CN105849280B - 诊断和治疗嗜酸性粒细胞紊乱的方法 - Google Patents

诊断和治疗嗜酸性粒细胞紊乱的方法 Download PDF

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Abstract

提供了涉及过量嗜酸性粒细胞数量或活性的紊乱的诊断和治疗方法，所述紊乱包括但不限于哮喘。还提供了选择或者鉴定用为TH2途径抑制剂的某些治疗剂来治疗的患者的方法。

Description

诊断和治疗嗜酸性粒细胞紊乱的方法
相关申请的交叉引用
本申请要求2013年10月23日递交的美国临时申请号61/894,831的优先权权益，其在此通过整体引用并入本文。
序列表
本申请含有通过EFS-Web递交的序列表并且其在此通过整体引用并入本文。所述ASCII副本于2014年10月3日生成并命名为P5689R1-WO_SL.txt且大小为25,035字节。
领域
提供了诊断和治疗涉及过量嗜酸性粒细胞数目或活性的紊乱的方法，所述紊乱包括但不限于哮喘。还提供了选择或鉴定用于以是TH2途径抑制剂的某些治疗剂进行治疗的患者的方法。
背景
哮喘是一种在世界范围内发病率增加的复杂的疾病。除其他事件，已经报道了在哮喘患者的气道中的嗜酸性炎症。该疾病的病理生理学的特征在于可变气流阻塞、气道炎症、粘液分泌过多以及上皮下纤维化。临床上，患者可出现咳嗽、喘鸣和气短。虽然许多患者通过现有的疗法得到了充分的治疗，但一些哮喘患者尽管使用当前疗法仍有持续性的疾病。
有大量的用于治疗哮喘的药物进入市场或在开发中。哮喘疗法的靶标包括细胞因子如IL-13、IL-17、IL-5和IL-4以及与过敏相关的靶标如IgE。在市场上的示例性治疗分子和为治疗哮喘而开发的治疗性候选物包括，但不限于，奥马珠单抗(
Figure BDA0001023977970000021
)(靶向可溶性IgE)(参见，例如，Chang等人，J Allergy Clin Immunol.117(6):1203–12(2006)；Winchester等人，N.Engl.J.Med.355(12):1281–2(2006)；Brodlie等人，Arch DisChild.97(7):604–9(2012)；Bousquet等人，Chest 125(4):1378–86(2004)；Schulman,ES,Am J Respir Crit Care Med.164(8Pt 2):S6–11(2001)；Chang等人，Adv Immunol.93:63–119(2007))，来金珠单抗(lebrikizumab)(靶向IL-13)(参见，例如，Corren等人(2011)NEngl J Med 365:1088-98；Scheerens等人，(2012)Am J Respir Crit Care Med 185:A3960；Jia等人，(2012)J Allergy Clin Immunol 130:647-654e10；WO 2012/083132)，美泊利单抗(靶向IL-5)(参见，例如，Haldar等人，N Engl J Med.2009Mar 5；360(10):973-84；Nair等人，N Engl J Med.2009Mar 5；360(10):985-93；Pavord等人，The Lancet 380(9842):651–659,doi:10.1016/S0140-6736(12)60988-X)和quilizumab(靶向膜结合的IgE)(参见，例如，美国专利公开号2013/0243750)。
尽管人类哮喘通常被视为表征为在气道中的2-型细胞因子表达和嗜酸性炎症的过敏性紊乱，它显然相对于气道炎症是异质的。基因组学方法已经鉴定出在哮喘患者气道中对应于2-型细胞因子表达和嗜酸性炎症的程度的异源基因表达模式。这些基因表达模式导致不需要支气管镜或痰诱导的嗜酸性气道炎症的候选生物标记物的鉴定。在最近几年，靶向2-型气道炎症的介体的候选生物疗法通过对具有中-重度哮喘的患者的临床研究取得进展。在已出现的作为潜在的预测和药效学的生物标记物的那些生物标记物之中，血清骨膜蛋白(periostin)、呼出气一氧化氮分数(FENO)和血液嗜酸性粒细胞计数是可以在靶向IL-13、IL-5和IgE生物疗法的临床研究中为临床益处而富集的。Arron等人，2013，DOI：10.1513/AnnalsATS.201303-047AW。
虽然已证实上面讨论的这样的生物标记物可潜在用于鉴定会更可能对特定的治疗性治疗做出反应的哮喘患者，迄今为止还没有一种被监管机构验证和批准用于此种用途。此外，先前鉴定的生物标记物可具有与它们的用途相关的某些实际限制和混杂因素如对于测量生物标记物的特定设备的需要，显著的患者内或患者间差异性，或者在发育期间可能变化的生物标记物水平(例如，相比成人水平的小儿水平)，或者可以与超出哮喘的额外疾病相关联的生物标记物水平。此外，没有鉴定出使临床医生或其他人准确界定哮喘的病理生理学方面、临床活性、对疗法的反应、预后或发展所述疾病的风险的、被临床验证的诊断标记，例如，生物标记物。因此，当哮喘患者寻求治疗时，目前在寻找对特定患者有效的治疗剂中包含相当的试验和错误。这样的试验和错误常常涉及为找到最有效的疗法的相当大的风险和患者不适。
因此，存在对鉴定新的生物标记物的持续需求，所述生物标记物对于确定哪些哮喘患者和罹患其他特应性或嗜酸性紊乱(例如但不限于，特应性皮炎、过敏性鼻炎、鼻息肉、嗜酸性粒细胞食管炎、高嗜酸性粒细胞综合征)的患者将对哪种治疗做出反应以及将此类确定整合到对于哮喘和其他嗜酸性-紊乱患者更有效的治疗方案中是有效的。另外，关于这些生物标记物与疾病状态的关联性的统计学和生物学上显著的以及可再现的信息可以用作整体组成来努力鉴定可以预期会从用特定治疗剂的治疗中显著受益的患者的特定子集，例如，其中所述治疗剂在临床研究中已被证明在这种特定的患者亚群中是有治疗益处的。
本文描述的发明满足一定的上述需要，并提供了其它益处。
概述
本申请提供了用于抑制TH2途径的治疗剂以及使用它们的更好的方法。本申请还提供了诊断疾病以用于任选地用TH2途径抑制剂治疗该疾病的更好的方法。
本文所提供的治疗和诊断的方法可应用于罹患哮喘、嗜酸性紊乱、呼吸紊乱、IL-13介导的紊乱和/或IgE介导的紊乱或与这些紊乱相关的症状的患者。罹患哮喘样症状的患者，包括那些没有被诊断出患有哮喘的患者，可以根据本文提供的方法进行治疗。
根据一个实施方案，根据本文提供的方法所治疗的患者罹患哮喘、嗜酸性紊乱、呼吸紊乱、IL-13介导的紊乱和/或IgE介导的紊乱或与那些紊乱相关的症状，并且不具有癌症或肿瘤。根据另一个实施方案，根据本文提供的方法所治疗的患者正罹患哮喘、嗜酸性紊乱、呼吸紊乱、IL-13介导的紊乱和/或IgE介导的紊乱或与这些紊乱相关的症状，并且是2岁或以上、12岁或以上、18岁或以上、19岁或以上、2和18岁之间、2和17岁之间、12和17岁之间、12和18岁之间、2和75岁之间、12和75岁之间或者18和75岁之间。
在一些实施方案中，提供了嗜酸性炎症诊断测定法(EIDA)。
在一些实施方案中，提供了鉴定可能对TH2途径抑制剂的治疗做出反应的哮喘患者或呼吸***紊乱患者的方法。在一些实施方案中，该方法包括使用嗜酸性炎症诊断测定法(EIDA)来确定该患者是否是嗜酸性炎症阳性(EIP)，其中EIP状态表明该患者可能对于TH2途径抑制剂的治疗做出反应。
在一些实施方案中，提供了鉴定可能经受严重恶化的哮喘患者或呼吸***紊乱患者的方法。在一些实施方案中，该方法包括使用嗜酸性炎症诊断测定法(EIDA)来确定该患者是否是嗜酸性炎症阳性(EIP)，其中EIP状态表明该患者可能经受严重恶化的增加。在一些实施方案中，该方法包括从患者获得生物样品，测量样品中选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的mRNA水平，比较在样品中检测到的mRNA水平与参考水平，并预测当在样品中测得的mRNA水平与参考水平相比升高时，患者可能经受严重恶化。在一些实施方案中，该方法包括(a)测量在来自患者的生物样品中选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的mRNA水平；(b)比较在(a)中测得的mRNA水平与参考水平；和(c)当在(a)中测得的mRNA水平是在参考水平以上时，将该患者鉴定为更有可能经受严重恶化。在一些实施方案中，测量mRNA水平包括扩增。在一些实施方案中，测量mRNA水平包括定量PCR。在一些实施方案中，测量mRNA水平包括扩增mRNA并检测扩增产物，从而测量mRNA的水平。在一些实施方案中，参考水平是各自标记在参考群体的中位数水平。在一些实施方案中，所述至少一种、至少两种或至少三种标记选自CSF1、MEIS2、CCL23、HSD3B7、SORD、CACNG6、MGAT3、SLC47A1和ABTB2。在一些实施方案中，所述至少一种、至少两种或至少三种标记选自MEIS2、LGALS12、IDO1、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、CACNG6和GPR44。在一些实施方案中，所述至少一种、至少两种或至少三种标记选自CCL23、IDO1、HSD3B7和CACNG6。在一些实施方案中，所述至少一种、至少两种、或三种标记选自CCL23、IDO1和CACNG6。在一些实施方案中，所述至少一种、至少两种、或三种标记选自HSD3B7、SIGLEC8和GPR44。在一些实施方案中，所述至少一种、至少两种、至少三种、或四种标记选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44。
在一些实施方案中，提供了鉴定不太可能对TH2途径抑制剂的治疗做出反应的哮喘患者或呼吸***紊乱患者的方法。在一些实施方案中，该方法包括使用嗜酸性炎症诊断测定法(EIDA)来确定该患者是否是嗜酸性炎症阳性(EIP)，其中EIP状态表明该患者不太可能对TH2途径抑制剂的治疗做出反应。
在一些实施方案中，提供了监测正用TH2途径抑制剂治疗哮喘患者的方法。在一些实施方案中，该方法包括使用嗜酸性炎症诊断测定法(EIDA)确定患者是否是嗜酸性炎症阳性(EIP)或嗜酸性炎症阴性(EIN)。在一些实施方案中，该方法还包括确定用于TH2途径抑制剂的治疗方案。在一些这样的实施方案中，EIP的确定表明继续用TH2途径抑制剂的疗法并且EIN的确定表明停止用TH2途径抑制剂的疗法。
在本文描述的任何实施方案中，EIDA可包括以下步骤：a)确定在从患者获得的样品中选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平；和b)比较在步骤a)中确定的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平与参考水平。在一些实施方案中，EIDA还包括c)基于在步骤b)中获得的比较，将该患者分层成反应者或非反应者的类别。在一些实施方案中，方法进一步包括如果患者是反应者，选择包括TH2途径抑制剂的疗法。在某些上述实施方案中，EIDA包括确定选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种、或四种标记物的水平。
在本文描述的任何实施方案中，EIDA可包括以下步骤：a)确定在从患者获得的样品中选自CSF1、MEIS2、CCL23、HSD3B7、SORD、CACNG6、MGAT3、SLC47A1和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平；和b)比较在步骤a)中确定的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平与参考水平。在一些实施方案中，EIDA还包括c)基于在步骤b)中获得的比较，将该患者分层成反应者或非反应者的类别。在一些实施方案中，方法进一步包括如果患者是反应者，选择包括TH2途径抑制剂的疗法。
在本文描述的任何实施方案中，EIDA可包括以下步骤：a)确定在从患者获得的样品中选自MEIS2、LGALS12、IDO1、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平；和b)比较在步骤a)中确定的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平与参考水平。在一些实施方案中，EIDA还包括c)基于在步骤b)中获得的比较，将该患者分层成反应者或非反应者的类别。在一些实施方案中，方法进一步包括如果患者是反应者，选择包括TH2途径抑制剂的疗法。在某些上述实施方案中，EIDA包括：确定选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种、或四种标记物的水平。
在本文描述的任何实施方案中，EIDA可包括以下步骤：a)确定在从患者获得的样品中选自CCL23、IDO1、HSD3B7和CACNG6的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平；和b)比较在步骤a)中确定的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平与参考水平。在一些实施方案中，EIDA还包括c)基于在步骤b)中获得的比较，将该患者分层成反应者或非反应者的类别。在一些实施方案中，方法进一步包括如果患者是反应者，选择包括TH2途径抑制剂的疗法。
在本文描述的任何实施方案中，EIDA可包括以下步骤：a)确定在从患者获得的样品中选自CCL23、IDO1和CACNG6的至少一种、至少两种、或三种标记物的水平；和b)比较在步骤a)中确定的至少一种、至少两种、或三种标记物的水平与参考水平。在一些实施方案中，EIDA还包括c)基于在步骤b)中获得的比较，将该患者分层成反应者或非反应者的类别。在一些实施方案中，方法进一步包括如果患者是反应者，选择包括TH2途径抑制剂的疗法。
在本文描述的任何实施方案中，EIDA可包括以下步骤：a)确定在从患者获得的样品中选自HSD3B7、SIGLEC8和GPR44的至少一种、至少两种、或三种标记物的水平；和b)比较在步骤a)中确定的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平与参考水平。在一些实施方案中，EIDA还包括c)基于在步骤b)中获得的比较，将该患者分层成反应者或非反应者的类别。在一些实施方案中，方法进一步包括如果患者是反应者，选择包括TH2途径抑制剂的疗法。
在一些实施方案中，提供了预测罹患哮喘或呼吸紊乱的患者对包括TH2途径抑制剂疗法做出反应的方法。在一些实施方案中，该方法包括：获得来自该患者的生物样品，并测量样品中选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的mRNA水平。在一些实施方案中，该方法包括比较在样品到检测到的mRNA水平与参考水平。在一些实施方案中，该方法包括当在样品中测得的mRNA水平与参考水平相比升高时，预测该患者将对该疗法作出反应，并且当在样品中测得的mRNA水平与参考水平相比降低时，预测该患者将不会对该疗法做出反应。在某些上述实施方案中，测量选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种、或四种标记物的mRNA水平。
在一些实施方案中，提供了预测哮喘患者或呼吸紊乱患者对TH2途径抑制剂治疗的反应性的方法。在一些实施方案中，该方法包括测量在来自患者的生物样品中选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的mRNA水平。在一些实施方案中，相对于参考水平升高的mRNA水平将该患者鉴定为可能对TH2途径抑制剂治疗做出反应的患者。在某些上述实施方案中，测量选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种、或四种标记物的mRNA水平。
在一些实施方案中，提供了将罹患哮喘或呼吸紊乱的患者鉴定为对包括TH2途径抑制剂的疗法不太可能做出反应的方法。在一些实施方案中，该方法包括测量在来自患者的生物样品中选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的mRNA水平。在一些实施方案中，该方法还包括比较所测量mRNA水平与参考水平。在一些实施方案中，该方法包括当测得的mRNA水平在参考水平以上时，将该患者鉴定为更可能对包括TH2途径抑制剂的疗法做出反应。在某些上述实施方案中，测量选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种、或四种标记物的mRNA水平。
在一些实施方案中，提供了治疗患有哮喘或呼吸紊乱的患者的方法。在一些实施方案中，该方法包括测量在来自患者的生物样品中选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的mRNA水平。在一些实施方案中，该方法包括比较测得的mRNA水平与参考水平。在一些实施方案中，该方法包括当测得的mRNA水平在参考水平以上时，将该患者鉴定为更可能对包括TH2途径抑制剂的疗法做出反应。在一些实施方案中，该方法包括当测得的mRNA水平在参考水平以上时，施用该疗法，从而治疗哮喘或呼吸紊乱。在某些上述实施方案中，测量选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种、或四种标记物的mRNA水平。
在一些实施方案中，一种治疗患者的哮喘或呼吸紊乱的方法包括向患者施用治疗有效量的TH2途径抑制剂，其中从该患者获得的生物样品已被确定为具有选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种，或至少三种标记物的升高的mRNA水平。在某些上述实施方案中，已确定了选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种、或四种标记物的升高的mRNA水平。
在一些实施方案中，一种治疗患者中哮喘或呼吸紊乱的方法包括向患者施用治疗有效量的TH2途径抑制剂，其中基于在从该患者获得的生物样品中选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的升高的mRNA水平，已选择该患者用于治疗。在某些上述实施方案中，已确定了选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种、或四种标记物的升高的mRNA水平。
在本文描述的任何方法中，该至少一种、至少两种或至少三种标记物可选自CSF1、MEIS2、CCL23、HSD3B7、SORD、CACNG6、MGAT3、SLC47A1和ABTB2。在本文描述的任何方法中，该至少一种、至少两种或至少三种标记物可选自MEIS2、LGALS12、IDO1、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、CACNG6和GPR44。在本文描述的任何方法中，该至少一种、至少两种或至少三种标记物可选自CCL23、IDO1、HSD3B7和CACNG6。在本文描述的任何方法中，该至少一种、至少两种、或三种标记物可选自CCL23、IDO1和CACNG6。在本文描述的任何方法中，该至少一种、至少两种、或三种标记物可选自HSD3B7、SIGLEC8和GPR44。在本文描述的任何方法中，该至少一种、至少两种、或至少三种标记物或四种标记物可选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44。
在本文描述的任何实施方案中，确定至少一种标记物的水平可以包括扩增。在本文描述的任何实施方案中，确定至少一种标记物的水平可以包括RT-PCR。在本文描述的任何实施方案中，确定至少一种标记物的水平可以包括定量PCR。在本文描述的任何实施方案中，测量mRNA水平可包括扩增mRNA并检测扩增产物，从而测量mRNA的水平。
在本文描述的任何实施方案中，参考水平可以是各标记在参考群体的中位数、平均值或平均水平。在本文描述的任何实施方案中，参考水平可以是各标记在参考群体的中位数水平。在本文所述的任何实施方案中，参考水平可以是各标记在参考群体的平均水平。在本文所述的任何实施方案中，参考水平可以是各标记在参考群体的平均水平。非限制性的示例性参考群体包括有哮喘的患者，有中度至重度哮喘的患者，健康的个体，以及包括健康个体和哮喘患者的组。在一些实施方案中，参考群体包括患有中度至重度哮喘的患者。进一步的非限制性的示例性参考群体包括具有嗜酸性紊乱的患者(包括本文描述的嗜酸性紊乱)，例如特应性皮炎患者、过敏性鼻炎患者、鼻息肉患者、嗜酸性食管炎患者、高嗜酸性粒细胞综合征患者等。
在一些实施方案中，如果至少一种标记物的水平在参考水平以上，将该患者分层到反应者的类别。在一些实施方案中，如果至少一种标记物的水平在参考水平以上，患者是嗜酸性炎症阳性(EIP)。
在一些实施方案中，生物样品选自血液、血清、血浆和外周血单核细胞(PBMC)。在一些实施方案中，生物样品是PBMC。在一些实施方案中，生物样品是获自哮喘患者。在某些实施方案中，根据上述描述的方法的患者罹患中度至重度哮喘。在某些实施方案中，哮喘或呼吸紊乱是不受皮质类固醇控制的。在某些实施方案中，皮质类固醇是吸入的皮质类固醇。在某些实施方案中，吸入的皮质类固醇是
Figure BDA0001023977970000111
Figure BDA0001023977970000112
或
Figure BDA0001023977970000113
在一个实施方案中，患者也正用第二种控制剂治疗。在某些实施方案中，第二种控制剂是长效支气管扩张剂(LABD)。在某些实施方案中，LABD是长效β-2激动剂(LABA)、白三烯受体拮抗剂(LTRA)、长效毒蕈碱性拮抗剂(LAMA)、茶碱或口服皮质类固醇(OCS)。在某些实施方案中，LABD是
Figure BDA0001023977970000114
PerforomistTM或
Figure BDA0001023977970000115
在本文描述的任何实施方案中，患者可以是0-17岁、2-17岁、2-6岁、6-11岁、8-17岁、12-17岁、2岁或以上、6岁或以上、或者12岁或以上。在一些实施方案中，患者是18岁或以上。在本文描述的任何实施方案中，患者可以是人。
在本文描述的任何实施方案中，TH2途径抑制剂可以抑制靶标ITK，BTK，IL-9(例如，MEDI-528)，IL-5(例如，美泊利单抗，CAS No.196078-29-2；resilizumab)，IL-13(例如，IMA-026，IMA-638(也称为，安芦珠单抗，INN No.910649-32-0；QAX-576；IL4/IL13trap)，tralokinumab(也称为CAT-354，CAS No.1044515-88-9)；AER-001，ABT-308(也称为人源化的13C5.5抗体)，IL-4(例如，AER-001，IL4/IL13trap)，OX40L，TSLP，IL-25，IL-33和IgE(例如，XOLAIR，QGE-031；MEDI-4212；quilizumab)；和受体，例如：IL-9受体，IL-5受体(例如，MEDI-563(benralizumab，CAS No.1044511-01-4)，IL-4受体α(例如，AMG-317，AIR-645，dupilumab)，IL-13受体α1(例如，R-1671)和IL-13受体α2，OX40，TSLP-R，IL-7Rα(TSLP的共受体)，IL17RB(IL-25的受体)，ST2(IL-33的受体)，CCR3，CCR4，CRTH2(例如，AMG-853、AP768、AP-761、MLN6095、ACT129968)，FcepsilonRI，FcepsilonRII/CD23(IgE的受体)，Flap(例如，GSK2190915)，Syk激酶(R-343，PF3526299)；CCR4(AMG-761)，TLR9(QAX-935)，或者是CCR3、IL5、IL3、GM-CSF(例如，TPI ASM8)的多细胞因子抑制剂。
在本文描述的任何实施方案中，TH2途径抑制剂可以是抗IL-13/IL4途径抑制剂或抗IgE结合剂。在本文描述的任何实施方案中，TH2途径抑制剂可以是抗IL-13抗体。在某些实施方案中，抗IL-13抗体是包括含有选自SEQ ID NO：9、19和21的序列的VH，和含有选自SEQ ID NO：10、20和22的序列的VL的抗体；包含HVRH1、HVRH2、HVRH3、HVRL1、HVRL2和HVRL3的抗IL13抗体，其中各自的HVR具有SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：13、SEQ IDNO：14、SEQ ID NO：15和SEQ ID NO：16的氨基酸序列；或来金珠单抗。
在一些实施方案中，每四周向患者施用37.5mg或125mg或250mg的平坦剂量。在一些实施方案中，抗IL-13抗体是皮下施用。在一些实施方案中，抗IL-13抗体是使用预装填注射器或自动注射装置施用。
在某些实施方案中，抗IL-13抗体是双特异性抗体。在某些实施方案中，抗IL-13抗体是还结合IL-4的双特异性抗体。
在本文描述的任何实施方案中，TH2途径抑制剂可以是抗IgE抗体。在某些实施方案中，抗IgE抗体是(i)
Figure BDA0001023977970000121
抗体，(ⅱ)包含可变重链和可变轻链的抗M1’抗体，其中可变重链是SEQ ID NO：1以及可变轻链是SEQ ID NO：2或(iii)包含可变重链和可变轻链的抗M1’抗体，其中可变重链还包括HVR-H1、HVR-H2和HVR-H3以及可变轻链还包括HVR-L1、HVR，L2和HVR-L3，并且：(a)该HVR-H1具有SEQ ID NO：3的序列[GFTFSDYGIA]；(b)该HVR-H2具有SEQ ID NO：4的序列[AFISDLAYTIYYADTVTG]；(c)该HVR-H3具有SEQ ID NO：5的序列[ARDNWDAMDY]；(d)该HVR-L1具有SEQ ID NO：6的序列[RSSQSLVHNNANTYLH]；(e)该HVR-L2具有SEQ ID NO：7的序列[KVSNRFS]；(f)该HVR-L3具有SEQ ID NO：8的序列[SQNTLVPWT]。在一些实施方案中，该抗IgE抗体是抗M1’抗体。
在一些实施方案中，抗M1’抗体皮下每12周以150mg的平坦剂量施用一次，每4周以300mg的平坦剂量施用一次或每12周以450mg的平坦剂量施用一次。在一些实施方案中，抗M1’抗体每12周以150mg的平坦剂量皮下施用一次。在一些实施方案中，抗M1’抗体每12周以450mg的平坦剂量皮下施用一次。在一些实施方案中，在施用初始剂量4周后皮下施用额外剂量的抗M1’抗体。
在一个实施方案中，用本发明TH2途径抑制剂治疗的患者也用一种、两种、三种或更多种治疗剂治疗。在一个实施方案中，患者是哮喘患者。根据一个实施方案，患者用TH2途径抑制剂和一种、两种、三种或更多种治疗剂治疗，其中除TH2抑制剂以外的至少一种治疗剂是皮质类固醇、白三烯拮抗剂、LABA、皮质类固醇/LABA组合组合物、茶碱、色甘酸钠、奈多罗米钠、奥马珠单抗、LAMA、MABA、5-脂氧合酶激活蛋白(FLAP)抑制剂或酶PDE-4抑制剂。根据本发明的一个方面，将TH2途径抑制剂施用于被诊断为EIP状态的哮喘患者，其中该诊断包括使用EID测定法(单独或与其它测定法组合)来确定EIP状态。在一个进一步的实施方案中，哮喘患者在治疗之前是不受皮质类固醇控制的。在另一个实施方案中，哮喘患者也正用第二种控制剂治疗。在一个实施方案中，第二种控制剂是皮质类固醇、LABA或白三烯拮抗剂。在进一步的实施方案中，哮喘患者罹患中度至重度哮喘。因此，在一个实施方案中，待用TH2途径抑制剂治疗的患者是在用TH2途径抑制剂治疗前不受皮质类固醇控制，然后用TH2途径抑制剂和一种、两种、三种或更多种控制剂治疗的中度至重度哮喘患者。在一个实施方案中，控制剂中的至少一种是皮质类固醇。在进一步的实施方案中，这样的患者用TH2途径抑制剂、皮质类固醇和另一控制剂治疗。在另一个实施方案中，患者是罹患轻度哮喘但未用皮质类固醇治疗的。应当理解的是，与TH2抑制剂相比，治疗剂可以具有不同的治疗周期，因此相比于TH2抑制剂，可以在不同的时间作为患者的治疗的一部分施用。因此，根据一个实施方案，根据本发明的治疗方法包括向患者施用TH2途径抑制，以及任选的施用至少一种、两种或三种额外治疗剂的步骤。在一个实施方案中，TH2途径抑制剂是与另一种治疗剂以组合物存在。在另一个实施方案中，TH2途径抑制剂不与另一种治疗剂以组合物存在。
根据另一个实施方案，本发明包括用于治疗哮喘的方法，包括：作为平坦剂量施用包括含有选自SEQ ID NO：9、19和21的序列的VH，和含有选自SEQ ID NO：10、20和22的序列的VL的抗IL-13抗体；包含HVRH1、HVRH2、HVRH3、HVRL1、HVRL2和HVRL3的抗IL13抗体，其中各自的HVR具有SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：13、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：15和SEQ ID NO：16的氨基酸序列；或来金珠单抗。在一个实施方案中，以选自：每2周、每3周和每4周的时间频率，通过皮下注射或通过静脉注射，以在125-1000mg之间的平坦剂量(即，非依赖重量的)或37.5mg的平坦剂量，或125mg的平坦剂量，或250mg的平坦剂量，或500mg的平坦剂量，施用包括含有选自SEQ ID NO：9、19和21的序列的VH，和含有选自SEQ ID NO：10、20和22的序列的VL的抗IL-13抗体。一个实施方案中，以选自：每2周、每3周和每4周的时间频率，通过皮下注射或通过静脉注射，以在125-1000mg之间的平坦剂量(即，非依赖重量的)或37.5mg的平坦剂量，或125mg的平坦剂量，或250mg的平坦剂量，或500mg的平坦剂量，施用包含HVRH1、HVRH2、HVRH3、HVRL1、HVRL2和HVRL3的抗IL13抗体，其中各自的HVR具有SEQ IDNO：11、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：13、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：15和SEQ ID NO：16的氨基酸序列。在一些实施方案中，使用本文描述的EID测定法将患者诊断为EIP。
根据另一个实施方案，以足以降低患者随时间变化的病情加重速率或改善FEV1的治疗有效量来施用包括含有选自SEQ ID NO：9、19和21的序列的VH，和含有选自SEQ ID NO：10、20和22的序列的VL的抗体来治疗哮喘。在又一个实施方案中，本发明包括一种治疗哮喘的方法，包括以在37.5mg的平坦剂量(即，非依赖重量的)，或125mg的平坦剂量，或250mg的平坦剂量，施用包括含有选自SEQ ID NO：9、19和21的序列的VH，和含有选自SEQ ID NO：10、20和22的序列的VL的抗IL13抗体或包含HVRH1、HVRH2、HVRH3、HVRL1、HVRL2和HVRL3的抗IL13抗体，其中各自的HVR具有SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：13、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：15和SEQ ID NO：16的氨基酸序列。在某些实施方案中，该剂量每4周通过皮下注射施用一次，持续一段时间。在某些实施方案中，该一段时间是6个月、一年、二年、五年、十年、15年、20年、或患者的寿命。在某些实施方案中，哮喘是重度哮喘并且患者是对吸入的皮质类固醇加第二种控制剂药物不充分受控的或不受控制的。在一些实施方案中，患者被使用确定EIP状态的EID测定法诊断为EIP状态并且将该患者选择用于抗IL-13抗体治疗，如上所述。在另一个实施方案中，该方法包括用如上所述抗IL-13抗体治疗哮喘患者，其中该患者之前被使用确定EIP状态的EID测定法诊断为EIP状态。在一个实施方案中，哮喘患者是18岁或以上。在一个实施方案中，哮喘患者是年龄12至17并且抗IL-13是以250mg的平坦剂量或125mg的平坦剂量施用。在一个实施方案中，哮喘患者是年龄6至11并且抗IL-13抗体是以125mg的平坦剂量或62.5mg的平坦剂量施用。
本发明提供了作为TH2途径抑制剂的、用于治疗患者的哮喘或呼吸紊乱的治疗剂，其中该患者是EIP。在一些实施方案中，用于TH2途径中的抑制的靶标选自：IL-9、IL-5、IL-13、IL-4、OX40L、TSLP、IL-25、IL-33和IgE；以及受体，例如：IL-9受体、IL-5受体、IL-4受体α、IL-13受体α1和IL-13受体α2、OX40、TSLP-R、IL-7Rα(TSLP的共受体)、IL17RB(IL-25的受体)、ST2(IL-33的受体)、CCR3、CCR4、CRTH2、FcepsilonRI和FcepsilonRII/CD23(IgE的受体)。在一个实施方案中，根据本发明的方法待被治疗的患者罹患轻度至重度哮喘，任选地中度至重度哮喘，并且其哮喘是不受皮质类固醇控制的。在一些实施方案中，待被治疗的患者除了具有选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物，或选自CSF1、MEIS2、CCL23、HSD3B7、SORD、CACNG6、MGAT3、SLC47A1和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物，或选自MEIS2、LGALS12、IDO1、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种或至少三种标记物，或选自CCL23、IDO1、HSD3B7和CACNG6的至少一种、至少两种或至少三种标记物，或选自CCL23、IDO1和CACNG6的至少一种、至少两种或全部三种标记物，或选自HSD3B7、SIGLEC8和GPR44的至少一种、至少两种或全部三种标记物，或选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种或全部四种标记物的升高的水平外，还具有大于21ppb，或大于35ppb的FENO水平。
在另一个方面，一种用于测量在从哮喘患者获得的样品中选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平以将哮喘患者分层/分类成对于用TH2途径抑制剂的治疗性治疗的可能的反应者和非反应者的试剂盒的用途。在某些实施方案中，该用途包括以下步骤：(a)确定在从哮喘患者获得的样品中选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平；(b)比较在步骤(a)中确定的一种或多种标记物的水平与参考水平；和(c)基于在步骤(b)获得的比较，将患者分层成反应者或非反应者的类别。
在另一个方面，一种用于测量在从哮喘患者获得的样品中选自CSF1、MEIS2、CCL23、HSD3B7、SORD、CACNG6、MGAT3、SLC47A1和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平以将哮喘患者分层/分类成对于用TH2途径抑制剂的治疗性治疗的可能的反应者和非反应者的试剂盒的用途。在某些实施方案中，该用途包括以下步骤：(a)确定在从哮喘患者获得的样品中选自CSF1、MEIS2、CCL23、HSD3B7、SORD、CACNG6、MGAT3、SLC47A1和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平；(b)比较在步骤(a)中确定的一种或多种标记物的水平与参考水平；和(c)基于在步骤(b)获得的比较，将患者分层成反应者或非反应者的类别。
