RU2002105508A - Мутантные ферменты Тn5-транспозазы и способ их применения - Google Patents
Мутантные ферменты Тn5-транспозазы и способ их примененияInfo
- Publication number
- RU2002105508A RU2002105508A RU2002105508/13A RU2002105508A RU2002105508A RU 2002105508 A RU2002105508 A RU 2002105508A RU 2002105508/13 A RU2002105508/13 A RU 2002105508/13A RU 2002105508 A RU2002105508 A RU 2002105508A RU 2002105508 A RU2002105508 A RU 2002105508A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- transposase
- amino acid
- mutant
- acid sequence
- sequence
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/102—Mutagenizing nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/87—Introduction of foreign genetic material using processes not otherwise provided for, e.g. co-transformation
- C12N15/90—Stable introduction of foreign DNA into chromosome
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
- C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Mycology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Claims (17)
1. Мутантный протеин Tn5-транспозазы, модифицированный по сравнению с протеином Tn5-транспозазы дикого типа, причем мутантная транспозаза отличается от протеина дикого типа заменой в аминокислотной последовательности, выбранной из группы, включающей аминокислоту в положении 58 и аминокислоту в положении 372, при этом мутантный протеин Tn5-транспозазы обладает предпочтением в отношении внутренних окончаний Tn5 по сравнению с внешними окончаниями Tn5.
2. Мутантная Tn5-транспозаза по п.1, включающая валин в положении 58 аминокислотной последовательности.
3. Мутантная Tn5-транспозаза по п.1, включающая мутацию в положении 372 аминокислотной последовательности.
4. Мутантная Tn5-транспозаза по п.1, включающая глутамин в положении 372 аминокислотной последовательности.
5. Мутантная Tn5-транспозаза по п.1, где мутантная транспозаза отличается от протеина дикого типа аминокислотами в положениях 58 и 372.
6. Мутантная Tn5-транспозаза по п.1, включающая валин в положении 58 аминокислотной последовательности и глутамин в положении 372 аминокислотной последовательности.
7. Мутантная Tn5-транспозаза по п.1, имеющая дополнительные отличия от Tn5-транспозазы дикого типа, представляющие собой замены в аминокислотной последовательности, выбранные из группы, включающей аминокислоту в положении 8 и аминокислоту в положении 344.
8. Мутантная Tn5 -транспозаза по п.7, в которой аминокислота в положении 8 представляет собой цистеин.
9. Мутантная Tn5-транспозаза по п.7, в которой аминокислота в положении 344 представляет собой лизин.
10. Мутантная Tn5-транспозаза по п.7, где мутантная Tn5-транспозаза отличается от Tn5-транспозазы дикого типа заменой аминокислоты в положении 8 и аминокислоты в положении 344.
11. Мутантная Tn5-транспозаза по п.1, включающая цистеин в положении 8 аминокислотной последовательности и лизин в положении 344 аминокислотной последовательности.
12. Мутантная Tn5-транспозаза по п.1, включающая цистеин в положении 8 аминокислотной последовательности, валин в положении 58 аминокислотной последовательности, лизин в положении 344 аминокислотной последовательности и глутамин в положении 372 аминокислотной последовательности.
13. Полинуклеотид, который кодирует транспозазу по п.1.
14. Полинуклеотид, который кодирует транспозазу по п.12.
15. Система для транспозиции мобильной последовательности ДНК in vitro, которая включает: мутантную Tn5-транспозазу по п.1, модифицированную по сравнению с Tn5-транспозазой дикого типа, молекулу ДНК-донора, включающую мобильную последовательность ДНК, причем последовательность фланкирована на 5'- и 3'-концах последовательностью IE дикого типа, и молекулу ДНК-мишени, в которую мобильный элемент может быть перенесен.
16. Система по п.15, где последовательность IE является метилированной.
