CN110607363A - 一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组及其试剂盒和应用 - Google Patents
一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组及其试剂盒和应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN110607363A CN110607363A CN201911059019.2A CN201911059019A CN110607363A CN 110607363 A CN110607363 A CN 110607363A CN 201911059019 A CN201911059019 A CN 201911059019A CN 110607363 A CN110607363 A CN 110607363A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- nucleic acid
- diabetes
- acid set
- target
- capture
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 206010012601 diabetes mellitus Diseases 0.000 title claims abstract description 54
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 title claims abstract description 42
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims abstract description 36
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 title claims abstract description 27
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 title abstract description 16
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims abstract description 80
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 43
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims abstract description 18
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 50
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 43
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 28
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 25
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 25
- 238000000746 purification Methods 0.000 claims description 23
- 239000011324 bead Substances 0.000 claims description 22
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 16
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 13
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 12
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 10
- 238000010276 construction Methods 0.000 claims description 10
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 10
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 claims description 8
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 7
- 102100024645 ATP-binding cassette sub-family C member 8 Human genes 0.000 claims description 6
- 102100032360 Alstrom syndrome protein 1 Human genes 0.000 claims description 6
- 102100035080 BDNF/NT-3 growth factors receptor Human genes 0.000 claims description 6
- 102000004219 Brain-derived neurotrophic factor Human genes 0.000 claims description 6
- 108090000715 Brain-derived neurotrophic factor Proteins 0.000 claims description 6
- 102100024395 DCC-interacting protein 13-alpha Human genes 0.000 claims description 6
- 102100034174 Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3 Human genes 0.000 claims description 6
- -1 HTT Proteins 0.000 claims description 6
- 102100022057 Hepatocyte nuclear factor 1-alpha Human genes 0.000 claims description 6
- 102100022123 Hepatocyte nuclear factor 1-beta Human genes 0.000 claims description 6
- 102100022054 Hepatocyte nuclear factor 4-alpha Human genes 0.000 claims description 6
- 101000760570 Homo sapiens ATP-binding cassette sub-family C member 8 Proteins 0.000 claims description 6
- 101000614701 Homo sapiens ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11 Proteins 0.000 claims description 6
- 101000797795 Homo sapiens Alstrom syndrome protein 1 Proteins 0.000 claims description 6
- 101000596896 Homo sapiens BDNF/NT-3 growth factors receptor Proteins 0.000 claims description 6
- 101001053277 Homo sapiens DCC-interacting protein 13-alpha Proteins 0.000 claims description 6
- 101000926508 Homo sapiens Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3 Proteins 0.000 claims description 6
- 101001045751 Homo sapiens Hepatocyte nuclear factor 1-alpha Proteins 0.000 claims description 6
- 101001045758 Homo sapiens Hepatocyte nuclear factor 1-beta Proteins 0.000 claims description 6
- 101001045740 Homo sapiens Hepatocyte nuclear factor 4-alpha Proteins 0.000 claims description 6
- 101000852815 Homo sapiens Insulin receptor Proteins 0.000 claims description 6