在另一个方面，一种用于测量在从哮喘患者获得的样品中选自MEIS2、LGALS12、IDO1、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平以将哮喘患者分层/分类成对于用TH2途径抑制剂的治疗性治疗的可能的反应者和非反应者的试剂盒的用途。在某些实施方案中，该用途包括以下步骤：(a)确定在从哮喘患者获得的样品中选自MEIS2、LGALS12、IDO1、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平；(b)比较在步骤(a)中确定的一种或多种标记物的水平与参考水平；和(c)基于在步骤(b)获得的比较，将患者分层成反应者或非反应者的类别。
在另一个方面，一种用于测量在从哮喘患者获得的样品中选自CCL23、IDO1、HSD3B7和CACNG6的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平的试剂盒的用途，或用于测量在从哮喘患者获得的样品中选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种或全部四种标记物的水平以将哮喘患者分层/分类成对于用TH2途径抑制剂的治疗性治疗的可能的反应者和非反应者的试剂盒的用途。在某些实施方案中，该用途包括以下步骤：(a)确定在从哮喘患者获得的样品中选自CCL23、IDO1、HSD3B7和CACNG6的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平，或确定从哮喘患者获得的样品中选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种或全部四种标记物的水平；(b)比较在步骤(a)中确定的一种或多种标记物的水平与参考水平；和(c)基于在步骤(b)获得的比较，将患者分层成反应者或非反应者的类别。
在另一个方面，一种用于测量在从哮喘患者获得的样品中选自CCL23、IDO1和CACNG6的至少一种、至少两种或全部三种标记物的水平的试剂盒的用途，或用于测量在从哮喘患者获得的样品中选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种或全部四种标记物的水平以将哮喘患者分层/分类成对于用TH2途径抑制剂的治疗性治疗的可能的反应者和非反应者的试剂盒的用途。在某些实施方案中，该用途包括以下步骤：(a)确定在从哮喘患者获得的样品中选自CCL23、IDO1和CACNG6的至少一种、至少两种或全部三种标记物的水平，或确定从哮喘患者获得的样品中选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种或全部四种标记物的水平；(b)比较在步骤(a)中确定的一种或多种标记物的水平与参考水平；和(c)基于在步骤(b)获得的比较，将所述患者分层成反应者或非反应者的类别。
在另一个方面，一种用于测量在从哮喘患者获得的样品中选自HSD3B7、SIGLEC8和GPR44的至少一种、至少两种或全部三种标记物的水平以将哮喘患者分层/分类成对于用TH2途径抑制剂的治疗性治疗的可能的反应者和非反应者的试剂盒的用途。在某些实施方案中，该用途包括以下步骤：(a)确定在从哮喘患者获得的样品中选自HSD3B7、SIGLEC8和GPR44至少一种、至少两种或全部三种标记物的水平；(b)比较在步骤(a)中确定的一种或多种标记物的水平与参考水平；和(c)基于在步骤(b)获得的比较，将患者分层成反应者或非反应者的类别。
在本文描述的任何实施方案中，确定至少一种标记物的水平可以包括扩增。在本文描述的任何实施方案中，确定至少一种标记物的水平可以包括RT-PCR。在本文描述的任何实施方案中，确定至少一种标记物的水平可以包括定量PCR。在本文描述的任何实施方案中，测量mRNA水平可包括扩增mRNA并检测扩增产物，从而测量mRNA的水平。
在一些实施方案中，标记物的参考水平是标记物在参考群体的中位数水平。在本文描述的任何实施方案中，参考水平可以是各标记物在参考群体的平均水平。在一些实施方案中，标记物的参考水平是标记物在参考群体的平均水平。非限制性的示例性参考群体包括有哮喘的患者，有中度至重度哮喘的患者，健康的个体，以及包括健康个体和哮喘患者的组。在一些实施方案中，参考群体包括患有中度至重度哮喘的患者。进一步的非限制性的示例性参考群体包括具有嗜酸性紊乱的患者(包括本文描述的嗜酸性紊乱)，例如特应性皮炎患者、过敏性鼻炎患者、鼻息肉患者、嗜酸性食管炎患者、高嗜酸性粒细胞综合征患者等。
在一些实施方案中，如果至少一种标记物的水平在参考水平以上，将该患者分层到反应者的类别。在一些实施方案中，如果至少一种标记物的水平在参考水平以上，患者是嗜酸性炎症阳性(EIP)。
在一些实施方案中，生物样品选自血液、血清、血浆和外周血单核细胞(PBMC)。在一些实施方案中，生物样品是PBMC。在一些实施方案中，生物样品是获自哮喘患者。在某些实施方案中，根据上述描述的方法的患者罹患中度至重度哮喘。在某些实施方案中，哮喘或呼吸紊乱是不受皮质类固醇控制的。在某些实施方案中，皮质类固醇是吸入的皮质类固醇。在某些实施方案中，吸入的皮质类固醇是
Figure BDA0001023977970000191
Figure BDA0001023977970000192
或
Figure BDA0001023977970000193
在一个实施方案中，患者也正用第二种控制剂治疗。在某些实施方案中，第二种控制剂是长效支气管扩张剂(LABD)。在某些实施方案中，LABD是长效β-2激动剂(LABA)、白三烯受体拮抗剂(LTRA)、长效毒蕈碱性拮抗剂(LAMA)、茶碱或口服皮质类固醇(OCS)。在某些实施方案中，LABD是
Figure BDA0001023977970000201
PerforomistTM或
Figure BDA0001023977970000202
在本文描述的任何实施方案中，根据上述用途的TH2途径抑制剂抑制靶标ITK，BTK，IL-9(例如，MEDI-528)，IL-5(例如，美泊利单抗，CAS No.196078-29-2；resilizumab)，IL-13(例如，IMA-026，IMA-638(也称为，安芦珠单抗，INN No.910649-32-0；QAX-576；IL4/IL13trap)，tralokinumab(也称为CAT-354，CAS No.1044515-88-9)；AER-001，ABT-308(也称为人源化的13C5.5抗体)，IL-4(例如，AER-001，IL4/IL13trap)，OX40L，TSLP，IL-25，IL-33和IgE(例如，XOLAIR，QGE-031；MEDI-4212；quilizumab)；和受体，例如：IL-9受体，IL-5受体(例如，MEDI-563(benralizumab，CAS No.1044511-01-4)，IL-4受体α(例如，AMG-317，AIR-645，dupilumab)，IL-13受体α1(例如，R-1671)和IL-13受体α2，OX40，TSLP-R，IL-7Rα(TSLP的共受体)，IL17RB(IL-25的受体)，ST2(IL-33的受体)，CCR3，CCR4，CRTH2(例如，AMG-853、AP768、AP-761、MLN6095、ACT129968)，FcepsilonRI，FcepsilonRII/CD23(IgE的受体)，Flap(例如，GSK2190915)，Syk激酶(R-343，PF3526299)；CCR4(AMG-761)，TLR9(QAX-935)，或者是CCR3、IL5、IL3、GM-CSF(例如，TPI ASM8)的多细胞因子抑制剂。
在本文描述的任何实施方案中，TH2途径抑制剂可以是抗IL-13/IL4途径抑制剂或抗IgE结合剂。在本文描述的任何实施方案中，TH2途径抑制剂可以是抗IL-13抗体。在某些实施方案中，抗IL-13抗体是包括含有选自SEQ ID NO：9、19和21的序列的VH，和含有选自SEQ ID NO：10、20和22的序列的VL的抗体；包含HVRH1、HVRH2、HVRH3、HVRL1、HVRL2和HVRL3的抗IL13抗体，各自的HVR具有SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：13、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：15和SEQ ID NO：16的氨基酸序列；或来金珠单抗。
在某些实施方案中，抗IL-13抗体是双特异性抗体。在某些实施方案中，抗IL-13抗体是还结合IL-4的双特异性抗体。
在本文描述的任何实施方案中，TH2途径抑制剂可以是抗IgE抗体。在某些实施方案中，抗IgE抗体是(i)
Figure BDA0001023977970000211
抗体，(ⅱ)包含可变重链和可变轻链的抗M1’抗体，其中可变重链是SEQ ID NO：1以及可变轻链是SEQ ID NO：2或(iii)包含可变重链和可变轻链的抗M1’抗体，其中可变重链还包括HVR-H1、HVR-H2和HVR-H3以及可变轻链还包括HVR-L1、HVR，L2和HVR-L3，并且：(a)该HVR-H1具有SEQ ID NO：3的序列[GFTFSDYGIA]；(b)该HVR-H2具有SEQ ID：4的序列[AFISDLAYTIYYADTVTG]；(c)该HVR-H3具有SEQ ID NO：5的序列[ARDNWDAMDY]；(d)该HVR-L1具有SEQ ID NO：6的序列[RSSQSLVHNNANTYLH]；(e)该HVR-L2具有SEQ ID NO：7的序列[KVSNRFS]；(f)该HVR-L3具有SEQ ID NO：8的序列[SQNTLVPWT]。在一些实施方案中，该抗IgE抗体是抗M1’抗体。
在本文描述的任何实施方案中，患者可以是0-17岁、2-17岁、2-6岁、6-11岁、8-17岁、12-17岁、2岁或以上、6岁或以上、或者12岁或以上。在一些实施方案中，患者是18岁或以上。在本文描述的任何实施方案中，患者可以是人。
在又一个方面，提供了用于测量在从哮喘患者或罹患呼吸紊乱的患者获得的生物样品中选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平的试剂盒。在一些实施方案中，该试剂盒包括说明书，用于：(i)测量该至少一种、至少两种或至少三种标记物的mRNA水平，(ⅱ)比较该至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平与参考水平，和(iii)基于比较将所述患者分层到反应者或非反应者的类别。在一些实施方案中，该试剂盒包括至少一种、至少两种或至少三种第一核酸分子，其与至少一种、至少两种或至少三种第二核酸分子杂交，其中该至少一种、至少两种或至少三种第二核酸分子编码选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物或其一部分。在某些实施方案中，试剂盒包括含有描述以上提供的用途的信息的包装插页。
在又一方面，提供了用于测量在从哮喘患者或罹患呼吸紊乱的患者获得的生物样品中选自CSF1、MEIS2、CCL23、HSD3B7、SORD、CACNG6、MGAT3、SLC47A1和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平的试剂盒。在一些实施方案中，该试剂盒包括说明书，用于：(i)测量该至少一种、至少两种或至少三种标记物的mRNA水平，(ⅱ)比较该至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平与参考水平，和(iii)基于比较将所述患者分层到反应者或非反应者的类别。在一些实施方案中，该试剂盒包括至少一种、至少两种或至少三种第一核酸分子，其与至少一种、至少两种或至少三种第二核酸分子杂交，其中该至少一种、至少两种或至少三种第二核酸分子编码选自CSF1、MEIS2、CCL23、HSD3B7、SORD、CACNG6、MGAT3、SLC47A1和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物或其一部分。在某些实施方案中，试剂盒包括含有描述以上提供的用途的信息的包装插页。
在又一方面，提供了用于测量在从哮喘患者或罹患呼吸紊乱的患者获得的生物样品中选自MEIS2、LGALS12、IDO1、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平的试剂盒。在一些实施方案中，该试剂盒包括说明书，用于：(i)测量该至少一种、至少两种或至少三种标记物的mRNA水平，(ⅱ)比较该至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平与参考水平，和(iii)基于比较将所述患者分层到反应者或非反应者的类别。在一些实施方案中，该试剂盒包括至少一种、至少两种或至少三种第一核酸分子，其与至少一种、至少两种或至少三种第二核酸分子杂交，其中该至少一种、至少两种或至少三种第二核酸分子编码选自MEIS2、LGALS12、IDO1、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种或至少三种标记物或其一部分。在某些实施方案中，试剂盒包括含有描述以上提供的用途的信息的包装插页。
在又一方面，提供了用于测量在从哮喘患者或罹患呼吸紊乱的患者获得的生物样品中选自CCL23，IDO1，HSD3B7和CACNG6的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平的试剂盒，或选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种或全部四种标记物的水平的试剂盒。在一些实施方案中，该试剂盒包括说明书，用于：(i)测量该至少一种、至少两种或至少三种标记物的mRNA水平，(ⅱ)比较该至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平与参考水平，和(iii)基于比较将所述患者分层到反应者或非反应者的类别。在一些实施方案中，该试剂盒包括至少一种、至少两种或至少三种第一核酸分子，其与至少一种、至少两种或至少三种第二核酸分子杂交，其中该至少一种、至少两种或至少三种第二核酸分子编码选自CCL23、IDO1、HSD3B7和CACNG6的至少一种、至少两种或至少三种标记物或其一部分，或者选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种或至少三种标记物或其一部分。在某些实施方案中，试剂盒包括含有描述以上提供的用途的信息的包装插页。
在又一方面，提供了用于测量在从哮喘患者或罹患呼吸紊乱的患者获得的生物样品中选自CCL23、IDO1和CACNG6的至少一种、至少两种或全部三种标记物的水平的试剂盒。在一些实施方案中，该试剂盒包括说明书，用于：(i)测量该至少一种、至少两种或至少三种标记物的mRNA水平，(ⅱ)比较该至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平与参考水平，和(iii)基于比较将所述患者分层到反应者或非反应者的类别。在一些实施方案中，该试剂盒包括至少一种、至少两种或至少三种第一核酸分子，其与至少一种、至少两种或至少三种第二核酸分子杂交，其中该至少一种、至少两种或至少三种第二核酸分子编码选自CCL23、IDO1和CACNG6的至少一种、至少两种或全部三种标记物或其一部分。在某些实施方案中，试剂盒包括含有描述以上提供的用途的信息的包装插页。
在又一方面，提供了用于测量在从哮喘患者或罹患呼吸紊乱的患者获得的生物样品中选自HSD3B7、SIGLEC8和GPR44的至少一种、至少两种或全部三种标记物的水平的试剂盒。在一些实施方案中，该试剂盒包括说明书，用于：(i)测量该至少一种、至少两种或至少三种标记物的mRNA水平，(ⅱ)比较该至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平与参考水平，和(iii)基于比较将所述患者分层到反应者或非反应者的类别。在一些实施方案中，该试剂盒包括至少一种、至少两种或至少三种第一核酸分子，其与至少一种、至少两种或至少三种第二核酸分子杂交，其中该至少一种、至少两种或至少三种第二核酸分子编码选自HSD3B7、SIGLEC8和GPR44的至少一种、至少两种或全部三种标记物或其一部分。在某些实施方案中，试剂盒包括含有描述以上提供的用途的信息的包装插页。
在又一方面，提供了用于诊断患者的哮喘亚型的试剂盒，该试剂盒包括：(1)确定在从患者获得的血清样品中选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平；和(2)用于测量血清样品中选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平的说明书，其中所述标记物中任何一种、组合或全部的升高的表达水平指示哮喘亚型。
在又一方面，提供了用于诊断患者的哮喘亚型的试剂盒，所述试剂盒包括：(1)确定在从患者获得的血清样品中选自CSF1、MEIS2、CCL23、HSD3B7、SORD、CACNG6、MGAT3、SLC47A1和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平；和(2)用于测量血清样品中选自CSF1、MEIS2、CCL23、HSD3B7、SORD、CACNG6、MGAT3、SLC47A1和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平的说明书，其中所述标记物中任何一种、组合或全部的升高的表达水平指示哮喘亚型。
在再又一方面，提供了用于诊断患者的哮喘亚型的试剂盒，所述试剂盒包括：(1)确定在从患者获得的血清样品中选自MEIS2、LGALS12、IDO1、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平；和(2)用于测量血清样品中选自MEIS2、LGALS12、IDO1、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平的说明书，其中所述标记物中任何一种、组合或全部的升高的表达水平指示哮喘亚型。
在再又一方面，提供了用于诊断患者的哮喘亚型的试剂盒，所述试剂盒包括：(1)确定在从患者获得的血清样品中选自CCL23、IDO1、HSD3B7和CACNG6的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平；和(2)用于测量血清样品中选自CCL23、IDO1、HSD3B7和CACNG6的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平的说明书，其中所述标记物中任何一种、组合或全部的升高的表达水平指示哮喘亚型。
在再又一方面，提供了用于诊断患者的哮喘亚型的试剂盒，所述试剂盒包括：(1)确定在从患者获得的血清样品中选自CCL23、IDO1和CACNG6的至少一种、至少两种或全部三种标记物的水平；和(2)用于测量血清样品中选自CCL23、IDO1和CACNG6的至少一种、至少两种或全部三种标记物的水平的说明书，其中所述标记物中任何一种、组合或全部的升高的表达水平指示哮喘亚型。
在再又一方面，提供了用于诊断患者的哮喘亚型的试剂盒，所述试剂盒包括：(1)确定在从患者获得的血清样品中选自HSD3B7、SIGLEC8和GPR44的至少一种、至少两种或全部三种标记物的水平；和(2)用于测量血清样品中选自HSD3B7、SIGLEC8和GPR44的至少一种、至少两种或全部三种标记物的水平的说明书，其中所述标记物中任何一种、组合或全部的升高的表达水平指示哮喘亚型。
在再又一方面，提供了用于诊断患者的哮喘亚型的试剂盒，所述试剂盒包括：(1)确定在从患者获得的血清样品中选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种或全部四种标记物的水平；和(2)用于测量血清样品中选自SIGLEC8，CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种或全部四种标记物的水平的说明书，其中所述标记中任何一种、组合或全部的升高的表达水平指示哮喘亚型。
在一些实施方案中，试剂盒进一步包括用于确定哮喘患者或呼吸紊乱患者是否是EIP或EIN的包装插页。在一些实施方案中，试剂盒进一步包括用于确定哮喘患者是否可能对TH2途径抑制剂做出反应的包装插页。在一些实施方案中，试剂盒进一步包括含有描述以上提供的用途的信息的包装插页。在一些实施方案中，试剂盒进一步包括容纳生物样品的空容器。在一些实施方案中，试剂盒包括用于确定该一种或多种标记物的水平的试剂。在一些实施方案中，用于确定该一种或多种标记物的水平的试剂包括但不限于与编码选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的一种或多种标记物的一种或多种第二核酸分子杂交的一种或多种第一核酸分子。
在又一方面，提供了治疗罹患哮喘或呼吸疾病的患者的方法，包括向被诊断为EIP的患者施用TH2途径抑制剂。在某些实施方案中，该方法包括用EID测定法诊断该患者为EIP的步骤。在某些实施方案中，该方法进一步包括如果该患者被确定为EIP，那么用TH2途径抑制剂再次治疗该患者的步骤。在某些实施方案中，使用患者的血清、全血、PBMC或血浆来确定该患者是否是EIP。
附图的简要说明
图1.在年龄18以下的哮喘患者中血清骨膜蛋白升高，但在成人哮喘患者中与年龄无关。(A)在来自奥马珠单抗研究008、009、010，和EXTRA的783位哮喘患者中，血清骨膜蛋白水平vs.年龄,其中159位年龄在18岁以下。(B)通过研究得到的血清骨膜蛋白水平的范围和分布。粗的水平黑线表示中位值，箱和须分别表示四分位和总的范围。
图2.血液嗜酸性粒细胞和年龄之间的关系在整个小儿及成人哮喘患者中持续。(A)在来自奥马珠单抗研究008、009、010，和EXTRA(其中413位年龄在18岁以下)的2028位哮喘患者中，血液嗜酸性粒细胞计数vs.年龄。(B)通过研究得到的血液嗜酸性粒细胞计数的范围和分布。粗的水平黑线表示中位值，箱和须分别表示四分位和总的范围。
图3.血清骨膜蛋白水平和血液嗜酸性粒细胞计数与成人而不是小儿哮喘患者正相关。(A)在EXTRA研究中的成人；(B)在MILLY研究中的成人；(C)在EXTRA中的患者年龄12-17；(D)在研究010中的患者年龄6-12。rS，斯皮尔曼秩相关系数。
图4.嗜酸性粒细胞相关的基因在外周血中的不同的细胞分布。在EXTRA中与血液嗜酸性粒细胞计数相关的所选基因在GSE3982的分离的外周血白细胞群中可变地表达(Liu等人(2006)J Allergy Clin Immunol118:496-503)。(A)SIGLEC8表达主要局限于嗜酸性粒细胞。(B)CLC表达局限于嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞。(C)CSF1表达在多个外周血白细胞类型中分布，包括嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞、肥大细胞、嗜中性粒细胞、树突细胞、巨噬细胞和T淋巴细胞。(D)OLIG2，被描述为在中枢神经***的少突胶质细胞中表达的转录因子，其在嗜酸性粒细胞中以升高的水平表达。(E)PMP22，其编码在外周神经***的施旺细胞中表达的外周髓鞘蛋白，其在多个骨髓谱系的细胞类型中表达。
图5.与嗜酸性粒细胞相关的外周血基因表达鉴定出具有来自来金珠单抗的增加的临床益处的中-重度哮喘患者。在MILLY研究中，在200位患者的首次剂量的来金珠单抗或安慰剂之前的0天成功测量血液基因表达(Corren等人(2011)N Engl J Med 365:1088-98))并根据在x轴指示的每个转录物的中位数水平来划分患者。示出了在对于每种基因具有高于vs低于中位数水平的基因表达的患者的12周治疗后，在来金珠单抗和安慰剂治疗的患者之间，平均数FEV1从基线的百分比变化的差异。点代表在FEV1中的平均数安慰剂调整的变化并且须代表95％的置信区间。具有实心圆的细的黑线，选中的单个基因；具有点刻的圆的粗黑线，为了说明的目的，表示出了在可利用其基因表达数据的患者的相同群体中的非基因表达的生物标记物血清骨膜蛋白，血液嗜酸性粒细胞计数和FeNO水平。
图6.基因表达水平高于vs低于中位数的患者在32周的周期中的临床反应的一致性提高。所选基因示出：(A)THBS4；(B)SIGLEC8；(C)CCL23；(D)GPR44；(E)CSF1；(F)MEIS2；(G)LGALS12；(H)IDO1。灰色示出在来金珠单抗治疗的患者中，FEV1从基线的百分比变化，黑色示出安慰剂治疗的患者。对于整个群体具有基因表达水平高于中位数的患者在上图中示出；低于中位数的患者在下图中示出。在丢失数据的情况下，按照Corren等人，(2011)NEngl J Med 365:1088-98，使用末次观测值结转(LOCF)。
图7.在GALA II儿科年龄分组(Ped.研究)中，血液嗜酸性粒细胞百分比与年龄之间的关系。哮喘患者以三角形示出；健康对照是圆圈。rS，斯皮尔曼秩相关系数。
图8.在成人和小儿受试者的基因表达和嗜酸性粒细胞百分比之间的匹配和错配的例子。将嗜酸性粒细胞相关的转录物(-ΔΔCt)的外周血水平的表达绘制为血液嗜酸性粒细胞百分比的平方根的函数。成人中-重度哮喘受试者(BOBCAT)以方形示出；小儿哮喘受试者(GALA[Ped.研究])以三角形示出；小儿健康对照受试者(GALA[Ped.研究])以圆圈示出。(A)CCL23表达展现出不论年龄或诊断而与血液嗜酸性粒细胞的一致关系；(B)CCL表达同等地涉及血液嗜酸性粒细胞，但在成人和小儿受试者中是不同水平；(C)在成人和小儿受试者之间，CSF1表达在相关系数和比例两者都变化。
图9.在MILLY、BOBCAT和GALA II年龄分组中，年龄和嗜酸性粒细胞百分比对基因表达的影响的模型。构建线性回归模型：基因表达＝(嗜酸性粒细胞百分比)-2+年龄+年龄*(嗜酸性粒细胞百分比)-2+批次并且为每种转录物以95％的置信区间绘制血液嗜酸性粒细胞百分比和年龄的估计值。将对于嗜酸性粒细胞百分比具有绝对值估计值>1和对于年龄具有绝对值估计值<0.025的基因列为与年龄无关的、最大化与嗜酸性粒细胞百分比的关系的转录物。
详细说明
本文引用的所有参考文献，包括专利申请和出版物通过整体引用引入本文用于任何目的。
除非另有定义，本文所用的技术和科学术语具有与本发明所属领域中的普通技术人员通常所理解的相同的含义。Singleton等人，Dictionary of Microbiology andMolecular Biology第二版，J.Wiley&Sons(New York,N.Y.1994),and March,AdvancedOrganic Chemistry Reactions,Mechanisms and Structure第四版，John Wiley&Sons(New York,N.Y.1992)，向本领域技术人员提供了对于本申请中使用的许多术语的一般指南。
某些定义
为了解释本说明书的目的，将应用下列定义，并且在任何适当的时候，以单数使用的术语也包括复数，反之亦然。在下面提出的定义与通过引用并入本文的任何文件冲突的情况下，将以下面提出的定义为准。
如在本说明书和所附权利要求书中所使用的，单数形式“一”、“一个”和“该”包括复数指代，除非上下文另有明确说明。因此，例如，提及“蛋白质”或“抗体”分别包括多个蛋白质或抗体；提及“细胞”包括细胞的混合物，等等。
如本文中所使用的，“嗜酸性炎症诊断测定法，”缩写为“EIDA”或“EID测定法”，是指通过测量来自患者的生物样品中的至少一种嗜酸性炎症标记物的水平来诊断在体内具有嗜酸性炎症或体内具有TH2途径炎症的患者的测定法，其中该标记物中至少一种、至少两种或至少三种选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2。在一些实施方案中，EID测定法包括测量在来自患者的生物样品中至少一种嗜酸性炎症标记物的水平，其中该标记物中至少一种、至少两种或至少三种选自CSF1、MEIS2、CCL23、HSD3B7、SORD、CACNG6、MGAT3、SLC47A1和ABTB2。在一些实施方案中，EID测定法包括测量在来自患者的生物样品中至少一种嗜酸性炎症标记物的水平，其中该标记物中至少一种、至少两种或至少三种选自MEIS2、LGALS12、IDO1、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、CACNG6和GPR44。在一些实施方案中，EID测定法包括测量在来自患者的生物样品中至少一种嗜酸性炎症标记物的水平，其中该标记物中至少一种、至少两种或至少三种选自CCL23、IDO1，HSD3B7和CACNG6。在一些实施方案中，EID测定法包括测量在来自患者的生物样品中至少一种嗜酸性炎症标记物的水平，其中该标记物中至少一种、至少两种或全部三种选自CCL23、IDO1和CACNG6。在一些实施方案中，EID测定法包括测量在来自患者的生物样品中至少一种嗜酸性炎症标记物的水平，其中该标记物中至少一种、至少两种或所有三种选自HSD3B7、SIGLEC8和GPR44。在一些实施方案中，EID测定法包括测量在来自患者的生物样品中至少一种嗜酸性炎症标记物的水平，其中该标记物中至少一种、至少两种、至少三种或所有四种选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44。在一些实施方案中，测量mRNA水平。在一些实施方案中，可进行两个或更多个测定以进行患者嗜酸性炎症的诊断。在一个实施方案中，EID测定法包括如上所述测量至少一种嗜酸性炎症标记物的水平，并组合FENO测定法。
嗜酸性炎症阳性(EIP)患者或状态：是指，如果对来自该患者的生物样品测试选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平会有一种或多种所选标记物的水平高于相应标记物的参考水平的患者。在一些实施方案中，生物样品是从血液中获得的RNA，例如，全血或血细胞组分，如PBMC。在一些实施方案中，生物样品是血清或血浆。在一些实施方案中，如果对来自该患者的生物样品测试选自CSF1、MEIS2、CCL23、HSD3B7、SORD、CACNG6、MGAT3、SLC47A1和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平会有一种或多种所选标记物的水平高于相应标记物的参考水平，患者是EIP。在一些实施方案中，如果对来自该患者的生物样品测试选自MEIS2、LGALS12、IDO1、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平会有一种或多种所选标记的水平高于相应标记的参考水平，那么患者是EIP。在一些实施方案中，如果对来自该患者的生物样品测试选自CCL23、IDO1、HSD3B7和CACNG6的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平会有一种或多种所选标记物的水平高于相应标记物的参考水平的患者，那么患者是EIP。在一些实施方案中，如果对来自该患者的生物样品测试选自CCL23、IDO1和CACNG6的至少一种、至少两种或全部三种标记物的水平会有一种或多种所选标记物的水平高于相应标记物的参考水平，那么患者是EIP。在一些实施方案中，如果对来自该患者的生物样品测试选自HSD3B7、SIGLEC8和GPR44的至少一种、至少两种或全部三种标记物的水平会有一种或多种所选标记物的水平高于相应标记物的参考水平，患者是EIP。在一些实施方案中，如果对来自该患者的生物样品测试选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种或全部四种标记物的水平会有一种或多种所选标记物的水平高于相应标记物的参考水平，患者是EIP。在一些实施方案中，参考水平是在参考群体的中位数水平。在一些实施方案中，标记物的参考水平是标记物在参考群体的平均数水平。在一些实施方案中，标记物的参考水平是标记物在参考群体的平均水平。非限制性的示例性参考群体包括哮喘患者，有中度至重度哮喘的患者，健康的个体，以及包括健康个体和哮喘患者的组。在一些实施方案中，参考群体包括中度至重度哮喘的患者。进一步的非限制性的示例性参考群体包括具有嗜酸性紊乱的患者(包括本文描述的嗜酸性紊乱)，例如特应性皮炎患者、过敏性鼻炎患者、鼻息肉患者、嗜酸性食管炎患者、高嗜酸性粒细胞综合征患者等。
在本文描述的任何实施方案中，可以确定编码该标记物的mRNA的水平。确定生物样品中的mRNA水平的各种方法在本领域是已知的和/或在本文中进行了描述。在一些实施方案中，生物样品是从血液中获得的RNA，例如，全血或血细胞组分，如PBMC。在一些实施方案中，生物样品是血清或血浆。在一些实施方案中，mRNA水平的检测包括逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)。在一些实施方案中，mRNA水平的检测包括定量PCR(qPCR)。
嗜酸性炎症阴性(EIN)患者或状态是指如果对来自该患者的生物样品测试选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平会有每种所选标记物的水平高于或低于相应标记物的参考水平的患者。在一些实施方案中，生物样品是从血液中获得的RNA，例如，全血或血细胞组分，如PBMC。在一些实施方案中，生物样品是血清或血浆。在一些实施方案中，如果对来自该患者的生物样品测试选自CSF1、MEIS2、CCL23、HSD3B7、SORD、CACNG6、MGAT3、SLC47A1和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平会有每种所选标记物的水平处于或低于相应标记物的参考水平，患者是EIN。在一些实施方案中，如果对来自该患者的生物样品测试选自MEIS2、LGALS12、IDO1、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平会有每种所选标记物的水平处于或低于相应标记物的参考水平，患者是EIN。在一些实施方案中，如果对来自该患者的生物样品测试选自CCL23、IDO1、HSD3B7和CACNG6的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平会有每种所选标记物的水平处于或低于相应标记物的参考水平，患者是EIN。在一些实施方案中，如果对来自该患者的生物样品测试选自CCL23、IDO1和CACNG6的至少一种、至少两种或全部三种标记物的水平会有每种所选标记物的水平处于或低于相应标记物的参考水平，患者是EIN。在一些实施方案中，如果对来自该患者的生物样品测试选自HSD3B7、SIGLEC8和GPR44的至少一种、至少两种或全部三种标记物的水平会有每种所选标记物的水平处于或低于相应标记物的参考水平，患者是EIN。在一些实施方案中，如果对来自该患者的生物样品测试选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种或全部四种标记物的水平会有每种所选标记物的水平处于或低于相应标记物的参考水平，患者是EIN。在一些实施方案中，参考水平是在参考群体的中位数水平。在一些实施方案中，标记物的参考水平是标记物在参考群体的平均数水平。在一些实施方案中，标记物的参考水平是标记物在参考群体的平均水平。非限制性的示例性参考群体包括哮喘患者，有中度至重度哮喘的患者，健康的个体，以及包括健康个体和哮喘患者的组。在一些实施方案中，参考群体包括中度至重度哮喘的患者。进一步的非限制性的示例性参考群体包括具有嗜酸性紊乱的患者(包括本文描述的嗜酸性紊乱)，例如特应性皮炎患者、过敏性鼻炎患者、鼻息肉患者、嗜酸性食管炎患者、高嗜酸性粒细胞综合征患者等。
