TWI335354B - Methods for the detection of the degree of the methylation of a target dna and kits - Google Patents
Methods for the detection of the degree of the methylation of a target dna and kits Download PDFInfo
- Publication number
- TWI335354B TWI335354B TW096114234A TW96114234A TWI335354B TW I335354 B TWI335354 B TW I335354B TW 096114234 A TW096114234 A TW 096114234A TW 96114234 A TW96114234 A TW 96114234A TW I335354 B TWI335354 B TW I335354B
- Authority
- TW
- Taiwan
- Prior art keywords
- methylation
- cancer
- exon
- rassf1a
- sequence
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/154—Methylation markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Description
1335354 九、發明說明: 【發明所屬之技術領域】 本發明關於一種檢測DNA序列甲基化程度的方法,以 及利用DNA序列的曱基化程度來檢測、預後或監測個體中 癌症的套組。 【先前技術】 已熟知腫瘤抑制基因在腫瘤細胞中被曱基化。因而, 曱基化標誌物已被建議用於檢測或監測患者癌症。已有多 種方法被提議用於檢測這些曱基化的序列。 甲基化特異PCR(MSP)是檢測甲基化或未曱基化的⑽八 取常用的方法。MSP涉及亞硫酸氫鹽轉化的步驟。用亞硫 酸氫鈉使胞嘧啶脫氨基成為尿嘧啶,而5_甲基胞嘧啶保持 凡好。曱基化特異PCR利用目標向亞硫酸氫鹽誘導的序列 改變的PCR 5丨子,以特異性擴增甲基化的或未甲基化的等 2基因。亞硫酸氫鹽轉化破壞約95%的DNA。由於血清或血 衆中遍的濃度通常很低,舰減少95%導致檢出率小於 50% 〇 其他方法係使用特異性分解甲基化或未甲基化舰的 限制性内切酶。特異性分解甲基&膽的酶很少。但是, ^異性分解未甲基化應的酶卻很容易得到。然後確立分 :否發生’並檢測所關注_是否f基化或未甲 取決㈣用酶的特異性),其與癌症相關或不相關。. 先別已提出過f基化敏感的酶分解。例如,Silvaet al, 5l93-8805-PF;Kai 5 1335354 • · v
British Journal of Cancer, 80: 1 262-1 264,1 999 進行 了甲基化敏感的酶分解及後續的PCR。但是,如 Yegnasubramanian etal, Nucleic Acids Research, Vol. 34,No. 3’ 2006 el9指出這些方法被產生的偽陽性所困 擾。 因此,本發明尋求提供甲基化敏感的檢測的更好方 法,其可排除或減少偽陽性和/或偽陰性的產生。 【發明内容】 • 根據本發明的第一方面,提供了檢測或監測包含至少 > 兩個甲基化敏感限制酶辨識位置的目標D N A序列的曱基化 « 程度的方法,所述方法包括: ': (a)辨識所述甲基化敏感限制酶辨識位置的一種或多 種甲基化敏感限制酶分解含有該目標DNA序列的樣品;以 及 鲁 (b)定量分解後該樣品中殘留的所述目標DNA序列, 其中步驟(b)中得到的該目標DNA序列的含量表示曱 基化的程度。 本發明之方法係利用甲基化敏感限制酶在多個位置上 切割目標DNA序列,大大提高了檢測的準確性。 此外’本發明更提供了使用擇自來自個體之血液、血 漿、血清、唾液、尿等生物樣品檢測或監測癌症的方法, 所述方法包括: (a)從一生物樣品獲得DNA ; 6 5193-8805-PF;Kai ^35354 (b) 使用一種或多種曱基化敏感限制酶分解該dnA樣 σ · 口 ο j (c) 在步驟(b)之後量化或檢測目標DNA序列,其中目 b DNA序列含有至少兩個曱基化敏感限制酶的辨識位置; 以及 (d)將來自該個體的該DNA序列的水平與 上—Φ你干 較’以檢測、預測或監測癌症 在本發明的較佳實施例中’將聚合酶連鎖反應(pCR) 或即時定量聚合酶連鎖反應(Q_pCR)用於定量目標序 列。較佳地,該曱基化敏感限制酶辨識未曱基化的序 列。該目標序列為癌症患者之易被甲基化的序%,因此正 U的未甲基化的目標序列被分解,不被聚合酶連鎖反 應擴增,而在癌症患者巾’目標序列被f基化並且不被酶 分解,隨後可被例如使用聚合酶連鎖反應量化或檢測。 本發月的方法可用於預測個體的癌症易感性、評估個 體中癌症的階段、相泪,丨+ i k 預則個體存活的可能性、預測個體的復 發的可能性或評估個體中治療的有效性。 4據本發明之第一形態,提供了檢測、預後或監測個 體中癌症的套組,包括 (1)至少一種甲基化敏感限制酶·以及
(")-定量來自所述個體的樣品t目標麗序列 元, T 其中所述目標DNA & + ,^ ^ ' 序列在癌症中表現出異常甲基化模 式’並3有該甲基化敏减 U限制扭此辨識之至少兩個甲基化 5193-8805-PF;Kai 7 1335354 敏感限制酶辨識位置。 在所述癌症為肝細胞癌的 套組更包括定量樣品中甲胎蛋 咽癌的本發明實施例中,本套 DNA的單元。 本發明優選實施例中,所述 白之單元。在所述癌症為鼻 組更包括在樣品中定量Εβν 【實施方式】 • 纟發明提供評估、診斷、預測或監測個體中腫瘤的存 在或進展的方法。該方法涉及使用甲基化敏感限制酶分解 MA序列。選擇含有至少兩個限制位置的"票驗序列, ϋ兩個限制位置可以〇基化或未甲基化的。較佳使用特 定的甲基化敏感限制酶實施本方法,與甲基化序列相比, :該特定的甲基化敏感限制酶優先切割未甲基化的序列。甲 基化序列保持未被分解並被檢測到。在未甲基化序列的至 少-個曱基化敏感限制酶位置的切割導致該目標序列不能 籲被檢測到或不可擴增。因此甲基化序列可與未甲基化序列 區分開。本發明的一個實施例中,在諸如癌症患者的血漿 或血清的生物樣品中檢測到的未被切割的目標序列的數量 高於來自於健康的或沒有癌症的個體的同類型生物樣品中 立貝的數里這疋因為與健康個體相比,癌症患者中的目 標序列高度甲基化。 或者,可以使用切割甲基化DNA的限制酶。未甲基化 的DNA序列未被分解並且可被檢測到。本發明的另一實施 例中’與來自於沒有癌症個體之同類型生物樣品中的數量 5193-8805-PF;Kai 8 1335354 相比,證實在諸如癌症患者的血漿或血清的生物樣品中檢 測到較低數量的未被切割的目標序列。 在本發明較佳實施例中,利用PCR擴增檢測目標序 列。可以即時定量PCR。選擇特定的引子序列,使得該引 子擴增的序列中存在至少兩個曱基化敏感限制酶位置。本 發明的方法不使用亞硫酸氫鈉。 使用合適方法(如PCR)來擴增被用於檢測未被切割的 目標序列,由此確定未被限制酶切割之曱基化DNA的存在。 根據本發明,可以使用任何適合的曱基化敏感限制 酶。下表1列出了切割未曱基化的DNA的甲基化敏感限制 酶的例子。 表1 :曱基化敏感限制酶的例子 酶 辨識序列 CpG甲基化對酶限制性的影響* AatW GACGTC 阻止 Aji\ CACGTC 阻止 Bsm\, BshUm CGCG 阻止 颜 2851 CGRYCG 阻止 BsMU ACCGGT 阻止 ^5^681 TCGCGA 阻止 Bspim TTCGAA 阻止 Bsp\i?>\ I RGCGCY 阻止 細151 ATCGAT 阻止 Csel GACGC 阻止 CfrlOl RCCGGY 阻止 Cfrm CCGCGG 阻止 Cpol CGGWCCG 阻止 EccAllU AGCGCT 阻止 Ecd)2\ CGGCCG 阻止 Ec〇n\ CACGTG 阻止 Eco\m TACGTA 阻止 Ehe\ GGCGCC 阻止 5193-8805-PF;Kai 9 1335354
Espil CGTCTC 阻止 FsptA RTGCGCAY 阻止 Hhal; Ηϊιβ I GCGC 阻止 HinW GRCGYC 阻止 HpaU CCGG 阻止 Kpn2\ TCCGGA 阻止 MM ACGCGT 阻止 Notl GCGGCCGC 阻止 Nsb\ TGCGCA 阻止 Paul GCGCGC 阻止 Pdi\ GCCGGC 阻止 /¥72311 CGTACG 阻止 PpdlW YACGTR 阻止 Psp\m\ AACGTT 阻止 Pvu\ CGATCG 阻止 Sail GTCGAC 阻止 Sgs\ GGCGCGCC 阻止 Smal CCCGGG 阻止 Smu\ CCCGC 阻止 Ssi\ CCGC 阻止 Tail ACGT 阻止 Tau\ GCSGC 阻止 辨識序列中的字母代碼代表不同的核苷酸組合,如下 所示:R = G 或 A ; Y = C 或 T ; W = A 或 Τ ; M = A 或 C ; K = G 或 T ;
S = C 或 G ; H = A、C 或 T ; V = A、C 或 G ; B = C、G 或 T ; D = A、G 或 T ; N = G、A、T 或 C。 辨識序列中的CpG二核苷酸用下劃線標出。這些CpG 二核苷酸的胞嘧啶殘基易被甲基化。*辨識序列中的CpG二 核苷酸的胞嘧啶的曱基化防止該目標序列的酶切割。 所述目標序列包含兩個或多個甲基化敏感限制酶位 置。這些位置可以被相同或不同的酶辨識。但是,如此選 擇這些位置,以使得當使用與曱基化序列相比優先切割未 5193-8805-PF;Kai 10 1335354 每個序列中至少兩個位置當其未f 甲基化的序列的酶時 基化時被分解。 至少兩個被優先 兩個或多個位置 在其次之實施例中,該目標序列含有 切割甲基化序列的限制酶切割的位置。該 可以被相同或不同的酶切割。 根據本發明,可以^由田, 此 了以使用任何適合的DNA甲基化標誌 物。這些DNA甲基化桿社物曰如 '西& 铩^物疋所選定序列與正常個體相比
在癌症患者中顯示不同甲基化模式的標德物。選擇適當的 標諸物使得待擴增序列含有至少兩個甲基化㈣限制酶位 置°通吊k些甲基化標誌'物是這樣的基因,即其啟動子和/ 或編碼序列在癌症患者中被f基化。優選地,㉟選定序列 在非癌的(n〇n-Cancer)或沒有癌症的(cancer_f ree)個體 中未甲基化或以較低程度曱基化。 適合的標誌物包括例如以SS/Vj。實際上,已證明 似用於檢測或監測個體癌症時特別有效。因此,根 據本發明的另一方面,提供了使用選自來自個體的血液、 血漿·、血清、唾液、尿的生物樣品檢測或監測癌症的方法, 所述方法包括: (a) 從所述生物樣品獲得DNA ; (b) 使用一種或多種曱基化敏感限制酶分解該DN A樣 (c) 在步驟(b)之後’量化或檢測目標DNA序列,其中 該目標D N A序列是包含部分或全部似的序列;以及 (d) 將來自該個體的該DNA序列的水平與正常標準比 5193-8805-PF;Kai 11 1335354 較,以檢測、預測或監測癌症。 下表2列出了與似啟動子超甲基化相關的腫瘤 類型。 表2 :不同癌症類型中啟動子超甲基化的頻率 (由高至低按頻率排列) 癌症類型 似5577/啟動子超甲基A的頻率 肝 93%-100% '~ 乳腺 49%-95% 肺(小細胞) 79%-88% _ *** i\%-m ~~ 黑素瘤, 41°/〇-75% 胰腺 64% — 腎 36%-64% — 膀胱 47%,% — 結腸 12%-45% 卵巢 30%-40% 肺(非小細胞) 28%-40% 表3列出了其他優先選擇在腫瘤中表現超甲基化的腫 瘤抑制基因。 的例子
