KR20140022815A - B-세포 길항제에 대한 반응을 예측하기 위한 생물학적 마커 및 방법 - Google Patents

B-세포 길항제에 대한 반응을 예측하기 위한 생물학적 마커 및 방법 Download PDF

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Abstract

B-세포 길항제에 대한 환자 반응성을 예측하는 생물학적 마커가 제공된다. 또한, 이러한 생물학적 마커를 사용하는 방법이 제공된다. 추가로, B-세포 길항제에 대해 반응할 가능성이 없는, 자가면역 질환, 예를 들어 류마티스 관절염을 앓는 환자를 확인하는 방법이 제공되고, 마찬가지로 이러한 환자를 치료하는 방법도 제공된다. 이러한 환자를 치료하기 위한 치료제를 선택하는 방법이 또한 제공된다.

Description

B-세포 길항제에 대한 반응을 예측하기 위한 생물학적 마커 및 방법 {BIOLOGICAL MARKERS AND METHODS FOR PREDICTING RESPONSE TO B-CELL ANTAGONISTS}
관련 출원에 대한 상호 참조
본원은 2011년 2월 28일에 출원된 미국 가출원 번호 61/447,518 및 2011년 8월 25일에 출원된 미국 가출원 번호 61/527,525을 우선권 주장하며, 이들 둘 다는 그 전문이 본원에 참고로 포함된다.
분야
B-세포 길항제에 대한 환자 반응성을 예측하는 생물학적 마커가 제공된다. 또한, 이러한 생물학적 마커를 사용하는 방법이 제공된다. 추가로, B-세포 길항제에 대해 반응할 가능성이 없는, 자가면역 질환, 예를 들어 류마티스 관절염을 앓는 환자를 확인하는 방법이 제공되고, 마찬가지로 이러한 환자를 치료하는 방법도 제공된다. 이러한 환자를 치료하기 위한 치료제를 선택하는 방법이 또한 제공된다.
B 림프구는 자가면역 질환의 발병기전에서 중요한 역할을 한다. 특정 B-세포 고갈 치료제는 예를 들어 류마티스 관절염 (RA), 다발성 경화증 (MS) 및 항호중구 세포질 항체 (ANCA)-연관 혈관염을 비롯한 다양한 자가면역 질환의 치료에 효과적인 것으로 나타났다.
B 세포는 골수 내에서 성숙하고, 골수를 떠나 그의 세포 표면 상에서 항원-결합 항체를 발현한다. 나이브 B 세포가 그의 막-결합된 항체가 특이적인 항원과 처음 마주칠 때, 세포는 빠르게 분열하기 시작하고, 그의 자손은 형질모세포로 불리는 기억 B 세포 및 이펙터 세포로 분화하고, 이는 궁극적으로 형질세포로 분화한다. 기억 B 세포는 보다 긴 평균 수명을 가지고, 원래의 모 세포와 동일한 특이성을 갖는 막-결합 항체를 계속 발현한다. 형질세포는 막-결합 항체를 생성하지는 않지만, 대신에 항체를 분비될 수 있는 형태로 생성한다. 분비된 항체는 체액성 면역의 주요 이펙터 분자이다.
B-세포 림프종은 세포 표면 항원, CD20을 발현하고, 이 항원은 이러한 림프종의 치료를 위해 치료제의 표적으로서 작용할 수 있다. 본질적으로, 이러한 표적화는 다음과 같이 일반화될 수 있다: B 세포의 CD20 표면 항원에 대해 특이적인 항체를 환자에게 투여한다. 이들 항-CD20 항체는 (표면적으로) 정상 및 악성 B 세포 둘 다의 CD20 항원에 특이적으로 결합하고; CD20 표면 항원에 결합된 항체는 신생물성 B 세포를 파괴 및 고갈시킬 수 있다. 따라서, 이러한 항-CD20 항체는 B-세포 고갈 치료제로서 공지되어 있다.
이러한 항-CD20 항체 중 하나는 CD20 항원에 대해 지시된 유전자 조작된 키메라 뮤린/인간 모노클로날 항체인 리툭시맙 (리툭산(RITUXAN)®) 항체이다. 리툭시맙은 미국 특허 번호 5,736,137 (Anderson et al.)에서 "C2B8"로 지칭된 항체이다. 리툭시맙은 재발성 또는 불응성 저등급 또는 여포성 CD20-양성, B-세포 비-호지킨 림프종을 앓는 환자의 치료에 대해 지시된다. 시험관내 작용-메카니즘 연구는 리툭시맙이 CDC를 통해 인간 보체를 결합하고 림프성 B-세포주를 용해시킨다는 것을 입증하였다 (문헌 [Reff et al., Blood, 83(2):435-445 (1994)]). 추가로, 이것은 ADCC에 대한 검정에서 상당한 활성을 갖는다. 리툭시맙은 미만성 거대 B 세포 림프종, 만성 림프구성 백혈병의 요법에 대해서 뿐만 아니라, 또한 TNF 길항제 요법에 대해 이전의 부적절한 반응을 갖는 류마티스 관절염 (RA) 환자에 대해 FDA 승인된 것이다. 중요하게, 리툭시맙은 골수에서 CD20-음성 초기 B 세포 계통 전구세포 및 후기 B 계통 형질세포를 보존하고, 치료된 환자는 통상적으로 4-6개월까지 그의 말초 혈액 B 세포 풀을 충만하게 하기 시작한다.
류마티스 관절염 (RA)은 미국에서 1.3 내지 2.1 백만명의 사람에게 영향을 미치는 임상적으로 중요한 만성 전신 자가면역 질환이다 (예를 들어, 문헌 [Alamanosa and Drosos, Autoimmun. Rev., 4:130-136 (2005)] 참조). RA는 병인이 알려지지 않은 자가면역 장애이다. 대부분의 RA 환자는 현재 이용가능한 요법에도 불구하고 진행성 관절 파괴, 변형, 장애 및 심지어는 조기 사망을 초래할 수 있는 질환의 만성 과정을 앓는다. 해마다 9 백만건 초과의 의사 방문 및 250,000건 초과의 입원이 RA로부터 야기된다.
RA의 진단은 전형적으로 환자의 징후 및 증상의 임상 및 실험실 평가에 의존적이다. 일반적으로, RA를 앓는 것으로 의심되는 환자의 실험실 평가는 류마티스 인자 (RF)로 공지된 혈청 중의 특정 항체 및 시클릭 시트룰린화 펩티드에 대한 항체 (항-CCP)의 수준의 결정을 포함할 수 있다. (예를 들어, 문헌 [Schellekens et al., Arthritis Rheum., 43:155-163 (2000); DiFranco et al., Rev. Rheum. Engl. Ed., 66(5):251-255 (1999); Rantapaa-Dahlqvist et al., Arthritis Rheum., 48:2741-2749 (2003); Li et al., Bioinformatics 22(12):1503-1507 (2006); Russell et al., J. Rheumatol., 33(7):1240-1242 (2006); Ota, Rinsho byori. Jap. J. Clin. Pathol., 54(8)861-868 (2006); Avouac et al., Ann. Rheum. Dis., 65(7):845-851 (2006)] 참조). 이들 항체는 RA 환자의 혈청에서 종종 발견되기도 하지만, 모든 RA 환자가 이들을 갖는 것은 아니다. 적혈구 침강 속도 (ESR)로 공지된 추가의 혈액 시험이 또한 사용될 수 있다. 상승된 ESR은 염증성 과정의 일반적 존재를 나타내지만, 반드시 RA인 것은 아니다. 추가의 혈액 시험을 사용하여 RA와 연관된 다른 인자, 예컨대 C-반응성 단백질 (CRP)의 수준을 평가할 수 있다. 또한, 환부 관절의 방사선사진상 분석을 수행할 수 있다. 종합하면, RA를 진단하기 위한 이러한 현재 이용가능한 실험실 시험은 부정확하고 불완전하다.
특정 경우에, RA의 진단은 환자가 특정의 미국 류마티스 학회 (ACR) 기준을 충족시키는 경우에 이루어진다. 특정의 이러한 기준은 최대 개선 전에 1시간 이상 동안 지속되는 관절 내 및 관절 주변에서의 조조 강직; 3가지 이상의 관절 부위의 관절염: 3가지 이상의 관절 부위가 의사에 의해 관찰된 연조직 팽윤 또는 유체 (골 과다성장 단독은 아님)를 동시에 가짐; 14가지 가능한 관절 부위 (우측 및 좌측)는 근위 지간 (PIP), 중수수지 (MCP), 손목, 팔꿈치, 무릎, 발목 및 중족지절 (MTP) 관절임; 손 관절의 관절염: 하나 이상의 관절이 손목, MCP 또는 PIP 관절에서 상기와 같이 팽윤됨; 대칭성 관절염: 신체의 양측면 상의 동일한 관절 부위 (상기 3가지 이상의 관절 부위의 관절염에서와 같음)의 동시 관여 (PIP, MCP 또는 MTP 관절의 양측 관여가 절대적인 대칭 없이 허용됨); 류마티스 결절: 의사에 의해 관찰된 골 돌출부 또는 신근 표면 상의 또는 관절 근접 부위에서의 피하 결절; 혈청 류마티스 인자: 5 퍼센트보다 적은 정상 대조군 환자에서 양성인, 임의의 방법에 의한 혈청 류마티스 인자의 비정상적 양의 입증; 방사선사진상 변화: 관련된 관절에 국재화되거나 또는 대부분 이에 인접하여 표시된 부식 또는 명백한 골 탈석회화를 포함하여야 하는, 후전 손 및 손목 X선 상의 류마티스 관절염의 전형적인 방사선사진상 변화 (골관절염 변화가 단독으로 얻어지지 않음)를 포함한다. RA의 진단은 전형적으로 환자가 상기 기준 중 4개 이상을 충족시키면 이루어진다.
특정 경우에, RA의 진단은 환자가 특정한 질환 활성도 점수 (DAS)를 갖는 경우에 이루어진다 (예를 들어, 문헌 [Van der Heijde D. M. et al., J Rheumatol, 1993, 20(3): 579-81; Prevoo M. L. et al, Arthritis Rheum, 1995, 38: 44-8] 참조). DAS 시스템은 질환 활성의 현재 상태 및 변화 둘 다를 나타낸다. DAS 점수화 시스템은 RA에서의 임상 시험으로부터 유래되는 가중치 수학 공식을 이용한다. 예를 들어, DAS 28은 0.56(T28)+0.28(SW28)+0.70(Ln ESR)+0.014 GH이며, 여기서 T는 압통 관절 수를 나타내고, SW는 팽윤 관절 수이고, ESR은 적혈구 침강 속도이고, GH는 전반적 건강이다. 다양한 값의 DAS는 높거나 낮은 질환 활성도 뿐만 아니라 완화를 나타내고, 변화 및 종점 점수는 반응 정도에 의한 환자의 범주화 (없음, 중등도, 양호)를 유발한다.
다발성 경화증 (MS)은 뇌 및 척수에 영향을 미치는 중추 신경계의 자가면역 탈수초성 장애이다. MS는 일반적으로 재발-완화형 과정 또는 만성 진행형 과정을 나타낸다. 재발-완화형 MS (RRMS)는 공격 후 부분 또는 전체 회복을 특징으로 한다. 속발성-진행형 MS (SPMS)는 꾸준하게 진행형이 되는 재발-완화형 과정이다. 공격 및 부분 회복은 계속 발생할 수 있다. 원발성-진행형 MS (PPMS)는 개시부터 진행형이다. PPMS를 앓는 환자에서의 증상은 일반적으로 완화되지 않으며, 즉 강도에서 감소되지 않는다. MS를 위한 현행 치료는 코르티코스테로이드, 베타 인터페론 (베타페론(BETAFERON)®, 아보넥스(AVONEX)®, 레비프(REBIF)®), 글라티라머 아세테이트 (코팍손(COPAXONE)®), 메토트렉세이트, 아자티오프린, 시클로포스파미드, 클라드리빈, 바클로펜, 티자니딘, 아미트립틸린, 카르바마제핀 (문헌 [Berkow et al. (ed.), 1999, 상기 문헌]) 및 나탈리주맙 (티사브리(TYSABRI)®)을 포함한다. 추가로, MS의 발병기전에서 B-세포가 관련되었음을 나타내는 보고와 일치하게, 리툭시맙은 RRMS (예를 들어, 문헌 [Cross et al., J. Neuroimmunol. 180:63-70 (2006)] 참조) 및 PPMS (예를 들어, 문헌 [Hawker K et al., Ann Neurol. 66(4):460-71 (2009)] 참조)에서 약간의 임상 활성을 나타내었다.
베게너 육아종증 및 현미경적 다발혈관염은 항호중구 세포질 항체 (ANCA)-연관 혈관염으로서 분류되며, 이는 전신 질환을 앓는 대부분의 환자가 프로테이나제 3 또는 미엘로퍼옥시다제에 대한 항체를 갖기 때문이다 (문헌 [Jennette JC et al., Arthritis Rheum 37:187-192 (1994); Finkielman JD et al., Am J Med 120(7):643.e9-643.14 (2007)]). ANCA-연관 혈관염은 소형-내지-중형 혈관에 영향을 미치며, 기도 및 신장에 대해 호발성이다. (문헌 [Hoffman GS et al., Ann Intern Med 116:488-498 (1992); Guillevin L et al., Arthritis Rheum 42:421-430 (1999); Reinhold-Keller E et al., Arthritis Rheum 43:1021-1032 (2000); Stone JH. Arthritis Rheum 48:2299-2309 (2003)]). 시클로포스파미드 및 글루코코르티코이드는 거의 40년을 동안 완화 유도를 위한 표준 요법이었다. (문헌 [Novack SN et al., N Engl J Med 284:938-942 (1971); Fauci AS et al., Medicine (Baltimore) 52:535-561 (1973)]). 보다 최근에, 수많은 연구는 리툭시맙이 베게너 육아종증 및 ANCA-혈관염에서의 임상 활성을 발휘함을 나타내었다. (문헌 [Specks et al. Arthritis & Rheumatism, 44(12):2836-2840 (2001); Keogh et al., Kidney Blood Press. Res., 26:293 (2003); Eriksson, " Kidney and Blood Pressure Research, 26:294 (2003); Jayne et al., Kidney and Blood Pressure Research, 26:294-295 (2003); Eriksson, J. Internal Med., 257:540-548 (2005); Keogh et al., Arthritis and Rheumatism, 52:262-268 (2005); Stone et al., N. England J. Med. 363(3):221-231 (2010)]).
RA에서의 수많은 공개된 연구는 다양한 치료제에 대한 환자 반응을 예측하는데 사용될 수 있는 바이오마커를 비롯한, 진단 및 예후 목적을 위한 신뢰할 만한 바이오마커 확인의 시도를 보고한다. (예를 들어, 문헌 [Rioja et al., Arthritis and Rheum. 58(8):2257-2267 (2008); Pyrpasopoulou et al., Mol. Diagn. Ther. 14(1):43-48 (2010)]; WO 2004/0009479; WO 2007/0105133; WO 2007/038501; WO 2007/135568; WO 2008/104608; WO 2008/056198; WO 2008/132176; 및 WO 2008/154423 참조). 그러나, 임상의 또는 다른 사람이 류마티스 관절염의 병리생리학적 측면, 임상 활성, 요법에 대한 반응, 예후, 또는 질환의 발생 위험을 정확하게 규정할 수 있도록 하는 임상적으로 검증된 어떠한 진단 마커, 예를 들어 바이오마커도 확인되지 않았다. 따라서, RA 환자가 치료를 찾을 때, 특정한 환자에 대해 효과적인 치료제(들)에 관한 조사에 관련된 상당한 시행 착오가 있었다. 이러한 시행 착오는 종종, 가장 효과적인 요법을 찾기 위해 상당한 위험 및 환자 불편을 포함한다. 따라서, 환자가 해당 치료에 대해 반응할 것인지를 결정하고, 이러한 결정을 류마티스 관절염 환자에게 보다 효과적인 치료 요법 내로 통합시키는데 보다 효과적인 수단이 요구된다.
환자에서 류마티스성 질환의 존재를 객관적으로 확인하고/거나 분류하고, 류마티스 관절염, 다발성 경화증 또는 ANCA-혈관염의 병리생리학적 측면 뿐만 아니라 임상 활성, 다양한 치료제로의 치료에 대한 반응을 비롯한 요법에 대한 반응, 예후 및/또는 질환 발생 위험을 규정하는데 사용할 수 있는 분자-기반 진단 방법을 비롯한 추가의 진단 방법을 갖는 것이 매우 유리할 것이다. 또한, 질환의 다양한 임상적 및/또는 병리생리학적 및/또는 다른 생물학적 지시자와 연관된 분자-기반 진단 마커를 갖는 것이 유리할 것이다. 따라서, 류마티스 관절염 뿐만 아니라 다른 자가면역 장애와 연관된 새로운 분자 바이오마커를 확인하기 위한 계속적인 필요가 존재한다. 이러한 연관성은 환자에서 질환의 존재의 확인, 또는 질환 발병에 대한 감수성의 결정에 매우 유익할 것이다. 이러한 연관성은 또한 RA, MS, ANCA-혈관염의 병리생리학적 측면, 임상 활성, 요법에 대한 반응 또는 예후의 확인에 유익할 것이다. 또한, 이러한 연관성에 관한 통계상 및 생물학상 유의하고 재현가능한 정보는 특정한 치료제를 사용하는 치료로부터 유의하게 유익할 것으로 예상될 환자의 특정한 하위세트를 확인하기 위한 노력에서, 예를 들어 치료제가 이러한 특정한 환자 하위집단에서 치료상 유익하다는 것이 임상 연구에서 나타나거나 나타난 바 있는 경우에 통합 성분으로서 사용될 수 있다.
본원에 기재된 본 발명은 상기 기재된 특정 필요를 충족시키며, 다른 이익을 제공한다.
특허 출원 및 공개물을 비롯한 본원에 인용된 모든 참고문헌은 임의의 목적을 위해 그의 전문이 참고로 포함된다.
본 발명의 조성물 및 방법은, 적어도 부분적으로, RA 환자에서 후기 B 계통 단계 형질세포/형질모세포에 대한 특정 분자 마커의 상승된 기준선 혈중 수준 및 특정 실시양태에서 RA 환자에서 나이브/성숙 B 세포에 대한 특정 분자 마커의 낮은 기준선 혈중 수준이 B-세포 길항제, 예를 들어, 항-CD20 모노클로날 항체를 사용한 치료에 대한 RA 환자의 반응성을 예측하는 것이라는 발견, 및 B-세포 길항제를 포함하는 치료 요법에 대한 환자 반응성을 예측하기 위한 단독으로의 또는 조합으로의 이러한 분자 마커의 용도를 기초로 한다. 특정 실시양태에서, 이러한 분자 마커는 단독으로 또는 조합으로 특정의 다른 자가면역 질환, 예를 들어, 다발성 경화증, 루푸스 및 ANCA-혈관염을 앓는 환자의 B-세포 길항제를 사용한 치료에 대한 반응성을 예측하는 것이다.
따라서, 한 측면에서, B-세포 길항제를 포함하는 요법에 대한 환자의 반응을 예측하기 위한 조성물이 제공된다. 특정 실시양태에서, 조성물은 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 전체 형질세포/형질모세포 mRNA의 수준과 비교하여 또는 전체 형질세포/형질모세포 mRNA에 대한 역치와 비교하여 환자로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 상승된 전체 형질세포/형질모세포 mRNA를 포함하는 바이오마커를 포함한다. 특정 실시양태에서, 조성물은 추가로, 대조 대상체의 생물학적 샘플 중의 전체 나이브/성숙 B 세포 mRNA의 수준과 비교하여 또는 전체 나이브/성숙 B 세포 mRNA에 대한 역치와 비교하여 환자의 생물학적 샘플 중의 전체 나이브/성숙 B 세포 mRNA의 낮은 수준을 포함하는 바이오마커를 포함한다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 전혈이다. 특정 실시양태에서, 환자는 류마티스 관절염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 특정 실시양태에서, 환자는 다발성 경화증, 루푸스 또는 ANCA-혈관염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 추가 실시양태에서, 환자는 재발-완화형 다발성 경화증 또는 원발성 진행형 다발성 경화증을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 항-CD22 항체, 항-CD20 항체, 항-BR3 항체 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 항-CD20 항체이다. 추가 실시양태에서, 항-CD20 항체는 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 오크렐리주맙, 1F5, 2H7 및 A20으로부터 선택된다. 추가 실시양태에서, 항-CD20 항체는 리툭시맙이다. 또 다른 실시양태에서, 항-CD20 항체는 오크렐리주맙이다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제를 포함하는 치료제에 대해 예측되는 반응은 비-반응이다.
또 다른 측면에서, 조성물은 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 형질세포/형질모세포-풍부 유전자의 발현 수준과 비교하여 환자로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 형질세포/형질모세포-풍부 유전자의 상승된 발현 수준을 포함하는 바이오마커를 포함한다. 특정 실시양태에서, 조성물은 형질세포/형질모세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 환자로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 형질세포/형질모세포-풍부 유전자의 상승된 발현 수준을 포함하는 바이오마커를 포함한다. 특정 실시양태에서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자는 IgJ이다. 특정 실시양태에서, 바이오마커는 mRNA를 포함한다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 전혈이다. 특정 실시양태에서, 환자는 류마티스 관절염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 특정 실시양태에서, 환자는 다발성 경화증, 루푸스 또는 ANCA-혈관염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 추가 실시양태에서, 환자는 재발-완화형 다발성 경화증 또는 원발성 진행형 다발성 경화증을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 항-CD22 항체, 항-CD20 항체, 항-BR3 항체 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 항-CD20 항체이다. 추가 실시양태에서, 항-CD20 항체는 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 오크렐리주맙, 1F5, 2H7 및 A20으로부터 선택된다. 추가 실시양태에서, 항-CD20 항체는 리툭시맙이다. 또 다른 실시양태에서, 항-CD20 항체는 오크렐리주맙이다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제를 포함하는 치료제에 대해 예측되는 반응은 비-반응이다.
또 다른 측면에서, 조성물은 대조 대상체의 생물학적 샘플 중의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현 수준과 비교하여 환자의 생물학적 샘플 중의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 낮은 발현 수준을 포함하는 바이오마커를 포함한다. 특정 실시양태에서, 조성물은 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 환자로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 낮은 발현 수준을 포함하는 바이오마커를 포함한다. 특정 실시양태에서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자는 FCRL5이다. 특정 실시양태에서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자는 CD19이다. 특정 실시양태에서, 바이오마커는 mRNA를 포함한다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 전혈이다. 특정 실시양태에서, 환자는 류마티스 관절염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 특정 실시양태에서, 환자는 다발성 경화증, 루푸스 또는 ANCA-혈관염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 추가 실시양태에서, 환자는 재발-완화형 다발성 경화증 또는 원발성 진행형 다발성 경화증을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 항-CD22 항체, 항-CD20 항체, 항-BR3 항체 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 항-CD20 항체이다. 추가 실시양태에서, 항-CD20 항체는 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 오크렐리주맙, 1F5, 2H7 및 A20으로부터 선택된다. 추가 실시양태에서, 항-CD20 항체는 리툭시맙이다. 또 다른 실시양태에서, 항-CD20 항체는 오크렐리주맙이다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제를 포함하는 치료제에 대해 예측되는 반응은 비-반응이다.
또 다른 측면에서, 조성물은 하나 초과의 바이오마커를 포함한다. 특정 실시양태에서, 조성물은 환자의 생물학적 샘플 중의 형질세포/형질모세포-풍부 유전자의 상승된 발현 수준을 포함하는 바이오마커 및 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 낮은 발현 수준을 포함하는 바이오마커를 포함한다. 특정 실시양태에서, 환자의 생물학적 샘플 중의 하나 초과의 바이오마커의 발현 수준을 대조 대상체의 생물학적 샘플 중의 발현 수준과 비교한다. 특정 실시양태에서, 환자의 생물학적 샘플 중의 하나 초과의 바이오마커의 발현 수준을 형질세포/형질모세포-풍부 유전자에 대한 역치 및 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교한다. 특정 실시양태에서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자는 IgJ이고, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자는 FCRL5이다. 특정 실시양태에서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자는 IgJ이고, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자는 CD19이다. 특정 실시양태에서, 하나 초과의 바이오마커는 mRNA를 포함한다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 전혈이다. 특정 실시양태에서, 환자는 류마티스 관절염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 특정 실시양태에서, 환자는 다발성 경화증, 루푸스 또는 ANCA-혈관염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 추가 실시양태에서, 환자는 재발-완화형 다발성 경화증 또는 원발성 진행형 다발성 경화증을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 항-CD22 항체, 항-CD20 항체, 항-BR3 항체 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 항-CD20 항체이다. 추가 실시양태에서, 항-CD20 항체는 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 오크렐리주맙, 1F5, 2H7 및 A20으로부터 선택된다. 추가 실시양태에서, 항-CD20 항체는 리툭시맙이다. 또 다른 실시양태에서, 항-CD20 항체는 오크렐리주맙이다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제를 포함하는 치료제에 대해 예측되는 반응은 비-반응이다.
또 다른 측면에서, B-세포 길항제를 포함하는 요법에 대한 환자의 반응을 예측하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 방법은, 환자로부터 수득된 생물학적 샘플 중에서 형질세포/형질모세포 중 풍부한 하나 이상의 유전자의 발현을 측정하는 단계, 및 환자의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 유전자의 발현을 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 동일한 하나 이상의 유전자의 발현 또는 하나 이상의 형질/형질모세모 세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하는 단계를 포함하며, 여기서 대조 대상체의 생물학적 샘플 중의 발현 또는 역치와 비교하여 환자의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 유전자의 상승된 발현은 B-세포 길항제를 포함하는 요법에 대한 환자의 반응을 예측하는 것이다. 특정 실시양태에서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자는 IgJ이다. 특정 실시양태에서, 하나 이상의 유전자의 발현의 측정은 mRNA의 측정을 포함한다. 추가 실시양태에서, mRNA의 측정은 PCR 방법 또는 마이크로어레이 칩을 포함한다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 전혈을 포함한다. 특정 실시양태에서, 환자는 류마티스 관절염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 특정 실시양태에서, 환자는 다발성 경화증, 루푸스 또는 ANCA-혈관염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 추가 실시양태에서, 환자는 재발-완화형 다발성 경화증 또는 원발성 진행형 다발성 경화증을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 항-CD22 항체, 항-CD20 항체, 항-BR3 항체 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 항-CD20 항체이다. 추가 실시양태에서, 항-CD20 항체는 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 오크렐리주맙, 1F5, 2H7 및 A20으로부터 선택된다. 추가 실시양태에서, 항-CD20 항체는 리툭시맙이다. 또 다른 실시양태에서, 항-CD20 항체는 오크렐리주맙이다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제를 포함하는 치료제에 대해 예측되는 반응은 비-반응이다.
또 다른 측면에서, 방법은, 환자로부터 수득된 생물학적 샘플 중에서 나이브/성숙 B 세포 중 풍부한 하나 이상의 유전자의 발현을 측정하는 단계, 및 환자의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현을 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 동일한 하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현 또는 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하는 단계를 포함하며, 여기서 대조 대상체의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현 또는 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 환자의 생물학적 샘플 중의 동일한 하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자 발현의 낮은 수준은 B-세포 길항제를 포함하는 요법에 대한 환자의 반응을 예측하는 것이다. 특정 실시양태에서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자는 FCRL5이다. 특정 실시양태에서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자는 CD19이다. 특정 실시양태에서, 하나 이상의 유전자의 발현의 측정은 mRNA의 측정을 포함한다. 추가 실시양태에서, mRNA의 측정은 PCR 방법 또는 마이크로어레이 칩을 포함한다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 전혈을 포함한다. 특정 실시양태에서, 환자는 류마티스 관절염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 특정 실시양태에서, 환자는 다발성 경화증, 루푸스 또는 ANCA-혈관염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 추가 실시양태에서, 환자는 재발-완화형 다발성 경화증 또는 원발성 진행형 다발성 경화증을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 항-CD22 항체, 항-CD20 항체, 항-BR3 항체 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 항-CD20 항체이다. 추가 실시양태에서, 항-CD20 항체는 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 오크렐리주맙, 1F5, 2H7 및 A20으로부터 선택된다. 추가 실시양태에서, 항-CD20 항체는 리툭시맙이다. 또 다른 실시양태에서, 항-CD20 항체는 오크렐리주맙이다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제를 포함하는 치료제에 대해 예측되는 반응은 비-반응이다.
또 다른 측면에서, 방법은 환자로부터 수득된 생물학적 샘플 중에서 형질세포/형질모세포에서 풍부한 하나 이상의 유전자의 발현 및 나이브/성숙 B 세포에서 풍부한 하나 이상의 유전자의 발현을 측정하는 단계를 포함한다. 특정 실시양태에서, 환자의 생물학적 샘플 중의 형질세포/형질모세포-풍부 유전자(들)의 발현 수준 및 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자(들)의 발현 수준을 대조 대상체의 생물학적 샘플 중의 동일한 각각의 유전자의 발현 수준과 비교한다. 특정 실시양태에서, 환자의 생물학적 샘플 중의 형질세포/형질모세포-풍부 유전자(들)의 발현 수준 및 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자(들)의 발현 수준을 각각 형질세포/형질모세포-풍부 유전자(들) 및 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자(들)을 위한 역치와 비교한다. 특정 실시양태에서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자는 IgJ이고, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자는 FCRL5이다. 특정 실시양태에서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자는 IgJ이고, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자는 CD19이다. 특정 실시양태에서, 유전자 발현의 측정은 mRNA의 측정을 포함한다. 추가 실시양태에서, mRNA의 측정은 PCR 방법 또는 마이크로어레이 칩을 포함한다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 전혈을 포함한다. 특정 실시양태에서, 환자는 류마티스 관절염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 특정 실시양태에서, 환자는 다발성 경화증, 루푸스 또는 ANCA-혈관염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 추가 실시양태에서, 환자는 재발-완화형 다발성 경화증 또는 원발성 진행형 다발성 경화증을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 항-CD22 항체, 항-CD20 항체, 항-BR3 항체 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 항-CD20 항체이다. 추가 실시양태에서, 항-CD20 항체는 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 오크렐리주맙, 1F5, 2H7 및 A20으로부터 선택된다. 추가 실시양태에서, 항-CD20 항체는 리툭시맙이다. 또 다른 실시양태에서, 항-CD20 항체는 오크렐리주맙이다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제를 포함하는 치료제에 대해 예측되는 반응은 비-반응이다.
또 다른 측면에서, B-세포 길항제 이외의 치료 유효량의 치료제를 투여하는 것을 포함하는, 환자에서 자가면역 질환을 치료하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 치료 전에 환자로부터 수득된 생물학적 샘플은 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 유전자의 발현 수준 또는 형질세포/형질모세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 형질세포/형질모세포 중 풍부한 동일한 하나 이상의 유전자의 상승된 발현을 보유하는 것으로 나타난다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 추가로 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 나이브/성숙 B 세포 중 풍부한 하나 이상의 유전자의 발현 수준 또는 나이브/성숙 B-세포 풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 나이브/성숙 B 세포 중 풍부한 동일한 하나 이상의 유전자의 낮은 수준의 발현을 보유하는 것으로 나타난다. 특정 실시양태에서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자는 IgJ이다. 특정 실시양태에서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자는 FCRL5이다. 특정 실시양태에서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자는 CD19이다. 특정 실시양태에서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자는 IgJ이고, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자는 FCRL5이다. 특정 실시양태에서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자는 IgJ이고, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자는 CD19이다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 전혈을 포함한다. 특정 실시양태에서, 자가면역 질환은 류마티스 관절염, 다발성 경화증, 재발-완화형 다발성 경화증, 원발성 진행형 다발성 경화증, 루푸스 또는 ANCA-혈관염이다.
한 측면에서, 유전자 발현은 마이크로어레이에 의해 측정된다. 또 다른 측면에서, 유전자 발현은 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR) 또는 실시간 정량적 폴리머라제 연쇄 반응 (qPCR)에 의해 측정된다. 또 다른 측면에서, 유전자 발현은 멀티플렉스-PCR에 의해 측정된다. 또 다른 실시양태에 따르면, 환자의 샘플 중 관심 유전자의 상대적 mRNA 수준이 대조 대상체의 mRNA의 수준의 2배 초과인 경우에, 환자의 생물학적 샘플 중 관심 유전자의 발현은 대조 대상체의 생물학적 샘플 중의 것과 비교하는 경우에 상승된 것으로 여겨진다. 또 다른 실시양태에 따르면, 환자의 샘플 중 관심 유전자의 상대적 mRNA 수준은 대조 대상체 샘플 중의 수준과 비교하여 3배, 5배, 10배, 15배, 20배, 25배 또는 30배 초과이다. 또 다른 실시양태에서, 환자의 샘플 중 관심 유전자의 상대적 mRNA 수준이 대조 대상체의 mRNA의 수준의 2배 미만인 경우에, 환자의 생물학적 샘플 중의 관심 유전자의 발현은 대조 대상체의 생물학적 샘플 중의 것과 비교하는 경우에 낮은 것으로 여겨진다. 또 다른 실시양태에 따르면, 환자의 샘플 중 관심 유전자의 상대적 mRNA 수준이 대조 대상체 샘플에서의 수준과 비교하여 3배, 5배, 10배, 15배, 20배, 25배 또는 30배 미만인 경우에, 환자의 생물학적 샘플 중 관심 유전자의 발현은 대조 대상체의 생물학적 샘플 중의 것과 비교하는 경우에 낮은 것으로 여겨진다.
또 다른 측면에서, 유전자 발현 수준은 PCR 방법 또는 마이크로어레이 방법에 의해 측정된다. 한 실시양태에서, 마이크로어레이 방법은 엄격한 조건 하에 상기 언급된 유전자를 코딩하는 핵산 분자에 혼성화할 수 있는 하나 이상의 핵산 분자를 갖는 마이크로어레이 칩의 사용을 포함한다. 한 실시양태에서, PCR 방법은 qPCR이다. 한 실시양태에서, PCR 방법은 멀티플렉스-PCR이다.
또 다른 측면에서, 자가면역 질환을 앓는 환자의 치료를 위한 치료제를 선택하는 방법이 제공된다. 특정 실시양태에서, 방법은, 환자로부터 생물학적 샘플을 수득하는 단계; 환자로부터 수득된 생물학적 샘플 중에서 형질세포/형질모세포 중 풍부한 하나 이상의 유전자의 발현을 측정하는 단계; 환자의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 유전자의 발현을 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중 동일한 하나 이상의 유전자의 발현 또는 하나 이상의 형질세포/형질모세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하는 단계; 환자의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 유전자의 발현이 대조 대상체의 생물학적 샘플 중의 발현 또는 역치와 비교하여 상승되는지 결정하는 단계; 및 환자의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 유전자의 발현이 상승된 경우에 B-세포 길항제 이외의 치료제를 선택하는 단계를 포함한다. 추가 실시양태에서, 방법은, 환자로부터 수득된 생물학적 샘플 중에서 나이브/성숙 B 세포 중 풍부한 하나 이상의 유전자의 발현을 측정하는 단계; 환자의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현을 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 동일한 하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현 또는 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하는 단계; 환자의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현이 대조 대상체의 생물학적 샘플 중의 동일한 하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현 또는 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 낮은지 결정하는 단계; 및 하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현이 낮은 경우에 B-세포 길항제 이외의 치료제를 선택하는 단계를 포함한다. 특정 실시양태에서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자는 IgJ이다. 특정 실시양태에서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자는 FCRL5이다. 특정 실시양태에서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자는 CD19이다. 특정 실시양태에서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자는 IgJ이고, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자는 FCRL5이다. 특정 실시양태에서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자는 IgJ이고, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자는 CD19이다. 특정 실시양태에서, 유전자의 발현의 측정은 mRNA의 측정을 포함한다. 추가 실시양태에서, mRNA의 측정은 PCR 방법 또는 마이크로어레이 칩을 포함한다. 특정 실시양태에서, 생물학적 샘플은 전혈을 포함한다. 특정 실시양태에서, 자가면역 질환은 류마티스 관절염, 다발성 경화증, 재발-완화형 다발성 경화증, 원발성 진행형 다발성 경화증, 루푸스 및 ANCA-혈관염으로부터 선택된다.