应当理解，EIN状态表示患者的状态，并且不依赖于用于确定状态的测定法的类型。因此，可使用或开发其它嗜酸性炎症的诊断EID)测定法以用于测试嗜酸性炎症阴性状态。
在某些实施方案中，术语“在参考水平”是指来自个体或患者样品中的生物标记物的水平，其基本上等于参考水平，或与参考水平相差达1％、达2％、达3％、达4％、达5％的水平。在一些实施方案中，参考水平是生物标记物在参考群体的中位数水平。在一些实施方案中，标记物的参考水平是标记物在参考群体的平均数水平。在一些实施方案中，标记物的参考水平是标记物在参考群体的平均水平。非限制性的示例性参考群体包括哮喘患者，有中度至重度哮喘的患者，健康的个体，以及包括健康个体和哮喘患者的组。在一些实施方案中，参考群体包括中度至重度哮喘的患者。进一步的非限制性的示例性参考群体包括具有嗜酸性紊乱的患者(包括本文描述的嗜酸性紊乱)，例如特应性皮炎患者、过敏性鼻炎患者、鼻息肉患者、嗜酸性食管炎患者、高嗜酸性粒细胞综合征患者等。
在某些实施方案中，术语“在参考水平以上”是指通过本文所述的方法确定，来自个体或患者样品中的生物标记物的水平在参考水平以上至少5％、10％、20％、25％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、100％或更高。在一些实施方案中，参考水平是在参考群体的中位数水平。在一些实施方案中，标记物的参考水平是标记物在参考群体的平均数水平。在一些实施方案中，标记物的参考水平是标记物在参考群体的平均水平。非限制性的示例性参考群体包括哮喘患者，有中度至重度哮喘的患者，健康的个体，以及包括健康个体和哮喘患者的组。在一些实施方案中，参考群体包括中度至重度哮喘的患者。进一步的非限制性的示例性参考群体包括具有嗜酸性紊乱的患者(包括本文描述的嗜酸性紊乱)，例如特应性皮炎患者、过敏性鼻炎患者、鼻息肉患者、嗜酸性食管炎患者、高嗜酸性粒细胞综合征患者等。
在某些实施方案中，术语“在参考水平以下”是指通过本文所述的方法确定，来自个体或患者样品中的生物标记物的水平在参考水平以下至少5％、10％、20％、25％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、85％、90％、95％、100％或更高。在一些实施方案中，参考水平是在参考群体的中位数水平。在一些实施方案中，标记物的参考水平是标记物在参考群体的平均数水平。在一些实施方案中，标记物的参考水平是标记物在参考群体的平均水平。非限制性的示例性参考群体包括哮喘患者，有中度至重度哮喘的患者，健康的个体，以及包括健康个体和哮喘患者的组。在一些实施方案中，参考群体包括中度至重度哮喘的患者。进一步的非限制性的示例性参考群体包括具有嗜酸性紊乱的患者(包括本文描述的嗜酸性紊乱)，例如特应性皮炎患者、过敏性鼻炎患者、鼻息肉患者、嗜酸性食管炎患者、高嗜酸性粒细胞综合征患者等。
术语“标记物”和“生物标记物”可以互换地使用，指分子，包括基因、蛋白质、碳水化合物结构、或糖脂、代谢物、mRNA、miRNA、蛋白质、DNA(cDNA或基因组DNA)、DNA拷贝数、或后生改变、例如、增加、减少、或改变的DNA甲基化(例如，胞嘧啶甲基化、或CpG甲基化、非CpG甲基化)；组蛋白修饰(例如，(脱)乙酰化、(脱)甲基化、(脱)磷酸化、泛素化、SUMO化、ADP-核糖基化)；改变的核小体定位，其在哺乳动物组织或细胞中或上的表达或存在可通过标准方法(或在本文中公开的方法)被检测并且其是例如使用本文所述的TH2途径抑制剂，基于TH2途径抑制，可预测、诊断和/或预后哺乳动物细胞或组织对治疗方案的敏感性。生物标记物也可以是能够在从患者获得的生物样品中进行测量的生物或临床属性，例如，但不限于，血细胞计数，例如血液嗜酸性粒细胞计数、FEV1或FENO。在某些实施方案中，这样的生物标记物的水平被确定为比在参考群体观察到的更高或更低。在某些实施方案中，血液嗜酸性粒细胞计数为200/μl，或250/μl，或300/μl，或400/μl。
术语“比较”是指将来自个体或患者的样品中的生物标记物的水平与在本说明书其他地方指定的生物标记物的参考水平进行比较。应该理解的是，比较通常是指对应的参数或值的比较，例如将浓度与参考浓度进行比较，或将样品中从生物标记物获得的强度信号与从参照样品获得的相同类型的强度信号进行比较同时，将绝对量与绝对参考量进行比较。该比较可以人工进行或计算机辅助。因此，该比较可以由计算设备(例如，本文所公开的***)来进行。来自个体或患者样品中的生物标记物的测量或检测到的水平的值和参考水平可以，例如，相互比较并且所述比较可以通过执行用于比较的算法的计算机程序来自动地进行。进行的所述评估的计算机程序将以适当的输出格式提供所需的评估。对于计算机辅助的比较，可将所确定量的值与对应于由计算机程序储存在数据库中的合适的参考进行比较。该计算机程序可以进一步评估比较的结果，即以合适的输出格式自动提供所需的评估。对于计算机辅助的比较，可将所确定量的值与对应于由计算机程序储存在数据库中合适的参考进行比较。该计算机程序可以进一步评估比较的结果，即以合适的输出格式自动提供所需的评估。
术语“检测”生物标记物是指，使用在本文其它地方描述的检测的适当方法检测在样品中的生物标记物的存在或量的方法。
术语“测量”生物标记物的水平是指使用在本文其它地方描述的检测的适当方法量化生物标记物，例如确定样品中生物标记物的水平。
术语“监测治疗的功效”用于表示在治疗之前和/或在治疗下至少一次(包括连续地)从患者获得样品以及测量其中的一种或多种生物标记物，以获得该疗法是否有效的指示。
在疗法功效的监测中，测定一个或多个生物标记物的水平，并且在一些实施方案中与该生物标记物的参考水平比较，或在一些实施方案中，与在较早的时间点从相同的患者获得的样品中生物标记物的水平比较。在一些实施方案中，一种或多种生物标记物的当前水平与在所述患者治疗开始前从同一患者获得的样品中生物标记物的水平进行比较。
在一些实施方案中，选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平在各自标记物的参考水平以上表明该患者更可能对该疗法做出反应。在一些实施方案中，选自CSF1、MEIS2、CCL23、HSD3B7、SORD、CACNG6、MGAT3、SLC47A1和ABTB2的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平在各自标记物的参考水平以上表明该患者更可能对该疗法做出反应。在一些实施方案中，选自MEIS2、LGALS12、IDO1、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平在各自标记物的参考水平以上表明该患者更可能对该疗法做出反应。在一些实施方案中，选自CCL23、IDO1、HSD3B7和CACNG6的至少一种、至少两种或至少三种标记物的水平在各自标记物的参考水平以上表明该患者更可能对该疗法做出反应。在一些实施方案中，选自CCL23、IDO1和CACNG6的至少一种、至少两种或全部三种标记物的水平在各自标记物的参考水平以上表明该患者更可能对该疗法做出反应。在一些实施方案中，选自HSD3B7、SIGLEC8和GPR44的至少一种、至少两种或全部三种标记物的水平在各自标记物的参考水平以上表明该患者更可能对该疗法做出反应。在一些实施方案中，选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44的至少一种、至少两种、至少三种或全部四种标记物的水平在相应标记物的参考水平以上表明该患者更可能对该疗法做出反应。在一些实施方案中，参考水平是参考群体的中位数水平。在一些实施方案中，标记物的参考水平是标记物在参考群体的平均数水平。在一些实施方案中，标记物的参考水平是标记物在参考群体的平均水平。非限制性的示例性参考群体包括哮喘患者，有中度至重度哮喘的患者，健康的个体，以及包括健康个体和哮喘患者的组。在一些实施方案中，参考群体包括中度至重度哮喘的患者。进一步的非限制性的示例性参考群体包括具有嗜酸性紊乱的患者(包括本文描述的嗜酸性紊乱)，例如特应性皮炎患者、过敏性鼻炎患者、鼻息肉患者、嗜酸性食管炎患者、高嗜酸性粒细胞综合征患者等。
短语“推荐治疗”是指使用在患者的样品中与本文所述的一种或多种生物标记物的水平或存在相关所生成的信息或数据，以鉴定患者为用TH2途径抑制剂适当治疗或未适当治疗。短语“推荐治疗”可以指使用为提议或选择包括TH2途径抑制剂的疗法所生成的信息或数据用于被鉴定或选择为更多可能或不太可能对包含TH2途径抑制剂的疗法做出反应的患者。使用或生成的信息或数据可以是任何形式的，书面的、口头的或电子的。在一些实施方案中，使用生成的信息或数据包括通讯、呈现、报告、存储、发送、传输、供给、传递、分配或它们的组合。在一些实施方案中，通讯、呈现、报告、存储、发送、传输、供给、传递、分配或它们的组合是由计算设备、分析器单元或它们的组合来执行的。在一些进一步的实施方案中，通讯、呈现、报告、存储、发送、传输、供给、传递、分配或它们的组合是由实验室或医学专业人员进行的。在一些实施方案中，该信息或数据包括将本文所述的一种或多种标记物的水平与参考水平的比较。在一些实施方案中，该信息或数据包括指示该患者被用包含TH2途径抑制剂的疗法适当地治疗或未适当治疗，在一些情况下，包括该患者被包含特定的TH2途径抑制剂，例如抗IL-13抗体或抗M1’抗体的疗法适当地治疗或未适当治疗的指示。
短语“选择患者”或“鉴定患者”是指使用在患者的样品中与本文所述的一种或多种生物标记物的水平相关所生成的信息或数据，以鉴定或选择该患者为更可能受益或不太可能受益于包含TH2途径抑制剂的疗法。使用或生成的信息或数据可以是任何形式的，书面的、口头的或电子的。在一些实施方案中，使用生成的信息或数据包括通讯、呈现、报告、存储、发送、传输、供给、传递、分配或它们的组合。在一些实施方案中，通讯、呈现、报告、存储、发送、传输、供给、传递、分配或它们的组合是由计算设备、分析器单元或它们的组合来执行的。在一些进一步的实施方案中，通讯、呈现、报告、存储、发送、传输、供给、传递、分配或它们的组合是由实验室或医学专业人员进行的。在一些实施方案中，该信息或数据包括将本文所述的一种或多种标记物的水平与参考水平的比较。在一些实施方案中，该信息或数据包括指示该患者被用包含TH2途径抑制剂的疗法适当地治疗或未适当治疗，在一些情况下，包括指示该患者被包含特定的TH2途径抑制剂，例如抗IL-13抗体或抗M1’抗体的疗法适当地治疗或未适当治疗。
短语“选择疗法”是指使用在患者的样品中与本文所述的一种或多种生物标记物的水平或存在相关所生成的信息或数据，来鉴定或选择用于患者的疗法。在一些实施方案中，该疗法可包括TH2途径抑制剂。短语“推荐治疗”也可以是指使用为提议或选择包括TH2途径抑制剂的疗法所生成的信息或数据用于被鉴定或选择为更多可能或不太可能对包含TH2途径抑制剂的疗法做出反应的患者。使用或生成的信息或数据可以是任何形式的，书面的、口头的或电子的。在一些实施方案中，使用生成的信息或数据包括通讯、呈现、报告、存储、发送、传输、供给、传递、分配或它们的组合。在一些实施方案中，通讯、呈现、报告、存储、发送、传输、供给、传递、分配或它们的组合是由计算设备、分析器单元或它们的组合来执行的。在一些进一步的实施方案中，通讯、呈现、报告、存储、发送、传输、供给、传递、分配或它们的组合是由实验室或医学专业人员进行的。在一些实施方案中，该信息或数据包括指示该患者被用包含TH2途径抑制剂的疗法适当地治疗或未适当治疗，在一些情况下，指示该患者被包含特定的TH2途径抑制剂，例如抗IL-13抗体或抗M1’抗体的疗法适当地治疗或未适当治疗。
术语“生物样品”包括，但不限于，血液、血清、血浆、外周血单核细胞(PBMC)、痰、组织活检(例如，肺样品)和鼻腔样品，包括鼻拭子或鼻息肉。可以在治疗前，治疗期间或治疗后取样。可从疑似患有、或者被诊断为患有哮喘或呼吸紊乱并因此很可能在需要治疗的患者取样，或从不被疑似患有任何紊乱的正常个体取样。在一些实施方案中，从本文中描述的生物样品中提取RNA，之后检测或测量标记物的mRNA水平。
术语“扩增”标记物或生物标记物是指使用本领域已知的和/或本文其它地方所述的标记物扩增的适当方法进行的标记物的扩增。
FENO测定法是指测量FENO(呼出气一氧化氮分数)水平的测定法。这样的水平可以使用，例如手持便携设备，
Figure BDA0001023977970000391
(Aerocrine，Solna，瑞典)，按照美国胸科学会(ATS)在2005年出版的指南来评估。FENO可能以其他类似的方式被注意，例如，FeNO或FENO，并且应当理解的是，所有这种相似的变化具有相同的含义。
根据本文所提供的方法待测试或治疗的患者的年龄，包括：所有年龄。在一些实施方案中，年龄是18岁+。在一些实施方案中，年龄分别为12岁+。在一些实施方案中，年龄分别为2岁+。在一些实施方案中，年龄为2-18岁、12-18岁、18-75岁、12-75岁和2-75岁。
哮喘是一种表征为可变且复发的症状、可逆的气道阻塞(例如，通过支气管扩张)和支气管高反应性的复杂紊乱，其可以与或不与潜在的炎症相关联。哮喘的例子包括阿司匹林敏感性/加重性哮喘、特应性哮喘、重度哮喘、轻度哮喘、中至重度哮喘、类固醇幼年哮喘、慢性哮喘、糖皮质激素抵抗型哮喘、糖皮质激素难治性哮喘、新诊断和未治疗的哮喘、由于吸烟的哮喘、不受糖皮质激素控制的哮喘，以及J Allergy Clin Immunol(2010)126(5):926-938提到的其他哮喘。
嗜酸性紊乱意指：与过量的嗜酸性粒细胞数目相关联的紊乱，其中可能由于在体内局部或全身的嗜酸性粒细胞水平或活性而表现非典型症状。与过量的嗜酸性粒细胞数目或活性相关联的紊乱包括但不限于，哮喘(包括阿司匹林敏感性哮喘)，特应性哮喘，特应性皮炎，过敏性鼻炎(包括季节性过敏性鼻炎)，非过敏性鼻炎，哮喘，重度哮喘，慢性嗜酸性粒细胞肺炎，过敏性支气管肺曲霉病，乳糜泻，Churg-Strauss综合征(结节性动脉周围炎加特应性)，嗜酸性粒细胞性肌痛综合征，高嗜酸性粒细胞综合征，水肿反应，包括发作性血管性水肿，蠕虫感染，其中嗜酸性粒细胞可具有保护作用，盘尾丝虫性皮炎和嗜酸性粒细胞-关联胃肠道紊乱，包括但不限于嗜酸性粒细胞食管炎，嗜酸性粒细胞胃炎，嗜酸性粒细胞胃肠炎，嗜酸性粒细胞小肠炎和嗜酸性粒细胞结肠炎，鼻微息肉和息肉病，阿司匹林不耐受，哮喘和阻塞性睡眠呼吸暂停。嗜酸性粒细胞源性的分泌产物也已与促进肿瘤中血管发生和***形成以及在如慢性哮喘，克罗恩氏病，硬皮病和心内膜心肌纤维化中发现的纤维化应答相关联(Munitz A,Levi-Schaffer F.Allergy 2004；59:268-75,Adamko等人，Allergy2005；60:13-22,Oldhoff等人，Allergy 2005；60:693-6)。其它例子包括癌症(例如，成胶质细胞瘤(如多形性胶质母细胞瘤)、非霍奇金淋巴瘤(NHL))、特应性皮炎、过敏性鼻炎、哮喘、纤维变性、炎性肠病、肺纤维化(包括特发性肺纤维化(IPF)和肺纤维化继发硬化)、COPD、肝纤维化。
IL-13介导的紊乱意指与过量的IL-13水平或活性相关联的紊乱，其中可由于在体内局部和/或全身的IL-13的水平或活性而表现非典型症状。IL-13介导的紊乱的例子包括：癌症(例如，非霍奇金淋巴瘤、胶质母细胞瘤)、特应性皮炎、过敏性鼻炎、哮喘、纤维变性、炎性肠病(例如，克罗恩病)、肺的炎性紊乱(例如肺纤维化，如IPF)、COPD、肝纤维化。
IL-4介导的紊乱意指：与过量的IL-4水平或活性相关联的紊乱，其中可由于在体内局部和/或全身的IL-4的水平或活性而表现非典型症状。IL4介导的紊乱的例子包括：癌症(例如，非霍奇金淋巴瘤，胶质母细胞瘤)，特应性皮炎、过敏性鼻炎、哮喘、纤维变性、炎性肠病(例如，克罗恩病)、肺的炎性紊乱(例如，肺纤维化，如IPF)，慢性阻塞性肺病、肝纤维化。
IL-5介导的紊乱意指：与过量的IL-5水平或活性相关联的紊乱，其中可由于在体内局部和/或全身的IL-5的水平或活性而表现非典型症状。IL5介导的紊乱的例子包括：癌症(例如，非霍奇金淋巴瘤，胶质母细胞瘤)、特应性皮炎、过敏性鼻炎、哮喘、纤维变性、炎性肠病(例如，克罗恩病)、肺的炎性紊乱(例如，肺纤维化，如IPF)、慢性阻塞性肺病、肝纤维化。
IL-9介导的紊乱意指：与过量的IL-9水平或活性相关联的紊乱，其中可由于在体内局部和/或全身的IL-9的水平或活性而表现非典型症状。IL9介导的紊乱的例子包括：癌症(例如，非霍奇金淋巴瘤，胶质母细胞瘤)、特应性皮炎、过敏性鼻炎、哮喘、纤维变性、炎性肠病(例如，克罗恩病)、肺的炎性紊乱(例如，肺纤维化，如IPF)、慢性阻塞性肺病、肝纤维化。
TSLP介导的紊乱意指：与过量的TSLP水平或活性相关联的紊乱，其中可由于在体内局部和/或全身的TSLP的水平或活性而表现非典型症状。TSLP介导的紊乱的例子包括：癌症(例如，非霍奇金淋巴瘤，胶质母细胞瘤)、特应性皮炎、过敏性鼻炎、哮喘、纤维变性、炎性肠病(例如，克罗恩病)、肺的炎性病症(例如，肺纤维化，如IPF)、慢性阻塞性肺病、肝纤维化。
IgE-介导的紊乱意指：与过量的IgE水平或活性相关联的紊乱，其中可由于在体内局部和/或全身的IgE的水平或活性而表现非典型症状。这些疾病包括哮喘、特应性皮炎、过敏性鼻炎、纤维化(例如，肺纤维化，如IPF)。
哮喘样症状包括如下症状，其选自气短、咳嗽(痰产生和/或痰质量和/或咳嗽频率的变化)、喘鸣、胸闷、支气管狭窄和归因于上述症状之一或这些症状的组合的夜间觉醒组成的组(Juniper等人，(2000)Am.J.Respir.Crit.Care Med.,162(4),1330-1334.)。
术语“呼吸紊乱”包括，但不限于哮喘(例如，过敏性和非过敏性哮喘(例如，由于感染，如具有呼吸道合胞病毒(RSV)，例如，在年幼的小儿中))；支气管炎(例如，慢性支气管炎)；慢性阻塞性肺疾病(COPD)(例如，肺气肿(例如，香烟引起的肺气肿)；涉及气道炎症、嗜酸性粒细胞增多、纤维化和过量粘液产生的病况，例如，囊性纤维化、肺纤维化和过敏性鼻炎。可以由气道炎症、过度气道分泌以及气道阻塞来表征的疾病的例子包括哮喘、慢性支气管炎、支气管扩张、囊性纤维化。
加重(通常被称为哮喘发作或急性哮喘)是呼吸短促、咳嗽(痰生产和/或痰质量和/或咳嗽频率的变化)、喘鸣、胸闷、归因于上述的症状之一或这些症状的组合的夜间觉醒的新的或进行性增加的事件。加重通常表征为呼气气流(PEF或FEV1)减少。然而，PEF变化通常在加重期间不会增加(尽管它确实会逐渐导致)或在从加重的恢复期间不会增加。加重的严重性范围从轻度至危及生命，并且可以根据症状和肺功能进行评估。如本文所述的重度哮喘加重包括导致以下住院治疗哮喘、高皮质类固醇使用(例如，四倍总的日皮质类固醇剂量或FP的大于或等于500微克的每日总剂量或连续三天或以上的等效量)、或口/肠胃外使用皮质类固醇中任何一种或组合的加重。
TH2途径抑制剂是抑制TH2途径的试剂。
TH2途径抑制剂的例子包括从选自下组的靶标中任何一种的活性的抑制剂：ITK、BTK、IL-9(例如，MEDI-528)、IL-5(例如，美泊利单抗，CAS No.196078-29-2；resilizumab)、IL-13(例如，IMA-026，IMA-638(也称为，安芦珠单抗，INN No.910649-32-0；QAX-576；IL4/IL13trap)、tralokinumab(也称为CAT-354，CAS No.1044515-88-9)；AER-001、ABT-308(也称为人源化的13C5.5抗体)、IL-4(例如，AER-001，IL4/IL13trap)、OX40L、TSLP、IL-25、IL-33、可溶性IgE(例如，XOLAIR，QGE-031；MEDI-4212)和膜结合的IgE(quilizumab)；以及受体如：IL-9受体；IL-5受体(例如，MEDI-563(benralizumab，CAS No.1044511-01-4)；IL-4受体α(例如，AMG-317，AIR-645，dupilumab)、IL-13受体α1(如R-1671)和IL-13受体α2、OX40、TSLP-R、IL-7Rα(TSLP的共受体)、IL17RB(IL-25的受体)、ST2(IL-33的受体)、CCR3、CCR4、CRTH2(例如，AMG-853、AP768、AP-761、MLN6095、ACT129968)、FcepsilonRI、FcepsilonRII/CD23(IgE的受体)、Flap(例如，GSK2190915)、Syk激酶(R-343，PF3526299)；CCR4(AMG-761)、TLR9(QAX-935)和CCR3、IL5、IL3、GM-CSF的多细胞因子抑制剂(例如，TPI ASM8)。上述靶标的抑制剂的例子公开于，例如WO2008/086395；WO2006/085938；US7615213；US 7501121；WO2006/085938；WO 2007/080174；US 7807788；WO2005007699；WO2007036745；WO2009/009775；WO2007/082068；WO2010/073119；WO2007/045477；WO2008/134724；US2009/0047277；和WO2008/127271)。
本文中所提供的治疗剂包括可以结合本文上述所鉴定的靶标，如多肽(例如，抗体、免疫粘附素或肽体)，可结合蛋白质或核酸分子的适体或小分子，所述蛋白质或核酸可以结合编码本文鉴定的靶标的核酸分子(即，siRNA)。
“抗IL-13/IL4途径抑制剂”是指抑制IL-13和/或IL-4的信号传导的治疗剂。抗IL13/IL4途径抑制剂的例子包括IL13和/或IL4与其受体的相互作用的抑制剂，这样的抑制剂包括，但不限于，抗IL-13结合剂、抗IL4结合剂、抗IL3/IL4双特异性结合剂、抗IL4受体α结合剂、抗IL13受体α1结合剂和抗IL-13受体α2结合剂。可以结合IL13、IL4(包括具有单结构域结合IL13和单结构域结合IL4的双特异性抗体)、IL-13Rα1、IL-13Rα2或IL-4Rα的单结构域抗体都被明确包括作为抑制剂。应当理解的是，可以结合多于一个靶标的分子也包括在内。
“抗-IL4结合剂”是指结合人IL-4的试剂。这种结合剂可包括小分子、适体或多肽。这种多肽可以包括，但不限于，选自免疫粘附素、抗体、肽体和肽所组成的组的多肽。根据一个实施方案，该结合剂以1μM-1pM的亲和力结合人IL-4序列。抗IL4结合剂的具体例子可以包括可溶性IL4受体α(例如，融合到人Fc区的IL4受体的胞外结构域)、抗IL4抗体和可溶性IL13受体α1(例如，融合到人Fc区的IL13受体α1的胞外结构域)。
“抗IL4受体α结合剂”是指结合人IL-4受体α的试剂。这种结合剂可包括小分子、适体或多肽。这种多肽可以包括，但不限于，选自免疫粘附素、抗体、肽体和肽所组成的组的多肽。根据一个实施方案，该结合剂以1μM-1pM的亲和力结合人IL-4受体α序列。抗IL4受体α结合剂的具体例子可以包括抗-IL4受体α抗体。
“抗IL13结合剂”是指结合人IL13的试剂。这种结合剂可包括小分子、适体或多肽。这种多肽可以包括，但不限于，选自免疫粘附素、抗体、肽体和肽所组成的组的多肽。根据一个实施方案，该结合剂以1μM-1pM的亲和力结合人IL-13序列。抗IL-13结合剂的具体例子可包括抗IL-13抗体、融合于人Fc的可溶性IL13受体α2、融合于人Fc的可溶性IL4受体α、融合到人Fc的可溶性IL13受体α。根据一个实施方案，抗IL-13抗体包括(1)包含氨基酸序列SEQID NO：11的HVRH1，(2)包含氨基酸序列SEQ ID NO：12的HVRH2，(3)包含氨基酸序列SEQ IDNO：13的HVRH3，(4)包含氨基酸序列SEQ ID NO：14的HVRL1，(5)包含氨基酸序列SEQ ID NO：15的HVRL2，和(6)包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVRL3。在另一个实施方案中，抗IL-13抗体包含：包含选自SEQ ID NO：9、19和21的序列的VH，和包含选自SEQ ID NO：10、20和22的序列的VL。根据一个实施方案，抗体是IgG1抗体。根据另一个实施方案中，抗体是IgG4抗体。根据一个实施方案，IgG4抗体包括在其恒定结构域的S228P突变。
“抗IL13受体α1结合剂”是指特异性结合人IL13受体α1的试剂。这种结合剂可包括小分子、适体或多肽。这种多肽可以包括，但不限于，选自免疫粘附素、抗体、肽体和肽所组成的组的多肽。根据一个实施方案，结合剂以1μM-1pM的亲和力结合人IL-13受体α1序列。抗IL-13受体α1结合剂的具体例子可包括抗IL-13受体α1抗体。
“抗IL13受体α2结合剂”是指特异性结合人IL13受体α2的试剂。这种结合剂可包括小分子、适体或多肽。这种多肽可以包括，但不限于，选自免疫粘附素、抗体、肽体和肽所组成的组的多肽。根据一个实施方案，结合剂以1μM-1pM的亲和力结合人IL-13受体α2序列。抗IL-13受体α2结合剂的具体例子可包括抗IL-13受体α2抗体。
“抗IgE结合剂”是指特异性结合于人IgE的试剂。这种结合剂可包括小分子、适体或多肽。这种多肽可以包括，但不限于，选自免疫粘附素、抗体、肽体和肽所组成的组的多肽。根据一个实施方案，抗IgE抗体包含：包含SEQ ID NO：17的氨基酸序列的VL序列和包含SEQ ID NO：18的氨基酸序列的VH序列。
“抗M1’结合剂”是指特异性结合B细胞上表面表达的IgE的膜近端M1’区域的试剂。这种结合剂可包括小分子、适体或多肽。这种多肽可以包括，但不限于，选自免疫粘附素、抗体、肽体和肽所组成的组的多肽。根据一个实施方案，抗IgE抗体包含在WO2008/116149中所描述的抗体或其变体。根据另一实施方案，抗M1’抗体包含可变重链和可变轻链，其中，可变重链是SEQ ID NO：1和可变轻链是SEQ ID NO：2。根据另一实施方案，抗IgE/M1’抗体包含可变重链和可变轻链，其中可变重链进一步包括HVR-H1，HVR-H2和HVR-H3并且可变轻链进一步包括HVR-L1，HVR，L2和HVR-L3，和：(a)该HVR-H1为SEQ ID NO：1的残基26-35，[GFTFSDYGIA；SEQ ID NO：3]；(b)该HVR-H2为SEQ ID NO6：1的残基49-66，[AFISDLAYTIYYADTVTG；SEQ ID NO：4]；(c)该HVR-H3为SEQ ID NO：1的残基97-106，[ARDNWDAMDY；SEQ ID NO：5]；(d)该HVR-L1为SEQ ID NO：2的残基24-39，[RSSQSLVHNNANTYLH；SEQ ID NO：6]；(e)该HVR-L2为SEQ ID NO：2的残基55-61，[KVSNRFS；SEQ ID NO：7]；(f)该HVR-L3为SEQ ID NO：2的残基94-102，[SQNTLVPWT；SEQ ID NO：8]。
术语“小分子”是指具有50道尔顿至2500道尔顿之间的分子量的有机分子。
术语“抗体”以最广义使用，并且具体覆盖例如，单克隆抗体、多克隆抗体、具有多表位特异性的抗体、单链抗体、多特异性抗体和抗体片段。这种抗体可以是嵌合的、人源化的、人的以及合成的。这样的抗体以及产生它们的方法在下面更详细地描述。
术语“不受控制的”或“不可控的”是指使疾病症状最小化的治疗方案的不充分。如本文所用，术语“不受控制的”和“不充分控制的”可以互换使用，并且意指相同的状态。患者的控制状态可基于若干因素由主治医师确定，所述因素包括患者的临床史，对治疗的反应性和开具的当前治疗的水平。例如，医生可以考虑因素如FEV1<75％的预测或个人最佳，在过去的2-4周对于SABA所需的频率(例如，大于或等于两个剂量/周)，在过去2-4周的夜间觉醒/症状(例如，小于或等于2晚/周)，在过去2-4周的活动限制，在过去2-4周的白天症状。
术语“治疗剂”是指任何用于治疗疾病的试剂。
术语“控制剂”或“预防剂”是指任何治用于控制哮喘炎症的治疗剂。控制剂的例子包括皮质类固醇、白三烯受体拮抗剂(例如，抑制白三烯的合成或活性如孟鲁司特、齐留通、普仑司特、扎鲁司特)、LABA、皮质类固醇/LABA组合的组合物、茶碱(包括氨茶碱)、色甘酸钠、奈多罗米钠、奥马珠单抗、LAMA，MABA(例如，双官能的毒蕈碱性拮抗剂-β2激动剂)、5-脂氧合酶激活蛋白(FLAP)抑制剂和酶PDE-4抑制剂(例如，罗氟司特)。“第二种控制剂”一般是指与第一控制剂不相同的控制剂。
术语“类固醇节省”或“CS”是指在服用皮质类固醇来治疗疾病的患者中，由于施用另一种治疗剂，用于治疗疾病的皮质类固醇的频率和/或量的降低或消除。“CS剂”是指可引起服用皮质类固醇的患者的CS的治疗剂。
术语“类固醇”包括但不限于氟替卡松(包括氟替卡松丙酸酯(FP))、倍氯米松、布***、环索奈德、莫米松、氟尼缩松、倍他米松和曲安西龙。“可吸入的皮质类固醇”是指适合于通过吸入递送的皮质类固醇。示例性的可吸入的皮质类固醇是氟替卡松、二丙酸倍氯米松、布***、糠酸莫米松、环索奈德、氟尼缩松、曲安奈德和当前可用的或在未来变得可用的任何其他皮质类固醇。可以被吸入的并与长效β2-激动剂组合的皮质类固醇的例子包括，但不限于：布***/福莫特罗和氟替卡松/沙美特罗。
皮质类固醇/LABA组合药物的例子包括糠酸氟替卡松/vilanterol trifenatate和茚达特罗/莫米松。
术语“LABA”意指长效β-2激动剂，该激动剂包括，例如，沙美特罗、福莫特罗、班布特罗、沙丁胺醇、茚达特罗、阿福特罗和克伦特罗。
术语“LAMA”是指长效毒蕈碱性拮抗剂，该激动剂包括：噻托溴铵。
LABA/LAMA组合的例子包括，但不限于：奥达特罗噻托溴铵(BoehringerIngelheim)和茚达特罗格隆铵盐(Novartis)
术语“SABA”是指短效β-2激动剂，该激动剂包括，但不限于，沙丁胺醇、左沙丁胺醇、非诺特罗、特布他林、吡布特罗、丙卡特罗、比托特罗、利米特罗、卡布特罗、妥洛特罗和瑞普特罗
白三烯受体拮抗剂(有时被称为leukast)(LTRA)是抑制白三烯的药物。白三烯抑制剂的例子包括孟鲁司特、齐留通、普仑司特和扎鲁司特。
术语“FEV1”是指在强制呼气的第一秒呼出的空气体积。它是气道阻塞的度量。诱导FEV1(PC20)下降20％所需的乙酰甲胆碱的激发浓度为气道高反应性的度量。FEV1可以以其它类似的方式被注意，例如，FEV1，并且应当理解的是，所有这种相似的变量具有相同的含义。
术语“FEV1的相对变化”＝(在治疗第12周的FEV1-开始治疗之前的FEV1)除以FEV1。
术语“轻度哮喘”是指患者通常经受症状或加重小于每周两次，夜间症状小于每月两次，并且加重之间无症状。轻度、间歇性哮喘常常是根据需要用下面治疗：吸入支气管扩张剂(短效吸入式β2激动剂)；避免已知的诱因；每年接种流感疫苗；每6至10年接种肺炎球菌疫苗，并在某些情况下，在暴露于确定的诱因之前，用吸入式β2-激动剂、色甘酸钠或奈多罗米。如果患者具有对于短效β2-激动剂的增加的需求(如，对于急性加重，在1天使用短效β2-激动剂多于三到四次或对于症状每月使用多于一罐)，该患者可需要治疗的逐渐增加。
术语“中度哮喘”一般是指其中患者经受加重每周两次以上并且该加重影响睡眠和活动的哮喘；患者因每月哮喘超过两次而夜间觉醒；患者具有每日或隔日需要短效吸入式β2-激动剂的慢性哮喘症状；以及患者的治疗前基线PEF或FEV1是预测的60％至80％并且PEF变异性是20％至30％。
术语“重度哮喘”一般是指这样的哮喘，其中患者因该哮喘而具有几乎连续的症状、频繁发作、频繁夜间觉醒、活动受限，PEF或FEV1基线低于预测的60％，以及PEF变异性是20％至30％。
急救药物的例子包括沙丁胺醇、万托林及其他。
“抵抗型”是指用治疗剂治疗后显示出很少或没有临床显著改善的疾病。例如，需要用高剂量ICS治疗的哮喘(如，四倍于总的日皮质类固醇剂量或至少连续三天或更多天大于或等于500微克的FP(或等效物)的总日剂量，或用于两星期试验的全身皮质类固醇，以确定哮喘是否仍然不受控制或者FEV1没有改善通常被认为是严重的难治性哮喘。
如本文所提供的治疗剂可以通过任何合适的手段，包括肠胃外、皮下、腹膜内、肺内和鼻内施用。肠胃外灌注包括肌内、静脉内、动脉内、腹膜内或皮下施用。在一个实施方案中，治疗剂是吸入式。根据另一实施方案，通过注射，例如，静脉内或皮下注射给予剂量。在又另一个实施方案中，治疗剂是用注射器(例如，预填充或未预填充)或自动注射器施用。
对于疾病的预防或治疗，治疗剂的合适剂量可取决于待治疗疾病的类型、疾病的严重程度和病程、治疗剂是用于预防还是治疗目的施用、先前的疗法、患者的临床史和对治疗剂的反应、以及主治医师的判断。治疗剂是一次或在一系列治疗中适当施用于患者。以与优良的医学实践一致的方式配制、给药以及施用治疗剂组合物。在此背景下考虑的因素包括被治疗的具体紊乱、被治疗的具体哺乳动物、个体患者的临床病况、紊乱的起因、递送药剂的部位、施用的方法、施用的日程安排和医学从业人员已知的其它因素。
对于嗜酸性紊乱(包括哮喘)以及对于使用TH2疗法治疗其他疾病的来金珠单抗的给药：来金珠单抗可以0.1mg/kg至100mg/kg患者体重施用。在一个实施方案中，施用给患者的剂量为0.1mg/kg和20mg/kg患者体重之间。在另一个实施方案中，剂量为1mg/kg至10mg/kg患者体重。
在一个备选的实施方案中，来金珠单抗可以以平坦剂量施用。在一个实施方案中，来金珠单抗是通过皮下注射或通过静脉内注射，按照125-1000mg的平坦剂量(即，非重量依赖的)或37.5mg的平坦剂量，或125mg的平坦剂量，或250mg的平坦剂量，或500mg的平坦剂量，以选自下组的时间频率施用：每2周、3周、4周、5周、6周、7周、8周、9周、10周、11周、12周、13周、14周、15周、16周、1个月、2个月、3个月或4个月。在另一个实施方案中，如果患者超重，来金珠单抗可以，例如，125-250mg，以每月3次的频率施用。在一个实施方案中，来金珠单抗是每4周以125mg、250mg或500mg的平坦剂量施用。在另一个实施方案中，来金珠单抗是在>40kg患者中每4周以37.5mg、125mg、250mg或500mg的平坦剂量施用。
在一个实施方案中，患者是18岁或以上。在一个实施方案中，哮喘患者是年龄12至17岁并且来金珠单抗是以250mg的平坦剂量或125mg的平坦剂量施用。在一个实施方案中，哮喘患者是年龄6至11岁并且来金珠单抗是以125mg的平坦剂量施用。
对于嗜酸性紊乱(包括哮喘)以及对于使用TH2疗法治疗其他疾病的quilizumab的给药：quilizumab可以0.003mg/kg至100mg/kg患者体重施用。在一个实施方案中，通过静脉内或皮下施用向患者施用在0.003mg/kg和5mg/kg患者体重之间的剂量。
在一个备选的实施方案中，quilizumab可以作为平坦剂量施用。在一个实施方案中，quilizumab是通过皮下注射或通过静脉内注射，按照150-450mg的平坦剂量(即，非重量依赖的)，以选自下组的时间频率施用：每4周或每12周(例如，大约每三个月一次或每季度一次)。在一个实施方案中，quilizumab是每4周以300mg的剂量皮下施用。在一个实施方案中，quilizumab是每12周以450mg的剂量皮下施用一次(即约每三个月一次或每季度一次)。在某些实施方案中，在第4周施用一次450mg的附加皮下剂量。在一个实施方案中，quilizumab是每12周以150mg的剂量皮下施用一次(即，每季度一次)。在某些实施方案中，在第4周施用一次150mg的附加皮下剂量。
“患者反应”或“反应”(及其语法变型)可以使用任何指示对于患者的益处的端点来评估，包括但不限于，(1)在一定程度上抑制疾病进展，包括延缓和完全停止；(2)降低疾病发作和/或症状的数量；(3)减少病灶大小；(4)抑制(即，减少、减缓或完全阻止)疾病细胞浸润到邻近的周围器官和/或组织；(5)抑制(即减少、减缓或完全停止)疾病传播；(6)自身免疫反应的减少，其可以，但是不必需，导致疾病病灶的消退或消融；(7)在一定程度上缓解与紊乱相关的一种或多种症状；(8)增加治疗后无疾病呈现的长度；和/或(9)在治疗后的给定时间点减少的死亡率。
