TW202115245A - 安全免疫隱形細胞 - Google Patents

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傑 查普林
烏里克 德納
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Abstract

本發明係有關於安全之免疫隱形植入式細胞以及其預防、治療或治癒慢性疾病的用途。

Description

安全免疫隱形細胞
本發明係有關哺乳動物細胞領域，以及這類細胞作為植入用之供體細胞的用途。序列表之引用併入 序列表
本發明係與一電子形式之序列表一起提交。序列表之全部內容特此以引用之方式併入。
目前正在研究可通用植入的組織及/或細胞，以期獲得顯著的益處，諸如在供體/受體免疫學特徵不匹配或有自體免疫疾病（第1型糖尿病(T1D)）的情況下降低移植排斥風險。
為了限制移植排斥風險，自體移植是一種選擇，通過從患者身上提取幹細胞、進行擴增、分化再移植回同一患者體內。然而，此過程在技術上非常困難且費用昂貴。
組織不匹配排斥是通過第I類HLA（人類白血球抗原）肽複合物及隨後基於T細胞的組織破壞所介導的。耗盡第I類HLA肽複合物可免除大多數細胞的組織匹配要求。
現存在有6種第I類HLA肽複合物：高度多型性的第I類HLA肽複合物HLA-A、HLA-B及HLA-C，以及較低多型性的第I類HLA肽複合物HLA-E、-F及-G。
可以經由以下兩種途徑之一來耗盡第I類HLA肽複合物： 1)     藉由直接去除所有六個高度多型性第I類HLA的等位基因，或 2)     藉由消除β2微球蛋白(B2M)之蛋白質。B2M是所有HLA-I複合物轉移到細胞表面所必要的。B2M蛋白的缺乏會使細胞表面失去了所有第I類HLA肽複合物。
儘管缺乏泛第I類HLA的細胞被保護免受不匹配排斥，但因為缺少第I類HLA-E複合物，其容易受到自然殺手細胞排斥（NK細胞）的影響。當存在於細胞表面時，第I類HLA-E複合物會向NK細胞傳遞抑制信號。在沒有HLA-E複合物的情況下，此抑制信號的喪失導致NK細胞裂解缺失HLA的細胞。
解決NK裂解問題的嘗試係依賴於與HLA-E蛋白融合之B2M蛋白的工程化變體的表現(WO19032675)。一種方法（Gornalusse等人，Nature Biotechnology 2017）是在融合蛋白中預先建立一呈信號肽/B2M/HLA-E三聚體形式之信號肽（HLA第I類前導肽序列），以增加該複合物的穩定性及膜表現。大多數重要的研發計劃係使用包含有融合（或「預結合」）HLA-G衍生的信號肽作為HLA第I類前導肽之融合構築體。
在生成缺失HLA的細胞（也稱為「通用供體」細胞）時的一個公認問題是，這些細胞對於病毒感染或腫瘤轉化的免疫監視變得靜默。但仍有一相關風險，即在病毒感染或惡性反分化後，該等細胞不再受常規免疫監視的影響，且這引發了安全隱患。
仍然需要改進的安全通用供體細胞。
Gornalusse G.等人(Nature Biotechnology 2017)公開了表現HLA-E的多潛能幹細胞。
WO2012145384公開了缺失B2M微球蛋白的細胞。
US8586358B2公開了HLA單倍型同型合子的HLA同源型細胞。
US20040225112A1公開了編碼單鏈人類HLA-E蛋白質的基因，以防止NK細胞介導的細胞毒性。
Deuse等人(Nature Biotechnology, 2019)公開了敲除B2M及CIITA並加入CD47。
WO19032675公開了一種經分離的基因修飾T細胞，其包括編碼一包括有B2M蛋白與HLA-E及/或HLA-G蛋白之融合蛋白的序列。
WO18005556據稱公開了包括有MHC-E分子的細胞。
Young等人 Cancer Gen. Therapy (2000), 7:240-246公開了使用單純皰疹病毒–胸腺嘧啶激酶(HSV-TK)基因之更昔洛韋(ganciclovir)介導的細胞殺傷。
在一態樣中本發明提供一種包括有B2M/HLA-E基因（諸如B2M/HLA-E*0101及B2M/HLA-E*0103基因）之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞不包括其他可表現的B2M基因。於一實施例中，所述哺乳動物細胞在不同的已知位置具有至少4個HSV-TK基因的敲入。
在另一態樣中本發明提供一種哺乳動物細胞，其具有B2M/HLA-E基因（諸如B2M/HLA-E*0101及B2M/HLA-E*0103基因二者）敲入另外之缺乏B2M及HLA-II的細胞內，例如缺乏CIITA的細胞。
在另一態樣中本發明提供一種包括有B2M/HLA-E基因之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞不包括其他可表現的B2M基因，且其缺失CIITA，並在不同的已知位置具有4個HSV-TK基因的敲入。
在另一態樣中本發明提供一種包括有B2M/HLA-E*0101及B2M/HLA-E*0103基因之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞不包括其他可表現的B2M基因，且其缺失CIITA，並在不同的已知位置具有4個HSV-TK基因的敲入。
在一態樣中本發明提供一種製造植入式哺乳動物細胞之方法，包括以下步驟： ●      提供一哺乳動物細胞， ●      敲入至少一B2M/HLA-E融合基因（諸如B2M/HLA-E*0101基因及/或B2M/HLA-E*0103基因）至所述哺乳動物細胞內， ●      使所述哺乳動物細胞的原生B2M基因失活， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞。
在另一態樣中本發明提供一種製造植入式哺乳動物細胞之方法，包括以下步驟： ●      提供一哺乳動物細胞， ●      敲入至少一B2M/HLA-E融合基因（諸如B2M/HLA-E*0101基因及/或B2M/HLA-E*0103基因）至所述哺乳動物細胞內， ●      使所述哺乳動物細胞的原生B2M基因失活， ●      使所述哺乳動物細胞分化， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞。
在一態樣中，所述哺乳動物細胞為人類細胞。
在一進一步態樣中，所述哺乳動物細胞為幹細胞。
在一態樣中，所述哺乳動物細胞為人類胚胎幹細胞。在另一態樣中，所述哺乳動物細胞為多潛能幹細胞。在又另一態樣中，所述哺乳動物細胞係處於已分化階段。
於一實施例中，本發明之方法進一步包括在不同的已知位置敲入至少4個HSV-TK基因的步驟。
本發明在又一態樣中係提供根據本發明之哺乳動物細胞之用於預防、治療或治癒慢性疾病的用途。
於一實施例中，此慢性疾病係選自由以下所組成之群組：糖尿病、第1型糖尿病、第2型糖尿病、乾性黃斑部病變、色素性視網膜炎、神經系統疾病、帕金森氏病、心臟病、慢性心臟衰竭及慢性腎臟病。
本發明提供了經改良通用供體細胞。本發明之細胞對於患者更有通用性也更安全。 定義等位基因：
如本文所用之術語「等位基因」係指一指定基因的變異體。例如，HLA-E 01:01為HLA-E 01:03為HLA-E基因的變體，也稱為等位基因或同種型。B2M:
如本文所用之術語「B2M」係指貝他2微球蛋白，即β2微球蛋白。術語「B2M基因」係指代編碼B2M蛋白質的基因。B2M蛋白質是所有第I類HLA蛋白的次單位。B2M蛋白是第I類HLA蛋白易位到細胞表面所必需的。在人類中，B2M基因位於第15號染色體上。缺失 B2M 的細胞：
如本文所用之術語「缺失B2M的細胞」係指一細胞不具有功能性B2M基因。因此，該B2M基因可能完全不存在於細胞中，或其可能在功能上有缺陷，例如失活或損壞，使其不被表現或不編碼功能性的B2M蛋白。B2M/HLA-E 基因或蛋白：
如本文所用之術語「B2M/HLA-E基因」係等同於「B2M/HLA-E融合基因」，其表示編碼了包括有B2M部分及HLA-E部分之蛋白質的基因融合構築體，其等同於「B2M/HLA-E融合蛋白」。如本文所用，除非另有說明，否則術語「B2M/HLA-E基因」及「B2M/HLA-E融合基因」係指其任何功能變化形式，其中該基因具有表現相應的融合蛋白的能力，且其中所表現的B2M/HLA-E融合蛋白具有易位到細胞表面。B2M/HLA-E*0101 蛋白：
如本文所用之術語「B2M/HLA-E*0101蛋白」係指包括有B2M部分及HLA-E部分之融合蛋白，其中該HLA-E部分為01:01同種型，亦稱為01:01等位基因，即包括有一個B2M功能性肽與一個HLA-E 01:01功能性肽之融合蛋白。B2M/HLA-E*0101 基因：
如本文所用之術語「B2M/HLA-E*0101基因」係指編碼B2M/HLA-E*0101蛋白之基因融合構築體。HLA/MHC:
術語「HLA」係代表人類白血球抗原。如本文所用，HLA係指眾所周知之負責調節哺乳動物免疫系統的HLA系統。「HLA基因」係編碼「HLA蛋白」，亦稱為「MHC蛋白」。「MHC」係代表「主要組織相容性複合體」。
功能性「HLA蛋白」（或「MHC蛋白」）係易位至細胞表面並於需要時誘導免疫反應。在人類中，HLA基因位於第6號染色體上。
第I類HLA蛋白為異二聚體，且包括高度多型性的HLA-A、HLA-B及HLA-C蛋白，以及較低多型性的HLA-E、HLA-F及HLA-G蛋白。第I類HLA蛋白通常存在於人類所有有核細胞的表面。
第I類HLA蛋白的作用是將小肽（本文所稱的「內源性肽」）從細胞內部呈現在細胞外表面。在細胞感染的情況下，第I類HLA肽會將來自入侵病原體（如病毒）的小肽呈現在細胞外表面，這被識別為「非自身的」（或「外來的」或「抗原」），並通過免疫系統破壞細胞而誘發免疫反應。在沒有細胞感染的情況下，第I類HLA肽會在細胞外表面呈現一內源性小肽，例如來自HLA-E（HLA-E片段），這小肽會被識別為「自身的」（或「自身抗原」），不會誘發免疫反應。
第II類HLA蛋白為異二聚體，且包括HLA-DP、HLA-DM、HLA-DOA、HLA-DOB、HLA-DQ及HLA-DR。第II類HLA蛋白通常存在於專業的抗原表現細胞。
第II類HLA蛋白的作用是將主要衍生自外源的抗原呈現在細胞表面，並啟動一抗原特異性免疫反應（經由CD4(+) T淋巴細胞）。細胞基因型：
「基因A-/- 細胞」係指基因A的兩個複本都不具有功能的細胞，例如被刪除或以其他方式破壞。「基因A+/- 細胞」係指一種其中基因A的一個複本是有功能的而第二個複本不具功能的細胞，例如被刪除或以其他方式破壞。「基因A+ 細胞」是指該細胞僅包括基因A的一個複本，且所述基因A的一個複本是有功能的。細胞表面表現型：
如本文所用之詞句「HLA-A/B/C-/- 細胞之細胞表面表現型」係指不具有HLA-A、HLA-B及HLA-C蛋白之細胞表面。
