KR102573028B1

KR102573028B1 - Diagnostic methods for prognosis of small-cell lung cancer using MPHOSPH9 SNP

Info

Publication number: KR102573028B1
Application number: KR1020210026565A
Authority: KR
Inventors: 박재용; 홍미정; 이신엽; 최진은; 이장혁
Original assignee: 경북대학교 산학협력단
Priority date: 2021-02-26
Filing date: 2021-02-26
Publication date: 2023-08-31
Also published as: KR20220122220A

Abstract

본 발명은 본 발명은 MPHOSPH9 유전자의 프로모터 지역에 존재하는 rs1727331 단일염기다형성을 이용하여 소세포폐암의 생존 예후를 진단 또는 예측하는 방법 및 이의 용도에 관한 것으로, 본 발명에 따른 소세포폐암 생존 예후의 예측 기술은 소세포폐암이 발병한 환자에 대하여 쉽고 정확하게 환자의 예후를 예측할 수 있고, 적절한 치료법의 선택 및 평가를 위한 방법에도 적용될 수 있으며, 나아가 소세포폐암에 대한 새로운 표적 치료를 통해 소세포폐암 환자의 생존율을 높일 수 있다.The present invention relates to a method for diagnosing or predicting the survival prognosis of small cell lung cancer using the rs1727331 single nucleotide polymorphism present in the promoter region of the MPHOSPH9 gene and its use, the technology for predicting the survival prognosis of small cell lung cancer according to the present invention can easily and accurately predict the patient's prognosis for patients with small cell lung cancer, can be applied to methods for selecting and evaluating appropriate treatments, and further increases the survival rate of small cell lung cancer patients through new targeted treatments for small cell lung cancer. can

Description

MPHOSPH9의 단일염기다형성을 이용한 소세포폐암의 예후 진단방법 {Diagnostic methods for prognosis of small-cell lung cancer using MPHOSPH9 SNP}Method for diagnosing prognosis of small cell lung cancer using MPHOSPH9 single nucleotide polymorphism {Diagnostic methods for prognosis of small-cell lung cancer using MPHOSPH9 SNP}

본 발명은 MPHOSPH9의 단일염기다형성을 이용한 소세포폐암의 예후 진단방법에 관한 것으로, 구체적으로 본 발명은 MPHOSPH9 유전자의 비번역 지역에 존재하는 rs1727331 단일염기다형성을 이용하여 소세포폐암의 생존 예후를 진단 또는 예측하는 방법 및 이의 용도에 관한 것이다.The present invention relates to a method for diagnosing the prognosis of small cell lung cancer using a single nucleotide polymorphism of MPHOSPH9, and specifically, the present invention uses the rs1727331 single nucleotide polymorphism present in the untranslated region of the MPHOSPH9 gene to diagnose or predict survival prognosis of small cell lung cancer How to do it and its use.

전 세계적으로 폐암은 매년 1,600,000명에 이르는 새로운 환자가 발생하고, 이 중 1,400,000명이 사망한다. 이는 전체 암 발생의 13%를 차지하고, 암 관련 사망의 18%를 차지하는 수치이다. 2010년에는 폐암으로 인한 사망이 1,500,000건으로 증가하여, 전체 암 관련 사망의 19%를 차지했다. Worldwide, lung cancer causes up to 1,600,000 new cases each year, of which 1,400,000 die. This accounts for 13% of all cancer incidence and 18% of cancer-related deaths. In 2010, deaths from lung cancer rose to 1,500,000, accounting for 19% of all cancer-related deaths.

폐암은 비소세포폐암 (NSCLC)과 소세포폐암 (SCLC)의 두 가지 유형으로 나뉜다. 초기 단계에서 수술이 최선의 치료 옵션인 비소세포폐암은 모든 폐암의 약 85 %를 차지한다. 소세포폐암은 모든 폐암의 약 15 %를 차지하는 매우 공격적인 암종이다. 소세포폐암은 비소세포성 폐암에 비해 암세포의 크기가 작으며 신경내분비 암세포로 이루어져 있다. 특히 암세포의 성장이 아주 빠르며 초기 단계에서도 전이가 쉽게 일어나는 암으로 예후가 안 좋은 암종으로 알려져 있으며 5년 생존율도 5% 에서 10% 사이로 굉장히 낮다. 지난 수 십년 동안 생명과학의 눈부신 발전을 통해 대부분의 암들의 5년 생존율은 30-40년 전에 비해 많이 증가한 반면에 소세포폐암 생존율은 거의 제자리에 머물러 있다. 이는 비소세포폐암과 달리 소세포폐암의 효과적인 치료 방법을 아직까지 개발하지 못했기 때문이다.Lung cancer is divided into two types: non-small cell lung cancer (NSCLC) and small cell lung cancer (SCLC). Non-small cell lung cancer, for which surgery is the best treatment option in its early stages, accounts for about 85% of all lung cancer cases. Small cell lung cancer is a highly aggressive carcinoma, accounting for approximately 15% of all lung cancers. Small cell lung cancer is smaller than non-small cell lung cancer and consists of neuroendocrine cancer cells. In particular, it is known as a carcinoma with a poor prognosis, as cancer cells grow very quickly and metastasis occurs easily even in the early stages, and the 5-year survival rate is very low, between 5% and 10%. While the 5-year survival rate of most cancers has increased significantly compared to 30 to 40 years ago, the survival rate of small cell lung cancer has remained almost the same. This is because, unlike non-small cell lung cancer, an effective treatment method for small cell lung cancer has not yet been developed.

또한, 암은 흔히 국소적으로 재발하거나 본래의 암 조직으로부터 원거리의 조직 및 기관으로 전이하는 특성을 가지며, 병기에 따라 치료방법을 적절하게 선택하여야 효과적인 치료가 가능한 질병이기 때문에, 치료방법에 대한 예후를 예측하는 것이 매우 중요하다. In addition, cancer often has a characteristic of recurring locally or metastasizing from the original cancer tissue to distant tissues and organs, and since it is a disease in which effective treatment is possible only when the treatment method is appropriately selected according to the stage, the prognosis for the treatment method is It is very important to predict

폐암의 이상적인 치료법은 조기 발견하여 수술로 완전히 암을 제거하는 것이지만, 폐암의 진단 시 환자의 반수 이상이 수술을 할 수 없을 정도로 진행된 상태이므로 조기치료는 현실적으로 어렵다. 또한, 폐암 발병 후의 경우, 특히 소세포암은 발견 시 외과적 수술을 통해 치료할 수 있는 가능성이 극히 적다. 현재 임상적 진단 방법으로는 재발할 가능성이 높은 환자에 대해 보다 공격적인 치료요법을 지시하기에 충분한 정확도로 조기 소세포폐암의 예후를 확인할 수 없다.The ideal treatment for lung cancer is to detect it early and completely remove the cancer through surgery. In addition, in the case of lung cancer after onset, in particular, small cell carcinoma is extremely unlikely to be able to be treated through surgery upon detection. Current clinical diagnostic methods cannot determine the prognosis of early small cell lung cancer with sufficient accuracy to direct more aggressive therapy in patients who are at high risk of recurrence.

현재 가장 많이 사용되고 있는 소세포폐암의 치료방법은 항암화학요법으로 시스플라틴과 에토포사이드 등의 복합항암제 투여이다. 이들은 DNA에 작용하여 암세포의 성장, 증식을 멈추게 하여 암세포의 사멸을 유도한다. 이 복합항암제의 초기 반응율은 약 45-80%로 많은 소세포폐암 환자에게 효과적으로 반응한다. 하지만 암세포 특이적으로 작용하는 것이 아니라 정상세포에게도 반응하기 때문에 환자에게 많은 부작용을 보여주고 있다. 또한 더 큰 문제는 대부분의 환자들이 몇 달 이내에 이들 항암화학제에 내성이 생기게 된다는 점이다. 그래서 소세포폐암 환자들의 5년 생존율은 큰 차이를 보이고 있지 않다 . 이렇게 암세포가 항암화학제에 내성을 갖는 기작에 대한 많은 연구가 이루어 지고 있으며 약물의 세포내 흡수를 도와주는 transpoters 의 변이, topoisomerase 의 비정상적 발현, 세포간 결합력 증가, 암줄기 세포 증가, 암세포의 다양성 등이 그 원인으로 제시되고 있다. 하지만 소세포폐암에서 항암화학제의 내성 기작에 대한 연구는 특히 더디게 진행되고 있는데 가장 큰 원인 중에 하나는 항암화학제 투여 전후 환자 조직을 얻기가 아주 어렵다는 점이다. 다른 암종의 경우 외과적 치료가 효과적으로 작용하기 때문에 암조직을 환자에게서 떼어내는 일이 흔하지만 소세포폐암의 경우 외과적으로 폐암을 떼어내는 경우 환자의 생존율에 전혀 영향을 주지 않기때문에 외과적 수술이 극히 제한적으로 이루어지고 있다. 이러한 점은 연구자들에게 소세포폐암의 내성 및 성장, 전이 등에 대한 연구를 진행하는데 있어서 커다란 제약이 되고 있다. 따라서 소세포폐암에 대한 성장, 전이 및 내성에 대한 연구 그리고 약물 치료 반응, 치료제 스크리닝 등에 소세포폐암 생쥐 모델을 활용하고 있다.Currently, the most commonly used treatment method for small cell lung cancer is chemotherapy, which is the administration of complex anticancer drugs such as cisplatin and etoposide. They act on DNA to stop the growth and proliferation of cancer cells and induce death of cancer cells. The initial response rate of this combined anti-cancer drug is about 45-80%, which effectively responds to many small cell lung cancer patients. However, since it does not act specifically on cancer cells, but also reacts to normal cells, it shows many side effects to patients. Also, a bigger problem is that most patients develop resistance to these chemotherapy drugs within a few months. Therefore, the 5-year survival rate of patients with small cell lung cancer does not show a significant difference. Many studies have been conducted on the mechanisms by which cancer cells are resistant to anticancer drugs, such as mutations in transpoters that help drug uptake into cells, abnormal expression of topoisomerase, increase in intercellular binding force, increase in cancer stem cells, diversity of cancer cells, etc. This is suggested as the cause. However, research on anticancer drug resistance mechanisms in small cell lung cancer is progressing particularly slowly. One of the biggest reasons is that it is very difficult to obtain patient tissues before and after administration of anticancer drugs. In the case of other carcinomas, surgical treatment is effective, so it is common to remove cancer tissue from the patient. is being done on a limited basis. This has become a major limitation for researchers in conducting research on the resistance, growth, and metastasis of small cell lung cancer. Therefore, small cell lung cancer mouse models are being used for research on growth, metastasis, and resistance to small cell lung cancer, response to drug treatment, and screening for therapeutic agents.

