KR101480243B1 - C3 gene polymorphisms marker for predicting survival in patients with lung cancer and method for predicting survival using the same - Google Patents
C3 gene polymorphisms marker for predicting survival in patients with lung cancer and method for predicting survival using the same Download PDFInfo
- Publication number
- KR101480243B1 KR101480243B1 KR1020130099333A KR20130099333A KR101480243B1 KR 101480243 B1 KR101480243 B1 KR 101480243B1 KR 1020130099333 A KR1020130099333 A KR 1020130099333A KR 20130099333 A KR20130099333 A KR 20130099333A KR 101480243 B1 KR101480243 B1 KR 101480243B1
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- lung cancer
- predicting
- patients
- survival
- polynucleotide
- Prior art date
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
- G01N33/57423—Specifically defined cancers of lung
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Abstract
Description
본 발명은 C3 (complement component 3) 유전자의 프로모터 내 단일염기다형성 (singlenucleotide polymorphism; SNP)을 이용한 폐암 예후 마커, 이를 이용한 폐암 생존 예후 예측용 조성물, 폐암 생존 예후 예측용 키트, 마이크로 어레이 및 폐암 생존 예후를 예측하는 방법에 관한 것이다.The present invention relates to a lung cancer prognostic marker using a single nucleotide polymorphism (SNP) in the promoter of a complement component 3 (C3) gene, a composition for predicting survival prognosis of lung cancer using the same, a kit for predicting the survival prognosis of lung cancer, To a method for predicting the likelihood.
폐암은 전세계적으로 암으로 인한 사망 원인의 30%를 차지할 정도로 암으로 인한 사망의 주요 원인 중의 하나이다. 이 중 전체 폐암의 75% 이상이 비소세포폐암 (non-small cell lung cancer, NSCLC)이며, 평균 5년 생존율이 15%에 해당한다. 폐암의 높은 사망률은 일부 절제 불가능한 종양을 가진 환자의 높은 비율과 관련되어 있으며, 또한 절제 가능한 병기의 비소세포폐암 환자 중에서도 외과적으로 절제한 환자의 상당수가 암의 재발로 사망하고 있다. 현재 폐암의 경우 병리학적 병기로 진단하고 있지만, 같은 병기에서도 재발과 생존의 상당한 차이를 보이고 있기 때문에, 폐암의 진단과 치료의 방법이 발달했음에도 불구하고 여전히 생존율이 좋지 않다. 이러한 결과는 조기 진단방법과 알맞은 선별검사의 부족으로 인한 낮은 치료율에 기인하며, 따라서 폐암 사망률을 낮추기 위하여 효과적인 조기 진단 및 맞춤진단방법의 개발이 필요한 실정이다.Lung cancer is one of the leading causes of cancer-related deaths, accounting for 30% of all deaths from cancer worldwide. Of these, more than 75% of all lung cancers are non-small cell lung cancer (NSCLC), with an average 5-year survival rate of 15%. The high mortality rate of lung cancer is associated with a high proportion of patients with some unresectable tumors, and a large number of surgically resected patients among non - small cell lung cancer patients with resectable stage deaths are due to cancer recurrence. Currently, lung cancer is diagnosed as a pathologic stage, but the survival rate is still poor, despite the development of diagnostic and therapeutic methods for lung cancer, because of the significant difference in recurrence and survival in the same stage. These results are due to the low rate of cure due to early diagnosis and lack of appropriate screening tests. Therefore, it is necessary to develop effective early diagnosis and customized diagnosis methods to lower the mortality of lung cancer.
한편, 유전적 변이나 후성학적 변화의 축적으로 인해 발생되는 암은 발달과정 동안 획득하게 되는 능력들은 다음과 같이 6가지로 제시될 수 있다(Hanahan D, Weinberg RA. Hallmarks of cancer: the next generation. Cell 2011;144:646-74.). 1. 성장 신호의 자급자족 (Self-sufficiency in growth signals), 2. 성장 억제 신호에 둔감 (Insensitivity to anti-growth signals), 3. 세포사 회피 (Evading Apoptosis), 4. 무한 증식력 (Limitless Replicative Potential), 5. 지속적인 혈관생성 (Sustained Angiogenesis), 6. 침윤과 전이 (Tissue Invasion and Metastasis)이가 그것이다. 이러한 특징을 가지는 암에 중요한 역할을 할 수 후보유전자로서 현재 다형성 연구가 집중되고 있다.On the other hand, the cancer acquired from the accumulation of genetic or epigenetic changes can be presented in six ways (Hanahan D, Weinberg RA, Hallmarks of cancer: the next generation). Cell 2011; 144: 646-74.). 1. Self-sufficiency in growth signals, 2. Insensitivity to anti-growth signals, 3. Evading apoptosis, 4. Limitless replicative potential, , 5. Sustained Angiogenesis, and 6. Tissue Invasion and Metastasis. Current polymorphism studies have been focused as candidate genes that can play an important role in cancer with these characteristics.
단일염기다형성 (single nucleotide polymorphism, 이하, "SNP" 라 함)은 인간 유전자 변이의 가장 일반적인 형태로, 유전체(genome) 상에서 A, T, C, G로 구성되는 염기서열의 한 개가 다른 염기서열로 변한 것을 말한다. 이러한 SNP의 2/3는 염기서열 중 C와 T 간의 변이인 것으로 알려져 있고, SNP 변이는 보통 유전체상의 염기서열에서 1000개당 한번 꼴로 나타난다고 알려져 있다. 또한, SNP 는 인간의 유전체에서 발생하는 변이의 약 90%를 차지하고 있고, 비슷한 형질이나 같은 가계도를 가지고 있는 사람들은 동일하거나 또는 비슷한 SNP 패턴을 보이기 때문에, 임상에서 개체의 질병에 대한 감수성(susceptibility)을 예측하는 지표로 사용될 수 있고, 약물에 대한 효과 및 부작용을 예측할 수 있는 지표로도 사용될 수 있다. 나아가 SNP 는 개체의 유전적 특성에 적합한 진단 및 치료 전략을 구사하는 맞춤의학 (personalized medicine)에 이용될 수 있고, SNP의 패턴과 질병기록을 잘 통합할 수 있다면 여러 가지 질병의 치료를 위한 의료 통계를 구축할 수 있을 것이다.Single nucleotide polymorphism (SNP) is the most common form of human gene mutation. One of the nucleotide sequences consisting of A, T, C, and G in the genome has a different base sequence It means change. Two-thirds of these SNPs are known to be mutations in the nucleotide sequence between C and T, and it is known that SNP mutations usually occur once per 1000 nucleotides in the genomic sequence. In addition, SNPs account for about 90% of mutations in human genomes, and people with similar traits or families have the same or similar SNP patterns, so clinical susceptibility to disease in individuals And can also be used as an indicator for predicting the effects and side effects of drugs. Furthermore, SNPs can be used in personalized medicine, which provides diagnostic and therapeutic strategies suited to the genetic characteristics of an individual, and can be used to improve the medical statistics .
최근 들어, 유전자의 다형성을 이용한 질병들에 대한 감수성을 예측하고 진단하는 방법들이 개발되고 있으며, 특히 암과 관련된 유전자의 다형성과 암과의 연관성에 대한 연구들이 활발히 진행되고 있다.In recent years, methods for predicting and diagnosing susceptibility to diseases using polymorphisms of genes have been developed. In particular, studies on the relationship between cancer-related polymorphisms and cancer have been actively conducted.
이와 관련, 여러 유전학적 연관성 연구에서는 일부의 단일염기다형성이 발현 또는 효소활성과 같은 유전자의 기능을 조절하여 폐암을 포함한 종양형성 및 다양한 암의 위험인자로 보고된 바 있다(Zhang X, Miao X, Sun T, Tan W, Qu S, Xiong P, Zhou Y, Lin D. Functional polymorphisms in cell death pathway genes FAS and FASL contribute to risk of lung cancer. J Med Genet 2005;42:479-484.; MacPherson G, Healey CS, Teare MD, Balasubramanian SP, Reed MW, Pharoah PD, Ponder BA, Meuth M, Bhattacharyya NP, Cox A. Association of a common variant of the CASP8 gene with reduced risk of breast cancer. J Natl Cancer Inst 2004;24:1866-1869.; Park JY, Park JM, Jang JS, Choi JE, Kim KM, Cha SI, Kim CH, Kang YM, Lee WK, Kam S, Park RW, Kim IS, Lee JT, Jung TH. Caspase 9 promoter polymorphisms and risk of primary lung cancer. Human Mol Genet 2006;15:1963-1971.).In this regard, several genetic association studies have reported that some single nucleotide polymorphisms regulate gene function such as expression or enzyme activity, leading to tumorigenesis including lung cancer and various risk factors for cancer (Zhang X, Miao X, J Med Genet 2005; 42: 479-484 .; MacPherson G., Sun W, T W, Qu S, Xiong P, Zhou Y, Lin D. Functional polymorphisms in cell death pathway genes. Healey CS, Teare MD, Balasubramanian SP, Reed MW, Pharoah PD, Ponder BA, Meuth M, Bhattacharyya NP, Cox A. Association of a CAP8 gene with reduced risk of breast cancer J Natl Cancer Inst 2004; : Caspase 9, Park JY, Park JM, Jang JS, Choi JE, Kim KM, Cha SI, Kim CH, Kang YM, Lee WK, Kam S, promoter polymorphisms and risk of primary lung cancer. Human Mol Genet 2006; 15: 1963-1971.).
따라서 이러한 질병과 연관된 감수성 유전적 변이를 폐암 환자들에 대한 예후 인자로 이용할 경우, 예후의 평가, 치료법의 선발 및 평가를 위한 수단 및 치료를 표적화할 수 있어 폐암 환자의 맞춤 치료가 가능할 것으로 기대되고 있다.Therefore, when the susceptibility genetic mutation associated with these diseases is used as a prognostic factor for lung cancer patients, it is expected that personalized treatment of lung cancer patients will be possible because the evaluation and prognosis evaluation and selection and evaluation of treatment methods can be targeted have.
