JP2013507127A5

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Publication number: JP2013507127A5
Application number: JP2012533270A
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Filing date: 2010-10-06
Publication date: 2014-04-10
Anticipated expiration: 2030-10-06

Description

さらなる態様では、被検体においてループスを診断する方法において、上記被検体から得られた生物学的試料においてループスを示す遺伝的サインの存在を検出することを含み、ここで、該遺伝的サインが少なくとも３つのＳＮＰｓのセットを含み、各ＳＮＰが表４及び／又は表６に記載されたＳＬＥリスク遺伝子座で生じている方法が提供される。ある実施態様では、遺伝的サインは、少なくとも４つのＳＮＰ、又は少なくとも５つのＳＮＰ、又は少なくとも７つのＳＮＰ、又は少なくとも１０のＳＮＰ、又は少なくとも１５のＳＮＰ、又は少なくとも２０のＳＮＰ、又は少なくとも３０のＳＮＰのセットを含む。一実施態様では、ＳＬＥリスク遺伝子座は、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、ＩＬ１０、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される。ある実施態様では、遺伝的サインはＳＬＥリスク遺伝子座にＳＮＰをさらに含み、ここでＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである。
発明の実施態様
実施態様１
被検体におけるループスを同定する方法において、ＳＬＥリスク遺伝子座のバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここでＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションが一塩基多型（ＳＮＰ）の位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、バリエーションがヒト染色体８の染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、被検体はループスへの罹患が疑われている方法。
実施態様２
被検体におけるループスを同定する方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表４に記載された少なくとも１の遺伝子座に対して一塩基多型（ＳＮＰ）の位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、被検体はループスへの罹患が疑われている方法。
実施態様３
バリエーションが少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座、又は少なくとも１０遺伝子座、又は少なくとも１３遺伝子座、又は２６遺伝子座において検出される、実施態様２に記載の方法。
実施態様４
少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座が、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される、実施態様２に記載の方法。
実施態様５
少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表４に記載されたＳＮＰを含む、実施態様２に記載の方法。
実施態様６
被検体におけるループスを同定する方法において、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対して一塩基多型（ＳＮＰ）の位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、被検体はループスへの罹患が疑われている方法。
実施態様７
バリエーションが少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は５遺伝子座において検出される、実施態様６に記載の方法。
実施態様８
少なくとも１の遺伝子座が、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される、実施態様６に記載の方法。
実施態様９
少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表６に記載されたＳＮＰを含む、実施態様６に記載の方法。
実施態様１０
表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、さらなるバリエーションを検出することを含み、少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが表４に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっている、実施態様１に記載の方法。
実施態様１１
表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、さらなるバリエーションを検出することを含み、少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっている、実施態様１に記載の方法。
実施態様１２
表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、さらなるバリエーションを検出することを含み、少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっている、実施態様１０に記載の方法。
実施態様１３
表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、さらなるバリエーションを検出することを含み、少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっている、実施態様２に記載の方法。
実施態様１４
検出が、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む、実施態様１から１３のいずれか一項に記載の方法。
実施態様１５
ループス治療剤へのループスの被検体の応答性を予測するための方法において、ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、ここでＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションが一塩基多型（ＳＮＰ）の位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションの存在が治療剤への患者の応答性を示す方法。
