JP2009034081A - ヒトパピローマウイルスを検出するためのプライマーセット及びプローブ - Google Patents
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Abstract
【解決手段】型特異的なプライマーを用いてHPV遺伝子をPCRにより増幅し、PCR増幅産物をDNAマイクロアレイとハイブリダイズさせて検出するHPV遺伝子を検出する。前記プライマーセット及びプローブを用いることで複数の型のHPVを高い特異性及び感度で迅速かつ簡易に検出する。
【選択図】なし
Description
また、PCRによるDNA増幅について、型特異的プライマーを用いて型特異的にHPV遺伝子を増幅する方法と、ランダムプライマー又は型非特異的プライマーを用いて型非特異的にHPV遺伝子を増幅する方法がこれまで知られている。
特許文献1及び2で開示された方法は、型特異的プライマーを用いたPCRによりDNAを増幅する。増幅されたDNAは、特許文献1においてはプローブが増幅二本鎖DNAそのものであるDNAマイクロアレイとのハイブリダイゼーションに供され、また特許文献2においては電気泳動に供され、HPVのDNAの存在・非存在を検出する。これらの方法では、型特異的プライマーを用いることで高い特異性及び高い感度での増幅を達成しており、更に各プライマーを混合物として用いた場合でも特定の型のHPVを特異的に検出することが出来る。
一方、特許文献3で開示された方法は、型非特異的プライマーを用いてHPVのDNAを増幅した後、プローブが短い一本鎖オリゴDNAであるDNAマイクロアレイとハイブリダイズさせることによりHPVのDNAを検出するものである。この方法は、共通のプライマーを使用するため合成コストや設計の容易さにおいて利点を持つ。しかしながら、短いプローブを用いてハイブリダイゼーションの特異性を高めることによりPCRにおける特異性及び感度の低さをある程度克服しているとはいえ、全体としてみれば感度は低い。また、特許文献4で開示された方法は、HPVの型ごとにプライマーを作製しているとはいえ、それらのプライマー配列はほとんど同じ配列であるため、特許文献3の方法とほぼ同様のプライマー作製であると考えられる。
[1](1)配列番号1で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号1で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号2で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号2で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット1、
(2)配列番号3で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号3で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号4で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号4で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット2、
(3)配列番号5で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号5で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号6で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号6で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット3、
(4)配列番号7で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号7で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号8で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号8で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット4、
(5)配列番号9で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号9で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号10で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号10で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット5、
(6)配列番号11で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号11で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号12で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号12で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット6、
(7)配列番号13で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号13で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号14で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号14で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット7、
(8)配列番号15で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号15で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号16で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号16で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット8、
(9)配列番号17で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号17で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号18で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号18で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット9、
(10)配列番号19で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号19で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号20で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号20で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット10、
(11)配列番号21で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号21で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号22で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号22で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット11、
(12)配列番号23で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号23で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号24で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号24で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット12、
(13)配列番号25で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号25で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号26で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号26で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット13、
(14)配列番号27で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号27で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号28で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号28で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット14、
(15)配列番号29で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号29で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号30で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号30で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット15、
(16)配列番号31で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号31で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号32で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号32で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット16、
(17)配列番号33で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号33で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号34で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号34で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット17、
(18)配列番号35で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号35で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号36で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号36で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット18、
(19)配列番号37で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号37で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号38で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号38で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット19、
(20)配列番号39で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号39で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号40で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号40で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット20、
(21)配列番号41で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号41で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号42で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号42で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット21、
(22)配列番号43で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号43で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号44で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号44で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット22、及び
(23)配列番号45で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号45で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号46で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号46で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット23
からなる群より選択される少なくとも1種の、ヒトパピローマウイルス(HPV)遺伝子増幅用のPCRプライマーセット。
[2](1)配列番号49で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号49で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号49で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号49で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ1)、
(2)配列番号50で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号50で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号50で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号50で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ2)、
(3)配列番号51で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号51で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号51で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号51で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ3)、
(4)配列番号52で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号52で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号52で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号52で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ4)、
(5)配列番号53で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号53で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号53で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号53で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ5)、
(6)配列番号54で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号54で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号54で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号54で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ6)、
(7)配列番号55で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号55で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号55で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号55で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ7)、
(8)配列番号56で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号56で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号56で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号56で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ8)、