도 1은 실시예 1에 기재된 바와 같은 B 세포 및 형질모세포에 대한 혈액 mRNA 바이오마커를 보여준다. (a) CD20 mRNA 발현 수준 (x 축)과 비교된 혈중 CD19 양성 B 세포수 (y 축; 세포수/μl); (b) 형질모세포 및 성숙 B 세포 마커 및 다양한 B 세포 하위세트의 RT-qPCR 발현 수준 사이의 상관 계수 (하단의 음영 막대는 낮은 수준 (좌측)으로부터 높은 수준 (우측)까지의 상대적 발현 수준을 나타냄); (c) 기준선, 제15일 및 제84일에 리툭시맙을 제공받은 환자로부터의 전혈 RNA 중 전체 게놈 mRNA 마이크로어레이 분석 (x 축)과 비교된 IgJ 발현 수준에 대한 피어슨(Pearson) 상관 계수 (RT-qPCR; y 축); (d) ACR50 비반응자 (좌측) 및 반응자 (우측)에서의 기준선 IgJ mRNA 수준의 비교 (점선은 0.1 발현 유닛 역치를 나타내고; 0.1 발현 유닛 역치 초과의 IgJ를 갖는 개체는 개방 원 (ACR50 비반응자, 좌측) 및 개방 사각형 (ACR50 반응자, 우측)으로 나타냄).
도 2는 REFLEX 시험으로부터의 환자군에서의 ACR50 반응률을 나타내고, 이는 단일 바이오마커 CD19 (a), FCRL5 (b) 및 실시예 1에 기재된 바와 같은 조합 바이오마커 IgJhi CD19lo(c)의 기준선 발현을 기준으로 하여 계증화하였다. 빗금선 막대 (a-c), 리툭시맙으로 치료된 환자에 대한 제6개월 (제168일)에서의 ACR50 반응률; 개방 막대 (a-c), 위약을 제공받은 환자에 대한 제6개월 (제168일)에서의 ACR50 반응률. 패널 a-c에서 막대 위의 수평선은 바이오마커 양성 및 음성 하위군 사이의 활성 리툭시맙 부문 및 위약 부문에 대한 ACR50 백분율 차이를 계산한 요약 통계를 지칭한다. P 값은 피셔 정확 검정을 이용하여 계산되었다. "n"은 각 하위군에서의 개별 환자의 수를 지칭한다. 이들 실험에서, 역치는 IgJ 발현 ≥ 0.1, FCRL5 발현 ≥ 0.02 및 CD19 ≥ 0.05였다. IgJhiCD19lo 하위군 (c)은 IgJ 발현 ≥ 0.1 및 CD19 발현 < 0.05를 가졌다.
도 3은 실시예 1에 기재된 바와 같은 항-CD20 요법 또는 위약 후에 환자로부터의 mRNA 샘플 중 IgJ 바이오마커를 나타낸다. (a) REFLEX (리툭시맙) 시험으로부터의 기준선 mRNA 샘플 중 IgJ 바이오마커; (b) DANCER (리툭시맙) 시험으로부터의 기준선 mRNA 샘플 중 IgJ 바이오마커; (c) SERENE (리툭시맙) 시험으로부터의 기준선 mRNA 샘플 중 IgJ 바이오마커; (d) SCRIPT (오크렐리주맙) 시험으로부터의 기준선 mRNA 샘플 중 IgJ 바이오마커; (e) 개별 시험, 전체적인 복제 시험 (DANCER, SERENE 및 SCRIPT) 및 모든 시험에 있어서 IgJhi 하위군과 비교시 IgJlo 하위군에서의 ACR50 반응의 풍부화에 대한, 오즈비 및 95% c.i.
도 4는 실시예 1에 기재된 바와 같은 항-CD20 요법 또는 위약 후에 환자로부터의 mRNA 샘플 중 IgJ/FCRL5 바이오마커를 나타낸다. (a) REFLEX 시험으로부터의 기준선 mRNA 샘플 중 IgJhiFCRL5lo 바이오마커; (b) DANCER 시험으로부터의 기준선 mRNA 샘플 중 IgJhiFCRL5lo 바이오마커; (c) SERENE 시험으로부터의 기준선 mRNA 샘플 중 IgJhiFCRL5lo 바이오마커; (d) SCRIPT 시험으로부터의 기준선 mRNA 샘플 중 IgJhiFCRL5lo 바이오마커; (e) 개별 시험, 전체적인 복제 시험 (DANCER, SERENE 및 SCRIPT) 및 모든 시험에 있어서 남아있는 환자와 비교시 IgJhiFCRL5lo 하위군에서의 ACR50 반응의 농축에 대한, 오즈비 및 95% C.I.
도 5는 실시예 1에 기재된 바와 같은 모든 시험에 걸쳐 IgJ (a-c) 및 IgJhiFCRL5lo (d-f) 바이오마커에 의해 계층화된 ACR20 (a, d), ACR70 (b, e) 및 ΔDAS28 (c, f) 결과를 나타낸다.
도 6은 실시예 1에 기재된 바와 같은 SCRIPT 오크렐리주맙 시험에서 RT-qPCR에 의해 검정된 기준선 IgJ mRNA 수준을 나타낸다.
달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 기술 및 과학 용어는 본 발명이 속한 분야의 당업자가 통상적으로 이해하는 바와 동일한 의미를 갖는다. 문헌 [Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 2nd ed., J. Wiley &　Sons (New York, N.Y. 1994), and March, Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanisms and Structure 4th ed., John Wiley &　Sons (New York, N.Y. 1992)]은 당업자에게 본원에 사용된 수많은 용어에 대한 일반적인 지침을 제공한다.
특정 정의
본 명세서를 설명하려는 목적을 위해, 하기 정의가 적용될 것이고, 적절한 경우에는 언제라도, 단수형으로 사용된 용어는 또한 복수형도 포함할 것이고, 그 반대의 경우도 마찬가지이다. 하기 기재된 임의의 정의가 본원에 참조로 포함된 임의의 문헌과 상충되는 경우에는 하기 기재된 정의가 우선할 것이다.
본 명세서 및 첨부된 특허청구범위에서 사용된 단수 형태는 문맥이 달리 명백하게 지시하지 않는 한 복수의 지시대상을 포함한다. 따라서, 예를 들어 "단백질"에 대한 언급은 복수형의 단백질을 포함하고; "세포"에 대한 언급은 세포의 혼합물을 포함하는 등이다.
용어 "자가면역 질환"은 개체 자신의 조직 또는 기관, 또는 그의 공동-분리물 또는 징후로부터 발생하고/거나 이에 대해 지정된 질환 또는 장애, 또는 이로부터 생성된 상태를 지칭한다. 전형적으로, 고감마글로불린혈증, 높은 수준의 자가항체, 조직에서의 항원-항체 복합체 침착물, 코르티코스테로이드 또는 면역억제 치료로부터의 임상 이익, 및 환부 조직에서의 림프성 세포 응집체를 포함하나 이에 제한되지는 않는 자가면역 질환의 다양한 임상적 및 실험적 마커가 존재할 수 있다.
"류마티스 관절염" (RA)은 관절 파괴를 야기하는, 관절 연골에 결과적인 손상을 갖는 여러 관절의 활막을 주로 포함하는 만성 전신 자가면역 염증성 질환을 지칭한다. RA에서 주로 나타나는 증상은 하나 이상의 관절의 통증, 강직, 팽윤 및/또는 기능 손실이다.
"다발성 경화증" (MS)은 자가면역 탈수초성 장애이다. MS는 일반적으로 재발-완화형 과정 또는 만성 진행형 과정을 나타낸다.
본원에 사용된 "재발-완화형 MS" (RRMS)는 공격 후 부분 또는 전체 회복을 특징으로 한다.
용어 "속발성-진행형 MS" (SPMS)는 꾸준하게 진행형이 되는 MS의 재발-완화형 과정이다. 공격 및 부분 회복이 계속 발생할 수 있다.
용어 "원발성-진행형 MS" (PPMS)는 발병으로부터 진행형인 MS를 지칭한다. PPMS를 앓는 환자에서의 증상은 일반적으로 완화되지 않으며, 즉 강도에서 감소되지 않는다.
본원에서 상호교환가능하게 사용되는 용어 "폴리뉴클레오티드" 또는 "핵산"은 임의의 길이의 뉴클레오티드의 중합체를 의미하고, DNA 및 RNA를 포함한다. 뉴클레오티드는 데옥시리보뉴클레오티드, 리보뉴클레오티드, 변형된 뉴클레오티드 또는 염기, 및/또는 그의 유사체, 또는 DNA 또는 RNA 폴리머라제에 의해 중합체로 혼입될 수 있는 임의의 기질일 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드, 예컨대 메틸화 뉴클레오티드 및 그의 유사체를 포함할 수 있다. 뉴클레오티드 구조에 대한 변형은 존재하는 경우에 중합체의 어셈블리 이전 또는 이후에 부여될 수 있다. 뉴클레오티드의 서열은 비-뉴클레오티드 성분에 의해 개재될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는, 예컨대 표지 성분과의 접합에 의해, 중합 후에 추가로 변형될 수 있다. 다른 유형의 변형은 예를 들어 하나 이상의 자연 발생 뉴클레오티드의 유사체로의 "캡" 치환, 뉴클레오티드간 변형, 예컨대 예를 들어 비하전된 연결부 (예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포아미데이트, 카르바메이트 등) 및 하전된 연결부 (예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)를 갖는 것, 펜던트 모이어티, 예컨대 예를 들어 단백질 (예를 들어, 뉴클레아제, 독소, 항체, 신호 펩티드, 폴리-L-리신 등)을 함유하는 것, 삽입제 (예를 들어, 아크리딘, 프소랄렌 등)을 갖는 것, 킬레이터 (예를 들어, 금속, 방사성 금속, 붕소, 산화 금속 등)을 함유하는 것, 알킬화제를 함유하는 것, 변형 연결부 (예를 들어, 알파 아노머 핵산 등)를 갖는 것 뿐만 아니라, 폴리뉴클레오티드(들)의 비변형된 형태를 포함한다. 또한 당에 본래 존재하는 임의의 히드록실 기는 예를 들어 포스포네이트 기, 포스페이트 기에 의해 대체되거나, 표준 보호기에 의해 보호되거나, 또는 추가의 뉴클레오티드에 대한 추가의 연결을 제조하기 위해 활성화될 수 있거나, 또는 고체 지지체에 접합될 수 있다. 5' 및 3' 말단 OH는 인산화되거나 또는 아민 또는 1 내지 20개의 탄소 원자를 갖는 유기 캡핑 기 모이어티로 치환될 수 있다. 다른 히드록실이 또한 표준 보호기로 유도체화될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 또한 일반적으로 당업계에 공지된 리보스 또는 데옥시리보스 당의 유사 형태, 예를 들어 2'-O-메틸-2'-O-알릴, 2'-플루오로- 또는 2'-아지도-리보스, 카르보시클릭 당 유사체, α-아노머 당, 에피머 당, 예컨대 아라비노스, 크실로스 또는 릭소스, 피라노스 당, 푸라노스 당, 세도헵툴로스, 비-시클릭 유사체 및 무염기성 뉴클레오시드 유사체, 예컨대 메틸 리보시드를 함유할 수 있다. 하나 이상의 포스포디에스테르 연결이 대안적인 연결기로 대체될 수 있다. 이들 대안적 연결기는 포스페이트가 P(O)S ("티오에이트"), P(S)S ("디티오에이트"), (O)NR2 ("아미데이트"), P(O)R, P(O)OR', CO 또는 CH2 ("포름아세탈")로 대체된 실시양태를 포함하나, 이에 제한되지 않으며, 여기서 각각의 R 또는 R'는 독립적으로 H, 또는 에테르 (--O--) 연결을 임의로 함유하는 치환 또는 비치환된 알킬 (1-20 C), 아릴, 알케닐, 시클로알킬, 시클로알케닐 또는 아르알킬이다. 폴리뉴클레오티드 내의 모든 연결이 동일할 필요는 없다. 상기 기재는 RNA 및 DNA를 비롯하여 본원에서 언급되는 모든 폴리뉴클레오티드에 적용된다.
본원에 사용된 "올리고뉴클레오티드"는 길이가 약 7개 이상의 뉴클레오티드 및 약 250개 미만의 뉴클레오티드인 짧은 단일 가닥 폴리뉴클레오티드를 지칭한다. 올리고뉴클레오티드는 합성일 수 있다. 용어 "올리고뉴클레오티드" 및 "폴리뉴클레오티드"는 상호 배타적이지 않다. 폴리뉴클레오티드에 대한 상기 기재는 올리고뉴클레오티드에 동일하고 완전하게 적용가능하다.
용어 "프라이머"는, 핵산에 혼성화하고 일반적으로 유리 3'-OH 기를 제공함으로써 상보적 핵산의 중합을 허용할 수 있는 단일 가닥 폴리뉴클레오티드를 지칭한다.
용어 "어레이" 또는 "마이크로어레이"는 기판 상의 혼성화가능한 어레이 요소, 바람직하게는 폴리뉴클레오티드 프로브 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드)의 정렬된 배열을 지칭한다. 상기 기판은 고체 기판, 예를 들어 유리 슬라이드, 또는 반-고체 기판, 예를 들어 니트로셀룰로스 막일 수 있다.
용어 "증폭"은 하나 이상의 카피의 참조 핵산 서열 또는 그의 보체의 생산 과정을 의미한다. 증폭은 선형 또는 지수 (예를 들어, PCR)일 수 있다. "카피"가 반드시 주형 서열에 대해 완전한 서열 상보성 또는 동일성을 의미하는 것인 아니다. 예를 들어, 카피는 뉴클레오티드 유사체, 예를 들어 데옥시이노신, 인위적인 서열 변경 (예를 들어, 주형에 혼성화가능하지만 완전히 상보성이지는 않은 서열을 포함하는 프라이머를 통해 도입된 서열 변경), 및/또는 증폭 동안 발생하는 서열 오류를 포함할 수 있다.
용어 "검출"은 직접 및 간접 검출을 비롯한 임의의 검출 수단을 포함한다.
"상승된 발현" 또는 "상승된 수준"은 자가면역 질환, 예를 들어, RA를 앓지 않는 개체 또는 개체들과 같은 대조군에 비해 또는 사전-확립된 역치 또는 컷-오프 값에 비해 환자에서 mRNA 또는 단백질의 증가된 발현을 지칭한다.
용어 "멀티플렉스-PCR"은 단일 반응에서 2개 이상의 DNA 서열을 증폭시키는 목적을 위해 하나 초과의 프라이머 세트를 사용하여 단일 공급원 (예를 들어, 환자)로부터 수득된 핵산에 대해 수행되는 단일 PCR 반응을 지칭한다.
본원에 사용된 "류마티스 인자" 또는 "RF"는, 환자 혈청에서 검출되고 인간 및 동물 IgG 상에 존재하는 항원 결정기에 대해 지시된 항체의 IgM, IgG 또는 IgA 이소형을 단독으로 또는 임의의 조합으로 지칭한다.
용어 "RF에 대해 양성"은 RF에 대한 검정, 예를 들어 ELISA 검정의 결과를 지칭하며, 여기서 결과는 검출가능한 수준의 RF를 재현가능하게 함유하는 것으로 여겨지는 샘플에 대한 그 검정에 대한 역치 또는 컷오프 값 초과이다.
용어 "RF에 대해 음성"은 RF에 대한 검정, 예를 들어 ELISA 검정의 결과를 지칭하며, 여기서 결과는 검출가능하지 않은 수준의 RF를 재현가능하게 함유하는 것으로 여겨지는 샘플에 대한 그 검정에 대한 역치 또는 컷오프 값 이하이다.
혼성화 반응의 "엄격도"는 당업자에 의해 용이하게 결정될 수 있고, 일반적으로 프로브 길이, 세척 온도 및 염 농도 의존적으로 실험적으로 계산된다. 일반적으로, 프로브가 길수록 적절한 어닐링을 위해 더 높은 온도가 필요하고, 프로브가 짧을수록 더 낮은 온도가 필요하다. 혼성화는 일반적으로 상보적 가닥이 그의 용융 온도 미만의 환경에 존재할 때 변성 DNA가 재어닐링되는 능력에 따라 좌우된다. 프로브와 혼성화가능한 서열 사이의 바람직한 상동성 정도가 클수록, 사용될 수 있는 상대적 온도가 더 높다. 그 결과, 보다 높은 상대 온도는 반응 조건을 보다 엄격하게 만드는 한편, 보다 낮은 온도는 덜 엄격하게 만드는 경향이 있다. 혼성화 반응의 엄격도에 대한 추가의 상세한 내용 및 설명에 대해서는 문헌 [Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995)]을 참조한다.
본원에 정의된 바와 같은 "엄격한 조건" 또는 "고 엄격도 조건"은 하기에 의해 확인될 수 있다: (1) 세척을 위해 낮은 이온 강도 및 고온, 예를 들어 0.015 M 염화나트륨/0.0015 M 시트르산나트륨/0.1% 나트륨 도데실 술페이트를 50℃에서 사용; (2) 혼성화 동안 변성제, 예컨대 포름아미드, 예를 들어, 50% (v/v) 포름아미드 + 0.1% 소 혈청 알부민/0.1% 피콜(Ficoll)/0.1% 폴리비닐피롤리돈/50mM 인산나트륨 완충제 (pH 6.5) + 750 mM 염화나트륨, 75 mM 시트르산나트륨을 42℃에서 사용; 또는 (3) 42℃에서 0.2 x SSC (염화나트륨/시트르산나트륨) 중 10분 세척, 이어서 55℃에서 EDTA를 함유한 0.1 x SSC로 이루어진 10분 고-엄격도 세척과 함께, 42℃에서 50% 포름아미드, 5 x SSC (0.75 M NaCl, 0.075 M 시트르산나트륨), 50 mM 인산나트륨 (pH 6.8), 0.1% 피로인산나트륨, 5 x 덴하르트(Denhardt) 용액, 초음파처리된 연어 정자 DNA (50 μg/ml), 0.1% SDS 및 10% 덱스트란 술페이트를 사용하는 용액 중의 밤샘 혼성화.
"중간 정도의 엄격한 조건"은 문헌 [Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, New York: Cold Spring Harbor Press, 1989]에 기재된 바와 같이 확인할 수 있고, 상기 기재된 것보다 엄격도가 낮은 세척 용액 및 혼성화 조건 (예를 들어, 온도, 이온 강도 및 %SDS)의 사용을 포함한다. 중간 정도의 엄격한 조건의 예는 20% 포름아미드, 5 x SSC (150 mM NaCl, 15 mM 시트르산삼나트륨), 50 mM 인산나트륨 (pH 7.6), 5 x 덴하르트 용액, 10% 덱스트란 술페이트 및 20 mg/ml의 전단된 변성 연어 정자 DNA를 포함하는 용액 중에서 37℃에서 밤새 인큐베이션한 후, 필터를 약 37-50℃에서 1 x SSC로 세척하는 것이다. 당업자는 프로브 길이 등과 같은 인자를 조정하기 위해 필요에 따라 온도, 이온 강도 등의 조정 방법을 알 것이다.
본원에 사용된 용어 "바이오마커"는 환자의 생물학적 샘플 중에서 검출될 수 있는, 환자의 표현형, 예를 들어 병리학적 상태 또는 가능한 반응성의 지시자를 지칭한다. 바이오마커는 DNA, RNA, 단백질, 탄수화물 또는 당지질-기반 분자 마커를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
용어 "진단"은 분자 또는 병리학적 상태, 질환 또는 상태의 확인 또는 분류를 지칭하기 위해 본원에서 사용된다. 예를 들어, "진단"은 특정한 유형의 RA의 확인을 지칭할 수 있다. "진단"은 또한 예를 들어 조직병리학적 기준 (예를 들어, 림프성 침윤 또는 여포-유사 림프성 클러스터), 또는 분자 특징 (예를 들어, 특정한 유전자 중 하나 또는 그의 조합 또는 상기 유전자에 의해 코딩된 단백질의 발현을 특징으로 하는 하위유형)에 의한 RA의 특정한 하위유형의 분류를 지칭할 수 있다.
용어 "진단을 보조하는"은 특정한 유형의 증상 또는 상태의 존재 또는 특성에 대한 임상 결정을 돕는 방법을 지칭하기 위해 본원에 사용된다. 예를 들어, RA의 진단을 보조하는 방법은 개체로부터의 생물학적 샘플 중에서 특정 유전자의 발현을 측정하는 것을 포함할 수 있다.
용어 "예후"는 자가면역 질환, 예컨대 RA의 자가면역 장애-기인성 질환 증상의 가능성의 예측을 지칭하기 위해 본원에서 사용된다.
용어 "예측"은 환자가 약물 (치료제) 또는 약물 세트 또는 치료 요법에 대해 유리하게 또는 불리하게 반응할 것인지에 대한 가능성을 지칭하기 위해 본원에 사용된다. 한 실시양태에서, 예측은 그러한 반응의 정도에 관한 것이다. 한 실시양태에서, 예측은 환자가 치료, 예를 들어 특정한 치료제를 사용한 치료 이후에 또한 질환의 재발 없이 특정 기간 동안 생존하거나 개선되는지의 여부 및/또는 그러할 확률에 관한 것이다. 본 발명의 예측 방법은 임의의 특정한 환자에 대한 가장 적절한 치료 방식을 선택하여 치료를 결정하는데 임상적으로 사용될 수 있다. 본 발명의 예측 방법은 환자가 치료 요법, 예컨대 예를 들어 주어진 치료 요법, 예를 들어 주어진 치료제 또는 조합물의 투여, 외과적 개입, 스테로이드 치료 등에 유리하게 반응할 것인지, 또는 치료 요법 후에 환자의 장기간 생존이 가능할 것인지를 예측하는데 유용한 도구이다.
본원에 사용된 "치료"는 치료되는 개체 또는 세포의 자연 경과를 변경시키기 위한 시도의 임상적 개입을 나타내고, 임상 병리상태의 과정 전에 또는 과정 동안 수행될 수 있다. 목적하는 치료 효과는 질환 또는 그의 상태 또는 증상의 발생 또는 재발의 방지, 질환의 상태 또는 증상의 경감, 질환의 임의의 직접적인 또는 간접적인 병리학적 결과의 약화, 질환 진행 속도의 감소, 질환 상태의 개선 또는 완화, 및 차도 또는 개선된 예후의 달성을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 방법 및 조성물은 질환 또는 장애의 발병을 지연시키기 위한 시도에서 유용하다.
"유효량"은 목적하는 치료 또는 예방 결과 달성에 필요한 투여량에서 및 이러한 기간 동안 효과적인 양을 지칭한다. 치료제의 "치료 유효량"은 개체의 질환 상태, 연령, 성별 및 체중, 및 개체에서 목적하는 반응을 도출하기 위한 항체의 능력과 같은 인자에 따라 다양할 수 있다. 치료 유효량은 또한 치료제의 임의의 독성 또는 유해 효과보다 치료상 유익한 효과가 더 큰 양이다. "예방 유효량"은 목적하는 예방 결과 달성에 필요한 투여량에서 및 이러한 기간 동안 효과적인 양을 지칭한다. 반드시는 아니지만 전형적으로, 예방 용량이 질환의 보다 초기 병기 전에, 또는 보다 초기 병기에서 대상체에서 사용되기 때문에, 예방 유효량은 치료 유효량 미만일 것이다.
"개체", "대상체" 또는 "환자"는 척추동물이다. 특정 실시양태에서, 척추동물은 포유동물이다. 포유동물은 영장류 (인간 및 비-인간 영장류 포함) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 래트)를 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 특정 실시양태에서, 포유동물은 인간이다.
"대조 대상체"는 특정한 질환, 예를 들어, RA를 앓는 것으로서 진단되지 않고 그 질환과 연관된 임의의 징후 또는 증상을 앓지 않는 건강한 대상체를 지칭한다.
본원에 사용된 용어 "샘플"은 예를 들어 물리적, 생화학적, 화학적 및/또는 생리학적 특징을 기초로 하여 특성화 및/또는 확인되는 세포 및/또는 다른 분자 엔티티를 함유하는, 관심 대상체로부터 수득하거나 또는 상기 대상체로부터 유래된 조성물을 지칭한다. 예를 들어, 어구 "질환 샘플" 및 그의 변형은 특성화되는 세포 및/또는 분자 엔티티를 함유하는 것으로 예상되거나 공지된 관심 대상체로부터 수득된 임의의 샘플을 지칭한다.
"조직" 또는 "세포 샘플"은 대상체 또는 환자의 조직으로부터 수득된 유사한 세포의 수집물을 의미한다. 조직 또는 세포 샘플의 공급원은 신선한, 동결 및/또는 보존된 기관 또는 조직 샘플 또는 생검 또는 흡인물로부터와 같은 고형 조직; 혈액 또는 임의의 혈액 구성성분; 체액, 예를 들어 뇌척수액, 양수, 복수 또는 간질액; 대상체의 임신 또는 발생 중의 임의의 시점으로부터의 세포일 수 있다. 또한, 조직 샘플은 1차 또는 배양된 세포 또는 세포주일 수 있다. 임의로, 조직 또는 세포 샘플은 질환 조직/기관으로부터 수득한다. 조직 샘플은 자연에서 조직과 자연적으로 서로 혼합되지 않는 화합물, 예컨대 보존제, 항응고제, 완충제, 고정제, 영양소, 항생제 등을 함유할 수 있다. 본원에 사용된 "참조 샘플", "참조 세포", "참조 조직", "대조 샘플", "대조 세포" 또는 "대조 조직"은, 그를 확인하기 위해 본 발명의 방법 또는 조성물이 사용되는 질환 또는 상태를 앓지 않는 것으로 알려지거나 생각되는 공급원으로부터 수득된 샘플, 세포 또는 조직을 지칭한다. 한 실시양태에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포 또는 대조 조직은 질환 또는 상태가 본 발명의 조성물 또는 방법을 사용하여 확인되는 동일한 대상체 또는 환자의 신체의 건강한 부분으로부터 수득한다. 한 실시양태에서, 참조 샘플, 참조 세포, 참조 조직, 대조 샘플, 대조 세포 또는 대조 조직은 질환 또는 상태가 본 발명의 조성물 또는 방법을 사용하여 확인되는 대상체 또는 환자가 아닌 개체의 신체의 건강한 부분으로부터 수득한다.
본원에서의 목적상, 조직 샘플의 "절편"은 조직 샘플의 단일 부분 또는 조각, 예를 들어 조직 샘플로부터 절단한 조직의 박편 또는 세포를 지칭한다. 조직 샘플의 동일한 절편이 형태 및 분자 수준 모두에서 분석되거나, 또는 단백질과 핵산 모두에 대해 분석되는 방법을 본 발명이 포함함을 이해한다면, 조직 샘플의 다수의 절편을 채취하여 본 발명에 따른 분석에 적용할 수 있음이 이해된다.
"상관관계가 있다" 또는 "상관관계가 있는"은 어느 방식으로든 제1 분석 또는 프로토콜의 성과 및/또는 결과를 제2 분석 또는 프로토콜의 성과 및/또는 결과와 비교하는 것을 의미한다. 예를 들어, 제2 프로토콜의 수행시에 제1 분석 또는 프로토콜의 결과를 이용하고/거나 제1 분석 또는 프로토콜의 결과를 이용하여 제2 분석 또는 프로토콜을 수행해야 하는지의 여부를 결정할 수 있다. 유전자 발현 분석 또는 프로토콜의 실시양태와 관련하여, 유전자 발현 분석 또는 프로토콜의 결과를 이용하여 구체적인 치료 요법을 수행해야 하는지를 결정할 수 있다.
"의약"은 질환, 장애 및/또는 상태를 치료하기 위한 활성 약물이다.
특정한 치료제 또는 치료 옵션에 대한 용어 "증가된 내성"이 본 발명에 따라 사용되는 경우에 이는 표준 용량의 약물 또는 표준 치료 프로토콜에 대한 감소된 반응을 지칭한다.
특정한 치료제 또는 치료 옵션에 대한 용어 "감소된 감수성"이 본 발명에 따라 사용되는 경우에 이는 표준 용량의 작용제 또는 표준 치료 프로토콜에 대한 감소된 반응을 의미하며, 여기서 감소된 반응은 작용제의 용량을 증가시키거나 치료 강도를 증가시켜서 (적어도 부분적으로) 보상될 수 있다.
"환자 반응" 또는 "반응"은 (1) 질환 진행의 어느 정도까지의 억제, 예컨대 저속화 및 완전 저지; (2) 질환 에피소드 및/또는 증상의 수에서의 감소; (3) 병변 크기에서의 감소; (4) 인접한 말초 기관 및/또는 조직으로의 질환 세포 침윤의 억제 (즉, 감소, 저속화 또는 완전 저지); (5) 질환 확산의 억제 (즉, 감소, 저속화 또는 완전 저지); (6) 질환 병변의 퇴행 또는 제거를 일으킬 수 있으나 그래야 하는 것은 아닌, 자가면역 반응의 감소; (7) 장애와 연관된 하나 이상의 증상의 어느 정도까지의 경감; (8) 치료 후 질환이 없는 표출 기간에서의 증가; 및/또는 (9) 치료 후 주어진 시점에서의 사망률의 감소를 포함하나 이에 제한되지는 않는, 환자에 대한 이익을 나타내는 임의의 종점을 이용하여 평가될 수 있다.
용어 "유전자 서명"은 "유전자 발현 서명"과 상호교환가능하게 사용되고, 그 발현이 특정 분자, 병리학적, 조직학적 및/또는 임상적 특징을 특징으로 하는 특정한 하위유형 또는 질환 상태를 나타내는 유전자 중 하나 또는 조합을 지칭한다. 특정 실시양태에서, 유전자 발현 서명은 특정한 치료제 또는 치료 요법에 대한 환자 반응성을 예측하는 것이다. 특정 실시양태에서, 유전자 서명을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현은 대조 대상체에서의 그것과 비교하여 상승된다. 특정 실시양태에서, 유전자 서명을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현은 대조 대상체에서의 그것과 비교하여 감소된다. 특정 실시양태에서, 유전자 서명을 포함하는 하나 이상의 유전자의 발현은 대조 대상체에서의 그러한 유전자(들)의 발현과 비교하여 시험 대상체 (예를 들어, 환자)에서 차등 조절된다.
용어 "단백질 서명"은 "단백질 발현 서명"과 상호교환가능하게 사용되고, 그 발현이 특정 분자, 병리학적, 조직학적 및/또는 임상적 특징을 특징으로 하는 특정한 하위유형 또는 질환 상태를 나타내는 단백질 중 하나 또는 조합을 지칭한다. 특정 실시양태에서, 단백질 발현 서명은 특정한 치료제 또는 치료 요법에 대한 환자 반응성을 예측하는 것이다. 특정 실시양태에서, 단백질 서명을 포함하는 하나 이상의 단백질의 발현은 대조 대상체에서의 그것과 비교하여 상승된다. 특정 실시양태에서, 단백질 서명을 포함하는 하나 이상의 단백질의 발현은 대조 대상체에서의 그것과 비교하여 감소된다. 특정 실시양태에서, 단백질 서명을 포함하는 하나 이상의 단백질의 발현은 대조 대상체에서의 그러한 단백질(들)의 발현과 비교하여 시험 대상체 (예를 들어, 환자)에서 차등 조절된다.
본원에 사용된 "RA 치료제", "RA를 치료하는데 효과적인 치료제" 및 그의 문법적 변형은, 유효량이 제공되는 경우에 RA를 앓는 대상체에서 치료 이익을 제공하는 것으로 알려졌거나, 임상적으로 밝혀졌거나, 또는 임상의에 의해 예상되는 작용제를 지칭한다.
본원에 사용된 "MS 치료제", "MS를 치료하는데 효과적인 치료제" 및 그의 문법적 변형은, 유효량이 제공되는 경우에 MS를 앓는 대상체에서 치료 이익을 제공하는 것으로 알려졌거나, 임상적으로 밝혀졌거나, 또는 임상의에 의해 예상되는 작용제를 지칭한다.
본원에 사용된 "ANCA-혈관염 치료제", "ANCA-혈관염을 치료하는데 효과적인 치료제" 및 그의 문법적 변형은, 유효량이 제공되는 경우에 ANCA-혈관염을 앓는 대상체에서 치료 이익을 제공하는 것으로 알려졌거나, 임상적으로 밝혀졌거나, 또는 임상의에 의해 예상되는 작용제를 지칭한다.
본원에서 "B-세포 표면 마커" 또는 "B-세포 표면 항원"은 그에 대해 결합하는 길항제로 표적화될 수 있는 B 세포의 표면 상에서 발현되는 항원이다. 예시적인 B-세포 표면 마커는 CD10, CD19, CD20 (MS4A1), CD21, CD22, CD23, CD24, CD37, CD40, CD53, CD72, CD73, CD74, CDw75, CDw76, CD77, CDw78, CD79a, CD79b, CD80, CD81, CD82, CD83, CDw84, CD85 및 CD86 백혈구 표면 마커를 포함한다 (이에 대한 설명은 문헌 [The Leukocyte Antigen Facts Book, 2nd Edition. 1997, ed. Barclay et al. Academic Press, Harcourt Brace ＆ Co., New York] 참조). 다른 B-세포 표면 마커는 RP105, FcRH2, B-세포 CR2, CCR6, P2X5, HLA-DOB, CXCR5, FCER2, BR3, Btig, NAG14, SLGC16270, FcRH1, IRTA2, ATWD578, FcRH3, IRTA1, FcRH6, BCMA 및 239287을 포함한다. 특정한 관심 B-세포 표면 마커는 포유동물의 다른 비-B-세포 조직에 비해 B 세포 상에서 우선적으로 발현되고, 전구체 B 세포 및 성숙 B 세포 둘 다 상에서 발현될 수 있다.
"B-세포 표면 마커에 결합하는 항체"는, B-세포 표면 마커에 결합시, 예를 들어 B 세포에 의해 도출되는 체액성 반응을 감소시키거나 또는 방지함으로써, 포유동물 내의 B 세포를 파괴 또는 고갈시키고/거나 하나 이상의 B-세포 기능을 방해하는 분자이다. 특정 경우에 항체는 이것으로 치료된 포유동물에서 B 세포를 고갈시킬 수 있다 (즉, 순환하는 B-세포 수준을 감소시킬 수 있음). 이러한 고갈은 다양한 메카니즘, 예컨대 항체-의존성 세포-매개 세포독성 (ADCC) 및/또는 보체-의존성 세포독성 (CDC), B-세포 증식 억제 및/또는 B-세포 사멸 유도 (예를 들어, 아폽토시스를 통함)를 통해 달성될 수 있다.
용어 "길항제"는 특정한 또는 구체적인 단백질의 활성, 예컨대 리간드의 경우에는 하나 이상의 수용체에 대한 그의 결합, 또는 수용체의 경우에는 하나 이상의 리간드에 대한 그의 결합을 중화하거나, 차단하거나, 억제하거나, 없애거나, 감소시키거나, 또는 방해할 수 있는 분자를 지칭한다. 길항제는 항체 및 그의 항원-결합 단편, 단백질, 펩티드, 당단백질, 당펩티드, 당지질, 폴리사카라이드, 올리고사카라이드, 핵산, 생물유기 분자, 펩티드모방체, 약리학적 작용제 및 그의 대사물, 전사 및 번역 제어 서열 등을 포함한다. 또한 길항제는 단백질의 소분자 억제제, 및 단백질에 특이적으로 결합하여 그것이 그의 표적에 결합하는 것을 격리하는 융합 단백질, 수용체 분자 및 유도체, 단백질의 길항제 변이체, 단백질에 대해 지시된 안티센스 분자, RNA 압타머, 및 단백질에 대한 리보자임을 포함한다.
