JP5965846B2 - 近縁のヒトパピローマウイルス(hpv)の血清型を検出するためのアッセイ - Google Patents
近縁のヒトパピローマウイルス(hpv)の血清型を検出するためのアッセイ Download PDFInfo
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Description
本出願は、その開示が参照により本明細書に組み込まれる、2010年2月16日に出願された、米国特許仮出願第61/304,941号明細書の出願日の利益を主張する。
本出願は、EFSウェブを介して提出された、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる配列表を含有する。2011年1月31日に作成された前記ASCIIコピーは、「HPVの類縁血清型を検出するための配列表」と名付けられ、サイズは7.55キロバイトである。
CCACTAGCTGCATGCCAATC
CCATTAGCTGCATGCCAATC
下線を付すことにより各縮重を示す。
TGTGCCAAGCATTGGAGACA
TGTGTCAGGCGTTGGAGACA
下線を付すことにより各縮重を示す。
ACCTAATACACGTACCTTGTT
ACCTAATTCACGTACCTTGTT
下線を付すことにより各縮重を示す。
以下、本明細書に記載の発明につき列記する。
[1]
生物学的試料における生物の複数の血清型の存在または非存在を検出するマルチプレックスアッセイであって、
前記アッセイは、存在する検出のためのチャネルより多くの血清型を検出し、
前記マルチプレックスアッセイが、
生物学的試料を用意するステップと;
前記生物学的試料を少なくとも3つのオリゴヌクレオチドプライマー/プローブのセットと接触させるステップであって、
そのセットの各々が、
検出可能な形で標識されており、ヌクレオチド配列の長さが約10から約50である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプローブと、
それらの各々のヌクレオチド配列の長さが約10から約150である少なくとも2つのオリゴヌクレオチドプライマーとを備え、
前記接触が、プローブおよびプライマーが標的配列にアニーリングするような条件下で行われ、
各プライマー/プローブのセットは、生物の特定の血清型に対して少なくとも優先的であり、
前記第1のプライマー/プローブのセットおよび第2のプライマー/プローブのセットは、互いに対して縮重しており、
前記縮重プローブは各々、同じチャネルにおいて検出可能なシグナルを発するシグナル部分を有し、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、前記他の2つのプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、前記縮重プライマー/プローブのセットが優先的にアニーリングする血清型ではない第3の血清型を識別し、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、前記縮重プローブのシグナル部分により発せられる波長と同じまたは異なる波長のシグナルを発するシグナル部分を有する、ステップと;
存在する場合は、前記標的配列を増幅するステップと;
前記プローブセットの前記標的配列に対するハイブリダイゼーションの指標としての標識を検出のためにモニタリングし、これにより、HPVの血清型のうちの少なくとも1つの存在または非存在を示すステップと、
を含むことを特徴とするマルチプレックスアッセイ。
[2]
前記生物はヒトパピローマウイルス(HPV)であることを特徴とする[1]に記載のアッセイ。
[3]
前記縮重プライマー/プローブのセットの前記標的は、配列番号36〜38からなる群から選択されることを特徴とする[2]に記載のアッセイ。
[4]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号36であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型51を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、配列番号24〜29、および配列番号24〜29と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型39を選択し、HPV血清型68に対してHPV血清型39を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号1、3および5、ならびに配列番号1、3および5と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型68を選択し、HPV血清型39に対してHPV血清型68を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号2、4および6、ならびに配列番号2、4および6と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[2]に記載のアッセイ。
[5]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号37であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、配列番号30〜35、および配列番号30〜35と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型33を選択し、HPV血清型58に対してHPV血清型33を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号7、9、11、13、および15、ならびに配列番号7、9、11、13、および15と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型58を選択し、HPV血清型33に対してHPV血清型58を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号8、10、12、14、および16、ならびに配列番号8、10、12、14、および16と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[2]に記載のアッセイ。
[6]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号38であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、配列番号30〜35、および配列番号30〜35と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型56を選択し、HPV血清型56に対してHPV血清型66を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号17、19および21、ならびに配列番号17、19および21と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型66を選択し、HPV血清型56に対してHPV血清型66を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号18、20、22、および23、ならびに配列番号18、20、22、および23と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[2]に記載のアッセイ。
[7]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号36であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型51を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、配列番号24〜29、および配列番号24〜29と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型39を選択し、HPV血清型68に対してHPV血清型39を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号1、3および5、ならびに配列番号1、3および5と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型68を選択し、HPV血清型39に対してHPV血清型68を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号2、4および6、ならびに配列番号2、4および6と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[2]に記載のアッセイ。