E-cadherin GSTPI —hMLHl __y、月、結腸直腸、***、膀肫 肺月、膀脱、月!J列腺、乳腺、子宮頸 、肝"^Γ、肺、印f Ϊ、結腸直
MGMT
5193-8805—PF;Kai 12 1335354 RARbeta socsl Rb VHL ' 肺、乳腺、鼻咽、***-- :结腸直腸、白血病、胃、0兵- 眼癌、肺' 食道、胃 …-—----- -----, 腎 ------ 依照本發明的方法,從患者取得或獲得樣品。適合的 樣品包括血液、血漿、血清、唾液和尿。依照本發明使用 的樣品包括全血、血漿或血清。從…製備血清或血紧 的方法為本領域技術人員所習知]列如,血液可被置於含 有 EDTA 或諸如 Vacutainer SST(Bect〇n ⑽,
FrankUnLake’ NJ,USA)的專門市售產品的試管中以防止 血液凝結,隨後可以通過離心從全血中獲得血漿。血液凝 結後可通過離心或不通過離心獲得血清。如果使用離心, 通常但不專有地以適當的速度進行,如1500-3000 x 再被轉移到新試管進行DNA提取之前,可對血漿或血清進 行更多的離心步驟。 優選地,使用合適的DNA提取技術從樣品中提取⑽A。 對於本領域技術人員來說,DNA提取是常規内容。已知從 生物樣品(包括血液)中提取DNA的許多方法。可遵循DM 製備的一般方法,例如 Sambr〇〇k and RusseU,
Cloning a Laboratory Manual (分子克隆:實驗室手冊)3「d
Edition (2001 )所描述的。還可以使用各種可購得的試劑 或套組從血液樣品中獲得DNA。 依照本發明,使含有DNA的樣品與一種或多種在特定 條件下優先切割未甲基化的DNA的限制酶共同處理,該特 定條件為當目標序列中存在兩個或更多處於未甲基化狀熊 5193-8805-PF;Kai 13 I335354 的限制酶位元點時,所述 罢忐J, 啤Γ以在至少一個這樣的位 置处刀目標序列。依照本發明一 樣品與-或多種在特定條件ρ 方面’ 3有μα的 並… 切割甲基化嶋的限制酶 >*、同處理’ 5亥特定條林兔去 條件為田目軚序列中存在兩個或更多處 於甲基化狀態的限制酶位元點時,該限制酶可以在至少— 個這樣的位置處切割目標序列。 較佳地,樣品在允許完全分解的條件下處理。這可以 通過例如增加處理時間和/或增加酶的用量來達到。通常, 樣品與100活性單位的甲基化敏感限制酶一起孵育多至 小時。對於本領域技術人Μ來說,根據所用酶的量建立入 適的條件是常規内容。 σ 醉育後,檢測未切的目標序列。較佳地,4過例如聚 合酶鏈式反應(PCR)擴增來檢測這些序列。 設計ΜΑ引子以擴增含有至少兩個甲基化敏感限制酶 位置的序列。可以通過考察DNA甲基化標誌物並且確定這 些標誌物中被甲基化敏感限制酶辨識的限制酶位置來確定 這樣的序列。例如使用表丨中確定的甲基化敏感限制酶的 辨識序列,可以在表3所列的曱基化標誌物中確定合適目 標序列。 使用似5^/74作為例子’目標序列可包含似幻>凡^基 因的部分或全部啟動子序列和/或外顯子1 ^第9圖顯示該 啟動子和外顯子1的序列(SEq ID NO. 1)。在較佳實施例 中’該用於檢測的目標序列在圖9中用粗體突出。 當使用曱基化敏感限制酶時,根據具體個體中該目標 14 5193-8805-PF;Kai 1335354 序列的曱基化狀態,會檢測到不同量之目標序列。在本發 明的較佳實施例中’使用優先切割未曱基化DNA的曱基化 敏感限制酶,則該目標序列不會在未曱基化狀態時(如在健 康個體中)被檢測到。但是,如果該目標序列被甲基化(如 在來自癌症患者的選定樣品中),則該目標序列不被限制酶 切割’因此該目標序列可以通過PCR檢測到。 因此’該方法可用於確定目標序列的甲基化狀態,並 φ 且提供該個體的癌症狀態的指示。 本發明的方法可能另外包括量化或檢測對照序列。選 擇在癌症中不顯示異常曱基化模式的序列作為對照序列。 依“?、本發明的優先選擇方面,選擇含有至少兩個甲基化敏 感限制酶辨識位置的對照序列。較佳地,選擇含有與目標 DNA序列相同數目的甲基化敏感限制酶辨識位置的對照序 歹J通吊,通過擴增檢測該對照序列的存在或缺失,該擴 增通過曱基化敏感限制酶分解後的聚合酶連鎖反應完成。 φ這類對”,、序列可用於評估一種或多種甲基化敏感限制酶的 分解程度。例如,如果甲基化敏感限制酶分解後可檢測到 對,.?、序列,其表明分解不完全並且可以重複該方法以確保 發生70王刀解。較佳地,選擇含有與目標序列中相同的甲 基化敏感限制酶辨識位置的對照序列。在一較佳實施例 中,該對照序列是〆肌動蛋白基因序列。 本方法可用於評估個體的腫瘤狀態。該方法可用於例 如癌症的診斷和/或預後。該方法還可用於例如治療過程中 癌症進程的監測。該方法還可用於監測隨時間發生的甲基 5193-8805-PF;Kai 15 1335354 - 化水平的變化,例如評估個體對腫瘤的易感性和疾病的進 程。該方法還可用於預測疾病的後果或預測治療成功的可 能性。 在一較佳實施例中,該目標序列是似M/Vj並且被用 於癌症的診斷。例如,甲基化可用於檢測和監測 肝細胞癌或鼻咽癌。該方法在監測B型肝炎攜帶者或c型 肝λ攜帶者向肝細胞癌轉化的易感性中特別有用。 φ 在本發明的另一方面,還提供了檢測、預後或監測個 體中癌症的套組。該套組包括至少一種甲基化敏感限制 酶’以及用於定量來自該個體的樣品中目標DNA序列的單 元,其中該目標DNA序列在癌症中表現出異常甲基化模 式’並且含有所述曱基化敏感限制酶能辨識的至少兩個甲 基化敏感限制酶辨識位置。 在一較佳的實施例中,目標DNA序列至少是^J 的一部分’所採用的甲基化敏感限制性酶為万s 〗。本發 • 明的套組更包含用於檢測樣品中對照DNA序列(如彳肌動 蛋白基因序列)的單元。所述的定量目標DNA序列或對照 DNA序列的單元一般包括用於pCR或Q_pcR的試劑,例如 引子、DNA聚合酶、核苷酸、缓衝液等,用於q_pcr的試 劑還包括探針,較佳為螢光團標記的探針。 在本發明的較佳實施例中’用於定量以5^/7/序列的 PCR 或 Q-PCR 所用引子為 SEQ ID NO. 2 和 SEQ ID NO. 3, Q-PCR所用的探針包含SEq ID NO. 4的序列;用於定量/ 肌動蛋白基因序列的PCR或Q-PCR所用引子為SEQ ID NO. 5193-8805-PF;Kai 16 1335354 5 和 SEQ ID NO. 6,Q-ΡΠ?所用 64 柳 & ^ W LK所用的探針包含SEQ ID NO. Ί 的序列。 對於用於肝細胞癌⑽)的套組,本發明更包括檢測甲 型胎兒蛋白的單元。甲型胎兒蛋白是已知的肝細胞癌則 的標諸物’其檢測方法和所用試劑為本領域技術人員所熟 知對於用於鼻咽癌(APC)的套組,本發明更包括檢測EBV 刪的單7G。EBV DNA是已知的鼻咽癌標諸物,其檢測方法 和所用試劑也為本領域技術人員所熟知。將目#廳序列 的甲基化程度檢測和特定的標誌物的檢測進行結合,可大 大提高檢測的準蜂性。 以下將利用下列實施例更詳細地描述本發明。 、 實施例 徵募了 63個(肝細胞癌(HCC)患^以及兩組對照。第一 對照組由1 5個沒有慢性B型肝炎感染的健康對照個體組 成。第二對照組由慢性B型肝炎攜帶者組成。對於每一個 HCC患者,徵募一個性別和年齡對應的慢性B型肝炎攜帶 者作為對照。慢性乙型肝炎攜帶者具有發展Hcc的更高危 險’並且因此成為HCC篩選的目標群體。從每一個研究個 體收集4毫升靜脈血到含有EDTA的試管中。1,60 Og離心 血液樣品10分鐘,並且再次以16, 〇〇〇g離心上清液分 鐘。使用 QIAamp mini kit (Qiagen,Hilden,Germany) 從800仁L血漿中提取DNA並且用50/z L H2〇清洗。用i〇〇u 的及siUI酶分解35微升血漿⑽A,在60°C下分解於ix分 解緩衝液中’持續進行丨6小時。 5193-8805-PF;Kai 17 1335354 -通過即時PCR確定血漿序列的濃度,該即時 PCR 使用的弓丨子為 5’ AGCCTGAGCTCATTGAGCTG3’ (SEQ ID NO· 2)和 5’ ACCAGCTGCCGTGTGG 3’ (SEQ ID NO. 3),探 針為 5,(FAM)-CCAACGCGCTGCGCAT-(MGB)3,(SEQ ID NO. 4)。每一反應含有 IX TaqMan Universal PCR Master Mix(Applied Biosystems,Foster City, USA) ' 引子各 3 0 0nM和85nM探針。以7. 1 5微升酶分解的血漿DNA混合 物(相當於5.// L未分解的血漿DNA)作為每一個PCR反應的 ^ 範本。溫度模式設定為50°C 2分鐘、95°C 10分鐘、50個循 環的95°C 15秒和60°C 1分鐘。所有的反應進行兩個重複並 取平均值。似'尺Μ擴增子包含5個万以UI辨識位置。 為確保限制酶分解的完全性,對每一個分解的樣品進 行目標向,-肌動蛋白基因的即時PCR,該即時PCR引子包 括 5’ GCGCCGTTCCGAAAGTT3’ (SEQ ID NO. 5)和 5’ CGGCGGATCGGCAAA3’ (SEQ ID NO. 6)以及探針 φ 5’ (FAM)-ACCGCCGAGACCGCGTC-(MGB)3, (SEQ ID NO. 7)。 通過亞硫酸氫鹽測序,顯示Θ -肌動蛋白基因啟動子在血 細胞和HCC組織中完全未曱基化。Θ肌動蛋白基因序列擴 增子與似5^/7/擴增子有相似大小,並且含有相同數目的 厶夕ίϋ I酶限制位。 為研究未甲基化的和肌動蛋白基因序列的 酶分解效率是否相似,用100U的酶分解1 # g的血 沉棕黃層(buff y coat),分解時間包括15分鐘、30分鐘、 45分鐘、60分鐘、90分鐘、120分鐘、3小時、4小時、5 5193-8805-PF;Kai 18 1335354 小時、6小時、12小時和16小時。酶分解後測量每一個樣 品中似6\9/以和夕肌動蛋白基因序列的濃度。如圖丄所 不,這些血沉棕黃層DNA中似和^肌動蛋白基因序 列的濃度程正相關(r= 〇 986,P〈〇. 0001,Pearson相關)。 由於未曱基化的似/和々肌動蛋白基因序列的酶分解 效率相似’所以β肌動蛋白基因序列在經分解之血清dna 樣品中的缺失顯示未曱基化的序列的完全分解。 因此’所有Θ肌動蛋白基因序列信號為陽性的樣品都經進 一步的6#分解直到在經分解的血清DNA樣品中檢測不到々 肌動蛋白基因序列。 在酶分解後,將63個HCC患者中的59個(93%) 和63個對應的慢性B型肝炎帶原者中的37個(58%)的血漿 中檢測到心SS/Vj序列,如第2圖所示。HCC患者和慢性 肝炎B帶原者的中位數血漿似/濃度分別為 770copy/mL和1 l8copy/mL。相反地,在15個健康者樣本 中’所有的血漿中都檢測不到。 