実施態様１６
ループス治療剤へのループスの被検体の応答性を予測するための方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、ここで少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表４に記載された少なくとも１の遺伝子座に対して一塩基多型（ＳＮＰ）の位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在が治療剤への患者の応答性を示す方法。
実施態様１７
バリエーションが少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座、又は少なくとも１０遺伝子座、又は少なくとも１３遺伝子座、又は２６遺伝子座において検出される、実施態様１６に記載の方法。
実施態様１８
少なくとも１の遺伝子座が、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される、実施態様１６に記載の方法。
実施態様１９
少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表４に記載されたＳＮＰを含む、実施態様１６に記載の方法。
実施態様２０
ループス治療剤へのループスの被検体の応答性を予測するための方法において、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、ここで少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対して一塩基多型（ＳＮＰ）の位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在が治療剤への患者の応答性を示す方法。
実施態様２１
バリエーションが少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は５遺伝子座において検出される、実施態様２０に記載の方法。
実施態様２２
少なくとも１の遺伝子座が、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される、実施態様２０に記載の方法。
実施態様２３
少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表６に記載されたＳＮＰを含む、実施態様６に記載の方法。
実施態様２４
表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるさらなるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが表４に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっている、実施態様１５に記載の方法。
実施態様２５
表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、さらなるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっている、実施態様１５に記載の方法。
実施態様２６
表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、さらなるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっている、実施態様２４に記載の方法。
実施態様２７
表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、さらなるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっている、実施態様１６に記載の方法。
実施態様２８
被検体においてループスを診断し又は予後予測する方法において、ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここでＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、
（ａ）生物学的試料が、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；
（ｂ）バリエーションが一塩基多型（ＳＮＰ）の位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ここでＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、
（ｃ）ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体の診断又は予後である方法。
実施態様２９
被検体においてループスを診断し又は予後予測する方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで、
（ａ）生物学的試料が、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；
（ｂ）少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、表４に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に位置し；
（ｃ）少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である方法。
実施態様３０
バリエーションが少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４、又は少なくとも５遺伝子座、又は少なくとも１０遺伝子座、又は少なくとも１３遺伝子座、又は２６遺伝子座において検出される、実施態様２９に記載の方法。
実施態様３１
少なくとも１の遺伝子座が、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される、実施態様２９に記載の方法。
実施態様３２
少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表４に記載されたＳＮＰを含む、実施態様２９に記載の方法。
実施態様３３
被検体においてループスを診断し又は予後予測する方法において、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで、
（ａ）生物学的試料が、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；
（ｂ）少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、表６に記載されたＳＮＰを含む又は、又は該ＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に位置し；
（ｃ）少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である方法。