[8]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号37であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号30〜35、および配列番号30〜35と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型33を選択し、HPV血清型58に対してHPV血清型33を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号7、9、11、13、および15、ならびに配列番号7、9、11、13、および15と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型58を選択し、HPV血清型33に対してHPV血清型58を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号8、10、12、14、および16、ならびに配列番号8、10、12、14、および16と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[2]に記載のアッセイ。
[9]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号38であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、配列番号30〜35、および配列番号30〜35と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型56を選択し、HPV血清型56に対してHPV血清型66を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号17、19および21、ならびに配列番号17、19および21と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型66を選択し、HPV血清型56に対してHPV血清型66を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号18、20、22、および23、ならびに配列番号18、20、22、および23と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[2]に記載のアッセイ。
[10]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号36であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型51を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、配列番号24〜29、および配列番号24〜29と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型39を選択し、HPV血清型68に対してHPV血清型39を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号1、3および5、ならびに配列番号1、3および5と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型68を選択し、HPV血清型39に対してHPV血清型68を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号2、4および6、ならびに配列番号2、4および6と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[2]に記載のアッセイ。
[11]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号37であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー/プローブのセットは、配列番号30〜35、および配列番号30〜35と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型33を選択し、HPV血清型58に対してHPV血清型33を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号7、9、11、13、および15、ならびに配列番号7、9、11、13、および15と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型58を選択し、HPV血清型33に対してHPV血清型58を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号8、10、12、14、および16、ならびに配列番号8、10、12、14、および16と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[2]に記載のアッセイ。
[12]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号38であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー/プローブのセットは、配列番号30〜35、および配列番号30〜35と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型56を選択し、HPV血清型56に対してHPV血清型66を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号17、19および21、ならびに配列番号17、19および21と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型66を選択し、HPV血清型56に対してHPV血清型66を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号18、20、22、および23、ならびに配列番号18、20、22、および23と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[2]に記載のアッセイ。
[13]
ヒトパピローマウイルス(HPV)の複数の血清型を検出するためのプローブセットであって、
該プローブセットが、少なくとも3つのオリゴヌクレオチドプライマー/プローブのセットを備え、
そのセットの各々が、検出可能な形で標識されており、ヌクレオチド配列の長さが約10から約50である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプローブと、各々のヌクレオチド配列の長さが約10から約150である少なくとも2つのオリゴヌクレオチドプライマーとを備え、
各プライマー/プローブのセットは、前記HPV生物の特定の血清型に対して少なくとも優先的であり、
前記第1のプライマー/プローブのセットおよび第2のプライマー/プローブのセットは、互いに対して縮重しており、前記縮重プローブは各々、同じチャネルにおいて検出可能なシグナルを発するシグナル部分を有し、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、前記第1のプライマー/プローブのセットおよび第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、前記縮重プライマー/プローブのセットが優先的にアニーリングする血清型ではない第3の血清型を識別し、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、前記第1のプライマー/プローブのセットおよび第2のプライマー/プローブのセットにおけるプローブの波長と同じかまたは異なる波長のシグナルを発するシグナル部分を有する、
ことを特徴とするプローブセット。