“亲和力”是指在分子(例如，抗体)的单个结合位点和其结合配偶体(例如抗原)之间的非共价相互作用的总和的强度。除非另有说明，否则如本文所使用的，“结合亲和力”是指反映出结合对(例如抗体和抗原结合臂)的成员之间的1：1相互作用的固有的结合亲和力。分子X对其配偶体Y的亲和力通常可以用解离常数(Kd)来表示。亲和力可通过本领域已知的常用方法，包括本文所述的那些来测量。在下面描述用于测量结合亲和力的特定的说明性和示例性的实施方案。
“亲和力成熟的”抗体是指在一个或多个高变区(HVR)中具有一个或多个改变的抗体相比，相比之下亲本抗体不具有这样的改变，这样的改变导致抗体对抗原亲和力的提高。
术语“抗靶标抗体”和“结合靶标的抗体”是指能够以足够的亲和力结合靶标的抗体，使得该抗体可用作靶向该靶标的诊断和/或治疗剂。在一个实施方案中，例如，通过放射免疫测定法(RIA)或Biacore测定法所测量，抗靶标抗体与不相关的、非靶标蛋白的结合程度小于该抗体与靶标结合的约10％。在某些实施方案中，结合靶标的抗体具有≤1μM、≤100nM、≤10nM、≤1nM、≤0.1nM、≤0.01nM或≤0.001nM(例如10-8M或更小，例如，从10-8M至10-13M，例如从10-9M至10-13M)的解离常数(Kd)。在某些实施方案中，抗-靶标抗体结合在不同物种中保守的靶标的表位。
术语“抗体”在本文中以最广义使用，并且涵盖各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如，双特异性抗体)以及抗体片段，只要它们展现出期望的抗原结合活性。
“抗体片段”是指除了完整抗体外的分子，该分子包含完整抗体的部分，其结合该完整抗体所结合的抗原。抗体片段的例子包括但不限于Fv、Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2；双抗体；线性抗体；单链抗体分子(例如scFv)；和由抗体片段形成的多特异性抗体。
作为参考抗体的“结合相同表位的抗体”是指在竞争测定法中阻断参考抗体与其抗原结合的50％或更多的抗体，相反，在竞争测定法中参考抗体阻断抗体与其抗原结合的50％或更多。用于实施竞争测定法的各种方法是本领域中公知的。
用于本文目的的“受体人构架”是包含源自人免疫球蛋白构架或人共有构架的轻链可变结构域(VL)构架或重链可变结构域(VH)构架的氨基酸序列的构架，如下面所定义。“源自”人免疫球蛋白构架或人共有构架的受体人构架可以包括其相同的氨基酸序列，或可以含有氨基酸序列的变化。在一些实施方案中，氨基酸变化的数目是10或更少、9或更少、8或更少、7或更少、6或更少、5或更少、4或更少、3或更少、或者2或更小。在一些实施方案中，VL受体人构架在序列上与VL人免疫球蛋白构架序列或人共有构架序列相同。
术语“嵌合”抗体是指抗体，其中重链和/或轻链的一部分是源自特定的来源或物种，而重链和/或轻链的剩余部分是源自不同的来源或物种。
抗体的“类”是指由其重链所拥有的恒定结构域或恒定区的类型。抗体有五大类：IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，并且其中有些可进一步分为亚类(同种型)，例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2。对应于不同类的免疫球蛋白的重链恒定结构域分别被称为、、、和。
“效应子功能”是指归因于抗体的Fc区的那些生物学活性，其随抗体同种型而变化。抗体效应子功能的例子包括：Clq结合和补体依赖性细胞毒性(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬；细胞表面受体(例如，B细胞受体)的下调；以及B细胞活化。
试剂，例如药物制剂的“有效量”，是指为实现期望的治疗或预防结果，在剂量和时间周期上的有效的量。
术语“Fc区”在本文中用于定义含有恒定区的至少一部分的免疫球蛋白重链的C-末端区域。该术语包括天然序列Fc区和变体Fc区。在一个实施方案中，人IgG重链Fc区从Cys226，或从Pro230延伸至重链的羧基末端。然而，Fc区的C-末端赖氨酸(Lys447)可以存在或不存在。除非本文另有规定，在Fc区或恒定区的氨基酸残基的编号是依照EU编号***，也称为EU索引，如Kabat等人所述，Sequences of Proteins of Immunological Interest，第五版，Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD,1991。
“构架”或“FR”是指除高变区(HVR)残基外的可变结构域残基。可变结构域的FR通常由四个FR结构域组成：FR1、FR2、FR3和FR4。因此，HVR和FR序列通常在VH(或VL)中以下面的序列出现：FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。
术语“全长抗体”、“完整抗体”和“全抗体”在本文中可互换使用，是指本文所定义的与天然抗体结构具有基本上相似的结构或具有包含Fc区的重链的抗体。
术语“宿主细胞”、“宿主细胞系”和“宿主细胞培养物”可互换使用，并且是指已向其中引入外源核酸的细胞，包括这样的细胞的后代。宿主细胞包括“转化体”和“转化的细胞”，其包括原代转化细胞及其衍生的后代而不考虑传代数目。后代可能无法在核酸含量上与亲本细胞完全一致，但可以含有突变。在本文中包括具有与在最初转化的细胞中筛选或选择的相同功能或生物学活性的突变体子代。
“人抗体”是指拥有氨基酸序列的抗体，所述氨基酸序列对应于由人或人细胞产生的抗体或源自利用人抗体所有组成成分或其他人抗体编码序列的非人源的抗体的氨基酸序列。这种人抗体的定义明确排除了包含非人抗原结合残基的人源化抗体。
“人共有构架”是表示在人免疫球蛋白VL或VH构架序列的选择中最常出现的氨基酸残基的构架。通常，人免疫球蛋白VL或VH序列的选择是来自可变结构域序列的亚组。通常，序列亚组是如Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest，第五版，NIH Publication 91-3242,Bethesda MD(1991),vols.1-3中的亚组。在一个实施方案中，对于VL，亚组是如Kabat等人，上文的亚组κI。在一个实施方案中，对于VH，亚组是如Kabat等人，上文的亚组III。
“人源化”抗体是指包含来自非人HVR的氨基酸残基和来自人FR的氨基酸残基的嵌合抗体。在某些实施方案中，人源化抗体将包含至少一个，通常两个可变域的基本上全部，其中该HVR(例如CDR)的全部或基本上全部对应于非人抗体的那些，以及该FR的全部或基本上全部对应于人抗体的那些。人源化的抗体任选地可以包含源自人抗体的抗体恒定区的至少一部分。抗体的“人源化形式”，例如，非人抗体，是指已经历人源化的抗体。
术语“高变区”或“HVR”是指抗体可变结构域中在序列上高度可变和/或形成结构上定义的环(“高变环”)的每个区域。通常，天然的四链抗体包含六个HVR；三个在VH(H1、H2、H3)，三个在VL(L1、L2、L3)。HVR通常包含来自高变环和/或来自“互补决定区”(CDR)的氨基酸残基，后者典型地为最高序列可变性的和/或参与抗原识别。如本文所用的HVR区包括位于位置24-36(对于HVRL1)、46-56(对于HVRL2)、89-97(对于HVRL3)、26-35B(对于HVRH1)、47-65(对于HVRH2)和93-102(对于HVRH3)内的任何数量的残基。
“个体”或“患者”或“受试者”是哺乳动物。哺乳动物包括，但不限于，家畜(例如，奶牛、绵羊、猫、狗和马)，灵长类动物(例如，人类和非人类的灵长类动物如猴)，兔和啮齿类动物(例如，小鼠和大鼠)。在某些实施方案中，个体或患者或受试者是人。在一些实施方案中，“个体”或“患者”或“受试者”在本文中指任何符合治疗条件的、正在经历或已经历哮喘或呼吸紊乱的一种或多种体征、症状、或其他指标的单一人类受试者。意在被包括作为受试者的是参与临床研究试验未显示任何疾病的临床征兆的任何受试者、或参与流行病学研究的受试者，或曾经用作对照的受试者。受试者可能之前已经用TH2途径抑制剂或另一种药物治疗或者未经治疗。当开始本文治疗时，受试者可以是对TH2抑制剂幼稚的，即受试者可能在“基线”时事先没有用例如Th2抑制剂治疗(即在本文的治疗方法中施用第一剂量的TH2抑制剂之前设定的时间点，例如在开始治疗前筛选受试者的那天)。这样的“幼稚”受试者通常被认为是用这种药物治疗的候选者。
“小儿”个体或患者或受试者是从出生到18岁(或0至18岁)的人。在一些实施方案中，小儿个体或患者或受试者是从2至6、2至17、6至11、6至18、6至17、8至17、12至17或12至18岁。
“分离的”抗体是已经与其天然环境组分分离的抗体。在一些实施方案中，如通过，例如，电泳(例如，SDS-PAGE、等电聚焦(IEF)、毛细管电泳)或色谱(例如，离子交换或反相HPLC)确定，抗体被纯化至纯度大于95％或99％)。对于抗体纯度的评估方法的综述，参见，例如，Flatman等人，J.Chromatogr.B 848：79-87(2007)。
“分离的”核酸是指已与其天然环境的组分分离的核酸分子。分离的核酸包括在通常包含该核酸分子的细胞中所包含的核酸分子，但是该核酸分子存在于染色体外或在与其天然染色***置不同的染色***置。
“编码抗靶标抗体的分离的核酸”是指编码抗体重链和轻链(或其片段)的一种或多种核酸分子，包括在单一的载体或不同的载体中的这样的核酸分子，以及存在于宿主细胞中的一个或多个位置的这样的核酸分子。
术语“单克隆抗体”是指从一群基本上同质的抗体获得的抗体，即包括在该群的各体抗体是相同的和/或结合相同的表位，除了可能的变体抗体，例如，含有天然发生的突变或在单克隆抗体的制备的生成过程中产生的，这样的变体一般是少量存在。与通常包括针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制剂相反，单克隆抗体制剂的每种单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。因此，修饰语“单克隆”指示抗体从抗体的基本上同质群获得的特征，而不应被解释为需要通过任何特定方法生产抗体。例如，根据本文所提供的方法所使用的单克隆抗体可通过多种技术来制造，包括但不限于杂交瘤方法、重组DNA方法、噬菌体展示方法和利用含有全部或一部分的人类免疫球蛋白基因座的转基因动物的方法，这样的方法以及用于制备单克隆抗体的其他示例性方法在本文中描述。
“裸抗体”是指未缀合异源部分(例如，细胞毒性部分)或放射性标记的抗体。裸抗体可以存在于药物制剂中。
“天然抗体”是指具有不同结构的天然存在的免疫球蛋白分子。例如，天然IgG抗体是约150,000道尔顿的、由通过二硫键结合的两条相同的轻链和两条相同的重链组成的异四聚体糖蛋白。从N-到C-末端，每个重链具有可变区(VH)，也称为可变重结构域或重链可变结构域，随后是三个恒定结构域(CH1、CH2和CH3)。同样，由N-到C-末端，每个轻链具有可变区(VL)，也被称为可变轻结构域或轻链可变结构域，随后是恒定的轻(CL)结构域。根据它的恒定结构域的氨基酸序列，抗体的轻链可以分配两种类型之一，称为kappa(κ)和lambda(λ)。
术语“包装插页”用于指通常包括在治疗产品的商业包装中的说明书，其含有关于涉及使用这样的治疗产品的适应症、用法、剂量、施用、组合疗法、禁忌症和/或警告的信息。术语“包装插页”也用于指通常包括在诊断产品的商业包装中的说明书，其包含有关预期应用、试剂的测试原理、制备和处理，标本收集和制备，测定法校准和测定程序、性能和精度数据如该测定法的灵敏度和特异性的信息。
相对于参考多肽序列的“百分比氨基酸序列同一性(％)”被定义为在比对序列并引入空位后(如果需要)以达到最大百分比的序列同一性，并且不考虑任何保守取代作为序列同一性的一部分，在候选序列中与参照多肽序列中的氨基酸残基相同的氨基酸残基的百分比。为确定百分比氨基酸序列同一性的目的所进行的比对可以以本领域技术范围内的各种方式实现，例如，使用公众可得到的计算机软件，诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或MEGALIGN(DNASTAR)软件。本领域技术人员可以确定用于比对序列的适当参数，包括在被比较的全长序列上实现最大比对所需的任何算法。然而，为了本文的目的，使用序列比较计算机程序ALIGN-2产生％氨基酸序列同一性值。ALIGN-2序列比较计算机程序由Genentech公司编写，并且源代码已经以用户文档提交给美国版权局，华盛顿，20559，以美国版权注册号TXU510087注册。ALIGN-2程序可公开获自Genentech,Inc.,South San Francisco,California，或者可以从源代码编译。ALIGN-2程序应当编译成在UNIX操作***上使用，包括数字UNIX V4.0D。所有序列比较参数由ALIGN-2程序设定且不变。
在ALIGN-2被用于氨基酸序列比较的情况中，给定氨基酸序列A对、与或针对于给定氨基酸序列B的％氨基酸序列同一性(其可以备选地表述为具有或包括对、与或针对于给定氨基酸序列B的一定％氨基酸序列同一性的给定氨基酸序列A)计算如下：
100乘以分数X/Y，其中X是由序列比对程序ALIGN-2在A和B的该程序比对中，被评分为相同匹配的氨基酸残基的数目，其中Y是在B中氨基酸的总数。应当理解的是，当氨基酸序列A的长度不等于氨基酸序列B的长度时，A与B的％氨基酸序列同一性将不等于B与A的％氨基酸序列同一性。除非另有特别声明，本文所用的所有％氨基酸序列同一性值是使用ALIGN-2计算机程序按照在前面紧接的段落中的描述获得的。
术语“药物制剂”是指一种制剂，其形式允许包含在其中的活性成分的生物活性是有效的，并且其不含有对将被施用该制剂的受试者是不可接受的毒性的额外组分。
“药学上可接受的载体”是指在药物制剂中除了活性成分以外的成分，它是对受试者无毒的。药学上可接受的载体包括，但不限于，缓冲剂、赋形剂、稳定剂或防腐剂。
术语“靶标”是指来自包括哺乳动物如灵长类动物(例如人)和啮齿类动物(例如，小鼠和大鼠)的任何脊椎动物来源的任何天然分子，除非另外指出。该术语涵盖从细胞中处理产生的“全长”、未处理的靶标以及任何形式的靶标。该术语还包括靶标的天然存在的突变体，例如剪接变体或等位基因变体。
术语“治疗”(及其语法变型如“治疗(名词)”或“治疗(动词)”)是指临床介入以试图改变被治疗的个体的自然进程，并且可以执行以用于预防或在临床病理学的过程中执行。治疗的期望效果包括，但不限于，预防疾病的发生或复发、缓解症状、减少疾病的任何直接或间接病理学后果、预防转移、降低疾病进展速率、改善或的缓解疾病状态、以及免除或改善预后。在一些实施方案中，抗体用于延迟疾病的发展或用于减缓疾病的进展。
术语“可变区”或“可变结构域”是指参与抗体结合抗原的抗体重链或轻链的结构域。天然抗体的重链和轻链(分别为VH和VL)的可变结构域通常具有相似的结构，其中每个结构域包括四个保守的构架区(FR)和三个高变区(HVR)。(参见，例如，Kindt等人，KubyImmunology，第6版，W.H.Freeman and Co.,第91页(2007)。)单一的VH或VL结构域可以是足以赋予抗原结合特异性。此外，结合特定抗原的抗体可以使用VH或VL结构域从结合抗原的抗体来分离以分别筛选互补的VL或VH结构域的文库。参见，例如，Portolano等人，J.Immunol.150:880-887(1993)；Clarkson等人，Nature 352：624-628(1991)。
术语“载体”是指能够传播其所连接的另一核酸的核酸分子。该术语包括作为自我复制的核酸结构的载体，以及掺入到其已被导入的宿主细胞的基因组中的载体。某些载体能够指导与其有效连接的核酸的表达。此种载体在本文中称为“表达载体”。
组合物和方法
在一个方面，本发明是部分地基于，新型诊断测定法和更好的治疗方法。在一些实施方案中，提供了治疗哮喘和其它疾病的更好的方法。
示例性的抗体
抗IL-13抗体
在一个方面，本发明提供了结合人IL-13的分离的抗体。
在一个实施方案中，抗IL-13抗体包括：包含氨基酸序列SEQ ID NO：14的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：15的HVR-L2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3；包含氨基酸序列SEQ ID NO：11的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：12的HVR-H2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：13的HVR-H3。
在另一个实施方案中，抗体包含可变区序列SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：10。在另一个实施方案中，抗体包含可变区序列SEQ ID NO：19和SEQ ID NO：20。在另一个实施方案中，抗体包含可变区序列SEQ ID NO：21和SEQ ID NO：20。
在任何上述实施方案中，抗IL-13抗体可以被人源化。在一个实施方案中，抗IL-13抗体包括如在任何上述实施方案中的HVR，并且还包括受体人构架，例如人免疫球蛋白构架或人共有构架。
在另一个方面，抗IL-13抗体包含与SEQ ID NO：9的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性的重链可变结构域(VH)序列。在某些实施方案中，具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的VH序列含有相对于参考序列的取代(例如，保守取代)、***或缺失，但是包含该序列的抗IL-13抗体保留结合到人IL-13的能力。在某些实施方案中，在SEQ IDNO：9中取代、改变的***和/或缺失总共1至10个氨基酸。在某些实施方案中，取代、***或缺失发生在HVR外的区域中(即，在FR中)。任选地，抗IL-13抗体包括SEQ ID NO：9的VH序列，包括该序列的翻译后修饰。任选地，抗IL-13抗体包括SEQ ID NO：19的VH序列，包括该序列的翻译后修饰。任选地，抗IL-13抗体包括SEQ ID NO：21的VH序列，包括该序列的翻译后修饰。
在另一个方面，提供抗IL-13抗体，其中该抗体包括与SEQ ID NO：10的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性的轻链可变结构域(VL)。在某些实施方案中，具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的同一性的VL序列含有相对于参考序列的取代(例如，保守取代)、***或缺失，但是包含该序列的抗IL-13抗体保留了结合IL-13的能力。在某些实施方案中，在SEQ ID NO：10中总共有1至10个氨基酸被取代、***和/或缺失。在某些实施方案中，取代、***或缺失发生在HVR外的区域中(即，在FR中)。任选地，抗IL-13抗体包括SEQ ID NO：10的VL序列，包括该序列的翻译后修饰。任选地，抗IL-13抗体包括SEQ ID NO：20的VL序列，包括该序列的翻译后修饰。任选地，抗IL-13抗体包括SEQ ID NO：22的VL序列，包括该序列的翻译后修饰。
在又一个实施方案中，抗IL-13抗体包括与SEQ ID NO：10的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性的VL区和与SEQ ID NO：9的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性的VH区。在又进一步的实施方案中，抗IL-13抗体包括：包含氨基酸序列SEQ ID NO：14的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：15的HVR-L2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：16的HVR-L3；包含氨基酸序列SEQ ID NO：11的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：12的HVR-H2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：13的HVR-H3。
在另一个方面，提供抗IL-13抗体，其中该抗体包含任何以上提供的实施方案中的VH，以及任何以上提供的实施方案中的VL。
在进一步的方面，本发明提供与本发明提供的抗IL-13抗体结合于相同表位的抗体。例如，在某些实施方案中，提供了一种抗体，其与包含SEQ ID NO：9的VH序列和SEQ IDNO：10的VL序列的抗IL-13抗体结合于相同的表位，或者可以被该抗IL-13抗体竞争性抑制。
在本发明的进一步的方面，根据上述任何实施方式的抗IL-13抗体可以是单克隆抗体，包括嵌合的、人源化的或人抗体。在一个实施方案中，抗IL-13抗体是抗体片段，例如，Fv、Fab、Fab’、scFv抗体、双抗体，或F(ab’)2片段。在另一个实施方案中，抗体是全长抗体，例如，完整的IgG1或IgG4抗体或如本文所定义的其它抗体类或同种型。根据另一个实施方案中，抗体是双特异性抗体。在一个实施方案中，双特异性抗体包括HVR或包括上述VH和VL区。
在进一步的方面，根据任何上述实施方案的抗IL-13抗体可单独或组合地结合任何特征，如在下面章节1-7中描述：
抗M1’抗体
在一个方面，本发明提供了结合到在人B细胞上表面表达的IgE的膜近端M1’区域的分离的抗体。
在一个实施方案中，抗M1’抗体包括：包含氨基酸序列SEQ ID NO：6的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：7的HVR-L2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：8的HVR-L3；包含氨基酸序列SEQ ID NO：3的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：4的HVR-H2；和包含氨基酸序列SEQID NO：5的HVR-H3。
在另一个实施方案中，抗体包含可变区序列SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2。
在任何上述实施方案中，抗M1’抗体可以被人源化。在一个实施方案中，抗M1’抗体包含如在任何上述实施方案中的HVR，并且还包括受体人构架，例如人免疫球蛋白构架或人共有构架。
在另一个方面，抗M1’抗体包括与SEQ ID NO：1的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性的重链可变结构域(VH)序列。在某些实施方案中，具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的同一性的VH序列包含相对于参考序列的取代(例如，保守取代)、***或缺失，但包含该序列的抗M1’抗体保留了结合到人M1’的能力。在某些实施方案中，在SEQ ID NO：1中总共有1至10个氨基酸被取代、改变的***和/或缺失。在某些实施方案中，取代、***或缺失发生在HVR外的区域中(即，在FR中)。任选地，抗M1’抗体包含SEQ ID NO：1的VH序列，包括该序列的翻译后修饰。
在另一个方面，提供了抗M1’抗体，其中该抗体包括与SEQ ID NO：2的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性的轻链可变域(VL)。在某些实施方案中，具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的同一性的VL序列包含相对于参考序列的取代(例如，保守取代)、***或缺失，但包含该序列的抗M1’抗体保留了结合于M1’的能力。在某些实施方案中，在SEQ IDNO：2中总共有1至10个氨基酸被取代、***和/或缺失。在某些实施方案中，取代、***或缺失发生在HVR外的区域中(即，在FR中)。任选地，抗M1’抗体包含SEQ ID NO：2的VL序列，包括该序列的翻译后修饰。
在另一个实施方案中，抗M1’抗体包括与SEQ ID NO：2的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性的VL区以及与SEQ ID NO：1的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列同一性的VH区。在又进一步的实施方案中，抗M1’抗体包括包含氨基酸序列SEQ ID NO：6的HVR-L1；包含氨基酸序列SEQ ID NO：7的HVR-L2；包含氨基酸序列SEQ ID NO：8的HVR-L3；包含氨基酸序列SEQ ID NO：3的HVR-H1；包含氨基酸序列SEQ IDNO：4；HVR-H2；和包含氨基酸序列SEQ ID NO：5的HVR-H3。
在另一个方面，提供抗M1’抗体，其中该抗体包含如在任何上述实施方案中的VH，以及如在任何上述实施方案中的VL。
在进一步的方面，本发明提供了与本文所提供的抗M1’抗体结合于相同的表位的抗体。例如，在某些实施方案中，提供了一种抗体，其与包含SEQ ID NO：1的VH序列和SEQ IDNO：2的VL序列的抗M1’抗体结合于相同的表位，或者可以被其竞争性抑制。
在本发明的进一步的方面，根据任何上述实施方案的抗M1’抗体可以是单克隆抗体，包括嵌合的、人源化的或人抗体。在一个实施方案中，抗M1’抗体是抗体片段，例如，Fv、Fab、Fab’、scFv、双抗体、或F(ab’)2片段。在另一个实施方案中，该抗体是全长抗体，例如，完整的IgG1或IgG4抗体或其它如本文所定义的抗体类或同种型。根据另一个实施方案中，抗体是双特异性抗体。在一个实施方案中，双特异性抗体包含HVR或包含上述VH和VL区。
在进一步的方面，根据任何上述实施方案的抗M1’抗体可以单独或组合地结合任何特征，，如在下面章节1-7描述：
1.抗体亲和力
在某些实施方案中，本文提供的抗体具有≤1μM、≤100nM、≤10nM、≤1nM、≤0.1nM、≤0.01nM或≤0.001nM(例如10-8M或更小，例如，从10-8M至10-13M，例如从10-9M至10-13M)的解离常数(Kd)。
在一个实施方案中，Kd是通过用目抗体的Fab形式及其抗原，根据由下述测定法描述进行的放射性标记抗原结合测定法(RIA)测量的。Fab对抗原的溶液结合亲和力是在未标记抗原的滴定系列存在下，通过用最小浓度的(125I)标记的抗原平衡Fab，然后捕捉与抗Fab抗体包被的板结合的抗原来测量的(参见，例如，Chen等人，J.Mol.Biol.293:865-881(1999))。为建立用于测定法的条件，在50mM碳酸钠(pH 9.6)中将
Figure BDA0001023977970000621
多孔板(Thermo Scientific)用5μg/ml的捕获抗-Fab抗体(Cappel Labs)过夜包被，并随后在室温下用2％(w/v)牛血清白蛋白在PBS中(大约23℃)封闭2至5小时。在非吸附平板(Nunc#269620)中，将100pM或26pM[125I]-抗原与目的Fab的连续稀释液混合(例如，与抗VEGF抗体Fab-12的评估一致，Presta等人，Cancer Res 57：4593-4599(1997))。然后将目的Fab温育过夜；然而，温育可以持续较长的时间(例如，约65小时)以保证达到平衡。此后，将混合物转移至捕获板并在室温下孵育(例如，一小时)。然后除去溶液，并用在PBS中的0.1％聚山梨醇酯20(
Figure BDA0001023977970000622
)洗涤板八次。当板干燥时，加入150μl/孔的闪烁剂(MICROSCINT-20TM；Packard)，并且将板在TOPCOUNT TMγ计数器(Packard)上计数十分钟。选择给出小于或等于最大结合的20％的各Fab的浓度用于竞争性结合测定法。
根据另一个实施方案中，Kd是利用使用
Figure BDA0001023977970000631
或
Figure BDA0001023977970000632
(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)的表面等离振子共振测定法在25℃使用固定化抗原CM5芯片以～10响应单位(RU)来测量的。简言之，将羧甲基化的葡聚糖生物传感器芯片(CM5，BIACORE,Inc.)根据供应商的说明用N-乙基-N’-(3-二甲基氨基丙基)-碳二亚胺盐酸盐(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)激活。抗原用10mM醋酸钠，pH4.8稀释至5μg/ml(～0.2μM)后以5μl/分钟的流速注射来实现偶联蛋白质的约10个响应单位(RU)。抗原注射后，注射1M乙醇胺以封闭未反应基团。对于动力学测量，在25℃以约25μl/分钟的流速，注射两倍连续稀释的Fab(0.78至500nM)到含0.05％聚山梨酯20(TWEEN-20TM)表面活性剂(PBST)的PBS中。使用通过同时拟合结合和解离传感图的简单的一对一的Langmuir结合模型(
Figure BDA0001023977970000633
评估软件版本3.2)来计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)计算为koff/kon比值。参见，例如，Chen等人，J.Mol.Biol.293:865-881(1999)。如果通过上面的表面等离振子共振测定法的结合速率超过10 6M-1s-1，那么可以在存在如以分光计，如装配停流的分光光度计(Aviv Instruments)或具有搅拌比色杯的8000系列SLM-AMINCO TM分光光度计(ThermoSpectronic)测得的抗原浓度增加时，通过使用测量荧光发射强度(激发＝295nm；发射＝340nm，16nm带通)增加或减少的荧光淬灭技术来确定在25℃在PBS,pH 7.2中20nM抗原抗体(Fab形式)的结合速率。
2.抗体片段
在某些实施方案中，本文提供的抗体是抗体片段。抗体片段包括，但不限于Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2、Fv和scFv片段，以及下面描述的其他片段。关于某些抗体片段的综述，参见Hudson等人,Nat.Med.9:129-134(2003)。关于scFv片段的综述，参见，例如，Pluckthün,in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies,vol.113,Rosenburg和Moore编，(Springer-Verlag,New York),pp.269-315(1994)；还参见WO 93/16185；以及美国专利号5,571,894和5,587,458。包含补救受体结合表位残基且具有增加的体内半衰期的Fab和F(ab’)2片段的讨论，参见美国专利号5,869,046。
双抗体是具有可能是二价或双特异性的两个抗原结合位点的抗体片段。参见，例如，EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等人，Nat.Med.9:129-134(2003)；以及Hollinger等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993)。三抗体和四抗体也描述于Hudson等人，Nat.Med.9:129-134(2003)。
单结构域抗体是包含抗体的全部或一部分的重链可变结构域或者全部或一部分的轻链可变结构域的抗体片段。在某些实施方案中，单结构域抗体是人单结构域抗体(Domantis,Inc.,Waltham,MA；参见，例如，美国专利号6,248,516B1)。
抗体片段可通过各种技术制造，包括但不限于完整抗体的蛋白水解消化以及由重组宿主细胞(例如大肠杆菌或噬菌体)生产，如本文所述。
3.嵌合和人源化抗体
在某些实施方案中，本文提供的抗体是嵌合抗体。某些嵌合抗体描述于，例如美国专利号4,816,567；和Morrison等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855(1984))。在一个例子中，嵌合抗体包括非人的可变区(例如，源自小鼠、大鼠、仓鼠、兔子、或非人类的灵长类动物，如猴的可变区)和人恒定区。在进一步的例子中，嵌合抗体是“类转换的”抗体，其中该类或亚类已从亲本抗体被改变。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
在某些实施方案中，嵌合抗体是人源化抗体。通常情况下，非人抗体被人源化以降低对人类的免疫原性，而保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。通常，人源化抗体包括一个或多个可变结构域，其中HVR，例如，CDR，(或其部分)是源自非人抗体，而FR(或其部分)是源自人抗体序列。人源化抗体任选地还将包括人恒定区的至少一部分。在一些实施方案中，在人源化抗体的一些FR残基被来自非人抗体的相应残基(例如，HVR残基所来源的抗体)取代，例如，以恢复或提高抗体特异性或亲和力。
人源化抗体及制造它们的方法综述于，例如，Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008)，并且进一步描述于，例如，Riechmann等人，Nature332:323-329(1988)；Queen等人，Proc.Nat’l Acad.Sci.USA86:10029-10033(1989)；美国专利号5,821,337、7,527,791、6,982,321和7,087,409；Kashmiri等人，Methods 36:25-34(2005)(描述SDR(a-CDR)接枝)；Padlan,Mol.Immunol.28:489-498(1991)(描述“表面重建”)；Dall’Acqua等人，Methods 36:43-60(2005)(描述“FR改组”)；以及Osbourn等人，Methods 36:61-68(2005)和Klimka等人，Br.J.Cancer,83:252-260(2000)(描述“定向选择”方法来FR改组)。
可用于人源化的人类构架区包括但不限于：使用“最佳拟合”方法来选择的构架区(参见，例如，Sims等人，J.Immunol.151:2296(1993))；源自轻链或重链可变区特定亚组的人抗体的共有序列的构架区(参见，例如，Carter等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285(1992)；以及Presta等人，J.Immunol.,151:2623(1993))；人成熟(体细胞突变的)构架区或人种系构架区(参见，例如，Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008))；以及源自筛选FR库的构架区(参见，例如，Baca等人，J.Biol.Chem.272:10678-10684(1997)和Rosok等人，J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996))。
4.人抗体
在某些实施方案中，本文提供的抗体是人抗体。人抗体可以使用本领域中已知的各种技术来制造。人抗体描述于van Dijk和van de Winkel,Curr.Opin.Pharmacol.5:368-74(2001)以及Lonberg,Curr.Opin.Immunol.20:450-459(2008)。
