペプチドに結合する能力がある分子を求めて有機小分子ライブラリーをスクリーニングするための技法が、当該技術分野で既知である（例えば、ＰＣＴ公開国際公開第００／００８２３号及び国際公開第００／３９５８５号を参照されたい）ことは注目される。結合性有機小分子は、例えば、アルデヒド、ケトン、オキシム、ヒドラゾン、セミカルバゾン、カルバジド、一級アミン、二級アミン、三級アミン、Ｎ−置換ヒドラジン、ヒドラジド、アルコール、エーテル、チオール、チオエーテル、ジスルフィド、カルボン酸、エステル、アミド、ウレア、カルバメート、カーボネート、ケタール、チオケタール、アセタール、チオアセタール、ハロゲン化アリール、アリールスルホネート、ハロゲン化アルキル、アルキルスルホネート、芳香族化合物、複素環式化合物、アニリン、アルケン、アルキン、ジオール、アミノアルコール、オキサゾリジン、オキサゾリン、チアゾリジン、チアゾリン、エナミン、スルホンアミド、エポキシド、アジリジン、イソシアネート、スルホニル塩化物、ジアゾ化合物、酸塩化物等とすることができる。
Ｅ．アンタゴニストポリヌクレオチド
本明細書で記載した方法における使用のためのポリヌクレオチドアンタゴニストも、本明細書で提供される。ポリヌクレオチドは、アンチセンス核酸及び／又はリボザイムとすることができる。アンチセンス核酸は、本明細書で記載したクロマチン修飾因子遺伝子及び／又はＥＧＦＲ遺伝子等の対象の遺伝子のＲＮＡ転写物の少なくとも一部に相補的な配列を含む。しかしながら、完全な相補性は、好ましくはあるが、必要ではない。
本明細書で参照した「ＲＮＡの少なくとも一部に相補的な」配列は、ＲＮＡとハイブリダイズして、安定な二本鎖を形成することができるのに十分な相補性を有する配列を意味する；二本鎖アンチセンス核酸の場合、したがって、二本鎖ＤＮＡの一本鎖を試験することができるか、又は三本鎖形成をアッセイすることができる。ハイブリダイズする能力は、相補性の程度及びアンチセンス核酸の長さの両方に依存することになる。一般的に、ハイブリダイズしている核酸が大きいほど、より多くの塩基が、それが含有し、なお安定な二本鎖（又は場合に応じて三本鎖）を形成することができるＲＮＡとミスマッチする。当業者は、ハイブリダイズした複合体の融点を判定するための標準的な手順の使用によって、ミスマッチの許容できる程度を確かめることができる。
メッセージの５’末端、例えば、ＡＵＧ開始コドンまで及びこれを含む５’非翻訳配列に相補的なポリヌクレオチドは、翻訳を阻害するのに最も効率的に働くはずである。しかしながら、ｍＲＮＡの３’非翻訳配列に相補的な配列は、ｍＲＮＡの翻訳を阻害するのに効果的であることも示された。一般的に、Ｗａｇｎｅｒ，Ｒ．，１９９４，Ｎａｔｕｒｅ ３７２：３３３−３３５を参照されたい。したがって、遺伝子の５’又は３’非翻訳、非コード化領域に相補的なオリゴヌクレオチドを、内因性のｍＲＮＡの翻訳を阻害するためのアンチセンス手法において使用することができる。ｍＲＮＡの５’非翻訳領域に相補的なポリヌクレオチドは、ＡＵＧ開始コドンの相補物を含むはずである。ｍＲＮＡコード化領域に相補的なアンチセンスポリヌクレオチドは、効率性が低い翻訳の阻害剤であるが、本発明に従って使用される。ｍＲＮＡの５’領域、３’領域にであろうと又はコード化領域にであろうとハイブリダイズするように設計されている、アンチセンス核酸は、長さが少なくとも６のヌクレオチドであるべきであり、好ましくは長さが６から約５０のヌクレオチドにわたるオリゴヌクレオチドである。特定の態様では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０ヌクレオチド、少なくとも１７ヌクレオチド、少なくとも２５ヌクレオチド又は少なくとも５０ヌクレオチドである。
Ｆ．抗体及び結合性ポリペプチド変異体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体及び／又は結合性ポリペプチドのアミノ酸配列変異体が企図される。例えば、抗体及び／又は結合性ポリペプチドの結合親和性及び／又は他の生物学的特質を改善することが望まれ得る。抗体及び／又は結合性ポリペプチドのアミノ酸配列変異体は、抗体及び／若しくは結合性ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列中に適切な改変を導入することによって、又はペプチド合成によって調製することができる。かかる改変は、例えば、抗体及び／又は結合性ポリペプチドのアミノ酸配列内の残基の欠失及び／又はこれ中への挿入及び／又はこれの置換を含む。最終コンストラクトが望ましい特性、例えば、抗原結合を所持するという条件で、欠失、挿入、及び置換の任意の組合せを行って、最終コンストラクトに到達することができる。
ある特定の実施態様では、１つ又は複数のアミノ酸置換を有する抗体変異体及び／又は結合性ポリペプチド変異体が提供される。置換の突然変異生成に関する対象の部位は、ＨＶＲ及びＦＲを含む。保存的置換を、「好ましい置換」の見出しの下で表１に示す。より実質的な変化を、「例示的置換」の見出しの下で表１に提供し、アミノ酸側鎖クラスに関して以下で更に記載した。アミノ酸置換を、対象の抗体及び／又は結合性ポリペプチド並びに望ましい活性、例えば、保持された／改善された抗原結合、低下した免疫原性、又は改善されたＡＤＣＣ又はＣＤＣを求めてスクリーニングされた産物中に導入することができる。
アミノ酸は、共通の側鎖の特質に従ってグループ化することができる：
（１）疎水性：ノルロイシン、メチオニン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン；
（２）中性の親水性：システイン、セリン、スレオニン、アスパラギン、グルタミン；
（３）酸性：アスパラギン酸、グルタミン酸；
（４）塩基性：ヒスチジン、リジン、アルギニン；
（５）鎖配向に影響を及ぼす残基：グリシン、プロリン；
（６）芳香族：トリプトファン、チロシン、フェニルアラニン。
非保存的置換は、これらのクラスの１つのメンバーを別のクラスと交換することを伴うことになる。
Ｇ．抗体及び結合性ポリペプチド誘導体
ある特定の実施態様では、本明細書で提供される抗体及び／又は結合性ポリペプチドは、更に改変されて、当該技術分野で既知であり、容易に入手可能である追加の非タンパク質部分を含有することができる。抗体及び／又は結合性ポリペプチドの誘導体化に適した部分は、水溶性ポリマーを含むが、これらに限定されない。水溶性ポリマーの非限定的な例は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールの共重合体、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸共重合体、ポリアミノ酸（ホモ重合体又はランダム共重合体）、及びデキストラン又はポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロプロピレングリコールホモ重合体、プロリプロピレンオキシド／エチレンオキシド共重合体、ポリオキシエチル化ポリオール（例えば、グリセロール）、ポリビニルアルコール、及びそれらの混合物を含むが、これらに限定されない。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中でのその安定性により、製造における利点を有し得る。ポリマーは、任意の分子量のものとすることができ、分岐していても又は分岐していなくてもよい。抗体及び／又は結合性ポリペプチドに結合しているポリマーの数は、変動することができ、１つを超えるポリマーが結合している場合、それらは同じ又は異なる分子とすることができる。一般的に、誘導体化に使用するポリマーの数及び／又は型は、改善される抗体及び／又は結合性ポリペプチドの特定の特質又は機能、抗体誘導体及び／又は結合性ポリペプチド誘導体が定義された条件下で療法において使用されることになるかどうか等を含むがこれらに限定されない、考慮に基づいて判定することができる。