소세포폐암에 대한 많은 수의 임상 실험들이 다른 암종과 유사하게 진행되어 왔으나 대부분의 임상 실험이 부정적인 결과를 보여주었다. 따라서 위에 나열한 최근 연구중인 표적 치료제들의 임상실험이 조속히 진행될 것이라 예상하며 더 나아가 소세포폐암 환자들에게 효과적으로 투여할 수 있는 새로운 복합항암제의 스크리닝 및 연구개발이 필요하며 환자 맞춤형 치료제의 개발을 위해 새로운 바이오 마커의 개발이 필요한 상황이다.A number of clinical trials for small cell lung cancer have been conducted similarly to other carcinomas, but most clinical trials have shown negative results. Therefore, it is expected that clinical trials of the targeted therapies listed above will be conducted as soon as possible, and furthermore, screening and R&D of new combination anticancer drugs that can be effectively administered to small cell lung cancer patients are needed, and new biomarkers for the development of patient-specific treatments. is in need of development.

M-Phase Phosphoprotein 9 (MPHOSPH9)는 골지체의 말초 막 단백질로 최근 섬모 생성을 조절하는 역할을 한다고 연구된 바 있다. 본 발명자들은 MPHOSPH9 유전자에 존재하는 단일염기다형성과 SCLC 환자의 임상 결과가 밀접하게 연관되어 있다는 것을 확인하고 본 발명을 완성하였다.M-Phase Phosphoprotein 9 (MPHOSPH9) is a peripheral membrane protein of the Golgi apparatus and has recently been studied to play a role in regulating cilia production. The present inventors confirmed that the single nucleotide polymorphism present in the MPHOSPH9 gene is closely related to the clinical results of SCLC patients and completed the present invention.

본 발명의 목적은 MPHOSPH9 (M-Phase Phosphoprotein 9) 유전자의 rs1727331 다형성을 포함하는 소세포폐암 예후 진단 및 예측을 위한 마커용 조성물을 제공하는 데 있다.An object of the present invention is to provide a marker composition for diagnosing and predicting the prognosis of small cell lung cancer, including the rs1727331 polymorphism of MPHOSPH9 (M-Phase Phosphoprotein 9) gene.

또한, 본 발명의 다른 목적은 MPHOSPH9 (M-Phase Phosphoprotein 9) 유전자의 rs1727331 다형성을 검출할 수 있는 제제를 포함하는 소세포폐암 환자의 생존 예후 또는 항암화학요법에 대한 치료 반응 예측용 조성물을 제공하는 데 있다.In addition, another object of the present invention is to provide a composition for predicting the survival prognosis or treatment response to chemotherapy of small cell lung cancer patients, including an agent capable of detecting the rs1727331 polymorphism of the MPHOSPH9 (M-Phase Phosphoprotein 9) gene there is.

또한, 본 발명의 다른 목적은 상기 조성물을 포함하는 소세포폐암 환자의 생존 예후 또는 항암화학요법에 대한 치료 반응 예측용 키트를 제공하는 데 있다.Another object of the present invention is to provide a kit for predicting the survival prognosis or treatment response to chemotherapy of small cell lung cancer patients containing the composition.

또한, 본 발명의 다른 목적은 상기 조성물을 포함하는 소세포폐암 환자의 생존 예후 또는 항암화학요법에 대한 치료 반응 예측용 마이크로어레이를 제공하는 데 있다.Another object of the present invention is to provide a microarray for predicting the survival prognosis of small cell lung cancer patients or treatment response to chemotherapy, including the composition.

또한, 본 발명의 다른 목적은 소세포폐암 환자의 생존 예후 또는 항암화학요법에 대한 치료 반응 예측을 위한 정보를 제공하는 방법을 제공하는 데 있다.Another object of the present invention is to provide a method for providing information for predicting survival prognosis or treatment response to chemotherapy in patients with small cell lung cancer.

상기와 같은 목적을 달성하기 위해, 본 발명은 서열번호 1의 염기서열로 표시되는 MPHOSPH9 (M-Phase Phosphoprotein 9) 유전자의 501번째 염기서열에 위치하는 rs1727331의 단일염기다형성 (SNP)을 포함하는 소세포폐암 예후 진단 및 예측을 위한 마커용 조성물을 제공한다.In order to achieve the above object, the present invention is a small cell containing a single nucleotide polymorphism (SNP) of rs1727331 located at the 501st nucleotide sequence of the MPHOSPH9 (M-Phase Phosphoprotein 9) gene represented by the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 Provided is a composition for a marker for diagnosing and predicting lung cancer prognosis.

이어서, 본 발명은 서열번호 1의 501번째 염기서열에 위치하는 단일염기다형성 (SNP)을 검출할 수 있는 제제를 포함하는 소세포폐암 환자의 생존 예후 또는 항암화학요법에 대한 치료 반응 예측용 조성물을 제공한다.Next, the present invention provides a composition for predicting the survival prognosis of small cell lung cancer patients or treatment response to chemotherapy, including an agent capable of detecting a single nucleotide polymorphism (SNP) located at nucleotide sequence 501 of SEQ ID NO: 1. do.

나아가, 본 발명은 상기 소세포폐암 환자의 생존 예후 또는 항암화학요법에 대한 치료 반응 예측용 조성물을 포함하는 소세포폐암 환자의 생존 예후 또는 항암화학요법에 대한 치료 반응 예측용 키트 또는 마이크로 어레이를 제공한다.Furthermore, the present invention provides a kit or microarray for predicting the survival prognosis or treatment response to chemotherapy of small cell lung cancer patients, including the composition for predicting the survival prognosis or treatment response to chemotherapy of small cell lung cancer patients.

아울러, 본 발명은 검체로부터 추출한 핵산에 대하여, MPHOSPH9 (M-Phase Phosphoprotein 9) 유전자의 프로모터 지역에 존재하는 rs1727331 다형성을 확인하는 단계를 포함하는 소세포폐암 환자의 생존 예후 또는 항암화학요법에 대한 치료 반응 예측을 위한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.In addition, the present invention relates to the survival prognosis of small cell lung cancer patients or treatment response to chemotherapy, including the step of identifying the rs1727331 polymorphism present in the promoter region of the MPHOSPH9 (M-Phase Phosphoprotein 9) gene with respect to the nucleic acid extracted from the specimen. It provides a method for providing information for prediction.

본 발명에 따른 소세포폐암 생존 예후의 예측 기술은 소세포폐암이 발병한 환자에 대하여 쉽고 정확하게 환자의 예후를 예측할 수 있고, 적절한 치료법의 선택 및 평가를 위한 방법에도 적용될 수 있으며, 나아가 소세포폐암에 대한 새로운 표적 치료를 통해 소세포폐암 환자의 생존율을 높일 수 있다.The technology for predicting survival prognosis of small cell lung cancer according to the present invention can easily and accurately predict the prognosis of a patient with small cell lung cancer, can be applied to a method for selecting and evaluating an appropriate treatment, and furthermore, can be used as a new treatment for small cell lung cancer. Targeted therapy can increase the survival rate of small cell lung cancer patients.

도 1은 소세포폐암 세포주 H146에 대한 ChIP-seq 결과를 나타낸 도이다.
도 2는 소세포폐암 예후 예측을 위한 후보 바이오마커 선정 과정을 간단히 나타낸 모식도이다.1 is a diagram showing the ChIP-seq results for the small cell lung cancer cell line H146.
Figure 2 is a schematic diagram briefly showing the process of selecting candidate biomarkers for predicting the prognosis of small cell lung cancer.

이하, 본 발명에 대하여 보다 상세하게 설명하도록 한다.Hereinafter, the present invention will be described in more detail.

본 발명은 서열번호 1의 염기서열로 표시되는 MPHOSPH9 (M-Phase Phosphoprotein 9) 유전자의 501번째 염기서열에 위치하는 rs1727331의 단일염기다형성 (SNP)을 포함하는 소세포폐암 예후 진단 및 예측을 위한 마커용 조성물을 제공한다.The present invention is a marker for diagnosing and predicting the prognosis of small cell lung cancer, including a single nucleotide polymorphism (SNP) of rs1727331 located at the 501st nucleotide sequence of the MPHOSPH9 (M-Phase Phosphoprotein 9) gene represented by the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 composition is provided.

본 발명자들은 소세포폐암 예후를 신속하고 정확하게 진단 및 예측할 수 있는 바이오마커를 발굴하기 위해 연구하던 중, 소세포폐암 (SCLC)의 EpiRequlome (Epigenetic regulatory elements) 탐색 및 통합 데이터베이스 구축을 통해 소세포폐암에서 발현차이가 나는 유전자 탐색 및 해당 유전자의 histone modification 결합지역에 존재하는 296개의 다형성 바이오마커 (Epigenome regulatory SNPs) 선정하였고, 선정된 단일염기다형성을 항암 화학요법을 받은 261명의 소세포폐암 환자들에 대한 임상 결과와 연관성 여부를 분석한 결과, MPHOSPH9 유전자의 rs1727331 다형성이 유의미하게 소세포폐암의 예후와 관련성이 있음을 확인하고 본 발명을 완성하였다.While conducting research to discover biomarkers that can quickly and accurately diagnose and predict the prognosis of small cell lung cancer, the present inventors searched for epigenetic regulatory elements (SCLC) and established an integrated database to find expression differences in small cell lung cancer. I searched for genes and selected 296 polymorphic biomarkers (Epigenome regulatory SNPs) present in the histone modification binding region of the gene, and the selected single nucleotide polymorphisms were correlated with clinical results of 261 small cell lung cancer patients who underwent chemotherapy. As a result of analyzing whether or not, it was confirmed that the rs1727331 polymorphism of the MPHOSPH9 gene was significantly associated with the prognosis of small cell lung cancer, and the present invention was completed.