17. Способ транспозиции in vitro, предусматривающий следующие стадии: объединение молекулы ДНК-донора, которая включает представляющую интерес мобильную последовательность ДНК, при этом представляющая интерес последовательность ДНК фланкирована на 5'- и 3'-концах последовательностью IE Tn5 дикого типа, с молекулой ДНК-мишенью и мутантной Tn5-транспозазой по п.1, в приемлемом реакционном буфере при температуре ниже физиологической температуры до тех пор, пока модифицированная транспозаза не свяжется с последовательностями IE, и повышение температуры до физиологической температуры в течение периода времени, достаточного для того, чтобы фермент катализировал транспозицию in vitro.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US14668699P | 1999-08-02 | 1999-08-02 | |
| US60/146,686 | 1999-08-02 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2002105508A true RU2002105508A (ru) | 2004-01-27 |
Family
ID=22518527
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2002105508/13A RU2002105508A (ru) | 1999-08-02 | 2000-08-02 | Мутантные ферменты Тn5-транспозазы и способ их применения |
Country Status (8)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (1) | EP1198583A1 (ru) |
| JP (1) | JP2003505104A (ru) |
| CN (1) | CN1367840A (ru) |
| AU (1) | AU775043B2 (ru) |
| CA (1) | CA2380850A1 (ru) |
| PL (1) | PL353241A1 (ru) |
| RU (1) | RU2002105508A (ru) |
| WO (1) | WO2001009363A1 (ru) |
Families Citing this family (47)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6159736A (en) * | 1998-09-23 | 2000-12-12 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Method for making insertional mutations using a Tn5 synaptic complex |
| AU2001271912A1 (en) * | 2000-07-07 | 2002-01-21 | Maxygen, Inc. | Molecular breeding of transposable elements |
| US7067644B2 (en) | 2000-12-05 | 2006-06-27 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Double transposition methods for manipulating nucleic acids |
| CN101698848B (zh) * | 2009-08-26 | 2012-10-03 | 上海海洋大学 | 金鱼自主转座子基因gfTol2、该基因编码的转座酶及该基因的用途 |
| US20190300945A1 (en) | 2010-04-05 | 2019-10-03 | Prognosys Biosciences, Inc. | Spatially Encoded Biological Assays |
| PL2556171T3 (pl) | 2010-04-05 | 2016-04-29 | Prognosys Biosciences Inc | Oznaczenia biologiczne kodowane przestrzennie |
| US10787701B2 (en) | 2010-04-05 | 2020-09-29 | Prognosys Biosciences, Inc. | Spatially encoded biological assays |
| GB201106254D0 (en) | 2011-04-13 | 2011-05-25 | Frisen Jonas | Method and product |
| CN118240918A (zh) | 2013-06-25 | 2024-06-25 | 普罗格诺西斯生物科学公司 | 采用微流控装置的空间编码生物分析 |
| CN103602654B (zh) * | 2013-11-20 | 2016-02-24 | 浙江农林大学 | 人工改造的高活性Mariner-Like转座酶 |
| WO2015160895A2 (en) * | 2014-04-15 | 2015-10-22 | Illumina, Inc. | Modified transposases for improved insertion sequence bias and increased dna input tolerance |
| EP4119677B1 (en) | 2015-04-10 | 2023-06-28 | Spatial Transcriptomics AB | Spatially distinguished, multiplex nucleic acid analysis of biological specimens |
| CN106754811B (zh) * | 2016-12-21 | 2019-05-14 | 南京诺唯赞生物科技有限公司 | 一种突变型Tn5转座酶及其制备方法和应用 |
| IL263118B2 (en) | 2017-02-21 | 2023-12-01 | Illumina Inc | Tegumentation using fixed transpososomes with linkers |
| CN108265040B (zh) * | 2017-09-24 | 2021-02-09 | 天津强微特生物科技有限公司 | 一种嗜盐古细菌中的转座酶高活性突变体 |
| US11519033B2 (en) | 2018-08-28 | 2022-12-06 | 10X Genomics, Inc. | Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample |
| SG11202102029TA (en) | 2018-08-28 | 2021-03-30 | 10X Genomics Inc | Methods for generating spatially barcoded arrays |
| EP4293126A3 (en) | 2018-11-30 | 2024-01-17 | Illumina, Inc. | Analysis of multiple analytes using a single assay |
| US20220064630A1 (en) | 2018-12-10 | 2022-03-03 | 10X Genomics, Inc. | Resolving spatial arrays using deconvolution |
| CN112867800B (zh) | 2018-12-17 | 2024-07-12 | Illumina公司 | 用于制备测序文库的方法和手段 |
| US11926867B2 (en) | 2019-01-06 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
| US11649485B2 (en) | 2019-01-06 | 2023-05-16 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
| EP3976820A1 (en) | 2019-05-30 | 2022-04-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample |
| AU2020312787A1 (en) | 2019-07-12 | 2021-06-17 | Illumina Cambridge Limited | Nucleic acid library preparation using electrophoresis |
| EP4025711A2 (en) | 2019-11-08 | 2022-07-13 | 10X Genomics, Inc. | Enhancing specificity of analyte binding |
| ES2946357T3 (es) | 2019-12-23 | 2023-07-17 | 10X Genomics Inc | Métodos para el análisis espacial usando ligación con molde de ARN |
| US11732299B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Spatial assays with perturbed cells |
| US11702693B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-07-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells |
| US11898205B2 (en) | 2020-02-03 | 2024-02-13 | 10X Genomics, Inc. | Increasing capture efficiency of spatial assays |
| US11732300B2 (en) | 2020-02-05 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample |
| US11891654B2 (en) | 2020-02-24 | 2024-02-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods of making gene expression libraries |
| ES2965354T3 (es) | 2020-04-22 | 2024-04-12 | 10X Genomics Inc | Métodos para análisis espacial que usan eliminación de ARN elegido como diana |
| WO2021237087A1 (en) | 2020-05-22 | 2021-11-25 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis to detect sequence variants |
| EP4153775A1 (en) | 2020-05-22 | 2023-03-29 | 10X Genomics, Inc. | Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity |
| WO2021242834A1 (en) | 2020-05-26 | 2021-12-02 | 10X Genomics, Inc. | Method for resetting an array |
| WO2021252499A1 (en) | 2020-06-08 | 2021-12-16 | 10X Genomics, Inc. | Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof |
| WO2021252591A1 (en) | 2020-06-10 | 2021-12-16 | 10X Genomics, Inc. | Methods for determining a location of an analyte in a biological sample |
| WO2021263111A1 (en) | 2020-06-25 | 2021-12-30 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis of dna methylation |
| US11761038B1 (en) | 2020-07-06 | 2023-09-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample |
| US11981960B1 (en) | 2020-07-06 | 2024-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis utilizing degradable hydrogels |
| US11981958B1 (en) | 2020-08-20 | 2024-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using DNA capture |
| US11926822B1 (en) | 2020-09-23 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Three-dimensional spatial analysis |
| US11827935B1 (en) | 2020-11-19 | 2023-11-28 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes |
| WO2022140028A1 (en) | 2020-12-21 | 2022-06-30 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes |
| US20240093290A1 (en) | 2021-01-29 | 2024-03-21 | 10X Genomics, Inc. | Method for transposase mediated spatial tagging and analyzing genomic dna in a biological sample |
| EP4196605A1 (en) | 2021-09-01 | 2023-06-21 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and kits for blocking a capture probe on a spatial array |
| WO2023225519A1 (en) | 2022-05-17 | 2023-11-23 | 10X Genomics, Inc. | Modified transposons, compositions and uses thereof |
-
2000
- 2000-08-02 EP EP00950940A patent/EP1198583A1/en not_active Withdrawn
- 2000-08-02 RU RU2002105508/13A patent/RU2002105508A/ru not_active Application Discontinuation
- 2000-08-02 JP JP2001513619A patent/JP2003505104A/ja active Pending
- 2000-08-02 AU AU63967/00A patent/AU775043B2/en not_active Ceased
- 2000-08-02 CN CN 00811220 patent/CN1367840A/zh active Pending
- 2000-08-02 WO PCT/US2000/021052 patent/WO2001009363A1/en not_active Application Discontinuation
- 2000-08-02 PL PL00353241A patent/PL353241A1/xx not_active Application Discontinuation
- 2000-08-02 CA CA002380850A patent/CA2380850A1/en not_active Abandoned
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JP2003505104A (ja) | 2003-02-12 |
| WO2001009363A1 (en) | 2001-02-08 |
| PL353241A1 (en) | 2003-11-03 |
| AU6396700A (en) | 2001-02-19 |
| EP1198583A1 (en) | 2002-04-24 |
| AU775043B2 (en) | 2004-07-15 |
| CN1367840A (zh) | 2002-09-04 |
| CA2380850A1 (en) | 2001-02-08 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2002105508A (ru) | Мутантные ферменты Тn5-транспозазы и способ их применения | |
| US8188260B2 (en) | Versatile acylation catalytic RNAs and uses thereof | |
| RU99107555A (ru) | Система для транспозиции in vitro, на основе использовании модифицированной tn5-транспозазы | |
| US20050266439A1 (en) | Thermostable RNA ligase from thermus phage | |
| CA2378871A1 (en) | Design of beta-sheet proteins with specific binding properties | |
| CN107614689A (zh) | 用于将非天然氨基酸并入蛋白质中的平台 | |
| JP2020518278A (ja) | 遺伝子操作されたリガーゼバリアント | |
| CN110408635B (zh) | 一种含有链霉亲和素元件的核酸构建物在蛋白质表达、纯化中的应用 | |
| Dreßen et al. | Phenylalanine ammonia lyase from Arabidopsis thaliana (AtPAL2): A potent MIO-enzyme for the synthesis of non-canonical aromatic alpha-amino acids: Part I: Comparative characterization to the enzymes from Petroselinum crispum (PcPAL1) and Rhodosporidium toruloides (RtPAL) | |
| JP7342040B6 (ja) | Ａｄｈタンパク質ファミリー変異体およびその使用 | |
| CA2590245A1 (en) | Ladder assembly and system for generating diversity | |
| Menick et al. | Cys154 is important for lac permease activity in Escherichia coli | |
| CA2400049A1 (en) | Rna polymerase mutants with increased thermostability | |
| JP6967002B2 (ja) | トランスグルタミナーゼ認識部位を有するｆｋｂｐドメイン | |
| JP2023540797A (ja) | 塩基編集酵素 | |
| KR20200036925A (ko) | 이중-가닥 콘카테머 dna를 사용하는 무세포 단백질 발현 | |
| CN103215282B (zh) | 越野他汀的生物合成基因簇及其应用 | |
| EP4368708A1 (en) | Nucleic acid ligase | |
| US9783800B2 (en) | Method for producing peptides having azole-derived skeleton | |
| JP4752026B2 (ja) | 新規なピリドキサール４−デヒドロゲナーゼ及びその利用 | |
| JP2001017172A (ja) | 二本鎖ｄｎａ断片の末端での連結 | |
| US20220002719A1 (en) | Oligonucleotide-mediated sense codon reassignment | |
| Cheok et al. | Phage based screening strategy for identifying enzyme substrates | |
| CN111378706A (zh) | 通过Edc3基因敲除改变体外蛋白合成能力的方法及其应用 | |
| US20230124898A1 (en) | Biocatalyst as a core component of an enzyme-catalyzed redox system for the biocatalytic reduction of cystine |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20050408 |