RU2018140888A - Биоинформационные системы,устройства и способы выполнения вторичной и/или третичной обработки - Google Patents
Биоинформационные системы,устройства и способы выполнения вторичной и/или третичной обработки Download PDFInfo
- Publication number
- RU2018140888A RU2018140888A RU2018140888A RU2018140888A RU2018140888A RU 2018140888 A RU2018140888 A RU 2018140888A RU 2018140888 A RU2018140888 A RU 2018140888A RU 2018140888 A RU2018140888 A RU 2018140888A RU 2018140888 A RU2018140888 A RU 2018140888A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- genomic
- hard
- cpu
- read
- memory
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title 1
- 230000015654 memory Effects 0.000 claims 33
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 claims 20
- 238000011331 genomic analysis Methods 0.000 claims 20
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims 18
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 claims 9
- 238000013507 mapping Methods 0.000 claims 9
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims 6
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 2
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B50/00—ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
- G16B50/30—Data warehousing; Computing architectures
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
- G16B30/10—Sequence alignment; Homology search
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B45/00—ICT specially adapted for bioinformatics-related data visualisation, e.g. displaying of maps or networks
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B50/00—ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Bioethics (AREA)
- Databases & Information Systems (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Data Mining & Analysis (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Artificial Intelligence (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Evolutionary Computation (AREA)
- Public Health (AREA)
- Software Systems (AREA)
- Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Management, Administration, Business Operations System, And Electronic Commerce (AREA)
Claims (50)
1. Платформа геномного анализа для осуществления конвейера анализа последовательности, содержащая:
одну или более первых интегральных схем, каждая из которых образует центральное процессорное устройство (ЦПУ), которое выполнено с возможностью реагирования на один или более программных алгоритмов, выполненных с возможностью выдачи в ЦПУ инструкций на выполнение первого набора этапов геномной обработки конвейера анализа последовательности, причем ЦПУ имеет первый набор физических электронных межсоединений для соединения с памятью;
одну или более вторых интегральных схем, каждая из которых образует программируемую пользователем вентильную матрицу (FPGA), имеющую второй набор физических электронных межсоединений для соединения с памятью, причем матрица FPGA выполнена с возможностью конфигурирования прошивкой для организации набора жестко смонтированных цифровых логических схем, которые взаимно соединены множеством физических межсоединений для выполнения второго набора этапов геномной обработки конвейера анализа последовательностей, при этом набор жестко смонтированных цифровых схем каждой матрицы FPGA организован как набор движков обработки для выполнения второго набора этапов геномной обработки; и
совместно используемую память, электронно соединенную с каждым ЦПУ и каждой матрицей FPGA посредством по меньшей мере части первого и второго наборов физических электронных межсоединений, соответственно, причем совместно используемая память доступна для каждого ЦПУ и каждой матрицы FPGA для обеспечения данных генетической последовательности и хранения результирующих данных с этапов геномной обработки, выполняемых на данных генетической последовательности каждым ЦПУ и каждой матрицей FPGA.
2. Платформа геномного анализа по п. 1, в которой совместно используемая память хранит множество ридов геномных данных, по меньшей мере одну или более генетических референсных последовательностей и индекс одной или более генетических референсных последовательностей.
3. Платформа геномного анализа по п. 2, в которой набор движков обработки содержит:
модуль картирования в первой предварительно сконфигурированной жестко смонтированной конфигурации для доступа, в соответствии по меньшей мере с частью рида из множества ридов геномных данных, к индексу одной или более генетических референсных последовательностей из совместно используемой памяти для картирования выбранного рида на один или более сегментов указанных одной или более генетических референсных последовательностей на основе индекса.
4. Платформа геномного анализа по п. 3, в которой первая предварительно сконфигурированная жестко смонтированная конфигурация обуславливает выполнение модулем картирования:
приема рида геномных данных посредством одного или более из множества физических электрических межсоединений; выделения части рида для формирования затравки, причем затравка представляет подмножество последовательности нуклеотидов, представленных ридом;
вычисления адреса в индексе на основе затравки; обращения по адресу в индексе в памяти; приема записи с адреса, причем запись представляет информацию о позиции в генетической референсной последовательности;
определения одной или более совпадающих позиций рида с генетической референсной последовательностью на основе записи; вывода по меньшей мере одной совпадающей позиции в совместно используемую память.