別の実施態様では、照射への曝露によって選択的に加熱することができる非タンパク質部分への抗体及び／又は結合性ポリペプチドのコンジュゲートが提供される。一実施態様では、非タンパク質部分は、カーボンナノチューブである（Kam等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102:11600-11605 (2005)）。照射は、任意の波長のものとすることができ、普通の細胞を害さないが、抗体及び／又は結合性ポリペプチド−非タンパク質部分の近位にある細胞が死滅される温度まで非タンパク質部分を加熱する波長を含むがこれらに限定されない。
ＩＶ．望ましい機能を有するクロマチン修飾因子のアンタゴニストをスクリーニングする且つ／又は同定する方法
抗体、結合性ポリペプチド、及び／又は小分子を含めた、本明細書で記載した方法における使用のためのクロマチン修飾因子及び／又はＥＧＦＲ等の、対象のポリペプチドの追加のアンタゴニストを、上記で記載した。本明細書で提供した抗クロマチン修飾因子抗体、結合性ポリペプチド、及び／又は結合性小分子等の追加のアンタゴニストを、当該技術分野で既知の様々なアッセイによって、それらの物理的／化学的性質及び／又は生物活性に関して同定する、スクリーニングする、又は特徴を明らかにすることができる。
ある特定の実施態様では、クロマチン修飾因子ポリペプチドの原子座標を含むメモリーを含むコンピューターシステムが、クロマチン修飾因子のリガンド結合部位化合物を合理的に同定するためのモデルとして有用である。かかる化合物は、例えば、新規に、又は既知の化合物の修飾によって設計することができる。他の場合では、結合性化合物は、既知の化合物を試験して、「ドック」がクロマチン修飾因子の分子モデルを有するかどうかを決定することによって、同定することができる。かかるドッキング方法は、一般的に当該技術分野で既知である。
クロマチン修飾因子の結晶構造データを、結晶構造データの分析によって、様々なクロマチン修飾因子−結合性化合物の結合のモデルを開発するために、コンピューターモデル化技法と協同で使用することができる。部位モデルは、部位表面の三次元トポグラフィー、並びにファンデルワールスコンタクト、静電相互作用、及び水素結合の機会を含めた因子の特徴を明らかにする。次いで、コンピューターシミュレーション技法を使用して、モデル部位と相互作用するように設計されている、プロトン、ヒドロキシル基、アミン基、二価カチオン、芳香族及び脂肪族官能基、アミド基、アルコール基等を含むがこれらに限定されない官能基に関する相互作用位置を位置づける。これらの基は、候補化合物が部位に特異的に結合することになるという見込みを有するファルマコフォア又は候補化合物中に設計することができる。したがって、ファルマコフォアは、一般に、非共有結合性機構を通して部位と相互作用するが、ファルマコフォア設計は、水素結合、ファンデルワールス、静電気、及び共有結合性相互作用を含めた、化学的相互作用の利用可能な型のいずれか又は全てを通して、部位と相互作用するファルマコフォアの範囲に入る候補化合物の能力の考慮を伴う。
コンピューターモデル化技法を使用した実際の合成に加えて、ファルマコフォア又は候補化合物がクロマチン修飾因子ポリペプチドに結合する能力を分析することができる。十分な結合エネルギー（一例を挙げれば、約１０−２Ｍ又はこれよりタイトな標的との解離定数に相当する結合エネルギー）で、標的（例えば、クロマチン修飾因子ポリペプチド結合部位）に結合するとコンピューターモデル化によって示された候補のみを、合成し、クロマチン修飾因子ポリペプチドに結合し、クロマチン修飾因子を阻害するそれらの能力、適用可能な場合、当業者に既知である且つ／又は本明細書に記載の酵素アッセイを使用して、酵素的機能に関して試験することができる。したがって、計算的な査定工程は、十分な親和性でクロマチン修飾因子ポリペプチドに結合しそうにない化合物の不必要な合成を回避する。
クロマチン修飾因子ファルマコフォア又は候補化合物を、化学成分又は断片をスクリーニングし、クロマチン修飾因子ポリペプチド上の個々の結合性標的部位に結合するそれらの能力に関して選択する一連の工程を用いて、計算的に査定し、設計することができる。当業者は、クロマチン修飾因子ポリペプチド、より詳細にはクロマチン修飾因子ポリペプチド上の標的部位と結合するそれらの能力に関して、化学成分又は断片をスクリーニングするためのいくつかの方法の１つを使用することができる。プロセスは、クロマチン修飾因子ポリペプチド座標、又は当該技術分野で既知のそれらの座標のサブセットに基づいて、例えばコンピュータースクリーン上の標的部位の目視検査によって開始することができる。
がん細胞死を誘導するアンタゴニストを選択するために、例えば、ヨウ化プロピジウム（ＰＩ）、トリパンブルー又は７ＡＡＤ取込みによって示される膜完全性の喪失を、参照と比較して評価することができる。ＰＩ取込みアッセイを、相補物及び免疫エフェクター細胞の不在下で行うことができる。腫瘍細胞を、培地単独又は適切な併用療法薬を含有する培地でインキュベートする。細胞を、３日間インキュベートする。各処置後、細胞を細胞集塊の除去のために洗浄し、３５ｍｍストレーナキャップ付き１２×７５管（管当たり１ｍｌ、処置群当たり３管）にアリコートする。次いで、管に、ＰＩ（１０μｇ／ｍｌ）を入れる。試料は、ＦＡＣＳＣＡＮ（登録商標）フローサイトメーター及びＦＡＣＳＣＯＮＶＥＲＴ（登録商標）ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウェア（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）を使用して分析することができる。ＰＩ取込みによって決定される、培地単独及び／又は単剤療法薬と比較して、統計的に有意なレベルの細胞死を誘導するアンタゴニストを、細胞死誘導抗体、結合性ポリペプチド又は結合性小分子として選択することができる。