이에 본 발명자들은 암화과정에 관여하는 유전자들의 다형성이 폐암의 예후에 영향이 있을 것으로 착안하여, 암 관련 유전자들의 잠재적으로 기능성 다형성들과 초기 비소세포폐암 수술 후 예후와의 연관성을 조사한 결과, C3 (complement component 3) 유전자의 프로모터 내 존재하는 특정 염기의 다형성이 폐암 환자, 특히 외과적 수술로 폐암을 절제한 환자의 생존 예후를 예측할 수 있는 마커로 이용될 수 있음을 최초로 규명함으로써, 본 발명을 완성하게 되었다.Therefore, the present inventors focused on the polymorphisms of the genes involved in the carcinogenesis that may affect the prognosis of lung cancer. As a result of investigating the relationship between potentially functional polymorphisms of the cancer-associated genes and the prognosis after the early stage non-small cell lung cancer surgery, complement component 3) The present invention was completed by first identifying that the polymorphism of a specific base present in the promoter of a gene can be used as a marker for predicting the survival prognosis of lung cancer patients, particularly patients who have resected lung cancer by surgical operation .
따라서 본 발명의 목적은 폐암 환자의 생존 예후를 효과적으로 예측(진단)할 수 있는 다형성 마커를 제공하는 것이다.Accordingly, an object of the present invention is to provide a polymorphic marker capable of effectively predicting the survival prognosis (diagnosis) of lung cancer patients.
본 발명의 다른 목적은, 폐암 환자의 생존 예후를 효과적으로 예측(진단)할 수 있는 조성물을 제공하는 것이다.It is another object of the present invention to provide a composition capable of effectively predicting the survival prognosis (diagnosis) of lung cancer patients.
본 발명의 또 다른 목적은, 상기 조성물을 포함하는 폐암 환자의 생존 예후 예측(진단)용 키트를 제공하는 것이다.It is still another object of the present invention to provide a kit for predicting survival prognosis (diagnosis) of a lung cancer patient comprising the composition.
본 발명의 또 다른 목적은, 상기 조성물을 포함하는 폐암 환자의 생존 예후 예측(진단)용 마이크로어레이를 제공하는 것이다.Yet another object of the present invention is to provide a microarray for predicting survival prognosis (diagnosis) of a lung cancer patient comprising the above composition.
본 발명의 또 다른 목적은, 다형성 마커를 이용하여 폐암 환자의 생존 예후를 효과적으로 예측(진단)하는 방법을 제공하는 것이다.It is yet another object of the present invention to provide a method for effectively predicting the survival prognosis (diagnosis) of a lung cancer patient using a polymorphic marker.
상기와 같은 본 발명의 목적을 달성하기 위해서,In order to achieve the above-mentioned object of the present invention,
본 발명은 서열번호 1로 이루어지는 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기(C3 유전자의 인트론 부위를 기준으로 +7번째 염기)가 T 또는 C이고, 상기 501번째 염기를 포함하는 10~100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진, 폐암 환자의 생존 예후 예측용 마커를 제공한다.The present invention relates to a polynucleotide comprising the polynucleotide of SEQ ID NO: 1 in which the 501st base (+7 base relative to the intron region of the C3 gene) is T or C, and 10-100 consecutive DNA sequences containing the 501st base A polynucleotide comprising: Or a complementary polynucleotide thereof, for the prediction of survival prognosis of lung cancer patients.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 폐암은 편평상피암, 소세포암, 선암, 대세포암 또는 비소세포암일 수 있다.In one embodiment of the present invention, the lung cancer may be squamous cell carcinoma, small cell carcinoma, adenocarcinoma, large cell carcinoma or non-small cell carcinoma.
또한, 본 발명은 서열번호 1로 이루어지는 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기(C3 유전자의 인트론 부위를 기준으로 +7번째 염기)의 SNP(single nucleotide polymorphism)를 검출할 수 있는 제제를 포함하는, 폐암 환자의 생존 예후 예측용 조성물을 제공한다.The present invention also provides a method for detecting a SNP (single nucleotide polymorphism) of a 501th base (+7 base relative to the intron region of the C3 gene) in a polynucleotide of SEQ ID NO: 1, A composition for predicting survival prognosis is provided.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 SNP를 검출할 수 있는 제제는, 서열번호 1로 이루어지는 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기(C3 유전자의 인트론 부위를 기준으로 +7번째 염기)의 SNP를 포함하는 10~100개의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 증폭시킬 수 있는 프라이머일 수 있다.In one embodiment of the present invention, the agent capable of detecting the SNP comprises a polynucleotide comprising the SNP of the 501st base (+7 base relative to the intron region of the C3 gene) in the polynucleotide of SEQ ID NO: 1 Or a primer capable of amplifying a polynucleotide composed of about 100 consecutive bases or a complementary polynucleotide thereof.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 폐암은 편평상피암, 소세포암, 선암, 대세포암 또는 비소세포암일 수 있다.In one embodiment of the present invention, the lung cancer may be squamous cell carcinoma, small cell carcinoma, adenocarcinoma, large cell carcinoma or non-small cell carcinoma.
또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 폐암 환자의 생존 예후 예측용 키트를 제공한다.In addition, the present invention provides a kit for predicting survival prognosis of a lung cancer patient comprising the composition.
또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 폐암 환자의 생존 예후 예측용 마이크로어레이를 제공한다.The present invention also provides a microarray for predicting the survival prognosis of a lung cancer patient comprising the composition.
또한, 본 발명은 검체로부터 추출한 핵산으로부터, 서열번호 1로 이루어지는 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기(C3 유전자의 인트론 부위를 기준으로 +7번째 염기)의 SNP를 확인하는 단계를 포함하는, 폐암 환자의 생존 예후 예측을 위한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.Further, the present invention relates to a method for detecting survival of a lung cancer patient, comprising the step of confirming the SNP of the 501st base (+7 base relative to the intron region of the C3 gene) at the polynucleotide of SEQ ID NO: 1 from the nucleic acid extracted from the sample And provides information for prognostic prediction.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 SNP의 유전자형이 CC인 경우 생존 예후가 낮은 군으로 판정할 수 있다.In one embodiment of the present invention, when the genotype of the SNP is CC, it can be determined that the survival prognosis is low.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 폐암은 편평상피암, 소세포암, 선암, 대세포암 또는 비소세포암일 수 있다.In one embodiment of the present invention, the lung cancer may be squamous cell carcinoma, small cell carcinoma, adenocarcinoma, large cell carcinoma or non-small cell carcinoma.
본 발명에 따른 폐암 생존 예후의 예측 기술은 폐암이 발병한 환자에 대하여 손쉽게 환자의 예후를 평가하고, 치료법의 선발 및 평가를 위한 수단 및 치료를 표적화함으로써 폐암 발병 환자의 생존율을 높일 수 있다.The prediction technique of lung cancer survival prognosis according to the present invention can increase the survival rate of lung cancer patients by easily evaluating the prognosis of patients with lung cancer and targeting the means and treatment for selecting and evaluating treatment methods.
도 1은 카프란-마이어 (Kaplan-Meier) 방법을 사용하여 분석한 C3 rs2287845T>C 유전자형에 따른 전체 생존 및 무병 생존의 곡선을 나타낸 것이다. 다변량 콕스 위험 모델에서의 상호우성 모델의 P-값.Figure 1 shows the curve of total survival and disease free survival according to the C3 rs2287845T > C genotype analyzed using the Kaplan-Meier method. P-value of the mutual dominance model in the multivariate Cox risk model.
하나의 양태로서, 본 발명은 C3 (complement component 3, 이하 간략하게‘C3’라 표시함) 유전자의 인트론(intron 또는 intervening sequence) 내 다형성 부위를 포함하는 폐암 환자의 생존 예후 예측(진단)용 마커에 관한 것이다.In one aspect, the present invention provides a method for predicting survival prognosis (marker) for a lung cancer patient comprising an intron or intervening sequence polymorphism site of a complement component 3 (hereinafter abbreviated as 'C3') gene .
보다 구체적인 양태로서, 본 발명은 서열번호 1로 이루어지는 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기(C3 유전자의 인트론 부위를 기준으로 +7번째 염기)가 T 또는 C이고, 상기 501번째 염기를 포함하는 10~100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진, 폐암 환자의 생존 예후 예측용 마커에 관한 것이다.In a more specific embodiment, the present invention provides a polynucleotide comprising the polynucleotide of SEQ ID NO: 1 in which the 501st base (+7 base relative to the intron region of the C3 gene) is T or C, 10-100 A polynucleotide consisting of a contiguous DNA sequence; Or a complementary polynucleotide thereof, for the prediction of survival prognosis of lung cancer patients.
본 발명에서 사용된 상기 C3 유전자의 인트론 내 다형성 부위는 C3 유전자(진뱅크 번호: NG_009557.1)의 전사시작부위를 기준으로 24065번째에 존재하는 염기 또는 C3 유전자의 엑손 22의 말단에서 +7번째에 존재하는 염기에 해당하며, 상기 다형성 부위를 포함하고 있는 염기서열을 서열번호 1로 나타내었다. 즉, 본 발명에 따른 서열번호 1은 C3 유전자(Genebank accession No. NG_009557.1) 서열 중에서 28566~29566번째 서열을 나타낸 것이다. 한편, 본 발명에서는 상기 다형성 부위를 “C3 rs2287845T>C”로 표시한다.The polymorphic site in the intron of the C3 gene used in the present invention is located at position 24065 from the transcription start site of the C3 gene (Gene Bank number: NG_009557.1), or at position +7 of the exon 22 of the C3 gene And the nucleotide sequence containing the polymorphic site is shown in SEQ ID NO: 1. That is, SEQ ID NO: 1 according to the present invention shows the 28566th to 29566th sequence in the C3 gene (Genebank accession No. NG_009557.1). In the present invention, the polymorphic site is represented by " C3 rs2287845T> C ".
본 발명에 따른 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드는 10개 이상, 바람직하게는 10 내지 100개, 보다 바람직하게는 10 내지 50개의 연속 염기로 구성될 수 있다.The polynucleotide or its complementary polynucleotide according to the present invention may be composed of at least 10, preferably 10 to 100, more preferably 10 to 50 contiguous bases.