- 101001006895 Homo sapiens Krueppel-like factor 11 Proteins 0.000 claims description 6
- 101000978418 Homo sapiens Melanocortin receptor 4 Proteins 0.000 claims description 6
- 101001128694 Homo sapiens Neuroendocrine convertase 1 Proteins 0.000 claims description 6
- 101000613495 Homo sapiens Paired box protein Pax-4 Proteins 0.000 claims description 6
- 101000798015 Homo sapiens RAC-beta serine/threonine-protein kinase Proteins 0.000 claims description 6
- 102100023915 Insulin Human genes 0.000 claims description 6
- 102100036721 Insulin receptor Human genes 0.000 claims description 6
- 102000017792 KCNJ11 Human genes 0.000 claims description 6
- 102100027797 Krueppel-like factor 11 Human genes 0.000 claims description 6
- 102100031775 Leptin receptor Human genes 0.000 claims description 6
- 102100023724 Melanocortin receptor 4 Human genes 0.000 claims description 6
- 108010052185 Myotonin-Protein Kinase Proteins 0.000 claims description 6
- 102100022437 Myotonin-protein kinase Human genes 0.000 claims description 6
- 101150079937 NEUROD1 gene Proteins 0.000 claims description 6
- 108700020297 NeuroD Proteins 0.000 claims description 6
- 102100032132 Neuroendocrine convertase 1 Human genes 0.000 claims description 6
- 102100032063 Neurogenic differentiation factor 1 Human genes 0.000 claims description 6
- 102100040909 Paired box protein Pax-4 Human genes 0.000 claims description 6
- 229920012196 Polyoxymethylene Copolymer Polymers 0.000 claims description 6
- 108010069820 Pro-Opiomelanocortin Proteins 0.000 claims description 6
- 102100027467 Pro-opiomelanocortin Human genes 0.000 claims description 6
- 101710183548 Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS Proteins 0.000 claims description 6
- 102100035459 Pyruvate dehydrogenase protein X component, mitochondrial Human genes 0.000 claims description 6
- 102100032315 RAC-beta serine/threonine-protein kinase Human genes 0.000 claims description 6
- 102100027053 Tyrosine-protein kinase Blk Human genes 0.000 claims description 6
- 102100035336 Werner syndrome ATP-dependent helicase Human genes 0.000 claims description 6
- 238000000249 far-infrared magnetic resonance spectroscopy Methods 0.000 claims description 6
- 108010019813 leptin receptors Proteins 0.000 claims description 6
- 102000015380 snRNP Core Proteins Human genes 0.000 claims description 6
- 108010039827 snRNP Core Proteins Proteins 0.000 claims description 6
- 102100027581 Forkhead box protein P3 Human genes 0.000 claims description 5
- 101000861452 Homo sapiens Forkhead box protein P3 Proteins 0.000 claims description 5
- 101000581402 Homo sapiens Melanin-concentrating hormone receptor 1 Proteins 0.000 claims description 5
- 101000978431 Homo sapiens Melanocortin receptor 3 Proteins 0.000 claims description 5
- 101000703681 Homo sapiens Single-minded homolog 1 Proteins 0.000 claims description 5
- 102100027375 Melanin-concentrating hormone receptor 1 Human genes 0.000 claims description 5
- 102100023726 Melanocortin receptor 3 Human genes 0.000 claims description 5
- 102100031980 Single-minded homolog 1 Human genes 0.000 claims description 5
- 102100035687 Bile salt-activated lipase Human genes 0.000 claims description 4
- 101710155270 Glycerate 2-kinase Proteins 0.000 claims description 4
- 102100029237 Hexokinase-4 Human genes 0.000 claims description 4
- 101000715643 Homo sapiens Bile salt-activated lipase Proteins 0.000 claims description 4
- 101000840558 Homo sapiens Hexokinase-4 Proteins 0.000 claims description 4
- 101000976075 Homo sapiens Insulin Proteins 0.000 claims description 4
- 101001063991 Homo sapiens Leptin Proteins 0.000 claims description 4
- 101000984551 Homo sapiens Tyrosine-protein kinase Blk Proteins 0.000 claims description 4
- 101000804798 Homo sapiens Werner syndrome ATP-dependent helicase Proteins 0.000 claims description 4
- 101000803332 Homo sapiens Wolframin Proteins 0.000 claims description 4
- 102100030874 Leptin Human genes 0.000 claims description 4