5. Платформа геномного анализа по п. 3, в которой набор жестко смонтированных цифровых логических схем каждой матрицы FPGA содержит:
первое подмножество жестко смонтированных цифровых логических схем, которые выполнены с возможностью приема рида геномных данных посредством одного или более из множества физических электрических соединений;
второе подмножество жестко смонтированных цифровых логических схем, которые выполнены с возможностью выделения части рида для формирования затравки, которая представляет подмножество последовательности нуклеотидов, представленной ридом;
третье подмножество жестко смонтированных цифровых логических схем, которые выполнены с возможностью вычисления адреса в индексе на основе затравки;
четвертое подмножество жестко смонтированных цифровых логических схем, которые выполнены с возможностью обращения по адресу в индексе в памяти;
пятое подмножество жестко смонтированных цифровых логических схем, которые выполнены с возможностью приема записи с адреса, причем запись представляет информацию о позиции в генетической референсной последовательности; и
шестое подмножество жестко смонтированных цифровых логических схем, которые выполнены с возможностью определения одной или более совпадающих позиций из рида в генетической референсной последовательности на основе записи.
6. Платформа геномного анализа по п. 5, в которой каждая матрица FPGA дополнительно содержит набор блоков памяти, соединенных с набором предварительно сконфигурированных жестко смонтированных цифровых логических схем, для временного хранения затравки, записи и одной или более совпадающих позиций.
7. Платформа геномного анализа по п. 3, в которой набор движков обработки дополнительно содержит:
модуль выравнивания во второй предварительно сконфигурированной жестко смонтированной конфигурации для доступа к одной или более генетических референсных последовательностей из совместно используемой памяти для выравнивания указанной части рида на одну или более позиций в одном или более сегментах указанных одной или более генетических референсных последовательностей из модуля картирования.
8. Платформа геномного анализа по п. 7, в которой вторая предварительно сконфигурированная жестко смонтированная конфигурация обуславливает выполнение модулем выравнивания:
приема одной или более картированных позиций для рида из модуля картирования или совместно используемой памяти;
обращения к памяти для извлечения сегмента генетической референсной последовательности, соответствующего совпадающим позициям, определенным модулем картирования;
вычисления выравнивания рида для каждой извлеченной генетической референсной последовательности и формирования оценки, представляющей выравнивание и
выбора по меньшей мере одного выравнивания рида с наилучшей оценкой.
9. Платформа геномного анализа по п. 7, в которой набор жестко смонтированных цифровых логических схем каждой матрицы FPGA содержит:
первое подмножество жестко смонтированных цифровых логических схем, которые выполнены с возможностью приема одной или более картированных позиций для рида из модуля картирования или совместно используемой памяти;
второе подмножество жестко смонтированных цифровых логических схем, которые выполнены с возможностью обращения к памяти для извлечения сегмента генетической референсной последовательности, соответствующего совпадающим позициям, определенным модулем картирования;
третье подмножество жестко смонтированных цифровых логических схем, которые выполнены с возможностью вычисления выравнивания рида на каждую извлеченную генетическую референсную последовательность и формирования оценки, представляющей выравнивание; и
четвертое подмножество жестко смонтированных цифровых логических схем, которые выполнены с возможностью выбора по меньшей мере одного выравнивания рида с наилучшей оценкой.
10. Платформа геномного анализа по п. 1, в которой протокол двухточечного соединения включает в себя протокол когерентности, обеспечивающий когерентность данных генетической последовательности между каждым ЦПУ и каждой матрицей FPGA и результирующих данных в совместно используемой памяти.
11. Платформа геномного анализа по п. 10, в которой каждое ЦПУ содержит первый кэш, хранящий первую часть совместно используемой памяти и участвующий в протоколе когерентности.
12. Платформа геномного анализа по п. 11, в которой каждая матрица FPGA содержит второй кэш, хранящий вторую часть совместно используемой памяти и участвующий в протоколе когерентности.