スクリーニングする且つ／又は同定する方法のいずれかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子の候補アンタゴニストは、抗体、結合性ポリペプチド、結合性小分子、又はポリヌクレオチドである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、抗体である。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニストは、小分子である。
Ｖ．医薬製剤
本明細書に記載のクロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及び／又はがん療法剤（例えば、標的治療薬、化学療法薬、及び／又は放射線療法薬）の医薬製剤を、１つ又は複数の任意選択の薬学的に許容される担体を有する望ましい程度の純度を有するかかる抗体を混合することによって、凍結乾燥製剤又は水溶液の形で、調製する（Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)）。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト及び／又は標的治療薬は、結合性小分子、抗体、結合性ポリペプチド、及び／又はポリヌクレオチドである。一部の実施態様では、がん療法剤は、ＥＧＦＲアンタゴニストである。一部の実施態様では、がん療法剤は、化学療法薬である。一部の実施態様では、化学療法薬は、タキサンである。一部の実施態様では、タキサンは、パクリタキセルである。一部の実施態様では、タキサンは、ドセタキセルである。薬学的に許容される担体は、一般的に、用いる用量及び濃度でレシピエントに無毒であり、リン酸、クエン酸及び他の有機酸等のバッファー；アスコルビン酸及びメチオニンを含めた抗酸化剤；保存剤（オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド；ヘキサメトニウムクロライド；ベンザルコニウムクロライド；ベンゼトニウムクロリド；フェノール、ブチル又はベンジルアルコール；メチル又はプロピルパラベン等のアルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；及びｍ−クレゾール等）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン等のタンパク質；ポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、又はリジン等のアミノ酸；単糖類、二糖類、及びグルコース、マンノース、又はデキストリンを含めた他の炭水化物；ＥＤＴＡ等のキレート剤；スクロース、マンニトール、トレハロース又はソルビトール等の糖類；ナトリウム等の造塩対イオン；金属複合体（例えば、Ｚｎ−タンパク質複合体）；及び／又はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）等の非イオン性界面活性剤を含むがこれらに限定されない。本明細書の例示的な薬学的に許容される担体は、可溶型中性の活性ヒアルロニダーゼ糖タンパク質（ｓＨＡＳＥＧＰ）、例えば、ｒＨｕＰＨ２０（ＨＹＬＥＮＥＸ（登録商標），Ｂａｘｔｅｒ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．）等のヒト可溶型ＰＨ−２０ヒアルロニダーゼ糖タンパク質等の間質薬物分散剤を更に含む。ｒＨｕＰＨ２０を含めた、いくつかの例示的ｓＨＡＳＥＧＰ及び使用の方法は、米国特許出願公開第２００５／０２６０１８６号及び第２００６／０１０４９６８号に記載されている。一態様では、ｓＨＡＳＥＧＰは、コンドロイチナーゼ等の１つ又は複数の追加のグリコサミノグリカナーゼと組み合わされる。
例示的凍結乾燥製剤は、米国特許第６２６７９５８号に記載されている。水性抗体製剤は、米国特許第６１７１５８６号及び国際公開第２００６／０４４９０８号に記載されているものを含み、後者の製剤は、ヒスチジン−アセテートバッファーを含む。
本明細書の製剤は、治療される特定の徴候に関して必要に応じて、１つを超える活性成分、好ましくは互いに悪影響しない相補的な活性を有するものも含有することができる。かかる活性成分は、意図された目的に効果的である量で、組合せで適切に存在する。
活性成分を、例えばコアセルベーション技法によって又は界面重合によって調製された、マイクロカプセル、例えば、それぞれ、ヒドロキシメチルセルロース又はゼラチンマイクロカプセル及びポリ−（メチルメタクリレート）マイクロカプセル中に、コロイド薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミンミクロスフェア、マイクロエマルション、ナノ粒子及びナノカプセル）中に又はマクロエマルション中に封入することができる。かかる技法は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ １６ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０）に開示されている。
徐放調製物を、調製することができる。徐放調製物の適した例は、そのマトリックスが造形品、例えば、フィルム、又はマイクロカプセルの形である、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト及び／又はがん療法剤（例えば、標的治療薬及び／又は化学療法薬）を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスを含む。
インビボ投与に使用される製剤は、一般的に無菌である。無菌状態は、例えば、滅菌濾過膜を通した濾過によって、容易に達成することができる。
ＶＩ．製品
本発明の別の態様では、上記で記載した障害の治療、予防、及び／又は診断に有用である材料を含有する製品が提供される。製品は、容器、及び容器上に又は容器と結合したラベル又は添付文書を含む。適した容器は、例えば、ビン、バイアル、シリンジ、ＩＶ溶液バッグ等を含む。容器は、ガラス又はプラスチック等のいろいろな材料から形成されていてよい。容器は、それ自体であるか又は状態を治療する、予防するかつ／又は診断するのに有効な別の組成物と混合された組成物を保持し、滅菌アクセスポートを有することができる（例えば容器は、皮下注射針によって穿刺可能なストッパーを有する静脈内溶液バッグ又はバイアルとすることができる）。組成物中の少なくとも１つの活性薬剤は、本明細書で記載したクロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）である。ラベル又は添付文書は、組成物が最適な状態を治療するために使用されることを示す。さらに、製品は、（ａ）そこに含有された組成物であって、クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）を含む組成物を有する第１の容器及び（ｂ）そこに含有された組成物であって、がん療法剤（例えば、標的治療薬及び／又は化学療法薬）を含む組成物を有する第２の容器を含むことができる。