不被分解的似SS/V/的血漿濃度沒有顯示與甲胎蛋白 (AFP)含量的任何顯著線性相關,其中甲型胎兒蛋白為已建 立的HCC的腫瘤標誌物。參照第3圖、第4圖,我們已經 證明血漿曱基化似55/7/的定量分析可以補充用於jjcc檢 測的AFP分析》參照第5圖,在我們的實驗組中,62個患 者中的16個有小於1〇 a g/L的低水平AFP。以300copy/mL 為界,血漿j分析鑒定了這1 6個有偽陰性afp結果 的HCC患者中的13個(81%)。 5193-8805-PF;Kai 19 1335354 ** 第6圖證明了外科手術前血漿似5\S·凡Μ濃度小於 550copy/mL的HCC患者的存活可能性好于那些水平高於 550copy/mL 的患者(p=〇〇359,Kaplan-Meier 存活分析)。 從手術切除腫瘤後1個月的HCC患者收集血液樣品。 腫瘤切除前就有可檢測到的血漿以的59個患者中, 45人(76%)顯示手術後濃度減小。第7圖顯示在這45個患 者中,13個在切除腫瘤後檢測不到似。中位數 RASSF1A 濃度從 770 copy/mL 下 降 到 _ 250copy/mL(p<〇. 〇〇〇1,Wilcoxon 測驗)。 為進一步研究甲基化敏感限制酶分解後血漿必^ 的定量分析是否是具有凡Μ異常甲基化的癌症的通用 標誌物,徵募了 6 7個鼻咽癌(NPC)患者研究抗酶分解的 WM/V]的血漿濃度與Epstein-Barr病毒(EBV)DNA的相關 性。血漿EBV DNA是NPC的已建立標諸物並且已被證實反 映腫瘤量(Lo YMD,Chan LY,Lo KW,Leung SF,Zhang J, 秦 Chan AT, Lee JC, Hjelm NM, Johnson PJ, Huang DP., Quantitative analysis of cell-free Epstein-Barr virus DNA in plasma of patients with nasopharyngeal carcinomaC鼻咽癌患者血漿中無細胞的Epstein_Barr病 毒的定量分析)· Cancer Res 1 999; 59:1 188-91 )。第 8 圖 顯示EBVDNA和抗酶分解的心$67^7/序列可分別在6 5 (9 4 % ) 和3 9 (5 8 %)個患者的血漿中檢測到。在可檢測到抗酶分解 的WM/Vj和EBV DNA的患者中’這兩個j)NA序列的血漿 濃度顯示正相關(!·= 0. 38,p= 〇. 〇19,Spearman相關)。 5193-8805-PF;Kai 20 1335354 甲基化敏感限制酶分解後,分析來自這6 7個NPC患者 的29個腫瘤樣品的。酶分解後,似序列可 在這29個病例中的25個中檢測到(86%)。對於這25個 j基因在腫瘤中超曱基化的病例,酶分解後,/ 序列可在20個病例(8〇%)的血漿中檢測到。該檢測率顯著 好於之前的研究所報告的情況’該研究使用甲基化特異pCR 檢測血漿中超曱基化的凡^序列(w〇ng TS,Kwong dl, Sham JS, Wei WI, Kwong YL, Yuen AP. , Quantitative plasma hypermethylated DN A markers of undifferentiated nasopharyngeal carcinoma(無差異的 鼻咽癌的定量血漿超曱基化DNA標誌物),Clin Cancer Res. 2004; 10:2401 -6)。在該報告中,曱基化的似Μ/人ί只在 5 %的N P C患者的血聚中檢測到。 參考文獻:
Anacleto C, Rossi B, Lopes A, Soares FA, Rocha JC, Caballero 0,et a 1. Development and application of a multiplex PCR procedure for the detection of DNA methylation in colorectal cancer(發展和應用多元 PCR 方法以檢測結腸直腸癌中的 DNA曱基化).Oncol Rep 2005;13:325-8.
Banks RE, Tirukonda P, Taylor C, Hornigold N, As tut i D, Cohen D, et a 1. Genetic and epigenetic analysis of von Hippe1_Lindau (VHL) gene alterations 5193-8805-PF;Kai 21 1335354 and relationship with clinical variables in sporadic renal cancer(von Hippel-Lindau(VHL)基因改變的遺傳和 外遺傳分析以及與偶發性腎癌中臨床變數的關係). Cancer Res 2006;66:2000-11.
Baumann S, Keller G, Puhringer F, Napieralski R, Feith M, Langer R, et al. The prognostic impact of 06-Methylguanine-DNA Methyl transferase (MGMT) promotor hypermethy1 ation in esophageal adenocarcinoma(食道腺癌中06-曱基鳥°票呤-DNA曱基轉 移酶(MGMT)啟動子超甲基化的預後影響).Int J Cancer 2006;119:264-8.
Boltze C, Zack S, Quednow C, Bettge S, Roessner A, Schneider-Stock R. Hypermethy1 ati on of the CDKN2/pl6INK4A promotor in thyroid carcinogenesis(甲 狀腺癌發生中CMN2/pl6INK4A啟動子的超甲基化). Pathol Res Pract 2003;199:399-404.
Bornraan DM, Mathew S, Alsruhe J, Herman JG, Gabriel son E. Methylation of the E-cadheri n gene in bladder neoplasia and in normal urothelial epithelium from elderly individuals(來自較高齡個體的膀胱瘤和正 常膀胱上皮細胞中E-鈣粘著蛋白基因的曱基化).Am J Pathol 2001;159:831-5.
Burbee DG, Forgacs E, Zochbauer-Mu1ler S, Shi vakumar L, Fong K, Gao B, et al. Epigenetic 5193-8805-PF;Kai 22 1335354 inactivation of RASSF1A in lung and breast cancers and malignant phenotype suppression(肺癌和乳腺癌中 RASSF1A的外遺傳失活和惡性表型抑制).j Nat 1 Cancer Inst 2001;93:691-9.
Chan MW, Chan LW, Tang NL, Lo KW, Tong JH, Chan AW, et al. Frequent hypermethy1 ation of promoter region of RASSF1A in tumor tissues and voided urine of urinary bladder cancer patients(膀胱癌患者的腫瘤 組織和淨排小便中RASSF1A的啟動子區域的經常性超甲基 化).Int J Cancer 2003;104:611-6.
Chen CL, Liu SS, Ip SM, Wong LC, Ng TY, Ngan HY. E-cadherin expression is silenced by DNA methylation in cervical cancer cell lines and tumours(宮頸癌細 胞系和腫瘤中E-鈣粘蛋白的表達被DNA甲基化沈默).Eur J Cancer 2003;39:517-23.
Chen CY, Tsay W, Tang JL, Shen HL, Lin SW, Huang SY, et al. S0CS1 methylation in patients with newly diagnosed acute myeloid leukemia(新診斷出急性骨髓白 血病患者中 S0CS1 的甲基化).Genes Chromosomes Cancer 2003;37:300-5.
Chen W, Wu Y, Zhu J, Liu J, Tan S, Xia C. Methylation of pl6 and pl5 genes in multiple 11^6 1〇111&(多發性骨髓瘤中1)16和1)15基因的甲基化).(:1^11 Med Sci J 2002;17:101-5. 5193-8805-PF;Kai 23 1335354
Choi N, Son DS, Song I, Lee HS, Lim YS, Song MS, et a 1. RASSF1A is not appropriate as an early detection marker or a prognostic marker for non-small cell lung cancer(RASSFlA不適合作為非小細胞肺癌的早 期檢測標該物或預後標諸物).Int J Cancer 2005;115:575-81.
Daramann R, Schagdarsurengin U, Liu L, Otto N, Gimm 0, Dralle H, et al. Frequent RASSF1A promoter hypermethylation and K-ras mutations in pancreatic careinoma(胰腺癌中經常性RASSF1A啟動子超曱基化和 K-ras 突變)· Oncogene 2003;22:3806-1 2.
Dammann R, Takahashi T, Pfeifer GP. The CpG island of the novel tumor suppressor gene RASSF1A is intensely methylated in primary small cell lung carcinomas(新腫瘤抑制基因RASSF1A的CpG島在原發性小 細胞肺癌中強烈曱基化).Oncogene 200 1;20:3563-7.
Dansranjavin T, Mobius C, Tannapfel A, Bartels M,
WittekindC, Hauss J, WitzigmannH. E-cadherin and DAP kinase in pancreatic adenocarcinoma and corresponding lymph node metastases(膜腺癌及相應淋 巴結轉移中的 E-1弓贴蛋白和 DAP激酶).Oncol Rep 2006;15:1125-31.