본 발명에서 사용되는 용어 "진단"은 병리 상태의 존재 또는 특징을 확인하는 것을 의미한다. 그 중에서도 본 발명은 특히 소세포폐암의 재발 (Recurrence), 진행 (progression), 전이 (metastasis) 등을 예측하는 것을 포함한다. 이에, 소세포폐암의 재발 및 진행을 정확히 예측할 수 있는 지표가 매우 중요하며 조직의 분화도와 병기와 같은 임상적 지표를 보완하면서 치료의 반응을 예측할 수 있는 인자가 필요한데, 본 발명의 마커용 조성물이 이러한 지표 기능을 하므로 소세포폐암 진단 인자로 이용할 수 있다. 즉, 이러한 유전자들의 다형성 특성 측정은 소세포폐암의 분화도 및 병기, 진행을 예측하는데 유용한 지표 (진단 마커)로 사용될 수 있다.As used herein, the term "diagnosis" means confirming the presence or character of a pathological condition. Among them, the present invention includes predicting recurrence, progression, metastasis, and the like of small cell lung cancer. Therefore, indicators that can accurately predict the recurrence and progression of small cell lung cancer are very important, and factors that can predict the response to treatment while complementing clinical indicators such as tissue differentiation and stage are needed. Since it functions as an indicator, it can be used as a diagnostic factor for small cell lung cancer. That is, measurement of the polymorphic characteristics of these genes can be used as a useful index (diagnostic marker) for predicting the degree of differentiation, stage, and progression of small cell lung cancer.

본 발명에서 사용되는 용어 "진단용 마커 또는 진단 마커 (diagnosis marker)" 란 소세포폐암을 가진 세포를 정상 세포와 구분하여 진단할 수 있는 물질로, 정상 세포에 비하여 소세포폐암을 가진 세포에서 증가 양상을 보이는 폴리펩타이드 또는 핵산 (예: mRNA 등), 지질 , 당지질, 당단백질, 당 (단당류, 이당류, 다당류 등) 등과 같은 유기 생체 분자 등을 포함한다.As used herein, the term "diagnostic marker or diagnostic marker" is a substance that can be diagnosed by distinguishing cells with small cell lung cancer from normal cells, which shows an increase in cells with small cell lung cancer compared to normal cells. organic biomolecules such as polypeptides or nucleic acids (eg, mRNA, etc.), lipids, glycolipids, glycoproteins, sugars (monosaccharides, disaccharides, polysaccharides, etc.); and the like.

본 발명에서 사용되는 용어 “EpiRequlome (Epigenetic regulatory elements)”는 에피제놈을 조절하는 요소를 의미한다. 예를 들어 단백질이 코딩되지 않는 지역에 존재하거나 멀리 떨어진 지역에 위치하여 인접한 유전자의 발현에는 직접적인 영향을 주지는 않지만 allele specific하게 DNA 메틸레이션, DNA folding 패턴, DNase I 활성 등을 변화시켜 각 세포의 특성과 역할을 유지시키는 다수의 많은 변이들을 의미한다. As used herein, the term “EpiRequlome (Epigenetic regulatory elements)” refers to elements that regulate the epigenome. For example, the protein is located in a non-coding region or is located in a distant region, so it does not directly affect the expression of adjacent genes, but allele-specifically changes DNA methylation, DNA folding pattern, DNase I activity, etc. It refers to a large number of mutations that maintain characteristics and roles.

본 발명에서 사용되는 용어 “MPHOSPH9 (M-Phase Phosphoprotein 9)”는 골지체의 말초 막 단백질로 최근 섬모 생성을 조절하는 역할을 한다고 연구된 바 있다.The term "MPHOSPH9 (M-Phase Phosphoprotein 9)" used in the present invention is a peripheral membrane protein of the Golgi apparatus and has recently been studied to play a role in regulating cilia production.

또한, rs1727331은 MPHOSPH9 유전자의 비번역 (intron) 지역에 존재하는 단일염기다형성 (SNP)일 수 있다.In addition, rs1727331 may be a single nucleotide polymorphism (SNP) present in an intron region of the MPHOSPH9 gene.

또한, 상기 제제는 서열번호 1의 501번째 염기서열에 위치하는 단일염기다형성 (SNP)을 포함하는 10~100개의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 증폭시킬 수 있는 프라이머 또는 프로브일 수 있다.In addition, the agent is a primer or probe capable of amplifying a polynucleotide consisting of 10 to 100 consecutive bases including a single nucleotide polymorphism (SNP) located in the 501st nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or a polynucleotide complementary thereto can be

또한, 상기 서열번호 1의 501번째 염기서열에 위치하는 단일염기다형성 (SNP)은 상기 서술한 rs1727331를 의미하며, 소세포폐암 환자의 생존 예후 예측용 마커로 이용될 수 있다.In addition, the single nucleotide polymorphism (SNP) located at the 501st nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 means the above-mentioned rs1727331, and can be used as a marker for predicting survival prognosis of small cell lung cancer patients.

본 발명에서 사용되는 용어 "예후"는 폐암과 같은 신생물 질환의 예를 들어 발병, 재발, 전이성 확산, 및 약물 내성을 비롯한 폐암-기인성 사망 또는 진행의 가능성 등의 병의 경과 및 완치 여부를 의미한다. 본 발명의 목적상 예후는 폐암, 바람직하게는 소세포폐암의 발병 위험성 및 발병 후의 생존 예후를 의미하며, 바람직하게는 폐암을 항암 화학요법으로 치료한 환자, 보다 바람직하게는 소세포폐암을 항암 화학요법으로 치료한 환자의 예후를 의미한다.As used herein, the term "prognosis" refers to the course of a disease such as the possibility of lung cancer-caused death or progression including, for example, onset, recurrence, metastatic spread, and drug resistance of a neoplastic disease such as lung cancer and whether or not it is cured. do. For the purposes of the present invention, prognosis refers to the risk of developing lung cancer, preferably small cell lung cancer, and survival prognosis after onset, preferably in patients treated with chemotherapy for lung cancer, more preferably in patients treated with chemotherapy for small cell lung cancer. mean the prognosis of the treated patient.

본 발명에서 사용되는 용어 "예측"이란 환자가 폐암 발병할 가능성이 있는지를 판별하고, 화학요법 또는 방사선 치료 등 치료법에 대해 선호적으로 또는 비선호적으로 반응하여 환자의 치료, 예를 들어 특정 치료제, 및/또는 원발성 종양의 수술로 제거, 및/또는 암 재발 없이 특정 시기 동안 화학요법으로 치료된 후 생존할 여부 및/또는 가능성과 관련된다.The term "prediction" used in the present invention determines whether a patient is likely to develop lung cancer, responds preferentially or non-preferably to a treatment such as chemotherapy or radiation treatment, and treats the patient, for example, a specific treatment, and/or surgical removal of the primary tumor, and/or survival after treatment with chemotherapy for a specified period of time without cancer recurrence and/or likelihood.

본 발명에서 사용되는 용어 "유전적 다형성 (genetic polymorphism)"은 인구집단에서 적어도 1% 이상의 빈도로 유전자 변이가 나타나는 경우를 말한다. DNA에서 한 개의 뉴클레오티드의 삽입, 소실, 또는 치환이 일어나는 것을 단일염기다형성 (single nucleotide polymorphism, SNP) 이라고 한다. As used herein, the term "genetic polymorphism" refers to a case in which a genetic mutation occurs at a frequency of at least 1% or more in a population. Insertion, deletion, or substitution of one nucleotide in DNA is called a single nucleotide polymorphism (SNP).

본 발명에서 사용되는 용어 "다형성"이란 군집 내에서 변하는 유전자의 서열에서의 배치를 지칭한다. 다형성은 상이한 "대립유전자"로 구성된다. 이러한 다형성의 배치는 유전자에서의 그의 위치 및 그에서 발견되는 상이한 아미노산 또는 염기에 의해 확인될 수 있다. 이러한 아미노산 변이는 2개의 상이한 대립유전자인, 2개의 가능한 변이체 염기, C 및 T의 결과이다. 유전자형은 2개의 다른 별개의 대립유전자로 구성되기 때문에, 여러 가능한 변이체 중 임의의 변이체가 어느 한 개체에서 관찰될 수 있다 (예를 들어, 이 예에서, CC, CT 또는 TT). 개개의 다형성은 또한 당업자에게 공지되어 있고, 예를 들면, NCBI 웹사이트 상에서 이용가능한 뉴클레오티드 염기 변이의 단일 뉴클레오티드 다형성 데이터베이스 (Single Nucleotide Polymorphism Database (dbSNP) of Nucleotide Sequence Variation)에서 사용되는 것인, 지정된 독특한 식별자 ("기준 SNP", "refSNP" 또는 "rs#")이다. As used herein, the term "polymorphism" refers to the arrangement in sequence of genes that vary within a population. A polymorphism consists of different “alleles”. The placement of these polymorphisms can be identified by their position in the gene and the different amino acids or bases found therein. This amino acid variation is the result of two different alleles, two possible variant bases, C and T. Since the genotype consists of two distinct alleles, any one of several possible variants may be observed in any one individual (eg, CC, CT or TT in this example). Individual polymorphisms are also known to those of ordinary skill in the art and are designated unique, for example, those used in the Single Nucleotide Polymorphism Database (dbSNP) of Nucleotide Sequence Variation available on the NCBI website. identifier ("reference SNP", "refSNP" or "rs#").

본 발명에서 사용되는 용어 “대립 유전자 (allele)” 또는 “대립형질”이란 상동 염색체의 동일한 유전자 좌위에 존재하는 한 유전자의 여러 타입을 말한다. 대립 유전자는 다형성을 나타내는데 사용되기도 하며, 예컨대, SNP는 두 종류의 대립 인자 (biallele)를 갖는다.As used herein, the term "allele" or "allele" refers to several types of a gene present in the same locus of a homologous chromosome. Alleles are also used to indicate polymorphism, for example, SNPs have two types of alleles.