13. Платформа геномного анализа для осуществления конвейера анализа последовательности, содержащая:
одну или более первых интегральных схем, каждая из которых образует центральное процессорное устройство (ЦПУ), которое выполнено с возможностью реагирования на один или более программных алгоритмов, выполненных с возможностью выдачи в ЦПУ инструкций на выполнение первого набора этапов геномной обработки конвейера анализа последовательности, причем ЦПУ имеет первый набор физических электронных межсоединений для соединения с первой памятью;
одну или более вторых интегральных схем, каждая из которых образует программируемую пользователем вентильную матрицу (FPGA), имеющую второй набор физических электронных межсоединений для соединения со второй памятью, причем матрица FPGA выполнена с возможностью конфигурирования прошивкой для организации набора жестко смонтированных цифровых логических схем, которые взаимно соединены множеством физических межсоединений для выполнения второго набора этапов геномной обработки конвейера анализа последовательностей, при этом набор жестко смонтированных цифровых схем каждой матрицы FPGA организован как набор движков обработки для выполнения второго набора этапов геномной обработки; и
первую и вторую памяти, выполненные с возможностью электронного соединения с каждым ЦПУ и каждой матрицей FPGA посредством по меньшей мере части первого и второго наборов физических электронных межсоединений, причем совместно используемая память доступна для каждого ЦПУ и каждой матрицы FPGA для хранения данных генетической последовательности и хранения результирующих данных с этапов геномной обработки, выполняемых каждым ЦПУ и каждой матрицей FPGA.
14. Платформа геномного анализа по п. 13, в которой первая и вторая памяти являются одной и той же памятью.
15. Платформа геномного анализа по п. 13, в которой совместно используемая память хранит множество ридов геномных данных, по меньшей мере одну или более генетических референсных последовательностей и индекс одной или более генетических референсных последовательностей.
16. Платформа геномного анализа по п. 15, в которой набор движков обработки содержит:
модуль картирования в первой предварительно сконфигурированной жестко смонтированной конфигурации для доступа, в соответствии по меньшей мере с частью рида из множества ридов геномных данных, к индексу одной или более генетических референсных последовательностей из совместно используемой памяти для картирования выбранного рида на один или более сегментов указанных одной или более генетических референсных последовательностей на основе индекса.
17. Платформа геномного анализа по п. 16, в которой набор движков обработки дополнительно содержит:
модуль выравнивания во второй предварительно сконфигурированной жестко смонтированной конфигурации для доступа к одной или более генетических референсных последовательностей из совместно используемой памяти для выравнивания указанной части рида на одну или более позиций в одном или более сегментах указанных одной или более генетических референсных последовательностей из модуля картирования.
18. Платформа геномного анализа по п. 13, в которой каждое ЦПУ содержит первый кэш, хранящий первую часть первой памяти.
19. Платформа геномного анализа по п. 18, в которой каждая матрица FPGA содержит второй кэш, хранящий вторую часть второй памяти.
20. Платформа геномного анализа для осуществления конвейера анализа последовательности, содержащая:
одну или более первых интегральных схем, каждая из которых образует центральное процессорное устройство (ЦПУ), которое выполнено с возможностью реагирования на один или более программных алгоритмов, выполненных с возможностью выдачи в ЦПУ инструкций на выполнение первого набора этапов геномной обработки конвейера анализа последовательности, причем ЦПУ выполнено с возможностью функционального соединения с памятью;
одну или более вторых интегральных схем, каждая из которых образует программируемую пользователем вентильную матрицу (FPGA), конфигурируемую прошивкой для организации набора жестко смонтированных цифровых логических схем, которые взаимно соединены множеством физических межсоединений для выполнения второго набора этапов геномной обработки конвейера анализа последовательностей, при этом набор жестко смонтированных цифровых схем каждой матрицы FPGA организован как набор движков обработки для выполнения второго набора этапов геномной обработки, а матрица FPGA выполнена с возможностью функционального соединения с памятью; и
совместно используемую память, соединенную с каждым ЦПУ и каждой матрицей FPGA, причем совместно используемая память доступна для каждого ЦПУ и каждой матрицы FPGA для обеспечения данных генетической последовательности и хранения результирующих данных с этапов геномной обработки, выполняемых на данных генетической последовательности каждым ЦПУ и каждой матрицей FPGA.