- 102100028192 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 2 Human genes 0.000 claims description 4
- 101710144533 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 2 Proteins 0.000 claims description 4
- 108091006780 SLC19A2 Proteins 0.000 claims description 4
- 102100030104 Thiamine transporter 1 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100036022 Wolframin Human genes 0.000 claims description 4
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 4
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 3
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 claims description 2
- 102100027525 Frataxin, mitochondrial Human genes 0.000 claims description 2
- 101150103820 Fxn gene Proteins 0.000 claims description 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 abstract description 6
- 230000004907 flux Effects 0.000 abstract description 5
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 abstract description 5
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 15
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 14
- 239000000047 product Substances 0.000 description 10
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 6
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 5
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 4
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 4
- 238000011161 development Methods 0.000 description 4
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 4
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 4
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 4
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 4
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 3
- 238000001190 Q-PCR Methods 0.000 description 3
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 3
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 3
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 3
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 3
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 3
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 3
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 3
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 3
- 101000891625 Homo sapiens TBC1 domain family member 4 Proteins 0.000 description 2
- 108010021757 Polynucleotide 5'-Hydroxyl-Kinase Proteins 0.000 description 2
- 102000008422 Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase Human genes 0.000 description 2
- 101100495925 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) chr3 gene Proteins 0.000 description 2
- 102100040257 TBC1 domain family member 4 Human genes 0.000 description 2
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 2
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 2
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 2
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 2
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 2
- 230000036541 health Effects 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 206010036067 polydipsia Diseases 0.000 description 2
- 238000012257 pre-denaturation Methods 0.000 description 2
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 2
- 206010006895 Cachexia Diseases 0.000 description 1
- 102000012410 DNA Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108010061982 DNA Ligases Proteins 0.000 description 1
- 208000001380 Diabetic Ketoacidosis Diseases 0.000 description 1
- 208000030453 Drug-Related Side Effects and Adverse reaction Diseases 0.000 description 1
- 208000034826 Genetic Predisposition to Disease Diseases 0.000 description 1
- 101000616761 Homo sapiens Single-minded homolog 2 Proteins 0.000 description 1
- 206010020710 Hyperphagia Diseases 0.000 description 1
- 102000029828 Melanin-concentrating hormone receptor Human genes 0.000 description 1
- 108010047068 Melanin-concentrating hormone receptor Proteins 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 101001092200 Mus musculus RNA binding protein fox-1 homolog 3 Proteins 0.000 description 1
- 208000031662 Noncommunicable disease Diseases 0.000 description 1