一部の実施態様では、製品は、容器、組成物を使用して試料中の１つ又は複数のバイオマーカーの存在を査定することができることを示す前記容器上のラベル、及び前記容器内に含有された組成物であって、１つ又は複数の試薬（例えば、１つ又は複数のバイオマーカー又は本明細書で記載したバイオマーカーの１つ又は複数へのプローブ及び／又はプライマーに結合する一次抗体）を含む組成物、及び試料中の１つ又は複数のバイオマーカーの存在を査定するための試薬を使用するための説明書を含む。製品は、試料を調製し、試薬を利用するための説明書及び材料のセットをさらに含むことができる。一部の実施態様では、製品は、一次及び二次抗体の両方等の試薬を含むことができ、ここで二次抗体は標識、例えば、酵素標識にコンジュゲートしている。一部の実施態様では、製品は、本明細書で記載したバイオマーカーの１つ又は複数への１つ又は複数のプローブ及び／又はプライマー。
製品のいずれかの一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト及び／又はがん療法剤（例えば、標的治療薬）は、抗体、結合性ポリペプチド、結合性小分子、又はポリヌクレオチドである。一部の実施態様では、がん療法剤は、タキサンである。一部の実施態様では、タキサンは、パクリタキセルである。一部の実施態様では、がん療法剤は、ＥＧＦＲアンタゴニストである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト及び／又はＥＧＦＲアンタゴニストは、小分子である。一部の実施態様では、ＥＧＦＲ小分子アンタゴニストは、エルロチニブ及び／又はゲフィチニブである。一部の実施態様では、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト及び／又はＥＧＦＲアンタゴニストは、抗体である。一部の実施態様では、抗体は、モノクローナル抗体である。一部の実施態様では、抗体は、ヒト、ヒト化、又はキメラ抗体である。一部の実施態様では、抗体は、抗体断片であり、抗体断片は、クロマチン修飾因子及び／又は阻害剤に結合する。
本発明のこの実施態様における製品は、組成物を使用して、特定の状態を治療することができることを示す添付文書をさらに含むことができる。あるいは、又は更に、製品は、静菌性の注射用水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝食塩水、リンゲル液及びデキストローズ溶液等の薬学的に許容されるバッファーを含む第２（又は第３）の容器を更に含むことができる。製品は、他のバッファー、希釈剤、フィルター、針、及びシリンジを含めた、商業及びユーザー観点から望ましい他の材料を更に含むことができる。
製品中の他の任意選択の成分は、１つ又は複数のバッファー（例えば、ブロックバッファー、洗浄バッファー、基質バッファー等）、酵素標識によって化学的に修飾された基質（例えば、色素原）等の他の試薬、エピトープ回収溶液、コントロール試料（ポジティブ及び／又はネガティブコントロール）、コントロールスライド等を含む。
上記の製品のいずれかは、クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及びがん療法剤（例えば、ＥＧＦＲアンタゴニスト又はタキサン（例えば、パクリタキセル））の代わりに又はこれに加えて、本明細書で記載したイムノコンジュゲートを含むことができることが理解されよう。
以下は、本発明の方法及び組成物の例である。上で提供した一般的な説明を考慮すると、様々な他の実施態様を実行することができることが理解されよう。
実施例１
がん細胞のケア又は標的薬物治療の標準の間にがん細胞の生存をもたらすクロマチン修飾に関与する遺伝子産物を同定するために、ヒストン質量分析及びｓｉＲＮＡスクリーニングを開始した。特に、親細胞及び薬物耐性集団（ＤＴＰ）細胞のヒストン質量分析を使用して、親細胞株と比較して、ＤＴＰにおいて改変されたヒストン尾部修飾を同定した。さらに、ヒストンデメチラーゼ、メチルトランスフェラーゼヒストンアセチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、ブロモドメイン含有タンパク質、ユビキナーゼ及びデユビキナーゼ酵素、並びにヒストンシャペロン（各遺伝子に関して４つの異なるｓｉＲＮＡ配列）を含んだ約３００のクロマチン修飾因子のｓｉＲＮＡライブラリーをスクリーニングした。
材料及び方法
細胞培養
全ての細胞を、５％ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及びＬ−グルタミンで補充したＲＰＭＩ培地（高グルコース）中で、５％ＣＯ２下で３７℃で維持する。
細胞生存アッセイ
３×１０４細胞を、１２ウェルクラスター皿の各ウェルに播種した。播種の２４時間後、培地を除去し、薬物を含有する培地と交換した。新鮮な培地を、処置されていない細胞がコンフルエンスに達するまで、２日毎に交換した。次いで培地を除去し、細胞をリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で洗浄し、次いでＰＢＳ中の４％ホルムアルデヒドで１５分間固定した。次いで細胞をＰＢＳで洗浄し、蛍光性核酸染色、Ｓｙｔｏ６０（ＰＢＳ中の１ｎＭ；Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ）で１５分間染色した。色素を除去し、細胞単層をＰＢＳで洗浄し、蛍光定量化を、Ｏｄｙｓｓｅｙ Ｉｎｆｒａｒｅｄ Ｉｍａｇｅｒ（Ｌｉ−Ｃｏｒ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）で７００ｎｍで行った。
薬物耐性生残細胞（ＤＴＰ）の産出
薬物感受性細胞（例えば、ＰＣ９及びＨ１２９９）を、３ラウンドの間、樹立されたＩＣ５０値の１００倍を超える濃度で本明細書に記載の関連する薬物で処置し、各処置は７２時間続いた。関連する薬物処置の第３ラウンドの終わりで皿に付着したままである生細胞をＤＴＰであるとみなし、分析のために回収した。
細胞採取及びタンパク質分析
細胞溶解物を、Ｌａｅｍｍｌｉ試料バッファーにおいて調製し、前に記載したイムノブロッティングによって分析した。細胞溶解物を、Ｈ３上の修飾に対する市販の抗体（Ａｃｔｉｖｅ Ｍｏｔｉｆ及びＣｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して分析した。
ｓｉＲＮＡライブラリー作製
ブロモ、クロモ及びＰＨＤドメイン並びにオントロジーキーワード（例えばアセチルトランスフェラーゼ、デアセチラーゼ、メチルトランスフェラーゼ、デメチラーゼ）に関するデータベース探索（例えば、Ｐｆａｍ）、及び文献検索を通して、エピジェネティクススペースにおける３００の遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡライブラリーを構築した（表２参照）。標的ｍＲＮＡ上の異なる領域を標的とする４つの単一ｓｉＲＮＡを、非修飾のｓｉＧＥＮＯＭＥ ｓｉＲＮＡとして利用した。
ｓｉＲＮＡスクリーニング方法