[14]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号36〜38からなる群から選択されることを特徴とする[13]に記載のプローブセット。
[15]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号36であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型51を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、配列番号24〜29、および配列番号24〜29と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型39を選択し、HPV血清型68に対してHPV血清型39を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号1、3および5、ならびに配列番号1、3および5と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型68を選択し、HPV血清型39に対してHPV血清型68を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号2、4および6、ならびに配列番号2、4および6と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[13]に記載のプローブセット。
[16]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号37であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー/プローブのセットは、配列番号30〜35、および配列番号30〜35と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型33を選択し、HPV血清型58に対してHPV血清型33を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号7、9、11、13、および15、ならびに配列番号7、9、11、13、および15と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型58を選択し、HPV血清型33に対してHPV血清型58を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号8、10、12、14、および16、ならびに配列番号8、10、12、14、および16と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[13]に記載のプローブセット。
[17]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号38であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー/プローブのセットは、配列番号30〜35、および配列番号30〜35と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型56を選択し、HPV血清型56に対してHPV血清型66を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号17、19および21、ならびに配列番号17、19および21と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型66を選択し、HPV血清型56に対してHPV血清型66を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号18、20、22、および23、ならびに配列番号18、20、22、および23と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[13]に記載のプローブセット。
[18]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号36であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型51を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー/プローブのセットは、配列番号24〜29、および配列番号24〜29と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型39を選択し、HPV血清型68に対してHPV血清型39を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号1、3および5、ならびに配列番号1、3および5と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型68を選択し、HPV血清型39に対してHPV血清型68を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号2、4および6、ならびに配列番号2、4および6と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[13]に記載のプローブセット。
[19]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号37であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー/プローブのセットは、配列番号30〜35、および配列番号30〜35と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型33を選択し、HPV血清型58に対してHPV血清型33を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号7、9、11、13、および15、ならびに配列番号7、9、11、13、および15と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型58を選択し、HPV血清型33に対してHPV血清型58を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号8、10、12、14、および16、ならびに配列番号8、10、12、14、および16と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[13]に記載のプローブセット。
[20]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号38であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー/プローブのセットは、配列番号30〜35、および配列番号30〜35と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型56を選択し、HPV血清型56に対してHPV血清型66を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号17、19および21、ならびに配列番号17、19および21と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型66を選択し、HPV血清型56に対してHPV血清型66を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号18、20、22、および23、ならびに配列番号18、20、22、および23と少なくとも80%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[13]に記載のプローブセット。