人抗体可以通过向已被修饰的转基因动物施用免疫原以响应于抗原攻击产生完整的人抗体或具有人可变区的完整抗体来制备。这些动物通常包含全部或一部分的人免疫球蛋白基因座，其取代内源免疫球蛋白基因座，或它们存在于染色体外或随机地整合到动物的染色体中。在这样的转基因小鼠中，内源性免疫球蛋白基因座已普遍被失活。关于从转基因动物获得人抗体的方法综述，参见Lonberg，Nat.Biotech.23:1117-1125(2005)。也参见，例如，描述XENOMOUSETM技术的美国专利号6,075,181和6,150,584；描述
Figure BDA0001023977970000661
技术的美国专利号5,770,429；描述
Figure BDA0001023977970000662
技术的美国专利号7041870，和描述
Figure BDA0001023977970000663
技术的美国专利申请公开号US 2007/0061900)。由这样的动物产生的来自完整抗体的人可变区可以被进一步修饰，例如，通过与不同的人恒定区组合。
人抗体也可通过基于杂交瘤的方法制造。已经描述了用于生产人单克隆抗体的人骨髓瘤以及小鼠-人异源骨髓瘤细胞系(参见，例如，Kozbor,J.Immunol.,133:3001(1984)；Brodeur等人，Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications,pp.51-63(Marcel Dekker,Inc.,New York,1987)；以及Boerner等人，J.Immunol.,147:86(1991))。通过人B细胞杂交瘤技术产生的人抗体也描述于Li等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562(2006)。另外的方法包括那些描述于，例如，美国专利号7,189,826(描述从杂交瘤细胞系产生单克隆人IgM抗体)和Ni,Xiandai Mianyixue,26(4):265-268(2006)(描述人与人杂交瘤)。人类杂交瘤技术(三瘤技术)也描述于Vollmers和Brandlein,Histology and Histopathology,20(3):927-937(2005)以及Vollmers和Brandlein,Methods and Findings in Experimental and ClinicalPharmacology,27(3):185-91(2005)。
还可以通过分离从人衍生噬菌体展示文库中选择的Fv克隆可变结构域序列生成人抗体。这种可变结构域序列然后可以与所希望的人恒定结构域相组合。用于从抗体文库选择人抗体的技术如下所述。
5.源自文库的抗体
本发明的抗体可以通过筛选组合文库中具有期望活性的抗体来分离。例如，本领域中已知用于产生噬菌体展示文库和筛选这些文库中具有所期望的结合特性的抗体的各种方法。这样的方法综述于，例如，Hoogenboom等人，Methods in Molecular Biology 178:1-37(O’Brien等人编，Human Press,Totowa,NJ,2001)，并进一步描述于，例如，McCafferty等人，Nature348：552-554；Clackson等人，Nature 352：624-628(1991)；Marks等人，J.Mol.Biol.222:581-597(1992)；Marks和Bradbury，Methods in Molecular Biology248:161-175(Lo编，Human Press,Totowa,NJ,2003)；Sidhu等人，J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004)；Lee等人，J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472(2004)；以及Lee等人，J.Immunol.Methods 284(1-2):119-132(2004)。
在某些噬菌体展示方法中，VH和VL基因的全库分别通过聚合酶链反应(PCR)进行克隆并在噬菌体文库中随机重组，然后可以筛选抗原结合的噬菌体，如描述于Winter等人，Ann.Rev.Immunol.,12:433-455(1994)。噬菌体通常展示抗体片段，或是作为单链Fv(scFv)片段或是作为Fab片段。来自经免疫来源的文库提供对免疫原的高亲和力抗体无需构建杂交瘤。备选地，可以克隆幼稚的全库(例如，来自人类)以提供单一源的抗体到广泛的非自身的以及自身抗原而无需任何免疫，如描述于Griffiths等人，EMBO J,12:725-734(1993)。最后，幼稚的文库还可以通过从干细胞克隆未重排的V基因区段，并使用含有随机序列来编码高度可变的CDR3区并在体外实现重排的PCR引物，来合成制造，如描述于Hoogenboom和Winter，J.Mol.Biol.,227:381-388(1992)。描述人抗体噬菌体文库的专利出版物包括，例如：美国专利号5,750,373和美国专利公开号2005/0079574、2005/0119455、2005/0266000、2007/0117126、2007/0160598、2007/0237764、2007/0292936和2009/0002360。
从人抗体文库分离的抗体或抗体片段被认为是本文的人抗体或人抗体片段。
6.多特异性抗体
在某些实施方案中，本文提供的抗体是多特异性抗体，例如双特异性抗体。多特异性抗体是具有对至少两种不同的位点的结合特异性的单克隆抗体。在某些实施方案中，结合特异性之一是对IL-13，另一个是对任何其它抗原。在某些实施方案中，双特异性抗体可结合IL-13的两个不同表位。双特异性抗体还可用于将细胞毒性剂定位于细胞。双特异性抗体可作为全长抗体或抗体片段来制备。
用于制备多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两个免疫球蛋白的重链-轻链对的重组共表达(参见Milstein和Cuello,Nature305:537(1983))、WO 93/08829以及Traunecker等人，EMBO J.10:3655(1991))以及“杵臼”(knob in hole)改造(参见，例如，美国专利号5,731,168)。多特异性抗体也可以如下制备：通过改造用于制造抗体Fc-异二聚体分子的静电转向效应(WO 2009/089004A1)；交联两种或更多种抗体或片段(参见，例如，美国专利号4,676,980，和Brennan等人，Science，229：81(1985))；使用亮氨酸拉链生产双特异性抗体(参见，例如，Kostelny等人，J.Immunol.,148(5):1547-1553(1992))；使用“双抗体”技术来制造双特异性抗体片段(参见，例如，Hollinger等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:6444-6448(1993))；以及使用单链Fv(sFv)二聚体(参见，例如Gruber等人，J.Immunol.,152:5368(1994))；和制备三特异性抗体，如描述于，例如，Tuttet al.J.Immunol.147:60(1991)。
本文也包括具有三个或更多功能性抗原结合位点的工程改造的抗体，包括“章鱼抗体”(参见，例如US 2006/0025576A1)。
本文的抗体或片段也包括“双效Fab”或“DAF”，其包含结合IL-13以及另一个不同的抗原的抗原结合位点(参见，例如美国2008/0069820)。
7.抗体变体
在某些实施方案中，考虑本文提供的抗体的氨基酸序列变体。例如，可能需要提高抗体的结合亲和力和/或其它生物特性。抗体的氨基酸序列变体可以通过将适当的修饰引入到编码抗体的核苷酸序列中，或通过肽合成来制备。这样的修饰包括，例如，在抗体的氨基酸序列内的残基缺失和/或***和/取代。可进行缺失、***和取代的任何组合，以得到最终的构建体，条件是最终的构建体具有期望的特性，例如，抗原结合。
取代、***和缺失变体
在某些实施方案中，提供了具有一个或多个氨基酸取代的抗体变体。用于取代诱变的目的位点包括HVR和FR。保守取代示于表1，标题为“保守取代”。更实质性的改变在表1中的标题“示例性取代”下提供，并且进一步参照氨基酸侧链的类在下面描述。可以将氨基酸取代引入到目的抗体并筛选产物的所需活性，例如，保留/改善的抗原结合、降低的免疫原性、或者提高的ADCC或CDC。
表1
Figure BDA0001023977970000691
Figure BDA0001023977970000701
氨基酸可以根据共同的侧链特性分组：
(1)疏水性：正亮氨酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile；
(2)中性亲水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln；
(3)酸性：Asp、Glu；
(4)碱性：His、Lys、Ar；
(5)影响链取向的残基：Gly、Pro；
(6)芳香族：Trp、Tyr、Phe。
非保守取代将需要用这些类别中一类的成员与另一类交换。
一种类型的取代变体涉及亲本抗体(例如人源化或人抗体)的一个或多个高变区残基的取代。通常，所得到的、被选择用于进一步研究的变体相对于亲本抗体将在某些生物特性(如增加的亲和性，降低的免疫原性)上具有修饰(例如，改进)和/或将基本上保留了亲本抗体的某些生物特性。示例性的取代变体是亲和力成熟的抗体，其可以方便地生成，例如，使用基于噬菌体展示的亲和力成熟技术，诸如本文所述的那些。简要地说，一个或多个HVR残基被突变并使变体抗体在噬菌体上展示，并筛选特定的生物学活性(例如结合亲和力)。
可以在HVR中进行改变(例如，取代)，例如，以提高抗体的亲和力。这样的改变可在HVR“热点”进行，即由在体细胞成熟过程中发生高频突变的密码子编码的残基(参见，例如，Chowdhury,Methods Mol.Biol.207:179-196(2008))，和/或SDR(a-CDR)，测试得到的变体VH或VL的结合亲和力。通过从次级文库构建并重新选择的亲和力成熟描述于，例如，Hoogenboom等人，Methods in Molecular Biology 178:1-37(O’Brien等人编，HumanPress,Totowa,NJ,(2001).)。在亲和力成熟的一些实施方案中，通过多种方法的任一种(例如，易错PCR、链改组或寡核苷酸定向诱变)将多样性引入到被选择用于成熟的可变基因。然后创建次级文库。然后筛选该文库以鉴定具有所需亲和力的任何抗体变体。引入多样性的另一种方法涉及HVR-定向的方法，其中将若干HVR残基(例如，一次4-6个残基)随机化。参与抗原结合的HVR残基可以被具体鉴定，例如，使用丙氨酸扫描诱变或建模。CDR-H3和CDR-L3特别是经常被靶向的。
在某些实施方案中，取代、***或缺失可以在一个或多个HVRs内发生，只要这样的改变基本上不降低抗体结合抗原的能力。例如，可以在HVRs中进行基本上不降低结合亲和力的保守改变(例如，本文提供的保守取代)。这样的改变可在HVR“热点”或SDR外面。在上面提供的变体VH和VL序列的某些实施方案中，每个HVR或者是未改变的，或者含有不超过一个、两个或三个氨基酸取代。
鉴定可被靶向用于诱变的抗体的残基或区域的有用方法被称为“丙氨酸扫描诱变”，如描述于Cunningham和Wells(1989)Science,244:1081-1085。在该方法中，靶标残基的残基或基团(例如，带电残基如精氨酸、天冬氨酸、组氨酸、赖氨酸和谷氨酸)被鉴定，并被中性或带负电荷的氨基酸(例如，丙氨酸或聚丙氨酸)置换，以确定抗体与抗原的相互作用是否受到影响。可以在被证明对最初的取代是功能敏感的氨基酸位置引入另外的取代。备选地，或附加地，为鉴定抗体和抗原之间的接触点的抗原-抗体复合物的晶体结构。这种接触残基及邻近残基可以作为取代的候选物被靶向或消除。可以筛选变体以确定它们是否包含所需的性质。
氨基酸序列***包括氨基和/或羧基末端融合，长度范围从一个残基至包含一百个或更多残基的多肽，以及单个或多个氨基酸残基的序列内***。末端***的例子包括具有N端甲硫氨酰残基的抗体。抗体分子的其它***变体包括将抗体的N-或C-末端与酶(如用于ADEPT)或增加抗体血清半衰期的多肽融合。
糖基化变体
在某些实施方案中，本文提供的抗体被改变以增加或减少抗体糖基化的程度。抗体糖基化位点的添加或缺失可以通过改变氨基酸序列使得创建或去除一个或多个糖基化位点来方便地完成。
若抗体包含Fc区，附连其上的碳水化合物可被改变。由哺乳动物细胞产生的天然抗体通常包括分支的、双触角寡糖，该寡糖通常由N连接附连到Fc区的CH2结构域的Asn297上。参见，例如，Wright等人，TIBTECH15：26-32(1997)。寡糖可以在双触角寡糖结构的“茎”中包括多种碳水化合物，例如，甘露糖、N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖和唾液酸、以及附连到GlcNAc的岩藻糖。在一些实施方案中，可以进行在本发明的抗体中的寡糖的修饰以产生具有一定改进性质的抗体变体。
在一个实施方案中，提供了具有缺少(直接或间接)附连到Fc区的岩藻糖的碳水化合物结构的抗体变体。例如，岩藻糖在这些抗体的量可以是从1％至80％、从1％至65％、从5％至65％或从20％至40％。通过计算相对于通过MALDI-TOF质谱分析法测得的附连到Asn297的所有糖结构的总和(例如复合物、杂合物和高甘露糖结构)，在糖链内在Asn297处的岩藻糖的平均量来确定岩藻糖的量，如WO 2008/077546中所述。Asn297是指位于Fc区域中大约297位的天冬酰胺残基(Fc区残基的Eu编号)；然而，由于在抗体中的微小序列变异，Asn297也可以位于位置297上游或下游约±3个氨基酸的位置，即位置294和300之间。这种岩藻糖基化变体可具有改善的ADCC功能。参见，例如，美国专利公开号US2003/0157108(Presta,L)；美国2004/0093621(Kyowa Hakko Kogyo Co.,Ltd)。与“脱岩藻糖基化”或“岩藻糖缺乏”的抗体变体相关的出版物的例子包括：US 2003/0157108；WO 2000/61739；WO2001/29246；US2003/0115614；US 2002/0164328；US 2004/0093621；US 2004/0132140；US2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/0109865；WO 2003/085119；WO 2003/084570；WO2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki etal.J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki等人，Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够产生脱岩藻糖基化的抗体的细胞系的例子包括蛋白质岩藻糖基化缺陷的Lec13CHO细胞(Ripka等人，Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；US Pat Appl NoUS 2003/0157108A1,Presta,L；以及WO 2004/056312A1,Adams等人，特别是实施例11)，和敲除细胞系，例如α-1,6-岩藻糖基转移酶基因，FUT8，敲除CHO细胞(参见，例如，Yamane-Ohnuki等人，Biotech.Bioeng.87:614(2004)；Kanda,Y.等人，Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；以及WO2003/085107)。
进一步提供了具有等分的寡糖的抗体变体，例如，其中附连到抗体的Fc区的双触角寡糖被GlcNAc等分。这样的抗体变体可以具有降低的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。这样的抗体变体的例子描述于，例如，WO 2003/011878(Jean-Mairet等人)；美国专利号6,602,684(Umana等人)；和美国2005/0123546(Umana等人)中。还提供了具有在附连到Fc区的寡糖中的至少一个半乳糖残基的抗体变体。这样的抗体变体可以具有提高的CDC功能。这样的抗体变体描述于例如WO 1997/30087(Patel等人)；WO 1998/58964(Raju,S.)；和WO1999/22764(Raju,S.)。
Fc区变体
在某些实施方案中，可以将一个或多个氨基酸修饰引入到本文中提供的抗体的Fc区，由此生成Fc区变体。Fc区变体可以包含人Fc区序列(例如人IgG1、IgG2、IgG3或IgG4Fc区)，其包括在一个或多个氨基酸位置的氨基酸修饰(例如取代)。
在某些实施方案中，本发明设想具有一些但不是全部的效应子功能的抗体变体，这使其成为应用的理想候选物，在该应用中体内抗体半衰期很重要但某些效应子功能(诸如补体和ADCC)是不必要的或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定法，以确认CDC和/或ADCC活性的降低/耗尽。例如，可以进行Fc受体(FcR)结合测定法以确认抗体缺乏FcγR结合(因此有可能缺乏ADCC活性)，但保留了FcRn结合能力。介导ADCC的原代细胞——NK细胞只表达FcγRIII，而单核细胞表达FcγRI、FcγRII和FcγRIII。在造血细胞上的FcR表达概述于Ravetch和Kinet,Annu.Rev.Immunol.9:457-492(1991)第464页的表3。评估目的分子的ADCC活性的体外测法定的非限制性的例子描述于美国专利号5,500,362(参见，例如Hellstrom,I.等人，Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 83:7059-7063(1986))以及Hellstrom,I等人，Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 82:1499-1502(1985)；5,821,337(参见Bruggemann,M.等人，J.Exp.Med.166:1351-1361(1987))。备选地，可以使用非放射性测定法的方法(参见，例如，用于流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性测定法(CellTechnology,Inc.MountainView,CA；以及
Figure BDA0001023977970000741
非放射性细胞毒性测定法(Promega,Madison,WI)。用于这样的测定法的有用的效应子细胞包括外周血单核细胞(PBMC)和天然杀伤(NK)细胞。备选地，或另外地，可以在体内评估目的分子的ADCC活性，例如在动物模型中，例如在Clynes等人Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 95:652-656(1998)公开的模型中。也可以进行C1q结合测定法以确认抗体不能结合C1q并且因此缺乏CDC活性。参见，例如，在WO 2006/029879和WO 2005/100402中的C1q和C3c结合ELISA。为了评估补体激活，可执行CDC测定法(参见，例如，Gazzano-Santoro等人，J.Immunol.Methods 202:163(1996)；Cragg,M.S.等人，Blood 101:1045-1052(2003)；以及Cragg,M.S.和M.J.Glennie,Blood103:2738-2743(2004))。还可以使用本领域已知的方法来执行FcRn结合和体内清除/半衰期测定(参见，例如，Petkova，S.B.等人，Int’l.Immunol.18(12):1759-1769(2006))。
具有降低的效应子功能的抗体包括具有一个或多个Fc区残基238、265、269、270、297、327和329取代的那些(美国专利号6,737,056)的。这样的Fc突变体包括在氨基酸位置265、269、270、297和327的两个或两个以上具有取代的Fc突变体，其中包括残基265和297取代为丙氨酸的所谓的“DANA”Fc突变体(美国专利号7,332,581)。
描述了具有对FcR的提高或降低的结合的某些抗体变体。(参见，例如，美国专利号6,737,056；WO 2004/056312，和Shields等人，J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001)。)
在某些实施方案中，抗体变体包括具有提高ADCC的一个或多个氨基酸取代的Fc区，例如，在Fc区的位置298、333和/或334(残基的EU编号)的取代。
在一些实施方案中，在Fc区作出导致改变的(即或是提高或是降低)C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)的改变，例如，描述于美国专利号6,194,551，WO 99/51642和Idusogie等人，J.Immunol.164:4178-4184(2000)。
在US2005/0014934A1(Hinton等人)中描述了具有增加的半衰期以及与新生儿Fc受体(FcRn)改进的结合的抗体，该新生儿Fc受体负责将母体IgG转移给胎儿(Guyer等人，J.Immunol.117:587(1976)以及Kim等人，J.Immunol.24:249(1994))。那些抗体包括其中具有一个或多个提高Fc区与FcRn结合的取代的Fc区。这样的Fc变体包括具有在Fc区残基238、256、265、272、286、303、305、307、311、312、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424或434的一处或多处的取代的那些，例如，Fc区残基434的取代(美国专利号7,371,826)。
也参见关注Fc区变体的其它例子的Duncan&Winter,Nature322:738-40(1988)；美国专利号5,648,260；美国专利号5,624,821；和WO94/29351。
半胱氨酸改造的抗体变体
在某些实施方案中，可能希望创建半胱氨酸改造的抗体，例如，“thioMAbs”，其中抗体的一个或多个残基被半胱氨酸残基取代。在具体实施方案中，取代的残基发生在抗体的可及位点。通过用半胱氨酸取代那些残基，反应性硫醇基团由此被定位在抗体的可及位点，并且可以用于将抗体缀合到其他部分，例如药物部分或接头-药物部分，以创建免疫缀合物，如本文中进一步描述的。在某些实施方案中，下列残基中的任何一个或多个可以被半胱氨酸取代：轻链的V205(Kabat编号)；重链的A118(EU编号)；和重链Fc区的S400(EU编号)。可以例如，如在美国专利号7,521,541中所描述，生成半胱氨酸改造的抗体。
抗体衍生物
在某些实施方案中，本文提供的抗体可以被进一步修饰以含有本领域中已知的和易于获得的额外的非蛋白质性质部分。适于抗体衍生化的部分包括但不限于：水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性的例子包括，但不限于，聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇共聚物、羧甲基纤维素、葡聚糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧戊烷、聚-1,3,6-三
Figure BDA0001023977970000761
烷、乙烯/马来酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或随机共聚物)、和右旋糖苷或聚(n-乙烯基吡咯烷酮)聚乙二醇、丙二醇均聚物、环氧丙烷/环氧乙烷共聚物、聚氧乙烯化多元醇(例如，甘油)、聚乙烯醇、及其混合物。聚乙二醇丙醛因为其在水中的稳定性而可以具有制造优势。该聚合物可以是任何分子量，并且可以是分支或不分支的。附连到抗体的聚合物数目可以变化，而且如果附连一个以上的聚合物，它们可以是相同或不同的分子。通常，用于衍生化的聚合物的数目和/或类型可以基于考虑来确定，所述考虑包括但不限于待改善的抗体的特定性质或功能，抗体衍生物是否将在所定义的条件下用于治疗等。
在另一个实施方案中，提供了可以通过暴露于辐射而被选择性加热的抗体和非蛋白性质部分的缀合物。在一个实施方案中，非蛋白质性质部分是碳纳米管(Kam等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102:11600-11605(2005))。该辐射可以是任何波长的，并且包括，但不限于，不伤害普通细胞，但将非蛋白质性质部分加热至某个温度的波长，在该温度下在抗体-非蛋白质性质部分近端的细胞被杀死。
重组方法和组合物
可以使用重组方法和组合物生产抗体，例如，如在美国专利号4,816,567所述。在一个实施方案中，提供了编码本文描述的抗体的分离的核酸。这样的核酸可以编码包含抗体的VL的氨基酸序列和/或包含VH的氨基酸序列(例如，抗体的轻链和/或重链)。在进一步的实施方案中，提供了包括这样的核酸的一种或多种载体(例如，表达载体)。在进一步的实施方案中，提供了包括这样的核酸的宿主细胞。在一个这样的实施方案中，宿主细胞包括(例如，已经转化有)：(1)包含编码包含抗体的VL的氨基酸序列和包含抗体的VH的氨基酸序列的核酸的载体，或者(2)包括编码包含抗体的VL的氨基酸序列的核酸的第一载体和包括编码包含抗体的VH的氨基酸序列的核酸的第二载体。在一个实施方案中，宿主细胞是真核的，例如中国仓鼠卵巢(CHO)细胞或淋巴样细胞(例如，Y0、NS0、SP20细胞)。在一个实施方案中，提供了制造抗体的方法，其中该方法包括在适于抗体表达的条件下，培养如上述所提供的包含编码抗体的核酸的宿主细胞，和任选地从宿主细胞中回收抗体(或宿主细胞培养基)。
为了抗体的重组生产，分离例如，如上文所述的编码抗体的核酸，并***用于在宿主细胞中进一步克隆和/或表达的一种或多种载体中。这样的核酸可以使用常规方法(例如通过使用寡核苷酸探针，其能够特异性结合编码抗体的重链和轻链的基因)容易地分离并测序。
用于克隆或表达编码抗体的载体的合适的宿主细胞包括本文所述的原核或真核细胞。例如，可以在细菌中生产抗体，特别是当不需要糖基化和Fc效应子功能时。对于在细菌中的抗体片段和多肽的表达，参见例如，美国专利号5,648,237、5789199和5,840,523。(也参见，Charlton,Methods in Molecular Biology,Vol.248(B.K.C.Lo编，HumanaPress,Totowa,NJ,2003),pp.245-254，其描述在大肠杆菌中的抗体片段的表达。)表达后，可将抗体从细菌细胞糊中以可溶性级分分离，并可以进一步纯化。
除了原核生物，真核微生物诸如丝状真菌或酵母也是合适的克隆或表达编码抗体的载体的宿主，包括真菌和酵母菌株，其糖基化途径已经被“人源化”，导致具有部分或完全人糖基化模式的抗体的产生。参见Gerngross，Nat.Biotech.22:1409-1414(2004)，和Li等人，Nat.Biotech.24:210-215(2006)。
用于糖基化抗体的表达的合适的宿主细胞也可源自多细胞生物体(无脊椎动物和脊椎动物)。无脊椎动物细胞的例子包括植物和昆虫细胞。已鉴定出许多杆状病毒株可以与昆虫细胞一起使用，特别是用于草地夜蛾(Spodoptera frugiperda)细胞转染。
植物细胞培养物也可以用作宿主。参见，例如，美国专利号5959177、6040498、6420548、7,125,978和6417429(描述在转基因植物中生产抗体的PLANTIBODIESTM技术)。
脊椎动物细胞也可用作宿主。例如，适于在悬浮液中生长的哺乳动物细胞系会是有用的。有用的哺乳动物宿主细胞系的其他例子是用SV40转化的猴肾CV1系(COS-7)；人胚肾系(293或293细胞，如描述于，例如，在Graham等人，J.Gen Virol.36:59(1977))；幼仓鼠肾细胞(BHK)；小鼠支持细胞(TM4细胞，如描述于，例如，Mather,Biol.Reprod.23:243-251(1980))；猴肾细胞(CV1)；非洲绿猴肾细胞(VERO-76)；人***细胞(HELA)；犬肾细胞(MDCK；水牛鼠肝细胞(BRL 3A)；人肺细胞(W138)；人肝细胞(Hep G2)；小鼠乳腺肿瘤(MMT060562)；TRI细胞，如描述于，例如，Mather等人，Annals N.Y.Acad.Sci.383:44-68(1982)；MRC 5细胞；和FS4细胞。其它有用的哺乳动物宿主细胞系包括中国仓鼠卵巢(CHO)细胞，包括DHFR-CHO细胞(Urlaub等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77:4216(1980))；和骨髓瘤细胞系，例如Y0、NS0和SP2/0。对于适于抗体生产的某些哺乳动物宿主细胞系的综述，参见，例如，Yazaki和Wu,Methods in Molecular Biology,Vol.248(B.K.C.Lo编，Humana Press,Totowa,NJ),pp.255-268(2003)。
用于诊断和检测的方法和组合物
本发明是至少部分地基于使用特定的生物标记(例如，CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2中的一种或多种以及它们的组合)，以鉴定更多或更少可能对用TH2途径抑制剂的治疗性治疗做出反应的受试者。因此，所公开的方法提供了方便、高效并可能具有成本效益的手段来获得对评估用于治疗患者的合适或有效的疗法的有用的数据和信息。例如，样品可以从哮喘患者或呼吸紊乱患者中获得，并且样品可以通过各种体外测定法来检查以测量特定分析物并确定一个或多个生物标记物的表达水平相比在参考群体中的表达水平是增加了还是减少了。在一些实施方案中，如果在来自患者的样品中CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2中至少1、2、3、4、5、6、7或更多生物标记物的表达水平大于或等于在健康个体中的表达水平，那么患者可能受益于用TH2途径抑制剂的治疗。
可使用本领域中通常已知的方法检测或测量生物标记物，包括蛋白质或核酸。基因或生物标记物的表达水平/量可以基于本领域中已知的任何适当的标准来确定，包括但不限于mRNA、cDNA、蛋白质、蛋白质片段和/或基因拷贝数。检测方法通常涵盖量化在样品中的生物标记物水平(定量方法)，或确定生物标记物是否存在于样品中(定性方法)的方法。本领域技术人员通常已知下列方法中哪种适合于生物标记物的定性和/或定量检测。例如，使用Westerns和免疫测定法，如ELISA、RIA、基于荧光的免疫测定法，可以方便地测定样品的蛋白质，以及使用Northern、斑点印迹、聚合酶链式反应(PCR)分析、阵列杂交、RNA酶保护测定法、或使用可商购的DNA SNP芯片微阵列，包括DNA微阵列快照，测定目的遗传生物标记物的mRNA或DNA。检测生物标记物的进一步适合的方法包括测量特异于肽或多肽的物理或化学性质，例如其精确的分子量或NMR谱。所述方法包括，例如，生物传感器、耦合到免疫测定法的光学装置、生物芯片、分析装置如质谱仪，NMR-分析仪或色谱装置。此外，方法包括基于微板ELISA的方法、全自动或机器人免疫测定法(可例如获自ElecsysTM分析仪)、CBA(酶促Cobalt Binding Assay，可获自例如Roche-HitachiTM分析仪)和乳胶凝集测定法(可获自例如Roche-HitachiTM分析仪)。
在一些实施方案中，mRNA生物标记物可以通过本领域通常已知的任何方法扩增。扩增通常是指从目标生物标记物生产多个生物标记物分子，通常是存在于样品中的生物标记物分子。例如，如果生物标记物是核酸，扩增该核酸是指从靶标核酸生产多个核酸分子，其中引物杂交靶标核酸分子的特定位点，以便提供通过例如聚合酶用于延伸的初始位点。扩增可以通过本领域通常已知的任何方法来进行，例如但不限于：基于PCR的扩增方法，例如标准PCR、长PCR、热启动PCR、qPCR和RT-PCR；等温扩增方法，如基于核酸序列的扩增(NASBA)和转录介导的扩增(TMA)；以及杂交信号扩增方法，如分支DNA测定方法。
在某些实施方案中，如果样品中的基因或生物标记物的表达水平/量大于在参考群体中的基因或生物标记物的表达水平/量，那么样品中的基因或生物标记物的表达水平/量相比于在参考群体中的表达水平/量增加。同样地，如果样品中的基因或生物标记物的表达水平/量小于在参考群体中的基因或生物标记物的表达水平/量，那么样品中的基因或生物标记物的表达水平/量相比于在参考群体中的表达水平/量减少。
在某些实施方案中，针对所测定的RNA或蛋白的量的差异以及所使用的RNA或蛋白质样品的量的变异性，以及测定***次之间的变异性，将样品归一化。这样的归一化可以通过测量并结合某些归一化基因的表达来实现，包括已知的持家基因，如PPIA、ACTB、GAPDH、TFRC等。备选地，归一化可以是基于所有被测定的基因或其较大的子集的平均数或中位数的信号(总体归一化方法)。在基因-基因的基础上，将测得的患者肿瘤mRNA或蛋白质的归一化的量与在参考集合中发现的量相比较。每患者每测试肿瘤的每一mRNA或蛋白质的归一化的表达水平可以表示为在参考集合中测得的表达水平的百分比。在待分析的特定患者样品中测得的表达水平将落在该范围内的一些百分位中，其可以通过本领域中已知的方法来确定。
目的生物标记物和持家基因的表达水平可以从来自哮喘患者或呼吸紊乱患者的生物样品进行测量。所得的生物标记物的检测数据(例如，Ct数据)可以针对用于持家基因的检测数据来归一化，得到ΔCt值(ΔCt＝Ct(生物标记物基因)-Ct(持家基因)。可以计算所测试的生物标记物的ΔCt值的平均值(例如，将对三个生物标记物的一式三份ΔCt相加并除以9)。来自两个或更多个更健康的人的生物样品的相同的目的生物标记物的表达水平可以使用相同的方法来检测，并且可以计算健康人数据的平均值和标准差。备选地，如果为同样的方法开发了取代值(例如，对照)，那么可以使用这些数值代替测试健康人。
在一些实施方案中，哮喘患者或呼吸紊乱患者的平均数Ct或ΔCt值可以与健康人的中位数或平均数Ct或ΔCt值进行如下比较：(1)可以设置阈值，其中在阈值以上，患者将被认为是EIP而在该阈值以下，患者可以被认为是EIN；(2)在一些实施方案中，阈值是健康人(或对照)的中位数Ct或ΔCt值。在一些实施方案中，哮喘患者或呼吸紊乱患者的平均数Ct或ΔCt值可以与健康人的中位数或平均数Ct或ΔCt值进行如下比较：(1)可以设置阈值，其中在阈值以上，患者将被认为是EIP和在该阈值以下，患者可以被认为是EIN；(2)在一些实施方案中，阈值是健康人(或对照)的平均数Ct或ΔCt值的1.5倍或在健康人(或对照)的平均数Ct或ΔCt值的两个标准差以上。
Ct是阈值周期。Ct是周期数，在所述周期数跨过预定的阈值线的反应中产生荧光。
在一些实施方案中，针对参考RNA将实验归一化，该参考RNA是来自各种组织来源的RNA的综合混合物(例如，来自Clontech,Mountain View,CA的参考RNA#636538)。在另一个实施方案中，参考RNA是转铁蛋白受体(TFRC)。在一些实施方案中，在每个定量RT-PCR轮次中包括相同的参考RNA，允许对不同实验轮次之间的结果进行比较。
包括靶基因或生物标记物的生物样品可以通过本领域中已知的方法获得。此外，通过测试这些身体样品的靶标基因或基因产物，可以更容易地监控疗法的进程。
为了生物标记物蛋白的检测，使用这样的测定法形式的广泛的免疫测定技术是可用的，参见，例如，美国专利号4,016,043、4,424,279和4,018,653。这些包括单位点和双位点或非竞争性类型的“三明治”测定法，以及传统的竞争结合测定法。这些测定法也包括将被标记的抗体直接结合于靶标生物标记物。在某些实施方案中，使用免疫组织化学(“IHC”)和染色方法检测样品中的蛋白质的表达。组织切片的免疫组织化学染色已经证明是评估或检测样品中蛋白质存在的可靠方法。免疫组织化学技术利用抗体，通常通过显色或荧光方法来探测及原位显现细胞抗原。