본 발명에서 사용되는 용어 “rs_id”란 1998년부터 SNP 정보를 축적하기 시작한 NCBI가 초기에 등록되는 모든 SNP에 대하여 부여한 독립된 표지자인 rs-ID를 의미한다. 본 발명에서는 rs831571와 같은 형태로 기재하였다. 이와 같은 표에 기재된 rs_id는 본 발명의 다형성 마커인 SNP 마커를 의미한다. 당업자라면 상기 rs_id를 이용하여 SNP의 위치 및 서열을 용이하게 확인할 수 있을 것이다. NCBI의 dbSNP (The Single Nucleotide Polymorphism Database) 번호인 rs_id에 해당하는 구체적인 서열은 시간이 지남에 따라 약간 변경될 수 있다. 본 발명의 범위가 상기 변경된 서열에도 미치는 것은 당업자에게 자명할 것이다.The term “rs_id” used in the present invention means rs-ID, an independent indicator assigned to all SNPs initially registered by NCBI, which began accumulating SNP information in 1998. In the present invention, it is described in the form of rs831571. rs_id described in this table means a SNP marker, which is a polymorphic marker of the present invention. A person skilled in the art can easily identify the location and sequence of the SNP using the rs_id. The specific sequence corresponding to NCBI's dbSNP (The Single Nucleotide Polymorphism Database) number, rs_id, may change slightly over time. It will be apparent to those skilled in the art that the scope of the present invention also extends to the altered sequence.

본 발명에서 사용되는 용어 "단일염기다형성 (single nucleotide polymorphism, SNP)"은 게놈에서 단일염기 (A, T, C 또는 G)가 종의 멤버들 간 또는 한 개체 (individual)의 쌍 염색체 간에 다른 경우에 발생하는 DNA 서열의 다양성을 의미한다. 예를 들어, 서로 다른 개체의 세 개의 DNA 단편들 (예: AAGT[A/A]AG, AAGT[A/G]AG,AAGT[G/G]AG)처럼 단일염기에서 차이를 포함하는 경우, 두 개의 대립 유전자 (C 또는 T)라고 부르며, 일반적으로 거의 모든 SNPs는 두 개의 대립 유전자를 가진다. 한 집단 (population)내에서, SNP는 소수 대립인자 빈도 (minor allele frequency, MAF; 특정 집단에서 발견되는 유전자위치 (locus)에서 가장 낮은 대립인자 빈도)로 할당될 수 있다. 단일염기는 폴리뉴클레오타이드 서열에 변화 (대체), 제거 (결실) 또는 첨가 (삽입)될 수 있다. SNP는 번역 프레임의 변화를 유발할 수 있다.As used herein, the term "single nucleotide polymorphism (SNP)" is a case where a single nucleotide (A, T, C or G) in the genome is different between members of a species or between paired chromosomes of an individual. refers to the diversity of DNA sequences occurring in For example, when three DNA fragments from different individuals contain differences in a single base, such as AAGT[A/A]AG, AAGT[A/G]AG,AAGT[G/G]AG, Called two alleles (C or T), in general almost all SNPs have two alleles. Within a population, a SNP can be assigned a minor allele frequency (MAF; the lowest allele frequency at a locus found in a particular population). Single bases can be changed (replaced), removed (deleted) or added (inserted) to a polynucleotide sequence. SNPs can cause changes in the translational frame.

본 발명에서 사용되는 용어 "소세포폐암 환자의 생존 예후 예측용 마커" 란 소세포폐암 발병 위험성, 발병한 소세포폐암의 완치 여부, 혹은 경과를 예측할 수 있는 다형성을 가진 마커를 의미하며, 바람직하게는 상기에서 서술한 뉴클레오티드를 의미한다. 또한, 상기 환자는 소세포폐암 발병 위험성을 판별하기 위한 환자 또는 소세포폐암에 대하여 항암 화학 요법을 시행한 환자를 의미한다. As used in the present invention, the term "marker for predicting the prognosis of survival of small cell lung cancer patients" means a marker having a polymorphism capable of predicting the risk of developing small cell lung cancer, whether or not the disease has been completely cured, or the course of the disease. nucleotides described above. In addition, the patient means a patient for determining the risk of developing small cell lung cancer or a patient who has undergone chemotherapy for small cell lung cancer.

본 발명에서 사용되는 용어 "대상" 또는 "환자"는 인간, 소, 개, 기니아 피그, 토끼, 닭, 곤충 등을 포함하여 치료가 요구되는 임의의 단일 개체를 의미한다. 또한, 임의의 질병 임상 소견을 보이지 않는 임상 연구 시험에 참여한 임의의 대상 또는 역학연구에 참여한 대상 또는 대조군으로 사용된 대상이 대상에 포함된다.As used herein, the term "subject" or "patient" refers to any single organism in need of treatment, including humans, cattle, dogs, guinea pigs, rabbits, chickens, insects, and the like. In addition, any subject participating in a clinical research study or a subject participating in an epidemiological study or a subject used as a control group who does not show any disease clinical findings are included in the subject.

본 발명에서 사용되는 용어 "조직 또는 세포 샘플"은 대상 또는 환자의 조직으로부터 얻은 유사한 세포의 집합체를 의미한다. 조직 또는 세포 샘플의 공급원은 신선한, 동결된 및/또는 보존된 장기 또는 조직 샘플 또는 생검 또는 흡인물로부터의 고형조직; 혈액 또는 임의의 혈액 구성분; 대상의 임신 또는 발생의 임의의 시점의 세포일 수 있다. 조직 샘플은 또한 1차 또는 배양 세포 또는 세포주일 수 있다.As used herein, the term "tissue or cell sample" refers to a collection of similar cells obtained from a tissue of a subject or patient. The source of the tissue or cell sample may be solid tissue from a fresh, frozen and/or preserved organ or tissue sample or biopsy or aspirate; blood or any blood component; It may be a cell at any point in the subject's pregnancy or development. Tissue samples can also be primary or cultured cells or cell lines.

본 발명에서 사용되는 용어 "핵산"은 임의의 DNA 또는 RNA, 예를 들어, 조직 샘플에 존재하는 염색체, 미토콘드리아, 바이러스 및/또는 세균 핵산을 포함하는 의미이다. 이중 가닥 핵산 분자의 하나 또는 두개 모두의 가닥을 포함하고, 무손상 핵산 분자의 임의의 단편 또는 일부를 포함한다.As used herein, the term "nucleic acid" is meant to include any DNA or RNA, eg, chromosomal, mitochondrial, viral and/or bacterial nucleic acids present in a tissue sample. It includes one or both strands of a double-stranded nucleic acid molecule, and includes any fragment or portion of an intact nucleic acid molecule.

본 발명에서 사용되는 용어 "유전자"는 단백질 코딩 또는 전사시에 또는 다른 유전자 발현의 조절시에 기능적 역할을 갖는 임의의 핵산 서열 또는 그의 일부를 의미한다. 유전자는 기능적 단백질을 코딩하는 모든 핵산 또는 단백질을 코딩 또는 발현하는 핵산의 일부만으로 이루어질 수 있다. 핵산 서열은 엑손, 인트론, 개시 또는 종료 영역, 프로모터 서열, 다른 조절 서열 또는 유전자에 인접한 특유한 서열 내에 유전자 이상을 포함할 수 있다.As used herein, the term “gene” refers to any nucleic acid sequence or portion thereof that has a functional role in protein coding or transcription or in regulating the expression of other genes. A gene can consist of all of the nucleic acid encoding a functional protein or only a portion of a nucleic acid encoding or expressing a protein. Nucleic acid sequences may include genetic abnormalities within exons, introns, initiation or termination regions, promoter sequences, other regulatory sequences, or unique sequences adjacent to the gene.

본 발명에서 사용되는 용어 "프라이머"는 상보성 RNA 또는 DNA 표적 폴리뉴클레오티드에 혼성화 하고 예를 들어 폴리머라제 연쇄 반응에서 발생하는 뉴클레오티딜 트랜스퍼라제의 작용에 의해 모노뉴클레오티드로부터 폴리뉴클레오티드의 단계적 합성을 위한 출발점으로 기능하는 올리고뉴클레오티드 서열을 의미한다.As used herein, the term "primer" refers to a starting point for the stepwise synthesis of a polynucleotide from a mononucleotide by hybridization to a complementary RNA or DNA target polynucleotide and by the action of a nucleotidyl transferase, for example occurring in a polymerase chain reaction. refers to an oligonucleotide sequence that functions as

본 발명에서 사용되는 용어 "단백질"은 또한 기준 단백질과 본질적으로 동일한 생물 활성 또는 기능을 보유하는, 단백질의 단편, 유사체 및 유도체를 포함하는 것이다The term "protein" as used herein also includes fragments, analogs and derivatives of proteins that possess essentially the same biological activity or function as the reference protein.

본 발명에서 사용되는 용어 "치료"는 이롭거나 바람직한 임상적 결과를 수득하기 위한 접근을 의미한다. 본 발명의 목적을 위해서, 이롭거나 바람직한 임상적 결과는 비 제한적으로, 증상의 완화, 질병 범위의 감소, 질병 상태의 안정화 (즉, 악화되지 않음), 질병 진행의 지연 또는 속도의 감소, 질병 상태의 개선 또는 일시적 완화 및 경감 (부분적이거나 전체적으로), 검출 가능하거나 또는 검출되지 않거나의 여부를 포함한다. 또한, "치료"는 치료를 받지 않았을 때 예상되는 생존율과 비교하여 생존율을 늘이는 것을 의미할 수도 있다. 치료는 치료학적 치료 및 예방적 또는 예방조치 방법 모두를 가리킨다. 상기 치료들은 예방되는 장애뿐만 아니라 이미 발생한 장애에 있어서 요구되는 치료를 포함한다. 질병을 "완화 (Palliating)"하는 것은 치료를 하지 않은 경우와 비교하여, 질병상태의 범위 및/또는 바람직하지 않은 임상적 징후가 감소되거나 및/또는 진행의 시간적 추이 (time course)가 늦춰지거나 길어지는 것을 의미한다.As used herein, the term "treatment" refers to an approach to obtain beneficial or desirable clinical results. For purposes of this invention, beneficial or desirable clinical results include, but are not limited to, alleviation of symptoms, reduction of disease extent, stabilization of disease state (i.e., not worsening), delay or slowing of disease progression, disease state improvement or palliation and relief (partial or total), detectable or undetectable. "Treatment" can also mean prolonging survival as compared to expected survival if not receiving treatment. Treatment refers to both therapeutic treatment and prophylactic or prophylactic measures. The treatments include treatment required for disorders that have already occurred as well as disorders that are prevented. "Palliating" a disease means reducing the extent and/or undesirable clinical signs of the disease state and/or slowing or prolonging the time course of the disease compared to no treatment. means to lose

본 발명의 키트는 소세포폐암 생존 예후의 예측용 마커인, MPHOSPH9 유전자의 rs1727331 다형성 부위 (SNP)를 확인함으로써 소세포폐암 생존 예후를 예측하는 데 사용될 수 있다. 본 발명의 소세포폐암 환자의 생존 예후 또는 항암화학요법에 대한 치료 반응 예측용 키트에는 MPHOSPH9 유전자의 rs1727331 다형성 부위 (SNP)를 확인하기 위한 폴리뉴클레오티드, 프라이머 또는 프로브뿐만 아니라 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 성분 조성물, 용액 또는 장치가 포함될 수 있다.The kit of the present invention can be used to predict the prognosis of small cell lung cancer survival by identifying the rs1727331 polymorphic site (SNP) of the MPHOSPH9 gene, which is a predictive marker of small cell lung cancer survival prognosis. The kit for predicting survival prognosis or treatment response to chemotherapy of small cell lung cancer patients of the present invention includes polynucleotides, primers or probes for identifying the rs1727331 polymorphic site (SNP) of the MPHOSPH9 gene, as well as one or more suitable for the analysis method. Any of the above other component compositions, solutions or devices may be included.