Dhillon VS, Aslam M, Husain SA. The contribution of genetic and epigenetic changes in granulosa cell 5193-8805-PF;Kai 24 1335354 tumors of ovarian origin( #巢起源的粒層細胞腫瘤中遺 傳和外遺傳改變的貢獻).Clin Cancer Res 2004;10:5537-45.
Dominguez G, Silva J, Garcia JM, Silva JM, Rodriguez R, Munoz C, et al. Prevalence of aberrant methylation of pl4ARF over pl6INK4a in some human primary tumors(某些人原發性腫瘤中pi4ARF的異常甲基 化普遍超過 pl6INK4a). Mutat Res 2003;530:9-1 7.
Dulaimi E, Hillinck J, Ibanez de Caceres I, Al-Saleem T, Cairns P. Tumor suppressor gene promoter hypermethylation in serum of breast cancer pat i ents(乳腺癌患者血清中腫瘤抑制基因啟動子的超甲 基化)· Clin Cancer Res 2004;1 0:6189-93.
Dulaimi E, Ibanez de Caceres I,Uzzo RG, Al-Saleem T, Greenberg RE, Polascik TJ, et al. Promoter hypermethylation profile of kidney cancer(腎癌的啟 動子超曱基化譜).Clin Cancer Res 2004;1 0:3972-9.
Ekmekci CG, Gutierrez MI, Siraj AK, Ozbek U, Bhatia K. Aberrant methylation of multiple tumor suppressor genes in acute myeloid 1 eukemia(急性骨髓 白血病中多個腫瘤抑制基因的異常曱基化).Am J Hematol 2004;77:233-40.
Esteller M. Epigenetic lesions causing genetic lesions in human cancer: promoter hypermethylation of 5193-8805-PF;Kai 25 1335354 DNA repair genes(人類癌症中外遺傳損傷造成遺傳病變: DNA修復基因的啟動子超曱基化)EuI· j Cancer 2000;36:2294-300.
Fackler MJ, McVeigh M, Evron E, Garrett E, Mehrotra J, Polyak K, et al. DNA methylation of RASSF1A, HIN-1, RAR-beta, Cyclin D2 and Twist in in situ and invasive lobular breast carcinoma(原位和侵 入性小葉乳腺癌中 RASSF1A、HIN-1 ' RAR-/3、Cyclin D2 和 Twist 的 DNA 甲基化).int j Cancer 2003;107:970-5.
FoxEJ, Leahy DT, Geraghty R, Mulcahy HE, Fennelly D, Hyland JM, et al. Mutually exclusive promoter hypermethylation patterns of hMLHl and 06-methylguanine DNA methy1 transferase in colorectal cancer (結腸直腸癌中hMLHl和06-曱基鳥嘌呤DNA甲基轉 移酶的互相排斥的啟動子超曱基化模式).j Mol Diagn 2006;8:68-75.
Fujitake S, Hibi K, Okochi 0, Kodera Y, Ito K, Akiyama S, Nakao A. Aberrant methylation of SOCS-1 was observed in younger colorectal cancer patients(年輕 結腸直腸癌患者中觀察到 SOCS-1的異常曱基化).J Gastroenterol 2004;39:120-4.
FujiwaraK, FujimotoN, Tabata M, NishiiK, Matsuo K, Hotta K, et al. Identification of epigenetic aberrant promoter methylation in serum DNA is useful 5193-8805-PF;Kai 26 1335354 for early detection of lung cancer(鑒定血清中外遺傳 的異常啟動子甲基化可用於肺癌的早期檢測).Cl in Cancer Res 2005;11:1219-25.
Gifford G, Paul J, Vasey PA, Kaye SB, Brown R. The acquisition of hMLHl methylation in plasma DNA after chemotherapy predicts poor survival for ovarian cancer patients(化療後在血漿DNA中獲得hMLHl曱基化 預示卵巢癌患者的低存活).Clin Cancer Res 2004;10:4420-6.
Grote HJ, Schmiemann V, Geddert H, Booking A, Kappes R, Gabbert HE, et al. Methylation of RAS association domain family protein 1A as a biomarker of lung cancer (RAS相關結構域家族蛋白1A的甲基化作 為肺癌的生物標誌、物).Cancer 2006;108:129-34.
Grover AC, Tangrea MA, Woodson KG, Wallis BS, Hanson JC, Chuaqui RF, et al. Turnor-associated endothelial cells display GSTP1 and RARbeta2 promoter methylation in human prostate cancer(在人前歹丨J 腺癌中 腫瘤相關的内皮細胞顯示GSTP1和RARbeta2啟動子甲基 化).J Transl Med 2006;4:13.
Gutierrez MI, SirajAK, Khaled Η, Κοοα N, El-Rifai W, Bhatia K. CpG island methylation in Schistosoma-and non-Schistosoma-associated bladder cancer(血吸 蟲相關和非血吸蟲相關的膀胱癌中CpG島的曱基化).Mod 5193-8805-PF;Kai 27 1335354
Pathol 2004;17:1268-74.
Hesson L, Dallol A, Minna JD, Maher ER, Latif F. NORE1A, a homologue of RASSF1A tumour suppressor gene is inactivated in human cancers(NORElA , RASSF1A 腫 瘤抑制基因的同源基因,在人癌症中失活).Oncogene 2003;22:947-54.
Hesson LB, Wilson R, Morton D, Adams C, Walker M, Maher ER, Latif F. CpG island promoter
hypermethy1 ation of a novel Ras-effector gene RASSF2A is an early event in colon carcinogenesis and correlates inversely with K-ras mutations(新 Ras-效 應基因RASSF2A的CpG島啟動子超曱基化是結腸癌發生中 的早期事件並且與 K-ras突變逆相關).Oncogene 2005;24:3987-94.
Hi 1tunen MO, Alhonen L, Koistinaho J, Myohanen S, Paakkonen M, Marin S, et al. Hypermethy1 ation of the APC C^dsnonifltous polyposis coli) gsne promoter rGgion in human colorectal carei noma(人結腸直腸癌中 APC(腺 瘤性結腸息肉病)基因啟動子區域的超曱基化).I n t j Cancer 1997;70:644-8。
Hiraguri S, Godfrey T, Nakamura H, Graff J, Collins C, Shayesteh L, et al. Mechanisms of inactivation of E-cadherin in breast cancer cell lines(乳腺癌細胞系中E-鈣粘蛋白的失活機制乂 Cancer 5193-8805-PF;Kai 28 1335354
Res 1998;58:1972-7.
Hoque MO, Begum S, Topaloglu 0, Chatterjee A, Rosenbaum E, Van Criekinge W, et al. Quantitation of promoter methy1 ation of multiple genes in urine DNA and bladder cancer detection(尿 DNA 中多個基因的啟動 子曱基化的量化和膀胱癌檢測).J Natl Cancer Inst 2006;98:996-1004.
Hoque MO, Feng Q, Toure P, Dem A, Critchlow CW, Hawes SE, et al. Detection of aberrant methylation of four genes in plasma DNA for the detection of breast cancer(檢測血清DNA中四個基因的異常甲基化以檢測乳 腺癌).J Clin Oncol 2006.
Hoque MO, Topaloglu 0, Begum S, Henrique R, Rosenbaum E, Van Criekinge W, et al. Quantitative methy1 ation-specific polymerase chain reaction gene patterns in urine sediment distinguish prostate cancer patients from control sub j ects(尿沉;殿物中定 量甲基化特異聚合酶連鎖反應基因模式從對照物件中辨別 出***癌患者).J Clin Oncol 2005;23:6569-75.
Hsu HS, Wen CK, Tang YA, Lin RK, Li WY, Hsu WH, Wang YC. Promoter hypermethy 1 ation is the predominant mechanism in hMLHl and hMSH2 deregulation and is a poor prognostic factor in nonsmoking lung cancer(啟 動子超曱基化是hMLHl和hMSH2反常的主要機制,並且在 5193-8805-PF;Kai 29 1335354 非吸煙肺炎中是不良的預後因素).Clin Cancer Res 2005;11:5410-6.
Iida S, Akiyama Y, Nakajima T, Ichikawa W, Nihei Z, Sugihara K, Yuasa Y. Alterations and hypermethylation of the pl4(ARF) gene in gastric cancerC胃癌中pl4(ARF)基因的改變和超甲基化).Int J Cancer 2000;87:654-8.
Ikoma H, Ichikawa D, Koike Η, Ikoma D, Tani N, Okamoto K, et al. Correlation between serum DNA raethy1 at i on and prognosis in gastric cancer patients(胃癌患者的血清DNA曱基化和預後的相關性). Anticancer Res 2006;26:2313-6.
Irimia M, Fraga MF, Sanchez-Cespedes M, Esteller M. CpG island promoter hypermethylation of the Ras-effector gene N0RE1A occurs in the context of a wild-type K-ras in lung cancer(Ras-效應基因 N0RE1A 的CpG島啟動子超甲基化發生在肺癌中野生型K_ras的情 況下)· Oncogene 2004;23:8695-9.
Ito M, Ito G, Kondo M, Uchiyama M, Fukui T, Mori S, et al. Frequent inactivation of RASSF1A, BLU, and SEMA3B on 3p21.3 by promoter hypermethy 1 ation and allele loss in non-small cell lung cancer(非小細胞 肺癌中通過啟動子超甲基化和等位基因損失的3p21. 3上 RASSF1A、BLU 和 SEMA3B 的經常性失活).Cancer Lett 5193-8805-PF; Kai 30 1335354 2005;225:131-9.
Jeronimo C, Henrique R, Hoque MO, Marabo E, Ribeiro FR, Varzim G, et a 1. A quantitative promoter methylation profile of prostate cancer(***癌的定 量啟動子曱基化譜).Clin Cancer Res 2004;10:8472-8.
Jin Z, Tamura G, Tsuchiya T, Sakata K, Kashiwaba M, Osakabe M, Motoyama T. Adenomatous polyposis coli (APC) gene promoter hypermethy1 at i on in primary breast cancers(原發性乳腺癌中腺瘤性結腸息肉病(APC) 基因啟動子的超甲基化).Br J Cancer 2001;85:69-73.
Kang GH, Lee S, Lee HJ, Hwang KS. Aberrant CpG island hypermethy 1 ation of multiple genes in prostate cancer and pros tat i c intraepithelial neoplasia(前列 腺癌和***上皮内瘤中多個基因的異常的CpG島超甲基 化)· J Pathol 2004;202:233-40.
Kawakami K, Brabender J, Lord RV, Groshen S, Greenwald BD, Krasna MJ, et al. Hypermethy1ated APC DNA in plasma and prognosis of patients with esophageal adenocarcinoma(食道腺癌患者的血漿中超曱 基化的 APC DNA 和預後).J Natl Cancer Inst 2000;92:1805-11.