Applications Claiming Priority (15)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201662347080P | 2016-06-07 | 2016-06-07 | |
US62/347,080 | 2016-06-07 | ||
US201662399582P | 2016-09-26 | 2016-09-26 | |
US62/399,582 | 2016-09-26 | ||
US201662414637P | 2016-10-28 | 2016-10-28 | |
US62/414,637 | 2016-10-28 | ||
US15/404,146 US10847251B2 (en) | 2013-01-17 | 2017-01-11 | Genomic infrastructure for on-site or cloud-based DNA and RNA processing and analysis |
US15/404,146 | 2017-01-11 | ||
US201762462869P | 2017-02-23 | 2017-02-23 | |
US62/462,869 | 2017-02-23 | ||
US201762469442P | 2017-03-09 | 2017-03-09 | |
US62/469,442 | 2017-03-09 | ||
US15/497,149 US10068183B1 (en) | 2017-02-23 | 2017-04-25 | Bioinformatics systems, apparatuses, and methods executed on a quantum processing platform |
US15/497,149 | 2017-04-25 | ||
PCT/US2017/036424 WO2017214320A1 (en) | 2016-06-07 | 2017-06-07 | Bioinformatics systems, apparatus, and methods for performing secondary and/or tertiary processing |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2021118824A Division RU2799750C9 (ru) | 2016-06-07 | 2017-06-07 | Биоинформационные системы, устройства и способы для выполнения вторичной и/или третичной обработки |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2018140888A true RU2018140888A (ru) | 2020-07-09 |
RU2018140888A3 RU2018140888A3 (ru) | 2020-10-21 |
RU2750706C2 RU2750706C2 (ru) | 2021-07-01 |
Family
ID=64565307
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2018140888A RU2750706C2 (ru) | 2016-06-07 | 2017-06-07 | Биоинформационные системы,устройства и способы выполнения вторичной и/или третичной обработки |
Country Status (10)
Country | Link |
---|---|
EP (3) | EP3982368B1 (ru) |
JP (2) | JP7046840B2 (ru) |
KR (3) | KR102638677B1 (ru) |
CN (2) | CN109416928B (ru) |
AU (2) | AU2017277636B2 (ru) |
BR (1) | BR112018075407A2 (ru) |
CA (1) | CA3026644A1 (ru) |
MX (1) | MX2018014579A (ru) |
RU (1) | RU2750706C2 (ru) |
SG (2) | SG10201913534QA (ru) |
Families Citing this family (62)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN108195728A (zh) * | 2018-02-01 | 2018-06-22 | 山东诺方电子科技有限公司 | 一种基于多核颗粒物传感器技术的控制***及其控制方法 |
US11929150B2 (en) * | 2019-01-25 | 2024-03-12 | Huawei Technologies Co., Ltd. | Methods and apparatuses for performing character matching for short read alignment |
US11210554B2 (en) | 2019-03-21 | 2021-12-28 | Illumina, Inc. | Artificial intelligence-based generation of sequencing metadata |
US11783917B2 (en) | 2019-03-21 | 2023-10-10 | Illumina, Inc. | Artificial intelligence-based base calling |
KR102192864B1 (ko) * | 2019-03-29 | 2020-12-18 | 연세대학교 산학협력단 | Ngs 샘플 검증 방법 및 이를 이용한 디바이스 |
CN110060734B (zh) * | 2019-03-29 | 2021-08-13 | 天津大学 | 一种高鲁棒性dna测序用条形码生成和读取方法 |