또한, 본 발명의 키트는 PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다. PCR 키트는, 상기 SNP에 대한 특이적인 폴리뉴클레오티드, 프라이머 또는 프로브 외에도 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액 (pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드 (dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNase, RNAse 억제제, DEPC-수 (DEPC-water) 및 멸균수 등을 포함할 수 있다.In addition, the kit of the present invention may be a kit containing essential elements required to perform PCR. The PCR kit contains, in addition to polynucleotides, primers or probes specific for the SNP, a test tube or other suitable container, reaction buffer (with varying pH and magnesium concentration), deoxynucleotides (dNTPs), Taq-polymerase and reverse transcriptase enzymes such as, DNase, RNAse inhibitors, DEPC-water and sterile water, and the like.

또한, 본 발명의 상기 마이크로어레이는 본 발명의 폴리뉴클레오티드, 프라이머 또는 프로브를 포함하는 것을 제외하고는 통상적인 마이크로어레이로 이루어질 수 있다.In addition, the microarray of the present invention may be composed of a conventional microarray except for including the polynucleotide, primer or probe of the present invention.

마이크로어레이 상에서의 핵산의 혼성화 및 혼성화 결과의 검출은 당업계에 잘 알려져 있다. 상기 검출은 예를 들면, 핵산 시료를 형광 물질, 예를 들면, Cy3 및 Cy5와 같은 물질을 포함하는 검출가능한 신호를 발생시킬 수 있는 표지 물질로 표지한 다음, 마이크로어레이 상에 혼성화하고 상기 표지 물질로부터 발생하는 신호를 검출함으로써 혼성화 결과를 검출할 수 있다.Hybridization of nucleic acids on microarrays and detection of hybridization results are well known in the art. The detection is performed by, for example, labeling a nucleic acid sample with a fluorescent material, for example, a label material capable of generating a detectable signal including materials such as Cy3 and Cy5, followed by hybridization on a microarray and the labeling material. A hybridization result can be detected by detecting a signal arising from

또한, 상기 마이크로어레이 (Microarray) 방법은 종양 내의 수천 또는 심지어 수만 개의 유전자의 RNA 발현을 동시에 연구할 수 있어, 인간 질병의 분자적 기초에 대한 포괄적 통찰력을 보다 효과적으로 얻을 수 있게 해준다.In addition, the microarray method can simultaneously study the RNA expression of thousands or even tens of thousands of genes in tumors, enabling more effective gain of comprehensive insight into the molecular basis of human diseases.

또한, 이를 이용하여 종양 분류에서의 유전자 발현 패턴, 임상학적 결과 및 화학적 치료요법에 대한 반응의 평가가 가능하다.In addition, it can be used to evaluate gene expression patterns in tumor classification, clinical results, and response to chemotherapy.

또한, 상기 MPHOSPH9 유전자의 rs1727731 다형성의 유전자형이 GC 또는 CC인 경우, 상기 유전자형이 GG인 경우에 비해 항암화학요법 반응 또는 생존 예후가 좋은 것으로 판별하는 단계를 더 포함하는 것일 수 있다.In addition, when the genotype of the rs1727731 polymorphism of the MPHOSPH9 gene is GC or CC, the step of determining that the chemotherapy response or survival prognosis is better than when the genotype is GG may be further included.

또한, 상기 MPHOSPH9 유전자의 rs1727731 다형성의 유전자형이 CC인 경우, 상기 유전자형이 GC인 경우에 비해 항암화학요법 반응 또는 생존 예후가 좋은 것으로 판별하는 단계를 더 포함하는 것일 수 있다.In addition, when the genotype of the rs1727731 polymorphism of the MPHOSPH9 gene is CC, the step of determining that the chemotherapy response or survival prognosis is better than when the genotype is GC may be further included.

본 발명에서 사용되는 용어 "유전자형 (genotype)"이란 세포 또는 조직 샘플에서 특정 유전자의 특이적 대립유전자를 지칭한다.As used herein, the term "genotype" refers to a specific allele of a specific gene in a cell or tissue sample.

본 발명에서 사용되는 용어 "대립인자" 또는 “대립 유전자”란 같은 염색체 위치 (same chromosomal locus) 를 점유하는 한 유전자의 둘 또는 그 이상의 선택적인 형태 (alternative forms) 중 하나를 뜻한다.As used herein, the term "allele" or "allele" refers to one of two or more alternative forms of a gene occupying the same chromosomal locus.

또한, 본 발명에 따른 상기 소세포폐암 환자의 생존 예후 또는 항암화학요법에 대한 치료 반응 예측을 위한 정보를 제공하는 방법에서, MPHOSPH9 유전자의 rs1727331 다형성을 확인하는 방법은 상기 rs1727331 다형성의 유전자형을 확인하는 방법으로 수행될 수 있는데, 상기 유전자형의 확인은 시퀀싱 분석, 자동염기서열분석기를 사용한 시퀀싱 분석, 파이로시퀀싱 (pyrosequencing), 마이크로어레이에 의한 혼성화, PCR-RELP법 (restriction fragment length polymorphism), PCR-SSCP법 (single strand conformation polymorphism), PCR-SSO법 (specific sequence oligonucleotide), PCR-SSO법과 도트 하이브리드화법을 조합한 ASO (allele specific oligonucleotide) 하이브리드화법, TaqMan-PCR법, MALDI-TOF/MS법, RCA법 (rolling circle amplification), HRM (high resolution melting)법, 프라이머 신장법, 서던 블롯 하이브리드화법, 도트 하이브리드화법 등의 공지의 방법에 의하여 수행될 수 있다. In addition, in the method for providing information for prognosis of survival of small cell lung cancer patients or prediction of treatment response to chemotherapy according to the present invention, the method for confirming the rs1727331 polymorphism of the MPHOSPH9 gene is a method for confirming the genotype of the rs1727331 polymorphism It can be performed, and the confirmation of the genotype is sequencing analysis, sequencing analysis using an automatic sequencing device, pyrosequencing, hybridization by microarray, PCR-RELP method (restriction fragment length polymorphism), PCR-SSCP method (single strand conformation polymorphism), PCR-SSO method (specific sequence oligonucleotide), ASO (allele specific oligonucleotide) hybridization method combining PCR-SSO method and dot hybridization method, TaqMan-PCR method, MALDI-TOF/MS method, RCA It may be performed by known methods such as a rolling circle amplification method, a high resolution melting (HRM) method, a primer extension method, a southern blot hybridization method, and a dot hybridization method.

또한, 상기 SNP 다형성의 결과들은 당업계에서 일반적으로 사용되는 통계학적 분석 방법을 이용하여 통계처리할 수 있으며, 예를 들면, 스튜던트 t-검정 (Student's t-test), 카이-스퀘어 테스트 (Chi-square test), 선형회귀선 분석 (linear regression line analysis), 다변량 로지스틱 회귀분석 (multiple logistic regression analysis) 등을 통해 얻은 연속 변수 (continuous variables), 절대 변수 (categorical variables), 대응비 (odds ratio) 및 95% 신뢰구간 (confidence interval) 등의 변수를 이용하여 분석할 수 있다.In addition, the results of the SNP polymorphism can be statistically processed using a statistical analysis method commonly used in the art, for example, Student's t-test, Chi-Square test (Chi-Square test) square test), linear regression line analysis, multivariate logistic regression analysis, etc. Continuous variables, absolute variables, odds ratios, and 95 It can be analyzed using variables such as % confidence interval.

또한, 상기 방법은 소세포폐암에 따른 특정 마커의 발현 특징을 조사하는 것에 관한 것이고, 본 명세서에 개시된 방법은 소세포폐암 환자 치료를 위해 적절하거나 효과적인 요법을 평가할 때 유용한 데이터 및 정보를 얻기 위한 편리하고, 효율적이며, 비용 효과적인 수단을 제공할 수 있을 것이다.In addition, the method relates to investigating the expression characteristics of specific markers according to small cell lung cancer, and the method disclosed herein is convenient for obtaining useful data and information when evaluating appropriate or effective therapies for the treatment of small cell lung cancer patients, It will be able to provide an efficient and cost effective means.

또한, 소세포폐암 환자의 핵산은 이들 환자로부터 획득한 조직, 세포, 전혈, 혈청, 혈장, 타액, 객담, 뇌척수액 또는 뇨 등의 시료로부터 수득할 수 있으며, 그 핵산 시료는 DNA, mRNA, 또는 mRNA로부터 합성되는 cDNA를 포함한다.In addition, nucleic acids of small cell lung cancer patients can be obtained from samples such as tissues, cells, whole blood, serum, plasma, saliva, sputum, cerebrospinal fluid or urine obtained from these patients, and the nucleic acid samples can be obtained from DNA, mRNA, or mRNA. Contains cDNA to be synthesized.

또한, 상기 소세포폐암 환자의 핵산은 페놀/클로로포름 추출법 및 프로테아제 K 처리방법과 같은 통상의 방법과 분리방법에 의하여 수행될 수 있으며, 또한 표적 핵산을 PCR을 통하여 증폭하고 이를 정제하여 얻을 수 있다.In addition, the nucleic acid of the small cell lung cancer patient can be obtained by conventional methods and isolation methods such as phenol/chloroform extraction and protease K treatment, or by amplifying and purifying the target nucleic acid through PCR.