Kawakami T, Okamoto K, Ogawa 0, Okada Y. Multipoint methy1 ation and expression analysis of tumor suppressor genes in human renal cancer ce11s(人 5193-8805-PF;Kai 31 1335354 腎癌細胞中腫瘤抑制基因的多點曱基化和表達分析). Urology 2003;61:226-30.
Komazaki T, Nagai H, Emi M, Terada Y, Yabe A, Jin E, et a 1. Hypermethyl at ion-associated inactivation of the SOCS-1 gene, a JAK/STAT inhibitor, in human pancreatic cancers(人膜腺癌中 SOCS-1 基因(JAK/STAT 抑制基因)的超甲基化相關失活).Jpn J Clin Oncol 2004;34:191-4.
Kurakawa E, Shimamoto T, Utsumi K, Hi rano T, Kato H, Ohyashiki K. Hypermethylation of pl6(INK4a) and pi 5 (I NK4b) genes in non-small cell lung cancer(非小 細胞肺癌中pi 6( I NK4a)和pi 5( INK4b)基因的超曱基化). Int J Oncol 2001;19:277-81.
Kwong J, Lo KW, To KF, Teo PM, Johnson PJ, Huang DP. Promoter hypermethylat ion of multiple genes in nasopharyngeal carcinoma(鼻咽癌中多個基因的啟動子 超甲基化).Clin Cancer Res 2002;8:131-7.
Lee MG, Kim HY, Byun DS, Lee SJ, Lee CH, Kim JI, et a 1. Frequent epigenetic inactivation of RASSF1A in human bladder carcinoma(人膀胱癌中 RASSF1A 的經常性 外遺傳失活).Cancer Res 200 1;61:6688-92.
Leung WK, To KF, Chu ES, Chan MW, Bai AH, Ng EK, et a 1. Potential diagnostic and prognostic values of detecting promoter hypermethy1 ation in the serum of 5193-8805-PF;Kai 32 1335354 patients with gastric cancer(檢測胃癌患者血清中啟動 子超曱基化的潛在診斷和預後價值).Br J Cancer 2005;92:2190-4.
Li H, Lu S, Fong L. Study on the status of methylation of Rb gene promoter in human esophageal cancer and effect of NMBzA on Rb gene promoter in monkey esophageal epithelium(人食道癌中 Rb 基因啟動 子的甲基化狀態的研究和猴食道上皮中NMBzA對Rb基因啟 動子的影響).ZhonghuaZhong Liu ZaZhi 1 998;20:412-4.
Li LC, Zhao H, Nakajima K, Oh BR, Ribeiro Filho LA, Carroll P, Dahiya R. Methylation of the E-cadherin gene promoter correlates with progression of prostate cancer (E-鈣粘蛋白基因啟動子的甲基化與***癌的進 展相關).J Urol 200 1;166:705-9.
Lin SY, Yeh KT, Chen WT, Chen HC, Chen ST, Chiou HY, Chang JG. Promoter CpG methylation of tumor suppressor genes in colorectal cancer and its relationship to clinical features(結腸直腸癌中腫瘤 抑制基因的啟動子CpG甲基化及其與臨床特徵的關係). Oncol Rep 2004;11:341-8.
Liu L, Yoon JH, Dammann R, Pfeifer GP. Frequent hypermethylation of the RASSF1A gene in prostate cancer(***癌中RASSF1A基因的經常性超甲基化). Oncogene 2002;21:6835-40. 5193-8805-PF;Kai 33 1335354
Liu Z, Wang LE, Wang L, Lu KH, Mills GB, Bondy ML, Wei Q. Methy 1 ation and messenger RNA expression of pl5INK4b but not pl6INK4a are independent risk factors for ovarian cancer(pl5INK4b 而非 pl6INK4a 的 甲基化和信使RNA的表達是卵巢癌的獨立危險因素).Cl in Cancer Res 2005;11:4968-76.
Makarla PB, Saboorian MH, Ashfaq R, Toyooka KO, Toyooka S, Minna JD, et a 1. Promoter hypermethy1 ation profile of ovarian epithelial neop 1 asms (印巢 _L 皮瘤 的啟動子超曱基化譜),Clin Cancer Res 2005;11:5365-9.
Marini A, Mirraohammadsadegh A, Nambiar S, Gustrau A, Ruzicka T, Hengge UR. Epigenetic inactivation of tumor suppressor genes in serum of patients with cutaneous melanoma(皮膚黑素瘤患者血清中腫瘤抑制基 因的外遺傳失活).J Invest Dermatol 2006;126:422-31. φ Maruyama R, Toyooka S, Toyooka KO, Harada K,
Virmani AK, Zochbauer-Mu11er S, et al. Aberrant promoter methylation profile of bladder cancer and its relationship to clinicopathological features(膀 胱癌的異常啟動子曱基化譜及其與臨床病理特徵的關係). Cancer Res 2001;61:8659-63.
Mehrotra J, Vali M, McVeigh M, Kominsky SL, Fackler M J, Laht i -Domen i c i J, et al. Very high frequency of hypermethy1ated genes in breast cancer 5193-8805-PF;Kai 34 1335354 metastasis to the bone, brain, and lung(乳腺癌向骨 絡、腦和肺轉移中極高頻率的超曱基化基因).C1 in Cancer
Res 2004;10:3104-9.
Munot K, Bell SM, Lane S, Horgan K, Hanby AM, Speirs V. Pattern of expression of genes linked to epigenetic silencing in human breast cancer(人乳腺 癌中與外遺傳沈默相關的基因的表達模式).Huni Path〇1 2006;37:989-99.
Oshimo Y, Kuraoka Κ, Nakayama Η, Kitadai Υ, Yoshida Κ, Chayama Κ, Yasui W. Epigenetic inactivation of SOCS-1 by CpG island hypermethy1 ation in human gastric carcinoma(人胃癌中CpG島超曱基化導 致的 S0CS-1 外遺傳失活).I nt J Cancer 2004;112:1003-9.
Safar AM, Spencer H, 3rd, Su X, Coffey M, Cooney CA, Ratnasinghe LD, et al. Methylation profiling of archived non-small cell lung cancer: a promising prognostic system(存檔的非小細胞肺癌超甲基化譜:有 前途的預後系統).Clin Cancer Res 2005;1 1:4400-5.
Sarrio D, Moreno-Bueno G, Hardisson D, Sanchez-Estevez C, Guo M, Herman JG, et a 1. Epigenetic and genetic alterations of APC and CDH1 genes in lobular breast cancer: relationships with abnormal E-cadherin and catenin expression and microsatellite 5193-8805-PF;Kai 35 1335354 instabi 1 i ty(小葉乳腺癌中APC和CDH1基因的外遺傳和遺 傳改變:與異常E-鈣粘蛋白和連接素表達和小衛星不穩定 性的關係)· Int J Cancer 2003;106:208-15.
Sato F, Harpaz N, Shibata D, Xu Y, Yin J, Mori Y, et al. Hypermethy lation of the pl4(ARF) gene in ulcerative colitis-associated colorectal
carcinogenesis(潰瘍性結腸炎相關的結腸直腸癌發生中 p 14 (ARF)基因的超甲基化).Cancer Res 2002;62:1148-51.
Schagdarsurengin U, Wilkens L, Steinemann D, Flemming P, Kreipe HH, Pfeifer GP, et al. Frequent epigenetic inactivation of the RASSF1A gene in hepatocellular carcinoma(肝細胞癌中 RASSF1A 基因的經 常性後遺傳失活).Oncogene 2003;22:1866-71.
Spugnardi M, Tommasi S, Dammann R, Pfeifer GP, Hoon DS. Epigenetic inactivation of RAS association domain family protein 1 (RASSF1A) in malignant cutaneous melanoma(惡性皮膚黑素瘤中RAS相關結構域家 族蛋白 lA(RASSFlA)的外遺傳失活)· Cancer Res 2003;63:1639-43.
St i rzaker C, Millar DS, Paul CL, Warnecke PM, Harrison J, Vincent PC, e t al. Extensive DNA methylation spanning the Rb promoter in retinoblastoma tumors(視網膜母細胞瘤中橫跨Rb啟動子 5193-8805-PF;Kai 36 1335354 的廣泛的 DNA 曱基化).Cancer Res 1997;57:2229-37.
Sutherland KD, Lindeman GJ, Choong DY, WittlinS, Brentzell L, Phillips W, et al. Differential hypermethylation of SOCS genes in ovarian and breast carcinomas(印巢癌和乳腺癌中SOCS基因的差異超甲基 化).Oncogene 2004;23:7726-33.
Tamura G. Alterations of tumor suppressor and
tumor-re 1 ated genes in the development and progression of gastric cancer(胃癌的發展和進行中腫 瘤抑制基因和腫瘤相關基因的改變).World J Gastroenterol 2006;12:192-8.
Tokinaga K, Okuda Η, Nomura A, Ashida S, Furihata M, Shuin T. Hypermethy1 ation of the RASSF1A tumor suppressor gene in Japanese clear cell renal cell carcinoma(日本透明細胞腎細胞癌中RASSF1A腫瘤抑制基 因的超曱基化).Oncol Rep 2004;12:805-10.
Tong JH, Tsang RK, Lo KW, Woo JK, Kwong J, Chan MW, et al. Quantitative Epstein-Barr virus DNA analysis and detection of gene promoter hypermethy1 ation in nasopharyngeal (NP) brushing samples from patients with NP carcinoma(定量 Epstein-Barr病毒DNA分析和在來自鼻咽癌患者的鼻咽刷 樣中檢測基因啟動子的超曱基化).Clin Cancer Res 2002;8:2612-9. 5193-8805-PF;Kai 37 1335354
Toyooka S, Maruyama R, Toyooka KO, McLerran D, Feng Z, Fukuyama Y, et al. Smoke exposure, histologic type and geography-related differences in the methylation profiles of non-small cell lung cancer(非 小細胞肺癌的曱基化譜中與被動吸煙下、組織類型和地域 相關的差異).Int J Cancer 2003;103:153-60.
Tzao C, Hsu HS, Sun GH, Lai HL, Wang YC, Tung HJ, et al. Promoter methylation of the hMLHl gene and protein expression of human mutL horaolog 1 and human mutS homolog 2 in resected esophageal squamous cell carcinoma(切除的食道鱗狀細胞癌中hMLHl基因的啟動子 甲基化和人mutL homolog 1和人mutS homo log 2的蛋白 質表達)· J Thorac Cardiovasc Surg 2005;130:1371. van Engeland M, Roemen GM, Brink M, Pachen MM, Weijenberg MP, de Bruine AP, et al. K-ras mutations and RASSF1A promoter methylation in colorectal cancer(結腸直腸癌中K-ras突變和RASSF1A啟動子甲基 化).Oncogene 2002;21:3792-5.