(9)配列番号57で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号57で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号57で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号57で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ9)、
(10)配列番号58で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号58で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号58で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号58で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ10)、
(11)配列番号59で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号59で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号59で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号59で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ11)、
(12)配列番号60で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号60で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号60で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号60で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ12)、
(13)配列番号61で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号61で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号61で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号61で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ13)、
(14)配列番号62で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号62で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号62で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号62で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ14)、
(15)配列番号63で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号63で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号63で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号63で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ15)、
(16)配列番号64で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号64で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号64で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号64で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ16)、
(17)配列番号65で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号65で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号65で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号65で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ17)、
(18)配列番号66で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号66で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号66で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号66で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ18)、
(19)配列番号67で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号67で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号67で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号67で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ19)、
(20)配列番号68で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号68で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号68で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号68で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ20)、
(21)配列番号69で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号69で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号69で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号69で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ21)、
(22)配列番号70で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号70で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号70で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号70で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ22)、及び
(23)配列番号71で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号71で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号71で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号71で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ23)
からなる群より選択される少なくとも1種の、ヒトパピローマウイルス(HPV)検出用のプローブ。
[3](1)プライマーセット1とプローブ1との組み合わせ、(2)プライマーセット2とプローブ2との組み合わせ、(3)プライマーセット3とプローブ3との組み合わせ、(4)プライマーセット4とプローブ4との組み合わせ、(5)プライマーセット5とプローブ5との組み合わせ、(6)プライマーセット6とプローブ6との組み合わせ、(7)プライマーセット7とプローブ7との組み合わせ、(8)プライマーセット8とプローブ8との組み合わせ、(9)プライマーセット9とプローブ9との組み合わせ、(10)プライマーセット10とプローブ10との組み合わせ、(11)プライマーセット11とプローブ11との組み合わせ、(12)プライマーセット12とプローブ12との組み合わせ、(13)プライマーセット13とプローブ13との組み合わせ、(14)プライマーセット14とプローブ14との組み合わせ、(15)プライマーセット15とプローブ15との組み合わせ、(16)プライマーセット16とプローブ16との組み合わせ、(17)プライマーセット17とプローブ17との組み合わせ、(18)プライマーセット18とプローブ18との組み合わせ、(19)プライマーセット19とプローブ19との組み合わせ、(20)プライマーセット20とプローブ20との組み合わせ、(21)プライマーセット21とプローブ21との組み合わせ、(22)プライマーセット22とプローブ22との組み合わせ、及び(23)プライマーセット23とプローブ23との組み合わせ、並びに任意で(24)プライマーセット24とプローブ24との組み合わせを含む、ヒトパピローマウイルス(HPV)を検出するためのキット。
[4]上記(1)〜(23)の組み合わせからなる群から選択される組み合わせを2つ以上含むことを特徴とする、上記[3]に記載のキット。
[5]プライマーセット3とプローブ3との組み合わせ、及びプライマーセット4とプローブ4との組み合わせ、並びに任意でプライマーセット24とプローブ24との組み合わせを含む、上記[3]又は[4]に記載のキット。
[6]プライマーセット3とプローブ3との組み合わせ、プライマーセット4とプローブ4との組み合わせ、プライマーセット5とプローブ5との組み合わせ、プライマーセット6とプローブ6との組み合わせ、プライマーセット7とプローブ7との組み合わせ、プライマーセット9とプローブ9との組み合わせ、プライマーセット10とプローブ10との組み合わせ、プライマーセット13とプローブ13との組み合わせ、プライマーセット14とプローブ14との組み合わせ、プライマーセット15とプローブ15との組み合わせ、プライマーセット18とプローブ18との組み合わせ、プライマーセット19とプローブ19との組み合わせ、プライマーセット20とプローブ20との組み合わせ、及びプライマーセット23とプローブ23との組み合わせ、並びに任意でプライマーセット24とプローブ24との組み合わせを含む、上記[3]又は[4]に記載のキット。
[7]プライマーセット1とプローブ1との組み合わせ、プライマーセット2とプローブ2との組み合わせ、プライマーセット3とプローブ3との組み合わせ、プライマーセット4とプローブ4との組み合わせ、プライマーセット5とプローブ5との組み合わせ、プライマーセット6とプローブ6との組み合わせ、プライマーセット7とプローブ7との組み合わせ、プライマーセット8とプローブ8との組み合わせ、プライマーセット9とプローブ9との組み合わせ、プライマーセット10とプローブ10との組み合わせ、プライマーセット11とプローブ11との組み合わせ、プライマーセット12とプローブ12との組み合わせ、プライマーセット13とプローブ13との組み合わせ、プライマーセット14とプローブ14との組み合わせ、プライマーセット15とプローブ15との組み合わせ、プライマーセット16とプローブ16との組み合わせ、プライマーセット17とプローブ17との組み合わせ、プライマーセット18とプローブ18との組み合わせ、プライマーセット19とプローブ19との組み合わせ、プライマーセット20とプローブ20との組み合わせ、プライマーセット21とプローブ21との組み合わせ、プライマーセット22とプローブ22との組み合わせ、及びプライマーセット23とプローブ23との組み合わせ、並びに任意でプライマーセット24とプローブ24との組み合わせを含む、上記[3]又は[4]に記載のキット。
[8]上記[3]〜[7]のいずれか1つに記載のキットを用いて検体中のHPVの存在又は非存在を型特異的に検出するための方法であって、検体中から抽出したDNAを鋳型として、前記プライマーセットを用いてPCRを行う工程及び増幅されたDNA産物を検出する工程を含む、方法。
[9]上記[3]〜[7]のいずれか1つに記載のキットを用いて検体中のHPVの存在又は非存在を型特異的に検出するための方法であって、検体中から抽出したDNAを鋳型として、前記プライマーセットを用いてPCRを行う工程、増幅したDNA産物を一本鎖にする工程、及び一本鎖DNAを前記プローブとハイブリダイズさせて検出する工程を含む、方法。
[10]上記[2]に記載のプローブ1〜23からなる群から選択される少なくとも1種のプローブが固定化されている、HPVを検出するためのDNAマイクロアレイ。
[11]上記[2]に記載のプローブ1〜23からなる群から選択される2以上のプローブが固定化されている、上記[10]に記載のDNAマイクロアレイ。
[12]さらに、プローブ24が固定化されている上記[10]又は[11]に記載のDNAマイクロアレイ。
(1)配列番号1で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号1で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号2で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号2で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット1、
(2)配列番号3で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号3で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号4で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号4で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット2、
(3)配列番号5で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号5で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号6で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号6で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット3、
(4)配列番号7で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号7で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号8で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号8で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット4、
(5)配列番号9で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号9で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号10で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号10で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット5、
(6)配列番号11で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号11で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号12で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号12で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット6、
(7)配列番号13で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号13で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号14で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号14で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット7、
(8)配列番号15で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号15で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号16で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号16で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット8、
(9)配列番号17で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号17で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号18で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号18で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット9、
(10)配列番号19で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号19で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号20で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号20で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット10、
(11)配列番号21で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号21で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号22で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号22で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット11、