細胞（例えば、ＰＣ９及びＨ１２９９）を、１２．５ｎＭの最終濃度で０．０６２５ｕｌのＤｈａｒｍａＦＥＣＴ １トランスフェクション脂質（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ、カタログ＃Ｔ−２００１）及び単一ｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ｓｉＧＥＮＯＭＥ）を使用して、ウェル当たり１０００細胞でブラック９６ウェル透明底プレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ、カタログ＃３６０３）において、リバーストランスフェクトした。その後細胞（例えば、ＰＣ９及びＨ１２９９）を、トランスフェクション培地を培地中の１ｕＭの関連する薬物処置又は培地単独と交換する前に、４８−７２時間、トランスフェクトした。インキュベーションの７２時間後、次いで培地＋／−薬物を新鮮培地と交換して、関連する薬物処置後に生存した薬物耐性生残細胞（ＤＴＰ）の回復を可能にした（回復フェーズ）。３日の回復フェーズ後、最終細胞生存率を、製造者のプロトコールに従って、ＣｙＱＵＡＮＴ Ｄｉｒｅｃｔ細胞増殖アッセイ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ）を使用して測定した。ＣｙＱＵＡＮＴ蛍光性シグナルを、ＧＥ ＩＮ Ｃｅｌｌ Ａｎａｌｙｚｅｒ ２０００（４×対物レンズ）を使用して検出し、ＧＥ Ｄｅｖｅｌｏｐｅｒ Ｔｏｌｌｂｏｘ １．９．１を使用して開発された画像解析アルゴリズムを使用して、ウェル当たりの細胞の数として定量化した。その後スクリーニングデータをＭｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｅｘｃｅｌで加工した。全体的なＥｐｉ３００ ｓｉＲＮＡスクリーニングを、完全に独立した条件で２回各細胞株上で行った。
３−デアザネプラノシンＡ（ＤＺＮｅｐ）細胞処置
ＰＣ９細胞を、４０から０．６２５μＭの様々な濃度の３−デアザネプラノシンＡ（ＤＺＮｅｐ）で処置する前に、ウェル当たり１０００細胞でブラック９６ウェル透明底プレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ、カタログ＃３６０３）に播種した。ＤＺＮｅｐ処置の４８時間後、培地を、新鮮培地単独又は１μＭエルロチニブの存在下の培地と交換した。インキュベーションの７２時間後、次いで培地＋／−エルロチニブを新鮮培地と交換して、薬物処置後に生存した薬物耐性生残細胞（ＤＴＰ）の回復を可能にした。３日の回復フェーズ後、最終細胞生存率を、製造者のプロトコールに従って、ＣｙＱＵＡＮＴ Ｄｉｒｅｃｔ細胞増殖アッセイ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ）を使用して測定した。ＣｙＱＵＡＮＴ蛍光性シグナルを、ＧＥ ＩＮ Ｃｅｌｌ Ａｎａｌｙｚｅｒ ２０００（４×対物レンズ）を使用して検出し、ＧＥ Ｄｅｖｅｌｏｐｅｒ Ｔｏｌｌｂｏｘ １．９．１を使用して開発された画像解析アルゴリズムを使用して、ウェル当たりの細胞の数として定量化した。その後スクリーニングデータを、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｅｘｃｅｌで加工した。全体的なＥｐｉ３００ ｓｉＲＮＡスクリーニングを、完全に独立した条件で２回各細胞株上で行った。
スクリーニング品質評価
スクリーニングの品質を、非標的コントロール（ＮＴＣ）に関して培地及び関連する薬物処置条件間の、及び関連する薬物処置条件において非標的コントロール及びポジティブコントロール（ＨＤＡＣ３ ｓｉＲＮＡ単一３）（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ、カタログ＃Ｄ−００３４９６−０３）間の差異に基づいて計算されたＺ因子を使用して評価した。スクリーニングに関して、これらの条件を比較するＺ因子値は、０．５から１の間であった。
質量分析試料調製物
１０００万の細胞を有する試料を溶解し、ヒストンを、活性モチーフヒストン精製キット（world wide web activemotif.com/catalog/171.html）を使用して、細胞溶解物から単離した。単離後のタンパク質定量化を、Ｑｕｂｉｔ蛍光プラットフォーム（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して行った。標的収量は、５００万細胞当たり少なくとも２０μｇ以上の精製ヒストンであった。次いで試料を誘導体化し、ｄ０／ｄ１０無水プロピオン酸を使用したバイナリ比較及びトリプシン消化を行った。特に、５μｇアリコートの各試料を、ｄ０無水プロピオン酸で誘導体化して、リジン及びモノメチル化したリジン残基をブロックした。コントロール試料は、１５μｇを利用した。試料を、トリプシンで消化した。コントロール試料を、ｄ０無水プロピオン酸で再誘導体化した（曝露されたペプチドＮ末端上で）。試験試料を、ｄ１０無水プロピオン酸で再誘導体化した（曝露されたＮ末端上で）。各試験試料を、独立してコントロール試料と１：１でプールした。次いで試料を、多酵素消化に供した。試料当たり３つの酵素の一式を用いて、特徴を明らかにされるＰＴＭ部位の周りに大きいペプチド及び全ての部位の周りに同時の重複配列被覆を産出した。
質量分析
ペプチド消化物を、ＬＴＱ Ｏｒｂｉｔｒａｐ Ｖｅｌｏｓタンデム質量分光計上でデータ依存モードにおいてナノＬＣ／ＭＳ／ＭＳによって分析した。データを、ＣＩＤ、ＨＣＤ及びＥＴＤ断片化レジームを使用して取得した。データ取得に関して、Ｍａｓｃｏｔ（Ｍａｔｒｉｘ Ｓｃｉｅｎｃｅ）を使用したデータベース探索を使用して、アセチル化、メチル化、ジメチル化、トリメチル化、リン酸化及びユビキチン化を決定した。新規の配列決定を含むマニュアルデータ分析を使用して、推定上のインシリコの割り当てを確認し、Ｍａｓｃｏｔにおいてマッチしない修飾ペプチドに関するローデータを調べた。正確な質量フルスキャンＬＣ／ＭＳデータを組み込んで、試料間の修飾ペプチドの相対的存在量を決定した。トリプシン消化したプロピオニル化試料を、（Garcia等, JPR, 8, 5367-5374 (2009)の研究に従って）ｄ０／ｄ５対を比較することによって、各ＬＣ／ＭＳラン内で定量化した。交互の酵素試料を、ＬＣ／ＭＳラン間で無標識で定量化した。
異種移植腫瘍研究
ＰＣ９細胞を、８０％のコンフルエンシーまで増殖培地（ＲＰＭＩ １６４０、１０％熱失活したウシ胎仔血清、２ｍＭ Ｌ−グルタミン）において培養し、次いでトリプシン処理し、ＰＢＳで１回洗浄し、５×１０７細胞／ｍｌの最終濃度までハンクのバランス電解液（ＨＢＳＳ）又はマトリゲル［グロースファクターリデュースト；カタログ＃３５６２３１（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｗｅｓｔ Ｇｒｏｖｅ、ＰＡ）］とのＨＢＳＳの１：１混合物に再懸濁した。各異種移植腫瘍モデルを、免疫不全マウスの後右側腹部において皮下に（ｓ．ｃ．）接種した５×１０６細胞（１００μＬ）を使用して樹立した。ＰＣ−９及びＰＣ−９−ＧＦＰ細胞を、ヌード（ｎｕ／ｎｕ）マウス（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｈｏｌｌｉｓｔｅｒ，ＣＡ）においてマトリゲルを有するＨＢＳＳに移植した。腫瘍体積が約１００−２００ｍｍ３に達した時、マウスを大きさが均一な腫瘍を有する動物の群に分離し、群化の翌日に処置を開始した。マウスを、適切なビヒクルコントロールを有するエルロチニブ（最初の４用量に関して７．５％カプチゾール中の５０ｍｇ／ｋｇ、次いで７．５％カプチゾール中の３５ｍｇ／ｋｇに下げて）及び／又はＴＳＡ（０．５ｍｇ／ｋｇ）で、週に５日（ＱＤ）、経口の経管栄養（ＰＯ）で投薬した。