Virmani AK, Muller C, Rathi A, Zoechbauer-Mue11er S, Mathis M, Gazdar AF. Aberrant methylation during cervical care i nogenes is(宮頸癌發生中的異常曱基化). Clin Cancer Res 2001;7:584-9.
Wagner KJ, Cooper WN, Grundy RG, Caldwell G, Jones C, Wadey RB, etal. Frequent RASSF1A tumour suppressor 5193-8805-PF;Kai 38 1335354 gene promoter raethylation in Wilms, tumour and colorectal cancer(Wi lms’腫瘤和結腸直腸癌_經常性的 RASSF1A腫瘤抑制基因啟動子曱基化).Oncogene 2002;21:7277-82.
Wenming C, Jiazhi Z, Shuzhen T, Bai X, Jingzhong L. Inactivation of pi 6 gene in 1 eukem i a(白血病中 pi 6 基因的失活).Chin Med Sci J 1 999;14:206-10.
Xu XL, Yu J, Zhang HY, Sun MH, Gu J, Du X, et al. Methylation profile of the promoter CpG islands of 31 genes that may contribute to colorectal carcinogenesi s(可能促進結腸直腸癌發生的31個基因的 啟動子CpG島的甲基化譜).World J Gastroenterol 2004;10:3441-54.
Yang B, Guo M, Herman JG, Clark DP. Aberrant promoter methylation profiles of tumor suppressor genes in hepatocellular careinoma(肝細胞癌中腫瘤抑 制基因的異常啟動子曱基化譜).Am J Pathol 2003;163:1101-7.
Yang HJ, Liu VW, Wang Y, Chan KY, Tsang PC, Khoo US, et al. Detection of hypermethy 1 ated genes in tumor and plasma of cervical cancer pat ients(在宮頸癌患者 的腫瘤和血漿中檢測超甲基化基因).Gynecol Oncol 2004;93:435-40.
Ye Y, Su C, Wang D, Liu S, Liu Y, Liu B, et al. 5193-8805-PF;Kai 39 1335354
Relationship between tumor suppressor gene pl6 and Rb and early diagnosis of lung cancers(腫瘤抑制基因 p i 6 和Rb與肺癌的早期診斷的關係)· Zhonghua Wai Ke Za Zhi 2000;38:537-41, 30.
Yegnasubramanian S, Kowalski J, Gonzalgo ML, Zahurak Μ, P i antados i S, Walsh PC, et a 1.
Hypermethy1 at i on of CpG islands in primary and metastatic human prostate cancer(原發性和轉移的人前 列腺癌中 CpG 島的超曱基化).Cancer Res 2004;64:1975-86.
Yeo W, Wong N, Wong WL, Lai PB, Zhong S, Johnson PJ. High frequency of promoter hypermethy1 ation of RASSF1A in tumor and plasma of patients with hepatocellular carcinoma(肝細月包癌患者腫瘤矛口血聚中 咼頻 RASSF1A 啟動子超甲基化).Liver Int 2005;25:266-72.
Yeo W, Wong WL, Wong N, Law BK, Tse GM, Zhong S. High frequency of promoter hypermethy1 at i on of RASSF1A in tumorous and non-tumourous tissue of breast cancer(乳腺癌腫瘤組織和非腫瘤組織中高頻率的 RASSF1A 啟動子超甲基化).Pathology 2005 ;37:1 25-30.
Yoon JH, Dammann R, Pfeifer GP. Hypermethy1 ation of the CpG island of the RASSF1A gene in ovarian and renal cell carcinomas(卵巢癌和腎細胞癌 _ RASSF1A 基 5193-8805-PF;Kai 40 1335354 v 因的 CpG 島的超曱基化).Int J Cancer 2001;94:212-7.
Yoshikawa H, Matsubara K, Qian GS, Jackson P, Groopraan JD, Manning JE, et al. SOCS-1, a negative regulator of the JAK/STAT pathway, is silenced by methy1 ation in human hepatocellular carcinoma and shows growth-suppression activity(SOCS-1(JAK/STAT 途徑的負調節基因)在肝細胞癌中被甲基化沈默並且顯示 生長抑制活性).Nat Genet 200 1;28:29-35.
Yu J, Ni M, Xu J, Zhang H, Gao B, Gu J, et al. Methylation profiling of twenty promoter-CpG islands of genes which may contribute to hepatocellular carcinogenesi s(可能促進肝細胞癌產生的基因的20個啟 動子-CpG 島的曱基化譜).BMC Cancer 2002;2:29.
Zhong S, Yeo W, Tang MW, Wong N, Lai PB, Johnson PJ. Intensive hypermethy1 ation of the CpG island of Ras association domain family 1A in hepatitis B virus-associated hepatocellular carcinomas(乙型肝炎 相關的肝細胞癌中Ras相關結構域家族1A的CpG島的強烈 超曱基化)· Clin Cancer Res 2003;9:3376-82.
Zochbauer-Mu11er S, Fong KM, Virmani AK, Geradts J, Gazdar AF, Minna JD. Aberrant promoter methylation of multiple genes in non-small cell lung cancers(非 小細胞肺癌中多個基因的異常啟動子甲基化).Cancer Res 2001;61:249-55. 5193-8805-PF;Kai 41 1335354 【圖式簡單說明】 第1圖顯示患者灰漿中曱基化的的濃度。 第2圖顯示手術切除肝細胞癌(HCC)後血漿甲基化 含量的變化。 第3圖顯示HCC患者中AFP和甲基化似序列之 濃度間沒有相關性。 第4圖顯示HBV攜帶者中AFP和曱基化似序列 之濃度間沒有相關性。 第5圖顯示血漿甲基化似的定量分析可以補充 用於HCC檢測的AFP分析。 第6圖顯示手術切除前血漿中曱基化兄的濃度 ' 預測手術切除後患者的存活。 第7圖顯不手術切除後血漿中甲基化似的濃度 的減小。 • 第8圖顯示鼻咽癌(NPC)患者血漿中檢測到的曱基化 似濃度與Epstein-Barr病毒(EBV)的DNA濃度相關。 第9圖顯示似基因的啟動子和第一個外顯子的 基因組序列。甲基化敏感限制酶万的辨識序列用下劃 線標出,並且PCR檢測的目標序列用粗體顯示。目標序列 中有5個万s· iU I酶限制位置。 【主要元件符號說明】 無0 42 5193-8805-PF;Kai
Claims (1)
- Γ335354 第096 η 4234號中文申請專利範圍修正本十、申請專利範圍: 彦正曰期:99.7.20 作f'7月日修(束)正本 1. 一種檢測或監測包含至少兩個甲其於姑 夕呵個宁基化敏感限制酶辨 識位置之RASSF1A外顯子1咬# η _£»·沾田饮ji 丁 i及吴片奴的甲基化程度的方 法,包括: (a)以辨識該甲基化敏感限制酶辨識位置之Bstui八 解含有該RASSF1A外顯子1或其片段的樣品;以及 • (b)利用引子SEQ ID N0. 2及SEQ ID N0. 3來定量分解 φ 後該樣品中殘留之rassfia外顯子1或其片段,並且以石 肌動蛋白基因序列的至少一部分作為對照DNA序列,其擴 增引子為 SEQ ID N0. 5 及 SEQ ID N0. 6 ; 其中步驟(b)中所得到之該RASSF1A外顯子!或其月段 的含量表示該甲基化程度。 ' 2.如申請專利範圍第1項所述之方法,其中在步驟(b) -中採用聚合酶連鎖反應,且該聚合酶連鎖反應之擴增子包 含該至少兩個甲基化敏感限制酶辨識位置。 • 3.如申請專利範圍第1項所述之方法,其中在步該驟 (b)中採用即時定量聚合酶連鎖反應’且該即時定量聚合酶 連鎖反應的擴增子包含該至少兩個甲基化敏感限制酶辨識 位置。 4.如申請專利範圍第3項所述之方法,其中用於定量 RASSF1A外顯子i或其片段的即時定量聚合酶連鎖反應所 用的探針為SEQ ID N0. 4 » 5·如申請專利範圍第1項所述之方法,其中當該 RASSF1A外顯子1或其片段以未甲基化狀態存在時,分解 5193-8805-PP! 1 1335354 後該樣品中之該RASSF1A外顯子1或其片段在至少一個甲 基化敏感限制酶辨識位置處被BstUI所切割。 6. 如申請專利範圍第i項所述之方法,其中在步驟(a) 中,該樣品被過量之該甲基化敏感限制酶處理,及/或延長 培養時間。 7. 如申請專利範圍第1、2或3項所述之方法,其中該 方法更包括定量該樣品中的對照DNA序列以評估酶分解的 φ 程度或證實酶分解完全,且該對照DNA序列不在癌症中表 現出異常的甲基化模式。 8. 如申請專利範圍第7項所述之方法’其中該rassfu 外顯子1或其片段中的該至少兩個甲基化敏感限制酶辨識 位置存在於該對照DMA序列中。 ' 9.如申請專利範圍第8項所述之方法,其中相同數量 之甲基化敏感限制酶辨識位置存在於該對照DNA序列及該 RASSF1A外顯子1或其片段中。 • 10·如中請專利範圍第i項所述之方法,其中該樣品為 血液、血漿、血清、唾液或尿。 11. 一種檢測、預後或監測個體癌症的套組,包括 (i )BstUI ;以及 (Π)定量來自該個體樣品中RASSFU外顯子1或其片 段之單元,其包括帛於聚合酶連鎖反應或即時定量聚合酶 連鎖反應的試劑,該試劑包括引子SEQ ⑽2和D N0.3,其中該RASSF1A外顯子】或其片段在癌症中表現出 異常甲基化模式,並且含有Bstui能辨識至少兩個甲基化 5193-8805-PF1 2 Γ335354 敏感限制酶辨識位置;及 (i i i )定量作為對照DNA序列的冷肌動蛋白基因至^ 一部分的單元,其包括用於聚合酶連鎖反應或即時定量聚 合酶連鎖反應的引子SEq ID NO· 5及SEQ ID NO r υ· b ’該對 照DNA序列不在該癌症中表現出異常甲基化模式。 12.如申請專利範圍第u項所述之套組,其中用於定 量該RASSF1Α外顯子1或其片段的即時定量聚合酶連鎖反 應試劑包括探針SEQ ID NO. 4。 13·如申請專利範圍第η項所述之套組,其中該套组 更包括用於定量該樣品中甲型胎兒蛋白的單元。 14. 如申請專利範園第u項所述之套組,其中該套組 更包括用於定量該樣品中EBV DNA的單元。 15. 如申請專利範圍第u項所述之套組,其中在該對 照DNA序列中存在該至少兩個甲基化敏感限制酶辨識位 置。 16. 如申請專利範圍第π項所述之套組,其中相同數 量之甲基化限制酶辨識位置存在於該對照DNA序列及該 RASSF1A外顯子1或其片段中。 17. 如申請專利範圍第11項所述之套組,其中該癌症 為肝細胞癌或鼻咽癌。 18. 如申請專利範圍第η項所述之套組,其中該個體 為B型肝炎或C型肝炎帶原者。 19·如申請專利範圍第π項所述之套組,其中該樣品 為血液、血漿、血清、唾液或尿。 5193-8805-PP1 3
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US84749906P | 2006-09-27 | 2006-09-27 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
TW200815755A TW200815755A (en) | 2008-04-01 |
TWI335354B true TWI335354B (en) | 2011-01-01 |
Family
ID=38691712
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
TW096114234A TWI335354B (en) | 2006-09-27 | 2007-04-23 | Methods for the detection of the degree of the methylation of a target dna and kits |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (4) | US9371566B2 (zh) |
CN (1) | CN101153336B (zh) |
HK (1) | HK1115167A1 (zh) |
TW (1) | TWI335354B (zh) |
WO (1) | WO2008038000A1 (zh) |
Families Citing this family (36)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
TWI335354B (en) | 2006-09-27 | 2011-01-01 | Univ Hong Kong Chinese | Methods for the detection of the degree of the methylation of a target dna and kits |
CN105586408B (zh) * | 2008-04-29 | 2021-03-23 | 赖鸿政 | 一种癌症筛检的方法 |
WO2011109529A1 (en) | 2010-03-03 | 2011-09-09 | Zymo Research Corporation | Detection of dna methylation |
US20130261003A1 (en) | 2010-08-06 | 2013-10-03 | Ariosa Diagnostics, In. | Ligation-based detection of genetic variants |
US8700338B2 (en) | 2011-01-25 | 2014-04-15 | Ariosa Diagnosis, Inc. | Risk calculation for evaluation of fetal aneuploidy |
US10533223B2 (en) | 2010-08-06 | 2020-01-14 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of target nucleic acids using hybridization |
US20130040375A1 (en) | 2011-08-08 | 2013-02-14 | Tandem Diagnotics, Inc. | Assay systems for genetic analysis |
US20120034603A1 (en) | 2010-08-06 | 2012-02-09 | Tandem Diagnostics, Inc. | Ligation-based detection of genetic variants |
US11203786B2 (en) | 2010-08-06 | 2021-12-21 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of target nucleic acids using hybridization |
US11031095B2 (en) | 2010-08-06 | 2021-06-08 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Assay systems for determination of fetal copy number variation |
US20140342940A1 (en) | 2011-01-25 | 2014-11-20 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of Target Nucleic Acids using Hybridization |