两种一般的方法是可用的；直接和间接测定法。根据第一种测定法，直接确定抗体与靶抗原的结合。这种直接测定法使用被标记的试剂，诸如荧光标签或酶标记的一级抗体，其可以在没有进一步抗体相互作用时可视化。在典型的间接测定法中，未缀合的一级抗体结合于抗原，然后被标记的第二抗体结合于一级抗体。其中第二抗体缀合到酶标记，添加生色或荧光底物以提供抗原的可视化。因为一些二级抗体可以与一级抗体的不同表位反应，因此发生信号放大。
典型地将用可检测的部分来标记一级和/或二级抗体。许多标记是可利用的，其可大致分为以下两类：
(a)放射性同位素，如35S、14C、125I、3H和131I。抗体可以用例如，Current Protocolsin Immunology,第1和2卷，Coligen等人编，Wiley-Interscience,New York,New York,Pubs.(1991)中描述的技术，使用放射性同位素来标记，并且可以使用闪烁计数来测量放射性。
(b)胶体金颗粒。
(c)荧光标记，包括但不限于：稀土螯合物(铕螯合物)、德克萨斯红、罗丹明、荧光素、丹酰、丽丝胺、伞形酮、藻红蛋白，藻蓝蛋白、或可商购的荧光团如SPECTRUM ORANGE7和SPECTRUM GREEN7和/或上述的任意一种或多种的衍生物。荧光标记可使用，例如在上文Current Protocols in Immunology中公开的技术被缀合至抗体。可以使用荧光计来量化荧光。
(d)各种酶-底物标记是可利用的并且美国专利号4,275,149提供了其中一些的综述。酶通常催化可以使用各种技术测量的生色底物的化学改变。例如，酶可以催化底物的颜色变化，其可以用分光光度法来测量。备选地，酶可改变底物的荧光或化学发光。用于量化荧光变化的技术如上所述。化学发光底物通过化学反应被电子激发，然后可发射可以被测量的光(例如，使用化学发光仪)或向荧光受体贡献能量。酶促标记的例子包括萤光素酶(例如，萤火虫萤光素酶和细菌萤光素酶；美国专利号4,737,456)、萤光素、2,3-二氢酞嗪二酮、苹果酸脱氢酶、脲酶、过氧化物酶诸如辣根过氧化物酶(HRPO)、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、葡糖淀粉酶、溶菌酶、糖氧化酶(例如，葡萄糖氧化酶、半乳糖氧化酶和葡萄糖-6-磷酸脱氢酶)、杂环氧化酶(如尿酸酶和黄嘌呤氧化酶)、乳过氧化物酶、微过氧化物酶等。用于将酶缀合于抗体的技术描述于O’Sullivan等人，Methods for the Preparation of Enzyme-Antibody Conjugates for use in Enzyme Immunoassay,在Methods in Enzym.(J.Langone&H.Van Vunakis编),Academic press,New York,73:147-166(1981)。
酶-底物组合的例子包括，例如：
(i)辣根过氧化物酶(HRPO)与过氧化氢酶作为底物，其中过氧化氢酶氧化染料前体(例如，邻苯二胺(OPD)或3,3'，5,5'-四甲基联苯胺盐酸盐(TMB))；
(ii)碱性磷酸酶(AP)与对-硝基苯磷酸盐为显色底物；和
(iii)β-D-半乳糖苷酶(β-D-半乳糖)与生色底物(例如，对硝基苯基-β-D-半乳糖苷酶)或荧光底物(例如，4-甲基伞形酮酰-β-D-半乳糖苷酶)。
许多其它酶-底物组合是本领域技术人员可利用的。有关这些的一般综述，参见美国专利号4,275,149和4,318,980。有时，将标记物间接与抗体缀合。本领域技术人员将知晓用于实现它的各种技术。例如，抗体可以与生物素缀合并且任何上面提及的四大类标签都可以与亲和素缀合，或者反之亦然。生物素选择性地结合亲和素，因此，标签可以以这种间接方式与抗体缀合。备选地，为了实现与抗体标签的间接缀合，抗体缀合到小的半抗原并且上面提及的不同类型的标签中的一个缀合到抗半抗原抗体。因此，可以实现标签与抗体的间接缀合。
在可选的封闭步骤后，在一段足够的时间和合适的条件下，将样品暴露于一级抗体，使得一级抗体结合至样品中的靶蛋白抗原。为实现它的合适的条件可以通过常规实验来确定。抗体与样品的结合程度通过使用上文讨论的可检测标记中的任何一个来确定。在某些实施方案中，标记是酶促标记(例如HRPO)，其催化生色底物如3,3'-二氨基联苯胺色原体的化学变化。在一个实施方案中，酶促标记缀合于特异性结合于一级抗体的抗体(例如一级抗体是兔多克隆抗体并且二级抗体是山羊抗兔抗体)。
在一些实施方案中，样品可与对所述生物标记物特异的抗体在足以形成抗体-生物标记物复合物的条件下接触，以形成复合物，然后检测所述复合物。生物标记物的存在可以以多种方式进行检测，如通过Western印迹和ELISA程序以测定多种组织和样品，包括血浆或血清。使用这样的测定形式的广泛的免疫测定技术是可利用的，参见，例如，美国专利号4,016,043、4,424,279和4,018,653。这些包括单位点和双位点或非竞争性类型的“三明治”测定法，以及传统的竞争结合测定法。这些测定也包括被标记的抗体直接结合于靶标生物标记物。
夹心测定法是最有用且最常用的测定法之一。存在着夹心测定技术的许多变型，并且它们所有都旨在被本发明所涵盖。简言之，在典型的正向测定法中，未标记的抗体固定在固体基质上，并且使待测试的样品与结合的分子接触。温育足以允许形成抗体-抗原复合物的合适的时间后，加入对抗原特异的第二抗体并温育，允许足以用于抗体-抗原标记的抗体的另一种复合物的形成的时间，该第二抗体标记有能够产生可检测信号的报告分子。洗去任何未反应的物质，并且通过观察报告子分子产生的信号来确定抗原的存在。结果通过可见信号的简单观察而可以是定性的，或者可通过与含有已知量的生物标记物的对照样品相比较来量化。
正向测定法的变型包括同时测定法，其中将样品和标记的抗体同时加入至结合的抗体。这些技术是本领域技术人员公知的，包括显而易见的任何的微小变型。在典型的正向夹心测定法中，对于生物标记物具有特异性的第一抗体共价地或被动地结合于固体表面。固体表面典型地是玻璃或聚合物，最常用的聚合物是纤维素、聚丙烯酰胺、尼龙、聚苯乙烯、聚氯乙烯或聚丙烯。固体载体可以是管、珠、微板或任何其他适合于进行免疫测定法的表面。结合过程是本领域公知的，一般由交联共价结合或物理吸附组成，聚合物-抗体复合物在制备时洗涤用于测试样品。然后向固相复合物中加入等分的待测试样品并在合适的条件下(例如从室温到40℃，如在25℃和32℃之间并包括它们)，温育足够的时间(例如2-40分钟或如果更方便的话，过夜)，以允许抗体中存在的任何亚基的结合。在温育时间段后，洗涤抗体亚基固相、干燥并与对生物标记物的一部分特异的第二抗体一起温育。第二抗体连接到用于指示该第二抗体与分子标记的结合的报告分子。
备选的方法涉及固定化样品中的靶标生物标记物，然后将被固定的靶标暴露于特异性抗体，该抗体可以用或不用报告分子标记。根据靶标的量和报告分子信号的强度，结合的靶标可以是通过用抗体直接标记可检测的。备选地，特异于第一抗体的被标记的第二抗体暴露于靶标-第一抗体复合物以形成靶标-第一抗体-第二抗体三元复合物。该复合物通过由报告分子发射的信号来检测。如在本说明书中使用的，“报告分子”意指这样一种分子，其通过其化学性质提供分析上可鉴定的信号，该信号允许抗原-结合的抗体的检测。在这种类型的测定法中最常用的报告分子是酶、荧光团或含放射性核素的分子(即放射性同位素)和化学发光分子。
在酶免疫测定法的情况下，一般通过戊二醛或高碘酸，将酶缀合于第二抗体。然而，如将容易地认识到，存在各种各样的不同缀合技术，这是技术人员容易获得的。常用的酶包括辣根过氧化物酶、葡萄糖氧化酶、半乳糖苷酶和碱性磷酸酶、以及其他。将与特定的酶一起使用的底物通常是在被相应的酶水解时，被选择来产生可检测的颜色变化。合适的酶的例子包括碱性磷酸酶和过氧化物酶。也可以使用产荧光底物，其产生荧光产物而不是上文指出的生色底物。在所有情况下，向第一抗体-分子标记复合物添加酶标记的抗体，使其结合，然后洗除过量的试剂。然后将含有合适底物的溶液加入至抗体-抗原-抗体的复合物。底物将与连接至第二抗体的酶反应，提供定性的视觉信号，这可以被进一步量化，通常通过分光光度法，以给出存在于样品中的生物标记物的量的指示。备选地，荧光化合物，如荧光素和罗丹明，可以化学偶联于抗体而不改变其结合能力。当通过用特定波长的光照明来激活时，荧光染料标记的抗体吸收光能量，诱导分子中的可激发性的状态，随后是以用光学显微镜在视觉上可检测的特征性颜色来发射光。如在EIA中，使荧光标记的抗体结合于第一抗体-分子标记复合物。洗去未结合的试剂后，然后将剩余的三元复合物暴露于适当波长的光，观察到的荧光指示目的分子标记物的存在。免疫荧光和EIA技术都是本领域非常充分建立的。然而，也可使用其它报告分子，如放射性同位素，化学发光或生物发光分子。
本发明的方法进一步包括检查样品中CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2及其组合的至少1、2、3、4、5、6、7或更多种的mRNA的存在和/或表达。对于细胞中的mRNA的评估方法是已知的并包括，例如，使用互补DNA探针的杂交测定法(如使用对一个或多个基因特异的经标记核糖核酸探针的原位杂交，Northern印迹和相关技术)和各种核酸扩增测定法(如使用对一个或多个基因特异的互补引物的RT-PCR，以及其它扩增类型检测方法，例如分支DNA、SISBA、TMA等)。
可以使用Northern、点印迹或PCR分析，方便地测定来自哺乳动物的组织或其他样品的mRNA。例如，RT-PCR测定法，如定量PCR(qPCR)测定法是本领域已知的。在一些实施方案中，qPCR在Roche
Figure BDA0001023977970000861
***上执行。在本发明的说明性实施方案中，用于检测生物样品中的靶标mRNA的方法包括使用至少一种引物通过逆转录从样品产生cDNA；使用靶标多核苷酸作为正义和反义引物扩增如此产生的cDNA以扩增其中的靶标cDNA。此外，这样的方法可以包括，使得能确定生物样品中的靶标mRNA水平的一个或多个步骤(例如，通过同时检查“持家”基因如肌动蛋白家族成员或GAPDH的可比较的对照mRNA序列的水平)。任选地，可以确定经扩增的靶标cDNA的序列。
本发明的可选方法包括通过微阵列技术检查或检测组织或细胞样品中的mRNA，如靶标mRNA的方案。使用核酸微阵列，将来自测试和对照组织样品的测试和对照mRNA样品逆转录并标记以生成cDNA探针。然后将探针杂交至在固体载体上固定化的核酸的阵列。阵列被配置成使得该阵列的每个成员的序列和位置是已知的。例如，一组其表达与抗血管生成疗法的临床益处增加或减少相关联的基因可以在固体载体上排列。标记探针与特定的阵列成员的杂交表明衍生出该探针的样品表达了该基因。疾病组织的基因差异表达分析可以提供有价值的信息。微阵列技术利用核酸杂交技术和计算技术来在单一实验中评价数千个基因的mRNA表达谱。(参见，例如，2001年10月11日公开的WO01/75166；(参见，例如，美国5,700,637、美国专利5,445,934和美国专利5,807,522，Lockart，Nature Biotechnology,14:1675-1680(1996)；Cheung,V.G.等人，Nature Genetics21(Suppl):15-19(1999)对于阵列制造的讨论)。DNA微阵列是包含直接合成到或点样到玻璃或其它基底的基因片段的微型阵列。数千基因通常在单一阵列中表示。典型的微阵列实验包括下列步骤：1)由从样品中分离的RNA制备荧光标记的靶标，2)将被标记的靶标与微阵列杂交，3)洗涤、染色和扫描阵列，4)分析扫描图像和5)产生基因表达图谱。目前正在使用两种主要类型的DNA微阵列：寡核苷酸(通常为25-70mer)阵列和包含从cDNA制备的PCR产物的基因表达阵列。在形成阵列时，寡核苷酸可以是预制的并且点样到表面上或直接在表面上(原位)合成。
Affymetrix
Figure BDA0001023977970000871
***是一种可商购的微阵列***，其包括通过在玻璃表面上直接合成寡核苷酸所制备的阵列。探针/基因阵列：寡核苷酸，通常为25mer，是通过基于半导体的光刻和固相化学合成技术的组合直接合成到玻璃晶片上。每个阵列包含多达400,000不同的寡核苷酸，并且每个寡核苷酸存在数百万拷贝。由于寡核苷酸探针是在阵列上的已知位置合成，杂交模式和信号强度可以由Affymetrix Microarray Suite软件按照基因身份和相对表达水平进行解释。每个基因通过一系列不同的寡核苷酸探针在阵列上表示。每个探针对由完全匹配的寡核苷酸和错配寡核苷酸组成。完全匹配的探针具有完全互补于特定基因的序列，从而测定该基因的表达。错配的探针与完全匹配的探针的不同在于在中心碱基位置的单个碱基取代，干扰靶标基因转录物的结合。这有助于确定促进对完全匹配的寡聚物测得的信号的背景和非特异性杂交。该Microarray Suite软件从那些完全匹配的探针中减去错配的探针的杂交强度，以确定每个探针组的绝对或特定强度值。探针是基于来自Genbank和其它核苷酸库的当前信息进行选择。相信该序列能鉴定出基因的3'端的独特区域。GeneChip Hybridization Oven(“烤肉”炉)用于在同一时间进行多达64个阵列的杂交。射流站执行探针阵列的洗涤和染色。它是完全自动化的并且包含四个模块，其中每个模块保持一个探针阵列。每个模块是使用预编程射流方案通过Microarray Suite软件独立控制。扫描器是共焦激光荧光扫描器，其测量由结合于探针阵列的被标记cRNA所发射的荧光强度。具有Microarray Suite软件的计算机工作站控制射流站和扫描仪。Microarray Suite软件可以使用用于探针阵列的预编程的杂交、洗涤和染色方案来控制多达8个射流站。软件还使用适当的算法为每个基因获得杂交强度数据并将其转换成存在/缺失调用。最后，软件通过比较分析检测在实验之间的基因表达的变化并将输出格式化成.txt文件，这可以与其他软件程序一起用于进一步的数据分析。
也可以通过功能性或基于活性的测定方式来检测组织或细胞样品中所选基因或生物标记物的表达。例如，如果生物标记物是酶，可以进行本领域已知的测定法以确定或检测在组织或细胞样品中给定的酶促活性的存在。
可以根据测试结果在报告中提供患者嗜酸性炎症状态(例如，EIP或EIN)。该报告可以是任何形式的书面材料(例如，纸件或数字形式，或在互联网上)或口头陈述(例如，当面(现场)或记录)。报告可以进一步指示健康专业人员(例如，医师)，该患者可以受益于干扰素抑制剂治疗或可能对干扰素抑制剂治疗做出反应。
本发明的试剂盒具有许多实施方案。在某些实施方案中，试剂盒包括容器，在所述容器上的标签，和在所述容器内包含的组合物；其中该组合物包括一种或多种一级抗体，其结合于对应一种或多种生物标记物的一种或多种靶标多肽序列，容器上的标签表明该组合物可用于评估至少一种类型的哺乳动物细胞中一种或多种靶标蛋白的存在，以及使用该抗体来评价在至少一种类型的哺乳动物细胞中一种或多种靶蛋白存在的说明书。该试剂盒可以进一步包括用于制备组织样品并将抗体和探针施加到组织样品的相同切片的一组说明书和材料。该试剂盒可以包括一级和二级抗体，其中二级抗体缀合到一标记，例如，酶标记。
术语“检测”涵盖定量或定性检测。在某些实施方案中，生物学样品包括细胞或组织，如血清、血浆、鼻拭子和痰。
药物制剂
如本文描述的抗IL-13抗体或其他TH2途径抑制剂的药物制剂是通过混合具有期望纯度的这种抗体或分子与一种或多种任选的药物上可接受的载体(Remington'sPharmaceutical Sciences第16版，Osol,A.编(1980))，以冻干制剂或水溶液的形式来制备。药学上可接受的载体通常在使用的剂量和浓度下对接受者是无毒的，并且包括但不限于：缓冲剂如磷酸盐、柠檬酸盐和其它有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(如氯化十八烷基二甲基苄基铵；氯化六甲双铵；苯扎氯铵；苄索氯铵；苯酚，丁醇或苄基醇；烷基对羟基苯甲酸酯如甲基或丙基对羟基苯甲酸酯；儿茶酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，如血清白蛋白，明胶，或免疫球蛋白；亲水性聚合物如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其它碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂如EDTA；糖，如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；成盐的抗衡离子如钠；金属络合物(例如Zn-蛋白质络合物)；和/或非离子表面活性剂如聚乙二醇(PEG)。本文示例性的药学上可接受的载体还包括insterstitial药物分散剂，如可溶性中性-活性透明质酸酶糖蛋白(sHASEGP)，例如，人可溶性PH-20透明质酸酶糖蛋白，如rHuPH20(
Figure BDA0001023977970000891
Baxter International,Inc.)。某些示例性的sHASEGP和使用方法，包括rHuPH20，描述于美国专利公开号2005/0260186和2006/0104968中。在一个方面，sHASEGP与一种或多种另外的葡糖胺聚糖酶如软骨素酶组合。
示例性的冻干抗体制剂描述于美国专利号6,267,958。含水抗体制剂包括在美国专利号6,171,586和WO2006/044908中描述的那些，后者制剂包括组氨酸-醋酸盐缓冲液。
本文的制剂也可以含有作为被治疗的具体适应症所必需的一种以上的活性成分，优选具有不会不利相互影响的互补活性的那些。例如，可能希望进一步提供具有TH2途径抑制剂的控制剂。这样的活性成分以对于预期目的有效的量适宜地存在于组合中。
活性成分可以包封在制备的微胶囊中，例如通过凝聚技术或通过界面聚合，例如，分别是羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊，在胶体药物递送***中(例如，脂质体，白蛋白微球，微乳剂，纳米颗粒和纳米胶囊)或在粗乳液中。这种技术公开于Remington's Pharmaceutical Sciences第16版，Osol,A.编(1980)。
可制备缓释制剂。缓释制剂的合适例子包括含有抗体的固体疏水聚合物的半透性基质，该基质是定型产品的形式，例如薄膜或微胶囊。
待用于体内施用的制剂通常是无菌的。无菌性可例如，通过无菌过滤膜的过滤，容易地实现。
治疗方法和组合物
嗜酸性炎症与过敏性和非过敏的多种疾病相关联(Gonlugur(2006)Immunol.Invest.35(1):29-45)。炎症是活组织对损伤的修复反应。炎症反应的特征是由于组织自身产生某些化学品而在受伤组织中积累白细胞。嗜酸性粒细胞白细胞在各种各样的条件下累积如过敏性疾病、蠕虫感染、以及肿瘤性疾病(Kudlacz等人，(2002)Inflammation26:111–119)。嗜酸性粒细胞白细胞，作为免疫***的组成部分，是粘膜表面的防御性成分。它们不仅对抗原，而且对寄生虫、化学品和创伤做出反应。
组织嗜酸细胞发生于皮肤疾病，如湿疹、天疱疮、急性荨麻疹、和中毒性表皮坏死松解症、以及发生于特应性皮炎(Rzany等人，Dermatol.135:6-11(1996))。嗜酸性粒细胞在IgE介导的过敏性皮肤反应中在组织积聚并排空颗粒蛋白(Nielsen等人，Ann.AllergyAsthma Immunol.,85:489-494(2001))。嗜酸性粒细胞与肥大细胞结合有可能引起关节发炎(Miossec，J。Clin.Rheumatol.3:81-83(1997))。嗜酸性炎症有时会伴随着关节创伤。滑液嗜酸性粒细胞增多可与疾病如类风湿性关节炎、寄生虫病、高嗜酸性粒细胞综合征、莱姆病、和过敏性过程，以及关节积血和关节造影相关联(Atanes等人，Scand.J.Rheumatol.,25:183-185(1996))。嗜酸性炎症也可影响骨骼(Yetiser等人，Int.J.Pediatr.Otorhinolaryngol.,62:169-173(2002))。嗜酸性肌肉疾病的例子包括嗜酸性肌周围炎、嗜酸性多肌炎、以及病灶嗜酸性肌炎(Lakhanpal等人，Semin.ArthritisRheum.,17:331-231(1988))。影响骨骼肌的嗜酸性炎症可与寄生虫感染或药物或嗜酸细胞过多的某些全身性紊乱的特征相关联(例如，特发性高嗜酸性粒细胞综合征和嗜酸性粒细胞增多-肌痛综合征。嗜酸性粒细胞参与对由自身免疫抗体识别的表位的炎症反应(Engineer等人，Cytokine,13:32-38(2001))。***疾病可能导致中性粒细胞、嗜酸性粒细胞或淋巴细胞血管炎症(Chen等人，J.Am.Acad.Dermatol.,35:173-182(1996))。组织和外周血液嗜酸性粒细胞增多可能会在活性风湿病中发生。在强直性脊柱炎(一种***疾病)中，血清ECP水平升高表明嗜酸性粒细胞也参与基本过程(Feltelius等人，Ann.Rheum.Dis.,46:403-407(1987))。韦格纳肉芽肿会很少出现肺结节、胸腔积液和周围血液嗜酸性粒细胞增多(Krupsky等人，Chest,104:1290-1292(1993))。
在全身性硬化症的病例中有7％会发生至少为400/mm3的外周血液嗜酸性粒细胞增多，在局限性硬皮病的病例中为31％，以及嗜酸性筋膜炎的病例中为61％(Falanga等人，J.Am.Acad.Dermatol.,17:648-656(1987))。硬皮病产生与迈斯纳和奥尔巴赫丛非常类似的炎症过程，并且由在胃肠***中的肥大细胞和嗜酸性粒细胞白细胞组成。源自嗜酸性粒细胞的神经毒素可以有助于胃肠运动功能障碍，如发生在硬皮病中(DeSchryver-Kecskemeti等人，Arch.Pathol.Lab Med.,113:394-398(1989))。
嗜酸性粒细胞可伴有局部(Varga等人，Curr.Opin.Rheumatol.,9:562-570(1997))或全身(Bouros等人，Am.J.Respir.Crit.Care Med.,165:1581-1586(2002))***增生。它们可通过抑制成纤维细胞中的蛋白多糖降解来刺激纤维化(Hernnas等人，Eur.J.Cell Biol.,59:352-363(1992))，并且成纤维细胞通过分泌GM-CSF介导嗜酸性粒细胞存活(Vancheri等人，Am.J.Respir.Cell Mol.Biol.,1:289-214(1989))。嗜酸性粒细胞可以发现于鼻腔(Bacherct等人，J.allergy Clin.Immunol.,107:607-614(2001))，支气管(Arguelles等人，Arch.Intern.Med.,143:570-571(1983))以及胃肠息肉组织(Assarian等人，Hum.Pathol.,16:311-312(1985))。同样，嗜酸性粒细胞可以在炎性假瘤(肌纤维母细胞瘤)中局部化。嗜酸性粒细胞经常伴随在眼窝区域炎性假瘤，在这种情况下，该病况可以模仿血管水肿或过敏性鼻结膜炎(Li等人，Ann.Allergy,69:101-105(1992))。
嗜酸性炎症可见于组织创伤中(例如，如手术或受伤的结果)。嗜酸性炎症也可以与心血管疾病(例如，嗜酸性心肌炎、嗜酸性冠状动脉炎、缺血性心脏疾病、急性心肌梗塞、心脏破裂)相关联。坏死炎症过程也可涉及嗜酸性炎症(多肌炎、冠状动脉剥离、神经***坏死性病变、痴呆、脑梗塞)。
在Th2细胞驱动的/嗜酸性哮喘亚表型的非侵入性的生物标记物是血清骨膜蛋白、呼出气一氧化氮分数(FeNO水平)和外周血液嗜酸性粒细胞计数。参见Arron等人，(2013)Adv Pharmacol 66:1-49。这些标记物中，血清骨膜蛋白已进展为来金珠单抗的预测性诊断，因为它在重度哮喘的BOBCAT观察研究中，是气道嗜酸性粒细胞状态的最佳单预测物(如通过痰和组织嗜酸性粒细胞过多的复合所确定)(Jia等人，(2012)J Allergy ClinImmunol 130:647-654e10)，它在MILLY研究中，在两个剂量前下都比FeNO或血液嗜酸性粒细胞展现出大幅减少的患者内的变异性(Corren等人，(2011)N Engl J Med 365:1088-98)，并且可以在标准化的、广泛可获得的测定平台上利用，既不需要专门的重点照护检验仪器(如FeNO)，也不依赖于在现有的临床实验室中未广泛标准化的自动细胞计数器(如血液嗜酸性粒细胞)。而血清骨膜蛋白似乎是用于成人哮喘的Th2细胞/嗜酸粒细胞亚型的强大且一致的生物标记物，然而其是否可以适用于儿科哮喘尚未可知。
在MILLY研究中，在基线时具有高于50ng/ml的血清骨膜蛋白水平的、尽管ICS但具有不太受控的哮喘的成人，在来金珠单抗治疗12周后，表现出血清骨膜蛋白的平均14.4％的减少(p＝0.001)，而具有基线血清骨膜蛋白水平低于50ng/ml的患者在治疗期间展现出血清骨膜蛋白的非显著减少2.9％(p＝0.3)。参见Scheerens等人，(2012)Am J RespirCrit Care Med 185:A3960。来金珠单抗治疗12周后，血清骨膜蛋白水平在哮喘患者中的分布与在健康对照成人中的血清骨膜蛋白水平的分布重叠(Arron等人，Annals Am.ThoracicSoc.,(2013)出版，DOI:10.1513/AnnalsATS.201303-047AW)。这些结果表明，在具有高血清骨膜蛋白的成人哮喘患者中，在背景水平以上的过量的骨膜蛋白是由于在气道中的IL13活性，并且这种过量构成了全身总骨膜蛋白的约10-15％。
骨膜蛋白最初被鉴定为成骨细胞的产物，该细胞产生骨基质。参见Horiuchi等人，(1999)J Bone Miner Res 14:1239-49。解剖学上，在骨中的骨膜蛋白表达在发育期间定位于软骨内和膜内骨化位点，这表明骨膜蛋白的表达水平可与骨生长速率相关联。在幼年小鼠中，全身骨膜蛋白水平和骨转换标记物升高，随动物成熟而降低并且从8周龄开始在整个成年期达到相对稳定的水平。参见Contie等人，(2010)Calcif Tissue Int 87:341-5。在人类中，虽然与在成人中相比，在儿科人群中哮喘更通常与特应性和2型炎症相关联，但在哮喘儿童中仍然有嗜酸性和非嗜酸性气道炎症的子集的证据。参见Baraldo等人，(2011)EurRespir J 38:575-83。因此鉴定具有增加的Th2/嗜酸性气道炎症的哮喘儿童的生物标记物可能用于使得能够进行患者选择来证明来自抗IL-13和其它靶向2型炎症的治疗的临床益处。
本发明人发现在年龄低于18岁的小儿受试者中，全身骨膜水平升高，但在大于18岁的哮喘患者中展现出无年龄依赖。为了鉴定与嗜酸性气道炎症相关，但不太可能与骨骼生长混淆的生物标记物，在大型的中-重度哮喘患者队列中进行了全基因组表达分析以鉴定与外周血液嗜酸性粒细胞计数相关的转录物。随后对这些转录物的子集在MILLY研究中作为预测自来金珠单抗的提高的临床益处的生物标记物进行了验证。随后证实了在成人哮喘患者中可预测自来金珠单抗的增强的临床益处的外周血转录物的子集，展现出与血液嗜酸性粒细胞百分比相似的相关性，并且在成人和小儿哮喘患者中的年龄依赖性最小。
本文提供了通过测量患者生物样品中至少一种嗜酸性炎症标记物的水平，来鉴定被预测为对TH2途径抑制剂的治疗做出反应(或将做出反应)的嗜酸性炎症阳性(EIP)患者的方法，其中在患者的样品中，一种或多种标记物选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2。
本文还提供了治疗哮喘、嗜酸性紊乱、IL-13介导的紊乱、IL4介导的紊乱、IL9介导的紊乱、IL5介导的紊乱、IL33介导的紊乱、IL25介导的紊乱、TSLP介导的紊乱、IgE介导的紊乱或哮喘样症状的方法，包括向嗜酸性炎症阳性患者施用TH2途径抑制剂，其中该患者被使用EID测定法诊断为是EIP。
在某些实施方案中，提供了一种治疗哮喘、嗜酸性紊乱、IL-13介导的紊乱、IL-4介导的紊乱或IgE介导的紊乱的方法，包括向嗜酸性炎症阳性患者施用来金珠单抗。
在某些实施方案中，治疗哮喘、嗜酸性紊乱、IL-13介导的紊乱、IL-4介导的紊乱或IgE介导的紊乱的方法包括每4周向罹患该紊乱的患者施用125-500mg平坦剂量的来金珠单抗。
还提供了治疗哮喘(或呼吸疾病)的方法，包含向哮喘患者施用治疗有效量的来金珠单抗，其中该治疗导致大于5％的FEV1的相对变化。在另一个实施方案中，FEV1大于6％、7％、8％、9％或10％FEV1。在另一个实施方案中，患者已经使用EID测定法被诊断为EIP。
在某些实施方案中，提供了治疗哮喘(或呼吸疾病)的方法，包括向哮喘患者施用治疗有效量的来金珠单抗，其中该治疗导致大于35％的加重速率的降低。(其它实施方案中，大于36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、高达85％；另一个实施方案中，其中该患者已被诊断为EIP)。
在某些实施方案中，提供了治疗哮喘(或呼吸疾病)的方法，包括向哮喘患者施用治疗有效量的来金珠单抗，其中该治疗导致夜间觉醒的降低。在一个实施方案中，患者被使用EID测定法进行诊断。在另一个实施方案中，患者的哮喘是不受皮质类固醇控制的。在另一个实施方案中，患者被诊断为EIP。
还提供了治疗哮喘(或呼吸疾病)的方法，包括向哮喘患者施用治疗有效量的来金珠单抗，其中该治疗导致哮喘控制的改进。在一个实施方案中，患者被使用EID测定法进行诊断。在另一个实施方案中，哮喘是不受皮质类固醇治疗控制的。在另一个实施方案中，患者被诊断为患有EIP。
提供了治疗哮喘(或呼吸疾病)的方法，包括向哮喘患者施用治疗有效量的来金珠单抗，其中该治疗导致在肺中的炎症减少。在一个实施方案中，患者被使用EID测定法进行诊断。在另一个实施方案中，哮喘是皮质类固醇治疗难以控制的。在另一个实施方案中，患者被诊断为患有EIP。
在某些实施方案中，提供了治疗罹患嗜酸性紊乱且正用皮质类固醇治疗的患者中的嗜酸性紊乱的方法，包括向哮喘患者施用治疗有效量的来金珠单抗，其中该治疗导致用于治疗这种疾病的皮质类固醇治疗(量或频率)的减少或消除。在一个实施方案中，患者被使用EID测定法进行诊断。在另一个实施方案中，患者的哮喘是皮质类固醇不可控的。在另一个实施方案中，患者在治疗前被诊断为EIP。
还提供了治疗罹患哮喘(或呼吸疾病)的患者的方法，包括使用EID测定法将该患者诊断为EIP，向哮喘患者施用治疗有效量的TH2途径抑制剂，诊断患者的EIP状态，并且如果状态是EIP则用TH2途径抑制剂再次治疗患者。诊断可使用EID测定法单独或与FENO水平组合进行。在一些实施方案中，待治疗的患者具有超过21ppb的FENO水平。在一些实施方案中，待治疗的患者具有超过35ppb的FENO水平。
在一些实施方案中，提供了使用EID测定法鉴定嗜酸性炎症阴性(EIN)患者并确定该患者是EIN的方法。在一些实施方案中，该方法包括测量来自患者的生物样品中至少一种嗜酸性炎症标记物的水平，其中至少一种、至少两种或至少三种标记物是选自CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2。在一些实施方案中，该至少一种、至少两种或至少三种标记物是选自CSF1、MEIS2、CCL23、HSD3B7、SORD、CACNG6、MGAT3、SLC47A1和ABTB2。在一些实施方案中，该至少一种、至少两种或至少三种标记物是选自MEIS2、LGALS12、IDO1、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、CACNG6和GPR44。在一些实施方案中，该至少一种、至少两种或至少三种标记物是选自CCL23、IDO1、HSD3B7和CACNG6。在一些实施方案中，该至少一种、至少两种、或三种标记物是选自CCL23、IDO1和CACNG6。在一些实施方案中，该至少一种、至少两种、或三种标记物是选自HSD3B7、SIGLEC8和GPR44。在一些实施方案中，该至少一种、至少两种、至少三种、或四种标记物是选自SIGLEC8、CCL23、CACNG6和GPR44。
任何本文提供的TH2途径抑制剂可在本文所述治疗方法中使用，尤其是哮喘。在一个实施方案中，哮喘患者正用皮质类固醇治疗，并且已使用本文所述的EID测定法被诊断为对TH2途径抑制剂是反应性的。在进一步的实施方案中，哮喘患者罹患中度至重度哮喘。在另一个实施方案中，患者是罹患轻度哮喘但未用皮质类固醇治疗。
本发明的抗体(和任何额外的治疗剂)可以通过任何合适的手段施用，包括肠胃外、肺内和鼻内，并且，如果希望局部治疗，则病灶内施用。肠胃外灌注包括肌内、静脉内、动脉内、腹膜内或皮下施用。可以通过任何合适的途径给药，例如通过注射，诸如静脉内或皮下注射，这部分取决于该施用是短暂的或是慢性的。本文预期多种给药方案，包括但不限于在不同的时间点单次或多次施用、推注施用和脉冲灌注。
本发明的抗体将以与优良医学实践一致的方式被配制、给药并施用。在此背景下考虑的因素包括被治疗的具体紊乱、被治疗的具体哺乳动物、个体患者的临床病况、紊乱的起因、递送药剂的部位、施用的方法、施用的日程安排和医学从业人员已知的其它因素。抗体不必、但任选地与目前用于预防或治疗所讨论的紊乱的一种或多种药剂一起配制。这样的其它药剂的有效量取决于存在于制剂中的抗体的量、紊乱或治疗的类型，和上文讨论的其它因素。如本文所述，这些一般都以相同的剂量和施用路径使用，或约本文描述的剂量的1至99％使用，或者以凭经验/在临床上确定是适当的任何剂量和任何途径使用。
对于疾病的预防或治疗，本发明的抗体的合适剂量(当单独使用或与一种或多种其它另外的治疗剂组合使用时)将取决于待治疗的疾病的类型、抗体的类型、疾病的严重程度和病程、施用抗体是用于预防还是治疗目的、先前的疗法、患者的临床史和对抗体的反应、以及主治医师的判断。将抗体一次性或在一系列治疗中适当地施用于患者。根据疾病的类型和严重性，约1μg/kg至15mg/kg(例如0.1mg/kg-10mg/kg)的抗体可以作为初始候选剂量用于施用患者，无论是例如通过一个或多个分开的施用，或是通过连续灌注。一种典型的每日剂量可以在约1μg/kg至100mg/kg或更多的范围，这取决于上述因素。对于数天或更长的重复施用，根据病况，治疗一般会持续直到发生对疾病症状的所需抑制。抗体的一个示例性的剂量将在约0.05mg/kg至约10mg/kg的范围。因此，可以将约0.5mg/kg、2.0mg/kg、4.0mg/kg或10mg/kg(或它们的任何组合)的一个或多个剂量的施用于患者。这种剂量可间歇施用，例如每周或每三周(例如使得患者接受约2至约20，或例如约6剂抗体)。然而，其它剂量方案可能是有用的。此疗法的进展易于通过常规技术和测定法来监控。
在某些实施方案中，本发明的抗体以在37.5mg的平坦剂量(即，非依赖重量的)，或125mg的平坦剂量，或250mg的平坦剂量施用。在某些实施方案中，该剂量每4周通过皮下注射施用一次，持续一段时间。在某些实施方案中，该一段时间是6个月、一年、二年、五年、十年、15年、20年、或患者的生存期。在某些实施方案中，哮喘是重度哮喘并且患者是被吸入式皮质类固醇加第二控制剂药物充分受控的或不受控制的。在另一个实施方案中，患者是使用EID测定法被诊断为EIP状态以确定EIP状态并且患者被选择用于如上所述的抗IL-13抗体治疗。在另一个实施方案中，该方法包括用如上所述的抗IL-13抗体来治疗哮喘患者，其中该患者以前被使用EID测定法诊断为EIP状态以确定EIP状态。在一个实施方案中，哮喘患者是年龄18或以上。在一个实施方案中，哮喘患者是年龄12至17岁并且抗IL-13是以250mg的平坦剂量或125mg的平坦剂量施用。在一个实施方案中，哮喘患者是年龄6至11岁并且抗IL-13抗体是以125mg的平坦剂量施用。
应当理解的是，可使用本发明的免疫缀合物替代抗靶标抗体或加上抗靶标抗体一起来进行任何上述制剂或治疗方法。
制品