[21]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号36であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型51を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー/プローブのセットは、配列番号24〜29、および配列番号24〜29と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型39を選択し、HPV血清型68に対してHPV血清型39を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号1、3および5、ならびに配列番号1、3および5と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型68を選択し、HPV血清型39に対してHPV血清型68を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号2、4および6、ならびに配列番号2、4および6と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[13]に記載のプローブセット。
[22]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号37であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー/プローブのセットは、配列番号30〜35、および配列番号30〜35と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型33を選択し、HPV血清型58に対してHPV血清型33を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号7、9、11、13、および15、ならびに配列番号7、9、11、13、および15と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型58を選択し、HPV血清型33に対してHPV血清型58を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号8、10、12、14、および16、ならびに配列番号8、10、12、14、および16と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[13]に記載のプローブセット。
[23]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号38であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセットまたは第2のプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、
前記プライマー/プローブのセットは、配列番号30〜35、および配列番号30〜35と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型56を選択し、HPV血清型56に対してHPV血清型66を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号17、19および21、ならびに配列番号17、19および21と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型66を選択し、HPV血清型56に対してHPV血清型66を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号18、20、22、および23、ならびに配列番号18、20、22、および23と少なくとも90%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択される、
ことを特徴とする[13]に記載のプローブセット。
[24]
ヒトパピローマウイルス(HPV)の複数の血清型を検出するためのキットであって、
該キットが、少なくとも3つのオリゴヌクレオチドプライマー/プローブのセットを備え、
そのセットの各々が、前記HPV生物の特定の血清型のための、検出可能な形で標識された、ヌクレオチド配列の長さが約10から約50である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプローブと、各々のヌクレオチド配列の長さが約10から約150である少なくとも2つのオリゴヌクレオチドプライマーとを備え、
前記第1のプライマー/プローブのセットおよび第2のプライマー/プローブのセットは、互いに対して縮重しており、前記縮重プローブは各々、同じチャネルにおいて検出可能なシグナルを発するシグナル部分を有し、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、前記他の2つのプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、前記縮重プライマー/プローブのセットが優先的にアニーリングする血清型ではない第3の血清型を識別し、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、前記縮重プライマー/プローブにおけるプローブのシグナル部分により発せられる波長と同じかまたは異なる波長のシグナルを発するシグナル部分を有する、
ことを特徴とするキット。
[25]
前記第1の縮重プライマー/プローブのセットおよび第2の縮重プライマー/プローブのセットについての、前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号36〜38からなる群から選択されることを特徴とする[24]に記載のキット。
[26]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号36であり、
前記第1の縮重プライマー/プローブのセットは、配列番号1、3および5を含み、
前記第2の縮重プライマー/プローブのセットは、配列番号2、4および6を含むことを特徴とする[24]に記載のキット。
[27]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号37であり、
前記第1の縮重プライマー/プローブのセットは、配列番号7、配列番号15、ならびに配列番号9、11、および13のうちの1つを含み、
前記第2の縮重プライマー/プローブのセットは、配列番号8、配列番号15、ならびに配列番号10、12、および14のうちの1つを含む、
ことを特徴とする[24]に記載のキット。
[28]
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号38であり、
前記第1の縮重プライマー/プローブのセットは、配列番号17、19および21を含み、
前記第2の縮重プライマー/プローブのセットは、配列番号18、配列番号20、ならびに配列番号22および23のうちの1つを含む、
ことを特徴とする[24]に記載のキット。
[29]
前記第3のプライマー/プローブのセットは、配列番号24〜26、配列番号27〜29、配列番号30〜32、および配列番号33〜35からなる群から選択されることを特徴とする[24]に記載のキット。
[30]
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型51を識別し、配列番号24〜26および配列番号27〜29からなる群から選択されることを特徴とする[29]に記載のキット。
[31]
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別し、配列番号30〜32および配列番号33〜35からなる群から選択されることを特徴とする[29]に記載のキット。
[32]
前記第3のプライマー/プローブのセットの検出プローブの前記シグナル部分は、前記第1のプライマー/プローブのセットおよび前記第2のプライマー/プローブのセットの検出プローブにより発せられる波長と同じ波長を発することを特徴とする[29]に記載のキット。
[33]
前記第3のプライマー/プローブのセットの検出プローブの前記シグナル部分は、前記第1のプライマー/プローブのセットおよび前記第2のプライマー/プローブのセットの検出プローブにより発せられる波長と異なる波長を発することを特徴とする[29]に記載のキット。
Claims (11)
- 生物学的試料におけるヒトパピローマウイルス(HPV)の複数の血清型の存在または非存在を検出するマルチプレックスアッセイであって、
前記マルチプレックスアッセイは、存在する検出のためのチャネルより多くの血清型を検出し、
前記マルチプレックスアッセイが、
生物学的試料を用意するステップと;