US10167508B2 (en) | 2010-08-06 | 2019-01-01 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Detection of genetic abnormalities |
US9994897B2 (en) | 2013-03-08 | 2018-06-12 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Non-invasive fetal sex determination |
US8756020B2 (en) | 2011-01-25 | 2014-06-17 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Enhanced risk probabilities using biomolecule estimations |
US10131947B2 (en) | 2011-01-25 | 2018-11-20 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Noninvasive detection of fetal aneuploidy in egg donor pregnancies |
US11270781B2 (en) | 2011-01-25 | 2022-03-08 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Statistical analysis for non-invasive sex chromosome aneuploidy determination |
US8712697B2 (en) | 2011-09-07 | 2014-04-29 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Determination of copy number variations using binomial probability calculations |
US10289800B2 (en) | 2012-05-21 | 2019-05-14 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Processes for calculating phased fetal genomic sequences |
WO2014015269A1 (en) | 2012-07-19 | 2014-01-23 | Ariosa Diagnostics, Inc. | Multiplexed sequential ligation-based detection of genetic variants |
US10706957B2 (en) | 2012-09-20 | 2020-07-07 | The Chinese University Of Hong Kong | Non-invasive determination of methylome of tumor from plasma |
DK3536807T3 (da) * | 2012-09-20 | 2024-02-05 | Univ Hong Kong Chinese | Ikkeinvasiv bestemmelse af foster- eller tumormethylom fra plasma |
US9732390B2 (en) | 2012-09-20 | 2017-08-15 | The Chinese University Of Hong Kong | Non-invasive determination of methylome of fetus or tumor from plasma |
US9598735B2 (en) * | 2012-11-14 | 2017-03-21 | JBS Science Inc. | Detection of a panel of urine DNA markers for HCC screening and disease management |
US10480021B2 (en) * | 2014-06-23 | 2019-11-19 | Yale University | Methods for closed chromatin mapping and DNA methylation analysis for single cells |
CN106795562B (zh) | 2014-07-18 | 2022-03-25 | 香港中文大学 | Dna混合物中的组织甲基化模式分析 |
EP4358097A1 (en) | 2014-07-25 | 2024-04-24 | University of Washington | Methods of determining tissues and/or cell types giving rise to cell-free dna, and methods of identifying a disease or disorder using same |
EP3640341B1 (en) | 2015-02-24 | 2022-07-27 | Zymo Research Corporation | Assays to determine dna methylation and dna methylation markers of cancer |
US11399995B2 (en) | 2016-02-23 | 2022-08-02 | Deka Products Limited Partnership | Mobility device |
US10926756B2 (en) | 2016-02-23 | 2021-02-23 | Deka Products Limited Partnership | Mobility device |
CN116445593A (zh) | 2016-08-10 | 2023-07-18 | 格里尔公司 | 测定一生物样品的一甲基化图谱的方法 |
KR20230062684A (ko) | 2016-11-30 | 2023-05-09 | 더 차이니즈 유니버시티 오브 홍콩 | 소변 및 기타 샘플에서의 무세포 dna의 분석 |
CN111926079A (zh) * | 2017-06-23 | 2020-11-13 | 成都睿杰森生物科技有限公司 | 一种快速检测传代干细胞恶性转化的试剂盒及其应用 |
CA3094717A1 (en) | 2018-04-02 | 2019-10-10 | Grail, Inc. | Methylation markers and targeted methylation probe panels |
WO2020069350A1 (en) | 2018-09-27 | 2020-04-02 | Grail, Inc. | Methylation markers and targeted methylation probe panel |
CN109609638B (zh) * | 2019-01-05 | 2022-08-02 | 敬善生物科技江苏有限公司 | 一种在鼻咽癌检测中应用的试剂盒及其应用 |
CN110607350B (zh) * | 2019-09-30 | 2022-08-16 | 国家烟草质量监督检验中心 | 一种基于G-四链体的鉴别BstUI甲基化敏感位点的方法 |
Family Cites Families (66)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US1451759A (en) * | 1920-12-03 | 1923-04-17 | Krupp Ag | Automatic weighing apparatus for loose materials |
JPH07106152B2 (ja) * | 1986-05-10 | 1995-11-15 | 宝酒造株式会社 | ヒトβ―アクチン遺伝子のプロモーター |
US6630301B1 (en) | 1997-03-14 | 2003-10-07 | The Penn State Research Foundation | Detection of extracellular tumor-associated nucleic acid in blood plasma or serum |
US20010051341A1 (en) | 1997-03-04 | 2001-12-13 | Isis Innovation Limited | Non-invasive prenatal diagnosis |
GB9704444D0 (en) | 1997-03-04 | 1997-04-23 | Isis Innovation | Non-invasive prenatal diagnosis |
US6355623B2 (en) | 1998-09-24 | 2002-03-12 | Hopital-Sainte-Justine | Method of treating IBD/Crohn's disease and related conditions wherein drug metabolite levels in host blood cells determine subsequent dosage |
US7700324B1 (en) | 1998-11-03 | 2010-04-20 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | Methylated CpG island amplification (MCA) |
US8076063B2 (en) | 2000-02-07 | 2011-12-13 | Illumina, Inc. | Multiplexed methylation detection methods |
US6596488B2 (en) * | 2000-03-30 | 2003-07-22 | City Of Hope | Tumor suppressor gene |
AU2001286514A1 (en) | 2000-08-15 | 2002-02-25 | National Cancer Center Research Institute | Diagnosis and treatment of tumor-suppressor associated disorders |
EP1352089B1 (en) | 2000-08-25 | 2006-12-06 | Lovelace Respiratory Research Institute | Nested methylation-specific polymerase chain reaction cancer detection method |
WO2002027019A1 (en) | 2000-09-29 | 2002-04-04 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | Method of predicting the clinical response to chemotherapeutic treatment with alkylating agents |
US6664056B2 (en) | 2000-10-17 | 2003-12-16 | The Chinese University Of Hong Kong | Non-invasive prenatal monitoring |
US6756200B2 (en) | 2001-01-26 | 2004-06-29 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | Aberrantly methylated genes as markers of breast malignancy |
US6753137B2 (en) | 2001-01-31 | 2004-06-22 | The Chinese University Of Hong Kong | Circulating epstein-barr virus DNA in the serum of patients with gastric carcinoma |
US20030228575A1 (en) | 2001-01-31 | 2003-12-11 | Yuk Ming Dennis Lo | Combination of circulating epstein-barr virus (EBV) DNA in the serum or plasma of patients and a method to assess EBV subtypes for the prediction and detection of epstein-barr virus associated cancers |
US6893820B1 (en) | 2001-01-31 | 2005-05-17 | The Ohio State University Research Foundation | Detection of methylated CpG rich sequences diagnostic for malignant cells |
DE10139283A1 (de) | 2001-08-09 | 2003-03-13 | Epigenomics Ag | Verfahren und Nukleinsäuren zur Analyse von Colon-Krebs |
US6927028B2 (en) | 2001-08-31 | 2005-08-09 | Chinese University Of Hong Kong | Non-invasive methods for detecting non-host DNA in a host using epigenetic differences between the host and non-host DNA |
CN1200112C (zh) | 2002-04-15 | 2005-05-04 | 上海市肿瘤研究所 | 肝癌相关基因启动子CpG岛的甲基化状态及其应用 |
US7727720B2 (en) | 2002-05-08 | 2010-06-01 | Ravgen, Inc. | Methods for detection of genetic disorders |
US20040009518A1 (en) | 2002-05-14 | 2004-01-15 | The Chinese University Of Hong Kong | Methods for evaluating a disease condition by nucleic acid detection and fractionation |
US7022478B2 (en) | 2002-05-14 | 2006-04-04 | The Chinese University Of Hong Kong | Methods for evaluating stroke or cardiac ischemia by nucleic acid detection |
US20040053304A1 (en) | 2002-06-05 | 2004-03-18 | Case Western Reserve University | Methods and compositions for detecting cancers |
WO2004031402A2 (en) | 2002-10-02 | 2004-04-15 | Northwestern University | Methylation profile of cancer |
US20040086864A1 (en) | 2002-10-22 | 2004-05-06 | The Chinese University Of Hong Kong | Novel classification methods for pleural effusions |
AU2004205774B2 (en) | 2003-01-17 | 2006-12-14 | The Chinese University Of Hong Kong | Circulating mRNA as diagnostic markers for pregnancy-related disorders |
US8150626B2 (en) | 2003-05-15 | 2012-04-03 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for diagnosing lung cancer with specific DNA methylation patterns |
US20050026183A1 (en) | 2003-05-15 | 2005-02-03 | Jian-Bing Fan | Methods and compositions for diagnosing conditions associated with specific DNA methylation patterns |