CN110135565B (zh) * | 2019-05-20 | 2023-03-24 | 上海大学 | 针对神经网络算法在集成电路上实现性能的评估*** |
CN111983962B (zh) * | 2019-05-22 | 2024-05-07 | 华晨宝马汽车有限公司 | 一种用于生成业务流的映射关系的***及方法 |
US11657252B2 (en) * | 2019-06-07 | 2023-05-23 | Meta Platforms, Inc. | Point to point connected processing elements with data joiner components |
CN110413422A (zh) * | 2019-07-05 | 2019-11-05 | 建龙阿城钢铁有限公司 | 一种炼钢光谱数据远程传输方法 |
CN111753613B (zh) * | 2019-09-18 | 2023-10-10 | 杭州海康威视数字技术股份有限公司 | 基于实验操作的图像分析方法、装置、设备及存储介质 |
CN112561044B (zh) * | 2019-09-26 | 2023-07-14 | 西安闻泰电子科技有限公司 | 神经网络模型加速方法及装置、服务器及存储介质 |
CN110797081B (zh) * | 2019-10-17 | 2020-11-10 | 南京医基云医疗数据研究院有限公司 | 激活区域识别方法及装置、存储介质及电子设备 |
CN110797087B (zh) * | 2019-10-17 | 2020-11-03 | 南京医基云医疗数据研究院有限公司 | 测序序列处理方法及装置、存储介质、电子设备 |
CN110648718B (zh) * | 2019-11-28 | 2020-03-17 | 南京医基云医疗数据研究院有限公司 | 变异检测方法及装置、存储介质及电子设备 |
CN110990063B (zh) * | 2019-11-28 | 2021-11-23 | 中国科学院计算技术研究所 | 一种用于基因相似性分析的加速装置、方法和计算机设备 |
CN113127510B (zh) * | 2019-12-31 | 2024-05-03 | 深圳云天励飞技术有限公司 | 数据归档的方法、装置、电子设备及存储介质 |
CN113222162B (zh) * | 2020-01-21 | 2023-08-08 | 本源量子计算科技(合肥)股份有限公司 | 量子逻辑门可移动性的判断方法和*** |
CN111292805B (zh) * | 2020-03-19 | 2023-08-18 | 山东大学 | 一种三代测序数据重叠检测方法及*** |
CN111445952B (zh) * | 2020-03-25 | 2024-01-26 | 山东大学 | 超长基因序列的相似性快速比对方法及*** |
CN111462821B (zh) * | 2020-04-10 | 2022-02-22 | 广州微远医疗器械有限公司 | 病原微生物分析鉴定***及应用 |
CN111767255B (zh) * | 2020-05-22 | 2023-10-13 | 北京和瑞精湛医学检验实验室有限公司 | 从fastq文件分离出样本read数据的优化方法 |
CN111667239B (zh) * | 2020-05-27 | 2023-04-18 | 山东建筑大学 | 一种基于广度遍历+僵枝切除的工作流实现方法 |
US11657332B2 (en) * | 2020-06-12 | 2023-05-23 | Baidu Usa Llc | Method for AI model transferring with layer randomization |
CN111933218B (zh) * | 2020-07-01 | 2022-03-29 | 广州基迪奥生物科技有限公司 | 一种优化的宏基因组binning分析微生物群落的方法 |
CN111940420B (zh) * | 2020-07-17 | 2022-08-09 | 中科光绘(上海)科技有限公司 | 窗口渐进式的激光清洗方法 |
CN111755072B (zh) * | 2020-08-04 | 2021-02-02 | 深圳吉因加医学检验实验室 | 一种同时检测甲基化水平、基因组变异和***片段的方法及装置 |
CN112205960B (zh) * | 2020-09-15 | 2023-07-21 | 万达信息股份有限公司 | 一种视力监测方法、***、管理端和存储介质 |
CN112397142B (zh) * | 2020-10-13 | 2023-02-03 | 山东大学 | 面向多核处理器的基因变异检测方法及*** |
EP4235679A1 (en) * | 2020-10-22 | 2023-08-30 | BGI Genomics Co., Ltd. | Shared memory-based gene analysis method and apparatus, and computer device |
JP7393439B2 (ja) | 2020-10-22 | 2023-12-06 | ビージーアイ ジェノミクス カンパニー リミテッド | 遺伝子シークエンシングデータ処理方法及び遺伝子シークエンシングデータ処理装置 |
CN112582030B (zh) * | 2020-12-18 | 2023-08-15 | 广州大学 | 一种基于dna存储介质的文本存储方法 |
CN112631972B (zh) * | 2020-12-24 | 2022-11-08 | 山东浪潮科学研究院有限公司 | 一种实现设备访问的方法及设备 |
CN112884001B (zh) * | 2021-01-15 | 2024-03-05 | 广东省特种设备检测研究院珠海检测院 | 碳钢石墨化自动评级方法和*** |
CN112837565B (zh) * | 2021-01-20 | 2022-11-11 | 山东师范大学 | 一种散点图的多标签教学演示***及方法 |