前記生物学的試料を少なくとも第1、第2及び第3の3つのオリゴヌクレオチドプライマー/プローブのセットと接触させるステップであって、
そのセットの各々が、
検出可能な形で標識され、ヌクレオチド配列の長さが10から26である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプローブと、
それらの各々のヌクレオチド配列の長さが10から25である少なくとも2つのオリゴヌクレオチドプライマーと、を備え、
前記接触が、プローブおよびプライマーが標的配列にアニーリングするような条件下で行われ、
各プライマー/プローブのセットは、生物の特定の血清型に対して少なくとも優先的であり、
前記第1のプライマー/プローブのセット及び第2のプライマー/プローブのセットは、互いに対して縮重しており、
前記縮重プローブは各々、同じチャネルにおいて検出可能なシグナルを発するシグナル部分を有し、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、前記他の2つのプライマー/プローブのセットのいずれに対しても縮重しておらず、前記縮重プライマー/プローブのセットが優先的にアニーリングする血清型ではない第3の血清型を識別し、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、前記縮重プローブのシグナル部分により発せられる波長と同じまたは異なる波長のシグナルを発するシグナル部分を有し、
前記縮重プライマー/プローブのセットの前記標的は、配列番号36〜38からなる群から選択される、ステップと;
存在する場合は、前記標的配列を増幅するステップと;
前記プローブセットの前記標的配列に対するハイブリダイゼーションの指標としての標識を検出のためにモニタリングし、これにより、HPVの血清型のうちの少なくとも1つの存在または非存在を示すステップと、
を含むことを特徴とするマルチプレックスアッセイ。 - 請求項1に記載のマルチプレックスアッセイであって、
a)
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号36であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型51を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセット及び第2のプライマー/プローブのセットのいずれに対しても縮重しておらず、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、配列番号24〜29、および配列番号24〜29と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型39を選択し、HPV血清型68に対してHPV血清型39を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号1、3および5、ならびに配列番号1、3および5と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型68を選択し、HPV血清型39に対してHPV血清型68を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号2、4および6、ならびに配列番号2、4および6と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択されるマルチプレックスアッセイ、
または、
b)
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号37であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセット及び第2のプライマー/プローブのセットのいずれに対しても縮重しておらず、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、配列番号30〜35、および配列番号30〜35と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型33を選択し、HPV血清型58に対してHPV血清型33を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号7、9、11、13および15、ならびに配列番号7、9、11、13および15と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型58を選択し、HPV血清型33に対してHPV血清型58を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号8、10、12、14および16、ならびに配列番号8、10、12、14および16と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択されるマルチプレックスアッセイ、
または
c)
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号38であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセット及び第2のプライマー/プローブのセットのいずれに対しても縮重しておらず、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、配列番号30〜35、および配列番号30〜35と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型56を選択し、HPV血清型56に対してHPV血清型66を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号17、19および21、ならびに配列番号17、19および21と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型66を選択し、HPV血清型56に対してHPV血清型66を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号18、20、22および23、ならびに配列番号18、20、22および23と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択されるマルチプレックスアッセイ。 - ヒトパピローマウイルス(HPV)の複数の血清型を検出するためのプローブセットであって、
該プローブセットが、少なくとも第1、第2及び第3の3つのオリゴヌクレオチドプライマー/プローブのセットを備え、
そのセットの各々が、
検出可能な形で標識され、ヌクレオチド配列の長さが10から26である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプローブと、各々のヌクレオチド配列の長さが10から25である少なくとも2つのオリゴヌクレオチドプライマーとを備え、
各プライマー/プローブのセットは、前記HPV生物の特定の血清型に対して少なくとも優先的であり、
前記第1のプライマー/プローブのセットおよび第2のプライマー/プローブのセットは、互いに対して縮重しており、前記縮重プローブは各々、同じチャネルにおいて検出可能なシグナルを発するシグナル部分を有し、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、前記第1のプライマー/プローブのセットおよび第2のプライマー/プローブのセットのいずれに対しても縮重しておらず、前記縮重プライマー/プローブのセットが優先的にアニーリングする血清型ではない第3の血清型を識別し、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、前記第1のプライマー/プローブのセットおよび第2のプライマー/プローブのセットにおけるプローブの波長と同じかまたは異なる波長のシグナルを発するシグナル部分を有し、
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号36〜38からなる群から選択される、ことを特徴とするプローブセット。 - 請求項3に記載のプローブセットであって、
a)