본 발명에 따른 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드는 다형성 서열(polymorphic sequence)이다. 다형성 서열(polymorphic sequenc)이란 뉴클레오티드 서열 중에 단일염기다형을 나타내는 다형성 부위(polymorphic site)를 포함하는 서열을 말한다. 다형성 부위(polymorphic site)란 다형성 서열 중 단일염기다형이 일어나는 부위를 말한다.The polynucleotide or its complementary polynucleotide according to the present invention is a polymorphic sequence. A polymorphic sequence refers to a sequence comprising a polymorphic site representing a single base polymorphism in the nucleotide sequence. A polymorphic site is a site in a polymorphic sequence where a single base polymorphism occurs.
본 발명의 상기 C3 유전자는 보체 요소3 단백질을 코드화하여, 보체복합체 구성요소로써 면역반응에 중요한 역할을 하고 있다. 이는 종양세포에서도 시스템이 이루어지는데, 보체를 통해 종양에 대한 면역감시의 기능이 작동하여 종양형성을 촉진시킴으로 발암 역할로써 폐암의 진행 및 발달시키게 된다고 알려져 있다(Nishioka K, Kawamura K, Hirayama T, Kawashima T, Shimada K. The complement system in tumor immunity: significance of elevated levels of complement in tumor bearing hosts. Ann N Y Acad Sci 1976;276:303-15.; Markiewski MM, DeAngelis RA, Benencia F, Ricklin-Lichtsteiner SK, Koutoulaki A, Gerard C, Coukos G, Lambris JD. Modulation of the anti-tumor immune response by complement. Nat Immunol 2008;9:1225-35.; Rutkowski MJ, Sughrue ME, Kane AJ, Mills SA, Parsa AT. Cancer and the complement cascade. Mol Cancer Res 2010;8:1453-65.; Janssen BJC, Huizinga EG, Raaijmakers HCA, Roos A, Daha MR, Nilsson-Ekdahl K, Nilsson B, Gros P. Structures of complement component C3 provide insights into the function and evolution of immunity. Nature 2005;437:505-11.). 그러나 아직까지 C3 유전자의 다형성과 폐암 발병 위험성 및 폐암 환자의 생존 예후 예측(진단)에 관한 연구는 보고된 바 없다.The C3 gene of the present invention encodes a complement element 3 protein and plays an important role in the immune response as a complement complex component. It is known that the system is also performed in tumor cells, and the function of immune surveillance against the tumor is activated through complement, thereby promoting tumor formation, and it is known that the tumor progresses and develops as a carcinoma role (Nishioka K, Kawashima K, Hirayama T, Kawashima T, Shimada K. Markiewski MM, DeAngelis RA, Benencia F, Ricklin-Lichtsteiner SK, < RTI ID = 0.0 > Koutoulakia, Gerard C, Coukos G, Lambris JD. Modulation of the anti-tumor immune response by complement Nat Immunol 2008; 9: 1225-35 .; Rutkowski MJ, Sughrue ME, Kane AJ, Mills SA, Parsa AT. Cancer and the complement cascade.Mol Cancer Res 2010; 8: 1453-65 .; Janssen BJC, Huizinga EG, Raaijmakers HCA, Roose, MR, Nilsson-Ekdahl K, Nilsson B, Gros P. into the function and evolution of immunity. Nature 2005; 437: 505- 11.). However, there is no report on the polymorphism of C3 gene, the risk of lung cancer, and the prediction of survival prognosis of lung cancer patients.
본 발명자들은 암화과정에 관여하는 유전자들의 다형성이 폐암의 예후에 영향이 있을 것으로 착안하여, 암 관련 유전자들의 잠재적으로 기능성 다형성들과 초기 비소세포폐암 수술 후 예후와의 연관성을 조사하던 중, 상기 C3 유전자의 인트론 내 다형성 부위가 폐암 환자의 생존 예후 예측에 유용함을 확인하였다.The present inventors noted that the polymorphisms of the genes involved in the carcinogenesis may have an impact on the prognosis of lung cancer. In investigating the relationship between the potentially functional polymorphisms of the cancer-associated genes and the prognosis after the early stage non-small cell lung cancer surgery, The polymorphic site in the intron of the gene was found to be useful in predicting the survival prognosis of patients with lung cancer.
본 발명자들은 비소세포폐암을 외과적으로 절제한 814명의 환자를 대상으로, C3 rs2287845T>C 다형성을 조사하여, 유전형과 전체 생존 (overall survival, OS) 및 무병 생존 (disease-free survival, DFS)과의 관계를 분석하였다. 상기 전체 생존(OS)이란 수술한 날부터 어떤 원인으로 죽는 날까지 또는 마지막으로 추적 조사한 날까지를 말하며, 상기 무병생존(DFS)이란 수술한 날부터 어떤 원인으로 재발 또는 사망하는 날까지를 말한다. 분석 결과, 서열번호 1로 이루어지는 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기(C3 유전자의 인트론부위를 기준으로 +7번째 염기)의 유전자형이 적어도 하나의 T 대립유전자를 가진 TC 또는 TT일 경우 CC에 비하여 더 나은 전체 생존 및 무병생존을 나타내었다. 즉, C3 rs2287845T>C 다형성의 경우 CC유전자형을 갖는 환자군의 전체생존 및 무병생존의 위험비가 TT유전자형을 가지는 환자군에 비해 매우 높았으며, 통계적으로 유의한 것으로 나타났다(전체생존 위험비=3.29, 95% 신뢰구간=1.62-6.70, P = 0.001 및 무병생존 위험비=2.73, 95% 신뢰구간=1.53-4.88, P = 0.001). 따라서 비소세포암 환자에서 C3 rs2287845T>C의 다형성이 폐암 생존 예후와 관련성이 있음을 알 수 있었다.We investigated C3 rs2287845T> C polymorphism in 814 patients who underwent surgical resection of non-small cell lung cancer and evaluated genotype, overall survival (OS) and disease-free survival (DFS) Were analyzed. The term "total survival (OS)" refers to the period from the day of surgery to the day of death due to any cause or the last follow-up date. DFS refers to the day from surgery to the day of recurrence or death for any cause. As a result of the analysis, when the genotype of the 501 th base (+7 base relative to the intron region of the C3 gene) in the polynucleotide of SEQ ID NO: 1 is TC or TT having at least one T allele, Survival and disease free survival. In the case of C3 rs2287845T> C polymorphism, the risk ratio of overall survival and disease-free survival of patients with CC genotype was significantly higher than that of patients with TT genotype, and statistically significant (overall survival ratio = 3.29, 95% Confidence interval = 1.62-6.70, P = 0.001 and disease free survival rate = 2.73, 95% confidence interval = 1.53-4.88, P = 0.001). Therefore, we found that the C3 rs2287845T> C polymorphism was associated with the survival prognosis of lung cancer in patients with non-small cell carcinoma.
본 발명에서 용어, “예후”는 폐암과 같은 신생물 질환의 예를 들어 발병, 재발, 전이성 확산, 및 약물 내성을 비롯한 폐암-기인성 사망 또는 진행의 가능성 등의 병의 경과 및 완치 여부를 의미한다. 본 발명의 목적상 예후는 폐암의 발병 위험성 및 폐암 발병 후의 생존 예후를 의미하며, 바람직하게는 폐암을 수술로 절제한 환자, 보다 바람직하게는 비소세포암을 수술로 절제한 환자의 예후를 의미한다.The term " prognosis " in the present invention refers to the progression and cure of a disease, such as an onset, recurrence, metastatic spread, and the likelihood of lung cancer-induced death or progression, including drug resistance, . For the purpose of the present invention, the prognosis refers to the risk of lung cancer and the survival prognosis after onset of lung cancer, preferably a patient who has undergone surgical resection of lung cancer, more preferably a resection of non-small cell cancer.
폐암의 이상적인 치료법은 조기 발견하여 수술로 완전히 암을 제거하는 것이지만, 폐암의 진단 시 환자의 반수 이상이 수술을 할 수 없을 정도로 진행된 상태이므로 조기치료는 현실적으로 어렵다. 본 발명의 상기 방법을 이용하면 폐암 발병 위험성을 손쉽게 예측할 수 있으며, 폐암 발병 위험성을 관리함으로써 폐암을 조기 발견하여 수술로 암을 완전히 제거하여 완치시킬 수 있다. 또한, 폐암 발병 후의 경우, 특히 비소세포암은 외과적 수술을 할 수 있을 만큼 진행되지 않은 경우라면 우선 수술을 시행하는데, 근치절제술을 시행할 수 있는 경우는 30%에 불과하다. 수술 후 완치 여부를 판정하는 5년 생존율은 암의 진행 정도에 따라 다르나, 근치절제술을 시행한 전체 환자를 대상으로 보면 편평상피암 37%, 선암 27%, 대세포암 27% 정도가 완치되었다. 따라서 본 발명의 상기 다형성 마커를 이용하면 폐암의 이러한 예후를 손쉽게 판단할 수 있으며, 추가 필요한 치료 방법의 사용 여부를 손쉽게 결정할 수 있다. 이로써 폐암 발병 후의 생존율을 현저히 높일 수 있다.The ideal treatment for lung cancer is early detection and removal of the cancer by surgery. However, early diagnosis is difficult because early diagnosis of lung cancer has progressed to such an extent that more than half of the patients can not undergo surgery. Using the method of the present invention, the risk of lung cancer can be easily predicted. By managing the risk of lung cancer, lung cancer can be detected early, and cancer can be completely removed by surgery. In addition, after the onset of lung cancer, especially in patients with non-small cell carcinoma, if surgery has not progressed enough, surgery will be performed first, but only 30% can perform radical resection. The 5-year survival rate, which depends on the degree of cancer progression, was recovered in all patients who underwent curative resection, including squamous cell carcinoma (37%), adenocarcinoma (27%) and large cell carcinoma (27%). Therefore, the use of the polymorphic marker of the present invention makes it possible to easily determine the prognosis of lung cancer, and it is possible to easily determine whether or not to use additional necessary treatment methods. This can significantly increase the survival rate after the onset of lung cancer.