結果
ｓｉＲＮＡスクリーニングを開発し、薬物耐性生残細胞（ＤＴＰ）と関連してヒト非小細胞肺がん細胞株ＰＣ９を使用して実行した（図１）。ＰＣ９ ＤＴＰ細胞を上記のように調製し、スクリーニングした。ウェル当たりの細胞数を、培地及び関連する薬物エルロチニブ処置の両方において、全ての条件（１２００単一ｓｉＲＮＡ）に関してプレート当たりのウェル当たりの平均細胞数によって規準化した。スクリーニングの品質を、非標的コントロール（ＮＴＣ）に関して培地及びエルロチニブ処置条件間の、及びエルロチニブ処置条件において非標的コントロール及びポジティブコントロール（ＨＤＡＣ３ ｓｉＲＮＡ単一３）（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ、カタログ＃Ｄ−００３４９６−０３）間の差異に基づいて計算されたＺ因子を使用して評価した（図２）。スクリーニングに関して、これらの条件を比較するＺ因子値は、０．５から１の間であった。種々のプレートにわたる複製ウェルラン間の相関を計算した（図３）。レプリカプレート間の強い相関（Ｒ２＞０．８）が観察された。
陽性ヒットを、培地条件対エルロチニブ条件における特異的な遺伝子ノックダウンの効果に基づいて、定義した。カットオフ値を、培地条件における最小限の効果及びエルロチニブ条件における細胞生存率に及ぼす強いインパクトを有する陽性ヒットを抽出するために、ポジティブコントロール（ＨＤＡＣ３ ｓｉＲＮＡ単一３）及びネガティブコントロール（非標的コントロール）の変動に基づいて決定した（図４）。遺伝子がスクリーニングにおける陽性ヒットとしてスコア化されるために、少なくとも３つの単一ｓｉＲＮＡが、上記で定義したカットオフに基づいた効果を有さなければならなかった。
標的を、陽性ｓｉＲＮＡヒットとして最初に選択した。各個体ヒットに関するローデータを、図５Ａ１−Ｏ２に記載する。ＡＴＲＸを標的とする単一ｓｉＲＮＡのいずれも、培地条件において著しい効果を有さなかった一方、それらの全てが、エルロチニブの存在下で細胞生存率を著しく減少させる（図５Ａ１−２）。同様の４つの陽性ｓｉＲＮＡのうちの４つの結果が、ＵＢＥ２Ａ（図５Ｂ１−２）、ＭＹＳＴ４（図５Ｄ１−２）、ＥＺＨ２（図５Ｅ１−２）、ＣＨＤ７（図５Ｊ１−２）、及びＣＨＤ１（図５Ｎ１−２）に関して観察された。ＵＢＥ２Ｂ（図５Ｃ１−２）、ＨＤＡＣ２（図５Ｆ１−２）、ＨＤＡＣ３（図５Ｇ１−２）、ＣＤＹＬ（図５Ｈ１−２）、ＬＲＷＤ１（図５Ｉ１−２）、ＰＨＦ１０（図５Ｋ１−２）、ＰＨＦ１２（図５Ｌ１−２）、ＰＨＦ２３（図５Ｍ１−２）、及びＲＩＮＧ１Ｂ（図５Ｏ１−２）を含む他の陽性ｓｉＲＮＡヒットは、ｓｉＲＮＡの１つが培地条件における細胞生存率に及ぼすいくらかの効果を有したため、４つの陽性ｓｉＲＮＡヒットのうちの３つとして分類した。
図１４Ａに示すように、ｓｉＲＮＡスクリーニングデータに基づいて、以下の遺伝子を、薬物耐性生残細胞表現型に関与していると同定した：ＡＴＲＸ、ＵＢＥ２Ａ、ＵＢＥ２Ｂ、ＭＹＳＴ４、ＥＺＨ２、ＨＤＡＣ２、ＨＤＡＣ３、ＣＤＹＬ、ＬＲＷＤ１、ＣＨＤ７、ＰＨＦ１０、ＰＨＦ１２、ＰＨＦ２３、ＣＨＤ１、ＲＩＮＧ１Ｂ、ＥＥＤ、ＣＢＸ３、ＣＢＸ６、ＣＢＸ８、ＣＨＤ４、及びＲＢＢＰ４。
第２のｓｉＲＮＡスクリーニングを開発し、ＤＴＰと関連してヒト肺腺癌がん細胞株Ｈ１２９９を使用して実行した。Ｈ１２９９ ＤＴＰ細胞を上記のように調製し、エルロチニブの代わりに薬物としてタキサン、パクリタキセルを使用して、ＰＣ９／エルロチニブスクリーニングに関してスクリーニングした。ＡＴＲＸに関する結果を、図１３に示す。図１４Ｂに示すように、タキサン、パクリタキセルを使用したＨ１２９９細胞における第２のｓｉＲＮＡスクリーニングは、薬物耐性生残細胞表現型に関与する遺伝子：ＭＧＥＡ５、ＭＬＬＴ１０、ＳＩＲＴ４、ＴＰ５３ＢＰ１、ＡＴＲＸ、ＢＲＤＴ、ＣＢＸ６、ＣＨＤ１、ＥＶＩ１、ＧＴＦ３Ｃ４、ＨＩＲＡ、ＭＰＨＯＳＰＨ８、ＮＣＯＡ１、ＲＢＢＰ５、ＴＤＲＤ７、及びＺＣＷＰＷ１を同定した。ＨＤＡＣ２は、Ｈ１２９９細胞において試験した第１のランにおいて４つのｓｉＲＮＡのうち３つが陽性であり、第２のランにおいて４つのｓｉＲＮＡのうち２つが陽性であった一方、ＨＤＡＣ３は、パクリタキセルで処置したＨ１２９９において陰性であった（データは示さず）。さらに、Ｈ１２９９細胞株において、ＥＺＨ２及びＳＵＺ１２の両方は、ヒット（８つの陽性ｓｉＲＮＡヒットのうちの６つ）として確認された（図９）。
ポリコーム抑制複合体１及び２
それぞれ、ポリコーム抑制複合体１（ＰＲＣ１）及びポリコーム抑制複合体２（ＰＲＣ２）の成分である、ＲＩＮＧ１Ｂ及びＥＺＨ２が、ＰＣ９ ＤＴＰ細胞におけるｓｉＲＮＡスクリーニングにおいて陽性ヒットとして同定されたので、薬物耐性持続におけるこれらの複合体成分の関与を調査する別の研究を行った。
ＰＲＣ１複合体のいくつかの追加の成分を、遺伝子当たり４つの単一ｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ｓｉＧＥＮＯＭＥ）を使用して、ノックダウンした（図６）。ＲＩＮＧ１Ｂを４つの陽性ｓｉＲＮＡヒットのうちの３つとして確認することに加えて、ＣＢＸ３、ＣＢＸ６及びＣＢＸ８も、培地における任意の効果なしにエルロチニブの存在下で細胞生存率を減少させる４つのｓｉＲＮＡのうちの少なくとも２つに関与していた。
ＰＲＣ２複合体のいくつかの追加の成分も調査した。非修飾ｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ＳｉＧＥＮＯＭＥ）に加えて、追加のｓｉＲＮＡ配列を、ＥＺＨ２、ＥＥＤ及びＳＵＺ１２に関してＰＣ９細胞上の修飾ｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ＯＮ−ＴＡＲＧＥＴ ＰＬＵＳ）として試験した（図８）。この手法を使用して、ＥＺＨ２は、ＰＣ９細胞における８つの陽性ｓｉＲＮＡヒットのうちの６つとして確認され、ＥＥＤは、８つの陽性ｓｉＲＮＡヒットのうちの５つとして確認され、ＳＵＺ１２は、８つの陽性ｓｉＲＮＡヒットのうちの６つとして確認された。パクリタキセル（１ｕＭ）で処置した又は処置していないヒト非小細胞肺癌細胞株Ｈ１２９９における種々のＰＲＣ２成分をノックダウンする効果（図９）。Ｈ１２９９細胞株において、ＥＺＨ２及びＳＵＺ１２の両方が、ヒットとして確認された（８つの陽性ｓｉＲＮＡヒットのうちの６つ）。ＥＥＤは、８つの陽性ｓｉＲＮＡのうちの２つのみで、確認されなかった。興味深いことに、これらの遺伝子のいずれも、ＰＣ９ ＤＴＥＰにおいて陽性ヒットではなかった（図１０）。