"B-세포 길항제"는, B-세포 표면 마커에 결합시, 예를 들어 B 세포에 의해 도출되는 체액 반응을 감소시키거나 또는 방지함으로써, 포유동물 내의 B 세포를 파괴 또는 고갈시키고/거나 하나 이상의 B-세포 기능을 방해하는 분자이다. 특정 경우에 길항제는 이것으로 치료된 포유동물에서 B 세포를 고갈시킬 수 있다 (즉, 순환하는 B-세포 수준을 감소시킬 수 있음). 이러한 고갈은 다양한 메카니즘, 예컨대 ADCC 및/또는 CDC, B-세포 증식 억제 및/또는 B-세포 사멸 유도 (예를 들어, 아폽토시스를 통함)를 통해 달성될 수 있다. 예시적인 길항제는 임의로 세포독성제와 접합되거나 이에 융합된 B-세포 마커에 결합하는 합성 또는 천연-서열 펩티드, 융합 단백질 및 소분자 길항제를 포함한다. 예는 예를 들어 CD22 항체, CD20 항체, BR3 항체 (예를 들어, WO0224909) 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신을 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
CD20 항체의 예는 다음을 포함한다: 현재 "리툭시맙" ("리툭산®")으로 지칭되는 "C2B8" (미국 특허 번호 5,736,137); 아이덱 파마슈티칼스, 인크.(IDEC Pharmaceuticals, Inc.)로부터 상업적으로 입수가능한 "Y2B8" 또는 "이브리투모맙 티욱세탄" (제발린(ZEVALIN)®)으로 명명된 이트륨-[90]-표지된 2B8 뮤린 항체 (미국 특허 번호 5,736,137; 2B8은 1993년 6월 22일에 ATCC에 기탁 번호 HB11388 하에 기탁됨); "토시투모맙"으로도 지칭되는 뮤린 IgG2a "B1" (131I로 임의로 표지되어, 코릭사(Corixa)로부터 상업적으로 입수가능한 "131I-B1" 또는 "아이오딘 I131 토시투모맙" 항체 (벡사르(BEXXAR)™)를 생성함) (또한 미국 특허 번호 5,595,721 참조); 뮤린 모노클로날 항체 "1F5" (문헌 [Press et al. Blood 69(2):584-591 (1987)]), 및 "프레임워크-패치" 또는 인간화 1F5를 비롯한 그의 변이체 (WO 2003/002607 (Leung, S.); ATCC 기탁물 HB-96450); 뮤린 2H7 및 키메라 2H7 항체 (미국 특허 번호 5,677,180); 인간화 2H7 (예를 들어, WO04/056312; US20060024295 참조); 휴맥스(HUMAX)-CD20™ 항체 (젠맙(Genmab), 덴마크); WO 2004/035607 (Teeling et al.)에 열거된 인간 모노클로날 항체; AME-133™ 항체 (어플라이드 몰레큘라 에볼루션(Applied Molecular Evolution)); A20 항체 또는 그의 변이체, 예컨대 키메라 또는 인간화 A20 항체 (각각 cA20, hA20) (US 2003/0219433, 이뮤노메딕스(Immunomedics)); 및 인터내셔널 류코사이트 타이핑 워크샵(International Leukocyte Typing Workshop)으로부터 입수가능한 모노클로날 항체 L27, G28-2, 93-1 B3, B-C1 또는 NU-B2 (문헌 [Valentine et al., In: Leukocyte Typing III (McMichael, Ed., p. 440, Oxford University Press (1987)]).
용어 "BAFF", "BAFF 폴리펩티드", "TALL-1" 또는 "TALL-1 폴리펩티드", "BLyS" 및 "THANK"는 본원에 사용되는 경우에 "천연-서열 BAFF 폴리펩티드" 및 "BAFF 변이체"를 포함한다. "BAFF"은 예를 들어 미국 특허 공개 번호 2006/0110387에 예시된 인간 BAFF 서열, 및 천연-서열 BAFF의 생물학적 활성을 갖는 상동체 및 단편 및 그의 변이체를 갖는 그러한 폴리펩티드에 주어진 명칭이다. BAFF의 생물학적 활성은 B-세포 생존을 촉진하고, B-세포 성숙을 촉진하고, BR3에 결합하는 것으로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 용어 "BAFF"는 문헌 [Shu et al., J. Leukocyte Biol., 65:680 (1999); GenBank Accession No. AF136293; WO 1998/18921; EP 869,180; WO 1998/27114; WO 1999/12964; WO 1999/33980; Moore et al., Science, 285:260-263 (1999); Schneider et al., J. Exp. Med., 189:1747-1756 (1999); 및 Mukhopadhyay et al., J. Biol. Chem., 274:15978-15981 (1999)]에 기재된 폴리펩티드를 포함한다.
본원에 사용된 용어 "BAFF 길항제"는 가장 넓은 의미로 사용되고, (1) 천연-서열 BAFF 폴리펩티드에 결합하거나, 또는 천연-서열 BR3 폴리펩티드에 결합하여 BAFF 폴리펩티드와의 BR3 상호작용을 부분적으로 또는 완전히 차단하고; (2) 천연-서열 BAFF 신호전달을 부분적으로 또는 완전히 차단하거나, 억제하거나 또는 중화하는 임의의 분자를 포함한다. 천연-서열 BAFF 폴리펩티드 신호전달은 특히 B-세포 생존 및 B-세포 성숙을 촉진한다. BAFF 신호전달의 억제, 차단 또는 중화는 특히 B 세포 수의 감소를 초래한다. 본원에 정의된 바와 같은 BAFF 길항제는 부분적으로 또는 완전히 BAFF 폴리펩티드의 하나 이상의 생물학적 활성을 시험관내 또는 생체내에서 차단하거나, 억제하거나 또는 중화할 것이다. 한 실시양태에서, 생물학적 활성 BAFF는 하기 사건 중 어느 하나 또는 그의 조합을 시험관내 또는 생체내에서 풍부화시킨다: B 세포의 생존 증가, IgG 및/또는 IgM의 수준 증가, 형질세포의 수의 증가, 및 비장 B 세포에서 NF-κb2/100의 p52 NF-κ∃로의 프로세싱 (예를 들어, 문헌 [Batten et al., J. Exp. Med. 192:1453-1465 (2000); Moore et al., Science 285:260-263 (1999); 및 Kayagaki et al., Immunity, 10:515-524 (2002)]).
일부 실시양태에서, 본원에 정의된 BAFF 길항제는 항-BAFF 항체, BAFF-결합 폴리펩티드 (이뮤노어드헤신 및 펩티드 포함) 및 BAFF-결합 소분자를 포함한다. BAFF 길항제는 예를 들어 WO 2002/02641 (예를 들어, 그의 표 1의 임의의 서열 1-46, 321-329, 834-872, 1563-1595, 1881-1905의 아미노산 서열을 포함하는 항체)에 기재된 BAFF-결합 항체를 포함한다. 추가 실시양태에서, 이뮤노어드헤신은 BAFF 수용체의 BAFF-결합 영역 (예를 들어, BR3, BCMA 또는 TACI의 세포외 도메인)을 포함한다. 다른 추가 실시양태에서, 이뮤노어드헤신은 BR3-Fc이다. BAFF-결합 Fc 단백질의 다른 예는 WO 2002/66516, WO 2000/40716, WO 2001/87979, WO 2003/024991, WO 2002/16412, WO 2002/38766, WO 2002/092620 및 WO 2001/12812에서 찾아볼 수 있다. BAFF 길항제의 제조 방법은 예를 들어 US 2005/0095243 및 US 2005/0163775에 기재되어 있다.
용어 "BR3", "BR3 폴리펩티드" 또는 "BR3 수용체"는 본원에 사용되는 경우에 본원에 하기 정의된 바와 같은 천연-서열 BR3 폴리펩티드 및 BR3 변이체를 포함한다. "BR3"은 예를 들어 WO 2003/14294 및 US 2005/0070689에 예시된 인간 BR3 서열을 포함하는 폴리펩티드에 주어진 명칭이다. BR3 폴리펩티드는 다양한 공급원, 예컨대 인간 조직 유형 또는 또 다른 공급원으로부터 단리될 수 있거나, 또는 재조합 및/또는 합성 방법에 의해 제조될 수 있다. 용어 BR3은 WO 2002/24909, WO 2003/14294 및 US 2005/0070689에 기재된 BR3 폴리펩티드를 포함한다. 항-BR3 항체는 예를 들어 WO 2003/14294 및 US 2005/0070689에 예시된 방법에 따라 제조될 수 있다.
"천연-서열" BR3 폴리펩티드 또는 "천연 BR3"은 자연으로부터 유래된 상응하는 BR3 폴리펩티드와 동일한 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드를 포함한다. 이러한 천연-서열 BR3 폴리펩티드는 자연으로부터 단리될 수 있거나, 또는 재조합 및/또는 합성 수단에 의해 제조될 수 있다. 용어 "천연-서열 BR3 폴리펩티드"는 특히 자연 발생 말단절단된, 가용성 또는 분비된 형태 (예를 들어, 세포외 도메인 서열), 자연 발생 변이체 형태 (예를 들어, 대안적으로 스플라이싱된 형태) 및 폴리펩티드의 자연 발생 대립유전자 변이체를 포함한다. 본 발명의 BR3 폴리펩티드는 인간 BR3의 아미노산 잔기 1 내지 184의 인접 서열을 포함하거나 또는 이것으로 구성되는 BR3 폴리펩티드를 포함한다 (WO 2003/14294 및 US 2005/0070689 참조).
BR3 "세포외 도메인" 또는 "ECD"는 본질적으로 막횡단 및 세포질 도메인이 없는 BR3 폴리펩티드의 형태를 지칭한다. BR3의 ECD 형태는 인간 BR3의 아미노산 1-77, 2-62, 2-71, 1-61, 7-71, 23-38 및 2-63으로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열 중 어느 하나를 포함하는 폴리펩티드를 포함한다. 특정 실시양태에서, BAFF 길항제는 천연 BAFF에 결합하는 인간 BR3의 상기 언급된 ECD 형태 및 그의 변이체 및 단편 중 어느 하나를 포함하는 폴리펩티드이다.
"BR3 변이체"는 천연-서열, 전장 BR3 또는 BR3 ECD의 아미노산 서열과 약 80% 이상의 아미노산 서열 동일성을 갖는 BR3 폴리펩티드를 의미하고, 천연-서열 BAFF 폴리펩티드에 결합한다. 임의로, BR3 변이체는 단일 시스테인-풍부 도메인을 포함한다. 이러한 BR3 변이체 폴리펩티드는 예를 들어 1개 이상의 아미노산 잔기가 전장 아미노산 서열의 N- 및/또는 C-말단에서 뿐만 아니라 하나 이상의 내부 도메인 내에서 부가 또는 결실된 BR3 폴리펩티드를 포함한다. 천연 서열 BAFF 폴리펩티드에 결합하는 BR3 ECD의 단편이 또한 고려된다.
본원에 사용된 용어 "APRIL 길항제"는 가장 넓은 의미로 사용되고, (1) 천연-서열 APRIL 폴리펩티드에 결합하거나, 또는 천연-서열 리간드가 APRIL에 결합하여 APRIL 폴리펩티드와의 리간드의 상호작용을 부분적으로 또는 완전히 차단하고; (2) 천연-서열 APRIL 신호전달을 부분적으로 또는 완전히 차단하거나, 억제하거나 또는 중화하는 임의의 분자를 포함한다. 천연-서열 APRIL 폴리펩티드 신호전달은 특히 B-세포 생존 및 B-세포 성숙을 촉진한다. APRIL (증식-유도 리간드)은 BAFF에 공유된 수용체를 갖는 TNF 패밀리 구성원이다. APRIL 길항제의 예는 아타시셉트 (TACI-Ig 이뮤노어드헤신과 동일함) 및 BAFF/APRIL 길항제 (가용성 BCMA-Fc)를 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
용어 "시토카인"은 또 다른 세포 상에서 세포간 매개자로서 작용하는 하나의 세포 집단에 의해 방출되는 단백질에 대한 일반명이다. 이러한 시토카인의 예는 림포카인, 모노카인; 인터류킨 (IL), 예컨대 IL-1, IL-1a, IL-2, IL-3, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-9, IL-11, IL-12, IL-15, IL-17A, IL-17F, IL-17A/F; 종양 괴사 인자, 예컨대 TNF-α 또는 TNF-β; 및 다른 폴리펩티드 인자, 예를 들어 LIF 및 kit 리간드 (KL)이다. 본원에 사용된 용어 시토카인은 천연 공급원 또는 재조합 세포 배양물로부터의 단백질 및 천연-서열 시토카인의 생물학적 활성 등가물, 예를 들어 합성 제조된 소분자 본체 및 제약상 허용되는 유도체 및 염을 포함한다.
본원에 사용된 "종양 괴사 인자-알파 (TNF-알파)"는 문헌 [Pennica et al., Nature, 312:721 (1984) 또는 Aggarwal et al., JBC, 260:2345 (1985)]에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 포함하는 인간 TNF-알파 분자를 지칭한다.
본원에서 "TNF-억제제"는 일반적으로 TNF-알파에 결합하여 그의 활성을 중화시킴으로써 TNF-알파의 생물학적 기능을 어느 정도 억제하는 작용제이다. 본원에서 구체적으로 고려되는 TNF-알파 억제제의 예는 에타네르셉트 (엔브렐(ENBREL)®), 인플릭시맙 (레미케이드(REMICADE)®), 아달리무맙 (휴미라(HUMIRA)®), 골리무맙 (심포니(SIMPONI)™) 및 세르톨리주맙 페골 (심지아(CIMZIA)®)이다.
"질환-변형 항-류마티스 약물" 또는 "DMARD"의 예는 히드록시클로로퀸, 술파살라진, 메토트렉세이트 (경구 및 피하 메토트렉세이트 포함), 레플루노미드, 아자티오프린, D-페니실라민, 금 (경구), 금 (근육내), 미노시클린, 시클로스포린, 스타필로코쿠스 단백질 A 면역흡착 (그의 염 및 유도체 포함) 등을 포함한다.
"CTLA4"는 활성화된 T 림프구 상에서 발현되고, 면역 반응의 하향-조절에 관련된다. 문헌에서 CTLA4에 대한 다른 명칭은 세포독성 T-림프구-연관 항원 4, 세포독성 T-림프구-연관 단백질 4, 세포 분화 항원 CD152 및 세포독성 T-림프구-연관 과립 세린 프로테아제 4를 포함한다.
"마케팅 승인된", 또는 "치료제로서 승인된" 치료제, 또는 이들 어구의 문법적 변형은 본원에 사용된 바와 같이 특정한 장애 (예를 들어, RA) 또는 환자 하위 집단 (예를 들어, 특정한 민족성, 성별, 생활방식, 질환 위험 프로파일 등의 환자)의 치료를 위한 상업 기관 (예를 들어, 영리 조직)에 의해 및/또는 이를 통해 및/또는 이를 대신하여 판매되도록 관련 정부 기관 (예를 들어, 연방, 주 또는 지역 규제청, 규제부, 규제국)에 의해 승인, 인가, 등록 또는 허가된 작용제 (예를 들어, 약물 제제, 의약의 형태로)를 지칭한다. 관련 정부 기관은 예를 들어 미국 식품 의약품국 (FDA), 유럽 의약 평가국 (EMA), 및 그의 동등한 기관을 포함한다.
"항체" (Ab) 및 "이뮤노글로불린" (Ig)은 유사한 구조적 특징을 갖는 당단백질을 지칭한다. 항체는 항원에 대해 결합 특이성을 나타내지만, 이뮤노글로불린은 일반적으로 항원 특이성이 결여된 항체 및 다른 항체-유사 분자 둘 다를 포함한다. 상기 항체 유사 분자의 폴리펩티드는 예를 들어 림프계에 의해 낮은 수준으로, 골수종에 의해 증가된 수준으로 생성된다.
용어 "항체" 및 "이뮤노글로불린"은 가장 넓은 의미에서 상호교환가능하게 사용되고, 모노클로날 항체 (예를 들어, 전장 또는 무손상 모노클로날 항체), 폴리클로날 항체, 1가 항체, 다가 항체, 다중특이적 항체 (예를 들어, 목적하는 생물학적 활성을 나타내는 한, 이중특이적 항체)를 포함하고, 또한 특정 항체 단편 (본원에서 보다 상세히 기재된 바와 같이)을 포함할 수 있다. 항체는 키메라, 인간, 인간화 및/또는 친화도 성숙일 수 있다.
용어 "전장 항체", "무손상 항체" 및 "전체 항체"는 본원에서 상호교환가능하게 사용되고, 하기 정의된 항체 단편이 아닌, 그의 실질적으로 무손상 형태의 항체를 지칭한다. 상기 용어는 특히 Fc 영역을 함유하는 중쇄를 갖는 항체를 지칭한다.
"항체 단편"은 바람직하게는 항원 결합 영역을 포함하는 무손상 항체의 일부를 포함한다. 항체 단편의 예는 Fab, Fab', F(ab')2 및 Fv 단편; 디아바디; 선형 항체; 단일-쇄 항체 분자; 및 항체 단편으로부터 형성된 다중특이적 항체를 포함한다.
항체의 파파인 소화는 각각 단일 항원-결합 부위를 갖는 2개의 동일한 항원-결합 단편 ("Fab" 단편으로 명명됨), 및 나머지 "Fc" 단편 (그 명칭은 용이하게 결정화되는 그의 능력을 반영함)이 생성한다. 펩신 처리에 의해, 2개의 항원-결합 부위를 갖고 여전히 항원에 가교-결합할 수 있는 F(ab')2 단편이 생성된다.
"Fv"는 완전 항원-결합 부위를 함유하는 최소 항체 단편이다. 한 실시양태에서, 2-쇄 Fv 종은 1개의 중쇄 및 1개의 경쇄 가변 도메인이 단단하게 비공유 회합된 이량체로 이루어진다. 집합적으로, Fv의 6개의 CDR은 항체에 항원-결합 특이성을 부여한다. 그러나, 단일 가변 도메인 (또는 항원에 특이적인 3개의 CDR만을 포함하는 Fv의 절반)일지라도 전체 결합 부위보다 친화도가 낮긴 하지만 항원을 인식하고 결합하는 능력을 갖는다.
Fab 단편은 중쇄 및 경쇄 가변 도메인을 함유하고, 또한 경쇄의 불변 도메인 및 중쇄의 제1 불변 도메인 (CH1)을 함유한다. Fab' 단편은 항체 힌지 영역으로부터의 하나 이상의 시스테인을 포함하는 중쇄 CH1 도메인의 카르복시 말단에 몇몇 잔기가 부가되었다는 점에서 Fab 단편과 상이하다. Fab'-SH는 본원에서 불변 도메인의 시스테인 잔기(들)가 유리 티올 기를 보유하는 Fab'를 나타낸다. F(ab')2 항체 단편은 본래 그들 사이에 힌지 시스테인을 갖는 Fab' 단편의 쌍으로 생산된다. 항체 단편의 다른 화학적 커플링이 또한 공지되어 있다.
본원에 사용된 용어 "모노클로날 항체"는 실질적으로 동종 항체 집단으로부터 수득된 항체를 지칭하며, 즉, 이 집단을 구성하는 개별 항체는 소량으로 존재할 수 있는 가능한 돌연변이, 예를 들어 자연 발생 돌연변이를 제외하고는 동일하다. 따라서, 수식어 "모노클로날"은 항체가 분리된 항체의 혼합물이 아니라는 특징을 나타낸다. 특정 실시양태에서, 이러한 모노클로날 항체는 전형적으로 표적에 결합하는 폴리펩티드 서열을 포함하는 항체를 포함하며, 여기서 표적 결합 폴리펩티드 서열은 복수개의 폴리펩티드 서열로부터 단일 표적 결합 폴리펩티드 서열의 선택을 포함하는 과정에 의해 수득하였다. 예를 들어, 선택 과정은 복수개의 클론, 예컨대 하이브리도마 클론, 파지 클론 또는 재조합 DNA 클론의 풀로부터 독특한 클론을 선택하는 것일 수 있다. 선택된 표적 결합 서열은 예를 들어 표적에 대한 친화도 개선, 표적 결합 서열의 인간화, 세포 배양물 중 그의 생성 개선, 생체내에서의 그의 면역원성 감소, 다중특이적 항체의 생성 등을 위해 추가로 변경될 수 있고, 변경된 표적 결합 서열을 포함하는 항체도 본 발명의 모노클로날 항체임을 이해해야 한다. 상이한 결정기 (에피토프)에 대해 지정된 상이한 항체를 전형적으로 포함하는 폴리클로날 항체 제제와는 달리, 모노클로날 항체 제제의 각 모노클로날 항체는 항원 상의 단일 결정기에 대해 지정된다. 모노클로날 항체 제제는 이것의 특이성 외에도 전형적으로 다른 이뮤노글로불린에 의해 오염되지 않았다는 점에서 유리하다.
수식어 "모노클로날"은 실질적으로 동종 항체들의 집단으로부터 수득된 것으로의 항체의 특징을 표시하고, 임의의 특정한 방법을 통한 항체 생산이 필요하다는 것으로 해석되어서는 안된다. 예를 들어, 본 발명에 따라 사용될 모노클로날 항체는 다양한 기술, 예를 들어 하이브리도마 방법 (예를 들어, 문헌 [Kohler et al., Nature, 256: 495 (1975); Harlow et al., Antibodies: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd ed. 1988); Hammerling et al., in: Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563-681 (Elsevier, N.Y., 1981)]), 재조합 DNA 방법 (예를 들어, 미국 특허 번호 4,816,567 참조), 파지 디스플레이 기술 (예를 들어, 문헌 Clackson et al., Nature, 352: 624-628 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992); Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004); Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004); Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004); 및 Lee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)] 참조), 및 인간 이뮤노글로불린 서열을 코딩하는 인간 이뮤노글로불린 유전자좌 또는 유전자의 일부 또는 전부를 갖는 동물에서 인간 또는 인간-유사 항체를 생성하기 위한 기술 (예를 들어, WO98/24893; WO96/34096; WO96/33735; WO91/10741; 문헌 [Jakobovits et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 2551 (1993); Jakobovits et al., Nature 362: 255-258 (1993); Bruggemann et al., Year in Immunol. 7:33 (1993); U.S. Patent Nos. 5,545,807; 5,545,806; 5,569,825; 5,625,126; 5,633,425; 5,661,016; Marks et al., Bio.Technology 10: 779-783 (1992); Lonberg et al., Nature 368: 856-859 (1994); Morrison, Nature 368: 812-813 (1994); Fishwild et al., Nature Biotechnol. 14: 845-851 (1996); Neuberger, Nature Biotechnol. 14: 826 (1996) 및 Lonberg and Huszar, Intern. Rev. Immunol. 13: 65-93 (1995)] 참조)로 제조될 수 있다.
본원에서의 모노클로날 항체는 구체적으로, 중쇄 및/또는 경쇄의 일부가 특정한 종으로부터 유래되거나 특정한 항체 부류 또는 하위부류에 속하는 항체의 상응하는 서열과 동일하거나 상동성인 한편, 쇄(들)의 나머지 부분은 또 다른 종으로부터 유래되거나 또 다른 항체 부류 또는 하위부류에 속하는 항체의 상응하는 서열과 동일하거나 상동성인 "키메라" 항체 (이뮤노글로불린), 뿐만 아니라 목적하는 생물학적 활성을 나타내는 한, 이러한 항체의 단편을 포함한다 (미국 특허 번호 4,816,567; 문헌 [Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6855-9855 (1984)]).
비-인간 (예를 들어, 뮤린) 항체의 "인간화" 형태는 비-인간 이뮤노글로불린으로부터 유래된 최소 서열을 함유하는 키메라 항체이다. 한 실시양태에서, 인간화 항체는 수용자의 초가변 영역으로부터의 잔기가 목적하는 특이성, 친화도 및/또는 능력을 갖는 비-인간 종 (공여자 항체), 예컨대 마우스, 래트, 토끼 또는 비인간 영장류의 초가변 영역으로부터의 잔기로 대체된 인간 이뮤노글로불린 (수용자 항체)이다. 일부 경우에, 인간 이뮤노글로불린의 프레임워크 영역 (FR) 잔기가 상응하는 비-인간 잔기로 대체된다. 추가로, 인간화 항체는 수용자 항체 또는 공여자 항체에서는 발견되지 않는 잔기를 포함할 수 있다. 이러한 변형은 항체 성능이 추가로 개선되도록 이루어질 수 있다. 일반적으로, 인간화 항체는 실질적으로 모든 1개 이상, 전형적으로 2개의 가변 도메인을 포함할 것이며, 여기서 모든 또는 실질적으로 모든 초가변 루프는 비-인간 이뮤노글로불린의 루프에 상응하고, 모든 또는 실질적으로 모든 FR은 인간 이뮤노글로불린 서열의 루프이다. 또한, 인간화 항체는 임의로 이뮤노글로불린 불변 영역 (Fc) 중 적어도 일부, 전형적으로는 인간 이뮤노글로불린의 적어도 일부를 포함할 것이다. 보다 상세한 내용은 문헌 [Jones et al., Nature 321:522-525 (1986); Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); 및 Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596 (1992)]을 참조한다. 또한, 하기 검토 문헌 및 이 문헌에 인용된 참조문헌을 참조한다: [Vaswani and Hamilton, Ann. Allergy, Asthma & Immunol. 1:105-115 (1998); Harris, Biochem. Soc. Transactions 23:1035-1038 (1995); Hurle and Gross, Curr. Op. Biotech. 5:428-433 (1994)].
"인간 항체"는 인간에 의해 생산되고/거나 본원에 개시되는 임의의 인간 항체 제조 기술을 사용하여 제조된 항체에 상응하는 아미노산 서열을 포함하는 항체이다. 상기 기술은 인간-유래된 조합 라이브러리, 예를 들어 파지 디스플레이 라이브러리의 스크리닝 (예를 들어, 문헌 [Marks et al., J. Mol. Biol., 222: 581-597 (1991) 및 Hoogenboom et al., Nucl. Acids Res., 19: 4133-4137 (1991)] 참조); 인간 모노클로날 항체의 생산을 위한 인간 골수종 및 마우스-인간 이종골수종 세포주의 사용 (예를 들어, 문헌 [Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984); Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 55-93 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987); 및 Boerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)] 참조); 및 내인성 이뮤노글로불린 생산의 부재 하에 인간 항체의 전체 레퍼토리를 생산할 수 있는 트랜스제닉 동물 (예를 들어, 마우스)에서의 모노클로날 항체의 생산 (예를 들어, [Jakobovits et al., Proc. Natl. Acad. Sci USA, 90: 2551 (1993); Jakobovits et al., Nature, 362: 255 (1993); Bruggermann et al., Year in Immunol., 7: 33 (1993)] 참조)을 포함한다. 인간 항체의 이러한 정의는 비-인간 동물로부터의 항원 결합 잔기를 포함하는 인간화 항체는 명확하게 제외한다.
"친화도 성숙" 항체는 변경(들)을 나타내지 않는 모 항체와 비교해서 항원에 대한 항체의 친화도를 개선시킨, 그의 하나 이상의 CDR 내에서의 하나 이상의 변경을 갖는 항체이다. 한 실시양태에서, 친화도 성숙 항체는 표적 항원에 대해 나노몰 또는 심지어 피코몰의 친화도를 갖는다. 친화도 성숙 항체는 당업계에 공지된 절차에 의해 생산된다. 문헌 [Marks et al., Bio/Technology 10:779-783 (1992)]에서는 VH 및 VL 도메인 셔플링에 의한 친화도 성숙을 기재하고 있다. HVR 및/또는 프레임워크 잔기의 무작위 돌연변이 유발은 문헌 [Barbas et al. Proc Nat. Acad. Sci. USA 91:3809-3813 (1994); Schier et al. Gene 169:147-155 (1995); Yelton et al. J. Immunol. 155:1994-2004 (1995); Jackson et al., J. Immunol. 154(7):3310-9 (1995); 및 Hawkins et al, J. Mol. Biol. 226:889-896 (1992)]에 기재되어 있다.
"차단 항체" 또는 "길항제 항체"는 이것이 결합하는 항원의 생물학적 활성을 억제하거나 감소시키는 항체이다. 특정 차단 항체 또는 길항제 항체는 항원의 생물학적 활성을 부분적으로 또는 완전히 억제한다.
본원에 사용된 "성장-억제" 항체는 이러한 항체와 결합하는 항원을 발현하는 세포의 증식을 방지하거나 감소시키는 항체이다. 예를 들어, 항체는 B 세포의 증식을 시험관내 및/또는 생체내 방지하거나 감소시킬 수 있다.
"아폽토시스를 유도하는" 항체는 아넥신 V의 결합, DNA의 단편화, 세포 수축, 세포질 세망의 확대, 세포 단편화 및/또는 막 소포 (아폽토시스체라 불림)의 형성과 같은 표준 아폽토시스 검정에 의해 결정되는 바와 같이, 예를 들어 B 세포의 프로그램화된 세포 사멸을 유도하는 항체를 지칭한다.
항체 "이펙터 기능"은 항체의 Fc 영역 (천연-서열 Fc 영역 또는 아미노산-서열-변이체 Fc 영역)에 기인하는 생물학적 활성을 지칭하며, 항체 이소형에 따라 달라진다. 항체 이펙터 기능의 예는 C1q 결합 및 보체-의존성 세포독성 (CDC); Fc-수용체 결합; 항체-의존성 세포-매개 세포독성 (ADCC); 식세포작용; 세포-표면 수용체 (예를 들어, B-세포 수용체)의 하향-조절; 및 B-세포 활성화를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
용어 "Fc 영역"은 본원에서 천연-서열 Fc 영역 및 변이체 Fc 영역을 포함하는, 이뮤노글로불린 중쇄의 C-말단 영역을 정의하기 위해 사용된다. 이뮤노글로불린 중쇄의 Fc 영역의 경계는 달라질 수 있지만, 인간 IgG 중쇄 Fc 영역은 전형적으로 위치 Cys226 또는 Pro230의 아미노산 잔기로부터 이것의 카르복실-말단까지의 스트레치인 것으로 정의된다. Fc 영역의 C-말단 리신 (EU 넘버링 시스템에 따른 잔기 447)은 예를 들어 항체의 생성 또는 정제 동안, 또는 항체의 중쇄를 코딩하는 핵산의 재조합 조작에 의해 제거될 수 있다. 따라서, 무손상 항체의 조성물은 모든 K447 잔기가 제거된 항체 집단, K447 잔기가 제거되지 않는 항체 집단, 및 K447 잔기가 존재하는 항체와 존재하지 않는 항체들의 혼합물을 갖는 항체 집단을 포함할 수 있다.
본원에서 달리 나타내지 않는 한, 이뮤노글로불린 중쇄 내의 잔기의 넘버링은 카바트 (문헌 [Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, Ed. 5 (Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991)]에서와 같은 EU 인덱스의 넘버링이다. "카바트에서와 같은 EU 인덱스"는 인간 IgG1 EU 항체의 잔기 넘버링을 지칭한다.
"기능적 Fc 영역"은 천연-서열 Fc 영역의 "이펙터 기능"을 보유한다. 예시적인 "이펙터 기능"은 C1q 결합; CDC; Fc-수용체 결합; ADCC; 식세포작용; 세포-표면 수용체 (예를 들어, B-세포 수용체; BCR)의 하향-조절 등을 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 이러한 이펙터 기능은 일반적으로 Fc 영역을 결합 도메인 (예를 들어, 항체-가변 도메인)과 조합할 것을 요구하고, 이는 예를 들어 본원에서 개시된 바와 같은 다양한 검정을 이용하여 평가될 수 있다.
"천연-서열 Fc 영역"은 천연에서 발견되는 Fc 영역의 아미노산 서열과 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 천연-서열 인간 Fc 영역은 천연-서열 인간 IgG1 Fc 영역 (비-A 및 A 동종이형); 천연-서열 인간 IgG2 Fc 영역; 천연-서열 인간 IgG3 Fc 영역; 및 천연-서열 인간 IgG4 Fc 영역 뿐만 아니라 그의 자연 발생 변이체를 포함한다.
"변이체 Fc 영역"은 적어도 하나의 아미노산 변형, 전형적으로 하나 이상의 아미노산 치환(들)에 의해 천연-서열 Fc 영역의 것과 상이한 아미노산 서열을 포함한다.
용어 "Fc-영역-포함 항체"는 Fc 영역을 포함하는 항체를 지칭한다. Fc 영역의 C-말단 리신 (EU 넘버링 시스템에 따른 잔기 447)은 예를 들어 항체의 정제 동안, 또는 항체를 코딩하는 핵산의 재조합 조작에 의해 제거될 수 있다. 따라서, Fc 영역을 갖는 항체를 포함하는 조성물은 K447을 갖는 항체, 모든 K447이 제거된 항체, 또는 K447 잔기가 존재하는 항체와 존재하지 않는 항체들의 혼합물을 포함할 수 있다.
"Fc 수용체" 또는 "FcR"은 항체의 Fc 영역에 결합하는 수용체를 기재한다. 일부 실시양태에서, FcR은 천연-인간 FcR이다. 일반적으로, FcR은 IgG 항체에 결합하는 수용체 (감마 수용체)이고, FcγRI, FcγRII 및 FcγRIII 하위부류의 수용체, 예를 들어 이들 수용체의 대립유전자 변이체 및 대안 스플라이싱된 형태를 포함한다. FcγRII 수용체는 FcγRIIA ("활성화 수용체") 및 FcγRIIB ("억제 수용체")를 포함하는데, 이들은 그의 세포질 도메인에서 주로 상이한, 유사한 아미노산 서열을 갖는다. 활성화 수용체 FcγRIIA는 그의 세포질 도메인에 면역수용체 티로신-기재의 활성화 모티프 (ITAM)를 함유한다. 억제 수용체 FcγRIIB는 그의 세포질 도메인에 면역수용체 티로신-기반 억제 모티프 (ITIM)를 함유한다. (예를 들어, 문헌 [Daёron, Annu. Rev. Immunol. 15:203-234 (1997)] 참조). FcR은 예를 들어 문헌 [Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991); Capel et al., Immunomethods 4:25-34 (1994); 및 de Haas et al., J. Lab. Clin. Med. 126:330-41 (1995)]에서 검토된다. 추후로 확인될 것을 포함하여 다른 FcR이 본원에서 용어 "FcR"에 포함된다.
용어 "Fc 수용체" 또는 "FcR"은 또한 모체 IgG에서 태아로의 전달 (문헌 [Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976) 및 Kim et al., J. Immunol. 24:249 (1994)]) 및 이뮤노글로불린의 항상성 조절을 담당하는 신생아의 수용체인 FcRn을 포함한다. FcRn에 대한 결합을 측정하는 방법은 공지되어 있다 (예를 들어, 문헌 [Ghetie and Ward, Immunology Today,18 (12):592-8 (1997); Ghetie et al., Nature Biotechnology, 15 (7):637-40 (1997); Hinton et al., J. Biol. Chem.,279(8):6213-6 (2004)]; WO 2004/92219 (Hinton et al.) 참조).
인간 FcRn 고-친화도 결합 폴리펩티드의 인간 FcRn에 대한 생체내 결합 및 혈청 반감기는, 예를 들어 인간 FcRn을 발현하는 트랜스제닉 마우스 또는 형질감염된 인간 세포주에서, 또는 변이체 Fc 영역을 갖는 폴리펩티드를 투여한 영장류에서 검정할 수 있다. WO 2000/42072 (Presta)에는 FcR에 대한 결합이 개선되거나 감소된 항체 변이체가 기재되어 있다. 또한, 예를 들어 문헌 [Shields et al., J. Biol. Chem., 9(2): 6591-6604 (2001)]을 참조한다.