본 발명에서 용어, "예측"이란 환자가 폐암 발병할 가능성이 있는지를 판별하고, 화학요법 또는 방사선 치료 등 치료법에 대해 선호적으로 또는 비선호적으로 반응하여 환자의 치료, 예를 들어 특정 치료제, 및/또는 원발성 종양의 수술로 제거, 및/또는 암 재발 없이 특정 시기 동안 화학요법으로 치료된 후 생존할 여부 및/또는 가능성과 관련된다. 본 발명의 예측 방법은 임의의 특정 환자에 대한 폐암 발병 위험성이 높은 환자로써 특별하고 적절한 관리를 통하여 발병 시기를 늦추거나 발병하지 않도록 하거나, 폐암 발병 환자에 대한 가장 적절한 치료 방식을 선택함으로써 치료 결정을 하기 위해 임상적으로 사용될 수 있다. 본 발명의 예측 방법은 환자가 예를 들어 소정 치료제 또는 조합물, 외과적 개입, 화학요법 등의 투여를 비롯한 소정 치료 처방과 같은 치료 처방에 선호적으로 반응하는지를 확인하거나, 치료 처방 후 환자의 장기 생존이 가능한지 여부를 예측할 수 있다.In the present invention, the term "prediction" is used to determine whether a patient is likely to develop lung cancer, to preferentially or non-favorably respond to therapies such as chemotherapy or radiation therapy, And / or the possibility of survival after treatment with chemotherapy for a particular period of time without cancer recurrence, and / or the possibility of survival and / or prospect of survival. The predictive method of the present invention is a patient having a high risk of developing lung cancer for any particular patient, and can prevent or delay the onset of the disease through special and appropriate management, or select the most appropriate treatment method for a patient with lung cancer, Lt; / RTI > The predictive method of the present invention can be used to identify whether a patient is responding favorably to treatment regimens, such as, for example, a prescribed treatment or combination, surgical intervention, chemotherapy or other prescribed treatment regimen, It is possible to predict whether or not survival is possible.
본 발명에서 용어, "다형성(polymorphism)"이란 하나의 유전자 좌위(locus)에 두 가지 이상의 대립유전자(allele)가 존재하는 경우를 말하며 다형성 부위 중에서, 사람에 따라 단일 염기만이 다른 것을 단일 염기 다형성(single nucleotide polymorphism, SNP)이라 한다. 바람직한 다형성 마커는 선택된 집단에서 1% 이상, 더욱 바람직하게는 10% 또는 20% 이상의 발생빈도를 나타내는 두 가지 이상의 대립유전자를 가진다.In the present invention, the term "polymorphism" refers to a case where two or more alleles exist in one locus. Of the polymorphic sites, only a single base differs from a polymorphism region to a single base polymorphism (single nucleotide polymorphism, SNP). Preferred polymorphic markers have two or more alleles exhibiting an incidence of 1% or more, more preferably 10% or 20% or more, in the selected population.
본 발명에서 용어, "대립유전자(allele)"는 상동염색체의 동일한 유전자좌위에 존재하는 한 유전자의 여러 타입을 말한다. 대립유전자는 다형성을 나타내는데 사용되기도 하며, 예컨대, SNP은 두 종류의 대립인자(biallele)를 갖는다.The term "allele " in the present invention refers to various types of genes that exist on the same locus of a homologous chromosome. Alleles are also used to indicate polymorphism, for example, SNPs have two kinds of bialles.
본 발명에서 용어, "폐암 환자의 생존 예후 예측용 마커"란 폐암 발병 위험성, 발병한 폐암의 완치 여부, 혹은 경과를 예측할 수 있는 다형성을 가진 마커를 의미하며, 바람직하게는 상기에서 서술한 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 또한, 상기 환자는 폐암 발병 위험성을 판별하기 위한 환자 또는 폐암, 특히 폐암을 수술로 절제한 환자를 의미한다. 상기 폐암을 수술로 절제한 환자는 바람직하게는 비소세포암, 편평상피암, 선암, 대세포암 등의 폐암을 수술로 절제한 환자를 의미하며, 보다 바람직하게는 비소세포암을 수술로 절제한 환자를 의미한다.The term "marker for predicting the survival prognosis of lung cancer patient" in the present invention means a marker having a polymorphism that can predict the risk of lung cancer, whether lung cancer has been cured or progressed, and preferably, . In addition, the patient refers to a patient for discriminating the risk of lung cancer or a patient who has undergone surgical resection of lung cancer, particularly lung cancer. The patient who has undergone surgical resection of the lung cancer preferably refers to a patient who has undergone surgical resection of lung cancer such as non-small cell carcinoma, squamous cell carcinoma, adenocarcinoma or large cell carcinoma. More preferably, do.
다른 하나의 양태로서, 본 발명은 서열번호 1로 이루어지는 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기(C3 유전자의 인트론부위를 기준으로 +7번째 염기)의 SNP(single nucleotide polymorphism)를 검출할 수 있는 제제를 포함하는, 폐암 환자의 생존 예후 예측용 조성물에 관한 것이다.In another aspect, the present invention provides a method for detecting SNP (single nucleotide polymorphism) of a polynucleotide of SEQ ID NO: 1, wherein the polynucleotide is capable of detecting SNP (single nucleotide polymorphism) of the 501st base (+7 base relative to intron region of C3 gene) , A composition for predicting the survival prognosis of lung cancer patients.
본 발명의 조성물에 포함되는, 상기 SNP를 검출할 수 있는 제제는, 서열번호 1로 이루어지는 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기(C3 유전자의 인트론부위를 기준으로 +7번째 염기)의 SNP를 포함하는 10~100개의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 이의 상보적 폴리뉴클레오티드, 상기 폴리뉴클레오티드와 특이적으로 혼성화하는 프라이머 및 프로브로 이루어진 군에서 선택되는 것을 포함할 수 있다.The composition capable of detecting the SNP contained in the composition of the present invention comprises a polynucleotide consisting of a polynucleotide consisting of SEQ ID NO: 1 and containing a SNP of the 501st base (+7 base relative to the intron region of the C3 gene) A polynucleotide consisting of 100 consecutive bases, a complementary polynucleotide thereof, a primer that specifically hybridizes with the polynucleotide, and a probe.
본 발명에 따른 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드는 다형성 서열을 가진다. 본 발명에 있어서 상기 폴리뉴클레오티드는 DNA일 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드는 바람직하게는 10 내지 100개, 보다 바람직하게는 10 내지 60개, 보다 더 바람직하게는 20 내지 60개의 연속 염기로 구성될 수 있다.The polynucleotide or its complementary polynucleotide according to the present invention has a polymorphic sequence. In the present invention, the polynucleotide may be DNA. The polynucleotide may preferably be composed of 10 to 100, more preferably 10 to 60, even more preferably 20 to 60 contiguous bases.
본 발명에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드와 특이적으로 혼성화하는 프라이머 또는 프로브는 대립형질 특이적 (allele-specific) 이다.In the present invention, a primer or a probe that specifically hybridizes with the polynucleotide or its complementary polynucleotide is allele-specific.
대립형질 특이적 (allele-specific) 이란 각 대립형질에 특이적으로 혼성화하는 것, 즉, 다형성 서열 중에 존재하는 다형성 부위의 염기를 특이적으로 구별할 수 있도록 혼성화하는 것을 말한다. 여기에서, 혼성화란 보통 엄격한 조건, 예를 들어 1M 이하의 염 농도 및 25 ℃ 이상의 온도 하에서 보통 수행될 수 있다.Allele-specific refers to hybridizing specifically to each allele, i.e., hybridizing such that the base of the polymorphic site present in the polymorphic sequence can be specifically discriminated. Here, hybridization is usually carried out under stringent conditions, for example, a salt concentration of 1 M or less and a temperature of 25 ° C or higher.
본 발명에 있어서, 프로브는 혼성화 프로브를 의미하는 것으로, 핵산의 상보성 가닥에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 본 발명의 대립형질 특이적 프로브는 같은 종의 두 개체로부터 유래한 핵산 단편 중에서 다형성 부위가 존재하여, 한 개체로부터 유래한 DNA 단편에는 혼성화 하나, 다른 개체로부터 유래한 단편에는 혼성화하지 않는다. 이 경우 혼성화 조건은 대립형질 간의 혼성화 강도에 있어서 유의한 차이를 보여 대립형질 중 하나에만 혼성화되도록 충분히 엄격해야 한다. 이러한 본 발명의 프로브는 중앙 부위가 다형성 서열의 다형성 부위와 정렬하는 것이 바람직하다. 이에 따라 서로 다른 대립형질성 형태 간에 좋은 혼성화 차이를 유발할 수 있다. 본 발명의 프로브는 대립형질을 검출하여 폐암 생존 예후를 예측하기 위한 마이크로어레이 등의 키트나 예측 방법 등에 사용될 수 있다.In the present invention, a probe means a hybridization probe, and means an oligonucleotide capable of binding sequence-specifically to a complementary strand of a nucleic acid. The allele-specific probe of the present invention has a polymorphic site among nucleic acid fragments derived from two individuals of the same species, and hybridizes to a DNA fragment derived from one individual, but not to a fragment derived from another individual. In this case, the hybridization conditions show a significant difference in the hybridization intensity between the alleles, and should be sufficiently strict so that only one of the alleles hybridizes. Preferably, the probe of the present invention aligns with the polymorphic site of the polymorphic sequence. This can lead to good hybridization differences between different allelic forms. The probe of the present invention can be used in a kit such as a microarray for predicting the survival prognosis of lung cancer and a prediction method by detecting alleles.