(12)配列番号23で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号23で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号24で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号24で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット12、
(13)配列番号25で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号25で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号26で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号26で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット13、
(14)配列番号27で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号27で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号28で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号28で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット14、
(15)配列番号29で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号29で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号30で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号30で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット15、
(16)配列番号31で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号31で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号32で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号32で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット16、
(17)配列番号33で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号33で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号34で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号34で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット17、
(18)配列番号35で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号35で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号36で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号36で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット18、
(19)配列番号37で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号37で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号38で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号38で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット19、
(20)配列番号39で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号39で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号40で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号40で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット20、
(21)配列番号41で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号41で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号42で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号42で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット21、
(22)配列番号43で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号43で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号44で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号44で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット22、及び
(23)配列番号45で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号45で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号46で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号46で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット23。
「配列番号1で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体」とは、上記配列番号1で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドであって、配列番号1で示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと同様のプライマーとしての機能、すなわち配列番号2で示される塩基配列からなるプライマーと組み合わせることによってHPV6遺伝子の特定の領域をPCR増幅させることのできる機能を有する。以下、当該変異体を、便宜上、「配列番号1のプライマーの変異体」とも称する。同様に「配列番号2で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体」とは、上記配列番号2で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドであって、配列番号2で示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと同様のプライマーとしての機能、すなわち配列番号1で示される塩基配列からなるプライマーと組み合わせることによってHPV6遺伝子の特定の領域をPCR増幅させることのできる機能を有する。以下、便宜上、「配列番号2のプライマーの変異体」とも称する。「変異体」は、プライマーとしての機能が維持される範囲で、もととなるオリゴヌクレオチドから1個又は複数個のヌクレオチドが置換、欠失、挿入又は付加されている。
ハイブリダイゼーション時のストリンジェンシーは、温度、塩濃度、プライマーの鎖長、プライマーのヌクレオチド配列のGC含量及びハイブリダイゼーション緩衝液中のカオトロピック剤の濃度の関数であることが知られている。ストリンジェントな条件としては、例えば、Sambrook, J. et al. (1998) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2nd ed.), Cold Spring Harbor Laboratory Press, New Yorkに記載された条件などを用いることができる。ストリンジェントな温度条件は、約30℃以上、より好ましくは約37℃以上、最も好ましくは約42℃以上である。その他の条件としては、ハイブリダイゼーション時間、洗浄剤(例えば、SDS)の濃度、及びキャリアDNAの存否等であり、これらの条件を組み合わせることによって、様々なストリンジェンシーを設定することができる。当業者は、所望するHPV遺伝子増幅用のPCRプライマーとしての機能を有する変異体を得るための条件を適宜決定することができる。
プライマーセット2は「配列番号3のプライマー」又は「配列番号3のプライマーの変異体」と「配列番号4のプライマー」又は「配列番号4のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号3のプライマー」と「配列番号4のプライマー」とから構成され、HPV11遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット3は「配列番号5のプライマー」又は「配列番号5のプライマーの変異体」と「配列番号6のプライマー」又は「配列番号6のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号5のプライマー」と「配列番号6のプライマー」とから構成され、HPV16遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット4は「配列番号7のプライマー」又は「配列番号7のプライマーの変異体」と「配列番号8のプライマー」又は「配列番号8のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号7のプライマー」と「配列番号8のプライマー」とから構成され、HPV18遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット5は「配列番号9のプライマー」又は「配列番号9のプライマーの変異体」と「配列番号10のプライマー」又は「配列番号10のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号9のプライマー」と「配列番号10のプライマー」とから構成され、HPV30遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット6は「配列番号11のプライマー」又は「配列番号11のプライマーの変異体」と「配列番号12のプライマー」又は「配列番号12のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号11のプライマー」と「配列番号12のプライマー」とから構成され、HPV31遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット7は「配列番号13のプライマー」又は「配列番号13のプライマーの変異体」と「配列番号14のプライマー」又は「配列番号14のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号13のプライマー」と「配列番号14のプライマー」とから構成され、HPV33遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット8は「配列番号15のプライマー」又は「配列番号15のプライマーの変異体」と「配列番号16のプライマー」又は「配列番号16のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号15のプライマー」と「配列番号16のプライマー」とから構成され、HPV34遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット9は「配列番号17のプライマー」又は「配列番号17のプライマーの変異体」と「配列番号18のプライマー」又は「配列番号18のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号17のプライマー」と「配列番号18のプライマー」とから構成され、HPV35遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット10は「配列番号19のプライマー」又は「配列番号19のプライマーの変異体」と「配列番号20のプライマー」又は「配列番号20のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号19のプライマー」と「配列番号20のプライマー」とから構成され、HPV39遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット11は「配列番号21のプライマー」又は「配列番号21のプライマーの変異体」と「配列番号22のプライマー」又は「配列番号22のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号21のプライマー」と「配列番号22のプライマー」とから構成され、HPV40遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット12は「配列番号23のプライマー」又は「配列番号23のプライマーの変異体」と「配列番号24のプライマー」又は「配列番号24のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号23のプライマー」と「配列番号24のプライマー」とから構成され、HPV42遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット13は「配列番号25のプライマー」又は「配列番号25のプライマーの変異体」と「配列番号26のプライマー」又は「配列番号26のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号25のプライマー」と「配列番号26のプライマー」とから構成され、HPV45遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット14は「配列番号27のプライマー」又は「配列番号27のプライマーの変異体」と「配列番号28のプライマー」又は「配列番号28のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号27のプライマー」と「配列番号28のプライマー」とから構成され、HPV51遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット15は「配列番号29のプライマー」又は「配列番号29のプライマーの変異体」と「配列番号30のプライマー」又は「配列番号30のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号29のプライマー」と「配列番号30のプライマー」とから構成され、HPV52遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット16は「配列番号31のプライマー」又は「配列番号31のプライマーの変異体」と「配列番号32のプライマー」又は「配列番号32のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号31のプライマー」と「配列番号32のプライマー」とから構成され、HPV53遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット17は「配列番号33のプライマー」又は「配列番号33のプライマーの変異体」と「配列番号34のプライマー」又は「配列番号34のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号33のプライマー」と「配列番号34のプライマー」とから構成され、HPV54遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット18は「配列番号35のプライマー」又は「配列番号35のプライマーの変異体」と「配列番号36のプライマー」又は「配列番号36のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号35のプライマー」と「配列番号36のプライマー」とから構成され、HPV56遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット19は「配列番号37のプライマー」又は「配列番号37のプライマーの変異体」と「配列番号38のプライマー」又は「配列番号38のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号37のプライマー」と「配列番号38のプライマー」とから構成され、HPV58遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット20は「配列番号39のプライマー」又は「配列番号39のプライマーの変異体」と「配列番号40のプライマー」又は「配列番号40のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号39のプライマー」と「配列番号40のプライマー」とから構成され、HPV59遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット21は「配列番号41のプライマー」又は「配列番号41のプライマーの変異体」と「配列番号42のプライマー」又は「配列番号42のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号41のプライマー」と「配列番号42のプライマー」とから構成され、HPV61遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット22は「配列番号43のプライマー」又は「配列番号43のプライマーの変異体」と「配列番号44のプライマー」又は「配列番号44のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号43のプライマー」と「配列番号44のプライマー」とから構成され、HPV66遺伝子の特定の領域を増幅することができ、
プライマーセット23は「配列番号45のプライマー」又は「配列番号45のプライマーの変異体」と「配列番号46のプライマー」又は「配列番号46のプライマーの変異体」とから、好ましくは「配列番号45のプライマー」と「配列番号46のプライマー」とから構成され、HPV68遺伝子の特定の領域を増幅することができる。