"인간 이펙터 세포"는 하나 이상의 FcR을 발현하고 이펙터 기능을 수행하는 백혈구이다. 특정 실시양태에서, 세포는 적어도 FcγRIII를 발현하고 ADCC 이펙터 기능(들)을 수행한다. ADCC를 매개하는 인간 백혈구의 예는 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC), 천연-킬러 (NK) 세포, 단핵구, 세포독성 T 세포 및 호중구를 포함한다. 이펙터 세포는 천연 공급원, 예를 들어 혈액으로부터 단리될 수 있다.
"항체-의존성 세포-매개 세포독성" 또는 "ADCC"는, 특정 세포독성 세포 (예를 들어 NK 세포, 호중구 및 대식세포) 상에 존재하는 Fc 수용체 (FcR) 상에 결합된 분비된 Ig가, 이들 세포독성 이펙터 세포가 항원 보유 표적 세포에 특이적으로 결합하고 후속적으로 표적 세포를 세포독소로 사멸시키도록 할 수 있는 세포독성의 형태를 지칭한다. ADCC를 매개하는 주요 세포인 NK 세포는 FcγRIII만을 발현하는 반면에, 단핵구는 FcγRI, FcγRII 및 FcγRIII을 발현한다. 조혈 세포 상에서의 FcR 발현은 문헌 [Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol., 9:457-492 (1991)]의 페이지 464, 표 3에 요약되어 있다. 관심 분자의 ADCC 활성을 평가하기 위해, U.S. 5,500,362 또는 5,821,337 또는 U.S. 6,737,056 (Presta)에 기재된 바와 같은 시험관내 ADCC 검정을 수행할 수 있다. 이러한 검정에 유용한 이펙터 세포는 PBMC 및 NK 세포를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로, 관심 분자의 ADCC 활성은 예를 들어 문헌 [Clynes et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 95:652-656 (1998)]에 개시된 바와 같은 동물 모델에서 생체내 평가할 수 있다.
"보체-의존성 세포독성" 또는 "CDC"는 보체의 존재 하에 표적 세포의 용해를 지칭한다. 고전적인 보체 경로의 활성화는 보체계의 제1 성분 (C1q)이 동족 항원에 결합되어 있는 항체 (적절한 하위부류의 항체)에 결합함으로써 개시된다. 보체 활성화를 평가하기 위해, 예를 들어 문헌 [Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods, 202:163 (1996)]에 기재되어 있는 바와 같은 CDC 검정을 수행할 수 있다. 변경된 Fc 영역 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 변이체 (변이체 Fc 영역을 갖는 폴리펩티드) 및 증가되거나 저하된 C1q 결합 능력을 갖는 폴리펩티드 변이체는 예를 들어 U.S. 6,194,551 및 WO 1999/51642에 기재되어 있다. 또한, 예를 들어 문헌 [Idusogie et al., J. Immunol. 164:4178-4184 (2000)]을 참조한다.
"결합 친화도"는 일반적으로, 분자 (예를 들어, 항체)의 단일 결합 부위와 그의 결합 파트너 (예를 들어, 항원) 사이의 비공유 상호작용의 전체 강도를 지칭한다. 달리 나타내지 않는 한, 본원에 사용된 바와 같이 "결합 친화도"는 결합 쌍의 구성원들 (예를 들어, 항체 및 항원) 사이의 1:1 상호작용을 반영하는 내인성 결합 친화도를 지칭한다. 분자 X의 그의 파트너 Y에 대한 친화도는 일반적으로 해리 상수 (Kd)로 표시될 수 있다. 친화도는 본원에 기재된 방법을 포함하는 당업계에 공지된 통상의 방법으로 측정할 수 있다. 저-친화도 항체는 일반적으로 항원과 서서히 결합하고 용이하게 해리되는 경향이 있는 반면, 고-친화도 항체는 일반적으로 항원과 보다 신속하게 결합하고 보다 오랫 동안 결합된 상태를 유지하는 경향이 있다. 결합 친화도를 측정하는 다양한 방법은 당업계에 공지되어 있다.
본원에 사용된 용어 "실질적으로 유사한" 또는 "실질적으로 동일한"은 2개의 수치값 (예를 들어, 하나는 본 발명의 항체와 연관되고, 다른 하나는 참조/비교 항체와 연관됨) 사이에 충분히 높은 정도의 유사성을 나타내며, 당업자가 상기 값 (예를 들어, Kd 값)에 의해 측정된 생물학적 특징의 맥락 내에서 2개의 값 사이의 차이를 생물학적 및/또는 통계적 유의성이 거의 없거나 또는 전혀 없는 것으로 간주하도록 한다. 상기 2개 값 사이의 차이는 참조/비교 값의 함수로서 예를 들어 약 50% 미만, 약 40% 미만, 약 30% 미만, 약 20% 미만 및/또는 약 10% 미만이다.
본원에 사용된 어구 "실질적으로 감소된" 또는 "실질적으로 상이한"은 2개의 수치값 (일반적으로 하나는 분자와 연관되고, 다른 하나는 참조/비교 분자와 연관됨) 사이의 충분히 높은 정도의 차이를 나타내며, 당업자가 상기 값 (예를 들어, Kd 값)에 의해 측정된 생물학적 특징의 맥락 내에서 2개의 값 사이의 차이를 통계적 유의성이 있는 것으로 간주하도록 한다. 상기 2개 값 사이의 차이는 참조/비교 값의 함수로서 예를 들어 약 10% 초과, 약 20% 초과, 약 30% 초과, 약 40% 초과 및/또는 약 50% 초과이다.
단어 "표지"는 본원에 사용되는 경우에 검출가능한 화합물 또는 조성물을 지칭한다. 표지는 전형적으로 시약, 예컨대 핵산 프로브 또는 항체에 직접 또는 간접적으로 접합되거나 융합되고, 그와 접합되거나 융합된 시약의 검출을 용이하게 한다. 표지는 그 자체로 검출가능할 수도 있고 (예를 들어, 방사선동위원소 표지 또는 형광 표지), 또는 효소 표지의 경우에는 검출가능한 생성물을 생성하는 기질 화합물 또는 조성물의 화학적 변경을 촉매할 수도 있다.
"단리된" 생물학적 분자, 예컨대 핵산, 폴리펩티드 또는 항체는 그의 자연 환경의 적어도 하나의 성분으로부터 확인 및 분리 및/또는 회수된 것이다.
본원에서 "약" 값 또는 파라미터에 대한 언급은 상기 값 또는 파라미터 자체를 지칭하는 실시양태를 포함 (및 기재)한다. 예를 들어, "약 X"를 언급하는 기재는 "X"의 기재를 포함한다.
용어 "제약 제제"는 의약의 생물학적 활성이 유효하게 할 수 있는 형태로 존재하고, 해당 제제가 투여되는 대상체에 대해 비허용가능하게 독성인 어떠한 추가의 성분도 함유하지 않은 멸균 제제를 지칭한다.
"멸균" 제제는 무균이거나 또는 모든 살아있는 미생물 및 그의 포자가 없다.
"포장 삽입물"은 치료 제품 또는 의약의 상업용 패키지 내에 통상적으로 포함되어 적응증, 용법, 용량, 투여, 금기, 이러한 포장 제품과 조합될 다른 치료 제품 및/또는 이러한 치료 제품 또는 의약의 사용에 관한 경고 등에 대한 정보를 함유하는 설명서를 지칭하기 위해 사용된다.
"키트"는 RA 또는 관절 손상을 치료하기 위한 하나 이상의 시약, 예를 들어 의약 또는 본 발명의 바이오마커 유전자 또는 단백질을 특이적으로 검출하기 위한 프로브를 포함하는 임의의 제조품 (예를 들어, 패키지 또는 용기)이다. 특정 실시양태에서, 제조품은 본 발명의 방법을 수행하기 위한 단위로서 판촉되거나, 배급되거나 또는 판매된다.
"표적 청중"은, 마케팅 또는 광고에 의해서와 같이, 특히 특정한 용도, 치료 또는 적응증을 위한 특정한 의약이 프로모션되고 있거나 프로모션되도록 의도되는 일군의 사람들 또는 기관, 예컨대 개별 환자, 환자 집단, 신문, 의학 문헌 및 잡지의 구독자, 텔레비전 또는 인터넷 시청자, 라디오 또는 인터넷 청취자, 의사, 제약 회사 등이다.
용어 "혈청 샘플"은 개체로부터 수득한 임의의 혈청 샘플을 지칭한다. 포유동물로부터 혈청을 얻기 위한 방법은 당업계에 공지되어 있다.
용어 "전혈"은 개체로부터 수득된 임의의 전혈 샘플을 지칭한다. 전형적으로, 전혈은 모든 혈액 성분, 예를 들어, 세포 성분 및 혈장을 함유한다. 포유동물로부터 전혈을 수득하는 방법은 당업계에 널리 공지되어 있다.
표현 "에 반응성이 아닌", "비-반응성" 및 그의 문법적 변형은, 이것이 이전에 투여된 하나 이상의 의약 (치료제)에 대한 대상체 또는 환자의 반응과 관련이 있는 바와 같이, 이러한 의약(들)의 투여시에, 치료를 받은 장애의 치료에 대한 임의의 또는 적절한 징후를 나타내지 않거나 또는 의약(들)에 대해 임상적으로 허용되지 않는 높은 정도의 독성을 나타내거나 또는 이러한 의약(들)의 최초 투여 후에 치료 징후를 유지하지 않는 대상체 또는 환자를 나타내며, 여기서 단어 치료는 이 문맥에서 본원에 정의된 바와 같이 사용된다. 어구 "반응성이 아닌"은 이전에 투여된 의약(들)에 대해 내성이 있고/거나 불응성인 대상체에 관한 기재를 포함하고, 의약(들)을 제공받는 동안에도 대상체 또는 환자가 진행된 상황 및 대상체 또는 환자가 더 이상 반응성이 아니어서 이러한 의약(들)을 포함하는 요법을 완료한 후 이들이 12개월 이내 (예를 들어, 6개월 이내)에 진행된 상황을 포함한다. 따라서, 하나 이상의 의약에 대한 비-반응성은, 이것을 사용한 이전 또는 현행 치료 후에도 계속해서 활성 질환을 앓는 대상체를 포함한다. 예를 들어, 환자는 그가 비-반응성인 의약(들)을 사용한 약 1 내지 3개월, 또는 3 내지 6개월, 또는 6 내지 12개월의 요법 후에도 활성인 질환 활성을 가질 수 있다. 이러한 반응성은 해당 장애 치료에 숙련된 임상의에 의해 평가될 수 있다.
의약(들)에 대한 비-반응의 목적에 있어서, 하나 이상의 의약을 사용한 이전 또는 현행 치료로부터 "임상적으로 허용되지 않는 높은 수준의 독성"을 경험한 대상체는 숙련된 임상의에 의해 유의한 것으로 여겨지는 이와 관련된 하나 이상의 부정적인 부작용 또는 유해 사례, 예컨대 예를 들어 중증 감염, 울혈성 심부전, (다발성 경화증을 유발하는) 탈수초, 심각한 과민증, 신경병리학적 사건, 고도의 자가면역, 암, 예컨대 자궁내막암, 비-호지킨 림프종, 유방암, 전립선암, 폐암, 난소암, 또는 흑색종, 결핵 (TB) 등을 경험한다.
특정 질환 또는 장애를 앓는 환자에게 증가된 임상 이익 또는 특정한 치료제 또는 치료 요법에 대한 반응의 예측과 연관된 바이오마커의 "양" 또는 "수준"은 생물학적 샘플에서 검출가능한 수준이다. 이것은 당업자에게 공지되고 또한 본원에 개시된 방법으로 측정될 수 있다. 평가되는 바이오마커의 발현 수준 또는 양은 치료 또는 치료제에 대한 반응 또는 예측 반응을 결정하기 위해 사용될 수 있다.
용어 "발현의 수준" 또는 "발현 수준"은 일반적으로 상호교환가능하게 사용되고, 일반적으로 생물학적 샘플 중의 폴리뉴클레오티드 또는 아미노산 생성물 또는 단백질의 양을 지칭한다. "발현"은 일반적으로 유전자-코딩된 정보가, 세포 내에 존재하고 작동하는 구조물로 전환되는 과정을 지칭한다. 따라서, 본원에 사용된 유전자의 "발현"은 폴리뉴클레오티드로의 전사, 단백질로의 번역 또는 심지어 단백질의 번역후 변형을 나타낼 수 있다. 전사된 폴리뉴클레오티드, 번역된 단백질 또는 번역후 변형된 단백질의 단편은 또한 이들이 대안적 스플라이싱에 의해 생성된 전사체 또는 분해된 전사체로부터 유래하든지 또는 예를 들어 단백질분해에 의한 단백질의 번역후 프로세싱으로부터 유래하든지 발현되는 것으로 여겨질 것이다. "발현된 유전자"는 mRNA로서 폴리뉴클레오티드로 전사되고, 이어서 단백질로 번역되는 것, 또한 RNA로 전사되지만 단백질로 번역되지 않는 것 (예를 들어, 운반 및 리보솜 RNA)을 포함한다.
자가면역 질환
자가면역 질환은 인간에서 임상적으로 중요한 질환으로 남아있다. 명칭이 의미하는 바와 같이, 자가면역 질환은 신체 자신의 면역계를 통해 작용한다. 자가면역 질환의 개별적 유형들 간의 병리학적 메카니즘은 상이하지만, 하나의 일반적인 메카니즘은 특정한 내인성 단백질에 대한 항체 (본원에서는, 자기-반응성 항체 또는 자가항체라 지칭됨)의 생성을 포함한다. 의사와 과학자들은 70가지가 넘는 임상적으로 별개인 자가면역 질환, 예를 들어 RA, 다발성 경화증 (MS), 혈관염, 면역-매개 당뇨병, 및 루푸스, 예를 들어 전신성 홍반성 루푸스 (SLE)를 확인하였다. 다수의 자가면역 질환은 희귀하지만 (200,000명 미만에 영향을 미침), 총괄적으로 이들 질환은 인구의 5% 정도로 추정되는 수백만명의 미국인이 앓고 있고, 이때 대부분의 질환이 여성에게 불균형적으로 영향을 미친다. 이들 질환의 만성적인 성질은 막대한 사회적 및 경제적 부담을 유발한다.
염증성 관절염은 RA, 건선성 관절염 (PsA), SLE, 쇼그렌 증후군 및 다발근염을 비롯한 다양한 자가면역 장애에서의 우세한 임상적 징후이다. 대부분의 이들 환자는 신체 검사시에 관절 변형이 나타나지만, 전형적으로 RA 및 PsA 환자에서만 영상화 연구시에 골 부식이 나타난다.
류마티스 관절염
RA는 북유럽 및 북미에서는 성인 인구의 대략 0.5 내지 1%에서 나타나지만 세계 다른 곳에서는 약간 더 낮은 비율로 나타나는 만성 염증성 질환이다. 문헌 [Alamanos and Drosos, Autoimmun. Rev., 4: 130-136 (2005)]. 이것은, 환부 관절 활막에서의 만성 염증을 특징으로 하는 전신성 염증 질환으로, 궁극적으로는 만성 통증 및 피로로 인한 일상 기능의 손실을 야기한다. 대다수의 환자는 또한 환부 관절에서 연골과 골의 진행적 악화를 경험하고, 이것은 결국에는 영구적인 장애로 이어질 수 있다. RA의 장기 예후는 불량하며, 환자의 대략 50%가 진단 시점으로부터 10년 이내에 심각한 기능적 장애를 경험하게 된다. 문헌 [Keystone, Rheumatology, 44 (Suppl. 2): ii8-ii12 (2005)]. 기대 수명은 평균 3-10년 단축된다. 문헌 [Alamanos and Drosos, 상기 문헌]. 류마티스 인자 (RF)의 역가가 높은 환자 (환자의 대략 80%)는 보다 공격적인 질환을 앓고 (문헌 [Bukhari et al., Arthritis Rheum., 46: 906-912 (2002)]), 장기적 결과가 더 안 좋고, RF 음성인 사람들보다 사망률이 증가한다. 문헌 [Heliovaara et al., Ann. Rheum. Dis., 54: 811-814 (1995)].
만성 염증성 골 질환, 예컨대 RA의 발병기전은 완전히 해명되지 않았다. 이러한 질환은 파골세포 재흡수 증가로 인한 환부 관절 주위의 골 손실을 동반한다. 이러한 과정은 주로 염증전 시토카인의 국소 생성 증가에 의해 매개된다. 문헌 [Teitelbaum, Science, 289:1504-1508 (2000); Goldring and Gravallese, Arthritis Res., 2(1):33-37 (2000)]. 이들 시토카인은 파골세포 계통의 세포에 직접 작용할 수도 있거나, 또는 골모세포/간질 세포에 의한 필수적인 파골세포 분화 인자, NFκB 리간드의 수용체 활성화제 (RANKL) 및/또는 그의 가용성 디코이 수용체, 오스테오프로테게린 (OPG)의 생성에 영향을 미쳐서 간접적으로 작용할 수도 있다. 문헌 [Hossbauer et al., J. Bone Min. Res., 15(1):2-12 (2000)]. 종양 괴사 인자-알파 (TNF-α)는 염증의 주요 매개자이다. 다양한 형태의 골 손실의 발병기전에 있어서 이것의 중요성은 여러가지 실험적 및 임상적 증거에 의해 뒷받침된다. 문헌 [Feldmann et al., Cell, 85(3):307-310 (1996)]. 그러나, TNF-α는 파골세포발생 (문헌 [Douni et al., J. Inflamm., 47:27-38 (1996)]), 미란성 관절염 (문헌 [Campbell et al., J. Clin. Invest., 107(12):1519-1527 (2001)]) 또는 골변성 (문헌 [Childs et al., J. Bon. Min. Res., 16:338-347 (2001)])에 필수적이 아니며, 이들은 TNF-α 부재시에도 발생할 수 있다.
구체적으로 RA에서, 면역 반응은 활막 구획에서 제시되는 하나 또는 여러 항원에 의해 개시/영속되어, 급성 염증 세포 및 림프구가 관절 내로 유입되게 한다고 여겨진다. 연속적인 염증 증가는 판누스라 불리는 침윤성 및 미란성 조직의 형성을 야기한다. 이것은 염증유발 시토카인, 예컨대 TNF-α 및 인터류킨-1 (IL-1)을 생성하는 증식 중인 섬유모세포-유사 활막세포 및 대식세포를 함유한다. 단백질분해 효소의 국부 방출, 다양한 염증 매개물 및 파골세포 활성화는 많은 조직 손상에 기여한다. 관절 연골이 손실되고 골 미란이 형성된다. 주변의 건 및 윤활낭은 염증 과정에 의해 영향을 받게 될 수 있다. 궁극적으로, 관절 구조의 완전성이 약화되면서 장애가 발생한다.
RA의 면역발병기전에 대한 B 세포의 정확한 기여는 완전히 특징규명되지 않았다. 그러나, B 세포가 질환 과정에 참여할 수 있는 여러가지 가능한 메카니즘이 존재한다. 문헌 [Silverman and Carson, Arthritis Res. Ther., 5 Suppl. 4: S1-6 (2003)].
과거에, B 세포는 주로 자가항체-생성 세포의 전구체로서 기능함으로써 RA에서의 질환 과정에 기여하는 것으로 여겨졌다. 제II형 콜라겐 및 프로테오글리칸 뿐만 아니라 RF에 대한 항체를 비롯한 수많은 자가항체 특이성이 확인된 바 있다. 다량의 항체의 생성은 면역 복합체 형성 및 보체 캐스케이드의 활성화를 유도한다. 이후, 이것은 면역 반응을 증폭시키고, 결국 국부 세포 용해를 일으킬 수 있다. 증가된 RF 합성 및 보체 소비는 질환 활성과 상관관계가 있었다. RF의 존재는 그 자체가 보다 중증 형태의 RA 및 관절외 특징의 존재와 연관된다.
B 세포가 고도로 효율적인 항원-제시 세포 (APC)임을 나타내는 증거가 존재한다 (문헌 [Janeway and Katz, J. Immunol., 138:1051 (1998); Rivera et al., Int. Immunol., 13: 1583-1593 (2001)]). RF-양성 B 세포는 이것의 표면 이뮤노글로불린이 면역 복합체 내에 존재하는 항원과 상관없이 임의의 면역 복합체를 용이하게 포획하기 때문에 특히 강력한 APC일 수 있다. 따라서, 많은 항원이 T 세포에 제시되도록 프로세싱될 수 있다. 또한, 이것이 또한 RF-양성 B 세포가 자기-영속되게 할 수 있다는 것이 최근 시사된 바 있다. 문헌 [Edwards et al., Immunology, 97: 188-196 (1999)].
T 세포의 활성화를 위해, 하기하는 2가지 신호가 세포에 전달될 필요가 있다: 한 신호는 T-세포 수용체 (TCR)를 통해 일어나며 주요 조직적합성 복합체 (MHC) 항원의 존재 하에 프로세싱된 펩티드를 인식하고, 두번째 신호는 공동-자극 분자를 통해 일어난다. B 세포는 활성화되는 경우에, 그의 표면 상에 공동-자극 분자를 발현하고, 이에 따라 T-세포 활성화 및 이펙터 세포의 생성을 위한 제2 신호를 제공할 수 있다.
B 세포는 시토카인을 생성함으로써 그의 자체 기능 뿐만 아니라 다른 세포의 기능을 촉진시킬 수 있다. 문헌 [Harris et al., Nat. Immunol., 1: 475-482 (2000)]. TNF-α, IL-1, 림포톡신-α, IL-6 및 IL-10은 B 세포가 RA 활막에서 생성할 수 있는 시토카인 중 일부이다.
T-세포 활성화가 RA 발병기전의 핵심 성분이라고 여겨지지만, 중증 복합 면역결핍 장애 (SCID) 마우스에서 인간 활막 체외이식편을 사용한 최근의 연구는 T-세포 활성화 및 관절 내 체류가 B 세포의 존재에 크게 의존적임을 입증하였다. 문헌 [Takemura et al., J. Immunol., 167: 4710-4718 (2001)]. 다른 APC는 T 세포에 동일한 효과를 갖는다고 여겨지지 않기 때문에, 여기서의 B 세포의 정확한 역할은 명확하지 않다.
관절에 대한 구조적 손상은 만성 활막 염증의 중요한 결과이다. RA를 앓는 환자의 60% 내지 95%는 질환 개시 3-8년 이내에 하나 이상의 방사선사진상 미란을 나타낸다. 문헌 [Paulus et al., J. Rheumatol., 23: 801-805 (1996); Hulsmans et al., Arthritis Rheum., 43: 1927-1940 (2000)]. 조기 RA에서는 방사선사진상 손상 점수 및 기능적 능력 사이의 상관관계가 미약하지만, 질환이 발생하고 8년 후에는 상관 계수가 0.68 만큼 높게 도달할 수 있다. 문헌 [Scott et al., Rheumatology, 39:122-132 (2000)]. 문헌 [Wolfe et al. (Arthritis Rheum, 43 Suppl. 9:S403 (2000))]에서는 적어도 4년 동안 RA를 갖는 60세 보다 젊은 1,007명의 환자에서 라르센(Larsen) 방사선사진상 손상 점수의 진행 속도 사이의 유의한 관련성을 발견하였고, 이것은 사회 보장 장애 상태를 증가시키고 가족의 수입을 감소시킨다.
RA의 진단은 현재 미국 류마티스 학회 (ACR) 기준을 따를 수 있고, 이러한 특정 기준은 최대 개선 전에 1시간 이상 동안 지속되는 관절 내 및 관절 주변에서의 조조 강직; 3가지 이상의 관절 부위의 관절염: 3가지 이상의 관절 부위가 의사에 의해 관찰된 연조직 팽윤 또는 유체 (골 과다성장 단독은 아님)를 동시에 가짐; 14가지 가능한 관절 부위 (우측 및 좌측)는 근위 지간 (PIP), 중수수지 (MCP), 손목, 팔꿈치, 무릎, 발목 및 중족지절 (MTP) 관절임; 손 관절의 관절염: 하나 이상의 관절이 손목, MCP 또는 PIP 관절에서 상기와 같이 팽윤됨; 대칭성 관절염: 신체의 양측면 상의 동일한 관절 부위 (상기 3가지 이상의 관절 부위의 관절염에서와 같음)의 동시 관여 (PIP, MCP 또는 MTP 관절의 양측 관여가 절대적인 대칭 없이 허용됨); 류마티스 결절: 의사에 의해 관찰된 골 돌출부 또는 신근 표면 상의 또는 관절 근접 부위에서의 피하 결절; 혈청 류마티스 인자: 5 퍼센트보다 적은 정상 대조군 환자에서 양성인, 임의의 방법에 의한 혈청 류마티스 인자의 비정상적 양의 입증; 방사선사진상 변화: 관련된 관절에 국재화되거나 또는 대부분 이에 인접하여 표시된 부식 또는 명백한 골 탈석회화를 포함하여야 하는, 후전 손 및 손목 X선 상의 류마티스 관절염의 전형적인 방사선사진상 변화 (골관절염 변화가 단독으로 얻어지지 않음)를 포함한다. RA의 진단은 전형적으로 환자가 상기 기준 중 4개 이상을 충족시키면 이루어진다.
특정 경우에, RA의 진단은 환자가 특정한 질환 활성도 점수 (DAS)를 갖는 경우에 이루어진다 (예를 들어, 문헌 [Van der Heijde D. M. et al., J Rheumatol, 1993, 20(3): 579-81; Prevoo M. L. et al, Arthritis Rheum, 1995, 38: 44-8] 참조). DAS 시스템은 질환 활성의 현재 상태 및 변화 둘 다를 나타낸다. DAS 점수화 시스템은 RA에서의 임상 시험으로부터 유래되는 가중치 수학 공식을 이용한다. 예를 들어, DAS 28은 0.56(T28)+0.28(SW28)+0.70(Ln ESR)+0.014 GH이며, 여기서 T는 압통 관절 수를 나타내고, SW는 팽윤 관절 수이고, ESR은 적혈구 침강 속도이고, GH는 전반적 건강이다. 다양한 값의 DAS는 높거나 낮은 질환 활성도 뿐만 아니라 완화를 나타내고, 변화 및 종점 점수는 반응 정도에 의한 환자의 범주화 (없음, 중등도, 양호)를 유발한다.
생물학적 작용제를 비롯한 수많은 치료제가 RA의 치료에 사용가능하다. 문헌 [Furst et al., Ann. Rheum. Dis. 67:2-25 (2008)]. 방사선사진상 손상의 방지 또는 지연은 RA 치료의 목적 중 하나이다. 문헌 [Edmonds et al., Arthritis Rheum., 36:336-340 (1993)]. 6 또는 12개월 지속기간의 제어된 임상 시험은 방사선사진상 손상 점수의 진행이 메토트렉세이트 (MTX) (문헌 [Sharp et al., Arthritis Rheum., 43: 495-505 (2000)]), 레플루노미드 ([Sharp et al., 상기 문헌]), 술파살라진 (SSZ) ([Sharp et al., 상기 문헌]), 프레드니솔론 (문헌 [Kirwan et al., N. Engl. J. Med., 333:142-146 (1995); Wassenburg et al., Arthritis Rheum, 42: Suppl 9:S243 (1999)]), 인터류킨-1 수용체 길항제 (문헌 [Bresnihan et al., Arthritis Rheum, 41: 2196-2204 (1998)]), 또는 인플릭시맙/MTX 조합을 제공받은 군에서보다 위약군에서 더 빠르다고 기록하고 있다. 문헌 [Lipsky et al., N. Eng. J. Med., 343: 1594-1604 (2000)]. 임상 시험은 또한 에타네르셉트를 사용한 치료 후의 방사선사진상 진행이 MTX를 사용한 치료 후의 것보다 덜 빠르다는 것을 기록하였다. 문헌 [Bathon et al., N. Engl. J. Med., 343:1586-1593 (2000)]. 다른 연구는 코르티코스테로이드 (문헌 [Joint Committee of the Medical Research Council and Nuffield Foundation, Ann Rheum. Dis., 19:331-337 (1960); Van Everdingen et al., Ann. Intern. Med., 136:1-12 (2002)]), 시클로스포린 A (문헌 [Pasero et al., J. Rheumatol., 24:2113-2118 (1997); Forre, Arthritis Rheum., 37:1506-1512 (1994)]), MTX 대 아자티오프린 (문헌 [Jeurissen et al., Ann. Intern. Med., 114:999-1004 (1991)]), MTX 대 아우라노핀 (문헌 [Weinblatt et al., Arthritis Rheum., 36:613-619 (1993)]), MTX (메타-분석) (문헌 [Alarcon et al., J. Rheumatol., 19:1868-1873 (1992)]), 히드록시클로로퀸 (HCQ) 대 SSZ (문헌 [Van der Heijde et al., Lancet, 1:1036-1038]), SSZ (문헌 [Hannonen et al., Arthritis Rheum., 36:1501-1509 (1993)]), 프레드니솔론, MTX, 및 SSZ의 COBRA (Combinatietherapei Bij Reumatoide Artritis) 조합 (문헌 [Boers et al., Lancet, 350:309-318 (1997); Landewe et al., Arthritis Rheum., 46: 347-356 (2002)]), MTX, SSZ, 및 HCQ의 조합 (문헌 [O'Dell et al., N. Engl. J. Med., 334:1287-1291 (1996); Mottonen et al., Lancet, 353:1568-1573 (1999)]), 시클로포스파미드, 아자티오프린, 및 HCQ의 조합 (문헌 [Csuka et al., JAMA, 255:2115-2119 (1986)]), 및 아달리무맙과 MTX의 조합으로 치료된 환자에서 방사선사진상 진행을 평가하였다. 문헌 [Keystone et al., Arthritis Rheum., 46 Suppl. 9:S205 (2002)].
현재, FDA는 특정 의약, 예를 들어 레플루노미드, 에타네르셉트 및 인플릭시맙이 방사선사진상 관절 손상의 진행을 저속화한다고 주장하는 표지화를 승인하였다. 이러한 주장은 무작위로 배정된 치료군 및 대조군 사이에서 관찰된 진행 비에 있어서의 통계 유의차를 기반으로 한다. 그러나, 치료군 및 대조군 내의 개체의 진행 비는 상당한 범위에서 중첩된다. 따라서, 치료군 사이의 유의차에도 불구하고, 이러한 데이터는 치료를 시작한 환자가 방사선사진상 손상의 진행에 대해 유리한 결과를 갖게 될 확률을 추정하는데 사용될 수 없다. 개별 환자로부터의 쌍을 이룬 방사선사진을 진행성이 아닌 것으로 분류하는 다양한 방법이 제안된 바 있다 (예를 들어, 둘 다의 시점에서 손상 점수 0, 손상 점수가 증가하지 않음, 미란을 갖는 새로운 관절이 없음, 및 최소의 검출가능한 차이를 넘지 않는 점수 변화 (즉, 동일 방사선사진의 반복된 판독 사이의 차이에 대한 95% 신뢰 구간)). 문헌 [Lassere et al., J. Rheumatol., 26: 731-739 (1999)].
6- 또는 12-개월 임상 시험의 시작 및 종점에 수득한 쌍을 이룬 방사선사진 사이의 간격 동안 개별 환자에서의 증가된 구조적 손상이 있는지 여부를 결정하는 것은 여러 이유로 어렵다. 방사선사진상 손상의 비율은 RA 환자의 집단에서 균일하지 않으며; 특히 고정 간격이 상대적으로 짧으면, 소수의 환자는 빠르게 손상이 진행될 수 있지만, 다수는 거의 혹은 전혀 진행되지 않을 수 있다. 방사선사진상 손상을 점수화하는 방법, 예를 들어 샤프(Sharp) (문헌 [Sharp et al., Arthritis Rheum., 14: 706-720 (1971); Sharp et al., Arthritis Rheum., 28: 1326-1335 (1985)]), 라르센 (문헌 [Larsen et al., Acta Radiol. Diagn., 18: 481-491 (1977)]), 및 이들 방법의 변형 (문헌 [Van der Heijde, J. Rheumatol., 27: 261-263 (2000)])은 실제인 것처럼 판독자의 판단 및 해석에 의존한다. 결정을 위한 인자는 연골하 피질판의 명백한 방해가 실제인지 여부, 또는 관절의 반대 측면 상의 피질 사이의 거리의 감소가 실제인지 여부이거나, 또는 필름 및 방사선사진 빔에 대한 관절의 위치에서의 약간의 변화, 방사선사진 노출의 변화, 또는 일부 다른 기술적 요인에 기인한다.
따라서, 기록된 점수는 실제 손상에 대한 근사치이고, 많은 대상체의 경우에 동일 방사선사진의 반복된 점수 사이의 최소 검출가능한 차이는 기준선 및 최종 방사선사진 사이의 기간 동안 발생한 실제 변화보다 더 크다. 판독자에게 필름의 시간 순서를 모르게 하는 경우, 이러한 불가피한 점수화 오류는 점수가 감소하는 경우에는 명백한 "치유", 또는 판독 오류가 필름 사이의 차이를 증가시키는 경우에는 명백한 신속한 진행의 어떠한 방향으로든 일어날 수 있다. 연구가 위약과 비교하여 유효한 치료를 받는 것에 무작위로 할당된 충분히 대규모 집단의 환자를 포함하는 경우, 양성 및 음성 판독 오류는 서로 상쇄되고, 치료군 사이에서 작지만 실제적인 차이가 검출될 수 있다.
RA 질환 활성을 정량화하는데 사용된 임상적 측정치의 부정확성은 유사한 문제의 원인이 되었다. 임상 시험으로부터의 특정 결과 측정치 사이의 통계적 유의차는 치료를 시작하고 있었던 개체에 대한 개선의 확률을 추정하기에 유용하지 않았다. 문헌 [Paulus et al., Arthritis Rheum., 33:477-484 (1990)]. 개개의 개선의 속성은 미국 류마티스 학회 (ACR) 20% 복합 개선 기준 (ACR20) (이것은 환자가 압통 및 부종 관절 수에서 20%의 개선 및 5가지 추가의 측정치 (통증, 신체적 기능, 환자의 전반적 건강 평가, 의사의 전반적 건강 평가, 및 급성-기 반응 수준) 중 3가지 이상에서 20%의 개선이 있는 경우에 개선된 것으로 함)이 세워진 것과 더불어 실용적이 되었다. 문헌 [Felson et al., Arthritis Rheum., 38:727-735 (1995)]. 이들 측정치 모두가 최소의 검출가능한 차이에 대해 큰 값을 갖지만, 동일 과정 (질환 활성도)의 7가지 측면 중 5가지에서의 동시 개선을 요구하며, 7가지 측정 오류의 무작위성이 제한되고, 개체에 대한 실제 개선에 기여하기 더 쉽다.
RA에서, 관절 손상은 두드러진 특징이다. 관절 파괴의 방사선학적 파라미터는 질환 결과를 기재하는데 있어서 핵심이 되는 결과 측정치라 여겨진다. 최근의 OMERACT (류마티스학 임상 시험에서의 결과 측정) 컨센서스 회의에서, 방사선학을 장기적 관점의 관찰 연구에 대한 결과 측정의 핵심 세트의 일부로 선택하였다. 문헌 [Wolfe et al., Arthritis Rheum., 41 Supp 9: S204 (1998) abstract]. 방사선학은 또한 장기 임상 시험에 대한 측정의 핵심 세트에 필요한 WHO/ILAR (세계 보건 기구/국제 류마티스 학회)의 일부이다. 문헌 [Tugwell 및 Boers, J. Rheumatol., 20:528-530 (1993)].