TW591698B (en) * | 2003-08-18 | 2004-06-11 | Au Optronics Corp | Thin film transistor array substrate and photolithography process and mask design thereof |
WO2005023091A2 (en) | 2003-09-05 | 2005-03-17 | The Trustees Of Boston University | Method for non-invasive prenatal diagnosis |
US20050112558A1 (en) | 2003-09-24 | 2005-05-26 | The Chinese University Of Hong Kong | Prognostic PCR assay for severe acute respiratory syndrome (SARS) |
CN101985619B (zh) | 2003-10-08 | 2014-08-20 | 波士顿大学信托人 | 染色体异常的产前诊断方法 |
JP4917891B2 (ja) | 2003-10-21 | 2012-04-18 | オリオン ゲノミクス エルエルシー | 差次的酵素的断片化の方法 |
JP3845416B2 (ja) * | 2003-12-01 | 2006-11-15 | 株式会社ポストゲノム研究所 | 遺伝子タグの取得方法 |
US20050196792A1 (en) | 2004-02-13 | 2005-09-08 | Affymetrix, Inc. | Analysis of methylation status using nucleic acid arrays |
AU2005231971A1 (en) | 2004-04-06 | 2005-10-20 | Epigenomics Ag | Method for the quantification of methylated DNA |
US7709194B2 (en) | 2004-06-04 | 2010-05-04 | The Chinese University Of Hong Kong | Marker for prenatal diagnosis and monitoring |
DE102004029700A1 (de) | 2004-06-15 | 2006-02-09 | Epigenomics Ag | Verfahren zur Quantifizierung methylierter DNA |
US7700282B2 (en) | 2004-10-11 | 2010-04-20 | Epigenomics Ag | Method for the carry-over protection in DNA amplification systems targeting methylation analysis achieved by a modified pre-treatment of nucleic acids |
CA2599055C (en) * | 2005-02-14 | 2016-01-12 | The Johns Hopkins University | Neoplasia screening compositions and methods of use |
CA2601221C (en) | 2005-03-18 | 2013-08-06 | The Chinese University Of Hong Kong | A method for the detection of chromosomal aneuploidies |
US20060212461A1 (en) | 2005-03-21 | 2006-09-21 | Meysman David J | System for organizing a plurality of data sources into a plurality of taxonomies |
US20060252723A1 (en) * | 2005-04-01 | 2006-11-09 | Methylgene, Inc. The Cleveland Clinic Foundation | Combined therapy utilizing reduction of DNA methyltransferase expression and/or activity and interferon |
CN107663538B (zh) | 2005-04-15 | 2022-03-18 | Epi基因组股份公司 | 分析细胞增殖性病症的方法和核酸 |
US20060292585A1 (en) | 2005-06-24 | 2006-12-28 | Affymetrix, Inc. | Analysis of methylation using nucleic acid arrays |
US20070059753A1 (en) | 2005-09-15 | 2007-03-15 | Tatiana Vener | Detecting gene methylation |
WO2007106802A2 (en) | 2006-03-14 | 2007-09-20 | Siemens Healthcare Diagnostics Inc. | Method for linear amplification of bisulfite converted dna |
US7901882B2 (en) * | 2006-03-31 | 2011-03-08 | Affymetrix, Inc. | Analysis of methylation using nucleic acid arrays |
US7901884B2 (en) | 2006-05-03 | 2011-03-08 | The Chinese University Of Hong Kong | Markers for prenatal diagnosis and monitoring |
US7754428B2 (en) | 2006-05-03 | 2010-07-13 | The Chinese University Of Hong Kong | Fetal methylation markers |
TWI335354B (en) | 2006-09-27 | 2011-01-01 | Univ Hong Kong Chinese | Methods for the detection of the degree of the methylation of a target dna and kits |
US7899626B2 (en) | 2007-01-10 | 2011-03-01 | Illumina, Inc. | System and method of measuring methylation of nucleic acids |
JP5378687B2 (ja) | 2007-03-02 | 2013-12-25 | エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲー | Basp1遺伝子および/またはsrd5a2遺伝子中のメチル化シトシンを利用する、肝臓癌、肝臓癌発症リスク、肝臓癌再発リスク、肝臓癌悪性度および肝臓癌の経時的進展の検出方法 |
US20100112590A1 (en) | 2007-07-23 | 2010-05-06 | The Chinese University Of Hong Kong | Diagnosing Fetal Chromosomal Aneuploidy Using Genomic Sequencing With Enrichment |
US20110028333A1 (en) | 2009-05-01 | 2011-02-03 | Brown University | Diagnosing, prognosing, and early detection of cancers by dna methylation profiling |
WO2011038507A1 (en) | 2009-10-02 | 2011-04-07 | Centre For Addiction And Mental Health | Method for analysis of dna methylation profiles of cell-free circulating dna in bodily fluids |
JP2013517789A (ja) | 2010-01-26 | 2013-05-20 | ニプド ジェネティクス リミテッド | 胎児異数性の非侵襲性出生前診断の方法および組成物 |
US20130079241A1 (en) | 2011-09-15 | 2013-03-28 | Jianhua Luo | Methods for Diagnosing Prostate Cancer and Predicting Prostate Cancer Relapse |
JPWO2013132868A1 (ja) | 2012-03-07 | 2015-07-30 | パナソニックIpマネジメント株式会社 | 複層ガラス |
US9892230B2 (en) | 2012-03-08 | 2018-02-13 | The Chinese University Of Hong Kong | Size-based analysis of fetal or tumor DNA fraction in plasma |
US9732390B2 (en) | 2012-09-20 | 2017-08-15 | The Chinese University Of Hong Kong | Non-invasive determination of methylome of fetus or tumor from plasma |
DK3536807T3 (da) | 2012-09-20 | 2024-02-05 | Univ Hong Kong Chinese | Ikkeinvasiv bestemmelse af foster- eller tumormethylom fra plasma |
US10438691B2 (en) | 2013-10-07 | 2019-10-08 | Sequenom, Inc. | Non-invasive assessment of chromosome alterations using change in subsequence mappability |
CN106795562B (zh) | 2014-07-18 | 2022-03-25 | 香港中文大学 | Dna混合物中的组织甲基化模式分析 |
ES2908347T3 (es) | 2015-02-10 | 2022-04-28 | Univ Hong Kong Chinese | Detección de mutaciones para cribado de cáncer y análisis fetal |
-
2007
- 2007-04-23 TW TW096114234A patent/TWI335354B/zh active
- 2007-04-23 CN CN2007100969763A patent/CN101153336B/zh active Active
- 2007-09-26 US US11/861,809 patent/US9371566B2/en active Active
- 2007-09-26 WO PCT/GB2007/003674 patent/WO2008038000A1/en active Application Filing
-
2008
- 2008-05-05 HK HK08104936.1A patent/HK1115167A1/xx unknown
-
2014
- 2014-05-22 US US14/284,724 patent/US20140272975A1/en not_active Abandoned
-
2016
- 2016-05-23 US US15/162,258 patent/US10435754B2/en active Active - Reinstated
-
2019
- 2019-08-29 US US16/555,609 patent/US11898208B2/en active Active
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2008038000A8 (en) | 2009-07-16 |
US11898208B2 (en) | 2024-02-13 |
CN101153336A (zh) | 2008-04-02 |
TW200815755A (en) | 2008-04-01 |
HK1115167A1 (en) | 2008-11-21 |
US10435754B2 (en) | 2019-10-08 |
WO2008038000A1 (en) | 2008-04-03 |
US20080081338A1 (en) | 2008-04-03 |
US9371566B2 (en) | 2016-06-21 |
US20140272975A1 (en) | 2014-09-18 |
US20200071771A1 (en) | 2020-03-05 |
US20170101685A1 (en) | 2017-04-13 |
CN101153336B (zh) | 2011-09-07 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
TWI335354B (en) | Methods for the detection of the degree of the methylation of a target dna and kits | |
JP5843840B2 (ja) | 新しい癌マーカー | |
Cheung et al. | Characterization of the gene structure, functional significance, and clinical application of RNF180, a novel gene in gastric cancer | |
KR101569498B1 (ko) | 위용종 및 위암 특이적 메틸화 마커 유전자를 이용한 위용종 및 위암의 검출방법 | |
US20120034605A1 (en) | Method for detection of colorectal tumor | |
KR20170071724A (ko) | 간암 발생 특이적 유전자 발현에 관여하는 유전자 구조 내 cpg 섬의 dna 메틸화 변이를 이용한 간암의 예측 또는 진단 방법 | |
JP6766312B2 (ja) | 子宮頸癌のバイオマーカー | |
KR102542502B1 (ko) | Hpv-유도 침습성 암, 비 hpv-유도 부인과 및 항문생식 암 그리고 이들의 고-등급 전구물질 병소 검출용 메틸화 분류기 | |
JP2022534315A (ja) | 大腸がんの検出 | |
CN108368552A (zh) | 用于hpv诱导的浸润性癌、非hpv诱导的妇科癌症和***生殖器癌症及其高级别前期病变的zic1和ghsr分子诊断标志物 | |
TWI510783B (zh) | 新的胃癌生物標誌物的鑑定及其用途 | |
EP2699699A1 (en) | Method of diagnosing cancer | |
JP7123177B2 (ja) | 腫瘍マーカー、メチル化検出試薬、キット及びその使用 | |
JP7133039B2 (ja) | 腫瘍マーカー、メチル化検出試薬、キット及びその使用 | |
TWI385252B (zh) | 一種癌症篩檢的方法 | |
JP5602355B2 (ja) | 癌患者の外科的手術後の治療選択方法及び予後診断 | |
JP2005515787A (ja) | 転写因子遺伝子PAX5α、PAX5β、新規ループヘリックスループタンパク質、新規遺伝子2、およびベータ3遺伝子のプロモーターの異常メチル化による癌のモニタリング | |
KR20110084487A (ko) | 장암 진단을 위한 장암 특이적 메틸화 마커 유전자의 메틸화 검출방법 | |
Muñoz-Antonia et al. | Aberrant Methylation Inactivates Transforming Growth Factor β Receptor I in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma | |
WO2007013593A1 (ja) | 新規遺伝子acmg1のメチル化を指標とする胃癌の診断方法 | |
JP4537050B2 (ja) | 前立腺癌、そのリスク又はその初期罹患の判定方法 | |
Shackelford et al. | Molecular Pathology and Diagnostics of Gynecologic Malignancies | |
Sood et al. | Circulating nucleic acids as a diagnostic and prognostic marker in various malignant and benign diseases | |
KR20110084486A (ko) | 장암 진단을 위한 장암 특이적 메틸화 마커 유전자의 메틸화 검출방법 |