如本文所用之詞句「HLA-E*0101+ HLA-E*0103+ 細胞之細胞表面表現型」係指包括有從每一個HLA-E等位基因的一個複本表現之HLA-E*0101蛋白及HLA-E*0103蛋白的細胞表面。缺失 CIITA / CIITA 的：
術語「CIITA」係代表「第II類主要組織相容性複合體，轉活化因子」。如本文所用之術語「CIITA」係指代「CIITA基因」或「CIITA蛋白」，即由CIITA基因編碼之蛋白。CIITA蛋白為涉及全部第II類HLA肽之轉錄之轉錄因子。在人類基因體中，CIITA蛋白位於第16號染色體上。
如本文所用之術語「缺失CIITA的」係指「不具有功能性CIITA基因」。「缺失CIITA的細胞」係指部表現功能性CIITA蛋白的細胞，例如該細胞的CIITA基因已被敲除、或以其他方式失活、或表現非功能性蛋白。在缺失CIITA的細胞中，全部HLA第II類蛋白係被消融。不同的已知位置：
如本文所用之詞句「在已知的(多個)位置」係指「在一靶定基因座」。該詞句係指基因修飾，諸如在基因體的特定靶定基因座(位置)中***、刪去或破壞，相對於基因體中隨機位置的隨機基因修飾而言。尤其在敲入方面，詞句「在不同的已知位置」的表達係指，感興趣的基因不是***在基因體中的隨機位置，而是***到預先確定且特別靶定的基因座上。這樣做的好處是確保所***基因的表現程度一致，例如，靶定安全港基因座。
如本文所用之詞句「在不同位置」係指「在基因體上之不同基因座」。該詞句指的是(例如)一個以上的核酸序列***，其中所述二或多個核酸序列未***在基因體上的相同基因座，即，在基因體上的一個相同位置。相反地，所述二或多個核酸序列被***到基因體上的不同基因座。例如，若***在相同的染色體上，則該二或多個序列在***後會彼此相隔若干核苷酸。詞句「不同位置」可包含位於一對染色體之兩條染色體上的相同基因座。EF1a mini 、 EF1a 、 UbC 、 PGK 、 CMV 及 CAG 啟動子：
EF1a啟動子係代表人類延長因子1α啟動子，UbC啟動子係代表人類泛素C啟動子，PGK啟動子係代表小鼠磷酸甘油酯激酶1啟動子，CMV啟動子係代表巨細胞病毒迅早期啟動子，CAG（或CAGG）啟動子係代表與CMV早期增強子偶聯之雞β-肌動蛋白啟動子。這些啟動子為可用以驅動異位基因表現的持續性啟動子。 UCO及UCOE：
UCOE係代表泛素性染色質開放元件。UCO元件可防止啟動子的靜默。UCO元件可放置在啟動子的上游。HLA-E 雜合：
包括有至少兩種不同HLA-E基因之等位基因的細胞（諸如包括有一個HLA-E*0101基因及一個HLA*0103基因的細胞）之HLA-E是雜合的。HSV-TK 基因：
如本文所用之術語「HSV-TK」係代表單純皰疹病毒(HSV)胸腺嘧啶激酶(TK)，並指代一種自殺轉換系統。HSV-TK基因編碼了一種TK酶。為了觸發HSV-TK+ 細胞自殺，將更昔洛韋提供給HSV-TK+ 細胞或寄存有這類細胞的生物體，TK酶將更昔洛韋磷酸化成一種抑制DNA聚合酶的有毒化合物，並觸發HSV-TK+ 細胞死亡。敲入及敲除：
如本文所用之術語「敲入」係指將一基因***基因體中。利用敲入技術將基因***到基因體上的一靶定位置中，這表示該基因被***到特定的基因座，在該基因體中預先定義好的特定位置上進行敲入，這與其他基因工程方法中的隨機基因***相反。
如本文所用之術語「敲除」係指通過破壞基因體中的基因而造成的刪除或失活。為了實現對感興趣的指定基因之刪除或破壞，敲除技術通常需要在基因體上特定靶向位置進行基因修飾。
在本領域中有好幾種相當明確的敲入及敲除技術。哺乳動物細胞：
如本文所用之術語「哺乳動物細胞」係指一種源自哺乳動物活生物體的細胞，諸如哺乳動物類動物細胞或人類細胞。哺乳動物細胞可處於未分化階段，例如處於多潛能或多能性階段，或處於分化階段，諸如完全成熟階段，或處於分化的中間階段。匹配 HLA 類型：
如本文所用之術語「匹配HLA」或「匹配HLA類型」係指在供體細胞與和宿主生物體之間有足夠相似性的HLA同種型，不會誘發免疫系統對供體細胞的排斥。在哺乳動物中，HLA蛋白是個體所特有的。宿主生物體的免疫系統會將供體細胞（例如移植細胞或移植器官中的細胞）細胞外表面上的「不匹配」HLA蛋白識別為「非自身」（或「入侵者」），並誘發免疫反應及對供體細胞的排斥。若供體細胞的HLA蛋白與宿主生物體的HLA蛋白為相同或足夠相似的同種型，即HLA類型與宿主生物體相匹配，則免疫系統會將供體細胞識別為「自身」，不會誘發供體細胞的排斥反應。多型性：
如本文所用之術語「多型性」係指在一指定細胞內存在有不同的同型指定基因。HLA系統中的多型性使得免疫反應更有效且適應性更佳。蛋白、肽：
除非另有說明，否則術語「蛋白」及「肽」係指其功能變化形式。安全港：
如本文所用之術語「安全港位點」或「安全港基因座」或「安全港基因體港位點」係指基因體上之一個持續表現的位置，其不會因為表觀遺傳靜默化或轉錄活性的向下調控而靜默。AAVS1及hROSA16是人類基因體中的安全港位點。「AAVS1」係代表腺相關病毒整合位點1，並位於人類第19號染色體上。「hROSA26」係代表「Gt(ROSA)26S的人類形式」或「ROSA26的人類形式」，並位於人類第3號染色體上。CLYBL及CCR5是其他可能的安全港位點，「CLYBL」係代表「類β型檸檬酸鹽裂解」，並位於人類第13號染色體上，「CCR5」係代表「C-C趨化介素第5型」，並位於人類第5號染色體上。可通用植入細胞、可植入細胞、植入式細胞或通用供體細胞：
如本文所用之術語「可通用植入細胞/通用植入式細胞」或「通用細胞」或「通用供體細胞」或「可植入式細胞」或「免疫安全細胞」或「隱形細胞」或「免疫隱形細胞」或「植入式細胞」係皆指代可以移植到宿主生物體中而不會被識別為非自身細胞且因而不會被宿主生物體的免疫系統排斥之細胞。該細胞通常源自於與宿主生物體不同的供體生物體。本發明之目的為提供可安全地植入各種患者體內而不會被排斥的細胞。植入式哺乳動物細胞以及哺乳動物細胞：
在本發明方法、方法請求項及方法實施例的上下文中，術語「哺乳動物細胞」係指一種在完成本發明的基因修飾之前的細胞，術語「植入式哺乳動物細胞」係指一種包括有本發明的基因修飾的細胞。
本發明在一態樣中係提供一種包括有至少一B2M/HLA-E基因之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞不包括其他可表現的B2M基因。
本發明在另一態樣中係提供一種包括有B2M/HLA-E基因之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞不包括其他可表現的B2M基因並在不同的已知位置具有至少4個HSV-TK基因的敲入。
於一實施例中，所述哺乳動物細胞係包括B2M/HLA-E基因。於一實施例中，所述哺乳動物細胞包括一種類型的B2M/HLA-E等位基因，即在B2M/HLA-E融合體中之一HLA-E變異體。於一實施例中，在B2M/HLA-E融合體中之HLA-E變異體為HLA-E*01:01等位基因或HLA-E*01:03等位基因。
於一實施例中，所述哺乳動物細胞係包括兩種不同的B2M/HLA-E等位基因，及所述細胞對於B2M/HLA-E為異型合子。於一實施例中，該B2M/HLA-E融合體中之HLA-E變異體為HLA-E*01:01等位基因及HLA-E*01:03等位基因。
本發明在一態樣中係提供一種包括有B2M/HLA-E*0101或B2M/HLA-E*0103融合基因之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞不包括其他可表現的B2M基因。本發明在一態樣中係提供一種包括有B2M/HLA-E*0101及B2M/HLA-E*0103基因之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞不包括其他可表現的B2M基因。
於本發明中，該B2M/HLA-E*0101 基因係編碼B2M/HLA-E*0101蛋白。
於一實施例中，該B2M/HLA-E*0101蛋白包括B2M蛋白、HLA-E*0101蛋白以及於該B2M蛋白與HLA-E*0101蛋白之間的連接子。於一實施例中，該B2M部分係位於該B2M/HLA-E*0101融合蛋白的N端，而HLA-E部分係位於C端。
於一實施例中，該B2M/HLA-E*0101蛋白亦包括信號肽。
於一實施例中，該B2M/HLA-E*0101蛋白包括信號肽、B2M蛋白、HLA-E*0101蛋白以及該B2M蛋白與HLA-E*0101蛋白之間的連接子。於一實施例中，該信號肽係位於該B2M/HLA-E*0101融合蛋白的N端，隨後為B2M蛋白及一連接子，而該HLA-E蛋白係位於C端。
於一實施例中，該位於B2M蛋白與HLA-E*0101蛋白之間的連接子為(G4S)4連接子。
於本發明中，該B2M/HLA-E*0103 基因係編碼B2M/HLA-E*0103蛋白。如本文所用之術語「B2M/HLA-E*0103」係意欲指β2微球蛋白(B2M)與HLA-E*0103之間的融合。
於一實施例中，該B2M/HLA-E*0103蛋白包括B2M蛋白、HLA-E*0103蛋白以及於該B2M蛋白與HLA-E*0103肽之間的連接子。於一實施例中，該B2M部分係位於該B2M/HLA-E*0103融合蛋白的N端，而HLA-E部分係位於C端。
於一實施例中，該B2M/HLA-E*0103蛋白亦包括信號肽。
於一實施例中，該B2M/HLA-E*0103蛋白包括信號肽、B2M蛋白、HLA-E*0103蛋白以及該B2M蛋白與HLA-E*0103蛋白之間的連接子。於一實施例中，該信號肽係位於該B2M/HLA-E*0103融合蛋白的N端，隨後為B2M蛋白及一連接子，而該HLA-E蛋白係位於C端。
於一實施例中，該位於B2M蛋白與HLA-E*0103蛋白之間的連接子為(G4S)4連接子。
於一較佳實施例中，該B2M/HLA-E*0101融合蛋白及/或該B2M/HLA-E*0103融合蛋白係保留了在易位到細胞表面之前進一步結合內源性肽的能力。這是由於所述融合蛋白中沒有預結合的HLA第I類前導肽序列(諸如VMAPRTLIL)作為所述融合蛋白的一部分而實現的。於一實施例中，該B2M/HLA-E*0101融合蛋白及/或該B2M/HLA-E*0103融合蛋白不包括預結合的HLA第I類前導肽序列。
於一實施例中，該B2M/HLA-E*0101融合蛋白之HLA-E*0101部分係包括胺基酸序列[SEQ ID NO :01]： GSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDNDAASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQWMHGCELGPDR RFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDASEAEHQRAYLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQQDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRWKPASQPTIPIVGIIAGLVLLGSVVSGAVVAAVIWRKKSSGGKGGSYSKAEWSDSAQGSESHSL。