- 208000004880 Polyuria Diseases 0.000 description 1
- 102100021825 Single-minded homolog 2 Human genes 0.000 description 1
- 102000008579 Transposases Human genes 0.000 description 1
- 108010020764 Transposases Proteins 0.000 description 1
- 230000001133 acceleration Effects 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002950 deficient Effects 0.000 description 1
- 230000037213 diet Effects 0.000 description 1
- 235000005911 diet Nutrition 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- 208000016097 disease of metabolism Diseases 0.000 description 1
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 1
- 230000035619 diuresis Effects 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 208000026500 emaciation Diseases 0.000 description 1
- 230000002124 endocrine Effects 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000007614 genetic variation Effects 0.000 description 1
- 210000002216 heart Anatomy 0.000 description 1
- 238000012165 high-throughput sequencing Methods 0.000 description 1
- 235000003642 hunger Nutrition 0.000 description 1
- 201000001421 hyperglycemia Diseases 0.000 description 1
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 1
- 230000003914 insulin secretion Effects 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 1
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 1
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 1
- 208000030159 metabolic disease Diseases 0.000 description 1
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 210000000653 nervous system Anatomy 0.000 description 1
- 230000035764 nutrition Effects 0.000 description 1
- 235000016709 nutrition Nutrition 0.000 description 1
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 1
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 1
- 238000002205 phenol-chloroform extraction Methods 0.000 description 1
- 208000022530 polyphagia Diseases 0.000 description 1
- 230000000750 progressive effect Effects 0.000 description 1
- 230000022558 protein metabolic process Effects 0.000 description 1
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 210000001525 retina Anatomy 0.000 description 1
- 230000000630 rising effect Effects 0.000 description 1
- 238000000527 sonication Methods 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B50/00—Methods of creating libraries, e.g. combinatorial synthesis
- C40B50/06—Biochemical methods, e.g. using enzymes or whole viable microorganisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组及其试剂盒和应用，涉及基因检测技术领域。具体地，该核酸组包括有靶基因选自39种基因的捕获探针，采用本申请提供的核酸组，能够一次性针对样本的多个糖尿病相关突变，结合国内外相关病例报道及数据库进行分析，最终明确糖尿病类型和致病基因，具有灵敏度高，针对性强，覆盖全面，通量大和准确性高的优点。
Description
技术领域
本发明涉及基因检测技术领域，具体而言，涉及一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组及其试剂盒和应用。
背景技术
糖尿病(Diabetes Mellitus，DM)是目前病因和发病机理尚未完全认识的常见的内分泌代谢疾病。由于胰岛素分泌不足或作用缺陷所引起的以慢性高血糖为主，合并脂肪和蛋白质代谢紊乱为特征的综合征。主要症状为多食、多饮、多尿、烦渴、善饥、消瘦和疲乏无力等，甚至伴有糖尿病酮酸症中毒。随着糖尿病病程的延长，易并发心、脑、肾、视网膜及神经***的慢性进行病变。
当今世界，随着经济的高速发展和工业化进程的加速，非传染性疾病对人类健康的威胁正日益加剧，糖尿病患者数量急剧上升，糖尿病及其并发症给人类健康和社会发展带来沉重负担。
糖尿病是在遗传易感性基因的基础上，由于饮食、营养、免疫反应和病毒感染等因素作用下而发病，目前其病因尚不完全清楚。通常认为遗传因素和环境因素以及二者之间的相互作用是发生糖尿病的主要因素。因此基因检测可以对糖尿病患者尤其是糖尿病高危人群的早期筛查、早期干预产生重要影响，同时也可以明确某些遗传变异会引起的药物不良反应，进而为延缓疾病的发生发展和治疗发挥重要作用。
但是临床上尚无可靠的能够有效快速地对糖尿病进行风险预测的手段。
鉴于此，特提出本发明。
发明内容
本发明的目的在于提供的种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组、用于高通量检测糖尿病致病基因突变的试剂盒、用于高通量检测糖尿病致病基因突变的方法、测序文库构建方法和用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组在制备用于检测糖尿病致病基因的试剂盒中的应用。
本发明是这样实现的：
第一方面，本发明实施例提供一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组，核酸组包括捕获探针；所述捕获探针的靶基因选自如下：
HNF4A、GCK、HNF1A、PDX1、HNF1B、NEUROD1、KLF11、CEL、PAX4、INS、BLK、KCNJ11、APPL1、WFS1、WRN、ALMS1、SLC19A2、DMPK、FXN、HTT、SNRPN、ABCC8、MODY2、FOXP3、EIF2AK3、LEP、LEPR、POMC、PCSK1、NTRK2、BDNF、SIM1、MCHR1、MC3R、MC4R、INSR、AKT2、TBC1D4中的至少一种。
优选地，捕获探针的靶基因选自上述靶基因的组合，更优选地，捕获探针的靶基因包括：HNF4A、GCK、HNF1A、PDX1、HNF1B、NEUROD1、KLF11、CEL、PAX4、INS、BLK、KCNJ11、APPL1、WFS1、WRN、ALMS1、SLC19A2、DMPK、FXN、HTT、SNRPN、ABCC8、MODY2、FOXP3、EIF2AK3、LEP、LEPR、POMC、PCSK1、NTRK2、BDNF、SIM1、MCHR1、MC3R、MC4R、INSR、AKT2和TBC1D4的组合。