또한, 본 발명은 소세포폐암에 대한 항암화학요법 치료 후 재발 또는 전이 방지를 위해 필요한 항암제 투여량 및 투여방법 결정을 위한 정보도 제공할 수 있다.In addition, the present invention can also provide information for determining the dosage and administration method of an anticancer agent necessary to prevent recurrence or metastasis after chemotherapy treatment for small cell lung cancer.

즉, 본 발명은 소세포폐암 환자로부터 분리된 생물학적 시료로부터 MPHOSPH9 유전자의 rs1727331 다형성을 확인하여 예후가 나쁜 경우와 그렇지 않은 경우에 따라 추가적으로 투여할 항암제의 종류, 양 및 농도 등 항암제 투여 방법을, 해당 폐암의 종류에 따라 적합하도록 서로 상이하게 적용할 수 있다.That is, the present invention identifies the rs1727331 polymorphism of the MPHOSPH9 gene in a biological sample isolated from a small cell lung cancer patient, and provides an anticancer drug administration method, such as the type, amount, and concentration of an additional anticancer drug to be administered depending on whether or not the prognosis is poor. It can be applied differently from each other to be suitable according to the type of

이처럼, 본 발명에서는 소세포폐암 환자에게서 MPHOSPH9 유전자의 rs1727331 다형성 발현 프로파일을 이용하는, 소세포폐암 예후 진단 및 예측 마커로서의 모든 용도를 포함한다.As such, the present invention includes all uses as diagnostic and predictive markers for small cell lung cancer prognosis using the expression profile of the rs1727331 polymorphism of the MPHOSPH9 gene in small cell lung cancer patients.

이하, 본 발명의 실시예를 첨부된 도면을 참고하여 보다 상세하게 설명하도록 한다. 그러나, 하기의 실시예는 본 발명의 내용을 구체화하기 위한 것일 뿐, 이에 의해 본 발명이 한정되는 것은 아닐 것이다.Hereinafter, embodiments of the present invention will be described in more detail with reference to the accompanying drawings. However, the following examples are only for specifying the contents of the present invention, and the present invention will not be limited thereby.

<실시예 1> 실험 방법<Example 1> Experimental method

1-1. 연구대상 선정1-1. Selection of research subjects

이 연구는 1997 년부터 2017 년까지 경북 대학교 병원에서 SCLC 진단을 받은 후, 항암 화학요법을 받은 261 명의 환자를 대상으로 하였다. 화학요법에 대한 방사선 치료의 영향을 방지하기 위하여 1차 치료 방식으로서 화학 요법과 방사선 요법을 동시에 받은 환자는 제외하였다. 본 연구에 사용된 샘플 및 임상 정보는 경북 대학교 병원의 국립 바이오 뱅크 기관 심사위원회 (IRB) 승인 프로토콜에 따라 제공 하였으며, 모든 환자의 동의하에 진행되었다. 1차 항암화학요법으로 에토포시드와 시스플라틴을 처리하거나 이리노테칸과 시스플라틴을 처리한 환자들을 연구대상으로 하였다. 에토포시드는 3주마다 1내지 3일차에 환자의 정맥으로 100 mg/m²를 투여 하고, 1일 차에 시스플라틴 60mg/m² 를 투여하였으며. 이리노테칸은 매 4주마다 1 일, 8 일, 15 일차에 60mg/m²을 투여하고, 1일차에 시스플라틴 60mg/m² 를 정맥 내 투여하였다. 환자의 질병 진행, 주요 독성 또는 환자 또는 의사의 결정에 따라 치료 유지여부를 결정하였다. 종양 반응의 평가는 매 2 사이클마다 컴퓨터 단층 촬영 스캔에 의해 수행되었다. 고형 종양에서의 반응 평가 기준을 사용하여 반응을 평가 하였다 (Eisenhauer EA, Therasse P, Bogaerts J et al. New response evaluation criteria in solid tumours: revised RECIST guideline (version 1.1). Eur J Cancer 2009; 45: 228-247.). 각 환자에 대한 최상의 전반적인 반응 (best overall response)이 보고되었으며 모든 반응은 별도의 방사선 전문의가 검토하였다. 1 차 화학 요법에 대한 완전 반응 (CR) 및 부분 반응 (PR)을 갖는 환자는 반응자, 안정된 질환 (SD) 및 진행성 질환 (PD)을 갖는 환자는 비 반응자로 간주되었다.This study was conducted on 261 patients who underwent chemotherapy after being diagnosed with SCLC at Kyungpook National University Hospital from 1997 to 2017. To prevent the effect of radiation therapy on chemotherapy, patients who received both chemotherapy and radiation therapy as the primary treatment method were excluded. Samples and clinical information used in this study were provided according to the protocol approved by the National Biobank Institutional Review Board (IRB) of Kyungpook National University Hospital, and all patients consented. Patients treated with etoposide and cisplatin or irinotecan and cisplatin as first-line chemotherapy were included in the study. Etoposide was administered intravenously at 100 mg/m ² on the 1st to 3rd day every 3 weeks, and cisplatin 60mg/m ² was administered on the 1st day. Irinotecan was administered at 60 mg/m ² on days 1, 8, and 15 every 4 weeks, and cisplatin 60 mg/m ² was intravenously administered on day 1. Treatment maintenance was determined according to the patient's disease progression, major toxicities, or the patient's or physician's decision. Assessment of tumor response was performed by computed tomography scan every 2 cycles. Responses were evaluated using response evaluation criteria in solid tumors (Eisenhauer EA, Therasse P, Bogaerts J et al. New response evaluation criteria in solid tumours: revised RECIST guideline (version 1.1). Eur J Cancer 2009; 45: 228 -247.). The best overall response was reported for each patient and all responses were reviewed by a separate radiologist. Patients with complete response (CR) and partial response (PR) to first-line chemotherapy were considered responders, while patients with stable disease (SD) and progressive disease (PD) were considered non-responders.

1-2. EpiRegulome 탐색 및 통합 DB 구축1-2. EpiRegulome exploration and integrated DB construction

소세포폐암의 histone modification status를 확인하기 위해 ChIP-seq를 수행하였다.ChIP-seq was performed to confirm the histone modification status of small cell lung cancer.

그 결과는 도 1에 나타내었다.The results are shown in Figure 1.

도 1에 나타낸 바와 같이, 소세포암 세포주 H146에서 H3K4me3 단백질은 전체 17998 region에 결합하였으며, 85%가 프로모터에서 발견되었고, H3K27Ac 단백질은 전체 19692 region에 결합하였으며, 29%가 프로모터에서 발견되었다.As shown in Figure 1, in the small cell carcinoma cell line H146, the H3K4me3 protein was bound to all 17998 regions, 85% was found in the promoter, and the H3K27Ac protein was bound to all 19692 regions, and 29% was found in the promoter.

이어서, PancanQTL 데이터베이스를 통해 TCGA 데이터를 이용한 eQTL 데이터 획득하였다.Subsequently, eQTL data using TCGA data was acquired through the PancanQTL database.

편평상피세포폐암 조직의 cis acting eQTL 정보가 있는 다형성 204146개와 폐선암 조직의 cis acting eQTL 정보가 있는 다형성 259474개의 리스트를 얻었다. A list of 204146 polymorphisms with cis-acting eQTL information in squamous cell lung cancer tissues and 259474 polymorphisms with cis-acting eQTL information in lung adenocarcinoma tissues were obtained.

Public DB (ENCODE, Roadmap project)를 이용하여 histone modification status 자료를 확보하였으며, 이를 이용하여 후속 분석을 진행하였다.Histone modification status data was obtained using Public DB (ENCODE, Roadmap project), and follow-up analysis was performed using this data.

1-3. 후보 바이오마커 선정1-3. Selection of candidate biomarkers

소세포폐암에 대한 후보 바이오마커를 선정하기 위하여 상기 데이터 프로파일링 결과를 통합 분석하였다.In order to select candidate biomarkers for small cell lung cancer, the data profiling results were integrated and analyzed.

먼저, 상기 실시예 1-2에서 얻은 ChIP-seq 데이터 및 eQTL 결과를 통합 분석하여 histone modification 결합지역에 존재하면서 폐암 조직에서 eQTL 데이터를 가지는 929개의 후보 다형성 바이오마커 (Epigenome regulatory SNPs) 선정하였다. 이어서, HapMap, NCBI SNP 데이터베이스를 이용하여 상기 929개의 후보 중 East asia 빈도가 10% 이하인 SNP를 제외하여 749개의 후보 바이오마커를 선정한 후, SNPinfo 사이트 (https://snpinfo.niehs.nih.gov)의 LD Tag SNP seletion 메뉴를 이용하여 TagSNP을 선정함으로 LD SNP를 제외하여 최종 296개의 후보 바이오마커를 선정하였다(도 2 참조).First, 929 candidate polymorphic biomarkers (Epigenome regulatory SNPs) with eQTL data in lung cancer tissue present in histone modification binding regions were selected by integrative analysis of the ChIP-seq data and eQTL results obtained in Examples 1-2. Subsequently, 749 candidate biomarkers were selected by excluding SNPs with an East asia frequency of 10% or less among the 929 candidates using HapMap and the NCBI SNP database, and then SNPinfo site (https://snpinfo.niehs.nih.gov) By selecting TagSNPs using the LD Tag SNP selection menu of , the final 296 candidate biomarkers were selected excluding LD SNPs (see FIG. 2).