於一實施例中，該B2M/HLA-E*0101融合蛋白或該B2M/HLA-E*0103融合蛋白之B2M部分係包括胺基酸序列[SEQ ID NO :02]： IQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM。
於一實施例中，該B2M/HLA-E*0103融合蛋白之HLA-E*0103部分係包括胺基酸序列[SEQ ID NO :03]： GSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDNDAASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQWMHGCELGPDG RFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDASEAEHQRAYLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQQDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRWKPASQPTIPIVGIIAGLVLLGSVVSGAVVAAVIWRKKSSGGKGGSYSKAEWSDSAQGSESHSL。
於一實施例中，該包括有(G4S)4連接子及信號肽之B2M/HLA-E*0101融合蛋白係包括胺基酸序列[SEQ ID NO :04]： MSRSVALAVLALLSLSGLEAIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDMGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDNDAASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQWMHGCELGPDR RFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDASEAEHQRAYLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQQDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRWKPASQPTIPIVGIIAGLVLLGSVVSGAVVAAVIWRKKSSGGKGGSYSKAEWSDSAQGSESHSL。
於一實施例中，該包括有(G4S)4連接子及信號肽之B2M/HLA-E*0103融合蛋白係包括胺基酸序列[SEQ ID NO :05]： MSRSVALAVLALLSLSGLEAIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDMGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDNDAASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQWMHGCELGPDG RFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDASEAEHQRAYLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQQDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRWKPASQPTIPIVGIIAGLVLLGSVVSGAVVAAVIWRKKSSGGKGGSYSKAEWSDSAQGSESHSL。
於一實施例中，該編碼B2M/HLA-E*0101融合蛋白且帶有(G4S)4連接子及信號肽之B2M/HLA-E*0101基因係包括核酸序列SEQ ID NO 06： ATGTCTCGCTCCGTGGCCTTAGCTGTGCTCGCGCTACTCTCTCTTTCTGGCCTGGAGGCTATCCAGCGTACTCCAAAGATTCAGGTTTACTCACGTCATCCAGCAGAGAATGGAAAGTCAAATTTCCTGAATTGCTATGTGTCTGGGTTTCATCCATCCGACATTGAAGTTGACTTACTGAAGAATGGAGAGAGAATTGAAAAAGTGGAGCATTCAGACTTGTCTTTCAGCAAGGACTGGTCTTTCTATCTCTTGTACTACACTGAATTCACCCCCACTGAAAAAGATGAGTATGCCTGCCGTGTGAACCATGTGACTTTGTCACAGCCCAAGATAGTTAAGTGGGATCGAGACATGGGTGGTGGCGGTTCTGGTGGTGGCGGTAGTGGCGGCGGAGGAAGCGGTGGTGGCGGTTCCGGTTCCCACTCCTTGAAGTATTTCCACACTTCCGTGTCCCGGCCCGGCCGCGGGGAGCCCCGCTTCATCTCTGTGGGCTACGTGGACGACACCCAGTTCGTGCGCTTCGACAACGACGCCGCGAGTCCGAGGATGGTGCCGCGGGCGCCGTGGATGGAGCAGGAGGGGTCAGAGTATTGGGACCGGGAGACACGGAGCGCCAGGGACACCGCACAGATTTTCCGAGTGAACCTGCGGACGCTGCGCGGCTACTACAATCAGAGCGAGGCCGGTTCTCACACCCTGCAGTGGATGCATGGCTGCGAGCTGGGGCCCGACAGGCGCTTCCTCCGCGGGTATGAACAGTTCGCCTACGACGGCAAGGATTATCTCACCCTGAATGAGGACCTGCGCTCCTGGACCGCGGTGGACACGGCGGCTCAGATCTCCGAGCAAAAGTCAAATGATGCCTCTGAGGCGGAGCACCAGAGAGCCTACCTGGAAGACACATGCGTGGAGTGGCTCCACAAATACCTGGAGAAGGGGAAGGAGACGCTGCTTCACCTGGAGCCCCCAAAGACACACGTGACTCACCACCCCATCTCTGACCATGAGGCCACCCTGAGGTGCTGGGCCCTGGGCTTCTACCCTGCGGAGATCACACTGACCTGGCAGCAGGATGGGGAGGGCCATACCCAGGACACGGAGCTCGTGGAGACCAGGCCTGCAGGGGATGGAACCTTCCAGAAGTGGGCAGCTGTGGTGGTGCCTTCTGGAGAGGAGCAGAGATACACGTGCCATGTGCAGCATGAGGGGCTACCCGAGCCCGTCACCCTGAGATGGAAGCCGGCTTCCCAGCCCACCATCCCCATCGTGGGCATCATTGCTGGCCTGGTTCTCCTTGGATCTGTGGTCTCTGGAGCTGTGGTTGCTGCTGTGATATGGAGGAAGAAGAGCTCAGGTGGGAAAGGAGGGAGCTACTCTAAGGCTGAGTGGAGCGACAGTGCCCAGGGGTCTGAGTCTCACAGCTTG。
於一實施例中，該編碼B2M/HLA-E*0103融合蛋白且帶有(G4S)4連接子及信號肽之B2M/HLA-E*0103基因係包括核酸序列SEQ ID NO 07： ATGTCTCGCTCCGTGGCCTTAGCTGTGCTCGCGCTACTCTCTCTTTCTGGCCTGGAGGCTATCCAGCGTACTCCAAAGATTCAGGTTTACTCACGTCATCCAGCAGAGAATGGAAAGTCAAATTTCCTGAATTGCTATGTGTCTGGGTTTCATCCATCCGACATTGAAGTTGACTTACTGAAGAATGGAGAGAGAATTGAAAAAGTGGAGCATTCAGACTTGTCTTTCAGCAAGGACTGGTCTTTCTATCTCTTGTACTACACTGAATTCACCCCCACTGAAAAAGATGAGTATGCCTGCCGTGTGAACCATGTGACTTTGTCACAGCCCAAGATAGTTAAGTGGGATCGAGACATGGGTGGTGGCGGTTCTGGTGGTGGCGGTAGTGGCGGCGGAGGAAGCGGTGGTGGCGGTTCCGGTTCCCACTCCTTGAAGTATTTCCACACTTCCGTGTCCCGGCCCGGCCGCGGGGAGCCCCGCTTCATCTCTGTGGGCTACGTGGACGACACCCAGTTCGTGCGCTTCGACAACGACGCCGCGAGTCCGAGGATGGTGCCGCGGGCGCCGTGGATGGAGCAGGAGGGGTCAGAGTATTGGGACCGGGAGACACGGAGCGCCAGGGACACCGCACAGATTTTCCGAGTGAACCTGCGGACGCTGCGCGGCTACTACAATCAGAGCGAGGCCGGTTCTCACACCCTGCAGTGGATGCATGGCTGCGAGCTGGGGCCCGACGGGCGCTTCCTCCGCGGGTATGAACAGTTCGCCTACGACGGCAAGGATTATCTCACCCTGAATGAGGACCTGCGCTCCTGGACCGCGGTGGACACGGCGGCTCAGATCTCCGAGCAAAAGTCAAATGATGCCTCTGAGGCGGAGCACCAGAGAGCCTACCTGGAAGACACATGCGTGGAGTGGCTCCACAAATACCTGGAGAAGGGGAAGGAGACGCTGCTTCACCTGGAGCCCCCAAAGACACACGTGACTCACCACCCCATCTCTGACCATGAGGCCACCCTGAGGTGCTGGGCCCTGGGCTTCTACCCTGCGGAGATCACACTGACCTGGCAGCAGGATGGGGAGGGCCATACCCAGGACACGGAGCTCGTGGAGACCAGGCCTGCAGGGGATGGAACCTTCCAGAAGTGGGCAGCTGTGGTGGTGCCTTCTGGAGAGGAGCAGAGATACACGTGCCATGTGCAGCATGAGGGGCTACCCGAGCCCGTCACCCTGAGATGGAAGCCGGCTTCCCAGCCCACCATCCCCATCGTGGGCATCATTGCTGGCCTGGTTCTCCTTGGATCTGTGGTCTCTGGAGCTGTGGTTGCTGCTGTGATATGGAGGAAGAAGAGCTCAGGTGGGAAAGGAGGGAGCTACTCTAAGGCTGAGTGGAGCGACAGTGCCCAGGGGTCTGAGTCTCACAGCTTG。