CN112885408A (zh) * | 2021-02-22 | 2021-06-01 | 中国农业大学 | 一种基于低深度测序检测snp标记位点的方法及装置 |
KR102545670B1 (ko) * | 2021-03-17 | 2023-06-20 | 전남대학교산학협력단 | 조건부 순환 생성적 적대 신경망을 활용한 질병의 진행 과정 이미지 생성 방법 및 그 장치 |
CN113011734B (zh) * | 2021-03-17 | 2023-07-07 | 上海数喆数据科技有限公司 | 一种基于capi和cati的调查数据质量控制方法 |
CN113392280B (zh) * | 2021-06-10 | 2023-08-04 | 东北大学 | 一种面向跨区域的多主模型分布式图计算方法 |
KR102420860B1 (ko) * | 2021-06-16 | 2022-07-14 | (주)오렌지아이 | 연구 개발을 지원하는 리소스를 매칭하는 방법 및 시스템 |
CN113205857B (zh) * | 2021-07-02 | 2021-09-28 | 天津诺禾致源生物信息科技有限公司 | 基因组性染色体非同源区域的鉴定方法和装置 |
CN113505137B (zh) * | 2021-07-27 | 2022-07-08 | 重庆市规划和自然资源信息中心 | 一种不动产空间图形更新方法 |
CN113604544B (zh) * | 2021-08-03 | 2023-03-10 | 北京大学口腔医学院 | 一种生物材料功能预测评价方法 |
CN113723931B (zh) * | 2021-09-09 | 2024-04-19 | 中国工程物理研究院计算机应用研究所 | 一种适用于多尺度高通量材料计算的工作流建模方法 |
US20230187020A1 (en) * | 2021-12-15 | 2023-06-15 | Illumina Software, Inc. | Systems and methods for iterative and scalable population-scale variant analysis |
CN114239012A (zh) * | 2021-12-15 | 2022-03-25 | 成都飞机工业(集团)有限责任公司 | 一种适用于caa二次开发软件的rsa离线加密技术 |
CN114237911A (zh) * | 2021-12-23 | 2022-03-25 | 深圳华大医学检验实验室 | 基于cuda的基因数据处理方法、装置和cuda构架 |
CN114358317B (zh) * | 2022-03-22 | 2022-06-21 | 合肥本源量子计算科技有限责任公司 | 基于机器学习框架的数据分类方法及相关设备 |
CN114661688B (zh) * | 2022-03-25 | 2023-09-19 | 马上消费金融股份有限公司 | 地址纠错方法及装置 |
CN114649055B (zh) * | 2022-04-15 | 2022-10-21 | 北京贝瑞和康生物技术有限公司 | 用于检测单核苷酸变异和***缺失的方法、设备和介质 |
CN114818948B (zh) * | 2022-05-05 | 2023-02-03 | 北京科技大学 | 一种图神经网络的数据-机理驱动的材料属性预测方法 |
CN114840250B (zh) * | 2022-07-04 | 2022-10-04 | 金现代信息产业股份有限公司 | 一种代码冲突合并方法、***、电子设备及可读存储介质 |
CN115391284B (zh) * | 2022-10-31 | 2023-02-03 | 四川大学华西医院 | 基因数据文件快速识别方法、***和计算机可读存储介质 |
CN115907019B (zh) * | 2023-01-09 | 2023-11-07 | 苏州浪潮智能科技有限公司 | 一种用于气象预测的量子计算机 |
CN116152189B (zh) * | 2023-01-31 | 2023-12-19 | 华纺股份有限公司 | 一种图案织物瑕疵检测方法、***及检测终端机 |
CN115860768B (zh) * | 2023-02-16 | 2023-06-02 | 浙江天演维真网络科技股份有限公司 | 一种基于区块链的溯源方法、装置及其电子设备 |
CN116186594B (zh) * | 2023-04-26 | 2023-07-04 | 成都市环境应急指挥保障中心 | 基于决策网络结合大数据实现环境变化趋势智能检测方法 |
CN116361239B (zh) * | 2023-05-24 | 2023-07-28 | 成都交大光芒科技股份有限公司 | 基于对象特征的对象识别同步方法、装置及电子设备 |
KR102657482B1 (ko) * | 2023-07-05 | 2024-04-15 | 메티스엑스 주식회사 | 전자 장치 및 이를 이용한 연산을 수행하기 위한 방법 |
CN117687772A (zh) * | 2023-07-31 | 2024-03-12 | 荣耀终端有限公司 | 一种算法调度方法及电子设备 |
CN117036727B (zh) * | 2023-10-09 | 2024-01-05 | 之江实验室 | 脑网络数据多层嵌入向量特征提取方法及装置 |
CN117237352B (zh) * | 2023-11-14 | 2024-02-09 | 之江实验室 | 基因芯片的图像处理方法、数据处理装置及存储介质 |
Family Cites Families (14)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2002086161A1 (fr) | 2001-04-19 | 2002-10-31 | Hubit Genomix, Inc. | Procede permettant d'evaluer le diplotype du genotype d'un individu |