또한, 본 발명에 있어서, 프라이머는 짧은 자유 3말단 수산화기 (free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기 서열로 상보적인 템플레이트 (template)와 염기쌍 (base pair)을 형성할 수 있고 템플레이트 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 서열을 의미한다. 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 일반적으로 15 내지 30개의 염기로 구성된다. 프라이머 서열은 주형과 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 주형과 혼성화할 정도로 충분히 상보적이어야 한다. 상기 프라이머는 다형성 부위를 포함하는 DNA 서열에 혼성화하여 다형성 부위를 포함하는 DNA 단편을 증폭시킬 수 있다. 본 발명의 프라이머는 대립형질을 검출하여 폐암 생존 예후를 예측하기 위한 마이크로어레이 등의 키트나 예측 방법 등에 사용될 수 있다.Further, in the present invention, the primer can form base pairs with a complementary template with a base sequence having a short free 3 'hydroxyl group, and can be used as a starting point for template strand copy Quot; short sequence " The appropriate length of the primer may vary depending on the purpose of use, but is generally comprised of 15 to 30 bases. The primer sequence need not be completely complementary to the template, but should be sufficiently complementary to hybridize with the template. The primers can be hybridized to a DNA sequence containing a polymorphic site to amplify a DNA fragment containing the polymorphic site. The primer of the present invention can be used in a kit such as a microarray for predicting the survival prognosis of lung cancer and a prediction method by detecting alleles.
본 발명의 프라이머 또는 프로브는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 상기 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.The primers or probes of the present invention can be chemically synthesized using the phosphoramidite solid support method, or other well-known methods. Such nucleic acid sequences may also be modified using many means known in the art. Non-limiting examples of such modifications include, but are not limited to, methylation, capping, substitution of one or more natural nucleotides with an analogue, and modification between nucleotides, such as uncharged linkers (e.g., methylphosphonate, phosphotriester, Amidates, carbamates, etc.) or charged linkages (e.g., phosphorothioates, phosphorodithioates, etc.).
또 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 폐암 환자의 생존 예후 예측용 키트에 관한 것이다.In another aspect, the present invention relates to a kit for predicting survival prognosis of a lung cancer patient comprising the composition.
본 발명의 키트는 폐암 생존 예후의 예측용 마커인, C3 유전자의 인트론 내 C3 rs2287845T>C 다형성 부위(SNP)를 확인함으로써 폐암 생존 예후를 예측하는 데 사용될 수 있다. 본 발명의 폐암 생존 예후의 예측용 키트에는 C3 rs2287845T>C의 SNP를 확인하기 위한 폴리뉴클레오티드, 프라이머 또는 프로브뿐만 아니라 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 성분 조성물, 용액 또는 장치가 포함될 수 있다.The kit of the present invention can be used to predict the survival prognosis of lung cancer by identifying the C3 rs2287845T> C polymorphism site (SNP) in the intron of the C3 gene, a predictive marker for the survival prognosis of lung cancer. The kit for predicting the survival prognosis of lung cancer of the present invention may include one or more other component compositions, solutions or devices suitable for the assay as well as polynucleotides, primers or probes for identifying SNPs of C3 rs2287845T > C .
예를 들어, 본 발명의 키트는 PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. PCR 키트는, 상기 SNP 에 대한 특이적인 폴리뉴클레오티드, 프라이머 또는 프로브 외에도 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액 (pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드 (dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNAse 억제제, DEPC-수 (DEPC-water) 및 멸균수 등을 포함할 수 있다.For example, the kit of the present invention may be a kit containing essential elements necessary for performing PCR. The PCR kit may contain test tubes or other appropriate containers, reaction buffers (varying in pH and magnesium concentration), deoxynucleotides (dNTPs), Taq polymerases and reverse transcriptase enzymes, as well as specific polynucleotides, primers or probes specific for the SNPs. , DNase, RNAse inhibitors, DEPC-water and sterile water, and the like.
또한, 본 발명의 키트는 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 폐암 생존 예후 예측용 키트일 수 있다. DNA 칩 키트는, 상기 SNP 에 대한 특이적인 폴리뉴클레오티드, 프라이머 또는 프로브가 부착되어 있는 기판을 포함하고 기판은 정량 대조구 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 핵산을 포함할 수 있다.In addition, the kit of the present invention may be a kit for predicting the survival prognosis of lung cancer including essential elements necessary for performing a DNA chip. The DNA chip kit may include a substrate to which a specific polynucleotide, a primer or a probe for the SNP is attached, and the substrate may include a nucleic acid corresponding to a quantitative control gene or a fragment thereof.
또 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 폐암 환자의 생존 예후 예측용 마이크로어레이에 관한 것이다.In another aspect, the present invention relates to a microarray for predicting the survival prognosis of a lung cancer patient comprising the composition.
상기 마이크로어레이는 본 발명의 폴리뉴클레오티드, 프라이머 또는 프로브를 포함하는 것을 제외하고는 통상적인 마이크로어레이로 이루어질 수 있다.The microarray may be composed of a conventional microarray except that it comprises the polynucleotide, primer or probe of the present invention.
마이크로어레이 상에서의 핵산의 혼성화 및 혼성화 결과의 검출은 당업계에 잘 알려져 있다. 상기 검출은 예를 들면, 핵산 시료를 형광 물질, 예를 들면, Cy3 및 Cy5와 같은 물질을 포함하는 검출 가능한 신호를 발생시킬 수 있는 표지 물질로 표지한 다음, 마이크로어레이 상에 혼성화하고 상기 표지 물질로부터 발생하는 신호를 검출함으로써 혼성화 결과를 검출할 수 있다.The hybridization of nucleic acids on a microarray and the detection of hybridization results are well known in the art. The detection may be performed, for example, by labeling the nucleic acid sample with a labeling substance capable of generating a detectable signal including a fluorescent substance, such as Cy3 and Cy5, and then hybridizing on the microarray, The hybridization result can be detected.
또 하나의 양태로서, 본 발명은 검체로부터 추출한 핵산으로부터, 서열번호 1로 이루어지는 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기(C3 유전자의 인트론부위를 기준으로 +7번째 염기)의 SNP를 확인하는 단계를 포함하는, 폐암 환자의 생존 예후 예측을 위한 정보를 제공하는 방법에 관한 것이다.In another embodiment, the present invention provides a method for identifying a SNP of a 501th base (+7 base relative to an intron region of a C3 gene) in a polynucleotide of SEQ ID NO: 1 from a nucleic acid extracted from a sample. And to a method for providing information for predicting the survival prognosis of lung cancer patients.
자세하게는, a) 검체로부터 핵산 시료를 수득하는 단계; b) 서열번호 1로 이루어지는 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기(C3 유전자의 인트론부위를 기준으로 +7번째 염기)의 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 증폭하거나 프로브(probe)와 혼성화하는 단계; 및 c) 상기 (b) 상기 증폭된 또는 혼성화된 다형성 부위의 염기를 확인하는 단계로 이루어질 수 있다.Specifically, the method comprises the steps of: a) obtaining a nucleic acid sample from a specimen; b) amplifying or hybridizing a polynucleotide comprising a SNP of the 501st base (+7 base relative to the intron region of the C3 gene) in the polynucleotide of SEQ ID NO: 1 or a probe; And c) identifying (b) the base of the amplified or hybridized polymorphic site.
본 발명의 일 구체예에서, 상기 폐암 환자의 핵산으로부터 서열번호 1로 이루어지는 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기(C3 유전자의 인트론부위를 기준으로 +7번째 염기)의 SNP의 유전자형이 GG인 경우 생존 예후가 나쁘다고 예측될 수 있다.In one embodiment of the present invention, when the genotype of the SNP of the 501st base (+7 base relative to the intron region of the C3 gene) in the polynucleotide of SEQ ID NO: 1 from the nucleic acid of the lung cancer patient is GG, the survival prognosis Can be predicted to be bad.
바람직하게, 상기 폐암은 편평상피암, 소세포암, 선암, 대세포암 또는 비소세포암일 수 있다.Preferably, the lung cancer may be squamous cell carcinoma, small cell carcinoma, adenocarcinoma, large cell carcinoma or non-small cell carcinoma.
또한, 상기에서 환자는 폐암, 즉 편평상피암, 소세포암, 선암, 대세포암 또는 비세포암이 발병한 환자를 의미한다. 바람직하게, 상기 환자는 폐암, 즉 편평상피암, 소세포암, 선암, 대세포암 또는 비세포암을 수술로 절제한 환자를 포함한다.In the above, the patient refers to a patient suffering from lung cancer, i.e., squamous cell carcinoma, small cell carcinoma, adenocarcinoma, large cell carcinoma or non-cell carcinoma. Preferably, the subject includes patients who have undergone surgical resection of lung cancer, i.e. squamous cell, small cell, adenocarcinoma, large cell carcinoma or non-cell carcinoma.
폐암 환자의 핵산은 이들 폐암 환자로부터 획득한 조직, 세포, 전혈, 혈청, 혈장, 타액, 객담, 뇌척수액 또는 뇨 등의 시료로부터 수득할 수 있으며, 그 핵산 시료는 DNA, mRNA, 또는 mRNA로부터 합성되는 cDNA를 포함한다. 상기 폐암 환자의 핵산은 페놀/클로로포름 추출법 및 프로테아제 K 처리방법과 같은 통상의 방법과 분리방법에 의하여 수행될 수 있으며, 또한 표적 핵산을 PCR을 통하여 증폭하고 이를 정제하여 얻을 수 있다.The nucleic acid of a lung cancer patient can be obtained from a sample such as tissue, cell, whole blood, serum, plasma, saliva, sputum, cerebrospinal fluid or urine obtained from these lung cancer patients, and the nucleic acid sample is synthesized from DNA, mRNA or mRNA lt; / RTI > The nucleic acid of the lung cancer patient can be carried out by conventional methods such as phenol / chloroform extraction method and protease K treatment method, and the target nucleic acid can be obtained by amplifying and purifying the target nucleic acid by PCR.
본 발명의 SNP 유전자형의 확인은 시퀀싱 분석, 자동염기서열분석기를 사용한 시퀀싱 분석, 파이로시퀀싱(pyrosequencing), 마이크로어레이에 의한 혼성화, PCR-RELP법 (restriction fragment length polymorphism), PCR-SSCP법 (single strand conformation polymorphism), PCR-SSO법 (specific sequence oligonucleotide), PCR-SSO법과 도트 하이브리드화법을 조합한 ASO (allele specific oligonucleotide) 하이브리드화법, TaqMan- PCR법, MALDI-TOF/MS법, RCA법 (rolling circle amplification), HRM (high resolution melting)법, 프라이머 신장법, 서던 블롯 하이브리드화법, 도트 하이브리드화법 등의 공지의 방법에 의하여 수행될 수 있다.The identification of the SNP genotype of the present invention can be confirmed by sequencing analysis, sequencing analysis using an automatic sequencer, pyrosequencing, hybridization with a microarray, PCR-RELP (restriction fragment length polymorphism), PCR-SSCP strand conformation polymorphism (PCR), SSO (specific sequence oligonucleotide), ASO (allele specific oligonucleotide) hybridization using PCR-SSO and dot hybridization, TaqMan PCR, MALDI-TOF / MS, circle amplification, high resolution melting (HRM), primer extension, Southern blot hybridization, dot hybridization, and the like.