在另一態樣中本發明提供一種皆具有B2M/HLA-E*0101及B2M/HLA-E*0103基因敲入另外之缺乏B2M的細胞內的哺乳動物細胞。
於一實施例中，在人類細胞的情況下該B2M/HLA-E係***在第5號染色體上之原生B2M基因的基因座。於一實施例中，該B2M/HLA*0101的一個複本及B2M/HLA*0103基因的一個複本係***在該細胞之原生B2M基因的兩個複本中之每一者的基因座上，藉此使原本的B2M基因失活。一實例係顯示於圖1中。
於一實施例中，該B2M/HLA基因不包括編碼預結合的HLA第I類前導肽之序列，且該B2M/HLA蛋白不包括預結合的HLA第I類前導肽。
驚訝地發現到，將不包括編碼了預結合之HLA第I類前導肽之序列的B2M/HLA-E*0101及B2M/HLA-E*0103基因融合構築體用於缺失B2M的細胞中，會產生HLA-A/B/C-/- HLA-E*0101+ HLA-E*0103+ 細胞的細胞表面表現型且此細胞的HLA-E密度高且強健，有最大的內源性肽結合多樣性，對於NK細胞介導之非感染性靶細胞裂解的保護最佳，且增強NK細胞對感染病毒或其他病原體之靶哺乳動物細胞的識別及最佳消除能力。
本發明可有利地允許A)在供體細胞表面持續性地增加HLA-E蛋白的密度，以抑制NK細胞介導之缺失B2M的細胞的排斥，B)經由原生的內源性肽結合來保留HLA-E的正常免疫監視功能（導致耐受能力略有降低），C)通過包含多種HLA-E同種型，最大程度地提高與HLA蛋白結合的潛在內源性肽的多樣性，以及D)減輕病毒感染或惡性反分化後細胞不再受常規免疫監視的風險。
為了提供增加的HLA-E密度並達成優勢A)，通過非原生啟動子在細胞中***兩個而不是一個B2M/HLA-E基因的等位基因。為了達成優勢B)，發明人使用了編碼B2M/HLA-E融合蛋白的B2M/HLA-E基因，該基因沒有預先工程化的，即預結合的HLA第I類前導肽，轉而利用原生的內源性肽加工及加載機制。為了達成優勢C)，利用了兩種主要的HLA-E等位基因，即HLA-E*0101及HLA-E*0103。這兩種編碼的HLA-E*0101及HLA-E*0103的蛋白加載及呈現不同的內源性肽子集，從而增加了HLA蛋白在正常情況下適當地加載耐受性內源性肽的可能性，又增加了在病毒感染期間加載活化內源性肽的可能性。為了達成優勢D)，發明人已引入了4個複本的HSV-TK基因作為穩健的開關，如果需要的話，可以迅速殺死細胞。幾種修飾的組合物在感染條件下顯著改善細胞保留及免疫監視的潛力。
有利的是，正常的內源性肽加載（通過不使用預結合的肽）和多種HLA-E同種型的結合係可擴大細胞對病毒及/或細菌感染的免疫監視，同時保留最大程度的耐受性表現型。在感染期間，來自病毒或細菌病原體的幾種肽可取代HLA-E的正常內源性肽。當HLA-E呈現病原體衍生的肽時，它會刺激受感染細胞的NK裂解；與帶有預結合肽的HLA-E會向NK細胞表明「健康狀態」的情況相反，其不會刺激NK裂解且藉此提供了耐受功能。這是用本發明實現的一個重要安全特徵。
於一實施例中，本發明之哺乳動物細胞係缺失HLA-II。於一實施例中，該哺乳動物細胞係缺失CIITA。
任何可用的相關基因編輯技術(CRISPR、TALEN、ZFN、自返核酸內切酶、腺病毒重組等)可用於修飾細胞，使得B2M的兩個等位基因被敲除，同時B2M/HLA-E*0101及B2M/HLA-E*0103基因的一或多個複本被敲除。
B2M/HLA-E基因（諸如B2M/HLA-E*0101及B2M/HLA-E*0103基因）的敲入可直接在原生B2M基因座上、在其它基因座上（諸如安全港基因座、諸如AAVS1安全港基因座）或其任意組合上完成。任何可用的啟動子均可用於這些敲入基因，例如選自由EF1a mini、EF1a、UbC、PGK、CMV及CAG所組成之群中的啟動子。根據本發明，所期望的HLA-E密度的增加係通過由持續活性啟動子所控制的雙等位基因HLA-E敲入而獲得。在原生細胞中，內源性HLA-E啟動子係由啟動子INFγ反應元件所控制。
同樣地該等HSV-TK可在所要位置敲入，及在靶定的基因座。可使用任何可用的相關基因編輯技術。
本發明之細胞係包括在不同的已知位置之至少4個HSV-TK基因。
於本發明中，HSV-TK基因係作為可誘導的「自殺開關」系統來控制經工程化之哺乳動物細胞（例如在宿主生物體中）的存活。自殺開關的概念牽涉到基因體導入一個基因，該基因使細胞對外源性分子敏感，可以在需要的時候施用。HSV-TK基因編碼一種胸腺嘧啶激酶，可將常用的小分子抗病毒藥物更昔洛韋轉化為HSV-TK表現細胞內的有毒物質。這類自殺基因的問題是，理論上它們可以通過自發性基因體刪除或啟動子靜默的方式失活或消除，導致「自殺開關」失去了預期的控制。
於本發明之一實施例中，HSV-TK自殺基因係位於基因體的安全港基因座中。於本發明之一實施例中，該HSV-TK的表現係受一個帶有上游UCO元件之啟動子驅動。於本發明之一實施例中，該HSV-TK自殺基因的表現係受一個帶有上游 UCO 元件之 UbC 啟動子 驅動。
於本發明之一實施例中，該HSV-TK自殺基因的4個複本係***細胞的基因體中。
於本發明之一實施例中，4個HSV-TK基因，即HSV-TK基因的4個複本，係在不同位置敲入，即在基因體上有一點分隔之位置處，諸如提供一個安全的系統，不至於因基因重排或刪除而惡化。於一實施例中，該4個HSV-TK基因係敲入相同的染色體且彼此相隔至少10Kbp，諸如至少100 Kbp、至少1 Mbp或至少20 Mbp。於另一實施例中，該4個HSV-TK基因係敲入4個不同染色體上之位置處。於另一實施例中，該4個HSV-TK基因係敲入3個不同染色體上之位置處。於另一實施例中，該4個HSV-TK基因係敲入2個不同染色體上之位置處，諸如在二倍體細胞中之第3號染色體上的同一位置有兩個HSV-TK複本，在第19號染色體上的同一位置有兩個HSV-TK複本。於本發明之另一實施例中，2個HSV-TK基因係在安全的基因體港位點處敲入。於另一實施例中，係敲入一個HSV-TK基因以破壞及消除B2M等位基因。於另一實施例中，係敲入一個HSV-TK基因以消除CIITA等位基因。
患者的安全是細胞治療中一個非常重要的參數。
***4個TK自殺基因複本也有利於提高對患者的安全性。驚訝地發現到，具有4個TK自殺基因複本對於更昔洛韋治療的敏感性明顯高於具有2個複本的細胞，用較低量的更昔洛韋就能達到細胞死亡。
與隨機整合到細胞基因體中相比，將TK自殺基因放置在已知的預定位置會有利於提高對患者的安全性。與隨機整合相比，靶向整合減少了重要基因或重要基因表現調控被破壞的風險。其也減少了自殺基因隨機整合到次佳表現活性區域的風險，藉此確保最佳的TK表現程度。
將TK自殺基因放置在不同的位置會限制所有TK自殺基因複本在其***基因座暴露於基因靜默或轉錄向下調控的情況下同時也靜默或向下調控的風險，而進一步提高患者的安全性。
將TK自殺基因放置於安全港基因座會有利於提高對患者的安全性。安全港基因座是基因體中持續表現的區域。這種方式減少了自殺基因被非自願靜默或向下調控的風險，藉此增加自殺TK蛋白始終處於最佳表現程度的機會，且隨後在需要投予更昔洛韋給藥時控制細胞死亡。
其結果是，根據本發明將4個TK自殺基因複本放置於已知的不同位置（諸如安全港基因座）可為接受細胞治療的患者提供顯著改善的安全性。
於一實施例中，至少2個HSV-TK基因被敲入一個安全港位點中，諸如AAVS1基因座或hROSA26基因座或CLYBL基因座。於一實施例中，2個HSV-TK基因的複本被敲入一個安全港位點中，諸如AAVS1基因座或hROSA26基因座或CLYBL基因座，且2個HSV-TK基因被敲入CIITA基因座中。
於另一實施例中，2個HSV-TK基因被敲入安全港位點中，且2個HSV-TK基因被敲入另一個安全港位點中，並敲除CIITA基因座。於一更特定的實施例中，2個HSV-TK基因被敲入AAVS1基因座中，且2個HSV-TK基因被敲入CLYBL基因座中，並敲除CIITA基因。
於一實施例中，係將B2M/HLA-E基因敲入該B2M基因的基因座內，藉此使細胞的原生B2M基因失活。於一實施例中，係將B2M/HLA-E*01:01基因或B2M/HLA-E*01:03基因敲入該B2M基因的基因座內，藉此使細胞的原生B2M基因失活。於一實施例中，係將B2M/HLA-E*0101基因敲入該B2M基因的一個複本的基因座內，且將B2M/HLA-E*0103基因敲入該B2M基因的另一個複本的基因座內，藉此使細胞的原生B2M基因失活。於一實施例中，係將2個HSV-TK基因敲入該AAVS1基因的基因座內，且將2個HSV-TK基因敲入該CIITA基因的基因座內，藉此使細胞的原生CIITA基因失活。細胞的原生CIITA基因失活會導致HLA-II蛋白耗盡。
於一實施例中，係將一個B2M/HLA-E*0101基因敲入B2M基因的一個複本的基因座中，將一個B2M/HLA-E*0103基因敲入B2M基因的另一個複本的基因座中，將HSV-TK基因的2個複本敲入諸如AAVS1之安全港基因座，且將2個HSV-TK基因敲入CIITA基因的基因座中。
於一實施例中，係將一個B2M/HLA-E*0101基因敲入B2M基因的一個複本的基因座中，將一個B2M/HLA-E*0103基因敲入B2M基因的另一個複本的基因座中，將HSV-TK基因的2個複本敲入AAVS1基因的基因座中，將2個HSV-TK基因敲入CLYBL基因座中，並將該CIITA基因敲除，即CIITA基因的兩個複本皆敲除。
該4個HSV-TK基因係較佳地表現到當暴露於更昔洛韋下時其每一者可單獨殺死所述哺乳動物細胞之程度。
於一實施例中，該HSV-TK蛋白包括胺基酸序列SEQ ID NO 08: MASYPGHQHASAFDQAARSRGHSNRRTALRPRRQQEATEVRPEQKMPTLLRVYIDGPHGMGKTTTTQLLVALGSRDDIVYVPEPMTYWRVLGASETIANIYTTQHRLDQGEISAGDAAVVMTSAQITMGMPYAVTDAVLAPHIGGEAGSSHAPPPALTLIFDRHPIAALLCYPAARYLMGSMTPQAVLAFVALIPPTLPGTNIVLGALPEDRHIDRLAKRQRPGERLDLAMLAAIRRVYGLLANTVRYLQCGGSWREDWGQLSGTAVPPQGAEPQSNAGPRPHIGDTLFTLFRAPELLAPNGDLYNVFAWALDVLAKRLRSMHVFILDYDQSPAGCRDALLQLTSGMVQTHVTTPGSIPTICDLARTFAREMGEAN。