在可选实施方式中，所述捕获探针的捕获区域选自如下：
| 基因 | 位置 |
| HNF4A | chr20:42984441-43061485 |
| GCK | chr7:44183870-44229022 |
| HNF1A | chr12:121415861-121440315 |
| PDX1 | chr13:28494168-28500451 |
| HNF1B | chr17:36046434-36105096 |
| NEUROD1 | chr2:182540833-182545392 |
| KLF11 | chr2:10170776-10194963 |
| CEL | chr9:135936741-135947250 |
| PAX4 | chr7:127250346-127255982 |
| INS | chr11:2181009-2182439 |
| BLK | chr8:11351521-11422108 |
| KCNJ11 | chr11:17406795-17410878 |
| APPL1 | chr3:57261765-57307499 |
| WFS1 | chr4:6271577-6304992 |
| WRN | chr8:30890778-31031277 |
| ALMS1 | chr2:73612886-73837047 |
| SLC19A2 | chr1:169433147-169455208 |
| DMPK | chr19:46272975-46285815 |
| FXN | chr9:71650479-71715094 |
| HTT | chr4:3076408-3245687 |
| SNRPN | chr15:25068794-25223730 |
| ABCC8 | chr11:17414432-17498449 |
| MODY2 | chr7:44183870-44229022 |
| FOXP3 | chrX:49106897-49122200 |
| EIF2AK3 | chr2:88856259-88927094 |
| LEP | chr7:127881241-127897682 |
| LEPR | chr1:65886335-66103176 |
| POMC | chr2:25383722-25391559 |
| PCSK1 | chr5:95726040-95768985 |
| NTRK2 | chr9:87283417-87641985 |
| BDNF | chr11:27676440-27743605 |
| SIM1 | chr6:100832891-100912805 |
| MCHR1 | chr22:41075182-41078818 |
| MC3R | chr20:54823788-54824871 |
| MC4R | chr18:58038564-58040001 |
| INSR | chr19:7112266-7294011 |
| AKT2 | chr19:40736224-40791443 |
| TBC1D4 | chr13:75858809-76056782 |
采用本申请提供的捕获探针，能够一次性对同一样本的多个糖尿病致病基因相关突变情况或多个样本的多个糖尿病致病基因相关突变情况，结合国内外相关病例报道及数据库进行分析，最终明确糖尿病类型和致病基因。具有灵敏度高，针对性强，覆盖全面，通量大和准确性高的优点。
在可选实施例中，所述核酸组包括扩增引物；所述扩增引物包括自SEQ ID NO.1-4所示的引物。第一次PCR扩增引物包括如SEQ ID No.1～2所示的序列，第二次PCR扩增引物包括如SEQ ID No.3～4所示的序列。
具体地，第一次PCR引物：
上游引物Primer F:
5’-ACACTCTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’(SEQ ID NO.1)；
下游引物Primer R:
5’-GTACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-3’(SEQ ID NO.2)；
第二次PCR引物：
TrueSeq Universal Primer:
5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’(SEQID NO.3)；
TrueSeq Primer-Index X:
5’-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATNNNNNNGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-3’。
在第二次PCR扩增引物中，下划线N部分的碱基可以依据Illumina的官方说明使用多种碱基组合，从而产生更多的、不同标签的引物，用于不同的文库的区分。在本发明的一些实施例中，当下划线N部分为ATCACG，TrueSeq Primer-Index X的序列如SEQ ID No.4所示，需要说明的是下划线N部分还可以为：CGATGT、TTAGGC、TGACCA、ACAGTG、GCCAAT、CAGATC、ACTTGA、GATCAG、TAGCTT、GGCTAC、CTTGTA、AAACAT、CAAAAG、GAAACC或AAAGCA。
第二方面，本发明实施例提供一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的试剂盒，所述试剂盒含有如前述实施方式所述的核酸组。优选地，该试剂盒包括上述捕获探针。
采用本申请提供的试剂盒能够有效快速地针对检测者是否具有糖尿病相关突变基因进行分析，检测具有灵敏度高、准确性好的优点。
在可选的实施方式中，所述试剂盒还包括以下一种或多种试剂：用于PCR检测试剂、DNA纯化试剂和DNA提取试剂。优选地，PCR检测试剂包括：用于PCR扩增的上游引物和下游引物、DNA聚合酶、缓冲液、dNTP。DNA纯化试剂包括磁珠。
第三方面，本发明实施例提供一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的方法，所述方法包括：使用如前述实施方式提供的核酸组从样品基因组DNA中捕获目标片段。优选地，将获得将如前述实施方式所述的捕获探针与样品基因组DNA片段进行杂交捕获的目标片段。
根据该方法，能够有效、快速通过一次性对目标片段进行测序，能够获得与糖尿病致病基因突变相关的有效信息。
在可选的实施方式中，所述捕获包括：采用PCR的方式富集所述核酸组(捕获探针)捕获的目标片段。
优选地，在进行PCR富集目标片段前，所述捕获包括将所述核酸组与样品基因组DNA片段接触，捕获杂交有目标片段的探针。优选地，采用生物素标记的液相探针与样品基因组DNA片段接触。
优选地，所述捕获杂交有目标片段的探针包括采用固相杂交的方式捕获杂交有目标片段的探针；
优选地，所述固相杂交为磁珠捕获。
更优选地，采用链霉亲和素标记的磁珠将杂交有目标片段的探针从杂交产物中分离出来。
在可选的实施方式中，所述样品基因组DNA片段为PCR扩增后的DNA片段。优选地，所述样品基因组DNA片段为连接有扩增接头且PCR扩增后的DNA片段。
优选地，样品基因组DNA来源于人类、动物或微生物，优选为人类。
优选地，上述方法还包括：样品基因组DNA的提取，提取方法包括纯化柱纯化、磁珠纯化或酚氯仿提取。
提取后，对样品基因组DNA进行定量，定量方法可以为定量装置定量(现有的)、Q-PCR(实时荧光定量核酸扩增)定量或电泳。
定量前，还可以对样品基因组DNA进行纯化，纯化方法包括但不限于纯化柱纯化，纯化后进行凝胶回收电泳，确定DNA质量。
定量后，取1～5μg DNA建立文库。
建立文库包括对纯化后的DNA片段进行末端修复和3’末端添加碱基A。然后将3’末端添加碱基A的产物连接扩增接头，扩增接头为通用的PCR扩增接头，以便后续进行有效连接产物的富集。
在可选实施例中，样品基因组DNA片段化的方法为超声破碎、转座酶酶切或限制性内切酶酶切。
在可选实施例中，采用序列如SEQ ID No.1所示的上游引物以及序列如SEQ IDNo.2所示的下游引物对连接有扩增接头的产物进行第一次PCR扩增。
具体地，扩增接头的序列为：
5’-CTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’(SEQ ID No.5)
5’-GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-3’(SEQ ID No.6)。
在可选实施例中，捕获目标片段后，可以采用建库PCR引物继续第二次PCR扩增，进行目标片段的富集。具体地，第二次PCR扩增引物包括序列如SEQ ID No.3所示的上游引物以及序列如SEQ ID No.4所示的下游引物，优选地，建库PCR下游引物带有标签(Index)，使用带有标签(Index)序列的引物进行PCR以后，可以将不同来源的文库进行混合，然后上机测序。
优选地，在建立文库之前，可以在每一个步骤的结束时，对产物进行DNA产物进行纯化回收，纯化回收的方法包括但不限于磁珠纯化、纯化柱纯化、琼脂糖胶电泳纯化，优选磁珠纯化。纯化步骤能够有效提高建库各步骤中的产物纯度、减少杂质干扰、有利于后续步骤的进行。