RA에서 방사선학적 손상의 결과에 대해 이용가능한 데이터가 단기 및 장기 연구 둘 다에서 얻어졌다. 최근 발병한 질환을 갖는 RA 환자의 단기 연구에서, 6개월마다 찍은 방사선사진은 초기의 빠른 진행 이후에 2 내지 3년 후에는 손과 발에서 방사선학적 손상의 진행 속도가 감소되었음을 보여주었다. 문헌 [Van der Heijde et al., Arthritis Rheum., 35: 26-34 (1992); Fex et al., Br. J. Rheumatol., 35: 1106-1055 (1996)]. 덜 빈번하게 촬영한 방사선사진을 사용한 장기 연구에서는 질환 지속기간 25년까지 꾸준히 손상이 악화되는 일정한 진행 속도가 발견되었다. 문헌 [Wolfe and Sharp, Arthritis Rheum., 41:1571-1582 (1998); Graudal et al., Arthritis Rheum., 41:1470-1480 (1998); Plant et al., J. Rheumatol., 25:417-426 (1998); Kaarela and Kautiainen, J. Rheumatol., 24:1285-1287 (1997)]. 방사선사진상 진행 패턴에 있어서의 이러한 차이가 점수화 기술 차이로 인한 것인지의 여부는 명확하지 않다.
이용되는 점수화 시스템은 점수화되는 관절의 수, 미란 (ERO) 및 관절강 협소화 (JSN)에 대한 독립적인 점수의 존재, 관절 마다의 최대 점수, 및 방사선학적 이상의 가중치에서 차이가 있다. 아직까지, 선호되는 점수화 방법에 대한 합의는 없었다. 조기 관절염을 앓는 환자의 코호트 연구에서 처음 3년의 추적 연구 동안, JSN 및 ERO는 손과 발의 방사선학적 손상에 있어서의 측정된 진행에 대한 기여도에 차이가 있는 것으로 밝혀졌다. 문헌 [Van der Heijde et al., Arthritis Rheum., 35:26-34 (1992)]. 추가로, ERO 및 JSN을 독립적으로 점수화하는 방법, 예컨대 샤프 및 켈그렌(Kellgren) 점수화는 전체 측정치를 사용하는 방법, 예컨대 라르센 점수화보다 조기 RA에서의 변화에 대한 감수성이 더 높은 것으로 밝혀졌다. 문헌 [Plant et al., J. Rheumatol., 21:1808-1813 (1994); Cuchacovich et al., Arthritis Rheum., 35:736-739 (1992)]. 샤프 점수화는 매우 노동 집약적인 방법이다. 문헌 [Van der Heijde, Baillieres Clin. Rheumatol., 10:435-533 (1996)]. 후기 또는 파괴적 RA에서, 샤프 및 라르센 방법은 유사한 정보를 제공하는 것으로 밝혀졌다. 그러나, 질환 후기에 다양한 점수화 방법의 변화에 대한 감수성은 아직 조사된 바 없고, ERO 및 JSN을 독립적으로 측정하는 점수화 방법이 유용한 정보를 제공한다고 주장될 수 있다. 문헌 [Pincus et al., J. Rheumatol., 24:2106-2122 (1997)]. 또한, RA의 장기 평가 동안 3가지 방사선학적 점수화 시스템을 비교한, 문헌 [Drossaers-Bakker et al., Arthritis Rheum., 43:1465-1472 (2000)]을 참조한다.
문헌 [Paulus et al., Arthritis Rheum., 50: 1083-1096 (2004)]은 방사선사진상 관절 손상을 임상 실험에 참여한 RA 개체에서 진행성 또는 비-진행성으로서 범주화하였고, 관찰 코호트에서의 RA 관절 손상이, 구조적 관절 손상의 부정확하고 관련은 있지만 구분되는 수많은 측정치를 포함하는 복합적 정의를 사용하여 진행성 또는 비-진행성으로서 분류될 수 있다고 결론내렸다. 구조적 변화가 실제인지를 판단하고 이것을 치료 결정의 기초로 사용하기 전에, RA 환자의 매일의 임상적 관리시에 5 이상의 샤프 방사선사진상 손상 점수 단위의 한쌍의 방사선사진 사이에는 간격 변화가 존재해야 한다고 여겨진다.
특정 RA 치료제
RA의 개시 요법은 전형적으로 하기 약물 중 하나 이상의 투여를 포함한다: 비스테로이드성 항염증 약물 (NSAID), 예를 들어, 아세틸살리실산 (예를 들어, 아스피린), 이부프로펜 (모트린), 나프록센 (나프로신), 인도메타신 (인도신), 나부메톤 (렐라펜), 톨메틴 (톨렉틴); 글루코코르티코이드 (관절 주사를 통함); 및 저용량 프레드니손. 문헌 ["Guidelines for the management of rheumatoid arthritis," Arthritis & Rheumatism 46(2): 328-346 (February, 2002)]을 참조한다. 새로 진단된 RA를 앓는 대부분의 환자는 진단 3개월 이내에 질환-변형 류마티스 치료 약물 (DMARD) 요법을 시작한다. RA에 통상적으로 사용되는 DMARD는 히드록시클로로퀸, 술파살라진, 메토트렉세이트 (경구 및 피하 메토트렉세이트 포함), 레플루노미드, 아자티오프린, D-페니실라민, 금 (경구), 금 (근육내), 미노시클린, 시클로스포린, 스타필로코쿠스 단백질 A 면역흡착이다. 특정 경우에, 환자는 면역조정제, 예컨대 아자티오프린 또는 시클로포스파미드로 치료된다. 추가의 RA 치료제는 항-시토카인 작용제 (예를 들어, 항-종양 괴사 인자 α, 항-인터류킨-1-수용체 (예를 들어, 아나킨라), 항-인터류킨 10, 항-인터류킨 6 수용체, 항-인터류킨 6, 항-인터페론 알파, 항-B-림프구 자극제), 공동자극의 억제제 (예를 들어, 항-CD154, CTLA4-Ig (예를 들어, 아바타셉트))를 포함한다.
특정 경우에서, TNFα 억제제가 RA의 요법에 사용되었다. 예시적인 TNFα 억제제는 에타네르셉트 (상표명 엔브렐®로 판매됨), 인플릭시맙 (상표명 레미케이드®로 판매됨), 아달리무맙 (상표명 휴미라®로 판매됨), 골리무맙 (상표명 심포니™으로 판매됨) 및 세르톨리주맙 페골 (상표명 심지아®로 판매됨)을 포함한다.
에타네르셉트 (상표명 엔브렐®로 판매됨)는 활성 RA의 요법을 위해 미국에서 승인을 받은 주사가능한 약물이다. 에타네르셉트는 TNFα에 결합하고, 대부분의 TNFα를 관절 및 혈액으로부터 제거하고, 이에 의해 TNFα가 염증 및 류마티스 관절염의 다른 증상을 촉진하는 것을 방해하는 작용을 한다. 에타네르셉트는 인간 IgG1의 Fc 부분에 연결된 인간 75 kD (p75) 종양 괴사 인자 수용체 (TNFR)의 세포외 리간드 결합 부분으로 이루어진 "이뮤노어드헤신" 융합 단백질이다. 약물은 중증 감염 및 패혈증을 비롯한 부정적 부작용, 및 신경계 장애, 예컨대 다발성 경화증 (MS)과 관련된다. 예를 들어, www.remicade-infliximab.com/pages/enbrel_embrel.html을 참조한다.
상표명 레미케이드®로 판매되는 인플릭시맙은 RA 및 크론병을 치료하기 위해 처방된 면역-저해 약물이다. 인플릭시맙은, TNFα에 결합하고 염증을 생성하는 TNFα에 대한 표적화 및 결합에 의해 신체에서의 염증을 감소시키는 키메라 모노클로날 항체이다. 인플릭시맙은 특정 치명적 반응, 예컨대 심부전 및 감염, 예를 들어 MS에서 초래하는 결핵 뿐만 아니라 탈수초와 관련이 있다. 예를 들어, www.remicade-infliximab.com을 참조한다.
2002년에, 애보트 래보러토리즈(Abbott Laboratories)는 이전에 D2E7로 공지된 아달리무맙 (상표명 휴미라®로 판매됨)의 판매에 대해 FDA 승인을 받았다. 아달리무맙은, TNFα에 결합하고 하나 이상의 종래의 질환 변형 DMARD에 대해 불충분한 반응을 나타냈던 중등도 내지 중증의 활성 RA를 앓는 성인에서 징후를 감소시키고 구조적 손상의 진행을 억제하는 것으로 승인된 인간 모노클로날 항체이다.
2009년 4월에, 센토코어 오르토 바이오테크 인크.(Centocor Ortho Biotech Inc.)는 중등도 내지 중증의 RA, 건선성 관절염 및 강직성 척추염을 앓는 환자를 위한 골리무맙 (상표명 심포니™으로 판매됨)의 판매에 대해 FDA 승인을 받았다. 골리무맙은 인간 TNFα에 특이적인 인간 IgG1κ 모노클로날 항체이며, 매달 1회 환자에 의해 피하로 자기-투여된다. 골리무맙은 TNFα의 가용성 및 막횡단 생물활성 형태 둘 다에 결합한다. TNFα를 억제하는 기타 작용제와 유사하게, 골리무맙은 중증 및 생명-위협 진균 감염을 비롯한 감염의 위험과 같은 특정 부작용과 연관되어 있다.
2009년 5월에, 세르톨리주맙 페골 (상표명 심지아®로 판매됨)은 RA를 앓는 환자의 치료를 위해 FDA에 의해 승인받았다. 이는 유도 기간 동안 2주마다, 이후에 유지 동안 4주마다 피하 주사에 의해 건강관리 전문가에 의해 투여된다. 세르톨리주맙 페골은 대략 40kDa 폴리에틸렌 글리콜 (PEG2MAL40K)에 접합된, 인간 TNFα에 대한 특이성을 갖는, 재조합 인간 항체 Fab' 단편이다. 세르톨리주맙 페골은 또한 다른 TNFα 억제제와 유사하게 특정 안전성 위험, 예컨대 중증 감염의 증가된 위험과 관련된다.
특정 경우에, 리툭시맙 항체 (상표명 리툭산®으로 판매됨)는 RA를 위한 요법으로 사용되었다. 리툭시맙은 CD20 항원에 대해 지시된 유전자 조작된 키메라 뮤린/인간 모노클로날 항체이다. 리툭시맙은 1998년 4월 7일에 허여된 미국 특허 번호 5,736,137 (Anderson et al.)에서 "C2B8"로 지칭되는 항체이다.
또 다른 항-CD20 항체는 오크렐리주맙이다. 오크렐리주맙은 항-CD20 항체, 2H7의 인간화 변이체이다. 이러한 인간화 2H7 변이체는 예를 들어 국제 공개 번호 WO 2004/056312 (국제 출원 번호 PCT/US2003/040426)에 기재되어 있다.
B-세포 길항제 활성을 갖는 RA 치료제가, 예를 들어 화합물을 특정 생물학적 특성에 대해 스크리닝함으로써 확인될 수 있다. 예를 들어, 스크리닝의 방법은 문헌 [Sundberg et al., Cancer Research 66, 1775-1782 (2006)]에 기재된 바와 같이 사용될 수 있으며, 여기서 화합물은 빠르고 특이적인 퇴화에 대해 c-myc 단백질을 표적화함으로써 B-세포 증식의 억제에 대해 스크리닝되었다. 또한, BAFF, APRIL 및 B-세포 생존 및 스크리닝에 대한 지침서에 관한 문헌 [Mackay et al., Annual Review of Immunology, 21: 231-264 (2003)], 및 B-세포 증식 및 APRIL에 관한 문헌 [Thangarajh et al., Scandinavian J. Immunol., 65(1):92 (2007)]을 참조한다. 또한, 문헌 [Sakurai et al., European J. Immunol., 37(1):110 (2007)]은 TACI가 BAFF-R 및 CD40에 의해 공동-자극된 항체 생성을 감쇠시킨다는 것을 개시하고 있다. 또한, 문헌 [Acosta-Rodriguez et al., European J. Immunol., 37(4):990 (2007)]은 BAFF 및 LPS가 협력하여 B 세포를 유도함으로써 CD95/Fas-매개 세포 사멸에 영향을 받기 용이하게 된다는 것을 개시하고 있다. 추가의 스크리닝 방법은 문헌 [Martin and Chan, "B Cell Immunobiology in Disease: Evolving Concepts from the Clinic Annual Review of Immunology," 24:467-496 (2006), Pillai et al., "Marginal Zone B Cells" Annual Review of Immunology, 23:161-196 (2005), 및 Hardy and Hayakawa, "B Cell Development Pathways," Annual Review of Immunology, 19:595-621 (2001)]에서 찾아볼 수 있다. 이들 및 다른 참고문헌으로부터 당업자는 적절한 길항제에 대해 스크리닝할 수 있다. 이 목적을 위해 마이크로어레이 (문헌 [Hagmann, Science, 290:82-83 (2000)]) 뿐만 아니라 RNA 간섭 (RNAi) (문헌 [Ngo et al., Nature, 441:106-110 (2006)])을 사용할 수 있다.
본 발명의 범위 내에 포함되는 B-세포 길항제는 B-세포 표면 마커 또는 B-세포 특이적 생존 또는 증식 인자에 결합하고, 임의로는 또 다른 분자와 접합되거나 또는 이에 융합된, 항체, 합성 또는 천연-서열 펩티드, 이뮤노어드헤신 및 소분자 길항제를 포함한다. 특정 실시양태에서, 길항제는 항체 또는 이뮤노어드헤신을 포함한다. 이는 BLyS 길항제, 예컨대 이뮤노어드헤신, 예컨대 비제한적으로, 항-CD23 (예를 들어, 루밀릭시맙), 항-CD20, 항-CD22 또는 항-BR3 항체, APRIL 길항제 및/또는 BLyS 이뮤노어드헤신을 포함한다. 특정 실시양태에서, BLyS 이뮤노어드헤신은 BR3의 세포외 도메인을 포함하는 BR3 이뮤노어드헤신, TACI의 세포외 도메인을 포함하는 TACI 이뮤노어드헤신, 및 BCMA의 세포외 도메인을 포함하는 BCMA 이뮤노어드헤신으로부터 선택된다. BR3 이뮤노어드헤신의 특정 실시양태는 WO 2005/00351, 미국 특허 공개 번호 2005/0095243, 미국 특허 공개 번호 2005/0163775 및 WO 2006/068867에 기재된 바와 같은 hBR3-Fc를 포함한다. 특정 실시양태에서, BLyS 길항제는 항-BLyS 항체이며, 여기서 항-BLyS 항체는 잔기 162-275를 포함하는 BLyS의 영역 내에서 BLyS에 결합하거나, 또는 항-BR3 항체이며, 여기서 항-BR3 항체는 인간 BR3의 잔기 23-38을 포함하는 영역 내에서 BR3에 결합한다. 특정 실시양태에서, 이뮤노어드헤신은 TACI-Ig (아타시셉트) 및 BR3-Ig로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, B-세포 길항제는 CD20, CD22, BAFF 또는 APRIL에 대한 것이다. 특정 이러한 실시양태에서, 길항제는 항체 또는 TACI-Ig이다.
BL-CAM 또는 Lyb8로 또한 공지된 CD22 항원 또는 CD22는 분자량이 약 130 (환원형) 내지 140kD (비환원형)인 제1형 통합 막 당단백질이다. 이는 B-림프구의 세포질 및 세포막 둘 다에서 발현된다. CD22 항원은 CD19 항원과 거의 동일한 단계에서 B-세포 림프구 분화의 초기에 나타난다. 특정 다른 B-세포 마커와 달리, CD22 막 발현은 성숙형 B 세포 (CD22+)와 형질세포 (CD22-) 사이에 포함되는 후기 분화 단계에 한정된다. CD22 항원은 예를 들어 문헌 [Wilson et al., J. Exp. Med., 173:137 (1991) 및 Wilson et al., J. Immunol., 150:5013 (1993)]에 기재되어 있다.
특정의 예시적인 항-CD22 항체는 EP 1,476,120 (Tedder and Tuscano), EP 1,485,130 (Tedder) 및 EP 1,504,035 (Popplewell et al.)에 기재된 것 뿐만 아니라 미국 특허 공개 번호 2004/0258682　(Leung et al.), 미국 특허 번호 5,484,892 (Dana-Farber), 미국 특허 번호 6,183,744 (이뮤노메딕스, 에프라투주맙) 및 미국 특허 번호 7,074,403 (Goldenberg and Hansen)에 기재된 것을 포함한다.
BLyS (또한 BAFF, TALL-1, THANK, TNFSF13B 또는 zTNF4로 공지됨)는 B-세포 생존 및 성숙에 필수적인 TNF1 리간드 슈퍼패밀리의 구성원이다. 트랜스제닉 마우스에서 BAFF 과다발현은 B-세포 증식증 및 중증의 자가면역 질환의 발생을 유발한다 (문헌 Mackay et al., J. Exp. Med., 190:1697-1710 (1999); Gross et al., Nature, 404:995-999 (2000); Khare et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 97:3370-3375 (2000)]). BAFF 수준은 다양한 자가면역 장애, 예컨대 SLE, RA 및 쇼그렌 증후군을 갖는 인간 환자에서 상승된다 (문헌 [Cheema et al., Arthritis Rheum., 44:1313-1319 (2001); Groom et al, J. Clin. Invest.,109:59-68 (2002); Zhang et al., J. Immunol., 166:6-10 (2001)]). 또한, BAFF 수준은 질환 중증도와 관련되어, BAFF가 이들 병의 발병기전에 직접적인 역할을 수행할 수 있음을 제안한다. BAFF는 TNF 수용체 슈퍼패밀리, TACI, BCMA 및 BR3 (또한, BAFF-R로 공지됨)의 3종의 구성원에 결합함으로써 B 세포 상에서 작용한다 (문헌 [Gross et al., 상기 문헌; Thompson et al., Science, 293:2108-2111 (2001); Yan et al., Curr. Biol. 11:1547-1552 (2001); Yan et al., Nat. Immunol., 1:37-41 (2000); Schiemann et al., Science, 293:2111-2114 (2001)]).
3종 중에서, 오직 BR3이 BAFF에 대해 특이적이고; 다른 2종은 또한 관련된 TNF 패밀리 구성원, A 증식-유도 리간드 (APRIL)에 결합한다. BAFF의 표현형 및 수용체 녹아웃 또는 돌연변이체 마우스의 비교는 BR3을 통한 신호전달이 BAFF의 B-세포 생존 기능을 매개한다는 것을 나타낸다 ([Thompson et al., 상기 문헌; Yan et al., 상기 문헌, 2001; Schiemann et al., 상기 문헌]). 대조적으로, TACI는 억제 수용체 역할을 하기 위해 나타난 반면 (문헌 [Yan, Nat. Immunol., 2:638-643 (2001)]), BCMA의 역할은 명백하지 않다 ([Schiemann et al., 상기 문헌]). US 2007/0071760은 BlyS 및 APRIL의 증식-유도 기능을 저해하기에 충분한 양으로 TACI-Ig 융합 분자를 사용하여 B-세포 악성종양을 치료하는 것을 개시한다.
BR3은 B 세포의 표면 상에서 발현된 184-잔기 제III형 막횡단 단백질이다 ([Thompson et al., 상기 문헌; Yan, Nat. Immun., 상기 문헌]). 세포내 영역은 공지된 구조적 도메인 또는 단백질-단백질 상호작용 모티프에 대해 서열 유사성을 보유하지 않는다. 그럼에도 불구하고, BR3을 통한 BAFF-유도된 신호전달은 전사 인자 NF-B2/p100의 p52로의 프로세싱을 유발한다 (문헌 [Claudio et al., Nat. Immunol., 3:958-965 (2002); Kayagaki et al., Immunity, 10:515-524 (2002)]). BR3의 세포외 도메인 (ECD)이 또한 나누어진다. TNFR 패밀리 구성원은 통상적으로 그의 세포외 영역에서의 다중 시스테인-풍부 (CRD)의 존재를 특징으로 하고; 각각의 CRD는 전형적으로 3개의 디술피드 결합에서 6개의 시스테인에 의해 안정화된 약 40개 잔기로 구성된다. 이 패밀리의 종래의 구성원은 리간드 표면 상에서 2개의 고유한 패치와 상호작용하는 2개의 CRD를 통해 리간드와 접촉한다 (문헌 [Bodmer et al., Trends Biochem. Sci., 27:19-26 (2002)]). 그러나, BR3 ECD는 오직 4개의 시스테인 잔기를 함유하여, 최대로 부분적 CRD를 형성할 수 있고, 이러한 작은 수용체가 어떻게 고-친화도 리간드 결합을 전하는지의 의문이 제기된다.
BR3의 BAFF-결합 도메인이 26-잔기 코어 영역 내에 위치하는 것으로 밝혀졌다 ([Kayagaki et al., 상기 문헌]). 6개의 BR3 잔기는 ∃-헤어핀 펩티드 내에서 구조화되었을 때 (bhpBR3) BAFF 결합을 부여하고, BR3-매개 신호전달을 차단하기에 충분하였다. 다른 것은 BAFF와 상호작용하는 것으로 주장된 폴리펩티드를 보고하였다 (예를 들어, WO 2002/24909, WO 2003/035846, WO 2002/16312 및 WO 2002/02641).
기능 상실 및 방사선사진상 변화는 질환의 과정 동안 초기에 발생한다. 이러한 변화는 특정 DMARD의 사용으로 지연되거나 예방될 수 있다. 여러가지 DMARD가 초기에는 임상적으로 효과적이고 내약성이 우수하지만, 이들 약물 중 많은 것들이 시간 경과에 따라 덜 효과적이 되거나 증가된 독성을 나타낸다. 그의 효능 및 허용성에 근거하여, MTX는 다른 치료제를 측정하는 표준 요법이 되었다. 문헌 [Bathon et al., N. Eng. J. Med., 343:1586-1593 (2000); Albert et al., J. Rheumatol., 27:644-652 (2000)].
최근의 연구는 레플루노미드, MTX 또는 위약을 제공받은 후기 단계 RA 환자 (문헌 [Strand et al., Arch. Intern. Med., 159:2542-2550 (1999)]) 뿐만 아니라 MTX에 대한 부분적 반응 후에 인플릭시맙 + MTX 또는 위약 + MTX를 제공받은 환자에서의 방사선사진상 진행을 조사하였다. 문헌[Lipsky et al., N. Engl. J. Med., 343:1594-1602 (2000); Maini et al., Lancet, 354:1932-1939 (1999)]. 엔브렐™ ERA (조기 RA) 시험의 첫해에서, 에타네르셉트는 질환의 징후 및 증상의 개선 및 방사선사진상 진행의 억제에 있어 MTX보다 유의하게 더 효과적으로 것으로 밝혀졌다. 문헌 [Bathon et al., N. Eng. J. Med., 343:1586-1593 (2000)]. 문헌 [Genovese et al., Arthritis Rheum. 46:1443-1450 (2002)]은 에타네르셉트가 단독요법으로서 안전하고, 질환 활성의 감소, 구조적 손상의 정지, 및 조기 공격성 RA를 앓는 환자에서 2년에 걸친 장애의 감소에 있어서 MTX보다 우수하다는 결론을 내린, 두번째 해의 연구로부터의 결과를 보고하고 있다. 또한, 중등도-내지-중증의 RA 환자에서 MTX와 조합된 오크렐리주맙 (CD20+B 세포를 표적화하는 인간화 항체)의 안전성 및 임상 활성이 연구되었다 (Ph I/II ACTION 연구). 문헌 [Genovese et al., Arthritis Rheum., 54(9):S66-S67 (Sept. 2006)].
추가로, 인플릭시맙을 MTX와 조합하여 제공한 후의 조기 RA 환자에서는 손과 발에서 방사선사진상 진행의 감소가 관찰되었다. 문헌 [Van der Heijde et al., Annals Rheumatic Diseases, 64:417 (2005)]. 조기 RA를 앓는 환자는 인플릭시맙으로의 치료 후에 신체 기능이 임상적으로 유의하고 지속된 개선을 달성하였다. 문헌 [Smolen et al., Annals Rheumatic Diseases, 64:418-419 (2005)].
ASSERT로 명명된 무작위 위약-제어 시험으로부터 나타난 강직성 척추염 (AS)을 앓는 환자에서 골 무기질 밀도에 대한 인플릭시맙 요법의 효과가 문헌 [Van der Heijde et al., Annals Rheumatic Diseases, 64:319 (2005)]에 보고되어 있다. ASSERT 시험은 인플릭시맙이 AS를 앓는 환자에서 피로 및 통증을 개선시킨다는 것을 보여주었다. 문헌 [Van der Heijde et al., Annals Rheumatic Diseases, 64:318-319 (2005)]. ASSERT에 따라 치료된 AS 환자에서 인플릭시맙의 효능 및 안전성은 문헌 [van der Heijde et al., Arthritis Rheum., 5:582-591 (2005)]에 기재되어 있다. 저자들은 인플릭시맙이 24-주 연구 기간 동안 AS를 앓는 환자의 큰 코호트에서 내약성이 우수하고 효과적이라는 결론을 내렸다. 또한, 척추 염증에 대한 인플릭시맙 요법의 효과는 279명의 AS 환자의 무작위 위약-대조 시험에서 자기 공명 영상으로 평가되었다. 문헌 [Van der Heijde et al., Annals Rheumatic Diseases, 64:317 (2005)]. AS를 앓는 환자에서 척추 방사선사진상 진행에 대한 치료적 효과가 측정되어야 한 방식은 문헌 [van der Heijde et al., Arthritis Rheum. 52:1979-1985 (2005)]에서 다루고 있다.
1년 후에 인플릭시맙 다국적 PsA 제어 시험 (IMPACT)의 방사선사진상 분석의 결과는 문헌 [Antoni et al., Annals Rheumatic Diseases 64:107 (2005)]에 보고되어 있다. 동시 요법 연구를 이용하여 RA에서의 항-TNF 시험으로부터 수득된 데이터를 상세하게 세부분석한 것과 더불어 임상적 개선이 없었던 RA 환자에서 인플릭시맙 및 MTX로의 치료에 대한 방사선사진상 이익의 증거는 문헌 [Smolen et al., Arthritis Rheum. 52:1020-1030 (2005)]에 보고되어 있다. 방사선사진상 진행 (변형된 샤프/반 데르 헤이데(van der Heijde) 점수에서의 평균 변화로 측정되는 바와 같음)은 인플릭시맙 + MTX를 제공받은 환자에서보다 MTX + 위약을 제공받은 환자에서 훨씬 더 높았다. 저자들은 임상적 개선이 없는 환자에서조차도 인플릭시맙 + MTX로의 치료가 파괴 과정과 관련하여 유의한 이익을 제공한다고 결론을 내렸고, 이는 이러한 환자에서 이들 2가지 질환 측정치가 관련되지 않는다는 것을 시사한다. 기준 방사선사진상 손상 및 RA 환자를 인플릭시맙으로 치료한 후 신체적 기능에 있어서의 개선 사이의 상관관계는 문헌 [Breedveld et al., Annals Rheumatic Diseases, 64:52-55 (2005)]에 기재되어 있다. 구조적 손상은 샤프 점수의 반 데르 헤이데 변형을 사용하여 평가되었다. 저자들은 기준선에서의 더 심한 관절 손상이 기준선에서의 신체적 기능이 더 불량하고 치료 후 신체적 기능의 개선이 덜한 것과 관련이 있다고 결론을 내렸고, 이는 관절 파괴의 진행을 저속화하기 위한 조기 개입의 중요성을 강조한다.
류마티스 관절염 분자 바이오마커
다수의 연구원들이 RA 환자로부터 단리된 활막 조직의 마이크로어레이 유전자 발현 프로파일링 연구를 수행하였다. 공개된 연구는 [van der Pouw Kraan TC et al., Discovery of distinctive gene expression profiles in rheumatoid synovium using cDNA microarray technology: evidence for the existence of multiple pathways of tissue destruction and repair, Genes Immun Apr;4(3):187-96 (2003); van der Pouw Kraan TC, et al., Rheumatoid arthritis is a heterogeneous disease: evidence for differences in the activation of the STAT-1 pathway between rheumatoid tissues, Arthritis Rheum Aug;48(8):2132-45 (2003); Finis K et al., Analysis of pigmented villonodular synovitis with genome-wide complementary DNA microarray and tissue array technology reveals insight into potential novel therapeutic approaches, Arthritis Rheum Mar;54(3):1009-19 (2006); Lindberg J, et al., Effect of infliximab on mRNA expression profiles in synovial tissue of rheumatoid arthritis patients, Arthritis Res Ther. 8(6):R179 (2006); van der Pouw Kraan TC et al., Responsiveness to anti-tumour necrosis factor alpha therapy is related to pre-treatment tissue inflammation levels in rheumatoid arthritis patients, Ann Rheum Dis. Apr;67(4):563-6 (2008); Huber R et al., Identification of intra-group, inter-individual, and gene-specific variances in mRNA expression profiles in the rheumatoid arthritis synovial membrane, Arthritis Res Ther 10(4):R98 (2008); Badot V et al., Gene expression profiling in the synovium identifies a predictive signature of absence of response to adalimumab therapy in rheumatoid arthritis, Arthritis Res Ther. 11(2):R57 (2009), Epub 2009 Apr 23]을 포함한다.
국제 특허 출원 번호 PCT/US2010/047734 (국제 공개 번호 WO2011/028945)는 대형 세트의 RA 활막 조직에서 게놈-전체 전사에 대한 통계적으로 엄격한 질문을 기재하고 있다. RA 관절은 전사적으로 상이한 4종의 분자 표현형으로 계층화되었지만, 질환 지속시간, 방사선촬영 상태 또는 염증의 전신 측정치에서는 계층화하지 않았다. 메타-분석은 각각의 표현형이 병리학적 관련성을 갖는 생물학적 차이를 반영하는 특징적 전사 프로그램을 발현하였는지 밝혀냈다. 유전자 발현 모듈은 각각의 표현형에 대해 발전되었고, 통계적 학습 절차를 이용하여 개선되었으며, 독립적인 데이터 세트에 대해 입증되었다. 추가로, 표현형-내인성 모듈은 새로운 환자를 B 세포 표적화 요법, 예컨대 항-CD20 모노클로날 항체에 대한 예측할 수 있는 반응을 갖는 RA의 하위유형 내로 계층화하기 위한 분자 바이오마커를 확인하는데 사용되었다.
다발성 경화증 및 특정 치료제
다발성 경화증 (MS)은 뇌 및 척수에 영향을 미치는 중추 신경계의 장애이다. MS는 일반적으로 재발-완화형 과정 또는 만성 진행형 과정을 나타낸다. 재발-완화형 MS (RRMS)는 공격 후 부분 또는 전체 회복을 특징으로 한다. 속발성-진행형 MS (SPMS)는 꾸준하게 진행형이 되는 재발-완화형 과정이다. 공격 및 부분 회복은 계속 발생할 수 있다. 원발성-진행형 MS (PPMS)는 개시부터 진행형이다. PPMS를 앓는 환자에서의 증상은 일반적으로 완화되지 않으며, 즉 강도에서 감소되지 않는다.
MS의 공통 징후 및 증상은 하나 이상의 사지에서, 몸통에서 또는 얼굴의 한면 상에서의 감각이상; 하지 또는 손의 약화 또는 둔함; 또는 시각 장애 (예컨대 부분적 실명 및 한 눈에서의 통증), 시야 흐림 및 암점을 포함한다. 다른 공통 초기 증상은 이중 시야 (복시)를 유발하는 안구 마비, 하나 이상의 사지의 일시적 약화, 사지의 경미한 강직 또는 비정상적 피로감, 미미한 보행 장애, 방광 제어 곤란, 현기증 및 경증 정서 장애이다 (문헌 [Berkow et al. (ed.), 1999, Merck Manual of Diagnosis and Therapy: 17th Ed]). MS의 병인은 알려지지 않았지만, 바이러스 감염, 유전자 소인, 환경 및 자가면역은 모두 장애에 기여하는 것으로 나타난다. MS 환자에서의 병변은 우세하게 T 림프구 매개 소교 세포의 침윤물 및 대식세포를 침윤시킨 침윤물을 함유한다. CD4+ T 림프구는 이들 병변에 존재하는 우세한 세포 유형이다. MS 병변의 특징은 플라크, 즉 MRI 스캔에서 보여지는 통상의 백질로부터 정확하게 경계가 정해진 탈수초화 영역이다. MS 플라크의 조직학적 외양은 질환의 상이한 병기에 따라 다양하다. 활성 병변에서, 혈액-뇌 장벽이 손상되며, 이에 따라 혈청 단백질의 세포외 공간 내로의 혈관외유출이 허용된다. 염증 세포는 혈관주위 커프스 및 백질 전체에 나타날 수 있다. CD4- T-세포, 특히 Th1은 플라크의 가장자리에 있는 모세관후 세정맥 주변에 축적되고, 또한 백질에 산재되어 있다. 활성 병변에서, 부착 분자의 상향-조절, 및 림프구 및 단핵구 활성화의 마커, 예컨대 IL2-R 및 CD26이 또한 관찰되었다. 활성 병변에서의 탈수초는 핍지교세포의 파괴에 의해 동반되지 않는다. 대조적으로, 질환의 만성기 동안, 병변은 핍지교세포의 손실 및 따라서 혈중 미엘린 핍지교세포 당단백질 (MOG) 항체의 존재를 특징으로 한다. MS에 대한 현행 치료는 코르티코스테로이드, 베타 인터페론 (베타페론®, 아보넥스®, 레비프®), 글라티라머 아세테이트 (코팍손®), 메토트렉세이트, 아자티오프린, 시클로포스파미드, 클라드리빈, 바클로펜, 티자니딘, 아미트립틸린, 카르바마제핀 (문헌 [Berkow et al. (ed.), 1999, 상기 문헌]) 및 나탈리주맙 (티사브리®)을 포함한다.
ANCA-혈관염 및 특정 치료제
베게너 육아종증 및 현미경적 다발혈관염은 항호중구 세포질 항체 (ANCA)-연관 혈관염으로서 분류되며, 이는 전신 질환을 앓는 대부분의 환자가 프로테이나제 3 또는 미엘로퍼옥시다에 대한 항체를 갖기 때문이다. (문헌 [Jennette JC et al., Arthritis Rheum 37:187-192 (1994); Finkielman JD et al., Am J Med 120(7):643.e9-643.14 (2007)]) ANCA-연관 혈관염은 소형-내지-중형 혈관에 영향을 미치며, 기도 및 신장에 대해 호발성이다. (문헌 [Hoffman GS et al., Ann Intern Med 116:488-498 (1992); Guillevin L et al., Arthritis Rheum 42:421-430 (1999); Reinhold-Keller E et al., Arthritis Rheum 43:1021-1032 (2000); Stone JH. Arthritis Rheum 48:2299-2309 (2003)]). 시클로포스파미드 및 글루코코르티코이드는 거의 40년 동안 완화 유도를 위한 표준 요법이었다. (문헌 [Novack SN et al., N Engl J Med 284:938-942 (1971); Fauci AS et al., Medicine (Baltimore) 52:535-561 (1973)]). 이 요법은 사망으로부터 질환 제어 및 일시적 완화의 강력한 가능성까지 중증 ANCA-연관 혈관염의 통상의 치료 결과를 변형시켰다. (문헌 [Hoffman GS et al., 상기 문헌; Guillevin L et al., 상기 문헌; Reinhold-Keller 상기 문헌; Walton EW., BMJ 2:265-270 (1958); Jayne D et al., N Engl J Med 349:36-44 (2003); The Wegener's Granulomatosis Etanercept Trial (WGET) Research Group, N Engl J Med 352:351-361 (2005)]). 그러나, 모든 환자가 이러한 약물 조합을 사용하여 완화되는 것은 아니며, 이렇게 한 환자는 종종 반복 치료를 요구하는 질환 발적을 앓는다. 더욱이, 시클로포스파미드의 부작용, 예를 들어 불임, 혈구감소증, 감염, 방광 손상 및 암, 뿐만 아니라 글루코코르티코이드 치료의 장기간 과정의 다중 부작용은 장기 질환 및 사망의 주요 원인이다. (문헌 [Hoffman GS et al., 상기 문헌; Guillevin L et al., 상기 문헌; Reinhold-Keller 상기 문헌; Jayne et al., 상기 문헌; WGET 상기 문헌; Stone JH, et al., Arthritis Rheum 54:1608-1618 (2006); Pagnoux C, et al., Arthritis Rheum 58:2908-2918 (2008)]).