於一實施例中，該編碼HSV-TK蛋白之HSV-TK基因係包括核酸序列SEQ ID NO 09: ATGGCTTCTTACCCTGGACACCAGCATGCTTCTGCCTTTGACCAGGCTGCCAGATCCAGGGGCCACTCCAACAGGAGAACTGCCCTAAGACCCAGAAGACAGCAGGAAGCCACTGAGGTGAGGCCTGAGCAGAAGATGCCAACCCTGCTGAGGGTGTACATTGATGGACCTCATGGCATGGGCAAGACCACCACCACTCAACTGCTGGTGGCACTGGGCTCCAGGGATGACATTGTGTATGTGCCTGAGCCAATGACCTACTGGAGAGTGCTAGGAGCCTCTGAGACCATTGCCAACATCTACACCACCCAGCACAGGCTGGACCAGGGAGAAATCTCTGCTGGAGATGCTGCTGTGGTGATGACCTCTGCCCAGATCACAATGGGAATGCCCTATGCTGTGACTGATGCTGTTCTGGCTCCTCACATTGGAGGAGAGGCTGGCTCTTCTCATGCCCCTCCACCTGCCCTGACCCTGATCTTTGACAGACACCCCATTGCAGCCCTGCTGTGCTACCCAGCAGCAAGGTACCTCATGGGCTCCATGACCCCACAGGCTGTGCTGGCTTTTGTGGCCCTGATCCCTCCAACCCTCCCTGGCACCAACATTGTTCTGGGAGCACTGCCTGAAGACAGACACATTGACAGGCTGGCAAAGAGGCAGAGACCTGGAGAGAGACTGGACCTGGCCATGCTGGCTGCAATCAGAAGGGTGTATGGACTGCTGGCAAACACTGTGAGATACCTCCAGTGTGGAGGCTCTTGGAGAGAGGACTGGGGACAGCTCTCTGGAACAGCAGTGCCCCCTCAAGGAGCTGAGCCCCAGTCCAATGCTGGTCCAAGACCCCACATTGGGGACACCCTGTTCACCCTGTTCAGAGCCCCTGAGCTGCTGGCTCCCAATGGAGACCTGTACAATGTGTTTGCCTGGGCTCTGGATGTTCTAGCCAAGAGGCTGAGGTCCATGCATGTGTTCATCCTGGACTATGACCAGTCCCCTGCTGGATGCAGAGATGCTCTGCTGCAACTAACCTCTGGCATGGTGCAGACCCATGTGACCACCCCTGGCAGCATCCCCACCATCTGTGACCTAGCCAGAACCTTTGCCAGGGAGATGGGAGAGGCCAAC。
在另一態樣中本發明提供一種製造植入式哺乳動物細胞之方法，包括以下步驟： ●      提供一哺乳動物細胞， ●      敲入至少一B2M/HLA-E融合基因（諸如B2M/HLA-E*0101基因及/或B2M/HLA-E*0103基因）至所述哺乳動物細胞內， ●      使所述哺乳動物細胞的原生B2M基因失活， ●      視情況使所述哺乳動物細胞分化， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞。
在合理的情況下，該等步驟的順序可能不同。例如，基因修飾步驟及細胞分化步驟可以以不同順序發生，B2M/HLA-E基因的敲入可以在B2M基因失活之前發生，分化步驟可以在B2M/HLA-E基因及/或B2M基因失活之前發生。
在另一態樣中本發明提供一種製造植入式哺乳動物細胞之方法，包括以下步驟： ●      提供一哺乳動物細胞， ●      敲入至少一B2M/HLA-E融合基因（諸如B2M/HLA-E*0101基因及/或B2M/HLA-E*0103基因）至所述哺乳動物細胞內， ●      使所述哺乳動物細胞的原生B2M基因失活， ●      在所述哺乳動物細胞中之不同的已知位置敲入至少4個HSV-TK基因， ●      視情況使所述哺乳動物細胞分化， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞。
在另一態樣中本發明提供一種製造植入式哺乳動物細胞之方法，包括以下步驟： ●      提供一哺乳動物細胞， ●      敲入至少一B2M/HLA-E融合基因（諸如B2M/HLA-E*0101基因及/或B2M/HLA-E*0103基因）至所述哺乳動物細胞內， ●      使所述哺乳動物細胞的原生B2M基因失活， ●      在不同的已知位置敲入至少4個HSV-TK基因， ●      使所述哺乳動物細胞的原生HLA-II基因或原生CIITA基因失活， ●      視情況使所述哺乳動物細胞分化， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞。
在另一態樣中本發明提供一種製造植入式哺乳動物細胞之方法，包括以下步驟： ●      提供缺失B2M及CIITA的哺乳動物細胞， ●      敲入B2M/HLA-E融合基因（諸如B2M/HLA-E*0101基因及/或B2M/HLA-E*0103基因）至所述缺失B2M及CIITA的哺乳動物細胞內， ●      在不同的已知位置處敲入4個HSV-TK基因， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞。
在另一態樣中本發明提供一種製造植入式哺乳動物細胞之方法，包括以下步驟： ●      提供一哺乳動物細胞， ●      敲入一個B2M/HLA-E*0101基因及/或一個B2M/HLA-E*0103基因至所述細胞的B2M基因內， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞，且其缺失B2M並表現B2M/HLA-E*0101及/或B2M/HLA-E*0103蛋白。
在另一態樣中本發明提供一種製造植入式哺乳動物細胞之方法，包括以下步驟： ●      提供一哺乳動物細胞， ●      敲入一個B2M/HLA-E*0101基因及/或一個B2M/HLA-E*0103基因至所述哺乳動物細胞的B2M基因內， ●      在所述哺乳動物細胞之基因體中之不同的已知位置處敲入4個HSV-TK基因， ●      視情況使所述哺乳動物細胞分化， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞，且其缺失B2M，並表現B2M/HLA-E*0101蛋白及/或B2M/HLA-E*0103蛋白及HSV-TK蛋白。
在另一態樣中本發明提供一種製造植入式哺乳動物細胞之方法，包括以下步驟： a)     提供缺失B2M的哺乳動物細胞， b)     敲入B2M/HLA-E*0101及B2M/HLA-E*0103二者至所述缺失B2M的哺乳動物細胞內， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞。
在另一態樣中本發明提供一種製造植入式哺乳動物細胞之方法，包括以下步驟： a)     提供缺失B2M及CIITA的哺乳動物細胞， b)     敲入B2M/HLA-E*0101及B2M/HLA-E*0103二者至所述缺失B2M及CIITA的哺乳動物細胞內， c)     在不同的已知位置處敲入4個HSV-TK基因， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞。
可設想到根據本發明方法進行基因修飾的哺乳動物細胞可能處於不同的分化階段，並可根據需要進一步分化。如，在幹細胞、多潛能細胞或處於早期分化階段的細胞之情況下，此細胞可以在植入之前分化到更高級的分化階段、更成熟的細胞類型。本發明的方法也可以應用於在植入之前不需要進一步分化的功能細胞類型。
於本發明之又另一實施例中，其提供根據本發明之哺乳動物細胞之用於預防、治療或治癒疾病（諸如慢性疾病）的用途。設想到本發明之哺乳動物細胞及本發明之方法可能在治療各種慢性疾病方面是有用的。也設想到它們在預防慢性疾病以及其他疾病方面可能是有用的。
於一實施例中，所述疾病係選自由以下所組成之群組：糖尿病、第1型糖尿病、第2型糖尿病、乾性黃斑部病變、色素性視網膜炎、神經系統疾病、帕金森氏病、心臟病、慢性心臟衰竭及慢性腎臟病。
於一實施例中，該哺乳動物細胞為動物細胞。於另一實施例中，該哺乳動物細胞為人類細胞。
於一實施例中，該哺乳動物細胞為未分化細胞。於一實施例中，該哺乳動物細胞為幹細胞，諸如人類幹細胞、多潛能人類細胞，諸如多潛能人類細胞或iPS細胞（經誘發的多潛能幹細胞），諸如人類iPS細胞。
於一實施例中，本發明之哺乳動物細胞為未分化細胞，諸如幹細胞、多潛能細胞或iPS細胞，其係進一步分化成功能性細胞類型。
於另一實施例中，該哺乳動物細胞為已分化細胞。
於一實施例中，該哺乳動物細胞為衍生自本發明之幹細胞、多潛能細胞或iPS細胞之人類已分化細胞。
於本發明特定實施例中，該哺乳動物細胞為選自下表之分化細胞。
根據以下清單提到的出版物中所述的分化方法，所述分化細胞可衍生自本發明之幹細胞、多潛能細胞或iPS細胞： ●      如通過WO2017/144695中所述方法可獲得之β細胞、INS+及NKX6.1+雙陽性細胞、C-肽+及NKX6.1+雙陽性細胞、胰島素分泌細胞、體外衍生的類β細胞、胰臟內分泌細胞或內分泌細胞； ●      如通過專利申請案WO2015028614中所述方法可獲得之內分泌前驅細胞或NGN3+/NKX2.2+雙陽性細胞； ●      如通過Nolbrant S.等人, Nat. Protoc. 2017 九月, 12(9):1962-1979; Kirkeby A.等人, Cell Rep. 2012 六月28日, 1(6):703-14; Aktinson-Dell R.等人, Adv Exp Med Biol. 2019, 1175:383-405; Ni P.等人, Mol Ther Methods Clin Dev. 2019 四月8日, 13:414-430中所述方法可獲得之神經細胞，諸如神經元、中間神經元細胞、寡樹突膠細胞、星狀膠細胞、多巴胺神經細胞； ●      如通過Chen B. Stem Cell Res Ther. 2019 五月21日, 10(1):142; Sun X.等人, Front Cell Neurosci. 2019 九月3日, 13:394; Dougherty J.A.等人, Front Physiol. 2018 Dec 14, 9:1794; Candelario K.M.等人, J Comp Neurol. 2019 十一月19日; Yang R.等人, Front Immunol. 2019 十月16日, 10:2346中所述方法可獲得之外泌體細胞（諸如ESCs (胚胎幹細胞)或NSCs (神經元幹細胞)），或衍生自ESC或NSC之外泌體細胞； ●      如通過Ackermann M.