在可选实施例中，所述方法包括对测序文库进行质检定量，优选采用Q-PCR(定量PCR)的方法进行质检定量，优选采用Illumina P5、P7作为引物，使用Illumina phixcontrol kit v3作为标准品。
在可选实施例中，建立文库，进行质检后，上述方法制备的DNA样品可以通过高通量测序平台进行测序，优选为Illumina Miseq平台，进行数据分析，确定是否存在糖尿病致病基因相关位点的突变。
第四方面，本发明实施例提供一种测序文库构建方法，所述测序文库构建方法包括：使用如前述实施方式所述的核酸组从样品基因组DNA中捕获目标片段。
在可选的实施方式中，所述捕获包括：采用PCR的方式富集所述核酸组(捕获探针)捕获的目标片段；
优选地，在PCR富集目标片段前，所述杂交捕获包括将所述核酸组与样品基因组DNA片段接触，捕获杂交有目标片段的探针；
优选地，所述测序文库构建方法采用固相杂交的方式捕获杂交有目标片段的探针；
优选地，所述固相杂交为磁珠捕获。
第五方面，本发明实施例提供如前述实施方式所述的用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组在制备用于检测糖尿病致病基因的试剂盒中的应用。
本发明具有以下有益效果：
本发明实施例提供了一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组，核酸组包括靶基因选自上述39种基因的捕获探针，采用本申请提供的核酸组，能够一次性针对样本的多个糖尿病相关突变，结合国内外相关病例报道及数据库进行分析，最终明确糖尿病类型和致病基因。具有灵敏度高，针对性强，覆盖全面，通量大和准确性高的优点。
此外，本申请还提供了一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的试剂盒、用于高通量检测糖尿病致病基因突变的方法、测序文库构建方法和上述用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组在制备用于检测糖尿病致病基因的试剂盒中的应用。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，应当理解，以下附图仅示出了本发明的某些实施例，因此不应被看作是对范围的限定，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他相关的附图。
图1为本发明实施例2中提供的流程图。
具体实施方式
为使本发明实施例的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述。实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市售购买获得的常规产品。
以下结合实施例对本发明的特征和性能作进一步的详细描述。
实施例1
本实施例提供一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组核酸组包括捕获探针；所述捕获探针的靶基因包括：HNF4A、GCK、HNF1A、PDX1、HNF1B、NEUROD1、KLF11、CEL、PAX4、INS、BLK、KCNJ11、APPL1、WFS1、WRN、ALMS1、SLC19A2、DMPK、FXN、HTT、SNRPN、ABCC8、MODY2、FOXP3、EIF2AK3、LEP、LEPR、POMC、PCSK1、NTRK2、BDNF、SIM1、MCHR1、MC3R、MC4R、INSR、AKT2和TBC1D4。
捕获探针，是根据32个捕获区域设计获得，捕获区域的具体信息如下：
| 基因 | 位置 |
| HNF4A | chr20:42984441-43061485 |
| GCK | chr7:44183870-44229022 |
| HNF1A | chr12:121415861-121440315 |
| PDX1 | chr13:28494168-28500451 |
| HNF1B | chr17:36046434-36105096 |
| NEUROD1 | chr2:182540833-182545392 |
| KLF11 | chr2:10170776-10194963 |
| CEL | chr9:135936741-135947250 |
| PAX4 | chr7:127250346-127255982 |
| INS | chr11:2181009-2182439 |
| BLK | chr8:11351521-11422108 |
| KCNJ11 | chr11:17406795-17410878 |
| APPL1 | chr3:57261765-57307499 |
| WFS1 | chr4:6271577-6304992 |
| WRN | chr8:30890778-31031277 |
| ALMS1 | chr2:73612886-73837047 |
| SLC19A2 | chr1:169433147-169455208 |
| DMPK | chr19:46272975-46285815 |
| FXN | chr9:71650479-71715094 |
| HTT | chr4:3076408-3245687 |
| SNRPN | chr15:25068794-25223730 |
| ABCC8 | chr11:17414432-17498449 |
| MODY2 | chr7:44183870-44229022 |
| FOXP3 | chrX:49106897-49122200 |
| EIF2AK3 | chr2:88856259-88927094 |
| LEP | chr7:127881241-127897682 |
| LEPR | chr1:65886335-66103176 |
| POMC | chr2:25383722-25391559 |
| PCSK1 | chr5:95726040-95768985 |
| NTRK2 | chr9:87283417-87641985 |
| BDNF | chr11:27676440-27743605 |
| SIM1 | chr6:100832891-100912805 |
| MCHR1 | chr22:41075182-41078818 |
| MC3R | chr20:54823788-54824871 |
| MC4R | chr18:58038564-58040001 |
| INSR | chr19:7112266-7294011 |
| AKT2 | chr19:40736224-40791443 |
| TBC1D4 | chr13:75858809-76056782 |
。
实施例2
一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的方法，该方法的流程图请参照附图1。其包括以下步骤：
(1)测序样品DNA的制备：按照说明书操作，使用Roche的High Pure PCR TemplatePreparation Kit提取受检人的血浆中的基因组DNA。使用超声破碎仪(Covaris)，按照标准操作，取3μg样品基因组DNA并破碎成500bp左右的样品基因组DNA片段。
(2)样品基因组DNA的纯化：使用AgencourtAMPure XP磁珠纯化样品(DNA片段)，磁珠与样品体积比为1.5:1，用50μl去核酸酶水洗脱，具体操作如下表1所示：
表1样品纯化的操作步骤
备注：操作步骤按照表格中的顺序，从A～L依次进行。
(3)样品基因组DNA的末端修复：使用T4 DNA聚合酶、Klenow DNA聚合酶、T4多聚核苷酸激酶(PNK)对样品基因组DNA片段进行末端修复。末端修复反应体系如表2所示，末端修复的反应条件为：20℃，30min。
表2末端修复反应体系
末端修复后进行纯化：使用AgencourtAMPure XP磁珠纯化末端修复后的样品基因组DNA，磁珠与样品基因组DNA体积比为1.5:1，用32μl洗脱，具体操作请参照表1(区别在于，本次纯化在步骤J中，采用32μl无核酸酶水，在步骤L中，将32μl左右的上清液转移至一个新的1.5ml离心管中)。
(4)末端修复后进行3'端加A碱基：使用Exo(-)Klenow酶对步骤(3)得到的样品基因组DNA进行3'端加A碱基，加A碱基的反应体积如表3所示，反应条件为：37℃，30min。
表3样品基因组DNA片段3'端加A碱基的反应体系
| 成分 | 体积(μl) |
| 样品基因组DNA | 30 |
| 无核酸酶水 | 11 |
| 10×Klenow聚合酶缓冲液 | 5 |
| dATP | 1 |
| Exo(-)Klenow | 3 |
3'端加A碱基后纯化：使用AgencourtAMPure XP磁珠纯化样品基因组DNA，磁珠与样品体积比为1.5:1，用15μl洗脱，具体操作同表1所示(区别在于，本次纯化在步骤J中，采用15μl无核酸酶水，在步骤L中，将15μl左右的上清液转移至一个新的1.5ml离心管中)。
(5)添加接头序列：使用TA DNA连接酶在样品基因组DNA的两端加接头序列，反应体系如表4所示，反应条件为：20℃，15min。
接头序列为：
5’-CTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’；