(1)配列番号49で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号49で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号49で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号49で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ1)、
(2)配列番号50で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号50で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号50で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号50で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ2)、
(3)配列番号51で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号51で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号51で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号51で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ3)、
(4)配列番号52で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号52で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号52で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号52で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ4)、
(5)配列番号53で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号53で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号53で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号53で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ5)、
(6)配列番号54で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号54で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号54で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号54で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ6)、
(7)配列番号55で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号55で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号55で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号55で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ7)、
(8)配列番号56で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号56で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号56で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号56で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ8)、
(9)配列番号57で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号57で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号57で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号57で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ9)、
(10)配列番号58で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号58で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号58で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号58で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ10)、
(11)配列番号59で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号59で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号59で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号59で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ11)、
(12)配列番号60で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号60で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号60で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号60で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ12)、
(13)配列番号61で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号61で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号61で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号61で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ13)、
(14)配列番号62で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号62で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号62で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号62で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ14)、
(15)配列番号63で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号63で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号63で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号63で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ15)、
(16)配列番号64で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号64で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号64で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号64で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ16)、
(17)配列番号65で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号65で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号65で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号65で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ17)、
(18)配列番号66で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号66で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号66で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号66で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ18)、
(19)配列番号67で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号67で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号67で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号67で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ19)、
(20)配列番号68で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号68で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号68で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号68で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ20)、
(21)配列番号69で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号69で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号69で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号69で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ21)、
(22)配列番号70で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号70で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号70で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号70で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ22)、及び
(23)配列番号71で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号71で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号71で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号71で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ23)。
「配列番号49で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体」とは、上記配列番号49で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドであって、配列番号49で示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと同様のプローブとしての機能、すなわちHPV6遺伝子の特定の領域を検出することのできる機能を有する。以下、当該変異体を、便宜上、「配列番号49のプローブの変異体」とも称する。「変異体」は、プローブとしての機能が維持される範囲で、もととなるオリゴヌクレオチドから1個又は複数個のヌクレオチドが置換、欠失、挿入又は付加されている。
「配列番号49で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ」とは、「配列番号49で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるオリゴヌクレオチド」と同義である。以下、便宜上、「配列番号49と相補的なプローブ」とも称する。
「配列番号49で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体」とは、上記配列番号49で示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドであって、配列番号49で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと同様のプローブとしての機能、すなわちHPV6遺伝子の特定の領域を検出することのできる機能を有する。以下、当該変異体を、便宜上、「配列番号49と相補的なプローブの変異体」とも称する。「変異体」は、プローブとしての機能が維持される範囲で、もととなるオリゴヌクレオチドから1個又は複数個のヌクレオチドが置換、欠失、挿入又は付加されている。
プローブ1と同様にしてプローブ2〜23を定義付けることができる。すなわち、
プローブ2は、「配列番号50のプローブ」、「配列番号50のプローブの変異体」、「配列番号50と相補的なプローブ」、又は「配列番号50と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号50のプローブ」又は「配列番号50と相補的なプローブ」であり、HPV11遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ3は、「配列番号51のプローブ」、「配列番号51のプローブの変異体」、「配列番号51と相補的なプローブ」、又は「配列番号51と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号51のプローブ」又は「配列番号51と相補的なプローブ」であり、HPV16遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ4は、「配列番号52のプローブ」、「配列番号52のプローブの変異体」、「配列番号52と相補的なプローブ」、又は「配列番号52と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号52のプローブ」又は「配列番号52と相補的なプローブ」であり、HPV18遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ5は、「配列番号53のプローブ」、「配列番号53のプローブの変異体」、「配列番号53と相補的なプローブ」、又は「配列番号53と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号53のプローブ」又は「配列番号53と相補的なプローブ」であり、HPV30遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ6は、「配列番号54のプローブ」、「配列番号54のプローブの変異体」、「配列番号54と相補的なプローブ」、又は「配列番号54と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号54のプローブ」又は「配列番号54と相補的なプローブ」であり、HPV31遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ7は、「配列番号55のプローブ」、「配列番号55のプローブの変異体」、「配列番号55と相補的なプローブ」、又は「配列番号55と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号55のプローブ」又は「配列番号55と相補的なプローブ」であり、HPV33遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ8は、「配列番号56のプローブ」、「配列番号56のプローブの変異体」、「配列番号56と相補的なプローブ」、又は「配列番号56と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号56のプローブ」又は「配列番号56と相補的なプローブ」であり、HPV34遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ9は、「配列番号57のプローブ」、「配列番号57のプローブの変異体」、「配列番号57と相補的なプローブ」、又は「配列番号57と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号57のプローブ」又は「配列番号57と相補的なプローブ」であり、HPV35遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ10は、「配列番号58のプローブ」、「配列番号58のプローブの変異体」、「配列番号58と相補的なプローブ」、又は「配列番号58と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号58のプローブ」又は「配列番号58と相補的なプローブ」であり、HPV39遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ11は、「配列番号59のプローブ」、「配列番号59のプローブの変異体」、「配列番号59と相補的なプローブ」、又は「配列番号59と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号59のプローブ」又は「配列番号59と相補的なプローブ」であり、HPV40遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ12は、「配列番号60のプローブ」、「配列番号60のプローブの変異体」、「配列番号60と相補的なプローブ」、又は「配列番号60と