1-4. 통계 처리1-4. statistical processing

이러한 모든 통계 과정은 통계 소프트웨어 (SAS, Ver. 9.4, SAS institute, Cary, NC, USA)를 사용하여 수행되었다. 하디-바인베르크 평형 (Hardy-Weinberg equilibrium)은 적합도 χ2 테스트를 사용하여 테스트되었다. 환자의 특성에 따른 유전자형 분포의 차이는 카이 제곱 검정을 사용하여 비교 하였다. 생존 평가를 위해, 첫 화학 요법 날짜와 사망 날짜 사이의 시간을 전체 생존 (OS)으로 측정 하였다. 상이한 유전자형 및 임상 변수에 따른 추정 생존은 Kaplan-Meier 방법 및 로그-순위 검정법 (log-rank test)을 사용하여 분석하였다. 위험비 (Hazard ratio, HR) 및 95% 신뢰구간 (confidence intervals, CIs)을 다변량 콕스의 비례위험모형 (multivariate Cox proportional hazards models)을 사용하여 계산하였다. 항암화학요법에 대한 치료 반응분석은 logistic regression test를 통해 오즈비 (Odds ratio, OR) 및 95% 신뢰구간 (confidence intervals, CIs)을 사용하여 계산하였다. Cut-off P=0.05는 모든 통계적 분석에 채택되었고, 모든 임상적 요인은 다음과 같이 조정되었다; 성별 (남성 vs 여성), 흡연 상태 (흡연자 없음 / 흡연자 / 현재 흡연자), 임상 단계 (제한된 질병 대 광범위한 질병), ECOG PS (0-1 대 2), 체중 감량 (예 vs 아니오), 2차-line 화학 요법 (예 vs 아니오), 종양에 대한 방사선 치료여부 (예 vs 아니오).All these statistical processes were performed using statistical software (SAS, Ver. 9.4, SAS institute, Cary, NC, USA). The Hardy-Weinberg equilibrium was tested using the goodness-of-fit χ2 test. Differences in the distribution of genotypes according to patient characteristics were compared using a chi-square test. For survival assessment, the time between the date of first chemotherapy and the date of death was measured as overall survival (OS). Estimated survival according to different genotypes and clinical variables was analyzed using the Kaplan-Meier method and log-rank test. Hazard ratios (HRs) and 95% confidence intervals (CIs) were calculated using multivariate Cox proportional hazards models. Treatment response analysis for chemotherapy was calculated using odds ratio (OR) and 95% confidence intervals (CIs) through logistic regression test. Cut-off P=0.05 was adopted for all statistical analyses, and all clinical factors were adjusted as follows; Gender (male vs female), smoking status (none smoker/smoker/current smoker), clinical stage (limited vs extensive disease), ECOG PS (0-1 vs 2), weight loss (yes vs no), secondary- line chemotherapy (yes vs no), whether the tumor was treated with radiation (yes vs no).

<실시예 2> 바이오마커 발굴<Example 2> Biomarker discovery

2-1. 유전자형 분석 결과2-1. Genotyping results

소세포폐암환자 261명의 샘플을 이용하여 Sequenom MassARRAY를 이용하여 유전자형을 분석하였다. 그 결과는 표 1에 나타내었다.Genotypes were analyzed using Sequenom MassARRAY using samples from 261 patients with small cell lung cancer. The results are shown in Table 1.

표 1에 나타낸 바와 같이, 두 코호트 그룹에서 ECOG (eastern cooperative oncology group), 항암제 투약 (regimen)은 항암화학요법에 대한 치료 반응과 연관이 있는 것으로 나타났으며, 나이 (age), 폐암의 단계 (stage), ECOG (eastern cooperative oncology group), 항암화학요법유무 (chemotherapy), 방사선치료유무 (radiation to tumor)는 전제 생존률 (overall survival)과 연관이 있는 것으로 나타났다.As shown in Table 1, in the two cohort groups, ECOG (eastern cooperative oncology group), anticancer drug regimen (regimen) appeared to be associated with treatment response to chemotherapy, and age, lung cancer stage ( stage), ECOG (eastern cooperative oncology group), chemotherapy, and radiation to tumor were found to be associated with overall survival.

2-2. 소세포폐암 환자의 항암화학요법 반응 예측 바이오마커 발굴2-2. Discovery of biomarkers predicting chemotherapy response in small cell lung cancer patients

상기 실시예 1에서 선정한 296개의 후보 바이오마커와 소세포폐암 환자의 항암화학요법의 반응과의 상관관계를 분석하였다. dominant model은 major allele homozygote와 heterozygote를 비교분석한 결과, recessive model은 minor allele homozygote와 heterozygote를 비교분석한 결과, codominant model은 공동우성효과를 나타내었다. 그 결과는 표 2에 나타내었다. The correlation between the 296 candidate biomarkers selected in Example 1 and the response to chemotherapy of small cell lung cancer patients was analyzed. As a result of comparative analysis of the major allele homozygote and heterozygote for the dominant model, and a comparative analysis of the minor allele homozygote and heterozygote for the recessive model, the codominant model showed a co-dominant effect. The results are shown in Table 2.

일례로, rs1727331의 경우, major allele homozygote, heterozygote, minor allele homozygote의 유전자형을 가지는 환자가 각각 146명, 100명, 15명으로 나타났으며, Codominant Model에서 항암화학요법에 대한 치료 반응과 유의한 관련이 있음을 확인하였다 (OR=1.99, 95% CI=1.16-3.43, p=0.0128). 이러한 결과는 소세포폐암환자의 rs1727331의 경우 C 유전자형이 많아질수록 더나은 항암화학요법 반응율을 보여 주었다. 즉, SNP의 유전자형이 GG<GC<CC의 순으로 반응율이 좋은 것으로 예측될 수 있다. For example, in the case of rs1727331, 146, 100, and 15 patients had major allele homozygote, heterozygote, and minor allele homozygote genotypes, respectively, and a significant correlation with treatment response to chemotherapy in the codominant model (OR=1.99, 95% CI=1.16-3.43, p=0.0128). These results showed that in the case of rs1727331 in small cell lung cancer patients, the higher the C genotype, the better the chemotherapy response rate. That is, the genotype of the SNP can be predicted to have a good response rate in the order of GG<GC<CC.

이외에도 296개의 SNP 중 항암화학요법 반응과 연관성이 높은 24개의 SNP를 발굴하였다 (표 2).In addition, among the 296 SNPs, 24 SNPs highly correlated with chemotherapy response were discovered (Table 2).

빨간색 음영 : p<0.05Red shading: p<0.05

1: major allele homozygote1: major allele homozygote

2: heterozygote2: heterozygote

3: minor allele homozygote3: minor allele homozygote

2-3. 소세포폐암 환자의 예후 예측 바이오마커 발굴2-3. Discovery of prognostic biomarkers for small cell lung cancer patients

상기 실시예 1에서 선정한 296개의 후보 바이오마커와 소세포폐암 환자의 생존률과의 상관관계를 분석하였다. 그 결과는 표 3에 나타내었다.The correlation between the 296 candidate biomarkers selected in Example 1 and the survival rate of small cell lung cancer patients was analyzed. The results are shown in Table 3.

일례로, rs1727331의 경우, major allele homozygote, heterozygote, minor allele homozygote의 유전자형을 가지는 환자가 각각 146명, 100명, 15명명으로 나타났으며, Codominant Model에서 생존율과 유의한 관련이 있음을 확인하였다 (HR=0.74, 95% CI=0.58-0.95, p=0.0167). 이러한 결과는 소세포폐암환자의 rs1727331의 경우 C 유전자형이 많아질수록 더 나은 생존 예후를 보여 주었다. 즉, SNP의 유전자형이 GG<GC<CC의 순으로 생존율이 좋은 것으로 예측될 수 있다. For example, in the case of rs1727331, 146, 100, and 15 patients had major allele homozygote, heterozygote, and minor allele homozygote genotypes, respectively, and it was confirmed that there was a significant correlation with survival rate in the Codominant Model ( HR=0.74, 95% CI=0.58-0.95, p=0.0167). These results showed a better survival prognosis as the C genotype increased in the case of rs1727331 in small cell lung cancer patients. That is, the genotype of the SNP can be predicted to have a good survival rate in the order of GG<GC<CC.

이외에도 296개의 SNP 중 항암화학요법 반응과 연관성이 높은 47개의 SNP를 발굴하였다.In addition, 47 SNPs highly correlated with chemotherapy response among 296 SNPs were discovered.

빨간색 음영 : p<0.05Red shading: p<0.05

1: major allele homozygote1: major allele homozygote

2: heterozygote2: heterozygote

3: minor allele homozygote3: minor allele homozygote

2-4. 종합 분석 결과2-4. Comprehensive analysis result

상기 실시예 2-2을 통해 소세포폐암의 항암화학요법에 대한 치료 반응과 연관성이 높은 25개의 SNP를 발굴하였으며, 실시예 2-3를 통해 소세포폐암의 생존률과 연관성이 높은 48개의 SNP 발굴하였다. 표 4은 상기 실시예 2-2 및 2-3의 결과를 종합 분석한 결과를 나타낸 것이며, 항암화학요법 반응율 및 생존율에서 같은 모델로 0.05 이하의 p값을 가져 항암화학요법 반응에 따른 생존율에 영향을 미칠 것이라고 판단되는 SNP만을 표기하였다.Through Example 2-2, 25 SNPs highly correlated with treatment response to chemotherapy for small cell lung cancer were discovered, and 48 SNPs highly correlated with the survival rate of small cell lung cancer were discovered through Example 2-3. Table 4 shows the results of a comprehensive analysis of the results of Examples 2-2 and 2-3, and has a p value of 0.05 or less in the same model in the chemotherapy response rate and survival rate, affecting the survival rate according to the chemotherapy response. Only SNPs that were judged to have an effect were marked.

표 4에 나타낸 바와 같이, 이 중 MPHOSPH9 유전자의 비번역 지역에 존재하는 SNP인 rs1727331은 소세포폐암의 항암화학요법 반응율 및 생존율의 Codominant Model에서 각각 0.0128, 0.0167의 p값을 나타내어 소세포폐암의 항암화학요법 반응 및 생존률에 밀접한 연관성이 있는 것을 확인하였다. 이러한 결과는 MPHOSPH9 유전자의 비번역 지역에 존재하는 SNP인 rs1727331는 대립유전자의 존재 또는 부재에 따라 소세포폐암의 항암화학요법 후 반응 및 생존률 밀접한 연관이 있으므로, 소세포폐암 예후 예측 바이오마커 및 소세포폐암 환자의 항암화학요법 예후 예측 바이오마커로 이용할 수 있다는 것을 의미한다.As shown in Table 4, among them, rs1727331, a SNP present in the untranslated region of the MPHOSPH9 gene, showed p values of 0.0128 and 0.0167, respectively, in the codominant model of chemotherapy response rate and survival rate of small cell lung cancer, indicating that chemotherapy of small cell lung cancer It was confirmed that there is a close correlation between response and survival rate. These results suggest that rs1727331, a SNP present in the untranslated region of the MPHOSPH9 gene, is closely related to the response and survival rate after chemotherapy for small cell lung cancer depending on the presence or absence of the allele, so it is a biomarker for predicting the prognosis of small cell lung cancer and small cell lung cancer patients. This means that it can be used as a predictive biomarker for chemotherapy prognosis.