수많은 연구는 리툭시맙이 베게너 육아종증 및 ANCA-혈관염에서 임상 활성을 발휘함을 보여주었다. 예를 들어, 스펙스(Specks) 등은 375 mg/m2의 리툭시맙 및 고용량 글루코코르티코이드의 4회 주입으로 베게너 육아종증을 치료하는 성공적 사용을 개시하였다. (문헌 [Specks et al. Arthritis & Rheumatism, 44(12):2836-2840 (2001)]). 또 다른 연구에서, 리툭시맙은 375 mg/m2 x 4회의 용량으로 경구 프레드니손 1 mg/kg/일과 함께 사용되는 경우에 중증 ANCA-연관 혈관염에 대해 내약성이 우수하고 효과적인 완화 유도제인 것으로 밝혀졌으며, 이는 제4주까지 40 mg/일로 감소되고, 이후 16주에 걸쳐 완전히 중단하였다. 4명의 환자는 재발/상승 ANCA 역가에 대해 단독 리툭시맙으로 재치료하였다. 글루코코르티코이드 이외에, 어떠한 추가의 면역억제제도 완화 유도 및 지속적 완화의 유지 (6개월 이상)에 필요한 것으로 보이지는 않는다. 문헌 [Keogh et al., Kidney Blood Press. Res., 26:293 (2003)]은 불응성 ANCA-연관 혈관염을 앓는 11명의 환자가 주 4회 375 mg/m2 용량의 리툭시맙 및 고-용량 글루코코르티코이드로 치료시 완화되었음을 보고하였다. 불응성 ANCA-연관 혈관염을 앓는 환자는 리툭시맙을, 명백한 효능을 갖는 면역억제 의약, 예컨대 정맥내 CTX, 미코페놀레이트 모페틸, 아자티오프린 또는 레플루노미드와 함께 투여받았다. 또한, 문헌 [Eriksson, "Kidney and Blood Pressure Research, 26:294 (2003) (five patients with ANCA-associated vasculitis treated with rituximab 375 mg/m2 once a week for four weeks responded to the treatment); Jayne et al., Kidney and Blood Pressure Research, 26:294-295 (2003) (six patients with refractory vasculitis receiving four weekly infusions of rituximab at 375 mg/m2 with CTX along with background immunosuppression and prednisolone experienced major falls in vasculitic activity)]을 참조한다. 리툭시맙을 정맥내 CTX와 함께 용량당 375 mg/m2의 4회 용량으로 불응성 전신 혈관염을 앓는 환자에게 투여하기 위해 사용하는 것에 대한 추가의 보고는 문헌 [Smith and Jayne, "A prospective, open label trial of B-cell depletion with rituximab in refractory systemic vasculitis"poster 998 (11th International Vasculitis and ANCA workshop), American Society of Nephrology, J. Am. Soc. Nephrol., 14:755A (2003)]에 제공된다. 또한, 주 2회 또는 4회 용량의 500 mg 리툭시맙으로 성공적으로 치료된, ANCA-양성 혈관염을 앓는 9명의 환자와 관련된 문헌 [Eriksson, J. Internal Med., 257:540-548 (2005)]; 및 불응성 ANCA-연관 혈관염을 앓는 11명의 환자에서, 주 4회 375 mg/m2 용량의 리툭시맙으로의 치료 또는 재-치료가 B-림프구 고갈에 의한 완화를 유발하는 것을 보고한 문헌 [Keogh et al., Arthritis and Rheumatism, 52:262-268 (2005)] (2000년 1월부터 2002년 9월까지 수행된 연구)을 참조한다. 보다 최근에, 스톤(Stone) 등은 중증 ANCA-연관 혈관염에서의 완화 유도 및 재발성 질환에서의 가능한 우월성에 대해 시클로포스파미드 치료와 비교하여 리툭시맙 요법 (4주 동안 주당 375 mg/m2)이 비열등성임을 보고하였다. (문헌 [Stone et al., N. England J. Med. 363(3):221-231 (2010)]).
특정의 추가 자가면역 질환
자가면역 질환은 기관-특이적 질환 (즉, 면역 반응은 내분비계, 조혈계, 피부, 심폐계, 위장관계 및 간계, 신장계, 갑상선, 귀, 신경근육계, 중추 신경계 등과 같은 기관계에 대해 특이적으로 지시됨) 또는 다발성 기관계에 영향을 미칠 수 있는 전신 질환 (예를 들어, 전신 홍반성 루푸스 (SLE), 류마티스 관절염, 다발근염 등)일 수 있다. 예시적인 질환은 자가면역 류마티스 장애 (예컨대, 예를 들어, 류마티스 관절염, 쇼그렌 증후군, 경피증, 루푸스, 예컨대 SLE 및 루푸스 신장염, 다발근염/피부근염, 한랭글로불린혈증, 항-인지질 항체 증후군 및 건선성 관절염), 자가면역 위장 및 간 장애 (예컨대, 예를 들어, 염증성 장 질환 (예를 들어, 궤양성 대장염 및 크론병), 자가면역 위염 및 악성 빈혈, 자가면역 간염, 원발성 담즙성 간경변증, 원발성 경화성 담관염 및 복강 질환), 혈관염 (예컨대, 예를 들어, ANCA-음성 혈관염 및 ANCA-연관 혈관염, 예를 들어 처그-스트라우스 혈관염, 베게너 육아종증 및 현미경적 다발혈관염), 자가면역 신경계 장애 (예컨대, 예를 들어, 다발성 경화증, 안진전 근간대성경련 증후군, 중증 근무력증, 시신경 척수염, 파킨슨병, 알츠하이머병 및 자가면역 다발신경병증), 신장 장애 (예컨대, 예를 들어, 사구체신염, 굿패스쳐 증후군 및 버거병), 자가면역 피부 장애 (예컨대, 예를 들어, 건선, 심마진, 두드러기, 심상성 천포창, 수포성 유천포창 및 피부 홍반성 루푸스), 혈액 장애 (예컨대, 예를 들어, 혈소판감소성 자반증, 혈전성 혈소판감소성 자반증, 수혈후 자반증 및 자가면역 용혈성 빈혈), 아테롬성동맥경화증, 포도막염, 자가면역 청각 질환 (예컨대, 예를 들어, 내이 질환 및 청각 상실), 베체트병, 레이노 증후군, 기관 이식 및 자가면역 내분비 장애 (예컨대, 예를 들어, 당뇨병성-관련 자가면역 질환, 예컨대 인슐린-의존성 당뇨병 (IDDM), 애디슨병 및 자가면역 갑상선 질환 (예를 들어, 그레이브스병 및 갑상선염))를 포함한다.
일부 경우에 상기 열거된 것들을 포함하는, 본원에 정의된 바와 같은 다른 자가면역 장애의 구체적인 예는 관절염 (급성 및 만성, 류마티스 관절염, 예를 들어 소아-발병 류마티스 관절염 및 병기, 예컨대 류마티스 활막염, 통풍 또는 통풍성 관절염, 급성 면역학적 관절염, 만성 염증성 관절염, 퇴행성 관절염, 제II형 콜라겐-유발 관절염, 감염성 관절염, 라임 관절염, 증식성 관절염, 건선성 관절염, 스틸병, 척추 관절염, 골관절염, 만성 진행형 관절염, 변형성 관절염, 만성 원발성 다발관절염, 반응성 관절염, 폐경기 관절염, 에스트로겐-고갈 관절염 및 강직성 척추염/류마티스 척추염), 자가면역 림프증식성 질환, 염증성 과다증식성 피부 질환, 건선, 예컨대 판상 건선, 적상 건선, 농포성 건선 및 손발톱 건선, 아토피, 예를 들어 아토피성 질환, 예컨대 고초열 및 조브 증후군, 피부염, 예를 들어 접촉성 피부염, 만성 접촉성 피부염, 박탈성 피부염, 알레르기성 피부염, 알레르기성 접촉성 피부염, 두드러기, 포진성 피부염, 화폐상 피부염, 지루성 피부염, 비-특이적 피부염, 원발성 자극성 접촉성 피부염 및 아토피성 피부염, x-연관 과다 IgM 증후군, 알레르기성 안내 염증성 질환, 심마진, 예컨대 만성 알레르기성 심마진 및 만성 특발성 심마진, 예를 들어 만성 자가면역 심마진, 근염, 다발근염/피부근염, 소아 피부근염, 독성 표피 괴사용해, 경피증 (예를 들어 전신 경피증), 경화증, 예컨대 전신 경화증, 다발성 경화증 (MS), 예컨대 척수-시신경 MS, 원발성 진행형 MS (PPMS) 및 재발 완화형 MS (RRMS), 진행성 전신 경화증, 아테롬성동맥경화증, 동맥경화증, 파종성 경화증, 운동실조성 경화증, 시신경척수염 (NMO), 염증성 장 질환 (IBD) (예를 들어, 크론병, 자가면역-매개 위장 질환, 위장 염증, 결장염, 예컨대 궤양성 결장염, 궤양 결장염, 현미경적 결장염, 콜라겐성 결장염, 폴립성 결장염, 괴사성 소장결장염 및 경벽성 결장염, 및 자가면역 염증성 장 질환), 장 염증, 괴저성 농피증, 결절성 홍반, 원발성 경화성 담관염, 호흡 곤란 증후군, 예를 들어 성인 또는 급성 호흡 곤란 증후군 (ARDS), 수막염, 포도막 전부 또는 일부의 염증, 홍채염, 맥락막염, 자가면역 혈액 장애, 이식편-대-숙주 질환, 혈관부종, 예컨대 유전성 혈관부종, 수막염에서와 같은 뇌 신경 손상, 임신성 헤르페스, 임신성 유천포창, 음낭 소양증, 자가면역 조기 난소 부전, 자가면역 상태로 인한 돌발성 청력 상실, IgE-매개 질환, 예컨대 아나필락시스 및 알레르기성 및 아토피성 비염, 뇌염, 예컨대 라스무센 뇌염 및 변연 및/또는 뇌간 뇌염, 포도막염, 예컨대 전방 포도막염, 급성 전방 포도막염, 육아종성 포도막염, 비육아종성 포도막염, 수정체항원성 포도막염, 후방 포도막염 또는 자가면역 포도막염, 신증후군을 동반한 및 동반하지 않은 사구체신염 (GN), 예컨대 만성 또는 급성 사구체신염, 예컨대 원발성 GN, 면역-매개 GN, 막성 GN (막성 신병증), 특발성 막성 GN 또는 특발성 막성 신병증, 막- 또는 막성 증식성 GN (MPGN), 예를 들어 제I형 및 제II형, 및 신속 진행형 GN (RPGN), 증식성 신염, 자가면역 다선성 내분비 부전, 귀두염, 예를 들어 형질세포성 국한성 귀두염, 귀두포피염, 원심성 환상 홍반, 지속성 이색성 홍반, 다형 홍반, 환상 육아종, 광택 태선, 경화 위축성 태선, 만성 단순 태선, 극상 태선, 편평 태선, 판상 어린선, 표피박리성 과다각화증, 전악성 각화증, 괴저성 농피증, 알레르기성 상태 및 반응, 식품 알레르기, 약물 알레르기, 곤충 알레르기, 희귀 알레르기성 장애, 예컨대 비만세포증, 알레르기성 반응, 습진, 예를 들어 알레르기성 또는 아토피성 습진, 피지결핍성 습진, 발한이상성 습진 및 수포성 손발바닥 습진, 천식, 예컨대 기관지성 천식, 기관지 천식 및 자기-면역 천식, T 세포의 침윤과 관련된 상태 및 만성 염증반응, 외래 항원, 예컨대 임신 동안의 태아 A-B-O 혈액군에 대한 면역 반응, 만성 폐 염증 질환, 자가면역 심근염, 백혈구 부착 결핍, 루푸스, 예를 들어 루푸스 신염, 루푸스 뇌염, 소아 루푸스, 비-신장 루푸스, 신외 루푸스, 원판상 루푸스 및 원판상 홍반성 루푸스, 탈모증 루푸스, SLE, 예컨대 피부 SLE 또는 아급성 피부 SLE, 신생아 루푸스 증후군 (NLE) 및 파종상 홍반성 루푸스, 소아 발병 (제I형) 당뇨병, 예를 들어 소아 IDDM, 성인 발병 당뇨병 (제II형 당뇨병), 자가면역 당뇨병, 특발성 요붕증, 당뇨병성 망막병증, 당뇨병성 신병증, 당뇨병성 결장염, 당뇨병성 대-동맥 장애, 시토카인 및 T-림프구에 의해 매개되는 급성 및 지연형 과민증과 연관된 면역 반응, 결핵, 사르코이드증, 육아종증, 예를 들어 림프종성 육아종증, 무과립구증, 혈관염 (예를 들어 대-혈관 혈관염, 예컨대 류마티스성 다발성근육통 및 거대-세포 (다카야스) 동맥염, 중간-혈관 혈관염, 예컨대 가와사키병, 및 결절성 다발성동맥염/결절성 동맥주위염, 면역혈관염, CNS 혈관염, 피부 혈관염, 과민성 혈관염, 괴사성 혈관염, 예컨대 섬유소성 괴사성 혈관염 및 전신 괴사성 혈관염, ANCA-음성 혈관염 및 ANCA-연관 혈관염, 예컨대 처그-스트라우스 증후군 (CSS), 베게너 육아종증 및 현미경적 다발혈관염), 측두 동맥염, 재생불량성 빈혈, 자가면역 재생불량성 빈혈, 쿰스 양성 빈혈, 다이아몬드 블랙판 빈혈, 용혈성 빈혈 또는 면역 용혈성 빈혈, 예를 들어 자가면역 용혈성 빈혈 (AIHA), 악성 빈혈 (빈혈 악성증), 애디슨병, 순수 적혈구 빈혈 또는 무형성증 (PRCA), 인자 VIII 결핍, A형 혈우병, 자가면역 호중구감소증(들), 혈구감소증, 예컨대 범혈구감소증, 백혈구감소증, 백혈구 누출이 관련된 질환, CNS 염증성 장애, 알츠하이머병, 파킨슨병, 다중 기관 손상 증후군, 예컨대 패혈증, 외상 또는 출혈에 속발성인 것들, 항원-항체 복합체-매개 질환, 항-사구체 기저막 질환, 항-인지질 항체 증후군, 단신경염, 알레르기성 신경염, 베체트병/증후군, 캐슬맨 증후군, 굿패스쳐 증후군, 레이노 증후군, 쇼그렌 증후군, 스티븐스-존슨 증후군, 유천포창 또는 천포창, 예컨대 수포성 유천포창, 반흔성 (점막) 유천포창, 피부 유천포창, 심상성 천포창, 부신생물성 천포창, 낙엽상 천포창, 천포창 점액-막 유천포창 및 홍반성 천포창, 후천성 수포성 표피박리증, 안구 염증, 예를 들어 알레르기성 안구 염증, 예컨대 알레르기성 결막염, 선상 IgA 수포성 질환, 자가면역-유발 결막 염증, 자가면역 다발내분비병증, 라이터병 또는 증후군, 자가면역 상태로 인한 열 손상, 자간전증, 면역 복합체 장애, 예컨대 면역 복합체 신염, 항체-매개 신염, 신경염증성 장애, 다발신경병증, 만성 신경병증, 예컨대 IgM 다발신경병증 또는 IgM-매개 신경병증, 혈소판감소증 (예를 들어 심근경색 환자에 의해 발병된 바와 같음), 예를 들어 혈전성 혈소판감소성 자반증 (TTP), 수혈-후 자반증 (PTP), 헤파린-유발 혈소판감소증 및 자가면역 또는 면역-매개 혈소판감소증, 예를 들어 예컨대 특발성 혈소판감소성 자반증 (ITP), 예를 들어 만성 또는 급성 ITP, 공막염, 예컨대 특발성 각막-공막염, 상공막염, 고환 및 난소의 자가면역 질환, 예를 들어 자가면역 고환염 및 난소염, 원발성 갑상선기능저하증, 부갑상선기능저하증, 자가면역 내분비 질환, 예를 들어 갑상선염, 예컨대 자가면역 갑상선염, 하시모토병, 만성 갑상선염 (하시모토의 갑상선염) 또는 아급성 갑상선염, 자가면역 갑상선 질환, 특발성 갑상선기능저하증, 그레이브스병, 그레이브스 안질환 (안병증 또는 갑상선-연관 안병증), 다선성 증후군, 예컨대 자가면역 다선성 증후군, 예를 들어, 제I형 (또는 다선성 내분비병증 증후군), 부신생물성 증후군, 예를 들어 신경계 부신생물성 증후군, 예컨대 램버트-이튼 근무력 증후군 또는 이튼-램버트 증후군, 강직-맨 또는 강직-인간 증후군, 뇌척수염, 예컨대 알레르기성 뇌척수염 또는 알레르기 뇌척수염 및 실험적 알레르기성 뇌척수염 (EAE), 중증 근무력증, 예컨대 흉선종-연관 중증 근무력증, 소뇌 변성, 신경근긴장증, 안진전 또는 안진전 근간대성경련 증후군 (OMS), 및 감각 신경병증, 다초점성 운동 신경병증, 쉬한 증후군, 자가면역 간염, 만성 간염, 루푸스성 간염, 거대-세포 간염, 만성 활성 간염 또는 자가면역 만성 활성 간염, 폐렴, 예컨대 림프성 간질성 폐렴 (LIP), 폐쇄성 세기관지염 (비-이식) 대 NSIP, 길랑-바르 증후군, 버거병 (IgA 신병증), 특발성 IgA 신병증, 선상 IgA 피부병, 급성 발열성 호중구성 피부병, 각막하 농포성 피부병, 일과성 극세포해리성 피부병, 간경변증, 예컨대 원발성 담즙성 간경변증 및 폐경변증, 자가면역 장병증 증후군, 셀리악 또는 복강 질환, 복강 스프루 (글루텐 장병증), 불응성 스프루, 특발성 스프루, 한랭글로불린혈증, 예컨대 혼합 한랭글로불린혈증, 근위축성 측삭 경화증 (ALS; 루게릭병), 관상 동맥 질환, 자가면역 귀 질환, 예컨대 자가면역 내이 질환 (AIED), 자가면역 청각 상실, 다발연골염, 예컨대 불응성 또는 재발된 또는 재발성 다발연골염, 폐포 단백증, 각막염, 예컨대 코간 증후군/비매독성 간질성 각막염, 벨 마비, 스위트병/증후군, 자가면역성 장미증, 조스터-연관 통증, 아밀로이드증, 비-암성 림프구증가증, 원발성 림프구증가증, 예를 들어 모노클로날 B 세포 림프구증가증 (예를 들어, 양성 모노클로날 감마글로불린병증 및 의미 불명의 모노클로날 감마글로불린병증, MGUS), 말초 신경병증, 부신생물성 증후군, 채널병증, 예컨대 간질, 편두통, 부정맥, 근육 장애, 난청, 실명, 주기성 마비 및 CNS의 채널병증, 자폐증, 염증성 근병증, 초점성 또는 분절성 또는 초점성 분절성 사구체경화증 (FSGS), 내분비 안병증, 포도막망막염, 맥락망막염, 자가면역 간 장애, 섬유근육통, 다발성 내분비 부전, 슈미트 증후군, 부신염, 위 위축, 초로기 치매, 탈수초성 질환, 예컨대 자가면역 탈수초성 질환 및 만성 염증성 탈수초성 다발신경병증, 드레슬러 증후군, 원형 탈모증, 전두 탈모증, 크레스트 증후군 (석회증, 레이노 현상, 식도 운동장애, 수지경화증 및 모세혈관확장증), 남성 및 여성 자가면역 불임, 예를 들어, 항-정자 항체로 인한 것, 혼합 결합 조직 질환, 샤가스병, 류마티스성 열, 반복 유산, 농부의 폐, 다형성 홍반, 후-심장절개 증후군, 쿠싱 증후군, 새-사육가 폐, 알레르기성 육아종성 혈관염, 양성 림프구성 혈관염, 알포트 증후군, 폐포염, 예컨대 알레르기성 폐포염 및 섬유화 폐포염, 간질성 폐 질환, 수혈 반응, 나병, 말라리아, 기생충성 질환, 예컨대 리슈마니아증, 키파노소미아증, 주혈흡충증, 회충증, 아스페르길루스증, 샘터 증후군, 카플란 증후군, 뎅기, 심내막염, 심내막심근 섬유증, 미만성 간질성 폐 섬유증, 간질성 폐 섬유증, 섬유화 종격염, 폐 섬유증, 특발성 폐 섬유증, 낭성 섬유증, 안내염, 장기 융기성 홍반, 태아 적모구증, 호산구성 근막염, 슐만 증후군, 펠티 증후군, 사상충증, 모양체염, 예컨대 만성 모양체염, 이색성 모양체염, 홍채모양체염 (급성 또는 만성) 또는 푸치 모양체염, 헤노흐-쉔라인 자반증, 인간 면역결핍 바이러스 (HIV) 감염, SCID, 후천성 면역 결핍 증후군 (AIDS), 에코바이러스 감염, 패혈증 (전신 염증 반응 증후군 (SIRS)), 내독소혈증, 췌장염, 갑상선중독증, 파르보바이러스 감염, 풍진 바이러스 감염, 백신접종-후 증후군, 선천성 풍진 감염, 엡스타인-바르 바이러스 감염, 멈프스, 에반 증후군, 자가면역 생식선 부전, 시데남 무도병, 스트렙토코쿠스-후 신염, 폐쇄성 혈전혈관염, 갑상선중독증, 척수로, 맥락막염, 거대-세포 다발근육통, 만성 과민성 폐렴, 결막염, 예컨대 춘계 카타르, 건성 각결막염 및 유행성 각결막염, 특발성 신염성 증후군, 미세 변화 신병증, 양성 가족성 및 허혈-재관류 손상, 이식 기관 재관류, 망막 자가면역, 관절 염증, 기관지염, 만성 폐쇄성 기도/폐 질환, 규폐증, 아프타, 아프타성 구내염, 동맥경화성 장애 (뇌 혈관 기능부전), 예컨대 동맥경화성 뇌병증 및 동맥경화성 망막병증, 무정액증, 자가면역 용혈, 뵈크 질환, 한랭글로불린혈증, 듀피트렌 수축, 수정체과민성 안내염, 알레르기성 장염, 결절성 홍반 나병, 특발성 안면 마비, 만성 피로 증후군, 류마티스성 열, 함만-리치병, 감각신경성 청각 상실, 발작성 혈색소뇨증, 생식선기능저하증, 국한성 회장염, 백혈구감소증, 감염성 단핵구증, 횡단 척수염, 원발성 특발성 점액수종, 신증, 교감신경 안염 (교감신경성 안염), 신생아 안염, 시신경염, 육아종성 고환염, 췌장염, 급성 다발신경근염, 괴저성 농피증, 퀘르뱅 갑상선염, 후천성 췌장 위축, 비-악성 흉선종, 림프여포성 흉선염, 백반증, 독성-쇼크 증후군, 식중독, T 세포의 침윤과 관련된 상태, 백혈구-부착 결핍, 시토카인 및 T-림프구에 의해 매개되는 급성 및 지연형 과민증과 연관된 면역 반응, 백혈구 누출과 연관된 질환, 다발성 기관 손상 증후군, 항원-항체 복합체-매개 질환, 항사구체 기저막 질환, 자가면역 다발내분비병증, 난소염, 원발성 점액수종, 자가면역 위축성 위염, 류마티스성 질환, 혼합 결합 조직 질환, 신증후군, 췌도염, 다발내분비 부전, 자가면역 다선성 증후군, 예를 들어 제I형 다선성 증후군, 성인-발병 특발성 부갑상선기능저하증 (AOIH), 심근병증, 예컨대 확장성 심근병증, 후천성 수포성 표피박리증 (EBA), 혈색소증, 심근염, 신증후군, 원발성 경화성 담관염, 화농성 또는 비화농성 부비동염, 급성 또는 만성 부비동염, 사골, 전두골, 상악골 또는 접형골 부비동염, 알레르기성 부비동염, 호산구-관련 장애, 예컨대 호산구증가증, 폐 침윤 호산구증가증, 호산구증가증-근육통 증후군, 뢰플러 증후군, 만성 호산구성 폐렴, 열대성 폐 호산구증가증, 기관지폐렴성 아스페르길루스증, 아스페르길루스종, 또는 호산구를 함유하는 육아종, 아나필락시스, 척추관절병증, 혈청음성 척추관절염, 다발내분비 자가면역 질환, 경화성 담관염, 공막, 상공막, 만성 점막피부 칸디다증, 브루톤 증후군, 영아기의 일과성 저감마글로불린혈증, 비스코트-알드리치 증후군, 모세혈관확장성 운동실조 증후군, 혈관확장증, 콜라겐 질환과 연관된 자가면역 장애, 류마티즘, 예컨대 만성 관절류마티즘, 림프절염, 혈압 반응의 감소, 혈관 기능장애, 조직 손상, 심혈관 허혈, 통각과민, 신장 허혈, 뇌 허혈, 및 혈관화 동반 질환, 알레르기성 과민성 장애, 사구체신염, 재관류 손상, 허혈성 재-관류 장애, 심근 또는 다른 조직의 재관류 손상, 림프종 기관기관지염, 염증성 피부병, 급성 염증 요인을 갖는 피부병, 다발성 기관 부전, 수포성 질환, 신장 피질 괴사, 급성 화농성 수막염 또는 다른 중추 신경계 염증성 장애, 안구 및 안와 염증성 장애, 과립구 수혈-연관 증후군, 시토카인-유발 독성, 기면증, 급성 중증 염증, 만성 난치성 염증, 신우염, 동맥내막 증식증, 소화성 궤양, 판막염 및 자궁내막증을 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
일반적 기술
달리 나타내지 않는 한, 본 발명의 실시는 분자 생물학 (재조합 기술 포함), 미생물학, 세포 생물학, 생화학 및 면역학의 통상의 기술을 이용할 것이며, 이들은 당업계의 기술범위 내에 있다. 이러한 기술은 문헌, 예를 들어 "Molecular Cloning: A Laboratory Manual", second edition (Sambrook et al., 1989); "Oligonucleotide Synthesis" (M. J. Gait, ed., 1984); "Animal Cell Culture" (R. I. Freshney, ed., 1987); "Methods in Enzymology" (Academic Press, Inc.); "Current Protocols in Molecular Biology" (F. M. Ausubel et al., eds., 1987, and periodic updates); "PCR: The Polymerase Chain Reaction", (Mullis et al., eds., 1994)]에 충분히 설명되어 있다.
본 발명에서 사용되는 프라이머, 올리고뉴클레오티드 및 폴리뉴클레오티드는 당업계에 공지된 표준 기술을 사용하여 생성될 수 있다.
RA 환자 및 MS 및 ANCA-혈관염과 같은 다른 자가면역 질환을 앓는 환자의 특정 치료제에 대한 반응성 예측과 연관된 유전자 발현 서명 및 바이오마커가 본원에서 제공된다. 이들 서명 뿐만 아니라 유전자에 의해 코딩되는 mRNA 또는 개별 단백질의 발현 수준은 RA 치료제, MS 치료제 및/또는 ANCA-혈관염 치료제에 대한 반응성 예측을 위한 바이오마커를 구성한다. 따라서, 본원에 개시된 본 발명은, 예를 들어 자가면역 질환의 진단 및 요법과 관련된 방법 및 조성물에서의 다양한 세팅에서 유용하다.
유전자 발현 수준의 검출
본원에 기재된 임의의 방법에 따르면, 핵산은 게놈 DNA로부터 전사된 RNA, 또는 RNA 또는 mRNA로부터 생성된 cDNA일 수 있다. 핵산은 척추동물, 예를 들어, 포유동물로부터 유래될 수 있다. 핵산은 특정 공급원으로부터 직접 얻거나 공급원에서 발견되는 핵산의 카피일 경우 상기 공급원으로부터 "유래된" 것으로 언급된다.
핵산은 핵산의 카피, 예를 들어 증폭에 의해 생성된 카피를 포함한다. 증폭은 특정 경우에, 예를 들어 변이를 검출하기 위한 물질의 요구되는 양을 얻기 위해 바람직할 수 있다. 이어서, 앰플리콘은 특정 유전자의 발현을 결정하기 위해 하기 기재된 바와 같은 변이 검출 방법에 적용될 수 있다.
mRNA의 수준은 상업적으로 입수가능한 키트 및 시약의 사용을 포함하여, 당업자에 널리 공지된 다양한 방법에 의해 측정되고 정량화될 수 있다. 하나의 이러한 방법은 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR)이다. 정량적 사용을 위한 또 다른 방법은 실시간 정량적 PCR 또는 qPCR이다. 예를 들어, 문헌 ["PCR Protocols, A Guide to Methods and Applications," (M.A. Innis et al., eds., Academic Press, Inc., 1990); "Current Protocols in Molecular Biology" (F. M. Ausubel et al., eds., 1987, and periodic updates); 및 "PCR: The Polymerase Chain Reaction", (Mullis et al., eds., 1994)]을 참조한다.
마이크로어레이는 전형적으로 고-엄격도 조건 하에, 예를 들어 cDNA 또는 cRNA 샘플과 혼성화하기 위해 수천 개의 핵산 프로브의 어레이 시리즈를 사용하는 멀티플렉스 기술이다. 전형적으로 형광단-, 은- 또는 화학발광-표지된 표적을 검출함으로써 프로브-표적 혼성화를 검출하고 정량화하여, 표적에서 핵산 서열의 상대 존재비를 결정한다. 전형적인 마이크로어레이에서, 프로브는 (에폭시-실란, 아미노-실란, 리신, 폴리아크릴아미드 등을 통해) 화학적 매트릭스에 대한 공유 결합에 의해 고체 표면에 부착된다. 고체 표면은, 예를 들어 유리, 규소 칩 또는 미세 비드이다. 예를 들어 아피메트릭스, 인크.(Affymetrix, Inc.) 및 일루미나, 인크.(Illumina, Inc.)에 의해 제조된 것을 비롯하여, 다양한 마이크로어레이가 상업적으로 입수가능하다.
생물학적 샘플은 당업자에게 공지된 특정 방법을 이용하여 수득될 수 있다. 생물학적 샘플은 척추동물, 특히 포유동물로부터 수득될 수 있다. 특정 경우에, 생물학적 샘플은 활막 조직, 혈청 또는 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC)이다. 이러한 신체 샘플을 스크리닝함으로써, 간단한 조기 진단은 RA, MS 또는 ANCA-혈관염과 같은 질환에 대해 달성될 수 있다. 또한, 요법의 진행은 표적 핵산 (또는 코딩된 폴리펩티드)의 발현 수준의 변화에 대해 이러한 신체 샘플을 시험함으로써 보다 용이하게 모니터링할 수 있다.
대상체, 또는 조직 또는 세포 샘플이 본원에 개시된 유전자 발현 서명 또는 특정 혈청 바이오마커의 상대적 수준을 포함하는 것을 결정한 후에, 유효량의 적절한 치료제가 대상체에게 투여되어 대상체에서의 특정한 질환, 예를 들어 RA, MS 또는 ANCA-혈관염을 치료할 수 있다. 본원에 기재된 다양한 병리학적 상태의 포유동물에서 임상적 진단이 숙련된 진료의에 의해 수행될 수 있다. 임상적 진단 기술은 당업계에서 사용가능하고, 이는 예를 들어 포유동물에서의 자가면역 질환, 예를 들어 RA, MS 또는 ANCA-혈관염의 진단 또는 검출을 위해 허용된다.
치료제는 공지의 방법에 따라, 예컨대 볼루스로서 정맥내 투여, 또는 일정 기간에 걸친 연속 주입, 근육내, 복강내, 뇌척수내, 피하, 관절내, 활막내, 경막내, 경구, 국소 또는 흡입 경로에 의해 투여될 수 있다. 임의로, 투여는 다양한 상업적으로 이용가능한 장치를 사용하여 미니-펌프 주입을 통해 수행될 수 있다.
키트
본원에 기재되거나 제안된 용도에서 사용하기 위해, 키트 또는 제조품이 또한 제공된다. 상기 키트는 하나 이상의 용기 수단, 예컨대 바이알, 튜브 등을 밀폐 격리하여 수용하도록 구획화되는 운반체 수단을 포함할 수 있으며, 여기서 각각의 용기 수단은 방법에서 사용될 별개의 요소 중 하나를 포함한다. 예를 들어, 용기 수단 중 하나는 검출가능하게 표지된 것이거나 검출가능하게 표지될 수 있는 프로브를 포함할 수 있다. 이러한 프로브는 유전자 발현 서명의 하나 이상의 유전자를 포함하는 폴리뉴클레오티드에 특이적인 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 키트가 표적 핵산을 검출하기 위해 핵산 혼성화를 이용하는 경우에, 키트는 또한 표적 핵산 서열의 증폭을 위한 뉴클레오티드(들)를 함유하는 용기, 및/또는 효소, 형광 또는 방사성 동위원소 표지와 같은 리포터 분자에 결합된, 아비딘 또는 스트렙타비딘과 같은 비오틴-결합 단백질과 같은 리포터 수단을 포함하는 용기를 가질 수 있다.
키트는 전형적으로 상기 기재된 용기, 및 완충제, 희석제, 필터, 바늘, 시린지 및 사용 지침서를 갖는 포장 삽입물을 포함하는, 상업적 및 사용자 관점에서 바람직한 물질을 포함하는 하나 이상의 다른 용기를 포함할 것이다. 조성물이 특정 요법을 위해 또는 비-치료 용도로 사용되는지 나타내도록 표지가 용기 상에 존재할 수 있고, 또한 상기 기재된 것과 같은 생체내 또는 시험관내 용도를 위한 지시를 나타낼 것이다. 키트 중의 다른 임의의 성분은 하나 이상의 완충제 (예를 들어, 차단 완충제, 세척 완충제, 기질 완충제 등), 다른 시약, 예를 들어 효소 표지에 의해 화학적으로 변경되는 기질 (예를 들어, 발색원), 에피토프 복구 용액, 대조 샘플 (양성 및/또는 음성 대조군), 대조 슬라이드(들) 등을 포함한다.
마케팅 방법
본원에서 본 발명은 또한 본원에 개시된 바와 같은 유전자 발현 서명 또는 혈청 바이오마커의 수준을 나타내는 샘플이 수득된 특정한 질환, 예를 들어 RA, MS 또는 ANCA-혈관염을 앓는 환자 또는 환자 집단을 치료하기 위한 치료제 또는 그의 제약 조성물의 사용을 표적 청중에게 판촉하고/거나 지시하고/거나 특정하는 것을 포함하는, 치료제 또는 그의 제약상 허용되는 조성물을 마케팅하는 방법을 포함한다.
마케팅은 일반적으로 후원자가 확인되고 메시지가 제어되는 비-인적 매체를 통한 유료 커뮤니케이션이다. 본원의 목적을 위한 마케팅은 선전, 홍보, 작품 속 광고, 후원, 보증 및 판촉을 포함한다. 이러한 용어는 또한 본원에서 본 발명을 구입하거나 지지하거나 승인하는 유리한 패턴으로 설득하거나 정보를 제공하거나 프로모션하거나 동기부여하거나 또는 다르게는 행동을 변형시키기 위해 대중에게 호소하도록 고안된 인쇄 커뮤니케이션 매체들 중 임의의 것으로 나타나는, 후원받은 정보성 공시를 또한 포함한다.
본원에서 진단 방법의 마케팅은 임의의 수단에 의해 달성할 수 있다. 이들 메시지를 전달하기 위해 사용되는 마케팅 매체의 예는 텔레비젼, 라디오, 영화, 잡지, 신문, 인터넷, 및 전파 매체에서 나타나는 메시지인 광고방송을 포함한 광고게시판을 포함한다.