在本发明的另一个方面，提供了包含可用于上述紊乱的治疗、预防和/或诊断的材料的制品。该制品包括容器和在容器上或与容器相关联的标签或包装插页。合适的容器包括例如瓶子、小瓶、注射器、静脉溶液袋等。该容器可以由各种材料诸如玻璃或塑料制成。该容器容纳一组合物，其本身或与另一种组合物组合对于治疗、预防和/或诊断病况是有效的，并且可以具有无菌存取口(例如该容器可以是静脉溶液袋或具有可通过皮下注射针刺穿的塞子的小瓶)。在组合物中的至少一种活性剂是本发明的抗体。该标签或包装插页指示该组合物是用于治疗选择的病况。此外，该制品可包括(a)第一容器，其中含有一组合物，其中该组合物包含本发明的抗体；和(b)第二容器，其中装有一组合物，其中该组合物包含其它的细胞毒性剂或其他治疗剂。在本发明的这个实施方案中的制品可进一步包括指示该组合物可用于治疗特定病况的包装插页。备选地，或另外地，该制品可以进一步包括第二(或第三)容器，其含有药学上可接受的缓冲液，如抑菌性注射用水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、林格氏溶液和葡萄糖溶液。可以进一步包括从商业和用户立场上所需的其它材料，包括其它缓冲剂、稀释剂、过滤器、针头和注射器。
应当理解的是，任何上述制品可包括替代抗靶标抗体或加上抗靶标抗体一起的免疫缀合物。
实施例
实施例1-方法
在PAXgene RNA管(PreAnalytiX)中收集血液；使用市售试剂盒，根据制造商说明书(Qiagen)提取总RNA。
通过人类基因组U133Plus 2.0阵列(Affymetrix Inc.,Santa Clara,CA)来评估来自EXTRA研究的血液样品中的候选生物标记物基因的表达。EXTRA研究描述于，例如，Hanania等人，Am.J.RCCM,187:804-811(2013)；以及Hanania等人，Ann.Intern.Med.,154:573-582(2011)。微阵列杂交由Asuragen公司(Austin,TX)进行。使用Robust Multi-arrayAveraging(RMA)对原始CEL文件数据进行总结和归一化，并使用R和Bioconductor进行分析。
在MILLY、BOBCAT和GALA II血液样品中的候选生物标记物基因的表达由FluidigmqPCR测定法量化。
qPCR测定法选择
用特定的引物和探针通过qPCR测量基因表达。所选的使用FAM报告子的测定法购自Applied Biosystems Inc(ABI)的
Figure BDA0001023977970000991
Gene Expression Assays，使用下面两项指南：
1.引物应当跨越至少两个不同的外显子，如果可能，以防止从任何可能残留的基因组DNA的任何PCR扩增；
2.测定法已通过鲁棒性验证并且由该公司推荐。
所包含的基因的测定法ID和ABI提供的背景序列列于表2中。
表2：潜在的生物标记物基因测定法
Figure BDA0001023977970001001
Figure BDA0001023977970001011
还从ABI
Figure BDA0001023977970001012
Endogenous Controls发明者选择了作为用于PCR归一化的基因特异性内源对照的三种持家基因的测定法，并在表3中示出。
表3：内源对照基因测定法
基因 部分编号
PPIA 4333763F
GAPDH 4333764F
TFRC 4333770F
RNA的反转录
使用高容量cDNA反转录试剂盒按照供应商(ABI)提供的方案在20μl反应体积中执行临床样品的PAXgene RNA到单链cDNA的反转录(RT)。简单地说，制备具有RNA酶抑制剂和逆转录酶的主混合物并在96孔PCR微孔板中与50ng/μl的总RNA等体积混合。在热循环仪上进行RT反应。然后将RT产物用不含核酸酶的水稀释至10ng/μl，并储存在-20℃。
cDNA的预扩增
为了在Fluidigm***中实现低基因表达的最佳结果，推荐Specific TargetAmplification(STA)。Specific Target Amplification(STA)采用了来自AppliedBiosystems(ABI)的
Figure BDA0001023977970001021
PreAmp Master Mix and
Figure BDA0001023977970001022
Gene ExpressionAssays。合并在上表中示出的用于嗜酸性粒细胞相关的候选基因的45个基因表达测定和用于持家基因的3对照表达测定并用不含核酸酶的TE缓冲液稀释至0.2X。按照在PreAmp试剂盒中提供的方案，以所合并的基因表达测定在反应中只作为目的靶标的引物，在含有12.5ng的cDNA的5μl体积中执行预扩增，进行推荐的14个循环。将预扩增的DNA用不含核酸酶的TE缓冲液稀释5倍，并存储于4℃或在-20℃长期存储。在预扩增过程中还包括两个内部参考，一个源自经纯化的人嗜酸性粒细胞和另一个购自Clontech实验室。
Fluidigm平台PCR反应
用来自Fluidigm的BioMarkTM System的96.96Dynamic Array IntegratedFluidic Circuits(IFCs)，按照供应商的指南进行基因表达的qPCR。简而言之，在IFC控制器上，将Dynamic Array IFC用控制线流体引发。在无DNA的环境下，分开制备样品和测定物，每种样品和测定物各是5μl。将96个样品和48个测定物(一式两份)放置在DynamicArray IFC上并使用IFC控制器上样。然后在BioMark***上运行Dynamic Array IFC用于实时PCR和数据收集。应用于每个IFC的每个96个样品集包括88个临床样品，阴性对照，一式四份，以确保污染最小，以及两个通用内参，每个一式两份，用于在实验和质量控制评估之间的基因表达的归一化。
数据收集和处理
分析从BioMark***收集的PCR结果并将ΔRn作为Ct值的函数作图。基于曲线模拟和扩增的指数期，人工评估在所有样品中每个基因表达的结果的最佳阈值来确定Ct值和失败/通过调用。由在同一IFC芯片中每个基因的Ct值所表示的基因表达水平针对于同一样品中的归一化指数进行归一化以获得ΔCt(dCt)。每个样品的归一化指数计算为来自三个选定的持家基因的Ct值的几何平均数。然后针对在相同的实验IFC芯片中源自嗜酸性粒细胞的通用参考的相同基因来计算在每个样品中每个基因表达的ΔΔCt(ddCt)。来自不同的实验IFC芯片的第二通用参考的每个基因的ddCt被用于质量控制验证，其中对于具有可检测表达的基因的变异系数(CV)的预定义的可接受范围小于10％。然后将在各单独的IFC芯片中的样品的每个基因的ddCt合并为用于生物统计分析的元数据集。将低于检测限的基因表达标记为NA。
以R统计编程语言版本2.15进行数据分析。表达数据计算如下：
在各板上，对于每个个体i和基因j，
指数(I)＝来自三个持家基因的Ct值的几何平均数
dCt(基因)＝Ct(i,j)-指数(i)；
ddCt＝dCt(i,j)-dCt(Ref1,j)。
将来自各芯片的ddCt值合并在一起。在Ref 2中的各基因的ddCt被用于质量控制，并对于在可检测范围内的所有基因计算变异系数，以确保小于10％。
没有结果的样品被假定为随机丢失以及未输入。从分析中排除具有超过20％丢失值的样品或基因。相对于相邻的数据完整矢量的分布来检查剩余的丢失数据，以确定是否将它们处理成随机丢失或低于检测限。对于概括统计，从计算中排除具有丢失值的样品(例如，对于给定的治疗和生物标记物，从样品的总数中排除)。
视觉检查数据的分布，以确保该基因在样品内正态分布并且样品对于每个基因都正态分布。检查批量效果(例如qPCR板)，并在必要时通过封闭来解释。排除具有极端批量效果的基因。通过log级数据的算术平均数来计算基因表达预测变量的组合。
对于所有变量，基线被定义为在预先指定的治疗施用之前(0天)的最后评估。在生物标记物和非生物标记物群之间比较关键的人口统计学和基线特征(包括分层变量，和任何具有已知的预后意义的变量)以及疗效结果，以调查与生物标记物的缺失状态有关的潜在的选择偏向。
对在基线处各生物标记物的总体分布进行作图并使用描述性的统计学(例如，平均数、标准差、中位数和范围)来概括患者群体的基线生物标记物值。
通过两种方法来评估在基线处测得的生物标记物的预测效果。第一种方法是如下执行每个结果变量和每个生物标记物的线性回归：
ΔFEV1～+治疗+表达+治疗:表达
并且通过检查相互作用项的统计学显著性和效果大小来测试对于每种生物标记物的显著预测能力。第二种方法是将研究受试者分成两组(对于每种生物标记物在中位数水平之上的那些和在中位数水平之下的那些)并计算在两组之间的治疗效果的差异。在第一种方法中，如果以下标准得到满足，那么生物标记物作为治疗益处的潜在预测物在第一种方法中被认为是成功的：
1.有生物标记物-治疗相互作用的有力证据(p值<0.05)
2.在诊断的阳性群体中的治疗效果的幅度是至少8％
3.效果的方向是正向的，即，更高的基因表达与提高的治疗益处相关。
在第二方法中，如果以下标准得到满足，那么生物标记物作为治疗益处的潜在预测物被认为是成功的：
1.在生物标记物高与生物标记物低的组中，不同受益水平的有力证据(在均值估计时非重叠的置信区间)
2效果的方向是正向的，即，更高的基因表达与提高的治疗益处相关。
作为成功的辅助措施，将比较生物标记物的性能与血清骨膜蛋白的性能、呼出一氧化氮分数(FeNO)和外周血液嗜酸性粒细胞计数。
实施例2-血清骨膜蛋白在儿科患者中升高
我们测量了在早先进行的临床试验治疗前所取的年龄6-75岁范围的哮喘患者的血清样品中的骨膜蛋白。参见，例如，Hanania等人，(2013)Am J Respir Crit Care Med187:804-11；Hanania等人，(2011)Ann Intern Med154:573-82；Milgrom等人，(2001)Pediatrics 108:E36；Milgrom等人，(1999)N Engl J Med 341:1966-73；Busse等人，(2001)J Allergy Clin Immunol 108:184-90；Holgate等人，(2004)Clin Exp Allergy34:632-8；和Soler等人，(2001)Eur Respir J 18:254-61。骨膜蛋白水平观察到在年龄18和75岁之间的成人患者中(图1)的相对一致的分布，中位数水平是48.9ng/ml且范围是22.1-108.7ng/ml(表4)。在儿科患者(年龄6-17岁)中，血清骨膜蛋白水平相对于成年患者显著升高(图1)，在6-11岁年龄组的中位数水平是119.6ng/ml而在12-17岁年龄组的中位数水平是104.3ng/ml，在所有儿科患者中观察到从41.4-352.2ng/ml的宽范围的水平(表4)。值得注意的是，在儿科患者中的中位数水平超过在成人患者中观察到的整个范围的上端。此外，相对于成年人，在小儿哮喘患者中水平似乎相当程度地有更多变化。这些发现与在幼年和成年小鼠中的观察一致(参见Contie等人，(2010)Calcif Tissue Int 87:341-50)，并表明为选择用于成人来源的抗IL13疗法的患者的血清骨膜蛋白截断可能并不适用于儿科患者。
表4：在奥马珠单抗研究008、009、010和EXTRA中，血清骨膜蛋白水平根据年龄的范围和分布。值是ng/ml。
年龄：6-11岁 年龄：12-17岁 年龄：18-75岁
n 107 57 659
平均数(SD) 129.0(43.5) 100.5(33.0) 51.9(15.3)
中位数 119.6 104.3 48.9
范围 59.3-352.2 41.4-177.2 22.1-108.7
实施例3-在中-重度成人而不是小儿哮喘中，血液嗜酸性粒细胞和血清骨膜蛋白是相关联的
虽然血液嗜酸性粒细胞计数往往在儿科哮喘患者中略高于成人，但分布重叠，并且不像血清骨膜蛋白，随着年龄增长，血液嗜酸性粒细胞计数观察到平滑和连续的略微下降的趋势，并延伸直到约年龄40，在年龄40岁时其水平关闭(图2)。先前已示出，在重度哮喘患者中血液嗜酸性粒细胞和血清骨膜蛋白水平是正相关的。例如，参见Jia等人，(2012)JAllergy Clin Immunol 130:647-654e10。为了在额外较大的样品集合中证实这一发现，还评估了在成人的中-重度哮喘患者的两个大型临床试验队列中的血液嗜酸性粒细胞的治疗前水平(EXTRA(Hanania等人，Am J Respir Crit Care Med 187:804-11)和MILLY(Corren等人，(2011)N Engl J Med 365:1088-98))；发现血清骨膜蛋白和血液嗜酸性粒细胞之间的温和但统计学上显著的正相关关系(图3A，EXTRA；图3B，MILLY)。然而，在小儿哮喘患者中，血液嗜酸性粒细胞和血清骨膜蛋白不是正相关的(图3C，在EXTRA中，患者年龄12-17；图3D，在研究010中，患者年龄6-12)。在小儿哮喘患者中稍微升高的血液嗜酸性粒细胞计数可能是朝向特应性的更大倾向的函数，并且由于独立的生理原因而不太可能出现血清骨膜蛋白的情况。
实施例4-外周血中基因表达模式与嗜酸性粒细胞计数相关
因为血清骨膜蛋白预测在成人哮喘中的气道嗜酸性粒细胞增多(Jia等人，(2012)J Allergy Clin Immunol 130:647-654e10)和对来金珠单抗的反应性(Corren等人，(2011)N Engl J Med 365:1088-98)，并且血液嗜酸性粒细胞计数与成人(Jia等人，(2012)J Allergy Clin Immunol 130:647-654e10)和小儿(Baraldo等人，(2011)Eur Respir J38:575-83)哮喘患者的气道嗜酸性粒细胞相关联，推测在外周血中对应于血液中嗜酸性粒细胞计数的基因表达模式可能是预测来自来金珠单抗的临床益处的适合的生物标记物。为鉴定在中-重度哮喘患者的外周血中与血液嗜酸性粒细胞计数相关的转录物，在EXTRA研究中，在基线处进行了来自321个受试者的全血样品的全基因组表达微阵列分析(PAXgene)。参见Hanania等人，(2013)Am J Respir Crit Care Med 187:804-11；Hanania等人，(2011)Ann Intern Med 154:573-82。鉴定了在血液嗜酸性粒细胞计数的顶部四分位vs底部四分位中，以显著更高水平(q值<0.05)表达的150个转录物。表5列出了顶部四分位和底部四分位之间的前150个差异表达的转录物。通过检查转录物水平和嗜酸性粒细胞计数之间的等级次序(斯皮尔曼)相关性，证实这些转录物与血液嗜酸性粒细胞计数连续相关。
Figure BDA0001023977970001081
Figure BDA0001023977970001091
Figure BDA0001023977970001101
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Figure BDA0001023977970001171
Figure BDA0001023977970001181
Figure BDA0001023977970001191
实施例5-与嗜酸性粒细胞计数相关联的转录物包括嗜酸性粒细胞限制的和广泛表达的基因
在哮喘患者中，气道中的炎性细胞因子IL5和IL13可能以互补的方式有助于全身嗜酸性粒细胞：1)IL5的主要功能是促进嗜酸性粒细胞造血、调动和存活，从而在气道中升高的IL5表达向骨髓发送信号以产生嗜酸性粒细胞；2)IL13的许多功能中是诱导CCR3结合的趋化因子如CCL11、13、23、24和26在诸如上皮细胞和成纤维细胞的支气管粘膜结构细胞中的表达，因此通过IL5动员的嗜酸性粒细胞沿着趋化因子梯度向IL13表达位点迁移。参见，例如，Wen等人，(2013)Proc Natl Acad Sci U S A 110:6067-72。除了通过趋化因子诱导来促进嗜酸性粒细胞趋化性以外，IL13对气道施加可能会导致在外周血中可溶性和细胞介质的改变水平的多个附加效果。参见，例如，Arron等人，(2013)Adv Pharmacol 66:1-49。因此，促进外周嗜酸性粒细胞增多的过程也可能导致对血细胞中的基因表达的其他嗜酸性粒细胞依赖性的效果。
为了确定与外周血嗜酸性粒细胞计数相关的转录物是否是由于其在嗜酸性粒细胞或在其他细胞类型中的表达，检查了在包括经分选的血细胞的公开的数据集(GSE3982)中嗜酸性粒细胞相关的转录物的相对表达水平。参见Liu等人，(2006)J Allergy ClinImmunol 118:496-503。在EXTRA数据集中最高度嗜酸性粒细胞相关的转录物(其也在GSE3982数据集中代表)中，鉴定出表达的三种主要模式：1)嗜酸性粒细胞限制的，其中转录物的表达主要发现于来自被检查的所有细胞类型的嗜酸性粒细胞；2)嗜酸性粒细胞/嗜碱性粒细胞限制的，其中表达发现于嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞而没有发现于其他细胞类型，和3)广泛的表达，其中转录物发现于多种血细胞类型，其可以包括或不包括嗜酸性粒细胞。有趣的是，没有一个所选转录物是唯一地在嗜碱性粒细胞中表达的，尽管在外周血白细胞中许多已知的转录物是嗜碱性粒细胞特异的(其也可以在组织驻留的肥大细胞中发现)，诸如FcεRI和类胰蛋白酶基因，这表明嗜酸性粒细胞/嗜碱性粒细胞限制的转录物在本分析中是显著的，因为它们在嗜酸性粒细胞中表达，但不一定在嗜碱性粒细胞中表达。表5列出了在两个数据集中表示的用于转录物的表达模式，其中“eo”主要表示嗜酸性粒细胞限制性表达，“eobaso”表示表达主要限制于嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞，并且其他”是指更广泛的表达和/或受限于除了嗜酸性粒细胞或嗜碱性粒细胞以外的白细胞的表达。许多转录物没有在GSE3982数据集中表示，因此不进行注解。三种模式的例子在图4中示出，其中SIGLEC8大多数局限于嗜酸性粒细胞(图4A)，CLC主要在嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞中表达(图4B)，和CSF1在多个细胞类型中更广泛地表达(图4C)，尽管事实上，所有三个转录物都与血液嗜酸性粒细胞计数高度相关。这些数据表明，在外周血中的一些嗜酸性粒细胞相关的转录物可能反映了与嗜酸性粒细胞计数相关联但不是严格由于嗜酸性粒细胞计数的生物学过程，其具有超越简单的计数嗜酸性粒细胞，增加用外周血转录物预测在气道中的病理生理过程能力的稳健性的潜力。
实施例6–在外周血中的嗜酸性粒细胞相关的转录物鉴定具有增加的来自来金珠单抗的临床益处的中-重度哮喘患者
我们在第二阶段MILLY研究中阐明在该研究中具有高于中位数水平的预治疗血清骨膜蛋白或FeNO水平的、尽管ICS但仍具有不太受控的哮喘的中-重度患者，展现出相对于安慰剂在来金珠单抗治疗上显著改善的肺功能，而具有低于中位数的基线血清骨膜蛋白或FeNO水平的患者相对于安慰剂没有显示出来自来金珠单抗的显著益处。参见，例如，Corren等人，(2011)N Engl J Med 365:1088-98；Arron等人，(2011)N Engl J Med 365:2433-34。为确定在外周血中嗜酸性粒细胞相关的基因的表达是否可以类似预测来自来金珠单抗的临床益处，通过qPCR评估了在MILLY研究中来自患者的基线PAXgene血液RNA样品中的47种嗜酸性粒细胞相关的转录物的表达。在给予首次剂量的研究药物之前立即随机获取样品并且可从在改良的意向治疗人群中的219位患者中的208位获得。
表达数据的评估的第一步是考虑质量。以所选引物和探针组进行的PCR扩增对于3种基因(IDO2、KBTBD11和P2RY2)失败了。IL5RA在qPCR期间展现出不可接受的技术性能(板效应)，并从进一步的分析中省略。在全部300的样品中超过25％的LRRC17数据丢失并且在此基础上在进一步的分析中省略。八个样品中超过25％基因的数据丢失并省略。输入剩余的丢失数据，因为它们很少，且明显地随机分布。
所评估的结果是在第12周，FEV 1中安慰剂调整的变化的差异，患者在基线处每种基因中位数表达水平周围一分为二。为确保反应的一致性，事后分析检查被一分为二的组性能以预测在研究的32周的期间连续的FEV1反应。
在第12周，超过20个转录物，与以骨膜蛋白相当程度或比它更好地执行FeNO和血液嗜酸性粒细胞，以富集受益于来金珠单抗的安慰剂调整后的FEV1。当按照在基线的中位数表达水平进行一分为二时，在第12周，具有CSF1、MEIS2、LGALS12、IDO1、THBS4、OLIG2、ALOX15、SIGLEC8、CCL23、PYROXD2、HSD3B7、SORD、ASB2、CACNG6、GPR44、MGAT3、SLC47A1、SMPD3、CCR3、CLC、CYP4F12和ABTB2的表达水平高于中位数的患者与具有那些基因表达水平低于中位数的患者相比，都展现出显著更大的来自来金珠单抗的安慰剂调整的FEV1的改善(95％置信区间不包括零，图5)。包括CD9、P2RY14、PMP22、BACE2、RNASE2、FAM124B、UGT2828、ACOT11、CYSLTR1、IL1RL1和MYB在内的几个基因的表达基本上不富集受益于来金珠单抗的安慰剂调整的FEV1，而包括OLIG1、PRSS33、HRH4、SPNS3、SLC29A1、CYSLTR2、DACH1和SLC16A14的其他基因富集临床益处，但是安慰剂调整的FEV1改进有95％的置信区间包括零(图5)。利用在中位数周围一分为二的基线值，在第12周对于安慰剂调整的FEV1益处出现分化的基因倾向于在整个研究持续期的所有时间点富集FEV1益处(图6)。总之，这些数据显示，在外周血中的超20个个体基因转录物可以富集可能经历来金珠单抗的增强的临床益处的中-重度哮喘患者的群体。
实施例7-在成人和小儿受试者中外周血基因表达水平与血液嗜酸性粒细胞相关联
因为在小儿哮喘患者中血清骨膜蛋白以显著不同的水平表达，并且不与血液嗜酸性粒细胞相关，确定在外周血中嗜酸性粒细胞相关的转录物是否是：1)在儿科受试者中与血液嗜酸性粒细胞相关和2)在成人和小儿受试者中相当程度地缩放。在“GALA II”研究中，从411位年龄8-21的受试者获得匹配的PAXgene血液RNA样品、血液嗜酸性粒细胞百分比、FeNO水平，以及血清IgE水平(Nishimura等人，(2013)Am J Respir Crit Care Med 188:309-18；Kumar等人，(2013)J Allergy Clin Immunol doi:10.1016/j.jaci.2013.02.046.[印刷前电子公开]；Borrell等人，(2013)Am J Respir Crit Care Med 187:697-702)，其中277为有医师诊断为哮喘而134位是年龄匹配的健康对照。相比于对照受试者，在GALA中的哮喘受试者有显著较低的FEV1％预测和显著较高的血清IgE、血液嗜酸性粒细胞和FeNO水平。在GALA中的儿科哮喘受试者具有显著相互关联的血液嗜酸性粒细胞百分比和FeNO水平，其范围和分布与BOBCAT队列中来自成人中-重度哮喘受试者的血液嗜酸性粒细胞百分比和FeNO水平重叠(Jia等人，(2012)J Allergy Clin Immunol 130:647-654e10)(表6)。在GALA的哮喘受试者和健康对照中，血液嗜酸性粒细胞百分比和年龄之间有弱但显著负相关性(图7，类似于图3中的其他队列中所示的观察)，然而血液嗜酸性粒细胞百分比相对于成人受试者并没有显著偏斜。
表6：BOBCAT(成人)和GALA II(小儿)队列的临床和人口统计学特征
Figure BDA0001023977970001241
本文提供的是抗RSPO抗体，尤其是抗RSPO2抗体和/或抗RSPO3抗体，及使用它们的方法。
为了评估是否在成人哮喘中与血液嗜酸性粒细胞增多有关的转录物在小儿受试者中与血液嗜酸性粒细胞增多有关并相当程度地缩放，在GALA中将上述43个基因通过qPCR评估(第一GALA研究描述于，例如，Corvol等人，Pharmacogenet Genomics.2009Jul；19(7):489-96)，并同时评估来自BOBCAT的88个基线样品以减轻批次影响。在成人哮喘以及有和没有哮喘的小儿受试者中，大多数基因观察到在表达水平和血液嗜酸性粒细胞百分比之间类似的关系，表明用基因表达预测血液嗜酸性粒细胞增多的能力是一致性地独立于年龄或诊断(例如CCL23，图8A)。然而，一些转录物在GALA和BOBCAT之间观察到不同的模式，例如CLC，其在成人和小儿受试者中具有相对于血液嗜酸性粒细胞百分比的可比的相关系数，但对于给定的血液嗜酸性粒细胞百分比，其在成人中是以比在小儿受试者中基本上更高的水平表达(图8B)；或者CSF1，其在成人和小儿受试者中都观察到趋异的相关系数和趋异的缩放(图8C)。为了鉴定与血液嗜酸性粒细胞计数高度相关且最低限度地依赖于年龄的转录物，构建了整合来自BOBCAT、MILLY和GALA的所有数据的线性回归模型，其中基因表达作为血液嗜酸性粒细胞百分比、年龄、年龄和血液嗜酸性粒细胞百分比之间的相互作用项、以及批次的函数。鉴定出在该模型预测中对于血液嗜酸性粒细胞百分比被最大化并且对于年龄被最小化的基因(图9)。用于选择基因的其他考虑因素包括用基线基因表达水平鉴定在MILLY研究中，具有来自来金珠单抗的增强的临床益处和在外周血中表达水平的增加的动态范围的患者的能力。表7示出了在MILLY中，在第12周，通过安慰剂调整的FEV1变化来排名的前20个基因(图5)，在BOBCAT以及在GALA中的哮喘受试者中基因表达和血液嗜酸性粒细胞百分比之间的Pearson相关系数，在小儿和成人哮喘受试者之间，用于ΔΔCt回归的Y截距vs(血嗜酸性粒细胞百分比)-2的比例，如图8所示，以及由对各基因在所有GALA和BOBCAT样品中观察到的表达水平的第10和第90百分位之间的ΔΔCt差所确定的表达的动态范围。在BOBCAT和GALA之间具有可比的相关系数(0-10％)的基因被认为相比具有趋异的相关系数的基因为更高的优先级；具有更小的截距比(0-10％)的基因被认为相比具有更高的截距比的基因为更高的优先级，而具有更大的动态范围(>3个循环)的基因被认为相比具有较小的动态范围的基因为更高的优先级。
总之，许多基因在线性回归模型(图9)和分类分析(表7)中的性能表明，它们可能适合作为生物标记物来预测在小儿哮喘患者中来自靶向2型炎症介质的疗法的增强的临床益处。
表7：预测来金珠单抗临床益处的血液嗜酸性粒细胞相关的转录物以及在成人和小儿哮喘中基因表达和血液嗜酸性粒细胞百分比之间的关系的概述
Figure BDA0001023977970001251
Figure BDA0001023977970001261
注：所有0-10％>3个循环，除*10-15％，2-3个循环和**>15％<2个循环。
实施例8-参考文献
1.Arron,JR,H Scheerens,and JG Matthews.(2013)Redefining approaches toasthma:developing targeted biologic therapies.Adv Pharmacol 66:1-49.
2.Jia,G,RW Erickson,DF Choy,S Mosesova,LC Wu,et al.(2012)Periostin isa systemic biomarker of eosinophilic airway inflammation in asthmaticpatients.J Allergy Clin Immunol 130:647-654 e10.
3.Corren,J,RF Lemanske,NA Hanania,PE Korenblat,MV Parsey,et al.(2011)Lebrikizumab treatment in adults with asthma.N Engl J Med365:1088-98.
4.Scheerens,H,JR Arron,DF Choy,S Mosesova,P Lal,et al.(2012)Lebrikizumab Treatment Reduces Serum Periostin Levels In Asthma Patients WithElevated Baseline Levels Of Periostin.Am J Respir Crit Care Med 185:A3960.
5.Horiuchi,K,N Amizuka,S Takeshita,H Takamatsu,M Katsuura,et al.(1999)Identification and characterization of a novel protein,periostin,withrestricted expression to periosteum and periodontal ligament and increasedexpression by transforming growth factor beta.J Bone Miner Res 14:1239-49.
6.Contie,S,N Voorzanger-Rousselot,J Litvin,N Bonnet,S Ferrari,et al.(2010)Development of a new ELISA for serum periostin:evaluation of growth-related changes and bisphosphonate treatment in mice.Calcif Tissue Int 87:341-50.
7.Baraldo,S,G Turato,E Bazzan,A Ballarin,M Damin,et al.(2011)Noneosinophilic asthma in children:relation with airway remodelling.EurRespir J 38:575-83.
8.Hanania,NA,S Wenzel,K Rosen,HJ Hsieh,S Mosesova,et al.(2013)Exploring the effects of omalizumab in allergic asthma:an analysis ofbiomarkers in the EXTRA study.Am J Respir Crit Care Med 187:804-11.
9.Hanania,NA,O Alpan,DL Hamilos,JJ Condemi,I Reyes-Rivera,et al.(2011)Omalizumab in severe allergic asthma inadequately controlled withstandard therapy:a randomized trial.Ann Intern Med 154:573-82.
10.Milgrom,H,W Berger,A Nayak,N Gupta,S Pollard,et al.(2001)Treatmentof childhood asthma with anti-immunoglobulin Eantibody(omalizumab).Pediatrics108:E36.
11.Milgrom,H,RB Fick,Jr.,JQ Su,JD Reimann,RK Bush,et al.(1999)Treatment of allergic asthma with monoclonal anti-IgE antibody.rhuMAb-E25Study Group.N Engl J Med 341:1966-73.
12.Busse,W,J Corren,BQ Lanier,M McAlary,A Fowler-Taylor,et al.(2001)Omalizumab,anti-IgE recombinant humanized monoclonal antibody,for thetreatment of severe allergic asthma.J Allergy Clin Immunol 108:184-90.
13.Holgate,ST,AG Chuchalin,J Hebert,J Lotvall,GB Persson,et al.(2004)Efficacy and safety of a recombinant anti-immunoglobulin Eantibody(omalizumab)in severe allergic asthma.Clin Exp Allergy 34:632-8.
14.Soler,M,J Matz,R Townley,R Buhl,J O'Brien,et al.(2001)The anti-IgEantibody omalizumab reduces exacerbations and steroid requirement in allergicasthmatics.Eur Respir J 18:254-61.
15.Wen,T,JA Besse,MK Mingler,PC Fulkerson,and ME Rothenberg.(2013)Eosinophil adoptive transfer system to directly evaluate pulmonary eosinophiltrafficking in vivo.Proc Natl Acad Sci U S A 110:6067-72.
16.Liu,SM,R Xavier,KL Good,T Chtanova,R Newton,et al.(2006)Immunecell transcriptome datasets reveal novel leukocyte subset-specific genes andgenes associated with allergic processes.J Allergy Clin Immunol 118:496-503.
17.Floyd,H,J Ni,AL Cornish,Z Zeng,D Liu,et al.(2000)Siglec-8.A noveleosinophil-specific member of the immunoglobulin superfamily.J Biol Chem 275:861-6.
18.Tavernier,J,R Devos,S Cornelis,T Tuypens,J Van der Heyden,et al.(1991)A human high affinity interleukin-5 receptor(IL5R)is composed of anIL5-specific alpha chain and a beta chain shared with the receptor for GM-CSF.Cell 66:1175-84.
19.Nagata,K,H Hirai,K Tanaka,K Ogawa,T Aso,et al.(1999)CRTH2,anorphan receptor of T-helper-2-cells,is expressed on basophils and eosinophilsand responds to mast cell-derived factor(s).FEBS Lett459:195-9.
20.Mita,H,M Hasegawa,H Saito,and K Akiyama.(2001)Levels of cysteinylleukotriene receptor mRNA in human peripheral leucocytes:significantly higherexpression of cysteinyl leukotriene receptor 2 mRNA in eosinophils.Clin ExpAllergy 31:1714-23.
21.Turk,J,RL Maas,AR Brash,LJ Roberts,2nd,and JA Oates.(1982)Arachidonic acid 15-lipoxygenase products from human eosinophils.J Biol Chem257:7068-76.