나아가, 상기 SNP 다형성의 결과들은 당업계에서 일반적으로 사용되는 통계학적 분석 방법을 이용하여 통계처리 할 수 있으며, 예를 들면, 스튜던트 t-검정(Student's t-test), 카이-스퀘어 테스트 (Chi-square test), 선형 회귀선분석(linear regression line analysis), 다변량 로지스틱 회귀분석 (multiple logistic regression analysis) 등을 통해 얻은 연속 변수 (continuous variables), 절대 변수 (categorical variables), 대응비 (odds ratio) 및 95% 신뢰구간 (confidence interval) 등의 변수를 이용하여 분석할 수 있다.
Further, the results of the SNP polymorphism can be statistically processed using statistical analysis methods commonly used in the art, such as Student's t-test, Chi- continuous variables, categorical variables, odds ratios, and 95% confidence intervals, obtained through linear regression analysis, linear regression line analysis, and multiple logistic regression analysis, % Confidence interval, and so on.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 보다 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
Hereinafter, the present invention will be described in more detail with reference to Examples. These examples are for further illustrating the present invention, and the scope of the present invention is not limited to these examples.
<< 실시예Example 1> 1>
연구 대상의 선정Selection of research subjects
본 실험에서는 암과 관련된 유전자의 다형성과 비소세포암 수술 후 예후와의 관계를 다기관 임상코호트를 통해 평가하였다. 경북대학교 병원에서 334례, 서울대 병원 307 례, 그리고 서울대분당병원에서 173 례를 합하여 전체 814명의 환자를 대상으로 하였다. 상기 환자들은 모두 한국인으로, 수술 전에 화학요법 또는 방사선요법을 받은 환자는 제외하였다. 폐암 환자의 조직학적 유형은 세계보건기구 분류에 따라 분류하였으며, 환자들은 369명(45.3%)의 편평상피암(squamous cell carcinomas, SQs) 환자, 414명(50.9%)의 선암(adenocarcinomas, ACs) 환자 및 31명(3.8%)의 대세포암(large cell carcinomas)으로 구성되었다. 종양의 병리학적 병기는 폐암 병기에 대한 국제 시스템(International System for Staging Lung Cancer)에 따라 결정하였으며, 환자들은 489명(60.1%)의 병기 제I기, 325명(39.9%)의 병기 제II기 및 제IIIA기(마이크로-침윤 N2)로 구성되었다. 수술 전 모든 환자들로부터 서면 동의서를 받았으며, 경북대학교 병원 및 서울대학교 병원의 임상시험심사위원회의 승인을 받았다.
In this study, the relationship between the polymorphisms of cancer-related genes and the prognosis after surgery for non-small cell carcinoma was evaluated through a multicenter clinical cohort. 334 patients at Kyungpook National University Hospital, 307 patients at Seoul National University Hospital, and 173 patients at Bundang Hospital, Seoul National University were enrolled. All of the patients were Korean, and patients who had received chemotherapy or radiotherapy before surgery were excluded. The histologic types of lung cancer patients were classified according to the World Health Organization classification. Patients were divided into 369 (45.3%) squamous cell carcinomas (SQs), 414 (50.9%) adenocarcinomas And 31 (3.8%) large cell carcinomas. The pathologic stage of the tumor was determined according to the International System for Staging Lung Cancer. The patients were 489 (60.1%) stage I stage, 325 (39.9%) stage II And IIIA group (micro-infiltrated N2). All patients received written informed consent and were approved by Kyungpook National University Hospital and Seoul National University Hospital.
<< 실시예Example 2> 2>
연구 대상의 선정 다형성 선택과 유전형Selection of study subjects Polymorphism selection and genotype
암과 관련된 경로에 관여하는 유전자들을 SABiobioscience(http:// sabiobiosciences.com) 및 DAVID Bioinformatics Resources 6.7 (http://david.abcc.ncifcrf.gov)을 통해 1,794 후보유전자들을 선정하였다. 선정한 후보 유전자들은 세포사멸 96개, 신생혈관생성 86개, 발암물질대사 38개, 유전체 안정성에 관여하는 유전자 34개, DNA손상신호와 회복에 관여하는 유전자 74개, 세포주기 관련유전자 65개, 성장인자 신호경로에 관여하는 유전자 69개 그리고 종양전이에 관여하는 유전자 42개 등을 포함하고 있는 것으로 조사되었다.
Genes involved in cancer-related pathways were selected through SABiobioscience (http://sabiobiosciences.com) and DAVID Bioinformatics Resources 6.7 (http://david.abcc.ncifcrf.gov). The candidate genes selected were: 96 apoptosis, 86 angiogenesis, 38 carcinogen metabolism, 34 genes involved in genetic stability, 74 genes involved in DNA damage signaling and recovery, 65 genes related to cell cycle, 69 genes involved in the signaling pathway, and 42 genes involved in tumor metastasis.
and repairDNA damage signaling
and repair
이렇게 선정한 유전자에서 데이터베이스(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ SNP) 를 이용하여 유전자기능에 영향을 줄 것으로 생각되는 프로모터 부위(~1.0kb), 엑손을 포함하여 엑손 주위 20 bp 내외 부위 그리고 5’비 번역부위 및 3’비 번역부위에 존재하는 잠재적 기능성을 가지는 다형성들을 선정하였다. 그리고 엑손부위에 존재하는 다형성들 가운데 아미노산 변화가 있는 다형성만 선정하였다.Using the database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ SNP), the promoter region (~ 1.0 kb) that is thought to affect gene function, 20 bp Polymorphisms with internal and external sites and potential functionalities at the 5 'untranslated region and the 3' untranslated region were selected. Among the polymorphisms in the exon region, only polymorphisms with amino acid changes were selected.
위의 기준으로 선정한 다형성들을 HapMap의 일본인 유전자형 데이터(JPT)에서 소수 대립유전자의 빈도(MAF)가 5% 이상인 다형성만 선별하여 전체 4,226개의 다형성을 선정하였다. 이들 가운데 플랫폼에 제작된 1,980개의 다형성들을 유전자칩(GeneChip)을 이용하여 다형성을 분석하였으며, 그 결과 6개의 다형성을 발굴하였다.A total of 4,226 polymorphisms were selected by selecting only the polymorphisms selected from the above criteria in the HapMap Japanese genotypic data (JPT) with a frequency of minority allele (MAF) of 5% or more. Of these, 1,980 polymorphisms on the platform were analyzed using a gene chip (GeneChip), and six polymorphisms were found.
본 발명자들은 이후, 유전자칩(genechip)을 이용하여 발굴한 6개의 다형성과 폐암 위험도와 연관 있는 11개의 다형성을 폐암 수술 후 환자 814명을 대상으로 로지스틱회귀분석을 통해 예후와의 연관성을 조사하였다. 총 17개의 다형성에서 전체생존(Overall Survival, OS) 및 무병생존(Disease-free Survival, DFS)에 대한 통계적으로 유의하게 의미 있는 8개의 다형성을 로그-순위 검정법을(log-rank test)통해 선택(발굴)하였으며, 이를 하기 표 2에 나타내었다.
The present inventors then investigated the relationship between the 6 polymorphisms discovered using a gene chip and 11 polymorphisms associated with the risk of lung cancer in 814 patients after lung cancer surgery through logistic regression analysis. A statistically significant 8 polymorphisms of Overall Survival (OS) and Disease-free Survival (DFS) in 17 polymorphisms were selected by log-rank test And the results are shown in Table 2 below.
<< 실시예Example 3> 3>
통계학적 분석Statistical analysis
유전자형 및 병기 전체에 걸쳐 카테고리별 변수에 대한 χ2 테스트를 사용하여 인구통계학 및 임상학적 정보를 비교하였다. 적합도 검정(goodness-of-fit) χ2 테스트를 사용하여 1 자유도(one degree of freedom)로 하디-웨인버그 평형(Hardy-Weinberg equilibrium)을 테스트하였다. 전체생존(Overall Survival, OS)을 수술한 날부터 어떤 원인으로 죽는 날까지 또는 마지막 추적 조사 날까지로 추정하였다. 무병생존(Disease-free Survival, DFS)을 수술한 날부터 어떤 원인으로 재발 또는 사망하는 날까지로 계산하였다. 생존 분석은 카프란-마이어(Kaplan-Meier) 방법을 사용하여 계산하였다. 전체 다른 유전자형에서 전체생존 또는 무병생존의 차이를 로그-순위 검정법(log-rank test)을 사용하여 비교하였다. 위험비(Hazard ratio, HR) 및 95% 신뢰구간(confidence intervals, CIs)을 다변량 콕스의 비례위험모형(multivariate Cox proportional hazards models)을 사용하여 계산하였고, 이를 연령(≤64세 대 >64세), 성별(남자 대 여자), 흡연 상태(비흡연자 대 흡연경험자), 및 병리학적 병기(제I기 대 제II IIIA기)로 보정하였다. 모든 분석은 윈도우 프로그램을 위한 통계 분석 시스템 9.2 버전(Statistical Analysis System for Windows, version 9.2)[SAS Institute, 미국])을 사용하여 수행하였다.