5’-GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-3’。
表4添加接头序列的反应体系
样品基因组DNA片段连接扩增接头后进行纯化：使用AgencourtAMPure XP磁珠纯化样品，磁珠与样品体积比为1.5:1，用32μl洗脱，具体操作同表1(区别在于，本次纯化在步骤J中，采用32μl无核酸酶水，在步骤L中，将32μl左右的上清液转移至一个新的1.5ml离心管中)。
(6)第一次PCR扩增：对步骤(5)得到的纯化后的连接产物进行第一次PCR扩增，PCR反应体系如表5所示，PCR反应条件为：98℃预变性2min；98℃变性30s，65℃退火30s，72℃延伸1min，共循环4次；最终72℃延伸10min。由此，获得第一次PCR产物。
表5 PCR反应体系
第一次PCR扩增后进行纯化：使用AgencourtAMPure XP磁珠纯化样品，磁珠与样品体积比为1.5:1，用30μl洗脱，具体操作同表1(区别在于，本次纯化在步骤J中，采用30μl无核酸酶水，在步骤L中，将30μl左右的上清液转移至一个新的1.5ml离心管中)。
(7)杂交捕获：
采用实施例1提供的生物素标记的捕获探针与步骤(6)得到的样品基因组DNA接触(杂交)，杂交的反应体系如表6所示，反应条件为：95℃，5min变性，之后保持在65℃，16-24h。
表6探针与样品的杂交体系
捕获杂交有目标片段的探针：使用链霉亲和素标记的磁珠，通过生物素与链霉亲和素结合，将杂交有样品目标序列的探针捕获到磁珠上，分离磁珠后得到目标片段，捕获探针的具体步骤请参照表7。
表7捕获杂交有目标片段的探针的步骤
采用PCR的方式富集目标片段：使用DNA聚合酶对捕获到的目标片段进行第二次PCR扩增，反应体系如表8所示，第二次PCR反应条件为：98℃预变性2min；98℃变性30s，57℃退火30s，72℃延伸1min，共循环12次；最终72℃延伸10min。由此，获得PCR产物。
表8第二次PCR扩增体系
富集目标片段后进行纯化：使用AgencourtAMPure XP磁珠纯化样品，磁珠与样品体积比为1.8:1，用30μl去核酸酶水洗脱，具体操作同表1。纯化后的目标片段为捕获文库。
(8)文库质检定量
将步骤(7)得到的文库进行2.0(Invitrogen)进行定量，使用Q-PCR进行质检。
(9)上机测序
将步骤(7)得到的目标片段使用Illumina Miseq PE-300程序进行双末端测序，以便获得测序结果，具体操作流程详见Miseq操作说明书。
(10)数据分析
Miseq产出的测序结果是fastq形式的DNA序列，对于illuminaMiseq产生的原始数据进行质控以获得高质量DNA序列数据。
然后将reads(“read”为每个测得的DNA序列)在人类基因组上进行定位，根据reads定位信息获取原始变异信息，对原始变异信息进行质控以获得高质量的变异位点，利用多个数据库对产生的高质量变异位点进行注释。
将注释过的变异位点信息更新到ADMD(Amplicongene Diabetes MellitusDatabase)中，并使用ADMD对变异位点进行进一步注释，配合临床表现对可疑位点进行筛选，对于未找到可疑位点的样本进行CNV(拷贝数据变异)筛选。
验证例1
验证实施例2提供的方法对受检人血浆中的基因组DNA进行检测的效果，请参照表9所示。
表9疾病相关的可疑突变位点
综上，本发明实施例提供了一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组，核酸组包括靶基因选自上述39种基因的捕获探针，采用本申请提供的核酸组，能够一次性针对样本的多个糖尿病相关突变，结合国内外相关病例报道及数据库进行分析，最终明确糖尿病类型和致病基因。具有灵敏度高，针对性强，覆盖全面，通量大和准确性高的优点。
此外，本申请还提供了一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的试剂盒、用于高通量检测糖尿病致病基因突变的方法、测序文库构建方法和上述用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组在制备用于检测糖尿病致病基因的试剂盒中的应用。
以上所述仅为本发明的优选实施例而已，并不用于限制本发明，对于本领域的技术人员来说，本发明可以有各种更改和变化。凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (10)
1.一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组，其特征在于，所述核酸组包括捕获探针；
所述捕获探针的靶基因选自如下：
HNF4A、GCK、HNF1A、PDX1、HNF1B、NEUROD1、KLF11、CEL、PAX4、INS、BLK、KCNJ11、APPL1、WFS1、WRN、ALMS1、SLC19A2、DMPK、FXN、HTT、SNRPN、ABCC8、MODY2、FOXP3、EIF2AK3、LEP、LEPR、POMC、PCSK1、NTRK2、BDNF、SIM1、MCHR1、MC3R、MC4R、INSR、AKT2、TBC1D4中的至少一种。
2.根据权利要求1所述的核酸组，其特征在于，所述捕获探针的捕获区域选自如下：
3.根据权利要求1或2所述的核酸组，其特征在于，所述核酸组包括扩增引物，所述扩增引物包括自SEQ ID NO.1-4所示的引物。
4.如权利要求1所述的核酸组，在制备用于检测糖尿病致病基因的试剂盒中的应用。
5.一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒含有如权利要求1所述的核酸组；
优选地，所述试剂盒还包括以下一种或多种试剂：用于PCR检测的试剂、DNA纯化试剂以及DNA提取试剂。
6.一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的方法，其特征在于，所述方法包括：使用如权利要求1所述的核酸组从样品基因组DNA中捕获目标片段；
优选地，所述捕获包括：采用PCR的方式富集所述核酸组捕获的目标片段；
优选地，在进行PCR富集目标片段前，所述捕获包括：将所述核酸组与样品基因组DNA片段接触，捕获杂交有目标片段的探针；
优选地，所述捕获杂交有目标片段的探针包括：采用固相杂交的方式捕获杂交有目标片段的探针；
优选地，所述固相杂交为磁珠捕获。
7.根据权利要求6所述的用于高通量检测糖尿病致病基因突变的方法，其特征在于，所述方法以非疾病的诊断或治疗为目的。
8.一种测序文库构建方法，其特征在于，所述测序文库构建方法包括：使用如权利要求1所述的核酸组从样品基因组DNA中捕获目标片段。
9.根据权利要求8所述的测序文库构建方法，其特征在于，所述捕获包括：采用PCR的方式富集所述核酸组捕获的目标片段；
优选地，在PCR富集目标片段前，所述捕获包括将所述核酸组与样品基因组DNA片段接触，捕获杂交有目标片段的探针；
优选地，所述测序文库构建方法采用固相杂交的方式捕获杂交有目标片段的探针；
优选地，所述固相杂交为磁珠捕获。
10.如权利要求1所述的用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组在制备用于检测糖尿病致病基因的试剂盒中的应用。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201911059019.2A CN110607363A (zh) | 2019-11-01 | 2019-11-01 | 一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组及其试剂盒和应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201911059019.2A CN110607363A (zh) | 2019-11-01 | 2019-11-01 | 一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组及其试剂盒和应用 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN110607363A true CN110607363A (zh) | 2019-12-24 |
Family
ID=68895649
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201911059019.2A Pending CN110607363A (zh) | 2019-11-01 | 2019-11-01 | 一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组及其试剂盒和应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN110607363A (zh) |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN111676284A (zh) * | 2020-06-27 | 2020-09-18 | 张银冰 | 一种针对神经肌肉病生物医药的监测方法 |