実施態様３４
バリエーションが少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は５遺伝子座において検出される、実施態様３３に記載の方法。
実施態様３５
少なくとも１の遺伝子座が、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される、実施態様３３に記載の方法。
実施態様３６
少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表６に記載されたＳＮＰを含む、実施態様３３に記載の方法。
実施態様３７
（ａ）生物学的試料が、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるさらなるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；
（ｂ）少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが、表４に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に位置し；
（ｃ）少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションの存在が被検体におけるループス診断又は予後である、実施態様２８に記載の方法。
実施態様３８
（ａ）生物学的試料が、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるさらなるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；
（ｂ）少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが、表６に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に位置し；
（ｃ）少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションの存在が被検体におけるループス診断又は予後である、実施態様２８に記載の方法。
実施態様３９
（ａ）生物学的試料が、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるさらなるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；
（ｂ）少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが、表６に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に位置し；
（ｃ）少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションの存在が被検体におけるループス診断又は予後である、実施態様３７に記載の方法。
実施態様４０
（ａ）生物学的試料が、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるさらなるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；
（ｂ）少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが、表６に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に位置し；
（ｃ）少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションの存在が被検体におけるループス診断又は予後である、実施態様２９に記載の方法。
実施態様４１
検出が、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む、実施態様２８から４０のいずれか一項に記載の方法。
実施態様４２
被検体のループス症状を治療する方法において、遺伝的変異がＳＬＥリスク遺伝子座における一塩基多型（ＳＮＰ）に対応したヌクレオチド位置に存在することが知られており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、該症状を治療するのに効果的な治療剤を被検体に投与することを含む方法。
実施態様４３
被検体のループス症状を治療する方法において、遺伝的変異が、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座における、表４に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）に対応したヌクレオチド位置に存在することが知られており、該症状を治療するのに効果的な治療剤を被検体に投与することを含む方法。
実施態様４４
被検体のループス症状を治療する方法において、遺伝的変異が、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座における、表６に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）に対応したヌクレオチド位置に存在することが知られており、該症状を治療するのに効果的な治療剤を被検体に投与することを含む方法。
実施態様４５
ループス症状の被検体を治療する方法において、ＳＬＥリスク遺伝子座に遺伝的変異がある被検体の症状の治療に有効な治療剤を被検体に投与し、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションが一塩基多型（ＳＮＰ）の位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである方法。
実施態様４６
ループス症状の被検体を治療する方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座に、表４に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）に対応したヌクレオチド位置に遺伝的変異がある被検体の症状の治療に有効な治療剤を被検体に投与することを含む方法。
実施態様４７
少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座が、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される、実施態様４６に記載の方法。
実施態様４８
ループス症状の被検体を治療する方法において、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座に、表６に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）に対応したヌクレオチド位置に遺伝的変異がある被検体の症状の治療に有効な治療剤を被検体に投与することを含む方法。