エルロチニブに応答するＤＴＰ細胞の維持におけるＥＺＨ２及びＥＥＤを含めたＰＲＣ２の関与をさらに検証するために、ＥＺＨ２を阻害することによってＰＲＣ２を撹乱することが以前示されたヒストンメチルトランスフェラーゼ阻害剤である、３−デアザネプラノシンＡ（ＤＺＮｅｐ）の効果を、上記のように試験した。図１１Ａに示すように、０．６２５から１０ｕＭまで増加するＤＺＮｅｐの濃度でのＰＣ９ ＤＴＰ細胞の処置は、培地単独における細胞生存率に及ぼす最小限のインパクトを有した。単一の薬剤としてのＤＺＮｅｐの著しい効果が、ＰＣ９ ＤＴＰ細胞上の２０及び４０ｕＭに等しい濃度に関して観察された。エルロチニブとの組合せにおいて、ＤＺＮｅｐは、０．６２５ｕＭもの低い濃度でＰＣ９ ＤＴＰ細胞生存率を非常に著しく低下させる。ＤＺＮｅｐは、それ自体では０．６２５（図１１Ｂ）及び５ｕＭ（図１１Ｃ）でＰＣ９ ＤＴＰ細胞生存率に効果を及ぼさなかったが、これらの濃度は、エルロチニブ単独と比較した場合、それぞれ、７５．８及び８７．５％の細胞死滅をもたらす。これらの結果は、ＥＺＨ２及びＥＥＤノックダウンの効果と相関し、ＤＴＰの維持におけるＰＲＣ２の関与をさらに樹立する。
ヌクレオソーム再モデル化及びヒストンデアセチラーゼＮｕＲＤ複合体
ＮｕＲＤ複合体のいくつかの成分も、複数の単一ｓｉＲＮＡ（Ｄｈａｒｍａｃｏｎ ｓｉＧＥＮＯＭＥ又はＯＮ−ＴＡＲＧＥＴ ＰＬＵＳ）を使用して調査した。調査した種々の成分の中で、ＣＨＤ４を標的とする８つの単一ｓｉＲＮＡのうちの４つが、エルロチニブの存在下でＰＣ９ ＤＴＰ細胞生存率をはっきりと低下させた一方、培地における効果を有さなかった。これは、ＤＴＰの維持におけるＣＨＤ４の関与を実証した。ＲＢＢＰ４を標的とする４つの単一ｓｉＲＮＡのうちの３つが、培地におけるＰＣ９ ＤＴＰ細胞生存率に及ぼすわずかな効果を有した一方、エルロチニブの存在下でＰＣ９ ＤＴＰ細胞生存を著しく低下させた。これは、ＤＴＰの維持におけるＲＢＢＰ４の関与も強く示唆している。
ヒストン質量分析試料調製及び分析
ＰＣ９及びＰＣ９ ＤＴＰ細胞試料を、上記のように調製し、分析した。研究は、ヒストン尾部修飾の著しい改変を示した。特に、リジン残基Ｋ９、Ｋ１８、及びＫ２７でのヒストンＨ３のアセチル化パターンにおける変化があった。さらに、リジン残基Ｋ４、Ｋ９、及びＫ２７でのヒストンＨ３のメチル化パターンにおける変化があった。
ヒストン質量分析によって同定されるヒストン翻訳後修飾は、陽性ｓｉＲＮＡスクリーニングヒットと一致していた。特に、陽性ｓｉＲＮＡスクリーニングヒットは、質量分析によって決定されるように、ＰＣ９と比較して、ＰＣ９ ＤＴＰ細胞において改変された特異的なヒストンＨ３修飾のモジュレーターであった。例えば、質量分析によって決定されるように、ＰＣ９細胞と比較してＰＣ９ ＤＴＰ細胞において、ヒストンＨ３Ｋ４メチル化は下がり（例えば、トリ−メチル化と比較した、非メチル化、モノ及びジ−メチル化の増加）、ヒストンＨ３Ｋ９メチル化は増加した（例えば、ジ、モノ又は非メチル化と比較したトリ−メチル化の増加）。この知見と一致して、陽性ｓｉＲＮＡスクリーニングヒット、ＡＴＲＸは、低ヒストンＨ３Ｋ４メチル化及び高ヒストンＨ３Ｋ９メチル化のリーダーであり、別の陽性ｓｉＲＮＡスクリーニングヒットである、ＣＨＤ７は、非メチル化ヒストンＨ３Ｋ４の潜在的なリーダーである。同様に、ウェスタンブロット及び質量分析によって示されるように、陽性ｓｉＲＮＡスクリーニングＰＲＣ１成分ヒット、ＲＩＮＧ１Ｂ及びＣＢＸタンパク質は、ＰＣ９細胞と比較してＰＣ９ ＤＴＰ細胞において増加したメチル化ヒストンＨ３Ｋ２７（例えば、ジ、モノ、又は非メチル化と比較したトリ−メチル化の増加）を読む。図１５Ｂ及びＣを参照されたい。さらに、メチル化ヒストンＨ３Ｋ２７における変化と一致して、ウェスタンブロット及び質量分析によって示されるように、ヒストンＨ３Ｋ２７アセチル化パターンが、減少した。図１５Ｂ及びＣを参照されたい。Ｈ３Ｋ４トリメチル化の減少並びにＨ３Ｋ９トリメチル化及びＨ３Ｋ２７トリメチル化の増加は、質量分析及びウェスタンブロットによって確認された（本明細書でのデータ及びデータは示さず）。
薬物耐性におけるヒストンデアセチラーゼの役割
ヒストンデアセチラーゼの役割を、薬物耐性におけるそれらの役割を解明するための追加のモデルにおいてさらに試験した。クラスＩ及びＩＩ ＨＤＡＣ阻害剤ＴＳＡを、２．５Ｇｙ及び１０Ｇｙでの放射線療法薬と組み合わせてＳＫＢＲ３細胞において試験した。図１６Ａ−Ｂに示すように、ＨＤＡＣ阻害剤ＴＳＡは、著しい効果を有し、放射線療法薬薬物耐性細胞を除去した。同様に、ＴＳＡは、ラパチニブ感受性及びＤＴＰ形成に及ぼす著しい効果を有することが図１７Ｃにおいて示された。
薬物耐性の樹立におけるＨＤＡＣの役割をさらに調査するために、ＨＤＡＣ２及び３に対するｓｉＲＮＡ及びＨＤＡＣ１／２又は３に偏った阻害剤を、それらが薬物耐性状況を撹乱する能力に関して試験した。図１７Ａ−Ｂに示すように、ＨＤＡＣ２及びＨＤＡＣ３発現のｓｉＲＮＡノックダウンは、エルロチニブとの組合せにおいてＰＣ９ ＤＴＰ形成の著しい低下をもたらした。さらに、図１７Ｃに示すように、ＨＤＡＣ小分子阻害剤Ｇ９４６、ＨＤＡＣ１／２に偏った阻害剤、及びＧ８７７、ＨＤＡＣ３に偏った阻害剤は、エルロチニブを有するＰＣ９ ＤＴＰの細胞増殖を減少させるのに効果的であった。
ＰＣ９異種移植研究に関して、マウスにＰＣ９細胞を接種し、腫瘍を１００−２００ｍｍ３の大きさまで増殖させておき、次いで４つの処置群、すなわちビヒクルコントロール、トリコスタチンＡ（ＴＳＡ）コントロール、エルロチニブ単独、及びエルロチニブ＋ＴＳＡ群に分けた。ＴＳＡ単独が、腫瘍増殖に及ぼす効果を有さなかった一方、エルロチニブ＋ＴＳＡの組合せは、図１８に示すように、腫瘍再発における実質的な遅延をもたらした。
薬物耐性におけるＰＲＣ２及びＥＺＨ２の役割
薬物耐性の樹立におけるＥＺＨ２の役割をさらに調査するために、ＥＺＨ２に対するｓｉＲＮＡ及び小分子阻害剤を、薬物耐性状況を撹乱するそれらの能力に関して試験した。図１９Ａに示すように、ＥＺＨ２発現のｓｉＲＮＡノックダウンは、エルロチニブとの組合せにおいてＰＣ９ ＤＴＰ形成の著しい低下をもたらした。ＧＳＫ１２６及びＥＰＺ−６４３８は、図２０Ａ、２１Ａ、及び２２Ａに示すように、タルセバで処置したＰＣ９細胞及びＰＩ３キナーゼ阻害剤、ＧＤＣ−０９０８で処置したＥＶＳＡＴ細胞におけるＨ３Ｋ２７トリメチル化を減少させるのに効果的である。さらに、図１９Ｂ及び２０−Ｂ−Ｄに示すように、ＥＺＨ２小分子阻害剤ＧＳＫ１２６は、用量依存的にエルロチニブを有するＰＣ９ ＤＴＰの細胞増殖を減少させるのに効果的であった。同様に、図２２Ｂ−Ｄに示すように、ＥＺＨ２小分子阻害剤ＥＰＺ−６４３８は、用量依存的にエルロチニブを有するＰＣ９ ＤＴＰの細胞増殖を減少させるのに効果的であった。ＥＺＨ２阻害剤は、乳がん細胞株ＥＶＳＡＴ（ｒｅｄ）ＧＤＣ−０９０８ ＤＴＰ、乳がん細胞株ＳＫＢＲ３（ｒｅｄ）ラパチニブＤＴＰ、乳がん細胞株ＢＴ４７４（ｒｅｄ）ラパチニブＤＴＰ、メラノーマ細胞株Ｍ１４ Ｍｅｋ阻害剤／パクリタキセルＤＴＰ、及び結腸がん細胞株ｃｏｌｏ２０５ ＡＺ６２８ ＤＴＰ等の他の薬物耐性モデルに効果的であった。例えば図２１Ｂに示すように、ＥＺＨ２小分子阻害剤、ＧＳＫ１２６及びＥＰＺ−６４３８は、用量依存的にＰＩ３キナーゼ阻害剤ＧＤＣ−０９８０を有するＥＶＳＡＴ ＤＴＰの細胞増殖を減少させるのに効果的であった。