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号60のプローブ」又は「配列番号60と相補的なプローブ」であり、HPV42遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ13は、「配列番号61のプローブ」、「配列番号61のプローブの変異体」、「配列番号61と相補的なプローブ」、又は「配列番号61と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号61のプローブ」又は「配列番号61と相補的なプローブ」であり、HPV45遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ14は、「配列番号62のプローブ」、「配列番号62のプローブの変異体」、「配列番号62と相補的なプローブ」、又は「配列番号62と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号62のプローブ」又は「配列番号62と相補的なプローブ」であり、HPV51遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ15は、「配列番号63のプローブ」、「配列番号63のプローブの変異体」、「配列番号63と相補的なプローブ」、又は「配列番号63と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号63のプローブ」又は「配列番号63と相補的なプローブ」であり、HPV52遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ16は、「配列番号64のプローブ」、「配列番号64のプローブの変異体」、「配列番号64と相補的なプローブ」、又は「配列番号64と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号64のプローブ」又は「配列番号64と相補的なプローブ」であり、HPV53遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ17は、「配列番号65のプローブ」、「配列番号65のプローブの変異体」、「配列番号65と相補的なプローブ」、又は「配列番号65と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号65のプローブ」又は「配列番号65と相補的なプローブ」であり、HPV54遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ18は、「配列番号66のプローブ」、「配列番号66のプローブの変異体」、「配列番号66と相補的なプローブ」、又は「配列番号66と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号66のプローブ」又は「配列番号66と相補的なプローブ」であり、HPV56遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ19は、「配列番号67のプローブ」、「配列番号67のプローブの変異体」、「配列番号67と相補的なプローブ」、又は「配列番号67と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号67のプローブ」又は「配列番号67と相補的なプローブ」であり、HPV58遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ20は、「配列番号68のプローブ」、「配列番号68のプローブの変異体」、「配列番号68と相補的なプローブ」、又は「配列番号68と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号68のプローブ」又は「配列番号68と相補的なプローブ」であり、HPV59遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ21は、「配列番号69のプローブ」、「配列番号69のプローブの変異体」、「配列番号69と相補的なプローブ」、又は「配列番号69と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号69のプローブ」又は「配列番号69と相補的なプローブ」であり、HPV61遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ22は、「配列番号70のプローブ」、「配列番号70のプローブの変異体」、「配列番号70と相補的なプローブ」、又は「配列番号70と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号70のプローブ」又は「配列番号70と相補的なプローブ」であり、HPV66遺伝子の特定の領域を検出することができ、
プローブ23は、「配列番号71のプローブ」、「配列番号71のプローブの変異体」、「配列番号71と相補的なプローブ」、又は「配列番号71と相補的なプローブの変異体」のいずれかであり、好ましくは「配列番号71のプローブ」又は「配列番号71と相補的なプローブ」であり、HPV68遺伝子の特定の領域を検出することができる。
各プローブの塩基配列、Tm値、サイズ、及びゲノム上の位置を表3に示す。
プローブがアンチセンス鎖DNAの場合は、表3に記載される各HPV遺伝子特異的配列に相補的な配列に基づいて、所望するHPV型特異的なプローブを設計することができる。
複数のDNA増幅産物を同時にプローブ生体高分子とハイブリダイズさせるための方法としては、例えば特許第3860174号で開示された方法を用いることができる。
本発明のキットは内部標準としてG3PDHを採用しており、G3PDH用のプライマーセット(プライマーセット24)とプローブ(プローブ24)との組み合わせを任意で含む(上記表1及び表3を参照)。該プライマーセットとプローブとの組み合わせは、様々な型のHPV遺伝子に対する増幅反応若しくはハイブリダイゼーション反応と同時かつ同じ効率で増幅若しくはハイブリダイズするように設計されている。
HPV及び内部標準として用いるG3PDH(グリセルアルデヒド三リン酸脱水素酵素)の遺伝子配列は公共データベースから入手した。本発明において用いた24種類の遺伝子配列のGenBank登録番号は、表2に示されている。
23種類のHPV及びG3PDHの各PCR増幅領域内に、以下の基準を満たすプローブ(センス鎖DNA)を設計した:融解温度(Tm)が72〜78℃の範囲内(GC% methodを用いた場合。Na+ Conc.:50mM)であること;プローブの長さが69〜71bpの範囲内であること;GC含量が45〜55%の範囲内であること;他の型のHPVと相同性の高い配列を有しないこと;及び、分子内で二次構造を形成しないこと。このようにして、各HPV及びG3PDHに特異的なプローブを設計した(表3)。
実施例2で合成した24種類のプローブ各々について、表6のように混合し、接触又は非接触型の市販スポッター(SpotArray又はPiezorray:PerkinElmer社)にてポリ−L−リジンがコーティングされたガラス基板に、図3に示す配置で各プローブについて2箇所ずつスポッティングを行い、検出用DNAマイクロアレイを作製した。
(1)HPV及びG3PDHの増幅・標識
24種類のプライマーセットの混合物(プライマーミックス)を用いて、23種類のHPVテンプレート用のプラスミド及びJurkat細胞から抽出したゲノムに対して各々、表7に示す反応液の組成でPCR反応を行った。24種類のプライマーセットは、各プライマーセットの増幅効率がほぼ同程度となるように濃度を2パターンに分けて混合した。なお、PCR反応液にはHPV感染の有無をDNAマイクロアレイ上で蛍光強度として検出するために、蛍光色素標識塩基(Cy3−dUTP:GEヘルスケアバイオサイエンス社)を一緒に加えた。
以上により、Cy3標識された増幅DNA産物を得た。
精製されたCy3標識増幅DNA産物を、表8に記載したハイブリダイゼーション溶液と混和し、95℃で2分間加熱変性、次に氷上で3分間静置した後、8μLをDNAマイクロアレイとのハイブリダイゼーションに用いた。
実施例1で設計した各プライマーセットのうちプライマーFのみ、5’末端にビオチンを付加したものを新たに作製した。実際の合成は、受託DNA合成メーカーに発注し、汎用のDNA合成装置を用いて化学的に合成された。これを用いて実施例4の(1)に記載しているHPV及びG3PDHの増幅・標識工程を同様に行い、Cy3標識増幅DNA産物を得た。
配列番号2:HPV6遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号3:HPV11遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号4:HPV11遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号5:HPV16遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号6:HPV16遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号7:HPV18遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号8:HPV18遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号9:HPV30遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号10:HPV30遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号11:HPV31遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号12:HPV31遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号13:HPV33遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号14:HPV33遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号15:HPV34遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号16:HPV34遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号17:HPV35遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号18:HPV35遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号19:HPV39遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号20:HPV39遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号21:HPV40遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号22:HPV40遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号23:HPV42遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号24:HPV42遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号25:HPV45遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号26:HPV45遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号27:HPV51遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号28:HPV51遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号29:HPV52遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号30:HPV52遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号31:HPV53遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号32:HPV53遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号33:HPV54遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号34:HPV54遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号35:HPV56遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号36:HPV56遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号37:HPV58遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号38:HPV58遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号39:HPV59遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号40:HPV59遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号41:HPV61遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号42:HPV61遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号43:HPV66遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号44:HPV66遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号45:HPV68遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号46:HPV68遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号47:G3PDH遺伝子増幅用フォワードPCRプライマー
配列番号48:G3PDH遺伝子増幅用リバースPCRプライマー
配列番号49:HPV6遺伝子検出用プローブ
配列番号50:HPV11遺伝子検出用プローブ
配列番号51:HPV16遺伝子検出用プローブ
配列番号52:HPV18遺伝子検出用プローブ
配列番号53:HPV30遺伝子検出用プローブ
配列番号54:HPV31遺伝子検出用プローブ
配列番号55:HPV33遺伝子検出用プローブ
配列番号56:HPV34遺伝子検出用プローブ
配列番号57:HPV35遺伝子検出用プローブ
配列番号58:HPV39遺伝子検出用プローブ
配列番号59:HPV40遺伝子検出用プローブ
配列番号60:HPV42遺伝子検出用プローブ
配列番号61:HPV45遺伝子検出用プローブ
配列番号62:HPV51遺伝子検出用プローブ
配列番号63:HPV52遺伝子検出用プローブ
配列番号64:HPV53遺伝子検出用プローブ
配列番号65:HPV54遺伝子検出用プローブ
配列番号66:HPV56遺伝子検出用プローブ
配列番号67:HPV58遺伝子検出用プローブ
配列番号68:HPV59遺伝子検出用プローブ
配列番号69:HPV61遺伝子検出用プローブ
配列番号70:HPV66遺伝子検出用プローブ
配列番号71:HPV68遺伝子検出用プローブ
配列番号72:G3PDH遺伝子検出用プローブ
Claims (12)
- (1)配列番号1で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号1で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号2で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号2で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット1、
(2)配列番号3で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号3で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号4で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号4で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット2、
(3)配列番号5で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号5で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号6で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号6で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット3、
(4)配列番号7で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号7で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号8で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号8で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット4、
(5)配列番号9で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号9で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号10で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号10で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット5、
(6)配列番号11で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号11で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号12で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号12で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット6、