Demographic and clinical information was compared using genotype and χ2 tests for categorical variables throughout the staging. We tested the Hardy-Weinberg equilibrium with one degree of freedom using a goodness-of-fit χ2 test. Overall survival (OS) was estimated from the day of surgery to the day of death for any cause or until the last follow-up date. Disease-free survival (DFS) was calculated from the day of surgery to the day of recurrence or death for any cause. Survival analysis was calculated using the Kaplan-Meier method. Differences in overall survival or disease free survival in all other genotypes were compared using a log-rank test. Hazard ratios (HR) and 95% confidence intervals (CIs) were calculated using multivariate Cox proportional hazards models. Age (≤64 years vs.> 64 years) , Sex (male versus female), smoking status (nonsmokers versus smokers), and pathologic stage (stage I vs. IIIA). All analyzes were performed using the Statistical Analysis System for Windows (version 9.2) [SAS Institute, USA] for the Windows program.
<< 실시예Example 4> 4>
환자의 특성 및 임상 예견Patient Characteristics and Clinical Prediction
환자들의 임상학적 특징 및 병리학적 특징, 및 그들의 전체 생존(OS) 및 무병생존(DFS)과의 연관을 조사하였다.The clinical characteristics and pathologic characteristics of the patients and their association with overall survival (OS) and disease free survival (DFS) were examined.
그 결과 하기 표 3에서 나타낸 바와 같이, 단일변량 분석에 의해 병리학적 병기가 두 코호트에서 전체생존(OS) 및 무병생존(DFS)과 유의적으로 연관되어 있다는 것을 알 수 있었고, (각각 log-rank P [PL-R] for OS = 1×10-3 and 4×10-5; and PL-R for DFS = 2×10-6 and 1×10-9) 나이는 validation cohort에서 전체생존(OS) 및 무병생존(DFS)과 유의적으로 연관되어 있다는 것을 알 수 있었다(PL-R for OS = 3ⅹ10-3 and PL-R for DFS = 0.03). 그리고 성별과 흡연상태는 validation cohort에서 전체생존(OS)과 유의적으로 연관되어 있다는 것을 알 수 있었다(PL-R for OS = 0.02 and 0.01).
As a result, univariate analysis showed that the pathological stage was significantly associated with overall survival (OS) and disease free survival (DFS) in the two cohorts, as shown in Table 3 below (log-rank P (PL-R) for OS = 1 × 10 -3 and 4 × 10 -5 and PL-R for DFS = 2 × 10 -6 and 1 × 10 -9 ) And DFS (PL-R for OS = 3 × 10 -3 and PL-R for DFS = 0.03). (PL-R for OS = 0.02 and 0.01), and sex and smoking status were significantly associated with overall survival (OS) in the validation cohort.
(No.)Patient group
(No.)
(%)* Number of deaths
(%) *
(%)(%)
≠≠
(%)(%)
**
(%)(%)
≠≠
약어: OSR, overall survival rate; DFSR, disease-free survival rateAbbreviation: OSR, overall survival rate; DFSR, disease-free survival rate
* Row percentage. * Row percentage.
≠ Five-year OSR and five-year DFSR, proportion of survival derived from Kaplan-Meier analysis. ≠ Five-year OSR and five- year DFSR, proportion of survival derived from Kaplan-Meier analysis.
＃ In ever-smokers.
# In ever-smokers.
<< 실시예Example 5> 5>
C3C3 ( ( complementcomplement componentcomponent 3) 유전자 3) Genes rs2287845rs2287845 다형성에 따른 전체생존 및 무병생존에 대한 연관성 분석 Relationships between overall survival and disease-free survival according to polymorphism
본 발명의 상기 C3 유전자는 보체 요소3 단백질을 코드화하여, 보체복합체 구성요소로써 면역반응에 중요한 역할을 담당한다. 이는 종양세포에서도 시스템이 이루어지는데, 보체를 통해 종양에 대한 면역감시의 기능이 작동하여 종양형성을 촉진시킴으로 발암 역할로써 폐암의 진행 및 발달시키게 된다고 알려져 있다. 따라서 본 실험에서는 발암 위험성과 관련이 있다고 보고된 상기 C3 rs2287845T>C 다형성에 따른 전체생존 및 무병생존에 대한 연관성을 자세히 살펴보았다.The C3 gene of the present invention encodes a complement element 3 protein and plays an important role in the immune response as a complement complex component. It is also known that the system is performed in the tumor cells, and the immune surveillance function of the tumor is activated through the complement, thereby promoting tumor formation. Therefore, this study closely examined the association of C3 rs2287845T> C polymorphism with overall survival and disease-free survival, which were reported to be associated with carcinogenic risk.
조사된 다형성에 관한 기술적 정보를 하기 표 4에 나타내었으며, 다형성의 유전자형에 따라 전체생존 및 무병생존에 대한 연관성을 분석한 결과 하기 표 5 및 도 1에서 나타낸 바와 같이, C3 rs2287845T>C 다형성의 경우 CC유전자형을 가진 환자군이 TT유전자형을 갖는 환자군에 비해서 생존율이 낮은 것을 확인할 수 있었다(전체생존 위험비=3.29, 95% 신뢰구간=1.62-6.70, P = 0.001 및 무병생존 위험비=2.73, 95% 신뢰구간=1.53-4.88, P = 0.001).
The technical information on the polymorphism is shown in Table 4 below. According to the genotype of the polymorphism, the relationship between the overall survival and the disease-free survival was analyzed. As shown in Table 5 and FIG. 1, C3 rs2287845T> C polymorphism The overall survival rate was 3.29, 95% confidence interval was 1.62-6.70, P = 0.001, and disease free survival rate was 2.73% and 95%, respectively, in patients with CC genotype compared to patients with TT genotype Confidence interval = 1.53-4.88, P = 0.001).
약어: MAF, minor allele frequency; HWE P, P for Hardy-Weinberg equilibrium test
Abbreviation: MAF, minor allele frequency; HWE P, P for Hardy-Weinberg equilibrium test
/ID Noa Polymorphism
/ ID No a
a NCBI database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP)로부터 다형성 및 ID에 대한 정보를 얻음Obtain information about polymorphism and identity from a NCBI database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP)
참조 서열에서 전사개시부위는 +1로서 계산됨The transcription initiation site in the reference sequence is calculated as +1.
b 위험비(HRs), 95% 신뢰구간(CIs) 및 상응하는 P-값을 다변량 콕스의 비례위험 모델로 계산하였으며, 연령, 성별, 흡연상태 및 병리학적 병기로 보정됨
b Risk proportions (HRs), 95% confidence intervals (CIs), and corresponding P-values were calculated as proportional risk models for multivariate Cox and were corrected for age, sex, smoking status, and pathologic stage
<< 실시예Example 6> 6>
C3C3 유전자 gene rs2287845rs2287845 다형성을 이용한 폐암 예후 위험지수 설정 Establishment of prognostic risk index for lung cancer using polymorphism
본 발명자들은 상기와 같은 실험결과들을 토대로, C3 rs2287845T>C 다형성을 이용하여 폐암 예후 위험도 지수를 설정하였다.Based on the results of the above experiments, the present inventors set the risk index of lung cancer prognosis using C3 rs2287845T> C polymorphism.
C3 rs2287845T>C 다형성은 공동우성 모델을 이용하여 좋은 예후에 관계하는 rs2287845 TT형은 1점의 위험지수를 주었으며, rrs2287845 TC형은 2점의 위험지수를 설정했고, 폐암환자의 낮은 생존율과 유의한 연관이 있는 rs2287845 CC형은 3점의 위험지수를 설정하였다.
C3 rs2287845T> C polymorphism was associated with good prognosis, rs2287845 TT type had a risk index of 1, rrs2287845 TC type had a 2 point risk index, and low survival rate Associated rs2287845 Type CC has a risk index of 3 points.
이제까지 본 발명에 대하여 그 바람직한 실시예들을 중심으로 살펴보았다. 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자는 본 발명이 본 발명의 본질적인 특성에서 벗어나지 않는 범위에서 변형된 형태로 구현될 수 있음을 이해할 수 있을 것이다. 그러므로 개시된 실시예들은 한정적인 관점이 아니라 설명적인 관점에서 고려되어야 한다. 본 발명의 범위는 전술한 설명이 아니라 특허청구범위에 나타나 있으며, 그와 동등한 범위 내에 있는 모든 차이점은 본 발명에 포함된 것으로 해석되어야 할 것이다.The present invention has been described with reference to the preferred embodiments. It will be understood by those skilled in the art that various changes in form and details may be made therein without departing from the spirit and scope of the invention as defined by the appended claims. Therefore, the disclosed embodiments should be considered in an illustrative rather than a restrictive sense. The scope of the present invention is defined by the appended claims rather than by the foregoing description, and all differences within the scope of equivalents thereof should be construed as being included in the present invention.