等人, Nat Commun. 2018 十一月30日;9(1):5088; Good ML.等人 J Vis Exp. 2019 十月24日(152); Zhu H.等人 Methods Mol Biol. 2019, 2048:107-119; Kitadani J.等人, Sci Rep. 2018 三月15日;8(1):4569中所述方法可獲得之免疫細胞，諸如T細胞、NK細胞、巨噬細胞、樹突細胞。 ●      如通過Li Z.等人 Cell Death Dis. 2019 十月10日, 10(10):763中所述方法可獲得之肝細胞； ●      如通過Coll M. Cell Stem Cell. 2018 七月5日, 23(1):101-113中所述方法可獲得之星狀細胞； ●      如通過Miyake T. Int J Radiat Oncol Biol Phys. 2019 Sep 1, 105(1):193-205中所述方法可獲得之纖維母細胞、角質細胞或毛細胞； ●      如通過Jeong M.等人, Cell Death Dis. 2018 九月11日;9(9):922中所述方法可獲得之內耳細胞； ●      如通過Negoro R.等人 Stem Cell Reports, 2018 十二月11日, 11(6):1539-1550; Lees EA等人 J Vis Exp. 2019 五月12日, (147)中所述方法可獲得之腸細胞或類器官細胞； ●      如通過Vanslambrouck JM等人 J Am Soc Nephrol. 2019 十月, 30(10):1811-1823中所述方法可獲得之類腎細胞或另一種腎相關細胞； ●      如通過Huang CY等人 J Mol Cell Cardiol. 2019 十月23日, 138:1-11中所述方法可獲得之心肌細胞； ●      如通過Ben M’Barek K等人 Biomaterials. 2019 十一月6日:119603中所述方法可獲得之視網膜細胞、視網膜色素上皮細胞； ●      如通過Chen KH等人 Am J Transl Res. 2019 九月15日;11(9):6232-6248)中所述方法可獲得之間質幹細胞。
於本發明方法之一實施例中，在應用分化步驟的情況下，該哺乳動物細胞是未分化的細胞，諸如幹細胞、多潛能細胞或iPS細胞，並分化成選自以上列表的細胞。
於本發明方法之一實施例中，該植入式哺乳動物細胞為選自以上列表的已分化細胞。
本發明之非限制性實施例包含： 1.     包括有至少一B2M/HLA-E基因之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞不包括其他可表現的B2M基因。 2.     根據實施例1之包括有B2M/HLA-E*0101基因及B2M/HLA-E*0103基因的哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞不包括其他可表現的B2M基因。 3.     根據實施例1之包括有B2M/HLA-E*0101基因及B2M/HLA-E*0103基因的哺乳動物細胞。 4.     根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述細胞在不同的已知位置具有4個或至少4個HSV-TK基因的敲入。 5.     根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述B2M/HLA-E*0101基因及/或B2M/HLA-E*0103基因已被敲入所述哺乳動物細胞之原生B2M序列中。 6.     包括有B2M/HLA-E*0101及B2M/HLA-E*0103之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞不包括其他可表現的B2M基因。 7.     具有B2M/HLA-E*0101及B2M/HLA-E*0103皆敲入另外之缺乏β2微球蛋白(B2M)的細胞內之哺乳動物細胞。 8.     根據實施例6-7中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述B2M/HLA-E*0101及B2M/HLA-E*0103係已直接敲入用來製造所述B2M之細胞的原生B2M序列。 9.     根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞具有HLA-A/B/C-/- HLA-E+ 細胞表面表現型，諸如HLA-A/B/C-/- HLA-E*0103+ 及/或HLA-A/B/C-/- HLA-E*0101+ 細胞表面表現型。 10.   根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞具有HLA-A/B/C-/- HLA-E+ 細胞表面表現型並包括在不同的已知位置之4個HSV-TK基因的敲入。 11.   根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞具有HLA-A/B/C-/- HLA-E*0101+ 及HLA-E*0103+ 細胞表面表現型。 12.   包括有B2M/HLA-E*0101基因及B2M/HLA-E*0103基因之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞不包括其他可表現的B2M基因，且其缺失CIITA，並在不同的已知位置具有4個HSV-TK基因的敲入。 13.   根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞為一種可通用植入式細胞。 14.   根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞為幹細胞或多潛能細胞。 15.   根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞其中所述哺乳動物細胞係選自由以下所組成之群組：神經元、心肌細胞、視網膜細胞、視網膜色素上皮細胞及β細胞。 16.   根據實施例15之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞為β細胞或其前驅物。 17.   根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞係選自由間質幹細胞、胚胎幹細胞及神經幹細胞所組成之群。 18.   根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述B2M/HLA-E基因，諸如B2M/HLA-E*0101及/或B2M/HLA-E*0103基因，其各自包含一啟動子，或敲入受到功能性啟動子控制之基因座內，或在一啟動子旁。 19.   根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中係利用（即在受控制下）原生B2M啟動子於原生B2M基因座上敲入所述B2M/HLA-E基因。 20.   根據實施例1-19中之任一項之哺乳動物細胞，其中係利用（即在受控制下）非原生B2M啟動子於原生B2M基因座上敲入所述B2M/HLA-E*0101基因及/或B2M/HLA-E*0103基因。 21.   根據實施例1-19中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述B2M/HLA-E*0101及/或B2M/HLA-E*0103基因係敲入原生B2M基因座以外的基因座上，並利用一替代性啟動子。 22.   根據實施例1-21中之任一項之哺乳動物細胞，其中所要HLA-E密度係經由雙等位基因的敲入而生成。 23.   根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中未使用HLA-G信號序列肽的優先加載。 24.   前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中該B2M/HLA-E基因不包括預結合的HLA-I前導肽。 25.   根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述B2M/HLA-E*0101基因係編碼B2M/HLA-E*0101蛋白的胺基酸序列SEQ ID NO:4或其具有共1-10個取代、刪除或添加之變異體。 26.   根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述B2M/HLA-E*0103基因係編碼B2M/HLA-E*0103蛋白的胺基酸序列SEQ ID NO:5或其具有共1-10個取代、刪除或添加之變異體。 27.   根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞係缺失HLA-II，諸如缺失CIITA。 28.   根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其包括在不同的已知位置處敲入的4個或至少4個HSV-TK基因。 29.   根據實施例28之哺乳動物細胞，其中所述4個HSV-TK基因係敲入在相隔至少10 Kbp，諸如至少100 Kbp、至少1 Mbp或至少20 Mbp之位置處。 30.   根據實施例28-29中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述4個HSV-TK基因係敲入4個不同染色體上之位置處。 31.   根據實施例28-29中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述4個HSV-TK基因係敲入3個不同染色體上之位置處。 32.   根據實施例28-29中之任一項之哺乳動物細胞，其中所述4個HSV-TK基因係敲入2個不同染色體上之位置處。 33.   根據實施例28之哺乳動物細胞，其中所述4個HSV-TK基因係較佳地表現到當暴露於更昔洛韋下時其每一者可單獨殺死所述哺乳動物細胞之程度。 34.   根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中2個或至少2個HSV-TK基因係在安全基因體港位點敲入。 35.   根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中係敲入1個HSV-TK基因以消除B2M等位基因。 36.   根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，其中係敲入1個HSV-TK基因以消除CIITA等位基因。 