前述の発明を、理解の明確さの目的で、例示及び例として少し詳細に記載したが、記載及び例は、本発明の範囲を限定するものと解釈されるべきではない。本明細書で引用した全ての特許及び科学文献の開示は、その全体がはっきりと出典明示により援用される。

Claims (26)

  1. 個体においてがんを治療する方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター及び（ｂ）ＥＧＦＲアンタゴニスト又はタキサンを投与することを含む方法。
  2. クロマチン修飾因子のモジュレーター及びＥＧＦＲアンタゴニスト又はタキサンのそれぞれの量が、がん感受性の期間を増加させ、及び／又はＥＧＦＲアンタゴニスト若しくはタキサンへの細胞耐性の発達を遅延させるのに有効である、請求項１に記載の方法。
  3. 個体においてＥＧＦＲアンタゴニスト又はタキサンを含むがん治療の有効性を増加させる方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量、及び（ｂ）ＥＧＦＲアンタゴニストの有効量又はタキサンの有効量を投与することを含む方法。
  4. 個体においてがんを治療する方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量、及び（ｂ）ＥＧＦＲアンタゴニストの有効量又はタキサンの有効量を投与することを含み、がん治療は、クロマチン修飾因子のアンタゴニストなしで（不在下で）ＥＧＦＲアンタゴニストの有効量又はタキサンの有効量を投与することを含む標準治療と比較して有効性が増加している方法。
  5. 個体においてＥＧＦＲアンタゴニスト又はタキサンに耐性のがんの発達を遅延及び／又は阻止する方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量、及び（ｂ）ＥＧＦＲアンタゴニストの有効量又はタキサンの有効量を投与することを含む方法。
  6. ＥＧＦＲアンタゴニスト又はタキサンへの耐性の発達の可能性が増加しているがんの個体を治療する方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量、及び（ｂ）ＥＧＦＲアンタゴニストの有効量又はタキサンの有効量を投与することを含む方法。
  7. がんの個体においてＥＧＦＲアンタゴニスト又はタキサンへの感受性を増加させる方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量、及び（ｂ）ＥＧＦＲアンタゴニストの有効量又はタキサンの有効量を投与することを含む方法。
  8. がんの個体においてＥＧＦＲアンタゴニスト又はタキサン感受性の期間を延長する方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーターの有効量、及び（ｂ）ＥＧＦＲアンタゴニストの有効量又はタキサンの有効量を投与することを含む方法。
  9. がんの個体においてＥＧＦＲアンタゴニスト又はタキサンへの奏効期間を延長する方法であって、個体に（ａ）クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）の有効量、及び（ｂ）ＥＧＦＲアンタゴニストの有効量又はタキサンの有効量を投与することを含む方法。
  10. クロマチン修飾因子のモジュレーターがクロマチン修飾因子のアンタゴニストである、請求項１から９の何れか一項に記載の方法。
  11. クロマチン修飾因子のモジュレーターが、抗体阻害剤、小分子阻害剤、結合ポリペプチド阻害剤及び／又はポリヌクレオチドアンタゴニストである、請求項１から１０の何れか一項に記載の方法。
  12. クロマチン修飾因子のモジュレーターが、ポリコーム抑制複合体２（ＰＲＣ２）のメンバーのアンタゴニストである、請求項１から１１の何れか一項に記載の方法。
  13. ＰＲＣ２のメンバーのアンタゴニストが、ＥＺＨ２、ＥＥＤ及び／又はＳＵＺ１２のアンタゴニストである、請求項１２に記載の方法。
  14. クロマチン修飾因子のモジュレーターが、ポリコーム抑制複合体１（ＰＲＣ１）のメンバーのアンタゴニストである、請求項１から１１の何れか一項に記載の方法。
  15. ＰＲＣ１のメンバーのアンタゴニストが、ＲＩＮＧ１Ｂ、ＣＢＸ３、ＣＢＸ６及び／又はＣＢＸ８のアンタゴニストである、請求項１４に記載の方法。
  16. クロマチン修飾因子のモジュレーターが、ＮＵＲＤ複合体のメンバーのアンタゴニストである、請求項１から１１の何れか一項に記載の方法。
  17. ＮＵＲＤ複合体のメンバーのアンタゴニストが、ＣＨＤ４及び／又はＲＢＢＰ４のアンタゴニストである、請求項１６に記載の方法。
  18. クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）が、ＨＤＡＣ１、ＨＤＡＣ２及び／又はＨＤＡＣ３のアンタゴニストである、請求項１から１１の何れか一項に記載の方法。
  19. クロマチン修飾因子のモジュレーターが、ＡＴＲＸ、ＭＹＳＴ４、ＣＤＹＬ、ＬＲＷＤ１、ＣＨＤ７、ＰＨＦ１０、ＰＨＦ１２、ＰＨＦ２３、ＣＨＤ１、ＭＧＥＡ５、ＭＬＬＴ１０、ＳＩＲＴ４、ＴＰ５３ＢＰ１、ＡＴＲＸ、ＢＲＤＴ、ＣＢＸ６、ＣＨＤ１、ＥＶＩ１、ＧＴＦ３Ｃ４、ＨＩＲＡ、ＭＰＨＯＳＰＨ８、ＮＣＯＡ１、ＲＢＢＰ５、ＴＤＲＤ７、及びＺＣＷＰＷ１の１つ又は複数のアンタゴニストである、請求項１から１１の何れか一項に記載の方法。
  20. ＥＧＦＲアンタゴニストを含む、請求項１から１９の何れか一項に記載の方法。
  21. ＥＧＦＲアンタゴニストがＮ−（３−エチニルフェニル）−６，７−ビス（２−メトキシエトキシ）キナゾリン−４−アミン又は薬学的に許容可能なその塩である、請求項２０に記載の方法。
  22. ＥＧＦＲアンタゴニストがゲフィチニブ及び／又はエルロチニブである、請求項２０に記載の方法。
  23. タキサンを含む、請求項１から１９の何れか一項に記載の方法。
  24. タキサンがパクリタキセル又はドセタキセルである、請求項２３に記載の方法。
  25. クロマチン修飾因子のモジュレーター（例えば、クロマチン修飾因子のアンタゴニスト）及びＥＧＦＲアンタゴニスト又はタキサンが同時に投与される、請求項１から２３の何れか一項に記載の方法。
  26. がんが肺がん（例えば、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ））及び／又は乳がんである、請求項１から２３の何れか一項に記載の方法。
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