| CN111961666A (zh) * | 2020-08-25 | 2020-11-20 | 上海市第六人民医院 | 一组与疑难代谢性疾病相关的基因组合物及其应用 |
| CN112941165A (zh) * | 2021-03-09 | 2021-06-11 | 上海市第五人民医院 | 一种针对妊娠糖尿病的高通量检测试剂盒及其应用 |
Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20120328594A1 (en) * | 2009-10-29 | 2012-12-27 | Tethys Bioscience, Inc. | Protein and lipid biomarkers providing consistent improvement to the prediction of type 2 diabetes |
| US20140041063A1 (en) * | 2011-03-23 | 2014-02-06 | Transposagen Biopharmaceuticals, Inc. | Genetically Modified Rat Models for Obesity and Diabetes |
| CN106011268A (zh) * | 2016-07-06 | 2016-10-12 | 上海市内分泌代谢病研究所 | 一种mody型糖尿病基因检测试剂盒及突变位点 |
| CN107177670A (zh) * | 2017-05-31 | 2017-09-19 | 上海昂朴生物科技有限公司 | 一种高通量检测帕金森病致病基因突变的方法 |
| CN109628581A (zh) * | 2019-01-30 | 2019-04-16 | 浙江大学 | 一种肥胖基因突变的诊断试剂盒及应用 |
-
2019
- 2019-11-01 CN CN201911059019.2A patent/CN110607363A/zh active Pending
Patent Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20120328594A1 (en) * | 2009-10-29 | 2012-12-27 | Tethys Bioscience, Inc. | Protein and lipid biomarkers providing consistent improvement to the prediction of type 2 diabetes |
| US20140041063A1 (en) * | 2011-03-23 | 2014-02-06 | Transposagen Biopharmaceuticals, Inc. | Genetically Modified Rat Models for Obesity and Diabetes |
| CN106011268A (zh) * | 2016-07-06 | 2016-10-12 | 上海市内分泌代谢病研究所 | 一种mody型糖尿病基因检测试剂盒及突变位点 |
| CN107177670A (zh) * | 2017-05-31 | 2017-09-19 | 上海昂朴生物科技有限公司 | 一种高通量检测帕金森病致病基因突变的方法 |
| CN109628581A (zh) * | 2019-01-30 | 2019-04-16 | 浙江大学 | 一种肥胖基因突变的诊断试剂盒及应用 |
Non-Patent Citations (8)
| Title |
|---|
| ASHLEY MCCORMICK等: "Impact of diabetes in the Friedreich ataxia clinical outcome measures study", 《ANNALS OF CLINICAL AND TRANSLATIONAL NEUROLOGY》 * |
| DENISE ANDERSON等: "First Genome-Wide Association Study in an Australian Aboriginal Population Provides Insights into Genetic Risk Factors for Body Mass Index and Type 2 Diabetes", 《PLOS ONE》 * |
| ESTHER LLAGOSTERA等: "Role of Myotonic Dystrophy Protein Kinase (DMPK) inGlucose Homeostasis and Muscle Insulin Action", 《PLOS ONE》 * |
| 孙云等: "突变亨廷顿蛋白对葡萄糖代谢的影响及其机制", 《中国组织化学与细胞化学杂志》 * |
| 弓弦等: "2型糖尿病易感候选基因在世界不同人群中的多样性比较分析", 《遗传HEREDITAS (BEIJING)》 * |
| 朱曦等: "WRN基因研究进展", 《江苏医药》 * |
| 王丽红等: "青少年发病的成人型糖尿病 2 型一例家系临床及分子遗传学分析", 《中国药物与临床》 * |
| 王玉环等: "APPL1与新诊断2型糖尿病的相关性", 《南方医科大学学报》 * |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN111676284A (zh) * | 2020-06-27 | 2020-09-18 | 张银冰 | 一种针对神经肌肉病生物医药的监测方法 |
| CN111961666A (zh) * | 2020-08-25 | 2020-11-20 | 上海市第六人民医院 | 一组与疑难代谢性疾病相关的基因组合物及其应用 |
| CN112941165A (zh) * | 2021-03-09 | 2021-06-11 | 上海市第五人民医院 | 一种针对妊娠糖尿病的高通量检测试剂盒及其应用 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN107177670B (zh) | 一种高通量检测帕金森病致病基因突变的方法 | |
| CN106591441B (zh) | 基于全基因捕获测序的α和/或β-地中海贫血突变的检测探针、方法、芯片及应用 | |
| CN110607363A (zh) | 一种用于高通量检测糖尿病致病基因突变的核酸组及其试剂盒和应用 | |
| AU2016386032B2 (en) | Deep sequencing profiling of tumors | |
| CN106554955B (zh) | 构建pkhd1基因突变的测序文库的方法和试剂盒及其用途 | |
| JP2004511210A (ja) | 配列変動を検出する、ｄｎａを遺伝分析するための方法 | |
| JP2017537609A (ja) | 多重キャプチャー反応のためのユニバーサルブロッキングオリゴシステム及び改良されたハイブリダイゼーションキャプチャー方法 | |
| TWI467020B (zh) | 檢測ｄｍｄ基因外顯子缺失和／或重複的方法 | |
| CN109517884B (zh) | 一种家族性高胆固醇血症的基因检测文库的构建方法及其试剂盒 | |
| CN110564837B (zh) | 一种遗传代谢病基因芯片及其应用 | |
| CN111778562A (zh) | 一种用于获取颅颈动脉夹层致病基因突变相关信息的dna文库及应用 | |
| CN110468211B (zh) | 膀胱癌肿瘤突变基因特异性引物、试剂盒和文库构建方法 | |
| WO2017107545A1 (zh) | Scap基因突变体及其应用 | |
| CN112442530B (zh) | 检测cah相关真假基因的方法 | |
| CN109628559B (zh) | 一种检测y染色体拷贝数变异的方法和试剂盒 | |
| CN111088332A (zh) | 一种用于获取遗传性脑小血管致病基因突变相关信息的检测方法 | |
| CN108977449B (zh) | 原发性免疫缺陷病的致病突变及其应用 | |
| CN113215663B (zh) | 一种基于高通量测序的胃癌靶向治疗基因组文库的构建方法及引物 | |
| CN113186291B (zh) | 基于多重pcr的引物组和试剂盒 | |
| CN110938685A (zh) | 新生儿遗传代谢病与血红蛋白病的基因检测探针组及其应用 | |
| CN110628898B (zh) | Baz1b易感snp位点检测试剂及其制备的试剂盒 | |
| CN112941165A (zh) | 一种针对妊娠糖尿病的高通量检测试剂盒及其应用 | |
| CN107312864B (zh) | 一种用于ppd辅助诊断的wisp3基因突变及其应用 | |
| CN117143997B (zh) | 一种用于pkd1基因突变检测的引物组、试剂盒及检测方法 | |
| CN116397027B (zh) | 联合检测kras/nras/braf基因分型的复合扩增体系及试剂盒 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20191224 |