사용된 마케팅의 유형은 많은 인자, 예를 들어, 도달할 표적 청중 의 특성, 예를 들어, 병원, 보험 회사, 클리닉, 의사, 간호사 및 환자, 뿐만 아니라 비용 고려사항 및 의약 및 진단의 마케팅을 규제하는 관련 관할 법률 및 규정에 따라 달라질 수 있다. 마케팅은 서비스 상호작용 및/또는 다른 데이터, 예를 들어 사용자 인구학 및 지리학상 위치에 의해 규정되는 사용자 특징에 기초하여 개별화되거나 주문제작될 수 있다.
실시예
다음은 본 발명의 방법 및 조성물의 예이다. 상기 제공된 일반적 설명에 기초하여 다양한 다른 실시양태를 실시할 수 있음이 이해된다.
실시예 1
개요
무작위화 및 위약 대조 임상 시험은 리툭시맙이 메토트렉세이트 (MTX) 및/또는 항-TNF 요법을 실패한 RA 환자에 대해 효율적임을 나타내었다 (문헌 [Emery P, et al., Arthritis Rheum. 2006; 54 (5):1390-400; Cohen SB, et al., Arthritis Rheum. 2006; 54 (9): 2793-806]). 다른 면역학 생물제제와 유사하게, 리툭시맙은 다른 가능한 부작용 중에서도 주입 반응 및 감염과 같은 특정 위험과 연관되어 있다. RA에서 리툭시맙 요법에 대한 이익/위험 식을 개선하기 위해, 본 발명자들은 증가된 반응률을 갖는 환자 하위집단을 확인하는 기준선 예측 임상 특징 및 분자 바이오마커를 확인하는데 관심을 가지고 있다. 유사하게, 리툭시맙으로부터 어떠한 이익도 제공받지 못한 환자 하위세트를 확인하여 대체 요법을 처방할 수 있도록 하는 것에도 관심이 있다. 최근 연구는 상승된 수준의 자가항체 (류마티스 인자 및/또는 항-CCP 항체) 및 급성기 반응물 C-반응성 단백질이 RA에서 리툭시맙에 대한 반응자의 경우에 풍부하다는 것을 시사한다 (문헌 [Sellam et al., Arthritis & Rheumatism 2011; 63:93-938; Dorner et al., Pharmacol Ther 2010; 125:464-475]).
현재 연구의 목적은, 말초 혈액 중의 B 계통 세포의 수준을 정량화하고, 이어서 요법 이전의 B 세포 하위세트 조성물에서의 차이가 RA에서 리툭시맙에 대한 임상 반응과 상관관계가 있는지 결정하기 위한 mRNA-기반 방법을 입증하는 것이다. 데이터는 후기 B 계통 단계 형질모세포에 대한 분자 마커의 상승된 기준선 혈중 농도가 RA에서 항-CD20 요법에 대한 비-반응의 예측이라는 개념을 지지한다.
방법 및 대상체
임상 연구 디자인 및 샘플 수집
REFLEX는 활성 RA를 앓고 하나 이상의 항-TNF 작용제 (TNF-IR)에 대해 부적절한 반응을 갖는 518명의 환자에서 리툭시맙 (2 x 1000 mg) 치료의 다중심 무작위 이중-맹검 위약-제어 III상 임상 연구이다 (문헌 [Cohen SB, et al., Arthritis Rheum. 2006; 54 (9): 2793-806]). DANCER는 462명의 RA 환자를 등록한 무작위 다중심 이중-맹검 위약-제어 II상 임상 시험이다. 대상체는 위약, 리툭시맙 2 x 500 mg 또는 리툭시맙 2 x 1000 mg을, 글루코코르티코이드와 함께 또는 글루코코르티코이드 없이 제공받도록 무작위화하였다. DANCER 시험으로부터의 환자 인구통계, 기준선 임상 특징 및 결과의 완전한 특성화가 발표된 바 있다 (문헌 [Emery P, et al., Arthritis Rheum. 2006; 54 (5):1390-400]). SERENE는 메토트렉세이트 (MTX-IR)에 대해 부적절한 반응을 갖는 512명의 RA 환자에서 리툭시맙 (2 x 500mg 및 2 x 1000mg)의 2회 투여 요법의 효능을 평가하기 위한 III상 무작위 위약-제어 시험이었다 (문헌 [Emery P, et al., Ann Rheum Dis. 2010 Sep;69(9):1629-35. Epub 2010 May 20]). 3회 시험에 대한 포함 기준은 하기를 포함하였다: 등록 적어도 6개월 전, 개정 미국 류마티스 학회 기준에 따라 류마티스 관절염 진단, 연령 18-80세, 스크리닝시 ESR ≥ 28 mm/hr 또는 CRP ≥ 1.5 mg/dL (REFLEX, DANCER) 또는 ESR ≥ 28 mm/hr 또는 CRP ≥ 0.6 mg/dL (SERENE)에서 기준선에서의 스크리닝 및 스크리닝시 팽윤 관절 수 ≥8 (관절 수 66개) 및 압통 관절 수 ≥8 (관절 수 68개), 및 MTX를 적어도 12주 동안 용량 10-25mg/주로 제공받고, 마지막 4주는 안정한 용량으로 제공받음. REFLEX에 대한 추가 요건은 ≥ 4주 동안의 에타네르셉트 및 ≥ 8주 동안의 인플릭시맙으로부터의 워시 아웃 기간 및 하나 이상의 관절에서의 미란에 대한 방사선사진상 증거를 포함하였다. 모든 3회 시험에서, 리툭시맙 또는 위약을 제1일 및 제15일에 동시 메토트렉세이트 (치료하는 의사에 의해 처방된 바와 같이 10-25 mg/주)와 함께 정맥내 주입에 의해 투여하였다. 모든 환자에서, 100mg 정맥내 주입 메틸프레드니솔론을 리툭시맙 또는 위약 주입 적어도 30분 전에 투여하였다. 모든 환자는 또한 5 mg/주 폴레이트를 제공받았다.
SCRIPT는 840명의 TNF-IR RA 환자에서의 오크렐리주맙, 인간화 항-CD20 모노클로날 항체의 다중심 무작위 이중-맹검 위약-제어 III상 임상 시험이었다. 환자는 비-생물제제 DMARD 요법의 동시 배경 상에 있었다. 대상체를 3종 시험 부문에 무작위화하고, 2개 과정의 위약 또는 200mg 또는 500mg의 오크렐리주맙을 제공받게 하고, 투여 후 48주 내내 임상 이익에 대해 평가하였다. 시험에 대한 포함 기준은 RA의 분류를 위해 1987 ACR 기준 (팽윤 관절 수 (66개 관절) ≥4, 압통 관절 수 (68개 관절) ≥4, CRP ≥0.6 mg/dL 및 양성 류마티스 인자 및/또는 항-CCP 항체 상태)을 이용하여 적어도 3개월 동안 RA 진단을 포함하였다.
각각의 시험 집단에 대한 기준선 인구통계 및 임상 활성 측정은 하기 표 2 및 3에 요약된다.
mRNA-기반 바이오마커 (하기 참조)의 개발을 위해 본 발명자들은 ACTION 시험으로부터의 샘플을 사용하였다. ACTION은 RA 환자에서 MTX + 위약 대 MTX 및 오크렐리주맙의 조합 I/II상 용량-범위 연구였다. 완전한 환자 인구통계, 임상적 발견 및 ACTION 시험에 대한 결과가 발표된 바 있다 (문헌 [Genovese MC, et al., Arthritis Rheum. 2008 Sep;58(9):2652-61]). RT-qPCR 및 위한 마이크로어레이 유전자 발현 분석을 위한 전혈 팍스젠(PaxGene) 샘플 뿐만 아니라 FACS 분석을 위한 EDTA 혈액을 연구에 등록된 모든 환자에 대해 기준선 및 사전-규정된 시점에서 수득하였다.
모든 항-CD20 시험에서의 기준선 팍스젠 혈액 RNA 샘플 수집은 임의적이고, 고지에 입각한 동의에 따라 수득하였다. 따라서, RNA 샘플은 오직 각각의 시험 집단의 하위세트로부터민 이용가능하였다 (각각 REFLEX, DANCER, SERENE 및 SCRIPT로부터 27%, 31%, 30% 및 49%의 샘플).
방법
마이크로어레이 방법 및 분석
RNA는 제조업체의 추천된 프로토콜 및 시약 (팍스젠™ 혈액 RNA 키트, 퀴아젠 인크(Qiagen Inc), 캘리포니아주 발렌시아)을 사용하여 코반스(Covance) (뉴저지주 프린스톤)에서 정제하였다. 추출된 RNA의 양 및 품질은 나노드롭(NanoDrop) (ND1000, 셀바이오, 밀라노) 및 애질런트(Agilent) 2100 바이오분석기 (애질런트 테크놀로지스 인크(Agilent Technologies Inc), 캘리포니아주 산타 클라라 본사)로 평가하였다.
24명의 연구 환자의 하위세트로부터의 RNA는 애질런트 전체 인간 게놈 4x44 마이크로어레이 (파트 ID G4112-60510, 애질런트 테크놀로지스 인크, 캘리포니아주 산타 클라라 본사) 상에서 프로파일링하였다. 마이크로어레이 이미지는 애질런트 피쳐 익스트랙션(Agilent's Feature Extraction) (FE) 소프트웨어, 버전 9.5를 이용하여 분석하였다. 차등 유전자 발현 분석은 파르텍(Partek) 소프트웨어 (파르텍 인크.(Partek Inc.), 미주리주 세인트 루이스)를 이용하여 수행하였다. 간략하게, 유전자 발현 데이터는 로그-변환시키고, 변위치를 정상화시켰다. 기준선에서 및 리툭시맙 (RTX) 치료 후 제84일에서 고갈제 및 비-고갈제 사이에 배수-변화 및 p-값 (FACS 분석에 의해 결정된 바와 같음)을 기준으로 하여, 가장 현저하게 상이한 유전자의 목록을 3원 ANOVA를 이용하여 파생시켰다. 초기의 목록은 주로 이뮤노글로불린 쇄 유전자, 뿐만 아니라의 확립된 형질세포 마커 및 B 세포 마커로 구성되었다. 상위 ~30개 유전자로부터, 그의 성능, 특이성 및 예비 시험관내 실험을 기준으로 하여 7개 유전자를 추가 분석을 위해 선택하였다 (데이터는 제시되지 않음).
유전자 발현 분석
시약 및 기기
택맨 유니버셜 마스터 믹스(TaqMan Universal Master Mix), 택맨 프리앰프 마스터 믹스(TaqMan PreAmp Master Mix) 및 유전자 발현 검정은 어플라이드 바이오시스템즈(Applied Biosystems) (어플라이드 바이오시스템즈, 캘리포니아주 포스터 시티)로부터 입수하였다. 사전-증폭 반응은 진앰프(GeneAmp) PCR 시스템 9700 (어플라이드 바이오시스템즈)을 사용하여 수행하였다. 실시간 PCR 반응은 플루이다임(Fluidigm) 디지털 어레이 유전자 발현 기술 (플루이다임 코포레이션(Fluidigm Corporation), 캘리포니아주 사우스 샌프란시스코)를 이용하여 또는 ABI 프리즘 7900HT 기기 (어플라이드 바이오시스템즈, 캘리포니아주 포스터 시티)를 이용하는 384 웰 플레이트에서 수행되었다. 실시간 PCR 방법 둘 다는 일련의 QC 실험에서 서로에 대하여 입증되었다 (데이터는 제시되지 않음).
후보 mRNA 바이오마커 선택
하기 B 세포 유전자는 처음에 멀티플렉스 RT-qPCR 유전자 발현 분석을 위해 선택하였다: 1) 나이브 및 기억 B 세포에 풍부한 유전자 (CD19, CD20, POU2AF1, FCRL5 스플라이스 변이체 - FCRL5/IRTA2c (목록화된 ABI 검정 HS01070204_m1)는 예비 실험에서 골수 형질세포에서 우세하게 발현되는 IRTA 2a 및 b와 대조적으로, 나이브 및 성숙 B 세포에 대해 우세하게 발현하는 것으로 나타남) (문헌 [Polson AG, et al., Int Immunol. 2006 Sep;18(9):1363-73. Epub 2006 Jul 18]); 2) 형질모세포 / 형질세포에 풍부한 유전자 (Ig-J 쇄, BCMA); 및 3) B 세포 및 형질세포(에서 더 높은 수준으로) 둘 다에서 발견되는 유전자 (Ig 경쇄). POU2AF1은 그의 낮은 존재비로 인해 잘 수행되지 않았고, IgL은 형질모세포부터의 성숙 B 세포를 구별하지 못하였으므로; 이에 따라 이들 2개의 마커는 더 이상 고려되지 않았다. 모든 데이터는 하우스키핑 유전자 GAPDH에 대해 정상화하였다. 모든 프라이머/프로브 세트는 택맨 유전자 발현 검정 (어플라이드 바이오시스템즈, 캘리포니아주 포스터 시티)이었다.
RNA, cDNA 및 qPCR
RNA는 제조업체의 프로토콜 (퀴아젠 인크, 캘리포니아주 발렌시아)에 따라 팍스젠™ 혈액 RNA 키트를 이용하여 전혈로부터 추출하였다. 추출된 RNA의 양 및 품질은 나노드롭 (ND1000, 셀바이오, 밀라노) 및 애질런트 2100 바이오분석기 (애질런트 테크놀로지스 인크, 캘리포니아주 산타 클라라) 기술 둘 다를 이용하여 평가하였다.
qPCR 멀티플렉스 검정의 초기 단계에서, 샘플당 100 ng RNA를 바이오라드 아이스크립트(BioRad iScript) cDNA 합성 키트 (바이오라드, 캘리포니아주 허큘레스)를 이용하여 cDNA로 역전사시켰으며, 단, SCRIPT 샘플에 대해서는, 300 ng RNA를 사용하였고, 합성 후에 물을 사용하여 10 ng/ul 투입 RNA로 희석시켰다. 후속적으로, 특이적인 프라이머 쌍을 사용하는 예비 cDNA 증폭 단계를 상업적으로 입수가능한 cDNA 예비증폭 키트 (택맨 프리앰프 마스터 믹스 키트, 어플라이드 바이오시스템즈)를 이용하여 이전에 기재된 바와 같이 (문헌 [Ciotti P, et al., Diagn Mol Pathol. 2009 Jun;18(2):112-8]) 수행하였다. 예비증폭 산물을 제조업체 프로토콜에 따라 TE 완충제를 사용하여 1:5로 희석하였다. SCRIPT 시험으로부터의 샘플은 예비증폭시키지 않았다. 정량적 PCR을 플루이다임 디지털 어레이 유전자 발현 기술 (플루이다임 코포레이션, 캘리포니아주 사우스 샌프란시스코) 또는 ABI 7900HT 기기 (어플라이드 바이오시스템즈, 캘리포니아주 포스터 시티)을 이용하여 수행하였다. 플루이다임 동적 어레이를 위해, 반응당 예비증폭된 cDNA 2.25 ul를 사용하고, 택맨 검정을 위해, 예비증폭된 또는 비-증폭된 (SCRIPT) cDNA 2 ul를 반응당 사용하였다.
qPCR 반응에서 예비-증폭된 및 비-증폭된 산물 사이의 잠재적 성향을 평가하기 위해, 인간 B 세포주 및 편도 RNA로부터의 예비증폭된 (50 ng 내지 5 ng) 및 비-증폭된 RNA 주형의 범위를 검사하였다. 각 유전자의 발현은 각 실험에서 2벌로 측정하였으며, 반복의 평균을 인간 GAPDH에 대해 정상화하여 각 유전자에 대한 델타 Ct (ΔCt) 값을 생성하였다. 2벌 샘플은 일반적으로 5% 미만으로 가변적이었다. 데이터를 바이오마크(BioMark) 유전자 발현 데이터 분석 소프트웨어 (플루이다임 코포레이션, 캘리포니아주 사우스 샌프란시스코)를 이용하여 분석하여 Ct 값을 수득하였다. 이어서, 발현 값을 식 2-Δ Ct를 이용하여 상대 존재비로서 계산하였다.
B 세포 계통에서의 유전자 발현의 평가
상기 기재된 바와 같이, 나이브 B 세포, 비스위칭된 및 스위칭된 기억 B 세포 및 형질세포 사이를 구분하는 마커를 사용하여, 건강한 공여자로부터의 말초 혈액 또는 류코팩으로부터 인간 B 세포를 분류하였다 (문헌 [Abbas et al., Genes Immun 2005; 6: 319-331]). 나이브 B 세포는 CD19+CD27-IgG/A-이고, 비스위칭된 기억 B 세포는 CD19+CD27+IgG/A-이고, 스위칭된 기억 B 세포는 CD19+CD27+IgM-였다. 형질세포는 CD19+CD138+였다. RNA를 정제하고, 아피메트릭스(Affymetrix)® HGU133A 및 HGU133B 진칩스(GeneChips)®에 혼성화하였다. IgJ, FcRL5/IRTA2c, CD19 및 BCMA에 대한 평균 프로브 발현 수준은 각각의 B 세포 집단에 대한 각각의 정상화된 형광 값으로부터 결정하였다.
통계적 분석
선택 임상 케이스 보고 형식 데이터를 제넨테크에서의 임상 시험 데이터베이스로부터 주문제작 설계된 오라클(Oracle) 데이터베이스 내로 이동시켜 바이오마커 발견을 용이하게 하였다. 데이터 분석은 JMP 소프트웨어 (SAS, 노스캐롤라이나주 캐리)를 사용하여 수행하고, 모든 통계적 분석은 그래프패드 프리즘(GraphPad Prism) 소프트웨어 (그래프패드, 캘리포니아주 라 졸라)를 사용하여 수행하였다.
선형 변형된 값에 대해 활성제 및 위약 부문에서 ACR50 반응자 대 비-반응자 사이의 발현 차이는 비파라미터적 맨-휘트니(Mann-Whitney) 검정을 이용하여 평가하였다.
역치 감도 방법을 REFLEX 시험으로부터의 기저선 RNA 샘플에 적용하여, 제24주에 ACR50을 달성하는 것을 실패한 것으로 정의된 바와 같은 위약 보정된 반응 결핍에 대해 풍부한 후보 바이오마커 역치를 확인하였다. 역치 감도 방법 및 분석은 다음과 같이 수행하였다.
증가된 임상 이익을 갖는 하위군을 확인하기 위해, 혈청 샘플이 이용가능한 환자에서 측정된 기준선 임상 특성 및 혈청학적 바이오마커를 사용하여 REFLEX로부터의 연구 집단을 계층화하였다. 바이오마커 혈청 샘플을 매칭시킨 환자 하위군에 대한 기준선 특성은 임상 시험에서의 전체 환자군과 대등하였다. 제24주에 각각의 연속적 바이오마커 (소정 범위의 별개의 값이 가능한 경우) 및 결과 측정치 ACR50의 조사를 위해, 대조군 성향에 대한 하위군 효능 차이 대 소정 범위의 잠재적 역치 (5-백분위수 증분으로 20번째-80번째 바이오마커 백분위수)를 제시하는 플롯을 생성하였다. 이어서, 최대 효능 차이 (Δ고-Δ저)을 제공하는 역치를 확인하였다. 이 역치의 경우, 순열 시험을 사용하여 통계적 유의성을 다루었다. 각각의 순열에서, 바이오마커 값을 순열로 배치하고, 치료 배정 및 결과 측정치 둘 다를 고정시켰다. 최대 효능 차이를 순열로 배치된 데이터 세트에 대해 계산하고, 원래의 데이터로부터 관찰된 최대 효능 차이와 비교하였다. 순열 p-값은 2000 순열을 기초로 하였다. 최대 효능 차이에 대한 95% 신뢰 구간을 계산하였다. 이어서, 리툭시맙-치료된 환자에서 증진된 임상 이익을 갖는 REFLEX에서의 하위군을 확인하는 최고 효능 차이를 갖는 4개 바이오마커 (CRP, IgG-항-CCP, IgA-RF 및 sCD25)는 우선순위를 정하고, SERENE 시험 데이터세트에서 추가로 조사하였다. 추가로, 이들의 2개-바이오마커 (이변량) 조합 중 5개를 또한 연구하였다. 6번째 조합, IgG-항-CCP 및 IgA-RF는 2개 마커 사이의 높은 상관관계 때문에 고려하지 않았다. CRP가 ACR 효능 측정 성분 중 하나이기 때문에, 또한 DAS-ESR은 SERENE 데이터 세트에서의 시험을 위해 우선순위를 정하였다.
최근에, SERENE 시험에서의 리툭시맘 용량 (500 mg 및 1000 mg) 사이에는 임상 결과 또는 안정성 결과에서의 유의차가 없다는 것이 보고되었다 (문헌 [Emery P, et al., Ann Rheum Dis. 2010 Sep;69(9):1629-35. Epub 2010 May 20]). SERENE에서는 제24주에 리툭시맙 500-mg (26.3%; n=167) 및 리툭시맙 1000-mg (25.9%; n=170) 용량군 사이의 ACR50 반응률이 유사하고 약역학 특성이 2개 용량 사이에서 대등하기 때문에 (문헌 [Emery P, et al., Arthritis Rheum. 2006; 54 (5):1390-400]), 본 발명자들은 상기 용량 둘 다를 이 분석에 대해 단일 치료군으로서 합하였다. 각각의 바이오마커를 REFLEX에 대해 기재된 바와 같이 분석하였다. 각각의 5개 이변량 하위군 후보는, "앤드(and)" 규칙을 이용하고 개별 바이오마커에 대한 최선의 하위군을 규정하는 동일한 지침 (즉, 고 또는 저)을 적용하여 구성하였다. 이변량 하위군 후보는 상승된 CRP 및 상승된 IgA RF 둘 다를 갖는 환자를 이 하위군이 아닌 환자와 비교함으로써 형성되고; 하위군은 CRP 또는 IgA-RF의 30번째, 40번째, 50번째, 60번째 및 70번째 백분위수에 의해 결정되었으며, 환자 중 적어도 20%가 대조군 성향에 대해 각각의 하위군에 있는 것으로 제한된다. 비-우선순위 정해진 다른 기준선 바이오마커 (예를 들어 IgM-RF, IgG-RF 및 IgG-항-CCP) 및 바이오마커의 조합의 탐색적 분석을 또한 수행하였다.
이어서, REFLEX 시험에서 일단 확립된 예측 바이오마커 및 2개-바이오마커 조합에 대한 역치는 전향적으로 SERENE 및 DANCER 시험으로부터 합쳐진 샘플로 구성되는 복제 코호트로부터의 데이터를 이용하여 사전-명시된 진단 계획에 따라 시험하였다.
SCRIPT의 경우에, 비-증폭된 RNA를 사용하기 때문에, 본 발명자들은 전향적으로 분석에서 3가지 리툭시맙 연구로부터의 활성제 부문 샘플로부터 유래된 전체적 백분율 역치를 적용하였다. 따라서, SCRIPT의 경우, IgJhi는 샘플 중 상위 20%로서 규정되고 (도 6), FCRL5lo는 샘플의 하위 15%로서 규정되었다. SCRIPT에서 IgJhi 바이오마커 상태를 결정하기 위해 사용된 IgJ 존재비의 최고 20번째 백분위수의 전향적으로 규정된 컷오프는 도 6에서 점선으로 나타내었다. 20% 역치 초과의 IgJ 수준을 갖는 개체는 개방 사각형으로 나타내었다.
시험 및 복제 코호트에서 바이오마커 양성 및 음성 환자 하위세트에 대한 활성제 및 위약 부문 사이의 ACR20, ACR50, ACR70, ACRn 및 DAS28 반응에서의 차이를 계산하고, P-값을 결정하였다. 범주형 변수 (ACR20, ACR50, ACR70)에 대해 2개의 분리된 분할표 (활성제 부문에 대해 1개 및 위약 부문에 대해 1개)는 각각의 코호트 (시험, 복제 및 모두)에 대해 생성되어, 바이오마커 양성 대 바이오마커 음성 서브세트에서 반응자의 비율을 비교하였다. 통계적 유의성은 피셔의 정확 검정을 이용하여 계산하였고, 및 2-꼬리 P-값을 계산하였다. 오즈비 및 추론적 통계적 계산은 통계적 컴퓨팅을 위한 R 언어를 이용하여 수행하였다. 오즈비에 대한 신뢰 구간은 2-꼬리 피셔 정확 검정을 기초로 하였다. DAS28 점수에 대한 P-값은 2-꼬리 스튜던트(Student) t-검정으로부터 유래되었다. 상관 계수는 피어슨 상관 계수를 이용하여 계산하였다. 클러스터링은 트리뷰(Treeview) 소프트웨어를 이용하여 수행하였다 (문헌 [Page, R. D. M., Computer Applications in the Biosciences 1996 12: 357-358.]).
결과
전혈 중의 B 계통 세포에 대한 RT-qPCR mRNA 검정
본 발명자들은 전혈 중 B 세포를 검출하고 정량화하기 위한 mRNA-기반 방법을 개발하기 시작하였다. 요법-전 기준선 및 B 세포 고갈 후 제15일 및 제84일로부터의 샘플을 비롯한 B 세포 고갈 (리툭시맙 또는 오크렐리주맙) 요법을 제공받은 환자로부터의 전혈 RNA 샘플에 대해 멀티플렉스 역전사효소-정량적 PCR (RT-qPCR) 분석을 수행하였다. RT-qPCR 검정은 CD19, CD20, 및 FCRL5/IRTA2c의 B 세포 특이적 스플라이스 변이체 (성숙 B 세포의 모든 마커)에 대해 설계되었다. 추가의 검정은 J-쇄 (IgJ) 및 BCMA (B 형질모세포 및 형질세포에 고도로 풍부한 유전자)에 대해 설계되었다. 유동 세포측정법은 기준선 및 요법-후 제15일 및 제84일에 수행하였고, 애질런트 유전자 발현 마이크로어레이 데이터는 하위세트의 샘플 (기준선 및 제84일)에 대해 수행하였다 (상기 방법 참조).
본 발명자들은 CD20 mRNA RT-qPCR 분석에 의해 결정된 바와 같은 B 세포 유전자 발현 수준 및 유동 세포측정법에 의해 결정된 바와 같은 절대 CD19+ 세포수 사이의 고도의 일치를 밝혀냈다 (r2 = 0.52, P<0.0001) (도 1a). 도 1a에 나타낸 실험의 경우에, 혈중 CD19 양성 B 세포 (세포수/μl; y 축)는 항-CD20 B 세포 고갈 요법을 경험한 환자로부터 다양한 시점에서 수집된 총 186개 샘플에서 유동 세포측정법을 이용하여 정량화하였다. 동일한 시점에서 샘플링된 전혈 RNA를 RT-qPCR (상기 방법 참조)을 이용하여 CD20 발현 수준 (x 축)에 대해 검정하고, 피어슨 상관 계수를 계산하였다. 중요하게, RT-qPCR 방법은 낮은 B 세포 수준에서도 고감도를 유지하였다. 다변량 상관관계 플롯 및 자율 군집화를 이용하여, 시험된 5개 유전자를 2개의 독립적 마커 세트로 분배하였다 (도 1b). 도 1b에 나타낸 결과에 대하여, 상관 계수는 형질모세포 (IgJ 및 BCMA) 및 성숙 B 세포 마커 (FCRL5, CD19 및 CD20)의 RT-qPCR mRNA 발현 수준, 및 유동 세포측정법에 의해 결정된 바와 같은 다양한 B 세포 하위세트 사이에서 계산하였고, 이어서 자율 군집화를 이용하여 가시화하였다. CD19, CD20 및 FCRL5의 발현은 서로 상관관계가 있고 (r > 0.75), 절대 CD19+ 및 CD27- 나이브 B 세포수와 상관관계가 있었다 (r > 0.45). IgJ 및 BCMA는 서로 상관관계가 있지만 (r > 0.8), CD19+, CD27- 나이브 또는 CD27+ 기억 B 세포수와는 저조한 상관관계가 있었다. 2개의 mRNA 마커군은 서로 낮은-수준의 상관관계가 있었다 (r < 0.4) (도 1b 및 표 1).
표 1: 형질모세포/형질세포 마커 (BCMA, IgJ) 및 성숙/기억 B 세포 마커 (CD19, CD20, FCRL5) 사이의 RT-qPCR mRNA 수준에 대한 상관 계수.
Figure pct00001
RT-qPCR에 의해 측정된 혈액 B 세포 전사체 수준은 애질런트 전체-게놈 유전자 발현 마이크로어레이를 이용하여 정량화된 mRNA 수준과 상당히 상관관계가 있지만 (도 1c), 그러나 낮은 존재비의 전사체의 검출을 위한 동적 범위는 RT-qPCR 방법을 이용하여 상당히 확장되었다. 이것은 전혈 중 드문 B 계통 세포의 검출 및 정량화를 위해서 이들 검정을 이용하는 전체적 전략에 있어서 중요하였다. 도 1c에 나타낸 결과에 대해, 기준선 (n=10), 제15일 (n=10) 및 제84일 (n=10)에 B 세포 고갈 요법을 제공받은 환자로부터의 전혈 RNA를 IgJ에 대해 RT-qPCR (y 축) 및 애질런트 전체 게놈 mRNA 마이크로어레이 분석 (x 축)을 이용하여 검정하였고, 피어슨 상관 계수를 계산하였다.
리툭시맙 반응에 대한 바이오마커로서의 기준선 IgJ 및 FCRL5 mRNA 수준
항-TNF 부적절 반응자에서의 리툭시맙 요법의 REFLEX 시험 (문헌 [Cohen SB, et al., Arthritis Rheum. 2006; 54 (9): 2793-806])은 치료 반응에 대한 기준선 mRNA 바이오마커 예측을 확인하기 위한 훈련 세트로서 사용하였다. 기준선 RNA는 141명의 REFLEX 연구 참여자 (리툭시맙 치료 부문에 118명, 위약 부문에 23명)로부터 이용가능하였다. REFLEX 코호트에 대한 기준선에서의 임상 및 실험 데이터는 표 2에 제공하였다. 여기서 연구된 훈련 세트 및 전체 REFLEX 연구 집단 사이의 기준선 파라미터에서는 어떠한 유의차도 없었다 (표 3).
표 2. REFLEX, DANCER, SERENE 및 SCRIPT RA 코호트에 대한 기준선 임상 및 인구통계 데이터.
Figure pct00002
a 연속 변수에 대하여, P-값은 1원 ANOVA로부터 유래되었다. 범주형 변수에 대하여, P-값은 X2 통계적 검정으로부터 유래되었다. 유의한 p-값 ( < 0.05 )이 나타났다; NS = 유의하지 않음. IgG (정상 범위 5.5-16.5 g/L), IgM (정상 범위 0.4-2.0 g/L), IgA (정상 범위 0.8-4.0 g/L).
표 3. 전체 시험 집단과 비교시 샘플링된 하위세트에서의 기준선 인구통계 및 임상 특징.
Figure pct00003
* IgG (정상 범위 5.5-16. 5 g/L), IgM (정상 범위 0.4-2. 0 g/L), IgA (정상 범위 0.8-4. 0 g/L).
활성 RA의 징후 및 증상에서 50% 개선을 나타내는 제24주에서의 ACR50 반응률은 이 연구에서 1차적 결과 측정치로서 사용되었다. mRNA 샘플이 사용가능한 REFLEX 환자 코호트의 활성제 부문에서의 ACR50 반응률은 위약 부문에서는 17%인 것에 비해 25%였다. 비교시, 전체 REFLEX 시험 집단은 활성제 부문에서 27%의 ACR50 반응률을 갖고 (n=298), 위약 부문에서는 5%를 가졌다 (n=201).
RA에서 리툭시맙의 REFLEX 시험의 활성제 부문으로부터의 ACR50 비반응자 (n=88) 및 반응자 (n=30)에서 전혈 중의 RT-qPCR에 의해 검정된 기준선 IgJ mRNA 수준을 비교하였다. 도 1d에 나타낸 바와 같이, IgJ (및 BCMA, 데이터는 나타내지 않음)의 평군 기준선 mRNA 발현 수준은 제24주에 ACR50 반응률 달성에 실패한 환자에서 약간 더 높고 (P=0.03), 0.1 mRNA 발현 유닛의 역치를 초과한 기준선 IgJ를 갖는 하위군의 환자에서 ACR50 비반응자의 유의한 풍부화가 존재하였다. 2개 환자 하위군 사이의 CD20, CD19 또는 FCRL5의 기준선 발현 사이에는 통계적 유의차가 존재하지 않았다 (데이터는 나타내지 않음). 공식적 역치 분석은 기준선 IgJ 및 BCMA 발현이 ACR50 반응자 및 비-반응자 사이를 구분하는 최선의 능력을 가졌음을 나타내었다 (하기 참조). 반대로, 도 2a 및 b에 나타낸 바와 같이, 단일 기준선 마커로서의 CD19 및 FCRL5 (또한 CD20, 데이터는 나타내지 않음)는 반응에 있어서 집단을 유의하게 계층화하지 않았다. 바이오마커 역치는 상기 방법에 기재된 바와 같은 공식적 역치 분석 기술을 이용하여 확립되었다.
그 다음, 본 발명자들은 2개의 추가 독립적 리툭시맙 RA 연구, DANCER (문헌 [Emery et al., Arthritis Rheum. 2006; 54:1390-1400]) 및 SERENE (문헌 [Emery et al., Ann. Rheum. Dis. 2010; 69:1629-1635)], 및 오크렐리주맙 RA 연구 SCRIPT로부터 사용가능한 샘플에 대해 IgJhi 바이오마커를 적용하였다. DANCER는 TNF-부적절 반응자 (TNF-IR) 및 메토트렉세이트-IR (MTX-IR) 대상체 둘 다를 등록시킨 II상 연구였고, SERENE는 단지 MTX-IR 대상체만을 등록시킨 III상 연구였고, SCRIPT는 TNF-IR 대상체를 등록시킨 III상 연구였다 (상기 방법 참조). 종합하면, 3개의 복제 코호트는 475명의 항-CD20-치료 (297명 TNF-IR 및 178명 MTX-IR) 및 228명의 위약-치료 (144명 TNF-IR 및 84명 MTX-IR) 대상체를 포함하였다. 기준선 임상 및 인구통계 데이터의 분석은 복제 코호트 및 원래의 REFLEX 시험 코호트 사이에서 대상체 연령, 성별 및 혈청양성의 일반적으로 균형잡인 분포를 나타내었다 (표 2). 질환 지속기간, 압통 및 팽윤 관절 수 및 CRP에서 관찰된 기준선 차이는 개별 시험 포함 기준을 반영하였다 (표 2).
도 3에 나타낸 바와 같이, RA 하위군은 항-CD20 요법 후 감소된 효능을 입증하는 IgJ mRNA 바이오마커에 의해 규정되었다. 도 3a는 RA에서의 리툭시맙 REFLEX 시험으로부터 기준선 mRNA 샘플의 평가 후 제6개월 (제168일)에 ACR50 반응률의 예측자로서의 IgJ에 대한 최적의 바이오마커 역치의 확인을 나타내었다. 도 3a-d에서, 항-CD20으로 치료받은 대상체는 빗금선 막대에 의해 나타내고; 위약을 제공받은 대상체는 개방 막대로 나타내었다. 이어서, 바이오마커 역치 (IgJ ≥ 또는 < 0.1 발현 유닛)는 전향적으로 RA에서 리툭시맙의 DANCER 및 SERENE 시험으로부터 기준선 mRNA 샘플에서 시험하였다. RA에서 오크렐리주맙의 SCRIPT 시험에 대한 바이오마커 역치는 리툭시맙 연구로부터의 백분율 역치를 기준으로 하였다.