37.   根據實施例4-36中之任一項之哺乳動物細胞，其中4個HSV-TK基因係敲入安全港位點，諸如AAVs1、hROSA、AAVS1、CLYBL或其任意組合。 38.   根據前述實施例中之任一項之哺乳動物細胞，該哺乳動物細胞不是自然殺手(NK)細胞。 39.   一種製造植入式哺乳動物細胞之方法，包括以下步驟： ●      提供一哺乳動物細胞， ●      敲入至少一B2M/HLA-E融合基因（諸如B2M/HLA-E*0101基因及/或B2M/HLA-E*0103基因）至所述哺乳動物細胞內， ●      使所述哺乳動物細胞的原生B2M基因失活， ●      視情況使所述哺乳動物細胞分化， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞。 40.   製造植入式哺乳動物細胞之方法，包括以下步驟： ●      提供一哺乳動物細胞， ●      敲入至少一B2M/HLA-E融合基因（諸如B2M/HLA-E*0101基因及/或B2M/HLA-E*0103基因）至所述哺乳動物細胞內， ●      使所述哺乳動物細胞的原生B2M基因失活， ●      使所述哺乳動物細胞分化， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞。 41.   製造植入式哺乳動物細胞之方法，包括以下步驟： a)     提供一哺乳動物細胞， b)     敲入B2M/HLA-E基因至所述哺乳動物細胞之B2M基因座內， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞。 42.   製造植入式哺乳動物細胞之方法，包括以下步驟： a)     提供缺失B2M的未分化哺乳動物細胞， b)     敲入B2M/HLA-E基因至所述缺失B2M的未分化哺乳動物細胞內，以及 c)     使所述未分化的細胞分化為功能性已分化細胞， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞。 43.   製造植入式哺乳動物細胞之方法，包括以下步驟： a)     提供缺失B2M的哺乳動物細胞， b)     敲入B2M/HLA-E基因（諸如B2M/HLA-E*0101基因及/或B2M/HLA-E*0103基因）至所述缺失B2M的哺乳動物細胞內， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞。 44.   根據實施例39-43中之任一項之方法，其更包括以下步驟：在不同的已知位置敲入至少4個HSV-TK基因。 45.   根據實施例39-44中之任一項之方法，其中至少2個HSV-TK基因被敲入安全港基因座。 46.   根據實施例39-45中之任一項之方法，其中4個HSV-TK基因被敲入安全港基因座。 47.   根據實施例39-46中之任一項之方法，其更包括以下步驟：使所述哺乳動物細胞的原生HLA-II基因或原生CIITA基因失活。 48.   根據實施例39-47中之任一項之方法，其中所述B2M/HLA-E基因（諸如B2M/HLA-E*0101及/或B2M/HLA-E*0103基因）係已直接敲入用來製造所述缺失B2M的細胞之細胞原生B2M序列。 49.   根據實施例39-48中之任一項之方法，其中所述B2M/HLA-E基因係包括一個B2M/HLA-E*0101基因及一個B2M/HLA-E*0103基因。 50.   根據實施例39-49中之任一項之方法，其中所述哺乳動物細胞為細胞表面表現型HLA-A/B/C-/- HLA-E*0101+ HLA-E*0103+ 之細胞。 51.   根據實施例39-50中之任一項之方法，其中所述哺乳動物細胞為幹細胞。 52.   根據實施例39-51中之任一項之方法，其中所述哺乳動物細胞或所述可植入哺乳動物細胞係選自由以下所組成之群組：神經元、心肌細胞、視網膜細胞、視網膜色素上皮細胞、間質幹細胞及β細胞。 53.   根據實施例39-52中之任一項之方法，包括以下步驟： ●      提供一哺乳動物幹細胞或多潛能細胞， ●      敲入至少一B2M/HLA-E*0101基因及一B2M/HLA-E*0103基因至所述哺乳動物細胞中， ●      使所述哺乳動物細胞的原生B2M基因失活， ●      在不同的已知位置敲入至少4個HSV-TK基因， ●      使所述哺乳動物細胞分化， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞。 54.   根據實施例39-53中之任一項之方法，其中，在分化步驟中，所述哺乳動物細胞係分化為β細胞、INS+及NKX6.1+雙陽性細胞或C-肽+/NKX6.1+雙陽性細胞、胰島素分泌細胞、體外衍生的類β細胞、胰臟內分泌細胞或內分泌細胞、內分泌前驅細胞或NGN3+/NKX2.2+雙陽性細胞、神經細胞（諸如神經元、中間神經元細胞、寡樹突膠細胞、星狀膠細胞、多巴胺神經細胞）、外泌體細胞（諸如ESCs或NSCs）、或衍生自ESC或NSC之外泌體細胞、免疫細胞（諸如T細胞、NK細胞、巨噬細胞、樹突細胞）、肝細胞、星狀細胞、纖維母細胞、角質細胞或毛細胞、內耳細胞、腸細胞或類器官細胞、類腎細胞或另一種腎相關細胞、心肌細胞、視網膜細胞、視網膜色素上皮細胞、間質幹細胞。 55.   根據實施例39-54中之任一項之方法，其中所述植入式哺乳動物細胞係選自β細胞、INS+及NKX6.1+雙陽性細胞或C-肽+/NKX6.1+雙陽性細胞、胰島素分泌細胞、體外衍生的類β細胞、胰臟內分泌細胞或內分泌細胞、內分泌前驅細胞或NGN3+/NKX2.2+雙陽性細胞、神經細胞（諸如神經元、中間神經元細胞、寡樹突膠細胞、星狀膠細胞、多巴胺神經細胞）、外泌體細胞（諸如ESCs或NSCs）、或衍生自ESC或NSC之外泌體細胞、免疫細胞（諸如T細胞、NK細胞、巨噬細胞、樹突細胞）、肝細胞、星狀細胞、纖維母細胞、角質細胞或毛細胞、內耳細胞、腸細胞或類器官細胞、類腎細胞或另一種腎相關細胞、心肌細胞、視網膜細胞、視網膜色素上皮細胞、間質幹細胞。 56.   根據實施例39-55中之任一項之方法，其中敲入的B2M/HLA-E基因（諸如B2M/HLA-E*0101基因及/或B2M/HLA-E*0103基因）係各包含一個啟動子，或其中所述B2M/HLA-E基因敲入一個啟動子旁，或敲入受到功能性啟動子控制之基因座內。 57.   根據實施例39-56中之任一項之方法，其中係利用原生B2M啟動子於原生B2M基因座上敲入所述B2M/HLA-E*0101基因及B2M/HLA-E*0103基因。 58.   根據實施例39-57中之任一項之方法，其中係利用一替代性非原生B2M啟動子於原生B2M基因座上敲入所述B2M/HLA-E*0101基因及B2M/HLA-E*0103基因。 59.   根據實施例39-58中之任一項之方法，其中B2M/HLA-E*0101基因及B2M/HLA-E*0103基因的敲入都在原生B2M基因座以外的基因座上，並利用一替代性啟動子或受一替代性啟動子控制。 60.   根據實施例39-59中之任一項之方法，其中所述B2M/HLA-E*0101基因係編碼B2M/HLA-E*0101蛋白的胺基酸序列SEQ ID NO:4或其共具有1-10個取代、刪除或添加之變異體。 61.   根據實施例39-60中之任一項之方法，其中所述B2M/HLA-E*0103基因係編碼B2M/HLA-E*0103蛋白的胺基酸序列SEQ ID NO:5或其共具有1-10個取代、刪除或添加之變異體。 62.   根據實施例39-61中之任一項之方法，其中所要HLA-E密度係經由雙等位基因的敲入而生成。 63.   根據實施例39-62中之任一項之方法，其中未使用HLA-G信號序列肽的優選加載。 64.   根據實施例39-63中之任一項之方法，其中所述哺乳動物細胞係缺失CIITA的。 65.   根據實施例39-64中之任一項之方法，其包括使該功能性HLA-II蛋白的表現失活之步驟。 66.   根據實施例65中之任一項之方法，其包括使該CIITA基因失活之步驟。 67    .根據實施例41-66中之任一項之方法，其進一步包括以下步驟： c)在不同的已知位置處敲入4個HSV-TK基因。 68.   根據實施例44-67中之任一項之方法，其中所述4個HSV-TK基因係敲入在相隔至少10 Kbp，諸如至少100 Kbp、至少1 Mbp或至少20 Mbp之位置處。 69.   根據實施例44-68中之任一項之方法，其中所述4個HSV-TK基因係敲入4個不同染色體上之位置處。 70.   根據實施例44-69中之任一項之方法，其中所述4個HSV-TK基因係敲入2個不同染色體上之位置處。 71.   根據實施例44-70中之任一項之方法，其中僅由所述4個HSV-TK基因中之一者進行表現之HSV-TK蛋白在暴露於更昔洛韋下時係足以殺死所述哺乳動物細胞之程度。 72.   根據實施例44-71中之任一項之方法，其中2個或至少2個HSV-TK基因係敲入安全的基因體港位點。 73.   根據實施例44-72中之任一項之方法，其中一個HSV-TK基因係敲入以消除B2M等位基因。 74.   根據實施例44-73中之任一項之方法，其中一個HSV-TK基因係敲入以消除CIITA等位基因。 75.   根據實施例39-74中之任一項之方法，其中所述敲入及/或基因失活係使用選自鋅指核酸酶(ZFNs)、CRISPR、TALEN或腺病毒重組而構築。 76.   根據實施例39-75中之任一項之方法，其中所述缺失B2M的哺乳動物細胞為一種幹細胞，其已藉由敲除兩個原生B2M等位基因進行修飾。 77.   根據實施例1-38中之任一項之哺乳動物細胞之用於預防、治療或治癒慢性疾病的用途。 78.   根據實施例77之用途，其中，其中所述慢性疾病係選自由以下所組成之群組：糖尿病、第1型糖尿病、第2型糖尿病、乾性黃斑部病變、色素性視網膜炎、神經系統疾病、帕金森氏病、心臟病、慢性心臟衰竭及慢性腎臟病。 79.   根據實施例1-38中之任一項之哺乳動物細胞，其中一個HSV-TK基因係經敲入以消除B2M等位基因，而另一HSV-TK基因係經敲入以消除CIITA等位基因。 80.   製造植入式哺乳動物細胞之方法，包括以下步驟： ●      提供缺失B2M及缺失CIITA的哺乳動物細胞， ●      敲入B2M/HLA-E融合基因（諸如B2M/HLA-E*0101基因及B2M/HLA-E*0103基因中之一或二者）至所述缺失B2M及CIITA的哺乳動物細胞內， ●      在不同的已知位置處敲入4個HSV-TK基因， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞。 81.   