C3: complement component 3
IVS: intervening sequenceC3: complement component 3
IVS: intervening sequence
<110> Kyungpook National University Industry-Academic Cooperation Foundation <120> C3 gene polymorphisms marker for predicting survival in patients with lung cancer and method for predicting survival using the same <130> PN1308-260 <160> 1 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 1001 <212> DNA <213> C3 SNP containing polynucleotide <400> 1 tttgaaattt tttatttatt tatttatttg tttgtttatt tttttgagac agagtctcac 60 tctgttcccc aggctggagt gcagtggcgc gatctcagct cactgcaata tccgcctccc 120 gggttcacgc catcctcctg cctcagcctc ccgagtagct gggactacag gcgccagcca 180 ccacgcccgg ctaatttttt tgtattttta gtagagacag ggtttcactg tgttagccag 240 gatggtctcg atcttctgac ctcgtgatcc acccacctcg gcctcccaaa gtgctaggat 300 cacaggcacg agccaccgcg cccggcaatg ctagggtgat cctaaggaca gtgccctgct 360 gaccatctgt gtgtctgtct gttcttttat tcatccaacg actcccccca cctctaacac 420 tgcgtagccg gaaggaatca gaatgaacaa aactgtggct gttcgcaccc tggatccaga 480 acgcctgggc cgtggtgagt cggctgcagg gggaggggct gaggggctgg cagggtaagg 540 ggggtaaatg acctgggttt agtgaggtag gatagggcgg gagggagcta gagccatcgg 600 tatctctcac tcaccctgca gaaggagtgc agaaagagga catcccacct gcagacctca 660 gtgaccaagt cccggacacc gagtctgaga ccagaattct cctgcaaggt gagacaccct 720 tgaccccgac cccatgggtc ccaggagggc atggatggag ccaaattcca tctcattctg 780 gaggtgttta acccgcacct ttctcttccc cttcagctag aacagcccat ctgtgatctg 840 ttttccctct tttacatttt tttttttttt tttttttgag acagagtctg gctctgtcac 900 ccaggctgga gtgcagtggc gcgacctcag ctcgctgcaa gctccgcctc ccgggttcac 960 gccattctcc tgcctcagcc tcccgagtag ctgggactac a 1001 <110> Kyungpook National University Industry-Academic Cooperation Foundation <120> C3 gene polymorphisms marker for predicting survival in patients with lung cancer and method for predicting survival using the same <130> PN1308-260 <160> 1 <170> Kopatentin 2.0 <210> 1 <211> 1001 <212> DNA <213> C3 SNP containing polynucleotide <400> 1 tttgaaattt tttatttatt tatttatttg tttgtttatt tttttgagac agagtctcac 60 tctgttcccc aggctggagt gcagtggcgc gatctcagct cactgcaata tccgcctccc 120 gggttcacgc catcctcctg cctcagcctc ccgagtagct gggactacag gcgccagcca 180 ccacgcccgg ctaatttttt tgtattttta gtagagacag ggtttcactg tgttagccag 240 gatggtctcg atcttctgac ctcgtgatcc acccacctcg gcctcccaaa gtgctaggat 300 cacaggcacg agccaccgcg cccggcaatg ctagggtgat cctaaggaca gtgccctgct 360 gaccatctgt gtgtctgtct gttcttttat tcatccaacg actcccccca cctctaacac 420 tgcgtagccg gaaggaatca gaatgaacaa aactgtggct gttcgcaccc tggatccaga 480 acgcctgggc cgtggtgagt cggctgcagg gggaggggct gaggggctgg cagggtaagg 540 ggggtaaatg acctgggttt agtgaggtag gatagggcgg gagggagcta gagccatcgg 600 tatctctcac tcaccctgca gaaggagtgc agaaagagga catcccacct gcagacctca 660 gtgaccaagt cccggacacc gagtctgaga ccagaattct cctgcaaggt gagacaccct 720 tgaccccgac cccatgggtc ccaggagggc atggatggag ccaaattcca tctcattctg 780 gaggtgttta acccgcacct ttctcttccc cttcagctag aacagcccat ctgtgatctg 840 ttttccctct tttacatttt tttttttttt tttttttgag acagagtctg gctctgtcac 900 ccaggctgga gtgcagtggc gcgacctcag ctcgctgcaa gctccgcctc ccgggttcac 960 gccattctcc tgcctcagcc tcccgagtag ctgggactac a 1001
Claims (10)
상기 비소세포폐암은 편평상피암, 선암 또는 대세포암인 것을 특징으로 하는 외과적 절제 수술을 받은 비소세포폐암 환자의 생존 예후 예측용 마커.The method according to claim 1,
Wherein said non-small cell lung cancer is squamous cell carcinoma, adenocarcinoma or large cell carcinoma.
상기 SNP를 검출할 수 있는 제제는, 서열번호 1로 이루어지는 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기(C3 유전자의 인트론부위를 기준으로 +7번째 염기)의 SNP를 포함하는 10~100개의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 증폭시킬 수 있는 프라이머인 것을 특징으로 하는 외과적 절제 수술을 받은 비소세포폐암 환자의 생존 예후 예측용 조성물.The method of claim 3,
The agent capable of detecting the SNP comprises a polynucleotide consisting of 10 to 100 consecutive bases including the SNP of the 501st base (+7 base relative to the intron region of the C3 gene) in the polynucleotide of SEQ ID NO: 1 Wherein the primer is a primer capable of amplifying the nucleotide or its complementary polynucleotide.
상기 비소세포폐암은 편평상피암, 선암 또는 대세포암인 것을 특징으로 하는 외과적 절제 수술을 받은 비소세포폐암 환자의 생존 예후 예측용 조성물.The method of claim 3,
Wherein said non-small cell lung cancer is squamous cell carcinoma, adenocarcinoma or large cell carcinoma, wherein said composition is for predicting the survival prognosis of patients with non-small cell lung cancer.
상기 SNP의 유전자형이 CC인 경우 생존 예후가 낮은 군으로 판정하는 것을 특징으로 하는 외과적 절제 수술을 받은 비소세포폐암 환자의 생존 예후 예측을 위한 정보를 제공하는 방법.9. The method of claim 8,
Wherein the genotype of the SNP is CC, the survival prognosis of the SNP is low. The present invention also provides a method for predicting the survival prognosis of a patient with non-small cell lung cancer who has undergone surgical resection.
상기 비소세포폐암은 편평상피암, 선암 또는 대세포암인 것을 특징으로 하는 외과적 절제 수술을 받은 비소세포폐암 환자의 생존 예후 예측을 위한 정보를 제공하는 방법.9. The method of claim 8,
Wherein said non-small cell lung cancer is squamous cell carcinoma, adenocarcinoma or large cell carcinoma. The method for predicting the survival prognosis of patients with non-small cell lung cancer who underwent surgical resection surgery.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020130099333A KR101480243B1 (en) | 2013-08-21 | 2013-08-21 | C3 gene polymorphisms marker for predicting survival in patients with lung cancer and method for predicting survival using the same |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020130099333A KR101480243B1 (en) | 2013-08-21 | 2013-08-21 | C3 gene polymorphisms marker for predicting survival in patients with lung cancer and method for predicting survival using the same |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| KR101480243B1 true KR101480243B1 (en) | 2015-01-09 |
Family
ID=52588204
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| KR1020130099333A KR101480243B1 (en) | 2013-08-21 | 2013-08-21 | C3 gene polymorphisms marker for predicting survival in patients with lung cancer and method for predicting survival using the same |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| KR (1) | KR101480243B1 (en) |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2013038739A1 (en) * | 2011-09-15 | 2013-03-21 | 株式会社 島津製作所 | LUNG CANCER MARKER COMPLEMENT C3dg MOLECULE, AND METHOD FOR ANALYZING LUNG CANCER MARKER |
-
2013
- 2013-08-21 KR KR1020130099333A patent/KR101480243B1/en active IP Right Grant
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2013038739A1 (en) * | 2011-09-15 | 2013-03-21 | 株式会社 島津製作所 | LUNG CANCER MARKER COMPLEMENT C3dg MOLECULE, AND METHOD FOR ANALYZING LUNG CANCER MARKER |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| KR101774747B1 (en) | Diagnostic methods for prognosis of non-small-cell lung cancer using pcaf snp | |
| EP3954784A1 (en) | Composition for diagnosis or prognosis prediction of glioma, and method for providing information related thereto | |
| Dai et al. | The association between AXIN2 gene polymorphisms and the risk of breast cancer in chinese women | |
| KR102195591B1 (en) | Diagnostic methods for prognosis of non-small-cell lung cancer using glut3 snp | |
| KR101676089B1 (en) | Polymorphism biomarker for predicting prognosis in lung cancer patients and the method for predicting prognosis using the same | |
| KR20110096291A (en) | Snps as a prognostic marker for lung cancer and method for predicting the survivals and the risks of developing lung cancer using them | |
| KR102195593B1 (en) | Diagnostic methods for prognosis of small-cell lung cancer using ddc snp | |
| KR101793775B1 (en) | A marker for predicting the risks of developing lung cancer among never-smoker and a method for predicting the risks of developing lung cancer using the same | |
| KR101480243B1 (en) | C3 gene polymorphisms marker for predicting survival in patients with lung cancer and method for predicting survival using the same | |
| KR101895677B1 (en) | Diagnostic methods for prognosis of non-small-cell lung cancer using dtx1 snp | |
| KR101979990B1 (en) | Diagnostic methods for prognosis of non-small-cell lung cancer using eno1 snp | |
| KR101799152B1 (en) | Method for predicting survival of patients with non-small cell lung cancer using PD-L1 polymorphism | |
| KR101507656B1 (en) | GNB2L1 gene polymorphisms marker for predicting survival in patients with lung cancer and method for predicting survival using the same | |
| KR101414413B1 (en) | Marker for predicting survival in patients with early stage lung cancer and method for predicting survival using the same | |
| KR101860997B1 (en) | EGFR gene polymorphisms marker for predicting survival in patients with lung cancer and method for predicting survival using the same | |
| KR101348022B1 (en) | SNP as a prognostic marker for lung cancer and method for predicting the survivals using the same | |
| KR101795920B1 (en) | SLC5A10 gene polymorphisms marker for predicting survival in patients with lung cancer and method for predicting survival using the same | |
| KR101957028B1 (en) | DIAGNOSTIC METHODS FOR PROGNOSIS OF NON-SMALL-CELL LUNG CANCER USING BUB3, AURKB, PTTG1 AND RAD21 SNPs | |
| KR102573028B1 (en) | Diagnostic methods for prognosis of small-cell lung cancer using MPHOSPH9 SNP | |
| KR102573077B1 (en) | Diagnostic methods for prognosis of small-cell lung cancer using MFF SNP | |
| KR101766006B1 (en) | Diagnostic methods for prognosis of non-small-cell lung cancer using pcm1 snp | |
| KR101717177B1 (en) | Markers for predicting survival and the response to anti-cancer drug | |
| KR102134176B1 (en) | Diagnostic methods for prognosis of non-small-cell lung cancer using arid3a snp | |
| KR101957009B1 (en) | Diagnostic methods for prognosis of non-small-cell lung cancer using foxf2 and heyl snp | |
| KR101972355B1 (en) | Polymorphic Marker of obesity or obesity related diseases in Korean and Method of Predicting obesity or obesity related diseases Risk in Korean Using The Genotype Information |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| E701 | Decision to grant or registration of patent right | ||
| GRNT | Written decision to grant | ||
| FPAY | Annual fee payment |
Payment date: 20171110 Year of fee payment: 4 |
|
| FPAY | Annual fee payment |
Payment date: 20181126 Year of fee payment: 5 |
|
| FPAY | Annual fee payment |
Payment date: 20191204 Year of fee payment: 6 |