(7)配列番号13で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号13で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号14で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号14で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット7、
(8)配列番号15で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号15で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号16で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号16で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット8、
(9)配列番号17で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号17で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号18で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号18で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット9、
(10)配列番号19で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号19で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号20で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号20で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット10、
(11)配列番号21で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号21で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号22で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号22で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット11、
(12)配列番号23で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号23で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号24で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号24で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット12、
(13)配列番号25で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号25で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号26で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号26で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット13、
(14)配列番号27で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号27で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号28で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号28で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット14、
(15)配列番号29で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号29で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号30で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号30で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット15、
(16)配列番号31で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号31で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号32で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号32で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット16、
(17)配列番号33で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号33で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号34で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号34で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット17、
(18)配列番号35で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号35で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号36で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号36で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット18、
(19)配列番号37で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号37で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号38で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号38で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット19、
(20)配列番号39で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号39で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号40で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号40で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット20、
(21)配列番号41で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号41で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号42で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号42で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット21、
(22)配列番号43で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号43で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号44で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号44で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット22、及び
(23)配列番号45で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号45で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号46で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号46で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット23
からなる群より選択される少なくとも1種の、ヒトパピローマウイルス(HPV)遺伝子増幅用のPCRプライマーセット。 - (1)配列番号49で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号49で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号49で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号49で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ1)、
(2)配列番号50で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号50で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号50で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号50で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ2)、
(3)配列番号51で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号51で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号51で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号51で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ3)、
(4)配列番号52で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号52で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号52で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号52で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ4)、
(5)配列番号53で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号53で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号53で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号53で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ5)、
(6)配列番号54で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号54で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号54で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号54で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ6)、
(7)配列番号55で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号55で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号55で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号55で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ7)、
(8)配列番号56で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号56で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号56で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号56で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ8)、
(9)配列番号57で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号57で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号57で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号57で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ9)、
(10)配列番号58で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号58で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号58で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号58で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ10)、
(11)配列番号59で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号59で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号59で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号59で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ11)、
(12)配列番号60で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号60で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号60で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号60で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ12)、
(13)配列番号61で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号61で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号61で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号61で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ13)、
(14)配列番号62で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号62で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号62で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号62で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ14)、
(15)配列番号63で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号63で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号63で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号63で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ15)、
(16)配列番号64で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号64で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号64で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号64で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ16)、
(17)配列番号65で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号65で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号65で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号65で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ17)、
(18)配列番号66で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号66で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号66で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号66で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ18)、