実施態様４９
少なくとも１の遺伝子座が、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される、実施態様４８に記載の方法。
実施態様５０
ループス治療剤を製造し、ループスであるか又はループスであると思われ、ＳＬＥリスク遺伝子座において一塩基多型（ＳＮＰ）に対応する位置に遺伝的変異を有する被検体に薬剤を投与するための指示書と共に薬剤を包装することを含み、ここでＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである方法。
実施態様５１
ループス治療剤を製造し、ループスであるか又はループスであると思われ、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、表４に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）に対応する位置に遺伝的変異を有する被検体に薬剤を投与するための指示書と共に薬剤を包装することを含む方法。
実施態様５２
ループス治療剤を製造し、ループスであるか又はループスであると思われ、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、表６に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）に対応する位置に遺伝的変異を有する被検体に薬剤を投与するための指示書と共に薬剤を包装することを含む方法。
実施態様５３
ループス治療剤での治療のためにループスに罹患している患者を選択する方法において、ＳＬＥリスク遺伝子座における一塩基多型（ＳＮＰ）に対応するヌクレオチド位置での遺伝的変異の存在を検出することを含み、ここでＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである方法。
実施態様５４
ループス治療剤での治療のためにループスに罹患している患者を選択する方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座における、表４に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）に対応するヌクレオチド位置での遺伝的変異の存在を検出することを含む方法。
実施態様５５
少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座が、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される、実施態様５４に記載の方法。
実施態様５６
ループス治療剤での治療のためにループスに罹患している患者を選択する方法において、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座における、表６に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）に対応するヌクレオチド位置での遺伝的変異の存在を検出することを含む方法。
実施態様５７
少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座が、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される、実施態様５６に記載の方法。
実施態様５８
検出が、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む、実施態様５３から５７のいずれか一項に記載の方法。
実施態様５９
被検体にループスを発症するリスクがあるかどうかを評価する方法において、被検体から得た生物学的試料中において、ループスを発症するリスクを示す遺伝的サインの存在を検出することを含み、ここで、該遺伝的サインが少なくとも３つの一塩基多型（ＳＮＰ）のセットを含み、各ＳＮＰが表４及び／又は表６に記載されたＳＬＥリスク遺伝子座で生じている方法。
実施態様６０
遺伝的サインが、少なくとも４つのＳＮＰ、又は少なくとも５つのＳＮＰ、又は少なくとも７つのＳＮＰ、又は少なくとも１０のＳＮＰ、又は少なくとも１５のＳＮＰ、又は少なくとも２０のＳＮＰ、又は少なくとも３０のＳＮＰのセットを含む、実施態様５９に記載の方法。
実施態様６１
各ＳＬＥリスク遺伝子座が、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、ＩＬ１０、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される、実施態様５９に記載の方法。
実施態様６２
遺伝的サインがＳＬＥリスク遺伝子座にＳＮＰをさらに含み、ここでＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである、実施態様５８に記載の方法。
実施態様６３
被検体においてループスを診断する方法において、被検体から得られた生物学的試料においてループスを示す遺伝的サインの存在を検出することを含み、ここで、該遺伝的サインが少なくとも３つの一塩基多型（ＳＮＰ）のセットを含み、各ＳＮＰが表４及び表６に記載されたＳＬＥリスク遺伝子座で生じている方法。
実施態様６４
遺伝的サインが、少なくとも４つのＳＮＰ、又は少なくとも５つのＳＮＰ、又は少なくとも７つのＳＮＰ、又は少なくとも１０のＳＮＰ、又は少なくとも１５のＳＮＰ、又は少なくとも２０のＳＮＰ、又は少なくとも３０のＳＮＰのセットを含む、実施態様６３に記載の方法。
実施態様６５
各ＳＬＥリスク遺伝子座が、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、ＩＬ１０、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される、実施態様６３に記載の方法。
実施態様６６
遺伝的サインがＳＬＥリスク遺伝子座にＳＮＰをさらに含み、ここでＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである、実施態様６３に記載の方法。
実施態様６７
検出が、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む、実施態様５９から６６のいずれか一項に記載の方法。

Claims

被検体においてループスを同定する方法であって、被検体から得た生物学的試料においてＳＬＥリスク遺伝子座のバリエーションの存在を検出することを含み、ＳＬＥリスク遺伝子座がＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択され、バリエーションが、ｒｓ７７０８３９２、ｒｓ６５６８４３１、ｒｓ８４９１４２、ｒｓ１１７５５３９３、又はｒｓ３０２４５０５での一塩基多型（ＳＮＰ）に対応したヌクレオチド位置で起き、ＴＮＩＰ１におけるバリエーションがｒｓ７７０８３９２でのシトシン対立遺伝子であり、ＰＲＤＭ１におけるバリエーションがｒｓ６５６８４３１でのアデニン対立遺伝子であり、ＪＡＺＦ１におけるバリエーションがｒｓ８４９１４２でのチミン対立遺伝子であり、ＪＡＺＦ１におけるバリエーションがｒｓ８４９１４２でのチミン対立遺伝子であり、ＵＨＲＦ１ＢＰ１におけるバリエーションがｒｓ１１７５５３９３でのグアニン対立遺伝子であり、及びＩＬ１０におけるバリエーションがｒｓ３０２４５０５でのアデニン対立遺伝子であって、被検体がループスへの罹患を疑われている方法。