미리-확립된 IgJ 단일 바이오마커 역치 (IgJ ≥ 0.1 유닛)를 DANCER에 적용하여 IgJlo 하위세트에 대해 ACR50 반응률의 16% 풍부화 (IgJlo에서 30% 대 IgJhi에서 14%; 도 3b), 및 SERENE에서 6% 풍부화 (IgJlo에서 30% 대 IgJhi에서 24%; 도 3c)를 생성하였다. SCRIPT의 경우에는, 바이오마커 검정을 위해 비-증폭된 RNA를 사용하고, 이에 따라 REFLEX에서 확립된 정확한 발현 역치가 SCRIPT 샘플에 대해서는 적용될 수 없었다. 대신에, 리툭시맙 연구로부터의 예정된 전체 백분율 역치 - 샘플의 상위 20%로서 규정된 IgJhi - 를 SCRIPT IgJ 바이오마커 분석에 전향적으로 적용하였다. 이 역치를 사용하면, IgJhi 하위세트에 비해 SCRIPT IgJlo에서 ACR50 반응률에서의 15% 풍부화가 존재하였다 (IgJlo에서 25% 대 IgJhi에서 10%; 도 3d). 도 3a-d에서, Δ는 IgJhi 및 IgJlo 하위군 사이의 활성 항-CD20 부문에 대한 ACR50 백분율 차이를 나타내고, "n"은 각 하위군의 개별 대상체 I의 수를 지칭하고, 막대 위의 숫자는 각 하위군에 대한 % ACR50이다. 도 3e는 개별 시험, 전체적인 복제 시험 (DANCER, SERENE 및 SCRIPT) 및 모든 시험에 대해 함께 IgJhi 하위군에 비해 IgJlo 하위군에서 ACR50 반응의 풍부화에 대한 오즈비 및 95% c.i.를 나타내었다. 각각의 시험은 IgJhi 하위세트에 비해 IgJlo에서 개선된 ACR50 반응률의 유사한 경향을 나타내었다 (4개 시험에 대한 바이오마커 오즈비는 REFLEX, DANCER, SERENE 및 SCRIPT에 대해 각각 4.4, 2.6, 1.4 및 2.9였음). 3개 복제 코호트 (DANCER, SERENE 및 SCRIPT)의 통합 분석에서, 전체 ACR50 반응률은 IgJlo 군에 대해 27% (n=385) 및 IgJhi 군에 대해 13% (n=90)였고 (P복제=0.006; OR = 2.4, 95% c.i. (1.2, 5.0); 도 2e), 위약 부문 간의 유의차는 없었다 (각각 9% 및 8%; P=1.0). 모든 4개의 시험을 통합하면, 활성제 부문에서의 ACR50 반응률은 IgJlo 군에 대해 28% (n=471) 및 IgJhi 군에 대해 12% (n=122)였다 (OR = 2.7; 95% c.i. (1.5, 5.3); 도 3e).
단일 형질모세포 바이오마커가 이들 시험에 걸쳐 항-CD20 비-반응자의 경우에 풍부할 수 있다는 것이 확립되면서, 본 발명자들은 그 다음으로 제2 바이오마커가 시험 예측 값을 추가로 증가시킬 수 있을지 결정하는 것을 시도하였다. IgJ 및 BCMA (둘 다 형질모세포 마커)의 조합은 IgJ 단독 (데이터는 나타내지 않음)에 비해 추가의 유의한 풍부화를 나타내지는 않았다. 그러나, IgJ ≥ 0.1 (IgJhi) 및 낮은 수준의 FCRL5 (< 0.02, FCRL5lo)의 조합은 도 4a에 나타낸 바와 같이 활성제 부문의 ACR50 반응자 모두를 배제하였다. 2개의 바이오마커-규정 군에 대한 반응률 (IgJhiFCRL5lo 대 모든 기타)은 매우 상이하였다 (IgJhiFCRL5lo에 대해 0% ACR50, 모든 기타에 대해 30% ACR50). 2개-바이오마커 조합을 사용하여 위약 부문을 하위세트화하는 것은 유사한 ACR50 반응률을 생성하였고, 이는 이 바이오마커 조합이 리툭시맙 (도 4a)에 대한 반응에 대해 예후보다는 오히려 예측이었음을 시사한다. IgJhiCD19lo 바이오마커 조합은 ACR50 (도 2c) 및 다른 결과 측정치 (나타내지 않음)에 대해 하위세트를 구분하는 유사한 능력을 나타내었고, 이는 기준선에서 높은 수준의 형질모세포 mRNA 및 낮은 수준의 나이브/기억 B 세포 mRNA의 조합이 항-CD20에 대한 효능의 음성 예측자였음을 시사한다.
DANCER, SERENE 및 SCRIPT로부터의 샘플에 대한 IgJhi/FCRL5lo 조합 바이오마커 역치의 적용은 바이오마커 음성 하위세트에서 풍부화된 ACR50 반응률을 생성하였다 (각각 도 4, b, c 및 d). 리툭시맙 시험의 경우에, IgJhiFCRL5lo 바이오마커는 IgJ 발현 ≥ 0.1 및 FCRL5 발현 < 0.02로서 정의되었다. SCRIPT의 경우에, 조합 바이오마커는 리툭시맙 연구를 기준으로 사전-규정된 백분율 역치를 기준으로 하였다: IgJhi - 최고 20번째 백분위수; FCRL5lo - 최저 15번째 백분위수. "모든 기타" 하위군은 각 시험에서 IgJlo인 개체와 IgJhiFCRL5hi인 개체로 함께 구성되었다. "n"은 각 하위군에서의 개별 대상체의 수를 지칭하고, 막대 위의 숫자는 각 하위군에 대한 % ACR50이었다. 복제 샘플의 경우에, 치료군에서의 전체 ACR50 반응률은 바이오마커 음성 하위군에 대해 27% (n=398) 및 IgJhiFCRL5lo 군에 대해 12% (n=74)였고 (P복제 =0.008; OR = 2.7, 95% c.i. (1.3, 6.3); 도 4e), 위약 부문 간의 유의차는 없었다 (각각 8% 및 11%; P=0.5). 4개 시험으로부터의 데이터를 종합하면, 치료군에 대한 ACR50 반응률은 바이오마커 음성 하위군에 대해 28% (n=494) 및 IgJhiFCRL5lo 군에 대해 9% (n=95)였다 (OR = 3.6, 95% c.i. (1.8, 8.4); 도 4e). 전체적으로, IgJhiFCRL5lo 비-반응자 하위군은 연구된 대상체 중 17%를 포함하였다.
다른 임상 결과에 대한 IgJ 및 IgJ-FCRL5 바이오마커의 적용
모든 4개 시험의 통합 샘플에서, IgJ 바이오마커 (도 5a-c) 및 IgJ-FCRL5 조합 바이오마커 (도 5d-f)에 의해 규정된 활성제 부문 하위세트는 또한 제6개월에서 ACR20, ACR70 및 DAS28 반응률의 차이를 나타내었다. 도면에서, 빗금선 막대는 항-CD20으로 치료된 환자에 대한 제6개월 (제168일)에서 나타난 반응률을 나타내고; 개방 막대는 위약을 제공받은 환자에 대한 제6개월 (제168일)에서 나타난 반응률을 나타낸다. 각 패널에서의 Δ는 IgJlo 및 IgJhi (a-c) 하위군 사이 또는 모든 기타 및 IgJhiFCRL5lo (d-f) 사이의 활성 항-CD20 부문에 대한 각각의 ACR 백분율 차이를 나타낸다. "n"은 각 하위군의 개별 환자 수를 지칭하고, 막대 위의 숫자는 각 하위군에 대한 %이다. IgJhiFCRL5lo 하위군은 IgJ 발현 ≥ 0.1 및 FCRL5 발현 < 0.02를 가졌다. 패널 d-f의 "모든 기타" 하위군은 기준선 IgJ < 0.1의 모든 개체 + IgJ ≥ 0.1 및 FCRL5 ≥ 0.02인 개체로 구성되었다.
바이오마커 규정된 IgJhi 및 IgJlo 하위군 사이의 기준선 임상 및 인구통계 데이터의 분석은 2개 하위세트가 매우 유사함을 나타내었다 (표 4). 유사하게, IgJ-FCRL5 조합 바이오마커에 의해 규정된 기준선 임상 및 인구통계 데이터에서는 어떠한 유의차도 관찰되지 않았다 (표 6). 본 발명자들은 또한 TNF-IR 및 MTX-IR 하위군에 대한 기준선 파라미터 및 임상 결과를 3개의 리툭시맙 시험에 걸쳐 비교하였다. 더 중증 장애와 전체적으로 일치하도록, TNF-IR 대상체는 MTX-IR 대상체보다 더 긴 질환 지속기간, 더 높은 CRP 수준 및 더 높은 기준선 DAS28 점수를 가졌다 (표 5). 흥미롭게도, 리툭시맙 연구로부터의 데이터는 IgJhi 바이오마커 하위세트가 TNF-IR에서 MTX-IR 대상체에 비해 풍부화되었음을 나타내었으며 (각각 30% 대 18%; P = 0.01), 이는 RA의 IgJhi 하위세트가 또한 항-TNF 작용제로의 치료에 대해 다소 내성일 수 있다는 가능성을 시사한다.
표 4. IgJlo 및 IgJhi 바이오마커 하위군에서의 기준선 인구통계 및 임상 데이터a.
Figure pct00004
a 데이터는 REFLEX, DANCER, SERENE 및 SCRIPT 시험으로부터 수집하였다. b 2-꼬리 P-값은 비-파라미터적 윌콕슨(Wilcoxon) 시험으로부터 유래되었다. NS - 유의하지 않음, P ≥ 0.05. c 2-꼬리 P-값은 피셔 정확 검정으로부터 유래되었다. NS - 유의하지 않음, P ≥ 0.05.
표 5. 리툭시맙 연구로부터 메토트렉세이트 (MTX-IR) 및 TNF (TNF-IR) 부적절 반응자에 대한 기준선 인구통계 및 임상 데이터a.
Figure pct00005
a 데이터는 REFLEX, DANCER 및 SERENE 리툭시맙 시험으로부터 수집하였다. b P-값은 비-파라미터적 윌콕슨 시험으로부터 유래되었다. NS - 유의하지 않음, P ≥ 0.05. c 2-꼬리 P-값은 피셔 정확 검정으로부터 유래되었다. NS - 유의하지 않음, P ≥ 0.05.
표 6. 연구된 모든 대상체에서 2개 IgJ/FCRL5 바이오마커 하위군 사이의 기준선 인구통계 데이터의 분포.
Figure pct00006
a 데이터는 REFLEX, DANCER, SERENE 및 SCRIPT 시험으로부터 수집하였다. b P-값은 윌콕슨 비 파라미터적 검정으로부터 유래되었다.
논의
상기 연구는 리툭시맙-유도된 B 세포 고갈 후의 생물학적 후유증과 RA에서의 임상 결과와의 상관관계를 보여주기 위해 시도하였다. 리툭시맙 요법 후 수주 동안 말초 혈액 중 B 세포의 지속성 (문헌 [Dass S, et al., Arthritis Rheum. 2008; 58 (10): 2993-9]) 또는 제4주에서 활막 B 세포의 불완전 고갈 (문헌 [Teng YK, et al., Arthritis Rheum. 2007; 56 (12): 3909-18])이 RA에서 손상된 반응률과 상관관계가 있었다. 초기 발생 단계 B 세포 (예를 들어 CD10+ 미성숙 B 세포)와의 B 계통의 재구성은 더 심한 B 세포 고갈의 징후일 수 있으며, 더 우수한 리툭시맙 반응률과 상관관계가 있고 (문헌 [Leandro MJ, et al., Arthritis Rheum. 2006; 54 (2): 613-20)], 한편 기억 표현형 B 세포 (CD27+)와의 재구성은 더 낮은 반응률과 상관관계가 있었다 (문헌 [Roll, P., et al., Arthritis Rheum. 2008; 58: 1566-1575]). B 세포 고갈에 내성인 세포는 표면 마커, 예컨대 CD27 및 CD38을 발현하지만 CD20은 결핍된 B 형질모세포를 포함한다 (문헌 [Palanichamy A, et al., Arthritis Rheum. 2008; 58 (12): 3665-3674]).
현행 연구에서, 본 발명자들은 CD20-음성 형질모세포의 기준선 개수가 RA에서 항-CD20 치료에 대한 반응의 예측일 수 있음을 가정하였고, 요법 이전에 혈액의 세포 조성의 추정치를 제공하기 위해 전혈 RNA 샘플에서 형질모세포-특이적 유전자 발현을 정량화하기 위한 RT-qPCR 검정을 개발하였다. RA에서 리툭시맙 또는 오크렐리주맙의 4개 무작위 위약 제어 연구로부터의 데이터 및 샘플을 이용하여, 본 발명자들은 단일 마커로서 또는 FCRL5의 낮은 수준의 성숙 B 세포 스플라이스 변이체와 조합된 형질모세포-특이적 전사체 IgJ의 상승된 기준선 수준이 위약과 상이하지 않은 반응률을 나타내는 RA 중 ~17-20% 하위집단을 규정한다는 것을 발견하였다. 또한, 이들 바이오마커는 더 중증 및 치료-내성 질환을 위한 간단한 예후가 아니었지만, 오히려 항-CD20 반응에 대한 예측 마커였다. 중요하게, 이들은, 요법의 개시 전에 만들어지고 통상의 진단 용도에 대해 표준화되기 위해 잠재력을 가질 수 있는 기준선 측정이다. 여기서 제시된 데이터를 기준으로 하여, 본 발명자들은 기준선에서 mRNA 바이오마커 IgJhi 또는 IgJhiFCRL5lo에 대해 양성인 환자가 항-CD20 치료로부터 이익을 받을 가능성이 적다는 결론을 내렸다.
최근 공개물은 여기서 제시된 특정 결론에 대한 지지를 제공한다 (문헌 [Vital EM, et al., Arthritis Rheum. 2010 May;62(5):1273-9]). RA에서 리툭시맙 결과의 관찰 시험에서, 바이탈(Vital) 등은 혈중 기준선 형질모세포 세포 (유동 세포측정법에 의해 결정된 바와 같은 CD27++CD38++)의 수가 제1 사이클 리툭시맙 반응자 (n=54)에 비해 비-반응자 (n=32)에서 현저하게 더 높았다는 것을 보여주었다 (OR=0.47; 95% CI 0.28-0.27; P=0.003) (상기 동일 문헌). 제1 사이클 리툭시맙 비-반응자가 또한 요법 후 B 계통 세포의 불완전 고갈을 가질 가능성이 더 많았다. 연구된 환자의 수가 상대적으로 적었고 데이터가 무작위 및 위약 대조 대상체로부터는 없었지만, 그럼에도 불구하고 이들 데이터는 기준선에서의 형질모세포의 상승된 수준이 RA에서 리툭시맙에 대한 비-반응을 예측한다는 생각과 일치하였다.
형질모세포는 일반적으로 예방접종 후 (문헌 [Odendahl M, et al., Blood. 2005; 105(4): 1614-21]) 및 급성 및 만성 감염의 셋팅에서 (문헌 [Jaimes MC, et al., J Virol. 2004; 78(20): 10967-76; Moir S, et al., Nat Rev Immunol. 2009; 9(4): 235-45])를 제외하고는 건강한 개체의 말초 혈액 중에 유효 수준에서 발견되지 않는다. 현재 순환하는 형질모세포가 자가면역에서의 병원성 역할을 가지고 있는지, 또는 조절이상 및 과활동성 면역계의 간단한 마커인지는 불명확하다. 혈액 형질모세포의 상승된 수준이 SLE에서 면역억제 요법 후에 정상으로 복귀하고 질환 활성에서의 개선과 상관관계가 있다는 관찰 (문헌 [Anolik JH, et al., Arthritis Rheum. 2004; 50(11): 3580-90])은 형질모세포가 질환 발병기전에 역할을 가질 수 있다는 생각을 지지한다.
항-CD20에 의해 B 세포 고갈을 벗어난 형질모세포는 케모카인 수용체, 예컨대 CXCR3 및 CXCR4의 발현을 통해 염증 부위 (예를 들어, 관절)로 돌아오는 능력을 유지할 수 있다 (문헌 [Hauser AE, et al., J Immunol. 2002; 169(3): 1277-82]). 이어서, 이들은 염증성 시토카인 방출로 이어지는 Fc 수용체의 진입을 통해 대식세포를 활성화시킬 수 있는 자가항체의 국부 분비를 통해 질환을 일으킬 수 있다 (문헌 [Clavel et al., Arthritis Rheum. 2008; 58:678-688]). 또한, 형질모세포는 생존 시토카인 BAFF에 대한 높은 친화도 수용체인 BCMA를 높은 수준으로 발현한다 (문헌 [Yang M, et al., J Immunol. 2007;175(5): 2814-24]). 항-CD20을 사용한 B 세포 고갈 후에 관찰되는 BAFF의 현저한 상승 (문헌 [Cambridge G, et al., Arthritis Rheum 2006; 54:723-732; Vallerskog T, et al., Arthritis Res Ther 2006; 8: R167])은 고갈을 벗어난 순환하는 형질모세포의 생존을 특히 증진시킬 수 있으며, 그에 따른 항-CD20 요법에 대한 내성에 기여한다.
보다 일반적으로, 여기서 제시된 이들 데이터는 치료 반응에 대해 환자 하위군을 계층화할 수 있는 기준선 바이오마커를 확인하는 것을 목표로 하는 연구를 위한 큰 무작위 위약-제어된 데이터세트의 값을 입증한다. 위약 부문은 새로운 요법의 효능을 시험하기 위해 필요하고, 이들은 또한 규정된 하위군에 대한 바이오마커가 단지 예후 대 예측인지 결정하기 위해 필수적이다. 예후 마커는 질환 과정 또는 중증도의 관점에서 환자를 계층화하고, 활성제 및 위약 부문 사이의 유의차를 반드시 보여줄 것으로 예상되지는 않는다. 다른 한편, 예측 마커는 활성제 부문군을 계층화하지만, 위약 부문은 계층화하지 않는다. 예측 마커는 개인화된 건강 관리 접근에 있어서 가치있으며, 이는 확인된 경우에 이들이 가장 반응할 가능성이 있는 환자에 대한 개별 약물의 표적화에 도움이 될 수 있기 때문이다.
요약하면, 본 발명자들은 형질모세포 mRNA 마커의 상승된 기준선 혈액 발현이, 단독으로 또는 낮은 수준의 성숙 B 세포 마커와 함께, 제6개월에 리툭시맙을 사용한 표준 B 세포 고갈 요법에 대해 손상된 반응을 갖는 RA 중 ~17-20% 하위세트를 규정한다는 것을 나타내었다. RA 환자의 이 하위세트가 B 세포 고갈 요법의 추가 과정으로터 이익이 있을 것인지, 또는 이들이 이용가능한 대체 요법에 대해 반응성일 것인지 결정하는 것이 남아있다. 추가로, 항-CD20 요법이 임상 활성을 나타내는 다른 질환, 예컨대 다발성 경화증, 예를 들어 재발-완화형 다발성 경화증 (문헌 [Hauser et al., N Engl. J Med. 358(7):676-88 (2008)]) 및 원발성 진행형 다발성 경화증 (문헌 [Hawker K, et al., Ann Neurol. 2009 Oct;66(4):460-71]) 및 ANCA-연관 혈관염 (문헌 [Stone JH, et al., N Engl J Med. 2010 Jul 15;363(3):221-32])에서의 반응률을 계층화하는데 유용할 것인지 결정하는 것에 관심이 있다. FDA-승인된 (또는 인증된) 진단 시험이 임상 용도를 위해 현재 이용가능한 것은 아니지만, 본 발명자들은 기준선 형질모세포 수준의 결정이 RA에서 항-CD20 치료제를 사용하는 치료 결정을 알아내어 임상 이익을 최대화할 가능성이 있음을 제안한다.

Claims (101)

  1. 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 전체 형질세포/형질모세포 mRNA의 수준과 비교하여 또는 전체 형질세포/형질모세포 mRNA에 대한 역치와 비교하여 환자로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 전체 형질세포/형질모세포 mRNA의 상승된 수준을 포함하는, B-세포 길항제를 포함하는 치료제에 대한 환자의 반응을 예측하기 위한 바이오마커.
  2. 제1항에 있어서, 대조 대상체의 생물학적 샘플 중의 전체 나이브/성숙 B 세포 mRNA의 수준과 비교하여 또는 전체 나이브/성숙 B 세포 mRNA에 대한 역치와 비교하여 환자의 생물학적 샘플 중의 전체 나이브/성숙 B 세포 mRNA의 낮은 수준을 추가로 포함하는 바이오마커.
  3. 제1항에 있어서, 생물학적 샘플이 전혈인 바이오마커.
  4. 제1항에 있어서, 환자가 류마티스 관절염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심되는 것인 바이오마커.
  5. 제1항에 있어서, 환자가 다발성 경화증, 루푸스 및 ANCA-혈관염으로부터 선택된 자가면역 질환을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심되는 것인 바이오마커.
  6. 제5항에 있어서, 다발성 경화증이 재발-완화형 다발성 경화증 및 원발성 진행형 다발성 경화증으로부터 선택된 것인 바이오마커.
  7. 제1항에 있어서, B-세포 길항제가 항-CD22 항체, 항-CD20 항체, 항-BR3 항체 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택된 것인 바이오마커.
  8. 제7항에 있어서, B-세포 길항제가 항-CD20 항체인 바이오마커.
  9. 제8항에 있어서, 항-CD20 항체가 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 오크렐리주맙, 1F5, 2H7 및 A20으로부터 선택된 것인 바이오마커.
  10. 제9항에 있어서, 항-CD20 항체가 리툭시맙인 바이오마커.
  11. 제9항에 있어서, 항-CD20 항체가 오크렐리주맙인 바이오마커.
  12. 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 형질세포/형질모세포-풍부 유전자의 발현 수준과 비교하여 또는 형질세포/형질모세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 환자로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 형질세포/형질모세포-풍부 유전자의 상승된 발현 수준을 포함하는, B-세포 길항제를 포함하는 치료제에 대한 환자의 반응을 예측하기 위한 바이오마커.
  13. 제12항에 있어서, 대조 대상체의 생물학적 샘플 중의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현 수준과 비교하여 또는 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 환자의 생물학적 샘플 중의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 낮은 발현 수준을 추가로 포함하는 바이오마커.
  14. 제12항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ인 바이오마커.
  15. 제13항에 있어서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 FCRL5인 바이오마커.
  16. 제13항에 있어서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 CD19인 바이오마커.
  17. 제13항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ이고 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 FCRL5인 바이오마커.
  18. 제13항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ이고 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 CD19인 바이오마커.
  19. 제12항에 있어서, mRNA를 포함하는 바이오마커.
  20. 제12항에 있어서, 생물학적 샘플이 전혈인 바이오마커.
  21. 제12항에 있어서, 환자가 류마티스 관절염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심되는 것인 바이오마커.
  22. 제12항에 있어서, 환자가 다발성 경화증, 루푸스 및 ANCA-혈관염으로부터 선택된 자가면역 질환을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심되는 것인 바이오마커.
  23. 제22항에 있어서, 다발성 경화증이 재발-완화형 다발성 경화증 및 원발성 진행형 다발성 경화증으로부터 선택된 것인 바이오마커.
  24. 제12항에 있어서, B-세포 길항제가 항-CD22 항체, 항-CD20 항체, 항-BR3 항체 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택된 것인 바이오마커.
  25. 제24항에 있어서, B-세포 길항제가 항-CD20 항체인 바이오마커.
  26. 제25항에 있어서, 항-CD20 항체가 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 오크렐리주맙, 1F5, 2H7 및 A20으로부터 선택된 것인 바이오마커.
  27. 제26항에 있어서, 항-CD20 항체가 리툭시맙인 바이오마커.
  28. 제26항에 있어서, 항-CD20 항체가 오크렐리주맙인 바이오마커.
  29. 제17항에 있어서, 환자가 류마티스 관절염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심되고 B-세포 길항제가 리툭시맙 및 오크렐리주맙으로부터 선택된 것인 바이오마커.
  30. 제17항에 있어서, 환자가 다발성 경화증, 루푸스 및 ANCA-혈관염으로부터 선택된 자가면역 질환을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심되고 B-세포 길항제가 리툭시맙 및 오크렐리주맙으로부터 선택된 것인 바이오마커.
  31. 제30항에 있어서, 다발성 경화증이 재발-완화형 다발성 경화증 및 원발성 진행형 다발성 경화증으로부터 선택된 것인 바이오마커.
  32. 제1항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서, 예측된 반응이 비-반응인 바이오마커.
  33. 환자로부터 수득된 생물학적 샘플 중에서 형질세포/형질모세포 중 풍부한 하나 이상의 유전자의 발현을 측정하는 단계, 및
    환자의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 유전자의 발현을 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 동일한 하나 이상의 유전자의 발현 또는 하나 이상의 형질세포/형질모세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하는 단계
    를 포함하며,
    여기서 대조 대상체의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 유전자의 발현 또는 역치와 비교하여 환자의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 유전자의 상승된 발현은 B-세포 길항제를 포함하는 요법에 대한 환자의 반응을 예측하는 것인,
    B-세포 길항제를 포함하는 요법에 대한 환자의 반응을 예측하는 방법.
  34. 제33항에 있어서,
    환자로부터 수득된 생물학적 샘플 중에서 나이브/성숙 B 세포 중 풍부한 하나 이상의 유전자의 발현을 측정하는 단계, 및
    환자의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현을 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 동일한 하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현 또는 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하는 단계
    를 추가로 포함하며,
    여기서 대조 대상체의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현 또는 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 환자의 생물학적 샘플 중의 동일한 하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현의 낮은 수준은 B-세포 길항제를 포함하는 요법에 대한 환자의 반응을 예측하는 것인 방법.
  35. 제33항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ인 방법.
  36. 제34항에 있어서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 FCRL5인 방법.
  37. 제34항에 있어서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 CD19인 방법.
  38. 제34항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ이고 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 FCRL5인 방법.
  39. 제34항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ이고 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 CD19인 방법.
  40. 제33항에 있어서, 하나 이상의 유전자의 발현의 측정이 mRNA의 측정을 포함하는 것인 방법.
  41. 제40항에 있어서, mRNA의 측정이 PCR 방법 또는 마이크로어레이 칩을 포함하는 것인 방법.
  42. 제33항에 있어서, 생물학적 샘플이 전혈을 포함하는 것인 방법.
  43. 제33항에 있어서, 환자가 류마티스 관절염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심되는 것인 방법.
  44. 제33항에 있어서, 환자가 다발성 경화증, 루푸스 및 ANCA-혈관염으로부터 선택된 자가면역 질환을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심되는 것인 방법.
  45. 제44항에 있어서, 다발성 경화증이 재발-완화형 다발성 경화증 및 원발성 진행형 다발성 경화증으로부터 선택된 것인 방법.
  46. 제33항에 있어서, B-세포 길항제가 항-CD22 항체, 항-CD20 항체, 항-BR3 항체 및 BR3-Fc 이뮤노어드헤신으로부터 선택된 것인 방법.
  47. 제46항에 있어서, B-세포 길항제가 항-CD20 항체인 방법.
  48. 제47항에 있어서, 항-CD20 항체가 리툭시맙, 이브리투모맙 티욱세탄, 토시투모맙, 오크렐리주맙, 1F5, 2H7 및 A20으로부터 선택된 것인 방법.
  49. 제48항에 있어서, 항-CD20 항체가 리툭시맙인 방법.
  50. 제48항에 있어서, 항-CD20 항체가 오크렐리주맙인 방법.
  51. 제38항에 있어서, 환자가 류마티스 관절염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심되고 B-세포 길항제가 리툭시맙 및 오크렐리주맙으로부터 선택된 것인 방법.
  52. 제38항에 있어서, 환자가 다발성 경화증, 루푸스 및 ANCA-혈관염으로부터 선택된 자가면역 질환을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심되고 B-세포 길항제가 리툭시맙 및 오크렐리주맙으로부터 선택된 것인 방법.
  53. 제52항에 있어서, 다발성 경화증이 재발-완화형 다발성 경화증 및 원발성 진행형 다발성 경화증으로부터 선택된 것인 방법.
  54. 제39항에 있어서, 환자가 류마티스 관절염을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심되고 B-세포 길항제가 리툭시맙 및 오크렐리주맙으로부터 선택된 것인 방법.
  55. 제39항에 있어서, 환자가 다발성 경화증, 루푸스 및 ANCA-혈관염으로부터 선택된 자가면역 질환을 앓고 있거나 또는 앓는 것으로 의심되고 B-세포 길항제가 리툭시맙 및 오크렐리주맙으로부터 선택된 것인 방법.
  56. 제55항에 있어서, 다발성 경화증이 재발-완화형 다발성 경화증 및 원발성 진행형 다발성 경화증으로부터 선택된 것인 방법.
  57. 제33항 내지 제56항 중 어느 한 항에 있어서, 예측된 반응이 비-반응인 방법.
  58. 환자로부터 수득된 생물학적 샘플이 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 유전자의 발현 수준 또는 형질세포/형질모세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 형질세포/형질모세포 중 풍부한 동일한 하나 이상의 유전자의 상승된 발현을 보유하는 것으로 나타난 경우에는, B-세포 길항제 이외의 치료 유효량의 치료제를 환자에게 투여하여 류마티스 관절염을 치료하는 것을 포함하는, 환자에서 류마티스 관절염을 치료하는 방법.
  59. 제58항에 있어서, 생물학적 샘플이 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 나이브/성숙 B 세포 중 풍부한 하나 이상의 유전자의 발현 수준 또는 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 나이브/성숙 B 세포 중 풍부한 동일한 하나 이상의 유전자의 발현의 낮은 수준을 보유하는 것으로 추가로 나타난 것인 방법.
  60. 제58항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ인 방법.
  61. 제59항에 있어서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 FCRL5인 방법.
  62. 제59항에 있어서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 CD19인 방법.
  63. 제59항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ이고 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 FCRL5인 방법.
  64. 제59항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ이고 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 CD19인 방법.
  65. 제58항에 있어서, 생물학적 샘플이 전혈을 포함하는 것인 방법.
  66. 환자로부터 수득된 생물학적 샘플이 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 유전자의 발현 수준 또는 형질세포/형질모세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 형질세포/형질모세포 중 풍부한 동일한 하나 이상의 유전자의 상승된 발현을 보유하는 것으로 나타난 경우에는, B-세포 길항제 이외의 치료 유효량의 치료제를 환자에게 투여하여 다발성 경화증을 치료하는 것을 포함하는, 환자에서 다발성 경화증을 치료하는 방법.
  67. 제66항에 있어서, 생물학적 샘플이 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 나이브/성숙 B 세포 중 풍부한 하나 이상의 유전자의 발현 수준 또는 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 나이브/성숙 B 세포 중 풍부한 동일한 하나 이상의 유전자의 발현의 낮은 수준을 보유하는 것으로 추가로 나타난 것인 방법.
  68. 제66항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ인 방법.
  69. 제67항에 있어서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 FCRL5인 방법.
  70. 제67항에 있어서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 CD19인 방법.
  71. 제67항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ이고 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 FCRL5인 방법.
  72. 제67항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ이고 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 CD19인 방법.
  73. 제66항에 있어서, 생물학적 샘플이 전혈을 포함하는 것인 방법.
  74. 제66항에 있어서, 다발성 경화증이 재발-완화형 다발성 경화증 및 원발성 진행형 다발성 경화증으로부터 선택된 것인 방법.
  75. 환자로부터 수득된 생물학적 샘플이 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 유전자의 발현 수준 또는 형질세포/형질모세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 형질세포/형질모세포 중 풍부한 동일한 하나 이상의 유전자의 상승된 발현을 보유하는 것으로 나타난 경우에는, B-세포 길항제 이외의 치료 유효량의 치료제를 환자에게 투여하여 ANCA-혈관염을 치료하는 것을 포함하는, 환자에서 ANCA-혈관염을 치료하는 방법.
  76. 제75항에 있어서, 생물학적 샘플이 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 나이브/성숙 B 세포 중 풍부한 하나 이상의 유전자의 발현 수준 또는 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 나이브/성숙 B 세포 중 풍부한 동일한 하나 이상의 유전자의 발현의 낮은 수준을 보유하는 것으로 추가로 나타난 것인 방법.
  77. 제75항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ인 방법.
  78. 제76항에 있어서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 FCRL5인 방법.
  79. 제76항에 있어서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 CD19인 방법.
  80. 제76항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ이고 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 FCRL5인 방법.
  81. 제76항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ이고 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 CD19인 방법.
  82. 제75항에 있어서, 생물학적 샘플이 전혈을 포함하는 것인 방법.
  83. 환자로부터 수득된 생물학적 샘플이 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 유전자의 발현 수준 또는 형질세포/형질모세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 형질세포/형질모세포 중 풍부한 동일한 하나 이상의 유전자의 상승된 발현을 보유하는 것으로 나타난 경우에는, B-세포 길항제 이외의 치료 유효량의 치료제를 환자에게 투여하여 루푸스를 치료하는 것을 포함하는, 환자에서 루푸스를 치료하는 방법.
  84. 제83항에 있어서, 생물학적 샘플이 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 나이브/성숙 B 세포 중 풍부한 하나 이상의 유전자의 발현 수준 또는 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 나이브/성숙 B 세포 중 풍부한 동일한 하나 이상의 유전자의 발현의 낮은 수준을 보유하는 것으로 추가로 나타난 것인 방법.
  85. 제83항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ인 방법.
  86. 제84항에 있어서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 FCRL5인 방법.
  87. 제84항에 있어서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 CD19인 방법.
  88. 제84항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ이고 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 FCRL5인 방법.
  89. 제84항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ이고 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 CD19인 방법.
  90. 제83항에 있어서, 생물학적 샘플이 전혈을 포함하는 것인 방법.
  91. 자가면역 질환을 앓는 환자로부터 생물학적 샘플을 수득하는 단계;
    환자로부터 수득된 생물학적 샘플 중에서 형질세포/형질모세포 중 풍부한 하나 이상의 유전자의 발현을 측정하는 단계;
    환자의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 유전자의 발현을 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 동일한 하나 이상의 유전자의 발현 또는 하나 이상의 형질세포/형질모세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하는 단계;
    환자의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 유전자의 발현이 대조 대상체의 생물학적 샘플 중의 발현 또는 역치와 비교하여 상승되는지 결정하는 단계; 및
    환자의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 유전자의 발현이 상승된 경우에는 B-세포 길항제 이외의 치료제를 선택하는 단계
    를 포함하는, 자가면역 질환을 앓는 환자의 치료를 위해 치료제를 선택하는 방법.
  92. 제91항에 있어서,
    환자로부터 수득된 생물학적 샘플 중에서 나이브/성숙 B 세포 중 풍부한 하나 이상의 유전자의 발현을 측정하는 단계;
    환자의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현을 대조 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플 중의 동일한 하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현 또는 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하는 단계;
    환자의 생물학적 샘플 중의 하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현이 대조 대상체의 생물학적 샘플 중의 동일한 하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현 또는 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자에 대한 역치와 비교하여 낮은지 결정하는 단계; 및
    하나 이상의 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자의 발현이 낮은 경우에는 B-세포 길항제 이외의 치료제를 선택하는 단계
    를 추가로 포함하는 방법.
  93. 제91항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ인 방법.
  94. 제92항에 있어서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 FCRL5인 방법.
  95. 제92항에 있어서, 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 CD19인 방법.
  96. 제92항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ이고 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 FCRL5인 방법.
  97. 제92항에 있어서, 형질세포/형질모세포-풍부 유전자가 IgJ이고 나이브/성숙 B 세포-풍부 유전자가 CD19인 방법.
  98. 제91항에 있어서, 하나 이상의 유전자의 발현의 측정이 mRNA의 측정을 포함하는 것인 방법.
  99. 제98항에 있어서, mRNA의 측정이 PCR 방법 또는 마이크로어레이 칩을 포함하는 것인 방법.
  100. 제91항에 있어서, 생물학적 샘플이 전혈을 포함하는 것인 방법.
  101. 제91항에 있어서, 자가면역 질환이 류마티스 관절염, 다발성 경화증, 재발-완화형 다발성 경화증, 원발성 진행형 다발성 경화증, 루푸스 및 ANCA-혈관염으로부터 선택된 것인 방법.
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