(19)配列番号67で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号67で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号67で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号67で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ19)、
(20)配列番号68で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号68で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号68で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号68で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ20)、
(21)配列番号69で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号69で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号69で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号69で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ21)、
(22)配列番号70で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号70で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号70で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号70で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ22)、及び
(23)配列番号71で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号71で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号71で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号71で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ23)
からなる群より選択される少なくとも1種の、ヒトパピローマウイルス(HPV)検出用のプローブ。 - (1)配列番号1で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号1で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号2で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号2で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット1と、配列番号49で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号49で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号49で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号49で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ1)との組み合わせ、
(2)配列番号3で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号3で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号4で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号4で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット2と、配列番号50で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号50で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号50で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号50で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ2)との組み合わせ、
(3)配列番号5で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号5で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号6で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号6で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット3と、配列番号51で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号51で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号51で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号51で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ3)との組み合わせ、
(4)配列番号7で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号7で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号8で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号8で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット4と、配列番号52で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号52で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号52で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号52で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ4)との組み合わせ、
(5)配列番号9で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号9で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号10で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号10で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット5と、配列番号53で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号53で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号53で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号53で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ5)との組み合わせ、
(6)配列番号11で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号11で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号12で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号12で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット6と、配列番号54で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号54で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号54で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号54で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ6)との組み合わせ、
(7)配列番号13で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号13で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号14で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号14で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット7と、配列番号55で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号55で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号55で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号55で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ7)との組み合わせ、
(8)配列番号15で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号15で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号16で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号16で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット8と、配列番号56で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号56で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号56で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号56で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ8)との組み合わせ、
(9)配列番号17で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号17で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号18で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号18で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット9と、配列番号57で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号57で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号57で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号57で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ9)との組み合わせ、
(10)配列番号19で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号19で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号20で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号20で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット10と、配列番号58で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号58で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号58で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号58で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ10)との組み合わせ、
(11)配列番号21で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号21で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号22で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号22で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット11と、配列番号59で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号59で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号59で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号59で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ11)との組み合わせ、
(12)配列番号23で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号23で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号24で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号24で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット12と、配列番号60で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号60で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号60で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号60で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ12)との組み合わせ、
(13)配列番号25で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号25で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号26で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号26で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット13と、配列番号61で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号61で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号61で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号61で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ13)との組み合わせ、
(14)配列番号27で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号27で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号28で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号28で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット14と、配列番号62で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号62で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号62で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号62で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ14)との組み合わせ、
(15)配列番号29で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号29で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号30で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号30で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット15と、配列番号63で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号63で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号63で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号63で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ15)との組み合わせ、