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号36であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型51を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセット及び第2のプライマー/プローブのセットのいずれに対しても縮重しておらず、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、配列番号24〜29、および配列番号24〜29と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型39を選択し、HPV血清型68に対してHPV血清型39を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号1、3および5、ならびに配列番号1、3および5と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型68を選択し、HPV血清型39に対してHPV血清型68を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号2、4および6、ならびに配列番号2、4および6と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択されるプローブセット、
または、
b)
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号37であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセット及び第2のプライマー/プローブのセットのいずれに対しても縮重しておらず、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、配列番号30〜35、および配列番号30〜35と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型33を選択し、HPV血清型58に対してHPV血清型33を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号7、9、11、13、および15、ならびに配列番号7、9、11、13、および15と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型58を選択し、HPV血清型33に対してHPV血清型58を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号8、10、12、14および16、ならびに配列番号8、10、12、14および16と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択されるプローブセット、
または、
c)
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号38であり、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別するように構成され、前記第1のプライマー/プローブのセット及び第2のプライマー/プローブのセットのいずれに対しても縮重しておらず、前記第3のプライマー/プローブのセットは、配列番号30〜35、および配列番号30〜35と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第1のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型56を選択し、HPV血清型56に対してHPV血清型66を識別せず、
前記第1のプライマー/プローブのセットは、配列番号17、19および21、ならびに配列番号17、19および21と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択され;
前記第2のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型66を選択し、HPV血清型56に対してHPV血清型66を識別せず、
前記第2のプライマー/プローブのセットは、配列番号18、20、22、および23、ならびに配列番号18、20、22、および23と少なくとも70%相同である配列からなる群から選択される配列のうちの少なくとも1つから選択されるプローブセット。 - ヒトパピローマウイルス(HPV)の複数の血清型を検出するためのキットであって、
該キットが、少なくとも第1、第2及び第3の3つのオリゴヌクレオチドプライマー/プローブのセットを備え、
そのセットの各々が、
前記HPV生物の特定の血清型のための、検出可能な形で標識された、ヌクレオチド配列の長さが10から26である少なくとも1つのオリゴヌクレオチドプローブと、各々のヌクレオチド配列の長さが10から25である少なくとも2つのオリゴヌクレオチドプライマーとを備え、
前記第1のプライマー/プローブのセットおよび第2のプライマー/プローブのセットは、互いに対して縮重しており、前記縮重プローブは各々、同じチャネルにおいて検出可能なシグナルを発するシグナル部分を有し、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、前記他の2つのプライマー/プローブのセットに対して縮重しておらず、前記縮重プライマー/プローブのセットが優先的にアニーリングする血清型ではない第3の血清型を識別し、
前記第3のプライマー/プローブのセットは、前記縮重プライマー/プローブにおけるプローブのシグナル部分により発せられる波長と同じかまたは異なる波長のシグナルを発するシグナル部分を有し、
前記第1の縮重プライマー/プローブのセットおよび第2の縮重プライマー/プローブのセットについての、前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号36〜38からなる群から選択される、ことを特徴とするキット。 - 請求項5に記載のキットであって、
a)
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号36であり、
前記第1の縮重プライマー/プローブのセットは、配列番号1と、3と、および5とを含み、
前記第2の縮重プライマー/プローブのセットは、配列番号2と、4と、および6とを含むキット、
または、
b)
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号37であり、
前記第1の縮重プライマー/プローブのセットは、配列番号7と、配列番号15と、ならびに配列番号9、11、および13のうちの1つとを含み、
前記第2の縮重プライマー/プローブのセットは、配列番号8と、配列番号15と、ならびに配列番号10、12、および14のうちの1つとを含むキット、
または、
c)
前記縮重プライマー/プローブのセットの標的は、配列番号38であり、
前記第1の縮重プライマー/プローブのセットは、配列番号17と、19と、および21とを含み、
前記第2の縮重プライマー/プローブのセットは、配列番号18と、配列番号20と、ならびに配列番号22および23のうちの1つとを含むキット。 - 前記第3のプライマー/プローブのセットは、配列番号24〜26、配列番号27〜29、配列番号30〜32、および配列番号33〜35からなる群から選択されることを特徴とする請求項5に記載のキット。
- 前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型51を識別し、配列番号24〜26および配列番号27〜29からなる群から選択されることを特徴とする請求項5に記載のキット。
- 前記第3のプライマー/プローブのセットは、HPV血清型59を識別し、配列番号30〜32および配列番号33〜35からなる群から選択されることを特徴とする請求項5に記載のキット。
- 前記第3のプライマー/プローブのセットの検出プローブの前記シグナル部分は、前記第1のプライマー/プローブのセットおよび前記第2のプライマー/プローブのセットの検出プローブにより発せられる波長と同じ波長を発することを特徴とする請求項5に記載のキット。
- 前記第3のプライマー/プローブのセットの検出プローブの前記シグナル部分は、前記第1のプライマー/プローブのセットおよび前記第2のプライマー/プローブのセットの検出プローブにより発せられる波長と異なる波長を発することを特徴とする請求項5に記載のキット。
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