22.Gleich,GJ,DA Loegering,KG Mann,and JE Maldonado.(1976)Comparativeproperties of the Charcot-Leyden crystal protein and the major basic proteinfrom human eosinophils.J Clin Invest 57:633-40.
23.Ponath,PD,S Qin,TW Post,J Wang,L Wu,et al.(1996)Molecular cloningand characterization of a human eotaxin receptor expressed selectively oneosinophils.J Exp Med 183:2437-48.
24.Ponath,PD,S Qin,DJ Ringler,I Clark-Lewis,J Wang,et al.(1996)Cloning of the human eosinophil chemoattractant,eotaxin.Expression,receptorbinding,and functional properties suggest a mechanism for the selectiverecruitment of eosinophils.J Clin Invest 97:604-12.
25.Kitaura,M,T Nakajima,T Imai,S Harada,C Combadiere,et al.(1996)Molecular cloning of human eotaxin,an eosinophil-selective CC chemokine,andidentification of a specific eosinophil eotaxin receptor,CC chemokinereceptor 3.J Biol Chem 271:7725-30.
26.Daugherty,BL,SJ Siciliano,JA DeMartino,L Malkowitz,A Sirotina,etal.(1996)Cloning,expression,and characterization of the human eosinophileotaxin receptor.J Exp Med 183:2349-54.
27.Rothenberg,ME,R Ownbey,PD Mehlhop,PM Loiselle,M van de Rijn,et al.(1996)Eotaxin triggers eosinophil-selective chemotaxis and calcium flux via adistinct receptor and induces pulmonary eosinophilia in the presence ofinterleukin 5 in mice.Mol Med 2:334-48.
28.Combadiere,C,SK Ahuja,and PM Murphy.(1996)Cloning and functionalexpression of a human eosinophil CC chemokine receptor.J Biol Chem 271:11034.
29.Hansel,TT,JB Braunstein,C Walker,K Blaser,PL Bruijnzeel,et al.(1991)Sputum eosinophils from asthmatics express ICAM-1 and HLA-DR.Clin ExpImmunol 86:271-7.
30.Kohno,Y,X Ji,SD Mawhorter,M Koshiba,and KA Jacobson.(1996)Activation of A3 adenosine receptors on human eosinophils elevatesintracellular calcium.Blood 88:3569-74.
31.Hamann,KJ,RM Ten,DA Loegering,RB Jenkins,MT Heise,et al.(1990)Structure and chromosome localization of the human eosinophil-derivedneurotoxin and eosinophil cationic protein genes:evidence for intronlesscoding sequences in the ribonuclease gene superfamily.Genomics 7:535-46.
32.Novak,H,A Muller,N Harrer,C Gunther,JM Carballido,et al.(2007)CCL23 expression is induced by IL-4 in a STAT6-dependent fashion.J Immunol178:4335-41.
33.Syed,F,CC Huang,K Li,V Liu,T Shang,et al.(2007)Identification ofinterleukin-13 related biomarkers using peripheral blood mononuclearcells.Biomarkers 12:414-23.
34.Hamilton,JA.(2008)Colony-stimulating factors in inflammation andautoimmunity.Nat Rev Immunol 8:533-44.
35.von Bubnoff,D and T Bieber.(2012)The indoleamine2,3-dioxygenase(IDO)pathway controls allergy.Allergy 67:718-25.
36.Esnault,S,EA Kelly,EA Schwantes,LY Liu,LP DeLain,et al.(2013)Identification of genes expressed by human airway eosinophils after an invivo allergen challenge.PLoS One 8:e67560.
37.Lee,JS,JH Kim,JS Bae,JY Kim,TJ Park,et al.(2010)Association ofCACNG6 polymorphisms with aspirin-intoleranceasthmatics in a Koreanpopulation.BMC Med Genet 11:138.
38.Burgess,DL,LA Gefrides,PJ Foreman,and JL Noebels.(2001)A clusterof three novel Ca2+channel gamma subunit genes on chromosome 19q13.4:evolution and expression profile of the gamma subunit gene family.Genomics71:339-50.
39.Schmitz,J,A Owyang,E Oldham,Y Song,E Murphy,et al.(2005)IL-33,aninterleukin-1-like cytokine that signals via the IL-1receptor-related proteinST2 and induces T helper type 2-associated cytokines.Immunity 23:479-90.
40.Gudbjartsson,DF,US Bjornsdottir,E Halapi,A Helgadottir,P Sulem,etal.(2009)Sequence variants affecting eosinophil numbers associate with asthmaand myocardial infarction.Nat Genet 41:342-7.
41.Meijer,DH,MF Kane,S Mehta,H Liu,E Harrington,et al.(2012)Separatedat birth？The functional and molecular divergence of OLIG1and OLIG2.Nat RevNeurosci 13:819-31.
42.Quarles,RH.(2002)Myelin sheaths:glycoproteins involved in theirformation,maintenance and degeneration.Cell Mol Life Sci 59:1851-71.
43.Arron,JR,J Corren,and JG Matthews.(2011)Author response tocorrespondence on"Lebrikizumab treatment in adults with asthma".N Engl J Med365:2433-34.
44.Nishimura,KK,JM Galanter,LA Roth,SS Oh,N Thakur,et al.(2013)Early-Life Air Pollution and Asthma Risk in Minority Children.The GALA II and SAGEII Studies.Am J Respir Crit Care Med 188:309-18.
45.Kumar,R,EA Nguyen,LA Roth,SS Oh,CR Gignoux,et al.(2013)Factorsassociated with degree of atopy in Latino children in a nationwide pediatricsample:The Genes-environments and Admixture in Latino Asthmatics(GALA II)study.J Allergy Clin Immunol
46.Borrell,LN,EA Nguyen,LA Roth,SS Oh,H Tcheurekdjian,et al.(2013)Childhood obesity and asthma control in the GALA II and SAGE II studies.Am JRespir Crit Care Med 187:697-702.
47.Aoki,T,Y Matsumoto,K Hirata,K Ochiai,M Okada,et al.(2009)Expression profiling of genes related to asthma exacerbations.Clin ExpAllergy 39:213-221.
虽然为清楚理解的目的对上述发明的一些细节以说明和举例的方式进行了描述，该说明书和实施例不应被解释为限制本发明的范围。本文引用的所有专利和科学文献都明确地通过整体引用并入本文。
序列表格
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Figure IDA0001023982030000151

Claims (55)

1.试剂在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于预测罹患哮喘的患者对包括来金珠单抗的疗法的反应：
其中所述试剂用于测量样品中CSF1的mRNA水平，
mRNA水平在来自患者的生物样品中测量，且当在样品中测得的mRNA水平与参考水平相比升高时，预测患者将对该疗法做出反应，并且当在样品中测得的mRNA水平与参考水平相比降低时，预测患者将不会对该疗法做出反应。
2.根据权利要求1的用途，其中通过包括扩增的方法测量所述mRNA水平。
3.根据权利要求2的用途，其中通过包括定量PCR的方法测量所述mRNA水平。
4.根据权利要求1至3中任一项的用途，其中通过包括扩增mRNA并检测扩增产物的方法测量所述mRNA水平。
5.根据权利要求1至3中任一项的用途，其中所述参考水平是CSF1在参考群体的中位数水平。
6.根据权利要求1-3中任一项的用途，其中如果mRNA水平升高，那么患者是嗜酸性炎症阳性(EIP)。
7.根据权利要求1至3中任一项的用途，其中所述患者罹患中度至重度哮喘。
8.根据权利要求1至3中任一项的用途，其中所述哮喘是不受皮质类固醇控制的。
9.根据权利要求8的用途，其中所述皮质类固醇是吸入的皮质类固醇。
10.根据权利要求9的用途，其中所述吸入的皮质类固醇是
Figure FDA0002594662890000011
Figure FDA0002594662890000021
或
Figure FDA0002594662890000022
11.根据权利要求1至3中任一项的用途，其中所述患者正用第二种控制物治疗。
12.根据权利要求11的用途，其中所述第二种控制物是长效支气管扩张剂(LABD)。
13.根据权利要求12的用途，其中所述LABD是长效β-2激动剂(LABA)、白三烯受体拮抗剂(LTRA)、长效毒蕈碱性拮抗剂(LAMA)、茶碱或口服皮质类固醇(OCS)。
14.根据权利要求12的用途，其中所述LABD是
Figure FDA0002594662890000023
PerforomistTM或
Figure FDA0002594662890000024
15.根据权利要求1至3中任一项的用途，其中所述患者是0-17岁。
16.根据权利要求15的用途，其中所述患者是2-17岁。
17.根据权利要求15的用途，其中所述患者是2-6岁。
18.根据权利要求15的用途，其中所述患者是6-11岁。
19.根据权利要求15的用途，其中所述患者是8-17岁。
20.根据权利要求15的用途，其中所述患者是12-17岁。
21.根据权利要求1至3中任一项的用途，其中所述患者是2岁或以上。
22.根据权利要求1至3中任一项的用途，其中所述患者是6岁或以上。
23.根据权利要求1至3中任一项的用途，其中所述患者是12岁或以上。
24.根据权利要求1至3中任一项的用途，其中所述患者为18岁或以上。
25.根据权利要求1至3中任一项的用途，其中所述患者是人。
26.根据权利要求1至3中任一项的用途，其中所述生物样品选自血液，血清，血浆和外周血单核细胞(PBMC)。
27.根据权利要求26的用途，其中所述生物样品是PBMC。
28.一种用于确定获自哮喘患者的生物样品中CSF1的水平的试剂盒在制备用于将哮喘患者分层成对来金珠单抗的治疗性治疗是可能反应者和非反应者的制品中的用途。
29.根据权利要求28的用途，其中所述试剂盒的使用包括：
a)测量自哮喘患者获得的样品中CSF1的mRNA水平；
b)比较在步骤a)中确定的CSF1的水平与参考水平；和
c)基于步骤b)中获得的比较，将所述患者分层到反应者或非反应者的类别。
30.根据权利要求29的用途，其中所述参考水平是CSF1在参考群体的中位数水平。
31.根据权利要求29或权利要求30的用途，其中如果CSF1的mRNA水平在参考水平以上，那么将所述患者分层到反应者的类别。
32.根据权利要求28至30中任一项的用途，其中如果CSF1的水平在参考水平以上，那么所述患者是嗜酸性炎症阳性(EIP)。
33.根据权利要求28至30中任一项的用途，其中所述患者罹患有中度至重度哮喘。
34.根据权利要求28至30中任一项的用途，其中测量CSF的mRNA水平包括扩增。
35.根据权利要求34的用途，其中测量CSF1的mRNA水平包括定量PCR。
36.根据权利要求28至30中任一项的用途，其中所述哮喘是不受皮质类固醇控制的。
37.根据权利要求36的用途，其中所述皮质类固醇是吸入的皮质类固醇。
38.根据权利要求37的用途，其中所述吸入的皮质类固醇是
Figure FDA0002594662890000041
Figure FDA0002594662890000042
或
Figure FDA0002594662890000045
39.根据权利要求28至30中任一项的用途，其中所述患者也正用第二种控制剂治疗。
40.根据权利要求39的用途，其中所述第二种控制剂是长效支气管扩张剂(LABD)。
41.根据权利要求40的用途，其中所述LABD是LABA、LTRA、LAMA、茶碱或OCS。
42.根据权利要求40的用途，其中所述LABD是
Figure FDA0002594662890000043
PerforomistTM或
Figure FDA0002594662890000044
43.根据权利要求28至30中任一项的用途，其中所述患者是0-17岁。
44.根据权利要求43的用途，其中所述患者是2-17岁。
45.根据权利要求43的用途，其中所述患者是2-6岁。
46.根据权利要求43的用途，其中所述患者是6-11岁。
47.根据权利要求43的用途，其中所述患者是8-17岁。
48.根据权利要求43的用途，其中所述患者是12-17岁。
49.根据权利要求28至30中任一项的用途，其中所述患者是2岁或以上。
50.根据权利要求28至30中任一项的用途，其中所述患者是6岁或以上。
51.根据权利要求28至30中任一项的用途，其中所述患者是12岁或以上。
52.根据权利要求28至30中任一项的用途，其中所述患者是18岁或以上。
53.根据权利要求28至30中任一项的用途，其中所述患者是人。
54.根据权利要求28至30中任一项的用途，其中所述生物样品选自血液，血清，血浆和外周血单核细胞(PBMC)。
55.根据权利要求54的用途，其中所述生物样品是PBMC。
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Families Citing this family (28)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3092253B1 (en) 2014-01-10 2021-03-17 AnaptysBio, Inc. Antibodies directed against interleukin-33 (il-33)
JP6929771B2 (ja) 2014-11-10 2021-09-01 ジェネンテック， インコーポレイテッド 抗インターロイキン−３３抗体及びその使用
JP7231326B2 (ja) 2014-11-10 2023-03-01 ジェネンテック， インコーポレイテッド Ｉｌ－３３媒介性障害のための治療及び診断方法
EA201890891A1 (ru) 2015-10-06 2018-09-28 Ридженерон Фармасьютикалз, Инк. Биомаркеры, связанные с заболеваниями, опосредованными интерлейкином-33 (ил-33), и их применение
SG11201809253RA (en) * 2016-04-27 2018-11-29 Abbvie Inc Methods of treatment of diseases in which il-13 activity is detrimental using anti-il-13 antibodies
WO2017197360A1 (en) * 2016-05-13 2017-11-16 The Regents Of The University Of California Airway mucus impaction
MX2019009485A (es) 2017-02-10 2019-11-05 Genentech Inc Anticuerpos contra triptasa, composiciones de estos y usos de estos.
JOP20190243A1 (ar) * 2017-04-12 2019-10-13 Medimmune Llc علاج الربو بجسم مضاد لـ tslp
MX2019012419A (es) 2017-04-21 2019-12-05 Genentech Inc Uso de antagonistas de klk5 para el tratamiento de una enfermedad.
WO2018200473A1 (en) * 2017-04-24 2018-11-01 The General Hospital Corporation Detection and targeting of tumor-promoting neutrophils cross-reference to related applications
CA3062415A1 (en) 2017-05-05 2018-11-08 Christopher Robert Bebbington Methods and compositions for treating allergic ocular diseases
US10676522B2 (en) * 2017-05-05 2020-06-09 Novartis Ag Methods of selectively treating asthma using IL-17 antagonists
AU2018311981A1 (en) * 2017-08-04 2020-02-20 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods for treating active eosinophilic esophagitis
GB201718667D0 (en) * 2017-11-10 2017-12-27 Mologic Ltd Monitoring inflammation status
CN111787947A (zh) 2018-02-09 2020-10-16 豪夫迈·罗氏有限公司 用于肥大细胞介导的炎性疾病的治疗和诊断方法
EP3735248A4 (en) * 2018-02-09 2021-11-17 Empirico Inc. PROCESS FOR INHIBITED OR ELIMINATING EOSINOPHILIC DISEASES OF THE RESPIRATORY TRACT AND ASSOCIATED CONDITIONS
US20200040103A1 (en) 2018-03-14 2020-02-06 Genentech, Inc. Anti-klk5 antibodies and methods of use
CN112384535A (zh) * 2018-05-04 2021-02-19 爱乐科斯公司 用于治疗慢性荨麻疹的方法和组合物
CN108913764A (zh) * 2018-07-03 2018-11-30 张罗 检测鼻腔脱落细胞中alox15基因表达量的方法及应用
CN108949954A (zh) * 2018-07-03 2018-12-07 张罗 用于检测慢性鼻窦炎伴鼻息肉亚型的试剂盒及alox15基因作为生物标志物的应用
WO2020007227A1 (zh) * 2018-07-03 2020-01-09 首都医科大学附属北京同仁医院 检测慢性鼻窦炎伴鼻息肉亚型的方法和试剂盒及alox15基因作为生物标志物的应用
US11116778B2 (en) 2019-01-15 2021-09-14 Empirico Inc. Prodrugs of ALOX-15 inhibitors and methods of using the same
US20220170944A1 (en) * 2019-01-31 2022-06-02 The Regents Of The University Of California Materials and methods for identifying and treating eosinophilic disorders
WO2020226936A1 (en) * 2019-05-03 2020-11-12 Merck Sharp & Dohme Corp. Blood biomarker and genetic markers associated with response to crth2 receptor antagonists
BR112022018254A2 (pt) 2020-03-13 2022-10-25 Genentech Inc Anticorpos isolados, ácido nucleico isolado, vetor ou conjunto de vetores, célula hospedeira, métodos para produzir um anticorpo, para tratar um distúrbio e para tratar ag em um paciente, composição e uso de um anticorpo
JP2022069809A (ja) 2020-10-26 2022-05-12 株式会社三井ハイテック 分割型積層鉄心及び分割型積層鉄心の製造方法
WO2023056254A1 (en) * 2021-09-30 2023-04-06 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Reticulocalbin-3 (rcn3) variants and treatment of asthma with interleukin-4 receptor alpha (il4r) antagonists
WO2023091479A1 (en) * 2021-11-17 2023-05-25 AmMax Bio, Inc. Detection and treatment of idiopathic pulmonary fibrosis

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102232113A (zh) * 2008-03-31 2011-11-02 健泰科生物技术公司 用于治疗和诊断哮喘的组合物和方法
WO2012083132A2 (en) * 2010-12-16 2012-06-21 Genentech, Inc. Diagnosis and treatments relating to th2 inhibition

Family Cites Families (113)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4018653A (en) 1971-10-29 1977-04-19 U.S. Packaging Corporation Instrument for the detection of Neisseria gonorrhoeae without culture
US4016043A (en) 1975-09-04 1977-04-05 Akzona Incorporated Enzymatic immunological method for the determination of antigens and antibodies
US4275149A (en) 1978-11-24 1981-06-23 Syva Company Macromolecular environment control in specific receptor assays
US4318980A (en) 1978-04-10 1982-03-09 Miles Laboratories, Inc. Heterogenous specific binding assay employing a cycling reactant as label
US4424279A (en) 1982-08-12 1984-01-03 Quidel Rapid plunger immunoassay method and apparatus
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
US4737456A (en) 1985-05-09 1988-04-12 Syntex (U.S.A.) Inc. Reducing interference in ligand-receptor binding assays
US4676980A (en) 1985-09-23 1987-06-30 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Target specific cross-linked heteroantibodies
US6548640B1 (en) 1986-03-27 2003-04-15 Btg International Limited Altered antibodies
IL85035A0 (en) 1987-01-08 1988-06-30 Int Genetic Eng Polynucleotide molecule,a chimeric antibody with specificity for human b cell surface antigen,a process for the preparation and methods utilizing the same
DE3883899T3 (de) 1987-03-18 1999-04-22 Sb2 Inc Geänderte antikörper.
US5700637A (en) 1988-05-03 1997-12-23 Isis Innovation Limited Apparatus and method for analyzing polynucleotide sequences and method of generating oligonucleotide arrays
JP2919890B2 (ja) 1988-11-11 1999-07-19 メディカル リサーチ カウンスル 単一ドメインリガンド、そのリガンドからなる受容体、その製造方法、ならびにそのリガンドおよび受容体の使用
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
DE3920358A1 (de) 1989-06-22 1991-01-17 Behringwerke Ag Bispezifische und oligospezifische, mono- und oligovalente antikoerperkonstrukte, ihre herstellung und verwendung
US5959177A (en) 1989-10-27 1999-09-28 The Scripps Research Institute Transgenic plants expressing assembled secretory antibodies
US6150584A (en) 1990-01-12 2000-11-21 Abgenix, Inc. Human antibodies derived from immunized xenomice
US6075181A (en) 1990-01-12 2000-06-13 Abgenix, Inc. Human antibodies derived from immunized xenomice
US5770429A (en) 1990-08-29 1998-06-23 Genpharm International, Inc. Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies
ATE164395T1 (de) 1990-12-03 1998-04-15 Genentech Inc Verfahren zur anreicherung von proteinvarianten mit geänderten bindungseigenschaften
US5571894A (en) 1991-02-05 1996-11-05 Ciba-Geigy Corporation Recombinant antibodies specific for a growth factor receptor
DK0590058T3 (da) 1991-06-14 2004-03-29 Genentech Inc Humaniseret heregulin-antistof
GB9114948D0 (en) 1991-07-11 1991-08-28 Pfizer Ltd Process for preparing sertraline intermediates
WO1993006217A1 (en) 1991-09-19 1993-04-01 Genentech, Inc. EXPRESSION IN E. COLI OF ANTIBODY FRAGMENTS HAVING AT LEAST A CYSTEINE PRESENT AS A FREE THIOL, USE FOR THE PRODUCTION OF BIFUNCTIONAL F(ab')2 ANTIBODIES
US5587458A (en) 1991-10-07 1996-12-24 Aronex Pharmaceuticals, Inc. Anti-erbB-2 antibodies, combinations thereof, and therapeutic and diagnostic uses thereof
WO1993008829A1 (en) 1991-11-04 1993-05-13 The Regents Of The University Of California Compositions that mediate killing of hiv-infected cells
EP1997894B1 (en) 1992-02-06 2011-03-30 Novartis Vaccines and Diagnostics, Inc. Biosynthetic binding protein for cancer marker
CA2163345A1 (en) 1993-06-16 1994-12-22 Susan Adrienne Morgan Antibodies
US5807522A (en) 1994-06-17 1998-09-15 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods for fabricating microarrays of biological samples
US5789199A (en) 1994-11-03 1998-08-04 Genentech, Inc. Process for bacterial production of polypeptides
US5840523A (en) 1995-03-01 1998-11-24 Genetech, Inc. Methods and compositions for secretion of heterologous polypeptides
US5731168A (en) 1995-03-01 1998-03-24 Genentech, Inc. Method for making heteromultimeric polypeptides
US5869046A (en) 1995-04-14 1999-02-09 Genentech, Inc. Altered polypeptides with increased half-life
US6267958B1 (en) 1995-07-27 2001-07-31 Genentech, Inc. Protein formulation
GB9603256D0 (en) 1996-02-16 1996-04-17 Wellcome Found Antibodies
US6171586B1 (en) 1997-06-13 2001-01-09 Genentech, Inc. Antibody formulation
WO1998058964A1 (en) 1997-06-24 1998-12-30 Genentech, Inc. Methods and compositions for galactosylated glycoproteins
US6040498A (en) 1998-08-11 2000-03-21 North Caroline State University Genetically engineered duckweed
WO1999022764A1 (en) 1997-10-31 1999-05-14 Genentech, Inc. Methods and compositions comprising glycoprotein glycoforms
US6610833B1 (en) 1997-11-24 2003-08-26 The Institute For Human Genetics And Biochemistry Monoclonal human natural antibodies
ES2375931T3 (es) 1997-12-05 2012-03-07 The Scripps Research Institute Humanización de anticuerpo murino.
US6194551B1 (en) 1998-04-02 2001-02-27 Genentech, Inc. Polypeptide variants
JP2002510481A (ja) 1998-04-02 2002-04-09 ジェネンテック・インコーポレーテッド 抗体変異体及びその断片
EP2261229A3 (en) 1998-04-20 2011-03-23 GlycArt Biotechnology AG Glycosylation engineering of antibodies for improving antibody-dependent cellular cytotoxicity
JP2003512019A (ja) 1999-01-15 2003-04-02 ジェネンテック・インコーポレーテッド 変化したエフェクター機能を有するポリペプチド変異体
US6737056B1 (en) 1999-01-15 2004-05-18 Genentech, Inc. Polypeptide variants with altered effector function
ES2420835T3 (es) 1999-04-09 2013-08-27 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. Procedimiento para controlar la actividad de las moléculas inmunofuncionales
MXPA02003456A (es) 1999-10-04 2002-10-23 Medicago Inc Metodo para regular la transcripcion de genes foraneos.
US7125978B1 (en) 1999-10-04 2006-10-24 Medicago Inc. Promoter for regulating expression of foreign genes
JP4668498B2 (ja) 1999-10-19 2011-04-13 協和発酵キリン株式会社 ポリペプチドの製造方法
WO2001044463A1 (en) 1999-12-15 2001-06-21 Genentech, Inc. Shotgun scanning, a combinatorial method for mapping functional protein epitopes
US20020081597A1 (en) 2000-03-31 2002-06-27 Genentech, Inc. Compositions and methods for detecting and quantifying gene expression
JP2003531588A (ja) 2000-04-11 2003-10-28 ジェネンテック・インコーポレーテッド 多価抗体とその用途
CA2953239A1 (en) 2000-10-06 2002-04-18 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. Antibody composition-producing cell
US6946292B2 (en) 2000-10-06 2005-09-20 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Cells producing antibody compositions with increased antibody dependent cytotoxic activity
US7064191B2 (en) 2000-10-06 2006-06-20 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Process for purifying antibody
US6596541B2 (en) 2000-10-31 2003-07-22 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Methods of modifying eukaryotic cells
CN101940189A (zh) 2000-11-30 2011-01-12 米德列斯公司 用于生产人类抗体的转基因转染色体啮齿动物
EP1423510A4 (en) 2001-08-03 2005-06-01 Glycart Biotechnology Ag ANTIBODY GLYCOSYLATION VARIANTS WITH INCREASED CELL CYTOTOXICITY DEPENDENT OF ANTIBODIES
ES2326964T3 (es) 2001-10-25 2009-10-22 Genentech, Inc. Composiciones de glicoproteina.
US20040093621A1 (en) 2001-12-25 2004-05-13 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd Antibody composition which specifically binds to CD20
ATE503829T1 (de) 2002-04-09 2011-04-15 Kyowa Hakko Kirin Co Ltd Zelle mit erniedrigter oder deletierter aktivität eines am gdp-fucosetransport beteiligten proteins
CA2481920A1 (en) 2002-04-09 2003-10-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Antibody composition-containing medicament
BR0309145A (pt) 2002-04-09 2005-02-01 Kyowa Hakko Kogyo Kk Células das quais o genoma é modificado
WO2003085119A1 (fr) 2002-04-09 2003-10-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Procede d'amelioration de l'activite d'une composition d'anticorps de liaison avec le recepteur fc$g(g) iiia
AU2003236019A1 (en) 2002-04-09 2003-10-20 Kyowa Hakko Kirin Co., Ltd. Drug containing antibody composition appropriate for patient suffering from Fc Gamma RIIIa polymorphism
CA2481837A1 (en) 2002-04-09 2003-10-16 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Production process for antibody composition
AU2003239966B9 (en) 2002-06-03 2010-08-26 Genentech, Inc. Synthetic antibody phage libraries
US7361740B2 (en) 2002-10-15 2008-04-22 Pdl Biopharma, Inc. Alteration of FcRn binding affinities or serum half-lives of antibodies by mutagenesis
PL212899B1 (pl) 2002-12-16 2012-12-31 Genentech Inc Humanizowane przeciwcialo, kompozycja zawierajaca to przeciwcialo, wyrób fabryczny, przeciwcialo lub jego fragment do zastosowania w sposobie indukowania apoptozy, izolowany kwas nukleinowy, wektor ekspresji, komórka gospodarza, sposób wytwarzania przeciwciala lub jego fragmentu, plynny preparat i zastosowanie przeciwciala do wytwarzania leku
EP1585767A2 (en) 2003-01-16 2005-10-19 Genentech, Inc. Synthetic antibody phage libraries
US7871607B2 (en) 2003-03-05 2011-01-18 Halozyme, Inc. Soluble glycosaminoglycanases and methods of preparing and using soluble glycosaminoglycanases
US20060104968A1 (en) 2003-03-05 2006-05-18 Halozyme, Inc. Soluble glycosaminoglycanases and methods of preparing and using soluble glycosaminogly ycanases
WO2004091510A2 (en) 2003-04-11 2004-10-28 Medimmune, Inc. Recombinant il-9 antibodies and uses thereof
GB0407315D0 (en) 2003-07-15 2004-05-05 Cambridge Antibody Tech Human antibody molecules
CA2542046A1 (en) 2003-10-08 2005-04-21 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Fused protein composition
CA2542125A1 (en) 2003-10-09 2005-04-21 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Process for producing antibody composition by using rna inhibiting the function of .alpha.1,6-fucosyltransferase
HUE031632T2 (en) 2003-11-05 2017-07-28 Roche Glycart Ag Antigen binding molecules with enhanced Fc receptor binding affinity and effector function
JPWO2005053742A1 (ja) 2003-12-04 2007-06-28 協和醗酵工業株式会社 抗体組成物を含有する医薬
WO2005093092A2 (en) * 2004-03-26 2005-10-06 Bayer Healthcare Ag Diagnostics and therapeutics for diseases associated with g-protein coupled receptor 44 (gpr44)
JP5128935B2 (ja) 2004-03-31 2013-01-23 ジェネンテック， インコーポレイテッド ヒト化抗ＴＧＦ−β抗体
US7785903B2 (en) 2004-04-09 2010-08-31 Genentech, Inc. Variable domain library and uses
EP2360186B1 (en) 2004-04-13 2017-08-30 F. Hoffmann-La Roche AG Anti-P-selectin antibodies
WO2005116088A2 (en) 2004-05-25 2005-12-08 The Johns Hopkins University Methods and compositions for treating diseases and disorders associated with siglec-8 expressing cells
AR049390A1 (es) 2004-06-09 2006-07-26 Wyeth Corp Anticuerpos contra la interleuquina-13 humana y usos de los mismos
US20070048785A1 (en) 2004-06-09 2007-03-01 Lin Laura L Anti-IL-13 antibodies and complexes
US7501121B2 (en) 2004-06-17 2009-03-10 Wyeth IL-13 binding agents
TWI307630B (en) 2004-07-01 2009-03-21 Glaxo Group Ltd Immunoglobulins
TWI309240B (en) 2004-09-17 2009-05-01 Hoffmann La Roche Anti-ox40l antibodies
NZ580115A (en) 2004-09-23 2010-10-29 Genentech Inc Cysteine engineered antibody light chains and conjugates
JO3000B1 (ar) 2004-10-20 2016-09-05 Genentech Inc مركبات أجسام مضادة .
EP1943359B1 (en) * 2005-09-30 2011-06-29 Centocor Ortho Biotech Inc. Compositions and methods for il13 biomarkers
GB2430883B (en) 2005-09-30 2008-03-19 Cambridge Antibody Tech Interleukin-13 antibody composition
KR101461263B1 (ko) 2005-10-21 2014-11-17 노파르티스 아게 Ｉｌ-13에 대항한 인간 항체 및 치료적 용도
EP1957531B1 (en) 2005-11-07 2016-04-13 Genentech, Inc. Binding polypeptides with diversified and consensus vh/vl hypervariable sequences
EP1973951A2 (en) 2005-12-02 2008-10-01 Genentech, Inc. Binding polypeptides with restricted diversity sequences
AU2007204879A1 (en) 2006-01-11 2007-07-19 Aerovance, Inc. Methods and compositions for treating asthma in human and non human primates
GB0600488D0 (en) 2006-01-11 2006-02-22 Glaxo Group Ltd Immunoglobulins
TW200812616A (en) 2006-05-09 2008-03-16 Genentech Inc Binding polypeptides with optimized scaffolds
PL2059533T3 (pl) 2006-08-30 2013-04-30 Genentech Inc Przeciwciała wieloswoiste
NZ599144A (en) 2006-09-08 2013-10-25 Abbott Lab Interleukin -13 binding proteins
US20080226635A1 (en) 2006-12-22 2008-09-18 Hans Koll Antibodies against insulin-like growth factor I receptor and uses thereof
CL2008000058A1 (es) 2007-01-09 2008-05-23 Wyeth Corp Formulacion que comprende un anticuerpo anti-il13, un criprotector, y una solucion amortiguadora; composicion farmaceutica que la comprende; metodo para tratar un trastorno relacionado con il13; y formas farmaceuticas que la comprenden.
WO2008086043A2 (en) * 2007-01-10 2008-07-17 Wyeth Methods and compositions for assessment and treatment of asthma
WO2008091814A2 (en) * 2007-01-22 2008-07-31 Wyeth Assessment of asthma and allergen-dependent gene expression
BRPI0808291A2 (pt) 2007-03-22 2018-12-11 Genentech Inc anticorpos anti-ige/ m1, peptideo, composições, ácido nucléico isolado, vetor, célula hospedeira, processo para a produção de um anticorpo anti-ige/m1' apoptótico ou o fragmento funcional, artigo de fabricação, método para depletar espcificamente as células b produtoras de ige, métodos para o tratamento de um doença mediada por ige, para evitar a produção de ige induzida por alérgeno, para reduzir a produção de lge induzida por alérgeno, hibridoma murino, anticorpo e animal transgênico
EP2777710A1 (en) 2007-04-30 2014-09-17 Glaxosmithkline LLC Methods for administering anti-IL-5 antibodies
CN100592373C (zh) 2007-05-25 2010-02-24 群康科技(深圳)有限公司 液晶显示面板驱动装置及其驱动方法
JP2010533204A (ja) 2007-07-11 2010-10-21 アエロヴァンス インコーポレイティッド 薬学的ポリペプチドの乾燥粉末エアロゾル製剤およびその調製方法
US8592562B2 (en) 2008-01-07 2013-11-26 Amgen Inc. Method for making antibody Fc-heterodimeric molecules using electrostatic steering effects
FR2944448B1 (fr) 2008-12-23 2012-01-13 Adocia Composition pharmaceutique stable comprenant au moins un anticorps monodonal et au moins un polysacharide amphiphile comprenant des substituants derives d'alcools hydrofobes ou d'amines hydrophobes.
CA2863066A1 (en) 2012-01-31 2013-08-08 Genentech, Inc. Anti-ig-e m1' antibodies and methods using same
NZ628458A (en) * 2012-03-27 2016-11-25 Genentech Inc Methods of prognosing, diagnosing and treating idiopathic pulmonary fibrosis

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102232113A (zh) * 2008-03-31 2011-11-02 健泰科生物技术公司 用于治疗和诊断哮喘的组合物和方法
WO2012083132A2 (en) * 2010-12-16 2012-06-21 Genentech, Inc. Diagnosis and treatments relating to th2 inhibition

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Gene Expression Patterns of Th2 Inflammation and Intercellular Communication in Asthmatic Airways;David F.Choy等;《The Journal of Immunology》;20101227;第186卷;1861-1869，Table I、II *

Also Published As

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AR098155A1 (es) 2016-05-04

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