이상에서 살펴본 바와 같이, 본 발명의 구체적인 실시예를 상세하게 설명되었으나, 본 발명의 사상을 이해하는 당업자는 동일한 사상의 범위 내에서 다른 구성요소를 추가, 변경, 삭제 등을 통하여, 퇴보적인 다른 발명이나 본 발명 사상의 범위 내에 포함되는 다른 실시예를 용이하게 제안할 수 있을 것이다. 그러므로 이상에서 기술한 실시예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적이 아닌 것으로 이해해야만 한다. 본 발명의 범위는 상술한 상세한 설명보다는 후술하는 특허청구의 범위에 의하여 나타내어지며, 특허청구의 범위의 의미 및 범위 그리고 그 균등 개념으로부터 도출되는 모든 변경 또는 변형된 형태가 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 한다.As described above, the specific embodiments of the present invention have been described in detail, but those skilled in the art who understand the spirit of the present invention may add, change, delete, etc. other components within the scope of the same idea, and other degenerate inventions. However, other embodiments included within the scope of the present invention can be easily suggested. Therefore, the embodiments described above should be understood as illustrative in all respects and not limiting. The scope of the present invention is indicated by the claims to be described later rather than the detailed description above, and all changes or modifications derived from the meaning and scope of the claims and equivalent concepts thereof are included in the scope of the present invention. should be interpreted as

<110> Kyungpook National University Industry-Academic Cooperation Foundation <120> Diagnostic methods for prognosis of small-cell lung cancer using MPHOSPH9 SNP <130> 2020-0484-KR <160> 1 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 1001 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (501) <223> y is G or C <400> 1 caggttcaca ctgaaagata aaaccatctt caatgaagta agtcctggtt taaacataaa 60 atatcttttg gaattatgta atataattta aaaaatcatg aaagatagga taacatcaaa 120 tttacccttt gaaaattgcc aggcgtggtg gctcatgcct gtaatcccag cactttgggt 180 ggccgaggca ggaggatgac ctgaggtcag gaattcgaga ccagcctggc caatatggca 240 aaaccccgtc tctactaaaa atacaaaaaa ttagccggat gtggtggcgg gcaccggtat 300 tcccggctac tcgggaggct gaagcagaag aatcacttga acccgggagg cagaggttaa 360 agtgagccga gatcgcgcca ctgccctcca gcctgggtga cagagagaga ccttgtcccc 420 cctacccccc tcccccacaa aaataaaaaa agtaaaaaaa aattggtagg tatacttagg 480 aagctccaat gagatgtaac ycctcctggc agatctgtta ttccaagggc agatccattt 540 cctgggttgt ggaggcctaa gtgatagtgc cagggaagtc cctttactgt gagccagaac 600 tcctggaggt aaatcgagta gctggaaaga ccttaaaggt taactatgct gaagaatgtg 660 gcctgcacag tgcgcatgaa atgggctggg gtcccacggg gaggagagcg agttcccttt 720 ggtccttcaa aagtagggct gggtggcttg cgcctgtgat cccagcactt tgggaggccg 780 aggaaggagg atcgcttgag gccaggagtt cgagatcagc ttgggcaaca cagtgagacc 840 cccccacccc acgtctatta aaaaaaaaac gagtatctcc gcaaaagcct agcaagggca 900 gtgctgacct ctactacgtg ccaggcctga aacagcacct gatgcgtgct cacagctcca 960 ttccgctcag ttttgtacat gaggatcctt ccgtttcgcc t 1001 <110> Kyungpook National University Industry-Academic Cooperation Foundation <120> Diagnostic methods for prognosis of small-cell lung cancer using MPHOSPH9 SNPs <130> 2020-0484-KR <160> 1 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 1001 <212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> variation <222> (501) <223> y is G or C <400> 1 caggttcaca ctgaaagata aaaccatctt caatgaagta agtcctggtt taaacataaa 60 atatcttttg gaattatgta atataattta aaaaatcatg aaagatagga taacatcaaa 120 tttacccttt gaaaattgcc aggcgtggtg gctcatgcct gtaatcccag cactttgggt 180 ggccgaggca ggaggatgac ctgaggtcag gaattcgaga ccagcctggc caatatggca 240 aaaccccgtc tctactaaaa atacaaaaaa ttagccggat gtggtggcgg gcaccggtat 300 tcccggctac tcgggaggct gaagcagaag aatcacttga acccgggagg cagaggttaa 360 agtgagccga gatcgcgcca ctgccctcca gcctgggtga cagagagaga ccttgtcccc 420 cctacccccc tcccccacaa aaataaaaaa agtaaaaaaa aattggtagg tatacttagg 480 aagctccaat gagatgtaac ycctcctggc agatctgtta ttccaagggc agatccattt 540 cctgggttgt ggaggcctaa gtgatagtgc cagggaagtc cctttactgt gagccagaac 600 tcctggaggt aaatcgagta gctggaaaga ccttaaaggt taactatgct gaagaatgtg 660 gcctgcacag tgcgcatgaa atgggctggg gtcccacggg gaggagagcg agttcccttt 720 ggtccttcaa aagtagggct gggtggcttg cgcctgtgat cccagcactt tgggaggccg 780 aggaaggagg atcgcttgag gccaggagtt cgagatcagc ttgggcaaca cagtgagacc 840 cccccacccc acgtctatta aaaaaaaaac gagtatctcc gcaaaagcct agcaagggca 900 gtgctgacct ctactacgtg ccaggcctga aacagcacct gatgcgtgct cacagctcca 960 ttccgctcag ttttgtacat gaggatcctt ccgtttcgcc t 1001

Claims

서열번호 1의 염기서열로 표시되는 MPHOSPH9 (M-Phase Phosphoprotein 9) 유전자의 501번째 염기서열에 위치하는 rs1727331의 단일염기다형성 (SNP)을 포함하는, 소세포폐암 예후 진단 및 예측을 위한 마커용 조성물.
A marker composition for diagnosing and predicting the prognosis of small cell lung cancer, comprising a single nucleotide polymorphism (SNP) of rs1727331 located at the 501st nucleotide sequence of the MPHOSPH9 (M-Phase Phosphoprotein 9) gene represented by the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1.

제1항에 있어서,
상기 rs1727331의 단일염기다형성 (SNP)는 MPHOSPH9 유전자의 비번역 (intron) 지역에 존재하는 것을 특징으로 하는, 소세포폐암 예후 진단 및 예측을 위한 마커용 조성물.
According to claim 1,
The single nucleotide polymorphism (SNP) of the rs1727331 is characterized in that it is present in the non-translated (intron) region of the MPHOSPH9 gene, a composition for a marker for diagnosing and predicting the prognosis of small cell lung cancer.

서열번호 1의 501번째 염기서열에 위치하는 단일염기다형성 (SNP)을 검출할 수 있는 제제를 포함하는, 소세포폐암 환자의 생존 예후 또는 항암화학요법에 대한 치료 반응 예측용 조성물.
A composition for predicting the survival prognosis of small cell lung cancer patients or treatment response to chemotherapy, comprising an agent capable of detecting a single nucleotide polymorphism (SNP) located at nucleotide sequence 501 of SEQ ID NO: 1.

제3항에 있어서,
상기 제제는 서열번호 1의 501번째 염기서열에 위치하는 단일염기다형성 (SNP)을 포함하는 10~100개의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 증폭시킬 수 있는 프라이머 또는 프로브인 것을 특징으로 하는, 소세포폐암 환자의 생존 예후 또는 항암화학요법에 대한 치료 반응 예측용 조성물.
According to claim 3,
The agent is a primer or probe capable of amplifying a polynucleotide consisting of 10 to 100 consecutive bases including a single nucleotide polymorphism (SNP) located at the 501st base sequence of SEQ ID NO: 1 or a polynucleotide complementary thereto Characterized in, a composition for predicting the survival prognosis of small cell lung cancer patients or treatment response to chemotherapy.

제3항 또는 제4항에 따른 조성물을 포함하는, 소세포폐암 환자의 생존 예후 또는 항암화학요법에 대한 치료 반응 예측용 키트.
A kit for predicting survival prognosis or treatment response to chemotherapy of small cell lung cancer patients, comprising the composition according to claim 3 or 4.

제3항 또는 제4항에 따른 조성물을 포함하는, 소세포폐암 환자의 생존 예후 또는 항암화학요법에 대한 치료 반응 예측용 마이크로어레이.
A microarray for predicting survival prognosis or treatment response to chemotherapy of small cell lung cancer patients, comprising the composition according to claim 3 or 4.

검체로부터 추출한 핵산에 대하여, MPHOSPH9 (M-Phase Phosphoprotein 9) 유전자의 비번역 지역에 존재하는 rs1727331 다형성을 확인하는 단계를 포함하는, 소세포폐암 환자의 생존 예후 또는 항암화학요법에 대한 치료 반응 예측을 위한 정보를 제공하는 방법.
For predicting the survival prognosis of small cell lung cancer patients or treatment response to chemotherapy, including the step of identifying the rs1727331 polymorphism present in the non-translated region of the MPHOSPH9 (M-Phase Phosphoprotein 9) gene with respect to the nucleic acid extracted from the specimen How to provide information.

제7항에 있어서,
상기 MPHOSPH9 유전자의 rs1727731 다형성의 유전자형이 GC 또는 CC인 경우, 상기 유전자형이 GG인 경우에 비해 항암화학요법 반응 또는 생존 예후가 좋은 것으로 판별하는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 소세포폐암 환자의 생존 예후 또는 항암화학요법에 대한 치료 반응 예측을 위한 정보를 제공하는 방법.
According to claim 7,
When the genotype of the rs1727731 polymorphism of the MPHOSPH9 gene is GC or CC, the step of determining that the chemotherapy response or survival prognosis is better than when the genotype is GG Survival of small cell lung cancer patients, characterized in that it further comprises A method of providing information for prognosis or prediction of treatment response to chemotherapy.

제8항에 있어서,
상기 MPHOSPH9 유전자의 rs1727731 다형성의 유전자형이 CC인 경우, 상기 유전자형이 GC인 경우에 비해 항암화학요법 반응 또는 생존 예후가 좋은 것으로 판별하는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 소세포폐암 환자의 생존 예후 또는 항암화학요법에 대한 치료 반응 예측을 위한 정보를 제공하는 방법.According to claim 8,
When the genotype of the rs1727731 polymorphism of the MPHOSPH9 gene is CC, the survival prognosis or A method for providing information for predicting treatment response to chemotherapy.