ＢＬＫ遺伝子座において更なるバリエーションの存在を検出することを含み、更なるバリエーションがｒｓ９２２４８３での一塩基多型（ＳＮＰ）に対応したヌクレオチド位置で起き、バリエーションがｒｓ９２２４８３でのチミン対立遺伝子である、請求項１に記載の方法。
被検体におけるループスを同定する方法であって、被験体由来の生物学的試料中で、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、ＩＬ１０、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される少なくとも一の全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）リスク遺伝子座においてバリエーションの存在を検出することを含み、バリエーションがｒｓ７７０８３９２、ｒｓ６５６８４３１、ｒｓ８４９１４２、ｒｓ１１７５５３９３、ｒｓ３０２４５０５、ｒｓ１９９０７６０、ｒｓ６４１１５３、ｒｓ１２７０８７１６、ｒｓ６８８７６９５、又はｒｓ１７６９６７３６での一塩基多型（ＳＮＰ）に対応するヌクレオチド位置で起き、被検体がループスへの罹患を疑われている方法。
バリエーションが少なくとも２遺伝子座、少なくとも３遺伝子座、少なくとも４遺伝子座、少なくとも５遺伝子座、又は少なくとも１０遺伝子座において検出される、請求項３に記載の方法。
ＢＬＫ遺伝子座における更なるバリエーションの存在を検出することを含み、更なるバリエーションがｒｓ９２２４８３での一塩基多型（ＳＮＰ）に対応したヌクレオチド位置で起き、バリエーションがｒｓ９２２４８３でのチミン対立遺伝子である、請求項３に記載の方法。
少なくとも一の遺伝子座がＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される、請求項３に記載の方法。
少なくとも一の遺伝子座がＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される、請求項３に記載の方法。
少なくとも一の遺伝子座がＴＮＩＰ１を含み、バリエーションがｒｓ７７０８３９２でのＳＮＰに対応するヌクレオチド位置で起き、バリエーションがｒｓ７７０８３９２でのシトシン対立遺伝子である、請求項１から５の何れか一項に記載の方法。
少なくとも一の遺伝子座がＰＲＤＭ１を含み、バリエーションがｒｓ６５６８４３１でのＳＮＰに対応するヌクレオチド位置で起き、バリエーションがｒｓ６５６８４３１でのアデニン対立遺伝子である、請求項１から５の何れか一項に記載の方法。
少なくとも一の遺伝子座がＪＡＺＦ１を含み、バリエーションがｒｓ８４９１４２でのＳＮＰに対応するヌクレオチド位置で起き、バリエーションがｒｓ８４９１４２でのチミン対立遺伝子である、請求項１から５の何れか一項に記載の方法。
少なくとも一の遺伝子座がＵＨＲＦ１ＢＰ１を含み、バリエーションがｒｓ１１７５５３９３でのＳＮＰに対応するヌクレオチド位置で起き、バリエーションがｒｓ１１７５５３９３でのグアニン対立遺伝子である、請求項１から５の何れか一項に記載の方法。
少なくとも一の遺伝子座がＩＬ１０を含み、バリエーションがｒｓ３０２４５０５でのＳＮＰに対応するヌクレオチド位置で起き、バリエーションがｒｓ３０２４５０５でアデニン対立遺伝子である、請求項１から５の何れか一項に記載の方法。
少なくとも一の遺伝子座がＩＦＩＨ１を含み、バリエーションがｒｓ１９９０７６０でのＳＮＰに対応するヌクレオチド位置で起き、バリエーションがｒｓ１９９０７６０でのチミン対立遺伝子である、請求項３から５の何れか一項に記載の方法。
少なくとも一の遺伝子座がＣＦＢを含み、バリエーションがｒｓ６４１１５３でのＳＮＰに対応するヌクレオチド位置で起き、バリエーションがｒｓ６４１１５３でのグアニン対立遺伝子である、請求項３から５の何れか一項に記載の方法。
少なくとも一の遺伝子座がＣＬＥＣ１６Ａを含み、バリエーションがｒｓ１２７０８７１６でのＳＮＰに対応するヌクレオチド位置で起き、バリエーションがｒｓ１２７０８７１６でのアデニン対立遺伝子である、請求項３から５の何れか一項に記載の方法。
少なくとも一の遺伝子座がＩＬ１２Ｂを含み、バリエーションがｒｓ６８８７６９５でのＳＮＰに対応するヌクレオチド位置で起き、バリエーションがｒｓ６８８７６９５でのグアニン対立遺伝子である、請求項３から５の何れか一項に記載の方法。
少なくとも一の遺伝子座がＳＨ２Ｂ３を含み、バリエーションがｒｓ１７６９６７３６でのＳＮＰに対応するヌクレオチド位置で起き、バリエーションがｒｓ１７６９６７３６でのチミン対立遺伝子である、請求項３から５の何れか一項に記載の方法。
ループス治療剤へのループスを有する被検体の応答性を予測するための方法であって、バリエーションの存在が被験体がループス治療薬に応答するであろうことを示す、請求項１から１７の何れか一項に記載の方法。
被検体にループスを発症するリスクがあるかどうかを評価する方法であって、被検体由来の生物学的試料中において、ループスを発症するリスクを示す遺伝的サインの存在を検出することを含み、該遺伝的サインが、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、ＩＬ１０、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される少なくとも３つの全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）リスク遺伝子座でバリエーションを含み、バリエーションがｒｓ７７０８３９２、ｒｓ６５６８４３１、ｒｓ８４９１４２、ｒｓ１１７５５３９３、ｒｓ３０２４５０５、ｒｓ１９９０７６０、ｒｓ６４１１５３、ｒｓ１２７０８７１６、ｒｓ６８８７６９５、又はｒｓ１７６９６７３６での一塩基多型（ＳＮＰ）に対応するヌクレオチド位置で起きる方法。
ＢＬＫ遺伝子座における更なるバリエーションの存在を検出することを含み、更なるバリエーションがｒｓ９２２４８３での一塩基多型（ＳＮＰ）に対応したヌクレオチド位置で起き、バリエーションがｒｓ９２２４８３でのチミン対立遺伝子である、請求項１９に記載の方法。
検出が、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む、請求項１から２０の何れか一項に記載の方法。
請求項１から１８の何れか一項に記載の方法によりループスを有すると同定された被験体においてループス症状を治療するための治療剤を含む医薬。
ループス治療剤を製造すること、及び請求項１から１８の何れか一項に記載の方法によりループスを有すると同定された被験体に薬剤を投与するための指示書と共に薬剤を包装することを含む方法。