根據實施例80之方法，其中所述植入式哺乳動物細胞具有HLA-A/B/C-/- HLA-E細胞表面表現型。 82.   根據實施例80-81之方法，其中所述植入式哺乳動物細胞具有HLA-A/B/C-/- HLA-E*0101+ HLA-E*0103+細胞之細胞表面表現型。 83.   根據實施例80-82中之任一項之方法，其中所述哺乳動物細胞為幹細胞、多潛能細胞或iPS細胞。 84.   根據實施例80-83中之任一項之方法，其中所述哺乳動物細胞係選自由以下所組成之群組：神經元、心肌細胞、視網膜細胞、視網膜色素上皮細胞、間質幹細胞及β細胞。 85.   根據實施例80-84中之任一項之方法，其包括使所述哺乳動物細胞分化之步驟。 86.   根據實施例85中之任一項之方法，其中，在分化步驟中，所述哺乳動物細胞係分化為β細胞、INS+及NKX6.1+雙陽性細胞或C-肽+/NKX6.1+雙陽性細胞、胰島素分泌細胞、體外衍生的類β細胞、胰臟內分泌細胞或內分泌細胞、內分泌前驅細胞或NGN3+/NKX2.2+雙陽性細胞、神經細胞（諸如神經元、中間神經元細胞、寡樹突膠細胞、星狀膠細胞、多巴胺神經細胞）、外泌體細胞、免疫細胞（諸如T細胞、NK細胞、巨噬細胞、樹突細胞）、肝細胞、星狀細胞、纖維母細胞、角質細胞或毛細胞、內耳細胞、腸細胞或類器官細胞、類腎細胞或另一種腎相關細胞、心肌細胞、視網膜細胞、視網膜色素上皮細胞、間質幹細胞。 87.   根據實施例80-84中之任一項之方法，其中所述4個HSV-TK基因係敲入4個不同染色體上之位置處。 88.   根據實施例80-85中之任一項之方法，其中2個HSV-TK基因係敲入安全的基因體港位點。實例 實例1 - 更昔洛韋測定法 說明
將未分化的親本hESC(人胚胎幹細胞)細胞株(WT)、具有2個HSV-TK基因複本的hESC細胞株(2xHSV-TK)、以及具有4個HSV-TK基因複本的hESC細胞株(4xHSV-TK)分別塗盤在hFN（人類纖維蛋白塗層）上。以60.000細胞/孔將細胞播種於24孔形式的培養皿中，並在DEF-CS培養基中培養過夜。接著將細胞培養在含有5個不同濃度之更昔洛韋(GCV)的DEF-CS培養基中培養7天，更昔洛韋濃度為0、1、12.5、25、50或100 贡M。每天更換含有更昔洛韋的DEF-CS培養基。當細胞達到90%的匯合度時，將細胞以1:2的比例在含有更昔洛韋之DEF-CS中繼代。培養7天後，將細胞用DAPI染色並拍下圖像。結果圖像係顯示於圖3。 結論
具有4個基因體中不同位點上之HSV-TK複本的細胞係比基因體中不同位點上只有2個HSV-TK複本的細胞對更昔洛韋更敏感。 實例2 – 免疫安全細胞生成實驗方案
以總量500 ng之針對AAVS1的TALEN® mRNA對（ThermoFisher® ，正向靶序列：CTGTCCCCTCCACCCCAC，反向靶序列：TTCTGTCACCAATCCTGT）以及500 ng之含有300 bp同源臂(與AAVS1中的TALEN® 剪切位置、HSV-TK卡匣及隨後的mCherry選擇卡匣相接)的供體質粒，將人類胚胎幹細胞(SA121)進行電穿孔。將細胞培養一週，並使用FACS細胞分選儀對mCherry陽性細胞進行批量分選。將細胞再培養一週，之後以總量500 ng之針對CLYBL的TALEN® mRNA對（ThermoFisher® ，正向靶序列：CTCAAGTAGGTCTCTTTC，反向靶序列：GAAAGTCTTCTCCTCCAA）以及500 ng之含有300 bp同源臂(與CLYBL中的TALEN® 剪切位置、HSV-TK卡匣及隨後的eGFP選擇卡匣相接)的供體質粒。將細胞培養一週，並使用FACS細胞分選儀對mCherry/eGFP雙陽性細胞進行批量分選。將細胞再培養一週，之後以100 ng Cre重組酶mRNA進行電穿孔以切除選擇卡匣。使用FACS細胞分選儀將mCherry/eGFP雙陰性細胞單細胞分選到96孔盤中，並培養2至4週。使用PCR篩選細胞殖株的靶向雙等位基因整合。
以總量200 ng之針對B2M的TALEN® mRNA對（ThermoFisher® ，正向靶序列：TCTCGCTCCGTGGCCTT，反向靶序列：AGCCTCCAGGCCAGAAAG），及200 ng之含有300 bp同源臂(與B2M中的TALEN® 剪切位置、B2M-HLAIE01:01融合卡匣及隨後的mCherry選擇卡匣相接)的供體質粒，及200 ng之含有300 bp同源臂(與B2M中的TALEN® 剪切位置、B2M-HLAIE01:03融合卡匣及隨後的eGFP選擇卡匣相接)的供體質粒，將含有來自上述實驗方案之4個HSV-TK複本的殖株進行電穿孔。將細胞培養一週，並使用FACS細胞分選儀對mCherry/eGFP雙陽性細胞進行批量分選。將細胞再培養一週，之後以100 ng Cre重組酶mRNA進行電穿孔以切除選擇卡匣。使用FACS細胞分選儀將mCherry/eGFP雙陰性細胞單細胞分選到96孔盤中，並培養2至4週。使用PCR篩選細胞殖株的靶向單等位基因整合。
所有的電穿孔係根據製造商的說明使用10uL Neon轉染套組 (ThermoFisher® #MPK1025，脈衝電壓1100V，脈衝幅寬20，脈衝編號2，4e5細胞)。
細胞係根據製造商的說明在DEF-CS中培養(Takara® #Y30017)。
無
[圖1]是根據本發明之B2M/HLA-E*0101及B2M/HLA-E*0103基因構築體及其在人類第15號染色體上的B2M基因座中的敲入實施例示意圖。所示基因構築體包括啟動子、編碼信號肽的核酸序列、編碼B2M的核酸序列、編碼(G4S)4連接子的核酸序列、以及用於該等基因構築體之一者之編碼HLA-E*0101的核酸序列、或用於另一基因構築體之編碼HLA-E*0103的核酸序列。箭頭
Figure 02_image001
表示驅動該基因構築體表現的啟動子。
[圖2]是根據本發明之安全港基因座中敲入2個HSV-TK基因的實施例示意圖，諸如在第19號染色體上之港基因座AAVS1 (PPP1R12C)，在第3號染色體上的hROSA26，在第5號染色體上的CCR5或在第13號染色體上的CLYBL。所示的基因構築體包括一個啟動子及一個編碼HSV-TK蛋白的核酸序列。箭頭
Figure 02_image001
表示驅動該基因構築體表現的啟動子。
[圖3]係顯示暴露於不同濃度的更昔洛韋(GCV)後之細胞培養物圖片。
Figure 12_A0101_SEQ_0001
Figure 12_A0101_SEQ_0002
Figure 12_A0101_SEQ_0003
Figure 12_A0101_SEQ_0004
Figure 12_A0101_SEQ_0005
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Claims (15)

  1. 一種包括有B2M/HLA-E基因之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞不包括其他可表現的B2M基因，且在不同的已知位置具有至少4個HSV-TK基因的敲入。
  2. 如請求項1所述之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞包括B2M/HLA-E*0101及B2M/HLA-E*0103基因。
  3. 如請求項1至2中之任一項所述之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞為幹細胞。
  4. 如請求項1至2中之任一項所述之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞係選自由以下所組成之群組：神經細胞、神經元、中間神經元細胞、寡樹突膠細胞、星狀膠細胞、多巴胺神經細胞、外泌體細胞、心肌細胞、視網膜細胞、視網膜色素上皮細胞、間質幹細胞、β細胞、INS+及NKX6.1+雙陽性細胞、C-肽+及NKX6.1+雙陽性細胞、胰島素分泌細胞、體外衍生的類β細胞、胰臟內分泌細胞、內分泌細胞、免疫細胞、T細胞、NK細胞、巨噬細胞、樹突細胞、肝細胞、星狀細胞、纖維母細胞、角質細胞、毛細胞、內耳細胞、腸細胞或類器官細胞、類腎細胞及腎相關細胞。
  5. 如請求項1至2中之任一項所述之哺乳動物細胞，其中所述哺乳動物細胞係缺失HLA-II，例如缺失CIITA。
  6. 如請求項1至2中之任一項所述之哺乳動物細胞，其中至少2個HSV-TK基因係於基因體安全港位點敲入。
  7. 如請求項1至2中之任一項所述之哺乳動物細胞，其中一個HSV-TK基因係於一安全港位點敲入而另一個HSV-TK基因係經敲入以消除CIITA對偶基因。
  8. 一種製造植入式哺乳動物細胞之方法，包括以下步驟： ●      提供一哺乳動物細胞， ●      敲入至少一B2M/HLA-E基因至所述哺乳動物細胞， ●      使所述哺乳動物細胞的原生B2M基因失活， ●      在不同的已知位置敲入至少4個HSV-TK基因， ●      視情況使所述哺乳動物細胞分化， 藉此獲得所述植入式哺乳動物細胞。
  9. 如請求項8所述之方法，其中所述植入式哺乳動物細胞具有HLA-A/B/C-/- HLA-E*0101+ HLA-E*0103+ 細胞的細胞表面表現型。
  10. 如請求項8至9中之任一項所述之方法，其中所述哺乳動物細胞係選自由以下所組成之群組：幹細胞、多潛能細胞或iPS細胞、內分泌前驅細胞及NGN3+/NKX2.2+雙陽性細胞。
  11. 如請求項8至9中之任一項所述之方法，其中所述植入式哺乳動物細胞係選自由以下所組成之群組：神經細胞、神經元、中間神經元細胞、寡樹突膠細胞、星狀膠細胞、多巴胺神經細胞、外泌體細胞、心肌細胞、視網膜細胞、視網膜色素上皮細胞、間質幹細胞、β細胞、INS+及NKX6.1+雙陽性細胞、C-肽+及NKX6.1+雙陽性細胞、胰島素分泌細胞、體外衍生的類β細胞、胰臟內分泌細胞、內分泌細胞、免疫細胞、T細胞、NK細胞、巨噬細胞、樹突細胞、肝細胞、星狀細胞、纖維母細胞、角質細胞、毛細胞、內耳細胞、腸細胞或類器官細胞、類腎細胞及腎相關細胞。
  12. 如請求項8至9中之任一項所述之方法，其中所述4個HSV-TK基因的敲入係位於2個不同染色體上的位置。
  13. 如請求項8至9中之任一項所述之方法，其中至少2個HSV-TK基因係於基因體安全港位點敲入。
  14. 一種如請求項1至7中之任一項所述之哺乳動物細胞之用途，其係用於製備用於預防、治療或治癒慢性疾病的醫藥品。
  15. 如請求項14所述之用途，其中所述疾病係選自由以下所組成之群組：糖尿病、第1型糖尿病、第2型糖尿病、乾性黃斑部病變、色素性視網膜炎、神經系統疾病、帕金森氏病、心臟病、慢性心臟衰竭及慢性腎臟病。
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