(16)配列番号31で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号31で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号32で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号32で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット16と、配列番号64で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号64で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号64で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号64で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ16)との組み合わせ、
(17)配列番号33で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号33で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号34で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号34で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット17と、配列番号65で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号65で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号65で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号65で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ17)との組み合わせ、
(18)配列番号35で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号35で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号36で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号36で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット18と、配列番号66で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号66で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号66で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号66で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ18)との組み合わせ、
(19)配列番号37で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号37で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号38で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号38で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット19と、配列番号67で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号67で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号67で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号67で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ19)との組み合わせ、
(20)配列番号39で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号39で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号40で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号40で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット20と、配列番号68で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号68で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号68で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号68で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ20)との組み合わせ、
(21)配列番号41で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号41で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号42で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号42で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット21と、配列番号69で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号69で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号69で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号69で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ21)との組み合わせ、
(22)配列番号43で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号43で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号44で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号44で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット22と、配列番号70で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号70で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号70で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号70で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ22)との組み合わせ、及び
(23)配列番号45で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号45で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号46で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号46で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット23と、配列番号71で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号71で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号71で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号71で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ23)との組み合わせからなる群から選択される1以上の前記組み合わせ、並びに任意で
(24)配列番号47で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号47で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体と、配列番号48で示される塩基配列からなるプライマー又は配列番号48で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプライマーとしての機能を有するその変異体とからなるプライマーセット24と、配列番号72で示される塩基配列からなるプローブ又は配列番号72で示される塩基配列に相補的な塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体、或いは配列番号72で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなるプローブ又は配列番号72で示される塩基配列とストリンジェントな条件でハイブリダイズする塩基配列を有し同様にプローブとしての機能を有するその変異体(プローブ24)との組み合わせを含む、
ヒトパピローマウイルス(HPV)を検出するためのキット。 - 上記(1)〜(23)の組み合わせからなる群から選択される組み合わせを2つ以上含むことを特徴とする、請求項3に記載のキット。
- プライマーセット3とプローブ3との組み合わせ、及びプライマーセット4とプローブ4との組み合わせ、並びに任意でプライマーセット24とプローブ24との組み合わせを含む、請求項3又は4に記載のキット。
- プライマーセット3とプローブ3との組み合わせ、プライマーセット4とプローブ4との組み合わせ、プライマーセット5とプローブ5との組み合わせ、プライマーセット6とプローブ6との組み合わせ、プライマーセット7とプローブ7との組み合わせ、プライマーセット9とプローブ9との組み合わせ、プライマーセット10とプローブ10との組み合わせ、プライマーセット13とプローブ13との組み合わせ、プライマーセット14とプローブ14との組み合わせ、プライマーセット15とプローブ15との組み合わせ、プライマーセット18とプローブ18との組み合わせ、プライマーセット19とプローブ19との組み合わせ、プライマーセット20とプローブ20との組み合わせ、及びプライマーセット23とプローブ23との組み合わせ、並びに任意でプライマーセット24とプローブ24との組み合わせを含む、請求項3又は4に記載のキット。
- プライマーセット1とプローブ1との組み合わせ、プライマーセット2とプローブ2との組み合わせ、プライマーセット3とプローブ3との組み合わせ、プライマーセット4とプローブ4との組み合わせ、プライマーセット5とプローブ5との組み合わせ、プライマーセット6とプローブ6との組み合わせ、プライマーセット7とプローブ7との組み合わせ、プライマーセット8とプローブ8との組み合わせ、プライマーセット9とプローブ9との組み合わせ、プライマーセット10とプローブ10との組み合わせ、プライマーセット11とプローブ11との組み合わせ、プライマーセット12とプローブ12との組み合わせ、プライマーセット13とプローブ13との組み合わせ、プライマーセット14とプローブ14との組み合わせ、プライマーセット15とプローブ15との組み合わせ、プライマーセット16とプローブ16との組み合わせ、プライマーセット17とプローブ17との組み合わせ、プライマーセット18とプローブ18との組み合わせ、プライマーセット19とプローブ19との組み合わせ、プライマーセット20とプローブ20との組み合わせ、プライマーセット21とプローブ21との組み合わせ、プライマーセット22とプローブ22との組み合わせ、及びプライマーセット23とプローブ23との組み合わせ、並びに任意でプライマーセット24とプローブ24との組み合わせを含む、請求項3又は4に記載のキット。
- 請求項3〜7のいずれか1項に記載のキットを用いて検体中のHPVの存在又は非存在を型特異的に検出するための方法であって、検体中から抽出したDNAを鋳型として、前記プライマーセットを用いてPCRを行う工程及び増幅されたDNA産物を検出する工程を含む、方法。
- 請求項3〜7のいずれか1項に記載のキットを用いて検体中のHPVの存在又は非存在を型特異的に検出するための方法であって、検体中から抽出したDNAを鋳型として、前記プライマーセットを用いてPCRを行う工程、増幅したDNA産物を一本鎖にする工程、及び一本鎖DNAを前記プローブとハイブリダイズさせて検出する工程を含む、方法。
- 請求項2に記載のプローブ1〜23からなる群から選択される少なくとも1種のプローブが固定化されている、HPVを検出するためのDNAマイクロアレイ。
- 請求項2に記載のプローブ1〜23からなる群から選択される2以上のプローブが固定化されている、請求項10記載のDNAマイクロアレイ。
- さらに、プローブ24が固定化されている請求項10又は11に記載のDNAマイクロアレイ。
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---|---|---|---|---|
JP2012075437A (ja) * | 2010-09-09 | 2012-04-19 | Kuniaki Narisawa | 発がん性(高リスク型)ヒトパピロ−マウイルス(hpv)遺伝子型を同定するためのプライマーセット |
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KR101239387B1 (ko) * | 2010-06-17 | 2013-03-11 | 문우철 | 인유두종바이러스의 유전자형 분석용 dna 칩, 이를 포함하는 키트 및 유전자형 분석방법 |
CN102409110B (zh) * | 2011-12-12 | 2013-08-14 | 泰普生物科学(中国)有限公司 | 一种人***瘤病毒型原位杂交检测试剂盒及其方法 |
WO2013168832A1 (ko) * | 2012-05-08 | 2013-11-14 | (주)진매트릭스 | 고위험군 인유두종바이러스 유전자 분석용 키트 및 그 분석방법 |
CN103409560A (zh) * | 2013-08-19 | 2013-11-27 | 潘晓静 | 一种广谱、高效、经济的高危人***状瘤病毒的pcr检测方法 |
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CN112921033A (zh) * | 2021-04-07 | 2021-06-08 | 深圳市刚竹医疗科技有限公司 | 核酸组合物和检测试剂盒 |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004121240A (ja) * | 2002-09-12 | 2004-04-22 | Geneticlab Co Ltd | ヒトパピローマウイルスを検出するためのプライマーセット、検出方法および検出用dnaアレイ |
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---|---|---|---|---|
US6001612A (en) * | 1998-11-06 | 1999-12-14 | Yang; Robert Che-An | Heteroduplex PCR cloning |
KR100452163B1 (ko) * | 2001-09-14 | 2004-10-12 | 주식회사 바이오메드랩 | 인유두종 바이러스의 감염을 진단하기 위한 유전형 분석키트 |
HUP0200981A3 (en) * | 2002-03-14 | 2004-06-28 | Genoid Kft | Pcr reactions with hybridizing probes using primers with broad genotype-specificity for detection of human papilloma-viruses and typing amplificates by using specifically hybridizing oligonucleotides |
WO2005033333A2 (en) * | 2003-10-07 | 2005-04-14 | Dako Denmark A/S | Methods and compositions for the diagnosis of cancer |
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US7910719B2 (en) * | 2005-12-08 | 2011-03-22 | Kabushiki Kaisha Toshiba | Method of detecting human papilloma virus by using nucleic acid amplification method and nucleic acid chain-immobilized carrier |
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Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004121240A (ja) * | 2002-09-12 | 2004-04-22 | Geneticlab Co Ltd | ヒトパピローマウイルスを検出するためのプライマーセット、検出方法および検出用dnaアレイ |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
JPN6012041505; J Virol Methods., 2007年5月, 第140巻, 32-42ページ * |
JPN6012041507; Am J Pathol., 1989年, 第135巻, 703-709ページ * |
JPN6012041509; DELIUS H et al., Database GenBank[online], Accession No.U31794, <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore * |
JPN6012041511; J Virol., 1991年, 第65巻, 5564-5568ページ * |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012075437A (ja) * | 2010-09-09 | 2012-04-19 | Kuniaki Narisawa | 発がん性(高リスク型)ヒトパピロ−マウイルス(hpv)遺伝子型を同定するためのプライマーセット |
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