JP2007108949A (ja) * | 2005-10-12 | 2007-04-26 | Ajinomoto Co Inc | 遺伝子発現制御配列の推定方法 |
CN103080333B (zh) * | 2010-09-14 | 2015-06-24 | 深圳华大基因科技服务有限公司 | 一种基因组结构性变异检测方法和*** |
WO2013097257A1 (zh) * | 2011-12-31 | 2013-07-04 | 深圳华大基因科技有限公司 | 一种检验融合基因的方法及*** |
RU2012124158A (ru) * | 2012-03-18 | 2014-09-20 | Пасвэй Геномикс Корпорэйшн | Платформы для двухрежимного микрожидкостного генетического анализа и способы двухрежимного генетического анализа с использованием таких платформ |
US9600625B2 (en) * | 2012-04-23 | 2017-03-21 | Bina Technologies, Inc. | Systems and methods for processing nucleic acid sequence data |
US20130345066A1 (en) * | 2012-05-09 | 2013-12-26 | Life Technologies Corporation | Systems and methods for identifying sequence variation |
CN102982252A (zh) * | 2012-12-05 | 2013-03-20 | 北京诺禾致源生物信息科技有限公司 | 一种高杂合二倍体基因组支架序列组装策略 |
US9679104B2 (en) | 2013-01-17 | 2017-06-13 | Edico Genome, Corp. | Bioinformatics systems, apparatuses, and methods executed on an integrated circuit processing platform |
WO2014113736A1 (en) * | 2013-01-17 | 2014-07-24 | Edico Genome Corp. | Bioinformatics systems, apparatuses, and methods executed on an integrated circuit processing platform |
US20150363559A1 (en) * | 2013-01-29 | 2015-12-17 | Molecular Health Gmbh | Systems and methods for clinical decision support |
GB2547875B (en) | 2013-02-01 | 2017-12-13 | Univ California | Methods for meta-genomics analysis of microbes |
WO2014186604A1 (en) * | 2013-05-15 | 2014-11-20 | Edico Genome Corp. | Bioinformatics systems, apparatuses, and methods executed on an integrated circuit processing platform |
CA2963425A1 (en) | 2014-10-16 | 2016-04-21 | Counsyl, Inc. | Variant caller |
-
2017
- 2017-06-07 BR BR112018075407-2A patent/BR112018075407A2/pt active Search and Examination
- 2017-06-07 CN CN201780035840.3A patent/CN109416928B/zh active Active
- 2017-06-07 EP EP21190670.6A patent/EP3982368B1/en active Active
- 2017-06-07 KR KR1020227035991A patent/KR102638677B1/ko active IP Right Grant
- 2017-06-07 JP JP2018564374A patent/JP7046840B2/ja active Active
- 2017-06-07 KR KR1020187037783A patent/KR102457669B1/ko active IP Right Grant
- 2017-06-07 CN CN202410041852.9A patent/CN118016151A/zh active Pending
- 2017-06-07 RU RU2018140888A patent/RU2750706C2/ru active
- 2017-06-07 MX MX2018014579A patent/MX2018014579A/es unknown
- 2017-06-07 EP EP17731690.8A patent/EP3465507B1/en active Active
- 2017-06-07 SG SG10201913534QA patent/SG10201913534QA/en unknown
- 2017-06-07 SG SG11201810734YA patent/SG11201810734YA/en unknown
- 2017-06-07 EP EP24162764.5A patent/EP4362030A2/en active Pending
- 2017-06-07 KR KR1020247005077A patent/KR20240025702A/ko active Application Filing
- 2017-06-07 AU AU2017277636A patent/AU2017277636B2/en active Active
- 2017-06-07 CA CA3026644A patent/CA3026644A1/en active Pending
-
2022
- 2022-03-23 JP JP2022046805A patent/JP7451587B2/ja active Active
- 2022-10-11 AU AU2022252718A patent/AU2022252718A1/en active Pending
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN109416928B (zh) | 2024-02-06 |
KR20240025702A (ko) | 2024-02-27 |
CA3026644A1 (en) | 2017-12-14 |
EP3465507B1 (en) | 2021-09-15 |
SG10201913534QA (en) | 2020-03-30 |
SG11201810734YA (en) | 2018-12-28 |
RU2018140888A3 (ru) | 2020-10-21 |
KR20190015368A (ko) | 2019-02-13 |
KR20220146679A (ko) | 2022-11-01 |
RU2750706C2 (ru) | 2021-07-01 |
RU2021118824A (ru) | 2021-11-12 |
KR102457669B1 (ko) | 2022-10-20 |
JP7046840B2 (ja) | 2022-04-04 |
AU2022252718A1 (en) | 2022-11-03 |
EP4362030A2 (en) | 2024-05-01 |
BR112018075407A2 (pt) | 2019-03-19 |
AU2017277636B2 (en) | 2022-07-14 |
JP2022084818A (ja) | 2022-06-07 |
KR102638677B1 (ko) | 2024-02-19 |
MX2018014579A (es) | 2019-05-20 |
EP3982368A1 (en) | 2022-04-13 |
CN118016151A (zh) | 2024-05-10 |
JP7451587B2 (ja) | 2024-03-18 |
CN109416928A (zh) | 2019-03-01 |
JP2019521434A (ja) | 2019-07-25 |
EP3465507A1 (en) | 2019-04-10 |
AU2017277636A1 (en) | 2018-12-13 |
EP3982368B1 (en) | 2024-04-10 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
RU2018140888A (ru) | Биоинформационные системы,устройства и способы выполнения вторичной и/или третичной обработки | |
US10489455B2 (en) | Scoped search engine | |
JP2019510323A5 (ru) | ||
US11670369B2 (en) | Memory device for determining an extreme value | |
JP2012526320A5 (ru) | ||
JP2019505906A5 (ru) | ||
JP2014191670A5 (ru) | ||
JP2010501942A5 (ru) | ||
US20200401733A1 (en) | Buffer access for side-channel attack resistance | |
JP2013196565A (ja) | データベース処理方法、及びデータベース処理装置 | |
WO2017101643A1 (zh) | 图像存储方法和设备 | |
WO2017012243A1 (zh) | 语音识别方法、装置、终端设备及存储介质 | |
CN109299190A (zh) | 分布式存储***中处理对象的元数据的方法及装置 | |
JP6229024B2 (ja) | 情報検索機能を備えたメモリ、その利用方法、装置、情報処理方法。 | |
CN108427736B (zh) | 一种用于查询数据的方法 | |
Chen et al. | A high-throughput FPGA accelerator for short-read mapping of the whole human genome | |
US20160283862A1 (en) | Multi-distance similarity analysis with tri-point arbitration | |
BR112018007092B1 (pt) | Alinhamento de dna com o uso de uma tabela de índice hierárquico invertido | |
US11030714B2 (en) | Wide key hash table for a graphics processing unit | |
Sogabe et al. | An acceleration method of short read mapping using FPGA | |
WO2024066561A1 (zh) | 查找空闲存储的装置、方法及芯片 | |
US20190108309A1 (en) | Pathogenetic classification of genetic alterations | |
JPWO2016114009A1 (ja) | 融合遺伝子解析装置、融合遺伝子解析方法、及びプログラム | |
US8775776B2 (en) | Hash table using hash table banks | |
TWI674579B (zh) | 用於記憶體操作的電路和方法 |